『マリオ&ルイージRPGシリーズのキャラクター一覧』（マリオアンドルイージアールピージーシリーズのキャラクターいちらん）は、任天堂のマリオシリーズの中のマリオ&ルイージRPGシリーズのキャラクターを一覧にしたものである。

マリオ&ルイージRPG

ザコキャラクター 
クリボー
最初に戦う事になるザコ敵。「カメジェット」でしか戦えない。
カロン
「ウフマウンテン」に登場する骨になったカメ。頭を投げて攻撃してくる。四足歩行で従来の作品とは大きく姿が異なる。
リメイク版の『クッパ軍団RPG』では従来の外見の個体が登場する。
ボムへい
「城周辺フィールド 東側」に登場する生きた爆弾。自爆攻撃をしてくる。爆発に当たると目回し状態になってしまう。
トゲゾー
「マメーリア城 下水道」に登場する、トゲで覆われた甲羅を背負ったカメ族。体当たりや、回転攻撃をしてくる。色が従来と異なり甲羅が緑色でトゲが黄色。
リメイク版で追加された『クッパ軍団RPG』では従来の赤色の個体が登場する。
ゲッソー
クスアイランド下の「海底」に登場するイカ。
パックンフラワー
「マメーリア国際空港」に登場する人食い花。赤色と青色の二タイプがおり、赤はサンダーに、青はファイアに弱い。同エリアに登場するマザーパックンを倒すと出現しなくなる。
プクプク
「海底」に登場する魚。ダメージを受けるとトゲプクになり、もう一度攻撃すると元に戻る。プクプクの時はハンマーとハンドが届かないが、トゲプクだと攻撃できるようになる。
ハンマーブロス
「クッパ城」に登場するカメ族の上級兵士。ハンマーを投げて攻撃する。HPが少なくなると連続で投げてくる。旧作とリメイクとでデザインが異なる。
テレサ
「クッパ城」に登場するオバケ。通常攻撃が成功するとジャンプやハンマーなどのアクションコマンドを封じる。また、HPが低いが防御力が非常に高い。
カメック
「クッパ城」に登場する魔法使いのカメ族。炎の輪で攻撃し、時折自分や他のモンスターのHPを回復したり、ステータスアップの魔法を使う。炎の輪に当たると攻撃力や防御力が下がることがある。
以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。
ハエまる
「星くずヶ丘」に登場するニヤリと笑ったハエ。マリオブラザーズに登場するファイターフライに似ている。
ほうだい
「星くずヶ丘」に登場する砲台。キラーを発射して攻撃する。
マメボー
「ウフマウンテン」に生息するクリボーのようなキャラクター。マメに足の付いた姿。体当たりを繰り出すものの、たまに転倒してタイミングがずれる。
ドラボン
「ウフマウンテン」に登場する、踏むと体が縮むドラゴン。体は二回まで縮み、縮んでいないと体当たりが回避できない。
パタマメボー
「城周辺フィールド 南西側」に登場するマメボーに羽が生えたもの。HPが減るとマメボーになる。
マメジュゲム
「城周辺フィールド 南東側」に登場する、マメーリア王国のジュゲム。フィールド上を含め、無限にマメゾーを落として攻撃する。
フィールドでも常に飛行しているため、アクションのハイジャンプでバトルができるが、後方のルイージが上になる都合上、バトル開始時にルイージが行動不能になりやすい。
マメゾー
「城周辺フィールド 北西側」に登場する、マメーリア王国のトゲゾーの亜種。黄色い甲羅に緑のトゲ。踏むとダメージを喰らう。
マメノコ
「城周辺フィールド 南東側」「城周辺フィールド 南側」に登場する、マメーリア王国のノコノコ。自分や味方1体を回復させる能力を持つ。またハンマーとハンドに対して非常に耐性が高い。甲羅は青で4足歩行。リメイク版では2足歩行をしている。
マメパタ
「城周辺フィールド 北側」に登場する、羽の生えたマメノコ。一度に複数のモンスターを回復させる。羽が取れるとマメノコになる。
たぬボー
「城周辺フィールド 北側」に登場する、狸のようなクリボー。尻尾で攻撃する。一度に2 - 4回攻撃してきたり、マリオたちに化けることもある。後のシリーズのたぬボーと若干見た目が異なる。
ニョロプー
「城周辺フィールド 北西側」に登場する、マメーリア王国に生息しているチョロプーの亜種。地面から顔を出しているうなぎのような虫。
ハエへい
「マメーリア城 下水道」に登場するハエまるの上級種。ハエまるよりはアクションのスピードも戦闘能力も高い。
クリマロ
「ゲラゴーニュの森」に登場するいがぐりのような敵。倒すと、棘がとれてマメボーかゴールドマメボーになる。
ウーララ
「ゲラゴーニュの森」に登場するマメーリア王国のヤリホー。服は紫。槍を回してから相手に攻撃する。時々仲間を呼ぶが失敗もする。
ヤブー
「ゲラゴーニュの森」に登場する木のような敵。口からイガ虫（チョロボン）を吐く。毒がある。
ゴールドマメボー
クリマロの中からまれに出現する金色のマメボー。攻撃スピードが速いが、逃げることのほうが多い。倒すと特別なバッヂを入手できる。
レーザームーチョ
ムーチョの亜種。レーザーで攻撃する。正体は「アハハ・アハデミー」の研究員が魔女ゲラゲモーナの魔法によってモンスターに変えられた姿である。
ヨーヨーブロス
「アハハ・アハデミー」に登場する。両手にヨーヨーを持つ大道芸人の格好をしているハンマーブロスの亜種。
ヨーヨーを反時計回りに回した場合、フェイントを行う。
ウイルス
「アハハ・アハデミー」に登場する、『ドクターマリオ』に登場したウイルス。レッド・ウイルス、ブルー・ウイルス、イエロー・ウイルスの3種類がおり、カウンターを含む攻撃を受けるたびに色が変わる。
場にいるウイルスが2匹以上同じ色になると消滅する。攻撃を受けると毒状態になったり、ステータスが下がったりすることがある。
メカワンワン
「アハハ・アハデミー」に登場するワンワン型ロボット。攻撃すると壊れてしまい、その間は攻撃力が上がって攻撃も変化する。リメイク版では登場せず、代わりにメカクッパが登場している。
フラ・ダンサー
「アハハ・アハデミー」に登場するフラスコの形をした敵。中の液体を飛ばしてきたり、フラダンスをしながら攻撃をしてくる。
クス・ジー
「クスアイランド」に登場するクスアイランドの住民。本来無意味なことを喋るだけで害の無い連中だが、赤色にはファイアハンド、青色にはサンダーハンドを当てると、敵として攻撃してくる。それぞれ炎とサンダーの属性を持つ。
赤と青で攻撃法が異なるが、戦闘中も相変わらず変わった言動をする。赤色にはファイアハンド、青色にはサンダーハンドを当てると回復して太るが、回復させすぎると破裂して倒せる。その逆のハンドには弱い。脱皮する性質がある。
クリダイバー
クスアイランド下の「海底」に登場する、ダイバー姿のクリボー。
ウニマロ
クスアイランド下の「海底」に登場する、クリマロの水中バージョン。クリマロ同様、中からマメボーやゴールドマメボーが出てくるが、浮かんでどこかに行ってしまうため、マメボーと戦う事はない（リメイク版ではウニマロを破壊した瞬間中身のマメボーも倒され、経験値も入る）。
すなぞく
「デヘヘバレー」に登場する、包帯を巻きつけサングラスをかけたクリボーとよく似たミイラ。初めて同エリアに来ると、ピーチ姫をさらってしまう。
砂嵐で視界を悪くして攻撃する。後のヘラヘラグーンにも青旗のパワーアップ版が登場するが、こちらはリメイク版では「はまぞく」という別の敵に置き換わっている。
サンボムーチョ
「デヘヘバレー」に登場するサボテンの形をしたムーチョ。棘が生えており踏みつけられない。イガ玉を飛ばすが、たまに手前で着地して飛び跳ねることもあり、この時はジャンプすると逆にダメージを受ける。まれにキノコを出すこともある。
アヌビン
「デヘヘバレー」に登場するボスのガンゾーを倒した後に、上記すなぞくに代わって出現するアヌビスの影のような敵。ビーム攻撃をしてくる。
リンボーブロス
「バクショーいせき」に登場する、太めなハンマーブロスの一種。リンボーダンスしながら、手に持ったたいまつで攻撃する。二度目のデヘヘバレーにも色違いのパワーアップ版が登場するが、こちらはリメイク版では「オコリンボーブロス」という別の敵に置き換わっている。
オーララ
「バクショーいせき」に登場する、水色の服のウーララの上級種。
スナド・K
「バクショーいせき」に登場する、砂時計の形をした敵。攻撃後はひっくり返り、表裏によって攻撃方法が変わる。
メカゲッソー
「海底」に登場するゲッソーを象ったロボット。足の部分から魚雷（キラー）を発射してくる。こちらが攻撃すると魚雷の数だけ反撃も行う。魚雷が無くなると補充する。
タコノマクラ
「海底」に登場する枕を持って眠っているタコ。実在する棘皮動物ではない。攻撃すると目を覚まし枕を投げる。寝ている間も泡攻撃を行う。
スタちゅー
「海底」に登場するヒトデの形をした敵。チュー弾をとばしてくる。当たるとステータスが一時的に下がることがある。
マメノコノコ
「ヘラヘラグーン」に登場するマメノコの亜種。マメノコと違い甲羅が橙。基本能力は同じだが回復力がアップし、更に倒れた敵を復活させる能力を持つ。複数現れるとお互いを回復したり復活させたりする。
ブーメランブロス
「ヘラヘラグーン」に登場する。スーパーマリオシリーズで有名な敵だが、痩せ型の体系で頭に植物の芽が生えてサングラスを付けており、イメージが大きく異なる。ブーメランに当たると、たまにころび状態になる。
リメイク版では「ブーメランマメブロス」という名前に変わっており、スーパーマリオシリーズとは別種だとわかる。
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「ヘラヘラグーン」に登場する砂の中に潜む敵。背びれだけ露出している。正体は以下のどちらか二種で常にコンビで登場。どちらであるかはバトル中に変わることはないが、時折それぞれの位置を入れ替える。
すなプク
緑のプクプクにサメの背びれと水中メガネを付けたもの。大きく飛び上がって攻撃してくる。何もしなければダメージを受けることはない。フィールドでもマリオブラザーズに向かう。
すなジロー
背びれ以外は骨のサメ。噛み付いてくるのでジャンプで回避する必要がある。毒をくらうこともある。
マメパタパタ
「ジョークエンド」に登場する、羽が生えたマメノコノコ。複数の敵を回復させ、倒れた敵を復活させる能力もある。攻撃のスピードも速い。HPが減るとマメノコノコになる。
スノームーチョ
「ジョークエンド」に生息するムーチョの亜種。雪玉を発射する。2体いる時はコンビネーション攻撃も行う。ファイアに弱く、ファイアを食らうと服が燃えて逃げだす事がある。倒すと稀にゴールデンキノコを落とす。
ワフー
「ジョークエンド」に生息する大口を開けたスライム状の敵。噛み付いたり毒ガスを吐いてくる。通常攻撃ではなかなかダメージを与えられないが、サンダーやファイアに弱い。たまに分裂する。
ゲンジン
「ジョークエンド」に生息する、まるっこい原人のような敵。二種類の地震を起こして攻撃してくる。ファイアを食らうと時折頭髪が燃えてしまい、逃げ出す事がある。
ガロン
「デヘヘバレー」に登場するカロンの亜種。灰色。全体的にパワーアップし、かつ毒を持っている。カロンの攻撃に加え、マメノコのような体当たりから甲羅に入って滑る攻撃もしてくるが、回復能力を持たない。
ロングムーチョ
「クッパ城」に登場するムーチョの亜種。通常のムーチョより口が長い。後ろのヘイホーに殴られることで弾を出す。弾に当たるところび状態になることがある。毒状態にする弾も発射する。
ワンマーブロス
「クッパ城」に登場し、ハンマー投げに使うハンマー状のワンワン「ワンマー」を振り回して投げてくるブロス。攻撃時にワンマーを踏まれると落ち込んで攻撃してこなくなり、その状態だと時折逃げ出すが、ワンマーを補充する事もある。
スナイパーキラー
「クッパ城」に登場する銃を持ったキラー。キラーを発射する銃と自身の体当たりによる連続攻撃をしてくる。リメイク版では「シャテキラー」という名前に変わっている。

