BioResource Now ! Vol.8 No.9

BioResource Now !

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Issue Number 8 September 2012

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。
リソースセンター紹介 No.41

じょうほう通信 No.73
Linux サーバまるごとバックアップソフト紹介

第３期 NBRP 中核拠点の新規採択リソースの代表者からのメッセージ
P1「Mondo Rescue」

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お薦め Book！ No.9

「強い者は生き残れない」

P2

リソースセンター紹介〈No.41〉

第３期 NBRP 中核拠点、新規採択リソースの代表者からのメッセージ
今月のニュースレターは、第３期で新規採択リソースの代表者 4 名の先生方に自己紹介と抱負を寄せていただきました。

「ニワトリ・ウズラ」

松田 洋一 （名古屋大学大学院 生命農学研究科 附属鳥類バイオサイエンス研究センター）

第 3 期より開始された NBRP「ニワトリ・ウズラ」を担当することになりました。これまで名古屋大学、北海道大学において、鳥類を中心に、両生類から哺乳類に至る幅広い脊椎動物を対象とした分子細胞遺伝学的研究に従事してきました。平成 21 年度より、鳥類バイオサイエンス研究センターで家禽の遺伝学研究に取り組んでいます。
我が国は、日本鶏を中心に様々な遺伝的特性をもつニワトリ・ウズラ系統を有する鳥類の遺伝資源大国です。しかし、研究用の鳥類リソースを取り巻く状況は厳しく、産業を目的とした系統の偏在化や研究費の制約などにより、多くの貴重なリソースが失われつつあります。NBRP「ニワトリ・ウズラ」では、現在、ニワトリの野生原種である赤色野鶏、高度近交系、長期閉鎖系、疾患モデル系などを含む 20 を超えるニワトリ系統を維持し、ニホンウズラは突然変異系統を含む長期閉鎖系 7 系統を保有し、提供が可能です。今後は、質と量ともに世界最高水準のニワトリ・ウズラリソースの保存と育成、ならびに安定供給を実現することによって、鳥類を用いたライフサイエンス研究の基盤を補完し、研究者コミュニティへのさらなる貢献を目指します。

「ゾウリムシ」

藤島 政博 （山口大学大学院理工学研究科）

第３期から採択された NBRP ゾウリムシの代表機関課題管理者を担当いたします山口大学の藤島です。東北大学の院生の時から、ゾウリムシを使い続けて３４年になります。ゾウリムシは、普遍的生命現象が多数みつかった重要な研究材料です。２８年前から細胞内共生の成立機構を明らかにする目的で、国内外の研究者にご協力いただいて、ゾウリムシ属の多数の種や株の収集と保存をしてまいりました。凍結保存ができず、細胞分裂回数に依存して老化するので、株の保存には労力を伴います。
この事業では、ゾウリムシ属の多様な株をシンジェン、接合型、採集年、採集地、特徴などの情報と共に提供いたします。ゲノムの解読や、トランスクリプトーム解析に使用された株や突然変異株も提供いたします。細胞内共生細菌や、共生藻を維持している株の提供にもご相談に応じます。山口大学は、ゾウリムシとその細胞内共生生物に対する、モノクローナル抗体の保有数も世界最大規模です。これらの抗体の使用にもご相談に応じます。ゾウリムシ属は、記載種が約５０種存在しますが、現在でも野外から採集可能な種は約半数です。
この事業は、ゾウリムシ属の種の保存の機能も担います。

「ネッタイツメガエル」

住田 正幸 （広島大学大学院理学研究科 附属両生類研究施設）

第 3 期から新規に NBRP ネッタイツメガエルを担当することになりました。多様化機構研究部門に所属しております。どうぞよろしくお願いします。ネッタイツメガエルは、サイエンスコミュニティに登場して日が浅い発展途上の実験動物で、研究方法や情報共有などの基盤整備が十分とはいえませんが、リソースとして以下の利点があります。アフリカツメガエルより小型で、省スペースでの飼育が可能です。5 つの野生系統が存在し、系統間での比較が可能です。さらに 2 倍体で世代時間が短く、全ゲノム情報が利用できます。このため、アフリカツメガエルでは困難だった遺伝的解析が容易で、遺伝子破壊やゲノム情報を利用した研究が可能です。
このため、ネッタイツメガエルはライフサイエンス研究に大きく寄与しうる「発展が見込まれるバイオリソース」と考えられます。
本事業では、このような利点を持つネッタイツメガエルのさらなる普及と研究の発展を促進するため、高品質近交系作出と標準系統確立、供給体制改善、実験プロトコル整備発信、ユーザ支援、国際連携などを実施して、本リソースユーザーの拡大を図りたいと考えています。皆様のご意見・ご要望をいただければ幸いです。

