列車番号の付番方法（れっしゃばんごうのふばんほうほう）では、各鉄道事業者ごとの列車番号の付番規則について解説する。

JR 
JR各社は基本的に日本国有鉄道が定めた付番方式を踏襲しており、原則として以下の基準により付番される。

構成 
 1 - 4桁の数字で表され、列車の種別によって文字（漢字）を頭に、車種などの区別のためアルファベットを末尾に付することがある。
 原則として、線区の下り列車に奇数、上り列車に偶数の番号が付される。ただし紀勢本線の新宮駅以西など、線区によっては線路名称上の起終点と上下逆転した列車番号が付されている場合がある。また複数の路線に直通運転する場合、直通先線区の上下が逆転していても列車番号を変更せず、ある区間を同一方向に運転される列車であっても奇数偶数が混在することがある。
 お召し列車には、原則として列車番号は付与されない（ダイヤ上の番号に代わる名称は「お召し」である）。ただし、東日本旅客鉄道（JR東日本）の一部区間では、列車運行管理システムの関係上、列車番号を付与することがある（お召し列車#運行を参照）。

数字部分の付番体系 
ここで記述する体系は一般的な原則であり、例外的なものも多数存在する。
 一の位と十の位で、列車の大まかな種別を示す。
 00から49は旅客列車、50から99は貨物列車であるが、頭部や末尾に記号がつけられる場合は、50から99までも旅客列車の番号として利用可能。近年は客車列車の旅客列車の数が大幅に少なく、末尾にMやDなどが付く（都市部では例外あり、下記参照）電車や内燃車の旅客列車が大半であるため、旅客列車であっても00から99まで利用されることが多い。大抵の場合は運転される順番に、下り列車は1, 3, 5, …、上り列車は2, 4, 6,…と順に付けられる。
 旅客列車のうち、00から19は特別急行列車（特急列車）および急行列車に付される。普通列車（ここでは、乗車するのに特急券・急行券の必要ないものを指す）は20から49が付される。ただし現在急行列車は臨時列車でしか運行されないことから、普通列車にも00から19を割り当てる路線も増えている。
 百の位は、特別急行列車の列車番号は1M(しおかぜ1号・あずさ1号など), 1054D(宇和海4号)のように常に0とする。急行列車や普通列車では、大まかな運行線区・区間を表す。つまり、百の位でどの線のどの区間を運行する列車かがおおむね分かる。
 京阪神地区の東海道・山陽本線（京阪神緩行線）の普通列車では西明石駅・須磨駅 - 高槻駅・京都駅間直通が100・200番台、大阪駅・尼崎駅・甲子園口駅・神戸駅発着と高槻駅 - 京都駅間の始発・最終は500番台を付与している。
 千の位は、列車の運行形態の違いなどを表す。たとえば、途中駅から列車種別が変更されたり、発着駅が例外的なものであったりと、様々である。
 6000番台は季節列車、7000番台は季節列車の予備番号、8000番台は臨時列車、9000番台は臨時列車の予備番号に与えられる。特に6000・7000・8000番台は「予定臨時列車」と呼ばれ、ダイヤ改正の時にあらかじめ運転時刻などを設定しておき、必要な時に運転する場合が多い。九州旅客鉄道（JR九州）や肥薩おれんじ鉄道では定期列車でも6000番台を使用している。（日豊本線の宮崎 - 鹿児島中央駅間の特急「きりしま」や同区間の普通列車等）
 特別急行列車は3000番台を使用することが多い。
 JR神戸線（東海道・山陽本線）で舞子駅・垂水駅・須磨駅を通過する平日朝の快速は5700番台を振っている。2004年10月15日までは大阪駅発着が900番台、京都方面行きが1700番台であった。
 京阪神地区の東海道本線（京阪神緩行線）と福知山線（JR宝塚線）の直通列車は1100・1200、東西線直通は4400 - 4600番台が割り当てられている。
 米子エリアでは、運休日のある列車には5000番台を使っている（保守工事による運休や山陰本線（浜坂駅 - 出雲市駅・西出雲駅間）・境線の快速（「とっとりライナー」）・普通電車・気動車列車は除く）。現在使っているのは伯備線の夜の米子発根雨行き、若桜鉄道の午前中の1往復のみである。
 広島エリアでは、平日と土曜日・休日で運用が異なる列車において、それぞれ2000・6000番台を振っている。
 四国旅客鉄道（JR四国）では、ワンマン運転列車に4000番台を割り当てている。
 九州旅客鉄道（JR九州）では、千の位で特急列車がおおよそ特定できる。また、6000番台から9000番台も一部が定期特急列車に充当している。
 貨物列車についても、運転速度などの違いによって「高速貨A」・「高速貨B」・「専貨A」などの種別があり、各々を十・百・千位によって表している。#JR貨物参照。

文字部分の付与体系 
番号によって列車の「種別」を表したが、列車の「性質（この呼び名は本項目内の便宜的な言い方である）」を、番号の前の文字で表す。
 回送列車については「回」を付ける。たとえば特別急行列車の3001Mについて、その回送列車に対しては「回3001M」のようになる。車両基地から出区後に3001Mとなる、または3001Mとして運行した後に車両基地に入る場合は「構回3001M」のように表す。
 試運転列車については「試」、配給列車については「配」、お召し列車については「お召」、冬季の除雪列車は「雪」、機関車単独の列車（単行機関車列車）については「単」、本務機の次位に連結し運転する場合は「次」、単行機関車列車の次位に連結する場合は「次単」、前補機については「前」、後補機については「後」、試運転列車でありながら単行機関車列車は「シ」、工事用臨時列車は「工」、入区（車庫へ入庫する）列車は「入」、出区列車は「出」、荷物列車については「荷」などを頭に付す。
 運行経路などが通常と異なる場合は、上記に加え迂回列車については「う」、延長運転する列車には「延」、時刻を変更する列車には「変」、推進運転には「推」、協調運転には「協」などを付す。

末尾のアルファベット部分の付与体系 
 機関車牽引の客車列車・貨物列車については数字のみで文字を記さないが、表記のうえで列車の略である「レ」（カタカナの「れ」）をつける場合がある（たとえば「1レ」など）。
 原則として電車列車については「M (motor) 」、気動車列車については「D (diesel) 」を数字の後に付すが、平日・休日などで異なるダイヤで運転される列車や、ワンマン運転の列車を区別するため、異なるアルファベットを付することがある。
 JR西日本の琵琶湖・JR京都・神戸線（東海道・山陽本線）では、新快速で有料座席サービス「Aシート」車両を連結しない列車、平日ダイヤの京都駅 - 西明石駅間が快速の列車（大阪駅発着列車も含む）、JR宝塚線で大阪駅発着と宝塚線から東西線に直通する列車、東西線で尼崎駅を発着する列車に「M」をつけている。
 アルファベット（記号）の具体的な割り当ては以下のとおりである。下記以外のアルファベットは誤認の恐れがあるため使用しない。
 ※印は気動車列車。それ以外はすべて電車列車。

電車特定区間における例外 
東京近辺の電車区間は、運転本数が非常に多い。このため、1から順に番号を付けると番号が重複してしまう可能性がある。そこで、以下のような独自の規則が採用されている。なお、この符番は、電車特定区間以外の路線やJR以外の鉄道社局でも採用しているケースがある。

 上2桁（百・千の位）、始発駅の発車時刻の「時」が使用される（12時台始発であれば12）。他線区から直通してくる列車である場合の基準は、路線によって異なり、線区ごとに個別に設定している場合（この場合、厳密には列車番号が変わるので別の列車扱いであることが多い）もあれば、直通元の始発駅発車時間をもとにほぼ共有している場合もある。
 成田線成田駅発の常磐快速線直通列車の場合は、常磐線内の列車番号は直通運転の境界の我孫子駅発の時刻が基準となる（成田線の初電820M列車は成田駅4時47分発、我孫子駅5時31分発である。この電車の常磐線内の列車番号は580Hである）。中央線快速電車の中央本線（大月駅・河口湖駅）からの直通列車も同様に、高尾駅の発車時刻を基準に設定されている。相鉄線からの埼京線・川越線直通列車も同様に、新宿駅の発車時刻が基準となるが、千の位に4が付与される。一方、横須賀・総武快速線の直通列車、京葉線直通列車は成田空港駅・君津駅・上総一ノ宮駅など実際の始発駅の発車時刻が基準となる。
 常磐線各駅停車の場合は、東京メトロ千代田線・小田急小田原線・多摩線からの直通列車の場合でもその直通元の始発駅の発車時刻を基準としている。例えば、向ヶ丘遊園駅平日10時56分発の準急我孫子行きは、代々木上原駅11時19分発、綾瀬駅12時00分発であるが、小田急小田原線内の向ヶ丘遊園駅の発車時刻を基準に列車番号は1027Kである（千代田線内はB1027K）。中央・総武緩行線の東京メトロ東西線・東葉高速鉄道東葉高速線からの直通列車、埼京線の東京臨海高速鉄道りんかい線からの直通列車についても同様である。
JR・相鉄直通線の場合、新宿～羽沢横浜国大駅間の列車番号は相鉄線内で付番される番号の下3桁にMを付けたものを付番し、新宿駅以北に直通する列車は新宿駅で従来の埼京線内で付番される番号に変更される。
 深夜0時台始発の列車の上2桁は24だが、1時台始発の場合は1である。山手線内回りの品川行（1つ手前の大崎駅で番号が改められるため）や、東京メトロ千代田線→JR常磐緩行線の松戸行き最終電車、埼京線の赤羽駅発池袋駅行き最終電車などに見られたが、2021年3月13日のダイヤ改正で全てなくなった。千代田線→常磐線の例では東京地下鉄線内（北千住 - 綾瀬間）での上2桁は25であった。また、山手線で大崎駅以外の途中駅を始発駅として運転する場合は、大崎駅以降も同じ番号になってしまうのを避けるため、上2桁を-1する。このため、池袋駅や品川駅を4時台に発車する列車には、列車番号が300番台の列車がある。
 下2桁は、その列車の運行番号を示す。運行とは、平たく言えば人間で言う「勤務シフト」にあたる。つまり、一つの運行について、何時にどの駅を発車し、終点に到着したら折り返し何の列車になるか、その一日の流れがすべて決められている。その各々に番号が付けられている。たとえば、「01K」という運用番号の編成が4時台上りの電車になる場合は「400K」、その電車が折り返し5時台発の下り列車になる時は「501K」というように変化し、これを延々と繰り返す。
 運行番号は、「下りは奇数、上りは偶数」という前提があるため、上り方向に運転する時には1を減じて偶数化する。このため、1, 3, 5, …の順に与えられる。
 同じ「時」のうちに同一編成が2本以上の列車になる場合、例えば鶴見線では、末尾に「B」をつける（例：6時台に鶴見発下り「601」列車となった編成が、6時台のうちに再度下り列車となるときは「601B」となる）。南武支線では、一の位が運用番号（列車運行上は、尻手方面が下り）で、十の位を運用番号ごとの連番 (0, 1, 2)としている（例：702H列車となった編成が、7時台に2回目に浜川崎行きになるときは「712H」、3回目は「722H」）。同様の付番方法を用いる東京地下鉄では、末尾に1、2と順に数字を付している。
 末尾のアルファベットは、たとえば中央線快速であれば、途中駅で分割併合を行う列車を含む運用には「H」、含まない列車には「T」を付すなど、運転上の細かい違いを表すために付されるもので、種類は多岐に渡る。一部の線区では、数字のみの場合もある。この場合は表記上、「レ」ではなく「デ」となる。

新幹線 
 新幹線の場合も数字の後にアルファベットを付する。2022年9月現在では以下のとおり。

JR貨物 
 JR貨物は4桁の数字で表す。

 高速貨物列車A（コンテナなど）
 千の位：0 - 5
 百の位：0
 下2桁：50 - 69
 高速貨物列車B（コンテナなど）
 千の位：0 - 5
 百の位：0
 下2桁：70 - 99
 高速貨物列車C（コンテナなど）
 千の位：1
 百の位：1 - 9
 下2桁：50 - 59
 専用貨物列車A（一般）
 千の位：1 , 3 - 5
 百の位：1 - 9
 下2桁：60 - 89
 専用貨物列車B（一般）
 千の位：1 , 3 - 5
 百の位：1 - 9
 下2桁：90 - 99
 臨時・不定期・回送
 千の位：8 - 9
 下3桁：不問

JR以外の鉄道事業者 
一般に、鉄道事業者ごとで独自の番号を付すことが多い。よって、N・XなどJRでは使われないアルファベットを使用する場合もある。

一例として、上り・下りの概念を使わずA線・B線と称する東京メトロの場合、頭にA・Bを付し乗り入れ元会社の列車番号を使用する場合もある。また東京都交通局（都営地下鉄）の大江戸線もこの付番方法である。

なお、相互乗り入れを行う場合、乗り入れ協定を結ぶ際に使用する車両の在籍会社を示す符号を決める場合がある。
 S…東京メトロ（帝都高速度交通営団（営団地下鉄）時代から・SはSubway（＝地下鉄）のS）
 T…東武鉄道 (Tobu) ・東京都交通局 (Tokyo,Toei（都営）) ・東葉高速鉄道 (Toyo)
 K…京成電鉄 (Keisei) ・京王電鉄 (Keio) ・東京急行電鉄（使用開始当初、東急が使用していた略号、TKK（Tokyo Kyuko Kabushikigaisha）の二つ目の文字から。Tはかつて乗り入れていた日比谷線に乗り入れる東武がすでに使用していた）・JR東日本（国鉄 (Kokutetsu) の符号をそのまま採用している）
 E…小田急電鉄（小田急の略号OER（Odakyu Electric Railway）の二文字目。Oだと0と紛らわしいため）
 F…新京成電鉄（新京成の車両が京成へ片乗り入れした際に用いられる。新京成は、戦前の陸軍鉄道連隊演習線がルーツであることから、軍隊を意味するForceの頭文字をとった。A (Army) は京成が本線急行系統ですでに使用。Sは京成の試運転列車・事業用列車ですでに使用していた）
 M…西武鉄道（前身武蔵野鉄道のMusashinoから。Sは営団がすでに使用していた）・埼玉高速鉄道（SaitaMaから。Sは営団が、Tは東京都交通局がすでに使用していた）
 H…京浜急行電鉄（使用開始当初、京急が使用していた略号、KHK（Keihin Kyuko）の二つ目の文字から。Kは共に都営1号線に乗り入れる京成がすでに使用していた）
 N…北総鉄道（北総の「北」を表す英単語Northから。Hは共に都営浅草線に乗り入れる京急がすでに使用していた）
 G…相模鉄道（SaGamiから。Sは東京メトロが、Mは埼玉高速鉄道と西武鉄道がすでに使用していた）
路線が異なる場合は記号の重複が認められている。詳細は次節以降に記述する。

公営鉄道

札幌市交通局 
各線とも運用する車両ごとに十位・一位からなる列車番号が付される。範囲は、普段は11から34までが付されるが、東西線では36が付されたこともある。試運転の車両に付される番号は01(例外として、東西線8000形のATOに関する試運転では02が付される)。南北線・東豊線について、大規模なイベントが開催される際に運行する臨時列車には50から89が付され、事故車等の回送には90から99が付される。

東京都交通局（都営地下鉄） 
各線とも千位・百位が始発駅の時刻（直通列車はその列車の始発駅の時刻）、十位・一位が運行番号となり、以下のアルファベットを末尾につける。
 浅草線：押上・京成線方面（北行）は奇数、西馬込・京急線方面（南行）は偶数
 T…東京都交通局
 K…京成・芝山鉄道
 H…京急
 N…北総鉄道（千葉ニュータウン鉄道所有車を含む）
 三田線：西高島平方面（北行）は奇数、目黒・東急目黒線方面（南行）は偶数
 T…東京都交通局
 K…東急
 G…相鉄
 M…埼玉高速鉄道（共用区間のみ）
 S…東京メトロ（共用区間のみ）
 新宿線：新宿・京王線方面（西行）は奇数、本八幡方面（東行）は偶数
 T…東京都交通局
 K…京王
 大江戸線：光が丘駅を10時に発車する列車から順に運行番号をつける（朝夕のみの運行の列車は入庫順につける）
 A1…環状部内回り運用（光が丘→清澄白河）
 A2…環状部内回り運用（清澄白河→都庁前）
 B1…環状線外回り運用（都庁前→清澄白河）
 B2…環状線外回り運用（清澄白河→光が丘）
 同じ列車が都庁前を2度通ることになるので、清澄白河を境に末尾の数字を変えている。
ただし、同じ時間に複数回同一の運行番号の列車が運行される場合は、社局別の英字の後に小文字の英字をabc順に付して識別する（例：801Ta→801Tb）。

名古屋市交通局 
名古屋市交通局の鉄道路線では以下の原則で付番される。
 東山線・鶴舞線（名鉄線直通を除く）・桜通線・上飯田線（名鉄線直通を除く）および名港線（名城線からの直通を含む）は発駅記号+発駅時間+終着駅記号で表される。
 名城線は周回方向+発駅記号+発駅時間+終着駅記号で表される（環状運転の場合はナゴヤドーム前矢田駅を発駅とする）。
 上飯田線のうち名鉄線と直通運転している列車および鶴舞線のうち名鉄線と直通運転している列車は、名鉄の付番方法による。
 発駅・着駅および周回記号は以下のとおり。

 表記例
 東山線T534F：高畑 5時34分発 藤が丘行
 名城線LD1200D：ナゴヤドーム前矢田 12時0分発 左回り環状運転

京都市交通局 
 烏丸線
 竹田方面は奇数、国際会館方面は偶数で始発から順に付番する。
 東西線
 太秦天神川方面は奇数、六地蔵方面は偶数で始発から順に付番する。
 なお、烏丸線・東西線共に他社線に直通する列車は直通先のルールに従って付番し、その番号を地下鉄線内でも使用する。

