深夜アニメ（しんやアニメ）は、主に深夜番組として放送されるテレビアニメ全般の呼称である。

概要 
この呼称は正確な登場時期が不明な上に、命名者ないし提唱者が知られているわけではないが、公式に用いられている例としては、ソニー製のDVD/BDレコーダー（スゴ録/BDZシリーズ）の番組予約のジャンルに「深夜アニメ」の項が、2016年4月に配信サービスを開始したインターネットテレビ局・AbemaTV（現：ABEMA）のチャンネルの1つに「深夜アニメチャンネル」があった（2018年4月の改編でこのチャンネル名は消滅）。

当項では主に地上波およびBSテレビ局各局で23時-翌4時台に本放送されたもの、および、放送局や製作元などによって深夜アニメであると称されているものを対象とする。なお、主に独立局（TOKYO MXなど）で放送される新作テレビアニメ全般については「UHFアニメ」という通称があるが、本項では独立局において主に深夜帯に放送するアニメを便宜上「独立局系深夜アニメ」と取り上げることにする。

また「深夜アニメ」の対義語として、本項では「全日枠アニメ」という用語を「便宜上」使用するが、23時台に関しては全日枠でもある事に留意する必要がある。

ただし地上波及びBS独立局においては22時台（プライムタイム）に放送の新作アニメも、23時台以降のアニメ枠（および関連番組枠）と連続した編成となったり、製作・放送体制も深夜アニメに準ずる形態となっている事例が多いため、以上に該当するケースについても便宜上これに含めるものとする。なおTOKYO MX公式サイト内のアニメ番組表における時間帯別ゾーンの色分けについては、23時を境に分別されている。

日本では1990年代後半から深夜帯の青年向けアニメが広まり始めた。1998年頃から需要を見込んだ深夜アニメの採算性が注目されるようになり、テレビアニメの放送形態として一般化していった。この動きには、1990年代に製作委員会方式がアニメでも採用されだしたことが一因であると言われる。製作委員会方式はその性質上、出資する企業（アニメ制作会社、出版社、ゲームメーカー、玩具メーカーなど）の多さが資金調達には有利とされているが、出資企業の立場から見れば、1社が1作品から得られる利益は相対的に小さくなるため、より多くの作品からの利益を求めるようになった結果だというわけである。製作側にとっては映像ソフトの販売による収益が見込めることに加えて、深夜枠で放送することでそのコストを安くあげることができ、テレビ局側にとっても深夜枠を有効に活用できるというメリットがあることが製作本数の増加に繋がった。

2000年代半ば頃には少子化で子供向けアニメの需要が低下する中、アニメファン向けの映像ソフトなどの販売や世界展開などを見込み、製作委員会側がスポンサーをつけたうえで放送局の枠を買い取る形での深夜アニメが数多く作られ、アニメバブルとも形容された。その結果、2006年には全日帯のアニメ製作分数と深夜帯のアニメ製作分数がほぼ互角となるほどにまで深夜アニメが広がることとなった。また製作本数の観点では、2006年には深夜帯アニメが全日枠アニメを越えていると分析しているものもある。

その後は粗製乱造やインターネットによる違法配信の広がり、さらに本数増加による制作スケジュールの逼迫もあり、2007年頃を境に増減を繰り返す傾向にある。

日本動画協会が発行する「アニメ産業レポート」によると、2015年には日本のアニメ史上初めて、キッズ・ファミリーアニメ（全日帯放送）と深夜アニメ（深夜帯放送）の制作分数が逆転した。レポート内では、「深夜アニメがマイナーな領域だという認識を改めなければならない時代が訪れた」と総括している。

一方、Amazonプライム・ビデオやNetflix等の動画配信サービスが、2010年代以降の日本のアニメビジネスにおいて存在感を増している。アニメの視聴シーンは地上波からこうしたサービスに移ろうとしており、動画配信のプラットフォーム側が支払うライセンス料は、パッケージ収益に代わる、日本アニメビジネスの新たな収益源となりつつある。

特徴 
現在の関東圏民放局（在京キー局、独立局）の詳細な放送動向については、本項次節を、BS放送の状況については民間BS放送における深夜アニメの状況を参照。

インターネットにおける深夜アニメ配信の状況については、テレビアニメのインターネット配信などを参照。

主にアニメファンや一般層を対象として放送されている。後日発売されるDVD・Blu-ray Discおよび関連商品の販売促進を主な目的としており、製作費を回収するための重要な収益源でもある。番組スポンサーも原作単行本や原作ゲームなどといった関連商品を販売する出版社やソフトメーカーなどのコンテンツ系会社が多くを占める。

地上波のローカル局の場合、一部の深夜アニメの放送を継続している局や、毎日放送製作・TBS系列全国ネットで放送されている「スーパーアニメイズム」、テレビ朝日系列で放送されている「NUMAnimation」と朝日放送テレビ幹事・テレビ朝日系列で放送されている「ANiMAZiNG!!!」、フジテレビ系列で放送されている「ノイタミナ」レギュラーネット局（後述）などを除いて、広範囲にネットされた作品のみなどといった放送実績が非常に少ない局が大半を占めている。

放送期間は1クール（3か月、10 - 13回）〜2クール（6か月、22 - 26回）がほとんどであり、中には計3回の超短期作品も存在する。連続して3〜4クール以上放送された作品は数えるほどに過ぎないが（時間帯不問で）、2000年代半ば以降増加した分割クール制によって「シリーズ合わせて3クール以上になった」作品は、ある程度存在する（『夏目友人帳』シリーズ、『黒子のバスケ』など）。

視聴率は深夜であるため、2009年頃の水準では2.0%以上もあれば「合格点」であるといわれ、4.0%以上で「高視聴率」といわれる。しかしフジテレビの『ノイタミナ』枠や毎日放送（MBSテレビ）土曜深夜の『アニメシャワー』枠では高視聴率の番組も見られる。なお、ネット配信が一般的となった2020年代には2%台で高視聴率として扱われるようになっている。

深夜番組放送でのブロック編成に名称（商標）を付けるように、アニメ番組を集中編成するなどして独自の名称をつけることがある。2022年10月現在では上記の他に
 地上波
 日本テレビの『AnichU』
 フジテレビの『+Ultra』
 毎日放送の『アニメイズム』『アニメ特区』
 朝日放送テレビ（ABCテレビ）の『水曜アニメ〈水もん〉』『ANiMAZiNG2!!!』
 読売テレビ（ytv）の『MANPA』
 東北放送（tbc）の『寝られなアニメ』
 新潟放送（BSN）の『BSN THE アニメ』
 北陸朝日放送（HAB）の『アニ帯』
 静岡放送（SBS）の『アニメ6区→スーパーアニメ6区』
 山陰放送（BSS）の『森谷佳奈のアニ物語』
 南日本放送（MBC）の『よるアニメ』
 長崎文化放送（NCC）の『あに。』
BS/CS
 BS日テレの『アニメにむちゅ〜』
 BS朝日の『アニメA』
 BSフジの『アニメギルド』
 BS11の『ANIME+』
 BS12の『アニメ26』
 WOWOWプライムの『アニメプライム』
が存在する。

歴史 
日本の深夜アニメ第1号は、1963年から1964年にかけて水曜夜23時40分 - 23時55分にフジテレビ系列で放送された『仙人部落』（小島功原作の、週刊アサヒ芸能の連載漫画）である（第1 - 8話。第9話よりプライムタイムに移行）。1969年の『六法やぶれクン』（名古屋テレビ。史上初のローカル局製作深夜アニメ。当時はクロスネットの関係で日テレ系列で放送）の後、15年以上途絶えていた。

