植物天然記念物一覧（しょくぶつてんねんきねんぶついちらん）は、日本の文部科学大臣が指定した天然記念物（特別天然記念物を含む。以下同）のリスト。天然記念物指定基準「植物」に基づき指定された植物の個体・自生地・群落、原始林、並木などを掲載する。なお、本項では文化財保護法に基づき国（日本国文部科学大臣）が指定した天然記念物を対象とし、地方自治体指定の天然記念物は対象外とする。

特別天然記念物 
 マリモ
 阿寒湖のマリモ（北海道釧路市）
 ソテツ
 都井岬ソテツ自生地（宮崎県串間市）
 鹿児島県のソテツ自生地（鹿児島県指宿市・南さつま市・南大隅町・肝属郡肝付町）
 スギ
 羽黒山のスギ並木（山形県鶴岡市）
 日光杉並木街道 附 並木寄進碑（栃木県日光市・今市市・鹿沼市）
 石徹白のスギ（岐阜県郡上市）
 杉の大スギ（高知県長岡郡大豊町）
 屋久島スギ原始林（鹿児島県熊毛郡屋久島町）
 イチイ
 大山のダイセンキャラボク純林（鳥取県西伯郡大山町） - ダイセンキャラボクはイチイの変種
 イブキ
 宝生院のシンパク（香川県小豆郡土庄町）
 クスノキ
 加茂の大クス（徳島県東みよし町）
 立花山クスノキ原始林（福岡県糟屋郡新宮町・久山町）
 蒲生のクス（鹿児島県姶良郡蒲生町）
 サクラソウ
 田島ケ原サクラソウ自生地（埼玉県さいたま市）
 サクラ
 大島のサクラ株（東京都大島町）
 狩宿の下馬ザクラ（静岡県富士宮市）
 ケヤキ
 東根の大ケヤキ（山形県東根市） - 樹齢1500年
 フジ
 牛島のフジ（埼玉県春日部市）
 アイラトビカズラ
 相良のアイラトビカズラ（熊本県山鹿市）
 メヒルギ
 喜入のリュウキュウコウガイ産地（鹿児島県鹿児島市）
 ヤッコソウ
 内海のヤッコソウ発生地（宮崎県宮崎市）
 ツゲ
 古処山ツゲ原始林（福岡県朝倉市）
 コウシンソウ
 コウシンソウ自生地（栃木県日光市）
 植物群落
 アポイ岳高山植物群落（北海道様似郡様似町）
 野幌原始林（北海道北広島市）
 早池峰山及び薬師岳の高山帯・森林植物群落（岩手県花巻市・遠野市・宮古市）
 春日山原始林（奈良県奈良市）
 青島亜熱帯性植物群落（宮崎県宮崎市）
 枇榔島亜熱帯性植物群落（鹿児島県志布志市）
 白馬連山高山植物帯（長野県北安曇郡白馬村・新潟県糸魚川市・富山県下新川郡朝日町・黒部市）

天然記念物

藻類 
 テングノムギメシ
 テングノムギメシ産地（長野県小諸市）
 スイゼンジノリ
 スイゼンジノリ発生地（熊本県熊本市）
 ヒカリモ
 竹岡のヒカリモ発生地（千葉県富津市）
 シラタマモ
 出羽島大池のシラタマモ自生地（徳島県海部郡牟岐町）
 クロキズタ（クロキヅタ）
 クロキヅタ産地（島根県隠岐郡西ノ島町・海士町）
 オキチモズク
 オキチモズク発生地（愛媛県東温市）
 土黒川のオキチモズク発生地（長崎県雲仙市）
 志津川のオキチモズク発生地（熊本県阿蘇郡南小国町）
 チスジノリ
 菊池川のチスジノリ発生地（熊本県山鹿市）
 川内川のチスジノリ発生地（鹿児島県伊佐市）
 シマチスジノリ
 識名園のシマチスジノリ発生地（沖縄県那覇市）

コケ植物 
 ミズスギゴケ
 猪苗代湖ミズスギゴケ群落（福島県耶麻郡猪苗代町）
 ヒカリゴケ
 吉見百穴ヒカリゴケ発生地（埼玉県比企郡吉見町） - 関東平野での自生
 江戸城跡のヒカリゴケ生育地（東京都千代田区）
 岩村田ヒカリゴケ産地（長野県佐久市）
 チャツボミゴケ
 六合チャツボミゴケ生物群集の鉄鉱生成地（群馬県吾妻郡中之条町）

シダ植物 
 カネコシダ
 黒髪山カネコシダ自生地（佐賀県武雄市）
 ヘゴ
 ヘゴ自生北限地帯（東京都八丈支庁八丈町・長崎県五島市・宮崎県日南市・鹿児島県南さつま市・薩摩川内市・肝属郡南大隅町・肝付町）
 クサマルハチ
 八束のクサマルハチ自生地（高知県四万十市）
 ユノミネシダ
 ユノミネシダ自生地（和歌山県田辺市）
 ナチシダ
 ナチシダ自生北限地（静岡県賀茂郡河津町）

