加水分解酵素（かすいぶんかいこうそ）とはEC第3群に分類される酵素で、加水分解反応を触媒する酵素である。ヒドロラーゼと呼ばれる。代表的な反応はタンパク質、脂質、多糖〈炭水化物〉をアミノ酸、脂肪酸、ブドウ糖などに消化分解する生化学反応に関与する。あるいはコリンエステラーゼ、環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼやプロテインホスファターゼのような生体内のシグナル伝達に関与するものも多い。

概略 
加水分解酵素は、エステル結合〈エステラーゼ〉、グリコシド結合〈グリコシダーゼ〉、エーテル結合、チオエーテル結合、ペプチド結合〈ペプチダーゼ〉などの加水分解を触媒する物の他に、アミドC-N結合、C-C結合、C-ハロゲン結合、P-ハロゲン結合およびP-N結合の一方にHを、他方にOH基をつけて切断する反応を触媒するものが存在する。またATPアーゼのようにシグナル伝達や筋収縮などに関与する酵素も加水分解酵素に分類される。

EC.3.-(加水分解酵素)

EC.3.1.-(エステル結合に作用)

EC.3.1.1.-(カルボン酸エステル加水分解酵素) 
  カルボキシルエステラーゼ
  アリールエステラーゼ
  トリアシルグリセロールリパーゼ
  ホスホリパーゼA2
  リゾホスホリパーゼ
  アセチルエステラーゼ
  アセチルコリンエステラーゼ
  コリンエステラーゼ
 EC.3.1.1.9 欠番 削除
  トロピンエステラーゼ
  ペクチンエステラーゼ
 EC.3.1.1.12 欠番 削除
  ステロールエステラーゼ
  クロロフィラーゼ
  L-アラビノノラクトナーゼ
 EC.3.1.1.16 欠番 削除, EC 5.3.3.4とEC.3.1.1.24の混合
  グルコノラクトナーゼ
 EC.3.1.1.18 欠番 → EC.3.1.1.17統合
  ウロノラクトナーゼ
  タンナーゼ
  レチニルパルミチン酸エステラーゼ
  ヒドロキシ酪酸二量体ヒドロラーゼ
  アシルグリセロールリパーゼ
  3-オキソアジピン酸エノールラクトナーゼ
  1,4-ラクトナーゼ
  ガラクトリパーゼ
  4-ピリドキソラクトナーゼ
  アシルカルニチンヒドロラーゼ
  アミノアシルtRNAヒドロラーゼ
  D-アラビノノラクトナーゼ
  6-ホスホグルコノラクトナーゼ
  ホスホリパーゼA1
  6-アセチルグルコースデアセチラーゼ
  リポタンパク質リパーゼ
  ジヒドロクマリンヒドロラーゼ
  リモニンD環ラクトナーゼ
  ステロイドラクトナーゼ
  トリ酢酸ラクトナーゼ
  アクチノマイシンラクトナーゼ
  オルセリン酸デプシドヒドロラーゼ
  セファロスポリンCデアセチラーゼ
  クロロゲン酸ヒドロラーゼ
  α-アミノ酸エステラーゼ
  4-メチルオキサロ酢酸エステラーゼ
  カルボキシメチレンブテノリダーゼ
  デオキシリモン酸A環ラクトナーゼ
  1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ
  フサリニンCオルニチンエステラーゼ
  シナピンエステラーゼ
  ワックスエステルヒドロラーゼ
  ホルボールジエステルヒドロラーゼ
  ホスファチジルイノシトールデアシラーゼ
  シアル酸-O-アセチルエステラーゼ
  アセトキシブチニルビチオフェンデアセチラーゼ
  アセチルサリチル酸デアセチラーゼ
  メチルウンベリリフェリル酢酸デアセチラーゼ
  2-ピロン-4,6-ジカルボン酸ラクトナーゼ
  N-アセチルガラクトサミノグリカンデアセチラーゼ
  幼若ホルモンエステラーゼ
  ビス(2-エチルヘキシル)フタル酸エステラーゼ
  プロテイングルタミン酸メチルエステラーゼ
 EC.3.1.1.62 欠番 → EC.3.5.1.47
  11-cis-レチニルパルミチン酸ヒドロラーゼ
  all-trans-レチニルパルミチン酸ヒドロラーゼ
  L-ラムノノ-1,4-ラクトナーゼ
  5-(3,4-ジアセトキシブタ-1-イニル)-2,2'-ビチオフェンデアセチラーゼ
  脂肪アシルエチルエステルシンターゼ
  キシロノ-1,4-ラクトナーゼ
 EC.3.1.1.69 欠番 → EC.3.5.1.89
  セトラキサートベンジルエステラーゼ
  アセチルアルキルグリセロールアセチルヒドロラーゼ
  アセチルキシランエステラーゼ
  フェルロイルエステラーゼ
  クチナーゼ
  ポリ(3-ヒドロキシ酪酸)デポリメラーゼ
  ポリ(3-ヒドロキシオクタン酸)デポリメラーゼ
  アセチロキシアシルヒドロラーゼ
  ポリノイリジンアルデヒトエステラーゼ
  ホルモン感受性リパーゼ
  アセチルアジュマリンエステラーゼ
  クオラム-ケンチング N-アシル-ホモセリンラクトナーゼ
  フェオホルビダーゼ
  モノテルペン ε-ラクトンヒドロラーゼ
  コカインエステラーゼ
  ピメリル-(アシル輸送タンパク質)メチルエステルエステラーゼ
  ラムノガラクツロナンアセチルエステラーゼ
  フモニシンB1エステラーゼ
  ピレスロイドヒドロラーゼ
  タンパク質ホスファターゼメチルエステラーゼ-1
  all-trans-レチニルエステル 13-cis イソメロヒドロラーゼ
  2-オキソ-3-(5-オキソフラン-2-イリデン)プロパン酸ラクトナーゼ
  4-スルホムコノラクトンヒドロラーゼ
  ミコフェノール酸アシル-グルクロニドエステラーゼ
  ベルシコナールヘミアセタール酢酸エステラーゼ

EC.3.1.2.-(チオエステル加水分解酵素) 
  アセチルCoAヒドロラーゼ
  パルミトイルCoAヒドロラーゼ
  スクシニルCoAヒドロラーゼ
  3-ヒドロキシイソブチリルCoAヒドロラーゼ
  ヒドロキシメチルグルタリルCoAヒドロラーゼ
  ヒドロキシアシルグルタチオンヒドロラーゼ
  グルタチオンチオールエステラーゼ
 EC.3.1.2.8 欠番 → EC.3.1.2.6へ統合
 EC.3.1.2.9 欠番 削除
  ホルミルCoAヒドロラーゼ
  アセトアセチルCoAヒドロラーゼ
  S-ホルミルグルタチオンヒドロラーゼ
  S-スクシニルグルタチオンヒドロラーゼ
  オレイル(アシル輸送タンパク質)ヒドロラーゼ
  ユビキチンチオールエステラーゼ
  クエン酸リアーゼデアセチラーゼ
  (S)-メチルマロニルCoAヒドロラーゼ
  ADP依存性短鎖アシルCoAヒドロラーゼ
  ADP依存性中鎖アシルCoAヒドロラーゼ
  アリールCoAヒドロラーゼ
  ドデカノイルアシル輸送タンパク質ヒドロラーゼ
  パルミトイルタンパク質ヒドロラーゼ
  4-ヒドロキシベンゾイルCoAチオエステラーゼ
  欠番 →EC 3.13.1.3
  フェニルアセチルCoAヒドロラーゼ
  胆汁酸-CoAヒドロラーゼ
  コロイルCoAヒドロラーゼ
  1,4-ジヒドロキシ-2-ナフトイルCoAヒドロラーゼ
  フルオロアセチルCoA チオエステラーゼ

