䎭䏘䏑䏈䎃䎕䎓䎓䎙#HN3DRNTQBDMNV6OL .O をお届けします#HN3DRNTQBDMNV

今 年 の 6 月2 0 日 〜 2 2 日 にメキ シコ 市 郊 外 に ある 国 際 機 関International Maize and Wheat Improvement Center (CIMMYT:CENTRO INTERNACIONAL DE MEJORAMIENTO DE MAIZ Y TRIGO)で”Global Conservation Strategy for Wheat, Rye and Triticale”という会議があり、日本のコムギ遺伝資源の関係者として出席してきました。この会議は、CIMMYTと”the Global Crop Diversity Trust”という財団の後援で、CIMMYTともう一つのコムギ関係の国際機関ICARDA (INTERNATIONALCENTER FOR AGRICULTURAL RESEARCH IN THE DRY AREAS) 及び各国
（アメリカ、オーストラリア、ロシア、スイス、チェコ、中国）のコムギ遺伝資源保存施設（Gene Bank）の責任者が出席して、各Gene Bankでのコムギ遺伝資源の保存状況を報告すると同時に、効率的な系統の収集と長期にわたる保存を、どのように世界的レベルのネットワークとして構築し、実現していくのかを議論しました。私は、NBRP・コムギの報告をしました。ほとんどのGene Bankがコムギ栽培品種中心のコレクションであるなかで、NBRP・コムギの野生種と実験系統に特化していることは、ユニークなコレクションであるとの評価を得ました。 現在では採集困難な地域（アフガニスタンなど）からの野生種コレクションがあること、研究者の引退とともに失われつつある実験系統を収集・保存していることが注目されています。
この会議で出た意見・報告で、 以下のようなものが、 なるほどと思われ、参考になりました。
保存系統の病気抵抗性などの特性や保存系統を使った研究の公表等、系統の付加価値を高めることにより、リクエスト数が劇的に増加する（Dr. B.S. Gill, Kansas State Univ., USA)。
系統保存の担当者がさらに多くの品種を保存することに重点を置いているが、利用者は突然変異系統やマッピング集団系統のように研究に直結するような系統の要望が高いというアンケート結果になっている（Dr. T. Payne, CIMMYT）。

■ リソース関連イベント情報■ リソースセンター紹介 No.10
・ナショナルバイオリソースプロジェクト・コムギʮᣃ‫ܖٻ‬ᠾ‫ܖ‬ᄂᆮᅹౡཋᢡˡ‫ܖ‬Ў᣼ųᢒᕲųᨙ■ リソースセンター情報便り No.6
・実験動物関係高度技術研修（生殖工学技術）■ じょうほう通信 No.14（SQLite編）
・データベースマネジメントシステムを使う

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リソース関連イベント情報
10月28日 (土）9：00-11：00：
ラット生殖技術の進歩 会場：京都テルサ テルサホール
京都市南区新町九条下ル 京都府民総合交流プラザ
詳細はこちらからご覧になれます。http://www.nbrp.jp/index.jsp

CIMMYTは、いわゆる「緑の革命」により1970年のノーベル平和賞を受賞したボーログ博士（Dr. Norman Borlaug）が日本の農林10号をもとに短幹・多収量のコムギを育成した研究所です。 驚いたことに同氏は今回の会議に出席しており、京都大学の実験遺伝学講座（現植物遺伝学分野）教授・故木原均博士と懇意であったことなど、 夕食を共にしていろいろな話を聞くことができ、良い記念になりました。また、CIMMYTの現所長・岩 永 勝 博 士 は 、京 大 の 実 験 遺 伝 学 講 座で 私 の 2 年 後 輩で あり、CIMMYTとの繋がりを感じました（図２）。

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ナショナルバイオリソースプロジェクト・コムギʮᣃ‫ܖٻ‬ᠾ‫ܖ‬ᄂᆮᅹౡཋᢡˡ‫ܖ‬Ў᣼ųᢒᕲųᨙ
NBRP・コムギは2002年10月から始まり4年が経過しようとしています。現在の陣容は、京都大学農学研究科が中核機関となり、横浜市立大学木原生物学研究所と鳥取大学農学部がサブ機関となっています。バイ
オリソースとして、野生・在来種と実験系統の種子系統リソースを各機関で分担して収集・保存・配布を行っています(図１）。DNAリソースは木原生物学研究所が一手に担当しています。 リソースの詳しい情報は、Webサイト（http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/komugi/）をご覧ください。
ここでは、コムギ遺伝資源の保存について少し取り留めもなく書いてみたいと思います。

