この項では、日本の淡水魚について記す。一時的淡水魚も含めるが、河川河口域まではいるものにする。干潟やマングローブ林などの汽水域も含む。外来種、変種、雑種も含む。種の下の位（亜種、変種）がある場合は、その種は含まない。和名は一般的なものにする。

凡例

記号 
【外】・・・外来種 
【絶】・・・絶滅種
【亜】・・・亜種  
【変】・・・変種 
【沖】・・・沖縄（琉球諸島）固有種
【北】・・・北海道固有種
【小】・・・小笠原固有種
【琵】・・・琵琶湖固有種
【固】・・・その他固有種

階級 
括弧なし→絶対にある階級
括弧あり→一部にある階級

1…目
（2…亜目、上科）
3…科
（4…亜科）
5…属
6…種、雑種
（7…亜種、変種）
（8…変種）

分類

ヤツメウナギ目

ヤツメウナギ科 
カワヤツメ属
スナヤツメ
カワヤツメ
シベリアヤツメ【北】
ミツバヤツメ属
ミツバヤツメ

ガー目

ガー科 
レピソステウス属（学名：Lepisosteus）
スポッテッドガー【外】
アトラクトステウス属（学名：Atractosteus）
アリゲーターガー【外】

カライワシ目

イセゴイ科 
イセゴイ属
イセゴイ

ニシン目

ニシン亜目

カタクチイワシ科

エツ亜科 
エツ属 
エツ【亜】

ウナギ目

ウナギ亜目

ウナギ科 
ウナギ
オオウナギ
ニューギニアウナギ
ウグマウナギ

ウツボ科 
コクハンカワウツボ
ナミダカワウツボ

ウミヘビ科 
カワウミヘビ

イワアナゴ科 
ウンブキアナゴ

キュウリウオ目

キュウリウオ科 
キュウリウオ属
ワカサギ
チシマワカサギ
イシカリワカサギ
チカ
シシャモ【北】
キュウリウオ【北】

シラウオ科 
シラウオ
イシカワシラウオ
アリアケシラウオ
アリアケヒメシラウオ

アユ科 
アユ属
アユ
アユ【亜】
コアユ【亜】【琵】
リュウキュウアユ【亜】【奄美・沖縄で一部絶滅】

サケ目

サケ科 
タイヘイヨウサケ属(サケ属、オンコリンクス属)
シロサケ
ギンザケ
カラフトマス
ベニザケ
ヒメマス【変】
クニマス
クチグロマス【絶】
ニジマス（レインボートラウト）【外】
スチールヘッド（テツ）【変】
サクラマス
サクラマス【亜】
ヤマメ【変】
サツキマス【亜】
アマゴ【変】
イワメ【変】
ビワマス【亜】
マスノスケ（キングサーモン）
イトウ属
イトウ
イワナ属（サルベリヌス属）
イワナ
ニッコウイワナ【亜】
ヤマトイワナ【亜】
キリクチ【変】
アメマス【亜】
エゾイワナ【変】
ゴギ【亜】
オショロコマ
オショロコマ【亜】
降海型オショロコマ【変】
ミヤベイワナ【亜】
カワマス【外】（ブルックトラウト）
レイクトラウト【外】
シロマス属(コレゴヌス属、ワカソ属)
マレーナ（シナノユキマス）【外】
ペレッド（シナノユキマス）【外】
タイセイヨウサケ属(サルモ属)
ブラウントラウト（チャマス）【外】

コイ目

コイ上科

コイ科

クセノキプリス亜科 
ハクレン属
ハクレン【外】
コクレン【外】
ソウギョ属
ソウギョ【外】
アオウオ属
アオウオ【外】
ワタカ属
ワタカ 【琵】
ヘミクルター属
カワイワシ【外】
メガロブラマ属
ダントウボウ【外】
カワムツ属
ヌマムツ 【固】
カワムツ
ハス属
オイカワ
ハス 【亜】
カワバタモロコ属
カワバタモロコ 【固】
ヒナモロコ属
ヒナモロコ
キクチヒナモロコ【外】

タナゴ亜科 
タナゴ属
イチモンジタナゴ【固】
ゼニタナゴ【固】
タナゴ【固】
オオタナゴ【外】
イタセンパラ【固】
カネヒラ
シロヒレタビラ【亜】【固】
セボシタビラ【亜】【固】
アカヒレタビラ【亜】【固】
ミナミアカヒレタビラ【亜】【固】
キタノアカヒレタビラ【亜】【固】
バラタナゴ属
バラタナゴ
タイリクバラタナゴ【亜】【外】
ニッポンバラタナゴ【亜】【固】
スイゲンゼニタナゴ
カゼトゲタナゴ【固】
クモトゲタナゴ
アブラボテ属
ヤリタナゴ
ミヤコタナゴ【固】
アブラボテ【固】

