BioResource Now ! Vol.7 No.6

BioResource Now !
Issue Number 7June 2011

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。
情報センター
便り
じょうほう通信No.58

菅原秀明 国立遺伝学研究所

2012 年から GBIF（地球規模生物多様性情報機構）は第３期へ ( 後編 ) P1 - 2
Windows7 と IE9 を使ってさらに便利に

P2

情報センター便り（地球規模生物多様性情報機構 は第３期へ2012 年から GBIF
GBI （地球規模生物多様性情報機構）

＜後編＞
後編＞

国立遺伝学研究所 特任教授 菅原秀明

日本 GBIF ノードは何をしているのか
2）GBIF ポータルサイトの運用
GBIF ノードの第２の役割は、それぞれの国や地域に適合した情報提供システムを用意し、生物多様性情報の利用を促進することである。遺伝研では GBIF 日本ポータル
サ イ ト（http://www.gbif.nig.ac.jp/）を 運 営
して、前号 項目１）に対応する GBIF デー
タ公開支援、和名による GBIF 検索機能、生物多様性に関連する論文やイベントの紹 介、国際動向の紹介、国内活動の紹介、有用リンク集などを提供している。有用リンク集では、247 サイトについてタグと簡潔な説明文を付している。
GBIF ポータルサイトではまた、遺伝研、東大ならびに科博が 2006 年から毎年共催してきた「21 世紀の生物多様性学シンポジウム」の講演資料も公開している。
講演スライド2006 年 生物多様性インフォマティクスを創出する
2007 年 生物多様性インフォマティクスを創出する 2
2008 年 環境・生物多様性関連の大規模情報ネットワークの構築と利用
2009 年 生物分布情報から探る生物多様性- 観察情報の集積とその利用
2010 年 生物の学名と和名は何故ややこしいのか- 生物多様性情報探索のキー

さらに、GBIF 日本ポータルサイトでは、GBIF と連携している Barcode of Life のデー
タベース（http://www.boldsystems.org/views/login.php菅原 2011※1））と国際塩基配列データベース
http://www.insdc.org/）を 利 用 し た 生 物 種
同 定 シ ス テ ム（http://bol.ddbj.nig.ac.jp/ も提供している。2011 年５月時点で、CO1、rbsL、ITS、matK、trnH-psbA、16S rRNA
並びに gyrB の配列に基づいた同定が可能である。

3）分布情報から解析へ（a）分布情報
GBIF 日本ポータルサイトの検索窓に和名を入力するだけで、生物種の分布情報を図２のように地図上で確認することができる。
和名「イタドリ」をキーワードとして入力し、表示された候補学名から Fallopia japonica
を 選 択 し、GBIF 利 用 規 約 を Accept し、ubspecies や variety などへの展開された学名リストから Species を選択すると、図２が得られる。

図 2 日本原産のイタドリの分布を表示させる。緯度経度各１度のセルにおける分布密度が高いほど、黄色から赤に段階的に表示色が変わる。緑色の地域は、分布が観測されていない地域。（GBIF データポータルのイタドリのページから引用）（b）生物分布予測（Niche モデリング）
GBIF シ ス テ ム と openModellar（http://openmodeller.sourceforge.net/）の 連携が実現したことから、デフォルトのパラメー
ターで良ければ、（a）で分布図を表示させた状態から、４回のクリック操作のみで、５分程度で生物分布を予測することが可能になった。遺伝研では、日本原産イタドリの分布予測を例として、このニッチモデリングの動画マニュアル（http://gbif.ddbj.nig.ac.jp/niche̲model/）を作成し公開している。図３に
動 画 マ ニ ュ ア ル の 結 論 部 分 を 紹 介 す る。
図２と照合すると、国外での観測結果と整合する分布が予測されていることと、観測例がない南半球での繁殖も予測されることが分かる。
世界各地におけるイタドリの繁殖が予測されます

図 3 生物分布予測機能（ニッチモデリング）の利用例：日本における観測データをもとに、イタドリが世界各地で繁殖する可能性を予測。
図は、動画マニュアルの画面キャプチャー。

（c）GBIF 外の情報資源とのマッシュアップ
GBIF に登録されている生物種の分布情報と、その生物種が媒介する感染症の情報とを組み合わせて、感染症がどの地域で発生しているか、あるいは発生する可能性が高まっているかを推測することを試みた。
（①−④）① Freebase (http://www.freebase.com/）を使った感染症と媒介生物種の関係抽出
Freebase には、構造化された 2,000 万以上のデータが格納されている。
例えばマラリアの場合、以下のようにResource Description Framework(RDF)（http://ja.wikipedia.org/wiki/Resource̲Description
̲Framework）として知識が表現されている。
• /en/Malaria（主 語）type（述 語）/medicine/infectious̲disease（目的語）：マラリアは感染症の一種である• /en/Malaria（主 語）/medicine/infectious̲disease/vector（述 語）/en/anopheles̲gambiae ( 目的語 )：マラリアを媒介する生物種は Anopheles
gambiae である

