黒ずくめの組織（くろずくめのそしき）は、『週刊少年サンデー』で連載されている青山剛昌原作の漫画作品、およびそれを原作とするテレビアニメなどのメディアミックス『名探偵コナン』の作品に登場する架空の犯罪組織。黒の組織とも呼称される。本項では、原作とは一線を画しているオリジナルストーリー「特別編」も含めた黒ずくめの組織の関係者も扱う。

概要 

工藤新一の身体を幼児化させた毒薬・APTX4869を開発した国際的犯罪組織。「黒ずくめの組織」という名称は仮称であり、原作ではこの仮称はサブタイトル内でしか登場しておらず、正式名称は不明。

所属者は基本的に全身を黒の装束に包んで任務を行う。組織の主な活動内容は、重要人物の暗殺、裏での金銭やプログラムソフトの取引、謎の薬の開発などである。極大規模の犯罪組織であり、世界各国に活動拠点が存在し、世界中に組織の構成員がいる。組織のメンバーの中には、表向きの仕事が政界・財界・官界・芸能界・医療・科学といった各界の重鎮の者もおり、その場合は、特にその功績が優秀な者が組織の一員としてスカウトされる。そういった暗躍により、APTX4869以外にも十数秒で非通知通話を逆探知して電話番号を手元のPCに表示するハッキング用プログラムやコンピュータウイルス・闇の男爵（詳細は#広田正巳を参照）など、初公開当時には一般的な脅威となり得た違法ソフトウェアすら開発している。

一方、組織の巨大さゆえか数多くのスパイの潜入を許してしまっており、日本の公安警察、アメリカのFBIやCIAなどからの潜入捜査が行われている。劇場版第20作『純黒の悪夢』では、組織のNo.2のラムが腹心・キュラソーに命じて警察庁から世界中の諜報機関NOCリストを盗ませてスパイを暗殺させ、更に組織が諜報戦争の要を握ろうと画策していた。しかし、優秀な捜査官たちが潜入しているにもかかわらず、組織の全貌を明らかにするまでには至っていない。作者は「NOCがわりと多いけど大丈夫？」との読者の質問に対し「大丈夫です」と回答している。複数の劇場版で脚本を担当した櫻井武晴によると、組織のメンバーは一枚岩ではなく、この事実こそが彼らの現状と行く末を暗示しているという。

組織の暗殺のターゲットとなるのは、裏社会での取引相手・組織から脱走した裏切り者・組織の犯罪活動を目撃した者が主である（組織のことを知らない一般人であっても抹殺対象となりうる）。また、組織の存在を示唆するようなミスを犯した所属者は、例えそれが組織の重要人物でも問答無用で粛清される。暗殺に際してはライフルや爆弾・毒薬を補助的に用いるが、基本的には拳銃を用い、現場に証拠を一切残さない。コードネームを与えられた者は総じて拳銃の扱いにけており、スナイパーではない者でも一流の狙撃技術を持つ。

アニメ版では大規模な射撃場を整備しているなど、広大な土地を保有している。また、多数の兵器を保有し、劇場版第13作『漆黒の追跡者』や第20作『純黒の悪夢』、第26作『黒鉄の魚影』ではAH-64 アパッチ攻撃ヘリコプター（ただし現実のようなタンデム複座ではなく縦2人・横2人の4人乗りになっているなど細部は異なる）やオスプレイ（IDWSやクレーンアームを装備）、潜水艦(X舵・葉巻型の通常動力型潜水艦で、海上自衛隊のそうりゅう型潜水艦およびたいげい型潜水艦に酷似している)を用いる姿が描かれており、機体・艦体に搭乗したうえで機銃掃射や長魚雷での雷撃などによる破壊行為によって公衆の面前で施設ごとターゲットを抹殺しようという、派手な手段に出ている。

組織の目的 

組織の真の目的については明らかにはなっていないが、半世紀前（50年前）から「極秘プロジェクト」を進めている。また、物語の進行に伴い、このプロジェクトの推進が組織の真の目的である可能性が浮かび上がっている。

 灰原哀の両親・宮野夫妻と親しく、開発中の薬について聞かされていたピスコが、身体が幼児化した灰原を見て「まさか君がここまで進めていたとは…。事故死したご両親もさぞかしお喜びだろう。」と語っていた。
 "高飛車な女"が、システムソフトの開発者・板倉卓に電話越しに「We can be both of God and the Devil. Since we're trying to raise the dead against the stream of time.（我々は神でもあり悪魔でもある。なぜなら時の流れに逆らって、死者を蘇らそうとしているのだから…。）」と述べている。
 コナンたちが不老不死の人魚伝説の伝わる美國島を訪れた際、観光者リストの中にジンとウォッカのコードネームに似た名前「黒澤陣」「魚塚三郎」と灰原の本名である「宮野志保」が記載されている。ただし、作者は組織の目的が「不老不死ではない」ことを明言している。

アニメにおける変更点 

テレビアニメ版では当初、放送開始直後ということやまだ黒ずくめの組織を登場させられないと判断されたことと、途中で打ち切りになったとしても収拾が付けられるよう、組織が絡む第5話「新幹線大爆破事件」と第13話「奇妙な人捜し殺人事件」では組織を登場させず、別の犯人に置き換えてその者が逮捕される内容に変更された。やがてテレビアニメ版が軌道に乗ると、後者の事件は灰原の登場に当たって必要不可欠な重大事件となったため、原作の本筋だけを残して大幅にアレンジした別エピソードの第128話「黒の組織10億円強奪事件」が制作された。しかし、前者の事件での重要点は「ジンとウォッカのコードネームが発覚する」ことのみだったため、代替エピソードが制作されなかった。このため、テレビアニメ版ではジンとウォッカのコードネームは第52話「霧天狗伝説殺人事件」において、これまでのあらすじを振り返る形で初めて紹介され、その流れでコナンがジンとウォッカのコードネームだけはすでに突き止めていたように描写された。

なお、それ以降で組織が絡む事件は、第13話のように原作との矛盾が生じるとその後の辻褄合わせが困難になるといった理由から、原作通りに作られるようになっている。また、2016年放送のスペシャルアニメ『エピソード“ONE” 小さくなった名探偵』以降は前述のアニメオリジナル設定ではなく、原作の設定で描かれている。

別作品における黒ずくめの組織 

他にも、黒ずくめの組織の存在が示唆されている作品がある（ただし、組織自体は未登場）。

 『まじっく快斗』
 メディアやエピソードによっては『名探偵コナン』と同一世界（『コナン』と同じ内容を『快斗』側の視点で描く）という設定になっているうえ、主人公・黒羽快斗の宿敵である謎の組織もその非道さや全貌の不明さなどで、黒ずくめの組織との共通点を持っているが、両組織の関連性は不明となっている。
 『ルパン三世』
 テレビスペシャル『ルパン三世 the Last Job』の前日譚を描く漫画「風魔VSルパン お宝争奪大作戦！」の登場人物・神楽坂飛鳥が実年齢（25歳）より若く見えることについて、黒ずくめの組織やAPTX4869の存在を示唆するやり取りが存在する。詳細は作品記事を参照。
 『ルパン三世VS名探偵コナン』、『ルパン三世VS名探偵コナン THE MOVIE』
 上記だけでなく『ルパン三世』と『名探偵コナン』のクロスオーバー作品でもルパン三世らルパン一味は黒ずくめの組織やAPTX4869の存在を把握していることが判明している。

構成員

黒幕 

 あの方 / ボス / 烏丸 蓮耶（からすま れんや）
 黒ずくめの組織のボスにして黒幕。表向きは半世紀前に99歳で死去したとされている大富豪で烏丸家の当主。姓の「烏丸」はアルファベットで「CARASUMA」とも表記。
 容姿
 作中で登場したシルエットでは、首筋まで伸びた髪と高い鼻、やや肥満気味な体型をしている。素性や素顔は不明。右手には杖を持ち、左肩には自身の紋章にもなっているカラスらしき鳥を乗せている。
 人物像
 財産は母親から受け継いだものとのことで、作中では烏丸家は衰退したと言われているが、作者は「烏丸蓮耶の財力は鈴木財閥や大岡家を上回っている。ダントツ」と回答している。工藤優作いわく「この日本で最も強大な人物」政官財と裏社会に強い影響力がある日本の黒幕。町医者時代の宮野厚司に研究のバックアップを申し出た施設のスポンサーも「烏丸グループ」であったが、厚司は「悪い噂を聞く」と発言し、宮野エレーナの姉であるメアリー・世良も「胡散臭い」と評している。大手大企業「烏丸グループ」の会長。
 不穏分子にはすぐさま多数の監視をつけ、いざとなれば幹部だろうと躊躇なく抹殺を命じている。表舞台に出ることは無いが、各種任務（ミッション）の際には側近のラムと共に陰から指示や命令を出しており、部下の状況をリアルタイムで正確に把握している。ベルモットからは「慎重居士、石橋を叩きすぎて壊しちゃう」と評されている。ピスコがマスコミに犯行の瞬間を撮影されて明日の新聞に掲載される失態をしてしまった際は、組織の情報のを恐れて彼の暗殺をジンに命じた。また、組織に帰ってきたキールを疑い、身の潔白を証明させるため、赤井秀一の暗殺を彼女に命じている。赤井については、自分たちに対する"Silver Bullet"（シルバー・ブレット：モンスターホラー小説で狼男を倒すことができる唯一の武器）になり得る存在として恐れを抱いている。
 メールアドレスは「♯969♯6261」とされており、若干音のズレはあるが、携帯電話のプッシュ音が童謡「七つの子」のメロディになっている。
 灰原はその正体について、「ただでさえ信じ難い人物が浮かび上がって来るかもしれない」との発言をしている。また、老齢のピスコは「長年仕えた」と語っている。
 ベルモットに目をかけている。「船上のハロウィンパーティー」に彼女が関与しているとジンに内情を調べさせ、最終的には「自由にさせ過ぎたようだ。私の元へ帰って来ておくれ」と要請、この後も彼女の行動を制限している様子は見受けられない。ジンやキャンティが言うには、ベルモットはあの方のお気に入り。バーボンこと降谷零（安室透）は、ベルモットの秘密を掴んでおり「組織のメンバーが知ったら驚くでしょうね…まさかあなたがボスの…」と発言しているが　詳細は未だ謎。
 劇場版第26作『黒鉄の魚影』では、側近のラムですら居場所を掴めていないことが発覚。更にベルモットから、老若認証システムの精度が高い、玉手箱などとの報告を受け「をつぶせ」と指示した事で「現在の烏丸蓮耶は容姿が変わり、本来とは別の姿をしている」という可能性が高まった。本作では老若認証システムの情報を知り、組織の活動痕跡をシステムから消し去る計画をジン達に実行させる。もしもの時は最終計画としてシステムを破壊する事も予定に入れていた。ラムは前述の計画を主導する一方で老若認証システムを使って最近姿を見せない烏丸の所在を突き止めようと考えていたが、ベルモットの暗躍によって「使い物にならないシステム」だと誤認したことで破壊を決めた。本作では烏丸の居場所を特定しようと策謀を巡らせるラム、ベルモットと共にラムを謀る烏丸の姿が描かれ、組織内におけるラムとの複雑な力関係が窺える。ただ、ラムは烏丸の所在を単に知っておきたかっただけか、なにか裏があるのか、その意図は不明となっている。
 作中の動向
 山中の奥野ダムから2km以上離れた長野県松本市の稲香村に、母親から受け継いだ洋館「黄昏の館」（別荘）を所有している。この館は扉、床、手すり、食器、チェスの駒からトランプにいたるまで彼の特注品で、すべてに上述のカラスをあしらった家紋のような紋章が刻まれていた。40年前、余命幾ばくもない烏丸は「黄昏の館」に隠された財宝を一目見るために、大勢の考古学者を雇って調査させる。だが、考古学者達はなかなかその手掛かりを見つけられず、死期が迫って業を煮やした烏丸は見せしめとして考古学者を1人ずつ殺害。その後、結局財宝を発見するに至らず、それから20年のうちに烏丸は死去したとされる。館も衰退した烏丸家の手を離れ、至る所に飛び散った血飛沫を残し、この惨劇は人知れず闇に葬られた。財宝の正体については、当初はコナンが千間恭介が残した暗号をもとに発見した純金の壁掛け時計を指しているものと思われたが、実際にはその時計を取り外すことで館の外壁が剥がれる仕掛けになっており、館自体が1000億以上の純金でできていることが明らかとなった。
 羽田浩司の殺害現場に残されていた手鏡の「PUT ON MASCARA」という文字を見て、当初コナンと秀一は「ラム」の正体に繋がる手掛かりとされる「ASACA RUM」が隠されていると推理していた。しかし、後に優作と秀一が「ASACA」と「RUM」の2つの単語に分けるのではなく、「CARASUMA」の8文字で1つの名称になると推理し、烏丸が組織のボスの名であることが明らかとなった。
 2017年12月13日に『サンデーうぇぶり』アプリ版で公開された動画内で、作者・青山剛昌によってボスの正体が初めて公式に明言された。

