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■ リソース関連イベント情報■ リソースセンター紹介

No.6

Global Biodiversity Information Facility (GBIF)‫׎‬ᇌᢡˡ‫ܖ‬ᄂᆮ৑ဃԡऴ‫إ‬ȷ&&$,ᄂᆮǻȳǿȸ૙੉ᓌҾᅵଢ

2011年GBIFは180万種10億件の生物多様性情報を提供する

・Global Biodiversity Information Facility (GBIF)‫׎‬ᇌᢡˡ‫ܖ‬ᄂᆮ৑ဃԡऴ‫إ‬ȷ&&$,ᄂᆮǻȳǿȸ૙੉ᓌҾᅵଢ■ ちょっと息抜きに・・・
・２１世紀のニュースはプロの記者でなくても書ける！？

³,WLVWKHULJKWLQLWLDWLYHZLWKWKHULJKWJRDOVDWWKHULJKWWLPH´・Science とGoogle³,QRXUYLHZLILWGLGQRWH[LVWLWZRXOGQHHGWREHFUHDWHG´■ じょうほう通信 連載 (11)

（第3者によるGBIF評価から(2005))

・10分バイオインフォマティクス

経緯
GBIFは経済協力開発機構（OECD）から始まりました。 OECDはそẮỉἝἷὊἋἾἑὊỉἒỸὅἿὊἛέ 3')ἧỳỶἽの名称から受ける印象と異なって、加盟国に対して科学技術政策の提KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSVKLJHQQHZVQHZVMVS

言をする機能も持っています。世紀の変わり目に、OECDはバイオに関する科学技術政策について２つの重要な提言をしました。一つには、
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メガサイエンス・フォーラムに設けられたWorking

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Biological Informaticsの報告（1999年）に基づいて、 GBIFとGlobalGroupon6+,*(1‫ޓ‬KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSLQGH[MDKWP

Neuroinformatics Capability（GNC）の設立を提言しました。*:*5‫ޓޓ‬KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSZJU

もう一つは、Working Party on BiotechnologyのTask Force on-*5KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSZJUMJUMJU8UO/LVWMVS

Biological Resource Centres (BRC)の報告（2001年）に基づいて、
Global BRC Network (GBRCN)の設立を提言しました。***) http://www.gbif.org/GBIF̲org/facility/OECD̲Endorsement

リソース関連イベント情報**) http://www.wdcm.org/brc.pdf

3月9日：
NBRPシンポジウム 東京国際フォーラム「バイオリソースとライフサイエンス研究最前線 」

OECDの提言の中で、GBIF構想が最も早く実現しました。それは、1992年のリオ地球サミットで提案された「生物多様性条約（CBD）」を巡る議論の過程で、各国政府が、網羅的な生物多様性情報の必要性

3月14・15日：
ライフサイエンス合同シンポジウム 東京国際交流館を認識していたからでしょう。事実、OECDの提言が公になった後も、1996年OECDにWorking Groupの設置を提案した米国のみならずオ

3月19 - 21日：
日本植物生理学会 NBRP特別企画 筑波大学

ランダ、オーストラリア、メキシコなど多数の国の熱意が続き、2001- 3月19-21日：パネル展示 植物リソース
ポスターパネル展示機構と訳されています。 国内では科学技術振興機構と国立環境研究年3月にGBIFが発足しました。なお、GBIFは地球規模生物多様性情報所に加え、2003年から国立遺伝学研究所を中核機関として、東京大学- 3月21日：NBRPシンポジウム「植物研究を支えるモデル植物のリソース・技術と作物への展開」

大学院総合文化研究科ならびに科学博物館と連携して、GBIF日本ノードとして活動しています。

3月23日：
ライフサイエンス 合同シンポジウム 千里ライフサイエンスセンターᵥᵠᵧᵤỉἭὊἲἬὊἊ
KWWSZZZJELIRUJ

5月6日：
NBRPシンポジウム ホテルグランヴィア大阪「 酵母のポストゲノム研究とバイオリソース 」
5月11-13日：
日本実験動物学会パネル展示 神戸国際会議場「実験動物のバイオリソース：現状と展望」を企画中