ボスキャラクター 
ホッスィー
「星くずヶ原」のボス。腹に星マークのある太ったカメ(ガボン)。鉄球を投げ攻撃してくる。たまにフェイントも使う。
オホホラゴン
「ウフマウンテン」のボス。卵から生まれる間抜け面のドラゴン。岩を吐いてくる。バトルの最中にオホいわを吐き出す事もあり、オホいわがあると攻撃をかわすのが難しくなる。2回攻撃すると体が縮むが、しばらく経つと元に戻る。
ハナチャン
「ゲラゴーニュの森」に登場する頭に花が付いている黄色いイモムシ。体の各部分をマリオらに踏まれたので、今回は最初から怒って真っ赤である。体は攻撃される度に赤色→黄色と変化し、頭は怒っている時は攻撃されてもダメージは受けず、攻撃を食らうとカウンターで衝撃波攻撃を繰り出す。体が全て黄色になるとしばらくの間、攻撃が効くようになる（体が全て赤色に戻ると元に戻る）。
ゲラネ・コンティ
「ゲラゴーニュの森」にある1000年間熟成された伝説のソーダ。盾を持ち、手を剣と大砲に変形させて攻撃してくる。ジャンプ攻撃はほとんど効かない。何度か攻撃すると盾が壊れ、さらにHPが減ると縮んだ形態となる。その形態時は毒の効果を持った体当たり攻撃をしてくる。また、時折バッカーラのダジャレで体力回復もする。
マザーパックン
「マメーリア国際空港」にある卵から誕生する巨大パックンフラワー。パックンフラワーを最大2体、何度も生やして護衛にする。同じ色のパックンフラワーが2体いると体色を変えて弱点を変化させ、さらに毎ターン、自身と同じ色のパックンフラワーの数×10、体力を回復する。
ガンゾー
「デヘヘバレー」に登場する岩の化け物。HPが0になると四つの本体、分身に分裂する。口の中に核っているのが本体で、本体は出現後は分身と位置を入れ替える。分身はHPがなく攻撃しても固まるだけ。また、頭の実を攻撃すると体力が回復してしまう。さらに吸い込んだ分だけ、自身のHPを回復する吸い込み攻撃もするが、それで時々、こちらが触れると回復するキノコを出す事も。
ヤドルフ3世
「ヘラヘラグーン」に登場する巨大ヤドカリ。自分の殻をクリスマスツリーのように飾っており、てっぺんに飾る星を探している。ハサミや当たると毒状態になる泡で攻撃してくる。時折殻に閉じこもる事があり、その状態の時は毎ターン自分のHPを回復するが、ファイアを食らうと中から出てくる。HPが減る度、自分の攻撃スピードを上げる。ハサミはHPが0になると動かなくなるが、殻から出ると元に戻る。
マメパックン
「城周辺フィールド 北東側」で戦うことになるマメーリア王国のパックンフラワー。ルイージのみで戦うことになる。サンダーに弱い。
ジョジョラ
「ジョークエンド」に住んでいた一族の子孫の親戚の友達の女の子。防御力が規格外に高いのでダメージを1しか与えられない上、味方が傷つくと強力な氷魔法を使い、それで味方のHPを回復させる。ただし、通常攻撃をカウンターされると数ターンいなくなり、倒さなくても味方が倒されると逃げ出しバトルは終わる。
アハーネ、ウフーネ、ゲラーネ、デヘーネ
「ジョークエンド」のボス。雪だるまの姿の巨大な女の子。ジョジョラの勧めで4人の女の子から選ぶことで彼女が登場する。誰を選んでも名前が違うだけで能力は同じ。ジョジョラがいる状態で攻撃するとジョジョラに反撃される上に、回復する。特技「雪化粧」をするとしばらく弱点と耐性がなくなる。
キャサリン
「デヘヘバレー」の地下で戦うことになる、後述の盗賊パーニョが連れてくる新しい子分。パーニョをタマゴでかくまったり、卵爆弾を吐いてきたり、マリオらを吸い込んでHPを回復したりする。パーニョを先に倒すと真っ赤になって怒り、卵爆弾の攻撃が変化する。
コクッパ7人衆（クッパ7人衆）
 ゲラクッパの命令で「クッパ城」の中ボスとして登場。ゲラクッパからは「コクッパ軍団」と呼ばれている。今回は『スーパーマリオワールド』と同じくイギー、モートン、レミー、ルドウィッグ、ロイ、ウェンディ、ラリーの順に登場する。全員プチブレスの炎攻撃を仕掛けてくるほか、イギー、ルドウィッグ、ラリーは回転攻撃、モートン、ロイは衝撃波、レミー、ウェンディは分身、ルドウィッグ、ロイは甲羅攻撃、ウェンディはリング攻撃、ラリーは炎のラリー攻撃と、それぞれが固有の攻撃法を持つ。DXではイギー、レミー、ルドウィッグ、ウェンディの行動が変化している。
時限ボム
ロイ戦、ウェンディ戦、ラリー戦に登場する爆弾。攻撃はしてこないがこちらからも攻撃できない。最初は、8と表示されている顔の数字が1ターン経つごとに1ずつ減り、表示が0になると爆発してゲームオーバーになってしまうため、8ターン以内にコクッパを倒さなければならない。敵というより一種の障害物。これのシステムを受け継いだものが『マリオ&ルイージRPG2』にも登場する。DXではロイが9ターン、ウェンディが7ターン、ラリーが5ターンに変更された。
ゲラコビッツ
ゲラゲモーナの側近であるマメ軍団の科学者。
最初はカメジェットのデッキで戦う。攻撃対象判別のチュートリアルで、癖がある弾を飛ばしてくるが、HPが減るとつけているメカ（『マリオ&ルイージRPG3』では「すいとりマシーン」）が壊れて体当たりで攻撃してくる。
二度目はクッパ城での最終決戦前。発明したメカの中に隠れてビーム攻撃や体当たり、光弾、カウントダウン後に繰り出す稲妻で攻撃してくる。メカに入っている時はカウンター以外ではダメージを与えられない。ただし、何度か攻撃すると光球で反撃してくるが、必殺技を使った直後にオーバーヒートを起こして、ダメージを食らうようになるほか、数ターン攻撃できなくなる。
二度目の戦闘ではアジア版やDX版ではゲラゲモーナとの一度目の戦闘のBGMだが、欧米版のリメイク前ではパーニョと戦うときのBGMとなっている。
パーニョ
世界中の宝を入手しようとするマメーリア王国の怪盗。新人をこき使い記憶喪失のクッパである新人クッパを連れている。マメ軍団とは無関係。
最初は記憶喪失のクッパとコンビで「シャトー・ゲラゴーニュ」で戦う。体当たりしたり、マリオたちの回復キノコを盗んで自分たちに使う。二度目は「アハハ・アハデミー」の地下で戦い、この時も新人クッパとのコンビ。クッパといる時は開始から一定ターン経過後に「ヘルスイング」「マッスルドライバー」といった名前のブラザーアタックを使ってくる。三度目は新人クッパとはぐれたので一人で登場。マリオらのハンマーを盗んでマリオとルイージを交互に殴る（目回し効果）他に、どこからか袋を持ってきて、コイン（コインのカウントが増える）・キノコ（HP回復）・爆弾（目回し効果）・毒キノコ（どく効果）を投げつけてくる。四度目は「デヘヘバレー」の地下でキャサリンとのコンビ。時折、卵の中に隠れてしまう。卵に隠れた場合は本物と偽物3体に分かれ、体当たりで攻撃してくる。本物を攻撃すると偽物も全滅して出てくるが、偽物を攻撃すると中からボムへいが出てきて目回し効果のある2種類の突撃攻撃で反撃してくる。なお、四度目でもハンマーを盗むが、マリオとルイージが使うハンマーはウルトラハンマーのはずだが、パーニョが盗んだハンマーはスーパーハンマーになっている。また、ハンマーを盗まれると盗まれた側はソロアタックのハンマー、ブラザーアタックのハンマーを使う技（マリオはチョッパーブロス、ルイージはノックバックブロスとタイフーンブロス）、ハンマー防御ができなくなる。
最初と二度目の戦闘の時は、クッパを倒してしまうと時々逃げてしまう。四度目でも、キャサリンを倒すと逃げる。また、ゲラクッパがマメーリア城下町を攻撃したあとにリトルキノコの大使館に行くと、キノコを磨くパーニョを見ることができる。
クッパ
カメ族の首領。
新人クッパ
カメジェットの墜落と、大砲から発射されたときのショックで記憶をなくしてしまったクッパ。青い覆面をかぶっている。怪盗パーニョの部下として登場。ハンマーや炎で攻撃してくるほか、パーニョがいる時にパーニョが攻撃されると反撃してくる。二度目の戦いではパーニョとのブラザーアタックを使う。

ゲラゲモーナ
マメ軍団の首領。本作の事件の黒幕で最終ボスの魔女。2回戦闘する事になる。
「アハハ・アカデミー」で一回目の戦闘。サンダー攻撃や、分身で防御する。分身を攻撃するとコウモリとなって攻撃し、こちらを毒状態にする。体力がある程度減ると恐ろしい顔のバーサク状態になり、ブラックホールに吸い込み、ジャンプの高さをダウンさせるという技を使う。分身は、こちらの攻撃をかわすダミーだけでなく、本物と同様に攻撃をしてくる。その後、クッパの体を乗っ取りゲラクッパとなる。ゲラクッパ撃破後、時限ボムの攻撃を受けゲラクッパの体の中に吸い込まれ、ゲラゲモーナとの最終決戦になる。本体のゲラゲモーナは魂だけになったゲラゲモーナの意識が実体化したもので、悪霊のような姿をしている。
2回目は頭、右手、左手、弱点のハートに分かれており、ハートは普段は出てこず、パーツが全て破壊されないと出てこない。左手と右手は頭を攻撃されるとカウンターでラリアットを行い、また右手（DXでは青色）はデコピン、左手（DXでは赤色）は炎で攻撃もしてくる。頭はエネルギー弾や偽ゲラコビッツを出したり、攻撃力アップ状態になる魔法を使う。ハートは破損したパーツを復活させたり、また回復も行う。ハートは出現後、2ターンで消える。
ゲラクッパ
ゲラモゲーナがクッパの体を乗っ取った姿。火の玉メラメラを吐き出し護衛とする。メラメラが自爆するとゲラクッパの体力が回復する。時折、黒く変色し、その状態時ではジャンプは効かず、流れ星攻撃をしてくる。通常時と黒いときでは、属性が違う。

