『洞窟物語』（どうくつものがたり）は、開発室Pixelによって製作されたフリーゲーム。ジャンルはサイドビューのジャンプアクション、もしくはシューティングアクション。アクションロールプレイングに分類されることもあるが成長の概念はなく、どちらかというとアクションアドベンチャーに近いゲームシステムである。

概要 

2004年11月にテスト版が公開され、フリーのオンラインソフトとして2004年12月に正式なバージョンが一般公開された。一次配布元は開発者のウェブサイトとVector。窓の杜とVectorにレビュー記事が掲載されている。

ゲームパッドに対応。パッドでのプレイには3ボタンが必要となる。キーボードでもプレイ可能である。

ファミコン時代を彷彿とさせる、レトロな雰囲気のアクションゲーム。本作がレトロゲームと評される理由に、独特の絵柄（ドット絵）やチープな音源といった要素のほか、主人公が自分語りをしない、物語を語り切らずプレイヤーに想像の余地を残す、といった様式が挙げられる。個々のエリアが広い地形、何回も挑戦しパターンを覚えて攻略するボス戦、注意深くプレイしないと手に入らない隠しアイテムが多くあるなど、手応えのあるゲーム内容も特徴である。

個人製作のゲームでありながら、1度の作り直しとベータ版をプレイしたユーザーの意見を採り入れた1年間のバランス調整・改良を経て、開発に4年の歳月を費やして作り込まれている。

マルチエンディングを採用しているが、真のエンディングへの分岐が非常に気付きにくいところに隠されているため、初回プレイ時はほとんど通常エンディングルートに入る。通常エンディングルートにおいて、作中メッセージで真のエンディングへの分岐条件を匂わせる箇所がある。真のエンディングに向かうための最終ステージでは、特定の隠しアイテムを入手することによってタイムアタックが可能。

開発者によって公式に配布されているバージョンはWindowsでのみ動作するが、ファンの手によりMac OS X・Linuxなど、いくつかのプラットフォームに移植されている。同じくファンによって表示メッセージを英語化するパッチが作成され、日本国外からもファンを獲得するに至り、いくつかの海外のゲームレビューサイトで本作が取り扱われている。海外のファンの手により、独自にPSPやニンテンドーDSへの移植が行われた。海外では『Cave Story』という題名で親しまれている。

2008年10月3日、ニンテンドー・オブ・アメリカのプレスリリース、および開発者のサイトにおいて、海外向けにWiiウェア版の配信が発表された（日本国内での配信は未定）。2010年9月には、北米向けにニンテンドーDSiウェア版の配信が発表された。2010年11月29日配信（日本国内では2011年11月22日に配信開始）。

2011年3月に米国で開催された、ゲームクリエイターのための会議「GDC 2011」に開発者が出演し、本作についての講演を行った。

2012年には、雑誌『タイム』で「歴史上でもっとも偉大なゲーム100」のうちの1タイトルに選ばれた。

あらすじ 
前述のとおり、マルチエンディング形式が採用されているため、プレイヤーの選択によりストーリーが変化する。ここでは主に、真のエンディングを基にして記述する。

洞窟の中で目覚めたクォートは、洞窟を抜けた先のミミガーの村にて、トロ子という少女と出会う。トロ子がミザリーとバルログにより攫われた後、村の中のアーサーの家にあった転送装置で、クォートはタマゴ回廊に向かう。

タマゴ回廊にて、イゴールにやられ、気絶していたスーを救出した後、クォートはスーの頼みで、カズマが幽閉されているクサムラへと向かう。

クサムラの奥地に幽閉されていたカズマと、ドクターから逃げてきたブースターを救出した後、ドクターの赤い花入手を止めるために、ブースターの要望でクォートは赤い花が存在する砂区へと向かうことになる。

砂区にて、襲いかかってきたカーリーに勝利した後、赤い花が存在する倉庫の鍵を持っているジェンカの元に向かうと、ジェンカから彼女の犬を5匹連れ戻して欲しいという依頼を受ける。しかしジェンカはバルログの襲撃に遭い、倉庫の鍵を取られてしまう。

倉庫にて、バルログにより赤い花を食べさせられ、狂暴化したトロ子を倒した後、ミザリーに返り討ちにされて死亡してしまったキングのブレードを受け取ることになる。倉庫から出た直後、クォートはバルログとミザリーによる奇襲に遭い、迷宮に飛ばされてしまう。

迷宮内では、同じくミザリーに敗北し迷宮に飛ばされ、満身創痍なカーリーがおり、彼女に薬を飲ませて助けることになる。その後、回復したカーリーはクォートと共に、迷宮脱出に協力する。

迷宮の最奥にある、島の心臓部「コア」を撃退した後、クォートは溺れてしまう。しかし、同行していたカーリーによりボンベをつけられ、一枚を取り留める。ボンベをクォートに譲ったことで代わりに気絶したカーリーを背負いながら、コアから繋がる水路へと脱出する。

水路内にて、カーリーから水を抜き、動作を復旧させるが、水路の最深部である「大動脈」にて、流され、はぐれてしまう。クォートが流された先は、ミミガーの村の貯水池だった。村は、ドクターにより、すべてのミミガーが攫われ、閑散としていた。アーサーの家に戻ると、ブースターが現れ、空中移動装置であるブースター2.0を渡され、スーを救って欲しいと頼まれる。

カズマがいるというタマゴ回廊に向かうクォートだが、回廊は謎の爆発により崩壊していた。最深部にあるタマゴNo.00は孵化しており、カズマから共に脱出するかと聞かれる。クォートはそれを拒否するが、カズマから「コアを破壊すれば狂暴化したミミガーは元に戻る」ということを教えてもらう。クォートは、コアを破壊するため、スーを救い出すために、更に先へ進む。