幹部 
「あの方」によって酒やカクテルの名前に由来するコードネームが付けられており、通常はそれで呼び合う。基本的にコードネームを持っている幹部メンバーの地位は、ウォッカがジンやベルモットに敬語を使うなど実力や年功序列などによる多少の上下関係はあってもほぼ同格とされ、ジンが部隊における幹部同士のリーダー的立ち位置にいるのはたまたまである。ただし、組織での地位がNo.2とされるラムは別格であり、ジンやベルモットなどのメンバーに指示・命令を下す地位にある。

個別記事および名探偵コナンの登場人物の項に詳細のあるキャラクターの詳細については各リンク先を参照。

 ラム (Rum) / 脇田 兼則（わきた かねのり）
 声 - 千葉繁
 「あの方」・烏丸蓮耶の側近。組織のナンバー2であり、コードネームを持つ幹部の中でも別格の存在である最高幹部。「Time is money（時は金なり）」を口癖としており、「脇田兼則（わきた かねのり）」と名乗っている。
 ラムの正体に関してはボスの正体に並ぶ組織の最高機密（トップシークレット）の1つとされており、直接ラムに会えるのは限られた人物のみである。赤井秀一がライ（諸星大）として組織に潜入していた頃も、何度かラムのコードネームを耳にしたことがある程度であった。灰原哀＝宮野志保もシェリーとして在籍していた頃はラムと会ったことがなく、他のコードネームを持つ幹部でさえ大半の者がラムと直接会ったことが無いが、ジンはラムとの直接的な面識がある。
 組織内での影響力は強大であるらしく、赤井もその存在を「ジン以上の大物」と警戒している。「あの方」・烏丸にとっても無くてはならない存在の一人となっている模様で、本編の17年前に羽田浩司殺害事件において重大な失態を犯したと言及されるシーンがあるが、これについて作者は「その責任を問われないほどにラムの立場は高い」と解説している。作戦実行部隊の実質的なリーダー格となることが多いジンもラムの命令には一切逆らえず、ベルモットでさえ、ラムには敬語で話し意見に反論すらしていない。
 脇田としての表向きは、毛利探偵事務所の隣にある寿司屋・「米花いろは寿司」で板前をしている流れ板で、寿司職人として流れ板をやっている理由を「一っ所に腰を据えるのが性に合わない」「流れ流れてここに来た」等と語っている。目の前で「眠りの小五郎」の推理を見て「寿司代を安くする」という条件で小五郎に弟子入りを快諾させ、「米花いろは寿司」に腰を据えている。
 劇場版第20作『純黒の悪夢』では、優れた記憶力と身体能力を高く評価してキュラソーを右腕として招き入れている。
 容姿
 脇田兼則としての顔は、鼻の下のちょび髭と出っ歯が特徴。しかし、その容姿はカツラ・付け髭・付け歯を用いた変装であり、本来はスキンヘッド。過去に何らかの事故で負傷し、左の眼球が義眼になっている。脇田兼則に変装時は、その義眼の左目を眼帯で隠し、「ひどいでき物ができた」「治りかけていたが、かゆくてかいたら前より酷くなった」と店や周囲の人々に説明している。
 他の幹部達からは、「片方の目が義眼」「屈強な大男」「女のような男」「年老いた老人」「噂される人物像の全てが影武者」等と十人十色な噂を聞いていたが、ジンがウォッカに話したところによれば、それらの噂で間違いない真実は「左目が義眼」である事ぐらいで、他については殆どが護身の為にラム自らが巧みに流した偽情報（ブラフ）との事。
 人物像
 脇田としての一人称は「アッシ」で、江戸弁で話す。ミステリー好きと公言してある程度の推理力を見せ、小五郎からは「まあまあ」と評されるが、これは小五郎や周囲の人間達を欺く為の完全な演技である。本来の一人称は「私」で、本来の推理力に関しても、コナンや赤井、バーボン、ジンに匹敵するレベルの物を備えている。組織のメンバーに対しては丁寧であるが威圧的という慇懃無礼な口調で会話する。葉巻を愛飲している。
 あの方やジンと同様に、少しでも疑わしい点に関する事は見逃そうとしない注意深さの持ち主。2年前に赤井がライのコードネームで組織に潜入していた時も、早い段階で彼が奸賊である事を見抜いていた様で、赤井の本来の所属であるFBIがあの方に近しい組織の幹部・ジンを捕まえる為に待ち合わせ現場の倉庫に張り込んでいた際には、コルンに周囲の監視を行わせた上で最高幹部でありながら自ら無関係の弱々しい老人に変装する形で囮となり、それを見兼ねた捜査官の一人であるアンドレ・キャメルが自身に立ち去るよう警告した結果、赤井の正体を暴いている。また、この後コルンには、赤井とキャメル双方の写真を見せた上で抹殺を命令していた。組織の手によって死亡したとされている工藤新一の目撃情報が流出した際にも、脇田として出前の傍ら工藤宅の前を通って隣の阿笠宅を訪ねて事情を聞こうとするのと同時に、彼についての情報を直ちに提供するようバーボンに命じている。その後もメールによって再三に渡る形で情報提供を催促し「急げよバーボン」と釘を刺すメッセージも添えており、当のバーボン本人からは「とてもせっかち」と評されている。キールとバーボンが組織に入り込んでいるスパイではないかと疑っていた際は、コナンによってキュラソーの携帯から送られて来たメールを見てキールとバーボンの処刑を中止させる一方、その内容の全てを鵜呑みにはせず、ジン達にメールの真偽を確かめるよう命じる形で警戒を促している。組織の脅威となり得る実力者で世界的推理小説家・工藤優作が日本に留まる理由をべルモットに探るように命じた。
 各種ミッションの際にはジン達に対し影から指示を送っており、FBIの捜査官を狙った作戦の際は、その卓越した推理によって標的のキャメルの動向の二手三手の先を見抜いた上で的確な指示を送っていた。その他にも作中での暗躍が語られるが、それらの目的の詳細は不明。
 ラムとしての愛車は黒のロールス・ロイス・ファントム。ただし自らは直接運転せず、直属の部下と思われる中年の男達が運転を行っている。

