『ニッポンアニメ100』は、2017年から2018年にかけてNHKで放送された日本のアニメーションをテーマとした特別番組のシリーズ企画。主にBSプレミアムを中心に放送された。

概要 
日本初の国産アニメーションが公開されてから100周年となるのを記念し、日本のアニメを見つめ直すプロジェクト。視聴者投票でベストアニメ100作・ベストアニソン100曲を選定するとともに、関連番組を放送する。

特別番組
2017年1 - 5月・12月にかけて、以下の特別番組を放送。

視聴者投票スタート!アニメ100人くらいに聞きました
ベストアニメ100投票開始に先立ち、一般人や有名人に好きなアニメのインタビューを行うとともに名作アニメの名場面を振り返る。
放送時間：BSプレミアム 2017年1月8日 23:00 - 24:00（再放送：1月22日14:30 - 15:30）
出演者
司会：上川隆也、DAIGO
インタビュー出演：生駒里奈、川合俊一、清水富美加、鈴木聡美、田辺誠一、西川貴教、バカリズム、羽田圭介、雛形あきこ、光浦靖子、山崎直子、養老孟司

クリエーターたちのDNA〜ニッポンアニメ100年史
名作を作り上げたクリエーターにスポットをあて、日本アニメの系譜をたどりその魅力に迫る。
放送時間：BSプレミアム 2017年1月28日 19:00 - 20:00（再放送：3月20日15:15 - 16:15）
出演者
司会：渡部豪太、松村沙友理、藤津亮太
インタビュー出演：荒木哲郎、庵野秀明、いしづかあつこ、大友克洋、押井守、小田部羊一、笹川ひろし、佐藤順一、杉井ギサブロー、鶴巻和哉、富野由悠季、寺本幸代、長井龍雪、米林宏昌

カウントダウンLIVE アニソン ベスト100!
「ベスト・アニソン100」視聴者投票の結果をもとに、日本のアニメの歴史を彩った100曲をライブを交えながら発表する。第1部はベスト・アニソン100の最終結果発表とそのランクイン曲のライブを、第2部はJOYSOUNDの音源によるライブを放送。
放送時間：BSプレミアム 2017年2月18日 18:30 - 20:00（第1部）・20:45 - 21:00（第2部）
公開放送会場：ニコファーレ
出演者
MC：ケンドーコバヤシ、中川翔子
進行：三輪秀香
出演歌手：i☆Ris、岩崎良美、喜多修平、きただにひろし、ささきいさお、高橋洋子、水木一郎

インターネット放送
「龍の歯医者」前編&「カウントダウンLIVE アニソン ベスト100!」実況ニコ生（ニコニコ生放送）
放送時間：2017年2月18日 17:00 - 21:11
出演：松澤千晶、唯月ふうか

スーパープレミアム 龍の歯医者

放送時間
BSプレミアム
本放送：2017年2月18日・25日 20:00 - 20:45
再放送：3月20日16:15 - 17:50・12月31日22:13 - 23:45（いずれも前後編連続放送）
NHKワールドTV（英題：The Dragon Dentist）
Part1（前編）：2017年3月18日8:10 - 9:00・14:10 - 15:00・19:10 - 20:00、19日2:10 - 3:00
Part2（後編）：3月19日8:10 - 9:00・14:10 - 15:00・19:10 - 20:00、20日2:10 - 3:00
総合テレビ
2017年4月1・8日 土曜23:00 - 23:46（1日・前編、8日・後編）
関連番組
「龍の歯医者」前編&「カウントダウンLIVE アニソン ベスト100!」実況ニコ生（2017年2月18日 ニコニコ生放送）
出演：松澤千晶、唯月ふうか
今からでも間に合う！龍の歯医者 放送直前（生）SP（2月25日 19:30 - 20:00 BSプレミアム）
龍の歯医者 放送直後（生）SP（2月25日 20:45 - 21:00）
出演者（放送直前・放送直後共通）
司会:三輪秀香、高橋茂雄(サバンナ)
制作陣ゲスト:鶴巻和哉、井関修一
ゲスト:松村沙友理（乃木坂46）、おかずクラブ、氷川竜介（解説）

ロボットアニメ大集合!
総合テレビの新アニメ『アトム ザ・ビギニング』に関連し、現代から過去にさかのぼり歴代のロボットアニメの名場面を振り返りながらトークを交えその魅力を解剖し、科学技術の発展との関係などについても解説する。
放送時間：総合テレビ 2017年4月7日 22:00 - 22:48（再放送：4月15日17:10 - 17:58）
出演者
司会：船越英一郎
ゲスト：片瀬那奈、トリスタン・ブルネ（日本史学研究者）、佐藤哲夫（パンクブーブー）、吉木りさ、岩井勇気（ハライチ）
解説：高橋良輔
VTRコメント：栗原聡（電気通信大学教授・AI研究者）、大須賀公一（大阪大学教授・ロボット工学研究者）、松原仁（公立はこだて未来大学教授・AI研究者）、高橋智隆（ロボットクリエーター）、岩坂照之（前田建設工業CSR・環境部長）
ナレーター：川庄美雪

発表!あなたが選ぶアニメ ベスト100!
視聴者投票「ベスト・アニメ100」投票で選ばれた100作品を生放送で発表し、総合順位、年代別、男女別などで投票結果を分析。この他人気声優がデータ放送による投票をもとに、名セリフの生アフレコを実施する。上位作品は5月3日 - 7日深夜放送の「ニッポンアニメ100 ベストセレクション」内で放送する。
放送時間：BSプレミアム 2017年5月3日 20:00 - 23:00
出演者
司会：上川隆也、松澤千晶
スタジオゲスト：DAIGO、西川貴教、井上聡（次長課長）、加藤夏希、岩井勇気（ハライチ）、生駒里奈（乃木坂46）
声優ゲスト：井上喜久子、関智一、浪川大輔、加藤英美里
解説：氷川竜介、藤津亮太