1980年代に入ると1986年の『ハートカクテル』（日本テレビ）、1987年の『レモンエンジェル』（18禁OVA『くりいむレモン』の流れを汲むライトアダルトアニメ。フジテレビ）、1989年の『小松左京アニメ劇場』 （毎日放送）、『セイシュンの食卓』（よみうりテレビ、『11PM』枠内）、1992年の『スーパーヅガン』（フジテレビ、史上初の30分枠深夜テレビアニメ）、1995年の『行け!稲中卓球部』（TBS）などが製作された。これらの作品は話題とはなったものの、すべて単発の試みに留まっている。アニメ評論家の藤津亮太は、OVAとして製作・発売された『銀河英雄伝説』が1990年にテレビ東京の深夜帯で放送されたことや、再放送枠ではあるが1992年に開始された毎日放送の『ヒーローは眠らない』枠の存在も、「テレビアニメにおける深夜枠開拓の先駆けの一つ」という見解を示している。また、1997年から『ワンダフル』（TBS）内で放送された短編アニメ「ワンダフルアニメ」の大ヒットも指摘されている。

1990年代後半に入り、1995年にテレビ東京系列水曜夕方枠で本放送され大人気を博した『新世紀エヴァンゲリオン』が、テレビ東京の深夜帯において数度再放送された際の視聴率が（深夜帯としては）驚異的な数字を叩き出したことや、その他系列局や系列外の地方局で再放送ないし遅れネットにおいても異例の高視聴率や、人気漫画を原作とする『逮捕しちゃうぞ』の放送（製作局のTBSでは土曜夕方枠での放送だったが、一部地域では深夜帯に放送されていた）が大きな反響を呼んだ。テレビ東京でかつてアニメ部門のプロデューサーを務めた東不可止は、『新世紀エヴァンゲリオン』の1997年における再放送の反響が大きかったことを挙げている。

そんな中、テレビ東京は1996年に放送された『エルフを狩るモノたち』を皮切りに深夜アニメ枠の開拓を進めるようになった。当時、大量生産に有利なデジタルアニメの実用化や、ビデオソフト会社主導で結成される製作委員会方式の確立で資金調達が容易になったことも相まって、首都圏の地上波における新作テレビアニメの放送数が急増し、深夜アニメ枠はちょうどその受け皿として機能することとなった。それを受けて他の在京キー局や、在阪局・在名局なども次々と深夜アニメ事業に参入するようになる。

1998年には当初から独立局での深夜帯放送を念頭に製作された『LEGEND OF BASARA』が放送されたのを皮切りに、独立局各局でも深夜アニメの展開が開始され、その後深夜アニメの有力な担い手となる。

2002年時点での深夜アニメは、その後に比べれば大きな盛り上がりではなかったともいわれ、本格的な活性化はその直後頃からとなる。

一方で2000年代前半には、フジテレビやテレビ朝日を中心に放送トラブルが相次ぐなど、様々な事情から深夜アニメの総放送本数は一進一退を繰り返した。

地方都市での視聴は一般に困難であったが、無料BSデジタル局BS-TBS（当時BS-i）が比較的多く放送していたほか、有料ではCS局アニマックス・AT-Xなどのアニメ専門チャンネルが存在した。2007年12月より放送を開始したBS11が開局当初から（無料放送局ながらも）積極的に深夜アニメを放送を始めたのを皮切りに、その他無料BS民放各局でも深夜アニメの放送本数が拡大傾向に入り、さらに主にBS11やBSフジ、BS日テレが製作委員会への参加にも積極的になっている。毎日放送にてかつてアニメプロデューサーを務めた竹田青滋はデジタルハリウッド大学の講演にて『アニメ番組が地上波からBSへシフトするのは間違いなくトレンドとなる』と語っている。

また、2000年代半ばに入るとVOD配信を併用する作品が増加傾向にあり、特にドワンゴが運営するニコニコ動画は2010年代に入るとニコニコチャンネルにおいて公式配信（ニコニコ公式アニメ）に力を入れているほか、dアニメストア、Netflix、hulu、Amazon Prime Video、ABEMA、U-NEXT、DMM TVなど、次々と深夜アニメなどアニメ番組を多く公式配信するサービスが誕生している。

2000年代における深夜アニメ流行の結果、1990年代には午前（7～10時）が11.0%、夕方（17～19時）が72.8%、深夜（24時以降）が13.6%であったテレビアニメ作品数は、2000年代には午前14.7%、夕方21.6%、深夜56.2%となった。

2010年代になると、これまで全日帯で放送されることが多く、子供向けアニメとしての性格も兼ねていた週刊少年ジャンプ掲載作品についても深夜帯での放送が増加した。一例として、2014年に放送が開始された『ハイキュー!!』は、第1期は夕方に放送されたが、第2期以降は深夜帯での放送となった。

2019年に放映された、週刊少年ジャンプ原作の『鬼滅の刃』は独立局系深夜アニメとしては異例のヒット作となった。アニメコラムニストの小新井涼は、「20を超えるプラットフォームでの配信や毎月の一挙配信などによって、リアルタイムで逃してしまった潜在的な作品ファンを配信で取り込むことができていた」として、深夜アニメからの国民的ヒット作が生まれる上で、「SNSでの口コミと後追いのための配信環境の充実」が必要条件となっていくと指摘している。また鬼滅の刃は全日帯でも高視聴率が期待できる番組だが、規制によって原作が改変されるのを防ぐため、あえて深夜での放送に踏み切ったとみられている。

現在の関東圏民放局における地上波での動向 
アニメの制作に従事するキー局・アニメ制作会社・出版社・レコード会社・広告代理店などの企業および本社が集中し、同時に地上波で深夜アニメを発信する際に重要なキー局の拠点地である関東圏における現況、子会社のBS・CSデジタル放送に関しては複雑にして多量な記述が必要な為、節を独立して解説する。

日本テレビ 

同局の深夜アニメの編成は断続的な休止も目立つ他、放送日時が一定しない傾向も見られる。2017年7月期に半年のブランクから新たにゾーン枠『AnichU』を新設した他、2021年4月期より日曜未明（土曜深夜）に系列全局ネットの深夜アニメ枠を制定している。2014年頃よりBS日テレでも一部を除いて遅れネットされている。

『AnichU』枠制定後も新作が放送されない場合がある上に『ワンダーエッグ・プライオリティ』の様に一度も定刻で放送されなかった作品すら存在する。また、パーティシペーションとしてノンスポンサーで放送されることが多い。

NNS系列局 
 読売テレビ

 自社製作全国ネットアニメの再放送や独立局系深夜アニメの放送を優先し、日本テレビ製作ローカルセールス作品を放送しないケースが目立つ。
 中京テレビ

 2017年に複数の日本テレビ系列局が製作に参加した『Infini-T Force』で初めて製作参加。2020年に『継つぐもも』で単独で深夜アニメの製作委員会に初めて参加。翌2021年に『シキザクラ』で日テレ逆ネット深夜アニメを製作。
 その他系列局
 日本テレビ製作の深夜アニメ作品は基本的に番組販売によるネットの為、作品によっては関東ローカルの事例が多かったり、遅れネットの時差も大きい傾向も目立つ。一方で作品の舞台となっている都道府県の放送局が放送のみで無く製作にも参加するケースもある。
 BS日テレは2019年より『アニメにむちゅ〜』枠を設置し日本テレビ製作作品をほぼ全て放送する様になった他、独立局系深夜アニメの放送に関してキー局系BS局の中で最も積極的な姿勢を取っている。

変則的な放送パターン（NNS） 
以下、他系列でのパターンを含めて三大都市圏での独立局や異系列局で放送されるなどのパターンに関しては基本的にテレビアニメ#変則的な事例を参照。本項では端的で異質さが際立っているパターンを紹介する。