図２ 左：CIMMYT所長・岩永氏と奥様のパーティー客の出迎え風景
右：パーティーでのDr. N. Borlaugと中国のDr. J. Jia

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図１ コムギの系統保存のための袋掛けの風景。
左：京都大学農学研究科の温室。右：鳥取大学農学部の圃場。
栽培コムギは自家受精ではあるが、開花前の穂にパラフィン紙の袋を被せて他系統の花粉による受精を防ぐ。野外ではスズメの食害を防ぐために防雀ネットを張る必要がある。

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KWWSVKLJHQODEQLJDFMSZKHDWNRPXJL話しは変わりますが、遺伝資源の保存が役に立った面白い例をご紹介しましょう。今年になって京大ブランドのビール「WHITE NILE ホワイトナイル」が発売されているのをご存知でしょうか。そのビール瓶の表には「Generated by Egyptian archaeologists and plant geneticists」（図３）、
裏には「早稲田大学のエジプト考古学者と京都大学の遺伝学者が出会い、 現代に甦った古代エジ
プト文明・・・」と書いてあります。このビールは現京都大学総長が東大・泡盛に負けない京大ブランドとして発案したもので、京大農学部生殖質研究施設（現栽培植物起源学分野）が収集、 保存していたコムギの系統を原料に、エジプト考古学者である吉村作治氏が解読した古代エジプトでのビールの製法により黄桜酒造が製造したものです。
ちなみにビールはオオムギから造るのが本来で 図３ 京大ビール、すが、他の穀物からでも作れることはご存知の通ホワイトナイルりです。栽培起源学分野の河原太八氏によれば、発端は2001年に遡り、元々は、キリンビールが吉村作治氏と協力して、古代エジプトビールを復元する企画があり（http://www.kirin.co.jp/daigaku/o̲egypt/）、そのときに、 古代エジプトで栽培されていたであろうエンマーコムギ（マカロニコムギと同じ四倍体コムギの古い栽培種）25系統をキリンビールに送り、 そこから地理的に近いエチオピア産（エジプトの在来種は絶滅している）で栽培特性に良いものを増やしたそうです。また、このエチオピアのエンマーは、インドのエンマーの "Khapli"タイプと言われる早生で短幹のものに形態はよく似ていて（図４）、パレスチナ⇒エジプト⇒エチオピア⇒オマーン⇒インド（エチオピアからインドへはインド洋の沿岸経由）と伝播したと推定されるとのことです。
遺伝資源は自然と人類が長い年月をかけて創ってきた芸術作品であると思います。 我々が収集してきたコムギ系統は、 自然環境・農耕・研究という厳しい評論家の評価に耐えてきたものです。 このような遺伝資源の保存、すなわち多様性の確保は、農業の図4 ホワイトナイルの 原料永続に極めて重要な要素である言えるでしょう。となるエンマー コムギの穂ơǐƏǄƏᡫ̮

連載(14)

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“データベースマネジメントシステムを使う（SQLite編）”（Windows）
データベースマネジメントシステム（以下DBMSと呼ぶ)とはデータベースを管理するためのソフトウェアです。今回はSQLiteというDBMSを使います。
GBrowseやEnsemblといったゲノムブラウザに触れたことがある方はMySQLという言葉を聞いたことがあるかもしれませんがMySQLもDBMSの１つです。SQLite
はMySQLといったメジャーなDBMSほどの機能はありませんがインストールが不要で簡単に使用できるようになっています。
PF00001
PF00001
PF00002
PF00002
PF00003

GO:0001584
GO:0007186
GO:0004930
GO:0016020
GO:0008067

それでは使ってみましょう。
サンプルデータとして左に示しましたPfamのAcceesion番号とGeneOntologyIDの対応表を使用します。GeneOntologyについては2005年
No.7(Jul)の記事を御覧下さい。

1
http://www.sqlite.org/download.htmlからsqlite-3̲3̲6.zip(Precompiled
Binaries For Windows. バージョンは変更されている場合があります) をデスクトップにダウンロードして解凍してください。

