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ニュースレターのダウンロード先 (PDFファイル)

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

バイオリソース情報

NBRP
SHIGEN
WGR
JGR

リソース情報センター便り No.7

NBRP
「情報」運営委員からのメッセージ

http://www.nbrp.jp/
http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

じょうほう通信 No.22

ビジュアルプログラミング

第2回
10月25-28日
バイオキュレーション 米国San JoseのDolce Hayes Mansionで行われます。
ミーテイングの開催 詳しくは以下のサイトをご覧ください。
http://biocurator.org/Mtg2007/
細胞工学の連載「使ってみたい！バイオリソース大集合」が始まりました。
2006年11月号から2007年12月号まで14回の連載で、国内のバイオリソースを紹介します。

早いもので、2002年にスタートした第1期ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP)はこの3月で終了します。 4月からは第2期プロジェクトが立ち上がる予定です。そこで第1期の締め括りとして、NBRP「情報」運営委員の先生方に第1期の感想や第2期への期待など、コメントを寄せていただきました。

リソース情報センター便り No.7

原稿の到着順に掲載しております

第1期NBRP情報の評価と第2期

バイオリソースデータベース今昔菅原 秀明 委員 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター

水澤 博 委員 医薬基盤研究所 生物資源研究部

http://www.gbif.net/

http://www.nibio.go.jp/seibutushigen/

昔々、埼玉県和光市というところで実験生物情報システム（略称NISLO）が生まれました。
実験動物分野では実験動物使用数調査や日本実験動物協会のデータベースが、微生物分野では標準性状データベースが、植物分野では岡山大学のオオムギ4023系統のデータベースと東京都立大（当時）
牧野標本館の日本産樹木510種の同定システムが、藻類分野では東大応微研（当時）のミカヅキモ交配顕微鏡画像データベースと６カ国39機関の11,000株を網羅したWorld Catalogue of Algaeが、動物培養細胞分野では「組織培養」の株総説に引用された資料論文のライブラリーが、そして、植物培養細胞分野でも３,０００編の文献検索システムが生まれました。 各分野の専門家の方々に多大のご協力を得た成果でしたが、今ではその多くがWebの1.0世代すら目にすることなく古文書と化してしまいました。
それから20年余り、NBRP Information Siteは 約10万アクセス／月のアクセスを誇っているとのことです。これから2 0 年 後 、N B R P
Information SiteはWebの2.0 そしてその先の世代でも、遺伝研の桜のように毎年花を咲かせることでしょう。20年、桜にとってはほんの１コマ、データベースにとってもほんの１コマ。

生命科学研究の発展には、生物遺伝資源情報を広く迅速に流通させ、多くの研究者が研究資源にアクティブにアクセスできる環境を維持することが欠かせない。 NBRP事業が始まって5年目の評価が終了したが、この『NBRP情報』の活動はこの5年に多くの生物遺伝資源情報のデータベース化に貢献した。 本事業の評価に際して、 どれだけ多くの情報を蓄積し、 どれだけ多くの研究者に利用されたかをきちんと評価することは重要である。
そのうえで、蓄積した情報を生かすシステムを構築したことは評価されたことと思う。
そして重要な問題は、 そのシステムを長期間維持管理することを考えなければならないのが単なる『研究』と異なる点である。
過去、『研究事業』と称して資源情報をデータベース化するという試みはあった。
しかし、その多くはデータベースが出来たところで終了し、作ったデータベースは翌年から陳腐化を辿るということを繰り返していた。
本事業における生物遺伝資源情報は、資源の情報をリアルタイムで維持管理することを視野に入れていた点を私は評価している。 そして、その成果を長期間に渡って維持する基盤を確立することが第二期に課せられた課題であろう。

リソースと情報のより良い関係を目指してポータルサイトへの期待

小林 正智 委員 理化学研究所バイオリソースセンター
http://www.brc.riken.jp/lab/epd/

荒木 正健 委員 熊本大学 生命資源研究・支援センター
http://egtc.jp/view/index

DNAの発見に端を発した生物学の新たな潮流は分子生物学の飛躍的な発展、更にはモデル生物の全ゲノム塩基配列の解読という革新的な成果を研究社会にもたらした。
その間、膨大な量の情報が生み出され、データベースに集積されて研究者に活用されている。即ち何世紀もの間ブラックボックスであった生命現象が誰もが見ることのできるデジタル化された情報として記述される時代が到来したと言えよう。
その意味においてモデル生物のリソース情報を扱うNBRP情報は必要欠くべからざる課題である。 最初の5年間に情報の集中化を図りプロ
ジェクト窓口としての体裁が整ったことは重要な成果である。 だが生物情報は質的にも量的にもリソースによる差が著しくまた日々変化していく特徴を持つ。 このため情報機関による一元的な管理が必ずしも利用者の便宜につながらない局面も見られる。 従って次の5年間ではリソースと情報の距離を縮め、双方の事業に相乗効果が生まれるような体制を作ることが喫緊の課題であろう。 シロイヌナズナの課題代表者として山崎先生をはじめとする関係者の方々とより良いネットワーク作りに取り組みた
いと考えている。

