日本語の音韻（にほんごのおんいん）は、日本語において別々の音と分析される抽象的な音の全体である。これらの音韻は一つの体系をなす。

本記事では、日本語東京方言の音韻体系、また、音声学的に見た実際の発音（単音・連音）を中心に説明する。

モーラ 

日本語は典型的なモーラ言語であり、長母音や語末に  のある音節は2モーラと数える。各モーラがおおむね同じ時間になるように発話される。例えば、「ヨーロッパ」 という単語は5モーラである。

服部四郎の解釈では（音素/'/を認め、引き音素を認めない場合）、日本語のモーラは以下のいずれかに属する。
 CV （子音+母音）
 CjV （拗音。母音は 、、 のいずれか）
 V・・ （長音・撥音・促音）

モーラの一覧 

日本語のモーラの一覧を示す。外来語にのみ出現する音（例：シェ）はこの表には含まない。

 以上が、一般的な数え方であるが、専門家によってその総数は若干異なる。か゚行を認める学者もあり、たとえば、金田一春彦は、上の音韻に加えて、「を（うぉ）」「てぃ」も日本語に存在すると認めている。
「みゅ」の音が含まれる単語は、外来語や擬音語を除くと「大豆生田（おおまみゅうだ）」という姓の一例のみである。
 日本語のい段は、強く口蓋化されている。

母音 

 「あ」  は中舌的であり、完全な広母音でもない。国際音声記号では前舌母音  と後舌母音  の中間音  と表す事が出来る。また、広母音という特性のみをもつため、子音によって前舌寄り、後舌寄りになり、これを  と  で書き分けることもある。

 「い」  は少し広めであり、精密表記では  と表す。

 「え」  は広めであり、精密表記では 半狭母音  と半広母音  の中間音  のように表す。

 「お」  も広めであり、円唇が弱いという特性を持つ。精密表記では 半狭母音  と半広母音  の中間音  のように表す。 　
 
 「う」  は日本語の特徴的な母音で、東京方言では、英語などの  のような円唇後舌母音より、少し中舌よりで、それに伴い円唇性が弱まり、中舌母音のような張唇でも円唇でもないニュートラルな唇か、それよりほんの僅かに前に突き出した唇で発音される、微円唇後舌め広めの狭母音  である。これは舌と唇の動きの連関で、前舌母音は張唇、中舌母音は平唇・ニュートラル（ただしニュートラルは、現行のIPA表記では非円唇として、張唇と同じカテゴリーに入れられている）、後舌母音は円唇となるのが自然であるという法則に適っている。しかし「う」は母音融合などで見られるように、音韻上は未だに円唇後舌狭母音として機能する。円唇性の弱さを強調するために、 を使うこともあるが、これは本来朝鮮語に見られる、iのような完全な張唇でありながら、u のように後舌の狭母音を表す記号であり、円唇性が減衰しつつも残存し、かつ後舌よりやや前よりである日本語の母音「う」の音声とは違いを有する。またこの種の母音は、唇と舌の連関から外れるため、母音数5以上の言語でない限り、発生するのは稀である。
 「ス・ズ・ツ・シュ・チュ・ジュ」ではさらに前寄り（中舌的）で、円唇性の弱い  になる。「う」は唇音の後と西日本方言では「う」は東京方言よりも奥舌で、唇も丸めて発音し、  に近い。

母音の無声化 
多くの方言で、アクセントを伴わない ・ が無声子音の間にある時に無声化する。無声化した母音の隣接した音節では通常は無声化する事はない。さらに単語の終わりの抑揚が低い時は、そこの無声子音の後の ・ が無声化する。更に、 の場合は無声母音すら持たず、持ったとしても、その長さは極度に短い。

より小さい範囲に  が2拍以上隣接していると無声化することがある。

鼻音化 
・ に隣接している時に、母音はわずかに鼻にかかった声で話される。撥音  の前の母音ではかなり鼻にかかった声(鼻母音)で話される。

声門閉鎖音挿入 
単語の始めと終わりで、それぞれ声門閉鎖音  が発音されることがある。これは以下の言葉（単独で発音される）で表される。

単語の最終的な語が強調されて口にする時、この声門閉鎖音は明らかに聞き取れて時々、促音で表される。これは「あっ」と「えっ」のような感動詞でも見つかる。

長母音 
日本語の母音には長短の区別があるが、これを音韻的にどう解釈するかは説が分かれる。「伸ばし音素」のようなものを認めることも、長母音を単に2つの（短）母音が並んだものと考えることも可能である。（下記#/R/を参照）