EC 3.1.3.-(リン酸モノエステル加水分解酵素) 
  アルカリホスファターゼ
  酸ホスファターゼ
  ホスホセリンホスファターゼ
  ホスファチジン酸ホスファターゼ
  5'-ヌクレオチダーゼ
  3'-ヌクレオチダーゼ
  3'(2'),5'-ビスリン酸ヌクレオチダーゼ
  3-フィターゼ
  グルコース-6-ホスファターゼ
  グルコース-1-ホスファターゼ
  フルクトースビスホスファターゼ
  トレハロースホスファターゼ
  ジホスホグリセリン酸ホスファターゼ
  メチルホスホチオグリセリン酸ホスファターゼ
  ヒスチジノールホスファターゼ
  リンタンパク質ホスファターゼ
  (ホスホリラーゼ)ホスファターゼ
  ホスホグリコール酸ホスファターゼ
  グリセロール-2-ホスファターゼ
  ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
  グリセロール-1-ホスファターゼ
  マンニトール-1-ホスファターゼ
  糖ホスファターゼ
  スクロースリン酸ホスファターゼ
  イノシトールリン酸ホスファターゼ
  4-フィターゼ
  ホスファチジルグリセロホスファターゼ
  ADPホスホグリセリン酸ホスファターゼ
  N-アシルノイラミン酸-9-ホスファターゼ
 EC.3.1.3.30 欠番 → EC.3.1.3.31へ統合
  ヌクレオチダーゼ
  ポリヌクレオチド-3'-ホスファターゼ
  ポリヌクレオチド-5'-ホスファターゼ
  デオキシヌクレオチド-3'-ホスファターゼ
  チミジル酸-5'-ホスファターゼ
  ホスホイノシチド-5-ホスファターゼ
  セドヘプツロースビスホスファターゼ
  3-グリセリン酸ホスファターゼ
  ストレプトマイシン-6-ホスファターゼ
  グアニジノデオキシ-scyllo-イノシトール-4-ホスファターゼ
  4-ニトロフェニルホスファターゼ
  (グリコーゲンシンターゼD)ホスファターゼ
  (ピルビン酸デヒドロゲナーゼ(アセチル基転移))ホスファターゼ
  (アセチルCoAカルボキシラーゼ)ホスファターゼ
  3-デオキシ-manno-オクツロソン酸-8-ホスファターゼ
  フルクトース-2,6-ビスリン酸-2-ホスファターゼ
  (ヒドロキシメチルグルタリルCoAレダクターゼ(NADPH))ホスファターゼ
  タンパク質チロシンホスファターゼ
  (ピルビン酸キナーゼ)ホスファターゼ
  ソルビトール-6-ホスファターゼ
  ドリキルホスファターゼ
  (3-メチル-2-オキソブタン酸デヒドロゲナーゼ (リポアミド))ホスファターゼ
  ミオシンL鎖ホスファターゼ
  フルクトース-2,6-ビスリン酸-6-ホスファターゼ
  カルデスモンホスファターゼ
  イノシトール-ポリリン酸-5-ホスファターゼ
  イノシトール-1,4-ビスリン酸-1-ホスファターゼ
  糖末端ホスファターゼ
  アルキルアセチルグリセロホスファターゼ
  ホスホエノールピルビン酸ホスファターゼ
 EC.3.1.3.61 欠番 削除
  多重イノシトールポリリン酸ホスファターゼ
  2-カルボキシ-D-アラビノトール-1-ホスファターゼ
  ホスファチジルイノシトール-3-ホスファターゼ
 EC.3.1.3.65 欠番 → EC.3.1.3.64
  ホスファチジルイノシトール-3,4-ビスリン酸-4-ホスファターゼ
  ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸-3-ホスファターゼ
  2-デオキシグルコース-6-ホスファターゼ
  グルコシルグリセロール-3-ホスファターゼ
  マンノシル-3-ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
  2-ホスホスルホ乳酸ホスファターゼ
  5-フィターゼ
  α-リバゾールホスファターゼ
  ピリドキサルホスファターゼ
  ホスホエタノールアミン／ホスホコリンホスファターゼ
  脂質リン酸ホスファターゼ
  アシレズクトンシンターゼ
  ホスファチジルイノシトール-4,5-ビスリン酸-4-ホスファターゼ
  マンノシルフルクトースリン酸ホスファターゼ
  2,3-ビスホスホグリセリン酸 3-ホスファターゼ
  ジアシルグリセロール二リン酸ホスファターゼ
  D-グリセロ-β-D-マンノ-ヘプトース 1,7-ビスリン酸 7-ホスファターゼ
  D-グリセロ-α-D-マンノ-ヘプトース 1,7-ビスリン酸 7-ホスファターゼ
  ADP-リボース 1''-リン酸ホスファターゼ
  グルコシシル-3-ホスホグリセリン酸ホスファターゼ
  ホスファチジルイノシトール-3,4,5-三リン酸 5-ホスファターゼ
  2-ヒドロキシ-3-ケト-5-メチルチオペンテニル-1-リン酸ホスファターゼ
  5''-ホスホリボスタマイシンホスファターゼ
  5'-デオキシヌクレオシダーゼ
  マルトース 6'-リン酸ホスファターゼ

EC 3.1.4.-(リン酸ジエステル加水分解酵素) 
  ホスホジエステラーゼI
  グリセロホスホコリンホスホジエステラーゼ
  ホスホリパーゼC
  ホスホリパーゼD
 EC.3.1.4.5 欠番 → EC.3.1.21.1
 EC.3.1.4.6 欠番 → EC.3.1.22.1
 EC.3.1.4.7 欠番 → EC.3.1.31.1
 EC.3.1.4.8 欠番 → EC.3.1.27.3
 EC.3.1.4.9 欠番 → EC.3.1.30.2
 EC.3.1.4.10 欠番 → EC 4.6.1.13
  ホスホイノシチド ホスホリパーゼC
  スフィンゴミエリンホスホジエステラーゼ
  セリン-エタノールアミンリン酸ホスホジエステラーゼ
  アシル輸送タンパク質ホスホジエステラーゼ
  アデニリルグルタミン酸アンモニアリガーゼヒドロラーゼ
  2',3'-環状ヌクレオチド-2'-ホスホジエステラーゼ
  3',5'-環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼ
 EC.3.1.4.18 欠番 → EC.3.1.16.1
 EC.3.1.4.19 欠番 → EC.3.1.13.3
 EC.3.1.4.20 欠番 → EC.3.1.13.1
 EC.3.1.4.21 欠番 → EC.3.1.30.1
 EC.3.1.4.22 欠番 → EC.3.1.27.5
 EC.3.1.4.23 欠番 → EC.3.1.27.1
 EC.3.1.4.24 欠番 削除
 EC.3.1.4.25 欠番 → EC.3.1.11.1
 EC.3.1.4.26 欠番 削除
 EC.3.1.4.27 欠番 → EC.3.1.11.2
 EC.3.1.4.28 欠番 → EC.3.1.11.3
 EC.3.1.4.29 欠番 削除
 EC.3.1.4.30 欠番 → EC.3.1.21.2
 EC.3.1.4.31 欠番 → EC.3.1.11.4
 EC.3.1.4.32 欠番 削除
 EC.3.1.4.33 欠番 削除
 EC.3.1.4.34 欠番 削除
  3',5'-環状GMPホスホジエステラーゼ
 EC.3.1.4.36 欠番 → EC.3.1.4.43
  2',3'-環状ヌクレオチド-3'-ホスホジエステラーゼ
  グリセロホスホノコリン-コリンホスホジエステラーゼ
  アルキルグリセロホスホエタノールアミン ホスホジエステラーゼ
  CMP-N-アシルノイラミン酸ホスホジエステラーゼ
  スフィンゴミエリンホスホジエステラーゼD
  グリセロ-1,2-環状リン酸-2-ホスホジエステラーゼ
  グリセロホスホイノシトール-イノシトールホスホジエステラーゼ
  グリセロホスホイノシトール-グリセロホスホジエステラーゼ
  N-アセチルグルコサミン-1-ホスホジエステルαN-グルコサミニダーゼ
  グリセロホスホジエステルホスホジエステラーゼ
 EC.3.1.4.47 欠番 → EC 4.6.1.14
  ドリコリルリン酸-グルコースホスホジエステラーゼ
  ドリコリルリン酸-マンノースホスホジエステラーゼ
  グリコシルホスファチジルイノシトールホスホリパーゼD
  グルコース-1-ホスホ-D-マンノシル糖タンパク質ホスホジエステラーゼ
  環状グアニル酸特異的ホスホジエステラーゼ
  3',5'-環状AMPホスホジエステラーゼ
  N-アセチルホスファチジルエタノールアミン加水分解ホスホリパーゼD
  ホスホリボシル 1,2-環状リン酸ホスホジエステラーゼ
  7,8-ジヒドロネオプテリン 2',3'-環状リン酸ホスホジエステラーゼ

EC 3.1.5.-(三リン酸モノエステル加水分解酵素) 
  dGTPアーゼ

EC 3.1.6.-(硫酸エステル加水分解酵素) 
  アリールスルファターゼ
  ステリルスルファターゼ
  グリコスルファターゼ
  N-アセチルガラクトサミン-6-スルファターゼ
 EC.3.1.6.5 欠番 削除
  コリンスルファターゼ
  セルロースポリスルファターゼ
  セレプロシドスルファターゼ
  コンドロ-4-スルファターゼ
  コンドロ-6-スルファターゼ
  ジスルホグルコサミン-6-スルファターゼ
  N-アセチルガラクトサミン-4-スルファターゼ
  イドロ酸-2-スルファターゼ
  N-アセチルグルコサミン-6-スルファターゼ
  N-スルホグルコサミン-3-スルファターゼ
  モノメチルスルファターゼ
  D-乳酸-2-スルファターゼ
  グルクロン酸-2-スルファターゼ
  (R)-特異的二級アルキルスルファターゼ

EC 3.1.7.-(二リン酸モノエステル加水分解酵素) 
  プレニルジホスファターゼ
  グアノシン-3',5'-ビスピロリン酸-3'-ジホスファターゼ
  モノテルペンジホスファターゼ
 EC 3.1.7.4 削除、EC 4.2.1.133、EC 4.2.3.141に振り分け
  ゲラニルゲラニル二リン酸ジホスファターゼ
  フェルネシルジホスファターゼ
  ドリメノールシクラーゼ
  ツベルクロシノールシンターゼ
  イソツベルクロシノールシンターゼ
  (13E)-ラブダ-7,13-ジエン-15-オールシンターゼ
  ゲラニル二リン酸ジホスファターゼ

EC 3.1.8.-(リン酸トリエステル加水分解酵素) 
  アリールジアルキルホスファターゼ
  ジイソプロピル-フルオロホスファターゼ

EC 3.1.11.-(5'-ホスホモノエステル産生エキソデオキシリボヌクレアーゼ) 
  エキソデオキシリボヌクレアーゼI
  エキソデオキシリボヌクレアーゼIII
  エキソデオキシリボヌクレアーゼ(ラムダ誘導)
  エキソデオキシリボヌクレアーゼ(フェーズSP3誘導)
  エキソデオキシリボヌクレアーゼV
  エキソデオキシリボヌクレアーゼVII

EC 3.1.13.-(5'-ホスホモノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ) 
  エキソリボヌクレアーゼII
  エキソリボヌクレアーゼH
  オリゴヌクレオチダーゼ
  ポリ(A)特異的リボヌクレアーゼ
  リボヌクレアーゼD

EC 3.1.14.-(3'-ホスホモノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ) 
  酵母リボヌクレアーゼ