神戸市交通局 
 西神・山手線・北神線
 西神中央方面は奇数、新神戸・谷上方面は偶数で始発から順に付番する。
 海岸線
 三宮・花時計前方面は奇数、新長田方面は偶数で始発から順に付番する。

福岡市交通局 
 空港線・箱崎線
 七隈線
 博多方面を奇数、橋本方面を偶数で、始発から順に数字を付番していく。

大手私鉄

京王電鉄 
京王線系統の場合：4桁

例外もあるが、ここでは割愛する。

2021年11月1日より平日の京王ライナーに限り7300番台を使用。

Mt.TAKAO号は7500+号数を使用。

2006年9月1日のダイヤ改定より、上り下りとも50本を超える場合は末尾にアルファベットを追加する。
 京王線新宿発京王八王子行き各駅停車を例にすると、5099列車の次を5101列車とすると京王線新宿発高尾山口行き各駅停車と重複するため、5001A列車とする（京王八王子発特急のみ0098の次は0002A）。
 xx99A, xx98Aの次は、xx01B, xx00Bとなる（京王八王子発特急のみ0098Aの次は0002B）。

1992年5月28日ダイヤ改正以前は、3000番台は通勤急行に使用されていた。

2013年2月22日ダイヤ改定以前は、4000番台は通勤快速に使用されていた。また、3900番台は高尾線内各駅停車となる京王線新宿発着準特急に使用されていた。

2015年9月25日ダイヤ改正以前は、4900番台は都営地下鉄新宿線内急行となる相模原線直通の区間急行に使用されていた。

なお2022年改正で準特急の種別が廃止されたことにより、千の位が3となる列車は現存しない。

井の頭線の場合：3桁

小田急電鉄 
小田急電鉄では以下の様に定めている（特急の下2桁は号数）。

特急ロマンスカー 
 0001 - ：特急「はこね」
 停車駅：新宿駅・町田駅・海老名駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0050 - ：特急「はこね」
 停車駅：新宿駅・町田駅・海老名駅・伊勢原駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0101 - ・0171 - ：特急「はこね」・「さがみ」
 停車駅：新宿駅・町田駅・本厚木駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0151 - ：特急「はこね」・「さがみ」
 停車駅：新宿駅・新百合ヶ丘駅・町田駅・本厚木駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0202 - ：特急「はこね」
 停車駅：新宿駅・町田駅・海老名駅・秦野駅・小田原駅・箱根湯本駅（土休日のみ）
 0251 - ：特急「はこね」・「さがみ」
 停車駅：新宿駅・新百合ヶ丘駅・町田駅・海老名駅・伊勢原駅・秦野駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0270 - ：特急「はこね」
 停車駅：新宿駅・町田駅・海老名駅・本厚木駅・小田原駅・箱根湯本駅（土休日のみ）
 0301 - ・0373 - ：特急「はこね」・「さがみ」・「モーニングウェイ」
 停車駅：新宿駅・新百合ヶ丘駅・相模大野駅・本厚木駅・秦野駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0360 - ：特急「さがみ」
 停車駅：新宿駅・新百合ヶ丘駅・町田駅・本厚木駅・伊勢原駅・秦野駅・小田原駅
 0401 - 0406・0411・0412：特急「ふじさん」（末尾にMがつき、たとえば0401Mのようになる。11・12号は土休日のみ）
 停車駅：新宿駅・新百合ヶ丘駅・相模大野駅・本厚木駅・秦野駅・松田駅・（駿河小山駅、1・3・6・11・12号が停車）・御殿場駅
 0420 - 0422：特急「メトロはこね」（20号は、土休日のみ運行）
 停車駅：北千住駅・大手町駅・霞ヶ関駅・表参道駅・成城学園前駅・町田駅・本厚木駅・小田原駅・箱根湯本駅（代々木上原駅では乗務員交代のため、客の乗降は不可）
 0430 - ：特急「メトロモーニングウェイ」
 停車駅：本厚木駅・海老名駅・町田駅・新百合ヶ丘駅・成城学園前駅・表参道駅・霞ヶ関駅・大手町駅・北千住駅（休日上り30号のみ・代々木上原駅では乗務員交代のため、客の乗降は不可）
 0440 - ：特急「メトロモーニングウェイ」
 停車駅：本厚木駅・海老名駅・町田駅・表参道駅・霞ヶ関駅・大手町駅・北千住駅（平日上りのみ・代々木上原駅では乗務員交代のため、客の乗降は不可）
 0491 - 0493：特急「メトロはこね」（土休日のみ運行。北千住～相模大野間、メトロえのしまと併結）
 北千住駅・大手町駅・霞ヶ関駅・表参道駅・成城学園前駅・相模大野駅・本厚木駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0501 - ：特急「えのしま」・「メトロえのしま」・江ノ島線「モーニングウェイ」
 「えのしま」「モーニングウェイ」の場合の停車駅：新宿駅・新百合ヶ丘駅・相模大野駅・大和駅・藤沢駅・片瀬江ノ島駅
 「メトロえのしま」の場合の停車駅：北千住駅・大手町駅・霞ヶ関駅・表参道駅・成城学園前駅・相模大野駅・藤沢駅・片瀬江ノ島駅（土休日のみ運行。北千住～相模大野間、メトロはこねと併結）
 0601 - ：特急「モーニングウェイ」・「ホームウェイ」
 「モーニングウェイ」の場合の停車駅：小田原駅・秦野駅・本厚木駅・海老名駅・新宿駅（平日上りのみ）
 「ホームウェイ」の場合の停車駅　　：新宿駅・町田駅・本厚木駅・秦野駅・小田原駅・箱根湯本駅（下りのみ）
 「ホームウェイ」江ノ島線の停車駅　：新宿駅・新百合ヶ丘駅・相模大野駅・大和駅・藤沢駅・片瀬江ノ島駅（下りのみ）
 0641 - ：「メトロホームウェイ」
 停車駅：北千住駅・大手町駅・霞ヶ関駅・表参道駅・新百合ヶ丘駅・町田駅・海老名駅・本厚木駅（平日下りのみ）
 0661 ：特急「ホームウェイ」
 停車駅：新宿駅・町田駅・相模大野駅（平日下り ホームウェイ61号のみ）
 0701 - ：特急「スーパーはこね」
 停車駅：新宿駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0781 - ：「はこね」
 停車駅：新宿駅・町田駅・本厚木駅・秦野駅・小田原駅・箱根湯本駅
 0801 - ：特急「ニューイヤーエクスプレス」（正月のみ運行）
 0831・0832：特急ふじさん（土休日の季節運行。末尾にMがつき、0831M・0832Mとなる） ※2022年3月12日改正より設定なし
 0901 - ：特急「モーニングウェイ」・「ホームウェイ」・「メトロホームウェイ」
 「モーニングウェイ」の場合の停車駅：秦野駅・本厚木駅・海老名駅・町田駅・新宿駅（平日上りのみ）
 「ホームウェイ」の場合の停車駅　　：新宿駅・町田駅・海老名駅・本厚木駅・秦野駅・小田原駅（下りのみ）
 「メトロホームウェイ」の場合の停車駅：北千住駅・大手町駅・霞ヶ関駅・表参道駅・成城学園前駅・新百合ヶ丘駅・町田駅・海老名駅・本厚木駅（下りのみ）
 0990 - ：特急「モーニングウェイ」
 停車駅：相模大野駅・町田駅・新百合ヶ丘駅・新宿駅（上りのみ）

特急以外の全種別 

2022年6月時点。

 1000 - ：町田 - 小田原間の急行　※伊勢原・秦野・新松田行の急行、新松田 - 小田原間を各駅停車として運行される列車も含む、2022年改正以前は経堂通過の小田原線急行に充てられた。
 1100 - ：小田原線急行 ※新松田 - 新宿間で快速急行に種別変更する列車が該当。
 1200 - ：小田原線急行
 1500 - ：相模大野 - 片瀬江ノ島間の急行 ※2022年改正以前は経堂通過の江ノ島線急行に充てられた。
 1600 - ：江ノ島線直通急行 ※相模大野 - 新宿間で快速急行に種別変更する列車が該当。
 1700 - ：江ノ島線直通急行
 1800 - ：多摩線・千代田線直通急行（土休日下りのみ・代々木上原 - 唐木田）※2022年ダイヤでは該当列車なし。
 2200 - ：小田原線・千代田線直通急行
 2700 - ：多摩線直通急行
 2800 - ：多摩線直通急行 ※多摩線内各駅停車に種別変更される列車が該当。
 2900 - ：多摩線直通急行 ※登戸・向ヶ丘遊園・新百合ヶ丘 - 唐木田間の急行が該当。
 3000 - ：小田原線快速急行
 3100 - ：小田原線快速急行 ※新松田 - 小田原間を急行として運用される列車が該当。
 3500 - ：江ノ島線直通快速急行
 3600 - ：江ノ島線直通快速急行 ※相模大野で急行から種別変更する快速急行が該当。
 3700 - ：多摩線直通快速急行（2018年3月16日以前は多摩急行が用いていた）
 3800 - ：多摩線通勤急行（平日上りのみ）
 3900 - ：多摩線通勤急行（平日上りのみ）※唐木田 - 小田急多摩センター間を回送し、小田急多摩センター始発となるものが該当。回送区間も3900番台で走行し、新百合ヶ丘で3800番台に変更する。
 4000 - ：小田原線・千代田線直通準急（代々木上原 - 伊勢原、向ヶ丘遊園以西は平日下りのみ）
 4300 - ：小田原線・千代田線直通通勤準急（平日上りのみ・伊勢原 - 代々木上原）
 5100 - ：各駅停車（町田 - 長後駅以西）
 5500 - ：各駅停車（新宿 - 長後以西）※2022年時点では該当列車なし
 5700 - ：各駅停車（藤沢 - 片瀬江ノ島）
 6000 - ：小田原線・千代田線直通各駅停車
 6200 - ：各駅停車（新宿 - 向ヶ丘遊園）
 6400 - ：各駅停車（新宿 - 相模大野）
 6500 - ：各駅停車（新宿 - 相武台前駅以西）
 6750 - ：各駅停車（新百合ヶ丘 - 相武台前以西、新松田・相模大野・新百合ヶ丘で種別変更を行うものが該当）
 6800 - ：各駅停車（町田 - 小田原）
 6900 - ：多摩線・千代田線直通各駅停車（現ダイヤ設定なし）
 7000 - ：各駅停車（新松田・小田原 - 箱根湯本）
 7200 - ：各駅停車（小田原 - 箱根湯本）
 7600 - ：各駅停車（新百合ヶ丘 - 唐木田）
 7800 - ：各駅停車（新百合ヶ丘 - 唐木田）※新宿 - 新百合ヶ丘を急行として運行される列車が該当
 7900 - ：各駅停車（新宿 - 唐木田）
 8000 - ：団体臨客（特急車両）
 8030 - ：団体臨客（一般車両）
 8100 - ：臨時急行
 8400 - ：臨時準急
 8500 - ：臨時各駅停車（江ノ島線）
 8600 - ：臨時各駅停車（小田原線）
 8700 - ：臨時各駅停車（多摩線）
 8910 - ：臨時試運転
 9000 - ：定期回送（特急車両）
 9060 - ：不定期回送（特急車両）
 9100 - ：定期回送（一般車両）
 9450 - ：定期回送（千代田線直通・特急車両）
 9820 - ：臨時回送
 9840 - ：定期延長回送
 9900 - ：不定期回送（一般車両）
 9950 - ：不定期試運転

運用番号 
車両には表示されていないが、それぞれの系統で運用番号が設定されている。運用番号の数字によって、使用する車両が決められているが、例外もある。基本的に「○xx」と表記され（例：111、A11、B11、C11、E11、 N21など）、○は車種を表す符号（1かアルファベット）、xxは運用番号（数字）を意味する。車種の符号は、1は4両編成、Aは6両編成、Bは8両編成、Cは千代田線直通用、Eは千代田線に直通しない10両編成、Nは特急ロマンスカーである。原則として、xxの数字が最大値になるまで翌日の運用番号の数字は、当日の数字に1を加算し（例：112の翌日は113、A26の翌日はA27、B23の翌日はB24、E31の翌日はE32、N71の翌日はN72など）、最大値の翌日は最小値（11が多い）になるが、予備運用は飛ばしたり、ダイヤ乱れなどで番号が大幅に変更されたり、前日と同じ番号になるなどの例外もある。また、C運用には千代田線の運用番号が振られており、2018年3月16日までは番号がバラバラになっていたが、翌3月17日のダイヤ改正以降は番号が順番通りになっており、C11は41E、C12は43E、C13は45E…となっている。

2022年3月12日改正ダイヤの運用一覧

京成電鉄・北総鉄道・芝山鉄道 
京成電鉄と、相互乗り入れを行う北総鉄道・芝山鉄道では以下の付番方法である。都営浅草線もほぼ同一の付番方法である。

 原則
 始発駅発車時刻の「時」（1桁もしくは2桁）+運行番号（上りは運行番号-1）
 （運行番号は2桁の奇数で、上り列車の列車番号は運行番号から1を引いた偶数となる）
 運行番号は、以下のごとく、列車の種類ごとに、前後につくアルファベットや数字の範囲で区別されている。
 スカイライナー（シティライナー、モーニングライナー、イブニングライナーを含む）
 運行番号の前にAE（Airport Express）が付く。
 （例：京成上野6:20発スカイライナー3号→6AE05）
 なお、下2桁の運行番号は時刻表にあるスカイライナー27号のような号番号ではなく、運用編成を区別する番号である。その番号に割り当てられた編成はその日を通じて同じ番号を使用する。（例：第3編成がAE05に割り当てられると、第3編成はその日を通してAE04（上りの場合）またはAE05（下りの場合）として運行され、スカイライナー3号→6AE05に始まり、成田空港21:09発スカイライナー56号→21AE04に終わる。ただし途中に運用変更がある列車はこの限りではない。）
 快速特急・特急・通勤特急・快速（他社局線へ直通運転しない列車）
 運行番号の前にAが付く
 運行番号は編成両数で決められており、A00 - A29が8連、A30 - 39までが6連。
 （例：京成上野7:49発の下り特急→7A05）
 普通（千葉線・千原線や他社局線へ直通しない列車）
 運行番号にアルファベットが付かない
 運行番号は編成両数で決められており、00 - 49が6連、50 - 89までが4連、90 - 99までが京成高砂 - 京成上野の8連である。
 （例：京成上野14:56発6両編成下り列車→1437）
 普通（千葉線・千原線、線内折り返し列車および本線直通列車）
 運行番号の前にBが付く
 編成両数による区別は上記同様
 （例：ちはら台7:51発4両編成上り列車→7B52）
 都営地下鉄浅草線や北総鉄道北総線（成田スカイアクセス線を含む）へ直通する列車
 都営浅草線と同様、運行番号の後に車両の所属を示す事業者符号が付く。
 （例：京成高砂駅11:05発の京急車による押上線上り横浜方面快特→1186H（泉岳寺で1186SHに変更））
 京成電鉄の事業者符号はKを使用している。また、芝山鉄道3500形が乗り入れる際にもKの文字を使用する。これは芝山鉄道は京成に運転業務を委託している関係上、京成車との共通運用となっているからである。
K運用のうち、01K - 11Kについてはアクセス特急に入る運用で使われている。この列車は北総鉄道線内でも京成乗務員が運転することから京成の列車扱いとなる（京成成田スカイアクセス線が北総鉄道の全線と共用区間となっているため）。
 （例：羽田空港11:42発の京成車による京急上りエアポート快特／京成下りアクセス特急→1101K）
 新京成線から京成千葉線に乗り入れる列車
 新京成電鉄の列車番号は、京成電鉄・北総鉄道などとは全く異なる法則で付番されている（列車番号の付番方法#新京成電鉄を参照のこと）が、京成線内での列車番号は以下のとおりである。
 始発駅の発車時刻の「時」（1桁もしくは2桁）+新京成線内での列車番号の下2桁+F（新京成を表す事業者符号）
 京成線内で表示される運行番号は、下り→「列車番号の下2桁」、上り→「列車番号の下2桁に1を足した数（奇数）」である
ただし、これらの方法では短距離をピストン運行する列車の場合、同一の列車番号が発生してしまうことから、末尾にa,b,cなど小文字のアルファベット1文字をつけて区別している。なお、京成では上記のように種別によって運行番号が変わるので、出庫から入庫までの間に運行番号が変更となる運用が少なからず存在する。

過去には、特急「開運」や不定期の特急・急行で頭部にHを使用していた（現在のAEに相当する列車。京急車を表す末尾のHとは意味が違う）。臨時運用ではSを使用する場合もある。

京浜急行電鉄 
3桁ないし4桁の数字の末尾に2つ以内のアルファベットを加えて表される。数字の千の位と百の位は列車の始発駅発車時刻の「時」が使用され、下2桁は編成ごとの運行番号を表す。なお、京急蒲田駅にて進行方向を変える列車(主にエアポート急行や特急の羽田空港⇄神奈川新町、金沢文庫、逗子・葉山)については京急蒲田駅を発車する時点でその発車時刻の「時」に運行番号は改められる。列車番号は乗り入れ先に合わせるため、通例とは逆に下りが偶数、上りが奇数となっている。現在の付番方式は1973年（昭和48年）9月1日より使用されている。

