『3Dアクションマリオシリーズのキャラクター一覧』（スリーディーアクションマリオシリーズのキャラクターいちらん）とは、任天堂のマリオシリーズの中の3Dアクションマリオシリーズのキャラクターを一覧にしたものである。なお、『スーパーマリオ64DS』もこの節で扱う。

スーパーマリオ64

敵キャラクター (64) 
 クリボー (英語：Goomba, グンバ)　※ダメージ1
 ボムへい (英語：Bob-Omb, ボッボム)　※ダメージ2
 ワンワン (英語：Chain Chomp, チェーン・チョンプ)　※ダメージ3
 ノコノコ(英語：Koopa Troopa, クッパ・トゥルーパ)
 パックンフラワー (英語：Piranha Plant, ピラニア・プラント)　※ダメージ3
 サンボ (英語：Pokey, ポーキー)　※ダメージ2
 ドッスン (英語：Thwomp, スウォンプ)　※ダメージ3
 バッタン (英語：Whomp)　※ダメージ3
 キラー (英語：Bullet Bill, ブレット・ビル)　※ダメージ3
 スローマン (英語：Mr. Blizzard)　※ダメージ1、本体ダメージ2
 テレサ (英語：Boo Buddy, ブー・バディー)　※ダメージ2
 バサバサ (英語：Swooper, スウーパー)　※ダメージ1
 ムーチョ（ゆーれいムーチョ）　※ダメージ1、本体ダメージ2
 チョロプー (英語：Monty Mole, モンティ・モール)　※ダメージ2
 ビリキュー (英語：Amp)　※ダメージ1
 プクプク(英語：Cheep-cheep, チープチープ)　※ダメージ1
 ジュゲム (英語：Lakitu, ラキツ)　※ダメージ2
 トゲゾー (英語：Spiny, スパイニー)　※ダメージ2

以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。

 水爆弾
 特定の場所で空から降ってくる障害物（特定の大砲から打ち出されていることもある）。地面に落ちると数回バウンドしたあと自滅する。敵を巻き込むこともある。ダメージ1
 鉄球
 黒い障害物。特定の場所を往復していたり、坂道を転がってきたりする。場所によっては壁に衝突して自滅することもある。DS版ではワリオで攻撃するか、スーパーキノコで巨大化すると破壊可能。ダメージ2
 大岩
 その場に置かれているものと、鉄球同様に転がっているものがある。DS版ではワリオで攻撃するか、スーパーキノコで巨大化すると破壊可能。破壊するとパワースターが出るものがある。ダメージ3
 ウツボ (英語：Unagi)
 巨大なウツボ。沈没船の入り口や、穴の中から出てくる。近づくと噛み付こうする。ダメージ3
 貝
 勝手に閉じたり開いたりする貝。中には赤コイン、またはノコノコの甲羅（掴むと水中で滑り始める）が入っていることがある。開閉中に当たると2ダメージを受ける。
 フワフワさん (英語：Spindrift)
 頭に花びらのある浮遊する敵。移動速度は遅く、体当たり以外攻撃はしてこない。踏みつけると少しの間くるくる回りながら滑空できる。ダメージ2
 ガサゴソ (英語：Scuttlebug)
 蜘蛛のような敵。マリオを見つけると飛び掛ってくる。穴から飛び出してくることもある。クリボー同様パンチやキック、踏みつけて倒してもOK。ダメージ1
 アイクン (英語：Mr. I)
 眼球のような形をしている敵。ゆっくりと目を回転させているが、近づくとマリオがいる方向に目を向け、マリオがアイクンの近くでしばらく動かないと、一度まばたきをした後に目から星形の光線を放ってくる。マリオが敵の周囲を走って回ると目を回し、倒せる。DS版ではヨッシーのタマゴ攻撃でも倒すことが出来る。ダメージ1、本体ダメージ2
 キラーピアノ (英語：Mad Piano)
 牙の生えたピアノ。普段は何気ないピアノに装っているが、近くを通ると突然襲い掛かってくる上倒せない。歴代マリオシリーズの中でも屈指のインパクトを残すキャラクターだが、「ワンワンの いぬごやで」の時のワンワン同様「8まいコインは どこだ」のチャプターでは、8枚集めてスターを取る為に必要な赤コインが近くにあるので、ダメージ覚悟で突っ込まなければならない。ダメージ3
 キラーブック (英語：Bookends)
 突然本棚から飛び出して襲いかかってくる本のお化け。ジャンプキックで倒せる。本棚から無限に一定間隔で飛び出すものもある。ダメージ2
 キラーチェアー (英語：Chair)
 近づくと飛んでくる椅子のお化け。飛んできたあと消滅する。ダメージ2
 どんけつ (英語：Bully)
 角の生えた黒い玉。マリオに向かって突進し、体当たりで溶岩に突き落とそうとする。触れても直接ダメージは受けないが、マリオが後ろへ弾かれてしまう。逆にこちらから攻撃すると敵の方が吹っ飛び、溶岩に落とすと倒すことが出来る。
 プロペラヘイホー (英語：Fly Guy, フライ・ガイ)
 頭上のプロペラで浮遊しているヘイホー。マリオに向かって急降下してくる。ファイアを吐いてくることもある。フワフワさん同様踏みつけると、少しの間くるくる回りながら滑空できる。ダメージ2
 オニマスクン (英語：Tox Box)
 流砂上の金属の通路を大きな音を立てて転がる巨大な金属の箱。6面あり、笑い顔×2面、泣き顔×2面、怒り顔×1面、残り1面はくぼんでいて、くぼんだ中に入るとやり過ごすことが出来る。DS版ではワリオで中に入って攻撃すると吹っ飛ばすことが出来るが、吹っ飛ばした敵の着地地点が通常の砂漠だと砂に埋まり、流砂だとそのまま沈み、金属の通路だと粉々になってしまう。ダメージ3
 ジャンゴ (英語：Klepto)
 いたずら好きのハゲタカ。パワースターを持っていることもあるが、何も持っていない時は特定の場所を往復し、近づくと突進してきてマリオの帽子を盗み、コース内を飛び回る（ハイハイでやり過ごす事が出来る）。こちらから当たると、持っているものを落として一瞬動きが止まる（ダメージは受けない）。64版では「あっちっち さばく」のみの登場だったが、DS版では他のステージにも登場し、ヨッシーにも突進してくる（ヨッシーの場合はつついて攻撃）。なお、DS版の「たからさがしアイランド」のジャンゴは帽子を盗まない。『スーパーマリオ オデッセイ』でもマリオの帽子を盗むイベントとコースがある。
 ドングル (英語：Spindel)
 砂漠のピラミッド内に1匹だけ存在する八角柱の石。転がりながら通路をうろついている。無論、近づくと押しつぶされる。上に乗ることも出来る。ダメージ3
 ドンカク (英語：Grindel)
 砂漠のピラミッド内に登場。ドッスンと似た性質を持ち、その場で上下するタイプと上下しながら一定の場所を往復するタイプがある。ダメージ3
 クロマメ（DS版ではケロンパ） (英語：Keronpa Ball)
 小さな黒い玉。マリオが近づいてしばらくすると膨らみ、炎を吐いてくる。吐いてきた炎は少し時間が経つと消える。触れてもすりぬけてしまい、倒すことはできない（DS版ではヨッシーで食べられ、ファイアを1回吐くことができる）。
 ホージロー (英語：Sushi)
 サメ。水中を泳いでいる。ダメージ3
 ガマグチクン (英語：Moneybag)
 ガマグチ財布状の敵。コインに化けて待ち伏せしている。近づくと正体を現し、逃げ回る。DS版ではよく見ると、通常のコインより影が大きいため、近づかずとも判別が可能。ダメージ2
 スノーマン
 「おおゆきだるま」とも。マップ自体に存在する巨大な雪だるま。顔の前の橋を渡ると怒って風を吹かせてくる。風に飛ばされてしまうと帽子が失われる。
 メンボ (英語：Skeeter)
 四本足のアメンボ型の敵。水上では、マリオが近づくと素早い動きで翻弄する。陸上ではただ忙しく動き回る。体当たり以外攻撃はしてこない。ダメージ2
 ポポイ (英語：Heave-Hos)
 ゼンマイ仕掛けの敵。手に板を持ち、マリオがその上に乗るとかなりの高さまで放り投げてしまう。場所によってはこれを利用して高いところに進むコースもある。倒すことは出来ないが水没中は消滅する。
 ホルヘイ (英語：Chuckya)
 ボムへいの亜種。マリオを見つけると突進してきて放り投げようとする。飛ばす距離はボムキングほど大きくないが、場合によってはコースの外に投げ出される危険もある。重いため、DS版のワリオ以外で持つと移動速度が通常より大幅に落ちる。
 ヒューヒュー (英語：Fwoosh)
 雲型の敵。近づくと風を吹いてきて、飛ばされてしまうと帽子が失われる。DS版ではヨッシーで食べることが可能。
 デカクリボー
 大きいクリボー。攻撃方法は体当たりのみだが、踏みつけ・ヒップドロップ以外通用しない。ヒップドロップで倒した場合のみ、青コインを落とす。ダメージ2
 チビクリボー
 小さいクリボー。ぶつかってもダメージを受けないが、マリオが少し弾き飛ばされてしまう上にコインも出現しない。攻撃して倒すとコインが1枚出現する。
 ちびパックンフラワー
 突然地面から出現し炎を吐き出す小さいパックンフラワー。性質はでかパックンフラワーとほぼ同様。ダメージ2
 小さいノコノコ
 攻撃しても甲羅を残さず、即座にコインに変わる。ぶつかった場合も同様。
 バクバク (英語：Boss Bass, ボス・バス)
 デカ島にのみ出現するサングラスをかけたプクプクに似た敵。DS版ではプクプクに似た姿になっているが名称は同じ。マリオを丸呑みにしようとする。食べられると即ミスになる。本体はダメージ1

