早稲田大学博士論文不正問題とは、早稲田大学が認定した博士論文における盗用・剽窃、及びその疑いによる調査や、それらにより生じた様々な問題である。

2013年には公共経営研究科において、中国人留学生の論文盗用・剽窃が告発され、初の学位返還という事態に至った。

2014年には刺激惹起性多能性獲得細胞関連論文の疑惑発覚に伴い、小保方晴子の博士論文において序論や画像、参考文献などの問題が発覚。さらに先進理工学研究科が認定した280本全ての博士論文においても調査を行う事態となった。しかし、早稲田大学が設置した調査委員会は、当時、世間から荒唐無稽な主張といわれていた「取り違いによって作成初期段階の草稿が製本され、それが博士論文として大学に提出された」との小保方の主張を、真実と認定した上で、「製本された論文を前提とすれば、学位を授与すべきでなかったが、大学の審査体制の不備で、いったん、授与してしまった以上は、大学で定められている『取り消し規定』に該当しない限り、取り消しはできない。今回のケースは、その規定に該当しない」との結論を出した。調査委員会の結論は大学の内外に波紋を広げ、早稲田大学、更には日本の学位全体の信用問題として注目を集めることになった。後に、早稲田大学は調査委員会の結論を受け入れず、猶予期間を設けたうえで小保方の博士号を取り消す決定を行った。

公共経営研究科の事例

疑義の発覚と調査 
早稲田大学大学院公共経営研究科に在学していた中国人留学生は、「近代立憲主義の原理から見た現行中国憲法」という博士論文を執筆し、2010年9月15日に学位を受けた。また、同年には論文と同内容の書籍も出版されていたが、2011年8月と2012年10月に研究科に対して匿名の告発が行われる。更に2013年2月に早稲田大学に対して告発があり、大学は内部調査を開始。最低でも64か所に不適切な引用が見られ、そのうち12ヶ所については本人も盗用であることを認めた。

調査結果と学位取り消し 
2013年9月に調査報告がまとまる。調査結果を受けて、9月25日には研究科の運営委員会で、10月18日には早稲田大学研究科長会においても対応が審議され、10月21日には早稲田大学が留学生の学位取り消しを正式に決定、公表した。

留学生は論文再提出の要望や指導者の責任を問う不服申し立てを行ったが、12月26日に学位記を返還した。

先進理工学研究科の事例

疑義の発覚と経過 
2014年1月末、理化学研究所発生・再生科学総合研究センターがSTAP論文を発表する。ネイチャーに掲載された2報の論文は大学院先進理工学研究科常田研究室出身の小保方晴子が筆頭著者・責任著者であり、ノーベル賞級の発見を成し遂げた女性研究者としてメディアで盛んに取り上げられた。しかしインターネットを中心に再現性や画像について疑義が指摘され、小保方の博士論文についてもネット上で検証され、多くの疑義が発覚した。

なお、一連の疑義は匿名のブロガーである11jigenらを中心にインターネット上で指摘され、同年に「クラウド査読」として話題になった。

小保方論文の疑義 
約100ページの英語で書かれた小保方の博士論文において、

 論文の第1章（序論）における背景を記述した約20ページが、アメリカ国立衛生研究所が一般向けに幹細胞について説明したサイトからのコピー・アンド・ペーストである。

 論文の実験画像に、コスモ・バイオ株式会社のサイトのサンプル画像と思われる画像があり、コスモ・バイオからの提供ではないことが確認された。

 参考文献一覧にコピー・アンド・ペーストに伴うと見られる文字化けがあり、引用番号も適切に振られておらず、他の論文からのコピー・アンド・ペーストの疑いがある。

といった疑義が指摘されていた（研究過程や研究内容の詳細は「胞子様細胞」を参照）。

指導教員の疑義 
小保方博士論文の審査は
主査：常田聡（早稲田大学教授）
副査：武岡真司（早稲田大学教授）
副査：大和雅之（東京女子医科大学教授）
副査：チャールズ・バカンティ（ハーバード大学医学大学院）
といった体制であった。博士課程における幹細胞研究はブリガム＆ウィメンズ病院のチャールズ・バカンティと小島宏司のもとで行っていたが、バカンティは「博士論文のコピー提出を受けたり、読むように依頼されたりしたことはない」と取材に答えたと報道され、論文だけでなく審査過程にも疑義が生じた。