 ジン (Gin) 
 声 - 堀之紀 、演 - 佐々木蔵之介
 新一=コナンにAPTX4869を飲ませた張本人。組織の実行部隊のリーダーで、「あの方」・烏丸蓮耶からの信頼も厚く、直接連絡を取り合える幹部。コナンや灰原から警戒されているだけではなく、FBIからも「ジンを押さえれば一気にボスにたどり着ける」と注目されており、赤井からは後述の理由で「恋人」「宿敵」「本命」などと呼ばれている。
 容姿
 素性を知らなかった頃の新一から「平気で殺人を繰り返してきたに違いない」と評される程の冷酷な目つきと、銀色で腰まで届くストレートの長髪が特徴。目の色は深緑色。左の目尻は、赤井の狙撃によって傷を負わされた。防弾ジャケットを仕込んだ黒いロングトレンチコート、ノーネクタイのハイネック、黒帽子の服装がトレードマーク。
 人物像
 年齢国籍共に不詳で、日本での活動時は主に日本語を使用しているが、ベルモットとは英語でメールをやり取りしており、劇場版第20作『純黒の悪夢』のノベライズ版では、リースリングとドイツ語で会話をしている。詩人のような台詞回しも特徴。左利き。作者はジンの名前について「裏設定では『黒澤 陣（くろさわ じん）』っていう名前」とも答えており、単行本第28巻収録の「悪魔の矢」に出てくる名簿に、ほとんど見えないが「魚塚三郎」の隣に「黒澤陣」と書かれている。
 愛車は黒のポルシェ356A（正確にはC）で、「ドイツの雨ガエル」と呼んで気に入っている。愛煙家であり、喫煙する際にはマッチでタバコに火を付ける。愛用の拳銃としてベレッタM1934（アニメ版ではベレッタM92）、ライフルにはM16を使用する。
 とてつもない切れ者であり、キャンティとの通話で自分たちの車内にあるキールの靴底に仕掛けられた盗聴器にも気付いたり、ウォッカを追跡する作戦を瞬時に看破して逆にコナンを窮地に追い詰めたりするなど、鋭い洞察力と観察力を持つ。公安警察の動きを正確に予想してあらかじめ観覧車に爆薬を仕掛ける命令を出すなど、先を予測する能力も高い。用意周到で用心深く、暗殺などの任務の際は絶対に準備や状況の確認を怠らず、無駄な行動も極力避けるように心掛けている。
 様々な分野に関して専門家に匹敵する知識を持ち、狙撃も一流の腕を持つ。気配を消して近づく技術を持ち、背後から近づかれた相手は銃を突きつけられるまでまったく気付かない。コナンに腕時計型麻酔銃の麻酔針を自分の右腕に撃ち込まれた際も、意識が薄れゆく中でも瞬時に右腕を拳銃で撃ち抜いて、その激痛で覚醒して任務を続行するなど、組織への忠誠心は高い。
 裏切り者や警察に手が回りそうな者の他にも目撃者であれば問答無用で抹殺し、組織から殺人の標的とされれば仲間や無関係な一般人や子供でも笑みを浮かべながら銃弾を放つなど、総じて殺人を楽しむ残忍な性格で構成員達にも怖れられている。「疑わしきは罰する」がモットーで、裏切り者もしくは（組織に潜入している人物以外に）組織について探りを入れている「ネズミ」である可能性が少しでも浮上した人物に対しては、例え確実な証拠がない段階でも射殺しようとする など、冷酷な思考を持つ。ただし、上記のコナンに麻酔針を撃ち込まれた際の対処のように組織のために自分が傷つくリスクすらも厭わないなど、任務に対しては姑息さを嫌う矜持や自身の信念を持ち併せてもいる。
 「殺した人間の顔と名前は忘れるようにしている」などの発言からも数多くの殺人を犯していることが示されている。また、自分がどうでもいいと判断した過去のことも基本的に忘れるようにしており、羽田浩司の事件も「17年前にラムが抜かった仕事（ころし）なんざ、知った事か」と興味を示さなかった。なお、殺した人物の情報が必要な場合はウォッカからサポートを受けている。
 組織の人物との関係
 冷酷非情だが、忠実なウォッカや従順なキールなどにはやや甘い傾向もある。赤井、イーサン・本堂、スコッチの正体の発覚以降は組織内にネズミ（潜入捜査官）が入り込んでいることを問題視している。ボスの烏丸蓮耶に対しては、組織に対してと同様の純粋な忠誠心を抱き、命令を忠実に守ろうと行動する。ベルモットに対しては、ピスコ殺害後に「お前ほどの女をわざわざ呼んだってのにとんだヘマに付き合わせた」と謝るなど評価しているが、秘密主義に嫌悪感を示している。ちなみに肉体関係があることが作中で示唆されているが、アニメ版ではカットされている。バーボンに対しては独断専行に嫌悪感を示し、相変わらず気に食わねぇ野郎と発言。赤井の生存を疑った際も、赤井が生きていた場合「それ見た事かと鼻で笑う奴の面は拝みたくねぇ」とバーボンには話さなかった。このため、鈴木財閥のミステリートレインにシェリーが乗っている可能性をベルモットから聞かされた際は、シェリーを爆殺するためにミステリートレインの終点である名古屋の駅に爆弾を仕掛けた事をベルモットとバーボンに知らせず、秘密主義者な２人をミステリートレインの乗客共々始末しようと企んでいた。ラムに対しては「ラムからの命令は確実に遂行しなければならない」と従順に従う一方、前記のようにラムが17年前の任務に失敗した事には反感を抱いている。ピスコに対しては、「耄碌したな」と見下しながら殺した。
 コナンたちとの関係
 シェリー（宮野志保）とは彼女が組織を抜ける以前に何らかの関係があったことを暗示させる描写がある。シェリーの脱走後は車に残された赤みがかった茶髪と、さらに仕掛けられた盗聴器と発信器を見つけたためにそれが彼女だと断定し、彼女を抹殺するためにその追跡に執着していたが、ミステリートレインで「シェリーを抹殺できた」と認識し、実際にはコナンたちが灰原=シェリーを助けたことを知らないため、それ以降は「シェリー」の名を口に出す様子は見られなくなった。
 新一=コナンの生存と幼児化を知らず、2023年現在まで再会および対峙したことはないが、FBIなどの組織とは別に単独で「組織に対抗する何者かがいる」ことは察知している様子であり、「探偵のようなキツネ」と表現した。
 赤井に対しては組織に潜入していた頃から嫌っており（ただし、ジンよりバーボンほうが赤井を嫌っていたことがウォッカの口から語られている）、FBI捜査官であることが発覚してからはその動向を警戒し、キール奪還作戦に彼の殺害計画を組み込むなど強敵として認識し、抹殺対象としている。
 小五郎に対しては、キールの靴からコナンの仕掛けた盗聴器を発見したことで組織の認識やシェリーとの関わりを疑うようになる。この一件の直後は、赤井の機転とベルモットの擁護によって標的からは一応外すものの、完全には疑惑を捨てずに情報を共有した だけでなく、「暗がりに鬼を繋ぐが如く、（小五郎が）鬼だったとしたら、眠っている間に始末しねぇとな」とも語っている。
 その他
 2020年5月7日発売の雑誌『ダ・ヴィンチ』2020年6月号で実施された「読者にしあわせを与えてくれたキャラ」ランキングでは15位を獲得した。
 物語の都合上、詰めの甘さが目立つことから、ファンには愛される一方で（組織を代表する）ポンコツキャラクターとしても捉えられている。

 ウォッカ (Vodka) 
 声 - 立木文彦、演 - 岡田太郎
 ジンと行動を共にしている幹部構成員で、ジンとともにコナン=新一からマークされている、組織の最重要人物の1人でもある。右利きである。「魚塚 三郎（うおづか さぶろう）」という記述が、単行本第28巻収録の「悪魔の矢」に出てくる名簿にて、上述のジンの名前と示唆されている「黒澤陣」の隣に書かれていることで、それがウォッカの名前である可能性も暗示されている描写がある。
 がっしりとした体格の男性で、受け口とエラが張ったあごを持つ。常に漆黒のサングラスをかけているために素顔は不明。ジンへの忠誠心は高く、ジンのことは「兄貴」と呼ぶ。ジン以外のメンバーのことはあまり信用していない。ジンやベルモットに対しては語尾が「〜ですぜ」「〜ですかい」という独特の丁寧語を使うほか、彼らと同様に皮肉めいた言い回しも用いる。組織内ではテキーラとほぼ同格の地位 にあり、彼の死後はその任務を引き継いでいる。
 拳銃等の武器の取り扱い、自動車・バイク・戦闘ヘリ などの操縦、IT、さらに潜入捜査の際には特殊メイクによる変装など多彩な能力を持ち、ジンの右腕として活躍を見せている。しかし、ジンとは対照的に機転と注意力に欠けた失敗が多く、彼にはたびたび指摘されている。記憶力に関してはジンよりも優れており、彼が忘れるようにしている「殺した人物」の情報が必要になった場合は、それを教えるなどのサポートをしている。APTX4869を使って始末した（と思い込んでいる）工藤新一のことについても記憶しており、ベルモットが主催した「季節外れのハロウィンパーティー」に変装で潜入した際には、当人（正確には服部平次の変装）が現れたことに驚愕したのち、ジンに報告している。
 極悪非道な性格で、取引相手や標的に対して粗暴な態度を取り、ジンの「疑わしきは罰せよ」という方針にも同意している。ただし、劇場版第20作『純黒の悪夢』で疑惑の段階で確証までは得ていない状況下でも即座にジンがキールとバーボンを殺そうとした際は、動揺して躊躇いも見せ、ジンのように冷酷・冷徹さを仲間にまでは貫けない悪党としての半端ぶりや、作戦遂行中に指示してきたラムの読みが的中する度に感心するのをジンに「いちいち誉めるな」とツッコミを入れられるなどの人間味のある側面も目立つ。
 愛用の拳銃については不明だが、ジンがAPTX4869を用いて新一の殺害をもくろんだ際には、リボルバーを懐から出してジンに止められている。また、シェリーがピスコに拉致・監禁された際には、サイレンサーを装着したFN ブローニング・ハイパワーを使用している。

