新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく休業 (2020年-2021年）（しんがたインフルエンザとうたいさくとくべつそちほうにもとつくきゅうぎょう）では、新型コロナウイルス感染症（COVID-19）のまん延対策として、新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づき2020年及び2021年に実際に発動された施設の使用停止等の要請（休業要請とも呼ばれる）や外出自粛要請について記述する。2022年以降については、新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づく休業 (2022年-)を参照。

なお、これらの措置について2020年6月4日に内閣官房は、新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言の実施状況に関する報告として全国の実施状況の取りまとめを初めて公表した。これは、新型インフルエンザ等対策特別措置法の一部を改正する法律案に対する附帯決議（衆議院内閣委員会、参議院内閣委員会）に基づくものとされている。

24条9項及び45条2項の関係 
新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づき、新型インフルエンザ等対策特別措置法に規定される「政府対策本部」の設置以後、都道府県知事は施設の使用停止等の要請（休業要請とも呼ばれる）については、新型インフルエンザ等対策特別措置法24条9項（以下、法律の名称は省略する）を根拠に行うことができ、更に緊急事態宣言が行われた場合は、緊急事態宣言の実施区域の都道府県知事（特定都道府県知事）は45条2項を根拠に行うこともできる。この二つの規定の適用については、2020年4月23日、国は内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室長名の事務連絡を各都道府県知事に発出し、新型インフルエンザ等対策特別措置法第45条第2項及び第3項に係る要請及び指示について留意すべき事項を示したことにより適用が明確化された。

この通知は、「45条第2項及び第3項の規定に基づく要請及び指示は、施設を管理する者等に対して行われるものであり、使用制限等の対象も個別の施設となる」との見解を示し、「第1段階として第24条第9項の規定に基づく協力の要請を業種や類型毎に行ったのち、それに正当な理由がないにもかかわらず応じない場合に、第2段階として第45条第2項の規定に基づく要請、次いで同条第3項の規定に基づく指示を個別の施設の管理者等に対して行い、その対象となった個別の施設名等を公表する」との手順を示した。
従って、例えばパチンコ店という業種に対する休業要請は、第24条第9項に基づき行い、これに応ぜずに営業を行っているパチンコ店があった場合は、そのパチンコ店の経営者に対し、第45条第2項の規定に基づき当該パチンコ店の休業を要請、次いで第45条第3項の規定に基づく休業の指示を行うことになる。

この通知の前の段階においては、下記のように当初から第45条第2項の規定に基づく措置とすることも検討された。

2020年の新型コロナウイルス感染症（COVID-19）のまん延への対応として、東京都知事は適用期間を4月11日から5月6日までとする、一定の種類の施設の使用停止等の要請を行ったが、用いられたのは24条9項であった。4月7日適用開始で東京都を範囲に含む緊急事態宣言（前述）の適用期間内にあることから、緊急事態宣言を前提とする45条2項の規定による要請の実施も検討はされた。

また、2020年の同感染症のまん延への対応として、埼玉県知事は2020年4月10日に「特措法におきましては、その一方で、施設の制限を求めることを前提とした45条という強力な規定があって、それに基づく政令において制限を求める施設の詳細が書かれています。この条項を適用するならば、どの施設が対象になるかということは平成25年に示されていますから、大きな混乱にはならなかったと考えています。 しかし今回の規定については外出の自粛はともかく、事業者に対するお願いは、24条というより弱い規定が前提」と発言、当初から第45条第2項の規定に基づく措置とすることも検討したことを示した。最終的には埼玉県HPに掲載された埼玉県における緊急事態措置(第2弾)の追加実施についてでは、24条9項に基づく要請と記載されている。

なお24条9項による要請は、政府対策本部が設置されている間は、特定都道府県知事以外の都道府県知事も行うことができる。そのため下記のように当該県について緊急事態宣言が解除された後も24条9項による要請を行っている例がある。更に2020年5月25日に緊急事態宣言の解除がされた後も、段階的に休業要請を緩和とする自治体は、完全に終了するまで24条9項による要請を行っている例がある。

2021年2月13日、深夜、新型インフルエンザ等対策特別措置改正法の施行の直前に、国は内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室長名の事務連絡（「新型インフルエンザ等対策特別措置法等の一部を改正する法律」及び「新型インフルエンザ等対策特別措置法等の一部を改正する法律の施行に伴う関係政令の整備に関する政令」の公布について）を各都道府県知事に発出した。

