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6OL .Oをお届けします（2）各機関のコレクションの特色■ リソース関連イベント情報
千葉大学真菌医学研究センター■ リソースセンター紹介 No.13・ȊǷȧȊȫȐǤǪȪǽȸǹȗȭǸǧǯȈž၏Ҿࣇဃཋſ

日本最大の病原真菌、放線菌のコレクションで、世界的にもトップクラスに評価されます。 病原真菌では、約350属、13,000株が保存され、その中には外来性高度病原性真菌 - Coccidioides immitis（第３種病原体）や、Penicillium marneffei, Paracoccidioides brasiliensis,Histoplasma capsulatum といった輸入真菌症起因菌の全菌種、日和見及び新興真菌症原因菌（Candida など）、人獣共通真菌症原因菌（タムシ菌など）が網羅的に収集、保存されています。高度病原性真菌についてはDNAでの提供も行っています。
病原性放線菌では標準株を含む約30属、1,600株が保存されており、全ての Nocardiaの菌種とともに、世界で始めてのゲノム配列決定株( Nocardia farcinica ) も含まれ、またRhodococcus や Gordonia などの関連抗酸菌も保存され、質、量ともに特徴あるコレクションです。

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ナショナルバイオリソースプロジェクト・病原微生物 実施体制
長崎大学熱帯医学研究所

サブ機関

世界的にもユニークな病原性原虫のコレクションです。
原虫の収集、保存、提供事業は米国の保存機関ATCCが実施しているだけで、世界的にも貴重な事業です。本コレクションの特色は、全国関係機関の協力を得て我国全体の保存原虫株の登録がなされていることです。同時に従来のアメリカ・トリパノソーマ原虫の保存の強化、ネパールにおける内臓リーシュマニア原虫株、ネパールやインドネシアでの赤痢アメーバ株やブラストシスティス株のヒトとサルの両者からの分離、収集、提供を行っています。提供先からは興味ある報告が発表されるなど、本事業の目的に向かった着実な成果が出ています。

（1）事業の目的
NBRP参加病原微生物機関は、病原細菌、放線菌、真菌及び原虫の収集・保存・提供体制を整備し、データベースを構築し、バーチャル機構を通して連携強化をはかり、世界的なライフサイエンスや感染症研究に理化学研究所バイオリソースセンター協力し、人々の健康と安心安全な社会を守ることを目指して事業を展開しサブ機関

健康・環境を柱とした、社会および研究ニーズに沿った事業で、BSL２に属する非臨床分離病原微生物を対象としています。病原微生物と系統的に近いが、病原性が低い微生物を収集、保存し、病原微生物の同定、分類などの研究を支援するため、施設内既存や新たに収集保存した微生物のうち、 BSL2とされる菌株について公開、提供しています。特に、Bacillus 属、Pseudomonas 属菌について遺伝子、生理生化学的な高度情報を付加した菌株の保存、提供が推進されています。ています。
NBRP参加の病原微生物の機関は、文部科学省の支援のもとに菌株の収集、保存と提供の事業を通して、日本のライフサイエンス研究の支援(NBRP)を行っています。
以下の事柄にも対応します* 病原性原虫・真菌・細菌等の同定等で困ったら。
* 病原性原虫・真菌・細菌等の貴重な株を発見や開発等しましたら是非、NBRPに寄託を（MTAの締結により皆さんの権利は守られます）。

東京大学医科学研究所

サブ機関①基準株の研究・教育、検査業務への陽性コントロール、 ②社会的に重要性の高い病原細菌、③大学などでの実習・研究のための提供を目的として、事業を行っています。現在保有する約1,500 株は、主要な病原細菌をほぼ網羅したコレクションで、赤痢菌、EPEC, O157などの病原性大腸菌、日和見菌、薬剤耐性菌などの院内感染起因菌、非定型抗酸菌、偏性細胞内寄生菌など細胞性寄生菌、ブルセラ菌、レプトスピラ菌などの人獣共通病原細菌、ヘリコバクターピロリ、ウエルシュ菌などの新興細菌感染症起因菌、 大規模感染症起因菌、またOrskovの病原性大腸菌など国際的に貴重な菌株が含まれます。さらに、基準株として価値のあるゲノム配列決定株の収集も推進しています。

* DNAでの菌株の分譲を望むなら。
* 定年などに伴う菌株の異動についても対応しますので是非、相談して下さい。
* ご不明の点は、以下に問い合わせて下さい。

mikami@faculty.chiba-u.jp

http://www.pf.chiba-u.ac.jp/ࠨࡉᯏ㑐ࠨࡉᯏ㑐㒋ᄢᓸ↢‛∛㒋ᄢᓸ↢‛∛⎇ⓥᚲ
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http://wdcm.nig.ac.jp/byogen/

中核機関

中核機関代表：三上(千葉大）
043-226-2493

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サブ機関ơǐƏǄƏᡫ̮連載(20)

病原性大腸菌、ビブリオ属菌、その他の腸管病原性菌を中心とした標準株と臨床分離株の世界的なコレクションです（データベース入力：8,515株）。国内のアウトブレイク時、あるいは海外旅行者から分離された腸管感染原因菌も多く保存されており、 各菌株の性状、病原因子についての情報も豊富です。
E. coli (EHEC O157:H7)、Vibrio parahaemolyticus (KX-V 237)、Streptococcus pyrogenes (SSI-1)などのゲノム解析株の保存・提供、特許株および論文投稿株の寄託も積極的に進めており、 同時に、レファレンスセンター機能としてのサービスも行っています。