種子植物

裸子植物 
 ソテツ
 常神のソテツ（福井県三方上中郡若狭町）
 新町の大ソテツ（静岡県賀茂郡河津町）
 能満寺のソテツ（静岡県榛原郡吉田町）
 龍華寺のソテツ（静岡県静岡市）
 妙国寺のソテツ（大阪府堺市） - 樹齢1000年
 日御碕の大ソテツ（島根県出雲市）
 誓願寺のソテツ（香川県小豆郡小豆島町）
 広沢寺のソテツ（佐賀県唐津市）
 大野下の大ソテツ（熊本県玉名市）
 松屋寺のソテツ（大分県速見郡日出町）
 イチョウ
 法量のイチョウ（青森県十和田市） - 樹齢1000年
 北金ヶ沢のイチョウ（青森県西津軽郡深浦町）
 実相寺のイチョウ（岩手県二戸郡一戸町）
 長泉寺の大イチョウ（岩手県久慈市）
 雨乞のイチョウ（宮城県柴田郡柴田町）
 苦竹のイチョウ（宮城県仙台市）
 千本イチョウ（千葉県市川市）
 善福寺のイチョウ（東京都港区）
 上日寺のイチョウ（富山県氷見市）
 飛騨国分寺の大イチョウ（岐阜県高山市）
 菩提寺のイチョウ（岡山県勝田郡奈義町）
 龍蔵寺のイチョウ（山口県山口市）
 乳保神社のイチョウ（徳島県板野郡上板町）
 平石の乳イチョウ（高知県土佐郡土佐町）
 有田のイチョウ（佐賀県西松浦郡有田町）
 下の城のイチョウ（熊本県阿蘇郡小国町）
 下田のイチョウ（熊本県熊本市）
 下野八幡宮のイチョウ（宮崎県西臼杵郡高千穂町）
 田原のイチョウ（宮崎県西臼杵郡高千穂町）
 去川のイチョウ（宮崎県宮崎市）
 オハツキイチョウ
 早田のオハツキイチョウ（山形県鶴岡市）
 白旗山八幡宮のオハツキイチョウ（茨城県水戸市）
 杉森神社のオハツキイチョウ（福井県大飯郡高浜町）
 上沢寺のオハツキイチョウ（山梨県南巨摩郡身延町）
 八木沢のオハツキイチョウ（山梨県南巨摩郡身延町）
 本国寺のオハツキイチョウ（山梨県南巨摩郡身延町）
 了徳寺のオハツキイチョウ（滋賀県米原市）
 マツ
 華蔵寺の宝珠マツ（岩手県陸前高田市）
 善養寺影向のマツ（東京都江戸川区）
 御油のマツ並木（愛知県豊川市）
 遊龍松（京都府京都市）
 リュウキュウマツ
 久米の五枝のマツ（沖縄県島尻郡久米島町）
 伊平屋島の念頭平松（沖縄県島尻郡伊平屋村）
 ゴヨウマツ
 幌満ゴヨウマツ自生地（北海道様似郡様似町）
 鶉川ゴヨウマツ自生北限地帯（北海道檜山郡厚沢部町）
 ウツクシマツ（タギョウショウ）
 平松のウツクシマツ自生地（滋賀県湖南市）
 ナギ
 牛久保のナギ（愛知県豊川市）
 春日神社境内ナギ樹林（奈良県奈良市）
 熊野速玉神社のナギ（和歌山県新宮市）
 小郡町ナギ自生北限地帯（山口県山口市）
 コウヤマキ
 祗劫寺のコウヤマキ（宮城県大崎市）
 甘泉寺のコウヤマキ（愛知県新城市）
 ヒノキアスナロ
 ヒノキアスナロおよびアオトドマツ自生地（北海道檜山郡江差町）
 ヒノキ
 大久保の大ヒノキ（宮崎県東臼杵郡椎葉村）
 サワラ
 沢尻の大ヒノキ（サワラ）（福島県いわき市）
 イブキ（ビャクシン）
 いぶき山イブキ樹叢（茨城県日立市）
 城願寺のビャクシン（神奈川県足柄下郡湯河原町）
 古長禅寺のビャクシン（山梨県南アルプス市） - 樹齢600年
 大瀬崎のビャクシン樹林（静岡県沼津市）
 恩徳寺の結びイブキ（山口県下関市）
 法泉寺のシンパク（山口県山口市）
 下柏の大柏（イブキ）（愛媛県四国中央市）
 八幡神社のイブキ（愛媛県宇和島市）
 北吉井のビャクシン（愛媛県東温市）
 モミ
 垂洞のシダレモミ（岐阜県中津川市）
 追手神社のモミ（兵庫県丹波篠山市） - 日本最大のモミ、樹齢400年
 アオトドマツ
 ヒノキアスナロおよびアオトドマツ自生地（北海道檜山郡江差町）
 トガサワラ
 三ノ公川トガサワラ原始林（奈良県吉野郡川上村）
 アカエゾマツ
 早池峰山のアカエゾマツ自生南限地（岩手県宮古市）
 ハリモミ
 山中のハリモミ純林（山梨県南都留郡山中湖村）
 スギ
 桃洞・佐渡のスギ原生林（秋田県北秋田市）
 羽黒山の爺スギ（山形県鶴岡市）
 熊野神社の大スギ（山形県鶴岡市）
 山五十川の玉スギ（山形県鶴岡市）
 諏訪神社の翁スギ媼スギ（福島県田村郡小野町）
 杉沢の大スギ（福島県二本松市）
 木幡の大スギ（福島県二本松市）
 安良川の爺スギ（茨城県高萩市）
 逆スギ（栃木県那須塩原市）
 安中原市のスギ並木（群馬県安中市）
 榛名神社の矢立スギ（群馬県高崎市） - 樹齢1000年
 清澄の大スギ（千葉県鴨川市）
 箒スギ（神奈川県足柄上郡山北町） - 樹齢2000年
 将軍スギ（新潟県東蒲原郡阿賀町）
 虫川の大スギ（新潟県上越市）
 天神社の大スギ（新潟県妙高市）
 杉沢の沢スギ（富山県下新川郡入善町）
 栢野の大スギ（石川県加賀市）
 八幡神社の大スギ（石川県加賀市山中温泉菅谷）
 御仏供スギ（おぼけすぎ）（石川県白山市）
 精進の大スギ（山梨県南都留郡富士河口湖町）
 月瀬の大スギ（長野県下伊那郡根羽村）
 加子母のスギ（岐阜県中津川市）
 久津八幡神社の夫婦スギ（岐阜県下呂市）
 禅昌寺の大スギ（岐阜県下呂市）
 神ノ御杖スギ（岐阜県郡上市）
 神渕神社の大スギ（岐阜県加茂郡七宗町）
 千光寺の五本スギ（岐阜県高山市）
 大山の大スギ（岐阜県加茂郡白川町）
 智満寺の十本スギ（静岡県島田市）
 杉本の貞観スギ（愛知県豊田市）
 八ツ房スギ（奈良県宇陀市）
 玉若酢命神社の八百スギ（島根県隠岐郡隠岐の島町）
 大玉スギ（山口県周南市）
 平川の大スギ（山口県山口市）
 天神の大スギ（高知県香南市）
 英彦山の鬼スギ（福岡県田川郡添田町）
 女夫木の大スギ（長崎県諫早市）
 阿弥陀スギ（熊本県阿蘇郡小国町）
 金比羅スギ（熊本県阿蘇郡南小国町）
 大杵社の大スギ（大分県由布市）
 狭野のスギ並木（宮崎県西諸県郡高原町）
 八村スギ（宮崎県東臼杵郡椎葉村）
 イチイ
 治郎兵衛のイチイ（岐阜県高山市）
 船通山のイチイ（鳥取県日野郡日南町）
 カヤ
 東昌寺のマルミガヤ（宮城県仙台市）
 横室の大カヤ（群馬県前橋市） - 樹齢1000年
 与野の大カヤ（埼玉県さいたま市） - 樹齢1000年
 田上村ツナギガヤ自生地（新潟県南蒲原郡田上町）
 了玄庵のツナギガヤ（新潟県南蒲原郡田上町）
 北浜の大カヤノキ（静岡県浜松市）
 名古屋城のカヤ（愛知県名古屋市）
 果号寺のシブナシガヤ（三重県伊賀市）
 高倉神社のシブナシガヤ（三重県伊賀市）
 コツブガヤ
 小原のコツブガヤ（宮城県白石市）
 庫蔵寺のコツブガヤ（三重県鳥羽市）
 ハダカガヤ
 日置のハダカガヤ（兵庫県丹波篠山市） - 樹齢600年
 ヒダリマキガヤ
 小原のヒダリマキガヤ（宮城県白石市）
 熊野のヒダリマキガヤ（滋賀県蒲生郡日野町）
 建屋のヒダリマキガヤ（兵庫県養父市） - 樹齢800年、日本最大のヒダリマキガヤ

