本項では、スマートフォン向けゲームアプリ『ブルーアーカイブ -Blue Archive-』の登場キャラクター（ブルーアーカイブ の とうじょうキャラクター）とその所属学校・組織について解説する。

キャラクターはいずれの言語版においても、そのまま日本風の名前となっている。また、名字は日本版でのみ使用されており、グローバル版では使用されていない。

キャラクターデザイン担当者は当初は「原画」のみがクレジットされていたが、2022年9月のアップデート以降は「デザイン」と「イラスト」で別個にクレジットされるようになった。水着などの衣装違いのキャラクターの場合はデザイン担当者が変更されている場合もある。本項目では通常バージョンのイラストレーターのみを記載する。デザインとイラストが区別されていない場合は同一のものとする。

シャーレ 
 先生
 「シャーレ」の担当顧問。
ゲーム内におけるプレイヤーの分身という位置づけであることから、作中で顔が描かれることはなく、プレイヤーの想像にゆだねられている。
 ただし、『ブルーアーカイブ』公式Youtubeアカウントでは秘書のアロナが顔認証と称して「先生」の似顔絵を描く場面があり、SNSでは田中角栄に似ていると評判になったと、ライターのサワディ大塚はニュースサイト「インサイド」に寄せた記事の中で述べている。
 アロナ
 声 - 小原好美 / デザイン - Hwansang
 「シッテムの箱」のシステム管理者でありメインOS。「先生」をサポートする秘書。
 プラナ
 声 - 小原好美
 「シッテムの箱」に居るアロナの別の時間軸の存在。「先生」をサポートする秘書。名づけの親はアロナ。

連邦生徒会 
学園都市キヴォトスの統治組織。連邦生徒会長は現在失踪しており、現在は代行の七神リンによって捜索が行われている。会長不在の影響でキヴォトスは混乱に陥っている。ロゴマークは都市中央の巨大タワーを象り、簡素な公的機関の印象をイメージした。

 七神リン（なながみ リン）
 声 - 大原さやか / デザイン - Hwansang
 首席行政官を務める連邦生徒会の3年。
 冷徹な仕事ぶりで多くの生徒に怖がられているが、本人はあまり気にしていない。
 由良木モモカ（ゆらぎ モモカ）
 声 - 井口裕香 / デザイン - Hwansang
 連邦生徒会の1年。
 リンとは正反対の怠け者だが、周囲の批判を気にしない所はそっくり。
 不知火カヤ（しらぬい カヤ）
 連邦生徒会・防衛室に所属する連邦生徒会3年。
 キヴォトスで起きる治安問題の責任者。連邦生徒会の代わりに問題を解決してくれるシャーレには感謝している。
 扇喜アオイ（おき アオイ）
 声 - 斉藤佑圭
 連邦生徒会の財務室長。
 岩櫃アユム（いわびつ アユム）
 声 - 大坪由佳
 連邦生徒会・調停室所属。先生の働きぶりには驚いている。
 連邦生徒会長
 声 - 小原好美
 連邦生徒会の会長で、本編においては消息を絶っている。

アビドス高等学校 
かつてはキヴォトスでは最強最大の学園だった。しかし自治区内の未だ広がり続ける砂漠からの砂の流入、その撤去に莫大な資金を投入したため財政面で廃校寸前にある。数千人いた生徒も今では5人にまで減っている。

対策委員会 
正式にはアビドス廃校対策委員会。アビドスの廃校を避けるため、学校の抱えた莫大な借金を返済するため、たったの5人で活動している。しかし、ローンの完済まで300年以上かかる計算のため、資金調達の他、日々校内に流入してくる砂の清掃や人の減り続けるアビドス自治区の見回りなどに心を砕いている。

 砂狼シロコ（すなおおかみ シロコ）
 声 - 小倉唯 / デザイン - Hwansang
 対策委員会の一員。趣味はジョギング、体力トレーニング、ロードバイクなど。
 基本的に口数が少なく、表情の変化がほとんどないため冷たい印象もあるが、実は誰よりアビドス高等学校を大事にしている。
 学校の復興のために極端なアイディアを提案することも多く、vol.1「対策委員会編」では資金調達の手段として、他のメンバーとともに銀行強盗を行った。なお、銀行強盗は普段から計画をよく立てているが、あくまでも実行するのではなくシミュレーションを行うことが趣味であると語っている。
他者言及
ライターの高村響がニュースサイト「インサイド」に寄せた記事によると、シロコはクールな美少女という雰囲気と銀行強盗に積極的という落差から人気があるという。
 小鳥遊ホシノ（たかなし ホシノ）
 声 - 花守ゆみり / デザイン - 9ml
 対策委員会の委員長で、かつてはアビドス生徒会の副会長を務めていた。
 おじさんのような口癖が特徴で、仕事よりは遊ぶことが好き。そのため普段は委員会のメンバーに怒らればかりだが、任務が始まると他のメンバーを守ろうと最前線で奮闘する。
他者言及
ライターのばかいぬはニュースサイト「Gamer」に寄せた記事の中で、ホシノが「おじさん」としてふるまう理由について、周囲の大人たちが助けてくれぬ中、唯一の生徒会メンバーとして大人を演じようとしたのではないかと推測している。
 黒見セリカ（くろみ セリカ）
 声 - 大橋彩香 / デザイン - Hwansang
 対策委員会の会計担当。
 小言が多く、自分の感情を表すことに躊躇しないタイプ。
 事あるごとに学校が潰れてくれと言ってしまうが、実は学校の借金を返すために他の仲間に隠れてバイトをしているほど、学校への思い入れが強い。
 十六夜ノノミ（いざよい ノノミ）
 声 - 三浦千幸 / デザイン - 9ml
 対策委員会の一員。
 感情豊かで優しい性格をしており、極端な性格の持ち主が多い対策委員会のメンバーをまとめる精神的な支えとしての役割を担っている。
 表向きに明らかにしていないが、お金持ちの令嬢で、対策委員会のおやつ代はほとんど彼女のお小遣いから出ている。あくまでも自分たちの力で借金を返済することを目標としているため、実家のお金を使うことは周りのメンバーからは止められている。
 奥空アヤネ（おくそらアヤネ）
 声 - 原田彩楓 / デザイン - Hwansang
 対策委員会の書記。
 原則と規則を重視している。アビドス高等学校の復興のため、ひたむきに努力している。

ゲヘナ学園 
自由と混沌を校風としており、治安が悪いことで知られている。規則なんてお構いなしに違法サークルが乱立している。悪魔のような風貌をした生徒が多い。良くも悪くも強かな性格の生徒が多いのが特徴。そのせいか他の学園からの評判が悪い。

風紀委員会 
ゲヘナの風紀を取り締まる委員会で、万魔殿に代わり、実質的にゲヘナの雑事全般を取り仕切っている。元来自由な校風のゲヘナなので、それを統制する風紀委員会は苦労が絶えない。キヴォトス全体から一目置かれているチームだが、委員長のヒナに依存している弱点を抱えている。

