ポケモン図鑑（ポケモンずかん、Pokédex）は、ゲーム『ポケットモンスター』シリーズに登場するアイテムの一つで、架空の電子式の図鑑である。また、同アイテムを商品化した玩具を指す。

初代のゲームに登場するものを除き、形状は電子手帳のようなポケットサイズで、基本的には赤い色をしている。折り畳んだ状態から開くと、ディスプレイと操作用の十字キーなどがある。ゲームごとに、またはゲーム・アニメ・漫画で大まかな形状は同じだが、内容や設定は異なる。

ゲームでのポケモン図鑑 
ポケモン図鑑は『ポケットモンスター』というゲームを進める上で重要なアイテムであり、ポケモン図鑑を完成させることがゲーム中の1つの目標として位置づけられている。ゲーム上でのグラフィックは『ポケットモンスター赤・緑・青・ピカチュウ』ではルーズリーフ式であったが、2作品目からは電子手帳風なものとなっている。ゲーム中に捕獲や通信交換などによって入手したポケットモンスター（以下ポケモン）のデータが、自動的に登録されるハイテク図鑑として設定されている。1度でもポケモンを入手すれば、そのポケモンを手放してもポケモン図鑑にデータは残ったままになる。これにより、珍しいポケモンを通信交換で一時的に借りる、という方法でもポケモン図鑑のデータを埋めることが可能。

ポケモンの生息地やタイプといったゲーム進行上必要なデータだけでなく、身長（高さ）や体重・鳴き声なども調べることが出来る。ポケモン図鑑の説明文や足跡の表示などの体裁については、大伴昌司による怪獣図解などの影響が色濃く見られる。入手した事があれば全てのデータを見ることが出来るが、1度出会うだけでもポケモンの姿と生息地は分かるようになる。後のバージョンでは、ポケモンの一覧を50音順・番号順に並べる機能や、タイプなどでの検索機能もついた。なお『ポケットモンスター赤・緑』では説明文が同じだったが、『ポケットモンスター青』以降は同じシリーズでも各バージョンでそれぞれ異なる説明文になっていることが多い。

『ポケットモンスタールビー・サファイア』から『オメガルビー・アルファサファイア』までの本編作品では、決められた条件を満たすことで、そのソフトの発売時点で出てきた全てのポケモンが登録可能な「全国図鑑」という機能が存在する。「全国図鑑」におけるポケモンの並び順は、『ポケットモンスター赤・緑・青・ピカチュウ』から存在した151種類（なお、No.001のポケモンはフシギダネ）から、ソフトの発売時点で新登場したポケモンを加えたものとなっている。通常ポケモンナンバーは進化前後の種族が連番になっているが、進化前または後のポケモンが後の作品で追加されたものについては番号が飛んでいる。詳しくは全国ポケモン図鑑順のポケモン一覧を参照のこと。なお、『ポケットモンスターエメラルド』除く、『ウルトラサン・ウルトラムーン』まではゲーム進行度に関係なく他地方のポケモンを問題なく受け入れができる。なお、「全国図鑑」入手以前あるいは対応していない場合、他地方のポケモンの図鑑No.は表示されないか「???」と表示される。

ただし、『ポケットモンスター Let's Go! ピカチュウ・Let's Go! イーブイ』以降の本篇およびリメイク作品では登録できるポケモンを大きく制限され、一部過去作品からのポケモン（リメイク作品ではリメイク元発売以降に登場したポケモン）は、追加配信コンテンツとイベントなどで同ポケモンが配信しないかぎり基本的に登録できず使用も出来ない（その経緯については『ポケットモンスター ソード・シールド#登場ポケモンの制限』参照）。この仕様により、『ポケットモンスターダイヤモンド・パール・プラチナ』のリメイクである『ブリリアントダイヤモンド・シャイニングパール』を除く、これらの作品は全国図鑑へのバージョンアップという機能は存在しない。なお、該当作品で新たに追加されたポケモンは、『Pokémon HOME』など他のゲーム・メディアから全国図鑑番号を確認できるようになっている。

