林崎 良英（はやしざき よしひで、1957年 -）は日本の医学者。専門は分子生物学。大阪府出身。

略歴 
1982年 大阪大学医学部卒業
1986年 大阪大学大学院医学部内科系博士課程修了（医学博士）
1987年 国立循環器病センター研究所 研究員
1992年-1994年 理化学研究所  ライフサイエンス筑波研究センター ジーンバンク室  研究員
1994年-1995年 理化学研究所 ライフサイエンス筑波研究センター真核生物研究室  主任研究員
1995年-1998年 理化学研究所 ゲノム科学研究室  主任研究員
1995年-2010年 筑波大学大学院 人間総合科学研究科 客員教授
1998年-2013年 横浜市立大学大学院　国際総合科学研究科　客員教授
2001年-2003年 理化学研究所 遺伝子構造・機能研究グループ グループリーダー
2003年-2006年 理化学研究所 林崎生体分子機能研究室　主任研究員
2003年 スウェーデン王立カロリンスカ研究所 客員教授、Science for Life Laboratory (SciLifeLab)  (スウェーデン)、Scientific Advisory Board
2003年-2009年 クイーンズランド大学（オーストラリア） Honorary Professor
2006年-2008年 理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター　遺伝子構造・機能研究グループ　プロジェクトディレクター
2008年-2013年 理化学研究所 オミックス基盤研究領域  領域長
2008年-2010年 京都大学大学院 客員教授
2012年-2013年 Beijing Genomics Institute (BGI) (中国) 客員教授
2012年-2015年 Board of Trustees、BioBank Qatar (カタール)
2013年-2021年 理化学研究所 予防医療・診断技術開発プログラム  プログラムディレクター
2013年-2018年 オミックス医療学会　副理事長
2014年-2022年 大阪大学　招へい教授
2015年 International Scientific Advisory Committee (ISAC)（カタール）
2015年 順天堂大学大学院医学研究科 革新的医療技術開発研究センター 客員教授
2015年 日中医学協会　理事、協力委員会委員長（2023年～）
2015年 Distinguished visiting professor, University at Buffalo, the State University of New York (アメリカ)
2015年-2018年 理化学研究所　理事長補佐
2016年-2018年 慶應義塾大学　SFC研究所　上席所員
2018年 レアバリアント・サーベイランス研究会　監事
2021年 株式会社ダナフォーム 代表取締役、株式会社Mirai Genomics 代表取締役、株式会社SS Dnaform 代表取締役会長

主な受賞歴・叙勲歴 
1995年 東京テクノフォーラムゴールドメダル賞
2001年 つくば賞
2004年 文部科学大臣賞
2006年 科学技術への顕著な貢献in 2005
2007年 紫綬褒章
2010年 日本遺伝学会木原賞
2010年 持田記念学術賞
2012年 スウェーデンカロリンスカ研究所 名誉博士号
2013年 Chen Award for Distinguished Academic Achievement in Human Genetic & Genomic Research （Human Genome Organization: HUGO）
2016年 The Australian Museum, 2016 Eureka Prize for Excellence in International Scientific Collaboration (Australia)
2017年 Symbol of Trust, EIDOS-MEDICINE (Russia)
2017年 第58回科学技術映像祭　研究開発部門　部門優秀賞受賞　科学のフロンティア RNAから読み解く生命の不思議
2019年 EMBO（欧州分子生物学機構） Associate Member

論文（一部） 

 Kawai J, et al. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature, 409, 685-690 (2001)
 Okazaki Y, et al. Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature, 420, 563-73 (2002)
 Carninci P, et al. The transcriptional landscape of the mammalian genome. Science, 309, 1559-1563 (2005)
 Katayama S, et al. Antisense transcription in the mammalian transcriptome. Science, 309, 1564-1566 (2005)
 Carninci P. et al. Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution. Nature Genetics, 38, 626-635 (2006)
 Suzuki H, et al. The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line. Nature Genetics, 41, 553-62 (2009)
 Y. Maida, et al. An RNA-dependent RNA polymerase formed by TERT and the RMRP RNA. Nature, 461, 230-235 (2009)
 Ravasi T, et al. An atlas of combinatorial transcriptional regulation in mouse and man. Cell, 140, 744-752 (2010)
 Forrest AR, et al. A promoter-level mammalian expression atlas. Nature, 507, 462-470 (2014)
 Andersson R, et al. An atlas of active enhancers across human cell types and tissues. Nature 507, 455-461 (2014)
 Arner E. et al. Transcribed enhancers lead waves of coordinated transcription in transitioning mammalian cells, Science, 347, 1010-1014 (2015)
 Rackham, O.J. et al.　A predictive computational framework for direct reprogramming between human cell types. Nat Genet, 48(3), 331-335(2016)
 Chung-Chau Hon, et al. An atlas of human long non-coding RNAs with accurate 5’ ends. Nature, 543, 199-204(2017)
 Derek de Rie, et al. The FANTOM5 integrated expression atlas of miRNAs and their promoters. Nature Biotechnology(2017)
Hirabayashi, et al. NET-CAGE characterizes the dynamics and topology of human transcribed cis-regulatory elements. Nat Genet, 51, 1369-1379(2019)