EC 3.1.15.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-ホスホモノエステル産生エキソヌクレアーゼ) 
  毒エキソヌクレアーゼ

EC 3.1.16.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、3'-ホスホモノエステル産生エキソヌクレアーゼ) 
  脾臓エキソヌクレアーゼ

EC 3.1.21.-(5'-ホスホモノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ) 
  デオキシリボヌクレアーゼI
  デオキシリボヌクレアーゼIV
  I型制限酵素
  II型制限酵素
  III型制限酵素
  CC選択性エンドリボヌクレアーゼ
  デオキシリボヌクレアーゼV

EC 3.1.22.-(3'-ホスホモノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ) 
  デオキシリボヌクレアーゼII
  アスペルギルスデオキシリボヌクレアーゼK1
 EC.3.1.22.3 欠番 → EC.3.1.21.7
  クロスオーバー接合エンドヌクレアーゼ
  デオキシリボヌクレアーゼX

EC 3.1.23.-(欠番) 
- EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 あるいは EC 3.1.21.5へ統合

EC 3.1.24.-(欠番) 
- EC 3.1.21.3, EC 3.1.21.4 あるいは EC 3.1.21.5へ統合

EC 3.1.25.-(サイト特異性を有する代替塩基特異性エンドデオキシリボヌクレアーゼ) 
  デオキシリボヌクレアーゼ(ピリミジン二量体)
 EC.3.1.25.2 欠番 → EC 4.2.99.18

EC 3.1.26.-(5'-ホスホモノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
  Physarum polycephalumリボヌクレアーゼα
  リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼα
  リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼIII
  子牛胸腺リボヌクレアーゼH
  リボヌクレアーゼP
  リボヌクレアーゼIV
  リボヌクレアーゼP4
  リボヌクレアーゼM5
  リボヌクレアーゼ(ポリ(U)特異的)
  リボヌクレアーゼリボヌクレアーゼIX
  tRNアーゼZ
  リボヌクレアーゼE
  レトロウイルス性リボヌクレアーゼH

EC 3.1.27.-(3'-ホスホモノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
  リボヌクレアーゼT2
  枯草菌リボヌクレアーゼ
  リボヌクレアーゼT1
  リボヌクレアーゼU2
  膵リボヌクレアーゼ
  エンテロバクターリボヌクレアーゼ
  リボヌクレアーゼF
  リボヌクレアーゼV
  tRNAイントロンエンドヌクレアーゼ
  rRNAエンドヌクレアーゼ

EC 3.1.30.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
  アスペルギルスヌクレアーゼS1
  セラチア・マルセッセンスヌクレアーゼ

EC 3.1.31.-(リボ核酸またはデオキシリボ核酸に作用する、3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ) 
  ミクロコッカス・ヌクレアーゼ

EC.3.2.-.(グリコシラーゼ)

EC.3.2.1.-.(O-およびS-グリコシル化合物加水分解酵素) 
  α-アミラーゼ
  β-アミラーゼ
  グルコアミラーゼ
  セルラーゼ
 EC.3.2.1.5 欠番 削除
  エンド-1,3(4)-β-グルカナーゼ
  イヌリナーゼ
  エンド-1,4-β-キシラナーゼ
 EC.3.2.1.9 欠番 削除
  オリゴ-1,6-グルコシダーゼ
  デキストラナーゼ
 EC.3.2.1.12 欠番 → EC.3.2.1.54へ統合
 EC.3.2.1.13 欠番 → EC.3.2.1.54へ統合
  キチナーゼ
  ポリガラクツロナーゼ
 EC.3.2.1.16 欠番 削除
  リゾチーム
  エキソ-α-シアリダーゼ
 EC.3.2.1.19 欠番 削除
  α-グルコシダーゼ
  β-グルコシダーゼ
  α-ガラクトシダーゼ
  β‐ガラクトシダーゼ
  α-マンノシダーゼ
  β-マンノシダーゼ
  β-フルクトフラノシダーゼ
 EC.3.2.1.27 欠番 削除
  トレハラーゼ
 EC.3.2.1.29 欠番 → EC.3.2.1.52へ統合
 EC.3.2.1.30 欠番 → EC.3.2.1.52へ統合
  β-グルクロニダーゼ
  endo-1,3-β-キシラナーゼ
  アミロα-1,6-グルコシダーゼ
 EC.3.2.1.34 欠番 → へ統合 EC.3.2.1.35
  ヒアルロノグルコサミナーゼ
  ヒアルロノグルクロニダーゼ
  キシラン 1,4-β-キシロシダーゼ
  β-D-フコシダーゼ
  グルカン エンド-1,3-β-D-グルコシダーゼ
  α-L-ラムノシダーゼ
  プルラナーゼ
  GDP-グルコシダーゼ
  β-L-ラムノシダーゼ
  フコイダナーゼ
  グルコシルセラミダーゼ
  ガラクトシルセラミダーゼ
  ガラクトシルガラクトシルグルコシルセラミダーゼ
  スクロース α-グルコシダーゼ
  α-N-アセチルガラクトサミニダーゼ
  α-N-アセチルグルコサミニダーゼ
  α-L-フコシダーゼ
  β-N-アセチルヘキソサミニダーゼ
  β-N-アセチルガラクトサミニダーゼ
  シクロマルトデキストリナーゼ
  α-L-アラビノフラノシダーゼ
  グルクロノシル-ジスルホグルコサミングルクロニダーゼ
  イソプルラナーゼ
  グルカン 1,3-β-グルコシダーゼ
  グルカン エンド-1,3-α-グルコシダーゼ
  グルカン-1,4-α-マルトテトラオヒドロラーゼ
  ミコデキストラナーゼ
  グリコシルセラミダーゼ
  1,2-α-L-フコシダーゼ
  2,6-β-フルクタン 6-レバンビオヒドロラーゼ
  レバナーゼ
  クエルシトリナーゼ
  ガラクツラン 1,4-α-ガラクツロニダーゼ
  イソアミラーゼ
 EC.3.2.1.69 欠番 → EC.3.2.1.41へ統合
  グルカン 1,6-α-グルコシダーゼ
  グルカン エンド-1,2-β-グルコシダーゼ
  キシラン 1,3-β-キシロシダーゼ
  リケニナーゼ
  グルカン 1,4-β-グルコシダーゼ
  グルカン エンド-1,6-β-グルコシダーゼ
  L-イズロニダーゼ
  マンナン 1,2-(1,3)-α-マンノシダーゼ
  マンナン エンド-1,4-β-マンノシダーゼ
 EC.3.2.1.79 欠番 → へ統合 * EC.3.2.1.55
  フルクタン β-フルクトシダーゼ
  β-アガラーゼ
  エキソ-ポリ-α-ガラクツロノシダーゼ
  κ-カラギナーゼ
  グルカン 1,3-α-グルコシダーゼ
  6-ホスホ-β-ガラクトシダーゼ
  6-ホスホ-β-グルコシダーゼ
  莢膜多糖 エンド-1,3-α-ガラクトシダーゼ
  β-L-アラビノシダーゼ
  アラビノガラクタン エンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ
 EC 3.2.1.90 欠番 削除
  セルロース 1,4-β-セロビオシダーゼ (非還元末端)
  ペプチドグリカン β-N-アセチルムラミダーゼ
  α,α-ホスホトレハラーゼ
  グルカン 1,6-α-イソマルトシダーゼ
  デキストラン 1,6-α-イソマルトトリオシダーゼ
  マンノシル糖タンパク質 エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ
  エンド-α-N-アセチルガラクトサミニダーゼ
  グルカン 1,4-α-マルトヘキサオシダーゼ
  アラビナン エンド-1,5-α-L-アラビノシダーゼ
  マンナン 1,4-マンノビオシダーゼ
  マンナン エンド-1,6-α-マンノシダーゼ
  血液型物質 エンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ
  ケラタン硫酸 エンド-1,4-β-ガラクトシダーゼ
  ステリル-β-グルコシダーゼ
  ストリクトシジン-β-グルコシダーゼ
  マンノシル-オリゴ糖グルコシダーゼ
  タンパク質-グルコシルガラクトシルヒドロキシリシングルコシダーゼ
  ラクターゼ
  エンドガラクトサミニダーゼ
  ムシナミニルセリンムシナミニダーゼ
  1,3-α-L-フコシダーゼ
  2-デオキシグルコシダーゼ
  マンノシル-オリゴ糖 1,2-α-マンノシダーゼ
  マンノシル-オリゴ糖 1,3-1,6-α-マンノシダーゼ
  分岐デキストラン エキソ-1,2-α-グルコシダーゼ
  グルカン 1,4-α-マルトトリオヒドロラーゼ
  アミグダリン β-グルコシダーゼ
  プルナシン β-グルコシダーゼ
  ビシアニン β-グルコシダーゼ
  オリゴキシログルカン β-グリコシダーゼ
  ポリマンヌロン酸ヒドロラーゼ
  マルトース-6'-リン酸グルコシダーゼ
  エンドグリコシルセラミダーゼ
  3-デオキシ-2-オクツロソニダーゼ
  ラウカフリシン β-グルコシダーゼ
  コニフェリン β-グルコシダーゼ
  1,6-α-L-フコシダーゼ
  グリチルリチン酸 β-グルクロニダーゼ
  エンド-α-シアリダーゼ
  糖タンパク質 エンド-α-1,2-マンノシダーゼ
  キシラン α-1,2-グルクロノシダーゼ
  キトサナーゼ
  グルカン 1,4-α-マルトヒドロラーゼ
  ジフルクトース無水物シンターゼ
  ネオプルラナーゼ
  グルクロノアラビノキシラン エンド-1,4-β-キシラナーゼ
  マンナン エキソ-1,2-1,6-α-マンノシダーゼ
 EC.3.2.1.138 欠番 → EC 4.2.2.15
  α-グルクロニダーゼ
  ラクト-N-ビオシダーゼ
  4-α-D-(1,4-α-D-グルカノ)トレハロース トレハロヒドロラーゼ
  限界デキストリナーゼ
  ポリ(ADP-リボース) グリコヒドロラーゼ
  3-デオキシオクツロソナーゼ
  ガラクタン 1,3-β-ガラクトシダーゼ
  β-ガラクトフラノシダーゼ
  チオグルコシダーゼ
 EC.3.2.1.148 欠番 → EC 4.4.1.21
  β-プリメベロシダーゼ
  オリゴキシログルカン 還元末端特異的セロビオヒドロラーゼ
  キシログルカン特異的エンド-β-1,4-グルカナーゼ
  マンノシル糖タンパク質 エンド-β-マンノシダーゼ
  フルクタン β-(2,1)-フルクトシダーゼ
  フルクタン β-(2,6)-フルクトシダーゼ
  キシログルカン特異的エキソ-β-1,4-グルカナーゼ
  オリゴ糖還元末端キシラナーゼ
  ι-カラギナーゼ
  α-アガラーゼ
  α-ネオアガロ-オリゴ糖ヒドロラーゼ
 EC.3.2.1.160 欠番 → EC.3.2.1.155
  β-アピオシル-β-グルコシダーゼ
  λ-カラギナーゼ
  1,6-α-D-マンノシダーゼ
  ガラクタン エンド-1,6-β-ガラクトシダーゼ
  エキソ-1,4-β-D-グルコサミニダーゼ
  ヘパラナーゼ
  バイカリン-β-D-グルクロニダーゼ
  ヘスペリジン 6-O-α-L-ラムノシル-β-D-グルコシダーゼ
  タンパク質 O-GlcNAcアーゼ
  マンノースグリセリン酸ヒドロラーゼ
  ラムノガラクツロナンヒドロラーゼ
  不飽和ラムノガラクツロニルヒドロラーゼ
  ラムノガラクツロナン ガラクツロノヒドロラーゼ
  ラムノガラクツロナン ラムノヒドロラーゼ
  β-D-グルコピラノシルアブシシン酸 β-グルコシダーゼ
  セルロース 1,4-β-セロビオシダーゼ (還元末端)
  α-D-キシロシド キシロヒドロラーゼ
  β-ポルフィラナーゼ
  ゲラン四糖不飽和グルクロニルヒドロラーゼ
  不飽和コンドロイチン二糖ヒドロラーゼ
  ガラクタン エンド-β-1,3-ガラクタナーゼ