被子植物・双子葉類 
 カワゴケソウ科
 志布志のカワゴケソウ科植物生育地（鹿児島県志布志市）
 ヤクシマカワゴロモ生育地（鹿児島県熊毛郡屋久島町）
 オオヨドカワゴロモ自生地（宮崎県小林市）
 オオヤマレンゲ
 オオヤマレンゲ自生地（奈良県五條市・吉野郡天川村）
 シデコブシ
 椛のシデコブシ自生地（愛知県田原市）
 田光のシデコブシ及び湿地植物群落（三重県三重郡菰野町）
 オガタマノキ
 小長井のオガタマノキ（長崎県諫早市）
 永利のオガタマノキ（鹿児島県薩摩川内市）
 クスノキ
 神崎の大クス（千葉県香取郡神崎町）
 阿豆佐和気神社の大クス（静岡県熱海市）
 葛見神社の大クス（静岡県伊東市） - 樹齢1000年
 杉桙別命神社の大クス（静岡県賀茂郡河津町）
 清田の大クス（愛知県蒲郡市）
 薫蓋クス（大阪府門真市）
 川棚のクスの森（山口県下関市）
 新居浜一宮神社のクスノキ群（愛媛県新居浜市）
 大山祇神社のクスノキ群（愛媛県今治市）
 大谷のクス（高知県須崎市）
 新舟小屋のクスノキ林（福岡県みやま市）
 太宰府神社のクス（福岡県太宰府市）
 湯蓋の森（クス）衣掛の森（クス）（福岡県糟屋郡宇美町）
 本庄のクス（福岡県築上郡築上町）
 川古のクス（佐賀県武雄市）
 藤崎台のクスノキ群（熊本県熊本市）
 柞原八幡宮のクス（大分県大分市）
 瓜生野八幡のクスノキ群（宮崎県宮崎市）
 高鍋のクス（宮崎県児湯郡高鍋町）
 妻のクス（宮崎県西都市）
 上穂北のクス（宮崎県西都市）
 清武の大クス（宮崎県宮崎市）
 東郷のクス（宮崎県日南市）
 志布志の大クス（鹿児島県志布志市） - 樹齢1000年
 塚崎のクス（鹿児島県肝属郡肝付町）
タブノキ
 府馬の大クス（千葉県香取市） - 指定名はクスであるが実際の樹種はタブノキ
ハスノハギリ
 平久保安良のハスノハギリ群落（沖縄県石垣市）
 オニバス
 十二町潟オニバス発生地（富山県氷見市）
 カザグルマ
 カザグルマ自生地（奈良県宇陀市）
 ナンテン
 川上のユズおよびナンテン自生地（山口県萩市）
 カツラ
 シダレカツラ（岩手県盛岡市）
 赤津のカツラ（福島県郡山市）
 糸井の大カツラ（兵庫県朝来市）
 海潮のカツラ（島根県雲南市）
 竹崎のカツラ（島根県仁多郡奥出雲町）
 鎮西村のカツラ（福岡県飯塚市）
 下合瀬の大カツラ（佐賀県佐賀市）
 イスノキ
 八幡神社のイスノキ（静岡県下田市）
 エノキ
 東内のシダレエノキ（長野県上田市）
 赤羽根大師のエノキ（徳島県美馬郡つるぎ町）
 ムクノキ
 椋本の大ムク（三重県津市）
 二見の大ムク（奈良県五條市）
 アコウ
 三崎のアコウ（愛媛県西宇和郡伊方町）
 松尾のアコウ自生地（高知県土佐清水市）
 高串アコウ自生北限地帯（佐賀県唐津市）
 奈良尾のアコウ（長崎県南松浦郡新上五島町）
 内海のアコウ（宮崎県宮崎市）
 ガジュマル
 名護のひんぷんガジュマル（沖縄県名護市）
 ヤマグワ
 薄根の大クワ（群馬県沼田市） - 樹齢1500年
 羽吉の大クワ（新潟県佐渡市）
 ヤマモモ
 蓮着寺のヤマモモ（静岡県伊東市）
 アカシデ
 幸神神社のシダレアカシデ（東京都西多摩郡日の出町）
 テングシデ
 大朝のテングシデ群落（広島県山県郡北広島町）
 ブナ
 歌才ブナ自生北限地帯（北海道寿都郡黒松内町）
 和泉葛城山ブナ林（大阪府貝塚市）
 比婆山のブナ純林（広島県庄原市）
 イヌブナ
 平糠のイヌブナ自然林（岩手県二戸郡一戸町）
 尚仁沢上流部イヌブナ自然林（栃木県塩谷郡塩谷町）
ウバメガシ
伊平屋島のウバメガシ群落（沖縄県島尻郡伊平屋村）
 カシワ
 勝源院の逆ガシワ（岩手県紫波郡紫波町）
 イチイガシ
 大村のイチイガシ天然林（長崎県大村市）
 ハナガガシ
 堅田郷八幡社のハナガガシ林（大分県佐伯市）
 オキナワウラジロガシ
 大和浜のオキナワウラジロガシ林（鹿児島県大島郡大和村）
 ミズナラ
 小黒川のミズナラ（長野県下伊那郡阿智村）
 アベマキ
 口大屋の大アベマキ（兵庫県養父市） - 樹齢400年
 ツブラジイ
 称名寺のシイノキ（宮城県亘理郡亘理町）
 スダジイ（イタジイ）
 シイノキ山のシイノキ群叢（東京都大島町）
 堂形のシイノキ（石川県金沢市）
 神明社の大シイ（愛知県西尾市）
 伯耆の大シイ（鳥取県東伯郡琴浦町）
 クリ
 カズグリ自生地（岩手県花巻市）
 小野のシダレグリ自生地（長野県上伊那郡辰野町）
 西内のシダレグリ自生地（長野県上田市）
 竹原のシダレグリ自生地（岐阜県下呂市）
 ツバキ
 ツバキ自生北限地帯（青森県東津軽郡平内町・秋田県男鹿市）
 サザンカ
 千石山サザンカ自生北限地帯（佐賀県神埼郡吉野ヶ里町）
 チャノキ
 嬉野の大チャノキ（佐賀県嬉野市）
 サカキ
 松上神社のサカキ樹林（鳥取県鳥取市）
 ホルトノキ
 竹野のホルトノキ（宮崎県東諸県郡綾町）
 アオギリ
 伊古奈比咩命神社のアオギリ自生地（静岡県下田市）
 サキシマスオウノキ
 古見のサキシマスオウノキ群落（沖縄県八重山郡竹富町）
 ンタナーラのサキシマスオウノキ群落（沖縄県石垣市）
 ハマボウ
 万之瀬川河口域のハマボウ群落及び干潟生物群集（鹿児島県南さつま市）
 ムジナモ
 宝蔵寺沼ムジナモ自生地（埼玉県羽生市）
 コケモモ
 九重山のコケモモ群落（大分県竹田市・玖珠郡九重町）
 サカイツツジ
 落石岬のサカイツツジ自生地（北海道根室市）
 シロヤシオ
 京丸のアカヤシオおよびシロヤシオ群生地（静岡県浜松市）
 アカヤシオ
 京丸のアカヤシオおよびシロヤシオ群生地（静岡県浜松市）
 レンゲツツジ
 湯の丸レンゲツツジ群落（群馬県吾妻郡嬬恋村）
 躑躅原のレンゲツツジ及びフジザクラ群落（山梨県富士吉田市）
 ヤマツツジ
 美森の大ヤマツツジ（山梨県北杜市）
 オンツツジ
 船窪のオンツツジ群落（徳島県吉野川市）
 コメツツジ
 三嶺・天狗塚のミヤマクマザサ及びコメツツジ群落（徳島県三好市・高知県香美市）
 ツクシシャクナゲ
 多良岳ツクシシャクナゲ群叢（長崎県諫早市）
 犬ヶ岳ツクシシャクナゲ自生地（福岡県豊前市・大分県中津市）
 ホンシャクナゲ
 一之瀬のホンシャクナゲ群落（岐阜県大垣市）
 鎌掛谷ホンシャクナゲ群落（滋賀県蒲生郡日野町）
 アズマシャクナゲ
 花山のアズマシャクナゲ自生北限地帯（宮城県栗原市）
