ミッション系大学（ミッションけいだいがく）は、キリスト教に関係がある組織や関係の深い人物が設立した学校法人によって、設置運営されている日本の大学の総称である。

概説・用語 
多くは欧米諸教会の伝道局（ミッション）によって設立され、
明治初期に来日した宣教師達が伝道と教育を同一視し、当時の日本人に対して、教会の仕事である宣教活動を、学校の教育を通して間接的に行なっていた。当初は女学校で、その後、大学として設置許可を受けたものも多い。

明治期にはミッションスクールと呼ばれていたことから、キリスト教系学校の代名詞として現在でも使われている。近年では、ミッションからの独立が進みキリスト教主義学校となっている。

日本におけるキリスト教信者は人口の1%未満だが、日本にある大学の約10%がミッションスクールである。
プロテスタント系大学（キリスト教学校教育同盟）が56大学、カトリック系大学（日本カトリック学校連合会）が20大学を数える。

全て西方教会系のものであり、東方教会（正教会・東方諸教会）系のものは日本には存在しない。

教育の特徴 
教育理念、建学の精神、スクールモットー
「キリスト教精神に基づいた教育」が行われることが記載されている。
（例）青山学院の教育は、永久にキリスト教の信仰にもとづいて、おこなわれる（青山学院大学）
（例）キリスト教による人格教育（明治学院大学）
聖句や、それにまつわるキーワード（奉仕、信仰、隣人愛、地の塩、世の光など）を用いるケースが多く、学部の教育やカリキュラム作成などを通じて具体化している。

キリスト教関連科目
「キリスト教学」に関する科目が設置されている。

青山学院大学や明治学院大学など「キリスト教主義の学校を選び、入学した証」として、キリスト教に関する知識をつけるために必修科目として設定している大学もある。

青山学院大学で全学生必修になっている「キリスト教概論」では、講義で聖書の内容について勉強するとともに、礼拝に複数回参加し、「チャペルレポート」を提出することが必須になっている。

学生生活 
学校礼拝や、キリスト教に関する活動やサークル（ボランティア活動、キャンプ、聖歌隊など）が行われていることが多い。

当初はキリスト教信者ではなかったものの、ミッションスクールで学生として過ごすうちに、キリスト教に興味を持つ者も多い。

「信仰の有無」にかかわらず、教師もキリスト教の行事に参加するよう求められるため、教師も一定の割合でキリスト教信者であるケースが多い（専任教員の3割程度というケースが最も多い）。

教派別大学一覧

プロテスタント

ルーテル教会 
ルーテル学院大学
九州ルーテル学院大学

改革派・長老派教会 
明治学院大学
フェリス女学院大学
東北学院大学
宮城学院女子大学
国際基督教大学
北星学園大学
北陸学院大学
金城学院大学
梅光学院大学
大阪女学院大学
大阪女学院短期大学
四国学院大学
聖隷クリストファー大学

会衆派教会 
梅花女子大学 - 梅本町公会、浪花公会により日本人による自給のキリスト教主義学校として設立された。従って本来の意味のミッション系ではない。
同志社大学 - 設立当初はアメリカン・ボードの影響下にあり、のちに自立したキリスト教主義学校である。
同志社女子大学 - 同上。
敬和学園大学
神戸女学院大学
共愛学園前橋国際大学
松山東雲女子大学
頌栄短期大学
新島学園短期大学 - 同志社創立者新島襄の教育方針に共鳴した新島の出身地に地元有志により設立されたキリスト教主義の学校であり、本来の意味のミッション系ではない。

バプテスト教会 
関東学院大学
西南学院大学
西南女学院大学
尚絅学院大学
姫路日ノ本短期大学

メソジスト 
関西学院大学
青山学院大学
鎮西学院大学
福岡女学院大学
福岡女学院大学短期大学部
福岡女学院看護大学
弘前学院大学
広島女学院大学
活水女子大学
名古屋学院大学
酪農学園大学
静岡英和学院大学
静岡英和学院大学短期大学部
東洋英和女学院大学
山梨英和大学
大阪キリスト教短期大学 - 日本フリーメソジスト教団系列

