長崎県指定文化財一覧（ながさきけんしていぶんかざいいちらん）は、2001年以後に指定された長崎県指定の文化財や史跡等を一覧形式でまとめたものであるが、全てを掲載しているわけではない。

有形文化財

建造物

寺院 
興福寺・聖福寺とともに「三福寺」と呼ばれる崇福寺の建造物は、国宝（第一峰門・大雄宝殿）や国指定重文（三門・鐘鼓楼・護法堂）に昇格しているため、すべて一覧から外れている。興福寺もまた、大雄宝殿と媽姐門が国指定重文に昇格している。

 興福寺山門（1959年（昭和34年）1月9日指定） - 長崎市寺町
 長崎の代表的な唐寺である興福寺は、棟ごとに文化財指定を受けている。
 寛文3年（1663年）の大火で寺が全焼したのち、元禄3年（1690年）に再建されたのが現在の山門である。唐風を基調としながら細部に和様を取り入れた折衷型の門である。
 興福寺媽姐堂（1962年（昭和37年）3月28日指定）
 寛文3年の大火で寺が全焼したのちに再建された。再建時期は諸説あるが、正面の横額には寛文10年（1670年）の記録がある。媽姐は航海の守護を司る神として華南華僑の信仰を集めていたため、。
 興福寺鐘鼓楼（1962年（昭和37年）3月28日指定）
 寛文3年の大火で寺が全焼したのち、元禄4年（1691年）に再建された。たびたび改修され、軒周りの彩色彫刻と木部の朱塗り、鬼神と大黒天の鬼瓦など、。梵鐘は太平洋戦争時に供出して喪失した。

 晧臺寺（こうたいじ）山門・仁王門・大仏殿（2009年（平成21年）4月3日指定） - 長崎市寺町
 寛永3年（1626年）に現地に移転した曹洞宗の寺院で、市内の伝統的な和風寺院として重視される。山門はシンプルかつ重厚で装飾が少ない。仁王像が置かれる仁王門は県内最古。大仏殿には重文に追加指定された毘盧舎那仏像を据えている。

 雄香寺開山堂（1987年（昭和62年）3月3日指定） - 平戸市大久保町
 平戸藩5代主松浦棟が元禄8年（1695年）に建立したの建造物。「俊林山雄香寺御建立書」によれば的山大島の古寺であった江月庵を移し、臨済宗の寺として開山した。棟の号「雄香」は寺にちなみ、棟以後は菩提寺となる。。

 阿弥陀寺万日堂（2000年（平成12年）2月22日指定） - 北松浦郡小値賀町笛吹郷
 本来は阿弥陀寺の堂宇ではなく鯨組の小田重利が正徳6年（1716年）に建立した私堂で、昭和36年（1961年）に小田家が阿弥陀寺に寄進した。記録が残る五島列島最古の建造物で、損傷も少なく、建立時の姿が比較的よく保たれており建築史上価値が高い。

 明星院本堂（1986年（昭和61年）8月29日指定） - 五島市吉田町
 空海開山伝説があり、歴代福江藩主の祈願所であった。最古の再建記録は安永7年（1778年）。、天井板の花鳥図や極彩色の柱など、往年の色彩が失われず残っている。

社殿

教会堂 
「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」の世界遺産登録運動に際し、2023年現在、出津教会堂・大野教会堂・江上教会堂・頭ヶ島天守堂の4件が国指定に昇格している。2001年以前に国指定重文だった教会堂には、国宝の大浦天主堂、国重文の黒島天主堂・田平天主堂・旧五輪教会堂・青砂ヶ浦天主堂がある。

墓地

和風・唐風建築 
一覧外の国指定和風建築・唐風建築としては、重要文化財には長崎の旧唐人屋敷門、県内最古の農家といわれる旧本田家住宅、対馬の代表的農家に位置づけられる主藤家住宅がある。登録有形文化財には、明治中後期の和洋折衷住宅である佐藤家5棟、明治後期の商家である江崎べっ甲店が挙げられる。

洋風建築 

国指定重文の洋館は長崎市内の東山手・南山手に集中している。グラバー園の旧グラバー邸・旧リンガー邸・旧オルト邸をはじめ、旧羅典神学校・旧長崎英国領事館・旧長崎税関下り松派出所・東山手十二番館・旧香港上海銀行長崎支店・旧出津救助院が該当する。東山手・南山手は国選択伝統的建造物保存地区でもあり、登録有形文化財である邦人洋館住宅の池上家住宅もその一角に位置する。登録有形文化財には、佐世保鎮守府凱旋記念館も登録されている。写真の「旧長崎大司教館」は平成23年（2011年）に県指定を受けた新しい文化財である。

土木建築 
住居を除く土木建築物で国指定重文となっているのは、3基の石造アーチ橋（長崎の眼鏡橋・諫早の眼鏡橋・平戸の幸橋）である。異色の建築物といえるのが、有田焼の部品を組み上げて作られた登録有形文化財・長崎市の宮地嶽八幡神社陶器製鳥居である。

