日本の植物園の一覧を以下に示す。

日本の植物園の一覧

日本植物園協会加盟施設 
（この節の出典:）

単独で存在する植物園 
 北海道・東北
 札幌市百合が原緑のセンター（北海道札幌市北区）
 札幌市豊平公園緑のセンター（北海道札幌市豊平区）
 札幌市平岡樹芸センター（北海道札幌市清田区）
 北邦野草園（北海道旭川市）
 函館市熱帯植物園（北海道函館市）
 能代エナジアムパーク（秋田県能代市）
 仙台市野草園（宮城県仙台市太白区）
 やくらいガーデン（宮城県加美郡加美町）
 山形市野草園（山形県山形市）

 関東
 とちぎ花センター（栃木県栃木市）
 ぐんまフラワーパーク（群馬県前橋市）
 水戸市植物公園（茨城県水戸市）
 森林総合研究所樹木園（茨城県つくば市）
 筑波実験植物園（茨城県つくば市）
 茨城県植物園（茨城県那珂市）
 千葉県立中央博物館生態園（千葉県千葉市中央区）
 清水公園（千葉県野田市）
 川口市立グリーンセンター（埼玉県川口市）
 国営武蔵丘陵森林公園都市緑化植物園（埼玉県比企郡滑川町）
 板橋区立赤塚植物園（東京都板橋区）
 板橋区立熱帯環境植物館（東京都板橋区）
 新宿御苑（東京都新宿区）
 渋谷区ふれあい植物センター（東京都渋谷区）
 夢の島熱帯植物館（東京都江東区）
 東京都薬用植物園（東京都小平市）
 神代植物公園（東京都調布市）
 多摩森林科学園（東京都八王子市）
 横浜市こども植物園（神奈川県横浜市南区）
 神奈川県立フラワーセンター大船植物園（神奈川県鎌倉市）
 箱根町立箱根湿生花園（神奈川県足柄下郡箱根町）

 中部
 新潟県立植物園（新潟県新潟市秋葉区）
 富山県中央植物園（富山県富山市）
 七尾フラワーパーク・のと蘭ノ国（石川県七尾市）
 福井総合植物園プラントピア（福井県丹生郡越前町）
 花フェスタ記念公園（岐阜県可児市）
 伊豆シャボテン公園（静岡県伊東市）
 浜松市フラワーパーク（静岡県浜松市西区）
 浜松市フルーツパーク（静岡県浜松市北区）
 碧南市農業活性化センターあおいパーク（愛知県碧南市）
 東山植物園（愛知県名古屋市千種区）
 名古屋市緑化センター（愛知県名古屋市昭和区）
 安城産業文化公園デンパーク（愛知県安城市）
 豊橋総合動植物公園（愛知県豊橋市）

 近畿
 草津市立水生植物公園みずの森（滋賀県草津市）
 京都府立植物園（京都府京都市左京区）
 宇治市植物公園（京都府宇治市）
 大阪市立長居植物園（大阪府大阪市住吉区）
 大阪府立花の文化園（大阪府河内長野市）
 咲くやこの花館（大阪府大阪市鶴見区）
 服部緑地都市緑化植物園
 神戸市立森林植物園（兵庫県神戸市北区）
 兵庫県立フラワーセンター（兵庫県加西市）
 尼崎市都市緑化植物園（兵庫県尼崎市）
 兵庫県立淡路夢舞台温室あわじグリーン館（兵庫県淡路市）
 六甲高山植物園（兵庫県神戸市灘区）
 和歌山県植物公園緑花センター（和歌山県岩出市）

 中国・四国
 鳥取県立とっとり花回廊（鳥取県西伯郡南部町）
 岡山市半田山植物園（岡山県岡山市北区）
 広島市植物公園（広島県広島市佐伯区）
 緑と花と彫刻の博物館（山口県宇部市）
 高知県立牧野植物園（高知県高知市）

 九州・沖縄
 福岡市動植物園（福岡県福岡市中央区）
 佐世保市亜熱帯動植物園（長崎県佐世保市）
 熊本市動植物園（熊本県熊本市東区）
 仙巌園自然植物園（鹿児島県鹿児島市）
 フラワーパークかごしま（鹿児島県指宿市）
 奄美アイランド植物園（鹿児島県奄美市）
 熱帯・亜熱帯都市緑化植物園（沖縄県国頭郡本部町）
 ネオパークオキナワ（名護自然動植物公園）（沖縄県名護市）

