BioResource Now ! Vol.9 No.8

BioResource
Now !
Issue Number 9 August 2013
国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

深海薫・小林正智 ( 理化学研究所バイオリソースセンター )ホット情報
No. 41

じょうほう通信No.82
今月のデータベース

モデル植物の情報とリソースをつなぐ
データベース「SABRE2」

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P1 - 2

フォルダとファイルの比較と同期

P2「藻類遺伝資源情報 − Algae」

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URL: www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

P2

ホット情報〈NO. 41〉

モデル植物の情報とリソースをつなぐ 深海薫・小林正智
データベース「SABRE2」
12

理化学研究所バイオリソースセンター
2（情報解析技術室 室長1・実験植物開発室 室長 ）実験台から豊かな収穫へ
人類は農耕を開始して以来、より有用な性質を持つ植物を選抜し、新たな作物品種を作り続けてきました。メンデルの法則がエンドウの交配実験で発見されたよ
うに、こうした植物の性質は遺伝子によって決まります。新品種の作出とは、より有用な遺伝子の組み合わせを持つ植物系統を作り出すことと言い換えることが出来ますが、そのためには個々の遺伝子の性質をよく知る必要があります。
シロイヌナズナは、草丈40センチほどで蛍光灯の光だけで実験室内でも育ち、３ヶ月程度で次世代の種子を採取できるなど、研究用として扱いやすい特徴を持ちます。そのため、世界標準のモデル実験植物として、植物のさまざまな現象や機能を理解する基礎研究で盛んに利用されてきました。ゲノムサイズが小さいことも特徴の１つで、2000 年 12 月にはヒトゲノムに先駆け、高等植物として初めて全ゲノムの塩基配列が解読されました。その翌年 2001 年からは、ゲノム上に見出された全遺伝子約 2 万 7000 個の機能を調べることを目標とした、国際連
携 プ ロ ジ ェ ク ト “Arabidopsis 2010
Project” が開始され、多くの遺伝子の機能に関する情報が得られました。そのプロ
ジェクト最終年の 2010 年 6 月には、今後のシロイヌナズナ研究の目標として『From bench to bountiful harvests』（実験台から豊かな収穫へ）が掲げられ、蓄積されたシロイヌナズナの研究成果を有用作物の研究に活かす取り組みが始まり、今日に至っています。

SABRE2 の前身となる SABRE（セイバー）
は、シロイヌナズナ遺伝子を基にして、それと類似の配列を持つ遺伝子のクローンを植物種横断的に検索するデータベースです。SABRE で検索されたクローンは、類似の配列を持つシロイヌナズナ遺伝子ならびに、その遺伝子に付加されたアノテーションと共に表示されます。この結果を利用すれば、遺伝子クローンを使っての研究に、これまでのシロイヌナズナ研究で豊富に得られた遺伝子機能の情報を活用することができます。SABRE は2007 年に開発され、シロイヌナズナの情報と理研 BRC から提供されている遺伝子クローン（シロイヌナズナ、ヒメツリガネゴケ、タバコの培養細胞、ポプラ、キャッサバ、塩生植物ハロフィラ、寄生植物ストライガ、ハクサイ）をつなぐデータベースとして利用されてきました。

インタフェースにも大幅な改良
SABRE2 では、NBRP の中核機関から入手可能な植物遺伝子リソース全てが検索できます。検索された遺伝子クローンからは、各中核機関のデータベースへアクセスできるようにリンクが張られており、より詳細な情報が入手できて提供の申込みも行えます。
SABRE2 は、SABRE に比べて約 3 倍となる 150 万を超える植物遺伝子クローンの情報を持ちます。質・量ともに大きく変化したデータの検索を容易に行えるよう、検索画面や結果の表示に大幅な改良を加えました。例えば、取り扱う植物種が増えたため、検索や表示対象とする植物種を利用者が取捨選択して設定できるようにし、必要な結果だけ得られるようにしました。また検索キーワードの入力画面は、クローン名や遺伝子番号など、どのような言葉をキーワードに使えばよいかが一目で分かるようなデザインにし、キーワード入力時には候補を表示するようにし、作物の育種研究者などのシロイヌナズナ以外の植物研究者にも使いやすくしました。