 草津白根のアズマシャクナゲおよびハクサンシャクナゲ群落（群馬県吾妻郡草津町）
 ハクサンシャクナゲ
 吾妻山ヤエハクサンシャクナゲ自生地（福島県福島市）
 草津白根のアズマシャクナゲおよびハクサンシャクナゲ群落（群馬県吾妻郡草津町）
 キバナシャクナゲ
 八ヶ岳キバナシャクナゲ自生地（長野県南佐久郡南牧村）
 ミヤマキリシマ
 池の原ミヤマキリシマ群落（長崎県雲仙市）
 大船山のミヤマキリシマ群落（大分県竹田市）
 シロドウダン
 地獄地帯シロドウダン群落（長崎県雲仙市）
ツガザクラ
銅山峰のツガザクラ群落（愛媛県新居浜市）
 ツルマンリョウ
 丹生川上中社のツルマンリョウ自生地（奈良県吉野郡東吉野村）
 出雲神社ツルマンリョウ自生地（山口県山口市）
 ハマナス
 ハマナス自生南限地帯（茨城県鹿嶋市・鳥取県鳥取市・西伯郡大山町）
 ノカイドウ
 ノカイドウ自生地（鹿児島県霧島市・宮崎県えびの市）
 ヤマナシ（ニホンナシ）
 月潟の類産ナシ（新潟県新潟市）
 アイナシ
 西阿倉川アイナシ自生地（三重県四日市市）
 イヌナシ
 東阿倉川イヌナシ自生地（三重県四日市市）
 多度のイヌナシ自生地（三重県桑名市）
 シナナシ
 安下庄のシナナシ（山口県大島郡周防大島町）
 ウメ
 朝鮮ウメ（宮城県仙台市）
 余田臥龍梅（山口県柳井市）
 高岡の月知梅（宮崎県宮崎市）
 湯ノ宮の座論梅（宮崎県児湯郡新富町）
 藤川天神の臥龍梅（鹿児島県薩摩川内市）
 サクラ
 盛岡石割ザクラ（岩手県盛岡市）
 龍谷寺のモリオカシダレ（岩手県盛岡市）
 鹽竈神社の鹽竈ザクラ（宮城県塩竈市）
 角館のシダレザクラ（秋田県仙北市）
 伊佐沢の久保ザクラ（山形県長井市）
 草岡の大明神ザクラ（山形県長井市）
 南谷のカスミザクラ（山形県鶴岡市）
 三春滝ザクラ（福島県田村郡三春町）
 馬場ザクラ（福島県安達郡大玉村）
 桜川のサクラ（茨城県桜川市）
 大戸のサクラ（茨城県東茨城郡茨城町）
 金剛ザクラ（栃木県日光市）
 三波川（サクラ）（群馬県藤岡市）
 石戸蒲ザクラ（埼玉県北本市）
 極楽寺の野中ザクラ（新潟県東蒲原郡阿賀町）
 小山田ヒガンザクラ樹林（新潟県五泉市）
 小木の御所ザクラ（新潟県佐渡市）
 橡平サクラ樹林（新潟県新発田市）
 梅護寺の珠数掛ザクラ（新潟県阿賀野市）
 松月寺のサクラ（石川県金沢市）
 山高神代ザクラ（山梨県北杜市）
 躑躅原のレンゲツツジ及びフジザクラ群落（山梨県富士吉田市）
 素桜神社の神代ザクラ（長野県長野市）
 霞間ヶ渓（サクラ）（岐阜県揖斐郡池田町）
 臥龍のサクラ（岐阜県高山市）
 根尾谷淡墨ザクラ（岐阜県本巣市）
 中将姫誓願ザクラ（岐阜県岐阜市）
 揖斐二度ザクラ（岐阜県揖斐郡大野町）
 木曽川堤（サクラ）（愛知県江南市・一宮市）
 白子不断ザクラ（三重県鈴鹿市）
 常照寺の九重ザクラ（京都府京都市）
 樽見の大ザクラ（兵庫県養父市）
 知足院ナラノヤエザクラ（奈良県奈良市）
 三隅大平ザクラ（島根県浜田市）
 大村神社のオオムラザクラ（長崎県大村市）
 ヒガンザクラ自生南限地（鹿児島県姶良郡湧水町） - 栗野岳
 荒川のカンヒザクラ自生地（沖縄県石垣市）
 バクチノキ
 早川のビランジュ（神奈川県小田原市）
 ケヤキ
 文下のケヤキ（山形県鶴岡市）
 高瀬の大木（ケヤキ）（福島県会津若松市）
 原町の大ケヤキ（群馬県吾妻郡東吾妻町） - 樹齢1000年
 御岳の神代ケヤキ（東京都青梅市）
 馬場大門のケヤキ並木（東京都府中市）
 練馬白山神社の大ケヤキ（東京都練馬区）
 鵜川神社の大ケヤキ（新潟県柏崎市）
 専福寺の大ケヤキ（福井県大野市）
 根古屋神社の大ケヤキ（山梨県北杜市）
 三恵の大ケヤキ（山梨県南アルプス市） - 樹齢1000年
 上野原の大ケヤキ（山梨県上野原市）
 野間の大ケヤキ（大阪府豊能郡能勢町）
 八代の大ケヤキ（兵庫県朝来市） - 樹齢1600年
 竹の熊の大ケヤキ（熊本県阿蘇郡南小国町）
 下野八幡宮のケヤキ（宮崎県西臼杵郡高千穂町）
 ヤエヤマシタン
 平久保のヤエヤマシタン（沖縄県石垣市）
 フジ
 藤島のフジ（岩手県二戸郡一戸町）
 滝前不動のフジ（宮城県柴田郡川崎町） - 樹齢400年
 山ノ神のフジ（山梨県富士吉田市） - 樹齢200年
 熊野の長フジ（静岡県磐田市）
 黒木のフジ（福岡県八女市）
 宮崎神社のオオシラフジ（宮崎県宮崎市）
 オヒルギ
 大池のオヒルギ群落（沖縄県島尻郡南大東村）
 キイレツチトリモチ
 キイレツチトリモチ自生北限地（長崎県長崎市）
 キイレツチトリモチ産地（鹿児島県鹿児島市）
 ヤッコソウ
 鈴が峯のヤッコソウ発生地（徳島県海部郡海陽町）
 ヤッコソウ発生地（鹿児島県日置市）
 イヌツゲ
 野岳イヌツゲ群落（長崎県雲仙市）
 ツゲ
 黄柳野ツゲ自生地（愛知県新城市）
 アカギ
 首里金城の大アカギ（沖縄県那覇市）
 ヨコグラノキ
 ヨコグラノキ北限地帯（宮城県白石市）
 トチノキ
 脇谷のトチノキ（富山県南砺市）
 太田の大トチノキ（石川県白山市）
 畑上の大トチノキ（兵庫県豊岡市） - 樹齢500年
 熊野の大トチ（広島県庄原市）
 カエデ
 中釜戸のシダレモミジ（福島県いわき市）
 ヤマモミジ
 万徳寺のヤマモミジ（福井県小浜市）
 楓谷のヤマモミジ樹林（岐阜県美濃市）
 ハナノキ
 新野のハナノキ自生地（長野県下伊那郡阿南町）
 越原ハナノキ自生地（岐阜県加茂郡東白川村）
 釜戸ハナノキ自生地（岐阜県瑞浪市）
 坂本のハナノキ自生地（岐阜県中津川市）
 白山神社のハナノキおよびヒトツバタゴ（岐阜県土岐市）
 富田ハナノキ自生地（岐阜県恵那市）
 川宇連ハナノキ自生地（愛知県北設楽郡豊根村）
 南花沢のハナノキ（滋賀県東近江市）
 北花沢のハナノキ（滋賀県東近江市）
 センダン
 野神の大センダン（徳島県阿波市）
 琴平町の大センダン（香川県仲多度郡琴平町）
 ミカン
 尾崎小ミカン先祖木（大分県津久見市）
 ユズ
 川上のユズおよびナンテン自生地（山口県萩市）
 タチバナ
 甲原松尾山のタチバナ群落（高知県土佐市）
 コウライタチバナ
 笠山コウライタチバナ自生地（山口県萩市）
 ナツミカン
 大日比ナツミカン原樹（山口県長門市）
 ヒロハチシャノキ
 仁井田のヒロハチシャノキ（高知県高岡郡四万十町）
 太宰府神社のヒロハチシャノキ（福岡県太宰府市）