この通知において、新型インフルエンザ等対策特別措置法第24条第9項に基づく施設の使用制限等の要請については、新型インフルエンザ等対策特別措置法施行令第11条第1項各号に掲げる施設を対象としており、それ以外の施設は要請の対象としないものであることに留意することとした。令和3年1月7日付事務連絡においては、第24条第9項に基づくいわゆる「休業要請」については、施行令第11条第1項各号に掲げる施設を対象に限定しつつ、「休業要請」以外の「施設の使用の制限・停止」（施設の営業時間短縮を含む）に係る要請の対象については、施行令第11条第1項各号に掲げる施設に限られないとしていたものは、変更するとした。なお、一般的な感染防止対策等に係る要請の対象については、引き続き施行令第11条第1項各号に掲げる施設に限られないものとする、としている。

これにより、更に、緊急事態宣言の公示に係る期間・区域において営業時間の変更等又は施設の使用の制限・停止等の要請を行う場合には、原則として第45条第2項の要請によることとし、法第45条第2項に基づく要請については、原則として、法第24条第9項に基づく要請を前置せず、まず法第45条第2項の規定に基づく要請を施設類型毎に行い、それに正当な理由がないにもかかわらず応じない場合に、第2段階として法第45条第3項の規定に基づく命令を個別の施設管理者等に対して行うとした。

従って、2020年4月23日に示された方式は変更され、例えば飲食店の営業時間短縮であれば、まず、第45条第2項に基づき、飲食店という業態に対して午後8時までという時間短縮の要請を行い、従わない飲食店に対しては個別に45条第3項の規定に基づく命令を行うことになる。

上記のように緊急事態宣言の公示に係る期間・区域において方式の変更を国が指示したが、各都府県においては2021年2月の法改正後も、第45条第2項に基づく業態への変更は行わず、第24条第9項に基づく要請を継続した。2月26日になって東京都は、法第24条第9項に基づく施設の使用制限（営業時間短縮）の要請に応じず、施設の使用を継続している34施設について、法第45条第2項に基づく施設の使用制限（営業時間短縮）の要請を行ったと発表した。なお34施設の具体的名称は公表していない。東京都のHPには理由の記載はないが、内閣官房の事務連絡で「公表によりかえって多くの利用者が集まるなど、公表が利用者の合理的な行動を確保することにつながらないことが想定されることから、今般、法第45条第5項について、『公表しなければならない』ものから『公表することができる』ものに改正した」ところでとなっており、この趣旨による。

24条9項、31条の6第1項及び45条2項（業態全体に対するもの）による要請 
当初の緊急事態宣言（2020年5月6日まで）と延長（2020年5月30日まで）ではかなり差があるので表を区分して表示する。更にその後の緊急事態宣言の変更時点でも表を別にする。

2020年5月14日付の「新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言に関する公示の全部を変更する公示」（同年5月14日付官報特別号外第63号）により、緊急事態措置を実施すべき区域を北海道、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、京都府、大阪府及び兵庫県に変更し、他の39県については緊急事態措置を実施すべき区域から除外したことにより、除外された39県についての45条1項による外出自粛要請、45条2項、3項に基づく休業の要請、指示は失効した。しかし、24条9項による要請は、政府対策本部が設置されている間は、緊急事態措置を実施すべき区域でない都道府県知事も行うことができ、他の39県でも休業要請を継続したところがある。

5月14日に引き続き緊急事態措置を実施すべき区域とされたところでも15日以降、措置を見直したところがある。以下の表では、延長の際に措置を記録するため、「2020年5月7日から同5月31日まで」の表では延長時の適用期限をそのまま表示し、「2020年5月15日から同5月31日まで」の表において、15日以降21日までの変化を表示する。

2020年5月21日付の「新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言に関する公示の全部を変更する公示」同年5月21日付官報特別号外第66号）により、緊急事態措置を実施すべき区域を北海道、埼玉県、千葉県、東京都及び神奈川県に変更し、京都府、大阪府、兵庫県については緊急事態措置を実施すべき区域から除外したことにより、除外された京都府、大阪府、兵庫県についての45条1項による外出自粛要請、45条2項、3項に基づく休業の要請、指示は失効した。しかし、これら2府1県は、範囲を大幅に見直して、一部業種についてなお24条9項による要請を継続した。この見直しは23日から適用とされたので、「2020年5月23日から同5月31日まで」の表により5月23日以降の状況を表示する。それ以前の期間の表については記録のためそのまま表示する。