アルファベットの優先順位

使用するアルファベットには優先順位が存在し、他社局車両＞他社局線直通の自社車両＞自社線内完結の自社車両の順となっている。
 まず他社局車両を使用している場合は直通の有無や種別に関わらず、その他社局車両の記号を表示する。
 自社車両を使用し、他社局線に直通する場合は種別に関わらずH（快特は自社線内に限り、SH）を表示する。
 他社局線に直通せず、自社線内で完結する場合は、原則として快特（旧:快速特急）はA、金沢文庫駅以南特急の快特（旧:通勤快特）はB、特急はC、エアポート急行（旧:急行）はDを表示し、普通は無表示となる。
 普通の運用が各支線で独立していた頃は、本線は1～、逗子線は61～、空港線は71～、大師線は81～、久里浜線は91～を運行番号に使用していたが、現在では運用が独立している大師線を除き、このような区分はなくなった。
ただし、これ以外にも例外が存在する。それらについては後に解説する。

自社車両以外で運用する列車（列車番号の付番方法#東京都交通局（都営地下鉄）も参照）
 T：東京都交通局車両の列車
 K：京成電鉄車両の列車
 N：北総鉄道車両の列車

自社車両使用列車
 A：自社線内のみを運転する快特とエアポート快特とイブニング・ウィング号とモーニング・ウィング号。
このうちイブニング・ウィング号とモーニング・ウィング号は2015年現在2100形が必ず充当され、このアルファベットを列車番号に使用する日中の快特は優先的に同車両で運行される。
 B：自社線内のみを平日朝ラッシュ時に運転される金沢文庫駅以南が特急の上り快特と、折り返しその運用につく列車（どちらも、かつての通勤快特）。
 C：出庫から入庫まで自社線内で運用が完結する編成による特急と、その間合いで運行される8両編成の普通。
 D：逗子・葉山駅 - 羽田空港間で運転されるエアポート急行とその送り込み運用、折り返し運用につく普通。
かつては自社線内運用の急行、急行廃止の後は浦賀駅・新逗子駅（現：逗子・葉山駅） - 金沢文庫駅間を普通、金沢文庫駅 - 京急川崎駅間を快特に併結、京急川崎駅 - 羽田空港間を特急として運転する列車の特急列車区間でも用いられていた。なお2012年10月のダイヤ改正により、この列車も全て廃止された。
 H：泉岳寺駅以北に乗り入れる、または泉岳寺駅で折り返す特急と自社車両を使用する品川方面のエアポート急行、および折り返しこれらの運用につく8両編成の特急、エアポート急行、普通。
その他に、京急川崎駅始発で折り返し三崎口駅行きA快特となる羽田空港行きの特急列車や、京急久里浜駅始発で折り返し西馬込駅行きとなる泉岳寺駅行きの特急列車もHの記号を使用する等、例外が複数存在する。

 SH：泉岳寺駅以北に乗り入れる快特とエアポート快特、及び折り返し西馬込駅行きとなる泉岳寺駅行きの快特（時刻表では全線、泉岳寺 - 品川間及び自社線外ではH）。

 なし：6両または4両編成の普通列車。ただし、D, X, Y を加える条件に当てはまるものは除く

さらに、短区間で折り返す列車の場合に発生する番号の重複を防ぐために下の文字が使用される。
 X・Y：同一の番号を振るべき列車が複数ある場合、X, Y を末尾に追加する。先述した京急蒲田で進行方向が変わる運用や試運転列車など、短い間隔で往復する運用で重複が起こるため多用される。なおこのアルファベットは列車番号としてのみ使用されるため、車両の運行番号表示機には表示されない。

基本的には使われないが、他にも以下の4種類がある。
 TH ：本来は東京都交通局車両が運用に就くべきところを、京急車両が代走した時に使われる。
HK ：本来は京急車両が運用に就くべきところを、京成車両が代走した時に使われる。
 KC ：試運転列車とデトを使用した資材輸送列車。Keikyu Charterの略で他のアルファベットとは異なり数字の前に付く。また、車両の運行番号表示器には表示されない。
 S：久里浜工場構内試運転列車。全検及び重検を終えた車両が行う構内試運転に用いられる。また、極稀にではあるが本線上の臨時列車に用いられる場合もある。
1973年8月31日以前の付番方法
この頃のアルファベットの付け方は、現在のように種別毎ではなく、直通する支線毎に設定していた。
 なし ：本線
 A ：空港線
 B ：大師線、急行（年末年始の大師線直通）
 C ：逗子線
 D ：久里浜線、快速特急
 S ：現在のXやYと同じように、番号の不足を補うために使用されていた。現在でも各車両に装備されている。
 H・SH ：現在と同様、他社局線直通。SHについては、上記Sと同様、番号の不足を補うために使用された。
この他、他社局車両については現行と同じである。

当時は運行番号で列車種別を区分しており、普通は1～、急行は51～、特急は71～、快速特急は71D～を使用していた。快速特急にDがつくのは、設定時、既に運行番号に空きがなかったため、久里浜線直通であるDを付けて区分したためである。

営業列車同士の併結、並びに1本の列車を分割してそれぞれ別個の列車として営業を行う列車については、併結する場合には併結前に8両編成の列車が持っていた番号を使用する。分割する場合には、8両編成の列車は分割前の番号をそのまま使用し、4両編成の列車は分割時刻を基準に上記の方法で新たに付番する（なお、2005年10月現在京急線内における営業中の増解結はすべて8両編成と4両編成の列車とで行われている）。2012年10月のダイヤ改正で、このような営業列車同士の併結・分割は無くなった。

回送列車として出庫し途中駅から営業列車となる場合、また営業列車として運転し途中駅から回送列車となる場合も列車番号の変更は行わない。この場合はその列車の最初の出発駅の発車時刻を基準とし、営業列車のアルファベットを付与した列車番号で全区間運転される。営業列車として運転し折り返し回送列車となる場合、及びその逆の場合は、営業列車の運行番号とアルファベットを使用し、始発駅（折り返し駅も含む）の発車時刻を基準に列車番号が付与される。

東急電鉄・横浜高速鉄道 
東急電鉄の列車番号は、6桁の数字で構成されており、以下のような付番方法をとっている。運行番号を列車番号に含まず、「第01運行 231列車」や「01-231」のように表現されることもある。
 十万位 - 千位…運行番号（3桁）
 百位 - 十位…自社線内の始発「時」（みなとみらい線からの直通列車は、みなとみらい線内の始発時）
 一位…方向・本数（下りは奇数、上りは2以降の偶数。同一条件の列車が複数存在する場合のみ、3以降の番号が振られる。）
運行番号については2 - 3桁の数字で表され、各路線ごとに車両の所属元もしくは両数（充当種別）により以下の区分がなされている。なお臨時・不定期においてはこの限りではない。
 東横線・横浜高速鉄道みなとみらい線・東急新横浜線（東横線直通列車）
 00 - ：東急電鉄・横浜高速鉄道
 01 - ： 8両編成
 51 - ：10両編成
 100 - ：西武鉄道
 700 - ：東京地下鉄
 701 - ： 8両編成
 721 - ：10両編成
 800 - ：東武鉄道
 900 - ：相模鉄道
 目黒線・東急新横浜線（目黒線直通列車）
 200 - ：東急電鉄
 300 - ：東京地下鉄
 400 - ：東京都交通局
 500 - ：埼玉高速鉄道
 600 - ：相模鉄道
 田園都市線
 00 - ：東急電鉄
 50 - 
 偶数：東武鉄道
 奇数：東京地下鉄
 大井町線
 100 - ：5両編成（各駅停車）
 130 - ：7両編成（急行）
 こどもの国線
 180 -

東京地下鉄（東京メトロ）・東葉高速鉄道・埼玉高速鉄道 
 「A○○△△S」「B○○△△K」などと表記される。最初のアルファベットはA線・B線の別（一般の路線における上下別）、○○はその列車の始発「時」（直通電車の場合は直通元の始発時、1時台始発電車は25）、△△は運用番号（上下の区別なくそのまま当てはめる）、末尾のアルファベットは車両の所属元の符号を表す。基本的にはJRの電車特定区間における運用番号のケースと同じであるが、上下は頭のアルファベットで区別するため、運用番号に奇数・偶数が混在している路線がある。
 なお、丸ノ内線の方南町支線（中野坂上 - 方南町）、および千代田線の北綾瀬支線の旅客列車、その他同じ発時となる列車が複数存在する場合には、末尾に同一時間内での本数が丸数字で表される（例：A1096S①→B1096S①→A1096S②→B1096S②…のように付番する）。
 車両の所属元の符号
 銀座線（A線：渋谷方面、B線：浅草方面）・丸ノ内線本線（A線：荻窪方面、B線：池袋方面）・丸ノ内線方南町支線（A線：方南町方面、B線：中野坂上方面）
 アルファベットは付与しない（自社車両のみでの運用であるため）
 日比谷線（・東武スカイツリーライン・東武伊勢崎線・東武日光線）（A線：中目黒方面、B線：北千住・東武動物公園方面）・半蔵門線（A線：押上・久喜・南栗橋方面、B線：渋谷・中央林間方面）
 S…東京メトロ
 T…東武
 K…東急
 かつて、半蔵門線は東急車に対しTを使用していたが、東武線との直通運転が開始されるのに伴い、日比谷線や南北線に倣い、Kに置き換えた。
 東西線（・東葉高速線）（A線：西船橋・東葉勝田台・津田沼方面、B線：中野・三鷹方面）
 S…東京メトロ
 K…JR東日本
 T…東葉高速鉄道
 いずれにも、快速および通勤快速にはさらに末尾にRが付される。
 千代田線本線（A線：代々木上原・本厚木方面、B線、綾瀬・我孫子方面）
 S…東京メトロ
 K…JR東日本
 E…小田急（特急（MSE車）は、A線は乗車専用、B線は降車専用になる）
 千代田線北綾瀬支線（A線：北綾瀬行、B線：綾瀬行）
 同一の線路を走行する本線の回送列車は、綾瀬車両基地→綾瀬駅がA線、綾瀬駅→綾瀬車両基地がB線となる（本線と同一方向）。
 S…東京メトロ
 K…JR東日本
 E…小田急
 有楽町線・副都心線（A線：新木場/渋谷・元町・中華街方面、B線：和光市・川越市・小手指方面）
 S…東京メトロ
 T…東武
 M…西武
 K…東急・横浜高速鉄道
 G…相鉄
 南北線（・埼玉高速鉄道線）（A線：赤羽岩淵・浦和美園方面、B線：目黒・日吉方面）
 S…東京メトロ
 M…埼玉高速鉄道
 K…東急
 G…相鉄
 T…東京都交通局（共用区間のみ）

東武鉄道 
東武鉄道では以下の列車番号で設定されている。

伊勢崎線（東武スカイツリーライン区間を含む）・日光線および野田線を除く支線 
 種別
 1 - ：SL大樹、普通
 30 - ：急行（南栗橋始発の20400系充当列車。鬼怒川線内は100を足す）
 50 - ：区間急行（南栗橋始発の20400系充当列車。鬼怒川線内は100を足す）
 70 - ：SL大樹ふたら
 1000 - ：特急（JR東日本直通列車は末尾にMがつく）
 2000 - ：区間急行
 3000 - ：区間準急
 3100 - ：AIZUマウントエクスプレス
 4000 - ：準急・THライナー
 5000 - ：臨時（JR東日本直通列車は末尾にMがつく）
 6000 - ：回送（複々線区間では急行線を走行）
 7000 - ：不定期・試運転
 8000 - ：社用品・入出場・排雪・救援（特殊列車）
 9000 - ：回送（複々線区間では緩行線を走行、浅草 - とうきょうスカイツリー間走行で業平橋電車留置線に入出庫する列車にも使用）
 半蔵門線直通列車と日比谷線直通列車は始発駅の発車時間を使用する。準急とTHライナーには併せて4000番台を使用する。
（例：長津田13:09発の52T運用の急行列車→1352T、南栗橋22:06発の19K運用の準急列車→4219K）
 半蔵門線直通と日比谷線直通の各回送には、6000番台（緩行線走行の場合は9000番台）を、始発駅の発車時間と運用番号を併せて使用する。
 行先
 000 - ：浅草 - 春日部・東武日光間特急列車（けごん・リバティけごん・スカイツリーライナーおよびアーバンパークライナーのうち浅草発の東武スカイツリーライン直通系統で基本編成）、SL大樹、浅草3・4・5番線発着で業平橋電車留置線出入庫の回送列車
 050 - ：新宿 - 東武日光間特急列車（日光・スペーシア日光。前者は臨時および代走のみ）
 060 - ：新宿 - 鬼怒川温泉間特急列車（きぬがわ・スペーシアきぬがわ。後者は臨時および代走のみ）
 070 - ：SL大樹ふたら
 100 - ：浅草・南栗橋 - 鬼怒川温泉・鬼怒川公園・新藤原間列車（きぬ・リバティきぬ・リバティ会津を含む）
 200 - ：浅草・南栗橋 - 新栃木間列車（けごん・リバティけごんを含む）
 300 - ：浅草・館林 - 伊勢崎間（りょうもう・リバティりょうもうを含む）、栃木・新栃木・下今市 - 鬼怒川温泉・新藤原間列車
 400 - ：浅草・館林 - 太田間（りょうもう・リバティりょうもうを含む）、南栗橋・栃木・新栃木 - 東武宇都宮間（宇都宮線）列車
 500 - ：浅草・北千住・北春日部・東武動物公園 - 久喜・館林間（りょうもう・リバティりょうもうを含む）
 600 - ：浅草 - 南栗橋間、佐野線（りょうもう・リバティりょうもうを含む）、下今市 - 東武日光間列車（特急連絡のみ）
 700 - ：浅草 - 東武動物公園間、下今市 - 東武日光間列車、小泉線（館林 - 西小泉間）関係列車
 800 - ：浅草 - 北越谷・北春日部間、桐生線、桐生線 - 小泉線直通の関係列車
 900 - ：浅草 - 北千住・竹ノ塚間、栃木・新栃木 - 新鹿沼・東武日光間、小泉線太田 - 西小泉・東小泉間列車、浅草1・2番線発着で業平橋電車留置線出入庫の回送列車
 日比谷線直通列車は、先頭に以下の記号も付属する。
 A 上り列車（竹ノ塚・北越谷・北春日部・東武動物公園・南栗橋始発）
 B 下り列車（竹ノ塚・北越谷・北春日部・東武動物公園・南栗橋行き）
 半蔵門線直通列車は、先頭に以下の記号も付属する。
 C 上り列車（北越谷・東武動物公園・南栗橋始発）
 D 下り列車（北越谷・東武動物公園・南栗橋行き）
 E 上り列車（久喜始発）
 F 下り列車（久喜行き）
 亀戸線は亀戸行きを奇数、曳舟行きを偶数とし、記号A B Cを列車番号の先頭につける（例：A1）
2003年3月のダイヤ改正で本数が削減されるまではDも存在した。
 大師線は大師前行きを奇数、西新井行きを偶数とし、1時間ごとに順番号を用い末尾に記号Dをつける（例：2401D）。
 伊勢崎線のワンマン列車は、列車番号の末尾にEを付番する（例：345E）。
 日光線・宇都宮線・鬼怒川線のワンマン列車は、列車番号の末尾にNを付番する（例：201N）。
 伊勢崎線 - 野田線直通旅客列車は、列車番号の頭にSを付番する（例：S1045）。
 2017年4月のダイヤ改正まで使用されていた種別
 33 - ：快速（鬼怒川線内は100を足す）
 41 - ：区間快速（鬼怒川線内は100を足す、2013年のダイヤ改正以前は50 -を使用していた）
1997年以前の列車番号（本線系統）
ここでは1997年のダイヤ改正で区間準急が設定されるまでの列車番号を説明する、なお日比谷線直通列車の付番は97年以降とほぼ同じため割愛する。
 列車の使命
 1000 - ：特急・急行（急行に関してはりょうもうが使用、特急列車に関しては栃木・新鹿沼に停車する列車のみ使用）
 2000 - ：快速急行（1992年まで）・急行（1992年から、主に日光線方面で使用）
 3000 - ：不定期列車（主に林間学校・たびじ等の不定期季節及び修学旅行列車）
 4000 - ：回送（浅草 - 業平橋間走行で業平橋電車留置線に入出庫する列車と東武日光 - 下今市 - 鬼怒川公園間を走行する列車に使用）
 5000 - ：臨時
 6000 - ：回送（複々線区間では急行線を走行）
 7000 - ：試運転
 8000 - ：社用品・入出場・排雪・救援
 9000 - ：回送（複々線区間では緩行線を走行する列車）及び予備番号
 行先及び種別（一部列車は上段の列車の使命も併せて使用）
 000 - ：浅草 - 東武日光間特急・快速列車
 100 - ：浅草 - 鬼怒川温泉・鬼怒川公園・新藤原間特急・急行・快速列車
 200 - ：浅草 - 新栃木・東武宇都宮間の準急・急行列車（しもつけを含む）と日光線方面の貨物列車
 300 - ：浅草 - 伊勢崎間でなおかつ北千住 - 太田間準急列車扱いになる準急列車（準急A）、栃木・新栃木・下今市 - 鬼怒川温泉・新藤原間列車
 400 - ：浅草 - 羽生（1992年まで）・伊勢崎間で尚且つ北千住 - 東武動物公園間準急列車扱いになる準急列車（準急B）太田 - 赤城間列車、藤岡・新大平下・栃木・新栃木 - 東武宇都宮間（宇都宮線）列車と桐生・小泉線方面の貨物列車
 500 - ：浅草・北春日部 - 館林・太田間の準急・普通列車、下今市 - 東武日光間列車（特急連絡のみ）
 600 - ：浅草 - 幸手（1986年まで）・南栗橋・藤岡・新栃木間の普通列車（浅草 - 藤岡・新栃木間については680 - 以降を使用）、佐野線、浅草 - 葛生間列車（急行りょうもうと貨物列車）
 700 - ：浅草 - 東武動物公園間、下今市 - 東武日光間列車、小泉線（館林 - 成島・西小泉間）関係列車
 800 - ：浅草・北千住 - 北春日部間、館林 - 伊勢崎間の普通列車、野田線貨物列車（1985年まで、それ以降は設定のみ）
 900 - ：浅草 - 竹ノ塚・草加・北越谷間、栃木・新栃木 - 新鹿沼・東武日光間、小泉線太田 - 西小泉・東小泉間と太田 - 東小泉 - 館林間列車
回送の列車番号は前後の列車と関連付けさせるため基本的に一の位の前後の数を用いていた（日比谷線直通は通常の営業列車と同じように付番しそれらの前に回を付けていた）。
例：2501列車の折返しの上り列車の回送→回6502列車