2

上記のサンプルデータをpfam2go.txtとして①で解凍した”sqlite-3̲3̲6”
フォルダに保存します。（PfamAccessionとGeneOntologyIDの間はタブで区切られています。）

3

コマンドプロンプト（スタート→プログラム→アクセサリ→コマンドプロンプ
ト）を開いて”cd “（cdの後には半角スペース。” は必要ありません）と入力します。

4①で解凍した”sqlite-3̲3̲6”フォルダを黒い画面にドラッグアンドドロップしてEnterキーを押します。黒い画面に”dir”と入力してEnterキーを押すとsqlite3.exeとpfam2go.txtが確認できます。

5

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押します。
sqlite3.exe pfam2go.sqlite
これでSQLiteが起動してpfam2go.sqliteという空のデータベースが作成されます。

6

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押します。
sqlite>CREATE TABLE pfam2go (pfam, go);sqlite>.mode tab
sqlite>.import ./pfam2go.txt pfam2goȪǽȸǹǻȳǿऴ‫̝إ‬Ǔ1R

これでpfam2go.sqliteデータベースにサンプルデータが入りました。
ではデータを見てみましょう。

6月12-18日に熊本大学 生命資源研究・支援センター(CARD)で行われた「実験動物関係高度技術研修（生殖工学技術）」に参加してきました。
この研修は生殖工学技術を広く普及させることを目的として毎年2回開催されています。
実験動物資源の保存形態は、従来の生物個体から凍結精子・胚などに移行しています。 これは保存のコストダウンにつながる反面、凍結保存精子や胚から個体を作出するための高度な技術が利用者側に求められるということでもあります。この技術は実習風景難しく、 かなりの熟練を要しますので、 今回のような研修が必要不可欠です。最近動物の輸出入制度が厳しくなったこともあり精子・胚保存の傾向がますます強くなっています。
実習には、凍結精子・胚からマウス個体を作出するのに必要なすべての手技が含まれています。必要な道具としてのマウスピース・キャピラリー作
製、精子や胚の凍結保存・融解、卵管灌流による胚採取、体外受精、精管結さつ、受精卵の洗浄、胚移植、帝王切開、ジェノタイピングなどです。そのほかES細胞やDNAのインジェクションのデモンストレーションと微生物的品質管理の講義がありました。
スタッフによる各手技のデモンストレーションは見事でしたし、 講義内容も大変充実していました。本センターの生殖工学技術は世界最高水準にあり、国内はもとより、米国のJackson Laboratoryや中国のリソース機関でも出張研修をしているそうです。最新技術を惜しみなく教えてくださる姿勢が全員に感じられ、とても好感がもてました。マンツーマンの指導や受講後の相談にも応じてくれるというアフターサービスも魅力です。
（関連記事
BioResource now vol.1-3）
（Y.Y）

7

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押します。
sqlite>SELECT * FROM pfam2go;

全てのデータが表示されます。

8

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押します。
sqlite>SELECT * FROM pfam2go WHERE pfam = ʻPF00002ʼ;
pfamのAccession番号がPF00002のデータのみ表示されます。

9

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押します。
sqlite>SELECT * FROM pfam2go WHERE pfam != ʻPF00002ʼ;
pfamのAccession番号がPF00002以外のデータが表示されます。
今回黒い画面に入力したCREATE〜やSELECT〜はSQLと呼ばれています。DBMSの操作（DBMSのなかでもリレーショナルデータベースの操作）にはSQLの知識が必須です。
書面の都合でお伝えできませんが、SQLを習得すれば何百万件ものデータからある条件に一致するデータだけを抽出したり、ファイルに出力するといったことも簡単にできます。表計算ソフト等の機能ではもの足りない方はこの機会にSQLiteでDMBS、SQLによるデータ管理を試してみてはいかがでしょうか。
坂庭 真悟

編集後記：遠藤先生にはご帰国と同時にホットニュースをご寄稿いただきました。国内のコムギ生産量は少ないので意外と知られていないのですが、コムギの基礎研究における日本人研究者の質的貢献は際立っているのです。
ところでホワイトナイルの味は？
（Y.Y.)
連絡先 : 〒411-8540

静岡県三島市谷田1111

国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報総合センター
パソコンにURLを
TEL : 055-981-6885 (山崎)
送信するのにE-mail : BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp
お使いください。

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