学校園 
 北海道大学北方生物圏フィールド科学センター植物園（北海道札幌市中央区）
 東北大学植物園（宮城県仙台市青葉区）
 大阪公立大学附属植物園 ※旧・大阪市立大学理学部附属植物園（大阪府交野市）

薬用植物園 
 北海道大学大学院薬学研究科附属薬用植物園（北海道札幌市北区）
 北海道医療大学薬学部付属薬用植物園・北方系生態観察園（北海道石狩郡当別町）
 奥羽大学薬学部薬用植物園（福島県郡山市）
 日本薬科大学薬用植物園（埼玉県北足立郡伊奈町）
 城西大学薬用植物園（埼玉県毛呂山町）
 東京大学大学院薬学系研究科附属薬用植物園（千葉県千葉市花見川区）
 東邦大学薬学部薬用植物園（千葉県船橋市）
 日本大学薬学部薬用植物園（千葉県船橋市）
 星薬科大学薬用植物園（東京都品川区）
 東京薬科大学薬用植物園（東京都八王子市）
 明治薬科大学薬用植物園（東京都清瀬市）
 昭和薬科大学薬用植物園（東京都町田市）
 北里大学薬学部附属薬用植物園（神奈川県相模原市南区)
 帝京大学薬用植物園（神奈川県相模原市緑区）
 昭和大学薬学部薬用植物園（山梨県富士吉田市、東京都品川区）
 北陸大学薬学部薬用植物園（石川県金沢市）
 金沢大学薬学部附属薬用植物園（石川県金沢市）
 岐阜薬科大学薬草園（岐阜県岐阜市）
 富山大学薬学部附属薬用植物園（富山県富山市）
 富山県薬用植物指導センター（富山県中新川郡上市町）
 静岡県立大学薬草園（静岡県静岡市駿河区）
 内藤記念くすり博物館附属薬用植物園（岐阜県各務原市）
 名城大学薬学部薬草園（愛知県名古屋市天白区）
 名古屋市立大学薬学部薬用植物園（愛知県名古屋市瑞穂区）
 塩野義製薬油日ラボラトリーズ（滋賀県甲賀市）
 武田薬品工業京都薬用植物園（京都府京都市左京区）
 日本新薬山科植物資料館（京都府京都市山科区）
 京都薬科大学薬用植物園（京都府京都市伏見区）
 同志社女子大学薬用植物園（京都府京田辺市）
 大阪薬科大学薬用植物園（大阪府高槻市）
 摂南大学薬学部附属薬用植物園（大阪府枚方市）
 神戸薬科大学薬用植物園（兵庫県神戸市東灘区）
 湧永満之記念庭園併設薬用植物園（広島県安芸高田市）
 徳島文理大学香川薬学部薬用植物園（香川県さぬき市）
 熊本大学薬学部附属薬用資源エコフロンティアセンター（熊本県熊本市中央区）
 崇城大学薬学部附属薬用植物園（熊本市西区）

日本植物園協会非加盟施設 

 北海道・東北
 いわみざわ公園（北海道岩見沢市）
 バラ園
 色彩館
 あやめ公園（北海道岩見沢市）
 釧路フィッシャーマンズワーフMOO全天候型屋内植物園EGG（北海道釧路市）
 いわみざわ公園室内公園
 上野ファーム
 釧路フィッシャーマンズワーフMOO
 紫竹ガーデン
 手宮公園
 豊平公園
 平岡樹芸センター
 平取町芽生すずらん群生地
 北海道ガーデン街道
 真鍋庭園
 美郷町ラベンダー園
 花と泉の公園（岩手県一関市）
 逢瀬公園・緑化センター（福島県郡山市）
 いわき市フラワーセンター（福島県いわき市）
 どんでん平ゆり園
 フラワーパーク花夢花夢
 川西ダリヤ園（山形県東置賜郡川西町）
 みちのく真野万葉植物園
 東沢バラ公園
 せんだい農業園芸センター（仙台市若林区）

