BioResource Now ! Vol.8 No.1

BioResource Now !
Issue Number 8January 2012

国内外のバイオリソースを巡る様々な問題や取り組みについて、毎月ホットな話題をこのニュースレターで紹介していきます。

お知らせ
第 5 回ラットリソースリサーチ研究会
日程：2012 年 2 月 3 日（金）13:00 - 17:30
会場：京都大学 百周年時計台記念館 国際交流ホール I
詳細は http://www.nbrp.jp/ よりご覧いただけます。

森脇和郎 ( 理化学研究所 BRC 特別顧問 )第２期 NBRP の終わりにあたって
じょうほう通信
No.65

Ebot で楽々データ取得

お薦め Book！
No.1「エピジェネティクス 操られる遺伝子」

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第２期 NBRP の終わりにあたって
バイオリソース事業の成りたち
私 は こ の １ ０ 年 間、NBRP や 理 研
BRC でバイオリソースに関わりをもってきましたが、それ以前の３０年ほどは、国立遺伝学研究所の系統保存事業に参加していました。そこ
では、野生コムギを研究素材とした2 代目の木原均所長以来、野生イネを対象とした岡彦一・森島啓子博士、野生クマネズミに着目した吉田俊秀博士等、生きている「生き物」から諸々の生命機能の原理を見出そうという、大きな流れがありました。そうしてこれらの研究活動は、それぞれ対象とする生物系統の収集・開発・保存につながることになりました。
研究者の研究が、リソースの収集・保存の原動力となるという系統保存の基本は、今日も大きく変わるもの
ではありません。現在、マウスリソースセンターとして大きく発展した米国のジャクソン研究所も、その成り立ちを見れば、研究者が自分の研究のためにマウス系統を収集したことに始まります。この研究所の例からもわかるように、各々の研究分野の発展とともに、リソースの利用に対する Research Community の要望が大きくなり、リソースをもつ研究者の個人的な努力では、応え切れなくなりました。

膨張するマウスリソースに対して、米国ではジャクソン研究所を強化しましたが、ヨーロッパでは、EU 諸国に分散型のセンターを設けて対処しました。我が国でも、半世紀以上前の 1951 年に、当時の先駆的な研究者の要望に応えて旧文部省の系統保存費が措置され、その継続性も担保されましたが、予算規模は如何にも小さいものでした。ただネズミ類リソース事業に対しては、ガン特別研究から長年貴重な支援が続けられました。２０００年代に至って、やっと理研 BRC とＮＢＲＰが発足することになり、わが国のリソース事業が国際的なレベルに達するものになりました。

バイオリソースの先導性と歴史性
研究者の先導的な研究が、バイオリソース整備の原動力であるという視点に立てば、バイオリソース事業を進めるには、ライフサイエンスの進んでゆく方向を見極めることが大切です。近年のゲノム解析技術の進歩によって、遺伝子発現機構が分子レベルで解明されるようになって来ました。構造にかかわる遺伝子の解明はもとより、その発現を調節する遺伝子、更にはその上流の活性化システム等に解析の手が伸びています。
発現形質の各々に、遺伝子調節ネッ
トワーク（GRN）が存在することも明らかになってきました。

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ニュースレターのダウンロード先
URL: www.shigen.nig.ac.jp/shigen/news/

理化学研究所 BRC 特別顧問

森脇和郎

このようなネットワークを形成している各々の遺伝子は、それぞれ突然変異と環境への適応の長い進化的な歴史を持っており、現在 NBRP が対象としている各々のリソースは、この歴史の上に成り立っていると云えましょう。
ゲノムレベルの分析研究の発展とともに、遺伝子ネットワークの機構の研究が一段と進展し、それに用いられるリソースは、ゲノムの歴史までもが研究素材としての構成要素になってくることでしょう。モデルリ
ソ ー ス の 遺 伝 的 特 性 の 中 に は、リソース開発の途上、微生物学的および遺伝学的純化のために加えられた遺伝的選択の影響を受けている部分があり、本来の「生きもの」を映す正しいモデルとしての資質に、問題がなくはありません。例えば、モデルとして広く用いられている実験用マウスは、元々野生マウスが持っていた発ガン抵抗性、選択的交配等に関する遺伝子を、欠落してしまっている可能性があります。

