Sanntids PCR

CFX Maestro Dx SE-programvare
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Revisjon av brukerhåndbok: Mai 2022
Programvarerevisjon: 2.3

Brukerveiledning
Versjon 2.3

CFX Maestro Dx-programvare,
Security Edition
Brukerveiledning
Versjon 2.3

Bio-Rad™ Teknisk støtte
Bio-Rad avdeling for teknisk støtte i USA er åpen mandag til fredag fra kl. 05:00 til kl. 17:00, Pacific Time.
Telefon: +1-800-424-6723, valg 2
E-post: Support@bio-rad.com (kun USA/Canada)
For teknisk assistanse utenfor USA og Canada kontakter du den lokale leverandøren av teknisk støtte eller
klikker på lenken Contact us (Kontakt oss) på bio-rad.com.

MerknadIngen del av denne publikasjonen kan reproduseres eller overføres i noen form eller på noen måte, elektronisk
eller mekanisk, inkludert fotokopi, opptak eller gjennom et system for lagring eller henting av informasjon, uten
skriftlig tillatelse fra Bio-Rad Laboratories, Inc..
Bio-Rad forbeholder seg retten til å endre produktene og tjenestene sine til enhver tid. Denne veiledningen
kan endres uten varsel. Informasjonen er riktignok utarbeidet for å sikre nøyaktighet, men Bio-Rad tar ikke
ansvar for feil eller utelatelser eller for eventuell skade som oppstår som følge av bruken av denne
informasjonen.
BIO-RAD er et varemerke for Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR er et varemerke for Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen er et varemerke for Biotium, Inc.
Alle varemerker som brukes heri, tilhører deres respektive eier.
Copyright © 2022 av Bio-Rad Laboratories, Inc. Alle rettigheter forbeholdt.

Tiltenkt bruk

Tiltenkt bruk
CFX Opus Dx PCR-sanntidssystemTM med CFX Maestro Dx-programvare, Security EditionTM er ment å
utføre fluorescensbasert PCR for å påvise kvantitative nukleinsyresekvenser. Systemet og programvaren
er beregnet på in vitro-diagnostisk bruk av opplærte laboratorieteknikere. Systemene er beregnet på bruk
med tredjeparts diagnostiske nukleinsyretester som har blitt produsert og merket til diagnostiske formål.

Symbolforklaring

Produsent

Partinummer

Brukes innen

For in vitro diagnostisk brukTemperaturgrense

Katalognummer

Se brukerhåndboken

Antall tester

For bruk med

Serienummer

Bare for bruk som foreskrevet

Inneholder lateks

Brukerhåndbok | iii

CE-merking – Forordning(EU) 2017/746 IVDR

Oversettelser
Produktdokumenter kan leveres på flere språk på elektroniske medier.

iv | CFX Maestro Dx SE-programvare

Endringshistorikk

Endringshistorikk
Dokument

Dato

Beskrivelse av endring

CFX Maestro Dx-

Desember 2020

Ver. A, første utgivelse

Mai 2022

n Oppdatert for å støtte CFX Opus Deepwell Dx

programvare, Security
Edition Brukerhåndbok, 2.0(Dok.-ID #10000135635)
CFX Maestro Dxprogramvare, Securityn Oppdatert symboltabell

Edition Brukerveiledning, 2.3

n Lagt til cybersikkerhetsnotat i introduksjonen(Dok.-ID #10000135635)

Brukerhåndbok | v

vi | CFX Maestro Dx SE-programvare

Innholdsfortegnelse
Tiltenkt brukiii

Symbolforklaringiii

Oversettelser

iv

Endringshistorikkv

Sikkerhet og overholdelse av krav

17

Sikkerhetsmessige advarselsetiketter

17

Sikkerhet og overholdelse av krav

19

Sikkerhetssamsvar

19

Elektromagnetisk kompatibilitet (EMC)20

EMC-advarsler og merknader

20

Krav til omgivelsene

22

Farer

23

Biologiske farer

23

Kjemiske farer

24

Eksplosjonsfare eller brannfare

24

Elektriske farer

24

Transport

25

Batteri

25

Kassering25

Garanti25

Kapittel 1 Innledning

27

Hovedtrekk ved CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

29

Finne ut mer

29

Kapittel 2 Installasjon av CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

31

Systemkrav

32

Installere CFX Maestro Dx SE-programvaren

33

Detektere tilkoblede instrumenter
Programvarefiler

34
35

Brukerhåndbok | vii

Innholdsfortegnelse

Kapittel 3 Administrere brukerkontoer i CFX Maestro Dx-programvare, Security
Edition37

Starte CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

38

Legge til Microsoft Windows-brukere på CFX Maestro Dx-programvare, Security Editiondatamaskinen

40

Legge til og fjerne brukere i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

42

Administrere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition-brukerroller

43

Vise din rolle og tillatelser

Kapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition
Sikre filer

Kapittel 5 Arbeidsområdet

44

45
45

55

Startvinduet

56

Startup Wizard (Oppstartsveiviser)

57

Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering)

58

Vinduet Plate Editor (Plateredigering)59

Vinduet Data Analysis (Dataanalyse)

60

Kapittel 6 Startvinduet
Startvinduet

61
62

Kommandoer i menyen File (Fil)63

Kommandoer i menyen View (Vis)63

Kommandoer i menyen User (Bruker)

64

Kommandoer i menyen Run (Kjøring)64

Kommandoer i menyen Tools (Verktøy)

65

Kommandoer i menyen Help (Hjelp)

66

Kommandoer på verktøylinjen

66

Startup Wizard (Oppstartsveiviser)

68

Statuslinje

68

Ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter)

69

Vise egenskapene til et instrument

72

Før du begynner

73

Opprette en reaksjonsmastermiks

73

Kalibrere nye fargestoffer

75

Angi brukerpreferanser

78

viii | CFX Maestro Dx SE-programvare

Innholdsfortegnelse

Kapittel 7 Opprette protokoller

95

Parametere og områder for protokolltrinn

96

Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering)

98

Kommandoer i menyen File (Fil)98

Kommandoer i menyen Settings (Innstillinger)

99

Kommandoer i menyen Tools (Verktøy)

99

Kommandoer på verktøylinjen

99

Kontroller for protokollredigering

100

Opprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)104Åpne en ny protokollfil i Protocol Editor (Protokollredigering)104Åpne en eksisterende protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)

105

Sette opp en ny protokoll

107

Legge til trinn i en protokoll

109

Sette inn et gradienttrinn

110

Sette inn et GOTO-trinn

111

Sette inn et smeltekurvetrinn

111

Legge til eller fjerne et plateavlesningstrinn

113

Endre trinnalternativer

113

Slette et trinn

114

Kopiere, eksportere eller skrive ut en protokoll

114

Opprette en protokoll med Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving)

115

Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator)

117

Om Ta-kalkulatoren

117

Kapittel 8 Klargjøre plater

123

Vinduet Plate Editor (Plateredigering)

124

Kommandoer i menyen File (Fil)124

Kommandoer i menyen Edit (Rediger)

125

Kommandoer i menyen Settings (Innstillinger)

125

Kommandoer i menyen Editing Tools (Redigeringsverktøy)

125

Kommandoer på verktøylinjen

126

Opprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)127Åpne en ny platefil i Plate Editor (Plateredigering)127Åpne en eksisterende platefil i Plate Editor (Plateredigering)

129

Sette opp en ny platefil

130

Brukerhåndbok | ix

Innholdsfortegnelse

Tilordne valgfrie parametere til platefilen

137

Tilordne et mål til brønner

137

Tilordne et prøvenavn til brønner

139

Tilordne biologiske grupper til brønner

141

Tilordne tekniske replikatnumre til brønner

143

Tilordne en fortynningsserie til standard prøvetyper

144

Kopiere brønninnhold til en annen brønn

146

Legge til en merknad for en brønn

146

Tømme brønner for alt innhold

147

Endre eksperimentinnstillinger

148

Opprette brønngrupper

151

Endre kurvestiler

153

Vise, eksportere og importere platen i regnearkformat

155

Opprette et plateoppsett ved hjelp av Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for plater

157

Bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for plater

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter
Vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett)Åpne vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett)

157

161
162
163

Fanen Protocol (Protokoll)

164

Fanen Plate

166

Fanen Start Run (Start kjøring)169

Kjøre et eksperiment
Dialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer)

170
172

Fanen Run Status (Kjøringsstatus)

172

Fanen Real-time Status (Sanntidsstatus)

175

Fanen Time Status (Tidsstatus)

178

Utføre PrimePCR-eksperimenter

179

Overføre stand-alone-data for analyse

181

Overføre data via e-post

181

Overføring av data fra CFX Opus Dx PCR-sanntidssystem

181

Overføring av data gjennom CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

183

Overføre data ved bruk av en USB-stasjon

183

Overføring av data gjennom en delt nettverksstasjon med CFX Opus Dx PCR-sanntidssystem 184
Opprette en datafil

x | CFX Maestro Dx SE-programvare

184

Innholdsfortegnelse

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

185

Vinduet Data Analysis (Dataanalyse)

185

Verktøylinje i Data Analysis (Dataanalyse)

186

Menylinje i Data Analysis (Dataanalyse)

187

Informasjon om faner

190

Velger for trinnummer

190

Vise Well Groups (Brønngrupper) i Data Analysis (Dataanalyse)

191

Endre brønninnhold etter en kjøring

191

Innstillinger for dataanalyse

192

Justere terskelen

192

Baselinjeinnstillinger

192

Analysemodus

193

Sykluser som skal analyseres

194

Brønnvelger

195

Elementer i høyreklikkmenyen for Well Selector (Brønnvelger)

196

Midlertidig ekskludering av brønner fra analyse

197

Diagrammer

198

Diagramverktøyene

198

Forstørre et område i diagrammet

206

Kopiere diagrammer til en Microsoft-fil

206

Vanlige elementer i høyreklikkmenyen for diagrammer

206

Regneark
Vanlige elementer i høyreklikkmenyen for regneark
Eksport

208
208
210

Eksportere alle dataark

210

Eksportere RDML-filer

211

Opprette en tilpasset eksportfil

212

Eksportere til en LIMS-mappe

213

Eksportere Seegene-formaterte data

213

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

215

Fanen Quantification (Kvantifisering)216

Fluoroforalternativer

216

Dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler)

217

Alternativet Log Scale (Log-skala)

218

Brukerhåndbok | xi

Innholdsfortegnelse

Standardkurvediagram

219

Menyalternativer i Amplification Chart (Amplifiseringsdiagram)

220

Regneark i fanen Quantification (Kvantifisering)220

Fanen Quantification Data (Kvantifiseringsdata)

222

Regnearket Results (Resultater)

222

Regnearket Standard Curve Results (Resultater for standardkurve)

224

Regnearket Plate

225

RFU-regnearket

226

Fanen Melt Curve (Smeltekurve)

227

Justere smeltekurvedata

229

Fanen Melt Curve Data (Smeltekurvedata)

230

Regnearket Melt Peaks (Smeltetopper)

230

Regnearket Plate

231

RFU-regnearket

232

Regnearket -d(RFU)/dT

233

Fanen End Point (Endepunkt)

234

Resultatdata

235

Justere analysen av endepunktsdata236

RFU-regneark for endepunktsanalyse

236

Fanen Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)

237

Justere data for allelisk diskriminering

238

Menyalternativer for diagrammer

239

Regnearket Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)

239

Fanen Custom Data View (Tilpasset datavisning)
Opprette en tilpasset datavisning
Fanen QC (Kvalitetskontroll)

241
242
243

Endre kvalitetskontrollkriterier

243

Ekskludere brønner som ikke består kvalitetskontroll

244

Fanen Run Information (Kjøringsinformasjon)

245

Dataanalyserapporter

246

Kategorier for dataanalyserapporter

247

Opprette en dataanalyserapport

251

Opprette Well Group Reports (Brønngrupperapporter)

253

xii | CFX Maestro Dx SE-programvare

Innholdsfortegnelse

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

255

Plateoppsett for analyse av genuttrykk

255

Guidet plateoppsett

256

Diagrammer for genuttrykk

257

Graphing (Graf)

258

Endre og anmerke diagramvisningen

260

Justere genuttrykksdata

266

Eksperimentinnstillinger

268

Alternativer i høyreklikkmenyen

269

Dataregneark

271

Alternativ for visning av detaljer

273

Klyngediagram

275

Innstillinger

275

Alternativer i høyreklikkmenyen

275

Dataregneark

275

Scatter Plot (Spredningsplott)276

Innstillinger

276

Alternativer i høyreklikkmenyen

276

Dataregneark

276

Regneark med resultater

277

Genstudie

278

Kalibrering mellom kjøringer

278

Dialogboksen Gene Study (Genstudie)279

Fanen Study Setup (Studieoppsett)279

Klargjøre en Gene Study (Genstudie)

280

Fanen Study Analysis (Studieanalyse)

281

Kategorier for genstudierapport

282

Opprette en genstudierapport

284

Vedlegg A Beregninger for dataanalyse

285

Reaksjonseffektivitet

285

Relativ kvantitet

285

Relativ kvantitet når en kontroll er valgt

286Standardavvik for relativ kvantitet

286

Efficiency Corrected Cq (CqE) (Effektivitetskorrigert Cq (CqE))

287

Brukerhåndbok | xiii

Innholdsfortegnelse

Mean Efficiency Corrected Cq (Gjennomsnittlig effektivitetskorrigert Cq) (MCqE))

287

Normalisert uttrykk

288

Uttrykk og relativ kvantitet for biologiske grupper

289

Normalisert uttrykk når en kontroll er valgt

289Standardavvik for det normaliserte uttrykket

290

Normalisert uttrykk skalert til høyeste uttrykksnivå

291

Normalisert uttrykk skalert til laveste uttrykksnivå

291

Normalisert uttrykk skalert til gjennomsnittlig uttrykksnivå

291

Standardavvik for det skalerte normaliserte uttrykket

292

Feilsøyler for standardavvik (lg) og standardfeil av gjennomsnitt (lg)293

Foldendring

294

Formler for korrigerte verdier

295

Beregning av konfidensintervall for analysering av biologisk gruppe

296

Beregninger for boksdiagram

296

Vedlegg B Revisjonsspor

299

Vise revisjonsspor

299

Reviderbare hendelser

301

Vedlegg C LIMS-integrering
Opprette LIMS-kompatible datafiler

305
305

Sette opp LIMS-mappe og alternativer for dataeksport

305

Opprette en LIMS-protokoll

307

Opprette en LIMS-fil

307

Starte en LIMS-kjøring

313

Eksportere data til et LIMS

313

Vedlegg D Feilsøking i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

315

Hviteliste CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition filer og mapper

315

Programvarelogg

316

Hente programvare- og firmware-loggfiler
Feilsøking

317
317

Strømbrudd

317

Overføre filer til CFX Maestro Dx SE-datamaskinen

318

Installere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition manuelt

318

Installere driverne på nytt

319

xiv | CFX Maestro Dx SE-programvare

Innholdsfortegnelse

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

321

Software Notices

322

ZedGraph322

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Vedlegg F Referanser

322
322

335

Brukerhåndbok | xv

Innholdsfortegnelse

xvi | CFX Maestro Dx SE-programvareSikkerhet og overholdelse av krav
CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx og CFX Opus Deepwell Dx sanntids-PCR-systemer (omtalt i denne
veiledningen som CFX Opus Dx-system) varmes opp veldig raskt under drift. For sikker drift av sanntids
PCR-systemet, anbefaler Bio-Rad på det sterkeste at du følger sikkerhetsspesifikasjonene som er
oppført i denne delen og gjennom hele denne håndboken.

Sikkerhetsmessige advarselsetiketter
Advarselsetiketter på systemene CFX Opus Dx-system og i denne håndboken, advarer deg om kilder til
personskade eller materiell skade. Tabell 1 gir en beskrivelse av hver sikkerhetsmessige advarselsetikett.
Tabell 1. Generelle sikkerhetsadvarsler

Ikon

Betydning
Betjening av CFX Opus Dx-system før du leser denne håndboken kan utgjøre
risiko for personskade. Bruk av dette instrumentet på en måte som ikke er
spesifisert i denne håndboken eller av Bio-Rad, kan føre til atbeskyttelsesfunksjonene til instrumentet blir svekket eller deaktivert.
Det er ingen biologiske farer eller radioaktive farer forbundet med CFX Opus Dxsystem i seg selv. Disse farene blir bare et problem når de blir innført i systemet via
prøvene som testes. Når du håndterer biofarlige eller radioaktive prøver, må du
følge anbefalte forholdsregler og retningslinjer som er spesifikke for laboratoriet og
stedet. Disse retningslinjene bør omfatte rengjørings-, overvåkings- og
avhendingsmetoder for farlig(e) materialer du bruker.
I tillegg, som identifisert ovenfor, er det en liten risiko for eksplosjon, eller for
utlekking av væske eller damp fra prøvebeholderne. Når du arbeider med farlige
materialer, er risikoen for personskade fra utlekkede materialer større på grunn av
risikoen for at det farlige materialet selv kan spres i og rundt instrumentet. Brukerne
bør ta passende forholdsregler for en slik situasjon.

Brukerhåndbok | 17

Sikkerhet og overholdelse av krav

Tabell 1. Generelle sikkerhetsadvarsler, forts.

Ikon

Betydning
CFX Opus Dx-system kører ved temperaturer som er høye nok til å forårsake
alvorlige brannskader. Sørg alltid for at prøveblokken har nådd romtemperatur før
du åpner lokket og fjerner prøver. Selv etter at prøveblokken er avkjølt, kan deomkringliggende områdene og varmeplaten forbli varme i ganske lang tid. I
situasjoner der det ikke er tilstrekkelig tid til å la instrumentet avkjøles, anbefales
bruk av verneutstyr som termohansker eller "ovnshansker".
Sikkerheten og ytelsen til ethvert system som bruker et CFX Opus Dx-system er
utelukkende ansvaret til den som monterer systemet.

CFX Opus Dx-system kan bli varmt nok i løpet av normal drift til å føre til at væske i
prøvene koker eller fordamper, ved å trykksette prøvebeholderne. Det er mulighet
for at prøvebeholderne kan bli ødelagte, noe som fører til lekkasje, væskesprayeller eksplosivt brudd og frigjøring av damp eller væske i og rundt instrumentet.
Brukerne bør alltid betjene instrumentet med lukket lokk eller bruke vernebriller,
termohansker og annet personlig verneutstyr under bruk, for å unngå
personskade. Åpning av instrumentet mens prøvene fremdeles er varme, foreksempel etter at du har avbrutt en kjøring, kan gjøre at beholdere under trykk
begynner å lekke, eller spraye eller sprute ut væske. La prøvene alltid avkjøles før
lokket åpnes.
Brukere skal aldri kjøre en reaksjon med lokk eller tetning som er åpent, løst,
punktert eller på annen måte skadet, da det vil øke sannsynligheten for farlig bruddeller eksplosjon.
Brukere skal aldri kjøre en reaksjon med flyktige reagenser som kan økesannsynligheten for farlig brudd eller eksplosjon.

18 | CFX Maestro Dx SE-programvareSikkerhet og overholdelse av krav

Sikkerhet og overholdelse av krav
Sikkerhetssamsvar
CFX Opus Dx-system har blitt testet og er i samsvar med alle gjeldende krav til følgende sikkerhets- og
elektromagnetiske standarder:n

IEC 61010-1:2010 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del 1:
Generelle kravn

IEC 61010-2-010:2019 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del2-010: Bestemte krav for laboratorieutstyr til oppvarming av materialern

IEC 61010-2-081:2019 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del
2-081: Bestemte krav for automatisk og semiautomatisk laboratorieutstyr til analysering og andreformåln

IEC 61010-2-101:2018 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del
2-101: Bestemte krav for medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 NR. 61010-1-12:2018 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og
laboratoriebruk, del 1: Generelle kravn

CAN/CSA-C22.2 NR. 61010-2-010:19 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og
laboratoriebruk, del 2-010: Bestemte krav for laboratorieutstyr til oppvarming av materialern

CAN/CSA-C22.2 NR. 61010-2-081:19 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og
laboratoriebruk, del 2-081: Bestemte krav for automatisk og semiautomatisk laboratorieutstyr til
analysering og andre formåln

CSA-C22.2 NR. 61010-2-101:19 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og
laboratoriebruk – del 2-101: Bestemte krav for medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk (IVD)n

IEC 61010-1:2010 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk, del 1:
Generelle kravn

IEC 61010-2-010:2014 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – 2010: Bestemte krav for laboratorieutstyr til oppvarming av materialern

IEC 61010-2-081:2015 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – 2081: Bestemte krav for automatisk og semiautomatisk laboratorieutstyr til analysering og andreformålBrukerhåndbok | 19

Sikkerhet og overholdelse av kravn

IEC 61010-2-101:2017 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – 2101: Bestemte krav for medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk (IVD)n

UL 61010-1:2012 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del 1:
Generelle kravn

UL 61010-2-010:2019 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del 2010: Bestemte krav for laboratorieutstyr til oppvarming av materialern

UL 61010-2-081:2019 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del 2081: Bestemte krav for automatisk og semiautomatisk laboratorieutstyr til analysering og andreformåln

UL 61010-2-101:19 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – del 2101: Bestemte krav for medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk (IVD)

Elektromagnetisk kompatibilitet (EMC)
CFX Opus Dx-system har blitt testet og er i samsvar med alle gjeldende krav til følgende standarder for
elektromagnetisk kompatibilitet:n

IEC 61326-1:2012 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – EMCkrav – del 1: Generelle krav. Testet som en klasse A-enhetn

IEC 61326-2-6:2012 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – EMCkrav – del 2-6: Bestemte krav for medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk (IVD)n

EN 61326-1:2013 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – EMC-krav– del 1: Generelle krav. Testet som en klasse A-enhetn

EN 61326-2:-6:2013 Sikkerhetskrav for elektrisk utstyr til måling, kontroll og laboratoriebruk – EMCkrav – del 2-6: Bestemte krav for medisinsk utstyr til in vitro-diagnostikk (IVD)n

FCC del 15, underdel B, avsnitt 15.107 og 15.109. Testet som en klasse A digital enhetn

CAN ICES-003v6:2019 Standard for utstyr som forårsaker interferens, informasjonsteknologisk
utstyr (inkludert digitalt apparat) – grenser og målemetoder. Testet til klasse A-grenser

EMC-advarsler og merknadernAdvarsel: Endringer eller modifiseringer på dette apparatet, som ikke er uttrykkelig godkjent av
Bio-Rad, kan oppheve brukerens rett til å bruke utstyret.

n

Merknad: Dette utstyret er testet og funnet i samsvar med grensene for digitalt utstyr i klasse A, ihenhold til del 15 i FCC-reglene. Disse grensene er utarbeidet for å gi rimelig beskyttelse mot

20 | CFX Maestro Dx SE-programvareSikkerhet og overholdelse av krav

skadelig forstyrrelse når utstyret brukes i et kommersielt miljø. Dette utstyret genererer, bruker og
kan utstråle radiofrekvensenergi og kan, hvis det ikke installeres og brukes i henhold til
instruksjonshåndboken, forårsake skadelige forstyrrelser på radiokommunikasjon. Det er sannsynlig
at dette utstyret vil føre til skadelige forstyrrelser hvis det brukes i boligområder, og hvis dette er
tilfellet, må brukeren korrigere forstyrrelsene for egen kostnad.
nMerknad om FCC-samsvar: Selv om dette utstyret har blitt testet og funnet å være i samsvar med
FCC-reglenes del 15, underavsnitt B, for en digital enhet i klasse A, gjøres det oppmerksom på atdette samsvaret er frivillig, ettersom instrumentet anses som «unntatt utstyr» ifølge 47 CFR 15.103(c), i henhold til de gjeldende FCC-reguleringene på produksjonstidspunktet.

n

Merknad angående kabler: Dette instrumentet ble testet for EMC-samsvar ved hjelp av
spesialdesignede USB-kabler som følger med instrumentet. Disse kablene, eller autoriserte
tilsvarende kabler godkjent av Bio-Rad, må brukes med dette instrumentet for å sikre fortsatt
samsvar av EMC-utslippsgrensene.

Brukerhåndbok | 21

Sikkerhet og overholdelse av krav

Krav til omgivelsene
CFX Opus Dx-systemene er designet for å brukes sikkert under omgivelsesforhold som er oppført i
følgende tabell.
Tabell 2. CFX Opus Dx PCR-sanntidssystem krav til omgivelsene

Parameter

Spesifikasjon

Miljø

Kun til innendørs bruk

Driftshøyde

Opptil 2 000 meter over havet

Romtemperatur

15–31 °C

Transport og lagringstemperatur–20 °C til 60 °C**
–4 til 140 °F

Relativ luftfuktighet

20 % til 80 % (ikke-kondenserende)

Strømbruk

100–240 VAC ± 10 %, 50/60–850 Hz, 850 W
maks.

Variasjoner i nettspenningen±10 %Maksimalt strømforbruk< 850 watt

Sikringer

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, hurtig (antall 2)

Overspenningskategori

II

Forurensningsgrad

2*Bruk av instrumentet utenfor dette temperaturområdet, gjør kanskje at ytelsesspesifikasjonene ikke
kan oppfylles. En romtemperatur på 5–40 °C anses som trygt.
**Lagre og transporter instrumentet i transportesken for å møte disse temperaturforholdene.
***Bruk av instrumentet ved 4 ⁰C bør begrenses til 18 timer ved disse forholdene. Bruk ved 4 ⁰C kan
gjøres i opptil 72 timer hvis luftfuktigheten er mindre enn 60 % (ikke-kondenserende).

22 | CFX Maestro Dx SE-programvareFarerFarer
CFX Opus Dx-system er designet for å fungere trygt når de brukes på den måten som er foreskrevet av
produsenten. Hvis systemet eller noen av dets tilknyttede komponenter brukes på en måte som ikke er
spesifisert av produsenten, kan den iboende beskyttelsen som instrumentet gir bli svekket. Bio-Rad er
ikke ansvarlig for materielle skader eller personskader forårsaket av bruk av dette utstyret på noen
uspesifisert måte, eller ved modifikasjoner på instrumentet som ikke er utført av Bio-Rad eller en
autorisert agent. Service på CFX Opus Dx-system skal kun utføres av opplært Bio-Rad-personell.

Biologiske farer
CFX Opus Dx-system er et laboratorieprodukt. Hvis smittefarlige biologiske prøver er til stede, må duimidlertid følge retningslinjene nedenfor og overholde lokale forskrifter og regler ved laboratoriet.
Merknad: Det genereres ingen smittefarlige biologiske stoffer under normal drift av dette
instrumentet.

Generelle forholdsreglernBruk alltid laboratoriefrakk, laboratoriehansker og vernebriller med sideskjerming.

n

Hold hendene unna munn, nese og øyne.

n

Eventuelle kutt eller skrubbsår må dekkes fullstendig før håndtering av potensielt smittefarlige
materialer.

n

Vask hendene grundig med såpe og vann etter håndtering av potensielt smittefarlige materialer, før
du forlater laboratoriet.

n

Ta av armbåndsur og smykker før arbeid ved benken.

nOppbevar alle smittefarlige eller potensielt smittefarlige materialer i uknuselige, lekkasjesikre
beholdere.

n

Ta av verneklær før du forlater laboratoriet.

nMens du har hansker på, må du ikke skrive, ta telefonen, slå på lyset eller berøre noen ting som
andre kan berøre uten hansker.

nBytt hansker ofte. Ta av hanskene umiddelbart når de blir synlig kontaminert.

nMaterialer som ikke kan dekontamineres på riktig vis, må ikke utsettes for potensielt smittefarlige
materialer.

n

Ved fullførelse av en operasjon som involverer biologisk farlig materiale, må arbeidsområdet
dekontamineres med et egnet desinfeksjonsmiddel (for eksempel en 1:10-fortynning av
husholdningsklor).

Brukerhåndbok | 23

Sikkerhet og overholdelse av krav

Dekontaminering av overflater
ADVARSEL! For å unngå elektrisk støt skal instrumentet alltid slås av og kontakten
trekkes ut før du utfører dekontaminering.

Følgende områder kan rengjøres med bakterie-, virus- og soppdrepende desinfiseringsmidler:nUtvendig lokk og kabinettnIndre prøveblokkoverflate og prøveblokkbrønner

n

Kontrollpanel og skjerm

Se anvisningene fra produsenten for instruksjoner om preparering og bruk av desinfiseringsmiddelet.
Skyll alltid prøveblokken og prøveblokkbrønnene flere ganger med vann etter påføring av
desinfeksjonsmiddel. Tørk av prøveblokken og prøveblokkbrønnene grundig etter skylling med vann.
Viktig: Ikke bruk skurende eller etsende rengjøringsmidler eller sterke alkaliske løsninger. Disse
midlene kan ripe overflatene og skade prøveblokken, noe som fører til tap av presis termisk kontroll.

Kassering av biologisk farlig materiale
Kasser følgende potensielt kontaminerte materialer i henhold til lokale, regionale og nasjonale forskrifter
for laboratorier:nKliniske prøvernReagensernBrukte reaksjonsbeholdere eller andre forbruksartikler som kan være kontaminert

Kjemiske farer
CFX Opus Dx-system inneholder ingen potensielt skadelige kjemiske materialer.

Eksplosjonsfare eller brannfare
CFX Opus Dx-system utgjør ingen uvanlig fare relatert til brennbarhet eller eksplosjon når det brukes påen riktig måte som spesifisert av Bio-Rad Laboratories.

Elektriske farer
CFX Opus Dx-system utgjør ingen uvanlig elektrisk fare for operatører hvis det er installert og betjent påriktig måte uten fysiske endringer og koblet til en strømkilde med riktig spesifikasjon.

24 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Transport

Transport
Før du flytter eller sender CFX Opus Dx-system , må dekontamineringsprosedyrer utføres. Flytt eller send
alltid systemet i en separat beholder i Bio-Rad-levert emballasjemateriale, som beskytter systemet mot
skade.
For informasjon om transport av systemet og for å be om egnet emballasje, kan du ta kontakt med dittlokale Bio-Rad-kontor.

Batteri
CFX Opus Dx-system bruker ett 3 V litium-metall knappcellebatteri for å opprettholde tidsinnstillinger ved
strømbrudd. Hvis klokkeslettet ikke forblir innstilt etter at enheten har blitt slått av, kan det tyde på atbatteriene begynner å bli svake.
ADVARSEL! Prøv ikke å bytte batteriene. De kan ikke byttes av brukeren. Kontakt istedet Bio-Rad teknisk støtte for assistanse.

Kun for delstaten California i USAn

Perkloratmateriale – Litium-batterier inneholder perkloratmateriale; spesialhåndtering kan kreves. Se
www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Kassering
CFX Opus Dx-system inneholder elektriske materialer, og disse skal kasseres som usortert avfall og måsamles inn separat i henhold til EU-direktiv 2012/19/EF, som omhandler elektrisk og elektronisk avfall(WEEE-direktivet). Kontakt den lokale Bio-Rad-representanten før du kasserer systemet, for å få
instruksjoner som gjelder for ditt land.

Garanti
CFX Opus Dx-system og dets tilhørende tilbehør er dekket av en standard Bio-Rad-garanti. Kontakt din
lokale Bio-Rad-forhandler for å få informasjon om garantien.

Brukerhåndbok | 25

Sikkerhet og overholdelse av krav

26 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 1 Innledning
Bio-Rad sine høytytende PCR-amplifiseringssystemer har de nyeste teknologiske fremskrittene, og gir
større nøyaktighet og reproduserbarhet i nukleinsyreamplifisering for genomiske eksperimenter.
Bio-Rads CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition er kompatibel med følgende instrumenter og
har optimaliserte kjøringsfiler for Bio-Rads PrimePCR primer og probeanalyser:n

CFX Opus 96 Dx Real-Time PCR-system (i denne håndboken kalt CFX Opus 96 Dx)n

CFX Opus 384 Dx Real-Time PCR-system (i denne håndboken kalt CFX Opus 384 Dx)n

CFX Opus Deepwell Dx Real-Time PCR-system (i denne håndboken kalt CFX Opus Deepwell Dx)

Brukerhåndbok | 27

Kapittel 1 Innledning

Med CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition (i denne håndboken kalt CFX Maestro Dx SE) kan
du tolke komplekse data og lage kraftfulle studier for genetisk analyse. Med noen få klikk kan du sette opp
studier og og få mening i genuttrykksstudien ved hjelp av verktøy som for eksempel t-tester, enveis
ANOVA, PrimePCR-kontrollanalyser og verktøyet for valg av referansegen. Deretter kan du klargjøre
resultatene for publikasjoner og posterpresentasjoner med CFX Maestro Dx SEs svært fleksible
datavisualiserings- og merknadsverktøy.
Merknad: Visningen av enkelte skjermer i CFX Maestro kan se annerledes ut enn dem som er vist idenne brukerveiledningen. Visningen i programvaren er korrekt, og funksjonaliteten er den samme.
Viktig: Cybersikkerhet er beskyttelse av eiendom på nettet som skal hindre cyberangrep.
Cybersikkerhet er Bio-Rads mulighet til å ivareta sikkerheten til mennesker, informasjon, systemerog omdømme på nettet. Nettet er alltid på og knytter verden teknologisk sammen – det består av
mennesker, organisasjoner, informasjon og teknologi.
Rask reaksjon er viktig når det kommer til problemer på nettet! Hvis du mistenker at det kan være etproblem med cybersikkerheten angående instrumentet ditt, eller at cybersikkerheten har blitt brutt påstedet ditt, må du kontakte din Bio-Rad-representant for teknisk støtte umiddelbart.

28 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Hovedtrekk ved CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Hovedtrekk ved CFX Maestro Dx-programvare, Security
Edition
Med CFX Maestro Dx SE kan du gjøre følgende:nAnalysere data ved hjelp av søylediagrammer, klyngediagrammer eller spredningsdiagrammer for
raskt å tolke og forstå resultatene.

nTilpass datapresentasjonen og eksporter grafer med høy oppløsning for publisering og generering av
rapporter.

n

Fastslå RNA-kvalitet og feilsøk eksperimenter med PrimePCR-analysekontroller.

nVelg egnet referansegen og analyser stabiliteten med verktøyet for valg av referansegen.

nUtfør statistiske analyser, inkludert enveis-ANOVA, i genuttrykksanalyser.

Denne brukerveiledningen forklarer disse funksjonene og hvordan de brukes.

Finne ut mer
Etter installasjon av CFX Maestro Dx SE og oppsett av tilhørende Bio-Rad PCR-instrument, kan du få
tilgang til denne veiledningen så vel som detaljerte CFX Maestro Dx SE hjelpeemner fra Help-menyen ien hvilken som helst visning.
Tips: Klikk på Bio-Rad-logoen øverst til høyre i et vindu i CFX Maestro Dx SE for å åpne Bio-Radnettstedet. Dette nettstedet inkluderer koblinger til tekniske merknader, håndbøker, videoer,
produktinformasjon og teknisk støtte. Dette nettstedet har også mange tekniske ressurser for en langrekke metoder og bruksområder knyttet til PCR, sanntids-PCR og genuttrykk.

Brukerhåndbok | 29

Kapittel 1 Innledning

30 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 2 Installasjon av CFX Maestro Dxprogramvare, Security Edition
Dette kapittelet beskriver hvordan du installerer CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition. For
informasjon om hvordan du setter opp sanntids PCR-instrumenter som støttes av Bio-Rad, se denrelevante veiledningen.
CFX Maestro Dx SE kreves for å analysere PCR-data i sanntid fra CFX Opus 96 Dx og CFX Opus 384 Dx
sanntids-PCR. Du kan også bruke denne programvaren til å styre disse systemene i programvarestyrt
modus.
CFX Opus Dx leveres med en USB-kabel i tilbehørsvesken. Bruk USB-kabelen til å koble datamaskinen
som kjører CFX Maestro Dx SE til CFX Opus Dx-system.
Fjern emballasjen og ta vare på den til fremtidig bruk. Kontakt din lokale Bio-Rad-forhandler hvis det
mangler en del eller hvis noe er skadet.

Brukerhåndbok | 31Kapittel 2 Installasjon av CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Systemkrav
Tabell 3 lister opp minimum og anbefalte systemkrav for datamaskinen som kjører CFX Maestro Dx SE.
Tabell 3. Datamaskinkrav for CFX Maestro Dx SE

SystemMinimum

Anbefalt

Operativsystem

Microsoft Windows 10 (kun 64-

Microsoft Windows 10 (kun 64-bit), buildbit), build 1511 eller nyere, med

1511 eller nyere, med de sistede sistesikkerhetsoppdateringene.

sikkerhetsoppdateringene.
Merknad: Windows 11 støtter også CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition.
Viktig: Sikker oppstart må deaktiveres på datamaskiner som kjører CFX Maestro Dx SE.
Datamaskiner som kjører CFX Maestro Dx SE skal konfigureres slik at de ikke starter på nytt
automatisk etter en system- eller sikkerhetsoppdatering hvis en kjøring pågår. Kontaktsystemadministratoren for å få hjelp.
Porter2 USB 2.0-porter med høy

2 USB 2.0-porter med høy hastighet

hastighet
Plass på harddisken

128 GB

128 GB

Prosessorhastighet

2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

4 GB RAM

8 GB RAM

Skjermoppløsning

1024 x 768 med millioner av

1280 x 1024 med millioner av farger (true-

farger (true-color)color)

PDF-leser

Adobe PDF Reader eller Windows PDF
Reader fra en av de støttede Microsoft
Office-pakkene:n 2016n 2019Lokalisering

Støttede Microsoft Windows 64-

Støttede Microsoft Windows 64-bit OS på

bit OS på engelsk, kinesisk og

engelsk, kinesisk og russisk

russisk

Merknad: Hvis du planlegger å kjøre CFX Automation Control-programvare på samme datamaskin
som CFX Maestro Dx SE, må skjermoppløsningen angis til 1280 x 1024 med millioner av farger (truecolor).

32 | CFX Maestro Dx SE-programvareInstallere CFX Maestro Dx SE-programvaren

Installere CFX Maestro Dx SE-programvaren
Viktig: Før du installerer eller oppgraderer programvaren må du koble fra eventuelle instrumentersom er koblet til CFX Maestro Dx SE-datamaskinen. Det er ikke nødvendig å slå av instrumentet
under programvareinstallasjonen. Kontroller at du har lagret alle kjøringer, og at ingen eksperimenterpågår.
Merknad: Kontroller at sikker oppstart er deaktivert før du begynner installasjonsprosedyren.
Forsikre deg om at datamaskinen er konfigurert slik at den ikke starter på nytt automatisk etter ensystem- eller sikkerhetsoppdatering hvis en kjøring pågår. Kontakt systemadministratoren for å få
hjelp.

Installere CFX Maestro Dx SE-programvaren
1.

Koble fra eventuelle instrumenter som er koblet til datamaskinen.
Finn instrumentets USB-kabel på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen, og koble den fra. Kabelenden
som er tilkoblet CFX Opus Dx-system trenger ikke kobles fra.

2.

Logg på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen som administrator.

3.

Sett USB-stasjonen med CFX Maestro Dx SE inn i USB-porten på datamaskinen.

4.

Åpne Windows Utforsker, naviger til USB-stasjonen med CFX Maestro Dx SE og åpne den.
USB-enheten inneholder versjonsmerknader og følgende mapper:
n

CFX

n

Drivers (Drivere)nFirmware (Fastvare)n

Quick Start (Hurtigstart)
Sammen med andre filer, inneholder CFX-mappen CFX Maestro Dx SE installasjonsprogram(CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Åpne CFX-mappen og dobbeltklikk på CFXMaestroDxSetup.exe for for å starte installasjonen.

6.

Følg installasjonsinstruksjonene på skjermen.
Når den er fullført, vises Bio-Rad CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition-ikonet vises på
datamaskinens skrivebord.
Tips: CFX Maestro-installasjonsprogrammet installerer automatisk CFX Maestro Dxprogramvare, Security Edition-brukerveiledningen. For å finne disse veiledningene, naviger til
Help-menyen og velg Open User Guides (Åpne brukerveiledninger).

7.

Når installasjonen er ferdig, kan du trygt ta ut USB-enheten med programvaren.

Brukerhåndbok | 33

Kapittel 2 Installasjon av CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Detektere tilkoblede instrumenter
Under installasjonen, vil installasjonsprogrammet for CFX Maestro Dx SE automatisk installere
instrumentdriverne på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen. CFX Maestro Dx SE detekterer tilkoblede
instrumenter når du starter programvaren.

Slik detekterer du tilkoblede instrumenter
1.

Hvis du ikke allerede har gjort det, setter du den firkantede (han)enden av den medfølgende USB Bkabelen inn i USB B-porten på baksiden av instrumentets sokkel.

2.

Sett den andre (port)enden inn i en USB-port på datamaskinen med CFX Maestro Dx SE.

3.

Hvis instrumentet ikke allerede kjører, trykker du på strømbryteren på instrumentet for å slå det på.

4.

Start CFX Maestro Dx SE.

Programvaren detekterer automatisk det tilkoblede instrumentet og viser instrumentets navn i ruten
Detected Instruments (Detekterte instrumenter) i startvinduet.
Merknad: Hvis instrumentet ikke vises i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter), må dukontrollere at USB-kabelen er satt inn riktig. Hvis du vil installere driverne på nytt, velger du Tools >Reinstall Instrument Drivers (Verktøy > Installer instrumentdrivere på nytt) i startvinduet i
CFX Maestro Dx SE.

34 | CFX Maestro Dx SE-programvareProgramvarefiler

Programvarefiler
Tabell 4 inneholder en liste over filtypene CFX Maestro Dx SE.
Tabell 4. Filtyper for CFX Maestro Dx SE

FiltypeUtvidelse

Detaljer

Protokoll.prcl

Inneholder detaljer om protokolloppsett for å utføre en PCRkjøring.

Plate

.pltd

Inneholder detaljer om plateoppsett for å utføre en PCRkjøring.

Data

.pcrd

Inneholder resultatene fra en eksperimentkjøring og PCRanalyse.

PrimePCR-kjøring

.csv

Inneholder protokoll- og plateoppsett for PrimePCR-plater.

Genstudie.mgxd

Inneholder resultater fra flere PCR-kjøringer og
genuttrykksanalyser.

Stand-alone predatafil.zpcr

Inneholder fluorescensavlesninger fra stand-alone bruksom er konvertert til en datafil.

LIMS

.plrn

Inneholder informasjon om plate- og protokolloppsett som
kreves for å utføre en LIMS-kompatibel kjøring.

JSON

.json

En skrivebeskyttet fil generert bare av CFX Opus Dxsystemer. Denne filen inneholder kjøredataene som vises i
detaljruten i filutforskeren når en kjøringsfil er valgt. Denne
filen genereres etter at en kjøring er fullført. Den
eksporteres med .zpcr-filen og lagres med datafilene nårbane til lagring enten er en USB-stasjon eller en delt
nettverksmappe.

Brukerhåndbok | 35

Kapittel 2 Installasjon av CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

36 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 3 Administrere brukerkontoer i
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition
I CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition logger brukerne seg på med Windows-brukernavn og passord. Personen som installerte CFX Maestro Dx SE tilordnes automatisk rollen som Administrator og
kan opprette og administrere brukerkontoer og roller. Alle andre brukere må tilordnes en brukerkonto for å
kunne logge på og bruke programvaren.
Viktig: Hver bruker må ha en Windows-konto og et passord på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen
før du kan tilordne en brukerkonto og rolle. Brukere kan være medlemmer av enten Windows Usersgruppen eller Windows Administrators-gruppen. Medlemmer av Windows Users-gruppen har baretilgang til sine egne CFX Maestro Dx SE-filer og mapper. Medlemmer av Windows Administratorsgruppen har tilgang til filene og mappene til alle brukere på datamaskinen.
Dette kapittelet forklarer hvordan du oppretter Microsoft Windows-brukere for å legge til disse brukerne i
CFX Maestro Dx SE. Denne delen forklarer også hvordan du legger til CFX Maestro Dx SE-brukere og
administrere brukerroller og tillatelser.

Brukerhåndbok | 37

Kapittel 3 Administrere brukerkontoer i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Starte CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition
Merknad: Hver bruker må logge på med sitt Windows-brukernavn og passord.

Starte CFX Maestro Dx SE
1.

På CFX Maestro Dx SE-datamaskinens skrivebord, dobbeltklikker du på CFX Maestro Dx SE-ikonet
for å starte programmet.

2.

Skriv inn Windows-passordet i innloggingsboksen og klikk OK.

CFX Maestro Dx SE åpnes med Home-vinduet. Tittellinjen viser Windows-brukernavnet til denpåloggede brukeren, og menylinjen viser en blå boks som indikerer at programvaren er 21 CFR Part
11-kompatibel, for eksempel:

38 | CFX Maestro Dx SE-programvareStarte CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Brukerhåndbok | 39

Kapittel 3 Administrere brukerkontoer i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Legge til Microsoft Windows-brukere på CFX Maestro Dxprogramvare, Security Edition-datamaskinen
Alle brukere må logge på CFX Maestro Dx SE-datamaskin med Windows-brukernavn og -passord. For
nøyaktig revisjonssporing kan ikke Windows-brukerkontoer legges til via dialogboksen Start > Settings >Accounts (Start > Innstillinger > Kontoer). Windows-brukerkontoer må legges til via Computer
Management-konsollen.
Viktig: Endringer som er gjort i Windows-brukeregenskaper (inkludert brukernavn og fullt navn),
etter at du har opprettet den tilknyttede CFX Maestro Dx SE-brukeren, ugyldiggjør CFX Maestro Dx
SE-brukeren. Forsikre deg om at informasjonen er riktig før du lagrer Windows-brukeren og oppretter
den tilknyttede CFX Maestro Dx SE-brukeren.
Tips: Les administrasjonsdokumentasjonen for Microsoft Windows og se Windowssystemadministratoren for mer informasjon før du oppretter Windows-kontoer.

Legge til Windows-brukerkontoer på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen
1.

Logg deg på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen som medlem av Windows Administrators-gruppen.

2.

Høyreklikk på My Computer (Min datamaskin) på skrivebordet og velg Manage (Administrer) for ååpne Computer Management-konsollen.

3.

I Computer Management-konsollen utvider du Local Users and Groups (Lokale brukere og grupper).

4.

Høyreklikk på Users-mappen (Brukere) og velg New User (Ny bruker) for å åpne dialogboksen New
User (Ny bruker).

40 | CFX Maestro Dx SE-programvareLegge til Microsoft Windows-brukere på CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition-datamaskinen

5.

6.

I dialogboksen New user (Ny bruker) må du fylle ut følgende felt:nUser name (Brukernavn)nFull name (Fullt navn)nPassword (Passord)nConfirm password (Bekreft passord)

Klikk på Create (Opprett).

Brukerhåndbok | 41

Kapittel 3 Administrere brukerkontoer i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Legge til og fjerne brukere i CFX Maestro Dx-programvare,
Security Edition
Tips: Bare brukere med Administrator-rolle i CFX Maestro Dx SE kan opprette og fjerne
CFX Maestro Dx SE-brukerkontoer. Personen som installerte CFX Maestro Dx SE tildeles
automatisk Administrator-rollen. Denne personen kan tilordne Administrator-rollen til andre brukere.
Merknad: I CFX Maestro Dx SE, må minst én bruker tilordnes Administrator-rollen.

Slik legger du til brukerkontoer i CFX Maestro Dx SE
1.

Kontroller at hver tiltenkt bruker er medlem av enten Windows Users-gruppen eller WindowsAdministrators-gruppen og har et Windows-passord på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen.

2.

Start CFX Maestro Dx SE og logg inn som Administrator.

3.

I startvinduet velger du User > User Administration (Bruker > Brukeradministrasjon).
Dialogboksen User Administration (Brukeradministrasjon) vises.

42 | CFX Maestro Dx SE-programvareAdministrere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition-brukerroller

4.

I delen Manage Users (Administrer brukere), oppgi følgende informasjon for hver bruker:nUser name (Brukernavn) – i CFX Maestro Dx SE, må dette være brukerens brukernavn for
Windows-pålogging.

nFull name (Fullt navn) – brukerens fulle navn.
Dette navnet vises i feltet Full User (Full bruker) i revisjonssporet. Dette navnet må være det
samme navnet som ble angitt i feltet Full name (Fullt navn) da Windows-brukeren ble opprettet.

nRole (Rolle) – rollen som skal tilordnes brukeren.
Merknad: Du kan bare velge én rolle fra rullegardinlisten. Se Administrere CFX Maestro
Dx-programvare, Security Edition-brukerroller for mer informasjon.

n

Domain (Domene) – Windows-domenet som brukeren får tilgang til programvaren fra.
Kontakt din Windows systemadministrator for mer informasjon.

5.

Klikk OK, og klikk deretter Yes (Ja) for å lagre endringene og lukke dialogboksen User Administration(Brukeradministrasjon).

Fjerne en CFX Maestro Dx SE-brukerkonto
1.

Start CFX Maestro Dx SE og logg inn som Administrator.

2.

I vinduet Home (Hjem) velger du User > User Administration (Bruker > Brukeradministrasjon) for ååpne dialogboksen User Administration.

3.

I vinduet Manage Users (Administrer brukere) velger du Remove (Fjern) for hver bruker du ønsker åfjerne.

4.

Klikk OK, og klikk deretter Yes (Ja) for å lagre endringene og lukke dialogboksen User Administration(Brukeradministrasjon).

Administrere CFX Maestro Dx-programvare, Security Editionbrukerroller
Viktig: CFX Maestro Dx SE krever at minst én bruker er tilordnet administratorrollen. Du kan tilordne
denne rollen til mer enn én bruker.
CFX Maestro Dx SE har fire brukerroller. Hver bruker må tildeles en rolle for å få tilgang til programvaren.
Selv om brukere bare kan tildeles én rolle, kan du når som helst endre en brukers rolle.
Med unntak av administratorrollen kan du endre tillatelsene som er tilordnet hver rolle. Alle brukere somtilordnes en rolle, får kun tillatelsene til den rollen.
Som standard er rettighetene for hver rolle som følger:

Brukerhåndbok | 43

Kapittel 3 Administrere brukerkontoer i CFX Maestro Dx-programvare, Security EditionnAdministrator – denne rollen har alle tillatelser, og du kan ikke endre disse tillatelsene.

nPrincipal – denne rollen har alle tillatelser unntatt å konfigurere e-post.

nOperator – denne rollen har alle tillatelser unntatt å hoppe over sykluser og konfigurere e-post.

n

Guest – denne rollen kan bare lese filer.

Når du tilordner roller i CFX Maestro Dx SE, fastslå nøye kravene til hver bruker. For eksempel, uten
tillatelse til å lagre, kan ikke brukere som er tilordnet guest-rollen signere en fil. Uten tillatelse til å oppretteen e-postkonto, vil ingen av rollene motta e-post når en kjøring er fullført.

Endre tillatelsene for en rolle
1.

Start CFX Maestro Dx SE og logg inn som Administrator.

2.

I vinduet Home (Hjem) velger du User > User Administration (Bruker > Brukeradministrasjon) for ååpne dialogboksen User Administration.

3.

I delen Manage Rights (Administrer rettigheter) fjerner du merket for hver rolle eller merker av forspesifikke tillatelser etter behov.

4.

Klikk OK, og klikk deretter Yes (Ja) for å lagre endringene og lukke dialogboksen User Administration(Brukeradministrasjon).

Vise din rolle og tillatelser
Tips: Brukere som tilordnes brukerrollene Principal (Hovedbruker), Operator (Operatør) eller Guest(Gjest), kan bare se sine brukerinnstillinger, tillatelser og roller. Brukere som er tilordnet
administratorrollen, kan se alle brukertillatelser og roller.

Slik kan du se din brukerrolle og tillatelseru

I startvinduet velger du User > User Administration (Bruker > Brukeradministrasjon).

Kontakt CFX Maestro Dx SE-administratoren for å modifisere brukerinnstillinger, tillatelser og roller som
vises i vinduet User Administration (Brukeradministrasjon).

44 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare,
Security Edition
Viktig: CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition bruker Microsoft Windowsbrukerautentisering for å verifisere tilgang til sikre CFX-datafiler. Kontakt Windows-administratoren
din for å opprette et miljø som oppfyller 21 CFR del 11-krav.
Med CFX Maestro Dx SE kan brukerenSignere data- og genstudiefiler.

nPassordbeskytte datafiler.

n

Se og skrive ut revisjonsspor.

Denne delen forklarer disse funksjonene i detalj.

Sikre filer
Som standard lagrer CFX Maestro Dx SE sikre filer i den innloggede brukerens personlige mappe, somligger på
C:\Users\<brukernavn>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Du kan lagre og redigere .pcrd-filer i den mappen. Denne mappen inneholder koblinger til andre mapper(for eksempel mappen Sample Files) som inneholder filer som er skrivebeskyttet. En administrator kan
imidlertid slette innholdet i den mappen.
Tips: Alternativt kan Windows-systemadministratoren opprette en delt mappe og din CFX Maestro
Dx SE-administrator kan programmere programvaren til å lagre alle filene i den mappen.
I CFX Maestro Dx SE er plate-, protokoll-, data- og genstudiefiler merket som sikre når de lagres. Du kan
opprette disse filene i CFX Maestro-programvaren eller i CFX Maestro Dx SE. Etter at de er lagret i
CFX Maestro Dx SE, kan du bare åpne disse filene i CFX Maestro Dx SE.
CFX Maestro Dx SE oppretter et revisjonsspor for alle sikre data- og genstudiefiler (henholdsvis .pcrd- og.
mgxd-filer). Programvaren registrerer all reviderbar aktivitet i filens revisjonsspor. For mer informasjon, se
Revisjonsspor på side 299.

