APG III は、APG体系の、2009年に公表された第3版である。

変更点 
従来の APG II（第2版、2003年）に比較すると、以下の点で変更がある。
 所属不明とされていた科・属の多くについて所属が確定された。
 科の範囲として「広義または狭義のいずれを採用してもよい」とされていた群について、科の範囲が確定された（多くは広義、一部は狭義）。
 一部は所属が変更された（例えば単子葉類でないことが判明したヒダテラ科など）。新たに設定された科・目もある。一部の科については所属目不明確ため目を設定していない。

注釈
科レベルまで（所属不明の一部属を除く）記されている。一部の科は目レベルでの所属は不明として、目に入れていない。
 *：新たな位置に置かれた科（他科から分割された科も含む）。
 †：APG植物分類体系で新たに採用された目。
 §：範囲が変更された科（分割または併合を含む）。
 $：広い範囲で定義された科（APG II で§印表示されていた科で、カッコ[+　]内に書かれていた科を含めた）。
 $$：狭い範囲で定義された科（APG II で§印表示されていた科を分割し、カッコ[+　]内に書かれていた科を独立させた）。なお、APG II に比較して範囲が変更された科で、科の学名と和名の対応が不適切となった場合がある。以下に記載した和名にはこれを考慮した仮称が含まれ、まだ確定的ではない。

被子植物  
 †アムボレラ目 
 アムボレラ科 
 †スイレン目 
 $$ハゴロモモ科 
 *ヒダテラ科 
 $$スイレン科 
 アウストロバイレヤ目 
 アウストロバイレヤ科 
 $マツブサ科 （シキミ科を含む）
 トリメニア科 
 †センリョウ目 
 センリョウ科

モクレン類  
 カネラ目 
 カネラ科 
 シキミモドキ科 
 コショウ目 
 ウマノスズクサ科 
 ヒドノラ科 
 ラクトリス科 
 コショウ科 
 ドクダミ科 
 クスノキ目 
 アセロスペルマ科 
 ロウバイ科 
 ゴモルテガ科 
 ハスノハギリ科 
 クスノキ科 
 モニミア科 
 シパルナ科 
 モクレン目 
 バンレイシ科 
 デゲネリア科 
 エウポマティア科 
 ヒマンタンドラ科 
 モクレン科 
 ニクズク科

単子葉類  
 ショウブ目 
 ショウブ科 
 オモダカ目 
 §オモダカ科 （キバナオモダカ科を含む)
 レースソウ科 
 サトイモ科 
 ハナイ科 
 シオニラ科 
 トチカガミ科 
 シバナ科 
 ポシドニア科 
 ヒルムシロ科 
 カワツルモ科 
 ホロムイソウ科 
 チシマゼキショウ科 
 アマモ科 
 †サクライソウ目 
 サクライソウ科 
 ヤマノイモ目 
 ヒナノシャクジョウ科 
 ヤマノイモ科 
 キンコウカ科 
 タコノキ目 
 パナマソウ科 
 タコノキ科 
 ビャクブ科 
 ホンゴウソウ科 
 ウェロジア科 
 ユリ目 
 §ユリズイセン科 （ルズリアガ科を含む）
 カンピネマ科 
 イヌサフラン科 
 コルシア科 
 ユリ科 
 メランチウム科 
 *ペテルマニア科 
 フィレシア科 
 リポゴヌム科 
 サルトリイバラ科 
 キジカクシ目 
 $ヒガンバナ科 （アガパンサス科、ネギ科を含む）
 $キジカクシ科 （リュウゼツラン科、アフィランテス科、ヘスペロカリス科、ヒアシンス科、ラクスマニア科、スズラン科、テミス科を含む）
 アステリア科 
 ブランドフォルディア科 
 ボリア科 
 ドリアンテス科 
 キンバイザサ科 
 アヤメ科 
 イキシオリリオン科 
 ラナリア科 
 ラン科 
 テコフィレア科 
 $ススキノキ科 （ツルボラン科、キスゲ科を含む）
 キセロネマ科