 空崎ヒナ（そらさき ヒナ）
 声 - 広橋涼 / デザイン - DoReMi
 風紀委員長。
 基本的にはものぐさで、事あるごとに面倒だと口にする一方、校則の話になると途端に厳しくなる。常に職務に追われているため余暇の時間などはなく、趣味のプロフィール欄には睡眠・休憩と記載されている。
 また、冷静で素早い判断や高い戦闘能力から、敵対組織から恐れられている。
 銀鏡イオリ（しろみ イオリ）
 声 - 佐倉綾音 / デザイン - Mx2j
 風紀委員会の切り込み隊長として、規則を違反した生徒を見つけると圧倒的な力で即座に処罰する。
 頭の回転も速く、仕事もでき、戦闘センスも悪くない。ただし、敵を発見すると周囲が見えなくなるため、単純な落とし穴にも引っかかる。
 火宮チナツ（ひのみや チナツ）
 声 - 香月はるか / デザイン - Mx2j
 風紀委員会の救護担当で、事務仕事も兼任している。
風紀委員会の数少ない常識人で、アコやイオリのような他の風紀委員達が暴走した時のブレーキ役を出ている。
 言葉使いが硬く冷たい印象を与えがちだが、可愛い動物の前ではメロメロになってしまう。
 天雨アコ（あまう アコ）
 声 - 高野麻里佳 / デザイン - DoReMi
 風紀委員会の行政官。
 一見すると親切で善良そうな印象だが、規則に違反した生徒などに対してはかなり容赦がない。
 ヒナのことを敬愛しており、右腕として行動を共にすることが多い。ゲヘナの生徒たちからは「ヒナのペット」などと呼ばれることもあるが、本人は特に気にしていない。

給食部 
ゲヘナの給食を切り盛りしている。しかしゲヘナの気質ゆえ、あまり重要視されていない。特に美食研究会には、食堂を爆破されたり備品の車を強奪されたりと酷い目に遭わされている。

 愛清フウカ（あいきよ フウカ）
 声 - ファイルーズあい / デザイン - ヌードル
 ゲヘナでは珍しい、優しくて真面目な生徒。
 毎朝学園の生徒たちの食事を作っており、料理はそれなりに上手だが、食堂の慢性的な人手不足もあって、その実力は過小評価されがち。ヒナも彼女の惨状に危機感を募らせている。それでも彼女はめげることなく、より美味しい食事を提供するため日々努力を重ねている。
 牛牧ジュリ（うしまき ジュリ）
 声 - 田辺留依 / デザイン - nino
 努力家だが、非常に料理が下手なので、あまり役に立っていない。料理は非常に下手だが、食材の目利きには非常に優秀な能力を持つ。

美食研究会 
美味しい食べ物を求める集団で、目的のために手段を択ばない（例：高級食材の強奪）ため、ゲヘナでも指折りのトラブルメーカーとして危険視されている。

 黒舘ハルナ（くろだて ハルナ）
 声 - 田所あずさ / デザイン - whoisshe
 美食研究会の部長。
 金持ちのお嬢様のような孤高な気品を思わせるが、食べ物のこととなると周りが見えなくなる。
 その食い意地に反して食は細く、あまり量は食べられない。
 好きな食べ物は、もつ鍋やホルモンのような脂っこい食べ物。
 赤司ジュンコ（あかし ジュンコ）
 声 - 金元寿子 / デザイン - DoReMi
 ゲテモノを食べたり暴食を繰り返す他の美食研究会の部員達と違い、ある程度常識的な美食を楽しむ方だが、美味しい食べ物を目の前にすると理性を失ってしまうこともある。
 獅子堂イズミ（ししどう イズミ）
 声 - 久保ユリカ / デザイン - Mx2j
 食べ物への愛から、他人では理解できないようなゲテモノも好んで食べるようになった。
 鰐渕アカリ（わにぶち アカリ）
 声 - 森嶋優花 / デザイン - 9ml
 大人しい少女かと思いきや、キヴォトスの大食い大会で常にチャンピオンの座に座り続けるフードファイター。
 基本的には穏やかで善良な性格だが、ゲヘナ学園の生徒らしく、時には他人をひどい目にあわせることも辞さない一面も持ち合わせている。

便利屋68（シックスティーエイト） 
キヴォトスの裏社会で暗躍するアウトローな一流企業を目指しているが、万魔殿や風紀委員会に認められていないため、自称だけのペーパーカンパニーというのが実情。漫画『ブルーアーカイブ 便利屋68業務日誌 Request;hatchout』では主人公を務める。

 陸八魔アル（りくはちま アル）
 声 - 近藤玲奈 / デザイン - DoReMi
 便利屋68の社長（自称）として好き勝手に不法事業を行っている。
 アル本人はかっこいい悪党としてふるまいたいと思っているものの、抜けているところが多いためすぐにバレてしまう。また、罪悪感に悩まされることもある。
 浅黄ムツキ（あさぎ ムツキ）
 声 - 大久保瑠美 / デザイン - DoReMi
 便利屋68の一員で、幼馴染のアルとは異なり、悪事へのためらいはない。
 伊草ハルカ（いぐさ ハルカ）
 声 - 石飛恵里花 / デザイン - DoReMi
 平社員で、社内では末っ子のような立ち位置にある。暗くて陰気な性格のため、幼い頃からずっといじめられてきたが、アルに助けられた過去がある。一方で、突飛な発想を持つ。
 鬼方カヨコ（おにかた カヨコ）
 声 - 藤井ゆきよ / デザイン - DoReMi
 課長。他の便利屋68のメンバーとは異なり悪意がないのにもかかわらず、生まれ持った顔つきが怖いという理由だけで不良と誤解されており、そのことを気にしている。また、野良猫に餌をやるなど、優しい一面もある。

救急医学部 
ゲヘナにおける医療機関。風紀委員会のチナツも以前はこの部活の所属であった。

 氷室セナ（ひむろ セナ）
 声 - 大西沙織 / デザイン - イコモチ
 救急医学部の部長。
 ゲヘナで日々起こり続ける事件・事故の中、あらゆる状況であっても、無愛想な顔で負傷者を運んでいる。
 数多くの負傷者を救って来たものの、負傷者を「死体」と呼び間違える癖やその手荒な扱い方のせいで、一部の生徒からはやや遠巻きにされている。

万魔殿（パンデモニウム・ソサエティー） 
ゲヘナの生徒会で、名目上の最高権力集団だが、あまり組織として機能は高くなく、その分の負担が風紀委員会にのしかかっている。

 羽沼マコト（はねぬま マコト）
 「万魔殿」の議長。
 棗 イロハ（なつめ イロハ）
 声 - 福圓美里 / デザイン - DoReMi
 「万魔殿」の議員のひとり。面倒くさがりな性格。ゲヘナと万魔殿が問題だらけであるため、業務は大量にあり、それらを日々淡々とこなしている。
 イブキ
 「万魔殿」の議員のひとり。マスコット的な存在であり、メンバーたちからはとても大切にされている。
 サツキ
 「万魔殿」の議員のひとり。