Brukerhåndbok | 45

Kapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Signere sikre filer
Etter å ha lagret en fil i CFX Maestro Dx SE, kan brukere legge til en elektronisk signatur. For å signere en
fil, må brukerens rolle ha tillatelse til å lagre en fil. For eksempel har Guest-rollen som standard ikke
tillatelse til å lagre en fil, og derfor kan ikke brukere som er tildelt denne rollen signere en fil.
I CFX Maestro Dx SE, er signerte filer ikke satt som skrivebeskyttet. De kan gjennomgås, endres og
signeres flere ganger. Alle endringer og signaturer blir sporet i filens revisjonsspor. Du kan signere
følgende filtyper:nDatafiler (.pcrd)nGenstudiefiler (.mgxd)

Merknad: Filer må lagres før de kan signeres. Hvis du nylig har utført en kjøring i CFX Maestro Dx
SE, må du lagre den resulterende datafilen først.

Signere en fil
1.

Logg på CFX Maestro Dx SE med Windows-påloggingsinformasjonen din.

2.

Åpne den sikre datafilen eller genstudiefilen for å signere.

3.

Velg File > Sign (Fil > Signer). Dialogboksen Electronic Signature (Elektronisk signatur) vises.

46 | CFX Maestro Dx SE-programvare

4.

Skriv inn Windows-brukernavnet og passordet ditt og årsaken til signeringen av filen.
Brukernavnet og årsaken til signering er inkludert i revisjonssporet (for mer informasjon, se
Revisjonsspor på side 299).

5.

Klikk OK for å sende signaturen og lukke dialogboksen.

Endring av sikre filer
I CFX Maestro Dx SE, kan brukere endre sikre filer, inkludert signerte og usignerte data- og genstudiefiler.
Programvaren ber deg om å oppgi en grunn til endringen når du lagrer en modifisert sikker data- eller
genstudiefil. Endringene spores i filens revisjonsspor.
Tips: Siden programvaren ikke oppretter revisjonsspor for plate- eller protokollfiler, blir du ikke bedtom å oppgi en grunn når du lagrer endringene i disse filene.

Lagre en modifisert data- eller genstudiefil
1.

Logg på CFX Maestro Dx SE med Windows-påloggingsinformasjonen din.

2.

Åpne og endre en sikker datafil eller genstudiefil.
Tips: For en liste over reviderbare aktiviteter, se Reviderbare hendelser på side 301.

3.

Velg File > Save (Fil > Lagre). Dialogboksen Audit Trail Change Reason (Årsak til endring av
revisjonsspor) vises.

Brukerhåndbok | 47

Kapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Denne dialogboksen viser følgende informasjon, som er fanget opp i filens revisjonssporoverskrift for
hver endringshendelse:nDate (Dato) – datoen da endringen skjedde.

nUser (Bruker) – Windows-domenet og brukernavnet til den påloggede brukeren.

nComment (Kommentar) – den siste lagrede kommentaren.

n

Signature (Signatur) – den elektroniske signaturen til den siste personen som signerte filen.

nSignature reason (Signaturårsak) – årsaken til signaturen.

nApplication (Program) – CFX Maestro Dx SE (vises som BioRadCFXManager.exe, som erriktig).

nApplication version (Programversjon) – den gjeldende versjonen av CFX Maestro Dx SE.

nFull user (Full bruker) – det fulle navnet på den påloggede brukeren.
Merknad: Dette navnet vises i revisjonssporet.

nMachine (Maskin) – datamaskinen der programvaren er installert.

48 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Endringstabellen viser de reviderbare endringene som skjedde som et resultat av endringen. En kort
beskrivelse av årsaken til endringen kan også vises.
Tips: Du kan legge til eller redigere beskrivelser i kolonnen Reason for Change (Årsak til
endring).
4.

Gjennomgå listen over endringer. Oppgi detaljerte årsaker om nødvendig.

5.

Gjør ett av følgende:n

Klikk på Save Changes (Lagre endringer) for å lagre endringene i filen, samt eventuelle
endringer du har gjort i tabellen, og lukk dialogboksen.
Endringene i filen og årsakene til endringene vises i filens revisjonsspor.

n

Klikk på Cancel Changes (Kanseller endringer) for å tilbakestille filen til sin forrige status og
lukke dialogboksen.
Endringene lagres ikke i filen, og revisjonssporet oppdateres ikke.

Brukerhåndbok | 49

Kapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Passordbeskyttelse av filer
Som et ekstra sikkerhetsnivå, lar CFX Maestro Dx SE brukerne angi passord på alle sikre filer. Når duangir passord på en sikker fil, må du vurdere følgende forhold:

TilstandHandling

Ingen passord kreves.

Alle brukere kan åpne, endre og lagre den sikre filen,
basert på deres tillatelser.

Fil krever lagring av passord.

Alle brukere kan åpne den sikre filen, og brukere som vetpassordet kan endre og lagre den sikre filen.

Filen krever åpent passord.

Bare brukere som kjenner det åpne passordet, kan
åpne, endre og lagre den sikre filen.

Filen krever både åpne og lagre

Noen brukere kan åpne den sikre filen, og en

passord.

undergruppe av disse brukerne kan endre og lagre filen.

Avhengig av brukerens rolle, kan enhver bruker utføre Save as (Lagre som) for å opprette en ny sikker fil
med et annet navn eller lagre en fil med samme navn et annet sted så lenge ett av følgende stemmer:n

Den sikre filen er ikke passordbeskyttet.

nBrukeren har passordet for å åpne filen.

Tips: Den nye filen lagres uten passordbeskyttelse. Den opprinnelige filen beholder passordene
sine.
Avhengig av hvilken rolle, kan en bruker endre og lagre originalfilen så lenge ett av følgende stemmer:nFilen er ikke passordbeskyttet.

nBrukeren har passordet for å åpne og passordet for å lagre filen.

Merknad: Brukerens rolle må ha retten til å lagre filer for å angi passord. For eksempel kan brukere
med rollen Guest ikke lagre filer og kan derfor ikke angi passord på en fil.
Viktig: Kun CFX Maestro Dx SE-administratorer kan tilbakestille eller fjerne passord.

50 | CFX Maestro Dx SE-programvarePassordbeskytte en fil
1.

Logg på CFX Maestro Dx SE med Windows-legitimasjonen din.

2.

Åpne den sikre filen.

3.

Velg File > File Passwords (Fil > Filpassord). Dialogboksen File Passwords (Filpassord) vises.

4.

Skriv inn passord i boksen Save Password (Lagre passord) og Open Passwords (Åpne passord).
Tips: Passord vises som standard som stjerner når de skrives inn. Velg Show Password (Vispassord) for å vise passordet mens du skriver det.
Viktig: Passord er følsomme for store og små bokstaver. CFX Maestro Dx SE setter ikke
begrensninger på passord. For beste praksis, se systemadministratoren for krav om passord på
stedet ditt.

5.

Klikk på Set Passwords (Angi passord) for å angi passord og lukke dialogboksen.

6.

Velg File >Save (Fil > Lagre) for å lagre endringene i filen.

Brukerhåndbok | 51

Kapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Fjerne passord
Viktig: Du må være en CFX Maestro Dx SE-administrator for å fjerne passord.
1.

I dialogboksen Password Required (Passord kreves) klikker du Remove Passwords (Fjern passord).

CFX Maestro Dx SE-innloggingsdialogboksen vises.

2.

Oppgi Windows brukernavn og passord for CFX Maestro Dx SE-administrator og klikk OK.
Den originale datafilen vises.
Viktig: Du må lagre filen for å fjerne passordene.

3.

Velg File >Save (Fil > Lagre) for å lagre endringene i filen.

52 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Endre passord
Viktig: Kun CFX Maestro Dx SE-administratorer kan endre passord.
1.

Åpne den sikre filen.

2.

Velg File > File Passwords (Fil > Filpassord). Dialogboksen File Passwords (Filpassord) vises.

Tips: Save Password, Open Password og Show Password (Lagre passord, Åpne passord og
Vis passord) er deaktivert.
3.

Klikk på Reset Passwords (Tilbakestill passord).
CFX Maestro Dx SE-innloggingsdialogboksen vises.

Brukerhåndbok | 53

Kapittel 4 Bruke CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

4.

Oppgi Windows brukernavn og passord for CFX Maestro Dx SE-administrator og klikk OK.
Dialogboksen File Passwords (Filpassord) vises.

5.

6.

Gjør ett av følgende:n

For å tilbakestille passordbeskyttelse, skriv inn et nytt passord i passordboksen.

n

La passordboksene være tomme for å fjerne passordbeskyttelsen.

Klikk på Set Passwords (Angi passord) for å lagre passordendringene og lukke dialogboksen.

54 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 5 Arbeidsområdet
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition har et grensesnitt for å sette opp plater, lage PCRprotokoller, kjøre dem på CFX Opus Dx Deepwell Dx og analysere data fra PCR-kjøringer.
CFX Maestro Dx SE har fem primære arbeidsområder:nStartvinduetnStartup Wizard (Oppstartsveiviser)nVinduet Protocol Editor (Protokollredigering)nVinduet Plate Editor (Plateredigering)nVinduet Data Analysis (Dataanalyse)

Hvert arbeidsområde vises og beskrives kort i dette kapittelet.

Brukerhåndbok | 55

Kapittel 5 Arbeidsområdet

Startvinduet
CFX Maestro Dx SE åpnes i startvinduet og viser Startup Wizard (Oppstartsveiviser), som du kan bruke tilå sette opp et eksperiment, utføre eller gjenta en kjøring, eller analysere en eksisterende kjøring. Fra
startvinduet kan du også vise program- og instrumentlogger, opprette og administrere brukere og fåtilgang til mange nyttige verktøy. Hvis du vil ha mer informasjon, se Kapittel 6, Startvinduet.

56 | CFX Maestro Dx SE-programvareStartup Wizard (Oppstartsveiviser)

Startup Wizard (Oppstartsveiviser)
Bruk Startup Wizard (Oppstartsveiviser) for raskt å sette opp og kjøre brukerdefinerte eksperimenter ellervelge og kjøre et PrimePCR-eksperiment. Du kan også bruke denne veiviseren for å gjenta en kjøring
eller for å analysere kjøredata.

Brukerhåndbok | 57

Kapittel 5 Arbeidsområdet

Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering)
I vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) kan du opprette, åpne, se gjennom og redigere en protokoll.
Du kan også modifisere lokktemperaturen for den åpne protokollen. Funksjonen Protocol Editor(Protokollredigering) beskrives nærmere i Kapittel 7, Opprette protokoller.

58 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Plate Editor (Plateredigering)Vinduet Plate Editor (Plateredigering)
I Plate Editor (Plateredigering) kan du opprette, åpne, gjennomgå og redigere en plate. Funksjonene i
Plate Editor (Plateredigering) er nærmere beskrevet i Kapittel 8, Klargjøre plater.

Brukerhåndbok | 59

Kapittel 5 Arbeidsområdet

Vinduet Data Analysis (Dataanalyse)
I vinduet Data Analysis (Dataanalyse) kan du vise og sammenligne kjøredata, utføre statistiske analyser,
eksportere data og opprette rapporter klare til publisering. Dataanalysefunksjonalitet er beskrevet i
Kapittel 10, Oversikt over dataanalyse og Kapittel 11, Detaljer om dataanalyse.

60 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 6 Startvinduet
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition har et grensesnitt for å utvikle PCR-protokoller, å kjøre
dem fra CFX Dx-systemer og analysere PCR-kjøredata.
Dette kapittelet introduserer CFX Maestro Dx SE og beskriver funksjonene som er tilgjengelige istartvinduet.

Brukerhåndbok | 61

Kapittel 6 Startvinduet

Startvinduet
CFX Maestro Dx SE åpnes i startvinduet og viser Startup Wizard (Oppstartsveiviser), der du kan sette
opp en kjøring, utføre eller gjenta en kjøring, eller analysere en eksisterende kjøring. Fra startvinduet kan
du også vise program- og instrumentlogger, opprette og administrere brukere og få tilgang til mange
nyttige verktøy.

FORKLARING
1.

Programvarens tittellinje viser navnet på programvaren og brukeren som er pålogget.

2.

Denne menylinjen gir rask tilgang til menykommandoene File (Fil), View (Vis), Users (Brukere),Run (Kjør), Tools (Verktøy), Window (Vindu) og Help (Hjelp).

3.

Kommandoene på verktøylinjen gir rask tilgang til menyalternativer.

4.

Venstre rute viser instrumentene som er tilkoblet CFX Maestro Dx SE-datamaskinen, og den
har knapper som kan brukes til å betjene lokket og vise status for instrumentene.

5.

Hovedruten viser arbeidsvinduet. Startup Wizard (Oppstartsveiviser) på startskjermbildet er
standard arbeidsvindu.

62 | CFX Maestro Dx SE-programvareStartvinduet

6.

Statuslinjen viser navnet på de tilkoblede instrumentene og brukeren som er pålogget.

Kommandoer i menyen File (Fil)New (Ny) – åpner en dialogboks der du kan velge å opprette en ny protokoll, plate eller genstudie.
Open (Åpne) – åpner en dialogboks der du kan velge å navigere til og åpne en eksisterende protokoll,
plate, datafil, genstudie, LIMS-fil, kjøring fra et frittstående instrument (stand-alone-kjøring) eller
PrimePCR™-kjørefil.
Recent Data Files (Nylige datafiler) – viser en liste over nylig åpnede PCR-filer.
Repeat a Run (Gjenta en kjøring) – åpner Windows Utforsker til plasseringen med lagrede PCR-filer, derdu kan finne kjøringen som skal gjentas.
Exit (Avslutt) – lukker CFX Maestro Dx SE.

Kommandoer i menyen View (Vis)Application Log (Applikasjonslogg) – viser en logg over bruken av programvaren, fra første installasjon
til i dag.
Run Reports (Kjøringsrapporter) – viser en liste over kjøringsrapporter.
Startup Wizard (Oppstartsveiviser) – viser Startup Wizard (Oppstartsveiviser) i hovedruten.
Run Setup (Kjøringsoppsett) – viser vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) i hovedruten.
Instrument Summary (Instrumentsammendrag) – viser vinduet Instrument Summary(Instrumentsammendrag) i hovedruten.
Detected Instruments (Detekterte instrumenter) – viser/skjuler tilkoblede instrumenter i ruten til venstre.
Som standard viser programvaren tilkoblede instrumenter i ruten til venstre.
Toolbar (Verktøylinje) – viser/skjuler verktøylinjen øverst på skjermen. Som standard viser programvaren
verktøylinjen.
Status Bar (Statuslinje) – viser/skjuler statuslinjen nederst på skjermen. Som standard viser
programvaren statuslinjen.
Show (Vis) – åpner en dialogboks hvor du kannvise eller blokkere statusloggennåpne og vise datamappen for CFX Maestro Dx SEnåpne og vise brukerens datamappenåpne og vise LIMS-filmappen

Brukerhåndbok | 63Kapittel 6 Startvinduetnåpne og vise PrimePCR-mappennvise kjøringshistorikkennvise egenskapene for alle tilkoblede instrumenter

Kommandoer i menyen User (Bruker)
Select User (Velg bruker) – åpner skjermbildet Login (Logg på), der du kan velge en bruker fra
rullegardinmenyen User Name (Brukernavn) og logge på programmet.
Change Password (Endre passord) – åpner dialogboksen Change Password (Endre passord), derbrukerne kan endre passordet sitt.
Merknad: Dette alternativet er deaktivert for CFX Maestro Dx SE. Brukere må endre Windowspassordet for å kunne endre sitt CFX Maestro Dx SE-passord.
User Preferences (Brukerpreferanser) – åpner dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser), derbrukere kan endre standardinnstillingene forn

Sende og motta e-postvarsel ved fullført kjøring

n

Lagre datafilernOpprette protokoller via Protocol Editor (Protokollredigering) eller Protocol AutoWriter(Automatisk protokollskriving)n

Opprette plateoppsettnAnalysere datan

Utføre analyse av genuttrykknBestemme datakvalitetennEksportere CFX-instrumentdata

User Administration (Brukeradministrasjon) – åpner dialogboksen User Administration(Brukeradministrasjon), der administratorer kan opprette brukere, endre rolletillatelser og tilordne roller til
brukere.
Bio-Rad Service Login (Servicepålogging) – kun til bruk av Bio-Rad teknisk servicepersonell. Ikke velg
denne kommandoen.

Kommandoer i menyen Run (Kjøring)User-defined Run (Brukerdefinert kjøring) – åpner vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) der du kan sette
opp en brukerdefinert protokoll og plate, og deretter kjøre et PCR-eksperiment på valgte instrumenter.

64 | CFX Maestro Dx SE-programvareStartvinduet

PrimePCR Run (PrimePCR-kjøring) – åpner fanen Start Run (Start kjøring) i vinduet Run Setup(Kjøringsoppsett) med standard PrimePCR-protokoll og plateoppsett lastet inn basert på det valgte
instrumentet.
End-Point Only Run (Kjøring med kun endepunkt) – åpner fanen Start Run (Start kjøring) i vinduet
Run Setup (Kjøringsoppsett) med standard endepunktprotokoll og plateoppsett lastet inn basert på det
valgte instrumentet.
Qualification Run (Kvalifikasjonskjøring) – åpner fanen Start Run (Start kjøring) i vinduet Run Setup(Kjøringsoppsett) med standard Bio-Rad-kvalifikasjonsprotokoll og plateoppsett lastet inn basert på det
valgte instrumentet.

Kommandoer i menyen Tools (Verktøy)
Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator) – åpner Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator),
der du kan opprette en reaksjonsmiks og skrive ut beregningene.
Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving) – åpner dialogboksen Protocol AutoWriter(Automatisk protokollskriving), der du enkelt kan opprette en ny protokoll.
Ta Calculator (Ta–kalkulator) – åpner Ta Calculator (Ta-kalkulator), der du enkelt kan beregne
hybridiseringstemperaturen til primere.
Dye Calibration Wizard (Veiviser for fargekalibrering) – åpner veiviseren Dye Calibration Wizard(Veiviser for fargekalibrering), der du kan kalibrere et instrument for en ny fluorofor.
Reinstall Instrument Drivers (Installer instrumentdrivere på nytt) – installerer driverne som styrer
kommunikasjonen med Bio-Rads PCR-sanntidssystemer, på nytt.
Zip Data and Log Files (Komprimer data og loggfiler) – åpner en dialogboks der du kan velge filer du vil
komprimere og lagre i en komprimert fil for å oppbevare den eller sende den i en e-post.
Batch Analysis (Batchanalyse) – åpner dialogboksen Batch Analysis (Batchanalyse), der du kan angi
parametere for analysering av mer enn én datafil om gangen.
Options (Alternativer) – åpner en dialogboks der du kannkonfigurere innstillinger for e-postservernkonfigurere eksportinnstillinger for LIMS eller andre datafiler
Tips: Du kan også velge alternativet for automatisk å starte Seegene Viewer ved eksporthvis du velger å eksportere dataene dine i Seegene-format.

nEndre språket som brukergrensesnittet viser (engelsk, kinesisk, russisk)
Viktig: Du må starte CFX Maestro Dx SE på nytt for å vise det valgte språket.

Brukerhåndbok | 65

Kapittel 6 Startvinduet

Viktig: Operativsystemets språk må samsvare med språket du vil vise i CFX Maestro Dx
SE-grensesnittet.

Kommandoer i menyen Help (Hjelp)
Tips: Menyen Help (Hjelp) er tilgjengelig på menylinjen i alle vinduer i CFX Maestro Dx SE.
Contents (Innhold) – viser fanen Contents (Innhold) i hjelpesystemet i CFX Maestro Dx SE.
Index (Indeks) – viser Index-fanen i CFX Maestro Dx SE hjelpesystemet.
Search (Søk) – viser søkefanen i hjelpesystemet i CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Åpne brukerhåndbok) – åpner en PDF av denne håndboken.
Additional Documentation (Tilleggsdokumentasjon) – gir tilgang til CFX Opus Dx PCRsanntidssystemets brukerhåndbok.
Release Notes (Versjonsmerknader) – åpner dokumentet med versjonsmerknader for den installerteversjonen av CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Videoressurser) – åpner et nettsted hvor du kan finne videoressurser, for eksempel
instruksjonsvideoer for Bio-Rad.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Nettsted for qPCR-applikasjoner og -teknologier) –åpner Bio-Rad-nettstedet for qPCR-applikasjoner og -teknologier, hvor du kan lære mer om sanntidsPCR (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Nettsted for qPCR-reagenser) – åpner Bio-Rad-nettstedet for PCR- og qPCRreagenser, hvor du kan bestille PCR-reagenser, supermikser, fargestoffer og kit.
PCR Plastic Consumables Web Site (Nettsted for qPCR-forbruksartikler i plast) – åpner Bio-Radnettstedet for PCR-forbruksartikler i plast, hvor du kan bestille PCR-plater, plateforsegling, rør og lokk, og
annet tilbehør av plast.
Software Web Site (Nettsted for programvare) – åpner Bio-Rad-nettstedet for PCRanalyseprogramvare, hvor du kan bestille oppdaterte versjoner av Bio-Rads CFX Maestro Dx SE.
About (Om) – viser informasjon om opphavsrett og versjon for CFX Maestro Dx SE.

Kommandoer på verktøylinjen– åpner Windows Utforsker, der du kan navigere til og åpne en datafil eller en genstudiefil.

– åpner Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator).

66 | CFX Maestro Dx SE-programvareStartvinduet– åpner vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett).

– åpner vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) med standard PrimePCR-protokollen og
plateoppsettet lastet inn basert på det valgte instrumentet.

– åpner Startup Wizard (Oppstartsveiviser).

Brukerhåndbok | 67

Kapittel 6 Startvinduet

Startup Wizard (Oppstartsveiviser)Når CFX Maestro Dx SE starter, vises Startup Wizard (Oppstartsveiviser) i arbeidsruten. Fra Startup
Wizard (Oppstartsveiviser) kan dunvelge et instrument fra detekterte instrumenter og sette opp en brukerdefinert kjøring eller enPrimePCR-kjøring

nåpne og gjenta en kjøring

nåpne en datafil for å analysere resultatene fra én enkelt kjøring eller en genstudiefil for resultatene fra
flere kjøringer av genuttrykk

Disse oppgavene forklares nærmere i de følgende kapitlene.

Statuslinje
På venstre side av statuslinjen nederst i programvarens hovedvindu vises gjeldende status for dedetekterte instrumentene. På høyre side av statuslinjen vises navnet på gjeldende bruker samt dato og
klokkeslett.

68 | CFX Maestro Dx SE-programvareStartvinduet

Ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter)
Ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) viser alle instrumenter som er koblet til CFX Maestro Dx
SE-datamaskinen. Som standard vises hvert instrument som et ikon, og instrumentets serienummer vises som
dets navn.
Fra denne ruten kan dunVise egenskaper og kalibrerte fargestoffer for et valgt instrument.
Se Vise egenskapene til et instrument på side 72 for mer informasjon om instrumentegenskaper.

nVise status for et tilkoblet instrument.

nÅpne det motordrevne lokket på det valgte instrumentet.

nLukke det motordrevne lokket på det valgte instrumentet.

nVise status for alle tilkoblede instrumenter.

Slik viser du status for et tilkoblet instrumentuVelg ønsket instrument i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter), og gjør ett av
følgende:n

Klikk på View Status (Vis Status) i delen Selected Instrument (Valgt instrument).

n

Høyreklikk og velg View Status (Vis status) på menyen som åpnes.

Dialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer) åpnes og viser fanen Run Status (Kjøringsstatus).
Status for det valgte instrumentet vises under ruten for kjøringsstatus, som for eksempel:

Brukerhåndbok | 69

Kapittel 6 Startvinduet

Slik åpner eller lukker du lokket på et instrumentuVelg ønsket instrument i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter), og gjør ett av
følgende:n

Klikk på Open Lid (Åpne lokk) eller Close Lid (Lukk lokk) i delen Selected Instrument (Valgt
instrument).

n

Høyreklikk og velg ønsket handling på menyen som åpnes.

nÅpne dialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer), velg fanen Run Status (Kjøringsstatus) og
klikk på Open Lid (Åpne lokk) eller Close Lid (Lukk lokk).

Slik viser du status for alle detekterte instrumenteru

Gjør ett av følgende:n

Klikk på View Summary (Vis sammendrag) i delen All Instruments (Alle instrumenter) i ruten
Detected Instruments (Detekterte instrumenter).

nVelg View > Instrument Summary (Vis > Instrumentsammendrag) på menylinjen.

Dialogboksen Instrument Summary (Instrumentsammendrag) åpnes:
Tips: Hvis systemet detekterer kun ett tilkoblet instrument, vises ikke delen All Instruments (Alleinstrumenter) i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter). Velg View > Instrument
Summary (Vis > Instrumentsammendrag) for å vise instrumentsammendraget for ett enkelt
instrument.

70 | CFX Maestro Dx SE-programvareStartvinduet

Kontroller på verktøylinjen Instrument Summary (Instrumentsammendrag)Tabell 5 viser kontrollene og funksjonene på verktøylinjen Instrument Summary(Instrumentsammendrag).
Tabell 5. Kontroller på verktøylinjen Instrument Summary (Instrumentsammendrag)KnappNavn på knapp

FunksjonCreate a new Run (Opprett

Oppretter en kjøring for den valgte

en ny kjøring)blokken ved å åpne vinduet Run Setup(Kjøringsoppsett).

Stop (Stopp)

Stopper den pågående kjøringen på
valgte blokker.

Pause (Sett på pause)

Setter den pågående kjøringen på valgte
blokker på pause.

Resume (Gjenoppta)

Gjenopptar den pågående kjøringen på
valgte blokker.

Flash Block Indicator

Gjør at indikatorlampen på lokket på(Blokkindikatorlampe)

valgte blokker blinker.

Open Lid (Åpne lokk)Åpner det motordrevne lokket på den
valgte blokken.

Close Lid (Lukk lokk)

Lukker det motordrevne lokket på den
valgte blokken.

Hide Selected Blocks

Viser de valgte blokkene på listen(Skjul valgte blokker)

Instrument Summary(Instrumentsammendrag).

Show All Blocks (Vis alle

Viser de valgte blokkene på listen

blokker)

Instrument Summary(Instrumentsammendrag).

Show (Vis)

Velg hvilke blokker som skal vises pålisten. Velg ett av alternativene for å visealle detekterte blokker, alle inaktive
blokker, alle blokker som kjører med
gjeldende bruker eller alle blokker som
kjører.

Brukerhåndbok | 71Kapittel 6 Startvinduet

Vise egenskapene til et instrument
Fra ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) kan du vise detaljer om et valgt instrument,
inkludert egenskapene, status for transportskruen (bare CFX Connect og CFX Touch) og en liste overkalibrerte fargestoffer (fluoroforer).

Slik viser du instrumentegenskaperuI ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) høyreklikker du på ønsket instrument ogvelger Properties (Egenskaper) i menyen som vises.

Fanen Properties (Egenskaper)
Fanen Properties (Egenskaper) viser tekniske detaljer om det valgte instrumentet, inkludert modellen,serienummeret til komponentene og fastvareversjoner. Standardnavnet på instrumentet (serienummeret)vises mange steder, blant annet i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) og i tittellinjen i
dialogboksen Instrument Properties (Instrumentegenskaper). Du kan endre navnet på instrumentet for å
gjøre det enklere å identifisere det.
Merknad: Du kan ikke endre navnet på CFX Opus-instrumentet ved å bruke CFX Maestro.

Fanen Calibrated Dyes (Kalibrerte fargestoffer)
Fanen Calibrated Dyes (Kalibrerte fargestoffer) viser de kalibrerte fluoroforene og platene for det valgte
instrumentet.

Hvis du vil ha mer informasjon om en kalibrering, klikker du på knappen Info i kolonnen Detail (Detaljer).

72 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

Før du begynner
Denne delen forklarer oppgaver du kanskje trenger å utføre før du bruker CFX Maestro Dx SE. Dette
inkluderernOpprette en reaksjonsmastermiksnKalibrere nye fargestoffer

Opprette en reaksjonsmastermiks
Ved hjelp av CFX Maestro Dx SEs Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator) kan du enkelt beregne
det påkrevde volumet for hver komponent i mastermiksen. Du kan skrive ut tabellen med
mastermiksberegninger på standardskriveren, og lagre beregningene for hvert mål til senere bruk.

Slik oppretter du en reaksjonsmastermiks ved hjelp av Master Mix Calculator (Mastermikskalkulator)
1.

Velg én av følgende fremgangsmåter for å åpne Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator):n

Velg Tools > Master Mix Calculator (Verktøy > Mastermiks-kalkulator).

n

Klikk på Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator) på verktøylinjen.

Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator) vises.

Brukerhåndbok | 73

Kapittel 6 Startvinduet

2.

I delen Reaction (Reaksjon) velger du en påvisningsmetode:n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Prober)

3.

Hvis du vil opprette et nytt mål, klikker du på Create New (Opprett ny) i delen Target (Mål). Et nyttmålnavn vises i rullegardinmenyen for mål.

4.

(Valgfritt) Slik endrer du standard målnavn:a.

Uthev målets navn i rullegardinmenyen for mål.

b.

Skriv inn et nytt målnavn i boksen Target (Mål).

c.

Trykk på Enter-tasten.

5.

Juster start- og sluttkonsentrasjonen for forward- og reversprimeren og eventuelle prober.

6.

I delen Master Mix Setup (Mastermiks-oppsett) justerer du verdiene for:n

Number of reactions (Antall reaksjoner) som skal kjøres

74 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynnernReaction volume per well (Reaksjonsvolum per brønn)nTemplate volume (Templatvolum) per brønnnSupermix concentration (Supermiks-konsentrasjon) per brønnnExcess reaction volume (Ekstra reaksjonsvolum) per brønn

7.

(Valgfritt) Utfør trinn 2–6 for nødvendig antall mål.

8.

I delen Choose Target to Calculate (Velg mål som skal beregnes) velger du målet som skalberegnes.
Tips: Du kan beregne kun ett, flere eller alle mål samtidig.
De beregnede volumene av de påkrevde komponentene for hvert mål som er valgt, vises imastermikstabellen.

9.

Klikk på Set as Default (Angi som standard) for å angi kvantitetene som er lagt inn i delene Target(Mål) og Master Mix Setup (Mastermiks-oppsett), som nye standarder.

10. Klikk på OK for å lagre innholdet i dialogboksen Master Mix Calculator (Mastermiks-kalkulator).

Slik skriver du ut tabellen med mastermiksberegningeru

Klikk på Print (Skriv ut) for å skrive ut tabellen med mastermiksberegninger.
Tabellen med beregninger skrives ut på standardskriveren.

Slik lagrer du tabellen med mastermiksberegninger som en PDF
uEndre standardskriveren til en PDF-driver og klikk på Print (Skriv ut) i Master Mix Calculator(Mastermiks-kalkulator).

Slik sletter du mål
uVelg målet i rullegardinmenyen for mål og klikk på Remove (Fjern).
Viktig: Når du fjerner et mål fra mållisten, fjernes det også fra alle mastermiksberegninger det er
blitt brukt i. Vær forsiktig når du sletter et mål.

Kalibrere nye fargestoffer
CFX Opus 96 Dx og CFX Opus Deepwell Dx er fabrikkalibrert for vanlig brukte fluoroforer i hvite og
gjennomsiktige plater. CFX Opus 384 Dx er bare kalibrert for normalt brukte fluoroforer i hvite plater. Tabell
6 viser fluoroforene og kanalen som hvert instrument er kalibrert for.
Merknad: CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx og CFX Opus Deepwell Dx inkluderer også en kanal
dedikert til FRET-kjemi. Denne kanalen krever ikke kalibrering for bestemte fargestoffer.

Brukerhåndbok | 75

Kapittel 6 Startvinduet

Viktig: Hvis du utfører en brukerdefinert kalibrering av et fargestoff som var fabrikkalibrert, bruker
instrumentet den brukerdefinerte kalibreringen i stedet for fabrikkalibreringen.
Tabell 6. Fabrikkalibrerte fluoroforer, kanaler og instrumenter

Fluoroforer

Kanaler

Eksitasjon, nm

Deteksjon, nm

Instrument

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

CFX Opus 96

Green IDx, CFX Opus
384 Dx og CFX
Opus Deepwell
Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

CFX Opus 96

Fluor Gold 540,

Dx, CFX Opus

Cal Fluor Orange

384 Dx og CFX

560

Opus Deepwell
Dx

ROX, Texas Red,3

560–590

610–650

CFX Opus 96

CAL Fluor Red

Dx, CFX Opus

610, TEX 615

384 Dx og CFX
Opus DeepwellDx

Cy5, Quasar 670

4

620–650

675–690

CFX Opus 96
Dx, CFX Opus
384 Dx og CFX
Opus Deepwell
Dx

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5

Kun CFX Opus
96 Dx-systemer

FRET-kjemi (ikke fabrikkalibrert)
Ikke

FRET

450–490560–580

CFX Opus 96

fabrikkalibrert

Dx, CFX Opus

farge

384 Dx og CFX
Opus DeepwellDx

76 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

Slik kalibrerer du nye fargestoffer for CFX-systemene
1.

Velg et målinstrument i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) i startvinduet.

2.

Velg Tools > Calibration Wizard (Kalibreringsveiviser) for å åpne veiviseren for Dye Calibration(Kalibrering av fargestoff).

Fluoroforer som allerede er kalibrert for målinstrumentet, vises i tabellen Calibrated Fluorophores(Kalibrerte fluoroforer).
3.

Velg fluoroforen du vil kalibrere fra rullegardinmenyen i delen Calibrate New (Kalibrer nytt) eller
Existing Fluorophores (Eksisterende fluoroforer).
Hvis fluorofornavnet ikke står på listen, skriver du det inn i tekstboksen for å legge det til på listen.
Viktig: Vær forsiktig når du navngir tilpassede kalibrerte fluoroforene. Hvis du oppretter en
tilpasset fargekalibrering for en fluorofor med samme navn som en fabrikkalibrert fluorofor, vil
den egendefinerte fluoroforen (ikke den fabrikkalibrerte fluoroforen) være den som brukes av
instrumentet under kjøringen.

4.

Velg platetypen for fluoroforen.
Hvis platetypen ikke står på listen, skriver du det inn i tekstboksen for å legge den til på listen.

5.

Velg en kanal for fluoroforen.

6.

Velg en platekolonne for fluoroforen.

Brukerhåndbok | 77Kapittel 6 Startvinduet

7.

(Valgfritt) Skriv inn en farge som skal knyttes til fluoroforen.

8.

Klikk på Add to Plate (Legg til i plate) for å legge til fluoroforen.

9.

(Valgfritt) Gjenta trinn 3–8 for å legge til hvert av fluoroforene du skal kalibrere for platen.

10. Når du er ferdig å legge til fluoroforer, klikker du på View Plate (Vis plate) for å åpne vinduet Pure Dye
Plate Display (Visning av ren fargestoffplate).
Bruk dette vinduet som en veiledning for å tilsette fargestoffene i platene.
11. Klargjør en 96-, 384- eller dypbrønnplate for fargestoffkalibrering:a.

Pipetter fargestoffløsning i hver brønn, og følg mønsteret vist i vinduet Pure Dye Plate Display(Visning av ren fargestoffplate).

b.

For hvert fluorofor fyller du 50 µl (96- eller dypbrønn) eller 30 µl (384-brønnplate) 300 nm
fargestoffløsning i fire brønner. Vær oppmerksom på at minst halve platen inneholder blanke
brønner.

c.

Forsegle platen ved bruk av forseglingsmetoden du vil bruke i eksperimentet.

12. Sett kalibreringsplaten i blokken og lukk lokket.
13. Klikk på Calibrate (Kalibrer) i veiviseren for Dye Calibration (Kalibrering av fargestoff), og klikk
deretter på OK for å bekrefte at platen er i blokken.
14. Når CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition fullfører en kalibreringskjøring, vises en
dialogboks. Klikk på Yes (Ja) for å fullføre kalibreringen og åpne Dye Calibration Viewer(Visningsprogram for fargestoffkalibrering).
15. Klikk på OK for å lukke vinduet.

Angi brukerpreferanser
Tips: Det er ikke nødvendig å utføre disse handlingene for å kunne bruke CFX Maestro Dx SE. Du
kan trygt hoppe over dette avsnittet eller utføre handlingene når som helst senere.
I CFX Maestro Dx SE kan hver bruker tilpasse sitt arbeidsmiljø. I menyen Users > User Preferences(Brukere > Brukerpreferanser) kan du for eksempel gjøre følgende:nSette opp e-postvarsling av fullførte kjøringer
Merknad: Denne funksjonen er bare tilgjengelig for brukere hvis rolle har fått denne retten. Se
Administrere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition-brukerroller på side 43 for mer
informasjon.

nEndre standardinnstillingene forohvor filer skal lagres

78 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynnerofilene for kjøringsoppsettoprefiks ved navngiving av filnAngi standardparameterne som skal brukes når det opprettes en ny protokoll og plate.

nAngi standardparameterne for dataanalyse og genuttrykk.

nTilpasse standardparameterne for kvalitetskontroll.

nTilpasse parametere for dataeksport.

I menyen Tools (Verktøy) kan du gjøre følgende:n

Opprette en mastermiksnKalibrere fargestoffer for et bestemt instrument

Merknad: Mastermiksen og fargestoffkalibreringen er tilgjengelig for alle som logger på
programvaren.
Dette avsnittet forklarer hvordan disse oppgavene utføres.

Sette opp e-postvarsling
CFX Maestro Dx SE kan kobles til serveren for utgående e-post for å sende e-postvarslinger om fullførte
kjøringer til en brukerliste. Du kan også velge å legge ved en datafil og en analyserapport til brukerlisten.
For å sette opp forbindelsen mellom CFX Maestro Dx SE og en SMTP-server, kan du se Koble Security
Edition til en SMTP-server på side 81
Merknad: Hvorvidt en bruker kan sette opp e-postfunksjoner avhenger av brukerrollen og
rettighetene tildelt av administrator. For detaljer om administrasjon av brukere og deres roller, seAdministrere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition-brukerroller på side 43.

Slik setter du opp e-postvarslinger
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).
Dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) åpnes, og fanen Email (E-post) vises.

Brukerhåndbok | 79Kapittel 6 Startvinduet

Merknad: Hvis systemet registrerer at du ikke har satt opp en gyldig SMTP-server for
CFX Maestro Dx SE, får du et varsel om dette. Klikk på Configure Outgoing Email (Konfigurerutgående e-post) for å åpne dialogboksen Options (Alternativer) og konfigurere SMTP-serveren.
Se Koble Security Edition til en SMTP-server på side 81 for mer informasjon.
2.

I tekstboksen To (Til) skriver du inn e-postadressen til alle brukere du ønsker skal få et varsel om
fullført kjøring. Alle mottakere mottar en e-post når kjøringen er fullført.
Merknad: Du må skrive inn hver e-postadresse på en egen linje. Trykk på Enter eller Retur etter
hver adresse.

3.

(Valgfritt) I tekstboksen cc (Kopi) skriver du inn e-postadressen til alle brukere du ønsker skal motta
en kopi av varselet om fullført kjøring.

4.

(Valgfritt) Som standard mottar alle brukere en kopi av datafilen som vedlegg. Fjern merkingen idenne avmerkingsboksen hvis du ikke vil legge ved en kopi av datafilen.

5.

(Valgfritt) Velg Attach Analysis Report (Legg ved analyserapport) for å legge ved en PDF av
analyserapporten i e-posten.

6.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).

Merknad: Du kan muligens konfigurere systemet til å sende et e-postvarsel til mobiltelefonen din,avhengig av tjenesteleverandøren din. Kontakt leverandøren av mobiltelefontjenester for spesifikk
informasjon om e-postadressen til mobiltelefonen din. Skriv inn telefonens e-postadresse (foreksempel 5552221234@din_tjenesteleverandør_e-postdomene.net) i tekstboksen i skjermbildet
User Preferences (Brukerinnstillinger).

Slik redigerer du e-postadressen til en mottakeruModifiser e-postadressen etter behov, og klikk på OK.

80 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

Slik fjerner du en e-postmottaker1.

Velg e-postmottakeren og trykk på tasten Delete (Slett).

2.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

Koble Security Edition til en SMTP-server
Viktig: Noen kommersielle leverandører av nettposttjenester har økt e-postsikkerheten. Hvis dubruker disse kontoene, må du aktivere innstillingen Allow less secure apps (Tillat mindre sikre
apper) i kontoinnstillingene for å gjøre det mulig for CFX Maestro Dx SE å sende e-post. Se
sikkerhetsinformasjonen fra leverandøren av din nettbaserte e-posttjeneste for mer informasjon.
Hvis du bruker Google Gmail eller Microsoft Office 365 SMTP-server for å sende e-post, må du aktivere
en tofaktorautentisering og generere et «App-passord» i Gmail- eller Office365-kontoinnstillingene. For
autentisering i Maestro e-postoppsettdialogen, kopierer og limer du inn "App-passord" i Passord-feltet istedet for vanlig e-postpassord.
Du må opprette en tilkobling fra CFX Maestro Dx SE til e-postserveren før programvaren kan sende epostvarslinger.

Slik kobler du CFX Maestro Dx SE til en e-postserver
1.

Gjør ett av følgende:nVelg User > User Preferences (Bruker > Brukerpreferanser) og klikk på Configure Outgoing
Email (Konfigurer utgående e-post) på fanen Email (E-post).

nVelg Tools > Options (Verktøy > Alternativer).

Dialogboksen Options (Alternativer) vises med fanen Email (E-post).

Brukerhåndbok | 81

Kapittel 6 Startvinduet

2.

Oppgi følgende informasjon for institusjonen din:n

SMTP Server Name (SMTP-servernavn) – navnet på serveren for utgående e-post på
institusjonen din.

nPort – portnummeret for SMTP-serveren. Dette er vanligvis 25.

n

Use SSL (Bruk SSL) – alternativ for Secure Sockets Layer (SSL). Noen SMTP-servere krever
denne innstillingen. Fjern haken fra avmerkingsboksen hvis det ikke kreves på institusjonen din.

n

Use Default “From” Address (Bruk standard Fra-adresse) – navnet på e-postserveren på
institusjonen din. Noen SMTP-servere krever at all e-post som sendes, har en Fra-adresse som
er fra et bestemt domene, for eksempel navn@InstitusjonenDin.com. I så fall fjerner du haken
fra denne avmerkingsboksen og oppgir en gyldig e-postadresse.

nAuthentication Required (Autentisering kreves) – hvis institusjonen din krever
kontoautentisering, må du sjekke at denne avmerkingsboksen er merket.

nUser Name (Brukernavn) – navnet på den autentiserte kontoen. Dette er påkrevd kun dersom
Authentication Required (Autentisering kreves) er valgt.

82 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynnernPassword (Passord) – passordet for den autentiserte kontoen. Dette er påkrevd kun dersom
Authentication Required (Autentisering kreves) er valgt.

Viktig: Hvis du bruker Google Gmail eller Microsoft Office 365 SMTP-server for å sende e-post,
må du aktivere en tofaktorautentisering og deretter generere et «App-passord» i Gmail- eller
Office365-kontoinnstillingene. For autentisering i Maestro e-postoppsettdialogen, kopierer og
limer du inn Passord-feltet i CFX Maestro Dx SE i stedet for vanlig e-postpassord.
Skriv inn en gyldig e-postadresse i tekstboksen Test Email Address (Test e-postadresse) og klikk på
Test Email (Test e-post) for å verifisere at SMTP-serverinnstillingene er riktige.
Merknad: Noen SMTP-servere tillater ikke vedlegg, og andre tillater kun vedlegg opptil en
bestemt størrelse. Hvis du planlegger å sende datafiler og/eller rapporter via e-post ved bruk av
CFX Maestro Dx SE, velger du Test Attachment (Test vedlegg) og stiller Attachment Size
(Vedleggsstørrelse) til 5 megabyte (MB) eller mer.
3.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Endre standard filinnstillinger
I fanen Files (Filer) i dialogboksen User Preference (Brukerpreferanse) kan du endrenStandardplasseringen for lagring av CFX Maestro Dx SE-filernStandardfilene for kjøringsoppsettnStandardparameterne for filnavngiving

Slik endrer du standard filinnstillinger
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

I dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) velger du fanen Files (Filer).

Brukerhåndbok | 83

Kapittel 6 Startvinduet

3.

I standardmappen for delen File Creation (Filopprettelse) navigerer du til og velger enstandardmappe som du vil lagre nye filer i. Du kan velge forskjellig plassering for hver filtype:n

Protocol (Protokoll)

n

Plate

n

Data File (Datafil)nGene Study (Genstudie)

4.

I delen File Selection for Run Setup (Filvalg for kjøringsoppsett) navigerer du til og velgermålprotokollen og platefilene som skal vises når du åpner vinduet Experiment Setup (Oppsett av
eksperiment).

5.

I delen Data File (Datafil) definerer du prefiks og/eller suffiks for datafiler. Velg en ny verdi fra
rullegardinlisten for hver del. Du kan også oppgi egendefinerte prefiks- og suffiksverdier itekstboksene Prefix (Prefiks) og Suffix (Suffiks).
CFX Maestro Dx SE viser en forhåndvisning av filnavnet under valgboksene.

6.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

84 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

Angi standardparametere for protokoll
Slik stiller du inn standardparametere for protokoll for Protocol Editor (Protokollredigering)og Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving)
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

Velg fanen Protocol (Protokoll) i dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).

3.

I delen Protocol Editor (Protokollredigering) spesifiserer du verdier for følgende innstillinger som
vises i Protocol Editor (Protokollredigering):

4.

5.

n

Sample volume (Prøvevolum) – volumet av hver prøve i brønnene (i µl).

n

Lid Shutoff temperature (Lokk-avstengingstemperatur) – temperaturen i ºC der lokkvarmerenslås av under en kjøring.

I delen Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriver) spesifiserer du verdier for følgende
innstillinger som vises i Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriver):n

Annealing temperature (Hybridiseringstemperatur) – temperaturen i ºC for eksperimenter som
bruker iProof DNA-polymerase, iTaq DNA-polymerase eller andre polymeraser.

n

Amplicon length (Amplikonlengde) – lengden av amplikonet i basepar (bp).

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

Brukerhåndbok | 85

Kapittel 6 Startvinduet

Angi standardparametere for plate
Endringer du gjør i fanen Plate, er tilgjengelig for alle brukere av programvaren. Endringer du gjør underplateoppsettet, er tilgjengelig for alle brukere etter at du har lagret og lukket platefilen.
I dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) kan du gjøre følgende:nAngi standardparametere for plate.

nLegg til nye navn på mål, prøve og biologiske grupper i deres respektive biblioteker.

nSlette navn på mål, prøver og biologiske grupper fra deres respektive biblioteker.

Slik angir du plateparametere
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

I dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) velger du fanen Plate.

86 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

3.

Angi verdier for følgende innstillinger for en ny platefil. Disse verdiene vises i vinduet Plate Editor(Plateredigering):nPlatetypen

PlatestørrelsenUnits (Enheter) – konsentrasjonen på start-templatet for brønner som inneholder standarder.
CFX Maestro Dx SE bruker disse enhetene til å opprette en standardkurve i fanen Data Analysis
Quantification (Dataanalyse for kvantifisering).

4.

nScientific notation (Vitenskapelig notasjon) – når denne er valgt, viser CFX Maestro Dx SE
konsentrasjonsenhetene i vitenskapelig notasjon.

nScan mode (Skannemodus) – antall eller type kanaler som skal skannes under en kjøring.

nFluorophores (Fluoroforer) – standardfluoroforene som vises i kontrollene for brønnfylling i
Plate Editor (Plateredigering).

n

Libraries (Bibliotek) – navn på mål, prøver og biologiske grupper du vanligvis bruker ieksperimentene:oTarget names (Målnavn) – navn på målgener og sekvenser.

oSample names (Prøvenavn) – navn på eksperimentprøver eller identifiserende
egenskaper for prøvene (for eksempel Mouse1, Mouse2, Mouse3).

oBiological group names (Biologiske gruppenavn) – navn på grupper med lignende prøver
som har samme behandlingsstatus eller betingelser (for eksempel 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Legge til et nytt navn på mål, prøve eller biologisk gruppeu

I den tilsvarende biblioteksboksen skriver du inn navnet for målet, prøven eller den biologiske
gruppen og klikker på OK.

Slette et navn på mål, prøve eller biologisk gruppeu

I den tilsvarende biblioteksboksen velger du navnet, trykker på tasten Delete (Slett) og klikker
deretter på OK.

Viktig: Navn du fjerner fra biblioteket, fjernes fra programvaren og er ikke lenger tilgjengelig forbrukere. Klikk på Restore Default (Gjenopprett standarder) for å gjenopprette standard CFX Maestro
Dx SE-navn. Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du sletter standard CFX Maestro Dx SE-navn og når duklikker på denne knappen.

Brukerhåndbok | 87Kapittel 6 Startvinduet

Angi standardparametere for dataanalyse
Slik angir du standardparametere for dataanalyse1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

I dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) velger du fanen Data Analysis (Dataanalyse).

3.

I delen Analysis Mode (Analysemodus) velger du modusen du vil bruke til å analysere dataene(enten Fluorophore (Fluorofor) eller Target (Mål)).

4.

I delen PCR Quantification (PCR-kvantifisering) angir du standardparametere for følgende
alternativer:nBaseline Setting (Baselinjeinnstilling) – baselinjemetoden for analysemodus.

n

Cq Determination Mode (Cq-bestemmelsesmodus) – modusen der Cq-verdier beregnes forhver fluorescenskurve (enten regresjon eller enkel terskel).

nThreshold Calc. Mode (Modus for terskelberegning) – mengden av endepunktmål.
Standardverdien er Auto (Automatisk). Det vil si at programvaren beregner endepunktmålet
automatisk. Når du vil angi en bestemt terskel, fjerner du merkingen i avmerkingsboksen Auto
(Automatisk) og legger inn endepunktmengden, beregnet i relative fluorescensenheter (eller

88 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

RFU). Maksimumsverdien er 65 000,00 RFU. Datafiler for etterfølgende kjøringer vil bruke
denne terskelinnstillingen.
nBaseline Calc. Mode (Modus for baselinjekalkulator) – baselinjeverdien for alle kurver.
Standardverdien er Auto (Automatisk). Det vil si at programvaren beregner baselinjen for allekurver automatisk. Når du vil angi en spesifikk baselinjeverdi, fjerner du merkingen iavmerkingsboksen Auto (Automatisk) og legger inn minimums- og maksimumsverdiene forsyklusområdet (1 til 9999). Datafiler for etterfølgende kjøringer vil bruke dette syklusområdet.

n5.

Log View (Loggvisning) – bestemmer hvordan programvaren viser amplifiseringsdataene:o

On (På) – amplifiseringsdataene vises på en halvlogaritmisk graf.

o

Off (Av) – (standard) amplifiseringsdataene vises på en lineær graf.

I delen End Point (Endepunkt) velger du antall endesykluser som skal brukes til å finne gjennomsnitt
under beregning av endepunktberegningene:n

PCR – antall endesykluser som skal brukes til å finne gjennomsnitt for kvantifiseringsdata(standard er 5).

n

End Point Only run (Kjøring av kun endepunkt) – antall endesykluser som skal brukes til åfinne endepunktdata (standard er 2).

6.

I delen Melt Curve (Smeltekurve) velger du typen topp som skal detekteres (enten positiv eller
negativ).

7.

I delen Well Selector (Brønnvelger) velger du hvordan du vil vise brønnetiketter (etter prøvetype,målnavn eller prøvenavn).

8.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

Brukerhåndbok | 89Kapittel 6 Startvinduet

Angi standardparametere for datafil for genuttrykk
Slik angir du standardparametere for en ny datafil for genuttrykk
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

Velg fanen Gene Expression (Genuttrykk) i dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).

3.

Spesifiser verdiene for følgende innstillinger:nRelative to (I forhold til) – lagrer en graf av genuttrykksdataene i forhold til enten en kontroll(utgangspunkt 1) eller null:oZero (Null) – programvaren ignorerer kontrollen. Dette er standarden når ingenkontrollprøve er tilordnet i vinduet Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger).

oControl (Kontroll) – programvaren beregner dataene i forhold til kontrollprøven tilordnet i
vinduet Experiment Setup (Eksperimentoppsett).

nX-axis (X-akse) – lager en graf av prøven eller målet på x-aksen.

nY-axis (Y-akse) – lager en graf for lineær, log2- eller log10-skala på y-aksen.

nScaling (Skalering) – skaleringsalternativet for grafen (standardalternativet er ikke-skalert):oHighest (Høyest) – programvaren skalerer grafen til det høyeste datapunktet.

oHighest (Lavest) – programvaren skalerer grafen til det laveste datapunktet.

oUnscaled (Ikke-skalert) – programvaren presenterer dataene som ikke er skalert i grafen.

nMode (Modus) – analysemodusen, enten relativ kvantitet (∆Cq) eller normalisert uttrykk (∆∆Cq).

nError Bar (Feilsøyle) – datavariabilitet presentert som enten standardavvik (Std. Dev.) eller
standardfeil av gjennomsnitt (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Feillinjemultiplikator) – standardavvikmultiplikatoren som brukes for å lageen graf av feilsøylene (standard er 1).
Du kan øke multiplikatoren til enten 2 eller 3.

nSample Types to Exclude (Prøvetyper som skal ekskluderes) – prøvetypene som skal
ekskluderes fra analysen.
Du kan velge én eller flere prøver som skal ekskluderes fra analysen. Du ekskluderer alle
prøvetyper ved å fjerne eventuelle merker i avmerkingsboksene for valgte prøvetyper.

