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ヨウキヒ (楊貴妃)䎤䏓䏕䏌䏏䎃䎕䎓䎓䎙#HN3DRNTQBDMNV6OL .O をお届けします#HN3DRNTQBDMNV

【1】
ホームページの刷新■ リソース関連イベント情報
平成１１年文部科学省令施設として京都工芸繊維大学に本センター■ リソースセンター紹介 No.8
・ショウジョウバエ特集が設置された直後手作りホ-ムペ-ジを開設し、その改定、改良でここまで来たが、今年４月から、新しいホ-ムペ-ジに変更した。
「お知らせ」記事をʮᣃ߻ᑸጞዜ‫ܖٻ‬ǷȧǦǸȧǦȐǨᢡˡ᝻เǻȳǿȸųǻȳǿȸᧈų‫ޛ‬ஜᨻ૓

これまでより手軽に早く掲載できる。

■ じょうほう通信 連載 (13)

そのページの左下に、Flystock

・10分バイオインフォマティクス“Cygwinを使って塩基配列を操作してみましょう（Windows）”というペ-ジがリンクされている。
このペ-ジは、ナショナルバイオリソースプロジェクト「ショウジョウバエ」を推進している、中核機関

ẮỉἝἷὊἋἾἑὊỉἒỸὅἿὊἛέ 3')ἧỳỶἽKWWSZZZVKLJHQQLJDFMSVKLJHQQHZVQHZVMVS（京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センター）とサブ機関（国立遺伝学研究所、愛媛大ἢỶỼἼἏὊἋऴ‫إ‬ỊˌɦỉἇỶἚẦỤắᚁỆễủộẴẇ

学、杏林大学）で維持している系

1%53KWWSZZZQEUSMSLQGH[MVS

統を統合してデータベース化し、6+,*(1‫ޓ‬KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSLQGH[MDKWP

国内主要機関で維持されているショウジョウバエの系統の検索と系統提:*5‫ޓޓ‬KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSZJU

供依頼をひとつのデータベースで可能にするという目的で作成されてい-*5KWWSZZZVKLJHQQLJDFMSZJUMJUMJU8UO/LVWMVSるものである。現在維持系統のすべてが網羅されているわけではないが、新しいデータベースを搭載してより使い勝手のいい、強力なショウジョウバエデータベースに改良すべく研究を進めているところである。

リソース関連イベント情報
5月6日：
NBRPシンポジウム ホテルグランヴィア大阪「 酵母のポストゲノム研究とバイオリソース 」【 2 】積極的な寄託系統の受入れ ーその利点ー

5月11-13日：
日本実験動物学会パネル展示 神戸国際会議場「実験動物のバイオリソース：現状と展望」を企画中

し、系統維持総数において世界最大（平成１７年度）にまで拡大し、提供

NBRプロジェクトにより、本センターとその協力機関の事業努力が結実
系統数は、アメリカ合衆国インディアナ大学のBloomingtonショウジョウ
バエ系統センターについで第２位の事業実績を示すまでに発展した。

5月22-23日：FIMRe 理研BRC

国内研究者が開発した多くの寄託系統が、ユニークかつ有用であり、優れた系統特性を持っていることが重要である。国際規模で遺伝資源セ

詳細はこちらからご覧になれます。http://www.nbrp.jp/index.jsp

ンターとしてその事業を展開し、拡大していくためには、遺伝資源が高品質でなければならない。
この点で、国内研究者の厚いご支援とご理解にȪǽȸǹǻȳǿȸኰʼų1R

深く感謝しています。

ショウジョウバエ遺伝資源センター
最近の動き

バエ研究会の総会等においても、「ショウジョウバエ遺伝資源センターは本センターの事業目的を分かりやすく表現するため、日本ショウジョウ
あなたのラボのインキュベーターです」と一貫して、研究支援業務を伝えています。研究者の研究推進に系統を分譲・提供し、その研究成果を本セʮᣃ߻ᑸጞዜ‫ܖٻ‬ȷǷȧǦǸȧǦȐǨᢡˡ᝻เǻȳǿȸǻȳǿȸᧈų‫ޛ‬ஜᨻ૓

ンターに寄託していただき、次の研究に資する、その”流れ”の部分を円滑に行うことが我々の事業目的のひとつです。
研究の成果として発生した系統、開発された系統、をより有効な遺伝資源とするために、我々はもっと積極的に研究者から系統の寄託を受けることを進めたいと考えています。我々から寄託依頼を研究者に行い、寄託を受け、系統を公開し、提供する、という業務を行います。
寄託されたショウジョウバエ系統を公開する際に、その系統の開発に関わる論文等を系統情報として公開する予定（DGRCやFlystockに掲載）です。系統検索の際に文献情報付きの系統データベースから、系統の提供依頼をすることになる。利用者には寄託者の論文情報を十分知りながら系統依頼することになるので、利用者が研究成果を論文に発表する場
合には、寄託者の論文が引用される機会が必ず増加することになる。
このἉἹỸἊἹỸἢỺᢡˡ᝻เἍὅἑὊᴾᵆᵢᵥᵰᵡᵇ
KWWSZZZ'*5&NLWDFMS