マリオ&ルイージRPG2

ザコキャラクター 
 クリボー
 過去のクッパ城と現代のキノコ城の地下で登場。現代の方がやや強い。
 テレサ
 恥ずかしがり屋のオバケ。
 カロン
 骨になったノコノコ。骨を投げて攻撃する。ゲッシーの体内に出現する。
 サンボ
 サボテンのオバケ。体の数だけ、体を飛ばして攻撃する。体は無くなっても補充する。
 ボムへい
 生きた爆弾。HPが減ると自爆攻撃をする。
以上のキャラクターはそれぞれの記事を参照。
 ゲドンコ星人
 ゲドンコ星に住む宇宙人。英語名はShroob。
 ゲドンコミニ
 手がなくサイズが小さいほかは普通のゲドンコ星人と同じ。
 ゲドンコUFO
 ゲドンコ星人の頭だけが露出したUFO。高度飛行しながら攻撃してくる。ゲドンコ星人に呼び出されたり、怪物の口の中から出てきたり、タイムホールに吸い込まれたりする。
 ゲドンコ
 一般的なゲドンコ星人。大人との戦いではDS型の通信機でUFOを呼び出し、3ターン後に発射するビームで強制的に全滅させてしまう。ベビィとの戦いではブラザーアタックの練習台となる。
 ゲドンコドクター
 体色は黄色。めがねをかけている。ビーム砲の他、行動後に持つキノコを食べて突進攻撃を行う。赤いキノコは食べるとパワーアップし、灰色の物は食べるとパワーダウンする。しかし、キノコを持っている時に攻撃されると落としてしまう。ゲナちゃん戦では無限に登場するが、手に持っていたキノコは落とすとジュースの中に入り、次のターンでゲナちゃんの行動を変化させる。
 ゲドンコパイロット
 体色が青色のゲドンコ星人。頭から黄色いアンテナが飛び出て爆弾仕掛けのラジコンを操縦する。操作するラジコンによってアンテナの本数が異なる。ゲッシーの体内でヨッシーをいじめているものもいる。
 ゲドンコダイバー
 体色は緑色で、ダイバーの格好をしたゲドンコ星人。砂漠にいるため水ではなく砂に潜っている。砂の中から物を投げてくることがある。
 ゲドンコファイア
 体色は赤色で、頭が燃えているゲドンコ星人。ファイアボールの他にUFOを呼び出し、援護攻撃も行う。炎は踏むと消え、以後はビームで攻撃するがしばらくすると再び燃える。
 ゲドンコガード
 体色は白で、一般の紫のゲドンコ星人より濃い水色の斑紋があるゲドンコ星人。ゲドンコの上級種で非常にスピードが速い。さらに2体いると同時攻撃もしてくる。
 ゲドンコマシーン
 体色は灰色でオレンジと黄色の斑紋がある、ゲドンコ星人型のロボット。鉄球攻撃をカウンターされるとショートを起こし、攻撃が変化する。
 ゲドンコマスター
 体色が一般的な紫色で、ひげが生えていて杖を持っている、老人のような外見のゲドンコ星人。必ずゲドンコアシスタントとともに登場する。
 ゲドンコアシスタント
 体色が紫色の一般的なゲドンコ星人。ゲドンコマスターを倒さないと攻撃できない。マリオたちへの攻撃はしないが、ゲドンコマスターを倒した次のターンに1UPキノコデラックスでゲドンコマスターを復活させる。

 ヘイホーほう
 砲台を頭に装着したヘイホー。砲台からキラーを発射するが体力が半分以下になると砲台を落としてしまい、仲間を呼んで砲台を持って来させるが、仲間が来ないこともある。
 レイホー
 幽霊となったヘイホー。外見は『ヨッシーアイランド』の幽霊ヘイホーと同じである。
 ノコレオン
 カメレオンのようなノコノコ。体の色を変えて姿を消して、体当たりをしてくる。
 ドカンパックン
 土管に入ったパックンフラワー。普段は土管の中にいるが2画面に伸びるほど長い体をしている。
 トゲリアン
 トゲゾーに近いモンスター。手足が長くジャンプもする。UFOジュゲムによって召喚されるものがある。
 UFOジュゲム
 UFOに乗ったジュゲム。トゲリアンを生み出す。
 やりヤッシー
 槍を持ったヤシの実のようなモンスター。槍を縦に構えるとジャンプが効かなくなり、その1ターン後に雨雲で敵全体の体力を回復する。
 ドドリゲス
 マリオUSAで登場した、じゅうたんのようなもので浮遊している鳥のモンスター。袋を持っているタイプもおり、そちらの方がコインを持っているが素早さが高く逃げやすい。
 クモンチュラ
 蜘蛛のモンスター。雲に包まれていて、トゲつきのものとトゲなしのものがいる。攻撃されると正体を見せる。
 モーギュー
 ゲッシーの中に出現する牛のような顔つきの一頭身のモンスター。突進で攻撃してくるがかわしても再び戻ってくる。ダメージを受けると突進のスピードを上げる。攻撃を当てるか炎系の攻撃をすると怒りだす。アイスフラワーで怒りを抑えることも可能。
 エリートヘイホーほう
 ヘイホーほうの上級種。体色は青。ヘイホーほうよりキラーのスピードが速い。
 テレテレサ
 テレサの上級種。紫色をしている。体当たりでアイテムを盗み、その次のターンに逃げる。
 ファラチョ
 棺の中に入って浮遊する二人一組のムーチョ。棺がジェットを噴射する。
 フェイスブロック
 顔が書かれた直方体のブロック。仲間のフェイスブロックを呼んだり、自爆したりする。攻撃は仲間と同時に行う。また、色によって弱点も変わる。
 レッドヤッシー
 やりヤッシーの上級種。攻撃パターンはやりヤッシーと一緒だが、吹き矢にもうどくの効果がある。
 たぬボー
 狸のような姿のクリボー。変身能力がある。前作とはデザインが若干異なる。
 ノコレオンゴールド
 ノコレオンの上級種。体力は低いものの防御力が高く、すぐに逃げてしまう。
 トーテムブロック
 トーテムポールのようになったフェイスブロックで、手足もついている。
 ホネサンボ
 サンボの上級種で、骨になっている。頭にトゲがついていてジャンプは効かない。攻撃もサンボとやや異なる。
 ライフィ
 目が×印で、空中を浮遊する謎のモンスター。攻撃を受けると他の敵の体力を回復する。
 シルエットハンド
 クリボー・パタパタ・ボムへい・クッパのどれかの看板をもち、看板に対応した攻撃をする、液状のモンスター。看板を壊しても次のターンに新しい看板を出す。
 プロペラヘイホー
 頭上のプロペラで浮遊しているヘイホー。手に持った爆弾は当たるとカウントが減っていき、0になると爆発する。1の状態で爆弾をカウンターされると自分がダメージを受ける。
 ビジターパックン
 球体のあちこちから土管が出ている、宇宙服を着たパックンフラワー。攻撃時には8つの土管からパックンフラワーが出てくる。
 ワンダーブロック
 フェイスブロックの上級種。色は青と赤。こちらも色によって弱点が異なる。
 ゴロガン
 鉄球のようなモンスター。はじめは寝ているが、攻撃すると起きる。防御力が高く、丸い体で体当たりしたり、レーザーで攻撃をする。
 ゲドボン
 恐竜のような敵で、『スーパーマリオワールド』に登場したドラボンと外見がよく似ている。踏みつけられると二回まで縮み、縮む度に体当たり攻撃がかわしやすくなる。
 たぬボス
 たぬボーの上級種。体色は紫色。作中ザコ敵の中で最速のスピードを誇る。
 ソルフィ
 ライフィの上級種。ライフィより攻撃速度が速く、敵の体力を回復させるだけではなく倒れた仲間を復活させることもある。
 ヒョイホー
 レイホーの上級種。時折他の敵に憑依して能力を高める。
 ひっさつボム
 ボムへいの上級種。ボムへいは弱ってから自爆するのに対し、こちらは最初の攻撃で自爆する。さらにこちらの方がスピードは速い。本来アイテムは落とさないが装備品次第でリフレッシュハーブを落とす。

ボスキャラクター 
 ベビィクッパ
 クッパの子供時代の姿。ベビィの最初のボス。一回目ははベビィマリオの戦闘チュートリアルとして戦う。二回目はクッパとのタッグで登場し、クッパとコンビネーション攻撃を繰り出したり、クッパのHPを回復したりする。クッパと合体している時は攻撃対象外なので、コンビネーション攻撃をカウンターしてクッパを一時的に除外させる必要がある。
 ゲドンコモンスターG
 ボロボロになったタイムマシンから出てきた緑色のゲドンコ星人。大人の最初のボスで、マリオの戦闘チュートリアルの役割も兼ねている。
 ゲドンコ
 一般的な紫色のゲドンコ星人。この体格をしたものは全員ビーム銃を持っているようである。
 ハンマーブロス
 無数のハンマーを投げてくるカメ族の上級兵士。ゲドンコ星人に洗脳されている。2体いる時は二種類のコンビネーション攻撃を行う。
 ゲナちゃん
 ハナチャンに似たキャラクター。普段の状態で攻撃されると衝撃波で反撃する。目の前にあるジュースの状態により、その後の行動が変わり、色が緑色ならUFOによるビーム大砲の攻撃をし、色がオレンジ色ならHPを回復するが、色が黒色だとしばらく行動できなくなり、反撃もしない（一定ターン経つと元の状態に戻り、ジュースを飲む）。
 カメック
 魔法を使用するカメ族の上級兵士。時折、分身する。HPが減ると箒から落ちる。
 ショッキング・エッグ
 ゲッシーの原動力で、内臓のような色をした割れた卵に触手が生えたような姿をした心臓のボス。防御力が高く、腹が弱点だが、最初は立った状態であり腹を攻撃できない。タマゴを使って攻撃し、また吸い込みでHP回復も行う。タマゴを5個壊されると数ターンひっくり返って弱点を露出するが、その際は落とし穴を出したり、テレサに攻撃させる。
 タマゴ
 ショッキング・エッグ戦で登場。最初は5つ並んでいて、減ってくるとショッキング・エッグが補給する。倒すとヨッシーが孵る。