2020年5月25日付の「「新型コロナウイルス感染症緊急事態解除宣言に関する公示」同年5月25日付官報特別号外第68号）により、緊急事態宣言が解除されたことにより最後まで対象であった、北海道、埼玉県、千葉県、東京都及び神奈川県についても45条1項による外出自粛要請、45条2項、3項に基づく休業の要請、指示は失効した。しかし5月25日前に解除された府県を含め、段階的な緩和はされつつ多くの都道府県でなお24条9項による要請を継続している。見直しは、早い場合5月25日から行われているので、従前からの継続を含め「2020年5月25日から」の表により5月25日以降の状況を表示する。なお終期については、「2020年6月1日から」の表を作成したので2020年5月31日までとし、それ以前の期間の表については記録のためそのまま表示する。5月中の見直しについてはこの表に追記する。

2020年5月26日以降の動向については、2020年6月1日から多くの道府県で措置が終了し、また継続する都県でも措置の縮小があることから「2020年6月1日から」の表により6月1日以降の状況を表示することとする。

2020年6月12日から東京都は、休業要請の施設の範囲を縮小した 。この縮小によりパチンコ店が対象から除外された。休業要請を継続している他の県についてもすでにパチンコ店を対象から除外しており、これで全国的にパチンコ店に対する休業要請が終了した。

対象施設について、新型コロナウイルス感染症対策の基本的対処方針（2020年5月25日）において「接待を伴う飲食店」をあげているが、この解釈について2020年6月4日、国は内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室長名の事務連絡を各都道府県知事に発出し、「接待を伴う飲食店」の解釈を明らかにした。これによれば「基本的対処方針中の「接待を伴う飲食店」にはキャバレー等の接待を伴う飲食店が該当するものであり、この「接待」とは飲食店の接客従事者等によるものを意味するものであること。したがって、「企業による取引先等の接待」はこれに該当しないものであること。」となっており、風俗営業等の規制及び業務の適正化等に関する法律（昭和23年法律第122号）における「接待」としている。

2020年6月19日以降の動向については、東京都、千葉県、福岡県で措置が終了し、継続する県は、岐阜県と山梨県となったことから「2020年6月19日から」の表により6月19日以降の状況を表示することとする。なお継続している岐阜県と山梨県についても、「感染防止対策の確立を確認できるまで、休業協力要請を継続」（岐阜県）、「感染拡大予防ガイドライン遵守する施設等については、使用停止等の協力要請を個別に解除」（山梨県）となっており実質的には解除に近くなっている。

2020年7月6日、鹿児島県は、「接待を伴う飲食店」でのクラスターの発生に係る感染者は、7月1日から同5日までの5日間で80人を超え、感染者は10市2町で確認され県内全域に拡大しており，非常に厳しい状況となっており、今後「接待を伴う飲食店」で，同様規模のクラスターが発生すれば、医療提供体制の逼迫につながっていく可能性もある、として「接待を伴う飲食店」に、休業の要請を行った。要請において法の条項を引用していないが24条9項によると思われる。

2020年7月9日、山梨県は、6月1日以降、実施していた一部業種に休業要請をしつつ、感染拡大予防ガイドライン遵守する施設等については、使用停止等の協力要請を個別に解除すつ体制を7月10日から7月31日まで延長すると発表した。内容が継続であるので「2020年6月19日から」の表に追記して記載してある。

2020年7月27日、宮崎県は、高鍋町のスナックで発生した感染クラスターの影響を受け、西都市・児湯郡圏域に限り、7月28日から8月16日まで、接待を伴う飲食店に休業要請、それ以外の食事提供施設に時間短縮営業の要請をした。その後、7月31日に、同様の施設に対する休業要請・時間短縮営業の要請を、宮崎県全域に拡大した
。

2020年7月30日、東京都は「感染拡大特別警報」と称して会見を行い、都内で酒類を提供する飲食店とカラオケ店に対し、8月3日から31日までの間、営業時間を午後10時までに短縮するよう要請し、応じた中小事業者には協力金を支払うこととした。

2020年7月31日、沖縄県は、感染が拡大して医療体制が逼迫したとして「沖縄県緊急事態宣言」を出し、8月1日から15日までの期間で、那覇市内の飲食店に対して営業時間短縮を要請、那覇市松山地域の接待・接触を伴う遊興施設等について休業を要請した。

2020年7月31日、大阪府は、感染再拡大を受けて、大阪ミナミ地区のうち一部区域において、の接待を伴う飲食店と酒類の提供を行う飲食店に、営業時間を午後8時までとする要請を行うことを決めた。期間は8月6日から20日まで。感染防止対策を取っていない店には全面的に休業を求める。

2020年8月5日、愛知県は、極めて厳しい状況が続いているため、エリアを限定して、営業時間の短縮等を要請するとして、8月5日から24日までの期間で、名古屋市中心部の栄、錦地区の「接待を伴う飲食店、酒類を提供する飲食店及びカラオケ店に対して営業時間短縮を要請した。