コイ亜科 
コイ属
コイ
フナ属
ゲンゴロウブナ【琵】
ヘラブナ【変】
マブナ
ニゴロブナ【亜】【琵】
キンブナ【亜】
オオキンブナ【亜】
ギンブナ【亜】
ナガブナ【亜】
ギベリオブナ【亜】
ヒブナ【変】
キンギョ【変】

カマツカ亜科 
タモロコ属
タモロコ
タモロコ【亜】
スワモロコ【亜】【絶】
ホンモロコ【琵】
カマツカ属
カマツカ
ナガレカマツカ【固】
スナゴカマツカ【固】
ゼゼラ属
ゼゼラ【固】
ヨドゼゼラ【固】
ツチフキ属
ツチフキ
ニゴイ属
ニゴイ【固】
コウライニゴイ
ズナガニゴイ
スゴモロコ属
イトモロコ【固】
デメモロコ【固】
コウライモロコ
スゴモロコ【琵】
ムギツク属
ムギツク
モツゴ属
モツゴ
ウシモツゴ【固】
シナイモツゴ【固】
ヒガイ属
ヒガイ
カワヒガイ【亜】
ビワヒガイ【亜】【琵】
アブラヒガイ【亜】【琵】

ウグイ亜科 
ウグイ属
ウグイ
マルタ
マルタ【亜】
ジュウサンウグイ【亜】
ウケクチウグイ【固】
エゾウグイ
アブラハヤ属
ヤチウグイ【北】
アブラハヤ
アブラハヤ【亜】
ヤマナカハヤ【亜】
タカハヤ
ピメファレス属
ファットヘッドミノー【外】

テンチ亜科 
テンチ属
テンチ【外】

ダニオ亜科（ラスボラ亜科） 
ダニオ属
ゼブラダニオ（ゼブラフィッシュ）【外】
パールダニオ【外】

ドジョウ上科

ドジョウ科

アユモドキ亜科 
アユモドキ【固】

ドジョウ亜科 
ドジョウ属
ドジョウ
キタドジョウ
ヒョウモンドジョウ
シノビドジョウ【固】
ジンダイドジョウ【絶滅か？】【固】
カラドジョウ【外】
シマドジョウ属
オオシマドジョウ【固】
ニシシマドジョウ【固】
ヒガシシマドジョウ【固】
トサシマドジョウ【固】
ヤマトシマドジョウ【固】
オオヨドシマドジョウ【固】
オオガタスジシマドジョウ【琵】
コガタスジシマドジョウ【固】
サンヨウコガタスジシマドジョウ【亜】
トウカイコガタスジシマドジョウ【亜】
ビワコガタスジシマドジョウ【琵】【亜】
ヨドコガタスジシマドジョウ【絶滅か？】【亜】
サンインコガタスジシマドジョウ【亜】
ナミスジシマドジョウ【固】
チュウガタスジシマドジョウ【亜】
オンガスジシマドジョウ【亜】
ハカタスジシマドジョウ【亜】
アリアケスジシマドジョウ【固】
タンゴスジシマドジョウ【固】
イシドジョウ【固】
ヒナイシドジョウ【固】
アジメドジョウ属
アジメドジョウ【固】

タニノボリ科

フクドジョウ亜科 
ホトケドジョウ【固】
エゾホトケドジョウ【固】
ヒメドジョウ【外】
ナガレホトケドジョウ【固】
フクドジョウ【北】
トウカイナガレホトケドジョウ【固】