ボスキャラクター (64) 
本作のボスキャラクターは一部を除きセリフがある。
 ボムキング (英語：King Bob-omb, キング・ボッボム)
 「ボムへいのせんじょう」で山の頂上に登場。マリオをつかんで投げ飛ばそうとする。後ろから持ち上げて投げ飛ばすとダメージを与えられる（ただし、重いため、DS版のワリオ以外で持つと移動速度が通常より大幅に落ちる）。頂上から場外（山の下）に投げてしまうと、飛んできて「リングのうえでフェアにたたかおうではないか!」などと言われ、やりなおしになるが、ボムキングは平気で場外へマリオを放り投げてくる。DS版における最初の戦いではボムへいを投げてくる（これを利用してボムキングの近くでボムへいを爆発させるとダメージを与えられる）。投げ飛ばした後に本体に当たるとダメージを受ける。（ダメージ1）
 バッタンキング (英語：Whomp King)
 「バッタンキングのとりで」で頂上に登場するバッタンの親玉。プレイヤーが前に来ると倒れてくる。DS版では王冠をかぶっている。ダメージ3
 おやかたテレサ・ボステレサ (英語：Big Boo, ビッグ・ブー)
 「テレサのホラーハウス」で特定の条件を満たすと登場する巨大なテレサ。眼に青い隈取のあるおやかたテレサは、特定の条件を満たすと1階ロビーとメリーゴーランド、ボステレサはバルコニーに出現する（どちらも攻撃方法は同じ）。特徴自体は通常のテレサとほとんど変わらない。3回攻撃を当てると倒すことが出来る。ダメージ3
 おおめだま (英語：Big Mr. I)
 「テレサのホラーハウス」の隠し部屋にいる巨大なアイクン。巨大化しただけで、特徴は普通のアイクンと変わらない。ダメージ1、本体ダメージ2
 ボスどんけつ (英語：Big Bully)
 「ファイアバブルランド」の最深部にある足場に登場する巨大などんけつ。また、近くの足場にいる5体のどんけつ（どんけつ隊）を倒しても出現する。特徴はどんけつと変わりない。通常のどんけつより声が低い。
 イワンテ (英語：Eyerok)
 「あっちっちさばく」の主。ピラミッド内部の中心部の棺がある場所にいるボスキャラ。右手と左手を模した岩のモンスターで掌にある目が弱点。棺の右手と左手の様な役割をしている。最初は棺の台座のふりをし、マリオがイワンテの上に乗るとマリオを驚かす為に突然動き出したが、マリオが一切驚かなかった事で更に驚かそうとマリオに襲い掛かって来る。2体が揃っている時は拳を握った状態でマリオをフィールドから落とそうとしたり、潰そうとする。ダメージを与える度にスピードアップし、片手を倒すと、もう片手が手を開き弱点の目を晒しながら猛スピードでマリオをフィールドから突き落とそうとする。敗北すると仰向けに倒れる。このボスだけタイトルに名前が未表示で名前は攻略本から。ダメージ3
 アイスどんけつ (英語：Chill Bully)
 「スノーマンズランド」に登場。ボスどんけつと性質は同じだが、身体が青く凍り付き一本角である。足場が氷で滑りやすく、下の氷の池に落とされると大ダメージを受ける。こちらから攻撃して氷の池に落とすと倒せる。
 でかパックンフラワー
 「ちびでかアイランド」に登場。名の通り、普通のパックンフラワーより大きく、火を吐く。マリオが近づくと出てきて、火を吐いては地面に戻る。全部で5体いる。ダメージ2
 ハナチャン (英語：Wiggler, ウィグラー)
 「ちびでかアイランド」の山の中に生息する。マリオが侵入する際、天井が損壊し、水が漏れてきたため怒って追いかけてくる。踏むたびに怒りが増し、猛スピードでプレイヤーを追いかけまわす。DS版では2回踏むと赤く変色し、表情も変わる。ダメージ3
 クッパ (英語：Bowser, バウザー)
 カメ族の首領。回を増す事に攻撃方法が多彩になり、3回目（てんくうのたたかい!）では体が不気味な虹色になり（DS版ではならない）、体力が増している。
 2回戦目の発言によると本来なら城を守り、封印を解くためのパワースターを使って強化しているらしい。地震ダメージ3、衝撃波ダメージ1、本体ダメージ2（本体ダメージ以外は帽子の有無でダメージが変わらない唯一の例）

『スーパーマリオ64DS』で追加されたボス 
本作『スーパーマリオ64DS』は『スーパーマリオ64』を踏襲しているが、ボスの変更がある。なお、ボスのセリフは操作キャラクターによって変わる。
 クリキング (英語：Goomboss, グンボス)
 王冠を被った巨大クリボー。クリボーを出現させ、クリボーと共に突進してくる。ダメージを与えると巨大化し、スピードが増してクリボーが増えていく。なお、マリオでクリキングの顔を攻撃するとスーパーキノコが出現する（1回のみ）。マリオを助けるために必要な鍵と帽子を持っている。
 キングテレサ (英語：King Boo, キング・ブー)
 王冠を被った巨大テレサ。青い炎を吐くことがある。鏡にしか姿が映らないが、見えないだけで鏡に対応する位置にしっかり存在しており、通常のテレサと同様背後から攻撃することでダメージを与える事ができる。ルイージを助けるために必要な鍵と帽子を持っている。
 キングアイスどんけつ (英語：Chief Chilly)
 王冠を被った巨大アイスどんけつ。通常のどんけつ同様にステージ外に落としてダメージを与えていくことになるが、3回落とさないと倒せず、復帰するたびに、さながら最終戦のクッパのように周りの足場を崩して、ステージを狭めてくる。なお、頭の王冠の部分を攻撃するとコインを落とす。ワリオを助けるために必要な鍵と帽子を持っている。

スーパーマリオサンシャイン

敵キャラクター（サンシャイン） 
 パックンフラワー
 サンボ(英語：Pokey, ポーキー)
 ゲッソー(英語：Blooper, ブルーパー)
 プクプク
 バクバク
 チョロプー
 キラー
 ボムへい
 テレサ
 ワンワン

