保健所（ほけんしょ、ほけんじょとも言う）とは、地域住民の健康や衛生を支える公的機関の一つであり、地域保健法に基づき都道府県、政令指定都市、中核市、その他指定された市（保健所政令市）、特別区（東京23区）が設置する。

概要 
1938年（昭和13年）に保健所の設置が始まった当初は、国民、殊に農村の保健生活を向上させることを目的として無料の健康相談、保健相談に応じるほか衛生思想の普及、栄養食の改善、料理講習会、食品の腐敗防止、住宅改善の相談、学校給食、子供服の相談など幅広い業務を担うこととされていた。配置される職員は医師2人、薬剤師2人、看護婦3人、衛生指導員3人、書記1人を最小限の人員数とした。こうした目的や体制は戦中、戦後の社会情勢の変化を通じて大きく変化した。

近年では市町村保健センター、福祉事務所などと統合され「保健福祉事務所」「福祉保健所」「保健福祉センター」「健康福祉センター」といった名称となっている場合もあるが、地域保健法に基づき保健所を設置する必要があることから、その地方公共団体の組織規定上は○○保健所という名称も併せて付けている場合が多い。また、政令指定都市・中核市・保健所政令市において、とくに保健所を一つのみ設置している場合には、本庁の保健、衛生を所掌する部局と保健所が一体化している場合も多い。一方、全国の保健所の数は1989年（平成元年）の848から2020年の469まで統廃合が進んでいる。

新型コロナウイルスの影響により、公衆衛生業務を専門的見地から担う「保健所」の重要性、専門性、存在意義が改めて求められることとなったが、前述のとおり自治体による組織統合等によって、「保健福祉事務所」「保健福祉環境センター」等のように他の業務も包括した「二枚看板」の組織改編を進めてきた結果、名称が市町村設置の「保健センター」と区別が付きにくい実情を生んでしまった。住民からは「保健所とはどこにあるのか」「有事の際に、保健所が別名称を冠しているのはどうなのか」といった声もある。児童相談所も、他の業務と統合した「総合福祉センター」等と組織統合が進んでおり、これと同様の問題とも言える。児童相談所、保健所といった国民生活に直結する行政機関は、有事の際に備えて、全国統一で「保健所」という組織名称の標榜を義務化するべきとの意見もある。

沿革 
 1937年（昭和12年）4月5日 : 保健所法公布、7月15日施行。
 1938年（昭和13年）
 1月11日 - 内務省から分離して厚生省設立
 3月24日 - 東日本18ヶ所、西日本35ヶ所に保健所を開設。この時の計画では1942年までに全国550ヶ所に設置される予定であった。
 1947年（昭和22年）9月5日 : 保健所法改正
 1994年（平成6年）6月30日 : 地域保健対策強化のための関係法律の整備に関する法律（保健所法の地域保健法への改正および関連法の改正を目的）制定
 1997年（平成9年）4月1日 : 地域保健法施行

業務 

保健所の業務は大別すると対人保健と対物保健に分けられる。

 対人保健(住民に対するもの)
 一般に保健指導または保健サービスと呼ばれる分野で、母子保健や老人保健など一般的なものは市町村保健センターに任せ、保健所は災害医療や感染症、精神保健など、専門的・広域的な業務に特化している場合が多い。ただし、中核市や政令指定都市、特別区などは保健所設置主体と一致するため、保健所がかなり詳細な部分まで行っている例もある。

 対物保健(地域に関するもの)
 一般に生活衛生と呼ばれ、食品衛生、獣医衛生、環境衛生及び医事・薬事衛生の4分野からなる。これらは営業許可や立ち入り検査、違反施設に対する営業停止など、いわゆる「権力行政」としての権限を多く持っている。対応する法律により資格が規定されており、食品衛生監視員、狂犬病予防員、動物愛護担当職員、環境衛生監視員、医療監視員、薬事監視員がそれぞれの業務を受け持つ。

