『ミステリーボニータ』は、秋田書店が発行している月刊少女漫画雑誌。発売日は前月6日だが、都合により5日（或いは4日）に発売されることもある。

概要 
1988年5月、『ボニータ』の派生誌として創刊された。主にホラーやミステリー、アクション、ファンタジー、歴史・時代物、SFなどの長編作品を掲載。1996年に『ボニータ』が休刊となった際に同誌の連載作品を引き継いだため、本来の雑誌のカラーだったホラーやミステリーに加えて多彩なジャンルの作品が連載されることとなった。

2013年4月号よりリニューアルを敢行し、『九 neuntote』、『パレードはどこへ行くの?』、『クジラの子らは砂上に歌う』、『アンの世界地図〜It’s a small world〜』など新連載を順次開始。この他、ロゴの変更やページ増など誌面改革を実施しており、他社の少女誌で活躍する結賀さとる、奈々巻かなこ、吟鳥子、白井弓子などの起用も増えている。
宝島社の漫画紹介ムック『このマンガがすごい!』2015年版オンナ編において、『クジラの子らは砂上に歌う』が第10位、『パレードはどこへ行くの?』が第47位にランクインした。

2016年、長岡良子と九条タカオミのこれまでの作品は絶版になったため、HPのデータからコミックスの情報が削除された。

2018年、「プリンセスGOLD」の電子書籍専売に伴い、『ケルン市警オド』が6月特大号、『白妖（びゃくよう）の娘』が7月特大号より移籍。

2019年、「Unlimited」「群青のアンサンブル」「写楽心中」を10月号よりコミックスと同じタイトルに改題した。

2020年1月号より再びリニューアルが行われた。誌名のロゴと表紙デザインを一新し、よりミステリー作品に特化した誌面を展開する。希望賞品の画像が掲載された折りたたみのページが無くなり、アンケートのページに賞品の名称だけが記載されている。また、2号連続で『9番目のムサシ』が表紙を飾る1月号・2月号を並べると1枚の絵となり、新連載開始記念企画の2月号の特別付録として創刊以来初の卓上「ムサシ名場面」カレンダーの表紙絵となっている。

『プリンセスGOLD』が2020年1月16日配信の2月号で休刊となったため、2020年4月号より『やじきた学園道中記F（ファイナル）』の移籍新連載がスタートした。

2020年9月特大号よりコバルト文庫『炎の蜃気楼（ミラージュ）』原作第2巻「緋（あか）の残影」のコミカライズ連載『炎の蜃気楼R（リブート）』が開始された。

2021年、2月特大号で『後宮香妃物語』を終了し『月刊プリンセス』に移籍連載することになった。また、「西荻窪　三ツ星洋酒堂」がTVドラマ化され、MBS「ドラマ特区」枠で放送された。

作品により連載間隔が異なっており、毎号に全ての連載作品が掲載される訳ではない。

現在連載中の作品 
2023年8月号現在。
 クリスタル☆ドラゴン（あしべゆうほ）：2014年7月号 -
 ケルン市警オド（青池保子）：2018年6月号 - ←『プリンセスGOLD』より移籍
 エイラと外つ国の王（びっけ）：2019年7月号 -
 9番目のムサシ Ghost & Gray（高橋美由紀）：2020年2月号 -
 病める惑星より愛をこめて（本田）：2020年2月号 -
 天上恋歌〜金の皇女と火の薬師〜（青木朋）：2020年3月号 -
 ぼんくら陰陽師の鬼嫁（原作：秋田みやび、作画：遠野由来子、キャラクター原案：しのとうこ）：2020年8月号 -
 酒処 春來荘日乗（丸岡九蔵）：2020年9月号 -
 炎の蜃気楼R（リブート）（原作：桑原水菜、作画：浜田翔子）：2020年9月号 -
 海が走るエンドロール（たらちねジョン）：2020年11月号 -
 西荻窪 三ツ星洋酒堂（浅井西）：2020年11月号 -
 酒井美羽の少女まんが戦記（酒井美羽）：2020年12月号 -
 P.As.（赤石路代）：2021年3月号 -
 『エロイカより愛をこめて』に愛をこめて!!（原作：青池保子）：2021年7月号 -
 『吸血鬼すぐ死ぬ』公式アンソロジー 新横浜で会いましょう（原作：盆ノ木至）：2021年8月号 - 
 少年吸血鬼の軟禁部屋（桂明日香）：2022年2月号 -
 朽ちかけ龍の契約者（みどりわたる）：2022年4月号 -
 この一杯は天使の取り分（糸井のぞ）：2022年4月号 -
 やじきた学園道中記スピンオフ 星にききたまえーAsk The Starsー（市東亮子）：2022年7月号 -
 国を蹴った男（原作：伊東潤、漫画：幾花にいろ）：2022年8月号 -
 シックスセンスマイナスワン（三月病）：2022年9月号 -
 いつか死ぬなら絵を売ってから（ぱらり）：2022年10月号 -
 大正恋恋双葉冊子（青井波子）：2022年11月特大号 -
 バットゥータ先生のグルメアンナイト（亀）：2022年12月特大号 -
 魔女の箱庭（紫堂恭子）：2023年4月号 -
 まりあず〜Revenge of Rock'n’Roll Sisters〜（原作：ムラマツヒロキ、漫画：川島よしお）：2023年4月号 -
 おしえごと 同人教師と天才ギャル（とみさー）：2023年5月号 -
 異世界小林幸子〜ラスボス降臨！〜（監修：幸子プロモーション、猪原賽、漫画：國立アルバ）：2023年7月号 -

