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ニュースレターのダウンロード先 (PDFファイル)

http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

リソースセンター紹介

バイオリソース情報

NBRP
SHIGEN
WGR
JGR

No.17

ナショナルバイオリソース プロジェクト「線虫」 三谷昌平 東京女子医科大学医学部

http://www.nbrp.jp/
http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/
http://www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

じょうほう通信 No.24
第2回
10月25-28日
バイオキュレーション 米国San JoseのDolce Hayes Mansionで行われます。
ミーテイングの開催 詳しくは以下のサイトをご覧ください。

RSSを受信しよう！

http://biocurator.org/Mtg2007/
細胞工学 :「使ってみたい！バイオリソース大集合」が連載中です。
2006年11月号から2007年12月号まで14回に渡って、国内のバイオリソースを紹介します。

3

リソースセンター紹介 No.17

事のはじまりは、ゲノム解読であろう。線虫C.elegansは1998年に、他の動物などにさきがけてほぼ全ゲノムの解読が終了した。
これに先立ち、線虫研究者コミュニティーは「ポストゲノム」解析を目指していた。
すなわち、
サンガーセンターとワシントン大学のゲノム解読チームは、ゲノム配列のうち解読されたものから順次公開しており、解読終了を待たずして、多くの研究室は配列情報を使っていたし、解読後の研究をどのように行うかを検討していたのである。
その中には、逆遺伝学的に変異体を分離して、遺伝子機能を解明するという考えもあった。多くの研究室が変異体分離技術を開発することに凌ぎを削ったのである。
その中で、我々の研究室で開発に成功した線虫の欠失変異体の分離技術が世界的に有用な変異体リソースを提供できる可能性が認められ、本プロジェクトをスタートしたのは、2004年夏のことであった。
その後およそ、500変異体／年程度のペースで欠失変異体を収集・保存し、ナショナルバイオリソースプロジェクトのホームページで変異体データベースを公開している。

ナショナルバイオリソース
プロジェクト「線虫」
三谷昌平
東京女子医科大学医学部 第二生理学教室 教授

1
線虫のバイオリソースの歴史は研究者コミュニティーの歴史に近い。 S. Brenner博士が英国ケンブリッジで線虫を用いた研究を始めた初期の変異体株の多くも、CGC(Caenorhabditis
Genetics Center)より入手可能である。CGCは、米国にあり、論文発表された変異体やトランスジェニック株を凍結保存してあり、メールなどで担当者にリクエストを出すと希望したものが２〜３週間程度で郵送されて来る。

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ナショナルバイオリソースプロジェクト 線虫変異体データベース
http://shigen.lab.nig.ac.jp/c.elegans/

我々は、東京女子医科大学医学部にナショナルバイオリソー
スプロジェクト中核機関として「線虫」を収集・保存・提供することを業務としている。 線虫を扱っていらっしゃらない方にとっては、上記のCGCがあるのに何故？というふうにお考えになる方も多いかと思われる。他の生物では、バックアップの意味もあり、複数箇所にストックセンターを設置するのが好ましいかも知れな
いが、線虫研究者コミュニティーの場合には、「CGCのストレインを他所の研究室にもコピーして重複保存する」という話は聞いたことがない。我々は、研究者コミュニティーの要望を聞きつつ、独自の変異体を収集・保存し、それを研究者コミュニティーに提供することを業務としている。
すなわち、CGCはどちらかと言うと、過去の成果を蓄積することを重要業務としているが、日本のナショナルバイオリソースプロジェクトは未来の線虫研究を切り拓くお手伝いをするのが重要な業務なのである。

この公開数は、１研究室としては世界で最大となっており、我々を先行するすること５年ほどで同様の事業を行っているアメリカ・カナダのグループの合計公開数を上回っている。今回の原稿では、我々の研究室で実際に行っている実験（収集と保存）の流れの一部を簡単に紹介させていただきたい。

4
まず、我々が既に保有している線虫変異体の凍結保存ストックについてである。線虫は、Brenner博士が実験を始めた初期より凍結保存ができることが特徴である。
当時からグリセロールを用いた保存液中に幼虫を懸濁して細胞株のように凍結すると半永久的に保存が可能であることが知られていた。我々は、グリセロールの代わりにトレハロースを使用する手法を開発した。
この凍結保存液により一層の保存状態の改善が見られたので、より回復率が高く、変異体を扱う上で大きなメリットを受けている。
線虫は、大腸菌を餌として、寒天培地上で飼育することができる。
図１では、低温インキュベータ内で大量の培地を置いてたくさんの線虫の飼育ができることを示している。変異導入した線虫は、このように培養した後、M9バッファーで洗い出して、１枚のシャーレを96穴フォーマットのチューブ１本ずつに入れて、凍結保存を行う（図１（２））。保存は、超低温フリーザで年の単位で安定に保存可能である。

図1(1)培養(2)回収(3)凍結保存

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図2

10 分- 24 -RSSを受信しよう！
(1) 分注ロボットによる処理

最近では、インターネットで情報を発信しているサイトにRSS(ReallySimple Syndication)が備えられるようになりました。SHIGENでも、昨年の夏から新着リソース/サービスの情報をいち早くお伝えするためRSS配信を始めしました。
今回は、Internet Explorer 6 (以下、IE6)によるRSSの受信方法を紹介したいと思います。

