牧野 富太郎（まきの とみたろう、1862年5月22日〈文久2年4月24日〉 - 1957年〈昭和32年〉1月18日）は、日本の植物学者。高知県高岡郡佐川町出身。位階は従三位。

「日本の植物学の父」の呼び名で一般に広く知られ、日本各地に牧野の名前を冠した顕彰施設が存在する。多数の新種を発見し、命名も行った近代植物分類学の権威である。その研究成果は50万点もの標本や観察記録、そして『牧野日本植物図鑑』に代表される多数の著作として残っている。旧制小学校中退でありながら理学博士の学位を取得した。

94歳で亡くなる直前まで、日本全国をまわって膨大な数の植物標本を作製した。個人的に所蔵していた分だけでも40万枚に及び、命名植物は1,500種類を超える。。

生涯 
1862年（文久2年）、土佐国佐川村（現：高知県高岡郡佐川町）で、近隣から「佐川の岸屋」と呼ばれた商家（雑貨業）と酒造業を営む裕福な家に生まれた。幼少のころから植物に興味を示していたと伝わる。

元は「成太郎」という名であったが、3歳で父を、5歳で母を、6歳で祖父を亡くした頃、「富太郎」に改名している。その後は祖母に育てられた。

10歳より土居謙護の教える寺子屋へ通い、11歳になると義校である名教館（めいこうかん）に入り儒学者伊藤蘭林（1815年 - 1895年）に学んだ。当時同級生のほとんどは士族の子弟であり、その中に後の「港湾工学の父」広井勇らがいた。漢学だけではなく、福沢諭吉の『世界国尽』、川本幸民の『気海観瀾広義』などを通じ西洋流の地理・天文・物理を学んだ。

名教館は学制改革により、校舎はそのままに佐川小学校となった。そこへ入学したものの2年で中退し、好きな植物採集に明け暮れる生活を送るようになる。小学校を中退した理由として、造り酒屋の跡取りだったので、小学校などで学業を修め、学問で身を立てることは全く考えていなかったからだと述べている。

酒屋は祖母と番頭に任せ、気ままな生活を送っていた。15歳から佐川小学校の「授業生」、すなわち臨時教員としておよそ2年間教鞭をとった。佐川で勉強するだけでは物足りなくなった富太郎は、植物の採集、写生、観察などの研究を続けながら、17歳になると高知師範学校の教師永沼小一郎を通じて欧米の植物学に触れ、当時の著名な学者の知己も得るようになる。牧野は自叙伝で「私の植物学の知識は永沼先生に負うところ極めて大である」と記している。

そして、江戸時代の本草学者小野蘭山の手による「本草綱目啓蒙」に出会い、本草学、とりわけ植物学に傾倒する。自らを「植物の精（精霊）」だと感じ、日本中の植物を同書のようにまとめ上げる夢を抱き、それは自分にしかできない仕事だと確信するようになる。そして19歳の時、第2回内国勧業博覧会見物と書籍や顕微鏡購入を目的に、番頭の息子と会計係の2人を伴い初めて上京した。

東京市では博物局の田中芳男と小野職愨の元を訪ね、最新の植物学の話を聞いたり植物園を見学した。

帰郷した1881年（明治14年）、富太郎は2歳年下の従妹でかねてから許嫁の猶（旧姓=山本）と祝言を挙げ、牧野猶は本家岸屋の若女将となる。

1884年（明治17年）、富太郎は本格的な植物学を志し、22歳の時に再び上京する。そこで東京大学理学部（後の帝国大学理科大学）植物学教室の矢田部良吉教授を訪ね、同教室に出入りして文献・資料などの使用を許可され研究に没頭する。そのとき、富太郎は東アジア植物研究の第一人者であったロシア帝国のカール・ヨハン・マキシモヴィッチに標本と図を送っている。富太郎は天性の描画力にも恵まれており、マキシモヴィッチから図を絶賛する返事が届いた。やがて25歳で、同教室の大久保三郎や田中延次郎・染谷徳五郎らと共同で『植物学雑誌』を創刊。同雑誌には澤田駒次郎や白井光太郎、三好学らも参加している。