 ゲドンコモンスターB
 青色のゲドンコ星人。キャンディや毒キノコで攻撃してくる。毒キノコに混じって体力が回復するキノコを吐き出すこともある。
 ボスパックン
 パックンフラワーのボス。飛行状態と陸上状態の二形態があり、飛んでいる時はハンマーが届かず、地上にいる時はジャンプすると返り討ちにあう。
 ゴロボー
 岩を使った攻撃をしてくる。弱ると分身をする。偽物を攻撃しても意味はない。
 クッパ
 カメ族の首領。ベビィクッパとのタッグで戦う。攻撃を受けると反撃するほか、ベビィクッパとのコンビネーション攻撃も行う。ただし、カウンターに成功すると一時的に除外される（数ターン経つか、ベビィクッパが倒されると復帰する）。
 ゲドンコリーダー
 ゲドンコボム・サポーターの誘導役。普段は攻撃対象外だが、ゲドンコサポーターを組み合わせで倒すことでボムの転がりに巻き込まれて登場する。しばらくするとまたゲドンコボムを支えたゲドンコサポーターを登場させる。ビーム銃を撃つほか、ゲドンコサポーターを次々とマリオたちに投げつけてくることもある。
 ゲドンコサポーター
 外見が一般的なゲドンコ星人（紫色）で、3体でゲドンコボムを支えている。攻撃は一斉に行い、ゲドンコボムを自爆させる攻撃をしてくるが、カウンターでこちらが爆発に巻き込まれる事もある。残り1体になると支えきれなくなり、ゲドンコボムにつぶされて自滅する。ゲドンコリーダーを登場させない限り、ゲドンコボムとゲドンコサポーターは無限に現れる。
 ゲドンコボム
 ゲドンコサポーターに支えられた巨大な爆弾。紫色で、一般のボムへいと同じ外見で、ゼンマイもついている。ゲドンコボム自身は一切行動せず、ゲドンコサポーターによる攻撃で自爆攻撃を行う。ゲドンコサポーターが一体になると潰し、最後のゲドンコサポーターが右か中央だとマリオ達の方に転がって自爆し、左だとゲドンコリーダーを出現させる。どんなに攻撃してもダメージは1しか与えられず、例え倒れても何度でも出現する。
 ゲドンコモンスターR
 赤色のゲドンコ星人。ファイアボールの他、ダメージを受けるとトゲ鉄球で反撃する。頭にはトゲがあるが、カウンター攻撃を相殺されると自分のターンになるまで転び、踏みつけを食らうようになる。HPが減ると途中で巨大化して技が強力になり、さらに以降はゲドンコモンスターRが行動する度に上画面のUFOの数字が減っていき、0になると強制的に全滅してしまう。カウントはトゲ鉄球攻撃をカウンターすれば一つ戻せる。
 ゲドンコ姫（妹）
 ゲドンコ星人の首領の1人でゲドンコ姫（姉）の双子の妹。最初はバリアを張っていてダメージを与えられないが一定回数だけ攻撃を加えるとバリアが解除され、しばらくの間はマシンから降りる。降りている時はエネルギー弾で攻撃してくる。
 ゲドンコ姫（姉）
 本作の黒幕。ゲドンコ星人の首領の1人でゲドンコ姫（妹）の双子の姉。コバルトスターに封印されていた。第一形態は上空の4-6体のUFO（このバトルではUFOはゲドンコ姫が攻撃する前にスターで迎撃することができ、迎撃すると時々キノコが手に入る。HPが減っているとピーチ姫からキノコを与えられて回復できる）を消費する形でエネルギー弾乱射＆衝撃波、隕石攻撃、ギャンギャンをけしかけたりと多彩な攻撃をしてくるほか、回復も行う。さらにダメージを受けると二種類のカウンターもしてくる。一定のダメージを与えると第二形態に変身する。
 第二形態では顔、王冠、四つの触手に足の部分に分かれており、先に王冠のHPを0にしないと本体にはほとんどダメージが伝わらない。触手は触手の数だけ突き攻撃や投げ飛ばし、足は転び効果のある回転攻撃を行い、本体は巨大エネルギー弾やUFOによる援護攻撃で攻撃してくる。また、足や触手はHPが0になってもターン経過で復活する。
 ゲドクッパ
 本作のラストボス。ただのキノコに戻ったゲドンコ姫を食べ、ゲドンコ姫（姉）に操られたクッパ。マリオたちを倒すという共通した目的があるため、クッパ自身は操られている感覚よりパワーアップした感覚しかなく自我があり言語も通常通りである。このバトルではマリオたちによる攻撃のチャンスは一切無く、ただひたすら相手の攻撃をかわすのみである。しかし、かわす度に攻撃がゲドンコ姫に命中し、体力ゲージが減っていく。ゲージが無くなると勝利となる。

マリオ&ルイージRPG3!!!

ザコキャラクター 
 クリシンボー
 背中に飴を背負っているぽっちゃりしたクリボー。体当たりをしてくるが、時々息切れしてしまう。クッパのスペシャルアタックのお手本や練習では必ずクリシンボーが敵として無限に登場する。バキュームすると飴（吸い込むとHP回復）が吸い込まれてしまい、逃げ出す。
 ゲップそう
 紫色のもじゃもじゃした草。黄色い煙を吐いて攻撃してくる。二回吐いてくる事もある。
 ハガサンボン
 歯で構成されたサンボのような敵。普段は体の上に頭があり、吸い込むか攻撃するとしばらく頭だけになってダメージを与えられるようになる。体は吸い込むと防御アップする。
 ヤドドリラー
 ドリルの巻貝を持つヤドカリ。巻貝を回して突進してくるほか、地面に潜った後、マリオたちのいる地面に出てきた後動いて攻撃してくる事もある。
 ドリペン
 ドリルのくちばしを持つペンギン。ドリルのくちばしで潜った後、マリオたちの前に出てきて、突進して攻撃してくる。ボム兵を出して出てくることもある。
 マガツリー
 樹木の敵。木の実を付けているものは目が赤くなっており、やや強くスピードも速いが、それを吸い込むとただのマガツリーになる。木の実にはHP回復の効果がある。
 トレジャン
 宝箱のような敵。ある程度ダメージを与えると蓋が開く。その状態だと一切攻撃せず、吸い込むとコインが手に入り、全て吸い取ると倒れる。通常攻撃では攻撃物やキノコ、コインを放出し、キノコをカウンターされると回復する。時々逃げる。
 ショクチュ
 靴の形をした食虫草。体当たりで攻撃してくる。ジャンプ攻撃は効かず、踏むと返り討ちにあう。
 ペタリーノ
 平べったい虫。仲間がいると全員で一斉に行動し、編隊を組んで体当たりしてくる。
 ハナムーチョ
 ムーチョの顔の花。タネやんを吐き出して攻撃してくる。花びらを吸い込むと、何もしなくなるが、上空に出てくる羽の付いたムーチョに水を撒かれると元に戻る。
 タネやん
 ハナムーチョの種。突進で攻撃してくる。地面に潜ってハナムーチョに成長することがある。
 キングジュゲム
 王冠を被ったジュゲム。ハナムーチョと戦っていると上空に現れることがある。地上ではこちらの攻撃対象にはならず、体内ではコインやパイポを投げる攻撃を行い、一定ターンが過ぎると逃走する。
 ゲラワンワン
 ゲラコビッツに操られているワンワン。突進で攻撃してくる。頭についているゲラコビッツ顔の物体を吸い込むことで、正気に戻って逃走するが、経験値は入らない。頭は行動後に引っ込んだり出てきたりする。
 ゲラパト
 UFOのような警報装置。1ターンごとにゲラワンワンを呼び続ける。なお、ゲラワンワンが3体いるときは何もしない。
 ゲラホー
 ゲラコビッツ顔のヘイホー。ジャンプ攻撃のほか、背後からの謎の舌でタマゴに変えさせられ、投げられることがある。
 ジェイルン
 武装ロボット。牢屋も兼ねているらしく、ボムへいやクリボーを閉じ込めている。クッパで倒すと、解放されたクリボーやボムへいがキノコで体力を回復させてくれる。なお、ボムへいの場合はファイアで攻撃すると爆発して自動的に倒れる。
 ヅッツン
 風邪を引いているドッスン。風邪を引いているので行動後にダメージを受ける。クッパに自身の風邪をうつすことがある。頭の氷のうが吸い込まれると風邪が悪化し、受けるダメージが増える。
 ゲラカメック
 ゲラコビッツ顔のカメック。自分や味方のHPを回復させる技を使う。
 キカンボー
 機関車のようなクリボー。コールアントがいると燃料にしてパワーアップし、攻撃回数を上げる。
 コールアント
 石炭に顎と目と足が付いた敵。必ずキカンボーと一緒に出現する。体内では他の仲間と一斉に行動し、集団で体当たりを行う。
 ノーーズ
 鼻のような敵。赤いトサカはマリオ、緑のトサカはルイージの鼻がモデル。鼻息を飛ばしてくるほか、赤と緑が揃うと合体攻撃をしてくる。時折、トサカの色を変化させる。
 ゲランコ
 ゲラコビッツ顔の、尻にドリルが付いた蟻。複数いると同時に攻撃してくる。
 ビーハウス
 蜂の巣のような敵。蜂を飛ばすほか、蜂蜜で回復する。バキュームすると蜂蜜を吸い取ってHP回復できる。
 ゲラスホッパー
 ゲラコビッツ顔のバッタ。
 ゲタゲター
 ゲラコビッツ顔の怪獣のような敵。バナナの皮で突進したり石で転んで衝撃波を飛ばしたりするほか、豆を食べて回復することもある。吸い込むと歯（防御力アップの効果あり）が取れ、以後は豆を食べても回復せず、目回し状態になってしまう。
 ゲラプー
 ゲラコビッツ顔のチョロプー。岩を投げたり地中から飛び出て攻撃してくる。
 セレブジュゲム
 キングジュゲムの上級種。
 メタルゲラプー
 ゲラプーの上級種。
 メカコビッツ
 ゲラコビッツがモチーフのロボット。体力を減らすと頭だけになり、放っておくと胴体を呼んで再度合体する。ただし、カウンターでとどめをさせば倒れる。また、パンチ攻撃は胴体の色が赤の時に殴ると自爆攻撃となり、その時も頭は射出しない。頭はクッパで戦っている時は上画面に逃げる。
 ウルヘイ
 目覚まし時計のようなボムへい。アラームを鳴らしながらマリオ兄弟やクッパの前をうろつき、最後には自爆する。眠っているゴーネムがいるとき、アラームを何度か止められてしまう。
 ゴーネム
 普段は寝ているが、攻撃されるかウルヘイが爆発すると起きる。寝ている時はウルヘイの自爆を阻止する。また、ウルヘイがカウンターで倒されると起きると同時に攻撃力アップ状態となる。
 ダークトレジャン
 トレジャンの上級種。投げる物のスピードが速くなっている。
 ダークゲラホー
 ゲラホーの上級種。時々、巨大なボムへいを持って2体現れ、その次のターンにクッパにボムへいを落として攻撃するが、その前に吸い込まれるとボムへいは敵の方へと落ちて全体にダメージを与える。ゲラホーよりもスピードは早い。
 ダークメカコビッツ
 青いメカコビッツ。上級種という位置付けだが、攻撃パターンはまるで違う。体力が減ると頭だけになるが、メカコビッツと違い、ダークメカコビッツの頭以外の敵が居ない場合は逃げる。頭は体内ではレーザー攻撃で戦う。
 ダークメカコビッツV2
 ダークメカコビッツの頭を放っておくと胴体を呼んでこれになる。攻撃パターンは変わらないが、攻撃時に出る腹の数字が途中で隠される。

クッパの体内にいるザコキャラクター 
 サイボー
 クリボーに似た細胞のような敵。マリオとルイージのスペシャルアタックのお手本や練習では必ずサイボーが敵として無限に登場する。
 カタボー
 兜を被った青いサイボー。初めて入手するスペシャルアタックの練習台として1度だけ登場する。そのため通常攻撃（ジャンプ）が一切通用しない。
 トゲーバ
 トゲの兜を被ったアメーバのような敵。
 ミネラルゲッソー
 水分を含んで肥大化したゲッソー。水が無くなると干からびてカラカラゲッソーになる。攻撃は自分の体を地面で急降下させ、その衝撃で動いた体を当てて攻撃してくる。
 カラカラゲッソー
 ミネラルゲッソーが干からびた姿。干からびていてもちゃんと攻撃してくる。空中に浮いて、自身の体を当てて攻撃してくる。二回連続で動いて攻撃してくる事もある。
 タンパくん
 たんぱく質のような敵。卵を金棒で飛ばして攻撃してくる。攻撃を受けると2回まで巨大化して、そのたびに攻撃力が上がる。
 ジューシー
 骨付き肉のような敵。転がって攻撃してくる。
 カロリン
 焚き火のような敵。ジューシーがいるとジューシーをカロリーにしてもう一体カロリンを増やす事がある。
 シナプン
 ケセランを細胞化したような敵。エネルギー弾を飛ばすほか、分裂して増えることがある。2体いる時はコンビネーション攻撃を行う。
 ドックンフラワー
 心臓のようなパックンフラワー。毒液を飛ばしてくる。
 ポリップー
 タンパくんの上級種。タンパくんのように　卵を金棒で飛ばして攻撃してくるほか、衝撃波で攻撃をしてくることもある。
 POWエナジー
 筋肉質の腕がついた赤いエネルギー体。パンチで攻撃してくる。他のエナジーに変身するほか、他の敵に吸収させて攻撃力を上げることがある。
 DEFエナジー
 盾を持った緑のエネルギー体。この状態だと攻撃してこない。他のエナジーに変身するほか、他の敵に吸収させて防御力を上げることがある。
 SPEEDエナジー
 翼がついた青いエネルギー体。ワープと素早い動きで攻撃してくる。他のエナジーに変身することがある。
 エアプク
 風船のプクプクで顔はダークスターのような外見をしている。上空から体当たりしてきたり空気を吸い込んで回転しながら突進してくるが、回転攻撃中に空気栓を攻撃されると空気が抜けてしまい、しばらく何もしなくなる。
 エアプン
 シナプンの上級種。攻撃速度が速くなっている。
 エアほうだい
 緑の卵のようなダークスター顔の敵が操っている砲台。途中から見えなくなるキラーを撃ってくる。砲台を壊しても後ろの敵が逃げてしばらくすると新しい砲台を持ってくる（3回まで）。また、新しい砲台の分の経験値も入る。持って来る前に敵を全滅させればそれで勝利できる。
 ニオイニー
 紫色のガスのようなダークスター顔の敵。分裂してマリオたちの周囲を回ったり毒ガスを飛ばしたりする。

