NBRP・コムギ 第 5 期 第 3 回 運営委員会
日時：2024 年 8 月 27 日（火）13：00 〜 15：00
場所：京都大学農学研究科栽培植物起原学分野本館

及びオンライン回線

出席予定者：（1）運営委員
松岡 由浩（委員長）、江花 薫子、大田 正次、川浦 香奈子、川本 祥子、
小林 正智、佐久間 俊、佐藤 豊、辻本 壽、土佐 幸雄、半田 裕一、久野 裕、
森 直樹（2）実施者
寺内 良平（課題管理者）、那須田 周平、吉田 健太郎、堺 俊之、太田 敦士、
新田 みゆき（3）研究協力者
竹中 祥太朗（4）その他NBRP 事務局 鈴木 智広
文部科学省 西山 隆宏
文部科学省 柴﨑 浩之
文部科学省 前田 絢香
文部科学省 酒井 瑞貴
NBRP プログラムオフィサー／かずさ DNA 研究所 田畑 哲之
NBRP 広報室 高祖 歩美

議長：松岡
書記：新田

1

報告等：
（1） 第 5 期

NBPR・コムギ

組織確認（松岡）資料 1（2） 2023-2024/2024-2025 年事業計画等の報告
・種子リソース増殖（太田、竹中）

資料 2-１・種子リソース配布（寺内、新田）

資料２-２

・学会等での活動（寺内、新田）

資料２-３

・寄託の状況について（寺内）資料２-４（3） 2023 年度 NBRP ゲノム情報等整備プログラム（Langdon ゲノム配列決定）の進捗について（太田、寺内）

資料３（4） 系統収集関連資料のアーカイブ化について（寺内、太田、那須田、川浦（WG 長）、松岡、新田）

資料 4（5） 系統採集地の緯度経度情報整備について（寺内、太田）

資料 5（6） KOMUGI ウェブサイトの更新・利用状況等について（川本）（7） 2024 年度広報活動について（寺内）（8） その他

審議：（1） 2024

年度コムギ小委員会の開催について（寺内）（2） その他
その他：

2

資料 6

資料2-3

資料１
NBRP「コムギ」運営委員会名簿（更新︓2024年5⽉）◆ 運営委員
⽒名
江花 薫⼦
⼤⽥ 正次
バックアップ協⼒機関代表
アーカイブ化ワーキング⻑

委員⻑

所属
農業・⾷品産業技術総合研究機構 基盤技術研究本部 遺伝資源研究センター ジーンバンク事業技術室
元 福井県⽴⼤学 ⽣物資源学部（名誉教授）

川浦 ⾹奈⼦ 横浜市⽴⼤学 ⽊原⽣物学研究所
川本 祥⼦

情報・システム研究機構 国⽴遺伝学研究所 情報研究系

⼩林 正智

理化学研究所 バイオリソース研究センター

佐久間 俊

⿃取⼤学 農学部

佐藤 豊

情報・システム研究機構 国⽴遺伝学研究所 ゲノム・進化研究系

辻本 壽

⿃取⼤学 乾燥地研究センター

⼟佐 幸雄

神⼾⼤学 ⼤学院農学研究科

半⽥ 裕⼀

京都府⽴⼤学 ⼤学院⽣命環境科学研究科

久野 裕

岡⼭⼤学 資源植物科学研究所

松岡 由浩

神⼾⼤学 ⼤学院農学研究科

森 直樹

神⼾⼤学 ⼤学院農学研究科◆ 実施担当者
⽒名

代表機関課題管理者

所属

太⽥ 敦⼠

京都⼤学 ⼤学院農学研究科

堺 俊之

京都⼤学 ⼤学院農学研究科

寺内 良平

京都⼤学 ⼤学院農学研究科

那須⽥ 周平 京都⼤学 ⼤学院農学研究科
新⽥ みゆき 京都⼤学 ⼤学院農学研究科
吉⽥ 健太郎 京都⼤学 ⼤学院農学研究科◆ 研究協⼒者
⽒名所属

⽵中 祥太朗 ⿓⾕⼤学 農学部◆ NBRPコムギ事務局
⽒名
池本 和代

所属
京都⼤学⼤学院 農学研究科

新⽥ みゆき 京都⼤学⼤学院 農学研究科
https://nbrp.jp/committee/wheat/3

資料２-１2024 年 8 月

種子リソース増殖（第 5 期 3 年目）
系統保存
1. 業務題目
種子リソースの収集・調査・保存（主として種子更新など）。
2. 業務担当
寺内良平、那須田周平、吉田健太郎、堺俊之、新田みゆき、太田敦士、技術補佐員数名
3. 2024 年度前半の報告
2022-23 年 系統保存

