フォーティナイナー系（フォーティナイナーけい、Forty Niner Line）は、馬（主にサラブレッド）の父系（父方の系図）の1つ。
フォーティナイナー自身はアメリカ合衆国で種牡馬入りしリーディングサイアーに輝いたが、その前に日本に輸出されていたため、その後は有力種牡馬を輩出することができなかった。
アメリカに残されたG1優勝馬の多くも日本に輸出されたため後継種牡馬を残すことが難しかったが、G1未勝利のディストーテッドヒューマーがアメリカリーディングサイアーに輝くなど、競走実績に関わらず父系を広げている。

サイアーライン 
Darley Arabian 1700
｜Bartlet's Childers 1716
　｜Squirt 1732
　　｜Marske 1750
　　　｜Eclipse 1764　　　←---エクリプス系へ戻る
　　　　｜Potoooooooo 1773
　　　　　｜Waxy 1790
　　　　　　｜Whalebone 1807
　　　　　　　｜Sir Hercules 1826
　　　　　　　　｜Birdcatcher 1833
　　　　　　　　　｜The Baron 1842
　　　　　　　　　　｜Stockwell 1849
　　　　　　　　　　　｜Doncaster 1870
　　　　　　　　　　　　｜Bend Or 1877
　　　　　　　　　　　　　｜Bona Vista 1889
　　　　　　　　　　　　　　｜Cyllene 1895
　　　　　　　　　　　　　　　｜Polymelus 1902
　　　　　　　　　　　　　　　　｜Phalaris 1913　　　←---ファラリス系へ戻る
　　　　　　　　　　　　　　　　　｜Sickle 1924
　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜Unbreakable 1935
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜Polynesian 1942
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜Native Dancer 1950　　　←---ネイティヴダンサー系へ戻る
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜Raise a Native 1961　　　←---レイズアネイティヴ系へ戻る
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜Mr. Prospector 1970　　　←---ミスタープロスペクター系へ戻る
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　｜*フォーティナイナー 1985
---↓フォーティナイナー系---
*フォーティナイナー Forty Niner 1985 → アドマイヤホープ 2001
｜Apprentice Twining 1990
｜Cartwright 1990
｜Dalhart 1990
｜Fraser River 1990
｜Heather's Prospect 1990
｜Niner Bush 1990
｜Plantagenet 1990
｜Pro Prospect 1990
｜Tactical Advantage 1990
｜*トワイニング Twining 1991 → フサイチアソート 2005、ノンコノユメ g 2012
｜｜*クリストワイニング 1997
｜｜Top Hit 1998
｜｜Personal Touch 2000
｜*エンドスウィープ End Sweep 1991 → スイープトウショウ 2001、ラインクラフト 2002
｜｜*サウスヴィグラス 1996
｜｜｜スパロービート 2005
｜｜｜ナムラタイタン 2006
｜｜｜カイロス 2010
｜｜｜キングプライド 2012
｜｜｜サブノジュニア 2014
｜｜｜ヒガシウィルウィン 2014
｜｜｜ヒロシゲゴールド 2015
｜｜｜ステッペンウルフ 2016
｜｜Chilling Sweep 1996
｜｜Musical Sweep 1996
｜｜Silky Sweep 1996
｜｜*プリサイスエンド Precise End 1997
｜｜｜One Way Flight 2003
｜｜｜ヴェリーハード 2006
｜｜｜グロリアスノア 2006
｜｜*スウェプトオーヴァーボード Swept Overboard 1997
｜｜｜ヒデサンジュニア 2004
｜｜｜パドトロワ 2007
｜｜｜レッドファルクス 2011
｜｜｜カフジテイク 2012
｜｜｜オメガパフューム 2015
｜｜Trippi 1997
｜｜Alysweep 2000
｜｜スマートギルド 2002
｜｜アドマイヤムーン 2003
｜｜｜ハクサンムーン 2009
｜｜｜レオアクティブ 2009
｜｜｜ストーミーシー 2013
｜｜｜セイウンコウセイ 2013
｜｜｜ファインニードル 2013
｜Flight Forty Nine 1991
｜Former 1991
｜Forty Won 1991
｜Inflate 1991
｜Luhuk 1991
｜｜Avanzado 1997
｜Roaring Camp 1991
｜Upping the Ante 1991
｜Announce 1992
｜On Target 1992
｜Ore Grade 1992
｜Rich Man's Gold 1992
｜｜Lido Palace 1997
｜　｜Vineyard Haven 2006
｜Sutters Pond 1992
｜Yale Twentyniner 1992
｜Aggie Southpaw 1993
｜Apotheosis 1993
｜Distorted Humor 1993 → Funny Cide 2000
｜｜Senor Amigo 2000
｜｜Terrell 2000
｜｜*フォーティナイナーズサン Fourty Niners Son 2001
｜｜Distorted 2002
｜｜Flower Alley 2002
｜｜｜*アイルハヴアナザー I'll Have Another 2009
｜｜It's No Joke 2002
｜｜Da Stoops 2003
｜｜Sharp Humor 2003
｜｜Any Given Saturday 2004
｜｜｜Hoppertunity 2011
｜｜Regal Ransom 2006
｜｜Drosselmeyer 2007
｜｜Maclean's Music 2008
｜｜｜Cloud Computing 2014
｜｜Jimmy Creed 2009
｜｜Khozan 2012
｜Editor's Note 1993
｜Exetera 1993
｜Forty Ninth Street 1993
｜Gold Fever 1993
｜Ide 1993
｜J P Hamer 1993
｜Master Bill 1993
｜Roar 1993
｜Royal Merlot 1993
｜Signal 1993
｜Silver Finder 1993
｜Banker's Gold 1994
｜Cyberspace 1994
｜Finest Hour 1994
｜Gold Case 1994
｜｜Thunder Lad 1999
｜｜Despreciado 2000
｜｜Was My Case 2000
｜Jules 1994
｜｜Peace Rules 2000
｜Mercer Mill 1994
｜Mr. Sutter 1994
｜Orchid's Devil 1994
｜Quarry 1994
｜Rodney Square 1994
｜*フィールドアスカ 1994
｜*ヤシマジャパン 1994
｜*ロードアヘッド 1994
｜*コロナドズクエスト Coronado's Quest 1995
｜｜Al Jadeed 2000
｜｜Governor Vasquez 2000
｜｜Winged Foot Willie 2000
｜｜Stored 2001
｜｜Quest of the King 2002
｜｜Awesome Gambler 2004
｜｜セレスハント 2005
｜Baquero 1995
｜Emancipator 1995
｜Esperero 1995
｜Fiend 1995
｜Tailings 1995
｜West Acre 1995
｜Creative 1996
｜Ecton Park 1996
｜Kahuna Jack 1996
｜Out of the Crisis 1996
｜Quaker Ridge 1996
｜Reparations 1996
｜Secreniner 1996
｜カオリハイパー 1998
｜タガノフォーティ 1998
｜ビワシンセイキ 1998
｜Sunday Break 1999
｜｜Never on Sunday 2005
｜キネティクス 1999
｜クーリンガー 1999
｜マイネルセレクト 1999
｜ユートピア 2000
｜フォーティダンサー 2001
｜エクラヴァンクール 2004
｜ブリーズフレイバー 2007

サイアーライン上は種牡馬入りした馬、→印の後は牝馬などの非種牡馬の代表産駒の一部を示す。また、日本調教馬における太字はG1級競走の勝ち馬を示す。