"IO2ESOURCE NOW  6OL  䎭䏘䏏䏜䎃䎕䎓䎓䎙#HN3DRNTQBDMNV6OL .O をお届けします#HN3DRNTQBDMNV

私が初めてPlant Ontology (PO) の存在を知ったのは、今年の１月に■ リソース関連イベント情報

米国カリフォルニア州サンディエゴで開かれたPlant and Animal Genome■ 海外ホット情報 No.12
・Plant Ontology Annotation Camp/ Workshopへの参加
ᠾಅȷ᫢Լငಅ২ᘐዮӳᄂᆮೞನųௐ೔ᄂᆮ৑ųᕲʟųී

XIV Conference での Gene OntologyのWorkshopで国立遺伝学研究所・■ 海外ホット情報 No.13
・第3回GOアノテーションキャンプ参加報告ていますが、最近になってリンゴやブドウなどの果樹で大量のESTが公開さ■ じょうほう通信 No.15
・Google Analyticsについてし、同じ果樹であっても、それぞれのESTが由来する組織や時期の記述方法

生物遺伝資源情報総合センターの山崎由紀子先生の講演を聴講したのが最初でした。 私はカンキツのEST大量解析とそのデータベース化を担当しれるようになり、果樹間の比較ゲノムに興味をもつようになりました。しかは必ずしも統一されていないため、 樹種をこえたESTの比較をする場合には、何か工夫が必要だと考えていました。そのような時に、山崎先生の講ẮỉἝἷὊἋἾἑὊỉἒỸὅἿὊἛέ 3')ἧỳỶἽKWWSZZZVKLJHQQLJDFMSVKLJHQQHZVQHZVMVS

演 を 聴 い てP O に 興 味 を 抱くように なり、先 生 の 紹 介 によってP l a n t
Ontology Annotation Camp/ Workshopに参加することになりました。

ἢỶỼἼἏὊἋऴ‫إ‬ỊˌɦỉἇỶἚẦỤắᚁỆễủộẴẇ
Workshop :1%53KWWSZZZQEUSMSLQGH[MVS

初日の午前中を除いて、この部屋で参加者のプレゼンテーションが行われました。
また、参加者には1台ずつPCが割り当てられて、POのアノテーションを行う演習も行いました。

6+,*(1‫ޓ‬KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSLQGH[MDKWP:*5‫ޓޓ‬KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSZJU
-*5KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSZJUMJUMJU8UO/LVWMVS

詳細はこちらからご覧になれます
http://www.nbrp.jp/

リソース関連イベント情報

このCamp / Workshopには、主催者である Plant Ontology Consortium（POC）のメンバーの他に、イネ，コムギ，オオムギ，トウモロコシ，ソルガム，トマト，カンキツで遺伝子データベースを作成している約10名の研

9月25日 -27日 ：[ 日本遺伝学会第78回大会 ] 会場：つくば国際会議場
パネル展示：9月25日(月) - 27日(水)シンポジウム：9月27日(水)13:00 - 18:00

究者が参加しました。イネ科の植物を扱うメンバーが多いのは、POの関係者にイネ科植物の比較ゲノムデータベースであるGrameneのメンバーが多いためです。POCが開催する Camp / Workshopに、カンキツのよう

10月28日 (土）9：00-11：00：[ラット生殖技術の進歩 ] 会場：京都テルサ テルサホール
京都市南区新町九条下ル 京都府民総合交流プラザ

な双子葉植物を扱っている研究者が参加したのは初めてということで、たいへん歓迎していただきました。日本からは、私のほか農業生物資源研究所の菊池様と永田様が出席されました。

大学の周辺 :

ෙ‫ٳ‬țȃȈऴ‫إ‬1R

大学のあるIthaca市は人口約３万人の小さな町です。Finger Lakesの１つCayuga Lakeに面していて、まさに森と湖に囲まれています。湖の周りにはたくさんのワイナリーがあるとのことです。

3ODQW2QWRORJ\$QQRWDWLRQ&DPS:RUNVKRS߳ߩෳടᠾಅȷ᫢Լငಅ২ᘐዮӳᄂᆮೞನųௐ೔ᄂᆮ৑ųᕲʟųීCamp / Workshopは、初日の午前中にコーネル大学農学部の Emerson

米国ニューヨーク州イサカ市にあるコーネル大学で2006年5月30日Hallで、ミズーリ大学の Kellog 博士による植物の comparative morphology

