日本基督教団の教会・伝道所一覧（にほんキリストきょうだんのきょうかい・でんどうしょいちらん）は、日本基督教団の17教区・合計1700余の教会・伝道所の一覧。

例：教会・伝道所名(宣教・伝道初年や設立年月日等・「合同」前からより在る教会・伝道所は旧教派名)

北海教区 （北海道）
 日本基督教団北海教区事務所

札幌地区 
 日本キリスト教団札幌教会

石狩空知地区 
 日本基督教団滝川二の坂伝道所

苫小牧地区 
 日本基督教団千歳栄光教会…千歳幼稚園・千歳第二幼稚園

道南地区 
 日本基督教団函館教会

奥羽教区 （青森県・岩手県・秋田県）
 日本基督教団奥羽教区事務所

北西地区 
 日本基督教団青森教会
 日本基督教団弘前教会(1875年・旧メソヂスト)…「合同」前の名称は、日本メソヂスト敎會弘前教会。
 日本基督教団浪岡伝道所

北東地区

岩手地区 
 日本基督教団内丸教会
 日本基督教団花巻教会
 日本基督教団一関教会
 日本基督教団水沢教会

秋田地区 
日本基督教団大館教会旧・メソジスト系
日本基督教団秋南教会
日本基督教団大曲教会
日本基督教団横手教会
日本基督教団湯沢教会
日本基督教団秋田高陽教会
日本基督教団秋田楢山教会

東北教区 （宮城県・福島県・山形県）
 日本基督教団東北教区センター　エマオ

宮城北地区 
 日本基督教団石巻栄光教会
 日本基督教団石巻山城町教会
 日本基督教団いずみ愛泉教会
 日本基督教団塩釜東教会
 日本基督教団仙台川平教会
 日本基督教団仙台北教会
 日本基督教団仙台松陵教会
 日本基督教団田尻教会
 日本基督教団登米教会
 日本基督教団鳴子教会
 日本基督教団陸前古川教会
 日本基督教団涌谷教会

宮城中地区 
 日本基督教団仙台ホサナ教会
 日本基督教団仙台愛泉教会
 日本基督教団仙台青葉荘教会
 日本基督教団仙台北三番丁教会
 日本基督教団仙台市民教会
 日本基督教団仙台東教会
 日本基督教団仙台東六番丁教会
 日本基督教団宮城野愛泉教会

相双・宮城南地区 
 日本基督教団岩沼教会
 日本基督教団大河原教会
 日本基督教団角田教会
 日本基督教団鹿島栄光教会
 日本基督教団白石教会
 日本基督教団仙台五橋教会
 日本基督教団仙台長町教会
 日本基督教団仙台東一番丁教会
 日本基督教団仙台広瀬河畔教会
 日本基督教団中村教会
 日本基督教団名取教会
 日本基督教団原町教会

山形北地区 
日本基督教団荘内教会

山形南地区 
日本基督教団天童教会
日本基督教団山形本町教会
日本基督教団山形六日町教会

福島地区 
 日本基督教団飯坂教会
 日本基督教団川俣教会
 日本基督教団福島教会
 日本基督教団福島荒井教会
 日本基督教団福島新町教会
 日本基督教団福島伊達教会
 日本基督教団保原教会

会津地区 
 日本基督教団会津若松教会
 日本基督教団若松栄町教会

いわき・郡山地区 
 日本基督教団郡山教会
 日本基督教団郡山細沼教会
 日本基督教団石川伝道所

関東教区 （新潟県・群馬県・栃木県・茨城県・埼玉県）

新潟地区 
 日本基督教団村上教会
 日本基督教団新潟教会
 日本基督教団東中通教会
 日本基督教団東新潟教会(・旧改革長老派)
 日本基督教団長岡教会

群馬地区 
 日本基督教団安中教会(1878年3月31日・旧組合派)…群馬縣初のキリスト教会であり、「日本人」の手により創立されている日本國初のキリスト教会でもある。；毎回の礼拝は1919年竣工の新島襄記念会堂(新島 襄召天30周年記念)にて行われている。；1926年5月開園の安中二葉幼稚園・1947年4月開学の新島学園の、ルーツ。
 日本基督教団甘楽(かんら)教会(・旧組合派)…敷地内に、1921年4月開園の甘楽幼稚園(学校法人光の子学園；元教会附属)が在る。
 日本基督教団桐生教会(・)
 日本基督教団高崎教会(・)
 日本基督教団沼田教会(・旧組合派)
 日本基督教団前橋教会(1886年7月12日・旧組合派)
 日本基督教団前橋中部教会(1930年4月27日)…日本基督群馬伝道所として誕生。初代牧師は島村亀鶴。現在の牧師は小峰擁。

栃木地区 
 日本基督教団足利教会
 日本基督教団四條町教会
埼玉地区

 日本基督教団東所沢教会

東京教区 （東京都・千葉県）
 日本基督教団東京教区事務所

東支区 
 日本基督教団山谷伝道所
 日本基督教団番町教会(・旧組合系)…
 日本基督教団富士見町教会(・旧日基系)…
 日本基督教団九段教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団三崎町教会(・旧バプテスト系)… 
 日本基督教団いのちのことば伝道所
 日本基督教団日本橋教会【連合長老会】（・旧日基系)…
 日本基督教団銀座教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団下谷教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団東京愛隣教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団浅草教会(・旧メソヂスト系)…浅草東部→聖和基督→浅草+雷門+日本堤
 日本基督教団日本堤伝道所
 日本基督教団山谷兄弟の家伝道所
 日本基督教団浅草北部教会(・旧基督系)…
 日本基督教団本所緑星教会(・旧福音系)…
 日本基督教団東駒形教会(・旧日基系)…
 日本基督教団曳舟教会
 日本基督教団深川愛隣教会
 日本基督教団亀戸教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団大島シオン教会
 日本基督教団砂町教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団袖ケ浦ともしび伝道所
 日本基督教団深川教会
 日本基督教団荒川教会
 日本基督教団町屋新生伝道所
 日本基督教団東京カルバリ教会
 日本基督教団北千住教会
 日本基督教団足立梅田教会
 日本基督教団西新井教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団綾瀬教会
 日本基督教団聖和教会(・旧福音系)…
 日本基督教団葛飾高砂伝道所
 日本基督教団青戸伝道所
 日本基督教団江東伝道所
 日本基督教団堀切教会
 日本基督教団水元教会
 日本基督教団亀有教会(・旧救世軍系)…
 日本基督教団金町教会(・活水系)…
 日本基督教団中央福音教会(・旧ホリネス系)…
 日本基督教団西荒川教会(・旧基督系)…
 日本基督教団小松川教会【ホーリネスの群】(・旧ホリネス系)…
 日本基督教団江戸川松江教会
 日本基督教団小岩愛泉教会
 日本基督教団小岩教会(・旧基督系)…
 日本基督教団江戸川教会【連合長老会】
 日本基督教団東京シオン教会【ホーリネスの群】
 日本基督教団大島元村教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団波浮教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団新島教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団三宅島伝道所(・旧同盟系)…
 日本基督教団八丈島教会

