2013年のSUPER GTは、2013年4月6日・7日に岡山国際サーキットで開幕し、11月2日・3日にツインリンクもてぎで閉幕する全8戦と、11月22日 - 24日に富士スピードウェイで行われるJAFグランプリのシリーズである。韓国インターナショナルサーキットでエキジビションレースを行う予定もあったが事実上中止となった（後述）。

前年からの主な変更点

レース日程 
 5月に韓国でエキシビションレースが行われる予定があった。海外でのエキシビションレースが実現すれば、旧JGTC時代の2004年にアメリカで行われたオールスター戦以来となるはずだったが、その後諸般の事情から延期すると発表。代替日程については11月現在発表されておらず、同年中の開催は事実上中止となっている。
 2012年8月に最初の暫定カレンダーが発表されたが、その後11月1日付でカレンダーが修正され、第3戦・セパンについてはル・マン24時間レースとの日程のバッティングを回避するため、第7戦・オートポリスについてはアジアン・ル・マン・シリーズ（AsLMS）富士ラウンドとのレース間隔を空けるため、それぞれ日程が変更された。また、JAFグランプリについても当初予定していた日程では、プロゴルフツアーの三井住友VISA太平洋マスターズと開催が重なることから、1週間日程をずらすこととなった。

レギュレーション

GT300クラス
 日本自動車連盟（JAF）の「JAF-GT」規定に従って製作されたマシンの取扱いに変更があり、JAF-GT規定の「区分C/D」に分類される少量生産スポーツカーの参戦が同年より禁止される。このため同区分に該当し前年まで参戦していたムーンクラフト・紫電、ASL・ガライヤといったマシンが、シリーズから撤退・引退・参戦休止を余儀なくされた。

予選方式 
前年までスーパーラップ方式とノックアウト方式を併用してきたが、本年より全レースにおいてノックアウト方式のみでの予選施行となる。実施方式も従来の3回ではなく、15分走行して上位13台（GT300）または8台（GT500）を決めるQ1と、上位車両が12分走行して順位を確定させるQ2の2回で行われる。また、タイヤについてもQ1で6セット中1セット、Q2でもう1セット使用可能で、Q2に進出できなかったチームは決勝はQ1で使用したタイヤで、Q2進出チームはQ1またはQ2で使用したタイヤのどちらかを抽選して選ばれた物でスタートすることとなる。

マシン

GT500クラス 
 ホンダは従来どおり5台のホンダ・HSV-010 GTを投入するが、2月8日の体制発表で同社は2014年よりホンダ・NSXのプロトタイプの投入を明言している。なお、童夢はタイヤをブリヂストンからミシュランに変更するが、JGTC時代を含めホンダでは初の装着車となる。
 レクサスも従来どおりレクサス・SC430で6台参戦するが、撤退したKRAFTに変わりトムスが2005年以来8年ぶりに2台体制で参戦する（詳細は後述）。また前年までミシュラン製タイヤを装着していたサードが、2007年以来6年ぶりにブリヂストン製タイヤに変更する。
 日産も従来どおり日産・GT-Rで4台参戦する。前年までブリヂストン製タイヤを履いていたニスモが、後述の柳田・クインタレッリ組の移籍に合わせる形でミシュラン製タイヤに変更する。

GT300クラス 

 ムーンクラフト・紫電で参戦していたCars Tokai Dream28は、マシンをマクラーレン・MP4-12Cに変更して参戦することになった。ドライバー（高橋一穂・加藤寛規）や、エヴァンゲリオンレーシングとのコラボレーションは継続する。
 従来使用してきたASL・ガライヤが使用できなくなったARTAは、マシンをホンダ・CR-Zに変更し、ゼッケンNo.も55番に変更された。
 前年はNDDPのみが使用していた日産・GT-R GT3は、後述のBondsRacing→apr、さらに前年シボレー・コルベットを使用していたディジョンレーシングとRUN UP SPORTSの4チームが使用、第5戦からはフェラーリ458を使用していたTEAM MACHもGT-Rに変更する。
 前年、アウディ・R8 LMS ultraで参戦したGAINER 11号車はメルセデス・ベンツ・SLS AMG GT3で参戦することが東京オートサロン2013にて発表された。2013年は2台体制で参戦する予定で、体制発表時には未定だった10号車も2013年3月1日発表のエントリーリストでSLS AMG GT3になったことが判明している。
 JLOCは前年のJAF仕様のガヤルド2台とFIA GT3仕様のガヤルド2台の計4台から、FIA GT3仕様3台のエントリーに変更となった。そのうち88号車は2013年最新型のガヤルド GT3 FL2となり、86・87号車は昨年からのガヤルド LP600+ GT3が継続される。なおJAF GPでは87号車が88号車の車番・マシン名に変更され、LP600+の2台エントリーとなった。

エントラント

GT500クラス 
 トムスは後述のKRAFTのGT500クラス撤退を受ける形で、36・37号車の2台体制で参戦することとなった。37号車のメインスポンサーはKeePerがそのまま継承する形となる。ちなみにトムスの2台体制は2005年シーズン以来8年ぶり。
 前々年・前年とモーラで2年連続チャンピオンを獲得した柳田真孝とロニー・クインタレッリが、2人ともニスモに移籍する。これに伴い長年ニスモに在籍してきた本山哲がモーラに移籍し、関口雄飛とコンビを組む。なおゼッケンNo.はモーラがチャンピオンナンバーの1番、ニスモは23番のままとなる。またKONDO Racingは前年までニスモに在籍したミハエル・クルムを迎え、体制を継続するIMPULを除いて大幅なドライバー入れ替えとなった。