収穫した 491 系統の種むき作業を実施した。現在、在庫管理システム登録と種子貯蔵庫
への入庫作業を進めている。
2023-24 年 系統保存



計 529 系統を収穫した（表 1, 2）。
2024-25 年 系統保存



種子在庫データベースの情報をもとに、種子増殖・更新のために播種する 545 系統を選抜した（表 1, 2）。
表12023-24 年栽培系統と 2024-25 年播種予定系統の概略。詳細な内訳は表 2 に記載している。

KU

在来品種・野生種

2024-25 年

2023-24 年

グループ †

播種

収穫

genus Aegilops

109

66

播種予定
119

genus Triticum

52

40

146
131
88

在来品種・野生種

-

31

20

実験系統

-

395

381

RILWA

実験系統

-

58

GHSL

実験系統

-

1

LPGKU

実験系統

-

2

その他

在来品種・野生種

-

KT

合計

22

22

609

529

545

KOMUGI ホームページの NBRP group name の表記が野生種または栽培品種・品種であれば「在来品種・野生種」に分類し、実験系統であれば「実験系統」とした。Triticum-Aegilops 以外の属は一律「その他」にした。「要整理系統」は KOMUGI 未登録系統である。

†

1

4

資料２-１

4. 2024 年度後半の予定
2022-23 年 系統保存



種むきをした 491 系統の在庫管理システム登録と種子貯蔵庫への入庫をおこなう。
2023-24 年 系統保存

収穫した 529 系統の種むき作業を引き続きおこなう（表 1, 2）。
2024-25 年 系統保存

選抜した 545 系統の播種・栽培をおこなう（表 1, 2）。
表 2 2023-24 年栽培系統と 2024-25 年播種予定系統の種別内訳。

KU

KT
RILWA
GHSL
LPGKU
その他

在来品種・野生種

在来品種・野生種
実験系統
実験系統
実験系統
実験系統
在来品種・野生種

genus Aegilops
section Polyeides
Ae. umbellulata
Ae. columnaris
Ae. biuncialis
Ae. variabilis/Ae. kotschyi
section Cylindropyrum
Ae. caudata
section Sitopsis
Ae. aucheri / speltoides
section VertebrataAe. squarrosa
section Amblyopyrum
Ae. mutica
genus Triticum
Diploid species
T. monococcum
Tetraploid species
T. araraticum
T. dicoccum
T. durum
Hexaploid species
T. aestivum
合計2023-24 年
播種

収穫2024-25 年
播種予定

3

3

1

1

20

13

13

82

47

98

3

2

1
3

1

1

24
2
5

24
2
4

20
31
395

9
20
381

22
609

22
529

1
2
3
1

131
88
58
1
2
545

2

5

資料２-１

Nested association mapping (NAM) 集団の作成（第 4 期課題）
令和 6 年 8 月 27 日
責任者：京都大学大学院農学研究科 那須田 周平
WG 代表：龍谷大学農学部 竹中 祥太朗（再掲）2018 年にパンコムギ品種 Chinese Spring (以下、CS)の参照ゲノム配列が決定されたことにより、コムギ科学は新しい時代を迎えた。CS に続き，国際コムギ 10+ゲノムプロジェク
トの中で日本の農林 61 号 (以下、N61)が解読され、ゲノム配列がトロント合意のもとで公開された。

NBRP 第 3 期で作成した六倍体コムギのコアコレクション(Takenaka et al., 2018)から、N61 を固定の花粉親とし、東アジア(日本～中国～ヒマラヤ地域)由来の 25 系統を母親系統として第４期で東アジアに特化した NAM 集団を作成した。
1.

事業担当者（再掲）
新田みゆき(研究員)、竹中祥太朗(研究協力者)、那須田周平(責任者)
NAM ワーキンググループ
竹中祥太朗(代表、龍谷大学)、太田敦士(京都大学)、寺内良平(京都大学)、那須田周平(京都大学)、新田みゆき(京都大学)、松岡由浩(神戸大学)、松中仁(農研機構・北農研)、吉田健太郎(京都大学)

2.

