ウイルスの分類（ウイルスのぶんるい）は、生物の分類と同様に常に議論が続けられていくものである。これまでに宿主や症状、伝染方法、ウイルス粒子の形状などを基準に分類されてきたが、今日ではウイルスに含まれる核酸の型と、その発現形式に重点を置く分類が広く用いられるようになっている。これはウイルスによる逆転写を発見した功績でノーベル生理学・医学賞を受賞したデビッド・ボルティモアによって提案され、現在では国際ウイルス分類委員会の定める分類体系の基本骨格となっている。

ボルティモア分類 

通常の細胞性の生物は2本鎖DNAに遺伝情報を保存しているが、2本のうちの1本は冗長である。ウイルスの場合にはゲノムは1本鎖であったり2本鎖であったりする。またDNAではなくRNAを用いている場合もある。1本鎖RNAを用いる場合には、さらに+鎖（mRNAと同様に遺伝子が5'→3'方向に読み取られる）を用いる場合と、-鎖（遺伝子が相補鎖を使って3'→5'方向に読み取られる）を用いる場合がある。ボルティモア分類とは、こうしたゲノムの種類と発現様式によってウイルスを以下の7群に分類するものである。

 2本鎖DNAウイルス (dsDNA)
 1本鎖DNAウイルス (ssDNA)
 2本鎖RNAウイルス (dsRNA)
 1本鎖+鎖RNAウイルス ((+)ssRNA)
 1本鎖-鎖RNAウイルス ((−)ssRNA)
 1本鎖RNA逆転写ウイルス (ssRNA-RT)
 2本鎖DNA逆転写ウイルス (dsDNA-RT)

分類階級 
国際ウイルス分類委員会 (ICTV) による分類体系では、まずボルティモアによる7群に分けた上で、その中を通常の生物のものと似た分類階級を用いて階層的に分類している。またウイロイドなどについても同様の階層分類を行っている。

ウイルスの分類階級は以下で、それぞれの学名は括弧内に示す統一語尾を与えられる。生物種の学名とは異なり、。

このうちICTVが取り仕切るのは、2003年時点では、「科」から「種」までである。「株名」は発見機関、発見者が独自に決めてよい。

「科名」「属名」「種名」は正式名称として確立したときに「大文字で始まるイタリック体」で記述する。

。国際ウイルス分類委員会の報告書第8版（2005年）では73科約2000種のうち、10科が3目に所属しているだけで、それ以外のほとんどの科は目に所属していなかった。

その後、目から上位の域（レルム）まで使用されるようになり、2019年のICTV発表では4域 (realm)、9界 (kingdom)、16門 (phylum)、8亜門 (subphylum)、36綱 (class)、55目 (order)、8亜目 (suborder)、168科 (family)、103亜科(subfamily)、1421属 (genus)、68亜属 (subgenus)、6590種 (species)である。

国際ウイルス分類委員会の分類体系 
国際ウイルス分類委員会の報告書第8版（2005年）の体系を示す。第1群と第2群と第7群はDNAウイルスとして考えられており、その他はすべてRNAウイルスである。また、第1群に分類されている階層不明の巨大核質DNAウイルス (Nucleocytoplasmic large DNA viruses) は、真の生物であり、それも新たなドメインを構成するものである可能性も示唆されている。

第1群 (Group I) - 2本鎖DNA 
 カウドウイルス目
 
 
 オートグラフィウイルス亜科 (Autographivirinae)
 