ように、系統の寄託者にとっても論文の引用件数の増加というメリットが出てくる方法を採用することにしています。

"IO2ESOURCE NOW  6OL  【３】学道会館の竣工と記念国際シンポジウム

ショウジョウバエ遺伝資源センターホームページでもお知らせ（http://www.dgrc.kit.ac.jp/jp/nbrp/topics/000049.html）
し、NBRP情報公開サイトでも取上げて頂いた、日本新薬（株）からの寄付によって、京都工芸繊維大学・嵯峨キャンパスに学道会館が竣工し、３月６日に竣工記念式典が開催されました。竣工式典の様子は、本学ホームページでも紹介されています。
（http://www.kit.ac.jp/01/topics/2005/gakudou/ gakudou060315.html）

日本新薬の80周年を記念して製作された薬草拾四選テーブルクロスと、学道会館に使用している室名札

学道会館を南側桑畑から臨む。

第１回学道会館国際セミナー
この記念すべき国際セミナーには、３名の学道会館の名称は、科学的真理を追求する研究者がその本分と社会的責任を真摯に議論・追求し、国際的な交流の場としてますます発展著名なショウジョウバエ研究者を招待する事がする事を祈念して、道元禅師の「学道用心」から採らせて頂きました。 日出来ました。
まずThomas Kaufman特別名誉教

本の仏教は比叡山に始まったという事で、比叡山延暦寺元執行小林隆彰

授 で 、ア メ リ カ 合 衆 国 イ ン デ ィア ナ 大 学大僧正に揮毫をお願いしました。大変快くお引き受けくださり、78歳とはBloomington Stock Centerの総責任者です。
こ思えない逞しさを感じます。檜の板に書いて頂くのは、紙に書くのとは違の系統センターは実質的に世界最大であり、全てい、間違いが許されない緊張感があったのではないかと改めて感謝申しのショウジョウバエ研究者が信頼して使用するショウジョウバエ系統を提供しています。ショウジョウバエ遺伝資源センターもBloomingtonとは、相上げます。

互に重要な系統を持ち合うなど、国際的系統センターとして将来の運営計

学道会館という名称から察せられるように、日本新薬（株）の当時の会長も匿名篤志家の方も、館名に日本新薬等の冠を大変嫌われました。

画を話し合う事にしています。研究面では発生学におけるホメオボックス

しかし、寄付を受けた側としては何とかそのお礼の表現をさせて頂きたの研究で著名で、最近では昆虫の発生進化の研究を行っています。

く、
日本新薬の薬草拾四選の図案を利用させて頂く事を考えました。
日本

次に、Åsa Rasumuson-Lestander教授です。

新薬は”植物の恩恵にあづかり成長し、発展してきた企業である”と創立

ショウジョウバエ遺伝資源センターが平成11年80周年の記念に主要な薬草１４種を選び、図案化されています。それらに文科省から認可される前に、スウェーデン王国の中から、代表的な薬草を選び、室名札の室名だけの味気ないものに色ウメオ大学ではＥＵからの研究費確保が困難とを添えて、日本新薬様への感謝を表現しました。図案は日本新薬山科植なり、多くの 染 色 体 異 常 系 統 を 維 持してい た物資料館から提供を受けました。

StockCenterの閉鎖を余儀なくされていました。
こちらではまだ文部省のヒアリングを行っていた段階で今後の見通しは立学道会館竣工記念式典におけるテープカット
日本新薬（株）社長 初山一登氏（中央）、文部科学省ライフサイエンス課
ゲノム研究企画調整官呉茂氏（中央右）、
本学学長江島義道先生（中央左）っていませんでした。
しかし、ウメオ大学の系統を失う事は多大な損失である事から、Åsaには、後一年何とか維持して欲しい、その後京都で全ての系統を受け取るから、と約束して、私は概算要求によるセンター組織に加え、センター建物、設備の認可に奔走しました。その間、Åsaは個人の研究費を系統維持につぎ込み、系統維持を継続してくれました。
その時は、お互い必死でしたが、後で考えてみると相互に信頼関係がよく作れたものだと感慨深いものがあります。我々の信頼関係を疑いの無いものにしてくれた重要な仲介人が、Mel Green名誉教授です。Melとは系統センターの必要性を1990年頃から話しており、ウメオ大学やインディアナ大学から系統センターに関する資料を取り寄せるための人的基盤づくりはMelが理解を示してくれたからこそ可能となり、文部省へのヒアリングの重要資料の作成に繋がったのです。