EC 3.2.2.-(N-グリコシル化合物加水分解酵素) 
  プリンヌクレオシダーゼ
  イノシンヌクレオシダーゼ
  DNAグリコシラーゼ
  AMPヌクレオシダーゼ
  NAD+ヌクレオシダーゼ
  NAD(P)+ヌクレオシダーゼ
  アデノシンヌクレオシダーゼ
  リボシルピリミジンヌクレオシダーゼ
  アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ
  ピリミジン-5'-ヌクレオチドヌクレオシダーゼ
  β-アスパルチル-N-アセチルグルコサミニダーゼ
  イノシン酸ヌクレオシダーゼ
  1-メチルアデノシンヌクレオシダーゼ
  NMNヌクレオシダーゼ
  DNA-デオキシイノシングリコシラーゼ
  メチルチオアデノシンヌクレオシダーゼ
  デオキシリボジピリミジン-endoヌクレオシダーゼ
 EC.3.2.2.18 欠番 → EC.3.5.1.52へ統合
  ADP-リボシルアルギニンヒドロラーゼ
  DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼI
  DNA-3-メチルアデニングリコシラーゼII
  rRNA-N-グリコシラーゼ
  DNA-ホルムアミドピリミジングリコシラーゼ
  ADP-リボシル-(二窒素レダクターゼ)ヒドロラーゼ
  N-メチルヌクレオシダーゼ
  フタロシンヒドロラーゼ
  ウラシル-DNAグリコシラーゼ
  二重鎖ウラシル-DNAグリコシラーゼ
  チミン-DNAグリコシラーゼ

EC 3.2.3.-(S-グリコシル化合物加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.2.3.1 欠番 → EC.3.2.1.147

EC.3.3.-.(エーテル結合に作用)

EC 3.3.1.-(チオエーテルおよびトリアルキルスルホニウム加水分解酵素) 
  アデノシルホモシステイナーゼ
  アデノシルメチオニンヒドロラーゼ
 EC.3.3.1.3 欠番 → EC.3.2.1.148

EC 3.3.2.-(エーテル加水分解酵素) 
  イソコリスマターゼ
  アルケニルグリセロホスホコリンヒドロラーゼ
 EC.3.3.2.3 欠番 → EC.3.3.2.9とEC.3.3.2.10との混合
  trans-5-エポキシコハク酸ヒドロラーゼ
  アルケニルグリセロホスホエタノールアミンヒドロラーゼ
  ロイコトリエンA4ヒドロラーゼ
  ヘポキシリンエポキシドヒドロラーゼ
  リモネン-1,2-エポキシドヒドロラーゼ
  ミクロソーム性エポキシドヒドロラーゼ
  可溶性エポキシドヒドロラーゼ
  コレステロール-5,6-オキシドヒドロラーゼ

EC 3.4.-.(ペプチド結合に作用(ペプチダーゼ))

EC 3.4.1.-(α-アミノアシルペプチド加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.1.1 欠番 → EC.3.4.11.1
 EC.3.4.1.2 欠番 → EC.3.4.11.2
 EC.3.4.1.3 欠番 → EC.3.4.11.4
 EC.3.4.1.4 欠番 → EC.3.4.11.5

EC 3.4.2.-(ペプチド性アミノ酸加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.2.1 欠番 → EC.3.4.17.1
 EC.3.4.2.2 欠番 → EC.3.4.17.2
 EC.3.4.2.3 欠番 → EC.3.4.17.4

EC 3.4.3.-(ジペプチド加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.3.1 欠番 → EC.3.4.13.18
 EC.3.4.3.2 欠番 → EC.3.4.13.18
 EC.3.4.3.3 欠番 → EC.3.4.13.3
 EC.3.4.3.4 欠番 → EC.3.4.13.5
 EC.3.4.3.5 欠番 → EC.3.4.13.6
 EC.3.4.3.6 欠番 → EC.3.4.13.8
 EC.3.4.3.7 欠番 → EC.3.4.13.9

EC 3.4.4.-(ペプチド性ペプチド加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.4.1 欠番 → EC.3.4.23.1
 EC.3.4.4.2 欠番 → EC.3.4.23.2
 EC.3.4.4.3 欠番 → EC.3.4.23.4
 EC.3.4.4.4 欠番 → EC.3.4.21.4
 EC.3.4.4.5 欠番 → EC.3.4.21.1
 EC.3.4.4.6 欠番 → EC.3.4.21.1
 EC.3.4.4.7 欠番 → EC.3.4.21.36とEC.3.4.21.37に振り分け
 EC.3.4.4.8 欠番 → EC.3.4.21.9
 EC.3.4.4.9 欠番 → EC.3.4.14.1
 EC.3.4.4.10 欠番 → EC.3.4.22.2
 EC.3.4.4.11 欠番 → EC.3.4.22.6
 EC.3.4.4.12 欠番 → EC.3.4.22.3
 EC.3.4.4.13 欠番 → EC.3.4.21.5
 EC.3.4.4.14 欠番 → EC.3.4.21.7
 EC.3.4.4.15 欠番 → EC.3.4.23.15
 EC.3.4.4.16 欠番 → EC.3.4.21.62 - EC.3.4.21.67に振り分け
 EC.3.4.4.17 欠番 → EC.3.4.23.20 - EC.3.4.23.30に振り分け
 EC.3.4.4.18 欠番 → EC.3.4.22.10
 EC.3.4.4.19 欠番 → EC.3.4.24.3
 EC.3.4.4.20 欠番 → EC.3.4.22.8
 EC.3.4.4.21 欠番 → EC.3.4.21.34
 EC.3.4.4.22 欠番 → EC.3.4.23.3
 EC.3.4.4.23 欠番 → EC.3.4.23.5
 EC.3.4.4.24 欠番 → EC.3.4.22.32とEC.3.4.22.33に振り分け
 EC.3.4.4.25 欠番 削除

EC 3.4.11.-(アミノペプチダーゼ) 
  ロイシルアミノペプチダーゼ
  膜アラニルアミノペプチダーゼ
  シスチニルアミノペプチダーゼ
  トリペプチドアミノペプチダーゼ
  プロリルアミノペプチダーゼ
  アルギニルアミノペプチダーゼ
  グルタミルアミノペプチダーゼ
 EC.3.4.11.8 欠番 → EC.3.4.19.3
  Xaa-Proアミノペプチダーゼ
  細菌性ロイシルアミノペプチダーゼ
 EC.3.4.11.11 欠番 削除
 EC.3.4.11.12 欠番 削除 (Supplement 4)
  クロストリジウム性アミノペプチダーゼ
  細胞質アラニルアミノペプチダーゼ
  リシルアミノペプチダーゼ
  Xaa-Trpアミノペプチダーゼ
  トリプトファニルアミノペプチダーゼ
  メチオニルアミノペプチダーゼ
  D体立体特異的アミノペプチダーゼ
  アミノペプチダーゼEy
  アスパルチルアミノペプチダーゼ
  アミノペプチダーゼI
  PepBアミノペプチダーゼ
  アミノペプチダーゼS
  β-ペプチジルアミノペプチダーゼ
  中間体開裂ペプチダーゼ55