事業報告

世代促進の状況（再掲）第 4 期 5 年目の令和 2 年から 3 年の最終シーズンには F8 まで進めた。4,932 系統の F7 を1,060 系統の P 群と 3,872 系統の G 群に分割し、F8 世代への世代促進の栽培で P 群を対象に基本農業形質データを取得した。F8 は P 群 1,060 系統、G 群 3,832 系統、合計 4,892 系統となった。
ジェノタイピング
P 群については清水健太郎氏（チューリッヒ大学）と共同して GRAS-Di を用いたジェノ
タイピングを完了し、基本農業形質ほか表現型データを用いて GWAS 解析中である。ジェノタイピング情報と解析結果は準備が整い次第、速やかに公表する予定である。

6

資料２-１

系統の公開と配布状況
令和 2 年 12 月に全 4,892 系統を NBRP コムギポータルサイトで情報公開し、現在、令和3 年収穫の F8 種子を配布している。
本事業でジェノタイピングを行った P 群 530 系統については、DNA 抽出を行った F8 個体の直系 F10 を令和 5 年に採種した。希望に応じて配布する予定である。
表 1. 利⽤可能な NAM の内訳（RILs）

RILs

Maternal P.

N01

N10

100

22

122

N02

CN4

100

128

228

N03

FKK

50

119

169

N04

PK1

100

98

198

N05

PK2

0

211

211

N06

NP1

100

167

267

N07

NP2

50

37

87

N08

NP3

0

239

239

N09

BT1

100

157

257

N10

CN2

0

202

202

N11

CN1

50

150

200

N12

CN6

0

211

211

N13

CN7

0

188

188

N14

CN3

0

258

258

N15

CN5

160

16

176

N16

K107

0

216

216

N17

ZNK

50

205

255

N18

NBB

100

112

212

N19

MNM

0

225

225

N20

CGW

0

215

215

N21

CKG

0

245

245

N22

SRG

50

179

229

N23

SNY

50

84

134

N24

AKD

0

148

148

1060

3832

4892

Total

P

G

Total

P は表現型データを取得し GRAS-Di を用いたジェノタイピングを行った。

7

資料２-１

配布状況については、令和 2 年（2020 年）に公開前の F6 を 1 件 196 系統、令和 4 年（2022 年）に 3 件合計 1505 系統、令和 5 年（2023 年）に 1 件 160 系統、これまでに合計
1861 系統を配布した。

表 2. NAM の配布実績

Request ID

Yr# StrainGroup

Generation

NA

2020

196 N15

F6

ID12602022

245 N21F8

ID12822022

200 N06, N09

F8

ID12922022

1060 All of P

F8ID13142023

160 N15

F8

Total

-

1861

-

8

-

資料２-１2024 年 8 月
四倍体コムギ大規模 RIL 集団
四倍体コムギの多様性を広くカバーし、将来の基礎研究および育種素材としての利用価値のある RIL 集団作りを目指す。
準備チーム（敬称略）
森・松岡（神大）、竹中（龍谷大）、寺内・那須田・吉田・新田・太田（京大）
集団と進捗、予定
四倍体コムギの遺伝子型情報と形態的変異を考慮して選んだ 12 系統の交配に由来す
る 6 集団(約 3,000 系統)
集団 1） T. durum × T. durum
KU-127 （中国）×

LPGKU2331 'Kronos' （アメリカ）

2023-24 年： F4 から F5 への世代更新（526 系統→499 系統）
集団 2） T. turgidum × T. abyssinicum
KU-149×

KU-9541（エチオピア）

2023-24 年： F2 から F3 への世代更新（600 系統→483 系統）
集団 3） T. pyramidale × T. durum ‘Langdon’KU-146 （エチオピア）

×

LPGKU2272 'Langdon' （アメリカ）

2023-24 年： F3 から F4 への世代更新（590 系統→573 系統）
集団 4） T. dicoccum × T. polonicum
KU-1056 （スペイン）

×

KU-142 （中国）

2023-24 年： F2 から F3 への世代更新（600 系統→377 系統）
集団 5） T. paleocolchicum × T. dicoccoides
KU-156×

KU-8539 （イラク）

2023-24 年： F2 から F3 への世代更新（600 系統→497 系統）
集団 6） T. timopheevii × T. araraticum
KU-107-4 （ジョージア）×

KU-15406 （トルコ）

2023-24 年： F2 から F3 への世代更新（600 系統→379 系統）

今後
各集団の世代更新を進める1

9

資料２-１2024 年 8 月
Aegilops tauschii 大規模 RIL 集団
Aegilops tauschii で遺伝子同定を狙える大規模な RIL 集団作りを目指す。
準備チーム（敬称略）
松岡（神大）、西嶋（福井県大）、寺内・吉田・新田・太田（京大）
集団：
集団サイズ: 1 集団(約 3000 系統)
集団構成