(2)96 検体用アガロース電気泳動

5変異体を収集する際には、各々のチューブ毎から少量のDNAを取り分けておき、それを段階的に混合したものを用意してある。
これを分注ロボットを使用してPCR反応の鋳型とする（図２）。96穴フォーマットでPCR反応から電気泳動までを能率良く行うことができる。多くのチューブのDNAを含んでいるので、感度の高いPCR反応で欠失変異を見つけるのであるが、最初は、しばしば野生型の増幅バンドに加えてかすかな変異体のバンドが見える程度である（図３(1)）。
アーチファクトとの区別ができるようにいつも二重の実験を行っている。当たりが出ると、混合前のDNA液に戻って再度PCRを行う（図３(2)）。
この時には、野生型バンドは薄く、逆に変異体バンドが濃く見えることが多い。
このようにして、元々の培養シャーレを対応付けることができる。

- プラグイン導 入 編 IE6にRSS機能は含まれていません。
そのため、IE6でRSSを利用するためには、プラグインを導入する必要があります。
今回は、Darkskyが開発しているフリーソフト「RSSバー」を導入します。
①.「Darksky Website(http://darksky.biz/)」の左メニューから「RSSバー」
をクリックし、上部のタブから「download」をクリックします。
ページ内の「RSSバー for Internet Explorer 1.30 (2007/5/25現在）」
をダウンロードして、Zipファイルを解凍します。
②. IE6を起動している場合は、1度終了させて下さい。解凍したフォルダの中にある「設定.exe」
を実行します。実行するとインストーラーが起動しパネルが表示されますので、そこで「設定」を押せば完了です。
「Darksky Websitede」
でインストール方法も説明されていますので、参考にしてください。
③. IE6を起動して、「表示→エクスプローラーバー→RSSバー」とクリックすると、左にRSSサイドバーが表示されます。

図3- RSS受信編 次に、SHIGENのRSSを受信してみましょう。
①. SHIGENのNewResourcesページに移動します。
(http://shigen.nig.ac.jp/newresources/newResourcesListFormAction.do)
ページ内のNew repositoryとNew service/siteの横に、それぞれ「RSS:SHIGEN-R」と「RSS:SHIGEN-S」のロゴが表示されています。
「RSS:SHIGEN-R」のロゴをクリックしてください。

(2) 二次スクリーニング(1) 一次スクリーニング②. RSSバーにRSSを登録するために、表示されたページのアドレスをコピーします。RSSバーの左上の「RSS・ATOMを追加します。」ボタンをクリックして下さい 。表 示された「 R S S・ATOMの追加」
画面のURLに、先ほどコピーしたSHIGENの「RSS:SHIGEN-R」のアドレスを貼り付けます。
フォルダのプルダウンメニューから「ルート」を選択して、「OK」を押します。

6
培養シャーレが見つかったら、チューブを解凍して、個体の飼育を始める。
たくさんの線虫の中には、多くの野生型と少数の変異体が含まれている。最初の変異導入時に片方の染色体にのみ欠失変異が入っているため、飼育中に希釈されているからである。我々は、線虫ソーターを用いて、96穴フォーマットで線虫を液体培養している（図４）。
こうすることにより、その後の操作もマルチチャネルピペッタやロボットを使用することが可能になるからである。
１週間程度の液体培養で線虫が増殖したら、一部を取り出して溶解した後、そのDNAを鋳型としてPCR反応で変異体を見出す。個々の変異体を取り出した後、欠失部位のシーケンスを決定するなどの品質チェックを行った後に、遺伝研に置かれているホームページより公開していただいている。

③. RSSバーに「SHIGEN New Resources…」
ファイルが作成されますので、これをクリックします。下段にRSSの内容が表示されれば登録完了です。更新の確認はファイルをクリックするか、RSSバーについている「更新」
ボタンを押すことで確認することができます。
④. 同様の方法で、ぜひ「RSS-SHIGEN-S」
も登録してみてください。
また、IE7、Firefox2.x、Safari、Google ReaderへのRSS登録方法
については、以下のページで解説しています
ので、ご利用ください。
（渡邊融）

図4

URL : http://www.shigen.nig.ac.jp/shigen/about/rss.jsp(1) 線虫ソーターによる個体の分注(2)96 穴プレートでの個別培養

7

編集後記 ：線虫は、ハイスロープットサイエンス時代のまさにスーパーモデルですね。
純粋な基礎研究に利用されることが多いこともあって、線虫研究者のコミュニテイ
ではバイオリソースや情報の共有化に対する理解が浸透しているようです。
今月掲載予定だった鈴木先生のMTA議論（２）は来月お届けします。(Y.Y.)

我々のプロジェクトでは、生き物を扱うが出来る限りハイスループット化することを目指してきた。
ライフサイエンスはゲノム解読により飛躍的な情報を得ることが可能になって来た訳であるが、そのスピードをさらに上げるためには、実際の生物としての表現型や遺伝子改変して実験的に検証された事実を蓄積する必要があると考えられる。
そういう点において、線虫は十分単純であり、多くのストレインを扱うことができる多細胞動物である。
線虫はヒト遺伝子のオーソログを多数持っており、医学研究の最も基礎部分を担う役割を果たしたいと願って日々変異体の情報と実物の発信を行いたいと考えている。
■

連絡先〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 (山崎)E-mail BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp

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