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ニュースレターのダウンロード先 (PDFファイル)

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

リソースセンター紹介

バイオリソース情報

NBRP
SHIGEN
WGR
JGR

No.15

オオムギの多様性とバイオリソース
佐藤和広・武田和義

岡山大学資源生物科学研究所

http://www.nbrp.jp/
http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

注目! サイトWikiProfessional, Allen Brain Atlas
じょうほう通信 No.21

第2回
10月25-28日
バイオキュレーション 米国San JoseのDolce Hayes Mansionで行われます。
ミーテイングの開催 詳しくは以下のサイトをご覧ください。

Firefox Search Plug-In

http://biocurator.org/Mtg2007/
細胞工学の連載「使ってみたい！バイオリソース大集合」が始まりました。
2006年11月号から2007年12月号まで14回の連載で、国内のバイオリソースを紹介します。

リソースセンター紹介

No.15

2

オオムギの多様性とバイオリソース
佐藤和広・武田和義
岡山大学資源生物科学研究所

cDNAクローンの保存と提供

EST13万5千のデータベース公開を行って，7万5千クローンを配布対象として, 配布を行っています. また，岡山大学ではこれらのcDNAの配列情報に基づいて高密度転写産物地図，そのコムギへの利用，GeneChipアレイの開発などを行っています.
さらに，現在完全長cDNAクローンの公開に向けた準備をすすめています.

栽培オオムギにおける穂の多様性

オオムギは醸造，食用，飼料などに利用される重要な作物であり,野生種や栽培種の多様な遺伝資源が保存されています. また，栽培
オオムギは二倍体で突然変異系統を中心に豊富な実験系統が開発されてきました. コムギを含むムギ類のモデル植物ともなっているオ
オムギでは，最近BACライブラリーや大量のESTなどと共に,ナショナルバイオリソースプロジェクトによってオオムギ初の完 全 長
cDNA5000クローンもの開発も行われ, 近く公開の予定です.
岡山大学資源生物科学研究所では独自に収集, 開発したオオム
ギ系統，BACライブラリー，cDNAクローンの保存と提供を本プロジ
ェクトによって行っています. また，BACクローンを効率的に選抜するためのフィルター, PCR用プールDNAを開発して提供しています.
また, これらのゲノムリソースに関連する研究として，cDNAの配列情報に基づく高密度転写産物地図，そのコムギへの利用，GeneChipアレイの開発などを行ってきました. 国内外の研究者にバイオリソースを提供することによって，オオムギおよび近縁の植物のゲノムや遺伝子の解析，新しい品種の開発に寄与することが本プロジェクトの目的です.

3

BACクローンの保存と提供およびスクリーニングシステムの開発と提供

オオムギでは世界で２番目となるBACライブラリー(約30万クローン)を開発し, クローンを効率的に選抜するためのフィルター（１組16枚），PCR用プールDNA（768サンプル）と共に提供しています.
米国へのBACライブラリー
コピーの送付作業

1 系統種子の保存と提供

4 系統情報およびESTデータの提供
The Barley Database は “Barley Germplasm Database”（オオムギ系統情報データベースと “Barley EST Database”（オオムギESTデータベース）からなっています. 系統情報データベースからは系統の特性データも検索できます. 最新の更新内容はイネ科作物の比較マップ，遺伝資源画像データなどです.
詳細は http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/ でご確認ください.

オオムギの栽培品種，野生種および実験系統の保存と提供を行っています. 現在の保存系統数は14,000あまりで, 配付対象系統数は6,478にのぼります. このような系統リソースの基盤となっているのは, 1940年代から岡山大学資源生物科学研究所（当時の財団法人大原農業研究所）で収集された世界各地のオオムギ在来種および遺伝子解析用の実験系統です. 特にインド以東の東アジアの系統については世界的に見ても貴重なオオムギ在来種が岡山大学に保存されています. 国際的なオオムギ遺伝資源事業として国際オオムギコアコレクションの南東アジア地域のセンターとして岡山大学が業務を分担しています.

The Barley Database
http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/

ESTデータベース

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イネ科作物の比較マップ

遺伝資源画像データ

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5

配布実績

10 分

平成14年度は系統種子の配布のみ，その後はDNAリソースについても配布を開始しています. 大学をはじめ，公的あるいは民間の研究機関に配布しており，先進国，途上国を問わず，国外へ配布が多いのもオオムギのバイオリソースの特徴です.

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Firefox Search Plug-In
よく利用するサイトの「検索機能」
を毎回サイトにアクセスすることなく、いつも使えたら便利だと思いませんか？ 実際、
Google, Yahoo, Amazonな
どの検索機能を、ブラウザに組み込むプラグインが配布されています。
そして、これを組み込んだブラウザのメニューには何もしなくてもquicksearchの窓が現れます
（図１）
。
図１

収穫時期のオオムギ実験圃場

6では、こうしたプラグインが提供されていないサイトの「検索機能」を同じ様に組み込むことは無理なのでしょうか？ いえ、Firefox2というブラウザを使うと簡単に作ることができるのです。今回は自分専用のquick searchを作成する方法を紹介したいと思います。

種子貯蔵庫内部の様子

Google Scholarのクイックサーチを作ってみよう！
① プラグインの作成 -----

オオムギのゲノム解析とムギ類のゲノム解析における役割

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 6KRUW1DPH!*RRJOH6FKRODU6KRUW1DPH!
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3DUDPQDPH OUYDOXH !
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3DUDPQDPH TYDOXH ^VHDUFK7HUPV`!
 8UO!
図2 : Sample.xml
6HDUFK3OXJLQ!


