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事業沿革と概要■ リソース関連イベント情報■ リソースセンター紹介 No.5
・理化学研究所バイオリソースセンター（理研BRC）
DNAバンク事業の概要■ 海外ホット情報 No.10
・Plant and Animal Genome XIV Con
・Second Annual POC Userʼs Meeting■ じょうほう通信 連載 (10)・10分バイオインフォマティクス

理化学研究所は、昭和62年６月に細胞・遺伝子保存施設(理研ジーンバンク）を設置し、ライフサイエンス関連分野の研究発展を促進する体制を整えてきました。遺伝子材料開発室（旧DNAバンク, 旧DNA開発銀行）
は、平成５年度より汎用宿主ベクター系とクローン化遺伝子を中心に収集と提供を開始し、平成７年度以降、Foundation Jean-Dausset CEPH 研究所より寄付されました CEPH Mega YAC クローン化ライブラリー、さらに札幌医科大学 濱田洋文先生、及び東京大学医科学研究所 斎藤泉先生
より寄託されました遺伝子導入用のレトロ・アデノ・アデノアソシエートウ
イルス及び組換えシャトルベクターDNAの収集と提供事業を行ってきました。平成10年度に採択された文部科学省振興調整費・知的基盤整備「組換えウイルスコアバンク創設とその高度利用」
プロジェクトでは、 バンクに寄託して頂いた種々のcDNAクローンや東京大学 菅野純夫先生よりの完全長cDNAクローンを組換えウイルスベクターに搭載し、組換えウイルス部門を充実させました。他にも、NIA/NIHの洪実先生やERATOバイ
オシンメトリープロジェクトの土居洋文先生からマウス初期発生段階特異的なMouse cDNA Cloneセット、大阪大学微生物研究所 野島博先生から各種cDNAライブラリー群、愛知県立がんセンター研究所の赤塚美樹先
生からは日本人に特異的なHLAシリーズ、Ludwig institute for Cancer
Research、愛知県がんセンター研究所、並びにバイオリソースセンター
リソース基盤開発部からはSEREX法により同定された癌抗原cDNAクローン、理化学研究所の阿部訓也先生からはマウスBACゲノムクローン化
ライブラリー等の寄託を、また最近では理研ゲノムセンタ−（理研GSC）の榊 佳之先生から、ヒト染色体別ゲノムクローン化ライブラリーを初めとするゲノムライブラリー等の大規模ゲノムの寄託を承っております。

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リソース関連イベント情報
3月9日：NBRPシンポジウム 東京国際フォーラム
3月19 - 21日：植物生理学会 NBRPパネル展示など企画中'1$%DQNLQJLQ*HQH(QJLQHHULQJ'LYLVLRQ'LVWULEXWLRQ

5月12-13日：日本実験動物学会パネル展示「実験動物のバイオリソース：現状と展望」を企画中

5月22-23日：FIMRe 理研BRC
詳細はこちらからご覧になれます。http://www.nbrp.jp/index.jsp

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理化学研究所バイオリソースセンター（理研BRC）
DNAバンク事業の概要'HSRVLWLRQ

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理研DNAバンクで提供している遺伝子材料%5&*HQH
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平成13年には、国内外のライフサイエンス研究の動向を踏まえ、研究推進に必要な遺伝子材料、動植物細胞株・動植物個体及び遺伝子関連情報を収集・保存するとともに、自らも新しい材料及び関連技術の開発を行い、国内外の研究者に広く普及することを目的としたバイオリソースセ
ンターを発足させました。 バイオリソースセンターには、 遺伝子部門以外に「動物」
「植物」
「細胞」
「微生物」
「情報」ならびに研究協力グループの部門を有し（http://www.brc.riken.jp）、生命科学研究全般の知的基盤整
備とその推進を目標に、「信頼性」「継続性」「先導性」をモットーにリソー
ス開発、整備事業を展開しております。
バイオリソースセンターが発足した平成13年、 政府の「科学技術基本計画」（閣議決定）において、生物遺伝資源を含む知的基盤の重要性が指摘され、また同年、総合科学技術会議が作成した「分野別推進戦略」
では、多様な生物資源の収集・確保・維持・管理・供給機能の長期的継続、国家的な対応の必要性が述べられました。一方、文部科学省の科学技術・学術審議会では「知的基盤整備計画」（答申）において、 我国の生物遺伝資源が欧米諸国に比して量については大きく遅れている現状を踏まえて、「国が重点的かつ主体的に整備すべきバイオリソースについては、
2010年時点で世界最高水準の目標を達成する」
ことを提示しました。

