BioResource now !
Vol.5 (4) 2009

Issue Number 5 April 2009

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ニュースレターのダウンロード先 (PDFファイル)

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

バイオリソース情報

NBRP
SHIGEN
WGR
JGR

海外ホット情報 No.27

MTAの複雑性の回避とMTAサーベイ

http://www.nbrp.jp/
http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

鈴木 睦昭 国立遺伝学研究所知的財産室 室長

お知らせ

連載

ヒトiPS細胞とヒトES細胞のバンク事業を開始しました。
・簡易ガラス化法の技術研修会の開催

べんの博士のうんちく講座 第4回(詳細はこちらからご覧になれます。 http://www.nbrp.jp/)

子供の腸内細菌はどのようにして出来上がるのか？

日程 ：４月10日(金), 24日(金), ５月８日(金), 15日(金), 22日(金), 29日(金),６月５日(金), 19日(金)時間 ： 午後1時から4時まで
場所 ： 理化学研究所バイオリソースセンター細胞材料開発室

海外ホット情報 No.28

ヒト多能性幹細胞の培養・解析の標準化レクチャーシリーズ 第1回

3rd International Biocuration
Conference 報告

日程 ：2009年 ６月25日(木) 11：00 - 17：30
場所 ：理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター C棟１階オーディトリアム

「 Xeno-Free培養 」 -- 応用に向けた展開、課題と検証 --次号予告！
来月のテーマは、「ウズラ」です。

日本実験動物学会機関誌 Experimental Animals の58巻2号（2009年4月上旬発行）から NBRP動物リソースの連載が始まります。

海外ホット情報 No.27

NIHファンドとの関連、UBMTA/SLA※の使用の関連、研究内容での状況を区別すべきである意見など会場を含め盛んに討論がなされた。

MTAの複雑性の回避とMTAサーベイ－AUTM2009年会MTA分科会－
鈴木 睦昭

国立遺伝学研究所知的財産室 室長

さらに Esther Ally (St. Jude Childrenʼs Hospital)は
MTAの取扱い件数が1995年は年間200件であったが、2007年は年間 800件と増加しているなかで、取扱いを一人で行っている現状を報告、 Addgene, NCI, MMRRC のよ
うな、WEB上でクリックするだけで、紙の書類も署名も必要がな く M TA が 締 結 可 能 な シ ス テム（ C l i c k - t h o u g hagreements）
が今後 MTAの新しい枠組みとして必要である点を指摘した。参加者よりMTA違反の可能性、
UBMTA/SLA※の使用についての討論がされた。

米国の AUTM（Association ofUniversity Technology Transfer
Managers: 大学技術移転者協会）の年会が2009年2月11〜14日フロリダ州オーランドで開催された。そのなかで有体物移転同意書MTAに関する SpecialInteresting Group（MTA-SIG: MTA分科会）について報告する。
写真：会場の様子（マリオットホテル、オーランド）“私は敵を見たよ、それは我々だった。”という進行役のBrian Clark（City of Hope）の言葉から始まった。
すなわちMTAを複雑にしているのは、結局大学関係者ではないだろうかという問題の指摘である。現在アカデミア間ですらMTAが複雑になっていることから、新しい枠組みの必要性が指摘され、その解決方法の糸口としてアカデミア機関のMTAに対する調査（ＭＴＡサーベイ）が報告された。

次に Laurie Tzodikov (Princeton), Steve Harsey(University of Wisconsin), Allyson Best(University ofMississippi)らにより、進められている MTAサーベイについて報告があった。
これは AUTM のアカデミックメンバーを対象に、MTA の処理量、対応人数、該当部署、処理方法の複雑さ、各機関の運営方法を調査し、MTA の全体の執行数や処理時間を明らかにし、重要な項目･条件を明らかにすることを目的とする。
すでに、58大学で聞き取りを行ったが、それぞれが違う方法で MTAの運営を行っていた。MTAサーベイは今回の年会で承認され正式に開始する。