小林隆彰大僧正（左）根本中堂への拝観入り口前の「登叡成仏」と書かれた石碑の前で。平成18年２月24日

"IO2ESOURCE NOW  6OL  最後に、ショウジョウバエ研究者必携の京都工芸繊維大学はショウジョウバエ、宮崎大学はミヤコグサのナショ”The Bible” の著者 Dan Lindsley名誉教授でナルバイオリソースプロジェクトの中核機関であり、それぞれ動物と植物のす。 BridgesのThe Mutants of Drosophila

小さい事が特徴である実験用モデル生物である。大学院博士前期課程のmelanogasterに続き、Genetic Variations of２年間で、生物資源、生物多様性、環境に関する講義、またそれに関わる”

Drosophilla melanogaster、とThe Genome of

法規”を学習する事で、広く他の生物種の取扱に必要かつ応用が可能とな

Drosophila melanogasterは、”The Red Book”

る基礎的事項をカリキュラムに取入れ、専門技術者を育成する事を目的とあるいは ”The Bible” と呼ばれています。
これらの著書は、その後デジタしている。動物遺伝資源実習及び演習は京都工芸繊維大学で、植物遺伝資ル化され、現在のFlyBaseを作成する基本になったのです。現在80歳で源実習及び演習は宮崎大学で、学生を連携大学に移動させて実施する。

すが、この国際シンポジウム終了後すぐに帰国しました。その理由は、実験途中のショウジョウバエの面倒を見てくれる助手がいないので、帰国してその面倒を見、実験をするためという事でした。

学道会館大研修室でのシンポジウム南面全体がガラス窓で天井は高く非常に明るく、開放感に満ちています。
シンポジウムは大盛況でした。

【４】遺伝資源キュレーター育成プログラム
遺伝資源の維持、品質管理、利用したい時いつでも入手出来る提供体制の整備、信頼出来る系統。
これらがナショナルバイオリソースプロ
ジェクトの目標とする所であるが、この状況が整ってくると、リソースセンターから受取った系統は少しでも早く研究を進展させるために、系統の検査をする事なくそのまま実験に使用する事が当然といった事態が一般化する。
これは、非常に危険な事であって、生物は必ず変異するという、生物の基本が忘れられる事になる。遺伝資源が整備されることにより、遺伝資源を理解する人的資源の減少を招く。特に最近問題になっている科学研究の場への過剰な競争的環境から、便利なものを、いち早く利用して成果を挙げる事が優先される。当然、遺伝資源リソー
スは高品質のものを維持・管理する事が求められるが、生物は変異す

キュレーターとは、博物館、美術館、研究機関るものであるという事実を研究者はしっかりと受け止め、実験に使用等における重要な保存資料や研究資源の管する前に研究材料の検査を行うべきであり、その確認結果をリソース理責任者のことで、館長、責任ある学芸員なセンターにフィードバックする事で、より高品質の系統を維持する事がど技能的専門員を意味します。

可能となる。
このような背景から、京都工芸繊維大学工芸科学研究科はショウジ
ョウバエ遺伝資源センターが中心となって、平成１８年度から、宮崎大学農学研究科と専門技術者養成モデルカリキュラムの開発をプログラムを「遺伝資源キュレーター育成プログラム」として大学間連携教育プロジェクトを開始した。

"IO2ESOURCE NOW  6OL  リソース整備状況ơǐƏǄƏᡫ̮DGRC (京都工芸繊維大学 (DGRC))
基本系統
NP系統(Gal4エンハンサートラップ)
GS系統 (遺伝子強制発現系統)
プロテイントラップ系統
遺伝子強制発現系統 (yマーカー)その他

14492系統

NIG-Fly (国立遺伝学研究所)
NP系統 (Gal4エンハンサートラップ)
RNAi系統突然変異系統

633系統
2715系統2037系統881系統

ßȐǤǪǤȳȕǩȞȆǣǯǹĬàßȐǤǪǤȳȕǩȞȆǣǯǹàЎᲭЎ

4001系統1973系統4572系統
369系統
938系統
2639系統“Cygwinを使って塩基配列を操作してみましょう（Windows）”
前回はMac OS Xでターミナルを使ってみましょうという記事でしたがWindowsユーザの方 は 何もできず に困ってしまった かもしれません。そこで 今 回 はWindowsでターミナルのようなもの、言い換えるとUNIXのようなものを 使ってみませ ん かという提 案で す。今 回 の 記 事 の 題 名 にあるCygwinはWindowsでUNIX、LINUXを体験できます。