 ベルモット (Vermouth) / シャロン・ヴィンヤード (Sharon Vineyard)
 声 - 小山茉美
 情報収集や暗殺、取引などのサポートを行う組織の女性幹部。表の顔は、ハリウッドで活躍する人気二世女優・「クリス・ヴィンヤード (Chris Vineyard)」。自称29歳。
 使用している拳銃は、原作では「SIG SAUER P230」など、アニメ版では「ワルサーPPK」「S&W M36」「コルト・ベスト・ポケット」など。組織の任務の際は、ハーレーダビッドソン・VRSCに乗る場合が多い。
 モデルは『ルパン三世』シリーズの登場人物である峰不二子。
 人物像
 千の顔を持つ妖艶なる美女、プラチナブロンドのロングヘア―と碧色の眼をもつ。「千の顔を持つ魔女」の異名を持つ老若男女を問わない変装の達人で、変声機を必要としない。拳銃の扱いに長け、車のサイドミラーを見ながら正確に後方の細部を撃ち抜く技量がある。身体能力も優れているらしく柵が外れて落下しそうになった時、新一と蘭の腕を掴まず、柵を掴んで軽々と飛び上がって見事な着地をした。
 ""（訳：女は秘密を着飾って美しくなる）が座右の銘。
 『あの方（烏丸蓮耶）』のお気に入りなので他のメンバーより自由が効き、独断専行もある程度許されると目をかけられている。あの方とラムに対しては敬語を使う。ジンにも一目置かれているがどこで何をしているかすら明かさない秘密主義さから不信感を持たれており、動向を警戒されている。
 組織内ではコナンと灰原の正体やその所在を知る唯一の人物であると共に、灰原の両親である宮野夫妻が開発に携わったAPTX4869の研究の全容についても知っていることを示唆する言動がある。APTX4869に幼児化させる作用がある事を組織に知られるのは都合が悪いようで、隠している。
 計画内で自分に惚れてる幹部を平然と利用して使い捨てる、組織とは無関係の一般人を脅迫し殺人を強要する 、笑いながら楽しむように標的を殺そうとすると冷血な面も持ち組織を詮索している人間とその関係者に対しては冷徹。反面、無関係な人間は巻き込まないように配慮する描写も多い。
 「満月の夜の二元ミステリー」にて、勝手に連れ出していたカルバドスを見殺しにしたとキャンティとコルンから嫌悪されているが意に介していない。小五郎の抹殺に異を唱えた際にジンに怪しまれて銃を突きつけられたのだが臆することなく口角を上げて質問に質問で返した。ベルツリー急行事件ではシェリー（灰原）を爆殺しようともくろんだジンが駅のホームに爆弾を設置、バーボンとともに列車内とホームの乗客全員ごと爆発に巻き込まれかけているが、ジンの計画を読んでいたので事前に対策済みであった。
 組織やその計画に対して彼女は含むところがあり、時折り誰にも悟られぬまま組織を壊滅させる決定打を探し求めているような言動も見られ、壊滅に追い込める存在と見込んでいるコナンの事は、身を挺してまでも組織から守っている。バーボンになんらかの秘密を掴まれており、彼が消息不明になると組織内にリークされるになっているとのこと。「ご心配なく、あなたの『秘密』は厳重に保管してある。抜かりはありませんよ」とも告げられてもいる。
 本名と正体
 本名はシャロン・ヴィンヤードで、ハリウッドでアカデミー賞を受賞した大女優。年齢は不詳で、少なくとも40代を過ぎているはずだが、20年前から年を重ねていない。FBIには、FBI捜査官でジョディ・スターリングの父を殺害した証拠（眼鏡のレンズに付いていた指紋が、シャロンとクリスの指紋と一致）を1年前につかまれているが、年をとっていない謎が説明できず逮捕の妨げとなっている。
 役作りのため、マジシャンである黒羽盗一（初代怪盗キッド）の下に弟子入りして変装術を教わった過去があり、あの方やコナン（新一）の母・有希子など昔から日本人との関わりが多かったためか、日本語が堪能。日本語のみならず、ありとあらゆる言葉を話せる。
 両親を殺されたジョディからは強く恨まれており『ラットゥンアップル（腐った林檎）』という標的名をつけられている。赤井によると、シャロンが脚光を浴びた舞台が『ゴールデン・アップル』（『黄金の林檎』はギリシャ神話、北欧神話などで不老不死の象徴）であるらしく「あの時のままアンタは綺麗だが、中身はシワシワの腐った林檎ってな!!」と嫌味を言われている。（『ベルモット』呼びの方が言いやすい、分かりやすいからかこの２回しか出てない）。シャロンとして活動する時は、老けメイク（有希子談）と普段から老けたフリ（本人談）をして世間に不老を隠しながら、時期を見計らって娘のクリスとして素顔でデビューし、一定期間だけ二役で活動していた。最終的には本編の1年前にシャロンは急逝したと欺（あざむ）き葬儀を行い、以後はクリスとしてのみ生きている。なお、クリスとの親子関係以外にも、両親がシャロンの映画デビュー当日に火災で焼死し、夫もオスカー像獲得の翌月に病死したと有希子らに語っているが、娘の実在を含めて真実かは不明。クリスの父親が誰かはマスコミも掴めていない。クリスが架空の存在であることから、この話は嘘の可能性が高いだろう。
 日本での暗躍
 女優時代から旧知の間柄であるCGクリエイターである板倉卓とは、ある映画の製作の際に衝突して犬猿の仲になっていた（役者仲間曰く「スタッフ思いのシャロンがあんなに激怒するなんて珍しい」）が、その後に何かのソフトの制作を発注、受け取り人はジンとウォッカとなっていた。
 クリスとしてピスコのサポートのために来日し「映画監督・酒巻 昭（さかまき あきら）氏を偲ぶ会」に出席した際に引っ掛かりを覚え、女優業を休業して日本に留まる。その後は新出智明になりすまして米花町付近に潜入することを計画し、新出の事故死（実際はベルモットの計画を察したFBIによる偽装工作）確認に伴ってすり替わることに成功する。シェリー（灰原）の暗殺を果たすべく、独断で捜索を開始。バスジャックが起こった当日、警視庁から毛利小五郎が関わった事件の調書を全て盗み出した。新出として証言する為に必要な調書に目を通した後は警視庁に全て送り返し、FBIをあぶり出す事に成功。人数や連絡方法のみならず、自身を罠を仕掛けようとしている情報も得た（また、FBIがシェリーを探し出してくれるかもと彼女の写真をわざと見せ、自室に侵入された事に気づいていないフリをしていた）。東都デパートでの「4台のポルシェ」事件の際に灰原がシェリーの幼児化した姿であることに気づく。その後、コナンに送った「季節外れのハロウィンパーティー」への招待状で彼の正体を知っていることをほのめかして灰原から遠ざけた後、カルバドスを日本に呼び出してシェリー殺害を実行に移そうとしたが、計画を察知したコナンが灰原に変装して妨害したことに加え、想定外の毛利蘭の登場や赤井の妨害に遭って負傷。殺害を断念し、赤井に両足を折られたカルバドスを見捨ててコナンを人質にとって逃亡。その後、車内で睡眠ガスを放ってコナンを眠らせると自身の足を拳銃で撃ち抜いて眠気を消し去り、録音機を破壊、コナンに上着をかけてからその場を後にした。
 バーボンがシェリーの捜索に動き出したあたりから、赤井を捜索するバーボンに付き合って彼を火傷を負った赤井に変装させたり、毛利探偵事務所への潜入を手引したりするといったサポートを行う。灰原がベルツリー急行に乗る情報をバーボン経由で入手すると、ジンたちに「シェリー抹殺計画」を提案。バーボンがシェリーを生きまま捕らえる可能性も視野に入れた結果、灰原がAPTX4869の解毒薬でシェリーの姿へ戻るように誘導したうえでウォッカから（何に使うか聞かれたが、はぐらかして）提供してもらったC-4で爆殺しようと目論んだ。しかし、変装して乗り込んでいた怪盗キッドを無理矢理味方に引き込んだコナンと有希子の共同トリック作戦によって失敗に終わった。ジンにシェリーの抹消を伝えた後に生存を知るが、幼児化を隠しておきたい彼女にとって、ジンたちに灰原＝シェリーを知られることなく、シェリーは死んだと思ってくれている現状は都合がいいため、死んだという体にしている。
 コナンたちとの関係
 新一と蘭については、物語開始の1年前にニューヨークにて赤井を抹殺しようと通り魔の男（声 - 長嶝高士）に成り済ましていた時に負傷。シャロンにもらったハンカチを探すために裏道を訪れていた新一と蘭に出会い、廃屋の手すりから転落しかけたところを救われたという過去を持つ。その際の蘭の行動と新一の「人が人を助ける理由に論理的な思考は存在しない」という言葉がきっかけで、新一と蘭に一目置くようになった。以降、新一（コナン）を"Cool Guy"（クールガイ）、『ベルモット編』ラストからはシルバーブレット、蘭を"Angel"（エンジェル）と呼ぶ。新一の幼少期の顔を知っていたことからコナンの正体に早々と気付いていた。だが組織には報告せず、コナンを身を投げ出してまで守ったり、コナンや蘭にまで組織の手が伸びないように配慮してから計画を遂行したりするなどの行動をとっている。ベルモットにとっての新一と蘭は「この世でたった2つの私の宝物」であり、前述のバーボンとの協力においても「何があっても2人に危害を加えないこと」を条件にしている。
 コナン（新一）については「シルバー・ブレットになりえる存在」と期待をかけている。一方、シェリー（灰原）については「彼女だけはこの世にいてはならない」と評し、２度ほど抹消に動いている。「ベルツリー急行殺人事件」後の「赤井秀一の消息」の際は、灰原はベルモットが近くにいたのに何の反応も示さなかった。劇場版第26作『黒鉄の魚影』でも同様。また本作ではベルモットが灰原を助ける行動を取っているが、これは原作者発案で「ブローチを譲ってくれた灰原を助けたというエピソードは、先生が初期の頃に足してくれたアイデア」と監督が語っている。有希子は盗一の弟子として共に学んでいた当時からの親友であるが、ベルツリー急行で対峙してからは決別した状態にある。

 キャンティ (Chianti)
 声 - 井上喜久子
 腕利きの女性スナイパー。茶髪のショートヘアで、紫色の口紅を塗り、左目周りにアゲハチョウをあしらったタトゥーを入れている。年齢不詳。
 一人称は「アタイ」で、下品かつ過激な言葉使いが特徴。前述の容姿や後述の愛車など、派手なものを好んでいる。主にコルンとコンビを組んで行動することが多い。
 射撃の腕は高速道路を走行中の車のタイヤを正確に狙撃するほど優秀で、劇場版では浮遊する戦闘ヘリコプターから指先ほどの大きさのメモリーカードもろともアイリッシュを狙撃し、絶命させている。使用ライフルのH&K PSG-1（8.1キログラム）を片手で持てる ほどの腕力の持ち主であるが、待ち伏せ時間の長さにを起こしてジンに「退屈しのぎに余計な羊を狩るな」と警告されるといった短気さに加え、人目につく形で狙撃体勢を取って一般市民に発見されて危うく狙撃が露見しかけるなど、腕前は別として影で暗躍するスナイパーとしては欠点も多い。
 カルバドスを利用して見殺しにしたベルモットのことは、「いざとなったら構わず弾丸をぶち込む」、「『あの方（ボスの烏丸蓮耶）』のお気に入りでなければとうの昔にってるところ」と吐き捨てるほど嫌っており、仲間を利用するベルモットのやり方に憤りを感じて憎んでいる。その発言から凶悪で短気な性格のうえに行動も過激だが、同じ組織の仲間に対しては気遣う面もある。
 愛車は青の初代ダッジ・バイパー。

 コルン (Korn)
 声 - 木下浩之
 腕利きの男性スナイパー。常に黒い野球帽をかぶり、サングラスをかけているため、素顔は見えない。年齢・国籍共に不詳だが、出自は外国人であることを示唆する発言がある。使用ライフルはレミントンM24。
 キャンティとコンビを組んで行動することが多い。一人称は「俺」で、饒舌なキャンティとは対照的に口数は少なく、助詞を省いた片言に近い言葉で淡々と話す。
 性格は冷徹で、人物を狙撃する際には頭を撃ち抜きたい旨を発言する。高速道路を走行中の車のタイヤを正確に狙撃でき、命中した銃弾の位置から瞬時に狙撃方角を特定できるほか、暗殺が寸前で中止になってもいら立ちを見せたりはしないなど冷静で活動時に感情的な迂闊さも見せず、スナイパーとしてキャンティよりも優秀である。その寡黙な性格を買われ、監視役としてラムからの命令を受けたこともある。
 感情の起伏はほとんど見られないが、単に無表情なだけではなく、劇場版ではキャンティがアイリッシュを狙撃した際に「俺、撃ちたかった」と不満を露わにしたこともある。また、親しかったのかスタウトの正体を知って暗殺した際に「俺、信じてた。残念。」とつぶやいたり、スナイパー仲間のカルバドスがベルモットに惚れてた事を知っており、彼を利用した件でベルモットのことを嫌っている。また、遊園地の観覧車に乗りたがったり、それを知られると恥ずかしがったりするなど、人間味ある面もある。

本編途中で死亡した幹部 
 ピスコ (Pisco) / 枡山 憲三（ますやま けんぞう）
 声 - 村松康雄
 「あの方」・烏丸蓮耶に長年仕えていた組織の大幹部の一人。71歳。表の顔は自動車メーカーの会長で、コナンからは「経済界の大物」と評されている。白髪と細目が特徴の老紳士で、表向きは落ち着いた言動を見せる。組織の一員だと発覚した後は年寄り臭い口調は影を潜め、細めていた目も見開いている。
 灰原の両親である宮野夫妻とは親しい仲で、開発中であったAPTX4869について聞かされており、身体が幼児化したシェリー（宮野志保）を見て「君がここまで進めていたとは」と語っていたことから、その本来の用途に関しても知っていたようである。アイリッシュからは父のように慕われていた。組織内でも重要な人物だったようで、基本的に任務時に自身の判断で組織のメンバーを処分できる権限をあの方から持たされているジンも、ピスコの暗殺に関しては事前にあの方の許可を確認していたほか、ピスコ自身も殺される直前に「あの方に長年仕えた私を殺せばお前（ジン）の立場も危うくなる」と命乞いを試みている。
 老齢ながら練達した狙撃手でもあり、暗闇の中で布をかぶせた拳銃を用いてシャンデリアの鎖を撃ち抜く技術を持つ。しかし後述のように不注意によるミスを犯したことから、組織の力で出世したこともあってジンからは「したな」「あの老いぼれ」と酷評され、作戦をサポートしていたベルモットにも「死んで正解だったわね」と毒づかれている。使用拳銃はワルサーPPK。
 「映画監督・酒巻昭氏をぶ会」の会場で、収賄の発覚によって逮捕寸前だった呑口を暗殺した後、会場を訪れていた灰原がシェリー（宮野志保）と同一人物であることに気づいたため、彼女をホテル旧館の酒蔵に監禁し、始末を画策する。まもなく、コナンに犯行を見破られたために灰原もろとも始末しようと動くが、その直前の銃撃でスピリタスが漏れ出して気化していたことに気付かず、自身のタバコから引火して酒蔵が炎上するという想定外の出来事に動揺した結果、コナンと灰原の脱出を許してしまう。その後、呑口を暗殺する際に銃口を天井のシャンデリアに向けた瞬間をカメラマンに撮影されていたことに気付かず、その写真が翌日の朝刊の1面に掲載されるという失態が発覚したことから、情報のを懸念した「あの方」の命令を受けたジンに射殺された。なお、死後には自宅が全焼したことが目暮警部の口から明かされている。