貨物列車
 列車番号の先頭にKをつける（例：K610）
 また小区間（壬生～柳原信号所などの距離の短い区間）のみ運転する列車はKと一緒にイロハ順に文字をつける。（例：Kイ）
 東上線運行の貨物列車については上記設定は使用せず後者の9000番台を使用していた。

野田線（東武アーバンパークライン） 
 野田線は以下の列車番号で構成されている。
 種別
 1000 - 特急
 2000 - 急行
 3000 - 区間急行
 5000 - 臨時
 6000 - 回送
 7000 - 試運転
 行先区間
 100 - 399 大宮 - 船橋間
 400 - 699 大宮 - 柏間
 700 - 799 大宮 - 七光台間
 800 - 899 大宮 - 春日部間
 大宮方向（上り）を偶数、船橋方向（下り）を奇数とし末尾にAをつける。
野田線 - 伊勢崎線直通旅客列車は頭にSをつける。
過去の設定
 2016年3月25日まではJR東日本の電車列車ダイヤと同じように運用番号の頭に始発駅の発時刻をつけ、上り列車は運用番号から1を差し引き末尾にAを、また毎時0～59分の間に同じ運用番号の列車が折り返す時には末尾にBをつけていた。
 回送列車は日比谷・半蔵門線直通列車と同じように始発駅の発時刻と運用番号を併せて、頭に6000番台を使用していた（2007年頃から、それ以前は営業列車と同じ設定）（例：七光台5:00発の06運用の回送列車→6506A）
 2007年3月10日から2011年7月22日のダイヤ改正まではAとBの記号が消滅しており、春日部駅において本線の列車番号と重複する場合に限り末尾にCを付けていた。それ以前のダイヤ改正までは、A～Cのすべての記号が存在していた。

東上線・越生線 
 種別
 1 - ：TJライナー
 50 - ：快速急行
 90 - ：川越特急
 100 - ：普通
 1000 - ：急行
 2000 - ：通勤急行（2016年3月26日のダイヤ改正で消滅、なお当種別制定前は準急が使用していた）
 3000 - ：準急（通勤急行制定前までは越生線の線内列車が当数字を使用していた）
 4000 - ：快速（2013年3月16日のダイヤ改正以前は定期回送列車として使用していた）
 5000 - ：臨時
 6000 - ：定期回送（2013年3月16日のダイヤ改正以前は臨時回送列車として使用していた）
 7000 - ：試運転
 8000 - ：入出場・社用品
 9000 - ：予備番号（1986年までは貨物列車が使用）
 1983年まで存在した朝ラッシュ時のときわ台に停車する準急は列車番号の末尾にTを付けて他の準急と区別していた。
 行先
 000 - ：小川町発着（急行のみ）・下板橋電留発着（回送）
 100 - ：小川町発着
 200 - ：森林公園発着
 300 - ：川越市発着
 498 - ：上福岡発着
 500 - ：志木発着
 700 - ：成増発着
 998 - ：上板橋発
 2005年3月17日のダイヤ改正まで存在した武蔵嵐山発着の列車には270～281の列車番号が付番されていた。
直通運転列車
 直通運転列車（東京メトロ有楽町線・副都心線、東急東横線・東急新横浜線、横浜高速鉄道みなとみらい線、相鉄新横浜線・本線・いずみ野線）は付番基準が異なり、記号・時間・運用番号で構成されている。
 記号
 A 志木発の上り列車
 B 志木着の下り列車
 C 川越市発の上り列車
 D 川越市着の下り列車
 E 森林公園・小川町発の上り列車
 F 森林公園・小川町着の下り列車
 時間
 数字は千位百位に始発駅の発車時間を使用する、例：森林公園6:34発→E6○○。
 また、副都心線直通列車は+3000である、例：川越市11:23発の33S運用→C4133S。
2016年3月26日ダイヤ改正以降：
数字は千位に列車種別：
1→副都心線経由元町・中華街発着急行（Fライナー）
2→有楽町線経由新木場発着普通
3→副都心線経由元町・中華街発着普通
4→副都心線経由元町・中華街発着快速（無用）
無し→副都心線経由元町・中華街発着快速急行
新横浜・相鉄直通系統についての詳細は不明。
次、百位は同一運用の最初の列車を1とし（同一運用の中に違う列車種別の場合も1である、例：平日13Tの最初発車は新木場行き森林公園6:33発→E2113T、森林公園からの次は元町・中華街行き10:39発→E1113T）、次列車より2、3、4の順にする。
 運用番号
 十位一位で運用番号を指定する。末尾に'S'（東京メトロ所属車両）または'T'（東武所属車両）または'K'（東急・横浜高速所属車両）が付く。
東上線系その他の列車
 森林公園・小川町 - 寄居、越生線は、付番基準が異なり、記号・時間・運用番号で構成されている。
 記号
 A 越生線の列車
 Y 小川町 - 寄居間の列車
 時間
 数字は千位百位に始発駅の発車時間を使用する、例：小川町8:34→Y8○○。
 運用番号
 十位一位で運用番号を指定する。

西武鉄道 
全路線で4桁以下の数字が使用される。基本的に種別(自社線内)と運行区間で番台ごとに区分され、上下別に時刻順で番号が振られる。下りは1からの奇数、上りは2からの偶数となる。

 例：池袋線系統 2512：2500からの区分の上り列車のうち6本目
 例：新宿線系統 2705：2600からの区分の下り列車のうち53本目
 例：新宿線系統 2253：2250からの区分の下り列車のうち2本目

原則として千位で種別を、百位で運行区間を示すが、例外が多い（下記一覧参照）。なおこのうち運行区間については、定期営業列車では区間そのもので区分されるが、定期回送列車では行先ごとに区分される。

また、池袋線の所沢 - 小手指間、新宿線の新所沢 - 南入曽間の回送列車について、「所沢・新所沢まで下り営業列車の場合」と「所沢・新所沢から上り営業列車となる場合」では、営業列車と回送列車が同一の列車として扱われ、列車番号は営業時のものを使用する。

 具体例：新所沢5:40発の急行西武新宿行きは、直前に南入曽から新所沢まで回送で送り込まれる。この場合は南入曽→新所沢の回送と新所沢→西武新宿の急行の双方が第2802列車となる。

定期列車と不定期列車はダイヤごとに時刻が定められており、同じ列車番号であれば時刻も同じになるが、臨時列車はこの限りではなく、同一ダイヤ内でも時刻の異なる列車に同じ列番が与えられることや、時刻の同じ列車に別の番号が与えられることも多い。

路線別に区分の一覧と備考を以下に示す。

池袋線系統 
 池袋線・西武秩父線・豊島線・狭山線・西武有楽町線が対象。
 1 - ：特急 池袋 - 西武秩父間 (飯能発着を含む)
 60 - ：特急 池袋 - 西武秩父間 (所沢・飯能発着を含む)(休日ダイヤで運行される列車のうち、平日ダイヤに近い時刻の列車が無い場合に使用)
 80 - ：特急 池袋 - 西武球場前間 (不定期)
90 - ：臨時特急
350 - ：観光列車 (不定期)
380 - ：観光列車向け不定期回送
 400 - ：S-TRAIN 元町・中華街 - 西武秩父間 (所沢・飯能発着を含む)
 500 - ：S-TRAIN 豊洲 - 小手指間 (所沢発豊洲行きを含む)
700 - ：特発の臨時列車 (車両交換・ダイヤ乱れ時など)
980 - ：観光列車 (臨時)
 1000 - ：快速急行 池袋 - 西武秩父間
 1100 - ：快速急行 池袋 - 飯能間
 1450 - ：快速急行 新木場 - 飯能間
 1550 - ：快速急行 新木場 - 小手指間
 1700 - ：Fライナー 快速急行 元町・中華街 - 飯能間
 1750 - ：快速急行 菊名 - 飯能間
 1800 - ：Fライナー 快速急行 元町・中華街 - 小手指間 (所沢発着を含む)
 1850 - ：快速急行 元町・中華街 - 小手指間
 2100 - ：急行 池袋 - 飯能間
 2250 - ：急行 池袋 - 小手指間
 2500 - ：通勤急行 池袋 - 飯能間
 3100 - ：快速 池袋 - 飯能間
 3200 - ：快速 池袋 - 小手指間
 3300 - ：快速 池袋 - 所沢間
 3350 - ：快速 池袋 - 西武球場前間
 3400 - ：快速 新木場 - 飯能間
 3550 - ：快速 新木場 - 小手指間
 3700 - ：快速 元町・中華街 - 飯能間 (菊名発着を含む)
 3800 - ：快速 元町・中華街 - 所沢間 (菊名発を含む)
 3850 - ：快速 元町・中華街 - 小手指間
 4100 - ：準急 池袋 - 飯能間
 4200 - ：準急 池袋 - 小手指間
 4300 - ：準急 池袋 - 所沢間 (保谷・清瀬始発を含む)
 4350 - ：準急 池袋 - 西武球場前間
 4400 - ：準急 新木場 - 飯能間
 4500 - ：準急 新木場 - 保谷・所沢間
 4550 - ：準急 新木場 - 小手指間
 4600 - ：通勤準急 池袋 - 所沢間
 4650 - ：通勤準急 池袋 - 小手指間
 4700 - ：準急 元町・中華街 - 飯能間
 4800 - ：準急 元町・中華街 - 石神井公園・保谷・清瀬・所沢間
 4850 - ：準急 元町・中華街 - 小手指間
 5000 - ：各駅停車 飯能 - 西武秩父間
 5080 - ：各駅停車 飯能 - 吾野間
 5090 - ：各駅停車 飯能 - 西武秩父間 (不定期)
 5100 - ：各駅停車 池袋 - 飯能間 (保谷・所沢・小手指始発の飯能行きを含む)
 5200 - ：各駅停車 池袋 - 小手指間
 5300 - ：各駅停車 池袋 - 所沢間
 5350 - ：各駅停車 池袋 - 西武球場前間 (所沢始発の西武球場前行き、西武球場前始発の保谷行きを含む)
 5400 - ：各駅停車 池袋 - 豊島園間（練馬始発の豊島園行きを含む）
 5600 - ：各駅停車 池袋 - 石神井公園間
 5700 - ：各駅停車 池袋 - 保谷間
 5850 - ：各駅停車 池袋 - 清瀬間
 6000 - ：各駅停車 飯能 - 長瀞・三峰口間
 6050 - ：上記の列車のうち、横瀬で連結・切り離しをする長瀞発着の列車
 6100 - ：各駅停車 西所沢 - 西武球場前間
 6300 - ：各駅停車 新木場 - 石神井公園間
 6350 - ：各駅停車 新木場 - 保谷間
 6400 - ：各駅停車 新木場 - 清瀬間
 6450 - ：各駅停車 新木場 - 所沢間
 6500 - ：各駅停車 新木場 - 小手指間（小竹向原発着および飯能行きを含む）
 6600 - ：各駅停車 元町・中華街 - 石神井公園間 (菊名・武蔵小杉発着を含む)
 6650 - ：各駅停車 元町・中華街 - 保谷間 (菊名・武蔵小杉発着を含む)
 6700 - ：各駅停車 元町・中華街 - 清瀬間
 6750 - ：各駅停車 元町・中華街 - 所沢間
 6800 - ：各駅停車 元町・中華街 - 小手指間（横浜・菊名・元住吉・武蔵小杉発着を含む）
 6850 - ：各駅停車 元町・中華街 - 飯能間
 9000 - ：回送 武蔵丘・芦ヶ久保・横瀬・西武秩父行き
 9100 - ：回送 狭山ヶ丘・仏子・飯能行き
9200 - ：回送 西所沢・小手指行き (西所沢行きは狭山線の列車を除く)(小手指行きのうち、所沢まで下り一般営業列車の場合を除く)
 9300 - ：回送 西所沢行き (狭山線内完結の列車)
 9400 - ：回送 清瀬・所沢行き (小手指発の所沢行きのうち、所沢から上り一般営業列車となる場合を除く)
 9500 - ：回送 東長崎・練馬・石神井公園行き
 9550 - ：回送 新木場行き
 9580 - ：回送 元町・中華街行き
 9600 - ：回送 池袋・保谷行き
 9700 - ：不定期試運転
 9800 - ：不定期回送
 9900 - ：臨時回送 (観光列車向けを含む)
9970 - ：臨時試運転
※特筆が無い回送は発駅の指定無し
 このほか、池袋線系統および新宿線系統では、西武球場前駅に関する野球開催日ダイヤ専用の列車にデーゲームダイヤでは7000番台、ナイターダイヤでは8000番台の列車番号が割り振られている。この場合百の位で種別を表すが、下2桁は種別による区別はしない。

新宿線系統 
 新宿線・拝島線・多摩湖線・西武園線・国分寺線が対象。
 100 - ：特急 西武新宿 - 本川越間
 160 - ：特急 西武新宿 - 本川越間 (休日ダイヤで運行される列車のうち、平日ダイヤに近い時刻の列車が無い場合に使用)
190 - ：臨時特急
450 - ：観光列車 (不定期)
480 - ：観光列車向け不定期回送
550 - ：観光列車 (不定期)
 600 - ：拝島ライナー 西武新宿 - 拝島間
700 - ：特発の臨時列車 (車両交換・ダイヤ乱れ時など)
980 - ：観光列車 (臨時)
 1600 - ：快速急行 西武新宿 - 本川越間
 2100 - ：急行 西武新宿 - 田無間
 2250 - ：急行 西武新宿 - 玉川上水間
 2300 - ：急行 西武新宿 - 拝島間
 2550 - ：急行 西武新宿 - 多摩湖間 (不定期)
 2600 - ：急行 西武新宿 - 本川越間
 2750 - ：通勤急行 西武新宿 - 本川越間
 2800 - ：急行 西武新宿 - 新所沢間
 4100 - ：準急 西武新宿 - 田無間
 4250 - ：準急 西武新宿 - 玉川上水間
 4300 - ：準急 西武新宿 - 拝島間
 4600 - ：準急 西武新宿 - 本川越間
 4800 - ：準急 西武新宿 - 新所沢間
 5000 - ：各駅停車 西武新宿 - 上石神井間
 5100 - ：各駅停車 西武新宿 - 田無間 (田無行きは上石神井発を含む)
 5250 - ：各駅停車 西武新宿 - 玉川上水間
 5300 - ：各駅停車 西武新宿 - 拝島間 (拝島行きは上石神井発を含む)
 5400 - ：各駅停車 小平 - 拝島間
 5470 - ：各駅停車 小平 - 玉川上水間
 5500 - ：各駅停車 西武新宿 - 多摩湖間
 5530 - ：各駅停車 小平 - 多摩湖間
 5550 - ：各駅停車 小平 - 多摩湖間 (不定期)
 5570 - ：各駅停車 玉川上水 - 拝島間
 5600 - ：各駅停車 西武新宿 - 本川越間 (本川越行きは上石神井・田無・新所沢発を含む)(本川越発は新所沢・所沢行きを含む)
 5800 - ：各駅停車 西武新宿 - 新所沢間
 5870 - ：各駅停車 西武新宿 - 狭山市間
 6000 - ：各駅停車 国分寺 - 多摩湖間
 6200 - ：各駅停車 東村山 - 西武園間
 6400 - ：各駅停車 国分寺 - 萩山間
 6500 - ：各駅停車 萩山 - 多摩湖間
 6530 - ：各駅停車 萩山 - 多摩湖間 (休日のナイター開催時のみ運転の列車を除いた不定期列車)
 6580 - ：各駅停車 萩山 - 多摩湖間 (休日ナイター開催時)
 6600 - ：各駅停車 国分寺 - 東村山間
 6870 - ：各駅停車 国分寺 - 西武園間
 7090 - ：種別不問 西武新宿・本川越 - 西武球場前間 (デーゲーム・イベント開催時)(本川越発着は所沢で列車番号を変更)
 7100 - ：回送 デーゲーム・イベント開催時運転
 8090 - ：種別不問 西武新宿・本川越 - 西武球場前間 (ナイター・イベント開催時)(本川越発着は所沢で列車番号を変更)
 8100 - ：回送 ナイター・イベント開催時運転
 9000 - ：回送 西武新宿行き
 9030 - ：回送 上石神井行き
 9100 - ：回送 田無行き
 9200 - ：回送 小平行き (拝島線内完結の列車は除く)
 9300 - ：回送 小川行き (拝島線内に限る)
 9330 - ：回送 小川行き (西武園・国分寺線内に限る)
 9350 - ：回送 西武園行き
 9360 - ：回送 東村山行き
 9400 - ：回送 玉川上水行き
 9430 - ：回送 小平・拝島行き (拝島線内完結の列車に限る)
 9450 - ：回送 萩山行き (拝島線内完結の列車に限る)
 9470 - ：回送 萩山・多摩湖行き (多摩湖線内完結の列車に限る) (一部ツーマン時のみ運転)
 9480 - ：回送 多客ダイヤ時のみ運転
 9500 - ：回送 南入曽行き (新所沢まで下り営業列車の場合を除く)
 9550 - ：回送 新所沢行き (新所沢から上り営業列車となる場合を除く)
 9600 - ：回送 本川越行き
 9650 - ：回送 狭山市行き
 9700 - ：不定期試運転
 9800 - ：不定期回送
 9900 - ：臨時回送 (観光列車向けを含む)
9970 - ：臨時試運転
※特筆が無い回送は発駅の指定無し