 関東
 あしかがフラワーパーク（栃木県足利市）
 ハンターマウンテンゆりパーク
 東武トレジャーガーデン（群馬県館林市）
 敷島公園ばら園（群馬県前橋市）
 国営ひたち海浜公園（茨城県ひたちなか市）
 茨城県フラワーパーク（茨城県石岡市）
 水郷潮来あやめ園（茨城県潮来市）
 東武動物公園 ハートフルガーデン（埼玉県宮代町）
 狭山市都市緑化植物園（埼玉県狭山市）
 越谷アリタキ植物園（埼玉県越谷市）
 ところざわのゆり園
 東松山ぼたん園
 千葉県南房パラダイス（千葉県館山市）
 水郷佐原あやめパーク（千葉県香取市）
 白浜フラワーパーク（千葉県南房総市)
 大多喜ハーブガーデン（千葉県夷隅郡大多喜町)
 千葉県立中央博物館
 千葉市花の美術館（千葉市美浜区）
 千葉市都市緑化植物園（千葉県千葉市中央区）
 泉自然公園（千葉市若葉区）
 市川市万葉植物園（千葉県市川市）
 市川市動植物園
 京成バラ園（千葉県八千代市）
 国立歴史民俗博物館（千葉県佐倉市）
 京王フローラルガーデンANGE
 練馬区立温室植物園（東京都練馬区）
 国立科学博物館付属自然教育園（東京都港区）
 国分寺万葉植物園（東京都国分寺市）
 都立八丈植物公園（東京都八丈町）
 向島百花園
 谷津遊園
 堀切菖蒲園
 牧野記念庭園
 長久保公園都市緑化植物園（神奈川県藤沢市）
 江の島サムエル・コッキング苑（神奈川県藤沢市）
 神奈川県立花と緑のふれあいセンター 花菜ガーデン
 神奈川県立大船フラワーセンター
 神奈川県立相模原公園 グリーンハウス（神奈川県相模原市）
 くりはま花の国
 強羅公園
 松田町寄ロウバイ園
 横須賀しょうぶ園
 山中湖花の都公園
 山梨県立フラワーセンター ハイジの村
 山梨県笛吹川フルーツ公園（山梨県山梨市）

 中部
 氷見市海浜植物園（富山県氷見市）
 南砺市園芸植物園フローラルパーク（富山県南砺市）
 二上山万葉植物園（富山県高岡市）
 チューリップ四季彩館〔砺波チューリップ公園〕（富山県砺波市）
 石川県農林総合研究センター林業試験場（石川県金沢市）
 能登町柳田植物公園（石川県能登町）
 のと蘭ノ国（石川県七尾市）
 かたくり園（長野県松本市）
 風越公園 (軽井沢町)（長野県北佐久郡軽井沢町）
 おぎはら植物園（長野県北佐久郡軽井沢町）
 東館山高山植物園（長野県下高井郡山ノ内町）
 加茂花菖蒲園（静岡県掛川市）
 河津バガテル公園（静岡県賀茂郡河津町）
 熱川バナナワニ園（静岡県賀茂郡東伊豆町）
 伊豆アニマルキングダム（静岡県賀茂郡東伊豆町）
 下賀茂熱帯植物園（静岡県賀茂郡南伊豆町）
 杉山バラ園（静岡県駿東郡清水町）
 富士竹類植物園（静岡県駿東郡長泉町）
 赤塚山公園（愛知県豊川市）
 鞍ヶ池公園（愛知県豊田市）
 あおいパーク（愛知県碧南市）
 あいち健康の森 薬草園（愛知県大府市）
 於大公園（愛知県知多郡東浦町）
 愛知県森林公園（愛知県名古屋市守山区･尾張旭市）
 荒子川公園ガーデンプラザ（愛知県名古屋市港区）
 庄内緑地（愛知県名古屋市西区）
 名古屋港ワイルドフラワーガーデン ブルーボネット（愛知県名古屋市港区）
 名古屋市農業文化園（愛知県名古屋市天白区）
 東山動植物園（愛知県名古屋市千種区）
 名城公園フラワープラザ（愛知県名古屋市北区）
 フラワーパーク江南（愛知県江南市）
 なばなの里（三重県桑名市）