から6月1日までの3日間開催されたPlant Ontology Annotation Camp/と、コーネル大学の McCouch博士による comparative genomics、および今Workshop に出席しました。コーネル大学は広大なキャンパスに趣のあ

回の Camp/Workshopの主催者である Jaiswal博士による Plant Ontology

る校舎が点在し、さまざまな植物が植栽された美しい大学でした。またの利用法についての公開講演で始まりました。午後からは、Bradﬁeld Hall大学のあるイサカ市はまさに森と湖に囲まれたすばらしい環境の中にあのコンピュータ室に移ってWorkshopが行われました。Workshopは参加者りました。

全員が順番にそれぞれの研究内容についてプレゼンテーションとその質疑応答を行うセッションと、論文を読んで植物の遺伝子やESTが由来する
コーネル大学 :cDNAライブラリにPOの２つの要素である plant structure とplant growth

日本の大学しか知らなかった私は大学の広大さと建物が立派なことに驚きました。大学構内には、小さな湖と川、滝があります。

and development stages を割り当てる演習とが交互に行われました。

3ODQW2QWRORJ\&RQVRUWLXPKWWSZZZSODQWRQWRORJ\RUJ"IO2ESOURCE NOW  6OL  私の場合は、カンキツの遺伝子に PO を割り当てる演習を行いましたが、ෙ‫ٳ‬țȃȈऴ‫إ‬1R

その作業は容易ではありませんでした。その理由のひとつには、PO がこれまで、イネ科植物を中心としてtermが整備されてきたこともあり、カンキツのような木本性の多年生植物にPOを適用した例が少ないことがあります。

╙࿁*2ࠕࡁ࠹࡯࡚ࠪࡦࠠࡖࡦࡊෳടႎ๔

もうひとつは私の場合、カンキツの structure について園芸学的な名称はဃԡऴ‫إ‬ȷ&&$,ᄂᆮǻȳǿȸᢡˡऴ‫إ‬Ўௌᄂᆮܴ‫௶ٻ‬ɟ

知っていても、POのplant structureで割り当てるべき植物の形態学的な用

今年で3回目の開催となるGO（ジーンオントロジー）
アノテーションキ

語の知識に欠けていたことがあります。 例えば、カンキツの果皮の内側のャンプにイネアノテーションプロジェクト（RAP）の代表として参加しました。開催地は前年と同様に米国カリフォルニア州スタンフォード大学、今年はキャンパスの中心部に程近いトレシダーユニオンにて7月12日から14日までの計3日間行われました。参加者は欧米からが中心で約50人、Chair Person は当地スタンフォード大学の SGD（Saccharomyces
Genome Database）
シニアサイエンテフィックキュレーターである Karen
Christieさん、内容は「GO概要レクチャー」と「（論文を実際に読みながらの）GOアノテーション実習」の2つをカバーしたものでした。
初日の「GOアノテーション実習」
では、2報の論文を読みながら論文内に記載されている遺伝子に GO term と Evidence Code を付与する作業を全員参加で行いました。2日目と3日目は5, 6人のグループに分かれて合計10報の論文に対してこの作業を行い、その後全員でディスカッションをするという内容でした。
率直な感想としては、レクチャーと実習を通してGOアノテーションの大筋は理解できたけれど実際に GO term と Evidence Code を正しく付与していくには多少の慣れが必要と感じました。加えてGOは言語と密接に関係したフレームワークであり、英語がネイテイブではない日本人にはまた違った難しさがあるようにも感じました（今回は日本からの参加者は私だけでした）。

白い綿状の部分を園芸学的にはalbedoと呼びますが、plant structure のtermとしては、mesocarp（PO:0009087）を割り当てなければならないということなどです。plant growth and development stages については、さらに問題がありました。 例えば、 イネの場合ですと開花後の日数で種子のplant growth and development stage がほぼ特定できますが、カンキツ
果実の場合は品種間差異が大きく、日数と発育段階の関係が一様でないということがあります。現在、POCのJaiswal博士をはじめ、国内のカンキツの研究者に質問をしながら、カンキツ果実の発育についての知見を収集して整理を進めています。

