維管束植物レッドデータブック（いかんそくしょくぶつレッドデータブック）は、日本の絶滅のおそれのある維管束植物の生育状況等を取りまとめた書籍である。1997年に環境省が公表したレッドリスト（日本の絶滅のおそれのある野生生物の種のリスト）をもとに編集された。本項では2000年（平成12年）7月に発行されたものを掲載している。記述は維管束植物レッドデータブックに準拠した。

なお、正式な書籍名は 『改訂･日本の絶滅のおそれのある野生生物8 植物I（維管束植物）』となり、維管束植物を植物I、維管束植物以外（蘚苔類、藻類、地衣類、菌類）を植物IIに分類して作成している。

絶滅(EX)

シダ植物 
ヒトツバノキシノブ Pyrrosia angustissimum
ウスバシダモドキ Tectaria dissecta
オオイワヒメワラビ Hypolepis tenuifolia
オオアオガネシダ Asplenium austrochinense
イオウジマハナヤスリ Ophioglossum nudicaule
タカネハナワラビ Botrychium boreale
コウヨウザンカズラ Lycopodium cunninghamiodes

被子植物・双子葉類・合弁花類 
タンバヤブレガサ Syneilesis aconitifolia var. longilepis
トヨシマアザミ Cirsium toyoshimae
オオミコゴメグサ Euphrasia insignis var. omiensis

被子植物・双子葉類・離弁花類 
オオユリワサビ Eutrema tenuis var. okinosimensis
ホソバノキミズ Elatostema lineolatum var. majus
リュウキュウヒメハギ Polygala longifolia
ソロハギ Flemingia strobilifera

被子植物・単子葉類 
ホクトガヤツリ Cyperus procerus
ムジナノカミソリ Lycoris sanguinea var. koreana
タカノホシクサ Eriocaulon cauliferum
ヒュウガホシクサ Eriocaulon seticuspe
ジンヤクラン Renanthera (=Arachnis) labrosa
ムニンキヌラン Zeuxine boninensis

野生絶滅 (EW)

被子植物・双子葉類・離弁花類 
オリヅルスミレ Viola stoloniflora
ツクシカイドウ Malus hupehensis
リュウキュウベンケイ Kalanchoe integra
ナルトオウギ Astragalus sikokianus
コブシモドキ Magnolia pseudokobus

絶滅危惧IA類 (CR)

シダ植物 
アシガタシダ Pteris grevilleana
タイワンアマクサシダ Pteris formosana
ヒメイノモトソウ Pteris yamatensis
ミミモチシダ Acrostichum aureum
ウロコノキシノブ Lepisorus oligolepidus
キレハオオクボシダ Ctenopteris sakaguchiana
ヒトツバマメヅタ Pyrrosia adnascens
トヨグチウラボシ Lepisorus clathratus
カザリシダ Aglaomorpha coronans
オニマメヅタ Lemmaphyllum pyriforme
オキノクリハラン Leptochilus decurrens
タイワンアオネカズラ Polypodium formosanum
アマミデンダ Polystichum obae
オオミネイワヘゴ Dryopteris lunanensis
オオヤグルマシダ Dryopteris wallichiana
クマヤブソテツ Cyrtomium macrophyllum var. microindusium
コバヤシカナワラビ Arachniodes sp.
サクラジマイノデ Polystichum piceopaleaceum
シビカナワラビ Arachniodes hekiana
シムライノデ Polystichum shimurae
ヒュウガカナワラビ Arachniodes hiugana
ヤシャイノデ Polystichum neolobatum
ヒイラギデンダ Polystichum lonchitis
ナガバウスバシダ Tectaria kusukusensis
ツツイイワヘゴ Dryopteris tsutsuiana
タイワンヒメワラビ  Acrophorus nodosus
スルガイノデ  Polystichum fibrillosopaleaceum var. marginale
シビイタチシダ  Dryopteris shibipedis
コモチナナバケシダ  Tectaria fauriei
コキンモウイノデ Ctenitis microlepigera
クマイワヘゴ  Dryopteris anthracinisquama
シマヤマソテツ Plagiogyria stenoptera
マルバコケシダ Trichomanes bimarginatum
オオギミシダ Woodwardia harlandii
イトシシラン Vittaria mediosora
オオバシシラン Vittaria forrestiana
シマタキミシダ Antrophyum formosanum
イエジマチャセンシダ Asplenium oligophlebium var. iezimaense
ヒメタニワタリ Asplenium cardiophyllum
ホコガタシダ Asplenium ensiforme
ヤマドリトラノオ Asplenium kobayashii
ウスイロホウビシダ Asplenium subnormale
オトメシダ Asplenium tenerum
オキナワアツイタ Elaphoglossum callifolium
ツルキジノオ Lomariopsis spectabilis
ワラビツナギ Arthropteris palisotii
ナンゴクデンジソウ Marsilea crenata
イブリハナワラビ Botrychium microphyllum
ミヤマハナワラビ Botrychium lanceolatum
チャボハナヤスリ Ophioglossum parvum
ミヤコジマハナワラビ Helminthostachys zeylanica
イヌヤチスギラン Lycopodium carolinianum
ヒモラン Lycopodium sieboldii
ヒモスギラン Lycopodium fargesii
ヒメヨウラクヒバ Lycopodium salvinioides
リュウキュウヒモラン Lycopodium sieboldii var. christensenianum
ヨウラクヒバ Lycopodium phlegmaria
ナガバコウラボシ Grammitis tuyamae
ヒロハヒメウラボシ Grammitis nipponica
シマヤワラシダ Thelypteris gracilescens
ハイミミガタシダ Thelypteris aurita
タイヨウシダ Thelypteris erubescens
カンザシワラビ Schizaea dichotoma
イヌイノモトソウ Lindsaea ensifolia
シノブホングウシダ Lindsaea kawabatae
コビトホラシノブ Sphenomeris minutula
イワウラジロ Cheilanthes krameri
アオイガワラビ Diplazium kawakamii
シビイヌワラビ Athyrium kenzo-satakei
シマクジャク Diplazium longicarpum
コモチイヌワラビ Athyrium strigillosum
ヒメデンダ Woodsia subcordata
ヤクイヌワラビ Athyrium masamunei
ヒュウガシケシダ Deparia minamitanii
ホウライウスヒメワラビ Acystopteris tenuisecta
ホソバシケチシダ Cornopteris banajaoensis
フクレギシダ Diplazium pin-faense
ヤクシマタニイヌワラビ Athyrium yakusimense
ムニンミドリシダ Diplazium subtripinnatum
ジャコウシダ Diplazium heterophlebium
タイワンアリサンイヌワラビ Athyrium arisanense
ヒノタニリュウビンタイ Angiopteris fokiensis

被子植物・双子葉類・合弁花類 
ムニンノキ Planchonella boninensis
アマミアワゴケ （アマミコケサンゴ） Nertera yamashitaeヤツガタケムグラ Galium triflorumヤエヤマハシカグサ Hedyotis auriculariaヒジハリノキ Randia sinensisシソノミグサ Knoxia corymbosaセンカクハマサジ Limonium senkakuenseエゾイチヤクソウ Pyrola minorイチゲイチヤクソウ Moneses unifloraアマミイワウチワ Shortia rotundifolia var. amamianaタイワンシシンラン Lysionotus sp.
ナガミカズラ Aeschynanthus acuminatusユウバリソウ Lagotis takedanaエゾノクサタチバナ Cynanchum inamoenumマルバノフナバラソウ Cynanchum krameriサツマビャクゼン Cynanchum doianumホソバノロクオンソウ Cynanchum multinerveヨナグニカモメヅル Tylophora yonakuniensisヤマワキオゴケ Cynanchum yamanakaeマメヅタカズラ Dischidia formosanaナンゴクカモメヅル Cynanchum austrokiusianumアキノクサタチバナ Cynanchum multinerve var. kiyohikoanumタチミゾカクシ Lobelia hanceiトウシャジン Adenophora strictaツクシイワシャジン Adenophora hatsushimaeヤチシャジン Adenophora palustrisホウオウシャジン Adenophora takedae var. howozanaユウバリシャジン Adenophora pereskiaefolia var. yamadaeエゾノチチコグサ Antennaria dioicaコウリンギク Senecio argunensisコケセンボンギク Lagenophora lanataオオヒラウスユキソウ Leontopodium miyabeanumホソバノギク Aster sohayakiensisフタマタタンポポ Crepis hokkaidoensisフタナミソウ Scorzonera rebunensisヨナグニイソノギク Aster walkeriユキヨモギ Artemisia momiyamaeヤマタバコ Ligularia angustaヤナギタウコギ Bidens cernuaヤクシマウスユキソウ Anaphalis sinica var. yakusimensisミヤマノギク Erigeron miyabeanusヒナヒゴタイ Saussurea japonicaユズリハワダン Crepidiastrum ameristophyllumヤブレガサモドキ Syneilesis tagawaeヤクシマノギク Aster yakushimensisホソバエゾノコギリ Achillea ptarmica var. yezoensisヘラナレン Crepidiastrum linguifoliumタカサゴアザミ Cirsium japonicum var. australeタカネタンポポ Taraxacum yuparenseシマトウヒレン Saussurea insularisシマコウヤボウキ Pertya yakushimensisシブカワシロギク Aster rugulosus var. shibukawaensisミヤコジマソウ Hemigraphis reptansウラジロコムラサキ Callicarpa nishimuraeシマムラサキ Callicarpa glabraタカクマムラサキ Callicarpa longissimaオオニンジンボク Vitex quinataヒシモドキ Trapella sinensisイナコゴメグサ Euphrasia multifolia var. inaensisキタミソウ Limosella aquaticaウスユキクチナシグサ Monochasma savatieriセンリゴマ Rehmannia japonicaツルウリクサ Torenia concolor var. formosanaベニシオガマ Pedicularis koidzumianaリュウキュウスズカケ Veronicastrum liukiuenseヒメサギゴケ Mazus goodenifoliusカミガモソウ Gratiola fluviatilisスズカケソウ Veronicastrum villosulumキタダケトラノオ Pseudolysimachion kiusianum var. kitadakemontanumチチブイワザクラ Primula reinii var. rhodotrichaカムイコザクラ Primula hidakana var. kamuianaユウバリコザクラ Primula yuparensisヒメミヤマコナスビ Lysimachia liukiuensisトウサワトラノオ Lysimachia candidaミョウギイワザクラ Primula reinii var. myogiensisヒメコザクラ Primula macrocarpaトチナイソウ Androsace lehmannianaエゾニガクサ Teucrium veronicoidesヒメタツナミソウ Scutellaria kikaiinsularisシマカコソウ Ajuga boninsimaeイヌニガクサ Teucrium veronicoides var. brachytrichumオオベニウツギ Weigela floridaホザキツキヌキソウ Triosteum pinnatifidumヒロハガマズミ Viburnum koreanumヤブヒョウタンボク Lonicera linderifoliaツキヌキソウ Triosteum sinuatumキタカミヒョウタンボク Lonicera demissa var. borealisタイワンツクバネウツギ Abelia chinensis var. ionandraフサタヌキモ Utricularia dimorphanthaウラジロヒカゲツツジ Rhododendron keiskei var. hypoglaucumゴヨウザンヨウラク Menziesia goyozanensisセンカクツツジ Rhododendron eriocarpum var. tawadaeアマクサミツバツツジ Rhododendron viscistylum var. amakusaenseチョウセンヤマツツジ Rhododendron yedoense var. poukhanenseリュウキュウアセビ Pieris japonica var. koidzumianaアマミセイシカ Rhododendron amamienseヤドリコケモモ Vaccinium amamianumムラサキツリガネツツジ Menziesia multiflora var. purpureaムニンツツジ Rhododendron boninenseヒダカミツバツツジ Rhododendron dilatatum var. borealeハヤトミツバツツジ Rhododendron dilatatum var. satsumenseイラブナスビ Solanum miyakojimenseテンジクナスビ Solanum anguiviムニンホオズキ Solanum biflorum var. glabrumウチダシクロキ Symplocos kawakamiiチチジマクロキ Symplocos pergracilisハナシノブ Polemonium kiushianumクシロネナシカズラ Cuscuta europaeaナガバアサガオ Aniseia martinicensisタイワンチトセカズラ Gardneria shimadaeエゾルリソウ Mertensia pterocarpa var. yezoensisケルリソウ Trigonotis radicans