島の外壁を登り、大農園に到着したクォートは、ミミガーの村に戻ろうとする際に敵に奇襲され、牢獄に投獄される。クォートは、牢獄にてスーと再会し、彼女から託された手紙を頼りに、スーの母親である百鈴の住むカクレガに向かう。百鈴と、協力者となった伊藤によって完成させられたロケットに乗って、クォートはドクターの元に向かう。また、大農園には、水路から流され、記憶を失っていたカーリーがいた。カーリーの記憶を回復させると、彼女の口から、クォートとカーリーが何者であったかを伝えられ、「鉄のきずな」を託される。

最後の洞窟を踏破し、ミザリーを倒し、ドクターの元に辿り着いたクォートは、赤い結晶により強化されたドクターを撃破する。その後、コアを破壊するために、コアの保管されている最上部へと向かうが、ミザリーにスーを人質に取られ、阻止されてしまう。しかし、そこに思念として残っていたドクターが現れ、ミザリー、スーを狂暴化させ、ドクター自身もコアに乗り移りアンデッドコアとなり、襲いかかってくる。クォートはこれを撃破するが、コアと一体化したドクターを撃破したことにより、島の崩壊が始まってしまう。クォートは、崩壊から逃げるため、咄嗟に逃げ込んだプレハブに閉じ込められてしまう。そして、彼は脱出口を探すため、プレハブの地下に向かうことになる。

プレハブの地下は、悪魔の王冠を作ったボロスが封印されている聖域だった。クォートは同じく聖域内にいたカーリーと協力して、聖域の最深部「封印の間」まで進むことになる。彼らは封印の間にてボロスをなんとか撃破し、島の落下を止めるが、聖域の崩壊が始まってしまう。そこに、バルログが現れ、間一髪で二人を助け出すことに成功する。

そして、クォート、カーリー、バルログの3人は、新たな住居を探す旅に出る。

以下、各エンディングの条件と内容を記載する。

バッドエンド
2回目のタマゴ回廊にて、カズマとともに逃げることを選ぶと分岐する。

ドクターたちから隠れ、山の中でひっそりとカズマと2人で暮らすルート。カズマとクォートの生存のみ示唆されるが、他の人物がどうなったかについては全く描写されない。

通常のエンディング
カズマと共に逃げず、真のエンディングの条件を一つでも満たさない場合に分岐。

アンデッドコアを倒した後、プレハブに入らずに(このルートだと入ることができない)スーと共に崩壊する島から飛び降り、カズマにキャッチされるルート。百鈴、伊藤、スー、カズマ、クォートの生存は示唆されるが、カーリー、島の住民全員の死亡も示唆される。

真のエンディング
カズマと共に逃げず、以下の条件をすべて達成することにより分岐。

・迷宮の道中にて、落下してくるブースター博士を無視する。
・コアとの戦いの後、気絶しているカーリーをけん引ロープで連れ出す。
・水路内の小部屋で、カーリーの水を抜き、カーリーを連れて行く。
・大農園で、カーリーにマ・ピニョンを食べさせて記憶を復活させ、鉄のきずなを受け取る。

聖域の最深部「封印の間」にてボロスを倒した後、クォート、カーリー、バルログの3人で新たに住む場所を探すルート。ストーリー上で死亡した人物以外、全員の生存が示唆されている。

登場人物

主人公とカーリー 
かつて「悪魔の王冠」の破壊を任務として、島へ派遣された2人組。10年前に島で起きた出来事によって記憶をなくしてしまった。

 主人公（プレイヤーキャラクター）
 本ゲームのプレイヤーキャラクター（自機）。名前は「クォート」。命名の由来は「引用符」（‘ ’）。
 戦闘用に作られた武装探索ロボットだが、外見はほぼ人間と変わらない。
 物語開始時は記憶を失っており、自らの名前をも覚えていない。
 彼の出自や名前は、真のエンディングにたどり着くルートで、カーリーの台詞によって明らかにされる。
 概要にあるように台詞はほぼ皆無であるが演出であって喋れないわけではない。
 カーリー
 フルネームは『カーリーブレイス』。命名の由来は「波括弧」（｛ ｝）。
 女性型の武装探索ロボット。彼女も過去の記憶を失っている。『砂区』でミミガーの孤児を保護し、育てていた。
 主人公のことを、ミミガーを殺して回るキラーロボットだと誤解して攻撃する。
 真のエンディングか通常のエンディングかどうかで彼女の運命が左右されるとともに、彼女の生存が真のエンディングに大きく関わってくる。

ミミガー 
洞窟内に住み、花を主食とする種族。垂れ耳で白い毛並みに覆われた、ウサギか犬に似た外見をしている。赤い花を摂取すると凶暴化して最終的には死んでしまうとされている。