１）宿主、ベクタ−、DNAクローン
２）
日本人特異的cDNA クローン
（ヒトHLA クローン、ヒトSEREX クローン）３）菅野完全長cDNAクローン化シャトルベクター
４）組換えウイルス
５）CEPH MEGA YAC クローン化ライブラリー
６）NIA/NIH マウスcDNAクローン化ライブラリー
７）MSM／MsマウスBACクローン化ライブラリー８）ERATO マウス初期胚ESTクローン化ライブラリー
９）cDNAライブラリー
10）霊長類ゲノムライブラリー11)プロモーターレポータークローン
12)シスエレメントレポーターミニライブラリーྸᄂᵠᵰᵡᴾKWWSZZZEUFULNHQMSODEGQDMD"IO2ESOURCE NOW  6OL  7RWDO1XPEHURI5HVRXUFH&ROOHFWLRQ 㨪%\6HS

平成14年度には文部科学省がナショナルバイオリソースプロジェク
トを発足させ、当開発室はその枠組みの中で「動物および微生物のDNA」の収集・保存・提供に関わる中核機関として選定され事業を進めています。
「生物遺伝資源寄託同意書」(MTA) の見直しを行い、リソースが寄託されても知的所有権はバンクには移動せず、オリジネーターに保持される点を明文化しました。また、理研GSCよりナショナルバイオリソースプロジェ
クトにより生理学研究所で開発されたニホンザルBACクローンの寄託を受けました。一方、当開発室では学術論文等をもとに構築した、ルシフェ
ラーゼ活性が確認されたクローンから構成される「プロモーターバンク」
を立ち上げ、既に多数のクローンの提供を始め、そのアッセイデータを
インターネットで公開しています。 さらに筑波大学生物資源センターや
理研BRC実験動物開発室と共同で、 プロモーターCreマウスの作製のプ
ロジェクトを平成１６年度より本格的に始動させております。転写のシス
エレンメントをレポーターに接続させたレポーターミニライブラリーも完成させました。遺伝子から組換えウイルスそして組換え細胞，組換えマウスと提供試料は多様化してきております。今後もユーザーの希望にあった「次世代リソース」の作製、開発、収集、提供事業を展開して行きたいと考えています。

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DNAバンク開業以来、当開発室が行ってきた活動は、宿主、ベクタ−、
遺伝子クローンの収集を基盤としており研究者コミュニテイーに支えられたパブリックドメインのバンクです。特定の大型プリジェクトに特化したクローンではなく、個人の研究者が開発し、実際の研究に用いた実績のあるクローンを中心に収集し提供しております。
[B] 組換えウイルスおよびシャトルベクター（遺伝子導入サブバンク）
平成１０年に文部科学省(旧科学技術庁)の振興調整費知的基盤整備推進制度のプロジェクト「組換えウイルスコアバンクの創設とその高度利用のための基盤技術に関する研究」のグラントを獲得し、遺伝子導入、遺伝子治療を目標にしたベクタ−開発を行い、現在までに、
アデノウイルス、レトルウイルス、アデノ随伴ウイルスのベクターに理研DNA Bankに寄託されている完全長cDNA遺伝子材料を組み込んでおります。ここに寄託されました組換えウイルス株の大半は札幌医科大学 濱田洋文先生の研究室で作製されたものであり、 御尽力の賜物であります。また組換えアデノウイ
ルスベクターの構築に関しましては、東京大学医科学研究所 斎藤泉先生
から御教示を受けました。さらに、CA, CAGプロモーターの利用は大阪大学の宮崎純一先生からの御許可を頂きました。 最近は、東京大学 菅野純
夫博士より寄託して頂いた３００種の完全長cDNAを搭載したShuttle
Vector of Sugano Full-Length Human cDNAを整備し、提供しております。
これらのウイルス株やベクターは遺伝子導入にまた、遺伝子治療の為の基
礎基盤研究に大いに役立っています。

