GNUパッケージ一覧では、GNUプロジェクトの一部としてFree Software Foundationによって開発・保守されているパッケージソフトウェアのうち、注目に値するを列挙する。GNUはフリーソフトウェアのみで構築されたUnix系オペレーティングシステムである。これらのパッケージソフトウェアの多くは同時にLinuxカーネルを完全なオペレーティングシステムにするためにも使われている。

GNUパッケージになるとは 
2013年に、リチャード・ストールマンは通例GNUパッケージになる9つの局面を認定した。ただし、彼は次のような理由の場合、例外になるかも知れないと注釈をつけた。
 GNUパッケージと呼ばれるべきもの。
 ftp.gnu.org や他の誰でも自由なアクセスが可能なウェブサイト経由で配布されるべきもの。
 パッケージのホームページがGNUのウェブサイトにあるべきもの。
 開発者たちがソフトウェアが他のGNUパッケージと相性が良くなるように注意を払わなければならないもの。
 ドキュメントがTexinfo形式であるべきもの、または簡単にそれに変換できるべきもの。
 GNU Guile形式であるべきもの。但しこれに関しては例外が普通にあり得る。
 他のどんなフリーでないプログラム・ソフトウェアを使っていたり、フリーでないドキュメントを参照していたりするべきでないもの。
 GNUの専門用語を使用しているもの。例えば「オープンソース」ではなく「フリーソフトウェア」など。
 保守者に簡単にコンタクト可能であるべきもの。少なくとも流暢にプログラムの問題は互換性の問題を修正ついて議論できること。

ベースシステム 
GNUオペレーティングシステムには公式のベースシステムはない。GNUは1980年代にUNIXの代わりになるように計画されており、POSIXの規格を元としている。しかし、どちらの規格もかなりの大きさのベースとなるシステムを求めていた。下記のリストはより下にある節のリストよりも「核」に近いようなパッケージである。もちろん含まれているもの（plotutilsなど）と除外されているもの（標準Cライブラリ）には異論もある。

注釈

ソフトウェア開発
ここに挙がっているソフトウェアは一般的にソフトウェア開発やプログラミングに役立つものである。

GNUツールチェーン 

 GNU Binutils – GNUアセンブラ (as) と GNUリンカ (ld) を含む
 GNU bison – yaccの代わりになるようなパーサジェネレータ
 GNU build system (autotools) –  Autoconf、Automake、Autoheader、 GNU Libtoolを含む
 GNUコンパイラコレクション – C言語, C++, Fortran, Ada, and Javaなど、できるだけ多くのプログラミング言語に対応できるように作られたコンパイラ
 GNUデバッガ (gdb) – 上級のデバッガ
 GNU m4 – マクロ・プロセッサー
 GNU make – GNUのmake

その他のライブラリ・フレームワーク 
次のライブラリとフレームワークはよく上記のものと同時にソフトウェアをビルドするのに使われる。GUI関連は、GUIを参照。
 BFD – ライブラリのオブジェクトファイル
 DotGNU – Microsoft .NETの代替
 GNU C Library (glibc) – POSIX規格準拠の標準Cライブラリ
 GNU Classpath – Javaのライブラリ
 GNU FriBidi – Unicodeの双方向テキストを実現するライブラリ
 GNU gettext – 国際化ライブラリ
 Gnulib – 移植性のあるライブラリ
 GNU libmicrohttpd – 埋め込み可能なHTTPサーバー
 GNU lightning – 機械語を生成する実行時コンパイラ
 GNU oSIP – VoIPのアプリケーションのためのSession Initiation Protocolライブラリ
 GNU Portable Threads (pth) – POSIX準拠OSのソフトウェアスレッド

その他のコンパイラ・インタプリタ 
これらのソフトウェアはGCC以外のプログラミング言語のコンパイラ・インタプリタである。
 CLISP – ANSI規格Common Lispのコンパイラ、デバッガ、インタープリタ
 AWK – GNUによるawkの実行ツール
 GNU Cobol – COBOLのコンパイラ
 GNU Common Lisp – Common Lispの実行ツール
 GNU MDK – MIXプログラミングのための開発環境
 GNU Pascal – Pascalのコンパイラ
 GNU Smalltalk – ANSI規格Smalltalk-98 のインタプリタ・クラスライブラリ
 MIT/GNU Scheme – MITによるSchemeのインタプリタ、コンパイラ、ライブラリ
 SmartEiffel – GNUによるEiffelのコンパイラ

その他の開発者用アプリケーション 
 Data Display Debugger (ddd) – いくつかのデバッガのフロントエンド
 GNU arch –  クロスプラットフォームの分散型バージョン管理システム (GNU Bazaarによって置換された)
 GNU AutoGen – 自動プログラミングのコード生成ツール
 GNU Bazaar – クロスプラットフォームの分散型バージョン管理システム
 GNU cflow – C言語のコールグラフ生成
 GNU cppi – Cプリプロセッサのネストのインデント
 GNU Fontutils – フォント管理
 GNU gperf – 完全なハッシュ関数を生成
 GNU indent – CやC++のソースコードのインデント