1887年（明治20年）、育ててくれた祖母、浪子が77歳で死去。

26歳でかねてから構想していた『日本植物志図篇』の刊行を自費で始めた。印刷工場に出向いて印刷技術を学び、絵は自分で描いた。これは当時の日本には存在しなかった、日本の植物誌であり、今で言う植物図鑑のはしりであり、マキシモヴィッチからも高く評価された。

この時期、富太郎は東京と郷里を往復しながら研究者の地位を確立していくが、その研究費は亡き祖母浪子に代わって猶が工面し、富太郎の求めるままに東京に送金したため、実家岸屋の経営は瞬くうちに傾いていった。

1887年（明治20年）12月、一目惚れした小澤壽衛（14歳）と下谷区根岸の御隠殿（輪王寺宮門跡の別邸）跡の離れ家で一緒に暮らしはじめ、翌年（明治21年）10月、第一子園子（1888年 - 1893年）が生まれる。

1889年（明治22年）、27歳で新種の植物を発見。『植物学雑誌』に発表し、日本ではじめて新種のヤマトグサに学名をつけた。1890年（明治23年）、28歳のときに東京府南葛飾郡の小岩町で、分類の困難なヤナギ科植物の花の標本採集中に、柳の傍らの水路で偶然に見慣れない水草を採集する機会を得た。これは世界的に点々と隔離分布するムジナモの日本での新発見であり、そのことを自ら正式な学術論文で世界に報告したことで、世界的に名を知られるようになる。

しかし同年、矢田部教授により植物学教室の出入りを禁じられ、研究の道を断たれてしまい、『日本植物志図篇』の刊行も六巻で中断してしまう。失意の牧野はマキシモヴィッチを頼り、ロシアに渡って研究を続けようと考えるが、1891年にマキシモヴィッチが死去したことにより、実現はしなかった。

1891年（明治24年）、実家の岸屋がついに破綻し、家財を精算するために帰郷する。このとき当主の富太郎は、猶と番頭の井上和之助を結婚させて店の後始末を託す。

富太郎は郷里の高知に帰郷中、地元の植物の研究をしたり、西洋音楽の演奏会を開いて自ら指導し、時には指揮者として指揮棒を振ったりしていたが、知人らの助力により、駒場農学校（現・東大農学部）にて研究を続けることができるようになり、帰京。

1893年（明治26年）、矢田部非職後に東京帝国大学理科大学の主任教授となった松村任三教授に呼び戻される形で助手となった。助手の月給で一家を養っていたが、文献購入費などの研究に必要な資金には事欠いていた。それでも、研究のために必要と思った書籍は非常に高価なものでも全て購入していたため多額の借金をつくり、ついには家賃が払えず、家財道具一切を競売にかけられたこともある。

その後、各地で採集しながら植物の研究を続け、多数の標本や著作を残していく。ただ、学歴の無いことと、大学所蔵文献の使用方法（研究に熱中するあまり、参照用に借り出したままなかなか返却しないなど）による研究室の人々との軋轢もあり、厚遇はされなかった。松村とは植物の命名などを巡って対立もしている。

1900年（明治33年）から、未完に終わった『日本植物志図篇』の代わりに新しく『大日本植物志』を刊行する。今回は自費ではなく帝大から費用が捻出され、東京の大手書店・出版社であった丸善から刊行された。だがこれも松村の妨害により、4巻で中断してしまった。

1916年（大正5年）には個人でを創刊（3号までは自己負担による発刊）。発刊間隔が空いたり、池長孟からの援助が打ち切られたりするなど、その刊行継続は必ずしも順調ではなかった。支援者であった中村春二の死去により再び行き詰まった後、1926年（大正15年）に津村重舎（後には会社としての津村順天堂）の財政的援助を得て復刊にこぎ着けている。

1912年（明治45年）1月30日（牧野49歳）から1939年（昭和14年）5月31日（77歳）まで東京帝国大学理科大学講師を勤める。この間、学歴を持たず、権威を理解しない牧野に対し、学内から何度も圧力があったが、結局牧野は帝大に必要な人材とされ、助手時代（1893年（明治26年）9月11日）から計約46年間、大学に留任している。