昭和６２年の事業開始以来、宿主、ベクター、遺伝子クローンを中心にDNAバンク事業を行って参りました。 累積収集遺伝子クローン数は
917,000株を越え、収集遺伝子数は現在まで、ヒトとマウスで75％強を占
めております。一方、累積提供遺伝子クローン数は700,000株を越え、海外への提供数は全体の1/4強であります。本室も我国のみならず国際的な活動拠点としても認知される様になってきました。今後も「世界に広がるリソース」を目指して活動を推進してゆきたいと思っております。 しかしながら遺伝子バンク事業の最大の悩みは、つまり一度、遺伝子を得たならば半永久的に使用出来る点です。即ち、同じ研究者から同じ材料に対する提供依頼は皆無に近いわけです。様々な業種でリピーターの確保
が経営安定の「鍵」となっていますが、 我々も同じです。この障害を上回るだけの需要を支えるため、常に新規技術を感知し、研究者のニーズにそった遺伝子材料の改変を行い、 付加価値を付けてユーザーに喜ばれる遺伝子材料の開発を行うバンクとなる事を目標としています。「自己開発型のバンク」無くして「生ものを持たない」遺伝子バンクには未来はありません。私達は遺伝子リソースを次の５つの部門に分別しサブバンク体
制で運営を行っております。

[C] 日本人特異的DNAサブバンク
日本人が日本人の遺伝的特質を理解するために遺伝学的、免疫学的、
比較生物学的研究を推進する目的から本テーマを選出致しました。 日本
人は日本人の起源や「DNA」を知る事も大切ではないでしょうか？ 私達は
まず、HLA抗原とSEREX抗原に焦点を当てました。HLA抗原は臓器移植や輸血の際の拒絶反応に関係する抗原です。詳細は日本組織適合性学会ホームページ（http://square.umin.ac.jp/JSHI/frame.html）をご参照ください。
特に日本人に頻度の高いHLAクラスI抗原をコードするcDNAクローンシリーズを愛知がんセンター研究所 赤塚美樹先生より寄託して頂きました。
（http://www.brc.riken.jp/lab/dna/en/GENESETBANK/HLA.html）。
Ludwig Institute for Cancer Research、愛知県がんセンター研究所、理研
BRCからはSEREX法により同定された癌抗原cDNAクローンシリーズ
SEREX (serological analysis of cancer antigens by recombinant cDNA
expression cloning)が寄託されました（http://www2.licr.org/CancerImmunomeDB/）。
ライブラリーやクローンの詳細はホームページを参照してください（http://www.brc.riken.jp/lab/dna/ja/SEREXja.html）。

[A] ベーシックドメイン型DNAサブバンク[B] 遺伝子導入サブバンク[C] 日本人特異的DNAサブバンク[D] ライブラリー、セット化バンク
 NIA/NIH マウスcDNAクローン化ライブラリー
 MSM/Ms マウスBACライブラリー マウス初期胚EST クローン化ライブラリー
 CEPH ヒトMEGA YAC クローン化ライブラリー 野島cDNA ライブラリ 霊長類ゲノムライブラリー
 プロモーターバンク
 シスエレメントレポータークローン[E] Informatics セクション$QQXDO6XPPDU\RI&ORQHVIRU'LVWULEXWLRQ

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[D-1] NIA/NIH マウスcDNAクローン化ライブラリー（セット化サブバンク）
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米国National Institute on Aging (NIA)/NIHの洪実先生よりNIA/NIH
マウス各発生初期段階特異的15K cDNAクローンセット (NIA Mouse 15K
cDNA Clone Set)および7.4 K cDNAクローンセット(NIA Mouse 7.4 K cDNA
Clone Set)の無償寄託を受け、適正に提供することのみを条件に官民を問わず、セット、および単クローン単位で提供しています。本クローンは市販されておりますDNAマイクロアレイ（アジレント社）の元となったクローンとしても有名で、マウスの着床前初期は胚で発現するクローンがセット化されています。平均インサートサイズが1.5 kb-4.0 kbの上品質のcDNAク
ローン化ライブラリーです。（http://lgsun.grc.nia.nih.gov/）。

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遺伝子リソースの概要

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"IO2ESOURCE NOW  6OL  また、様々な生命現象で重要な機能を果たす遺伝子の多くはその転写開始点やプロモーター領域が解析されていますが、 多くの研究者による様々な方法での解析結果が続々と蓄積する今日にあって、 それらの記載内
容が報告毎に大きく異なる例が増加しており、 逆に明確にプロモーター
領域が定義されない例も多く存在するため、 信頼に足るプロモーターを得るためにはその機能の実験的な確認作業までを行う必要が問われています。以上の観点から、プロモーター／レポーター・プラスミドを構築・収集し、その定性結果の情報とともに公開するプロモーターバンクの意義は大きいと思われます。
本プロモーターバンクは、規格の揃ったプロモーター材料を研究者に供給して解析結果の普遍性を保証すると同時に、有用性の高いプロモーターを選択・開発して、基礎・応用の両面でプロモーターに関わる生命科学全体の推進に貢献することを目的としており、 その具体的作業内容
は以下の通りです。