育成状況

TauL1 の東西系統間の交配
KU-2025

x KU-2116

F2 3258 個体 → F3 359 個体
発芽後の生育途中に枯死した(予備集団)

KU-2025

F2 380 個体 → F3 206 個体

x KU-2132

今後
KU-2025 x KU-2132 の集団に切り替えて 3000 系統規模の集団を育成する
補足

図 1 Aegilops tauschii の種内集団構造（Matsuoka et al., 2015）。種内には主要な
3 つのリネージ TauL1、TauL2、TauL3 がある。
A

図 2 Aegilops tauschii の種内リネージの分布。TauL1 は東西に広く分布し、そのうち西側と東側地域から 1 系統ずつを交配親に選んだ。

B

図 3 Aegilops tauschii の種内リネージ
TauL1 に属する 128 系統の葯長(A)と開花時期(B)の変異。1 系統ずつを交配親に選んだ。

1

10

資料２-２
令和6年度

実績報告

担当：寺内 良平

種子リソース配布

窓口担当：新田 みゆき

課題名：ライフサイエンス研究用コムギリソースの整備と高品質化代表機関：国立大学法人

京都大学

集計
リソース形態（注１）

リソース単位名（注１）

個体リソース

第５期NBRP系統

リソース単位名の説明（注１）：
収集または実験用に作出され、由来や遺伝的背景が異なる個体の種子セットを「系統」としている

Ｒ４年度
国内

Ｒ５年度

国外

国内

Ｒ６年度（前半）

国外

数値 単位 数値 単位 数値 単位 数値 単位
収集数（注２）【寄託および譲渡】【種子更新数】

提供数（注５）

利用者数

単位

数値

単位

系統

100

系統

100

系統

実績

219 167

系統

955

系統

0

系統

167 系統0 系統

955 系統

0 系統

0

系統

0

系統

目標

1

名

1

名

1

名

実績

2

名

1

名

0

名

2名

0名

1名

0名

0

名

0

名

目標

130500系統

131000系統

131500系統

実績130427系統

130918

系統

-

系統

目標

1250

系統

1250

系統

1250

系統

実績

3379

系統

1256

系統

404 受注（330 発送済）

系統

実績（内訳）
（注６）

数値

100

実績（内訳）
保存数（注４）

国外

国内

目標

実績（内訳）
寄託者数（注３）

2024/8/17

3331 系統

48 系統 1202 系統

54 系統 262 (205) 系統

142 (101) 系統

目標

35

名

35

名

35

名

実績

22

名

20

名

13 (8)

名

15 名

6名

17 名

0名

8 (7) 名学術機関（研究目的）
実績（内訳）

4 (1) 名学術機関（教育･展示目的）

0名

0名

1名

0名

0名

0名

非学術機関･企業等

1名

0名

1名

1名

0名

1 (0) 名

計

16 名

6名

19 名

1名

8 (7) 名5 (1) 名R4は第4期に作成した大規模分離集団（NAM）に1件のリクエストがあったためと、国内で耐病性遺伝子のスクリーニングを行う
大型のプロジェクトが進行したため、提供数が目標値を大きく上回った。
R5以降は提供数についてはほぼ目標値通りで推移している。
R6上半期については、提供数、利用者数ともに目標値の半分未満に留まっているが、コムギはこれから栽培シーズンを迎える
ため秋にかけて多くのリクエストが期待できる。

（注１）生物種及びリソースの形態を選択し、収集・保存・提供数を表す為の適切な単位名とその説明を記載して下さい。
（注２）収集数は、中核拠点に寄託および譲渡されたリソースの数です。由来や遺伝的背景が異なる系統を1系統などとしてカウントしてください。
（注３）寄託者数とは、中核拠点にリソースを寄託もしくは譲渡した者の数です。寄託1件につき１名とカウントする。
寄託者数は、重複のない人数とすること。（１名の研究者が年間で複数回寄託もしくは譲渡した場合も１名で計上すること）（注４）保存数は由来や遺伝的背景が異なる系統を1系統等としてカウントする。前年度の保存数に当該年度の収集数を加えたものが当該年度の保存数になりますが、リ
ソース整理等による変化もありえます。
（注５）提供数はその単位を注１で明確に記述した上で記載してください。
（注６）利用者数とは、中核拠点からリソースの提供を受けた者の数とします。（寄託者の数を含めません）
利用者数は、重複のない人数とすること。MTA１件につき利用者１名とカウントし、その利用者が当該年度に複数回利用した場合も１名としてカウントすること。
利用者数の実績（内訳）にて、同一MTAで提供種別・目的（D列）が複数にまたがる場合は、それぞれを1名としてカウントすること。その際、反映する小計欄にはメモ・コメント機能にて、重複した内容を記載すること。
（注７）目標値を設定していない項目は、枠内を黒で塗りつぶしてください。
（注８）対象となる分担機関が３機関以上の場合は記載欄を増やしてください。
（注９）複数のリソースの実績を集計する場合などには、必要に応じてシートや行を複製して記入して下さい。また、提供数の記載において、リソース事業の実績を詳細に表す為に複数の単位による集計を併記したい場合には（件数と匹数の併記など）、適宜行を複製して下さい。
（注10）第４期NBRPに参画していた場合には、平成２９年度以降の欄も記載してください。