事業の継続性と人材継続性はバイオリソース運営の基本的な方針のひとつであり、そのため最も大切なものは人材であります。
特に、リソースを基盤とする優れた研究業績を持ち、且つリソース事業の意義をよく理解する研究者の存在が不可欠です。
次ページへ続く

BioResource Now ! Vol.8 No.1

リソース事業は優れた研究者が先導し、信頼性の高い技術者が実務を受け持つという形が望ましいです。長
期間活発に運営されていたリソース事業でも、主体となる研究者がいなくなると忽ち廃止され、貴重な遺伝資源が散逸してしまう例は少なくありません。リソース事業の継続性を確保するためには、これを牽引する研究者を得るとともに、優れた技術者を育てることが肝要です。
研究者のキャリアパスはありますが、技術者に用意されているとは云えません。この人々が、専ら学術論文の成果によって昇進を図ることは容易ではないし、あるべき姿でもないでしょう。技術者にも独自のキャリアパスが必要です。いずれにしても、Ebot で楽々データ取得

ライフサイエンス分野の技術者を育成し、安定した地位を確保するには、研究者の理解と協力が欠かせません。一般論としては研究者の理解は得られますが、具体的には両者は同じパイを分ける立場になり兼ねません。研究者コミュニティーの理解と協力が特に求められる所以です。■

じょうほう通信 [ 第 65 回 ] 10 分

NCBI から提供されている Ebot サービスを利用して、Pubmed のキーワード検索と、検索結果を XML で取得する方法を紹介します。Ebotは対話型のサービスで、入力内容に応じて Perl スクリプトを自動的に作成して提供してくれます。Windows では Perl 実行環境の構築が必要ですが、Mac や Linux ならばスクリプトをすぐに使用することができます。それでは早速始めましょう。

検索結果の出力内容を選択します（図 4 A）（※3）。Summary や Fulldata などが選択できます。その後に、検索結果を保存する出力ファイルと出力形式を設定します（図 4 B）（※4）。ダウンロードしたデータをブラウザで見るなら HTML を、加工するなら XML を選択します。

ABPerl 実行環境の構築（Windows のみ）
Active Perl から、Perl の実行環境をダウンロードしてインストールします。32bit 版をお使いの場合は、「Windows x86」を、64bit版 で し た ら「Windows 64-bit, x64」を 選 択
図 1: Active Perl Download 画面します。

Active Perl: http://www.activestate.com/activeperl/downloads
Ebot
Ebot の入力画面に従って、データを記入していきます。
今回は、Pubmed からキーワードに一致したデータを取得するスクリプトを作成します。各画面の入力内容（※）は、最後に纏めていますので、参考にして下さい。
Ebot：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Class/PowerTools/eutils/ebot/ebot.cgi
始めに検索クエリーの入力方法と、検索対象サーバを指定します（※1）。
検索クエリーは直接指定する方法と、ファイルから読み込む方法が選択できます（図 2-①）。
検索時に選択できる検索対象サーバは一つだけです。PubMed 以外にも Protein, Nucleotide, EST等々を対象にスクリプトを作成することができます（図 2-②）。

①②

図 2: Ebot トップページ

検索クエリーと検索範囲を指定しま す（※2）。検 索 ク エ リ ー に は、①
「キーワード」を入力し（図 3-①）、必要ならば期間を指定することが②で き ま す（図 3-②）。特 に 指 定 しなければ全期間のデータが検索対
図 3: 検索クエリーと検索範囲設定ページ
象になります。

