ジャパンラグビートップリーグ2009-2010は2009年9月4日から2010年1月9日までレギュラーシーズンが行われた。

リーグ1位は三洋電機ワイルドナイツであったが、プレーオフトーナメントではリーグ3位の東芝ブレイブルーパスが優勝した。なおこの年からプレーオフは協賛スポンサーがなくなり、単に「トップリーグプレーオフトーナメント」の名称に変更された。

参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2009-2010の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。

昨シーズンの結果、日本IBMビッグブルー、横河武蔵野アトラスターズ（ともにトップイーストリーグ）が地域リーグに降格し、リコーブラックラムズ、ホンダヒートが地域リーグから昇格した。

順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1 	 	 
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||13||12||1||0||534||175||359||59
|rowspan="4"|プレーオフトーナメント、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||11||2||0||570||195||375||58
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||10||0||3||436||276||160||52
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||10||1||2||394||219||175||48
|- style="background-color:#cffcff"
|5
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||7||1||5||343||303||40||38
|rowspan="6"|日本選手権出場決定トーナメントへ
|- style="background-color:#cffcff"
|6
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||13||6||0||7||313||339||-26||31
|- style="background-color:#cffcff"
|7
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||6||0||7||311||371||-60||31
|- style="background-color:#cffcff"
|8
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス
||13||7||0||6||299||448||-149||31
|- style="background-color:#cffcff"
|9
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||5||2||6||311||327||-16||30
|- style="background-color:#cffcff"
|10
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||4||0||9||224||280||-56||25
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||13||4||1||8||218||348||-130||23
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||13||4||0||9||262||422||-160||19
|- style="background-color:#ffcccc"
|13
|style="text-align:left"|ホンダヒート
||13||1||0||12||255||464||-209||10
|rowspan="2"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|14
|style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス
||13||0||0||13||199||502||-303||4
|}

プレーオフトーナメント

セミファイナル 
 1月24日 三洋電機ワイルドナイツ 25-21 トヨタ自動車ヴェルブリッツ
 1月24日 東芝ブレイブルーパス 35-24 サントリーサンゴリアス

ファイナル 
 1月31日 三洋電機ワイルドナイツ 0-6 東芝ブレイブルーパス

入替制度

自動降格 
トップリーグの結果、13位ホンダヒートのトップウェスト、14位九州電力キューデンヴォルテクスのトップキュウシュウへの自動降格が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズ（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||81||35||46||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト）
||2||1||0||1||90||38||52||3||7
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||0||98||-98||0||0
|入替戦へ
|}

 1月16日 マツダブルーズーマーズ 0-43NTTコミュニケーションズ（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月23日 豊田自動織機 55-0 マツダブルーズーマーズ（近鉄花園ラグビー場）
 1月30日 NTTコミュニケーションズ 38-35 豊田自動織機（秩父宮ラグビー場）

以上の結果、1位NTTコミュニケーションズ、2位豊田自動織機がトップリーグに自動昇格、3位マツダブルーズーマーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|横河武蔵野アトラスターズ（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||110||40||70||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|NTTドコモレッドハリケーンズ（トップウェスト）
||2||1||0||1||160||29||131||2||6
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|中国電力（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||17||218||-201||0||0
|}

 1月16日 中国電力 17-81 横河武蔵野アトラスターズ（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月23日 NTTドコモレッドハリケーンズ 137-0 中国電力（近鉄花園ラグビー場）
 1月30日 横河武蔵野アトラスターズ 29-23 NTTドコモレッドハリケーンズ（秩父宮ラグビー場）

以上の結果、1位横河武蔵野アトラスターズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ11位近鉄ライナーズがトップチャレンジ2・1位の横河武蔵野アトラスターズと、トップリーグ12位リコーブラックラムズが、トップチャレンジ1・3位のマツダブルーズーマーズと入替戦を行った。
 2月13日 近鉄ライナーズ（トップリーグ11位）28-8 横河武蔵野アトラスターズ（トップチャレンジ2・1位）（近鉄花園ラグビー場）
 2月13日 リコーブラックラムズ（トップリーグ12位）  59-12 マツダブルーズーマーズ（トップチャレンジ1・3位）（秩父宮ラグビー場）

入替戦の結果、近鉄ライナーズ、リコーブラックラムズのトップリーグ残留が決定した。

表彰 
2009-2010シーズンの年間表彰式は、2010年2月1日にグランドプリンスホテル新高輪で実施された。

チーム表彰

TOP LEAGUE 優勝チーム

フェアプレーチーム賞

ベストファンサービス賞

個人表彰

トップリーグMVP

新人賞

最多トライゲッター

得点王

ベストキッカー

ベストホイッスル

プレーオフトーナメントMVP

ベストフィフティーン