ボスキャラクター 
 クッパ
 カメ族の首領。物語の冒頭と、マリオたちがDr.コキノに最初に会ったときに居合わせて戦闘になる。一回目の戦闘ではマリオのバトルの操作のチュートリアルとして対峙する。二回目の戦闘ではスペシャルアタックの他、全体攻撃の強力な炎で攻撃してくる。ヘイホー軍団を救出していない場合、ボコスカヘイホーは使わない。
 マリンパイプのぞう
 海の英雄（ゲッソー）を称えた像をゲラコビッツが改造した物。普段、通常攻撃は効かないが、ゲッソーのぞうが体内から射出された際はしばらくの間ダメージを受けるようになり、その間は行動できなくなる。なお、体内でゲッソーのぞうが倒されるとこちらも自動的に倒れる。
 ゲッソーのぞう
 マリンパイプのぞうの一部。普段はカウンターでしかダメージを受け付けず、体内では時々、クッパにダメージを与える。数回攻撃を食らうと怒って突進してくるが、これをカウンターされると体内から射出され、マリンパイプのぞうに激突してダメージを受ける。そうなるとしばらくの間はクッパの攻撃でダメージを受けるようになり、また行動できなくなる。

 ベタリーノ
 クッパの吸い込んだペタリーノが巨大化したもの。ファイアパイプにべったりと張り付いていた。イエロースターを投げたり、長いベロでなめたりする。
 ハナチャン
 頭に花が付いている黄色いイモムシ。クッパにギガニンジンを食べられたことで襲い掛かってきた。頭と4つの体に分かれており、体は攻撃すると赤から黄色へ変化する。頭は普段の状態ではダメージを受け付けず、体を全て黄色にされることでしばらくダメージを受けるようになり、またその間は行動してこなくなる。
 はっぱヘイホー
 プロペラが双葉のヘイホー。ハナチャンの攻撃だったり、巨大なカブを持ってきたりする。出現時、吸い込むとカブはハナチャンの体全てに落ちてくる。体内では2体同時攻撃をする。

 イモーヌ
 クッパの食べたギガニンジンにくっついていた芋虫。戦闘ではビフィーズじんを利用して攻撃するほか、時々ストローを出してHP回復を行う。
 ビフィーズじん
 人間で言うビフィズス菌。イモーヌが巨大化した原因で戦闘中に3体で乱入してくる。イモーヌが攻撃用に利用する。

 メタボス
 ゲラコビッツの側近。二回戦うことになり、一回目はクッパの戦闘のチュートリアルとしてゲプーみさきで、二回目はクッパ城で戦う。鉄球を投げたり、ドロップキックを食らわせたりなど多彩な攻撃をする。
 アルカロテン
 顔がたくさんある組織細胞のようなボス。赤と緑色の顔六個で構成されており、顔の数だけ攻撃してくる。顔は赤はマリオ、緑はルイージでないとダメージを受けない。また、顔が破壊されるとその近くの顔は色を変化させる。顔のHPが全てなくなるとベタカロテンになる。
 ベタカロテン
 分裂したアルカロテン。出現時、最初は本体が5体の分身を生み出し、本体は分身と自分の位置を入れ替える行動を行う。電流攻撃で攻撃してくる。しばらくするとアルカロテンに戻る。
 けんじゃイモーヌ
 賢者としての力を発揮したイモーヌ。普段は小さい芋虫だが、メーターがMAXになると賢者モードになる。賢者モード中は本体、マジカルロッドを攻撃されるとメーターが下がって、一番左まで付くと元に戻る。
 クッパメモリーM
 記憶倉庫の管理者の二ロンがマリオたちを排除するために変身した姿。マリオの姿をしている。スターで無敵突進してきたり、巨大キノコで巨大化したりする。無敵攻撃時に出現するコインは取ることが可能で、取るとバトル終了後の取得コイン数にカウントされる。
 クッパメモリーL
 記憶倉庫の管理者の二ロンがマリオ達を排除するために変身した姿。ルイージの姿をしている。テレサに追い回されたり、転んでハンマーがすっぽ抜けたり、ルイージのヘタレさを表現している。2回攻撃されると一時的に画面外へ逃げて、数ターン後に戻ってくる。ダメージを受けると回復キノコ、クッパメモリーMが戦闘不能の時は1UPキノコも使う。
 ゲドンコせいじん
 2に出てきたゲドンコ星人の生き残りをクッパが冷凍保管していたもの。2体居る時は同時攻撃をしてくる。
 ガラクタモンスター
 ガラクタの寄せ集めで作られたロボット。メタボスが操作していたが、上手く動かないのでコントローラを壊してしまい暴走する。ルイージをコブンの中に閉じ込めたりコブンの中身を出して攻撃したりと、パターンは多彩。
 ガラクタコブン
 ガラクタモンスターの取り巻き。突進しかしてこないが、ハンマーに反応して防御しようとしたり、ルイージを閉じ込めたりする。ルイージの入っているコブンを倒せば救出できるが、ルイージが居ないコブンを倒すとノーーズかワンワン、フィッシュボーンが出てきて反撃してくる。いくら倒しても無限に現れるが、ガラクタモンスターを倒せば全滅する。

 ブリザードメタボス
 ゲラコビッツの力で強化されたメタボス。天井に掴まって雪玉を投げたり、巨大雪玉でクッパを押しつぶそうとする他、スノービッツを4体召喚する。
 スノービッツ
 ゲラコビッツ顔の雪だるま。吸い込まないとブリザードメタボスのHPを回復させ、またコンビネーション攻撃をしてくる。クッパの体内で8体倒すと以降は出現しなくなる。全員で一斉に行動する。

 ダークスター
 闇の力を封じ込めたスター。キノコタウンの地下に封印されていたがゲラコビッツの襲撃で盗まれた。覚醒した後はクッパの体内に侵入し、マリオたちと戦うことになる。普段はダメージを受け付けず、ダークサテライトを2体生み出してくる。ダークサテライトの体当たり攻撃をカウンターしてぶつけることでダメージを与えられ、2回ぶつけるとしばらくの間はダメージを受けるようになり、その間はダウン効果を持つレーザーで攻撃する。HPが0になっても、最後に吸い込み攻撃をしてくる。
リメイク版では専用BGMが追加された。BGM名は「暗黒パワーを打ち砕け！」で、完全新規BGM。
 ダークサテライト
 ダークスターが召喚する小型のダークスター。2体で同時に行動し、光線を撃ってきたり、またダークスターをステータスアップ状態にさせ、回復もさせる行動を行う。倒すと爆弾(リメイク版では電撃玉)と一緒に突撃してくる。
 ダークゲラコビッツ
 ダークスターの力を半分吸収したゲラコビッツ。すいとりマシーンがくっついている間は通常攻撃が当たらず、体当たり攻撃をしてくる。ダメージを受けると離れるが、すいとりマシーンがある限りは何度でも合体する。HPが減ると攻撃が激しくなる。
リメイク版では専用BGMが追加された。BGM名は「インネンの対決」で、「マリオ&ルイージRPG」の「ゲラコビッツ、ゲラゲモーナ」のアレンジBGMである。
 すいとりマシーン
 ゲラコビッツの頭についているマシーン。合体中はダークゲラコビッツのHPを回復させ、ダメージを受けるとダークゲラコビッツから分離し上画面に逃げるほか、マリオたちで戦っているときは、コマンドブロックを吸い込んでしばらく使えなくさせてしまう。

 ダーククッパ
 クッパの能力をコピーしたダークスター。本作のラストボスの1体。いくらHPを0にしても何度でも全回復して蘇生後は巨大化する。ただし巨大化時におなかを攻撃されるとゲラコビッツを吐き出し、吸い込むことができるようになる（しばらく経つか、吸い込みに失敗すると再びゲラコビッツを戻す）。ダークスターコアのHPが少なくなると素早さが上がる。
 ダークスターコア
 ダーククッパのコア。ダーククッパと同じく本作のラストボスの1体で、クッパの体内で戦うことになる。体はゲラコビッツの顔。コアがかなり高い場所にあり、最初に三つの足を全て潰さないと攻撃できないが、二つのメガネがある時は足を引っ込めて攻撃を防いでしまう。足がある時はエネルギー弾や体当たり、コア出現時は巨大ビームによる全体攻撃などをしてくる。コア出現時、しばらくするとダーククッパの中に戻る。
 イモーヌX
 パワーアップしたイモーヌ。バトルコロシアムランク1の相手。
 ビフィーズじんX
 イモーヌXの取り巻き。
 アルカロテンX
 パワーアップしたアルカロテン。バトルコロシアムランク2の相手。
 ベタカロテンX
 分裂したアルカロテンX。
 けんじゃイモーヌX
 パワーアップしたけんじゃイモーヌ。バトルコロシアムランク3の相手。けんじゃイモーヌと違い、賢者モード中に本体を攻撃するとメーターが右の方に溜まってしまう。
 クッパメモリーMX
 パワーアップしたクッパメモリーM。バトルコロシアムランク4の相手。なお、無敵攻撃で出てくるコインは取っても意味がない。
 クッパメモリーLX
 パワーアップしたクッパメモリーL。バトルコロシアムランク4の相手。
 ガラクタモンスターX
 パワーアップしたガラクタモンスター。バトルコロシアムランク5の相手。
 ガラクタコブンX
 ガラクタモンスターXの取り巻き。
 ダークスターX
 パワーアップしたダークスター。バトルコロシアムランク6の相手。
リメイク版ではDS版の赤から黄色の配色になっており、専用BGMは流れず通常ボス戦BGM「ちょいと強い奴らに要注意!?」のままとなる。
 ダークサテライトX
 ダークスターXの取り巻き。
 クッパX
 バトルコロシアムランク7、ボスメドレー最後のボス。カメ族の首領であるクッパ（2回目）の強化版で本作最強の敵。全体的に威力が上がっているほかに、スペシャルアタックを使用すると、その直後にバキュームでスペシャルアタックを吸い込んでしまい、その技がしばらく使えなくなってしまう。攻撃のバリエーションが増えており、巨大化技や炎を纏ったスパイクボール状態の体当たりも使う。なお、巨大化時に出現するコインは取っても意味がない。

巨大化バトル 

クッパ城
 ゲラコビッツによって改造されたクッパ城で巨大バトル最初のボス。時々トゲゾー部隊を出してパンチ攻撃を防ぐ。
 へんなロボ(イビッキタワー)
 ロボットに変身できるタワー。普段はパンチ攻撃ではダメージを受けないが、攻撃されると後ろに後退し、やがて川へと落ちてその状態だとダメージを受けるようになる。ただし、こちらも防御に失敗すると押し出され、川に落ちると回避不可能攻撃を受ける。時折、ゲラプーによる回復を行う。
 ゲラエクスプレス
 ゲラコビッツに寝返ったチョロプー達の運転する列車。キカンボーやミサイルを搭載している。パンチ攻撃は効かないので、ファイアやカウンターでダメージを与えなければならない。ターン毎に移動し、途中メタルマウンテンに隠れながらミサイル攻撃したり、ゲラマウンテンと合体する。表示されている距離の数字が0になり、2ターン経過すると、強制的に負けてしまう。
 ゲラマウンテン
 ゲラエクスプレスと合体した山。力比べで負けるとメタルマウンテンにぶつかる。時折、ゲラエクスプレスを回復させるがファイアで攻撃すると山火事状態になり、内部のゲラエクスプレスもダメージを受ける。倒すとゲラエクスプレスが出現する。倒さない限りゲラエクスプレスは一切移動しない。