今回、NBRP 情報センター協力のもと、NBRP から提供されているモデル植物 6 種（コムギ、オオムギ、アサガオ、ミヤコグサ、ダイズ、トマト）の遺伝子クローンの情報を追加し、合計14 種の植物遺伝子クローンを一度に検索できる、SABRE2 を開発しました（図 1）。有用作物の研究へとつながるような、モデル植物の遺伝子クローンとの関連付けが拡充したことで、有用作物の創出に一層貢献し得るデータベースとなりました。
TheArabidopsis
Information
Resource＊

http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre2/SABRE2.cgi

SABRE2 の“どこからでもドア”
SABRE2 には、インターネットが利用でき る 環 境 で あ れ ば、PCやスマートフォンを使って上記 URL＊で誰もが簡単にアクセスできます。

シロイヌナズナ遺伝子DB

SABRE2NBRP の植物遺伝子リソースを横断検索

ハクサイ

シロイヌナズナの研究成果を有用作物の品種改良へ利用するためには、品種改良
では何が課題で、それにはシロイヌナズナのどんな研究成果が利用できるのか、両者の関連性がわかる必要があります。

ストライガ

コムギ

オオムギ

ヒメツリ シロイヌ タバコ
ガネゴケ ナズナ

ポプラ キャッサバ T. halophila

BRCの植物遺伝子リソース（cDNA・ESTクローン）

トマト

ミヤコグサ・ダイズ

アサガオ＋NBRPのリソース

図 1. シロイヌナズナの情報を NBRP 植物遺伝子リソースで活用（http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre2/SABRE2.cgi）

さらに、API（エーピーア イ）を 用 い る こ と で
SABRE2 の 機 能 を 他 のウェブサイトやデータベースからも利用できるようにしました。
次ページへ続く

BioResource Now ! Vol.9 No.8その 1 つの例が「検索窓」（図 2）です。
SABRE2 のホームページに設置されているこの「検索窓」は、数行のコードをウェブページの html に埋め込むことで、同じものを他のウェブサイトでも簡単に導入できます。既に NBRP の総合検索サイト（http://resourcedb.nbrp.jp/）に導入していただきましたが、その入力欄にキーワー
ド を 入 力 す る と 新 し い 画 面 が 開 き、
SABRE2 での検索結果が表示されます。

図２.SABRE の検索窓

応用研究への“どこでもドア”としてSABRE2 は、情報とバイオリソースをつなぐデータベースであることが、他のデータベースにはない特徴となっています。
今回の拡充により、実験植物と作物、基礎研究と応用研究をつなぐ役割も強化されました。このデータベースが多く活用「検索窓」の導入に興味を持たれた方は、ぜひお知らせ下さい。
Contact us

されることにより、幅広い研究分野においてシロイヌナズナ研究で得られた情報の活用が進み、有用作物の創出など食料や環境に貢献する成果につながってほしいと思っています。

http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre2/
SABRE2.cgi?cmd=h#contactus）

SABRE2 の 開 発 は、科 学 技 術 振 興 機 構
NBDC 統合化推進プログラム採択課題「ゲノム情報に基づく植物データベースの統合」（研究代表者 かずさ DNA 研究所
田畑 哲之 副所長）の支援によって行われました。■

じょうほう通信

フォルダとファイルの比較と同期
NBRP では提供リソースの一覧などをテキスト形式で公開していますが、サイトからテキストファイルや CSV ファイルをダウンロードした場合、時間が経ってからもう一度ファイルを使用する際に、前回と最新のファイルが２つあるけれど、どこが変更されたのか分からないと思ったことはないでしょうか？
そこで、今回はフォルダやファイルの比較を行う WinMerge というツールを紹介します。
このツールは差分を見つけるてくれるだけではなく、このツール内でフォルダやファイルをコピーすることもできるのでフォルダのバックアップにも使用できます。
今回紹介する WinMerge は名前の通り windows 用の比較ツールです。
mac を使用している場合は FileMerge などの比較ツールを使用すると同様の比較処理を行う事ができます。