具体的な業務の例 
保健所の業務を例示すると次のような多様な業務の全部又は一部を行っている。

 地域保健に関する思想の普及及び向上に関する事項等
 健康日本21に関すること。
 人口動態統計その他地域保健に係る統計に関する事項
 栄養の改善及び食品衛生に関する事項
 調理師及び製菓衛生師免許交付手続き。
 食品の製造、流通、調理及び販売施設・卸売市場・集団給食施設(飲食店など)に対する営業許可及び監視指導、諸届出の受理。
 イベントなどで食品を取り扱う場合の相談。
 食品に関する苦情相談の受付。
食品や容器包装等の収去（抜き取り）検査。
 食中毒について、医師からの報告の受理（食品衛生法第58条）。
 食中毒の原因調査、及び食中毒予防のための普及啓発活動。
 化製場等に関する法律に基づく事務。
 社会福祉施設(老人ホームなど)や特定給食施設(学校給食センターなど)に対する栄養指導。
 住宅、水道、下水道、廃棄物の処理、清掃その他の環境の衛生に関する事項
 上水道等水道の諸届出の受理、立入検査、指導。
 河川や井戸、プールなどの水質検査。
 公害対策（大気汚染、水質汚濁、土壌汚染など）。
 美容所、理容所、クリーニング所、旅館（ホテルなど宿泊施設全般）、興行場（映画館、劇場）、公衆浴場の営業許可及び監視指導。
 動物の管理についての相談。
 動物取扱業（ペットショップなど）の登録（動物愛護法）。
 狂犬病について獣医師からの届出の受理（狂犬病予防法第8条）。
 野犬・野良猫等の管理及び殺処分、引き取り先の募集（里親募集）。
 地域猫に関すること。
 医療及び薬事に関する事項
 医療関係免許（医師、歯科医師、看護師、薬剤師、栄養士など）申請の受付窓口。
 医薬品販売業、毒劇物販売業の許可・登録等。
 病院、診療所、施術所、薬局などの開設許可及び苦情処理等。
 医療法に基づく医療監視(医療機関への立ち入り検査)。
 保健師に関する事項
 市町村保健師等への教育や研修、指導、相談など。
 公共医療事業の向上及び増進に関する事項
 災害時に災害医療コーディネーターを介して、所管地域内のDMAT等の救護班へ指示・調整を行う 。
 母性及び乳幼児並びに老人の保健に関する事項
 母子健康手帳の交付、妊婦健康診査、乳幼児健康診査及び相談の受付。
 介護予防健診、介護予防事業に関すること（健康増進法）
 歯科保健に関する事項
 8020運動に関すること。
 精神保健に関する事項
 精神保健に関する相談の受付。
 措置入院について、通報・申請の受理及び入院の決定(精神保健福祉法29条)(覊束裁量)。
 医療保護入院、応急入院について精神科病院からの届出の受理。
 治療法の確立していない疾病その他の特殊の疾病により長期に療養を必要とする者の保健に関する事項
 難病対策（難病法）。
 エイズ、結核、性病、伝染病その他の疾病の予防に関する事項
 エイズの検査、相談、啓発。
 第1～4類感染症および指定感染症について、医師からの届出の受理（感染症法第12条）及び入院の勧告。
 発熱相談センターの設置。
 ガンや生活習慣病の集団検診。
 衛生上の試験及び検査に関する事項
 その他地域住民の健康の保持および増進に関する事項
 保健師による健康への相談、アドバイス、一般的な健康診断。

法律上の保健所

建築物衛生法における保健所 
建築物衛生法3条に規定されている。
 環境衛生上の正しい知識の普及に図ること。
 環境衛生上の相談に応じ、環境衛生上必要な指導を行うこと。

児童福祉法における保健所 
 児童の保健について、正しい衛生知識の普及を図ること。
 児童の健康相談に応じ、又は健康診査を行い、必要に応じ、保健指導を行うこと。
 身体に障害のある児童及び疾病により長期にわたり療養を必要とする児童の療育について、指導を行うこと。
 児童福祉施設に対し、栄養の改善その他衛生に関し、必要な助言を与えること。