 トロ子
 ミミガーの村の住人で、アーサーの妹。よそ者であるスーをかばい、一緒に暮らしていた。
 ミザリーにスーと間違えられて、さらわれてしまう。独特の訛りがある口調で話す。
 砂区の倉庫にて、バルログに赤い花を食べさせられ狂暴化し、クォートに殺された。
 キング
 ミミガーの村の住人。アーサー亡き後、村のナンバー1として村を束ねている。
 規律に厳しいが、ある程度の順応性は持っている。
 剣の腕はなかなかのものらしく、バルログを一撃で撃退している。
 砂区の倉庫にて、ミザリーに殺される。死に際に自身の武器である『ブレード』を、クォートに託す。
 ジャック
 ミミガーの村の住人で、村のナンバー2。特徴的なゴーグルをつけている。
 墓場に出没したモンスターが村に来ないよう見張っている。アーサーの家の扉を開けられる鍵のありかを知っている。
 アーサー
 トロ子の兄で、古くから島に棲息する怪物を村から撃退した英雄。
 物語開始時は既にドクターによって殺されており、村の共同墓地で静かに眠っている。
 マーヒン
 ミミガーの村の住人。食欲旺盛でいつも食べている。
 かんぱちと同様に『大農園』で再会後、他のミミガーたちが連行されていったときにも、他のミミガーと違いひとりだけとり残されてしまい、牢の中で黙々と食べている。
 かんぱち
 ミミガーの村の住人。釣りが好きで、いつも村の貯水池で釣りをしている。
 のちに『大農園』で主人公と再会する。そこでも池で釣りを始める。
 その後、ミミガーたちがほぼ全員連れて行かれた後も、彼は連れて行かれずに引き続き釣りを楽しんでいる。
 三代目
 ミミガーの村の住人で、村の農園の管理を任されている。
 赤い花に関する言い伝えを主人公に語る。
 サンタ
 『クサムラ』に住むミミガー。臆病者で、モンスターから逃げる際に自宅の鍵を落としてしまい、困っていた。
 最終戦の直前でも再会する。
 チャコ
 サンタと同じく『クサムラ』に住んでいるミミガー。彼女だけ肌（毛並み）の色が紫になっている。
 彼女から、とあるアイテムの情報を聞いた直後にベッドで休むと起こるイベントなど、彼女に関連する隠しイベントが複数存在する。
 ミミガーマスクをしたクォートや、ミミガーに姿を変えられたスーが本当はミミガーでないことを唯一言い当てることができる。そのことから、純粋なミミガー以外との見分けができる唯一の存在である。
 イゴール
 タマゴ回廊の管理システムの管理者と思しきミミガー。「先生」と呼ばれる存在のために飛竜のタマゴを守り続けている。
 出会ったときには既に赤い花を服用して狂暴化しており、管理室のベッドには赤い花弁が散乱していた。
 クォートとの戦闘で破れ、死亡する。
 彼の言う「先生」が誰なのかは、最後まで語られない。

調査チーム 
地上から、「島」を調査に訪れた人間の一団。

 スー
 フルネームは「坂本 数(さかもと すう)」。
 カズマの妹で、百鈴の娘。島に来ることを嫌がっていたが、まだ子供で、独り残るわけにもいかず、調査チームに同行する。
 本人はそのことが不本意であったらしく、そのためトロ子以外のミミガーたちとは馬が合わなかった。
 ドクターによってミミガーの姿に変えられるも、ドクターの手から逃れてミミガーの村にたどり着く。
 トロ子にかくまわれ、アーサーの家で生活するかたわら、脱出手段確保のために飛竜を求めて『タマゴ回廊』の調査をしていた。
 カズマ
 フルネームは「坂本 数馬(さかもと かずま)」。調査チームに属する研究員。スーの兄。
 ドクターから逃れたものの、クサムラの建物に閉じ込められてしまう。バッドエンドに関係する人物。
 ブースター博士
 調査チームに属する研究員。スーの祖父的存在。ドクターから逃れ、カズマと同じ建物に転送されてくる。
 主人公が10年前に島に派遣された武装探索ロボットだと気づいた数少ない人物。真のエンディングに関わる重要人物である。
 坂本 百鈴(さかもと ももりん)
 調査チームに属する研究員。スーとカズマの母親。
 ドクターから逃れ、『カクレガ』で反撃のチャンスを窺っている。
 彼女から借りる、あるアイテムを装備したままクリアすると、エンディングの画像が一部変化する。
 伊藤(いとう)
 調査チームに属する研究員。臆病。
 主人公が出会うとき、スーと同じく、ミミガーの姿になっている。
 技術力は本物であり、物語を進める上で関わってくる人物。
 ドクター
 調査チームに属する医者。本名は「伊達 冬彦(だて ふゆひこ)」。スーたちの健康管理をしていた。
 だが、悪魔の王冠が目当てであり、そのためにチームについてきた。
 ※詳細は後記の敵勢力参照

その他の島の住人 
 ジェンカ
 古くから『砂区』に住む魔女。
 かつては強大な力を備えていたが、既に引退し、愛犬たちと隠棲している。
 舞台である島の歴史や、赤い花の秘密に詳しい。
 ミザリーの母であり、彼女を心配する言動も時折見せる。
 彼女の住む家では、名前つながりでBGMにジェンカの曲（フォークダンスの曲）が流れる。
 釜谷鉄造
 『最初の洞窟』で居を構えていた、はぐれの銃鍛冶。
 物語開始時に丸腰だった主人公は、ここからやむなく銃を盗む（借りる）ことになる。
 道中、銃「ポーラスター」を他の武器と交換せずに彼のもとへ再度訪れると、職人としての彼の顔を垣間見ることができる。
 クトゥルー
 謎の原住民。緑のローブを身に纏っている。世界観を説明するメッセンジャー的役割で、物語には関与しない。
 島の各地に登場し、タマゴ回廊に１人、クサムラに２人、大農園に１人いる。
 マルコ
 『クサムラ』の警備ロボット。
 彼の名前かロボットとしての形式名称かはっきりしないが、彼と同系のロボットが他にも４体、同じ部屋に存在する。
 クォートが起動させた直後、バルログに踏み潰される。物語を進めるために必要なアイテムを造ってもらうことになる。
 名前は、本編では｢MALCO｣と、エンディングでは｢マルコ｣と、表記されている。
 チャバ
 『迷宮』に住む、ゴキブリに似た種族「ガウディ」の１人で、武器屋を営んでいる。
 武器を合成したり、無償で補助アイテムをくれたりする。
 ドクター下呂 / ナース蓮美
 『迷宮』で診療所を開業している、カエルのような外見の2人組。負傷したカーリーを保護していた。
 以前使っていた建物にお化けが住み着き、必要な薬品を運び出せずに困っている。
 地上の兵隊
 かつて、島の制圧を目的として送り込まれたキラーロボット。バッテリー式らしい。
 主人公も、ドクターたちからこれの一体ではないかと言われる。主人公（とカーリー）はこのロボットに形が似ているため、特にミミガーに間違えられる。
 多くはミザリーによって『迷宮』の奥深くに閉じ込められて機能停止に追い込まれる。
 「キラーロボット」などと物騒な名称で呼ばれているが、主人公たちと同様に感情があるように描かれている。
 リトルおやじ
 非常に小さい小人族で、リトル家の主人。
 ミミガーの墓場でうろついていたが、何をしていたかは不明。
 外壁のとある場所に自宅があり、妻子がいる。

