リアルタイムPCR

12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
マニュアル改訂: 2022年5月
ソフトウェアリビジョン: 2.3

CFX Maestro Dx SEソフトウェア

ユーザーガイドバージョン2.3

CFX Maestro Dx SEソフト ウェア
ユーザーガイドバージョン2.3

Bio-Rad™テクニカルサポート
日本 国内 のBio-Radテクニカルサポート 部 門の営 業時 間は、午 前 9時 から午 後5時( 営 業日 ) です。
電 話 ：03-6404-0331
Eメール：life_ps_jp@bio-rad.com
米国 およびカナダ以 外でのテクニカルサポート については、ご自身 の地 域の最寄 りのテクニカルサポート オフィスに連絡するか、bio-rad.comの[お問合 せ]リンクをクリックしてください。

通知
この文 書 のいかなる部分 も、Bio-Rad Laboratories, Inc.による書面 の許可がない限り、コピー、記 録、情報 の保存または検 索システム等 、電 子的 か機械 的かを問わず、いかなる形 式 または手 段によっても複 製 または送 信 することはできません。
Bio-Radは製 品およびサービスをいつでも変 更する権 利を留 保 します。このガイドは予 告 なしに変 更 される場合 があります。情 報 の正 確性 については万 全 を期しておりますが、この情 報 の適 用 または使 用に起因 する誤 りまたは欠落、あるいはいかなる損 害 に対 してもBio-Radは一 切の責任を負 いません。
BIO-RADはBio-Rad Laboratories, Inc.の商標です。
SYBRはThermo Fisher Scientific Inc.の商 標 です。
EvaGreenはBiotium, Inc.の商 標です。
この文 書 で使用 されているすべての商 標 は、それぞれの所有 者に帰 属します。
Copyright © 2022 by Bio-Rad Laboratories, Inc. All rights reserved.

用途

用途
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアTMを使用 するCFX Opus DxリアルタイムPCRシステムTMは、蛍 光 ベースのPCRを実 施して核 酸 配 列 を検 出および定 量 することを目 的としています。システムとソフト ウェアは、訓練 を受けた検 査技師 が体 外 診 断用に使用 することを想 定しています。本 システムは、診 断 用として製造 および分類されている、第 三者 の診 断用核 酸 増幅 検 査での使 用を目 的としています。

マーク一 覧

メーカー

ロット 番号

使用期限

体 外 診断 用

温度制限

カタログ番 号

取 扱 説 明 書を参 照

検査回数

使用対象

シリアルナンバー

規 定 された場 合 にのみ使 用

ラテックス含 有

ユーザーガイド | iii

CE マーキング – 体外 診 断 用医 療 機 器 規則(EU) 2017/746 IVDR

翻訳
製品 ドキュメント は、電 子メディアでその他 の言 語で提 供される場 合があります。

iv | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

改 訂履 歴

改訂履歴
資料

日付

変 更 の説 明

CFX Maestro Dx SEソフト ウェ

2020年 12月

Ver A、初 期 リリース

2022年 5月

n CFX Opus Deepwell Dxをサポート するように更 新

アユーザーガイド 2.0(ドキュメントID＃ 10000135629)
CFX Maestro Dx SEソフト ウェ
アユーザーガイド 2.3

n マーク一 覧 表 の更新(ドキュメントn はじめににサイバーセキュリティに関 する注 記を追 加

ID＃ 10000135629)

ユーザーガイド | v

vi | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

目次
用途

iii

マーク一 覧

iii

翻訳

iv

改 訂 履歴v

安 全 性 と規 制 への準 拠

17

安 全 警告 ラベル

17

安 全 性と規 制 への準 拠

19

安 全 性コンプライアンス

19

電 磁 両立 性 (EMC)20

EMC警 告および注 意20

環 境 要件

22

危険性

23

バイオハザード

23

化 学 品の危険 有 害 性

24

爆 発 または可 燃 の危 険 性

24

電 気 的危 険 性

24

輸送

25

電池

25

処分

25

保証

25

第 1章 はじめに

27

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの主 な特 徴29

詳 細 について29

第 2章 CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール

31

システム要件32

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール

33

接 続 機器 の検 出

34

ソフト ウェアファイル

35

ユーザーガイド | vii

目次

第 3章 CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーアカウント の管 理

37

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの起 動

38

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアコンピューターへのMicrosoft Windowsユーザーの追 加

40

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーの追 加と削 除

42

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザー役割 の管 理

43

役 割 と権 限 の表 示

第 4章 CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使 用

4445

セキュアファイル

45

第 5章 ワークスペース

55[Home (ホーム)]ウィンドウ

56

スタート アップウィザード

57[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウ

58[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウ

59[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウ

60

第 6章 [Home (ホーム)]ウィンドウ[Home (ホーム)]ウィンドウ

61
62[File (ファイル)]メニューのコマンド

63[View (表示 )]メニューのコマンド

63[User (ユーザー)]メニューのコマンド

64[Run (ラン)]メニューのコマンド

64[Tools (ツール)]メニューのコマンド

65[Help (ヘルプ)]メニューのコマンド

66

ツールバーのコマンド

66

スタート アップウィザード

68

ステータスバー

68[Detected Instruments (検 出 された機 器 )]ペイン

69

機 器 のプロパティの表 示

72

はじめる前 に73

リアクションマスターミックスの作 成73

新 しい色 素 のキャリブレーション

75

ユーザー設 定の設 定

79

第 7章 プロト コルの作 成95

プロト コルステップのパラメータと範 囲

viii | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

96

目次

[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウ

98[File (ファイル)]メニューのコマンド

98[Settings (設 定 )]メニューコマンド

99[Tools (ツール)]メニューのコマンド

99

ツールバーのコマンド

99

プロト コル編 集 コント ロール

100

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成103

プロト コルエディターで新 しいプロト コルファイルを開 く

103

プロト コルエディターで既 存 のプロト コルを開 く

104

新 しいプロト コルの設 定

106

プロト コルへのステップの追 加

108

グラジエント ステップの挿 入

109

GOTOステップの挿 入

110

融 解 曲線 ステップの挿入

110プレート リードステップの追 加 または削除

112

ステップオプションの変更

112

ステップの削 除113

プロト コルのコピー、エクスポート 、または印 刷

113

Protocol AutoWriterを使 用 したプロト コルの作 成

114

Ta計 算 機の使用

116

Ta計 算 機の概要

116

第 8章 プレート の準 備

121

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウ

122[File (ファイル)]メニューのコマンド

122[Edit (編 集 )]メニューのコマンド

123[Settings (設 定 )]メニューのコマンド

123[Editing Tools (編 集 ツール)]メニューのコマンド

124

ツールバーのコマンド

124

プレート エディターを使 用したプレート ファイルの作 成

126

プレート エディターで新しいプレート ファイルを開 く

126

プレート エディターで既存 のプレート ファイルを開く

128

新 しいプレート ファイルの設 定

129

プレート ファイルへのオプションパラメータの割 り当 てウェルへのターゲット の割り当 て

137
137

ユーザーガイド | ix

目次

ウェルへのサンプル名 の割 り当 て139

ウェルへの生物 学 的 グループの割 り当 て141

ウェルへの技術 レプリケート 番号 の割 り当 て143

標 準 サンプルタイプへの希 釈 系 列の割り当 て145

別 のウェルへのウェルの内 容 のコピー

146

ウェルへのメモの追加

146

ウェルのすべての内 容 のクリア

147

実 験 設定 の変 更148

ウェルグループの作 成

151

ト レーススタイルの変更

153

スプレッドシート 形 式 でのプレート の表 示、エクスポート 、およびインポート

155

プレート セット アップウィザードを使 用したプレート レイアウト の作 成

157

プレート セット アップウィザードの使用

第 9章 実 験 の実 施[Run Setup (ランの設 定 )]ウィンドウ[Run Setup (ランの設 定 )]ウィンドウへのアクセス

157

161
162
163

[Protocol (プロト コル)]タブ

164[Plate (プレート )]タブ

166

[Start Run (ランの開始 )]タブ

169

実 験 の実 施[Run Details (ランの詳 細 )]ダイアログボックス

170
172

[Run Status (ランステータス)]タブ

172[Real-time Status (リアルタイムステータス)]タブ

175[Time Status (時 間ステータス)]タブ

178

PrimePCR実 験の実 施

179

解 析 のためのスタンドアロンデータの転送

181

Eメールを介したデータの転 送

181

CFX Opus DxリアルタイムPCRシステムからのデータの転 送

181

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアを介 したデータ転 送

183

USBドライブを使用 したデータ転送

183

CFX Opus DxリアルタイムPCRシステムを使 用 した共 有 ネット ワークドライブ経 由のデータ転 送

184

データファイルの作成

184

第 10章 データ解 析 の概 要
[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウx | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

185
185

目次

[Data Analysis (データ解 析 )]ツールバー

186

データ解 析メニューバー

187

タブの詳 細190

ステップ番 号 セレクター

190

データ解 析でのウェルグループの表 示

191

ラン後 のウェルの内 容 の変 更

191

データ解 析設 定

192

しきい値の調整

192

ベースライン設 定

192

解 析 モード193

解 析 するサイクル数194

ウェルセレクター

195

ウェルセレクターの右 クリックメニュー項目

196

解 析 からの一 時 的 なウェルの除 外

197

グラフ

198

グラフツール198

グラフ内 の領 域 の拡 大

206

Microsoftファイルへのグラフのコピー

206

グラフの一 般 的 な右 クリックメニュー項 目

206

スプレッドシート
スプレッドシート の一 般 的 な右 クリックメニュー項 目
Export (エクスポート )

208
208
210

すべてのデータシート のエクスポート

210

RDMLファイルのエクスポート

211

カスタムエクスポート ファイルの作 成

212

LIMSフォルダへのエクスポート

214

Seegene形式 のデータのエクスポート

214

第 11章 データ解 析 の詳 細[Quantification (定量 化 )]タブ

215
216

蛍 光 色素 オプション

216[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログボックス

216

対 数 スケールオプション

218

Standard Curve Chart (検 量 線 グラフ)

219

[Amplification Chart (増 幅 グラフ)]メニューのオプション

220

ユーザーガイド | xi

目次[Quantification (定量 化 )]タブのスプレッドシート[Quantification Data (定 量 化 データ)]タブ

220
222

結 果 スプレッドシート222

検 量 線結 果 スプレッドシート

224

プレート スプレッドシート

225

RFUスプレッドシート

226[Melt Curve (融 解 曲 線 )]タブ

227

融 解 曲線 データの調 整

229[Melt Curve Data (融 解 曲線 データ)]タブ

230

融 解 ピークスプレッドシート

230プレート スプレッドシート

231

RFUスプレッドシート

232-d(RFU)/dTスプレッドシート

233[End Point (エンドポイント )]タブ234

結 果 データ235

エンドポイント データ解 析 の調 整

236

エンドポイント 解 析 用 のRFUスプレッドシート

236[Allelic Discrimination (対 立遺 伝 子 識 別)]タブ237

対 立 遺伝 子 識 別 に関 するデータの調 整

238[Chart (グラフ)]メニューのオプション239

対 立 遺伝 子 識 別 スプレッドシート

239[Custom Data View (カスタムデータビュー)]タブ
カスタムデータビューの作 成[QC]タブ

240
241
242

QC基 準 の変 更242

QCを満 たしていないウェルの除 外243[Run Information (ラン情報 )]タブ

244

データ解 析レポート245

データ解 析レポート のカテゴリ

246

データ解 析レポート の作 成

249

ウェルグループレポート の作 成

251

第 12章 遺 伝 子 発 現 解 析

253

遺 伝 子発 現 解 析 用プレート のセット アップ

253

プレート 設 定 ガイド

254

xii | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

目次

遺 伝 子発 現 グラフ

255

グラフ

256

グラフビューの変 更と注 釈 付け258

遺 伝 子発 現 データの調 整

264

実 験 設定266

右 クリックメニューオプション

267

データスプレッドシート

268[Show Details (詳 細の表示 )]オプション

270

クラスターグラム

272

Settings (設 定 )272

右 クリックメニューオプション

272

データスプレッドシート

272

散布図

273

設定

273

右 クリックメニューオプション

273

データスプレッドシート

273

結 果 スプレッドシート

274

Gene Study (遺伝 子 研 究 )275

インターランキャリブレーション

275[Gene Study (遺 伝 子 研究 )]ダイアログボックス

276[Study Setup (研 究設 定 )]タブ

276

遺 伝 子研 究 の準 備

277

[Study Analysis (研 究 解 析)]タブ

278

遺 伝 子研 究 レポート のカテゴリ

279

遺 伝 子研 究 レポート の作 成

281

付 録 A データ解 析 の計 算

283

反 応 効率

283

相対量

283

対 照 選択 時 の相 対 量

284

相 対 量の標準 偏 差284

効 率 補正 Cq (CqE)285

平 均 効率 補 正 Cq (MCqE)285

正 規 化発 現286

生 物 学的 グループの発 現 と相 対 量

287

ユーザーガイド | xiii

目次

対 照 選択 時 の正 規 化 発現287

正 規 化発 現 の標 準 偏 差288

最 高 発現 レベルにスケーリングされた正 規 化 発 現289

最 低 発現 レベルにスケーリングされた正 規 化 発 現289

平 均 発現 レベルにスケーリングされた正 規 化 発 現289

スケーリングされた正 規 化 発 現の標 準偏 差

290

標 準 偏差 (lg)と平 均 標 準 誤差 (lg)のエラーバー

291

倍 率 変化292

補 正 値の計算 式

293

生 物 学的 グループ解 析 用の信 頼区 間 の計 算

294

箱 ひげ図 の計 算

294

付録B 監査証跡

297

監 査 証跡 の表 示

297

監 査 可能 なイベント

299

付 録 C LIMS統 合
LIMS互 換 データファイルの作 成

303
303

LIMSフォルダとデータエクスポート オプションの設 定

303

LIMSプロト コルの作 成305

LIMSファイルの作成

305

LIMSランの開 始310

LIMSへのデータのエクスポート

311

付 録 D CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのト ラブルシューティング

313

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアファイルとフォルダのホワイト リスト 登 録

313

アプリケーションログ

314

アプリケーションとファームウェアのログファイルの取 得
ト ラブルシューティング

315
315

電 源 障害315

CFX Maestro Dx SEコンピューターへのファイルの転送

316

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの手 動 でのインスト ール

316

ドライバーの再 インスト ール

317

付 録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

319

Software Notices

320

ZedGraph320

xiv | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

目次Standard Open License Text

320

LGPL-2.1

320

付録F 参考文献

333

ユーザーガイド | xv

目次xvi | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

安 全性 と規制 への準 拠
CFX Opus 96 DxリアルタイムPCRシステム、CFX Opus 384 DxリアルタイムPCRシステム、およびCFX Opus
Deepwell DxリアルタイムPCRシステム(このガイドではCFX Opus Dxシステムと呼ばれます) は、動作 中 に非 常に急速に加 熱 および冷 却 されます。リアルタイムPCRシステムの安 全 な動 作のため、Bio-Radでは、このセク
ションおよびこのガイド全体 に記載 されている安 全 仕様 に準 拠 することを強 くお勧 めします。

安 全 警 告 ラベル
CFX Opus Dxシステムおよびこのマニュアルに記載されている警告ラベルは、負 傷 や危 害 を引き起 こす原 因 について警告 するものです。表1で、各 安 全警告 ラベルについて説明 します。
表 1. 一 般 的 な安 全 警 告

アイコン

意味
このマニュアルを読まずにCFX Opus Dxシステム を操 作すると、人 身事 故を引 き起 こ
す可 能性があります。このマニュアルまたはBio-Radが定 める方 法 以外 の方 法でこの機器を使 用 すると、機 器の保 護機 能が損なわれたり、無 効になったりする可 能性 があります。
CFX Opus Dxシステム自 体に関連 するバイオハザードや放 射 性ハザードはありません。このようなハザードは、試験 対象サンプルから本システムにもたらされた場合 にのみ
問題 となります。生体 有害 サンプルまたは放 射性 サンプルを取 り扱 うときは、実験 室や所在 地 に固 有の推奨 される予 防措 置とガイドラインを遵守してください。通 常 、これらのガイドラインには、使 用 している危険物 の清 掃、監視、および処 分方 法 が指示 されています。
また、上記 で示 したように、爆 発の危険、またはサンプルコンテナからの液 体や蒸 気の
排出 の危険 がわずかにあります。危険物 を扱 う際、危険 物 が機器 内や周 囲に拡 散 される危 険 があります。そのため、放出 された物質 による怪我の危険 が通常 より高くなります。ユーザーは、このような状 況に対して適 切 な予 防措 置 を講じる必 要があります。

ユーザーガイド | 17

安全 性と規 制への準拠

表 1. 一 般 的 な安 全 警 告 、続 き

アイコン

意味
CFX Opus Dxシステム は動 作中 、深刻 な火 傷を引き起 こすような高温 になります。
リッドを開 けてサンプルを取 り出す前 に、必ずサンプルブロックを室温 に戻 してください。
サンプルブロックの冷 却後であっても、周辺 やヒータープレート が長 時 間高 温のままになる可 能 性 があります。機器 を冷 却できる十分 な時 間がない状 況 では、サーマルグロー
ブやオーブンミット などの防 護具 を使用することをお勧 めします。
CFX Opus Dxシステムが組 み込 まれたあらゆるシステムの安 全 性と性 能 の一 切の責任は、そのシステムの組 み立 て担 当 者にあります。

CFX Opus Dxシステム は通 常の動作中 にかなり高 温 になり、サンプルの液体 が沸 騰
または気 化し、サンプル容器を加圧 する可能 性 があります。サンプルコンテナが損傷し、漏 れ、液 体の噴出 、または爆 発 的な破 損を引き起こし、機 器の内部 および周囲に蒸気 または液 体 が排出 される可能性 があります。
動作 中 は怪 我 を防 ぐため、ユーザーは常 にリッドを閉めた状 態 で機器 を操 作 するか、または安 全ゴーグル、サーマルグローブなどの個 人 防護具 を着用 してください。ランの中断後 などサンプルがまだ熱 いうちに機 器を開くと、加圧 された容器 から液 体が漏 れたり、飛 び散 ったり、噴出 したりする可能 性 があります。リッドを開 ける前 に必 ずサンプルを冷却 してください。
リッドやシールが開 いている、緩んでいる、穴が開 いている、またはその他 損傷 している
状態 では、危 険 な破 裂や爆発が発 生 する可能 性 が高くなるため、このような状態 ではリアクションを実行 しないでください。
ユーザーは、危 険 な破裂や爆発 を起こす可能 性 が高 い揮 発性 試薬 を使 用したリアクションを実 行 しないでください。

18 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

安 全性 と規制 への準 拠

安 全 性 と規 制 への準 拠
安 全 性 コンプライアンス
CFX Opus Dxシステム は試 験 済 みであり、以下の安全規 格 および電磁規 格の該当 するすべての要 求 事項に準拠していることが確 認 されています。
n

IEC 61010-1:2010 計 測 、制御 及 び試験所 用電 気機 器 の安全要 求 事 項、第 1部 ：一般 要 求事 項n

IEC 61010-2-010:2019 計 測 、制御 及 び試験 所 用電 気機 器の安全要 求事 項 －第 2-010部 ：材料 加
熱用 の試 験所 機 器の特 定要 求事 項n

IEC 61010-2-081:2019 計 測 、制御 及 び試験 所 用電 気機 器の安全要 求事 項 －第 2-081部 ：分析 お
よびその他 の用途 の自 動 及 び半 自 動試 験所 機器の特定 要求事 項n

IEC 61010-2-101:2018 計 測 、制御 及 び試験 所 用電 気機 器の安全要 求事 項 、第 2-101部 ：体外 診断(IVD)用 医療 機 器の特 定要 求事 項nCAN/CSA-C22.2 NO.61010-1-12:2018 計 測、制 御及び試験 所用 電気 機 器の安 全要 求事 項 、第 1
部：一 般要 求事 項nCAN/CSA-C22.2 NO.61010-2-010:19 計測 、制 御 及 び試験所 用 電気機 器 の安 全要 求 事項 、第 2010部：材 料加 熱 用 の試 験所 機器 の特定 要求 事項

n

CAN/CSA-C22.2 NO.61010-2-081:19 計測 、制 御 及 び試験所 用 電気機 器 の安 全要 求 事項 、第 2081部：分 析およびその他の用 途の自動 および半 自動試 験 所機器の特定 要求 事 項nCSA-C22.2 NO.61010-2-101:19 計 測 、制御 及び試 験所用 電気 機 器の安全 要 求 事 項、第2-101部：
体外 診断 (IVD)用 医療 機 器 の特定 要 求事項

nEN 61010-1:2010 計 測 、制 御 及び試験所 用 電 気機器の安全 要 求事項 、第1部 ：一 般 要求 事項n

EN 61010-2-010:2014 計測 、制 御 及び試験 所用 電 気 機器の安 全 要 求事 項、第2-010部 ：材 料 加熱用の試験 所機 器 の特 定 要求 事項n

EN 61010-2-081:2015 計測 、制 御 及び試験 所用 電 気 機器の安 全 要 求事 項、第2-081部 ：分 析 およびその他 の用 途 の自 動 および半 自動 試 験所機 器の特定 要 求 事項n

EN 61010-2-101:2017 計測 、制 御 及び試験 所用 電 気 機器の安 全 要 求事 項、第2-101部 ：体 外 診断
(IVD)用医 療機 器 の特定 要求 事項n

UL 61010-1:2012 計 測 、制 御 及び試 験所 用電 気機器 の安 全要求 事項 、第 1部 ：一 般 要 求事 項

ユーザーガイド | 19

安全 性と規 制への準拠n

UL 61010-2-010:2019 計 測 、制 御 及び試験所 用 電 気機器 の安 全 要求 事項 、第 2-010部：材 料加 熱用の試験 所機 器 の特 定 要求 事項n

UL 61010-2-081:2019 計 測 、制 御 及び試験所 用 電 気機器 の安 全 要求 事項 、第 2-081部：分 析およびその他 の用 途 の自 動 および半 自動 試 験所機 器の特定 要 求 事項

n

UL 61010-2-101:19 計 測 、制御 及 び試験所 用電 気機 器の安全要 求事項 、第 2-101部 ：体外 診断(IVD)用医 療機 器 の特定 要求 事項

電 磁 両 立 性 (EMC)
CFX Opus Dxシステム は試 験 済 みであり、以下の電磁両 立 性 規格の該当 するすべての要 求事 項 に準拠 していることが確 認 されています。
n

IEC 61326-1:2012 計 測 、制御 及 び試験所 用の電気 機器 －EMC要 求 事項 —第1部 ：一 般 要求 事項。クラスAデバイスとして試験 済みn

IEC 61326-2-6:2012 計 測 、制 御 及 び試験所用 の電 気 機器－EMC要求 事 項—第 2-6部 ：特定 要求
事項 –体 外 診 断(IVD)用医 療 機器n

EN 61326-1:2013 計 測 、制 御 及び試験所 用 の電 気 機 器－EMC要 求事 項—第 1部 ：一 般 要 求事
項。クラスAデバイスとして試験 済みn

EN 61326-2:-6:2013 計 測 、制 御 及 び試験所用 の電 気 機器－EMC要求 事 項—第 2-6部 ：特定 要求
事項 –体 外 診 断(IVD)用医 療 機器

n

FCC第 15部 、サブパート B、セクション15.107および15.109。クラスAデジタル装 置 として試 験済 みn

CAN ICES-003v6:2019 カナダ障 害原 因装 置 規格 、情 報技術 装 置(デジタル装置 を含 む)—制 限および測定 手 法 。クラスA制 限 試験 済 み

EMC警 告 および注 意n

警 告 ：Bio-Radが明 示 的 に承 認していない変 更または改造を行 うと、ユーザーの本機 器 を操作 する権 限が無効 になることがあります。

n

注 ：この機 器 は試 験 済 みであり、FCC規則第 15部に準 拠したクラスAデジタル装 置の制 限に準 拠 していることが確 認 されています。これらの制 限は、本 装置 を商 業地 域 で運 用する場合 に、有害 な干 渉に対する適 切な保 護 措 置が行 われるように設計されています。この装置 は無 線 周 波 数エネルギーを発 生 、
使用 、放 射するため、取扱 説 明書 に従 って設 置 、使 用しない場合 は、無線 通 信に干渉 する可 能性 があります。住 宅 地域 でこの装 置を運用 すると、有 害な干渉 を引き起こす可 能 性可 能 性があり、その場
合には、ユーザーが自己 負担 で干 渉に対する対策 を講じる必 要があります。

n

FCC準 拠 に関 する注 意 ：この機 器 は試験 済みであり、クラスAデジタル装置 に関 するFCC規 則第 15部 サ
ブパート Bに準拠 していることが確 認されていますが、この機 器は、製造時 に有 効であった前述 のFCC規

20 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

安 全性 と規制 への準 拠

制に関 して、47 CFR 15.103( c) の「例 外デバイス」に該当するため、この準 拠は自主 的 なものであることにご注意 ください。
n

ケーブルに関 する注 意 ：この機 器 は、付属 の特 別に設計されたUSBケーブルを使 用してEMC準 拠 のテス
ト が行 われています。EMC排 出制 限への継 続的 な準 拠を維持 するため、この機器 には付属 のケーブル
またはBio-Rad認 定 交 換品 を使 用 する必 要があります。

ユーザーガイド | 21

安全 性と規 制への準拠

環境要件
CFX Opus Dxシステムは、以 下の表に記 載 されている環境 条件下 で安 全に動 作 するように設 計されています。
表 2. CFX Opus DxリアルタイムPCRシステム環 境 要 件

パラメータ

仕様

環境

屋 内 使用 のみ

動 作 高度最 大 海抜 2,000メート ル

周 囲 室温

15〜31℃ *輸 送 温度 および保 管 温 度–20°〜 60°C**–4〜140°F

相 対 湿度

20%〜 80% (結露 なし)***動 作 電力100〜 240 VAC±10％ 、50/60 Hz、最 大850 W

主 供 給電 圧 の変動±10%最 大 電力 使 用 量

850ワット 未満

ヒューズ

10 A、250 V、5 x 20 mm、速断 ブロー( 数量 2)過 電 圧カテゴリ

II

汚染度

2

*この温度範囲外で機器を動作させた場合、性能仕様が満たされない場合があります。5〜 40⁰Cの室温は安全と見なされます。
**これらの温度 条件を満たすために、機器を輸送用コンテナに保管 して輸送します。
***4⁰Cで機器を動作させる場 合、その条件下での動作は18時間までに制限する必要があります。湿度が60%未 満(結露なし)の場合は、4℃ で最 大72時間動作できます。

22 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

危険 性

危険性
CFX Opus Dxシステム は、メーカーが規 定 する方 法で使用した場 合 に安全 に動 作するように設計 されています。システムまたはその関 連 コンポーネント が、メーカーが規定 する方法以 外 の方 法で使 用された場合 、機 器
本来 の保 護機 能 が損 なわれる可 能 性があります。規 定以 外の方法でこの機器を使 用するか、Bio-Radまたは認 定代 理 店 が実 施したものではない機器の改 造 が原 因で発生 した怪我または損傷 について、Bio-Radは
一切 の責 任を負わないものとします。ト レーニングを受 けたBio-Rad 担 当者のみが、CFX Opus Dxシステムのサービス作業 を行 う必 要 があります。

バイオハザード
CFX Opus Dxシステムは、試 験所 向 けの製品 です。ただし、バイオハザードサンプルが存在 する場 合 は、次のガイドラインを順 守 し、試 験所 と所在 地 に固有 の地 域 のガイドラインに準 拠してください。
注 ：この機 器の通 常 運 用中 に、バイオハザード物 質が排出 されることはありません。

一 般 的 な予 防 措 置
n実験 着、実験 用 手 袋 、および安 全メガネ(サイドシールド付 き)またはゴーグルを常 に着 用してください。

n

口、鼻、目 を手 で触 れないようにしてください。

n

潜在 的な感 染 性 物質 を扱 う前 に、切 り傷や擦り傷を完全に保護してください。

n

潜在 的な感 染 性 物質 を扱 った後は、試 験所を退出する前に石 鹸 と水 で手 をよく洗 ってください。

n

作業 台で作業 する前に、腕 時計 と装 身 具を取 り外してください。

n

すべての感 染 性物 質または潜在 的 な感染 性物質 を、破 損しにくい防漏型 容器 に保 管してください。

n

試験 所を退 出 する前 に保 護 服を脱いでください。

n

手袋 をはめた手 でものを書くこと、電話 をとること、電 灯のスイッチを操作 することはしないでください。また、他 の人 が手 袋なしで触れる可 能 性のあるいかなるものにも触 れないでください。

n

手袋 は頻 繁 に交 換 してください。手 袋 が汚染 されたことが明 らかな場合 はすぐに手 袋 を外してください。

n

適切 に除 染 できない物 質を、潜在 的 感染性 物質 にさらさないでください。

n

バイオハザード物 質を使 用 する作 業 が完了 したら、適 切 な消 毒剤 (1:10で希 釈 した家庭 用 漂白 剤 など)
で作 業エリアを除 染 してください。

ユーザーガイド | 23

安全 性と規 制への準拠

表面除染
警 告 ！ 感 電を防ぐため、除 染 を実 施する前 に必ず電 源 を切り、機 器 のプラグを抜 いてください。

以下 の部 分は、医 用 殺菌 剤 、殺 ウイルス剤、または防 かび消 毒剤で消毒 できます。
n

外側 リッドとシャーシ

n

内側 のサンプルブロック表 面 とサンプルブロックウェルn

コント ロールパネルとディスプレイ

消毒 剤を準 備 して塗布 するときには、製品 のメーカーによる指 示を確認 してください。消毒 剤 を塗布 した後は、必ずサンプルブロックとサンプルブロックウェルを水で数回すすいでください。水ですすいだ後 、サンプルブロッ
クとサンプルブロックウェルを完 全に乾燥 させます。
重 要 ：研磨 性または腐 食性 の洗剤 および強アルカリ性 溶液は使用 しないでください。これらの薬 剤を使用すると、表 面 を傷つけ、サンプルブロックを損傷し、高精 度 熱制御を損 なう可能 性 があります

バイオハザード物 質 の処 分
汚染 されている可 能 性 がある以 下の材 料の処分 は、試験 所 の当該地 域 、地方 、および国 の規 制に従 ってください。
n臨床 サンプルn

試薬n

使用 済みの反 応 容器 または汚 染されている可 能 性のあるその他の消耗 品

化 学 品 の危 険 有 害 性
CFX Opus Dxシステムには、潜 在的 に危 険な化学物 質 は含 まれていません。

爆 発 または可 燃 の危 険 性
CFX Opus Dxシステム は、Bio-Rad Laboratoriesが定 める適 切 な手 順に従 って使用 する限 り、可燃 性 または爆発 に関 連する非 一 般 的な危 険性 を及 ぼすことはありません。

電気的危険性CFX Opus Dxシステム は、物理 的な改造 を行 わずに適 切 に設 置され動 作している限 り、また適 切な仕様 の電源 に接 続されている限 り、操 作員 に対 し非一般 的な電気 的ハザードを及 ぼすことはありません。

24 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

輸送

輸送
CFX Opus Dxシステムを移 動 または発 送 する前 には、汚染 除去手 順を実行する必 要があります。システムを
移動 または発送 する際 には常 に、Bio-Radから提供 された梱包 材 に含まれている個別 のコンテナに入 れてください。これによりシステムを破 損から保 護 できます。
システムの輸 送 に関 する情 報 と適 切な梱 包材 の請求 については、最 寄 りのBio-Radオフィスまでご連絡 ください。

電池
CFX Opus Dxシステムは、1つの3 Vコイン型リチウム金 属電 池 を使 用して、AC電 源が失 われた場 合に時間設定 を維持 します。ユニット の電源 が切 れた後に時間 の設 定 が失 われる場合 は、電 池が弱 っている兆 候である可 能 性があります。
警 告 ！ 自 分で電 池を交換 しないでください。ユーザーが交 換できるようにはなっていません。
代わりに、Bio-Radテクニカルサポート にお問い合わせください。