1927年（昭和2年）4月、65歳で東京帝国大学から理学博士を受ける。論文の題は「日本植物考察（英文）」。同年に発見した新種の笹に、翌年死去する妻の名をとって「スエコザサ」と名付けた。

1937年（昭和12年）、朝日文化賞を受賞。

1940年（昭和15年）、東京帝国大学を退官後、78歳で研究の集大成である「牧野日本植物図鑑」を刊行、この本は改訂を重ねながら現在も販売されている。

1945年（昭和20年）、山梨県北巨摩郡穂坂村（現・韮崎市）に疎開。

1949年（昭和24年）、大腸カタルで一旦危篤状態となるも、回復。

1950年（昭和25年）、日本学士院会員。

1951年（昭和26年）、未整理のまま自宅に山積みされていた植物標本約50万点を整理すべく、朝比奈泰彦科学研究所所長が中心となって「牧野博士標本保存委員会」が組織。文部省から30万円の補助金を得て翌年にかけて標本整理が行われた。同年設立された第1回文化功労者の対象者となる。

1953年（昭和28年）、91歳で東京都名誉都民。

1954年（昭和29年）頃から病気がちとなり、寝込むことが多くなった。

1956年（昭和31年）、「植物学九十年」・「牧野富太郎自叙伝」を刊行。同年12月、郷里の高知県佐川町の名誉町民。また、高知県に牧野植物園が設立されることが決定された。

1957年（昭和32年）、死去。享年96（満94歳没）。没後従三位に叙され、勲二等旭日重光章と文化勲章を追贈された。墓所は東京都台東区谷中の天王寺。郷里の佐川町にも分骨されている。

1958年（昭和33年）4月、高知県高知市五台山に高知県立牧野植物園が開園した。

2008年（平成20年）、練馬区名誉区民に選定。

家族 
子供は13人生まれ、その内7人（3男4女）が成長した。

 祖母・浪子
 父・佐平
 妻・壽衛（1873年 - 1928年2月23日)
彦根藩主井伊家の臣、陸軍省営繕部元勤務・小澤一政の娘。55歳で死去。
 長女・香代
 次女・鶴代（1898年5月12日 - 1974年5月12日）
弁護士、無産運動家（のちに転向）・額賀二郎の妻。19歳の時に結婚するも、不幸な生活で離婚し実家に戻る。母・壽衛の没後は父の研究と生活をささえた。孫は牧野記念庭園記念館の学芸員・牧野一浡（かずおき）。
 長男・春世
 次男・百世
 三男・勝世
 三女・己代
 四女・玉代（1910年9月10日 - 1995年3月21日）
川村女学院卒。五交商事、日本造型各元会長・岩佐喜七の妻。
 外孫・岩佐まゆみ（1936年6月9日 -）
成蹊学園卒。
 外曽孫・岩佐吉晃（1965年3月4日 -）
成蹊大学卒。岩佐喜七の養子。ENEOSグローブ㈱監査部長、OMC（Ogikubo Malt Club）代表。
 元配偶者・猶
 最初の妻。富太郎の従妹で、3歳年下にあたる。祖母の浪子が富太郎に妻合わせたと考えられる。