4.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

90 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

Tilpasse regler for kvalitetskontroll
I CFX Maestro Dx SE kan du angi kvalitetskontrollregler som skal brukes på data i vinduet Data Analysis(Dataanalyse). Programvaren validerer dataene basert på reglene du angir.
Merknad: Alle kvalitetskontrollregler er aktivert som standard.
Tips: I vinduet Data Analysis (Dataanalyse) kan du enkelt ekskludere brønner som ikke består en
kvalitetskontrollparameter, fra analysen i QC-modulen.

Slik tilpasser du kvalitetskontrollregler
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

Velg fanen QC (Kvalitetskontroll) i dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).

Der:n

NTC – ikke-templatkontroll

Brukerhåndbok | 91

Kapittel 6 Startvinduet

3.

4.

n

NRT – uten revers transkriptasekontrollnEfficiency (Effektivitet) – reaksjonseffektivitetn

Std Curve R^2 (Standardkurve R^2) – R-kvadratverdien for standardkurvennReplicate group Cq Std Dev (Replikatgruppe Cq standardavvik) – standardavvik beregnet for
hver replikatgruppe

Velg én av følgende fremgangsmåter for hver kvalitetskontrollregel:nHvis du vil bruke standardverdien, gjør du ingenting.

nHvis du vil endre verdien, klikker du i tekstboksen Value (Verdi), skriver inn en ny verdi og trykker
på Enter-tasten.

n

Hvis du vil deaktivere regelen, fjerner du merket i avmerkingsboksen Use (Bruk).

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

Tilpasse parametere for dataeksport
Du kan eksportere CFX Maestro Dx SE-data i følgende format:nTekst (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Viktig: Datamaskinen din må ha Microsoft Excel installert for at du skal kunne eksportere data til et
Microsoft Excel-regneark.
Du kan spesifisere hvilken type data du vil eksportere, og tilpasse utdataene for de eksporterte dataene.

Slik egendefinerer du parametere for dataeksport
1.

Velg Users > User Preferences (Brukere > Brukerpreferanser) for å åpne dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser).

2.

I dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) velger du fanen Custom Export (Tilpasset
eksport).

92 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Før du begynner

3.

I rullegardinmenyen Export Format (Eksportformat) velger du hvilket format du vil eksportere dataenei.

4.

I delen Data to Export (Data som skal eksporteres) merker du avmerkingsboksene eller fjerner
merkingen i avmerkingsboksene for datatypen(e) som skal eksporteres. De valgte elementene vises
i listeboksen Exported Columns (Eksporterte kolonner).
Merknad: Kjøringsinformasjonen er som standard inkludert i toppteksten. Fjern merkingen idenne avmerkingsboksen hvis du ikke vil inkludere kjøringsinformasjonen.

5.

Du kan endre rekkefølgen for hvordan de valgte elementene skal vises i eksportfilen.
I listeboksen Exported Columns (Eksporterte kolonner) merker du elementet og klikker deretter påpilknappene til venstre for listen for å flytte elementet opp eller ned.

6.

Du kan også endre kolonnenavnene for de valgte elementene i den eksporterte filen.
a.

Klikk på Customize Column Names (Tilpass kolonnenavn).
Dialogboksen Column Name Customizer (Tilpasning av kolonnenavn) åpnes.

b.

For hvert standardkolonnenavn du vil endre, skriver du inn det nye navnet i feltet Custom Name
(Egendefinert navn).

Brukerhåndbok | 93

Kapittel 6 Startvinduetc.

Gjør ett av følgende:n

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til fanen Custom Export (Tilpasset eksport).
Det nye navnet vises i parenteser ved siden av standardkolonnenavnet i listeboksen
Exported Columns (Eksporterte kolonner).

n

Klikk på Cancel (Avbryt) for å forkaste endringene og gå tilbake til fanen Custom Export(Tilpasset eksport).

7.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen.

Viktig: Hvis du klikker på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser), tilbakestilles alle preferansene i alle faner til de opprinnelige
fabrikkinnstillingene. Utvis forsiktighet når du klikker på denne knappen.

94 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 7 Opprette protokoller
En protokoll er et sett med trinn som utføres i en bestemt sekvens. I CFX Maestro Dx-programvare,
Security Edition er alle trinnene knyttet til alternativene på instrumentet. For eksempel gir trinnene
instruksjoner til instrumentet om å kontrollere blokk- og lokktemperatur, bruke en temperaturdifferanseover hele blokken, utføre en plateavlesning eller utføre en smeltekurveanalyse. Hvert alternativ angis forulike plate- og kjøringstyper.
CFX Maestro Dx SE har to alternativer for å opprette protokoller: Protocol Editor og Protocol AutoWriter(Protokollredigering og Protokoll autoskriver).
Protocol Editor (Protokollredigering) har følgende:nstandardprotokoller for rask oppretting av protokollernmulighet til raskt å beregne en gradient for valgte antall radernmulighet til raskt å beregne kjøretid for valgt platetypenmulighet til å redigere protokolltrinnnmulighet til å lagre protokoller for gjenbruk

nmulighet til å skrive ut protokollen på en standardskriver

I henhold til parameterne du angir, genererer Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving)
automatisk en tilpasset PCR-protokoll med varmestart, innledende denaturering, hybridisering og
forlengelsestrinn. Du kan deretter se en grafisk representasjon av den foreslåtte protokollen og redigere,
kjøre eller lagre protokollen.

Brukerhåndbok | 95

Kapittel 7 Opprette protokoller

Parametere og områder for protokolltrinn
Bruk informasjonen i Tabell 7 til å endre standardinnstillingene for trinnene i protokollen.

TemperaturtrinnMåltemperaturen er en verdi på mellom 4 og 100 °C, angitt i tiendedeler av en grad. Systemet stiger til
denne temperaturen og opprettholder verdien i en spesifisert tid (holdetid).

Gradienttrinn
Gradientområdet er forskjellen mellom nedre og øvre temperatur i et gradienttrinn. Maksimalt tillatt
spennvidde er 24 °C. Den lavere temperaturen er en verdi mellom 30 og 99 °C, angitt i tiendedeler av en
grad. Maksimum øvre temperatur er 100 °C. Termosyklusapparatet stiger til måltemperaturgradienten
over blokken og opprettholder temperaturen i en spesifisert holdetid.
Viktig: Instrumentet beregner gradientverdien. Når du skriver inn en verdi i øverste og nederste felt i
gradientkalkulatoren, beregner og tildeler programvaren automatisk temperaturene for de
gjenværende feltene. Når du angir en temperatur i et hvilket som helst felt mellom topp- og
bunnfeltet, beregner instrumentet automatisk de gjenværende feltene. Du kan ikke manuelt angi entemperaturverdi i hvert felt.
Tabell 7. Parametere og områder for protokolltrinn

ParameterOmrådeBeskrivelse

Ramp raten For CFX Opus 96 Dx-systemer:

Instruerer termosyklusapparatet om å(Rampehastighet)

0,1–5 °C per sek.

rampe til måltemperaturen med denn For CFX Opus 384 Dx-

spesifiserte hastigheten i det trinnet.

systemer:

Bare tilgjengelig for temperaturtrinn.

0,1–2,5 °C per sek
n For CFX Opus Deepwell Dxsystemer:0,1–2,5 °C per sek
Increment (Økning)

Et tall fra –10 til 10 °C per syklus i

Instruerer termosyklusapparatet om åtiendedeler av en grad

endre måltemperaturen til et trinn med
hver syklus, der et positivt tall økertemperaturen og et negativt tall senker
temperaturen.
Bare tilgjengelig for temperaturtrinn.

96 | CFX Maestro Dx SE-programvareParametere og områder for protokolltrinn

Tabell 7. Parametere og områder for protokolltrinn, forts.

ParameterOmrådeBeskrivelse

Extend (Utvide)

En tid fra –60 til 60 sek. per syklus

Instruerer termosyklusapparatet om å
utvide holdetiden med hver syklus. Et
positivt tall øker holdetiden, og et negativt
tall reduserer holdetiden.
Tilgjengelig for både temperatur- og
gradienttrinn.

Beep (Pipetone)(Ingen parametere)

Instruerer at termosyklusapparatet avgir
en pipetone for å signalisere at
termosyklusapparatet har nåddmåltemperaturen for det trinnet.
Bare tilgjengelig for temperaturtrinn.

Plate read
(Plateavlesing)(Ingen parametere)

Instruerer termosyklusapparatet om ålegge til en plateavlesing til det valgte
trinnet.
Tilgjengelig for både temperatur- og
gradienttrinn.

Brukerhåndbok | 97

Kapittel 7 Opprette protokoller

Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering)
Bruk Protocol Editor (Protokollredigering) til å opprette, åpne, se gjennom og redigere en protokoll. Som
standard viser Protocol Editor (Protokollredigering) en generell 2-trinns sanntidsprotokoll for en plate med
96 brønner.

FORKLARING
1.

Menylinjen gir hurtigtilgang til menykommandoene File (Fil), Settings (Innstillinger) og Tools(Verktøy).

2.

Verktøylinjen gir hurtigtilgang til funksjoner for når du vil lagre og skrive ut protokollen,
bestemme hvor du skal sette inn et trinn, angi prøvevolum og vise estimert kjøretid for
protokollen.

3.

Hovedruten viser en grafisk fremstilling av protokollen.

4.

Den nedre ruten viser protokollutkastet.

5.

Venstre rute viser protokollkontroller du kan legge til for å tilpasse protokollen.

Kommandoer i menyen File (Fil)
Save (Lagre) – lagrer den gjeldende protokollen.

98 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Protocol Editor (Protokollredigering)

Save As (Lagre som) – lagrer den gjeldende protokollen med et nytt navn eller på en ny plassering.
File Passwords (Filpassord) – gjør det mulig for brukere å angi passord for lagring og filåpning.
Tips: For mer informasjon, se Passordbeskyttelse av filer på side 50.
Close (Lukk) – Lukker Protocol Editor (Protokollredigering).

Kommandoer i menyen Settings (Innstillinger)
Lid Settings (Lokkinnstillinger) – åpner dialogboksen Lid Settings (Lokkinnstillinger), der du kan endre
eller angi lokktemperaturen.

Kommandoer i menyen Tools (Verktøy)
Gradient Calculator (Gradientkalkulator) – åpner en dialogboks, der du kan velge blokktype for et
gradienttrinn. Standard er 96 brønner.
Run time Calculator (Kjøretidskalkulator) – åpner en dialogboks, der du kan velge platetype og
skannemodus for å beregne estimert kjøretid i vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett). Standard er 96
brønner, alle kanaler.

Kommandoer på verktøylinjen– lagrer den gjeldende protokollfilen.

– skriver ut det valgte vinduet.

– bruk denne kommandoen til å velge hvor du vil sette inn trinn i forhold til det
valgte trinnet.

– bruk denne kommandoen for å legge inn et prøvevolum i µl. Prøvevolumene
varierer etter blokktype:n

For en blokk med 96 brønner er området 0–50 µl.

nFor en blokk med 384 brønner er området 0–30 µl.

nFor en blokk med 96 dype brønner er området 0–125 µl.

Brukerhåndbok | 99

Kapittel 7 Opprette protokoller– viser estimert kjøretid basert på protokolltrinnene, rampehastigheten og valgt
blokktype.

– viser informasjon om protokoller.

Kontroller for protokollredigering
Venstre rute i vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) består av kontroller du kan bruke til å opprette
protokoller.
Hver kontroll består av et sett parametere som representerer et trinn i protokollen. Du kan modifisere hver
parameter og legge til eller fjerne dem for å tilpasse protokollen. Dette avsnittet beskriver alternativene ihver av kontrollene.
nInsert Step (Sett inn trinn) – setter inn et trinn før eller etter det valgte
trinnet. Du kan redigere verdiene for temperatur og holdetid, i
protokollens grafiske visning eller i protokollutkastet.

nInsert Gradient (Sett inn gradient) – setter inn et gradienttrinn basert på
typen brønnblokk valgt i gradientkalkulatoren. Du kan redigere
gradientområdet i ruten Gradient, som vises når du setter inn etgradienttrinn.

nInsert GOTO (Sett inn Gå til) – setter inn et syklustrinn (sløyfe), som
informerer programvaren om å gjenta spesifikke trinn i sekvensen for etangitt antall sykluser. Gjentakelsene starter når den første syklusen er
fullført. Du kan for eksempel informere programvaren om å utføre 39
gjentakelser av trinn 2–4. Etter den siste gjentakelsen har programvaren utført trinn 2–4 totalt 40
ganger. Du kan redigere gå-tilbake-til (GOTO (Gå til)-trinnet og antall sykluser i protokollens grafiske
visning eller i protokollutkastet.
nInsert Melt Curve (Sett inn smeltekurve) – setter inn et trinn for avlesning av smeltekurve.

nInsert Plate Read to Step (Sett inn plateavlesning i et trinn) – legger til en kommando forplateavlesning i det valgte trinnet. En plateavlesning måler mengden fluorescens på slutten av en
syklus. Trinnet for plateavlesning er vanligvis det siste trinnet i en GOTO (Gå til)-sløyfe.
Tips: Når du har lagt til en plateavlesningskommando i et trinn, endres knappen til Remove
Plate Read (Fjern plateavlesning) når du velger trinnet.

100 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Protocol Editor (Protokollredigering)nRemove Plate Read (Fjern plateavlesning) – fjerner en kommando for plateavlesning i det valgte
trinnet.
Tips: Når du har fjernet en plateavlesningskommando i et trinn, endres knappen til Add Plate
Read (Legg til plateavlesning) når du velger trinnet.

n

Step Options (Trinnalternativer) – åpner dialogboksen Step Options (Trinnalternativer) og viser detilgjengelige alternativene for det valgte trinnet. Se Step Options (Trinnalternativer) på side 102 fordetaljert informasjon om trinnalternativene.
Tips: Du kan også åpne Step Options (Trinnalternativer) ved å høyreklikket på trinnet i den
grafiske visningen.

nDelete Step (Slett trinn) – sletter det valgte trinnet fra protokollen.

Brukerhåndbok | 101

Kapittel 7 Opprette protokoller

Step Options (Trinnalternativer)Åpne dialogboksen Step Options (Trinnalternativer) for å vise alternativene du kan legge til, endre eller
fjerne fra et trinn.

nPlate Read (Plateavlesning) – når dette alternativet er valgt, legges det til en plateavlesning i trinnet.

nTemperature (Temperatur) – angir måltemperaturen for det valgte trinnet.

n

Gradient – angir gradientområdet for trinnet. Området er 1–24 °C.
Merknad: En gradient kjøres med lavest temperatur fremst i blokken (i dette bildet, rad H) og
høyest temperatur bakerst i blokken (i dette bildet, rad A).

n

Increment (Inkrement) – hvor mye temperaturen skal økes (eller reduseres) med i det valgte trinnet.
Denne verdien legges til måltemperaturen i hver syklus. Området er ±0,1–10 °C.
Merknad: Hvis du vil redusere temperaturen, skriver du inn et minustegn (–) foran den
numeriske verdien (for eksempel –5 °C).

n

Ramp Rate (Rampehastighet) – rampehastigheten for det valgte trinnet. Området avhenger av
blokkstørrelsen.

nTime (Tid) – holdetiden for det valgte trinnet.

102 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Protocol Editor (Protokollredigering)nExtend (Utvid) – tidsperioden (i sekunder) som det valgte trinnet skal utvides eller reduseres med.
Dette alternativet legges til holdetiden i hver syklus. Området er ±1–60 sek.

n

Beep (Pip) – når dette er valgt, høres et pip i løpet av trinnet.
Tips: Når du legger inn et tall som er utenfor alternativets område, vil programvaren endre tallet
til det nærmeste tallet innenfor området.

Brukerhåndbok | 103

Kapittel 7 Opprette protokoller

Opprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)Du kan bruke Protocol Editor (Protokollredigering) til å opprette egendefinerte protokollfiler. Du kan ogsåredigere og lagre tidligere lagrede protokollfiler eller prøveprotokollfiler som leveres sammen med
CFX Maestro Dx SE.
Du oppretter en ny protokollfil på følgende måte:nÅpne en protokollfil i Protocol Editor (Protokollredigering).
Tips: Du kan åpne en ny eller eksisterende protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)nSett opp den nye protokollen.

nLegg til trinn i protokollen via ruten for protokollkontroller.

nRediger egenskapene for trinnene.

nLagre protokollen.

Tips: Se Åpne en eksisterende protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering) på side 105 for å
opprette en ny protokoll fra en tidligere lagret protokollfil eller en prøveprotokollfil.

Åpne en ny protokollfil i Protocol Editor (Protokollredigering)
CFX Maestro Dx SE har flere alternativer for å åpne en ny protokollfil:n

Fra File-menyen (Fil) i startvinduetnFra dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett) i startvinduetn

Fra Startup Wizard-dialogboksen (Oppstartsveiviser) i startvinduet

Slik åpner du en ny protokollfil fra File-menyen (Fil)u

I startvinduet velger du File > New > Protocol (Fil > Ny > Protokoll).
Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) åpnes og viser standardprotokollfilen.
Tips: For informasjon om innstilling av standardprotokoll, se Endre standard filinnstillinger påside 83.

Slik åpner du en ny protokoll fra dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett)1.

I startvinduet gjør du ett av følgende for å åpne dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett):nVelg Run > User-defined Run (Kjøring > Brukerdefinert kjøring).

n

Klikk på User-defined Run Setup (Brukerdefinert kjøringsoppsett) på verktøylinjen.

104 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)

Dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett) åpnes og viser fanen Protocol (Protokoll), som viser
standardprotokollfilen.
2.

Klikk på Create New (Opprett ny).
Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) åpnes og viser standard sanntidsprotokoll.

Slik åpner du en ny protokollfil fra Startup Wizard (Oppstartsveiviser)
1.

Gjør ett av følgende i startvinduet for å åpne Startup Wizard (Oppstartsveiviser) hvis den ikke vises:nVelg View > Startup Wizard (Vis > Oppstartsveiviser).

n

Klikk på Startup Wizard (Oppstartsveiviser) på verktøylinjen.

2.

Velg om nødvendig instrumenttypen fra rullegardinmenyen.

3.

Klikk på User-defined (Brukerdefinert) som kjøringstypen.
Dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett) åpnes og viser fanen Protocol (Protokoll), som viser
standardprotokollfilen.

4.

Klikk på Create New (Opprett ny).
Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) åpnes og viser standard sanntidsprotokoll.

Åpne en ny protokoll fra Run-menyen (Kjør)
1.

I startvinduet gjør du ett av følgende for å åpne dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett):nVelg Run > User-defined Run (Kjøring > Brukerdefinert kjøring).

n

Klikk på User-defined Run Setup (Brukerdefinert kjøringsoppsett) på verktøylinjen.

Dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett) åpnes og viser fanen Protocol (Protokoll), som viser
standardprotokollfilen.
2.

Klikk på Create New (Opprett ny).
Vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) åpnes og viser standard sanntidsprotokoll.

Åpne en eksisterende protokoll i Protocol Editor(Protokollredigering)
CFX Maestro Dx SE inneholder prøveprotokollfiler som du kan redigere og lagre som nye egendefinerte
protokoller. Du kan også opprette en ny protokoll fra en eksisterende egendefinert protokoll.

Brukerhåndbok | 105

Kapittel 7 Opprette protokoller

Slik åpner du en prøveprotokollfil
1.

Velg File > Open > Protocol (Fil > Åpne > Protokoll) i startvinduet.
Windows Utforsker åpnes som standard i mappen CFX Maestro Dx SE Sample files (Prøvefiler).

2.

Åpne mappen Sample files (Prøvefiler). Mappen inneholder følgende undermapper:n

ConventionalProtocols (Konvensjonelle protokoller) – inneholder eksempelprotokollfiler for
tradisjonell PCR-analyse.

n

DataFiles (Datafiler) – inneholder eksempeldatafiler som du kan bruke til å utforske
CFX Maestro Dx SEs funksjoner.

n

MeltCalibration (Smeltekalibrering) – inneholder eksempelprotokollfiler for bruk med Bio-Rads
Precision Melt Analysis-programvare.

nPlates (Plater) – inneholder eksempelplatefiler.

n

RealTimeProtocols (Sanntidsprotokoller) – inneholder eksempelprotokollfiler for sanntids
PCR-analyse.

3.

Åpne protokollmappen for kjøringstypen du har tenkt å utføre, dvs. enten ConventionalProtocols(Konvensjonelle protokoller) eller RealTimeProtocols (Sanntidsprotokoller).

4.

Velg protokollen du vil bruke og klikk på Open (Åpne).
Prøveprotokollen åpnes i vinduet Protocol Editor (Protokollredigering).

5.

Velg File > Save As (Fil > Lagre som) og lagre protokollen med et nytt navn eller i en annen mappe.

Slik åpner du en eksisterende protokoll
1.

Gjør ett av følgende i startvinduet:nVelg File > Open > Protocol (Fil > Åpne > Protokoll), naviger til og velg ønsket protokoll, og klikk
på Open (Åpne).

nÅpne Startup Wizard (Oppstartsveiviser) og gjør ett av følgende:oHvis du vil redigere protokollen som vises, klikker du på Edit Selected (Rediger valgte)oHvis du vil redigere en annen eksisterende protokoll, klikker du på Select Existing (Velgeksisterende) og navigerer til ønsket fil.

Protokollen åpnes i vinduet Protocol Editor (Protokollredigering).
2.

Velg File > Save As (Fil > Lagre som) og lagre protokollen med et nytt navn eller i en annen mappe.

106 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)

Sette opp en ny protokoll
Tips: Hvis protokollfilen inkluderer de nødvendige parametere (for eksempel hvis du redigerer eneksisterende platefil), kan du hoppe over denne delen. Fortsett til Legge til trinn i en protokoll på side109.
Nye protokollfiler krever følgende parametere:nBlock type (Blokktype)n

Scan mode (Skannemodus) for den valgte blokktypenn

Lid temperature (Lokktemperatur)nSample volume (Prøvevolum)

Brukerhåndbok | 107

Kapittel 7 Opprette protokoller

Angi Block Type (Blokktype)
CFX Maestro Dx SE beregner automatisk temperaturøkninger for gradienttrinn basert på blokktypen.
Merknad: Platetypen som angis i Protocol Editor (Protokollredigering), må være den samme som
platen i reaksjonsmodulen.

Slik angir du blokktypeu

I vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) velger du Tools > Gradient Calculator (Verktøy >Gradientkalkulator). Velg deretter relevant platetype i rullegardinmenyen som vises.

Velge Scan Mode (Skannemodus) for valgt Block Type (Blokktype)For å bestemme kjøretiden for protokollen velger du ønsket blokktype og skannemodus.

Slik velger du blokktype og skannemodusuI vinduet Protocol Editor (Protokollredigering) velger du Tools > Run time Calculator (Verktøy >Kjøretidskalkulator). Velg deretter relevant platetype og skannemodus i rullegardinmenyen som
vises.

Justere lokktemperaturen
CFX Maestro Dx SE bruker følgende standard lokktemperaturer:nInstrumenter med 96 brønner og dype brønner – 105 °CnInstrumenter med 384 brønner – 95 °C

Du kan endre standardinnstillingene eller slå av lokkvarmeren avhengig av hva som kreves av
protokollen.

Slik justerer du lokktemperaturen
1.

I vinduet Plate Editor (Plateredigering) velger du Settings > Lid Settings (Innstillinger >Lokkinnstillinger).
Dialogboksen Lid Settings (Lokkinnstillinger) vises.

2.

3.

Gjør ett av følgende:nVelg User Defined (Brukerdefinert) og legg inn en temperaturverdi i tekstboksen.

nVelg Turn Off Lid Heater (Slå av lokkvarmer).

Klikk på OK for å bekrefte endringene og lukke dialogboksen.

108 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)

Angi Sample Volume (Prøvevolum)
Som standard angir CFX Maestro Dx SE prøvevolumet for hver brønn til 25 µl. Prøvevolumene varierer
etter blokktype, for eksempel:n0–50 µl for en blokk med 96 brønner

n0–30 µl for en blokk med 384 brønner

Instrumentet bruker én av to moduser for temperaturkontroll for å bestemme når prøven nårmåltemperaturen i en protokoll:nCalculated mode (Beregningsmodus) – når prøvevolumet er satt til et ikke-null-volum som er egnet
for blokken, beregner instrumentet prøvetemperaturen basert på prøvevolumet. Dette er
standardmodusen.

n

Block mode (Blokkmodus) – når prøvevolumet er satt til null (0) µl, registrerer instrumentet
prøvetemperaturen som den samme som den målte blokktemperaturen.

Slik angir du prøvevolumet for en spesifikk blokku

Skriv inn den riktige verdien i tekstboksen Sample volume (Prøvevolum) på verktøylinjen i vinduet
Plate Editor (Plateredigering).

Tips: Du kan endre standard prøvevolum i dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser). Se
Endre standard filinnstillinger på side 83.

Legge til trinn i en protokoll
Slik legger du til et trinn i en protokoll
1.

Åpne protokollen i vinduet Protocol Editor (Protokollredigering).

2.

Velg hvor det nye trinnet skal settes inn. På verktøylinjen velger du Before (Før) eller After (Etter) irullegardinmenyen Step (Trinn).

3.

På grafen velger du trinnet før eller etter der du vil sette inn det nye trinnet.

4.

Klikk på Insert Step (Sett inn trinn) i ruten til venstre.

5.

Hvis du vil endre temperaturen eller holdetiden, klikker du på standardverdien på grafen eller
protokollutkastet og skriver inn en ny verdi.

6.

(Valgfritt) Klikk på Step Options (Trinnalternativer) i ruten til venstre for å vise dialogboksen Step
Options (Trinnalternativer), og endre de tilgjengelige alternative for det valgte trinnet.
Tips: Dialogboksen Step Options (Trinnalternativer) er tilgjengelig via høyreklikkmenyen i båderuten med grafen og ruten med protokollutkastet.

7.

Klikk på OK og klikk så på Yes (Ja) for å lagre endringene i protokollen.

Brukerhåndbok | 109

Kapittel 7 Opprette protokoller

Dialogboksen Save As (Lagre som) vises.
8.

Skriv inn et navn på den nye protokollfilen i dialogboksen Save As (Lagre som), og klikk på Save
(Lagre).

Sette inn et gradienttrinn
Slik setter du inn et gradienttrinn
1.

Kontroller at platestørrelsen for gradienten er den samme som blokktypen til instrumentet, 96
brønner, 384 brønner eller dype brønner.

2.

Hvis du ikke allerede har gjort det, velger du platestørrelsen for gradienten:
Velg Tools > Gradient Calculator (Verktøy > Gradientkalkulator) og velg ønsket brønntype fra
rullegardinmenyen.

3.

På verktøylinjen velger du enten Before (Før) eller After (Etter) fra rullegardinmenyen Insert Step
(Sett inn trinn).

4.

På grafen eller i utkastruten velger du trinnet før eller etter der du vil sette inn gradienttrinnet.

5.

Klikk på Insert Gradient (Sett inn gradient) i ruten til venstre. Det nye gradienttrinnet utheves på
grafen og i utkastruten, for eksempel:

110 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)Temperaturen i hver rad i gradienten vises i tabellen Gradient i høyre rute.
6.

Når du vil redigere temperaturområdet for gradienten, velger du én av følgende fremgangsmåter:n

Klikk på standardtemperaturen på grafen eller i utkastruten, og angi en ny temperatur.

n

Klikk på Step Options (Trinnalternativer) for å angi gradientområdet i vinduet Step Options(Trinnalternativer).

nEndre områdeverdien i tabellen Gradient.

7.

Når du vil redigere holdetiden, klikker du på standardtiden i grafikk- eller tekstvisningen og angir enny tid.

8.

Klikk på OK og deretter på Yes (Ja) for å lagre endringene.

Sette inn et GOTO-trinn
Merknad: Du kan ikke sette inn et GOTO-trinn i et GOTO-sett, og du kan ikke opprette nøstede
GOTO-løkker.

Slik setter du inn et GOTO-trinn
1.

På verktøylinjen velger du Before (Før) eller After (Etter) i rullegardinmenyen Insert Step (Sett inn
trinn).

2.

I grafen velger du trinnet før eller etter der du vil sette inn GOTO-trinnet.

3.

Klikk på Insert GOTO (Sett inn GOTO) i ruten til venstre.

4.

Hvis du vil redigere GOTO-trinnummeret eller antall GOTO-gjentakelser, velger du standardverdien igrafen eller disposisjonsruten og legger inn en ny verdi.

5.

Klikk på OK og deretter på Yes (Ja) for å lagre endringene.

Sette inn et smeltekurvetrinn
Tips: Du kan ikke sette inn et smeltekurvetrinn i en GOTO-løkke.
Merknad: Smeltekurvetrinnet inneholder en 30 sekunders holdetid i begynnelsen av trinnet som ikke
vises i protokollen.

Slik setter du inn et smeltekurvetrinn
1.

På verktøylinjen velger du Before (Før) eller After (Etter) i rullegardinmenyen Insert Step (Sett inn
trinn).

2.

I grafen velger du trinnet før eller etter der du vil sette inn smeltekurvetrinnet.

Brukerhåndbok | 111

Kapittel 7 Opprette protokoller

3.

Klikk på Insert Melt Curve (Sett inn smeltekurve) i ruten til venstre. Det nye smeltekurvetrinnet
utheves i grafen og disposisjonsruten, for eksempel:

4.

Hvis du vil redigere smeltetemperaturområdet eller intervalltiden, velger du standardverdien i grafen
eller disposisjonsruten og legger inn en ny verdi.

5.

Klikk på OK og deretter på Yes (Ja) for å lagre endringene.

112 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering)

Legge til eller fjerne et plateavlesningstrinn
Tips: Når du har lagt til en plateavlesningskommando i et trinn, endres knappen til Remove Plate
Read (Fjern plateavlesning) når du velger trinnet.

Slik legger du til en plateavlesning i et trinn
1.

På verktøylinjen velger du Before (Før) eller After (Etter) i rullegardinmenyen Insert Step (Sett inn
trinn).

2.

På grafen velger du trinnet før eller etter der du har å tenkt å sette inn plateavlesningstrinnet.

3.

I venstre rute klikker du på Add Plate Read to Step (Legg til plateavlesning i trinn) for å legge til enplateavlesning i det valgte trinnet.

4.

Klikk på OK og deretter på Yes (Ja) for å lagre endringene.

Slik fjerner du en plateavlesning fra et trinnuPå grafen velger du trinnet som inneholder plateavlesningen, og klikker på Remove Plate Read
(Fjern plateavlesning) i venstre rute.

Endre trinnalternativer
Slik endrer du trinnalternativer for et valgt trinn
1.

Velg måltrinnet på grafen eller i utkastruten.

2.

Klikk på Step Options (Trinnalternativer) i ruten til venstre for å vise dialogboksen Step Options(Trinnalternativer).
Du kan også klikke på måltrinnet i enhver rute og velge Step Options (Trinnalternativer) i menyensom åpnes.

3.

Slik kan du legge til, endre eller fjerne alternativer:nAngi en verdi i den relevante tekstboksen.

nRediger en verdi i den bestemte tekstboksen.

nMerk eller fjern merkingen i en avmerkingsboks.

4.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen Step Options (Trinnalternativer).

5.

Klikk på OK og deretter på Yes (Ja) for å lagre protokollen.

Brukerhåndbok | 113

Kapittel 7 Opprette protokoller

Slette et trinn
Viktig: Du kan ikke angre denne funksjonen. Utvis forsiktighet når du sletter trinn.

Slik sletter du et trinn i protokollen
1.

Velg et trinn i diagrammet eller disposisjonsruten.

2.

I venstre rute klikker du på Delete Step (Slett trinn) for å slette det valgte trinnet.

3.

Klikk på OK og deretter på Yes (Ja) for å lagre protokollen.

Kopiere, eksportere eller skrive ut en protokoll
Slik kopierer du en protokollu

Høyreklikk på protokollutkastet og velg Copy Protocol (Kopier protokoll).
Utkastet kan limes inn i en .txt-, .xls-, .doc- eller .ppt-fil.

Slik eksporterer du en protokoll
1.

Høyreklikk på protokollutkastet og velg Export Protocol (Eksporter protokoll).
Dialogboksen Save As (Lagre som) vises.

2.

(Valgfritt) Åpne Windows Utforsker og naviger til mappen du vil lagre protokollfilen i.

3.

I File name (Filnavn) skriver du inn navnet på den eksporterte protokollfilen.

4.

Klikk på Save (Lagre).

Slik skriver du ut en protokollu

Høyreklikk på protokollutkastet og velg Print (Skriv ut).
Protokollutkastet kan skrives ut på standardskriveren din.

114 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en protokoll med Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving)

Opprette en protokoll med Protocol AutoWriter (Automatisk
protokollskriving)
Viktig: Bio-Rad garanterer ikke at kjøring av en protokoll opprettet med Protocol AutoWriter(Automatisk protokollskriving) alltid vil resultere i et PCR-produkt.
Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving) i CFX Maestro Dx SE genererer automatisk
syklusprotokoller basert på de følgende inndataparameterne:nAmplicon length (Amplikonlengde) – den forventede lengden på PCR-produktetnAnnealing temperature (Hybridiseringstemperatur) – reaksjons-Ta for primerne som brukes
Hvis Ta er ukjent, kan du bruke Ta-kalkulatoren til å beregne den automatisk basert på
primersekvensene.
Merknad: Ta justeres ut fra informasjonen om smeltetemperatur (Tm) for primer, som er basert
på det valgte enzymet og protokollhastigheten.

nEnzyme type (Enzymtype) – DNA-polymeraseenzymet (iTaq, iProof DNA-polymerase eller annet)
Hvis du bruker et annet enzym enn iTaq eller iProof DNA-polymerase, kan du legge inn ytterligere
informasjon, inkludert gradientområde, varmestart-aktiveringstid (i sek) og endelig forlengelsestid (i
sek).

n

Run speed (Kjøringshastighet) – reaksjonshastigheten (standard, rask eller ultrarask)
Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving) optimerer protokollen avhengig av den valgte
hastighetsinnstillingen. Den totale kjøringstiden er avhengig av antallet trinn og sykluser,
inkuberingstiden på hvert trinn og tiden det tar å nå uniformitet ved måltemperaturen.

I henhold til parameterne du angir og standard PCR-retningslinjer genererer Protocol AutoWriter(Automatisk protokollskriving) automatisk en tilpasset PCR-protokoll med varmestart, innledende
denaturering, hybridisering og forlengelsestrinn. Du kan deretter se en grafisk representasjon av den
foreslåtte protokollen og redigere, kjøre eller lagre protokollen.

Brukerhåndbok | 115

Kapittel 7 Opprette protokoller

Slik oppretter du en ny protokoll med Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving) i
CFX Maestro Dx SE
1.

I startvinduet velger du Tools > Protocol AutoWriter (Verktøy > Automatisk protokollskriving).
Dialogboksen Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving) vises.

2.

I delen Enter Target Values/Enzyme (Angi målverdier/enzym) gjør du følgende:nAngi hybridiseringstemperaturen (Ta) for primerne, hvis kjent.
Tips: Se Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator) på side 117 for mer informasjon.
Merknad: For informasjon om beregningene som brukes i Ta-kalkulatoren, se Breslauer etal. 1986.

nAngi Amplicon length (Amplikonlengde) i basepar (bp).

nVelg en enzymtype fra listen over alternativer (iTaq DNA polymerase (iTaq DNA-polymerase),
iProof DNA polymerase (iProof DNA-polymerase) eller Other (Annet)).
Tips: Hvis du velger Other (Annet) som enzymtypen, aktiveres parameterne i delen
Additional Parameters (Optional) (Ytterligere parametere (valgfritt)).

116 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator)

3.

Hvis du valgte Other (Annet) som enzymtypen, kan du legge til en eller flere av følgende parametere iprotokollen:nGradient range (Gradientområde)n

Hot start activation temperature (Varmestart-aktiveringstemperatur)nFinal extension time (Endelig forlengelsestid)4.

I delen Type beveger du glidebryteren for å velge en protokollhastighet (Standard, Fast (Rask) eller
Ultrafast (Ultrarask)). CFX Maestro Dx SE justerer den totale kjøretiden.

5.

Velg typen PCR som skal utføres (sanntids-PCR er standardinnstillingen).
Med sanntids-PCR legger CFX Maestro Dx SE til et plateavlesningstrinn for å samle inn
fluorescensdata.

6.

Gå gjennom protokollen i delen Preview (Forhåndsvisning). Du kan gjøre endringer ved behov.

7.

Gjør ett av følgende:n

Klikk på OK for å lagre den nye protokollen. Etter lagring åpnes protokollen i Startup Wizard(Oppstartsveiviser). Klikk på Edit Selected (Rediger valgte) for å gjøre endringer i protokollen.
Du kan for eksempel endre lokktemperaturen og prøvevolumet.

nKlikk på Cancel (Avbryt) for å lukke vinduet uten å lagre protokollen.

Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator)
Når hybridiseringstemperaturen for primeren er ukjent, kan du bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator) til å
beregne verdien. Du kan bruke verdien i Protocol AutoWriter (Automatisk protokollskriving) eller Protocol
Editor (Protokollredigering) til å opprette protokollen.

Om Ta-kalkulatoren
Ta-kalkulatoren beregner Tm-verdien for hver primer samt Ta-verdien for protokollen ved standard
hastighet.
Ta for protokollen er basert på de gjennomsnittlige Tm-primerverdiene med følgende regler anvendt:nHvis forskjellen mellom Tm-primerverdiene er >4 °C, er Ta = (den laveste av de to Tm-primerverdiene+ 2) – 4 °CnHvis forskjellen mellom Tm-verdiene er ≤4 °C, er Ta = (gjennomsnittet av Tm-primerverdiene) – 4 °C

Brukerhåndbok | 117

Kapittel 7 Opprette protokoller

Metode for telling av basepar
For hver primer bruker Ta Calculator (Ta-kalkulator) metoden for telling av basepar for sekvenser på 14
basepar (bp) eller færre.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
der w, x, y og z er antallet av henholdsvis basene A, T, G og C i sekvensen.

Nærmeste nabo-metoden
For sekvenser som er lengre enn 14 bp, brukes nærmeste nabo-metoden. Med nærmeste nabo-metoden
er beregningene for smeltetemperatur basert på det termodynamiske forholdet mellom entropi (ordeneller måling av randomiteten til oligonukleotiden), entalpi (varme avgitt eller absorbert av
oligonukleotiden), fri energi og temperatur.
∆H = ∆G + T* ∆S
der:n∆H = Entalpiverdi, cal/mol*Kn

T = Temperatur, kelvinn∆S = Entropiverdi, cal/mol*Kn∆G = Gibbs fri energi i cal/omol*K

Endringen i entropi og entalpi beregnes direkte ved å legge sammen verdiene for nukleotidparene som
vises i Tabell 8 (Breslauer et al. 1986).
Forholdet mellom fri energi og konsentrasjon av reaktanter og produkter ved likevekt beregnes slik:∆G = R*T*ln ((DNA * Primer)/(DNA + Primer))der R er gasskonstanten (1,986 cal/mol*K).
Ved å substituere G i de to ligningene og løse på T får man
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Primer)/(DNA + Primer)))
med forbehold om at konsentrasjonen av DNA og DNA-primer-kompleks er lik.
Det er fastslått empirisk at det er en endring på 5 kcal fri energi (3,4 kcal) (Sugimoto et al. 1996) underovergangen fra enkeltrådet til B-formet DNA. Dette er antageligvis energien for heliksinitiering. Til slutt
legger man til en justering for salt for å få ligningen som Ta -kalkulatoren bruker:
T = (∆H – 5(kcal/K*mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16,6 log10 (Saltmolaritet)

118 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator)

Ingen justeringskonstant for saltkonsentrasjon trengs, da de ulike parameterne ble bestemt ved 1 M NaClog log10 av 1 er null.
De termodynamiske beregningene antar at hybridisering skjer ved pH 7,0. Tm-beregningene antar atsekvensene ikke er symmetriske og inneholder minst én G eller C.
Oligonukleotidsekvensen skal være minst 14 baser lang for å få rimelige Tm-verdier. Hvis det er mindreenn 14 baser, brukes metoden for telling av basepar (se Tabell 8 nedenfor).
Tabell 8. Breslauer-interaksjonskonstanter

Interaksjon

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Brukerhåndbok | 119

Kapittel 7 Opprette protokoller

Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator)
Slik bruker du Ta Calculator (Ta-kalkulator)
1.

Velg én av følgende fremgangsmåter for å åpne Ta Calculator (Ta-kalkulator):n

Klikk på Ta Calculator (Ta-kalkulator) hvis du arbeider i Protocol AutoWriter (Automatisk
protokollskriving).

nVelg Tools (Verktøy) > Ta Calculator (Ta-kalkulator) i startvinduet.

Dialogboksen Ta Calculator (Ta-kalkulator) vises.

2.

I tekstboksen Forward Primer (Forward-primer) skriver eller limer du inn forward-primersekvensen.
Tips: Du kan også bruke knappene A, T, G og C på venstre side av dialogboksen til å legge inn
sekvensen.

3.

Skriv eller lim inn revers-primersekvensen i tekstboksen Reverse Primer (Revers-primer).

4.

Klikk på Calculate (Beregn).

120 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Bruke Ta Calculator (Ta-kalkulator)

Ta Calculator (Ta-kalkulator) beregner og viser Tm for hver primer og gjennomsnittlige Tm- og Taverdier, for eksempel:

Hvis primer Tm-verdiene er mer enn 4 °C fra hverandre, bruker Protocol AutoWriter (Automatisk
protokollskriving) den laveste primer Tm-verdien + 2 °C som grunnlag for å beregne Ta-verdien, som
du kan modifisere ytterligere ved å endre enzym og reaksjonshastighet.
Ta Calculator (Ta-kalkulator) genererer en hybridiseringstemperatur for standardhastighet med iTaq
DNA-polymerase. Når du bruker et annet enzym, vil hastighetsinnstillingene automatisk justere Ta.
5.

Gjør ett av følgende:nHvis du åpnet Ta Calculator (Ta-kalkulator) fra Protocol AutoWriter (Automatisk
protokollskriving), klikker du på OK. Du kommer da tilbake til Protocol AutoWriter (Automatisk
protokollskriving). Hybridiseringstemperaturen endres automatisk.

nHvis du åpnet Ta Calculator (Ta-kalkulator) fra menyen Tools (Verktøy), registrerer duberegningene og klikker på Cancel (Avbryt) for å lukke kalkulatoren.

Brukerhåndbok | 121

Kapittel 7 Opprette protokoller

122 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 8 Klargjøre plater
En platefil inneholder informasjon om kjøringsparametere slik som skannemodus, fluoroforer og
brønninnhold. Etter kjøringen knytter CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition innholdet i brønnen
til fluorescensdataene som er innsamlet under kjøringen, og bruker egnet analyse i vinduet Data Analysis(Datanalyse). Brønner som for eksempel er lastet med standard prøvetype, brukes til å generere en
standardkurve.
CFX Maestro Dx SE har to alternativer for å opprette plater: Plate Editor (Plateredigering) for sanntids
PCR-kjøringen og Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for normalisert genuttrykksanalyse.
Plate Editor (Plateredigering) inkluderer følgende funksjoner:nStandard fluoroforer og prøvetyper for tilordning til platebrønner

n

Mulighet til å angi referansemål og kontrollprøve for genuttrykksanalysenMulighet til å redigere plateoppsett før, under eller etter en kjøring

n

Mulighet til å lagre platefiler for gjenbruknMulighet til å skrive ut platefilen på en standardskriver

Setup Wizard (Oppsettsveiviser) veileder deg gjennom opprettelse av plateoppsett for analyse av
normalisert genuttrykk. Du kan bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) før, under eller etter en kjøring.

Brukerhåndbok | 123

Kapittel 8 Klargjøre plater

Vinduet Plate Editor (Plateredigering)
Du bruker Plate Editor (Plateredigering) til å opprette egendefinerte plater eller endre eksisterende plater.

FORKLARING
1.

Menylinjen gir rask tilgang til menykommandoene File (Fil) og Settings (Innstillinger) så vel som
verktøy for plateredigering.

2.

Verktøylinjen gir rask tilgang til viktige plateinnlastingsfunksjoner.

3.

Hovedruten viser platedisposisjonen og platealternativene i henhold til gjeldende valg.

4.

Høyre rute viser alternativer du kan bruke for å tilpasse platen.

5.

Den nederste ruten viser platetypen og gir rask tilgang til visningsalternativer.

Kommandoer i menyen File (Fil)
Save (Lagre) – lagrer platedatafilen på plasseringen angitt i fanen File (Fil) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser). Se Endre standard filinnstillinger på side 83 for mer informasjon. Dette
menyelementet er kun tilgjengelig når du oppretter en ny platefil.
Save As (Lagre som) – lagrer den åpne platedatafilen med et nytt navn, som du selv angir. Dette
menyelementet er kun tilgjengelig når du oppretter en ny platefil.
File Passwords (Filpassord) – gjør det mulig for brukere å angi passord for lagring og filåpning.

124 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Plate Editor (Plateredigering)

Extract Plate (Hent ut platefil) – åpner en dialogboks, der du kan hente ut / lagre platefilen (.pltd). Dette
menyelementet er kun tilgjengelig når du viser eller redigerer en eksisterende platefil.
Print (Skriv ut) – skriver ut den åpne platedatafilen.
Close (Lukk) – lukker Plate Editor (Plateredigering).

Kommandoer i menyen Edit (Rediger)
Undo (Angre) – angrer en endring i en platefil, helt til platefilen lagres.
Redo (Gjør om) – reverserer den siste Angre-kommandoen, med mindre platefilen har blitt lagret.

Kommandoer i menyen Settings (Innstillinger)
Plate Size (Platestørrelse) – åpner en dialogboks der du kan velge en platestørrelse for kjøringen.
Merknad: Platestørrelsen må være den samme som blokkstørrelsen på instrumentet som
kjøringen skal utføres på.
Velg 96-brønn for:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Velg 384-brønn for:n

CFX Opus 384 Dx

Plate Type (Platetype) – brukes til å velge brønntypen i platen som inneholder prøvene, enten BR White(BR hvit) eller BR Clear (BR klar). For å sikre nøyaktig dataanalyse må den valgte platetypen være densamme som platetypen som brukes i kjøringen.
Merknad: Du må kalibrere nye platetyper. Se Kalibrere nye fargestoffer på side 75 for mer
informasjon.
Number Convention (Tallkonvensjon) – brukes til å aktivere eller deaktivere alternativet for å viseenheter i vitenskapelig notasjon. Enheter vises i vitenskapelig notasjon som standard.
Units (Enheter) – brukes til å velge enhetene som skal vises i regnearkene når du utfører kvantifisering
av ukjente kontra en standardkurve.

Kommandoer i menyen Editing Tools (Redigeringsverktøy)
Setup Wizard (Oppsettsveiviser) – åpner Setup Wizard (Oppsettsveiviser), der du kan definere oppsettog analyseparametere for den gjeldende platen. Du kan bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) før, undereller etter at en kjøring er fullført.

Brukerhåndbok | 125

Kapittel 8 Klargjøre plater

Spreadsheet View/Importer (Regnearkvisning/-import) – åpner dialogboksen View (Vis), som viser
plateoppsettet som en mal i regnearkformat. Du kan bruke denne dialogboksen til å eksportere eller
importere platemaldata i .csv-format.
Flip Plate (Snu plate) – snur plateinnholdet 180o.

Kommandoer på verktøylinjen
Omgjør en endring for en plate. CFX Maestro Dx SE støtter opptil ti
angrehandlinger
Omgjør den siste angrehandlingen. CFX Maestro Dx SE støtter opptil ti
gjentakelser.
Lagrer den gjeldende platefilen.

Viser en rullegardinmeny, der du kan øke eller redusere forstørrelsen av
platevisningen.
Viser en rullegardinmeny, der du kan velge en skannemodus som angirhvilke kanaler instrumentet skal hente fluorescensdata fra under en
kjøring.
Åpner Well Groups Manager (Administrering av brønngrupper), som dukan bruke til å opprette brønngrupper for den gjeldende platen.
Viser en dialogboks, der du kan velge farger og symboler for
amplifiseringskurvene.
Åpner dialogboksen View (Vis), som viser plateoppsettet som en mal iregnearkformat. Du kan bruke denne dialogboksen til å eksportere eller
importere platemaldata i .csv-format.
Åpner Setup Wizard (Oppsettsveiviser), der du kan definere oppsett og
analyseparametere for den gjeldende platen. Du kan bruke Setup Wizard(Oppsettsveiviser) før, under eller etter en kjøring.
Åpner fanen Plate i dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser),der du kan definere plateoppsettsparametere og opprette eller slettenavn på mål, prøver og biologiske grupper. Endringene du gjør i fanen
Plate, er tilgjengelige neste gang du åpner Plate Editor (Plateredigering).
Viser de nødvendige trinnene for å sette opp en plate og fylle brønnene.

126 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)

Opprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)Du kan bruke Plate Editor (Plateredigering) til å opprette egendefinerte platefiler. Du kan også redigere og
lagre tidligere lagrede platefiler eller prøveplatefiler som leveres sammen med CFX Opus Dx-system.
Du oppretter en ny platefil på følgende måte:nÅpne en platefil i Plate Editor (Plateredigering).

nVelg Plate type (Platetype).
Merknad: Plate type (Platetype) for platefilen må være den samme som platen ireaksjonsmodulen.

nVelg Scan mode (Skannemodus) som skal brukes i protokollen.

nVelg Fluorophores (Fluoroforer) som skal brukes i platen.

nVelg Sample type (Prøvetype), Targets (Mål) og Samples (Prøver).

n

Velg tekniske replikater, hvis aktuelt.

nLagre plateoppsettet.

Tips: Se Åpne en eksisterende platefil i Plate Editor (Plateredigering) på side 129 for å opprette enny plate fra en tidligere lagret platefil eller en prøveplatefil.

Åpne en ny platefil i Plate Editor (Plateredigering)
CFX Maestro Dx SE har flere alternativer for å åpne en ny platefil:n

Fra startvinduetnFra dialogboksen Startup Wizard (Oppstartsveiviser)n

Fra dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett)Slik åpner du en ny platefil fra startvinduetuVelg File > New > Plate (Fil > Ny > Plate).
Vinduet Plate Editor (Plateredigering) åpnes og viser standard platefil for det valgte instrumentet.
Tips: For informasjon om innstilling av standard platefil, se Endre standard filinnstillinger på side
83.

Brukerhåndbok | 127

Kapittel 8 Klargjøre plater

Slik åpner du en ny platefil fra Startup Wizard (Oppstartsveiviser)
1.

Gjør ett av følgende i startvinduet for å åpne Startup Wizard (Oppstartsveiviser) hvis den ikke vises:nVelg View > Startup Wizard (Vis > Oppstartsveiviser).

n

Klikk på Startup Wizard (Oppstartsveiviser) på verktøylinjen.

2.

Velg om nødvendig instrumenttypen fra rullegardinmenyen.

3.

For å opprette en ny plate velger du User-defined (Brukerdefinert) som kjøringstypen.
Dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett) åpnes og viser fanen Protocol (Protokoll).

4.

Klikk på fanen Plate og klikk på Create New (Opprett ny).
Vinduet Plate Editor (Plateredigering) åpnes og viser standard plateoppsett for det valgte
instrumentet.

Slik åpner du en ny platefil fra dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett)1.

I startvinduet gjør du ett av følgende for å åpne dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett):nVelg Run > User-defined Run (Kjøring > Brukerdefinert kjøring).

n

Klikk på User-defined Run Setup (Brukerdefinert kjøringsoppsett) på verktøylinjen.

Dialogboksen Run Setup (Kjøringsoppsett) åpnes og viser fanen Protocol (Protokoll).
2.

Hvis du vil opprette en ny plate, klikker du på fanen Plate og deretter på Create New (Opprett ny).
Vinduet Plate Editor (Plateredigering) åpnes og viser standard plateoppsett for det valgte
instrumentet.

128 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)Åpne en eksisterende platefil i Plate Editor (Plateredigering)
CFX Maestro Dx SE gir prøveplatefiler som du kan redigere og lagre som en ny plate. Du kan ogsåopprette en ny platefil fra en tidligere lagret platefil.

Slik åpner du en prøveplatefil
1.

I startvinduet velger du File > Open > Plate (Fil > Åpne > Plate).
Windows Utforsker (Søk) åpnes i plasseringen for CFX Opus Dx-system Sample (Prøve)-filmappen.

2.

Åpne Sample (Prøve)-filmappen, og åpne deretter Plates (Plater)-mappen.

3.

Velg en platefil og klikk på Open (Åpne).
Prøveplatefilen åpnes i vinduet Plate Editor (Plateredigering).

4.

Velg File > Save As (Fil > Lagre som) og lagre platefilen med et nytt navn eller i en annen mappe.

Slik åpner du en tidligere lagret platefil
1.

Gjør ett av følgende i startvinduet:nVelg File > Open > Plate (Fil > Åpne > Plate), naviger til og velg målplaten, og klikk på Open(Åpne).

nÅpne Startup Wizard (Oppstartsveiviser) og gjør ett av følgende:o

Du redigerer en eksisterende platefil ved å velge Select Existing (Velg eksisterende) og
navigere til målfilen.

o

Du redigerer platefilen som vises ved å klikke på Edit Selected (Rediger valgte).