2020年8月5日、福岡県は、「福岡コロナ警報」を発動し、福岡市内の接待を伴う飲食店や酒類の提供を行う飲食店とカラオケ店のうち、業種別ガイドラインを順守していない店に対して、8月8日から21日まで、休業要請することを決めた。

7月末以降、休業要請の再導入が増えており、また緊急事態宣言時と異なり、地域や時間を限った要請が多いので、7月末以降として表を区分する。

8月から9月にかけて終了、発動が入り混じって現状が把握しにくくなったので9月1日現在で有効な表を区分する。

11月になり感染の拡大を受けて新しい発動がされているので11月1日現在で有効な表を区分する。

2021年1月8日より、緊急事態宣言が、東京都、神奈川県、埼玉県及び千葉県に適用され、緊急事態措置について新たに表を区分する。

2021年2月13日以降、緊急事態宣言対象区域における休業・営業時間の変更等の要請を行う場合には、第45条第2項の要請とされているが、東京都は、業態に対する要請を第45条第2項の要請に変更は行わず、2月26日になって東京都は、法第24条第9項に基づく施設の使用制限（営業時間短縮）の要請に応じず、施設の使用を継続している34施設について、法第45条第2項に基づく施設の使用制限（営業時間短縮）の要請を行ったと発表した。3月8日から3月21日までの業態に対する要請は、依然として第24条第9項に基づくものとしている。神奈川県は、飲食店等に対する要請について1月12日から3月7日までの措置の根拠を「第24条第9項　第45条第2項」と記載し、3月8日から3月21日までの措置の根拠を「第45条第2項」とした。千葉県は3月8日から延長の段階で根拠条項を変更と明示し第45条第2項に基づくものとした。埼玉県は、3月8日から3月21日までの業態に対する要請は、依然として第24条第9項に基づくものとしている。

このように自治体により根拠とする条項に差異が生じているが、業態に対する要請を分けると一覧が困難になるので、根拠規定を第45条第2項としている神奈川県、千葉県についても一括して記載する。

45条による要請・指示には、個別要請のみ記載する。

緊急事態宣言が解除された2021年3月22日以降に、行われた要請については表を区分して表示する。まん延防止等重点措置に基づく措置もここに表示する。更に2021年4月25日に緊急事態措置が3回目として適用されたが、同時期にまん延防止等重点措置も行われているのでこれもここに表示する。

2021年9月30日限りで、緊急事態宣言及びまん延防止等重点措置が全面的に解除された。10月1日以降の措置は根拠規定が異なることもあり、表を区分して表示する。飲食店以外の時間短縮は、法に基づかない呼びかけのため、記載していない。なお、9月30日まで緊急事態宣言の対象であった都道府県のうち、茨城県、静岡県、滋賀県は、10月1日以後、法に基づく休業要請行っていない。

2021年10月に緊急事態宣言解除後の移行として行われた措置は、延長されることなく、10月31日に期限切れとなった沖縄県を最後に全国的に終了した。

31条の6第3項及び45条2項による要請・指示 
ここでは、45条による要請・指示について、最初の発動までの経緯、発動見送りについて文章で記述し、各都道府県による発動及びその公表については表でまとめることとする。45条による要請・指示の対象はパチンコ店と報道されているが、要請・指示には基本的に施設名を記載しており、業種が完全に公的に確認できる状態ではない。2020年5月14日に島根県が、休業要請をした際に、「業種は、ネットカフェ。内閣官房によると、パチンコ店以外の店名の公表は全国で初めて。」と報道された。またまん延防止等重点措置の導入後における31条の6第3項に基づく指示についても内容が類似するのでここでまとめることとする。

2020年4月23日、共同通信は「大阪府が休業要請に応じない大型パチンコ店の施設名を24日に公表する最終手続きに入った。営業を続ける複数の店舗に対し、要請に応じなければ公表対象とする方針を電話や文書で通告した。吉村洋文知事が行政上の必要な手続きを定めた国のガイドライン（指針）を踏まえて決定し、府のホームページに掲載する」と報道した。

2020年4月24日、NHKは「休業要請に応じず、営業を続けている大阪府内の11のパチンコ店に対し、大阪府が23日までに文書で休業を要請、24日も要請に応じずに営業を続けた場合、強い要請、店名の公表に踏み切る方針」と報道した。

大阪府は2020年4月24日、全国で初めて、第45条第2項の規定に基づく施設の使用停止（休業） の要請を行いこれを公表した。大阪府の発表では施設の種類については記載がないが、各報道はパチンコ店と伝えている。