「研究用ヒト臍帯血幹細胞 」

加藤 俊一 （東海大学 医学部）

第 3 期から「研究用ヒト臍帯血幹細胞」を担当させていただくことになりました。本事業は、平成 15 年〜 24 年 6 月まで文部科学省の「再生医療実現化プロジェクト」の一環として行われてきたものを、平成 24 年 7 月から NBRP の一部門として継続することになったものです。
わが国における、臍帯血移植と臍帯血幹細胞に関する研究は世界でも群を抜いており、日本さい帯血バンクネットワークを介しての臍帯血移植は累計で 9,000 例を超え、世界全体の約 3 分の１を占めています。臍帯血バンクに提供される臍帯血のうち移植に用いることができないもので、研究用の提供同意をいただいた臍帯血を、本事業を通じて国内外の研究者に提供いたしております。
本事業においては、移植用の臍帯血バンクと連携して、造血幹細胞や間葉系幹細胞を始めとする幹細胞研究、がん研究、免疫研究、感染症研究、アレルギー研究、創薬研究、遺伝学的研究、環境医学研究、さらには iPS 細胞に関する研究など、広く医学・生物学研究に利用できる同意をいただいております。
提供可能な臍帯血幹細胞として凍結された臍帯血幹細胞（単核細胞、有核細胞、CD34 陽性細胞）と新鮮臍帯血（採取後 36 時間以内）があります。研究の用途に応じてご利用下さい。
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BioResource Now ! Vol.8 No.9

お 知らせ
The 4th ANRRC が韓国・済州島にて開催されます。
日程：2012 年 10 月 17 日（水）- 10 月 19 日（金）創立 90 周年記念 第 64 回日本生物工学会大会にて、附設展示会を行います。
日程：2012 年 10 月 24 日（水）- 10 月 26 日（金）第２回モデル生物細胞性粘菌トレーニングコース
日程：2012 年 11 月 23 日（金・祝）- 25 日（日）会場：筑波大学第２エリア地区内
参加費：無料（ただし、交通・宿泊にかかる費用は自己負担でお願いします。）
第 35 回日本分子生物学会年会 NBRP 実物つきパネル展示：「バイオリソース勢ぞろい」
日程：2012 年 12 月 11 日（火）- 12 月 14 日（金）9:00 - 17:00 ( 最終日は 16:15 まで )会場：福岡国際会議場・マリンメッセ福岡

Linux サーバまるごとバックアップソフト紹介

じょうほう通信「Mondo Rescue」
バックアップの重要性

バックアップすべき最重要なデータは、Web サーバであればコンテンツファイル、DB サー
バであればデータベースファイル等のユーザデータであることは言うまでもありません。これに加え、復旧スピードを考えると OS イメージのバックアップも取っておくとベストです。今回は、Linux サーバ上で OS やデータをまるごとバックアップ
出 来 る ソ フ ト ウ ェ ア「MondoRescue」を紹介します。

10 分

② 使い方

サーバ運用において、バックアップが重要であることは言うまでもありません。当センターにおいても、先日落雷による停電により、古くから稼働していたサーバが故障したため、バックアップからシステムの復旧作業を行いました。ただ、OS イメージやアプリケーションの設定等が一部バックアップ出来ていなかったため、復旧に多くの時間を費やしてしまいました。バックアップをしているだけでは不十分で、迅速に復旧させるための OS イメージバックアップや、リカバリ手順整備等の重要性を再認識したところです。

OS イメージバックアップ[ 第 73 回 ]ハードウェア用意

ハードウェア用意

OSインストール
ネット ワーク等のOS設定

時間短縮

アプリインストール

コマンドプロンプトから以下の様なコマンドを実行することでバックアップが実行されます。

# mondoarchive -Oi -d /backup -s 4480m -E /data -p backup20120920
上記オプションの説明を以下に記載します（表１）。

オプション-Oi-d-s-E-p

意味
isoイメージを生成
バックアップイメージを保管するディレクトリやデバイスを指定する
メディアのサイズを指定する。
バックアップ対象外のディレクトリを指定する
バックアップ出力ファイル名を指定する