スーパーピーチロボ
 ゲラコビッツによって戦闘ロボに変形できるよう、改造されたピーチ城で巨大化バトル最後のボス。最初はクッパの後ろにブラックホールを発生させ、ある程度ダメージを受けるとメカコビッツの編隊を射出してパンチを防ぎ、その次のターンで回避不可能、かつブラックホールに一気に押し出す攻撃をしてくる。途中で自身の後ろにもブラックホールを発生させ、ある程度HPが減るまではダメージを防ぐバリアを張る。ブラックホールに吸い込まれた時はダメージを受けた後、体当たりで反撃してくる。HPが減ると体当たり中に透明化も行う。最後は互いにブラックホールに吸い込まれながらの戦いとなる。なお、ファイアを食らうと時折キノコを射出する。

マリオ&ルイージRPG4 ドリームアドベンチャー

ザコキャラクター
 クリボー
 キノコ王国を裏切ったキノコ族。プロペラヘイホーに運ばれて登場し、攻撃は他のクリボーと同時に行う。
 プロペラヘイホー
 頭にプロペラを付けたヘイホー。クリボーを運び、攻撃はクリボーと同時にしてくる。
 ボロドー
 お面を付けた盗賊。他のボロドーと連携で攻撃し、攻撃が命中するとコインを奪う。
 ブーメランブロス
 ブーメランを武器にするカメ族の上級兵士。攻撃はコマンダージュゲムの指示を参考にして繰り出す。
 この作品ではブーメランをキャッチすることができず、自分の投げたブーメランでダメージを受ける。
 ファイアブロス
 ファイアボールを武器にするカメ族の上級兵士。通常攻撃の他に1ターン後にファイアボールを降らす攻撃もする。ファイアボールの他、コインも出す。
 ワンワン
 凶暴な鉄球の風貌をしたキャラクター。おさんぽヘイホーに飼われているが、攻撃する際はおさんぽヘイホーをぶつけてきたり、引きずり回したりとかなり躾けがなっていない。おさんぽヘイホーが倒されると単独で攻撃してくるほか、他のモンスターにまで攻撃を仕掛けてくる。
 ヘイホー
 お面を付けたキャラクター。ヘイホーひこうていが倒されると3体（6体）同時に出現する。

以上の敵はそれぞれの項目を参照。

 コロボー
 樽を被った風貌をしたクリボー。
 ブランチュラ
 クモのようなモンスター。糸でぶら下がりながら攻撃してくる。
 トゲキューコン
 トゲの付いた球根のような敵。
 サカバチ
 頭にトゲを付けた敵。攻撃を受ける度に地上形態と飛行形態を入れ替える。
 カモフラ
 地を這うボウフラのようなモンスター。背中の斑紋で誰を攻撃するかを決め、赤はマリオ、緑はルイージを狙う。最初のターンでは砂を被ってカモフラージュするものの、攻撃を受けると解ける。
 デューン
 身体を自在に伸ばすモンスター。砂潜り攻撃がヒットするとマリオやルイージを飲み込み、飲み込んでいる時はそのまま咀嚼攻撃を行う。飲み込んでいる時にダメージを受けると中にいるマリオ達までダメージを受けてしまう。
 サボッテル
 サボテンのような敵。攻撃を受けた回数分だけ反撃してくる。
 ドッカニー
 木の実を殻代わりにしているカニ。木の実を使って攻撃するほか、こちらのターン中でも他の木の実に移る事がある。木の実が少ない時は補充する。
 リフティー
 いつも岩を持ち上げている一頭身のモンスター。持ち上げている岩は片方に転がっていくタイプと分裂して二人同時に攻撃するタイプがある。ジャンプ攻撃は効かないが、攻撃後に補充する岩が四つの場合、ジャンプ攻撃を受けると重さで自滅する。また、アレアレイがいる時はコンビネーション攻撃を行う。
 サカバチR
 サカバチの上級種。
 マクラノドン
 プテラノドンのような風貌をした敵。時々画面奥から出現し、ちょっかいボールを受けると手前の敵をバトルから除外させて現れる。
 アレアレイ
 バーベルのような風貌をした敵。他のアレアレイやリフティーがいる時は同時攻撃を行う。
 カタイカラ
 名前通り、固い貝殻に身を包んだモンスター。普段の防御力は高いが、攻撃時だけ本体を出すため防御力が下がる。
 レッドウイルス
 『ドクターマリオ』に登場したウイルス。ダメージを受けるとブルーウイルスになる。攻撃は他のウイルスと共に行う。変化した時に同じ色が縦横三つ以上並んでいるとそのウイルスは一斉に倒される。また、攻撃時も三つ重なると自然に倒れる。
 ブルーウイルス
 『ドクターマリオ』に登場したウイルス。ダメージを受けるとイエローウイルスになる。
 イエローウイルス
 『ドクターマリオ』に登場したウイルス。ダメージを受けるとレッドウイルスになる。
 リフティーR
 リフティーの上級種。
 クリボーR
 クリボーの上級種。見た目はクリボーと同じ。
 プロペラヘイホーR
 プロペラヘイホーの上級種。
 ヘイホーひこうてい
 ヘイホーの操縦する飛行艇。時々画面奥から乱入し、砲台による砲撃を行う。ちょっかいボールを食らうと手前に現れてトゲ砲弾によるカウンターを行う。倒すとヘイホー3体（6体）を射出し、手前で倒された場合は手前の敵を全滅させる。
 ドッカニーR
 ドッカニーの上級種。
 ビーハウス
 前作にも登場したハチの巣のようなモンスターで、前作と違いトゲが付いている。ハチを飛ばして攻撃するが、攻撃してくるハチが踏まれると反撃してくる。また、ダメージを受けるとカウンターをしてくるが、攻撃後はハチが戻らないと行動できない。
 マクラノ・アイ
 光る一つ目の石のような風貌をした護衛ロボット。レーザーで攻撃してくるが、HPが少なくなると自爆してくる。
 ボロドー（奥）
 ムユーウッドで時々画面奥から登場し、ゴールドエッグを運んでやってくる。
 ゴールドエッグ
 ボロドーが時々運んでくる金色の卵。ボロドーがちょっかいボールを食らうと手前に転がる。
 コマンダージュゲム
 連結した雲に乗った二人組のジュゲム。ブーメランブロスの攻撃の指揮を執る。
 マクラノドンR
 マクラノドンの上級種。
 ファイアロボ
 名前通り、炎を噴出するロボット。デザイン自体はアックームの顔を模している。
稀に「ポロリブーツ」を落とすこともある。
 おさんぽヘイホー
 ワンワンを常に鎖で飼っているヘイホーで体色は水色。ワンワンと同時に攻撃を行うが、ワンワンに振り回されて飛ばされたり、引きずられたりと扱いは非常に雑。飼っているワンワンが倒されると新たなワンワンを呼び出す。
 ヘイホーひこうていR
 ヘイホーひこうていの上級種。
 ヘイホーR
 ヘイホーの上級種。

夢世界のザコキャラクター 
 ジュゲム
 雲に乗ったカメ族。奥で待機し、パイポ攻撃でトゲゾーの数を補充する。時々、キノコを出す。
 トゲゾー
 トゲの付いた甲羅を背負ったカメ族。ハンマー攻撃を食らうとひっくり返ってしばらくジャンプが効くようになり、ジャンプ攻撃を食らうと
必ずCRITICALダメージになる。
 パックンフラワー
 人食い花。時々プチパックンを生み出す。
 メカクッパ
 クッパ型のロボット。ダメージを受けるとショートを起こし、攻撃内容が若干変化する。

以上の敵はそれぞれの項目を参照。

 ユメボー
 夢世界のコロボー。これに限らず、夢世界では集団で行動するモンスターが多い。
 キャンドリー
 蝋燭のような風貌をしたモンスター。
 ユメミダケ
 夢世界のネムルダケ。エリートユメミダケの指示の下、一斉攻撃を行う。エリートユメミダケがいないと一か所に纏まって攻撃してこなくなり、何もしないか逃げる以外の行動をしなくなる。
 エリートユメミダケ
 ユメミダケのリーダー格。ユメミダケと共に攻撃してくる。ユメミダケの補充も行う。
 カイテンチュー
 プロペラの羽根のような敵。
 ユメデューン
 夢世界のデューン。
 ボムポイ
 爆弾を投げるロボット。HPが0になると自爆して他のモンスターにダメージを与える。
 ホリンドル
 ドリルのような敵。
 チクタくん
 時計に顔の付いた風貌のモンスター。HPが少なくなると自爆してくる。
 ヤシノミン
 ヤシの実の風貌をした敵。ヤリを携えている。時々ヤリを上に掲げた後、その次のターンで槍を投げ、逃走する事がある。数が少ない時はその場でヤリを投げて逃走する。
 マッスルロック
 筋骨逞しい風貌のモンスター。体当たり攻撃のほか、巨大なバーベルをぶつけてきたりする。
 アイスン
 冷たい冷気に包まれたモンスター。ダメージを受けるとマグマンに変化し、他のアイスンやマグマンがいる時は同時攻撃を行う。アイスンの攻撃を受けると回復するが、マグマンの場合はダメージを受けてしまう。
 マグマン
 熱いマグマに包まれたモンスター。ダメージを受けるとアイスンに変化する。行動パターン自体はアイスンと同じ。
 ボムポイR
 ボムポイの上級種。
 プチパックン
 パックンフラワーの幼体。時々パックンフラワーに画面奥で生み出され、ファイアボールによる援護攻撃をしてくる。手前の敵が全滅すると自然に全滅する。
 ユメミダケR
 ユメミダケの上級種。
 エリートユメミダケR
 エリートユメミダケの上級種。
 ゲッソーツボ
 ゲッソーが入っているツボ。ゲッソーを飛ばして攻撃してくる。ハンマーを食らうと転んでコインやキノコ、エリートユメミダケRを出す（何も出さない事もある）が、二回転ぶと怒って攻撃力が上がる。
 ダークブロック
 凶悪な顔が付いたブロック型の敵。普段の防御力は高いが、攻撃が相殺されると落ち込んだ面になってそのターンの間は防御力が下がる。仲間がいる時は連携攻撃をするが、その時に出てくるブロックを叩かれるとコインを出す。倒されるとブロックになってこの時に叩くとコインかアイテムを落とす。
 ゴールドマメボー
 『マリオ&ルイージRPG』以来登場の金色のマメボー。夢世界でのみ出現し、滅多な事では現れない。バトル中でも時々逃げるがその分強敵であり、体当たり攻撃の他に大量のマメボーを呼び出す攻撃などもしてくる。攻撃をカウンターされると転んでそのターン中は動けなくなる。
 ヤシノミンR
 ヤシノミンの上級種。時々ダスッターに攻撃手段として利用される。
 ダスッター
 ゴミ箱のような風貌の敵。ヤシノミンRがいる時はそれを飲み込み、吐き出してぶつけると言った攻撃を行う。HPが0になると周りのモンスターに自爆攻撃を行い、内部にヤシノミンRがいた場合は全滅させる。
 カリペン
 ペリカンのような風貌をした敵。爆弾の他に卵をぶつけてくる。卵は相殺されると時々コインを出す。倒されるとコインかボムへいを吐き出し、ボムへいの場合は回りのモンスターにダメージを与える。
 スプレーフラワー
 パックンフラワーとはまた違った植物モンスター。毒の入った泡を噴射したり、跳ね回った後で毒の液を噴出したりする。
 ホリンドルR
 ホリンドルの上級種。
 ジュゲムR
 ジュゲムの上級種。見た目はジュゲムと同じ。
 トゲゾーR
 トゲゾーの上級種。見た目はトゲゾーと同じ。
 シモベェ
 アックームの顔をした魔術師のような敵キャラクター。行動終了時に緑のラインを出し、そのラインで繋がれているシモベェは行動開始時にHPを回復する。回復量は繋がれている数により変化する。
 でかしっぽクリボー
 巨大なタヌキのような尻尾がついたクリボー。自分の攻撃で他のモンスターまで巻き込んでしまう。