カントー図鑑 
『ポケットモンスター赤・緑・青・ピカチュウ』・『ポケットモンスターファイアレッド・リーフグリーン』・『ポケットモンスター Let's Go! ピカチュウ・Let's Go! イーブイ』で使用するポケモン図鑑。『ポケットモンスター赤・緑・青・ピカチュウ』系列はフシギダネからミュウまでの151種類が登録可能で、身長・体重・鳴き声・分布などのデータが見られるといった基本的な機能が付いている。

『ポケットモンスター赤・緑・青・ピカチュウ』のゲーム中に登場するポケモン図鑑のグラフィックは以降のゲーム作品やアニメのものと異なり、ルーズリーフ式である。リメイク作品の『ポケットモンスターファイアレッド・リーフグリーン』では、図鑑の形が新しくなって横型となる。同じ横型でも、『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド』とは形が大きく異なる。『ポケットモンスター ルビー・サファイア・エメラルド』でのポケモン図鑑の機能も搭載しており、殿堂入り後に条件を満たすと全国図鑑へバージョンアップされる。ジョウト地方・ホウエン地方のポケモンも含めてデオキシスまでの386種類が登録可能になり、機能もホウエン図鑑に合わせて足型や大きさ比べが見られるようになる。また50音順やタイプ順の索引の他に、ポケモンを生息地ごとに分ける機能もついている。

『ポケットモンスター Let's Go! ピカチュウ・Let's Go! イーブイ』で使用するカントー図鑑では、『ポケットモンスター赤・緑・青・ピカチュウ』系列の151種類を加え、『Pokémon GO』から登場したのメルタンとメルメタルが追加されて153種類が登録出来るようになった。その153種（および該当ポケモンのアローラのすがた）以外のポケモンが登録・使用できない。また、本作では第1世代ポケモンのメガシンカが使用可能によって、第1世代ポケモンのメガシンカ・アローラのすがたがそれぞれ登録される。

なお、全国図鑑はこの図鑑の順から始まっている。全国ポケモン図鑑順のポケモン一覧#第1世代を参照。

(旧)ジョウト図鑑 
『ポケットモンスター金・銀・クリスタル』・『ポケットモンスターハートゴールド・ソウルシルバー』で使用するポケモン図鑑。「ジョウトずかん」はリメイクの際に付けられた名称で、『ポケットモンスター金・銀・クリスタル』では「しんがたずかん」とされていた。形状は現代の携帯電話やゲームボーイアドバンスSPのような2枚折式となり、前作での本を開くような形状からデザインが一新された。フシギダネからセレビィ（ジョウト地方順だとチコリータからセレビィ）までの251種類が登録可能。

『ポケットモンスター金・銀・クリスタル』では、ポケモンを50音順に並べる機能と、ポケモンの足型が見られる機能が追加された。前作のポケモン図鑑に『ポケットモンスター金・銀・クリスタル』で新登場したポケモンを継ぎ足した古い順と、新登場のポケモンも含めて新たに並べ直した新しい順、さらにポケモン名を五十音順に並べたものとで切り替えることもできる。またこのポケモン図鑑のみ、アンノーンを形状ごとに記録する「アンノーン図鑑」をオプションで取り付けることができ、ポケットプリンタで登録されたポケモンのグラフィックを印刷できる機能も搭載されている。「新しい」の並び順については、ジョウト順のポケモン一覧を参照のこと。なお、何のアップデートも無くカントー図鑑とほぼ完全に互換性があるのはこの図鑑だけであり、実質的にカントー図鑑の上位互換機能付きの図鑑と言える。

新ジョウト図鑑 
『ポケットモンスターハートゴールド・ソウルシルバー』では、『ポケットモンスターダイヤモンド・パール・プラチナ』で特定の技を覚えることによって進化する5種類が追加されて256種類が登録出来るようになった。なお、この5種類が追加されたため、図鑑番号のNo.102以降が新たに振り直されている。そのため、一部で図鑑番号が従来と食い違っているポケモンがいる。殿堂入り後に全国図鑑にバージョンアップすればフシギダネからアルセウスまでの493種類が登録可能になる。

