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1．はじめに
•本補助事業は、「ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金交付規程」、 「ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金公募要領」、「経済産業省補助事業事務処理マニュアル」及び「本運営マニュアル」に定めるところにより実施します。 •本運営マニュアルは、補助事業に関する基本的な考え方を示したものであり、状況に応じた適切な考え方に基づいていれば、本運営マニュアルに必ずしも沿わない処理であっても認める場合があります。 •本運営マニュアルに記載のない事項等については、必ず事前に事務局に問合せ、適切な申請書類の作成、経理処理を行ってください。

2．事業の執行スキームと事業の流れ
・本事業は、経済産業省が基金設置法人（一般社団法人環境パートナーシップ会議）に基金造成し、事務局（みずほリサーチ&テクノロジーズ株式会社）が、同法人から事務の委託を受けて、実施しています。 •原則として補助事業は交付決定日以降に開始となります（交付申請日ではありません)。 •補助事業者から事務局に対して書面で申請いただき、承認を受けながら事業を進めていただきます。
3．ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金交付規程の解説•交付規程の主な点（特に重要な部分）について解説すると次のとおりです（下線、網掛けは本マニュアルで示したものです)。不明な点は必ず事務局に問合せください。 (通則)第１条　ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金（以下「補助金」という。）の交付については、独助金等に低る予算の執行の適正化に関する法律（昭和３０年法律第１ ７９号。以下「適正化法」という。）、捕助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行会（昭和３０年政令第２５５号。以下「施行令」という。）、ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金交付要綱（以下「交付要綱」という。）、ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金実施要領（以下「実施要領」という。）及びその他の法令の定めによるほか、この規程の定めるところによる。 (解説) •補助金事業は、「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律」、「補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令」等の法令の定めに従って実施されます。 (交付の目的)第２条　この規程は、交付要綱第２条の目的の達成を図るため、交付要綱に基づき積み増しが行われる基金を管理する一般社団法人環境パートナーシップ会議（以下「E.P.C」という。）の委託により、ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業事務局（以下「事務局」という。人が、平時は企業のニーズに応じたバイオ医薬品を製造し、感染症パンデミック発生時（以下「有事」という。）の際にはワクチン製造へ切り替えられるデュアルユース設備を有する拠点を整備するとともに、ワクチン製造に不可欠な製剤化・充填設備や、医薬品製造に必要な部素材等の製造設備を有する拠点等の整備を促進することで、有事の際に国内でワクチンを円滑に生産できる能力を確保しようとする事業者に対して捕助金の交付を行う事業の手続等を定め、もってその業務の適正かつ確実な処理を図ることを目的とする。 (解説) •基金の委託により、事務局（みずほリサーチ＆テクノロジーズ）が本補助金の交付に係る事務を行います。
(交付の対象及び補助率)
第３条　事務局は、別表１の補助要件を満たす補助対象事業（以下「補助事業」という。）について、事務局に設置された「ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業費補助金審査委員会」（以下「審査委員会」という。）の評価の結果を踏まえて、事務局が採択し経済産業省及び.E.P.Cが承認した補助事業を実施する者（以下「補助事業者」という。..）に対して、補助事業を実施するために必要な経費のうち、別表２に掲げる補助金交付の対象となる経費（以下「補助対象経費」という。）について、ＥＰＣが管理する基金の範囲内において補助金を交付する。ただし、様式第３暴力団排除に関する誓約事項に記載されている事項に該当する者に対しては、補助金は交付しない。補助対象経費は、別表２のとおりとする。 2 ３　補助率は、別表３のとおりとする。 4　令和4年度に採択された事業（以下「1次採択事業」という。）を実施する補助事業者は原則として令和１０年３月３１日、会和５年度に採択された事業（以下「２次採択事業」という。）を実施する補助事業者は原則として会和１１年３月３１日までに補助事業を完了するものとする。なお、事業期間については、新型コロナウイルス感染症の拡大等、国内外における社会情勢の変化に伴う影響やその他やむを得ない事由により延長を行う可能性がある。 5　交付決定の日より前の補助事業への着手（以下「事前着手」という。）は、認められない。ただし、 1次採択事業は令和４年３月３日以降、２次採択事業は令和５年３月９日以降に着手し事務局が承認したものは、事前着手の開始日として認めた日より本補助金の交付の対象とすることができる。 ６　事務局は前項の承認を行う場合には、経済産業省及びＥＰＣの承認を得なければならない。 (解説) ・第１項補助事業者が実施する補助事業は、審査委員会の評価の結果を踏まえて、経済産業省が承認しています。そのため補助事業実施にあたっては、様々な手続きの義務や制約条件が発生することをご理解ください。 •第３項交付申請の際の補助率は採択通知に記載のものを上限とします。 •第４項 2次採択事業の事業完了の期限は原則として令和１０年度末となります。 •第５項　事前着手することができるのは、定められた申請期間中に事前着手承認申請し、承認を受けた補助事業者のみとなります(なお交付決定日前の着手が認められるのは、事業に要する経費の発注・購入・契約等に限ります)。
(交付の申請)