ツユクサ類  
（所属目不明確）
 ダシポゴン科 
 ヤシ目 
 ヤシ科 
 ツユクサ目 
 ツユクサ科 
 ハエモドルム科 
 ハングアナ科 
 タヌキアヤメ科 
 ミズアオイ科 
 イネ目 
 アナルトリア科 
 パイナップル科 
 カツマダソウ科 
 カヤツリグサ科 
 エクデイオコレア科 
 ホシクサ科 
 トウツルモドキ科 
 ヨインウィレア科 
 イグサ科 
 マヤカ科 
 イネ科 
 ラパテア科 
 サンアソウ科 
 トゥルニア科 
 §ガマ科 （ミクリ科を含む）
 トウエンソウ科 
 ショウガ目 
 カンナ科 
 オオホザキアヤメ科 
 オウムバナ科 
 ロウイア科 
 クズウコン科 
 バショウ科 
 ゴクラクチョウカ科 
 ショウガ科

おそらく真正双子葉類の姉妹群 
 マツモ目 
 マツモ科

真正双子葉類  
 キンポウゲ目 
 メギ科 
 $キルカエアステル科 （キングドニア科を含む）
 フサザクラ科 
 アケビ科 
 ツヅラフジ科 
 $ケシ科 （ケマンソウ亜科を含む）
 キンポウゲ科 
（所属目不明確）
 アワブキ科 
 ヤマモガシ目 
 ハス科 
 $$スズカケノキ科 
 $$ヤマモガシ科 
 †ヤマグルマ目 
 $ヤマグルマ科 （スイセイジュ科を含む）
 †ツゲ目 
 $ツゲ科 （ディディメレス科を含む）
 *ハプタントゥス科

コア真正双子葉類  
 グンネラ目 
 $$グンネラ科 
 $$ミロタムヌス科 
（所属目不明確）
 ビワモドキ科 
 ユキノシタ目 
 フウ科 
 アファノペタルム科 
 カツラ科 
 ベンケイソウ科 
 ユズリハ科 
 スグリ科 
 $$アリノトウグサ科 
 マンサク科 
 $ズイナ科 （プテロステモン科を含む）
 ボタン科 
 $$タコノアシ科 
 *§ペリディスクス科 （メドゥサンドラ科を含む）
 ユキノシタ科 
 $$テトラカルパエア科 
 †ベルベリドプシス目 
 アエクストキシコン科 
 ベルベリドプシス科 
 ビャクダン目 
 ツチトリモチ科 
 オオバヤドリギ科 
 ミソデンドロン科 
 ビャクダン科 
 オラクス科 
 カナビキボク科 
 *ボロボロノキ科 
 ナデシコ目 
 アカトカルプス科 
 ハマミズナ科 
 ヒユ科 
 *アナカンプセロス科 
 ツクバネカズラ科 
 アステロペイア科 
 バルベウイア科 
 ツルムラサキ科 
 サボテン科 
 ナデシコ科 
 §ディディエレア科 
 ディオンコフィルム科 
 モウセンゴケ科 
 ドロソフィルム科 
 フランケニア科 
 ギセキア科 
 ハロフィトゥム科 
 *リメウム科 
 *ロフィオカルプス科 
 §ザクロソウ科 
 *ヌマハコベ科 
 ウツボカズラ科 
 オシロイバナ科 
 フィセナ科 
 ヤマゴボウ科 
 イソマツ科 
 タデ科 
 §スベリヒユ科 （ヌマハコベ科、ハゼラン科を除く）
 ラブドデンドロン科 
 サルコバトゥス科 
 シモンジア科 
 ステグノスペルマ科 
 *ハゼラン科 
 ギョリュウ科