 キンモクセイ
 永明寺のキンモクセイ（群馬県邑楽郡邑楽町）
 華蔵寺のキンモクセイ（群馬県伊勢崎市）
 三島神社のキンモクセイ（静岡県三島市）
 往至森寺のキンモクセイ（愛媛県西条市）
 麻生原のキンモクセイ（熊本県上益城郡甲佐町）
 古江のキンモクセイ（宮崎県延岡市）
 ヒトツバタゴ
 白山神社のハナノキおよびヒトツバタゴ（岐阜県土岐市）
 鰐浦ヒトツバタゴ自生地（長崎県対馬市）
 ヒトツバタゴ自生地（愛知県犬山市・岐阜県瑞浪市・恵那市・中津川市）
 シシンラン
 シシンラン群落（奈良県吉野郡上北山村）
 クチナシ
 立田山ヤエクチナシ自生地（熊本県熊本市）

被子植物・単子葉類 
 ビロウ
 高島のビロウ自生地（宮崎県延岡市）
 ニッパヤシ
 船浦のニッパヤシ群落（沖縄県八重山郡竹富町）
 ヤエヤマヤシ
 米原のヤエヤマヤシ群落（沖縄県石垣市）
 ウブンドルのヤエヤマヤシ群落（沖縄県八重山郡竹富町）
 マダケ
 敷島のキンメイチク（群馬県渋川市）
 篠原のキンメイチク（石川県加賀市）
 龍野のカタシボ竹林（兵庫県たつの市）
 久喜宮のキンメイチク（福岡県朝倉市）
 ハチク
 鳥屋野逆ダケの藪（新潟県新潟市）
 トラフダケ（ヤシャダケ）
 トラフダケ自生地（岡山県真庭市）
 本谷のトラフダケ自生地（岡山県津山市）
 モウソウチク
 高良山のモウソウキンメイチク林（福岡県久留米市）
 祝子川モウソウキンメイ竹林（宮崎県延岡市）
 ミヤマクマザサ
 三嶺・天狗塚のミヤマクマザサ及びコメツツジ群落（徳島県三好市・高知県香美市）
 スズラン
 向淵スズラン群落（奈良県宇陀市）
 吐山スズラン群落（奈良県奈良市）
 サクライソウ
 久々利のサクライソウ自生地（岐阜県可児市）
 カキツバタ
 小堤西池のカキツバタ群落（愛知県刈谷市）
 大田ノ沢のカキツバタ群落（京都府京都市）
 唐川のカキツバタ群落（鳥取県岩美郡岩美町）
 ノハナショウブ - 指定名称ではハナショウブとなっているが、すべて原種のノハナショウブの自生地である。
 花輪堤ハナショウブ群落（岩手県花巻市）
 斎宮のハナショウブ群落（三重県多気郡明和町）
 栗野町ハナショウブ自生南限地帯（鹿児島県姶良郡湧水町木場） - 日本のノハナショウブ自生地の南限といわれている。
 エヒメアヤメ
 沼田西のエヒメアヤメ自生南限地帯（広島県三原市）
 小串エヒメアヤメ自生南限地帯（山口県下関市）
 エヒメアヤメ自生南限地帯（愛媛県松山市・山口県防府市・佐賀県佐賀市・宮崎県小林市）
 タヌキノショクダイ
 沢谷のタヌキノショクダイ発生地（徳島県那賀郡那賀町）
 ムカデラン
 不動院ムカデラン群落（三重県松阪市）