(旧)ホウエン図鑑 
『ポケットモンスタールビー・サファイア・エメラルド』で使用するポケモン図鑑。

機能としては主人公（設定：1.45m）と各ポケモンの大きさ比べが出来るようになり、検索機能も大きく強化されて身長順や体重順で表示できる他、ポケモンの色やタイプ別で検索出来るようにもなっている。

上記の「全国図鑑」機能の実装に伴い、本作以降に発売された作品（『ブラック・ホワイト』および一部のリメイク作品除く）のポケモン図鑑は全て既存種の一部と新種が入り混じっているものとなっている。

ホウエン図鑑ではキモリからデオキシスまでの202種類、全国図鑑ではフシギダネからデオキシスまでの386種類が登録可能となる。

『ルビー・サファイア』では全国図鑑へのバージョンアップのは、全国図鑑へバージョンアップされた『ファイアレッド・リーフグリーン』との通信してホウエン図鑑に含まれないポケモンを登録する必要があったが、『エメラルド』では殿堂入り後に全国図鑑へバージョンアップ出来る。ただし、『エメラルド』では全国図鑑へのバージョンアップにしたまで、ホウエン図鑑に含まれないポケモンの登録・使用は出来なかった。

新ホウエン図鑑 
『ポケットモンスターオメガルビー・アルファサファイア』では、『ポケットモンスターダイヤモンド・パール・プラチナ』以降に新たな進化系が追加されたが、『ポケットモンスターハートゴールド・ソウルシルバー』では追加されなかったジバコイル、ドサイドンをはじめエルレイド、ダイノーズ、スボミー、ロズレイド、ヨノワール、リーシャン、ユキメノコの9種類が追加されて211種類が登録出来るようになった。なお、この9種類が追加されたため、図鑑番号のNo.032以降が新たに振り直されている。そのため、一部で図鑑番号が従来と食い違っているポケモンがいる。ストーリー終盤に全国図鑑にバージョンアップすればフシギダネからボルケニオンまでの721種類が登録可能になる。

この図鑑の並び順については、ホウエン順のポケモン一覧を参照のこと。

シンオウ図鑑 
『ポケットモンスターダイヤモンド・パール・プラチナ』・『ブリリアントダイヤモンド・シャイニングパール』で使用するポケモン図鑑。 ナエトルからマナフィまでの151種類（プラチナはギラティナまでの210種類）が登録可能。この図鑑の並び順については、シンオウ順のポケモン一覧を参照のこと。

ホウエン図鑑で完成されたといえるシステムからあまり変更はないが、新たにポケモンの姿の違いを見られる機能（見たことがあるもののみ）が追加され、♂と♀で姿が違うポケモンや、アンノーンに代表される様々な形をとるポケモンの姿がそれぞれ登録される。また、ポケモンの大まかな姿形で検索できるようにもなった。デザイン面ではDSのタッチパネルを生かしたホイールが特徴的。

マナフィを除く150種類のポケモンを登録（捕獲しなくてもよい）すると全国図鑑へバージョンアップされ、フシギダネからアルセウスまでの493種類が登録可能になる。さらに別のバージョンアップでは、各ポケモンの説明文を最大6ヶ国語で表示することも出来るようにもなる。

イッシュ図鑑 
『ポケットモンスターブラック・ホワイト』・『ポケットモンスターブラック2・ホワイト2』で使用するポケモン図鑑。

『ポケットモンスターブラック・ホワイト』のポケモン図鑑にはビクティニからゲノセクトまでの156種類が登録可能。今までのポケモン図鑑とは違い、本作のみ全国図鑑へのバージョンアップ以前は新種のみで構成されている。この図鑑の並び順については、イッシュ順のポケモン一覧を参照のこと。新たに色違いの姿を確認できるようになっている。

