総合科学技術・イノベーション会議（そうごうかがくぎじゅつ・イノベーションかいぎ、、略称: CSTI）は、内閣府に設置される「重要政策に関する会議」のひとつである。内閣総理大臣、科学技術政策担当大臣のリーダーシップの下、各省より一段高い立場から、総合的・基本的な科学技術・イノベーション政策の企画立案及び総合調整を行う役目を担っている。同組織の前身組織の名前は、科学技術会議である。

概要 
2001年（平成13年）1月6日、内閣府設置法（平成11年法律第89号）に基づき、「総合科学技術会議」として設置された。内閣府設置法の一部を改正する法律(平成26年法律第31号)の施行により2014年5月19日に「総合科学技術・イノベーション会議」と改称されるとともに、科学技術政策に関する司令塔機能の一層の強化がなされた。英訳名はCouncil for Science, Technology and Innovation（CSTI）。

内閣総理大臣及び国務大臣と有識者の議場として、日本全体の科学技術を俯瞰し、各省より一段高い立場から、総合的・基本的な科学技術政策の企画立案及び総合調整を行うことを目的とする。会議の議長は内閣総理大臣。会議の議員定数（議長を除く）は14人以内で関係閣僚・官吏のほか民間の有識者から内閣総理大臣が任命（有識者議員）するが、当該民間からの任命には衆議院・参議院両方の同意を必要とする（国会同意人事）。

総合科学技術・イノベーション会議のロゴには、日本政府の紋章でもある桐紋のひとつ、五三桐が用いられている。

所掌事務 
内閣府設置法第26条において、以下の所掌事務が定められている。
 内閣総理大臣の諮問に応じて科学技術の総合的かつ計画的な振興を図るための基本的な政策について調査審議すること。
 内閣総理大臣又は関係各大臣の諮問に応じて科学技術に関する予算、人材その他の科学技術の振興に必要な資源の配分の方針その他科学技術の振興に関する重要事項について調査審議すること。
 科学技術に関する大規模な研究開発その他の国家的に重要な研究開発について評価を行うこと。
 内閣総理大臣の諮問に応じて研究開発の成果の実用化によるイノベーションの創出の促進を図るための環境の総合的な整備に関する重要事項について調査審議すること。
 関係各大臣に意見を述べること。

主な答申・決定・意見具申

答申 
 諮問第1号「科学技術に関する総合戦略について」に対する答申　2001年（平成13年）3月22日
 諮問第2号「国の研究開発評価に関する大綱的指針について」に対する答申　2001年（平成13年）11月28日
 諮問第3号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針について」に対する答申　2001年（平成13年）8月30日
 諮問第4号「特定胚の取扱いに関する指針について」に対する答申　2001年（平成13年）11月28日
 諮問第5号「科学技術に関する基本政策について」に対する答申　2005年（平成17年）12月27日
 諮問第6号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針の改正について」に対する答申　2006年（平成18年）11月12日
 諮問第7号「特定胚の取扱いに関する指針の改正について」に対する答申　2009年（平成21年）4月21日
 諮問第8号「ヒトES細胞の樹立及び使用に関する指針の改正について」に対する答申　2009年（平成21年）4月21日
 諮問第9号「ヒトES細胞の樹立及び分配に関する指針について」に対する答申　2009年（平成21年）7月24日
 諮問第10号「ヒトES細胞の使用に関する指針について」に対する答申　2009年（平成21年）7月24日
 諮問第11号「科学技術に関する基本政策について」に対する答申　2010年（平成22年）12月24日
 諮問第12号「ヒトES細胞の使用に関する指針の改正について」に対する答申　2010年（平成22年）4月27日
 諮問第13号「ヒトES細胞の樹立及び分配に関する指針の改正について」に対する答申　2010年（平成22年）4月27日
 諮問第14号「科学技術イノベーション総合戦略について」に対する答申　2013年（平成25年）6月6日

