BioResource Now ! Vol.9 No.4

BioResource Now !
Issue Number 9 April 2013

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。
リソースセンター紹介
No. 45じょうほう通信：No.79
今月のデータベース

岡本仁（理研 BSI ）、川上浩一（国立遺伝学研究所）、東島眞一（自然科学研究機構 ）NBRP ゼブラフィッシュ

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ウェブサイトと位置情報

P2「コムギ資源の総合データベース

KOMUGI」

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リソースセンター紹介〈NO. 45〉

NBRP ゼブラフィッシュ
日本国内のゼブラフィッシュ研究のレベルは非常に高く、トランスジェニック系統作製技術及びそれらを用いた研究において世界をリードしてきました。国内からユニークで質の高いリソースが次々と産み出される
一方で、以前は、若い研究者の地位の不安定さや、飼育施設の規模が小さい事を理由に、リソースが失われる危険性を常にはらんでいました。
従って、当事業の初期の意義は、我が国の貴重なリソースの消失および散逸を防ぐとともに、これらを国内外の研究者に提供することにより、世界の科学の発展に貢献することでした。日本のゼブラフィッシュコミュ
ニティーでも、比較的安定なポジションを確保した研究者も増え、第１期の初期と較べてコミュニティーはある程度成熟してきたといえます。現
在の提供先は、国内のみならず、国外の割合が高いことが注目されています ( 提供系統数の半分以上が国外向けである ) （図１）。
提供先の国（中核機関）

図１：2007−2011 年度の間の、中核機関からの提供先の分布（合計 549 件）

このことは、当事業で保有する我が国発のリソースが国際的にも高い価値を認められている事を示しています。NBRP を通じて利用者に提供されたゼブラフィッシュ系統に関連する論
文は、Sceicne, Nature, Dvelopmental

1( 独 ) 理研 BSI 発生遺伝子制御研究チーム 12
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学所研究所
大学共同利用機関法人 自然科学研究機構 3

Cell, Neuron, Nature Nurosience,Development 等の世界的に評価の高い雑誌に掲載されています（図２）。
宮 脇 敦 史 博 士（理 研）によって考案された Fucci 法によって、G1 期の細胞の核オレンジに S/G2/M 期の細胞の核が緑に蛍光を発するゼブラフィッシュ胚。
細胞分裂状態を蛍光色の変 化 で 観 察 で き る。2009
年 4 月〜 2012 年 6 月の期間に、国内外に 182 件の提供が行われた。
図２：ベストセラー•フィッシュ : Fucci Fish（提供者：宮脇敦史博士）

代表機関である理化学研究所は、国内で開発された系統全般について情報を収集し、積極的に系統の寄託を研究者にはたらきかけることによって、収集・保存・提供を行っています。分担機関である国立遺伝学研究所と自然科学研究機構は、別途資金により継続的に作製される独自
1のトランスジェニック系統 *（情報・システム研究機構はエンハンサート
ラップ *2系統および遺伝子トラップ *3
系統 を、自然科学研究機構は神経系に関するトランスジェニック系統を保有）を収集し、未発表の系統についても国内外の研究者のリクエストに応じて提供しています。各機関で収集・提供している系統が異なるため、複数機関体制をとることにより、膨大な数の保存、および、効果的な配布が可能となっています。
また近年は、発生学や遺伝学の分野だけでなく、医学・薬学等の広い分野への提供実績があります。これは、
マ ウ ス 等 の ほ 乳 類 を 用 い た 研 究 が、コストパフォーマンスおよび動物愛護の点から難しくなったこと、また、ゼブラフィッシュがヒトの病態モデルとして医学・薬学研究者に理解さ*1 その生物が本来有しない外来性の DNA を導入した系統*2 レポーター遺伝子 (*) をゲノム内のエンハンサー領域 (**) の近傍に挿入した系統。
ある遺伝子（A) のエンハンサー領域の近くにレポーター遺伝子が挿入されると、レポーター遺伝子もこのエンハンサーの制御下に置かれることから、遺伝子 A の発現パターンをレポーター遺伝子の観察結果から推定することができる。