絵画

仏画・神画 
国指定重文の仏画には、長崎清水寺の「絹本著色不動明王三童子像」、崇福寺の「絹本著色仏涅槃図一幅」、平戸最教寺の「絹本著色仏涅槃図一幅」の3点がある。

キリスト教版画 
国指定重文としてのキリシタン聖画・版画は2001年現在では存在しない。

世俗画 
国指定重文の絵画には、南蛮貿易で持ち込まれた洋画の「紙本著色泰西王侯図他六曲屏風」がある。国認定旧重要美術品には、「紙本著色瀉血手術図」・「紙本著色唐蘭館の図2巻」・「紙本著色南蛮人来朝図之屏風」の3件がある。

彫刻

塑像仏・彫像仏 
国指定重文の彫像仏は、長崎市脇岬町観音寺の木造千手観音立像1件のみである。

金造仏 
鋳造によって作られた国指定重文の仏像は、五島市明星院の銅造如来立像、新上五島町極楽寺の銅造如来立像、対馬市黒瀬観音堂の銅造如来坐像、対馬市海神神社の銅造如来立像の4件がある。

仏像を除く彫刻 
一覧にない国指定の重要文化財はすべて仏像である。

工芸品

仏具 
国指定重文に指定されている仏具は、対馬多久頭魂神社の梵鐘（観音堂から移設）と金鼓（朝鮮から伝来）、同じく対馬旧清玄寺の梵鐘（のちに万松院に移設）の計3件である。

キリシタンのメダル 
国指定重文のキリシタン装身具は2001年の時点では存在していない。

武具 
国指定重文の武具は3件ある。大友宗麟から松浦鎮信に贈られた紺糸縅肩白赤胴丸と兜・大袖、鎌倉時代の刀鍛冶・国安の太刀、平戸亀岡神社に伝わる大和時代の鐶頭太刀（環頭大刀）とその附属資料である。

陶器 
2001年の時点で、陶磁器の国指定文化財はない。

書跡・典籍 
国指定の書籍は重文3点と旧重要美術品1点がある。「高麗版大般若経」は平成6年に493巻が盗難に遭い、うち3巻が翌年に韓国で発見されて国宝登録された。「朝鮮国告身」は対馬豪族の早田氏に宛てた高麗朝からの官職授与状。「珠冠のまぬある吉利支丹版長崎版慶長12年」はキリシタンの修行手引の印刷本である。旧重要美術品の「紙本墨書ボードウィン書状一通」はボードウィンが帰国の意志をシーボルトの門弟三瀬周三に伝える私信である。

古文書・考古資料

古文書

考古資料 
国指定の考古資料文化財には、世界最古級の土器とされる豆粒文土器を含む佐世保市泉福寺洞窟の出土品がある。

歴史資料 
1973年に県指定された中国音楽13曲からなる「明清楽」が国選択無形文化財に昇格している。

国指定の重文歴史資料は、シーボルトの肉筆資料21点（長崎市立博物館蔵）・日蘭条約の原書（県立長崎図書館蔵）、長崎造船所の竪削盤（三菱重工業長崎造船所蔵）の3件である。

無形文化財

民俗文化財

有形 
国指定有形民俗文化財は存在しない。

無形 
無形民俗文化財には2種ある。国指定重要無形民俗文化財には、長崎くんちの奉納踊・平戸神楽・平戸のジャンガラ・ヘトマト行事・壱岐神楽の5件がある。国選択無形民俗文化財は18件。全県下で選択対象となったのは、年齢階梯制・田植に関する習俗・長崎「かくれ切支丹」習俗の3件である。地域性が高いのは、長崎くんちの竜踊、野母の盆踊、大村の黒丸踊・寿古踊・沖田踊、的山大島の須古踊、北松浦のきねかけ祭りとお蔵入れ、五島には大宝郷の砂打ちとオーモンデー、壱岐の船競漕行事、対馬では亀卜習俗・厳原の盆踊・美津島の盆踊・命婦の舞が選ばれた。

記念物

史跡

先史時代の遺跡 
この分野では、世界最古級の土器が発掘された国指定史跡の泉福寺洞窟や一支国の都といわれる特別史跡の原の辻遺跡が知られる。そのほかにも、縄文遺跡の福井洞窟、弥生遺跡の塔の首遺跡、県南の原山支石墓群、県北の大野台支石墓群が国指定の重要文化財史跡である。

古墳 
県内の古墳のうち6割が壱岐島に集中する。平成21年（2009年）、6～7世紀に作られた6基（対馬塚・双六・笹塚・兵瀬・掛木・鬼の窟）が国指定史跡「壱岐古墳群」に指定されている。他の国指定史跡の古墳には、対馬の根曽古墳群と矢立山古墳、本土に近い橘湾の牧島に位置する曲崎古墳群がある。

古代の史跡 
奈良・平安時代の国指定史跡には、最前線の朝鮮山城だった特別史跡の金田城が挙げられる。

中世の史跡 
鎌倉・室町時代の国指定史跡には、鎌倉時代に営まれた西海市のホゲット石鍋製作遺跡、有馬氏の居城として延岡藩転封直後まで機能した日野江城跡がある。日野江城は伝承によると鎌倉期の築城だが、南北朝時代の城と推測されている。