敵勢力 
 ドクター
 物語開始時点における、「悪魔の王冠」の所有者。
 ミミガーを凶暴化させて地上を襲わせようとたくらみ、赤い花を探している危険人物。
 その言動は自己中心的かつ冷酷な面を覗かせる。
 目的のためならば女性にも平気で手を上げ、かつての仲間をも不要となれば排除する。
 謎が多い人物で、この物語のキーパーソンの一人。最終的に、クォートに倒される。
 ミザリー
 「悪魔の王冠」の所有者であるドクターに付き従う魔女。
 ミミガーの拉致、刃向かう者の殺害、および迷宮への転送のほか、ドクターのもとから逃げたスーの身柄を確保するべく探し回っている。
 バルログとは特別仲が良いわけではないらしく、しばしばもめることがある。
 王冠が誰の手にもわたってない間はオープニングを見る限り泡のようなものに包まれて封印されている様子である。
 バルログ
 ミザリーの弟分で、彼女と同じく王冠の影響によって、ドクターの手下として働く。
 荒事専門で、地上の兵隊であるロボットを壊して回っている。
 場合によっては主人公側を助けることもあるなど、心優しい面も併せ持つ不思議な悪党キャラクターである。
 ミザリーからは「鼻も頭も犬並み」と罵られることもあるが、待ち伏せ、ノリつっこみなど、なかなかの賢さを見せることもある。
 見た目は巨大な箱のような姿をしている。石鹸を基にした造形であり、当たり判定のわかりやすさから、この形を採用したとされる。
 当初は「プー」と命名されたが、J・R・R・トールキンの作品に登場する怪物「バルログ」には悪党の手下というイメージがあることから「バルログ」に変更、これが命名の由来となった。
 プー・ブラックという、形状が瓜二つのボスも存在する。　
 王冠が誰の手にもわたってない間はミザリー同様、泡のようなものに包まれて封印されている。
 真のエンディングでは、カーリー、クォートと共に生活をしている。
 モンスターX
 『迷宮』にて対峙する、謎の巨大機動兵器。
 大量の内部武装を備え、通路の縦幅いっぱいの巨大な兵器。倒すと巨大な猫が出現する。
 ミザリーたちとの関連性も語られておらず、物語に直接絡んでこないため謎の多いボス。
 赤鬼
 ブースター2.0を入手していれば通ることができる『最後の洞窟・裏』で対峙することになる鬼。
 過去に、アーサーが倒したといわれている怪物と同一の個体かどうかは語られていない。倒した後に出現する宝箱を取らないと何度でも復活する。
 ボロス
 『血塗られた聖域』に封印されている強大な魔術師。
 彼の経緯は『血塗られた聖域』を巡る上で明らかになる。
 なお、この物語はマルチエンディングであり、ボロスに出会い、これを倒すことができなければ真のエンディングを迎えることはできない。

世界観 

本作の舞台は、通称『島』である。正式な名称は、作中で明らかにされない。

この島は、地上のはるか上空に浮かんでおり、それは島に潜む「コア」の能力によるものである。

用語 
 赤い花
 別名「悪魔の花」。潜在能力を引き出す物質だけでなく、理性を破壊する物質も含まれている。
 ミミガーが食べると凶暴化し、体力、攻撃力ともに強化され、眼が赤くなる。
 トロ子やイゴールなど一部の者は体格が巨大化してしまうが、死ぬと元の大きさに戻る。
 「コア」を破壊すれば効果が失われることをカズマが示唆している。
 調査チーム
 島を調査するために、地上から訪れた集団。
 構成員は坂本一家やブースター博士、伊藤、伊達冬彦、他にもいたらしいが消息は不明。
 ヘリが島に到着し、伊達冬彦（以下、ドクター）が「悪魔の王冠」を手に入れた。
 調査チームは、ドクターの命令に逆らえず、島の研究を開始。
 その後に伊藤、スーが脱走。大農園の第2牢からカズマ、ブースター博士が脱走。
 百鈴はドクターが花の種を見つけた後、ドクターによって突き落とされた。
 悪魔の王冠
 ミザリーがボロスに作らせた王冠。悪魔の冠ともいわれる。ひとつ目（単眼）がある。ミザリーは、この王冠で呪われてしまった。
 この王冠には巨大な力があり、装着した者は、その力を手にすることができる。
 かつて地上の国々が、この力を調査するために、多くの探索ロボットを派遣していた。
 王冠の歴代所有者は作中では4人とされており、初代から「ハルダー」、「アンナチュポネ」、「ミアキド」、「ダテ　フユヒコ」である。
 王冠は、ボロスが死なない限り、破壊されても復活する。
 所持者が手放した際には、オープニングの1シーンから察するにミザリーとバルログは封印された状態になってしまう様子である。
 ミザリーがどういう理由でボロスに作らせたのかは公式には説明されていない。
 島の戦い
 主人公が目覚める約10年前に、島で起きた戦い。
 10年前、地上の国々が、「悪魔の王冠」と「コア」の探索のためにキラーロボットの軍隊を派遣し、島のミミガーを殺戮していった。
 追い詰められた一部のミミガーは、赤い花を使って凶暴化し、ほかのミミガーを守った。
 この時、主人公とカーリーが王冠を破壊するために派遣されたとされる。
 一方、キラーロボットは、コアや悪魔の王冠に到達し、ある男が悪魔の王冠を手に入れた。
 役目を果たしたロボットは仕事を終え、島は静かになった。
 しかし、その男が赤い花を栽培し、ミミガーを使って地上の国々に対して攻撃を開始。
 主人公とカーリーはそれを食い止めるべく戦ったが、歯が立たなかった。しかしながら、男にダメージを与えたという。
 赤い結晶
 ドクターが赤い花から理性を破壊する物質を除去し、凝縮させた結晶。人間に使用可能。ドクターが自身に使用する。
 使用後は、対象物が赤みを帯び、肉体を失っても生き延びられるほど能力が上昇する。
 結晶には一切の攻撃が効かず、結晶は使用者の周囲を周回する。そのため使用者に攻撃が当たらないことも。
 使用者を認識しているようで、使用者がワープすると、結晶まではワープしないものの、使用者のワープ先へすぐに結晶が移動する。赤い結晶を使ってミミガー（スー）を操ることもできる。
 操られた場合は、赤い花と同様、体に変化が起き凶暴化するが、解放後は赤い花と異なり、コアの破壊後にスーの行動を見る限り、何の弊害もなく動けているため、直接摂取しない限り負担は少ないらしく、赤い花と同様、コアが破壊されると効能が切れる様子である。