西南支区 
 日本基督教団東京都民教会(1918年・旧組合系)…旧称、日本組合基督敎會東京市民敎會(1943年の東京都成立と共に、改称。)
日本基督教団鳥居坂教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団麻布南部坂教会(・旧日基系)…
 日本基督教団安藤記念教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団霊南坂教会(・旧組合系)…
 日本基督教団赤坂教会(・旧友会系)…
 日本基督教団青山教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団使徒教会(・旧使徒系)…
 日本基督教団代田教会(・旧日基系)…
 日本基督教団梅ケ丘教会(・旧一致系)…
 日本基督教団頌栄教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団富士見丘教会(・旧組合系)…
 日本基督教団駒場エデン教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団宮の坂教会
 日本基督教団経堂北教会(・旧日基系)…
 日本基督教団千歳船橋教会
 日本基督教団経堂緑岡教会(・旧メソヂスト系)…青山学院教会+経堂教会
 日本基督教団松原教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団敷島教会(・旧組合系)…
 日本基督教団松沢教会(・旧日基系)…
 日本基督教団三軒茶屋教会
 日本基督教団弦巻教会【連合長老会】
 日本基督教団駒沢教会(・旧組合系)…
 日本基督教団世田谷平安教会(・旧救世軍系)…
 日本基督教団用賀教会
 日本基督教団東京ジェーシー教会（バプテスト系）
 日本基督教団千歳丘教会
 日本基督教団桜新町教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団聖ヨハネ教会
 日本基督教団祖師谷教会
 日本基督教団砧教会
 日本基督教団豊沢教会(・旧同胞系)… 
 日本基督教団原宿教会(・旧同胞系)…
 日本基督教団聖徒教会(・旧組合系)…霊南坂教会から分離
 日本基督教団広尾教会(・旧美普系)…豊分教会
 日本基督教団代官山教会(・旧組合系)…
 日本基督教団本多記念教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団美竹教会(・旧日基系)…
 日本基督教団渋谷教会(・活水系)…
 日本基督教団中渋谷教会(・旧日基系)…
 日本基督教団聖ヶ丘教会(・旧クリスチャン系)…
 日本基督教団東京山手教会(・旧組合系)…霊南坂教会から分離 
 日本基督教団ベテル教会
 日本基督教団代々木上原教会(・旧日基系)…上原+みくに伝道所
 日本基督教団代々木中部教会(・旧日基系)…
 日本基督教団代々木教会(・旧福音系)…
 日本基督教団城西教会(・旧メソヂスト系)…

南支区 
 日本基督教団芝教会(・旧日基系)…
 日本基督教団高輪教会(・旧日基系)…
 日本基督教団五反田教会(・旧日基系)…教団離脱した品川教会より分離
 日本基督教団白金教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団大井町教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団西大井教会
 日本基督教団城南伝道所
 日本基督教団むさし小山教会(・アライアンス系)…
 日本基督教団洗足教会(・旧日基系)…
 日本基督教団中目黒教会
 日本基督教団行人坂教会(・旧組合系)…
 日本基督教団新栄教会(・旧日基系)…
 日本基督教団碑文谷教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団目黒原町教会(・旧バプテスト系)…
 日本基督教団自由が丘教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団柿ノ木坂教会(・旧日基系)…
 日本基督教団馬込教会
 日本基督教団田園調布教会(・旧福音系)…
 日本基督教団長原教会(・旧日基系)…
 日本基督教団東調布教会【ホーリネスの群】(・旧ホリネス系)…
 日本基督教団雪ケ谷教会【連合長老会】(・旧福音系)…
 日本基督教団久が原教会(・旧組合系)…
 日本基督教団南久ケ原教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団大森めぐみ教会(・旧組合系)…
 日本基督教団蒲田教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団蒲田新生教会
 日本基督教団深沢教会
 日本基督教団奥沢教会(・旧クリスチャン系)…目黒クリスチャン教会
 日本基督教団玉川平安教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団尾山台北教会

北支区 
 日本基督教団四谷新生教会(・旧バプテスト系)…
 日本基督教団千代田教会(・旧日基系)…
 日本基督教団信濃町教会(・旧日基系)…
 日本基督教団東京信愛教会
 日本基督教団牛込払方町教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団戸山教会(・旧神の教会系)…
 日本基督教団エパタ教会
 日本基督教団新宿西教会
 日本基督教団シロアム教会
 日本基督教団大久保教会
 日本基督教団百人町教会
 日本基督教団高田馬場台湾教会
 日本基督教団早稲田教会(・旧バプテスト系)…
 日本基督教団下落合教会
 日本基督教団目白教会(・旧福音系)…
 日本基督教団豊島岡教会(・旧日基系)…
 日本基督教団小石川白山教会(・旧福音系)…
 日本基督教団上富坂教会(・旧普及福音系)…
 日本基督教団小石川明星教会(・旧日基系)…
 日本基督教団弓町本郷教会(・旧組合系)…
 日本基督教団本郷中央教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団根津教会(・旧福音系)…
 日本基督教団西片町教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団江古田教会(・旧組合系)…
 日本基督教団東長崎ウエスレー教会(・旧ウエスレアン系)…
 日本基督教団駒込教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団巣鴨ときわ教会(・旧組合系)…
 日本基督教団巣鴨教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団池袋台湾教会
 日本基督教団池袋西教会(・旧日基系)…
 日本基督教団東京池袋教会(・旧フィンランド系ルーテル教会系)
 日本基督教団新宿伝道所
 日本基督教団目白町教会(・旧日基系)…
 日本基督教団武蔵野教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団要町教会【日本キリスト教団聖霊刷新協議会】
 日本基督教団滝野川教会(・旧基督系)…
 日本基督教団王子教会(・旧組合系)…
 日本基督教団王子北教会
 日本基督教団十条伝道所
 日本基督教団赤羽教会【ホーリネスの群】(・旧ホリネス系)…
 日本基督教団板橋大山教会(・旧日基系)…信濃町教会開拓
 日本基督教団南板橋伝道所
 日本基督教団志村栄光教会
 日本基督教団成増キリスト伝道所
 日本基督教団浄風教会
 日本基督教団中村町教会
 日本基督教団石神井教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団下石神井教会
 日本基督教団大泉ベテル教会
 日本基督教団大泉教会
 日本基督教団練馬二丁目伝道所
 日本基督教団新宿コミュニティー伝道所