東京都については、2020年4月27日現在において、営業が継続しているパチンコ店について「28日以降に新型コロナウイルス特別措置法45条に基づく強い効力を持つ要請に切り替え、店名の公表に踏み切る方針」との報道がされた。その後28日なって「東京都の小池百合子知事は28日、都内で営業を続けるパチンコ店が28日正午前の時点でなくなったと明らかにした。」と報道された。そのため東京都による新型コロナウイルス特別措置法45条に基づく要請及びその公表はされていなかったがその後5月9日以降、要請を行った（表を参照）。

中日新聞は愛知県が、「休業要請に応じていなかった県内のパチンコ店4店舗はいずれも2日正午までに休業に入った。県は当初、法に基づく休業指示を行う方針だったが、同日、これを見送ることとした」と発表したと報道した。この発表についての知事の記者会見は、動画で愛知県HPに掲載（「ユーチューブ」に掲載の旨）された。

北海道は、2020年5月8日付でHPにおいて「昨日、営業を行っていたパチンコ店（24店舗）に対し、新型インフルエンザ等特別対策措置法第45条第2項の規定に基づく要請の「事前通知」を行いましたが、本日午後、実地調査を行い、全ての対象施設が休業にご協力をいただいていることを確認」と発表した。しかしその後営業再開があり、5月10日に要請を行った（表を参照）。

2020年5月14日付の島根県発表分では、初めてパチンコ店以外の業態が45条2項に基づく休業要請の対象になり、松江市内で営業していたインターネットカフェ1店舗が公表対象となった。しかし、同日中に政府が島根県を含む全国39県について緊急事態宣言の解除を決定したことから、当日中に要請が解除された。

2021年2月の法改正以後、業態全体に対する要請を、依然として第24条第9項に基づくとする東京都、埼玉県と第45条第2項に基づくとする神奈川県、千葉県とに分かれている。この記事では、連続性等の考慮から前述の24条9項による要請にまとめてある。また、2021年3月に緊急事態宣言が解除され、4月に東京都に再度発動されたが、このときから東京都業態全体に対する要請を第45条第2項に基づき行っている。ただし第45条第3項の命令の前に、遵守していない個々の施設に対し、第45条第2項に基づき再度要請をしている。

2021年1月からの緊急事態宣言のもとで、2月26日に東京都が、第45条第2項の規定に基づく施設の使用停止（休業） の要請を行った。対象の業種は「飲食店、遊興施設等」と発表している。更に、3月3日、3月5日、3月18日に追加の要請を行っている。3月18日に第45条第2項に基づく要請に応じず、施設の使用を継続している27施設について、第45条第3項に基づく施設の使用制限の命令を発し、3月3月19日には更に5施設について、第45条第3項に基づく施設の使用制限の命令を発した。

東京都の休業命令に対して、3月18日の命令の対象になった27店舗のうち26店舗を運営する飲食チェーン「グローバルダイニング」が、命令は違法だとして、都に損害賠償を求める訴訟を東京地裁に起こすことが、3月20日に報道された。正式の提訴は3月22日にされると報道されている。22日の提訴後の報道では、損害賠償請求額を104円であり、長谷川社長は「提訴したのはお金の問題ではなかったので、弁護団にお任せした」と話す。弁護団の説明によると、1店舗あたり1日1円の損害賠償を請求する計算で、26店舗の4日分として、104円としたとなっている。この報道では、更に、グローバルダイニングの主張として「1つは都内で2000店舗以上が営業時間短縮の要請に協力しなかったにもかかわらず、命令を出した店舗のほとんどがグローバルダイニングの店舗であること。もう1つは、グローバルダイニングが行政指導に応じない考えなどをネット上で発信したことを理由に、東京都が命令を出したことだ。」と伝えている。東京都の通知は、「対象施設は、20時以降も対象施設を使用して飲食店の営業を継続し、客の来店を促すことで、飲食につながる人の流れを増大させ、市中の感染リスクを高めている。加えて、緊急事態宣言に応じない旨を強く発信するなど、他の飲食店の20時以降の営業継続を誘発するおそれがある」となっており、これについては東京スポーツが、元衆院議員で弁護士の横粂勝仁氏のコメントとして「法的には余計な文言と言わざるを得ません。目を疑いました。命令を出した理由が『発信』にあるという“本心”が、こうした文書に残っていることで、命令が不当な法律の運用だったと裁判所に認定されることにもなりかねません」「余計なことを書かずに、粛々と命令をしていれば、見せしめと言われても『恣意的じゃない』と言えた。法の運用を知らない人が感情的に文書を作ってしまったのか」「それでも原告にとってハードルの高い裁判ですが、法の運用がおかしいとなれば小池氏の政治責任となるでしょう」と報道した。