米 国 カリフォルニア州 のみn

過塩 素酸 塩 材料 —リチウム電池 には過塩素 酸塩 材 料 が含まれているため、特 別な取り扱いが適用 される場 合 があります。www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorateを参 照 してください。

処分
CFX Opus Dxシステム には電 気 材料 が含まれています。電 気材 料を処分 する際 には、未 分別 廃 棄物 として処分 せずに、電 気 電 子機 器 廃 棄 物 に関する欧 州連 合指 令 2012/19/EU (WEEE指令 )に従 って分別 収集する必 要があります。処 分 する前 に、最寄 りのBio-Rad担 当 者に当 該 国固有 の指示 をご確認 ください。

保証
CFX Opus Dxシステムおよびその関 連 アクセサリは、Bio-Radの標準 保 証の対象 です。保 証の詳細 について
は、最寄 りのBio-Radオフィスにお問い合 わせください。

ユーザーガイド | 25

安全 性と規 制への準拠

26 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 1章はじめに
Bio-Radの高 性 能PCR増 幅 システムは、最 新 の技 術を利用し、ゲノム実験 の核 酸増 幅 の精 度と再現 性を高めます。
Bio-RadのCFX Maestro Dx SEソフト ウェアは、以 下の機器 との互換 性 があり、Bio-RadのPrimePCRプライ
マーおよびプローブ分 析 用 に最 適化 されたランファイルを特徴としています。
n

CFX Opus 96 DxリアルタイムPCRシステム(本書 ではCFX Opus 96 Dxと表記 )n

CFX Opus 384 DxリアルタイムPCRシステム(本書 ではCFX Opus 384 Dxと表 記)

n

CFX Opus Deepwell DxリアルタイムPCRシステム(本書 ではCFX Opus Deepwell Dxと表記 )ユーザーガイド | 27

第1章はじめに

CFX Maestro Dx SEソフト ウェア(本 書ではCFX Maestro Dx SEと表記 )を使 用 すれば、複 雑 なデータを解釈して遺 伝 子 解析 に関 する強力 な研 究 を行 うことができます。t検定 、一 元 配置 ANOVA、PrimePCRコント ロー
ル解 析、リファレンス遺 伝 子 セレクターツールなどのツールでは、数 回 クリックするだけで、遺伝 子 発現 研究 を設定および解析 できます。さらに、CFX Maestro Dx SEの高 度 にカスタマイズ可 能 なデータ可視 化ツールと注 釈
ツールを使 用 して、解 析 結 果 を出 版物 やポスターへの掲載 用に準 備することができます。
注 ：CFX Maestroの一 部の画 面 の表 示は、このユーザーガイドに記載 されているものとは異 なる場 合があります。ソフト ウェアの表 示が正しく、機 能は同じです。
重 要 ：サイバーセキュリティーとは、サイバースペースの資 産 をサイバー攻撃から保護 することです。サイバー
セキュリティーは、人 、情報 、システム、評判 をサイバースペースで保 護 するための Bio-Rad の機能 です。
サイバースペースは技 術的 に常時 相互 接 続された世 界 です。そこには、人、組 織 、情 報 、テクノロジーが含まれています。
サイバーセキュリティーの問 題 では速 い対 応が重要 です。機 器に関 してサイバーセキュリティーの問 題 がある可能性 がある、またはサイト のサイバーセキュリティーが侵 害されている疑いがある場 合 、すぐに Bio-Rad 担 当者に連絡してテクニカルサポート を求めてください。

28 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの主な特 徴

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの主 な特 徴
CFX Maestro Dx SEでは、以 下の操 作を行うことができます。
n

棒グラフ、クラスターグラム、または散 布図を使 用 してデータを解 析し、結 果 を素 早く解 釈して理解 する。

n

データの表 現 方法 をカスタマイズし、出 版物やレポート で使 用する高解像 度のグラフをエクスポート する。

nPrimePCR解 析コント ロールを使 用 して、RNAの品 質を判 定し、実験 の問題 を解決 するn

適切 なリファレンス遺伝 子 を選択 し、その安定 性をリファレンス遺伝 子 選択 ツールを使 用して解析 する。

n

遺伝 子発 現 解析 で一 元 配置 ANOVAを含 む統 計 的解析を行 う。

このユーザーガイドでは、これらの機 能 とその使用 方 法 について説 明します。

詳 細 について
CFX Maestro Dx SEをインスト ールし、関 連 するBio-RadリアルタイムPCR機 器をセット アップすると、このガイドに加えて、どのビューの[Help (ヘルプ)]メニューからも詳 細なCFX Maestro Dx SEヘルプト ピックにアクセスできます。
ヒント ：どのCFX Maestro Dx SEウィンドウでも右上 隅にあるBio-Radのロゴをクリックすることで、Bio-Radのウェブサイト を起動 できます。このサイト には、テクニカルノート 、マニュアル、製 品情 報 およびテクニカルサ
ポート へのリンクが記 載 されています。また、PCR、リアルタイムPCR、および遺 伝 子発 現に関するさまざまな手 法と適用 について参 照 できる、数多 くの技 術資 料も提 供 されています。

ユーザーガイド | 29

第1章はじめに30 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 2章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール
この章 では、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール方 法について説明 します。Bio-Radでサポート されているリアルタイムPCR機 器 のセット アップについては、該 当するガイドを参照してください。
CFX Maestro Dx SEは、CFX Opus 96 Dx、CFX Opus 384 Dx、およびCFX Opus Deepwell Dxリアルタイム
PCRシステムからのリアルタイムPCRデータを分析するために必要 です。このソフト ウェアを使 用 して、これらのシステムをソフト ウェア制 御 モードで制 御 することもできます。
CFX Opus Dxシステムには、USBケーブルがアクセサリバッグに入 った状 態で出荷 されます。USBケーブルを使用して、CFX Maestro Dx SEを実 行中 のコンピューターをCFX Opus Dxシステムに接 続 します。
梱包 材を取 り出 し、後 で使 うために保 管 しておきます。不足または破損しているアイテムがある場 合、最 寄りのBio-Radオフィスにお問い合 わせください。

ユーザーガイド | 31

第2章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール

システム要 件
表3に、CFX Maestro Dx SEを実 行するコンピューターの最小 システム要件 と推 奨 されるシステム要 件を示 します。
表 3. CFX Maestro Dx SEを実 行 するコンピューターの要 件

システム

最小要件

推奨要件

オペレーティングシ

最 新 のセキュリティ更 新 プログラム

最 新 のセキュリティ更 新プログラムを適 用した

ステム

を適 用 したMicrosoft Windows 10

Microsoft Windows 10 (64ビット のみ)、ビルド1511(64ビット のみ)、ビルド1511以 降 。

以降。

注 ：Windows 11でもCFX Maestro Dx SEソフト ウェアがサポート されています。
重 要 ：CFX Maestro Dx SEを実行 するコンピューターでは、セキュアブート を無 効 にする必 要 があります。
CFX Maestro Dx SEを実行 するコンピューターは、ランの進 行 中 にシステムまたはセキュリティの更 新 が行われても自 動 的 に再 起 動 しないように構 成 する必 要 があります。サポート が必 要な場 合は、システム管 理 者に問 い合 わせてください。
ポート

2個のUSB 2.0 (高 速ポート )2個 のUSB 2.0 (高速 ポート )ハードディスク容

128 GB

128 GB

プロセッサー速 度

2.4 GHz、デュアルコア

2.4 GHz、クアッドコア

RAM

4 GB RAM

8 GB RAM

画 面 解像 度

1024 x 768 (ト ゥルーカラーモード)

1280 x 1024 (ト ゥルーカラーモード)

量

Adobe PDF Reader、またはサポート されている下PDFリーダー記 のMicrosoft Office内 のWindows PDF Reader
n 2016n 2019ローカライズ英 語 、中 国語 、ロシア語 版 のサ

英 語 、中国 語 、ロシア語 版 のサポート 対 象

ポート 対 象 Microsoft Windows OS

Microsoft Windows OS (64ビット )(64ビット )

注 ：CFX Maestro Dx SEと同 じコンピューターでCFX Automation Controlソフト ウェアを実 行 する予 定の場
合、画面 解像 度 をト ゥルーカラーモードの1280 x 1024に設定してください。

32 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール
重 要 ：ソフト ウェアのインスト ールまたはアップグレードを行 う前に、CFX Maestro Dx SEコンピューターから接続 されている機 器 を取 り外 す必要 があります。ソフト ウェアのインスト ール中に機器 の電源 を切 る必 要はありません。すべてのランを保存 し、実 験 が実行されていないことを確認してください。
注 ：インスト ール手 順 を開 始する前 に、セキュアブート が無効になっていることを確認 してください。コン
ピューターが、ランの進 行 中 にシステムまたはセキュリティの更 新が行われても自動 的に再起 動しないように構成されていることを確 認してください。サポート が必 要な場合は、システム管 理 者に問い合わせてください。

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアをインスト ールするには
1.

必要 に応 じて、接 続 されている機器 をコンピューターから取 り外 します。
CFX Maestro Dx SEコンピューターで機 器のUSBケーブルを見つけて取り外 します。CFX Opus Dxシステ
ムに挿 入されている端 はそのままにしておくことができます。

2.

管理 者権 限 でCFX Maestro Dx SEコンピューターにログインします。

3.

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアUSB ドライブをコンピューターのUSBポート に差し込 みます。

4.

Windows エクスプローラーで、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアUSBドライブに移動 して開きます。
USBドライブには、リリースノート と次のフォルダが含 まれています。
n

CFX

n

ドライバー

n

ファームウェア

n

クイックスタート
CFXフォルダには、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアインスト ーラー(CFXMaestroDxSetup.exe)が他のファイルとともに含まれています。

5.

CFXフォルダを開 いてCFXMaestroDxSetup.exeをダブルクリックします。インスト ーラーが開 始します。

6.

画面 上に表 示 されるインスト ール手順 に従 います。
完了 すると、Bio-Rad CFX Maestro Dx SEソフト ウェアアイコンがコンピューターのデスクト ップに表示 されます。
ヒント ：CFX Maestro Dx SEソフト ウェアインスト ーラーは、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーガ
イドを自 動 的 にインスト ールします。これらのガイドを見つけるには、[Help (ヘルプ)]メニューに移 動 し、[Open User Guides (ユーザーガイドを開 く)]を選 択します。

7.

インスト ールが完了 したら、ソフト ウェアUSBドライブを安全 に取 り出 すことができます。

ユーザーガイド | 33

第2章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール

接 続 機 器 の検 出インスト ール中 に、CFX Maestro Dx SEのインスト ーラーは自動的に機器 のドライバーをCFX Maestro Dx SE
コンピューターにインスト ールします。CFX Maestro Dx SEは、ソフト ウェアの起 動 時 に接 続されている機 器を検出します。

接 続 機 器 を検 出 するには
1.

ケーブルをまだ取 り付 けていない場合 は、付属 のUSBタイプBケーブルの四 角 い(オス)端を、機器 の下 部にあるUSBタイプBポート に挿 入 します。

2.

もう一 方 (ポート )の端をCFX Maestro Dx SEのコンピューター上のUSBポート に挿 入します。

3.

機器 がまだ稼 働していない場 合は、機 器の電 源スイッチを押 して電源を入 れます。

4.

CFX Maestro Dx SEを起 動します。

ソフト ウェアは接 続 された機器 を自動 的 に検出し、ホームウィンドウの[Detected Instruments (検出 された機器)]ペインにその名 前が表 示 されます。
注 ：機器が[Detected Instruments (検 出された機 器 )]ペインに表 示されない場 合 は、USBケーブルが正
しく取 り付 けられていることを確認 してください。ドライバーを再インスト ールするには、CFX Maestro Dx SEのホームウィンドウで[Tools (ツール)] > [Reinstall Instrument Drivers (機 器 のドライバーの再インスト ール)]
を選択 します。

34 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ソフト ウェアファイル

ソフト ウェアファイル
表4に、CFX Maestro Dx SEのファイルタイプを示 します。
表 4. CFX Maestro Dx SEのファイルタイプ

ファイルタイプ

拡張子

詳細

プロト コル.prcl

PCRランを実 行するためのプロト コル設 定 の詳細 が含 まれてい
ます。

プレート

.pltd

PCRランを実 行するためのプレート 設 定の詳 細 が含まれてい
ます。

データ

.pcrd

実 験 の実 行 とPCR分 析の結 果 が含まれています。

PrimePCRラン.csv

PrimePCRプレート のプロト コルとプレート レイアウト が含 まれています。

Gene Study.mgxd

複 数 のPCRランと遺伝 子 発 現 分析 の結 果が含 まれています。

スタンドアロンの生 データ

.zpcr

ファイル
LIMS

データファイルに変 換されるスタンドアロン操 作 からの蛍光 測 定
値 が含 まれています。

.plrn

LIMS互 換 のランの実行 に必 要 なプレート 設 定 とプロト コルの
情 報 が含まれています。

JSON

.json

CFX Opus Dxシステムでのみ生 成される読 み取 り専 用 ファイル。このファイルには、ランファイルを選 択 するとファイルブラウザの詳細 ペインに表 示 されるランファイルデータが含 まれています。このファイルは、ラン完了 後 に生 成されます。このファイル
は、保 存 場 所がUSBドライブまたは共 有 ネット ワークフォルダの場 合 には、.zpcrファイルとともにエクスポート され、データファイ
ルとともに保存 されます。

ユーザーガイド | 35

第2章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール

36 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 3章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーアカウ
ント の管理CFX Maestro Dx SEソフト ウェアでは、ユーザーはWindowsのユーザー名とパスワードを使 ってログインします。
CFX Maestro Dx SEをインスト ールしたユーザーには管理 者 の役 割が自 動的 に割 り当 てられ、このユーザーはユーザーアカウント と役 割 を作 成 、管 理できます。ソフト ウェアにログインして使用 できるようにするため、他のす
べてのユーザーにユーザーアカウント を割り当てる必 要があります。
重 要 ：ユーザーアカウント と役 割 を各 ユーザーに割り当てる前 に、CFX Maestro Dx SEコンピューターで各ユーザーのWindowsアカウント とパスワードが作成 されている必要 があります。ユーザーは、Windows
UsersグループまたはWindows Administratorsグループのいずれかのメンバーになることができます。
Windows Usersグループのメンバーは、各 自 のCFX Maestro Dx SEファイルとフォルダのみにアクセスできます。Windows Administratorsグループのメンバーは、コンピューター上のすべてのユーザーのファイルとフォルダにアクセスできます。
この章 では、CFX Maestro Dx SEに追加 されるMicrosoft Windowsユーザーを作 成 する方 法について説 明 します。このセクションではまた、CFX Maestro Dx SEユーザーを追 加 し、ユーザー役 割と権限 を管 理する方法 についても説 明 します。

ユーザーガイド | 37

第3章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーアカウント の管 理

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの起 動
注 ：各ユーザーはWindowsのユーザー名 とパスワードを使 ってログインする必 要 があります。

CFX Maestro Dx SEを起 動 するには1.

CFX Maestro Dx SEコンピューターのデスクト ップで、CFX Maestro Dx SEのショート カット アイコンをダブルクリックしてアプリケーションを起 動 します。

2.

[Login (ログイン)]ダイアログボックスで、Windowsパスワードを入 力して[OK]をクリックします。

CFX Maestro Dx SEの[Home (ホーム)]ウィンドウが開 きます。タイト ルバーにはログインユーザーのWindowsユーザー名が表示 され、メニューバーには、ソフト ウェアが21 CFR Part 11に準 拠していることを示す青いステッカーが表 示 されます。次 に例を示します。

38 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの起 動

ユーザーガイド | 39

第3章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーアカウント の管 理

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアコンピューターへのMicrosoft
Windowsユーザーの追 加
すべてのユーザーは、Windowsユーザー名 とパスワードを使 ってCFX Maestro Dx SEコンピューターにログインする必 要 があります。監 査 追 跡 の正 確性 を確 保するために、[Start] > [Settings] > [Accounts]ダイアログボックス
からWindowsユーザーアカウント を追加 することはできません。Windowsユーザーアカウント は、[Computer
Management]コンソールから追 加 する必 要 があります。
重 要 ：関連 するCFX Maestro Dx SEユーザーの作成 後にWindowsユーザーのプロパティ(ユーザー名 と氏
名を含 む)を変 更 すると、CFX Maestro Dx SEユーザーが無 効になります。Windowsユーザーを保 存 して関連 するCFX Maestro Dx SEユーザーを作 成 する前 に、情 報 が正しいことを確 認 してください。
ヒント ：Windowsアカウント を作 成する前に、Microsoft Windowsの管理 マニュアルを参 照 し、Windowsシ
ステム管理 者 に詳 細 を確 認 してください。

Windowsユーザーアカウント をCFX Maestro Dx SEコンピューターに追 加 するには
1.

Windows管 理者 のグループのメンバーとしてCFX Maestro Dx SEコンピューターにログオンします。

2.

デスクト ップで[My Computer]を右クリックし、[Manage]を選択 して[Computer Management]コンソールを
開きます。

3.

[Computer Management]コンソールで[Local Users and Groups]を展開します。

4.

[Users]フォルダを右クリックし、[New User]を選択 します。[New User]ダイアログボックスが開きます。

40 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアコンピューターへのMicrosoft Windowsユーザーの追 加

5.

6.

[New User]ダイアログボックスで次 のフィールドに入 力する必要があります。
n

ユーザー名

n

氏名

n

パスワード

n

パスワードの確 認入 力

[Create]をクリックします。

ユーザーガイド | 41

第3章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーアカウント の管 理

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーの追 加 と削 除
ヒント ：CFX Maestro Dx SE [Administrator (管理 者)]役 割が割り当てられているユーザーだけが、
CFX Maestro Dx SEユーザーアカウント を作成および削除 できます。[Administrator (管 理 者 )]役 割は、
CFX Maestro Dx SEをインスト ールしたユーザーに 自 動的 に割り当 てられます。そのユーザーは[Administrator (管 理 者 )]役 割を他 のユーザーに割り当 てることができます。
注 ：CFX Maestro Dx SEでは、少なくとも1人のユーザーに[Administrator (管 理 者)]役割 を割 り当 てる必
要があります。

CFX Maestro Dx SEユーザーアカウント を追 加 するには
1.

対象 となる各 ユーザーがWindows UsersグループまたはWindows Administratorsグループのメンバーであり、CFX Maestro Dx SEコンピューターでWindowsパスワードを設 定していることを確 認します。

2.

CFX Maestro Dx SEを起 動し、管理 者としてログインします。

3.

[Home (ホーム)]ウィンドウで、[User (ユーザー)] > [User Administration (ユーザー管 理 )]を選 択します。
[User Administration (ユーザー管 理)]ダイアログボックスが表 示されます。

42 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザー役 割の管 理

4.

[Manage Users (ユーザーの管 理)]セクションで、ユーザーごとに次の情報を入 力 します。
nUser name (ユーザー名 ) — CFX Maestro Dx SEでは、これはユーザーのWindowsログインユーザー
名である必 要 があります。

nFull Name (氏 名 ) — ユーザーの氏名。
この名 前 は、監査 証 跡 の [Full User (フルユーザー)]フィールドに表 示 されます。この名前 は、Windowsユーザーの作 成 時 に[Full Name (氏名 )]フィールドに入力した名前 と同 じである必要 があります。

nRole (役 割 ) — ユーザーに割 り当てる役 割 。
注 ：ドロップダウンリスト から選 択 できる役 割は1つだけです。詳細については、CFX Maestro Dx
SEソフト ウェアユーザー役割 の管理を参照してください。

n

Domain (ドメイン) — ユーザーがソフト ウェアにアクセスするWindowsドメイン。
詳細 については、Windowsシステム管理 者にお問い合わせください。

5.

[OK]をクリックし、[Yes (はい)]をクリックして変 更を保存 し、[User Administration (ユーザー管 理 )]ダイアロ
グボックスを閉 じます。

CFX Maestro Dx SEユーザーアカウント を削 除 するには1.

CFX Maestro Dx SEを起 動し、管理 者としてログインします。

2.

[Home (ホーム)]ウィンドウで[User (ユーザー)] > [User Administration (ユーザー管 理)]を選択 して、[UserAdministration (ユーザー管 理)]ダイアログボックスを開 きます。

3.

[Manage Users (ユーザーの管 理)]ペインで、削除 する各ユーザーの[Remove (削 除)]を選択 します。

4.

[OK]をクリックし、[Yes (はい)]をクリックして変 更を保存 し、[User Administration (ユーザー管 理 )]ダイアロ
グボックスを閉 じます。

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザー役 割 の管 理
重 要 ：CFX Maestro Dx SEでは、少 なくとも1人のユーザーに[Administrator (管 理者 )]役 割 を割り当 てる
必要 があります。この役 割 は複 数のユーザーに割 り当 てることができます。
CFX Maestro Dx SEには4種 類のユーザー役 割 があります。ソフト ウェアにアクセスできるように、各ユーザーに役割 を割り当てる必要 があります。ユーザーに割り当てることができる役割は1つだけですが、ユーザーの役 割
はいつでも変 更 できます。
[Administrator (管 理 者 )]役 割以 外の各役 割では、割 り当てられている権 限 を変 更できます。役割 が割 り当てられているすべてのユーザーは、その役 割の権限のみを継 承します。
デフォルト の各 役割 の権 限 は次 のとおりです。

ユーザーガイド | 43

第3章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザーアカウント の管 理

nAdministrator (管理 者 ) — この役割 にはすべての権 限が含 まれています。これらの権 限 は変 更できません。

nPrincipal (プリンシパル) — この役 割には、電 子 メールの設定 を除くすべての権 限が含 まれています。

nOperator (オペレーター) — この役 割 には、サイクルのスキップと電 子 メールの設定 を除 くすべての権 限が含まれています。

n

Guest (ゲスト ) — この役 割で実 行 できる操 作はファイル読み取 りだけです。

CFX Maestro Dx SEで役 割 を割り当てるときには、各 ユーザーの要件 を慎重に決 定 してください。たとえば、[Guest (ゲスト )]役 割 が割 り当 てられているユーザーは、保 存 するための権 限がないので、ファイルに署 名できません。電 子 メールアカウント の設 定 の権 限がない役 割では、ラン完了 時に電子 メールを受信 しません。

役 割 の権 限 を変 更 するには1.

CFX Maestro Dx SEを起 動し、管理 者としてログインします。

2.

[Home (ホーム)]ウィンドウで[User (ユーザー)] > [User Administration (ユーザー管 理)]を選択 して、[UserAdministration (ユーザー管 理)]ダイアログボックスを開 きます。

3.

[Manage Rights (権限 の管理 )]セクションで、役割 ごとに必 要 に応じて特定 の権 限 のチェックボックスをオ
フまたはオンにします。

4.

[OK]をクリックし、[Yes (はい)]をクリックして変 更を保存 し、[User Administration (ユーザー管 理 )]ダイアロ
グボックスを閉 じます。

役 割 と権 限 の表 示
ヒント ：[Principal(プリンシパル)]、[Operator(オペレーター)]、または[Guest(ゲスト )]のユーザー役 割が割り当てられているユーザーは、各 自のユーザー設 定、権 限 、および役 割のみを表示 できます。
[Administrator(管理 者 )]の役割 が割 り当 てられているユーザーは、すべてのユーザー権 限と役割 を表 示できます。

現 在 のユーザー役 割 と権 限 を表 示 するにはu[Home (ホーム)]ウィンドウで、[User (ユーザー)] > [User Administration (ユーザー管 理 )]を選 択します。

[User Administration (ユーザー管 理)]ウィンドウにリスト されるユーザー設定 、権 限 、および役 割 を変更 するには、CFX Maestro Dx SE管理 者 に連 絡 してください。

44 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 4章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使 用
重 要 ：CFX Maestro Dx SEソフト ウェアでは、Microsoft Windowsユーザー認 証を使 用して、セキュアCFX
データファイルへのアクセスを検 証します。21 CFR Part 11の要件 に準 拠した環 境 を作 成するには、Windows管 理 者 にお問 い合 わせください。
ユーザーはCFX Maestro Dx SEを使用 して次の操作 を実行 できます。
n

データファイルとGene Studyファイルに署 名する。

n

データファイルをパスワードで保護 する。

n

監査 証跡 を表 示 および印 刷する。

このセクションでは、これらの機能 について詳 しく説 明します。

セキュアファイル
デフォルト で、CFX Maestro Dx SEではログインユーザーの個人用 フォルダにセキュアファイルが保 存 されます。これは、次 の場 所 にあります。
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
そのフォルダ内 の.pcrdファイルを保存 および編集 できます。このフォルダには、読み取 り専 用ファイルを含む他のフォルダ(たとえばサンプルファイルフォルダ)へのリンクが含まれています。ただし、管 理 者はそのフォルダの内 容を削除 できます。
ヒント ：あるいは、Windowsシステム管 理者 が共有 フォルダを作成し、CFX Maestro Dx SE管理 者が、そのフォルダにすべてのファイルを保 存するようにソフト ウェアをプログラムできます。
CFX Maestro Dx SEでは、プレート ファイル、プロト コルファイル、データファイル、およびGene Studyファイルは、
保存 時にセキュアとしてマークされます。これらのファイルは、CFX Maestroソフト ウェアまたはCFX Maestro Dx
SEで作 成 できます。CFX Maestro Dx SEに保存 されたこれらのファイルは、CFX Maestro Dx SEでのみ開 くことができます。
CFX Maestro Dx SEでは、すべてのセキュアデータファイル(.prcdファイル)とGene Studyファイル(.mgxdファイル)の監 査証 跡が作 成 されます。ソフト ウェアにより、すべての監査可 能 なアクティビティがファイルの監 査証 跡 に記録されます。詳 細 については、監 査 証跡 (297ページ)を参照してください。

ユーザーガイド | 45

第4章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使用

セキュアファイルへの署 名
CFX Maestro Dx SEでファイルを保存 した後で、ユーザーは電 子署名 を追 加できます。ファイルに署 名するには、ユーザーの役 割 にファイルを保存 するための権限 が必要 です。たとえば、デフォルト では[Guest (ゲスト )]役
割にはファイルを保 存 するための権 限がないため、この役 割が割 り当 てられているユーザーはファイルに署 名できません。
CFX Maestro Dx SEでは、署 名されたファイルは読み取 り専 用に設 定されません。署 名 されたファイルを繰 り
返しレビュー、変 更、署 名 できます。すべての変 更と署名 は、ファイルの監 査証 跡で追 跡されます。署名 できる
ファイルのタイプを次 に示 します。
n

データファイル(.pcrd)nGene Studyファイル(.mgxd)

注 ：署名する前にファイルを保 存する必要 があります。CFX Maestro Dx SEで最近 ランを実行 した場 合は、結果 のデータファイルを最初 に保 存してください。

ファイルに署 名 するには
1.

Windowsのログイン資格 情 報を使用 してCFX Maestro Dx SEにログインします。

2.

署名 するセキュアデータファイルまたはGene Studyファイルを開きます。

3.

[File (ファイル)] > [Sign (署 名)]を選 択 します。[Electric Signature (電 子 署 名 )]ダイアログボックスが表 示されます。

46 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

4.

Windowsユーザー名とパスワード、およびファイルの署 名理 由を入力します。
ユーザー名 と署 名の理 由は監査 証 跡 に記録 されます (詳 細については、監 査 証 跡 (297ページ)を参 照してください)。

5.

[OK]をクリックして署名 を送信 し、ダイアログボックスを閉じます。

セキュアファイルの変 更CFX Maestro Dx SEでは、ユーザーはセキュアファイル(署 名付きデータおよび署名なしデータを含 む)とGene
Studyファイルを変 更 できます。変 更 されたセキュアデータファイルまたはGene Studyファイルを保 存 するときに、
変更 の理 由を指定 するように求 められます。変更 は、ファイルの監査証跡 で追 跡 されます。
ヒント ：ソフト ウェアではプレート ファイルまたはプロト コルファイルの監 査証 跡 は作成されないため、これらのファイルへの変 更 を保存 するときは理由 の指 定 を求 められることはありません。

変 更 されたデータファイルまたはGene Studyファイルを保 存 するには
1.

Windowsのログイン資格 情 報を使用 してCFX Maestro Dx SEにログインします。

2.

セキュアデータファイルまたはGene Studyファイルを開いて変 更 します。
ヒント ：監査 可 能 なアクティビティのリスト については、監査可 能なイベント (299ページ)を参 照 してください。

ユーザーガイド | 47

第4章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使用

3.

[File (ファイル)] > [Save (保存 )] を選 択 します。[Audit Trail Change Reason (監 査証 跡の変更 理 由)]ダ
イアログボックスが表示 されます。

このダイアログボックスには、次 の情 報が表示 されます。これらの情報 は、ファイルの各 変 更イベント の監査
証跡 ヘッダーに記録 されます。
nDate (日 付 ) — 変 更が発 生した日付。

nUser (ユーザー) — ログインユーザーのWindowsドメインとユーザー名。

nComment (コメント ) — 最後 に保存されたコメント 。

n

Signature (署 名 ) — ファイルに最 後 に署 名したユーザーの電 子署 名。

nSignature reason (署 名 の理 由 ) — 署 名 の理由。

nApplication (アプリケーション) — CFX Maestro Dx SE (BioRadCFXManager.exeとして表 示されます。これは正 しい名 前です)。

nApplication version (アプリケーションのバージョン) — CFX Maestro Dx SEの現 行バージョン。

nFull user (フルユーザー) — ログインしたユーザーの氏 名 。
注 ：この名 前 は監 査証 跡に表 示されます。

nMachine (マシン) — インスト ールされているコンピューター。

48 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

変更 テーブルには、変 更 の結 果として発生 した監査可 能 な変 更が表 示されます。変更 の理 由 についての簡 単な説 明 も表 示 されることがあります。
ヒント ：[Reason for Change (変 更 の理 由)]カラムで説明 を追 加または編 集 できます。
4.

変更 のリスト を確 認 します。必要 に応 じて詳しい理由を入 力します。

5.

次のいずれかを実 行 します。
n[Save Changes (変更 を保 存 )]をクリックして、ファイルへの変 更と、テーブルに加 えた変更 を保存 し、
ダイアログボックスを閉 じます。
ファイルの変 更 内 容 と変 更の理 由は、ファイルの監査 証 跡に表 示 されます。

n[Cancel Changes (変更 の取り消し)]をクリックしてファイルを以前 の状 態 に戻し、ダイアログボックスを閉じます。
変更 はファイルに保存されず、監査 証跡 は更新されません。

ユーザーガイド | 49

第4章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使用

ファイルのパスワード保 護
セキュリティを強 化 するため、CFX Maestro Dx SEではユーザーがすべてのセキュアファイルにパスワードを設 定できます。セキュアファイルにパスワードを設 定するときは、次 の条 件 を考慮 してください。

条件

アクション

パスワードは必 要 ありません。

すべてのユーザーは、各自 のアクセス許 可に基 づいてセキュ
アファイルを開いたり、変 更 したり、保 存 したりできます。

ファイルに保 存 パスワードが必要 ですべてのユーザーがセキュアファイルを開 くことができますが、す。

セキュアファイルを変 更および保 存できるのは、保 存 パス
ワードを知 っているユーザーだけです。

ファイルにはオープンパスワードがオープンパスワードを知 っているユーザーだけが、セキュアファ

必 要 です。

イルを開 き、変更 し、保 存することができます。

ファイルにはオープンパスワードと保一 部 のユーザーはセキュアファイルを開くことができ、さらにこ存 パスワードの両 方 が必 要です。

れらのユーザーの一 部 がファイルを変 更して保 存 できます。

以下 のいずれかの条件 に該 当 する限り、ユーザーの役割 に応 じて、[Save As (名 前 を付けて保 存)]を実行 して新しいセキュアファイルを別 の名 前で作 成 するか、または別 の場 所にファイルを同名 で保 存 することができます。
n

セキュアファイルがパスワードで保 護 されていない。

n

ユーザーにファイルを開くためのパスワードがある。

ヒント ：新しいファイルはパスワード保護 なしで保 存されます。元のファイルはそのパスワードを保 持します。
次のいずれかに該 当する限 り、役割 に応 じてユーザーは元のファイルを変更して保 存 できます。
n

ファイルがパスワードで保 護 されていない。

n

ユーザーが、ファイルを開 くためのパスワードとファイルを保存するためのパスワードを知 っている。

注 ：ユーザーの役 割 には、パスワードを設 定 するためにファイルを保 存 する権限 が含まれている必要 があります。たとえば、[Guest (ゲスト )]役 割 が割 り当 てられているユーザーはファイルを保 存 できないため、ファイ
ルにパスワードを設 定 できません。
重 要 ：パスワードをリセット または削 除できるのはCFX Maestro Dx SE管 理 者だけです。

50 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ファイルをパスワードで保 護 するには
1.