ナマズ目

ナマズ科 
ナマズ（ニホンナマズ）
イワトコナマズ【琵】
ビワコオオナマズ【琵】
タニガワナマズ【固】

ギギ科 
ギギ【固】
ネコギギ【固】
アリアケギバチ【固】
ギバチ【固】

アメリカナマズ科 
ヒレナマズ【外】
アメリカナマズ（チャネルキャットフィッシュ）【外】

ロリカリア科 
マダラロリカリア【外】

カリクティス科 
コリドラス・アエネウス【外】

アカザ科 
アカザ

トウゴロウイワシ目

アテリノプス科

アテリノプシス亜科 
オドンテステス属
ペヘレイ（ラプラタトウゴロウ）

ダツ目

サヨリ科 
クルメサヨリ
コモチサヨリ

メダカ科 
ミナミメダカ【固】
キタノメダカ【固】

カダヤシ目

カダヤシ科

カダヤシ亜科 
カダヤシ【外】
コクチモーリー【外】
ソードテール【外】
スリコギモーリー【外】
グッピー【外】

トゲウオ目

トゲウオ科 
イトヨ
ハリヨ
トミヨ
エゾトミヨ【北】
イバラトミヨ
ムサシトミヨ
ミナミトミヨ【絶】

ヨウジウオ科 
オオウミウマ

ボラ目

ボラ科 
ボラ属
ボラ
メナダ
コボラ
ナガレフウライボラ【沖】
オニボラ【沖】
カワボラ【沖】
ヒルギメナダ
アンピンボラ

スズキ目

スズキ亜目

タカサゴイシモチ科 
タカサゴイシモチ科 
タカサゴイシモチ属 
タカサゴイシモチ  Bleeker, 1852 (Banded-tail glassy perchlet)

サンフィッシュ科

オオクチバス亜科 
オオクチバス属（ブラックバス）
オオクチバス【外】
コクチバス【外】
フロリダバス【外】

ブルーギル亜科 
ブルーギル属
ブルーギル【外】

スズキ科 
スズキ属
スズキ
タイリクスズキ【外】

ケツギョ科 
オヤニラミ属
オヤニラミ

モロネ科 
モロネ属
ストライプトバス（シマスズキ）【外】
ホワイトバス【外】

タイ科

ヘダイ亜科 
クロダイ属
クロダイ（チヌ）
キチヌ
ナンヨウチヌ
ミナミクロダイ

アカメ科 
アカメ属
アカメ

ヒメツバメウオ科 
ヒメツバメウオ属
ヒメツバメウオ

テッポウウオ科 
テッポウウオ属
テッポウウオ

ユゴイ科 
ユゴイ属
ユゴイ
オオクチユゴイ
トゲナガユゴイ

シマイサキ科 
シマイサキ属
シマイサキ
コトヒキ
ヒメコトヒキ
ヨコシマイサキ
ニセシマイサキ
シミズシマイサキ

ベラ亜目

ティラピア科 （カワスズメ科）
ティラピア属
ジルティラピア【外】
オレオクロミス属
ナイルティラピア（イズミダイ、チカダイ）【外】
モザンビークティラピア（カワスズメ）【外】
アルコケントルス属
コンビクトシクリッド【外】
アストロノータス属
オスカー【外】

スズメダイ科

ソラスズメダイ亜科 
ソラスズメダイ属
スミゾメスズメダイ
リボンスズメダイ

キノボリウオ亜目

トウギョ科（オスフロネムス科）

ゴクラクギョ亜科 
ゴクラクギョ属
チョウセンブナ
タイワンキンギョ

タイワンドジョウ亜目

タイワンドジョウ科 
タイワンドジョウ属
タイワンドジョウ
カムルチー
コウタイ

ハゼ亜目

ハゼ科

ゴビオネルス亜科 
マハゼ属
マハゼ
ハゼクチ
アシシロハゼ
ミナミアシシロハゼ【沖】
ヌエハゼ属
ヌエハゼ
キヌバリ属
ダイミョウハゼ 
ヒナハゼ属
ヒナハゼ
タスキヒナハゼ
ゴマハゼ属
ゴマハゼ
ミツボシゴマハゼ
マングローブゴマハゼ
アベハゼ属
アベハゼ
イズミハゼ
ナミハゼ
タヌキハゼ
ムジナハゼ
ホホグロハゼ
ノボリハゼ属
ノボリハゼ
クチサケハゼ
ヨシノボリ属
ゴクラクハゼ
カワヨシノボリ
トウカイヨシノボリ【固】
シマヨシノボリ
ルリヨシノボリ
クロヨシノボリ
キバラヨシノボリ【沖】
パイヌキバラヨシノボリ【沖】
イリオモテパイヌキバラヨシノボリ【沖】【亜】
イシガキパイヌキバラヨシノボリ【沖】【亜】
ヤイマヒラヨシノボリ【沖】
ケンムンヒラヨシノボリ【沖】
オオヨシノボリ
オガサワラヨシノボリ【小】 
アヤヨシノボリ【沖】
アオバラヨシノボリ【沖】
トウヨシノボリ大型種
カズサヨシノボリ【変】【固】
オウミヨシノボリ【変】【固】
トウヨシノボリ小型種
クロダハゼ【固】
シマヒレヨシノボリ
ビワヨシノボリ【琵】
チチブ属
チチブ
ヌマチチブ
ナガノゴリ
シモフリシマハゼ
アカオビシマハゼ
ウキゴリ属
ウキゴリ
スミウキゴリ
シマウキゴリ
イサザ
エドハゼ
ジュズカケハゼ
ムサシノジュズカケハゼ
コシノハゼ
ホクリクジュズカケハゼ
シンジコハゼ
ビリンゴ
キセルハゼ
クボハゼ
チクゼンハゼ
ミミズハゼ属
ミミズハゼ
イドミミズハゼ
オオミミズハゼ
ドウクツミミズハゼ
ユウスイミミズハゼ
ミナミヒメミミズハゼ
ナガレミミズハゼ
イチモンジミミズハゼ
シロウオ属
シロウオ
ヒモハゼ属
ホンドヒモハゼ
イリオモテヒモハゼ
ハスジマハゼ属
ハスジマハゼ
ハゴロモハゼ属（イトヒキハゼ属）
ハゴロモハゼ
オイランハゼ
サルハゼ属
マツゲハゼ
カマヒレマツゲハゼ
ナガセハゼ
ミナミサルハゼ
スナゴハゼ属
スナゴハゼ
マサゴハゼ
コクチスナゴハゼ

