ジャパンラグビートップリーグ2005-2006は2005年9月17日から2006年1月9日までレギュラーシーズンが行われた。

参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2005-2006の参加チームは下表の通りである（記載は前年シーズンの成績上位順）。

昨シーズンの結果、日本IBMビッグブルー（トップイースト10）、近鉄ライナーズ（トップウェスト）が地域リーグに降格し、福岡サニックスブルース、セコムラガッツが地域リーグから昇格した。

順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|東芝府中ブレイブルーパス
||11||9||0||2||406||193||213||10||46
|rowspan="4"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||11||9||0||2||416||276||140||6||42
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||11||9||0||2||270||136||134||5||41
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||11||7||0||4||431||263||168||9||37
|- style="background-color:#cffcff"
|5
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||11||7||0||4||284||225||59||5||33
|rowspan="4"|マイクロソフトカップへ
|- style="background-color:#cffcff"
|6
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||11||6||0||5||308||241||67||8||32
|- style="background-color:#cffcff"
|7
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||11||5||0||6||328||211||117||8||28
|- style="background-color:#cffcff"
|8
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||11||4||1||6||324||297||27||5||23
|- style="background-color:#ffffcc"
|9
|style="text-align:left"|ワールドファイティングブル
||11||5||1||5||166||200||-34||1||23
|rowspan="4"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|10
|style="text-align:left"|セコムラガッツ
||11||2||0||9||260||481||-221||7||15
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||11||2||0||9||137||398||-261||2||10
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||11||0||0||11||134||543||-409||2||2
|}

マイクロソフトカップ

入替制度

入れ替え制度の変更 

来シーズンよりチーム数が14チームになるため今シーズンはトップリーグからの自動降格チームはなし。
トップチャレンジは、チャレンジ1の上位2チームのトップリーグ自動昇格、3位の入替戦出場は変わらないが、チャレンジ2は1位のみだった入替戦出場が今回に限り出場した全3チームが入替戦出場に変更された。

トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストジャパン（トップキュウシュウ）
||2||2||0||0||36||29||7||0||8
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー（トップイースト10）
||2||1||0||1||56||21||35||2||6
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ（トップウェスト）
||2||0||0||2||12||54||-42||1||1
|入替戦へ
|}

 1月15日 日本IBMビッグブルー 39–0 近鉄ライナーズ（駒沢陸上競技場）
 1月21日 コカ・コーラウエストジャパン 21–17 日本IBMビッグブルー（レベルファイブスタジアム）
 1月28日 近鉄ライナーズ 12–15 コカ・コーラウエストジャパン（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位コカ・コーラウエストジャパン、2位日本IBMビッグブルーがトップリーグへ自動昇格、3位近鉄ライナーズのトップリーグ入替戦への進出が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ2 
今シーズンのトップリーグチャレンジ2は、出場チームすべての入替戦進出が決まっている。
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト）
||2||2||0||0||103||57||46||2||10
|rowspan="3"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|2
|style="text-align:left"|九州電力（トップキュウシュウ）
||2||1||0||1||57||54||3||3||7
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|NTT東日本（トップイースト10代表）
||2||0||0||2||46||95||-49||1||1
|}

 1月15日 NTT東日本 31–64 ホンダヒート（駒沢陸上競技場）
 1月21日 九州電力 31–15 NTT東日本（レベルファイブスタジアム）
 1月28日 ホンダヒート 39–26 九州電力（近鉄花園ラグビー場）

トップリーグ入替戦 
今季はトップリーグから9位ワールドファイティングブル、10位セコムラガッツ、11位リコーブラックラムズ、12位福岡サニックスブルースの4チーム、トップチャレンジからチャレンジ1・3位の近鉄ライナーズ、チャレンジ2・1位のホンダヒート、2位の九州電力、3位のNTT東日本の4チームが入れ替え戦に出場した。

 2月11日 ワールドファイティングブル 50–8 NTT東日本（近鉄花園ラグビー場）
 2月11日 セコムラガッツ 31–20 九州電力（秩父宮ラグビー場）
 2月11日 リコーブラックラムズ 34–20 ホンダヒート（秩父宮ラグビー場）
 2月11日 福岡サニックスブルース 46–20 近鉄ライナーズ（レベルファイブスタジアム）

入替戦の結果、ワールドファイティングブル、セコムラガッツ、リコーブラックラムズ、福岡サニックスブルースのトップリーグ残留が決定した。

表彰 
2005-2006シーズンの年間表彰式は、2006年2月6日に新高輪プリンスホテルで実施された。

チーム表彰

TOP LEAGUE 優勝チーム

フェアプレーチーム賞

ベストファンサービス賞

マイクロソフトカップ優勝チーム

個人表彰

トップリーグMVP

新人賞

最多トライゲッター

得点王

ベストキッカー

ベストホイッスル

マイクロソフトカップMVP

ベストフィフティーン