BioResource Now ! Vol.12 No.7

BioResource Now !
Issue Number 12 (7) 2016

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

研究と村田武英・小幡裕一（理化学研究所 バイオリソースセンター）
バイオリソース
遺伝子材料の寄託のお願い
No.28
じょうほう通信：No.107

WINDOWS10 でも LINUX 向けツールが利用可能に !

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研究とバイオリソース〈NO.28〉

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遺伝子材料の寄託のお願い
文科省・AMED のナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）において、理化学研究所 バイオリソースセンター 遺伝子材料開発室は、遺伝子材料の中核的拠点として選定され、我が国の研究基盤の整備の責務を担っています。バイオリソース事業は、リソースの開発者と利用者の間を取り持つことが使命であり、寄託者と利用者、即ち研究コミュニティの理解と協力がなければ成り立ちません。当開発室は、国内外の研究者により開発された最先端の遺伝子材料を迅速に提供するため、論文の著者に論文で使用された遺伝子材料の寄託をお願いする手紙をお送りしています。手紙を受取られました折には何卒宜しくお願いいたします。

遺伝子材料の寄託のメリット
近年、遺伝子材料は PCR などで容易に準備できるようになりました。しかし、確実かつ迅速に研究を進めるためには、論文で発表された材料を利用することが最も効率的です。遺伝子材料を研究コミュニティで共有し実験を実施することは、研究者の責務でもあり、仲間の研究者へ素早く提供することにより、研究コミュニティからの賞賛を受けることになります。しかし、研究者自身が遺伝子材料を準備して提供することは、時間的にもまた経済的にも大きな負担となり、自らの研究を妨害しかねません。当センターに寄託していただくことで、提供に必要な遺伝子材料の増幅、送付や書類手続きといった研究者が行う作業を当センターが代行いたします。特に、論文公開直後には、優れた論文であればあるほど多くの提供依頼が届きます。論文投稿が 決 ま り ま し た ら、是 非 と も 当 セ ン
ターへの寄託をお願いいたします。

論文公開と同時に当センターから提供開始できるよう、万全の準備をいたします。
遺伝子材料を寄託していただくことは、研究室で独自に保管している遺伝子材料の不慮の事故による滅失や散逸の防止にもつながります。また、各研究者から貴重な遺伝子材料を当センターに寄託し、後代に渡り利用を可能としていただくことにより、我が国の知的基盤の構築に大いに貢献できます。
寄託にあたっては、寄託者への謝辞、発表論文の引用や営利目的での利用には別途ライセンス契約等の条件を付加することができます。また、寄託者の知らないうちに、寄託した遺伝子材料が提供されては困るというご意見もあり、提供にあたっては寄託者の承諾を必要とする条件等を設定することも可能です。しかし、遺伝子材料を広く研究者の方々に利用して頂くため、できる限り寛大な寄託・提供条件をお願いしています。また、当然ですが、遺伝子材料を寄託していただいた後も、寄託者は何ら制限を受けることはなく、ご自身の研究にご自由に使い続けることが可能です。
遺伝子材料を寄託していただいた皆様には、感謝の意を込めて、寄託数見合い分の同種類の遺伝子材料を無償で当センターから提供いたします（クレジット制度）。例えば、プラスミドクローンを 3 株寄託していただいた場合、プラスミドクローンを 3 株取得できます。寄託数見合い分の遺伝子材料の無償提供は理研バイオリソースセンターだけです。
寄託については、当開発室のホームペー
ジ (http://dna.brc.riken.jp/ja/kitaku)
もご覧ください。

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村田武英・小幡裕一

理化学研究所 バイオリソースセンター
遺伝子材料開発室
1: 専任研究員 2: センター長

図 1. オーキシンデグロン法 (AID 法 ) による標的タンパク質の分解除去 ( 図提供、国立遺伝学研究所 鐘巻将人先生 )。培地にオーキシンを添加することにより標的タンパク質の分解を誘導することができる。標的タンパク質は、CRISPR/Cas9 によるノックイン法で遺伝子に mAID をタグ付けする。論文 Natsume, T., et al., Cell
Reports 15: 210-218（2016）
で使用された 21 種のリソースは、論文発表と同時に提供を開始した。
リソースの詳細：http://dna.brc.riken.jp/ja/gene̲analysis/rdb08468ja

寄託された遺伝子材料の品質検査寄託された遺伝子材料の検査の結果、残念ながら、約 10% に論文やデータシートとの食い違いが検出されています。このことは、当センターに集まる遺伝子材料のみならず、研究者間でやり取りされている遺伝子材料にも約10% の誤りがあることを意味しています。
当センターでは、誤りが見つかった遺伝子材料について可能な限り是正を行い、不可能な場合にはその遺伝子材料を排除することによって、真正なリソースの提供に努めています。このことは、研究結果の再現性と効率化を確保することにつながります。
品質管理基準は遺伝子材料の種類ごとに定めています(http://dna.brc.riken.jp/ja/resource)。