第４条　１次採択事業を実施する補助事業者は様式第１（１次採択事業）による補助金交付申請書、２次採択事業を実施する補助事業者は様式第１（２次採択事業）による補助金交付申請書に加え、それぞれ様式第２による補助事業概要説明書、様式第３による暴力団排除に関する誓約事項及び様式第３別紙１役員等一覧を添えて、事務局に提出しなければならない2　補助事業者は、補助事業を共同して実施しようとする場合は、前項の補助金の交付の申請を共同で行わなければならない。 ３　１次採択事業を実施する補助事業者は原則として令和４年度末までに、２次採択事業を実施する補助事業者は原則として会和５年度末までに第１項の補助金の交付の申請を行わなければならない。ただし、新型コロナウイルス感染症の拡大等、国内外における社会情勢の変化に伴う影響やその他やむを得ない事由が確認できたものに限り、申請期限について経済産業省が必要と認める範囲で期限延長を行う場合がある。 (略) ５　事務局が採択し経済産業省及びＥＰＣが承認した事業者のうち、補助金の交付申請を行わない事業者は、ただちに様式第４による補助金辞退届けを事務局に提出しなければならない。 (解説) •第３項　２次採択事業の交付申請の期限は公募要領に記載の通り、令和５年度末です。 •第５項　基金の有効活用のため、補助事業をとりやめる事業者はただちに辞退届けを提出願います。 (交付決定の通知)第５条　事務局は、前条第１項の規定による申請書の提出があった場合には、当該申請書の内容を審査し、補助金を交付すべきものと認めたときは、経済産業省及びＥＰＣへ事前に報告した上で交付決定を行い、鎌式第５による補助金交付決定通知農を補助事業者に送付するものとする。 ２　前条第１項の規定による申請書が到達してから、当該申請に係る前項による交付決定を行うまでに通常要すべき標準的な期間は、３０日とする。 ３　事務局は、前条第４項のただし書による交付の申請がなされたものについては、補助金に係る消費税等仕入控除税額について、補助金の額の確定において減額を行うこととし、その旨の条件を付して交付決定を行うものとする。 4　事務局は、第１項の通知に隠して必要な条件を位することができる。 (解説) •第１項交付決定通知書の日付が交付決定日となり、原則としてこの日以降から補助事業を開始することができます。 •第２項申請書の内容によっては、交付決定日までの期間は、３０日を超える場合もあります。 •第４項補助事業で取得する財産に担保権（普通抵当権）を設定する場合等は条件が付与されます。なお、担保権（普通抵当権）を設定できるのは、あらかじめ交付申請あるいは計画変更承認申請（第8条）にて担保権設定について申請いただき、承認された場合に限ります。なお、根抵当権の設定は認められません。 (補助事業の経理等)第７条　補助事業者は、補助事業の経費については、帳簿及びすべての証拠書類を備え、他の経理と明確に区分して経理し、常にその収支の状況を明らかにしておかなければならない。 2　補助事業者は、前項の帳簿及び証拠書類を補助事業の完了した日又は補助事業の廃止の承認があった日の属する会計年度の終了後５年間、事務局又はＥＰＣの要求があったときは、いつでも閲覧に供せるよう保存しておかなければならない。 (解説) •第１項　補助事業の経費の区分管理が求められます。 ・第２項　帳簿及び証拠書類をいつでも閲覧に供せるように保存する義務があります。
（計画変更の承認等）
第８条　補助事業者は、次の各号のいずれかに該当するときは、あらかじめ様式第了による補助金計画変更（等）、承認史請書を書務局に提出し、その重認を受けなければならない。 (1) 補助対象経費の区分ことに配分された額を変更しようとするとき。ただし、各配分額の１０パーセント以内の流用増減を除く。 (2)補助事業の内容を変更しようとするとき。ただし、次に掲げる軽微な変更を除く。 ①　補助目的に変更をもたらすものではなく、かつ、補助事業者の自由な創意により、より能率的な補助目的達成に資するものと考えられる場合。 ②　補助目的及び事業能率に関係がない事業計画の細部の変更である場合。 (3) 補助事業の全部又は一部を他に承継しようとするとき。 (4) 補助事業の全部若しくは二部を史此、又は廃止しようとするとき。 (5)その他事務局が必要と定めたとき。 2　事務局は、前項に基づく補助事業計画変更（等）承認申請書を受理したときは、これをあらかじめ経済産業省及びＥＰＣと協議を行った上で審査し、当該申請に係る変更の内容が適正であると認め、これを承認したときは、その旨を当該補助事業者に通知するものとする。 ３　事務局は、前項の承認をする場合において、必要に応じ交付の決定の内容を変更し、又は条件を付することができる。 (解説) •計画変更の手続き開始前に必ず事務局に相談してください。計画変更の要否は基本的に事務局にて判断させていただきます。原則として事前の承認が求められますので、スケジュールに余裕を持って対応ください。 •計画変更において、仕様変更等により補助金交付申請額が減額となって承認された場合、それ以後は当該金額が補助金の上限額に更新されます。 (交付決定時の補助金交付申請額まで再び増額することは認められません。)
（契約等）
第９条　補助事業者は、補助事業を遂行するため、売買、請負その他の契約（契約金額１００万円未満のものを除く。）をする場合は、経済性の観点から、可能な範囲において相見積りを取り、相見積りの中で最低価格を提示した者を選定（一般の競争等）すること。相見積りを取っていない場合、又は最低価格を提示した者を選定していない場合には、その選定理由を明らかにした選定理由書を整備すること。 2　補助事業者は、補助事業の一部を第三者に委託し、又は第三者と共同して実施しようとする場合は、実施に関する契約を締結し、事務局に届け出なければならない。 ３　補助事業者は、前項の契約に当たり、契約の相手方に対し、補助事業の適正な遂行のため必要な調査に協力を求めるための措置をとることとする。 4　補助事業者は、第１項又は第２項の契約（契約金額１００万円未満のものを除く。）に当たり、経済産業省から補助金交付等停止措置又は指名停止措置が講じられている事業者を契約の相手方としてはならない。ただし、補助事業の運営上、当該事業者でなければ補助事業の遂行が困難又は不適当である場合は、事務局の承認を受けて当該事業者を契約の相手方とすることができる。 5　事務局は、補助事業者が前項本文の規定に違反して経済産業省からの補助金交付等停止措置又は指名停止措置が講じられている事業者を契約の相手方としたことを知った場合は必要な措置を求めることができるものとし、補助事業者は事務局から求めがあった場合はその求めに応じなければならない。 6　前項までの規定は、補助事業の一部を第三者に請負わせ、又は委託し、若しくは共同して実施する体制が何重であっても同様に取り扱うものとし、補助事業者は、必要な措置を講じるものとする。 ７　事務局は、第４項の承認に際して、あらかじめ経済産業省及びＥＰＣの承認を得るものとする。 (解説) •第１項　補助事業として経済性が問われます。補助事業者は、原則として３者以上の相見積により価格競争をしたとみなします。また、三者未満の見積となる場合には、遥定理由書の提出が必要となります。 •第４項　補助事業を遂行するための契約（契約金額100万円未満のものを除く）に当たっては、経済産業省から補助金交付等停止措置又は指名停止措置が講じられている事業者（以下「停止措置先」という。）を契約の相手方としないよう、また停止措置先を契約の相手方のみならず、相手方の下請け等、全ての協力事業者から排除することについて、必要な措置を講じてください。最新の停止措置先は、経済産業省ウェブサイトで確認してください。 http://www.meti.go.jp/information_2/publicoffer/shimeiteishi.html (事故の報告)第１１条　補助事業者は、補助事業が予定の期間内に完了することができないと見込まれる場合又は補助事業の遂行が困難となった場合においては、速やかに様式第８による事故報告書を事務局に提出し、その指示を受けなければならない。 (解説) •補助事業者が交付申請書様式第１で記載する完了予定日までに完了しないことが見込まれる場合は、原則としてあらかじめ事故報告書の提出が必要となります。
（状況報告）
第１２条　補助事業者は、補助事業の遂行及び収支の状況について、事務局の要求があったときは速やかに様式第9による状況報告書又は事務局が別に指定した報告書を事務局に提出しなければならなし。 (略) (角字説) •本事業では、半年に１回程度、「進捗状況調査」を実施することを予定しております。調査への回答は必須となりますので、要請があった際には、速やかに調査へと回答してください。 •進捗状況調査では、補助事業の進捗状況に加え、採択通知に記載した付帯事項等の対応状況の確認や、交付規程別表1に掲げる「補助要件」の進捗・整備状況等についても確認する予定です。 ・なお、調査に際し、別途ヒアリング等を行う可能性があります。 (実績報告)第１３条　補助事業者は、補助事業が完了（廃止の承認を受けた場合を含む。）したときは、その日から起算して３０日を経過した日までに様式第１０による実績報告書を事務局に提出しなければならない。 (略) (解説) •補助事業が完了したときは、３０日以内に実績報告書を提出していただきます。別で説明するとおり、事業実施期間中に実績報告、確定検査に向けた書類の整理が必要となります。 •なお、額の確定後（第１５条）であっても、提出済みの実績報告書を補正して再提出いただくことがあります。 (補助事業の承継)第１４条　事務局は、孤助事業者について相続、法人の合併又は分割等により補助事業を行う者が変更される場合において、その変更により事業を承継する者が当該補助事業を継続して実施しようとするときは、矮式第１１による承継承認申請書をあらかじめ提出させることにより、その者が補助金の交付に係る変更前の補助事業を行う者の地位を承継する旨の承認を行うことができる。 (解説) •補助事業を引き継ぐものは、事業承継の手続きが必要となります。この手続きの前に、従前の補助事業者により、計画変更手続きが必要となります。 (補助金の額の確定等)第１５条　事務局は、第１３条第１項の報告を受けた場合には、報告書等の書類の審査及び必要に応じて現地調査等を行い、その報告に係る補助事業の実施結果が補助金の交付の決定の内容（第8条第１項に基づく承認をした場合は、その承認された内容).及びこれに位した条件に適合すると認めたときは、交位すべき補助金の額を確定し、経済産業省及びＥＰＣへ事前に報告した上で補助事業者に通知する。 (解説) ・事務局による現地調査（確定検査）により、はじめて補助金額が確定します。探択金額≥交付決定金額≥確定金額となります。 •確定検査での必要書類や検査項目については、別に説明するとおりです。 •なお、額の確定後、提出された実績報告書の補正を受け、再度額の確定を行う場合があります（再確定)。この際、補助金が過大に支払われている場合は、補助金を返還していただく必要があります。 （交付決定の取消し等）第１８条　事務局は、第８条第１項第４号の補助事業の全部若しくは一部の中止若しくは廃止の申請があった場合又は次の各号のいすれかに該当する場合には、第５条第１項の交付の決定の全部若しくは一部を取り消し、又は変更することができる。 (1)補助事業者が、法令、本規程又は法令若しくは本規程に基づく事務局の処分若しくは指示に違反した場合。 (2)補助事業者が、補助金を補助事業以外の用途に使用した場合。 (3)補助事業者が、補助事業に関して不正、怠慢、その他不適当な行為をした場合。 (4)前各号に掲げる場合のほか、交付の決定後生じた事情の変更等により、補助事業の全部又は一部を継続する必要がなくなった場合。 (5)補助事業者が、別表１に定める不支給要件のいずれかに該当することが判明したとき。 (6)補助事業者が、様式第３暴力団排除に関する誓約事項に違反した場合。 ２　前項の規定は、第１５条に規定する補助金の額の確定があった後においても適用があるものとすね。 ３　事務局は、第１項に基づく取消し又は変更をしたときは、速やかに補助事業者に通知するものとすί (略) 4　ＥＰＣは、第１項の取消しをした場合において、その取消しに係る部分に関して既に補助金が交付されているときは、期限を付して当該補助金の全部又は一部の返還を請求するものとする。 ５　ＥＰＣは、前項の返還を請求するときは、第１項第４号に規定する場合を除き、当該補助金の受領の日から納付の日までの日数に応じて、当該補助金の額（その一部を納付した場合におけるその後の期間については、既納付額を控除した額）につき年利１０，９５パーセントの割合で計算した加算金を併せて当該補助事業者から徴収するものとする。 ６　第４項の規定に基づく補助金の返還については、第１５条第３項の規定を準用する。 ７　事務局は第１項の交付の決定の全部若しくは一部を取消し、又は変更する場合には、経済産業省及びＥＰＣに対して協議しなければならない。 (解説) •第１項　事務局による交付決定の取消し処分が規定されています。 •第２項　交付決定の取消しは、額の確定後（補助金支払後）も実施されることがあります。 •第４項、第５項 取消し処分の際は、支払い済みの補助金及び加算金が請求・徴収されます。 (財産の管理等)第２１条　補助事業者は、補助対象経費（補助事業の一部を第三者に実施させた場合における対応経費を含む。）により取得し、又は効用の増加した財産（以下「取得財産等」という。）については、補助事業の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、補助金の交付の目的に従って、その効率的運用を図らなければならない。 ２　補助事業者は、取得財産等について、様式第１４による取得財産等管理台帳を備え管理しなければならない。 ３　補助事業者は、当該年度に取得財産等があるときは、第１３条第１項に定める実績報告書に様式第１５による取得財産等管理明細表を添付しなければならない。 4　事務局は、補助事業者が取得財産等を処分（補助金の交付の目的に反する使用、譲渡、交換、貸付け、担保に供する処分その他の処分）することにより収入があり、又はあると見込まれるときは、その収入の全部若しくは一部をＥＰＣに納付させることができる。 ５　第１５条第３項の規定は、前項の納付の規定について準用する。 (解説) •第１項補助事業者は補助対象経費で取得した財産等は、事業の完了後も管理し、補助金交付の目的に従って効率的運用を図る義務が発生します。 •第４項補助事業者は取得財産等を処分し収入があるときは、その収入の全部若しくは一部が請求されます。 •「財産処分」とは、以下のような定義がされています。転用:処分制限財産の所有者の変更を伴わない目的外使用。..護渡：処分制限財産の所有者の変更。交換:処分制限財産と他人の所有力る他の財産との交換。貸付け：処分制限財産の所有者の変更を伴わない使用者の変更。担保に供する処分：処分制限財産に対する抵当権その他の担保権の設定。取壊し:処分制限財産（施設（土地を含む。以下同じ。）に限る。）の使用を止め、取り壊すこと。魔塞:処分制限財産...設備に限る...の使用を止め...魔塞処分力る...と... •経済産業省ウェプサイトに、財産処分等の取扱いについて掲載があり、本補助金でもこれに準じた取扱いを行います。参考:「補助事業等により取得し、又は効用の増加した財産の処分等の取扱いについて」 https://www.meti.go.jp/information 2/publicoffer/org daijin kaikei2.html (財産の処分の制限)第２２条　取得財産等のうち、処分（補助金の交付の目的に反する使用、譲渡、交換、貸付け、担保に供する処分その他の処分）を制限する財産は、不動産及びその従物並びに原則、取得価格又は効用の増加価格が単価５０万円以上の機械、器具、備品及びその他の財産とする。 2　前項の財産の処分を制限する期間は、補助金交付の目的及び或価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和４０年大蔵省令第１５号）に定める耐用年数とする。 ３　補助事業者は、前項の規定により定められた期間内において、処分を制限された取得財産等を処分しようとするときは、あらかじめ様式第１６による財産処分承認申請書を重務局に提出し、その承認を受けなければならない。 4　前条第４項の規定は、前項の承認をする場合において準用する。 ５　第２項の規定により定められた期間を経過した取得財産等を処分することにより補助事業者が得た収入については、前項の規定は適用しない。 (解説) •第２項　処分制限期間はそれぞれの減価償却資産の耐用年数となります。 •第３項財産処分をしようとするときは、事前に事務局承認が必要となりますので、計画がある段階で必ず事務局までご相談ください。 •第４項補助事業者は取得財産等を処分し収入があるときは、その収入の全部若しくは一部が請求されます。 （事業継続の状況報告）第２３条　捕助事業者は、補助事業の完了した日の属する補助事業者の会計年度の終了後８年間（補助事業の完了した日の属する会計年度に本事業で整備した施設・設備等を事業の用に供しなかった場合には、事業の用に供しなかった会計年度の期間に加えて、本事業で整備した施設・設備等を事業の用に供した日の属する会計年度の終了後８年間）（以下「報告期間」という。）、補助事業者の毎会計年度終了後９０日以内に補助事業に係る事業継続及び財産管理の状況について、様式第１７による事業継続状況等報告書により事務局に報告しなければならない。ただし、事務局が必要と認める場合には、報告期間終了後も報告を求めることができる。 2　補助事業者は、前項の報告に係る証拠書類を、当該報告に係る会計年度の終了後8年間、保存しなければならない。 ３　事務局は、第１項に基づき補助事業者から報告のあった事業継続等の状況を取りまとめて経済産業省及びＥＰＣに報告するものとする。 (解説) •補助事業終了後、８年間の事業継続等の報告義務があります。なお、報告義務を怠ると、交付規程違反となります。別表１　１．（１）内　抜粋補助対象施設日本標準産業分類（平成２５年総務省告示第４０５号）に掲げる製造業の用に供される施設(解説) ・上記の補助対象施設であることを必ず確認の上、交付申請・実績報告してください。懸念点があれば必ず事務局へご相談ください。別表２　内　補助対象経費の区分及び内容（1）建物取得費　（2）設備費以下のとおりとする。 ①投下固定資産額(地方税法第３４１条に規定する固定資産のうち当該事業の用に供するものの取得等価格の合計額（消費税及び地方消費税を除く。し） ②上記と併せて実施する附帯工事費等(３)システム購入費補助事業の実施に必要なソフトウェアの購入費(解説) ・上記の補助対象経費であることを必ず確認の上、交付申請・実績報告してください。懸念点があれば必ず事務局へご相談ください。また、補助金額は確定検査において改めて精査されますのでご承知おきください。
4．経済産業省「補助事業事務処理マニュアル」の解説と補足
•本補助金の経理処理は、経済産業省「補助事業事務処理マニュアル」（以下、「経産省マニュアル」という。）に準じて実施します。経済産業省HPにPDFファイルが公開されています。 http://www.meti.go.jp/information_2/publicoffer/jimusyori_manual.html ・本補助金特有の事項等については、補足説明します。 •本補助金においては、「経産省マニュアル」のうち、以下の囲み部分を特に参照してください。 •以下では、「経産省マニュアル」（令和４年６月版）について、本補助金向けの解説・補足説明をします（下線、網掛けは本マニュアルで示したものです）。不明な点は必ず事務局に問合せください。ページ数使用目的及び留意事項

II. 事後作業
1．消費税仕入控除税額に係る処理について・・・・・・・・・・ 43 2．財産の管理・処分に係る処理について・・・・・・・・・・・ 44 3．収益納付に係る処理ついて ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 45 4. VAT還付に係る処理について・・・・・・・・・・・・・・ 46
IV。確定検査以外の注意事項