WinMerge(Windows 用比較ツール ) を利用してみよう
まず、WinMerge を使用する準備を行います。日本向けにローカライ
ズをした WinMerge サイト(http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-SanJose/8165/winmerge.html)
から Zip 版のファイルをダウンロードして解凍します。デスクトップにショートカット置いておきましょう。
実行ファイルである WinMergeU を起動後、表示された画面に比較をしたいファイル又はフォルダを指定します（図 1）。また、
WinMergeU に 比 較 し た い フ ァ イ ル を ド
ラック & ドロップする事でも起動できます。

A比較してみよう
次にファイルの比較画面です。変更のある
行がオレンジ色で表示されます。
変更箇所を右クリックして [ 右・左にコピー ] をする事で、変更点をコピーすることや直接ファイルを編集する事も可能です（図 2）。
次に、フォルダを指定した場合の比較画面をみてみます。内容が 異 な る 場 合 は オ レ ン ジ 色、 Aどちらかに存在しない場合は灰色として表示されます（図 3A）。
起動時に [ サブフォルダを含める ] にチェックをした場合は、( 図 1A) フォルダの中身が異なる場合も教えてくれます。

[ 第 82 回 ]10 分

変更箇所をクリック

図 2：ファイルの比較画面

B
図 3：フォルダの比較画面

詳しい内容は、比較結果の列を参照して下さい（図 3B）。
比較結果で右・左側と表示されているものは、ヘッダ部分に表示されている比較フォルダの、右側と左側のフォルダを意味しています。
ファイルと同様にフォルダを選択して右クリックを行う事でファイルの差分のコピーを行う事もできます。更にファイルを選択する事でファイルの比較画面に移動する事もできます。
ツールを使うと、大きなファイルや複雑なファイル構成のフォルダでも速く正確に比較することができます。操作も簡単ですので、比較の必要がある時に利用してみてはいかがでしょうか。 （渡辺拓貴）

ドラック & ドロップで起動した場合、サブフォ[ サブフォルダを含める ] にチェックをルダを含めるなどのチェックができないので、フォルダ配下は差分があっても表示されません。 図 1：起動画面 入れると比較したフォルダのサブフォルダもまとめて比較できるので基本的フォルダの比較を行う場合は注意して下さい。にチェックを付けておきましょう。

今月のデータベース

Contact Address

Algae
iOS デバイスでのデータベース利用

連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 )E-mail：brnews@shigen.info

藻類遺伝資源情報

iOS デバイス上の FileMaker Go を起動し、“ファイルブラウザを開く”
DB名：Algaeをタップします ( 図 3 - ①)。“ホストを追加”
をタップし ( 図 3 - ②)、
URL ：http://www.shigen.nig.ac.jp/algae/
FileMaker Pro が動作しているマシンの IP アドレスを入力し保存します
言 語：日本語 英語( 図 3 - ③)・系統数：2,999
・遺伝子数：183（675系統）
・文 献：1,500 （2013年8月現在）

コンテンツ：
・保存株(学名、採集情報、保存形態、培養条件、画像、特性、サイズ、文献)・配列が決定された遺伝子情報
・Tree to Strain 系統樹（提供：筑波大 中山剛先生)
・ダウンロードファイル
特徴： 環境研と神戸大の保存株を一括検索することができます。系統樹からも保存株にアクセスすることができます。
連携DB：NIES、KU-MACC
DB構築グループ：NBRP藻類、NBRP情報
運用機関：国立遺伝学研究所生物遺伝資源センター
DB公開開始年：2004年
DB最終更新年：2013年

現役開発者のコメント：藻類データベースは、環境研 (微細藻類) と神戸大 (大型海藻)で提供している保存株情報を統合しているサイトです。一般的なキーワード検索だけでなく、左側メニューの「Tree to Strain」から、系統樹を辿りながら保存株を探すこともできます。月に1度の頻度で保存株、画像、文献データを更新しています。藻類の画像は必見です。ご意見・ご要望について受け付けていますので、お気軽にお送りください。

Editor's Note
今月はリリースしたばかりの、植物ゲノムリソース統合 DBの新バージョンについて紹介していただきました。NBRP の総合検索サイトにも SABRE2 の検索窓を導入しましたら、早速多くのアクセスがあったそうです。種を超えたリソースの活用がさらに進みそうですね。ホットな話題提供をありがとうございました。
（Y.Y.)

バイオリソース情報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

BioResource Now !
Issue Number 9 August 2013