1
http://www.cygwin.com/からインストーラ(setup.exe)をダウンロードしてダブルクリックします。後は指示に従ってクリックしていけばインストール完了です。
（インストールにはある程度時間がかかります。細かいインストール方法についてはGoogle等でcygwinをキーワードとして検索すれば日本語による細かい説明が載っているWEBページが沢山Hitするので参照して下さい。）

EHIME-Fly (愛媛大学)
488系統
日本産ショウジョウバエ (野生型系統) 53種 412系統
KYORIN-Fly (杏林大学)
野生型系統
キイロショウジョウバエ群
アナナスショウジョウバエ亜群
ショウジョウバエ亜属
ハシリショウジョウバエ属

連載(13)

459系統

2
インストールが完了したら早速デスクトップに作成されたCygwinアイコン（ショートカット）をダブルクリックして起動してみましょう。黒い画面が表示されるはずです。

255系統

3

突然変異系統アナナスショウジョウバエ亜群
カオジロショウジョウバエ複合群
カスリショウジョウバエ

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押して下さい。
204系統$mkdir test

4

（from Flystock）

黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押して下さい。
$ls
すると③で入力したtestという文字と一緒にいくつかの文字が表示されます。
ここで表示された文字はファイルやフォルダを意味しています。先ほどの”mkdir test”というコマンド（命令）はtestというフォルダを作成しろという意味です。

5
黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押して下さい。

ᰴภ੍๔$cd test
この”cd” というコマンドはフォルダを移動しろという命令でこの場合testフォルダに移動するという意味です。今あなたはtestフォルダの中にいます。
さて、このtestフォルダはどこにあるのでしょうか。
マイコンピュータ→ローカルディスク(C:)→Document
andSettings→御自身のユーザ名フォルダの中にtestというフォルダが作成されているはずなので確認してみて下さい。

酵母特集！
大阪市立大学大学院理学研究科

6
さて今度は今回の題名にもあるように塩基配列を操作してみましょう。testフォルダを開いて右クリック→新規作成→テキストド
キュメントで”新規テキストドキュメント”を作成してください。作成出来たらファイル名をsequenceに変更してください。
sequenceファイルに適当な塩基配列（半角英字）をコピーして下さい（改行やスペースは入れないで下さい）。
これで準備完了です。

編集後記：
ショウジョウバエはおそらく最も古くから用いられている生物材料の１つです。個体サイズが小さく、世代時間も短く（約２週間）飼育も比較的容易であるということから特に遺伝学に必要な交配実験に適していたためですが、こうしたショウジョウバエを7使った遺伝学の蓄積が、その後の分子生物学、神経生物学、発生生物学などの発展

それではsequenceファイルに記載された塩基配列の塩基数を数えてみましょう。黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押してください。塩基数（文字数）が表示されるはずです。につながっています。ショウジョウバエ研究の発展を支えているもう１つの要因は、必要なリソースを研究者が容易に手に入れることができるという研究環境をコミュニテイが作り上げたことです。 京都工芸繊維大学のショウジョウバエ資源センター$wc ‒c sequence.txtもその１つで日本の代表機関として重要な役割を担っています。
21世紀におけるショウジョウバエ研究のもう１つの特徴は、生物情報科学における8貢献だと思います。ショウジョウバエのデータベースFlybaseは生物学者なら誰でも今度は一部（5文字目から10文字目）の塩基配列を切り出してみましょう。黒い画面に以下のように入力してEnterキーを押してください。5文字目から10文字めまでが表示されるはずです。

知っている有名なモデル生物の統合データベースです。最近では生物種横断的な情坂庭 真悟

報利用を可能にしようというバイオオントロジーの活動も率先して進めています。

$cut ‒c 5-10 sequence.txt

ショウジョウバエは、今もそして将来も先端生物学とともに飛び続けるでしょう。
山本先生には超ご多忙の中ご寄稿いただきまして、心からお礼申し上げます。
（Y.Y.）

連絡先 : 〒411-8540

前回および今回の連載ではUnix、Linuxの一端を体験して頂きました。現在のバイオインフォマティクスにおいてはUnixやLinuxの利用がとても多くなっています。また現在ウェット（実際に生物材料を使用して実験を行う）の研究者の方もいずれはドライ（コンピュータを使用して実験やデータ処理を行う）の知識も必須となってくるかと思われます。本連載を機会にUnixやLinuxに興味を持って頂き、バイオインフォマティクスの門を開いて頂けたら幸いです。坂庭 真悟

静岡県三島市谷田1111

国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報総合センター
TEL : 055-981-6885 (山崎)E-mail : BRnews@chanko.lab.nig.ac.jp

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