AFCカップ2016 は2004年に第1回大会が開催されて以来、13回目のAFCカップである。

出場枠 
46のAFC加盟協会 (国・地域。準会員北マリアナ諸島を除く)は、AFC大会における過去4年間のナショナルチームおよびクラブの実績に基づいてランク付けされ、2015年および2016年のAFCクラブ大会の出場枠が配分されている。

地区の割り当て
出場枠の配分においては、東西2つの地区に分ける。
西アジア地区は西アジアサッカー連盟 (WAFF)、中央アジアサッカー協会 (CAFA)、南アジアサッカー連盟 (SAFF)からインドとモルディブを除いて構成される。
東アジア地区は東南アジアサッカー連盟 (AFF)と東アジアサッカー連盟 (EAFF)にインドとモルディブを付加して構成される。

出場枠の割り当て
各地域に4つのグループステージがあり (1グループは4クラブなので全16クラブ)、12枠は協会別に与えられる直接の出場権により決定、残り4枠はプレーオフで決める。
AFCチャンピオンズリーグのグループステージに出場枠を確保していない全ての協会はAFCカップにの参加する資格がある。
各地区の7位から16位までの協会は、グループステージで少なくとも1つの出場枠を獲得(AFCチャンピオンズリーグ予選プレーオフ敗者を含む)し、残りの協会はプレーオフ枠だけを獲得する 。
 東西両地区の7位と8位の4協会は1つのAFCチャンピオンズリーグプレーオフ出場枠兼AFCカップグループステージ出場枠と1つのAFCカップグループステージ出場枠を有する。
 東西両地区の9位から12位の8協会は1つのACLプレーオフ出場枠兼AFCカップグループステージ出場枠と1つのAFCカッププレーオフ出場枠を有する。
 東西両地区の13位から16位の8協会は1つのAFCカップグループステージ出場枠と1つのプレーオフ出場枠を有する。
 東西両地区の17位から23位の14協会はAFCカップ2016出場枠を有しないが、1つのAFCカップ2016プレーオフ（予選）出場枠を有する。

協会ランキング 
2016年のAFCカップ出場枠は、2014年11月3日に発表されたアソシエーションランキング に従って、協会ごとに出場枠が割り当てられる。これはAFCチャンピオンズリーグとAFCカップの成績、ならびに代表チームの2011年から2013年までのFIFAランキングに基づいてランク付けされたものである。

確定した出場枠は、2014年12月4日に発表された。

 「GS」：グループステージ
 「PO」：プレーオフラウンド

 注釈：

参加クラブ 
23協会から40チームが参加する。

斜体のチームは、 AFCチャンピオンズリーグ予選プレーオフに出場し、ACLグループステージに進出できなかった場合にAFCカップグループステージ出場権を得る。彼らがACLグループステージに進出した場合、そのチームはAFCカップに出場せず、当該協会に補欠チームが用意されている場合はそのチームが替わってAFCカップに出場する。

補欠クラブ 
ACLプレーオフ出場クラブがグループステージに進出した場合の補欠クラブを以下に示す。なおACL東アジア地区8位、11位は補欠クラブを申請していなかった。

注釈

日程 
2016年度のAFCカップの日程は以下のとおりである（組み合わせ抽選会はすべてマレーシア・クアラルンプールのAFCハウスにおいて行われる）。

予選 
予選の組み合わせ抽選会は、2015年6月29日にクアラルンプールのAFCハウスにて行われた。

グループA 
開催地 :  (UTC+6)

|}
は予選プレーオフに進出

グループB 
開催地 :  (UTC+6)

|}
はグループステージに進出（東地区の出場枠の変動のため）

予選プレーオフ 
プレーオフの組み合わせは2015年12月4日に発表された。

組み合わせ

プレーオフ1 
 アル・ヒッドがグループステージ・グループAに進出。

プレーオフ2 
 がグループステージ・グループBに進出。

プレーオフ3 
 アル・ワフダがグループステージ・グループCに進出。

プレーオフ4 
 がグループステージ・グループDに進出。

プレーオフラウンド 

|-
!colspan=3|西地区

|}

注釈

グループステージ

抽選 
組み合わせ抽選会は2015年12月10日に、クアラルンプールのAFCハウスにて行われた。その模様はAFCの公式YouTubeチャンネルでライブ配信された。

参加する32チームは4チームずつ8組に分かれる。同一協会に所属するチームが同じグループに入ることはない。グループリーグはラウンドロビン方式で6試合を戦う。

カントリーポットの抽選結果が以下の通りである

括弧内の打ち消しされたクラブは抽選時のクラブである

順位決定方法 
各グループの上位2チームがラウンド16に進出する。勝ち点は勝利3、引き分け1、敗退0として計算を行う。各グループで勝ち点が同点のチームが2つ以上ある場合は、以下の順に比較して順位を決定する。

当該チーム同士の対戦における、勝ち点の多少
当該チーム同士の対戦における、得失点差
当該チーム同士の対戦における、ゴール数の多少
当該チーム同士の対戦における、アウェーゴール数の多少
1から4を、(全ての順位が決まるまで)繰り返し適用する。決められない場合は、下記6以降を適用
当該チームのグループ全試合における、得失点差
当該チームのグループ全試合における、ゴール数の多少
ここまで参照し、それでも2クラブが差がつかず、さらにその両方が同じ試合会場にいる場合は、PK戦を行う
警告および退場処分になった回数をポイント化（警告＝1ポイント、2回目の警告による退場＝3ポイント、いわゆる一発退場＝3ポイント、警告に続いて退場＝4ポイント）し、ポイントの少ない方を上位とする
AFCランキング(国・協会別)の順位の高い方の所属チームを上位とする

西地区

グループA 

|}

グループB 

|}

注釈

グループC 

|}

注釈

グループD 

|}

注釈

東地区

グループE 

|}

グループF 

|}

グループG 

|}

グループH 

|}

決勝トーナメント

トーナメント表

ラウンド16 
ラウンド16では各グループの1位が同ゾーン他グループの2位と対戦する。各グループ1位のチームがホーム開催権を持つ。

|-
!colspan=3|西地区

|-
!colspan=3|東地区

|}

西地区 

注釈

東地区

準々決勝 
準々決勝から決勝までの組み合わせ抽選会は、2016年6月9日に行われた。準々決勝から決勝までの組み合わせ抽選では、異なるゾーンのチームは決勝まで対戦することはなく、「カントリー・プロテクション（同一協会所属で2チーム以上が勝ち残った場合、当該チーム間の対戦を避ける）」は適用されない。

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!colspan=5|西地区

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!colspan=5|東地区

|}

西地区 

二試合合計スコア 5 - 1でアル・クウワ・アル・ジャウウィーヤが準決勝進出

二試合合計スコア 3　- 0でアル・アヘドが準決勝進出

注釈

東地区 

二試合合計スコア 3 - 1でジョホール・ダルル・タクジムが準決勝進出

二試合合計スコア 1 - 0でベンガルールFCが準決勝進出

準決勝 

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!colspan=5|西地区

|-
!colspan=5|東地区

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西地区 

二試合合計スコア 4 - 3でアル・クウワ・アル・ジャウウィーヤが決勝進出

東地区 

二試合合計スコア 4 - 2でベンガルールFCが決勝進出

決勝 

|}

得点ランキング 

※予選とプレーオフの記録は除外する。

注: 太字の選手は所属チームが敗退していないことを示す。

注釈