株式会社マツキヨココカラ&カンパニーは、ドラッグストア運営のマツモトキヨシグループとココカラファイングループを中心とする持株会社。

2021年10月1日をもって、ココカラファイングループとの経営統合が完了し、株式会社マツモトキヨシホールディングスから商号変更したうえで、再度純粋持株会社へ移行した（詳細はココカラファインとの経営統合を参照）。

沿革 
当社設立前の沿革については、マツモトキヨシ#沿革を参照。

マツモトキヨシホールディングス 
 2007年10月1日 - 株式移転により株式会社マツモトキヨシの完全親会社として設立。
 2008年
 1月 - 会社分割により株式会社マツモトキヨシの子会社管理事業を承継し、マツモトキヨシの子会社を直接の子会社とする（持株会社化の完成）。
 7月 - マツモトキヨシの卸売部門を継承し、事業持株会社に変更。
 10月1日 - 株式会社茂木薬品商会を完全子会社化。
 2009年
 8月24日 - 株式会社ローソンとの業務提携を発表。
 12月21日 - 株式会社ミドリ薬品の株式58.98%を取得し、子会社化。
 2010年
 1月1日 - 株式会社中島ファミリー薬局を完全子会社化。
 4月1日 - ミドリ薬品を完全子会社化。
 4月10日 - 株式会社ラブドラッグスの株式90.8%を取得し、子会社化。
 2012年
 1月1日 - 株式会社マツモトキヨシ甲信越販売が中島ファミリー薬局を吸収合併。
 2月10日 - 山梨県内に展開する株式会社イタヤマ・メディコ、並びに大阪府を中心に展開する弘陽薬品株式会社の全株式を取得し完全子会社化。
 4月1日 - マツモトキヨシの九州地区の事業を吸収分割でミドリ薬品に承継させ、承継会社の商号を株式会社マツモトキヨシ九州販売に変更。
 4月2日 - 調剤事業に特化した完全子会社として、株式会社マツモトキヨシファーマシーズを設立。
 5月14日 - 株式会社ダルマ薬局の全株式を取得し完全子会社化。
 10月1日 - エリアドミナント政策として、マツモトキヨシの新設分割により、中四国地区（兵庫県姫路市を含む）を管轄する株式会社マツモトキヨシ中四国販売を設立すると共に、ラブドラッグスの全株式を同社に譲渡。また、モリスから同社完全子会社のモリスリテール株式会社の全株式を譲受、完全子会社化。
 2013年
 2月15日 - 杉浦薬品株式会社の株式を追加取得し完全子会社化。
 3月31日 - 子会社でグループ内の折込広告手配などを行っていた株式会社ユーカリ広告を解散。
 4月1日 - 当社子会社で卸売事業を行う2社（伊東秀商事・茂木薬品商会）が共同株式移転を行い、中間持株会社として株式会社マツモトキヨシホールセールを設立。2社は同社の事業子会社に移行。
 12月16日 - ファルコSDホールディングス（現・ファルコホールディングス）から株式会社示野薬局の全株式を譲受、完全子会社化。
 2014年
 3月1日 - グループ内の組織再編を実施。モリスリテール株式会社の吸収分割により、ネット通販事業をマツモトキヨシへ承継。上記分割後のモリスリテールをマツモトキヨシ中四国販売が吸収合併。
 5月21日 - KDDI・沖縄セルラー電話が提供するプリペイドタイプの電子マネーサービス「au WALLET」のポイントアップ店契約を締結。これにより、グループ約1,200店舗で順次サービスを開始。決済時にWALLETポイントの付与が通常の3倍になるほか、au WALLET カードで貯まったWALLETポイントをマツモトキヨシ現金ポイントに交換することも可能となる。
 8月1日 - スマートフォン・モバイル端末向け公式アプリをApp StoreおよびGoogle Playにて公開し、運用開始。