経済栽培されている果樹には果実の肥大や糖の蓄積など共通の特徴があって、分類学的な距離を越えて、果樹共通の遺伝子群が存在するのではないかと想定されます。一方、前述のように、最近、カンキツ，
リンゴ，ブドウなどの果樹でも大量のESTが国際塩基配列データベースから公開されるようになりました。これらのESTについて、Plant Ontology によるアノテーションをきちんと行って、 plant structure と plant growth anddevelopment stages を考慮しながら、発現遺伝子の比較を行うことができれば、果樹特有の遺伝子群の解明や果樹の栽培化についての遺伝子パロアルトのダウンタウンでの夕食や、レベルでの理解が得られるのではないかと期待しています。■

毎朝各人が数分ずつ自由に話のできる自己紹介の時間もあり、GO以外の話題での参加者間の交流も盛んにおこなわれました。

McClintock Shed

参加者の大部分はモデル生物データベースのアノテーターやキュレーター

トランスポゾンの発見により1983年にノー ベ ル 生 理 学・医 学 賞を受 賞した
Barbara McClintockがトウモロコシ畑の調査にために使用していた小屋の前で記念撮影をしました。

で、海外の様々なデータベースで活躍している多くの方と交流を深めることができ、そういった面でも大変有意義な3日間となりました。スタンフォード
大学のインフラは大学関係者のみならすビジターに対しても至便で、無線LAN利用可能な大学のゲストハウスでの滞在は快適なものでした。

※ 集合写真は http://www.geneontology.org/photo̲GO̲Annotation̲Camp̲20060714.shtml からご覧いただけます。

ơǐƏǄƏᡫ̮

連載(14)ß*RRJOH$QDO\WLFVƴƭƍƯà

世の中には便利なウェブサービスが次々に登場して
い ま す 。今 回 は 数 多くの サ ー ビ ス の 中 からG o o g l eAnalyticsを紹介したいと思います。
自分のサイトをお持ちの人はご存知かもしれませんが、これはGoogleが提供するウェブ解析ツールです。
サイトを運営している方にとっては、ユーザの行動を把握することによって、ユーザがサイトに満足したのか、そうでないのかを知ることが出来ます。解析結果はサイトを修正, 改善していくための有用な情報となります。
Google Analyticsは大変多機能であり、個人のサイトはもちろん、小,中規模なサイトに対しても対応できると思われます。主な特徴として、以下のような点を挙げることが出来ます。

ここまで読まれた方はぜひ Google Analytics を使ってみたいと思われたかもしれませんが、直ぐにはこのサービスを使用することはできません。
人気が集中しているために、まずは次のURL(http://www.google.com/analytics/ja-JP/sign̲up.html)に移動して氏名, メールアドレスを入力し、Googleから招待のメールが届くのを待つ必要があります。
そしてメールが届いたら、Googleアカウントを持っていない方は次のURL(https://www.google.com/accounts/NewAccount)にてアカウントの作成を行います。アカウントを持っている方は次のURL(https://www.google.com/analytics/home/)にて招待コードを入力します。
続いて「アカウントの作成」ボタンを押して、自分のサイトのURL, アカウン
ト名, タイムゾーン, 姓名, 電話番号, 国または地域などを入力します。その後ユーザ契約に同意し、トラッキングコード(訪問ユーザの行動を追跡するために必要なコード)を自分のページのソースに追加して準備は終了です。1時間ほど待っていると、アクセス解析のためのデータが受信されるようになり、ユーザの行動を逐一把握できるようになります。

無料で利用でき、簡単に導入できる解析の結果をグラフィカルに表示してくれるために、一目で把握できる
訪問したユーザが自分のサイトに、どの地域からアクセスしたのか把握できる
訪問したユーザが自分のサイトから、どんな他のサイトに移動したか追跡できる

生物遺伝資源情報総合センター 系統情報研究室

連絡先 : 〒411-8540

編集後記：今月は、折よく２つのオントロジーキャンプの話題を提供することができました。藤井様、大柳様には貴重なご報告文をお寄せいただきまして本当にどうもありがとうございました。
日本のバイオオントロジーコミュニテイが少し大きくなったように感じました。
（Y.Y.)

木村

静岡県三島市谷田1111

国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報総合センター
TEL : 055-981-6885 (山崎)E-mail : BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp

パソコンにURLを送信するのにお使いください。

※ NewsLetterに掲載されているあらゆる内容の無断転載・複製を禁じます。すべての内容は日本の著作権法、及び国際条約により保護されています。

学