逸話 
 植物だけではなく鉱物にも興味をもち、音楽については自ら指揮をとり演奏会も開き、郷里の音楽教育の振興にも尽力した。
 植物研究のため、造り酒屋であった実家の財産を使ったが、東京に出る際に親戚に譲った。後に困窮し、やむなく妻が始めた料亭の収益も研究につぎ込んだという。その料亭の件や、当時の大学の権威を無視した出版などが元で大学を追われたこともある。しかし、学内には富太郎の植物に対する情熱とその業績を高く評価する者も多く、77歳まで実に約46年のあいだ、東大植物学教室になくてはならない助手・講師として日本の植物学に貢献した。
 富太郎の金銭感覚の欠如や、周囲の人にたいする彼の振る舞いにまつわる逸話は多い。しかし富太郎を追い出した松村任三自身、若き日研究に邁進する余り、周囲に対する配慮を欠いていたことを認めている。後年、富太郎は松村が明治初頭の植物学の第一の功労者であり、東大植物学教室の基礎を築いた人であると賞讃した。
 尾瀬で植物採集した際にあまりに植物を採ったため、尾瀬の保護運動の第一人者であった平野長蔵が研究するだけでなく保護を考えろと叱ったというエピソードがある。
多くの植物の命名を行い「雑草という草は無い」という言葉を残している。同様の発言を昭和天皇もしているが、これは牧野の発言を元にしたものと見られている。
 詩人で児童文学作家の山本和夫が自宅を訪れた際は、記念写真を撮るなど親交があった。
 生地の佐川町では、牧野富太郎を主人公にした連続テレビ小説の誘致活動が行われ 、2023年度前期の連続テレビ小説「らんまん」の主人公・槙野万太郎のモデルとなることが決定した。
 2021年に牧野富太郎の名を冠し、亡き妻・壽衛の名をつけたスエコザサなどを原料にした、高知県初のクラフトジン、「マキノジン」が作られた。

発見、命名した植物 

 発見、命名した植物の例
 ムジナモ、センダイヤザクラ、トサトラフタケ、ヨコグラツクバネ、アオテンナンショウ、コオロギラン、スエコザサ

和名については、ワルナスビやノボロギクのような、当該植物種の性質を短い言葉で巧く言い表しているものもある一方で、ハキダメギクなど発見場所をつけただけの命名もある。イヌノフグリは牧野富太郎の命名ではない。江戸時代の草木図説にその名が記載されている。

亡き妻の名を冠したスエコザサのエピソードはよく知られているが、こうした学問の場以外の私情をはさんだ献名は例外的であった。マルバマンネングサの学名にはロシアの植物学者マキシモヴィッチにより、牧野の名が盛り込まれている。

また、生き別れになった愛人・お滝を偲んでアジサイにHydorangea macrophylla Sieb. var. otaksaの学名を命名したシーボルトについて、otaksaの由来をシーボルトは日本での地方名だと著書にのべていたものが事実に反し、お滝に献名したものであることを突き止めたのも富太郎である。

著作 
※リンク先は国立国会図書館デジタルコレクション or 青空文庫

著書・共著・編著 
 「利尻山とその植物」（『山岳 一の二』、1906年6月）
「利尻山とその植物」（岩波書店『山の旅 明治・大正篇』、岩波文庫、2003年9月）
 『野外植物の研究.〔正〕』（共同刊行：参文社・積文社、1907年） ※編者：博物学研究会、校閲：牧野富太郎
 『野外植物の研究 続』（共同刊行：参文社・積文社、1907年） ※編者：博物学研究会、校閲：牧野富太郎
 『普通植物検索表』三好学、牧野富太郎 編（文部省、1911年）
 『児童野外植物のしをり』（成美堂、1912年） ※共著
 『植物学講義』（大日本博物学会、1913年 第7巻のみ1914年）
 第1巻「植物記載学. 前編」
 第2巻「植物記載学. 後篇」
 第3巻「植物採集標品製作並整理貯蔵法」
 第4巻「羊歯及種子植物ノ形態. 正」
 第5巻「羊歯乃種子植物ノ形態. 続篇」
 第6巻「植物自然分科検索表」
 第7巻「植物分類学 巻1」
 『雑草の研究と其利用』（白水社、1919年）
 『植物ノ採集ト標品ノ製作整理』（中興館、1923年）
 『日本植物総覧』牧野富太郎, 根本莞爾 編（日本植物総覧刊行会、1925年）
 『趣味の植物採集』（三省堂、1935年）
 『草木志 : 随筆』（南光社、1936年）
 『趣味の草木志』（啓文社、1938年）
 『植物記』（桜井書店、1943年）
 『植物記. 続』（桜井書店、1943年）
 復刻版→『植物記』正・続の2巻（バベル社、2019年）
 『牧野植物混混録』（鎌倉書房、1号（1946年5月） - 10号（1949年3月））
 『牧野植物随筆』（鎌倉書房、1947年）
 『牧野植物随筆 続』（鎌倉書房、1948年）
 『趣味の植物誌』（壮文社、1948年）
 『四季の花と果実』（通信教育振興会、1949年）
 『植物知識』（講談社学術文庫、1981年）（仮名遣い表記を改め改題、註を付した新版。伊藤洋（東京教育大学名誉教授）解説で、牧野富太郎の略歴説明がある）
 『植物一日一題 : 随筆』（東洋書館、1953年）
 『若き日の思い出』（旺文社、1955年1月）
 『牧野植物一家言』（北隆館、1956年）
 『草木とともに』（ダヴィッド社、1956年）
 『牧野富太郎自叙伝』（長嶋書房、1956年）
 『牧野富太郎自叙伝』（講談社学術文庫、2004年）