調査委員会による調査と反響

正式調査開始までの経過 
2014年3月11日には大学院で調査を始めているとの報道がなされ、同年3月14日にSTAP論文の不正調査について理化学研究所が中間報告を行ったことと合わせ、小保方の去就が注目を集めることになった。小保方はウォール・ストリート・ジャーナルに対し、「下書き段階の物が製本され残ってしまった」「大学に撤回を要請した」と回答したこと、小保方が早稲田大学の関係者に対し論文取り下げを申し出たといった報道がなされたりもした。

同年3月26日には早稲田大学が正式に調査を行うことを公表。さらに、小保方の論文のみならず、先進理工学研究科における280本全ての博士論文についても調査がなされることになった。

調査委員会と小保方論文の調査報告 
小保方論文における不正疑義に対し設置された調査委員会は、
委員長 - 小林英明（弁護士）
委員 - 国立大学名誉教授（医学博士）、東京大学名誉教授（医学博士）、早稲田大学教授（医学博士）、同教授（政治学博士）
委員補佐 - 弁護士3名
といった構成であり、委員長以外の委員は匿名とされた。

2014年7月17日に調査委員会の調査報告がまとめられ、報告書の全文と附属資料が鎌田薫総長へ提出された。また、同日に概要が一般に公表され、調査委員長、総長の順に記者会見も実施された。さらに、7月19日には早稲田大学のウェブサイト上で、個人情報保護へ対応した調査報告書の全文と別紙を公表することになった。

報告書では、当時、世間から荒唐無稽な主張といわれていた「取り違いによって作成初期段階の草稿が製本され、それが博士論文として大学に提出された」との小保方の主張が、真実と認定され、その製本された論文には外部資料からの流用をはじめとして多くの問題が認定された。その上で「製本された論文を前提とすれば、学位を授与すべきでなかったが、大学の審査体制の不備で、いったん、授与してしまった以上は、大学で定められている『取り消し規定』に該当しない限り、取り消しはできない。今回のケースは、その規定に該当しない」との結論が出された。

調査報告に対する学内外の反響 
調査委員会の報告に対して大学教授らから多くの疑問の声があがった。テレビでは九州大学教授の中山敬一が、新聞では東京工業大学准教授の調麻佐志や近畿大学講師の榎木英介が見解を述べた。さらに、京都大学教授の飯吉透や東京大学特任教授のロバート・ゲラーら、著名な大学教授のツイートを網羅したネットニュースも見受けられ、｢早稲田大学自殺遺書｣とする意見まであった。

また、指導教員の責任や日本の現状を憂う指摘、研究の位置付けを示す重要な序章に問題があったことを重要視する声、主な指導教員の精査や研究室間での指導面の交流についての疑問、学外の目を取り入れた委員会による原因究明や改革についての提言、個人の問題と組織の構造問題が混同されているという問題提起、不正予防の難しさと再発防止のための法の支配について論じた意見なども見受けられた。

そのような中、7月24日に先進理工学研究科の岩崎秀雄ら4名の教授が有志代表となり、早稲田大学の教員有志は「強い違和感と困惑を覚えざるを得ない」として、調査報告に対する所見を発表。本学学生のレポートでも盗用しないよう指導しているため序論の大量文章盗用で学位授与されることはおかしいこと、外部の指導者について責任が明確になっていないこと等、6項目について問題点を指摘するとともに、「このような論文に学位を授与してしまった責任は極めて重大で重く受け止める」と教員側の責任にも言及した。