Målplaten åpnes i vinduet Plate Editor (Plateredigering).
2.

Velg File > Save As (Fil > Lagre som) og lagre platefilen med et nytt navn eller i en annen mappe.

Brukerhåndbok | 129

Kapittel 8 Klargjøre plater

Sette opp en ny platefil
Tips: Hvis platefilen inneholder de nødvendige parametrene (hvis du for eksempel redigerer en
prøve eller eksisterende platefil), kan du hoppe over dette avsnittet. Fortsett til Tilordne valgfrieparametere til platefilen på side 137.
Nye platefiler krever følgende parametere:nPlatestørrelsenPlatetypen

Scan mode (Skannemodus)n

Én fluorofor (fargestoff)n

Én prøvetype

Velge platestørrelse og -type
Viktig: Du må velge en platestørrelse under plateoppsett. Du kan ikke endre platestørrelsen undereller etter en kjøring.
Programvaren anvender platestørrelsen og -typen på alle brønner under kjøringen. Kontroller at valgt
platestørrelse er den samme som for platen du skal bruke under kjøringen.
Bio-Rad CFX Opus Dx er fabrikkalibrert for mange fluorescerende fargestoffer og platekombinasjoner.
Kalibreringen er spesifikk for instrumentet, fargestoffet og platetypen. Kontroller at fluoroforen du skal
bruke er kalibrert for platetypen du velger.
Tips: Velg Tools > Dye Calibration Wizard (Verktøy > Fargekalibreringsveiviser) for å kalibrere en ny
kombinasjon av fargestoff og platetype på et instrument. Se Kalibrere nye fargestoffer på side 75 for
informasjon om kalibrering av fargestoffer og platetyper.

Velge skannemodus
CFX Opus 96 Dx og CFX Opus Deepwell Dx eksiterer og oppdager fluoroforer i fem kanaler (pluss
FRET). CFX Opus 384 Dx eksiterer og oppdager fluoroforer i fire kanaler (pluss FRET). Alle systemer
bruker flere skannemoduser for datainnhenting for å samle inn fluorescensdata under en kjøring.
CFX Maestro Dx SE har tre skannemoduser:n

All Channels (Alle kanaler)oSkanner kanal 1 til 5 på CFX Opus 96 Dx og CFX Opus Deepwell DxoSkanner kanal 1 til 4 på CFX Opus 384 Dx

130 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)nn

SYBR®/FAMoSkanner kun kanal 1oKjører en hurtigskanning

FREToSkanner kun FRET-kanalenoKjører en hurtigskanning

Velge fluoroforer
Viktig: Før du starter kjøringen, kontrollerer CFX-systemerne at fluoroforene du har angitt i platen, er
kalibrert på det aktuelle instrumentet. Du kan ikke kjøre en plate hvis den inneholder fluoroforer som
ikke er kalibrert på instrumentet.
Du må laste inn minst én fluorofor i plateoppsettet før kjøringen. Du kan legge til så mange fluoroforer som
nødvendig på dette tidspunktet, men platen må inneholde minst én fluorofor. De valgte fluoroforene vises
som alternativer for mål i Target Names (Målnavn).
Du bruker dialogboksen Select Fluorophores (Velg fluoroforer) til å laste inn fluoroforer (eller
platefargestoffer) i brønninnlastingskontrollene i Plate Editor (Plateredigering). Fluoroforene som vises i
dialogboksen Select Fluorophores (Velg fluoroforer), avhenger av skannemodusen du velger:n

All Channels (Alle kanaler)
Alle tilgjengelige fluoroforer vises.
Tips: Du kan legge til så mange fluoroforer som nødvendig, men du kan kun laste inn én
fluorofor per kanal i hver brønn.

n

SYBR®/FAM
Kun kanal 1-fluoroforer vises.

n

FRET
Kun kanal 6-fluoroforen vises.
Tips: Kanal 6 FRET-fluoroforen vises kun når FRET er den valgte skannemodusen. Den er ikke
tilgjengelig for skannemodusen All Channels (Alle kanaler).

Merknad: Du kan ikke legge til eller fjerne fluoroforer direkte i dialogboksen Select Fluorophores(Velg fluoroforer). Du må kalibrere nye fluoroforer på et instrument ved hjelp av Dye Calibration
Wizard (Fargestoffkalibreringsveiviseren). Etter kalibrering vil den nye fluoroforen automatisk legges
til i listen. Hvis du vil ha mer informasjon, se Kalibrere nye fargestoffer på side 75.

Brukerhåndbok | 131

Kapittel 8 Klargjøre plater

Velge prøvetyper
Viktig: Du må velge minst én prøvetype som skal tilordnes platebrønnene før kjøringen.
CFX Maestro Dx SE har seks prøvetyper:nUnknown (Ukjent)nStandardn

NTC (ikke-templatkontroll)nPositive Control (positiv kontroll)n

Negative Control (negativ kontroll)n

NRT (uten revers transkriptase)

Du tilordner prøvetypene til platebrønnene.

Sette opp en ny plate
Slik setter du opp en ny plate1.

Åpne en ny plate i vinduet Plate Editor (Plateredigering).

2.

Når du skal angi platestørrelse, velger du Settings > Plate Size (Innstillinger > Platestørrelse) og
deretter velger du ønsket platestørrelse fra rullegardinmenyen.

3.

Når du skal angi platetype, velger du Settings > Plate Type (Innstillinger > Platetype) og derettervelger du BR White (BR hvit) eller BR Clear (BR klar) fra rullegardinmenyen.

4.

Du kan også endre tallkonvensjonen og visningsenhetene i menyen Settings (Innstillinger):nNår du skal endre tallkonvensjonen, velger du Settings > Number Convention (Innstillinger >Tallkonvensjon) og deretter Scientific Notation (Vitenskapelig notasjon).
Tips: Scientific Notation (Vitenskapelig notasjon) er valgt som standard. I dette tilfellet
fjernes standardvalget og tallkonvensjonen angis til standardform når du velger Scientific
Notation (Vitenskapelig notasjon).

n5.

Når du skal endre visningsenheter, velger du Settings > Units (Innstillinger > Enheter) og velger
en ny enhetsverdi.

Når du skal angi skannemodus, velger du ønsket skannemodus fra rullegardinmenyen Scan Mode
(Skannemodus) på verktøylinjen i vinduet Plate Editor (Plateredigering).

132 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)

6.

Velg påkrevde fluoroforer for platen:a.

Klikk på Select Fluorophores (Velg fluoroforer) i høyre rute.
Dialogboksen Select Fluorophores (Velg fluoroforer) åpnes. Du kan se de tilgjengelige
fluoroforene for typen skannemodus du valgte i Trinn 5, for eksempel:b.

Når du skal velge en fluorofor, merker du avmerkingsboksen Selected (Valgt) for denne
fluoroforen.
Tips: Når du skal fjerne en fluorofor fra listen, fjerner du merkingen i avmerkingsboksen
Selected (Valgt) for denne fluoroforen.

c.

Når du skal endre visningsfargen på fluoroforen, klikker du på avmerkingsboksen Color (Farge)
for denne fluoroforen.
Merknad: Fargen du velger, representerer fluoroforen både i vinduet Plate Editor(Plateredigering) og i diagrammet Data Analysis (Dataanalyse).

d.

I dialogboksen Color (Farge) velger du ønsket farge, eller klikker på Define Custom Colors(Definer egendefinerte farger) og oppretter en ny farge som skal representere fluoroforen.

e.

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen Select Fluorophores (Velg fluoroforer).

Brukerhåndbok | 133

Kapittel 8 Klargjøre plater7.

Du må velge minst én brønn for fylling av en prøvetype. Brønn A1 velges som standard.
Velg ett av følgende alternativer i plateruten:n

Du kan fylle flere tilstøtende brønner ved å klikke på en brønn og dra den til målbrønnen.

nDu kan fylle flere brønner som ikke er tilstøtende, ved å holde inne Ctrl-tasten og klikke på hverenkelt brønn.

nDu kan fylle en hel kolonne med den samme prøvetypen ved å klikke på kolonnenummeret.

n

Du kan fylle en hel rad ved å klikke på radnummeret.

n

Du kan fylle hele platen ved å klikke øverst i venstre hjørne av platen.

For eksempel:

8.

Tilordne en prøvetype til den valgte brønnen eller de valgte brønnene fra rullegardinmenyen Sample
Type (Prøvetype).

134 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)

9.

Tilordne minst én fluorofor til alle brønner som inneholder en prøvetype. Du kan tilordne mer enn én
fluorofor til en brønn eller en brønngruppe.
Merknad: Du kan bare tilordne én fluorofor per kanal. Du kan ikke tilordne mer enn én fluorofor
fra den samme kanalen til den samme brønnen.
Tips: Du kan tilknytte et mål til fluoroforen eller tilordne kun fluoroforen til brønnen på dette
tidspunktet og tilknytte et mål til fluoroforen etter at eksperimentet er kjørt.
nNår du skal tilordne kun én fluorofor til de valgte brønnene, merker du avmerkingsboksen Load
(Last inn) for den spesifikke fluroforen i delen Target Names (Målnavn).

nNår du skal tilknytte et mål til en fluorofor, velger du et målnavn fra rullegardinmenyen for den
spesifikke fluoroforen i delen Target Name (Målnavn). Programvaren merker den tilhørende
avmerkingsboksen Load (Last inn) automatisk.

10. For brønner som inneholder prøvetypen Standard, må du fylle på en konsentrasjon. Hver brønn kan
ha forskjellig konsentrasjonsverdi. Som standard fyller CFX Maestro Dx SE en konsentrasjon på
1,00 E+06 i alle brønner med prøvetypen Standard. Om nødvendig kan du endre verdien.
a.

Velg en Standard-brønn eller -brønngruppe i plateruten.

b.

Klikk på Load (Last inn) i delen Concentration (Konsentrasjon) for å fylle verdien i de(n) valgte
brønnen(e).

c.

(Valgfritt) Når du skal fylle på en annen konsentrasjon, skriver du inn den nye verdien itekstboksen Concentration (Konsentrasjon) og trykker på Enter.

d.

Utfør dette trinnet for alle brønner med prøvetypen Standard.
Tips: Når du skal fylle på samme konsentrasjon i alle Standard-brønner, må du kontrollere
at <All> (Alle) vises på rullegardinmenyen under verdien Concentration (Konsentrasjon).
Når du skal fylle på samme konsentrasjonsverdi i alle brønner med en spesifikk fluorofor,
klikker du på rullegardinmenyen og velger fluoroforen.

11. Klikk på OK for å lagre den nye platen.

Brukerhåndbok | 135

Kapittel 8 Klargjøre plater

Høyreklikk på menyelementer for Plate Editor-verktøyet
Tabell 9 viser menyelementene som er tilgjengelige i verktøyet Plate Editor når du høyreklikker på en
brønn i verktøyet. Denne menyen vises også i regnearkvisningen/importen.
Tabell 9. Elementer i høyreklikkmenyen for verktøyet Plate Spreadsheet View/Importer (Plateregnearkvisning/-import)

Element

Funksjon

Copy (Kopier)Kopierer hele regnearket.

Copy as Image (Kopier

Kopierer regnearket som en bildefil.

som bilde)
Print (Skriv ut)

Skriver ut regnearket.

Print Selection (Skriv ut

Skriver ut kun de valgte cellene.

utvalg)Export to Excel

Eksporterer filen til et Excel-regneark.

(Eksporter til Excel)
Export to CSV

Eksporterer filen som en .csv-fil.

(Eksporter til CSV)
Export to Xml

Eksporterer filen som en .xml-fil.

(Eksporter til Xml)
Export to Html

Eksporterer filen som en .html-fil.

(Eksporter til Html)
Find (Søk)

Søker etter bestemt tekst.

Sort (Sorter)

Sorterer regnearket ved å velge opptil tre datakolonner i vinduet
Sort (Sorter).

136 | CFX Maestro Dx SE-programvareTilordne valgfrie parametere til platefilen

Tilordne valgfrie parametere til platefilen
En platefil inneholder informasjon om innholdet i hver brønn som er lastet med prøve for en kjøring. Etter
kjøringen knytter CFX Maestro Dx SE innholdet i brønnen til fluorescensdataene som er innsamlet under
protokollen, og bruker egnet analyse i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).
I CFX Maestro Dx SE kan du tilordne parametere til hver brønn i platen før, under eller til og med etter dukjører eksperimenter. Du kan tilordne parameterne til en eksisterende platefil eller til en ny platefil. Disse
parameterne inkluderer:nTarget names (Målnavn) – interessemålet eller -målene (gener eller sekvenser) i hver lastet brønn.

nSample names (Prøvenavn) – identifikatoren eller tilstanden som tilsvarer prøven i hver lastet
brønn, for eksempel mouse1, mouse2 eller mouse3.

nBiological groups (Biologiske grupper) – identifikatoren eller tilstanden som tilsvarer en gruppe
med brønner, for eksempel 0Hr, 1Hr eller 2Hr.
Tips: Målnavn, prøvenavn og biologiske grupper må være de samme mellom brønnene for å
sammenligne data i fanen Gene Expression (Genuttrykk) i vinduet Data Analysis (Datanalyse).
Hvert navn må inneholde samme tegnsetting, mellomrom og de samme store og små
bokstavene. For eksempel er "Actin" ikke det samme som "actin", "2Hr" er ikke det samme som"2 hr", og "Mouse 1" er ikke det samme som "mouse1." For å sikre konsekvent navngivning,skriver du inn navnene i Libraries-delen i User > User Preferences > Plate (Bruker >Brukerinnstillinger > Plate) som du finner i startvinduet.

nTechnical replicates (Tekniske replikater) – hver brønn som brukes til å analysere samme
kombinasjon av prøve og mål, dvs. repliserte qPCR-reaksjoner.

n

Dilution series (Fortynningsserie) – hvor mye konsentrasjonen skal endres for standardprøvetypen ien replikatgruppe for å opprette standardkurvedata for analyse.

Tilordne et mål til brønner
Tips: Du kan tilordne det samme målnavnet til én eller flere brønner. Du kan også tilordne flere mål til
samme brønn.
Viktig: Hvis du klikker på OK etter at du tilordnet et mål, blir endringene lagret og Undo (Angre) blir
deaktivert på verktøylinjen Plate Editor (Plateredigering). Utvis forsiktighet når du klikker OK.

Slik tilordner du et mål til en brønn eller en brønngruppe
1.

Kontroller i Plate Editor (Plateredigering) at brønnen eller brønngruppen har blitt tilordnet en
prøvetype.
Se Velge prøvetyper på side 132 for informasjon om tilordning av prøvetyper til brønner.

Brukerhåndbok | 137

Kapittel 8 Klargjøre plater2.

Velg brønnen eller brønngruppen i plateruten:nHvis du vil velge en enkelt brønn, klikker du på brønnen.

nHvis du vil velge flere tilstøtende brønner, klikker du på en brønn og drar markøren til ønsket
brønn.

nHvis du vil velge flere ikke-tilstøtende brønner, holder du Ctrl-tasten nede og klikker på hver
brønn.

nHvis du vil velge en hel kolonne med samme prøvetype, klikker du på kolonnenummeret.

nHvis du vil velge en hel rad, klikker du på radnummeret.

3.

I høyre rute velger du et navn i rullegardinmenyen Target Name (Målnavn) for hver valgte fluorofor.

4.

Gjenta Trinn 3 for hver brønn eller brønngruppe du må tilordne et mål til.
Tips: Du kan tilordne det samme eller et annet målnavn for hver valgte fluorofor.

5.

Klikk på OK for å godta endringene og lagre platen.
Merknad: Hvis du endret platen ved en feil, klikker du på Undo (Angre) på verktøylinjen i Plate
Editor (Plateredigering) før du klikker på OK for å godta endringene.

Slik fjerner du et målnavnuHvis du vil fjerne et målnavn fra en valgt brønn eller brønngruppe, fjerner du merket iavmerkingsboksen Load (Last inn).
Viktig: Hvis du fjerner et målnavn fra en brønn, fjerner du også den tilknyttede fluoroforen. Utvis
forsiktighet når du fjerner et målnavn fra en brønn.

Slik legger du til et målnavn i listenuGjør ett av følgende for å legge til et målnavn i rullegardinmenyen:nSkriv inn et navn i rullegardinmenyen Target Name (Målnavn) og trykk på Enter.
Tips: Målnavn som du legger til i én liste, vises i alle andre mållister.

n

Klikk på det grønne pluss-symbolet (+) til høyre for rullegardinmenyen, skriv inn et navn for målet
og trykk på Enter.

138 | CFX Maestro Dx SE-programvareTilordne valgfrie parametere til platefilennKlikk på User Preferences (Brukerpreferanser) på verktøylinjen, og legg til navnet i biblioteket
Target Names (Målnavn) i fanen Plate (Plate).

Viktig: Målnavn som legges til i rullegardinmenyen, er kun tilgjengelige for den aktuelle platen,
og bare hvis du tilordner navnet til en brønn og lagrer plateoppsettet. Hvis du ikke tilordner
navnet til en brønn og lagrer plateoppsettet, lagres ikke navnet og er ikke tilgjengelig for fremtidig
bruk. For permanent å legge til et målnavn må navnet også legges til i biblioteket Target Names(Målnavn) ved bruk av dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser). Navn som legges til
i biblioteket, er tilgjengelige neste gang du åpner Plate Editor (Plateredigering). Se Angi
standardparametere for plate på side 86 for mer informasjon.

Slik sletter du et målnavn fra listen
1.

Klikk på User Preferences (Brukerpreferanser) på verktøylinjen.
Dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) åpnes, og fanen Plate (Plate) vises.

2.

Velg navnet du vil slette under fanen Plate (Plate) i biblioteket Target Names (Målnavn), og trykk påtasten Delete (Slett).

3.

Trykk på OK for å lagre endringer og lukke dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).
Viktig: Du kan ikke slette målnavn som er lagret sammen med en platefil. Egendefinerte navn
du legger til i rullegardinmenyen Target Names (Målnavn), men ikke bruker og lagrer sammen
med platen, fjernes automatisk fra listen. Navn som slettes fra biblioteket Target Names(Målnavn), fjernes automatisk fra programvaren og er ikke lenger tilgjengelig for brukeren. Utvis
forsiktighet når du sletter målnavn.

Tilordne et prøvenavn til brønner
Merknad: Du tilordner et prøvenavn ved å tilordne minst én fluorofor til de valgte brønnene. Hvis devalgte brønnene ikke er tilordnet en fluorofor, deaktiveres rullegardinmenyen Sample Names(Prøvenavn). Se Tilordne et mål til brønner på side 137 for informasjon om tilordning av fluoroforer.
Tips: Du kan kun tilordne ett prøvenavn til hver brønngruppe.

Slik tilordner du et prøvenavn til en brønn eller brønngruppe
1.

Kontroller i Plate Editor (Plateredigering) at brønnen eller brønngruppen har blitt tilordnet en fluorofor.

2.

Velg brønnen eller brønngruppen i plateruten.

3.

I høyre rute velger du et navn i rullegardinmenyen Sample Names (Prøvenavn).
Programvaren merker den tilhørende avmerkingsboksen Load (Last inn) automatisk.

Brukerhåndbok | 139

Kapittel 8 Klargjøre plater

4.

Gjenta Trinn 3 for hver brønn eller brønngruppe du må tilordne et prøvenavn til.

5.

Klikk på OK for å godta endringene og lagre platen.
Merknad: Hvis du endret platen ved en feil, klikker du på Undo (Angre) på verktøylinjen i Plate
Editor (Plateredigering) før du klikker på OK for å godta endringene.

Slik fjerner du et prøvenavnuHvis du vil fjerne et prøvenavn fra en valgt brønn eller brønngruppe, fjerner du merket iavmerkingsboksen Load (Last inn).

Slik legger du til et prøvenavn i listenuGjør ett av følgende for å legge til et prøvenavn i rullegardinmenyen:nSkriv inn et navn i rullegardinmenyen Sample Names (Prøvenavn) og trykk på Enter.

nKlikk på det grønne pluss-symbolet (+) til høyre for rullegardinmenyen, og skriv inn et navn for
prøven.

n

Klikk på User Preferences (Brukerpreferanser) på verktøylinjen, og legg til navnet i biblioteket
Sample Names (Prøvenavn) i fanen Plate (Plate).

Viktig: Prøvenavn som legges til i rullegardinmenyen, er kun tilgjengelige for den aktuelleplaten, og bare hvis du tilordner navnet til en brønn og lagrer plateoppsettet. Hvis du ikke
tilordner navnet til en brønn og lagrer plateoppsettet, lagres ikke navnet og er ikke tilgjengelig for
fremtidig bruk. For permanent å legge til et prøvenavn må navnet også legges til i biblioteket
Sample Names (Prøvenavn) ved bruk av dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).
Navn som legges til i biblioteket, er tilgjengelige neste gang du åpner Plate Editor(Plateredigering). Se Angi standardparametere for plate på side 86 for mer informasjon.

Slik sletter du et prøvenavn fra listen
1.

Klikk på User Preferences (Brukerpreferanser) på verktøylinjen.
Dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) åpnes, og fanen Plate (Plate) vises.

2.

Velg navnet du vil slette under fanen Plate (Plate) i biblioteket Sample Names (Prøvenavn), og trykk
på tasten Delete (Slett).

140 | CFX Maestro Dx SE-programvareTilordne valgfrie parametere til platefilen

3.

Trykk på OK for å lagre endringer og lukke dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).
Viktig: Du kan ikke slette prøvenavn som er lagret sammen med en platefil. Egendefinerte navn
du legger til i listen Sample Names (Prøvenavn), men ikke bruker og lagrer sammen med platen,
fjernes automatisk fra rullegardinmenyen. Navn som slettes fra biblioteket Sample Names(Prøvenavn), fjernes fra programvaren og er ikke lenger tilgjengelig for brukeren. Utvis
forsiktighet når du sletter prøvenavn.

Tilordne biologiske grupper til brønner
Merknad: For å tilordne en biologisk gruppe, må du tilordne de valgte brønnene til minst én fluorofor.
Ved å tilordne en fluorofor aktiveres rullegardinlisten Biological Groups (Biologiske grupper). Se
Tilordne et mål til brønner på side 137 for informasjon om tilordning av fluoroforer.
Tips: Du kan tilordne en biologisk gruppe til hver brønn eller brønngruppe.

Slik tilordner du en biologisk gruppe til en brønn eller brønngruppe
1.

Kontroller i Plate Editor (Plateredigering) at brønnen eller brønngruppen har blitt tilordnet en fluorofor.

2.

Velg brønnen eller brønngruppen i plateruten.

3.

I høyre rute, velg fra rullegardinlisten Biological Group (Biologisk gruppe) .
CFX Maestro Dx SE merker avmerkingsboksen Load (Last inn) automatisk.

4.

Gjenta Trinn 3 for hver brønn eller brønngruppe som du må tilordne en biologisk gruppe.

5.

Klikk på OK for å godta endringene og lagre platen.
Merknad: Hvis du endret platen ved en feil, klikker du på Undo (Angre) på verktøylinjen i Plate
Editor (Plateredigering) før du klikker på OK for å godta endringene.

Fjerne en biologisk gruppeuHvis du vil fjerne en biologisk gruppe fra en valgt brønn eller brønngruppe, fjerner du merket iavmerkingsboksen Load (Last inn).

Legge til en biologisk gruppe i listenuGjør ett av følgende for å legge til en biologisk gruppe i rullegardinlisten:

Brukerhåndbok | 141

Kapittel 8 Klargjøre platern

Skriv inn et navn i rullegardinboksen Biological Group (Biologisk gruppe), og trykk på Enter.

nKlikk på det grønne pluss-symbolet (+) til høyre for rullegardinmenyen, og skriv inn et navn forden biologiske gruppen.

n

Klikk på User Preferences (Brukerpreferanser) på verktøylinjen, og legg til navnet i biblioteket
Biological Group Names (Biologiske gruppenavn) i fanen Plate.

Viktig: Navn på biologiske grupper som legges til i rullegardinmenyen, er kun tilgjengelige forden aktuelle platen, og bare hvis du tilordner navnet til en brønn og lagrer plateoppsettet. Hvis du
ikke tilordner navnet til en brønn og lagrer plateoppsettet, lagres ikke navnet og er ikke
tilgjengelig for fremtidig bruk. For permanent å legge til navnet på en biologisk gruppe må navnet
også legges til i biblioteket Biological Group Names (Biologiske gruppenavn) ved bruk av
dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser). Navn som legges til i biblioteket, er
tilgjengelige neste gang du åpner Plate Editor (Plateredigering). Se Angi standardparametere forplate på side 86 for mer informasjon.

Slik sletter du navnet på en biologisk gruppe fra listen
1.

Klikk på User Preferences (Brukerpreferanser) på verktøylinjen.
Dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser) åpnes, og fanen Plate (Plate) vises.

2.

Velg navnet du vil slette under fanen Plate i biblioteket Biological Group Names (Biologiske
gruppenavn), og trykk på tasten Delete (Slett).

3.

Trykk på OK for å lagre endringer og lukke dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).
Viktig: Du kan ikke slette navn på biologiske grupper som er lagret sammen med en platefil.
Egendefinerte navn du legger til i rullegardinmenyen Biological Group Names (Navn påbiologiske grupper), men ikke bruker og lagrer sammen med platen, fjernes automatisk fra listen.
Navn som slettes fra Biological Names Group Library (Bibliotek over biologiske gruppenavn),
fjernes automatisk fra programvaren og er ikke lenger tilgjengelig for brukeren. Utvis forsiktighetnår du sletter biologiske navn.

Slik viser du alle biologiske grupper på platenuKlikk på Show Biological Groups (Vis biologiske grupper) for å vise alle biologiske grupper på platen.

142 | CFX Maestro Dx SE-programvareTilordne valgfrie parametere til platefilen

Hver gruppe identifiseres av en bestemt farge, og knappen Show Biological Groups (Vis biologiske
grupper) endres til Hide Biological Groups (Skjul biologiske grupper).
Klikk på Hide Biological Groups (Skjul biologiske grupper) for å fjerne fargen i brønnene. Du kan ogsåklikke på en brønn i platen for å skjule biologiske grupper.

Tilordne tekniske replikatnumre til brønner
Viktig: For å tilordne tekniske replikatnumre må innholdet i de valgte brønnene være identisk. Det vil
si at de valgte brønnene må ha samme prøvetype og fluorofor. Hvis relevant, må de også tilordnes
samme mål- og prøvenavn og samme biologiske gruppe. Hvis de ikke er identiske, aktiverer ikke
CFX Maestro Dx SE dette alternativet.

Slik tilordner du tekniske replikatnumre til en brønngruppe
1.

Kontroller i Plate Editor (Plateredigering) at innholdet i brønngruppen er identisk.

2.

Velg målgruppen med brønner i plateruten.

3.

For å tilordne samme replikatnummer til alle valgte brønner går du til Replicate # (Replikatnr.) i høyre
rute, skriver inn replikatnummeret i boksen og velger Load (Last inn).

4.

(Valgfritt) Gjør følgende for å bruke en replikatserie på et sett valgte brønner:a.

Klikk på Technical Replicates (Tekniske replikater). Delen Replicate # (Replikatnr.) endres for å
vise følgende alternativer:n

Replicate size (Replikatstørrelse) – et nummer som representerer antallet brønner i hver
replikatgruppe

Brukerhåndbok | 143

Kapittel 8 Klargjøre platernStarting replicate # (Startreplikatnr.) – det første nummeret i replikatserien for den valgte
replikatgruppen

Merknad: Som standard viser CFX Maestro Dx SE startreplikatnummeret som ett nummer
høyere enn det siste tekniske replikatnummeret tilordnet i platen. For eksempel, hvis det
siste tekniske replikatnummeret i platen er fem, er det neste startnummeret seks. Du kan
endre startnummeret til ethvert nummer som ikke allerede er tilordnet.
n
b.

5.

Innlastingsretning (horisontal eller vertikal)

Klikk på Apply (Bruk) for å bruke parametrene på serien og returnere til visningen Replicate #(Replikatnr.).

Klikk på OK for å godta endringene og lagre platen.
Merknad: Hvis du endret platen ved en feil, klikker du på Undo (Angre) på verktøylinjen i Plate
Editor (Plateredigering) før du klikker på OK for å godta endringene.

Slik fjerner du en brønn fra en replikatserieuVelg brønnen eller brønngruppen som skal fjernes, og fjern merket i avmerkingsboksen Replicate #Load (Last inn replikatnr.).
Alternativt kan du klikke på Clear Replicate # (Fjern replikatnr.) for å fjerne replikatnummeret fra envalgt brønn eller brønngruppe.

Slik viser du alle tekniske replikater på platenuKlikk på Show Technical Replicates (Vis tekniske replikater) for å vise alle tekniske replikater påplatenHver gruppe identifiseres av en bestemt farge, og knappen Show Technical Replicates (Vis tekniske
replikater) endres til Hide Technical Replicates (Skjul tekniske replikater).
Klikk på Hide Technical Replicates (Skjul tekniske replikater) for å fjerne fargen i brønnene. Du kanogså klikke på enhver brønn i platen for å skjule tekniske replikater.

Tilordne en fortynningsserie til standard prøvetyper
Som tidligere nevnt må alle brønner med prøvetypen Standard være tilordnet en konsentrasjonsverdi. Du
kan tilordne en fortynningsserie til flere brønner med prøvetypen Standard.
Merknad: For å tilordne en fortynningsserie til en gruppe med brønner må brønnene være inkludert i
en teknisk replikatserie. Se Tilordne tekniske replikatnumre til brønner på side 143 for informasjonom hvordan du legger til brønner i en replikatserie.

144 | CFX Maestro Dx SE-programvareTilordne valgfrie parametere til platefilen

Slik tilordner du en fortynningsserie til en gruppe standard prøvebrønner
1.

I Plate Editor (Plateredigering) kontrollerer du at følgende krav er oppfylt:nPrøvetypen for brønngruppen er Standard.

nAlle brønner i gruppen er tilordnet minst én fluorofor, og alle inneholder de samme fluoroforene.

nAlle brønner i gruppen er inkludert i samme teknisk replikatserie.
Merknad: CFX Maestro Dx SE aktiverer alternativet Dilution Series (Fortynningsserie) kun
når alle valgte brønner oppfyller disse kriteriene.

2.

Velg målgruppen med brønner i plateruten.

3.

I delen Concentration (Konsentrasjon) i høyre rute klikker du på Dilution Series (Fortynningsserie).
Delen Concentration (Konsentrasjon) endres og viser følgende alternativer:nStarting concentration (Startkonsentrasjon) – konsentrasjonsverdien som serien starter franReplicates from and to (Replikater fra og til) – replikatene i serien som fortynningsfaktoren vil
bli brukt pånDilution factor (Fortynningsfaktor) – mengden som konsentrasjonen skal endres med innenfor
hver replikatgruppe

4.

Angi verdiene for alternativene eller godta standardverdiene.

5.

Fortynningsserien reduseres med fortynningsfaktoren som standard. Velg Increasing (Stigende) forå øke fortynningsserien.

6.

(Valgfritt) Fortynningsfaktoren brukes på alle fluoroforer i replikatserien som standard. Hvis serien
inneholder mer enn én fluorofor og du vil bruke fortynningen på en enkelt fluorofor, velger du den fra
rullegardinmenyen.

7.

Klikk på Apply (Bruk) for å bruke fortynningsserien på brønngruppen og gå tilbake til visningen
Concentration (Konsentrasjon).

8.

Klikk på OK for å godta endringene og lagre platen.

Brukerhåndbok | 145

Kapittel 8 Klargjøre plater

Kopiere brønninnhold til en annen brønn
Du kan kopiere innholdet i en brønn og lime det inn i én eller flere brønner. Du kan imidlertid kun kopiereinnholdet fra én enkelt brønn. Du kan ikke velge flere brønner og kopiere innholdet i disse.

Slik kopierer du innholdet i en brønn til en annen brønn
1.

I plateruten velger du brønnen som skal kopieres.

2.

Høyreklikk på brønnen og velg Copy Well (Kopier brønn).

3.

Velg brønnen eller brønnene som innholdet skal limes inn i:4.

nHvis du vil velge en enkelt brønn, klikker du på brønnen.

nHvis du vil velge flere tilstøtende brønner, klikker du på en brønn og drar markøren til ønsket
brønn.

nHvis du vil velge flere ikke-tilstøtende brønner, holder du Ctrl-tasten nede og klikker på hver
brønn.

Når målbrønnene er valgt, høyreklikker du og velger Paste Well (Lim inn brønn).
CFX Maestro Dx SE limer inn innholdet fra den første brønnen i de valgte brønnene.

Legge til en merknad for en brønn
Du kan legge til en beskrivende merknad for en brønn. Du kan vise brønnmerknadene i fanen
Quantification (Kvantifisering) i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).

Slik legger du til en merknad for en brønn
1.

I plateruten velger du brønnen eller brønnene du vil legge til en merknad for.

2.

I delen View (Visning) i nederste rute velger du Well Note (Brønnmerknad).
Området Well Note (Brønnmerknad) vises i høyre rute.

3.

Skriv inn merknaden i tekstboksen og trykk på Enter.
Teksten vises nederst i de valgte brønnene.
Tips: Hvis du allerede har opprettet en brønnmerknad, kan du velge den fra rullegardinmenyenog bruke den på de valgte brønnene.

146 | CFX Maestro Dx SE-programvareTilordne valgfrie parametere til platefilen

Tømme brønner for alt innhold
Du kan tømme en enkelt brønn, en brønngruppe eller hele platen for alt innhold. Tømming av brønner vil
ikke fjerne fluorescensdata som er samlet inn under plateavlesningen.
Viktig: Når du tømmer en brønn, fjernes alt innholdet i brønnen permanent. Hvis du klikker på OK og
lagrer platen etter at du har tømt en brønn, kan du ikke angre handlingen. Utvis forsiktighet når dutømmer brønner.

Slik tømmer du brønner for alle innstillinger
1.

2.

I Plate Editor (Plateredigering) velger du en brønn eller brønngruppe i plateruten:nHvis du vil velge en enkelt brønn, klikker du på brønnen.

nHvis du vil velge flere tilstøtende brønner, klikker du på en brønn og drar markøren til ønsket
brønn.

nHvis du vil velge flere ikke-tilstøtende brønner, holder du Ctrl-tasten nede og klikker på hver
brønn.

nHvis du vil velge en hel kolonne med samme prøvetype, klikker du på kolonnenummeret.

nHvis du vil velge en hel rad, klikker du på radnummeret.

Klikk på Clear Wells (Tøm brønner) i høyre rute.
CFX Maestro Dx SE tømmer de valgte brønnene for alle innstillinger.

3.

Gjør ett av følgende:nHvis du tømte brønnene ved en feil, klikker du på Undo (Angre) på verktøylinjen i Plate Editor(Plateredigering) før du klikker på OK for å godta endringene.
Viktig: Hvis du klikker på OK før du klikker på Undo (Angre), lagres endringene, og
alternativet Undo (Angre) deaktiveres på verktøylinjen i Plate Editor (Plateredigering).

n

Klikk på OK for å godta endringene og lagre platen.

Brukerhåndbok | 147

Kapittel 8 Klargjøre plater

Endre eksperimentinnstillinger
Bruk dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) til å vise eller endre listen med mål,prøver eller biologiske grupper, eller til å angi genuttrykksanalyse-prøvegruppen som skal analyseres
hvis du har tilordnet biologiske grupper til brønner i platen.
I dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) viser fanen Targets (Mål) en liste medmålnavn for hver PCR-reaksjon, for eksempel målgenet eller gensekvenser av interesse.
Fanen Samples and Biological Groups (Prøver og biologiske grupper) viser en liste med navn på prøver
og biologiske grupper som angir kilden til målet, for eksempel en prøve tatt etter 1 time (1Hr) eller fra etbestemt individ (mouse1).

Slik endrer du plateinnstillinger ved hjelp av dialogboksen Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger)1.

Velg én av følgende fremgangsmåter for å åpne dialogboksen Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger):n

Klikk på Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) i høyre rute i Plate Editor(Plateredigering).

n

Klikk på Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) i fanen Gene Expression (Genuttrykk) i
vinduet Data Analysis (Dataanalyse).

Dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) åpnes i fanen Targets (Mål).

2.

Hvis du vil legge til et nytt navn på et mål, en prøve eller en biologisk gruppe, går du til den relevantefanen, skriver inn et navn i tekstboksen New (Ny) og klikker på Add (Legg til).

148 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Endre eksperimentinnstillinger

3.

Hvis du vil fjerne et eller flere navn på et mål, en prøve eller en biologiske gruppe fra listen, går du til
den relevante fanen, velger elementets avmerkingsboks i kolonnen Select to Remove (Velg for å
fjerne) og klikker på Remove checked item(s) (Fjern avmerkede
elementer).

4.

CFX Maestro Dx SE ekskluderer prøvetypen NTC (ikke-templatkontroll) fra genuttrykksanalysen.
Hvis du vil inkludere NTC-prøvetyper, fjerner du merket i avmerkingsboksen i delen Exclude thefollowing sample types (Ekskludere følgende prøvetyper). Du kan velge å ekskludere følgende
prøvetyper ved å merke av i den relevante avmerkingsboksen:

5.

n

NRT (uten revers transkriptase)n

Negative Control (negativ kontroll)nPositive Control (positiv kontroll)nStandard

I fanen Targets (Mål):a.

Hvis du vil velge et mål som referanse for genuttrykksdataanalyse, velger du det i kolonnen
Reference (Referanse).

b.

Hvis du vil skjule analyseinnstillinger som vil bli brukt i fanen Gene Expression (Genuttrykk) i
vinduet Analysis Settings (Analyseinnstillinger), fjerner du merket i avmerkingsboksen Show
Analysis Settings (Vis analyseinnstillinger).
Programvaren skjuler følgende kolonner:nColor (Farge)nShow Chart (Vis diagram)nAuto Efficiency (Automatisk effektivitet)nEfficiency (%) (Effektivitet (%))

c.

Hvis du vil endre fargen på målet som vises i diagrammet Gene Expression (Genuttrykk), klikker
du på tilhørende celle i kolonnen Color (Farge), velger en ny farge i dialogboksen Color (Farge)og klikker på OK.

d.

Hvis du vil vise målet i den valgte fargen i diagrammet Gene Expression (Genuttrykk), velger dutilhørende avmerkingsboks i kolonnen Show Chart (Vis diagram).

e.

Som standard beregner CFX Maestro Dx SE automatisk den relative effektiviteten for et mål hvis
dataene inkluderer en standardkurve.
Hvis du vil bruke en tidligere bestemt effektivitetsverdi, skriver du inn verdien i tilhørende celle ikolonnen Efficiency (%) (Effektivitet (%)) og trykker på Enter-tasten. CFX Maestro Dx SE sletter

Brukerhåndbok | 149

Kapittel 8 Klargjøre plateravmerkingsboksen Auto Efficiency (Automatisk effektivitet)
6.

I fanen Samples (Prøver) og Biological Groups (Biologiske grupper):a.

Hvis du vil velge en prøve eller biologisk gruppe som kontrollprøve for genuttrykksdataanalyse,
merker du av i avmerkingsboksen i kolonnen Control (Kontroll).

b.

Hvis du vil tilordne kontrolltilstanden til en prøve eller biologisk gruppe for en kjøring, klikker dupå avmerkingsboksen i kolonnen Control (Kontroll).

c.

7.

Hvis det ikke allerede er valgt, klikker du på Show Analysis Settings (Vis analyseinnstillinger) forå vise eller endre analyseparametere som vil bli brukt i fanen Gene Expression (Genuttrykk).
Programvaren skjuler kolonnene Color (Farge) og Show Chart (Vis diagram).

Klikk på OK for å lagre parametrene i dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger)og gå tilbake til vinduet Plate Editor (Plateredigering).

150 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette brønngrupper

Opprette brønngrupper
Brønngrupper deler inn en enkelt plate i delsett med brønner som kan analyseres uavhengig av
hverandre i vinduet Data Analysis (Dataanalyse). Når brønngrupper er satt opp, velger du én i vinduet
Data Analysis (Dataanalyse) for å analysere dataene som en uavhengig gruppe. Du kan for eksempel
sette opp brønngrupper for å analysere flere eksperimenter kjørt på én plate, eller for å analysere hver
brønngruppe med forskjellig standardkurve.
Merknad: Standard brønngruppe er All Wells (Alle brønner).

Slik oppretter du brønngrupper
1.

Velg én av følgende fremgangsmåter for å åpne Well Groups Manager (Administrering av
brønngrupper):n

Klikk på Well Groups (Brønngrupper) på verktøylinjen i Plate Editor (Plateredigering).

n

Klikk på Manage Well Groups (Administrer brønngrupper) i vinduet Data Analysis(Dataanalyse).

Dialogboksen Well Groups Manager (Administrering av brønngrupper) vises.

2.

Klikk på Add (Legg til) for å opprette en ny gruppe. Rullegardinmenyen viser gruppenavnet som
Group 1 (Gruppe 1) for den første gruppen.

Brukerhåndbok | 151

Kapittel 8 Klargjøre plater3.

Velg brønnene til brønngruppen i platevisningen ved å klikke og dra over gruppen med brønner.
Valgte brønner vises i blått i Manager (Administrering).

4.

(Valgfritt) Hvis du vil endre navnet på gruppen, velger du navnet i rullegardinmenyen og skriver inn et
nytt navn.

5.

(Valgfritt) Hvis du vil slette en brønngruppe, velger du navnet i rullegardinmenyen og klikker påDelete (Slett).

6.

Klikk på OK for å avslutte og lukke vinduet, eller klikk på Cancel (Avbryt) for å lukke vinduet uten å
gjøre endringer.

Elementer i høyreklikkmenyen for dialogboksen Well Groups Manager(Administrering av brønngrupper)
Tabell 10 viser menyelementene som er tilgjengelige i Well Groups Manager (Administrering av
brønngrupper) når du høyreklikker på en brønn.
Tabell 10. Høyreklikk på menyelementene i dialogboksen Plate Editor Well Groups
Manager (Plateredigering brønngruppebehandling)

Element

Funksjon

Copy (Kopier)Kopierer innholdet i brønnen, som deretter kan limes inn ien annen brønn eller flere andre brønner.

Copy as Image (Kopier som

Kopierer brønnvelgervisningen som et bilde.

bilde)
Print (Skriv ut)

Skriver ut brønnvelgervisningen.

Print Selection (Skriv ut utvalg)

Skriver ut kun de valgte cellene.

Export to Excel (Eksporter til

Eksporterer dataene til et Excel-regneark.

Excel)
Export to CSV (Eksporter til

Eksporterer dataene som et kommaseparert dokument.

CSV)
Export to Xml (Eksporter til Xml)

Eksporterer dataene som et .xml-dokument.

Export to Html (Eksporter til

Eksporterer dataene som et .html-dokument.

Html)

152 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Endre kurvestiler

Endre kurvestiler
Under plateoppsett og mens en kjøring pågår, kan du endre fargen og stilen på amplifiseringskurvene. Du
kan deretter enkelt vise kurvene i vinduet for sanntidsstatus etter hvert som dataene samles inn.

Slik endrer du kurvestiler
1.

Klikk på Trace Styles (Kurvestiler) på verktøylinjen i Plate Editor (Plateredigering).
Dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler) vises for den åpne platen, for eksempel:

2.

Hvis du vil vise kurvestilene etter en bestemt fluorofor, velger du den fra rullegardinmenyen
Fluorophores (Fluoroforer).

3.

Slik endrer du kurvevisningen:a.

Velg kurvetypen fra rullegardinmenyen Wells (Brønner).

b.

Klikk på fargen i kolonnen Color (Farge).

c.

I dialogboksen Color (Farge) som vises, velger du en annen farge for kurven og klikker på OK.
CFX Maestro Dx SE viser fargeendring for brønntypen i rutenettet.

d.

(Valgfritt) Velg et symbol for kurven fra rullegardinmenyen Symbols (Symboler).

4.

Hvis du vil endre fargesettet raskt, klikker du på det relevante valget i delen Color Quick Set(Hurtigfargesett).

5.

Hvis du vil vise brønnetiketter i rutenettet, velger du etikettypen i delen Well Labels (Brønnetiketter).

Brukerhåndbok | 153

Kapittel 8 Klargjøre plater

6.

Klikk på OK for å lagre endringer, eller på Cancel (Avbryt) for å avbryte endringer.

154 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Vise, eksportere og importere platen i regnearkformat

Vise, eksportere og importere platen i regnearkformat
Verktøyet Spreadsheet View/Importer (Regnearkvisning/-import) viser innholdet i en plate iregnearkformat. Visningen gir muligheten til å vise, importere og eksportere brønndata som beskrevet
nedenfor.

Bruke regnearkvisningen til å eksportere og importere platedata
Fra regnearkvisningen kan du eksportere målnavn, prøvenavn, biologisk gruppenavn og brønnnotater
som en mal i et tabulatordelt format til et program som Microsoft Excel. Du kan også importere disse
dataene fra et tabulatordelt program til en forhåndsdefinert plate fra en eksperimentinformasjonsfil.

Slik bruker du verktøyet Spreadsheet View/Importer (Regnearkvisning/-import)
1.

Opprett og lagre en platefil (se Opprette en platefil ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering)).

2.

På verktøylinjen i Plate Editor (Plateredigering) klikker du på fanen Spreadsheet View/Importer(Regnearkvisning/-import) for å åpne dialogboksen Plate Spreadsheet View (Visning av
plateregneark).

3.

(Valgfritt) Klikk på boksene Show Biological Set Name og Show Well Note (Vis biologisk settnavn og
Vis brønnnotat) for å vise disse kolonnene i regnearkvisningen og i den eksporterte filen.

4.

Klikk på Export Template (Eksporter mal) for å opprette en tom mal i en Excel-fil (.csv-format). Den
eksporterte filen vil vise samme layout som platen din.
Tips: Bruk platefilnavnet når du lagrer platefilene dine for å enkelt identifisere filen.

5.

Fyll ut cellene i Excel-filen med brønninnholdet.

Brukerhåndbok | 155

Kapittel 8 Klargjøre plater

Merknad: Du kan bare redigere innholdet i en celle i en kolonne som har en stjerne (*) ved siden
av kolonnenavnet (*Target Name, *Sample Name, *Biological Group Name, *Well Note(*Målnavn, *Prøvenavn, *Biologisk gruppenavn, *Brønnmerknad).
Merknad: Du kan ikke legge til verdier i kolonnene Standard Curve og Quantity (Standardkurve
og Kvantitet) i den eksporterte Excel-filen. For å endre disse dataene, gå tilbake til Plate Editorog velg Settings > Units (Innstillinger > Enheter) i menylinjen. Når platekjøringen er fullført, vises
dataene fra disse standardene i diagrammet Standard Curve (Standardkurve) i fanen
Quantification (Kvantifisering) i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) med enhetene du har valgt.
6.

Importer den utfylte Excel-filen tilbake til Plate Editor ved å klikke på Import-knappen. De importerte
platedataene vises i Plate Spreadsheet View-vinduet (Platearkvisning).
Viktig: Hvis du har flere fluoroforer, må du utføre trinn 3–5 for hver fluorofor ved å bruke
rullegardinmenyen Flours List i platearkvisningen.

7.

Klikk på OK-knappen. De nye platedataene vises nå i Plate Editor-vinduet.

Tips: Du kan se menyelementer som er tilgjengelige i regnearkvisningen/importeringsverktøyet når
du høyreklikker på en brønn i verktøyet eller på en av tabelloverskriftene i platearkvisningen.

156 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette et plateoppsett ved hjelp av Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for plater

Opprette et plateoppsett ved hjelp av Setup Wizard(Oppsettsveiviser) for plater
Du kan bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) til å angi plateoppsettinformasjonen som er påkrevd foranalyse av normalisert genuttrykk, inkludert:nMålnavnnPrøvenavnnPlassering av mål og prøve på platennReferansegen(er)nKontrollprøve

Du kan bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) før, under eller etter en kjøring.

Bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for plater
Dette avsnittet forklarer hvordan du oppretter et plateoppsett ved bruk av Setup Wizard(Oppsettsveiviser) for plater. For enklere visning av innholdet i hver brønn i platen kan du klikke på Zoom
Plate (Zoom inn plate) øverst i Setup Wizard (Oppsettsveiviser).
Viktig: Plateoppsettet tilbakestilles hvis du går tilbake til fanen Auto layout (Auto-oppsett) mens dubefinner deg i en annen fane i Setup Wizard (Oppsettsveiviser). Utvis forsiktighet når du velger
denne fanen.
Tips: Du kan tilbakestille oppsettet ved å velge Tools > Clear Plate (Verktøy > Tøm plate) i Setup
Wizard (Oppsettsveiviser).

Slik bruker du Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for plater1.

Åpne Plate Editor (Plateredigering).

2.

Gjør ett av følgende for å åpne oppsettsveiviseren:nVelg Editing Tools > Setup Wizard (Verktøy > Oppsettsveiviser).

n

Klikk på Setup Wizard (Oppsettsveiviser) på verktøylinjen i Plate Editor (Plateredigering).

Setup Wizard (Oppsettsveiviser) åpnes og viser fanen Auto layout (Auto-oppsett).

Brukerhåndbok | 157

Kapittel 8 Klargjøre plater3.

I fanen Auto layout (Auto-oppsett) gjør du følgende:a.

Klikk på en brønn i rutenettet og dra den på tvers og ned for å angi det området på platen du skal
fylle i en prøve.

b.

Angi antall mål og prøver som skal fylles i.
Tips: Antall mål og prøver må tilsvare antall valgte celler. Hvis det angitte antallet ikke
passer i det valgte området, må du endre antallet eller utvalgsområdet på platen. Du kan
angi retningen på elementene på platen og på elementenes gruppering.

c.

(Valgfritt) Endre plateretningen. Du kan for eksempel angi mål i kolonner og prøver i rader, eller
gruppere etter prøver.

d.

Klikk på Next (Neste) for å fortsette til fanen Target names (Målnavn).

Merknad: Hvis plateoppsettet ikke har et jevnt mønster, bruker du fanen Target names(Målnavn) til manuelt å plassere målene eller fanen Sample names (Prøvenavn) til manuelt åplassere prøvene, på platen. Klikk og dra for å velge flere brønner.
4.

Angi målnavn for målgruppene i fanen Target names (Målnavn):a.

Gjør ett av følgende:nAngi Select by (Velg etter) til Target (Mål) for å gi målene nytt navn etter gruppe.

nAngi Select by (Velg etter) til Well (Brønn) for å gi målene nytt navn etter brønn.

158 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette et plateoppsett ved hjelp av Setup Wizard (Oppsettsveiviser) for platerb.

Velg en målgruppe eller brønn i rutenettet, og skriv inn et navn i rullegardinmenyen Target name(Målnavn).
Tips: Trykk på tabulatortasten for å velge neste gruppe eller brønn mot høyre, eller trykk påEnter for å velge neste gruppe eller brønn under. I fanene Target name (Målnavn) og
Sample name (Målnavn) kan du også velge flere ikke-tilstøtende brønner ved å holde inne
Ctrl-tasten på tastaturet og klikke på de brønnene du ønsker.

c.

Klikk på Next (Neste) for å fortsette til fanen Sample names (Prøvenavn).

5.

Angi prøvenavn for prøvegruppene i fanen Sample names (Prøvenavn).

6.

Klikk på Next (Neste) for å fortsette til fanen Reference targets (Referansemål).

7.

I fanen Reference targets (Referansemål) velger du ett eller flere mål som skal brukes som
referanser for normalisert genuttrykk. Klikk på Next (Neste) for å gå videre til fanen Control Sample(Kontrollprøve).

8.

I fanen Control sample (Kontrollprøve) velger du én prøve som skal brukes som en kontroll for
beregninger av relativt genuttrykk.

9.

Klikk på OK for å lagre plateoppsettet og gå tilbake til Plate Editor (Plateredigering), der du kan angi
flere plateparametere. Se Tilordne valgfrie parametere til platefilen på side 137 for mer informasjon.
Du kan også klikke på Previous (Forrige) for å gå tilbake til en tidligere fane for å gjøre ønskede
endringer.
Merknad: Platen tilbakestilles hvis du går tilbake til fanen Auto layout (Auto-oppsett). Utvis
forsiktighet når du klikker på Previous (Forrige).

Brukerhåndbok | 159

Kapittel 8 Klargjøre plater

160 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 9 Kjøre eksperimenter
Dette kapittelet forklarer hvordan du kjører egendefinerte (brukerdefinerte) eller PrimePCR analyseforsøk
ved hjelp av CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition.
En kjøredatafil inneholder protokollen og plateinformasjonen for kjøringen. Filen inneholder også dataene
fra analysene som CFX Maestro Dx SE utfører når kjøringen er fullført.
CFX Maestro Dx SE gjør det lett å sette opp og kjøre brukerdefinerte eller PrimePCR-eksperimenter.
Vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) veileder deg gjennom de vanlige trinnene for å sette opp eteksperiment, hvilket tar deg til dialogboksen Start Run (Start kjøring), der du starter kjøringen.

Brukerhåndbok | 161

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett)Vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) gir rask tilgang til filene og innstillingene som kreves for å sette opp
og kjøre et eksperiment. Når du velger å kjøre et brukerdefinert eksperiment, åpnes vinduet Run Setup(Kjøringsoppsett) og viser fanen Protocol (Protokoll). Når du velger å kjøre et PrimePCR-eksperiment,åpnes vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) og viser fanen Start Run (Start kjøring).
Tips: Se Utføre PrimePCR-eksperimenter på side 179 for informasjon om PrimePCR; se Fanen
Start Run (Start kjøring) på side 169 for informasjon om fanen Start Run (Start kjøring).

