『ボンバーマンストーリーDS』は、2007年3月21日にハドソンから発売されたニンテンドーDS用アクションロールプレイングゲーム。

前作『ボンバーマンストーリー』（ゲームボーイアドバンス）の続編である。

ストーリーモード（アクションRPG）とボンバーマンバトルパック（従来のバトルゲーム）を収録。

ストーリーモード

プロローグ 
遥か彼方の銀河系では様々な種族がともに暮らし、星々の間を行き来していた。人々は困ったことがあれば、慈善団体「ジャスティスライツ」に連絡して、事件を解決してもらっていた。ある満月の夜、ジャスティスライツ研究所から「ボラトル」という物質に関するデータがまるごと盗まれてしまう事件が発生した。どうやら研究の中止に一番反対していたプロフェッサージールという人物がこの事件に関与しているようであった。総帥のウォルフェマンと主任研究員のDr.アインは相談の上、結成されたばかりだが最も信頼のあるチームに捜索を依頼することにした。また、二人は万が一事態が悪化した場合はある男を呼ぶことを決めた。その男の名はしろボン。彼は宇宙の平和を守るボンバーマンである。

レベルと経験値
しろボンは敵を倒すことで経験値を得られ、一定値に達することでレベルアップする。複数の敵を同時に倒すことで「コンボ」となり得られる経験値がアップする。レベルアップすると、一度に設置できる爆弾の個数や火力が増えたり、ボムキックが使用できるようになったり、ひきょり（ボム投げの飛距離）やどうかせん（爆弾が爆発するまでの時間）を設定できるようになる。

セーブ
マップ上に配置されているセーブポイントに触れて、セーブアイコンが表示された時にAボタンを押すと「セーブしますか?」というメッセージが表示される。このとき「はい」を選択することでセーブが可能となる。今作ではセーブデータは1つしか作れない。セーブデータがある状態で、ゲーム開始時に「はじめから」を選択してセーブすると、前のデータは消えてしまう。

ゲームオーバー
しろボンの生命力はハートで表示される。大きなハート1つは小さなハート5つ分である。敵の攻撃や爆風に触れると減少し、なくなるとゲームオーバーとなる。ゲームオーバー後は最後にセーブした状況から再開される。

惑星
ノインウッド
緑に恵まれた森林惑星。
 ボス - ウェヤヒ・ザルート
 巨大な送風機を背負い突風と回転攻撃で襲いかかってくる。優れた反射神経の持ち主。好きなものはギャンブル。
ゼクスマリン
水と氷で構成された海の惑星。海底に都市が存在する。
 ボス - メルート・ファリーナ
 お湯でもすぐに凍ってしまう氷河惑星「ツェドラン」出身。ボムを無効化する水ジェル弾を放つ。
ドライデザート
砂漠の惑星。治安が悪く、貧富の格差が激しい。
 ボス - ダルボン・タブファラド
 凄まじい怪力の持ち主。物を食べると同時にエネルギーに変換している。
フィーアフレイム
火山などの危険で過酷な環境が特徴の灼熱惑星。研究施設「ワークベース」が存在し、宇宙ステーション「メインベース」と転送装置で繋がっている。人工的に作られ野生化した敵キャラたちが溢れかえっている。
 ボス - デューク・ミネザキ
 部屋中が火の海になる火遁の術など、禁断の秘伝書から得た数々の技で襲ってくる。自分の力が足りずに恋人をなくした過去を持つ。
ボラトルスフェア
ボラトルが貯蔵されている人工惑星。
 ボス - ハイド・ガフネ
 謎に包まれた最強の敵だが、その正体はジャスティスライツのヒース・グラベルド。アンチボラトルマテリアル装甲で作られたパワードスーツを装備している。
 最終ボス - ウィブダルス・ジール
 ロードオブギャラクシーの創設者。元々はジャスティスライツ研究所に所属しており、偶然ボラトルを発見したことからボラトルプロジェクトの責任者として研究を指揮していた。ボラトルの持つエネルギーの大きさを危惧したウォルフェマンに命じられた研究の中止に反発しボラトルの研究データを盗み失踪した。