 近畿
 清住コスモス園
 福知山市都市緑化植物園
 万博記念公園自然文化園
 天王寺公園植物温室（大阪府大阪市天王寺区）
 堺市都市緑化センター（大阪府堺市）
 春日大社神苑・萬葉植物園
 柳生花しょうぶ園（奈良県奈良市）
 森野旧薬園（奈良県宇陀市）
 神戸花鳥園神戸どうぶつ王国（兵庫県神戸市中央区）
 布引ハーブ園（兵庫県神戸市中央区）
 北山緑化植物園（兵庫県西宮市）
 荒牧バラ公園（兵庫県伊丹市）
 永沢寺花しょうぶ園（兵庫県三田市）
 丹波市立薬草薬樹公園（兵庫県丹波市）
 但馬高原植物園（兵庫県香美町）
 姫路市立手柄山温室植物園（兵庫県姫路市）
 須磨浦山上遊園
 須磨離宮公園
 多可町余暇村公園
 篠山玉水ゆり園
 ちくさ高原ゆり園
 手柄山温室植物園
 手柄山中央公園
 播州山崎花菖蒲園
 兵庫県立播磨中央公園
 兵庫県立ゆめさきの森公園
 摩耶自然観察園
 和歌山県立紀伊風土記の丘（和歌山県和歌山市）

 中国・四国
 岡山県自然保護センター
 とっとり花回廊
 パラダイスパーク（鳥取県岩美町）
 RSKバラ園
 松江フォーゲルパーク（島根県松江市）
 向島洋らんセンター（広島県尾道市）
 尾道市因島フラワーセンター（広島県尾道市）
 広島県緑化センター 県立広島緑化植物公園
 シトラスパーク瀬戸田
 世羅高原農場
 とくしま植物園（徳島県徳島市）
 徳島市総合動植物公園
 藍住町バラ園
 牛窓オリーブ園
 愛媛亜熱帯植物園
 花夢の里ロクタン
 北川村モネの庭マルモッタン
 黒瀬農園香山ラベンダーの丘
 ときわミュージアム熱帯植物館（山口県宇部市）

 九州・沖縄
 白野江植物公園（福岡県北九州市門司区）
 河内藤園（福岡県北九州市八幡東区）
 サボテンハウス（福岡県大任町）
 久留米市世界のつばき館（福岡県久留米市）
 久留米つばき園（福岡県久留米市）
 久留米市世界つつじセンター（福岡県久留米市）
 北山ダム湯佐古山樹木園（佐賀県佐賀市）
 切木牡丹園（佐賀県唐津市）
 松浦河畔公園万葉のみち（佐賀県唐津市）
 波戸岬つばき園（佐賀県唐津市）
 中冨記念くすり博物館薬木薬草園（佐賀県鳥栖市）
 西海国立公園九十九島動植物園（長崎県佐世保市）
 鹿央古代の森「里やま」古代ハス園（熊本県山鹿市）
 フラワーヒル菊池高原（熊本県菊池市）
 古閑の雑木林（熊本県阿蘇市）
 監物台樹木園（熊本県熊本市中央区）
 南立石緑化植物園（大分県別府市）
 佐野植物公園（大分県大分市）
 くじゅう花公園（大分県竹田市）
 宮崎県立青島亜熱帯植物園（宮崎県宮崎市）
 フローランテ宮崎（宮崎県宮崎市）
 青島亜熱帯植物園（宮崎県宮崎市）
 延岡植物園（宮崎県延岡市）
 宮古島市熱帯植物園（沖縄県宮古島市）
 東南植物楽園（沖縄県沖縄市）
 ナゴパラダイス（沖縄県名護市）
 ビオスの丘（沖縄県うるま市）
 由布島・亜熱帯植物楽園
 おもろ植物園

学校園 
 八紘学園花菖蒲園
 東京大学大学院農学生命科学研究科附属緑地植物実験所（千葉県千葉市花見川区）
 東京大学大学院理学系研究科附属植物園（東京都文京区、栃木県日光市）
 京都大学大学院理学研究科附属植物園（京都府京都市）
 広島大学大学院理学研究科附属宮島自然植物実験所（広島県廿日市市宮島町）
 西南学院大学聖書植物園