Windows資 格情 報 を使 用 してCFX Maestro Dx SEにログインします。

2.

セキュアファイルを開 きます。

3.

[File (ファイル)] > [File Passwords (ファイルパスワード)]を選択 します。[File Passwords (ファイルパスワード)]ダイアログボックスが表 示 されます。

4.

[Save Password (保 存 パスワード)]ボックスと [Open Password (オープンパスワード)] ボックスに、パスワー
ドを入力 します。
ヒント ：デフォルト では、入 力するパスワードはアスタリスク文字として表 示 されます。入 力時 にパスワー
ドを表示 するには、[Show Password (パスワードを表示 )]を選 択 します。
重 要 ：パスワードでは大 文字 と小 文 字 が区別されます。CFX Maestro Dx SEではパスワードに制 限
は設 定されていません。ベスト プラクティスとして、サイト のパスワード要 件 についてシステム管 理 者に問い合わせてください。

5.

[Set Passwords (パスワードの設 定)]をクリックしてパスワードを設定し、ダイアログボックスを閉 じます。

6.

[File (ファイル)] > [Save (保存 )]を選 択して、ファイルへの変更を保 存します。

ユーザーガイド | 51

第4章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使用

パスワードを削 除 するには重 要 ：パスワードを削除 するには、CFX Maestro Dx SE管 理者 である必要 があります。
1.

[Password Required (必要 なパスワード)]ダイアログボックスで、[Remove Passwords (パスワードの削除 )]をクリックします。

[CFX Maestro Dx SE Login (CFX Maestro Dx SEログイン)]ダイアログボックスが表 示 されます。

2.

CFX Maestro Dx SE管理者 のWindowsユーザー名 とパスワードを入力 し、[OK]をクリックします。
元のデータファイルが表 示 されます。
重 要 ：パスワードを削除するには、ファイルを保 存 する必要 があります。

3.

[File (ファイル)] > [Save (保存 )]を選 択して、ファイルへの変更を保 存します。

52 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

パスワードを変 更 するには重 要 ：パスワードを変更 できるのはCFX Maestro Dx SE管理 者だけです。
1.

セキュアファイルを開 きます。

2.

[File (ファイル)] > [File Passwords (ファイルパスワード)]を選択 します。[File Passwords (ファイルパスワード)]ダイアログボックスが表 示 されます。

ヒント ：[Save Password (保存 パスワード)]、[Open Password (オープンパスワード)]、および[ShowPassword (パスワードを表示 )]は無効 になっています。
3.

[Reset Passwords (パスワードのリセット )]をクリックします。
[CFX Maestro Dx SE Login (CFX Maestro Dx SEログイン)]ダイアログボックスが表 示 されます。

ユーザーガイド | 53

第4章CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの使用

4.

CFX Maestro Dx SE管理者 のWindowsユーザー名 とパスワードを入力 し、[OK]をクリックします。
[File Passwords (ファイルパスワード)]ダイアログボックスが表 示されます。

5.

6.

次のいずれかを実 行 します。
nパスワード保護 をリセット するには、該当 するパスワードボックスに新 しいパスワードを入 力 します。

nパスワード保護 を解 除 するには、パスワードボックスをクリアします。

[Set Passwords (パスワードの設 定)]をクリックしてパスワードの変更内 容 を保 存し、ダイアログボックスを閉じます。

54 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 5章ワークスペース
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアは、プレート を設定 し、PCRプロト コルを開発し、それらをCFX Opus Dx システ
ムでランし、PCRランのデータを解析 するためのインターフェイスを備えています。
CFX Maestro Dx SEには5つの主 なワークスペースがあります。
n[Home (ホーム)]ウィンドウn

スタート アップウィザード

n[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウn[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウn[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウ

この章 では、各 ワークスペースについて簡 単に説 明します。

ユーザーガイド | 55

第5章ワークスペース[Home (ホーム)]ウィンドウ
CFX Maestro Dx SEでは、[Home (ホーム)]ウィンドウが開 き、スタート アップウィザードが表示 されます。このウィザードでは、実 験 のセット アップ、ランの実行 または繰 り返 し、または既存 のランの解 析 を行 うことができます。
[Home (ホーム)]ウィンドウから、アプリケーションと機器 のログを表 示したり、ユーザーを作成 および管理 したり、複数 の便 利なツールにアクセスしたりすることもできます。詳細については、第 6章 、[Home (ホーム)]ウィンドウを参照 してください。

56 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

スタート アップウィザード

スタート アップウィザード
スタート アップウィザードでは、ユーザー定義 の実験 をすばやく設 定 して実行 し、またPrimePCR実 験 を選択 して実行できます。このウィザードを使用 して、ランを繰 り返 したり、ランデータを分析 したりすることもできます。

ユーザーガイド | 57

第5章ワークスペース[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウプロト コルエディターでは、プロト コルの作成 、オープン、確認 、および編 集 を行うことができます。オープンプロト
コルのリッド温度 を変 更 することもできます。プロト コルエディターの機能については、第7章 、プロト コルの作 成で詳しく説明しています。

58 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウ[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウプレート エディターでは、プレート の作成 、オープン、確 認 、および編集 を行うことができます。プレート エディターの機 能については、第 8章、プレート の準備 で詳 しく説 明しています。

ユーザーガイド | 59

第5章ワークスペース[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウ[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウでは、ランデータの表示と比較、統計 分析 の実行 、データのエクスポー
ト 、および論 文用 に準 備 されたレポート の作 成を行うことができます。データ解析機 能の詳細 については、第10章、データ解 析 の概 要および第 11章、データ解 析の詳細 。

60 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 6章[Home (ホーム)]ウィンドウ
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアは、PCRプロト コルを開 発 し、それらをCFX Opus Dxシステムでランし、PCRランデータを解析 するためのインターフェイスを備えています。
この章 では、CFX Maestro Dx SEを紹 介 し、[Home (ホーム)]ウィンドウからアクセス可能 な機能 について説 明します。

ユーザーガイド | 61

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ[Home (ホーム)]ウィンドウ
CFX Maestro Dx SEでは、[Home (ホーム)]ウィンドウが開 き、スタート アップウィザードが表示 されます。このウィザードでは、ランのセット アップ、ランの実行 または繰り返し、または既存 のランの解析 を行 うことができます。
[Home (ホーム)]ウィンドウから、アプリケーションと機器 のログを表 示したり、ユーザーを作成 および管理 したり、複数 の便 利なツールにアクセスしたりすることもできます。

凡例
1.

ソフト ウェアのタイト ルバーには、ソフト ウェアの名 前 とログインしているユーザーが表示 されます。

2.

メニューバーから、[File (ファイル)]、[View (表 示)]、[Users (ユーザー)]、[Run (ラン)]、[Tools (ツール)]、[Window (ウィンドウ)]、および[Help (ヘルプ)]メニューコマンドにすばやくアクセスできます。

3.

ツールバーコマンドを使 用 すると、メニューオプションにすばやくアクセスできます。

4.

左 側 のペインには、CFX Maestro Dx SEコンピューターに接 続 されている機 器 が表示 され、リッドを操 作 したり、機器 のステータスを確 認 したりするためのボタンが表 示 されます。

5.

メインペインには、作業 ウィンドウが表 示されます。[Home (ホーム)]画 面 のデフォルト の作 業 ウィンド
ウは、スタート アップウィザードです。

62 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Home (ホーム)]ウィンドウ

ステータスバーには、接続 されている機 器 の名 前 とログインしているユーザーが表 示 されます。

6.

[File (ファイル)]メニューのコマンド
New (新 規 ) — 新 しいプロト コル、プレート 、またはGene Studyの作成 を選択 可 能なダイアログボックスが開きます。
Open (開 く) — 既 存 のプロト コル、プレート 、データファイル、Gene Study、LIMSファイル、スタンドアロン機器 からのラン( スタンドアロンラン) 、またはPrimePCRランファイルに移 動 して開くことが可 能 なダイアログボックスが開きます。
Recent Data Files (最 近 のデータファイル) — 最 近開 かれたPCRファイルのリスト が表 示されます。
Repeat a Run (ランの繰 り返 し) — Windowsエクスプローラーで、繰 り返 すランを見 つけることができる保 存されたPCRファイルの場 所を開 きます。
Exit (終 了 ) — CFX Maestro Dx SEが閉 じます。

[View (表 示 )]メニューのコマンド
Application Log (アプリケーションログ) — 初回 インスト ールから今日 までのソフト ウェア使用 ログを表 示 しま
す。
Run Reports (ランレポート ) — ランレポート のリスト を表 示します。
Startup Wizard (スタート アップウィザード) — メインペインでスタート アップウィザードを表 示します。
Run Setup (ランのセット アップ) — メインペインで[Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウを表示 します。
Instrument Summary (機 器 の概 要 ) — メインペインで[Instrument Summary (機 器の概要 )]ウィンドウを表示します。
Detected Instruments (検 出 された機 器 ) — 左 側のペインでの接 続されている機 器 の表 示と非表 示を切 り替えます。デフォルト では、左側 のペインに接続されている機 器が表 示 されます。
Toolbar (ツールバー) — 画 面上 部 でのツールバーの表 示と非表示 を切 り替 えます。デフォルト では、ツールバーが表示 されます。
Status Bar (ステータスバー) — 画 面 の下 部 でのステータスバーの表示 と非 表示 を切 り替 えます。デフォルト では、ステータスバーが表 示 されます。
Show (表 示 ) — ダイアログボックスを開き、以 下の操作 を実 行できます。
nステータスログを表 示またはブロックします。

n

CFX Maestro Dx SEデータフォルダを開 いて表 示します。

n

ユーザーのデータフォルダを開いて表示します。

ユーザーガイド | 63

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウn

LIMSファイルフォルダを開 いて表示 します。

nPrimePCRフォルダを開いて表 示 します。

n

ラン履歴 を表 示します。

n

接続 されているすべての機器 のプロパティを表示 します。

[User (ユーザー)]メニューのコマンド
Select User (ユーザーの選 択 ) — [Login (ログイン)]画面が開 きます。ここから、[User Name (ユーザー名)]ドロップダウンリスト からユーザーを選択 して、アプリケーションにログインできます。
Change Password (パスワードの変 更 ) — [Change Password (パスワードの変 更)]ダイアログボックスを開 きます。ここでは、ユーザーがパスワードを変 更 できます。
注 ：CFX Maestro Dx SEでは、このオプションが無 効になります。ユーザーがCFX Maestro Dx SEパスワー
ドを変更 するには、自 分 のWindowsパスワードを変更 する必 要があります。
User Preferences (ユーザー設 定 ) — [User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを開 きます。ここでは、ユーザーが以 下 のデフォルト 設定 を変 更できます。
n

ラン完了 時のEメール通知 の送受 信nデータファイルの保 存

nProtocol EditorまたはProtocol AutoWriterを介 したプロト コルの作成

nプレート の作 成

n

データの解 析n

遺伝 子発 現 解析 の実施

n

データの品 質 の決 定

nCFX機器 データのエクスポート

User Administration (ユーザー管 理 ) — [User Administration (ユーザー管 理 )]ダイアログボックスを開 きます。ここでは、管 理 者 がユーザーの作成 、役割 許可 の変 更、およびユーザーへの役割 の割 り当 てを行 うことができます。
Bio-Rad Service Login (Bio-Radサービスログイン) — Bio-Radテクニカルサービススタッフ専 用。このコマンド
は選 択しないでください。

[Run (ラン)]メニューのコマンド
User-defined Run (ユーザー定 義 のラン) — [Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウを開きます。このウィンドウでは、ユーザー定 義 のプロト コルとプレート をセット アップしてから、選 択した機 器 でPCR実 験 をランできま64 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Home (ホーム)]ウィンドウす。
PrimePCR Run (PrimePCRラン) — 選択 した機 器に基 づいてデフォルト のPrimePCRプロト コルとプレート レイ
アウト がロードされた[Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウの [Start Run (ランの開始 )]タブを開 きます。
End-Point Only Run (エンドポイント 専 用 ラン) — 選択した機 器に基づいてデフォルト のエンドポイント プロト コルとプレート レイアウト がロードされた[Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウの[Start Run (ランの開 始)]タブを開きます。
Qualification Run (適 正 ラン) — 選 択した機器のデフォルト のBio-Rad適 正プロト コルとプレート レイアウト がロードされた[Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウの[Start Run (ランの開 始)]タブを開きます。

[Tools (ツール)]メニューのコマンド
Master Mix Calculator — Master Mix Calculatorを開きます。ここでは、反応混 合液 を作成 し、計 算 結果 を印刷 できます。
Protocol AutoWriter — [Protocol AutoWriter]ダイアログボックスを開 きます。ここでは、新 しいプロト コルを簡単に作成 できます。
Ta Calculator - Ta Calculatorを開きます。ここでは、プライマーのアニーリング温 度 を簡 単 に計 算できます。
Dye Calibration Wizard (色 素 キャリブレーションウィザード) — 色 素キャリブレーションウィザードを開 きます。こ
こでは、新しい色素 用に機 器をキャリブレーションできます。
Reinstall Instrument Drivers (機 器 ドライバーの再 インスト ール) — Bio-RadのリアルタイムPCRシステムとの通信 を制御 するドライバーを再 インスト ールします。
Zip Data and Log Files (データファイルとログファイルの圧 縮 ) — ダイアログボックスが開 き、ここで、保存 のための圧縮 ファイルにまとめて保 存 するファイル、またはEメールで送 信 するファイルを選択 できます。
Batch Analysis (バッチ解 析 ) — [Batch Analysis (バッチ解析 )]ダイアログボックスを開 きます。ここでは、一 度に複数のデータファイルを解 析 するためのパラメータを設 定できます。
Options (オプション) — ダイアログボックスが開き、以 下 の操 作を実 行 できます。
n

Eメールサーバーの設 定を構成 するn

LIMS、Seegene、およびその他 のデータファイルのエクスポート 設 定を構成 する
ヒント ：データをSeegene形式 でエクスポート する場合 は、エクスポート 時にSeegene Viewerを
自動 的に開 始 するオプションを選 択することもできます。

n

ユーザーインターフェイスに表 示 される言語 を変更する(英語 、中 国 語 、ロシア語 )重 要 ：選 択 した言 語 を表 示 するには、CFX Maestro Dx SEを再起 動 する必 要 があります。
重 要 ：オペレーティングシステムの言語が、CFX Maestro Dx SEインターフェイスで表 示する言語に対応 している必 要があります。

ユーザーガイド | 65

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ[Help (ヘルプ)]メニューのコマンド
ヒント ：[Help (ヘルプ)]メニューは、すべてのCFX Maestro Dx SEウィンドウのメニューバーで利用 できます。
Contents (内 容 ) — CFX Maestro Dx SE Helpシステムの[Contents (内容)]タブを表 示 します。
Index (索 引 ) — CFX Maestro Dx SE Helpシステムの[Index (索引 )]タブを表 示 します。
Search (検 索 ) — CFX Maestro Dx SE Helpシステムの[Search (検索)]タブを表示 します。
Open User Guide (ユーザーガイドを開 く) — このガイドのPDFを開きます。
Additional Documentation (追 加 文 書 ) — CFX Opus DxリアルタイムPCRシステム操 作マニュアルへのアクセスを提供します。
Release Notes (リリースノート ) — CFX Maestro Dx SEのインスト ールされているバージョンのリリースノート 文
書を開 きます。
Video Resources (ビデオリソース) — 取 扱説 明ビデオなどのBio-Radビデオリソースがあるウェブサイト を開 きます。
qPCR Applications and Technologies Web Site (qPCRアプリケーションと技 術 ウェブサイト ) — Bio-RadのqPCR Applications＆Technologiesウェブサイト を開きます。このサイト では、リアルタイムPCR ( qPCR) の詳
細を確 認できます。
PCR Reagents Web Site (PCR試 薬 ウェブサイト ) — Bio-RadのPCRおよびqPCR試薬 ウェブサイト を開 きます。このサイト では、PCR試 薬 、スーパーミックス、色素、およびキット を注文できます。
PCR Plastic Consumables Web Site (PCRプラスチック消 耗 品 ウェブサイト ) — Bio-RadのPCRプラスチック
および消 耗品 ウェブサイト を開きます。このサイト では、PCRプレート 、プレート シール、チューブとキャップ、およびその他 のプラスチックアクセサリを注文 できます。
Software Web Site (ソフト ウェアウェブサイト ) — Bio-RadのPCR解析 ソフト ウェアウェブサイト を開きます。このサイト では、Bio-RadのCFX Maestro Dx SEの更 新バージョンを注文 できます。
About (バージョン情 報 ) — CFX Maestro Dx SEの著作 権およびバージョン情 報を表示 します。

ツールバーのコマンド— Windowsエクスプローラーを開 きます。ここでは、データファイルまたはGene Studyファイルに移動 して開くことができます。

— Master Mix Calculatorを開 きます。

— [Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウを開 きます。

66 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Home (ホーム)]ウィンドウ— 選択 した機 器 に基 づいてデフォルト のPrimePCRプロト コルとプレート レイアウト がロードされた[Run
Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウを開 きます。

— スタート アップウィザードを開きます。

ユーザーガイド | 67

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウスタート アップウィザード
CFX Maestro Dx SEが開始 すると、作業 ペインにスタート アップウィザードが表示 されます。スタート アップウィ
ザードでは、次 のことができます。
n

検出 された機 器 からいずれかを選択 し、ユーザー定義またはPrimePCRのランをセット アップするn

ランを開 いて繰 り返 すn

データファイルを開 いて1回 のランの結 果を解析 するか、Gene Studyファイルを開 いて複 数 の遺 伝子 発現のランの結 果 を解析 する

これらのタスクについては、以降 の章で詳しく説 明します。

ステータスバー
メインソフト ウェアウィンドウの下部 にあるステータスバーの左側 に、検出 された機 器 の現 在のステータスが表 示されます。ステータスバーの右 側 に、現 在 のユーザーの名 前と日時 が表示されます。

68 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Home (ホーム)]ウィンドウ[Detected Instruments (検 出 された機 器 )]ペイン[Detected Instruments (検出された機 器)]ペインには、CFX Maestro Dx SEコンピューターに接 続 されている各機器が表示 されます。デフォルト で、各機 器 はアイコンとして表示 され、シリアル番 号 がその名 前として表示 されます。
このペインから次 のことができます。
n

選択 されている機 器 のプロパティとキャリブレーションされた色 素を表示 する
機器 のプロパティについては、機器 のプロパティの表 示 (72ページ)を参 照してください。

n

接続 されている機 器 のステータスを表 示 するn

選択 されている機 器 の電 動リッドを開 くn

選択 されている機 器 の電 動リッドを閉 じる

n

接続 されているすべての機器 のステータスを表 示 する

接 続 されている機 器 のステータスを表 示 するにはu[Detected Instruments (検 出された機 器)]ペインで、ターゲット 機 器を選 択し、次のいずれかを実 行します。
n[Selected Instrument (選択 された機 器)]セクションの[View Status (ステータスの表 示)]をクリックします。

n右クリックして、表 示されたメニューで[View Status (ステータスの表示)]を選択 します。

[Run Details (ランの詳 細)]ダイアログボックスが開 いて、[Run Status (ランのステータス)]タブが表 示されます。選択 された機 器 のステータスは、次 のように、ランのステータスペインの下 に表 示されます。

ユーザーガイド | 69

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ機 器 のリッドを開 閉 するにはu[Detected Instruments (検 出された機 器)]ペインで、ターゲット 機 器を選 択し、次のいずれかを実 行します。
n[Selected Instrument (選択 された機 器)]セクションで、[Open Lid (リッドを開 く)]または[Close Lid (リッドを閉じる)]をクリックします。

n右クリックして、表 示されたメニューで適切 なアクションを選 択します。

n[Run Details (ランの詳 細)]ダイアログボックスを開 いて、[Run Status (実 行 ステータス)]タブを選択 し、[Open Lid (リッドを開 く)]または[Close Lid (リッドを閉 じる)]をクリックします。

検 出 されたすべての機 器 のステータスを表 示 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
n[Detected Instruments (検 出された機 器)]ペインの[All Instruments (すべての機 器)]セクションで、[View Summary (概 要の表示 )]をクリックします。

n

メニューバーで、[View (表 示)] > [Instrument Summary (機 器 の概 要)]を選択 します。

[Instrument Summary (機器 の概 要)]ダイアログボックスが表 示 されます。
ヒント ：システムが接 続 されている機器 を1つだけ検出 した場合は、[All Instruments (すべての機器 )]セクションが[Detected Instruments (検出された機 器 )]ペインに表 示 されません。単 一 の機 器の概要を表示 するには、[View (表 示)] > [Instrument Summary (機器 の概 要)]を選択 します。

70 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Home (ホーム)]ウィンドウ[Instrument Summary (機 器 の概 要 )]ツールバーのコント ロール
表5に、[Instrument Summary (機器 の概 要)]ツールバーのコント ロールと機能を示します。
表 5. [Instrument Summary (機 器 の概 要 )]ツールバーのコント ロール

ボタン

ボタン名

機能

Create a new Run (新しい[Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウをランを作 成 )開 いて、選 択 したブロック上 のランを作 成 します。

Stop (停止 )選 択 されたブロック上の現 在 のランを停 止 します。

Pause (一時 停 止 )選 択 されたブロック上の現 在 のランを一 時 停
止 します。

Resume (再 開 )選 択 されたブロック上のランを再 開 します。

Flash Block Indicator (ブ選 択 されたブロックのリッド上 のインジケー

ロックインジケーターの点 滅)ターLEDを点 滅 させます。

Open Lid (リッドを開 く)

選 択 されたブロックの電 動 リッドを開 きます。

Close Lid (リッドを閉 じる)

選 択 されたブロックの電 動 リッドを閉 じます。

Hide Selected Blocks (選[Instrument Summary (機器 の概 要)]リスト

択 されたブロックを非 表 示 )で選択 されたブロックを非 表示 にします。

Show All Blocks (すべての選 択 されたブロックが[Instrument Summary

ブロックを表 示)(機 器 の概要 )]リスト に表 示 されます。

Show (表 示 )リスト に表示 するブロックを選択 します。検出されたすべてのブロック、すべての待 機 ブロック、現 在 のユーザーで実 行 中のすべてのブ
ロック、または実 行 中 のすべてのブロックから、表 示 するオプションを１つ選 択 します。

ユーザーガイド | 71

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ機 器 のプロパティの表 示[Detected Instruments (検出された機 器)]ペインでは、プロパティ、配送用 ネジのステータス、配送 用 ネジのス
テータス(CFX ConnectおよびCFX Touch機器 のみ)、およびキャリブレーションされた色 素 (蛍 光 色 素 )のリスト を含む、選 択 した機 器 に関 する詳 細 を表 示できます。

機 器 のプロパティを表 示 するにはu[Detected Instruments (検 出された機 器)]ペインで、ターゲット 機 器を右 クリックし、表 示 されたメニューで[Properties (プロパティ)]を選 択します。

[Properties (プロパティ)]タブ[Properties (プロパティ)]タブには、モデル、その構 成要 素 のシリアル番号 、およびファームウェアバージョンを含む、選択 した機器 に関 する技術 的 な詳 細が一覧 表示 されます。機 器のデフォルト 名 (シリアル番 号)は、[Detected Instruments (検出された機 器)]ペインや[Instrument Properties (機器 のプロパティ)]ダイアログボック
スのヘッダーバーなどの多くの場 所に表 示 されます。より簡単 に識 別できるように機 器 の名 前を変 更 できます。
注 ：CFX Maestro Dx SEを使用 してCFX Opus Dx機 器の名 前を変 更することはできません。

[Calibrated Dyes (キャリブレーションされた色 素 )]タブ
[Calibrated Dyes (キャリブレーションされた色素)]タブには、選 択した機 器のキャリブレーション済 みの蛍 光 色 素とプレート が表 示されます。

キャリブレーションの詳 細 情報 を表示 するには、[Detail (詳 細)]列の[Info (情報 )]ボタンをクリックします。

72 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 にはじめる前 にこのセクションでは、CFX Maestro Dx SEを使 用 する前に実 行する必要 があるタスクについて説明 します。これには以 下が含 まれます。
n

リアクションマスターミックスの作成

n

新しい色 素 のキャリブレーション

リアクションマスターミックスの作 成
CFX Maestro Dx SEのMaster Mix Calculatorを使 用すると、マスターミックス内 の必 要 な各 成分 量を容易 に計算 することができます。マスターミックス計 算表 をデフォルト のプリンターで印 刷し、後の使 用 のために各 ター
ゲット の計算 値 を保 存 しておくことができます。

Master Mix Calculatorを使 用 してリアクションマスターミックスを作 成 するには
1.

Master Mix Calculatorを開くには、次 のいずれかを実行 します。
n[Tools (ツール)] > [Master Mix Calculator]を選択します。

n

ツールバーの[Master Mix Calculator]をクリックします。

Master Mix Calculatorが表示 されます。

ユーザーガイド | 73

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ2.

[Reaction (反応 )]セクションで、検出 方法 を選 択します。
n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (プローブ)

3.

新しいターゲット を作 成 するには、[Target (ターゲット )]セクションで[Create New (新 規作 成 )]をクリックします。新しいターゲット 名 がターゲット ドロップダウンリスト に表示されます。

4.

(オプション)デフォルト のターゲット 名 を変 更するには以下 を行 います。
a.

ドロップダウンターゲット リスト でターゲット の名 前 を強調 表 示します。

b.

[Target (ターゲット )]ボックスに、新 しいターゲット 名を入 力します。

c.

Enterキーを押 します。

5.

フォワードプライマー、リバースプライマー、およびプローブの初 期濃度 と最終 濃度 を調 節します。

6.

[Master Mix Setup (マスターミックスのセット アップ)]セクションで、次の値 を調 整します。
nランする反 応 の数

74 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 にn

ウェルあたりの反 応量nウェルあたりのテンプレート 量n

ウェルあたりのスーパーミックス濃度n

ウェルあたりの過 剰反応 量7.

(オプション)必 要なターゲット の数 だけステップ2～ 6を実行します。

8.

[Choose Target to Calculate (計算 するターゲット の選択 )]セクションで、計 算するターゲット を選 択 しま
す。
ヒント ：同時 に1つだけ、複 数 、またはすべてのターゲット を計算 できます。
選択 した各 ターゲット に必 要な成分 の計算 量がマスターミックス表に表示 されます。

9.

[Set as Default (デフォルト として設 定 )]をクリックして、[Target (ターゲット )]セクションと[Master Mix Setup(マスターミックスのセット アップ)]セクションに入 力 された数量 を新しいデフォルト として設 定 します。

10. [OK]をクリックして、[Master Mix Calculator]ダイアログボックスの内 容 を保 存 します。

マスターミックス計 算 表 を印 刷 するにはu

マスターミックス計 算 表 を印 刷 するには、[Print (印刷)]をクリックします。
計算 表がデフォルト のプリンターに印刷 されます。

マスターミックス計 算 表 をPDFとして保 存 するにはuデフォルト のプリンターをPDFドライバーに変更 し、Master MixCalculatorで[Print (印 刷)]をクリックします。

ターゲット を削 除 するにはuドロップダウンターゲット リスト を使 用してターゲット を選択し、[Remove (削 除)]をクリックします。
重 要 ：ターゲット リスト からターゲット を削 除すると、そのターゲット が使 用されているすべてのマスター
ミックス計 算 からも削 除 されます。ターゲット を削除 するときは注意が必 要 です。

新 しい色 素 のキャリブレーション
CFX Opus 96 DxおよびCFX Opus Deepwell Dxシステムは、白 色 ウェルプレート と透明 ウェルプレート でよく使 用される蛍光色 素 用 に工 場 でキャリブレーションされています。CFX Opus 384 Dxシステムは、白色 ウェルプレート
でよく使 用される蛍 光色 素 用 にのみ工 場でキャリブレーションされています。表 6に、それに合わせて各機 器 が
キャリブレーションされている蛍光 色 素とチャンネルを記載 します。
注 ：CFX Opus 96 Dx、CFX Opus 384 Dx、およびCFX Opus Deepwell Dxシステムには、FRETケミスト
リー専用 のチャンネルも含 まれています。このチャンネルでは、特 定の色素用 のキャリブレーションは不 要 です。

ユーザーガイド | 75

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ重 要 ：工場 でキャリブレーション済 みの色 素のユーザー定 義キャリブレーションを行うと、機器 では工 場 キャ
リブレーションの代 わりにユーザー定義 キャリブレーションが使 用されます。
表 6. 工 場 でキャリブレーション済 みの蛍 光 色 素 、チャンネル、および機 器

蛍光色素
FAM、

チャンネル

励 起 ( nm)

検 出 ( nm)機器

1

450～ 490

515～ 530

CFX Opus 96

SYBR®GreenI

Dx、CFX
Opus 384
Dx、およびCFX Opus
Deepwell Dx
システム

VIC、HEX、CAL

2

515～ 535

560～ 580

CFX Opus 96

Fluor Gold 540、

Dx、CFXCal Fluor Orange

Opus 384

560

Dx、およびCFX Opus
Deepwell Dx
システム

ROX、Texas

3560～ 590

610～ 650

CFX Opus 96

Red、CAL Fluor

Dx、CFX

Red 610、TEX 615

Opus 384
Dx、およびCFX Opus
Deepwell Dx
システム

Cy5、Quasar 670

4620～ 650

675～ 690

CFX Opus 96
Dx、CFX
Opus 384
Dx、およびCFX Opus
Deepwell Dx
システム

Quasar 705、5672～ 684

705～ 730

Cy5.5

CFX Opus 96
Dxシステムのみ

FRETケミスト リー(工 場 でキャリブレーションされていない)

76 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 に蛍光色素
工 場 でキャリブレー

チャンネル

励 起 ( nm)

検 出 ( nm)

機器

FRET

450～ 490

560～ 580

CFX Opus 96

ションされていない

Dx、CFX

色

Opus 384
Dx、およびCFX Opus
Deepwell Dx
システム

CFXシステム用 の新 しい色 素 をキャリブレーションするには
1.

[Home (ホーム)]ウィンドウの[Detected Instruments (検出 された機 器)]ペインでターゲット の機 器を選 択 します。

2.

[Tools (ツール)] > [Calibration Wizard (キャリブレーションウィザード)]を選 択 して[Dye Calibration (色 素
キャリブレーション)]ウィザードを開 きます。

ターゲット 機 器 に対してすでにキャリブレーションされている蛍光色 素 が[Calibrated Fluorophores (キャリブ
レーション済みの蛍 光 色素 )]表に表 示されます。
3.

[Calibrate New or Existing Fluorophores (新 規または既存の蛍光 色素 のキャリブレーション)]セクション
で、ドロップダウンリスト からキャリブレーションする蛍 光色素 を選 択 します。

ユーザーガイド | 77

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ

蛍光 色素 の名 前 がリスト に含 まれていない場 合は、テキスト ボックスにその名前 を入 力して、リスト に追加します。
重 要 ：カスタムキャリブレーションされた蛍 光色 素に名前を付 けるときは注意 が必 要 です。工 場でキャ
リブレーションされた蛍 光色 素 と同 じ名前 で蛍 光 色素のカスタム色 素キャリブレーションを作 成すると、(工 場 でキャリブレーションされた蛍 光色素ではなく)カスタム蛍 光色素 が機 器 の動 作 中 に使 用 される色 素 になります。
4.