[D-2] MSM/Ms マウスBACライブラリー（セット化サブバンク）
野生ハツカネズミ系統 (Mus musculus molossinus)のマウスゲノム
BACクローン化ライブラリーは熊本大学並びに理研BRCで作製され、 阿部 訓也先生より寄託頂きました。平均サイズ150-300kbのゲノムBACク
ローン 約２０万株から構成されています。BACトランスジーンとしてTg
作製やポジションナルクローニングに有効です。
これまでは一般に入手可能なマウスゲノムBACライブラリーはC57BL/6や129/SVEvTACという２種のMus musculus domesticus由来の近交系統から構築されたもののみでしたが、これが作製されたおかげでQTL解析、量的形質を規定する
遺伝子の探索同定に強力な武器ができた事になります。
M S M - B 6 の マップ サ イト( h t t p : / / s t t . g s c . r i k e n . j p / m s m / ) 及 び(http://shigen/lab.nig.ac.jp/mouse/polymorphism/top/top.jsp) から単一クローンを検索する事が可能です。

[D-3] マウス初期胚EST クローン化ライブラリー（セット化サブバンク）



マウス初期胚cDNAクローン化ライブラリーはERATO土居バイオアシ
ンメトリプロジェクト事業により樹立されたもので45,216株のマウスcDNA
クローンから構成されております(http://lgsun.grc.nis.nih.gov/cbi-bin/pro1)。

汎用性の高いレポーター遺伝子とその上流にプロモーター断片の挿入が容易な制限配列（マルチクローニングサイト）
をもった
ベクターを構築する。また、プロモーターからpolyAシグナル部分
までの転写ユニット全体の切出しが可能な制限配列を挿入する。

データベースを参考にして有用性の高いプロモーターを選
 文献、
択し、
プロモーター活性を有すると考えられる領域をゲノムDNA
よりPCR増幅して、上記ベクターに挿入する。

[D-4] CEPH ヒトMEGA YAC クローン化ライブラリー（セット化サブバンク）
CEPH human MEGA YAC libraryはFoundation Jean Dausset-CEPH研究所より寄託されました。 酵母人工染色体上のヒトゲノム遺伝子を組み込んだ約３万６千クローンよりなるヒトゲノムライブラリーです（http://www.cephb.fr）。CEPHのホームで単一クローンを検索する事が可能です。

 特異的発現が期待される細胞株と抑制が予想される細胞株で実際に各プロモーターの活性を確認する。
 トランスジェニックマウスを作製し各プロモーターの発現時期・組織特異性を解析する。（理研BRC実験動物開発室、筑波大学生
命科学動物資源センターとの共同研究）[D-5] 野島cDNA ライブラリー（セット化サブバンク）
大阪大学微生物病研究所の野島 博先生より高品質のcDNAライブラ
リーの４０シリーズが寄託されました。 目的遺伝子のスクリーニングや
PCRクローニングの基質としても利用されております。完全長cDNAクローンの単離に有用です。

 組織特異的プロモーターとCre遺伝子を搭載したアデノウイルス
シャトルベクターを作製する。

以上の情報とともにプロモーター／レポーター・プラスミドを公開・提供
します。
現在作製および検定試験が完了しているプロモーターはヒトゲノム
DNAに由来する遺伝子上流配列を組込んだクローン ７４株です。今後もルシフェラーゼ活性が確認されたクローンを順次追加してゆく予定です。

[D-6] 霊長類ゲノムライブラリー（セット化サブバンク）
理研GSCの榊 佳之先生からは霊長類（ヒト、サル、チンパンジー等）のゲノムを含んだ大型BACクローン化ライブラリーを寄託して頂きました。
クローンのショットガン塩基配列解析で使用されたものであり大変有用です。

[D-8] シスエレメントレポータークローン（セット化サブバンク）[D-7] プロモーターバンク（セット化サブバンク）

合成シスエレメントをTymidine kinase 遺伝子プロモーターに接続
し、ルシフェラーゼ遺伝子をレポーターとした動物細胞発現ベクターを自ら作製しました。 ３８種のエレメントについて、正逆方向、 並びに点変異のバリエーションを揃えました。 プロモーター活性の測定に有用です。

