ジャパンラグビートップリーグ2003-2004は、2003年9月13日から2004年1月25日までレギュラーシーズンが行われた。

概要 
ジャパンラグビートップリーグは、全国の社会人チームの強豪が一堂に会し、高レベルな試合を増やし、日本ラグビーの活性化につなげる事を目的として発足されたものである。2002年5月に日本ラグビーフットボール協会より発表された。

なお、この年から2005-06年度までのシーズンについては、レギュラーシーズンリーグ戦とマイクロソフトカップトップ8トーナメントは別個の公式戦とみなして行い、リーグ優勝はレギュラーシーズン1位チームが獲得する形式だった。

参加チーム 
初年度参加チーム数は12チームで、
 2002年度東日本・関西・西日本の各地域リーグ1位
 「第55回全国社会人大会」予選プール上位2チーム
 上記1・2で選出されたチーム数により下記の方法で決定。
 上記での選出チームが8チームの場合、残り4チームは第55回全国社会人大会予選プール3位チームとする。
 上記での選出チームが9～11チームの場合、残りの1～3チームは第55回全国社会人大会予選プール3位チーム間の総当たり戦で出場決定戦を行う。
によって決定された。

上記の条件により初年度の参加チームは以下の12チームとなった。

トップリーグ開幕節 
数度に渡ってチャンピオンに輝いたチームであり、好ゲームを期待することが出来るためトップリーグの開幕戦は、サントリーVS神戸製鋼に決定した。

順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||11||9||0||2||439||286||153||11||47
|rowspan="8"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|東芝府中ブレイブルーパス
||11||8||1||2||503||283||220||10||44
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機（ジュビロ）
||11||8||2||1||334||223||111||6||42
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||11||8||0||3||408||265||143||10||42
|- style="background-color:#ccffcc"
|5
|style="text-align:left"|ワールドファイティングブル
||11||6||0||5||349||285||64||8||32
|- style="background-color:#ccffcc"
|6
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||11||5||2||4||411||274||137||6||30
|- style="background-color:#ccffcc"
|7
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||11||4||1||6||319||331||-12||6||24
|- style="background-color:#ccffcc"
|8
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||11||4||0||7||262||362||-100||6||22
|- style="background-color:#ffffcc"
|9
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ
||11||3||0||8||273||402||-129||7||19
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|10
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||11||3||0||8||292||510||-218||6||18
|- style="background-color:#ffcccc"
|11
|style="text-align:left"|セコムラガッツ
||11||3||0||8||260||405||-145||3||15
|rowspan="2"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|12
|style="text-align:left"|福岡サニックスボムズ
||11||2||0||9||230||454||-224||6||14
|}

マイクロソフトカップ

入替制度

自動降格 
トップリーグの結果、11位セコムラガッツのトップイースト10、12位福岡サニックスボムズのトップキュウシュウへの自動降格が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ1 
トップリーグチャレンジシリーズ1は、トップイースト10、トップウェスト、トップキュウシュウの優勝チームが自動昇格枠「2」、入替戦枠「1」をかけて総当たり方式で対戦する。
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|トヨタ自動車（トップウェスト）
||2||2||0||0||128||27||101||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー（トップイースト10）
||2||1||0||1||64||58||6||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|九州電力（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||32||139||-107||1||1
|入替戦へ
|}

 1月10日 トヨタ自動車 97–5 九州電力
 1月18日 九州電力 27–42 日本IBMビッグブルー
 1月24日 日本IBMビッグブルー 22–31 トヨタ自動車

以上の結果、1位トヨタ自動車、2位日本IBMビッグブルーがトップリーグへ自動昇格、3位九州電力がトップリーグ入替戦への進出が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ2 
トップリーグチャレンジシリーズ2は、トップウェスト、トップキュウシュウの2位チームとトップイースト10の代表チーム が入替戦枠「1」をかけて総当たり方式で対戦する。

{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト）
||2||2||0||0||102||45||57||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|釜石シーウェイブス（トップイースト10代表）
||2||1||0||1||43||87||-44||1||5
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストジャパン（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||57||70||-13||3||3
|}

 1月10日 豊田自動織機 42–30 コカ・コーラウエストジャパン
 1月18日 コカ・コーラウエストジャパン 27–28 釜石シーウェイブス
 1月24日 釜石シーウェイブス 15–60 豊田自動織機

以上の結果、1位豊田自動織機がトップリーグ入替戦への進出を決めた。

トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ9位リコーブラックラムズが、トップチャレンジ2・1位豊田自動織機と、トップリーグ10位近鉄ライナーズがトップチャレンジ1・3位の九州電力と入替戦を行った。
 2月7日 リコーブラックラムズ（トップリーグ9位） 31–13 豊田自動織機（トップチャレンジ2・1位）
 2月7日 近鉄ライナーズ（トップリーグ10位） 47–24 九州電力（トップチャレンジ1・3位）

入替戦の結果、リコーブラックラムズと近鉄ライナーズのトップリーグ残留が決まった。

表彰 
2003-2004シーズンの年間表彰式は、2004年1月29日に実施された。

チーム表彰

TOP LEAGUE 優勝チーム

フェアプレーチーム賞

功労賞

特別賞

マイクロソフトカップ優勝チーム

個人表彰

トップリーグMVP

新人賞

最多トライゲッター

得点王

ベストキッカー

ファンサービス賞

マイクロソフトカップMVP

ベストフィフティーン