温泉開発部 
新たな温泉を求め、日夜キヴォトスのあちこちで掘削作業を続ける集団。しかし、温泉が出そうと思えば他校の敷地でも高速道路のど真ん中でもお構いなしに掘削作業を始めてしまうため、美食研究会と並ぶゲヘナの問題児と扱われている。
 下倉メグ（しもくら メグ）
 声 - 愛原ありさ / デザイン - NAMYO
 温泉開発部・開発現場の作業班長。
 すべての問題事は「撤去する」ことで解決できると強く信じている。
 豪快で竹を割ったような性格や、高い撤去能力で温泉開発部員から厚い信頼を得ている。

トリニティ総合学園 
キヴォトス最大級の学園の一つで、「パテル」「フィリウス」「サンクトゥス」の3つの学校が合併して生まれた経緯を持つ。文武両道を範とし優雅で善良な生徒が多いせいかゲヘナ学園とは仲が悪い。天使のような風貌をしている生徒が多い。
一見、お嬢様学園に思えるが大きな学園だからこその悩みを抱えている。

ティーパーティー 
トリニティ総合学園の生徒会。「パテル」「フィリウス」「サンクトゥス」の3つの派閥から選出された代表者が生徒会長「ホスト」を一定期間ごとに交代して運営されている。

 桐藤ナギサ（きりふじ ナギサ）
 声 - 早見沙織 / デザイン - Fame / イラスト - DoReMi
 「フィリウス」分派のリーダーで、生徒会「ティーパーティー」では、生徒会長に相当する「ホスト」を務める。穏やかで優しい言葉遣いだが、本音をほとんど明かさないため、気難しく謎の多い人物と評されている。趣味はお茶会に使う茶葉やお茶菓子を用意することであり、多くのトリニティ生が彼女のお茶会に招待される日を夢見ている。
 聖園ミカ（みその ミカ）
 声 - 東山奈央 / デザイン - YutokaMizu
 「パテル」派の元リーダー。元ティーパーティーの一人で、リーダーであるナギサとは幼馴染でもある。
 しかし、政治的には対立している立場のため、公私の区別はしっかりしている。いつも楽しそうに笑い、無邪気な姿を見せる彼女だが、人に言えない悩みを胸の裡に抱えているらしい。
 百合園セイア（ゆりぞの セイア）
 「サンクトゥス」派のリーダー。未来予知の特殊能力を持っていたが、「色彩」と接触したことをきっかけに失う。

正義実現委員会 
 剣先ツルギ（けんざき ツルギ）
 声 - 小林ゆう / デザイン - Mx2j
 正義実現委員会の委員長。
 好戦的で暴力的な性格であり、気に入らないものがあったらとりあえず壊してから考えるタイプ。
 副委員長であるハスミのお陰で正義実現委員会は辛うじて統制されている。
 制御不能の狂犬であるツルギだが、先生の前では気恥ずかしさを隠し切れない少女のような一面も見せる。
 羽川ハスミ（はねかわ ハスミ）
 声 - 瀬戸麻沙美 / デザイン - Mx2j
 正義実現委員会のNo.2。
 暴力的なツルギの代わりに、正義実現委員会の戦術指揮官の役割も担当している。
 そのため、落ち着いて知的という、トリニティの生徒としては模範的にすら見える。
 静山マシロ（しずやま マシロ）
 声 - 鬼頭明里 / デザイン - ポップキュン
 正義実現委員会の一員。背丈ほどもある、不釣り合いなほど大きいスナイパーライフルを持ち歩き、黙々と火力支援任務を遂行する少女。
 普段の口数は少ない方ものの、人見知りだったり対人関係が苦手だったりというわけではなく、正義に関する話題が始まると急に饒舌になったりする。

シスターフッド 
トリニティ内の組織のひとつで、ユスティナ聖徒会という組織を前身としている。修道女のような服装をしている。「キヴォトスの住人が安らかに幸せに暮らせる」ことを行動目標に掲げている。
 歌住サクラコ（うたずみ サクラコ）
 声 - 加隈亜衣 / デザイン - Crab D / イラスト - Mx2j
 「シスターフッド」のリーダー。
 何事に対しても真剣に向き合うため、多くの生徒から厚い信頼を受けている。生真面目すぎる上に、大聖堂にいることが多いため、流行や常識には疎く、空回りすることもある。一方で、好物のケーキに興味を示す場面もある。
 伊落マリー（いおち マリー）
 声 - 小澤亜李 / デザイン - Vinoker / イラスト - DoReMi
 シスターフッドの一員。
 一見して可愛らしい印象も受けるが、落ち着いた雰囲気と柔和な笑みから、多くの生徒に頼られている。
 まだまだ自分は未熟だと感じており、早く他の先輩たちのような立派なシスターになりたいと思い続けている。
 若葉ヒナタ（わかば ヒナタ）
 声 - 日高里菜 / デザイン - tonito
 シスターフッドの物品管理者。力仕事を得意としているため、施設の整備や補修も兼任している。一方で、不注意なところがあり、落ち込むことも多い。

救護騎士団 
 蒼森 ミネ（あおもり ミネ）
 声 - 堀江由衣 / デザイン - ni02
 救護騎士団の団長。
 芯が強く実直な性格だが、過激な一面もある。「ミネが壊して騎士団が治療する」という救護騎士団の噂はトリニティ全体に知られている。
 そんな彼女だが、自身の装備を整備したり、知人を招いてお茶会を開くことで心を癒す一面がある。またハスミ並み紅茶に対する造詣が深い。
 朝顔ハナエ（あさがお ハナエ）
 声 - 優木かな / デザイン - tonito
  救護騎士団の団員。前向きで活気溢れる性格をしている。また、彼女の応援を受けた患者は不思議なことにどんな病気でもすぐに治ってしまうという。一方で、患者を見つけると度を超して騒ぎ出し状況を悪化させたりする。
 鷲見セリナ（すみ セリナ）
 声 - 涼本あきほ / デザイン - RONOPU
救護騎士団の団員。善良な性格の持ち主で、健康に関しては過剰なまでに心配性することもあって、周りの生徒たちからは母親のようだとよく言われている。 争いごとは嫌うものの、平和を脅かす敵に対しては毅然とした態度で立ち向かう。

