ヤーコブ・クリスティアン・シェーファー（Jakob または Jacob Christian Schäffer, 1718年5月30日 - 1790年1月5日）は、ドイツの聖職者・博物学者・発明家。

生涯 
クヴェーアフルトで生まれた。助祭であった父親は1728年に没し、貧しい家庭で5人の兄弟と育った。1736年から1738年、ハレ大学で神学を学んだが卒業はしなかった。レーゲンスブルクで教師をし、1760年にヴィッテンベルク大学から哲学の学位を、1763年にテュービンゲン大学から神学の学位を得た。1779年に牧師に任命された。

植物学の分野では1759年に、医師や薬剤師の手引き書として。植物の薬効や特徴をまとめた Erleichterte Artzney-Kräuterwissenschaft（簡略ハーブ技術）を出版し、1762年から1764年にレーゲンスブルク周辺のキノコ類についての彩色図版をつけた図説 Natürlich ausgemahlten Abbildungen baierischer und pfälzischer Schwämme（バイエルンとプファルツのキノコの写実図）4巻を出版した。

昆虫学の分野の書著としては、1789年に入門書 Elementa entomologica（昆虫学の基礎）や、1779年から手彩色版画の3000の昆虫図がつけられた Icones insectorum circa ratisbonam indigenorum coloribus naturam referentibus expressae（レーゲンスブルクの昆虫の天然色図）がある。1752年に野外観察の後、虫害に関心をもち、予防法の改良にも取り組もうとした。

科学技術にも興味を持ちいくつかの発明にも取り組み、洗濯機の発明などを行った。家電メーカーのミーレがギュータースローに開いたミーレ博物館にシェーファーの洗濯機を復元したものが展示されている。

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著書
 Nachricht von einer Raupe, so etliche Jahre her an manchen Orten in Sachsen vielen Schaden gethan; nebst einigen aus der Natur dieser Raupe hergeleiteten Vorschlägen, solche am leichtesten zu verringern und auszurotten; auf Verlangen entworfen und dem Druck überlassen. Regensburg: Emanuel Adam Weiß (1752)
 Die Armpolypen in den süßen Wassern um Regensburg entdecket und beschrieben. Regensburg: Weiß (1754) 
 Neuentdeckte Theile an Raupen und Zweyfaltern. Nebst der Verwandlung der Hauswurzraupe zum schönen Tagvogel mit rothen Augenspiegeln. Regensburg: Weiß (1754) 
 Der Afterholzbock vormals in einem lateinischen Sendschreiben an den Herrn von Reaumur itzo in deutscher Sprache beschrieben; Und mit einer Nachricht von der Frühlingsfliege mit kurzen Oberflügeln begleitet. Nebst einer Kupfertafel mit Figuren in Farben. Regensburg: Weiß (1755)
 Die Blumenpolypen der süßen Wasser beschrieben und mit den Blumenpolypen der salzigen Wasser verglichen; nebst drey Kupfertafeln mit Figuren in Farben. Regensburg: Weiß (1755). 
 Der krebsartige Kiefenfuß mit der kurzen und langen Schwanzklappe. Regensburg: Weiß (1756)
 Das fliegende Uferaas oder der Haftt wegen desselben am 11ten Augustmon. an der Donau, und sonderlich auf der Steinernen Brücke, zu Regensburg ausserordentlich häufigen Erscheinung und Fluges. Regensburg: Zunkel (1757)
 Verschiedene Zwiefalter und Käfer mit Hörnern Nebst drey Kupfertafeln mit Figuren in Farben. Regensburg: Zunkel (1758)
 Vorrede zum Werk Onomatologia historiae naturalis Completa oder vollständiges Lexicon das alle Benennungen der Kunstwörter der Naturgeschichte nach ihrem ganzen Umfang erkläret und den reichen Schatz der ganzen Natur durch deutliche und richtige Beschreibungen des nützlichen und sonderbaren von allen Thieren, Pflanzen und Mineralien sowohl vor Aerzte als andere Liebhaber in sich faßt. Zu allgemeinem Gebrauch von einer Gesellschaft naturforschender Aerzte nach den richtigsten Urkunden zusammengetragen. Band 1 bis 7. Ulm, Frankfurt am Main und Leipzig: Gaumische Handlung (1761 – 1777) (Schäffers Vorrede umfasst 40 Seiten) 
 Die Egelschnecken in den Lebern der Schaafe und die von diesen Würmern entstehende Schaafkrankheit. Zweyte Auflage. Regensburg, Neubauerische Schriften (1762) 
 Fungorum qui in Bavaria et Palatinu circa Ratisbonam nascuntur icones nativis coloribus expressae. Regensburg: Verlag unbekannt (1762 und 1774).
 Die Sattelfliege. 2. Auflage. Regensburg: Neubaurische Schriften (1762)
 Das Zwiefalter oder Afterjuengferchen. 2. Auflage. Regensburg: Johann Leopold Montag (1763)
 Der wunderbare und vielleicht in der Natur noch nie erschienene Eulenzwitter, nebst der Baumraupe aus welcher derselbe entstanden. 2. Auflage. Regensburg: Johann Leopold Montag (1763)
 Erläuterte Vorschläge zur Ausbesserung und Förderung der Naturwissenschaft. Regensburg: Johann Leopold Montag (1763 und 1764)
 Abhandlungen von Insekten. Regensburg: Johann Leopold Montag (1764 und 1779)
 Icones Insectorum circa Ratisbonam indigenorum coloribus naturam referentibus expressae. Regensburg: Zunkel (1766)
 Erleichterte Arzneykräuterwissenschaft. Nebst vier Kupfertafeln mit ausgemahlten Abbildungen. Zweyte Auflage. Regensburg: Johann Leopold Montag (1770) Digitalisierte Ausgabe der Universitäts- und Landesbibliothek Düsseldorf
 Erstere und fernere Versuche mit Schnecken nebst einem Nachtrage. Regensburg: Johann Christoph Keyser (1770)
 Elementa entomologica cum appendice; CXL. tabulae aeri incisae floridisque coloribus distinctae. Ratisbonae: Verlag unbekannt (1780)