Jodi Hecht(Beth Israel Deaconess Medical Center)
は、年間300通の MTA を処理している。近年アカデミック間の MTAに、非独占の商業利用のライセンスを含むことがトレンドとなっており、この増加を引き起こしているものは、特許のある有体物、ライセンスされた有体物の存在もあるが、より広い範囲で保護される言い回しに、大学の法務担当がこだわる点を指摘した。
さらに、アカデミアのＭＴＡの実例として、「マテ
リアル使用で生まれた発明について、その発明が特許性がなくても、提供者がサブライセンス付の全世界における独占ライセンスを受ける権利を持つ」とした知財の条項は、受領者側の発明に対する多くの権利の提供を義務づけた条項であり、問題があると指摘された。

ＭＴＡは生産性・重要性の認識が低いことから課題も多く、例えば大量のＭＴＡ処理や知財条項のネゴシエーションを少ない人数で行わなくてはならないことなどの問題点は今でも討論が続いている。UBMTA/SLA※などの統一方式はあるが、すべては解決されていないのが現状である。WEBベースの MTAに関しても、実際の導入に関しては、まだまだ課題が多い。
今回のMTAサーベイによって実際の実体調査をすることにより、課題解決に向けての前進を期待する。
■1※UBMTA ： Uniform Biological Material Transfer Agreement※SLA ： Simple Letter Agreement

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連 載 べんの博士のうんちく講座 第4回

そこで、新米ママの関心は、何を飲ませるかでしょう ----------母乳か、粉ミルクか、または、混合乳か。母乳で育てられた赤ちゃんはミルクで育てられた赤ちゃんより、消化不良症や腸内感染症、かぜにかかりにくく、たとえかかっても死亡率が極めて低いことがよく知られています。母乳で育てられた赤ちゃんのウンチは、卵黄色でにおいが少ないのですが、粉ミルクで育てられた赤ちゃんのウンチは黄褐色で、母乳の赤ちゃんに比べて強いにおいを持っています。腸内細菌を調べると、母乳、粉ミルクのどちらで育てられた赤ちゃんも同じように、ビフィズス菌が優勢ですが、他の腸内細菌とくに、大腸菌や腸球菌、クロストリジウムなどが母乳の赤ちゃんでは少ないのです。

子供の腸内細菌はどのようにして出来上がるのか？
自然分娩ならば、産道にいる細菌が汚染されたり、ウンチまみれで生まれたならば、腸内細菌も汚染してしまいます。
もし、母親のウンチに接触しようものなら、その人の一生の腸内環境を決定付けることになります。
つまり、母親の腸内で悪玉菌が優勢であれば、生まれた子どもは、悪玉優勢の腸内環境になる可能性が高いということです。
もちろん、生育後の食餌によって、腸内環境を変えることも可能ですが、生まれ落ちた瞬間に感染した腸内細菌に左右される傾向があるのです。

将来、どのような食生活を送るかによって、腸内の環境は変わり、腸内細菌も変化します。
しかし、のちのちの腸内環境の変化にも増して、最初にどのような菌を大腸にもつか、最初の手持ちの菌によって、腸内環境の一生が左右されていくと言っても過言ではありません。生まれた子どもにいい菌を引き継ぎ、その菌が将来育つためにも、妊娠・出産時期の母親の腸内環境は非常に大切であるのです。
「あなたのウンを、いや違った、ウンチを子どもに引き継げますか？」
私は、声を大にして、若い女性たちに訴えたいのです。

新生児の大腸には、ある特定のクロストリジウムが多いのですが、生まれた時のクロストリジウムの伝播程度によって、様々な疾患発症の可能性があると考えてもいいでしょう。
そうした母子の垂直感染を考える時、現代の若い女性のウンチの状況をみると、ほんとうにぞっとします。女性の皆さん、あなたのウンチは、あなたの体だけに悪いのではありません。
もし、子どもの生むのなら、その子どもにも同じだけ悪いのです。