蛍光 色素 のプレート タイプを選 択 します。
プレート タイプがリスト に含まれていない場合 は、テキスト ボックスにその名前 を入力 して、リスト に追 加 します。

5.

蛍光 色素 のチャンネルを選 択します。

6.

蛍光 色素 のプレート カラムを選 択します。

7.

(オプション)蛍 光色 素 に関 連付 ける色 を入 力します。

8.

[Add to Plate (プレート に追 加 )]をクリックして、蛍 光色素 を追加 します。

9.

(オプション)ステップ3～8を繰 り返 して、プレート に対 してキャリブレーションする予 定 の各 蛍光 色素 を追 加します。

10. 蛍光 色素 の追 加 が終 了 したら、[View Plate (プレート の表 示)]をクリックして、[Pure Dye Plate Display(純粋 な色 素プレート の表 示)]ウィンドウを開きます。
このウィンドウは、プレート に色 素 をロードするためのガイドとして使用します。
11. 色素 キャリブレーション用 に96ウェルプレート 、384ウェルプレート を準備 します。
a.

[Pure Dye Plate Display (純 粋な色素プレート の表示 )]に示 されているパターンに従 って、各 ウェルに色素 溶液 を分 注 します。

b.

蛍光 色素 ごとに、4つのウェルに50 µl (96ウェルプレート )、30 µl (384ウェルプレート )の300 nM色素 溶
液を注 入します。プレート の半 分 以上 は空 のウェルにしてください。

c.

実験 に使 用 する方 法 でプレート をシーリングします。

12. ブロック内 にキャリブレーションプレート を設 置して、リッドを閉 じます。
13. [Dye Calibration (色素 キャリブレーション)]ウィザードで[Calibrate (キャリブレーション)]をクリックしてから、[OK]をクリックしてプレート がブロック内 にあることを確 認します。
14. CFX Maestro Dx SEソフト ウェアによってキャリブレーションのランが完了 すると、ダイアログボックスが表 示されます。[Yes (はい)]をクリックすると、キャリブレーションが終了 し、Dye Calibration Viewerが表示 されます。
15. [OK]をクリックしてウィンドウを閉 じます。

78 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 にユーザー設 定 の設 定
ヒント ：CFX Maestro Dx SEを使 用するためにこれらのタスクを実行 する必 要はありません。このセクション
はスキップしても問 題ありません。また、これらのタスクはいつでも実行できます。
CFX Maestro Dx SEでは、各 ユーザーが自 分の作業環 境 をカスタマイズできます。たとえば、[Users (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設 定 )]メニューでは、次 の操 作を実行 できます。
n

ラン完了 のEメール通 知 をセット アップします。
注 ：この機 能 は、この権 限が付 与されている役 割を持つユーザーのみが使用 できます。詳細 については、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアユーザー役割 の管 理 (43ページ)を参 照してください。

n

次のデフォルト 設定 を変 更 します。
oファイルを保 存 する場 所oランセット アップファイルo

ファイル命 名 接頭 語n

新しいプロト コルとプレート を作 成するときに使用 するデフォルト パラメータを設 定 します。

nデフォルト のデータ解 析 と遺伝 子発 現 パラメータを設定 します。

nデフォルト の品 質管 理 パラメータをカスタマイズします。

n

データエクスポート パラメータをカスタマイズします。

[Tools (ツール)]メニューでは、次の操作 を実行できます。
n

マスターミックスを作 成します。

n

特定 の機 器の色素 をキャリブレーションします。

注 ：マスターミックスと色素 キャリブレーションは、ソフト ウェアにログインしているすべての人が利 用 できます。
このセクションでは、これらのタスクの実行 方法 について説 明します。

Eメール通 知 のセット アップ
CFX Maestro Dx SEを送 信 Eメールサーバーに接 続して、ラン完 了のEメール通知 をユーザーのリスト に送 信 できます。データファイルと解 析 レポート をユーザーのリスト に添 付 するように選 択 することもできます。
CFX Maestro Dx SEとSMTPサーバーの間 の接 続をセット アップするには、セキュリティエディションをSMTPサーバーに接続する(81ページ)を参照 してください。
注 ：ユーザーがEメールセット アップ機能 にアクセスできるかどうかは、管 理者によって割 り当 てられたユー
ザーの役割 と権 限 によって異 なります。ユーザーとその役割の管 理 の詳 細 については、CFX Maestro Dx
SEソフト ウェアユーザー役 割 の管理 (43ページ)を参 照してください。

ユーザーガイド | 79

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ

Eメール通 知 をセット アップするには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。
[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログが開 いて、[Email (Eメール)]タブが表 示 されます。

注 ：CFX Maestro Dx SE用 の有 効 なSMTPサーバーがセット アップされていないことをシステムが検 出した場 合 は通 知 されます。[Configure Outgoing Email (送信Eメールの構 成 )]をクリックして[Options(オプション)]ダイアログボックスを開き、EメールSMTPサーバーを構成します。詳 細については、セキュ
リティエディションをSMTPサーバーに接 続する(81ページ)を参 照 してください。
2.

[To (宛先 )]テキスト ボックスに、ラン完 了を通知 する予定の各ユーザーのEメールアドレスを入力 します。ランが完了 すると、すべての受 信 者にEメールが送信 されます。
注 ：各Eメールアドレスは別々 の行 に入力する必 要があります。各 アドレスの後 ろでEnterキーまたはReturnキーを押します。

3.

(オプション) [cc]テキスト ボックスに、各 Eメール通知 のコピーを送 信する予定 の受 信者 のEメールアドレスを入力 します。

4.

(オプション)デフォルト で、すべての受 信者がデータファイルのコピーを添付ファイルとして受け取 ります。データファイルのコピーを添 付 しない場 合は、このチェックボックスをオフにします。

5.

(オプション) [Attach Analysis Report (解析レポート の添付)]を選択 して、解 析 レポート のPDFをEメールに添付 します。

6.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを閉 じます。

注 ：サービスプロバイダーによっては、携 帯 電 話にEメール通知 を送 信するようにシステムを構成 できる場
合があります。携 帯電 話 のEメールアドレスに関する詳細 については、携 帯電話 サービスプロバイダーにお問い合わせください。[User Preferences (ユーザー設定 )]画 面の[To (宛先 )]テキスト ボックスに、電話 のE
メールアドレス(例 : 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net)を入 力 します。

80 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 に受 信 者 のEメールアドレスを編 集 するにはu

必要 に応 じてEメールアドレスを変更 し、[OK]をクリックします。

Eメール受 信 者 を削 除 するには1.

Eメール受 信 者 を選 択 し、Deleteキーを押します。

2.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

セキュリティエディションをSMTPサーバーに接 続 する
重 要 ：一部 の商 用 ウェブメールサービスプロバイダーでは、Eメールのセキュリティが強 化 されています。これらのアカウント を使 用 する場 合は、アカウント 設定で[Allow less secure apps (安 全 性 の低 いアプリを許可 する)]設定 を有 効 にして、CFX Maestro Dx SEでEメールを送信できるようにします。詳 細については、
ご使 用のウェブメールサービスプロバイダーのセキュリティ情報 を参 照してください。
Google GmailまたはMicrosoft Office 365のSMTPサーバーを使用 してEメールを送信 する場 合 、GmailまたはOffice365のアカウント 設定 で2要 素 認 証 を有効 にして「アプリパスワード」を生 成する必 要があります。
Maestro Eメール設 定ダイアログでの認 証の場 合は、通常 のEメールパスワードの代 わりに「アプリパスワード」をコピーしてパスワードフィールドに貼 り付 けてください。
ソフト ウェアでEメール通 知 を送 信 する前 に、CFX Maestro Dx SEからEメールサーバーへの接 続 を確立 する必要があります。

CFX Maestro Dx SEとEメールサーバーを接 続 するには
1.

次のいずれかを実 行 します。
n[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択し、[Email (Eメール)]タブで[Configure
Outgoing Email (送信 Eメールの構 成)]をクリックします。

n[Tools (ツール)] > [Options (オプション)]を選 択 します。

[Options (オプション)]ダイアログボックスが開 いて、[Email (Eメール)]タブが表示 されます。

ユーザーガイド | 81

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ2.

会社 に関 する以 下 の情報を指 定 します。
n

SMTP Server Name (SMTPサーバー名 ) — 会 社 の送信Eメールサーバーの名 前。

nPort (ポート ) — SMTPサーバーのポート 番号 。通常は25です。

n

Use SSL (SSLを使 用 ) — セキュアソケット レイヤー(SSL)オプション。一 部のSMTPサーバーにはこの設定 が必要 です。会 社でこの設 定が必 要ない場 合は、このチェックボックスをオフにします。

n

Use Default “From” Address (デフォルト の「送 信 元 」アドレスを使 用 ) — 会 社 のEメールサーバーの名 前。一 部 のSMTPサーバーでは、送 信されるすべてのEメールに、特 定のドメイン(name@YourCompany.comなど)からの「送信 元 」アドレスを割 り当 てる必 要 があります。その場 合は、このチェックボックスをオフにして、有 効なEメールアドレスを入力 してください。

nAuthentication Required (認 証 が必 要 ) — サイト でアカウント 認証 が必要 な場合 は、このチェックボックスがオンになっていることを確認してください。

n

User Name (ユーザー名 ) — 認 証 されるアカウント の名 前。これは、[Authentication Required (認 証が必要 )]がオンになっている場 合 にのみ必 要です。

82 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 にn

Password (パスワード) — 認 証されるアカウント のパスワード。これは、[Authentication Required(認証 が必要 )]がオンになっている場合 にのみ必 要 です。

重 要 ：Google GmailまたはMicrosoft Office 365のSMTPサーバーを使 用してEメールを送信 する場
合は、GmailまたはOffice365のアカウント 設定 で2要素 認 証を有効にして「アプリパスワード」を生成する必 要があります。Maestro Eメール設定ダイアログでの認 証の場合 は、通常 のEメールパスワードの代 わりに「アプリパスワード」をコピーしてCFX Maestro Dx SEのパスワードフィールドに貼 り付 けてくだ
さい。
SMTPサーバーの設 定が正 しいことを確 認するには、[Test Email Address (Eメールアドレスのテスト )]テキスト ボックスに有 効なEメールアドレスを入力 し、[Test Email (Eメールのテスト )]をクリックします。
注 ：SMTPサーバーによっては、添 付 ファイルが許 可されない場 合 や、特定 のサイズまでの添 付ファイ
ルのみが許 可 される場合があります。CFX Maestro Dx SEを使 用してデータファイルおよび/またはレポート をEメールで送 信 する予 定の場 合は、[Test Attachment (添付 ファイルのテスト )]を選択 し、[Attachment Size in MB (添 付ファイルサイズ(MB))]を5メガバイト (MB)以上に設 定 します。
3.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

デフォルト のファイル設 定 の変 更[User Preference (ユーザー設 定)]ダイアログボックスの[Files (ファイル)]タブで、以下 を変更 できます。
n

CFX Maestro Dx SEファイルを保 存するデフォルト の場 所n

ランのセット アップ用のデフォルト のファイルn

デフォルト のファイル命 名 パラメータ

デフォルト のファイル設 定 を変 更 するには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[Files (ファイル)]タブを選 択します。

ユーザーガイド | 83

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ3.

[Default Folder for File Creation (ファイル作成 用のデフォルト のフォルダ)]セクションで、新 しいファイルを保存する既定 のフォルダに移 動して選 択 します。ファイルタイプごとに異なる場所を選 択できます。
nProtocol (プロト コル)

n

プレート

n

データファイルnGene Study

4.

[File Selection for Run Setup (ランのセット アップ用のファイル選択 )]セクションで、[Experiment Setup (実験セット アップ)]ウィンドウを開いたときに表 示されるターゲット のプロト コルファイルとプレート ファイルに移動 して選択 します。

5.

[Data File (データファイル)]セクションで、データファイルの接 頭語 および/または接尾 語を定義 します。それ
ぞれの部分 で、そのドロップダウンリスト から新 しい値を選択 します。[Prefix (接頭 語 )]および[Suffix (接 尾語)]テキスト ボックスで、カスタムの接 頭 語と接尾 語の値を指 定 することもできます。
CFX Maestro Dx SEの選 択 ボックスの下にファイル名 のプレビューが表示されます。

6.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

84 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 にデフォルト のプロト コルパラメータの設 定
Protocol EditorとProtocol AutoWriterのデフォルト のプロト コルパラメータを設 定 するには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[Protocol (プロト コル)]タブを選 択します。

3.

[Protocol Editor]セクションで、Protocol Editorに表 示される次 の設定 の値 を指 定します。

4.

5.

n

Sample volume (サンプル容 量 ) — ウェル内 の各サンプルの容 量(µl)。

n

Lid Shutoff temperature (リッドシャット オフ温 度 ) — ランの最中にリッドヒーターがオフになる温度(ºC)。

[Protocol AutoWriter]セクションで、Protocol AutoWriterに表 示される次の設 定 の値 を指 定します。
nAnnealing temperature (アニーリング温 度 ) — iProof DNAポリメラーゼ、iTaq DNAポリメラーゼ、またはその他 のポリメラーゼを使用 する実験 の温度(ºC)。

nAmplicon length (アンプリコンの長 さ) — アンプリコンの長さ(bp)。

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

デフォルト のプレート パラメータの設 定[Plate (プレート )]タブに加 えた変更 は、ソフト ウェアのすべてのユーザーが利用 できます。プレート のセット アップ
中に行 った変 更 は、プレート ファイルを保存 して閉 じた後に、ユーザーが利 用できます。

ユーザーガイド | 85

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、次 の操作を実行 できます。
n

デフォルト のプレート パラメータを設 定します。

n

新しいターゲット 、サンプル、および生 物 学的グループの名 前をそれぞれのライブラリに追加 します。

n

それぞれのライブラリからターゲット 、サンプル、および生物 学的グループの名 前を削除 します。

デフォルト のプレート パラメータを設 定 するには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[Plate (プレート )]タブを選 択します。

3.

新しいプレート ファイルの次 の設 定 の値 を指 定します。これらの値は、[Plate Editor]ウィンドウに表示 されます。
nPlate type (プレート タイプ)n

Plate size (プレート サイズ)n

Units (単 位 ) — 標 準を含 むウェルの開始テンプレート の濃 度。
CFX Maestro Dx SEでは、これらの単 位を使 用 して、[Data Analysis Quantification (データ解 析の定量 化)]タブで標準 曲線 が作成 されます。

86 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 に4.

nScientific notation (指 数 表 記 ) — オンにすると、CFX Maestro Dx SEに濃度 単 位が指 数 表記 で表示 されます。

n

Scan mode (スキャンモード) — ランの最中 にスキャンするチャンネルの数 またはタイプ。

n

Fluorophores (蛍 光 色 素 ) — Plate Editorのウェルローディングコント ロールに表 示 されるデフォルト の
蛍光 色素 。

n

Libraries (ライブラリ) — 実 験で一般的 に使 用されるターゲット 、サンプル、および生物 学 的グループの名 前。
oTarget names (ターゲット 名 ) — ターゲット の遺 伝子と配列の名 前 。

oSample names (サンプル名 ) — 実 験 サンプルの名 前 またはサンプルの識 別特 性(Mouse1、Mouse2、Mouse3など)。

oBiological group names (生 物 学 的 グループ名 ) — 同 じ治 療状態 または条件 (0Hr、1Hr、2Hrなど)を持つ類 似 サンプルのグループの名 前。

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

新 しいターゲット 、サンプル、または生 物 学 的 グループの名 前 を追 加 するにはu

適切 なライブラリボックスに、ターゲット 、サンプル、または生物 学的 グループの名 前を入 力 し、[OK]をクリックします。

ターゲット 、サンプル、または生 物 学 的 グループの名 前 を削 除 するにはu

適切 なライブラリボックスで、名前 を選 択してDeleteキーを押 し、[OK]をクリックします。

重 要 ：ライブラリから削 除 した名 前 はソフト ウェアから削除 され、ユーザーは使用 できなくなります。デフォル
ト のCFX Maestro Dx SE名 に戻すには、[Restore Defaults (デフォルト に戻す)]をクリックします。[UserPreferences (ユーザー設 定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定 が工 場出 荷 時 設 定にリセット されます。デフォルト のCFX Maestro Dx SE名を削除 するときやこのボタンをクリックするときは注意 が必要 です。

ユーザーガイド | 87

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ

デフォルト のデータ解 析 パラメータの設 定
デフォルト のデータ解 析 パラメータを設 定 するには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[Data Analysis (データ解析 )]タブを選 択します。

3.

[Analysis Mode (解析 モード)]セクションで、データを解析 するモード([Fluorophore (蛍 光 色素 )]または[Target (ターゲット )])を選 択します。

4.

[PCR Quantitation (PCR定 量 化 )]セクションで、次のオプションのデフォルト パラメータを設 定 します。
nBaseline Setting (ベースライン設 定 ) — 解 析モードのベースライン手 法。

nCq Determination Mode (Cq計 算 モード) - 各 蛍 光ト レース(回 帰 法または単一 しきい値)のCq値が計算 されるモード。

nThreshold Calc. Mode (しきい値 計 算 モード) — エンドポイント ターゲット 量。
デフォルト は[Auto (自 動)]です。つまり、ソフト ウェアはエンドポイント ターゲット を自 動 的に計 算 します。特 定 のしきい値 を設定 するには、[Auto (自動)]チェックボックスをオフにして、相 対蛍 光 単位 ( またはRFU) で計 算されたエンドポイント 量を入 力 します。最大 値は65000.00 RFUです。後続 のラン用のデータファイルでは、このしきい値 設定 が使用されます。

88 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 にnBaseline Calc.Mode (ベースライン計 算 モード) — すべてのト レースのベースライン値。
デフォルト は[Auto (自 動)]です。つまり、ソフト ウェアはすべてのト レースのベースラインを自 動 的 に計算します。特 定 のベースライン値を設 定するには、[Auto (自動 )]チェックボックスをオフにして、サイクル範囲(1〜9999)の最 小 値 と最 大値 を入力します。後 続のラン用のデータファイルでは、このサイクル範囲が使 用されます。

n5.

Log View (ログ表 示 ) — ソフト ウェアによる増幅 データの表 示方法を決 定 します。
oOn (オン) — 増 幅データは片対 数グラフで表示されます。

o

Off (オフ) — (デフォルト )増幅 データは線 形グラフで表 示されます。

[End Point (エンドポイント )]セクションで、エンドポイント 計算を実 施するときに平均 化するエンドサイクル
数を選 択します。
n

PCR — 定 量化 データとして平均 化するエンドサイクル数 (デフォルト は5)。

n

End Point Only run (エンドポイント のみのラン) — エンドポイント データとして平 均化 するエンドサイ
クル数 (デフォルト は2)。

6.

[Melt Curve (融 解曲 線 )]セクションで、検出 するピークタイプを選択します(正または負 )。

7.

[Well Selector (ウェルセレクター)]セクションで、ウェルラベルの表示 方 法を選 択します(サンプルタイプ、ター
ゲット 名 、またはサンプル名で)。

8.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

ユーザーガイド | 89

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ

デフォルト の遺 伝 子 発 現 データファイルパラメータの設 定
新 しい遺 伝 子 発 現 データファイルのデフォルト パラメータを設 定 するには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[Gene Expression (遺伝 子発 現 )]タブを選 択します。

3.

次の設定 の値 を指 定します。
nRelative to (相 対 ) — 対 照 (1から始まる)または0を基準 にした遺 伝 子 発 現データをグラフ化 します。
oZero (ゼロ) — ソフト ウェアは対照 を無視 します。これは、[Experiment Settings (実験 設 定)]ウィ
ンドウで対 照 サンプルが割り当てられていない場合のデフォルト です。

oControl (対 照 ) — ソフト ウェアは、[Experiment Setup (実 験セット アップ)]ウィンドウで割り当てられた対 照 サンプルを基 準 にしたデータを計 算します。

nX-axis (X軸 ) — X軸 上 でサンプルまたはターゲット をグラフ化します。

nY-axis (Y軸 ) — Y軸 上 で線 形 、log2、またはlog10スケールをグラフ化 します。

nScaling (スケーリング) — グラフのスケーリングオプション(デフォルト オプションはスケーリングされません)。
oHighest (最 高 ) — ソフト ウェアはグラフを最 高 のデータ点にスケーリングします。

oLowest (最 低 ) — ソフト ウェアはグラフを最低 のデータ点 にスケーリングします。

oUnscaled (非 基 準 化 ) — ソフト ウェアはグラフにスケーリングされていないデータを表 示 します。

nMode (モード) — 相 対量 (∆Cq)または正 規化 発現 (∆∆Cq)の解析 モード。

n

Error Bar (エラーバー) — 標準 偏 差 (Std.Dev.) または平 均の標準 誤 差(Std.Error Mean)としてデータの変 動 を示 します。

nError Bar Multiplier (エラーバー乗 数 ) —エラーバーのグラフ化に使用される標 準偏 差 乗数 (デフォ
ルト は1)。
乗数 を2または3に増やすことができます。

n

Sample Types to Exclude (除 外 するサンプルタイプ) — 解析から除外 するサンプルタイプ。
解析 から除 外する1つ以 上のサンプルを選 択できます。すべてのサンプルタイプを除 外するには、選択したサンプルタイプのチェックボックスをオフにします。

4.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

90 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 に重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

品 質 管 理 ルールのカスタマイズ
CFX Maestro Dx SEで、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウのデータに適 用される品質 管理 ルールを設 定できます。ソフト ウェアが、設 定 されたルールに対してデータを検証 します。
注 ：デフォルト で、すべての品質管 理 ルールが有効 になっています。
ヒント ：QCパラメータを満 たさないウェルを、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウのQCモジュール内 の解析から容 易 に除外 できます。

品 質 管 理 ルールをカスタマイズするには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[QC]タブを選 択します。

説明 :n

NTC — テンプレート コント ロールなし

ユーザーガイド | 91

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウ

3.

4.

n

NRT — 逆 転 写酵 素コント ロールなし

n

Efficiency (効 率 ) — 反応 効率n

Std Curve R^2 (検 量 線 R^2) — 検量線 のR二 乗値nReplicate group Cq Std Dev (レプリケート グループCq標 準 偏 差 ) — レプリケート グループごとに計算された標準 偏 差

QCルールごとに、次 のいずれかを実 行 します。
nデフォルト 値を使 用 するには、何 もしません。

n

値を変 更するには、[Value (値 )]テキスト ボックスをクリックして、新 しい値 を入 力し、Enterキーを押 します。

n

ルールを無 効にするには、[Use (使用)]チェックボックスをオフにします。

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

データエクスポート パラメータのカスタマイズ
CFX Maestro Dx SEデータを以下 の形式 でエクスポート できます。
n

テキスト (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls、.xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

重 要 ：データをMicrosoft Excelスプレッドシート にエクスポート するには、コンピューターにMicrosoft Excelがインスト ールされている必要 があります。
エクスポート するデータのタイプを指 定し、エクスポート されたデータの出力 をカスタマイズできます。

データエクスポート パラメータをカスタマイズするには
1.

[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定)]を選 択して、[User Preferences (ユーザー設 定)]
ダイアログボックスを開きます。

2.

[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで、[Custom Export (カスタムエクスポート )]タブを選択します。

92 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

はじめる前 に3.

[Export Format (エクスポート 形 式 )]ドロップダウンリスト で、データをエクスポート する形 式 を選 択します。

4.

[Data to Export (エクスポート するデータ)]セクションで、エクスポート するデータのタイプのチェックボックスをオンまたはオフにします。選択 した項 目が[Exported Columns (エクスポート された列)]リスト ボックスに表示 されます。
注 ：デフォルト で、ラン情報はヘッダーに含まれます。ラン情 報 を含めない場合 は、このチェックボックスをオフにします。

5.

選択 した項 目の出 力 表示順 序 を変更できます。
[Exported Columns (エクスポート された列 )]リスト ボックスで、項 目 を強調 表示 してから、リスト の左 側にある矢 印 ボタンをクリックして、項目 を上 下に移動 します。

6.

オプションで、選択 した項目 の出 力列 名 を変更 できます。
a.

[Customize Column Names (列 名のカスタマイズ)]をクリックします。
[Column Name Customizer]ダイアログボックスが表示されます。

b.

変更 するデフォルト の列 名ごとに、[Custom Name (カスタム名 )]フィールドに新しい名前 を入 力 します。

ユーザーガイド | 93

第6章[Home (ホーム)]ウィンドウc.

次のいずれかを実 行します。
n[OK]をクリックして変 更を保存 し、[Custom Export (カスタムエクスポート )]タブに戻 ります。新 しい
名前 は、[Exported Columns (エクスポート された列)]リスト ボックスのデフォルト の列 名 の横 に括弧で囲まれて表示 されます。

n[Cancel (キャンセル)]をクリックして変 更 をクリアし、[Custom Export (カスタムエクスポート )]タブに
戻ります。

7.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、ダイアログボックスを閉じます。

重 要 ：[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスで、[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、すべてのタブのすべての設 定が工場 出荷 時設定 にリセット されます。このボタンをクリックするときは注 意が必 要 です。

94 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 7章プロト コルの作 成
プロト コルは、特 定 の順 序 で実行 される一 連のステップです。CFX Maestro Dx SEソフト ウェアでは、すべてのス
テップが機 器のオプションに関 連 付 けられます。たとえば、ステップにより、機 器 に対してブロックとリッド温度 の制
御、ブロック間 での温 度 差の適 用 、プレート リードや融解 曲線 解 析の実施 が指 示 されます。各オプションは、それぞれ異 なるプレート およびランタイプに対 して指定 されます。
CFX Maestro Dx SEには、プロト コルを作 成 するための2つのオプションが用意されています。これは、プロト コル
エディターとProtocol AutoWriterです。
プロト コルエディターには次の機 能が備 わっています。
nプロト コルを迅 速に作 成 するための標 準プロト コルコント ロールn

選択 した行 数のグラジエント をすばやく計算する機能n

選択 したプレート タイプのラン時間 をすばやく計算 する機能n

プロト コルステップを編 集 する機 能n

プロト コルを再 利用 できるように保 存 する機 能n

プロト コルをデフォルト のプリンターに印 刷 する機 能Protocol AutoWriterは、指 定 されたパラメータを使用 して、ホット スタート 、初期変 性、アニーリング、および伸長の各ステップを含 むカスタマイズされたPCRプロト コルを自動 的 に生成します。生 成 された推 奨 プロト コルをグ
ラフで表示して、プロト コルを編集 、実 行 、または保存できます。

ユーザーガイド | 95

第7章プロト コルの作 成

プロト コルステップのパラメータと範 囲
表7の情 報を使用 して、プロト コルのステップのデフォルト 設定 を変更します。

温 度 ステップ
目標 温度 は4.0〜 100.0℃ の値 で、0.1℃ 刻みで設定 されます。システムはこの温 度まで上 昇し、指定 された
時間 (保持 時 間)にわたりその値を保持 します。

グラジエント ステップ
グラジエント 範 囲 は、グラジエント ステップの最低温 度 と最 高温 度の差です。可 能 な最大 範 囲は24℃ です。
最低 温度 は30.0〜 99.0℃ の値 で、0.1℃ 刻みで設定 されます。最 高温 度は最 大 で100℃ です。サーマルサイ
クラーは、ブロック全 体の目標 温 度 グラジエント まで上 昇し、指定 された保持 時間 にわたりその温 度を保持 します。
重 要 ：機器 はグラジエント 値 を計 算します。グラジエント 計 算機 能の最 上 位と最 下位 のフィールドに値 を入力 すると、ソフト ウェアが自動的 に残 りのフィールドの温度を計 算して割り当てます。最上 位 フィールドと最下 位フィールドの間の任 意 のフィールドに温度 を入力 すると、機 器は残 りのフィールドを自 動 的 に計 算します。すべてのフィールドに温 度 値 を手 動で入力 することはできません。
表 7. プロト コルステップのパラメータと範 囲

パラメータ

範囲

説明

ランプ速 度n CFX Opus 96 Dxシステムの場 合：

そのステップで指 定された速 度 で目 標 温 度 ま

0.1〜 5℃ /秒
n CFX Opus 384 Dxシステムの場
合：で上昇 するようにサーマルサイクラーに指 示 します。
温 度 ステップのみに適 用 されます。

0.1〜 2.5°C/秒
n CFX Opus Deepwell Dxシステムの場合：
0.1〜 2.5°C/秒
増分

0.1℃ 刻 みで1サイクル毎 に–10.0〜

サイクルごとにステップの目 標 温度 を変 更する

10.0℃ の数 値

ようサーマルサイクラーに指 示します。ここで、正 の数 は温度 を上 げ、負 の数 は温 度 を下 げます。
温 度 ステップのみに適 用 されます。

96 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルステップのパラメータと範 囲

表 7. プロト コルステップのパラメータと範 囲 、続 き

パラメータ

範囲

説明

延長

1サイクル毎 に–60〜 60秒 の時 間各 サイクルの保 持時 間 を延長 するようにサーマルサイクラーに指 示します。正 の数 は保 持
時 間 を増 加 させ、負 の数 は保 持 時 間を減 少させます。
温 度 ステップとグラジエント ステップの両 方 に
適 用 されます。

ビープ音( パラメータなし)

サーマルサイクラーがそのステップの目 標 温 度に到 達したことを知 らせるビープ音を鳴 らすよ
うにサーマルサイクラーに指 示 します。
温 度 ステップのみに適 用 されます。

プレート リード( パラメータなし)

選 択 したステップにプレート リードを追 加するようにサーマルサイクラーに指 示 します。
温 度 ステップとグラジエント ステップの両 方 に
適 用 されます。

ユーザーガイド | 97

第7章プロト コルの作 成[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウプロト コルエディターを使 用して、プロト コルを開いたり、作 成、確 認、編集 したりします。デフォルト では、プロト
コルエディターには96ウェルプレート 用 の一 般的なリアルタイム2ステッププロト コルが表 示されます。

凡例
1.

メニューバーから、[File (ファイル)]、[Settings (設 定 )]、および[Tools (ツール)]メニューコマンドにすばやくアクセスできます。

2.

ツールバーを使 用 して、プロト コルの保 存 や印刷 、ステップを挿 入する場 所 の指 定 、サンプル容 量 の設 定 、およびプロト コルの推定 ラン時間 の表 示などを簡単 に行 うことができます。

3.

メインペインには、プロト コルのグラフィック表 現が表示 されます。

4.

下 部 のペインには、プロト コルのアウト ラインが表 示されます。

5.