ハゼ亜科 
ウロハゼ属
ウロハゼ
イワハゼ
コンジキハゼ
スダレウロハゼ
ヒトミハゼ属
ヒトミハゼ【沖】
クモハゼ属
クモハゼ
スジクモハゼ
クロホシヤハズハゼ
ヒメハゼ属
ヒメハゼ
キララハゼ属（スジハゼ属）
スジハゼ
セイタカスジハゼ【沖】
カスミハゼ【沖】
ニセツムギハゼ【沖】
ホクロハゼ
フタスジノボリハゼ属
フタスジノボリハゼ
クロコハゼ属
クロコハゼ
ツムギハゼ属
ツムギハゼ
ウチワハゼ属 
ウチワハゼ
トサカハゼ属
トサカハゼ
ヒメトサカハゼ
クロトサカハゼ
サラサハゼ属
ホホベニサラサハゼ

ボウズハゼ亜科 
ボウズハゼ属
ボウズハゼ
ルリボウズハゼ
ナンヨウボウズハゼ属
ナンヨウボウズハゼ
コンテリボウズハゼ
ヨロイボウズハゼ属 
ヨロイボウズハゼ
ハヤセボウズハゼ
アカボウズハゼ
カエルハゼ
ミナミハゼ属
ミナミハゼ
クロミナミハゼ

オキスデルシス亜科 
トビハゼ属
トビハゼ
トビハゼ
ミナミトビハゼ
タネハゼ
ハスジマハゼ
イレズミハゼ属
イレズミハゼ【沖】
ツムギハゼ【沖】
フタゴハゼ【沖】
インコハゼ属
インコハゼ

ワラスボ亜科 
チワラスボ属 :en:Taenioides
チワラスボ :en:Taenioides cirratus
ヒゲワラスボ
ワラスボ属 :en:Odontamblyopus
ワラスボ

ドンコ科 
ドンコ属
ドンコ
イシドンコ
「山陰・琵琶・伊勢」産ドンコ（仮）
「東瀬戸」産ドンコ（仮）
「西瀬戸」産ドンコ（仮）
「西九州」産ドンコ（仮）
ヨコシマドンコ【外】

ツバサハゼ科 
ツバサハゼ属
ツバサハゼ

スナハゼ科 
スナハゼ属
スナハゼ

カワアナゴ科

カワアナゴ亜科  
カワアナゴ属 
カワアナゴ 
チチブモドキ 
テンジクカワアナゴ 
オカメハゼ 
タナゴモドキ属
タナゴモドキ
タメトモハゼ属
タメトモハゼ
ゴシキタメトモハゼ

ノコギリハゼ亜科 
ノコギリハゼ属
ヤエヤマノコギリハゼ
ジャノメハゼ属
ジャノメハゼ
ホシマダラハゼ属
ホシマダラハゼ

オオメワラスボ科

クロユリハゼ亜科 
サツキハゼ
ミヤラビハゼ
マイコハゼ

カサゴ目

カジカ科 
カジカ
ウツセミカジカ
ハナカジカ
エゾハナカジカ
カンキョウカジカ
アユカケ
ヤマノカミ

コチ科 
マゴチ
イネゴチ

カレイ目

カレイ科

カレイ亜科 
ヌマガレイ属
ヌマガレイ
イシガレイ属
イシガレイ

フグ目

フグ科

フグ亜科 
トラフグ属
クサフグ
オキナワフグ属
オキナワフグ

タウナギ目

タウナギ科 
タウナギ属
タウナギ【琉球列島集団は固有種】