2021年3月29日、東京都は営業時間短縮命令を出した飲食店のうち、4店が営業を継続していたことが確認できたとして、新型インフルエンザ等対策特別措置法第79条に基づく過料を課すように、裁判所に対して非訟事件手続法に基づく手続きを行った。

神奈川県は2月26日に、時間短縮に応じていない県内42店舗に対して、第45条第2項に基づく措置として要請文書を送付したと発表した。前述のとおり、2月13日の改正法施行以後、神奈川県は、第45条第2項に基づく措置として、業態全体に対して時間短縮の要請を行っており、これらの文書送付は新たな措置としてではなく、応じていない業者に個別に要請に応じるように再度求めたという性格のものである。その後、3月2日に33店舗、3日に11店舗に追加で同様の文書を送付した。いずれも店名公表は見送った。さらに、9日に応じていない73店舗に再度郵送し、12日の送付を含めて合計98店舗となった。また、16日にも文書送付したうえで「命令には事前手続きが必要で、緊急事態宣言の期限である21日に間に合わない。」とした。

緊急事態措置の場合でも、まん延防止等重点措置の場合でも、時短営業や休業の要請に応じない場合に、命令を行うことができるのは、「新型インフルエンザ等のまん延を防止し、国民の生命及び健康を保護し、並びに国民生活及び国民経済の混乱を回避するため特に必要がある」（緊急事態宣言の場合。第45条第3項）、「国民生活及び国民経済に甚大な影響を及ぼすおそれがある重点区域における新型インフルエンザ等のまん延を防止するため特に必要があると認めるとき」（まん延防止等重点措置の場合。第31条の6第3項）に限られる。この要件については、内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室長からの2月12日付の文書において、「「特に必要があると認めるとき」に該当する状況は、必ずしも現に対象となる個別の施設においてクラスターが発生している必要はないが、例えば・ すでに同種の業態においてクラスターが多数発生していること・ 対象となる施設において、「３つの密」に当たる環境が発生し、又は、感染防止対策が極めて不十分であるなど、当該施設においてクラスターが発生するリスクが高まっていると確認できること・ 対象となる区域において、引き続き感染が継続しており、当該都道府県において感染が拡大するおそれが高まっていること」等が必要である」との見解が示されている。また4月9日の文書において、「クラスター発生状況・対象施設等の実態・重点区域の感染状況等に係る事実を十分把握の上、当該判断が社会通念上妥当といえるか十分考慮を行うこと。」「「特に必要があると認められる」との評価について合理的説明が可能であるか、個別施設に対して要請や命令を行う判断の考え方や基準について合理的説明が可能であり、公正性の観点からも説明ができるものになっているか、といった観点からも検討を行うこと」との見解が示されている。

31条の6第3項及び45条2項による命令違反に対する過料 
2021年の改正で、31条の6第3項（まん延防止等重点措置）及び45条2項（緊急事態措置）による命令違反に対して過料の制裁が科されることになった。手続的には、都道府県知事が非訟事件手続法に基づき、裁判所に通知し裁判所が決定する。

2021年7月6日、東京都は、新型コロナウイルスの緊急事態宣言下で営業時間短縮の命令に従わなかった飲食4店について、裁判所が各25万円の過料を決定したと発表した。決定は非公開のため、都が裁判所に申請して文書を入手して確認したもので、宣言や「まん延防止等重点措置」に伴う命令違反で過料が確認されたのは全国初とみられる。

2022年1月04日、飲食チェーン「グローバルダイニング」は次のように発表した、2021年5月18日及び5月27日、東京都知事より「休業命令」「時短営業と酒類販売停止の命令」を26店舗について受け、2021年12月16日付けで、東京地方裁判所より過料決定を受けたこと、その額は、各店舗について法定の上限の30万円(計780万円)であること、決定に対し不服を申し立てるため、2022年1月04日1月4日、即時抗告をしたとHPで発表した。過料決定について上訴がされたことが確認できるのはこれが最初である。なお、東京都のHPにおいてこの過料決定の公表を確認できない。

2022年3月9日、NHKの報道によると、山梨県が、まん延防止等重点措置が適用されていた2021年8月20日から9月12日までの間、飲食店などの時間短縮要請に応じなかった12店舗に対して営業時間短縮の命令を出し、このうち7店舗が命令に応じなかったため、営業時間の短縮命令に違反したとして命令違反に対する過料の通知を行っていたが、3月9日までに裁判所が過料の通知を行った。。報道では「県によると」とされているが、山梨県は、営業時間短縮の命令、過料の通知、裁判所の決定のいずれもHPにおける公表を行っていない。