信書の取扱いについて・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・ 47 •以下では、「経産省マニュアル」について、本補助金向けの解説・補足説明をします（下線、網掛けは本マニュアルで示したものです)。不明な点は必ず事務局に問合せください。
使用目的及び留意事項
＜使用目的＞本マニュアルは、補助事業に係る経理処理及び検査等を実施する際に準備しておくべき資料等について、基本的事項を記載しています。本マニュアルを通じ、植助事業の実施者…(以下…[植助事業者]…という。）及び当省の間で、適正かつ効率的な捜査等の一層の実施を期待しております。 (解説・補足) ・「当省」は、「事務局」と読み替えてください。
＜留意事項＞
・補助金の経理処理は、通常の商取引や商慣習とは異なります。（※） •本マニュアルは、経理処理に関する基本的考え方を示したものであり、状況に応じた適切な考え方に基づいていれば、本マニュアルに必ずしも沿わない処理であっても認めることがあります。 •業務日誌等の帳票類の整備、取得財産の管理方法など通常の経理処理とは違った業務管理、経理処理等が必要になります。検査（現地調査）当日になって資料がないということにならないよう、十分注意してください。 ※ •実費弁済の考え方（受益性を排し、補助事業者が実際事業に要した経費を支払います。） ・経費の区分管理（流用制限があります。） ・補助事業とその他の事業との区分管理•時系列での資料整理（いつ行われたのか、日付が確認できるようにしてください。） (解説・補足) •補助金の経理処理は、通常の商取引や商慣習とは異なりますので、十分ご認識ください。 •本補助金は人件費を補助対象とはしませんので、業務日誌の整備は不要です。事務局より指示する資料を整備してください。
I .経理処理のてびき
1．補助事業の経理処理の基本的な考え方＜補助金の定義＞ （略） ＜経理処理の基本ルール＞補助事業の経理処理にあたっては、補助金の交付の対象となる経費を明確に区別して処理することとなります。また、適切な経理処理を行うための各種の制限や、取得した財産の管理方法等、通常の経理処理・業務管理とは異なる部分があるので留意してください。また、検査等により経費の虚偽申告や過大請求等による補助金の受給等の不正行為が判明した場合には、交付決定の取消、補助金の全部又は一部の返還（不交付）命令、加算金の納付、不正内容の公表、補助金の交付停止措置（最大３６ヵ月）、刑事告訴等の処分が科される場合がありますので適正な経理処理を常に心がけてください。補助金の交付の対象となる経費（以下「補助対象経費」という。）は制度により異なるため、交付要綱等により事業開始の段階から、想定される経費が補助対象経費として認められるかどうか十分確認してください。 (略) (解説・補足) •補助金の不正受給のないよう、適正な経理処理を常に心がけていただくようお願いします。牡内の経理担当の体制が不十分な場合は、必ず税理士等とも相談の上、補助事業の経理処理を進めてください。 •本補助金は、公募要領や交付規程で定められているとおり、「建物取得費」、「設備費」、「システム購入費」が補助対象経費区分となります。 •また、建物取得費及び設備費は、「投下固定資産額（地方税法第３４１条に規定する固定資産のうち当該事業の用に供するものの取得等価格の合計額（消費税及び地方消費税を除く。））」が基本となります。 •経費の計上は、交付決定日以降に発生（発注）したもので、事業期間中に終了（支払）したもの※ 1が対象となります。 【※1補助事業における調達の補助対象可否判断例】 o o見積※
注 「検収」とは、納品物が発注した内容に適合するか検査をする行為をいいます。 (解説・補足) •矢印の間が「補助対象期間」です。つまり、補助対象期間の開始が可能となるのは原則として「交付決定日」以降であり、完了の期限は補助事業者が交付申請書様式第１に記載した「事業完了予定日」となります。 •事前着手承認を受けている補助事業者は、事前着手許可日から、発注・購入・契約等の開始が可能となります。 •事業目的に合致した経費であって、当該事業に使用されたことが確認できる資料を整理する必要があります。 (解説・補足) •事業目的は、補助事業者が交付申請書に記載するものです。 •確定検査等を受けるための費用や、事業終了後における実績報告書作成費用、金融機関に対する振込手数料及び為替差損等は原則補助対象とはなりません。ただし、振込手数料を取引先が負担しており、取引価格の内数になっている場合は補助対象として計上することができます。 (解説・補足) •公募要領に記載のとおり、補助事業者の人件費は補助対象外です。取引先負担とした振込手数料を補助対象とする場合は、取引先との書面での取り決めを示していただくことがあります。 •自社調達を行う場合には、調達価格に含まれる利益を排除しなければなりません※2。 【※２補助事業における自社調達を行う場合の利益等排除の考え方】補助事業において、補助対象経費の中に補助事業者の自社製品の調達等に係る経費がある場合、補助対象経費の実績額の中に補助事業者自身の利益が含まれることは、補助金交付の目的上ふさわしくないと考えられます。このため、補助事業者自身から調達等を行う場合は、原価（当該調達品の製造原価なと※）をもって補助対象経費に計上します。 ※補助事業者の業種等により製造原価を算出することが困難である場合は、他の合理的な説明をもって原価として認める場合があります。 (解説・補足) :自社調達を行う事業者は、必ず事務局まで相談し、確定検査までにそろえるべき書類を確認するようにしてください。 •支払の事実に関する客観性の担保のため、支払方法が指定されている場合を除き、原則、支払は銀行振込として下さい。確定検査にあたっては、支払の事実を証明できる証憑類（銀行振込受領書等）を保管・整理してください。また、銀行振込以外の方法で支払を行う場合は、銀行振込同様、支払の事実を証明する証憑類を保管・整理してください。特に現金による支払を行う場合には、支払の事実を証明する証憑類に加えて現金出約簿等の写しを保管・整理してください。なお、現金による支払を行っている場合、その理由を確認する場合があります。 (解説・補足) •補助事業の支払は、補助事業者の口座からの銀行振込みでお願いします。現金の直接手渡しによる支払は原則として認められません。 •確定検査時には、証憑書類の原本も呈示してください。 •支払方法が支払手形に指定されている場合であっても、回し手形による支払については、補助対象経費として認めません。 •海外への外注、設備の調達、海外出張等による外貨の支払の円換算については、当該外貨使用の際の両替レート等を適用する等合理的な方法により計算してください。 •経費の算出過程において小数点以下の端数が生じる場合は、原則切捨てにより補助対象金額として計よしてください。