BioResource Now ! Vol.6 No.11

BioResource Now !
Issue Number 6 November 2010

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

ホット情報
No.33
じょうほう通信
No.55- The Conference of International Society for Biocuration -4th International Biocuration Conference 報告
Excel を別ウインドウで開く方法

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ホット情報〈NO.33〉

4th International
Biocuration Conference 報告− October 11-14, 201010 月 11 日−14 日、お台場の
東 京 国 際 交 流 セ ン タ ー に お い て、
４回目の International Biocuration
Conference が開催され、私は前回のベルリンに引き続き参加をしました。
Plenary Talk ３題、６つの session と４つのWorkshop、そしてポスターセッションというかなり盛り沢山な内容でした。その中で、私が特に興味深く感じた３つを紹介します。

1. Ontology Widgets｢Ontology Widgets｣ は、12 日に行われた workshop 2 ：Curation Interface andSoftware で、Dr. Patricia Whetzel(Stanford University, USA) が 紹 介 し ま した。こ れ は そ の 名 前 の 通 り Ontology のWidgets*1 で、Bioportal*2 のツールとして開発されました。
Bioportal は 50 を超えるプロジェクト *3から集められた 230 種のオントロジー(OWL、OBO Format) を提供していますので、｢Ontology Widgets｣はこれらのすべてに対して利用することができることになります。
*1 ページや画面に埋め込み可能なアプリ
ケーション*2 オントロジーのポータルサイト*3 Gene Ontology Consortium を は じ め
Cell line ontology 、WormBase 、TAIR 、Gramene など｢Ontology Widgets｣には、“Visualization” ,“Tree widget” , “Jump To” , “Auto-complete” ,“RSS feed” の５種類があります。
“Visualization” は term の関係を可視化するツールです。Term についた「＋」をクリックすることで、次々関連 term を辿ることが で き ま す。レ イ ア ウ ト の 変 更（円 形、tree, グリッドなど）や色の変更などもストレスなく簡単にできます。
“Tree widget” は木構造レイアウトを “JumpTo” は 検 索 フ ォ ー ム、“Auto-complete” は検索フォームでのナビゲーションです。

図１：
オントロジーの関連を表示した VisualizationOdaiba, Tokyo, Japan −Widget ですから提供されたソースコード（term を右クリックすると図 1 の赤く囲まれた部分のようなソースが表示される）を自分のサイトの HTML などにコピー＆ペーストするだけでローカルサイトで動作しますが、その高い操作性には感心しました。
例えば、私たちが担当しているイネのデータ
ベ ー ス “Oryzabase” に｢Ontology Widgets｣を 組み込むと、図 2 のようにな り ま す。Bioportal のＧＯデータを楽々共有でき、簡単にインテリジェンスな表示ができるよう
図 2：Visualizationになります。

2. Bio2RDF（ＧＯ表示）を組み込んだ Oryzabaseの遺伝子ページ｢Bio2RDF プロジェクト｣は、13 日に
行 わ れ た workshop 4：New Approaches
Towards Database Integration で、Dr.Marc-Alexandre Nolin (LavalUniversity, Canada) が紹介しました。
この Workshop では、セマンティック Web（※）
に関するプレゼンが多くありました。情報量が多すぎて検索エンジンだけでは的確なもの見つけ出す事ができない、関連する情報があるのに個々のウェブサイトが相互に十分関連づけられていない、という問題を解決する為にセマンティック Web が貢献するようです。
※セマンティック Web とは『情報リソースに意味（セマンティック）を付与することで、人を介さずに、コンピュータが自立的に処理できるようにするための技術』（1998 年にティム・バーナーズ・リー氏によって提唱されました）と定義されます。