千葉支区千葉内房分区 
 日本基督教団千葉教会(・旧日基系)…(1879年)…会堂は、千葉県の有形文化財に指定されている。
 日本基督教団千葉台湾教会
 日本基督教団千葉本町教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団西千葉教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団千葉南教会
 日本基督教団千城台教会(・旧メソヂスト系)…千葉本町教会の開拓
 日本基督教団幕張教会
 日本基督教団習志野教会
 日本基督教団美浜教会
 日本基督教団土気あすみが丘教会
 日本基督教団かにた教会
 日本基督教団南房教会
 日本基督教団木更津教会(・旧日基系)…
 日本基督教団京葉中部教会
 日本基督教団清和伝道所
 日本基督教団青堀教会(・旧基督伝道館系)…
 日本基督教団大貫教会(・旧日基系)…
 日本基督教団竹岡伝道所(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団保田教会

千葉支区東総分区
 日本基督教団九十九里教会(1887年・旧改革長老系)…会堂は、登録有形文化財に登録されている。
 日本基督教団茂原教会
 日本基督教団東金教会(・旧福音系)…
 日本基督教団勝浦教会【ホーリネスの群】
 日本基督教団長生教会
 日本基督教団大網伝道所
 日本基督教団成東伝道所
 日本基督教団九十九里みぎわ伝道所
 日本基督教団上総大原教会(・旧福音系)…

千葉支区北総分区 
 日本基督教団安食教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団三里塚教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団四街道教会
 日本基督教団銚子教会【ホーリネスの群】(・旧ホリネス系)…元ヘフジバ
 日本基督教団佐原教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団成田教会
 日本基督教団佐倉教会
 日本基督教団ユーカリが丘教会
 日本基督教団旭教会(・旧ホリネス系)…元ヘフジバ
 日本基督教団八街伝道所
 日本基督教団八街西伝道所
 日本基督教団富里教会
 日本基督教団小見川教会【ホーリネスの群】
 日本基督教団千葉北総教会

千葉支区東葛分区 
 日本基督教団柏教会
 日本基督教団野田教会(・旧同胞系)…
 日本基督教団市川三本松教会(・旧同胞系)…
 日本基督教団冨貴島教会
 日本基督教団船橋教会(・旧同胞系)…
 日本基督教団薬円台教会
 日本基督教団新津田沼教会
 日本基督教団松戸教会(・旧同胞系)…
 日本基督教団北松戸教会
 日本基督教団小金教会
 日本基督教団新松戸幸谷教会
 日本基督教団新松戸教会
 日本基督教団五香教会
 日本基督教団北柏めぐみ教会
 日本基督教団流山教会
 日本基督教団八千代台教会
 日本基督教団勝田台教会
 日本基督教団天王台教会
 日本基督教団我孫子教会
 日本基督教団鎌ヶ谷教会
 日本基督教団浦安教会

西東京教区 （東京都西部地域）
 日本基督教団西東京教区事務所

中杉地区 
 日本基督教団十貫坂教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団新生教会(・旧独立系)…
 日本基督教団東中野教会(・旧独立系)…二葉独立教会→二葉教会→東中野教会
 日本基督教団中野教会(・旧メソヂスト系)…日本メソヂスト中野教会→中野昭和教会→中野教会
 日本基督教団中野桃園教会(・旧基督系)…
 日本基督教団天門教会【ホーリネスの群】(・旧ホリネス系)…
 日本基督教団聖書之友教会(・旧メサヤ系)…
 日本基督教団野方町教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団更生教会【ホーリネスの群】(・旧ホリネス系)…
 日本基督教団白鷺教会
 日本基督教団千歳教会
 日本基督教団井草教会(・旧日基系)…
 日本基督教団高円寺教会(・旧組合系)… 
 日本基督教団阿佐ヶ谷教会(・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団阿佐谷東教会(・旧日基系)… 
 日本基督教団左内坂教会(・旧同信会系)…富ケ谷教会→神田錦町教会→市谷左内坂教会 　　　　　　　　
 日本基督教団杉並教会(・旧基督系)… 
 日本基督教団成宗教会 
 日本基督教団新泉教会
 日本基督教団阿佐ヶ谷恵み伝道所

中央線地区 
 日本基督教団東京台湾教会
 日本基督教団荻窪教会(・旧日基系)…
 日本基督教団荻窪清水教会【連合長老会】
 日本基督教団大宮前教会【連合長老会】(・旧組合系)…
 日本基督教団曙教会 
 日本基督教団西荻教会(・旧バプテスト系)…本所浸礼→原宿バプテスト→穏田教会+のぞみ教会 
 日本基督教団西荻北教会 
 日本基督教団本郷教会【連合長老会】(・旧日基系)…
 日本基督教団吉祥寺教会【連合長老会】(・旧日基系)… 
 日本基督教団東美教会(・旧美普系)… 
 日本基督教団武蔵野扶桑教会(・旧組合系)…
 日本基督教団武蔵野緑教会(・旧日基系)…
 日本基督教団三鷹教会(・旧日基系)… 
 日本基督教団南三鷹教会・旧日基系)… 
 日本基督教団相愛教会 (・旧メソヂスト系)…
 日本基督教団境南教会

西武地区 
 日本基督教団ひばりが丘教会
 日本基督教団東久留米教会 
 日本基督教団清瀬みぎわ教会
 日本基督教団清瀬旭が丘
 日本基督教団清瀬信愛教会【連合長老会】 
 日本基督教団東京新生教会【ホーリネスの群】
 日本基督教団柳沢教会 
 日本基督教団西東京教会【連合長老会】 
 日本基督教団花小金井教会 
 日本基督教団東村山教会 
 日本基督教団東大和教会
 日本基督教団武蔵村山教会 
 日本基督教団石岡記念教会 
 日本基督教団小平学園教会

多摩地区 
 日本基督教団小金井教会(・旧日基系)…
 日本基督教団小金井緑町教会 
 日本基督教団小金井西ノ台教会【連合長老会】 
 日本基督教団国分寺教会
 日本基督教団国分寺南教会【連合長老会】 
 日本基督教団西国分寺教会 
 日本基督教団国立教会
 日本基督教団立川教会
 日本基督教団日野台教会 
 日本基督教団昭島教会 
 日本基督教団拝島平安教会
 日本基督教団福生教会【連合長老会】
 日本基督教団河辺伝道所
 日本基督教団青梅教会(・旧福音系)…
 日本基督教団五日市伝道所

京王地区 
 日本基督教団久我山教会 
 日本基督教団高井戸教会(・旧日基派)…
 日本基督教団上高井戸教会(・旧組合系)…留岡幸助家庭学校
 日本基督教団永福町教会(・旧日基派)…
 日本基督教団和泉教会(・旧福音派)… 
 日本基督教団桜ヶ丘教会【ホーリネスの群】
 日本基督教団仙川教会
 日本基督教団狛江教会
 日本基督教団和泉多摩川教会
 日本基督教団調布教会 
 日本基督教団調布柴崎伝道所 
 日本基督教団東京府中 
 日本基督教団稲城教会 
 日本基督教団聖蹟桜ヶ丘教会 
 日本基督教団永山教会
 日本基督教団東京復活教会 
 日本基督教団高幡教会