11資料２-３

令和 6 年 8 月 27 日
第 5 期 NBRP・コムギ 令和 6 年度前半 事業報告
学会等での活動
責任者 寺内 良平
1.

前年度後半から今年度前半までの報告(1) 広報活動① 日本育種学会 第 144 回講演会での成果発表および情報収集（2023/9/16～
17、神戸市）② Triticum 属野生種と Aegilops 属の穂の外部形態と分類形質についての講習会
2023 の開催（2023/9/20～21、京都市）③ オオムギ突然変異体会議 (3BMC) での成果発表および情報収集 （2023/10/8～10、倉敷市）④ BioJapan 2023 での NBRP 展示（現地参加なし資料配置、2023/10/11～13、横浜市）⑤ 京都大学農学部創立 100 周年記念事業の一環としてのシンポジウム「コムギ研究の新展開：100 年の研究史を反映した生物遺伝資源とゲノミクス、そして未来へ」および関連展⽰「学術探検と遺伝資源 —NBRP コムギリソースと⽥中正
武アーカイブズ—」の開催による NBRP の周知活動（シンポ 2023/10/13、展
示 2023/10/12～14、京都市）⑥ 第 46 回 日本分子生物学会での NBRP 展示（2023/12/6～8、神戸市）⑦ 第 18 回 ムギ類研究会での事業紹介と情報収集（2023/12/23～24、大津市）⑧ 第 52 回 日本免疫学会学術集会での NBRP 展示（2024/1/17～19、千葉市）⑨ 令和 6 年度 日本植物病理学会大会での NBRP 展示（2024/3/13～15、仙台市）⑩ 日本育種学会 第 145 回講演会での成果発表および情報収集（2024/3/16～
17、東京）⑪ コムギ小委員会でのユーザーへの事業説明と要望収集（2024/3/19、東京）⑫ 展示「京都大学コムギ遺伝資源 －田中正武博士が残した植物探索の記録－」の開催と新聞報道による NBRP の周知活動（2024/6/20～22、京都市）(2) 渉外活動① 生物遺伝資源委員会委員（寺内）② WI (Wheat Initiative) の専門家作業部会のメンバー（那須田）③ Wheat 10+ Genome Project のメンバー（那須田）④ NBRP・イネと NBRP・オオムギの運営委員（寺内）2.

今年度後半の予定(1) 広報活動12資料２-３① 日本育種学会 第 146 回講演会での NBRP 展示および情報収集（2024/9/19～
20、東広島市）② 3rd International Wheat Congress での NBRP 展示（2024/9/22～27、Perth,
Australia）③ BioJapan 2024 での NBRP 展示（2024/10/9～11、横浜市）④ 第 97 回 日本生化学会での NBRP 展示（2024/11 月/6～8、横浜市）⑤ 第 47 回 日本分子生物学会年会での NBRP 展示（2024/11/27～29、福岡市、
出展は NBRP 広報室での抽選次第）⑥ 第 19 回 ムギ類研究会での事業紹介と情報収集（2024/12、東京）⑦ 第 66 回 日本植物生理学会での NBRP 展示（2025/3/14～16、金沢市）⑧ 第 24 回 日本再生医療学会での NBRP 展示（現地参加なし資料配置、
2025/3/20～22、横浜市）⑨ 令和 7 年 日本植物病理学会大会での NBRP 展示（2025/3）⑩ 日本育種学会 第 147 回講演会での成果発表および情報収集（2025/3/20～
21、仙台市）⑪ コムギ小委員会でのユーザーへの事業説明と要望収集（2025/3、仙台市）⑫ コムギの染色体観察法講習会（時期未定）(2) 渉外活動①

生物遺伝資源委員会委員（寺内）②

WI の専門家作業部会のメンバー（那須田）③

Wheat 10+ Genome Project のメンバー（那須田）④

NBRP・イネと NBRP・オオムギの運営委員（寺内）13資料２-４

令和 6 年 8 月 27 日
第 5 期 NBRP・コムギ 令和 6 年度前半 事業報告
寄託の状況について
責任者 寺内 良平
1.