ただし、内規等において端数処理方法を規定している場合には、経済産業省担当職員との協議により計上を認めることがあります。 (略) (解説・補足) •事業完了の期限の制限がありますので、手形による支払は原則控えて下さい。また回し手形による支払は補助対象経費として認められません。 •「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。補助対象経費の計上は、補助対象経費区分ごとに、小数点以下は切捨てとしてください。く事業実施中の留意事項＞補助事業実施中に、当初予定していた事業の取り止めや変更などが必要となった場合、又は、当初予定どおりに事業が進行していない場合等は、補助金交付要網等に則り所定の手続きが必要となります。補助事業者は、補助金交付要綱、公募要領及び本マニュアル等を熟読した上で、不明な点がある場合には経済産業省担当者と緊密に連絡を取り合い、事業を実施してください。 (解説・補足) ・「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。補助事業は事務局に相談・報告しながら進めていただくよう重ねてお願いします。
【確認しておきたいポイント】 •補助事業者は、事業の遂行状況について経済産業省担当者より報告を求められる場合があります。 •重業内容の変更、経費の区分間において交付要細等で定める一定率（10%等）を超過した配分額の変更、又は事業の全部若しくは一部を中止又は廃止をする場合、あらかじめ計画容更承認申請を経済産業省に対して行う必要があります。 •事業が予定期間内に終了しないことが見込まれる場合には、あらかじめ事故（遅延）報告書を経済産業省に対して提出し、指示を受ける必要があります。 •確定検査の際に不明瞭な点や不正経理などの情報提供があった場合（事業終了後も同様）は、補助事業者のみならず補助事業に関係する支出先（従業員、請負先、委託先以降も含む）に対しても調査を行う場合があります。 (解説・補足) ・「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。 •本補助金における計画変更手続き（交付規程第８条）の基本的な進め方、計画変更手続きが必要な例は次のとおりです。必要とされる手続きがあらかじめ行われなかった場合は、交付決定金額よりも補助金額が減額となったり、補助金額の確定が困難になったりする場合があります。またスケジュールに余裕をもって事務局へ相談してください。
※これら以外でも手続きが必要な場合がありますので、必ず事前に事務局にご相談ください。 (解説・補足) •確定検査にむけて、事業実施中から関係書類の作成・整備をしておくことが極めて重要になります。 •事務局は必要に応じて中間検査を行い、事業進捗の確認、検査書類の整備状況を確認します。
く主な対象経費項目及びその定義＞
対象経費として計上できる経費項目は、事業毎に異なります。補助金交付要綱、公募要領及び本マニュアル等を熟読した上で、不明な点がある場合には経済産業省担当者と連絡を取り合い、適切な経費計上に努めてください。
(解説・補足) •「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。本補助金の補助対象経費は多くは委託・外注費に該当しますので、これに準じて書類を整備していただきます。不明点は必ず事務局へ相談してください。
＜実施目的＞有効かつ効率的な経理処理を実施するための前提として、補助事業の開始、実施状況等に係る関係農類が整理されていることが必要です。また、関係書類の適切な整理は、後述する現地調査における迅速かつ適正な検査の実施にもつながります。 ＜具体的実施方法＞ ①関係書類（以下主な関係書類を参照）を時系列に整理・保管してください。 ②整理・保管状況について経済産業省担当職員から指導された場合には、指導内容を記録するとともに、指導に従い整理・保管してください。 (略) (解説・補足) •「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。以下の関係書類は事業期間中適切に保存し、必要に応じ参照できるようにしてください。 ○申請書類関係・応募書類、採択通知・事前着手承認申請書、同承認通知（該当する場合） ・交付申請書、交付決定通知書・計画変更等承認申請書、同承認通知（該当する場合） ・事故報告書、同指示書（該当する場合） ・実績報告書、取得財産等管理明細表（事業完了後速やかに作成いただきます） ・その他、事務局への提出書類（該当する場合） ○マニュアル関係・公募要領、交付規程、経産省マニュアル、本運営マニュアル等
1 1．委託・外注費に関する経理処理
＜基本的な考え方＞
事業を行うために必要な経費の中で、補助事業者が直接実施することができないもの、又は適当でないものについて、他の事業者に委託・外注するために必要な経費（ほかの経費項目に含まれるものを除く。）をいいます（準委任契約、請負契約の契約形態を問いません。）。委託•外注費は、原則として、（仕様→見積→契約•発注→完了報告•納品→検収→支払）の手順によって処理を行ってください。また、設計図面や仕様書及び納品物等により、適正な取引が行われていることを明らかにする必要があります。その業務の内容によって、要した経費の内訳を確認する必要がある場合には、精算条項（支払うべき金額の確定に関する条項※など）を付した上で、契約を締結してください。 (解説・補足) •本補助金の補助対象経費の多くは委託•外注費に相当しますので経理処理はこれに準じて実施します。ただし、上記の経産省マニュアルで記載されている経費は一般的な委託・外注費の例示であり、本補助金の補助対象とはならないものもありますのでご注意ください。く経理処理等のルール＞ •経済性の観点から、可能な範囲において相見積りを取り、相見積りの史で最低価格を提示した者を選定してください。相見積りを取っていない場合又は最低価格を提示した者を選定していない場合には、その選定理由を明らかにした選定理由書を整備してください。 •インターネットやメール等により注文を行い、発注書を取っていない場合には、発注書に代わるもの(電子媒体等の印字したもの）を用意してください。 •納品物は、発注した内容と適合するかどうか確認してください。 ・納品書には、内規等に基づき検収日を記載してください。 •自主事業など当該事業以外に使用することはできません。また、納品物についてはその内容を整理してください。 •取引先への支払は補助事業者の名義で行ってください。 •銀行振込受領書等により支払の事実（支払の相手方、支払日、支払額等）を明確にすること。 (解説・補足) •本補助金の補助対象経費の多くは委託•外注費に相当しますので経理処理はこれに準じて実施します。 •補助事業者は、原則として３者以上の相見積により価格競争をしたとみなします。また、三者未満の見積となる場合には、遥定理由書の提出が必要となります。 (略) (解説・補足) •これは、経産省マニュアルに掲載されている外注費に関する書類のファイリング例です。本補助金については、建物取得費と設備費・システム購入費のそれぞれについて、必要書類を別に説明します。
