BioResource Now ! Vol.7 No.10

BioResource Now !
Issue Number 7

October 2011

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

お知らせ
第 34 回日本分子生物学会年会

リソース情報センター便り

NBRP 実物つきパネル展示：「バイオリソース勢ぞろい」
日程：2011 年 12 月 13 日 ( 火 ) 〜 16 日 ( 金 )会場：パシフィコ横浜 ポスター展示会場（展示ホール）NBRP コーナー

P1 - 2

じょうほう通信 No.62

Mac の画像ファイル編集コマンド

ニュースレターのダウンロード先
URL: www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

P2

リソース情報センター便り
2007 年４月号のニュースレターでナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）第 2 期スタートのお知らせをしましたが、もう第 2 期最終年も後半を過ぎ、第 3 期に向けた準備の時期に入っています。リソースと共にデータベースも充実してきましたので、近況をお届けしたいと思います。

現在 NBRP は 27 のリソース代表機関が参加しています。27 のリソースは、動物（マウス、ラット、ネッタイツメガ
エル、ゼブラフィッシュ、メダカ、カタユウレイホヤとニッポンウミシダ、カイコ、ショウジョウバエ、線虫、ニホンザル）、植物（イネ、コムギ、オオムギ、シロイヌナズナ、トマト、ミヤコグサとダイズ、アサガオ、広義キク属、藻類）、微生物その他（細胞性粘菌、酵母、原核生物 [ 大腸菌と枯草菌 ]、病原微生物、一般微生物、
ヒ ト ES 細 胞、動 物 細 胞、DNA）で す。
これらの生物グループは、特に基礎科学研究によく使われ利用者の多い生物であること、あるいは日本固有のリソースである、などの理由で沢山の応募の中から 選 ば れ ま し た。情報センターは全てのリソース機関と協力し合い、情報発信と情報利用の促進に努めています。

2011 年 10 月現在の NBRP リソー
ス総数は約 550 万件（図 1−A：４年前は 200 万件でした）、データベースの月利用者数はおよそ 17 万人（４年前は 10万人）です。第 2 期では特に「NBRP リソー
スを使った研究の成果論文の収集」に注力し、現在 7700 報（図 1−B）を収集するに至っています。これは利用者の協力とリソース機関の熱心な情報収集活動の結果ですが、収集率は決して高くはないので更なる努力が必要であると言われています。「評価報告書」などを含む全ての情報は NBRP 公開ページ www.nbrp.jpから発信しています。
個々のデータベースは大変充実してきています。すべてを紹介するには紙面が圧倒的に足りませんので、来年のニュースレターでは毎号１つずつデータベースの紹介ができるようにしたいと考えています。したがいまして、ここでは全体の概要と情報センターからサービスしている総合検索サイトについて紹介します。

一口に “リソースの情報” って言いますが、具体的にどんな情報でしょうか。
基本は、どのようなリソースが（what）、どこにあって：所在情報（where）、どうしたら (how) 入手できるのか、という情報です。What の中身は、リソースの名前や ID, 履歴、遺伝的背景、DNA 配列、関連遺伝子情報、形態形質（画像を含む）、関連論文、取扱に関する情報などに分けられますが、もちろん生物種毎に異なりますし、同じ生物種でもリソースの種類によって様々です。リソースの種類を横軸に、情報を縦軸に置くと、縦軸方向は主にリソース機関が中心となってデータを集積し、データベースを拡充します。
それに対して情報センターが中心になって進めるのは横軸方向の横断的情報利用の部分で、これを総合検索サイト（BRW：BioResource World）と 呼 ん でいます。NBRP HP からは、縦軸方向（図 1−C）、横軸方向（図 1−D）のどちらからも利用することができます。
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図１－A

図１－B

図２－１

図２－２

図２－３

図２－４

図１－D

図１－C

図１：NBRP情報公開サイト

図２：NBRP総合検索サイト（BRW)BioResource Now ! Vol.7 No.10

BRW では現在、「キーワード検索（図 1−D, 図 2−1）」、「DNA 配列の相同性検索（図 2-2）」、「遺伝子オントロジー（GO）による検索（図 2−3）」、「論文検索（図 2−4）」の 4 種類のサービスを提供しています。GO と論文はまだ情報収集中であり十分とはいえない段階ですが、前者の２つに比べると利用範囲が格段に広がる可能性を秘めていると思われます。なぜならば、たとえば同じ機能を持つ遺伝子でも生物種によって呼び名が異なると「キーワード検索」では不十分ですが、１つの機能（意味）を ID 化し、同じ機能をもつ様々な名称をこの１つのID にマッピングしているオントロジーを利用すると、どのような名称からも共通の機能をもつ、すべての生物種の情報を探すことができるようになるからです。