ボスキャラクター
ゴーストファイア
マクラノ城の古代の隠しエリアに潜んでいる4体の石像が動き出したもの。炎を出したり引っ込めたりする。
ユメマリオ
アックームがマリオを足止めするために放ったマリオのコピー。多数の分身を連れており、本物を攻撃しないとダメージを与えられない。
ネムルンバ
オハパークの水やりマシン。暴走していたため、止めるため戦うことになる。
クッパ&アックーム
クッパとアックームが手を組んで襲ってくる。クッパ自体はパンチのほか、炎を吐いたり甲羅に丸まって追いかけたりする。アックームはクッパの炎攻撃終了後、集団で出現し、クッパのHPを仲間の数だけ回復させる。
ツノゴン
ドリルのような角を生やしたマドロミ砂漠の魔物。マクラノ族の枕やブリンダを呑み込んでいた。地面に潜って飛び出したりするほか、角に乗ったマリオ達のコインを奪う攻撃もする。急降下攻撃をカウンターされるとそのターンはジャンプ攻撃を食らうようになる。
デシオレンジ
デシーズの一人。いつもノリノリで陽気な性格。バトル中は3ターン以内に倒さないとやり直しになる。
デシイエロー
デシーズの一人。小柄だが暴れん坊で力も強い。バトル中は一切こちらからの攻撃はできず、カウンターで攻撃する必要がある。
デシブルー
デシーズの一人。常にオドオドとしていて自身が持てない臆病者。バトル中はExcellent以外の評価で攻撃を受けるとHPを回復する。
デシホワイト
デシーズの一人。丸い肥満体の風貌をしていて性格ものんびり屋でよく眠る。バトル中、一切行動しないがこちらのターン中でもHPを回復する。
マッスフアニー
メザメタウンに住む登山家兄弟の兄。アニーズを従えるほか、ダメージを受けるとそのターンは攻撃力がアップする。
アニーズ
デシーズやマッスフアニーが引き連れている集団。デシーズやマッスフアニーと同時攻撃を行い、数が少ない時は補充される。
マンモースウ
パジャマウンテンの山頂にいるゾウのような魔物。頭が弱点で、ジャンプ攻撃を受けるとCriticalになるが、時々ブロックリフティーの出す様々なヘルメットを被って防御をする。HPが0になってもとどめをさせないと倒せない。
ブロックリフティー
マンモースウとの戦いで乱入してくる氷塊を持ち上げているリフティー。三体で現れ、マンモースウにヘルメットを被せた後に逃走する。
エリート3人組(クリッキー、ヘイファー、パタボン)
クッパの手下のクリボー、ヘイホー、パタパタの三人組。したっぱクリボーを多数従えている。クリッキーは奥にいるしたっぱクリボーを呼び出し、ヘイファーはヘイファー砲の装填、パタボンは自分や味方の回復を行う。三人同時に倒さないと復活してしまう。攻撃は一斉に行うが、失敗によるダメージもその分大きい。
したっぱクリボー
エリート三人組の指揮下で戦うクリボーの軍団。いくら倒しても無限に湧いてくる。
ヘイファー砲
ヘイファーが所持しているマグナムキラー大砲。普段は攻撃対象外であり、マグナムキラーを装填した後で攻撃してくる。出現中に攻撃を受けると味方モンスター全体を攻撃してしまう。
ハナチャン
巨大なイモムシ。モエゴンの家の裏にある花畑に住んでいたが、パーニョの勘違いで襲い掛かる事になる。パーニョが現れている時は同時攻撃を行い、体当たり攻撃中はパーニョがマリオかルイージのいずれかに寄り添ってジャンプの反応を鈍らせる。
パーニョ
『マリオ＆ルイージRPG』にも登場したマメ族の怪盗。モエゴンの家を狙っていた。ハナチャンをガードマンだと勘違いし、最初はマリオ達と協力してハナチャンを倒すが、宝を独り占めするため直後にマリオ達に襲い掛かってくる。
ハナチャンとの戦闘では一見マリオ達と協力して3対1のように見えるが、ハナチャンを怒らせたりマリオ達にしがみついてジャンプを少し遅らせるなどかえって足手まといになるため実質2対2。ハナチャンを倒すとパーニョが裏切り直接対決になる。
直接対決ではハンマーを盗んだり、サッカーボールをシュートして攻撃してくる。
『マリオ＆ルイージRPG』では専用の戦闘BGM「きみょうぜつみょうコンビ」が存在するが、本作では他のボスと同じ戦闘BGM「油断できないこの一瞬！」が使用されている。
マクラディア
マクラノ神殿の像。古代マクラノ王国によって生み出された兵器。つばさが二つとも破壊されるとビーム攻撃しかしてこなくなり、POWやDEFもダウンする。マクラノミニがいない時は数を補充する。HPが少なくなると自爆モードとなり、そうなると一切行動しなくなるがこちらのターン中に関わらずカウントが進み、0になっても倒しきれなかった場合は即死の自爆攻撃を強制的に行う。
マクラノミニ
マクラディアを援護する小型の機械。画面奥にいる為、ちょっかいボールでないと倒せない。マクラディアと連携攻撃を行い、つばさが破壊されている時は回復を行う。
カメック
クッパの側近。計三回に渡って戦う事になる。一回目では分身、二回目ではカロンを召喚、三回目では赤、白、緑のカメックと組んだりとトリッキーな戦略を取る。箒に乗っている時はジャンプ攻撃を受けるとそのターンは地上に降りる。赤は巨大箒による攻撃、白は回復、緑はステータスアップを行う。
カロン
骨だけになったカメ族の兵士。二回目のカメックに時々集団で呼び出され、一斉行動で攻撃してくる。ダメージを受けると即倒れ、カウンターで倒された数だけカメックに対して攻撃できる。
ドッスン
石のキャラクター。三回目のカメックが召喚する。
アックーム
コウモリの魔物。行動開始時にアクムキャンディを2 - 3個食べてPOWを上げて攻撃してくる。攻撃がヒットすると時々、そのターンのマリオの行動を封じ、直後に悪夢攻撃を仕掛けてくる。その他、ユメルイージをアクムキャンディの中に隠したり、休眠状態に入ってHPを回復したりする。悪夢攻撃では脱出時にコインや回復キノコを出す。バトル中、マクラノ王子の手助けでマリオは行動終了時にHPを30回復する。
アクムキャンディ
アックームの創り出す悪夢のエネルギー体。アックームの行動時にアックームのPOWを上げる。数が少ない時は補充される。普段は攻撃してこないが休眠中に限り、地上に移ってトゲを出し、アックームの代わりに攻撃を行う。アクムキャンディを全滅させないとアックームにダメージを与える事はできない。
ドリームクッパ
ドリームストーンのかけらを体内に取り込んだことによりその力を得てパワーアップしたクッパ。本作のラストボス。本体のほか、両腕が別々に行動する。みぎうではドリームクッパに対するジャンプ攻撃を無効化させ、ひだりうではヘイホーひこうていDXの行動時に片方のキャラクターのカウンター攻撃を阻止する。本体はヘイホーひこうていDXやドリームクリボー、ドリームボムヘい、ドリームパタパタ、ドリームヘイホーの軍団を召喚する。また、軍団を召喚している間、ドリームクッパは画面奥に移動して本体と両腕の回復を行う。ただし、ちょっかいボールを食らうとカウンターで味方モンスターも巻き込んで攻撃してくる。
ヘイホーひこうていDX
ドリームクッパが召喚するヘイホーひこうていの最上級種。砲弾による攻撃のほか、片方のキャラクターを追いかけて攻撃したりする。追跡中はもう片方のキャラクターにカウンター攻撃を食らう事になるが、ドリームクッパのひだりうでが顕在の時はカウンターを阻止する。
ヘイホーDX
ドリームクッパが召喚するヘイホーの最上級種。
ドリームクリボー
ドリームクッパが召喚するクリボー。
ドリームヘイホー
ドリームクッパが召喚するヘイホー。
ドリームボムへい
ドリームクッパが召喚するボムへい。通常攻撃で自爆し、倒されると周囲のモンスターを巻き込む。
ドリームパタパタ
ドリームクッパが召喚するパタパタ。通常攻撃をカウンターされると前方から接近するモンスターにダメージを与える。
クッパJr.
バトルリングで最後に戦うボス。普段はクッパJr.クラウンに乗っているためハンマーやスナイプパチンコなどの攻撃を受け付けない。時々、降りる事があり、降りている際は火の輪のアーチや、プレゼントによるロシアンルーレットによる攻撃をしてくる。分離しているクラウンにジャンプ攻撃をするとクラウンに乗ったまま連続カウンターで攻撃できる。カウンター終了後はしばらくクラウンが復帰するまで地上に居座り続ける。スペシャルアタックで攻撃すると、そのスペシャルアタックを封じるが、何度か攻撃すると時々封じられたスペシャルアタックが戻って来る。プレゼント攻撃では、選んだ箱によってはアイテムを出す。
ボムへい
生きた爆弾。クッパJr.の攻撃として登場する。マリオとルイージに当たると爆発する。

巨大化バトル 

ホリンダーロボ
ドリームストーンの精がネジやドリルなどの工具を身にまとって変身した巨大メカ。3つの形態に変形する。HPが少なくなると砂嵐を起こして自分の姿を隠す。
パジャマウンテン
パジャマウンテンの夢の中にある火山が意志を持って動き出したもの。立ち上がっている時はジャンプ攻撃が効かないのでひっくり返す必要がある。時々、岩盤を出したり、火山を出現させてその次のターンで回復を行ったりする。
メザメフォーム
メザメタウンで悪夢のカケラを守っているガードシステムで、周辺の建物を取り込んで人型の巨大メカとなって襲ってくる。ジャンプ攻撃を受け付けないのでハンマー縦振りで押し出して海に落として連続で攻撃する必要があるが、HPが減るとアーマーを纏って後退を軽減させる。ルイージを落とした場合、防御不能攻撃を行う。なお、時々ブロックを出してそのターンの間で引っ込み、黄色のブロックが破壊されていない場合はそれでHPを回復する。
ネムルーゴ
マクラノ島の守護神とされる巨大な鳥。戦闘中は地上に降ろされるまで連続で攻撃してくる。タマゴ攻撃で時々、キノコを出す。
クッパ（巨大化バトル）
クッパの夢の中にいる、夢世界のクッパ。巨大化して襲い掛かってくる。戦闘中ではルイージの後ろにある足場をこちらの行動終了後に破壊し、ルイージが上に乗っていると溶岩に落とす。ハンマー横振りを一度食らうと防御壁を張って以降はマグマに落ちるのを防ぐ。ハンマー縦振りで吹っ飛んだりカウンターや金網の上でジャンプ攻撃を受けて溶岩に落ちたりすると後退していき、城に着くと部下との連携攻撃で攻撃や回復を行う。最後の足場では回転しながらの対決となり、それが終わってブラザーフィニッシュで倒されても直後に巨大化、以後はスタードライバーで倒されない限りは連続で攻撃してくる。