図書委員会 
 古関ウイ（こせき ウイ）
 声 - 後藤沙緒里 / デザイン - CHILD
 図書委員会の委員長。
 本の中でも特に古書を好んでおり、彼女自身も日々「古書館」と呼ばれる場所で古書の解読や管理を行いつつ、引きこもるようにして日々を過ごしている。
 その知的好奇心や、古書に関する知識および技術は一級品であり、周囲から二つ名として「古書館の魔術師」と呼ばれている。
 同時に中々の人嫌いである。
 円堂シミコ（えんどう シミコ）
 声 - 富田美憂 / デザイン - あやみ
 図書委員会の司書。
 大の読書好きで、トリニティの図書館に所蔵されている膨大な蔵書を全て読破したという数少ない生徒の一人である。
 本を読むのと同じくらい本を勧めることも好きで、誰かに出会うとまず最初に相手の好みに合わせた本について考えてしまう。

トリニティ自警団 
トリニティ内のパトロールなどを行う自警団。非公認の部活動であり、メンバーも各々が自発的に活動している。

 守月スズミ（もりづき スズミ）
 声 - 社本悠 / デザイン - Empew
 生徒たちの安全を守る自警団のメンバー。
 トリニティの生徒が他の学園に襲われる事件が頻繁に発生したため、これらを防ぐために街中の巡回を始めた。
 心優しい性格だが、正義感の強さから冷たい性格だと誤解されがち。
 宇沢レイサ（うざわ レイサ）
 声 - 根本京里 / デザイン - kokosando
 トリニティ自警団のメンバー。スケバン時代のカズサを知っており、追い回している。
 熱く直情的な性格であると同時に、繊細なところもある。

補習授業部 
 阿慈谷ヒフミ（あじたに ヒフミ）
 声 - 本渡楓 / デザイン - Hwansang
 補習授業部の部員。
 外見も成績も普通だが、穏やかで優しい性格なため周囲から人気がある。
 周りの人々の悩みや話をよく聞いてくれるものの、そのせいで雰囲気に流されてしまい、意図せずトラブルを起こしてしまうこともある。「モモフレンズ」というキャラクターグッズを集めるのが趣味で、特に「ペロロ」というキャラクターのグッズを集めている。「ペロロ様」と呼び慕っているほか、ペロロ関連のイベントであれば定期テストをサボってでもイベントに向かう。補習授業部にいるのもテストを受けていないためである。
 白洲アズサ（しらす アズサ）
 声 - 種田梨沙 / デザイン - NAMYO
 補修授業部の部員。
 本来はある学校を中退した身だったが、諸事情でトリニティに通うことになり、再び学業に勤しんでいる。
 性格は寂しがり屋だが、他の人に迷惑をかけることを恐れて自発的に距離を置いており、補修授業部の他の生徒から心配されている。
 その正体は「アリウススクワッド」のメンバーであり、トリニティ破壊工作のために送り込まれたスパイ。だが補習授業部の部員として過ごすうちに、考えを改めるようになる。
 浦和ハナコ（うらわ ハナコ）
 声 - 豊田萌絵 / デザイン - Hwansang
 補修授業部の部員で、感情表現が豊かである。
 一見すると淑やかなお嬢様だが、実際は性的な言葉をよく使う。補修授業部の部員たちはそのことを知っており、ハナコが次に何を言うのか気をもんでいる。
 下江コハル（しもえ コハル）
 声 - 赤尾ひかる / デザイン - DoReMi
 補習授業部の一員。
 元々正義実現委員会の所属だったが、成績悪化から留年の危機に陥り、強制的に補修授業部へと入れられてしまった。
 本人は自分のことをエリートだと思っているが、実際には学校の授業に全くついていけないくらい頭が悪い。
表向きは卑わいなものを嫌っており、そのような話題に入ると「死刑」と叫ぶ一方、実際は本人も成人向けの雑誌を隠し持っている。

放課後スイーツ部 
 伊原木ヨシミ（いばらぎ ヨシミ）
 声 - 真野あゆみ / デザイン - Mx2j
 放課後スイーツ部の部員。
 身長と体型へのコンプレックスから、常に大人っぽくなりたいと思っているが、考えていることが顔にそのまま表れてしまうため、周囲からはいつまでも可愛がられている。
 趣味のカフェ巡りをしながら、限定スイーツを味わう時だけは誰よりも明るい笑みを見せる。
 栗村アイリ（くりむら アイリ）
 声 - 杉村ちか子 / デザイン - まきあっと
 放課後スイーツ部の部員。
 ゆったりとした性格の持ち主で、友達とスイーツを食べながらおしゃべりする時間を何より大切にしている。
 好きなものはアイスクリームで、最近はチョコミント味にハマっている。
 柚鳥ナツ（ゆとり ナツ）
 声 - 長縄まりあ / デザイン - kokosando
 放課後スイーツ部の部員。
ロマンチストを自称しており、皆とロマンを共有したいという考えを持っている。ただし、「ロマン」の定義が常に変わり続けることもあり、何かと皆を振り回すことが多い。
 杏山カズサ（きょうやま カズサ）
 声 - 夏吉ゆうこ / デザイン - mimo / イラスト - Mx2j
 「放課後スイーツ部」の部員で、ゆったりとした静かな性格をしている。自分をあまり表に出さないため、普段は他の部員たちに黙々とついていく事が多い。
 いつも周囲の奇行に巻き込まれて苦労しているが、一方でそういう所も大切に思っている。
 かつてはスケバンだった過去を持ち、イベント「放課後スイーツ物語 甘い秘密と銃撃戦」では「放課後スイーツ部」への入部の経緯が描かれている。

ミレニアムサイエンススクール 
理系教科に特化した専門高等学校で、「知識、理解、そして未来」を校訓に掲げている。歴史は浅いが先進の科学技術と生徒の戦術が高く評価されており、トリニティやゲヘナと肩を並べる名門校である。

セミナー 
 調月リオ（つかつき リオ）
 
 早瀬 ユウカ（はやせ ユウカ）
 声 - 春花らん / デザイン - Hwansang
 「セミナー」の会計。
 理系生徒の比率が高いミレニアムでも指折りの数学の鬼才で、ミレニアムの予算周りの管理を統括している。
 特技は算盤で、複雑なことに悩まされていたり、葛藤している時などに算盤を弾いて落ち着かせる癖がある。
一方、先生に対しては甘く、何かと世話を焼く。
 生塩 ノア（うしお ノア）
 声 - 鈴代紗弓 / デザイン - Hwansang / イラスト - DoReMi
 「セミナー」の書記。
 主にセミナーの決定事項や会議内容を記録しており、ミレニアムの生徒が開発した製品の脱去を鑑別・登録する弁理士の業務も担当している。非常に優れた記憶力の持ち主で、一度見聞きした内容はほぼ完璧に暗記できる。
 黒崎コユキ（くろさき コユキ）
 声 - 乾夏寧 / デザイン - MISOM150
 ハッキングに関して非常に優秀な能力をもち、暗号やパスワードなどはどんなに複雑なものでも感覚的に解き明かすことができる。その能力を買われてセミナーにスカウトされたが、問題行動により捕縛されている。定期的に脱走しては捕まえられているため、ミレニアム内では指名手配されている。また、その能力を買われて再びセミナーに復帰した。

