金沢医科大学病院 受託可能な遺伝学的検査について
I． 保険収載された遺伝学的検査（D006-4）【概要】
現行の次世代シーケンサ（NGS）を用いた遺伝学的検査は，キャプチャープローブ法により対象遺伝子の翻訳領域エクソンおよびエクソン/イントロン境界領域の DNA 配列のみを調べています．このため遺伝子の構造異常（大欠失/挿入）や深部イントロン変異によるスプライシング異常を検出する事は困難です．金沢医科大学病院ゲ
ノム医療センターでは様々な Long PCR based NGS Analysis (very Long Amplicon Sequencing; vLAS, CombinedLong Amplicon Sequencing; CoLAS) を採用し，この問題を解決しています，
特に，以下の保険収載された遺伝学的検査においては，本解析法の高い有用性が示されています．
疾患名

検査対象遺伝子

保険点数

結節性硬化症

TSC1, TSC2

3,880 点異染性白質ジストロフィー（ライソゾーム病）

ARSA

3,880 点オスラー病

ACVRL1, ENG, GDF2, SMAD4

5,000 点肺胞蛋白症

ABCA3, CSF2RA, CSF2RB, FOXF1, NKX2-1, 8,000 点
SFTPB, SFTPC

ヌーナン症候群

BRAF, HRAS, KRAS, LZTR1, MAP2K1, MAP2K2, 8,000 点
MAPK1, MRAS, NRAS, PTPN11, RAF1, RIT1,RRAS2, SOS1, SOS2, PPP1CB, SHOC2,SPRED2

また、以下に関しても保険適応の検査として実施可能です．
疾患名

検査対象遺伝子

保険点数

副腎白質ジストロフィ－（ライソゾーム病）

ABCD1

3,880 点Wilson 病（先天性銅代謝異常症）

ATP7B

5,000 点低ホスファターゼ症

ALPL

5,000 点

ヤング・シンプソン症候群

KAT6B

5,000 点コルネリア・デランゲ症候群（先天異常症候 HDAC8, NIPBL, RAD21, SMC1A1, SMC35,000 点群）
栄養障害型表皮水疱症

COL7A18,000 点

QT 延長症候群

KCNH2, KCNQ1, SCN5A

8,000 点

【プラットフォームと報告範囲】⚫

NGS, illumine MiSeq, 平均 depth 200 以上⚫

NGS で検出された病的バリアントに関しては，サンガーシーケンスで確認検査を行います．

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モザイク変異に関しては，細胞レベルで 10％以上のモザイクであれば検出できる可能性が高いと考えられます．ただし変異の性状や DNA 配列に依存するため，検出感度は 100％ではありません．

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Long range PCR のプライマー設計部を含むコピー数変動に関しては，現在のところ正確な判定は困難であり参考情報にとどめます．

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常染色体劣性遺伝性疾患で複合ヘテロ接合体が疑われた場合は，2 つの遺伝子変異の phasing analysis(cis or trans) を可能な限り追加検査します．

【検体】
通常 EDTA 2Na 血 7ｍｌ
冷蔵でお送りください＊送料は御負担ください

注１． DNA, RNA 双方の検査を行うための最低採血量は 5ｍｌです．DNA のみの検査を行うための最低採血量は 3ｍｌです．
注２． Long PCR のために核酸抽出は特殊な方法を用いています．保存 DNA 検体からの検査は出来ませんので，必ず採血してください．