 テキーラ (Tequila)
 声 - 廣田行生
 コンピュータのプログラム関係の取引を行っていた構成員。地位はウォッカと同格。
 口ひげをはやした身長2メートルを超す大男で、関西弁で話す。
 コナンに発信機を靴底へ取り付けられてもそのことに気づかないまま彼を蹴り飛ばす、後述の爆弾の入ったカバンにすりかわったことに気づかないなど、粗暴な性格で抜けた一面を持つ。その容姿と服装からかなり目立っていたようで、取引現場付近にいた複数の第三者に覚えられていた。
 物語開始の2年前には、プログラマの板倉卓にあるプログラムを作れと強要していた。その後、ゲーム制作会社・満天堂で中島秀明と取引しようとしていたが、竹下 裕信（たけした ひろのぶ、声 - 堀川仁）が中島を殺害する目的で用意していた爆弾入りのカバンを間違って受け取ってしまい、トイレでカバンを開けた途端に爆弾が起動したために爆死した。爆撃をまともに受けたことから、遺体は損壊が激しく、身分を証明するものも発見されなかったため、身元の判別が不可能とされた。なお、死後はウォッカが板倉への任務を引き継いでいる。

 カルバドス (Calvados)
 声 - なし
 腕利きの男性スナイパー。愛用銃はレミントン。使用ライフルはH&K MSG90（アニメ版のみ。原作では不明）。
 普段は海外在住であったようで、シェリー殺害を個人的に計画したベルモットにより、スナイパーとしての腕と自分に想いを寄せているという扱いやすさを買われて来日した。ベイエリアでの作戦 では、ベルモットを拳銃で狙うジョディの腹部をライフルで狙撃して重傷を負わせたうえ、車のトランクから飛び出した蘭についても狙撃しようと銃口を向けるが、それはベルモットに制止された。その後、ジョディの仲間として行動していた赤井によって両足を折られ、持っていたライフル、ショットガン、拳銃3丁を回収される。さらにベルモットが1人で逃走したために完全に逃げ道がなくなり、隠し持っていたもう1丁の拳銃で自殺した。この一件から、ベルモットはキャンティとコルンに嫌悪されている。
 登場は終始シルエットだったうえ、台詞は原作のみ自殺の際にうめいた断末魔が唯一だったため、声質、本名、国籍、容姿などについては不明。アニメ版では後にコルンの回想シーンで銃を構えキャップを被ったサングラス姿の上半身が描かれている。

その他の構成員 

組織でコードネームを与えられていない下位層の構成員。

本編途中で死亡した構成員（コードネームなし） 
 宮野 明美（みやの あけみ） / 広田 雅美（ひろた まさみ）
 声 - 玉川砂記子
 灰原哀こと宮野志保の姉。国籍は日本だが、日本人の宮野厚司と日系イギリス人の宮野エレーナとの間に生まれたイギリス人のクォーター。母方の親族に、伯母であるメアリー・世良、義伯父である赤井務武、その実子であり従兄妹にあたる赤井秀一、羽田秀吉、世良真純を持つ。
 南洋大学を数年前に卒業。帝丹小学校にも在学しており、19期生に当たる。20年前に両親と共に父親の友人のデザイン事務所を訪れていた頃、4 - 5歳だったと事務所の社員に証言されている他、帝丹小学校時代の同級生は25歳であるため、死亡時の年齢は24 - 25歳だったと推定される。偽名は恩師である広田正巳から取って付けた「広田雅美」。
 組織の重要人物であった妹とは違い、コードネームは付けられておらず、監視付きではありながらも大学へ通い友人と交遊するなど比較的自由な生活を送っていた。ただし、小学生時代は組織の命令でよく転校させられていたとのこと。
 明るく優しい性格であり、志保にも慕われていた。自分の命が危うい状況でも気丈に振る舞い、心配する妹を気遣っていた。赤井には「平静を装って陰で泣いていたバカな女」と評されている。
 生前、コナンとはほとんど接点がなかったものの、彼に対して「子供のくせに落ち着いていて大人っぽい」という認識を持っていた。また、死亡する直前にはコナンが工藤新一であることを本人に明かされているが、アニメでは「あなたが？ そう…噂は聞いているわよ」と納得している。
 5年前、諸星大に車へ当たり屋をされた事をきっかけに、3年間恋人として付き合っていた。しかし、アンドレ・キャメルのミスにより諸星がFBI捜査官・赤井秀一であることが組織に発覚したため、付き合い続けることができなくなった。この事件により、明美は組織に「FBIの潜入捜査を手引きし、今後も組織の情報を外に漏らす原因を作る可能性が高い危険人物」と認識されることになる。それから2年後、自分と志保を組織から抜けさせることを条件に、銀行強盗（アニメでは現金輸送車強盗）を実行する。犯行は成功するが金の隠し場所を教えなかったため、約束をにされてジンに腹部を撃たれて致命傷を負ってしまう。その後、ジンとウォッカが立ち去って間もなく駆けつけたコナンに、自分が黒を象徴とする巨大な犯罪組織に所属する末端の人間であることと、強奪した10億円の隠し場所を告げて息を引き取った。
 コナンが自分から「工藤新一」だと告げた数少ない人物であり、明美の死によって志保（シェリー）は組織から逃亡し、灰原として登場することとなる。
 原作では第2巻という早い段階で登場し、アニメでは第13話「奇妙な人捜し殺人事件」がこれに相当するエピソードだが、ジンとウォッカが沖田（おきた、声 - 大友龍三郎）という組織に関係のない銀行強盗常習犯に置き換えられる改変が行われたため、アニメでは第128話「黒の組織10億円強奪事件」（明美と組織が絡む本筋を残したアニメオリジナルエピソード）の中で初登場した。なお、2016年に放送されたテレビスペシャル『名探偵コナン エピソード“ONE” 小さくなった名探偵』では、原作に準拠した設定で描かれた。
 劇場版第5作『天国へのカウントダウン』では、劇場版オリジナルの設定として生前に組織の監視を逃れ、マンションの一室に構えていた隠れ家が登場する。ジンと共にたどり着いたウォッカが大家から聞き出したところによれば、明美が1年分の家賃を前払いしていたことから電気や電話は使えるままとなっており、寂しさに駆られた灰原は留守番電話に残る姉の声をひそかに聴いては妹としての思いを告げていたが、それがもとでジンたちに逆探知されかけたうえ、命を狙われることとなる。

 楠田 陸道（くすだ りくみち）
 声 - 岩田光央
 キールが杯戸中央病院に潜伏している可能性があると考えた組織から、頸椎捻挫（けいついねんざ）の患者として杯戸中央病院に送り込まれたスパイ。組織の重要人物ではなく、コードネームは与えられていない。
 最初は順調な働きを見せるが、コナンにスパイの存在や正体を見抜かれたうえ、彼の推理を聞いたFBIの陽動作戦で捕まりかける。機転を利かせて車で逃走を図るも、捜査関係者の1人に赤井が含まれていることを知り、その恐怖から隠し持っていた拳銃で頭部を撃って自殺する。その遺体は赤井の死を偽装するためのトリックに利用され、彼の車ごと焼き払われた。
 使用拳銃はグロック17で、後に入手ルートを調査するために赤井秀一を通じて降谷零（バーボン）の手に渡った。

 呑口 重彦（のみぐち しげひこ）
 声 - なし
 組織に属していた政治家。56歳。収賄の発覚によって逮捕寸前の状態になり、情報のを懸念した組織に切り捨てられ、杯戸シティホテル内で開催されていた「映画監督・酒巻昭氏をぶ会」の最中、ピスコの拳銃で撃ち落とされたシャンデリアの下敷きとなって死亡した。さらに、死後その家族も蒸発したことが目暮警部の口から明かされている。

故人（コードネームなし） 
 宮野 エレーナ（みやの エレーナ）
 声 - 鈴木弘子（第341話 - 第771話）→ 林原めぐみ（第953話 -）
 宮野明美、宮野志保の母。夫の厚司と共に組織の科学者を務めていたが、数年前に研究所の火災に巻き込まれ、彼と共に焼死したとされている。日本人とイギリス人とのハーフである日系イギリス人。厚司とは留学のためにイギリスから来日した際に知り合う。第二子妊娠年齢は29歳。メアリー・世良の実妹で、赤井秀一、羽田秀吉、世良真純の叔母に当たる。旧姓は「世良」。
 担当患者とも最低限しか会話しない人見知りな性格で、対面したことのある阿笠からも「無口で何を考えているのかわからなかった」と評されている。組織では「ヘル・エンジェル」（地獄に堕ちた天使）と称されていた。しかし、実際は娘との「別れ」を悟り、志保への誕生祝いを録音したカセットテープを用意するなど、娘思いであった。
 志保へ遺したカセットテープのうち18歳用のテープで、開発中の薬について「今、とても恐ろしい薬を作ってるの。ラボの仲間は夢のような薬って浮かれてるけど」と言及し、夫と共に願いを込めて「シルバー・ブレット」と呼んで作っていたこと、そしてその薬の完成には娘との「別れ」が必要であるという情報を遺している。
 組織と関わりを持つ以前は、厚司と共に町医者として個人医院「宮野医院」を開業していた。そこで面識を持った降谷零（バーボン）のことを、同じハーフであることから目にかけていた。双方の関係は良好的で、などでわざと傷を作って通院していたことや、「遠くへ行かなければならない」として零に別れを告げていたことが判明している。零の初恋の相手。

