アルフレッサ ホールディングス株式会社（英称：Alfresa Holdings Corporation）は、東京都千代田区に本社を構える医薬品卸の持株会社である。商号の表記は、登記上では「アルフレッサホールディングス株式会社」とスペースなし、定款上では「アルフレッサ ホールディングス株式会社」とスペースありとなっている。

概要 
2003年9月29日に売上高3位で東京の福神と4位で大阪のアズウェルが株式を移転し、共同で株式会社として設立する。両社が傘下に入り、2004年10月1日にそれぞれの事業を卸事業会社と製造事業会社に統合した。業界でメディパルホールディングスと並ぶ。

大株主 
2023年3月31日現在

沿革 
 2003年（平成15年）9月29日 - 株式会社アズウェル（大阪府）と福神株式会社（東京都）が、共同持株会社アルフレッサ ホールディングス株式会社設立。
 2004年（平成16年）
 4月1日 - 連結子会社の福神株式会社がダイワ薬品株式会社（愛媛県）の株式を86.8%、株式会社小田島（岩手県）の株式を55.1%取得しそれぞれ子会社化。
 7月1日 - 株式会社大正堂（埼玉県）を株式交換により完全子会社化。
 10月1日 - 株式会社アズウェルの卸売事業部門と株式会社大正堂の営業部門を福神株式会社が承継し、福神株式会社は卸売事業のアルフレッサ株式会社に、株式会社アズウェルは製造事業のアルフレッサ ファーマ株式会社にそれぞれ商号変更する。
 12月 - ピップトウキョウ株式会社（東京都、現・ピップ株式会社）とSPD事業等を行うアルフレッサ ピップトウキョウ株式会社（現・アルフレッサ メディカルサービス株式会社）設立。
 2005年（平成17年）
 4月1日 - ダイワ薬品株式会社・株式会社岡内勧弘堂（香川県）・弘和薬品株式会社（徳島県）の3社を株式交換により完全子会社化。
 10月1日 -
 成和産業株式会社（広島県）を株式交換により完全子会社化。
 当社子会社の株式会社岡内勧弘堂がダイワ薬品株式会社・弘和薬品株式会社を吸収合併し、四国アルフレッサ株式会社に商号変更。
 2006年（平成18年）4月1日 - 明祥株式会社（石川県）を株式交換により完全子会社化。
 2007年（平成19年）
 3月20日 - シーエス薬品株式会社（愛知県）、株式会社日本アクセス（東京都）との3社で一般用医薬品・食品卸事業で業務提携。株式会社メディセオ・パルタックホールディングス（現・株式会社メディパルホールディングス）に次ぐ第2の業態卸が誕生した。
 3月30日 - 株式会社小田島を株式交換により完全子会社化。
 10月1日 -シーエス薬品株式会社と株式会社琉薬（沖縄県）を株式交換により完全子会社化。
 10月25日 - 株式会社日立製作所と合弁でグループ内の情報システム業務を行うアルフレッサ システム株式会社を設立。
 2008年（平成20年）
 3月27日 - アポロメディカルホールディングス株式会社（東京都豊島区）の株式を65.9%取得し子会社化。
 6月18日 - 丹平中田株式会社（大阪府）の第三者割当増資を引き受け、同社株式を6.5%取得し筆頭株主に。
 10月10日 - 株式会社メディセオ・パルタックホールディングスと2009年4月1日に合併する基本合意書を締結。。
 2009年（平成21年）1月9日 - 株式会社メディセオ・パルタックホールディングスとの合併基本合意を白紙撤回。
 2010年（平成22年）
 1月8日 - 株式交換によりアルフレッサ日建産業株式会社と安藤株式会社を完全子会社化。
 3月26日 - 株式会社あらた（千葉県）、株式会社日本アクセス、シーエス薬品株式会社、丹平中田株式会社との5社で食品・日用品・一般用医薬品等の卸売事業における業務提携を締結。
 10月1日 - 株式交換により丹平中田株式会社を完全子会社化。
 2011年（平成23年）10月1日 - 
 当社子会社のシーエス薬品株式会社の一般用医薬品等の卸売事業を会社分割により同じ当社子会社の丹平中田株式会社へ事業統合し、丹平中田株式会社はアルフレッサ ヘルスケア株式会社に商号変更。
 当社子会社のアルフレッサ株式会社が同じく当社子会社の安藤株式会社を吸収合併。
 2012年（平成24年）
 2月3日 - 常盤薬品株式会社（山口県。大阪府の製薬会社である常盤薬品工業とは無関係（同社はノエビアホールディングスの子会社））と業務提携。
 10月1日 - 株式交換により常盤薬品株式会社、株式会社恒和薬品を完全子会社化。
 2013年（平成25年）11月28日 - 香川県を除く四国地方で診断薬卸売事業を行う篠原化学薬品株式会社（高知県）と業務提携。
 2014年（平成26年）
 4月1日 - 株式交換により篠原化学薬品株式会社を完全子会社化。
 10月1日 - 
 旧法人から一般用医薬品関連商品の卸売事業を会社分割により分社化して設立した株式会社茂木薬品商会の全株式を当社子会社のアルフレッサ ヘルスケア株式会社が取得して子会社（当社の孫会社）化。
 当社子会社の四国アルフレッサ株式会社の診断薬卸売事業を同じく子会社の篠原化学薬品株式会社へ事業譲渡し、篠原化学薬品株式会社はアルフレッサ篠原化学株式会社に商号変更。
 2015年（平成27年）
 3月26日 - 株式会社ヤオコーから同社の子会社だった株式会社日本アポック（埼玉県）の株式の35%を譲り受け、子会社化。
 4月1日 - 
 当社子会社の成和産業株式会社が同じく当社子会社の常盤薬品株式会社を吸収合併し、成和産業株式会社はティーエスアルフレッサ株式会社に商号変更。
 第一三共株式会社の子会社である第一三共プロファーマ株式会社の秋田工場を株式譲受により当社子会社のアルフレッサ ファーマ株式会社へ継承し、アルフレッサ ファーマ株式会社の子会社（当社孫会社）としてアルフレッサ ファインケミカル株式会社を設立。
 2016年（平成28年）
 4月1日 -
 当社子会社のアルフレッサ株式会社が同じく当社子会社のアルフレッサ日建産業株式会社を吸収合併。
 エーザイ株式会社の子会社であったサンノーバ株式会社（旧法人から吸収分割により事業継承した新法人で、旧法人から社名を承継）を株式譲受により子会社化。
 10月1日 - 当社子会社のアルフレッサ株式会社が同じく当社子会社のシーエス薬品株式会社を吸収合併。
 2018年（平成30年）10月1日 - 当社子会社の株式会社恒和薬品が同じく当社子会社の株式会社小田島を吸収合併し、株式会社恒和薬品は東北アルフレッサ株式会社に商号変更。
 2019年（令和元年）11月27日　- 当社子会社のアルフレッサ株式会社が公正取引委員会から独占禁止法違反の疑いで家宅捜索を受ける。
 2020年（令和2年）
 6月30日 - 株式の追加取得によりアポロメディカルホールディングス株式会社を完全子会社化。
 11月6日 - 当社子会社のアルフレッサ株式会社の子会社（当社の孫会社）であった株式会社中日ファーマシー（愛知県）を現物配当（的確現物分配）により全株式を取得して完全子会社化。
 2021年（令和3年）4月1日 - 
 当社子会社のアルフレッサ ヘルスケア株式会社が子会社（当社孫会社）の株式会社茂木薬品商会を吸収合併。
 当社子会社のアポロメディカルホールディングス株式会社が株式会社日本アポック・株式会社中日ファーマシーを吸収合併し、アポロメディカルホールディングス株式会社はアポクリート株式会社に商号変更。