 パントエアファージライムライト (Pantoea phage Limelight)
 パントエアファージライムゼロ (Pantoea phage Limezero)
 シュードモナスファージLKA1 (Pseudomonas phage LKA1)
 シュードモナスファージphiKMV (Pseudomonas phage phiKMV)
 Sp6様ウイルス属 (Sp6likevirus)
 腸内細菌ファージK5 (Enterobacteria phage K5)
 腸内細菌ファージK1-5 (Enterobacteria phage K1-5)
 腸内細菌ファージK1E (Enterobacteria phage K1E)
 腸内細菌ファージSP6 (Enterobacteria phage SP6)
 エルビニア・アミロ ボーラファージEra103 (Erwinia amylovora phage Era103)
 T7様ウイルス属 (T7likevirus)
 腸内細菌ファージT7 (Enterobacteria phage T7)
 クライベラファージKvp1 (Kluyvera phage Kvp1)
 シュードモナスファージgh-1 (Pseudomonad phage gh-1)
 属未割当(Unassigned)
 プロクロロコッカスファージP-SSP7 (Prochlorococcus phage P-SSP7)
 シネココッカスファージP60 (Synechococcus phage P60)
 シネココッカスファージsyn5 (Synechococcus phage syn5)
 ピコウイルス亜科 (Picovirinae)
 Ahjd様ウイルス属 (Ahjdlikevirus)
 ストレプトコッカスファージ44AHJD (Staphylococcus phage 44AHJD)
 ストレプトコッカスファージC1 (Streptococcus phage C1)
 Phi29様ウイルス属 (Phi29likevirus)
 バシラスファージB103 (Bacillus phage B103)
 バシラスファージGA-1 (Bacillus phage GA-1)
 バシラスファージphi29 (Bacillus phage phi29)
 クルチアファージ6 (Kurthia phage 6)
 属未割当(Unassigned)
 アクチノマイセスファージAv-1 (Actinomyces phage Av-1)
 マイコプラズマファージP1 (Mycoplasma phage P1)
 ストレプトコッカスファージCp-1 (Streptococcus phage Cp-1)
 亜科未割当(Unassigned)
 Bppuna様ウイルス属 (Bppunalikevirus)
 ボルデテラファージBPP-1 (Bordetella phage BPP-1)
 バークホルデリアファージBcepC6B (Burkholderia phage BcepC6B)
 Epsilon15様ウイルス属 (Epsilon15likevirus)
 エシェリヒアファージPhiV10 (Escherichia phage PhiV10)
 サルモネラファージepsilon15 (Salmonella phage epsilon15)
 Luz24様ウイルス属 (Luz24likevirus)
 シュードモナスファージLUZ24 (Pseudomonas phage LUZ24)
 シュードモナスファージPaP3 (Pseudomonas phage PaP3)
 N4様ウイルス属 (N4likevirus)
 エシェリヒアファージN4 (Escherichia phage N4)
 P22様ウイルス属 (P22likevirus)
 腸内細菌ファージP22 (Enterobacteria phage P22)
 サルモネラファージHK620 (Salmonella phage HK620)
 サルモネラファージST64T (Salmonella phage ST64T)
 シゲラファージSf6 (Shigella phage Sf6)
 Phieco32様ウイルス属 (Phieco32likevirus)
 腸内細菌ファージPhieco32 (Enterobacteria phage Phieco32)
 属未割当(Unassigned)
 細胞内共生ファージAPSE-1 (Endosymbiont phage APSE-1)
 ラクトコッカスファージKSY1 (Lactococcus phage KSY1)
 フォルミディウムファージPf-WMP3 (Phormidium phage Pf-WMP3)
 フォルミディウムファージPf-WMP4 (Phormidium phage Pf-WMP4)
 シュードモナスファージ119X (Pseudomonas phage 119X)
 シュードモナスファージF116 (Pseudomonas phage F116)
 ロゼオバクターファージSIO1 (Roseobacter phage SIO1)
 ビブリオファージVpV262 (Vibrio phage VpV262)
 サイフォウイルス科
 C2様ウイルス属 (C2likevirus)
 ラクトコッカスファージbIL67 (Lactococcus phage bIL67)
 ラクトコッカスファージc2 (Lactococcus phage c2)
 L5様ウイルス属 (L5likevirus)
 マイコバクテリウムファージD29 (Mycobacterium phage D29)
 マイコバクテリウムファージL5 (Mycobacterium phage L5)
 ラムダ様ウイルス属 (Lambdalikevirus)
 腸内細菌ファージHK022 (Enterobacteria phage HK022)
 腸内細菌ファージHK97 (Enterobacteria phage HK97)
 腸内細菌ファージlambda (Enterobacteria phage lambda)
 N15様ウイルス属 (N15likevirus)
 腸内細菌ファージN15 (Enterobacteria phage N15)
 Phic3una様ウイルス属 (Phic3unalikevirus)
 ストレプトマイセスファージphiC31 (Streptomyces phage phiC31)
 Psimuna様ウイルス属 (Psimunalikevirus)
 メタノバクテリウムファージpsiM1 (Methanobacterium phage psiM1)
 Spbeta様ウイルス属 (Spbetalikevirus)
 バシラスファージSPbeta (Bacillus phage SPbeta)
 T5様ウイルス属 (T5likevirus)
 腸内細菌ファージT5 (Enterobacteria phage T5)
 エシェリヒアファージAkfv33 (Escherichia phage Akfv33)
 エシェリヒアファージBf23 (Escherichia phage Bf23)
 エシェリヒアファージEps7 (Escherichia phage Eps7)
 エシェリヒアファージH8 (Escherichia phage H8)
 エシェリヒアファージT5 (Escherichia phage T5)
 サルモネラファージSpc35 (Salmonella phage Spc35)
 ビブリオフ149(IV型) (Vibrio phage 149 (type IV))
 Tuna様ウイルス属 (Tunalikevirus)
 クロノバクターEsp2949-1 (Cronobacter phage Esp2949-1)
 腸内細菌ファージF20 (Enterobacter phage F20)
 腸内細菌ファージT1 (Enterobacteria phage T1)
 エシェリヒアファージEb49 (Escherichia phage Eb49)
 エシェリヒアファージJk06 (Escherichia phage Jk06)
 エシェリヒアファージRogue1 (Escherichia phage Rogue1)
 エシェリヒアファージRtp (Escherichia phage Rtp)
 エシェリヒアファージTls (Escherichia phage Tls)
 シゲラファージShfl1 (Shigella phage Shfl1)
 Yua様ウイルス属 (Yualikevirus)
 ファージphiJl001 (Phage phiJl001)
 シュードモナスファージM6 (Pseudomonas phage M6)
 シュードモナスファージYua (Pseudomonas phage Yua)
 ヘルペスウイルス目 (Herpesvirales)
 アロヘルペスウイルス科 (Alloherpesviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 カエルウイルス属 (Batrachovirus)