 製作局にてシリーズ途中で深夜帯放送に変更
 『結界師』（読売テレビ・一部系列局では打ち切り）、『HUNTER×HUNTER』（日本テレビ）
 全日枠作品の続編が深夜帯に放送されるパターン
 『犬夜叉 完結編』（第2期）、『ルパン三世』（PART4以降）
 関東・関西圏では独立局のプライムタイム帯で同時期ネット
 読売テレビまたは読売テレビエンタープライズ製作関与『有頂天家族』（第1期）、『ヤマノススメ セカンドシーズン』など
 全国各地でネット系列が異なるパターン
 『THE MARGINAL SERVICE』
 系列内での放送は日本テレビとBS日テレのみ。京都府・兵庫県では独立局のKBS京都とサンテレビ、愛知県・福岡県ではテレビ東京系列のテレビ愛知（TVA）とTVQ九州放送（TVQ）にてそれぞれ放送。
 日本テレビが製作委員会に参加しているが、自局で放送せず関東圏では独立局で放送
 『エガオノダイカ』、『魔術士オーフェンはぐれ旅』シリーズ、『月が導く異世界道中』、『自動販売機に生まれ変わった俺は迷宮を彷徨う』
 関東圏では独立局で初放送し、後に日本テレビで実質再放送
 『ドラゴンクライシス!』、『07-GHOST』、『転生したらスライムだった件』シリーズ

テレビ朝日 

2007年 - 2019年9月の約13年間は単発的に放送。（独立局であるTOKYO MXを含め）在京民放テレビ局で唯一、「継続した」深夜アニメの新作レギュラー放送枠（テレビ東京や日本テレビでも設けなかった期間あり）を設けていなかった。

2020年4月より同局の深夜帯では初めて名称付きの深夜アニメ枠『NUMAnimation』を設置し、レギュラー新作アニメの放送を開始（それに先立って同枠にて2019年10月からアニメが放送されていた）。同年10月よりテレビ朝日系列全24局ネットに拡大。

ANN系列局 
 朝日放送テレビ

 朝日放送テレビ（ABCテレビ）は2012年秋改編より深夜アニメ事業に本格的に参入、2016年7月よりアニメ事業全体を子会社のABCアニメーションに分割。
 2020年10月期より、新たに朝日放送テレビをはじめとするテレビ朝日系列全24局ネットの『ANiMAZiNG!!!』を新設。
 メ〜テレ

 名古屋テレビ放送（メ〜テレ）は短編帯番組ながら、テレビ朝日（旧：NETテレビ）よりも約30年も早く『六法やぶれクン』を製作した（当時はクロスネット関係にあった日テレ系列で放送された）。これは在名局のみならず、在京キー局以外が手掛けた史上初の深夜アニメでもある。
 2007年4月期にテレビ朝日からのネット作品終了以降は38年振りの単独製作深夜アニメとなる『ウエルベールの物語 〜Sisters of Wellber〜』を放送開始し、関東圏ではTOKYO MXで放送。しかしこの動きはわずか1年で終わる。
 2018年1月期の『ダーリン・イン・ザ・フランキス』にABCアニメーション・TOKYO MX・BS11と共同で約9年振りに深夜アニメの製作委員会に参加。以後も『ANiMAZiNG!!!』枠を含めたABCアニメーション関与作品に断続的に参加している。2023年7月期の『うちの会社の小さい先輩の話』では、2000年10月期の『Sci-Fi HARRY』以来22年9ヶ月ぶりにテレビ朝日と共同製作を行っている。
 その他の局の放送事例
 前述の通り『NUMAnimation』の全国24局ネット化及び全国24局ネットの『ANiMAZiNG!!!』枠が設立された為に2020年10月期以降はクロスネット局を除いたテレビ朝日系列局全てで深夜アニメのレギュラー放送枠が存在する事となる。
 九州朝日放送（KBC）が福岡ローカルで放送した『怪盗レーニャ』（後にとちぎテレビで遅れネット）や『暗闇三太』（tvkでも1カ月遅れネット）など、および北海道テレビ放送（HTB）が独立局各局と共同製作した『フジログ』がANN系列局が参加した数少ない製作事例として挙げられる。後者は近年キングレコード製作アニメを系列不問でネットする事が増えている。
 長崎文化放送（ncc）では『あに。』（2019年4月 -）、北陸朝日放送（HAB）では『アニ帯』（2020年7月 - 同年9月）とそれぞれ名称付きの深夜アニメ枠が制定されている。
 CS系列局のテレ朝チャンネル1はテレビ朝日の深夜アニメの他に独立局系深夜アニメを積極的に放送している。

変則的な放送パターン（ANN） 
 全日枠作品の続編が深夜帯に放送されるパターン
 『ワールドトリガー』（2ndシーズン以降）
 1stシーズンは日曜 6:30枠で放送。
 『魔法つかいプリキュア!2』
 第1期『魔法つかいプリキュア!』は日曜 8:30枠で放送。
 全国各地でネット系列が異なるパターン
 『秘密結社鷹の爪 カウントダウン』
 JNN系列の毎日放送（製作委員会に参加。かつて1975年までテレビ朝日系列だった）・山陰放送（BSS）・静岡放送（SBS。製作委員会に参加）・RKB毎日放送、テレビ東京系列のテレビ愛知およびテレビせとうち（TSC）でも放送。本来の系列であるANN系列局では北陸朝日放送・広島ホームテレビ（HOME）・HTB・東日本放送（KHB）で放送された。
 『虚構推理』（第1期）
 BS日テレ製作。関東ではテレビ朝日、関西では毎日放送で放送された。
 『NUMAnimation』、『ANiMAZiNG!!!』において他系列BS局にて放送されたケース
 BSフジで放送
 『バトルアスリーテス大運動会 ReSTART!』
 BS11で放送
 『ジャヒー様はくじけない!』、『怪人開発部の黒井津さん』、『老後に備えて異世界で8万枚の金貨を貯めます』、『異世界召喚は二度目です』
 BS12で放送
 『美少年探偵団』、『可愛いだけじゃない式守さん』、『最近雇ったメイドが怪しい』

TBS 

TBSテレビの深夜アニメは長年に渡って金曜未明（木曜深夜）にTBS製作作品を（一部の例外あり）1番組（かつては2番組）、土曜未明（金曜深夜）に毎日放送（MBS）製作作品（『アニメイズム』）を2番組、更に2019年7月期からは『スーパーアニメイズム』を放送。改編期には過去に放送した作品の特別編を放送することがある。TBS・MBS製作作品は一部作品・一部ネット局を除き字幕放送を実施していたが、2023年4月期には『アニメイズム』にて字幕放送が廃止された。TBS製作枠には2018年4月期より『アニメリコ』と言う枠名が設定されていたが、2021年9月期をもって廃止され、再び無名枠に戻っている。

JNN系列局 
 毎日放送

 1989年に『小松左京アニメ劇場』で深夜アニメを製作。1995年に参入したTBSより先鞭を就けた。また、オリジナルアニメ作品にも非常に意欲的な姿勢である。
 1997年よりアニメシャワー枠を設置して深夜アニメに本格的に参入した。TBSへの逆ネット作品に関しては2006年より金曜未明（木曜深夜）にて（2012年4月に『アニメイズム』と制定）、2011年4月より火曜未明（月曜深夜）にもそれぞれ深夜アニメ枠を設置して定期放送（2015年3月に『アニメ特区』と制定）。
 TBS製作作品は金曜未明（木曜深夜）枠や『アニメ特区』枠を中心に放送していたが2015年以降はほとんどが未放送となり、サンテレビ等独立局でのネットもしくは関東ローカルとなっている。
 2019年7月より『アニメサタデー630』の毎日放送制作分の代替として、TBS系列全28局同時ネットの『スーパーアニメイズム』が開始。
 CBCテレビ