寄託の流れ（再掲）①

寄託者が寄託システムを通じてアップロード

図 KOMUGI トップページの⼀部②

NBRP コムギに⾃動通知メール③ 寄託受け⼊れの審査に⼊る旨を事務局が寄託者に通知④ 那須⽥氏が窓口となり関係者とともに審査して受け⼊れ可否を決定⑤ 受⼊れ可の場合、事務局が寄託者に材料移転契約書（「生物遺伝資源寄託同意書」）の PDF を送り、2 部作成して材料とともに事務局へ送るよう連絡。受⼊れ不可の場合は審査結果のみを連絡⑥ 事務局が研究推進掛に 材料移転契約書の決済を依頼する⑦ 材料受領後に事務局から寄託者へ契約書 1 部を送付
2.

寄託システムの整備状況（再掲）

国内からの寄託は運用できている。
海外からの寄託の整備を知財とともに進めている。
3.

寄託の受け入れ状況14資料２-４

表. 寄託の実績
第4期
R1
国内
収集数
（寄託系統数）（重複無し）

R2

国外

国内

R3

国外

国内

R4

国外

国内

R5

国外

国内

R6

国外

国内

国外

目標

-

100

100

100

100

100

実績

1

0

1

219 167

955

0

（内訳）
寄託者数

第5期

1

0

0

0

1

0

167

0

955

0

0

0

目標

-

-

-

1

1

1

実績

1

0

1

2

1

0

（内訳）

1

0

0

0

15

1

0

2

0

1

0

0

0

資料３

2024 年 8 月
Triticum durum cv. ‘Langdon’ のゲノム配列の整備

令和 5 年度 NBRP ゲノム情報等整備に、課題名「デュラムコムギ標準品種'Langdon' のゲ
ノム情報整備」（2023-2024 年度）で応募し、採択され、'Langdon'のゲノム配列整備を実施している。
'Langdon'のゲノム配列整備の流れ（図 2）・1 年目（2023 年度）：HiFi シーケンシング〜ゲノム配列（beta 版）→完了
・2 年目（2024 年度）：遺伝子アノテーション →準備中

図 2 デュラムコムギ ’Langdon’のゲノム配列整備の流れ。1 年目に HiFi シーケンシングからゲノム配列（beta 版）を整備する。2 年目に遺伝子アノテーションを付けてゲノム配列（ver.1）にする。

2023 年度（1 年目）の実施結果
・PacBio Revio（4 cell）で約 252 Gb のロングリードシーケンスを取得
・Hifiasm を使ったアセンブル（図 2 のステップ①）
Contig 数: 4,391
全長: 10,497,834,563 bp
N50: 27,495,971 bp
・BUSCO を使ったアセンブリの評価

BUSCO: 任意の分類群の 90%以上の種でみられる single copy orthologous な遺伝子。アセンブリの完成度の評価方法のひとつとして、それら遺伝子をどれだけカバーしているか調べることが多い。

データベース: poales_odb10（2024-01-08）
4793
Complete BUSCOs (97.9%)900Complete and single-copy BUSCOs (18.4%)
3893
Complete and duplicated BUSCOs (79.5%)
16
Fragmented BUSCOs (0.3%)87Missing BUSCOs (1.8%)
4896
Total BUSCOs

1

16

資料３

・RagTag を使った reference-guided scaffolding（ステップ②; 図 3）
図 3 RagTag による reference-guided scaffolding リフ
ァ レ ン ス ガ イ ド ス キ ャ ッ フ ォ ー ル デ ィ ン グ （ Alonge et al.,2022）。近縁種などのリファレンス配列に対してゲノムアセ
ンブリをアライメントして scaffold を作る。今回、リファレンス
配列として Triticum durum cv. 'Svevo' (Maccaferri etal., 2019)を使用した。

Scaffold 数: 14、Contig 数: 3,163
Scaffold + contig の全長: 10,497,834,563 bp
Scaffold のみの全長:
10,362,816,971 bp
Contig のみの全長:
135,017,592 bp
2024 年度（2 年目）の実施状況
・2024 年 5 月 24 日にゲノム配列（beta 版）を zenodo で公開した。