「転写」は遺伝子発現の第一段階であり、 遺伝子発現の主な調節段階であるため、 多段階で進む遺伝子発現反応の解析の中で転写レベルでの解析が最も重要視されています。細胞周期・分化・増殖・癌化・アポトーシスなどの細胞生物学的研究に加え、発生・再生・形態形成・老化・疾患などの高次生命現象を対象とした個体レベルでの研究においても、それぞれの生命現象の中で重要な機能を担う遺伝子や生命現象の指標（マーカー）となる遺伝子の発現レベルの解析や発現調節機構の解析が重要な位置を占めています。また、遺伝子治療や遺伝子組換え動物・培養細胞を用いた物質生産等に代表される応用研究では、導入遺伝子を適正な組織・細胞・時期に特異的に発現させる制御技術が大切です。 さらに近年では、様々な研究課題で組織・時期特異的に特定遺伝子を欠損させることが可能なコンディショナル・ノックアウト動物の需要が高まっており、そこで最も一般的に使用されるコンディショナル・ターゲッティング技術である
Cre/loxPシステムでは、 標的とする組織・時期にCreリコンビナーゼを特異的に発現させloxP配列でのDNA組換えを誘導する事でできます。これら特異的発現誘導にはやはり転写レベルでの制御が最も一般的かつ有効であり、必要とする発現特異性をもつプロモーターの実験的な選定が不可欠です。 以上広範な研究分野でプロモーターは必要不可欠な遺伝
子材料となりますが、 プロモーター／レポーター・プラスミドの作製は、ゲノム情報技術やDNA操作技術が発達した今日においても尚、時間と労力を要する煩雑な作業となっています。プロモーターはゲノムDNAの非コード領域であり、GC含量の偏りや反復配列を多く含む場合が多いため、クローニングは容易ではありません。

[E] 遺伝子材料開発室からの情報発信 (Informatics section)
どんなに利用価値の高いリソースであっても、付随情報が充実していなければ単なる「トリビアの産物」に終わってしまいます。
また、塩基配列が示されているだけの情報では「死蔵化」はさけられません。当開発室では付随情報の充実のために配列、制限酵素、クローンを利用した文献検索等を積極的に収集し、データベース（オンラインカタログ）を編纂しています。また、クローンを遺伝子名で羅列するのではなく遺伝子カスケ−ドやシグナルカスケードでグループ化し、各遺伝子の関連を模式図で示す
視覚化事業にも取り組んでおります。一方、カタログ情報のみでは知り得ない具体的な実験例や実験途上で遭遇する失敗と解決策をメールニュー
ス並びにホームページにて研究者コミュニテイーに発信しています。 な
かでも「DNAバンクのちょっとした話」は毎回好評を頂いております。また、「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」の施行後に文部科学省から出される報告等も発信し、 研究のみでなくそれを支える「しくみ」の確保と周知にも全力を注いでいます。メールニュースの利用、当室の事業や遺伝子資源に関する質問、御意見，御要望は電子メールにて受けつけています(dnabank@brc.riken.jp)。

"IO2ESOURCE NOW  6OL  遺伝子材料の品質管理と次世代遺伝子リソース
開発への技術開発+LJKH[SUHVVLRQV\VWHPLQHXNDU\RWLFFHOOV*HQRPHSURMHFW

提供遺伝子材料の品質管理の為の技術開発を我々バンカーは常に頭に入れておかなければいけません。此の分野の研究革新は目覚ましくついてゆくのに精一杯というのが現状ですが、私達は年一度の学会に参加し、
バ
ンク業務の
「宣伝」
だけではなく、「新技術」の吸収も行っています。今何が流行し、今後何が流行するか？ 新規リスース開発のための新技術を如何に取り入れるか？などを常に考えています。現在は「遺伝子の未知変異の定性および定量検出技術」と「修飾遺伝子機能解析のための遺伝子導入技術」の開発を重点化してます。
その他遺伝子発現に関する開発研究としては当室のホームページを参照
して下さい (http://www.brc.riken.jp/lab/dna/)。