EC 3.4.12.-(ペプチド性アミノ酸加水分解酵素ないしはアシルアミノ酸加水分解酵素) (廃止) 
 EC.3.4.12.1 欠番 → EC.3.4.16.1
 EC.3.4.12.2 欠番 → EC.3.4.17.1
 EC.3.4.12.3 欠番 → EC.3.4.17.2
 EC.3.4.12.4 欠番 → EC.3.4.16.2
 EC.3.4.12.5 欠番 → EC.3.4.19.10
 EC.3.4.12.6 欠番 → EC.3.4.17.8
 EC.3.4.12.7 欠番 → EC.3.4.17.3
 EC.3.4.12.8 欠番 → EC.3.4.17.4
 EC.3.4.12.9 欠番 削除
 EC.3.4.12.10 欠番 → EC.3.4.19.9
 EC.3.4.12.11 欠番 → EC.3.4.17.6
 EC.3.4.12.12 欠番 → EC.3.4.16.1
 EC.3.4.12.13 欠番 削除

EC 3.4.13.-(ジペプチダーゼ) 
 EC.3.4.13.1 欠番 → EC.3.4.13.18
 EC.3.4.13.2 欠番 → EC.3.4.13.18
  Xaa-Hisジペプチダーゼ
  Xaa-Argジペプチダーゼ
  Xaa-methyl-Hisジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.6 欠番 → EC.3.4.11.2 (Supplement 4)
  Glu-Gluジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.8 欠番 → EC.3.4.17.21 (Supplement 6)
  Xaa-Proジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.10 欠番 → EC.3.4.19.5
 EC.3.4.13.11 欠番 → EC.3.4.13.18へ統合
  Met-Xaaジペプチダーゼ
 EC.3.4.13.13 欠番 → EC.3.4.13.3へ統合
 EC.3.4.13.14 欠番 削除
 EC.3.4.13.15 欠番 → EC.3.4.13.18へ統合
 EC.3.4.13.16 欠番 削除
  非特異的ジペプチダーゼ
  細胞質非特異的ジペプチダーゼ
  膜ジペプチダーゼ
  β-Ala-His ジペプチダーゼ
  ジペプチダーゼE
  D-Ala-D-Ala ジペプチダーゼ

EC 3.4.14.-(ジペプチジルペプチダーゼおよびトリペプチジルペプチダーゼ) 
  ジペプチジルペプチダーゼI
  ジペプチジルペプチダーゼII
 EC.3.4.14.3 欠番 → EC.3.4.19.1
  ジペプチジルペプチダーゼIII
  ジペプチジルペプチダーゼIV
  ジペプチジルジペプチダーゼ
 EC.3.4.14.7 欠番 削除
 EC.3.4.14.8 欠番 → EC.3.4.14.9とEC.3.4.14.10に振り分け
  トリペプチジルペプチダーゼI
  トリペプチジルペプチダーゼII
  Xaa-Pro ジペプチジルペプチダーゼ
  プロリルトリペプチジルアミノペプチダーゼ

EC 3.4.15.-(ペプチジルジペプチダーゼ) 
  ペプチジルジペプチダーゼA
 EC.3.4.15.2 欠番 → EC.3.4.19.2
 EC.3.4.15.3 欠番 → へ統合 * EC.3.4.15.5 (Supplement 2)
  ペプチジルジペプチダーゼB
  ペプチジルジペプチダーゼDcp

EC 3.4.16.-(セリン性カルボキシペプチダーゼ) 
 EC.3.4.16.1 欠番 → EC.3.4.16.5ないしはEC.3.4.16.6へ統合 (Supplement 1)
  リボソーマルPro-Xaaカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.16.3 欠番 → EC.3.4.16.5へ統合(Supplement 1)
  セリン型D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼ
  カルボキシペプチダーゼC
  カルボキシペプチダーゼD

EC 3.4.17.-.(金属プロテアーゼ) 
  カルボキシペプチダーゼA
  カルボキシペプチダーゼB
  リシンカルボキシペプチダーゼ
  Gly-Xaaカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.17.5 欠番 削除
  アラニンカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.17.7 欠番 → EC.3.4.19.10
  ムラモイルペンタペプチドカルボキシペプチダーゼ
 EC.3.4.17.9 欠番 → EC.3.4.17.4へ統合
  カルボキシペプチダーゼE
  グルタミン酸カルボキシペプチダーゼ
  カルボキシペプチダーゼM
  ムラモイルテトラペプチドカルボキシペプチダーゼ
  亜鉛D-Ala-D-Alaカルボキシペプチダーゼ
  カルボキシペプチダーゼA2
  膜Pro-Xaaカルボキシペプチダーゼ
  ツブリニルTyrカルボキシペプチダーゼ
  カルボキシペプチダーゼT
  カルボキシペプチダーゼTaq
  カルボキシペプチダーゼU
  グルタミン酸カルボキシペプチダーゼII
  金属カルボキシペプチダーゼD

EC 3.4.18.-(システイン性カルボキシペプチダーゼ) 
  カテプシンX

EC 3.4.19.-(オメガペプチダーゼ) 
  アシルアミノアシルペプチダーゼ
  ペプチジルグリシンアミダーゼ
  ピログルタミルペプチダーゼ
 EC.3.4.19.4 欠番 削除
  β-アスパルチルペプチダーゼ
  ピログルタミルペプチダーゼII
  N-ホルミルメチオニルペプチダーゼ
 EC.3.4.19.8 欠番 → EC.3.4.17.21 (Supplement 6)
  γ-グルタミルヒドロラーゼ
 EC.3.4.19.10 欠番 → EC.3.5.1.28 (Supplement 4)
  γ-D-グルタミル-メソ-ジアミノピメリン酸ペプチダーゼI
  ユビキチニルヒドロラーゼ1

EC 3.4.21.-(セリンエンドペプチダーゼ) 
  キモトリプシン
  キモトリプシンC
  メトリジン
  トリプシン
  トロンビン
  凝血因子Xa
  プラスミン
 EC.3.4.21.8 欠番 → EC.3.4.21.34ないしはEC.3.4.21.35に振り分け
  エンテロペプチダーゼ
  アクロシン
 EC.3.4.21.11 欠番 →EC.3.4.21.36ないしはEC.3.4.21.37に振り分け
  α溶解エンドペプチダーゼ
 EC.3.4.21.13 欠番 → EC.3.4.16.1
 EC.3.4.21.14 欠番 → EC.3.4.21.62 - EC.3.4.21.65ないしはEC.3.4.21.67に振り分け
 EC.3.4.21.15 欠番 → EC.3.4.21.63
 EC.3.4.21.16 欠番 削除
 EC.3.4.21.17 欠番 削除
 EC.3.4.21.18 欠番 削除
  グルタミルペプチダーゼ
  カテプシンG
  凝血因子VIIa
  凝血因子IXa
 EC.3.4.21.23 欠番 削除
 EC.3.4.21.24 欠番 削除
  ククミシン
  プロリルオリゴペプチダーゼ
  凝血因子XIa
 EC.3.4.21.28 欠番 → EC.3.4.21.74へ統合
 EC.3.4.21.29 欠番 → EC.3.4.21.74へ統合
 EC.3.4.21.30 欠番 → EC.3.4.21.74へ統合
 EC.3.4.21.31 欠番 → EC.3.4.21.68ないしはEC.3.4.21.73に振り分け
  ブラキウリン
 EC.3.4.21.33 欠番 削除
  組織カリクレイン
  血漿カリクレイン
  膵臓エラスターゼ
  顆粒球エラスターゼ
  凝血因子XIIa
  チマーゼ
 EC.3.4.21.40 欠番 削除
  補体サブコンポーネントC
  補体サブコンポーネントC
  補体古典的経路C3/C5コンベルターゼ
 EC.3.4.21.44 欠番 → EC.3.4.21.43へ統合
  補体I因子
  補体D因子
  補体副経路C3/C5コンベルターゼ
  セレビシン
  ヒポデルミンC
  リジンエンドペプチダーゼ
 EC.3.4.21.51 欠番 削除
 EC.3.4.21.52 欠番 削除
  エンドペプチダーゼLa
  γ-レニン
  ベノムビンAB
 EC.3.4.21.56 欠番 削除
  ロイシンエンドペプチダーゼ
 EC.3.4.21.58 欠番 削除
  トリプターゼ
  スクテラリン
  ケキシン
  サブチリシン
  オリジン
  ペプチダーゼK
  テルモミコリン
  テルミターゼ
  エンドペプチダーゼSo
  tプラズミノーゲン活性化因子
  活性化プロテインC
  膵エンドペプチダーゼE
  膵エラスターゼII
  IgA-特異的セリンエンドペプチダーゼ
  uプラズミノーゲン活性化因子
  ベノムビンA
  フーリン
  ミエロブラスチン
  セメノゲラーゼ
  グランザイムA
  グランザイムB
  ストレプトグラシンA
  ストレプトグラシンB
  グルタミルエンドペプチダーゼII
  オリゴペプチダーゼB
  リムルス凝固因子
  リムルス凝固因子
  リムルス凝固酵素
 EC.3.4.21.87 欠番 → EC.3.4.23.49
  LexA受容体
  シグナルペプチダーゼI
  トガビリン
  フラビビリン
  エンドペプチダーゼClp
  プロブロテインコンバルターゼ1
  プロブロテインコンバルターゼ2
  蛇毒因子V活性化因子
  ラクトセピン
  アセンビリン
  ヘパシビリン
  スペルモシン
  シュードモナリシン
  キサントモナリシン
  C端プロセッシングペプチダーゼ
  フィサロリシン
  マンナン結合レクチン関連セリンプロテアーゼ-2
  ロムボイドプロテアーゼ
  ヘプシン
  ペプチダーゼDo
  HtrA2 ペプチダーゼ
  マトリプターゼ
  C5aペプチダーゼ
  アクタリジン1
  サイト-1プロテアーゼ
  ペスチウイルスNS3ポリプロテインペプチダーゼ
  ウマ-アルタウイルスセリンペプチダーゼ
  伝染性膵壊死ピルナウイルスVp4ペプチダーゼ
  SpoIVBペプチダーゼ
  角質層キモトリプシン様酵素
  カリクレイン8
  カリクレイン13