 中部日本放送（現：CBCテレビ）は2002年の『最終兵器彼女』で初参入。2006年の『ウィッチブレイド』はJNN系列局製作深夜アニメ逆ネット作品第1号である。以後もMBSと共同製作した『戦国BASARA』（2009年）や『Angel Beats!』（2010年）等を輩出し、2013年の『琴浦さん』を最後にCBC製作テレビアニメ自体が途絶えていたが、2021年の『やくならマグカップも』で8年振りに復活した。
 2016年10月期よりTBS（木曜深夜）・MBS（アニメイズム）のネットが各2本から各1本へと半減され、2018年1月期にはそれぞれ未ネットとなり、以後は単発的にネットするに留まる。
 2021年末以降はTBS・MBS製作アニメ及び独立局系深夜アニメにおいて本放送時点では東海地方で未放送の作品をCBCで独自に購入して遅れネットで放送するケースが増加している。
 放送形態・品質
 毎日放送およびCBCテレビでは当初はTBS製作作品同様に画面サイズを16:9で製作していたが、放送時には画面の両端をカットし4:3のアスペクト比にして放送していた（当時、地上デジタル放送が地方へ普及していなかったことへの配慮による）。2007年4月以降、TBSに先駆ける形で両局が製作に関る作品においては「16:9フルサイズ放送」が基本フォーマットとなっている（TBS製作作品は2009年10月以降）。
 番組連動型データ放送に関しては2007年に放送されたCBC製作『ロミオ×ジュリエット』においてCBCとTBSで実施、これは深夜アニメ史上初の事例であった（CBCにとっては初のハイビジョン制作深夜アニメ番組でもあった）。その後、『ラストエグザイル-銀翼のファム-』においてはCBCのみ実施。またMBSでも『革命機ヴァルヴレイヴ』・『鬼灯の冷徹』（第1期）・『悪魔のリドル』で実施している。
 なお、MBS製作作品においては2012年以降開始のTBS逆ネット作品（同年4月期より『アニメイズム』枠作品）を対象にBS-TBSでの放送も開始しているが、2022年7月期の『惑星のさみだれ』は製作にも参加しているBS11で放送。
 その他の局の放送現況
 前述の通り全国同時ネットの『スーパーアニメイズム』枠が設立された為に、2019年7月期以降はTBS系列局全てで深夜アニメのレギュラー放送枠が存在する事となった。
 RKB毎日放送・北海道放送（HBC）・東北放送（tbc）・中国放送（RCC）がCBCとの共同製作という形で深夜アニメの製作参加の実績があるが、これらの作品は関東圏では全て独立局で放送された。これらの主要系列局では深夜アニメが断続的に放送されている。
 熊本放送（RKK）では主に番組販売によって火曜 2:00（月曜深夜）前後の枠で深夜アニメ（特にBS民放各局で未放送番組やテレビ東京製作番組など）をほぼ定期的に放送し続けている（隣接する在福局でも未放送番組も珍しくない）。
 静岡放送も地元・静岡県を舞台にした番組などを積極的にネットしており、2019年10月 - は水曜（火曜深夜）のアニメ枠に『アニメ6区』と称する様になった。その他にもチューリップテレビ（TUT）では2014年7月以降断続的に放送している。
 その他、テレビユー福島（TUF）・北陸放送（MRO）・長崎放送（NBC）・南日本放送（MBC）も断続的にではあるが深夜アニメを放送している。さらに『けいおん!!』終了後にごく一部の地方系列局が一時的に深夜アニメ枠を設定したことがあった。
 また2019年以降は静岡放送の『アニメ6区』の他にも山陰放送の『森谷佳奈のアニ物語』（2019年10月 -）、東北放送の『寝られなアニメ』（2020年4月 -）、南日本放送の『よるアニメ』（2020年4月 - 2021年2月）、テレビ山梨（UTY）の『にちようスクエア』（2021年4月 -）・『ネムラセナイト』（2023年2月 -）、新潟放送（BSN）の『BSN THE アニメ』（2022年4月 -）といった様に複数の系列局にて相次いで名称付きの深夜アニメ枠が制定されている。

変則的な放送パターン（JNN） 
 毎日放送製作番組の場合
第1期とその続編（番外編なども含む）のネット局（関東圏やBS放送も含む）が異なったり、放送時間も全国ネット枠（日中→深夜）とローカル枠（深夜）を行き来する事例も少なくない。詳細は『アニメイズム』、『アニメシャワー』、『土6』→『日5』→『アニメサタデー630』（第1部）各ページを参照。
 自社製作深夜アニメの続編がNHK総合へ移籍（製作委員会には引き続き参加）
 『進撃の巨人』（season3以降）
 深夜アニメの続編を全国ネット枠にて放送（『スーパーアニメイズム』枠にて）
 『乙女ゲームの破滅フラグしかない悪役令嬢に転生してしまった…X』（第2期）
 深夜アニメの続編を全日枠全国ネット放送（何れも『日5』枠にて）
 『コードギアス 反逆のルルーシュR2』
 『戦国BASARA弐』（第1期『戦国BASARA』はCBCも製作参加）
 全日枠全国ネットアニメの続編・スピンオフなどを深夜アニメとして放送
 『エウレカセブンAO』（第2期）
 『アニメイズム』枠で放送。前作『交響詩篇エウレカセブン』は日曜 7:00枠で放送。
 『ハイキュー!!』シリーズ
 第1期『ハイキュー!!』は『日5』枠で放送。
 第2期『ハイキュー!! セカンドシーズン』は一部JNN系列局でネットの他、関東圏ではTOKYO MXで放送。代わりにBS11がネット局に加わっている。
 第3期『ハイキュー!! 烏野高校 VS 白鳥沢学園高校』は『アニメイズム』枠で放送。
 第4期『ハイキュー!! TO THE TOP』は『スーパーアニメイズム』枠で放送。
 『マギ シンドバッドの冒険』
『アニメイズム』枠で放送。『マギ』本編の第1期『マギ The labyrinth of magic』・第2期『マギ The kingdom of magic』は『日5』枠で放送。
 『青の祓魔師 京都不浄王篇』
『アニメイズム』枠で放送。第1期『青の祓魔師』は『日5』枠で放送。
 独立局系深夜アニメの続編をキー局系列深夜アニメとして放送
 『灼眼のシャナII（Second）』（第2期）、『からかい上手の高木さん3』（第3期）
 深夜アニメを全日枠で再放送するパターン
 『呪術廻戦』（第1期）
 製作には直接関与せず企画協力または幹事局として参加
 『神撃のバハムート VIRGIN SOUL』、『からかい上手の高木さん3』、『阿波連さんははかれない』他
 夕刻帯放送
 TBSとの共同製作『おおきく振りかぶって』（第1期のみ。第2期『おおきく振りかぶって 〜夏の大会編〜』は深夜枠で放送）
 関東圏では異系列キー局で放送
 『フォーチュン・クエストL』、『東京リベンジャーズ』シリーズ（テレビ東京にて放送、『フォーチュン・クエストL』は8カ月余り遅れてネット）
 全国各地でネット系列が異なるパターン
 『Dororonえん魔くん メ〜ラめら』、『輪るピングドラム』、『炎炎ノ消防隊 弐ノ章』（第2期）
 関西・関東圏ではTBS系列だが、愛知県ではテレビ東京系列のテレビ愛知で放送。
 さらに『Dororonえん魔くん メ〜ラめら』の福岡県では同一系列のTVQ九州放送でもネット。
 『惑星のさみだれ』
 北海道ではテレビ北海道（TVh）でネット。
 『進撃の巨人』
 関東圏はTOKYO MX、中京圏はテレビ愛知、北海道は北海道テレビ、福岡県は福岡放送（FBS）、大分県はテレビ大分（TOS。日テレ / フジ系列）と、クロスネットを入れると地上波全系列局で本放送された。なお、本放送終了後に遅れてネットする局も少なくなかった。BSではBS11で本放送された後、Dlife・NHK BSプレミアムなどで再放送された。なお、2014年9月にはOVAとして制作された特別編が『日5』枠で放送された。
 『アニメイズム』枠（前身枠を含む）、『スーパーアニメイズム』枠において地上波と同時期に異系列BS局にて放送されたケース
 BS日テレで放送
 『アルスの巨獣』、『女神のカフェテラス』
 BS朝日で放送
 『乙女ゲームの破滅フラグしかない悪役令嬢に転生してしまった…X』、『ブルーピリオド』、『ダンス・ダンス・ダンスール』
 BS11で放送
 『輪るピングドラム』、『惑星のさみだれ』
 TBS製作番組の場合
 TBSが製作委員会に参加しているが、自局で放送せず関東圏では独立局で放送
 『英國戀物語エマ』（第1期）、『Fate/stay night』（第1作）、『夜明け前より瑠璃色な 〜Crescent Love〜』、『もっとTo LOVEる -とらぶる- / To LOVEる -とらぶる- ダークネス』、『中二病でも恋がしたい!』シリーズ・『たまこまーけっと』、『境界の彼方』、『Extreme Hearts』
 TBSが製作委員会に参加しているが、BSではBS11で放送（BS11が製作協力の形で参加）
 『ノー・ガンズ・ライフ』、『安達としまむら』、『五等分の花嫁∬』（第2期）、他『それでも歩は寄せてくる』を除く2021年10月以降の木曜深夜枠の全作品
 TBS製作『アニアニランド』枠の場合
 同枠は15分アニメ『びんちょうタン』と『REC』を2本立てで放送した（TBSとBS-i（現：BS-TBS）のみ）。TBSやBS-iでは編成の都合で途中打ち切りとなったが、毎日放送では『びんちょうタン』は当時としては珍しく地上波16:9フルサイズ放送かつエンディング付き『完全版』を全話放送。その一方で『REC』はネットしなかった。
 全国各地でネット系列が異なるパターン
 『アサルトリリィ BOUQUET』
 TBS系列局は地上波系列ではTBS・テレビ山梨・新潟放送・RKB毎日放送の4局とBS-TBSのみ。地上波系列全体に限れば日本テレビ系列以外の局にて放送され、テレビ朝日系列（北海道テレビ・北陸朝日放送・長野朝日放送（abn）・静岡朝日テレビ（SATV）・愛媛朝日テレビ（eat）・長崎文化放送）が6局と一番多い。JNN排他協定の制約に加えてTBS製作番組でありながら系列不問という例外的なネット体制の為、第6話と第7話の間に挿入されるトーク特番も含めてTBSのロゴや名称は一切表示せず、製作委員会の『アサルトリリィプロジェクト』の名義のみが製作・著作のクレジットとなっている。
 『プラチナエンド』
 福岡県では九州朝日放送（テレビ朝日系列）に系列外ネット。
 独立局系深夜アニメの続編をキー局系列深夜アニメとして放送
 『異世界魔王と召喚少女の奴隷魔術Ω』（第2期）
 その他
 独立局系深夜アニメをTBS系列東名阪ネットで（実質）再放送
 2009年10月期には『魔法少女リリカルなのはA's』の放送を行った。本作は2005年に独立局系深夜アニメとして製作・本放送されたが、この様に関東圏ではキー局で（実質）再放送する事例は初となった。