8月号でCMapを紹介しましたが、今回は同じくGMODから提供されているTextpressoを紹介します。Textpressoは論文検索のためのテキストマイニングシステムでWormbase のMuller, Kenny, Sternbergによって開発されました。
Wormbaseでは現在7877 のfull Textと22180 abstractに対して検索可能です。
http://www.textpresso.org/index̲oldsystem.html（注）岐阜大学大学院医学研究科

また、GMODの他のグループも導入しはじめておりTextpressoのトップからはショウジョウバエ, 酵母などのTextpressoにもリンクがはられています。

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サブ機関

Textpressoの検索はgoogleのような一般的なキーワード検索はもちろん可能ですが、あらかじめ「 Textpresso Ontology 」というカテゴリによって論文がマイニングされているのでプルダウンメニューのOntologyの語句を選択することによりそのOntologyに分類されている語句を含む論文を見つけだすことができるという特徴があります。
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現行の「 Textpresso Ontology 」にはBiological Entities（Allelle, Cell or CellGroup, Gene, Cellular Component,Phenotype, Molecular Function など ）とRelationships Between Entities（Action,Association, Biological Process, Effect,①Pathwayなど ）が用意されています。
そのうちCellular Component, Molecular Function, Biological ProcessはGene Ontology Consortium (GO) のデータを導入しています。
例えば、daf-16に関連する遺伝子を調べたいとき、①のようにテキストボックスにdaf-16を入力し、プルダウンメニューに [association] と[gene] を選択してサーチします。
検索された論文のリストは②のように表示されます。

国内最大の病原性細菌基準株保有機関 (20,000株以上) で、ヒトに対して病原性を有する細菌菌種の約80%を網羅しています。
その収集には、無芽胞嫌気性菌、好気性非発酵性グラム陰性、グラム陽性菌群を中心とした菌株と好気性の人動物、 植物の病原菌が含まれ、 多くの基準株も収集されています。 Biosafety level(BSL) 3の35菌種中10 菌種 (580株), BSL 2の約320菌種のほぼ全ての菌種（約9,000株）, BSL1の約600菌種（9,000株）が保有されています。
国立遺伝学研究所
病原微生物プロジェクトのデータベースの作成を担当しており、菌株の保存、提供などにかかわるデータベースの構築に加え、詳細な細菌毒素のデータ公開、また学生、一般人に対象としたO157菌、水虫菌,マラリアなどについてのアニメーションも公開しています。

（③）
②③②のSelectボタン（③）は、
ぞれView Matchへのリンク 、ジャーナルへのリンク 、pubMedへのリンク、Endnote形式での出力に対応しています。
をクリックすると選択された論文がセンテンス毎に表示され、そのとき関連するキーワードはカラーで表示されます。
④の例では、①で選択した[association] としては complex, binding が、[gene]では genes, sod-3, def-2 などが、またキーワードとしてdaf-16がヒットしてセンテンス毎に表示されています。

パラククシジオイデス症の起因菌のキャリアのアルマジェロ) とその起因菌(Paracoccidioides brasiliensis)の形態④（3）ギャラリー
病原真菌・放線菌のギャラリーも研究、教育に自由に利用できるよう順次公開されていますので是非ご覧ください。

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（4）事業の広報

この様なテキストマイニングによる検索方法はこれからの膨大な情報の検索に大いに役立つと思われます。当研究室ではイネのデータベース(Oryzabase) をサービスしていますが、その中の論文検索のひとつとしてこのTextpressoの採用を考えています。
（ 土屋里枝 ）病原微生物プロジェクトの関連研究者への広報の目的で、平成18年度は、第13回日本微生物資源学会、第9回千葉大学真菌医学研究センター国際シンポジウムの２つのシンポジウムを開催し、好評を博しました。

（注）現在のWormbaseのtextpressoは、オープンソースで提供されているversionより新しいものです。

編集後記：2006年のBioResource Now! は病原微生物リソースご担当の三上先生に締めくくっていただきました。病原微生物の研究は、平和と安全を支える要であり、わが国の強い分野であります。千葉大真菌医学研究センターのWebギャラリーもおすすめです。
12月にはNCBIがdbGaPという疾病のデータベースをリリースしました。
現在は眼の疾病とパーキンソン症候群についておよそ3000件が収録されており、研究者だけではなく一般の人にとっても役立つ情報を公開しています。日本語版も欲しいところですね。
来年も皆様にとって良いお年であります様に。
（Y.Y.）

第9回千葉大学真菌医学研究センター国際シンポジウムでのNBRPのポスター展示（5）将来の展開
ゲノム解析菌、外来性病原微生物株及び疫学研究用微生物株の充実、遺伝子ライブラリーの構築、遺伝子情報の蓄積、培養系、非培養系による遺伝子同定診断法の開発及び一般啓蒙と教育の充実をはかる所存であります。■

連絡先 : 〒411-8540

静岡県三島市谷田1111

国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報総合センター
パソコンにURLをTEL : 055-981-6885 (山崎)
送信するのにE-mail : BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp
お使いください。

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