 アカガエルヘルペスウイルス1型 (Ranid herpesvirus 1)
 アカガエルヘルペスウイルス2型 (Ranid herpesvirus 2)
 コイウイルス属 (Cyprinivirus)
 ウナギヘルペスウイルス (Anguillid herpesvirus 1)
 コイヘルペスウイルス1型 (Cyprinid herpesvirus 1)
 コイヘルペスウイルス2型 (Cyprinid herpesvirus 2)
 コイヘルペスウイルス3型 (Cyprinid herpesvirus 3)
 アメリカナマズウイルス属 (Ictalurivirus)
 チョウザメヘルペスウイルス2型 (Acipenserid herpesvirus 2)
 アメリカナマズヘルペスウイルス1型 (Ictalurid herpesvirus 1)
 アメリカナマズヘルペスウイルス2型 (Ictalurid herpesvirus 2)
 サケウイルス属 (Salmonivirus)
 サケヘルペスウイルス1型 (Salmonid herpesvirus 1)
 サケヘルペスウイルス2型 (Salmonid herpesvirus 2)
 サケヘルペスウイルス3型 (Salmonid herpesvirus 3)
 ヘルペスウイルス科 (Herpesviridae)
 アルファヘルペスウイルス亜科 (Alphaherpesvirinae)
 イルトウイルス属 (Iltovirus)
 トリヘルペスウイルス1型 (Gallid herpesvirus 1)
 オウムヘルペスウイルス1型 (Psittacid herpesvirus 1)
 マルディウイルス属 (Mardivirus)
 カモヘルペスウイルス1 (Anatid herpesvirus 1)
 ハトヘルペスウイルス1型 (Columbid herpesvirus 1)
 トリヘルペスウイルス2型 (Gallid herpesvirus 2)
 トリヘルペスウイルス3型 (Gallid herpesvirus 3)
 シチメンチョウヘルペスウイルス1 (Meleagrid herpesvirus 1)
 スクータウイルス属 (Scutavirus)
 ウミガメヘルペスウイルス5型 (Chelonid herpesvirus 5)
 単純ウイルス属 (Simplexvirus)
 クモザルヘルペスウイルス1型 (Ateline herpesvirus 1)
 ウシヘルペスウイルス2型 (Bovine herpesvirus 2)
 オナガザルヘルペスウイルス2型 (Cercopithecine herpesvirus 2)
 単純ヘルペスウイルス1型(Human herpesvirus 1)（学名：HHV-1）(HSV-1：herpes simplex virus-1)
 単純ヘルペスウイルス2型 (Human herpesvirus 2)（学名：HHV-2） (HSV-2：herpes simplex virus-2)
 ウサギヘルペスウイルス4型 (Leporid herpesvirus 4)
 Bウイルス (Macacine herpesvirus 1)
 カンガルーヘルペスウイルス1型 (Macropodid herpesvirus 1)
 カンガルーヘルペスウイルス2型 (Macropodid herpesvirus 2)
 ヒヒヘルペスウイルス2型 (Papiine herpesvirus 2)
 リスザルヘルペスウイルス1型 (Saimiriine herpesvirus 1)
 属未割当(Unassigned)
 ウミガメヘルペスウイルス6型 (Chelonid herpesvirus 6)
 ワリセロウイルス属 (Varicellovirus)
 ウシヘルペスウイルス1型 (Bovine herpesvirus 1)
 ウシヘルペスウイルス5型 (Bovine herpesvirus 5)
 スイギュウヘルペスウイルス1型 (Bubaline herpesvirus 1)
 イヌヘルペスウイルス1型 (Canid herpesvirus 1)
 ヤギヘルペスウイルス1型 (Caprine herpesvirus 1)
 オナガザルヘルペスウイルス9型 (Cercopithecine herpesvirus 9)
 シカヘルペスウイルス1型 (Cervid herpesvirus 1)
 シカヘルペスウイルス2型 (Cervid herpesvirus 2)
 ウマヘルペスウイルス1型 (Equid herpesvirus 1)
 ウマヘルペスウイルス3型 (Equid herpesvirus 3)
 ウマヘルペスウイルス4型 (Equid herpesvirus 4)
 ウマヘルペスウイルス8型 (Equid herpesvirus 8)
 ウマヘルペスウイルス9型 (Equid herpesvirus 9)
 ネコヘルペスウイルス1型 (Felid herpesvirus 1)
 水痘・帯状疱疹ウイルス (Human herpesvirus 3)
 アザラシヘルペスウイルス1型 (Phocid herpesvirus 1)
 ブタヘルペスウイルス1型 (Suid herpesvirus 1)
 ベータヘルペスウイルス亜科 (Betaherpesvirinae)
 サイトメガロウイルス属 (学名：HHV-5)(Cytomegalovirus)
 ヨザルヘルペスウイルス1型 (Aotine herpesvirus 1)
 オマキザルヘルペスウイルス1型 (Cebine herpesvirus 1)
 アフリカミドリザルヘルペスウイルス5型 (Cercopithecine herpesvirus 5)
 ヒトヘルペスウイルス5型 (Human herpesvirus 5)
 マカクヘルペスウイルス3型 (Macacine herpesvirus 3)
 Panine herpesvirus 2
 ヒヒヘルペスウイルス3型 (Papiine herpesvirus 3)
 リスザルヘルペスウイルス4型 (Saimiriine herpesvirus 4)
 ムロメガロウイルス属 (Muromegalovirus)
 ネズミヘルペスウイルス1型 (Murid herpesvirus 1)
 ネズミヘルペスウイルス2型 (Murid herpesvirus 2)
 ネズミヘルペスウイルス8型 (Murid herpesvirus 8)
 プロボスシウイルス属 (Proboscivirus)
 ゾウヘルペスウイルス1型 (Elephantid herpesvirus 1)
 ロゼオロウイルス属 (Roseolovirus)
 ヒトヘルペスウイルス7型 (Human herpesvirus 7)（学名：HHV-7）（突発性発疹）
 ヒトヘルペスウイルス6A型 (Human herpesvirus 6A)（学名：HHV-6A）（突発性発疹）
 ヒトヘルペスウイルス6B型 (Human herpesvirus 6B)（学名：HHV-6B）（突発性発疹）
 属未割当(Unassigned)
 テンジクネズミヘルペスウイルス2型 (Caviid herpesvirus 2)
 ブタヘルペスウイルス2型 (Suid herpesvirus 2)
 ツパイヘルペスウイルス1型 (Tupaiid herpesvirus 1)
 ガンマヘルペスウイルス亜科 (Gammaherpesvirinae)
 リンホクリプトウイルス属 (Lymphocryptovirus)
 マーモセットヘルペスウイルス3型 (Callitrichine herpesvirus 3)
 オナガザルヘルペスウイルス14型 (Cercopithecine herpesvirus 14)
 ゴリラヘルペスウイルス1型 (Gorilline herpesvirus 1)
 エプスタイン・バール・ウイルス (Human herpesvirus 4) (EBV：Epstein-Barr virus) （伝染性単核球症、バーキットリンパ腫）
 マカクヘルペスウイルス4型 (Macacine herpesvirus 4)
 Panine herpesvirus 1
 ヒヒヘルペスウイルス1型 (Papiine herpesvirus 1)
 オランウータンヘルペスウイルス2型 (Pongine herpesvirus 2)
 マカウイルス属 (Macavirus)
 ハーテビーストヘルペスウイルス1型 (Alcelaphine herpesvirus 1)
 ハーテビーストヘルペスウイルス2型 (Alcelaphine herpesvirus 2)
 ウシヘルペスウイルス6型 (Bovine herpesvirus 6)
 ヤギヘルペスウイルス2型 (Caprine herpesvirus 2)
 ブルーバックヘルペスウイルス1型 (Hippotragine herpesvirus 1)