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5月22-23日：FIMRe 理研BRC

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詳細はこちらからご覧になれます。http://www.nbrp.jp/index.jsp

"IO2ESOURCE NOW  6OL  組織機能

GBIFの組織は、理事会と執行委員会のもとに、常設の科学委員会、2006年2月には、GBIFのデータ・ポータルサイト(http://www.gbif.net/）

予算委員会、 ノード（各国に設けられるGBIF対応窓口）管理者委員会とから、各国に分散した159のサイトが提供する98,300種8,660万件資格審査委員会などの臨時委員会が設けられています（図1）。図１の右余りのデータを、 統合検索することが可能になっています。GBIFは、側にある事務局は国際入札の結果2001年に選定されたコペンハーゲン

2003〜2006年の第1期試行期間の後、 2007年から第2期に入り、大学動物博物館で活動しています。事務局長は、OECDのWorking

2011には既知の生物種を100%網羅する10億件のデータを提供する

Group以来米国National Science Foundationに在籍しながら一貫してことを目指しています（図2の「GBIF自ら構築する情報資源」）。加えて、リーダシップを発揮してきたJames Edwardsが努めています。科学委

既存の文献情報、 分子生物学の情報資源、地理情報、環境情報、気象員会には４つの小委員会DADI、 DIGIT、 ECATならびにOCBが設けら情報さらには社会経済情報 (図2の「参照する情報資源」)との連携をれています。

実現する情報環境の構築を目指しています。 この情報環境によって、誰でも，何処でも、何時でも、目的にあわせて必要な情報資源を組合せて、多様な生物の検索、分析、保全、応用を進めることができるようℂ੐ળになります。

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GBIFの組織᳇⽎ᖱႎᬌ⚝ࠛࡦࠫࡦⅣႺᖱႎෳᾖߔࠆᖱႎ⾗Ḯ

DADI - 生物多様性の課題を、多様な情報資源をオンラインで組合わ⺖㗴⛔ว࡟ࡐ࡯࠻

せて解決するために必要なデータやメタデータなどの標準を提案します。

図２

DIGIT - 標本データと観測データのデジタル化を促進します。

生物多様性問題解決環境：Webサービスによる統合

ECAT - 生物に関する文献や研究成果を連携するキーである学名の網羅的電子カタログをドメインごとの努力とも協調して整備します。
OCB - ソフトウエアの提供やトレーニングによって生物多様性情報に関例えば、特定地域での生物種の動向を、自然史博物館に蓄積さする技術格差を解消します。また、データを巡る権利関係を解きほぐしれてきた標本データ、塩基配列データ、社会経済情報、環境情報などます。

を組合わせて、予測を試みるとしましょう。現状では、 始めに、インターネットから必要な情報資源を探し出し、次に、情報資源をそれぞれGBIFの運営方針は年２回開催される総会で決定されます。総会

加工して、さらに、 組合わせる工夫を凝らして初めて分析にとりかかのメンバーは、Memorandum of Understanding (MOU)にサインしたることができます。これに対して、GBIFが提供する生物多様性問題解47の国ならびに国に準ずる組織体と31のNGOです。こうした組織と活決環境が成熟してくれば、図2にあるように基礎データを効率よく統合

動は、 26カ国の拠出金を中心に行われており、 総会ではこれら26カして入手することができます。 図2の左下からにあるように、 課題を国が投票権を有しています。 2006年度の予算はおよそ300万ユーロ

G B I F の 検 索エンジンに与えると、検 索エンジンが 学 名（E l e c t r i cですが、日本は米国とともにこの予算の多くを担っています。GBIF総Catalogue of Names）を参照した上で、GBIFのディレクトリーを介し会が扱うこの予算に加えて、 総会メンバーがそれぞれ生物多様性情て、標本データ、DDBJ/EMBL/GenBank（http://www.insdc.org/）の塩報資源と環境の充実に投資しており、実データの殆んどは各メンバー