私がNBRP情報に最も期待しているのは、日本を意識した国際的バイオリソースポータルサイトの構築です。
（Ａ）国内に存在するバイオリソースの所在情報を網羅する、だけでなく、（Ｂ）日本で開発されたバイオリソースを世界に売り込む、という役割もはたして欲しいと希望します。イ
ンターネット上に情報を公開しているリソースセンターは、利用者が多ければ多いほどその存在価値が高くなり、 更なる活動につながると考えられます。
例えばマウスの世界で言うと「SHIGEN Database」にリストアップされている「JMSR (Japan Mouse Strain Resources)」は国内５機関のデータが統合されていますが、 他にもマウスリソースは存在するはずです。
どうやって参加機関を増やしていくか、どういう検索メニューを揃えられるか、種を越えて関連するリソースを一度に検索するにはどうすれば良いか、このポータルサイトの構築だけでも大仕事になると予想されます。そして、上記（Ｂ）の機能も忘れないで下さい。

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第2期NBRP情報に期待すること
深海 薫 委員

10 分

理化学研究所バイオリソースセンター

http://www.brc.riken.jp/
バイオリソース事業を継続させていくには、利用者である研究者コミュニティーに必要な情報を提供し、 彼らの要望を事業に反映させていく必要があります。 コミュニティーが小さければ個人的な交流からごく自然に行われることですが、NBRPになるほどの規模を持つリソースでは、何らかの仕掛けなしには難しいことです。第１期「情報」
は、ホームページや検索サイトを作成し、仕掛け作りを行いました。 今後はこの仕掛けを通し、研究者コミュニティーとリソース機関との距離をさらに縮めていく段階だと思います。ホームページや検索サイトはこれまで以上に頻繁なデータ更新が必要となることでしょう。 こうした作業を全て「情報」が行うのには限界がありますから、 各リソース機関が自ら作業を行えるよう支援していく必要があると思います。
第２期の終わりにはNBRPの全ての機関が自ら情報発信を行っている、そういう状態を「情報」に期待したいと思います。

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ビジュアルプログラミング
まるでブロックを積み重ねるように、パーツをつなげていくだけで、自分の作りたいものが作れたらどれだけ便利になるだろうか？今回紹介する
Yahoo Pipeは、RSS作成に機能が絞られているものの、十分この欲求に応えてくれるサービスである。それでは、早速使ってみよう。
[ Yahoo Pipeでビジュアルプログラミングに挑戦！ ]事前準備① Yahoo Pipeを使用するには、Yahoo USのアカウントが必要になります。
以下のURLからアカウントを取得してください。
http://www.yahoo.com/② Yahoo USのアカウントを取得したら、Yahoo Pipeのサイトへ行き、「create a new pipe」をクリックしてください。
Yahoo Pipe: http://pipes.yahoo.com/pipes/

充実したバイオリソース情報の必要性
磯野 克己 委員 かずさDNA研究所 http://www.kazusa.or.jp/

本 番

そもそも生物学の研究では、ある生物で発見された現象が他の生物でも見いだせるかとか、 ある生命現象の背後にあるメカニズムが他の生命現象とどこまで 共通しているかといった、生命現象の多様性に由来する間口の広さが問題になることが多く、古来、いかにしてよい生物試料を入手するかがよい研究を行う上で重要であった。現在の生物学研究ではこのことはより一層顕著になっており、単に生物試料だけでなく、その試料に関連する各種の情報を含めたいろいろなリソースが研究の進展に大きな役割を演じている。 例えば、 系統情報のはっきりした生物種とともに、その生物のゲノム情報やゲノム情報に基づいて作成されたマイクロアレーなどのリソースなどがそれである。
したがって、これらのリソースを整備して研究者の利用に供することは、それぞれの研究を支援するとともに、新しい方向の研究を発展させる大きな原動力になる。
わが国のバイオリソース情報を一層充実させる必要性がここにある。