【検査に要する時間】
通常，検体受領後 60 営業日以内に検査結果を郵送いたします．
＊ 何らかの理由でそれ以上の日数を要する場合は，当方よりご連絡いたします．

II. 疾患遺伝子セット検査（非保険適応検査）【概要】
金沢医科大学病院ゲノム医療センターでは様々な Long PCR based NGS Analysis (very Long AmpliconSequencing; vLAS, Combined Long Amplicon Sequencing; CoLAS) を採用し，患者さんに提供しています．
以下のように，Long PCR based NGS はキャプチャープローブ法と比べて様々な利点があります．
１． 遺伝子内構造異常（大欠失/挿入）の検出に優れ，break point sequence を直接決定することが可能です．
２． 末梢単核球で発現のある遺伝子の場合，DNA レベルの解析に加え Long PCR based targeted RNA-seq(reverse transcribed Long Amplicon Sequencing; rLAS) を行うことで，深部イントロン変異によるスプライシング異常を検出する事が可能です．我々はこの手法を CoLAS と呼んでいます．
３． キャプチャープローブ法では検査対象遺伝子に偽遺伝子が存在する場合，ホモロジーが高い領域の配列は真の遺伝子由来であるか偽遺伝子由来であるかを鑑別をする事は困難です．Long PCR based NGS では領域特異的なプライマーを用いる事で，偽遺伝子の影響を排除しています．
このように、解析対象とする遺伝子の数が限られている場合には， Long PCR based NGS のメリットは高く，より高精度の遺伝学的検査を提供することが出来ると考えています．

【検査の方法】
対象遺伝子のゲノム領域を Long PCR 法でイントロン配列を含めて増幅（20～30 kb）します．対象遺伝子が大きい場合には，複数のプライマーセットでカバーします．PCR 増幅産物をプールしたものを断片化し，NGS で解析します．得られたバリアントを評価し，病的バリアントを絞り込みます．病的バリアントは，最終的にはサンガーシー
ケンス法で確認します．

【検査項目】
疾患名

検査対象遺伝子

検査費用（税込み）

APRT 欠損症

APRT\25,000

Li-Fraumeni 症候群

TP53\25,000

Von Hippel-Lindau 病

VHL\25,000

脳室周囲結節状 (結節性) 異所性灰白 FLNA

\25,000

1 遺伝子セット検査質（PVNH）
毛細血管拡張性小脳失調症（ataxia ATM\25,000

telangiectasia）
X 連鎖性低リン血症性くる病

PHEX\25,000

2-3 遺伝子セット検査
Ellis-van Creveld 症候群

EVC1, EVC2\30,000

神経線維腫症 1 型

NF1, SPRED1\30,000

常染色体優性多発性嚢胞腎PKD1, PKD2\30,000

家族性大腸ポリポーシス

APC, MUTYH\30,000

脳海綿状血管腫（CCM）

CCM2, KRIT1, PDCD10\30,000

4-5 遺伝子セット検査
常染色体優性尿細管間質性腎疾患 HNF1B, MUC1, REN, UMOD

\40,000（ADTKD）
Lynch 症候群

MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, EPCAM\40,000

遺伝性低リン血症性くる病（セット）CLCN5, DMP1, ENPP1, FGF23, PHEX

\40,000

ドラベ症候群・類縁疾患関連遺伝子

SCN1A, SCN2A, SCN3A, SCN8A, SCN1B\40,000

6-8 遺伝子セット検査
遺伝性ヘモクロマトーシス

BMP2, FTH1, HAMP, HFE, HJV, SLC40A1, \50,000
TFR2Distal arthrogryposis

ECEL1, MYBPC1, MYH3, MYH8, PIEZO2, \50,000
TNNI2, TNNT3, TPM2

9 遺伝子以上セット検査
遺伝性パラガングリオーマ

DLST, KIF1B, MAX, SDHA, SDHAF2, \60,000
SDHB,SDHC,SDHD,

SLS25A11,

TMEM127, NF1, VHL, RET
マルファン症候群・類縁疾患関連遺伝子

COL3A1, FBN1, SMAD2, SMAD3, TGFB2, \60,000
TGFB3,TGFBR1,TGFBR2,

ACTA2,MYH11
その他
ミトコンドリア DNA フル解析＊

Mitochondria DNA\30,000＊ミトコンドリア DNA の全長を Long PCR 法で増幅し，高深度で NGS 解析します．ミトコンドリア DNA の病的変異をヘテロプラスミーの程度とともに報告します．

【プラットフォームと報告範囲】⚫

NGS, illumine MiSeq, 平均 depth 200 以上⚫

病的変異に関してはサンガーシーケンスで確認します．

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病的変異と考えられるものに関しては，アノテーションをつけてお返しします．