ヴェリタス 
 各務チヒロ（かがみ チヒロ）
 声 - 山村響 / デザイン - ni02
 ミレニアムサイエンススクールのハッカー集団「ヴェリタス」の副部長。部長のヒマリが特異現象特捜部の業務を行っているため、部長代理を務めている。
 卓越したプログラミング能力を持つ一方、その能力をなるべく乱用しないようにと心がけている。
 いたずらっ子の多いヴェリタスにおける良心的な存在で、常日頃から部員たちに「正しいハッカー倫理」について熱弁しているものの、いざとなれば現場への潜入なども辞さない。
 音瀬コタマ（おとせ コタマ）
 声 - 高川みな / デザイン - mona
 ハッカー集団「ヴェリタス」の一員。盗聴を得意としており、他人の秘密話を盗み聞きすることが好き。
 ネット上では饒舌だが、現実世界における対人関係の構築を苦手としており、基本的に歳下の1年生にもつい敬語を使ってしまう。
 小鈎ハレ（おまがり ハレ）
 声 - 貝原怜奈 / デザイン - 9ml
 ハッカー集団「ヴェリタス」のエンジニアで、天才児の多いミレニアムにおいても頭一つ抜けた才能を持つ。
 ミレニアムで生み出される最先端の機器のほとんどは、彼女の手によって開発されている。
 しかしその実力や成果にもかかわらず、自慢したり威張ったりすることなく、他の生徒たちとも交流し、よく話を聞いてくれる優しい女の子である。
 小塗マキ（こぬり マキ）
 声 - 三上枝織 / デザイン - 9ml
 ハッカー集団「ヴェリタス」の部員。
 グラフィティが好きで、ヴェリタスのエンブレムも彼女の作品である。
 基本的に楽天的で思いつくままに動くタイプのため、よく他の部活とトラブルを起こしてしまう。

エンジニア部 
 白石ウタハ（しらいし ウタハ）
 声 - 青地希望 / デザイン - やまかわ
 エンジニア部の部長。
 その肩書に違わず、多種多様なロボットを発明し続けている。
 特に彼女がいつも連れているロボット「雷ちゃん」は、PMCの戦闘用オートマタ数百台に匹敵するほどの戦闘能力を持っているとされている。
 豊見コトリ（とよみ コトリ）
 声 - 篠原なるみ / デザイン - 三脚たこ
 エンジニア部の部員。
 物理学や機械のメカニズムについて話すと止まらなず、ミレニアムで機械と関連したトラブルが発生すると、いの一番に現場へと表れて状況解説を始める。
 猫塚ヒビキ（ねこづか ヒビキ）
 声 - 名塚佳織 / デザイン - ミミトケ
 エンジニア部の部員。やや社交性に乏しく話し方も朴訥としているが、工学に長けており、不思議なものをいくつも発明している。
 彼女の発明品はほとんど欠点がないものの、必ず一つは変な機能が含まれており、しばしば使い手を当惑させる。
 趣味はコスプレで、衣装制作なども行っている。

C&C（Cleaning&Clearing） 
ミレニアムサイエンススクールにある組織の一つで、表向きは奉仕活動を行っているが、その実態はあらゆる仕事を請け負うエージェント組織である。また、メイド服を着用している。
 美甘ネル（みかも ネル）
 声 - 小清水亜美 / デザイン - Mx2j
 エージェント組織「C&C」のリーダー。
 一見してメイド服の上にスカジャンを着たチンピラの子供にしか見えないが、実はミレニアム最強の戦闘能力を持ったエージェントである。
 そのため彼女のコールサイン「ダブルオー」は、界隈では約束された勝利の象徴とされている。
 一之瀬アスナ（いちのせ アスナ）
 声 - 長谷川育美 / デザイン - Mx2j
 「C&C」のエージェント。
 コールサインは「ゼロワン」で、卓越した動物的な感覚と直感とで数々の難関を乗り越えてきたベテランである。
 任務中、勝手に人を信じて正体を明かしたり、疑わしいものは全て壊してしまうなど、理解し難い行動も多々あるが、最終的にはきちんと成果を収める。
 角楯カリン（かくだて カリン）
 声 - 沼倉愛美 / デザイン - Mx2j
「C&C」のエージェント。
 コールサインは「ゼロツー」で、後方から強力な火力支援を担っている。
 荒っぽそうな外見に反して、C&Cの要員の中でも一番慎重な性格の持ち主で、作戦中暴走するアスナやアカネに翻弄されている。
元々は「セミナー」の保安部員だったが、清掃活動や優雅なティータイム、可愛いメイド服目当てで「C&C」に移籍した経緯を持つ。またかわいいカフェの経営を夢見る一方、良妻賢母にもあこがれている。
 室笠アカネ（むろかさ アカネ）
 声 - 原由実 / デザイン - Mx2j
 「C&C」のエージェント。
 コールサインは「ゼロスリー」で、「掃除」特化要員である。
 柔らかい印象を武器に敵陣へ潜入し、爆薬で綺麗に掃除してしまうため、「掃除のプロフェッショナル」という二つ名で知られている。
 飛鳥馬トキ（あすま トキ）
 声 - 石川由依 / デザイン - DoReMi
 「C&C」5番目のエージェント。コールサイン「ゼロフォー」。
 生徒会長リオの専属メイド兼護衛を務めており、単独での行動が多い一方、寂しがり屋という一面もある。

特異現象特捜部 
 明星ヒマリ（あけぼし ヒマリ）
 声 - ゆかな / デザイン - MISOM150
 「ヴェリタス」の元部長で、特異現象捜査部の部長。
 超天才病弱美少女ハッカーを自称している。ハッカーであると同時に、オカルトにも造詣が深い。
 和泉元エイミ（いずみもと エイミ）
 声 - 松永あかね / デザイン - ポップキュン
 特異現象特務部のメンバー。
 口数が少なくぼんやりと経っていることが多い。非常に暑がりで、普段から露出の多い格好をしている。
 しかしセミナーの依頼を受けて任務を遂行する時だけは、誰よりも効率的に動き、迅速に目標を達成させる。

ゲーム開発部 
コンピュータゲームの開発を主とする部活動。
 天童 アリス（てんどう ありす）
 声 - 田中美海 / デザイン - DoReMi
 
 現在はモモイやミドリ、ユズと共にゲームを楽しんで、重度のゲームマニアになっている。彼女の発言のほとんどがレトロゲームのセリフで構成されているため、やや会話がたどたどしかったり不自然な点がある。
 才羽 モモイ（さいば ももい）
 声 - 徳井青空 / デザイン - キキ
 ゲーム開発部のシナリオライター。ミドリの双子の姉である。
 陽気な性格もあって、もともと内気な妹とはそりが合わなかったが、ゲームという共通の話題を見つけて関係が改善した。
 才羽 ミドリ（さいば みどり）
 声 - 高田憂希 / デザイン - キキ
 ゲーム開発部のイラストレーター。モモイの双子の妹である。
 内気な性格もあって、もともと陽気な姉とはそりが合わなかったが、ゲームという共通の話題を見つけて関係が改善した。
 花岡 ユズ（はなおか ゆず）
 声 - 寺澤百花 / デザイン - YutokaMizu
 ゲーム開発部の部長。ゲームを作ることもプレイすることも好きで、ゲームに対する情熱は並大抵のものではない。
 一方、他人とのコミュニケーションを非常に苦手としている。そのため、大半の時間をゲーム開発部の部室にあるロッカーの中で過ごしており、めったに外に出てこない。