以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。

 プチプチ(英語：Swoopin' Stu)
 最初のステージ「エアポート」以外において、汚れさえあればどこからでも生まれる風鈴のような謎の生物。マリオを見つけるとゆっくり追ってきて、ジャンプで体当たりしてくる。ぶつかるとダメージを受け、体が汚れる。赤・青・黄・紫・緑の5色がいる。一定時間が経つか踏むと破裂し、汚れが広がる。マリオを見つけて点滅する前に踏んで倒すと、水補給用のペットボトルを落とす。
 鳥
 金色・青・赤・緑の4種の鳥が存在する。水を浴びせるかヨッシーに食べさせるとアイテムに変わり、それぞれシャイン・青コイン・赤コイン・コインに変わる。
 ゴロゴロパックン(英語：Piranhabon)
 後述のドロドロパックンから吐き出される頭だけの丸いドロドロのパックン。通った後は汚れが広がる。
 クリン(英語：Strollin' Stus)
 小さいクリのような姿の敵。のこのこ歩いているが、マリオを見つけると体当たりしてくる。水をかけるとひっくり返る。3体以上ひっくり返してそのどれか1体を踏みつけると、ひっくり返っている個体が全滅して1UPキノコを出す。この性質を利用して無限1UPできる場所がある。
 サンボヘッド(英語：Pokey Head)
 頭だけのサンボ。
 たねまきサンボ(英語：Seedy Pod)
 色違いのサンボヘッドといった姿。普段は外に出ているが全く動かず、マリオが近づくと地中にもぐって頭の花から種をまき始める。
 かぜくん(英語：Wind Spirit, ウィンド・スピリット)
 台風に目のついたような姿の敵。どこからともなく登場し、マリオの周りを旋回してから突進してくる。ヨッシーで飲み込むと倒せる。水をかけると一定時間現れなくなる。
 クック(英語：Coo Coo)
 太った鳥。空を飛びながら、ラクガキと同じ性質のフンをまき散らす。
 メンボ
 四本足のアメンボ。攻撃はしてこない。停止しているときに踏むと大ジャンプができる。水上にしかいない。
 ポポ(英語：Poink)
 ピンクの浮いている生物。ポンプのノーマルノズルに取り付いてくる。ポポが取り付いた状態でRボタンを押し続けるとチャージができ、離すとポポを勢い良く発射できる。取り付いたまま他のノズルに変えると消滅する。
 スパーク(英語：Wire Trap, ワイヤー・トラップ)
 ロープ上を移動する青や赤の謎の物体。ロープ上に立つと動き出してマリオを追ってくるもの、マリオの動きに関係なくロープ上を往復しているものなど様々である。どうやっても倒せない障害物のような存在である。
 チョウ
 青・緑・黄色の3種の蝶が存在する。 ヨッシーにすべて食べさせるとアイテムが出てくる。
 ハチ(英語：Bee)
 蜂の巣を落とすと出現。落とす前にも数匹が蜂の巣を守っていて、マリオが近づくと攻撃してくる。蜂の巣は一度落としてもなぜか自然復活する。
 クラゲッソー(英語：Jumping Blooper)
 クラゲ型のゲッソー。ただ水上をジャンプしているだけで、攻撃はしてこない。水をかけるとしばらくの間頭が巨大化した状態で固まり、足場代わりになる。
 カサカサ(英語：Klamber)
 黄色いクモのような敵。金網に取り付いて動き回っていることが多い。金網の反対側から蹴るか、ヨッシーに食べさせる事で倒せる。
 あおポイハナ(英語：Cataquack)
 鳥の頭のような姿をしている。マリオを見つけると突進してきてくちばしで空中に放り投げる。投げられてもダメージは受けないが、本体に触るとダメージを受ける。水をかけるとひっくり返る。踏みつけるとコインが1枚出る。
 あかポイハナ
 赤いポイハナ。行動パターンはあおポイハナと同じ。こちらは投げられるとダメージを受ける。どちらのポイハナも投げ方がスーパーマリオ64に出ていたポポイに似ている。一部のステージは登場するポイハナが全て赤いものだけになっている。
 クリンズ(英語：Giant Stu)
 クリンがトーテムポール状に積み重なったもの。大きなクリンが一番下にいて合計10匹。
 モエクリン(英語：Smolderin' Stu)
 頭に火の点いたクリン。火を消すとただのクリンになる。
 ハネクリン〈青〉(英語：Winged Strollin' Stu)
 空中を浮遊する羽の生えたクリン。アスレチックコースでは足場代わりになるが、そこ以外では体当たりしてくる。
 ハネクリン〈緑〉(英語：Swipin' Stu)
 マリオの帽子を奪おうとする。帽子を奪ったハネクリンにはマリオと同じ髭が生える。マリオは帽子が無いと直射日光で少しずつダメージを受けていくので、早く取り返さないとミスになってしまう。
 デンキノコノコ〈青〉(英語：Electrokoopa)
 マリオに向かって帯電した自分の甲羅を投げてくる。甲羅を投げている間に放水すると一時的に動きが止まり、戻ってきた自分の甲羅で感電し倒れてしまう。
 デンキノコノコ〈赤〉
 ピンナパークで初登場。金網を歩き回っている。金網の裏から蹴ることで倒すことができる。
 タマゴノコノコ(英語：Snooza Koopa)
 ヨッシーのタマゴと同じ柄の殻を背負った巨大ノコノコ。普段は寝ているが水をかけると起きて、ジャンプしてマリオを押しつぶそうとする。
 デブテレサ(英語：Sleepy Boo)
 普通のテレサより一回り大きく、屋根裏などで寝ていて道を塞いでいる。
 ブロックテレサ(英語：Pink Boo)
 ピンク色のテレサ。攻撃はしてこないが、触れるとダメージを受ける。水をかけるとブロックに変化し足場になる。変化中は触れてもダメージを受けない。
 イガイガ(英語：Glorpedo)
 マーレのいりえで初登場。チョロプーが撃ち出すトゲトゲの球。汚れの固まりのようで、通った軌跡は落書きのように汚れてしまう。また、踏むと崩れて汚れが広がる。
 キャンキャン(英語：Chain Chomplet)
 ワンワンの子供。モンテ族のペット。ワンワンと異なり球体が複数連なったような姿をしている。熱を出して暴れており、触れるとダメージを受ける。水をかけることで一時的に熱を冷まし、尻尾をつかんでパチンコの様に弾き飛ばすことができるようになる。泉に落とすことで完全に熱を冷ます事ができる。

ボスキャラクター（サンシャイン） 
 ドロドロパックン(英語：Proto Piranha)
 汚れの中にいる大きいパックンフラワー。ドルピックタウンでは建物が汚れに飲み込まれると、その泥の中から登場。エアポートのもの以外は、周囲からプチプチが生まれる。基本的にドロドロパックン自体は口を開閉しながら体を揺らすのみで、自発的に攻撃を行ってきたりすることはない。口の中に水をかけることでダメージを与える事ができる。口の中以外は体を揺らすだけでダメージにならない。倒すと建物は復活し、外壁の一部に各ステージの入り口となる虹色の「M」のマークが浮かぶ。
 ボスパックン(英語：Petey Piranha)
 手足がある巨大パックンフラワー。風車の上に陣取っており、戦闘時に自分の咆哮で天井が崩れ、風車の内部で戦うことになる。泥を吐いたり、葉っぱの手で叩いてくる。再登場時はビアンコ村をドロドロで汚したうえ、その奥で寝ており、戦闘になると葉っぱを翼代わりにして空を飛び、竜巻を起こして攻撃するようになっている。3回ダメージを与えると身体全体がドロドロに覆われて崩れる。
 ボスゲッソー(英語：Gooper Blooper)
 四本の長い足をたたきつけてくる巨大ゲッソー。リコハーバーでボスとして2度登場、マーレのいりえでも登場する。足は引っこ抜く事ができ、全て抜くと攻撃手段を失い何もできなくなる。弱点はコルクで塞がれた口で引っ張る必要があるが、最初は自分の墨で顔が汚れており、手が滑って引っ張る事ができない。墨を洗い流し、ある程度引っ張ることでダメージとなる。一度ダメージを与えるとコルクが外れ、周囲と自分の顔に墨を撒き散らして妨害を行ってくる。2回ダメージを与えるとリコハーバーのステージでは海へ、マレーのいりえでは山へ吹き飛んでいき、倒したことになる。
 チュウハナ(英語：Plungelo)
 ポイハナの大きいバージョン。マンマビーチの鏡の上で歩き回って角度を変え、大砂鳥の誕生を邪魔している。水をかけると反対方向に向かって体が動いていく。シーソーの要領で勢いよく鏡を揺らし、吹っ飛ばすことで倒すことができるが、足が吸盤の形状をしておりしっかり張り付いているため、鏡の端までずらし、片足を上げた状態でないと弾き飛ばすことができない。
 ボスハナチャン(英語：Wiggler, ウィグラー)
 敵キャラクターとしてはシリーズ最大の大きさを誇るハナチャン。自分の眠りを妨げられたことに激怒しビーチ内を暴走している。弱点は腹部だが、まず砂の芽で出現する砂山を利用してひっくり返す必要があるうえ、腹部のどの部分を攻撃すればよいかはランダムになっている(場所は赤い矢印で示される)。ダメージを与えるごとにスピードアップし、暴走するルートを変える。BGMもダメージを与えるごとにテンポが速くなっていき、3回ダメージを与えると砂になって崩れると共にBGMの速度も落ちる。
 メカクッパ(英語：Mecha-Bowser, メカ・バウサー)
 クッパ型の巨大ロボット。火を噴いてきたり、キラーを発射したりする。このボスとは、ジェットコースターに乗り、ボトルロケットを使っての戦いとなる。ボトルロケットをぶつけることでダメージを当たえる事ができる。火炎放射やキラーは水をかけることで防ぐ事ができる。
 デンノコキング
 ピンナパークの観覧車の裏で発電し、観覧車を暴走させている緑の甲羅の巨大なデンキノコノコ。眠っているためボスらしい戦いはせず、腹から叩くことで一撃で海へ吹っ飛んでいき、倒せる。
 ボステレサ(英語：King Boo)
 シレナビーチのカジノの地下にいる冠を被った大きなテレサ。スロットマシンで攻撃方法を決める。唐辛子が大の苦手で、あまりの辛さに無防備になる。
 マンタ(英語：Phantamanta)
 シレナビーチに登場する、電気を帯びたエイ型の半透明平面生物。体の中央部から電気を帯びた泥を生み出す。攻撃すると分裂し、小さくなるほど水を浴びたときの鳴き声が高くなる。通常はマリオとは関係なく遊泳しているだけだが、最小にした後、数を一定以上減らすと体色がピンクになり、一斉に襲い掛かってくる。なお屋根の下に潜り込むことは出来ないため、屋根の下にいれば安全である。
 むしばウナギ(英語：Eely-Mouth)
 マーレのいりえの深海で洞窟の中にいる、大型のウナギ。このボス戦のみ、水中戦である。名前の通り虫歯があり、マリオを吸い込んだり、黒い息を出す。全ての虫歯に水を当てて虫歯の治療を完了させれば、シャインが入った金歯が抜けて洞窟の奥に消え、倒したことになる。
 ニセマリオ（クッパJr.）
 透明なマリオ。島をラクガキだらけにした張本人。手に持つマジックブラシで様々な悪事を行う。各ステージの7番目のシナリオでは必ずニセマリオとの戦いとなる。基本的に逃げ回りながら落書きを残していくが、残す落書きの種類はステージにより異なる（リコハーバーでは墨、モンテの村では炎の落書きなど）。マリオと似たアクション（スピンジャンプなどポンプを用いたもの以外）で移動する。各ステージの最初のアスレチックコースやステージ7「ほのおのなかそんちょうはどこだ?」の場面ではポンプを奪われるシーンが見られる。
 正体（元の姿）はマジックブラシで変身した、クッパの息子クッパJr.。母親恋しの一念で、クッパがJr.の母親代わりにピーチを誘拐した。しかしピーチが母親でないことは初めから自分で分かっており、父のクッパを気遣って気付かないふりをしていた。
 『マリオゴルフファミリーツアー』には「にせマリオ」の名前で隠しキャラクターとして登場。持ち球は低めの弾道のフェードで、スターキャラになると275ヤードの飛距離がある。
 『大乱闘スマッシュブラザーズ for Nintendo 3DS / Wii U』では、クッパJr.およびクッパ7人衆の最後の切りふだとして登場する。
 クッパ
 カメ族の首領。クッパJr.とピーチ姫、クッパ三人で温泉に入ってのんびりしている。マリオが雲の上の温泉に辿り着くとクッパが「家族団らんをじゃまするぶすいものめ」と言いながらバトルがスタート。入浴したままのクッパと戦う。
 クッパ自身には攻撃が効かず、周囲の4つのスーパーヒップドロップマークにスーパーヒップドロップを当て、浴槽を壊すことで倒したことになる。