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人類が直面している最大の課題のひとつである健康問題、食料問題、
そして環境問題を解決すべく、国家プロジェクトと銘打ってゲノムやタンパクを始めとする数々の生物科学研究が国の重要施策としてあげられています。又、「期待」
も大変大きいわけですが、この生物科学研究を根底から支え、推進させるためには、人材と設備に加えて、研究材料（リソース）の確保とその品質管理が必須である事は明白です。又、最近では、ライフサイエンス研究の成果が産業化と直接結びつく事も多くあり、リソー
スに係わる知的所有権をめぐって先進国のみならず途上国も主張するよ
うになってきました。
このような状況下、我が国の科学研究と産業を推進するための知的基盤として我が国のバイオリソースを整備することが国策として極めて大切であることが認識されはじめてきました。しかしながら一方では国家
プロジェクトとして従来の３年や５年単位のプロジェクト同様に、このバイオリソースプロジェクトをたち上げ、設定することで、本プロジェクトを
目標を達成したと考える人達も少なからずおります。 彼等の誤った認識
は成果を3年、 5年後に問うという従来の科学研究推進プロジェクトと同一視している点であります。 我国のこれからの生物科学研究を支える知的基盤整備事業が5年や10年でよいのでしょうか？ 10年、20年後、我国を「科学立国」
として支えてゆくには、この知的基盤事業をより充実させる
事が先決であり、そのための「100年後を見据えた」投資であるべきです。
現在、 莫大な国民の税金を使って生まれた大型プロジェクトの成果やリソース、さらには科学研究費から生みだされた成果やリソースがそのまま破棄され、時には他国にそのまま持っていかれて知的所有権も主張できない様な現在の状況は大変危惧すべきではないでしょうか？
我国で生まれた「成果」や「リソース」や「情報」は、我国に有るか還元されるべきです。リソースに関する品質管理、収集、保存、提供にかかわる知的基盤整備に関しては、私共、理研BRCは、国内および海外の研究
コミュニティーから世界でも有数のリソースセンターとして認識されるよ
うになってきてきました。又、当センターが保有するリソースに係る高度技術を国内外に普及させるための研修事業や若手の将来を担う「バンカー」の教育も行っております。これらの「火」を消すことなく、又、「科学立国」
としての日本を100年、200年と支えるためにもこのバンク事業を継続させてゆかねばならないと考えております。
100年後の我国のライフサイエンスを支える知的基盤整備事業として、これからも尊敬と賞賛に値するセンターとなるべく最大の努力をしつづける覚悟でおります。

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3XWDWLYHIXQFWLRQ"バンク事業は３年、５年のプロジェクトではなく
１００年先を見据えて！
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教育研修事業プログラムとバンカーの育成
遺伝子材料開発室はこのバイオリソースの広範な利用を目的に新技術の研修事業を通じてユーザーの拡大をはかり、我国の生物科学の発展に少しでも貢献出来れば良いと理研BRC 遺伝子材料開発室は考えております。 2005年８月には「組換えアデノウイルスの取り扱い操作」につきまして研修事業を行いました。この研修事業を更に充実させ普及に努めた
いと思っております。また、バンク業務の継続性をはかるため室員の育成にも力を入れております。(http://www.brc.riken.jp/lab/dna/)

知的基盤整備は１００年先を見据えて、三代まで種を播く
̶『播かぬ種は生えぬ』

バンク事業の「継続性」
理研BRCは３つの目標「信頼性」「継続性」「先導性」を立て事業を展開しております。 その中でNBRP関係者や、我々バンカーが認識しなければならないモットーに「継続性」があります。

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Plant and Animal Genome XIV Conference( http://www.intl-pag.org/ ) に参加しました。
1月14日から18日までの5日間、昨年と同様カリフォ
ルニア州、サンディエゴにて14回目となる Plant andAnimal Genome XIV Conference（以下PAG）が開催されました。
PAGはその名の通り動物、植物の多岐に渡る分野の研究者が集まる国際会議であり、今回は約2,000名が参加しました。参加者の大部分は開催国アメリカ在住者ですが今年は日本以外のアジアの国（中国・インドなど）の参加者が多いように感じました。

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今回筆者（坂庭）は稲統合データベースである Oryzabase（http://shigen.lab.nig.ac.jp/rice/oryzabase/）をポスター出展し、最新公
開塩基配列に対応させた全染色体物理マップ、Rice Genetics NewsletterのOnline化、Multiple Ontology Browser ( O3 Viewer ) 等の紹介を行いました。