基配列データ、地理情報、社会経済情報および環境情報などをそれの努力によって産み出されていることを忘れてはなりません。

ぞれ取得した上で、とりまとめて報告を戻してくれるようになります。

www.gbif.net

がカバーしている生物界

"IO2ESOURCE NOW  6OL  GUIDの技術的基盤には、GBIF内外の情報資源を活用するパイロットプロジェクトも具体にDigital Object Identiﬁer (DOI、http://www.doi.org/) や進められています。 国立遺伝学研究所でも、 国内植物標本情報とLife Science Identiﬁer (LSID、http://lsid.sourceforge.net/)

Google Mapとの連携（図３）、 GBIF全データとDDBJとの連携を試行といった候補があるので、生物材料の変異や一部または全部の複製・しています。

増殖といった特徴に十分注意を払いかつGUIDの適用範囲を絞り込めば、バイオGUIDは十分実現可能と考えられます。またバイオGUIDの議論は国際塩基配列データベース（http://www.insdc.org/）とも協調して進んでいくことでしょう。

関連プロジェクト Barcode of Life (BoL)
GUIDは生物オブジェクトに人為的に識別子を付与する枠組みです。これに対して、 塩基配列を生物種の識別子にしようという試
図3

GBIFデータをGoogle mapに表示

みが、Barcode of Life (http://www.barcodinglife.org/)です。GBIF（国内で保存されている植物標本の一部）

自身のプロジェクトではありませんが、 GBIFはBoLの国際コンソーシウムのメンバーとなって、相互に密接な連携を保っています。

仮想データベースのための情報技術

塩基配列によるバーコード付けは、 比較的短い塩基配列によって生物種を特徴付けようとする技術です。したがって、特定の生物種■ Webサービスと標準化

内では共通し、 生物種間で変異が大きい部分配列を選択することに

GBIFは実データがインターネットの多数のサイトに分散しているなります。動物標本の場合は、ミトコンドリアDNAのCOL1をターゲッ

いわば仮想データベースを提供しています。しかも、 各サイトではデトとして配列決定とデータ蓄積が始まっています。 BoLの成果は、分ータベース管理システムをはじめとしてそれぞれ多様な情報技術が使類学者だけでなく生物試料を同定しようとする研究者技術者全てにとわれています。それでは、どのような情報技術によって、この仮想デーって有用な技術です。この技術は、 特定の生物集団の専門家でなくタベースひいては図2の問題解決環境を構築しているのでしょうか。ても利用でき、 従来の手法では同定が困難か不可能であった生物試

GBIFは、各 サ イトの 個 性 を G B I F の 仲 間として 相 互 理 解 可 能 な料の同定も可能とします。 バクテリアの場合は、 16sRNAの配列が分よ う に 包 み 込 む（ w r a p ）技 術 と し て W e b サ ー ビ ス

類と同定に決定的な役割を果たしており、 種のレベルでのバーコー（http://www.xml.nig.ac.jp/）を採用しました。各サイトは、GBIFが提ド付けはされています。 植物については、 BoLは適切な分子あるい供するツールを使って、GBIF標準のデータ構造でGBIF標準の通信プロは分子群を検討中です。

トコールで、手元のデータを広く一般に提供することになります。標準BoLのホームページによれば、2006年2月の時点でDDBJ/EMBL/GenBank

データ構造と標準プロトコールとして、現在のところ、ノードのおよそ3に26,398件のBoLエントリーが登録され、17,834種についてバーコー

分の2がDarwinCoreとDiGIR（http://digir.sourceforge.net/）を、ヨードが付与されたとのことです。

ロ ッ パ を 中 心 と す る お よ そ 3 分 の 1 が A B C D と B i o C A S E（
http://www.biocase.org/）を使っています。国立遺伝学研究所のGBIF