 ヒツジヘルペスウイルス2型 (Ovine herpesvirus 2)
 ブタヘルペスウイルス3型 (Suid herpesvirus 3)
 ブタヘルペスウイルス4型 (Suid herpesvirus 4)
 ブタヘルペスウイルス5型 (Suid herpesvirus 5)
 ペルカウイルス属 (Percavirus)
 ウマヘルペスウイルス2型 (Equid herpesvirus 2)
 ウマヘルペスウイルス5型 (Equid herpesvirus 5)
 イタチヘルペスウイルス1型 (Mustelid herpesvirus 1)
 ラディノウイルス属 (Rhadinovirus)
 クモザルヘルペスウイルス2型 (Ateline herpesvirus 2)
 クモザルヘルペスウイルス3型 (Ateline herpesvirus 3)
 ウシヘルペスウイルス4型 (Bovine herpesvirus 4)
 キヌゲネズミヘルペスウイルス2型 (Cricetid herpesvirus 2)
 カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス (Human herpesvirus 8)(KSHV：Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus)
 マカクヘルペスウイルス5型 (Macacine herpesvirus 5)
 ネズミヘルペスウイルス4型 (Murid herpesvirus 4)
 ネズミヘルペスウイルス7型 (Murid herpesvirus 7)
 リスザルヘルペスウイルス2型 (Saimiriine herpesvirus 2)
 属未割当(Unassigned)
 ウマヘルペスウイルス7型 (Equid herpesvirus 7)
 アザラシヘルペスウイルス2型 (Phocid herpesvirus 2)
 サグイーナインヘルペスウイルス1型 (Saguinine herpesvirus 1)
 亜科未割当(Unassigned)
 属未割当(Unassigned)
 イグアナヘルペスウイルス2型 (Iguanid herpesvirus 2)
 マラコヘルペスウイルス科 (Malacoherpesviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 アウリウイルス属 (Aurivirus)
 (Haliotid herpesvirus 1)
 イタボガキウイルス属 (Ostreavirus)
 イタボガキヘルペスウイルス1型 (Ostreid herpesvirus 1)
 目未帰属
 アデノウイルス科 (Adenoviridae) - 呼吸器疾患、ある動物では腫瘍を引き起こすものがある.
 亜科未割当(Unassigned)
 マストアデノウイルス属 (Genus：Mastadenovirus) （哺乳動物に感染するアデノウイルス）
 ヒトアデノウイルス (Human adenovirus)
 パピローマウイルス科 (Papillomaviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 パピローマウイルス属 (Papillomavirus)
 ヒトパピローマウイルス（ヒト乳頭腫ウイルス） (Human papillomavirus：HPV)
 ポリオーマウイルス科 (Polyomaviridae)
 ポリオーマウイルス属 (Polyomavirus)
 JCポリオーマウイルス (Polyomavirus JC) 
 BKポリオーマウイルス (Polyomavirus BK)
 ヒトポリオーマウイルス (Human polyomavirus)
 アフリカミドリザルポリオーマウイルス (African green monkey polyomavirus:AGMPyV)
 シミアンウイルス12 (Simian virus 12:SV-12)
 シミアンウイルス40 (Simian virus 40:SV-40)
 巨大核質DNAウイルス (Nucleocytoplasmic large DNA viruses)
 アスファウイルス科 (Asfarviridae)
 アフリカ豚熱ウイルス (African swine fever virus)
 アスコウイルス科 (Ascoviridae)
 アスコウイルス (Ascovirus)
 イリドウイルス科 (Iridoviridae)
 ラナウイルス(Ranavirus)
 カエルウイルス3 (Frog virus 3)
 流行性造血器壊死ウイルス (epizootic haematopoietic necrosis virus)
 ヨーロッパナマズウイルス (European catfish virus)
 リンホシスチスウイルス属 (Lymphocystivirus)
 ヒラメリンホシスチス病ウイルス (Lymphocystis disease virus 1)
 コガレイリンホシスチス病ウイルス (Lymphocystis disease virus 2)
 メガロシスチスウイルス属 (Megalocytivirus)
 伝染性脾臓腎臓壊死ウイルス (Infectious spleen and kidney necrosis virus)
 Marseilleviridae
 Marseillevirus
 メガウイルス科
 メガウイルス属
 メガウイルス・キレンシス (Megavirus chilensis)
 ミミウイルス科 (Mimiviridae)
 Cafeteria roenbergensis virus
 Courdovirus
 Lentille virus
 ママウイルス (Mamavirus)
 ミミウイルス属 (Mimivirus)
 ミミウイルス (Acanthamoeba polyphaga mimivirus)
 Moumouvirus
 Terravirus 1
 Terravirus 2
 パンドラウイルス科 (Pandoraviridae)
 パンドラウイルス属 (Pandoravirus)
 パンドラウイルス・ドゥルキス (Pandoravirus dulcis)
 パンドラウイルス・サリヌス (Pandoravirus salinus)
 Phycodnaviridae
 Chlorovirus
 Coccolithovirus
 Emiliania huxleyi virus 84
 Emiliania huxleyi virus 86
 Emiliania huxleyi virus 88
 Emiliania huxleyi virus 99B1
 Emiliania huxleyi virus 163
 Emiliania huxleyi virus 201
 Emiliania huxleyi virus 202
 Emiliania huxleyi virus 203
 Emiliania huxleyi virus 207
 Emiliania huxleyi virus 208
 Prasinovirus
 Prymnesiovirus
 Phaeovirus
 Raphidovirus
 ポックスウイルス科 (Poxviridae)
 Chordopoxvirinae
 オルソポックスウイルス属 (Orthopoxvirus)
 天然痘ウイルス (Variola virus)
 ワクチニアウイルス (Vaccinia virus)
 牛痘ウイルス (Cowpox virus)
 サル痘ウイルス (Monkeypox virus)
 ラクダ痘ウイルス (Camelpox virus)
 エクトロメリアウイルス (Ectromelia virus)
 パラポックスウイルス属 (Parapoxvirus)
 オルフウイルス (Orf virus)
 ウシ丘疹性口炎ウイルス (Bovine papular stomatitis virus)
 Avipoxvirus
 鶏痘ウイルス (Fowlpox virua)
 カナリア痘ウイルス (Canarypox virus)
 Capripoxvirus
 ヒツジ痘ウイルス (Sheeppox virus)
 ヤギ痘ウイルス (Goatpox virus)
 塊皮病ウイルス (Lumpy skin disease virus)
 Leporipoxvirus
 粘液腫ウイルス (Myxoma virus)
 ウサギ線維腫ウイルス (Rabbit fibroma virus)
 Genus Suipoxvirus
 豚痘ウイルス (Swinepox virus)
 Molluscipoxvirus
 伝染性軟属腫ウイルス (Molluscum contagiosum virus)
 Yatapoxvirus
 ヤバサル腫瘍ウイルス (Yaba monkey tumor virus)
 タナポックスウイルス (Tanapox virus)