テレビ東京 

 かつてはテレビ東京自身が製作不関与で放送する番組も少なくなかったが、現在では放送本数は減ったものの（クール毎に本数の変動が見られる傾向があり、2015年4月期と2019年10月期は一時的に新作深夜アニメが全く放送されなかった）、ほぼ全て製作委員会に関与している。ただ、2020年代に入り再び外部製作の番組が増えている。
 三大都市圏（テレビ東京・テレビ大阪（TVO）・テレビ愛知）以外の系列局（テレビ北海道・テレビせとうち・TVQ九州放送）の各局は未放送の作品が多数ある（各局の実績はまちまち）。
 TXN系列外の（東海・関西の）独立局（三重テレビ放送（MTV）・岐阜放送（GBS・ぎふチャン）や奈良テレビ（TVN）など）や他系列局で遅れネットされることもある。2010年代初期にはびわ湖放送（BBC）が積極的に遅れネットを行っていた他、2021年10月現在ではテレビ和歌山（WTV）が遅れネットを行っている。
 テレビ東京で放送された深夜アニメは（一部の例外を除いて）スカパー!ではAT-Xで初出となるが、テレビ東京より先行して放送される事は一部の例外を除いて無い。
 AT-Xが製作委員会に参加し、なおかつテレビ東京が製作不関与の番組の場合は同局最速で放送されることもある。
 BSテレ東（旧：BSジャパン）での深夜アニメの放送実績は少ない（2000年代で継続的に放送されたのは、かつて存在した小学館原作漫画枠作品程度である）が、2015年以降は新作（または全日枠の遅れネット）が毎クール1 - 3本程度放送されるようになり、以前よりはやや積極的に転じている。
 2010年代に入るとAT-X製作委員会参加の独立局系深夜アニメ番組がBSテレ東に代わり、BS11やBSフジ、BS日テレなどで放送される事例が主流となった（その場合、地上波と同レベルのバージョンを放送）。
 2021年以降は、テレビ東京（系列）で放送される深夜アニメ番組においても、テレビ東京の製作関与の有無に問わず、BSテレ東以外のBS他局（BS11・BS日テレ・BSフジなど）で放送されることが多くなっている。
 特撮ドラマがメインで、アニメ作品が外伝の『牙狼〈GARO〉シリーズ』に関してはスター・チャンネルでネット。

TXN系列局 
かつてテレビ大阪製作で第2期・第3期は日曜 9:30枠で放送されていた『ギャラクシーエンジェル』第4期を深夜アニメとして放送した。その後、長らくテレビ東京以外のTXN系列局が手掛けた深夜アニメは無かったが、2016年7月期に『orange』でテレビ愛知が製作委員会に参加、翌2017年4月期の『王室教師ハイネ』ではテレビ大阪が久々に深夜アニメの製作委員会に参加している。

TXN各系列局ではソフトメーカー・アニメ視聴者からのニーズに応える形で独立局系深夜アニメも放送している。
 テレビ愛知は中京圏における実質的な独立局の代替的な存在となっており、特に2000年代半ばには相当数の作品が放送されていた。テレビ東京系列作品もほとんど放送していることから、深夜アニメ放送本数は国内でトップクラスを誇っていた。ただ、2010年代半ばからTVAを含めた東海地区では未放送番組が増加傾向にある。
 同局では2020年に入ると新作深夜アニメの減少もあり、深夜枠で独自に旧作アニメのローカル再放送が複数編成される様になっている他、独立局系深夜アニメにも子会社のTVA advanceを通じて製作参加している。
 テレビ北海道とTVQ九州放送はそれぞれ北海道・福岡県内に於ける独立局系深夜アニメのネット局になることが多く、少数を断続的に放送している。
 テレビ大阪とテレビせとうちは独立局系深夜アニメがほとんど放送されない現状である。
 TSCはその一方で全日帯の子供向けアニメでは実在の新人アイドル歌手とのコラボレーションによる『アイドル伝説えり子』から地元・岡山県の企業であるベネッセコーポレーションが関与する『しまじろう』シリーズまで、東名阪以外の地域の放送局では唯一30分枠の連続作品の自社制作を継続し、系列外局へのスポンサードネットや番組販売も実施している。また独立局系テレビドラマでは製作委員会に参加したことがあった。