物語の時系列 

先頭に?がついているものは、はっきりした先後が不明のもの。
 ある国の王が、魔力を持つボロスに嫉妬し、ボロスを捕らえて、とても残酷な刑を科す　
 ボロスの魔力が暴走、王国が一夜にして崩壊する
 ジェンカが「島」にボロスを幽閉する
 ジェンカはコアを守るために迷宮を造り、ガウディ達を閉じ込める
 ミザリーが、悪魔の王冠を幽閉されたボロスに作らせるも、呪われてしまう
 地上の国々から、たくさんの探索ロボットが派遣される
 ロボットが、ミミガーと、それをかばう人間を襲撃する。ミミガー達は赤い花を使って応戦
 キラーロボットのチーム9がコアの破壊に失敗、全滅する
 主人公、カーリーの2人（武装探索ロボット）が、悪魔の王冠の力を破壊するために派遣される
 一人の男が悪魔の王冠を手に入れる。 バルログとミザリーが復活。ロボットたちの仕事は終わったが、男はミミガーを赤い花で凶暴化させ、地上への攻撃を始める。 
 ミザリーによって、キラーロボットが何体か迷宮へ飛ばされる
 主人公とカーリーが王冠の男と戦う
 男が何らかの事情で悪魔の王冠を手放す
 ジェンカが赤い花を倉庫に封印する
 カーリーが砂区で目覚める。コロン達を育てる
 地上から調査チームが派遣される
 ?ブースター博士が、空飛ぶ装置の開発を始める
 ドクターが悪魔の王冠を手に入れる。バルログとミザリーが復活
 チームのメンバーは、やむを得ずドクターの命令で島の研究を続ける
 ?アーサーが島にいた鬼（赤い魔物、赤鬼?）を追い払う
 ドクターがミミガーの村に現れ、ミミガーを攫ったり殺したりするようになる。アーサーがドクターに殺害される
 スーと伊藤が、魔法でミミガーの姿に変えられてしまう
 伊藤が逃走、倉庫でタチオウジョウとなる
 スーが逃走、ミミガーの村の貯水池にたどり着く
 スーとトロ子が一緒に住み始める
 スー、アーサーの家からタマゴ回廊へ向かう
 カズマが逃走、クサムラのシェルターにワープする
 主人公が洞窟内で目覚める（ゲーム開始時、派遣から10年経過）
 トロ子が、スーと間違えて、さらわれてしまう
 ブースター博士が逃走
 主人公がクサムラのシェルターからカズマ、ブースター博士を救出
 主人公、砂区でカーリーと再会
 ドクターが砂区で赤い花を手に入れる
 大農園で赤い花の栽培が始められる。坂本百鈴は用済みとして島から突き落とされるが、生還し、大農園に隠れる
 砂区の休憩所をミザリーが襲撃し、カーリーは迷宮に飛ばされてしまう。
 ミミガーの村をミザリーが襲撃し、スーや他のミミガーたちはさらわれ、ブースター博士は迷宮に飛ばされてしまう。カズマはタマゴ回廊へ逃亡。
 主人公がミミガーの村へ帰還。
 カズマが飛竜NO.00を孵化させる。タマゴ回廊で謎の爆発が起こる。
 主人公が大農園へ到達し、さらわれたミミガーたちを発見。坂本百鈴と合流する
 ドクター、農場のミミガーを王座へ連れていく。
 ドクター、赤い結晶を完成させる。

ゲーム内容

武器一覧 
このゲームで登場する武器は全て銃器や投擲武器、いわゆる「飛び道具」である。 剣であっても、相手に投げつけて攻撃する。

敵を倒すと出現するエネルギーの結晶「パワークリスタル」を入手することで、武器が強化されていく。強化の度合いはレベルによって表され、レベル1から最大3まで上がる。それぞれのレベルで威力や射程などが変化する。敵からダメージを受けると武器エネルギーも低下してしまう。