日本基督教団・その他 
中部学院大学 - 岐阜済美学院を母体とするキリスト教主義大学。
中部学院大学短期大学部
茨城キリスト教大学 - キリストの教会（チャーチ・オブ・クライスト、無楽器派）の神学校が母体。
聖学院大学 - ディサイプルス派の神学校が母体。
恵泉女学園大学 - 河井道により、キリスト教の布教のためではなく女性教育の為に設立されたので、ミッションスクールではない。
盛岡大学
長崎外国語大学
東京女子大学
東京基督教大学 - 日本同盟基督教団を中心とする複数の福音派プロテスタント教団による運営。
東京神学大学 - 合同教会である日本基督教団立の神学大学。
聖和大学 - 組合教会系の神戸女子神学校とメソジスト教会系のランバス女学院が合同したもの。

聖公会 
桃山学院大学
桃山学院教育大学
立教大学
立教女学院短期大学
神戸松蔭女子学院大学
神戸松蔭女子学院大学短期大学部
神戸国際大学
聖路加国際大学
平安女学院大学
名古屋柳城女子大学
名古屋柳城短期大学

カトリック教会 
カトリックの教会法によると、「カトリック学校」「カトリック大学」と名乗れるのは所轄の司教の認可を受けた学校のみである(Can.803 § 3, Can.808)。

以下、内は設立・運営母体となる修道会・宣教会
藤女子大学
天使大学（マリアの宣教者フランシスコ修道会）
仙台白百合女子大学（シャルトル聖パウロ修道女会）
上智大学（イエズス会）
上智大学短期大学部
聖心女子大学（聖心会）
清泉女子大学（聖心侍女修道会）
白百合女子大学（シャルトル聖パウロ修道女会）
東京純心大学（長崎純心聖母会）
清泉女学院大学（聖心侍女修道会）
清泉女学院短期大学
南山大学（神言会）
南山大学短期大学部
京都ノートルダム女子大学（ノートルダム教育修道女会）
神戸海星女子学院大学（マリアの宣教者フランシスコ修道会）
ノートルダム清心女子大学
エリザベト音楽大学（イエズス会）
聖カタリナ大学（聖ドミニコ宣教修道女会）
聖カタリナ大学短期大学部
聖マリア学院大学
長崎純心大学（長崎純心聖母会）
鹿児島純心女子大学（長崎純心聖母会）
聖マリアンナ医科大学
青森明の星短期大学（聖母被昇天修道会）
聖霊女子短期大学（聖霊奉侍布教修道女会）
聖園学園短期大学（聖心の布教姉妹会）
桜の聖母短期大学（コングレガシオン・ド・ノートルダム）
星美学園短期大学（扶助者聖母会）
大阪信愛学院大学（ショファイユの幼きイエズス修道会）
大阪信愛学院短期大学（ショファイユの幼きイエズス修道会）
和歌山信愛女子短期大学（ショファイユの幼きイエズス修道会）
久留米信愛短期大学（ショファイユの幼きイエズス修道会）

その他 
津田塾大学 - 創立者の津田梅子がクリスチャンで、学内にチャペルがあるが、伝道を目的とはしておらず、いわゆるミッションスクールとは異なる。
日本女子大学 - ミッションスクールではないが、創立者の成瀬仁蔵がクリスチャンで、アメリカでの生活を含めキリスト教の考えに触れ、日本で女子高等教育機関を設立することを決意し学校を創立。成瀬は梅花女学校（現・梅花女子大学）の校長も務めた。
玉川大学 - ミッションスクールではないが創立者が日本キリスト教団のクリスチャンだったこともあり、教育の一部にキリスト教の考えを用いている。また、キャンパス内に礼拝堂がある。
洗足学園音楽大学 - ミッションスクールではないが創立者がクリスチャンであり、校名は聖書に由来。
八戸学院大学・八戸学院大学短期大学 -　ミッションスクールではないが、創立者がカトリックの信者であり、図書館にチャペルを併設している。宗教学・キリスト教概論を必修としている。
三育学院大学 - セブンスデー・アドベンチスト教会が設立した大学である。自身としてはプロテスタントの一派と称しているが、キリスト教系新宗教とみなす場合もある。神学校の専門学校三育学院カレッジを併設。
北海道大学 - 国立大学であってミッションスクールではないが、創立期においてクラーク博士によるキリスト教の精神に基づく教育が施され（札幌バンド）、現在でもその理念は継承されている。宗教文化士資格も取得できる。前身の札幌農学校卒業生でクエーカー教徒である新渡戸稲造に因んだ「新渡戸カレッジ」も開講している。
自由学園 - 制度上各種学校扱いだが、「最高学部」で実質4年制大学・短期大学と同様の課程を実施。