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例えば、プラスミドやコスミドクローンでは、(1) 寄託者により指定された培養条件下での組換え体の増殖能と薬剤耐性、(2) 抽出 DNA の電気泳動による制限酵素切断パターン、(3) 挿入遺伝子末端と付加されたタグならびに薬剤耐性遺伝子やマーカー遺伝子等のベクターの主要部分の塩基配列を検査しています。
検査結果はウェブカタログ上で公開しています。電気泳動像は、利用者が図 2. 高輝度発光タンパク質 Nano lantern (NL) で観察し 受取った遺伝子材料を増幅した後、取た MDCKII 細胞の focal adhesion (FA) の動き（図提供、理化学研究所生命システム研究センター 岡田康志先生）。 り違いがないことを確認する検査の対４時間の連続写真の集積。FA は青から赤の位置に移動した。白（2 色の重なり）は静止した FA を示す。この 照として役立ちます。塩基配列は文字例の Vinculin-Orange Nano-lantern の他、核、リソソーム、 データのみならず、手書きの註釈を付細胞骨格ファイバーなど細胞内微細構造を黄緑色、青緑色、橙色の各 NL により観察できるクローンや Nanog、 けたクロマトチャートでも公開しておOct4、Sox2 各遺伝子のプロモーターを NL に連結したクり、提供した遺伝子材料をさらに加工
ロ ー ン 等 Takai, A. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.. 112:4352-4356 (2015) で使用された全 51 種類のクローンが して使用する際の参考となります。
寄託された。
リソースの詳細：http://dna.brc.riken.jp/ja/nano̲lantern

WINDOWS10 でも LINUX 向けツールが利用可能に ! 前編NGS（次世代シーケンサー）を用いた研究などでは様々なツールが利用
さ れ て い ま す。コ マ ン ド ラ イ ン で 実 行 す る ツ ー ル も 多 い の で す が、Windows ではインストールができないといったこともよくあります。
これまでは Cygwin や VMware、Virtual Box、Docker などといった仮想化技術を用いて Windows 上で実行していましたが、2016.08.02 に公開された Windows 10 Anniversary Update で追加された機能の一つ「Bash on Ubuntu on Windows」を用いることで、Linux 向けに公開されているツールが利用できるようになりました。今回はそのインストール方法を紹介したいと思います。
※ 紹介する機能は、既に Windows Anniversary Update を実施済みのWindows 10 が対象となります。Windows 8.1 やその他の OS では利用できません。
※ Bash on Ubuntu on Windows はまだ Beta 機能となります。自己責任においてご利用ください。

検査の結果得られたリソースの構造、例えば制限酵素認識配列の有無等の情報ならびに、寄託者や開発者があらかじめ実施した実験のデータ、遺伝子材料の樹立論文と提供先利用者の成果論
文は、遺伝子材料の有効性を裏付ける付随情報として、カタログに追記しています。
各遺伝子材料は、NBRP の Research
Resource Circulation (RRC) データベースを介して PubMed の LinkOut（※）に登録しています。研究者は、興味を持った論文で使用の実績がある遺伝子材料に確実にアクセスすることができます。
当センターへのご寄託のご連絡を心よりお待ちいたしております。
■※PubMed の LinkOut については、バイオリソース
ニュースレター Vol.10 No.6 (June 2014) の「じょうほう通信 <No.89>」をご覧ください。

じょうほう通信 [ 第 107 回 ]10 分

次に、[ スタートボタンを右クリック ] – [ コントロールパネル ]–[ プ ロ グ ラ ム ]–[Windows 機能の有効化または無 効 化 ] で [Windows
Subsystem for Linux (Beta)]にチェックを入れ（図２）再起動してください。
再起動後、コマンドプロンプトを起動して、bash と入力しエンターキーを押します。ライセンスに同意するか聞かれますので y を入力しエンターキーを押すことでインストールが開始されます（図３）。
図 2. Windows 機能の有効化または無効化

BASH ON UBUNTU ON WINDOWS をインストールする
Bash on Ubuntu on Windows を利用するには、Windows10 を「開発者モード」にする必要があります。[ スタートボタン ] - [ 設定 ] – [ 開発者向け ] から、「開発者モード」を選択してください（図１）。
図 3. bash のインストール

インストール時に Bash on Ubuntu on Windows で利用するユーザ名と パ ス ワ ー ド が 質 問 さ れ る の で 入 力 し ま し ょ う（こ の ユ ー ザ 名 はWindows のアカウントとは異なります）。

図 1. 開発者モード

変更後、再起動する必要がありますので、起動しているアプリケーションを終了してから再起動しましょう。

インストール後は、コマンドプロンプトから bash と入力しエンターキーを押すか、スタートメニューから Bash on Ubuntu on Windowsをクリックすることで起動することができます。
次号ではソフトウェア (TOPHAT) のインストールについて紹介します。
( 前田 隼輔 )Contact Address

Editor's Note

連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 )E-mail：brnews@shigen.info

10年振りに理研BRCの遺伝子材料開発室の紹介記事をお届けします。昨年からNBRP遺伝子材料の課題管理者になられた村田武英研究員にご執筆いただきました。論文に発表されたホットな材料をタイムリーに寄託してもらい、きちんと品質検査をしてその結果も公開するなど、利用者にとっては至れり尽くせりのサービスですね。「リソースの寄託」と「成果のフィードバック」の部分は利用者の理解に依存するところが多く、生物種を問わずとても重要な課題であることを知っていただけたら嬉しく思います。（Y.Y.)

バイオリソース情報(NBRP)
www.nbrp.jp/(SHIGEN) shigen.nig.ac.jp/shigen/indexja.jsp(WGR)
shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR)
shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

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