 宮野 厚司（みやの あつし）
 声 - 中村悠一
 宮野明美、宮野志保の父。組織の一員だったが、数年前に研究所の火災に巻き込まれ、妻のエレーナとともに焼死したとされている。エレーナが二番目の子供を妊娠していた当時の年齢は35歳であった。
 30年前には医師兼科学者として白鳩製薬で薬の開発チームの一員として勤務していた。何らかの夢を追ってある研究もしていた様子だが、不本意にもマッドサイエンティストとして学会を追放されたうえ、白鳩製薬の倒産も重なり、個人医院「宮野医院」を妻と共に経営する生活に落ち着いていた。阿笠博士とも過去に発明品の発表会で何度か顔を合わせており、面識があった。
 眼鏡をかけて顎髭を生やした穏やかな風貌の男性であり、阿笠からも「気さくで感じのいい男」「ワシの発明品も気に入ってくれとった」と評されている。
 30年ほど前、幼なじみの出島 壮平（でじま そうへい、声 - 宝亀克寿）に「自分の理論を認めてくれたスポンサーの大きな研究施設に行く」と話しており、デザイン事務所として使用する物件を探していた彼に自分の家を明け渡して去った。その後、20年前に「出島に大事な話がある」とエレーナと明美を連れて出島の事務所を訪れたが、ちょうど彼は不在だったため、会わずに帰った。
 少年時代に医院に通っていた降谷零（バーボン）の回想では、烏丸グループ出資の施設にて研究のバックアップを打診されていたが、悪い噂もあったうえにエレーナの姉であるメアリー・世良からも渋られたために一度は断ろうとするも、エレーナの妊娠と後押しもあって前向きに検討し始めた旨が描かれている。

本編途中で脱退した者 

 シェリー (Sherry) / 宮野 志保（みやの しほ）
 声 - 林原めぐみ
 組織の科学者で、「APTX4869」の開発に携わった宮野厚司と宮野エレーナの次女。隠し持っていた「APTX4869」を飲んで身体が幼児化し、現在はと名乗り、阿笠博士宅に居候しながら帝丹小学校1年B組に通う一方、「APTX4869」の解毒薬を研究している。裏切り者として組織からミステリートレインで爆殺されたと認識され、ベルモットを除いて組織に生存を知られていない。

 沼淵 己一郎（ぬまぶち きいちろう）
 声 - 龍田直樹
 組織では末端中の末端。頬がこけて頭蓋骨にそのまま皮膚を貼り付けたような顔をした、関西出身のやせ男。
 かつては組織から身軽さを買われ、殺し屋としての教育を受けていた時期もあるが、まるで使い物にならなかったことから、シェリーが開発した新薬の被験者として回された。実験直前には恐怖して逃亡し、一般人3人を組織の追手と勘違いして殺害する。
 前述の時期以前にも遊び半分で殺人を犯しているため、灰原には「同情の余地はない」と言われているが、人間的には厚い面もあり、自身も深い関わりを持つ群馬県の森林でホタルを捕まえ、迷った光彦を保護同然に案内することもあった。
 その後、死刑囚として収監されているが、組織の情報を白状しても誰にも信用されないと組織に判断され、抹殺の対象から外されている。

潜入捜査官 
 バーボン (Bourbon) / 降谷 零（ふるや れい）
 声 - 古谷徹
 安室 透（あむろ とおる）という偽名を使い、組織に潜入している警察庁警備局（ゼロ）の公安警察官。

 キール (Kir) / 本堂 瑛海（ほんどう ひでみ）
 声 - 三石琴乃
 水無 怜奈（みずなし れな）という偽名を使い、 組織に潜入しているCIAの諜報員（シークレット・エージェント）。

 ライ (Rye) / 赤井 秀一（あかい しゅういち）
 声 - 池田秀一
 諸星 大（もろぼし だい）という偽名を使い、組織に潜入していたFBIの捜査官。正体が露見したため、逃走してFBIに戻り、コナンの策で死亡を偽装して沖矢 昴（おきや すばる、声 - 置鮎龍太郎）という大学院生に扮し、工藤邸に居候しながら行動している。

故人（潜入者） 

 スコッチ (Scotch) / 諸伏 景光（もろふし ひろみつ）
 声 - 緑川光
 かつて降谷零と共に潜入していた公安警察官で、警視庁公安部に所属していた。組織内では赤井や零と3人で行動を共にしていた。3年前に正体が露見し、組織が名前を聞き出す前に赤井の目の前で拳銃自殺した。
 イーサン・本堂（イーサン・ほんどう）
 声 - 小山力也
 本堂瑛海の実父で、組織に潜入していたCIAの諜報員だった。不注意から危険な状況に陥った娘の身を守るため、瑛海の犯行に見せかけて自殺した。

 バーニィ (Banyi)
 声 - 木村雅史
 かつてイーサン・本堂や瑛海と共に、黒ずくめの組織への潜入諜報を行っていたCIA諜報員。
 イーサンの新しいつなぎ役となる予定だったが、瑛海のミスが原因でイーサンが死亡してしまう。その直後に現場へ駆け付けたが、そこでジンとウォッカの存在に気付いて自殺した。潜入中の地位については不明。

オリジナルキャラクター 

原作以外の作品に登場するキャラクター。2023年時点で、劇場版からは第5作『天国へのカウントダウン』、第13作『漆黒の追跡者』、第20作『純黒の悪夢』、第26作『黒鉄の魚影』にてオリジナルキャラクターが登場している。スパイ3人を含む6人のコードネームを持つメンバーと、コードネームの無いメンバー2人の計8人で、全員本編内で非業の死を遂げている。その他、スペシャルアニメ・テレビドラマ・ゲームおよび特別編にも、合わせて7人のオリジナルキャラクターが登場している。

劇場版

天国へのカウントダウン 
 原 佳明（はら よしあき）
 声 - 橋本晃一
 コンピュータ会社「TOKIWA」の専務であり、主に最新ゲームのプログラムを担当するプログラマ。32歳。
 穏やかな風貌に子供っぽい性格から、少年探偵団にも懐かれていた。好物はチョコレートで、人前でも平然とつまんだり、殺害される直前もチョコレートケーキを食べようとしていた。
 黒ずくめの組織に関与していた時期があり、裏切って重要なデータを持ち去ろうとしていたが、同時期に発生した殺人事件のターゲットとなっており、その混乱に乗じて自宅へ踏み込んできたジンによって射殺された。なお、データはそれに際して自宅内のPCから消去されたうえ、その後にツインタワー内のTOKIWAのメインコンピュータもデータの流出を防ぐため、ウォッカによって爆破された。
 殺害される寸前には、犯人を指し示すダイイング・メッセージ（銀をローマ字表記にしたGINを英語読みにするとジン）としてそばにあった銀色のナイフを手に握り締めていたが、ジンはこれを「ナイフで銃に抵抗する気」と解釈したため、その真意に気づけなかった。一方、コナンはその真意に気づいたが、組織とは無関係に原を殺害する予定だった如月 峰水（きさらぎ ほうすい、声 - 永井一郎）によって現場を偽装されていたことと、「ジン」というコードネームが本名でもなく酒の名前でしかないことから、警察の捜査にこれ以上の進展は望めないといった理由を挙げ、この件での追跡を断念した。
 名前の由来は林原めぐみ、山崎和佳奈、神谷明から。

漆黒の追跡者 
 アイリッシュ (Irish)
 声 - 幹本雄之
 金髪で筋骨隆々な大男であり、本名・国籍は不明。上に向かって大きく歪曲し、端部が内側に折れ曲がったL字状の眉を持つ。
 ジンとの会話から同格の幹部クラスであり、「あの方」・烏丸蓮耶から直接指示を受けることもあった。ベルモットのニューヨークでの出来事も知っている。
 組織のNOCリストが入ったメモリーカードを回収するために派遣されるが、それを成功させるには連続殺人事件を解決する必要があると考え、ベルモットの協力で松本清長管理官に変装し、彼を監禁したうえで警察に潜入して捜査を進める。その一方、父親のように慕っていたピスコをジンによって射殺された恨みから、コナンを工藤新一として「あの方」・烏丸蓮耶に面会させ、ジンを幹部の地位から失脚させようともくろむ。
 機転の利くコナンを見て疑いをかけ、手掛かりを集めて新一であることを突き止めたり、連続殺人事件を着々と捜査を進めて解決へ進めたりするなど、優秀な頭脳を持つ。
 戦闘能力も非常に優れており、暗がりの不意打ちとはいえ警察官7名を一挙に気絶させた（しかも、そのうち1名は身体能力も高い大和敢助だった）うえ、連続殺人犯や東都タワーの警備員も倒している。空手の関東大会優勝者である蘭と対峙し、技の精度や速度ではやや劣るが、体格や体力では上回り、隙をついて圧倒したうえ、コナンのキック力増強シューズによるシュートにもダメージは受けつつ耐えきっている。拳銃の扱いにも長けており、連続殺人犯の振り下ろしたナイフを銃撃で弾き飛ばしたり、コナンのベルトとシューズを正確な射撃で破壊したりしている。使用拳銃はSIG SAUER P226。
 メモリーカードの回収には成功したものの、松本を警察に発見された後、アイリッシュの逮捕から組織の情報が漏れることを危惧したジンの命令に応じたキャンティにより、メモリーカードと共に狙撃される。それまでの経緯からコナン（新一）に一目を置いていたこともあり、最後は敵である自分を救おうとしたコナンを戦闘用ヘリコプター内のジンたちの銃撃から守るべく自らを盾にして致命傷を負い、「工藤新一…いつまでも追い続けるがいい」と言い遺し、息を引き取る。

 岡倉 政明（おかくら まさあき）
 声 - なし
 広域連続殺人事件の第3の被害者。代議士の秘書を装った黒ずくめの組織の工作員。32歳。
 自分が組織に消されないよう、保険としてお守り袋に組織の重要情報（NOCリスト）が収められたメモリーカードを入れていたが、その事実を把握した組織に近々殺害される予定であった。しかし、組織とは無関係の本上 和樹（ほんじょう かずき、声 - 菅原正志）から個人的に恨まれており、組織の手がおよぶ前に殺害された。
 組織の関係者ではあったが、自らの命を犠牲にして救ってくれた女性の命日には必ず花を贈るなど、義理人情に厚い一面も持っていた。

純黒の悪夢  
 キュラソー (Curaçao)
 声 - 天海祐希
 ラムの1人目の腹心。組織内では情報収集のスペシャリストとして広く知られており、諜報活動や破壊工作の実績を認められている。
 容姿
 銀色のロングヘアーと右目が白色、左目が青色のオッドアイが特徴の女性。
 人物像
 ボクシングが得意な降谷零と互角に近い戦いを繰り広げる、警察庁が入居している中央合同庁舎第2号館から窓ガラスを突き破って飛び降りる、零や赤井らと過激なカーチェイスを繰り広げる、ダーツの矢をすべて的の中心に命中させる、高所から落下した元太を間一髪で助けるといった、高い身体能力や戦闘能力を持つ。また、カーチェイス中に片手でスマホを操作して日本語表記で入力する、後述の記憶喪失中でもコナンら少年探偵団と普通に会話するなど、ベルモットと同じく日本語に堪能な一面も持つ。
 に珍しい損傷があり、酒のキュラソーにちなんだ5色の半透明シートやライトを目にすると、優れた記憶能力を発揮する。かつて、その記憶能力で組織の重要機密を知ったため、ベルモットによって始末されそうになったが、ラムに「その能力を私のためだけに使え」と持ちかけられて命拾いし、右腕になった経緯がある。
 劇中での動向
 警察庁へ侵入してNOCリストを盗み出す際、風見裕也ら公安警察官たちに発見されて逃走し、零や赤井との逃走劇を繰り広げた。その後、逃走劇の末に起きた交通事故によって記憶喪失となったところ、東都水族館の入口で少年探偵団と出会い、親しくなった。なお、零と赤井から逃走する際に彼らの足止めとして無関係の一般市民の車を事故に遭わせたり、赤井に「轢き殺してやるよ！」と過激な言葉を吐いたりしていることから、本来は粗暴かつ好戦的な性格だったことがうかがえる。
 終盤で記憶を取り戻すと一度は組織に戻ろうとするが、少年探偵団と過ごした時間を経て「今の自分の方が気分がいい」と組織を裏切る。観覧車から脱走する途中で灰原と遭遇し、彼女が幼児化したシェリーであることに気付くが、彼女をジンたちのもとに連れ出そうとはせず、その場から逃げるように促す。最後はキュラソーの裏切りを推測したジンたちのオスプレイの攻撃による脱輪で転がり出した観覧車を止めるべく、付近の工事現場から重機を操縦して特攻する。その結果、観覧車を止めることには成功したものの、自身は操縦席ごと観覧車に潰されたうえに爆発に巻き込まれて死亡し、身元の判別が不可能な遺体となって発見される。記憶を取り戻した以降、少年探偵団との唯一のつながりである白い「イルカのストラップ」を持ち続けていたが、少年探偵団を守った際に黒焦げとなっている。