第2群 (Group II) - 1本鎖DNA 
 目未帰属
 パルボウイルス科 (Parvoviridae) （ほとんどがアデノウイルスの増殖時の同時感染に依存する）
 パルボウイルス亜科 (Parvovirinae)
 エリスロウイルス属 (Erythrovirus)
 パルボウイルスB19 (Parvovirus B19)
 ディペンドウイルス属 (Dependovirus)
 アデノ随伴ウイルス (Adeno-associated virus)
 ボカウイルス属 (Bocavirus)
 ヒトボカウイルス (Human Bocavirus：HBoV)
 デンソ(濃核病）ウイルス亜科 (Densovirinae)
 デンソウイルス属 (Densovirus)
 ブレビデンソウイルス属 (Aedes aegypti densovirus：AaDNV)
 アネロウイルス科 (Anelloviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 アルファトルクウイルス属 (Alphatorquevirus)
 TTウイルス（トルクテノウイルス）(Torque teno virus)(1～5,9～29)

第3群 (Group III) - 2本鎖RNA 

 目未帰属
 レオウイルス科 (Reoviridae) ※Respiratory Enteric Orphan Virus
 セドレオウイルス亜科 (Sedoreovirinae)
 カードレオウイルス属 (Cardoreovirus)
 チュウゴクモクズガニレオウイルス (Eriocheir sinensis reovirus)
 ミモレオウイルス属 (Mimoreovirus)
 マイクロモナスピューシラレオウイルス (Micromonas pusilla reovirus)
 
 
 ブルータングウイルス (Bluetongue virus)
 チャングイノラウイルス (Changuinola virus)
 チェヌダウイルス (Chenuda virus)
 チョバー峡谷ウイルス (Chobar Gorge virus)
 コリパルタウイルス (Corriparta virus)
 流行性出血病ウイルス (Epizootic hemorrhagic disease virus)
 ウマ脳症ウイルス (Equine encephalosis virus)
 ユーベナンジーウイルス (Eubenangee virus)
 グレートアイランドウイルス (Great Island virus)
 イエリウイルス (Ieri virus)
 レボンボウイルス (Lebombo virus)
 オルンゴウイルス (Orungo virus)
 パリアムウイルス (Palyam virus)
 ペルー馬疫ウイルス (Peruvian horse sickness virus)
 セント・クロア川ウイルス (St Croix River virus)
 ユマティラウイルス (Umatilla virus)
 ワドメダニウイルス (Wad Medani virus)
 ウォーラルウイルス (Wallal virus)
 ウォリゴウイルス (Warrego virus)
 ウォンゴアウイルス (Wongorr virus)
 雲南オルビウイルス (Yunnan orbivirus)
 
 
 イネこぶ萎縮病ウイルス (Rice gall dwarf virus)
 
 ロタウイルス属
 ロタウイルス (rotavirus)
 セドナウイルス属 (Seadrnavirus)
 
 カディピロウイルス (Kadipiro virus)
 
 スピナレオウイルス亜科 (Spinareovirinae)
 アクアレオウイルス属 (Aquareovirus)
 アクアレオウイルスA～E (Aquareo virus A～E)
 オルソレオウイルス属 (Orthoreovirus)
 哺乳類オルソレオウイルス (Mammalian orthoreovirus) 
 コルチウイルス属 (Coltivirus)
 コロラドダニ熱ウイルス (Colorado tick fever virus)

第4群 (Group IV) - 1本鎖RNA +鎖（mRNAとして作用） 
 ニドウイルス目 (Nidovirales)
 コロナウイルス科 (Coronaviridae) ※エンベロープあり
 コロナウイルス亜科 (Coronavirinae)
 
 アルファコロナウイルス1 (Alphacoronavirus 1)
 ヒトコロナウイルス229E (Human coronavirus 229E : HCoV-229E)
 ヒトコロナウイルスNL63 (Human coronavirus NL63 : HCoV-NL63)
 ミニオプトラスコウモリコロナウイルス1 (Miniopterus bat coronavirus 1)
 ミニオプトラスコウモリコロナウイルスHKU8 (Miniopterus bat coronavirus HKU8)
 ブタ流行性下痢ウイルス (Porcine epidemic diarrhea virus)
 Rhinolophus bat coronavirus HKU2
 Scotophilus bat coronavirus 512
 
 ベータコロナウイルス1 (Betacoronavirus 1)
 ヒトコロナウイルスOC43 (Human coronavirus OC43 : HCoV-OC43)
 マウスコロナウイルス
 ヒトコロナウイルスHKU1 (Human coronavirus HKU1 : HCoV-HKU1)
 SARS関連コロナウイルス (Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus : SARSr-CoV)
 SARSコロナウイルス (Severe acute respiratory syndrome coronavirus : SARS-CoV)
 SARSコロナウイルス2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 : SARS-CoV-2)
  (Rousettus bat coronavirus HKU9)
  (Tylonycteris bat coronavirus HKU4)
  (Pipistrellus Bat coronavirus HKU5)
 MERSコロナウイルス (Middle East respiratory syndrome coronavirus : MERS-CoV)
 
 ヒヨドリコロナウイルスHKU11 (Bulbul coronavirus HKU11)
 ムニアコロナウイルスHKU13 (Munia coronavirus HKU13)
 ツグミコロナウイルスHKU12 (Thrush coronavirus HKU12)
 
 鳥コロナウイルス (Avian coronavirus)
 シロイルカコロナウイルスSW1 (Beluga whale coronavirus SW1)
 トロウイルス亜科 (Torovirinae)
 バフィンウイルス属 (Bafinivirus)
 ホワイトブリームウイルス (White bream virus)
 トロウイルス属 (Torovirus)
 ウシトロウイルス (Bovine torovirus)
 ウマトロウイルス (Equine torovirus : EqTV)
 ヒトトロウイルス (Human torovirus : HuTV)
 ブタトロウイルス (Porcine torovirus)
 ピコルナウイルス目
 ピコルナウイルス科
 亜科未割当(Unassigned)
 