休載中・連載中か不明の作品 
 愛だけが日々の理由（乙畑里仁）
 悪魔の花嫁 最終章（原作：池田悦子、作画：あしべゆうほ）
 華麗なる愛の歴史絵巻シリーズ（長岡良子）
 コミック☆星新一（オムニバス漫画）
 先生とぼく（中川真琴）
 天を見つめて地の底で-新章-（高橋美由紀）
 LIFE（横馬場リョウ）
 霊感葬儀社（赤塚祭）

過去の掲載作品 
以下のリストは作者別の五十音順による記載。
 会田薫 - 写楽心中 → 写楽心中 少女の春画は江戸に咲く
 青井波子 - 千千に鬼こそ
 青木朋 - 三国志ジョーカー、八卦の空、天空の玉座
 赤石路代 - 天の神話 地の永遠
 赤塚祭 - あなたのお仕事なんですか? 〜働く女性に突撃レポ!〜
 秋乃茉莉 - 幻獣の星座、カラフル・クロウ
 亜月亮 - キミノトナリ－闇都市伝説－、闇都市伝説シリーズ：2016年8月号 - 2017年10月号、2019年4月号 - 、Unlimited → Unlimited VS 絞殺姫：2018年1月号 - 4月号、2019年10月号 - 12月号
 天乃タカ - しろいねこの学校
 梅田阿比 - 光の隣 壁の空、クジラの子らは砂上に歌う
 梅田海老 - クジラの子らは砂上に学ぶ（原案：梅田阿比）：2018年5月号 -
 小田ひで次 - ミヨリの森、ミヨリの森の四季、続ミヨリの森の四季
 加藤山羊 - 傀儡の檻 インダクションゲーム（原作：矢樹純）
 川口まどか - やさしい悪魔の物語
 川端新 - 月光社ボーレイ奇譚
 木々 - 天然王子の宝石箱、天然王子のおもちゃ箱、1/2
 北原文野 - 瞳に映るは銀の月
 木原敏江 - 白妖（びゃくよう）の娘
 吟鳥子 - アンの世界地図〜Is's a small world〜、きみを死なせないための物語（ストーリア）、きみを死なせないための物語（ストーリア）〜番外編〜
 九条タカオミ - ねこにゃんのわがまんま、はっぴぃ猫日記 まるっとねこにゃん
 くせつきこ - かみがたり
 久世みずき - 終末フレンズ
 黒井あがさ - ロイヤルガーデンシリーズ、着るプラチナ〜魔女のドレス〜、ゲッコーと月光と結婚
 小林モリヲ - 君といつまでも〜東京下町吸血鬼物語〜
 桟敷美和 - すきま日誌シリーズ
 真崎春望 - 舞姫七変化–悪霊転生絵巻–、赤（ロドン）の悲劇
 サブリック - 高倉くんには難しい（原作：一條マサヒデ）
 潮見知佳 - KEY JACK、KEY JACK TEENAGE EDITION、KEY JACK DEADLOCK、KEY JACK KEEP ALIVE、まほろばの番人：2020年11月号 -
 市東亮子 - やじきた学園道中記シリーズ「赤目編」、やじきた学園道中記F（ファイナル）
 紫堂恭子 - テラ・インコグニタ、逃げる少女〜ルウム復活暦1002年〜、虚妄の女王〜辺境警備外伝〜
 白井弓子 - イワとニキの新婚旅行、神託と灰色の髪の少年 機械仕掛けの神話〜ギリシャ神話〜、アンドロメダ号で女子会を、さよなら私の兵馬俑 機械仕掛けの神話、海の女神と旅立つ船、O 環状結界都市 → 大阪環状結界都市
 杉山小弥花 - 明治失業忍法帖、当世白浪気質
 鈴木志保 - パレードはどこへ行くの?