 スタウト (Stout)
 声 - マイケル・リース
 MI6から組織に潜入していた男性捜査官。
 NOCリストを盗み見たキュラソーの報告で正体が露見し、ロンドンでダブルデッカーに乗っていた際にコルンによって射殺される。コルンとは親しくしていたらしい。

 アクアビット (Aquavit) 
 声 - カート・コモン
 CSISから組織に潜入していた男性捜査官。
 NOCリストを盗み見たキュラソーの報告で正体が露見し、トロントのCNタワーで観光ガイドをしていた際にキャンティによって射殺される。

 リースリング (Riesling) / レオナ・ブッフホルツ
 声 - 沢海陽子
 BNDから組織に潜入していた女性捜査官。
 NOCリストを盗み見たキュラソーの報告で正体が露見し、ベルリンでジンによって射殺される。映画本編では日本語を話しているが、ノベライズ版ではジンとドイツ語で会話している。

黒鉄の魚影  
 ピンガ (Pinga) / グレース
 声 - 村瀬歩
 ラムの2人目の腹心。金髪のコーンロウの髪型が特徴的な男性で、『純黒の悪夢』で死亡したキュラソーの後任としてラムの腹心に着任した。
 人物像
 ジンにライバル心を抱いており、彼を出し抜いて組織内で上位にのし上がることに固執する野心家の一面を持つ。そのためなら平然と他者を蹴落としたり、独断専行を働いたりすることから、ウォッカには快く思われていない。また、自らが殺害した人間に成り済ますため、その人間の死に様をじっくり観察するという残忍な一面も持つ。
 体格は細身であるが、蘭と渡り合えるほどの格闘技術を持つほか、高度なAI技術を使いこなすエンジニアとしての能力にも長けている。コナンに不信感を抱き、老若認証システムでコナンの正体が新一であることを突き止めるなど観察眼も優れている。一方、コナンの挑発に逆上して執拗に暴行を加えるなど、ジンが関わると感情的な面も見られる。
 劇中での動向
 フランス出身の女性エンジニア・グレースとしてパシフィック・ブイに潜入。そんな中、システム開発者の直美・アルジェントのUSBメモリから灰原の正体と生存を知り、ウォッカと共に灰原の拉致を試みるが、事態を察した蘭の回し蹴りで首筋に痣をつけられる。コナンや阿笠とのカーチェイスの末に逃走し、その様子を捉えた監視カメラの改竄を図ったことを同じエンジニアであったレオンハルトに知られたため、ディープフェイクを使ったトリックで彼を自殺に見せかけて殺害する。しかし、フランス特有の指を使った数の数え方を理解できなかったことに加え、自身の女装時の癖や首筋の痣から、コナンに犯行と正体を暴かれて現場から逃走する。最後は、ラムへのコナンの引き渡しを画策するものの失敗して組織の潜水艦へ合流に向かうが、すでに組織は潜航不能となった潜水艦の放棄および証拠隠滅を目的とした自爆を決定しており、自身は自爆の情報をジンに共有されていなかったことから、もぬけの殻となっていた潜水艦の自爆に巻き込まれて死亡した。
 その他
 灰原が組織に迫られる内容や「ラムを出してほしい」との要望に脚本家の櫻井武晴が応え、かつてキュラソーがいた立ち位置（腹心）の人物を出そうとして創作された。そういった理由もあり、コードネームにはラムと同じ原料を使った蒸留酒のピンガが用いられている。容姿については、原作者の青山剛昌や監督の立川譲によって作られたところが大きいという。

スペシャルアニメ 
 バーに現れた男
 声 - 安井邦彦
 アニメスペシャル『エピソード“ONE” 小さくなった名探偵』に登場したスパイの男性。組織内での地位・本名・国籍・本来所属していた機関あるいは組織についてはすべて不明。
 組織である企業の拳銃密輸の件を調査しており、それを終えた直後、自身の正体を見抜いていたジンに自動車ごと爆破され死亡する。

テレビドラマ 

 黒服の男性（仮称）
 演 - クレジット未表記
 名前不明。テレビドラマ『工藤新一の復活! 黒の組織との対決』に登場。
 ケーキを食べて元の身体に戻った灰原をナイフで狙うが、蘭にナイフをたたき落とされて失敗し、逃走する。逃げ帰った直後にジンによって射殺されたうえ、ウォッカには「てめぇがナイフを落とした時点で、てめぇは命も落としてるんだよ」と罵られた。

ゲーム 

 ケイト＝ローレン
 声 - 柚木涼香
 PlayStation用ゲーム『3人の名推理』の「追憶の宝物事件」に登場。30歳。
 セシリア共和国の通商大臣・エリック＝ガムラン（声 - 大塚芳忠）の秘書を務めており、序盤で人捜しの依頼のために毛利探偵事務所を訪れる。京都から戻ってきたコナン、蘭、小五郎と米花駅で再び合流し、ホテルまで同行する。中盤で黒ずくめの組織の連絡員であることが判明し、ジンとウォッカから生き延びるチャンスとして、オークション会場をぶち壊したエリックとその関係者を暗殺する任務を与えられる。エリックを追跡するが、コナンの策によって遊園地内のメリーゴーランドなどに誘導され、路地で彼に麻酔銃で眠らされる。終盤では城からの狙撃でエリックの殺害が失敗した直後、ジンとウォッカに撃たれて地面へ落下する。最後はコナンの掛け声に応じたが、そのまま死亡する。

特別編・派生作品 

原作・アニメ版には未登場。
 ジュネリック
 特別編第26巻「黒の組織…現る」に登場。通称・ジュネ。年齢はシェリーの実年齢より1歳年下（17歳）。
 幼少時に両親に捨てられて施設で暮らしていたが、知能の高さを組織に注目され、13歳当時に引き取られる。組織内では気弱な性格ゆえにいじめられており、自分を助けてくれたシェリーを姉のように慕っていた。一時はシェリーと共にAPTX4869の開発も手がけており、後に人間の記憶を自在に操る薬の開発に成功する。しかし、組織から逃走したシェリーを追って自らもAPTX4869で幼児化して脱走すると、子供を事故で亡くした夫婦の実子に成りすまし、シェリーの記憶を操作することで彼女と姉弟として生きようとむが失敗した結果、自身はすべての記憶を失ってしまったため、先述の夫婦の子供として暮らすこととなる。

 アラック / アミリーン
 特別編第26巻に登場。表の顔は歌手であるが、裏の顔は組織の殺し屋である。
 標的の暗殺に失敗し、コナンに犯行を暴かれたことで警察に逮捕され、護送中の車内で歯に仕込んでいた毒薬を用いて自殺する。

 黒髭（くろひげ）
 特別編第35巻「豪華客船をウイルスから守れ」に登場。その名の通り黒いヒゲを生やした男性で、組織に所属するウイルスの研究者。
 ジンたちの命令で、日本全国を感染させるために開発した強毒なウイルスの実験を豪華客船「エカテリーナ二世号」で行うことになり、「失敗すれば、命で償ってもらう」と脅される。
 映画女優の子役であるエバ・ポートのマネージャーとして豪華客船に潜入し、彼女もろとも船内の乗客を感染させようと企てるが、灰原がエバになり替わっていたため、コナンたちに犯行を見破られて失敗に終わる。その後、身元不明の水死体として発見されるが、組織に殺害されたのか、もしくは船から飛び降りて自殺したのかは不明。

 アントニオ・ゴメス
 「日本史の謎3」 第2話の、「信長を殺したのは誰？」に登場。組織に所属していた歴史犯罪者。各国の政府が隠している歴史的文書を見つけ出して、政府を脅迫し、金をとっていた。コードネームは不明。
 組織にいた頃の灰原に、二度ほど顔を見られた。過去には、ケネディ大統領が暗殺された事件で重大な証拠を用いてアメリカ政府を脅して大金を巻き上げ、組織に貢献したこともある。織田信長に関する偽文書を用いて極東キリスト教教会をゆする作戦を独断で実行、ポルトガルの日本史の教授として毛利小五郎にガードマンを依頼する中、コナンにその犯行を見破られてしまい、皆殺しにして逃亡しようとしたが失敗する。
 2人組の男
 「世界遺産の謎」に登場。組織に所属する2人組の男。聖遺物を対象に狙うハンターだが、大した成果を挙げていなかった。
 スイスで名門・ハプスブルク家を狙って行動していた。ロンギヌスの槍を手に入れるとハプスブルクの一族を殺そうとするが、小五郎に敗れて失敗する。その後、刑務所に収容されてまもなく組織に抹殺される。

組織に関わった人物

組織に関わった存命中の人物 

 ウォッカの取引相手の社長
 声 - 辻親八（1話）、浦山迅（エピソード“ONE” 小さくなった名探偵）
 ジェットコースター殺人事件の後、ウォッカが取引を行なった人物。本名は不明。
 会社で行っていた拳銃密輸の証拠フィルムをネタに、組織に1億円をられた後、ジンが新一を殴り倒した直後におびえ、逃亡した。その後の消息は不明だが、命だけは助かったとされている。
 『エピソード“ONE” 小さくなった名探偵』で判明したバーボン（安室透）の調査によれば、暴力団のと絡んでいた。

 ジンたちの取引相手の女性
 声 - 紗ゆり
 走行中の新幹線内でジンたちが取引を行った、キャリアウーマン風の女性。本名は不明。
「に関する情報」が入ったケースをジンたちから4億円で買い取ったが、まもなく名古屋にて降車した彼らには用済みと見なされており、ケースに爆弾を仕掛けられていたため、走行中の新幹線もろとも爆殺されそうになったところ、コナンの活躍によって間一髪で命拾いする。その後は京都府警察に逮捕されて洗いざらい話したが、組織に深く関わった人物ではなかった。
 なお、アニメでの取引相手はジンたちではなく、彼らと容姿がよく似た上田（うえだ、声 - 梁田清之〈ジンに相当〉）と下田（しもだ、声 - 巻島直樹〈ウォッカに相当〉）という2人組であり、最後にはこの2人も逮捕された。