EC 3.4.22.-.(システインプロテアーゼ) 
  カテプシンB
  パパイン
  フィカイン
 EC.3.4.22.4 欠番 → covered by * EC.3.4.22.32 and * EC.3.4.22.33
 EC.3.4.22.5 欠番 → EC.3.4.22.33
  キモパパイン
  アスクレパイン
  クロストリパイン
 EC.3.4.22.9 欠番 → EC.3.4.21.48
  ストレプトパイン
 EC.3.4.22.11 欠番 → EC.3.4.24.56 (Supplement 3)
 EC.3.4.22.12 欠番 → EC.3.4.19.9
 EC.3.4.22.13 欠番 削除
  アクチニダイン
  カテプシンL
  カテプシンH
 EC.3.4.22.17 欠番 → EC.3.4.22.52またはEC.3.4.22.53
 EC.3.4.22.18 欠番 → EC.3.4.21.26へ統合
 EC.3.4.22.19 欠番 → EC.3.4.24.15へ統合
 EC.3.4.22.20 欠番 削除
 EC.3.4.22.21 欠番 → EC.3.4.99.46へ統合
 EC.3.4.22.22 欠番 → EC.3.4.24.37
 EC.3.4.22.23 欠番 → EC.3.4.21.61へ統合
  カテプシンT
  グリシルエンドペプチダーゼ
  がんプロコアグラント
  カテプシンS
  ピコルナイン3C
  ピコルナイン2A
  カリカイン
  アナナイン
  ステムブロメライン
  果実ブロメライン
  レグマイン
  ヒストリサイン
  カスパーゼ-1
  ジンジパインR
  カテプシンK
  アデナイン
  ブレオミシンヒドロラーゼ
  カテプシンF
  カテプシンO
  カテプシンL2
  nuclear-inclusion-a endopeptidase
  helper-component proteinase
  L-ペプチダーゼ
  ジンジパインK
  スタフォパイン
  セパラーゼ
  V-cath endopeptidase
  クルジパイン
  カルパイン-1
  カルパイン-2
  カスパーゼ-2
  カスパーゼ-3
  カスパーゼ-4
  カスパーゼ-5
  カスパーゼ-6
  カスパーゼ-7
  カスパーゼ-8
  カスパーゼ-9
  カスパーゼ-10
  カスパーゼ-11

EC 3.4.23.-.(アスパラギン酸プロテアーゼ) 
  ペプシンA
  ペプシンB
  ガストリシン
  キモシン
  カテプシンD
 EC.3.4.23.6 欠番 → EC.3.4.23.18 - EC.3.4.23.28ないしはEC.3.4.23.30に振り分け
 EC.3.4.23.7 欠番 → EC.3.4.23.20
 EC.3.4.23.8 欠番 → EC.3.4.23.25
 EC.3.4.23.9 欠番 → EC.3.4.23.21
 EC.3.4.23.10 欠番 → EC.3.4.23.22
 EC.3.4.23.11 欠番 削除
  ネペンテシン
 EC.3.4.23.13 欠番 削除
 EC.3.4.23.14 欠番 削除
  レニン
  HIV-1レトロペプシン
  Pro-opiomelanocortin converting enzyme
  アスパルギロペプシンI
  アスパルギロペプシンII
  ペニシロペプシン
  リゾープスペプシン
  エンドチアペプシン
  ケカビペプシン
  カンジダペプシン
  サッカロペプシン
  ロドトルラペプシン
 EC.3.4.23.27 欠番 → EC.3.4.21.103
  アクロシルインドロペプシン
  ポリポロペプシン
  ピクノポロペプシン
  シタリドペプシンA
  シタリドペプシンB
 EC.3.4.23.33 欠番 → EC.3.4.21.101
  カテプシンE
  バリアペプシン
  シグナルペプチダーゼII
 EC.3.4.23.37 欠番 → EC.3.4.21.100
  プラスメプシンI
  プラスメプシンII
  フィテプシン
  ヤプシン1
  テルモプシン
  プレピリンペプチダーゼ
  ノダウイルスエンドペプチダーゼ
  メマプシン1
  メマプシン2
  HIV-2レトロペプシン
  プラスミノーゲンアクティベーターPla
  オムプチン

EC.3.4.24.-(金属エンドペプチダーゼ) 
  アトロリシンA
 EC.3.4.24.2 欠番 削除
  細菌性コラゲナーゼ
 EC.3.4.24.4 欠番 → EC.3.4.24.25 - EC.3.4.24.32, EC.3.4.24.39ないしはEC.3.4.24.40に振り分け
 EC.3.4.24.5 欠番 → EC.3.4.22.17ないしはEC.3.4.25.1に振り分け
  ロイコリシン
  間質性コラゲナーゼ
 EC.3.4.24.8 欠番 → EC.3.4.24.3へ統合
 EC.3.4.24.9 欠番 削除
 EC.3.4.24.10 欠番 削除
  ネプリリシン
  エンベリシン
  IgA特異的メタロエンドペプチダーゼ
  プロコラーゲンNエンドペプチダーゼ
  サイメットオリゴペプチダーゼ
  ノイロリシン
  ストロマリシン1
  メプリンA
  プロコラーゲンC-エンドペプチダーゼ
  ペプチジルLysメタロエンドペプチダーゼ
  アスタシン
  ストロマリシン2
  マトリリシン
  ゼラチナーゼA
  ビブリオリシン
  プソイドリシン
  テルモリシン
  バシロリシン
  オーレオリシン
  ココリシン
  ミコリシン
  β-分解メタロエンドペプチダーゼ
  ペプチジルAspメタロエンドペプチダーゼ
  好中球コラゲナーゼ
  ゼラチナーゼB
  レイシマノリシン
  サッカロリシン
  ガメトリシン
  ドイテロリシン
  セラリシン
  アトロリシンB
  アトロリシンC
  アトロキサーゼ
  アトロリシンE
  アトロリシンF
  アダマリシン
  ホリリシン
  ラバリシン
  ボソロパシン
  ボソロリシン
  オヒトリシン
  トリメロリシンI
  トリメロリシンII
  ムクロリシン
  ピトリリシン
  インスリシン
  O-シアロギル糖タンパク質エンドペプチダーゼ
  ルスセリリシン
  ミトコンドリア間質性ペプチダーゼ
  ダクチリシン
  ナリジリシン
  マグノリシン
  メプリンB
  ミトコンドリア性プロセッシングペプチダーゼ
  マクロファージエラスターゼ
  コリオリシンL
  コリオリシンH
  テントキシリシン
  ボントキシリシン
  オリゴペフチダーゼA
  エントドセリン変換酵素
  フィブロラーゼ
  ジャラハギン
  フラギリシン
  リソスタフィン
  フラバスタシン
  スナパリシン
  gprエンドペプチダーゼ
  パパリシン-1
  膜型マトリックスメタロプロテイナーゼ-1
  ADAM10エンドペプチダーゼ
  ADAMTS-4エンドペプチダーゼ
  炭疽菌致死因子エンドペプチダーゼ
  Ste24エンドペプチダーゼ
  S2Pエンドペプチダーゼ
  ADAM17エンドペプチダーゼ
  ADAMTS13エンドペプチダーゼ

EC 3.4.25.-(トレオニンエンドペプチダーゼ) 
  プロテオソームエンドペプチダーゼ複合体

EC 3.4.99.-(触媒機構不明のエンドペプチダーゼ) 
 EC.3.4.99.1 欠番 → EC.3.4.23.28
 EC.3.4.99.2 欠番 削除
 EC.3.4.99.3 欠番 削除
 EC.3.4.99.4 欠番 → EC.3.4.23.12
 EC.3.4.99.5 欠番 → EC.3.4.24.3
 EC.3.4.99.6 欠番 → EC.3.4.24.21
 EC.3.4.99.7 欠番 削除
 EC.3.4.99.8 欠番 削除
 EC.3.4.99.9 欠番 削除
 EC.3.4.99.10 欠番 → EC.3.4.24.56 (Supplement 3)
 EC.3.4.99.11 欠番 削除
 EC.3.4.99.12 欠番 削除
 EC.3.4.99.13 欠番 → EC.3.4.24.32
 EC.3.4.99.14 欠番 削除
 EC.3.4.99.15 欠番 削除
 EC.3.4.99.16 欠番 削除
 EC.3.4.99.17 欠番 削除
 EC.3.4.99.18 欠番 削除
 EC.3.4.99.19 欠番 → EC.3.4.23.15
 EC.3.4.99.20 欠番 削除
 EC.3.4.99.21 欠番 削除
 EC.3.4.99.22 欠番 → EC.3.4.24.29
 EC.3.4.99.23 欠番 削除
 EC.3.4.99.24 欠番 削除
 EC.3.4.99.25 欠番 → EC.3.4.23.21へ統合
 EC.3.4.99.26 欠番 → EC.3.4.21.73ないしはEC.3.4.21.68へ振り分け
 EC.3.4.99.27 欠番 削除
 EC.3.4.99.28 欠番 → EC.3.4.21.60
 EC.3.4.99.29 欠番 削除
 EC.3.4.99.30 欠番 → EC.3.4.24.20へ統合
 EC.3.4.99.31 欠番 → EC.3.4.24.15へ統合
 EC.3.4.99.32 欠番 → EC.3.4.24.20
 EC.3.4.99.33 欠番 削除
 EC.3.4.99.34 欠番 削除
 EC.3.4.99.35 欠番 → EC.3.4.23.36 (Supplement 2)
 EC.3.4.99.36 欠番 → EC.3.4.21.89 (Supplement 2)
 EC.3.4.99.37 欠番 削除
 EC.3.4.99.38 欠番 → EC.3.4.23.17
 EC.3.4.99.39 欠番 削除
 EC.3.4.99.40 欠番 削除
 EC.3.4.99.41 欠番 → EC.3.4.24.64 (Supplement 2)
 EC.3.4.99.42 欠番 削除
 EC.3.4.99.43 欠番 → EC.3.4.23.42 (Supplement 6)
 EC.3.4.99.44 欠番 → EC.3.4.24.55 (Supplement 1)
 EC.3.4.99.45 欠番 → EC.3.4.24.56 (Supplement 1)
 EC.3.4.99.46 欠番 → EC.3.4.25.1 (Supplement 6)