今回は、複数の生物種をカバーする新着リソース情報サイトのRSSを使って生物種ごとに分けて表示するものを作成してみます。
① 升目が描かれているところが作業スペースです。このスペースに、左メニューから様々な機能を持ったブロックを取り出し、パイプで繋げて一つのプログラムを作成していきます。始めに左のメニューから「Source」→「Fetch」をドラッグ&ドロップして、スペース上に置きます。
次に、Fetchの空白に、SHIGEN New Resourcesのフィードを入力します。
http://shigen.lab.nig.ac.jp/newresources/rss/repositoriesEn.xml
ビジュアルプログラミング画面（普通はコードで記述するところをある機能を有するブロックを組み合わせるだけでプログラムができます。）① RSSフィードを入力

第1期NBRP情報の活動を振り返って菊池 俊一 委員 科学技術振興機構③ドラック＆ドロップ②フィルターの条件を入力

http://www.jst.go.jp/③ドラック＆ドロップ

科学技術振興機構はNBRP情報センター整備プログラムで「酵母」と「病原微生物」のデータベース化を担当した。プログラムのリーダーを務めた国立遺伝学研究所の山崎由紀子助教授は「リソースがあるところで資源と情報の現実を知る」という大方針を出し、プロジェクトが始まった2002年から2003年にかけて、全国各地の研究室を行脚することとなった。そこで見たのは「資源ばかりでなく情報も継続的な管理が難しい」という現実であった。
それぞれの機関では保存リストのファイルを持っていたが、命名のゆらぎや文字化けがあり、データのクリーニングにまずとりかかることが必要であった。人による入力違い、コーディングの変遷、リストでは一見すると区別がつかない全角・半角文字の混在だけでなく、昔のNEC・PC98シリーズからデータを引き継いだ際の構造的な文字化けなども見受けられた。データ更新や誤記は必ずしもファイルに反映されていない。 紙のリストを典拠にして、先生方にお尋ねしつつ情報の再現をしていった。構造的な文字化けを過去に遡って解明しようとしても、そのファイルのメディアは5インチ・フロッピーということもあった。今振り返ると懐かしい思い出である。

「Operators」→「Filter」
をドラッグ&ドロップして、スペース上② 左のメニューから、に置きます。
次に、Filter内にフィードを選別する条件を記入します。今回はWheatのフィードのみを取りたいので、「title」-「Contains」-「Wheat」と記入します。

③ Fetchの下部にある丸い点をドロップし、そのままFilterの上部にある丸い点までドラッグします。次に、Filterの下部にある丸い点をドラッグし、Pipe Outputの上部の丸い点までドロップします。
パイプで各ブロックを繋げることで、データの処理の流れを作っています。
このプ
ログラムでは、FetchでRSSフィードを読み込み、FilterでRSSフィードを選別した後、その結果をPipe Outputで出力します。

④ 右上にある「Save」を押して、作成したプログラムを保存します。保存し終わったら、左上に出現した「Pipe Preview...」をクリックしてください。
すると、このプログラムの結果がRSSとして出力されます。
出力結果は、RSSとして配信さるので、RSSリーダーに登録することも可能です。

“使える”リソース情報を目指していかかでしたでしょうか？ ビジュアルプログラミングの楽しさを感じていただ
けたら幸いです。参考までに、今回作成したプログラムを公開しておきます。
http://pipes.yahoo.com/pipes/pipe.info?̲id=TAKSCmDc2xGO5CdHouNLYQ

倉島治氏（吉川泰弘委員代理） 東京大学大学院 農学生命科学研究科
http://www.nbr-chimp.org/
リソースは存在するだけでは意味を成しません。そのリソースへアクセスする方法が確立されており、利用した研究成果が存在して初めてリソースと呼べるものになると考えます。そのため、リソースの所在やアクセス方法、研究成果を横断的に検索するシステムは必須です。第1期の情報ではリソースポータルと検索システムの土台作成により、この点は達成できたと言えます。今後課題となるのは、長期的な安定運用だと考えます。第2期に限らず、その後も視野に入れた上で、どのように維持していくかという方策が重要です。
このためには、リソースの所在と成果を扱うだけではなく、新たな情報を積極的に生み出すという視点があってもよいと思います。
リソース間やリソース−研究成果間のリレーションを含めてユーザーへ提示することで付加価値を高め、情報そのものをリソースと同列に扱うという視点です。
この鍵は成果情報の収集、その適切な分類と整備にかかっていると考えます。

(渡邉融)

編集後記 ： ナショナルバイオリソースの情報整備プログラムは、運営委員の先生方の強力なバックアップによって、無事1期を終えることができよい評価をいただきました。今回も限られた文字数の中で様々な視点から貴重なご意見をいただき、この場をかりて心からお礼申し上げます。本日第2期NBRP採択の通知が届きました！
(Y.Y)

連絡先

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〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 (山崎)E-mailBRnews@chanko.lab.nig.ac.jp%LR5HVRXUFHQRZᖺYRO᭶Ⓨ⾜