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（文責 坂庭 真悟）

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感想
データベース関連でAnimal Trait Ontologyといった新しいOntologyの構築、活用も見られましたが、Gene Ontologyに関しては、もはや当たり前といった雰囲気すら感じさせられました。Animal Trait Ontologyについては家畜関連の研究を行っている方は一度目を通されてはいかがでしょうか（http://www.intl-pag.org/14/abstracts/PAG14̲P888.html）。
様々な種類のOntologyが出揃ってきており、それぞれの長所を生かしながら各種Ontologyの統合を考えていかなくてはなりません。
今回も様々なWorkshopが開かれましたが個人的にはゲノムブラウ
ザであるGbrowse（http://www.gmod.org/?q=node/71）のWorkshopが非常に理解しやすく、 一度自分のパソコンにインストールしてみようと思っています。
PAGの企業ブースは去年と比べて力を入れていると感じました。
また、研究と実用のギャップが埋まりつつあることも感じさせられました。
（坂庭 真悟）'1$

おわりに
近年、遺伝情報の蓄積に伴い、従来のライブラリーからハイブリダイ
ゼーションで遺伝子を単離する方法からin silicoクローニングへと研究の流れにも変化が見られます。当開発室もこの流れを踏まえ、単に遺伝子の断片を供給するバンクから高付加価値の遺伝子材料を提供する「バンク」へと移行して参りました。またこの１年間で、国内利用のみならず海外からの提供依頼が急激に増え、さらに、 Science誌 (vol. 307, pp.1722,
2005)、BioTechniques誌 (vol. 38, pp.21, 2005) ならびに J. Gene Med.誌(vol. 7, 1148-1157, 2005)に当バンクに関する紹介記事が掲載され、世界に認知されたバンクとなりつつあると認識しております。

国際会議に参加するのは初めてでしたが、 雰囲気がラフでとても参加しやすかったです。ポスター出展が目的でしたが、様々なWorkshopにも参加しました。特 に、日ごろから触 れる機 会 があった O n t o l o g y のWorkshopが印象深かったです。
丸一日を通したWorkshopで、まずOntologyの構造関係など基礎的な部分から始まり、現状を踏まえた上で、今後どうあるべきかに話がおよんでいきました。各種分野との協力を推進していくことが目的の一つのようでしたが、その成果は徐々に現れてきているようです。また、今後の展望の一つとして、様々なBiomedical Ontologyが発展していきそうです。
各Workshopを聞いていて、あらためて自分の勉強不足を痛感させられました。今回感じた隔たりを埋められるよう、今後一層励んでいきたいと思います。（渡邉 融）

当開発室から提供される遺伝子リソースが皆様の研究開発にお役に立てます様、切に願っております。言うまでもなくこれらの遺伝子資源は、様々な研究機関に所属されている研究者各位の研究成果であり、大変貴重な遺伝子資源を寄託頂きました諸先生に深く感謝致しますと同時に、今後もライフサイエンス関連分野の研究の発展に寄与するため、 スタッ
フ一同、より一層努力致す所存でありますので、各位のご指導、ご意見を宜しくお願い申し上げます。

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PAG XIVの開催中に2回目のPOC (Plant Ontology Consortium)
Userʼs Meetingが開かれました。PAGの正式なプログラムとは別の非公
開ミーテイングです。このミーテイングは、 PO構築者やその潜在的利用者が構築初期から問題点を話し合い、効率よくPOを構築し研究者に広く使ってもらえるものにしようという主旨で開かれています。今回の参加グ
ループは、SOL（Solanaceae), TAIR(Arabidopsis), NASC(Arabidopsis),
Gramene(Rice etc.), MaizeGDB, IRIS (Rice), SoyBase(Soybean),Oryzabase(Rice)など、 モデル植物のゲノムデータベース担当者および
DAG Edit、OBO-Editの開発者など合わせて20数名でした。今年は変異体の形質を体系的に表現するためのOntologyとしてPATO（Phenotype
And Trait Ontology）の話題が中心でした。1年前の同会議でPATOはIRISとOryzabaseが話題にしただけでしたが、1年経ってArabidopsisのNASC
がPATOの構築をすでに始めており具体的な議論にまで進んでいることに驚きました。 ゼブラフィッシュやメダカではPATOの構築と利用をすでに始めていますが、今後植物でも使われることは間違いないと思います。

連載(10)