 10月1日 - 茂木薬品商会の一般用医薬品関連商品の卸売事業を会社分割によって新設会社に承継し、新設会社の全株式をアルフレッサ ヘルスケアへ譲渡。資産管理・運用事業が残った茂木薬品商会は同日付で株式会社マツモトキヨシアセットマネジメントに商号変更。なお、茂木薬品商会は2021年4月1日付でアルフレッサ ヘルスケアへ吸収合併された。
 2015年
 3月1日 - 日本航空株式会社とJALカード特約店契約を締結。これにより、グループ約1,500店舗（一部店舗を除く）においてJALカードで決済した場合、マイルが2倍加算されるほか、マツモトキヨシポイントカード現金ポイントとJALマイルとの相互交換サービスも可能となる。
 7月29日 - 東南アジア最大規模のコングロマリットであるセントラル・グループ（タイ）の中核会社、セントラルフードリテール（Central Food Retail Company Ltd）と、8月にタイにおけるドラッグストア事業を開発・運営するための合弁会社、セントラル&マツモトキヨシ リミテッド（Central&Matsumotokiyoshi Ltd.）を設立し、同国でのドラッグストア事業を展開すると発表。
 10月1日 - エリアドミナント戦略に基づく連結子会社間の再編に伴い、マツモトキヨシ東日本販売がダルマ薬局を、マツモトキヨシ甲信越販売がイタヤマメディコを、マツモトキヨシ中四国販売がラブドラッグスをそれぞれ吸収合併。伊東秀商事は、PALTACに吸収合併される。
 12月24日 - グループ内の店舗で扱うプライベートブランドの新ブランドとして「matsukiyo（マツキヨ）」を発表。「matsukiyo」の立ち上げに伴い、2006年から展開している「MKカスタマー」は、順次、製品リニューアル等のタイミングで「matsukiyo」への移行・ノンブランド製品化・独立ブランド化による再編を行う予定である。
 2016年10月1日 - 子会社のマツモトキヨシが杉浦薬品を吸収合併。トウブドラッグのドラッグストア事業をマツモトキヨシが会社分割により承継し、残余のトウブドラッグをマツモトキヨシファーマシーズが吸収合併。
 2017年
 4月1日 - マツモトキヨシが、弘陽薬品を吸収合併。
 8月30日 - NTTドコモとの業務提携に合意したことを発表。
 2018年
 1月 - 台湾におけるドラッグストアの開発・運営のため、臺隆工業股份有限公司（台湾）との合弁会社、台湾松本清股份有限公司（Matsumotokiyoshi (Taiwan) Limited）を設立。
 4月30日 - 前述のNTTドコモとの業務提携に基づき、同社のポイントサービス「dポイント」のグループ店舗での取扱いを開始（当初は東名阪エリアに限定されていたが、後に全国へエリア拡大）。
 10月30日 - 中国のモバイル決済サービス「Alipay（アリペイ）」をグループ全店舗（一部店舗を除く）へ導入。
 2019年
 4月26日 - 取締役会において、2019年度上期中の合意及び最終契約の締結を目指してココカラファインとの資本業務提携に関する検討及び協議を開始することを決議し、同社のとの間で覚書を締結したことが発表された。
 6月8日 - PayPayが提供するスマートフォン決済サービス「PayPay」をグループ内の「マツモトキヨシ」・「どらっぐぱぱす」・「ダルマ」・「ミドリ薬品」・「くすりのラブ」・「シメノドラッグ」などの約1,600店舗へ導入。
 6月11日 - Niantic, Inc.及び株式会社ポケモンとの間で位置情報ゲームアプリ「Pokémon GO」におけるパートナーシップ契約を締結。この契約に基づき、国内およびタイ・台湾のグループ店舗（約1,700店舗）がゲーム内における「ポケストップ」や「ジム」となる。
 2020年
 4月1日 - マツモトキヨシ甲信越販売が示野薬局を吸収合併。
 6月5日 - 和歌山県に「薬マツモトキヨシ キーノ和歌山店」を出店。これによりグループでの全都道府県への出店を達成。