1 3.実績報告書の作成
＜基本的な考え方＞当該事業の内容、成果及び経理処理等を様式に添って整理します。実績報告書は、交付すべき補助金の領を確定する根拠となる資料であることから、適正に作成することが必要です。く経理処理の実施方法＞ ・交付要綱で定められた様式に従って記載してください。 •事業の内容については、当初計画と照らし当該事業で実施した内容を詳細に記載してください。また、グラフや図表、写真を活用する等事業遂行の経過をわかりやすく記載してください。 •交付申請書で示した事業目標に対する目標達成率について、できるだけ具体的に記載してください。 ・支出された経費区分・種別が交付申請書と整合するよう留意してください。 •交付要網等で定める期限内に提出してください。
く取得財産管理台帳（明細表）の作成＞
補助事業において、単価５０万円以上の施設、機械設備等を取得又は改良等した場合には、取得財産管理台帳（明細表）を整備する必要があります。なお、当該財産の処分制限期間中に、他の目的に使用する場合や譲渡、廃棄をする場合等には、あらかじめ交付行政庁の承認を受けなければなりません。 [作成上のポイント] • [単価５０万円」は、「事業遂行に必要な機能提供が可能な財産１式の価額５０万円」とします（必要以上に分割しない。）。ただし、同単位によることにより構成財産の処分制限期間が異なる場合にはその内訳がわかるように記載します。 •「処分制限期間」は「昭和５３年通商産業省告示３６０号」を適用します。 •補助金により取得した当該財産は圧縮記帳の対象ですが、圧縮記帳する場合には圧縮記帳を行う旨を明らかにします。ただし、当該財産の処分時における帳簿価額については圧縮後の帳簿価額によらす補助金額相当も含めた簿価で算定することとします。 (略) (解説・補足) •実際の補助事業完了後３０日以内に実績報告書の提出をしていただきます。 •「交付行政庁」は、「事務局」と読み替えてください。 •本補助金は圧縮記帳の対象となります。税務上の手続き等については所管の税務署等にお問合せください。く補助金の請求・支払について＞国の支払手続は出納整理期間内（翌年度4月末まで）に全て終了する必要があります。補助金の額の確定通知を受け次第、速やかに経済産業省担当職員に交付要綱等で定める精算払請求書を提出してください。 (解説・補足) ・「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。 •本補助金のスケジュールは先に示しているとおりですので、上記の経産省マニュアルの詰め・支払スケジュールとは異なりますので注意してください。
II.現地調査
1．検査の概要
検査とは、当該事業の適正な執行を確保するための書面検査及び必要に応じて行う現地調査をいいます。書面検査は、検査に必要な書類を補助事業者が送付又は持参し、経済産業省担当職員が検査するもので、また現地調査は、経済産業省担当職員が事業実施場所等に赴き、事業の進捗、購入物品の管理・使用状況、経費の発生状況、書類の整理状況、し、に記載する経理処理の状況等を確認するものです。検査の種類は以下のとおりです。中間検査:当該事業終了前に必要に応じて行う検査で、事業期間中に、経理処理手順や社内統制の体制等を確認することにより、年度末における額の確定行為の負荷の分散及び誤認識、誤処理等の速やかな是正等を目的としています。確定検査：当該事業終了後、実績報告を受けた後において行う検査で、実績報告書に基づき、当該事業の成果、経理処理の反映状況等を確認します。当該検査を以て補助金の額が確定します。その他検査：事業期間終了後、上記以外に必要があると認めた場合に行う検査です。 (解説・補足) 「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。検査には、経済産業省、基金設置法人等が同席する場合があります。
2．検査の着眼点
当該事業の事業計画(事業期間内に開始•終了しているか、補助目的に適合しているか等を含む。)に基づいて行われているかはもちろんのこと、経理処理については以下のことが遵守されているか確認を行います。 ①当該事業に必要な経費か。 ②当該事業期間中に発生、かつ支払が行われているか。 ③他の資金と混同して使用していないか。 ④法合や内部規程等に照らして適正か。 5.経済性や効率性を考慮して経費を使用しているか。 (解説・補足) ・検査には、補助事業者の経理処理について適切に説明できる方（外部の税理士等も可）の同席をお願いしてください。 4．検査の実施に際して中間、確定検査日当日までには、「Ｉ．経理処理のてびき」に基づく書類整理がされていることを確認できるよう、以下のチェックリストで書類の整理状況等を確認してください。また、史間、確定検査において指摘・指導した事項は、経済産業省担当職員と認識を共有し、最終的な額の確定時までに改善する等の措置を講じてください。 ＜検査時の注意事項＞検査は、限られた時間の中で膨大な資料の確認等を行わなければならず、合理的、効率的に行うことが求められます。このため、経理書類の整理、チェックリストによる自主点検の実施等をあらかじめ行い、効率的な検査の実施に努めてください。 (解説・補足) •本補助金のチェックリストは事務局が別に示しますので活用してください。 ・「経済産業省」は、「事務局」と読み替えてください。 ・合理的、効率的な検査の実施にご協力をお願いします。 •事業完了から補助金支払いまでの基本的な流れは下表のとおりとなります。 •交付申請書に記載の完了予定日までに事業が完了することができないと見込まれる場合は、原則としてあらかじめ交付規程第１１条に従い様式第８により事故報告し、事業延長手続きが必要となります。書類整備が不十分であると現地調査後、不備事項を解消するまで多くの時間を有することとなり、補助金額の確定、支払が遅れることとなります。

II. 事後作業
(略)
2．財産の管理・処分に係る処理について