162 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Run Setup (Kjøringsoppsett)

FORKLARING
1.

Faner som gir deg veiledning under oppsett og kjøring av eksperimenter:n Fanen Protocol (Protokoll) – velg en eksisterende protokoll du vil kjøre eller
redigere, eller opprett en ny protokoll i Protocol Editor (Protokollredigering).
n Fanen Plate – velg en eksisterende plate du vil kjøre eller redigere, eller oppretten ny plate i Plate Editor (Plateredigering).
n Fanen Start Run (Start kjøring) – vis eksperimentinnstillinger, velg én eller flere
instrumentblokker og start kjøringen.

2.

Hovedvinduet viser alternativene for hver fane etter hvert som du bruker dem.

3.

Navigeringsknapper fører deg til fanen Start Run (Start kjøring).

Åpne vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett)Slik åpner du kjøringsoppsettvinduetu

Gjør ett av følgende:n

I fanen Run setup (Kjøringsoppsett) i Startup Wizard (Oppstartsveiviser) klikker du på enten
User-defined (Brukerdefinert) eller PrimePCR .

nPå verktøylinjen i startvinduet klikker du på enten User-defined Run Setup (Brukerdefinert
kjøringsoppsett) eller PrimePCR Run Setup (PrimePCR-kjøringsoppsett).

n

I startvinduet klikker du på Run > User-defined Run (Kjør > Brukerdefinert kjøring) eller Run >PrimePCR Run (Kjør > PrimePCR-kjøring).

Brukerhåndbok | 163

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Fanen Protocol (Protokoll)
Fanen Protocol (Protokoll) viser en forhåndsvisning av protokollfilen du ønsker å kjøre. En protokollfil
inneholder instruksjoner for trinnene for instrumenttemperatur samt instrumentalternativer som
kontrollerer rampehastigheten, prøvevolumet og lokktemperaturen.

Som standard viser programvaren protokollen som er definert i File Selection (Filutvalg) for delen Run
Setup (Kjøringsoppsett) i fanen Files (Filer) i dialogboksen User > User Preferences (Bruker >Brukerpreferanser). Du kan endre standardprotokollen i dialogboksen User Preferences(Brukerpreferanser). Se Endre standard filinnstillinger på side 83 for mer informasjon.
I fanen Protocol (Protokoll) kan dunopprette en ny protokoll som skal kjøresnvelge en eksisterende protokoll som skal kjøres eller redigeres

Se Kapittel 7, Opprette protokoller for mer informasjon om hvordan du oppretter og modifiserer
protokoller.

Slik oppretter du en ny protokoll
1.

Klikk på Create New (Opprett ny) i fanen Protocol (Protokoll).
Protocol Editor (Protokollredigering) åpnes.

164 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Protocol (Protokoll)

2.

Bruk Protocol Editor (Protokollredigering) til å opprette en ny protokoll.

3.

Klikk på OK for å lagre protokollen og gå tilbake til fanen Protocol (Protokoll) i Run Setup(Kjøringsoppsett).

4.

Vis protokollinformasjonen, og velg én av følgende fremgangsmåter:n

Hvis informasjonen er riktig, velger du Next (Neste) for å fortsette til fanen Plate.

nHvis informasjonen er feil, velger du Edit Selected (Rediger valgt) for å gå tilbake til vinduet
Protocol Editor (Protokollredigering). Gjør redigeringer i protokollen, lagre endringene og klikk
deretter på Next (Neste) i fanen Protocol (Protokoll) for å fortsette til fanen Plate.

Slik velger du en eksisterende protokoll
1.

I fanen Protocol (Protokoll) velger du én av følgende fremgangsmåter:n

Klikk på Select Existing (Velg eksisterende), og naviger til en eksisterende protokoll.

nKlikk på Express Load (Hurtigfylling), og velg en protokoll fra rullegardinmenyen over protokoller.
Tips: Du kan legge til eller fjerne protokoller fra rullegardinmenyen Express Load
(Hurtigfylling). Se Legge til og fjerne protokoller for hurtiginnlasting for mer informasjon.

2.

Vis protokollinformasjonen, og velg én av følgende fremgangsmåter:n

Hvis informasjonen er riktig, velger du Next (Neste) for å fortsette til fanen Plate.

nHvis informasjonen er feil, velger du Edit Selected (Rediger valgt) for å åpne Protocol Editor(Protokollredigering). Gjør redigeringer i protokollen, lagre endringene og klikk deretter på Next
(Neste) i fanen Protocol (Protokoll) for å fortsette til fanen Plate.

Legge til og fjerne protokoller for hurtiginnlasting
Du kan endre innholdet i rullegardinmenyen Express Load (Hurtiginnlasting) som vises i Protocol Editor(Protokollredigering). Protokollene i denne menyen er lagret i følgende mappe:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Slik endrer du menyen Express Load (Hurtiginnlasting) for protokoller
1.

Naviger til mappen ExpressLoad (Hurtiginnlasting), og åpne den.

2.

Gå gjennom protokollfilene (.pcrl) i mappen.

3.

Gjør ett av følgende:nSlett protokoller fra mappen for å fjerne dem fra rullegardinmenyen.

nKopier protokoller til mappen for å legge dem til i rullegardinmenyen.

Brukerhåndbok | 165

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Fanen Plate
Merknad: Hvis den valgte protokollen i fanen Protocol (Protokoll) ikke inkluderer etplateavlesningstrinn for sanntids PCR-analyse, vil fanen Plate være skjult. For å vise fanen Plate må
du legge til minst én plateavlesning i protokollen.
Fanen Plate viser en forhåndsvisning av platefilen du har tenkt å laste inn. I en sanntids PCR-kjøring
inneholder platefilen en beskrivelse av innholdet i hver brønn inkludert fluoroforer, skannemodus og
platetype. CFX Maestro Dx SE bruker disse beskrivelsene for datainnsamling og analyse.

Som standard viser programvaren platen definert i delen File Selection for Run Setup (Filvalg for
kjøringsoppsett) i fanen Files (Filer) i dialogboksen User > User Preferences (Bruker >Brukerpreferanser). Du kan endre standardplaten i dialogboksen User Preferences (Brukerpreferanser).
Se Endre standard filinnstillinger på side 83 for mer informasjon.
I fanen Plate kan dun

Opprette en ny plate som skal lastes innnVelge en eksisterende plate som skal lastes inn eller redigeresHvis du vil ha mer informasjon om hvordan du oppretter og endrer plater, se Kapittel 8, Klargjøre plater.

166 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Plate

Slik oppretter du en ny plate1.

Klikk på Create New (Opprett ny) i fanen Plate.
Plate Editor (Plateredigering) vises.

2.

Bruk Plate Editor (Plateredigering) til å opprette en ny plate.

3.

Klikk på OK for å lagre platen og gå tilbake til fanen Plate i Run Setup (Kjøringsoppsett).

4.

Vis detaljene om platen og velg én av følgende fremgangsmåter:n

Hvis detaljene er riktige, klikker du på Next (Neste) for å gå videre til fanen Start Run (Start
kjøring).

nHvis detaljene ikke er riktige, klikker du på Edit Selected (Rediger valgte) for å gå tilbake til Plate
Editor (Plateredigering). Revider platefilen, lagre endringer og klikk deretter på Next (Neste) i
fanen Plate for å gå videre til fanen Start Run (Start kjøring).

Slike velger du en eksisterende plate1.

Velg én av følgende fremgangsmåter i fanen Plate:n

Klikk på Select Existing (Velg eksisterende) og naviger til en eksisterende platefil.

nKlikk på Express Load (Hurtiginnlasting) og velg en platefil fra rullegardinmenyen.
Tips: Du kan legge til plater i eller fjerne dem fra rullegardinmenyen Express Load
(Hurtiginnlasting). Se Legge til og fjerne platefiler for hurtiginnlasting for mer informasjon.

2.

Vis detaljene om platen og velg én av følgende fremgangsmåter:n

Hvis detaljene er riktige, klikker du på Next (Neste) for å gå videre til fanen Start Run (Start
kjøring).

nHvis detaljene ikke er riktige, klikker du på Edit Selected (Rediger valgte) for å åpne Plate Editor(Plateredigering). Endre platefilen, lagre endringer og klikk deretter på Next (Neste) for å gå videre
til fanen Start Run (Start kjøring).

Legge til og fjerne platefiler for hurtiginnlasting
Du kan endre innholdet i rullegardinmenyen Express Load (Hurtiginnlasting), som vises i Plate Editor(Plateredigering). Platene som vises i denne listen, er lagret i følgende mappe:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Slik modifiserer du listen over platefiler i Express Load (Hurtiginnlasting)
1.

Naviger til mappen ExpressLoad (Hurtiginnlasting), og åpne den.

2.

Se gjennom platefilene (.pltd) i mappen.

3.

Gjør ett av følgende:

Brukerhåndbok | 167

Kapittel 9 Kjøre eksperimenternSlett platefilene fra mappen for å fjerne dem fra rullegardinmenyen.

nKopier platefilene til mappen for å legge dem til i rullegardinmenyen.

168 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Start Run (Start kjøring)

Fanen Start Run (Start kjøring)
Fanen Start Run (Start kjøring) viser informasjon om eksperimentet som skal kjøres. Den viser også den
tilkoblede instrumentblokken eller blokker du kan kjøre eksperimentet på.

I fanen Start Run (Start kjøring) kan du gjøre følgende:nvise detaljert kjøringsinformasjon, inkludert valgt protokollfil, platefil og skannemodusnlegge til merknader om kjøringennvise informasjon om alle tilkoblede instrumenter, inkludert kjøringsstatus (kjører eller inaktiv),
prøvevolum i µl, lokktemperatur, emuleringsmodus samt eventuell ID og strekkode.
Merknad: Du kan modifisere kolonnene som vises i Start Run (Start kjøring) i tabellen Selected
Blocks (Valgte blokker). Se Endre detaljer i tabellen for valgte blokker på side 170 for
informasjon.

nVelg blokken eller blokkene du vil utføre kjøringen på.

nFjern-åpne eller -lukke lokket på hvert valgte instrument.

nStart kjøringen.

Brukerhåndbok | 169

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Endre detaljer i tabellen for valgte blokker
Du kan endre kolonnene som vises i tabellen Start Run on Selected Block(s) (Start kjøring på valgte
blokker). Du kan også endre verdiene for standard prøvevolum og lokktemperatur i tabellen.
Innstillingsendringene brukes på kjøringen som skal utføres.

Slik legger du til kolonner i tabellen Start Run on Selected Blocks (Start kjøring på valgte
blokker)u

Høyreklikk i tabellen og velg et alternativ i menyen som vises.

Slik fjerner du kolonner i tabellen Start Run on Selected Blocks (Start kjøring på valgte
blokker)u

Høyreklikk i tabellen og deaktiver alternativet i menyen som vises.

Slik redigerer du verdier for prøvevolum eller lokktemperatur for en blokkuVelg prøvevolum- eller lokktemperaturcellen for målblokken og skriv inn en ny verdi i cellen.

Slik legger du til en kjørings-ID eller strekkode for en blokkuVelg ID-/strekkodecellen for målblokken og skriv inn en ID eller skann blokken med en
strekkodeleser.

Kjøre et eksperiment
Viktig: Før du kjører et eksperiment, må du se til at datamaskinens antivirusprogram ikke kommer tilå starte en skanning under kjøringen. Se Installere CFX Maestro Dx SE-programvaren på side 33 og
systemadministratoren for mer informasjon.

Slik kjører du et eksperiment
1.

I fanen Start Run (Start kjøring) bekrefter du plate- og protokolldetaljene i delen Run Information(Kjøringsinformasjon).

2.

(Valgfritt) Legg til merknader om kjøringen eller eksperimentet i tekstboksen Notes (Merknader).

3.

Merk avmerkingsboksen for én eller flere blokker som kjøringen skal utføres på.
Tips: Hvis du vil kjøre eksperimentet på alle blokker, velger du Select All Blocks (Velg alle
blokker) under tabellen Selected Blocks (Valgte blokker).

4.

(Valgfritt) Klikk på Flash Block Indicator (Blokkindikatorlampe) for å få indikatorlampen på de valgte
instrumentblokkene til å blinke.

5.

Sett eksperimentplater inn i blokken:

170 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Start Run (Start kjøring)a.

Klikk på Open Lid (Åpne lokk). Det motoriserte lokket for hver valgte blokk åpnes.

b.

Sett en eksperimentplate inn i hver valgte blokk.

c.

Klikk på Close Lid (Lukk lokk).

Tips: På CFX Opus Dx-system, trykk på Open Lid (Åpne lokk) eller Close Lid (Lukk lokk) påstartskjermen.
6.

Klikk på Open Lid (Åpne lokk) og Close Lid (Lukk lokk) for å åpne og lukke det motoriserte lokket for
hver valgte instrumentblokk.

7.

Vis detaljene om kjøringen og gjør ett av følgende:nHvis detaljene er riktige, klikker du på Start Run (Start kjøring).

nHvis detaljene ikke er riktige:oKorriger detaljene i tabellen Selected Blocks (Valgte blokker) og klikk på Start Run (Start
kjøring).

oReturner til den korrigerte fanen og foreta relevante endringer, lagre endringene, og klikk
deretter på Next (Neste) for å returnere til fanen Start Run (Start kjøring) og starte kjøringen.

Slik starter du en ny kjøring fra en tidligere kjøring
u

Gjør ett av følgende:nVelg File > Repeat a Run (Fil > Gjenta en kjøring) i programvarens hovedmenylinje, naviger til og
dobbeltklikk på kjøredatafilen som du ønsker å gjenta.

nVelg fanen Repeat Run (Gjenta kjøring) i Startup Wizard (Oppstartsveiviser) og dobbeltklikk på
kjøredatafilen for kjøringen som du ønsker å gjenta.
(Valgfritt) Klikk på Browse (Bla) på fanen Repeat Run (Gjenta kjøring) og dobbeltklikk på
kjøredatafilen som du ønsker å gjenta.

Brukerhåndbok | 171

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Dialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer)Når du klikker på Start Run (Start kjøring), ber CFX Maestro Dx SE deg om å lagre datafilen (.pcrd),
starter kjøringen og åpner dialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer). Dialogboksen Run Details(Kjøringsdetaljer) består av tre statusfaner:n

Run Status (Kjøringsstatus) – bruk denne fanen for å vise gjeldende status for protokollen, åpneeller lukke lokket, sette en kjøring på pause, legge til gjentakelser, hoppe over trinn eller stanse
kjøringen.

nReal-time Status (Sanntidsstatus) – bruk denne fanen for å vise PCR-fluorescensdata i sanntid etter
hvert som de samles inn.

nTime Status (Tidsstatus) – bruk denne fanen for å vise en nedteller i fullskjerm for protokollen.

Disse fanene forklares i detalj i de neste avsnittene.

Fanen Run Status (Kjøringsstatus)
Fanen Run Status (Kjøringsstatus) viser gjeldende status for en kjøring som pågår. I denne visningen kan
du også kontrollere lokket og endre kjøringen som pågår.

172 | CFX Maestro Dx SE-programvareDialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer)

FORKLARING
1.

Ruten Run Status (Kjøringsstatus) – viser gjeldende fremdrift for protokollen.

2.

Kontroller for Run Status (Kjøringsstatus) – brukes til å betjene instrumentet eller
avbryte den gjeldende protokollen.

3.

Ruten Run Information (Kjøringsinformasjon) – viser kjøringsdetaljer.

Kommandoer i Run Status (Kjøringsstatus)
Kommandoene i fanen Run Status (Kjøringsstatus) brukes til enten å betjene instrumentet via
programvaren eller endre en kjøring som pågår.
Merknad: Endringer i protokollen under kjøringen, for eksempel tilføyelse av repetisjoner, endrer
ikke protokollfilen som er knyttet til kjøringen. Disse handlingene registreres i Run Log (Kjøringslogg).

– åpner det motoriserte lokket på valgte instrumenter.
Viktig: Hvis lokket åpnes under en kjøring, settes kjøringen på pause i det aktuelle trinnet, og
dataene kan bli påvirket. Kommandoer i Run Status (Kjøringsstatus) på side 173.

– lukker det motoriserte lokket på valgte instrumenter.

– legger til flere repetisjoner i det aktuelle GOTO-trinnet i protokollen. Dette alternativet er kun
tilgjengelig når et GOTO-trinn kjører.
Merknad: Du kan legge til flere repetisjoner mens du er i en GOTO-syklus når protokollenpågår. CFX Maestro Dx SE gjenkjenner imidlertid den siste endringen i antall repetisjoner. For
eksempel, hvis du legger til 10 ekstra repetisjoner mens du er i en GOTO-syklus, vilprogramvaren endre det totale antallet til n + 10. Hvis du deretter legger til ytterligere fem (5)repetisjoner mens du er i samme syklus, vil CFX Maestro endre det totale antallet repetisjoner til
n + 5. Den første endringen (10 repetisjoner) blir ignorert. For å sikre at programvaren utførermålantallet repetisjoner, skriv inn totalt antall (i dette tilfellet 15 gjentakelser).

– hopper over det gjeldende trinnet i protokollen.
Merknad: Hvis du hopper over et trinn under et GOTO-trinn, hopper systemet til neste syklus i
GOTO-sløyfen. Hvis GOTO-trinnets siste syklus var i gang på tidspunktet når det ble hoppet
over, hopper systemet over til neste trinn.

Brukerhåndbok | 173

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter– gjør at LED-en på det valgte instrumentet blinker for å identifisere de valgte blokkene.

– setter protokollen på pause.
Merknad: Denne handlingen registreres i Run Log (Kjøringslogg).

– gjenopptar en protokoll som er satt på pause.

– stopper kjøringen før protokollene avsluttes.
Merknad: Hvis en kjøring stoppes før protokollen avsluttes, kan det påvirke dataene.

Åpne instrumentlokket under en PCR-kjøring
Hvis lokket til et instrument åpnes under en PCR-kjøring, vil CFX Maestro Dx SE vise følgende
dialogboks:

Mens dialogboksen vises, fortsetter instrumentene å kjøre protokollen. OK-knappen stanser kjøringen og
instrumentlokket løsner og åpnes. Avbryt-knappen lukker dialogen og fortsetter kjøringen.

174 | CFX Maestro Dx SE-programvareDialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer)

Fanen Real-time Status (Sanntidsstatus)
Fanen Real-time Status (Sanntidsstatus) viser PCR-data i sanntid som er samlet inn i hver syklus under
kjøringen etter de to første plateavlesningene.

FORKLARING
1.

Amplification (Amplifisering)-kurverute – viser amplifiseringsdata i sanntid under
kjøringen.

2.

Well group (Brønngruppe)-identifikator – hvis brønngrupper ble identifisert iplateoppsettet, kan brukere velge en spesifikk brønngruppe for å vise dens kurver,
brønner og tabellinformasjon.
Step number (Trinnummer)-identifikator – hvis protokollen samler inn data i mer enn
ett trinn (for eksempel under amplifisering og smeltekurve), kan brukere velge etspesifikt trinn og vise kurvene som ble samlet inn i dette trinnet.

3.

Well selector (Brønnvelger)-rute – viser de aktive, inaktive og tomme brønnene iplaten.

4.

Plate setup (Plateoppsett)-tabellrute – viser plateoppsettet i tabellformat.

Brukerhåndbok | 175

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

5.

Run details (Kjøringsdetaljer)-rute – viser sanntidsstatus for kjøringen, inkludert:n gjeldende trinn
n gjeldende gjentakelse
n gjeldende temperatur
n gjenværende tid
n prøvetemperaturn Lokktemperatur

6.

Plate Setup (Plateoppsett) – åpner dialogboksen Plate Setup (Plateoppsett), derbrukere kan endre det gjeldende plateoppsettet under en kjøring.

I fanen Real-time Status (Sanntidsstatus) kan dunvise eller skjule sanntidskurver ved å velge dem i brønnvelger-ruten eller plateoppsett-tabellennvise enkle kurver eller kurvegrupper ved å velge dem i brønngruppe-rullegardinmenyennredigere platen eller erstatte platefilennbruke en PrimePCR-fil til kjøringen

Vise eller skjule sanntidskurver
Alle fylte brønner er aktive og vises i plateoppsettabellen som standard. Aktive brønner vises i blått i
brønnvelgerruten. Skjulte brønner vises i lysegrått, og ubrukte brønner vises i mørkegrått i
brønnvelgerruten.
Du kan skjule spor fra aktive brønner under kjøringen. CFX Maestro Dx SE fortsetter å samle inn data foralle brønner, når du skjuler brønner, vises ikke dataene deres i tabellen for plateoppsett.

Slik skjuler du sanntidskurveruI brønnvelgerruten klikker du på de aktive (blå) brønnene du ønsker å skjule.

Slik viser du sanntidskurveruI brønnvelgerruten klikker du på de skjulte (lysegrå) brønnene du ønsker å vise.

Hvis du vil ha mer informasjon om brønnvelgeren, se Brønnvelger på side 195.

176 | CFX Maestro Dx SE-programvareDialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer)

Redigere et plateoppsett
Slik redigerer du et plateoppsettu

Klikk på Plate Setup (Plateoppsett) og velg deretter View/Edit Plate (Vis/rediger plate).
Vinduet Plate Editor (Plateredigering) vises, der du kan redigere platen mens kjøringen pågår. Hvis
du vil ha mer informasjon om hvordan du redigerer plater, se Kapittel 8, Klargjøre plater.
Merknad: Du kan også redigere kurvestiler fra vinduet Plate Editor (Plateredigering). Endringer
vises i amplifiseringskurvediagrammet i fanen Real-Time Status (Sanntidsstatus).

Erstatte en platefil
Tips: Det kan være nyttig å erstatte en platefil hvis du starter en kjøring med en hurtigplatefil i
ExpressLoad-mappen.

Slik erstatter du en platefiluKlikk på Plate Setup (Plateoppsett) og velg deretter ett av de følgende alternativene:n

Replace Plate file (Erstatt platefil) – velg den nye platefilen fra listen i filleservinduetnApply PrimePCR file (Bruk PrimePCR-fil) – søk etter en kjøringsfil som plateoppsettet skalhentes fra, ved hjelp av Smart-søk, eller klikk på Browse (Bla gjennom) for å finne en fil som dulastet ned fra Bio-Rad-nettstedet og som ikke finnes i PrimePCR-mappen

Merknad: CFX Maestro Dx SE kontrollerer skannemodusen og platestørrelsen for platefilen.
Disse må være de samme som kjøringsinnstillingene som kjøringen ble startet med.

Brukerhåndbok | 177

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Fanen Time Status (Tidsstatus)
Fanen Time Status (Tidsstatus) viser tiden som gjenstår før den aktuelle kjøringen er fullført.

178 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Utføre PrimePCR-eksperimenter

Utføre PrimePCR-eksperimenter
PrimePCR-eksperimenter bruker pathway- eller sykdomsspesifikke analyser som Bio-Rad har våtlabvalidert og -optimert, og er tilgjengelig i følgende formater:nForhåndsplatede paneler – plater som inneholder analyser som er spesifikke for en biologisk
pathway eller sykdom; inkluderer PrimePCR-kontroller og referansegener.

n

Egenkonfigurerte plater – plater som kan settes opp i et brukerkonfigurert oppsett, med alternativ forå velge analyser for interessemål, kontroller og referanser.

nIndividuelle analyser – rør som inneholder individuelle primersett for bruk i sanntidsreaksjoner.

For å redusere total kjøringstid kan du fjerne smeltetrinnet i protokollen. Bio-Rad anbefaler på det
sterkeste at du ikke endrer noe annet i en PrimePCR-kjøringsprotokoll. Standardprotokollen er den som
ble brukt for analysevalidering. Avvik fra denne kan påvirke resultatene. Protokollendringer føres opp i
fanen Run Information (Kjøringsinformasjon) for den resulterende datafilen og i eventuelle rapporter som
opprettes.

Slik starter du en PrimePCR-kjøring
u

Gjør ett av følgende for å starte en PrimePCR-kjøring:n

I Startup Wizard (Oppstartsveiviser) velger du PrimePCR i fanen Run setup (Kjøringsoppsett),og deretter velger du egnet kjemi (SYBER® eller probe).

nVelg en PrimePCR-kjøring på listen Recent Runs (Nylige kjøringer) i fanen Repeat run (Gjenta
kjøring) i Startup Wizard (Oppstartsveiviser).

n

Velg File > Open > PrimePCR Run File (Fil > Åpne > PrimePCR-kjøringsfil) i startvinduet.

nDra og slipp en PrimePCR-kjøringsfil i startvinduet.

Etter at du velger en PrimePCR-kjøring, åpnes vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett) og viser fanen Start
Run (Start kjøring) med standard PrimePCR-plateoppsett basert på valgt instrument.

Slik fjerner du smeltetrinnet i protokollenu

I fanen Protocol (Protokoll) fjerner du haken i avmerkingsboksen ved siden av Include Melt Step
(Inkluder smeltetrinn).

Brukerhåndbok | 179

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Slik importerer du målinformasjon for PrimePCR-plater til et plateoppsett
1.

Gjør ett av følgende:n

I fanen Real-time Status (Sanntidsstatus) i dialogboksen Run Details (Kjøringsdetaljer) velger duPlate Setup > Apply PrimePCR File (Plateoppsett > Bruk PrimePCR-fil).

n

I vinduet Data Analysis (Dataanalyse) velger du Plate Setup > Apply PrimePCR File
(Plateoppsett > Bruk PrimePCR-fil).

2.

I dialogboksen PrimePCR run file (PrimePCR-kjøringsfil) klikker du på Browse (Bla gjennom) for å
navigere til riktig PrimePCR-fil (.csv).

3.

Velg ønsket PrimePCR-fil og klikk på Open (Åpne).

CFX Opus Dx-system importerer målinformasjonen til plateoppsettet.

180 | CFX Maestro Dx SE-programvareOverføre stand-alone-data for analyse

Overføre stand-alone-data for analyse
Viktig: Når du overfører datafiler fra CFX Opus Dx-system til CFX Maestro Dx SE, overføres allefilene som er lagret på systemet. Kontroller at du har nok diskplass for å sikre trygg overføring av
dataene.
Når kjøringen er fullført, analyserer CFX Maestro Dx SE fluorescensdata. Hvis kjøringen utføres i standalone-modus og lagres på selve CFX Opus Dx-system, må dataene bli overført til CFX Maestro Dx SEdatamaskinen for analyse.
CFX Opus Dx-system kan lagre opptil 100 PCR-sanntidskjøringer. Når kjøringen er fullført, kan duoverføre stand-alone-datafiler til CFX Maestro Dx SE-datamaskinen via e-post, USB-enhet eller via selve
programvaren.
Dette avsnittet forklarer hvordan man overfører stand-alone-datafiler til CFX Maestro Dx SEdatamaskinen.

Overføre data via e-post
Slik sender du en datafil med e-post etter endt kjøring
1.

Sett opp e-postvarsling for instrumentet.
Se Sette opp e-postvarsling på side 79 eller CFX Opus Dx PCR-sanntidssystem brukerhåndbok.

2.

Når du setter opp e-postvarsling, må du kontrollere at Attach Data File (Legg ved datafil) er valgt.
Kjøredataene sendes via-epost som en .pcrd-fil.

Overføring av data fra CFX Opus Dx PCR-sanntidssystem
Ved hjelp av filutforskeren CFX Opus Dx-system, kan du overføre datafiler til en tilkoblet USB-enhet eller
til en delt nettverksmappe. Du kan også overføre CFX Maestro Dx SE-protokollfiler fra en USB-stasjon
eller delt nettverksstasjon til mappen eller den offentlige mappen på CFX Opus Dx-system, og kjøre dempå CFX Opus Dx-system.
Tips: Denne delen forklarer hvordan du overfører data. For informasjon om hvordan du konfigurerer
en kablet tilkoblingkan du se CFX Opus Dx PCR-sanntidssystem brukerveiledningen som er
tilgjengelig i CFX Maestro Dx SE Hjelp-menyen.
1.

Trykk på Files (Filer) i startbildet til CFX Opus Dx-system for å åpne filutforskeren.

2.

I filutforskeren navigerer du til filen du vil kopiere, og trykker deretter på filen for å se fildetaljer.

3.

Trykk på Options (Alternativer) i fildetaljer og deretter på Copy (Kopier).

Brukerhåndbok | 181

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Dialogboksen Select Location (Velg plassering) vises.
4.

Gjør ett av følgende i dialogboksen Select Location (Velg plassering):nNaviger til en eksisterende mappe.

nNaviger til banen for å opprette en mappe der filen skal lagres, og trykk deretter på Create Folder(Opprett mappe)(5.

) for å opprette en ny mappe der.

Trykk på Select (Velg) for å kopiere filen til den valgte lokasjonen eller Cancel (Avbryt) for å gå tilbake
til filutforskeren.
Merknad: Hvis det finnes en fil med samme navn på den valgte lokasjonen, vises en melding.
Trykk på Yes (Ja) for å overskrive den eksisterende filen eller No (Nei) for å gå tilbake til
filutforskeren.
CFX Opus Dx-system viser en bekreftelsesmelding når filen er kopiert.

182 | CFX Maestro Dx SE-programvareOverføre stand-alone-data for analyse

Overføring av data gjennom CFX Maestro Dx-programvare,
Security Edition
Overføre data gjennom CFX Maestro Dx SE
1.

I ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) i startvinduet høyreklikker du på ønsket
instrument og velger Retrieve Data Files (Hent datafiler).
CFX Maestro Dx SE viser dialogboksen Browse For Folder (Søk etter mappe).

2.

I dialogboksen Browse For Folder (Søk etter mappe) blar du til stedet hvor du vil lagre datafilene, og
klikker på OK.
Overføringsprosessen oppretter en mappe kalt Real-Time Data (Sanntidsdata) på det valgte stedet.
Kjøredataene lagres i mappen Real-Time Data (Sanntidsdata) som separate .zpcr-filer.

Overføre data ved bruk av en USB-stasjon
Hvis du setter en USB-stasjon inn i USB-porten på instrumentet, lagres datafilen automatisk irotkatalogen på USB-stasjonen når kjøringen er fullført. Du kan også finne datafiler som har blitt lagret
tidligere, og lagre dem på en tilkoblet USB-stasjon.

Overføre datafiler til en USB-stasjon på CFX Opus Dx-systemuI dialogboksen Select Location (Velg plassering) klikker du på USB og navigerer til målmappen derdu vil kopiere filen eller Cancel (Avbryt) for å gå tilbake til filutforskeren.
Merknad: Hvis det finnes en fil med samme navn på den valgte lokasjonen, vises en dialogboks.
Trykk på Yes (Ja) for å overskrive den eksisterende filen eller No (Nei) for å gå tilbake til
filutforskeren.

CFX Opus Dx-system viser en bekreftelsesmelding når filen er kopiert.

Brukerhåndbok | 183

Kapittel 9 Kjøre eksperimenter

Overføring av data gjennom en delt nettverksstasjon med CFX
Opus Dx PCR-sanntidssystem
Tips: Du kan bare overføre data til og fra en delt nettverksstasjon gjennom CFX Opus Dx-system.
CFX Opus Dx-system lar deg koble til en delt nettverksstasjon ved hjelp av Ethernet. Med en vellykket
tilkobling kan du overføre datafiler til og fra en mappe på den delte nettverksstasjonen.

Overføre data til og fra en delt nettverksstasjonu

I dialogboksen Select Location (Velg plassering) klikker du på Network (Nettverk) og navigerer tilmålmappen der du vil kopiere filen eller Cancel (Avbryt) for å gå tilbake til filutforskeren.
Merknad: Hvis det finnes en fil med samme navn på den valgte lokasjonen, vises en dialogboks.
Trykk på Yes (Ja) for å overskrive den eksisterende filen eller No (Nei) for å gå tilbake til
filutforskeren.

CFX Opus Dx-system viser en bekreftelsesmelding når filen er kopiert.

Opprette en datafil
For å analysere data overført fra instrumentet tilCFX Maestro Dx SE-datamaskinen, må den komprimerte
datafilen (.zpcr-filen) konverteres til en datafil (.pcrd-fil). CFX Maestro Dx SE konverterer .zpcr-filen til en.pcrd-fil og velger deretter en platefil som har samme skannemodus og platestørrelse og bruker den på.pcrd-filen.

Slik oppretter du en datafil fra en stand-alone-datafil
1.

I CFX Maestro Dx SE gjør du ett av følgende:nFinn .zpcr-målfilen og dra den inn i startvinduet i CFX Maestro Dx SE.

n

Velg File > Open > Stand-alone Run (Fil > Åpne > Stand-alone-kjøring) og naviger til og velgmålfilen.

CFX Maestro Dx SE viser dialogboksen Save As (Lagre som).
2.

Naviger til mappen der du vil lagre .pcrd-filen, og klikk på Save (Lagre).
Etter at du har lagret .pcrd-filen, åpner CFX Maestro Dx SE vinduet Data Analysis (Dataanalyse) og
viser de resulterende dataene.

184 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 10 Oversikt over dataanalyse
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition prosesserer sanntids PCR-data automatisk på slutten av
hver kjøring og åpner vinduet Data Analysis (Dataanalyse) for å vise disse dataene (.pcrd-filen).
n

Dra en datafil (filforlengelse .pcrd) til startvinduet og slippe dennVelge File > Open > Data File (Fil > Åpne > Datafil) i startvinduet og bla til ønsket .pcrd-fil.

nVelge File > Recent Data Files (Fil > Nylige datafiler) i startvinduet for å velge fra en liste over de 10
siste datafilene som har vært åpnet

n

Velge fanen Analyze (Analyser) i Startup Wizard (Oppstartsveiviser) og enten velge fra Recent Files(Nylige filer) eller klikke på Browse (Søk) for å finne datafilen

Vinduet Data Analysis (Dataanalyse)
Vinduet Data Analysis (Dataanalyse) inneholder flere faner, og hver fane viser de analyserte dataene foren bestemt analysemetode eller informasjon om en bestemt kjøring. Faner vises kun hvis dataene som ersamlet inn i kjøringen, er tilgjengelige for den aktuelle analysetypen.

Tips: Du velger fanene som skal vises fra rullegardinmenyen View (Visning) i vinduet Data Analysis(Dataanalyse). Hvis du vil gå tilbake til det opprinnelige faneoppsettet, velger du Settings > Restore
Default Window Layout (Innstillinger > Gjenopprett standard vindusoppsett).

Brukerhåndbok | 185

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Verktøylinje i Data Analysis (Dataanalyse)
Verktøylinjen i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) gir rask tilgang til viktige dataanalysefunksjoner.

Tabell 11 viser en liste over funksjonene til knappene på verktøylinjen.
Tabell 11. Verktøylinje i vinduet Data Analysis (Dataanalyse)

Knapp

Navn

Funksjon

Plateoppsett

View/Edit plate (Vis/rediger plate) – åpner
Plate Editor (Plateredigering) der du kan viseog redigere innholdet i brønnene.
Replace Plate file (Skift platefil) – velger enplatefil for å skifte plateoppsettet.
Apply PrimePCR file (Bruk PrimePCR-fil) –velger en kjøringsfil for å skifte plateoppsettet
for en PrimePCR-kjøring.

Manage WellÅpner vinduet Well Groups Manager

Groups (Administrer(Administrering av brønngrupper) der du kan

brønngrupper)

opprette, redigere og slette brønngrupper.

Well Group

Velger et eksisterende brønngruppenavn fra(Brønngruppe)

rullegardinmenyen. All Wells (Alle brønner) er
valgt som standard. Denne knappen vises kun
når brønngrupper er opprettet.

Analysis Mode

Analyserer dataene i modusen Fluorophore(Analysemodus)(Fluorofor) eller Target (Mål).

Help (Hjelp)Åpner programvarehjelpen der du kan finne
online hjelp og en digital kopi av dennehåndboken i Acrobat PDF-format.

186 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Data Analysis (Dataanalyse)

Menylinje i Data Analysis (Dataanalyse)
Tabell 12 viser elementene på menylinjen i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).
Tabell 12. Elementer på menylinjen i vinduet Data Analysis (Dataanalyse)

Menyelement

Kommando

FunksjonFil (File)

Save (Lagre)

Lagrer filen.

Save As (Lagre som)

Lagrer filen med et nytt navn.

File Passwords (Filpassord)

Gjør det mulig for brukere å angi lagre ogåpne passord.

Sign (Signere)

Gjør det mulig for brukere å signere
datafilen.

Repeat Run (Gjenta kjøring)

Henter ut protokollen og platefilen fra denpågående kjøringen for å kjøre den på nytt.

View (Vis)Close (Lukk)

Lukk vinduet Data Analysis (Dataanalyse)

Run Log (Kjøringslogg)Åpner vinduet Run Log (Kjøringslogg), derdu kan vise kjøringsloggen for den gjeldende
datafilen.

Audit Trail (Revisjonsspor)Åpner revisjonssporet for filen.

Quantification (Kvantifisering),

Viser de analyserte dataene i de valgte

Melt Curve (Smeltekurve), Genefanene i vinduet Data Analysis

Expression (Genuttrykk), End(Dataanalyse). Minst én fane må være valgt.

Point (Endepunkt), Custom Data
View (Tilpasset datavisning), QC(Kvalitetskontroll), Run
Information (Kjøringsinformasjon)

Brukerhåndbok | 187

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Tabell 12. Elementer på menylinjen i vinduet Data Analysis (Dataanalyse), forts.

Menyelement

Kommando

Funksjon

Settings

Cq Determination Mode (Cq-

Lar deg velge enten Regression (Regresjon)(Innstillinger)

bestemmelsesmodus)

eller Single Threshold (Enkel terskel) for å
se hvordan Cq-verdiene fastsettes for hverkurve.

Baseline Setting

Lar deg velge metode for(Baselinjeinnstilling)baselinjesubtraksjon for de valgte
brønngruppene.

Analysis Mode (Analysemodus)

Lar deg analysere dataene etter
Fluorophore (Fluorofor) eller Target (Mål).

Cycles to Analyze (Sykluser som

Lar deg velge syklusene som skal

skal analyseres)

analyseres.

Baseline ThresholdÅpner vinduet Baseline Threshold(Baselinjeterskler)(Baselinjeterskler) for å justere baselinjen
eller terskelen.

Trace Styles (Kurvestiler)Åpner vinduet Trace Styles (Kurvestiler).

Plate Setup (Plateoppsett)Åpner Plate Editor (Plateredigering) for
visning og redigering av platen. Skift ut denpågående platen med en plate fra en
brukerdefinert platefil eller en PrimePCRkjøringsfil.

Include All Excluded Wells

Inkluderer alle ekskluderte brønner i(Inkluder alle ekskluderte brønner)

analysen.

Mouse HighlightingSlår av eller på samtidig merking av data

(Musemerking)med musepekeren.
Tips: Hvis Mouse Highlighting(Musemerking) er slått av, trykker du påControl-tasten på tastaturet for å slå
merking på midlertidig.

Restore Default Window Layout

Gjenoppretter vindusoppsettet til(Gjenopprett standard

standardinnstillingen.

vindusoppsett)188 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Data Analysis (Dataanalyse)

Tabell 12. Elementer på menylinjen i vinduet Data Analysis (Dataanalyse), forts.

Menyelement

Kommando

FunksjonExport (Eksport)

Export All Data Sheets

Lar deg velge om du vil eksportere alle

(Eksportere alle dataark)regnearkvisningene fra hver fane til .csv, .txt.
Excel eller .xml.

Export RDML File (Eksporter

Lar deg velge enten versjon 1.1 eller 1.0 av

RDML-fil)

RDML som du vil eksportere filen til.

Custom Export (Tilpasset eksport)Åpner vinduet Custom Export (Tilpasset
eksport), der du kan angi feltene du vil
eksportere samt filformat for eksportfilen.

Export to LIMS Folder (EksporterÅpner et vindu der du kan lagre data i LIMS-

til LIMS-mappe)

mappen i et forhåndsbestemt format.

Manuell eksportÅpner et vindu der du kan identifisereplasseringen for lagring av data fra alleregnearkvisninger i Excel-filer som er bygget
opp spesifikt for bruk av Bio-Rad
Laboratories.
Tips: Du kan også starte Seegene
Viewer automatisk ved eksport. Se
Kommandoer i menyen Tools (Verktøy)på side 65 for mer informasjon.

Tools (Verktøy)

Reports (Rapporter)Åpner Report (Rapport) for denne datafilen.

Well Group ReportsÅpner vinduet Well Group Reports(Brønngrupperapporter)(Brønngrupperapporter), der du kan
generere rapporter for spesifiserte
brønngrupper.

Import Fluorophore Calibration

Velg en kalibreringsfil som skal brukes på(Importer fluoroforkalibrering)den gjeldende datafilen.

qbase+

Åpner qbase+ v2.5 direkte fra den gjeldende.pcrd-filen, hvis det er installert.

Generer LIMS PLRN-fil

Lagrer datafilen som en LIMS-formatert.plrn-fil.

Brukerhåndbok | 189

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Informasjon om faner
Hver fane i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) viser data i diagrammer og regneark for en bestemt
analysemetode, og inneholder en brønnvelger som brukes til å velge dataene du vil vise. Når vinduet
Data Analysis (Dataanalyse) åpnes, vises fanen Quantification (Kvantifisering) som standard. Du kan
bruke dataene i diagrammet Amplification (Amplifisering) i fanen Quantification (Kvantifisering) til åbestemme de relevante analyseinnstillingene for kjøringen.

Merknad: Programvaren kobler sammen dataene i rutene i hver fane i vinduet Data Analysis(Dataanalyse). Hvis du for eksempel uthever en brønn ved å plassere musepekeren over brønnen ibrønnvelgervisningen, utheves dataene i alle de andre rutene.

Velger for trinnummer
CFX Opus Dx-systemene kan samle inn fluorescensdata ved flere protokolltrinn – programvaren
opprettholder dataene som er samlet inn i hvert trinn uavhengig. CFX Maestro Dx SE viser
trinnnummervelgeren under Standard Curve-diagrammet (Standardkurve) i fanen Quantification(Kvantifisering). Når en protokoll inneholder minst ett datainnsamlingstrinn, viser CFX Maestro Dx SE
dataene fra det første innsamlingstrinnet.
Hvis protokollen inneholder mer enn ett innsamlingstrinn, kan du velge et annet trinn fra
rullegardinmenyen. For eksempel:

190 | CFX Maestro Dx SE-programvareVinduet Data Analysis (Dataanalyse)Når du velger et trinn, bruker programvaren dette valget på alle dataene som vises i vinduet Data Analysis(Dataanalyse).

Vise Well Groups (Brønngrupper) i Data Analysis (Dataanalyse)
Brønner i platen kan grupperes i undersett for uavhengig analyse ved bruk av brønngrupper. Når duoppretter brønngrupper, vises gruppenavnene i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) i rullegardinmenyen
Well Groups (Brønngrupper) på verktøylinjen.
Hvis du opprettet brønngrupper, viser programvaren standardbrønngruppen All Wells (Alle brønner) når
du åpner vinduet Data Analysis (Dataanalyse), og viser dataene i alle brønner med innhold idiagrammene og regnearkene. Kun brønnene i brønngruppen med det innlastede innholdet vises ibrønnvelgeren, og kun data for disse brønnene er inkludert i dataanalyseberegningene.
Tips: Opprett, rediger og slett brønngrupper ved å klikke på Manage Well Groups (Administrer
brønngrupper) på verktøylinjen.
Merknad: Hvis du ikke opprettet brønngrupper, vises ikke rullegardinmenyen Well Groups(Brønngrupper) på verktøylinjen.

Endre brønninnhold etter en kjøring
Hvis måten data vises på endres under dataanalyse ved å endre innholdet i brønnene i Plate Editor(Plateredigering), endres aldri fluorescensdataene som ble samlet inn fra hver brønn under kjøringen. Når
modulen har samlet inn fluorescensdata, kan du ikke slette disse dataene, men du kan velge å fjerne dem
fra visningen og analysen.

Slik endrer du innholdet i brønner etter en kjøring
u

I vinduet Data Analysis (Dataanalyse) klikker du på Plate Setup (Plateoppsett) og velger et av
følgende alternativer:nEdit/View Plate (Rediger/vis plate) – åpner Plate Editor (Plateredigering), der du kan endre
oppsettet manuelt.

nReplace Plate File (Erstatt platefil) – åpner dialogboksen for valg av plate, der du kan navigere
til en tidligere lagret platefil som du vil skal erstatte det gjeldende plateoppsettet.

nApply PrimePCR file (Bruk PrimePCR-fil) – åpner dialogboksen for valg av PrimePCR-fil, derdu kan navigere til en PrimePCR-kjøringsfil og bruke den i plateoppsettet.

Tips: Du kan legge til eller redigere informasjon om innholdet i brønnen før en kjøring, under en
kjøring eller etter fullføring av en PCR-kjøring. Du må tilordne skannemodus og platestørrelse før
kjøringen. Disse parametrene kan ikke endres etter kjøringen.

Brukerhåndbok | 191

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Innstillinger for dataanalyse
Diagramdataene for Amplification (Amplifisering) i fanen Quantification (Kvantifisering) viser den relative
fluorescensenheten (RFU) for hver brønn ved hver syklus. Hver kurve i diagrammet representerer data
fra en fluorofor i én brønn. Disse dataene brukes for å fastslå Cq-verdier for hver brønn per fluorofor.
Programvaren bruker én eller to moduser for å fastslå Cq-verdier:nRegression (Regresjon) – anvender en multivariabel, ikke-lineær regresjonsmodell på individuelle
brønnkurver og bruker deretter denne modellen til å beregne en optimal Cq-verdi.

nSingle Threshold (Enkel terskel) – bruker en enkel terskelverdi til å beregne Cq-verdien basert på
terskelskjæringspunktet til individuelle fluorescenskurver.

Velg Settings > Cq Determination Mode (Innstillinger > Cq-bestemmelsesmodus) for å velge Cqbestemmelsesmodusen.

Justere terskelen
I modusen Single Threshold (Enkel terskel) kan du justere terskelen for en fluorofor ved å klikke på
terskellinjen i Amplification Chart (Amplifiseringsdiagram) og bevege musepekeren vertikalt. Alternativt
kan du spesifisere en nøyaktig krysningsterskel for den valgte fluoroforen.

Baselinjeinnstillinger
Programvaren angir automatisk baselinjen individuelt for hver brønn. Baselinjeinnstillingen bestemmer
metoden for baselinjesubtraksjon for alle fluorescenskurver. Programvaren har tre alternativer forbaselinjesubtraksjon:n

No Baseline Subtraction (Ingen baselinjesubtraksjon) – viser dataene som relative
fluorescenskurver. Noen analyser kan ikke utføres i denne analysemodusen, og programvaren viser
derfor ikke fanene Gene Expression (Genuttrykk), End Point (Endepunkt) og Allelic Discrimination(Allelisk diskriminering).

nBaseline Subtracted (Baselinjesubtrahert) – viser dataene som baselinjesubtraherte kurver for hver
fluorofor i en brønn. Programvaren må baselinjesubtrahere dataene for å bestemme
kvantifiseringssykluser, konstruere standardkurver og bestemme konsentrasjonen av ukjente prøver.
For å generere en baselinjesubtrahert kurve tilpasser programvaren den beste rette linjen gjennom
den registrerte fluorescensen for hver brønn under baselinjesyklusene, og subtraherer deretter debest tilpassede dataene fra de bakgrunnssubtraherte dataene ved hver syklus.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Baselinjesubtrahert kurvetilpasning) – viser dataene sombaselinjesubtraherte kurver, og programvaren jevner ut den baselinjesubtraherte kurven ved hjelp av
et sentrert gjennomsnittsfilter. Denne prosessen utføres slik at hver Cq forblir konstant.

192 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Innstillinger for dataanalyse

I tillegg til disse alternativene kan du også velge Apply Fluorescent Drift Correction (Bruk korreksjon mot
fluorescensavvik). For brønner som har unormalt varierende RFU-verdier under de første syklusene i en
kjøring, vil programvaren derivere en estimert baselinje fra tilstøtende brønner som det var mulig å generereen horisontal baselinje for.

Slik endrer du innstillingen for baselinjesubtraksjonuVelg Settings > Baseline Setting (Innstillinger > Baselinjeinnstilling).

Analysemodus
Data kan grupperes og analyseres etter enten fluorofor eller målnavn. Når data er gruppert etter fluorofor,
vises datakurver etter fluorofor som angitt i plateoppsettet for den aktuelle kjøringen. Individuelle
fluorofordata vises i amplifiserings- og standardkurvediagrammet (hvis tilgjengelig) når de relevante
avmerkingsboksene for fluorofor, som er plassert under amplifiseringsdiagrammet, er valgt.

Når data er gruppert etter mål, vises datakurver etter målnavn som angitt i plateoppsettet for den aktuelle
kjøringen.

Slik velger du en dataanalysemodusu

Gjør ett av følgende:nVelg Settings > Analysis Mode (Innstillinger > Analysemodus).

n

Velg en modus fra rullegardinmenyen Analysis Mode (Analysemodus) på verktøylinjen.

Brukerhåndbok | 193

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Sykluser som skal analyseres
Du kan begrense antall sykluser som skal analyseres. Du kan også analysere data fra et spesifikt settmed sykluser. Maksimalt antall sykluser du kan analysere, er 50.
Merknad: Fjerning av sykluser fra begynnelsen av en kjøring kan ha en signifikant innvirkning påbaselinjen.

Slik begrenser du dataanalyse til et spesifikt antall sykluser
1.

Velg Settings > Cycles to Analyze (Innstillinger > Sykluser som skal analyseres).
Dialogboksen Cycles to Analyze (Sykluser som skal analyseres) vises.

2.

Angi start- og sluttsyklusverdiene og klikk på OK.

Klikk på Restore Defaults (Gjenopprett standarder) i dialogboksen Cycles to Analyze (Sykluser som skal
analyseres) for å gjenopprette de opprinnelige syklusene som ble brukt for analysen.

194 | CFX Maestro Dx SE-programvareBrønnvelger

Brønnvelger
Bruk Well Selector (Brønnvelger) til å vise eller skjule brønndata i diagrammer eller regneark i vinduet
Data Analysis (Dataanalyse). Kun brønner som er lastet med en prøve, kan velges i brønnvelgeren.
Programvaren farger brønnene i Well Selector (Brønnvelger):nBlå – angir valgte brønner. Data fra valgte brønner vises i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).

n

Lysegrå – angir ikke-valgte brønner. Data fra ikke-valgte brønner vises ikke i vinduet Data Analysis(Dataanalyse).

nMørkegrå – angir tomme brønner.

Slik viser eller skjuler du brønndatauVelg en av følgende fremgangsmåter i brønnvelgeren:nHvis du vil skjule en brønn, klikker du på brønnen. Hvis du vil vise brønnen, klikker du på
brønnen en gang til.

nHvis du vil skjule flere brønner, drar du markøren over brønnene du vil velge. Hvis du vil vise
brønnene, drar du markøren over brønnene en gang til.

n

Klikk øverst til venstre i platen for å skjule alle brønner. Klikk øverst til venstre en gang til for å
vise alle brønner.

n

Klikk i starten av en kolonne eller rad for å skjule disse brønnene. Klikk i kolonnen eller raden engang til for å vise brønnene.

Brukerhåndbok | 195

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Elementer i høyreklikkmenyen for Well Selector (Brønnvelger)
Tabell 13 viser tilgjengelige høyreklikkalternativer i brønnvelgervisningen.
Tabell 13. Elementer i høyreklikkmenyen for brønnvelgervisning

Element

Funksjon

Well XX (Brønn XX)

Viser kun denne brønnen, fjerner denne brønnen fra visningen, angirfarge for denne brønnen, eller ekskluderer denne brønnen fra
analysen.

Selected Wells (Valgte brønner)

Viser kun disse brønnene, fjerner disse brønnene fra visningen, angir(høyreklikk og dra)

farge for disse brønnene, eller ekskluderer disse brønnene fra
analysen.

Copy (Kopier)Kopierer innholdet i brønnen til en utklippstavle, inkludert Sample Type
(Prøvetype) og valgfritt Replicate # (Replikatnr.).

Copy as Image (Kopier som

Kopierer brønnvelgervisningen som et bilde.

bilde)
Print (Skriv ut)

Skriver ut brønnvelgervisningen.

Print Selection (Skriv ut utvalg)

Skriver ut det gjeldende utvalget.

Export to Excel (Eksporter til

Eksporterer dataene til et Excel-regneark.

Excel)
Export to CSV (Eksporter til

Eksporterer dataene som et .csv-dokument.

CSV)
Export to Xml (Eksporter til Xml)

Eksporterer dataene som et .xml-dokument.

Well Labels (Brønnetiketter)

Endrer brønnetikettene til Sample Type (Prøvetype), Target Name(Målnavn) eller Sample Name (Prøvenavn).

196 | CFX Maestro Dx SE-programvareBrønnvelger

Midlertidig ekskludering av brønner fra analyse
Slik ekskluderer du brønner fra en dataanalyse midlertidig
1.

Høyreklikk på brønnen i brønnvelgeren, på en fluorescerende kurve eller på et punkt påstandardkurven. Når du skal ekskludere flere brønner, kan du høyreklikke og dra for å merke flere
brønner, kurver eller punkter.

2.