マツキヨココカラ&カンパニー 
 2021年
 10月1日 - ココカラファイン（現・ココカラファイングループ）との経営統合が完了し、株式会社マツキヨココカラ&カンパニーに商号変更。
 12月31日 - この日をもって「Pokémon GO」の公式スポンサーを終了。終了に伴って「マツモトキヨシ」店舗に設置されていたポケストップやジムは翌2022年1月1日にゲーム上から消去された。
 2022年
 4月1日 - グループ内での組織再編に伴い、マツモトキヨシグループの機能子会社3社（エムケイプランニング、マツモトキヨシ保険サービス、マツモトキヨシホールセール）及びココカラファイングループの機能子会社4社（シーエフエナジー、ココカラファインソレイユ、ココカラファインアソシエ、ココカラファインフリュアヴァンス）の計7社の全株式を吸収分割により株式会社MCCプランニングへ承継し、同時に承継する機能会社7社を「株式会社MCC -」を冠した商号へ一斉変更。
 4月26日 - 大手メーカーとの共同開発による「マツモトキヨシ」・「ココカラファイン」専売のオリジナル規格品に使用するマークとして、同年3月に展開を開始した「マ」のスクエアロゴと「ココカラファイン」ロゴを併記した「マジココ（MAJI DE COCO DAKE）」マークを制定し、同年5月発売の製品から本格展開を開始することを発表。
 7月1日 - グループ内で重複していた派遣事業を集約するため、マツモトキヨシファーマシーズの派遣事業を吸収分割によりMCCアソシエ（旧:ココカラファインアソシエ）へ承継し、調剤事業が残ったマツモトキヨシファーマシーズは同日付でマツモトキヨシへ吸収合併される。

ココカラファインとの経営統合 
 2019年8月16日 - 当社及びココカラファインとの間で経営統合の協議開始に関する覚書を締結。その際、独占交渉権の期間を2020年1月末までとするものの、双方の協議・交渉が継続している場合は延長されるとした。
 2020年1月31日 - 当社及びココカラファインとの間で経営統合に関する基本合意書および経営統合に向けた資本業務提携を締結。
 2021年2月26日 - 当社及びココカラファインとの間で経営統合に関する最終契約が締結。
2021年4月28日 - 当社及びココカラファインとの間で経営統合に際する吸収分割契約の締結などが行われた。

経営統合の概要 
 2021年10月1日付で、マツモトキヨシホールディングス（以下、「マツモトキヨシHD」とする）を完全親会社、ココカラファインを完全子会社とする株式交換を実施する。
 1の効力発生を条件に、2021年10月1日付で、マツモトキヨシHDの子会社の管理業務等を新設する株式会社マツモトキヨシグループ（以下、「MKG」とする）に承継する。
 1の効力発生を条件に、2021年10月1日付で、マツモトキヨシHDの営業企画・営業支援機能等をMKFC分割準備会社に承継する。
 1の効力発生を条件に、2021年10月1日付で、ココカラファインの本部機能をマツモトキヨシHDに承継させる。
 1の効力発生を条件に、2021年10月1日付で、ココカラファインの営業企画・運営支援機能等をシナジー創出会社に承継する。
 1の効力発生を条件に、2021年10月1日付で、ココカラファインヘルスケアの本部機能をマツモトキヨシHDに承継する。
 1の効力発生を条件に、2021年10月1日付で、ココカラファインヘルスケアの営業企画・運営支援機能等をシナジー創出会社に承継させる。
上記の一連の手続きを実施後、1の効力発生を条件に、マツモトキヨシHDは株式会社マツキヨココカラ&カンパニーに、また、ココカラファインは株式会社ココカラファイングループに商号を変更する。なお、3の効力発生後、マツキヨ&ココカラカンパニーを純粋持株会社、MKGとココカラファインを中間持株会社とする新体制へ移行する。さらに、マツモトキヨシHD、ココカラファイン、およびココカラファインヘルスケアの各社の営業企画・運営支援機能等を吸収分割により承継したシナジー創出会社の商号をMCCマネジメントに変更する。