山口線 
山口線では3桁の数字が用いられ、定期と不定期で分けられる。1番は空けられている。

 100 - ：定期列車（現在は102 - 179が使用）
 200 - ：不定期列車（現在は202 - 293が使用）

以前は0番台と100番台が使用されていたが、2020年のダイヤ改正より多摩川線とともに変更された。

多摩川線 
多摩川線では3桁の数字が用いられる。

 200 - ：定期列車（現在は201 - 379が使用）

以前は0・100番台が使用されていたが、2020年のダイヤ改正より山口線とともに変更された。

相模鉄道 
相模鉄道では、以下のように定められている。
 3000 - ：特急（本線系統）
 3120 - ：特急（JR線直通系統）
 3700 - ：特急（本線 - 東横線系統）
 3750 - ：特急（いずみ野線 - 東横線系統）
 3800 - ：特急（本線 - 目黒線系統）
 3840 - ：特急（本線 - 新横浜発着系統）
 3850 - ：特急（いずみ野線 - 目黒線系統）
 3900 - ：通勤特急（いずみ野線 - 東横線系統）
 3950 - ：通勤特急（いずみ野線 - 目黒線系統）
 1400 - ：通勤急行（本線系統）
 1450 - ：通勤急行（いずみ野線系統）
 2000 - ：快速（本線系統）
 2500 - ：快速（いずみ野線系統）
 6000 - ：各駅停車（西谷発着を除く本線系統）
 6220 - ：各駅停車（JR線直通系統）
 6400 - ：各駅停車（本線 - 東横線系統）
 6550 - ：各駅停車（本線 - 目黒線系統）
 6700 - ：各駅停車（いずみ野線系統）
 7000 - ：各駅停車（西谷発着本線系統）
 7400 - ：各駅停車（いずみ野線 - 東横線系統）
 7550 - ：各駅停車（いずみ野線 - 目黒線系統）
 7980 - ：各駅停車（新横浜発着系統）
 8000 - ：試運転列車
 8650 - ：臨時各駅停車（新横浜発着系統）
 8700 - ：臨時試運転列車
 9200 - ：回送列車（新横浜線羽沢横浜国大発着系統）
 9300 - ：回送列車（本線系統）
 9500 - ：回送列車（いずみ野線系統）
 9700 - ：回送列車（新横浜線新横浜発着系統系統）
 9900 - ：臨時回送列車

下りが奇数、上りが偶数となっている。それぞれの種別の系統ずつに付番される。

運行番号

列車番号とは別に先頭車両の右上・左上・左窓下のいずれかに二桁（東急線直通運用のみ末尾に相鉄車はG、東急車はKが付く）の運行番号を表示している。列車番号と運行番号の関連性は無い。

相鉄車およびJR車については以下の方法で設定されている。これは2023年3月18日ダイヤ改正現在のものである。

 1群（11 - 15）：8両での運用（ただし車両不足時には10両編成での代走あり）
 3群・4群（31G - 43G）：21000系8両編成での運用
 5群（50 - 59）・6群（60 - 69）10両編成での運用
 7群（70 - 73）：12000系10両編成での運用
 7群（74 - 79）：JR車10両編成で相鉄線内出庫の運用
 8群（81 - 87）：JR車10両編成でJR線内出庫の運用
 9群（91G - 95G）：20000系10両編成での運用

十の位の数字によって「群」として管理されており、JR車運用以外は原則として、それぞれの群で1日ごとに順送りされる（例として本日11運用なら明日12運用、本日15運用なら明日は11運用という具合）。ただし、5群および6群については51運行から59運行および61運行から69運行で順送りされており、50運行および60運行については独立運用となっており翌日についても同一番号での運用となる。7 - 8群については相鉄線内のみ運行番号を表示し、JR線内は列車番号を表示する。

JR車については、その日に川越車両センター（一部列車は板橋駅横の留置線、新宿駅、大崎駅）から出庫して埼京線・りんかい線内の運用に就いたあと、新宿駅以北を始発とする相鉄線直通列車として相鉄線内に入線し、8群の運用として新宿駅以南の相鉄線直通列車を運行し相鉄線内に滞泊する。翌日に7群の運用として相鉄線内から出庫し、新宿駅以北を終点とする相鉄線直通列車の列車に就いたあと、埼京線・りんかい線内の運用に就いて川越車両センター（一部列車は大宮駅）に入庫する運用となっている。

平日81運行については、相鉄線内で出入庫を行わず、川越車両センターを出庫として、JR線内の運用に充当後新宿駅 - 海老名駅を2往復後池袋派出所に入庫する運用となっている。また、平日77運行についてはJR線内で折り返しで再度相鉄線内に入線し87運行に変更されて運行されて相鉄線内で滞泊する。そのため相鉄線内で2連泊する運用が初めて設定された。

東急車については、上記の規則に依らず地下鉄線内で使用している運行番号を相鉄線内においてもそのまま用いる（01K - 48Kが目黒線車両、51K - 65Kが東横線車両）。

3群・4群および東急目黒線からの乗り入れ車両の運行番号については、都営地下鉄三田線に乗り入れる場合は奇数番号を東京メトロ南北線に乗り入れる場合は偶数番号を使用する。そのため運行番号が奇数番号と奇数番号に1を足した偶数番号の2つで1つの車両の運用として扱われる（例として35G運行および36G運行が1つの車両で運行）ため一部の番号が欠番とされている。相鉄車の順送りについても同様の考えとなる（例として本日35G運行なら翌日は37G運行、本日39G運行なら翌日は42G運行という具合）。この関係上、相鉄線内の折り返しで運行番号が変わる運用も設定されている。

例外として、試運転列車には運行番号が設定されていない。試運転で表示されている番号は、出場時の検査で使用された番号となる。

名古屋鉄道 
2011年12月17日改正現在
基本的に名鉄名古屋駅（以下、「名古屋駅」）を何時台に発車するかを基準にした付番方法が採られている。始発から9時台は全3桁で上1桁が、10時台以降は全4桁で上2桁が名古屋駅の発車時間を表し、共通して下2桁が各列車固有の番号を表す。なお、午前0時は「24」を使用する。名古屋駅を経由しない列車は、始発駅もしくは各地区の主要駅を基準とする（以下の「名古屋発時刻」の記述に関しても同様）。
例1）名古屋駅を、8時39分に発車する急行犬山行きの列車番号は「875」
例2）13時12分に発車する急行一宮行きの列車番号は「1321」
十の位は運行系統を表している。
0…名古屋本線の名鉄名古屋駅以西を発着し同区間を快速急行として運行される列車
1…豊橋駅を発着する急行
2…豊橋駅発着系統を除く名鉄名古屋本線の名鉄名古屋駅以西を始発または終着とする急行、準急
4…名古屋本線と津島線を直通する列車
5…須ケ口 - 岐阜間の普通、西尾線内の普通、犬山 - 新可児間の普通
6…知立 - 猿投間の普通、須ケ口発着の津島線内の普通、犬山 - 岐阜間の列車
7…犬山線系統の急行、豊川線内折り返し系統の普通
8…伊奈 - 東岡崎間の普通、犬山線系統の準急、知立 - 碧南間の普通、津島 - 一宮間の普通
9…名古屋本線 - 犬山線の普通、一宮 - 玉ノ井間の普通、竹鼻・羽島線内の普通
豊橋方向の車両が先頭に立つ列車が偶数番号、名鉄岐阜（以下、「岐阜」）方向の車両が先頭に立つ列車が奇数番号となる。瀬戸線では栄町方面が偶数、尾張瀬戸方面が奇数となる。
途中駅で連結が行われる運用の列車は、連結駅まで「連結相手の列車番号+3000」（ミュースカイは「連結相手+500」）の番号が付番される。また、「ミュースカイ」のうち途中駅での分割が含まれる列車の場合、分割された列車は分割駅から「連結相手の列車番号+200」の番号が付番される。
例1）犬山駅で国府行き「778」と連結する新可児発国府行きの列車番号は「3778」となる。3778列車は、犬山から急行に変わる。
例2）犬山で分割を行う名古屋19時06分発ミュースカイ新鵜沼・新可児行きの分割後の列車番号は、新鵜沼行きが「47」、新可児行きが「247」となる。
以下に挙げる線区および列車では、次のような例外がある。
豊橋 - 岐阜間および豊橋 - 新鵜沼間の特急・快速特急
これらの列車は、9時台までは全2桁、10時台以降は全3桁の列車番号で構成され、各列車固有の番号は1桁のみとなり、固有番号が10を超える場合は+400をする。それ以外は基本則に同じ。
例1）名古屋駅を9時38分に発車する特急岐阜行きの列車番号は「97」
例2）名古屋駅を10時52分に発車する快速特急新鵜沼行きの列車番号は「107」
三河線知立駅以北（通称山線）および豊田線
この線区では、豊橋方向の車両が先頭に立つ列車が奇数番号、岐阜方向の車両が先頭に立つ列車が偶数番号となる。
常滑線および河和線では以下のように他線区に比べ大きく付番方法が異なる
系統別の列車番号
上記線区を経由する特急の列車番号は全3桁で構成され、上2桁が「名古屋発時刻+20」となる。常滑線特急が固有番号1 - 5の上下3つずつを使用し、河和線特急は6 - 9の上下2つずつを使用する。
例1）名古屋駅を8時19分に発車する河和発・特急岐阜行きの列車番号は「289」
例2）名古屋駅を13時24分に発車する中部国際空港発・特急岐阜行きの列車番号は「331」
パターンダイヤにおける中部国際空港 - 新可児間の準急（犬山 - 新可児間は普通）は、全4桁+アルファベット（後述）による列車番号で構成され、19時台まで上2桁が「名古屋発時刻+40」、20時台以降は上2桁が「名古屋発時刻+60」となる。
例1）名古屋駅を13時40分に発車する、中部国際空港発・準急新可児行きの列車番号は「5383F」
例2）名古屋駅を21時10分に発車する、中部国際空港発・準急新可児行きの列車番号は「8181F」
上記線区を経由する種別変更のない普通列車の列車番号は、全4桁+アルファベットで構成され、上2桁が「名古屋発時刻+60」となる。
例1）常滑始発7時00分の普通金山行きの列車番号は「6761G」
例2）河和始発10時17分の普通金山行きの列車番号は「7053C」
十の位は列車系統により異なる
5…河和・内海方面の普通
6…常滑・中部国際空港方面の普通
7…新鵜沼 - 河和・内海間の急行
8…新可児 - 中部国際空港間の準急
末尾には、以下のような条件によりアルファベットが付く。条件となる区間は神宮前駅以南。
A：河和線を経由し、普通区間や特別停車を含まない急行と、特別停車の有無に関わらず快速急行
B：河和線を経由し、普通区間や特別停車を含む急行と、普通区間を含む快速急行
C：河和線を経由し、種別変更を行わない普通
D：現在は使用されていないが、かつてキハ8500系で運転された特急列車（504D列車など）に使用された。他線区でも2004年までは気動車列車に使用されていた。
E：常滑線を経由し、普通区間や特別停車を含まない急行と、特別停車の有無に関わらず快速急行
F：常滑線を経由し、普通区間や特別停車を含む急行、普通区間を含む快速急行、特別停車の有無にかかわらず準急
G：常滑線を経由し、種別変更を行わない普通
H：現在は使用されていないが、1988年に設定された内海方面の高速列車（746H列車など）に使用された。
ミュースカイの列車番号
一部を除き、上り名古屋方面は1列車、下り中部国際空港方面は2列車から始まって連続する。60以降は名古屋本線特急と混在するため、+400をする。
小牧線
小牧線では始発駅を発車する時刻を基本とし、本線と同様、3桁ないし4桁で付番される。
下2桁については犬山折り返しが30番台、それ以外で40番台とし、上り平安通方面は偶数、下り犬山方面は奇数となる。
平安通を平日8時00分に発車する犬山ゆきは「831」
犬山を0時06分に発車する小牧ゆき最終は「2440」
築港線
平日は東名古屋港行きは4100列車、大江行きは4101列車から始まって、不定期列車も含め連続する。休日は前者が4110列車、後者が4111列車から始まり、同様に連続する。

近畿日本鉄道 
 名阪特急（名阪特急以外の特急は、以下の特急の事項を参照）
 甲特急大阪難波発は、始発駅の発車時刻の「時」の数字（9時ならば9）、同一発時に2本ある場合の2本目は「時」の数字+700（例えば土休日16:20発は716）。
 甲特急名古屋発は、同じく「時」の数字+50（9時ならば59）、同一発時に2本ある場合の2本目は「時」の数字+750（例えば土休日16:25発は766）。
 乙特急大阪難波、名張発は、同じく「時」の数字+100（9時ならば109）。
 乙特急名古屋発は、同じく「時」の数字+150（9時ならば159）
 例外
 名古屋6時発の大阪難波行き乙特急は356（休日のみ）
 大阪難波21時発の名古屋行き甲特急（白子・四日市・桑名に停車）は621（毎日運行）
 途中駅始発の場合、桑名始発は150、津始発は151（2016年3月のダイヤ変更で消滅）。

 特急（名阪以外）。
 千の位・百の位は始発駅の「時」。
 十の位・一の位は運行系統を表す。上りは偶数、下りは奇数。
 00 ・01…阪伊甲特急 (+3000)・しまかぜ（大阪難波発着は+6000、京都発着は+8000）・京伊特急（終夜運転時に阪伊乙特急と併結するものを除く）
 02 - 05…阪伊乙特急
 06 ・07…京奈特急（京橿特急と併結するものを除く）
 08 ・09…南大阪線特急
 10 ・11…名伊甲特急 (+3000)・しまかぜ（名古屋発着、+6000）
 12 - 15…名伊乙特急
 16 ・17…阪奈特急
 18 ・19…京橿特急
 京都 - 橿原神宮前間の特急に併結される京都 - 奈良間の特急は、大和西大寺 - 奈良間では、京都 - 橿原神宮前間の列車番号の末尾に「F」を付ける（2018年3月のダイヤ改正により定期列車としては廃止）。
 大阪難波 - 賢島間の特急に併結される京都 - 賢島間の特急は、京都・橿原線内では、大阪難波 - 賢島間の列車番号の末尾に「K」を付ける（2012年3月のダイヤ改正後、終夜運転時のみの設定であり、定期列車としては存在しない）。
 かつて大阪難波 - 白子間で名阪乙特急に併結されていた湯の山特急は、湯の山線内では併結相手の列車番号の末尾に「Y」を付けていた。
 同一時間帯に複数の同一系統がある場合は+3000、+6000などで区別する
 一般列車（けいはんな線を除く）。
 千の位・百の位は始発駅の「時」。
 十の位と千の位（＋3000、＋6000など）により、種別・区間を表す。
 一の位はその時間の発車ごとに、連番（ただし、特急は十の位と併せて運行系統を表す）。同一時間帯に6本以上ある場合は千の位により区別する。
 ただし、一部で運転区間により一の位を使い分ける場合がある。（例、大阪線急行・快速急行のうち、山田線および鳥羽線に直通する大阪上本町 - 松阪・宇治山田・五十鈴川・鳥羽発着には0 ・1、大阪線内で完結する大阪上本町 - 五位堂・大和八木・名張・青山町・伊勢中川発着には2 - 9を使用）
 上りは偶数、下りは奇数。
 奈良線の普通電車・区間準急・準急・快速急行については、阪神なんば線への直通の有無にかかわらず連番となっている。
 一部の支線区等では百の位・十の位で始発駅の「時」、一の位はその時間の発車ごとに、連番の2 - 3桁を使用する。
けいはんな線を除く全路線の付番（表は列車番号の若い順に並べてある。上りと上下の下1桁は0に、下りの下1桁は1に統一している。ただし、下1桁が必ず同じ数字になる場合はその数字で書いてある。また、○には始発駅発車時刻が入る。特に注意書きの無い○本目以降（○本目）は同一時間帯発車の○本目以降（○本目）の意である。）

 けいはんな線
 千の位・百の位は始発駅の「時」を表しているが、学研奈良登美ヶ丘方面行きは3000を足した数字となる。
 生駒始発列車の多くは、ダイヤ上東生駒信号場（車庫）始発として扱われているため、毎時0~2分に同駅を発車する列車では、その時点で1つ前の数字となっていることがある。
 十の位・一の位は運用番号
 Osaka Metro車両は出庫順に00から連番で付番
 近鉄車両は出庫順に70から連番で付番

京阪電気鉄道

京阪線 
京阪電気鉄道の京阪線関連（鋼索線を除く）での列車番号は、頭部と末尾にアルファベット1文字が、その中間に算用数字4桁が入るようになっている。頭部のアルファベットは列車の種別と運行区間・停車駅を、末尾のアルファベットは終着駅をそれぞれ分類し、中間の算用数字4桁は、上2桁が始発時を、下2桁が列車の発車の順位を表している。

京阪部内では前者のアルファベットは種別コード、後者のそれは行先コードとも称されている。

この列車番号の付番方法は列車運行管理システム (ADEC) の導入準備を行った1984年3月29日ダイヤ改正より採用されたものである。なお、同システムの本格使用開始は1987年12月から行っている。