左 側 のペインには、プロト コルをカスタマイズするために追 加 できるプロト コルコント ロールが表 示されます。

[File (ファイル)]メニューのコマンド
Save (保 存 ) — 現 在のプロト コルを保 存します。

98 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウ

Save As (名 前 を付 けて保 存 ) — 現在 のプロト コルを新しい名前で保 存 するか、新 しい場 所に保存 します。
File Passwords (ファイルパスワード) — ファイルを保存する際および開く際 に使 用するパスワードを設 定できます。
ヒント ：詳細 については、ファイルのパスワード保 護(50ページ)を参照 してください。
Close (閉 じる) — プロト コルエディターを閉 じます。

[Settings (設 定 )]メニューコマンド
Lid Settings (リッドの設 定 ) — [Lid Settings (リッドの設定 )]ダイアログボックスが開 きます。このダイアログボック
スで、リッドの温 度を変 更または設定 できます。

[Tools (ツール)]メニューのコマンド
Gradient Calculator (グラジエント 計 算 機 ) — グラジエント ステップのブロックタイプを選 択するためのダイアログ
ボックスが開きます。デフォルト は96ウェルです。
Run time Calculator (ラン時 間 計 算 機 ) — プレート タイプとスキャンモードを選 択 するためのダイアログボックスが開きます。これらの選 択に基 づいて[Run Setup (ランの設 定)]ウィンドウで推 定ラン時 間 が計算 されます。デフォルト は96ウェルおよび全チャンネルです。

ツールバーのコマンド—現 在のプロト コルファイルを保 存します。

—選 択したウィンドウを印 刷します。

—このコマンドを使用して、現 在選 択されているステップを基 準とした、ステップを挿 入する相 対位 置を選択 します。

—このコマンドを使用して、サンプル容量 (µl)を入力 します。サンプル容 量 は、ブロックのタイプによって異 なります。
n96ウェルブロックの場合 は0〜50 µlです。

n384ウェルブロックの場 合は0〜 30 µlです。

n96ディープウェルブロックの場 合 は0〜125 µlです。

ユーザーガイド | 99

第7章プロト コルの作 成—プロト コルステップ、ランプレート 、および選択 されているブロックのタイプに基づいた推定 ラン時間を表 示 します。

—プロト コルに関 するヘルプ情報 を表 示します。

プロト コル編 集 コント ロール[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウの左 側 のペインには、プロト コルを作 成 する際 に使 用できるコ
ント ロールが含 まれています。
各コント ロールは、プロト コル内 のステップを表す一連のパラメータで構成 されています。各 パラメータを変更 し、それを追加 または削除 して、プロト コルをカスタマイズできます。このセクションでは、各コント ロールで使用 できる
オプションについて説 明 します。
nInsert Step (ステップの挿 入 ) — 選 択したステップの前 または後 にステップを
挿 入します。プロト コルのグラフィック表示 またはプロト コルアウト ラインのいず
れかで、温度 と保持 時 間の値を編 集できます。

n

Insert Gradient (グラジエント の挿 入 ) — グラジエント 計算 機で選択 された
ウェルブロックのタイプに基 づいて、グラジエント ステップを挿 入します。グラジエ
ント ステップを挿 入すると表 示される[Gradient (グラジエント )]ペインで、グラ
ジエント 範囲 を編 集できます。

Insert GOTO (GOTOの挿 入 ) — サイクリング(ループ)ステップを挿 入しま
す。これにより、ソフト ウェアは指定されたサイクル数だけ、指定 のステップを順 次繰 り返 します。繰り返しは、最 初 のサイクルが完了 した後 に開始 されます。たとえば、ステップ2からステップ4を39回繰 り返 すように指 定できます。この場 合、最 後 の繰 り返 しの後、ソフト ウェアはステップ2からステップ4を合計 40回実 施したことになります。
グラフィック表 示 またはプロト コルアウト ランのいずれかで、戻り(GOTO)ステップとサイクル数を編集 できます。
nn

Insert Melt Curve (融 解 曲 線 の挿 入 ) - 融解 曲 線 リードステップを挿入します。

nInsert Plate Read to Step (ステップにプレート リードを挿 入 ) — 選択 したステップにプレート リードコマンドを追加 します。プレート リードにより、サイクルの終了 時 に蛍光 色 素の量が測 定されます。通常 、プレート
リードステップはGOTOループの最 後 のステップになります。
ヒント ：プレート リードコマンドをステップに追加した後 は、ステップを選 択する際のボタンが[Remove
Plate Read (プレート リードの削除 )]に変わります。

100 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウnRemove Plate Read (プレート リードの削 除 ) — 選択したステップからプレート リードコマンドを削 除 します。
ヒント ：プレート リードコマンドをステップから削除した後 は、ステップを選 択する際のボタンが[Add Plate
Read to Step (プレート リードをステップに追 加)]に変わります。

nStep Options (ステップオプション) — [Step Options (ステップオプション)]ダイアログボックスが開 き、選 択 したステップで使 用 できるオプションが表 示されます。ステップオプションの詳 細 については、ステップオプション(102ページ)を参 照 してください。
ヒント ：グラフィック表 示 でステップを右 クリックして、ステップオプションにアクセスすることもできます。

n

Delete Step (ステップの削 除 ) — 選択 したステップをプロト コルから削 除します。

ユーザーガイド | 101

第7章プロト コルの作 成

ステップオプション[Step Options (ステップオプション)]ダイアログボックスを開くと、追 加、変更 、または削 除できるステップオプション
が表示 されます。

n

Plate Read (プレート リード) — 選 択 すると、プレート リードがステップに追加 されます。

nTemperature (温 度 ) — 選択 したステップのターゲット 温度を設定 します。

nGradient (グラジエント ) — ステップのグラジエント 範囲を設 定 します。範囲 は1〜24°Cです。
注 ：グラジエント のランは、ブロックの前方(画 像ではH行 )では最 低温度 、ブロックの後 方(画 像 ではA行)では最 高 温 度で実 行 されます。

nIncrement (増 分 ) — 選 択したステップの温度 を増分 (または減分 )する量。サイクルごとに、この増 分値 がターゲット 温 度 に追加 されます。範 囲 は±0.1〜10°Cです。
注 ：温度 を減 分するには、数 値 の前 にマイナス記号 (–)を入力 します(たとえば、–5°C)。

nRamp Rate (ランプレート ) — 選 択したステップのランプレート 。範 囲はブロックサイズによって異なります。

nTime (時 間 ) — 選 択 したステップの保 持時 間。

nExtend (延 長 ) — 選 択したステップを延長または短縮 する時間(秒単 位 )。このオプションは、各 サイクルの保 持時 間に追 加 されます。範囲 は±1〜 60秒 です。

n

Beep (ビープ音 ) — 選択すると、ステップ中にビープ音が鳴ります。
ヒント ：オプションの範 囲外 の数 値を入 力した場合 は、範 囲内で最 も近い数値 に変 更されます。

102 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成
プロト コルエディターを使 用して、カスタムプロト コルファイルを作 成できます。以 前 に保存 したプロト コルファイル
またはCFX Maestro Dx SEに付 属のサンプルプロト コルファイルを編集 して保 存 することもできます。
新しいプロト コルファイルを作 成 するには、次の手順 に従 います。
n

プロト コルエディターでプロト コルファイルを開きます。
ヒント ：プロト コルエディターで新 規または既存 のプロト コルを開 くことができます。

n

新しいプロト コルを設 定します。

n

プロト コルコント ロールペインで、プロト コルにステップを追加 します。

nステップのプロパティを編 集 します。

n

プロト コルを保 存します。

ヒント ：以前 に保 存したプロト コルファイルまたはサンプルプロト コルファイルから新しいプロト コルを作 成 するには、プロト コルエディターで既 存のプロト コルを開く(104ページ)を参照 してください。

プロト コルエディターで新 しいプロト コルファイルを開 く
CFX Maestro Dx SEには、新 しいプロト コルファイルを開 くための複 数のオプションが用 意 されています。
n

ホームウィンドウの[File (ファイル)]メニューを使用

n

ホームウィンドウの[Run Setup (ランの設定 )]ダイアログボックスを使 用

n

ホームウィンドウの[Startup Wizard (スタート アップウィザード)]ダイアログボックスを使 用[File (ファイル)]メニューから新 しいプロト コルファイルを開 くにはu

ホームウィンドウで、[File (ファイル)] > [New (新 規)] > [Protocol (プロト コル)]を選 択 します。
[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウが開 き、デフォルト のプロト コルファイルが表 示 されます。
ヒント ：デフォルト のプロト コルファイルを設 定する方 法 については、デフォルト のファイル設定 の変 更 (83ページ)を参照 してください。

[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスから新 しいプロト コルファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、次 のいずれかの操 作を行 って[Run Setup (ランの設定)]ダイアログボックスを開きます。
n[Run (ラン)] > [User-defined Run (ユーザー定 義ラン)]を選択します。

n

ツールバーの[User-defined Run Setup (ユーザー定義 ランの設 定)]をクリックします。

ユーザーガイド | 103

第7章プロト コルの作 成[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスが開 き、[Protocol (プロト コル)]タブにデフォルト のプロト コルファ
イルが表 示されます。
2.

[Create New (新 規作成 )]をクリックします。
[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウが開 き、デフォルト のリアルタイムプロト コルが表 示されます。

スタート アップウィザードから新 しいプロト コルファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、スタート アップウィザードが表示 されていない場合 は、次のいずれかの操 作 を行 ってウィザードを開 きます。
n[View (表示 )] > [Startup Wizard (スタート アップウィザード)]を選 択します。

n

ツールバーの[Startup Wizard (スタート アップウィザード)]をクリックします。

2.

必要 に応 じて、ドロップダウンリスト から機器タイプを選択します。

3.

ランタイプとして[User-defined (ユーザー定 義)]をクリックします。
[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスが開 き、[Protocol (プロト コル)]タブにデフォルト のプロト コルファ
イルが表 示されます。

4.

[Create New (新 規作成 )]をクリックします。
[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウが開 き、デフォルト のリアルタイムプロト コルが表 示されます。

[Run (ラン)]メニューから新 しいプロト コルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、次 のいずれかの操 作を行 って[Run Setup (ランの設定)]ダイアログボックスを開きます。
n[Run (ラン)] > [User-defined Run (ユーザー定 義ラン)]を選択します。

n

ツールバーの[User-defined Run Setup (ユーザー定義 ランの設 定)]をクリックします。

[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスが開 き、[Protocol (プロト コル)]タブにデフォルト のプロト コルファ
イルが表 示されます。
2.

[Create New (新 規作成 )]をクリックします。
[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウが開 き、デフォルト のリアルタイムプロト コルが表 示されます。

プロト コルエディターで既 存 のプロト コルを開 く
CFX Maestro Dx SEに用 意されているサンプルプロト コルファイルを編集して、新 しいプロト コルとして保 存 できます。既存 のカスタムプロト コルから新しいプロト コルを作 成することもできます。

104 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成

サンプルプロト コルファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、[File (ファイル)] > [Open (開く)] > [Protocol (プロト コル)]を選択 します。
デフォルト では、WindowsエクスプローラーでCFX Maestro Dx SEサンプルファイルフォルダが開 きます。

2.

サンプルファイルフォルダを開きます。次 のフォルダが表示 されます。
nConventionalProtocols — 従来のPCR解析 用のサンプルプロト コルファイルが格 納されています。

n

DataFiles — CFX Maestro Dx SEの機 能を探 索するために使 用できるサンプルデータファイルが格納されています。

n

MeltCalibration — Bio-RadのPrecision Melt Analysisソフト ウェアで使用 するサンプルプロト コルファ
イルが格 納されています。

nPlates — サンプルプレート ファイルが格 納されています。

n

RealTimeProtocols – リアルタイムPCR解 析用 のサンプルプロト コルファイルが格 納 されています。

3.

実行 するランのタイプに対 応するプロト コルフォルダ(ConventionalProtocolsまたはRealTimeProtocols)を
開きます。

4.

任意 のプロト コルを選択 し、[Open (開 く)]をクリックします。
[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウでサンプルプロト コルが開 きます。

5.

[FIle (ファイル)] > [Save As (名 前 を付 けて保存 )]を選択し、プロト コルを新 しい名 前で保存 するか、新 しいフォルダに保 存 します。

既 存 のプロト コルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、次 のいずれかの操 作を行います。
n[File (ファイル)] > [Open (開く)] > [Protocol (プロト コル)]を選 択し、ターゲット プロト コルに移 動 してそのプロト コルを選 択し、[Open (開 く)]をクリックします。

nスタート アップウィザードを開 き、次のいずれかの操作を行 います。
o

表示 されたプロト コルを編 集 するには、[Edit Selected (選 択内容 を編集 )]をクリックします。

o

別の既存 のプロト コルを編集 するには、[Select Existing (既 存 のものを選 択 )]をクリックし、ター
ゲット ファイルに移動 します。

[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウでプロト コルが開 きます。
2.

[FIle (ファイル)] > [Save As (名 前 を付 けて保存 )]を選択し、プロト コルを新 しい名 前で保存 するか、新 しいフォルダに保 存 します。

ユーザーガイド | 105

第7章プロト コルの作 成

新 しいプロト コルの設 定
ヒント ：プロト コルファイルに必 須 パラメータが含まれている場合 (たとえば、既存 のプロト コルファイルを編 集している場 合 )、このセクションをスキップできます。プロト コルへのステップの追 加 (108ページ)に進 んでください。
新しいプロト コルファイルには、次 のパラメータが必要 です。
n

ブロックタイプn

選択 したブロックタイプのスキャンモード

n

リッドの温 度n

サンプル容量106 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成

ブロックタイプの設 定
CFX Maestro Dx SEは、ブロックタイプに基 づいて、グラジエント ステップの温度 増分値 を自動 的 に計 算します。
注 ：プロト コルエディターで設 定するプレート タイプは、リアクションモジュール内のプレート と同 じタイプでなけ
ればなりません。

ブロックタイプを設 定 するにはu[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウで、[Tools (ツール)] > [Gradient Calculator (グラジエント
計算 機)]を選択 し、表示 されるドロップダウンリスト で該当 するプレート タイプを選 択します。

選 択 したブロックタイプのスキャンモードの選 択
プロト コルのラン時間 を決 定するには、ターゲット のブロックタイプとスキャンモードを選 択 します。

ブロックタイプとスキャンモードを選 択 するにはu[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウで、[Tools (ツール)] > [Run time Calculator (ラン時 間計算機 )]を選 択し、表示されるドロップダウンリスト で該 当するプレート タイプとスキャンモードを選択 します。

リッド温 度 の調 整
CFX Maestro Dx SEでは、デフォルト のリッド温 度を次 のように設 定します。
n96ウェルおよびディープウェル機 器—105.0°C

n384ウェル機器 —95.0°C

必要 に応 じて、プロト コルのリッドヒーターのデフォルト 設 定を変 更したり、リッドヒーターをオフにしたりできます。

リッド温 度 を調 整 するには1.

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウで、[Settings (設定 )] > [Lid Settings (リッドの設 定)]を選択 します。
[Lid Settings (リッドの設 定 )]ダイアログボックスが表示されます。

2.

3.

次のいずれかを実 行 します。
n[User Defined (ユーザー定義 )]を選択 し、テキスト ボックスに温度値 を入力 します。

n[Turn Off Lid Heater (リッドヒーターオフ)]を選択 します。

[OK]をクリックして変更 を受け入れ、ダイアログボックスを閉 じます。

ユーザーガイド | 107

第7章プロト コルの作 成

サンプル容 量 の設 定
デフォルト では、CFX Maestro Dx SEは各ウェルのサンプル容 量 を25 µlに設 定 します。サンプル容 量は、ブロックのタイプによって異 なります。次に例 を示 します。
n96ウェルブロックの場 合は0〜50 µl

n384ウェルブロックの場合 は0〜 30 µl

機器 は、2つの温 度 制 御モードのいずれかを使用して、プロト コルでサンプルがターゲット 温 度に到 達 したタイミ
ングを判断 します。
n

計 算 モード — サンプル容 量がブロックに適 したゼロ以 外 の容量 に設定されている場 合、機器 はサンプル
容量 に基 づいてサンプル温 度 を計算 します。これが標準 モードです。

nブロックモード — サンプル容 量 がゼロ(0) µlに設 定されている場合、機器 は測 定 されたブロック温度 をサン
プル温 度 として記 録します。

特 定 のブロックのサンプル容 量 を設 定 するにはu[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウのツールバーで、[Sample Volume (サンプル容量 )]テキスト ボックスに正 しい値 を入 力 します。

ヒント ：デフォルト のサンプル容 量 は、[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスで変更 できます。デフォルト のファイル設 定 の変 更(83ページ)を参照 してください。

プロト コルへのステップの追 加
プロト コルにステップを追 加 するには
1.

[Protocol Editor (プロト コルエディター)]ウィンドウでプロト コルを開 きます。

2.

新しいステップを挿 入 する位 置 を決 めます。ツールバーの[Step (ステップ)]ドロップダウンリスト から[Before(前)]または[After (後 )]を選 択します。

3.

グラフで、新 しいステップを前 または後に挿入 するステップを選択 します。

4.

左側 のペインで、[Insert Step (ステップの挿 入)]をクリックします。

5.

温度 または保持 時間 を変 更 するには、グラフまたはプロト コルのアウト ラインのデフォルト 値 をクリックし、新
しい値 を入 力 します。

6.

(オプション)左 側のペインで、[Step Options (ステップオプション)]をクリックして[Step Options (ステップオプション)]ダイアログボックスを表 示し、選 択したステップで使用 可 能なオプションを変 更します。
ヒント ：グラフペインまたはプロト コルのアウト ラインペインのいずれかを右 クリックして表示 されるメニュー
でも、[Step Options (ステップオプション)]ダイアログボックスにアクセスできます。

7.

[OK]をクリックし、[Yes (はい)]をクリックしてプロト コルの変 更 を保存 します。

108 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスが表示されます。
8.

[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスで、新しいプロト コルファイルの名 前を入 力 し、[Save (保存)]をクリックします。

グラジエント ステップの挿 入
グラジエント ステップを挿 入 するには
1.

グラジエント のプレート サイズが機 器 のブロックタイプ(96ウェル、384ウェル、またはディープウェル)と同 じであることを確 認 します。

2.

グラジエント のプレート サイズを選 択 します(まだ選 択していない場合 )。
[Tools (ツール)] > [Gradient Calculator (グラジエント 計 算機)]を選択 し、ドロップダウンリスト から該 当 する
ウェルタイプを選択 します。

3.

ツールバーの[Insert Step (ステップの挿 入)]ドロップダウンリスト から[Before (前 )]または[After (後 )]を選 択 します。

4.

グラフまたはアウト ラインペインで、グラジエント ステップを前または後に挿 入 するステップを選 択 します。

5.

左側 のペインで、[Insert Gradient (グラジエント の挿入 )]をクリックします。新 しいグラジエント ステップが、グラフとアウト ラインペインで強 調表 示 されます。次 に例を示します。

ユーザーガイド | 109

第7章プロト コルの作 成

右側 のペインの[Gradient (グラジエント )]表に、グラジエント の各 行の温度が表 示されます。
6.

グラジエント 温度 の範 囲を編 集 するには、次のいずれかの操作 を行 います。
n

グラフまたはアウト ラインペインでデフォルト の温度 をクリックし、新 しい温 度 を入力 します。

n

[Step Options (ステップオプション)]をクリックし、[Step Options (ステップオプション)]ウィンドウにグラジエ
ント 範 囲 を入力 します。

n[Gradient (グラジエント )]表 で[Range (範 囲)]の値 を変更 します。

7.

保持 時間 を編 集 するには、グラフィックビューまたはテキスト ビューでデフォルト の時 間をクリック、新 しい時
間を入 力します。

8.

[OK]、[Yes (はい)]の順 にクリックして変更 を保 存します。

GOTOステップの挿 入
注 ：GOTOセット 内 にGOTOステップを挿入 することはできません。また、ネスト されたGOTOループを作 成することもできません。

GOTOステップを挿 入 するには
1.

ツールバーの[Insert Step (ステップの挿 入)]ドロップダウンリスト から[Before (前 )]または[After (後 )]を選 択 します。

2.

グラフで、GOTOステップを前または後 に挿入 するステップを選択します。

3.

左側 のペインで、[Insert GOTO (GOTOの挿入)]をクリックします。

4.

GOTOステップ番 号 またはGOTOの繰 り返 し回 数を編 集するには、グラフまたはアウト ラインペインでデフォ
ルト の番 号 を選 択 し、新 しい値 を入 力します。

5.

[OK]、[Yes (はい)]の順 にクリックして変更 を保 存します。

融 解 曲 線 ステップの挿 入
ヒント ：GOTOループ内 に融 解 曲線 ステップを挿 入することはできません。
注 ：融解曲 線 ステップには、ステップの開 始時に30秒の保持 時間 が含まれます。この時間 はプロト コルには示 されません。

融 解 曲 線 ステップを挿 入 するには
1.

ツールバーの[Insert Step (ステップの挿 入)]ドロップダウンリスト から[Before (前 )]または[After (後 )]を選 択 します。

2.

グラフで、融 解 曲 線ステップを前 または後に挿入 するステップを選択します。

110 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成

3.

左側 のペインで、[Insert Melt Curve (融 解曲 線の挿 入)]をクリックします。新 しい融解 曲線 ステップが、グラフとアウト ラインペインで強 調表 示 されます。次 に例を示します。

4.

融解 温度 の範 囲 または増分 時 間を編集 するには、グラフまたはアウト ラインペインでデフォルト の数 値 を選択 し、新 しい値 を入 力 します。

5.

[OK]、[Yes (はい)]の順 にクリックして変更 を保 存します。

ユーザーガイド | 111

第7章プロト コルの作 成

プレート リードステップの追 加 または削 除
ヒント ：プレート リードコマンドをステップに追加した後 は、ステップを選 択する際 のボタンが[Remove Plate
Read (プレート リードの削 除)]に変 わります。

ステップにプレート リードを追 加 するには
1.

ツールバーの[Insert Step (ステップの挿 入)]ドロップダウンリスト から[Before (前 )]または[After (後 )]を選 択 します。

2.

グラフで、プレート リードステップを前または後に挿 入 するステップを選択します。

3.

左側 のペインで、[Add Plate Read to Step (プレート リードをステップに追加 )]をクリックして、選択 したステップにプレート リードを追 加します。

4.

[OK]、[Yes (はい)]の順 にクリックして変更 を保 存します。

ステップからプレート リードを削 除 するにはuグラフで、プレート リードを削 除 するステップを選 択 し、左 側のペインで[Remove Plate Read (プレート リードの削 除)]をクリックします。

ステップオプションの変 更
選 択 したステップのステップオプションを変 更 するには1.

グラフまたはアウト ラインペインでターゲット ステップを選 択 します。

2.

左側 のペインで、[Step Options (ステップオプション)]をクリックして[Step Options (ステップオプション)]ダイア
ログボックスを開 きます。
または、いずれかのペインでターゲット ステップを右 クリックし、表示されるメニューで[Step Options (ステップオプション)]を選 択 します。

3.

オプションを追 加、変 更 、または削除 するにはn

該当 するテキスト ボックスに値を入 力します。

n

特定 のテキスト ボックス内 の値 を編 集します。

nチェックボックスをオンまたはオフにします。

4.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[Step Options (ステップオプション)]ダイアログボックスを閉じます。

5.

[OK]、[Yes (はい)]の順 にクリックして、プロト コルを保存 します。

112 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プロト コルエディターでのプロト コルの作 成

ステップの削 除重 要 ：この機能 を使 用 して行 った操 作を元 に戻 すことはできません。ステップを削 除 する際 には注意 が必要です。

プロト コルからステップを削 除 するには1.

グラフまたはアウト ラインペインでステップを選 択します。

2.

左側 のペインで、[Delete Step (ステップの削 除)]をクリックして、選 択したステップを削 除します。

3.

[OK]、[Yes (はい)]の順 にクリックして、プロト コルを保存 します。

プロト コルのコピー、エクスポート 、または印 刷
プロト コルをコピーするにはu

プロト コルのアウト ラインを右クリックし、[Copy Protocol (プロト コルのコピー)]を選 択 します。
アウト ラインを.txt、.xls、.doc、または.pptファイルに貼 り付 けることができます。

プロト コルをエクスポート するには1.

プロト コルのアウト ラインを右クリックし、[Export Protocol (プロト コルのエクスポート )]を選 択 します。
[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスが表示されます。

2.

(オプション) Windowsエクスプローラーで、プロト コルファイルを保存 するフォルダに移動 します。

3.

[File name (ファイル名 )]に、エクスポート するプロト コルファイルの名 前 を入力 します。

4.

[Save (保存 )]をクリックします。

プロト コルを印 刷 するにはu

プロト コルのアウト ラインを右クリックし、[Print (印 刷)]を選択します。
プロト コルのアウト ラインをデフォルト のプリンターに印刷 できます。

ユーザーガイド | 113

第7章プロト コルの作 成Protocol AutoWriterを使 用 したプロト コルの作 成
重 要 ：Bio-Radは、Protocol AutoWriterを使用して作 成されたプロト コルを実 行して常にPCR生成 物 が得られることを保 証 していません。
CFX Maestro Dx SEのProtocol AutoWriterは、次の入力 パラメータに基 づいてサイクルプロト コルを自動 的 に
生成 します。
n

Amplicon length (アンプリコンの長 さ) — PCR生 成物の予測 される長 さnAnnealing temperature (アニーリング温 度 ) — 使用するプライマーの反応 Ta
Taが不明 な場合 は、Ta計 算機 を使 用 して、プライマー配 列に基 づく値を自 動 的に計 算 できます。
注 ：Taは、選 択 されている酵素 およびプロト コル速 度に基づくプライマーの融解 温 度( Tm) 情報 により調整 されます。

n

Enzyme type (酵 素 タイプ) — DNAポリメラーゼ酵素 (iTaq、iProof DNAポリメラーゼ、またはその他 )iTaqまたはiProofDNAポリメラーゼ以外 の酵 素 を使用 する場 合、グラジエント 範 囲、ホット スタート 活性 化
時間 (秒 単 位 )、最 終 伸 長 時間 (秒 単位)などの追 加情報 を入 力できます。

n

Run speed (ラン速 度 ) — 反 応速 度 (標準、高 速、または超高 速)Protocol AutoWriterは、選 択 されている速度 設定 に応じてプロト コルを最適 化します。合 計 ラン時間 は、
ステップやサイクルの数 、各 ステップでのインキュベーション時間 、およびターゲット 温度 で一 定 になるまでの
時間 により決まります。

入力 されたパラメータと標 準 PCRガイドラインに従 って、Protocol AutoWriterは、ホット スタート 、初 期 変性 、アニーリング、および伸 長の各ステップを含 むカスタマイズされたPCRプロト コルを自 動的 に生 成 します。生 成された推奨プロト コルをグラフで表 示 して、プロト コルを編集 、実 行、または保 存できます。

114 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Protocol AutoWriterを使用 したプロト コルの作 成

CFX Maestro Dx SEのProtocol AutoWriterを使 用 して新 しいプロト コルを作 成 するには1.

ホームウィンドウで、[Tools (ツール)] > [Protocol AutoWriter]を選択します。
[Protocol AutoWriter]ダイアログボックスが表 示されます。

2.

[Enter Target Values/Enzyme (ターゲット 値/酵素 の入 力 )]セクションで、次 の操 作 を行います。
n

プライマーのアニーリング温 度(Ta)を入力します(既知 の場 合 )。
ヒント ：詳細 については、Ta計 算機の使 用 (116ページ)を参 照してください。
注 ：Ta計 算 機 で使 用される計 算 については、Breslauer et al.1986を参 照 してください。

n

アンプリコンの長 さを塩 基対 (bp)で入 力 します。

n

オプションのリスト から酵素 タイプを選択します(iTaq DNAポリメラーゼ、iProof DNAポリメラーゼ、またはその他 )。
ヒント ：酵素 タイプとして[Other (その他)]を選 択すると、[Additional Parameters (Optional) (追加パラメータ(オプション))]セクションのパラメータがアクティブになります。

3.

酵素 タイプとして[Other (その他 )]を選 択した場合 は、次 のパラメータのいずれかまたはすべてをプロト コルに追加 できます。
n

Gradient range (グラジエント 範 囲)n

Hot start activation temperature (ホット スタート 活性 化温 度 )nFinal extension time (最終 伸 長時間 )ユーザーガイド | 115

第7章プロト コルの作 成

4.

[Type (タイプ)]セクションで、スライダーを動かしてプロト コル速 度( 標 準、高速 、または超 高速 ) を選 択しま
す。CFX Maestro Dx SEが合 計ラン時 間を調整 します。

5.

実施 するPCRのタイプを選択 します(デフォルト は[Real-time PCR (リアルタイムPCR)])。
リアルタイムPCRでは、CFX Maestro Dx SEが蛍 光データを収 集するためのプレート リードステップを追 加
します。

6.

[Preview (プレビュー)]セクションで、プロト コルを確 認 します。必 要に応じて変 更 を加えることができます。

7.

次のいずれかを実 行 します。
n[OK]をクリックして、新 しいプロト コルを保 存します。保存 すると、スタート アップウィザードでプロト コルが開きます。プロト コルに変 更を加 えるには、[Edit Selected (選択内 容 を編 集 )]をクリックします。たと
えば、リッド温 度やサンプル容 量 を変更 しなければならない場 合があります。

n

プロト コルを保 存せずにウィンドウを閉 じるには、[Cancel (キャンセル)]をクリックします。

Ta計 算 機 の使 用プライマーのアニーリング温 度 が不明 な場 合は、Ta計 算機を使 用 して値を計 算できます。計 算 された値 を使用して、Protocol AutoWriterまたはプロト コルエディターでプロト コルを作 成できます。

Ta計 算 機 の概 要
Ta計算機 は、各プライマーのTm値 に加え、標準 速度 でのプロト コルのTa値 を計算 します。
プロト コルのTa値は、プライマーの平 均 Tm値 に基づき、次のルールを適用 して計 算されます。
n

プライマーのTm値 の差が4°Cよりも小 さい場 合 、Ta = (2つのプライマーTm値の低 いほう + 2) – 4°CnTm値 の差 が≤4°Cの場合 、Ta = (プライマーの平均 Tm値 ) – 4°C

塩 基 対 のカウント 方 法
Ta計算機 はプライマーごとに、14個以 下 の塩 基対 ( bp) 配列に対 して次 の塩 基対 カウント 方 法を適用 します。
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
ここで、w、x、y、zはそれぞれ、配 列内 の塩 基A、T、G、Cの数です。

最近傍法
14 bpより長 い配 列 には、最 近 傍法 が使用 されます。最 近 傍法 では、融 解温 度 の計 算は、エント ロピー(オリゴヌクレオチドのランダム性のオーダーまたは尺度)、エンタルピー(オリゴヌクレオチドにより放出 または吸収 される
熱量 )、自 由エネルギー、および温 度 の間 の熱 力学的 関係 に基づいています。

116 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Ta計算 機の使 用∆H = ∆G + T* ∆S
説明 :n∆H = エンタルピー値 (Cal/Mole*K)n

T = 温 度(ケルビン)n∆S = エント ロピー値(Cal/Mole*K)n∆G = ギブス自 由 エネルギー(Cal/Mole*K)

エント ロピーとエンタルピーの変 化は、表 8に示すヌクレオチドペアの値を加 算 することで直接 計算 されます
(Breslauer et al.1986)。
平衡 状態 の自 由 エネルギーと反応 物 および生成 物の濃度 の間 の関 係 は、次の式 によって計 算されます。
∆G = R*T*ln ((DNA * プライマー)/(DNA + プライマー))
ここで、Rは気 体 定 数(1.986 Cal/Mole*K)です。
2つの式 にGを代 入し、Tを次 の式 で算 出 します。
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * プライマー)/(DNA + プライマー)))
ここでは、DNAの濃 度とDNAプライマー複 合 体 の濃 度 が等 しいと仮 定 しています。
単鎖 からＢ型 構 造 DNAへの遷移 時 に、5 kcalの自由 エネルギー( 3.4 kcal) の変化があることが実験 で判 明 しています( Sugimoto et al.1996) 。これは、へリックス開 始 エネルギーであると推 定 されます。最 後 に、塩の調 整を追加 して、Ta 計 算 機で次 の式を使 用します。
T = (∆H – 5(KCal/K*Mole))/(∆S + (R * ln(1/(プライマー)))) + 16.6 log10 (塩 のモル濃度 )多様 なパラメータが1 M NaClで決 定 されており、1のlog10 はゼロであることから、塩の濃 度 に調 整 用 定 数は必要ありません。
熱力 学的 計 算では、アニーリングはpH 7.0で生じると仮定 しています。Tmの計算 では、配 列 は対 称的 ではな
く、ＧまたはＣの少 なくとも一 方 を含むと仮 定しています。
妥当 なTm値を得 るためには、オリゴヌクレオチドの配列 が少なくとも14個 の塩 基からなるものでなければなりません。塩 基 が14個 未 満の場 合には、塩基 ペアカウント 方法 を使用します( 以下 の表 8を参照 ) 。
表 8. Breslauerの相 互 作 用 定 数

相互作用

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9.1

24

1.5

AT

TA

8.6

23.9

1.5

ユーザーガイド | 117

第7章プロト コルの作 成

表 8. Breslauerの相 互 作 用 定 数 、続 き

相互作用

∆H

∆S

∆G

AC

TG

6.5

17.3

1.3

AG

TC

7.8

20.8

1.6

TA

AT

6

16.9

0.9

TT

AA

9.1

24

1.9

TC

AG

5.6

13.5

1.6

TG

AC

5.8

12.9

1.9

CA

GT

5.8

12.9

1.9

CT

GA

7.8

20.8

1.6

CC

GG

11

26.6

3.1

CG

GC

11.9

27.8

3.6

GA

CT

5.6

13.5

1.6

GT

CA

6.5

17.3

1.3

GC

CG

11.1

26.7

3.1

GG

CC

11

26.6

3.1

118 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Ta計算 機の使 用

Ta計 算 機 の使 用
Ta計 算 機 を使 用 するには1.

