December 15, 2014データベースマニュアル   version 1.1東海大学医学部基礎医学系分子生命科学情報生物医学研究室
目次
1. VaDEデータベースとは2. 3. 3.1 VaDEの主要ページとページ間のリンク各ページの説明と検索システムTopページ3.2集団別再現SNPページ全形質関連SNPページ3.3 3.4 3.5 SNP機能情報ページゲノムプラウザページ追加情報4.
1. VaDEデータベースとは
VarySysDB Disease Edition（VaDE）データベースは、さまざまな疾患へのかかりやすさや薬剤応答性などの形質に関わるヒトゲノム多型の情報を、多数の学術論文から収集したデータベースである。近年、多くのゲノムワイド関連解析（GWAS）が実施され、多数の疾患感受性ゲノム多型が特定された。これは医学研究のための貴重なデータであるが、その情報は多数の学術論文に記載されていて、一般の生命科学研究者には利用しづらい状況にあった。そこで、東海大学医学部基礎医学系分子生命科学情報生物医学研究室では、多数のGWAS論文を収集して読み、さまざまな形質を規定するゲノム多型の情報をデータベース化するプロジェクトを2013年から開始した。この成果を以前から構築しているヒトゲノム多型の機能情報を持つVasySysDBデータベースと統合化することにより、VaDEデータベースが生まれた。 VaDEデータベースに格納されているデータは、主にヒトの疾患や薬剤応答性に関わるゲノム多型である。そのほか、身長や体重などの一般的形質に関わるゲノム多型も多数含まれる。これらの多型について、オッズ比やβ値、研究対象の集団、P値などの豊富な情報を提供する。さらに、複数の独立な研究における再現性の有無を評価している。また、SNPの連鎖不平衡やENCODEによる機能情報も統合化した。 VaDEデータベースを使うことにより、信頼性の高い疾患感受性ゲノム多型の情報を容易に検索して取得できる。この情報は、個人のゲノム情報と照らし合わせることにより個人の疾患感受性を予測する研究に使うことができ、将来の予防医療への応用が期待される。このほか創薬や法医学、人類学など幅広い分野に利用可能であり、本データベースの役割は今後ますます重要になるであろう。 VaDEデータベースのアドレスは、http://bmi-tokai.jp/VaDE/である。
2. VaDEの主要ページとページ間のリンク
各主要ページの間にはリンクがあり、(A)人類集団別に再現性のある形質・疾患関連SNPのページから、(B)すべての形質関連SNPの詳細情報、(C)強い連鎖不平衡状態にあるSNP及びその機能情報、(D)ゲノムブラウザへと、段階的により詳細なSNPの情報ページへと移行することができる。
3.各ページの説明と検索システム
3.1 Topページ
【ページの説明】　トップページ(A)では、形質・疾患名、人類集団で絞り込んで集団別再現SNPページへ移動できる。トップページ(B)では、世界地図上の目的の国の上にカーソルを当て選択することにより国名で絞り込んで全形質関連SNPページへ移動できる。なお、検索語句の入力は英語表記のみに対応している（以下同様）。
3.2 集団別再現SNPページ
図3-2 集団別再現SNPページ
【ページの説明】　集団別再現SNPページでは人類集団ごとに独立したサンプル集団を用いた2件以上の研究で、クエリとなる形質・疾患との関連性が報告されたSNPの情報を提供している。画面左側が再現性のあるSNPのレコードであり、左から、形質・疾患、SNPが位置するあるいはもっとも近傍の遺伝子、SNP-アレル、再現性が報告された人類集団とその有意な研究数(GWAS: P値<1.0×10 5、replication study: P値<0.05)となる。これらを選択することで全形質関連SNPページに移動する（次頁)。画面右側が各レコードの人類集団ごとの代表的な研究の詳細情報であり、もっともケース数の多い研究を代表としている。PubMed、dbSNP、SNPedia、ICD-10ボタンにより各サイトヘリンクしている。データの一覧表はCSVあるいはTSVボタンにより、各形式でダウンロードすることができる。 【検索】　形質・疾患名、遺伝子名、rs番号、人類集団名、再現性が見られた人類集団が単独か複数かで絞り込んで検索できる。図3-2は疾患名をRheumatoid arthritis（関節リウマチ)、人類集団名を東アジア人で検索した結果である。
3.3 全形質関連SNPページ
図3-3 全形質関連SNPページ
【ページの説明】　再現性の有無に関わらず、VaDEに登録されている全ての形質・疾患関連SNPの関連解析情報を提供している。画面左側が関連解析結果のレコードであり、左から、形質・疾患、SNPが位置するあるいはもっとも近傍の遺伝子、SNP-アレル、研究対象の人類集団、Ｐ値、オッズ比あるいはβ値、元論文のPubMed IDおよびその論文内で研究結果を得る過程で行われた全ての独立なサンプルを用いた研究のうち有意な研究数（GWAS: P値<1.0×10 5 、replication study: P値<0.05)となる。SNP-アレルを選択することでSNP機能情報ページに移動する（次頁）。画面右側が各レコードの研究の詳細情報である。PubMed、dbSNP、SNPedia、ICD-10ボタンにより各サイトヘリンクしている。データの一覧はCSVあるいはTSVボタンにより、各形式でダウンロードできる。 【検索】　形質・疾患名、遺伝子名、rs番号、人類集団名、P値、オッズ比あるいはβ値、 PubMed ID、国名で検索できる。
3.4 SNP機能情報ページ
図3-4 SNP機能情報ページ
【ページの説明】　クエリとなるSNPと強い連鎖不平衡(LD)にあるSNPとその位置に重なる機能領域の情報を提供している。画面左側がクエリSNPを中心としてLD係数( ² )>0.8にあるSNPsのレコードであり、左から、連鎖しているSNP、クエリSNPからの距離、座標、主要な人類集団(ヨーロッパ人、アジア人、アフリカ人)ごとのr、近傍遺伝子、SNPの位置、及び重なっている機能領域(エンハンサー、プロモーター、DNase  Iまたはモチーフ)である。座標を選択することでゲノムブラウザページへ移動する(次頁)。画面右側は選択したレコードにおけるSNPの詳細情報である。データの一覧はCSVあるいはTSVボタンにより、各形式でダウンロードできる。 【検索】　rs番号で検索できる。また連鎖している他のSNPを選択し、クエリSNPとすることもできる。 【ページの説明】　VaDEに組み込まれたUCSC Genome Browserにより、クエリとなるSNPを中心としたゲノム上での位置関係を提供している。クエリSNPの近傍にあるVaDEに登録された全てのSNP、主要な人類集団（ヨーロッパ人、アジア人、アフリカ人）ごとのLDブロック、遺伝子情報、およびゲノム機能領域を知ることができる。
表3-5-2 Core Marksを用いたRoadmap Project由来のHMMによるクロマチンセグメンテーションゲノムブラウザにおけるクロマチンセグメンテーションの色分けは表3-5-1及び表3-5-2のとおりである。
4.追加情報
VaDEデータベースのより詳細な解説と利用法は、以下の学術論文に記載されている。 Nagai Y, Takahashi Y, and Imanishi T (2014) VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms. Nucleic Acids Research , Database Issue 2014;doi:10.1093/nar/gku1037.また、VaDEデータベースの統計情報については、オンラインの「ドキュメント」ページに記載されている（http://bmi-tokai.jp/VaDE/document/）。問い合わせ等は、下記のアドレス宛にご連絡をお願いします。 vade@ml.tokai-u.jp Copyright 2014 Tokai University School of Medicine