『ポケットモンスターブラック2・ホワイト2』のポケモン図鑑にはビクティニからゲノセクトまでの301種類が登録可能。こちらは『ルビー・サファイア』以降の作品と同じく既存種と新種が入り混じっている。この図鑑の並び順についてはイッシュ順のポケモン一覧#『ブラック2・ホワイト2』での一覧を参照のこと。

1度エンディングを見て全国図鑑へバージョンアップされるとフシギダネからゲノセクトまでの649種類が登録可能になる。

カロス図鑑 
『ポケットモンスター X・Y』で使用するポケモン図鑑。

カロス図鑑には、セントラルカロス図鑑・コーストカロス図鑑・マウンテンカロス図鑑の3つが存在し、それぞれの図鑑で登録可能なポケモンは全て異なる。

 セントラルカロス図鑑：ハリマロンからボルケニオンまでの153種類が登録可能。
 コーストカロス図鑑：フワンテからファイヤーまでの153種類が登録可能。
 マウンテンカロス図鑑：ディグダからミュウツーまでの151種類が登録可能。
 上記の図鑑の並び順についてはカロス順のポケモン一覧を参照のこと。

また、殿堂入りをして全国図鑑へバージョンアップされると、フシギダネからボルケニオンまでの721種類が登録可能になる。

これらの図鑑には、『ポケットモンスターX・Y』から新要素として導入されたメガシンカの姿も確認できるようになっている。

ロトム図鑑（アローラ図鑑） 
『ポケットモンスター サン・ムーン』で使用するポケモン図鑑。様々な電化製品に入り込む力を持つポケモン「ロトム」が入り込んで完成する新時代のデヴァイス。これまでのシリーズでのポケモン図鑑とは異なり、地図機能を備えており、主人公の現在地や目的地の表示が可能。また、前述のとおりロトムが入り込んでいるため、図鑑自体が意思を持ち、主人公たちの会話から、次に向かうべき場所を判断し案内する。

『ウルトラサン・ウルトラムーン』では、ロトム図鑑DXとしてバージョンアップとなり、戦闘時に得られる経験値や賞金が上昇するアイテム「ロトポン」を出してくれたり、Zワザを戦闘中に再度使用可能にしてくれる機能が追加される。玩具と連動させることで、図鑑やバトルで出ているポケモンの情報を解説する事が出来る。

ロトム図鑑には、メレメレ図鑑・アーカラ図鑑・ウラウラ図鑑・ポニ図鑑と、それらをまとめるアローラ図鑑の5つが存在した、カロス図鑑と異なり、一部のポケモンが（アローラ図鑑以外の）複数の図鑑をまたいで登場する。

 アローラ図鑑：モクローからマーシャドーまでの302種類（ロトム図鑑DXはゼラオラまでの403種類）が登録可能。
 メレメレ図鑑：モクローからカプ・コケコまでの120種類（ロトム図鑑DXは150種類）が登録可能。
 アーカラ図鑑：ツツケラからカプ・テテフまでの130種類（ロトム図鑑DXは160種類）が登録可能。
 ウラウラ図鑑：ツツケラからカプ・ブルルまでの130種類（ロトム図鑑DXは160種類）が登録可能。
 ポニ図鑑：ツツケラからカプ・レヒレまでの100種類（ロトム図鑑DXは130種類）が登録可能。
上記の図鑑の並び順についてはアローラ順のポケモン一覧を参照のこと。

従来の図鑑とは異なり、全国図鑑へバージョンアップする機能は備えていないが、アローラ図鑑に含まれないポケモンを問題なく通信交換などで受け取れる。

スマホロトム 
『ポケットモンスター ソード・シールド』『ポケットモンスター スカーレット・バイオレット』で使用するポケモン図鑑。

ロトム図鑑の発展モデルであり、スマートフォンに入り込みためサイズを大幅に縮小される。ロトム図鑑のポケモン図鑑と地図機能以外、ポケモンのステータスおよびアイテムの確認、設定変更など旧作のメニュー機能もスマホロトムに移行する。