このように構造化されたデータを用いることで、一般の検索エンジンでは抽出が困難な感染症と、その感染症を媒介する生物種の関係を取得できる。
② Animal Diversity Web を 使 っ て 生 物 種と感染症の情報を拡充
Animal Diversity Web（http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/index.html）には、さまざまな生物種の情報が文献情報
を 引 用 し て 整 理 さ れ て い る。そ の 中 に「Economic Importance for Humans: Negative」という項目があり、媒介する感染症の情報も記載されている。その情報を遺伝研にて確認し、生物種と感染症の関係を抽出して、Freebase からの情報を補った。
③ Freebase の拡充
Freebase は、誰でもアカウントを作成して、構造化された情報を登録することが可能である。そ こ で 筆 者 ら は、Animal Diversity
Web から抽出した、生物種と感染症の関係を Freebase に登録した。
④ 媒介生物種の観測情報の調査拡充した Freebase から抽出した、感染症と媒介生物種の関係を参考に、GBIF から得たPeromyscus maniculatus（ネズミ）の米国における分布情報と、米国における Hantavirus感染の状況を比較してみた。次ページ図４の左右を照らし合わせて見ると、東西の分布の様子が類似しており、より精密な最新データが得られれば、媒介生物種の分布から感染症の予防対策を講じることも可能になるように思われる。
次ページへ続く

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しかし、今取り組むべきことは「データ、データ、データ」である。ABS に対応するにしても、生物多様性保全の施策を講じるに し て も、侵 入 種 を 予 測 す る に し て も、感染症の広がりを分析するにしても、網羅的で信頼性の高い、時系列データが必要である。
一方で、GBIF データ公開件数で１位と２位を占める米国と英国においてさえ、大規模な博物館で維持されている標本情報の、5%程度しかデジタル化されていないと言われている（GBIF Strategic Plan 2012-2016）。
地を這うような作業であるが、カードやノートに記録されているデータのデジタル化と、デジタルデータの GBIF 標準での公開作業を、やりきってこその Global Biodiversity
Information Facility である。

図 4 GBIF から得た Peromyscus maniculatus（ネズミ）の分布（左図）とその Hantavirus
感染の状況（右図）

これから何が必要か
GBIF は既に 10 年の歴史を有している。
その間に新しい情報技術が生まれてきている。
例えば、Linked Data（http://linkeddata.org/）の考え方と仕組みである。こうした新しい情報技術を活用して、より洗練された分散統合情報システムを構築できる可能性がある。

Windows7 と IE9 を使ってさらに便利に2011 年 4 月に Microsoft は、Internet Explorer9 (IE9) の日本語版のダウンロードでの提供を開始しました。最初に Windows7 と IE9 をお使いの方に、お気に入りのウェブサイトを一般的なアプリケーションのようにタスクバーにボタンとして登録できる「ピン留め」機能を紹介します。

■参考資料※1 菅原秀明「生物多様性情報とバーコード・オブ・ライフ」/ DNA 多型 / Vol.19:1-12(2011)

じょうほう通信

ウェブサイトをピン留めすると、タスクバーにウェブサイトのア イ コ ン が 追 加 さ れ、そ れ をクリックするとピン留めしたウェブサイトが表示されます。

またサイト管理者向けに、このピンサイトとして設定したタスクバーのアイコンを右クリックすると表示される「ジャンプリスト」という、サイトごとによく使うメニューを、ワンクリックで開くことができる、メニューのカスタマイズの仕方も紹介します。

1

一方で、生物多様性情報の物差しとなる標本情報は重要であるが、GBIF 第３期の旗 印 で あ る “Seizing the future to beneﬁtscience and society” を達成するためには、むしろ観測データ集積と Barcode of Life との 連 携 を 推 し 進 め る こ と も 考 え ら れ る。
2011 年６月にアルゼンチンで開催される、GBIF 第 18 回総会での議論が待たれる。■

ウインドウの左上は、ウェブサイトのアイコンが表示されるように変化します。( 図 2)10 分

[ 第 58 回 ]③アイコンが表示される②タスクバーに登録される
図 2. ピン留めした時のウェブサイト

ピン留め機能

最初に「ピン留め」機能の 紹介です。
タスクバーへウェブサイトを登録するには、「URL の表示されている欄の左のアイコン」または「ウェブサイトのタブ」をタスクバーにドラッグ & ドロップするだけです。

2

ジャンプリスト機能

次に、ジャンプリストのカスタマイズの仕方の紹介です。
今 回 は、NBRP 情 報 公 開 サ イ ト (http://nbrp.jp) の 上 部 メ ニ ュ ー「NBRP について , 代表機関 , リソース検索 …」へのリンクをジャンプリストに追加してみました。
例えば「NBRP について」を表示させる場合は、HTML の <head> …
</head> の間に、以下のメタタグを追加します。

URL の表示されている欄の左のアイコン<meta name="msapplication-task"
content="name=NBRP について ;action-uri=http://www.nbrp.jp/about/about.jsp;
icon-uri=http://www.nbrp.jp/image/favicon.ico" />ウェブサイトのタブ①タスクバーにドラック＆ドロップする

上記メタタグの形式は、以下のとおりです。

図 3. カスタマイズされたジャンプリスト<meta name="msapplication-task"
content="「ジャンプリストに表示される名前」;
action-uri=「ジャンプリストの項目をクリックした時の遷移先 URL」;
icon-uri=「ジャンプリストの項目の左側に表示されるアイコン URL」" />タスクバー※今回は Windows と IE のみを対象としてます。

図 1. ウェブサイトのピン留めの仕方（木村 学）

来月は「酵母遺伝資源センター」の紹介です。お楽しみに！

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国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 ( 山崎 )E-mail brnews@chanko.lab.nig.ac.jp

バ イ オリソ ー ス 情 報

Editor's Note
GBIF のモデリング機能はだれでも自由に利用することができます。
日本ノードのサイトからは動画マニュアルも公開されていますので是非ご自分の興味のある生物種で試してみてください。生物多様性を地球規模で体験できることでしょう。和名からスタートできるのは本当に便利ですね。（Y.Y.)(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

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