 ポーラスター
 主人公が最初に入手する、北極星印のハンドガン。
 威力は低く、射程距離も短いが、弾道が直線で扱いやすい。弾数無制限。
 レベルアップに伴い、威力が向上する。
 ミサイル砲
 強力な攻撃力を持つ、切り札的な武器。
 敵と接触することで炸裂し、着弾地点の周辺にもダメージを与える。
 弾数制限があり、倒した敵から得られるアイテムやサーバーで補充できる。
 ミサイル砲での攻撃が効かない敵も一部いる。装填速度、および弾のスピードが遅いという難点がある。
 スーパーミサイル
 ミサイル砲が強化されたもの。弾速や攻撃力がアップしている。
 聖域のタイムアタックでは必須アイテムであり、この武器をいかに上手く使えるかがタイムに大きく影響する。
 ファイアボール
 撃つと地面に落下し、一定時間地面を跳ね回る。
 多少の坂なら登ってゆく上、壁に当たると跳ね返る特性があるため、通常の武器では攻撃しにくい起伏のある地形で有効。
 弾数無制限だが、一度に一定数しかマップ上に存在できない。
 レベルアップに伴い、威力が向上し、発射できる弾数が増加する。
 バブリン
 隠し武器のひとつ。非常に癖のある武器。
 レベル1では攻撃力も射程距離も貧弱だが、レベル2で射程の極端に短いマシンガンのようになり、レベル3になると主人公の周囲にまとわりついて簡易な攻性防壁となり、攻撃ボタンを離すと一斉に射出される。
 一斉射出しなくても、一定以上の数が貯まると弾けて発射されていく。
 連射機能あり。弾数制限があるが、撃たずにいれば弾数は回復する。
 レベル2の攻撃は、勾配の小さい坂道ならば登っていく。
 レベル3はかなり強力で、それ以外は貧弱なため使いづらいが、後半に実質一撃死になる初期体力プレイの際はレベルダウンの心配もない。
 ブレード
 高い攻撃力を備える、剣を投げつける投擲武器。
 キングの形見で、キングの魂が宿っており、レベル3の攻撃が敵と接触すると彼の魂が周囲を滅多切りする。
 弾数無制限だが、単発でしか撃てない。レベル2までは命中すると次が撃てるため、接近しての連打なら非常に高い威力を発揮する。
 レベル2まではプレイヤーの少し後ろにも当たり判定がある。
 気まぐれな星
 厳密には武器のカテゴリに含まれないが、アイテムとして装備すると、回りを2つの星がグルグルと回り始め、周囲の敵を攻撃する。
 追跡してくる敵に対するバリアーとして機能する他、スネーク同様、地形を透過して飛び回るため、壁の向こうにいる敵を倒すことも可能。
 『ガラクタ』という説明とは裏腹に、地味ながら役に立つ武器。
 ある『最強の武器』を手に入れた場合のみ、迷宮のチャバからもらえる。

交換で入手する武器 
以下の武器はストーリーの展開に伴い、特定の武器と交換することで入手できる。交換対象の武器と同時に持ち歩くことはできない。

ブレードと交換で入手する 
再度同じキャラクターに話しかければ再交換可能であるが、同時に持ち歩く事は不可能。

 ネメシス
 女神のいかずち。隠し武器のひとつ。攻撃力は高めで射程距離も長く、弾速も非常に速い。
 ただしレベルアップすると、逆に弱くなってしまうという癖のある武器。最大であるレベル3まであげると、射程の短いひよこが発射される。
 弾数無制限であり、レベル1を維持するなら強力。
 『血塗られた聖域』ではカーリーがこの銃を装備している。
 自機正面直ぐには当たり判定がなく、接近しすぎている敵には当たらないことがある。

ポーラスターとの交換で入手する 
再交換不能。片方を交換した場合は、もう一方を入手することは不可能になる。スネークを入手した場合も、ポーラスターがなくなるため、入手不可能になる。

 マシンガン
 もともとはカーリーが持っていた武器。高い連射性能を誇るマシンガン。
 レベル3まで上がると、空中で下撃ちすることにより、その反動で滞空することができる。適度に射撃をとめて、弾数を回復させることで半永久的に滞空することも可能。ジャンプボタンも同時に押し続けることで上昇速度が上がり、ブースターと併せると非常に高くのぼることも可能。
 弾数制限があるが、撃つことをやめると弾数は回復する。補助アイテム「ターボチャージ」を入手すると充填が速くなる。
 シュプール
 ポーラスターの完成形。
 通常弾はポーラスターのレベル3と同等の威力がある上に、連射性能はポーラスターより高い。
 3段階の溜め撃ちが出来、強力なレーザーを放つことができる。
 武器エネルギーによるレベル変化をしない武器であり、ダメージを受けても威力が落ちないため、安定した戦いができる。
 迷宮の店のチャバいわく「最強の武器」。

ポーラスターとファイアボールとの交換で入手する 
再交換が不可能。上記のポーラスターと交換する武器を入手している場合は入手不可能になる。

 スネーク
 チャバがポーラスターとファイアボールを合成させた武器。そのため、この武器を選ぶとファイアボールも消滅する。
 弾は波線を描いて飛んでいく。当たり判定が大きいほか、壁を透過する能力がある。
 弾数無制限で、なおかつ攻撃力も高い。
 壁の向こう側の敵を一方的に攻撃できる特性がある。