2022年2月28日及び3月14日、鹿児島県は、まん延防止等重点措置が適用されていた2021年8月20日から9月12日までの間、飲食店などの時間短縮要請に応じなかったため営業時間短縮の命令を出し、このうち13店舗が命令に応じなかったため、営業時間の短縮命令に違反したとして命令違反に対する過料の通知を行っていたが、過料決定があったことが判明したと発表した。2月28日分が7店舗、3月14日が2店舗で残る4店舗については未発表である。

2022年2月の埼玉県議会の質疑において、「これまでに県の指導に従わず過料の手続を行った店舗はあるのか、との質疑に対し、昨年4月からのまん延防止等重点措置期間では、合計10店舗について過料事件通知を行い、全件について裁判所で過料の決定が行われた。また、昨年8月からの緊急事態措置期間では、6店舗について過料事件通知を行ったが、裁判所での決定が出ていないため、最終的な結果が出そろい次第、件数を公表していきたい」と県知事側が答弁しており、2021年のまん延防止等重点措置について過料の決定があったことが明らかにされた。

2020年7月8日、国は内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室長名の事務連絡を各都道府県知事に発出し、次のように特措法に基づく命令違反に係る過料決定店舗公表の留意事項等を示した。

 都道府県知事が地方裁判所へ命令違反の通知を行った場合の施設名等の公表については、 命令期間内の公表は、命令を受けた施設等が未だ当該命令に従っておらず、その旨を利用者に広く周知することが重要である場合には、当該施設名等を公表することは差し支えないとし、命令期間終了後の公表は、利用者の合理的な行動の確保につながらないことを踏まえ、当該施設名等を公表することは法の趣旨を踏まえれば、認めらない。
 命令違反の通知を地方裁判所に行った件数については、今後の命令の実効性を確保する観点からも、積極的な公表が望ましい。
 都道府県知事による、地方裁判所における過料決定の把握については、過料事件通知書を管轄の地方裁判所へ通知した都道府県知事に、適時に管轄地方裁判所へ謄本請求を行うことにより、裁判結果について把握を求める。
 過料を科すことが決定した施設名等の公表については、非訟事件は原則非公開の手続きであることから、謄本請求が認められたとしても、過料を科すことが決定した施設名等の公表については、非訟事件手続法の趣旨を踏まえれば、認められない。過料決定の件数については、不利益情報の公表とは考えにくいため、公平性を担保する観点からも、積極的な公表が望ましい。

休業要請に従わない飲食店との取引停止要請、融資見合わせ要請とその撤回 
2021年6月11日に、内閣府地方創生推進室と内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室は連名で、政府が酒類販売事業者向けの月次支援金に関して「「飲食店が要請等に応じずに営業を続けていることを知りながら取引を行っている酒類販売事業者について、支援金を支給することは適当ではありません。このため、都道府県においては、月次支援金が給付要件を満たしているかどうかを確認する宣誓・同意書を申請者に求めていることを参考に、酒類販売事業者に対して、飲食店が要請に応じていないことを把握した場合には取引を行わないよう努める旨の書面の提出を求めるなどの取組みを」を求める文書を都道府県に発し、これを受けて東京都では、2021年7月1日に支援金の要件として誓約書の提出を求めた。

7月8日、新型コロナウイルス感染症対策を担当する西村経済再生担当大臣は、酒の提供を続ける飲食店に対し、取引先の金融機関からも働き掛けるよう要請する、酒の販売事業者にも取引停止を依頼との考えを表明した。

これについて、西村大臣は「関係省庁と擦り合わせをしている」とも発言し、8日付で内閣官房新型コロナ感染症対策推進室から各省庁あてに依頼文書が発せられた。

この依頼を受ける形で、酒の販売事業者への取引停止を依頼については、8日付で内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室と国税庁酒税課の連名で、酒類業中央団体連絡協議会あてへの「事務連絡」という文書で行われた。これに対し、全国小売酒販中央会が、西村大臣、国税庁長官等あての抗議文を発するなど、 各方面から反発があった。

このような反発を受けて、内閣官房新型コロナ感染症対策推進室から各省庁あてに依頼文書については、7月9日で廃止の文書が発出された。そのため、融資については、役所からの文書が出る前の９日午後に撤回となった。しかし9日の段階では、加藤官房長官は、酒類販売業者に対して休業要請などに応じない飲食店との取引停止を求める政府方針について、「可能な限り感染拡大防止に協力をお願いするという趣旨だ」として撤回しない意向を示し、販売事業者への取引停止を依頼についてはこの時点では撤回されなかった。