エゾルリムラサキ Eritrichium nipponicum var. albiflorum
チョウセンカメバソウ Trigonotis radicans var. sericea
タイワンルリソウ（シマスナビキソウ） Cynoglossum formosanum
ハイルリソウ Omphalodes prolifera
イワムラサキ Hackelia deflexa
ヤナギバモクセイ Osmanthus insularis var. okinawensis
ソナレセンブリ Swertia noguchiana
チチブリンドウ Gentianopsis contorta
ヤクシマリンドウ Gentiana yakushimensis
リュウキュウアケボノソウ Swertia kuroiwai
リシリリンドウ Gentiana jamesii

被子植物・双子葉類・離弁花類 
エダウチアカバナ Epilobium fastigiatoramosum
ミズキンバイ Ludwigia stipulacea
シリベシナズナ Draba igarashii
ハナナズナ Berteroella maximowiczii
トガクシナズナ Draba sakuraii
キタダケナズナ Draba kitadakensis
ヤツガタケナズナ Draba oiana
ミヤウチソウ Cardamine trifida
ソウウンナズナ Draba nakaiana
ハナハタザオ Dontostemon dentatus
タカネグンバイ Thlaspi japonicum
ハマタイセイ Isatis yezoensis
ナガバアリノトウグサ Haloragis chinensis
アマミサンショウソウ Elatostema oshimense
セキモンウライソウ Procris boninensis
ソハヤキミズ Pilea sohayakiensis
ヨナクニトキホコリ Elatostema yonakuniense
チョクザキミズ Lecanthus peduncularis
シシキカンアオイ Asarum hexalobum var. controversum
シモダカンアオイ Heterotropa muramatsui var. shimodana
ヒナカンアオイ Heterotropa okinawensis
ジュロウカンアオイ Heterotropa kinoshitae
モノドラカンアオイ Heterotropa monodoriflora
オナガサイシン Asarum leptophyllum
ムラクモアオイ Heterotropa kumageana var. satakeana
テンリュウカンアオイ Heterotropa draconis
センカクカンアオイ Heterotropa senkakuinsularis
オナガカンアオイ Heterotropa minamitaniana
イシガキカラスウリ Trichosanthes homophylla var. ishigakiensis
ムニンカラスウリ Trichosanthes boninensis
タイワンフシノキ Rhus javanica
ダイセツヒナオトギリ Hypericum yojiroanum
トサオトギリ Hypericum tosaense
ツキヌキオトギリ Hypericum sampsonii
センカクオトギリ Hypericum senkakuinsulare
アマミカタバミ Oxalis exilis
アポイカンバ Betula apoiensis
オオヨドカワゴロモ Hydrobryum koribanum
カワゴケソウ Cladopus japonicus
マノセカワゴケソウ Cladopus doianus
トキワカワゴケソウ Cladopus austrosatsumensis
タシロカワゴケソウ Cladopus austroosumiensis
ハザクラキブシ Stachyurus macrocarpus var. purnifolius
ナガバキブシ Stachyurus macrocarpus
エゾキンポウゲ Ranunculus franchetii
ミョウギカラマツ Thalictrum minus var. chionophyllum
ダイセツトリカブト Aconitum yamazakii
タカネキンポウゲ Ranunculus sulphureus
オンタケブシ Aconitum metajaponicum
コウライブシ Aconitum jaluense
コウヤハンショウヅル Clematis obvallata
コウヤシロカネソウ Dichocarpum numajirianum
クモマキンポウゲ Ranunculus pygmaeus
キリギシソウ Callianthemum sacchalinense var. kirigishiense
ヒメバイカモ Ranunculus kadzusensis
ヒメキツネノボタン Ranunculus silerifolius var. yaegatakensisシコクイチゲ Anemone sikokianaカラクサキンポウゲ Ranunculus gmeliniiヒレフリカラマツ Thalictrum toyamaeリュウキュウヒキノカサ Ranunculus extorris var. lutchuensisキバナサバノオ Dichocarpum pterigionocaudatumオオワクノテ Clematis serratifoliaウジカラマツ Thalictrum ujiensisシナクスモドキ Cryptocarya chinensisオキナワコウバシ Lindera communis var. okinawensisクニガミクロウメモドキ Rhamnus calicicolaヒメクロウメモドキ Rhamnus kanagusukuiクサミズキ Nothapodytes foetidaオオヤマイチジク Ficus iidaianaオガサワラグワ Morus boninensisカツラギグミ Elaeagnus takeshitaeエゾオオケマン Corydalis curvicalcarataタイヨウフウトウカズラ Piper postelsianumゴバンノアシ Barringtonia asiaticaテリハモモタマナ Terminalia nitensヒルギモドキ Lumnitzera racemosaケナシハテルマカズラ Triumfetta procumbens var. repensチュウゴクボダイジュ Tilia chugokuensisツクシボダイジュ Tilia rufo-villosaマンシュウボダイジュ Tilia mandschuricaヒシバウオトリギ Grewia rhombifoliaオキナワマツバボタン Portulaca pilosa ssp. okinawensisアマミスミレ Viola amamianaタニマスミレ Viola epipsila ssp. repensシソバキスミレ Viola yubarianaタデスミレ Viola thibaudieriテリハオリヅルスミレ Viola sp.
オオウバタケニンジン Angelica mukabakiensisレブンサイコ Bupleurum triradiatumイシヅチボウフウ Angelica saxicolaクマノダケ Angelica mayebaranaアラゲタデ Persicaria lanatumナンブトラノオ Bistorta hayachinensisキブネダイオウ Rumex nepalensis var. andreaeanusカラフトノダイオウ Rumex gmeliniiホウザンツヅラフジ Cocculus sarmentosusホウライツヅラフジ Pericampylus formosanusクニガミヒサカキ Eurya zigzagエノキフジ Discocleidion ulmifoliumフジタイゲキ Euphorbia watanabei var. watanabeiアカハダコバンノキ Margaritaria indicaヒュウガタイゲキ Euphorbia watanabei subsp. minamitaniiタイワンヒメコバンノキ Breynia formosanaセキモンノキ Claoxylon centenariumオオミトベラ Pittosporum chichijimenseコバノトベラ Pittosporum parvifoliumエゾマンテマ Silene foliosaミツモリミミナグサ Cerastium arvense var. ovatumチシママンテマ Silene repens var. latifoliaチシマツメクサ Sagina saginoidesカンチヤチハコベ Stellaria calycanthaスガワラビランジ Silene stenophyllaオオイワツメクサ Stellaria nipponica var. yezoensisコバノミミナグサ Cerastium furcatum var. ibukienseカムイビランジ Silene hidaka-alpinaアンドンマユミ Euonymus oligospermusリュウキュウツルマサキ Euonymus fortuneiナガバヒゼンマユミ Euonymus oblongifoliusサキシマエノキ Celtis biondii var. insularisムニンノボタン Melastoma tetramerumエゾサンザシ Crataegus jozanaエゾノトウウチソウ Sanguisorba japonensisブコウマメザクラ Prunus incisa var. bukosanensisメアカンキンバイ Potentilla miyabeiマメナシ Pyrus calleryanaツクシアキツルイチゴ Rubus hatsushimaeチチジマイチゴ Rubus nakaiiノカイドウ Malus spontaneaナンブトウウチソウ Sanguisorba obtusaコバノアマミフユイチゴ Rubus amamiana var. minorクロミサンザシ Crataegus chlorosarcaオオカナメモチ Photinia serrulataクマガワブドウ Vitis quinqueangularisエッチュウミセバヤ Hylotelephium sieboldii var. ettyuenseエゾモメンヅル Astragalus japonicusヒメツルアズキ Vigna nakashimaeトカチオウギ Astragalus tokachiensisツクシムレスズメ Sophora franchetianaチョウセンニワフジ Indigofera kirilowiiチョウセンキハギ Lespedeza maximowicziiタイワンミヤマトベラ Euchresta formosanaカリバオウギ Astragalus yamamotoiスナジマメ Zornia cantoniensisアカササゲ Vigna vexillata var. tsusimensisタシロマメ Intsia bijugaホソバフジボグサ Uraria pictaレブンソウ Oxytropis megalanthaリシリゲンゲ Oxytropis rishiriensisヤエヤマハギカズラ Galactia tashiroi f. yaeyamensisオオバフジボグサ Uraria lagopodioidesシタン Pterocarpus indicusトキワマンサク Loropetalum chinenseヒゴミズキ Corylopsis gotoana var. pubescensムニンゴシュユ Euodia nishimuraeコウライタチバナ Citrus nippokoreanaホザキキカシグサ Rotala rotundifoliaムジナモ Aldrovanda vesiculosaアマミヒイラギモチ Ilex dimorphophyllaムニンモチ Ilex beecheyiヒロハタマミズキ Ilex macrocarpaヒダカミネヤナギ Salix hidakamontanaエゾノクモマグサ Saxifraga nishidaeエチゼンダイモンジソウ Saxifraga acerifoliaユウバリクモマグサ Saxifraga yuparensisキヨシソウ Saxifraga bracteataアマミクサアジサイ Cardiandra amamiohsimensis 被子植物・単子葉類 
キリガミネヒオウギアヤメ Iris setosa var. hondoensisエゾイトイ Juncus potaniniiホロムイコウガイ Juncus tokubuchiiミヤマゼキショウ Juncus yakeisidakensisヒゼンコウガイゼキショウ Juncus hizenensisオオヌカキビ Panicum paludosumキタダケイチゴツナギ Poa glauca var. kitadakensisヒメネズミノオ Sporobolus hanceiホソバドジョウツナギ Torreyochloa natansフクロダガヤ Tripogon japonicusユウバリカニツリ Deschampsia caespitosa var. levisヤマオオウシノケグサ Festuca rubra var. hondoensisムラサキオバナ Saccharum kanashiroiヒメハイチゴザサ Isachne nipponensis var. minorタカネエゾムギ Elymus yubaridakensisオニカモジ Agropyron tsukushienseアカヒゲガヤ Heteropogon contortusザラツキヒナガリヤス Calamagrostis nana ssp. hayachinensisタイシャクカモジ Agropyron yezoense var. tashiroiイトイバラモ Najas yezoensisムサシモ Najas ancistocarpaヒメイバラモ Najas tenuicaulisアズミノヘラオモダカ Alisma canaliculatum var. azuminoenseカラフトグワイ Sagittaria natansイッスンテンツキ Fimbristylis kadzusanaウナヅキテンツキ Fimbristylis nutansクグスゲ Carex pseudocyperusクロミノハリイ Eleocharis atropurpureaセンジョウスゲ Carex lehmanniiカヤツリマツバイ Eleocharis retroflexa ssp. chaetariaヌマスゲ Carex rostrata var. borealisホソスゲ Carex dispermaホウキガヤツリ Cyperus distansヒルゼンスゲ Carex impuraヤリスゲ Carex kabanoviiマンシュウクロカワスゲ Carex peiktusaniiヒメウシオスゲ Carex subspathaceaハハジマテンツキ Fimbristylis longispica var. hahajimensisトダスゲ Carex aequialtaトサノハマスゲ Cyperus rotundus var. yoshinagaeチャイロテンツキ Fimbristylis leptoclada var. takamineanaチチブシラスゲ Carex planiculmis var. urasawaeチシママツバイ Eleocharis acicularisタデシナヒメスゲ Carex chinoiハタケテンツキ Fimbristylis stauntoniiカンチスゲ Carex gynocratesカラフトイワスゲ Carex rupestrisカドハリイ Eleocharis tetraquetra var. tsurumachiiコウシュンスゲ Cyperus pedunculatusクリイロスゲ Carex diandraキビノミノボロスゲ Carex paxiiイワキアブラガヤ Scirpus georgianusオオアマミテンナンショウ Arisaema heterocephalum ssp. majusホロテンナンショウ Arisaema cucullatumヒュウガヒロハテンナンショウ Arisaema minamitaniiヤクシマヒロハテンナンショウ Arisaema longipedunculatum var. yakumontanum