変則的な放送パターン（TXN） 
 製作局（テレビ東京）にてシリーズ途中で深夜帯放送に変更
 『KAIKANフレーズ』
 自社製作深夜アニメの続編がNHK総合へ移籍（製作委員会には引き続き参加）
 『弱虫ペダル LIMIT BREAK』（第5期）
 全日枠作品の続編（及びリメイク）が深夜帯に放送されるパターン
 『ハヤテのごとく!』シリーズ（第2期以降）、『スレイヤーズREVOLUTION』（第4期）、『スクールランブル二学期』（第2期）、『ギャラクシーエンジェル』（第4期）、『銀魂』（2017年以降のシリーズ）、『カードファイト!! ヴァンガード overDress』シリーズ（Season2・『will+Dress』Season1）、『東京ミュウミュウ にゅ〜♡』、『BLEACH 千年血戦篇』など
 上記とは逆に深夜アニメの続編が全日枠で放送されるパターン
 『マリア様がみてる〜春〜』（第2期）、『ネギま!?』（第2期）、『カードファイト!! ヴァンガード will+Dress』（Season2以降）
 内容を一部変更し、全日枠と深夜帯の両方で放送されるパターン
 『ソウルイーター』、『あにゃまる探偵 キルミンずぅ』、『ケロロ軍曹（7thシーズン）』
 『おはスタ』コーナーアニメとしてショート版を深夜でのフル版と連動して放送
 『斉木楠雄のΨ難』（第1期）、『古見さんは、コミュ症です。』（第1期）
 深夜アニメを全日枠で再放送するパターン
 『夏目友人帳』（第1期）、『神のみぞ知るセカイ』（第1期）、『ケロロ軍曹乙』（『ケロロ軍曹アンコール!』）、『けものフレンズ』（第1期）、『よりぬき銀魂さん ポロリ篇』、『IDOLY PRIDE』、『カードファイト!! ヴァンガード will+Dress』（Season1）、『BLEACH 千年血戦編』、『SPY×FAMILY』
 独立局系深夜アニメの続編をキー局系列深夜アニメとして放送するパターン
 『まりあ†ほりっく あらいぶ』（第2期）、『邪神ちゃんドロップキックX』（第3期）、『異世界はスマートフォンとともに。2』（第2期）
 独立局系深夜アニメをTXN系列局で（実質）再放送
 『魔法少女リリカルなのはStrikerS』、『ガールズ&パンツァー』、『IDOLY PRIDE』（前述の様に夕方枠で放送）、『プラオレ!〜PRIDE OF ORANGE〜』
 関西圏では異系列局で放送
 毎日放送で放送
 『貧乏神が!』、『東京リベンジャーズ』シリーズ、『境界戦機』、『夢見る男子は現実主義者』
 サンテレビ・KBS京都で放送
 『月とライカと吸血姫』
 BSでは地上波と同時期に他のBSデジタル放送局で放送
 BS日テレで放送
 『月とライカと吸血姫』、『邪神ちゃんドロップキックX』、『アイドルマスター シンデレラガールズ U149』、『夢見る男子は現実主義者』、『SYNDUALITY noir』
 BS朝日で放送
 『東京リベンジャーズ』シリーズ、『ちみも』
 BSフジで放送
 『精霊幻想記』、『邪神ちゃんドロップキックX』
 BS11で放送
 『うらみちお兄さん』、『大正オトメ御伽話』、『境界戦機』、『神クズ☆アイドル』、『Do It Yourself!! -どぅー・いっと・ゆあせるふ-』、『クールドジ男子』、『アークナイツ【黎明前奏/PRELUDE TO DAWN】』、『アイドルマスター シンデレラガールズ U149』
 BSではゴールデンタイムで放送
 『境界戦機』（BS11で放送）

フジテレビ 

 2000年代前半に放送トラブルが相次ぎ（以下便宜的に“フジショック”と呼ぶ）、その"フジショック"の苦い経験を踏まえてフジテレビ自身も製作委員会の幹事役として積極的に関わり、『ノイタミナ』枠はキー局製作の深夜アニメとしては比較的浅い時間帯でかつ1クール当たりの放送本数も全11話と通常の全12話 - 全13話より少なめに設定される場合が多い。深夜アニメ枠としては珍しく少女漫画や女性向け漫画原作作品を柱とした女性向け作品を中心としたラインナップとなっており、『もやしもん』シリーズといった作品は青年漫画を原作とした作品だが、アニメ化以降の新規ファンの殆どは女性であった。『ノイタミナ』枠は2011年10月期以降、一部の系列局でもスポンサーが付く形で放送が拡大されつつあるが、未だにFNS全系列局での放送には至っていない。
 『ノイタミナ』に関しては2016年4月 - 2018年12月はAmazonプライム・ビデオ独占で新作が有料配信されていた（本放送から1クール程度経過した過去作はFOD経由で他の配信サイトでも配信される）が、それ以降は複数のサイトで配信されている。『+ultra』に関してはNetflix独占で1話の放送後に全話分が先行配信されていた（例外あり）が、2021年4月 - はFODでの独占配信になっている。

FNS系列局 
 関西テレビ

 関西テレビ（KTV・カンテレ）は自社製作深夜アニメ第1号として『ギルガメッシュ』を放送したが、30分の深夜アニメ作品としてはテレビ東京系列以外で全系列局へのネット放送を果たした初の作品である。後にBSフジでも放送された。
 同局での『ノイタミナ』枠放送枠を一時期『アニメわ〜く!』と言うブランドで放送していた時期があった。
 更に2014年秋新規開始作品から『冴えない彼女の育てかた♭』までフジテレビ製作深夜アニメ全ての製作委員会に参加。
 2017年4月期からは同局で放送の一部の独立局系深夜アニメにも製作参加を開始している。
 その他
 中京ローカルとしては東海テレビ（THK）の『かよえ!チュー学』がミニ番組かつ帯番組として放送されていた。
 北海道ローカルでは北海道文化放送（uhb）の『フランチェスカ』が15分番組として放送された（tvkでも遅れネット）他、『邪神ちゃんドロップキック』シリーズ・『理系が恋に落ちたので証明してみた。』シリーズなどの製作にも関わっている。
 サガテレビはCygames原作作品を系列不問で積極的にネットしている。これは同社社長が佐賀県出身と言う縁によるものである。
 BSフジは『ノイタミナ』枠こそ現在ではレギュラーネットしていないものの（なお、『+ultra』枠はレギュラーネットしている）、独立局系深夜アニメの放送に関してはキー局系BS局の中では前述のBS日テレに次いで積極的であり、自ら製作委員会に参加する番組も目立つ。

変則的な放送パターン（FNS） 
 製作局（フジテレビ）にてシリーズ途中で深夜帯放送に変更
 『ラーゼフォン』
 独立局系深夜アニメの続編をキー局系列深夜アニメとして放送
 『鬼滅の刃』シリーズ（第2期以降）
 第1期『鬼滅の刃』の本放送は一部FNS系列局でネットの他、関東圏ではTOKYO MX・群馬テレビ・とちぎテレビで放送。BS11もネット局となっており、これらの4局と一部FNS系列局は第2期以降も引き続き放送。
 BSフジでは全日枠にてネット
 『暗殺教室』シリーズ
 BSフジが製作参加し、地上波では他系列で放送
 『バトルアスリーテス大運動会 ReSTART!』（テレビ朝日系列全国ネットで放送、テレビ朝日と共同制作）、『精霊幻想記』（関東圏はテレビ東京で放送）
 BSでは地上波と同時期に他のBSデジタル放送局で放送
 『鬼滅の刃』シリーズ（BS11で放送）
 フジテレビが製作委員会に参加しているが、自局で放送せず関東圏では独立局で放送
 『異世界でチート能力を手にした俺は、現実世界をも無双する〜レベルアップは人生を変えた〜』、『AYAKA -あやか-』

独立局 

1998年に放送された『LEGEND OF BASARA』を皮切りに独立局各局でも深夜アニメが多数放送されている。

2022年現在ではTOKYO MXが積極的に製作委員会に参加している他、その他の独立局も細々ながら製作参加するケースが増加傾向にある。TOKYO MX・サンテレビ・KBS京都・毎日放送他の在阪広域局・テレビ愛知での放送が多く、未放送地域は主にBS11（『ANIME+』）やBSフジ（『アニメギルド』）、BS日テレ（『アニメにむちゅ〜』）などのBS各局にAT-Xなどのアニメ専門チャンネル、ABEMAなどのインターネット配信で補完するケースが主流である。

NHKにおける深夜アニメの状況 
NHKでは2008年4月からBS2の深夜帯アニメ枠「衛星アニメ劇場」で新作テレビアニメが放送された（第1弾は『今日からマ王!（第3シリーズ）』と『アリソンとリリア』）。2011年3月にBS2が閉局後、その代替チャンネルとして新設されたBSプレミアムにて1年間BS深夜アニメ館枠で過去作が再放送された。2012年4月以降は別の時間帯に本放送する番組の再放送や民放アニメの放送などを実施。2013年6月からは約2年半ぶりに新作の深夜アニメ『キングダム』（第2シリーズ）を放送。

なお上記の事例の他、過去には主に教育テレビ（Eテレ）やBS2で本放送した番組が再放送されることがあった。

総合テレビにおける放送 

総合テレビでは2011年4月に『もしドラ』を（冒頭5分間は全日帯（プライムタイム）からのフライングスタートを実施）放送し、2014年8月には『目玉焼きの黄身 いつつぶす?』、2015年4月には『英国一家、日本を食べる』が放送された。

2016年10月からは深夜アニメ枠が設定されており、改編での枠移動が何度か起きている。この枠は新設から2018年3月までは土曜23時台で放送された。翌4月より2022年3月までは月曜0時10分 - 0時35分枠（日曜深夜。2枠の場合は0時35分 - 1時0分枠も使用）に移動して放送。翌4月より、日曜0時 - 0時25分枠（土曜深夜）へ再移動して放送されている。なお、これらの時間帯はTOKYO MX・BS11などで同時ネットされるUHFアニメと全国放送枠同士での競合が発生する形となる。

Eテレにおける放送 

2020年4月からはEテレでも月曜22時50分 - 23時15分に深夜アニメのレギュラー放送枠が設定されていた。この枠は翌年8月をもって終了している。

民放製作・NHK地方局ローカル編成のケース 
いずれも舞台となった県のローカル編成で放送。NHKでは営利目的でないBPO・ACジャパンを除いた外部団体のCMが放送法の違反行為（広告放送）としていることから、その制約を利用する形で下記のようにNHKオリジナルで番組を構成する紀行コーナーを本編（エンディングクレジット、次回予告含む）終了後に追加する形で本来CMを放送する時間を穴埋めしているが、それでも25分枠でまとまる。

 『たまゆら〜もあぐれっしぶ〜』 - AT-X→広島。『hitotose』は本放送時にはテレビ新広島で深夜帯に放送され、同局でも本放送開始前に連続放送された。本編終了後に「たまゆら紀行」を放送。同局では全日帯であった。
 『Free!-Eternal Summer-』 - ABC→鳥取。本放送開始前に第1期（無印）の連続放送が行われた。本編終了後に「岩美紀行」を放送。同局でも深夜帯であった。

民間BS放送における深夜アニメの状況 
BSデジタル放送局開局以後、BS民放局でも深夜アニメの放送が若干増加しつつある。

またBSデジタルチューナー内蔵のテレビやブルーレイレコーダーの普及により、2012年以降、深夜アニメの放送が増加傾向にあり、毎日各局が相次いで放送している。この影響で、同時間帯でアニメ番組が競合することがあり、その影響で一部のスポンサーが共通になることもある。

民放BS各局の動向 
BSデジタル放送開始前からWOWOWが上記のような商品販売促進の目的のため、あえて無料で視聴可能なノンスクランブルで放送の作品が多かった。かつては平日夕方枠での放送が多かったが、次第に深夜帯へとシフトしていった。しかし2008年以降の新作は2012年にスクランブル枠で放送された『カイバ』のみの状態が続いていたが、2016年4月期より地上波深夜アニメを金曜22時30分枠で最速先行放送する『アニメプレミア』枠を開設。2019年4月期より名称を『アニメプライム』に変更のうえ、木曜0時00分（水曜深夜）枠に移動。

BS日テレは、かつては日テレもしくは系列局製作作品の放送はほとんどなかったが、2014年4月期以降は日テレ製作の深夜アニメを一部を除いて継続的に遅れネットしている。なお、独立局系深夜アニメは以前より断続的な放送であり、2017年7月期の『ひとりじめマイヒーロー』で初めて独立局系深夜アニメの製作委員会に参加。その後徐々に放送枠を増やし、2019年10月期より月〜木曜および土日の深夜帯に『アニメにむちゅ〜』枠を開設することとなった。以降は、独立局系深夜アニメを定期的に放送している。

BS朝日は2016年10月期に『ユーリ!!! on ICE』（テレビ朝日製作）が放送されるまでは、テレビ朝日もしくはANN系列局関連の深夜アニメを放送した実績が全くなかった（テレビ朝日で関東ローカル放送された『ZOMBIE-LOAN』はBS日テレで本放送時は未放送だった回と合わせて遅れネットされた）。一方で独立局系深夜アニメに関しては『アニメ魂（アニメスピリッツ）』枠を2008年4月まで持っていた（後にBS日テレに移籍）ほか、それ以外の作品を少数ながら放送した実績があり、2020年4月期より金曜日の深夜帯に『アニメA』枠を新設（後に日曜日にも設置）。2021年4月期の『シャドーハウス』（BS11・WOWOWでも放送）で初めて独立局系深夜アニメの製作委員会に参加した。2012年12月 - 2013年3月の間は同局製作委員会参加にして独占放送の短編アニメ『僕の妹は「大阪おかん」』を放送した。

BS-TBSでは2001年から2007年までは（旧名の）BS-i独占放送番組も放送していた（現在ではテレビシリーズの特別編を断続的に独占放送する程度である）。

また2000年代以降、先述のようにTBS製作番組のほとんどを遅れネットしているほか、2012年1月期からは系列準キー局であるMBS製作番組の同時期遅れネットを開始している（2023年現在ではMBS『アニメイズム』枠は地上波レギュラーネット局より35分、TBS製作枠（旧『アニメリコ』）はTBSより2日とそれぞれ遅れネットとなっている）。独立局系深夜アニメに関しては放送に消極的であり、TBSテレビが製作委員会に参加している一部の作品以外では、2022年10月期の『悪役令嬢なのでラスボスを飼ってみました』の1作品のみである。なお、他の民放BS局と異なり、本局独自の枠名称は設けていない。

BSテレ東では開局当初からテレビ東京（系列）製作の深夜アニメ番組の放送は極めて少なかったが、2015年10月期から一時の休止を挟んで毎クール1-3本をネットしている。それ以外にも準新作を断続的に放送しているが、時期ごとに枠の変動が激しく、シリーズ作品の中で一部のシーズンが未放送になる等、他局に比べて安定していない。独立局系深夜アニメに関しては、2008年10月期の『かんなぎ』および2009年7月期の『化物語』の2作品（いずれもアニプレックス製作）のみである。先述のBS-TBSと同様、本局独自の枠名称は設けていない。

BSフジは土曜深夜枠→NOISE枠→ノイタミナ枠をレギュラーネットしていたが、2013年3月をもって打ち切りとなってからは、2015年1月期の自社製作委員会参加の『暗殺教室』までフジテレビ製作深夜アニメの放送は途絶えていた。独立局系深夜アニメに関しては後述のBS11に次いで積極的に放送しており、2014年頃から、自らそれの製作委員会に参加し、2017年4月改編で『アニメギルド』枠を新設し、親会社のフジテレビとは一線を画する路線を取っている。2018年10月期より、水曜深夜に+Ultra枠をレギュラーネットしているが、現在はBS日テレやBS朝日での本数増加により減少傾向にある。

BS11は開局当初から深夜アニメの放送に積極的で、2011年頃より新作アニメの放送が徐々に増加傾向を見せ、2010年代半ばには独立局系深夜アニメの大半をネットするに至ったが、現在はBSフジやBS日テレなどの本数増加に合わせてやや伸び悩みを見せている（それでも、新作の独立局系深夜アニメの本数は、BS各局の中で一番多く、全体の半数以上をカバーしている）。一方で『迷い猫オーバーラン!』や『ぬらりひょんの孫』シリーズ、『黒子のバスケ』シリーズなど製作委員会にも積極的に参加しており、2014年より本数を増やしている。近年ではキー局（主にTBS・テレビ東京）製作の深夜アニメを同局で放送する事例も見られ、また草創期を主に無料テレビ放送では同局で独占放送する事例も見られる。