植物群落など 
 オンネトー湯の滝マンガン酸化物生成地（北海道足寄郡足寄町） - 藻類などの集合体も含め指定されている。
 円山原始林（北海道札幌市）
 藻岩原始林（北海道札幌市）
 後方羊蹄山の高山植物帯（北海道虻田郡倶知安町・京極町・喜茂別町・真狩村・ニセコ町）
 女満別湿生植物群落（北海道網走郡大空町）
 焼尻の自然林（北海道苫前郡羽幌町）
 登別原始林（北海道登別市）
 霧多布泥炭形成植物群落（北海道厚岸郡浜中町）
 夕張岳の高山植物群落および蛇紋岩メランジュ帯（北海道夕張市・空知郡南富良野町）
 礼文島桃岩一帯の高山植物群落（北海道礼文郡礼文町）
 縫道石山・縫道石の特殊植物群落（青森県下北郡佐井村）
 平糠のイヌブナ自然林（岩手県二戸郡一戸町）
 岩手山高山植物帯（岩手県滝沢市）
 青葉山（宮城県仙台市） - 東北大学植物園内のモミ原生林。
 椿島暖地性植物群落（宮城県本吉郡南三陸町）
 八景島暖地性植物群落（宮城県石巻市）
 芝谷地湿原植物群落（秋田県大館市）
 長走風穴高山植物群落（秋田県大館市）
 秋田駒ヶ岳高山植物帯（秋田県仙北市）
 鳥海山獅子ヶ鼻湿原植物群落及び新山溶岩流末端崖と湧水群（秋田県にかほ市）
 三瀬気比神社社叢（山形県鶴岡市）
 駒止湿原（福島県南会津郡南会津町・大沼郡昭和村）
 赤井谷地沼野植物群落（福島県会津若松市）
 中山風穴地特殊植物群落（福島県南会津郡下郷町）
 雄国沼湿原植物群落（福島県耶麻郡 北塩原村）
 尚仁沢上流部イヌブナ自然林（栃木県塩谷郡塩谷町）
 武甲山石灰岩地特殊植物群落（埼玉県秩父郡横瀬町）
 平林寺境内林（埼玉県新座市）
 笠森寺自然林（千葉県長生郡長南町）
 成東・東金食虫植物群落（千葉県山武市・東金市）
 太東海浜植物群落（千葉県いすみ市）
 旧白金御料地（東京都港区・品川区）
 三宝寺池沼沢植物群落（東京都練馬区）
 大島海浜植物群落（東京都大島町）
 山神の樹叢（神奈川県足柄下郡湯河原町）
 箱根仙石原湿原植物群落（神奈川県足柄下郡箱根町）
 宮川神社社叢（新潟県柏崎市）
 能生白山神社社叢（新潟県糸魚川市）
 筥堅八幡宮社叢（新潟県村上市）
 宮崎鹿島樹叢（富山県下新川郡朝日町）
 気多神社社叢（石川県羽咋市）
 鹿島の森（石川県加賀市）
 須須神社社叢（石川県珠洲市）
 蒼島暖地性植物群落（福井県小浜市）
 富士山原始林及び青木ヶ原樹海（山梨県南都留郡富士河口湖町・鳴沢村）
 霧ヶ峰湿原植物群落（長野県諏訪市・諏訪郡下諏訪町）
 一位森八幡神社社叢（岐阜県高山市）
 八幡野八幡宮・来宮神社社叢（静岡県伊東市）
 羽豆神社の社叢（愛知県知多郡南知多町）
 宮山原始林（愛知県田原市）
 石巻山石灰岩地植物群落（愛知県豊橋市）
 八百富神社社叢（愛知県蒲郡市）
 鳳来寺山（愛知県新城市）
 葦毛湿原（愛知県豊橋市）
 鬼ヶ城暖地性シダ群落（三重県度会郡南伊勢町）
 細谷暖地性シダ群落（三重県度会郡南伊勢町）
 金生水沼沢植物群落（三重県鈴鹿市）
 九木神社樹叢（三重県尾鷲市）
 須賀利大池及び小池（三重県尾鷲市）
 御池沼沢植物群落（三重県四日市市）
 大島暖地性植物群落（三重県北牟婁郡紀北町）
 田光のシデコブシ及び湿地植物群落（三重県三重郡菰野町）
 伊吹山頂草原植物群落（滋賀県米原市）
 深泥池生物群集（京都府京都市）
 生島樹林（兵庫県赤穂市）
 室生山暖地性シダ群落（奈良県宇陀市）
 仏経嶽原始林（奈良県吉野郡上北山村・天川村）
 妹山樹叢（奈良県吉野郡吉野町）
 与喜山暖帯林（奈良県桜井市）
 稲積島暖地性植物群落（和歌山県西牟婁郡すさみ町）
 江須崎暖地性植物群落（和歌山県西牟婁郡すさみ町）
 新宮藺沢浮島植物群落（和歌山県新宮市）
 神島（和歌山県田辺市）
 那智原始林（和歌山県東牟婁郡那智勝浦町）
 倉田八幡宮社叢（鳥取県鳥取市）
 大野見宿禰命神社社叢（鳥取県鳥取市）
 白兎神社樹叢（鳥取県鳥取市）
 鳥取砂丘（鳥取県鳥取市）
 波波伎神社社叢（鳥取県倉吉市）
 高尾暖地性濶葉樹林（島根県隠岐郡隠岐の島町）
 三瓶山自然林（島根県大田市）
 鯉ヶ窪湿生植物群落（岡山県新見市）
 忠海八幡神社社叢（広島県竹原市）
 瀰山原始林（広島県廿日市市）
 峨嵋山樹林（山口県光市）
 干珠樹林（山口県下関市）
 満珠樹林（山口県下関市）
 指月山（山口県萩市）
 津島暖地性植物群落（徳島県海部郡牟岐町）
 弁天島熱帯性植物群落（徳島県阿南市）
 皇子神社社叢（香川県小豆郡小豆島町）
 象頭山（香川県仲多度郡琴平町）
 菅生神社社叢（香川県三豊市）
 天川神社社叢（香川県仲多度郡まんのう町）
 伊尾木洞のシダ群落（高知県安芸市）
 室戸岬亜熱帯性樹林及び海岸植物群落（高知県室戸市）
 隠家森（福岡県朝倉市）
 沖の島原始林（福岡県宗像市）
 岩戸山樹叢（長崎県南島原市）
 原生沼沼野植物群落（長崎県雲仙市）
 普賢岳紅葉樹林（長崎県雲仙市）
 御橋観音シダ植物群落（長崎県佐世保市）
 黒子島原始林（長崎県平戸市）
 平戸礫岩の岩石地植物群落（長崎県平戸市）
 洲藻白岳原始林（長崎県対馬市）
 龍良山原始林（長崎県対馬市）
 辰の島海浜植物群落（長崎県壱岐市）
 奈留島権現山樹叢（長崎県五島市）
 諫早市城山暖地性樹叢（長崎県諫早市）
 阿蘇北向谷原始林（熊本県菊池郡大津町）
 宇佐神宮社叢（大分県宇佐市）
 虚空蔵島の亜熱帯林（宮崎県日南市）
 甑岳針葉樹林（宮崎県えびの市）
 石波の海岸樹林（宮崎県串間市）
 川南湿原植物群落（宮崎県児湯郡川南町）
 城山（鹿児島県鹿児島市）
 藺牟田池の泥炭形成植物群落（鹿児島県薩摩川内市）
 甑島長目の浜及び潟湖群の植物群落（鹿児島県薩摩川内市）
 薩摩黒島の森林植物群落（鹿児島県鹿児島郡三島村）
 宝島女神山の森林植物群落（鹿児島県鹿児島郡十島村）
 種子島国上湊川・阿嶽川のマングローブ林（鹿児島県西之表市・熊毛郡中種子町）
 喜界島の隆起サンゴ礁上植物群落（鹿児島県大島郡喜界町）
 徳之島明眼の森（鹿児島県大島郡伊仙町）
 安波のタナガーグムイの植物群落（沖縄県国頭郡国頭村）
 宮良川のヒルギ林（沖縄県石垣市）
 久高島の海岸植物群落（沖縄県南城市）
 慶佐次湾のヒルギ林（沖縄県国頭郡東村）
 諸志御嶽の植物群落（沖縄県国頭郡今帰仁村）
 長幕崖壁および崖錐の特殊植物群落（沖縄県島尻郡北大東村）
 田港御願の植物群落（沖縄県国頭郡大宜味村）
 南大東島東海岸植物群落（沖縄県島尻郡南大東村）

