第18回日本フットボールリーグは、2016年（平成28年）3月6日から同年12月4日にかけてに行われた日本フットボールリーグ（JFL）のリーグ戦である。Honda FCが2年ぶり6度目（旧JFL1回を含むと7回目）の優勝を果たした。

参加クラブ 
第18回JFLの参加クラブは下表の通りである（記載は前年シーズンの成績上位順）。Jリーグクラブライセンスについては2015年9月24日承認時点のもの。

前シーズン後に鹿児島ユナイテッドFCがJ3リーグ入会により退会、SP京都FCが脱退した一方、第39回全国地域サッカーリーグ決勝大会で優勝したラインメール青森FCと準優勝のブリオベッカ浦安が入会し、合計16クラブで開幕する。

色付のチームは2016年シーズン開幕時において

Jライセンス=2015年秋季に認定された審査結果を記載（鶯色で着色したクラブ限定）

レギュレーション 
1月15日にレギュレーションが発表された。

リーグ・試合形式 
前年と同様の「1回戦総当たり×2ステージ制（通年ではホーム・アンド・アウェーのまま）」で行われる。

前半の15節を「ファーストステージ」、後半の15節を「セカンドステージ」とし、両ステージの勝者同士でホーム・アンド・アウェーによる「チャンピオンシップ」（年間チャンピオン決定戦）を開催する。チャンピオンシップ進出チームは通年の成績にかかわらず年間順位の1位または2位となり、3位以下は年間の全試合の成績により決定する。なお、ファーストステージ・セカンドステージを同じチームが制した場合はチャンピオンシップを行わない（この場合、2位以下を年間の全試合の成績により決定する）。

天皇杯への出場枠
 第96回天皇杯では第64回全日本大学サッカー選手権大会を優勝した関西学院大学がアマチュア枠のシードチームとなったため、JFLチームには天皇杯シード権は与えられない。

大会日程 
 ファーストステージ：3月6日 - 6月5日
 セカンドステージ：6月18日 - 11月13日
 チャンピオンシップ
 第1戦：11月26日または27日
 第2戦：12月3日または4日
なお当年度の開催節数は年間の通しではなく前期・後期それぞれのステージ別に表示する。したがって、後期の15節分は従前の通年表記では第16-30節に相当する。

できごと 
 1月15日 - 第18回日本フットボールリーグの大会方式、参加クラブ、各クラブのホーム開幕戦の日時と対戦カードが発表された。
 2月19日 - 全日程が発表された。
 6月5日 - ファーストステージの全日程が終了し、流経大ドラゴンズ龍ケ崎のステージ1位が決定。
 6月24日 - ファジアーノ岡山ネクストがシーズン終了後にチームの活動終了及びJFLからの退会を発表。
 7月25日 - ファジアーノ岡山ネクストのシーズン終了後のJFL退会が、理事会により可決承認された。
 10月9日 - 「JFLフェスタin帯広」を開催（詳細後述）。
 11月13日 - セカンドステージの全日程が終了し、Honda FCのステージ1位及びアスルクラロ沼津の年間3位入賞により成績面でのJ3リーグ加盟条件となる「JFL年間順位4位以内」および「Jリーグ百年構想クラブのうち上位2クラブ」が確定。
 11月16日 - Jリーグ理事会で、アスルクラロ沼津のJ3入会が承認。
 12月4日 - チャンピオンシップでHonda FCが流経大ドラゴンズ龍ケ崎を2戦合計3-2で下し、2年ぶり6回目のリーグ優勝が決定。
 12月7日 - この日行われたJFL理事会で、全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016優勝のFC今治、準優勝のヴィアティン三重のJFL入会が承認された。

結果

ファーストステージ 
開催期間：3月6日 - 6月5日

順位表

順位推移表 

! rowspan=2 width="160"|チーム　/ 節（1st）
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戦績表

セカンドステージ 
開催期間：6月18日 - 11月13日

順位表

順位推移表 

! rowspan=2 width="160"|チーム　/ 節（2nd）
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戦績表

年間

年間順位表 

||CS優勝、セカンドステージ1位
||CS敗退、ファーストステージ1位

||退会

年間順位推移表 

! rowspan=2 width="160"|チーム　/ 節（2nd）
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ファーストステージの年間順位の推移はファーストステージ順位推移表と同一のため省略。
CSはチャンピオンシップの結果を受けての年間順位の変動を示す。