トレーニング部 
 乙花 スミレ（おとはな すみれ）
 声 - 今井麻美 / デザイン - Fame
 トレーニング部のリーダー。世の中のあらゆる問題は筋肉と運動とで解決できると信じている。

山海経高級中学校 
中華風の学校。高級中学校は日本で言う高等学校に相当する。

玄龍門 
山海経の生徒会。

 龍華キサキ（りゅうげ キサキ）
 「玄龍門」の生徒会長。生徒たちからは「門主様」とも呼ばれている。
 背の小ささを気にしており、体操をして伸ばそうとしていたが効果がなかった。
 近衛ミナ（このえ ミナ）
 声 - 佐藤利奈 / デザイン - MISOM150
 「玄龍門」の執行部長、および生徒会長の護衛。
 古いノワール映画が好きで、映画のようなクールな振る舞いに憧れている。映画から台詞を引用することも多いが、適切な引用が出来ずに周囲から困惑されることも多い。

梅花園 
山海経における幼稚園に相当する施設。部活動としては園児たちの面倒を見る教官としての活動を行う。

 春原シュン（すのはら シュン）
 声 - 伊藤静 / デザイン - 9ml
 訓育支援部「梅花園」の教官。
 優しくて寛大な人柄であり、梅花園の園児たちだけでなく、山海経の他の生徒たちからも信頼されている。
 教官として長く働いていることもあり、園児たちのいたずらにもめったに怒ることはないが、自分の年齢について言及されると敏感な反応を示す。
 春原ココナ（すのはら ココナ）
 声 - 五十嵐裕美 / デザイン - seicoh
 「梅花園」の教官の一人。1年生の生徒。
 本来は小学校に通う年齢だが、優れた学習能力が認められ、教官の権限を持つまでになった。園生たちは親しみを込めて「ココナちゃん」と呼んでいるが、ココナはその呼称をあまり喜んでいない。

錬丹術研究会 
 薬子サヤ（やくし サヤ）
 声 - 田村ゆかり / デザイン - whoisshe
 錬丹術研究会の部員。小学校の頃にはすでに学位を六つも取っていたほどの天才児。ただし、人をいじめたり問題を巻き起こすトラブルメーカーとして知られている。
 ネズミのネズ助とは幼少の時から行動を共にしており、彼女にとっては家族のような存在である。

玄武商会 
山海経の商人たちによる連合組織。複数の飲食店を傘下に持つ。

 朱城ルミ（あけしろ ルミ）
 声 - 青山吉能 / デザイン - カンザリン
 玄武商会の会長。山海経の伝統料理を始め、様々な料理に精通する料理人。

百鬼夜行連合学院 
グルメ、温泉、祭りなどといった観光業が盛んな学院。それぞれ独自の取り決めを持った部活や委員会が寄り集まって「連合」を成している。従って、正式な生徒会が存在しない体制をとっている。

お祭り運営委員会 
 河和 シズコ（かわわ しずこ）
 声 - 森永千才 / デザイン - whoisshe
 お祭り運営委員会の委員長で、伝統的な喫茶店「百夜堂」の看板娘兼オーナーも務めている。
普段はドジな女の子だが、それはあくまでも看板娘としての一面に過ぎず、実際はお祭りの成功と百夜堂の売上のためなら手段を択ばない。その一方、油断すると感情表現が素直に出てしまうため、親しい友人はもちろん、先生にもすべて知られている。
 朝比奈 フィーナ（あさひな ふぃーな）
 声 - 木戸衣吹 / デザイン - OSUK2
 お祭り運営委員会の一員。任侠に憧れるものの、趣味の映画鑑賞を通じて得た知識が基礎となっているため、おかしなことになっている。
 明朗快活で、人を助けることに喜びを覚える。

陰陽部 
百鬼夜行連合学院の実質的なトップ。複数の組織が存在する百鬼夜行連合学院において、各勢力の調停役として活動している。他学校の自治区を統治する生徒会とは役割が異なるが、生徒たちからは実質的な生徒会として扱われている。部活動の新設の承認なども担当している。

自治区の観光広報や興行活動なども行っている。

 天地ニヤ（あまち ニヤ）
 陰陽部の部長。常に笑顔で飄々とした性格。
 桑上カホ（くわかみ カホ）
 声 - 松井恵理子 / デザイン - 7peach
 陰陽部の副部長。観光文化産業広報支援部の戦略リーダーでもある。生真面目な性格。
 百鬼夜行の文化への愛情が深く、文化産業の広報にはとても高い情熱を持つ。チセの熱烈なファンでもある。
 和楽チセ（わらく チセ）
 声 - 嶋村侑 / デザイン - Hwansang
 陰陽部の部員で、俳句のような伝統文化が好きで入部した経緯を持つ。
 その外見や仕草から滲み出る神秘的な雰囲気ゆえ、百鬼夜行の生徒たちから羨望の的になっているが、本人はそのことをほとんど自覚していない。

修行部 
 春日 ツバキ（かすが つばき）
 声 - 白砂沙帆 / デザイン - Mx2j
 修行部の部長。
 「より安らかで完璧な睡眠」を目指して常に修行している。その極めっぷりや、座っていても立っていても、さらにはご飯を食べながらも寝ることができるほどである。ついた二つ名は「眠り姫」。
 いつもうとうとしているが、夜になると街を守るために密かに暗躍する。
 水羽 ミモリ (みずは みもり)
 声 - 田中理恵 / デザイン - tokki
 修行部の副部長で、ツバキとは幼馴染。
 いつも朗らかな笑顔と穏やかな物腰で、皆からの人望が非常に厚い。
 幼い頃に読んだ少女漫画の影響で「大和撫子」になりたいという夢を抱き、修行部へと入った。
 幼馴染であり部長でもあるツバキとともに、料理や掃除などの修行に日々邁進している。
 勇美 カエデ (いさみ かえで)
 声 - 加藤英美里 / デザイン - kokosando
 修行部の部員。
 元々は百鬼夜行でもかなり田舎の方に住んでいたいたずらっ子だったが、偶然出会ったツバキとミモリにあこがれて修行部へ入部した経緯を持つ。
 理想に近づくために日々研鑽を積んでいるが、その修行の大半はなぜかトラブルに繋がってしまう。