スーパーマリオギャラクシー 
(※)がついたものは続編の『スーパーマリオギャラクシー2』にも登場するキャラクター。

敵キャラクター（ギャラクシー） 
 クリボー(※)
 ノコノコ(※)
 パックンフラワー(※)
 ドッスン(※)
 ハナチャン(※)
 テレサ(※)
 ボムへい(※)
 キラー(※)
 プクプク(※)
 ゲッソー(※)
 サンボ(※)
 カメック(※)
 カロン(※)
 ビリキュー(※)
 ミニメカクッパ(※)

以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。

 マメクリボー(※)
 最弱の敵。『スーパーマリオブラザーズ3』のものより大きい。
 デカクリボー(※)
 巨大なクリボー。大きすぎるため踏みつけること自体が出来ないが、スピンをするとひっくり返り、そのままぶつかることで倒せる。
 カボクリボー(※)
 ハロウィン風のカボチャの仮面をかぶったクリボー。時々立ち止まり、青白い炎を残す（一定時間経過かスピンで消える）。スピンを当てると仮面が壊れ、普通のクリボーになる。踏みつけでははじかれるだけで倒せないが、ヒップドロップすると一発で倒せる。
 メットボー(※)
 堅固なヘルメットをかぶったクリボー。そのまま踏みつける攻撃は効かないが、足が無防備なのでスピンでひっくり返したところを踏むと倒せる。
 トゲトゲパックン(※)
 普通のパックンより大きく紫色をしていて、茎にトゲがある。スピンや体当たりをしようとするとダメージを受ける。マリオが近づくと、重そうに頭を振り下ろしてくる。
 オニマスドン(※)
 『スーパーマリオ64』のオニマスクンの亜種。オニマスクンより大幅にデザインが改変され、サイズがやや大きくなり、材質も金属から石に変わり、顔もドッスンのような風貌となった。また、くぼんだ部分は口に当たる（オニマスクンより広い）。性質としてはオニマスクンと同じで、一定の区間を転がっており、潰されると一発でアウト。
 ツキダシドン(※)
 壁から突き出す岩。倒せないが足場にできる。これの上に乗らなければならないことが多い。
 ポイハナ
 『スーパーマリオサンシャイン』で登場したキャラクター。ハナチャンの幼体。本作では青のみで触れてもダメージは受けない。触れると空高く跳ね上げられる。近くでヒップドロップするかスピンすると暫く気絶する。池に落ちると消滅するが、元のいた場所で復活する。
 ボムテレサ(※)
 マリオを見つけると近づいてくる、黒いテレサ。スピンで舌をからませれば振り回せ、何かに当たると爆発する。
 ワンワン(※)
 今作では鎖に繋がれておらず転がって移動する。アシストプレイで動きを止め、その状態で他のワンワンにぶつけると倒せる。また、パンチボンボンをスピンでぶつけても倒せる。
 ミニワンワン(※)
 ワンワンの縮小版。ワンワンより速く転がっている。鳴き声も普通のワンワンより音階が高い。
 ゴールドワンワン(※)
 金色のワンワン。パワースターを持っている。それ以外は通常のワンワンと同じ。
 マグナムキラー(※)
 巨大なキラー。ホーミング機能はついていないが高速で飛んで来る。
 トーピード
 魚雷型キラー。今作では目が赤くなっている。突然海底から射出され、マリオめがけて追尾し、徐々に加速して来る。障害物などに当たると爆発するため、これを利用してグラスゲージを壊せる。
 ウニゾー(※)
 ウニのようなモンスター。池や海の底に生息し、マリオに気付くと転がりながら追いかけてくる。派生種に陸上にいる「陸ウニゾー」が存在する。
 カニーナ(※)
 砂の上をカニ歩きするカニのモンスター。体の正面は硬いが、背中は脆い。二種類存在し、赤色のものはマリオに近づき、青色のものは逃げていく。青色のものは、倒すと1UPキノコを落とす。
 アナゴン(※)
 海中に生息するアナゴのようなモンスター。壁の穴から体を伸ばすタイプと自由に泳ぎ回るタイプがいる。コウラを当てると倒せる。
 大アナゴン(※)
 ビッグサイズのアナゴン。倒すと1UPキノコを落とす。
 ユラリ(※)
 水中にいるクラゲのような敵。それほど動かない。
 ビリデカユラリ(※)
 ユラリより大きく、透明な電気を帯びた敵。上下にゆっくりと動く。コウラを2回当てると倒せる。
 コボーネ
 骸骨鮫の幼体で目が赤い。マリオたちを見つけると追尾してくる。
 タコボー(※)
 タコのようなモンスター。青いヨッシーの卵のような模様をしている。同じ場所を行ったり来たりしていて、近づくと頭突き攻撃をしかけてくる。
 タコチュ(※)
 タコの小さなモンスター。マリオの体にくっつき、くっついたまま一定時間経つとダメージを受ける。くっつかれている間は移動速度とジャンプ力が落ち、複数のタコチュに取りつかれると更に動きが鈍くなる。スピンで倒せる。
 タコヘイ(※)
 タコボーの上位種。マリオが近付くと逃げ、一定距離になると石を吐き出す。
 オタロック(※)
 炎の弾とココナッツの弾を放ってくるタコのモンスター。倒すと橋やスターリングなど、仕掛けが作動することが多い。
 ペタペタ(※)
 唐草模様の風呂敷の姿をした忍者のようなモンスター。姿を消して歩き回る。倒すとたくさんのスターピースを落とす。
 バネグモ(※)
 一定の場所でジャンプを繰り返してくるクモのモンスター。派生種に糸にぶら下がる「ツリグモ」が存在する。
 バットン(※)
 コウモリのモンスター。マリオめがけて急降下してくる。バサバサのように血は吸わない。
 アイスバットン
 バットンが、氷をまとった姿。触れると氷漬けになる。
 コテムシ(※)
 虫のモンスター。マリオに気付くと逃げ出す。通常では触れてもダメージを受けず、むしろコテムシの方が転がってしまうぐらいだが、ハチマリオに変身しているときはどこまでも追いかけてきて、接触するとダメージを受けるようになる。
 クワカブト(※)
 ハニービー達に嫌がらせをしている一族。マリオを見つけると一直線に突進してくる。背中にヒップドロップマークがついている。
 親子クワカブト(※)
 クワカブトの上に子供の乗ったタイプ。一度ヒップドロップで攻撃すると子供だけが倒れ、親が怒り出し、スピードが上がる。
 砂風くん
 砂漠にいる竜巻。常にカロンを巻き込んでいる。大きなゴミを巻き込んでいるものもいる。竜巻型の「つむじくん」とは異なる。
 ベーゴマン(※)
 ベーゴマのようなモンスター。常に回転していて、触れると弾き飛ばされる。頭にはトゲがあり、踏むことはできない。こちらからスピンを当てると相手を弾き飛ばすことができ、ビリビリレールに当てると倒せる。体色の違う三種類に分かれており、頭にトゲが付いた赤色の「トゲベーゴマン」と、踏むと高く飛べる緑色の「バネベーゴマン」と、小さい黄色の「ベビーベーゴマン」に分かれる。
 モグへい(※)
 トゲ付きメットを被ったモグラ。地面を掘り進む。近くでヒップドロップをすると、地表に出て気絶する。
 モグ
 『スーパーマリオブラザーズ3』で登場した「プー」に似た行動をする敵（英名はRocky Wrenchで、「プー」と同一キャラクター扱いになっている）。マンホールのような場所からスパナを投げつけてくるモグラ。近づくと引っ込んでしまい攻撃が効かないが、近くでヒップドロップするかスターピースを当てると、姿を出した状態で気絶する。今作では、飛行船ではなく要塞や草原に出現する。
 ジャンプガレージ
 ジャンプ台のような敵。下からは、ベビーベーゴマンが出現する。
 レーザーポッド(※)
 マリオを見つけるとしつこくレーザーを撃ってくる敵。本体は動かず、倒すこともできない。
 ジャンプビーマー(※)
 円形のレーザーを終始撃ってくる敵。本体は動かない。レーザーを撃たないものもある。踏むとトランポリンのように高く飛べる。
 リングビーマー(※)
 円形のレーザーを終始撃ってくる敵。本体は動かない。トゲがあるので踏むこともできない。
 ボールビーマー(※)
 円形のレーザーを終始撃ってくる敵。本体は動かない。必ず球形の惑星にいる。上にネジが付いていることもある。
 スペースキライラ(※)
 宙に浮いた棘付きの機雷。ぶつかるか、スターピースを当てると爆発して消滅する。『2』では、壊すとスターピースなどが出る物もある。鎖で繋げられて水底に沈んでいる「キライラ」には顔があり、消滅しても一定時間で復活する。
 ゴロゴロ岩（ゴロ岩）(※)
 ワンワンのようにゴロゴロと転がっている岩。一ヶ所だけむき出しになっている赤い中心部分を攻撃するか、アシストプレイで動きを止めて他のゴロ岩にぶつけさせると破壊可能。なお、ワンワンとぶつかった場合はゴロ岩のみが破壊される。
 ボムクック(※)
 『スーパーマリオサンシャイン』で登場したクックの亜種。飛びながら落としてくる爆弾は落ちてもすぐには爆発しない。
 バブル(※)
 2種類存在する。片方は赤い火の玉で、溶岩から飛び出しては戻っていき、もう一方はオタキングとの戦いなどで出現する青白い火の玉で、溶岩から飛び出したあとはマリオをしばらく追ったあと、一定時間で消える。青白いものはスターピースを当てるとコインに変わる。
 メラメラ(※)
 石に火が点った敵。スピンをすると火が消え、爆ぜながら跳ねるように逃げる。その状態で体当たりすると倒せるが、溶岩に落ちると再び火がつく。
 カチコチ(※)
 石に冷気が点った敵。ぶつかると凍ってしまう。スピンをすると冷気が消え、爆ぜながら跳ねるように逃げる。その状態で体当たりすると倒せるが、冷たい池に落ちると再び冷気をまとう。