町田・八王子地区 
 日本基督教団原町田教会(・旧バプテスト系)
 日本基督教団鶴川教会
 日本基督教団鶴川北教会 
 日本基督教団玉川教会 
 日本基督教団町田ベテル教会 
 日本基督教団成瀬台教会【連合長老会】
 日本基督教団成瀬が丘教会
 日本基督教団つくし野伝道所 
 日本基督教団南町田教会
 日本基督教団桜美林教会
 日本基督教団片倉教会
 日本基督教団八王子教会
 日本基督教団八王子栄光教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団八王子北教会
 日本基督教団八王子めじろ台教会 
 日本基督教団ロゴス教会(・旧福音系)…牛込矢来町福音教会

神奈川教区 （神奈川県）
 日本基督教団神奈川教区事務所

横浜地区 

 日本基督教団横浜明星教会
 日本基督教団神奈川教会
 日本基督教団新横浜教会
 日本基督教団羽沢伝道所
 日本基督教団六角橋教会
 日本基督教団横浜指路教会
 日本基督教団横浜本牧教会
 日本基督教団本牧めぐみ教会
 日本基督教団紅葉坂教会 
 日本基督教団横浜上原教会 
 日本基督教団蒔田教会
 日本基督教団横浜大岡教会
 日本基督教団六ツ川教会 
 日本基督教団清水ヶ丘教会 
 日本基督教団なか伝道所 
 日本基督教団横浜港南台教会
 日本基督教団港南希望教会
 日本基督教団上星川教会
 日本基督教団横浜岡村教会
 日本基督教団横浜磯子教会
 日本基督教団上大岡教会
 日本基督教団金沢八景教会
 日本基督教団横浜菊名教会
 日本基督教団川和教会
 日本基督教団田園江田教会
 日本基督教団東戸塚教会
 日本基督教団上倉田伝道所
 日本基督教団横浜中田教会
 日本基督教団戸塚教会
 日本基督教団横浜二ツ橋教会
 日本基督教団横浜本郷台伝道所
 日本基督教団都筑讃美教会
 日本基督教団田園都筑伝道所
 日本基督教団センター北教会
 日本基督教団センター北駅前礼拝堂

川崎地区 
 日本基督教団川崎戸手教会
 日本基督教団向河原教会

湘北地区 
 日本基督教団三・一(さんいつ)教会(1948年；開拓伝道開始：1945年)…メソヂストの流れ
 日本キリスト教団橋本教会
 日本キリスト教団相模原教会
 日本キリスト教団半原教会
 日本キリスト教団相模原南教会
 日本キリスト教団翠ヶ丘教会
 日本キリスト教団愛川伝道所
 日本キリスト教団林間つきみ野教会
 日本キリスト教団相武台教会
 日本キリスト教団大塚平安教会
 日本キリスト教団大和教会
 日本キリスト教団海老名教会
 日本キリスト教団厚木上教会
 日本キリスト教団高座渋谷教会
 日本キリスト教団伊勢原教会
 日本キリスト教団秦野西教会
 日本キリスト教団秦野教会

東湘南地区 
 日本基督教団鎌倉教会(1926年・旧メソヂスト)…「合同」前の名称は、ハリス記念鎌倉メソヂスト敎會。
 日本基督教団鎌倉雪の下教会(1917年・旧改革長老派)…「合同」前の名称は、日本基督鎌倉敎會。；日本基督教団改革長老教会協議会・日本基督教団全国連合長老会神奈川連合長老会
 日本基督教団大船教会
 日本基督教団鎌倉恩寵教会
 日本基督教団鎌倉泉水教会
 日本基督教団船越教会
 日本基督教団逗子教会
 日本基督教団田浦教会
 日本基督教団横須賀小川町教会
 日本基督教団葉山教会
 日本基督教団横須賀上町教会
 日本基督教団衣笠病院教会
 日本基督教団浦賀教会
 日本基督教団久里浜教会
 日本基督教団武蔵野横須賀伝道所
 日本基督教団武山教会
 日本基督教団三崎教会

西湘南地区 
 日本基督教団大磯教会

東海教区 （長野県・山梨県・静岡県）
 日本基督教団東海教区

北信分区 
 長野教会
 長野県町教会
 長野本郷教会
 信州教会
 松代教会
 篠ノ井教会
 須坂教会
 信州中野教会
 信濃村教会
 坂城栄光教会
 上田新参町教会
 軽井沢教会
 軽井沢追分教会
 軽井沢南教会
 小諸教会
 岩村田教会
 佐久教会

南信分区 
 大町教会
 豊科教会
 波田教会
 松本教会
 松本筑摩野伝道所
 松本東教会
 塩尻アイオナ教会
 諏訪教会
 上諏訪教会
 富士見高原教会
 伊那坂下教会
 飯田吾妻町教会
 飯田知久町教会
 飯田入舟教会
 飯田馬場町教会
 喬木教会

山梨分区 
 韮崎教会
 八ヶ岳伝道所
甲府教会
 山梨教会
 愛宕町教会
 南甲府教会
 甲府中央教会
 市川教会
 巨摩教会
 峡南教会
 石和教会
 山梨八代教会
日下部教会
 勝沼教会
 大月新生教会
 谷村教会
 富士吉田教会

東静分区 
 日本基督教団御殿場教会(1882年；1907年に教会組織・旧改革派)…合同前の名称は、日本基督御殿塲敎會。；日本基督教団全国連合長老会東海連合長老会
 日本基督教団南豆教会(1879年・旧 派)…主日礼拝は、14:30開始。
 日本基督教団松崎教会(1888年・旧 派)…社会福祉法人「聖和保育園」や特別養護老人ホーム「松崎十字の園」・身体障がい療護施設「オリブ」との関係がある。
 日本基督教団熱海教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団宇佐美教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団伊東教会(・旧同盟系)…
 日本基督教団伊豆八幡野教会
 日本基督教団稲取教会
 日本基督教団下田教会(・旧福音派)…
 日本基督教団修善寺教会
 日本基督教団伊豆長岡教会
 日本基督教団沼津教会(・旧メソヂスト派)…
 日本基督教団香貫教会(・旧同胞派)…
 日本基督教団沼津岳南教会
 日本基督教団羊之舎教会
 日本基督教団沼津大岡教会
 日本基督教団三島教会 
 日本基督教団神山教会
 日本基督教団吉原教会
 日本基督教団冨士教会
 日本基督教団富士宮教会
 日本基督教団大宮共立教会
 日本基督教団岩本教会