Ta計算 機 を開 くには、次のいずれかの操 作を行います。
n

現在 Protocol AutoWriterを開いている場合 は、[Ta Calculator (Ta計 算 機)]をクリックします。

n

ホームウィンドウで、[Tools (ツール)] > [Ta Calculator (Ta計 算機 )]を選択 します。

[Ta Calculator (Ta計算 機 )]ダイアログボックスが表 示されます。

2.

[Forward Primer (フォワードプライマー)]テキスト ボックスに、フォワードプライマーの配 列 を入 力 するか貼り付けます。
ヒント ：ダイアログボックスの左 側にある[A]、[T]、[G]、[C]の各ボタンを使 用 して配 列を入 力 することも
できます。

3.

[Reverse Primer (リバースプライマー)]テキスト ボックスにリバースプライマーの配列 を入 力するか貼 り付 けます。

4.

[Calculate (計算 )]をクリックします。

ユーザーガイド | 119

第7章プロト コルの作 成Ta計 算機 により、各 プライマーのTm値および平均 Tm値 と平 均Ta値が計算 されて表 示 されます。以 下に例を示 します。

プライマーTm値 の差 が4°Cを超 えている場合、Protocol AutoWriterは低い方 のプライマーTm値 + 2°Cを基礎 としてTa値 を計 算 します。この値はさらに、酵 素と反応 速度 を変更することによって修 正 できます。
Ta計 算機 は、iTaqDNAポリメラーゼでの標 準 速 度を対 象としたアニーリング温 度 を生成 します。異 なる酵
素を使 用する場 合、速 度設 定によりTa値 が自動 的に調整 されます。
5.

次のいずれかを実 行 します。
nProtocol AutoWriterからTa計 算機を開 いた場合 は、[OK]をクリックします。Protocol AutoWriterが再表示 されます。アニーリング温 度 は自動的 に修 正されます。

n[Tools (ツール)]メニューからTa計 算機 を開いた場 合は、計算結果 を記録し、[Cancel (キャンセル)]をクリックして計算 機 を閉じます。

120 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 8章プレート の準 備
プレート ファイルには、ランパラメータに関 する情報(スキャンモード、蛍光 色 素、ウェルの内 容など)が含 まれています。ランが完了 すると、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアはラン実行 中 に収集 された蛍光 データにウェルの内容をリンクして、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウで該 当 する解析を適 用 します。たとえば、標 準 サンプル
タイプがロードされたウェルは、検量 線を生成 するために使 用されます。
CFX Maestro Dx SEには、プレート を作 成 するための2つのオプションがあります。これは、リアルタイムPCRラン
用のプレート エディターと、正 規 化遺 伝 子 発現 解析 用のセット アップウィザードです。
プレート エディターには、次の機 能が備 わっています。
nプレート のウェルに割 り当 てる標準 の蛍 光色 素およびサンプルタイプn

遺伝 子発 現 解析 用のリファレンスターゲット と対照 サンプルを設 定する機 能nランの実 行 前 、実 行 中、または実 行後 にプレート の設 定を編集 する機 能n

再利 用できるようにプレート ファイルを保存する機能

nプレート ファイルをデフォルト のプリンターで印 刷する機能

セット アップウィザードでは、ガイドに従 って正規化 遺伝 子 発現 解析 用のプレート レイアウト を作 成できます。
セット アップウィザードは、ランの実 行 前、実 行 中 、実行 後でも使用できます。

ユーザーガイド | 121

第8章プレート の準 備

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウプレート エディターを使 用 して、カスタムプレート を作 成したり、既 存 のプレート を変 更したりします。

凡例
1.

メニューバーから、[File (ファイル)]および[Settings (設 定)]メニューのコマンドや、プレート 編集 用 ツー
ルのオプションにすばやくアクセスできます。

2.

ツールバーを使 用 すると、重 要 なプレート ローディング機 能にすばやくアクセスできます。

3.

メインペインには、プレート アウト ラインと、プレート に適 用 するオプションが表示 されます。

4.

右 側 のペインには、プレート をカスタマイズするために使用 するオプションが表 示 されます。

5.

下 部 のペインには、プレート タイプが表示 されます。ここからすばやく表 示 オプションにアクセスできます。

[File (ファイル)]メニューのコマンド
Save (保 存 ) — プレート データファイルを、[User Preferences (ユーザー設定)]ダイアログボックスの[File (ファイル)]タブで指定 した場 所 に保存 します。詳 細については、デフォルト のファイル設 定の変更 (83ページ)を参 照 してください。このメニュー項 目 は、新 しいプレート ファイルの作成 時にのみ使 用できます。
Save As (名 前 を付 けて保 存 ) — 開いているプレート データファイルに新 しい名 前を指定 して保 存 します。この
メニュー項目 は、新 しいプレート ファイルの作成時 にのみ使用 できます。

122 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウ

File Passwords (ファイルパスワード) — ファイルを保存する際および開く際 に使 用するパスワードを設 定できます。
Extract Plate (プレート の抽 出 ) — プレート ファイル(.pltd)を抽 出/保存するためのダイアログボックスを開きます。このメニュー項 目を使 用できるのは、既存 のプレート ファイルを表 示または編集 する場 合のみです。
Print (印 刷 ) — 開 いているプレート データファイルを印刷 します。
Close (閉 じる) — プレート エディターを閉 じます。

[Edit (編 集 )]メニューのコマンド
Undo (元 に戻 す) — プレート ファイルが保 存 されるまで、プレート ファイルへの変 更 を元 に戻 します。
Redo (やり直 し) — プレート ファイルが保 存されていない限 り、最後 の元 に戻 す操 作 を取り消します。

[Settings (設 定 )]メニューのコマンド
Plate Size (プレート サイズ) — ランに使用 するプレート サイズを選択するためのダイアログボックスを開きます。
注 ：プレート サイズは、ランが実 行される機器 でのブロックサイズと同 じでなければなりません。
以 下 の機 器 の場 合 は96ウェルを選 択 してください。
n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

以 下 の機 器 の場 合 は384ウェルを選 択 してください。
n

CFX Opus 384 Dx

Plate Type (プレート タイプ) — サンプルを保 持するプレート 内 のウェルのタイプを選 択 できます(BRホワイト またはBRクリア)。正 確 なデータ解 析 を行 うには、ランで使用 したプレート と同じプレート タイプを選 択する必要 があります。
注 ：新しいプレート タイプでは、キャリブレーションが必 要となります詳 細 については、新しい色素 のキャ
リブレーション(75ページ)を参 照してください。
Number Convention (数 値 表 記 ) — 単 位 を指数 表記で表示 するオプションを選択 または選択 解 除できます。デフォルト では、単 位は指 数表 記 で表示されます。
Units (単 位 ) — 検 量 線から不 明サンプルの定 量を行う際にスプレッドシート に表 記する単位 を選 択できます。

ユーザーガイド | 123

第8章プレート の準 備

[Editing Tools (編 集 ツール)]メニューのコマンド
Setup Wizard (セット アップウィザード) — セット アップウィザードを開 きます。このウィザードで、現在 のプレート のレイアウト と解析 パラメータを定 義できます。セット アップウィザードは、ランの実行 前 、実 行中 、実行 後でも使用できます。
Spreadsheet View / Importer (スプレッドシート ビュー/インポーター) — [View (表示 )]ダイアログボックスを開 きます。このダイアログボックスには、プレート レイアウト がスプレッドシート 形 式 のテンプレート として表示 されます。
このダイアログボックスを使 用 して、プレート テンプレート データを.csv形 式 でエクスポート またはインポート できます。
Flip Plate (プレート の反 転 ) — プレート の内容を180°反 転します。

ツールバーのコマンドプレート への変 更を元 に戻 します。CFX Maestro Dx SEでは、最 大10個 の元 に戻す操 作 がサポート されます。
最 後 の元 に戻 すアクションを取 り消 します。CFX Maestro Dx SEでは、最 大10個のやり直 し操 作がサポート されます。
現 在 のプレート ファイルを保存 します。

プレート の表 示 倍 率を増 減 するためのドロップダウンリスト を表 示 します。
スキャンモードを選 択 するためのドロップダウンリスト を表 示 します。スキャン
モードによって、ラン実 行 中 にどのチャンネルから蛍光 色 素 データを収 集 するかを機 器 に指 示します。
ウェルグループマネージャーを開きます。これを使 用 して、現 在 のプレート のウェルグループを作 成 できます。
増 幅 ト レースに使 用 する色 と記 号 を選 択 するためのダイアログボックスを表示 します。
[View (表示 )]ダイアログボックスを開 きます。このダイアログボックスには、プ
レート レイアウト がスプレッドシート 形 式 のテンプレート として表示 されます。このダイアログボックスを使用 して、プレート テンプレート データを.csv形 式でエク
スポート またはインポート できます。
セット アップウィザードを開 きます。このウィザードで、現 在 のプレート のレイアウ
ト と解析 パラメータを定 義 できます。セット アップウィザードは、ランの実 行 前 、
実 行 中、実 行 後 でも使 用できます。

124 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウ[User Preferences (ユーザー設 定 )]ダイアログボックスの[Plate (プレート )]タブを開きます。このタブで、プレート レイアウト のパラメータを定 義したり、ターゲッ
ト 名、サンプル名 、および生 物 学 的 グループ名 を作成 または削 除 したりできます。[Plate (プレート )]タブで行 った変 更は、次にプレート エディターを開 くときに適 用されます。
プレート の設 定 とウェルのロードに必 要なステップを表示 します。

ユーザーガイド | 125

第8章プレート の準 備

プレート エディターを使 用 したプレート ファイルの作 成
プレート エディターを使 用 して、カスタムプレート ファイルを作 成できます。以前に保 存 したプレート ファイルまたは
CFX Opus Dxシステムに付 属 のサンプルプレート ファイルを編集 して保存することもできます。
新しいプレート ファイルを作 成 するには、次 の手 順に従 います。
nプレート エディターでプレート ファイルを開きます。

nプレート タイプを選 択 します。
注 ：プレート ファイルに設 定 するプレート タイプは、リアクションモジュール内のプレート と同じでなければなりません。

n

プロト コルで使用 するスキャンモードを選択します。

nプレート で使 用 する蛍 光 色 素を選択 します。

n

サンプルタイプ、ターゲット 、およびサンプルを選 択 します。

n

必要 に応 じて、技 術 レプリケート を選 択します。

nプレート レイアウト を保存します。

ヒント ：以前 に保 存したプレート ファイルまたはサンプルプレート ファイルを使 用して新しいプレート を作成 するには、プレート エディターで既 存のプレート ファイルを開 く(128ページ)を参照してください。

プレート エディターで新 しいプレート ファイルを開 く
CFX Maestro Dx SEでは、次 の方法 で新 しいプレート ファイルを開 くことができます。
n

ホームウィンドウを使 用n[Startup Wizard (スタート アップウィザード)]ダイアログボックスを使 用

n[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスを使 用

ホームウィンドウから新 しいプレート ファイルを開 くにはu[File (ファイル)] > [New (新 規)] > [Plate (プレート )]を選択 します。
[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウが開 き、選択 されている機器 のデフォルト のプレート ファイルが表示 されます。
ヒント ：デフォルト のプレート ファイルを設定 する方 法については、デフォルト のファイル設 定 の変更 (83ページ)を参照 してください。

126 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート エディターを使用 したプレート ファイルの作 成スタート アップウィザードから新 しいプレート ファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、スタート アップウィザードが表示 されていない場合 は、次のいずれかの操 作 を行 ってウィザードを開 きます。
n[View (表示 )] > [Startup Wizard (スタート アップウィザード)]を選 択します。

n

ツールバーの[Startup Wizard (スタート アップウィザード)]をクリックします。

2.

必要 に応 じて、ドロップダウンリスト から機器タイプを選択します。

3.

新しいプレート を作 成 するには、ランタイプとして[User-defined (ユーザー定義 )]をクリックします。
[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスが開 き、[Protocol (プロト コル)]タブが表示 されます。

4.

[Plate (プレート )]タブをクリックし、[Create New (新 規作成 )]をクリックします。
[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウが開 き、選択 されている機器 のデフォルト のプレート レイアウト
が表示 されます。

[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスから新 しいプレート ファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、次 のいずれかの操 作を行 って[Run Setup (ランの設定)]ダイアログボックスを開きます。
n[Run (ラン)] > [User-defined Run (ユーザー定 義ラン)]を選択します。

n

ツールバーの[User-defined Run Setup (ユーザー定義 ランの設 定)]をクリックします。

[Run Setup (ランの設 定 )]ダイアログボックスが開 き、[Protocol (プロト コル)]タブが表示 されます。
2.

新しいプレート を作 成 するには、[Plate (プレート )]タブをクリックし、[Create New (新 規 作成 )]をクリックします。
[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウが開 き、選択 されている機器 のデフォルト のプレート レイアウト
が表示 されます。

ユーザーガイド | 127

第8章プレート の準 備

プレート エディターで既 存 のプレート ファイルを開 く
CFX Maestro Dx SEに用 意されているサンプルプレート ファイルを編集して、新 しいプレート として保 存できます。また、以前 に保 存したプレート ファイルから新 しいプレート ファイルを作 成 することもできます。

サンプルプレート ファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、[File (ファイル)] > [Open (開く)] > [Plate (プレート )]を選択 します。
WindowsエクスプローラーでCFX Opus Dxシステムサンプルファイルフォルダが開 きます。

2.

サンプルファイルフォルダを開き、その中 にある[Plates (プレート )]フォルダを開 きます。

3.

プレート ファイルを選 択 し、[Open (開 く)]をクリックします。
サンプルプレート ファイルが[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウで開 きます。

4.

[File (ファイル)] > [Save As (名 前を付 けて保存)]を選 択し、プレート ファイルを新 しい名 前で保存 するか、
新しいフォルダに保 存します。

以 前 に保 存 したプレート ファイルを開 くには
1.

ホームウィンドウで、次 のいずれかの操 作を行います。
n[File (ファイル)] > [Open (開く)] > [Plate (プレート )]を選 択し、ターゲット プレート に移動 してそのプレー
ト を選 択 し、[Open (開 く)]をクリックします。

nスタート アップウィザードを開 き、次のいずれかの操作を行 います。
o

既存 のプレート ファイルを編 集 するには、[Select Existing (既存 のものを選択 )]をクリックし、ター
ゲット ファイルに移動 します。

o

表示 されたプレート ファイルを編集するには、[Edit Selected (選択内 容を編 集 )]をクリックします。

ターゲット プレート が[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウで開きます。
2.

[File (ファイル)] > [Save As (名 前を付 けて保存)]を選 択し、プレート ファイルを新 しい名 前で保存 するか、
新しいフォルダに保 存します。

128 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート エディターを使用 したプレート ファイルの作 成

新 しいプレート ファイルの設 定
ヒント ：プレート ファイルに必須 パラメータが含まれている場 合 (たとえば、サンプルプレート ファイルまたは既存のプレート ファイルを編集 している場合 )、このセクションをスキップできます。プレート ファイルへのオプショ
ンパラメータの割 り当 て (137ページ)に進 んでください。
新しいプレート ファイルには、次 のパラメータが必要です。
nPlate size (プレート サイズ)n

Plate type (プレート タイプ)n

スキャンモードn

1つの蛍 光 色 素 (色 素 )n

1つのサンプルタイプ

プレート のサイズとタイプの選 択
重 要 ：プレート の設定 時 にプレート サイズを選択 する必 要があります。ランの実行中 や実 行後 にプレート
サイズを変更 することはできません。
ランの実 行中 に、ソフト ウェアによってプレート サイズとタイプがすべてのウェルに適 用 されます。必 ず、ランで使用するプレート と同 じプレート サイズを選 択 してください。
Bio-RadのCFX Opus Dxシステムは、工 場出荷 時 にさまざまな蛍 光色 素 とプレート の組 み合わせに対してキャ
リブレーションされています。キャリブレーションは、機 器、色 素 、およびプレート タイプに固 有 です。使 用する予定の蛍光 色素 が、選択 するプレート タイプに対してキャリブレーションされていることを確 認 してください。
ヒント ：機器 上 で色素 とプレート タイプの新 しい組み合 わせをキャリブレーションするには、[Tools (ツール)] >[Dye Calibration Wizard (色 素キャリブレーションウィザード)]を選択 します。色素とプレート タイプをキャリブ
レーションする方 法 については、新しい色素 のキャリブレーション(75ページ)を参照 してください。

スキャンモードの選 択
CFX Opus 96 DxシステムとCFX Opus Deepwell Dxシステムは、5つのチャンネル(およびFRET)での蛍光 色 素の励 起、検 出 を行 います。CFX Opus 384 Dxシステムは、4つのチャンネル(およびFRET)での蛍光 色素 の励
起、検出 を行います。いずれのシステムでも、ランの実行 中に蛍 光 データを収集 するために複 数のデータ取得
スキャンモードを使 用できるようになっています。
CFX Maestro Dx SEには、次 の3つのスキャンモードが用 意 されています。
n

All Channels (全チャンネル)o

CFX Opus 96 DxおよびCFX Opus Deepwell Dxシステム上 でチャンネル1からチャンネル5をスキャンします。

o

CFX Opus 384 Dxシステム上 でチャンネル1からチャンネル4をスキャンします。

ユーザーガイド | 129

第8章プレート の準 備nn

SYBR®/FAM
oチャンネル1のみをスキャンします。

o

高速 スキャンを行 います。

FRETo

FRETチャンネルのみをスキャンします。

o

高速 スキャンを行 います。

蛍 光 色 素 の選 択
重 要 ：CFX Opus Dxシステムはランを開 始 する前 に、プレート で指定されている蛍 光色 素 がその機 器 上でキャリブレーション済 みであることを確 認します。プレート にその機器 上でキャリブレーションされていない
蛍光 色素 が含 まれている場 合、ランを実 行 することはできません。
ランを実行 する前 に、1つ以 上の蛍 光色 素をプレート レイアウト にロードする必 要があります。この時点 で必 要
な数 だけ蛍 光 色素 を追加 できますが、プレート には少 なくとも1つの蛍 光色素 が含 まれている必要 があります。
選択 した蛍 光色 素は、[Target Names (ターゲット 名 )]にターゲット のオプションとして表 示されます。
[Select Fluorophores (蛍 光 色 素の選択 )]ダイアログボックスを使用 して、蛍 光色 素( またはプレート 色素 ) をプ
レート エディターのウェルローディングコント ロールにロードします。[Select Fluorophores (蛍光 色素 の選 択 )]ダイ
アログボックスに表示 される蛍 光 色 素 は、選 択 するスキャンモードによって異 なります。
n

All Channels (全チャンネル)利用 可能 なすべての蛍 光 色 素が表 示されます。
ヒント ：必要 な数 だけ蛍 光 色 素を追加 できますが、各 ウェルのチャンネルごとにロードできる蛍光 色 素は1つだけです。

nSYBR®/FAM
チャンネル1の蛍 光 色 素のみが表示 されます。

n

FRET
チャンネル6の蛍 光 色 素のみが表示 されます。
ヒント ：チャンネル6のFRET蛍 光 色素 は、スキャンモードとして[FRET]が選択 された場合 にのみ表 示
されます。[All Channels (全 チャンネル)]スキャンモードでは使用 できません。

注 ：[Select Fluorophore (蛍光 色 素の選択 )]ダイアログボックスで蛍光 色素 を直 接追 加 または削 除することはできません。色 素 キャリブレーションウィザードを使用 して、機器 上で新しい蛍光 色 素をキャリブレー
ションする必要 があります。キャリブレーション後、新しい蛍光 色 素がこのダイアログボックスのリスト に自動的に追加 されます。詳 細については、新しい色 素のキャリブレーション(75ページ)を参照 してください。

130 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート エディターを使用 したプレート ファイルの作 成

サンプルタイプの選 択
重 要 ：ランを実 行 する前 に、プレート ウェルに割り当 てるサンプルタイプを少 なくとも1つ選 択する必 要があります。
CFX Maestro Dx SEには、次 の5つのサンプルタイプが用意 されています。
nUnknown (不 明)nStandard (標準 )n

NTC (テンプレート なし対 照)nPositive Control (陽性対 照 )nNegative Control (陰性 対 照 )n

NRT (逆 転 写 なし)

サンプルタイプをプレート ウェルに割 り当 てます。

新 しいプレート の設 定
新 しいプレート を設 定 するには1.

[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウで新 しいプレート を開きます。

2.

プレート サイズを設 定 するには、[Settings (設 定)] > [Plate Size (プレート サイズ)]を選択 し、ドロップダウン
メニューから適切 なプレート サイズを選 択します。

3.

プレート タイプを設 定 するには、[Settings (設定)] > [Plate Type (プレート タイプ)]を選択 し、ドロップダウンメ
ニューから[BR White (BRホワイト )]または[BR Clear (BRクリア)]を選択 します。

4.

必要 に応 じて、[Settings (設 定)]メニューを使用 して数 値表 記と表示単 位を変 更 できます。
n

数値 表記 を変 更 するには、[Settings (設定 )] > [Number Convention (数 値 表記 )]を選 択 し、[Scientific Notation (指 数表 記 )]を選 択します。
ヒント ：デフォルト では[Scientific Notation (指 数表 記)]が選 択されています。この状態 で[Scientific Notation (指 数表 記 )]を選 択すると、デフォルト 設定 がクリアされて、数 値 表記 が標
準形 式に設 定 されます。

n5.

表示 単位 を変 更 するには、[Settings (設定 )] > [Units (単位)]を選択 し、新 しい単 位の値を選 択 します。

スキャンモードを設 定するには、[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウのツールバーにある[ScanMode (スキャンモード)]ドロップダウンリスト から適切 なスキャンモードを選 択 します。

ユーザーガイド | 131

第8章プレート の準 備

6.

プレート に必要 な蛍 光 色 素を選択 します。
a.

右側 のペインで、[Select Fluorophores (蛍 光色 素の選択 )]をクリックします。
[Select Fluorophores (蛍光 色 素の選 択)]ダイアログボックスが表 示されます。ステップ5で選 択したス
キャンモードのタイプで使 用 できる蛍 光色素 が表示 されます。次 に例 を示します。

b.

蛍光 色素 を選 択 するには、その蛍 光色素 の[Selected (選 択 済 み)]チェックボックスをオンにします。
ヒント ：リスト から蛍光 色 素を削 除するには、その蛍光色 素 の[Selected (選 択 済み)]チェックボッ
クスをオフにします。

c.

蛍光 色素 の表 示色 を変 更 するには、その蛍 光色素 の[Color (色)]ボックスをクリックします。
注 ：選択 した色 は、[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウと[Data Analysis (データ解 析 )]グ
ラフの両 方でその蛍 光色 素に適 用されます。

d.

[Color (色 )]ダイアログボックスで目的の色を選 択するか、[Define Custom Colors (カスタム色 の定義)]をクリックして、蛍 光 色素 を表 す新 しい色 を作 成します。

e.

[OK]をクリックして変 更を保存 し、[Select Fluorophores (蛍光 色素 の選 択 )]ダイアログボックスを閉 じます。

132 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート エディターを使用 したプレート ファイルの作 成

7.

サンプルタイプをロードするウェルを少 なくとも1つ選 択 する必 要があります。デフォルト では、ウェルA1が選択されています。
プレート ペインで、次 のいずれかの操 作 を行います。
n

隣接 する複 数のウェルをロードするには、1つのウェルをクリックしてターゲット のウェルまでドラッグします。

n

隣接 していない複 数 のウェルをロードするには、Ctrlキーを押 したまま各 ウェルをクリックします。

n

同じサンプルタイプを含むカラム全 体をロードするには、そのカラム番号 をクリックします。

n

行全 体をロードするには、その行番 号をクリックします。

nプレート 全体 をロードするには、プレート の左 上 隅をクリックします。

例：

ユーザーガイド | 133

第8章プレート の準 備

8.

[Sample Type (サンプルタイプ)]ドロップダウンメニューから、選択 した1つ以上のウェルに割り当 てるサンプル
タイプを選 択 します。

9.

サンプルタイプを含 むすべてのウェルに少 なくとも1つの蛍光 色素を割 り当 てます。ウェルまたはウェルのグ
ループに複数 の蛍光 色 素を割り当てることができます。
注 ：チャンネルごとに割 り当てることができる蛍 光色 素 は1つだけです。同 じチャンネルから同じウェルに
複数 の蛍 光色 素 を割 り当 てることはできません。
ヒント ：ターゲット を蛍 光 色 素に関 連 付けることも、この時 点 では蛍光色 素 のみをウェルに割 り当 てて、実 験のラン実 行後 にターゲット を蛍 光色素 に関連付 けることもできます。
n

選択 したウェルに蛍 光色 素 のみを割り当てるには、右 側 のペインの[Target Names (ターゲット 名 )]セクションで、割 り当 てる蛍光 色 素の[Load (ロード)]チェックボックスをオンにします。

nターゲット を蛍 光 色 素に関 連 付 けるには、[Target Names (ターゲット 名)]セクションで、対 象 の蛍 光
色素 のドロップダウンリスト からターゲット 名を選 択します。対応 する[Load (ロード)]チェックボックスが自動 的にオンにされます。

10. 標準 サンプルタイプを含むウェルについては、濃度 をロードする必 要 があります。ウェルごとに濃度 値を変 えることができます。デフォルト では、CFX Maestro Dx SEは標準 サンプルタイプを含 むすべてのウェルに、
1.00E + 06の濃 度をロードします。必 要に応じて値 を変更できます。
a.

プレート ペインで、標準 ウェルまたはウェルのグループを選択 します。

b.

[Concentration (濃 度 )]セクションで[Load (ロード)]をクリックして、選択 した1つ以 上 のウェルに値 をロードします。

c.

(オプション)別 の濃 度 をロードするには、[Concentration (濃 度 )]テキスト ボックスに新しい値を入 力 して、Enterキーを押 します。

d.

標準 サンプルタイプを含むすべてのウェルに対してこの手順 を繰り返します。

134 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート エディターを使用 したプレート ファイルの作 成

ヒント ：すべての標 準ウェルに同 じ濃度をロードする場合は、ドロップダウンリスト の[Concentration (濃 度 )]値 の下 に[All (すべて)]と表示 されていることを確認 します。特 定 の蛍光色素 を含むすべてのウェルに同 じ濃度値 をロードするには、ドロップダウンリスト をクリックして蛍 光
色素 を選択 します。
11. [OK]をクリックして、新 しいプレート を保存 します。

ユーザーガイド | 135

第8章プレート の準 備

[Plate Editor (プレート エディター)]ツールの右 クリックメニュー項 目
表9に、[Plate Editor (プレート エディター)]ツール内 で任意のウェルを右 クリックすると使 用できるメニュー項 目 を
記載 します。このメニューは、[Spreadsheet View/Importer (スプレッドシート ビュー/インポーター)]にも表 示 されます。
表 9. [Plate Spreadsheet View / Importer (プレート スプレッドシート ビュー / インポーター)]ツー
ルの右 クリックメニュー項 目

項目

機能

Copy (コピー)

スプレッドシート 全 体 をコピーします。

Copy as Image (画 像 とスプレッドシート を画 像ファイルとしてコピーします。

してコピー)
Print (印刷 )スプレッドシート を印 刷します。

Print Selection (選択 項

選 択 されているセルのみを印 刷 します。

目 の印 刷 )Export to Excel (ExcelにファイルをExcelスプレッドシート にエクスポート します。

エクスポート )Export to CSV (CSVにエファイルを.csvファイルとしてエクスポート します。

クスポート )
Export to Xml (Xmlにエファイルを.xmlファイルとしてエクスポート します。

クスポート )
Export to Html (Htmlにエファイルを.htmlファイルとしてエクスポート します。

クスポート )
Find (検 索)特 定 のテキスト を検 索 します。

Sort (並べ替 え)[Sort (並べ替 え)]ウィンドウで最大 3カラムのデータを選 択 して、スプレッ
ドシート を並 べ替 えます。

136 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート ファイルへのオプションパラメータの割り当 てプレート ファイルへのオプションパラメータの割 り当 てプレート ファイルには、ラン用 サンプルがロードされる各ウェルの内容に関 する情報 が含まれています。ランが完了すると、CFX Maestro Dx SEはウェルの内容を、プロト コル実 行 中に収 集 された蛍 光データにリンクし、[DataAnalysis (データ解析 )]ウィンドウで該 当する解析を適 用します。
CFX Maestro Dx SEでは、実 験のランの実 行 前、実行 中 、または実 行後でも、プレート 内 の各 ウェルにパラメータを割り当てることができます。パラメータは、既存 のプレート ファイルにも、新 しいプレート ファイルにも割り当てることができます。これらのパラメータは次のとおりです。
nTarget names (ターゲット 名 ) — ロードされた各ウェルの1つ以上 の対 象 ターゲット ( 遺 伝子 または配列) 。

nSample names (サンプル名 ) — ロードされた各 ウェルのサンプルに対 応する識別 子または条 件(mouse1、mouse2、mouse3など)。

nBiological groups (生 物 学 的 グループ) — ウェルのグループに対 応する識別 子 または条 件 (0Hr、1Hr、2Hrなど)。
ヒント ：[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウの[Gene Expression (遺伝 子発 現 )]タブでデータを比較するには、ターゲット 名 、サンプル名、および生物学 的 グループがウェル間 で同 じである必要 があります。各 名 前 とも、同 じ大 文 字 、句 読 点 、およびスペースが使用されていなければなりません。たとえば、「Actin」と「actin」、「2Hr」と「2 hr」、「Mouse 1」と「mouse1」はそれぞれ別のものとして区別 されます。名 前 の一 貫 性 を確保 するには、ホームウィンドウで[User (ユーザー)] > [User Preferences(ユーザー設 定 )] > [Plate (プレート )]に移 動して、[Libraries (ライブラリ)]セクションで名前 を入力 してください。

nTechnical replicates (技 術 レプリケート ) — サンプルとターゲット の同じ組 み合 わせを解 析 するために使用される各 ウェル。つまり、リプリケート qPCR反 応 です。

nDilution series (希 釈 系 列 ) — 解 析 用の検量 線データを作 成するために、レプリケート グループ内 の標
準サンプルタイプの濃 度 を変 化 させる量。

ウェルへのターゲット の割 り当 て
ヒント ：同じターゲット 名 を単 一 または複数 のウェルに割 り当てることができます。同じウェルに複数 のター
ゲット を割 り当 てることもできます。
重 要 ：ターゲット を割 り当 てた後 に[OK]をクリックすると、変更が保 存され、プレート エディターのツールバー
で[Undo (元に戻す)]が無 効 になります。[OK]をクリックする際には注意 が必要です。

ユーザーガイド | 137

第8章プレート の準 備

ウェルまたはウェルのグループにターゲット を割 り当 てるには1.

プレート エディターで、ウェルまたはウェルのグループにサンプルタイプが割 り当 てられていることを確 認します。
ウェルへのサンプルタイプの割 り当 てについては、サンプルタイプの選 択(131ページ)を参 照 してください。

2.