決定・意見具申 
 「ゲノムネットワーク研究」について　2003年（平成15年）11月25日
 知的財産戦略について　2004年（平成16年）5月26日
 ヒト胚の取扱いに関する基本的考え方について　2004年（平成16年）7月23日
 我が国における宇宙開発利用の基本戦略　2004年（平成16年）9月9日
 「地球観測の推進戦略」について　2004年（平成16年）12月27日

構成員 

（この節の出典：【内閣府】総合科学技術・イノベーション会議の構成員）
 議長 
岸田文雄 - 内閣総理大臣
 閣僚
松野博一 - 内閣官房長官
高市早苗 - 科学技術政策担当大臣
 松本剛明 - 総務大臣
 鈴木俊一 - 財務大臣
 永岡桂子 - 文部科学大臣
 西村康稔 - 経済産業大臣
 有識者（2022年11月現在、は常勤議員、は再任） 
 上山隆大 - 元政策研究大学院大学教授・副学長
 梶原ゆみ子 - 富士通株式会社執行役員EVP 
 佐藤康博 – みずほフィナンシャルグループ特別顧問、日本経済団体連合会副会長
 篠原弘道 - 日本電信電話株式会社相談役、日本経済団体連合会副会長・デジタルエコノミー推進委員会委員長
 菅裕明 – 東京大学大学院理学系研究科化学専攻教授、東京大学先端科学技術研究センター教授、日本学術会議会員、ミラバイオロジクス（株）取締役
 波多野睦子 – 東京工業大学工学院電気電子系教授、東京工業大学学長特別補佐、量子科学技術研究開発機構量子ビーム科学部門研究統括、応用物理学会代表理事・会長、日本学術会議連携会員
 藤井輝夫 - 東京大学総長
 関係機関の長
 梶田隆章 - 日本学術会議会長

（注記）
 内閣総理大臣が外遊その他で参席できないときは、科学技術政策担当大臣が議長代理を務める。ただし、科学技術政策担当大臣が置かれていないときは内閣官房長官が務める。（内閣府設置法第28条）
 議長は必要があると認めるときには、上記に掲げる議員である国務大臣以外の国務大臣を特定議案に限って議員として参加させることができる。（内閣府設置法第29条）過去には、外務大臣、厚生労働大臣、農林水産大臣、国土交通大臣、環境大臣、防衛庁長官、経済財政政策担当大臣、防災担当大臣、構造改革特区担当大臣、少子化対策担当大臣、IT担当大臣などが会議に参加している。
 有識者議員の任期は3年である。ただし、再任を妨げない。（内閣府設置法第31条）

科学技術政策フェロー 
 内閣府には、専門的な知識経験に基づき、科学技術イノベーションに関する専門的事項の調査・分析及び施策の推進に係る企画及び立案に従事する科学技術政策フェローが若干名おり、同会議及び事務局と協同している。なお、調査官や調査員とは別格のものである。

産学官連携功労者表彰と日本オープンイノベーション大賞 
 企業や大学などの公的研究機関が連携した科学技術イノベーション活動において、顕著な功績があったと認められる個人または、団体に対して産学官連携功労者表彰を実施している。同会議及び政策統括官（科学技術・イノベーション担当）が取りまとめを行い、内閣総理大臣賞をはじめ、各大臣賞、主催者団体会長賞を表彰する、産学官連携分野では規模と栄誉が極めて大きい表彰である。また、複数のノーベル賞受賞者や文化勲章などの授与者らが、受賞・授与前に表彰されており、科学技術・イノベーション分野においても大きな価値がある表彰となっている。
2018年度より、産学官連携功労者表彰をリニューアルし、日本オープンイノベーション大賞を創設。オープンイノベーションの取組で、模範となるようなもの、社会インパクトの大きいもの、持続可能性のあるものを表彰している。なお、既に成果が出た取組のみならず、成果を上げつつある進行中の取組についても対象としている。2019年度にはスポーツ庁長官賞が加わっている。

事務局 
 内閣府科学技術・イノベーション推進事務局が、総合科学技術・イノベーション会議の事務局機能を果たす。