子音 
子音の主な音声には以下が現われる。平仮名の例は代表としてア段のものを記す。

 上の表の括弧内の子音は異音である。
 ・・ は通常弱い有気音になる。
 子音は  または  の前では強く口蓋化される。 → 、 →  など。
 ・・ は舌端音で歯音(つまり、舌は、上の歯の後ろと歯茎の前部と接触する)として調音される。 ・・
 ・は舌端音で歯音、・ は舌端音の歯茎音である。
  の前では歯茎硬口蓋音  → 、 → 、 → 、 →  になる。
  の前では歯茎音  → 、 → 、 → 、 →  になる。
  は主に外来語に現れる。独立した音素とみなさないこともできる。 の前では  と区別されない。
  （ガ行鼻濁音）は一部の話者にのみ現れ、それ以外の話者は  と区別しない。これが  と異なる音素かどうかについては議論がある。
  は（ガ行鼻濁音にならない場合）母音間では摩擦音  になることが多い。
  は母音間では摩擦音  になることが多い。
  は破擦音として現れることが多い。典型的には語頭と撥音  の後で破擦音 、母音の後ろでは摩擦音  になる。
  はさまざまな形であらわれる。服部によると調音部位も後続する母音によって異なる。IPAハンドブックによれば、
 語頭と撥音  の後では摩擦部分の短い後部歯茎破擦音  である。
 それ以外の位置では後部歯茎はじき音  である（IPAハンドブックではそり舌はじき音  を使用している）。
 すべての位置で後部歯茎側面接近音  が現れることがある。
 環境によっては歯茎接近音  が現れることがある。
 また環境によっては後部歯茎ふるえ音  が現れることがある。
  は  の前では無声硬口蓋摩擦音  になり、 の前では無声両唇摩擦音  になる。
  は母音  と同様に、唇を突き出したり丸めたりせず、上唇と下唇を近づけて、その狭い隙間から音を出す両唇接近音 。この音を軟口蓋接近音  で表すこともある。

撥音の子音 
 撥音  は、後ろが子音が続くときはその子音と同じ調音位置になる。
 ・・ の前では歯茎鼻音  になる。
 ・・ の前では両唇鼻音  になる。
 ・ の前では軟口蓋鼻音  になる。
母音、半母音、摩擦音または、はじき音の前のときは鼻母音になる。
語末では通常は口蓋垂鼻音 、たまに軟口蓋鼻音  になる。歌手の多くは両唇鼻音 を語末の「ん」として使う。

促音  の子音 
促音  の子音は後にくる子音によって変わってくる。
破裂音の前ではその破裂音の内破音である。
  の前では  になる。
 例 葉っぱ 
  の前では  になる。
 例 打った 
  の前では  になる。
 例 作家 
破擦音の前では内破音のになる。
 例 一致　
 例 ブリッジ 
 例 グッズ 
 例 三つ 
 摩擦音の前ではその摩擦音を伸ばす。
 例 あっさり 
 例 一緒 
 例 バッハ 
 例 ビュッフェ 
 例 ワッフル 
語末では声門閉鎖音  になる。
 例 あっ

子音の音韻的解釈上の議論

服部四郎は、母音ではじまる音節（ア行・ヤ行・ワ行）の前に子音  があると考え、これによっていくつかの音声的事実を説明できるとする。この音素を立てた場合、日本語のすべての音節は子音で始まることになる。柴谷方良は  の存在を疑っている。

服部四郎は、 を  とは別の音素とする。
  （大鴉）と  （大ガラス）のような最小対がある。
 語頭でも  「が、（しかし……）」のように言うことがある。
ということを根拠とする。しかし、多くの学者はこれに反対している。

「チ・ツ」の子音が「タ・テ・ト」の子音と音韻的に同じかどうかについては議論がある。服部四郎は  が    の前だけで破擦音になる理由がないとして、 とは別に  を立てる。しかし  を認めず、「チ・ツ」を ・ とする解釈もある。

前者の解釈では ・ および ・ は空き間（あきま）になっている（理論的には存在するが歴史的理由でその音をもつ語が存在しない）と解釈する。後者の解釈では ・ は ・ と中和していると考えることになる。

服部四郎は促音を音素  とする。たとえば「あった」は  になる。これを  と解釈することも可能である。

金田一春彦は長音のために長音素を立てる。服部四郎は音声的実体がないとしてこれに反対するが、柴谷方良は金田一春彦に賛成する。

アクセント 

日本語東京方言は高低アクセントを持つ。すなわち、一語のうちの最後に高くなるモーラが語によって決まっている。服部四郎の用語ではこれをアクセント核と呼ぶ。金田一春彦は低くなるモーラの前にアクセントの滝があると考える（ダウンステップを参照）。

各モーラの高さはアクセント核から予測可能である。アクセント核が第2モーラ以降にあれば第1モーラは通常低い。第2モーラからアクセント核のあるモーラまでは高く、それ以降は低い。アクセント核のない、いわゆる平板調の語もある。

連音 
現代日本語の連音現象としては、連濁が代表的である。ほかに連声・音挿入・音便などがあるが、生産的ではない。