カラーボム
しろボンははじめから持っているノーマルボム以外にも、Dr.アインが開発した特殊な効果を持った「カラーボム」を使用することができる。カラーボムは所持している個数の分しか使用できず、設置する度に1個ずつ減っていく。敵を倒したりソフトブロックを破壊することで各カラーボムが描かれたアイテムパネルが出現し、それを入手することで補充することができる。それぞれ持てる最大は99個までである。また各ボムそれぞれ重さが異なり、それを利用した謎解きも存在する。
ノーマルボム
特殊効果がない普通のボム。個数制限がないのが特徴。
エサボム（黄色）
置くと敵が集まってくるボム。与えられるダメージは大きくない。効果のない敵もいる。
クロスボム（赤色）
爆発すると上下左右の4方向に火の玉が飛び、ソフトブロックを貫通する。
パイルボム（水色）
ボム投げで重ねることで爆発したときの威力が増す。4つまで重ねることができる。
バリアボム（緑色）
持ち上げている間無敵になれる。制限時間があり、切れると自動的にボムを投げてしまう。
リモコンボム（紺色）
設置したあとBボタンで爆発させることができる。
ブロウボム（紫色）
投げたり蹴ったりすると分裂するボム。投げると円状に分裂し、蹴るとその方向に直線状に分裂する。
シャイニングボム（白色）
特殊な条件で入手できるカラーボム。Dr.アインがダークマターに対抗するべく開発したアンチアイテム（シャイニングボムの原型）をすべて集めた状態である場所に行くと以後使用可能となる。1個使う度に他の6種類のカラーボムの数が1個ずつ減っていく。表示される所持個数は他の6つのカラーボムの所持個数の最低値と同数になるため、最低値となっているボムの個数を上げることでシャイニングボムの個数も補充される。ダークマターに有効で、特定のボス戦で強い効果を発揮する。

キャラクター 
ボンバーマンキャラクター一覧#『ボンバーマンストーリーDS』 (DS)を参照。

ボンバーマンバトルパック 
『Touch!ボンバーマンランド』（2006年7月発売）および『ボンバーマンストーリーDS』に収録されている対戦型のボンバーマン。『Touch!-ランド』と『ストーリーDS』と異なるソフトでも、マルチプレイおよびWi-Fiでの対戦が可能。

ボンバーマン (ニンテンドーDS)のステージ構成やバトル方式を踏襲しているが、ボタンのみの操作となり、アイテム数も減っている。またBGMやドット絵等も異なる。

バトル 
 ノーマルバトル
 クラウンバトル
 パネルバトル

モード 
 シングルプレイ
 CPU相手の1人用対戦バトルで、8キャラまでの同時対戦。
 マルチプレイ
 DSワイヤレスプレイ（人数分のカートリッジが必要）とDSダウンロードプレイ（1本で8人までの対戦が可能）がある。
 Wi-Fi
 ニンテンドーWi-Fiコネクションによるネット対戦（最大プレイヤー4人+CPU4キャラ）。ノーマルバトルのみ。

アイテム 
 ファイヤーアップ / ファイヤーダウン
 ボムアップ / ボムダウン
 スピードアップ / スピードダウン
 ボムキック

カードボックス 
ストーリーモードに登場するアイテム、敵、トラップ（ミニゲーム）をカードとして閲覧することができるモード。全てのカードを入手するとおまけが解禁される。

アイテムカード 
ストーリーモード中に入手したことのあるアイテムを見ることができる。

スレッドカード 
敵キャラクターの情報が書かれているカード。ストーリーモードに登場する特定の人物からアイテム「ボラッドコール」と交換してもらうことで入手できる。

トラップカード 
クリアしたことのあるトラップの説明を見たりプレイしたりできる。