BEATLES, ”Long and winding road”

日本ノードは国内の生物多様性情報をMySQLに格納し、 GBIFのツールを使って、DarwinCoreとDiGIRに対応しています。

GBIFの規模は一体どこまで広がるのでしょうか。昆虫の場合は「おWebサービスは、 GBIFから参照する情報資源でも採用が広がってよそ95万種が知られていている一方で、推定800万種も未知種が生息いるので、図2の左右の情報資源の連携のためにも有望な技術です。

している」と言われています(参考文献)。したがって、GBIFのECATにしても、GUIDにしても、BoLにしても全生物種を網羅するまでには遥かな道のりです。しかし、歩みを止めなければやがては目標を達成するこ■ Globally Unique Identiﬁer (GUID)とができ、その時、新しい世界への扉が開かれることでしょう。
遺伝研のGBIFノードは、国内外の研究機関や研究グループと手をGBIFは、学名を多様な情報資源を連携させるキーと設定してきま組んで、一歩ずつ前進していきます。

したが、 異なるサイトからの情報の相互参照が可能になるデータがGBIFによって増えれば増えるほど、1件1件のデータの源である標本や菌株を特定する必要があることが明らかになってきました。また、 学【参考文献】

名の背景にある分類群の概念もサイト間で必ずしも共通ではありませWatson, R.T., Heywood, V.H., Baste,I., Dias,B., Gamez,R., Janetos,ん。そこで、物理的実体である標本や菌株から始まって、研究機関や、T.Reid, W., and Ruark, G. (edts.)

さらに概念まで、生物に関するあらゆる対象（オブジェクト）に対して地“Global Biodiversity Assessment-Sumary for Policy-Makers”,球上で一意の識別子（GUID）を付与する枠組みの検討が始まりました。

Cambridge University Press（1995）

GUIDを定義して運用できれば、 データの源である物理的実体を厳密に特定することが可能になり、再現性がありかつ無駄な重複が無い研究の促進につながります。

"IO2ESOURCE NOW  6OL  ちょっと息抜きに…

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- ①２１世紀のニュースはプロの記者でなくても書ける！？ -連載(11)ßȐǤǪǤȳȕǩȞȆǣǯǹĬàßȐǤǪǤȳȕǩȞȆǣǯǹàЎᲭЎ

2月22日のITメディアニュース(www.itmedia.co.jp/news/)に韓国の「オーマイニュース」がソフトバンク社の支援を受け、日本法人を立ち上げる計画とのニュースが流れました。オーマイニュースは誰でも記者登録が可能で、書いた記事をWEBに公開することが出来る新しい形のニュースサイトのようです。掲載のハードルは低く、基本的に記事の真偽は読者の自己責任で判断すること…らしいです。
2000年にサービスを開始したオーマイニュースは韓国内に大きな影響力を持つメディアに成長し、2002年の大統領選挙でのノムヒョン（現大統領）勝利にも大きな影響を及したそうです。
日本にもオーマイニュースを参考にした（と思われる）「市民メディア・インターネット新聞ＪＡＮＪＡＮ」があるのですが、 残念ながら韓国のオーマイニュースほど盛り上がってはいないようです。オーマイニュースが日本でのサービス開始時には相乗効果でこういった新しいタイプのメディアが盛り上がるのではないでしょうか。 せっかく韓国の会社が日本に上陸するのですから、韓国のオーマイニュースの記事が自動的に日本語に翻訳されて読めるようなサービスが実現しないかと個人的には期待してしまいます。これが実現したら韓国版の記事を是非読んでみたいですね。
（Ｎ.Ｋ.）“BLAT, BLAST-Like Alignment Tool. ”
BLATをご存知ですか。
BLASTのスペルミスではありません。
BLATはBLAST-Like Alignment Toolという名前の通りBLASTのように塩基配列のアライメントを作成してくれます。 ただしBLATはqueryとしてmRNA、targetとしてDNAを用います（DNAとDNAも可能）。要するにBLATはmRNAをDNAにマッピングしてくれるのです。
詳しくはhttp://www.genomeblat.com/genomeblat/index.aspを御覧下さい。
実際にBLATを使ってみましょう（Windows）。
1
BLAT（http://www.soe.ucsc.edu/˜kent/exe/windows/
blatSuite.30.zip）をダウンロードします。