ステージ一覧 
本作のステージを記述する。
 最初の洞窟
 ゲームのスタート地点。ここで主人公が目覚める所から物語が始まる。
 ミミガーの村
 最初の洞窟を抜けた先にある、ミミガーが住む平和な村。
 かつて村民は多かったが、ドクターにさらわれ、主人公が来たときはスーを含めて7人だけとなってしまった。
 ボス：バルログ
 はかば
 ミミガーの村のはずれにある、ミミガー達の墓地。白いキノコ状のモンスターが棲息している。
 ボス：マ・ピニョン
 タマゴ回廊
 飛竜の卵が保管されている場所。ここにも管理者としてミミガーがいる。
 タマゴ No.00を含めて、卵は17個ある。
 ボス：イゴール
 タマゴ回廊?
 迷宮から帰還した後、タマゴ回廊を訪れると、謎の爆発で崩壊しており、ほとんどの飛竜が死亡あるいはゾンビと化している。
 3DS版では地形が大幅に変わっていて、道中、新規に作られたエリアを通ることになる。
 ボス：シスターズ
 クサムラ
 カズマが閉じ込められているシェルターがある場所。その名の通り、草叢。
 ボス：バルログ、ボスフロッグ
 砂区
 赤い花の種の倉庫がある場所。砂漠地帯というイメージで、遺跡らしい建造物が散見される。
 ボス：カーリーブレイス&コロンズ、オメガ、凶暴化トロ子
 迷宮
 かつてジェンカが、コアを守るために築いた迷宮。ミザリーが島中にいる地上の兵隊を閉じ込めている。
 ボス：プー・ブラック、モンスターX、バルログ
 コア（場所）
 迷宮の奥深くの「コア」がある場所。基地のような光景。シャッターがあり、厳重な雰囲気。
 水が溜まっており、水位の上下が激しい。
 10年前、ここに来たキラーロボットのチーム9がコアによって全滅、ボロボロに劣化している。
 ボス：コア
 水路
 迷宮から外界へと通じる水路。水流が激しく、大きく動きを制限される。また、水路の途中に小部屋が存在する。
 ボス：アイロンヘッド
 外壁
 タマゴ回廊?を奥へ進んでいくと行き着く場所。主人公は記憶をなくして以来、ここで初めて島の外界に出ることになる。
 風が強く、武器エネルギーやハートが飛ばされてくる。夜空には月が輝いている。
 島の外側ということもあって、エリア外へ落ちると「そしてあなたはいなくなった．．．」と表示され、「しんでしまった．．．」と同じ扱いとなる。
 直前にカズマと交わした会話によっては、ここでバッドエンドとなる。
 大農園
 外壁を登っていくとたどり着く、広大な農園。拉致されてきたミミガーがここで働かされている。
 主人公がここに来たときは、赤い花の種が植えられていた。
 3DS版では、このエリアから「内壁」という隠しエリアへ行くことが可能で、そこに風変わりなアイテムが隠されている。
 内壁
 3DS版で追加されたエリア。休憩所から進入できる。足場が少なく、トラップが多い難所。
 奥にある墓地らしい施設で「プリニーキャップ」という謎のアイテムが手に入る。
 最後の洞窟
 大農園の真上にある洞窟。洞窟らしい洞窟は、ここで最後。
 最後の洞窟・裏
 ブースターv2.0を所持した状態で最後の洞窟を訪れると、「最後の洞窟・裏」となる。
 通常ルートと違い、入った瞬間、全ての武器がレベル1になってしまう。ステージ構造の難易度が上がっている。ボスである「赤鬼」がいる。
 等、苦戦を強いられる難所である。
 ボス：赤鬼
 バルコニー
 「最後の洞窟」を突破すると、たどり着く場所。外壁と同じく野外であり、天候は曇っている。
 調査チームが乗ってきたヘリが放置されている。道中にある小屋「プレハブ」では、ブースター博士の手記を読むことになる。
 王の玉座 / 王の食卓 / 黒い広間
 バルコニーを進むと到達する遺跡では「王の玉座」、「王の食卓」、「黒い広間」と、それぞれの階層でボスとの連戦がある。
 3DS版では、ボスを倒した後に、脱出ミッション風のエリア「崩れタワー」が追加されており、ここでもセーブすることができる。
 ボス：ミザリー、ドクター/マッスルドクター、アンデッドコア
 崩れタワー
 3DS版で追加されたエリア。アンデッドコア戦の後、崩れる遺跡から先に脱出するスーを追い、入り組んだ通路を駆け抜ける。
 血塗られた聖域
 特定の条件を満たすことで、バルコニーにあるプレハブから進入できる隠しステージ。
 入った瞬間、全ての武器のレベルが1になってしまい、即死トラップが多く、敵の攻撃も激しい高難度ステージである。
 最深部の「封印の間」にいるボロスを倒すことによって、真のエンディングを迎えることができる。
 特定のアイテムを入手することで、このステージでタイムアタックをすることが可能となる。
 ボス：ヘヴィプレス、ボロス

セーブ 
各エリアに点在する、固定位置の安全地帯に配置されたセーブポイントで進行状態の記録（セーブ）が可能。セーブポイントはフロッピーディスク状の物体として表現され、調べるとセーブの可否を問うウィンドウが現れる。セーブポイントの付近には「サーバー」と呼ばれる装置が設置されていることがあり、こちらを調べると体力の回復とミサイルの補充ができる。

開発

幻の『洞窟物語』 
『洞窟物語』には、一般に公開されていない旧バージョンが存在する。これは開発者が学生の頃に開発していたもので、細かい調整を残してほぼ完成されていた。

しかし、前述の『いかちゃん』のファンであった学友に見せたところ、「期待したほど面白くなかった（システムやゲームバランスなどが荒削りで、『いかちゃん』の次回作として期待に応えられるものではなかった）」と評され、作り直しを提案された。

この一言で、このまま完成させるか作り直すかの二択に悩んでいたが、ある日、帰宅をともにした、この友人からの「フリーでゲームを作っているのなら、作っている自分自身が『満足する』ことが最終的な目的になるんじゃないか。だから、一番満足できるようにするのがいいと思う。」という言葉で、旧バージョンを全て捨てて一からの作り直しを決断することとなった。

それから2年後、一から作り直された『洞窟物語』の正式版が公開され、現在に至る。

音楽ドライバ 
従来、同人作品ではBGM演奏にMIDIが用いられるが「プレイ環境に依存し、演奏の再現性が悪い」という難点がある。このため当作品では、独自開発された「オルガーニャ」と呼ばれる演奏ドライバが使用されている。これはサンプリング音源をソフトウェアエミュレートしたものであり、レトロゲームを彷彿とさせる独特の味わいがある。前作『いかちゃん』でも、プロトタイプである「PiyoPiyo」が使われている。