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ЎᲭЎ“個人的なBLAST検索対象データベースを作成してBLASTを実行する”
11月号ではBLASTのインストールについて紹介致しましたが今号では実際に実行してみます（パスは通っている前提で進めさせて頂きます）。ただし各種Webページで提供されているサービスと同じ使用方法ではわざわざインストールした意味がありません。
WebサービスのほとんどがBLAST検索対象データベースとして国際塩基配列データベースに登録されている全ての配列あるいはその一部を選べるようになっています。今号では自分専用のBLAST検索対象データベースを作成し、そのデータベースに対してBLASTを実行してみましょう。(Windows)
1
デスクトップにtestというフォルダを作成して下さい。testフォルダの中に検索対象としたい塩基配列のfasta形式ファイルを取得、 あるいは作成して置いて下さい。（複数の配列を検索対象としたい場
合はmulti fasta形式にして下さい。）
ここではファイル名をtarget.fa
として進めていきます。

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2
コマンドプロンプト（スタート→プログラム→アクセサリ→コマンド
プロンプト）を開いて”cd （“ cdの後には半角スペース。”は必要ありません。）と入力します。②で作成したtestフォルダを黒い画面にドラッグアンドドロップしてEnterキーを押します。 ”dir”と入力してEnterキーを押すとtarget.faが確認できます。

3
コマンドプロンプトに”formatdb ‒i target.fa ‒p F”と入力して下さい。
これによりtarget.faからBLAST検索対象データベースファイルが作成されます。 ”dir”と入力してEnterキーを押すとtarget.fa.nhr、nin、
nsqという3つのファイルが作成されていることが確認できます。

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PATOは「Attribute(属性)」と「Value（値）」から構成され、ある変異体の形質をOntologyで表現する場合、Entity(実体)+Attribute+Valueの組
み合わせ（EAV）で表わします。 たとえば「葉の幅が広い」という形質は、
Entity=葉, Attribute=相対幅、Value=広い、と表わしますし、「種子の色が黄色」ならば、Entity=種子、Attribute=色、Value=黄色、と表現できます。Entityには個体全体、器官、組織、細胞、遺伝子、発生段階などが相当し、 それらもOntology（Development Ontology, Anatomical
Ontology, Cellular Ontology, Gene Ontology, Plant Ontology）が使えます。つまり、形質はOntolgyの組み合わせとして表記されることになるのです（「葉の幅が広い」＝PO：0009025, PATO：0000086, PATO：0000087)。
しかしPATOのValueは多様過ぎるのと、 そもそも値は概念の範疇でよいのかどうか疑問ですし、 Ontologyには相応しくないのではないかと
私は個人的に思うのです。色１つとってみても、日本人が「茜色」と表現したものをどういう英語に置き換えるかは結構主観的な問題になるのではないかと発言してみました。しかし私の意見に対しては、色を数値化すれば問題は解決するということです。国際標準を考えると確かにそういう方向に進むだろうとは思います。MaizeGDBグループは画像データから情報を抽出するシステムの開発を始めています。Ontologyは過去のデータ整
理より、むしろ今後発生する大量情報の解析を目標にしているので、私自身のためらいとは無関係に、この勢いで進められると思います。
(文責 山崎由紀子）

4
検索したい配列のfasta形式ファイルを作成、あるいは取得してtest
フォルダの中にいれます。ここではファイル名をquery.faとして進めていきます。

5
いよいよBLASTの実行です。
コマンドプロンプトに”blastall ‒p blastn ‒i query.fa ‒d target.fa” と入力してEnterキーを押して下さい。 黒い画面にいつものBLASTの結果が表示されれば成功です。

”blastall ‒p blastn ‒i query.fa ‒d target.fa ‒o result.txt”と入力してEnterキーを押せばtestフォルダの中のresult.txtに結果を出力することが可能です。
坂庭 真悟

編集後記 ：DNAリソースはニーズが多い一方、特定のリソースが短期間に集中的に利用されてる傾向があり、バンク担当者のご苦労が記事の随所にうかがわれます。 横山室長はじめスタッフの皆さんの努力に頭が下がります。
いつものことですが、国際会議やミーティングに参加すると、海外の圧
倒的パワーに焦りを感じてしまいます。
（Y.Y.）
連絡先: 〒411-8540

静岡県三島市谷田1111

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TEL 055-981-6885 (山崎)E-mail :BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp※ NewsLetterに掲載されているあらゆる内容の無断転載・複製を禁じます。すべての内容は日本の著作権法、及び国際条約により保護されています。

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