神祇官（じんぎかん、かみづかさ、かんづかさ）とは、日本の律令制で設けられた官庁、または明治時代初期の日本の国家機関。
神祇とは、神が天津神である天神を、祇が国津神である地祇を表し、その名の通り祭祀を司る。

それぞれ、
 古代の日本の律令制で設けられた、朝廷の祭祀を司る官庁名。唐名は大常寺（たいじょうじ）。長官は神祇伯（通常、じんぎはく・和訓、かみ（かん）づかさのかみ）#神祇官 (律令制)を参照。
 明治時代初期の復古における朝廷の祭祀・民戸・宣教・諸国の官社を司る最高国家機関を表す。神祇院#神祇官 (明治時代)を参照。

神祇官 (律令制) 
  二官八省における神祇官
古代の律令制での神祇官は、朝廷の祭祀を司る官であり、諸国の官社を総轄した。養老令の職員令には太政官に先んじて筆頭に記載され太政官よりも上位であり、相並んで独立した一官であった。諸官の最上位とされた日本独自の制度である。

神祇官の名称は大宝律令制定以前の史書にも見えるため、飛鳥浄御原令等で既に設置されていたと考えられるが、記録がないため詳細は不明である。

構成 

四等官
長官 神祇伯、唐名:大常伯（たいじょうはく）、大常卿（たいじょうけい）、大卜令（たいぼくれい）、祠部尚書（しほうしょうしょ）
次官 神祇副（大副・少副）、唐名:大常小卿、祠部員外郎
判官 神祇祐（大祐・少祐）、唐名:大常丞、大卜丞
主典 神祇史（大史・少史）、唐名:大常録事、大卜令史、祠部主事、祠部令史、大常主簿

伴部に神部（30人）および卜部（20人）、雑事を行う使部（30人）、直丁（2人）がおかれた。神部は番上官、卜部は後述のように一部が才伎長上とされ、他は番上官であった。その他、令にない巫（かんなぎ）という女性や戸座（へざ）という少年、御火炬（みひたき）という少女も属した。

相当する位階は低く、後述の神祇伯の相当位階は従四位下とされる。これは、太政官の常置の長官たる左大臣（正二位または従二位相当）よりはるかに低く、左大弁・右大弁（従四位上相当）、大宰帥（従三位相当）、七省の長官たる卿（正四位下相当）より下である（官位相当制の項参照）。すなわち、上述のとおり職員令（しきいんりょう）では太政官の上に位置したが、文書行政では太政官よりも下位であった。

平安時代初期までは律令制の原則が守られたため、伯の職も独占ではなかったが、その後、忌部氏や大中臣氏（藤原氏とは同族）が神祇官の要職を占めるようになった。のちに花山源氏白川家が神祇官の長である神祇伯に代々就任した。神祇伯になったものは実際は臣下でも王を称したので、白川伯王家などといわれる。

官衙 
神祇官（の官衙）は、大内裏の南東に位置し、神殿とも称される正殿（北庁）、儀式時に公卿が着座する南舎、天皇を守護する八神をまつる八神殿などからなる。

里内裏が正式の内裏となると、大内裏の官衙の多くは廃絶したが、神祇官の官衙は（敷地）は天正年間にも維持されており、元和３年(1617年)の東照権現神号贈呈の奉幣使が発遣の儀式も、荒野となっていた神祇官敷地に幔を引いて実施された。

しかし、その敷地も寛永の二条城拡張によって消滅し、寛永7（1630年）の明正天皇即位由奉幣は、神祇官代たる吉田社から発遣された。

職掌

総論 
神祇を祭り、諸国の祝部（ほうりべ、神主や禰宜の下の神職で神戸から選ばれた）の名帳（名簿）や神戸の戸籍の管理、大嘗祭・鎮魂祭の施行、巫（かんなぎ）や亀卜を司った。