のちに開発者は、オルガーニャのサポートを第三者に譲り、ゲーム用音楽ドライバとして、より汎用的に使えるよう設計を一から作り直した「ピストンコラージュ」の開発に取り組む。

移植・リメイク 
『洞窟物語』はWindowsアプリケーションの形態で発表されたゲームだが、ファン有志によって他のプラットフォームへの移植や、企業によって追加要素を施したコンシューマーゲーム機向けの移植が行われている。

Mac OS X 
大泣きWWW によって移植が行われた。ユニバーサルバイナリであるため、Intel Macでも快適にプレイができる。ゲーム内容はWindows版とほぼ同じだが、一部のキーコンフィグが使用できない。

PlayStation Portable 
PlayStation Portable（PSP）の非公式な自作ソフト（Homebrew）として、ufo_zによって移植が進められている。2007年11月時点のバージョンではPSPのワイド画面に対応し、動作もPC版と遜色のないものとなっている。日本語と英語の両言語に対応。また､2012年2月初旬に署名版が公開され､公式FWでも起動が可能になった｡

Wiiウェア 
2008年10月3日、ニンテンドー・オブ・アメリカのプレスリリース、および開発者のサイトにおいて、Wiiウェア版『Cave Story』が発表、同時に準備中の公式サイトが公開された。開発は米国の社、公式サイトは同年10月6日開設。グラフィックや音楽が一新されているが、従来の様式で遊ぶクラシックモードもあり、Wiiウェア版だけの新要素などが追加されている。海外で2010年3月22日にリリースされており、日本国内でのリリースは未定。

ニンテンドーDSiウェア 
2010年9月にWiiウェア版の移植を担当したNicalis社によって発表された。配信日は2010年11月29日（北アメリカ）。

日本での配信は、同じくゲーム配信でNicalis社に関わりのあったNIGOROのチームと開発者の交流を機に、NIGOROの運営会社であるアスタリズムが配信することを、『洞窟物語』の記念イベント放送で告知。2011年11月22日に配信を開始。価格は1000DSiポイント。ボスラッシュモードや難易度を設定可能。DSiウェア版公式サイトのブログにて、「10月以降に立ち上げるとサプライズがある」と意味深な言葉が開発者から語られている。

2012年6月6日に配信を終了。現在は購入することができない。

ニンテンドー3DS 
2011年2月、ニンテンドー3DS版の北米での発売が告知された。タイトルは『Cave Story 3D』。発売元は日本一ソフトウェアのアメリカ法人であるNIS Americaが担当。発売日は2011年11月8日。日本では日本一ソフトウェアから『洞窟物語3D』のタイトルで2012年7月26日に発売され、レトロゲーム『クレイジー・クライマー』『ドラゴンスレイヤー』『いっき』のキャラクターとのコラボが行われた。本作では2D版をもとに3Dモデルに置き換えられ、『』などの作曲を務めたが編曲を担当している。

変更点は下記の通り。
 キー配置がDSiウェア版とは逆（ジャンプと攻撃のボタン配置など）になっているため、同じ感覚で操作できなくなっている。
 3Dモデリングを多用し、奥行きが出て洞窟の表現がリアルになった反面、視界が暗く見づらくなった。
 追加エリアが各所に配置され、そのうちひとつに隠しアイテムが追加された。
 エンディングのスタッフロール（キャラクター紹介等）が真のエンディングと通常エンディングでほとんど区別が無くなった。
 クラシックモードは従来のゲームが遊べるのではなく、従来のドットのキャラクターが3Dの世界で動くものになっている。
 タイムアタックは、DSiウェアのように最初にアイテムを選んでスタートするものになっている。
 ジュークボックスを削除。
 一部のアイテムの配置や数を変更。
 「気まぐれな星」を装備しても、まわっている星が背景に引っかかるなどして行方知れずになるため性能が著しく低下している。

また、2012年10月4日にはオリジナル版『洞窟物語』がNicalisより発売。日本では2015年9月30日にピッキーより発売されている。

PC・Nintendo Switch 
Nicalisより『Cave Story+』のタイトルで発売。発売日は、Mac App Store版が2011年9月7日、Steam版（Windows, macOS, Linux）が同年11月23日、Nintendo Switch版が2017年6月20日。日本のNintendo Switch版はピッキーより2018年2月8日に発売された。なお、Mac App Store版は2015年に販売が終了しており、再ダウンロードは出来るが最新のmacOSではエラーで起動ができない。

新要素・変更点
 HDグラフィックに対応
 ジュークボックスが復活。
 新たなエリアを追加。
 高難度のハードモードを追加。
 Nintendo Switch版では2人同時プレイが可能。

その他 
海外の有志による英語バージョンも存在し、独自にセーブ領域の拡張なども行われている。これをエミュレートする形であるがワンボードマイコンRaspberry Pi版も存在し、公式Pi Storeから無償ダウンロード可能。

姉妹作 
同じ開発者の作品に『いかちゃん』（1999年発表）というゲームがある。『いかちゃん』は海中を舞台としたサイドビューのアクションゲームで、烏賊に似た主人公を操作して海底地震によって閉鎖された空間からの脱出を図る。

『洞窟物語』に登場する「アイロンヘッド」は、この作品のラストボスである。また、『洞窟物語』でダメージを受けずにアイロンヘッドを倒すと、『いかちゃん』の主人公が描かれたアイテム「異星人のメダル」が手に入る。

2021年12月10日には、スピンオフである『Cave Story’s Secret Santa』が、期間限定でゲームプラットフォームサービスおよびNintendo Switchで配信。配信元はNicalis。開発室Pixelも制作に協力している。