大学による処分

学位取り消し決定と関係者の処分 
2014年10月7日、早稲田大学は調査委員会による学位の取り消し規定には該当しないとの結論を受け入れず、小保方の博士号を取り消すと決定した。しかし、研究指導および学位審査過程に重大な欠陥があったことから、1年程度の猶予期間が設けられ、その間に小保方が再指導・再教育を受けたうえで論文を訂正・再提出し、これが博士論文としてふさわしいものと認められた場合には学位を維持するとしている。

また、関係者に対し以下の通り処分が下された。
 常田聡（指導教員、主査）：停職1か月
 武岡真司（副査）：訓戒
 鎌田薫（総長）：役職手当の20％、5か月分を返上

年表 
本節では、主要な出来事について年表を記す。

2012年以前 
2010年9月15日 - 大学院公共経営研究科において、中国人留学生へ博士（公共経営）の学位を授与。
2011年3月15日 - 大学院先進理工学研究科において、小保方晴子へ博士（工学）の学位を授与。

2013年 
2月 - 中国人留学生の論文における剽窃の疑いが早稲田大学へ告発される。
4月～9月 - 中国人留学生の論文についての調査を実施し、9月に調査報告がまとまる。
9月25日 - 調査結果を受けて、大学院公共経営研究科運営委員会で審議。
10月18日 - 更に、早稲田大学研究科長会においても中国人留学生の論文について審議。
10月21日 - 早稲田大学が留学生に学位返還を求める。
12月26日 - 留学生が学位を返還したことを大学が公表。

2014年 
3月26日 - 早稲田大学が小保方論文に対する調査委員会の設置を公表。
3月31日 - 早稲田大学に小保方論文に対する調査委員会を設置。
5月27日 - 小保方が郵送で完成版の博士論文を提出。
6月24日 - 小保方がメールで博士論文のデジタルデータを提出。
7月17日 - 小保方論文に対する調査委員会が調査報告をまとめ、総長へ報告。調査委員長と鎌田薫総長が記者会見を実施。
7月19日 - 早稲田大学が個人情報保護を施した小保方論文に対する調査報告書の全文と別紙を公開。
7月24日 - 先進理工学研究科教授の岩崎秀雄ら早稲田大学の教授有志が、小保方論文に対する調査報告の問題点について所見を発表。
10月7日 - 早稲田大学の鎌田薫総長は、記者会見し小保方の学位取り消し（猶予期間あり）および関係者の処分を発表。

2015年 
 10月30日 - 博士論文としてふさわしい論文が提出されないまま1年間の猶予期間が終了したため、早稲田大学は小保方晴子の博士号を取り消す方針を固めた。これに対し小保方晴子は、「今回再提出した博士論文や関連するデータは年度内をめどに随時公開」するとコメントした。
 11月2日 - 早稲田大学は博士学位の取消しに関する記者会見を行い、同月4日には上記コメントを受けて「小保方氏と争うことは全く考えていません」とする見解を示した。

2017年 
 3月27日 - 小保方以外の者が書いた博士論文も2014年3月から調査していた早稲田大学は、62件の学位論文を訂正したが、学位の取り消しは行わなかったことを発表した。

関連文献

学位論文、及び関係資料 
 
 
 （日本語題名：三胚葉由来組織に共通した万能性体性幹細胞の探索、国立国会図書館請求記号：UT51-2011-E426、学位授与年月日：2011年3月15日、平成26年10月6日学位取消）

学位取得に関係した論文 
 
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調査委員会等の資料 
 早稲田大学調査委員会の報告資料（文献名はPDFファイル記載のものではなく、大学のサイトにおけるリンク名に由来。
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 - （総長に報告した7月17日以降に個人情報対策が施され、7月19日に一般公開された）
 - （全文と同様に、7月17日以降に個人情報対策、7月19日に一般公開）