中静分区 
 日本基督教団静岡教会(1871年；1873年に教会創立・旧メソヂスト)…カナダメソヂスト敎會による；「合同」前の名称は、日本メソヂスト靜岡敎會。
 日本基督教団清水教会(1900年；1946年に「合同」・旧メソヂスト)…日本美普(メソヂスト・プロテスタント)敎會による1900年創立の江尻美普敎會と日本メソヂスト敎會による1920年創立のメソヂスト清水敎會が、両者共に会堂を空襲で焼失後の1946年に「合同」する。
 蒲原教会
 神愛教会
 静岡一番町教会
 駿府教会
 静岡草深教会
 焼津教会
 日本基督教団藤枝教会(1885年 ; 1888年に教会創立・旧メソヂスト)
 島田教会
 榛原教会
 相良教会

西静分区 
 日本基督教団遠州教会(1923年)
 日本基督教団遠州栄光教会(1923年・旧日基系)…
 日本基督教団掛川教会(1885年・旧メソヂスト)…カナダメソヂスト敎會による
 日本基督教団浜松教会(1884年・旧メソヂスト)…カナダメソヂスト敎會による；「合同」前の名称は、日本メソヂスト浜松中央敎會。

中部教区 （富山県・石川県・福井県・愛知県・岐阜県・三重県）
 日本基督教団中部教区事務所

富山県 
日本基督教団富山新庄教会（富山県富山市、親鸞、蓮如の家系で元住職の亀谷凌雲が設立）

石川県 
日本基督教団金沢長町教会（元金沢広坂教会）…1890年日本メソヂスト教会が金沢部を開設、J・W・サンビーを部会長を兼ねて伝道者として派遣。賛美歌の作詞家である葛葉国子 を輩出している。
日本基督教団金沢教会
日本基督教団金沢元町教会
日本基督教団桜木教会
日本基督教団若草教会 
日本基督教団白銀教会

福井県

福井市 
日本基督教団如鷲教会
日本基督教団福井神明教会

越前市 
日本基督教団武生教会

新潟県 
日本基督教団東中通教会
日本基督教団新潟教会

愛知県

名古屋市 
 愛知教会
 金城教会
 名古屋教会
 名古屋中央教会

その他 
 尾張一宮教会
 豊橋教会
 豊橋中部教会
 豊橋東田教会
 豊田教会
 岡崎教会
 岡崎茨坪伝道所…市民運動家として知られる地理学者の森山昭雄らが立ち上げた。
 西尾教会…統一教会（現・世界平和統一家庭連合）信者の脱会ならびに救出活動を長年にわたり行った杉本誠が牧師を務める。
 刈谷教会
 安城教会

三重地区 
 日本基督教団阿漕教会
 日本基督教団桑名教会
 日本基督教団松阪教会
 日本基督教団鳥羽教会

岐阜地区 
中濃教会

京都教区 （京都府・滋賀県）
 日本基督教団京都教区事務所
 日本基督教団京都教区部落解放センター

滋賀地区 
 日本基督教団今津教会(・旧 派)…ウイリアム メレル ヴォーリズ
 日本基督教団彦根教会
 日本基督教団近江八幡教会(・旧組合派)…岡林 信康
 日本基督教団堅田教会
 日本基督教団草津教会（1899年・旧同胞派）…信愛幼稚園
 日本基督教団水口教会

京都南部地区 
  旧・日本基督教会 系
 日本基督教団加茂川教会(1927年創立 旧称・加茂川傳道教会)
 日本基督教団北白川教会(1935年創立 旧称・北白川傳道教会)
 日本基督教団京都大宮教会(1914年創立)
 日本基督教団伏見東教会(1915年創立 旧称・伏見傳道教会)
 日本基督教団室町教会(1894年創立)
  日本組合基督教会系
 日本基督教団賀茂教会(1938年創立 旧称・加茂教会)
 日本基督教団京都教会(1885年創立)…創立時の名称は「四条教会」で富小路通四条下ルにあった
 日本基督教団同志社教会(1876年創立)…同志社の創立者である新島襄の仮寓において創立された「西京第二公会」が源流である
 日本基督教団西陣教会(1900年創立・1950年再建)…1900年に創立された「西陣基督教講義所」を源流とし翌年の1901年に「西陣基督教会」として認可される。しかし1945年強制疎開により教会堂が撤去された事で事実上休眠状態となる。現在の教会は1950年に戦前教会員だった中村三郎牧師によって再建されたもので、1951年に旧地にて教会堂が再建されている。
 日本基督教団平安教会(1876年創立)…新島襄から洗礼を受けた信徒と函館・神戸・熊本からの信徒によって創立された「京都第三公会」を前身とする教会。海老名弾正が仮牧師を務めた教会でもある
 日本基督教団向日町教会(1936年創立)
 日本基督教団紫野教会(1936年創立)
 日本基督教団洛北教会(1907年創立)
 日本基督教団洛陽教会(1890年創立)
  日本メソヂスト教会系
 日本基督教団京都御幸町教会(1898年創立 旧称・京都中央教会)
 日本基督教団京都西田町教会(1920年創立 旧称・ウェスレー教会)
 日本基督教団京北教会(1909年創立 旧称・京南教会)
 日本基督教団伏見教会(1906年創立)
 日本基督教団洛東教会(1910年創立)…かつて会堂の1階にフランス料理店があった
  日本基督同胞教会系
 日本基督教団鴨東教会(1927年創立)…読みは『おうとうきょうかい』
 日本基督教団上鳥羽教会(1935年創立)
 日本基督教団京都丸太町教会(1904年創立 旧称・京都教会)
 日本基督教団洛西教会(1909年創立)
  普及福音教会系
 日本基督教団錦林教会(1901年創立 旧称・京都教会)
  救世軍系
 日本基督教団京都葵教会(1907年創立 旧称・京都小隊→救世團京都支部→京都四条教会)…終戦後救世軍日本本営が再建された際に、日本基督教団京都四条教会の会衆の中から『日本本営との関係を回復するのではなく、合同教会の立場を守り教団に残るべき』との主張がなされ、それを支持するグループが救世軍を離脱し建てた教会。

 日本基督教団ゴスペルハウス教会…自家焙煎したフェアトレードのコーヒー豆で淹れたコーヒーを提供するカフェやカルチャースペース、ギャラリーなどが併設されている。
 日本基督教団チャペル福音館伝道所…同性愛者などセクシュアル・マイノリティやドメスティックバイオレンス被害者女性のための祈りの場（単立教会）として開設したが2006年12月に日本基督教団に加入した。性転換手術を受けて男性から女性になった廣畑涙嘉牧師が、シャンソン歌手を本業にする傍ら牧会伝道するユニークな教会。　教団内にあって礼拝はカトリックのミサ形式で行われている。