神祇令規定の実際の祭は以下のとおり：
 2月：祈年祭
 3月：鎮花祭
 4月：神衣祭、大忌祭、三枝祭、風神祭
 6月：月次祭、鎮火祭、道饗祭
 7月：大忌祭、風神祭
 9月：神衣祭、神嘗祭
 11月：相嘗祭、鎮魂祭、大嘗祭
 12月：月次祭、鎮火祭、道饗祭
このうち祈年祭、月次祭、大嘗祭（新嘗祭）には諸国の祝が召集されて忌部から幣帛（ぬさ、みてぐら。供物のこと）を班給された。近年では、このような全国的規模の祭祀（＝神社機構）統括のために、本来地位が低い神祇官が太政官と併置されたといわれる。

古代の神社の社格である「官幣社」は、祈年祭の奉「幣」を神祇「官」から直接受ける神社を意味する（国幣社は国司から受ける）。

神部 
伴部のうち神部の職務は祭祀神事の諸般の実務を行うことだが、令には明らかな定めがない（『令集解』職員令讃説）。斎部広成の『古語拾遺』には、以前は中臣・斎部・猿女・鏡作・玉作・盾作（たてぬい）・神服（かんはとり）・倭文（しとり）・麻績などのいわゆる「名負氏」（なおいのうじ）が任命されたが、今は中臣・斎部ら2・3の氏族のみで他の氏族は絶える恐れがあると記載があり、『古語拾遺』が成立した9世紀初頭の状況と考えられる。また、『令集解』の記載（讃記）により、忌部のみから選ばれたとする説もある。

卜部と宮主 
卜部（うらべ）は、主として亀卜を行うほか、大祓の解除（はらえ）や6月・12月の道饗祭・鎮火祭に奉仕した。これらの儀式の性格から、神部が伝統的神道的な祭祀を行うのに対して、卜部は陰陽道的な祭祀を行うとする説がある。卜部は20人全員が地方から選ばれ、うち対馬から10人、壱岐および伊豆から5人ずつ卜術に優れた者を任命するとされた（『延喜式』臨時祭式）。さらに卜部の中から天皇個人に亀卜を行う大宮主（おおみやじ）が1人任じられたと思われ、704年（慶雲元年）にこれが才伎長上とされた（『続日本紀』慶雲元年二月癸亥条。天平勝宝9年8月8日太政官奏によれば従八位相当）。宮主職は大宮主以外に中宮（職）宮主、御宮宮主、太皇太后宮宮主、皇太后宮宮主、春宮宮主などが『日本三代実録』や『類聚三代格』、『類聚符宣抄』にみえ、個人に付属したとわかる。

上述のように神祇官の地位が時代とともに低下したのに対し、宮主職は9世紀半ば頃から重要視され、同職に就いた卜部（占部）雄貞（858年没）や卜部（伊伎）是雄（872年没）の卒伝によれば、彼らは（外）従五位下に叙されている。本来亀卜という特殊技能を扱う職だったために宮主に任じられる氏族は限られ、10世紀後半には対馬出身の直氏（あたいうじ）と卜部氏のみだったが、その後直氏が没落し、卜部氏の独占となった。陰陽道が浸透し、重視されて安倍氏や賀茂氏が宗家として定着する10世紀末には、宮主として卜部兼延が活躍し、卜部氏としてはじめて神祇大副に任ぜられ先例となるなど亀卜道宗家としての地位を確立した。13世紀初頭に著された有職故実書『官職秘抄』には、神祇副や祐には重職である宮主職を経験したことをもって卜部氏や直氏を任じたが、直氏は近年では絶え、また伊岐氏も以前は祐に任じられたが近年は絶えたと記載がある。さらに神祇官の職のうち、宮主以上の重職はないとも記され、卜部氏（のちの吉田卜部氏）と宮主職の地位向上は同時に進行している。

神祇官 (明治時代)

沿革

神祇官の復興
慶応4年1月17日（1868年2月10日）に他の6つの事務科とともに神祇事務科が設置され、七科の筆頭に置かれた。同年2月3日（2月25日）に七つの事務科は総裁局のもとに事務局として再編成され、神祇事務科は神祇事務局となった。

