ジャパンラグビートップリーグ2006-2007は2006年9月1日から2007年1月14日までレギュラーシーズンが行われた。

前年（2005-06年度シーズン）までは、リーグ戦とプレーオフの「マイクロソフトカップトップ8トーナメント」は別大会の扱いで、リーグ戦1位チームがリーグ優勝の扱いだったが、本年度より大会の仕組みを変更し、レギュラーシーズンを予選リーグ、マイクロソフトカップを決勝トーナメントと位置づけ、その上でプレーオフ進出枠を上位4チームに減らし、そこで行う「プレーオフ・マイクロソフトカップ」の優勝チームをリーグ優勝とみなす方式にした。

レギュラーシーズン首位通過の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップを制し、3連覇を達成した。

参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2006-2007の参加チームは下表の通りである（記載は前年シーズンの成績上位順）。

トップリーグの参加チーム数が12チームから14チームに増加、日本IBMビッグブルー、コカ・コーラウエストレッドスパークスが地域リーグから昇格した。

順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||12||0||1||502||234||268||12||60
|rowspan="4"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||11||0||2||545||161||384||12||56
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||10||1||2||379||306||73||6||48
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||9||0||4||448||267||181||11||47
|-
|5
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||13||8||0||5||525||321||204||11||43
|rowspan="6"|
|-
|6
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||8||0||5||360||306||54||10||42
|-
|7
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||7||0||6||281||321||-40||10||38
|-
|8
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||13||5||2||6||385||402||-17||6||30
|-
|9
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||5||1||7||281||423||-142||6||28
|-
|10
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス
||13||4||0||9||267||368||-101||5||21
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||13||4||0||9||233||371||-138||5||21
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー
||13||2||2||9||241||503||-262||4||16
|- style="background-color:#ffcccc"
|13
|style="text-align:left"|セコムラガッツ
||13||2||0||11||255||449||-194||6||14
|rowspan="4"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|14
|style="text-align:left"|ワールドファイティングブル
||13||1||0||12||211||481||-270||3||7
|}

プレーオフトーナメント マイクロソフトカップ

セミファイナル 
 1月28日 東芝ブレイブルーパス 38-33 トヨタ自動車ヴェルブリッツ
 1月28日 サントリーサンゴリアス 40-39 ヤマハ発動機ジュビロ

ファイナル 
 2月4日 東芝ブレイブルーパス 14-13 サントリーサンゴリアス

入替制度

入れ替え制度の変更 

トップリーグの参加チームが14チームに増加、今シーズンより自動降格が復活し、13位・14位チームが地域リーグに自動降格、11位・12位チームが入替戦出場、これまで入替戦出場だった9位・10位チームはトップリーグ残留となった。
トップチャレンジは2004-2005シーズンまでの制度に戻り、昨年は入替選出場だったトップチャレンジ2の2位・3位チームは地域リーグ残留になった。
またトップチャレンジ2のトップイースト11の代表は、トップノースとの代表決定戦が廃止されたため、トップウェスト・トップキュウシュウ同様2位チームへ変更となった。

自動降格 
トップリーグの結果、13位セコムラガッツのトップイースト11、14位ワールドファイティングブルのトップウェストへの自動降格が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|九州電力（トップキュウシュウ）
||2||2||0||0||90||33||57||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|三菱重工相模原（トップイースト11）
||2||1||0||1||44||80||-36||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ（トップウェスト）
||2||0||0||2||52||73||-21||2||2
|入替戦へ
|}

 1月14日 三菱重工相模原 12–49 九州電力（熊谷スポーツ文化公園(県営熊谷ラグビー場)）
 1月21日 九州電力 41–21 近鉄ライナーズ（博多・陸上競技場）
 1月27日 近鉄ライナーズ 31–32 三菱重工相模原（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位九州電力、2位の三菱重工相模原がトップリーグへ自動昇格、3位近鉄ライナーズのトップリーグ入替戦への進出が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト）
||2||2||0||0||128||44||84||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|東京ガス（トップイースト11）
||2||1||0||1||112||66||46||2||6
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||22||152||-130||0||0
|}

 1月14日 東京ガス 78–12 マツダブルーズーマーズ（熊谷スポーツ文化公園(県営熊谷ラグビー場)）
 1月21日 マツダブルーズーマーズ 10–74 ホンダヒート（博多・陸上競技場）
 1月27日 ホンダヒート 54–34 東京ガス（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位ホンダヒートのトップリーグ入替戦への進出が決定した。

トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ11位リコーブラックラムズがトップチャレンジ2・1位のホンダヒートと、トップリーグ12位日本IBMビッグブルーが、トップチャレンジ1・3位の近鉄ライナーズと入替戦を行った。

 2月12日 秩父宮ラグビー場
リコーブラックラムズ 43–24 ホンダヒート
日本IBMビッグブルー 29–29 近鉄ライナーズ

入替戦の結果、リコーブラックラムズ、日本IBMビッグブルーのトップリーグ残留が決定した。

表彰 
2006-2007シーズンの年間表彰式は、2007年2月6日に東京プリンスホテルで実施された。

チーム表彰

TOP LEAGUE 優勝チーム

フェアプレーチーム賞

ベストファンサービス賞

個人表彰

トップリーグMVP

新人賞

最多トライゲッター

得点王

ベストキッカー

ベストホイッスル

マイクロソフトカップMVP

ベストフィフティーン