両丹地区 
  日本組合基督教会系
 日本基督教団丹陽教会(1893年創立)
 日本基督教団北丹峰山教会(1891年創立 旧称・北丹教会)

大阪教区 （大阪府・奈良県・和歌山県）
 日本基督教団大阪教区事務所…大阪クリスチャンセンター内
 日本基督教団部落解放センター…大東市内

北摂地区 
 日本基督教団茨木教会(1895年)…看板プレートには、教会学校と教会附属のめぐみ幼稚園が併設施設として明記されている。
 日本基督教団茨木春日丘教会(宣教開始：1947年；独立：1972年)…日本基督教団茨木教会から、分離独立する。　1989年に建築された新会堂は、安藤忠雄による設計の光の教会として有名。
 日本基督教団茨木東教会(1959年)…長老主義改革派の流れを汲み、1959年4月の日本基督教団茨木教会教会学校茨木東分校開設が始まり。
 日本基督教団大阪城北教会(1893年・日本福音敎會)…日本福音敎會による大阪四つ橋にての講義所が、始まり。；改称前の名称は、日本福音敎會大阪福島福音敎會。
 日本基督教団北千里教会(1977年4月17日)…千里ニュータウン開拓伝道による「千里伝道所」から枝分かれして、創設される。
 日本基督教団摂津富田教会(1952年)
 日本基督教団千里聖愛教会(1968年)…組合派の流れを汲み、日本基督教団扇町教会竹見台伝道所として始まる。
 日本基督教団高槻教会(1956年)…メソヂストの流れを汲み、日本基督教団大阪城北教会の伝道所として始まる。
 日本基督教団箕面東教会(1993年4月4日)

大阪市内中部地区 
 日本基督教団天満教会(1879年・旧組合派・http://www.temma.or.jp/)
 日本基督教団扇町教会(1910年・旧組合派)…扇町同胞幼稚園(学校法人)
 日本基督教団大阪淡路教会(年・旧 派)
 日本基督教団大阪台湾教会(年・旧 派)…大阪臺灣敎會のWeblog< http://cmgjp.spaces.live.com/Blog/cns!1pRnKAjWPPp8-zFnrfez9ceA!145.entry >
 日本基督教団大阪東十三教会(年・旧メソヂスト)…十三愛光会愛光保育園(財団法人)
 日本基督教団浪花教会(1877年・旧組合派)…日本初の自給キリスト教会
 日本基督教団東梅田教会(1889年2月22日；1953年・旧メソヂスト)…日本の敗戦後に、4つの教会(大阪東部教会・大阪西部教会・大阪八幡屋教会・鶴町教会)が「合同」する。通算で、2009年が創立120周年目。
 日本基督教団都島教会(年・旧 派)…ホーリネスの群れ出身だった牧師が、神学生時代に東方正教会（オーソドックス）の魅力につかれ、プロテスタントの中の“正教会”として始めたユニークな教会。礼拝も、正教風の奉神礼（聖体礼儀）という形で執り行われている。
 日本基督教団淀川教会(1936年；1958年に教会組織・旧組合派)…日本組合天満基督敎會(現在の日本基督教団天満教会)の家庭集会が始まり。；教会の敷地内に、ミニチャペルも在る。
 日本基督教団島之内教会

大阪南地区 
 日本基督教団大阪聖和教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団南大阪教会
 日本基督教団大阪住吉教会

奈良地区 
 日本基督教団奈良高畑教会(・旧アライアンス)…「合同」前の名称は、日本奈良協同敎會。

和歌山地区 
 日本基督教団和歌山教会(・旧改革長老派)…日本基督教団全国連合長老会和歌山連合長老会
 日本基督教団丸の内教会(和歌山市)
 日本基督教団東和歌山教会(和歌山市)
 日本基督教団和歌山新生伝道所(和歌山市)
 日本基督教団粉河教会(紀の川市)
 日本基督教団愛隣教会(海南市)
 日本基督教団御坊はこぶね教会(御坊市)
 日本基督教団南部伝道所(みなべ町)
 日本基督教団田辺教会(田辺市)
 日本基督教団南紀の台教会(上富田町)
 日本基督教団紀南教会【下里会堂】(那智勝浦町)
 日本基督教団紀南教会【天満会堂】(那智勝浦町)
 日本基督教団紀南教会【古座会堂】(串本町)
 日本基督教団くまの伝道所(新宮市)

南海地区 
 日本基督教団いずみ教会
 日本基督教団河内長野教会(・旧改革長老派；日本基督教団福音主義教会連合関西部会)
 日本基督教団紀伊岩出伝道所
 日本基督教団久米田教会

大阪西地区 
 日本基督教団大阪教会(・旧組合派；日本基督教団福音主義教会連合関西部会)
 日本基督教団大阪四貫島教会(・旧改革長老派；旧称、日本基督敎會大阪イエス團敎會。)

豊能地区 
 日本基督教団豊中教会
 日本基督教団梅花教会(・旧組合派)…梅本町敎會{現在の大阪教会(日本基督教団)}の「梅」と浪花敎會の「花」で、「梅花」。

兵庫教区 （兵庫県）
 日本基督教団兵庫教区事務所…日本基督教団兵庫教区クリスチャンセンター(神戸市東灘区)内
 日本基督教団兵庫教区被災者生活支援・長田センター
 日本基督教団関西農村教化研究所（関西農村センター：中部・京都・大阪・兵庫・東中国教区の農村伝道拠点）

阪神地区 
 日本基督教団芦屋岩園教会(・旧バプテスト)
 日本基督教団芦屋三条教会
 日本基督教団芦屋西教会
 日本基督教団芦屋浜教会
 日本基督教団芦屋山手教会
 日本基督教団尼崎教会(・旧組合派)
 日本基督教団伊丹教会(1946年；1949年・ http://www.ac.auone-net.jp/~itami/) 学校法人伊丹教会学園二葉幼稚園を、併設。　かつては、日本基督教団大阪教会伊丹伝道所。
 日本基督教団喜音(きおん)伝道所
 日本基督教団関西学院(くゎんせいぐゎくいん)教会(・旧メソヂスト派；日本基督教団福音主義教会連合関西部会)
 日本基督教団甲子園教会(・ http://www.koshien.or.jp/)
 日本基督教団甲子園二葉教会(・旧改革長老派；旧称、日本基督敎會今津二葉敎會。)
 日本基督教団甲東教会(・旧組合派)
 日本基督教団夙川東教会(・ https://www.eonet.ne.jp/~shukugawahigashi/)
 日本基督教団宝塚教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団立花教会(；日本基督教団福音主義教会連合関西部会)
 日本基督教団摂津三田教会(・旧組合派)旧三田藩主九鬼隆義の要請によって設立
 日本基督教団仁川教会
 日本基督教団西宮教会(・旧組合派)
 日本基督教団西宮公同教会
 日本基督教団西宮門戸教会(・旧メソヂスト)