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その他の検出されたバリアントの一覧

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モザイク変異に関しては，細胞レベルで 10％以上のモザイクであれば検出できる可能性が高いと考えられます．ただし変異の性状や DNA 配列に依存するため，検出感度は 100％ではありません．

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Long range PCR のプライマー設計部を含むコピー数変動に関しては，現在のところ正確な判定は困難であり参考情報にとどめます．

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常染色体潜性（劣性）遺伝性疾患で複合ヘテロ接合体が疑われた場合は，2 つの遺伝子変異の phasinganalysis (cis or trans) を可能な限り追加します．

【検体】
通常 EDTA 2Na 血 7ｍｌ
冷蔵でお送りください＊送料は御負担ください

注１． DNA, RNA 双方の検査を行うための最低採血量は 5ｍｌです．DNA のみの検査を行うための最低採血量は 3ｍｌです．
注２． Long PCR のために核酸抽出は特殊な方法を用いています．保存 DNA 検体からの検査は出来ませんので，必ず採血してください．

【検査に要する時間】
通常，検体受領後 60 営業日以内に検査結果を郵送いたします．
＊ 何らかの理由でそれ以上の日数を要する場合は，当方よりご連絡いたします．

III. オン．デマンド遺伝子検査【概要】
保険適応のない疾患で，前項の疾患遺伝子セット検査に含まれない遺伝子であっても，臨床症状より，特定の遺伝子 5 個以内に検査対象を絞り込んで頂けた場合は，オン．デマンドで検査が可能です．Long PCR based NGS法のため，PCR プライマーを設計するだけで，新たな遺伝子の解析に対応可能です．
ただしトリプレット．リピート病の遺伝子検査は実施しておりません．

＊オン．デマンド遺伝子検査に関しては，下記メールまで必ず事前に御相談ください．
金沢医科大学病院 ゲノム医療センター 新井田 要

niida@kanazawa-med.ac.jp

なお，網羅的な遺伝子検査は行いません．臨床診断がつかず，網羅的な遺伝子検査を要する場合は IRUD 等の研究検査をお考え下さい．
【検査の方法】
対象遺伝子のゲノム領域に対する特異的 Long PCR プライマーを新たに設計し，Long PCR based NGS Analysis(very Long Amplicon Sequencing; vLAS, Combined Long Amplicon Sequencing; CoLAS) を行います．
【検査の適応】
臨床診断により特定の遺伝性疾患（単一遺伝子病）が疑われ，確定診断が必要な場合などに有用です．
トリプレットリピート病は対象外です．
【検査項目】
1 遺伝子検査\30,000（税込み）

2 遺伝子検査\35,000（税込み）

3 遺伝子検査\40,000（税込み）

4 遺伝子検査\45,000（税込み）

5 遺伝子検査\50,000（税込み）【検体】
通常 EDTA 2Na 血 7ｍｌ を冷蔵でお送りください＊送料は御負担ください

注１． 検体送付前に，事前にメールで御相談ください
注２． DNA, RNA 双方の検査を行うための最低採血量は 5ｍｌです．DNA のみの検査を行うための最低採血量は 3ｍｌです．
注３． Long PCR のために核酸抽出は特殊な方法（超高分子 DNA 抽出）を用いています．各施設での保存 DNA検体からの検査は出来ませんので，必ず新たに採血してください．
【検査に要する時間】
通常，検体受領後 80 営業日以内に検査結果を郵送いたします．
＊ 何らかの理由でそれ以上の日数を要する場合は，当方よりご連絡いたします．