論文検索の場合には、今のところタイトルのキーワードしか検索できないのですが、た と え ば PubMed が 提 供 し て い る
MeSH（Medical Subject Heading: 用語のオントロジー）を利用すると、主題の近いものをグルーピングすることができるため、研究分野と使われたリソースを関連づけることもできるようになります。

情報センターでは、さらに、形質のオントロジーによる検索、ヒト疾患による関連遺伝子検索、代謝マップからの検索、画像検索、などの実装を計画しており、あらゆる方向からリソース情報にアクセスする方法を考えているところです。足りないところは外部のデータベースにも応援をしてもらえると思います。

Mac の画像ファイル編集コマンド

考えてみるとリソースは、提起された問題の答えを常に完璧に内包しているのです。引き出し方がうまければクリアな答えを見せてくれるし、まずければそれなりの反応しか得られないということなのです。そういう意味で、リソースの可能性は無限大です。引き出した分だけ情報量は増え続けますが、新たな知識が情報量を圧縮してくれることになるのでしょう。いつもと違った方向から情報を眺めてみるのも楽しいかもしれません。
( 山崎由紀子 )じょうほう通信[ 第 62 回 ]10 分

一般的には圧倒的なシェアを持つ Windows ですが、アカデミック分
野では、Mac を利用されている方も多いと思います。今回は Mac で簡単な画像編集を行うコマンドを紹介します。

複数の画像ファイルを一括してリサイズするには、“sips -Z ピクセル数 ワイルドカード --out 出力フォルダ” という形式で実行します。

Mac で画像編集を行う方法としては、付属の iPhoto、市販ソフトウェア、フリーソフトウェアなどを利用するのが一般的ですが、MacOS X からUNIX ベースの OS になったことで、画像編集を行う sips (scriptableimage processing system) コマンドが用意されました。sips コマンドでは画像フォーマットの変換、リサイズ、回転、上下・左右の反転などが行えますが、その中から｢リサイズ｣について紹介したいと思います。

図３−①では、デスクトップの images フォルダにあるすべてのJPEG ファイル（*.JPG）を、600 ピクセルの正方形にフィットする形でリサイズし、images フォルダに作成しておいた resize
フォルダに出力しています（図４）。

ここでは、デスクトップに” images” フォルダがあり、その中にリサイズ対象の画像ファイルがあるものとします。

①
図 3：複数ファイルのリサイズ

コマンドでリサイズを試してみよう
はじめに、Finder メニューの「移動」から「ユーティリティ」を選び、「ターミナル」を起動します。
次に、デスクトップの images フォルダに移動するため “cd( スペース )” と入力し、デスクトップにある images フォルダをターミナルにドラッグアンドドロップします。これにより imagesフォルダのパスが自動入力されます（図１−①）。

①

②

図１

“sips -Z ピクセル数 リサイズ対象の画像ファイル名 --out リサイズ
後の画像ファイル名” という形式で実行します。
図１−②では 600 ピクセルの正方形にフィットする形でリサイズしています。横長の画像ファイルなら横が 600 ピクセル、縦長の画像ファイルなら縦が 600 ピクセ
ルになり、そ れ ぞ れ の 縦、横 はリサイズ対象の画像ファイルの縦横比を維持したまま自動調整されます（図２）。

図４：resize フォルダに出力された複数の画像ファイル

皆さんの中には、扱っているリソースを撮影して管理している方もいらっしゃると思います。デジタルカメラの高画素化が進み、画像ファイルのサイズが巨大化するにつれ、ウェブ上でリソース画像を公開する際も、リサイズは必要になってくると思います。
縦向き横向きに関係なく、一括でリサイズできる機能は便利なので、是非使ってみてはいかがでしょうか？
( 生物遺伝資源情報総合センター 系統情報研究室 佐賀正和 )

図 2：リサイズされた画像ファイル

バ イ オリソ ー ス 情 報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

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Issue Number 7 October 2011

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