表 1. バックアップコマンドのオプション説明

アプリ設定
データリストア

バックアップリカバリ

動作検証

動作検証

図 1. OS イメージやアプリ設定のリカバリが可能な場合のリストア時間の差

バックアップソフト「Mondo Rescue」とは「Mondo Rescue」は Linux 上で動作するオープンソースのソフトウェアで、通常のファイルバックアップ機能に加え、OS イメージをまるごとバックアップしてリカバリメディアを作成することができ、障害発生時には、このメディアから簡単に復旧できるリストア機能も備えています。

① インストール方法
まずは、バックアップ対象サーバに「Mondo Rescue」をインストールします。
今回は CentOS5.8 でのインストール方法、バックアップ手順を解説します。
必 要 な フ ァ イ ル は、「aﬁo」「buﬀer」 「mindi-busybox」 「mindi」「mondo」の 5 ファイルで、Mondo Rescue の公式 FTP サイトから該当する rpm ファイルをダウンロードして次のコマンドでインストールして下さい。 # rpm -ivh *.rpm（ Mondo Rescue の公式 FTP サイト：

コマンドの実行が終了すると「-d」オプションで指定したディレクトリに ISO イメージファイルが生成されますので、リストアに備えて DVD メ
ディアに書き込んでリカバリメディアを作成したり、テープや他の媒体に移動します。また、上記コマンドを「cron」等から実行することで定期的に自動バックアップすることが出来ます。

③ メディアからのリカバリ機能
サーバの障害発生時には、代替機を準備した後に手順②で作成したリカバリメディアからブートすることで、サーバをバックアップ時の状態にリストアする事が出来ます。

最後に備えあれば憂い無しということで、バックアップについて十分な運用体制が確立しているか再検討してみてはいかがでしょうか？バックアップというと初回設定をするだけで安心してしまいがちですが、障害発生時に慌てないよう、リカバリ手順の整備、復旧訓練、バックアップが正常に稼働しているかの定期監視等、日々の運用も含めて考えていくことが重要と思います。
（山川 武廣 )ftp://ftp.mondorescue.org/rhel/5/i386/ ）ニュースレターのダウンロード先

お薦め Book！〈NO.9〉「強い者は生き残れない」

吉村 仁 著（新潮選書、2009 年）

著者は、素数年（13 年とか 17 年）周期で大発生するセミ、いわゆる「素数ゼミ」の謎をみごとに解明したことで有名になった人。本書では、副題に「環境から考える新しい進化論」とあるように、対象を生物一般に広げて従来の進化理論とは異なる独自の視点から進化のメカニズムを論じている。ダーウィンをはじめ従来の進化論では「環境は変化しない」という前提のもとに、自然選択がどう起こるかが研究された。たとえば、集団遺伝学を中心とする進化の総合学説では、変異体の適応度は野生型からのズレ、すなわち相対適応度（W =1+s）として与えられる。しかし野生型＝安定型という前提には、環境が変化すれば現在の野生型はもはや「安定型」ではなくなる、という当たり前の認識が欠除している。もちろん環境変化が小さければ問題はないが、十分大きな環境変化が起これば、それまでの野生型はその変化に耐え、新しい環境に適応するか、それができなければ絶滅せざるをえない（進化と絶滅は表裏の関係）。環境は変動するものだという著者の視点に立てば、環境 A に適応した者はその環境では強くても別の環境 B では不適となり滅亡するが、両方の環境に「ほどほどに」適応した者は生き残る。したがって、著者の主張する環境変動説は「多くの子供を残す者」ではなく、十分に長いタイムスパンでみて生き残る者こそが勝者になる、という自然選択説である。
（K.N.）

www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

Contact Address
連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 ) E-mail：brnews@shigen.info
Editor's Note
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP)の第3期新規採択課題の代表者の先生方に自己紹介と抱負を寄せていただきました。新規とはいえ皆ベテランの先生達ばかりですので、立ち上げにスピード感があり、プロジェクトの更なる充実・発展が期待できそうです。
本ニュースレターでは新規採択リソースの特集記事も予定しております
ので、楽しみにお待ちください。（Y.Y.)

バイオリソース情報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

BioResource Now !
Issue Number 8 September 2012