ボスキャラクター（ギャラクシー） 
 ディノパックン(※)
 パックンフラワー達のボス。ボスパックンと恐竜を合わせたような風貌をしている。大きな卵の殻に入っているが、殻を壊すと本体が出現する。弾力性の強い尻尾を持っている。派生種に炎をまとった「ファイアディノパックン」がいる。
 オタキング(※)
 タコボー、タコチュ、オタロック達のボス。大きなタコのモンスター。火の玉やココナッツを吐いたりバブルをくりだして攻撃する。派生種にクッパJr.がペットとしているオタキング（黒）がいる。
 クワカブトキング(※)
 クワカブト達の王。突進してきたり、飛んだりしている。おしりから爆弾を出す。背中にヒップドロップマークがついており、3回ヒップドロップを当てる事で倒せる。しかし、2度目は空を飛び、3度目は体を斜めに傾けてヒップドロップを当てにくくする。
 メガレッグ
 三本足の超巨大ロボット。体にキラー砲台をいくつも搭載している。頭頂部の二重のケースに覆われたグランドスターが動力源であり、キラーを誘導してケースを破壊すると木端微塵に爆発する。
 ボスカメック
 カメック船団のボス。炎の弾や、緑のコウラを出して攻撃してくる。2回ダメージを与えると、カメックを二体呼び出す。
 クモキング
 巨大なクモのモンスター。緑の液体を吐き出して攻撃する。
 尻の緑に光った場所を攻撃するとひっくり返るので、露出した3つの赤い所を攻撃するとダメージが与えられる。また頭部に攻撃すると一定時間動きを止めることが出来る。
 ボスの中では当たり判定を有する箇所が、頭部、尻、腹部の3つの赤い所の合計5つと最も多く、体力が最も多い。
 ベーゴマンキング
 ベーゴマンのボス。本体の側面に丸ノコ状のトゲがあり、回転しながら攻撃する。そのままではスピンを当てられないが、頭部がスイッチになっており、踏むとトゲが引っ込み、逃げ回るようになる。その状態でスピンを当てて弾き飛ばし、ビリビリレールに当てるとダメージとなる。
 ポルタ(※)
 沢山のガレキでできた怪物。正体は黒いオバケで、ガレキを集めて姿を変えただけである。岩を降らせてきたり、ボムテレサを生みだしたりする。一定のダメージを与えると手ができて攻撃用法が増える。
 モグキング(※)
 モグの大将。ヒップドロップをすると土の中から出てくる。最初はウサギを追いかけることに夢中になっており、一度ダメージを与えるとマリオに気が付いて改めて戦闘となる。
 戦闘開始時に既にダメージを一度与えているため、二回ダメージを与えることで倒せる。
 カチコチキング
 氷山の高い所の湖の真ん中にいるカチコチの王様。氷の時は氷弾などを発射したりヒップドロップで振動をおこしたりするなどの攻撃手段がある。芯だけの体になるとカチコチと同じように爆ぜて逃げ回る。
 ウォーターバズーカ
 青い砲台に乗っているモグ。水玉を撃ってくる。水玉自体は当たってもダメージは無い。モグの居るガラスを3回ヒップドロップすることで倒せる。
 エレキバズーカ
 黄色い砲台にのっているモグ。電撃玉を撃ってくる。倒し方はウォーターバズーカと同じだが、電撃玉に当たるとダメージを受ける。
 キングボーネ
 巨大な骸骨鮫。コボーネという魚雷のような敵を放つ。今作中、唯一の水中戦のボスでもある。
 クッパJr.(※)
 クッパの息子。様々な兵器や部下を使ってマリオを倒そうとする。このシリーズからピーチを呼び捨てするようになった。
 クッパ(※)
 カメ族の首領。今作では、ピーチをさらい、銀河を征服しようと企んでいる。発言もいつもの彼らしからぬクールさを見せる。

その他（ギャラクシー） 
ロゼッタ(※)
 ほうき星の天文台の主。マリオカートシリーズやマリオパーティシリーズ、スーパーマリオ3Dワールドなどにも登場する。
チコ(※)
ほうき星にたくさんいる星の子。ロゼッタの事を「ママ」と呼んでいる。
星ウサギ(※)
ヘブンズドアギャラクシーにてマリオと鬼ごっこで勝負する。その正体はチコである。その他にも種としての星ウサギも存在する。
バトラー
チコの長老。天文台のことは詳しい。
ベビーチコ(※)
マリオの帽子の中に入り、スピンの能力を与えてくれる。『2』では「ベビィチコ」と表記されている。
パマタリアン(※)
ギャラクシーに点在するゴミ捨て場の管理人。マシンルームにも登場する。
ハニークイーン(※)
ハニービーキングダムギャラクシーの女王。マリオカート7にも出場した。
ハニービー(※)
ハニークイーンの部下達。
ハラペコチコ(※)
いつもお腹がすいているチコで、スターピースを指定された数だけあげると惑星になる。
よろずやチコ(※)
1UPキノコとライフUPキノコを売っている青色のチコ。
コメットチコ
いたずらコメットについて教えてくれる紫色のチコ。一定数のスターピースをあげるといたずらコメットを動かしてくれる。
ペンギンコーチ(※)
ペンギン達に水泳を教えているコーチ。エイ乗りも教えてくれる。
レーサーテレサ
ファントムオブギャラクシーなどでレースを楽しむヘルメットを被ったテレサ。攻撃はしてこない。

スーパーマリオギャラクシー2 
ここでは『スーパーマリオギャラクシー2』で新たに追加されたキャラクターや挙動が変更されたキャラクターを挙げる。前作『スーパーマリオギャラクシー』と同様のものは上記を参照（前作のみ登場で今作には登場しないキャラクターもいる）。