過去に指定されていた天然記念物 
 根岸御行松（東京都下谷区中根岸町） - クロマツ。大正15年指定、のち枯死、昭和3年指定解除。
 二十世紀梨原木（千葉県松戸市） - 昭和10年指定。昭和22年枯死。
 悲恋駒止桜（徳島県一宇村） - 昭和19年指定。昭和20年台風被害で倒壊、昭和23年指定解除。
 馬宮村桜草自生地（埼玉県さいたま市） - 昭和9年5月指定。戦後の食糧難に伴う開墾により消滅。昭和27年10月指定解除。
 開成山の桜（福島県郡山市） - 彼岸桜、山桜、染井吉野など。昭和9年5月1日指定。スポーツ施設建設のため昭和35年9月17日指定解除。
 緩木神社の松（大分県竹田市） - クロマツ。昭和12年指定、のち枯死。昭和51年3月12日指定解除。
 銀杏岡のイチョウ（岩手県花巻市） - 昭和6年指定。台風による大きな被害を受けたため昭和48年4月6日指定解除。（後に花巻市指定天然記念物となる）
 関の五本マツ（島根県松江市） - クロマツ。昭和18年指定。度重なる倒木で残り1本となったため昭和46年10月8日指定解除。
 佐賀の夫婦松（山口県熊毛郡平生町） - アカマツとクロマツの連理。昭和5年11月指定。昭和49年マツ材線虫病により枯死。昭和51年指定解除。
 千手のマツ（兵庫県南あわじ市） - 大正15年指定。昭和52年枯死、指定解除。
 塩山の大ブドウ（山梨県甲州市） - 　昭和28年11月14日指定。枯死により昭和52年7月28日指定解除。
 北般若の毘沙門スギ（富山県高岡市） - 大正13年指定。昭和54年9月台風により倒壊し、同月内に指定解除。
 上人マツ（山口県柳井市） - クロマツ。昭和35年指定。枯死、昭和52年3月15日指定解除。
 宇谷の連理根上りマツおよび根上りマツ（鳥取県東伯郡湯梨浜町） - クロマツ。昭和18年指定。枯死、昭和55年4月3日指定解除。
 小原のサイカチ（宮城県白石市） - 昭和17年7月21日指定。枯死により昭和56年5月11日指定解除。
 神明宮の大スギ（長野県大町市） - 昭和19年6月26日指定。枯死により昭和56年7月8日指定解除。
 与力マツ（愛媛県松山市） - クロマツ。昭和22年2月23日指定。マツ材線虫病により昭和56年7月8日指定解除。
 下野の女夫マツ（岐阜県中津川市） - アカマツの連理木。昭和6年7月31日指定。枯死により昭和63年指定解除。
 天蓋松（広島県福山市） - 樹齢630年。平成4年頃マツ材線虫病により枯死した。
 松之山の大ケヤキ（新潟県十日町市） - 樹齢1900-2000年。枯死のため平成8年に伐採。
 利賀のトチノキ（富山県南砺市） - 平成10年に枯死により伐採。
 高津連理の松（島根県益田市） - マツ材線虫病により枯死。平成10年1月指定解除。
 手野のスギ（熊本県阿蘇市） - 平成3年9月、台風により折損。平成12年5月19日指定解除。
 鳴門の根上りマツ（徳島県鳴門市） - 平成11年、最後の一本が枯死。平成12年5月19日指定解除。
 小浜神社の九本ダモ（福井県小浜市） - 平成15年枯死。平成16年5月21日指定解除。
 甲西の大カシワ（山梨県南アルプス市） - 昭和58年12月15日指定。台風により倒壊し平成18年指定解除。
 万休院の舞鶴マツ（山梨県北杜市） - 平成19年9月にマツ材線虫病により枯死。平成20年7月28日指定解除。
 タチバナ（高知県室戸市） - 枯死、消滅により平成20年7月28日指定解除。
 共和のカシの森（山口県美祢市） - 平成20年2月主幹折損。平成21年7月23日指定解除。
 淡路国道マツ並木（兵庫県南あわじ市） - 1980年代に滅失。平成22年8月5日指定解除。

