ジャパンラグビートップリーグ2008-2009は2008年9月5日から2009年1月8日までレギュラーシーズンまで行われた。

リーグ戦1位の東芝ブレイブルーパスがマイクロソフトカップも制し、2シーズンぶり4度目のトップリーグを果たした。

参加チーム 
ジャパンラグビートップリーグ2008-2009の参加チームは下表の通りである（記載は前年レギュラーシーズンの成績上位順）。

昨シーズンの結果、リコーブラックラムズ、三菱重工相模原ダイナボアーズ（ともにトップイースト11）が地域リーグに降格し、近鉄ライナーズ、横河武蔵野アトラスターズが地域リーグから昇格した。

順位表 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|東芝ブレイブルーパス
||13||12||0||1||563||211||352||11||59
|rowspan="4"|マイクロソフトカップ、日本選手権へ
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|三洋電機ワイルドナイツ
||13||12||0||1||584||197||387||10||58
|- style="background-color:#ccffcc"
|3
|style="text-align:left"|サントリーサンゴリアス
||13||10||0||3||482||298||184||11||51
|- style="background-color:#ccffcc"
|4
|style="text-align:left"|神戸製鋼コベルコスティーラーズ
||13||9||0||4||358||300||58||7||43
|- style="background-color:#cffcff"
|5
|style="text-align:left"|NECグリーンロケッツ
||13||8||0||5||298||309||-11||5||37
|rowspan="2"|日本選手権へ
|- style="background-color:#cffcff"
|6
|style="text-align:left"|クボタスピアーズ
||13||8||0||5||309||334||-25||5||37
|-
|7
|style="text-align:left"|ヤマハ発動機ジュビロ
||13||7||0||6||344||304||40||7||35
|rowspan="4"|
|-
|8
|style="text-align:left"|トヨタ自動車ヴェルブリッツ
||13||6||0||7||310||286||24||7||31
|-
|9
|style="text-align:left"|近鉄ライナーズ
||13||5||0||8||319||348||-29||8||28
|-
|10
|style="text-align:left"|コカ・コーラウエストレッドスパークス
||13||6||0||7||273||353||-80||2||26
|- style="background-color:#ffffcc"
|11
|style="text-align:left"|福岡サニックスブルース
||13||3||0||10||266||442||-176||9||21
|rowspan="2"|入替戦へ
|- style="background-color:#ffffcc"
|12
|style="text-align:left"|九州電力キューデンヴォルテクス
||13||3||0||10||345||451||-106||6||18
|- style="background-color:#ffcccc"
|13
|style="text-align:left"|日本IBMビッグブルー
||13||1||0||12||222||496||-274||4||8
|rowspan="4"|自動降格
|- style="background-color:#ffcccc"
|14
|style="text-align:left"|横河武蔵野アトラスターズ
||13||1||0||12||230||574||-344||4||8
|}

プレーオフトーナメント マイクロソフトカップ

セミファイナル 
 2月1日 東芝ブレイブルーパス 26-7 神戸製鋼コベルコスティーラーズ
 2月1日 三洋電機ワイルドナイツ 32-22 サントリーサンゴリアス

ファイナル 
 2月8日 東芝ブレイブルーパス 17-6 三洋電機ワイルドナイツ

入替制度

自動降格 
トップリーグの結果、13位日本IBMビッグブルー、14位横河武蔵野アトラスターズのトップイースト11への自動降格が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ1 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ccffcc"
|1
|style="text-align:left"|リコーブラックラムズ（トップイースト11）
||2||2||0||0||135||20||115||2||10
|rowspan="2"|自動昇格
|- style="background-color:#ccffcc"
|2
|style="text-align:left"|ホンダヒート（トップウェスト）
||2||1||0||1||80||79||1||1||5
|- style="background-color:#ffffcc"
|3
|style="text-align:left"|マツダブルーズーマーズ（トップキュウシュウ）
||2||0||0||2||25||141||-116||0||0
|入替戦へ
|}

 1月11日 マツダブルーズーマーズ 25–60 ホンダヒート（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月17日 リコーブラックラムズ 81–0 マツダブルーズーマーズ（秩父宮ラグビー場）
 1月25日 ホンダヒート 20–54 リコーブラックラムズ（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位リコーブラックラムズ、2位のホンダヒートがトップリーグに自動昇格、3位マツダブルーズーマーズのトップリーグ入替戦への出場が決定した。

トップリーグチャレンジシリーズ2 
{| class="wikitable" style="text-align:center"
|-
!順位
!チーム
!試合
!勝
!分
!負
!得点
!失点
!得失
!BP
!勝点
!
|- style="background-color:#ffffcc"
|1
|style="text-align:left"|豊田自動織機（トップウェスト）
||2||2||0||0||161||57||104||2||10
|入替戦へ
|-
|2
|style="text-align:left"|NTTコミュニケーションズシャイニングアークス（トップイースト11）
||2||1||0||1||157||41||116||2||6
|rowspan="2"|
|-
|3
|style="text-align:left"|三菱重工長崎（トップウェスト）
||2||0||0||2||24||244||-220||0||0
|}

 1月11日 三菱重工長崎 24–120 豊田自動織機（コカ･コーラウエスト広島スタジアム）
 1月17日 NTTコミュニケーションズシャイニングアークス 124–0 三菱重工長崎（秩父宮ラグビー場）
 1月25日 豊田自動織機 41–33 NTTコミュニケーションズシャイニングアークス（近鉄花園ラグビー場）

以上の結果、1位豊田自動織機のトップリーグ入替戦への出場が決定した。

トップリーグ入替戦 
規定により、トップリーグ11位福岡サニックスブルースがトップチャレンジ2・1位の豊田自動織機と、トップリーグ12位九州電力キューデンヴォルテクスが、トップチャレンジ1・3位のマツダブルーズーマーズと入替戦を行った。
 2月14日 福岡サニックスブルース 38–22 豊田自動織機（レベルファイブスタジアム）
 2月14日 九州電力キューデンヴォルテクス 31–10 マツダブルーズーマーズ（レベルファイブスタジアム）

入替戦の結果、福岡サニックスブルース、九州電力キューデンヴォルテクスのトップリーグ残留が決定した。

表彰 
2008-2009シーズンの年間表彰式は、2009年2月9日に実施された。

チーム表彰

TOP LEAGUE 優勝チーム

フェアプレーチーム賞

ベストファンサービス賞

TOP LEAGUE 功労賞

個人表彰

トップリーグMVP

新人賞

最多トライゲッター

得点王

ベストキッカー

ベストホイッスル

マイクロソフトカップMVP

ベストフィフティーン