 ウシ鼻炎Aウイルス (Bovine rhinitis A virus)
 ウシ鼻炎Bウイルス (Bovine rhinitis B virus)
 ウマ鼻炎Aウイルス (Equine rhinitis A virus)
 口蹄疫ウイルス
 アクアマウイルス属 (Aquamavirus)
 アクアマウイルスA (Aquamavirus A)
 アビヘパトウイルス属 (Avihepatovirus)
 アヒル肝炎Aウイルス (Duck hepatitis A virus)
 
 
 
 コサウイルス属 (Cosavirus)
 コサウイルスA (Cosavirus A)
 ディシピウイルス属 (Dicipivirus)
 カディシウイルスA (Cadicivirus A)
 エンテロウイルス属 (Enterovirus)
 エンテロウイルスA型・B型 (Enterovirus A,B)→コクサッキーウイルス
 エンテロウイルスC型 (Enterovirus C)→ポリオウイルス
 エンテロウイルスD-J型 (Enterovirus D-J)
 ライノウイルス (Rhinovirus)
 
 ウマ鼻炎Bウイルス (Equine rhinitis B virus)
 
 A型肝炎ウイルス (Hepatitis A virus)
 
 アイチウイルス (Aichivirus)
 (Megrivirus)
 (Melegrivirus A)
  (Parechovirus)
  (human parechovirus)
  (Parechovirus B)
 サリウイルス属 (Salivirus)
 サリウイルスA (Salivirus A)
 サペロウイルス属 (Sapelovirus)
 トリサペロウイルス (Avian sapelovirus)
 ブタサペロウイルス (Porcine sapelovirus)
 サルサペロウイルス (Simian sapelovirus)
 セネカウイルス属 (Senecavirus)
 セネカバレーウイルス (Seneca Valley virus)
 
 ブタテッショウウイルス (Porcine teschovirus)
 トゥレモウイルス属 (Tremovirus)
 
 
 
 
 
 
 目未帰属
 トガウイルス科 (Togaviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 アルファウイルス属 (Alphavirus)
 東部ウマ脳炎ウイルス (Eastern equine encephalitis virus : EEEV)
 西部ウマ脳炎ウイルス (Western equine encephalitis virus : WEEV)
 ベネズエラウマ脳炎ウイルス (Venezuelan equine encephalitis virus : VEEV)
 チクングニヤウイルス (Chikungunya virus : CHIKV)
 シンドビスウイルス (Sindbis virus : SINV)
 オニョンニョンウイルス (O'nyong-nyong virus : ONNV)
 セムリキ森林ウイルス (Semliki forest virus : SFV)
 バルマ森林ウイルス (Barmah forest Virus)
 マヤロウイルス (Mayaro Virus)
 ロスリバーウイルス (Ross River virus)
 ルビウイルス属 (Rubivirus)
 風疹ウイルス (Rubella virus)
 アルテリウイルス属 (Arterivirus)
 ウマ動脈炎ウイルス (Equine arteritis virus)
 サル出血熱ウイルス(Simian haemoragic fever virus)
 フラビウイルス科 (Flaviviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 フラビウイルス属 (Flavivirus)
 日本脳炎ウイルス (Japanese encephalitis virus)
 黄熱病ウイルス (Yellow fever virus)
 デング熱ウイルス (Dengue fever virus)
 西ナイル熱ウイルス (West Nile virus)
 クンジンウイルス (Kunjin virus)
 セントルイス脳炎ウイルス(St. Louis encephalitis virus)
 マレーバレー脳炎ウイルス(Murray Valley encephalitis virus : MVEV)(オーストラリア脳炎)
 ロシア春夏脳炎ウイルス (Russian spring summer encephalitis type virus)
 中央ヨーロッパダニ媒介性脳炎ウイルス (Central European tick-borne encephalitis virus)
 オムスク出血熱ウイルス (Omsk hemorrhagic fever virus)
 キャサヌール森林熱ウイルス (Kyasanur forest fever virus)
 ロシオ脳炎ウイルス(Rocio encephalitis virus)
 イレウス脳炎ウイルス(Ilheus encephalitis virus)
 跳躍病ウイルス (Louping ill virus)
 ポワッサンウイルス (Powassan virus)
 ヘパシウイルス属 (Hepacivirus)
 C型肝炎ウイルス (Hepatitis C virus : HCV)
 未分類
 G型肝炎ウイルス (GB virus C)
 ペスチウイルス属 (Pestivirus)
 牛ウイルス性下痢ウイルス1型 (Bovine viral diarrhea virus 1 : BVDV-1)
 牛ウイルス性下痢ウイルス2型 (Bovine viral diarrhea virus 2 : BVDV-2)
 豚熱ウイルス (Classical swine fever virus : CSFV)
 ボーダー病ウイルス (Border disease virus : BDV)
 カリシウイルス科 (Caliciviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 ラゴウイルス属 (Lagovirus)
 ヨーロッパブラウンノウサギ症候群ウイルス (European brown hare syndrome virus)
 ウサギ出血熱ウイルス (Rabbit hemorrhagic disease virus)
 ネボウイルス属 (Nebovirus)
 ニューベリー1ウイルス (Newbury-1 virus)
 ノロウイルス属 (Norovirus)
 ノーウォークウイルス (Norwalk virus)
 サポウイルス属 (Sapovirus)
 サッポロウイルス (Sapporo virus)
 ベシウイルス属 (Vesivirus)
 ネコカリシウイルス (Feline calicivirus)
 ブタ水疱疹ウイルス (Vesicular exanthema of swine virus)
 アストロウイルス科 (Astroviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 アバストロウイルス属 (Genus：Avastrovirus)
 アバストロウイルス1型 (Avastrovirus 1)
 アバストロウイルス2型 (Avastrovirus 2)
 アバストロウイルス3型 (Avastrovirus 3)
 マムアストロウイルス属 (Genus：Mamastrovirus)
 マムアストロウイルス (Mamastrovirus)1-19型
 ヘペウイルス科 (Hepeviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 ヘペウイルス属 (Hepevirus)
 E型肝炎ウイルス (Hepatitis E virus)
 属未割当(Unassigned)
 E型トリヘルペスウイルス (Avian hepatitis E virus)
 Virgaviridae
 亜科未割当(Unassigned)
 トバモウイルス属 (Tobamovirus)
 タバコモザイクウイルス