EC 3.5.-.(ペプチド結合以外の炭素-窒素結合に作用する)

EC 3.5.1.-(鎖状アミドに作用) 
  アスパラギナーゼ
  グルタミナーゼ
  ω-アミダーゼ
  アミダーゼ
  ウレアーゼ
  β-ウレイドプロピオナーゼ
  ウレイドスクシiナーゼ
  ホルミルアスパラギン酸デホルミラーゼ
  アリルホルムアミダーゼ
  ホルミルテトラヒドロ葉酸デホルミラーゼ
  ペニシリンアミダーゼ
  ビオチニダーゼ
  アリールアシルアミダーゼ
  アミノアシラーゼ
  アスパルトアシラーゼ
  アセチルオルニチンデアセチラーゼ
  アシルリジンデアセチラーゼ
  コハク酸l-ジアミノピメリン酸デスクシラーゼ
  ニコチンアミダーゼ
  シトルリナーゼ
  N-アセチル-β-アラニンデアセチラーゼ
  パントテナーゼ
  セラミダーゼ
  コロイルグリシンヒドロラーゼ
  N-アセチルグルコサミン-6-リン酸デアセチラーゼ
  N4-(β-N-アセチルグルコサミニル)-L-アスパラギナーゼ
  N-ホルミルメチオニルアミノアシルtRNAデホルミラーゼ
  N-アセチルムラミン酸-L-アラニンアミダーゼ
  2-(アセトアミドメチレン)コハク酸ヒドロラーゼ
  5-アミノペンタンアミダーゼ
  ホルミルメチオニン デホルミラーゼ
  馬尿酸ヒドロラーゼ
  N-アセチルグルコサミンデアセチラーゼ
 EC.3.5.1.34 欠番 → EC.3.4.13.5
  D-グルタミナーゼ
  N-メチル-2-オキソグルタミン酸ヒドロラーゼ
 EC.3.5.1.37 欠番 → EC.3.5.1.26
  グルタミン-(アスパラギン)アーゼ
  アルキルアミダーゼ
  アシルアグマチンアミダーゼ
  キチンデアセチラーゼ
  ニコチンアミドヌクレオチドアミダーゼ
  ペフチジルグルタミナーゼ
  タンパク質グルタミングルタミナーゼ
 EC.3.5.1.45 欠番 → EC 6.3.4.6
  6-アミノヘキサン酸二量体ヒドロラーゼ
  N-アセチルジアミノピメリン酸デアセチラーゼ
  アセチルスペルミジンデアセチラーゼ
  ホルムアミダーゼ
  ペンタンアミダーゼ
  4-アセタミド酪酸CoAデアセチラーゼ
  ペプチド-N4-(N-アセチル-β-グルコサミニル)アスパラギンアミダーゼ
  N-カルバモイルプトレシンアミダーゼ
  アロファン酸ヒドロラーゼ
  長鎖脂肪酸-グルタミン酸デアシラーゼ
  N,N-ジメチルホルムアミダーゼ
  トリプトファンアミダーゼ
  N-ベンゾイルオキシカルボニルグリシンヒドロラーゼ
  N-カルバモイルサルコシン アミダーゼ
  N-長鎖脂肪酸エタノールアミンデアシラーゼ
  ミモシナーゼ
  アセチルプトレシンデアセチラーゼ
  4-アセタミド酪酸デアセチラーゼ
  Nα-ベンゾイルオキシカルボニルロイシンヒドロラーゼ
  テアニンヒドロラーゼ
  2-(ヒドロキシメチル)-3-(アセタミドメチレン)コハク酸ヒドロラーゼ
  4-メチレングルタミナーゼ
  N-ホルミルグルタミン酸デホルミラーゼ
  スフィンゴ糖脂質デアシラーゼ
  アクレアシンAデアシラーゼ
  N-フェルロイルグリシンデアシラーゼ
  D-ベンゾイルアルギニン-4-ニトロアニリドアミダーゼ
  カルニチンアミダーゼ
  ケノデオキシコール酸タウリンヒドロラーゼ
  ウレタナーゼ
  アリールアルキルアシルアミダーゼ
  N-カルバモイル-D-アミノ酸ヒドロラーゼ
  グルタチオニルスペルミジンアミダーゼ
  フタリルアミダーゼ
 EC.3.5.1.80 欠番 → EC.3.5.1.25
  N-アシル-D-アミノ酸デアシラーゼ
  N-アシル-D-グルタミン酸デアシラーゼ
  N-アシル-D-アスパラギン酸デアシラーゼ
  ビュウレットアミドヒドロラーゼ
  (S)-N-アセチル-1-フェネチルアミンヒドロラーゼ
  マンデルアミドアミダーゼ
  N-カルバモイル-L-アミノ酸ヒドロラーゼ
  ペプチドデホルミラーゼ
  N-アセチルグルコサミニルホスファチジルイノシトールデアセチラーゼ
  アデノシルコビンアミドヒドロラーゼ
  N-置換ホルムアミドデホルミラーゼ
  パンテテインヒドロラーゼ
  グルタリル-7-アミノセファロスポリン酸アシルラーゼ
  γ-グルタミル-γ-アミノ酪酸ヒドロラーゼ
  N-マロニルウレアヒドロラーゼ
  スクシニルグルタミン酸デスクシナーゼ
  脂肪酸アミド加水分解酵素

EC 3.5.2.-(環状アミドに作用) 
  バルビツラーゼ
  ジヒドロピリミジナーゼ
  ジヒドロオロターゼ
  カルボキシメチルヒダントイナーゼ
  アラントイナーゼ
  βラクタマーゼ
  イミダゾロンプロピオナーゼ
 EC.3.5.2.8 欠番 → EC.3.5.2.6へ統合
  5-オキソプロリナーゼ (ATP加水分解)
  クレアチナーゼ
  L-リジン-ラクタマーゼ
  6-アミノヘキサン酸環状二量体ヒドロラーゼ
  2,5-ジオキソピペラジンヒドロラーゼ
  N-メチルヒダントイナーゼ (ATP加水分解)
  シアヌル酸アミドヒドロラーゼ
  マレイミドヒドロラーゼ
  ヒドロキシイソ尿酸ヒドロラーゼ
  エンアミダーゼ

EC 3.5.3.-(鎖状アミジンに作用) 
  アルギナーゼ
  グアニジンアセターゼ
  クレアチナーゼ
  アラントイカーゼ
  ホルムイミノアスパラギン酸デイミナーゼ
  アルギニンデイミナーゼ
  グアニジノブチラーゼ
  ホルムイミドイルグルタマーゼ
  アラントイン酸デイミナーゼ
  D-アルギナーゼ
  アグマチナーゼ
  アグマチンデイミナーゼ
  ホルムイミノグルタミン酸デイミナーゼ
  アミドアスパラターゼ
  タンパク質アルギニンデイミナーゼ
  メチルグアニジナーゼ
  グアニジノプロピオナーゼ
  ジメチルアルギニナーゼ
  ウレイドグリコール酸ヒドロラーゼ
  ジグアニジノブタナーゼ
  メチレンジウレアデアミナーゼ
  プロクラバミン酸アミジノヒドロラーゼ
  N-スクシニルアルギニンジヒドロラーゼ

EC 3.5.4.-(環状アミジンに作用) 
  シトシンデアミナーゼ
  アデニンデアミナーゼ
  グアニンデアミナーゼ
  アデノシンデアミナーゼ
  シチジンデアミナーゼ
  AMPデアミナーゼ
  ADPデアミナーゼ
  アミノイミダゾラーゼ
  メテニルテトラヒドロ葉酸シクロヒドロラーゼ
  IMPシクロヒドロラーゼ
  プテリンデアミナーゼ
  dCMPデアミナーゼ
  dCTPデアミナーゼ
  デオキシシチジンデアミナーゼ
  グアノシンデアミナーゼ
  GTPシクロヒドロラーゼI
  アデノシンリン酸デアミナーゼ
  ATPデアミナーゼ
  ホスホリボシルAMPシクロヒドロラーゼ
  ピリチアミンデアミナーゼ
  クレアチニンデアミナーゼ
  1-ピロリン-4-ヒドロキシ-2-カルボン酸デアミナーゼ
  ブラスチジンSデアミナーゼ
  セピアプテリンデアミナーゼ
  GTPシクロヒドロラーゼII
  ジアミノヒドロキシホスホリボシルアミノピリミジンデアミナーゼ
  メテニルテトラヒドロメタノプテリンシクロヒドロラーゼ
  S-アデノシルホモシステインデアミナーゼ
  GTPシクロヒドロラーゼIIa
  dCTPデアミナーゼ (dUMP-ホルミル化)