明治神祇官
同年閏4月21日（6月11日）、古代の律令制に基づく官制に倣って政体書が公布され、太政官制がしかれた。神祇官も正式に復興して太政官の下に置かれた。

明治2年（1869年）6月には、神祇官は太政官から独立して、行政機関の「筆頭」に置かれた。

明治の神祇官の職掌は古代の神祇官と同様の祭祀、祝部、神戸などのほか、新たに諸陵と宣教が加えられた。諸陵は天皇陵など陵墓を管轄する業務で、古代の官制では、継嗣、婚姻、祥瑞、喪葬、外交などを司る治部省の諸陵司が担ったが、明治になり神祇官の下の諸陵寮の管轄となった。神事を司る中枢の神祇官が、従来、死者の穢れがあり神事から遠ざけるべきだとされた、天皇陵の祭祀を行うようになったのである。一方、もう一つの新しい職掌である宣教では、神祇官のもとに宣教使という役所が置かれた。宣教はキリスト教防御と維新後の国の在り方を国民に宣布することが主目的であった。だが、官員同士で教導の方法や内容を巡って深刻な対立があり、また神祇官の規模と能力も全国的な宣教には不足したため、成果を挙げられなかった。

また、本来の職掌である国営の祭祀を行うための八神殿の造営が神祇官内で提案された。中世以来本来の姿を失った八神殿の復興は祭政一致の具体的な実現を意味した。特に平田派出身の官員は強く造営を主張したが、当時権勢を振るった津和野藩出身の福羽美静は新時代の祭政一致のモデルは天皇親祭にあるとし、八神殿の復興には消極的だった。また、当時の政府は東京奠都や大嘗祭の東京執行などの問題を抱え、流動的な状況下で太政官も八神殿の造営に慎重だった。

それでも、「神殿」の意義は大きいとされ、明治2年（1869年）12月に当面の間の祭祀を行う仮神殿が完成。中世の廃絶以来白川・吉田両家で奉斎された八神殿の霊代が奉献された。仮神殿に明治天皇の親祭を仰ぐ計画もあったが、天皇が風邪をひいていたため実現しなかった。翌1870年1月3日には鎮祭が行われ、明治天皇は勅使として三条実美を遣わした。仮神殿には律令制神祇官が祀った八神に併せて歴代の皇霊と天神地祇が祀られた。この際に鎮祭の詔と大教宣布の詔が発せられ、神祇官の八神殿祭祀と宣教師の宣教政策は勅命で行うとされたが、神殿はその後も「仮」のままで、宣教の打開策も出なかった。

なお、一般に明治神祇官は平田派の国学者が主導したとされるが、政府内で要職についていた平田派の矢野玄道・角田忠行・丸山作楽・権田直助は明治4年（1871年）に国事犯の嫌疑により追放されたため、明治神祇官が平田派主導だったとは考えにくい。平田派の活躍は神祇官再興前であり、再興後は大国隆正の教えを受けた福羽美静ら津和野派の国学者が主導したとするのが妥当である。このことは、復古のみを強力に主張した平田派に対し、新時代の開明的なビジョンを持っていた津和野派が受容されたことを示すと思われる。

神祇省
 
明治4年（1871年）8月、神祇官は神祇省に降格し、太政官の下とされた。この措置は神祇行政の地位の低下ではなく、むしろ、降格前に太政大臣三条実美が神祇伯を兼任するようになるなど、密接な祭政一致を意図していた。神祇省は大中少の掌典による神殿祭祀と宣教使による宣教とで明確に分掌された。同年9月14日（10月27日）に神祇奉安の詔が発せられ、八神殿から皇霊を宮中に奉遷することとなった。同29日（11月11日）には神祇官中に御巫、権御巫が設置され、翌30日（11月12日）に皇霊が賢所に遷座された。

神祇省の廃止と教部省の設置
明治5年3月14日（1872年4月21日）、神祇省は廃止された。これは、神殿造営に関して福羽美静が唱えたように、新時代の祭政一致は天皇親祭とされ、天皇自らが行うことが理想とされたためである。神祇省が担当した祭祀業務は宮内省式部寮が行うとされた。同年3月18日（4月25日）に先に遷座された歴代皇霊を除く八神殿の祭神は宮中賢所に仮遷座され、同年11月27日（12月27日）に神殿・皇霊殿が完成し、八神は天神地祇と併せて神殿に祀られ、歴代皇霊は賢所から皇霊殿に奉遷された。また国学、儒学中心の宣教は不可能とされ、仏教勢力の地盤と教化能力を取り入れる為に神仏儒の合同布教体制となり、国民教化の専門機関として教部省が設置された。