戦国・開幕期の史跡 
戦国時代の城は数多いが、国指定史跡の城跡は、日野江城の出城で島原の乱の舞台となった原城跡、宗氏の居城だった金石城跡、文禄・慶長の役に備えて緊急築城した対馬の清水山城跡と壱岐の勝本城跡、以上の4件である。出島集約以前の貿易関係史跡には、出島に移転するまで日蘭貿易を担ってきた平戸和蘭館跡が国指定史跡である。

キリシタン墓碑 
南島原市西有家町須川の「ヒリ作右衛門ディオゴ」の墓碑が日本最古慶長15年（1610年）のローマ字文として国指定史跡・世界遺産暫定リスト「長崎の教会群とキリスト教関連遺産」となっている。島原藩領を中心に、大村藩領にかけて慶長年間をピークとしたキリシタン墓碑が多数指定されている。ただし、「大村市原口郷出土のキリシタン墓碑」は考古資料、「東彼杵町のキリシタン墓碑(2基)」は歴史資料の項に計上される。

陶磁器窯跡 
県内で三川内焼と比肩される波佐見焼関係の史跡は、世界最長クラスの登り窯といわれる肥前波佐見陶磁器窯跡が国指定史跡となっている。

近世・近代長崎の史跡 
長崎市内の国指定史跡で最重要なのは、鎖国期にヨーロッパの玄関であった出島の出島和蘭商館跡である。日本学の重鎮であるシーボルトと幕末の戦術家高島秋帆の住居跡も指定されている。長崎港防衛のために置かれた台場跡、通称「そろばんドック」と呼ばれる玉石積み船渠の小菅修船場跡といった港町長崎の特徴的な史跡が指定されている。

藩政時代の史跡 
国指定史跡には、島原藩の史跡として旧島原藩薬園跡が挙がっている。前述のとおり石田城は早々に破却されたが、五島氏の庭園が造営されており、こちらも国指定史跡となっている。藩主墓所としては、対馬万松院の宗家墓所に続き、大村本経寺の大村家墓所も国指定を受けている。

名勝 
本土には県指定の天然記念物はなく、すべて離島である。本土の国指定天然記念物には、全国規模で指定されるカラスバトとヤマネ、野母崎の樺島にある樺島のオオウナギ生息地がある。対馬ではツシマヤマネコ・ツシマテンのほか、前述のキタタキ生息地を改めた御岳鳥類繁殖地が国から指定されている。

国指定特別名勝の「温泉岳」は雲仙の古称であり、山頂から温泉街までを含んでいる。国指定名勝の旧円融寺庭園は現在の大村護国神社境内にあり、一般開放されている。

天然記念物

動物（標本・生息地を含む）

古木 
国指定天然記念物の古木には、女夫木の大スギ・大村神社のオオムラザクラ・小長井のオガタマノキ・奈良尾のアコウの4件がある。

植物群落 
福江島のヘゴに見られるように、盗掘を含む環境の悪化により、実態は現地案内表示より厳しいものとなっている。国指定の群落としては、藻類では土黒川のオキチモズク発生地（雲仙市）、草本シダでは御橋観音シダ植物群落（佐世保市）、草本被子植物ではキイレツチトリモチ自生北限地（長崎市）がある。低木では池ノ原みやまきりしま群落（雲仙市）、地獄地帯しろどうだん群落（雲仙市）、多良岳ツクシシャクナゲ群落（大村市）がある。高木群落には鰐浦ヒトツバタゴ生地（対馬市）、野岳いぬつげ群落、大村のイチイガシ天然林がある。前述のとおり現状では壊滅状態だが、福江と玉之浦にそれぞれヘゴ自生北限地が設定されている。辰の島海浜植物群落はハイビャクシンの一大群生地だが、その他の海浜植物との複合群落と見なすのが現状にかなっている。

樹叢 
国指定の樹叢は多彩である。雲仙の普賢岳紅葉樹林は紅葉の名所である。雲仙温泉の原生沼沼野植物群落は湿地植物が見られる。島原半島先端の岩戸山樹叢は断崖の群落も見られる。諫早市城山暖地性樹叢はヒゼンマユミ発見地。平戸瀬戸の黒子島原始林は亜熱帯植物が自生する。平戸礫岩の岩石地植物群落は朝鮮系植物が多い。奈留島権現山樹叢にはかつて大型シダのオオタニワタリが見られた。壱岐の辰の島海浜植物群落はハイビャクシンの大群落がある。対馬下島の龍良山原始林は100haにも及ぶ原生林。同じく下島の洲藻白岳原始林は日本系と朝鮮系が混生する。

地質 

第三紀の堆積岩層に第四紀の溶岩台地が乗る長崎県の地形は、古さよりも奇岩奇勝の特異性に特化している。国指定天然記念物は西海市の七釜鍾乳洞と小値賀島の斑島玉石甌穴がある。

島嶼 

植物群落や動物生息地としての自然環境が整い、あるいは地質学上特筆すべき島嶼として国の天然記念物に指定されている島嶼は、平戸島西方沖の阿値賀島と福江島南西沖の男女群島がある。

2001年以降の指定解除