第5群 (Group V) - 1本鎖RNA -鎖 
（mRNAの相補鎖。鋳型として使用。）
 モノネガウイルス目 (Mononegavirales)（非分節型-鎖RNAウイルス）
 パラミクソウイルス科 (Paramyxoviridae)
 パラミクソウイルス亜科 (Paramyxovirinae)
 アクアパラミクソウイルス属 (Aquaparamyxovirus)
 タイセイヨウサケパラミクソウイルス (Atlantic salmon paramyxovirus)
 アビュラウイルス属 (Avulavirus)
 トリパラミクソウイルス2-9型(Avian paramyxovirus 2-9)
 ニューカッスル病ウイルス (Newcastle disease virus)
 フェルラウイルス属 (Ferlavirus)
 フェルドランスパラミクソウイルス (Fer-de-Lance paramyxovirus)
 ヘニパウイルス属 (Henipavirus)
 ヘンドラウイルス (Hendra virus)
 ニパウイルス (Nipah virus)
 モルビリウイルス属 (Morbillivirus)
 イヌジステンパーウイルス (Canine distemper virus)
 クジラモルビリウイルス (Cetacean morbillivirus)
 麻疹ウイルス (Measles virus)
 小反芻獣疫ウイルス (Peste-des-petits-ruminants virus)
 アザラシジステンパーウイルス (Phocine distemper virus)
 牛疫ウイルス (Rinderpest virus)
 レスピロウイルス属 (Respirovirus)
 牛パラインフルエンザウイルス3 (Bovine parainfluenza virus 3)
 ヒトパラインフルエンザウイルス1型 (Human parainfluenza virus 1)
 ヒトパラインフルエンザウイルス3型 (Human parainfluenza virus 3)
 センダイウイルス (Sendai virus)
 シミアンウイルス10 (Simian virus 10)
 ルブラウイルス属 (Rubulavirus)
 ヒトパラインフルエンザウイルス2型 (human parainfluenza virus 2)
 ヒトパラインフルエンザウイルス4型 (human parainfluenza virus 4)
 マプエラウイルス (Mapuera virus)
 ムンプスウイルス (Mumps virus)
 パラインフルエンザウイルス5 (Parainfluenza virus 5)
 ブタルブラウイルス (Porcine rubulavirus)
 シミアンウイルス41 (Simian virus 41)
 ニューモウイルス亜科 (Pneumovirinae)
 ニューモウイルス属 (Pneumovirus, Respiratory syncytial virus group)
 RSウイルス (Respiratory syncytial virus)
 メタニューモウイルス属 (Metapneumovirus)
 ヒト・メタニューモウイルス (human metapneumovirus)
 ラブドウイルス科 (Rhabdoviridae)
 リッサウイルス属 (Lyssavirus, Rabies virus group)
 狂犬病ウイルス (Rabies virus)
 ラゴスコウモリウイルス (Lagos bat virus)
 モコラウイルス (Mokola virus)
 ドゥベンヘイジウイルス (Duvenhage virus)
 ヨーロッパコウモリリッサウイルス1型 (European bat lyssavirus type 1 / EBL1)
 ヨーロッパコウモリリッサウイルス2型 (European bat lyssavirus type 2 /EBL2)
 オーストラリアコウモリリッサウイルス (Australian bat lyssavirus / ABL)
 ベシクロウイルス属 (Vesiculovirus, Vesicular stomatitis virus group)
 水疱性口内炎アラゴウイルス (Vesicular stomatitis Alagoas virus) (チャンディプラウイルス：Chandipura virus)
 水疱性口内炎ウイルス(インディアナ株) (Vesicular stomatitis Indiana virus)
 水疱性口内炎ウイルス(ニュージャージー株) (Vesicular stomatitis New Jersey virus)
 Novirhabdvirus属
 伝染性造血器壊死ウイルス (Infectious hematopoietic virus)
 ウイルス性出血性敗血症ウイルス (Viral hemorrhagic septicemia virus)
 Cytorhabdovirus属
 Lettuce necrotic yellows virus
 Nucleorhabdovirus属
 Potato yellow dwarf virus
 フィロウイルス科 (Filoviridae)
 
 
 エボラウイルス属 (Ebolavirus)
 
  (REBOV)
  (SEBOV)
 
  (ZEBOV)
 ボルナウイルス科 (Bornaviridae)
 ボルナウイルス属 (Bornavirus)
 ボルナ病ウイルス (Borna disease virus：BDV)
 目未帰属（分節型-鎖RNAウイルス）
 オルソミクソウイルス科 (Orthomyxoviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 A型インフルエンザウイルス属 (Influenzavirus A)
 B型インフルエンザウイルス属 (Influenzavirus B)
 C型インフルエンザウイルス属 (Influenzavirus C)
 イサウイルス属 (Isavirus)
 トゴトウイルス属 (Thogoto virus)
 アレナウイルス科 (Arenaviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 アレナウイルス属 (Arenavirus, LCM virus group)
 ラッサウイルス (Lassa virus)
 リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(lymphocytic choriomeningitis virus;LCMC)
 ブラジル出血熱ウイルス (Brazilian hemorrhagic fever virus)＝サビアウイルス(Sabia virus)
 アルゼンチン出血熱ウイルス (Argentine hemorrhagic fever virus)＝フニンウイルス(Junin virus)
 ベネズエラ出血熱ウイルス (Venezuelan hemorrhagic fever)＝グアナリトウイルス(Guanarito virus)
 ボリビア出血熱ウイルス (Bolivian hemorrhagic fever virus)＝マチュポウイルス(Machupo virus)
 デルタウイルス属 (Deltavirus)
 D型肝炎ウイルス (hepatitis delta virus)
 ブニヤウイルス科 (Bunyaviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 オルソブニヤウイルス属 (Orthobunyavirus, Bunyamwear subgroup)
 オロプーシェウイルス (Oropouche virus)
 ブニヤムウェラウイルス (Bunyamwera virus)
 ブワンバウイルス (Bwamba virus)
 カリフォルニア脳炎ウイルス (California encephalitis virus：CE) [カリフォルニア脳炎血清学的同族複合体]
 タヒナウイルス (Tahyna virus：TAH) [カリフォルニア脳炎血清学的同族複合体]
 ラ・クロスウイルス (La Crosse virus：LAC) [カリフォルニア脳炎血清学的同族複合体]
 カンジキウサギウイルス (snowshoe hare virus：SSH) [カリフォルニア脳炎血清学的同族複合体]
 フレボウイルス属 (Phlebovirus)
 リフトバレー熱ウイルス(Rift Valley fever virus)(地溝帯熱)
 トスカーナウイルス (Toscana virus：TOSV)
 サシチョウバエ熱 (ナポリ型)ウイルス(sandfly fever Naples virus)
 サシチョウバエ熱 (シチリア型)ウイルス(sandfly fever Sicilian virus)
 ハンタウイルス属 (Hantaviruses)
 ハンターンウイルス (Hantaan virus)(腎症候性出血熱 Hemorrhagic fever with renal syndrome)
 シンノンブレウイルス (Sin Nombre virus)(ハンタウイルス肺症候群 Hantavirus Pulmonary Syndrome:HPS)
 ナイロウイルス属 (Nairovirus)
 クリミア・コンゴ出血熱ウイルス(Crimean-Congo hemorrhagic fever virus)