お薦め Book！〈NO.1〉「エピジェネティクス 操られる遺伝子」
リチャード・フランシス著

野中香方子 訳（ダイヤモンド社）この本は、一般向けに書かれたエピジェネティクスについてのおそらく最初の単行本だと思われる。
エピジェネティックな変化とは、DNA 上にコードされた遺伝情報（塩基配列）自体は変化せずに、情報の媒体とでもいうべき染色体（DNA と蛋白質）が種々に修飾されることによって、遺伝子発現が制御されることをいう。したがって、その変化は基本的には子孫に遺伝しない（ただし、例外はあるとのこと）。エ
ピジェネティックな変化は細胞分化に伴って起き、その変化は細胞分裂後の娘細胞にもコピーされて伝わる。つまり、個体発生に直接関係するし、またガンをはじめとする種々の病気の発症にも関わる。それぞれの事例が、原著論文を引用しつつエピソード的に語られる。
著者によると、エピジェネティクスは「遺伝子万能論」といった従来の遺伝子概念に対して再考を迫るものでもあるという。これまでに、「遺伝か環境か」というテーマで書かれたそれなりに面白い本（E.R. ケラー「遺伝子の新世紀」
や M. リドレー「やわらかな遺伝子」など）があったが、本書を読むとこれらの遺伝子本が完全に時代遅れに思われるくらいのインパクトがある。それだ
け生物学の進み方が速いということか。（K.N.）

図 4: 出力内容選択ページ (A) と出力形式選択ページ (B)Generate Perl

最後にスクリプト名を設定します（※5）。
スクリプトは Perl で出力されるので、スク②①
リプト名に「.pl」の拡張子を付けて入力します（図 5-①）。「Generate Perl」（図 5-②） 図 5: スクリプト名設定とをクリックして、ファイルをダウンロード 作成ページして完成です。
Ebot でのスクリプト作成はいかがでしたでしょうか？ Perl の実行環境が整っていれば、すぐにスクリプトを実行してデータを取得することができます（※6）。また、作成されたスクリプトを独自に拡張して、かゆい所に手が届くスクリプトに仕上げることも可能です。
NCBI のページをブラウザで開いて、一件ずつデータを取得することに疲れを感じた際は、是非このサービスを利用してみてください。
（渡邉 融）
ページ毎の入力内容※1: 検索クエリーの入力方法と検索対象サーバの指定
検索対象サーバ：「In this database：Pubmed」
検索クエリーの入力方法：「Start with a text query」ボタン※2: 検索パラメータの設定
検索クエリー：「Text query in PubMed: NBRP」
検索範囲：「Retrieve records for all dates」※3: 出力内容の設定
出力内容：「Download full records for the data(efetch)」※4: 出力ファイルと出力形式の設定
出力ファイル：「Output ﬁle name: ebot̲sample̲result.xml」
出力形式：「Choose an output format: Full record in XML」
※5: スクリプトファイルの設定
スクリプト名：「Enter the ﬁlename for your Perl script: ebot̲sample.pl※6: スクリプトファイルの実行
コマンドプロンプトを開いて「perl ebot̲sample.pl」と入力します。スクリ
プトファイルと同じフォルダに「ebot̲sample̲result.xml」が出力されます。

Contact Address
連絡先 〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
TEL 055-981-6885 ( 山崎 ) E-mail：brnews@chanko.lab.nig.ac.jp
Editor's NoteNBRP 第 3 期目を迎える年の１月号は、NBRP の産みの親とも言える森脇先生にご執筆いただくことができました。バイオリソースに対する先生の熱くて深い思いが短い言葉に凝縮されているにもかかわらず、読み手に威圧感を感じさせないところは流石、先生のお人柄でしょうか。ありがとうございました。
「お薦め Book」はとある先輩からの贈り物です。今年は幸先のよいスタートになりました。(Y.Y.)

バイオリソース情報(NBRP) www.nbrp.jp/(SHIGEN) www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm(WGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/(JGR) www.shigen.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

BioResource Now !
Issue Number 8 January 2012