2006年8月オオムギ国際ゲノムシーケンシングコンソシアムが組織され, (http://barleygenome.org/) オオムギのゲノム解析が始動しました岡山大学ではこのプロジェクトの分担事業として,NBRPで配布対象としている完全長クローンとBACライブラリーを用いて，染色体3Hに座乗するBACクローンの配列解析を進める予定です.
(http://brain.naro.aﬀrc.go.jp/tokyo/marumoto/up/h18kadai/top.htm)
オオムギの染色体3Hは現在フランスでゲノム解析が進められているコムギの3B染色体と同祖であるため，両者のゲノム配列は相互に比較解析できます. さらに，これらの染色体は染色体全体にわたってイネの第1染色体と相同性のあることが知られているので，イネのゲノム情報を活用した遺伝子同定が可能です. これまでにも，オオムギとコムギで共通に存在する遺伝子は多く知られており，遺伝子同定の際には遺伝解析の容易な二倍体のオオムギをモデルとして異質六倍体であるコムギの遺伝子を取得することも試みられてきました. このように人類の主食をまかなうムギ類のゲノムはようやく解読されようとしています.

Firefox2のクイックサーチプラグインはxmlで作成されています（図２）。
そこで、テキストエディタを使用して xxx.xml を作成します。
1, 2行目はxmlの宣言を行っているので、実質9行でGoogle Scholarプラグインを作成することができます。3行目はクイックサーチ欄に表示される名
前で、4行目が文字コード、5行目がアイコンのURLです。そして、6〜9行目が検索プログラムになります。<URL>タグのtemplateにGoogle Scholarの検索URLを指定します。<Param>タグで必要な引数を指定し、9行目の<Param>タグのvalue={searchTerms}で、クイックサーチの検索欄に記入したキーワードを使用するようにしています。最後に、10と11行目でタグを閉じて完成です。

②プラグインの導入 ----作成したプラグインを、自分が使用している環境に合わせて以下のフォルダに入れます。
{Program Filesまでのパス}¥Mozilla Firefox¥searchplugins

オオムギ国際ゲノム
シーケンシングコンソシアム③プラグインの使用 ----プラグインを上記のフォルダに入れたら、Firefox2を再起動してクイックサーチを確認してください。クイックサーチ欄にGoogle Scholarが入っていれば成功です。Google Scholarを選択し、記入欄にキーワードを入れてEnterを押すとGoogleScholarの検索結果画面が表示されます。

注目！サイトWikiProfessional http://www.wikiprofessional.info/

ほんの少しの努力で自分専用の環境を作ることができ、ぐんと便利になることがあります。皆さんもコーヒータイムにちょっと試してみてはいかがでしょうか。 （生物遺伝資源情報総合センター 系統情報研究室 渡邉 融）

Barend Mons氏 (SHARED http://www.shared-global.org/)は、複数のライフサイエンスデータベースを1つのリソースとして利用できるサイトを構築するためにWikipedia philosophyを採用し、 全研究者参加型の新たなチャレンジを試みるようです。 3月公開予定の上記サイトから見えるものは未だ少ないのですが、 試作版では既にSwiss-Prot, Gene
Ontology, PubMed, National Library of Medicineの疾患情報が利用できるということです。プロジェクトメンバーのAmos Bairoch (Swiss-Prot) や Michael Ashburner（FlyBase)も 期待する注目のサイトになりそうです。
(Nature 445, 15 February, 691p (2007)

Allen Brain Atlas

編集後記 ： 倉敷といえば大原美術館が有名ですが、設立者の大原孫三郎氏は美術品のコレクターである一方、様々な社会活動でも大きな業績を残しています。
大原奨農会・農業研究所もその１つであり、今なお岡山大学資源生物科学研究所としてその伝統が受け継がれています。 今日のオオムギリソースセンターは、こうした良き伝統と、武田先生・佐藤先生をはじめとする熱意ある、そしてビールの大好きなスタッフの皆さんに支えられているのだと思います。 ご寄稿ありがとうございました。(Y.Y)

http://www.brain-map.org/
Nature 445, 11 January (2007)の表紙を飾ったのでご存知の方も多いと思いますが、マウスの遺伝子のうち約２万個について脳における発現パターンを体系的に解析し、細胞レベルの分解能で作ったデジタルアトラ
スです。Multiple Image Viewerの完成度も高くストレスの少ない動きに感動します。

連絡先〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL
E-mail055-981-6885 (山崎)BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp

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（文責：山崎由紀子）

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