地域保健法における保健所 
地域保健法第6条により、保健所は、次の事項に係る企画、調整、指導などの事業を行うこととされている。
 地域保健に関する思想の普及及び向上に関する事項
 人口動態統計その他地域保健に係る統計に関する事項
 栄養の改善及び食品衛生に関する事項
 住宅、水道、下水道、廃棄物の処理、清掃その他の環境の衛生に関する事項
 医療及び薬事に関する事項
 保健師に関する事項
 公共医療事業の向上及び増進に関する事項
 母性及び乳幼児並びに老人の保健に関する事項
 歯科保健に関する事項
 精神保健に関する事項
 治療法の確立していない疾病その他の特殊の疾病により長期に療養を必要とする者の保健に関する事項
 エイズ、結核、性病、伝染病その他の疾病の予防に関する事項
 衛生上の試験及び検査に関する事項
 その他地域住民の健康の保持および増進に関する事項

職員 
地域保健法施行令第5条第1項により、「保健所には、医師、歯科医師、薬剤師、獣医師、保健師、助産師、看護師、診療放射線技師、臨床検査技師、衛生検査技師、管理栄養士、栄養士、歯科衛生士、統計技術者、その他保健所の業務を行うために必要な者のうち、当該保健所を設置する法第5条第1項に規定する地方公共団体の長が必要と認める職員を置くものとする。」とされている。

その他保健所の業務を行うために必要な者とは、保健所の業務を担うために必要な任用資格を有する職員として、薬事監視員、食品衛生監視員、環境衛生監視員、医療監視員、狂犬病予防員などがある。

保健所の所長 
地域保健法施行令第4条第1項では、保健所の所長とは保健所の医師であって、次の各号のいずれかに該当する技術吏員でなければならないとされている。
 3年以上公衆衛生の実務に従事した経験がある者
 厚生労働省組織令（平成12年政令第252号）第135条に規定する国立保健医療科学院の行う養成訓練の課程（現行1年、平成19年度までの例外規定で3か月コースあり）を経た者
 厚生労働大臣が、第2号に掲げる者と同等以上の技術又は経験を有すると認めた者（健康局長通知では「外国において、養成訓練課程に準じる課程を修了し公衆衛生修士 (MPH、MSPH) の学位を取得した者」とある。国内の公衆衛生大学院は対象となっていない）

ただし、地域保健法施行令第4条第2項では「地方公共団体の長が医師をもつて保健所の所長に充てることが著しく困難であると認めるときは、2年以内の期間を限り、次の各号のいずれにも該当する医師でない技術吏員をもつて保健所の所長に充てることができる。」とも定められている。
 厚生労働大臣が、公衆衛生行政に必要な医学に関する専門的知識に関し医師と同等以上の知識を有すると認めた者
 5年以上公衆衛生の実務に従事した経験がある者
 養成訓練課程を経た者

健康局長通知によると「厚生労働大臣が、公衆衛生行政に必要な医学に関する専門的知識に関し医師と同等以上の知識を有すると認めた者」とは、国立保健医療科学院教育訓練規程第5条第4項第1号に定める者と同等以上の学力を有すると国立保健医療科学院長が認め、「専門課程Ⅰ」の受講資格を得た者とされ、これを認めるに当たっては、国立保健医療科学院において、次に掲げる出題範囲の試験を行うとされる。

医師国家試験出題基準における
 必修の基本的事項に関する事柄
 医学総論に関する事柄
 医学各論のうち
 ア 健康危機管理関係業務を行う際に必要な感染症、精神疾患、中毒及び外因による疾患に関する事柄
 イ 健康増進関係業務を行う際に必要な主要な生活習慣病（悪性新生物、脳血管疾患、心疾患及び糖尿病）及び関連疾患に関する事柄
 ウ その他、公衆衛生行政（特定疾患、小児慢性疾患等の申請を含む）において関与する可能性の高い疾患に関する事柄

保健所の一覧 
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