ヒメハブカズラ Rhaphidophora liukiuensisトクノシマテンナンショウ Arisaema kawashimaeツルギテンナンショウ Arisaema abeiツクシテンナンショウ Arisaema ogataeタカハシテンナンショウ Arisaema undulatifolium ssp. nambaeカミコウチテンナンショウ Arisaema ishizuchiense var. brevicollumオモゴウテンナンショウ Arisaema iyoanumオドリコテンナンショウ Arisaema aprileオキナワテンナンショウ Arisaema heterocephalum ssp. okinawaenseセッピコテンナンショウ Arisaema seppikoenseアマギテンナンショウ Arisaema kurataeイナヒロハテンナンショウ Arisaema ovale var. inaenseイシヅチテンナンショウ Arisaema ishizuchienseチクリンカ Alpinia bilamellataキリシマシャクジョウ Burmannia liukiuensisキリシマタヌキノショクダイ Thismia tuberculataホシザキシャクジョウ Saionia shinzatoiヒナノボンボリ Oxygyne hyodoiタヌキノショクダイ Thismia abeiイヌイトモ Potamogeton obtusifoliusツツイトモ Potamogeton panormitanusネジリカワツルモ Ruppia rostellataガシャモク Potamogeton dentatusエゾイヌノヒゲ Eriocaulon perplexumミカワイヌノヒゲ Eriocaulon mikawanumコシガヤホシクサ Eriocaulon heleocharioidesタカクマソウ Sciaphila takakumensisイズドコロ Dioscorea izuensisユワンドコロ Dioscorea tabataeウケユリ Lilium alexandraeアッカゼキショウ Tofieldia coccinea var. akkanaキバナスゲユリ Lilium callosum var. flaviflorumゲイビゼキショウ Tofieldia coccinea var. geibiensisサクライソウ Protolirion sakuraiiシラオイエンレイソウ Trillium hagaeスルガジョウロウホトトギス Tricyrtis ishiiana var. surugensisカイコバイモ Fritillaria kaiensisミヤマスカシユリ Lilium maculatum var. bukosanenseミノシライトソウ Chionographis japonica var. minoensisヒメソクシンラン Aletris makiyataroiナガエチャボゼキショウ Tofieldia coccinea var. kiusianaタモトユリ Lilium nobilissimumタマボウキ Asparagus oligoclonosカンカケイニラ Allium togashiiセトウチギボウシ Hosta pycnophyllaジンリョウユリ Lilium japonicum var. abeanumサツマオモト Rohdea japonica var. latifoliaサガミジョウロウホトトギス Tricyrtis ishiianaクロカミシライトソウ Chionographis japonica var. kurokamianaアリサンムヨウラン Cheirostylis takeoiイリオモテトンボソウ Platanthera stenoglossa var. iriomotensisイヨトンボ Habenaria iyoensisキリシマエビネ Calanthe aristuliferaキバナノアツモリソウ Cypripedium guttatum var. yatabeanumキバナコクラン Liparis nigra var. sootenzanensisキノエササラン Liparis uchiyamaeアマミエビネ Calanthe aristulifera var. amamianaアサヒエビネ Calanthe hattoriiアキザキナギラン Cymbidium javanicum var. aspidistrifoliumアカバシュスラン Cheirostylis liukiuensisアオキラン Epipogium japonicumコウシュンシュスラン Anoectochilus koshunensisケイタオフウラン Thrixspermum saruwatariiクロカミラン Orchis graminifolia var. kurokamianaクモイジガバチ Liparis truncataクニガミトンボソウ Platanthera sonoharaiクスクスラン Bulbophyllum affineクシロチドリ Herminium monorchisクゲヌマラン Cephalanthera erecta var. shizuoiオオバヨウラクラン Oberonia makinoiタカツルラン Galeola altissimaタカサゴヤガラ Eulophia taiwanensisタカオオオスズムシラン Cryptostylis taiwanianaナンバンカモメラン Macodes petolaナンゴクヤツシロラン Gastrodia shimizuanaナヨテンマ Gastrodia gracilisキソエビネ Calanthe schlechteriキイムヨウラン Lecanorchis kiiensisガンゼキラン Phaius flavusカンラン Cymbidium kanranカラフトアツモリソウ Cypripedium calceolusツシマニオイシュンラン Cymbidium sp.
ツクシサカネラン Neottia kiusianaツクシアリドオシラン Myrmechis tsukusianaチョウセンキバナアツモリソウ Cypripedium guttatumダルマエビネ（ヒロハノカラン） Calanthe alismifoliaタマザキエビネ Calanthe densifloraタネガシマシコウラン Bulbophyllum macraei var. tanegashimenseタコガタサギソウ Habenaria lacertifera var. triangularisタガネラン Calanthe bungoanaホテイラン Calypso bulbosa var. japonicaホシツルラン Calanthe hoshiiホザキヒメラン Malaxis latifoliaホウサイラン Cymbidium sinenseヘツカラン Cymbidium dayanumヒメヤツシロラン Didymoplexis pallensヒメミズトンボ Habenaria yezoensisヤブミョウガラン Goodyera fumataヤクムヨウラン Lecanorchis nigricans var. yakusimensisヤエヤマスケロクラン Lecanorchis japonica var. tubiformisムカゴトンボ Habenaria flagelliferaムカゴサイシン Nervilia nipponicaミドリムヨウラン Lecanorchis virellaミスズラン Androcorys japonensisマツダヒメラン Malaxis matsudaiマツゲカヤラン Gastrochilus ciliarisヒメクリソラン Hancockia japonicaヒメカクラン Phaius mishmensisヒゲナガトンボ Habenaria flagellifera var. yosieiハハジマホザキラン Malaxis hahajimensisハツシマラン Odontochilus hatusimanusハチジョウツレサギ Platanthera okuboiナゴラン Sedirea japonicaトサカメオトラン Geodorum densiflorumツシマラン Evrardia poilaneiオキナワセッコク Dendrobium okinawenseタイワンショウキラン Acanthephippium sylhetenseタイワンエビネ Calanthe formosanaタイワンアオイラン Acanthephippium striatumソハヤキトンボソウ Platanthera stenoglossa subsp.hottaeジョウロウラン Disperis philippiensisシマホザキラン Malaxis boninensisシマクモキリソウ Liparis hostaefoliaサツマチドリ Orchis graminifolia var. micropunctataサクラジマエビネ Calanthe oblanceolataサキシマスケロクラン Lecanorchis flavicansサガリラン Diploprora championiiコラン Cymbidium koranコゴメキノエラン Liparis ellipticaコカゲラン Didymoplexiella siamensisコオロギラン Stigmatodactylus sikokianusオオスズムシラン Cryptostylis arachnitesオオギミラン Odontochilus tashiroiオオキリシマエビネ Calanthe izu-insularisオオキヌラン Heterozeuxine nervosaアワチドリ Orchis graminifolia var. suzukianaアワムヨウラン Lecanorchis trachycaula 絶滅危惧IB類 (EN) 
 シダ植物 
クマガワイノモトソウ Pteris deltodonカワバタハチジョウシダ Pteris kawabataeカネコシダ Gleichenia laevissimaオオエゾデンダ Polypodium vulgareヤクシマウラボシ Crypsinus yakuinsularisハカマウラボシ Drynaria roosiiタイワンビロウドシダ Pyrrosia linearifolia var. heterolepisクラガリシダ Drymotaenium miyoshianumアマミアオネカズラ Polypodium amamianumイワカゲワラビ Dryopteris laetaキュウシュウイノデ Polystichum kiusiuenseコスギイタチシダ Dryopteris yakusilvicolaサツマシダ Ctenitis siniiホウライヒメワラビ Dryopteris hendersoniiツルダカナワラビ Arachniodes chinensisタカネシダ Polystichum lachenenseセンジョウデンダ Polystichum gracilipes var. gemmiferumハハジマホラゴケ Cephalomanes boninenseムニンホラゴケ Gonocormus bonincolaタキミシダ Antrophyum obovatumオオタニワタリ Asplenium antiquumクロガネシダ Asplenium coenobialeマキノシダ Asplenium loriceumアツイタ Elaphoglossum yoshinagaeヒロハアツイタ Elaphoglossum tosaenseヒメドクサ Equisetum scirpoidesヤチスギナ Equisetum pratenseコブラン Ophioglossum pendulumサクラジマハナヤスリ Ophioglossum kawamuraeトネハナヤスリ Ophioglossum namegataeスギラン Lycopodium cryptomerinumボウカズラ Lycopodium laxumヒモヅル Lycopodium casuarinoidesチシマヒカゲノカズラ Lycopodium alpinumオオホシダ Thelypteris boninensisトサノミゾシダモドキ Thelypteris flexilisオオバシナミズニラ Isoetes sinensis var. coreanaシナミズニラ Isoetes sinensisイワホウライシダ Adiantum ogasawarenseホウライクジャク Adiantum capillus-junonisアソシケシダ Deparia otomasuiコウライイヌワラビ Deparia coreanaサカバイヌワラビ Athyrium reflexipinnumシマイヌワラビ Athyrium tozanenseサカバサトメシダ Athyrium palustreホウライイヌワラビ（オトメイヌワラビ） Athyrium subrigescensヘイケイヌワラビ Athyrium eremicolaリュウキュウキンモウワラビ Hypodematium fordii 被子植物・双子葉類・合弁花類 
コバンムグラ Hedyotis chrysotrichaハナムグラ Galium tokyoenseカラフトイチヤクソウ Pyrola faurieanaイワギリソウ Opithandra primuloidesシシンラン Lysionotus pauciflorusホソバウルップソウ Lagotis yesoensisオオバケエゴノキ Styrax japonicus var. tomentosusチシマキンレイカ Patrinia sibiricaヒメイヨカズラ Cynanchum matsumuraeロクオンソウ Cynanchum amplexicauleシマシャジン Adenophora tashiroiマルバハタケムシロ Lobelia loochoensisヤツシロソウ Campanula glomerata var. dahuricaヒナシャジン Adenophora maximowiczianaオオイワインチン Dendranthema pallasianumオオウサギギク Arnica sachalinensisフォーリーアザミ Saussurea faurieiチョウセンスイラン Hololeion maximowicziiシコタンタンポポ Taraxacum shikotanenseウスユキトウヒレン Saussurea yanagisawaeイワヤクシソウ Youngia yoshinoiアキノハハコグサ Gnaphalium hypoleucumホソバムカシヨモギ Erigeron acris var. linearifoliusホソバニガナ Ixeris makinoanaワタヨモギ Artemisia gilvescensユキバヒゴタイ Saussurea chionophyllaミヤマコアザミ Cirsium japonicum var. ibukienseマルバテイショウソウ Ainsliaea fragrans var. integrifoliaヒゴタイ Echinops setiferハヤチネウスユキソウ Leontopodium hayachinenseトサトウヒレン Saussurea yoshinagaeツクシタンポポ Taraxacum kiushianumチョウセンノギク Dendranthema zawadskii var. latilobumタカネコウリンギク Senecio flammeusカワラノギク Aster kantoensisコモチミミコウモリ Cacalia auriculata var. bulbiferaコヘラナレン Crepidiastrum grandicollumクルマギク Aster tenuipesクリヤマハハコ Anaphalis sinica var. viscosissimaクモマタンポポ Taraxacum trigonolobumクザカイタンポポ Taraxacum kuzakaienseキバナコウリンカ Senecio furuseiアポイアズマギク Erigeron thunbergii var. angustifoliusアイズヒメアザミ Cirsium aidzuenseオオナガバハグマ Ainsliaea oblonga var. latifoliaエゾウスユキソウ Leontopodium discolorウスバアザミ Cirsium tenueイナベアザミ Cirsium magofukuiイナトウヒレン Saussurea inaensisイソノギク Aster asa-grayiゴムカズラ Ecdysanthera utilisシマソケイ Ochrosia oppositifoliaバシクルモン Trachomitum venetum var. basikururmonオキナワヤブムラサキ Callicarpa oshimensis var. okinawensisイズコゴメグサ Euphrasia insignis ssp. iinumai var. idzuensisイブキコゴメグサ Euphrasia insignis ssp. iinumaeホソバママコナ Melampyrum setaceumミカワシオガマ Pedicularis resupinata var. microphyllaマルバノサワトウガラシ Deinostema adenocaulumハチジョウコゴメグサ Euphrasia hachijoensisツクシトラノオ Pseudolysimachion kiusianumスズメハコベ Microcarpaea minimaゴマクサ Centranthera cochinchinensis var. luteaコケコゴメグサ Euphrasia kiso-alpinaキバナシオガマ Pedicularis oederi var. heteroglossaキノクニスズカケ Veronicastrum tagawaeナヨナヨコゴメグサ Euphrasia microphyllaツクシクガイソウ Veronicastrum sibiricum var. zuccariniiイワザクラ Primula tosaensisノジトラノオ Lysimachia barystachysサワトラノオ Lysimachia leucanthaシコクカッコソウ Primula kisoana var. shikokianaホザキザクラ Stimpsonia chamaedryoidesカッコソウ Primula kisoanaオニコナスビ Lysimachia tashiroiサクラソウモドキ Cortusa matthiolii var. yezoensisオオヤマジソ Mosla japonica var. hadaeムシャリンドウ Dracocephalum argunenseホソバヤマジソ Mosla chinensisヒメキセワタ Lamium chinense var. tuberiferumオチフジ Meehania montis-koyaeエゾナミキソウ Scutellaria yezoensisヒイラギソウ Ajuga incisaテイネニガクサ Teucrium teinenseタジマタムラソウ Salvia omerocalyxカイジンドウ Ajuga ciliata var. villosiorシナノアキギリ Salvia koyamaeケミヤマナミキ Scutellaria shikokiana var. pubicaulisコナミキ Scutellaria guilielmiiエゾヒョウタンボク Lonicera alpigena ssp. glehniiキンキヒョウタンボク Lonicera ramosissima var. kinkiensisスルガヒョウタンボク Lonicera alpigena ssp. glehnii var. viridissimaオオチョウジガマズミ Viburnum carlesiiヒメスイカズラ Lonicera japonica var. miyagusukianaハナヒョウタンボク Lonicera maackiiシマガマズミ Viburnum brachyandrumコゴメヒョウタンボク Lonicera linderifolia var. konoiミカワタヌキモ Utricularia exoletaヤチコタヌキモ Utricularia ochroleucaヒメミミカキグサ Utricularia nipponicaオオスミミツバツツジ Rhododendron kiyosumense ssp. mayebarae var. ohsumienseヤチツツジ Chamaedaphne calyculataキョウマルシャクナゲ Rhododendron degronianum ssp. metternichii var. kyomaruenseヨウラクツツジ Menziesia purpureaシブカワツツジ Rhododendron sanctum var. lasiogynumトキワバイカツツジ Rhododendron uwaenseジングウツツジ Rhododendron sanctumアマギツツジ Rhododendron amagianumヤマホオズキ Physalis chamaesarachoidesクシロハナシノブ Polemonium caeruleum ssp. campanulatum var. paludosumヒルギダマシ Avicennia marinaヒメナエ Mitrasacme indicaリュウキュウチシャノキ Ehretia dichotomaムラサキ Lithospermum officinale ssp. erythrorhizonトゲミイヌチシャ Cordia cumingianaショウドシマレンギョウ Forsythia togashiiオオツルコウジ Ardisia montanaマルバタイミンタチバナ Myrsine okabeanaシナタチバナ Ardisia chinensisアカイシリンドウ Gentianopsis furuseiオノエリンドウ Gentianella takedaeテングノコヅチ Tripterospermum involubileコヒナリンドウ Gentiana aquatica var. laeviusculaホソバツルリンドウ Pterygocalyx volubilisヒメセンブリ Lomatogonium carinthiacumユウバリリンドウ Gentianella yuparensisヒナリンドウ Gentiana aquaticaシノノメソウ Swertia swertopsisサンプクリンドウ Comastoma pulmonarium ssp. sectum 被子植物・双子葉類・離弁花類 
アッケシソウ Salicornia europaeaオオマルバコンロンソウ Cardamine arakianaヘラハタザオ Arabis ligulifoliaモイワナズナ Draba sachalinensisトモシリソウ Cochlearia oblongifoliaクモイナズナ Arabis tanakanaシロウマナズナ Draba shiroumanaナンブイヌナズナ Draba japonicaタカチホガラシ Cardamine kiusianaタチゲヒカゲミズ Parietaria micrantha var. coreanaナガバサンショウソウ Pellionia yosieiイワタカンアオイ Heterotropa kurosawaeグスクカンアオイ Heterotropa gusukコウヤカンアオイ Heterotropa kooyanaカギガタアオイ Heterotropa curvistigmaホシザキカンアオイ Heterotropa stellataヤエヤマカンアオイ Heterotropa yaeyamensisミヤビカンアオイ Heterotropa celsaマルミカンアオイ Heterotropa subglobosaマルバウマノスズクサ Aristolochia contortaハツシマカンアオイ Heterotropa hatsushimaeトリガミネカンアオイ Heterotropa pellucidaカケロマカンアオイ Heterotropa trinacriformisオニカンアオイ Heterotropa hirsutisepalaサツマアオイ Heterotropa satsumensisクワイバカンアオイ Heterotropa kumageanaアケボノアオイ Heterotropa kiusiana var. tubulosaチャンチンモドキ Choerospondias axillaris var. japonicaアゼオトギリ Hypericum oliganthumコウライトモエソウ Hypericum ascyron var. longistylumクロビイタヤ Acer miyabeiシバタカエデ Acer miyabei var. shibataiチチブミネバリ Betula chichibuensisウスカワゴロモ Hydrobryum floribundumヤクシマカワゴロモ Hydrobryum puncticulatumカワゴロモ Hydrobryum japonicumオオイチョウバイカモ Ranunculus nipponicusヒダカソウ Callianthemum miyabeanumハナカズラ Aconitum ciliareナガバカラマツ Thalictrum integrilobumツクモグサ Pulsatilla nipponicaチトセバイカモ Ranunculus yesoensisタカネトリカブト Aconitum zigzagキタダケキンポウゲ Ranunculus kitadakeanusシコタンキンポウゲ Ranunculus grandis var. austrokurilensisタマカラマツ Thalictrum watanabeiヤツガタケキンポウゲ Ranunculus yatsugatakensisシコクハンショウヅル Clematis obvallata var. shikokianaキタダケトリカブト Aconitum kitadakenseキタダケソウ Callianthemum insigne var. hondoenseオオサワトリカブト Aconitum senanense var. isidzukaeイワカラマツ Thalictrum sekimotoanumイトキンポウゲ Ranunculus reptansタブガシ Machilus pseudokobuミヤマハンモドキ Rhamnus ishidaeヤエヤマネコノチチ Rhamnella franguloides var. inaequilateraハマナツメ Paliurus ramosissimusオオトキワイヌビワ Ficus nishimuraeツルキケマン Corydalis ochotensisオオシマガンピ Diplomorpha phymatolossaジンヨウキスミレ Viola alliariaefoliaタチスミレ Viola raddeanaオキナワスミレ Viola utchinensisシマジリスミレ Viola okinawensisウバタケニンジン Angelica ubatakensisエキサイゼリ Apodicarpum ikenoiシムラニンジン Pterygopleurum neurophyllumヌマゼリ Sium suave var. nipponicumツクシボウフウ Pimpinella thellungiana var. gustavohegianaシナノノダケ Angelica sinanomontanaホソバハナウド Heracleum dulce var. akasimontanumヤマナシウマノミツバ Sanicula kaiensisトサボウフウ Angelica yoshinagaeツクシトウキ Angelica pseudoshikokianaカワゼンゴ Angelica tenuisectaサイコクヌカボ Persicaria foliosa var. nikaiiホソバイヌタデ Persicaria erectominor var. trigonocarpaヒメイワタデ Aconogonum ajanenseタイワンアサマツゲ Buxus microphylla var. sinicaオキナワツゲ Buxus liukiuensisムニンヒサカキ Eurya boninensisセンダイタイゲキ Euphorbia sendaicaハギクソウ Euphorbia ecula var. nakaiiリュウキュウタイゲキ Euphorbia liukiuensisマルミノウルシ Euphorbia ebracteolataエゾタカネツメクサ Minuartia arcticaエゾイワツメクサ Stellaria pterospermaタカネマンテマ Silene wahlenbergellaマツモトセンノウ Lychnis sieboldiiヒナワチガイソウ Pseudostellaria heterantha var. linearifoliaタカネミミナグサ Cerastium rubescens var. ovatumカラフトマンテマ Silene repensオグラセンノウ Lychnis kiusianaエゾハコベ Stellaria humifusaエンビセンノウ Lychnis wilfordiiヒゼンマユミ Euonymus chibaiヒメノボタン Osbeckia chinensisハマビシ Tribulus terrestrisエゾシモツケ Spiraea media var. sericeaシマバライチゴ Rubus lambertianusシロヤマブキ Rhodotypos scandensシコクシモツケソウ Filipendula tsuguwoiゴショイチゴ Rubus chingiiアポイヤマブキショウマ Aruncus dioicus var. subrotundusクロボウモドキ Polyalthia liukiuensisヒナノキンチャク Polygala tatarinowiiムニンビャクダン Santalum boninenseアサマフウロ Geranium soboliferumツクシフウロ Geranium soboliferum var. kiusianumムニンフトモモ Metrosideros boninensisハナガガシ Cyclobalanopsis hondaeイワレンゲ Orostachys iwarengeオオチチッパベンケイ Hylotelephium sordidum var. oishiiヤハズマンネングサ Sedum tosaenseゲンカイイワレンゲ Orostachys genkaiensisナナツガママンネングサ Sedum drymarioidesミセバヤ Hylotelephium sieboldiiベニバナヤマシャクヤク Paeonia obovataオオバネムノキ Albizia kalkoraエゾオヤマノエンドウ Oxytropis japonica var. sericeaヤエヤマネムノキ Albizia retusaマシケゲンゲ Oxytropis shokanbetsuensisリシリオウギ Astragalus secundusモダマ Entada phaseoloidesミヤコジマツルマメ Glycine tabacinaアツバシロテツ Boninia crassifoliaエゾゴゼンタチバナ Cornus suecicaミズキカシグサ Rotala leptopetala var. littoreaミズスギナ Rotala hippurisサイコクイカリソウ Epimedium kitamuranumナガバノイシモチソウ Drosera indicaエゾノタカネヤナギ Salix yezoalpinaユビソヤナギ Salix hukaoanaエゾマメヤナギ Salix nummularia ssp. paucifloraクモマユキノシタ Saxifraga laciniataトカチスグリ Ribes tristeオキナワヒメウツギ Deutzia naseana var. amanoiトカラタマアジサイ Hydrangea involuculata var.takaraensisマルバチャルメルソウ Mitella nudaクロミノハリスグリ Ribes horridumエゾネコノメソウ Chrysosplenium alternifolium var. sibiricumチシマイワブキ Saxifraga punctata ssp. reniformisヒュウガアジサイ Hydrangea serrata var. minamitaniiモミジバショウマ Astilbe platyphyllaトサチャルメルソウ Mitella yoshinagae 被子植物・単子葉類 