第二類として指定されていたもの 
戦前の史蹟名勝天然紀念物保存法においては、「第一類（国家的なもの）」と「第二類（地方的なもの）」とに分けて指定することとなっていた。しかし第二類として指定されていた天然記念物のほとんどが、1956年（昭和31年）1月23日に一斉に指定を解除された。

1956年に指定を解除されたもの 
下記の天然記念物は、1956年1月23日に一斉に指定を解除された。★マークは現在都道府県から指定を受けているもの、△マークは現在市町村から指定を受けているもの。
 山岸のカキツバタ群落（岩手県盛岡市）昭和11年指定。★
 大善寺の藤（福島県郡山市）昭和9年指定。★
 向ヶ岡公園の桜（福島県東白川郡塙町）昭和11年指定。★
 大木原の桜（福島県安達郡大玉村）昭和11年指定。
 南郷の太郎杉（福島県東白川郡矢祭町）昭和13年指定。
 富田のケヤキ（福島県郡山市）昭和16年指定。
 高崎公園のハクモクレン（群馬県高崎市）昭和11年指定。★
 万蔵寺の御葉附イチョウ（埼玉県春日部市）昭和23年指定。★
 鬼子母神のイチョウ（東京都豊島区）昭和5年指定。★
 芝東照宮のイチョウ（東京都港区）昭和5年指定。★
 安藤稲荷跡のイチョウ（東京市小石川区大塚町）昭和9年指定。
 旧海軍大学正門前のシイ（東京市芝区白金台町）昭和10年指定。
 東京美術学校門内のシイ（東京市下谷区上野公園）昭和10年指定。
 上野恩賜公園二本杉原のシイ（東京市下谷区上野公園）昭和10年指定。
 旧蓬莱園のイチョウ（東京都台東区）昭和14年指定。★
 浅草公園のイチョウ（東京都台東区）昭和23年指定。
 中村の大杉（新潟県柏崎市）昭和4年指定。★
 貝屋の御葉附イチョウ（新潟県新発田市）昭和5年指定。★
 坊金の大杉（新潟県上越市）昭和11年指定。★
 村雨の松（新潟県佐渡市）昭和18年指定。★
 神明のケヤキ（石川県金沢市）昭和18年指定。
 岩村田の相生松（長野県佐久市）昭和10年指定。
 湯福神社のケヤキ（長野県長野市）昭和23年指定。△
 八柱神社の大樟（愛知県豊田市）昭和13年指定。★
 新熊野神社の樟（京都府京都市東山区）昭和7年指定。△
 才ノ神ノ藤（京都府福知山市）昭和9年指定。★
 芦屋の松（兵庫県芦屋市）昭和9年指定。
 八郷の藤（鳥取県西伯郡伯耆町＜旧：日野郡八郷村＞）昭和9年指定。
 松江藩道津田松並木（島根県松江市）昭和12年指定。
 竹崎の石割ケヤキ（島根県仁多郡奥出雲町）昭和18年指定。
 大本神社跡の樟（島根県鹿足郡津和野町）昭和18年指定。★
 サンバカタの松（島根県松江市）昭和18年指定。
 花岡のシンパク（山口県下松市）昭和13年指定。△
 正福寺のカイヅカ（山口県山口市）昭和15年指定。★
 佐川の大樟（高知県高岡郡佐川町）昭和18年指定。★
 小城の樟（佐賀県小城市）昭和3年指定。
 妙見の樟（熊本県菊池市）昭和15年指定。△
 川辺の大樟（鹿児島県南九州市）昭和16年指定。★

1956年以前に指定を解除されたもの 
 浅草公園の公孫樹（東京市浅草区浅草公園）昭和15年指定。昭和25年指定解除。
 戸塚ノ一本松（神奈川県横浜市戸塚区）昭和12年指定。昭和23年指定解除。
 祇園の枝垂桜（京都府京都市東山区）昭和12年指定。昭和25年指定解除。
 国泰寺ノ樟（広島県広島市西区）昭和3年指定。昭和23年指定解除。

1956年以降に指定を解除されたもの 
 山口のセンダン（山口県山口市）昭和16年指定。昭和40年指定解除。