セマンティック Web を実現する為にResource Description Framework (RDF：リソースを記述する枠組み）が必要で、具体的には XML を用いて、Subject（主語：S）と Predicate（述語：P）と Object（目的語：O）の 3 つの組を 1 つの情報の単位として組み合わせることで、ページ中の意味を表
現 し ま す。Bio2RDF プ ロ ジ ェ ク ト で はS.P.O の 全 て を URI の 形 式（http://bio2rdf.org/namespace:identiﬁer、
例えば namespace=pubmed identiﬁer= 11992264のように表す）で統一しています。

実世界では、linked Data DBpedia（700万件のウィキペディア記事をインテリジェントにリンクしようと試みた、セマンティッ
ク Web の一種）が有名です。
DBpedia からライフサイエンス領域へのリン
クには、｢Bio2RDF プロジェクト｣の RDF データセットが貢献しているとの事です。
（図 3）
図 3：2010 Linked
Open Data Cloud：Life Sciences（ピンク）の部分 Bio2RDF が貢献

Bio2RDF プロジェクトは変換ツールを提供しています。実際にツールを使用して PubMed,GeneId,KEGG,Uniprot,SDGなど 40 のデータベースを関連づけたサービスを提供しています。
変換ツールのダウンロード URL
http://sourceforge.net/projects/bio2rdf/
サービスの URL：http://bio2rdf.org/
検索したいユーザーは、SPARQL（RDF ク
エリ言語）を使用し、複雑なクエリ表現（例として、｢遺伝子 A が関係する疾患名は？」や「遺伝子 A は遺伝子 B を抑制するか？」など）で検索することができます。
Bio2RDF のデータセットのダウンロード
http://sourceforge.net/apps/mediawik
i/bio2rdf/index.php?title=Namespace

3. Utopia Documents
最後に｢Utopia Documents｣は、14 日に 行 わ れ た session6：Future Directions
and Challenge for Biocuration で、
Dr.Steve Pettifer (The University ofManchester, UK) が紹介しました。
PDF を動物のゾウに例えていて、PDF の情報が外部とのつながりを持てない固定された雑誌論文に埋め込まれているため、研究者は他の研究者によって行われていた実験を知らずに繰り返したり、すでに他の研究者によって間違いが証明されていた事実を知らずに検証したりすることが多く、それら の 問 題 を 解 決 す る た め に｢UtopiaDocuments｣が開発されました。
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これは PDF 論文を外部のデータと関連させることができる新しい PDF リーダーです。
Utopia Documents は Portland Press 社 のBiochemical Journal（雑誌）で試験運用され て お り、Semantic Biochemical Journalとして提供されています。
実 際 に、｢Utopia Documents｣ を ダ ウンロードし操作してみました。PDF 論文内の画像・図表からアノテータによって付与された関連情報を表示することができます。
また、論文から外部のウェブサイト，用語集，データベースなどを直接参照することができます。
UtopiaDocuments
http://getutopia.com/documents/

ツールを介してタンパク質立体構造を表示し、回転操作することもできます。
（図 4）
また、数値データを二次元散布図に変換するツールへのリンクも提供されていました。

図 4：ツールを介してタンパク質立体構造を表示し、回転操作できる Utopia Documents

このように、｢Utopia Documents｣ を使うと、より進んだ研究考察や分析が可能になり、大いに期待できます。

4. 最後に以上紹介したプロジェクトは、いずれも分散している情報の有効活用とデータシェアリングに関するものでした。技術は進化し変化し続けていることを確信し、私達もそれらを活用して、より良いサービスを提供したいと思いました。
ま た、ス マ ー ト フ ォ ン が 普 及 し た せ い か
Twitter などのソーシャルネットワークへのリンクがある演題が多いように思いました。
開発者と利用者の生の声が聞こえやすくなったということでしょうか。■( 生物遺伝資源情報総合センター
系統情報研究室 土屋里枝 )じょうほう通信