ベストセレクション
ベスト・アニメ100投票の上位作品を、作品解説や関係者へのインタビューとともに放送する。同一シリーズで複数作が上位にランクインした作品は基本的に1作品のみ放送。序盤に松澤千晶によるアナウンスと解説者による作品解説を行い、作品本編を挟み最後に作品関係者インタビューを放送した。
放送リスト
いずれも放送はBSプレミアム。

あけおめ!声優大集合

「声優」をテーマに、ゲスト声優による生アフレコをメインとした年越し特番。アニメ100年の年である2017年の締めくくりとして、アニメ100年を声優の視点で振り返る声当てクイズなどの企画や視聴者投票「あなたが好きなアニメキャラ」の結果発表が行われた。インターネットや双方向機能との連動や新たな視聴者層の開拓が評価され、「NHK編成局長特別賞」を受賞。2018年以降も放送されていたが、2020年以降は新型コロナウイルス感染拡大防止のため、中止になっている。

視聴者投票 
番組ホームページで行われる視聴者投票企画としてアニメソング投票「ベスト・アニソン100」・アニメ作品投票「ベスト・アニメ100」・キャラクター投票「あなたの好きなアニメキャラ」を展開。データベースについてはアニメソングは専門家の助言をもとに番組独自で作成・アニメ作品は日本動画協会より提供されたものを用い、多数の票をもつ特別審査員を置かず「まったくの視聴者中心」のランキングとした。また、データベースにない項目は「自由投票フォーム」を用いての投票とした。なお「ベスト・アニメ100」企画の好評を受けて、2018年よりシリーズ作品投票特番企画として「全○○大投票」シリーズが展開されている。

投票についてはアニメ・アニソンそれぞれ1日3票まで可能、同日のうちに同一作品・曲への複数の投票は不可能とした。またキャラクター投票については投票期間中に1人5名までの投票に改められた。

ベスト・アニソン100 
投票期間：2016年12月12日 - 2017年2月10日
投票候補数：16,081曲
投票総数：42万2683票
投票候補データ制作：2016年10月末
投票結果
同名タイトルの楽曲で複数のアーティストが歌っている場合は得票を合算し順位付けされたため、「歌手名」欄については複数の歌手バージョンがある曲の場合は代表的な歌手を表記する。
「使用」の凡例：
OP＝オープニング
ED＝エンディング
その他＝キャラクターソング・アレンジ曲など
OP・EDの末尾の数字=作品での使用順（交代のない場合は省略）
1-10位

11-50位
51-100位
事前発表101位-300位
101-150位

151-200位

201-250位

251-300位

ベスト・アニメ100 
投票期間：2017年1月8日 - 3月31日
投票候補対象：2016年9月末までの作品
投票候補数：9,502作
テレビアニメ（以下・TV）：4,360作
劇場アニメ（以下・劇場）：2,274作
TVスペシャル：105作
OVA：2,336作
イベント：59作
自主製作：28作
その他：340作
投票総数：約60万票以上

企画への評価 
J-CASTニュースは、国民的な長寿作品がほとんど見られず2010年代の作品がランキング上位の大半を占めたことに関し、若年層のオタクによる投票数が多く反映されたことや「1日1回3作品まで」というルールで約3か月の投票期間を設けたことが組織票を集めやすいシステムとなっていたと分析した。
漫画家の山田玲司は、ニコニコ生放送の番組『山田玲司のニコ論壇時評』にて「リアルタイムでパワフルな信者さんがいるアニメのランキングを、100年の〜〜とか言っちゃったところに、パーンと大きく何かがズレが生じた」「『ドラえもんの〇〇みたいな』、という風にみんながわかるコンテンツっていうのがやっぱり、ベストアニメなんじゃないの？それが圏外になっているっていうところで、もうこの企画どうするの？って話じゃない」と懐疑的な意見を表明した。

総合順位 
「ニッポンアニメ100 ベストセレクション」枠で再放送となった作品は「総合」の行に太字で表記する。下位のシリーズ作品が放映される場合は上位の代表的作品タイトルにも太字表記とする。
1位-100位
この他、投票候補データベース範囲外の2016年10月以降公開だったものの、自由記述投票を経由し多くの票が寄せられた作品として「この世界の片隅に」が番外編として紹介された。
事前発表101位-400位
101位-150位

151位-200位

201位-250位

251位-300位

301位-350位
351位-400位

中間順位
第1回発表（1月27日発表）
第2回発表（2月17日発表）

年代別順位
1960年代
1970年代
1980年代

あなたの好きなアニメキャラ 
投票期間：2017年10月20日 - 11月19日
「ベスト・アニメ100」検索から作品名の投票ボタンを押し、作品のキャラクター名（一回につき一人まで）・聞きたいセリフ・エピソード・個人情報（ニックネーム・性別・年齢・都道府県）を入力し投票する。
投票結果
1位-51位

ウェブサイト連載企画
氷川竜介のアニメ100年史
アニメ評論家の氷川竜介による、日本のアニメーション文化の歴史解説コラム。
わたしのアニメ100
「視聴者投票スタート!アニメ100人くらいに聞きました」で行われた有名人へのアニメに関するインタビューを未放送分を含め紹介する。