 中島 秀明（なかじま ひであき）
 声 - 谷川俊
 ゲーム会社「満天堂」の開発部社員。27歳。
 大学時代はボクシング部に所属していた。社長である石川（いしかわ、声 - 石波義人）の怒りには弱い。
 同僚の一言にヒントを得て作ったゲームが成功するなど、有能で要領はいいが、多額の借金を抱えているらしく、満天堂の新作ゲーム発表会の会場でテキーラと取引し、全世界の有能なコンピュータプログラマーのリストを大金で売ろうとしていた。しかし、自分への殺意を持っていた同僚の竹下裕信が仕掛けた爆弾でテキーラが死亡したため、取引は続行不可能となった。「取引を台無しにした貴方はどのみち組織に狙われる」「警察に保護してもらったほうが賢明」と小五郎（の声を使ったコナン）に忠告される。
 なお、組織との接触に利用していた米花町の大黒ビル最上階に所在するバー「カクテル」は、事件後に爆破された。

 狼男の仮装でハロウィンパーティーに参加した男性
 声 - 広瀬正志
 「季節外れのハロウィンパーティー」に狼男の仮装で参加した男性。本名は不明。
 パーティーを主催した映画プロデューサー・福浦 千造（ふくうら せんぞう、声 - 徳弘夏生）を個人的な事情で憎んでおり、そのことをあるホームページに書き込んだところ、ベルモットから「殺人計画を授けるから実行しないか」と勧誘された。一旦はそれを断るが、自分と家族の盗撮写真など彼らの1日の行動が資料としてダンボール箱1つ分も送られてきたため、脅迫されているという恐怖からやむなく殺人を実行する。その後、コナンと新一に変装した平次によって犯行を暴かれ、逮捕された。

 土門 康輝（どもん やすてる）
 声 - 福田信昭
 衆議院議員総選挙に初出馬する予定だった男性。
 元自衛隊幹部で、父親も元防衛庁の官僚ゆえに政界には顔が利く。人一倍正義感が強く、メディアで暴力や犯罪に関する過激な発言を繰り返しているため、過去にその筋から殺し屋を差し向けられたことがある。
 未来の首相候補といううわさまで流れるほどカリスマ性が高く、それゆえに組織は自分たちに反抗する芽を早いうちに摘もうと考えて暗殺を画策したが、コナンとFBIによって阻止される。その後、官僚だった父親の20年前の不倫疑惑が発覚したことで出馬を見合わせたため、暗殺対象から外された。
 組織内での呼び名はDJで、ダイヤのジャックを意味する。

 船本 透司（ふねもと とうじ）
 声 - かないみか
 キールが組織の暗殺計画実行中に起こしたバイク事故の原因になった少年。8歳。
 バイク事故の唯一の目撃者であり、その情報を得ようとするベルモットに接触されている。
 母・兼世（かねよ、声 - 川村万梨阿）が殺害された事件の捜査中、キールの事故のことやベルモットのことを目暮警部や小五郎らに打ち明けているが、コナンがとっさに「この前の仮面ヤイバーでやってたシーン」とごまかし、目暮警部らも「母親を亡くしたショックによる記憶の混乱」として本気にしなかった。その結果、組織に「目撃者が子供なら生かしておいても特に問題はない」と判断されたため、目撃者も抹殺する組織の徹底した暗殺主義から例外的に生き残った者の1人となった。
 初登場時はアシスタントによって描かれるモブキャラクターだったが、再登場後は作者によって描かれるようになった。

故人（組織に関わった人物） 
 羽田 浩司（はねだ こうじ）
 声 - 安元洋貴
 「七冠に最も近い」とされた日本の棋士で、同じく棋士である羽田秀吉の義兄。実家は資産家で、浩司の父親は赤井務武と親友同士であり、大岡紅葉の実家である大岡家とも資産家同士で深い縁がある。
 「初志貫徹」を座右の銘としており、その信念は秀吉にも受け継がれている。
 17年前、当時四冠王だった浩司は、趣味のチェス大会に出場するために渡米したが、現地のホテルで何者かに襲われて死亡する。直接的な死因は不明とされているが、APTX4869の被害者一覧では工藤新一の2つ下に「羽田浩司 死亡」と記載されている。
 事件直後の浩司の部屋は荒らされており、部屋中に散乱した食器類には「P T ON」と書かれた鏡が混ざっていた。
 羽田浩司の名前は1998年2月15日発売の単行本18巻が初出だが、作中の人物によって初めて言及されて容姿が描かれたのは、71巻分も後となる2016年4月20日発売の単行本89巻となった。

 千間 恭介（せんま きょうすけ）
 声 - なし
 烏丸に殺害された考古学者の一人。
 黄昏の館の事件及び宝のありかに関する暗号を娘で後に探偵となる千間 降代（せんま ふるよ、声 - 野沢雅子）に残していた。

組織に関わり本編途中で死亡した人物 

 広田 健三（ひろた けんぞう）
 声 - なし
 10億円強奪犯の1人。本名は不明。年齢は48歳、身長170センチメートル、東京都出身。
 タクシー運転手で、運転技術を買われて広田雅美に雇われた。盗んだ金を独り占めにして姿を消したが、「健三の唯一の肉親である娘」を名乗った広田雅美の依頼を受けた小五郎たちに居場所を知られ、雅美から連絡を受けて先に合流した広田明に絞殺される。
 趣味は競馬で、競走馬の名であるゴーカイテイオーに由来する「ゴウ」「カイ」「テイ」「オウ」という名前を4匹の飼い猫につけていた。

 広田 明（ひろた あきら）
 声 - 手塚秀彰
 10億円強奪犯の1人。本名は不明。年齢は自称28歳。身長190センチメートルを超える大男。荒っぽい性格だが、腕っぷしを買われて広田雅美に雇われた。
 広田健三が盗んだ金を持って姿を消した後、「健三の唯一の肉親である弟」で九州出身の広田明と偽り、サングラスをかけた大男の探偵（声 - 徳丸完）に捜索を依頼する。雅美から連絡を受けて健三と再会するが、彼に裏切られた怒りから彼を絞殺。その後、ジンとウォッカから睡眠薬と偽って渡された青酸カリを雅美から飲まされて死亡する。

 岸井（きしい）
 声 - 千葉一伸
 アニメ第128話「黒の組織 10億円強奪事件」に登場した10億円強奪犯の1人。
 広田雅美（宮野明美）に雇われた。ギャンブル好きで、かなりの借金を抱えている。ガードマンとして四菱銀行に潜入し、現金輸送車の扉を中から開ける役目を担っていた。事件後、銭湯から自宅に帰る途中でウォッカに射殺される。

 貝塚 士郎（かいづか しろう）
 声 - なし
 アニメ第128話「黒の組織 10億円強奪事件」に登場した10億円強奪犯の1人。
 元レーサーとしての運転技術を買われ、広田雅美（宮野明美）に雇われた。銀行から車で逃走する際にレーサー並みの猛スピードで運転し、コナンのスケボーによる追跡を振り切る。事件後、マンションの自室でジンに射殺される。

 広田 正巳（ひろた まさみ）
 声 - 中博史
 南洋大学の教授で、宮野明美の恩師。61歳。妻・登志子（としこ、声 - 朝倉佐知）と共に静岡県で暮らしていた。名前は、明美の偽名「広田雅美」の由来にもなっている。
 研究所にいた頃の宮野志保（灰原哀）が誤って明美に送ってしまった、組織の重要データ入りフロッピーディスク (FD) を持っていたため、組織はFDの中身を見た可能性のある広田を抹殺しようと考えたが、教え子の1人でモデルの白倉 陽（しらくら あきら、声 - 子安武人）から組織とは無関係に個人的な恨みを買い、組織が始末する前に白倉の手で殺害される。
 なお、FDは最終的にコナンたちが入手したが、組織のコンピュータ以外のコンピュータで立ち上げるとコンピュータウイルス「闇の男爵（ナイトバロン）」が発生し、データを完全破壊するようになっていたため、コナンたちは情報の入手に失敗している。
 酒癖が非常に悪く、客が来るのがわかっていながらも泥酔するほどに飲んでいた。また、この状態で発した言葉が白倉に殺される要因ともなってしまった。ただし、知り合いの阿笠が広田の先述の発言を「実際には自分に自信を持て」という意味があったはずと語っていることから本来は善良な人物であった模様。

 板倉 卓（いたくら すぐる）
 声 - 大友龍三郎
 組織と契約したゲームのシステムエンジニア。45歳。
 以前は映画の特殊視覚効果に関わる有名なCGデザイナーであったが、点字を必要とするほど視力が低下したことでエンジニアに転向した。職業上、有希子をはじめとした各国の女優と面識があり、シャロン（ベルモット）とは犬猿の仲だったことが知られている。有能なシステムエンジニアとして組織に目をつけられ、ベルモットの発注によりあるソフトウェアを作らされる。日記には、以前そのソフトを作ろうとした際に「我々人間のために断念した」と書いているが、その具体的な内容は不明。
 視力だけでなく心臓も手術が必要なほどに病んでおり、ソフトを未完成のままにして海外へ高飛びしようとしていたが、友人の相馬 竜介（そうま りゅうすけ、声 - 阪脩）から組織とは無関係に個人的な恨みを買っていたため、組織が始末する前に相馬の手で心疾患を利用され、殺害される。

組織に関わったオリジナルキャラクター 
 直美・アルジェント（なおみ・アルジェント）
 声 - 種﨑敦美
 劇場版『黒鉄の魚影』に登場。八丈島沖に建造されたインターポールの海洋施設「パシフィック・ブイ」で働くシステムエンジニア。19歳。EU議会議員でイタリア人の父のマリオ・アルジェントと日本人の母の間に生まれたハーフで、ボストン育ち。国籍はアメリカ合衆国。
 ボストンの小学校に通っていた頃、東洋系の顔立ちが原因でいじめられていたところを同級生だった宮野志保に救われたが、自分に代わっていじめの矛先を向けられてしまった彼女のことを何も助けてやれなかったことから、「人種や年齢による差別を無くす」という将来の夢を抱く。成長後は、顔認証システムを下地として幼少期の写真から成長後の顔の形状をAIで予測・構築し、防犯カメラの映像から該当者を見つけ出す「老若認証システム」を開発したその実力により、インターポールからスカウトされる。老若認証システムのテストで志保について検索した際には、幼児化した姿（灰原）も検出されて驚愕し、そのデータをUSBメモリに残していた。
 黒ずくめの組織に老若認証システムの譲渡と技術協力を要求されて断ったことから組織に拉致され、その際に前述のUSBメモリを見られたことによって灰原が囚われ、コナンたちを巻き込む結果を招く。組織に協力しない姿勢を貫き、マリオを狙撃されるところを見せつけられて慟哭するが、灰原の激励で再起し、キールの手引きもあって脱出に成功した。
 パシフィック・ブイ崩壊後は情報非公開の配属先に転属となり、灰原たちと別れる。灰原が志保本人であることを確信したものの深く追求することはせず、灰原も正体を告げることはなかった。