Velg ønsket alternativ fra høyreklikkmenyen:nWell > Exclude Well (Brønn > Ekskluder brønn)nSelected Wells > Exclude from Analysis (Valgte brønner > Ekskluder fra analyse)nSelected Traces > Exclude these wells from Analysis (Valgte kurver > Ekskluder disse brønnene
fra analyse)

Du kan også fjerne brønner permanent fra analyse ved å klikke på knappen Clear Wells (Fjern
brønner) for å fjerne innholdet fra brønner i Plate Editor (Plateredigering).
Viktig: Alt innhold som fjernes fra brønnen(e), må legges inn på nytt.

Slik inkluderer du en ekskludert brønnu

Høyreklikk på ønsket brønn i brønnvelgeren, og velg Well > Include Well in Analysis (Brønn >Inkluder brønn i analyse).

Brukerhåndbok | 197

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Diagrammer
Hvert diagram i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) viser dataene i forskjellige grafer og inneholder
alternativer som kan brukes til å justere og eksportere data eller diagramgrafikk.

Diagramverktøyene
Tabell 14 viser høyreklikkalternativene som er tilgjengelige i de fleste diagrammer.
Tabell 14. Elementer i høyreklikkmenyer som finnes i de fleste diagrammer

Element

Funksjon

Copy (Kopier)Kopierer diagrammet til utklippstavlen.

Save Image As... (Lagre bilde

Lagrer diagrammet som en bildefil. Angi oppløsning og størrelse forsom …)

bildet, og velg deretter filtype (PNG, GIF, JPG, TIF eller BMP).

Page Setup... (Sideoppsett …)

Velger et sideoppsett for utskrift.

Print... (Skriv ut …)

Skriver ut diagrammet.

Set Scale to Default (Angi skala

Viser alle data i søylediagrammet. Rullefelter vises hvis det er fortil standard)mange datapunkter/prøver å vise innenfor diagrammets ramme.

Chart SettingsÅpner dialogboksen Chart Settings (Diagraminnstillinger), der du kan(Diagraminnstillinger)

endre diagrammets visningsalternativer, inkludert:n titler for diagram og aksern skrift og skriftstørrelse for diagram og aksern akseskalan plassering av forklaring

Diagramverktøyene vises også i hvert av diagrammene i vinduet Data Analysis (Dataanalyse). Alle
diagrammer viser disse verktøyene:
Copy to Clipboard (Kopier til utklippstavle) – kopierer innholdet i diagramvisningen til utklippstavlen.
Chart Settings (Diagraminnstillinger) – åpner dialogboksen Chart Settings (Diagraminnstillinger), derdu kan endre diagrammets visningsalternativer.
Export (Eksport) – åpner dialogboksen Export Options (Eksportalternativer), der du kan endre
oppløsningen og størrelsen på diagrammet og lagre det på ønsket plassering som én av følgende filtyper:
n

.bmp

n

.jpg

198 | CFX Maestro Dx SE-programvareDiagrammer

n

.png

Verktøy i søylediagram
I tillegg til diagramverktøyene viser søylediagrammer følgende verktøy:
Sort (Sorter) – sorter målene og prøvene alfabetisk eller i omvendt alfabetisk rekkefølge.
Color Settings (Fargeinnstillinger) – åpner dialogboksen Color Settings (Fargeinnstillinger) hvor du kan
endre fargen på målene og prøvene.
For mer informasjon om disse verktøyene, se Endre og anmerke diagramvisningen på side 260.

Verktøy i amplifiseringsdiagram
I tillegg til de oppført ovenfor, viser amplifiseringsdiagrammene følgende verktøy:
Trace Styles (Kurvestiler) – åpner dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler) hvor du kan endre utseendet
til kurvene i amplifiseringsdiagrammet.
Baseline Threshold (Baselinjeterskel) – åpner dialogboksen Baseline Threshold (Baselinjeterskel) hvor
du kan endre standard baselinje for valgte brønner eller endre terskelen for hver fluorescenskurve iamplifiseringsdiagrammet.

Kopiere diagramdata til utklippstavlen
Du kan kopiere innholdet i diagramvisningen og lime det inn i alle programmer som godtar bitmapbildefiler.

Slik kopierer du diagramdata til utklippstavlen
1.

Velg ikonet Copy To Clipboard (Kopier til utklippstavle) fra diagramverktøyene.

2.

Åpne et program som godtar bitmap-bilder, for eksempel Microsoft Word.

3.

Høyreklikk og velg Paste (Lim inn) for å lime inn bitmap-bildet fra utklippstavlen i programmet.

Endre innstillinger for diagramvisning
Bruk dialogboksen Chart Settings (Diagraminnstillinger) til å endre titler, skrifter og størrelser, akseskalaog plassering av forklaringer for det viste diagrammet. Endringene du gjør, gjelder kun for det viste
diagrammet og lagres sammen med diagrammet.

Slik endrer du innstillingene for diagramvisning
1.

Klikk på Chart Settings (Diagraminnstillinger) i diagramverktøyene.
Dialogboksen Chart Settings (Diagraminnstillinger) åpnes.

Brukerhåndbok | 199

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse2.

3.

Velg fanen Chart And Axes (Diagram og akser) for å:nskrive inn en tittel for diagrammetnskrive inn en ny tittel for X-aksen og vinkle etikettenenskrive inn en ny tittel for Y-aksen

Velg fanen Fonts (Skrifter) for å endre skriften og skriftstørrelsen i diagrammet.
Tips: Som standard skaleres skriftstørrelsen automatisk når størrelsen på diagrammet endres.
Velg Change Font Size (Endre skriftstørrelse) for å angi en statisk skriftstørrelse for hveretikettype.

4.

5.

Velg fanen Axes Scale (Akseskala) for å:nfjerne automatisk skalering av X- og Y-aksene og angi minimums- og maksimumsverdier forskaleringnvelge å vise rutenettlinjer eller hakemerker i diagrammet

Velg fanen Legend (Forklaring) for å:nvelge å skjule diagramforklaringennendre standardplasseringen for diagramplasseringen

Merknad: Når forklaringen plasseres til venstre eller høyre for diagrammet, viser den bare de ti
første fluoroforene i diagrammet.

200 | CFX Maestro Dx SE-programvareDiagrammer

6.

Klikk på Apply (Bruk) når som helst for å vise endringer i diagraminnstillingene uten å lagre
endringene.

7.

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til diagrammet.

Eksportere diagrammet
Bruk denne dialogboksen til å endre bredden, høyden og oppløsningen på grafen for å eksportere den i
ett av følgende filformater:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Du kan deretter bruke den eksporterte grafen til å vise resultatene i posterpresentasjoner, Microsoft
PowerPoint-presentasjoner og fagtidsskrifter.
Merknad: Vær oppmerksom på følgende når du endrer innstillingene:nnGrenser for maksimum og minimum bredde og høydeo

Ved 72 ppt: 0,1–83 tommero

Ved 96 ppt: 0,1–62 tommero

Ved 150 ppt: 0,1–40 tommero

Ved 300 ppt: 0,1–20 tommero

Ved 600 ppt: 0,1–10 tommeroI alle oppløsninger: 2–6 000 piksler

Størrelsesforhold er basert på bredde.

Slik eksporterer du diagrammet
1.

Klikk på Export (Eksport) i diagramverktøyene.
Dialogboksen Export Preview (Forhåndsvisning av eksport) vises.

Brukerhåndbok | 201

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse2.

Endre om nødvendig innstillingene for visningen.

3.

Klikk på Export (Eksport).

4.

Gjør følgende i dialogboksen Export (Eksport):

5.

a.

(Valgfritt) Naviger til en mappe som diagramfilen skal lagres i.

b.

Skriv inn navnet på filen og velg en filtype fra rullegardinmenyen.

Klikk på Save (Lagre) for å lagre diagramfilen.

Endre innstillingene for Baseline Threshold (Baselinjeterskel)
I modusen Single Threshold (Enkel terskel) kan du justere terskelen for en fluorofor ved å klikke på
terskellinjen i Amplification Chart (Amplifiseringsdiagram) og bevege musepekeren vertikalt. Alternativt
kan du spesifisere en nøyaktig krysningsterskel for den valgte fluoroforen.
Tips: Du kan spesifisere et syklusområde for å fastslå baselinjen for alle datafiler i fanen Data
Analysis (Dataanalyse) i User > User Preferences (Bruker > Brukerpreferanser).

Slik justerer du begynnende og avsluttende baselinjesyklus for hver brønn
1.

I fanen Quantification (Kvantifisering) velger du en enkelt fluorofor under amplifiseringsdiagrammet.

2.

Velg baselinjeterskel fra diagramverktøyene.
Dialogboksen Baseline Threshold (Baselinjeterskel) vises.

202 | CFX Maestro Dx SE-programvareDiagrammer

3.

Gjør et av følgende i delen Baseline Cycles (Baselinjesykluser):n

Velg én brønn ved å klikke på radnummeret.

nVelg flere tilstøtende brønner ved å klikke på radnummeret til den første brønnen og dra nedover
i kolonnen til den siste brønnen.

nVelg flere ikke-tilstøtende brønner ved å trykke på Ctrl-tasten på tastaturet og klikke påradnummeret til hver målbrønn.

n4.

Velg alle brønner ved å klikke øverst til venstre i tabellen.

Juster syklusen Baseline Begin (Start baselinje) og syklusen Baseline End (Slutt baselinje) for allevalgte brønner, eller endre syklusnummeret for Begin (Start) og End (Slutt) nederst i regnearket.
Tips: Hvis du vil tilbakestille innstillingene til de sist lagrede verdiene, klikker du på Reset All
User Defined Values (Tilbakestill alle brukerdefinerte verdier).

5.

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til diagrammet.

Slik spesifiserer du et syklusområde for alle datafileru

I startvinduet eller vinduet for plateredigering velger du User > User Preferences (Bruker >Brukerpreferanser) og velger fanen Data Analysis (Dataanalyse).

Sortere måldata, prøvedata og data om biologisk gruppe
Merknad: Dette alternativet er kun tilgjengelig for genuttrykksdiagrammer.
Som standard vises listene Targets (Mål), Samples (Prøver) og Biological Groups (Biologiske grupper) i
alfabetisk rekkefølge. Bruk dialogboksen Sort (Sorter) for å sortere visningen i omvendt alfabetisk
rekkefølge eller for manuelt å flytte et begrep til en annen plassering på listen.

For å sortere måldata, prøvedata og data om biologisk gruppe
1.

Klikk på Sort (Sortere) i diagramverktøyene.
Dialogboksen Gene Expression Chart Sorting (Sortering i genuttrykksdiagram).

Brukerhåndbok | 203

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

2.

Klikk på Z-A i dialogboksen for å sortere listen i omvendt alfabetisk rekkefølge.

3.

Hvis du vil flytte et begrep manuelt, velger du begrepet og klikker på den relevante knappen mellom
diagrammene:

4.

nKlikk på pil opp eller pil ned for å flytte det valgte begrepet én posisjon.

n

Klikk på pil opp- eller pil ned-rullefeltet for å flytte det valgte begrepet til øverste eller nederste
posisjon på listen.

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til fanen Gene Expression (Genuttrykk).

204 | CFX Maestro Dx SE-programvareDiagrammer

Endre innstillingene for mål- og prøvefarge
Merknad: Dette alternativet er kun tilgjengelig for genuttrykksdiagrammer.
Bruk dialogen Color Settings (Fargeinnstillinger) for å endre fargen på et mål eller en prøve, eller for å
fjerne elementet fra grafen.

Slik endrer du fargeinnstillinger
1.

Velg Color Settings (Fargeinnstillinger) fra diagramverktøyene.
Dialogboksen Color Settings (Fargeinnstillinger) vises.

2.

For å endre fargen på et mål eller en prøve må du klikke på den gjeldende fargen i Color (Farge)kolonnen.

3.

I dialogboksen Color (Farge) som vises, velger du en ny farge og klikker på OK.

4.

Du fjerner elementet fra genuttrykksgrafen ved å fjerne merket i den respektive boksen i kolonnen
Show Chart (Vis diagram).
Tips: Du fjerner alle elementer fra genuttrykksgrafen ved å fjerne merket i boksen Show Chart(Vis diagram) i kolonneoverskriften.

5.

(Valgfritt) Som standard vises søylediagrammets farge i gradientform. For å vise fargen iheldekkende form må du velge Use Solid Colors (Bruk heldekkende farger).

6.

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til fanen Gene Expression (Genuttrykk).

Brukerhåndbok | 205

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Forstørre et område i diagrammet
Slik forstørrer du et område i diagrammetuKlikk og dra over diagrammet, og klikk deretter på Zoom. Programvaren endrer størrelsen på
diagrammet og sentrerer det i det valgte området.
Merknad: Bar Chart (Søylediagram) krever ikke at du klikker på popup-kommandoen Zoom.

Slik tilbakestiller du diagrammet til full visningu

Høyreklikk i diagrammet og velg Set Scale to Default (Sett skala til standard).

Kopiere diagrammer til en Microsoft-fil
Du kan kopiere datadiagrammer til Microsoft Word-, Excel- eller PowerPoint-dokumenter.
Bildeoppløsningen er den samme som på skjermen bildet ble hentet fra.

Slik kopierer du diagrammer til en Microsoft-fil
1.

I vinduet Data Analysis (Dataanalyse) klikker du på Copy To Clipboard (Kopier til utklippstavlen)øverst til høyre i diagrammets rute.

2.

Åpne en tom Microsoft-fil og lim inn innholdet fra utklippstavlen.

Vanlige elementer i høyreklikkmenyen for diagrammer
Tabell 15 viser en liste over elementer i høyreklikkmenyen som er tilgjengelige for diagrammer. Noen av
elementene er til stede for alle diagrammer, inkludert elementer for å endre hvordan dataene vises eller
for enkelt å eksportere data fra et diagram.
Tabell 15. Elementer i høyreklikkmenyen for diagrammer

Element

Funksjon

Copy (Kopier)Kopierer diagrammet til utklippstavlen.

Save Image As (Lagre

Lagrer bildet i en spesifisert størrelse, oppløsning og filtype inkludert PNG

bilde som)(standard), JPG og BMP.

Page Setup (Sideoppsett)Viser alternativene for utskriftsoppsett.

Print (Skriv ut)

Skriver ut diagrammet.

Set Scale to Default (AngiGjenoppretter diagrammets standardvisning etter at diagrammet har værtskala til standard)

forstørret.

206 | CFX Maestro Dx SE-programvareDiagrammer

Element

Funksjon

Chart OptionsÅpner vinduet Chart Options (Diagramalternativer) for å endre diagrammet,(Diagramalternativer)inkludert tittelen, velge grenser for X- og Y-aksene, vise rutenettlinjer og visemindre hakemerker på aksene.

Merknad: Menyelementer som gjelder for bestemte diagrammer, er beskrevet i Kapittel 11, Detaljer
om dataanalyse.

Brukerhåndbok | 207

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Regneark
Regnearkene som vises i Data Analysis (Dataanalyse), inkluderer alternativer for sortering og overføring
av data. Du kan sortere kolonnene ved hjelp av én av disse metodene:nKlikk og dra en kolonne til en ny plassering i den valgte tabellen.

nKlikk på kolonneoverskriften for å sortere dataene i stigende eller synkende rekkefølge.

Slik sorterer du opptil tre kolonner med data i vinduet Sort (Sortering)1.

Høyreklikk i regnearket og velg Sort (Sorter).

2.

I dialogboksen Sort (Sortering) velger du den første kolonnetittelen som skal sorteres. Sorter dataene
i stigende eller synkende rekkefølge.

3.

Velg en andre eller tredje kolonne som skal sorteres, og velg Ascending (Stigende) eller Descending(Synkende).

4.

Klikk på OK for å sortere dataene eller på Cancel (Avbryt) for å stoppe sorteringen.

Tips: Uthev dataene i de tilhørende diagrammene og brønnvelgeren ved å holde musepekeren overen celle. Klikk på en celle for å kopiere innholdet og lime det inn i et annet program.

Vanlige elementer i høyreklikkmenyen for regneark
Tabell 16 viser de tilgjengelige elementene i høyreklikkmenyen i alle regnearkvisninger.
Tabell 16. Elementer i høyreklikkmenyen for regneark

Element

Funksjon

Copy (Kopier)Kopierer innholdet i de valgte brønnene til en utklippstavle, og limer
deretter innholdet inn i et regneark, som f.eks. Excel.

Copy as Image (Kopier som

Kopierer regnearkvisningen som en bildefil og limer den inn i en fil

bilde)

som godtar en bildefil, som f.eks. tekst-, bilde- eller regnearkfiler.

Print (Skriv ut)

Skriver ut den gjeldende visningen.

Print Selection (Skriv ut utvalg)

Skriver ut det gjeldende utvalget.

Export to Excel (Eksporter til

Eksporterer dataene til et Excel-regneark.

Excel)
Export to Text (Eksporter til
tekst)

208 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Eksporterer dataene til et tekstbehandlingsprogram.

RegnearkTabell 16. Elementer i høyreklikkmenyen for regneark, forts.

Element

FunksjonExport to CSV (Eksporter til

Eksporterer dataene til en .csv-fil.

CSV)
Export to Xml (Eksporter til Xml)

Eksporterer dataene til en .xml-fil.

Export to Html (Eksporter til

Eksporterer dataene til en .html-fil.

Html)
Find (Søk)

Søker etter tekst.

Sort (Sorter)

Sorterer dataene i opptil tre kolonner.

Select Columns (Velg kolonner)

Velger kolonnene som skal vises i regnearket.

Brukerhåndbok | 209Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Eksport
CFX Maestro Dx SE har fire eksportalternativer i rullegardinmenyen:nExport All Data Sheets (Eksportere alle dataark)nExport RDML Files (Eksporter RDML-filer)nCustom Export (Tilpasset eksport)nExport to LIMS Folder (Eksporter til LIMS-mappe)nManuell eksport

Eksportere alle dataark
Du kan eksportere alle regnearkvisningene fra hver fane i CFX Maestro Dx SE til individuelle filer.

Slik eksporterer du alle dataarkuVelg Export > Export All Data Sheets to Excel (Eksport > Eksporter alle dataark til Excel), og velg
deretter ønsket filtype:n

CSV (*.csv)

nTekst (*.txt)

nExcel-arbeidsbok (*.xlsx)
Eksporterte analyser lagres i flere Excel-arbeidsbokfiler med ett regnearkfelt for analysedata perfil. Når en analyse inkluderer flere fluoroforer, eksporteres dataene fra hver fluorofor til enseparat regnearkfane.

nExcel arbeidsbok – kombinert (* .xlsx)
Eksporterte analyser lagres i én Excel-fil som inkluderer flere regnearkfaner, én for hvert
analysedatasett.

n

Excel 97–2003 (*.xls)
Viktig: Datamaskinen din må ha Microsoft Excel installert for at du skal kunne eksportere
data til et Microsoft Excel-regneark.

nXML (*.xml)

210 | CFX Maestro Dx SE-programvareEksport

Eksportere RDML-filer
RDML er en strukturert og universell datastandard for utveksling av kvantitative PCR (qPCR)-data.
Datastandarden er en tekstfil i formatet Extensible Markup Language (.xml). Se det internasjonale RDML
Consortium-nettstedet (www.rdml.org) for mer informasjon om RDML-datautvekslingsformatet.
Viktig: Eksporterte RDML-filer inkluderer analysedata med baselinjeinnstillingene som du bruker i
Data Analysis-vinduet (Dataanalyse). For mer informasjon om grunnlinjeinnstillinger, seBaselinjeinnstillinger på side 192.
Merknad: Lagre RDML-filen som versjon 1.1 hvis du bruker versjon 2.3 eller nyere av qbase+programvaren.

Slik eksporterer du en RDML-fil
1.

Velg Export > Export RDML Files (Eksport > Eksporter RDML-filer) og velg RDML v1.1 eller RDML
v1.0 fra listen som vises.
Dialogboksen Save As (Lagre som) vises.

2.

I dialogboksen Save As (Lagre som) angir du et filnavn og et lagringssted for RDML-filen.

3.

Klikk på OK for å lagre eksportfilen.

Brukerhåndbok | 211

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

Opprette en tilpasset eksportfil
Slik oppretter du en tilpasset eksportfil
1.

Velg Export > Custom Export (Eksport > Tilpasset eksport). Dialogboksen Custom Export (Tilpasset
eksport) vises.

2.

Velg eksportformatet fra rullegardinmenyen som vises.

3.

Merk avmerkingsboksene for elementene som skal eksporteres.

4.

(Valgfritt) Klikk på Customize Column Names (Tilpass kolonnenavn) for å endre kolonnenavn.

5.

Klikk på Export (Eksport). Dialogboksen Save As (Lagre som) vises.

6.

I dialogboksen Save As (Lagre som) angir du et filnavn og et lagringssted for den eksporterte filen.

7.

Klikk på OK for å lagre eksportfilen.

212 | CFX Maestro Dx SE-programvareEksport

Eksportere til en LIMS-mappe
Du kan eksportere data til et LIMS-kompatibelt filformat. Se Vedlegg C, LIMS-integrering for mer
informasjon om oppretting, behandling og bruk av LIMS-filer.

Slik eksporterer du data i LIMS-format
1.

Velg Export > Export to LIMS Folder (Eksport > Eksporter til LIMS-mappe).
Dialogboksen Save As (Lagre som) vises.

2.

I dialogboksen Save As (Lagre som) angir du et filnavn og et lagringssted for den eksporterte filen.

3.

Klikk på OK for å lagre eksportfilen.

Eksportere Seegene-formaterte data
Du kan eksportere dataene fra alle regnearkvisninger til Excel-filer som er strukturert spesielt for bruk
med Seegene, Inc.
Tips: Du kan også starte Seegene Viewer automatisk når eksporten er fullført. Se Kommandoer imenyen Tools (Verktøy) på side 65 for mer informasjon.

Slik eksporterer du data i et Seegene-spesifikt format
1.

Velg Export > Manual Export (Eksport > Manuell eksport)
Dialogboksen Browse For Folder (Søk etter mappe) vises.

2.

I dialogboksen Browse For Folder (Søk etter mappe) velger du en mappe der du vil lagre deeksporterte Seegene-formaterte Excel-filene (.xlsx).
Analysene eksporteres i flere Excel-filer med én regnearkfane for analysedata per fil.

3.

Klikk på OK for å lagre eksportfilene.

Brukerhåndbok | 213

Kapittel 10 Oversikt over dataanalyse

214 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 11 Detaljer om dataanalyse
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition dataanalysevinduet inneholder flere faner der du kan visedata. Dette kapitlet forklarer disse fanene i detalj.
Tips: Du kan velge hvilke faner som skal vises i Data Analysis (Dataanalyse)-vinduet ved bruk av
View (Vis)-menyen. Det tilpassede oppsettet lagres med datafilen.

Brukerhåndbok | 215

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Fanen Quantification (Kvantifisering)
Bruk dataene i fanen Quantification (Kvantifisering) for å angi betingelsene for dataanalysen, inkludert
baselinjeinnstillinger for individuelle brønner og terskelinnstillinger. Fanen Quantification (Kvantifisering)viser data i disse fire visningene:n

Amplification chart (Amplifiseringsdiagram) – viser de relative fluorescensenhetene (RFU) for hver
brønn i hver syklus. Hver kurve i diagrammet representerer data fra en fluorofor i én brønn.

nStandard curve (Standardkurve) – vises bare hvis kjøringen inkluderer brønner designert som
prøvetypen standard (Std). Standardkurven viser terskelsyklusen plottet mot logaritmen av
startkvantiteten. Forklaringen viser reaksjonseffektiviteten (E) for hver fluorofor i brønnene med
prøver av typen standard.

nWell Selector (Brønnvelger) – velger brønnene med fluorescensdataene du vil vise.

nSpreadsheet (Regneark) – viser et regneark med dataene samlet inn i de valgte brønnene.

Fluoroforalternativer
Velg målfluoroforet eller -fluoroforene under diagrammet Amplification (Amplifisering) for å vise
fluorofordata i diagrammene og regnearkene i fanen Quantification (Kvantifisering). Hvis du vil skjule
fluorofordataene i vinduet for dataanalyse, fjerner du merkingen i den tilhørende avmerkingsboksen.

216 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Quantification (Kvantifisering)

Dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler)
Dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler) kan brukes til å justere utseendet til kurvene i
amplifiseringsdiagrammet og smeltekurvediagrammet i fanene Quantification (Kvantifisering) og Melt
Curve (Smeltekurve). Deretter kan du forhåndsvise endringene i brønnvelgeren som vises i dialogboksen
Trace Styles (Kurvestiler).

Slik justerer du kurvestiler
1.

Velg kun én fluorofor under diagrammet Amplification (Amplifisering).

2.

Velg ett av følgende alternativer for å åpne dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler):n

Klikk på Trace Styles (Kurvestiler) i diagrammet Amplification (Amplifisering).

nVelg Settings > Trace Styles (Innstillinger > Kurvestiler) på menylinjen Data Analysis(Dataanalyse).

nHøyreklikk på en kurve, og velg Trace Styles (Kurvestiler).

Dialogboksen Trace Styles (Kurvestiler) åpnes.

3.

Velg et spesifikt sett med brønner i brønnvelgeren i nederste rute i dialogboksen Trace Styles(Kurvestiler). Du kan også velge brønner som inneholder én prøvetype i rullegardinmenyen ikolonnen Wells (Brønner).

4.

Velg en av følgende fremgangsmåter:Brukerhåndbok | 217

Kapittel 11 Detaljer om dataanalysenKlikk i boksen i kolonnen Color (Farge) for å velge en farge for de valgte brønnene.

nVelg et symbol fra rullegardinmenyen Symbol for å tilordne et symbol til de valgte brønnene.

n

For raskt å farge brønnene etter knappeetikett klikker du på det tilhørende hurtigsettet:noRandom by Well (Tilfeldig etter brønn)oRandom by Replicate (Tilfeldig etter replikat)o

Use Fluor Colors (Bruk fluoroforfarger)o

Use Target Colors (Bruk målfarger)o

Use Sample Colors (Bruk prøvefarger)

Velg enten Sample Type (Prøvetype), Target Name (Målnavn), Sample Name (Prøvenavn) eller
Symbol for å tilordne brønnetiketter.

Alternativet Log Scale (Log-skala)
Velg Log Scale (Log-skala) under diagrammet Amplification (Amplifisering) for å se fluorescenskurvene i
en semilog-skala:Tips: Du kan forstørre ethvert område av diagrammet ved å dra over målområdet. Du går tilbake tilfull visning ved å høyreklikke på diagrammet og velge Set Scale to Default (Angi skala til standard).

218 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Quantification (Kvantifisering)Standardkurvediagram
Hvis dataene inkluderer prøvetyper definert som Std (Standard) for minst en fluorofor i kjøringen,oppretter programvaren diagrammet Standard Curve (Standardkurve) i fanen Quantification(Kvantifisering).

Diagrammet Standard Curve (Standardkurve) viser følgende informasjon:nNavn på hver kurve (fluoroforen eller målet).

n

Fargen på hver fluorofor eller mål.

n

Reaksjonseffektivitet (E). Bruk denne statistikken til å optimere en multipleks reaksjon og utjevne
dataene for en standardkurve.
Merknad: Reaksjonseffektiviteten beskriver hvor stor del av målet som produseres for hversyklus i protokollen. En effektivitet på 100 % indikerer at du dobler målet for hver syklus.

nBestemmelseskoeffisient, R2 (uttrykt som R^2). Bruk denne statistikken for å bestemme hvor
nøyaktig linjen beskriver dataene (hvor god tilpasningen er).

nStigningstallnY-skjæringspunkt

Brukerhåndbok | 219

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Menyalternativer i Amplification Chart (Amplifiseringsdiagram)I tillegg til de vanlige høyreklikk-menyalternativene for diagrammer (se Vanlige elementer ihøyreklikkmenyen for diagrammer på side 206) viser Tabell 17 menyalternativene som er tilgjengelige fordiagrammet Amplification Chart (Amplifiseringsdiagram).
Tabell 17. Elementer i høyre- og venstreklikkmenyen for amplifiseringsdiagrammet

Menyalternativ

Funksjon

Well XX, Fluor Target

Viser kun denne brønnen, fjerner denne brønnen fra visningen, angir(Brønn XX, fluoroformål)farge for denne kurven eller ekskluderer denne brønnen fra analysen.

Selected Traces (Valgte

Viser kun disse brønnene, fjerner disse brønnene fra visningen, angir

kurver)farge for disse kurvene eller ekskluderer disse brønnene fra analysen.

Show Threshold Values

Viser terskelverdien for hver amplifiseringskurve i diagrammet.

(Vis terskelverdier)
Trace Styles (Kurvestiler)Åpner vinduet Trace Styles (Kurvestiler) for å endre stil på kurvene ifanene Quantification (Kvantifisering) og Melt Curve (Smeltekurve).

Baseline ThresholdsÅpner vinduet Baseline Thresholds (Baselinjeterskler) for å endre(Baselinjeterskler)

baselinjen eller tersklene for hvert fluorofor (endringene vises i
amplifiseringsdiagrammet i fanen Quantification (Kvantifisering)).

Regneark i fanen Quantification (Kvantifisering)Tabell 18 definer dataene som vises i regnearket i fanen Quantification (Kvantifisering).
Tabell 18. Innhold i regneark med fanen Quantification (Kvantifisering)

Informasjon

Beskrivelse

Well (Brønn)

Brønnposisjon i platen

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detektert

Target (Mål)

Target Name (Målnavn) som er lastet inn i Plate Editor(Plateredigering)-brønnene

Content (Innhold)En kombinasjon av Sample Type (Prøvetype) (påkrevd) og Replicate #(Replikatnr.) (valgfritt) som er lastet inn i Plate Editor (Plateredigering)

220 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Quantification (Kvantifisering)

Informasjon

Beskrivelse

Sample (Prøve)

Sample Name (Prøvenavn) som er lastet inn i Plate Editor(Plateredigering)-brønnene

Cq

Kvantifiseringssyklus for hver kurve

Endre data for mål, innhold eller prøve
Du kan endre dataene i kolonnene Target (Mål), Content (Innhold) og Sample (Prøve) ved å redigere
platefilen ved hjelp av Plate Editor (Plateredigering) selv etter at du har kjørt eksperimentet.

Slik endrer du dataene i kolonnene Content (Innhold), Target (Mål) og Sample (Prøve)u

Klikk på Plate Setup (Plateoppsett) og velg View/Edit Plate (Vis/rediger plate) for å åpne Plate Editor(Plateredigering).

Brukerhåndbok | 221

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Fanen Quantification Data (Kvantifiseringsdata)
Fanen Quantification Data (Kvantifiseringsdata) viser kvantifiseringsdataene samlet i hver brønn.
CFX Maestro Dx SE viser dataene i fire forskjellige regnearkvisninger:nResults (Resultater) – viser et regneark med dataene. Dette er standardvisningen.

nStandard Curve Results (Resultater for standardkurve) – viser et regneark med
standardkurvedataene.

n

Plate – viser dataene i hver brønn som et platekart.

n

RFU – viser RFU-kvantitetene i hver brønn for hver syklus.

Velg hvert regneark fra rullegardinmenyen som vises under fanen Quantification Data
(Kvantifiseringsdata).

Regnearket Results (Resultater)
Regnearket Results (Resultater) viser data for hver brønn i platen.

Merknad: Alle beregninger av Std. Dev (Standardavvik) gjelder for replikatgruppene tilordnet i
brønnene i vinduet Plate Editor (Plateredigering). Beregningene finner gjennomsnittet av Cq-verdien
for hver brønn i replikatgruppen.
Tabell 19 definerer dataene som vises i regnearket Results (Resultater).

222 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Quantification Data (Kvantifiseringsdata)

Tabell 19. Innhold i regnearket Results (Resultater)

Informasjon

Beskrivelse

Well (Brønn)

Brønnposisjon i platen

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detektert

Target (Mål)

Navn på amplifiseringsmål (gen)Content (Innhold)

Prøvetype og replikatnummer

Sample (Prøve)

Prøvebeskrivelse

Biological Set Name (Navn påNavnet på det biologiske settet

biologisk sett)
Cq

Kvantifiseringssyklus

Cq Mean (Gjennomsnittlig Cq)

Gjennomsnittet av kvantifiseringssyklusen for replikatgruppen

Cq Std. Dev (Standardavvik forStandardavviket til kvantifiseringssyklusen for replikatgruppen

replikatgruppe)
Starting Quantity (SQ)

Estimert startkvantitet av målet(Startkvantitet (SQ))
Log Starting Quantity

Logaritmen til startkvantiteten(Logaritmen til startkvantiteten)
SQ Mean (Gjennomsnittlig SQ)

Gjennomsnittlig startkvantitet

SQ Std. Dev (Standardavvik forStandardavviket til startkvantiteten over replikater

startkvantitet)

Brukerhåndbok | 223

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Regnearket Standard Curve Results (Resultater for standardkurve)
Regnearket Standard Curve Results (Resultater for standardkurve) viser parametrene for beregnet
standardkurve.

Tabell 20 definerer dataene som vises i regnearket Standard Curve Results (Resultater for
standardkurve).
Tabell 20. Innhold i regnearket Standard Curve Results (Resultater for standardkurve)

Informasjon

Beskrivelse

Fluor (or Target) (Fluor (eller

Fluorofor (eller mål) påvist

mål))
Efficiency % (Effektivitet %)Reaksjonseffektivitet

Slope (Stigningstall)

Stigning for standardkurven

Y-intercept (Y-skjæringspunkt)

Punkt der kurven skjærer gjennom y-aksen

R^2

Bestemmelseskoeffisient

224 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Quantification Data (Kvantifiseringsdata)

Regnearket Plate
Regnearket Plate viser et platekart med dataene for én fluorofor om gangen.

Slik viser du data for en bestemt fluoroforuKlikk på tilhørende fane nederst i regnearket.

Brukerhåndbok | 225

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

RFU-regnearket
RFU-regnearket viser avlesningene av de relative fluorescensenhetene (RFU) for hver brønn innhentetet
i hver syklus av kjøringen. Brønnummeret vises øverst i hver kolonne, og syklusnummeret vises til
venstre for hver rad.

226 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Melt Curve (Smeltekurve)

Fanen Melt Curve (Smeltekurve)Når det gjelder DNA-bindende fargestoffer og ikke-spaltbare hybridiseringsprober, er fluorescensen
sterkest når de to DNA-trådene hybridiseres. Dette betyr at etter hvert som temperaturen øker opp mot
smeltetemperaturen (Tm), synker fluorescensen med en konstant hastighet (konstant helling). Ved Tm er
det en dramatisk reduksjon i fluorescensen, med en merkbar endring i hellingen. Endringshastigheten
bestemmes ved å plotte den negative første regresjonen av fluorescens kontra temperatur (-d(RFU)/dT).
Den største endringshastigheten i fluorescensen resulterer i synlige topper, og den representerer Tm idobbelttrådede DNA-komplekser.
CFX Maestro Dx SE plotter RFU-dataene samlet inn under en smeltekurve som en funksjon av
temperatur. For å analysere smeltetoppdataene tildeler programvaren en start- og sluttemperatur til hver
topp ved å flytte på terskelsøylen. Nedre grense for toppområdet angis av posisjonen til terskellinjen for
smelting. En gyldig topp må ha en minmumshøyde som er relativ til distansen mellom terskelsøylen og
høyden på den høyeste toppen.
Fanen Melt Curve (Smeltekurve) viser Tm (smeltetemperatur) for amplifiserte PCR-produkter i firevisninger:nMelt Curve (Smeltekurve) – viser sanntidsdata for hver fluorofor som RFU-er per temperatur for hver
brønn.

nMelt Peak (Smeltetopp) – viser den negative regresjonen til RFU-dataene per temperatur for hver
brønn.

n

Well selector (Brønnvelger) – viser brønner for å vise eller skjule dataene.

nRegnearket Peak (Topp) – viser dataene samlet inn i den valgte brønnen.
Merknad: Dette regnearket viser opptil to topper for hver kurve. Klikk på fanen Melt Curve Data
(Smeltekurvedata) for å vise flere topper.

Brukerhåndbok | 227

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Tabell 21 definerer dataene som vises i regnearket Melt Curve (Smeltekurve).
Tabell 21. Innhold i regnearket Melt Curve (Smeltekurve)

Informasjon

Beskrivelse

Well (Brønn)

Brønnposisjon i platen

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detektert

Content (Innhold)En kombinasjon av prøvetype og replikatnummer

Sample (Prøve)

Navn på prøve som er lastet inn i Plate Editor (Plateredigering)

Melt Temp

Temperaturen for smeltetoppen for hver brønn(Smeltetemperatur)

Merknad: Kun de to høyeste toppene vises i dette regnearket.

228 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Melt Curve (Smeltekurve)

Justere smeltekurvedata
Slik justerer du smeltekurvedatauVelg en av følgende fremgangsmåter:n

Klikk og dra terskelsøylene i diagrammet Melt Peak (Smeltetopp) for å inkludere eller ekskludere
topper i dataanalysen.

nVelg Positive (Positiv) i rullegardinmenyen Peaks (Topper) for å vise regnearkdataene fortoppene som er over terskellinjen for smelting, eller velg Negative (Negativ) for å viseregnearkdataene for toppene som er under terskellinjen for smelting.

nÅpne vinduet Trace Styles (Kurvestiler) for å endre fargen på kurvene i diagrammene Melt Curve(Smeltekurve) og Melt Peak (Smeltetopp).

n

Velg et tall i velgeren for Step Number (Trinnummer) for å vise dataene for Melt Curve(Smeltekurve) i et annet trinn i protokollen. Listen viser mer enn ett trinn hvis protokollen
inkluderer plateavlesninger i mer enn ett smeltekurvetrinn.

nVelg brønner i brønnvelgeren for å fokusere på delsett av dataene.

n

Velg en brønngruppe for å vise og analysere et delsett av brønnene i platen. Velg hver
brønngruppe etter navn i rullegardinmenyen Well Group (Brønngruppe) på verktøylinjen.

Brukerhåndbok | 229

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Fanen Melt Curve Data (Smeltekurvedata)
Fanen Melt Curve Data (Smeltekurvedata) viser dataene fra Melt Curve-fanen i flere regneark som
inkluderer alle smeltetoppene for hvert spor. CFX Maestro Dx SE har fire regnearkalternativer der du kan
se smeltekurvedataene:nMelt Peaks (Smeltetopper) – viser alle data, inkludert alle smeltetopper, for hver kurve. Dette er
standardvisningen.

nPlate – viser en oversikt over dataene og innholdet i hver brønn i platen.

n

RFU – viser RFU-verdiene ved hver temperatur for hver brønn.

n-d(RFU)/dT – viser den negative endringsraten i RFU etter hvert som temperaturen (T) endres. Detteer et første regresjonsplott for hver brønn i platen.

Velg hvert regneark fra rullegardinmenyen som vises under fanen Melt Curve Data (Smeltekurvedata).

Regnearket Melt Peaks (Smeltetopper)
Regnearket Melt Peaks (Smeltetopper) viser alle smeltekurvedata.

Tabell 22 på side 231 definerer dataene som vises i regnearket Melt Peaks (Smeltetopper).

230 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Melt Curve Data (Smeltekurvedata)

Tabell 22. Innhold i regnearket Melt Peaks (Smeltetopper)

Informasjon

Beskrivelse

Well (Brønn)

Brønnposisjon i platen

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detektert

Content (Innhold)

Sample Type (Prøvetype) oppført i vinduet Plate Editor(Plateredigering)Target (Mål)

Amplifiseringsmål (gen)Sample (Prøve)

Sample Name (Prøvenavn) oppført i vinduet Plate Editor(Plateredigering)

Melt Temperature

Smeltetemperaturen til hvert produkt, oppført som en topp (høyeste)(Smeltetemperatur)

per rad i regnearket

Peak Height (Topphøyde)Høyde på toppen

Begin Temperature

Temperatur på begynnelsen av toppen(Starttemperatur)
End Temperature (Sluttemperatur)

Temperatur på slutten av toppen

Regnearket Plate
Regnearket Plate viser smeltekurvedata i et plateformat.

Merknad: For å justere toppen som programvaren kaller, justerer du terskellinjen i diagrammet Melt
Peak (Smeltetopp) i fanen Melt Curve (Smeltekurve).
Tabell 23 på side 232 definerer dataene som vises i regnearket Plate.

Brukerhåndbok | 231

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Tabell 23. Innhold i regnearket Plate

Informasjon

Beskrivelse

Innhold

Kombinasjon av Sample Type (Prøvetype) (påkrevd) og Replicate # (Replikatnr.)(valgfritt)

Prøve

Prøvebeskrivelse

Peak 1 (Topp 1)

Første smeltetopp (høyeste)

Peak 2 (Topp 2)

Andre smeltetopp (lavere)

RFU-regnearket
RFU-regnearket viser fluorescensen for hver brønn ved hver syklus hentet under smeltekurven.

Tabell 24 definerer dataene som vises i regnearket RFU.
Tabell 24. Innhold i regnearket RFU

Informasjon

Beskrivelse

Brønnnummer (A1, A2, A3, A4, A5)

Brønnposisjon i platen for brønnene som erlastet inn

Temperature (Temperatur)

Smeltetemperaturen til det amplifiserte målet,plottet som én brønn per rad og flere brønner for
flere produkter i den samme brønnen

232 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Melt Curve Data (Smeltekurvedata)

Regnearket -d(RFU)/dT
Regnearket -d(RFU)/dT viser den negative endringshastigheten i RFU etter hvert som temperaturen (T)endres.

Tabell 25 definerer dataene som vises i regnearket -d(RFU)/dT.
Tabell 25. Innhold i regnearket -d(RFU)/dT

Informasjon

Beskrivelse

Brønnnummer (A1, A2, A3, A4, A5)

Brønnposisjon i platen for brønnene som er lastet inn

Temperature (Temperatur) -d(RFU)/dT

Negativ endringshastighet i RFU etter hvert som
temperaturen (T) endres

Brukerhåndbok | 233

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Fanen End Point (Endepunkt)Åpne fanen End Point (Endepunkt) for å analysere endelige relative fluorescence-enheter (RFU-er) for
prøvebrønnene. Programvaren sammenligner RFU-nivåene for brønner med ukjente prøver med RFUnivåene for brønner med negative kontroller og «kaller» den ukjente positiv eller negativ. Positive prøver
har en RFU-verdi som er høyere enn den gjennomsnittlige RFU-verdien til den negative kontrollen pluss
cutoff-verdien.

For å analysere endepunktdataene må platen inneholde negative kontroller, ellers kan ikke programvaren
foreta bestemmelsen.
nKjør en Quantification (Kvantifisering)-protokoll – sett opp en standardprotokoll. Når kjøringen er
fullført, åpner du vinduet Data Analysis (Dataanalyse), justerer innstillingene for dataanalyse i fanen
Quantification (Kvantifisering) og klikker deretter på fanen End Point (Endepunkt) for å velge enendepunktsyklus.

nKjør en End Point Only (Kun endepunkt)-protokoll – last inn protokollen End Point Only (Kunendepunkt) i fanen Plate i vinduet Run Setup (Kjøringsoppsett), velg eller opprett en plate og start
kjøringen.

234 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen End Point (Endepunkt)

Fanen End Point (Endepunkt) viser de gjennomsnittlige RFU-verdiene for å bestemme om målet ble
amplifisert ved den siste (ende)syklusen. Bruk disse dataene til å bestemme om en bestemt målsekvens
er tilstede (positiv) i en prøve. Positive mål har høyere RFU-verdier enn cutoff-nivået du definerer.
Tips: Når du vil opprette en endepunktprotokoll må du åpne fanen Protocol (Protokoll) (vinduet Run
Setup (Kjøringsoppsett)) og velge Run > End Point Only Run (Kjør > Kjøring av kun endepunkt).
Når kjøringen er fullført, åpnes datafilen i fanen End Point (Endepunkt), som består av følgende deler:nSettings (Innstillinger) – justerer innstillinger for dataanalyse.

nResults (Resultater) – viser resultatene umiddelbart etter at du har justert innstillingene.

n

Well Selector (Brønnvelger) – velger brønnene med endepunktdataene du vil vise.

n

RFU-regneark – viser ende-RFU innsamlet i de valgte brønnene.

Resultatdata
Delen Results (Resultater) viser følgende data:nLowest RFU value (Laveste RFU-verdi) – laveste RFU-verdi i dataenenHighest RFU value (Høyeste RFU-verdi) – høyeste RFU-verdi i dataenen

Negative Control Average (Gjennomsnitt av negative kontroller) – gjennomsnittlig RFU for brønnene
som inneholder negative kontrollern

Cut Off Value (Cutoff-verdi) – beregnes ved å legge til toleransen (RFU eller Percentage of Range(Prosent av område) oppført i Settings (Innstillinger)) og gjennomsnittet av de negative kontrollene.
Prøver med RFU-er som er større enn grenseverdien, vil bli kalt "Positive". For å justere cutoffverdien, endrer du RFU eller prosent av område

Cutoff-verdien beregnes med denne formelen:
Cutoff-verdi = gjennomsnitt av negative kontroller + toleranse
Velg en toleranse ved hjelp av én av disse metodene:n

RFUs (RFU-er) (standard) – velg denne metoden hvis du vil bruke en absolutt RFU-verdi fortoleransen. Minimum RFU-toleranseverdi er 2. Maksimum er den absolutte verdien av den høyeste
RFU-verdien minus den absolutte verdien av den laveste RFU-verdien. Standard RFUtoleranseverdi er 10 % av det totale RFU-området.

n

Percent of Range (Prosent av område) – velg denne metoden hvis du vil bruke en prosent av RFUområdet for toleransen. Minimum prosent av området er 1 %. Maksimum prosent av området er 99%. Standard prosent av området er 10 %.

Brukerhåndbok | 235

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Justere analysen av endepunktsdata
Slik justerer du dataene i fanen End Point (Endepunkt)u

Velg en av følgende fremgangsmåter:n

Velg en fluorofor fra rullegardinmenyen.

nVelg en verdi for End Cycle to Average (Endesykluser som brukes til å finne gjennomsnitt) for å
angi antall sykluser som skal brukes til å beregne gjennomsnittlig endepunkt-RFU.

n

Velg RFU-er for å vise data i relative fluorescerende enheter.

nVelg Percentage of Range (Prosentvist område) for å vise dataene som en prosentandel av
RFU-området.

n

Velg brønner i brønnvelgeren for å fokusere på delsett av dataene.

n

Velg en brønngruppe for å vise og analysere et delsett av brønnene i platen. Velg hver
brønngruppe etter navn i rullegardinmenyen Well Group (Brønngruppe) på verktøylinjen.

RFU-regneark for endepunktsanalyse
Tabell 26 definerer dataene som vises i RFU-regnearket i fanen End Point (Endepunkt).
Tabell 26. Innhold i RFU-regnearket End Point (Endepunkt)Informasjon

Beskrivelse

Well (Brønn)

Brønnposisjon i platen

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detektert

Content (Innhold)

Kombinasjon av prøvetype og replikatnummer

End RFU (Ende-RFU)

RFU ved endepunktssyklusen

Call (Bestemmelse)

Positive (Positiv) eller Negative (Negativ), der positive prøver har en RFUverdi som er større enn gjennomsnittlig RFU for de negative kontrollene pluss
Cut Off Value (Cutoff-verdi)

Sample (Prøve)

Sample Name (Prøvenavn) som er lastet inn i Plate Editor (Plateredigering)236 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)

Fanen Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)
Fanen Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering) tilordner genotyper til brønner med ukjente prøver.
Bruk disse dataene til å identifisere prøver med ulike genotyper, inkludert Allele 1 (Allel 1), Allele 2 (Allel2), Heterozygote (Heterozygot), No Call (no amplification) (Ingen bestemmelse (ingen amplifisering) eller
Undetermined (Ubestemt).
Merknad: Dataene for allelisk diskriminering må komme fra multiplex kjøringer med minst to
fluoroforer. Hver fluorofor identifiserer ett allel i alle prøver.

Allelisk diskriminering krever følgende minimale brønninnhold:n

To fluoroforer i hver brønnnNTC-prøver (ikke-templatkontroll) for optimert dataanalyse

CFX Maestro Dx SE har fire alternativer for visning av data om allelisk diskriminering:nDiagram over allelisk diskriminering – viser dataene på en graf over RFU for allel 1 / allel 2. Hvert av
punktene på grafen representerer data fra begge fluoroforer i én brønn. Du kan veksle mellom
kartesiske koordinater og polarkoordinater ved å merke eller fjerne merkingen i avmerkingsboksen
Polar Coordinates (Polarkoordinater). Cartesian Coordinates (Kartesiske koordinater) representerer
RFU for allel 1 på x-aksen og RFU for allel 2 på y-aksen. Polarkoordinater representerer vinkelen på
x-aksen og avstanden mellom origo og RFU på y-aksen (medianen til alle NTC-er).

Brukerhåndbok | 237

Kapittel 11 Detaljer om dataanalysenBrønnregneark – viser data for allelisk diskriminering, som er samlet inn i hver av brønnene på
platen.

nBrønnvelger – velger brønnene som har de alleliske dataene du vil vise.

nPanelet Selected Fluorophores (Valgte fluoroforer) – endrer etikettene på x- og y-aksene idiagrammet for allelisk diskriminering, syklusen som skal analyseres og hvorvidt
bestemmelseskartet skal vises.

Justere data for allelisk diskriminering
Programvaren tilordner automatisk en genotype til brønner med ukjente prøver basert på posisjonene til
NTC-ene samt vinkelen og avstanden til de ukjente datapunktene fra NTC-ene.

Slik justerer du data for allelisk diskrimineringuVelg en av følgende fremgangsmåter:n

Hvis du vil vise polarkoordinater, merker du avmerkingsboksen i diagrammet Allelic
Discrimination (Allelisk diskriminering).

nHvis du vil vise en annen fluorofor, velger du den fra rullegardinmenyen i panelet SelectedFluorophores (Valgte fluoroforer).

nHvis du vil endre en bestemmelse, drar du markøren over ett eller flere datapunkter idiagrammet Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering) og velger et alternativ i listen Selected
Wells (Valgte brønner):oAllele 1 (Allel 1)oAllele 2 (Allel 2)oHeterozygote (Heterozygot)oUndetermined (Ubestemt)o

No Call (Ingen bestemmelse)oAuto Call (Automatisk bestemmelse)

Tips: Velg Auto Call (Automatisk bestemmelse) for å gå tilbake til standard bestemmelse.

238 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)

Menyalternativer for diagrammer
I tillegg til de vanlige alternativene i høyreklikkmenyen for diagrammer (se Vanlige elementer ihøyreklikkmenyen for diagrammer på side 206), viser Tabell 27 menyalternativene som er tilgjengelige fordiagrammet Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering).
Tabell 27. Alternativer i høyre- og venstreklikkmenyen for diagrammet Allelic Discrimination(Allelisk diskriminering)

Menyalternativ

Funksjon

Zoom

Fokuserer diagramvisningen på det valgte området (ved å klikke og
dra markøren i diagrammet).
Tips: Hvis du vil gjenopprette zoomingen for å vise alle
datapunkter, høyreklikker du og velger Set Scale to Default(Angi skala til standard).

Well (Brønn)

Alternativene for den valgte brønnen er: vis kun denne brønnen,
fjern denne brønnen fra visningen, angi farge for denne kurven og
ekskludere denne brønnen fra analysen.

Selected Wells (Valgte brønner)

Alternativene for de valgte brønnene (som velges ved å klikke og dra
markøren i diagrammet) er: vis kun disse brønnene, fjern disse
brønnene fra visningen, angi farge for disse kurvene og ekskluder
disse brønnene fra analysen.

Regnearket Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)Tabell 28 definerer dataene som vises i regnearket Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering).
Tabell 28. Innhold i regnearket for allelisk diskriminering

Informasjon

Beskrivelse

Well (Brønn)

Brønnposisjon i platen

Sample (Prøve)

Navn på prøven

Call (Bestemmelse)

Identiteten til allelen, inkludert automatisk Allele 1 (Allel 1), Allele 2(Allel 2), Heterozygote (Heterozygot), No Call (Ingen bestemmelse)
eller Undetermined (Ubestemt)

Brukerhåndbok | 239

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Tabell 28. Innhold i regnearket for allelisk diskriminering, forts.

Informasjon

Beskrivelse

Type

Auto (Automatisk) eller Manual (Manuell) beskriver hvordan
bestemmelsen ble gjort. Automatisk betyr at programvaren valgte
bestemmelsen. Manuell betyr at brukeren valgte bestemmelsen.

RFU1

Relative fluorescensenheter for Allele1 (Allel 1)

RFU2

Relative fluorescensenheter for Allelle2 (Allel 2)

240 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Custom Data View (Tilpasset datavisning)

Fanen Custom Data View (Tilpasset datavisning)
I fanen Custom Data View (Tilpasset datavisning) vises flere ruter i tilpassbart format samtidig.
Rullegardinmenyen Load a Preset View (Last inn en forhåndsinnstilt visning) inneholder et utvalg av
maler for visningsformater. Standardvisningen avhenger av hvilken fil som analyseres. For eksempel,
hvis det finnes data for Melt Curve (Smeltekurve), vises standardvisningen Amp+Melt.

Brukerhåndbok | 241

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Opprette en tilpasset datavisning
Slik oppretter du en tilpasset datavisningu

Velg en av følgende fremgangsmåter:n

Velg en forhåndsinnstilt visning fra rullegardinmenyen.

nVelg en annen diagramvisning fra rullegardinmenyen, som du finner øverst i hver rute.

nEndre antall rader og kolonner i fanen.

nEndre størrelse på hver enkelt rute. Trekk i kantene ytterst på hver av rutene.

Klikk på Save as Preset (Lagre som forhåndsinnstilling) for å lagre tilpasningen som en forhåndsinnstilt
mal. Klikk på Manage Presets (Administrer forhåndsinnstillinger) for å slette, endre navn på eller
gjennopprette eksisterende forhåndsinnstilte visinger.