エヒメアヤメ Iris rossiiエゾノミクリゼキショウ Juncus mertensianusセキショウイ Juncus prominensエゾコウボウ Hierochloe plurifloraナンブソモソモ Poa hayachinensisミヤマカニツリ Trisetum koidzumianumマツバシバ Aristida boninensisヒメカモノハシ Ischaemum indicumヒゲナガコメススキ Ptilagrostis mongholicaタチイチゴツナギ Poa nemoralisタシロノガリヤス Calamagrostis tashiroiタカネタチイチゴツナギ Poa glaucaタカネソモソモ Festuca takedanaキタダケカニツリ Trisetum spicatum var. kitadakenseフォーリーガヤ Schizachne purpurascensユキクラヌカボ Agrostis hideoiミヤマハルガヤ Anthoxanthum odoratum var. furumiiシマギョウギシバ Digitaria platycarphaコゴメビエ Paspalidium tuyamaeシマカモノハシ Ischaemum ischaemoidesオニビトノガリヤス Calamagrostis onibitoanaイトトリゲモ Najas japonicaサガミトリゲモ Najas indicaトリゲモ Najas minorヒンジモ Lemna trisulcaイトヒキスゲ Carex remotiusculaタカネヒメスゲ Carex melanocarpaタカネナルコ Carex siroumensisタカネシバスゲ Carex capillarisノルゲスゲ Carex mackenzieiキシュウナキリスゲ Carex nachianaカガシラ Scleria caricinaオハグロスゲ Carex bigelowiiタイワンスゲ Carex formosensisジョウロウスゲ Carex capricornisホウザンスゲ Carex hoozanensisビャッコイ Scirpus crassiusculusヒロハイッポンスゲ Carex pseudololiaceaヒメミコシガヤ Carex laevissimaムニンテンツキ Fimbristylis longispica var. boninensisヒメマツカサススキ Scirpus karuizawensisハナビスゲ Carex cruciataトナカイスゲ Carex globularisトクノシマスゲ Carex kimuraeツクシオオガヤツリ Cyperus ohwiiツクシアブラガヤ Scirpus rosthorniiチャボカワズスゲ Carex omiana var. yakushimanaタルマイスゲ Carex buxbaumiiシロミノハリイ Eleocharis margaritaceaミヤケスゲ Carex subumbellataミスミイ Eleocharis fistulosaミクリガヤ Rhynchospora malasicaミカワシンジュガヤ Scleria mikawanaサヤスゲ Carex vaginataゲンカイモエギスゲ Carex genkaiensisシコクテンナンショウ Arisaema iyoanum ssp. nakaianumハリママムシグサ Arisaema minusカラフトヒロハテンナンショウ Arisaema sachalinenseシコクヒロハテンナンショウ Arisaema longipedunculatumシマクマタケラン Alpinia boninsimensisヒラモ Vallisneria higoensisオオミズヒキモ Potamogeton kamogawaensisヤハズカワツルモ Ruppia truncatifoliaナガバエビモ Potamogeton praelongusカワツルモ Ruppia maritimaササエビモ Potamogeton nipponicusコバノヒルムシロ Potamogeton cristatusオオムラホシクサ Eriocaulon omuranumネムロホシクサ Eriocaulon glaberrimumゴマシオホシクサ Eriocaulon senileクロホシクサ Eriocaulon parvumアズミイヌノヒゲ Eriocaulon mikawanum ssp. azumianumホンゴウソウ Andruris japonicaウキミクリ Sparganium gramineumチシマミクリ Sparganium hyperboreumツクシタチドコロ Dioscorea asclepiadeaアワコバイモ Fritillaria muraianaヤクシマイトラッキョウ Allium virgunculae var. yakushimenseヒメサユリ Lilium rubellumヒメアマナ Gagea japonicaナガサキギボウシ Hosta tibaeトサコバイモ Fritillaria shikokianaチャボシライトソウ Chionographis koidzumianaカノコユリ Lilium speciosumジョウロウホトトギス Tricyrtis macranthaキバナノツキヌキホトトギス Tricyrtis perfoliataアズマシライトソウ Chionographis japonica var. hisauchianaヒメユリ Lilium concolorイズアサツキ Allium schoenoprasum var. idzuenseウスギワニグチソウ Polygonatum cryptanthumウバタケギボウシ Hosta pulchellaオオシロショウジョウバカマ Heloniopsis leucanthaウラジロギボウシ Hosta hypoleucaエンレイショウキラン Acanthephippium sylhetense var. pictumオオオサラン Eria corneriイイヌマムカゴ Tulotis iinumaeタカサゴサギソウ Habenaria tentaculataハコネラン Ephippianthus sawadanusハガクレナガミラン Thrixspermum fantasticumニョホウチドリ Orchis joo-iokianaカモメラン Orchis cyclochilaカクチョウラン Phaius tankarvilleaeオサラン Eria reptansオガサワラシコウラン Cirrhopetalum boninenseスルガラン Cymbidium ensifoliumシロウマチドリ Platanthera hyperboreaシマシュスラン Goodyera viridifloraシコウラン Bulbophyllum macraeiサガミランモドキ Cymbidium aberransサカネラン Neottia nidus-avis var. mandshuricaコンジキヤガラ Gastrodia javanicaコハクラン Kitigorchis itoanaクロヤツシロラン Gastrodia pubilabiataクニガミシュスラン Goodyera sonoharaeキンセイラン Calanthe nipponicaキリガミネアサヒラン Eleorchis japonica var. conformisキバナシュスラン Anoectochilus formosanusヤチラン Malaxis paludosaヤクシマヒメアリドオシラン Vexillabium yakushimenseヤクシマネッタイラン Tropidia nipponicaヤクシマアカシュスラン Hetaeria yakusimensisムニンボウラン Luisia boninensisミソボシラン Vrydagzynea albidaマヤラン Cymbidium macrorhizonヒメホテイラン Calypso bulbosaヒメトケンラン Tainia laxifloraホテイアツモリ Cypripedium macranthum var. hoteiatsumorianumフジチドリ Gymnadenia fujisanensisフガクスズムシソウ Liparis fujisanensisヒロハトンボソウ Tulotis fuscescensヒロハツリシュスラン Goodyera pendula var. brachyphyllaレブンアツモリソウ Cypripedium macranthum var. rebunenseリュウキュウセッコク Eria ovataリュウキュウサギソウ Habenaria longitentaculataヒナラン Amitostigma gracileトラキチラン Epipogium aphyllumトケンラン Cremastra unguiculataテツオサギソウ Habenaria delessertianaツクシチドリ Platanthera (brevicalcarata var.) yakumontanaチケイラン Liparis plicataチクセツラン Corymborkis subdensaダイサギソウ Habenaria dentataアツモリソウ Cypripedium macranthum var. speciosumアコウネッタイラン Tropidia calcarataオオミズトンボ Habenaria linearifoliaオオバナオオヤマサギソウ Platanthera sachalinensis var. hondoensisオオハクウンラン Vexillabium fissumイワチドリ Amitostigma keiskeiイリオモテラン Trichoglottis luchuensisイモネヤガラ Eulophia zollingeriキエビネ Calanthe sieboldiiサルメンエビネ Calanthe tricarinataキバナノセッコク Dendrobium tosaenseキバナノショウキラン Yoania amagiensisイナバラン Odontochilus inabae 裸子植物 
リシリビャクシン Juniperus sibiricaヒメバラモミ Picea maximowicziiヤクタネゴヨウ Pinus armandii var. amamiana 絶滅危惧II類 (VU) 
 シダ植物 
オオアカウキクサ Azolla japonicaアカウキクサ Azolla imbricataキドイノモトソウ Pteris kidoiヒノタニシダ Pteris nakasimaeエゾノヒモカズラ Selaginella sibiricaイヌカタヒバ Selaginella moellendorffiiコケカタヒバ Selaginella leptophyllaタカウラボシ Microsorium rubidumムニンサジラン Loxogramme boninensisコミダケシダ Ctenitis iriomotensisニセヨゴレイタチシダ Dryopteris hadanoiムカシベニシダ Dryopteris anadromaヤクシマカナワラビ Arachniodes cavaleriiホソバヌカイタチシダ Dryopteris gymnosora var. angustataムニンベニシダ Dryopteris varia var. insularisキクモバホラゴケ Cephalomanes apiifoliumムニンコケシダ Crepidomanes acuto-obtusumサンショウモ Salvinia natansキクシノブ Humata repensシマオオタニワタリ Asplenium nidusラハオシダ Asplenium excisumナンカイシダ Asplenium micantifronsオガサワラツルキジノオ Lomariopsis boninensisデンジソウ Marsilea quadrifoliaチシマヒメドクサ Equisetum variegatumフサスギナ Equisetum sylvaticumヒメハナワラビ Botrychium lunariaコスギトウゲシバ Lycopodium somaeヒメウラボシ Grammitis dorsipilaタイワンハシゴシダ Thelypteris castaneaヒメミゾシダ Stegnogramma gymnocarpa ssp. amabilisマツバラン Psilotum nudumミズニラ Isoetes japonicaヒメミズニラ Isoetes asiaticaミズニラモドキ Isoetes pseudojaponicaオトメクジャク Adiantum edgeworthiiヒメウラジロ Cheilanthes argenteaホソバイワガネソウ Coniogramme gracilisキンモウワラビ Hypodematium crenatum ssp. faurieiホコザキノコギリシダ Diplazium yaoshanenseシイバサトメシダ Athyrium neglectum ssp. australeリュウビンタイモドキ Marattia boninensis 被子植物・双子葉類・合弁花類 
コバノアカテツ Planchonella obovata var. dubiaエゾキヌタソウ Galium boreale var. kamtschaticumエゾムグラ Galium dahuricum var. manshuricumハハジマハナガサノキ Morinda umbellata var. hahazimensisオガサワラボチョウジ Psychotria homalospermaヒロハケニオイグサ Hedyotis verticillataヤブムグラ Galium niewerthiiマルバシマザクラ Hedyotis mexicanaオガサワラクチナシ Gardenia boninensisチシマミズハコベ Callitriche hermaphroditicaイソマツ Limonium wrightiiハマサジ Limonium tetragonumキバナイソマツ Limonium wrightii var. luteumマツムラソウ Titanotrichum oldhamiiウルップソウ Lagotis glaucaオオキンレイカ Patrinia takeuchianaシマキンレイカ Patrinia triloba var. kozushimensisヤワラケガキ Diospyros erianthaイシダテクサタチバナ Cynanchum calcareumアマミイケマ Cynanchum wilfordii var. amamianumスズサイコ Cynanchum paniculatumクサナギオゴケ Cynanchum katoiオオハマギキョウ Lobelia boninensisシラトリシャジン Adenophora pereskiaefolia var. uryuensisキキョウ Platycodon grandiflorusマルバミゾカクシ Lobelia zeylanicaシライワシャジン Adenophora teramotoiツルギキョウ Campanumoea maximowicziiエゾコウゾリナ Hypochaeris crepidioidesエゾヨモギギク Tanacetum vulgareイワヨモギ Artemisia iwayomogiアソノコギリソウ Achillea alpina ssp. subcartilagineaチョウカイアザミ Cirsium chokaienseチシマコハマギク Dendranthema arcticumネコヤマヒゴタイ Saussurea modestaオガサワラアザミ Cirsium boninenseタイキンギク Senecio scandensシコタンヨモギ Artemisia laciniataシオン Aster tataricusサツマアザミ Cirsium sieboldii ssp. austrokiushianumコケタンポポ Solenogyne mikadoiコウリンカ Senecio flammeus var. glabrifoliusコイブキアザミ Cirsium confertissimumクサノオウバノギク Youngia chelidoniifoliaガンジュアザミ Cirsium ganjuenseカワラニガナ Ixeris tamagawaensisカワラウスユキソウ Leontopodium japonicum var. perniveumカツラカワアザミ Cirsium lucens var. opacumオニオトコヨモギ Artemisia congestaオゼヌマアザミ Cirsium homolepisオキナワギク Aster miyagiiアソタカラコウ Ligularia fischeri var. takeyukiiヒメウスユキソウ Leontopodium shinanenseヒダカトウヒレン Saussurea riederi ssp. kudoanaヒダアザミ Cirsium hidaenseハハコヨモギ Artemisia glomerataナガバハグマ Ainsliaea oblongaナカガワノギク