バラ類  
 †ブドウ目 
 ブドウ科

マメ類 （真正バラ類I） 
 †ハマビシ目 
 $$クラメリア科 
 $$ハマビシ科 
 ニシキギ目 
 $ニシキギ科 （レプロペタロン科、ウメバチソウ科、ポッティンゲリア科を含む）
 カタバミノキ科 
 カタバミ目 
 ブルネリア科 
 フクロユキノシタ科 
 マメモドキ科 
 クノニア科 
 ホルトノキ科 
 *フア科 
 カタバミ科 
 キントラノオ目 
 アカリア科 
 バラノプス科 
 ボンネティア科 
 *テリハボク科 
 バターナット科 
 *ケントロプラクス科 
 $$クリソバラヌス科 
 §フクギ科 
 クテノロフォン科 
 $$カイナンボク科 
 ミゾハコベ科 
 $$§コカ科 （属を含む）
 トウダイグサ科 
 $$エウフロニア科 
 ゴウピア科 
 フミリア科 
 オトギリソウ科 
 イルウィンギア科 
 イクソナンテス科 
 ラキステマ科 
 アマ科 
 ロフォピクシス科 
 キントラノオ科 
 $オクナ科 （メドゥサギネ科、クイイナ科を含む）
 パンダ科 
 $トケイソウ科 （マレシェルビア科、トゥルネラ科を含む）
 コミカンソウ科 
 ピクロデンドロン科 
 カワゴケソウ科 
 ツゲモドキ科 
 *ラフレシア科 
 $$ヒルギ科 
 ヤナギ科 
 $$トリゴニア科 
 スミレ科 
 ウリ目 
 アニソフィレア科 
 シュウカイドウ科 
 ドクウツギ科 
 コリノカルプス科 
 ウリ科 
 ナギナタソウ科 
 テトラメレス科 
 マメ目 
 マメ科 
 ヒメハギ科 
 キラヤ科 
 スリアナ科 
 ブナ目 
 カバノキ科 
 モクマオウ科 
 ブナ科 
 §クルミ科 （ロイプテレア科を含む）
 ヤマモモ科 
 ナンキョクブナ科 
 ティコデンドロン科 
 バラ目 
 バルベヤ科 
 アサ科 
 ディラクマ科 
 グミ科 
 クワ科 
 クロウメモドキ科 
 バラ科 
 ニレ科 
 イラクサ科

アオイ類 （真正バラ類II） 
 フウロソウ目 
 $フウロソウ科 （ヒプセロカリス科を含む）
 $メリアントゥス科 （フランコア科を含む）
 §ウィウィアニア科 （レドカルプス科を含む）
 フトモモ目 
 アルザテア科 
 シクンシ科 
 クリプテロニア科 
 ミソハギ科 
 $ノボタン科 （コメツブノボタン科を含む）
 §フトモモ科 （ヘテロピクシス科、プシロキシロン科を含む）
 アカバナ科 
 §ペナエア科 （オリニア科、リンコカリクス科を含む）
 ウォキシア科 
 クロッソソマ目 
 *アフロイア科 
 クロッソソマ科 
 *ゲイッソロマ科 
 *グアマテラ科 
 キブシ科 
 ミツバウツギ科 
 *§ストラスブルゲリア科 （イクセルバ科を含む）
 †ピクラムニア目 
 *ピクラムニア科 
 †フエルテア目 
 *ディペントドン科 
 *ゲラルディナ科 
 タピスキア科 
 アブラナ目 
 $アカニア科 （ブレッシュネイデラ科を含む）
 バティス科 
 §アブラナ科 （フウチョウボク科、フウチョウソウ科を除く）
 *フウチョウボク科 
 パパイヤ科 
 *フウチョウソウ科 
 エンブリンギア科 
 ギロステモン科 
 コエベルリニア科 
 リムナンテス科 
 ワサビノキ科 
 ペンタディプランドラ科 
 モクセイソウ科 
 サルウァドラ科 
 セッチェラントゥス科 
 トウァリア科 
 ノウゼンハレン科 
 アオイ目 
 $ベニノキ科 （ワタモドキ科、ディエゴデンドロン科を含む）
 ハンニチバナ科 
 *キティヌス科 
 フタバガキ科 
 アオイ科 
 ナンヨウザクラ科 
 ネウラダ科 
 サルコラエナ科 
 スファエロセパルム科 
 ジンチョウゲ科 
 ムクロジ目 
 ウルシ科 
 ビーベルステイニア科 
 カンラン科 
 キルキア科 
 センダン科 
 $ソウダノキ科 （ペガヌム科、テトラディクリス科を含む）
 ミカン科 
 ムクロジ科 
 ニガキ科