忍術研究部 
 千鳥 ミチル (ちどり みちる)
 声 - 水橋かおり / デザイン - seicoh
 忍術研究部の部長。基本的にいつも根拠のない自信に満ち溢れている。
 映画もアニメもグッズも嗜む忍者オタクで、それが高じて「忍術研究部」を設立し、動画チャンネル「少女忍法帖ミチルっち」を立ち上げて動画投稿もするようになった。
 キヴォトス全域に忍者の良さを知ってもらうため、彼女は今日も忍術研究部の部員たちと共にあちこちを駆け回っている。
 久田 イズナ（くだ いずな）
 声 - 阿澄佳奈 / デザイン - はねこと
 忍術研究部の部員。キヴォトス最高の忍を夢見ている。明るくて活気溢れるが、周囲に自分の夢を理解されず、これまでずっと独りぼっちで生きてきた。
 普段は忍者になるための修行として、先生の護衛と称してひそかに追い回している。
 大野 ツクヨ (おおの つくよ)
 声 - 後藤彩佐 / デザイン - にぎりうさぎ
 忍術研究部の部員。
 幼い頃から成長が早かったこともあり、その体躯をからかわれてしまうことが多く、結果として今の引っ込み思案な性格が形成された。
 基本的に他者との会話が苦手だが、一度決心をするとどんな状況にでも飛び込んでいくという強さも持ち合わせている。
 忍者のことにはまだ詳しくないものの、尊敬するミチル、そしてイズナと共に、現在は楽しく忍術研究部の活動に勤しんでいる。

無所属 
 狐坂 ワカモ（こさか わかも）
 声 - 斉藤千和 / デザイン - NAMYO
 無差別かつ大規模な破壊行為により「災厄の狐」と呼ばれ恐れられる少女で、動機も目的も一切が謎に包まれている。停学処分となった後に矯正局へと入れられ、さらにそこから脱獄した「七囚人」の一人。
常に狐の面をつけている。

レッドウィンター連邦学園 
キヴォトスの奥地に位置する学園。連邦学生会の影響力が薄く、事務局独自の統治に反発した為か変わったサークルが数多く存在し、生徒達も個性派揃い。

レッドウィンター事務局 
 連河チェリノ（れんかわ チェリノ）
 声 - 丹下桜 / デザイン - Hwansang
 レッドウィンター連邦学園の生徒会長。横暴で子供っぽい一方、権力への執着と欲求が非常に強く、毎週のように革命によって失脚させられるものの、その度どうにかして生徒会長の座に復帰することを繰り返す。 「権威というものはヒゲから出るもの」という考えから、付けヒゲを着用している。
 佐城トモエ（さしろ トモエ）
 声 - 厚木那奈美 / デザイン - mery
 レッドウィンター事務局の秘書室長にしてチェリノの側近筆頭。
 どんなことでも彼女が話すともっともらしく聞こえるという話術の達人的な存在で、チェリノ会長に対する忠誠心を定期的に様々な場所で吹き込んでいる。
 チェリノ自身は、トモエが自分のカリスマに感化されて忠誠心を持っていると考えているが、その実トモエはチェリノを盲目的に可愛がっているだけだったりする。
 池倉マリナ（いけくら マリナ）
 声 - 平井祥恵 / デザイン - Mx2j
 レッドウィンター連邦学園の治安維持を担当する保安委員会における委員長。
 校則違反をすれば問答無用で無慈悲な懲罰を下すため、冷酷な人物と思われているが、実際はチェリノ会長の命令を着実に遂行しているだけである。
 「突撃」という言葉が好きで、何につけても突撃を繰り返す。また、レッドウィンターで何か問題が起きた際に真っ先に飛び出しては道に迷うことも多い。

227号特別クラス 
レッドウィンター連邦学園にて停学処分を受けた生徒たちが所属する矯正施設の一つ。227号特別クラスは事務局からも忘れられた旧校舎が使用されている。

 天見ノドカ（あまみ ノドカ）
 声 - 佐藤聡美 / デザイン - 日下雲
 「望遠鏡などを使ったストーキング行為」を理由に停学処分を受けた生徒。
 世の中の美しいものを直接その目で観察したいという欲求が強く、先生もその対象の一つ。227号特別クラスで長い間苦労をしてきたせいで、貧乏性が染み付いている。
 間宵シグレ（まよい シグレ）
 声 - 河瀬茉希 / デザイン - ミミトケ
 配給用カンポットに密かにアルコールを混ぜたとして停学処分を受けた生徒。
 同じく227号特別クラスのノドカとは幼馴染で、ノドカと一緒に居たいがためにわざと騒ぎを起こしたのではないかと噂されている。なお噂の真相とは別に、カンポットは好物として、ポケットウイスキーの瓶に入れて常に持ち歩いている。

工務部 
土木工事や建築などを行う部活動。
 安守ミノリ（やすもり ミノリ）
 声 - 菊池紗矢香 / デザイン - 二色こぺ / イラスト - 7peach
 工務部の部長。ストライキ、デモ活動が趣味であり、何かしらの理由をつけてはレッドウィンター事務局や連邦生徒会に対して抗議活動を行なっている。

ヴァルキューレ警察学校 
キヴォトスの様々な問題対処に携わっている学校。各地に拠点が存在し、正義感に満ちた生徒が多いが、各自治体の制限などにより結果ヴァルキューレだけでの事件解決はほとんどない。

公安局 
 尾刃カンナ（おがた カンナ）
 声 - 松岡美里 / デザイン - kokosando
 ヴァルキューレ警察学校・公安局の局長。
 担当すると決めた犯罪に対して、諦めることを知らぬほどに執拗に聞き込み、真相を明らかにすることから、世間では「狂犬」というあだ名で知られている。
 固い空気とあだ名のせいで激情型だと誤解されがちだが、実際は常に冷静で、現実的な価値観の持ち主である。

生活安全局 
 中務キリノ（なかつかさ キリノ）
 声 - 中島優衣 / デザイン - 日下雲 / イラスト - DoReMi
 生活安全局の一員。
 学園都市の治安を維持する警察の姿に憧れてヴァルキューレ警察学校に入学したものの、射撃の腕前が致命的だったために生活安全局の所属になってしまった。
 それでも彼女は諦めず、犯人を鮮やかに制圧できるような警察になろうと、夢を諦めることなく日々努力を続けている。
 合歓垣フブキ（ねむがき フブキ）
 声 - 平山笑美 / デザイン - ミミトケ　
 生活安全局の怠け者の一員。
 ものぐさな性格で、のんびりとした公務員の生活に憧れ、ヴァルキューレ警察学校に入学した。生活安全局に何か苦情が舞い込んできても、基本的には一貫して誠意の無い態度で処理し、金や名誉に振り回されない窓際族の生活を楽しんでいる。
 一番好きなことはドーナッツを食べながらラジオを聞くこと。