敵キャラクター（ギャラクシー2） 
 ジュゲム
 トゲゾー
 チョロボン
 バッタン
 ハンマーブロス

以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。

 パタクリボー
 羽根が生えているクリボー。2Dアクションマリオとは違って1回の踏み付けだけで倒せるが、ヨッシーで食べると羽のみ取れて普通のクリボーになる。
 でかパタクリボー
 巨大なパタクリボー。
 でかノコノコ
 巨大なノコノコ。
 でかハナチャン
 巨大なハナチャン。
 でかドッスン
 巨大なドッスン。
 でかパックン
 巨大なパックンフラワー。
 巨大テレサ
 マリオを後ろから追いかけてくる巨大なテレサ。
 ハリボンボン
 トゲ付きの植物。マリオが来ると体当たりしてくる。
 イガイガパックン
 黒色のトゲトゲパックン。茎だけでなく頭にもトゲが生えているため、踏むことはできない。
 ビックリフラワー
 ハチ花に擬態した敵（ただし、ハチ花とは違いハチマリオ以外でも乗れる）。乗れる部分は口になっていて、ずっと乗っていると飲み込まれ、ダメージを受ける。食べる直前に額の色が変わる。プロペラのようなものが付いているため浮遊している。
 サンボヘッド
 頭部のみのサンボ。
 フラミー
 「スーパーマリオワールド」に登場したポンキーに似ている花。花びらを開いてスピンしてくる。
 パイポ
 ジュゲムが落としてくるトゲゾーの卵。
 タコボー
 前作に登場した敵だが、今回は頭突きではなく、岩を吐いて攻撃してくる。
 タコピー
 緑色のタコボー。岩を2発吐いてくる。
 テレボー
 オバケになったタコボー。浮遊している。スピンを当てると一瞬透明になり、この間は触れてもダメージを受けない。
 メンボ
 アメンボの敵。水上で突進してくるが、水を凍らすスイッチを押すと自分全体が凍る（凍った場合は体当たりで倒せる）。
 ブットン
 トゲトゲの背中を持つ敵。常にマンホールの上をうろうろしており、プヨプヨのお腹が弱点。
 ちびワンワン
 小さなワンワン。パンチボンボンで破壊できる。
 サーチワンワン
 銀色のワンワン。目が赤く、焦点が合っていない。マリオたちをホーミングしてくる。マリオがタマコロに乗っている場合、体当たりで足場から突き落とそうとする（押す力が強いものもある）。
 キラー
 前作に登場した敵だが、今回はホーミングしないタイプも登場する。
 パタン
 バッタンを小さくしたような敵。マリオに近づき、飛び跳ねて倒れ、マリオを潰そうとする。後述のボス「バッタンキング」（下を参照）が召喚してくる。
 ブーメランブロス
 ブーメランを投げてくるハンマーブロス。ハンマーブロスと同じく1回攻撃すると気絶する。
 ペト
 一回飛び跳ねた後、体を縮めて放電し、電気のエリアを広げるモンスター。放電中はダメージを与えられない。
 ハンテンムシ
 重力を変えると足の向きを変える敵。常にピョンピョンと飛んで左右に移動する。頭にトゲがあるため、トゲがない方を踏むと倒せる。
 ピュードン
 頭にトゲの生えている鳥。マリオを見つけるとホーミングし、頭を下にして急降下して気絶する。常に不機嫌そうな顔をしている。
 ブッチュン
 マリオだけが近づくと逃げるが、ヨッシーに乗った状態で近づくとキスをしてくる。キスをされている間はヨッシーが舌を出せなくなる。ヘッドシェイクで倒すことができる。
 バズメット
 怠けた顔をしている。首のプロペラで空を飛ぶ、緑色のタヌキの敵。スターピースを当てると気絶するが、すぐに立ち直ってしまう。ヨッシーならば食べることができる。
 ホリーノ
 鼻のドリルで掘っているモグラ。常に同じ向きで掘り進んでいる。掘るものがなくなった場合のみ方向を変える。
 ガツガツ
 カロンの頭部に似た姿をした頭蓋骨。足場をムシャムシャと食べている。食べた後に穴が残るが、通り過ぎると穴は小さくなっていく。踏むと、方向転換する。
 ウーガン
 『スーパーマリオワールド』に登場したウンババに似た溶岩のモンスター。マリオが通過すると大きな口を開けて、食べようとする。マグマモンスターギャラクシーに多く生息している。
 ウーチャン
 ウーガンを細くしたような溶岩のモンスター。マグマモンスターギャラクシーに多く生息している。
 プクプク
 前作に登場した敵だが、今回は一定の軌道を泳ぐのみで、メンボと同じく水が凍ると自分自身も凍る。
 トゲプク
 トゲを持ったプクプク。動きが速く、マリオを見つけると追いかけてくる。
 ニョロポン
 ヒドラのような敵。マリオが来ると体を傾けてくる。コウラの光に弱い。
 トンガリ
 トゲ付きの貝殻を背負った巻貝。何故かオバケ屋敷にもいる。
 アコヤガイ
 『New スーパーマリオブラザーズ Wii』で登場した二枚貝。貝の中にアイテムを隠し持っていることがある。
 ゴロゴロ
 顔の付いた石臼。流れる星砂ギャラクシーに18体のみ登場。マリオが流れる砂をスライダーしていると後ろから現れ、正面からぶつかると潰されて即ミスになってしまう。側面には触れてもダメージを受けない。
 クルンパ
 顔がついたパネル。主にクッパJr.やクッパのステージの溶岩の上に浮いており、足場として利用できるが、一定の間隔で回転するため、そのまま乗っていると振り落とされる。
 ピンボー
 ボウリングのピンの姿をした敵。集団で登場することが多い。ゴロ岩マリオで転がらずに近付くと地面に隠れてしまう。
 ニゲーロ
 青いカエルのような敵。特定の場所のみ登場。常にシルバースターの入った泡を持って、常に逃げ回っている。倒しても無限に出現する。
 モグポン
 サスラーの作ったミニゲームに登場。触れれば倒せる。
 ゴールデンモグポン
 サスラーの作ったミニゲームに登場。モグポンよりも高得点。
 トゲポン
 サスラーの作ったミニゲームに登場。ぶつかると弾かれてしまう。
 マネック
 茶色でマリオのドッペルゲンガー。特定の場所に複数（場所により異なる）登場し、マリオのとった動きを完全に真似してくる。触れれば消滅するがダメージを受ける。ステージの仕掛けを解くなどすれば全員残らず消滅しスターピースに変わる。

ボスキャラクター（ギャラクシー2） 
ディノパックンJr.
前作に登場したディノパックンの派生種のパックンフラワー。ディノパックンと同様、大きな卵の殻を壊すと本体が登場する。ディノパックンを幼くしたような風貌で、殻から頭と足だけ出している。行動はディノパックンに近いが、ディノパックンとは違い、飛びついてくる。
キングジュゲム
ジュゲムの王。パイポを投げる。ダメージを与えるとパイポを一度に二つ投げてくる上に、雷を撃ってくる。
ガブリュウ
クッパJr.のペット（?）である巨大ドラゴン。ヘビの様な長い体を持つ。その名の通りマリオを惑星の地表ごと喰らおうとしてくる。体を身体にいくつもあるピンクの玉が弱点。
ガブリュウ（黒）
ガブリュウの亜種で、炎を体にまとっている。また、ステージには溶岩の池もあり、難易度がアップしている。
ホリホリレッグ
前作のメガレッグに似たボス。歩行やジャンプで踏み潰してくるほか、頭を反転させ、頭頂部からホリーノを地中に向かって発射してくる。腹のガラスが弱点。
親子クワカブト
前作に登場したクワカブトが2体縦に連なった敵。今回はボスとして登場。パズルを直すと現れる。
クワカブトキング
前作に登場したクワカブトの王様。行動は前作と同じだが、周囲の仕掛けが無いため、雲マリオに変身して自分で足場を作る必要がある。
ゴロマジロ
アルマジロとゴロ岩が合わさったようなボス。背中が硬く、丸まって攻撃してくる。弱点は下半身。
スノーキー
巨大な雪玉に目と赤鼻がついた雪だるまのボス。体の部分にあたる惑星を転がり、マリオを追ってくる。弱点は赤鼻。
ブットンクイーン
ブットンの女王。ブットン同様、腹が弱点だが、迂闊に裏側に回っても、端から裏側に回ってくることがある上、溶岩を吐いて金網を封じ、縦横無尽に迫る。たどり着いた時は寝ており、腹を攻撃すると目覚めて戦闘となる。この時点での攻撃はダメージとしては扱われず、戦闘後に改めて3回ダメージを与える必要がある。
サンドロン
アリ地獄のボス。砂の玉や棘玉を投げてくる。ダメージを与えると爆弾を投げてきたり、手の近くに砲台を召喚する。この砲台はファイアボールで破壊できる。弱点は口だが、開いているときにしかダメージを与えられず、何もしないまま一定時間が経つと、口を閉じてしまう。
オタプリンス
戦車に乗ったオタ王国の王子。戦車には砲台が前後に三門ずつあり、乗っているオタプリンスと同様に氷を溶かす火力の火の玉を撃ってくる。ダメージを与えると攻撃方法を変える。
メガハンマー
クッパJr.の操る巨大ロボット。今作で常に乗っている飛行装置がそのまま頭部兼コックピットになる。両腕に巨大なハンマーがあり、体の前後に一門ずつ装備した砲台からはキラーやマグナムキラーを撃つ。ハンマーを地面に叩きつけるか、背後に回り込むと波状に広がるビームを放ってくる。弱点は前半は前に二つ、後ろに一つ設置してあるガラスで、後半はコックピットの窓である。ちなみに後のギャラクシーである『クッパJr.の大砲の城』の最初には壊れたメガハンマーが捨てられている（ただし、キラー砲台は壊れておらず、近づくとキラーを撃ってくる）。
バトルキャッスル
クッパJr.の操る城型の巨大戦艦。下部にファイアバーが、中部には雲を吸い込む吸引装置があり（これが作動している間は、上部の窓に電流が走っている為、触れるとダメージを喰らう）、上部には目のような窓に口を模った砲台がある。この砲台からは雲を破壊する電気の球を撃ってくる。最初は地面に埋まっており、中央で向きを変える程度にしか動かないが、ダメージを与えると土台部分からキャタピラーが現れ、自由に動くようになり、高さも増す。弱点は上部の窓だが、ずっと乗っていると、振り落される。
 バッタンキング
なつかしの砦ギャラクシーに登場するボス。基本的にはスーパーマリオ64の再現だが、戦う場所が砦の頂上ではなく、そこから行ける裏側である他、パタンを召喚したり、踏み潰しやジャンプで地震を起こしたり、踏み潰し攻撃が即ミスになるなど、強化されている。クッパとクッパJr.以外のボスで唯一セリフがある（セリフはスーパーマリオ64のものと同じ）。
ボス軍団
キングオブキングスギャラクシーで連続で登場する5体のボス。前作で登場したボスと連戦になる。ディノパックン、オタキング、モグキング、ポルタ、ディノパックン（黒）の順に戦う。
クッパ
カメ族の首領。今回はスターの力で巨大化しており、シリーズで初めて宙に浮かび、隕石を召喚するなど今までにない攻撃をする。前作は銀河征服というスケールが大きい悪事を企んでいたが、本作では「自分にふさわしい帝国を作り、その記念にピーチ姫に特大のケーキを作ってもらう」という私的な野望を持っている。なぜかやたらと「スーパー」という単語を多用する。

その他（ギャラクシー2） 
ルーバ
チコ達の親分。星船マリオに乗って、マリオをサポートする。なぜかロゼッタのことを「魔女」と呼ぶ。公式設定上はオバさん。
さすらいの遊びサル
もくもくけいこくギャラクシーでキノピオ隊長からパワースターを奪った後、追いかけてきたマリオに友情の証としてスターを渡し、その後は様々なギャラクシーでミニゲームを制作し、マリオにプレイさせる。