また、『ソード・シールド』ではじてんしゃの強化機能（旧作のひでんマシンに当たる役割）も兼ねる、『スカーレット・バイオレット』では着せ替えカバーを対応など、ソフトによって独自の機能が存在した。

上記の通り、一部該当作品で登場しなかった旧作のポケモンが登録・使用できないので、いずれも全国図鑑へバージョンアップする機能は備えていない。

なお、『Pokémon LEGENDS アルセウス』に登場した「アルセウスフォン」の役割が上記のスマホロトムとほぼ同じだが、あちらはポケモン図鑑など一部の機能が存在しない。

ガラル図鑑 
『ソード・シールド』で使用するポケモン図鑑。ガラル図鑑と・エキスパンション・パスが追加されたヨロイ島図鑑・カンムリ雪原図鑑の3つが存在し、ロトム図鑑と同様に、一部のポケモンが複数の図鑑をまたいで登場する。

 ガラル図鑑：サルノリからムゲンダイナまでの400種類が登録可能。
 ヨロイ島図鑑：ヤドンからザルードまでの211種類が登録可能。
 カンムリ雪原図鑑：ユキハミからバドレックスまでの210種類が登録可能。

上記の図鑑の並び順についてはガラル順のポケモン一覧を参照のこと。

なお、（本作で使用可能の）期間限定イベントおよび連動でのみ入手可能な旧作のポケモンは上記の3つの図鑑に含まれないため、ポケモン図鑑では該当ポケモンの図鑑No.が表示されない。なお、エキスパンション・パス非購入者に対してヨロイ島図鑑・カンムリ雪原図鑑が登録された（ガラル図鑑に含まれない）ポケモンについても同様である。

パルデア図鑑 
『スカーレット・バイオレット』で使用するポケモン図鑑。ニャオハからミライドンの400種類が登録可能。ガラル図鑑同様、パルデア図鑑に含まれないポケモンは図鑑No.が表示されない。

この図鑑の並び順については、パルデア順のポケモン一覧を参照のこと。

ヒスイ図鑑 
『Pokémon LEGENDS アルセウス』で使用するポケモン図鑑。設定上、ヒスイ地方（後のシンオウ地方）初のポケモン図鑑であり、また世界観の都合から、図鑑がいままでの電子形式ではなく本の形として登場する。

ヒスイ図鑑で登録可能なポケモンはモクローからダークライまでの242種類となり、なお、『ダイヤモンド・パール・プラチナ』で初出のすべてのポケモンが本作でも登場した。

この作品はポケモンジムとポケモンリーグが存在しないため、ヒスイ図鑑の完成度（ポケモンの登録だけじゃない、捕獲など他の条件もある）が従来のシリーズ作品のバッジと相当した役割も持つ。

この図鑑の並び順については、ヒスイ順のポケモン一覧を参照のこと。

ユーティリティソフトでのポケモン図鑑 
『ポケモンバンク』では、2017年1月25日よりポケモン図鑑機能が追加された。対応されたアローラ地方のポケモン図鑑（フシギダネからゼラオラまで）の807種類。

『Pokémon HOME』ではリリース当初からポケモン図鑑を対応しており、『Pokémon GO』以降に新たに追加されたポケモン（2023年1月現在はメルタンからラブトロスまでの219種類）の全国図鑑番号も確認できるようになっている。

アニメでのポケモン図鑑 
アニメでは主人公のサトシなどのポケモントレーナーが持つアイテムとして登場している。

詳細は解説されていないが特別なアイテムではないようで、サトシのライバルであるシゲルやシンジをはじめ、多くのポケモントレーナーが所有している。アニメの場合は最初からポケモンのデータが十分入っており、ゲットしなくてもポケモンに図鑑を向ければ自動でポケモンの解説が音声で流れる。図鑑をポケモンに直接向けなくても、希望するポケモンの解説を流すことが可能。ポケモン図鑑の内容は後から電話機（「PC TEL」というテレビ電話のようなもの）などを経由してアップデートができる。古い図鑑でもバージョンアップし続けることは可能なようで、ヒロシが最初の図鑑でボーマンダを調べたこともある。