IV. シングルポイント検査【概要】
当方の遺伝学的検査で変異が確認された場合に，その変異部（シングルポイント）に関して，ご家族（親，子，同胞など）の検査を行います．
注１） 原則的に他施設の検査室でなされた検査結果をもとに，ご家族のシングルポイント検査を行う事は致しません．検査系が変わる事で変異が検出できない（偽陰性の）可能性があるからです．このような場合は，まず発端者に関して当方でシングルポイント検査を実施し，変異が確認できた場合にのみご家族の検査が可能となります．
注２） 保険適応のある検査で，当方で実施している検査の場合は，ご家族に対しても保険適応検査でオーダーしてください．
【検査の方法】
変異部に対するサンガーシーケンスを行います．
常染色体顕性（優性）遺伝，X 連鎖遺伝，常染色体潜性（劣性）遺伝（ホモ接合）では 1 ヶ所，常染色体潜性（劣性）遺伝（複合ヘテロ接合）では 2 ヶ所を解析します．
【検査の適応】
家系内の未診断患者の診断，保因者診断を目的とする検査です．以下の点にご注意ください．
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重篤な疾患の発症前診断となる場合も想定されます．遺伝学的検査の実施の可否に関しては，検体提出施設の遺伝診療部や倫理委員会で十分に吟味してください．当方では提出された検体に対して検査を行いますが，その倫理面に関しては関与いたしません．

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常染色体潜性（劣性）遺伝性疾患の患者で複合ヘテロ接合性変異を疑うが，2 つの変異が cis か trans かの鑑別が出来ない場合には，患者の両親の保因者診断が有用となります．この場合，両親の検査はシングルポイント検査として受託できます．

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常染色体潜性（劣性）遺伝性疾患の患者でホモ接合性変異が検出され，両親の保因者検査（シングルポイント検査）を施行して片親のみが保因者であった場合は，片親性ダイソミーによる発症と，片親の大欠失変異による発症との可能性が考えられます．この鑑別には患者における DNA マイクロアレイ（SNP アレイ）検査が有用です．

【検体．費用】
EDTA 2Na 血 3ｍｌ
冷蔵でお送りください
1 検体 15,000 円（消費税込み）＊送料は御負担ください【検査に要する時間】
通常，検体受領後 40 営業日以内に検査結果を郵送いたします．
＊ 何らかの理由でそれ以上の日数を要する場合は，当方よりご連絡いたします．

検体送付の方法について
１．検体
対象は血液（末梢静脈血）のみです．血液以外の組織や，保存核酸検体からの検査は出来ません．
EDTA 2Na 血（紫キャップ）で下記量を採取してください．

＜採血量＞

7ｍｌ

標準検体量は 7ml です．5ｍｌ以上あれば必要に応じて RNA の検査を行います．DNA のみの検査の最低必要量3ｍｌです．

２．送付方法⚫

採血後の検体は 4℃で保管し，可能な限り 72 時間以内に当方に到着するように調整してください．

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検体はクール便（冷蔵）でお送りください．凍結すると RNA の解析は不能となりますのでご注意ください．

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配送業者の指定はありません．検体の破損防止措置を行ってください（方法の指定は特にありません）．

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検査依頼書（Excel）に必要事項を記入の上，一部プリントアウトして，検体に同封してお送りください．シング
ルポイント検査の検査依頼書（Excel）は別になっていますのでご注意ください．

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また，記入した検査伝票（Excel）は，金沢医科大学病院 ゲノム医療センター 新井田 要 niida@kanazawamed.ac.jp までメール添付で送ってください．メールの件名は【遺伝学的検査検体発送】としてください．

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到着した検体に不備があった場合は，当方より担当者にメールで連絡いたします．

３．送付先〒920-0293 石川県河北郡内灘町大学 1-1
金沢医科大学 総合医学研究所 先端医療研究領域 ゲノム疾患研究分野

新井田要 宛て受け取りの都合上，送付先は病院ではなく研究所の方ですのでご注意下さい．月～金の日中にこちらに届きますよう調整ください．
＊送料はご負担願います．

遺伝学的検査に関する相談
当方で遺伝学的検査を行う前に質問がある場合や，他施設で遺伝学的検査を行ったが結果の解釈に疑問を持った場合などは，随時メールで御相談を受けます．ご相談は無料です．下記までご連絡ください．

金沢医科大学病院 ゲノム医療センター 新井田 要

niida@kanazawa-med.ac.jp