第6群 (Group VI) - 1本鎖RNA+鎖逆転写 
（複製によるDNA中間体を含む。）
 目未帰属
 レトロウイルス科 (Retroviridae)(Maedi/visna group)
 
 アルファレトロウイルス属 (Alpharetrovirus)
 トリ腫瘍ミルヒルウイルス (Avian carcinoma Mill Hill virus 2)
 トリ白血病ウイルス (Avian leukosis virus)
 トリ骨髄芽球症ウイルス (Avian myeloblastosis virus)
 トリ骨髄芽球症ウイルス29型 (Avian myelocytomatosis virus 29)
 藤浪肉腫ウイルス (Fujinami sarcoma virus)
 ラウス肉腫ウイルス (Rous sarcoma virus)
 UR2肉腫ウイルス (UR2 sarcoma virus)
 Y73肉腫ウイルス (Y73 sarcoma virus)
 
 ラングールウイルス (Langur virus)
 メイソンファイザーサルウイルス (Mason-Pfizer monkey virus)
 マウス乳癌ウイルス (Mouse mammary tumor virus)
 ヒツジ肺腺癌ウイルス (Ovine pulmonary adenocarcinoma virus)
 サルタイプDウイルス1型 (Simian type D virus 1)
 リスザルレトロウイルス (Squirrel monkey retrovirus)
 デルタレトロウイルス属 (Deltaretrovirus)
 牛白血病ウイルス (Bovine leukemia virus)
 ヒトT細胞白血病ウイルス（ヒトＴリンパ向性ウイルス、ヒトTリンパ球向性ウイルス1型） (Human T-lymphotropic virus、Human T-cell Leukemia Virus、HTLV)
 イプシロンレトロウイルス属 (Epsilonretrovirus)
 ウォールアイ皮膚肉腫ウイルス (Walleye dermal sarcoma virus)
 ウォールアイ表皮過形成ウイルス1型 (Walleye epidermal hyperplasia virus 1)
 ウォールアイ表皮過形成ウイルス2型 (Walleye epidermal hyperplasia virus 2)
 ガンマレトロウイルス属 (Gammaretrovirus)
 ひよこ合胞体ウイルス (Chick syncytial virus)
 
 マウス肉腫ウイルス (Finkel-Biskis-Jinkins murine sarcoma virus)
 ガードナー・アーンスタインネコ肉腫ウイルス (Gardner-Arnstein feline sarcoma virus)
 テナガザル白血病ウイルス (Gibbon ape leukemia virus)
 モルモットC型オンコウイルス (Guinea pig type-C oncovirus)
 ハーディ・ズッカーマンネコ肉腫ウイルス (Hardy-Zuckerman feline sarcoma virus)
 ハーベイマウス肉腫ウイルス (Harvey murine sarcoma virus)
 キルステンマウス肉腫ウイルス (Kirsten murine sarcoma virus)
 モロニーマウス肉腫ウイルス (Moloney murine sarcoma virus)
 マウス白血病ウイルス (Murine leukemia virus)
 ブタC型オンコウイルス (Porcine type-C oncovirus)
 細網内皮症ウイルス (Reticuloendotheliosis virus)
 スナイダー・シーレンネコ肉腫ウイルス (Snyder-Theilen feline sarcoma virus)
 トレーガーアヒル脾臓壊死ウイルス (Trager duck spleen necrosis virus)
 バイパーレトロウイルス (Viper retrovirus)
 ウーリーサル肉腫ウイルス (Woolly monkey sarcoma virus)
 レンチウイルス属
 ウシ免疫不全ウイルス (Bovine immunodeficiency virus)
 山羊関節炎・脳脊髄炎ウイルス (Caprine arthritis encephalitis virus)
 馬伝染性貧血ウイルス (Equine infectious anemia virus)
 猫免疫不全ウイルス (Feline immunodeficiency virus)
 ヒト免疫不全ウイルス (Human immunodeficiency virus、HIV)
 ピューマレンチウイルス (Puma lentivirus)
 サル免疫不全ウイルス (Simian immunodeficiency virus)
 ビスナウイルス (Visna/maedi virus)
 
 
 アフリカミドリザルサル泡沫状ウイルス (African green monkey simian foamy virus)
 ウシ泡沫状ウイルス (Bovine foamy virus)
 ウマ泡沫状ウイルス (Equine foamy virus)
 ネコ泡沫状ウイルス (Feline foamy virus)
 マカク属サル泡沫状ウイルス (Macaque simian foamy virus)
 サル泡沫状ウイルス (Simian foamy virus)

第7群 (Group VII) - 2本鎖DNA逆転写 
（複製によるRNA中間体を含む。）
 目未帰属
 ヘパドナウイルス科 (Hepadnaviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 属名未定
 B型肝炎ウイルス (hepatitis B virus)
 カリモウイルス科 (Caulimoviridae)
 亜科未割当(Unassigned)
 カリモウイルス属 (Caulimovirus)
 カリフラワーモザイクウイルス (Cauliflower Mosaic virus)