グループ会社 
医療用医薬品等卸売事業
 アルフレッサ株式会社
 エーエル プラス株式会社
 四国アルフレッサ株式会社
 ティーエスアルフレッサ株式会社
 明祥株式会社
 株式会社琉薬
 東北アルフレッサ株式会社
 アルフレッサ メディカルサービス株式会社
 アルフレッサ篠原化学株式会社
セルフメディケーション卸売事業
 アルフレッサ ヘルスケア株式会社
医薬品等製造事業
 アルフレッサ ファーマ株式会社
 青島耐絲克医材有限公司
 アルフレッサ ファインケミカル株式会社
医療関連事業
 アポクリート株式会社
情報システムの運用・保守および開発事業
 アルフレッサ システム株式会社

不祥事 
当社の連結子会社であるアポロメディカルホールディングス（現・アポクリート株式会社）が運営する「アイランド薬局」の北海道北広島市内の店舗において、厚生労働省北海道厚生局から調剤報酬の不当請求を指摘された後、請求に関係する資料の内容を改竄して虚偽申告し、返金額を減額していたことが2019年6月に判明。アポロメディカルホールディングスの役員による指示があったことが報じられた。この問題を受け、当社で社外の有識者（弁護士）のみで構成された第三者委員会が設置された。同年12月26日に第三者委員会から調査報告書を受領し、調査結果や再発防止の対応策を公表するとともに、アポロメディカルホールディングスと日本アポックにおいては関与した社員及びその監督者に対する社内規定に基づく処分や取締役の異動・辞任・報酬の自主返上が行われた。