薬用植物園 
 北海道科学大学薬用植物園（北海道小樽市）
 青森市農業指導センター薬用植物園・ハーブ園（青森市）
 東北大学大学院薬学研究科附属薬用植物園（宮城県仙台市青葉区）
 東北医科薬科大学付属植物園（宮城県仙台市青葉区）
 岩手医科大学薬学部薬用植物園（岩手県盛岡市）
 医療創生大学薬用植物園（福島県いわき市）
 国際医療福祉大学薬用植物園（栃木県大田原市）
 高崎健康福祉大学薬用植物園（群馬県高崎市）
 慶應義塾大学薬学部附属薬用植物園（埼玉県さいたま市緑区）
 千葉大学大学院薬学研究院薬用資源教育研究センター
 東京理科大学薬学部付属薬用植物園（千葉県野田市）
 千葉科学大学薬草園（千葉県銚子市）
 武蔵野大学薬学部附属薬用植物園（東京都西東京市）
 東京都薬用植物園（東京都小平市）
 東京農業大学植物園（神奈川県厚木市）
 横浜薬科大学ハマヤク農園内薬用植物園（横浜市戸塚区）
 新潟薬科大学薬用植物園（新潟市秋葉区）
 八ヶ岳薬用植物園（山梨県北杜市）
 愛知学院大学薬学部薬草園（名古屋市千種区）
 金城学院大学薬用植物園（名古屋市守山区）
 鈴鹿医療科学大学薬草園（三重県鈴鹿市）
 立命館大学薬学部薬草園（滋賀県草津市）
 池の谷薬草園（京都府京都市左京区）
 京都大学農学部附属農場（京都府木津川市）
 京都大学農学部附属農場小曽部温室（大阪府高槻市）
 大阪大学薬学部附属薬用植物園（大阪府吹田市）
 近畿大学薬学部薬用植物園（大阪府東大阪市）
 大阪大谷大学植物園・薬草園（大阪府富田林市）
 武庫川女子大学薬用植物園（兵庫県西宮市）
 神戸学院大学薬学部薬用植物園（神戸市中央区）
 兵庫医療大学薬学部付属薬用植物園（神戸市東灘区）
 手柄山中央公園緑の相談所内薬用植物園（兵庫県姫路市）
 姫路獨協大学薬用植物園（兵庫県姫路市）
 三栄源エフ・エフ・アイ有用植物研究所（兵庫県川西市）
 岡山大学薬学部附属薬用植物園（岡山県岡山市北区）
 就実大学薬学部薬用植物園（岡山市中区）
 重井薬用植物園（岡山県倉敷市）
 福山大学薬学部薬用植物園（広島県福山市）
 広島大学薬学部附属薬用植物園（広島県広島市南区）
 広島国際大学薬学部付属 薬用植物園（広島市南区）
 安田女子大学薬用植物園（広島市安佐南区）
 徳島大学薬学部附属薬用植物園（徳島県徳島市）
 松山大学薬学部附属薬用植物園（愛媛県松山市）
 山陽小野田市立山口東京理科大学薬学部附属江汐公園薬用植物園（山口県山陽小野田市）
 福岡大学薬学部薬草園（福岡市城南区）
 第一薬科大学薬用植物園（福岡市南区）
 九州大学大学院薬学研究院附属薬用植物園（福岡県糟屋郡篠栗町）
 長崎大学薬学部附属薬用植物園（長崎県長崎市）
 長崎国際大学薬学部付属薬用植物（長崎県佐世保市）
 九州保健福祉大学薬学部附属薬用植物園（宮崎県延岡市）
 宮崎県総合農業試験場薬草・地域作物センター（宮崎県小林市）
 佐多旧薬園（鹿児島県肝属郡南大隅町）
 薬用植物資源研究センター種子島研究部（鹿児島県中種子町）

閉鎖された植物園 
 網走熱帯植物園（北海道）
 ちざきバラ園（北海道）
 千葉県花植木センター（千葉県成田市）
 城西国際大学薬草園（千葉県大多喜町）
 行川アイランド
 フラワーパラダイス銚子
 らんの里堂ヶ島
 IZU・WORLD みんなのHawaiians
 伊良湖フラワーパーク（愛知県田原市）
 宝塚ガーデンフィールズ（兵庫県宝塚市）
 ハマブランカ（和歌山県）
 神戸南洋植物パーク（兵庫県神戸市）
 長崎県亜熱帯植物園（サザンパーク野母崎）（長崎県長崎市）
 サボテンハーブ園（宮崎県日南市）
 かごしま熱帯植物園（鹿児島県）
 ひめゆりパーク（沖縄県糸満市）
 サラバンダ（沖縄県糸満市）