SRT特殊学園 
学園名の「SRT」は「Special Response Team（特別対応チーム）」の略。

連邦生徒会長直属の学園で、政治的理由等でヴァルキューレ警察学校で対応ができない案件を担い、所謂特殊部隊に属する特殊な任務に対応するための学園である。SRT特殊学園の活動に対して責任を負う存在が不在となってしまったことから連邦生徒会内の協議の末に閉鎖が決定された。

RABBIT小隊 
月雪 ミヤコを筆頭とする小隊で、学園の閉鎖に伴い全員公園で生活している。
 月雪ミヤコ（つきゆき ミヤコ）
 声 - 藤田茜 / デザイン - 日下雲 / イラスト - YutokaMizu
 RABBIT小隊小隊長。コールサインは「RABBIT1」。
 先輩たちの活躍に憧れてSRT特殊学園に入学した経緯を持つ。表情の変化が少ないため周りからは不愛想だと思われているが、実際は常に隊員たちのことを気にかけている。
 空井サキ（そらい サキ）
 声 - 友永朱音 / デザイン - YutokaMizu
 RABBIT小隊のポイントマン。コールサインは「RABBIT2」。
 厳格な規則に基づく生活を求めてSRT特殊学園に入学した経緯を持つ。SRTの戦術が書かれた教範を常に持ち歩いており、基本的にいつも原則通りの行動を重視している。山菜などを採集したり、廃品などを集める趣味があり、それは資源が不足しがちな現在の公園生活において、色々と役立っている模様。
 霞沢ミユ（かすみざわ ミユ）
 声 - 後藤邑子 / デザイン - YutokaMizu
 RABBIT小隊のスナイパー。コールサインは「RABBIT4」。
 狙撃手としての才能を見入られてSRT特殊学園に入学した経緯を持つ。存在感が希薄で、そのこと自体は狙撃任務に役立つものの、敵だけではなく味方にすら存在を忘れられることも多い。また、自己肯定心がやや低い。
 風倉モエ（かぜくら モエ）
 声 - 井澤詩織 / デザイン - Mx2j
 RABBIT小隊のオペレーター。コールサインは「RABBIT3」。
 何かを爆破したり台無しにしたりすることが好きで、強大な火力を保有したSRT特殊学園の武器に憧れて入学した経緯を持つ。
 その一方、オペレーターの腕だけは確かである。
 重症の甘いもの好きで、いつも棒キャンディを口にくわえている。

アリウス分校 
トリニティ総合学園の前身となった学園のひとつだが、総合化に反対し総合化したトリニティから迫害、領外追放され姿を消した。しかし、エデン条約締結日に式典会場で大規模テロを敢行、自らを「エデン条約機構（ETO）」と名乗り、トリニティとゲヘナに事実上の宣戦布告をする。

アリウススクワッド 
アリウス分校の特殊部隊。 
 錠前 サオリ（じょうまえ サオリ）
 声 - 石上静香 /デザイン - 9ml
 アリウススクワッドのリーダー。
 目的のためなら手段と方法を選ばない冷徹な姿と、時には激情を露わにする姿が共存した少女。
 ゲリラ戦術に関しては他の追随を許さない専門家だが、日常生活ではやや世間知らずな一面を見せることも。
 アリウススクワッドの戦闘力は彼女が訓練を見ていた結果なのだとか。
 槌永 ヒヨリ（つちなが ヒヨリ）
 声 - 中原麻衣 /デザイン - 9ml
 アリウススクワッドのメンバー。
 自尊心が低く基本的にネガティブで、自虐的な言葉を頻繁に口にする。
 戒野 ミサキ（いましの ミサキ）
 声 - 土屋李央 /デザイン - 9ml
 アリウススクワッドのメンバー。
 他人にも自分にも興味が薄く、時折自暴自棄とも取れる行動を起こす、手首や首元には、何かを隠すように分厚い包帯が巻かれている。
 秤 アツコ（はかり アツコ）
 声 - 花澤香菜 /デザイン - 9ml
 アリウススクワッドのメンバー。意図的に顔を隠そうとしているわけではないものの、食事や睡眠の時以外はほとんどガスマスクをつけて生活している。
 スクワッドのリーダーであるサオリからは「姫」と呼ばれているが、本人は多くを語ろうとしない謎多き人物である。

ゲマトリア 
キヴォトスの外の存在である謎の組織。メンバーはそれぞれ異形の姿をしている。キヴォトスにおける「神秘」を探求しているが、メンバーごとに目的は異なっている。

 黒服
 黒いスーツを着た存在。体は黒く無機質で、所々に亀裂が走っている。「黒服」はホシノが仮に名付けた名前だが、本人も気に入っているのか、自分でもそう名乗っている。
 Vol.1「対策委員会編」で初登場。カイザーPMCに協力していた。
 マエストロ
 マネキン人形のような双頭の存在。神秘を用いて自身の芸術を表現することを目的としている。
 ゴルコンダ&デカルコマニー
 首のない男性「デカルコマニー」と、デカルコマニーが抱える写真に後ろ向きに写っている「ゴルコンダ」の二人組。お互いが「虚像」と「非実在」を象徴する記号であり、相棒であると語られている。
 ゴルコンダは紳士的な口調で話し、デカルコマニーは「そういうこった！」と相槌を打つのみ。本体はデカルコマニーであり、死ぬことができない。
 Vol.FINAL「あまねく奇跡の始発点編」ではシロコ＊テラーの襲撃を受けたことでゴルコンダが失われたらしく、新たに「フランシス」が登場している。
 フランシス
 Vol.FINAL「あまねく奇跡の始発点編」にて、ゴルコンダと入れ替わる形で登場。叫ぶ男のような顔が描かれた絵画。デカルコマニーが顔の位置に掲げている。
 ゴルコンダと違い威圧的な口調。また、フランシスが登場してからはデカルコマニーが相槌を打つことがなくなる。
 ベアトリーチェ
 白いドレスを纏った貴婦人。赤い肌と黒い長髪、複数の目が特徴。アリウスの生徒たちからは「マダム」とも呼ばれている。
 Vol.3「エデン条約編」から登場。アリウス自治区を支配しており、生徒たちにトリニティへの憎悪を抱くように教育していた。

その他の登場人物 
 ソラ
 声 - 林鼓子 / デザイン - Hwansang
 シャーレの1階にあるコンビニ「エンジェル24」でアルバイトをしている。
 少し怖がりで、人と話をするのも苦手だが、頑張って接客をしている。
 初音ミク (はつね みく)
 声 - 藤田咲 / デザイン - YutokaMizu
 2021年11月3日からスタートしたコラボイベントのキャラクターとして実装。
 いつも明るくて、歌うことが大好きなバーチャル・シンガー。
 本来は現実の身体を持たない電子的な存在だったが、キヴォトスの技術を利用することで肉体を得てこの世界に降り立つことができた。
 時間と空間を超えて歌を届けることができるバーチャル・シンガーという特性上、やはりここキヴォトスにも彼女の隠れファンたちがたくさんいるようで、この世界で開催される予定のライブをとても楽しみにしている様子。