GT300クラス 
 GT500クラスに参戦していたKRAFTは、1月4日にGT500クラスへの参戦を断念することを明らかにし、新たにチーム名を『BondsRacing』に変更した上でGT300クラスに参戦することを発表した。車両は日産・GT-R GT3に変更し、ゼッケンNo.は7番を使用する。しかし同チームは第2戦を最後に活動を休止、残されたマシンはそれまでアウディ・R8を走らせていたaprが引き継ぐことになった。
 Team SGCは、2月6日に2013年の活動を休止することを発表した。
 LMP MOTORSPORTは、2月10日に2013年のSUPER GT参戦を休止することを発表した。提携していたPACIFIC RACING TEAMは、新たにDIRECTIONに車両メンテナンスを委託し、アニメ映画『攻殻機動隊ARISE』とコラボレーションを行う。
 GSR & Studie with TeamUKYOは、前年の0号車ドライバーである谷口信輝、片岡龍也組の1台体制での参戦を発表した。さらにチャンピオン奪還を目標にBMW MOTORSPORTとBMW JAPANによるサポートも前年以上に強化される形で継続され、第5戦の鈴鹿1000kmではBMWのワークスドライバーであるヨルグ・ミューラーを第3ドライバーとして起用することを発表した。
 GAINERは前述のように2台体制で参戦する。11号車は平中克幸と前年までGT500クラスで参戦していたビヨン・ビルドハイムとのコンビが発表された。前年まで11号車に乗っていた田中哲也は植田正幸とのコンビで10号車にて参戦する。
 GREEN TEC & LEON with SHIFTのスポンサーであった主婦と生活社の「LEON」が、新たに「LEON RACING」を立ち上げ参戦する。チームオーナーに主婦と生活社会長の遠藤大介が就任し、前年GREEN TEC & LEON with SHIFTの監督を務めた黒澤元治が引き続き指揮を執る。ドライバーは黒澤治樹と加藤正将の他、第5戦鈴鹿1000kmには黒澤翼の参戦も発表された。
 GREEN TEC RACINGは和田久のRQ'S motorsportsと共同で参戦する。和田と城内政樹がドライバーを務めるほか、新監督として歌手の稲垣潤一を起用することが発表された。
 GREEN TECと共同参戦していたSHIFTは、沖縄インターナショナルモータースポーツプロジェクトのチームとして、竹内浩典と土屋武士が参戦する。
 Team TAISANはパートナースポンサーやドライバーの変更は無いものの、エントラント名称を千葉泰常代表と親交の深いクレイジーケンバンドの横山剣の名前を冠した「TEAM TAISAN 剣 ENDLESS」とした。
 2010年から参戦してきたA speedがチームを解散したのを受けて、メンテナンスを請け負っていたアルナージュが参戦の意向を示し、新たにアルナージュレーシングを発足させ、アストンマーティンV12ヴァンテージGT3で参戦することを発表した。ドライバーは加納政樹と安岡秀徒が担当する。
 R&D SPORTは体制やドライバーは前年と同様で、マシンも前年同様のBRZであるが（マシン自体は2013年シーズン用に新たに製造されたもの）、タイヤをヨコハマからGT300では唯一となるミシュランに変更された。使用するタイヤはGT500と同じサイズを使用する。
 ディジョンレーシングは2010年にスーパー耐久でコラボレーションしたことのあるアニメ『IS 〈インフィニット・ストラトス〉』とのコラボ仕様のGT-Rで参戦する。またドライバーの高森博士によれば、第2戦以降前年使用したシボレー・コルベットでも参戦する予定であるとブログで発言している。

他シリーズとの連携 
アジアン・ル・マン・シリーズ（AsLMS）を主催するフランス西部自動車クラブ（ACO）とGTアソシエイションの合意により、2013年よりシリーズを再開したAsLMSにGT300クラスの車両が参戦できることになった。参加クラスはGTCクラスで、元々同クラスにはFIA GT3車両の参戦が認められており、これにJAF-GT300の車両が加えられることになる。なおAsLMSのクラスチャンピオンには翌年のル・マン24時間本戦への出場権が与えられるが、当面JAF-GT300車両のル・マン本戦への出場はできない。

また、9月20日〜22日に富士スピードウェイで開催されるAsLMS第2戦では、GT300クラスに公式登録しているエントラントかつ実際に参加している車両・ドライバーのみが参戦できる「SGTクラス」が設定され、参加条件はGTAが定めた物とし、タイヤもSUPER GTで使用している物のみが使用可能となっている。エントリーフィーはGTAが一部を負担するほか、10位までの入賞車にはシリーズポイントがチーム・ドライバー双方に付与されることとなった（ウエイトハンデの計算対象にもなる）。しかし、この日は鈴鹿サーキットで開催される世界ツーリングカー選手権日本ラウンドおよびスーパー耐久（S耐）第6戦との日程競合が生じており、特にドライバーがS耐に多数出場しているため、結果として出場チーム・ドライバーが限られた形となった。

テーマソング・イメージガール 
1st PLACEとGTAがタイアップし、1st PLACEによるVOCALOID「IA」とのコラボレーションによる2013年のSUPER GTオフィシャルサポーターズソングを制作することが発表された。この曲は「SUPER GT+」のエンディングテーマとしても用いられる。また、このタイアップに関連してIA PROJECTの「IA GIRL STARS」がSUPER GTイメージガールとして起用されることも発表された。2010年以来3年ぶりのイメージガール復活となる。

エントリーリスト

GT500クラス

GT300クラス 

タイヤ=：ブリヂストン、：ヨコハマ、：ダンロップ、：ミシュラン、：ハンコック

スケジュール及び勝者

ポイントランキング 
 太字はポールポジション、斜字はファステストラップ。（略号と色の意味はこちらを参照→key）

ドライバー

GT500

GT300

チーム

GT500

GT300

JAFグランプリ

GT500

GT300