経営統合に伴う影響 
ポイントカードにおいては、マツモトキヨシグループでは「マツキヨ現金ポイントカード」やクレジットカード一体型の「マツキヨメンバーズカード」（クレジットカードはオリエントコーポレーションが担当）、ココカラファイングループ子会社のココカラファイン ヘルスケアではVisaプリペイド一体型の「ココカラクラブカード」（Visaプリペイドはクレディセゾンが担当）、同じく子会社の岩崎宏健堂ではリライトタイプの「イワちゃんカード」がそれぞれ発行されていた。

「ココカラクラブカード」に関しては、2021年4月にサービス内容が改定され、店頭でのポイント利用が500ポイント単位から200ポイント以上・1ポイント単位に引き下げられ、ポイントの有効期限が「カードの最終利用日から1年間」から「最長2年間（年度1年間に付与されたポイントは翌々年の3月末日まで有効）」に変更、特定のキャンペーンやイベントなどで付与される期間限定ポイントが設定され、2022年6月からは各店舗ごとに実施されている「ポイント倍デー」のポイントアップ分が期間限定ポイントに変更したことで、「マツキヨ現金ポイントカード」に準じた内容となった。付随されていたVISAプリペイド機能は2023年4月末でサービス終了となったことで、この日をもって「ココカラクラブカード」は新規発行が終了となった。

2023年6月1日にマツモトキヨシグループとココカラファイン ヘルスケアのポイントサービスが「マツキヨココカラポイント」として一つに統合された（現金専用ポイントカードもこの日のマツモトキヨシグループでの新規発行分から新デザインの「マツキヨココカラポイントカード」へ切替）。ポイントサービスの統合により、2022年2月1日より実際されている相互でのポイント付与に加えて、相互でのポイント利用も可能となり、マツモトキヨシグループで導入されているステージ制をココカラファイン ヘルスケアにも拡げられた。なお、既存のカード（「マツキヨ現金ポイントカード」・「ココカラクラブカード」など）は従来通り使用可能で、マツモトキヨシ・ココカラファイン両方のカードや公式アプリを保有している場合は会員統合の手続きを行うことで2つのポイントを1つにまとめることが可能となる（ただし、カードと公式アプリを店舗ごとに使い分けている場合に公式アプリ側に統合した場合はカードの使用が不可となるので注意が必要。ポイントだけでなくステージ制における累計の購入金額も合算されるため、合算後の購入金額がステージ条件を満たす場合は統合手続き完了のタイミングでステージが昇格される）。

また、NTTドコモの「dポイント」はマツモトキヨシグループでは2018年4月30日から、ココカラファイン ヘルスケアでは2020年7月1日から順次導入されており、こちらは「マツモトキヨシ」・「ココカラファイン」どちらでも利用可能である。各社のポイントカードの同時提示及びダブルのポイント付けにおいてはマツモトキヨシグループでは導入当初より対応しているが、ココカラファイン ヘルスケアでは楽天ポイント（2022年10月31日取扱終了）と合わせて選択制で同時提示は不可であったが、2022年11月1日の利用条件変更により、「ココカラクラブカード」と「dポイント」の同時提示及びダブルのポイント付けが可能となり、ポイントの付与率が税抜200円ごとに1ポイントから税抜100円につき1ポイントに引き上げられ、マツモトキヨシグループと利用条件が統一化された。岩崎宏健堂でも「dポイント」は利用可能だが「イワちゃんカード」との選択制となり、同時提示・ダブルのポイント付けは不可である。

関連会社 
 株式会社MCCマネジメント
 株式会社マツモトキヨシグループ
 株式会社ココカラファイングループ（旧・株式会社ココカラファイン）