Excel を別ウインドウで開く方法
普段パソコンを使っていて、次のようなことに気が付いている方も多いかもしれません。エクスプローラー( インターネットエクスプローラーではありません ) にある Word のファイルをダブルクリックして複数開くと、その数だけ新しいウインドウが表示されるのに対し、Excel の場合は 1 つのウインドウの中に、複数の子ウインドウが開いてしまいます。
複数のシートを見ながら作業を行う場合、子ウインド 図 1：Excel の 1 つのウの大きさを変えて表示するよりも、ウインドウごと ウンドウの中に 2 つに切り替えてしまった方が便利だと感じる時が多々あ の子ウインドウが表示ります ( 特に、1 台のパソコンで複数のモニターを使っ されている。て作業を行う場合 )。（図１）[ 第 55 回 ]10 分

3 別ウインドウで同時に開きたい Excel ファイルの数だけ、 1 2の操作を繰り返します。すると図 4 のように、1 つのウインドウごとに Excel ファイルの内容を表示できました。

今回は、Excel を別ウインドウで開く方法についてご説明します。以下に示した手順は、Windows7, Excel 2007 を対象としています。

図 4：別々のウインドウで開かれた 2 つのExcel ファイル1

Excel ファイルをダブルクリックするのではなく、シートに何も書かれていない、白紙状態の Excel を新しく起動させます。（図 2）( ス タ ー ト メ ニ ュ ー の「Microsoft Oﬃce Excel2007」を左クリック、またはタスクバーにあるExcel のアイコンを右クリックし、表示されるジャンプリストの「Microsoft Oﬃce Excel 2007」 を左クリック )上記のように、一度新規に Excel を起動するという手間がありますが、ウインドウを切り替えながら複数の Excel ファイルの作業を行いたい
場合、ぜひお試しください。

図 2：新しく起動した Excel

なお、エクスプローラーにある Excel ファイルをダブルクリックした時に、一度新規に Excel を起動することなく別ウインドウごとに開く方法もありますが、Windows7 では、レジストリー (Windows の基本情報やソフトウェアの拡張情報などが保存される、内部データベース ) を編集する必要があります。 （木村 学）

2表示させたい Excel ファイルをエクスプロー
ラー ( 改めて言いますが、インターネットエクスプローラーではなくファイルを表示するエクスプローラーです。) で表示させ、そのファイルを新しく起動させた Excel にドラッグ & ドロップします。（図 3）
図 3：Excel ファイルを Excelにドラッグ & ドロップする

お 知らせ

詳細は http://www.nbrp.jp/ からご覧になれます｢第 2 回 Asian Network of Research Resource Centers (ANRRC) ｣が10 月 28 - 29 日、理研 BRC にて開催されました。
・関連サイト http://rtcweb.rtc.riken.jp/English/meeting/ANRRC/report̲j.html
・ANRRC
http://www.anrrc.org/index.jsp

BMB2010 特別企画 第 33 回日本分子生物学会年会
NBRP 実物つきパネル展示：「バイオリソース勢ぞろい」
日時：2010 年 12 月 7 日 ( 火 ) - 12 月 10 日 ( 金 )9:00 - 17:00 ( 最終日は 16:00 まで )会場：神戸国際展示場 3 号館 NBRP コーナー
（大会ホームページ http://www.aeplan.co.jp/bmb2010/index.html）

Contact Address
連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL055-981-6885 ( 山崎 )E-mail brnews@chanko.lab.nig.ac.jp

バ イ オリソ ー ス 情 報

Editor's Note(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

BioResource Now !
Issue Number 6 November 20102

今年の Biocuration のミーテイングでは「論文」と「データベース」との距離が一層縮まりつつあることを強く感じました。paper publication を知識の化石化（fossilization) と表現し、テキストマイニングによってもオリジナルの知識を低い％でしか掘り起こせない現実を、セマンテイック
Web の技術を使った新しい publication によって解決しようとする Dr. Barend
Mons の Plenary Talk は大変興味深いものでした。
今月は情報中心の内容をお届けしましたが、新しいうねりを感じていただ
けたでしょうか。（Y.Y.)