海外ホット情報 No.28

Conferenceはセミナーとワークショップ、ポスター発表で構成されていました。
日々大量に増える研究成果の論文から有用なリソースを意味づけし、ＤＢ化していく事が人手だけによるアノテーション
では無理がでてきているという話題が多く、有効なツールの紹介が多くありました。私はイネの textpresso を構築することに携わっていますが、セミナーの発表で wormbase(c.elegans のメジャーなＤＢ)のアノテーションにtextpressoが有用に活用されている発表があり、今は abstract のみの構築ですが、これから続けてフルテキストを入れ込み有用なツールにしたいと思いました。
また、GO term付きで遺伝子や論文を検索できるサイト
GoGene（http://www.gopubmed.org/gogene/）
や、ゲノムアノテーションの為の sangerセンターの提供する javaアプリケーシ
ョンの Artemis は DNA sequence、Genbank,Embl, DDBJエントリーファイルを簡単に読み込み、ゲノムを可視化し、それらをインタラクティブに操作しアノテーションが可能なツールで、どれも初めて知りとても新鮮でした。
(土屋里枝)

3rd International Biocuration
Conference 報告
April 16 - 19, Berlin, Germany
データベース（DB）関係者が200名以上（日本人11名）も集い、curationの量と質を高める方法を熱く議論した3日間でした。特に論文からの情報抽出はマニュアルでは全く追い着かず、機械学習では期待する質が得られません。
これを会場解決するには論文投稿時に著者が直接 (Seminaris CampusHotel Berlin)DBに登録をする仕組が理想ですが、これまでなかなか実現しませんでした。今回 FEBS Letter と Plant Physiology の2誌がMINT と TAIR にそれぞれ協力して著者によるDB登録を開始したという報告があり、大きな一歩を感じました。 またOxfordJournal から新ジャーナル"DATABASE"[1]発行のアナウンスもあり、DBやcurationに対する認識の高まりを嬉しく思いました。最後に curation error に関する激しい議論もあり、curation peerreview の必要性も指摘されました（Cusick 2008[2]）。紹介された様々なDBと有用なツールに刺激を受け、関係 者との情 報 交 流も十 分できて実りの多いConference でした。
口頭発表およびポスターの内容はnature.proceding[3]から公開されています。
ポスターセッション（山崎由紀子）ベルリンの壁

BioCuration Conferenceには今回が初めての参加でしたが、各 国のC u r a t o rやＤＢ開 発 者の熱 気 が 感じられる刺 激 的なConferenceでした。各担当者が質の高いCurationデータを維持・提供するために様々な努力を行っていることが感じられました。
エンドユーザからのアノテーションの投稿を得るために、使いやすいツールの開発も行われていました。
ツールはシンプルなほど投稿のハードルは低くなりますが、項目を減らせばその分データの品質低下につながるので、両者のバランスが難しいと感じました。
また、
エンドユーザからの投稿を得るのが難しいという実務者の声も聞こえてきました。 実際に論文を書いた研究者による投稿があれば理想的なのですが、投稿者のメリットが感じられず、投稿数が増加しないのが現状かもしれません。
今後は投稿者の論文をＤＢのトップページに大きく掲載する等、投稿を促す仕組みを確立するのが重要だと思いました。 （坂庭真悟）の様子[1] http://database.oxfordjournals.org/[2] Science 2008, 322(5898):104-10[3] http://precedings.nature.com/collections/biocuration-09

私は本Conferenceに初めて参加しました。
まず、驚いたことは日本では余り会うことがないアノテーションに関わっている人達の多さです（＜200名）。また私のような年配の女性も多く、あちこちでコミュニケーションをとっている姿が印象的でした。

ブランデンブルグ門

会議の様子

連絡先

編集後記

鈴木先生にMTAに関する世界の動きを紹介していただきました。
特にアカデミア機関にとってMTAは未だ歴史の浅い仕組みです。各機関の試
行錯誤を通して知恵を出し合い理想的なMTAを作り上げていく過程を垣間見せていただきました。Biocurationも同様で、何か新しい仕組みを作り上げるためには、辛抱強さと、勇気と、本質を曲げない柔軟な思考が大切なのではないかと感じています。
（Y.Y.)〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 (山崎)E-mail brnews@chanko.lab.nig.ac.jp

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