プレート ペインで、ウェルまたはウェルのグループを選 択します。
n

単一 のウェルを選択 するには、そのウェルをクリックします。

n

隣接 する複 数のウェルを選 択 するには、1つのウェルをクリックしてターゲット のウェルまでドラッグします。

n

隣接 していない複 数 のウェルを選 択 するには、Ctrlキーを押 したままそれぞれのウェルをクリックします。

n

同じサンプルタイプを含むカラム全 体を選 択するには、そのカラム番 号をクリックします。

n

行全 体を選 択 するには、その行 番 号をクリックします。

3.

右側 のペインで、[Target Name (ターゲット 名)]ドロップダウンリスト から、選択 されている蛍 光色 素 ごとにターゲット 名 を選 択 します。

4.

ターゲット を割 り当 てる必要 があるウェルまたはウェルのグループごとに、ステップ3を繰 り返 します。
ヒント ：選択 されている各 蛍光 色素 に同じターゲット 名または異なるターゲット 名を割 り当 てることがで
きます。

5.

[OK]をクリックして変更 を受け入れ、プレート を保 存します。
注 ：誤 ってプレート を変 更 した場 合は、[OK]をクリックして変 更 を受け入れる前に、プレート エディターのツールバーで[Undo (元 に戻 す)]をクリックしてください。

ターゲット 名 を削 除 するにはu

選択 したウェルまたはウェルのグループからターゲット 名を削 除 するには、[Load (ロード)]チェックボックスをオフにします。
重 要 ：ウェルからターゲット 名を削 除 すると、関 連付 けられている蛍 光色素 も削除 されます。ウェルからターゲット 名 を削 除 する際には注 意 が必 要です。

リスト にターゲット 名 を追 加 するにはuドロップダウンリスト にターゲット 名 を追加するには、次のいずれかの操 作を行います。

138 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート ファイルへのオプションパラメータの割り当 てn[Target Name (ターゲット 名 )]ドロップダウンリスト にターゲット 名を入力 して、Enterキーを押 します。
ヒント ：1つのリスト に追 加したターゲット 名 は、他 のすべてのターゲット リスト に表 示 されます。

nドロップダウンリスト の右 側 にある緑色 の+記 号をクリックし、ターゲット の名前 を入力 します。

n

ツールバーの[User Preferences (ユーザー設 定)]をクリックし、[Plate (プレート )]タブの[Target Names(ターゲット 名 )]ライブラリに名 前を追加 します。

重 要 ：ドロップダウンリスト に追 加したターゲット 名 は、現在 のプレート で、名 前をウェルに割 り当 ててプ
レート レイアウト を保 存した場 合 にのみ使用 できます。ウェルに名 前を割 り当てずにプレート レイアウト
を保存 すると、名 前は保 存されず、将 来使 用できなくなります。ターゲット 名を永 続 的に追加 するには、[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを使 用して、[Target Names (ターゲット名)]ライブラリにも追 加 します。ライブラリに追 加 した名 前 は、プレート エディターを再 度 開 いてから使用可 能になります。詳 細については、デフォルト のプレート パラメータの設定 (85ページ)を参照 してください。

リスト からターゲット 名 を削 除 するには
1.

ツールバーの[User Preferences (ユーザー設 定)]をクリックします。
[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスが開き、[Plate (プレート )]タブが表 示されます。

2.

[Plate (プレート )]タブの[Target Names (ターゲット 名)]ライブラリで、削除する名前 を選 択し、Deleteキーを
押します。

3.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを閉 じます。
重 要 ：プレート ファイルで保 存したターゲット 名を削 除することはできません。[Target Names (ターゲッ
ト 名 )]ドロップダウンリスト に追 加 し、プレート で使用 および保 存しなかったカスタム名 は、リスト から自動的 に削 除 されます。[Target Names (ターゲット 名 )]ライブラリから削 除した名前 はソフト ウェアから完全 に削 除 され、ユーザーは使 用できなくなります。ターゲット 名を削除 する際 には注意 が必要 です。

ウェルへのサンプル名 の割 り当 て
注 ：サンプル名 を割り当てるには、選 択 しているウェルに少 なくとも1つの蛍光 色 素を割 り当 てる必 要があります。選択 しているウェルに蛍 光色 素 が割り当てられていない場合 、[Sample Names (サンプル名)]ドロッ
プダウンリスト は無 効 になります。蛍 光色 素 の割 り当 てについては、ウェルへのターゲット の割 り当 て(137ページ)を参照 してください。
ヒント ：各ウェルまたはウェルのグループに割り当てることができるサンプル名は１つです。

ウェルまたはウェルのグループにサンプル名 を割 り当 てるには1.

プレート エディターで、ウェルまたはウェルのグループに蛍 光色 素が割り当てられていることを確認 します。

2.

プレート ペインで、ウェルまたはウェルのグループを選 択します。

ユーザーガイド | 139

第8章プレート の準 備

3.

右側 のペインで、[Sample Names (サンプル名 )]ドロップダウンリスト から名 前を選 択します。
対応 する[Load (ロード)]チェックボックスが自動 的にオンにされます。

4.

サンプル名を割り当 てる必 要があるウェルまたはウェルのグループごとに、ステップ3を繰 り返 します。

5.

[OK]をクリックして変更 を受け入れ、プレート を保 存します。
注 ：誤 ってプレート を変 更 した場 合は、[OK]をクリックして変 更 を受け入れる前に、プレート エディターのツールバーで[Undo (元 に戻 す)]をクリックしてください。

サンプル名 を削 除 するにはu

選択 したウェルまたはウェルのグループからサンプル名を削除 するには、[Load (ロード)]チェックボックスをオフにします。

サンプル名 をリスト に追 加 するにはuドロップダウンリスト にサンプル名を追 加 するには、次 のいずれかの操 作 を行 います。
n[Sample Names (サンプル名)]ドロップダウンリスト にサンプル名 を入 力 して、Enterキーを押 します。

nドロップダウンリスト の右 側 にある緑色 の+記 号をクリックし、サンプルの名 前を入 力 します。

n

ツールバーの[User Preferences (ユーザー設 定)]をクリックし、[Plate (プレート )]タブの[Sample
Names (サンプル名)]ライブラリに名 前を追加 します。

重 要 ：ドロップダウンリスト に追 加したサンプル名は、現 在のプレート で、名 前をウェルに割り当ててプ
レート レイアウト を保 存した場 合 にのみ使用 できます。ウェルに名 前を割 り当てずにプレート レイアウト
を保存 すると、名 前は保 存されず、将 来使 用できなくなります。サンプル名 を永 続的 に追 加するには、[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを使 用して、[Sample Names (サンプル名)]ライブラリにも追 加 します。ライブラリに追 加 した名 前 は、プレート エディターを再 度 開 いてから使用可 能になります。詳 細については、デフォルト のプレート パラメータの設定 (85ページ)を参照 してください。

リスト からサンプル名 を削 除 するには
1.

ツールバーの[User Preferences (ユーザー設 定)]をクリックします。
[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスが開き、[Plate (プレート )]タブが表 示されます。

140 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート ファイルへのオプションパラメータの割り当 て2.

[Plate (プレート )]タブの[Sample Names (サンプル名)]ライブラリで、削除する名 前を選 択 し、Deleteキーを
押します。

3.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを閉 じます。
重 要 ：プレート ファイルで保 存したサンプル名 を削 除 することはできません。[Sample Names (サンプル名)]ドロップダウンリスト に追 加 し、プレート で使 用 および保存しなかったカスタム名は、ドロップダウンリ
スト から自動 的 に削 除されます。[Sample Names (サンプル名)]ライブラリから削 除した名 前 はソフトウェアから削 除 され、ユーザーは使用 できなくなります。サンプル名を削除 する際 には注意 が必要 です。

ウェルへの生 物 学 的 グループの割 り当 て
注 ：生物学 的 グループを割 り当 てるには、選択しているウェルに少なくとも1つの蛍 光 色 素を割 り当 てる必
要があります。蛍 光色 素 を割 り当 てると、[Biological Groups (生 物学 的グループ)]ドロップダウンリスト が
有効 になります。蛍 光 色 素 の割 り当 てについては、ウェルへのターゲット の割り当 て(137ページ)を参 照 してください。
ヒント ：各ウェルまたはウェルのグループに割り当てることができる生 物 学的 グループは１つです。

ウェルまたはウェルのグループに生 物 学 的 グループを割 り当 てるには1.

プレート エディターで、ウェルまたはウェルのグループに蛍 光色 素が割り当てられていることを確認 します。

2.

プレート ペインで、ウェルまたはウェルのグループを選 択します。

3.

右側 のペインで、[Biological Group (生 物 学的グループ)]ドロップダウンリスト から生 物学 的 グループを選択します。
CFX Maestro Dx SEにより、対 応 する[Load (ロード)]チェックボックスが自動 的 にオンにされます。

4.

生物 学的 グループを割 り当 てる必要 があるウェルまたはウェルのグループごとに、ステップ3を繰り返 します。

5.

[OK]をクリックして変更 を受け入れ、プレート を保 存します。
注 ：誤 ってプレート を変 更 した場 合は、[OK]をクリックして変 更 を受け入れる前に、プレート エディターのツールバーで[Undo (元 に戻 す)]をクリックしてください。

ユーザーガイド | 141

第8章プレート の準 備

生 物 学 的 グループを削 除 するにはu

選択 したウェルまたはウェルのグループから生物学 的グループを削 除するには、[Load (ロード)]チェックボック
スをオフにします。

リスト に生 物 学 的 グループを追 加 するにはuドロップダウンリスト に生物 学 的 グループを追 加するには、次 のいずれかの操 作を行 います。
n[Biological Group (生 物学 的 グループ)]ドロップダウンボックスに生 物 学的 グループの名 前を入 力 して、Enterキーを押 します。

nドロップダウンリスト の右 側 にある緑色 の+記 号をクリックし、生 物 学的 グループの名 前 を入 力します。

n

ツールバーの[User Preferences (ユーザー設 定)]をクリックし、[Plate (プレート )]タブの[BiologicalGroup Names (生 物 学的 グループ名 )]ライブラリに名前を追 加 します。

重 要 ：ドロップダウンリスト に追 加した生 物 学的グループ名は、現在のプレート で、名前 をウェルに割 り
当ててプレート レイアウト を保 存した場 合 にのみ使用 できます。ウェルに名 前 を割り当てずにプレート
レイアウト を保存 すると、名 前 は保 存 されず、将 来 使用できなくなります。生 物 学 的グループ名 を永続的 に追 加 するには、[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスを使用 して、[BiologicalGroup Names (生 物学的 グループ名 )]ライブラリにも追加します。ライブラリに追加 した名 前は、プ
レート エディターを再 度 開 いてから使 用 可 能になります。詳 細 については、デフォルト のプレート パラ
メータの設 定(85ページ)を参 照してください。

リスト から生 物 学 的 グループ名 を削 除 するには
1.

ツールバーの[User Preferences (ユーザー設 定)]をクリックします。
[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスが開き、[Plate (プレート )]タブが表 示されます。

2.

[Plate (プレート )]タブの[Biological Group Names (生物学 的グループ名)]ライブラリで、削除 する名前 を
選択 し、Deleteキーを押 します。

3.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスを閉 じます。
重 要 ：プレート ファイルで保 存した生 物 学的グループ名 を削除 することはできません。[BiologicalGroup Names (生 物学的 グループ名 )]ドロップダウンリスト に追加し、プレート で使 用および保存 しな
かったカスタム名は、リスト から自動 的 に削除 されます。[Biological Group Names (生 物 学 的 グループ名)]ライブラリから削除 した名前 は、ソフト ウェアから完 全に削除 され、ユーザーは使用 できなくなります。生 物 学 的グループ名 を削 除する際には注意が必 要 です。

プレート 上 のすべての生 物 学 的 グループを表 示 するにはuプレート 上のすべての生物 学 的グループを表示するには、[Show Biological Groups (生物 学 的グループの表 示)]をクリックします。

142 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート ファイルへのオプションパラメータの割り当 て各グループは特 定の色で識別 され、[Show Biological Groups (生 物学的 グループの表示 )]ボタンが[HideBiological Groups (生 物 学 的グループの非表 示)]に変わります。
ウェルの色 をクリアするには、[Hide Biological Groups (生物学 的グループの非 表 示)]をクリックします。または、プレート 内 の任意 のウェルをクリックして、生 物 学的グループを非表示 にすることもできます。

ウェルへの技 術 レプリケート 番 号 の割 り当 て
重 要 ：技術 レプリケート 番 号 を割 り当 てるには、選択されているウェルに同 一 の内 容が含 まれている必 要があります。つまり、選択 されているウェル内 のサンプルタイプと蛍 光色 素が同じである必要 があります。該当する場合 は、同じターゲット 名 、同 じサンプル名、および同じ生物 学的 グループも割り当てられている
必要 があります。同じでない場 合、CFX Maestro Dx SEではこのオプションが無 効になります。

技 術 レプリケート 番 号 をウェルのグループに割 り当 てるには1.

プレート エディターで、ウェルのグループの内 容が同一 であることを確 認します。

2.

プレート ペインで、ウェルのターゲット グループを選択 します。

3.

選択 したすべてのウェルに同 じレプリケート 番 号を割 り当 てるには、右 側のペインの[Replicate # (レプリケー
ト 番 号)]セクションで、ボックスにレプリケート 番号 を入 力し、[Load (ロード)]を選 択します。

4.

(オプション)選 択したウェルのセット にレプリケート シリーズを適用します。

ユーザーガイド | 143

第8章プレート の準 備a.

[Technical Replicates (技術 レプリケート )]をクリックします。[Replicate # (レプリケート 番 号 )]セクションが変更 されて次 のオプションが表 示 されます。

n

Replicate size (レプリケート サイズ) — レプリケート の各 グループに含まれるウェルの数を表 す数
値

nStarting replicate # (開 始 レプリケート 番 号 ) — 選 択 したレプリケート グループのレプリケート シ
リーズの最 初 の番 号

注 ：デフォルト では、CFX Maestro Dx SEはプレート に割 り当 てられている最 後の技術 レプリケー
ト 番 号 に１を足 した開始 リプリケート 番 号を表示します。たとえば、プレート の最 後の技 術 レプリ
ケート 番 号 が5の場 合 、次 の開 始番号 は6になります。開始番 号は、まだ割り当てられていない
任意 の番 号に変 更 できます。
n
b.

5.

Loading direction (ロード方 向 ) ([Horizontal (水平)]または[Vertical (垂直 )])[Apply (適用 )]をクリックしてパラメータをシリーズに適用 し、[Replicate # (レプリケート 番 号)]画面 に戻ります。

[OK]をクリックして変更 を受け入れ、プレート を保 存します。
注 ：誤 ってプレート を変 更 した場 合は、[OK]をクリックして変 更 を受け入れる前に、プレート エディターのツールバーで[Undo (元 に戻 す)]をクリックしてください。

レプリケート シリーズからウェルを削 除 するにはu

削除 するウェルまたはウェルのグループを選 択し、[Replicate # (レプリケート 番 号 )]の[Load (ロード)]チェックボックスをオフにします。
または、[Clear Replicate # (レプリケート 番号 のクリア)]をクリックして、選 択 したウェルまたはウェルのグループからレプリケート 番 号 をクリアすることもできます。

プレート 上 のすべての技 術 レプリケート を表 示 するにはuプレート 上のすべての技術 レプリケート を表 示するには、[Show Technical Replicates (技 術 レプリケート の表示 )]をクリックします。
各グループは特 定の色で識別 され、[Show Technical Replicates (技術レプリケート の表 示 )]ボタンが[Hide Technical Replicates (技 術レプリケート の非表 示)]に変 わります。

144 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート ファイルへのオプションパラメータの割り当 て

ウェルの色 をクリアするには、[Hide Technical Replicates (技術 レプリケート の非 表 示 )]をクリックします。または、プレート 内 の任意 のウェルをクリックして、技術 レプリケート を非表 示 にすることもできます。

標 準 サンプルタイプへの希 釈 系 列 の割 り当 て
前述 のように、標 準サンプルタイプのすべてのウェルには濃度値 を割 り当てる必 要 があります。標 準サンプルタイ
プの複 数のウェルに希 釈 系 列を割 り当 てることができます。
注 ：希釈系 列 をウェルのグループに割 り当 てるには、ウェルを技術レプリケート シリーズに含める必要 があります。レプリケート シリーズにウェルを追 加する方法については、ウェルへの技 術レプリケート 番 号 の割 り当て(143ページ)を参照 してください。

標 準 サンプルウェルのグループに希 釈 系 列 を割 り当 てるには1.

プレート エディターで、次 の要 件が満 たされていることを確 認します。
n

ウェルのグループのサンプルタイプが標準 であること。

n

グループ内 のすべてのウェルに少なくとも1つの蛍 光 色素 が割り当てられていて、すべてのウェルに共通する栄 光 色 素が含まれていること。

n

グループ内 のすべてのウェルが同じ技 術 レプリケート シリーズに含 まれていること。
注 ：CFX Maestro Dx SEで[Dilution Series (希 釈系列 )]オプションが有 効 になるのは、選択 されているすべてのウェルが上 記 の基 準を満たしている場合のみです。

2.

プレート ペインで、ウェルのターゲット グループを選択 します。

3.

右側 のペインの[Concentration (濃度 )]セクションで、[Dilution Series (希 釈 系 列 )]をクリックします。
[Concentration (濃 度)]セクションが変 更されて次のオプションが表 示されます。

nStarting concentration (開 始 濃 度 ) — 希 釈系 列を開 始 する濃 度 値

nReplicates from and to (レプリケート 番 号 の範 囲 ) — 希釈係 数 が適用 される希釈 系 列内 のレプ
リケート 。

nDilution factor (希 釈 係 数 ) — レプリケート グループごとの濃 度 の変化 量 。

ユーザーガイド | 145

第8章プレート の準 備

4.

オプションの値 を設 定 するか、デフォルト を受 け入 れます。

5.

デフォルト では、希釈 系 列 は希 釈 係 数に基づいて減少 します。[Increasing (増 加)]を選択 すると、希 釈
系列 が増 加 します。

6.

(オプション)デフォルト では、希釈 係 数 はレプリケート シリーズのすべての蛍光 色素 に適 用されます。シリー
ズに複 数の蛍 光色 素 が含 まれている場合、単 一の蛍光色 素 に希釈 を適 用 するにには、その蛍 光色 素をドロップダウンリスト から選 択します。

7.

[Apply (適用 )]をクリックして、希 釈系 列をウェルのグループに適用し、[Concentration (濃 度)]ビューに戻 ります。

8.

[OK]をクリックして変更 を受け入れ、プレート を保 存します。

別 のウェルへのウェルの内 容 のコピー
ウェルの内 容 をコピーして、単 一 のウェルまたは複数のウェルに貼り付けることができます。ただし、内容 をコピーできるのは1つのウェルのみです。複 数のウェルを選 択 してその内 容をコピーすることはできません。

ウェルの内 容 を別 のウェルにコピーするには
1.

プレート ペインで、コピーするウェルを選 択します。

2.

ウェルを右 クリックして、[Copy Well (ウェルのコピー)]を選択します。

3.

内容 を貼り付ける1つ以 上 のウェルを選 択します。

4.

n

単一 のウェルを選択 するには、そのウェルをクリックします。

n

隣接 する複 数のウェルを選 択 するには、1つのウェルをクリックしてターゲット のウェルまでドラッグします。

n

隣接 していない複 数 のウェルを選 択 するには、Ctrlキーを押 したままそれぞれのウェルをクリックします。

ターゲット ウェルが選 択されている状 態で、右 クリックして[Paste Well (ウェルの貼り付け)]を選 択 します。
CFX Maestro Dx SEにより、最 初 のウェルの内 容が選択 されているウェルに貼 り付 けられます。

ウェルへのメモの追 加
ウェルについて説 明するメモを追 加できます。ウェルに関 するメモは、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウの[Quantification (定量 化 )]タブで確認 できます。

ウェルにメモを追 加 するには1.

プレート ペインで、メモを追 加 する1つ以 上のウェルを選択 します。

2.

下部 のペインの[View (表 示 )]セクションで、[Well Note (ウェルに関するメモ)]を選 択します。
右側 のペインに[Well Note (ウェルに関 するメモ)]領域 が表 示されます。

146 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート ファイルへのオプションパラメータの割り当 て3.

テキスト ボックスにメモの内 容を入 力 して、Enterキーを押 します。
選択 したウェルの下部 に、入 力 したテキスト が表示 されます。
ヒント ：ウェルに関 するメモを作成 済みの場 合は、ドロップダウンリスト からそのメモを選 択して、選 択されているウェルに適 用 できます。

ウェルのすべての内 容 のクリア
個々 のウェル、ウェルのグループ、またはプレート 全体からすべての内容をクリアできます。ウェルをクリアしても、プレート リード中 に収 集 された蛍光 データが削除 されることはありません。
重 要 ：ウェルの内 容をクリアすると、ウェルから内 容が完 全に削 除されます。[OK]をクリックし、ウェルをクリアしてプレート を保存 した後 は、このクリア操作を元 に戻 すことはできません。ウェルをクリアする際 には注 意が必要 です。

ウェルのすべての設 定 をクリアするには
1.

2.

プレート エディターのプレート ペインで、ウェルまたはウェルのグループを選択します。
n

単一 のウェルを選択 するには、そのウェルをクリックします。

n

隣接 する複 数のウェルを選 択 するには、1つのウェルをクリックしてターゲット のウェルまでドラッグします。

n

隣接 していない複 数 のウェルを選 択 するには、Ctrlキーを押 したままそれぞれのウェルをクリックします。

n

同じサンプルタイプを含むカラム全 体を選 択するには、そのカラム番 号をクリックします。

n

行全 体を選 択 するには、その行 番 号をクリックします。

右側 のペインで、[Clear Wells( ウェルのクリア) ]をクリックします。
CFX Maestro Dx SEにより、選 択 されたウェルからすべての設 定がクリアされます。

3.

次のいずれかを実 行 します。
n

誤 ってウェルをクリアした場 合は、[OK]をクリックして変 更 を受け入れる前 に、プレート エディターのツールバーで[Undo (元 に戻 す)]をクリックしてください。
重 要 ：[Undo (元 に戻 す)]をクリックする前に[OK]をクリックすると、変 更が保存 され、プレート エ
ディターのツールバーで[Undo (元 に戻す)]が無 効になります。

n[OK]をクリックして変 更を受け入れ、プレート を保 存します。

ユーザーガイド | 147

第8章プレート の準 備

実 験 設 定 の変 更[Experiment Settings (実 験 設 定)]ダイアログボックスを使 用して、ターゲット 、サンプル、または生 物学 的グループのリスト を表示 し、変 更 することができます。または、プレート 内 のウェルに生 物学 的 グループが割 り当 てられている場 合は、解 析対 象 の遺 伝 子発 現解 析 サンプルグループを設 定することもできます。
[Experiment Settings (実 験 設 定)]ダイアログボックスの[Targets (ターゲット )]タブには、対 象 のターゲット 遺伝
子や遺伝子 配列 など、PCR反応 ごとのターゲット 名 のリスト が表 示されます。
[Samples and Biological Groups (サンプルと生 物学 的グループ)]タブには、サンプル名 と生物 学的 グループ名のリスト が表 示 されます。このリスト で、１時間 (1Hr)で得られるサンプルまたは特 定 の個 体(mouse１)より得られるサンプルなど、ターゲット のソースを確 認 できます。

[Experiment Settings (実 験 設 定 )]ダイアログボックスを使 用 してプレート 設 定 を変 更 するには
1.

次のいずれの操 作 を行 って、[Experiment Settings (実 験設定)]ダイアログボックスを開きます。
nプレート エディターの右 側のペインで、[Experiment Settings (実 験設 定 )]をクリックします。

n[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウの[Gene Expression (遺伝 子発 現 )]タブで、[ExperimentSettings (実験 設 定 )]をクリックします。

[Experiment Settings (実験 設 定)]ダイアログボックスが開 き、[Targets (ターゲット )]タブの内 容 が表示 されます。

2.

新しいターゲット 名 、サンプル名 、または生 物学 的グループ名を追加 するには、対応 するタブで[New (新規)]テキスト ボックスに名 前 を入 力 し、[Add (追 加 )]をクリックします。

148 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

実験設 定の変 更3.

リスト から1つ以 上 のターゲット 名 、サンプル名、または生物学的 グループ名 を削 除 するには、対 応 するタブの[Select to Remove (削除 対象 の選択 )]カラムで削除する項目 のチェックボックスをオンにしてから、[Remove checked item(s) (チェックマーク付きの項目 を削除)]をクリックします。

4.

CFX Maestro Dx SEでは、NTC (テンプレート なしコント ロール)サンプルタイプを遺伝 子発 現 解析 から除外します。
NTCサンプルタイプを解析 に含 めるには、[Exclude the following sample types (次 のサンプルタイプを除外)]セクションでそのチェックボックスをオフにします。次のサンプルタイプについては、対応 するチェックボックスをオンにすることで解 析 から除 外できます。

5.

n

NRT (逆 転写 なし)n

Negative Control (陰 性 対 照 )nPositive Control (陽 性対 照 )nStandard (標準 )[Targets (ターゲット )]タブで、次 の操 作 を行います。
a.

遺伝 子発 現 データ解析 のリファレンスとしてターゲット を選 択するには、[Reference (リファレンス)]カラ
ムでそのターゲット を選 択 します。

b.

[Analysis Settings (解析 設 定)]ウィンドウの[Gene Expression (遺 伝 子 発 現)]タブで適用 される解析設 定を非 表 示 にするには、[Show Analysis Settings (解析設 定を表 示 )]をオフにします。
この場 合 、次 のカラムが非 表示 になります。
nColor (色 )nShow Chart (チャート を表示 )nAuto Efficiency (自 動効 率 )nEfficiency (%) (効 率(%))

c.

遺伝 子発 現 グラフに描かれるターゲット の色 を変 更するには、[Color (色)]カラム内 のセルをクリック
し、表 示される[Color (色 )]ダイアログボックスで新しい色 を選 択してから[OK]をクリックします。

d.

遺伝 子発 現 グラフで選 択した色 でターゲット を表 示 するには、[Show Chart (グラフを表示 )]カラムでそのターゲット のチェックボックスを選択 します。

e.

ターゲット のデータに検 量 線 が含まれる場 合、CFX Maestro Dx SEはデフォルト で、そのデータの相 対
効率 を自動 的 に計算 します。
以前 に決 定 された効 率値 を使 用 するには、[Efficiency (%) (効率 (%))]カラム内 の該 当 するセルに値を入力 し、Enterキーを押 します。CFX Maestro Dx SEによって[Auto Efficiency (自動 効 率)]チェックボックスがオフにされます。

ユーザーガイド | 149

第8章プレート の準 備

6.

7.

[Samples and Biological Groups (サンプルと生 物学 的グループ)]タブで、次 の操 作を行 います。
a.

遺伝 子発 現 データ解析 のコント ロールサンプルとしてサンプルまたは生 物 学的 グループを選択 するには、[Control (コント ロール)]カラムで該 当するチェックボックスをオンにします。

b.

ランのコント ロール条件 をサンプルまたは生 物 学 的グループに割り当てる場 合は、[Control (コント ロール)]カラムで該 当 するチェックボックスをオンにします。

c.

まだ選 択されていない場 合 、[Show Analysis Settings (解析設定 を表 示)]をクリックして、[GeneExpression (遺伝 子 発 現)]タブで適用 される解析パラメータを表示または変 更します。[Color (色 )]カ
ラムと[Show Chart (グラフを表 示)]カラムを非 表 示にすることができます 。

[Experiment Settings (実験 設 定)]ダイアログボックスで[OK]をクリックしてパラメータを保存 し、[Plate
Editor (プレート エディター)]ウィンドウに戻ります。

150 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ウェルグループの作 成

ウェルグループの作 成
ウェルグループでは、単 一 のプレート をウェルのサブセット に分割 して、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウでこれらのサブセット を個 別に分 析 することができます。ウェルグループを設定 した後 、[Data Analysis (データ解析)]ウィンドウで個 別 のグループとしてデータを解 析するグループを選択 します。たとえば、1つのプレート で複数の実 験ランを解 析 するため、または異 なる検量線 を含 む各 ウェルグループを解 析するために、ウェルグループを設定 します。
注 ：デフォルト のウェルグループは[All Wells (すべてのウェル)]です。

ウェルグループを作 成 するには
1.

次のいずれかの操 作を行 って、ウェルグループマネージャーを開 きます。
nプレート エディターのツールバーで、[Well Groups (ウェルグループ)]をクリックします。

n[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウで、[Manage Well Groups (ウェルグループの管 理 )]をクリックします。

[Well Groups Manager (ウェルグループマネージャー)]ダイアログボックスが表示 されます。

2.

[Add (追加 )]をクリックして、新しいグループを作 成します。ドロップダウンメニューには、最 初 のグループのグ
ループ名が「Group 1(グループ1)」として表示 されます。

3.

ウェルグループに含 めるウェルを選 択 するために、プレート ビューで複 数のウェルをクリックしてドラッグします。
選択 したウェルは、マネージャー内 で青 色 で表 示されます。

ユーザーガイド | 151

第8章プレート の準 備

4.

(オプション)グループの名 前 を変 更するには、ドロップダウンメニューからそのグループの名 前を選 択 し、新 しい名 前を入 力 します。

5.

(オプション)ウェルグループを削 除するには、ドロップダウンリスト でそのグループの名 前 を選択 し、[Delete(削除 )]をクリックします。

6.

[OK]をクリックして確定 し、ウィンドウを閉じるか、[Cancel (キャンセル)]をクリックして変 更せずにウィンドウを閉じます。

[Well Groups Manager (ウェルグループマネージャー)]ダイアログボックスの右 クリックメニュー項
目
表10に、任 意 のウェルを右 クリックしたときに[Well Groups Manager (ウェルグループマネージャー)]ダイアログボッ
クスで使用 できるメニュー項 目 を示 します。
表 10. プレート エディターの[Well Groups Manager (ウェルグループマネージャー)]ダイアログボック
スの右 クリックメニュー項 目

項目

機能

Copy (コピー)

ウェルの内 容 をコピーして、1つ以 上の別 のウェルに貼 り付 ける
ことができます。

Copy as Image (画 像 としてコ

ウェルセレクタービューを画 像としてコピーします。

ピー)
Print (印刷 )ウェルセレクタービューを印 刷します。

Print Selection (選択 項 目 の印

選 択 されているセルのみを印 刷 します。

刷)
Export to Excel (Excelにエクス

データをExcelスプレッドシート にエクスポート します。

ポート )Export to CSV (CSVにエクスポー

データをカンマ区 切 り文書 としてエクスポート します。

ト)
Export to Xml (Xmlにエクスポー

データを.xml文書 としてエクスポート します。

ト)
Export to Html (Htmlにエクスポート)

152 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データを.html文 書 としてエクスポート します。

ト レーススタイルの変 更ト レーススタイルの変 更プレート の設 定 中 およびランの進 行中 に、増幅ト レースの色 とスタイルを変 更 できます。その後 は、データの収集中 に[Real-time Status (リアルタイムステータス)]ウィンドウで簡 単にト レースを確 認 できます。

ト レーススタイルを変 更 するには1.

プレート エディターのツールバーで[Trace Styles (ト レーススタイル)]をクリックします。
開いているプレート の[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログボックスが次 のように表示 されます。

2.

特定 の蛍 光色 素 でト レーススタイルを表 示 するには、[Fluorophores (蛍光 色素 )]ドロップダウンから、その蛍光 色素 を選 択 します。

3.

ト レースの表 示 を変 更 するには：a.

[Wells (ウェル)]ドロップダウンリスト からト レースタイプを選択 します。

b.

[Color (色 )]カラムでト レースの色 をクリックします。

c.

表示 される[Color (色 )]ダイアログボックスで、ト レースに使用 する別の色を選 択し、[OK]をクリックします。
CFX Maestro Dx SEのグリッドに、ウェルタイプの色 の変更が反映 されます。

d.
4.