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岡本仁・川上浩一・東島眞一 3れつつあることを反映していると考えられます。今後もこの方向性が続くことが予想されます。限られた予算の中、日本で作られた全ての系統の収集・保存・供給を行うという目標を実現するために、メダカコミュ
ニティーから教わった技術をもとに、非常に信頼出来る精子凍結保存法等の開発うなど、事業の効率化を図る努力を積み重ねてきています。
海外では米国のゼブラフィッ
シュリソースセンター (ZIRC) が最大規模のリソースセンターとして活動しています。当プロジェクトは原則的に日本発のリソースを収集しており、ラインナップはユニークです。
世界に向けて当リソースを発信するために、ZIRC と連携し、リソースが当事業のウェブサイトだけでなく、ZIRC のウェブサイトからも検索できるよう進めています。また、台湾をはじめ、アジアのリソースセンターおよび研究者コミュニティーとも連携をとっています。
当事業では、基本活動であるゼブラフィッシュ系統の収集・保存・供給活動以外にも、様々な形でゼブラフィッシュコミュニティーへの支援を行っています。理化学研究所では、リクエストに応じて、精子凍結保存法の個別講習や、ゼブラフィッシュの飼育方法および輸送方法についてのアドバイスを行っています。
情報・システム研究機構では、研究所の共同研究費の支援をうけ、国内外の研究者を短期滞在させ、目的とする系統を自分の目で観察したのち提供するという活動を行っています。自然科学研究機構では、トランスジェニックゼブラフィッシュの技術講習会を行っています。 次ページへ続く* レポーター遺伝子：現象を観察するために使われる遺伝子で、代表的なものは蛍光タンパ
ク質 GFP 遺伝子など。挿入されるレポーター遺伝子は上流に弱いプロモータをもつ。
** エンハンサー：ある遺伝子の転写（発現）を制御する DNA 領域*3 プロモーターをもたないレポーター遺伝子をゲノム上の遺伝子に挿入した挿入突然変異系統。この場合レポーター遺伝子は挿入部位の遺伝子と融合し、プロモーターによって転写制御を受ける。

BioResource Now ! Vol.9 No.4

NBRP ゼブラフィッシュの運営委員会は原則的に年に１度開催されており、その他、必要に応じてメール会議を行っています。現在、委員長の日比正彦 名古屋大学教授のもとで、実施機関から５人、ユーザー側から１３人の委員構成となっていま す。年に一度の運営委員会では、運営にあたる各機関の活動を報告し、運営委員が事業計画の審議および評価を行っている。運営委員会、コミュニティーミーティング、メーリングリストでの意見交換で、計画変更や新規事業計画が必要とされた場合は、運営委員が実施機関に積極的に働きかけるシステムになっています。
一昨年 3 月の東北地方太平洋沖地震の際には、東北の研究機関でゼブラフィッシュ系統に被害がありました。
当事業では、輸送時に使用している梱包資材、保温材、酸素等を被害のあった機関に提供し、ゼブラフィッシュ系
統の緊急避難を支援させていただきました。また、実際に失われた系統の中で、当センターにバックアップのあったものについては、状況が落ち着いた後に提供を行いました。更に、NBRP

ウェブサイトと位置情報①ウェブサイトからの位置情報要求を拒否する
最近のブラウザは、位置情報がウェブサイトから要求されても拒否できる設定が備わっています。しかし、IE9, IE10 と Firefox はデフォルトで「Oﬀ」 になっているため、拒否する場合は自分で「On」 にしなければなりません。そこで、「On」にする方法を以下に紹介します。Safari5 はデフォルトで「On」になっているため割愛します。
「場所」のチェックボックスにチェック

図 1. IE9 の位置情報要求の拒否設定

FirefoxFirefox で位置情報要求を拒否する場合はプライバシーの「トラッキング」のチェックボッ
クスにチェックを入れます。その後、「OK」をクリックして完了です。（図 2）
図 2. Firefox の位置情報要求の拒否設定
ツール > オプション > プライバシー「適用」をクリックして完了②ウェブサイトの位置を知る
ウェブサイトの位置はドメインや IP アドレスから知る事ができますが、ウェブサイトごとに調べるのは面倒です。そこで、ブラウザで表示しているウェブサイトの位置を簡単に教えてくれる Firefox のプラグインを紹介します。
BA
Flagfox
Flagfox はナビゲーションバーにウェブサイトの位置を国旗で表示してくれます。
この国旗をマウスオーバーすると詳細情報が表示されます。例えば Google 日本のトップ ペ ー ジ の ド メ イ ン は「日 本」（図 3 B）ですが、サーバは「アメリカ」（図 3A）にあることが一目瞭然です。
インストール方法は以下の通りです。
図 3. Flagfox の表示①Flagfox を起動して Flagfox の配布ページを開きます。
Flagfox: https://addons.mozilla.jp/ﬁrefox/search?q=ﬂagfox②Flagfox の「インストール」をクリックして、ポップアップの「許可」をクリックします。
③ソフトウェアインストールがポップアップするので、「今すぐインストール」をクリックして、Firefox を再起動します。
④図 3A のようにナビゲーションバーに国旗が表示されます。訪れる頻度の高いウェブサイトを表示すると、意外な発見があるかもしれません。因みに「SHIGEN」はドメイン・サーバ共に日本です。
普段何気なく使用しているブラウザも日々進化しています。その中には今回紹介したようなプライバシーに関わる機能が追加されることもあるので、この機会にブラウザ設定を見直してみてはいかがでしょうか？
（渡邉 融）
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今月のデータベース