なお、それ以前の列車番号の付番方法、ならびに鋼索線についての説明は本項では割愛する。

以下にアルファベット（頭部・末尾とも）について記述する。
 頭部のアルファベット
 頭部のアルファベットは列車の種別と運行区間・停車駅を表す。
 A 快速特急
 B 特急、ライナー
 C 通勤快急　
 D 快速急行  
 E 深夜急行（現在は制定のみで設定なし）
 F 急行（淀発着を除く）
 G 急行（淀発着）
 J 通勤準急（中之島線直通を含む全線通し。三条折り返しを含む）
 K 準急（中之島線直通を含む全線通し。三条折り返しを含む）
 L 通勤準急（途中折り返しの列車）
 M 準急（途中折り返しの列車）
 N 区間急行（守口市 - 京橋間で外側線（B線）を走行する列車）
 P 区間急行（Nに該当するものを除く）
 Q 普通（淀を跨いで運転されるもの）
 R 普通（淀以西のみ運転されるもの）
 S 普通（淀以東のみ運転されるもの）
 T 普通（交野線内）
 U 普通（出町柳方向より宇治線に直通するもの。現在は制定のみで設定なし）
 V 普通（宇治線内）
 X 臨時列車・団体専用列車
 Y 回送列車
 Z 試運転列車
 末尾のアルファベット
 末尾のアルファベットは該当の列車の終着駅を表す。
 A 淀屋橋
 B 中之島（2008年に京橋から変更）
 C 中書島
 D 石清水八幡宮（現在は制定のみで設定なし。渡り線撤去で構内入換不可能）
 E 丹波橋（現在は制定のみで設定なし。渡り線撤去で構内入換不可能）
 F 龍谷大前深草（現在は制定のみで設定なし。構内入換可能）
 G 京橋（現在は制定のみで設定なし。構内入換可能）
 H 枚方市
 J 七条（現在は制定のみで設定なし。渡り線撤去で構内入換不可能）
 K 香里園
 M 守口市
 N 寝屋川信号場（萱島・寝屋川市発着列車を含む。ただしQに該当するものを除く）
 Q 萱島（寝屋川信号場を発着せずに別の駅との間で回送される列車）
 R 樟葉
 S 三条
 T 天満橋（現在は制定のみで設定なし。構内入換可能）
 U 宇治
 W 私市
 X 交野市（現在は制定のみで設定なし。構内入換不可能だが非常用渡り線あり）
 Y 淀
 Z 出町柳（1989年に追加設定）
 数字：アルファベットの中間に入る算用数字4桁は、上2桁が始発時を、下2桁が列車の発車の順位を表している。下2桁は下り（京阪本線・鴨東線・中之島線:出町柳→淀屋橋・中之島、宇治線:中書島→宇治、交野線:枚方市→私市）を奇数（01, 03…の順序）で、上り（淀屋橋・中之島→出町柳、宇治→中書島、私市→枚方市）を偶数（00, 02…の順序）で表記する。
 上2桁の記述の例：8時台に出発する列車では「08」、19時台であれば「19」と表す。大晦日終夜運転のときは3時台「27」までを用い、4時台は「04」となる。萱島・寝屋川市始発列車の多くは、ダイヤ上寝屋川信号場始発として扱われているため、毎時3分までに始発駅を発車する列車は、1つ前の数字となっていることが多い。
 下2桁の記述の例：上り1本目の列車なら「00」、下り5本目の列車なら「09」と表す。ただし快速特急は+20で、ライナーは+30で付番する。また、臨時列車は+50で付番するものもある。通勤快急「おりひめ」、快速急行「ひこぼし」は+80で付番していた（設定当時は列車は直通するが枚方市で上り・下りの関係が逆転するので枚方市を境に列車番号を変更していたが、現行ダイヤでは全区間本線の付番に合わせている）。
 私市については「S」と「K」が三条と香里園とそれぞれ重複するため「わたくしし」と読み変えている。樟葉（ローズタウンの頭文字であるRoseのR）や交野市（頭文字の交をその英語読みのCrossに読み替え→その略語のX）も同様。また始発・終着駅である淀屋橋は「A to Z」の「A」より、同じく出町柳は「A to Z」の「Z」を使用している。
 Bの中之島は、中之島線開業前は京橋が使用していた。1998年5月から1999年11月まで運転していた京橋始発の臨時特急において、天満橋からの1区間の回送列車で使用された実績がある。
 Xの交野市（1987年5月まで）、Fの深草（1987年5月まで）、Tの天満橋（2008年10月まで）はかつて定期営業列車で使用されていた。
2008年10月改定時、Fの深草は平日午前の回送列車1本のみ設定されていた。
2009年9月改定時、Qの萱島は営業列車では1日1本のみ設定されていた（平日：R2304Q, 土曜・休日：R0700Q。いずれも萱島まで回送）。
Jの七条については、K-ATSの試運転列車で使われた実績がある。
2017年から運行されている「プレミアムカー」を連結する列車や「ライナー」では、この数字を「特急○○号」「快速特急○○号」「ライナー○○号」としてそのまま旅客案内に用いている。
 表記例：上記の解説に基いて列車番号を説明すると、「淀屋橋を9時台に出発する2本目の上り急行出町柳行き」の場合は「F0902Z」と表記する。

大津線 

京津線・石山坂本線ともに4桁の算用数字で表され、上2桁が始発駅の出発時、下2桁が列車の発車の順位を表す。

京津線
下2桁は京都市役所前発着系統、太秦天神川発着系統でそれぞれ上り（御陵→びわ湖浜大津）は00から偶数で、下り（びわ湖浜大津→御陵）は01から奇数で付番し、太秦天神川発着系統は頭にCを付けることで区別する。
びわ湖浜大津 - 四宮の区間列車は+30で、四宮→京都市役所前の区間列車（土曜・休日のみ）は+40で付番する。
表記例：浜大津を17時台に出発する2本目の下り太秦天神川行きは「C1703」
石山坂本線
十の位で運行系統を表す。
6：全線通し
7：坂本比叡山口 - 近江神宮前の区間列車
8：石山寺 - 近江神宮前の区間列車
一の位は出発順に下り（石山寺→近江神宮前→坂本比叡山口）は1から奇数で、上り（坂本比叡山口→近江神宮前→石山寺）は0から偶数で付番する。
なお、同一時間帯に同一系統の列車が6本以上ある場合は最初に戻り頭にAを付けて再び付番する。
表記例：石山寺を17時台に出発する6本目の下り坂本比叡山口行きは「A1761」

阪神電気鉄道 
阪神電鉄の本線および阪神なんば線では、2桁から4桁の数字で表されており、山陽電気鉄道線への乗り入れ列車については末尾に『S』の英文字が付けられている。

2009年3月20日より開始する近畿日本鉄道への直通運転時に列車番号の付番方法が一部変更され、近鉄車使用の場合は先頭に『K』が記される（阪神電鉄線内のみ）。また直通列車は大阪難波駅で列車番号を変更する（近鉄時刻表 2009年版 奈良線・阪神電鉄線ページの列車番号記載欄より。実際列車番号が変わるのは乗務員交代が行われる桜川駅となる）。

大阪梅田 - 山陽姫路間の直通特急・直通B特急については、区間運転を含めて列車番号の千位が『9』となり、また臨時列車（プロ野球および高校野球開催時の臨時特急など）は列車番号の千位が『8』となっている。
 直通特急・直通B特急
直通特急・直通B特急（神戸三宮 - 板宿間各駅停車）は4桁の数字で表され、列車番号の千位が『9』で始まり、中2桁は始発駅の時間（11時台の場合は『11』）を表す。

神戸三宮 - 板宿間の各駅にも停車する直通特急は『列車番号+300』となる（11時台の直通B特急の場合は『41』）。

下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。山陽の車両で運転される場合は、列車番号の先頭に『S』の英文字が付けられている（この場合、末尾のSは省略）。

また、山陽電鉄では数字の部分に関してはこのルールがそのまま適用されるが、阪神の車両を使う場合は阪神電鉄線内での列車番号の末尾『S』を外し、先頭に『H』を付け（9xxxS⇒H9xxx）、山陽の車両を使う場合は阪神電鉄線内での列車番号の先頭の『S』を外し、末尾に『H』を付ける（S9xxx⇒9xxxH）。
 特急・快速急行・急行・準急・区間準急・普通
特急・快速急行・急行・準急・区間準急・普通は3桁または4桁の数字で表され、列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。また快速急行の近鉄車使用列車の場合は先頭に『K』を付ける (Kxxxx) 。
十位はそれぞれの列車種別を表している。
 0・1：特急
 2：快速急行
 4・5：急行
 6・7：普通
 8・9：阪神なんば線普通・準急・区間準急
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。山陽電鉄線へ乗り入れる列車は、列車番号の末尾に『S』の英文字が付けられている。

なお、運用の関係で線内運転であっても、特急には山陽の車両を使うものが、快速急行には近鉄の車両を使うものがそれぞれ存在するが、この場合も前者は直通特急と同様に先頭に『S』を、後者は本線直通快速急行と同様に『K』を付ける。ただし近鉄車でも阪神なんば線内で折り返す場合は『K』は付かない。また、阪神なんば線では区間準急・準急はすべて各駅停車となっているため普通と同じ番号となっている。快速急行と同じく、近鉄車でも阪神なんば線内で折り返す場合は『K』は付かない。
 区間特急
区間特急の列車番号は通し番号で付番されている。この列車は御影⇒大阪梅田のみの片道運行なので上り列車の番号が10から始まる偶数の通し番号で付番されている。1本目の区間特急は『10』、2本目の区間特急は『12』となっている。
 区間急行
区間急行の列車番号は通し番号で付番されている。40から始まる通し番号で付番され（下りは奇数、上りは偶数）、先頭には『K』の英文字が付けられている。1本目の下り区間急行は『K41』、1本目の上り区間急行は『K40』となっている。
かつては甲子園⇒梅田のみの片道運行で、上り列車の番号が2から始まる通し番号で付番されていた。1本目の区間急行は『2』、2本目の区間急行は『4』となっていた。また列車番号の先頭には現在と同じく、『K』の英文字が付けられていた。
 準急（本線。現在は廃止）
準急の列車番号は100番台・200番台が付けられ朝ラッシュ時の準急は100番台、夕方ラッシュ時の準急は200番台が付けられていた。列車番号は区間急行と同じく通し番号で付番され、上りは100 - 118（朝）、200 - 224（夕方）下りは101 - 117（朝）、201 - 231（夕方）の列車番号が与えられていた。また列車番号の先頭には『S』の英文字が付けられていた。
 武庫川線
武庫川線の列車番号は2桁または3桁の数字で表され先頭には『M』の英文字が付けられている。列車番号の先頭2桁が始発駅の時間を表し、下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。ただし、朝や夕方のラッシュ時など6本以上運転される時間帯は前後の時間の番号を使うことがある。

阪急電鉄

神戸線系統 
阪急電鉄の神戸線では、3桁から4桁の数字で表されており、神戸高速線への乗り入れ列車については先頭に『K』の英文字が付けられている。
 特急・通勤特急・急行・通勤急行・準急・普通・今津（北）線普通
列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。十位はそれぞれの列車種別を表している。
 特急・通勤特急：0・1
 急行：5・6
 通勤急行：3・4
 準急：7
 普通：2・3・4
 今津（北）線普通：7・8・9

下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。通勤特急・通勤急行・準急はさらに『+3000』となる。また、大阪梅田 - 西宮北口間の普通は先頭に『L』の英文字が付けられている（後述する入出庫関連のものを除く）。
 快速急行
4桁の数字で表されており、千の位に3をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
 普通（西宮車庫入出庫関連）
午前中に西宮車庫を出庫するものは1 - , 午前中に西宮車庫に入庫するものは100 - , 午後に西宮車庫を出庫するものは50 - , 午後に西宮車庫に入庫するものは150 - が付番されている。
 伊丹線・甲陽線・今津（南）線
4桁から5桁の数字で表されており、万の位・千の位が始発駅の時間を表す。百の位は0をつける。十位はそれぞれの路線を表している。
 伊丹線：2・3
 甲陽線：5・6
 今津（南）線：7・8・9
下1桁は発車順序で付番されている。

宝塚線系統 
 特急日生エクスプレス
8000 - の連番で付番されている。
 急行・準急・普通
列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。十位はそれぞれの列車種別を表している。
 0・1：急行
 2・3：普通
 4・5：普通（大阪梅田 - 雲雀丘花屋敷）
 6・7：普通（箕面線 石橋阪大前 - 箕面）
 8：準急
 9：普通（大阪梅田 - 豊中）
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9, 上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。箕面線の準急はさらに『+3000』となる。
 通勤特急
千の位に7をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
 普通（大阪梅田 - 箕面）
千の位に3をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。

京都線系統 
 快速特急・直通特急
百位・十位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。ただし、堺筋系統の直通特急の場合は千の位に6をつけ、神戸線に乗り入れる場合は先頭に『K』をつける。
 通勤特急
先頭に『T』を付け、百位・十位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
 特急・準特急・急行・準急（梅田発着）・普通（一部）
4 - 5桁で表され、列車番号の先頭1 - 2桁が始発駅の時間を表す。百位は『0』、ただし急行は『1』、を付ける。十位はそれぞれの列車種別を表している。
 0：準特急
 1・2：特急・急行
 3・4：準急
 6：普通（茨木市・正雀 - 大阪梅田）
 8：普通（桂・洛西口・長岡天神- 大阪梅田）
下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9, 上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。
 堺筋準急
千の位に3をつけ、百の位・十の位が始発駅の時間を表す。下1桁は発車順序で付番されている。
 普通（一部）・千里線・嵐山線
3 - 4桁で表され、列車番号の先頭1 - 2桁が始発駅の時間を表す。十位は区間を表している。Osaka Metro所属車については先頭に『S』の英文字が付けられている。
 0：京都河原町 - 大阪梅田
 2：高槻市 - 天下茶屋
 4：高槻市 －大阪梅田
 5・6：北千里 - 天下茶屋
 7：北千里 - 大阪梅田
 8・9：嵐山 - 桂
下1桁は発車順序で付番されている。

南海電気鉄道・泉北高速鉄道 
南海電気鉄道と、相互乗り入れを行う泉北高速鉄道はA桁・B桁・C桁・D桁の4桁の算用数字により表されている。
 A桁（千の位） 列車種別。急行では停車駅も区別する。
 0・特急（天空を含む）　1・南海線急行、快速急行　2・空港急行、白線急行（春木停車急行）、高野線急行　3・区間急行　4・準急　5,6,7・普通、各停、ケーブル線 
 8・回送、試運転
 9・回送、試運転、その他（団体専用)
 B桁（百の位） 運行区間（回送区間を含む）。同じ数字でもA桁の数字により区間は異なる。特急では停車駅や指定席の有無も区別する。
 C桁・D桁（十の位・一の位） 列車の発車順序。下りが奇数で上りが偶数。また、1日に片方向で50本以上運転されると百の位が変化してしまうので、1日に50本以上運転されることが見込まれる列車は百の位を2つ使用する。
 例：高野線6499列車（各停河内長野行きの49番目の列車）の次の各停河内長野行きは6501列車（各停河内長野行きの50番目の列車）となる。
 なお、南海線・空港線、高野線どちらも上りの一番目の列車は下二桁が必ず02となる。
 ただし、49本目（百の位が繰り上がる）の列車の下二桁は00となる。
南海線・空港線と高野線では列車番号が重複しても別の列車として扱うので、同じ列車番号の列車がそれぞれの路線で同時に走っていることがある。

臨時回送、試運転列車は南海線・空港線は指定区間で運転されるが、高野線は始発駅は任意駅で設定される。
 上二桁の付番と運転区間（下二桁は省略）

 なお、泉佐野～関西空港間のみ運転の下り普通列車は、回送区間が異なるため、7101と7201なる。　そのため、7103～7199は現ダイヤに存在していない。

西日本鉄道 
西日本鉄道の天神大牟田線・太宰府線・甘木線では以下の列車番号で運行・運転している。なお、列番の正式表記は番号の前に「第」をつける。

Axxx：特急福岡　ー　大牟田間
A9xx :試運転、臨時回送、教習車、架線点検、臨時列車(試乗会・ラストラン列車)など　　(城島酒蔵開き開催の際には、第A956列車・第A958列車など臨時回送扱いで一部区間を普通列車として運行した例もある。)(太宰府線・甘木線にて、試運転など、臨時列車を運行・運転する場合は、使用しない。)
 Cxxx：直行　下り列車のみ運行　福岡(天神)ー春日原・二日市間　(2010年3月26日廃止）
 Dxxx：快速急行　上り列車のみ運行　大牟田・柳川ー福岡(天神)間 (2010年3月26日廃止）
 Gxxx：福岡（天神） ー　小郡・ 花畑・西鉄柳川・大牟田間、　西鉄柳川 ー大牟田間、　二日市・筑紫ー花畑間、　二日市ー大牟田間の急行
G9xx : 上記区間の臨時急行　(筑後川花火大会開催の際に久留米発二日市行き急行・福岡行き急行を運行。2019年)
 Hxxx：福岡（天神)ー花畑間の区間急行
 Jxxx：福岡（天神） ー　筑紫間の急行及び、福岡(天神)  ー　筑紫間の区間急行
J9xx : 上記区間の臨時急行　(博多祇園山笠開催の際に筑紫発福岡行き急行第J930列車を運行。2019年)
 Kxxx：福岡（天神） ー　西鉄二日市間の急行及び、福岡(天神)  ー　西鉄二日市間の区間急行
 Lxxx：福岡(天神)  ー　太宰府間の急行及び、太宰府線内の上りの一部普通列車(旅客案内上は急行)(太宰府線内は種別扱いがないため全て普通列車として運行する。)
 0xxx：回送列車
03xx : 05〜14時台に始発駅を出発する観光列車(TRKC)(観光列車で運行される回送列車も含む。)
04xx : 15〜24時台に始発駅を出発する観光列車(TRKC)(観光列車で運行される回送列車も含む。)
09xx : 臨時観光列車(TRKC)(観光列車で運行される回送列車も含む。)及び、「A9xx」の臨時回送列車と運行・運転上分ける必要がある列車。
 1xxx：福岡（天神）・二日市・西鉄久留米 ー 西鉄柳川・大牟田間の普通
19xx : 上記区間の臨時普通列車　(終夜運行時に第1961列車などを運行。)
 2xxx：福岡（天神）・二日市　ー　花畑・大善寺間の普通
29xx : 上記区間の臨時普通列車　(筑後川花火大会開催の際に第2910列車など、博多祇園山笠開催時に第2920列車を運行。2019年)(終夜運行時に第2980列車などを運行。)
 3xxx：福岡（天神）・　二日市　ー　西鉄小郡間の普通
39xx : 上記区間の臨時普通列車　(小郡花火大会「夢HANABI」開催の際に運行。2019年)
 4xxx：福岡（天神)ー 筑紫間の普通列車
49xx : 上記区間の臨時普通列車　(終夜運行時に第4981列車などを運行。)
 5xxx：福岡（天神）ー 西鉄二日市間の普通・西鉄二日市 ー 筑紫間の普通
 6xxx：太宰府線内の普通また、旅客案内上は急行で運行する列車。
69xx : 上記区間の臨時普通列車　(終夜運行時に第6980列車、第6991列車など運行。) 太宰府線内で運行・運転する、試運転、架線点検、臨時列車、臨時回送など。(2020年9月に警戒試運転として「第6941列車」「第6940列車」を運行。)
 7xxx：甘木線直通の普通(ワンマン) 甘木・本郷・北野　ー　久留米・花畑・大善寺・柳川・大牟田間
79xx : 甘木線内で運行・運転する、試運転、臨時列車など。(2020年9月に警戒試運転として「第7941列車」「第7943列車」などを運行。)
 8xxx：福岡（天神） ー　太宰府間の普通
89xx : 上記区間の臨時普通列車　(終夜運行時に第8970列車などを運行。)
9xxx : 柳川ー大牟田間の普通列車
xDxx: 天神大牟田線、太宰府線、甘木線全線において、事故などでの臨時列車、臨時回送また、車両取り替えなどと他に、突発的に運転・運行する試運転、臨時列車、臨時回送など。(2020年10月1日に、臨時回送として、「第AD30列車」「第AD52列車」など、5本運転。)(2021年2月11日に臨時列車、臨時回送として、「第JD61列車」「第JD63列車」などを運行(運転)。)

