BioResource Now ! Vol.9 No.12

BioResource
Now !
Issue Number 9 December 2013

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

細矢剛 ( 国立科学博物館 )ホット情報
No. 44じょうほう通信No.85

地球規模生物多様性情報機構（GBIF）の地域化と日本ノード P1 - 2
簡単・フリーで NGS のゲノムビューイング ~後編~

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P2

ホット情報〈NO. 44〉

地球規模生物多様性情報機構（GBIF）の地域化と日本ノード
GBIF を知っていますか
生物多様性科学の分野で GBIF といえば、かなり一般に知られるようにな っ て き た と は い え、「ね え、GBIF って知ってる？」「もちろん知ってるよ。地球規模生物多様性情報機構のことだよね」というような会話はまだ日本では期待できないようです。何を隠そう、この GBIF こそは、インターネットを通じて、生物多様性情報をどこからも誰でも利用可能なように整備し、政策提言などに利用してもらおうとしている国際的な機構です。GBIF は 2001 年に設立され、遺伝研も設立当初から大きくサポートしてきました（過去の記事は［写真１］GBIF の本部。
コペンハーゲン大学の動物学博物館の２階～４階に設けられている。

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/n̲letter/2006/nl200602.pdf
http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/n̲letter/2011/nl201105.pdf

細矢剛

国立科学博物館
GBIF 日本ノードマネージャー

しかし、2011 年 3 月の東京会合でようやくアジアの代表者が選出され（フィリピンにある ASEAN Center ofBiodiversity の Sheila Vergara 氏）、続く 6 月の台湾会合でアジアとしての戦略がまとめられ、アジア地域として大きな一歩を踏み出しました。
戦略というとちょっと物騒な感じがしますが、ビジネスの世界では「長期的な視野に立って、ある目的に対する枠組みや方向性を明示したもの」を指します。また、この会合では次の戦略に基づいた活動のモデル
ケースとして、1）各国レベルでの生物チェックリストの作成と統合（特 に 侵 略 的 外 来 種、絶 滅 危 惧 種、固有種、渡り鳥）、2）魚類データベースを利用したアジアにおける多様性喪失とリスク評価、という共通の活動を推進することが決められました。

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/n̲letter/2011/nl201106.pdf参照）。本稿では、GBIF およびその日本ノードを中心に、最近の活動について紹介します。

GBIF の活動
GBIF は覚書の締結によって参加した国からの拠出金によって運営され、その本部はデンマークのコペンハーゲンにあります。GBIF は生物標本や観察情報のデータ収集に大きな力を入れています。標本はその生物があるときその場所にいた、という確かな証拠で、極めて古くから保存されていますが、その情報のデジタル化とデータベースとしての利用はまだ限られているからです。世界中からデータを集めており、現在 4.1 億を超えるデータがインターネットを通じて利用できるようになっています（http://www.gbif.org/）。

［写真２］本部の職場の様子。
フルタイムの事務局スタッフは約 20 名。オフィスは数名が 1 フロアを共有するオープンな環境となっている。

GBIF アジア地域
参加者の増加は GBIF 自身のマネジメントにも変化をもたらしました。
事務局は世界を 6 地域（アジア、アフリカ、ヨーロッパ、北米、ラテンアメリカ、オセアニア）とし、各地域での自主的なガバナンスによる活動を推進してきました。このような中にあって、日本が所属するアジアは、その地域の多様性（言語や文化、自然環境など）によって、なかなか統合的な活動ができていませんでした。

［写真３］台湾会合の様子。
事務局からの２名に加え、台湾、インド、日本、フィリピン、パキスタンなどから代表者が集合した。

〈アジアの戦略〉
１）データ保有者とのネットワークを構築する。
２）データペーパーの出版を推奨する。
３）博物館・標本庫などに眠っている標本データの動員を促進する。
４）データの標準としてダーウィンコア・アーカイブを利用することを促進する。
次ページへ続く

BioResource Now ! Vol.９No.12

GBIF 日本ノード “JBIF” と日本の戦略
GBIF の参加者の多くは国（一部は研究機関）なので、国ごとにノードを形成して活動します。日本ノードはJBIF と通称されています。GBIF は 5
年ごとに中期目標としてスローガンと戦略が挙げられており、現在は「未来をとらえる」というスローガンのもとに、１）連携の拡大、２）（デー
タの）内容の拡充、３）インフォマティックスの充実という戦略が設けられています。日本ノードは、アジアおよび GBIF 全体の戦略も考慮して、「日本国内の生物多様性情報の収集と利用を促進し、さらに国際貢献を図る」ことを念頭に次の戦略を決めて活動しています。

〈GBIF 日本ノード “JBIF” の戦略〉
１）研究者コミュニティにおいて、多様性情報の重要性に対する認知度を向上させる。
２）生物多様性情報に関する施設の機能を向上させる。
３）一般から行政まで幅広く生物多様性情報の重要性を訴える。
４）日本ノードのプレゼンスを向上する。
５）関連プロジェクトとの連携を模索する。
６）アジア地域での共同的活動においてリーダーシップを発揮する。

求められるコミュニケーションの活発化
GBIF・JBIF ともに、データの集積と出版を目標にした組織です。しかし、データを集めるためにはそのシステムへの理解と多くの人の連携を築くことが必要です。そのためには、より透明性を高め、活動内容が見えるように発信していく必要があります。

