雲林寺（うんりんじ）は、岐阜県中津川市苗木にかつて存在した臨済宗妙心寺派の寺院。山号は天龍山。苗木藩主苗木遠山氏歴代の菩提寺であったが、明治3年(1870年)苗木藩の廃仏毀釈政策により取壊されて廃寺となった。

創建 
慶長19年(1614年)に苗木藩初代藩主の遠山友政が、天正2年(1574年)の武田勝頼の侵攻時に焼亡させられた苗木遠山氏の菩提寺の廣恵寺の代わりとして、新たに菩提寺を建立することを発願し、帰依していた八百津町の大仙寺（正傳寺という説もある）の維天継縦を開山として招請したが、維天は高齢であったため、代わりに関市にある梅龍寺8世(加治田龍福寺2世)の夬雲玄孚を推挙した。

夬雲は梅龍・龍福の2寺を兼帯し、そのうえ本山妙心寺へも輪住していたので、雲林寺の創建については彼の高弟の中華玄等に任せた。

上棟式は慶長19年(1614年)友政が大坂冬の陣で留守中に行われたといわれ、同年9月に雲林寺の方丈が建てられた。

元和元年(1615年)、夬雲玄孚により開山された。

この雲林寺の称名は夬雲玄孚の命名で「雲門臨済の禅風をこの地に振興せしむ」との意味からであるといわれている。

元和5年（1620年）12月、雲林寺を開基した遠山友政が享年65歳で没した。友政は生前に、夬雲玄孚から心月の法号を受けていたので、雲林寺殿心月宗伝居士という法名が贈られた。

初代住持の中華玄等は友政の死に先だつこと4か月前に遷化したが法嗣が無く法系は一時途絶えかけた。

そこで幼時より俊英で龍福寺に入って夬雲の弟子となった、苗木深尾氏(給人通)の出身で、中華玄等の法姪にあたる龍福寺四世の一秀玄廣を三世として迎えた。こうして一秀玄廣によって雲林寺は寺統を確立した。

その後、苗木藩から寺領を与えられるなど篤く保護され、塔頭として正岳院と寿昌院を建立したほか、苗木藩領内に17の末寺を開山した。

魏海宗活 
魏海宗活は、10歳の時に、雲林寺三世の一秀玄廣の弟子となって修行し、若くして学識高く覇気に富んだ僧であった。

万治2年(1659年)には、雲林寺の五世として法統を継ぐように嘱望されたが、恩師の一秀玄廣の念願「臨済宗を苗木藩領内への布教のため」を座していてはその目的は達せられないと考えて固辞し、雲林寺の五世を、一桂玄珠に譲った。

寛文2年(1662年）または 寛文9年(1669年）に、魏海宗活は故郷の田瀬村に、桃岳山　曹源寺を建立した。

寛文6年（1666年）魏海宗活は、さらに尾張藩領であった付知村に宗敦寺を開山した。

曹源寺は魏海宗活が個人的に建立した寺で、雲林寺へ行くときに立寄る雨宿、または隠居寺とも言われ、小規模であったとされている。理由は不明であるが、曹源寺は元禄9年(1696年）頃に取り潰された。

田瀬村の人々は、魏海宗活が開山した付知村の宗敦寺の檀徒となっていたが、距離が近い下野村の法界寺の檀徒になりたいと苗木藩に願い出て、法界寺の預かり檀徒となった。

廃仏毀釈による廃寺 
苗木藩の廃仏毀釈

江戸時代末から明治初頭にかけて苗木藩では、平田篤胤の復古神道の影響を強く受けた青山景通・青山直通親子が主導する先鋭化した廃仏毀釈運動が起きた。藩主の遠山友禄は、青山景通により復古神道を薦められ心酔した。

藩内の寺院15ヶ寺の内14ヶ寺の住職は還俗することと決まったが、苗木遠山氏の菩提寺である雲林寺17世の剛宗宗戴のみは還俗を拒んだ。

(加茂郡大沢村の蟠龍寺も廃寺となったが、15ヶ寺の中には含まれていない)
(苗木城下にあった日蓮宗の仏好寺は15ヶ寺の中に含む)
(雲林寺の塔頭であった正岳院・寿昌院は雲林寺に含む)

青山景通は剛宗宗戴に対し、5人扶持で教諭として雇用するとの条件で説得したが、これを拒み、黄金300両と苗木遠山氏歴代の位牌と仏具を貰い受けて、下野村の中でも苗木藩から幕府領に移管した地域であったがために苗木藩の廃仏毀釈が及ばなかった法界寺の一室に移った。

明治3年(1870年)8月15日、苗木藩は廃仏毀釈の実行を藩内に通知した。そして雲林寺を始めとする苗木領内の全ての寺院は取壊されて廃寺とした。

その後、剛宗宗戴は、苗木藩の廃仏毀釈により宝林寺が失われた蛭川村に移り、明治11年(1878年)には、岐阜県山県郡松尾村の高徳寺を蛭川村に移転させる形で寺院の再興を果たした。