Dendranthema yoshinaganthumトダイハハコ Anaphalis sinica var. perniveaオオニガナ Prenanthes tanakaeウラギク Aster tripoliumヤナギニガナ Ixeris laevigata var. oldhamiiヒメヒゴタイ Saussurea pulchellaヒゴシオン Aster maackiiドロニガナ Ixeris dentata ssp. kitayamensisツルワダン Ixeris longirostrataタテヤマギク Aster dimorphophyllusタカサゴソウ Ixeris chinensis ssp. strigosaキタダケヨモギ Artemisia kitadakensisイズカニコウモリ Cacalia amagiensisアポイアザミ Cirsium kamtschaticum ssp. apoienseホロマンノコギリソウ Achillea alpina ssp. japonicaホソバヒナウスユキソウ Leontopodium fauriei var. angustifoliumホソバオグルマ Inula linariifoliaブゼンノギク Heteropappus hispidus ssp. koidzumianusフジバカマ Eupatorium japonicumピレオギク Dendranthema weyrichiiワダンノキ Dendrocacalia crepidifoliaワタムキアザミ Cirsium tashiroiワカサハマギク Dendranthema japonicum var. wakasaenseヤブヨモギ Artemisia rubripesヤナギノギク Heteropappus hispidus ssp. leptocladusヤクシマヒヨドリ Eupatorium yakushimenseモミジコウモリ Cacalia kiusianaモクビャクコウ Crossostephium chinenseミヤマキタアザミ Saussurea franchetiiミコシギク Leucanthemella linearisマシュウヨモギ Artemisia koidzumii var. tsuneoiヒメコウモリソウ Cacalia shikokianaイワギク Dendranthema zawadskiiイズハハコ Conyza japonicaイソニガナ Ixeris dentata ssp. nipponicaエゾタカネニガナ Crepis gymnopusチョウジソウ Amsonia ellipticaダンギク Caryopteris incanaビロードムラサキ Callicarpa kochianaホウライムラサキ Callicarpa formosanaトサムラサキ Callicarpa shikokianaエゾミヤマクワガタ Pseudolysimachion schmidtianum var. yezo-alpinumホザキシオガマ Pedicularis spicataエゾヒメクワガタ Veronica stelleri var. longistylaイヌノフグリ Veronica polita var. lilacinaルリトラノオ Pseudolysimachion subsessileマルバコゴメグサ Euphrasia insignis var. numulariaトウテイラン Pseudolysimachion ornatumタカネママコナ Melampyrum laxum var. arcuatumネムロシオガマ Pedicularis schistostegiaキクガラクサ Ellisiophyllum pinnatum var. reptansサンイントラノオ Pseudolysimachion oguraeコキクモ Limnophila indica subsp. trichophyllaグンバイヅル Veronica onoeiオオヒキヨモギ Siphonostegia laetaオオアブノメ Gratiola japonicaエナシシソクサ Limnophila fragransクモイコザクラ Primula reinii var. kitadakensisソラチコザクラ Primula sorachianaシナノコザクラ Primula tosaensis var. brachycarpaレブンコザクラ Primula modesta var. matsumuraeミチノクコザクラ Primula cuneifolia var. heterodontaヒダカイワザクラ Primula hidakanaテシオコザクラ Primula takedanaハイハマボッス Samolus parviflorusサクラソウ Primula sieboldiiコイワザクラ Primula reiniiヘツカコナスビ Lysimachia ohsumiensisケサヤバナ Coleus formosanusキセワタ Leonurus macranthusヒメハッカ Mentha japonicaミズネコノオ Eusteralis stellataヤエヤマスズコウジュ Suzukia luchuensisミズトラノオ Eusteralis yatabeanaシマジタムラソウ Salvia isensisヤマジソ Mosla japonicaマネキグサ Lamium ambiguumイワツクバネウツギ Zabelia integrifoliaトキワガマズミ Viburnum boninsimenseオニヒョウタンボク Lonicera vidaliiベニバナヒョウタンボク Lonicera maximowiczii var. sachalinensisツシマヒョウタンボク Lonicera haraiチシマヒョウタンボク Lonicera chamissoiウスバヒョウタンボク Lonicera cerasinaネムロブシダマ Lonicera chrysantha var. crassipesタヌキモ Utricularia australisヒメタヌキモ Utricularia minorムラサキミミカキグサ Utricularia uliginosaコウシンソウ Pinguicula ramosaエゾムラサキツツジ Rhododendron dauricumアクシバモドキ Vaccinium yakushimenseアシタカツツジ Rhododendron komiyamaeヤクシマヨウラクツツジ Menziesia yakushimensisヤクシマヤマツツジ Rhododendron yakuinsulareムニンシャシャンボ Vaccinium boninenseヒメツルコケモモ Vaccinium microcarpumナガボナツハゼ Vaccinium sieboldiiツクシアケボノツツジ Rhododendron pentaphyllum var. villosumタカクマミツバツツジ Rhododendron viscistylumナンゴクミツバツツジ Rhododendron kiyosumense ssp. mayebaraeサカイツツジ Rhododendron parvifoliumゲンカイツツジ Rhododendron mucronulatum var. ciliatumキリシマミツバツツジ Rhododendron nudipes var. kirishimenseハコネコメツツジ Tsusiophyllum tanakaeチシマツガザクラ Bryanthus gmeliniiケラマツツジ Rhododendron scabrumホソバシャクナゲ Rhododendron makinoiウラジロミツバツツジ Rhododendron osuzuyamenseアオホオズキ Physaliastrum savatieriムニンクロキ Symplocos boninensisミヤマシロバイ Symplocos confusaエゾハナシノブ Polemonium caeruleum ssp. yezoense var. yezoenseミヤマハナシノブ Polemonium caeruleum ssp. yezoense var. nipponicumカラフトハナシノブ Polemonium caeruleum ssp. laxiflorumハマジンチョウ Myoporum bontioidesオオバケアサガオ Lepistemon binectarifer var. trichocarpusオガサワラモクレイシ Geniostoma glabrumリュウキュウホウライカズラ Gardneria liukiuensisアサザ Nymphoides peltataヒメシロアサザ Nymphoides coreanaガガブタ Nymphoides indicaツルカメバソウ Trigonotis icumaeオキナワソケイ Jasminum superflorumヒトツバタゴ Chionanthus retususトゲイボタ Ligustrum tamakiiシマタイミンタチバナ Myrsine maximowicziiイイデリンドウ Gentiana nipponica var. robustaムラサキセンブリ Swertia pseudochinensisリュウキュウコケリンドウ Gentiana squarrosa var. liukiuensisイヌセンブリ Swertia diluta var. tosaensis 被子植物・双子葉類・離弁花類 
シチメンソウ Suaeda japonicaヒロハマツナ Suaeda malacospermaオオアカバナ Epilobium hirsutum var. villosumヤマタニタデ Circaea quadrisulcataトダイアカバナ Epilobium formosanumエゾノジャニンジン Cardamine schinzianaミギワガラシ Rorippa nikkoensisハナタネツケバナ Cardamine pratensisタチスズシロソウ Arabis kawasakianaクモマナズナ Draba nipponicaオグラノフサモ Myriophyllum oguraenseサクノキ Meliosma hachijoensisクニガミサンショウヅル Elatostema suzukiiタイワントリアシ Boehmeria formosanaアラゲサンショウソウ Pellionia brevifoliaランダイミズ Elatostema eduleトキホコリ Elatostema densiflorumミヤコミズ Pilea kiotensisムニンヤツデ Fatsia oligocarpellaウンゼンカンアオイ Heterotropa unzenコウシュンウマノスズクサ Aristolochia tubifloraズソウカンアオイ Heterotropa savatieri var. pseudosavatieriナンカイアオイ Heterotropa nankaiensisアマギカンアオイ Heterotropa muramatsuiミヤマアオイ Heterotropa fauriei var. nakaianaフジノカンアオイ Heterotropa fudsinoiミチノクサイシン Heterotropa faurieiトサノアオイ Heterotropa costataトクノシマカンアオイ Heterotropa similisツクシアオイ Heterotropa kiusianaタマノカンアオイ Heterotropa tamaensisナンゴクアオイ Heterotropa crassaオトメアオイ Heterotropa savatieriサンコカンアオイ Heterotropa trigynaサカワサイシン Heterotropa sakawanaクロフネサイシン Asiasarum dimidiatumキンチャクアオイ Heterotropa perfectaエゾオトギリ Hypericum yezoenseクスノハカエデ Acer oblongum var. itoanumハナノキ Acer pycnanthumタイシャクイタヤ Acer mono var. taishakuenseオオヤマカタバミ Oxalis obtriangulataヤエガワカンバ Betula davuricaヤチカンバ Betula ovalifoliaササキカズラ Ryssopterys timoriensisイブキレイジンソウ Aconitum chrysopilumオオミヤマカラマツ Thalictrum filamentosumクロバナハンショウヅル Clematis fuscaコキツネノボタン Ranunculus chinensisシレトコトリカブト Aconitum maximum var. misaoanumセンウズモドキ Aconitum jaluense ssp. iwatekenseチャボカラマツ Thalictrum foetidum var. glabrescensダイセンカラマツ Thalictrum daisenenseハコネシロカネソウ Dichocarpum hakonenseノカラマツ Thalictrum simplex var. brevipesニオイカラマツ Thalictrum foetidum var. iwatenseキタザワブシ Aconitum micranthumカザグルマ Clematis patensオキナグサ Pulsatilla cernuaセツブンソウ Shibateranthis pinnatifidaキタミフクジュソウ Adonis amurensisミチノクフクジュソウ Adonis multifloraヒキノカサ Ranunculus extorrisフタマタイチゲ Anemone dichotomaフクジュソウ Adonis ramosaヒメミヤマカラマツ Thalictrum nakamuraeムニンセンニンソウ Clematis terniflora var. boninensisミョウコウトリカブト Aconitum septemcarpumヒメキンポウゲ Halerpestes kawakamiiハルカラマツ Thalictrum baicalenseケスナヅル Cassytha filiformis var. duripraticolaイトスナヅル Cassytha pergracilisキビノクロウメモドキ Rhamnus yoshinoiヤエヤマハマナツメ Colubrina asiaticaハコネグミ Elaeagnus matsunoana var. hypostellataシマゴショウ Peperomia boninsimensisオキナワスナゴショウ Peperomia okinawensisコウトウシュウカイドウ Begonia fenicisサクラガンピ Diplomorpha paucifloraムニンアオガンピ Wikstroemia pseudoretusaツチビノキ Daphnimorpha capitellataチョウセンナニワズ Daphne pseudomezereum var. koreanaエゾベニヒツジグサ Nymphaea tetragona var. erythrostigmaticaネムロコウホネ Nuphar pumilumヒメコウホネ Nuphar subintegerrimumオニバス Euryale feroxオゼコウホネ Nuphar pumilum var. ozeenseオグラコウホネ Nuphar oguraenseヌマハコベ Montia fontanaオオバタチツボスミレ Viola kamtschadalorumキスミレ Viola orientalisアポイタチツボスミレ Viola sachalinensis var. alpinaチシマウスバスミレ Viola blandaeformis var. pilosaイシガキスミレ Viola tashiroi var. tairaeツルギハナウド Heracleum moellendorfii var. tsurugisanenseミシマサイコ Bupleurum scorzoneraefolium var. stenophyllumホソバトウキ Angelica stenolobaヒュウガトウキ Angelica furcijugaキビヒトリシズカ Chloranthus fortuneiコギシギシ Rumex nipponicusヌカボタデ Persicaria taquetiiヤナギヌカボ Persicaria foliosa var. paludicolaノダイオウ Rumex longifoliusチョウセンヒメツゲ Buxus microphylla var. insularisミヤマツチトリモチ Balanophora nipponicaマメヒサカキ Eurya emarginata var. minutissimaノウルシ Euphorbia adenochloraハツバキ Drypetes integerrimaボロジノニシキソウ Euphorbia sparrmanniハナコミカンボク Phyllanthus liukiuensisハハジマトベラ Pittosporum beecheyiオオハコベ Stellaria bungeanaクシロワチガイソウ Pseudostellaria sylvaticaテバコマンテマ Silene yanoeiチョウカイフスマ Arenaria merckioides var. chokaiensisタチハコベ Moehringia trinerviaタガソデソウ Cerastium pauciflorum var. amurenseナンブワチガイソウ Pseudostellaria japonicaカトウハコベ Arenaria katoanaシコタンハコベ Stellaria ruscifoliaゲンカイミミナグサ Cerastium fischerianum var. molleアオモリマンテマ Silene aomorensisアポイマンテマ Silene repens var. apoiensisオオビランジ Silene keiskeiアオツリバナ Euonymus yakushimensisハリツルマサキ Maytenus diversifoliaヒメマサキ Euonymus boninensisコバノクロヅル Tripterygium doianumコバノミヤマノボタン Bredia okinawensisハハジマノボタン Melastoma pentapetalumミヤマハシカンボク Blastus cochinchinensisテングノハナ Illigera luzonensisウラジロキンバイ Potentilla nivea var. camtschaticaキンロバイ（ギンロバイを含む） Potentilla fruticosaキイシモツケ Spiraea nipponica var. ogawaeホザキシモツケ Spiraea salicifoliaユウバリキンバイ Potentilla matsumurae var. yuparensisテンノウメ Osteomeles anthyllidifoliaツチグリ Potentilla discolorチョウセンキンミズヒキ Agrimonia coreanaハゴロモグサ Alchemilla japonicaタイワンウラジロイチゴ Rubus swinhoeiシマカナメモチ Photinia wrightianaサンショウバラ Rosa hirtulaヒメビシ Trapa incisaシンチクヒメハギ Polygala chinensisインドヒモカズラ Deeringia polyspermaカイフウロ Geranium shikokianum var. kai-montanumヒメフトモモ Syzygium cleyeraefoliumシラガブドウ Vitis amurensis var. shiragaiウンゼンマンネングサ Sedum polytrichoidesアポイミセバヤ Hylotelephium cauticolum f. montanumコモチレンゲ Orostachys iwarenge var. boehmeriツガルミセバヤ Hylotelephium tsugaruenseヒダカミセバヤ Hylotelephium cauticolumムニンタイトゴメ Sedum boninenseマツノハマンネングサ Sedum hakonenseヒメキリンソウ Sedum sikokianumハママンネングサ Sedum formosanumチャボツメレンゲ Meterostachys sikokianusオオメノマンネングサ Sedum rupifragumヤマシャクヤク Paeonia japonicaイソフジ Sophora tomentosaイヌハギ Lespedeza tomentosaクロバナキハギ Lespedeza bicolor var. melananthaヒダカミヤマノエンドウ Oxytropis hidaka-montanaカラフトモメンヅル Astragalus schelichoviiカラフトゲンゲ（チシマゲンゲを含む） Hedysarum hedysaroidesキリシマミズキ Corylopsis glabrescensトサミズキ Corylopsis spicataタチバナ Citrus tachibanaヤエヤマヤマボウシ Cornus hongkongensisシマサルスベリ Lagerstroemia subcostataミズマツバ Rotala pusillaトガクシソウ Ranzania japonicaヤチマタイカリソウ Epimedium grandiflorumクモイイカリソウ Epimedium coelestreイシモチソウ Drosera peltata var. nipponicaナガバノモウセンゴケ Drosera anglicaシデコブシ Magnolia tomentosaシマモチ Ilex mertensiiムニンイヌツゲ Ilex matanoanaケショウヤナギ Chosenia arbutifoliaコマイワヤナギ Salix rupifragaタライカヤナギ Salix taraikensisウメウツギ Deutzia unifloraオオチダケサシ Astilbe rubraタキミチャルメルソウ Mitella stylosaミカワショウマ Astilbe thunbergii var. okuyamaeヤシャビシャク Ribes ambiguumワタナベソウ Peltoboykinia watanabeiリュウキュウコンテリギ Hydrangea liukiuensisモミジチャルメルソウ Mitella acerinaツクシチャルメルソウ Mitella kiusianaタコノアシ Penthorum chinenseセンダイソウ Saxifraga sendaicaキレンゲショウマ Kirengeshoma palmata 被子植物・単子葉類 
オオアマモ Zostera asiaticaタチアマモ Zostera caulescensカキツバタ Iris laevigataナスヒオウギアヤメ Iris setosa var. nasuensisクロコウガイゼキショウ Juncus tricepsイゼナガヤ Eriachne tawadaiイネガヤ Oryzopsis obtusaウンヌケモドキ Eulalia quadrinervisオオマツバシバ Aristida takeoiウンヌケ Eulalia speciosaイリオモテガヤ Chikusichloa brachyantheraオオミネヒナノガリヤス Calamagrostis nana ssp. ohminensisビロードメヒシバ Digitaria mollicomaリシリカニツリ Trisetum spicatumミズタカモジ Agropyron humidumミギワトダシバ Arundinella ripariaヒナヨシ Arundo formosanaツクシガヤ Chikusichloa aquaticaタニイチゴツナギ Poa yatsugatakensisハイシバ Lepturus repensコモロコシガヤ Sorghum nitidumケナシハイチゴザサ Isachne lutchuensisアオシバ Garnotia acutiglumaマルバオモダカ Caldesia reniformisエゾサワスゲ Carex oederiエゾハリスゲ Carex udaイトテンツキ Bulbostylis densa var. capitataアリサンタマツリスゲ Carex filipes var. arisanensisエゾワタスゲ Eriophorum scheuchzeri var. tenuifoliumイトナルコスゲ Carex laxaイヌフトイ Scirpus litoralisセキモンスゲ Carex toyoshimaeスルガスゲ Carex omuraeクロミノシンジュガヤ Scleria sumatrensisクジュウツリスゲ Carex kujuzanaキノクニスゲ Carex matsumuraeアポイタヌキラン Carex apoiensisアカンスゲ Carex loliaceaアカネスゲ Carex poculisquamaアカスゲ Carex quadrifloraオオサンカクイ Scirpus grossusオオクグ Carex rugulosaウスイロスゲ Carex pallidaノスゲ Carex tashiroanaネムロスゲ Carex gmeliniiヌマアゼスゲ Carex cinerascensヌイオスゲ Carex vanheurckiiニイガタガヤツリ Cyperus niigatensisカンエンガヤツリ Cyperus exaltatus var. iwasakiiカラフトカサスゲ Carex rostrataカヤツリスゲ Carex bohemicaオノエスゲ Carex tenuiformisホロムイクグ Carex oligospermaホソバオゼヌマスゲ Carex nemurensisリュウキュウヒエスゲ Carex colliferaヤリテンツキ Fimbristylis ovataヤマクボスゲ Carex hymenodonヤクシマスゲ Carex atroviridisムニンイヌノハナヒゲ Rhynchospora chinensis var. curvo-aristataムセンスゲ Carex lividaヒメアゼスゲ Carex eleusinoidesヒゲハリスゲ Kobresia bellardiiトネテンツキ Fimbristylis stauntonii var. tonensisツシマスゲ Carex tsushimensisツクシナルコ Carex subcernuaツクシテンツキ Fimbristylis tashiroanaチャボイ Eleocharis parvulaダケスゲ Carex pauperculaダイセンアシボソスゲ Carex scita var. parvisquamaタカネハリスゲ Carex paucifloraタカネクロスゲ Scirpus maximowicziiハチジョウカンスゲ Carex hachijoensisハシナガカンスゲ Carex phaeodonノハラテンツキ Fimbristylis pierotiiスジヌマハリイ Eleocharis equisetiformisジングウスゲ Carex sacrosanctaシュミットスゲ Carex schmidtiiシコタンスゲ Carex scita var. scabrinerviaサヤマスゲ Carex hashimotoiコバケイスゲ Carex tenuiorコヌマスゲ Carex rotundataコツブヌマハリイ Eleocharis parvinuxウシオスゲ Carex ramenskiiイワヤスゲ Carex tumidulaイヘヤヒゲクサ Schoenus calostachyusアマミテンナンショウ Arisaema heterocephalumオオミネテンナンショウ Arisaema nikoense var. australeユキモチソウ Arisaema sikokianumヤマコンニャク Amorphophalus hirtus var. kiusianusユズノハカズラ Pothos chinensisマイヅルテンナンショウ Arisaema heterophyllumヒメツルアダン Freycinetia williamsiiナンゴクヤブミョウガ Pollia hasskarliiウミショウブ Enhalus acoroidesスブタ Blyxa echinospermaマルミスブタ Blyxa aubertiiヒメウミヒルモ（トゲウミヒルモ） Halophila decipiensイトクズモ Zannichellia palustris var. indicaイトモ Potamogeton pusillusホソバヒルムシロ Potamogeton alpinusリュウノヒゲモ Potamogeton pectinatusアズマホシクサ Eriocaulon takaeクシロホシクサ Eriocaulon kusiroenseシラタマホシクサ Eriocaulon nudicuspeカラフトホシクサ Eriocaulon sachalinenseハライヌノヒゲ Eriocaulon ozenseユキイヌノヒゲ Eriocaulon dimorphoelytrumヤマトホシクサ Eriocaulon japonicumツクシクロイヌノヒゲ Eriocaulon nakasimanumクロイヌノヒゲモドキ Eriocaulon atroidesアマノホシクサ Eriocaulon amanoanumオオシバナ Triglochin maritimumシバナ Triglochin asiaticumホソバノシバナ Triglochin palustreウエマツソウ Sciaphila tosaensisスズフリホンゴウソウ Sciaphila okabeanaタマミクリ Sparganium glomeratumヤマトミクリ Sparganium fallaxヒメミクリ Sparganium stenophyllumホソバウキミクリ Sparganium angustifoliumミズアオイ Monochoria korsakowiiニッパヤシ Nypa fruticansノヤシ Clinostigma savoryanaエゾヒメアマナ Gagea vaginataイズモコバイモ Fritillaria ayakoanaキバナノホトトギス Tricyrtis flavaホソバナコバイモ Fritillaria amabilisヒロハノアマナ Tulipa latifoliaワスレグサ（トウカンゾウ） Hemerocallis majorリシリソウ Zygadenus sibiricusヤマスカシユリ Lilium maculatum var. monticolaミカワバイケイソウ Veratrum stamineum var. micranthumヒメショウジョウバカマ Heloniopsis kawanoiタキユリ Lilium speciosum var. clivorumタイワンホトトギス Tricyrtis formosanaキイジョウロウホトトギス Tricyrtis macranthopsisキイイトラッキョウ Allium virgunculae var. kiienseカワユエンレイソウ Trillium channelliiオゼソウ Japonolirion osenseステゴビル Caloscordum inutileミノコバイモ Fritillaria japonicaシブツアサツキ Allium schoenoprasum var. shibutuenseコジマエンレイソウ Trillium amabileクロヒメシライトソウ Chionographis japonica var. kurohimensisエビネ Calanthe discolorアマミトンボ Platanthera amamianaオオカゲロウラン Hetaeria oblongifoliaクスクスヨウラクラン Oberonia anthropophpra var. arisanensisコアニチドリ Amitostigma kinoshitaeイリオモテムヨウラン Stereosandra javanicaフウラン Neofinetia falcataヒメムヨウラン Neottia asiaticaレンギョウエビネ Calanthe lyroglossaユウシュンラン Cephalanthera erecta var. subaphyllaヤクシマラン Apostasia nipponicaヤクシマチドリ Platanthera ophrydioides var. amabilisヒメジガバチソウ Liparis krameri var. shichitoanaヒナチドリ Orchis chidoriバイケイラン Corymborkis veratrifoliaハルザキヤツシロラン Gastrodia nipponicaハマカキラン Epipactis papillosa var. sayekianaハチジョウネッタイラン Tropidia nipponica var. hachijoensisナギラン Cymbidium lancifoliumナガバトンボソウ Platanthera tipuloides var. linearifoliaトキソウ Pogonia japonicaヤエヤマヒトツボクロ Nervilia aragoanaムギラン Bulbophyllum inconspicuumムカデラン Sarcanthus scolopendrifoliusミズトンボ Habenaria sagittiferaマメヅタラン Bulbophyllum drymoglossumツルラン Calanthe furcataタネガシマムヨウラン Aphyllorchis montanaタカネトンボ Platanthera chorisianaナンバンキンギンソウ Goodyera grandisナリヤラン Arundina graminifoliaナツエビネ Calanthe reflexaガッサンチドリ Platanthera ophrydioides var. uzenensisカシノキラン Gastrochilus japonicusカゲロウラン Hetaeria agyokuanaオナガエビネ Calanthe masucaオゼノサワトンボ Habenaria yezoensis var. longicalcarataオクシリエビネ Calanthe reflexa var. okushirensisオキナワチドリ Amitostigma lepidumジャコウキヌラン Heterozeuxine odorataシマツレサギソウ Platanthera boninensisサギソウ Habenaria radiataコウトウシラン Spathoglottis plicataコアツモリソウ Cypripedium debileクマガイソウ Cypripedium japonicumキンラン Cephalanthera falcataアオジクキヌラン Zeuxine affinisウチョウラン Orchis graminifolia 裸子植物 