242 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen QC (Kvalitetskontroll)Fanen QC (Kvalitetskontroll)
Bruk fanen QC (Kvalitetskontroll) til raskt å vurdere kvaliteten på de kjørte dataene basert på reglene i
QC-fanen i vinduet User Preferences (Brukerpreferanser).
CFX Maestro Dx SE har fire alternativer for visning av QC-data (Kvalitetskontroll):nAmplification chart (Amplifiseringsdiagram) – viser RFU for hver brønn ved hver syklus. Hver kurve
i diagrammet representerer data fra en fluorofor i én brønn.

n

QC rules table (Regeltabell for kvalitetskontroll) – viser de tilgjengelige kvalitetskontrollreglene og
innstillingene som definerer hver regel. Anvendte kvalitetskontrollregler angis med en hake.

nWell selector (Brønnvelger) – velger brønnene med fluorescensdataene du vil vise.

nSammendragsrute for kvalitetskontrollregel – viser den valgte kvalitetskontrollregelen og uthever
brønner som ikke oppfyller regelen.

Endre kvalitetskontrollkriterier
Slik endrer du kvalitetskontrollkriterieruMerk eller fjern merket i avmerkingsboksen Use (Bruk) for å inkludere eller ekskludere regelen fra
kvalitetskontrollen.

Brukerhåndbok | 243

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Ekskludere brønner som ikke består kvalitetskontroll
CFX Maestro Dx SE viser brønner som ikke består kvalitetskontrollkriterier i kolonnen Results(Resultater) i tabellen med kvalitetskontrollregler og i sammendragsruten.

Slik ekskluderer du brønner som ikke består kvalitetskontrollkriterieruVelg Exclude Wells (Ekskludere brønner) for hver brønn som skal ekskluderes.

244 | CFX Maestro Dx SE-programvareFanen Run Information (Kjøringsinformasjon)

Fanen Run Information (Kjøringsinformasjon)
Fanen Run Information (Kjøringsinformasjon) viser protokollen og annen informasjon om hver kjøring.
Bruk denne fanen til å gjøre følgende:nVise protokollen.

nLegge inn eller redigere merknader om kjøringen.

nLegge inn eller redigere ID-en eller strekkoden for kjøringen.

nVise hendelser som kan ha oppstått under kjøringen. Bruk disse meldingene som en hjelp til
feilsøkingen av en kjøring.

Tips: Høyreklikk i protokollen for å kopiere, eksportere eller skrive den ut. Høyreklikk i rutene Notes(Merknader), ID/Bar Code (ID/strekkode) eller Other (Annet) for å angre, klippe ut, kopiere, lime inn,slette eller velge teksten.

Brukerhåndbok | 245

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Dataanalyserapporter
Dialogboksen for rapporter viser informasjon om gjeldende datafil i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).
Velg Tools > Reports (Verktøy > Rapporter) eller klikk på Reports (Rapporter) på verktøylinjen.
Dialogboksen for rapporter består av følgende deler:nMeny og verktøylinje – inneholder alternativer for å formatere, lagre og skrive ut rapporten eller
malen.

n

Alternativliste (øverst til venstre i dialogboksen) – inneholder alternativer som kan vises i rapporten.

n

Alternativrute (nederst til venstre i dialogboksen) – viser tekstbokser hvor du kan legge inn
informasjon om et valgt alternativ.

nForhåndsvisningsrute (høyre side av dialogboksen) – viser en forhåndsvisning av den gjeldenderapporten.

246 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Dataanalyserapporter

Kategorier for dataanalyserapporter
Tabell 29 viser alle alternativene som er tilgjengelige for en dataanalyserapport, avhengig av typen data i
vinduet Data Analysis (Dataanalyse).
Tabell 29. Kategorier for dataanalyserapporter i listen over alternativer

Kategori

Alternativ

Beskrivelse

Overskrift
Tittel, undertittel og logo for
rapporten
Report Information

Kjøringsdato, brukernavn,(Rapportinformasjon)

datafilnavn, datafilbane og valgt
brønngruppe

Audit Information

Tilleggsinformasjon som kreves(Revisjonsinformasjon)

for revisjon, inkludert signaturer

Notes (Merknader)

Merknader om datarapporten

Run Information

Kjøringsdato, brukernavn,(Kjøringsinformasjon)

datafilnavn, datafilbane og valgt

Run Setup (Kjøringsoppsett)brønngruppe
Protocol (Protokoll)

Tekstvisning av protokolltrinn og-alternativer

Plate Display (Platevisning)

Platevisning av informasjonen
for hver brønn i platen

Quantification (Kvantifisering)
Analysis Settings

Nummer på(Analyseinnstillinger)

datainnsamlingstrinn,
analysemodus og metode forbaselinjesubtraksjon

Amplification Chart

Amplifiseringsdiagram for(Amplifiseringsdiagram)kjøringer som inkludererkvantifiseringsdata

Brukerhåndbok | 247

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Tabell 29. Kategorier for dataanalyserapporter i listen over alternativer, forts.

Kategori

Alternativ

BeskrivelseStandard Curve Chart

Standardkurvediagram(Standardkurvediagram)
Data

Regneark som inneholder
dataene for hver brønn

Gene Expression (Genuttrykk) – Bar Chart (Søylediagram)Analysis Settings

Analysemodus, diagramdata,(Analyseinnstillinger)

skaleringsalternativ og
diagramfeil

Chart (Diagram)

Kopi av søylediagrammet

Target Names (Målnavn)

Diagram med målnavn

Sample Names (Prøvenavn)

Diagram med prøvenavn

Data

Regneark som inneholder
dataene for hver brønn

Target Stability (Målstabilitet)

Diagram medmålstabilitetsverdierBox-and-Whisker Chart

Boksdiagram(Boksdiagram)Dot Plot Chart

Dot Plot Chart(Punktplottdiagram)(Punktplottdiagram)

Gene Expression (Genuttrykk) – Clustergram (Klyngediagram) og Scatter Plot
(Spredningsplott)
Analysis Settings

Innstillinger for hver(Analyseinnstillinger)

diagramtype

Chart (Diagram)

Kopi av diagrammet

Data

Regneark som lister opp
dataene i hvert mål

Gene Expression (Genuttrykk) – ANOVA Data (ANOVA-data)

248 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Dataanalyserapporter

Tabell 29. Kategorier for dataanalyserapporter i listen over alternativer, forts.

Kategori

Alternativ

Beskrivelse

ANOVA Settings (ANOVA-

P-verditerskel som brukes iinnstillinger)

analysen

ANOVA Results (ANOVA-

Tabell med resultater fra

resultater)

ANOVA og Tukeys HSD posthoc-analyse

Melt Curve (Smeltekurve)
Analysis Settings

Smeltetrinnummer og innstilling(Analyseinnstillinger)

for terskellinje

Melt Curve Chart

Smeltekurvediagram(Smeltekurvediagram)
Melt Peak Chart

Smeltetoppdiagram(Smeltetoppdiagram)
Data

Regneark som inneholder
dataene for hver brønn

Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)
Analysis Settings

Viser fluoroforer, syklus og(Analyseinnstillinger)

bestemmelseskart

Allelic Discrimination Chart

Kopi av det alleliske(Allelisk

diskrimineringsdiagrammet

diskrimineringsdiagram)
Data

Regneark som inneholder
dataene for hver brønn

End Point (Endepunkt)
Analysis Settings

Fluorofor, gjennomsnitt av(Analyseinnstillinger)

angitte sluttsykluser, modus,
laveste RFU-verdi, høyeste
RFU-verdi og cutoff-verdi

Data

Regneark som inneholder
dataene for hver brønn

Brukerhåndbok | 249

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

Tabell 29. Kategorier for dataanalyserapporter i listen over alternativer, forts.

Kategori

Alternativ

Beskrivelse

Data

Regneark som inneholder

QC Parameters(Kvalitetskontrollparametere)parametrene for hver
kvalitetskontrollregel

250 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Dataanalyserapporter

Opprette en dataanalyserapport
Du kan lagre rapportoppsettet som en mal, som du kan bruke om igjen for lignende rapporter.

Slik oppretter du en dataanalyserapport
1.

Gjør de siste justeringene i brønninnhold, valgte brønner, diagrammer og regneark i vinduet Data
Analysis (Dataanalyse) før du oppretter rapporten.

2.

Velg Tools > Reports (Verktøy > Rapporter) i menylinjen i Data Analysis (Dataanalyse) for å åpnedialogboksen Report (Rapport).

3.

Velg alternativene du vil inkludere i rapporten. Rapporten åpnes med standardalternativene valgt.
Merk av eller fjern merket i avmerkingsboksene for å endre hele kategorier eller individuellealternativer i en kategori.
Tabell 29 på side 247 viser de tilgjengelige alternativene.
Merknad: Dataene som vises i rapporten, avhenger av de aktuelle utvalgene i fanene i vinduet
Data Analysis (Dataanalyse). En kvantifiseringskjøring kan for eksempel ikke inneholde en
standardkurve, og disse dataene vil derfor ikke vises i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) eller idatarapporten.

4.

Endre rekkefølgen på kategoriene og elementene i en rapport. Dra alternativene til den relative
posisjonen. Rekkefølgen på elementene kan bare endres innenfor kategoriene de tilhører.

5.

(Valgfritt) I ruten Report Options (Rapportalternativer) legger du inn informasjon som er relevant for
det valgte alternativet:nVelg et delsett med informasjon som skal vises i rapporten.

n

Velg spesifikke innstillinger for det valgte alternativet.

nEndre teksten som skal vises for det valgte alternativet.

6.

Klikk på Update Report (Oppdater rapport) for å oppdatere Report Preview (Forhåndsvisning av
rapport) med eventuelle endringer.

7.

Skriv ut eller lagre rapporten:a.

Klikk på knappen Print Report (Skriv ut rapport) på verktøylinjen for å skrive ut den aktuellerapporten.

b.

Velg File > Save (Fil > Lagre) for å lagre rapporten som PDF (Adobe Acrobat Reader-fil), MHT(Microsoft-dokument) eller MHTML (Microsoft-dokument) filformat.

c.

Velg et sted der filen skal lagres.

d.

Velg File > Save As (Fil > Lagre som) for å lagre rapporten med et nytt navn eller på et nytt sted.

Brukerhåndbok | 251

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

8.

(Valgfritt) Opprett en rapportmal med informasjonen du ønsker. Hvis du vil lagre de gjeldenderapportinnstillingene i en mal, velger du Template > Save (Mal > Lagre) eller Save As (Lagre som).
Deretter laster du inn rapportmalen neste gang du vil lage en ny rapport.

252 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Dataanalyserapporter

Opprette Well Group Reports (Brønngrupperapporter)
Slik oppretter du en brønngrupperapport
1.

Velg Tools > Well Group Reports (Brønngrupperapporter) i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).

2.

I dialogboksen Well Group Reports (Brønngrupperapporter) velger du brønngruppene,
amplifiseringstrinnene og smeltetrinnene som skal inkluderes i rapporten.

3.

Angi banen eller naviger til målmappen der rapporten skal lagres.

4.

(Valgfritt) Velg Choose a Report Template (Velg en rapportmal) og naviger til mappen med malfilen.

5.

(Valgfritt) Velg Open Destination Folder (Åpne målmappe) for å åpne mappen og vise rapportene nårde har blitt generert.

6.

Klikk på Create Reports (Opprett Rapporter).

Brukerhåndbok | 253

Kapittel 11 Detaljer om dataanalyse

254 | CFX Maestro Dx SE-programvareKapittel 12 Analyse av genuttrykk
Når du bruker grundig kvalifiserte kontroller i reaksjonene, kan du bruke CFX Maestro Dx-programvare,
Security Edition til å utføre en genuttrykkskjøring til å normalisere de relative differansene i enmålkonsentrasjon blant prøver. Uttrykksnivåer for ett eller flere referansegener brukes vanligvis til å
normalisere uttrykksnivåene i et interessegen. Referansegener tar hensyn til innlastingsforskjeller eller
andre variasjoner som finnes i hver prøve, og uttrykksnivåene skal ikke bli påvirket i det biologiske
systemet som undersøkes.
Velg fanen Gene Expression (Genuttrykk) i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) for å evaluere relative
differanser mellom PCR-reaksjoner i to eller flere brønner. Du kan for eksempel evaluere relative antall av
virale genomer eller relative antall av transfekterte sekvenser i en PCR-reaksjon. Det vanligste
bruksområdet for studier av genuttrykk er sammenligning av cDNA-konsentrasjon i mer enn én reaksjon
for å estimere nivået av messenger-RNA («budbringer-RNA») i likevektstilstand.
Programvaren beregner det relative uttrykksnivået til et mål med ett av disse scenarioene:n

Relativt uttrykksnivå for en målsekvens (mål 1) i forhold til et annet mål (mål 2), som for eksempel
mengden av ett gen i forhold til et annet gen under samme prøvebehandling.

nRelativt uttrykksnivå for en målsekvens i en prøve sammenlignet med samme mål under forskjellig
prøvebehandling, for eksempel den relative mengden av ett gen i forhold til seg selv under
forskjellige tidsmessige, geografiske eller utviklingsmessige forhold.

Plateoppsett for analyse av genuttrykk
For utføring av analyse av genuttrykk må innholdet i brønnene inneholde følgende:n

To eller flere mål – de to målene som representerer forskjellige amplifiserte gener eller sekvenser i
prøvene.

n

Ett eller flere referansemål – minst ett mål må være et referansemål for normalisert uttrykk. Tilordne
alle referansemål i vinduet Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) til å analysere dataene imodusen Normalized Expression (Normalisert uttrykk) (ΔΔCq). Kjøringer som ikke inneholder enreferanse, må analyseres ved bruk av modusen Relative Expression (Relativt uttrykk) (ΔCq).

nFelles prøver – reaksjonene må inkludere felles prøver (minst to er obligatorisk) for å vise dataene
plottet i fanen Gene Expression (Genuttrykk). Disse prøvene skal representere ulike behandlinger
eller betingelser for hver av målsekvensene. Tilordne en kontrollprøve (valgfritt) i vinduet Experiment

Brukerhåndbok | 255

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Settings (Eksperimentinnstillinger). Hvis du ikke velger en kontroll, bruker programvaren den laveste
Cq som kontrollen.
Kravene for oppsett av Gene Expression (Genuttrykk) i Plate Editor (Plateredigering) avhenger av om
reaksjonsinnholdet er enkeltpleks PCR, med én fluorofor i reaksjonene, eller multipleks PCR, med merenn én fluorofor i reaksjonene.

Guidet plateoppsett
Hvis plateoppsettet av en datafil ikke inneholder informasjonen som trengs for analyse, og fanen Gene
Expression (Genuttrykk) velges, vil plassen som vanligvis inneholder søylediagrammet, vise instruksjoner
for å legge inn denne informasjonen. Utfør følgende trinn for normalisert genuttrykk:
1.

2.

Definer navn på Target (Mål) og Sample (Prøve) ved å bruke ett av følgende:nPlate Setup (Plateoppsett) – åpner vinduet Plate Editor (Plateredigering).

n

Replace Plate File (Erstatt platefil) – åpner dialogboksen for valg av plate, der du kan navigere til
en tidligere lagret platefil som du vil skal erstatte det gjeldende plateoppsettet.

nReplace PrimePCR File (Erstatt PrimePCR-fil) – åpner dialogboksen for valg av PrimePCR-fil,hvor du kan navigere til en PrimePCR-kjøringsfil og bruke den i plateoppsettet.

Velg ett eller flere referansemål og en kontrollprøve via dialogboksen Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger).
Hvis plateoppsettet allerede inneholder informasjon om mål og prøve, behøver du kun utføre det
andre trinnet, og dette er merket i oransje. Dette trinnet må utføres før analyse av normalisert
genuttrykk kan forekomme.
Merknad: Data for spredningsplott og klyngediagram vises kun dersom alle kravene fornormalisert genuttrykk er oppfylt. Disse kravene står oppført under Plate Setup (Plateoppsett)for Gene Expression Analysis (Genuttrykksanalyse).

256 | CFX Maestro Dx SE-programvareDiagrammer for genuttrykk

Diagrammer for genuttrykk
CFX Maestro Dx SE viser genuttrykksdata i flere visninger. Tabell 30 viser tilgjengelige
diagramalternativer i programvaren.
Tabell 30. Alternativer for diagrammer for genuttrykk

Knapp

Navn

FunksjonGraphing (Graf)

Viser data for normalisert genuttrykk i én av
følgende visninger:
n Bar Chart (Søylediagram) (standard)n Box and Whisker Chart (Boksdiagram)n Dot Plot Chart (Punktplottdiagram)

Clustergram (Klyngediagram)Viser dataene for normalisert uttrykk i et hierarki
basert på graden av likhet i uttrykket for ulikemål og prøver.

Scatter Plot (Spredningsplott)

Viser det normaliserte måluttrykket for en
kontroll sammenlignet med en eksperimentell
prøve.

ANOVA

Viser resultatene av enveis ANOVA i
genuttrykksdata ved bruk av følgende R-pakker
for å utføre ANOVA og fastslå Tukey-resultater:n Companion to Applied Regression (car)n Minste kvadraters metode (lsmeans)

Verktøyet Reference Gene

(Tilgjengelig på Study Analysis (Studieanalyse)-

Selection (Valg av referansegen)fanen i Gene Study (Genstudie)-vinduet)
Identifiserer de testede referansegenene og
kategoriserer dem som Ideal (Ideelle),
Acceptable (Akseptable) eller Unstable(Ustabile) basert på stabiliteten deres.

PrimePCR Controls Analysis(Tilgjengelig på Study Analysis (Studieanalyse)-(Analyse av PrimePCR-

fanen i Gene Study (Genstudie)-vinduet) Viser

kontroller)

resultatene for de testede prøvene.

Brukerhåndbok | 257

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Graphing (Graf)

Det relative måluttrykket presenteres i disse to visningene:n

Genuttrykksdiagram – viser PCR-data i sanntid som ett av følgende:o

ΔΔCq – relativt normalisert uttrykk beregnet ved bruk av kontrollprøver og referansemål.

o

ΔCq – relativ mengde av målgenet i en prøve sammenlignet med en kontrollprøve.

Se Endre og anmerke diagramvisningen på side 260 for mer informasjon om visning av data.
n

Spreadsheet (Regneark) – viser et regneark med genuttrykksdataene.
Tips: Høyreklikk på et diagram eller regneark for alternativer. Velg View/Edit Plate (Vis/rediger
plate) fra rullegardinmenyen Plate Setup (Plateoppsett) for å åpne Plate Editor (Plateredigering)og endre brønninnholdet i platen.
Tips: Velg Sort (Sorter) fra høyreklikkmenyen for å endre rekkefølgen for Target (Mål)- og
Sample (Prøve)-navn i diagrammet.

Normalisert genuttrykk
Data normaliseres ved å bruke det målte uttrykksnivået til én eller flere referansegener som
normaliseringsfaktor. Referansegener er mål som ikke er regulert i det biologiske systemet som
undersøkes, som f.eks. aktin, GAPDH eller tubulin.

258 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)

Slik setter du opp analyse med normalisert genuttrykk (ΔΔCq)
1.

Åpne en datafil (av filtypen .pcrd).

2.

Se gjennom dataene i fanen Quantification (Kvantifisering) i vinduet Data Analysis (Dataanalyse).
Juster dataene, som f.eks. endre terskel og analysemodus.

3.

Lukk fanen Gene Expression (Genuttrykk).

4.

Klikk på Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) i fanen Gene Expression (Genuttrykk).

5.

I dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) gjør du følgende:

6.

a.

Lukk fanen Samples (Prøver), og velg en kontroll. Når en kontroll tilordnes, normaliserer
CFX Maestro Dx SE den relative kvantiteten for alle gener til kontrollkvantiteten, som er satt til 1.

b.

Lukk fanen Target (Mål), og velg referansegener. Analyse av genuttrykk krever én referanse
blant målene i prøvene.

Velg Normalized Expression (Normalisert uttrykk) (ΔΔCq) hvis det ikke allerede er valgt, og vis
deretter uttrykksnivåene i fanen Gene Expression (Genuttrykk).
Merknad: Du kan også bruke Setup Wizard (Oppsettsveiviser) til å sette opp plateoppsettet foranalyse av normalisert gensett.

Relativ kvantitet
Relative kvantitetsdata (ΔCq) blir per definisjon ikke normalisert. Denne metoden brukes til å kvantitere
prøver som ikke inkluderer noen referansegener (mål). Vanligvis er forskere sikre på én av følgende
vurderinger når de setter opp kjøringen:n

Hver prøve inneholder samme mengde RNA eller cDNA i hver brønn.

nEnhver varians i mengden biologisk prøve som lastes inn, vil bli normalisert etter kjøringen med en
metode i dataanalysen utenfor programvaren. En forsker kan for eksempel velge å dividere den
relative kvantitetsverdien med normaliseringsfaktoren, muligens massen av nukleinsyre lastet inn for
hver prøve, eller antallet celler som nukleinsyren ble isolert fra.

Slik kjører du en relativ kvantitetsanalyse (ΔCq)
u

I fanen Gene Expression (Genuttrykk) velger du Relative Quantity (Relativ kvantitet) (ΔCq) fra
rullegardinmenyen Mode (Modus) i høyre rute.
Tips: Hvis du vil sammenligne resultater med data fra andre genuttrykkskjøringer, åpner du enny genstudie eller legger til en datafil i en eksisterende genstudie.

Brukerhåndbok | 259

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Endre og anmerke diagramvisningen
Ved å bruke kommandoene på diagramverktøylinjen og diagramverktøy for dataanalyse kan du endre
diagramvisningen og kommentere hvert diagram. Diagramverktøylinjen vises mellom diagrammet og
dataanalyseregnearket nederst på skjermen.

Chart Toolbar Tools (Diagramverktøy på verktøylinjen)
Tips: Se Diagrammer på side 198 for informasjon om diagramverktøyene som vises til høyre fordataanalysediagrammene.
Verktøylinjen under diagrammene gir hurtig tilgang til anmerkningsverktøyer.

Tabell 31 lister opp funksjonene til knappene i diagramverktøylinjen.
Tabell 31. Diagramverktøylinje

Knapp

Navn

Funksjon

Bar Chart

Viser det relative uttrykket av målene.

(Søylediagram)Box and Whisker Chart

Viser data som kvartilområder (se Beregninger for(Boksdiagram)boksdiagram på side 296 for detaljer om beregninger).
Merknad: Kun tilgjengelig hvis Analyze Using (Analyser
ved hjelp av) er satt til Biological Groups Only (Kunbiologiske grupper).

Dot Plot Chart

Viser de individuelle prøvedatapunktene for hvert mål.

(Punktplottdiagram)

Merk: Kun tilgjengelig hvis Analyze Using (Analyser ved
hjelp av) er satt til Biological Groups Only (Kun biologiske
grupper).

Add Arrow (Legg til pil)Tegner en pil på det aktive diagrammet.

Add Circle (Legg til sirkel)

Tegner en sirkel på det aktive diagrammet.

Add Text (Legg til tekst)

Setter inn en tekstboks i det aktive diagrammet, der du kan
legge inn tekst for å identifisere interessante elementer idiagrammet.

260 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)

Tabell 31. Diagramverktøylinje, forts.

Knapp

Navn

Funksjon

Undo (Angre)

Fjerner eller reverterer den siste anmerkningen utført på
det aktive diagrammet.

Redo (Gjør om)

Reverterer den siste Undo (Angre)-handlingen som ble
utført på det aktive diagrammet.

Clear All (Fjern alle)

Fjerner alle anmerkninger på det aktive diagrammet.

Sortere måldata, prøvedata og data om biologisk gruppe
Merknad: Dette alternativet er kun tilgjengelig for genuttrykksdiagrammer.
Som standard vises listene Targets (Mål), Samples (Prøver) og Biological Groups (Biologiske grupper) i
alfabetisk rekkefølge. Bruk dialogboksen Sort (Sorter) for å sortere visningen i omvendt alfabetisk
rekkefølge eller for manuelt å flytte et begrep til en annen plassering på listen.

For å sortere måldata, prøvedata og data om biologisk gruppe
1.

Klikk på Sort (Sortere) i diagramverktøyene.
Dialogboksen Gene Expression Chart Sorting (Sortering i genuttrykksdiagram).

2.

Klikk på Z-A i dialogboksen for å sortere listen i omvendt alfabetisk rekkefølge.

3.

Hvis du vil flytte et begrep manuelt, velger du begrepet og klikker på den relevante knappen mellom
diagrammene:n

Klikk på pil opp eller pil ned for å flytte det valgte begrepet én posisjon.

Brukerhåndbok | 261

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

n4.

Klikk på pil opp- eller pil ned-rullefeltet for å flytte det valgte begrepet til øverste eller nederste
posisjon på listen.

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til fanen Gene Expression (Genuttrykk).

262 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)

Endre fargeinnstillinger for mål, prøve og biologisk gruppe
Bruk dialogboksen Color Settings (Fargeinnstillinger) for å endre fargen på et mål, en prøve eller biologisk
gruppe, eller for å fjerne elementet fra grafen.

Slik endrer du fargeinnstillinger for målet
1.

Kontroller at Sample (Prøve) vises i X-aksens rullegardinmeny i høyre rute i dialogboksen Gene
Expression (Genuttrykk).

2.

Velg Color Settings (Fargeinnstillinger) i Chart Tools (Diagramverktøy).
Dialogboksen Color Settings (Fargeinnstillinger) vises.

3.

Hvis du vil endre visningsfargen for et mål, klikk på fargen i kolonnen Color (Farge).

4.

I dialogboksen Color (Farge) som vises, velger du en ny farge og klikker på OK.

5.

Hvis du vil fjerne et mål fra genuttrykksgrafen, fjerner du merket i avmerkingsboksen i kolonnen Show
Chart (Vis diagram).
Tips: Hvis du vil fjerne alle mål, fjerner du merket i Show Chart (Vis diagram) i
kolonneoverskriften.

6.

(Valgfritt) Søylene vises i heldekkende farger som standard. Hvis du vil vise søylene i graderte farger,
fjerner du merket i Use Solid Colors (Bruk heldekkende farger).

7.

Klikk på OK for å lagre endringene og gå tilbake til fanen Gene Expression (Genuttrykk).

Slik endrer du fargeinnstillinger for prøven eller den biologiske gruppen
1.

Kontroller at Target (Mål) vises i X-aksens rullegardinmeny i høyre rute i dialogboksen Gene
Expression (Genuttrykk).

2.

Utfør trinnene i Slik endrer du fargeinnstillinger for målet på side 263.

Endre diagramvisningen
Slik endrer du gjeldende diagramvisningu

Velg menykommandoen for ønsket visning på verktøylinjen.

Merknad: Fanen Gene Expression (Genuttrykk) åpnes alltid med dataene i standard
søyediagramvisning.

Brukerhåndbok | 263

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Ekskludere avvikende datapunkter
I punktdiagrammet kan du enkelt vise og ekskludere avvik fra analysen.

Slik ekskluderer du avvikende datapunkteru

Høyreklikk på ønsket avvik i punktdiagrammet, og velg Exclude Well from Analysis (Ekskluder brønn
fra analysen).

Datapunktet fjernes fra punktdiagrammet, og brønnen blir grå i Well Selector (Brønnvelger) i fanen
Quantification (Kvantifisering).

Slik inkluderer du et ekskludert avvikende datapunktu

I fanen Quantification (Kvantifisering) høyreklikker du på brønnen i Well Selector (Brønnvelger), og
deretter velger du Well > Include in Analysis (Brønn > Inkluder i analysen).

Vise informasjon om datapunkter
Slik viser du informasjon om datapunkteruSett markøren på et individuelt datapunkt i bokstegningsdiagrammet eller punktdiagrammet.

Det vises et verktøytips, der du ser prøvenavnet og prøvens uttrykk (relativ kvantitet eller normalisertuttrykk, avhengig av valgt modus).

Anmerke diagrammer
Du kan legge til piler, sirkler og tekst i hver søylediagramvisning for å kommunisere data tydelig.
Anmerkningene lagres sammen med søylediagrammet, og vises i den eksporterte og trykte filen.
Anmerkninger som gjøres i en diagramvisning, blir imidlertid ikke lagt til i andre diagramvisninger.

Slik tegner du en pil eller sirkel på diagrammet
1.

Klikk på ønsket verktøy på verktøylinjen i søylediagrammet.

2.

Klikk på søylediagrammet og dra markøren over diagrammet etter behov.

264 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)

Slik legger du til tekst i diagrammet
1.

Klikk på Add Text (Legg til tekst) på verktøylinjen i søylediagrammet.

2.

Klikk på søylediagrammet. En tekstboks vises på stedet.

3.

Legg til tekst i tekstboksen.

4.

Klikk hvor som helst på diagrammet for å lukke tekstboksen.
Tips: Trykk på Enter for å legge til flere linjer i tekstboksen.

Slik flytter du en anmerkning
1.

Hold markøren over anmerkningen. Ikonet endres til en pekefinger, og kantlinjen rundt
anmerkningen utheves.

2.

Klikk på anmerkningen og dra den til en annen posisjon.

3.

Slipp anmerkningen for å feste den på plass.

Slik angrer du en anmerkningu

Klikk på Undo (Angre).
Anmerkningen som ble lagt til sist, fjernes.
Tips: Du kan angre de ti nyeste anmerkningene, én om gangen.

Slik gjør du om en anmerkningu

Klikk på Redo (Gjør om).
Anmerkningen som ble fjernet sist, kommer tilbake.
Tips: Du kan gjøre om de ti nyeste anmerkningene, én om gangen.

Slik sletter du en anmerkningu

Høyreklikk på anmerkningen og velg Delete (Slett).

Brukerhåndbok | 265

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Justere genuttrykksdataNår du har valgt analysemodus, normalisert uttrykk (∆∆Cq) eller relativ kvantitet (∆Cq), justerer dudataene som vises i fanen Gene Expression (Genuttrykk) ved å endre innstillingsalternativene til høyre fordiagrammet .
Tips: Du angir standard dataalternativer for Gene Expression (Genuttrykk) i dialogboksen User
Preferences (Brukerpreferanser) (se Angi standardparametere for datafil for genuttrykk på side 90).

Diagramdata
Angi verdien for Y-aksen til Linear (Lineær) skala for å aktivere alternativer for diagramdata. Alternativer
for diagramdata gir deg mulighet til å presentere dataene i diagrammet ved bruk av ett av disse
alternativene:n

Relative to control (Relativ til kontroll) – fremstill dataene grafisk med aksen skalert fra 0 til 1. Hvis dutilordner en kontroll i kjøringen, velger du dette alternativet for raskt å visualisere opp- og
nedregulering av målet.

n

Relative to zero (Relativ til null) – fremstill dataene grafisk med origo på null.

Analyze Using (Analyser ved bruk av)
Bruk rullegardinmenyen for å velge hvordan data blir analysert og plottet. Alternativene er:nSamples Only (Kun prøver) – data blir analysert og plottet per prøve.

nBiological Groups Only (Kun biologiske grupper) – data blir analysert og plottet for biologiske
grupper. Uttrykket som vises for den biologiske gruppen, er det geometriske gjennomsnittet for
prøvene i den gruppen.

n

Sample Biological Group (Prøve, biologisk gruppe) – data blir analysert og plottet per prøve, med den
biologiske gruppen lagt til etter prøvenavnet. De viste P-verdiene blir beregnet ut fra den biologiske
gruppen.

nBiological Group Sample (Biologisk gruppe, prøve) – data blir analysert og plottet per prøve, med den
biologiske gruppen lagt til før prøvenavnet. De viste P-verdiene blir beregnet ut fra den biologiske
gruppen.

Bruk rullegardinmenyen for å velge en prøve som skal brukes til å normalisere relativ kvantitet:

Annotate P-Values (Anmerk P-verdier) og P-Value Threshold (P-verditerskel)
Når Annotate P-Values (Anmerk P-verdier) er valgt, viser programvaren en stjerne (*) påsøylediagrammet over et mål dersom målets P-verdi er under den valgte terskelen. Programvaren

266 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)

beregner P-verdien automatisk ved å sammenligne prøvens uttrykksnivå med den valgte kontrollprøvens
uttrykksnivå ved bruk av en standard t-test. Området for P-verditerskelen er 0,000–1,000.

Alternativer for x-akse
Med X-Axis Option (Alternativ for x-akse) kan du velge x-aksedata for diagrammet Gene Expression(Genuttrykk):nTarget (Mål) – plotter målnavnene på x-aksen.

nSample (Prøve) – plotter prøvenavnene på x-aksen.

Alternativer for y-akse
Med alternativet for y-akse kan du vise diagrammet Gene Expression (Genuttrykk) i én av disse tre
skalaene:nLinear (Lineær) – velg dette alternativet for å vise en lineær skala.
Tips: Hvis du setter y-aksen til Linear (Lineær), aktiveres rullegardinmenyen Graph Data
(Grafdata), der du kan velge å vise data i forhold til kontroll eller i forhold til null.

n

Log 2 – velg dette alternativet for å evaluere prøver over et stort dynamisk område.

n

Log 10 – velg dette alternativet for å evaluere prøver over et svært stort dynamisk område.

Alternativer for skalering
Velg Normalized Gene Expression (Normalisert genuttrykk) (ΔΔCq) og still til None (Ingen) for å aktivere
alternativene for skalering i diagrammet Gene Expression (Genuttrykk). Velg ett av disseskaleringsalternativene for å beregne og presentere dataene på en måte som best passer til kjøringens
design:n

Unscaled (Ikke skalert) – viser det ikke-skalerte normaliserte genuttrykket.

nHighest (Høyest) – skalerer det normaliserte genuttrykket for hvert mål ved å dele uttrykksnivået til
hver prøve på det høyeste uttrykksnivået i alle prøvene.
Dette skaleringsalternativet bruker skalert-til-høyest-formelen.

nLowest (Lavest) – skalerer det normaliserte genuttrykket for hvert mål ved å dele uttrykksnivået til
hver prøve på det laveste uttrykksnivået i alle prøvene.
Dette skaleringsalternativet bruker skalert-til-lavest-formelen.

nAverage (Gjennomsnitt) – skalerer det normaliserte genuttrykket for hvert mål ved å deleuttrykksnivået til hver prøve på den geometriske middelverdien til uttrykksnivåene for alle prøvene.
Dette skaleringsalternativet bruker skalert-til-gjennomsnitt-formelen.

Brukerhåndbok | 267

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Velg et alternativ for typen feilberegninger (feilsøyler) i Gene Expression (Genuttrykk)-diagrammet:

Multiplikator for feilsøyler i diagram
Velg en multiplikator for feilsøylene i diagrammet Gene Expression (Genuttrykk). Velg ett av disse
heltallene:n+/- 1 (standard)

n

2

n

3

Typen multiplikator endres når du velger feillinje:n

SEMs for standard error of the mean (SEMs for standardfeil for gjennomsnittet)n

Std Devs for standard deviations (Std Devs for standardavvik)

Eksperimentinnstillinger
Tips: Denne dialogboksen er også tilgjengelig i Plate Editor (Plateredigering). Hvis du vil ha mer
informasjon, se Endre eksperimentinnstillinger på side 148.
I dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) kan du vise eller endre listen med mål,prøver eller biologiske grupper, velge referansegener, velge kontroller eller angi genuttrykksanalysegruppen som skal analyseres hvis du har lagt til biologiske grupper for brønnene.

Slik åpner du dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger)u

I fanen Graphing (Graf) klikker du på Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) nederst i høyre
rute.
Dialogboksen Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) åpnes i fanen Targets (Mål).

Slik justerer du innstillingene for Targets (Mål)
uVelg en av følgende fremgangsmåter i fanen Targets (Mål):n

Hvis du vil velge et mål som en referanse for genuttrykksdataanalyse, velger du navnet ikolonnen Reference (Referanse).

nHvis du vil endre målets farge, klikker du på tilhørende celle i kolonnen Color (Farge) og endrer
fargen i dialogboksen Color (Farge) som vises.
Fargeendringen vises i diagrammene Gene Expression (Genuttrykk).

268 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)n

Hvis du vil bruke en tidligere bestemt effektivitetsverdi, fjerner du merket i målets
avmerkingsboks i kolonnen Auto Efficiency (Automatisk effektivitet) og legger inn et tall for
effektivitetsprosenten til et mål.
Programvaren beregner den relative effektiviteten for et mål ved hjelp av Auto Efficiency(Automatisk effektivitet) hvis dataene for et mål inkluderer en standardkurve.

Slik endrer du innstillingene for Sample (Prøve)u

Velg en av følgende fremgangsmåter i fanen Samples (Prøver):nHvis du vil velge en prøve som kontroll for genuttrykksdataanalyse, velger du navnet i kolonnen
Control (Kontroll).

nHvis du vil endre farge på prøvegruppen, klikker du på tilhørende celle i kolonnen Color (Farge)
og endrer fargen i dialogboksen Color (Farge) som vises.
Fargeendringen vises i diagrammene Gene Expression (Genuttrykk).

nHvis du vil vise prøven i diagrammene Gene Expression (Genuttrykk), velger du den i kolonnen
Show Chart (Vis diagram).

nHvis du vil fjerne prøven fra diagrammene Gene Expression (Genuttrykk), fjerner du merket iavmerkingsboksen i kolonnen Show Chart (Vis diagram).
Tips: Data for prøvegruppen blir værende i tabellen Results (Resultater).

Slik ekskluderer du en prøvetype fra analyseberegningeru

Merk tilhørende avmerkingsboks nederst i dialogboksen Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger).
Merknad: Dette vil ekskludere kontroller og/eller standarder fra genuttrykksanalysen.

Alternativer i høyreklikkmenyen
Høyreklikk på genuttrykksdiagrammet for å velge elementene vist i Tabell 32.
Tabell 32. Elementer på høyreklikkmenyen for genuttrykk

Element

Funksjon

Copy (Kopier)Kopierer diagrammet til utklippstavlen.

Save Image As (Lagre bilde

Lagrer diagrammet som en bildefil. Angi oppløsning og størrelse forsom)bildet, og velg deretter filtype (PNG, JPG, eller BMP).

Brukerhåndbok | 269

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Tabell 32. Elementer på høyreklikkmenyen for genuttrykk, forts.

Element

Funksjon

Page Setup (Sideoppsett)Velger et sideoppsett for utskrift.

Print (Skriv ut)

Skriver ut diagrammet.

Set Scale to Default (Angi skalaShow All (Vis alle) viser alle data i søylediagrammet. Scroll Bar

til standard)(Rullefelt) viser et rullefelt hvis det er for mange prøver å vise innenfor
diagrammets ramme og samtidig opprettholde en minimumsbredde på
søylene.

DiagraminnstillingerÅpner vinduet Chart Settings (Diagraminnstillinger) for justering av
grafen.

Sort (Sorter)

Sorterer rekkefølgen på prøvene eller målene som vises pådiagrammets X-akse.

Use Corrected Std Devs (BrukBeregner feilsøylene ved bruk av den korrigerte formelen for

korrigerte standardavvik)

standardavvik.

Use Solid Bar Colors (Bruk fylte

Viser fylte søyler i diagrammet.

søyler med farger)
X–Axis Labels (Etiketter på Xakse)

270 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Viser etiketter på X-aksen, enten horisontalt eller vinklet.

Graphing (Graf)

Dataregneark
Tabell 33 definerer dataene som vises i Gene Expression Data Table (Datatabell for genuttrykk).
Merknad: Verdiene i tabellen er beregnet basert på graftypen og preferansene som er valgt i høyre
rute.
Tabell 33. Beskrivelse av informasjon i regnearket i fanen

Informasjon

Beskrivelse

Target (Mål)

Målnavn (amplifisert gen) valgt i vinduet Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger).

Biological Group (Biologisk

Prøve og/eller biologisk gruppenavn valgt i vinduet Experiment

gruppe)Settings (Eksperimentinnstillinger).

Sample Biological Group(Prøve-biologisk gruppe)
Biological Group Sample(Biologisk gruppe-prøve)
Kontroll

Kontrollnavn valgt i vinduet Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger). Når Analyze Using (Analyser ved hjelp av)
er satt til Samples Only (Kun prøver), vil Control (Kontroll) være prøven
som er valgt i vinduet Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger).
Når enten Biological Groups Only (Kun biologiske grupper), Sample
Biological Group (Prøve-biologisk gruppe) eller Biological Group
Sample (Biologisk gruppe-prøve) er valgt, vil kontroll være denbiologiske gruppen som er valgt i vinduet Experiment Settings(Eksperimentinnstillinger).

Relative Quantity (Relativ

Relative Quantity (Relativ kvantitet) (ΔCq) eller Normalized Genekvantitet) eller Expression

Expression (Normalisert genuttrykk) (ΔΔCq), avhengig av valgt modus.

(Uttrykk)
Relative Quantity (Relativ

Standardfeil for gjennomsnittet (SEM) eller standardavvik (SD) for den

kvantitet) eller Expression SEM

relative kvantiteten eller det normaliserte uttrykket, avhengig av det(Uttrykk-SEM) (eller SD)

valgte alternativet. Kun tilgjengelig hvis Analyze Using (Analyser ved
hjelp av) er satt til Samples Only (Kun prøver), Sample BiologicalGroup (Prøve-biologisk gruppe) eller Biological Group Sample(Biologisk gruppe-prøve).

Brukerhåndbok | 271

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Informasjon

Beskrivelse

Corrected Relative Quantity

Beregning av korrigert verdi for SEM eller SD for den relative(Korrigert relativ kvantitet) eller

kvantiteten eller det normaliserte uttrykket, avhengig av det valgte

Expression SEM (Uttrykk-SEM)

alternativet. Kun tilgjengelig hvis Analyze Using (Analyser ved hjelp av)(eller SD)

er satt til Samples Only (Kun prøver), Sample Biological Group (Prøvebiologisk gruppe) eller Biological Group Sample (Biologisk gruppeprøve).

Mean Cq (Gj.sn. Cq)

Gjennomsnitt av kvantifiseringssyklusen (vises ikke hvis Analyze
Using (Analyser ved hjelp av) er satt til Biological Groups Only (Kunbiologiske grupper)).

Cq SEM (eller SD)

SEM eller SD for kvantifiseringssyklusen, avhengig av det valgte
alternativet (vises ikke hvis Analyze Using (Analyser ved hjelp av) er
satt til Biological Groups Only (Kun biologiske grupper)).

272 | CFX Maestro Dx SE-programvareGraphing (Graf)

Alternativ for visning av detaljer
Tabell 34 definerer dataene som vises når Show Details (Vis detailer) er valgt fra høyreklikkmenyen isøylediagram-regnearket.
Tabell 34. Informasjon i søylediagram-regnearket med Show Details (Vis detaljer) valgt

Informasjon

Beskrivelse

Data Set (Datasett)Fluorescensdata fra én fluorofor i datafilen

Relative Quantity (Relativ

Beregnet relativ kvantitet for prøver

kvantitet)
Relative Quantity SD (SD forStandardavvik for beregning av relativ kvantitet

relativ kvantitet)
Corrected Relative Quantity SD

Beregnet standardavvik for korrigert relativ kvantitet(Korrigert SD for relativ kvantitet)
Relative Quantity SEM (SEM forStandardfeil av gjennomsnitt for beregningen av relativ kvantitet

relativ kvantitet)
Corrected Relative Quantity

Beregnet standardfeil av gjennomsnitt for korrigert relativ kvantitet

SEM (Korrigert SEM for relativ
kvantitet)
Relative Quantity (lg) (Relativ

Log2 for den relative kvantiteten som blir brukt til statistisk analysekvantitet (lg))
SD RQ (lg)Standardavvik for relativ kvantitet (log2)

SEM Expression (lg) (SEM forStandardfeil av gjennomsnitt for uttrykk (log2)

uttrykk (lg))
Unscaled Expression (Ikke-

Beregnet ikke-skalert uttrykk

skalert uttrykk)
Unscaled Expression SD (SD for

Beregnet standardavvik for ikke-skalert uttrykk

ikke-skalert uttrykk)
Corrected Unscaled Expression

Beregnet standardavvik for korrigert ikke-skalert uttrykk

SD (Korrigert SD for ikke-skalert
uttrykk)

Brukerhåndbok | 273

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Tabell 34. Informasjon i søylediagram-regnearket med Show Details (Vis detaljer) valgt, forts.

Informasjon

Beskrivelse

Unscaled Expression SEM

Beregnet standardfeil av gjennomsnitt for ikke-skalert uttrykk(SEM for ikke-skalert uttrykk)
Corrected Unscaled Expression

Beregnet standardfeil av gjennomsnitt for korrigert ikke-skalert uttrykk

SEM (Korrigert SEM for ikkeskalert uttrykk)
Unscaled Expression (lg) (Ikke-

Log2 for ikke-skalert uttrykk

skalert uttrykk (lg))
SD Unscaled Expression (lg)Standardavvik for ikke-skalert uttrykk (log2)(SD for ikke-skalert uttrykk (lg))
SEM Unscaled Expression (lg)Standardfeil av gjennomsnitt for ikke-skalert uttrykk (log2)(SEM for ikke-skalert uttrykk (lg))
Expression (Uttrykk)

Normalisert genuttrykk

Corrected Expression SD

Beregnet standardavvik for korrigert uttrykk(Korrigert SD for uttrykk)
Expression SEM (SEM forStandardfeil av gjennomsnitt for uttrykk

uttrykk)
Corrected Expression SEM

Beregnet standardfeil av gjennomsnitt for korrigert uttrykk(Korrigert SEM for uttrykk)
Expression (lg) (Uttrykk (lg))

Log2 for uttrykket (normalisert uttrykk) som blir brukt til statistisk
analyseSD Expression (lg) (SD forStandardavvik for uttrykk (log2)

uttrykk (lg))
SEM Expression (lg) (SEM forStandardfeil av gjennomsnitt for uttrykk (log2)

uttrykk (lg))
Mean Cq (Gj.sn. Cq)

Gjennomsnitt av kvantifiseringssyklus

Cq SD

Standardavvik for kvantifiseringssyklus

Cq SEM

Standardfeil av gjennomsnitt for kvantifiseringssyklus

274 | CFX Maestro Dx SE-programvareKlyngediagram

Klyngediagram
Klyngediagrammet viser dataene i et hierarki basert på graden av likhet i uttrykket for ulike mål og prøver.
Merknad: Du må velge et referansemål for å vise andre dataplott enn relativt uttrykk forsøylediagrammer.
Klyngediagrambildet viser det relative uttrykket for et mål eller en prøve på følgende måte:n

Oppregulering (rød) – høyere uttrykknNedregulering (grønn eller blå) – lavere uttrykknIngen regulering (svart)n

Ingen verdi beregnet (svart med et hvitt kryss)

Dess lysere fargen er, jo høyere er differansen i det relative uttrykket. Hvis det ikke kan beregnes ennormalisert Cq-verdi, er firkanten svart med et hvitt kryss.
På dataplottets ytre kanter er det et trestrukturdiagram, som viser klyngehierarkiet. Mål eller prøver som
har lignende uttrykksmønstre, har tilgrensende grener, mens mål eller prøver med ulike mønstre
plasseres lenger fra hverandre.

Innstillinger
Du kan angi følgende alternativer:n

Cluster By (Grupper etter) – velg mellom Targets (Mål), Samples (Prøver), Both (Begge) eller None
(Ingen).

nSize (Størrelse) – justerer bildestørrelsen og endrer graden av diagramforstørrelse.

nSplit Out Replicates (Skill ut replikater) – viser verdier for de individuelle replikatene.

Tips: Du kan endre fargevalget for fra standard rød/grønn til rød/blå ved å velge dette alternativet fra
høyreklikkmenyen i disse diagrammene.

Alternativer i høyreklikkmenyen
Alternativene i høyreklikkmenyen for klyngediagrammet er de samme som de for søylediagrammet. Se
Tabell 32 på side 269 for tilgjengelige alternativer. I tillegg kan du velge Color scheme (Fargevalg) for å
endre nedreguleringsuttrykket fra standard rød/grønn til rød/blå i diagrammet.

Dataregneark
Regnearket viser verdier for målet, prøven og det normaliserte uttrykket.

Brukerhåndbok | 275

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Scatter Plot (Spredningsplott)
Spredningsplottet viser det normaliserte måluttrykket for en kontroll sammenlignet med en eksperimentell prøve.
Linjene i plottet angir terskelen for foldendring. Datapunkter mellom linjene angir at forskjellen i uttrykk for det
relevante målet (genet) er ubetydelig mellom prøvene. Datapunkter utenfor linjene overstiger terskelen forfoldendring og kan være av interesse.
Plottbildet viser følgende endringer i måluttrykk basert på terskelen for foldendring.
nOppregulering (rød sirkel) – relativt høyere uttrykknNedregulering (grønn eller blå sirkel) – relativt lavere uttrykknIngen endring (svart sirkel)

Klikk og dra en terskellinje for å justere terskelverdien for foldendring.

Innstillinger
Du kan angi følgende alternativer:nControl Sample (Kontrollprøve)nExperimental Sample (Eksperimentell prøve)nFold Change Threshold (Foldendringsterskel). Etter hvert som du øker eller reduserer
foldendringsverdien, flytter terskellinjene i plottet seg tilsvarende.

Alternativer i høyreklikkmenyen
Alternativene i høyreklikkmenyen for spredningsplottet er de samme som de for søylediagrammet. Se
Tabell 32 på side 269 for tilgjengelige alternativer. I tillegg kan du velge Symbol for å endre symbolet som
brukes på plottet, fra standardsirkelen til ett av følgende:nTriangle (Trekant)n

Cross (Kryss)n

Square (Firkant)nDiamond (Diamant)

Dataregneark
Regnearket viser verdier for målet og det normaliserte uttrykket for kontrollprøver og eksperimentelle
prøver. Det angir også hvorvidt målene er opp- eller nedregulert sammenlignet med målreguleringen.

276 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Regneark med resultater

Regneark med resultater
Regnearket med resultater oppsummerer dataene fra alle diagrammene. Tabell 35 definer dataene vist i
Results (Resultater)-regnearket.
Tabell 35. Informasjon i Results (Resultater)-fanen

Informasjon

Beskrivelse

Target (Mål)

Målnavn (amplifisert gen)Sample (Prøve)

Prøvenavn

Mean Cq (Gj.sn. Cq)

Gjennomsnitt av kvantifiseringssyklusen

Mean Efficiency Corrected Cq

Gjennomsnitt av kvantifiseringssyklusen etter justering for(Gjennomsnittlig

reaksjonseffektivitet

effektivitetskorrigert Cq)
Normalized ExpressionMåluttrykk normalisert til et referansemål (ΔΔCq)(Normalisert uttrykk)
Relative Normalized Expression

Normalisert uttrykk i forhold til en kontrollprøve; også kalt foldendring(Relativt normalisert uttrykk)
Regulation (Regulering)

Endring i uttrykk i forhold til en kontrollprøve

Compared to Regulation

Opp- eller nedregulering av en eksperimentell prøve basert påThreshold (Sammenlignet med

terskelinnstillingen

reguleringsterskel)

Merknad: Data for replikater finnes kun i regnearkene med dataanalysefanene der Split Out
Replicates (Skill ut replikater) er valgt (dvs. Clustergram (Klyngediagram)). Det kan være et avvik
mellom uttrykksdata i genuttrykksanalyse-regnearkene hvis du velger «none» (ingen) som
kontrollprøven på søylediagrammet.

Brukerhåndbok | 277

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Genstudie
Opprett en genstudie for å sammenligne genuttrykksdata fra ett eller flere sanntids-PCR-eksperimenterved bruk av en kalibrator mellom kjøringer for å normalisere mellom eksperimentene. Opprett en
genstudie ved å legge til data fra en eller flere datafiler (.pcrd-filtype) i genstudien. Programvaren
grupperer dem i en enkelt fil (.mgxd-filtype).
Merknad: Maksimalt antall prøver du kan analysere i en genstudie, er begrenset av datamaskinens
RAM og virtuelle minne.

Kalibrering mellom kjøringer
Kalibrering mellom kjøringer blir automatisk forsøkt utført i hver genstudie for hvert mål for å normaliserevariasjoner mellom mål som er analysert i separate sanntids PCR-kjøringer (dvs. ulike .pcrd-filer generert
fra ulike plater).
For at programvaren skal gjenkjenne en prøve som en kalibrator mellom kjøringer, må hver plate som
sammenlignes, ha samme målnavn, prøvenavn og, hvis relevant, biologisk settnavn.
Merknad: Minst én kalibratorprøve mellom kjøringer må være til stede i genstudien for at kalibrering
mellom kjøringer skal skje. Mål uten de riktige kalibratorprøvene mellom kjøringer vil bli prosessert
uten korreksjon i genstudien (anbefales ikke).
Kalibratorer mellom kjøringer kan brukes på to måter:n

Per target (Per mål) – ulike PCR-primere kan ha ulike effektiviteter. Kalibratoren mellom kjøringer
brukes som standard på alle brønnene på samme plate som har samme målnavn, for eksempel Cq
generert med samme analyse.

nEntire study (Hele studien) – én kalibrator mellom kjøringer velges av brukeren og brukes på hele
genstudien.

278 | CFX Maestro Dx SE-programvareGenstudie

Dialogboksen Gene Study (Genstudie)

Dialogboksen Gene Study (Genstudie) har to faner:nFanen Study Setup (Studieoppsett) – administrerer kjøringene i genstudien.
Viktig: Tilføyelse eller fjerning av datafiler i en genstudie endrer ikke dataene i originalfilen.

nFanen Study Analysis (Studieanalyse) – viser genuttrykksdataene for de kombinerte kjøringene.

Fanen Study Setup (Studieoppsett)Tabell 36 definerer dataene som vises i fanen Study Setup (Studieoppsett).
Tabell 36. Fanen Study Setup (Studieoppsett) i dialogboksen Gene Study (Genstudie)

Kolonnetittel

Beskrivelse

File Name (Filnavn)

Navn på kjøredatafilen (filtype .pcrd)

File Folder (Filmappe)

Katalog som inneholder datafilen for hver kjøring i genstudien

Date Created (Dato

Datoen da kjøredataene ble samlet inn

opprettet).

Brukerhåndbok | 279

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Tabell 36. Fanen Study Setup (Studieoppsett) i dialogboksen Gene Study (Genstudie), forts.

Kolonnetittel

Beskrivelse

Well Group Name

Navn på brønngruppen som ble valgt da filen ble lagt til i genstudien(Brønngruppenavn)

Tips: For å analysere en brønngruppe i genstudien må du velge
denne brønngruppen i vinduet Data Analysis (Dataanalyse) før duimporterer datafilen til genstudien.

Step (Trinn)

Protokolltrinn som inkluderer plateavlesningen for å samle inn sanntids
PCR-data

Run Type (Kjøringstype)

Enten brukerdefinert eller PrimePCR-kjøring

Protocol Edited (Protokoll

Hvis valgt, angir den at protokollen som er brukt til en PrimePCR-

redigert)

kjøring, er blitt redigert

View Plate (Vis plate)Åpner et kart over platen med dataene i hver av kjøringene inkludert igenstudien

Klargjøre en Gene Study (Genstudie)
Slik klargjør du en genstudie
1.

Før du importerer data i en genstudie må du gjøre følgende i vinduet Data Analysis (Dataanalyse):nBekreft at prøver med det samme innholdet, har samme navn. I en genstudie antar
programvaren at brønner med samme navn på Target (Mål) eller Sample (Prøve) inneholder desamme prøvene.

nJuster baselinjen og terskelen (Cq) i fanen Quantification (Kvantifisering) for å optimere dataene
i hver kjøring.

nVelg brønngruppen du vil inkludere i genstudien.
Hvis du vil vise data fra én brønngruppe i genstudien, må denne gruppen velges før duimporterer datafilen.

Fanen Study Setup (Studieoppsett) viser en liste over alle kjøringer i genstudien.
2.

Velg fanen Study Setup (Studieoppsett) i dialogboksen Gene Study (Genstudie).

3.

Klikk på Add Data Files (Legg til datafiler) for å velge en fil fra et nettleservindu.
Tips: Du kan raskt legge til kjøringer i en genstudie ved å dra datafilene (endelsen .pcrd) til
dialogboksen Study Setup (Studieoppsett).

4.

CFX Maestro Dx SE utfører genstudieanalysen automatisk når du legger til datafiler. Velg fanen
Study Analysis (Studieanalyse) for å vise resultatene.

280 | CFX Maestro Dx SE-programvareGenstudie

Slik fjerner du kjøringer fra genstudienuVelg én eller flere filer fra listen og klikk på Remove (Fjern).

Slik legger du til merknader om genstudienuSkriv inn merknader om filene og analysen i tekstboksen Notes (Merknader).

Fanen Study Analysis (Studieanalyse)
Fanen Study Analysis (Studieanalyse) viser dataene fra alle kjøringer i genstudien. Alternativene foranalyse av genuttrykksdata er de samme som de for en enkelt datafil med unntak av følgende:n

For søylediagram vises kalibreringsverdier mellom kjøringer (hvis beregnet) når du klikker på Interrun Calibration (Kalibrering mellom kjøringer).
Merknad: Kun de følgende prøvetypene kan brukes som en kalibrator mellom kjøringer:oUnknown (Ukjent)oStandardoPositive Control (Positiv kontroll)

Prøvetypene Negative control (Negativ kontroll), NTC (Ikke-templatkontroll) og NRT (Ikke revers
transkriptase-kontroll) kan ikke brukes som kalibrator mellom kjøringer.
nn

Verktøyet Reference Gene Selection (Valg av referansegen) identifiserer de testedereferansegenene og kategoriserer dem som Ideal (Ideelle), Acceptable (Akseptable) eller Unstable(Ustabile) basert på stabiliteten deres:o

Ideal (Idelle) referansegener er stabile og representerer minimale variasjoner blant de testede
prøvene.

o

Acceptable (Akseptable) referansegener er ikke ideelt stabile og representerer moderat
variasjon blant testede prøver. Bruk disse referansegenene til analyse dersom det ikke finnes
Ideal (Ideelle) referansegener.

o

Unstable (Ustabile) referansegener representerer stor variasjon blant testede prøver. Det
anbefales at disse genene ekskluderes fra analyser.

Verktøyet PrimePCR Analysis Controls (PrimePCR-analysekontroller) viser resultatene av detestede prøvene i en tabell:oFanen Summary (Sammendrag) viser et sammendrag av alle testede prøver. Prøver som
bestod alle kontrollanalysene, vises i grønt. Prøver som ikke bestod en eller flere av
kontrollanalysene, vises i gult.

Brukerhåndbok | 281

Kapittel 12 Analyse av genuttrykkoFanen PCR viser resultatene for den positive PCR-kontrollanalysen. Denne analysen påviser
hemming eller eksperimentproblemer som påvirker genuttrykk.

oFanen RT viser resultatene av kontrollanalysen for revers transkripsjon. Denne analysen
evaluerer kvalitativt RT-ytelsen og identifiserer prøver der RT-ytelsen sannsynligvis forringer
genuttrykk.

oFanen gDNA viser resultatene av kontrollanalysen for DNA-kontaminering. Denne analysen
fastslår om genomisk DNA (gDNA) er til stede i prøven på et nivå som kan påvirke qPCRresultater.

oFanen RQ viser resultatene av RNA-kvalitetsanalysene (RQ1 og RQ2). Disse analysene
vurderer kvalitativt hvorvidt RNA-integriteten kan påvirke genuttrykk negativt.

Kategorier for genstudierapport
Bruk dialogboksen Gene Study Report (Genstudierapport) for å organisere genstudiedataene i en
rapport. Tabell 37 lister opp alle alternativene som er tilgjengelige for en genstudierapport.
Tabell 37. Kategorier for en Gene Study (Genstudie)-rapport

Kategori

Alternativ

Beskrivelse

Overskrift
Tittel, undertittel og logo for rapporten
Report Information

Dato, brukernavn, datafilnavn, datafilbane og(Rapportinformasjon)

valgt brønngruppe

Gene Study File List (Liste

Liste over alle datafilene i genstudien

over filer i genstudie)
Notes (Merknader)

Merknader om datarapporten

Study Analysis (Studieanalyse): Søylediagram
Analysis Settings

Liste over de valgte analyseparametrene(Analyseinnstillinger)
Chart (Diagram)

Søylediagram for Gene Expression (Genuttrykk)
som viser dataene

Target Names (Målnavn)

282 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Liste over mål i genstudien

Genstudie

Tabell 37. Kategorier for en Gene Study (Genstudie)-rapport, forts.

Kategori

Alternativ

Beskrivelse

Sample Names

Liste over prøver i genstudien(Prøvenavn)
Data

Regneark som viser dataene

Target Stability

Data for målstabilitet(Målstabilitet)Inter-run Calibration

Kalibreringsdata mellom kjøringer(Kalibrering mellom
kjøringer)
Box-and-Whisker Chart

Bokstegningsdiagram for genuttrykk(Boksdiagram)
Dot-Plot Chart

Punktdiagram for genuttrykk(Punktdiagram)

Study Analysis (Studieanalyse): Clustergram (Klyngediagram) og Scatter Plot
(Spredningsplott)
Analysis Settings

Innstillinger for hver diagramtype(Analyseinnstillinger)
Chart (Diagram)

Diagram for genuttrykk som viser dataene

Data

Regneark som lister opp dataene i hvert målStudy Analysis (Studieanalyse): ANOVAData
ANOVA Settings (ANOVA-

P-verditerskel som brukes i analysen

innstillinger)
ANOVA Results (ANOVA-

Tabell med resultater fra ANOVA og Tukeys HSD

resultater)

post-hoc-analyse

Shapiro-Wilk Normality

Biologisk gruppe, antall, P-verdi og andre feil som

Test (Shapiro-Wilk-

forekommer for hvert mål i analysen.

normalitetstest)
ANOVA Errors (ANOVA-

Feil identifisert under ANOVA-beregninger

feil)

Brukerhåndbok | 283

Kapittel 12 Analyse av genuttrykk

Opprette en genstudierapport
Slik oppretter du en genstudierapport
1.

Juster etter behov dataene og diagrammene for genstudierapporten før en rapport opprettes.

2.

Velg Tools > Reports (Verktøy > Rapporter) i menyen Gene Study (Genstudie) for å åpnedialogboksen Report (Rapport).

3.

Velg alternativene du vil inkludere i rapporten. Rapporten åpnes med standardalternativene valgt.
Merk av eller fjern merket i avmerkingsboksene for å endre hele kategorier eller individuellealternativer i en kategori.
Kategorier for genstudierapport på side 282 lister opp alternativene som er tilgjengelig for visning.

4.

Endre rekkefølgen på kategoriene og elementene i en rapport. Dra alternativene til ønsket posisjon.
Rekkefølgen på elementene kan bare endres innenfor kategoriene de tilhører.

5.

Klikk på Update Report (Oppdater rapport) for å oppdatere Report Preview (Forhåndsvisning av
rapport) med eventuelle endringer.

6.

Skriv ut eller lagre rapporten. Klikk på knappen Print Report (Skriv ut rapport) på verktøylinjen for å
skrive ut den aktuelle rapporten. Velg File > Save (Fil > Lagre) for å lagre rapporten i PDF-format(Adobe Acrobat Reader-fil), og velg et lagringssted for filen. Velg File > Save As (Fil > Lagre som) forå lagre rapporten med et nytt navn eller på et nytt sted.

7.

(Valgfritt) Opprett en rapportmal med informasjonen du ønsker. Hvis du vil lagre de gjeldenderapportinnstillingene i en mal, velger du Template > Save (Mal > Lagre) eller Save As (Lagre som).
Deretter laster du inn rapportmalen neste gang du vil lage en ny rapport.

284 | CFX Maestro Dx SE-programvareVedlegg A Beregninger for dataanalyse
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition beregner formler automatisk og viser resultatene i fanenei Data Analysis (Dataanalyse). Dette vedlegget gir en detaljert beskrivelse av hvordan CFX Maestro Dx
SE beregner formler.

Reaksjonseffektivitet
Beviser antyder at bruk av nøyaktige mål på effektivitet for hvert primer- og probesett gir mer nøyaktige
resultater ved analysering av genuttrykksdata. Standardverdien for effektivitet som brukes i beregninger
av genuttrykket, er 100 %. For å evaluere reaksjonseffektiviteten må du generere en standardkurve ved
bruk av en rekke fortynninger av en representativ prøve over et relevant dynamisk område, og deretter
registrere effektiviteten for etterfølgende analyse av genuttrykk. Hvis kjøringen inkluderer enstandardkurve, beregner programvaren automatisk effektiviteten, og viser den under Standard Curve(Standardkurve) i fanen Quantification (Kvantifisering) når Auto Efficiency (Auto-effektivitet) er merket av ifanen Targets (Mål) i vinduet Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger)
Effektiviteten (E) i effektivitetsformler henviser til «effektivitetene» som beskrevet av Pfaffl (2001) og
Vandesompele et al. (2002). I disse publikasjonene er en effektivitet på 2 (perfekt dobling i hver syklus)
tilsvarende 100 % effektivitet i denne programvaren. Du har muligheten til å konvertereeffektivitetsberegningene til de som brukes i programvaren ved å bruke følgende matematiske forhold:n

E = (% effektivitet * 0,01) + 1n% effektivitet = (E – 1) * 100

Relativ kvantitet
Formelen for relativ kvantitet (ΔCq) for alle prøver (GOI) er:

Merknad: Denne formelen brukes til å beregne relativ kvantitet når det ikke er definert en
kontrollprøve .
Der:

Brukerhåndbok | 285

Vedlegg A Beregninger for dataanalysen

E = Effektivitet av primer og probesett. Denne effektiviteten beregnes med formelen(% Effektivitet * 0,01) + 1, hvor 100 % effektivitet = 2nC q (min) = gjennomsnittlig Cq for prøven med det laveste gjennomsnittet Cq for GOInC q (prøve) = gjennomsnittlig Cq for prøvenn

GOI = interessegen (ett mål)Relativ kvantitet når en kontroll er valgt
Når en kontrollprøve eller biologisk gruppe er tilordnet, blir den relative kvantiteten (RQ) for en prøve med
et interessegen (GOI) beregnet med denne formelen:

Der:n

E = Effektivitet av primer og probesett. Denne effektiviteten beregnes med formelen(% Effektivitet * 0,01) + 1, hvor 100 % effektivitet = 2nCq (control) = Gjennomsnittlig Cq for kontrollprøvennCq (prøve) = Gjennomsnittlig Cq for alle prøver med et GOIn

GOI = interessegen (ett mål)Standardavvik for relativ kvantitet
Viktig: Beregningen gjelder kun når Analyze Using (Analyser ved bruk av) er stilt til Samples Only
(Kun prøver), Sample Biological Group (Prøve, biologisk gruppe) eller Biological Group Sample(Biologisk gruppe, prøve).
Formelen for standardavviket til den relative kvantiteten er

Der:n

SD Relative Quantity = standardavviket til den relative kvantitetenn

SA CqGOI prøve = standardavviket til prøvens Cq (GOI)n

Relative Quantity = prøvens relative kvantitetn

E = Effektivitet av primer og probesett. Denne effektiviteten beregnes med formelen(% Effektivitet * 0,01) + 1, hvor 100 % effektivitet = 2

286 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Efficiency Corrected Cq (CqE) (Effektivitetskorrigert Cq (CqE))n

GOI = interessegen (ett mål)Efficiency Corrected Cq (CqE) (Effektivitetskorrigert Cq (CqE))
Formelen for effektivitetskorrigert Cq er

Der:n

E = Effektivitet

Mean Efficiency Corrected Cq (Gjennomsnittlig
effektivitetskorrigert Cq) (MCqE))
Formelen for gjennomsnittlig effektivitetskorrigert Cq er

Der:n

CqE = Effektivitetskorrigert Cqnn = Antall replikater

Brukerhåndbok | 287

Vedlegg A Beregninger for dataanalyse

Normalisert uttrykk
Normalisert uttrykk (ΔΔCq) er den relative kvantiteten av målet (gen) normalisert til kvantitetene av
referansemålene (gener eller sekvenser) i det biologiske systemet. For å velge referansemål åpner duvinduet Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger) og klikker på referansekolonnen for hvert mål som
brukes som et referansegen.
Formelen for normalisert uttrykk, som bruker den beregnede relative kvantiteten (RQ), er:

Der:n

RQ = Relativ kvantitet av en prøven

Ref = Referansemål i en kjøring som inkluderer ett eller flere referansemål i hver prøven

GOI = interessegen (ett mål)Gitt at referansemål ikke endrer uttrykksnivået i det biologiske systemet, vil beregningen av normalisertuttrykk ta høyde for innlastingsforskjeller eller variasjoner i celleantall som er representert i hver av
prøvene.

288 | CFX Maestro Dx SE-programvareNormalisert uttrykk når en kontroll er valgt

Uttrykk og relativ kvantitet for biologiske grupperNår Analyze Using (Analyser ved hjelp av) er satt til Biological Groups Only (Kun biologiske grupper),viser programvaren gjennomsnittsuttrykket (normalisert uttrykk eller relativ kvantitet, avhengig av valgt
modus) for prøvene i den biologiske gruppen. Fordi uttrykk vanligvis er log-normalfordelt, blir uttrykket
gjennomsnittsberegnet ved hjelp av det geometriske gjennomsnittet:

Der:nExp1 (Uttrykk 1), Exp2 (Uttrykk 2), Expn (Uttrykk n) = Relativ kvantitet eller normalisert uttrykk for
prøvene i den biologiske gruppennn = Antall prøver i den biologiske gruppen

Normalisert uttrykk når en kontroll er valgt
Når du velger en kontrollprøve i vinduet Experiment Settings (Eksperimentinnstillinger), setter
programvaren kontrollprøvens uttrykksnivå til 1. I denne situasjonen normaliserer programvaren den
relative kvantiteten av alle måluttrykk (genuttrykk) til kontrollkvantiteten (en verdi på 1). Dette normaliserte
uttrykket tilsvarer analysen av det uskalerte normaliserte uttrykket når en kontroll er valgt.
Merknad: Dette er også kjent som relativt normalisert uttrykk (RNE) og foldendring.

Brukerhåndbok | 289

Vedlegg A Beregninger for dataanalyse

Standardavvik for det normaliserte uttrykket
Reskalering av den normaliserte uttrykksverdien utføres ved å dividere standardavviket for det
normaliserte uttrykket med den normaliserte uttrykksverdien for det høyeste eller laveste individuelle
uttrykksnivået, avhengig av hvilket skaleringsalternativ du velger. Formelen for standardavvik (SD) i
normaliseringsfaktoren er

Der:n

RQ = Relativ kvantitet av en prøven

SD = Standardavvikn

NF = Normaliseringsfaktorn

Ref = Referansemål

nn = Antall referansemål

Når en kontrollprøve er tilordnet, er det ikke nødvendig å utføre denne reskaleringsfunksjonen på
standardavviket, som vist i følgende formel:

Der:n

NE = Normalisert uttrykknRQ = Relativ kvantitet av en prøven

SD = Standardavvikn

GOI = interessegen (ett mål)290 | CFX Maestro Dx SE-programvareNormalisert uttrykk skalert til høyeste uttrykksnivå

Normalisert uttrykk skalert til høyeste uttrykksnivå
Når kjøringen ikke inkluderer kontroller, skalerer du det normaliserte uttrykket (NE) for hvert mål (gen) ved
å dividere uttrykksnivået for hver prøve med det høyeste uttrykksnivået i alle prøver. Programvaren setter
det høyeste uttrykksnivået til en verdi av 1, og reskalerer alle prøveuttrykksnivåene. Formelen for høyeste
skalering er:

Der:n

GOI = Interessegen (mål)

Normalisert uttrykk skalert til laveste uttrykksnivå
Når kjøringen ikke inkluderer kontroller, skalerer du det normaliserte uttrykket (NE) for hvert mål (gen) ved
å dividere uttrykksnivået for hver prøve med det laveste uttrykksnivået i alle prøver. Programvaren setter
det laveste uttrykksnivået til en verdi av 1, og reskalerer alle prøveuttrykksnivåene. Formelen for laveste
skalering er:

Der:n

GOI = Interessegen (mål)

Normalisert uttrykk skalert til gjennomsnittlig uttrykksnivå
Når kjøringen ikke inkluderer kontroller, skalerer du det normaliserte uttrykket (NE) for hvert mål (gen) ved
å dividere uttrykksnivået for hver prøve med det geometriske gjennomsnittsnivået av uttrykk for alle
prøver. Programvaren setter det gjennomsnittlige uttrykksnivået til en verdi av 1, og reskalerer alle
prøveuttrykksnivåene. Formelen for gjennomsnittlig skalering er:

Der:n

GOI = Interessegen (mål)

n

GM = Geometrisk gjennomsnitt av normalisert uttrykk for alle prøver

Brukerhåndbok | 291

Vedlegg A Beregninger for dataanalyse

Standardavvik for det skalerte normaliserte uttrykket
Verdien for det skalerte normaliserte uttrykket (NE) kan skaleres på nytt ved å dele standardavviket (SD)til det normaliserte uttrykket på verdien for det normaliserte uttrykket for det høyeste (MAX) eller laveste
uttrykksnivået, avhengig av hvilket skaleringsalternativ du velger.
Merknad: Når en kontrollprøve er tilordnet, trenger du ikke å utføre denne funksjonen for ny
skalering på standardavviket.
Beregningen for denne formelen er

Der:n

NE = Normalisert uttrykknSD = Standardavvikn

GOI = Interessegen (mål)

n

MAX = Høyeste uttrykksnivå

n

MIN = Laveste uttrykksnivå

292 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Feilsøyler for standardavvik (lg) og standardfeil av gjennomsnitt (lg)Feilsøyler for standardavvik (lg) og standardfeil av
gjennomsnitt (lg)
I tillegg til bruken av konfidensintervaller kan feillinjer vises for biologiske grupper basert på
standardavviket eller standardfeilen av gjennomsnitt for log2 for uttrykket. Feilsøylene beregnes som
følger:
RQ nedre feilsøyle = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) eller 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ øvre feilsøyle = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) eller 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Der:n

RQ(lg) = log2 for relativ kvantitet for den biologiske gruppenn

SD RQ(lg) = standardavvik for relativ kvantitet (log2)n

SEM RQ(lg) = standardfeil av gjennomsnitt for relativ kvantitet (log2)

Exp. nedre feilsøyle = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) eller 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. øvre feilsøyle = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) eller 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Der:nExp.(lg) = log2 av uttrykket (normalisert uttrykk) for den biologiske gruppenn

SD RQ(lg) = standardavvik for uttrykket (log2)n

SEM RQ(lg) = standardfeil av gjennomsnitt for uttrykket (log2)

Brukerhåndbok | 293

Vedlegg A Beregninger for dataanalyse

Foldendring
Foldendring er et mål på økningen eller reduksjonen i uttrykket til et mål for en eksperimentell prøve
kontra en kontrollprøve eller biologisk gruppe, og bestemmes på følgende måte:Hvis uttrykk (eksperimentell) > uttrykk (kontroll):

Hvis uttrykk (eksperimentell) < uttrykk (kontroll):

Merknad: For Graphing (Graf) er Expression (Uttrykk) basert på enten den relative kvantiteten eller
det normaliserte uttrykket, avhengig av den valgte modusen (se Graphing (Graf) på side 258). For
Scatter Plot (Varmekart) og Clustergram (Klyngediagram) beregnes imidlertid foldendring alltid fra
det normaliserte uttrykket.

294 | CFX Maestro Dx SE-programvareFormler for korrigerte verdier

Formler for korrigerte verdier
Viktig: Disse beregningene kan kun brukes når Analyze Using (Analyser ved hjelp av) er satt til
Samples Only (Kun prøver), Sample Biological Group (Prøve-biologisk gruppe) eller BiologicalGroup Sample (Biologisk gruppe-prøve).
En forskjell mellom korrigerte verdier og ikke-korrigerte verdier ses kun hvis det opprettes enstandardkurve som del av sanntids PCR-kjøringen. Programvaren bruker tre formler for å bestemme
feiloverføringen:nStandardfeilnStandardfeil for normalisert uttrykknStandardfeil for normalisert interessegen (mål)

Formelen for standardfeil er

Der:nn = Antall referansemål (gener)n

SD = Standardavvik

Standardfeilen for normaliseringsfaktoren i formelen for normalisert uttrykk er

Der:nn = Antall referansemål

n

SE = Standardfeiln

NF = Normaliseringsfaktorn

RQ = Relativ kvantitet

Standardfeilen for formelen for normalisert interessegen (GOI) er

Der:n

SE = Standardfeil

Brukerhåndbok | 295

Vedlegg A Beregninger for dataanalysen

GOI = interessegen (ett mål)n

NF = Normaliseringsfaktornn = Antall referansemål

Beregning av konfidensintervall for analysering av biologisk
gruppeNår biologiske grupper analyseres (Analyze Using (Analyser ved bruk av) er stilt til Biological Groups Only
(Kun biologiske grupper)), beregnes konfidensintervallene for relativ kvantitet og relativt normalisertuttrykk.
Konfidensintervallene beregnes i log-skala basert på t-fordeling ved bruk av følgende formel:

Der:n= Gjennomsnittlig uttrykk av log-skala-uttrykksnivåene for prøvene i den biologiske gruppenn

SD = standardavvik for log-skala-uttrykksnivåene for prøvene i den biologiske gruppennn = antallet prøver i den biologiske gruppennt = oppnådd fra t-fordelingen basert på graden av frihet og alfanivået
Merknad: Alfanivået kan stilles inn ved bruk av P-verditerskelfeltet i Graphing (Graf)-fanen.

Når konfidensintervallene har blitt beregnet, blir de konvertert til lineær skala og presentert i Gene
Expression (Genuttrykk)-datatabellen og søylediagrammet i Graphing (Graf)-fanen.

Beregninger for boksdiagram
Boksdiagrammet viser fordelingen av uttrykksverdier i en biologisk gruppe ved å plotte dataene som
kvartiler. Første og tredje kvartil representeres av henholdsvis de nedre og øvre grensene av boksen.
Medianen vises som en heltrukken linje på tvers av boksen. De vertikale linjene (whiskers) representerer
de laveste og høyeste ikke-utliggerverdiene i datasettet. Utliggere er verdier som overskrider første og
tredje kvartil med 1,5 ganger interkvartilområdet.
Merknad: Hvis det kun finnes én prøve i den biologiske gruppen, vises det som en enkelt sirkel,
hvilket angir et enkelt datapunkt.
Følgende boksdiagram viser hvordan disse dataene representeres.

296 | CFX Maestro Dx SE-programvareBeregninger for boksdiagram

FORKLARING
1.

Utligger. Verdien til denne utliggeren er > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Merknad: Plasser markøren over sirkelen for å vise et verktøytips som viser prøvenavnet
og informasjonen om relativ kvantitet eller normalisert uttrykk, avhengig av hvilken modus
som er valgt.

2.

Maksimum ikke-utliggeravgrensning3.

Øvre/tredje kvartil (Q3). 75 % av uttrykksverdiene er mindre enn Q3.

4.

Medianen, eller den midterste verdien, av de rangerte uttrykksverdiene5.

Nedre/første kvartil (Q1). 25 % av uttrykksverdiene er mindre enn Q1.

6.

Minimum ikke-utliggeravgrensning

7.

Utligger. Verdien til denne utliggeren er < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

Brukerhåndbok | 297

Vedlegg A Beregninger for dataanalyse

298 | CFX Maestro Dx SE-programvareVedlegg B Revisjonsspor
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition oppretter revisjonsspor for data- og genstudiefiler(henholdsvis .prcd- og .mgxd-filer). Eventuelle endringer i eller handlinger utført på sikre data- og
genstudiefiler blir fanget opp i filens revisjonsspor når filen lagres. CFX Maestro Dx SE oppretter et eget
revisjonsspor for hver fil.
Du kan velge File > Save As (Fil > Lagre som) og lagre sikre signerte eller usignerte data- og
genstudiefiler i en annen mappe eller med et annet navn. Den nye filen arver revisjonssporet fra den
opprinnelige filen. Revisjonssporet for den nye filen inkluderer også Save As-aktiviteten (Lagre som).
Endringer i eller handlinger utført på den nye filen er registrert i sitt eget revisjonsspor. Den opprinnelige
filen opprettholder revisjonssporet, der ytterligere aktivitet fanges opp.
Reviderbare hendelser på side 301 viser de reviderbare hendelsene som programvaren registrerer.

Vise revisjonsspor
Hvert revisjonsspor viser følgende informasjon:nn

RevisjonsoverskriftdetaljeroFile versjon (Filversjon) – den lagrede versjonen av filenoDate (Dato) – datoen for den aktuelle reviderbare hendelsenoUser (Bruker) – Windows-domenet og brukernavnet til den påloggede brukerenoComment (Kommentar) – den siste lagrede kommentarenoSignature (Signatur) – den elektroniske signaturen til den siste personen som signerte filenoSignature reason (Signaturårsak) – årsaken til signaturenoApplication (Program) – CFX Maestro Dx SEoApplication version (Programversjon) – den gjeldende versjonen av CFX Maestro Dx SE

oFull user (Full bruker) – det fulle navnet på den påloggede brukerenoMachine (Maskin) – datamaskinen der CFX Maestro Dx SE er installert

Audit change detail (Revisjonsendringsdetaljer)oObject (Objekt) – elementet som ble endret (det reviderte elementet)

Brukerhåndbok | 299

Vedlegg B Revisjonssporo

Old value (Gammel verdi) – den forrige verdieno

New value (Ny verdi) – den nye verdienoDescription (Beskrivelse) – beskrivelsen av endringen

Se revisjonssporetu

I den åpne data- eller genstudiefilen velger du View > Audit Trail (Vis > Revisjonsspor). Filens
revisjonsspor vises.

Som standard sorteres dataene etter dato og klokkeslett, og alle hendelser vises i den utvidede
visningen. Du kan filtrere visningen etter brukernavn og objekt, og skjule den utvidede visningen for å
enkelt sortere etter hvilket som helst overskriftsfelt. Du kan også se revisjonssporet som en htmlrapport.

Sortere etter brukernavnuVelg målbruker fra rullegardinlisten User Name (Brukernavn).

Sortere etter objektuVelg målet fra rullegardinlisten Object (Objekt).

Skjule den fulle beskrivelsen av hendelseruKlikk på Collapse All (Skjul alt).

Sortere data i endringsdetaljtabellenuKlikk på diamantsymbolet i datakolonneoverskriften for å utføre en stigende sortering (A til Å, det
minste tallet til det største eller det tidligste til det siste).

300 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Reviderbare hendelser

Skrive ut revisjonssporet1.

Klikk på HTML Report (HTML-rapport) for å vise revisjonssporet i en nettleser.

2.

Gjør ett av følgende i nettleservinduet:nVelg File > Print (Fil > Skriv ut).

nHøyreklikk rapporten og velg Print (Skriv ut).

Reviderbare hendelser
CFX Maestro Dx SE fanger opp følgende reviderbare hendelser i data- og genstudiefiler.

Reviderbare hendelser under kjøring
n

Kjøringens starttidnKjøringens tidsplateredigeringernKjøringens tidsprotokollredigeringernKjøringens sluttid

Reviderbare hendelser når en datafil opprettesnDatafil opprettetnInterpolerte platelesinger lagt til av systemet

Reviderbare hendelser når en datafil lagresnGenerelt
o

Navn

o

SigneringoPlateoppsettoVis brønner

oAnalyserte fluoroforeroPlateredigeringeroAnalysemoduso

PCR aktiv brønngruppe

Brukerhåndbok | 301

Vedlegg B Revisjonsspor

n

n

n

n

n

Fanen Quantification (Kvantifisering)oActive step (Aktivt trinn)oSettings — Cq Determination mode (Innstillinger – C q påvisningsmodus)oSettings — Baseline Setting (Innstillinger – baselinjeinnstilling)oDrift correction applied (Driftkorreksjon brukt)oSettings — Cycles to Analyze (Innstillinger – sykluser som skal analyseres)oSettings — Analysis Mode (Innstillinger – analysemodus)oSettings — Baseline Threshold (Innstillinger – baselinjeterskel)

Fanen Melt Curve (Smeltekurve)oActive step (Aktivt trinn)oPeak type displayed (Peak-type vist)oPeak analysis threshold (Peak-analyseterskel)

Fanen End Point (Endepunkt)oActive fluorophore/target (Aktiv fluorofor/mål)o

End cycles to average (Endesykluser som brukes til å finne gjennomsnitt)oTolerance calculation method (Toleranseberegningsmetode)oPercentage of range (Prosent av område)Fanen Allelic Discrimination (Allelisk diskriminering)o

X- og Y-akse fluorophore (fluorofor)oSelect cycle number (Velg syklusnummer)oView call map (Vis bestemmelseskart)

Fanen Gene Expression — All plots (Genuttryk – alle plott)oExperiment Settings — Target reference (Eksperimentinnstillinger – målreferanse)oExperiment Settings — Sample control (Eksperimentinnstillinger – prøvekontroll)oExperiment Settings — Auto efficiency (Eksperimentinnstillinger – auto effektivitet)oExperiment Settings — Efficiency (Eksperimentinnstillinger – effektivitet)

302 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Reviderbare hendelser

n

n

n

n

Gene Expression tab — Graphing (Genuttrykk – graf)oAnalysemodusoGraph data (Diagramdata)oX-akseoY-akseo

Alternativ for skaleringoFeillinjeoMultiplikator for feillinjeoP-Value threshold (P-verditerskel)

Fanen Expression — Clustergram (Genuttrykk – clustergram)oCluster By (Klynge etter)oSplit out replicates (Del op replikater)

Fanen Gene Expression — Scatter Plot (Genuttrykk – spredningsplott)oControl Biological Group (Kontroll biologisk gruppe)oExperimental Biological Group (Eksperimentell biologisk gruppe)oFold Change Threshold (Foldendringsterskel)

Fanen Gene Expression — ANOVA (Genuttrykk – ANOVA)onn

P-Value threshold (P-verditerskel)

Plate Setup — View/Edit Plate (Plateoppsett – vis/rediger plate)oSettings — PlateType (Innstillinger – platetype)o

Settings — Units (Innstillinger – enheter)o

Editing Tools — Flip Plate (Redigeringsverktøy – Speilvend plate)oWell groups (Brønngrupper)oPlate fluorophores (Platefluoroforer)

Plate Setup — Replace Plate and Apply PrimePCR File (Plateoppsett – erstatt plate og brukPrimePCR-fil)oPlate Setup Import (Import av plateoppsett)Brukerhåndbok | 303

Vedlegg B Revisjonsspor

Audit Changes for Gene Study Files (Revisjonsendringer for genstudiefiler)
Generelt
n

Navn

n

Fanen Study Setup (Studieoppsett)on

Add/Remove data files (Legg til/fjern datafiler)

Fanen Study Analysis (Studieanalyse)

304 | CFX Maestro Dx SE-programvareVedlegg C LIMS-integrering
Du kan konfigurere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition for bruk med etinformasjonsbehandlingssystem for laboratorier (LIMS). For LIMS-integrering krever CFX Maestro Dx SE
informasjon om plateoppsett generert av LIMS-plattformen (en LIMS-fil, *.plrn), en protokollfil opprettet
med CFX Maestro Dx SE (*.prcl), en definert plassering for dataeksport og et definert eksportformat.
Etter at kjøringen er ferdig, genererer CFX Maestro Dx SE en datafil (.pcrd) og lagrer den på et angitt sted
for dataeksportmappe. CFX Maestro Dx SE kan også opprette en LIMS-kompatibel datafil i .csv-format og
lagre den på samme sted.

Opprette LIMS-kompatible datafiler
Dette tillegget forklarer hvordan du setter opp CFX Maestro Dx SE for å opprette, lagre og eksportere
LIMS-kompatible datafiler.

Sette opp LIMS-mappe og alternativer for dataeksport
Som standard lagrer CFX Maestro Dx SE LIMS-protokoller, filer dataeksportfiler i denne mappen:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
Du kan konfigurere CFX Maestro Dx SE slik at systemet lagrer filene i en annen mappe, og endre
eksportalternativene for LIMS-data.

Slik setter du opp en LIMS-mappe og alternativer for dataeksport
1.

Velg Tools > Options ( Verktøy > Alternativer) i startvinduet.

2.

Velg Data Export Settings (Innstillinger for dataeksport) i dialogboksen Options (Alternativer).

Brukerhåndbok | 305

Vedlegg C LIMS-integrering

3.

(Valgfritt) Velg Automatically export LIMS data at end of run (Eksporter LIMS-data automatisk etter
fullført kjøring).
Programvaren vil automatisk eksportere LIMS-data etter hver kjøring og lagre dem på angitt sted.

4.

Hvis du vil endre standard eksportalternativer for LIMS-data, klikker du på LIMS Data Export Settings(Innstillinger for eksport av LIMS-data).
Viktig: Kun LIMS-data som eksporteres som en .csv-fil, kan importeres tilbake til CFX Maestro
Dx SE.

5.

I dialogboksen LIMS Data Export Format Settings (Innstillinger for eksportformat for LIMS-data)velger du de påkrevde eksportalternativene og klikker på OK.

6.

I dialogboksen Options (Alternativer) navigerer du til og velger en standardmappe der du vil lagre
LIMS-datafilene. Du kan velge forskjellig plassering for hver filtype:7.

nProtocol (Protokoll)n

LIMS file (LIMS-fil)nData export (Dataeksport)

Klikk på OK for å lagre endringene og lukke dialogboksen Options (Alternativer).

306 | CFX Maestro Dx SE-programvareOpprette LIMS-kompatible datafiler

Opprette en LIMS-protokoll
Når du vil starte en LIMS-kjøring, må du opprette en CFX Maestro Dx SE-protokollfil (*.prcl) og lagre denpå plasseringen for den tilordnede LIMS-protokollmappen.
Se Kapittel 7, Opprette protokoller for mer informasjon.

Opprette en LIMS-fil
En LIMS-fil (*.plrn) inneholder detaljer om plateoppsettet og navnet på protokollfilen. Denne filen
genereres av ditt interne LIMS. CFX Maestro Dx SE bruker LIMS-filen til å lage en platefil som skal brukes
med en protokollfil.
CFX Maestro Dx SE har plateimportmalfiler som du kan redigere for å opprette egendefinerte LIMSplatefiler.
Tips: Denne oppgaven skal utføres av en LIMS-spesialist.

Slik oppretter du en LIMS-fil
1.

I startvinduet velger du View > Show > LIMS File Folder (Visning > Vis > LIMS-filmappe).

2.

Åpne mappen LIMS Templates (LIMS-maler) og velg en .csv-fil som skal importeres til ditt interne
LIMS.

3.

Du kan redigere malfilen ved å fylle ut de påkrevde feltene oppført i Tabell 38.

4.

Gjør ett av følgende:n

For å lagre endringene dine for fremtidig bruk, lagre filen som en .csv-fil.

nFor å lagre endringene og bruke filen umiddelbart, lagre filen som en .plrn-fil.

nLagre malen med filtypen .plrn i LIMS-filmappen.

Viktig: CFX Maestro Dx SE kan kun åpne .plrn-filen. Du må lagre .csv-filen som .plrn for å kunne
starte LIMS-kjøringen.
Tabell 38. Definisjon av innhold i LIMS .csv-filen

KolonneA

Rad

Beskrivelse

InnholdFormål

1

Plate Header

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert(Plateoverskrift)
A,B,C

(2)

Field/Data/Instruction(Felt/data/instruksjon)

Brukerhåndbok | 307

Vedlegg C LIMS-integrering

Tabell 38. Definisjon av innhold i LIMS .csv-filen, forts.

KolonneRad

Beskrivelse

InnholdFormålB

3

Version (Versjon)

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert

B

4

Plate Size

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert

Legg inn “BR White”

Påkrevd(Platestørrelse)
B

5

Plate Type (Platetype)(BR hvit), “BR Clear”(BR klar) eller enannen kalibrert
platetypeB

6

Scan Mode

Legg inn “SYBR/FAM(Skannemodus)

Only:” (KunSYBR/FAM:), “AllChannels” (Allekanaler) eller “FRET”

308 | CFX Maestro Dx SE-programvarePåkrevdOpprette LIMS-kompatible datafiler

Tabell 38. Definisjon av innhold i LIMS .csv-filen, forts.

KolonneB

Rad

Beskrivelse

InnholdFormål7

Units (Enheter)

Legg inn ett av

Påkrevd

følgende alternativer:“copy number”(kopitall), “fold dilution”(foldfortynning),“micromoles”(mikromol),“nanomoles”(nanomol),“picomoles” (pikomol),“femtomoles”(femtomol),“attomoles” (attomol),“milligrams”(milligram),“micrograms”(mikrogram),“nanograms”(nanogram),“picograms”(pikogram),“femtograms”(femtogram),“attograms” (attogram)eller “percent”(prosent)
B

8

Run ID (Kjørings-ID)

Legg inn en kort

Valgfritt

beskrivelse eller
strekkode som
identifiserer denne
kjøringen (maks. 30
tegn, komma ikke
tillatt)
B

9

Kjøringsmerknader

Legg inn

Valgfrittkjøringsbekrivelse

Brukerhåndbok | 309

Vedlegg C LIMS-integrering

Tabell 38. Definisjon av innhold i LIMS .csv-filen, forts.

KolonneB

Rad

Beskrivelse

InnholdFormål10

Run Protocol

Legg innPåkrevd(Kjøringsprotokoll)

protokollfilnavn
nøyaktig som oppført.

A

11

Data File (Datafil)

Legg inn datafilnavn

Valgfritt

A

12–15

TBD/Empty (TBD/tom)

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert

A

16

Plate Data (Platedata)

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert

A

17–113Well Position

Skal ikke redigeresForhåndsdefinert

Ch1 Dye (Kanal1

Legg inn ett kalibrertPåkrevdfargestoff), Ch2 Dyefargestoffnavn (for(Kanal2 fargestoff), Ch3

eksempel “FAM”) forDye (Kanal3 fargestoff),

hver kanal som brukes(Brønnposisjon)
B–G

Ch4 Dye (Kanal4
fargestoff), Ch5 Dye(Kanal5 fargestoff),
FRET
H

Sample Type

Legg inn én av(Prøvetype)følgende prøvetyper:Påkrevd“Unknown” (Ukjent),“Standard”, “Positive
Control” (Positiv
kontroll), “Negative
Control” (Negativ
kontroll), “NTC” (Ikketemplatkontroll) eller“NRT” (Uten revers
transkriptase)
I

Sample Name
(Prøvenavn)

310 | CFX Maestro Dx SE-programvareLegg inn prøvenavn

ValgfrittOpprette LIMS-kompatible datafiler

Tabell 38. Definisjon av innhold i LIMS .csv-filen, forts.

KolonneJ–O

Rad

Beskrivelse

InnholdFormål

CH1 Target (Kanal1

Legg inn målnavn for

Valgfrittmål), CH2 Target

hver kanal som brukes(Kanal2 mål), CH3
Target (Kanal3 mål),CH4 Target (Kanal4mål), CH5 Target(Kanal5 mål), FRET
Target (FRET mål)P

Q

Collection Name

Legg inn navn på(Samlingsnavn)

biologisk settReplicate (Replikat)

Legg inn et positivt

Valgfritt

Valgfritt

heltall for hvert settmed replikater.
Verdien kan ikke være
null.
R–W

CH1 Quantity (Kanal1

Legg innPåkrevd for allekvantitet), CH2 Quantity

kvantitetsverdier for

standarder(Kanal2 kvantitet), CH3

alle standarder. Legg

Quantity (Kanal3

inn konsentrasjon ikvantitet), CH4 Quantity

desimalform.

(Kanal4 kvantitet), CH5
Quantity (Kanal5
kvantitet, FRET Quantity(FRET kvantitet)

Brukerhåndbok | 311

Vedlegg C LIMS-integrering

Tabell 38. Definisjon av innhold i LIMS .csv-filen, forts.

KolonneX

Rad

Beskrivelse

InnholdFormålWell Note

Legg inn

Valgfritt(Brønnmerknad)

brønnmerknad (maks.
20 tegn)
Merknad: Selv
om CFX Maestro
Dx SE har en
grense på 20 tegnnår du skriver inn
merknader i Well
Note via
programvaren,
kan feltet Well
Note inneholde
opptil 500 tegn
hvis det er
inkludert i en
importert .plrn-fil.
CFX Maestro Dx
SE viser imidlertidbare de første 20
tegnene. Den
eksporterte .pcrdfilen inneholder
alt i Well Notefeltet, ingen datagår tapt.

Y–AD

Ch1 Well Color (Kanal1

Legg inn enhver

brønnfarge), Ch2 Well

brukerdefinert farge forColor (Kanal2

kurvestil i et 32-bits

brønnfarge), Ch3 Well

integer (argb)

Color (Kanal3

desimalformat

brønnfarge), Ch4 Well
Color (Kanal4
brønnfarge), Ch5 Well
Color (Kanal5
brønnfarge), FRET Well
Color (FRET brønnfarge)

312 | CFX Maestro Dx SE-programvare

ValgfrittOpprette LIMS-kompatible datafiler

Starte en LIMS-kjøring
Slik starter du en LIMS-kjøring
1.

Gjør ett av følgende for å åpne en LIMS .plrn-fil:n

I startvinduet velger du View > Show > LIMS File Folder (Visning > Vis > LIMS-filmappe) ogåpner .plrn-målfilen.

n

I startvinduet velger du File > Open > LIMS File (Fil > Åpne >LIMS-fil) og åpner .plrn-målfilen.

Filen åpnes i fanen Start Run (Start kjøring) i veiviseren Run Setup (Kjøringsoppsett). Fanen Start
Run (Start kjøring) viser informasjon om eksperimentet som skal kjøres. Den viser også den
tilkoblede instrumentblokken eller blokker du kan kjøre eksperimentet på.
2.

I fanen Start Run (Start kjøring) velger du et instrument og klikker på Start Run (Start kjøring).

Eksportere data til et LIMS
Etter at kjøringen er fullført, genererer CFX Maestro Dx SE en datafil (.pcrd) og lagrer den på den
definerte mappeplasseringen for dataeksport.

Slik eksporterer du datafilen til et LIMSuÅpne .pcrd-filen, og velg Export > Export to LIMS Folder (Eksport > Eksporter til LIMS-mappe).

Brukerhåndbok | 313

Vedlegg C LIMS-integrering

Tips: Hvis du velger Automatically Export Data after Run (Eksporter data automatisk etter kjøring) i
LIMS Options (Alternativer for LIMS), oppretter CFX Maestro Dx SE en LIMS-kompatibel datafil i .csv
format og lagrer den i den samme mappen.

314 | CFX Maestro Dx SE-programvareVedlegg D Feilsøking i CFX Maestro Dxprogramvare, Security Edition
Dette tillegget gir forslag til feilsøking av problemer du kan støte på når du oppgraderer eller kjører
CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition.

Hviteliste CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition filerog mapper
For å beskytte mot virus og skadelig programvare, kan IT-avdelingen din ha implementert svært strenge
programvaresikkerhetstiltak. Disse tiltakene kan påvirke tiden for oppgradering eller kjøring av
CFX Maestro Dx SE.
For å forbedre ytelsen til CFX Maestro Dx SE, anbefaler Bio-Rad at IT-avdelingen godkjenner følgende
filer og mapper i brannmurinnstillingene i antivirusprogramvaren som er installert på CFX Maestro Dx SEdatamaskinen:

MappernC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Filer
n

Alle .exe-filer i mappen C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe og Rscript.exe (i mappen C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Brukerhåndbok | 315

Vedlegg D Feilsøking i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Programvarelogg
Før CFX Opus Dx starter en ny kjøring, starter systemet en selvdiagnostisk test for å bekrefte at det kjører
innenfor spesifikasjonene. Programvaren registrerer resultatene av denne testen i filene Run Log(Kjøringslogg) og Application Log (Programvarelogg). Hvis du oppdager et problem i ett eller flere
eksperimenter, må du åpne kjørings- og programvareloggene for å finne ut når problemene startet.
CFX Maestro Dx SE Dx sporer informasjon om tilstanden til et instrument under en kjøring i Application
Log (Programvarelogg). Bruk disse loggene til å spore hendelser som inntreffer på instrumentene og iprogramvaren samt for feilsøking.

Slik åpner du programvareloggenu

I startvinduet velger du View > Application Log (Vis > Programvarelogg).

For å vise programloggen som en HTML-fil, klikk på HTML Report-knappen.

316 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Feilsøking

Hente programvare- og firmware-loggfiler
Programvare- og firmware-loggene inneholder informasjon som beskriver handlinger utført under bruk av
programvaren og ytelsen til kjøringer. Disse loggene registrerer også programvare- eller firmware-feil
som oppstår under bruk av programvaren eller instrumentet.

Slik får du tilgang til loggfilene for programmet og firmware:1.

Høyreklikk på instrumentet i ruten Detected Instruments (Oppdagede instrumenter).

2.

Velg Retrieve Log Files (Hent loggfiler).

3.

I dialogboksen Browse for Folder (Søk etter mappe) velger du målmappen på nettverket eller en lokal
stasjon som du vil lagre loggfilene i.
Merknad: Mappen har tittelen "Logs".

4.

Klikk OK for å lagre filene.
Viktig: Lagring av en loggfil med samme filnavn som en eksisterende loggfil, vil overskrive den
eksisterende loggfilen.

Feilsøking
Du kan vanligvis løse problemer med programvare- og instrumentkommunikasjon ved å starte
datamaskinen og systemet på nytt. Det er viktig at du lagrer eventuelt pågående arbeid før du starter på
nytt.
Merknad: Kontroller at datamaskinen har nok RAM og ledig diskplass. Minimum RAM er 4 GB og
minimum ledig diskplass er 128 GB.

Strømbrudd
Ved et strømbrudd stenges instrumentet og datamaskinen ned. Hvis strømbruddet er kortvarig, vil
instrumentet gjenoppta kjøringen av en protokoll, men strømbruddet blir registrert i Application Log(Applikasjonslogg). Avhengig av datamaskinens innstillinger og lengden på strømbruddet, vil
instrumentet og programvaren prøve å fortsette kjøringen, avhengig av protokolltrinnet:
nHvis protokollen er i et trinn som ikke inneholder plateavlesning, fortsetter protokollen å kjøre straks
instrumentet forsynes med strøm igjen.

nHvis protokollen er i et trinn som inneholder plateavlesning, venter instrumentet på at programvarenskal startes på nytt og gjenopptar kommunikasjonen for innsamling av data. I denne situasjonen
fortsetter protokollen kun hvis programvaren ikke er stengt ned av datamaskinen. Protokollen
fortsetter når datamaskinen og programvaren starter opp på nytt.

Brukerhåndbok | 317

Vedlegg D Feilsøking i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

Overføre filer til CFX Maestro Dx SE-datamaskinen
Du kan overføre data og loggfiler som ligger på instrumentet til harddisken til en tilkoblet CFX Maestro Dx
SE-datamaskin.
Tips: Alle filer i mappen for sanntidsdata på instrumentbasen overføres til datamaskinen.
Merknad: Fra CFX Opus Dx-instrumenter kan du bare overføre loggfiler. Alle loggfiler på
instrumentet overføres til datamaskinen.

Slik henter du ut filer fra instrumentet
1.

Høyreklikk på målinstrumentet i ruten Detected Instruments (Detekterte instrumenter) i startvinduet,og velg Retrieve Log Files.

2.

Velg en mappe der du vil lagre filene.

3.

Klikk på OK.

Installere CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition manuelt
Slik installerer du CFX Maestro Dx SE manuelt
1.

Koble fra eventuelle instrumenter som er koblet til datamaskinen.
Finn instrumentets USB-kabel på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen, og koble den fra. Kabelenden
som er tilkoblet instrumentet, trenger ikke kobles fra.

2.

Logg på CFX Maestro Dx SE-datamaskinen som administrator.

3.

Sett USB-stasjonen med CFX Maestro Dx SE inn i USB-porten på datamaskinen.

4.

Åpne Windows Utforsker, naviger til USB-stasjonen med CFX Maestro Dx SE og åpne den.

5.

Åpne CFX-mappen og dobbeltklikk på CFXMaestroDxSetup.exe for å installere CFX Maestro Dx SE.

6.

Følg instruksjonene på skjermen for å installere programvaren.
Når installeringen er ferdig, vises Bio-Rad CFX Maestro Dx-programvare, Security Editionvelkomstskjermbildet på dataskjermen og Bio-Rad CFX Maestro Dx-programvare, Security Editionikonet vises på skrivebordet.

7.

Løs trygt ut programvarens USB-enhet og start CFX Maestro Dx SE.

318 | CFX Maestro Dx SE-programvare

Feilsøking

Installere driverne på nytt
Slik installerer du instrumentdriverne på nyttu

I startvinduet velger du Tools > Reinstall Instrument Drivers (Verktøy > Installer instrumentdrivere pånytt).

Merknad: Hvis programvaren har problemer med å kommunisere med et sanntidssystem etter at duhar installert driverne på nytt og sjekket USB-tilkoblingen, må du kontakte teknisk støtte hos Bio-Rad.

Brukerhåndbok | 319

Vedlegg D Feilsøking i CFX Maestro Dx-programvare, Security Edition

320 | CFX Maestro Dx SE-programvareVedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices
for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Brukerhåndbok | 321

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

322 | CFX Maestro Dx SE-programvareStandard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Brukerhåndbok | 323

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

324 | CFX Maestro Dx SE-programvareStandard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Brukerhåndbok | 325

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

326 | CFX Maestro Dx SE-programvareStandard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andBrukerhåndbok | 327

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the

328 | CFX Maestro Dx SE-programvareStandard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Brukerhåndbok | 329

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this330 | CFX Maestro Dx SE-programvareStandard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Brukerhåndbok | 331

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

332 | CFX Maestro Dx SE-programvareStandard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Brukerhåndbok | 333

Vedlegg E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products334 | CFX Maestro Dx SE-programvareVedlegg F Referanser
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3,746–3,750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2,002–2,007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2. utgave (New York:SAGE Publications, Inc.).

Merknad om opphavsrett, Minpack (1999) University of Chicago. Med enerett
Redistribuering og bruk i kildeformer og binære former, med eller uten modifisering, er tillatt, forutsatt at
følgende betingelser er oppfylt:
1.

Ved redistribuering av kildekoden må den ovennevnte merknaden om opphavsrett, denne listen overbetingelser og følgende forbehold også distribueres.

2.

Redistribueringer i binær form må reprodusere den ovennevnte merknaden om opphavsrett, denne
listen over betingelser og følgende forbehold i dokumentasjonen og/eller andre materialer som
medfølger distribueringen.

3.

Eventuell sluttbrukerdokumentasjon som medfølger redistribueringen må inneholde følgende tekst:«Dette produktet inneholder programvare utviklet av University of Chicago, som eier av Argonne National
Laboratory.»

Brukerhåndbok | 335

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, France
Tlf.: +33 (0)1 47 95 60 00
Faks: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135635 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122