教部省設立後の動き
学校教育制度の拡充と共に意義が希薄となった教部省は明治10年（1877年）1月11日に廃止され、管掌した任務の一部は内務省社寺局に受け継がれた。だがその後、神祇官興復運動、神祇特別官衙設置運動が盛んとなり、明治33年（1900年）に社寺局より神社局が独立した。

1910年（明治43年）、帝国議会は阿里山森林開発関連法を成立させ、台湾総督府は阿里山森林鉄路を建設し、神社建築などに用いる巨木を台湾から運び出した。1911年には樺太神社も建設された。

満州事変後
昭和15年（1940年）には皇紀二千六百年記念の際神社局に代わって神祇院が設置されたが、目立った成果を挙げないまま、終戦を迎えた。神祇院は昭和21年（1946年）2月2日に廃止され、全国の神社の管轄は翌日設立の宗教法人神社本庁に引き継がれた。

復興神祇官の要職

神祇事務局
（慶応4年・1868年）

神祇事務局督
 有栖川宮幟仁親王：2月20日（3月13日） - 2月27日（3月20日）
 白川資訓：2月27日（3月20日） - 閏4月21日（6月11日）

神祇事務局輔
 白川資訓：2月20日（3月13日） - 2月27日（3月20日）
 吉田良義：2月20日（3月13日） - 閏4月21日（6月11日）
 亀井茲監：2月27日（3月20日） - 閏4月21日（6月11日）

神祇事務局判事
 亀井茲監：2月20日（3月13日） - 閏4月27日（6月17日）
 平田銕胤：2月20日（3月13日） - 3月4日（3月27日）
 矢野玄道：2月20日（3月13日） - 3月4日（3月27日）
 谷森善臣：2月22日（3月15日） - 3月4日（3月27日）

神祇官
（慶応4年（1868年）閏4月 太政官内に再興）

神祇官知事
 鷹司輔煕：慶応4年閏4月21日（1868年6月11日） - 明治元年9月12日（1868年10月27日）
 近衛忠房：明治元年9月12日（1868年10月27日） - 明治2年5月15日（1869年7月4日）
 中山忠能：明治2年5月15日（1869年7月4日） - 明治2年7月8日（1869年8月15日）

神祇官副知事
 亀井茲監：慶応4年閏4月21日（1868年6月11日） - 明治2年5月15日（1869年7月4日）
 福羽美静：明治2年5月15日（1869年7月4日） - 明治2年7月8日（1869年8月15日）

神祇官判事
 福羽美静：慶応4年5月12日（1868年7月1日） - 明治2年4月12日（1869年5月23日）

神祇官
（明治2年（1869年）7月 政体書改正に伴い太政官から特立）

神祇伯
 中山忠能：明治2年7月8日（1869年8月15日） - 明治4年6月25日（1871年8月11日）
 三条実美：明治4年6月27日（1871年8月13日） - 明治4年8月10日（1871年9月24日）

神祇大副
 白川資訓：明治2年7月8日（1869年8月15日） - 明治3年12月26日（1871年2月15日）
 近衛忠房：明治3年12月26日（1871年2月15日） - 明治4年6月25日（1871年8月11日）
 福羽美静：明治4年8月5日（1871年9月19日） - 明治4年8月8日（1871年9月22日）

神祇少副
 福羽美静：明治2年7月8日（1869年8月15日） - 明治4年8月5日（1871年9月19日）
 梅溪通善：明治3年3月30日（1870年4月30日） - 明治4年1月15日（1871年3月5日）

神祇大祐
 北小路随光：明治2年7月8日（1869年8月15日） - 不明
 門脇重綾：明治3年5月20日（1870年6月18日） - 明治4年8月5日（1871年9月19日）