コムギ資源の総合データベース

KOMUGI

DB名：Wheat Genetic Resource Database 「KOMUGI」
URL ：http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/komugi/

系統数：13,013
遺伝子数：2,860
文 献：2,982（2013年4月現在）

参考文献
Sugiyama M, Sakaue-Sawano A, Iimura T,
Fukami K, Kitaguchi T, Kawakami K,Okamoto H, Higashijima S, Miyawaki A
Illuminating cell-cycle progression in thedeveloping zebraﬁsh embryo. ProcNatl
Acad Sci U S A. 2009 106:20812-20817.

じょうほう通信 [ 第 79 回 ] 10 分

ネットサーフィンをしている時に、ネット広告が自分の居場所を当てているようで気味が悪い思いをした方は多いのではないでしょうか？「誰」が「どこ」で「何をしたか」を収集することで、サービスの向上が期待される半面、匿名化されても自分の同意なしに「どこ」や「何をしたか」を収集されるのは、気分が良いものではありません。今回は「どこ」に焦点を当てて、位置情報の拒否設定を紹介したいと思います。

IE9, IE10
IE9, IE10 で位置情報要求を拒否するには、プライバシーにある「場所」のチェックボックスにチェックを入れます。その後、「適用」をクリックして完了です。（図 1）

メダカと連携し、収集系統の凍結精子を相互に保有することで、バックアップの保存体制を整備しています。
ゼブラフィッシュとメダカは小型魚類のモデル動物として代表的な立場にあり、お互いの利点をいかして協調的に事業を進めていくよう体制を整えています。■言 語：日本語 英語
オリジナルのコンテンツ：
・研究用コムギリソース（野生種、在来系統、実験系統、cDNAクローンなど）
・遺伝子カタログ / マーカー / EST /マイクロアレイ情報
・コムギに関する文献情報
・eWIS、コムギのはなし、オルガネラ、染色体情報など
特 徴 ： 野生種・栽培品種・実験系統など、多様なコムギリソース（ライムギやエンバクを含む）に関する情報を得ることができ、webページから分譲依頼をすることができます。遺伝子情報（MacGene）やeWIS（電子情報紙）などのコンテンツが定期的に更新されます。
連携DB：TriFLDB
DB構築グループ：NBRPコムギ、国際コムギ遺伝子カタ
ログ作成メンバー、NBRP情報
運用機関：国立遺伝学研究所生物遺伝資源センター
DB公開開始年：1996年
DB最終更新年：2013年

現役開発者のコメント：KOMUGIは国内のリソースデータベースとしては最古参の草分け的な存在です。豊富な保存系統の情報や、一般向けのわかりやすい解説記事は日本のコムギ研究者の意識の高さの表れと思います。また国際グループと共同で、コムギ遺伝子のカタログデータベースを構築し、毎年更新して辞書フォーマットのPDFとしても公開しています。2002年頃から急増し始めたcDNAクローンについては、整理に時間がかかり、最近になってようやく全クローンリストの公開やBLASTのユーザーインターフェースを改善することができました。２年前からはNBRPコムギの中にデータベースワーキンググループが組織され、研究者と開発者とが一丸となって大規模なリニューアルを計画しています。
楽しみにお待ちください。ご意見・ご要望はいつでも遠慮なくお送りください。

連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 )E-mail：brnews@shigen.info

Editor's NoteNBRP ゼブラフィッシュも活動を開始してからもう 10 年が経ち世界のコミュニテイの中にしっかりと根付いている様子が伺えます。代表の先生方の世界的なご活躍と、飼育や配送、情報の更新など日々の実務を担当するスタッフの皆さんの努力に支えられて益々充実したリソースセンターになりそうですね。（Y.Y.)

バイオリソース情報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

BioResource Now !
Issue Number 9 April 2013