ポケモンかそうでないかを判別する機能も備わっている。ロケット団のニャースが別のポケモンに変装していても、図鑑を使えば正確にニャースだと見破ることができる。生物としてのポケモンの情報のみならず、再発行不可能の持ち主兼トレーナーの身分証明書を兼ねており、図鑑を持っているトレーナーはリーグやコンテストの出場登録を、図鑑を使って簡単に済ませることができる。モンスターボールやポケモンの笛といった各種アイテムの情報も入っており、自分のポケモンが何の技を覚えているかも分かり、新たな技を見た時にも図鑑が音声で解説してくれる。第7シリーズではゲーム版同様に捕獲したポケモンを登録、一覧表示する機能も付いている。

その図鑑にデータがないポケモンだと、「データなし」の音声が流れるだけで何も調べることはできない。伝説のポケモンのように相当珍しいポケモンだと、たとえデータが入っていても、少しの情報しか確認できないこともある。尚、映画ではポケモン図鑑が登場することはなく、映画各作品で初登場したポケモンを図鑑で調べることもない。

アニメの途中で何度かポケモン図鑑が変更されている。現時点でサトシの持つ図鑑は10台目となる。サトシの持つ図鑑の色は赤であることが多いが、ハルカがバトルフロンティア編から使った図鑑は白、ヒカリの図鑑はピンク、シンジの図鑑は紺色、コトネの図鑑は白、ゲストキャラのルチルの図鑑は薄緑、マキナの図鑑は黄色、マミイの図鑑は薄紫となっている。ベストウイッシュのイッシュ図鑑では男子（サトシ・シューティー・コテツ）は灰色、女子（ヒカリ・ベル・ラングレー）はピンク色。

図鑑音声の担当声優

ポケットモンスターSPECIALでのポケモン図鑑 
漫画『ポケットモンスターSPECIAL』においては、誰でも持てる物ではなく、オーキド博士を始めとする優秀な博士が、図鑑を授けていいと判断した人物にのみ与える特別な物となっている。

ポケモン図鑑はオーキド博士・アララギ博士の図鑑共に1種類につき3台存在する。第13章までに登場した図鑑は全てオーキド博士によって作られ、全部で7種類（21台）存在し、13人のトレーナーが所有。第10章ではアララギ博士のものが1種類（3台）あり、現在使われているものは4台のみ。このように存在するポケモン図鑑の個数は極端に限られており、ポケモン図鑑を授けられた人物を「図鑑所有者」と呼ぶ。図鑑を貰ったら自分の名前や指紋を登録し、それによりポケモン図鑑が正しい持ち主かを判断する。登録できるのはポケモン図鑑1台につき1人のみで、1度登録されたら取り消しは出来ない模様。オーキド博士のポケモン図鑑は各世代の同じ図鑑が3台揃い、いずれも正しい持ち主が図鑑を所持していると、3人が近くに集まった時に強制的に共鳴音が鳴り、図鑑ごとのボタンを押さないと鳴りやまない。初代から4代目の合計10台のポケモン図鑑が集まった時には、異なった特別な共鳴音が鳴る。

外見はそれぞれのゲームに登場する6種類のポケモン図鑑と同じだが、ゲームと同じポケモンの生態を調べる機能の他、ゲームにはない機能を多く持ち、ゲームのコマンドの多くがポケモン図鑑の機能という設定になっている。

初代の図鑑はレッド・グリーン・ブルーが所持し、自分・他人・野生のポケモンに関わらず、レベルや習得している技など、近くにいるポケモンのあらゆる情報を調べることが可能。ポケモンの進化キャンセルも図鑑の機能という設定となっており、本作の世界では図鑑所有者のみの特権である。また、レッドのポケモン図鑑には途中で、手持ちのピカチュウ（ピカ）の機嫌や状態が分かる機能が追加されている。第5章で3人が新たに4代目図鑑を授かる際2台破壊され、残った1台がイエローの手に渡った。