 晴十ナツメグ - 九龍葬査回奇録
 関根美有 - タピシエール
 たうみまゆ - 探偵はサウナで謎をととのえる（原作：吉岡梅）：2022年2月号 - 2023年6月号
 高城玲 - アナトミア〜解剖してわかったことだが、人間は必ず死ぬようにできている〜：2022年9月号 - →『月刊プリンセス』に移籍
 高瀬理恵 - ヴィエンナ・コネクション
 高階良子 - 新マジシャン、幻想夜話シリーズ、-クロノス- 漆黒の神話、デスハウス–死の家–、モンスター殺人事件、よろず幻夜館、妖しの森の幻夜館、眠れる荊棘の… ネムレルイバラノ、70年目の告白〜毒とペン〜：2020年8月号 -
 高橋美由紀 - 9番目のムサシ（※『きらら16』より移籍）、9番目のムサシ ミッション・ブルー、9番目のムサシ レッドスクランブル、9番目のムサシ サイレントブラック
 崇山祟 - Gペンマジック のぞみとかなえ：2020年9月号 -
 橘ミズキ - 後宮香妃物語（原作：伊藤たつき、キャラクター原案：カスカベアキラ）→『月刊プリンセス』に移籍
 手代木史織 - キーリ
 D・キッサン - 告別にはまだ早い
 遠野由来子 - 群青のアンサンブル → 群青のアンサンブル 〜2年3組の生徒たち〜
 東山むつき - 炎人、炎人 UNDERWORLD
 中川真琴 - 約束の国、あなたに花を
 中村理恵 - ひみつの月
 永久保貴一 - 変幻退魔夜行 カルラ舞う! 葛城の古代神、変幻退魔夜行 カルラ舞う! 【外伝 安倍晴明編】、「カルラ舞う!」式 開運巡礼、変幻退魔夜行 カルラ舞う! 【湖国幻影城】、咲良の居酒屋歳時奇
 奈々巻かなこ - イーフィの植物図鑑、夜市（よいち）（原作：恒川光太郎『夜市』角川ホラー文庫）、神域のシャラソウジュ〜少年平家物語〜：2020年3月号 -
 にしうら染 - モネのキッチン 印象派のレシピ：2017年7月号 - 2019年4月号
 布浦翼 - やんやんここやん〜かわいくなるお薬〜
 根本尚 - 恐怖博士の研究室、衆議院議員日本一
 野間美由紀 - 新パズルゲーム☆はいすくーる、パズルゲーム☆はいすくーるX、パズルゲーム☆プレステージ、パズルゲーム☆ミステール
 原作・監修：縹けいか、作画：兼宗 - ファタモルガーナの館-あなたの瞳を閉ざす物語-
 浜田翔子 - 異世界王子、〜ダークハンター 放課後のふたり〜、ダークハンター 碧ク光ル、 転生したらピンクドラゴン
 林美里 - ピジョン・プラン
 藤田あつ子 - 煌如星シリーズ
 藤田まる美 - 微 超能力部! 
 マキノマキ - 大家不動産の優良事故物件：2020年1月号 -
 松永江莉子 - オレは篠崎ハルカが嫌いだ、盗賊王子とアラビアの姫君
 幹本ヤエ - 十十虫は夢を見る
 魅月乱 - あがりたる世と蜘蛛御前
 室長サオリ - ひとっこひとり百鬼の里
 森山真臣乳 → 森山まみち - 銀のノルタルヂア－イーハトーブ幻想童話集－
 八瀬惣子 - 虹の大陸のシュリ
 山田也 - 203号室の尽子さん
 結賀さとる - 九 neuntöte
 湯口聖子 - 夢語りシリーズ
 由多ちゆ - 独法師と嘘つき
 和田慎二 - Lady Midnight、傀儡師リン