2桁目と3桁目が基準となる駅（おもに始発駅）の発車時刻が何時台かを表している。たとえば7時台の場合は07, 21時台の場合は21になる。但し他の列車との兼ね合いで、1時間遅い時間を列番として用いる場合がある。試運転、臨時列車等また、臨時営業列車に関しては2桁目は必ず9または3・4が付番され、3桁目以降は上記の限りではない。(例:14時台に出発する試運転列車は「第A94x列車」となる。)4桁目は下りが奇数で上りが偶数で、1 - 3桁目が同じ列車番号のものに順番につけている。またその番号で、足りない場合には、2桁目に3・4が付番される。ワンマン運転を行う列車は2桁目が5（5 - 14時台）または6（15 - 24時台）になっている。(全てではない。)

(例: 福岡を15時台に出発する1本目の大牟田行き特急……「第A151列車」)

(例: 福岡を12時台に出発する3本目の筑紫行き普通……「第4125列車」)

(例: 大牟田を07時台に出発する1本目の甘木行き普通(ワンマン)……「第7570列車」)

(例: 太宰府を10時台に出発する1本目上り観光列車……「第0300列車」)

準大手私鉄

新京成電鉄 
 新京成では運行番号と関係なく、下り列車では1から奇数を、上り列車では2から偶数を始発列車から順に振っていく付番方法となっている。
 運行区間によって百位の数字が区別されており、それぞれの種類ごとに始発駅発車順の付番となっている。
 松戸 - 京成津田沼間…1列車および2列車から順に、**, 1**まで
 松戸 - 新津田沼間…2**
 松戸 - （京成津田沼経由） - 千葉中央間の京成千葉線直通列車…3**（ただし、下り301列車は欠番）
 くぬぎ山 - 京成津田沼（新津田沼）間の区間列車…5**
 松戸 - くぬぎ山間の区間列車…7**
 新津田沼 - 京成津田沼間の区間列車…8**（現行ダイヤでは早朝の下り801列車のみ）
 なお、千葉線直通列車では3xx列車が直通した場合、京成ではaaxxF（aaは始発駅発車時刻の「時」、Fは新京成所属車を表すアルファベット）という列車番号になる。京成線内での運行番号は、下り列車ではxx, 上り列車ではxx+1の奇数となる。

山陽電鉄 
 直通特急・直通B特急・阪神特急
阪神電気鉄道を参照。
 特急（山陽特急）・S特急・普通
3桁または4桁の数字で表され、列車番号の先頭2桁が始発駅の時間（7時台は『7』、16時台は『16』）を表す。
十位はそれぞれの列車種別と運行区間を表している。
 0：特急
 1：普通（阪急神戸三宮・阪神神戸三宮・高速神戸・新開地 - 東須磨、東須磨 - 山陽須磨）
 2：普通（阪急神戸三宮・阪神神戸三宮・高速神戸・新開地・東須磨・山陽須磨 - 飾磨・山陽姫路）
 3：普通（東二見 - 高砂）
 4：S特急
 5：普通（阪急神戸三宮・阪神神戸三宮・高速神戸・新開地 - 山陽須磨・飾磨 - 山陽姫路）
 6:普通（飾磨-山陽網干）
 8：普通（阪急神戸三宮・阪神神戸三宮・高速神戸・新開地・東須磨 - 霞ヶ丘・東二見）
 9：普通（東二見 - 山陽姫路）

下1桁は発車順序となり、下り列車は1・3・5・7・9、上り列車は0・2・4・6・8の順番で付番されている。
運行区間が阪急神戸三宮・阪神神戸三宮・高速神戸・新開地 - 東須磨、東須磨 - 山陽須磨、東二見 - 高砂、飾磨 - 山陽姫路のものは『+3000』となる。
阪急神戸三宮発着は末尾に『K』、阪神神戸三宮発着は末尾に『H』を付ける。
また、東二見 - 山陽姫路の特急は先頭に『0』をつける

中小私鉄

津軽鉄道 
津軽中里方面を奇数、津軽五所川原方面を偶数として付番している。各々の番台の列車の始発時刻が早い順に付番していく。
 0番台 - 20番台 …普通列車。
 50番台 …準急列車。

小湊鉄道 
上総中野方面を奇数、五井方面を偶数として付番している。
 上総中野方面
 五井始発の列車は始発から順に付番する。
 上総牛久発の列車は100番台で始発から順に付番する。
 五井方面
 五井終着の列車は始発から順に付番する。
 土日祝日時の付番
 上記方式で付番後、末尾にAをつける。

東京モノレール 
羽田空港第2ターミナル方面を奇数、モノレール浜松町方面を偶数としており、4桁の数字の前後にアルファベットをつけている。数字の前のアルファベットは種別を示すが、普通列車はアルファベットをつけない。
 F…区間快速
 G…空港快速
 K…回送
4桁の数字は、千位・百位は始発駅の発時刻、十位・一位は運行番号となる。運行番号は奇数のみで、上り列車（モノレール浜松町方面）は運行番号から1を引く。なお、種別にかかわらず同一発時刻で同一方向の2本目となる運行番号は、末尾にHをつける。

秩父鉄道 
 三峰口方面を奇数、羽生方面を偶数として付番している。原則として急行「秩父路」は1000番台、三峰口・影森・秩父 - 羽生間の各駅停車は1500番台、三峰口・影森 - 熊谷間の各駅停車は1桁もしくは2桁、熊谷 - 羽生間の各駅停車は100番台、寄居 - 羽生間の各駅停車は1800番台、寄居 - 熊谷間の各駅停車は1600番台、SLパレオエクスプレスは5000番台、貨物列車は7000番台である。西武線直通列車はSを前につけた1桁の数字である。

関東鉄道 
 常総線
下館方面を奇数、取手方面を偶数として4桁で付番している。
千の位は行先を表している。
 1 取手行
 2 守谷行
 3 水海道行
 4 下妻行
 5 下館行
 7 快速列車（取手行・守谷行・下館行共通）
下3桁は発車順序で付番されている。
 竜ヶ崎線
竜ヶ崎方面を奇数、佐貫方面を偶数として連番で付番されている。

箱根登山鉄道 
 鉄道線
小田急線からの直通電車は、こちらを参照。
強羅方面を奇数、小田原方面を偶数として付番している。
 101－ …小田原駅－箱根湯本駅間　※定期列車の設定はなし
 201－ …小田原駅－強羅駅間　※定期列車の設定はなし
 401－ …箱根湯本駅－強羅駅間
臨時列車は、6000が加わる。
 鋼索線
早雲山方面を奇数、強羅方面を偶数として付番している。
 2001－ …強羅駅－早雲山駅間

大井川鐵道 
大井川本線では千頭方面を奇数、金谷方面を偶数として付番する。各々の番台の列車の始発時刻が早い順に付番していく。
 0番台 - 30番台 …金谷 - 千頭間の普通列車（千頭行きが1番から、金谷行きが2番から付番）。
 80番台 …金谷 - 新金谷間の普通列車（新金谷行きが81番から金谷行きが82番から付番）。
 100番台、1000番台 …SL急行。

井川線では井川方面を奇数、千頭方面を偶数として付番する。
 130番台 …千頭 - 奥泉間の普通列車（奥泉行きが131番、千頭行きが132番）。
 200番台 …千頭 - 井川間の普通列車（井川行きが201番から、千頭行きが202番から付番）。
 400番台 …千頭 - 接岨峡温泉間の普通列車（接岨峡温泉行きが403番、千頭行きが402番）。

遠州鉄道 
上り（新浜松方面）を偶数、下り（西鹿島方面）を奇数として、始発列車より順番に付番してゆく。臨時列車の場合には臨xxx列車、時刻変更を伴う列車は変xxx列車となる。

なお、団体専用列車などの一般旅客の乗車できない単発的な臨時列車を除き、祭事等の臨時ダイヤで臨時列車を挟む場合でも始発列車より順番に付番してゆき、最終列車側から順に臨時列車扱いとなる。仮に例えば定期列車の下り最終列車を165列車として、161列車と163列車の間に増発臨時列車を挟んだ場合、その増発列車が変163列車、本来の163列車が変165列車、本来の165列車が臨167列車となる。
なお、臨時ダイヤではない団体専用列車などの臨時列車は臨1列車（下り）/臨2列車（上り）から順に付番される。

東海交通事業 
勝川方面を奇数、枇杷島方面を偶数として、各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。末尾には H をつける。
 100番台 …毎日運転の列車。
 200番台 …土曜・休日運休の列車、休日運休の列車。

三岐鉄道 
三岐線では西藤原方面を奇数、近鉄富田方面を偶数とし、各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。
 0番台 …近鉄富田 - 西藤原間の列車。
 300番台 …近鉄富田 - 保々間の列車。

北勢線では阿下喜方面を奇数、西桑名方面を偶数として付番する。
 0番台 - 200番台 …西桑名 - 阿下喜間の列車。（上1 - 2桁（十・百の位）は始発駅の発車時刻の「時」が使用される）
 300番台 - 500番台 …西桑名 - 東員・楚原間の列車。（上1 - 2桁（十・百の位）は始発駅の発車時刻の「時」に30を加えたものが使用される）

養老鉄道 
 千の位・百の位は始発駅の「時」。運用区間によっては百の位のみが付番される。
 千の位は運用区間。
 無し（時間により1、2が付番される）…通し列車（桑名 - 大垣間、大垣 - 揖斐間）。西大垣始発の桑名行きも同じ扱いである。
 3…朝方の区間列車。
 5…夜間の区間列車。
 十の位は桑名 - 大垣間は「5」、大垣 - 揖斐間は「6」
 一の位はその時間の発車ごとに、連番。
 上り（桑名方面）は偶数、下り（揖斐方面）は奇数。

伊賀鉄道 
 千の位・百の位は発駅の時間
 十の位は運用区間
 7…伊賀神戸 - 上野市間
 8…上野市 - 伊賀上野間
 一の位はその時間の発車ごとに、連番
 上り（伊賀上野方面）は偶数、下り（伊賀神戸方面）は奇数

近江鉄道 
 千の位は始発駅。
 百の位は終着駅。
 1…米原
 2…彦根
 3…高宮
 4…多賀大社前
 5…八日市
 6…日野
 7…水口（2022年3月現在設定無し）
 8…貴生川
 9…近江八幡
 十の位・一の位は各運用区間の発車ごとに、連番。下り列車が奇数、上り列車が偶数。
 平日の八日市線快速は「50」。客扱いをする定期列車で唯一2桁の列車番号である。

大阪市高速電気軌道 (Osaka Metro) 
全路線
「A○○△△」、「B○○△△」と表記し先頭のアルファベットはA線・B線の区分、○には始発駅の時刻（5時や7時など一桁の場合は先頭に0をつける、例:7時→07）を、△には運行番号（01～）をそれぞれ当てはめる。
また同一時刻で同一方向に2回以上運行する場合は運行番号の後ろに当該時間帯の1本目からa,b...と小文字のアルファベットを一文字ずつ順に付番する。
A・B線の区別は以下の通りとなっている。
御堂筋線
江坂方面...A線
なかもず方面...B線
四つ橋線
西梅田方面...A線
住之江公園方面...B線
中央線
コスモスクエア方面...A線
長田方面...B線
谷町線
大日方面...A線
八尾南方面...B線
千日前線
野田阪神方面...A線
南巽方面...B線
堺筋線
天神橋筋六丁目方面...A線
天下茶屋方面...B線
南港ポートタウン線
コスモスクエア方面...A線
住之江公園方面...B線
長堀鶴見緑地線
大正方面...A線
門真南方面...B線
今里筋線
井高野方面...A線
今里方面...B線

北大阪急行電鉄 
南北線
 「A○○△△」、「B○○△△」と表記される。最初のアルファベットはA線・B線の別（A線：千里中央方面、B線：なかもず方面）、○○はその列車の始発「時」（直通電車の場合は直通元の始発時）、△△は運行番号（上下の区別なくそのまま当てはめる）
 同一列車番号になるときは、1本目の末尾にaを、2本目の末尾にbを付与する。
 01～79 Osaka Metro車、80～98北急車

和歌山電鐵 
貴志方面を奇数、和歌山方面を偶数として付番する。
 上1 - 2桁（百・千の位）は始発駅の発車時刻の「時」が使用される（12時台始発であれば12）。
 下2桁は運行区間を表す。
 00番台 …和歌山 - 貴志間の列車（貴志行きが01番から、和歌山行きが00番から付番）。
 10番台 …和歌山 - 伊太祁曽間の列車（伊太祁曽行きが11番から、和歌山行きが10番から付番）。

紀州鉄道 
西御坊方面を奇数、御坊方面を偶数として付番する。なお全列車が気動車であるが気動車列車を表すDは付かず、数字のみとなっている。

一畑電車 
北松江線は松江しんじ湖温泉方面を奇数、電鉄出雲市方面を偶数として、大社線は川跡方面を奇数、出雲大社前方面を偶数として付番する。各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。
出雲大社前 - 電鉄出雲市を結ぶ列車は川跡で列車番号を変更し、それぞれ原則に当てはめて付番する。

 0番台 …出雲大社前 - 川跡間の列車。
 100番台 …出雲大社前 - 松江しんじ湖温泉間の列車。
 200番台 …電鉄出雲市 - 雲州平田間の列車、雲州平田 - 松江しんじ湖温泉間の列車。
 300番台 …電鉄出雲市 - 松江しんじ湖温泉間の列車。
 400番 …松江しんじ湖温泉 - 津ノ森間の列車（平日朝の一本のみ）。
 500番台 …電鉄出雲市 - 川跡間の列車。

高松琴平電気鉄道 
琴平・長尾線では琴電琴平・長尾方面を奇数、高松築港方面を偶数として付番する。志度線では琴電志度方面を奇数、瓦町方面を偶数として付番する。
 0番台 …琴平線高松築港 - 琴電琴平間の列車。ただし滝宮・一宮行き最終電車を含む。
 200番台 …琴平線高松築港 - 一宮・滝宮間の列車（一宮 - 滝宮間は土休日運休）。ただし最終電車は除く。203は仏生山 - 滝宮間（土休日運休）。
 1000番台 …志度線瓦町 - 琴電志度間の列車。
 1200番台 …志度線瓦町 - 大町間の列車（土休日運休）。
 2000番台 …長尾線高松築港 - 長尾間の列車（毎日運転）。
 2200番台 …長尾線高松築港 - 瓦町・平木・長尾間、瓦町 - 長尾間の列車（土休日運休）。
 3000・3200番台 …琴平線朝ラッシュ時の高松築港 - 仏生山・一宮間の列車（土休日運休）。

神戸電鉄 

ただし特快速は末尾に'S'を付与する。

島原鉄道
島原外港方面を奇数、諫早方面を偶数として付加する。
 50番台 …諫早 - 本諫早間の列車。ただし58、59の次に60番台とはならず50-2（50-0とはならない）、51-1となる。50-8、51-9の次は52-2、53-1となる。
 100番台 …諫早、本諫早 - 南島原、島原外港間の普通列車。
 200番台 …急行列車。

熊本電気鉄道
藤崎宮前 - 御代志間は御代志方面を奇数、藤崎宮前方面を偶数として付加する。上熊本 - 北熊本間も北熊本方面を奇数、上熊本方面を偶数として付加する。
 0番台…藤崎宮前 - 御代志間の定期列車
 100番台…上熊本 - 北熊本間の定期列車
 200番台…藤崎宮前・北熊本 - 堀川・黒石間の定期列車（現在は設定無し）
 300番台…藤崎宮前 - 御代志間で朝夕ラッシュ時のみ運転の増発列車
 400番台…不定期列車、臨時列車、試運転列車