今後・根、茎、葉、穂の主要器官（各器官数ステージずつ; 約 24 組織）について、個別のナノ
ポア cDNA シーケンシング
・約 24 組織のバルク RNA の Iso-Seq（PacBio cDNA シーケンシング）

・遺伝子アノテーションを付けたゲノム配列（ver.1）を公開する

2

17

資料４

2024 年 8 月
探検資料のアーカイブ化
田中正武先生資料
・田中正武先生ご遺族（以下、寄贈者）が保管されていた資料

経緯2019 年 3 月〜5 月
京大農学研究科と寄贈者の間で寄贈契約を締結し、資料を移管。
2021 年 4 月〜2024 年 3 月
京都大学総合博物館の研究資源化プロジェクトでアーカイブ化を実施（図１）。

図１ 研究資源化プロジェクトでは、資料の目録作りとデータベース化、検索シス
テム（京都大学デジタルアーカイブシステム Peek）での公開がおこなわれる。資料の保管や種子リソースへの情報の紐付けは、NBRP コムギでおこなう

1

18

資料４

進捗
2023 年 10 月 12〜14 日 紹介展示を開催「学術探検と遺伝資源－田中正武アーカイブズと NBRP・コムギリソース」
2024 年 6 月 13 日

京都大学デジタルアーカイブシステム Peek での公開

「田中正武研究資料, 1929-1997」
https://peek.rra.museum.kyoto-u.ac.jp/ark:/62587/ar227828.227828

図 2 京都大学デジタルアーカ
イブシステム Peek 上の田中
正武アーカイブズのトップページ

2024 年 6 月 20〜22 日

紹介展示を開催「京都大学コムギ遺伝資源－田中正武博士が残した植物探索の記録」

予定
種子リソースの情報整備（フィールドノート等との紐付け（図 3）、緯度経度情報の整備）に活用していく。
・BMUK（東部地中海地域）

837 系統・BEC（コーカサス地域）

323 系統・BEM（メソポタミア北部高地地域） 1573 系統

2

19

資料４

・KUET（トルコ東部地域）

617 系統図 3 種子リソースとフィールドノートの紐付け例。Aegilops bicornis KU-5782 は、1959
年に実施された学術調査（略称 BMUK）で採集された系統であり、フィールドノートの採集記録に紐付け可能である。

3

20

資料５

2024 年 8 月
種子リソースの緯度経度の情報整備
経緯： KOMUGI ポータルの採集地点地図（下図）について
・遺伝研・前任者の山崎先生らにより 2010 年頃に製作された。その際、Google マップのAPI のようなものを使用して、住所・施設名・距離情報をもとにマッピングされたデータ。
・NBRP コムギ側で十分に検証できておらず、一部明らかに不正確な情報もある。
・ユーザーから NBRP コムギ検証済みのデータセットの整備が求められている。

図 1 KOMUGI ポータルの採集地点地図(http://shigen.nig.ac.jp/wheat/collectionMap/map.html)

進捗：・マスターテーブル（情報管理用テーブル）を準備した
・1960 年に中尾佐助先生から寄贈されたブータン由来とされるコムギ（現存 111 系統）について、採集地情報の根拠となる資料を探索し、情報整備を開始した。
- ブータン由来とされるコムギ 111 系統は、詳細な採集地点情報が付いておらず、ブータンで採集されたものとして KOMUGI に登録されている（図 2A）。
- 採集番号に J の文字が付くもの（J 番号; 79 系統）と、N の文字が付くもの（N 番号;
32 系統）がある（図２B、C）。
- 大阪公立大学所蔵の中尾佐助資料群のなかから、採集地が書かれた資料を発見した。
- J 番号は、西北ネパール学術探検隊（川喜田二郎隊長ら）により 1958 年にネパールで採集されたものである可能性が高いことがわかった。
- N 番号は、中尾佐助先生により 1958 年にブータン各地で採集されたものであることがわかった。
- J 番号については緯度経度情報を取得中。N 番号については緯度経度情報を取得し
た。

1

21

資料５

A

B

C

図 2 KOMUGI に登録されている採集地点情報。A: 中尾佐助先生から寄贈されたコムギ（現存 111 系統）の登録情報例。いずれの系統も詳細な地点情報が付いておらず、ブータンで採集されたコムギとして登録されている。B: 採集番号に J が付く系統（J 番号）のリストの一部。C: 採集番号に N が付く系統（N 番号）のリストの一部