2
blatSuite.30.zipを適当なフォルダに解凍してパスを通します。

3
コマンドプロンプト（スタート→プログラム→アクセサリ→コマンドプロンプト）を開いてblatと入力し、Enterキーを押してください。
BLATの使用方法が表示されるはずです。
（②でパスの通し方がわからなかった方はblatと入力するかわりにをblat.exeを黒い画面にドラッグアンドドロップして下さい。以下でblatと入力する際も同様にして下さい。）

4
デスクトップにtestというフォルダを作成し、その中にtarget.fa（ゲノム等のfasta形式塩基配列ファイル）、query.fa（mRNA、EST等のfasta形式塩基配列ファイル）を置きます。

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コマンドプロンプトに”cd （“ cdの後には半角スペース。”は必要ありません。
）と入力します。 ④で作成したtestフォルダを黒い画面にドラッグアンドドロップしてEnterキーを押します。”dir”と入力してEnterキーを押すとtarget.faとquery.faがあることが確認できます。

- ② Science とGoogle Googleは使わない日が無いほど日常生活に浸透しています。 最近では守備範囲をさらに拡大し次々に新しいGoogleシリーズを発表しています。 サイエンスの分野でもその動きは活発で、 Nature news "Google
makes data free for all" (Nature 438, 2005) や"Mashups mix data into global service"(Nature 439, 2006)で取り上げられました。Natureは「世界の鳥インフルエンザの発生地域情報」のマッピングに"GoogleE a r t h " を 使っています。また 学 術 論 文 検 索 に " G o o g l eScholar"を試した方もいらっしゃるでしょう。今月の記事「GBIF」には"Google Map"が登場しました。"Google Base"は持ち寄り型（参加型）データベースです。誰でもデータファイルをアップロードでき、 そのデータを皆で共用しようというものです。 検索・閲覧できるだけではなくプログラムを自作すれば複数のデータベースを使った解析なども自由ということで、 異分野間の情報利用も容易になると思われます。
GoogleBaseは昨年11月に始まったばかりで、 Proteindatabases（DOEのJGIプロジェクト）とTicketsやWine andfoodが隣り合っているところを見ると実用化にはまだまだ遠い？ と思う一方で、 いったん火がつくと凄いことになるかもしれない潜在的パワーを感じています。（Y.Y.）

6
コマンドプロンプトに以下のように入力してEnter キーを押します。
blat target.fa query.fa output.txt

testフォルダにoutput.txtという結果ファイルが出来ているはずです。
outoput.txtをテキストエディタで開いてみると見慣れない形式のファイル で あることが わ かります 。 B L A T の 名 前 の 通り
BLAST-Likeな結果をお望みの方は以下のように入力して実行してみてください。見慣れた結果を見ることができるはずです。
blat target.fa query.fa output.txt ‒out=blast
blatには-fastMapという高速のDNA/DNA mapping機能等もありますのでBLAST以外の武器として色々とお試し下さい。 坂庭

編集後記： 菅原先生にGBIFの解説記事を寄稿していただきました。名前の通りとても大きなことを成し遂げようというプロジェクトですが、日本は予算的にも主導的立場にあるので期待しています。10億件の情報を利用できる2011年が待ち遠しい！
（Y.Y.)
連絡先 : 〒411-8540

静岡県三島市谷田1111

国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報総合センター
TEL : 055-981-6885 (山崎)E-mail : BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp

パソコンにURLを送信するのにお使いください。

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