スーパーマリオ 3Dランド

敵キャラクター（3Dランド） 
 クリボー
 ノコノコ
 パックンフラワー - 地面から生えているものと土管にいるものの両方が登場。
 プクプク
 ゲッソー
 ドッスン
 サンボ
 テレサ
 ワンワン
 カロン
 チョロプー
 プー
 トゲゾー
 ボムへい
 チョロボン
 カメック
 ハンマーブロス
 バブル
以上のキャラクターの詳細はそれぞれの記事を参照。

パタクリボー
羽の生えたクリボー。
タワークリボー
縦に数体積み重なったクリボー。
しっぽクリボー(英語：Tail Goomba, テール・グンバ)
タヌキのしっぽが生えたクリボー。しっぽを振って攻撃したり、ジャンプしたりする。倒すとスーパーこのはを落とすことがある。
でかしっぽクリボー
巨大なしっぽクリボー。こちらも倒すとスーパーこのはを落とすことがある。
しっぽキラー(英語：Tail Bullet Bill, テール・ブレット・ビル)
タヌキのしっぽが生えたキラー。発射された後、一定の間隔でしっぽを振って攻撃してくる。砲台から発射されてくるという性質は通常のキラーと変わらない。倒すとスーパーこのはを落とすことがある。
しっぽテレサ(英語：Tail Boo, テール・ブー)
タヌキのしっぽが生えたテレサ。顔を合わせると照れてしまうという性質は通常のテレサと同じだが、その際にしっぽを振ってくるので注意が必要となる。倒すとスーパーこのはを落とすことがある。
しっぽボムへい(英語：Tail Bob-Omb, テール・ボッボム)
タヌキのしっぽが生えたボムへい。上空からフワフワと落下してくる。しばらくすると爆発するという性質は通常のボムへいと変わらない。
しっぽドッスン(英語：Tail Thwomp, テール・スウォンプ)
タヌキのしっぽが生えたドッスン。同じ場所を上下するだけの従来のドッスンと違い、しっぽを振って前後に移動する。しっぽには触れてもダメージはない。
マグナムキラー
巨大なキラー。
でかテレサ
マリオを後ろから追いかけてくる巨大なテレサ。
テレン
テレサの仲間で、数体が輪になって回っておりマリオ（ルイージ）が輪に入ると大きさを狭めてくる。テレサと違い顔を合わせても照れることがない。
ファイアパックン
火の玉を吐いてくるパックンフラワー。倒すとファイアフラワーを落とすことがある。今作では頭が黒く赤い斑模様で、普通のパックンと見た目でも区別されている。
インクパックン
黒い頭に白い斑模様のパックンフラワーで、画面奥の方から墨を吐き、一定時間プレイヤーの視界を遮ってくる。墨はマイクに息を吹きかけるとすぐに落とすことができる。
ブーメランブロス
ブーメランを操るカメ。倒すとブーメランフラワーを落とすことがある。
メラゴン
羽の生えた小さな青い恐竜で、空を飛び炎を吐いてくる。
ニセブロック(英語：Fake Block, フェイク・ブロック)
ブロックに擬態した敵。タヌキのしっぽが生えており、近づくとしっぽを振って攻撃してくる。
テンテン
テントウムシのような敵。赤、青、緑、黄色のものがいる。集団で連なっていることが多く、常に歩行している。
パタテンテン
羽の生えたテンテン。数匹が縦に積み重なっていることもある。
カクカク
体がトゲつきのレンガブロックとハテナブロックで構成された敵。顔はキラーに似ている。常に直角に移動し、長さは様々である。
ドンピョン
正面から近づくとマリオの動きを真似て通行を邪魔する敵。左右に動きジャンプもするが、ジャンプするときにヒップドロップするため動作が遅い。上に乗ることもできる。なお、背後に回るか遠く離れると動きを止める。
ツノへい
頭に角が生えた石のような敵。マリオを見つけるとジャンプして角で突き刺そうとしてくるが、かわすと地面に角が食い込んでしばらく動けなくなる。また、タヌキマリオのしっぽ攻撃でひっくり返すこともできる。
ペッタン
体を反転させて動き回る。頭にトゲのヘルメットが付いていて、腹が出ている状態で踏むと倒せる。
フグマンネン
トゲだらけのフグ。今作では水中の敵を上から踏むこともできるようになっているが、トゲが生えたフグマンネンと下記のトゲトゲウオは踏むことができない。
トゲトゲウオ
名前の通りトゲを付けた大きな魚。穴から高速で飛び出してくる。倒すこともできるが、通常の敵よりかなり耐久力が高い。
ハッチン
空を飛ぶ蜂のような敵。しかし、何故かお尻ではなく鼻の部分に針が付いている。水平方向に移動し、突き刺して攻撃してくる。
ウーガン
溶岩をまっすぐ移動していく敵。バランストロッコやそのレールを貫通する。
すなウーガン
ウーガンの砂地版の敵。地中から現れ、襲いかかってくる。なお、地中にいる間も影が見える。
ゴロプー
チョロプーを大きくしたような敵。ヒップドロップなら一撃で倒せるが、その他の攻撃だと体が縮まり動きが速くなり（一定時間攻撃しないと元のサイズに戻る）、2回攻撃しなければ倒せない。
ガリガリ
ノコギリの刃のような敵。近づくと自動で動き、足場を切り取っていってしまう。
マネック
『スーパーマリオギャラクシー2』にも登場した、マリオ（ルイージ）のドッペルゲンガー。本作ではマリオ（ルイージ）の変身状態にかかわらずちびマリオと同じ形をしている。マリオ（ルイージ）の動きを完全に真似してくる。スペシャルステージの一部コースのみに登場し、特定の地点で出現・消滅する。今作では複数ではなく一体のみの出現となるが、接触しても消滅することはなく、倒すには無敵状態で触れるかゴールするしかない。ただし、無敵状態で倒しても、しばらくすると復活してくる。
でかマネック
巨大なマネックで、柱やブロックを破壊しながら移動する。スペシャルステージの後半にのみ登場。なお、通常のマネックに比べ声が低い。

ボスキャラクター（3Dランド） 
しっぽクッパ (英語：Tail Bowser, テール・バウザー)
タヌキのしっぽが生えたクッパ。火球を吐いて攻撃してきたり、近づくとしっぽを振り回してきたりするが、実は偽者でその正体はスーパーこのはで変身したクリボーもしくはカメックである。
ブンブン(英語：Boom Boom)
『スーパーマリオブラザーズ3』にも登場したクッパ軍のカメで、飛行船のボス。腕を振り回して襲ってくるが、しばらくすると目が回って一定時間気絶する。腕を回している時でも、中央の頭を踏むとダメージを与えられる。ダメージを与えるとコウラにこもって突進してくる。プンプンと同時に登場することもあるほか、スペシャルステージでは腕を振り回す際に炎を地面に残すようになる。また、一部のミステリーボックスで登場するが、こちらは1回ダメージを与えるのみで倒せる。
プンプン(英語：Pom Pom)
クッパ軍のくノ一で、飛行船のボス。ブーメランを投げて襲ってくる。ダメージを与えるとコウラにこもり、空を飛んでマリオの頭上から襲ってくる。ブンブンと同時に登場することもある。
ほねクッパ (英語：Dry Bowser, ドライ・バウザー)
骨の姿のクッパ。スペシャルステージの城ステージで登場。本作はクッパは溶岩に落ちても平気なので別キャラ扱いとなっており、マリオを誘き寄せるため、ルイージをさらう。吐く火球が青色になっている以外は通常のクッパと大して変わらず、3度戦うことになる。
クッパ
カメ族の首領。今回はタルやトゲ鉄球を投げてきたり、自ら追ってくるなどアクションが多い。また、目から炎が出るエフェクトが追加されたほか、登場時に床が堕ちる、撃退後に頭に岩が直撃するなど、ギャグ要素も多くなっている。

スーパーマリオ 3Dワールド

敵キャラクター（3Dワールド） 

 トゲゾー
 キラー
 プクプク
 フグマンネン
 ゲッソー
 パックンフラワー
 ドッスン
 ハンマーブロス
 ボムへい
 テレサ
 チョロボン
 カメック
 バブル
以上のキャラクターの詳細はそれぞれの記事を参照。