神戸地区 
 日本基督教団明石教会（・旧組合派）
 日本基督教団明石ベテル教会（・ https://web.archive.org/web/20030724183421/http://www.geocities.jp/akashi_betel/）
 日本基督教団岡本教会(・旧 派)
 日本基督教団甲南教会(・旧組合派)
 日本基督教団神戸イエス団教会(・旧改革長老派)…賀川 豐彦を記念する(神戸)賀川記念館内
 日本基督教団神戸栄光教会(・旧メソヂスト))…「合同」前の名称は、日本メソヂスト神戸中央敎會。
 日本基督教団神戸北教会
 日本基督教団神戸教会(・旧組合派))…「合同」前の名称は、日本組合神戸基督敎會。
 日本基督教団神戸聖愛教会(・旧バプテスト)
 日本基督教団神戸多聞教会
 日本基督教団神戸平安教会(1905年；1948年・旧メソヂスト))…1948年に 現在地に新会堂を建てた日本基督教団三宮教会と日本基督教団大石教会とが「合併」して、1949年に現在の名称に改称する。
 日本基督教団鈴蘭台教会
 日本基督教団須磨教会(1909年・旧組合派・http://suma-church.blog.so-net.ne.jp/ 日本キリスト教団須磨教会“非公式”ブログ：So-netブログ) 合同以前は、日本組合基督敎會須磨組合敎會。　
 日本基督教団主恩教会(1890年；1919年・旧改革長老派→旧単立教会)
 日本基督教団西神美賀多台教会(2002年12月・)　以前は、日本基督教団須磨教会西神伝道所。
 日本基督教団西神戸教会
 日本基督教団東神戸教会（・旧組合派のキリスト者逹による開拓）
 日本基督教団東灘教会
 日本基督教団ベテル清水教会（・ http://barunaba.blog34.fc2.com/blog-entry-8.html 　バルナバ牧師の部屋 日本基督教団ベテル清水教会）
 日本基督教団御影教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団三木教会(1952年・播州地区の教友；ラクーア農村伝道)
 日本基督教団三木志染教会

播州地区 
 日本基督教団飯盛野教会(・旧改革長老派)
 日本基督教団小野教会(・旧改革長老派)
 日本基督教団加古川東教会
 日本基督教団高砂教会(・旧組合派)…日本基督教団聖霊刷新協議会；日本民族総福音化運動協議会
 日本基督教団龍野教会(・旧バプテスト)
 日本基督教団播州赤穂教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団姫路教会(・旧バプテスト)
 日本基督教団姫路五軒邸教会(・旧メソヂスト)
 {日本基督教団三木教会(教友・神戸地区)} ※2010年4月1日以降は、除かれている。
 {日本基督教団ベテル清水教会(教友・神戸地区)}

但馬地区 
 日本基督教団朝来教会(・旧 派)
 日本基督教団香住教会(・旧 派)
 日本基督教団城崎教会(・旧組合派→バプテスト派・教団新生会)
 日本基督教団但馬日高伝道所(・旧 派)
 日本基督教団豊岡教会(・旧バプテスト・教団新生会)
 日本基督教団浜坂教会(・旧組合派)
 日本基督教団和田山地の塩伝道所(・旧　派)

東中国教区 （岡山県・鳥取県）
 日本基督教団東中国教区事務所

鳥取県東部地区 
 日本基督教団鳥取教会(・旧組合派)

鳥取県西部地区 
 日本基督教団境港教会
 日本基督教団米子教会

岡山県北部地区 
 日本基督教団津山教会(・旧組合派)

岡山県東部地区 
 日本基督教団岡山教会(・旧組合派)
 日本基督教団光明園家族教会(・旧改革長老派)…移転前の名称、日本基督敎會外島家族教会(大阪の神崎川あたりに在って室戸台風で壊滅した公立ハンセン病療養所の外島保養院内)。

岡山県中部地区 
 日本基督教団天城教会
 日本基督教団倉敷教会
 日本基督教団高梁教会 岡山県内最古の教会堂。県指定史跡。

四国教区 （香川県・愛媛県・徳島県・高知県）
 日本基督教団四国教区事務所

香川分区 
 日本基督教団一宮教会
 日本基督教団内海教会
 日本基督教団香川教会
 日本基督教団香川豊島教会
 日本基督教団琴平教会
 日本基督教団坂出教会
 日本基督教団坂出大浜教会
 日本基督教団善通寺教会
 日本基督教団高松教会
 日本基督教団多度津教会
 日本基督教団丸亀教会
 日本基督教団屋島教会

徳島分区 
 日本基督教団阿波池田教会
 日本基督教団石井教会
 日本基督教団小松島教会
 日本基督教団徳島北教会
 日本基督教団徳島西教会

高知分区 
 日本基督教団安芸教会
 日本基督教団香美(かみ)教会
 日本基督教団高知教会(・旧改革長老派)
 日本基督教団高知中村教会
 日本基督教団高知東教会
 日本基督教団佐川教会
 日本基督教団潮江教会
 日本基督教団宿毛栄光教会
 日本基督教団須崎教会
 日本基督教団瀬戸キリスト教会
 日本基督教団土佐教会
 日本基督教団土佐福音教会
 日本基督教団土佐嶺南教会
 日本基督教団土佐嶺北教会
 日本基督教団中村栄光教会
 日本基督教団南国教会
 日本基督教団室戸教会

東予分区 
 日本基督教団今治教会(1943年・旧組合派と旧メソヂストとの合同)
 日本基督教団伊予小松教会(・旧組合派)
 日本基督教団西条栄光教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団西条教会
 日本基督教団新居浜教会(・旧ホーリネス)
 日本基督教団新居浜西部教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団新居浜梅香教会(・旧改革長老派)
 日本基督教団三島真光教会(・旧改革長老派)

中予分区 
 日本基督教団松山教会(・旧組合派)
 日本基督教団松山栄光教会…松山東雲学園(アメリカン・ボード)との関係アリ
 日本基督教団松山古町教会(・旧組合派)
 日本基督教団さや教会
 日本基督教団松山城東教会…改革長老派の流れ
 日本基督教団松山城北教会(・旧 派)
 日本基督教団松山番町教会(・旧 派)
 日本基督教団松山山越教会(・旧改革長老派)
 日本基督教団三津教会

南予分区 
 日本基督教団宇和島信愛教会
 日本基督教団宇和島中町教会
 日本基督教団大洲教会
 日本基督教団三瓶教会
 日本基督教団八幡浜教会

西中国教区 （広島県・山口県・島根県）
 日本基督教団西中国教区事務所（大竹教会内）

広島東分区 
 日本基督教団福山延広教会
 日本基督教団福山東教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団松永教会
 日本基督教団尾道久保教会
 日本基督教団三原教会
 日本基督教団尾道吉和伝道所
 日本基督教団神辺教会