以下は没後刊
 『牧野富太郎植物記』 全8巻（あかね書房、1973年 - 1974年） ※中村浩編
 『牧野富太郎選集』 全5巻（東京美術、1981年 / 復刻：学術出版会、2008年）
 『植物一日一題』（博品社、1998年 / ちくま学芸文庫、2008年）
 『植物一家言 草と木は天の恵み』（北隆館、改訂版2000年） ※小山鐵夫監修、水島うらら脚注
 『牧野植物随筆』（講談社学術文庫、2002年）
 『植物記』（ちくま学芸文庫、2008年）
 『花物語 続植物記』（ちくま学芸文庫、2010年）
 『草木とともに 牧野富太郎自伝』（角川ソフィア文庫、2022年）
 『わが植物愛の記』 （河出文庫、2022年）
 『我が思ひ出　牧野富太郎〈遺稿〉』（北隆館、2022年）
 『好きを生きる』（興陽館、2023年）
 『随筆草木志』（中公文庫、2023年）
 『牧野富太郎と、山』（山と溪谷社・ヤマケイ文庫、2023年）

解説 
 『ムジナモ発見物語り』 - （作品社『日本の名随筆 94：草』、1990年）
 『牧野富太郎 植物のはなし1 花のしごと』 中村浩編（草土文化、2010年）
 『植物に魅せられた二人：シーボルトと牧野富太郎の植物標本：牧野富太郎生誕150年記念企画展図録』（津山洋学資料館、2012年10月）

図鑑・図譜・図説 
 『新撰日本植物図説』第2巻第2集（敬業社、1903年）
 『日本高山植物図譜. 第1巻』三好学、牧野富太郎 共著（成美堂、1907年）
 『日本高山植物図譜. 第2巻』三好学、牧野富太郎 共著（成美堂、1909年）
 『日本植物図鑑』（北隆館、1940年）
 『牧野日本植物圖鑑 : 學生版』（北隆館、1949年4月）
 『原色日本高山植物図譜』 （誠文堂新光社、1953年）
 『牧野新日本植物圖鑑』（北隆館、1961年6月30日 初版発行）
 『普通植物検索図説』（高陽書院、1970年）
 『原色牧野日本植物図鑑』（北隆館、1985年4月）
 『牧野新日本植物図鑑』（北隆館、1996年）
 『原色牧野日本植物図鑑』全3巻（北隆館、2000年） ※『牧野新日本植物図鑑』の植物図を着色したもの。

博士論文 
 『日本植物考察』英文（東京帝国大学、学位：理学博士、1927年4月16日）

学術雑誌 
 「万葉集の縄ノリ」（アララギ発行所『アララギ』42巻8号39 - 43頁、1949年8月）
 「ゴキブリでは意味をなさぬ」（日本科学協会『採集と飼育 = Collecting and breeding』12巻10号317頁、1950年10月）
 「私の信条」（岩波書店『世界』61号71 - 73頁、1951年2月）
 「私の短歌観」（短歌研究社『短歌研究』8巻9号、1951年9月）
 「ホテイナリヒラの来歴」（日本竹笹の会『富士竹類植物園報告 = The reports of the Fuji Bamboo Garden』12号6 - 8頁、1967年11月）
 「竹の開花について」（日本竹笹の会『富士竹類植物園報告 = The reports of the Fuji Bamboo Garden』13号6頁、1968年12月）