支援金の要件として誓約書の提出を求めた件については、6月11日の事務連絡や自治体での支度金要綱の発表にの時点では特に報道はされなかったが、7月8日以降の取引停止要請の報道とともに、これについても報道がされ、7月14日に6月11日付の事務連絡は廃止され、東京都も誓約書が不要であるとと発表した

酒の取引停止依頼については7月13日夜に撤回された。再度の発出された文書は「酒類の提供停止を伴う休業要請等に応じない飲食店との酒類の取引停止について（依頼）」の廃止について、という表題である。

7月8日の西村大臣の発言については、菅首相は9日午前、記者団から西村氏の発言について問われ「どう西村大臣が発言されたかは承知しておりません」と述べた。。

これらの要請について、西村大臣が13日の、閣議後の会見で、新型コロナウイルス対策で酒類の提供停止に応じない飲食店に対し、取引金融機関から順守するよう働き掛けてもらうという方針について、菅義偉首相や関係閣僚が出席する7日のコロナ対策関係閣僚会議で事務方が説明していたことを明らかにし、閣僚による議論に入る前の段階で、事務方から感染状況などについての説明が行われるとともに、酒類の提供停止に関連して金融機関や卸業者への働きかけについても触れられたという。その場には、首相や関係閣僚も出席していたが、具体的な内容については内閣官房が関係省庁と調整したと西村再生相は説明したと発言し、政府として意思の統一をして行ったことを明らかにした。

この件について、麻生太郎副総理兼財務相は13日の記者会見で、「海外出張中に途中段階の報告を受けたが、違うんじゃないかと思って『放っておけ』と言った」と苦々し気に発言。梶山弘志経済産業相も「強い違和感を覚えた。了承した事実はない」と明言したが、「金融機関を利用しての関係業者への圧力という異様な提案に何も反応しなかったとすれば、菅首相らの認識不足はひどすぎる」(経済閣僚経験者)との指摘も多いと報道がある。

45条1項による外出自粛要請 
都道府県知事は住民に対し、45条1項に基づき生活の維持に必要な場合を除き外出自粛要請ができる。なお実際の自粛要請の場合、45条1項に基づくことを明示していない場合もある。緊急事態制限以前に行われた新型インフルエンザ等対策特別措置法に基づかない要請は含んでいない。当初の緊急事態宣言（2020年5月6日まで）と延長（2020年5月30日まで）ではかなり差があるので表を区分して表示する。特に延長後の県外移動、特定飲食店への外出自粛の場合、法的根拠の明示がない場合や24条9項によるとしている場合もあり、また緊急事態宣言解除後も45条1項によらない外出自粛要請を継続している場合もあるがこれらは表に収録していない。2020年6月4日の内閣官房発表によれば24条9項による外出自粛の協力要請は、青森県・岩手県・宮城県・山形県・福島県・栃木県・富山県・福井県・山梨県・静岡県・三重県・滋賀県・奈良県・和歌山県・鳥取県・島根県・岡山県・徳島県・香川県・愛媛県・高知県・佐賀県・熊本県・大分県・鹿児島県の計25 県で実施された。

2020年5月14日付の「新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言に関する公示の全部を変更する公示」（同年5月14日付官報特別号外第63号）により、緊急事態措置を実施すべき区域を北海道、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、京都府、大阪府及び兵庫県に変更し、他の39県については緊急事態措置を実施すべき区域から除外したことにより、除外された39県についての45条1項による外出自粛要請は失効した。更に2020年5月21日付の「新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言に関する公示の全部を変更する公示」同年5月21日付官報特別号外第66号）により、緊急事態措置を実施すべき区域を北海道、埼玉県、千葉県、東京都及び神奈川県に変更し、京都府、大阪府、兵庫県については緊急事態措置を実施すべき区域から除外したことにより、除外された京都府、大阪府、兵庫県についての45条1項による外出自粛要請、45条2項、3項に基づく休業の要請、指示は失効した。

以下の表では、延長の際に措置を記録するため、「2020年5月7日から同5月31日まで」の表では延長時の適用期限をそのまま表示し、5月14日の変更以後、引き続き実施対象となる8都道府県について「2020年5月15日から同5月31日まで」の表及び5月21日の変更以後、引き続き実施対象となる5都道県について「2020年5月22日から同5月31日まで」の表として、表示する。さらに2020年5月25日付の「「新型コロナウイルス感染症緊急事態解除宣言に関する公示」同年5月25日付官報特別号外第68号）により、緊急事態宣言が解除されたことにより最後まで対象であった、北海道、埼玉県、千葉県、東京都及び神奈川県についても45条1項による外出自粛要請が解除されたので表の冒頭に付記する。