EC 3.5.5.-(ニトリルに作用) 
  ニトリラーゼ
  リシニンニトリラーゼ
 EC.3.5.5.3 欠番 → EC 4.3.99.1
  シアノアラニンニトリラーゼ
  アリールアセトニトリラーゼ
  ブロモキシニルニトリラーゼ
  脂肪酸ニトリラーゼ
  チオシアン酸ヒドロラーゼ

EC 3.5.99.-(その他の化合物に作用) 
  リボフラビナーゼ
  チアミナーゼ

  ヒドロキシデクロロアトラジンエチルアミノヒドロラーゼ
  N-イソプロピルアンメリドイソプロピルアミノヒドロラーゼ
  2-アミノムコン酸デアミナーゼ
  グルコサミン-6-リン酸デアミナーゼ
  1-アミノシクロプロパン-1-カルボン酸デアミナーゼ

EC 3.6.-(酸無水物に作用)

EC 3.6.1.-(リン含有酸無水物に作用) 
  無機ジホスファターゼ
  トリメタホスファターゼ
  アデノシントリホスファターゼ
 EC.3.6.1.4 欠番 → EC.3.6.1.3へ統合
  アピラーゼ
  ヌクレオシドジホスファターゼ
  アシルlホスファターゼ
  ATPジホスファターゼ
  ヌクレオチドジホスファターゼ
  エンドポリホスファターゼ
  エキソポリホスファターゼ
  dCTPジホスファターゼ
  ADP-リボースジホスファターゼ
  アデノシンテトラホスファターゼ
  ヌクレオシドトリホスファターゼ
  CDP-グリセロールジホスファターゼ
  ビス(5'-ヌクレオシル)-テトラホスファターゼ (非対称)
  FADジホスファターゼ
  ヌクレオシド三リン酸ジホスファターゼ
  5'-アシルホスホアデノシンヒドロラーゼ
  ADP-糖ジホスファターゼ
  NAD+ジホスファターゼ
  dUTPジホスファターゼ
  ヌクレオシドホスホアシルヒドロラーゼ
  トリホスファターゼ
  CDP-ジアシルグリセロールジホスファターゼ
  ウンデカプレニル-ジホスファターゼ
  チアミントリホスファターゼ
  ビス(5'-アデノシル)トリホスファターゼ
  m7G(5')pppNジホスファターゼ
  ホスホリボシルATPジホスファターゼ
 EC.3.6.1.32 欠番 → EC.3.6.4.1
 EC.3.6.1.33 欠番 → EC.3.6.4.2
 EC.3.6.1.34 欠番 → EC.3.6.3.14
 EC.3.6.1.35 欠番 → EC.3.6.3.6
 EC.3.6.1.36 欠番 → EC.3.6.3.10
 EC.3.6.1.37 欠番 → EC.3.6.3.9
 EC.3.6.1.38 欠番 → EC.3.6.3.8
  チミジントリホスファターゼ
  グアノシン-5'-三リン酸,3'-二リン酸ジホスファターゼ
  ビス(5'-ヌクレオシル)テトラホスファターゼ (対称)
  グアノシンジホスファターゼ
  ドリキルジホスファターゼ
  オリゴサッカライドジホスホドリコールジホスファターゼ
  UDP-糖ジホスファターゼ
 EC.3.6.1.46 欠番 → EC.3.6.5.1
 EC.3.6.1.47 欠番 → EC.3.6.5.2
 EC.3.6.1.48 欠番 → EC.3.6.5.3
 EC.3.6.1.49 欠番 → EC.3.6.5.4
 EC.3.6.1.50 欠番 → EC.3.6.5.5
 EC.3.6.1.51 欠番 → EC.3.6.5.6
  ジホスホイノシトール-ポリリン酸ジホスファターゼ

EC 3.6.2.-(スルホニル含有酸無水物に作用) 
  アデノシルスルファターゼ
  ホスホアデニリルスルファターゼ

EC 3.6.3.-(酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する) 
  Mg2+ATPアーゼ
  Mg2+輸入ATPアーゼ
  Cd2+輸出ATPアーゼ
  Cu2+輸出ATPアーゼ
  Zn2+輸出ATPアーゼ
  H+輸出ATPアーゼ
  Na+輸出ATPアーゼ
  Ca2+輸送ATPアーゼ
  Na+/K+-交換ATPアーゼ
  H+/K+-交換ATPアーゼ
  Cl-輸送ATPアーゼ
  K+輸送ATPアーゼ
 EC.3.6.3.13 欠番 → EC.3.6.3.1
  H+輸送二領域ATPアーゼ
  Na+輸送二領域ATPアーゼ
  亜ヒ酸輸送ATPアーゼ
  単糖輸送ATPアーゼ
  オリゴ糖輸送ATPアーゼ
  マルトース輸送ATPアーゼ
  グリセロール-3-リン酸輸送ATPアーゼ
  極性アミノ酸輸送ATPアーゼ
  無極性アミノ酸輸送ATPアーゼ
  オリゴペプチド輸送ATPアーゼ
  ニッケル輸送ATPアーゼ
  硫酸輸送ATPアーゼ
  硝酸輸送ATPアーゼ
  硫酸輸送ATPアーゼ
  リン酸輸送ATPアーゼ
  モリブデン輸送ATPアーゼ
  鉄3+輸送ATPアーゼ
  ポリアミン輸送ATPアーゼ
  四級アミン輸送ATPアーゼ
  ビタミンB12輸送ATPアーゼ
  イオンキレート輸送ATPアーゼ
  マンガン輸送ATPアーゼ
  タウリン輸送ATPアーゼ
  グアニン輸送ATPアーゼ
  莢膜多糖輸送ATPアーゼ
  リポ多糖輸送ATPアーゼ
  テイコ酸輸送ATPアーゼ
  ヘム輸送ATPアーゼ
  β-グルカン輸送ATPアーゼ
  ペプチド輸送ATPアーゼ
  生体異物輸送ATPアーゼ
 EC 3.6.3.45 欠番 → EC 3.6.3.44
  カドミウム輸送ATPアーゼ
  脂肪酸CoA輸送ATPアーゼ
  α-因子輸送ATPアーゼ
  チャネル電導度制御ATPアーゼ
  タンパク質分泌ATPアーゼ
  ミトコンドリアタンパク質輸送ATPアーゼ
  クロロプラストタンパク質輸送ATPアーゼ
  Ag+輸出ATPアーゼ

EC 3.6.4.-(酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与) 
  ミオシンATPアーゼ
  ダイニンATPアーゼ
  微小管切断ATPアーゼ
  プラス端指向キネシンATPアーゼ
  マイナス端指向キネシンATPアーゼ
  小胞融合ATPアーゼ
  ペルオキソーム構築ATPアーゼ
  プロテアソームATPアーゼ
  シャペロニンATPアーゼ
  非シャペロニン分子シャペロンATPアーゼ
  ヌクレオプラズミンATPアーゼ

EC 3.6.5.-(GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与) 
  ヘテロ三量体Gタンパク質GTPアーゼ
  小単量体GTPアーゼ
  タンパク質合成GTPアーゼ
  シグナル認識粒子GTPアーゼ
  ダイナミンGTPアーゼ
  チューブリンGTPアーゼ

EC 3.7.-(炭素-炭素結合に作用)

EC 3.7.1.-(ケトン類に作用) 
  オキサロアセターゼ
  フマリルアセトアセターゼ
  キヌレニナーゼ
  フィロレチンヒドロラーゼ
  アシルピルビン酸ヒドロラーゼ
  アセチルピルビン酸ヒドロラーゼ
  β-ジケトンヒドロラーゼ
  2,6-ジオキソ-6-フェニルヘキサ-3-エン酸ヒドロラーゼ
  2-ヒドロキシムコン酸セミアルデヒドヒドロラーゼ
  シクロヘキサン-1,3-ジオンヒドロラーゼ

EC 3.8.-(ハロゲン化物に作用)

EC 3.8.1.-(C-ハロゲン化物に作用) 
  アルキルハライダーゼ
  (S)-2-ハロ酸デハロゲナーゼ
  ハロ酢酸デハロゲナーゼ
 EC 3.8.1.4 欠番 → EC 1.97.1.10
  ハロアルカンデハロゲナーゼ
  4-クロロ安息香酸デハロゲナーゼ
  4-クロロ安息香酸CoAデハロゲナーゼ
  アトラジンクロロヒドラーゼ
  (R)-2-ハロ酸デハロゲナーゼ
  2-ハロ酸デハロゲナーゼ (立体反転型)
  2-ハロ酸デハロゲナーゼ (立体保持型)

EC 3.8.2.-(P-ハロゲン化物に作用) 
 EC.3.8.2.1 欠番 → EC.3.1.8.2

EC 3.9.-(リン-窒素結合に作用) 
  ホスホアミダーゼ

EC 3.10.-(硫黄-窒素結合に作用) 
  N-スルホグルコサミンスルホヒドラーゼ
  シクラミン酸スルホヒドラーゼ

EC 3.11.-(炭素-リン結合に作用) 
  ホスホノアセトアルデヒドヒドラーゼ
  ホスホノ酢酸ヒドラーゼ

EC 3.12.-(硫黄-硫黄結合に作用) 
  三チオン酸ヒドラーゼ

EC 3.13.-(炭素-硫黄結合に作用) 
  UDP-スルホキノボースシンターゼ
 EC.3.13.1.2 欠番 → おそらくEC 4.4.1.21
  2'-ヒドロキシビフェニル-2-スルフィン酸デスルフィナーゼ