広島北分区 
 日本基督教団三次教会
 日本基督教団甲山教会
 日本基督教団上下教会
 日本基督教団油木教会
 日本基督教団庄原教会
 日本基督教団北備伝道所

広島西分区 
 日本基督教団呉平安教会
 日本基督教団呉山手教会
 日本基督教団竹原教会
 日本基督教団廿日市教会
 日本基督教団宮島口伝道所（活動休止中）
 日本基督教団東広島教会
 日本基督教団広島牛田教会…広島女學院(米国南メソジスト監督教会)との関係アリ
 日本基督教団広島観音町教会
 日本基督教団広島教会
 日本基督教団広島主城教会
 日本基督教団広島流川教会(・旧メソヂスト)
 日本基督教団広島福島町教会
 日本基督教団広島船越教会
 日本基督教団広島府中教会
 日本基督教団広島古市教会

山口東分区 
 日本基督教団大竹教会
 日本基督教団岩国教会
 日本基督教団岩国東教会
 日本基督教団柳井教会
 日本基督教団光教会
 日本基督教団下松教会
 日本基督教団徳山教会
 日本基督教団周陽教会
 日本基督教団大島教会
 日本基督教団周防教会

山口中分区

山口西分区

山陰東分区

山陰西分区

九州教区 （福岡県・佐賀県・長崎県・熊本県・大分県・宮崎県・鹿児島県）
 日本基督教団九州教区事務所

北九州地区 
 日本基督教団門司教会
 日本基督教団門司大里教会
 日本基督教団門司白金教会
 日本基督教団小倉東篠崎教会
 日本基督教団小倉日明教会
 日本基督教団北九州復興教会 
 日本基督教団小倉徳力教会
 日本基督教団戸畑教会
 日本基督教団八幡荒生田教会
 日本基督教団八幡鉄町教会
 日本基督教団八幡西教会
 日本基督教団若松教会
 日本基督教団若松浜ノ町教会
 日本基督教団直方教会
 日本基督教団飯塚教会
 日本基督教団田川教会
 日本基督教団行橋教会
 日本基督教団椎田伝道所
 日本基督教団宮田教会
 日本基督教団犀川教会
 日本基督教団福吉伝道所

福岡地区 
日本基督教団福岡中部教会
日本基督教団福岡警固教会
日本基督教団福岡城東橋教会
日本基督教団福岡渡辺通教会
日本基督教団福岡社家町教会
日本基督教団西福岡教会
日本基督教団福岡弥生教会
日本基督教団福岡玉川教会
日本基督教団福岡南教会
日本基督教団福岡女学院教会
日本基督教団香椎教会
日本基督教団周船寺教会
日本基督教団前原教会
日本基督教団春日東教会
日本基督教団筑紫教会
日本基督教団津屋崎教会
日本基督教団東郷教会
日本基督教団赤間教会

筑後地区 
 日本基督教団久留米東町教会
 日本基督教団久留米櫛原教会
 日本基督教団大牟田正山町教会
 日本基督教団筑後福島教会
 日本基督教団羽犬塚教会
 日本基督教団瀬高教会

佐賀地区 
 日本基督教団佐賀教会
 日本基督教団唐津教会
 日本基督教団武雄教会
 日本基督教団伊万里教会
 日本基督教団相和伝道所
 日本基督教団有田教会
 日本基督教団波佐見伝道所

長崎地区 
 日本基督教団長崎教会
 日本基督教団長崎銀屋町教会
 日本基督教団長崎馬町教会
 日本基督教団飽之浦教会
 日本基督教団長崎古町教会
 日本基督教団長崎平和記念教会
 日本基督教団長崎滑石教会
 日本基督教団佐世保教会
 日本基督教団佐世保比良町教会
 日本基督教団諫早教会
 日本基督教団多良見伝道所
 日本基督教団大村教会
 日本基督教団島原教会
 日本基督教団平戸伝道所

熊本地区 
日本基督教団熊本白川教会
日本基督教団熊本草葉町教会…『説教要旨』
日本基督教団錦ヶ丘教会
日本基督教団熊本城東教会
日本基督教団武蔵ヶ丘教会
日本基督教団八代教会
日本基督教団荒尾教会
日本基督教団山鹿教会
日本基督教団天草平安教会
日本基督教団隈府教会
日本基督教団合志豊岡伝道所

大分地区 

日本基督教団大分教会
竹田教会　大分県竹田市大字竹田2625-2　 http://church.ne.jp/taketa

宮崎地区

鹿児島地区 
日本基督教団鹿児島加治屋町教会
日本基督教団鹿児島教会
日本基督教団阿久根伝道所
日本基督教団川内教会
日本基督教団串木野教会
日本基督教団国分教会
日本基督教団指宿教会
日本基督教団志布志教会
日本基督教団鹿屋伝道所

奄美地区 
 日本基督教団名瀬教会
 日本基督教団徳之島伝道所

沖縄教区 （沖縄県）
1969年2月25日に、沖繩キリスト教団と日本基督教団とが「合同」する。
以下の教会・伝道所は合同後に設立されたものも含む。

 日本基督教団沖縄教区事務所
 日本基督教団うるま伝道所
 日本基督教団石川教会
 日本基督教団糸満教会(1946年)…『日本基督教団糸満教会-ポケスペ』
 日本基督教団上地教会
 日本基督教団うふざと伝道所
 日本基督教団大浜伝道所
 日本基督教団兼次(かねし)伝道所
 日本基督教団宜野湾伝道所
 日本基督教団コザ教会…『日本キリスト教団コザ教会』
 日本基督教団佐敷教会
 日本基督教団志真志伝道所…『日本キリスト教団 志真志伝道所』：母教会は、日本基督教団首里教会。
 日本基督教団首里教会(開拓開始：1907年；設立年：1908年・旧メソヂスト)…；かつての名称…日本メソヂスト首里敎會→日本基督敎團首里敎會→沖繩キリスト教団首里教会
 日本基督教団平良川伝道所
 日本基督教団高原(たかはら)教会
 日本基督教団名護伝道所
 日本基督教団那覇中央教会…『日本基督教団那覇中央教会　公式ホームページ』
 日本基督教団西原教会(1947年)
 日本基督教団平真教会
 日本基督教団真和志(まわし)教会
 日本基督教団美里教会
 日本基督教団宮古島伝道所(1946年)…かつての名称は、宮古キリスト教会→平良キリストの教会に一時期合流→一旦分離の後に沖繩キリスト教団に加入して沖繩キリスト教団宮古教会。
 日本基督教団八重山中央教会
 日本基督教団与勝教会
 日本基督教団よきサマリア人伝道所
 日本基督教団与那原教会
 日本基督教団米原伝道所
 日本基督教団読谷教会