く対象となる場合及び手続きの概要＞補助事業において、単価５０万円以上の施設、機械設備等を取得又は改良等した場合には、補助事業が終了した後も、当該施設、機械設備等（以下「取得財産」という。）を善良な管理者の注意をもって管理し、補助金交付の目的に従ってその効率的運用を図らなければなりません。また、処分制限期間内に取得財産を処分（転用、譲渡、貸付け、廃棄又は取壊し及び担保に供する処分）しようとするときは、あらかじめ大臣の承認を受けなければなりません。 •補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律第２２条•補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令第１３条、第１４条•補助事業等により取得し、又は効用の増加した財産の処分制限期間（昭和５３年通商産業省告示第３ 60号) •補助事業等により取得し又は効用の増加した財産の処分等の取扱いについて（平成１６年６月１０日）
＜具体的処理方法＞
•取得財産等管理台帳を備え管理し、事業の目的に従って効率的運用を図らなければなりません。 •処分制限期間内に取得財産を処分する場合には、承認等の手続が必要であり、処分により収入がある、又はあると見込まれるときは、その収入の全部若しくは一部を国に納付させることがあります。 •処分制限期間内の取得財産を大臣の承認を受けすに処分した場合には、交付決定の取消等の処分が行われる場合があります。 (略) (解説・補足) •「国に納付」は、「基金に納付」に、「大臣の承認」は、「事務局の承認」に、読み替えてください。 ・本補助金で補助対象としている建物は、一般的に減価償却期間は10年以上となりますので、財産の管理・処分に係る処理については、補助事業者内での周知徹底をお願いします。 •また、「１．消費税仕入控除税額に係る処理について」は、消費税を補助対象経費として計上しなければ該当しません。「３．収益納付に係る処理について」は、本補助金は収益納付を課していませんので該当しません。
5．確定検査の必要書類
•検査に必要な書類は、事業実施中から作成・整備を進めてください。检査等により経費の虚偽生生交過太請求等による補助金の受給等の不正行為が判明した場合には、交付法定の取消し、補助金の全部又は一部の返還（不交付）命令、加算金の納付、不正内容の公表、補助金の交付停止措置、刑事告訴等の処分が科される場合がありますので適正な経理処理を常に心がけてください。 •また、これらの書類は検査終了後であっても事務局がいつでも閲覧に供せるよう保存していただく必要があります。 ・書類を整理する上で、特に確認していただきたい点は、以下の通りです。 ①　３者の仕様が同内容で見積依頼されていること②　３者の見積の有効期限内で、遥定あるいは発注行為（契約書を交わす）が行われていること③　３者未満の見積の場合、理由書が適切なこと④契約内容（契約仕様書）が申請書と同じであること、補助対象外経費が計上されていないこと⑤納入場所が原則として補助対象場所であること（契約書や納品書等に明記されていること） ⑥他、日付等を含め適切な事務処理が行われていること
1）申請書類
•原則として、以下の書類の準備をお願いします。検査当日にはこれらの書類以外にも閲覧を求める場合があります。 ・応募書類、採択通知・事前着手承認申請書、同承認通知（該当する場合） ・計画変更等承認申請書、同承認通知（該当する場合） ・事故報告書、同指示書（該当する場合） ・実績報告書、取得財産等管理明細表（事業完了後速やかに作成いただきます） ・その他、事務局への提出書類（該当する場合）
2）チェックリスト
口ワクチン生産体制強化のためのバイオ医薬品製造拠点等整備事業チェックリスト・事業実施中から補助事業者においてチェックし、書類の整理状況等を確認してください。
３）検査用書類とまとめ方
•原則として、以下の書類の準備をお願いします。検査当日にはこれらの書類以外にも閲覧を求める場合があります。
口建物取得費関係
•建物取得費については、取引ごとに原則として以下の順に書類を揃えてください。 ①見積取得のための仕様書（見積依頼時の図面等） ②見積書、相見積書（３者未満の場合は相応の理由書。また１者の場合は価格の妥当性を示す書類。） ③注文書（発注書）及び注文請書　または　工事請負契約書④納品書・完了報告書5検収書(6請求書⑦銀行振込受領書（及び領収書（存在する場合）） •加えて、以下の書類を確認する場合がありますので準備してください。 ・登記簿謄本（全部事項証明書）（補助事業完了日以降に入手したもの） ・抵当権設定契約書（抵当権を設定している場合。抵当権設定が申請どおりであることを説明してください) •設計図書・建築随認史讀書、検査資書•工事写真・作業工程表（着手日が交付決定日より前ではないことを説明してください） ・最終的な見積内訳（これを用いて最終的な補助対象経費を算出してください） ・不動産鑑定書評価書等（中古物件を公的機関以外から購入した場合） •社内決裁資料•入出金伝票等・総勘定元帳、通帳の写し・固定資産台帳（建物取得費が固定資産計上されていることがわかるもの）証憑類は原本をご用意ください。原本のファイリングが難しい場合は、コピーでも構いませんが、検査時には別に原本も示してください。見積書、契約書のベージ数が多い場合は、主要ページのみ抜粋して綴じ、別に参照するようにしてくださ

口設備費・システム購入費関係
•設備費やシステム購入費については、取引ごとに原則として以下の順に書類を揃えてください。また、取得した設備の全体の整理のため、取侵設備—覧表…(設備番号、写真入り)…、設備配置図…(設備番号入り)を用意してください。 ①見積取得のための仕様書（見積依頼時の仕様等） ②見積書、相見積書（３者未満の場合は相応の理由書。また１者の場合は価格の妥当性を示す書類。中古の場合は中古市場の価格の適正性を示す書類） ③注文書（発注書）及び注文請書　または　工事請負契約書④納品書・完了報告書5検収書6請求書⑦銀行振込受領書（及び領収書（存在する場合）） •加えて、以下の書類を確認する場合がありますので準備してください。 ・登記簿謄本（全部事項証明書）（登記している場合。補助事業完了日以降に入手したもの） ・抵当権設定契約書（設備にも抵当権を設定している場合。抵当権設定が申請どおりであることを説明してください) •カタログ等•最終的な見積内訳（これを用いて最終的な補助対象経費を算出してください） ・メンテナンス記録や稼働状況が分かる資料•社内決裁資料•入出金伝票等・総勘定元帳、通帳の写し・固定資産台帳（設備費が固定資産計上されていることがわかるもの） ※設備番号、設備名称は、交付申請書とあわせてください。 ※設備配置図を基に現地確認を行います。計画から変更がある場合は説明を求めます。い。原本のファイリングが難しい場合は、コピーでも構いませんが、検査時には別に原本も示してください。
3）主な事例別の解説
•以下に主な事例別の処理方法を解説します。これらは代表的な処理方法であり、これ以外の処理方法でも認める場合があります。これらの事例に当てはまらない場合や不明点は必ず事務局に確認してく