そこで JBIF は GBIF/JBIF の活動内容をわかりやすく紹介したパンフレットを出版したり、各種の講演会で生物多様性情報の重要性を一般へ発信しています。そして、多様性情報に関連した多くの人たちとつながりをもつことによって、生物多様性情報の利用を促進しています。遺伝研は、東大とともに、デジタル化された過去の文献情報や、散在したデジタル情報を GBIF に送っています。また、全国にある博物館から提供された標本情報は国立科学博物館から GBIF
へ 送 ら れ て お り、こ れ ら の 事 業 はNBRP の助成を受けています。現在
日 本 の デ ー タ 出 版 数 は 4.27 百 万（2013 年 10 月現在）と、順調に増加し、アジアの中では最も多いデー
タ出版数です。どこにどんな生物がいるか、という情報はあらゆるバイオリソースの基盤情報です。この調子でさらに多くのデータ提供を目指したく思います。■

簡単・フリーで NGS のゲノムビューイング ∼後編∼
IGV による可視化

410 分

Sam ファイルの準備

ゲノムビューワのダウンロード
下記 URL の Download、IGV̲2.3.23.zip（2013/12/20 現在）をダウンロード、解凍してください。
URL : http://www.broadinstitute.org/software/igv/download
初めて利用する場合は、メールアドレスの登録が必要となります。
なお、実行には最新版の java が必要となるので、URL : http://java.com/ja/download/
より、最新版の java をインストールしてください。

2[ 第 85 回 ]Bowtie2 で作成した sam ファイルはソートされていないので、ソートさせる必要があります。メニューバーから「Tools」→「Run igvtools …」をクリック
し ま す。「Command」の プ ル ダ ウ ン メ ニ ュ ー を「sort」に 変 更 し、「InputFile」に Bowtie2 で作成した sam 形式ファイル（test.sam）を指定します。最後に「Run」をクリックすると、ソートされたファイルが作成されます（図 2）。

前回のじょうほう通信では、マッピングツール Bowtie2 を紹介しました。今回は、前回作成した結果を可視化できる、Interactive Genome Viewer（IGV）を紹介します。

1じょうほう通信

図 2. sam ファイルのソート
ソ ー ト が 完 了 し た ら、続 い て イ ン デ ッ ク ス フ ァ イ ル の 作 成 を 行 い ま す。
「Command」を「Index」に変更し、「Input」にソート済みの SAM ファイル（test.sorted.sam）を指定します。「Run」をクリックすることで、インデックスファイルが作成されます（図 3）。

用意するデータマッピングに使用したリファレンスゲノム（FASTA 形式）と、作成した samファイルを用います。また、リファレンスゲノムと同時に取得しておいた遺伝子データのファイル（gﬀ 形式）をオプションで指定します。

今月のデータベース

3 リファレンス配列の取り込み解凍したフォルダに含まれる「igv.jar」をダブルクリックすると、アプリケーションが起動します。主要なモデル生物のゲノム配列はすでに用意されていますが、今回はマッピングに使用したリファレンス配列を取り込みます。
メニューバーから「Genomes」→「Create .genome File…」をクリックして、「Unique identiﬁer」 お よ び「Descriptive name」に任意の文字列 を 入 力 し ま す。「FASTA ﬁle」 の右にある「Browse」をクリックし、リファレンス配列のファイル（Brapa̲sequence̲v1.5.fa）を 指 定します。また、Optional の「Geneﬁle」 に前回取得しておいた遺伝子
フ ァ イ ル（Brapa̲gene̲v1.5.gﬀ）を指定します（図 1）。入力したら、「ok」を ク リ ッ ク す る こ と で .
図 1.「Create .genome File…」画面
genome ファイルが作成され、IGVにロードされます。

図 3. インデックスの作成
5

SAM ファイルのロード
メ ニ ュ ー バ ー の「File」→「Load fromFile …」を ク リ ッ ク し、ソ ー ト 後 のsam ファイル（test.sorted.sam）を指定してマップされたシーケンスデータをロードします。
ロードが完了したら、上部のメニューから Chromosome を選択し、範囲を指定することでマップされたシーケンスデータを見ることができます。また、
gﬀ ファイルに記述されている ID を指定することでもその座標に移動することができます（図 4）。

Editor's Note

Contact Address

2011 年の GBIF コレクションが２億７千件でしたからこの２年間でおよそ１．５倍も増えたことになります。活動資金が必ずしも潤沢ではない中でも着実に成果が上がっています。日本ノードのマネージャーは一昨年から科博の細矢先生に代わり、若い研究者によるワーキンググループを立ち上げて益々意欲的に活動していらっしゃいます。特に近年はアジア地域の活動にも日本チームが大いに貢献しているようで頼もしい限りです。

連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 )E-mail：brnews@shigen.info

今年は、１１月にバイオリソースプロジェクトの産みの親でいらっしゃる
森脇和郎先生がご逝去されました。GBIF の日本ノードにおいても昨年度の運営委員長をお引き受けくださるなど、活動を支えていただきました。
心からご冥福をお祈りいたします。
先生のご意思を受け継ぎ、来年は更に活動を充実させて参ります。（Y.Y.)(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

図 4. ゲノムビューワ( 前田 隼輔 )バイオリソース情報

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