書簡 
 『牧野富太郎書簡 緒方益井（渡辺伯爵家）宛（渡辺千秋関係文書）』（1918年11月26日）※憲政資料
 『牧野富太郎竹下英一宛書簡』（川端一弘編、2020年3月）

参考資料

評伝・伝記 
 上村登 『牧野富太郎伝』（六月社、1955年）、『花と恋して 牧野富太郎伝』（高知新聞社、1999年）
 渋谷章 『牧野富太郎 私は草木の精である』（リブロポート シリーズ民間日本学者、1987年 / 平凡社ライブラリー、2001年）
 武井近三郎『牧野富太郎博士からの手紙』（高知新聞社、1992年）
 俵浩三 『牧野植物図鑑の謎』（平凡社新書、1999年）
 上山明博『牧野富太郎 花と恋して九〇年』（青土社、2023年）

子ども向け伝記 
 山本和夫 『牧野富太郎 植物界の至宝』（ポプラ社、1953年）、『牧野富太郎 花に恋して九十年』（講談社火の鳥伝記文庫）
 中村浩 『牧野富太郎』（金子書房、1955年）
 山本藤枝 『牧野富太郎』（偕成社〈児童伝記全集〉、1959年）
 高橋磌一 『牧野富太郎』（講談社〈世界伝記全集〉、1960年）
 佐藤七郎 『牧野富太郎』（国土社〈少年伝記文庫〉、1962年）
 神戸淳吉 『牧野富太郎』（潮出版社〈ポケット偉人伝〉、1971年）
 氷川瓏 『牧野富太郎』（ポプラ社〈子どもの伝記全集〉、1977年）
 谷真介 『牧野富太郎』（主婦の友社〈少年少女世界伝記全集〉、1977年）
 牧ひでを 『牧野富太郎』（集英社〈母と子の世界の伝記〉、1978年）
 林富士馬 『牧野富太郎 植物を愛し研究しつづけた九十余年の生涯』（新学社・全家研〈少年少女こころの伝記〉、1989年）

絵本 
 アート絵本『まきのまきのレター』（ENYSi社、2019年、イラスト：佐々木香菜子、文・絵本構成：山中タイキ）
 草木とみた夢 牧野富太郎ものがたり（出版ワークス、2019年（リニューアル版、2022年11月）、文：谷本雄治、絵：大野八生） - JBBY （日本国際児童図書評議会）で、世界に紹介したい子供の本に選出

牧野を題材・モデルにした作品

小説 
 池波正太郎 「牧野富太郎」『武士の紋章』（新潮文庫、改版2008年）短編
 大原富枝 『草を褥に 小説牧野富太郎』（小学館、2001年 / 新版2023年、河出文庫、2022年）

映画 
 映画『黄金花』（2009年公開）牧野富太郎をモデルにした“牧老人”こと牧草太郎を原田芳雄が演じた。

テレビドラマ 
 NHK連続テレビ小説『らんまん』（2023年度前期放送）牧野富太郎をモデルにした主人公“槙野万太郎”を、神木隆之介が演じる。

関連人物 
 田中芳男 - 1883年（明治16年）、富太郎が第2回内国勧業博覧会見学のため上京した際、文部省博物局を訪ね、田中芳男と小野職愨に小石川植物園を案内してもらっている。まだ無名の富太郎が、3年後にコーネル大学に留学した東京大学理学部植物学教室の誇り高き教授、矢田部良吉の許しを得て、この教室に出入り出来るようになったのは、田中芳男と田中の師である伊藤圭介の力があった。博物館行政や多くの勧業殖産に貢献し、後に貴族院議員になった田中と富太郎は本の貸し借りをするなど親しく交友があり、それは24歳年上の田中が亡くなるまで続いた。