 クリボー
 今作では浮き輪やスケート靴に入ったりなど、バラエティーに富んでいる。
 マメクリボー
 今作では触れると通常のクリボーと同じくダメージを受けてしまうが、まとわりつくことはなくなった。
 タワークリボー
 縦に重なってタワー状になったクリボー。
 ネコクリボー
 全身ネコの姿になったクリボー。プレイヤーの変身同様、引っかき攻撃をしてくる。倒すとスーパーベルを落とすものもいる。
 ノコノコ
 今作では踏むとハダカノコノコになる。
 ハダカノコノコ
 リメイク作品を除くと『スーパーマリオ64』以来の登場となる、コウラが脱げたノコノコ。コウラを奪うと、取り返そうと追いかけてくる。
 ガボン
 今作ではトゲローラーを吐き出してくる。
 ネコキラー
 猫耳と尻尾を着けたキラー。猫の鳴き声を出し、マリオたちを追尾してくる。倒すとスーパーベルを落とすものもいる。
 マグナムキラー
 巨大なキラー。
 マグナムネコキラー
 巨大なネコキラー。
 ファイアパックン
 ファイアを出すパックン。
 のびのびパックン
 ピンク色のパックンフラワーで、茎が非常に長く棘が生えている。寝ているものと伸び縮みしているものがいる。トゲトゲパックンとよく似ている。
 ファイアブロス
 ファイアを出すブロス。今作ではタワークリボーの上に乗っている者もいる。
 ブーメランブロス
 ブーメランで攻撃するブロス。倒すとブーメランフラワーを落とすものもいる。
 ブル
 リメイク作品を除くスーパーマリオシリーズでは、『スーパーマリオワールド』以来23年振りの登場である。一度踏むとヘルメットが壊れ、ヘルメットを被っていない状態の時に踏むと倒せるが、ヒップドロップならヘルメットの有無に関係なく一撃で倒せる。体当たりで通常では壊せないブロックを破壊する。本作ではボールを投げたり分裂したり、ジャンプしたりすることは無く、攻撃は体当たりのみ。一部中ボスキャラとして登場する。リベンジ時は数が増えてくる。
 クリボン
 ブル同様、リメイク作品を除くスーパーマリオシリーズでは、『スーパーマリオワールド』以来23年振りの登場で、同様のポジションのクリボーとは本作で初共演となる。
 パタカロン
 羽の生えたカロン。何度踏んでも復活する上、飛んでいるので、足場を越えてプレイヤーを追いかけてくるが、それが仇となり足場の無い奈落やマグマの上で踏まれて倒されると体が落ちて消滅してしまうため復活できない。
 ウーガンフィッシュ
 魚のようなウーガンの派生種。溶岩から飛び出してプレイヤーを食べようとする。
 ドンケツ
リメイク作品を除いて『スーパーマリオ64』以来の登場だが、デザインが若干変わっている。
 テンテン
 てんとう虫のような敵。
 パタテンテン
 羽の生えたテンテン。
 ハッチン
ハチのような敵。
 ガマネー
財布の形をした敵で、最初は見えない。倒すとコインをたくさん落とす。
 テレン
 テレサのようだが、名前の通りに照れないので目を合わせても閉じず動きも止めない。殆どは、往復または回転をしている。
 アリへい
 アリ。足場や壁を歩き回っている。踏むだけでは倒せないが、高く跳ね上がることができる。一部にはそれを利用しないと進めないコースがある。
 ツノアリへい
 頭にトゲ付き帽子を被ったアリへい。
 でかアリへい
 巨大なアリへい。
 ピョンチュウ
 ネズミ。回転床の上を歩いていることが多い。時々飛び跳ねる。体色は水色。
 ハリピョンチュウ
 ピョンチュウにトゲが生えたような敵。体色は紫。
 スノーサンボ
 サンボが雪だるまのようになった敵。倒すと雪玉を体の長さ分落とす。
 マーチ
 茶色い帽子を被った兵隊のようなキャラ。ネジが付いているなど、多少ボム兵に似ている。複数で隊列を組んでおり、隊列を崩されるとパニックになりばらけ、しばらくすると笛を鳴らして集中攻撃してくる。
 マグマン
 溶岩の球。プレイヤー目掛けて追いかけてくる。転がった跡には溶岩がしばらく残る。『スーパーマリオUSA』のヒーボーボーを連想させる。
 ツッコンドル
 首の長い鳥のようだが、背中にトゲゾーのようなコウラがある。目の前を通過しようとするとくちばしを振り下ろしてくる。
 ボヨン
 プレッシー専用のステージに登場するプクプクに似た魚。プクプクよりもやや大きく、踏むと名の通り「ボヨン」と音を出して倒れる。
 ペト
 紫の四角いスライムのような物体だが、一定間隔で帯電し、周囲に電気を広げる。『スーパーマリオギャラクシー2』以来の登場。
 イモゾー
 シーソートロッコのレール上を転がっているイモムシのような敵。
 フラッパー
 プロペラを付けたトンボのような敵。急浮上した後、プレイヤー目掛けて降下してくる。
 ビューゴー
 積乱雲のような敵。ステージの外側から強風を吹き付けてくる。
 キョロへい
 前作『スーパーマリオ 3Dランド』に登場したドンピョンのような敵だが、上部と側面にトゲが付いており、常に左右に移動している。
 シュモック
 シュモクザメのような敵。水中で輪や波形を描くように移動する。まねきネコマリオでなければ倒せない。
 ホッパー
 踏むとジャンプ台になる敵。これを利用して取るグリーンスターもある。踏んでも壊れてしまうものもいる。
 モコモコ
 ピンク色の四角いブロックのような敵。大勢で道を塞いでいることが多いが、息を吹きかけると一時的に消える。
 ゴロボン
 丸い岩の塊のような敵。転がってくる。踏むと普通の岩になり、持ち運べる。
 タコボー
 ワールド☆及びワールドクラウンにて登場。『スーパーマリオギャラクシー』シリーズのザコキャラ。今作では踏んだだけでは倒せず、ヒップドロップをすると倒せる。また、以前とは異なり、3連続で弾を撃ってくる。
 ガッチン
 四角い枠にトゲが生えたような敵。倒せない。
 タマオ
 オタマジャクシのような敵。水面を泳いでいる。
 リングバーナー
 頭にドクロマークがついている。周りにビームを発射する。上に乗っている間は活動停止する。

中ボスキャラクター（3Dワールド） 
 ゴロボン
 丸い岩の塊のような敵。転がってくる。踏むと普通の岩になり、持ち運べる。マグマに放り込むかゴロボン同士をぶつけると倒せる。
 カメック
 魔法使い。魔法で遠距離攻撃してくる。1回攻撃すれば倒せる。
 ドンケツプリンス
 鋼製で赤いモヒカンを付けているドンケツ。土管に吸い込ませ、蹴り飛ばすと1ダメージ。
 ブロス隊（再リベンジ）
 ファイアブロスのほか、ハンマーブロス、ブーメランブロスが攻撃してくる。
 でかクリボン
 大きなクリボン。倒し方は通常サイズのものと同じ。
 ドンケツプリンス（リベンジ）
 モヒカンと靴の色が入れ替わったドンケツプリンス。炎の数を増やしてくる。
 ボスゴロボン（リベンジ）
 マップにはゴロボンがいるが、実際の敵はボスゴロボン。倒し方は下記と同じだが、マグマンとも共闘してくる。

ボスキャラクター（3Dワールド） 
 ブンブン
 今作ではダメージを与えていくと、自分のコウラの分身を増やしてくる。また、透明になるほか、さらに分身を出す。
 プンプン
 忍者の姿をした女性で、前作と違い手裏剣で攻撃してくる。今作ではダメージを与えていくと、自分自身の分身を複数増やして襲ってくるが、本物と偽物では若干色が異なっている。また、分身の数をやたら多く増やしてくる。
 ヘビースネーク
 本体の王冠をかぶった♂の青い竜とその子分。子分の頭の上の皿を足場としてネコマリオで登り、ボスの弱点である頭を踏み付けて攻撃する。再リベンジでは♀と共闘し、対応した子分を出入りさせる。
 ボスゴロボン
 大きなゴロボン。所々クリスタルが出ている。ゴロボンを3回ぶつけると倒せる。
 ガッチンキング
 ガッチンのボス。バッタンのように倒れて攻撃してくる。踏むたびにフィールドが狭まっていく。
 ボスブンレツ
 ピエロ。黒光りした液体のようなもので出来た巨大な像に乗り込んでプレスしてくる。体が分裂した時に飛び出す彼を踏めばダメージ。
 ヘビースネーク（♀）
 リベンジで登場するピンク色の♀の竜とその子分。基本的に上記と同じだが、地面に一定時間残る炎を降らしてくる。再リベンジでは♂と共闘し、対応した子分を出入りさせる。
 ボスブンレツ（リベンジ）
 金色の像に乗る。プレス時に衝撃波が出るという違いがある。
 ボスゴロボン（再リベンジ）
 金色のボスゴロボン。
 ボスブンレツ（再リベンジ）
 赤銅色の像に乗る。プレス時による衝撃波の持続時間が長くなっている。
 クッパ
 車に乗って爆弾を投げてくる。蹴り返して爆弾を当てる。赤い爆弾に当たると即座に爆発し、こちらがダメージを受ける。
 クッパ（リベンジ）
 豪華な車に乗って赤い爆弾を多めに投げてくるほか、炎を吐いてくる。
 ネコクッパ
 スーパーベルを使ったクッパ。途中さらにダブルチェリーで数を増やし、最終的には本体含め5体になる。しかし、攻撃は3体のみ。POWブロックを叩いて倒す。

スーパーマリオオデッセイ

敵キャラクター（オデッセイ） 

 クリボー
 ワンワン
 キラー
 プクプク
 ハンマーブロス
 ファイアブロス
 バブル
 トゲゾー
 チョロボン
 ドンキーコング (初代)

以上のキャラクターの詳細はそれぞれの記事を参照。

マメクリボー

パタクリボー

でかワンワン

セノビー

タンクロー

シマハナチャン

ビューゴー

ホースイ

バブル

ツックン

パタカロン

マグナムキラー

ブル

ガマネー

ジャンゴ

ウツボ

ティラノサウルス

イガボー

古代アッチーニャ人

コンブー

トマポン

キャッチムシ

シティハッチン

ガブゾー

ドンスケ

ボスキャラクター（オデッセイ） 

 アッチーニャ神
 メカフワフワさん
 メカハナチャン
 ホーダン伯爵
 コック鳥
 ホロビアドラゴン
 メカブルード
 トッパー
 ランゴ
 ハリエット
 スプワート
 ブルード
 クッパ