ユーザーアプリケーション 
次に挙げるソフトウェアは、ソフトウェア開発に従事していない人たちにとっても一般的に役立つものである。

GUI 
次に挙げるパッケージはGUIのデスクトップ環境、ウィンドウマネージャ、それに関連付けられたグラフィックのライブラリである。
 GIMP (GNU Image Manipulation Program) – 画像処理ソフト (Photoshopに似ている)
 GTK – GIMPのために開発された、GTK、GDK、GLibなどのライブラリのセット（GIMPやGNOMEで使われている）
 GNOME (GNU Network Object Model Environment) – GNUの公式デスクトップ環境
 GNUstep – Cocoa・OPENSTEPのライブラリやグラフィカルアプリケーション開発環境
 Window Maker – GNUstepを取り巻くウィンドウマネージャ

管理ツール 
 GNU Accounting Utils – ユーザーやプロセスの統計 (last, ac, accton, lastcomm, sa, dump-utmp, dump-acct)
 GNU Ddrescue – データリカバリーツール
 GNU Emacs – Emacsエディタ
 GNU fcrypt – 動的に変化する暗号
 GNU Guix – パッケージマネージャとGNUシステムのディストリビューション
 GNU libextractor – メタデータの引き出しライブラリ・ツール
 GNU Midnight Commander – テキストユーザインタフェースのファイルマネージャとFTPクライアント
 GNU nano – テキストエディタ
 GNU parallel – シェルで並列計算をするツール
 GNU Parted – ハードドライブのパーティション管理プログラミング
 GNU Privacy Guard – PGP暗号の代替
 GNU Stow – ソフトウェアパッケージのインストールマネージャ
 pexec – シェルで並列計算をするツール

データベース 
 GnowSys
 GNU dbm (GDBM)
 GNU Ferret (Free Entity Relationship and Reverse Engineering Tool) – SQLデータベースデザイナー

科学関係 
 GMP – 任意精度演算ライブラリ
 GNU Archimedes – 半導体工学のシミュレーション用TCADソフトウェア
 Gnucap (GNU Circuit Analysis Package) – 回路解析プログラム
 GNU datamesh – 統計的プログラミングのためのプログラミング言語とコマンドラインユーティリティ
 GNU Electric – EDAにおける集積回路の図式生成
 GNU Octave – 数に関するプログラミングのライブラリ
 GSL (GNU Scientific Library) – 科学関連のライブラリ
 GNU Units
 PSPP – SPSSのような統計のプログラム
 R言語 – 統計的プログラミングやグラフィック処理のためのプログラミング言語と周辺の開発環境
 XaoS – フラクタル・ズーマー

インターネット 

 GNU Alexandria 
 GNU Anubis – 電子メールクライアント
 GNU FM - インターネットラジオ
 GNU Mailman – メールアドレスマネージャ
 GNU MediaGoblin – 分散型メディアシステム
 GNU Social - ソーシャルネットワーク
 Gnu Sovix – PHPによるバージョン管理システム
 GNU wget – インターネットからのファイルのダウンロード
 GNUnet – 検閲へ抵抗のための分散型P2P
 GnuTLS – TLSプロトコルの代替
 Gnuzilla – フリーソフトウェアのみを含むMozilla Application Suiteのバージョン（GNU IceCatを含む）
 lsh – Secure Shell (SSH) プロトコル・バージョン2の実現
 GNU LibreJS – フリーでないJavaScriptのコードを検知・ブロックするプラグインのアドオン
 GNU Taler – 匿名オンライン支払いシステム

オフィス 
 GNU Aspell – Ispellの代替になるように設計されたスペルチェッカー
 GNU gcal – 日時の計算・表示
 GNU Miscfiles – 空港、国、言語のデータ
 GNU Typist – 発音指導
 Gnumeric – 表計算ソフト (Excelと互換性あり)
 Ocrad – 光学文字認識

マルチメディア 
 3DLDF – 3Dのダイアグラム生成 (TeXに埋め込むことを意図している)
 Dia – ダイアグラム生成
 Gnash – Adobe Flashのファイルの読み書きをするプラグイン
 GNU LibreDWG – .dwgファイルの読み書きのライブラリ (CADで用いられる)
 GNU Denemo - 楽譜作成アプリケーション
 GNU LilyPond – 楽譜組版アプリケーション
 Gnu Maverik – 仮想マイクロカーネル
 Gnu Panorama – 3Dフレームワーク、ray tracing

ゲーム 
 GNU Backgammon – バックギャモン
 GNUbik – ルービックキューブ
 GNU Chess – glChess、Xboardやその他用のチェスエンジン
 GNU Go – 囲碁
 GNU Jump – Xjumpが基盤、SDL Jumpとしても知られる
 GNU Kart – レースゲーム
 GNU Robots – プログラマー向けのゲーム
 Liquid War – 液体の陣取りゲーム

ビジネス・アプリケーション 
 GNU Health – 健康・病院に関する情報
 GNUmed – 診療マネージャ
 GnuCash – ファイナンシャル・アカウンティングのアプリケーション
 GNU remotecontrol – ウェブアプリケーション

フォント 
 GNU FreeFont