2代目図鑑はゴールド・シルバー・クリスタルが所持する。2代目から大幅に機能が追加され、1度出会ったが逃がしてしまったポケモンの足取りを追尾する機能「追尾機能」（ゲームのポケモン図鑑のエンテイ・ライコウ・スイクンの「ぶんぷ」に相当する）、モンスターボールに戻しているポケモン同士を通信交換する機能やポケギアとポケモン図鑑を専用のケーブルで繋ぎ電話回線を通じてポケモンを転送する携帯転送機能・簡易ホログラムを映し出す機能が搭載されている。第9章では3人は最初から5代目図鑑を使用しており、2代目の図鑑がどうなったのかは不明。

3代目図鑑はルビー・サファイア・エメラルドが所持する。ホウエン地方用に作られ、オダマキ博士に預けられる。3代目からアニメ同様ポケモンを捕まえずとも目撃するだけでポケモンの生態を調べることが出来る模様。また、3代目からは全国図鑑に対応するようになり、第4章のルビー・サファイアの図鑑はホウエン図鑑のみであったが、第6章のエメラルドの図鑑は全国のポケモンを調べることが出来る。

4代目図鑑はレッド・グリーン・ブルーが新たに所持する。専用のケーブルとチップ「プログラムdex-IV」により初代のポケモン図鑑からデータを引き継いで使用している。全国版対応。2代目図鑑以降の機能も備わっている。

5代目図鑑はゴールド・シルバー・クリスタルが新たに所持する。機能は先代とあまり変わらないが、♂と♀などの異なる姿を区別する機能が付き、タッチ操作が可能になる等、細かな違いはある。5代目ポケモン図鑑の登場によりイエローを除く9人のポケモン図鑑が全国版対応になった（しかし、第6章終了後オーキド博士がバージョンアップさせている可能性はある）。このバージョンは原作同様男性用と女性用の区別が付いている。また、話の都合上、5代目の方が後から登場している。

6代目図鑑はルビー・サファイア・エメラルドが新たに所持する。

7代目図鑑はダイヤモンド・パール・プラチナが所持する。この図鑑はオーキド博士とナナカマド博士で共同開発された。先代までと比較し大きな機能追加は無く、初期はシンオウ図鑑のみだったが、中盤からのアップデートにより全国版となった。なお、プラチナのポケモン図鑑はゲーム通りの赤色だが、ダイヤモンドの図鑑は青でパールの図鑑はオレンジと色が区別されている（同じように、彼らのポケッチも色分けされている）。

アララギ博士のポケモン図鑑は現在ブラック・ホワイト・ラクツ・ファイツが所持する。現在確認されている機能はポケモンの生態を調べることのみで、オーキド博士の図鑑と同じような機能があるか等詳細は一切不明。

第5章ではロケット団が、レッド・グリーン・ブルーの持つ初代のポケモン図鑑を真似て作った物が登場。デザインは初代とそっくりだが、色は黒く、不気味な模様が付いており、話を聞いたブルーは「黒い図鑑とでもいう不気味な機械」と発言。ロケット団では「ブラックポケデックス」と呼ばれており、ポケモンの体力や技の威力を独自の基準で数値化するオリジナル機能を備える。

第12章で登場した、プラターヌ博士のポケモン図鑑は現在エックス・ワイの2人が所持する。元々は図鑑は3つあり、残りの1つはトロバのものになる予定だったが、伝説のポケモンが復活したことにより行方不明となる。その後はある人物により踏み潰され、破壊されている。

第14章で登場した、ククイ博士のポケモン図鑑はサン・ムーンの2人が所持する。こちらも2台のみ登場。いわゆるロトム図鑑ではあるが、肝心のロトムは1匹のみであり、そのロトムはムーンの図鑑とマッチしており、サンの図鑑は元のままである。