キク類  
 ミズキ目 
 ミズキ科 （ヌマミズキ科を含む）
 クルティシア科 
 グルッビア科 
 アジサイ科 
 ヒドロスタキス科 
 シレンゲ科 
 ツツジ目 
 マタタビ科 
 ツリフネソウ科 
 リョウブ科 
 キリラ科 
 イワウメ科 
 カキノキ科 
 ツツジ科 
 フォウクィエリア科 
 サガリバナ科 
 マルクグラウィア科 
 *ヤッコソウ科 
 $ペンタフィラクス科 （モッコク科を含む）
 ハナシノブ科 
 §サクラソウ科 （イズセンリョウ科、ヤブコウジ科、テオフラスタ科を含む）
 ロリドゥラ科 
 アカテツ科 
 サラセニア科 
 $$スラデニア科 
 エゴノキ科 
 ハイノキ科 
 $テトラメリスタ科 （ペリキエラ科を含む）
 ツバキ科

シソ類 （真正キク類I） 
（所属目不明確）
 §*ムラサキ科 （ホプレスティグマ科を含む）
 ヴァーリア科 
 クロタキカズラ科 
 メッテニウサ科 
 オンコテカ科 
 ガリア目 
 トチュウ科 
 $ガリア科 （アオキ科を含む）
 リンドウ目 
 キョウチクトウ科 
 ゲルセミア科 
 リンドウ科 
 マチン科 
 アカネ科 
 シソ目 
 §キツネノマゴ科 （トマンデルシア科を除く）
 ノウゼンカズラ科 
 ビブリス科 
 キンチャクソウ科 
 カールマニア科 
 イワタバコ科 
 シソ科 
 *アゼナ科 
 タヌキモ科 
 ツノゴマ科 
 モクセイ科 
 ハマウツボ科 
 キリ科 
 ゴマ科 
 ハエドクソウ科 
 §オオバコ科 （アゼナ科を除く）
 プロコスペルマ科 
 シュレーゲリア科 
 ゴマノハグサ科 
 スティルベ科 
 テトラコンドラ科 
 *トマンデルシア科 
 クマツヅラ科 
 ナス目 
 ヒルガオ科 
 セイロンハコベ科 
 モンティニア科 
 ナス科 
 ナガボノウルシ科

キキョウ類 （真正キク類II） 
 モチノキ目 
 モチノキ科 
 §ヤマイモモドキ科 （レプタウルス科を含む）
 ハナイカダ科 
 フィロノマ科 
 ステモヌラ科 
 キク目 
 アルセウオスミア科 
 アルゴフィルム科 
 キク科 
 カリケラ科 
 $キキョウ科 （ミゾカクシ科を含む）
 クサトベラ科 
 ミツガシワ科 
 ユガミウチワ科 
 フェリネ科 
 ロウッセア科 
 $スティリディウム科 （ドナティア科を含む）
 †エスカロニア目 
 §エスカロニア科 （エレモシネ科、ポリオスマ科、トリベレス科を含む）
 †ブルニア目 
 ブルニア科 
 §コルメリア科 （デスフォンタイニア科を含む）
 †パラクリフィア目 
 §パラクリフィア科 （クィンティニア科、スフェノステモン科を含む）
 マツムシソウ目 
 レンプクソウ科 
 §スイカズラ科 （タニウツギ科、マツムシソウ科、リンネソウ科、モリナ科、オミナエシ科を含む）
 セリ目 
 セリ科 
 ウコギ科 
 グリセリニア科 
 ミオドカルプス科 
 ペンナンティア科 
 トベラ科 
 §トリケリア科 （アラリディウム科、メラノフィラ科を含む）

分類未確定 
 アポダンテス科 （3属）
 キノモリウム科 属
 属
 属（おそらくアオイ目）
 属（Simmons 2004；おそらくニシキギ科）