TwellVは同時に開局したBS11とは対照的に長らく新作深夜アニメの放送実績は無かったが、2013年1月期から4月期まで独立局系深夜アニメ『問題児たちが異世界から来るそうですよ?』と『デート・ア・ライブ』の2作品を放送した。その後、2020年より『アニメ26』枠を新設している。

Dlifeは2012年の開局以来新作深夜アニメの放送実績はなかったが、2014年7月期から独立局系深夜アニメ『東京喰種トーキョーグール』シリーズを放送。その後は他局で放送したアニメ番組を実質再放送する形で深夜アニメを放送していたが、2019年12月を最後に廃止され、2020年3月31日をもって全ての放送を終了した。

2011年秋からBS放送を開始したスカパー!のアニマックスは、2012年7月期より毎週土曜22時台にて新作深夜アニメの遅れネットをノンスクランブルで放送していた時期があった（BS11とBSアニマックスノンスクランブル枠で放送した一部番組で同時期にネットすることがあり、どちらかの放送局が遅れ日数次第で、実質再放送になる事例もあった）。

インターネット配信 
内外のネット配信の市場拡大につれて、深夜アニメにおいてもネット配信が活発化している。無料サイトでは、近年ではABEMAが最速テレビ放送との同時ネット枠を増やすなど目覚ましい伸びを見せているほか、有料サイトではAmazon Prime VideoやNetflixと言った外資系に、dアニメストア・DMM TVなどの国内系がしのぎを削っている。

深夜アニメの各種問題 
なお、下記に挙げている作品についての具体的な概要は、各作品の記事を参照のこと。

表現規制 
※ テレビアニメでの全体的な傾向に関しては、テレビアニメ#表現の法的規制を参照。

一般的に深夜番組は性的描写や暴力描写などへの表現規制が緩い傾向が見られるが、1990年代後半以降、深夜アニメに関しては日本国内の放送局は厳しい自主規制を行っている。一方、オンエア時には隠していた表現をBD/DVDソフト化時に「無修正」化することで、逆にソフトの販売促進の手段として活用するケースも多く見られる。

なお日本民間放送連盟（民放連）では、数年に一度発行する「民放連放送基準解説書」において、青少年向け配慮として時間帯別のゾーニングや、番組開始前に「暴力的表現が含まれる」等の表示を行うことを提唱しているが、23時以降の時間帯については「主として保護者が児童・青少年の視聴について責任を負う時間帯と考え、原則として事前表示は行わない」としている。

 在京キー局における現状
特にテレビ東京は1997年暮れの「ポケモンショック」を起こした経験を機に各種の規制に厳格になっていたが、2010年代以降は規制が緩和され、『トリニティセブン』『チェンソーマン』などのようにお色気や残虐描写に対して規制を最小限に抑えた作品も放送されるようになっている。

TBSでもかなり厳格な規制が見られ、主に2010年代において同局製作のアニメではそれらの描写をほとんど削除する傾向が見られた（ただし系列局の毎日放送ではその限りではなく、時間帯を問わず同局製作アニメがTBSでも放送される場合、TBS独自の規制が入ることは基本的にはない）が、こちらも2020年代に入ってからは『異世界魔王と召喚少女の奴隷魔術Ω』のようにお色気要素の強い作品が放送されるようになっている。

一方、かつて表現規制が比較的緩めであったテレビ朝日は、『NUMAnimation』枠の設置以降に規制が厳しくなっており、『カッコウの許嫁』では原作のお色気描写の削除が行われた。

代表的な例 

 『GIRLSブラボー first season』
 本作放送までは比較的この種の表現に寛容と考えられていたフジテレビ系で放送することを念頭において製作され、本来は入浴シーンを始め、各種お色気描写がかなり満載となっている。
 しかし、フジテレビはこの作品の本放送開始と時を同じくして規制を厳格に転じ、その影響で放送版では大幅な修正を余儀なくされ、肝心の入浴シーンは濛々たる湯気で真っ白となった。性的描写の問題が最も先鋭化した問題の一つとして知られている（この件に関してはGIRLSブラボー#アニメを参照）。なお、本作の続編『GIRLSブラボー second season』はWOWOWへ移籍の上で「R-15指定相当（年齢制限というわけではない）」で放送された。
 2010年代後半に入るとフジテレビでの規制は緩やかになり、『クズの本懐』では過激過ぎる描写が問題視されるに至ったほどである。
 『フィギュア17 つばさ&ヒカル』（地上波ではテレビ東京系で放送）
 本来AT-Xでの放送を念頭においた作品だったこともあるが、地上波の放送において女子小学生（相当）キャラクターの裸体および入浴シーン（エロティックなものではなく、作劇上必要かつ自然なもの）に対して修正が入り、物議を醸した（詳細は別項を参照）。
 『怪物王女』
 原作では流血シーンやパンチラなどお色気描写が多々存在するが、TBSで放送されたテレビアニメ版ではその類の描写がほとんど削除され、流血絡みの作品設定も変更を余儀なくされた（後にOVA化された際にはこの種の表現規制は無くなっている）。
 『BLOOD-C』
 通行人やクラスメイトなどが惨殺される場面において、流血表現が光や影の挿入で規制されている。一方でヒロインが裸身を晒す場面ではほとんど規制が行われなかった。全般的に規制が緩い毎日放送製作作品でこのような規制が入るのは珍しい。
 『魔法少女まどか☆マギカ』
 物語終盤に東日本大震災が発生し、報道特別番組が暫く放送された事に加え、震災を想起させる場面が含まれていたことから、レギュラー放送が続行不可能となる事態となり、未放送回は翌月に一挙放送の形で対処した。

制作トラブルとその影響 
 『GAD GUARD』（フジテレビ）
 フジテレビでは第7話（未放送回を含めると「EPISODE 8」に該当）放送予定回を、当初は「2003年5月28日16時」に局に納品予定だったが、制作が遅れ、実際に納品されたのは翌日の「0時35分」になった。このため、局の判断で前週分の再放送に踏み切った。
2クールで20話放送したが、改編期を迎えたためシリーズ途中で打ち切られ、後日各アニメ専門チャンネルで全話放送された。
 『コードギアス 反逆のルルーシュ』（毎日放送・TBS系）
 制作スケジュールが逼迫していた影響で本放送は途中の第23話の段階で終了、約4ヶ月後に残り最終2話が特別編成で順次放送された。
 同様のケースは同局製作『エウレカセブンAO』でも発生している。
 『されど罪人は竜と踊る』（TBS）
 TBS・BS-TBSで2017年10月から放送が予定されていたが、同年9月22日、制作上の都合により2018年4月開始予定への放送延期が発表された。
これを受けてTBSではかつて自社製作UHFアニメとして放送した『中二病でも恋がしたい!』を、BS-TBSではその第2期にあたる『戀』をそれぞれ代替放送する事を決定した。
 新型コロナウイルス関連
 発生源である中国などのアニメ制作会社をはじめ、声優その他主要スタッフの感染が相次いだことでアフレコ収録にも甚大な影響が出ており、2020年4月以降の放送を予定していた、多数の番組において制作・放送スケジュールが大幅に順延するなどの影響が出ており、2022年現在においてもなお、いまだ終息の目処がつかない状態となっている。

放送版とパッケージ版の差異 
民放ネットワーク各局では低視聴率の深夜帯に放送されることや、独立局ではゴールデン・プライムタイム帯で放送されても視聴率が見込めないためキー局系各局と比べて広告料の単価が段違いに安く、スポンサー料収入だけではビジネスとして成立しないことから、パッケージ版での各種商法で視聴者の購入意欲を高めて行く手法を多く採られているのが現状である。

ただし近年ではパッケージ売上の頭打ちから、内外問わずネット配信権販売収入も大きな収益源とするケースが増え、特定サイト独占配信（配信サイト企業が製作委員会に参加するなど）の番組も増えている。

深夜アニメ一覧