第三セクター 
旧国鉄から転換された路線は現在も JR各社と同様の付番形式を採っている場合が多い。

IGRいわて銀河鉄道・青い森鉄道 
青森方面を奇数、盛岡方面を偶数として付番する。
1xxM …八戸 → 盛岡行の快速列車（廃止）。
5xxD …八戸 → 三戸行の普通列車（JR車・廃止）。
5xxM …二戸 → 青森行、三戸・八戸・野辺地 - 青森間、八戸 - 野辺地間の普通列車。
14xxD …小鳥谷・三戸 → 鮫行の八戸線普通列車（廃止）。
15xxD …八戸 - 青森間の普通列車（JR車・廃止）。
15xxM …一ノ関 - 滝沢・いわて沼宮内間、浅虫温泉 - 青森間の普通列車。
19xxD …盛岡 - 好摩間の花輪線普通列車。
25xxM …二戸・三戸 - 八戸間、八戸 - 三沢間の普通列車。
34xxM …盛岡 - 滝沢間の普通列車。
35xxD …野辺地 - 青森間の快速しもきた（青森発着）。
35xxM …盛岡 - いわて沼宮内間の普通列車。
37xxD …八戸 - 野辺地間の快速しもきた（八戸発着）。
39xxD …盛岡 - 好摩間の花輪線快速八幡平（廃止）
45xxM …盛岡 - 二戸・金田一温泉・八戸間の普通列車。
55xxM …浅虫温泉 - 青森間の快速列車（JR車・廃止）。
下2桁は発車順序で付番する。

首都圏新都市鉄道（つくばエクスプレス） 
つくば方面を奇数、秋葉原方面を偶数として4桁付番する。
千の位は種別を表す。
 2 通勤快速（2012年10月15日～）
 3 快速
 4 区間快速
 5 普通
百の位は運行区間を表す。
 0 ・1 秋葉原 - つくば
 2 ・3 秋葉原 - 守谷
 5 秋葉原 - 八潮
 7 守谷 - つくば
 9 八潮 - つくば
下2桁は発車順序で付番する。

鹿島臨海鉄道大洗鹿島線 

100番台 …水戸 - 鹿島神宮間の列車。
1000番台 …水戸 - 大洗間の列車。
2000番台 …水戸 - 新鉾田間の列車。
3000番台 …大洗 - 鹿島神宮間の列車。
列車番号の末尾に「D」をつける。
上り水戸方面を偶数、下り鹿島神宮方面を奇数として付番する

真岡鐵道真岡線 

100番台 …下館 - 茂木間の列車
2000番台 …下館 - 真岡間、真岡 - 茂木間の列車
6000番台 …SLもおか
上り下館方面を偶数、下り茂木方面を奇数として付番する

しなの鉄道 
軽井沢方面を偶数、妙高高原方面を奇数として付番。下二桁は快速電車が00～10番、普通電車は11番(小諸・軽井沢間は51番)から付番。

しなの鉄道線 
各列車の番号末尾にMをつける。
600番台　長野 - 小諸を発着とする列車
1600番台 長野・小諸間を走行するが、長野・小諸どちらかを発着としない列車(例:長野～上田間、戸倉～小諸間運転の区間列車)。ただし、「しなのサンセット」と夕方に上田を始発とする快速電車は600番台を使用している。
2600番台 長野 - 軽井沢を発着とする列車
3600番台 区間にかかわらず、JR車両で運転する列車 (2015年3月ダイヤ改正以降、設定無し)
6600番台 土曜休日に運用が変わる列車
700番台 小諸 - 軽井沢を発着とする列車
2700番台 戸倉 - 軽井沢を発着とする列車 (2015年3月ダイヤ改正以降、設定無し)

北しなの線 
電車列車はMを、気動車列車にはDを各列車の番号末尾に付ける。
100番台 飯山線直通列車。下2桁は20番から付番。
300番台　妙高高原 - 長野を発着とする列車
1300番台　篠ノ井・長野 - 豊野を発着とする列車

富山ライトレール 
岩瀬浜方面を奇数、富山駅北方面を偶数として付番する。上2桁（百・千の位）は、始発駅の発車時刻の「時」が使用される（12時台始発であれば12）。

えちぜん鉄道 
えちぜん鉄道では、始発駅の出発時刻にアルファベット（路線名の頭文字）を付けることで列車番号としている。ただし、下り列車が偶数分に、あるいは上り列車が奇数分に始発駅を出発する場合は、分から1を減じて下りを奇数、上りを偶数にする。たとえば、15時26分に始発駅である福井を出発する勝山永平寺線の下り列車は「1525K」となる。また、快速列車は3000を、土曜・休日運休の列車には6000を加える。
 末尾のアルファベットの付与体系
 K …勝山永平寺線 (Katsuyama Eiheiji Line)
 M …三国芦原線 (Mikuni Arawa Line)

長良川鉄道 
北濃方面を奇数、美濃太田方面を偶数として付番する。各々の番台の列車の始発時刻が早い順に付番していく。なお、数字のみとなっている。
 0番台 …美濃太田 - 美濃白鳥・北濃間の列車。
 100番台 …美濃太田 - 関 - 美濃市・湯の洞温泉口間の列車。
 500番台 …美濃白鳥 - 北濃間の列車。
なお、平日のみ運転の列車は1000番台、土曜・休日のみ運転の列車は2000番台となる。

樽見鉄道 
樽見方面を奇数、大垣方面を偶数として付番する。なお、数字のみとなっている。
 0番台 …大垣 - 本巣・神海・樽見間の列車。列車の始発時刻が早い順に付番していく。
 1000番台 …大垣 - 本巣の土曜・休日運行の列車。

愛知環状鉄道 
4桁の数字の末尾に H をつけて表す。高蔵寺方面を奇数、岡崎方面を偶数として付番する。

名古屋臨海高速鉄道 
3桁の数字の末尾に H をつけて表す。金城ふ頭方面を奇数、名古屋方面を偶数とし、300番台から連続して付番する。
平日・土休日ともに列車番号は統一されているが、平日に運転されない土休日のみ運転の列車は500番台から連続して付番する。

信楽高原鉄道 
3桁の数字にDを付ける。信楽方面は奇数、貴生川方面は偶数。

北条鉄道 
北条町方面を奇数、粟生方面を偶数として、3桁または4桁の数字を付番する。
 600番台 …毎日運転および土曜・休日運休の列車。
 1600番台 …土曜・休日運転の列車。

智頭急行 
一部の列車がJR山陽本線・因美線に乗り入れしているため、原則としてJR線と同じ2桁ないし3桁の数字で表され、末尾に気動車を示すDが付番される。智頭・鳥取方面を奇数、上郡方面を偶数として付番している。各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。特急スーパーいなばは上郡で、上郡・大原 - 鳥取間を結ぶJR因美線直通の普通列車は智頭で列車番号を変更する。
 50 - 60番台…特急スーパーはくと。スーパーはくと1号なら51D、スーパーはくと14号なら64Dと号数順に付加していく。
 70 - 80番台…特急スーパーいなば。スーパーいなば1号なら71D、スーパーいなば12号なら82Dと号数順に付加していく。
 720 - 760番台 …上郡 - 大原 - あわくら温泉 - 智頭間の普通列車（JR因美線直通を含む。現在、あわくら温泉発着の設定無し）。

若桜鉄道 
大半の列車がJR因美線に乗り入れしているため、原則としてJR線と同じ4桁の数字で表され、末尾に気動車を示すDが付番される。若桜方面を奇数、郡家・鳥取方面を偶数として付番している。各々の番台について始発時刻が早い列車から順に付番する。
 1320番台 …鳥取 - 若桜間の普通列車（JR因美線直通、JR西日本所属車両。2020年3月14日ダイヤ改正で廃止）。
 1330 - 1340番台 …鳥取 - 若桜間の普通列車（JR因美線直通、若桜鉄道所属車両）。
 1350 - 1360番台 …郡家 - 若桜間の普通列車（線内運転、若桜鉄道所属車両）。
 5350番台 …郡家 - 若桜間の普通列車で土曜・休日運休の列車（線内運転、若桜鉄道所属車両。2020年3月14日ダイヤ改正で設定）。

水島臨海鉄道 
水島・三菱自工前方面を奇数、倉敷市方面を偶数として、3桁ないし4桁の数字を付番する。
 0番台 …毎日運転の列車。

井原鉄道 
神辺方面を奇数、清音・総社方面を偶数として付番している。付番後Dをつける。
 300番台 …総社 - 早雲の里荏原 - 井原 - 神辺間の普通列車のうち、清音 - 神辺間。
 1300番台 …清音 - 早雲の里荏原・井原・神辺間の普通列車。
 2300番台 …早雲の里荏原 - 井原 - 神辺間の普通列車のうち、総社 - 清音 - 早雲の里荏原間の列車と接続している列車。下2桁は接続列車と同じ。2019年3月16日のダイヤ改正で一部の列車が早雲の里荏原で乗り換えとなったために制定された。
 4300番台 …総社 - 早雲の里荏原 - 井原 - 神辺間の普通列車のうち、総社 - 清音間。ただし、下3桁については伯備線にあわせるため、上記の300番台から神辺方面は1を減じて偶数化、総社方面は1を加えて奇数化している。

土佐くろしお鉄道

ごめん・なはり線 
奈半利方面を偶数、後免方面を奇数にして付番している。
 5850 - 5890番台 …普通列車。列車の始発時刻が早い順から付番していく。
 5830 - 5840番台 …快速列車。
車掌乗務列車は1800番台。

中村線・宿毛線 
宿毛方面を奇数、窪川方面を偶数にして付番している。
 300番台…窪川 - 宿毛間の定期列車。
 500番台…窪川 - 中村間の定期列車。
 600番台…中村 - 宿毛間の定期列車。
 30番台…特急南風号。南風3号なら33D、南風12号なら42Dと号数順に付加していく。
 2070番台…特急あしずり号。あしずり1号なら2071D、あしずり12号なら2082Dと号数順に付加していく。

松浦鉄道 
佐世保方面（下り）を奇数、有田方面（上り）を偶数として、3桁の数字とディーゼル車を表す D を付番する。

・100番台 佐々 - 佐世保間

・200番台 たびら平戸口 - 佐世保間

・300番台 伊万里 - 佐世保間

・400番台 伊万里 - たびら平戸口間

・500番台 伊万里 - 松浦間

・600番台 有田 - 伊万里間

快速列車は1000番台を使う。
現在、快速列車は、佐々 - 佐世保間しか運行されていないので1100番台となる。

JR直通列車（通常・臨時とも）に限り、6000番台を付番する。

現在、JR直通運転の通常運転は、たびら平戸口 - ハウステンボス間しかないので、6200番台となる。

臨時列車は、9000番台を付番。

伊勢鉄道 
津方面を奇数、四日市方面を偶数として付番する。全列車ワンマン運転のため3桁の数字とワンマンを示す C を付番する。ただし、快速みえ・特急南紀はJR東海の付番方法を参照。

肥薩おれんじ鉄道 
一部の列車がJR鹿児島本線に乗り入れしているため、原則としてJR線と同じ4桁の数字で表され、末尾にディーゼル車を現すDが付番される。貨物列車はJR線の運行番号がそのまま使用される（検測などの事業用車、臨時列車は会社境界駅の八代駅や川内駅で列車番号を変更する列車もある）
 千の位…JR各線や他の第三セクター鉄道との区別のための整理番号を表し、肥薩おれんじ鉄道の一般定期列車は原則として6000番台を付ける事になっている。
 1000～4000番台…貨物列車
 6000番台…一般定期列車（平日のみ運行の列車も含む）
 8000番台…観光列車おれんじ食堂、特急36ぷらす3、クルーズトレインななつ星 in 九州、臨時貨物列車などの不定期（予定臨）列車
 9000番台…団体列車、臨時列車、試運転列車、検測列車、救援列車など。
 百の位…運用区間を表す。基本的に0番台は全区間通し運転の貨物列車と客車列車、100番台は全区間を通して運転する列車または出水駅を跨いで運行される区間列車、200番台と300番台は出水始発終着列車を指す。また、990番台は救援列車専用の番号である。
 0番台…貨物列車、客車列車（ななつ星in九州）
 100番台…新八代・八代・米ノ津 - 川内・隈之城間、水俣 - 隈之城間、米ノ津 - 野田郷間、出水 - 米ノ津・水俣間（回送）、野田郷 -出水間（回送）、米ノ津 - 阿久根間（不定期）を走る一般、臨時列車
 200番台…新八代・八代 - 出水間、八代 - 肥後高田間、八代 - 西出水間を走る一般、臨時列車
 300番台…出水 - 川内・隈之城間を走る一般、臨時列車
 990番台…救援列車
 十と一の位…運行順序を表し、一の位は奇数か偶数かで上り列車、下り列車の区別を表す。
 奇数…八代方面からの下り列車
 偶数…川内方面からの上り列車
2017年3月4日のダイヤ改正より列車番号が大きく改番され、上り定期回送列車は下り定期列車と同一列車としたため、上り列車でも例外的に下り列車となる奇数の番号が付番されている（例：米ノ津→野田郷＝6117D、野田郷→出水（回送）＝回6117D・出水→米ノ津（回送）＝回6143D、米ノ津→川内＝6143Dなど）ただし、あくまでも定期回送列車だけの措置であり、臨時回送列車については従来と同じで運行区間に関係なく上り列車は偶数、下り列車は奇数の番号が付番される。
末尾のアルファベット
 無し…機関車けん引列車（貨物列車、検測列車（マヤ34形）クルーズトレインななつ星in九州）
 D…気動車列車
 M…電車列車（肥薩おれんじ鉄道は電車列車の運行は設定されていないが、特急36ぷらす3（787系電車）が定期的に運行されるため、唯一この列車のみ末尾にMが使用される。かつては架線検測電車（クモヤ443）が運行されており、末尾にMが使用されていた。）

また、回送列車は列車番号の前に「回」が、試運転列車と検測列車は「試」が、救援列車は「救」、貨物列車で機関車のみ運行の場合の単機列車は「単」がそれぞれ付加される。

廃止となった鉄道事業者

桃花台新交通 
小牧方面を偶数、桃花台東方面を奇数として付番した。

三木鉄道 
三木方面を奇数、厄神方面を偶数として、3桁ないし4桁の数字を付番した。
 100番台 …毎日運転の列車、土曜・休日運休の列車。
 1100番台 …土曜・休日運転の列車。

大韓民国

韓国鉄道公社

一般路線

広域電鉄 

首都圏電鉄でKORAIL車には、K運用、ソウル交通公社車には、S運用が入るようになっている。
例(K1530)(S970)

ヨーロッパ 
ヨーロッパでは各国の鉄道が相互乗り入れを行っている関係上列車番号も複雑になり、同じ列車が複数の番号を持っている場合が少なくない。過去においては1 - 99が特別急行列車、3桁番号が急行列車、4桁番号が普通列車であったが、この原則も崩れてきている。TEE列車の運転されていた時代は、忠実に守られ、時刻表の列車番号から列車の種別が判別できた。ただ、現在においても優等列車が若い番号を採用することに変わりはない。

オーストラリア 
州際列車及び一部の州内完結列車についてはが定める様式に則り、4～5桁の英数字からなる列車番号が与えられる。その他の州内完結列車は各運行主体が定める様式に則り、その一部はGTFSデータとして配布されていることがある。

クイーンズランド州 
州内の旅客列車の大半は州営企業であるクイーンズランド・レールによって運行されており、その時刻データは州政府のオープンデータポータルによって公開されている。列車番号は4桁の英数字で構成されており、1桁目は車種、2桁目は行先、3・4桁目は行先ごとの運転順序となっている。

1桁目は車種を示す。

 1：または6連（2編成連結）による列車
 D：6連による列車
 J：EMUまたはSMU3連による列車
 T：IMU6連（2編成連結）による列車
 U：IMU3連による列車
 X：による列車

2桁目は行先と運転区間（一部）を示す。

 0：Bowen Hills（Rosewood・Ipswich・Springfield方面から）
 1：Caboolture
 4：Gympie North（ICEのみ）
 5：Ipswich
 6：Rosewood
 7：Beenleigh
 8：Cleveland
 9：Roma Street（原則としてCaboolture・Nambour・Kippa-Ring方面から）
 A：Shorncliffe
 B：Doomben
 E：Ferny Grove
 G：Varsity Lakes
 H：Cannon Hill（一部はManly）
 K：Springfield Central
 L：Nambour
 M：Bowen Hills（Varsity Lakes（Gold Coast）・Beenleigh・Cleveland方面から）
 P：Brisbane Airport
 R：Roma Street（9以外に適用）
 S：Park Road
 V：Coopers Plains（一部はKuraby）
 W：Northgate
 Y：Kippa-Ring

3・4桁目は行先記号となる駅の到着順に付番され、車種や出発地・出発時刻によっては左右されない。例えば、2020年1月時点では「9」Roma Street行で1930（Caboolture発SMU6連）→D932（Kippa-Ring発NGR）→T934（Nambour発IMU6連）のようになっている。北行は奇数（01→03→…）・南行は偶数（02→04→…）が宛がわれ、99または98に到達すると3桁目はアルファベットに変化する（例：1E99→1EA1→TEA3→1EA5→1EA7→TEA9→1EB1）。他にも、3桁目は行先記号と呼応して一部の特殊な運転形態を表現するのに用いられる。この場合は、この例外規則のグループ内で運転順序を通算し、行先記号の差異を無視することができる（例：10U5→D1U7→T0U9）。

 M：行先補助
 HM：Manly行
 VM：Kuraby行
 T・U・V：北行の急行列車（朝ラッシュに運転）
 X・Y・Z：南行の急行列車（夕ラッシュに運転）
 急行区間はIpswich方面ではMilton～Darra間・Cleveland方面でらはMorningside～Manly間。ただし、これら2線区の間では運転順序は共有しない（TLT1とDMT1が存在する）。