シマムロ Juniperus taxifoliaトガサワラ Pseudotsuga japonicaヤツガタケトウヒ Picea koyamae 準絶滅危惧 (NT) 
 シダ植物 
カワリバアマクサシダ Pteris cadieriツルカタヒバ Selaginella biformisホソバクリハラン Lepisorus boninensisシナノキシノブ Microsorium fortuneiハハジマヌカボシ Microsorium masaskeiキリシマイワヘゴ Dryopteris hangchowensisイナデンダ Polystichum inaenseマツバコケシダ Crepidomanes latemarginaleヤンバルフモトシダ Microlepia hookerianaムニンエダウチホングウシダ Lindsaea repandaスキヤクジャク Adiantum diaphanum 被子植物・双子葉類・合弁花類 
シマザクラ Hedyotis grayiシチョウゲ Leptodermis pulchellaオオイナモリ Ophiorrhiza japonica f. acutifoliaニコゲルリミノキ Lasianthus bunzanensisオオウメガサソウ Chimaphila umbellataシマイワウチワ Shortia rotundifoliaヤエヤマコクタン Diospyros ferra var. buxifoliaケナシツルモウリンカ Tylophora tanakae var. glabrescensリュウキュウツワブキ Farfugium japonicum var. luchuenseヒメキクタビラコ Myriactis japonensisヤマザトタンポポ Taraxacum arakiiヒロハヤマヨモギ Artemisia stoloniferaオダサムタンポポ Taraxacum platypecidumタカネコウリンカ Senecio takedanusホソバヤロード Ochrosia hexandraヤエヤマハマゴウ Vitex trifolia var. bicolorハマトラノオ Pseudolysimachion sieboldianumカワヂシャ Veronica undulataシマギンレイカ Lysimachia decurrensコケトウバナ Clinopodium multicaule var. yakusimenseミゾコウジュ Salvia plebeiaキタダケオドリコソウ Lamium album var. kitadakenseアツバタツナミソウ Scutellaria tsusimensisタチキランソウ Ajuga makinoiムニンタツナミソウ Scutellaria longitubaヤクシマシソバタツナミ Scutellaria kiusiana var. kuromidakensisチョウジガマズミ Viburnum carlesii var. bitchiuenseヤクシマミツバツツジ Rhododendron yakumontanumコニシハイノキ Symplocos konishiiマルバアサガオカラクサ Evolvulus alsinoidesヤマトレンギョウ Forsythia japonicaウスギモクセイ Osmunthus fragrans var. thunbergiiチシマリンドウ Gentianella auriculataヤクシマツルリンドウ Tripterospermum japonicum var. tenueヨコヤマリンドウ Gentiana glaucaシロウマリンドウ Gentianopsis yabeiハナヤマツルリンドウ Tripterospermum bistylum 被子植物・双子葉類・離弁花類 
ウスゲチョウジタデ Ludwigia greatrexiiコイヌガラシ Rorippa cantoniensisタチモ Myriophyllum ussurienseヤエヤマラセイタソウ Boehmeria yaeyamensisオモロカンアオイ Heterotropa dissitaコシノカンアオイ Heterotropa megacalyxトカラカンアオイ Heterotropa yakusimensis var. glabraハコネオトギリ Hypericum hakonenseサクラバハンノキ Alnus trabeculosaコウシュンカズラ Tristellateia australasiaeミスミソウ s.l. Anemone hepatica var. japonicaアカハダクスノキ Beilschmiedia erythrophloiaマルバニッケイ Cinnamomum daphnoidesニッケイ Cinnamomun okinawenseリュウキュウクロウメモドキ Rhamnus liukiuensisヤクシマグミ Elaeagnus yakusimensisチドリケマン Corydalis kushiroensisナガミノツルキケマン Corydalis raddeanaリシリヒナゲシ Papaver faurieiマルヤマシュウカイドウ Begonia laciniata var. formosanaシャクナンガンピ Daphnimorpha kudoiタカネスミレ Viola crassaムニンハマウド Peucedanum boninenseツシマノダケ Tilingia tsusimensisユワンツチトリモチ Balanophora yuwanensisコヤスノキ Pittosporum illicioidesマヤプシギ Sonneratia albaヤクシマシロバナヘビイチゴ Fragaria nipponica var. yakusimensisリシリトウウチソウ Sanguisorba stipulata var. rishirensisヤクシマフウロ Geranium shikokianum var. yoshiianumツメレンゲ Orostachys japonicusサツママンネングサ Sedum satsumenseナガバコバンモチ Elaeocarpus multiflorusボウコツルマメ Glycine clandestinaワニグチモダマ Mucuna giganteaサツマハギ Lespedeza satsumensisシロヤマハギ Lespedeza kagoshimensisアテツマンサク Hamamelis japonica var. bitchuensisリュウキュウハナイカダ Helwingia liukiuensisヤクシマサルスベリ Lagerstroemia subcostata var. faurieiニンドウバノヤドリギ Scurrula lonicerifoliusエゾミヤマヤナギ Salix hidewoiミヤマヤチヤナギ Salix paludicolaキバナハナネコノメ Chrysosplenium album var. flavumムカゴネコノメ Chrysosplenium maximowicziiヤエヤマヒメウツギ Deutzia yaeyamensis 被子植物・単子葉類 
エビアマモ Phyllospadix japonicusスゲアマモ Zostera caespitosaヒメシャガ Iris gracilipesミヤマイ Juncus effususタカネイ Juncus triglumisクモマスズメノヒエ Luzula arcuata ssp. unalascensisコゴメヌカボシ Luzula piperiヒメコヌカグサ Agrostis valvataタイワンアシカキ Leersia hexandraオガサワラススキ Miscanthus condensatus var. boninensisアギナシ Sagittaria aginashiタカネヤガミスゲ Carex bipartitaシマタヌキラン Carex doenitzii var. okuboiチャイロスゲ Carex fulvo-rubescensオキナワヒメナキリ Carex sacrosancta var. tamakiiアシボソスゲ Carex scita var. brevisquamaフサカンスゲ Carex tokarensisヒメワタスゲ Scirpus hudsonianusヒロハオゼヌマスゲ Carex traiziscanaサコスゲ Carex sakonisシロホンモンジスゲ Carex polyschoenaタコノキ Pandanus boninensisウミヒルモ Halophila ovalisリュウキュウスガモ Thalassia hemprichiiベニアマモ Cymoodocea rotundataウミジグサ Halodule uninervisシオニラ（ボウバアマモ） Syringodium isoetifoliumマツバウミジグサ Halodule pinifoliaリュウキュウアマモ Cymodocea serrulataスイシャホシクサ Eriocaulon nigrum var. suishaenseイズノシマホシクサ Eriocaulon zyotaniiミクリ Sparganium erectumナガエミクリ Sparganium japonicumオガサワラビロウ Livistona boninensisヤエヤマヤシ Satakentia liukiuensisイトラッキョウ Allium virgunculaeヒメカカラ Smilax bifloraタカクマホトトギス Tricyrtis ohsumiensisヤクシマシライトソウ Chionographis japonica var. yakusimensisシラン Bletilla striataオキナワムヨウラン Lecanorchis trilobaボウラン Luisia teresヤンバルキヌラン Zeuxine leucochilaヤクシマトンボ Platanthera mandarinorum var. masamuneiウスギムヨウラン Lecanorchis kiusianaトクサラン Calanthe gracilis var. venustaイシガキキヌラン Zeuxine flavaシマササバラン Liparis formosana var. hachijoensisシラヒゲムヨウラン Lecanorchis flavicans var. acutilobaユウレイラン Didymoplexis subcampanulataタシロラン Epipogium roseum 情報不足 (DD) 
 被子植物・双子葉類・合弁花類 
ヤクシマヤマムグラ Galium pogonanthum var. yakumontanumハリザクロ Randia spinosaホウライアオカズラ Gymnema sylvestreタイワンキジョラン Marsdenia formosanaサドアザミ Cirsium nipponicum var. sadoenseトナカイアザミ Saussurea acuminataマツラコゴメグサ Euphrasia insignis var. pubigeraヒメクチバシグサ Lindernia tenuifoliaエゾノダッタンコゴメグサ Euphrasia pectinata var. obtusiserrataナンゴクモクセイ Osmunthus enervisオオモクセイ Osmanthus rigidus 被子植物・双子葉類・離弁花類 
フウセンアカメガシワ Kleinhovia hospitaコバノクスドイゲ Xylosma senticosumオトギリマオ Gonostegia pentandraトウカテンソウ Nanocnide pilosaキナンカンアオイ Heterotropa takaoi var. austrokiiensisスエヒロアオイ Heterotropa takaoi var. dilatatumホザキサルノオ Hiptage benghalensisタンゴグミ Elaeagnus arakianaテリハニシキソウ Euphorbia hirta var. glaberrimaエゾセンノウ Lychnis fulgensエゾヤママンテマ Silene haraiオオバサンザシ Crataegus maximowicziiチシマイチゴ Rubus arcticaムラサキベンケイソウ Hylotelephium telephiumオオバゲッキツ Murraya koenigiiオオバナオガタマノキ Michelia compressa var. macranthaタイワンヤマモガシ Helicia formosana 被子植物・単子葉類 
コアマモ Zostera japonicaオキナワイ Juncus effusus f. filiformisセイタカヌカボシソウ Luzula elataチシマスズメノヒエ Luzula kjellmannianaオニコメススキ Deschampsia caespitosa var. macrothyrsaイブキトボシガラ Festuca parvigluma var. breviaristataネズミシバ Tripogon chinensis var. coreensisヒメウシノシッペイ Thaumastochloa cochinchinensisコツブチゴザサ Isachne globosa var. brevispiculaトカラカンスゲ Carex conica var. scabrocaudataイヌノグサ Carpha aristataオキナワイヌシカクイ Eleocharis wichurae var. liukiuensisシマイガクサ Rhynchospora boninensisイシガキイトテンツキ Fimbristylis paucifloraタチガヤツリ Cyperus diaphanus (ssp. setiformis)
ウジカンスゲ Carex conica var. latifoliaツクシハナミョウガ Alpinia japonica var. kiushianaハダカゲットウ Alpinia koidzumianaミドリシャクジョウ Burmannia coelestrisシロエゾホシクサ Eriocaulon pallescensオクトネホシクサ Paepanthus kanaiiコウライワニグチソウ Polygonatum desoulavyi var. yezoenseアラガタオオサンキライ Smilax bracteata var. verruculosaシロスジカゲロウラン Hetaeria cristata''