今後：・J 番号（79 系統）の緯度経度情報の整備を完了させる。
・そのほかの学術調査由来の系統についても同様に、オリジナルに近い情報をもとに緯度経度情報の整備を進めていく。

2

22

資料５

（非公開）

J 番号のコムギが記載された資料（大阪公立大学中百舌鳥図書館所蔵）。各ページの一番左に採集番号があり、右側にネパールの地名が書かれている。

N 番号のコムギが記載された資料（大阪公立大学中百舌鳥図書館所蔵）。左列から順に、採集番
号、採集日、採集地点、標高、採集した植物の情報が書かれている。

3

23

資料５

24

資料５

25

資料６
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資料６

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コムギ小委員会資料

コムギ小委員会資料

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100
22
122
#02 (CN4)
100
128
228
#03 (FKK)
50
119
169
#04 (PK1)
100
98
198
#05 (PK2)0211211#06 (NP1)
100
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267
#07 (NP2)503787#08 (NP3)0239
239#09 (BT1)
100
157
257
#10 (CN2)0202
202#11 (CN1)
50
150
200
#12 (CN6)0211
211#13 (CN7)0188
188#14 (CN3)0258
258#15 (CN5)
160
16
176
#16 (K107)
0
216
216
#17 (ZNK)
50
205
255
#18 (NBB)
100
112
212
#19 (MNM)
0225
225#20 (CGW)
0215215#21 (CKG)
0245
245#22 (SRG)
50
179
229
#23 (SNY)50
84134#24 (AKD)
0
148
148
Total
1060
3832
4892
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×

KU-142 䠄୰ᅜ䠅×

KU-8539 䠄䜲䝷䜽䠅

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KU-156㞟ᅋ 5䠅 T. paleocolchicum × T. dicoccoides⌧ᅾ䚸F2 䠄600 ⣔⤫䠅䛛䜙 F3 䜈䛾ୡ௦᭦᪂୰

KU-1056 䠄䝇䝨䜲䞁䠅㞟ᅋ 4䠅 T. dicoccum × T. polonicum⌧ᅾ䚸F3 䠄590 ⣔⤫䠅䛛䜙 F4 䜈䛾ୡ௦᭦᪂୰

KU-146 䠄䜶䝏䜸䝢䜰䠅㞟ᅋ 3䠅 T. pyramidale × T. durum ‘Langdon’⌧ᅾ䚸F2 䠄600 ⣔⤫䠅䛛䜙 F3 䜈䛾ୡ௦᭦᪂୰

KU-149㞟ᅋ 2䠅 T. turgidum × T. abyssinicum⌧ᅾ䚸F4 䠄526 ⣔⤫䠅䛛䜙 F5 䜈䛾ୡ௦᭦᪂୰

KU-127 䠄୰ᅜ䠅㞟ᅋ 1䠅 T. durum × T. durum㞟ᅋ儙儈儞: 6 㞟ᅋ(⣙ 3,000 ⣔⤫)㞟ᅋ凬᳃兟ᯇᒸ凚⚄኱凛傎➉୰凚㱟㇂኱凛傎ᑎෆ兟㑣㡲⏣兟ྜྷ⏣兟᪂⏣兟ኴ⏣凚ி኱凛‽ഛ儥兠兄凚ᩗ⛠␎凛僔储僱 RIL 㞟ᅋస僰僸┠ᣦ傿傏ͮͪ‫ݺ‬ର͹௜ં͹ࢢଛ͹ ) Νྫ࿪  ೧Ͷࡀझ༩ఈͲ͍Εɼ‫س‬๮ͶԢͣͱഓාͤΖɽ 

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6

コムギ小委員会資料

2024 ᖺ 3 ᭶

x KU-2116

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32

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KU-2025

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Aegilops tauschii ኱つᶍ RIL 㞟ᅋ

7

Triticum durum cv. ‘Langdon’ 僔儖儲兄㓄ิ僔ᩚഛ

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2024 ᖺ 3 ᭶

8

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9

コムギ小委員会資料

コムギ小委員会資料

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1134

コムギ小委員会資料

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12

系統を探す＞種別リストメニュー

1335

コムギ小委員会資料

14

Ex. 野生種1536コムギ小委員会資料

Ex. パンコムギ

16

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1737

コムギ小委員会資料

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18

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1938

コムギ小委員会資料

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2139

コムギ小委員会資料

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2240

コムギ小委員会追加資料

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T. dicoccoides㔝⏕✀T. dicoccum

T. durumT. durumcv. ‘Svevo’
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