ジャパンラグビートップリーグ2012-2013は2012年8月31日から2013年1月6日までレギュラーシーズンが行われた。

リーグ戦1位のサントリーサンゴリアスがプレーオフトーナメントを制し、2シーズン連続3度目の優勝を果たした。
また、これはトップリーグ史上初のリーグ戦からプレーオフ決勝まで無敗の全勝優勝である。さらに、第50回日本ラグビーフットボール選手権大会でも、優勝。シーズン全試合で勝利を達成した。

参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2012-2013の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。

昨シーズンの結果、ホンダヒート（トップウェスト）、コカ・コーラウエストレッドスパークス（トップキュウシュウ）が地域リーグに降格し、キヤノンイーグルス、九州電力キューデンヴォルテクスが地域リーグから昇格した。

順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1 	 	 
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||13||0||0||481||258||223||63
|rowspan="4"|プレーオフトーナメント、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||10||0||3||478||266||212||50
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|パナソニックワイルドナイツ
||13||10||0||3||509||275||234||49
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||9||1||3||468||255||213||49
|- style="background-color:#cffcff"
|5
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||9||1||3||343||291||52||43
|rowspan="6"|日本選手権出場決定トーナメントへ
|- style="background-color:#cffcff"
|6
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||8||0||5||430||311||119||42
|- style="background-color:#cffcff"
|7
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||13||6||0||7||356||308||48||33
|- style="background-color:#cffcff"
|8
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||6||0||7||399||375||24||32
|- style="background-color:#cffcff" 
|9
|style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズシャイニングアークス
||13||7||0||6||240||313||-73||31
|- style="background-color:#cffcff" 
|10
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||13||5||0||8||322||360||-38||28
|-
|11
|style="text-align:left"|キヤノンイーグルス
||13||3||0||10||287||382||-95||19
|rowspan="2"|
|- 
|12
|style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス
||13||2||0||11||238||593||-355||16
|- style="background-color:#ffffcc"
|13
|style="text-align:left"|NTTドコモレッドハリケーンズ
||13||1||0||12||217||524||-307||8
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|14
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||1||0||12||256||513||-257||7
|}

プレーオフトーナメント

セミファイナル 
 1月19日 サントリーサンゴリアス 38-19 神戸製鋼コベルコスティーラーズ
 1月20日 パナソニックワイルドナイツ 8-20 東芝ブレイブルーパス

ファイナル 
 1月27日 サントリーサンゴリアス 19-3 東芝ブレイブルーパス

入替制度

入れ替え制度の変更 

来シーズンよりチーム数が16チームになるため今シーズンはトップリーグからの自動降格チームはなし。昨年までは自動降格だった13位・14位チームが入替戦出場に、入替戦出場だった11位・12位チームはトップリーグ残留となった。
トップチャレンジは変わらず、チャレンジ1の3位・4位チームの入替戦の対象が変更されただけである。

トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップイーストリーグ）
||2||2||0||0||99||16||83||1||9
|チャレンジ1へ
|-
|2
|style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト）
||2||1||0||1||42||25||17||1||5
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||14||114||-100||0||0
|}

 12月9日 ホンダヒート 9-18 三菱重工相模原ダイナボアーズ（神戸総合運動公園ユニバー記念競技場）
 12月16日 マツダブルーズーマーズ 7-33ホンダヒート（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 12月24日 三菱重工相模原ダイナボアーズ 81-7 マツダブルーズーマーズ（秩父宮ラグビー場）

以上の結果、1位三菱重工相模原ダイナボアーズのトップリーグチャレンジシリーズ1への進出が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス（トップキュウシュウ）
||3||3||0||0||136||102||34||3||15
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ（トップイーストリーグ）
||3||2||0||1||103||84||19||3||11
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|豊田自動織機シャトルズ（トップウェスト）
||3||1||0||2||105||121||-16||2||6
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|4
|style="text-align:left"|三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップチャレンジ2 1位）
||3||0||0||3||55||92||-37||1||1
|}

秩父宮ラグビー場
1月5日 豊田自動織機シャトルズ 26-16三菱重工相模原ダイナボアーズ 
1月5日 クボタスピアーズ 31-37コカ・コーラウエストレッドスパークス

近鉄花園ラグビー場
1月12日 コカ・コーラウエストレッドスパークス 26-22 三菱重工相模原ダイナボアーズ
1月12日 豊田自動織機シャトルズ 30-32 クボタスピアーズ

レベルファイブスタジアム
1月20日 クボタスピアーズ 40-17 豊田自動織機シャトルズ
1月20日 コカ・コーラウエストレッドスパークス 73-49 三菱重工相模原ダイナボアーズ

以上の結果、1位コカ・コーラウエストレッドスパークス、2位クボタスピアーズがトップリーグへ自動昇格、3位豊田自動織機シャトルズ、4位三菱重工相模原ダイナボアーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ13位NTTドコモレッドハリケーンズがトップチャレンジ1・4位の三菱重工相模原ダイナボアーズと、トップリーグ14位福岡サニックスブルースが、トップチャレンジ1・3位の豊田自動織機シャトルズと入替戦を行った。
 2月3日13:00キックオフ (レベルファイブスタジアム) 福岡サニックスブルース（トップリーグ14位） 28-34 豊田自動織機シャトルズ（トップチャレンジ1・3位）
 2月9日13:00キックオフ (近鉄花園ラグビー場)NTTドコモレッドハリケーンズ（トップリーグ13位） 24-21 三菱重工相模原ダイナボアーズ（トップチャレンジ1・4位）

入れ替え戦の結果、NTTドコモレッドハリケーンズのトップリーグ残留、豊田自動織機シャトルズのトップリーグ昇格が決定した。またトップリーグ開始後、トップチャレンジチームが入れ替え戦を勝利してトップリーグに昇格するのは今回が初である。

表彰 
2012-2013シーズンの年間表彰式は、2013年1月28日に東京国際フォーラムで実施された。

チーム表彰

TOP LEAGUE 優勝チーム

フェアプレーチーム賞

ベストファンサービス賞

個人表彰

トップリーグMVP

新人賞

最多トライゲッター

得点王

ベストキッカー

ベストホイッスル

プレーオフトーナメントMVP

ベストフィフティーン