さらに加茂郡佐見村の中で、苗木藩から幕府領へ移管した地域にあったがために苗木藩の廃仏毀釈が及ばなかった大蔵寺へと転住した。

その間に雲林寺の関係諸品は、それぞれ各地に散逸した。

雲林寺の本尊であった地蔵菩薩と什器は、下呂市の金錫山地蔵寺に移り、岐阜県の文化財に指定されている。

雲林寺にあった「烏枢澁摩明王像」は江戸時代中期前の作であるが、中津川市手賀野の松源寺に移された。

雲林寺跡地には苗木遠山氏歴代の墓が残されており、『苗木遠山家廟所』として中津川市の史跡に指定されている。

幕末期の様子 
雲林寺の幕末期の様子については、剛宗宗戴の弟子で雲林寺塔頭の正岳院の住持であり後に飛騨に移った祚田が語った内容が伝えられている。

何しろ雲林寺は大名寺で立派で格式がやかましかったという。

方丈は9間に10間の板葺の建物で、通り仏壇・障子・欄間などがあり、玄関は2間半の通り廊下で、庫裏(裡)は7間に13間位のものであり、座敷の中など割合に小間造りで、万一の場合家老の集会などに便利なる様であった。そして板葺の2階造りであった。この庫裏の食堂に当たる分は凡そ40畳敷位の大きさで、冬は寒くて堪えられなかったということである。

書院は5間6間で、天井はすべて樟板であった。禅堂は簡素な建物で「禅堂の小屋」と通称していた位であった。十三仏堂が方丈の西にあり、2間半に3間位の仏堂であった。土蔵は3間に4間の建物、門には高塀が、7～8間位付いていた。

大門通りには杉の大木が十数本あった。雲林寺は、遠山家を大檀那として家中の藩士200余家を檀家としていた。

始終、雲衲が7～8人と徒弟が7～8人、合わせて14人。5人の僧侶が常住していた。

雲林寺には方丈・庫裏・書院・禅堂・十三仏堂・門等があり、いずれも屋根は根葺きで赤壁であったことが「興廃史」によってうかがわれる。

なお「苗木明細記」には、大門は雲林寺への入口のところをいうが名称だけで門はなかったとし、寺までの道の両側には杉・檜の大木が並んでいたとしており、また十三仏堂には仏像を安置し、家中の位牌が据置かれたと記している。

寺の運営については、前述した祚田(正岳院の住持)によれば、領主から寺へ80石、住持へ20石、都合100石の黒印がつけられ、この外に境内地付近の寺有田から30石位の収穫を寺作していたとしている。

しかし苗木明細記によると、寺領14石余が遠山家より寄付されたとし、その内訳は、福岡村で物成米5石4斗余の所を廣恵寺付近で下され永代引免になっており、残りの9石余は日比野村郷蔵の内から与えられ、都合14石余が寺領となっていたとしている。

この2者の記録には違いがあるので、ここでは根拠の明白な後者の説に従っておくこととする。

塔頭 
正岳院　遠山家・雲林寺に対する諸用の取次役の寺で、雲林寺より諸末寺や法類等への諸用・応待も同院の役目であった。創建時期は不明だが、雲林寺三世の一秀玄廣の弟子の玄興の始めたところであろうとされている。玄興は、美濃加茂市伊深の正眼寺を大極和尚と共に開山した僧で、また正岳院、壽昌院も開山して住み始終一秀玄廣に付添い雲林寺を大成させた陰の功労者であった。前述の祚田(廃仏当時の住持)によると、建物は九間に一三間の一棟で雲林寺法要の際などは宿坊に当てられたとしている(興廃史)。

壽昌院　創建については、苗木藩主2代遠山秀友の室、壽昌院殿桂室珠芳大姉のために建てられたものといわれている。そして、一秀玄廣が隠棲した所とされている。

歴代住持 
開山　　夬雲玄孚
二世　　中華玄等
三世　　一秀玄廣
四世　　玄外宗三
五世　　一桂玄珠
六世　　浣渓祖俊
七世　　泰傳慧祥
八世　　桂峯秀英
九世　　拙愿全驢
十世　　鐵山宗育
十一世　獨仙守慎
十二世　實州玄苗
十三世　篆禮玄儀
十四世　大湛等慧
十五世　遂安宗寔
十六世　静山依松
十七世　剛宗宗戴

末寺 
恵那郡
苗木　　　正岳院・壽昌院
福岡村　　片岡寺　
高山村　　岩松寺
下野村　　法界寺　
坂下村　　長昌寺
蛭川村　　宝林寺
中野方村　心観寺
姫栗村　　長増寺
加茂郡
河合村　　竜現寺
飯地村　　洞泉寺
黒川村　　正法寺　　　
赤河村　　昌寿寺
神土村　　常楽寺
犬地村　　積善寺
切井村　　龍気寺　
大沢村　　蟠龍寺
佐見村　　大蔵寺

苗木遠山氏関連寺院 
廣恵寺