マリオ&ルイージRPG ペーパーマリオMIX

ザコキャラクター 
クリボー
キノコ王国を裏切ったキノコ族。突進の他に、転がり攻撃をしてくるが目線によって狙うキャラが分かる。
テンテン
テントウムシのようなモンスター。最大で5体タワー状に重なる。
トゲゾー
トゲの甲羅をかぶったカメ族。ハンマーで攻撃するとひっくり返り、ジャンプ攻撃も与えられるようになる。
すなウーガン
砂漠地帯に生息するウーガン。吸い込みや地面に潜ったりしてマリオ達を飲み込もうとする。
プロペラヘイホー
クエストのみ登場。爆弾を持っているプロペラヘイホーを攻撃すると全体攻撃が可能。
ハンマーブロス
現実世界のカメ族の上級兵士。ハンマーブロス系の敵がいる場合は連携して同時にハンマー攻撃を行う。
ノコノコ
現実世界のカメ族の兵士。「ためこうら攻撃」のカウンターに成功すると甲羅が取れてハダカガメの状態を確認できる。
プクプク
海から突然飛び出してくる。地上に上がってしばらくすると元気がなくなる。
ウニラ
プクプクのバトルで乱入する事がある。ダメージを受けると自爆し、敵味方関係なくダメージを与える。
ハックン
忍者のモンスター。続けて同じ種類のソロアタックをすると、2回目以降無効になる。
ファイアパックン
火を吐くパックンフラワー。
メット
甲羅にこもっている状態だと攻撃が効かない。
ドンケツ
突進攻撃をしてくる。ジャンプのダメージは半減される。
ガボン
現実世界のカメ族の兵士。鉄球を吐き出して攻撃を与える。ジャンプ攻撃のダメージは軽減。
サンボ
サボテンのモンスター。本体へのダメージは頭部にしか通らない。
ファイアブロス
現実世界のカメ族の上級兵士。2人以上だと挟み撃ちをしてファイアボールを投げたりする。
前作の1ターン後にファイアボールを落とす攻撃も健在。
ツノアリへい
4体以上で登場。トゲのあるものはハンマー攻撃でトゲを取り外す事ができる。数が少なくなるとバトルから逃走。
ブーメランブロス
 現実世界のカメ族の上級兵士。ブーメランを投げて攻撃してくる。
ヘイホー
仮面をつけた敵。石やペーパーヘイホーを投げたり、複数で体当たり攻撃を仕掛けてくる。
ネオクッパ城に登場する個体はワンワンとペーパーワンワンを連れて登場する。
クラッシャー
カウンターやガード以外の攻撃を与えるとPOWがアップしてしまう。「ガチンコパンチ攻撃」を受けると吹っ飛ばされてしまい、戦闘に参加できなくなる。
ワンワン
ネオクッパ城のヘイホーが連れている鉄球のようなモンスター。
メカクッパ
攻撃を与えるとショートし、行動パターンが反対になる。
でかしっぽクリボー
尻尾を持ったデカクリボー。ブーメランブロスやペーパーカロンのバトルの際に低確率で現れる。
ボムへい
生きた爆弾。ボムキングやレミー、ほねクッパの攻撃の際に登場する。
カロン
ほねクッパの吸い込み攻撃の際に登場。ハンマーで叩くと吸い込み攻撃を強制終了させることができる。

本の世界のザコキャラクター 
ペーパークリボー
本の世界のクリボー。
ペーパーパタパタ
本の世界のパタパタ。ハンマーは無効。踏んでもペーパーノコノコにならない。
ペーパートゲゾー
本の世界のトゲゾー。「バウンドスパイク攻撃」時の滞空時間がトゲゾーより長い。
ペーパーハンマーブロス
本の世界のハンマーブロス。攻撃はハンマーブロスと変わらないが、ハンマーを投げる攻撃の際にフェイントをかけてくる。
ペーパーチュウチュウ
本の世界のチュウチュウ。
ペーパーノコノコ
本の世界のノコノコ。2体以上で「でかこうら攻撃」を行う。
ペーパーボムへい
本の世界のボムへい。ダメージを与えると赤く点滅し、攻撃したキャラに向かって自爆攻撃を行う。
ペーパーハックン
本の世界のハックン。ハックンがいる場合は手裏剣に変身して攻撃する場合がある。
ペーパーヤリホー
本の世界のヤリホー。槍を持っている時にジャンプ攻撃をするとダメージを受けてしまう。ハナチャンとの戦いで乱入する事もある。
ペーパーソンブレロヘイホー
ソクリ山地とネオクッパ城のバトルで乱入する事がある。情熱的な歌で敵のPOWを上昇させる。
ペーパーガボン
本の世界のガボン。攻撃はガボンと変わらないが、鉄球攻撃の際にヨレヨレのペーパー鉄球が紛れている。
ペーパーファイアパックン
本の世界のファイアパックン。攻撃を与える度に攻撃モーションが変化する。歯を上に向けているのでジャンプ攻撃は一切効かない。
ペーパーバサバサ
本の世界のバサバサ。
ペーパーファイアブロス
本の世界のファイアブロス。棒に変身してファイアボールを飛ばしてくる事もある。
ペーパーブーメランブロス
本の世界のブーメランブロス。ブーメランに変身している時もある。
ペーパーカロン
本の世界のカロン。自分のターンになるとすぐに復活を遂げる。ペーパーカメックによって召喚されることもある。
ペーパーパタクリボー
本の世界のパタクリボー。クッパ城クリア後のペーア平野に登場する為、強力である。残り体力が少なくなると地面に着地する。
ペーパーテレサ
本の世界のテレサ。
ペーパーヘイホー
本の世界のヘイホー。ヘイホーが投げてくる物の中に紛れている事がある。
ペーパーチョロボン
本の世界のチョロボン。攻撃を加えるごとに分裂する。ハンマー攻撃は効かない。クエスト「キノピオ 大そうさく！」「大砲を壊せ！」のみ戦うことができる。
ペーパークラッシャー
本の世界のクラッシャー。攻撃を与えるとPOWがアップする。「じゃばらタル投げ攻撃」のタルの中から低確率で「ポロリブーツ」が出現する時もある。
ペーパーワンワン
本の世界のワンワン。ネオクッパ城のヘイホーが連れている。

ボスキャラクター 
ボスパックン
現実世界の巨大なパックンフラワーの怪物。『2』以来の登場。クッパとペーパークッパがマリオ達の足止めのために差し向けた。泥を吐きつけたり、マリオたちにかみついて飲み込んでくる。攻撃を上手くかわすと身動きが取れなくなり、攻撃のチャンスが生まれる。
でかサンボ&ペーパーボスサンボ
大型のサンボと、『ペーパーマリオ スーパーシール』で登場したロイヤルシールを冠った大型ペーパーサンボ。砂漠で道をふさいでいた。体が減ると高い方に合わせて低い方が戻す。体を全て倒すとしばらく気絶する。
ロイ&ウェンディ
コクッパ7人衆の2人。1回目はニテルデ諸島で、2回目はネオクッパ城で戦う。ロイは大きな岩を投げつけ、ウェンディはリングを飛ばしてくる。ロイの岩石をウェンディに当てるとウェンディが怒ってロイがダメージを受ける。
ペーパーボスパックン
本の世界の巨大なパックンフラワーの怪物。ペーア平野でキノピオを襲っていた。コピーにより分身し、本物を倒さないと延々と復活をしてしまう。散らばったペーパーボスパックンの中で動いているのが本物であり、それを倒す必要がある。
ハナチャン
大型の芋虫。ペーパーカメックの魔力で暴走していた。怒っているためアタックが上がり続け、連続で容赦ない攻撃を仕掛けてくる。倒すと一時的に元に戻るが、しばらくするとペーパーカメックが復活させてしまうためペーパーカメックを倒さなければならない。顔以外はノーダメージ。
ブル
ヘルメットをかぶったカメ族。ニテルデ諸島に12体の集団で現れる。集団戦法を得意とする。数が少なくなると仲間のブルを呼び込んでくる。
ラリー&ルドウィッグ
クッパ7人衆の2人。1回目はニテルデ諸島で、2回目はネオクッパ城で戦う。バトルカードを使ってダークスターポイントをためながら戦う。
クッパJr.&ペーパークッパJr.
現実世界と本の世界のクッパの息子。クッパクラウンに乗っているため、横からの攻撃は通用しない。片方が倒れるともう一方が復活させる。紙ヒコウキ対決がバトルの途中で発生することがあり、どちらが負けると鉄球が降ってきてダメージを受ける。
キングテレサ
テレサたちの首領。RPG作品初登場。ペーパーマリオを捕らえていた。王冠がトゲの役割を果たすためジャンプ系の攻撃は無効。ペーパーテレサを呼び出してペーパーマリオを連れ去ることがある。
ボムキング
ボムへいたちの首領。RPG作品初登場。ソクリ山地頂上に砲台を設置していた。5分（ボスバトルだと4分）の制限時間があり、その時間内で倒さなくてはならない。王冠がトゲの役割を果たすためジャンプ系の攻撃は無効。
カメック&ペーパーカメック
現実世界と本の世界のクッパの側近の魔法使い。魔法でコマンドブロックを一時的に使用できなくする。どちらかが倒されると魔法で復活させる。
イギー&レミー&モートン
クッパ7人衆の中では最後に戦う3人。バトル開始後は必ず全員でトリオ攻撃をしてくる。レミーは玉乗りで、イギーはワンワンを操り、モートンはワンワンを投げ飛ばしてくる。トリオ回避で攻撃を避けたり、ワンワンを弾き返すと全員しばらく気絶する。バトル開始してすぐ、モートンの力でバトルカードを変えられてしまう。
なお、レミー、イギー、モートンが仕掛けて来るトリオ回避を全て成功させないと強制的にゲームオーバーとなってしまう。
クッパ&ペーパークッパ
現実世界と本の世界のカメ族の首領。炎と鉄球で攻撃してくる。甲羅状態になっている時はノーダメージで、逆にマリオ達がダメージを受けてしまう。
アーマークッパ
クッパがペーパークッパ軍団を吸収したペーパークッパと合体したもの。本作の黒幕および最終ボス。ペーパークラフトの装甲（クッパアーマー）をまとっている。
アーマーのヘッドを破壊しないとクッパにダメージを与えられず、アーマー装着している状態だとトリオアタックを相殺されてしまう。破壊するとクッパにダメージを与える事ができるが、しばらくするとペーパークッパ軍団を取り込んでアーマーを再生させる。クッパのパワーだけでなく、腕を翼やキャノン砲などに変形させて多彩な攻撃をしてくる。
ほねクッパ
クッパの姿をしたカメのスケルトン。バトルリングのボスメドレーの最後に現れる本作最強の敵。骨を投げつけたり青い炎を吐き出すなど、1つ1つの攻撃が命取りとなる。また、吸い込み攻撃は飲み込んだキャラに与えたダメージ分体力を回復する。さらにバトル中、ロイとウェンディ、ルドヴィックとラリーをそれぞれ召喚する。

ドデカクラフト 
各ドデカクラフトバトルのボスとなる敵クラフト。
ボスクリボー
王冠をかぶったクリボーのクラフト。ペーパークリボーが操縦。
カメック（ドデカクラフト）
カメックを模したクラフト。カメックとペーパーカメックが操縦。魔法で結界を張ったり、魔法弾を飛ばしてくる。
クッパJr.（ドデカクラフト）
クッパJr.を模したクラフト。クッパJr.とペーパークッパJr.が操縦。動きが早く、体力が減ると爆弾を設置してくる。
キングテレサ（ドデカクラフト）
キングテレサを模したクラフト。モートンとレミーが操縦。浮遊移動し、踏みつけで攻撃してくる。
クッパ（ドデカクラフト）
クッパを模した巨大なクラフト。クッパとペーパークッパが操縦。炎を吐いてきたり、高速回転や大ジャンプなどをしてくる。