チャンピオンシップ

レギュレーション 
レギュレーションが2016年11月17日に発表された。
 第1戦はファーストステージ1位、第2戦はセカンドステージ1位のホームゲームとする。
 1試合は90分（前後半各45分）とする。第1戦は延長戦を実施しない。
 以下の順序で勝者を決め、勝者が第17回JFLの優勝、敗者が第17回JFLの準優勝となる。
 2試合終了時点で勝利数の多いチーム
 2試合合計の得失点差
 以上で決着のつかない場合に、2試合目終了後に30分（前後半各15分）の延長戦を実施し、その勝者
 延長戦でも決着が付かない場合はPK戦（各チーム5人、6人目以降サドンデス方式）の勝者
なお、アウェーゴール方式はJFLチャンピオンシップでは採用しない。

日程・結果 
2016年11月13日に日程が発表された。

この結果、2戦1勝1分・通算スコア3 - 2としたHonda FCのリーグ優勝が決定した。

個人記録

得点ランキング 

最終更新は2016年11月13日の試合終了時
出典: 第18回日本フットボールリーグ(2016) 得点ランキング

個人表彰・ベスト11 
2016年12月7日に個人表彰が発表された。

優秀レフェリー賞：渡辺康太
フェアプレー賞：ヴェルスパ大分
敢闘賞：田中龍志郎（流経大ドラゴンズ龍ケ崎）

ハットトリック 

Note: (H) – ホーム (A) – アウェイ

観客動員

昇格・降格

J3への加盟 
J3への加盟については、「J3スタジアム要件」「J3クラブライセンス基準」に関する審査および入会審査に合格したうえで、JFLでの年間順位が4位以内、かつ、JFLに属するJリーグ百年構想クラブのうち上位2クラブに入っていることが条件となる。なお、2016年度のJFLに参加する百年構想クラブは、八戸・沼津・奈良・武蔵野・栃木Uの5クラブである。このうち栃木Uを除く八戸・沼津・奈良・武蔵野4クラブがJ3クラブライセンスの申請を行い、同年9月24日に公表された新規J3昇格を希望するクラブに対してのJ3ライセンス審査 で、4クラブに対してライセンスの交付判定が行われた。武蔵野については本拠地として申請した武蔵野市立武蔵野陸上競技場がJ3スタジアム要件を満たさないとの理由でライセンス不交付との判定となりJ3加盟は見送りとなったが、そのほかの3クラブについてはJ3ライセンスの交付が認められた。

その後、2016年11月13日に行われたセカンドステージ第15節で沼津の「年間順位4位以内」（年間3位）が確定し、2016年11月16日のJリーグ理事会で沼津のJリーグ入会が正式に承認 された。

地域リーグとの入れ替え 
地域リーグからの昇格は、JFLへの入会を希望し、入会条件を満たすチームの中から全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016の成績上位2チームが自動昇格し、JFL15位、16位チームが地域リーグに自動降格する。なお上述の条件でJ3入会（=JFL退会）となるチームがある場合、1チームの場合はJFL16位チームのみ自動降格、2チームの場合は自動降格チームは無しとなる。

2016年6月24日付でファジアーノ岡山ネクストから2016年シーズン限りでの「退会届」が提出され、2016年7月25日に開催された理事会にて正式決定されたことを受けて、地域リーグへの降格は、ファジアーノ岡山ネクストを除いた最下位チームのみ自動降格（ただし、J3入会となるチームが1チーム以上ある場合は降格チームはなし）するように変更され。その後、年間3位のアスルクラロ沼津のJ3入会が承認された ため、JFLからの自動降格チームはなしに再変更、自動昇格枠は全国地域サッカーチャンピオンズリーグ2016の成績上位2チームのみに決定した。11月に開催された同大会で優勝したFC今治と準優勝のヴィアティン三重のJFL入会が2016年12月に承認された。

JFLフェスタin帯広 
2016年10月9日に、帯広の森陸上競技場（北海道帯広市）にて「JFLフェスタin帯広」が開催された。

JFL通算出場数の多い選手や長年に渡りサッカー界で活躍した選手等で編成される「JFLレジェンド」と北海道サッカーリーグ所属の十勝フェアスカイFCの試合、及びJFLに所属する16チームを東西8チームずつに分けて、各チームより2名ずつを選抜してチームを編成した「JFL EAST」と「JFL WEST」の試合が行われた。JFL18年の歴史の中で「東西対抗戦」は初の試みであった。