 池長孟 - 1916年（大正5年）12月、富太郎は生活苦から収集した植物標本10万点を海外の研究所に売ることを決断する。富太郎の窮状を知った渡辺忠吾は、『東京朝日新聞』に「篤学者の困窮を顧みず、国家的資料が流出することがあれば国辱である」との記事を書き、『大阪朝日新聞』がこれを転載した。記事は反響を呼び、神戸から二人の篤志家が現れた。一人は久原房之助、もう一人が25歳の京都帝国大学生の池長孟であった。12月21日、富太郎は壽衛夫人とともに神戸に向かう。孟は父、池長通の遺産の中から3万円で標本を買い取り、改めて富太郎に寄贈しようと申し出た。感激した富太郎はこの申し出を固辞、標本は通が建てた池長会館に所蔵されることになり、会館は池長植物研究所と改称される。これで富太郎は困窮時代の危機を脱することになる。また、孟は富太郎にその後も研究費を援助する。

 岡部芳郎 - 1937年に富太郎が兵庫県と鳥取県の県境の氷ノ山を学術調査した際に、トーマス・エジソン唯一の日本人助手であった岡部が撮影した映像が2012年に発見され、牧野と親交があったことが分かった。

 小山鐵夫（小山鉄夫）- 1933年、東京生まれ。11歳で牧野富太郎の弟子となる。東京大学理学部卒。東京大学大学院生物系研究科博士課程修了、理学博士。高知県立牧野植物園元園長。

関連施設 
 高知県立牧野植物園
 高知市五台山に、没後1年目の1958年（昭和33年）に富太郎の生前の希望も反映し開園した。敷地は6haに拡張され、1500種、13000株の植物がうえられている。開園当初は牧野の偉業を残し、観光植物園としての色彩が濃かったが、現在は有用植物に関する多くの研究者を擁し、世界的研究機関としての地位を築きつつある。
 牧野富太郎資料展示室
 高知県佐川町の佐川町総合文化センター内にある展示室で、富太郎の眼鏡や絵の具、所蔵本、手紙や墨書など遺品を多く収蔵している。
 牧野富太郎記念館
 上記、植物園内の付属施設で、本館と展示館の2つの建物にわかれる。本館には遺族から寄贈された蔵書約4万5000冊、直筆の原稿、写生画等、5万8000点が収められた牧野文庫を始め、植物に関する研究室などがある。展示館では博士の生涯に関する展示などがある。
 建築設計は内藤廣による。
 練馬区立牧野記念庭園
 東京都練馬区東大泉の自宅跡地を一般公開したもの。340種あまりの植物が植えられ、記念館には遺族から寄託されている博士の遺品が展示されている。2010年（平成22年）8月に記念館と講習棟を改修し再オープンした。常設展示に加え企画展示室では関根雲停や服部雪斎の植物図展覧会や植物標本の展覧会が開催されている。曾孫・一浡（かずおき）が2010年より学芸員として運営に携わっている。
 東京都立大学牧野標本館
 没後、遺族から寄贈された40万点の標本が収蔵され、一部は画像データベース化され一般公開されている。富太郎が90年の生涯を掛けて採集した膨大な植物標本の整理には半世紀の時間を要した。
 牧野富太郎句碑
 広島県北広島町八幡（旧、芸北町内）の臥龍山麓八幡原公園に1999年、富太郎が詠んだ句碑が建立された。句碑に刻まれた句は、富太郎が1933年（昭和8年）にはじめて八幡を訪れた際、湿地一面に咲くカキツバタの自生地をみて感激し詠んだものとされる。
 まきのさんの道の駅・佐川
 高知県佐川町にある道の駅。富太郎にちなんで名付けられている。
 牧野蔵
 高知県高岡郡佐川町にある司牡丹酒造敷地内にあった酒蔵の一棟。岸屋（後に井上和之助酒店）は明治中頃に人手に渡り最終的に司牡丹酒造の所有となった。昭和中頃の台風で大半が倒壊したが、残った一棟が牧野が勉強部屋として使用していた蔵で「牧野蔵」と呼び地元で親しまれていたが、2004年の台風集中上陸の影響を受け、倒壊した。