(オプション) [Symbols (シンボル)]ドロップダウンリスト から、ト レースに使 用する記 号を選 択します。

色のセット をすばやく変 更するには、[Color Quick Set (カラークイックセット )]セクションで目 的の選択 肢をクリックします。

ユーザーガイド | 153

第8章プレート の準 備

5.

グリッド内 にウェルラベルを表示 するには、[Well Labels (ウェルラベル)]セクションでラベルタイプを選 択 します。

6.

[OK]をクリックして変更 を保存 するか、[Cancel (キャンセル)]をクリックして変 更をキャンセルします。

154 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

スプレッドシート 形式 でのプレート の表 示、エクスポート 、およびインポート

スプレッドシート 形 式 でのプレート の表 示 、エクスポート 、およびインポート[Spreadsheet View / Importer (スプレッドシート ビュー / インポーター)]ツールでは、スプレッドシート 形 式でプレー
ト の内 容を表示 できます。ビューアーには、ウェルデータを表示、インポート 、およびエクスポート するためのオプションがあります。これらのオプションについて以下 で説 明します。

スプレッドシート ビューアーを使 用 したプレート データのエクスポート とインポート
スプレッドシート ビューアーから、ターゲット 名 、サンプル名 、生物 学 的 グループ名 、およびウェルに関するメモを、
タブ区切 り形 式 のテンプレート としてMicrosoft Excelなどのアプリケーションにエクスポート できます。タブ区 切 り
形式 のアプリケーションから、実 験 情報 ファイルからの事 前定義 されたプレート に、データをインポート することもできます。

[Spreadsheet View / Importer (スプレッドシート ビュー / インポーター)]ツールを使 用 するには1.

プレート ファイルを作 成 して保存 します(「プレート エディターを使 用したプレート ファイルの作 成」を参 照)。

2.

プレート エディターのツールバーで[Spreadsheet View / Importer (スプレッドシート ビュー / インポーター)]タブ
をクリックして、[Spreadsheet View (スプレッドシート ビュー)]ダイアログボックスを開きます。

3.

(オプション) [Show Biological Set Name (生物 学的 セット 名 の表 示 )]ボックスと[Show Well Note (ウェルに関するメモの表 示)]ボックスをクリックして、スプレッドシート ビューとエクスポート されたファイルでこれらのカラ
ムを表 示 します。

4.

[Export Template (テンプレート のエクスポート )]ボタンをクリックして、Excelファイル(.csv形 式 )で空 のテンプ
レート を作成 します。エクスポート されたファイルには、プレート と同じレイアウト が表示 されます。

ユーザーガイド | 155

第8章プレート の準 備

ヒント ：プレート ファイルを保 存するときにプレート ファイル名を使用すると、ファイルを簡 単に識別 できます。
5.

Excelファイルのセルにウェルの内 容 を入 力します。
注 ：カラム名 の横 にアスタリスク(*)が付いているカラム([*Target Name (*ターゲット 名 )]、[*Sample
Name (*サンプル名 )]、[*Biological Group Name (*生 物学的 グループ名 )]、[*Well Note (*ウェルに関するメモ)])では、任意 のセルの内 容を編集 できます。
注 ：エクスポート されたExcelファイルの[Standard Curve (検量線 )]カラムと[Quantity(量)]カラムには値を追加 できません。そのデータを変 更するには、プレート エディターに戻り、メニューバーで[Settings (設定)]>[Units (単位 )]を選 択 します。プレート のラン完了 後、[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウの[Quantification (定量 化)]タブにある[Standard Curve (検 量線 )]グラフに、選択 した単 位 で検量 線データが示 されます。

6.

[Import (インポート )]ボタンをクリックして、入 力したExcelファイルをプレート エディターに再 びインポート します。インポート されたプレート データが[Plate Spreadsheet View (プレート スプレッドシート ビュー)]ウィンドウに表示 されます。
重 要 ：複数 の蛍 光 色 素 がある場 合は、[Plate Spreadsheet View (プレート スプレッドシート ビュー)]の[Flours List (蛍 光色 素リスト )]ドロップダウンメニューを使 用 して、蛍光色素 ごとに手 順3〜 5を実 行 する必 要 があります。

7.

[OK]ボタンをクリックします。これで、新 しいプレート データが[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウに表示 されます。

ヒント ：[Spreadsheet View / Importer (スプレッドシート ビュー/インポーター)]ツール内で任意 のウェルを右クリックするか、またはプレート スプレッドシート ビューで任 意のテーブルヘッダーを右 クリックすると、ツールでメ
ニュー項目が使 用 できるようになります。

156 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート セット アップウィザードを使用 したプレート レイアウト の作 成プレート セット アップウィザードを使 用 したプレート レイアウト の作 成
セット アップウィザードを使 用 して、正 規化 された遺伝 子発現 の解 析に必要 となる次のプレート レイアウト 情 報を入力 できます。
nターゲット 名

n

サンプル名

n

プレート 上のターゲット とサンプルの位 置nリファレンス遺 伝 子n

対照 サンプル

セット アップウィザードは、ランの実 行 前、実 行 中 、実行 後でも使用できます。

プレート セット アップウィザードの使 用
このセクションでは、プレート セット アップウィザードを使用 してプレート レイアウト を作 成する方法 を説 明します。
セット アップウィザードの上 部 にある[Zoom plate (プレート のズーム)]をクリックすることで、プレート 内 の各ウェルの
内容 を簡単 に表 示 できます。
重 要 ：セット アップウィザードの他のタブから[Auto layout (自動レイアウト )]タブに戻 ると、プレート レイアウト
がリセット されます。このタブを選 択する際 には注意 が必要です。
ヒント ：セット アップウィザードで[Tools (ツール)] > [Clear Plate (プレート のクリア)]を選 択すると、レイアウト を
リセット できます。

プレート セット アップウィザードを使 用 するには1.

プレート エディターを開 きます。

2.

次のいずれかの操 作を行 って、セット アップウィザードを開 きます。
n

[Editing Tools (編 集 ツール)] > [Setup Wizard (セット アップウィザード)]を選 択します。

nプレート エディターのツールバーで[Setup Wizard (セット アップウィザード)]をクリックします。

セット アップウィザードが開 き、[Auto layout (自動 レイアウト )]タブが表 示されます。

ユーザーガイド | 157

第8章プレート の準 備

3.

[Auto layout (自動 レイアウト )]タブで、次の操作 を行 います。
a.

グリッド内 のウェルをクリックして左 右および上 下にドラッグし、サンプルをロードするプレート 上 の領 域を指定 します。

b.

ロードするターゲット とサンプルの数を入 力します。
ヒント ：ターゲット とサンプルの数は、選択 されているセルの数 と同 じでなければなりません。入 力
した数 が選 択 した領 域に収まらない場合は、数 またはプレート 上の選択 領域 を変 更してください。プレート 上 のアイテムの方向 やグループ化 を指定できます。

c.

(オプション)プレート の向 きを変更 します。たとえば、ターゲット をカラムに設 定し、サンプルを行 に設 定
したり、サンプルを基 準 にグループ化したりできます。

d.

[Next (次 へ)]をクリックして、[Target names (ターゲット 名)]タブに進みます。

注 ：プレート レイアウト に一定 のパターンがない場合 は、[Target names (ターゲット 名)]タブを使用 して手動 でターゲット を配 置 するか、[Sample names (サンプル名)]タブを使 用 して手 動でサンプルをプ
レート 上 に配 置 します。クリックしてドラッグすることで、複数 のウェルを選択 できます。
4.

[Target names (ターゲット 名 )]タブで、ターゲット グループのターゲット 名 を定 義します。
a.

次のいずれかを実 行します。
n

グループごとにターゲット の名 前を変更 するには、[Select by (選択 基 準)]を[Target (ターゲット )]に設定 します。

158 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

プレート セット アップウィザードを使用 したプレート レイアウト の作 成nb.

ウェルごとにターゲット の名前 を変 更するには、[Select by (選 択基 準 )]を[Well (ウェル)]に設 定 します。

グリッド内 でターゲット グループまたはウェルを選 択し、[Target name (ターゲット 名 )]ドロップダウンリストに名前 を入 力 します。
ヒント ：右側 にある次 のグループまたはウェルを選択 するにはTabキーを押し、下にある次 のグループまたはウェルを選 択 するにはEnterキーを押します。隣接 していない複 数 のウェルを選 択 す
るには、[Target name (ターゲット 名 )]タブと[Sample name (サンプル名)]タブで、Ctrlキーを押 したまま各 ウェルをクリックします。

c.

[Next (次 へ)]をクリックして、[Sample names (サンプル名 )]タブに進 みます。

5.

[Sample names (サンプル名)]タブで、サンプルグループのサンプル名を定義します。

6.

[Next (次 へ)]をクリックして、[Reference targets (リファレンスターゲット )]タブに進みます。

7.

[Reference targets (リファレンスターゲット )]タブで、正 規化された遺 伝 子 発 現のリファレンスとして使用 する1つ以上 のターゲット を選 択 し、[Next (次へ)]をクリックして[Control sample (対 照サンプル)]タブに進 みます。

8.

[Control sample (対照サンプル)]タブで、相対 的 な遺 伝子発現 計 算のコント ロールとして使 用するサンプ
ルを1つ選 択 します。

9.

[OK]をクリックしてプレート レイアウト を保存し、プレート エディターに戻ります。プレート エディターでプレートパラメータをさらに定 義 できます。詳 細 については、プレート ファイルへのオプションパラメータの割 り当 て(137ページ)を参 照 してください。
または、[Previous (戻 る)]をクリックして前のタブに戻り、変 更を加えます。
注 ：[Auto layout (自 動 レイアウト )]タブに戻 ると、プレート が自動 的にリセット されます。[Previous (戻る)]をクリックする際 には注意 が必 要です。

ユーザーガイド | 159

第8章プレート の準 備

160 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 9章実 験の実 施
この章 では、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアを使用 してカスタム(ユーザー定 義 )またはPrimePCRアッセイ実 験を実施 する方 法 を説 明 します。
ランデータファイルには、その特定 のランで使 用 するプロト コルとプレート 情報 が含 まれています。このファイルには、ランの完 了後 にCFX Maestro Dx SEが行う解析 から得られたデータも追加 されます。
CFX Maestro Dx SEではユーザー定 義またはPrimePCR実験を簡 単 に設定 して実 施できるようになっています。[Run Setup (ランの設 定 )]ウィンドウでの案 内に従 って実 験に共 通の設定手 順を行 います。[Start Run (ランの開 始)]ダイアログボックスに到 達 した時 点で、そこからランを開 始できます。

ユーザーガイド | 161

第9章実 験の実施

[Run Setup (ランの設 定 )]ウィンドウ[Run Setup (ランの設 定)]ウィンドウでは、実験の設 定とランを行 うために必要 なファイルおよび設 定に迅 速 にアクセスできます。ユーザー定 義の実 験のランを選択 すると、[Run Setup (ランの設定 )]ウィンドウが開 き、[Protocol (プロト コル)]タブが表 示 されます。PrimePCR実 験のランを選 択すると、[Run Setup (ランの設 定)]ウィ
ンドウが開 き、[Start Run (ランの開 始 )]タブが表 示されます。
ヒント ：PrimePCRについては、PrimePCR実験 の実 施(179ページ)を参 照してください。[Start Run (ランの開始 )]タブについては、[Start Run (ランの開 始)]タブ(169ページ)を参 照してください。

162 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Run Setup (ランの設定 )]ウィンドウ

凡例
タブの案内 に従 って実 験 の設 定 とランを行 うことができます。

1.

n [Protocol (プロト コル)]タブ — ランを実 行するか、編集 する既存 のプロト コルを選択 するか、プロト コルエディターで新 しいプロト コルを作 成 します。
n [Plate (プレート )]タブ — ランを実 行 するか、編 集する既 存のプレート を選 択 するか、プレート エディターで新しいプレート を作 成 します。
n [Start Run (ランの開始 )]タブ — 実 験 の設 定 を確認 し、1つ以 上 の機 器 ブロックを選
択 してランを開 始します。
2.

各 タブでオプションを適 用 すると、メインウィンドウにそれらのオプションが表示 されます。

3.

ナビゲーションボタンをクリックすると、[Start Run (ランの開 始)]タブに移 動 します。

[Run Setup (ランの設 定 )]ウィンドウへのアクセス[Run Setup (ランの設 定 )]ウィンドウにアクセスするにはu

次のいずれかを実 行 します。
nスタート アップウィザードの[Run Setup (ランの設定)]タブで、[User-defined (ユーザー定 義 )]または[PrimePCR]をクリックします。

n

ホームウィンドウのツールバーで、[User-defined Run Setup (ユーザー定 義ラン設 定)]または[PrimePCR Run Setup (PrimePCRラン設定 )]をクリックします。

n

ホームウィンドウで、[Run (ラン)] > [User-defined Run (ユーザー定義 ラン)]または[Run (ラン)] >[PrimePCR Run (PrimePCRラン)]を選択 します。

ユーザーガイド | 163

第9章実 験の実施

[Protocol (プロト コル)]タブ[Protocol (プロト コル)]タブには、ランを実 行するプロト コルファイルのプレビューが表 示 されます。プロト コルファイ
ルには、機 器 の温 度 ステップに関 する指 示 に加え、ランプレート 、サンプル容 量、およびリッド温 度 を制御 する
機器 のオプションが含まれています。

デフォルト では、[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスの[Files (ファイル)]タ
ブにある[Run Setup (ランの設 定 )]セクションの[File Selection (ファイル選 択)]で定 義されているプロト コルが表示されます。[User Preferences (ユーザー設 定)]ダイアログボックスでデフォルト のプロト コルを変 更できます。詳細については、デフォルト のファイル設 定の変 更(83ページ)を参照 してください。
[Protocol (プロト コル)]タブでは、次 の操 作を行うことができますn

ランを実 行 する新 しいプロト コルを作 成 するn

既存 のプロト コルを選択 してランを実行 するか、編集 する

プロト コルを作 成 および変 更 する方 法 について詳しくは、第7章、プロト コルの作 成を参 照 してください。

新 しいプロト コルを作 成 するには
1.

[Protocol (プロト コル)]タブで、[Create New (新規 作成 )]をクリックします。
プロト コルエディターが表 示 されます。

2.

プロト コルエディターを使用 して、新 しいプロト コルを作 成します。

164 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Protocol (プロト コル)]タブ

3.

[OK]をクリックしてプロト コルを保存 し、[Run Setup (ランの設定 )]の[Protocol (プロト コル)]タブに戻ります。

4.

プロト コルの詳細 を確認 し、次のいずれかの操作 を行 います。
n

詳細 が正しい場合 は、[Next (次 へ)]をクリックして[Plate (プレート )]タブに進 みます。

n

詳細 が正しくない場 合は、[Edit Selected (選 択内容 を編集)]をクリックしてプロト コルエディターに戻 ります。プロト コルを修正 し、変 更 を保存してから、[Protocol (プロト コル)]タブの[Next (次 へ)]をクリックして、[Plate (プレート )]タブに進 みます。

既 存 のプロト コルを選 択 するには
1.

[Protocol (プロト コル)]タブで、次のいずれかの操 作 を行います。
n[Select Existing (既 存のものを選 択)]をクリックして、既 存のプロト コルに移動 します。

n[Express Load]をクリックして、ドロップダウンリスト からプロト コルを選 択 します。
ヒント ：[Express Load]ドロップダウンリスト に表示 されるプロト コルを追加 または削除 することができます。詳細 については、以下 のExpress Loadプロト コルの追 加と削 除 を参照 してください。

2.

プロト コルの詳細 を確認 し、次のいずれかの操作 を行 います。
n

詳細 が正しい場合 は、[Next (次 へ)]をクリックして[Plate (プレート )]タブに進 みます。

n

詳細 が正しくない場 合は、[Edit Selected (選 択内容 を編集)]をクリックしてプロト コルエディターを開きます。プロト コルを修 正し、変 更 を保 存してから、[Protocol (プロト コル)]タブの[Next (次 へ)]をクリック
して、[Plate (プレート )]タブに進みます。

Express Loadプロト コルの追 加 と削 除プロト コルエディターに表 示される[Express Load]ドロップダウンリスト の内容 を変 更できます。このリスト に表 示
されるプロト コルは、次 のフォルダに保 存されています。
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

プロト コルの[Express Load]リスト を変 更 するには
1.

ExpressLoadフォルダに移 動 し、このフォルダを開 きます。

2.

フォルダ内 のプロト コルファイル(.pcrl)を確認 します。

3.

次のいずれかの操 作を行います。
n

プロト コルをドロップダウンリスト から削除 するには、そのプロト コルをフォルダから削 除 します。

n

プロト コルをドロップダウンリスト に追加するには、そのプロト コルをフォルダ内 にコピーします。

ユーザーガイド | 165

第9章実 験の実施

[Plate (プレート )]タブ
注 ：[Protocol (プロト コル)]タブで選 択 されているプロト コルにリアルタイムPCR解析用 のプレート リードステッ
プが含まれていない場 合 、[Plate (プレート )]タブは非表 示 になります。[Plate (プレート )]タブを表 示するには、少なくとも1つのプレート リードをプロト コルに追 加する必 要があります。
[Plate (プレート )]タブには、ロードされるプレート ファイルのプレビューが表 示されます。リアルタイムPCRランでは、プレート ファイルに各ウェルの内容 の説 明( 蛍光色 素 、スキャンモード、およびプレート タイプなど) が含 まれています。CFX Maestro Dx SEではこれらの説明 を使 用 してデータの収 集と解析 を行 います。

デフォルト では、[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定 )]ダイアログボックスの[Files (ファイル)]タ
ブにある[Run Setup (ランの設 定 )]セクションの[File Selection (ファイル選 択)]で定 義されているプレート が表 示されます。[User Preferences (ユーザー設 定 )]ダイアログボックスで、デフォルト のプレート を変 更 できます。詳 細については、デフォルト のファイル設定 の変 更 (83ページ)を参照してください。
[Plate (プレート )]タブでは、次 の操作 を行 うことができます。
n

ロードする新 しいプレート を作成 するn

ロードまたは編 集 する既 存のプレート を選択 するプレート を作成 および変 更 する方法 について詳 しくは、第 8章、プレート の準備を参 照してください。

166 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Plate (プレート )]タブ

新 しいプレート を作 成 するには1.

[Plate (プレート )]タブで、[Create New (新 規作成 )]をクリックします。
プレート エディターが表示 されます。

2.

プレート エディターを使 用 して、新 しいプレート を作 成します。

3.

[OK]をクリックしてプレート を保 存し、[Run Setup (ランの設 定 )]の[Plate (プレート )]タブに戻 ります。

4.

プレート の詳 細 を確 認 し、次 のいずれかの操 作 を行 います。
n

詳細 が正しい場合 は、[Next (次 へ)]をクリックして[Start Run (ランの開 始)]タブに進みます。

n

詳細 が正しくない場 合は、[Edit Selected (選 択内容 を編集)]をクリックしてプレート エディターに戻ります。プレート ファイルを修正 し、変更を保存 してから、[Plate (プレート )]タブの[Next (次 へ)]をクリック
して、[Start Run (ランの開 始)]タブに進みます。

既 存 のプレート ファイルを選 択 するには1.

[Plate (プレート )]タブで、次 のいずれかの操作を行 います。
n[Select Existing (既 存のものを選 択)]をクリックして、既 存のプレート ファイルに移 動します。

n[Express Load]をクリックして、ドロップダウンリスト からプレート ファイルを選 択 します。
ヒント ：[Express Load]ドロップダウンリスト に表示 されるプレート を追加 または削 除することができます。詳細 については、以 下 のExpress Loadプレート ファイルの追 加 と削 除を参 照してください。

2.

プレート の詳 細 を確 認 し、次 のいずれかの操 作 を行 います。
n

詳細 が正しい場合 は、[Next (次 へ)]をクリックして[Start Run (ランの開 始)]タブに進みます。

n

詳細 が正しくない場 合は、[Edit Selected (選 択内容 を編集)]をクリックして[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウを開 きます。プレート ファイルを修 正 し、変更を保存 してから、[Next (次 へ)]をクリックして、[Start Run (ランの開 始 )]タブに進 みます。

Express Loadプレート ファイルの追 加 と削 除プレート エディターに表示 される[Express Load]ドロップダウンリスト の内 容を変更 できます。このリスト に表示 されるプレート は、次 のフォルダに保 存 されています。
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

プレート ファイルの[Express Load]リスト を変 更 するには
1.

ExpressLoadフォルダに移 動 し、このフォルダを開 きます。

2.

フォルダ内 のプレート ファイル(.pltd)を確 認します。

3.

次のいずれかを実 行 します。
nプレート ファイルをドロップダウンリスト から削除 するには、そのファイルをフォルダから削 除 します。

ユーザーガイド | 167

第9章実 験の実施

nプレート ファイルをドロップダウンリスト に追 加するには、そのファイルをフォルダ内 にコピーします。

168 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Start Run (ランの開始 )]タブ[Start Run (ランの開 始 )]タブ[Start Run (ランの開 始 )]タブには、ランを行 う実験に関する情 報 が表 示されます。また、実 験 のランに使 用 できる、1つ以上 の接続 機 器 のブロックも表 示 されます。

[Start Run (ランの開 始 )]タブでは、次 の操 作を行うことができます。
n

選択 されているプロト コルファイル、プレート ファイル、スキャンモードなど、詳細 なラン情 報 を表示 する

n

ランに関するメモを追 加するn

ランステータス(実 行中 またはアイドル)、サンプル容 量(µl)、リッド温 度、エミュレーションモード、IDまたは
バーコード(利用 可 能な場 合)など、すべての接 続機器 に関 する詳 細 を表 示 する
注 ：[Start Run on Selected Block(s) (選択 済みブロックでランを開始)]表に表 示 されるカラムを変 更できます。詳 細 については、選 択済 みブロック表内の詳細 の変 更 (170ページ)を参照 してください。

n

ランを実 施 する1つ以 上のブロックを選 択する

n

選択 されている各 機 器 のリッドをリモート から開閉 する

n

ランを開 始 する

ユーザーガイド | 169

第9章実 験の実施

選 択 済 みブロック表 内 の詳 細 の変 更[Start Run on Selected Block(s) (選 択 済みブロックでランを開始 )]表 に表 示されるカラムを変 更できます。この
表のデフォルト のサンプル容 量とリッド温 度 の値 を変 更 することもできます。設定 の変 更は、以 降に実施 されるランに適用 されます。

[Start Run on Selected Block(s) (選 択 済 みブロックでランを開 始 )]表 にカラムを追 加 するにはu

表を右 クリックして、表 示 されるメニュー内 で該当 するオプションをオンにします。

[Start Run on Selected Block(s) (選 択 済 みブロックでランを開 始 )]表 からカラムを削 除 するにはu

表を右 クリックして、表 示 されるメニュー内 で該当 するオプションをオフにします。

ブロックのサンプル容 量 またはリッド温 度 の値 を編 集 するにはuターゲット ブロックのサンプル容 量 またはリッド温 度 のセルを選 択し、セルに新 しい値を入 力 します。

ブロックのランIDまたはバーコードを追 加 するにはuターゲット ブロックのID/バーコードのセルを選択 し、セルにIDを入力 するか、バーコードリーダーでブロックをス
キャンします。

実 験 の実 施
重 要 ：実験 のランを実 行 する前 に、コンピューターのウイルス対策 ソフト ウェアによるスキャンがラン実施 中に開始されないことを確 認 してください。CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのインスト ール(33ページ)を参 照
してください。また、詳 細についてはシステム管理者 に問 い合 わせてください。

実 験 のランを実 行 するには1.

[Start Run (ランの開 始 )]タブで、[Run Information (ラン情報)]セクションに表 示されているプレート とプロト
コルの詳 細 を確認 します。

2.

(オプション) [Notes (メモ)]テキスト ボックスに、ランまたは実 験に関 するメモを追 加 します。

3.

ランを実 施 する 1 つ以 上のブロックのチェックボックスをオンにします。
ヒント ：すべてのブロックで実験 のランを実施 するには、[Selected Blocks (選 択済 みブロック)]表 の下にある[Select All Blocks (すべてのブロックを選択 )]を選択します。

4.

(オプション) [Flash Block Indicator (ブロックインジケーターの点 滅)]をクリックして、選 択されている機 器 ブロックのインジケーターLEDを点 滅 させます。

5.

ブロックに実 験 プレート を挿 入します。
a.

[Open Lid (リッドを開 く)]をクリックします。選 択されている各ブロックの電動 リッドが開 きます。

b.

選択 されている各 ブロックに実 験 プレート を挿 入します。

170 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Start Run (ランの開始 )]タブc.

[Close Lid (リッドを閉じる)]をクリックします。

ヒント ：CFX Opus Dxシステムでは、ホーム画面 で[Open Lid (リッドを開く)]または[Close Lid (リッドを閉じる)]をタップします。
6.

[Open Lid (リッドを開く)]または[Close Lid (リッドを閉 じる)]をクリックして、選択 されている各機 器 ブロックの
電動 リッドを開 閉 します。

7.

ランの詳 細 を確 認 し、次 のいずれかの操作 を行います。
n

詳細 が正しい場合 は、[Start Run (ランの開 始)]をクリックします。

n

詳細 が正しくない場 合：o[Selected Blocks (選択 済 みブロック)]表 の詳細を修 正 してから、[Start Run (ランの開始 )]をク
リックします。

o

該当 するタブに戻 って適 切な変 更を加え、変 更を保存 してから、[Next (次 へ)]をクリックして[Start Run (ランの開 始 )]タブに戻 り、ランを開 始 します。

以 前 のランから新 しいランを開 始 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
n

メインソフト ウェアメニューバーで[File (ファイル)] > [Repeat a Run (ランの繰 り返 し)]を選 択し、繰 り返
すランのランデータファイルに移 動してダブルクリックします。

nスタート アップウィザードで[Repeat Run (ランの繰 り返 し)]タブを選 択 し、繰り返 すランのランデータファ
イルをダブルクリックします。
必要 に応 じて、[Repeat Run (ランの繰り返し)]タブで[Browse (参照 )]をクリックし、繰 り返 すランデータ
ファイルに移 動してダブルクリックすることもできます。

ユーザーガイド | 171

第9章実 験の実施

[Run Details (ランの詳 細 )]ダイアログボックス[Start Run (ランの開 始 )]をクリックすると、CFX Maestro Dx SEはデータファイル( .pcrd) を保存 するよう促し、ランを開始して[Run Details (ランの詳 細 )]ダイアログボックスを開 きます。[Run Details (ランの詳 細 )]ダイアログ
ボックスには、次 の3つのステータスタブがあります。
n

Run Status (ランステータス) — このタブを使 用 して、プロト コルの現 在 のステータスの表 示、リッドの開閉、ランの一 時 停 止 、繰 り返 しの追加 、ステップのスキップ、ランの停止を行 うことができます。

n

Real-time Status (リアルタイムステータス) — このタブを使用して、収集 されたリアルタイムPCR蛍 光デー
タを確認 します。

nTime Status (時 間 ステータス) — このタブには、プロト コルのカウント ダウンタイマーが全 画 面で表示 されます。

これらのタブについて、以 降 のセクションで詳しく説 明します。

[Run Status (ランステータス)]タブ[Run Status (ランステータス)]タブには、進行 中のランの現 在 のステータスが表示 されます。このビューで、リッドを制御 したり、進 行中 のランを変 更したりすることもできます。

172 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Run Details (ランの詳 細)]ダイアログボックス

凡例
1.

[Run Status (ランステータス)]ペイン — プロト コルの現 在の進 行 状況 が表 示 されます。

2.

ランステータスのコント ロール — 機 器 を操 作 したり、現在 のプロト コルを中 断 したりできます。

3.

[Run Information (ラン情 報 )]ペイン — ランの詳細 が表 示 されます。

ランステータスのコマンド[Run Status (ランステータス)]タブ内のコマンドを使用 して、ソフト ウェアから機器 を操 作 したり、進行 中のランを変更 したりできます。
注 ：ラン実行 中 にプロト コルを変 更しても(繰 り返しの追 加など)、ランに関 連 付けられているプロト コルファ
イルは変 更 されません。こうしたアクションは、ランログに記 録 されます。

— 選択 されている機 器 の電 動 リッドを開きます。
重 要 ：ラン実 行 中 にリッドを開 くと、現在のステップでランが一時停 止 されて、データが変 更 される可能性 があります。ランステータスのコマンド(173ページ)。

— 選択 されている機 器 の電 動 リッドを閉じます。

— プロト コルの現 在のGOTOステップにさらに繰 り返 しを追加します。このオプションは、GOTOステップの実行 中にのみ使 用 できます。
注 ：プロト コルの進行 中 、GOTOサイクルが行われている間 に繰 り返 しを追 加 できます。ただし、CFX Maestro Dx SEが認 識するのは、繰 り返 し回 数 の最 新 の変更です。たとえば、GOTOサイクルが行われている間 に10回の繰り返しを追加 すると、ソフト ウェアは繰り返しの合計 回数 をn + 10回 に変更 します。その後 、同 じサイクルでさらに5回 の繰 り返 しを追加 すると、CFX Maestro Dx SEは繰り
返しの合 計 回 数 をn + 5に変更 します。つまり、最 初 の変更 (10回 の繰 り返 し)は無 視されます。ソフ
ト ウェアが目 標 の回 数 の繰り返しを行 うようにするには、合 計 回 数(この場合は15回の繰り返し)を入力します。

— プロト コルの現 在のステップをスキップします。
注 ：GOTOステップ中にスキップを起 動すると、システムはGOTOループの次のサイクルにスキップします。スキップする時 点でGOTOステップの最後 のサイクルが進 行中である場合 、システムは次 のステッ
プにスキップします。

ユーザーガイド | 173

第9章実 験の実施

— 選択 されている機 器 のLEDを点 滅 させて、選 択済 みのブロックを識 別 します。

— プロト コルを一時 停 止 します。
注 ：このアクションはランログに記 録されます。

— 一時 停 止 したプロト コルを再開 します。

— プロト コルが終了 する前にランを停止します。
注 ：プロト コルが終 了 する前にランを停止 すると、データが変 更される可 能 性があります。

PCRランの実 行 中 に機 器 のリッドを開 く
PCRランの実行 中に機 器 のリッドが開 いた場 合、CFX Maestro Dx SEでは次 の確認 ダイアログが表 示 されます。

ダイアログが表 示 されている間、機 器 は引 き続きプロト コルを実行 します。[OK]ボタンをクリックすると、実 行が一 時 停
止 し、機器 のリッドの留 め具 が外れ、リッドが開 きます。[キャンセル]ボタンをクリックすると、ダイアログが閉じて実 行 が再 開 されます。

174 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Run Details (ランの詳 細)]ダイアログボックス[Real-time Status (リアルタイムステータス)]タブ[Real-time Status (リアルタイムステータス)]タブには、ランでの最初の2回 のプレート 読 み取り後に各 サイクルで収集 されたリアルタイムPCRデータが表 示されます。

凡例
1.

[Amplification (増 幅 )]ト レースペイン — ラン実行 中 のリアルタイム増 幅 データが表 示 さ
れます。

2.

[Well Group (ウェルグループ)]識 別 子 — プレート セット アップでウェルグループが識別 された場 合 、ユーザーは特 定 のウェルグループを選 択 して、そのト レース、ウェル、および表 形
式 の情報 を表 示できます。
[Step Number (ステップ番号 )]識 別 子 - プロト コルが複 数のステップでデータを収 集 する場 合 (たとえば、増 幅 および融 解 曲 線中 )、ユーザーは特 定のステップを選 択 して、そのステップで収 集 されたト レースを表示 できます。

3.

ウェルセレクターペイン — プレート 内のアクティブウェル、非 アクティブウェル、および空 のウェルが表 示 されます。

4.

プレート 設定 表 ペイン — 表 形式 でプレート 設 定 が表 示されます。

ユーザーガイド | 175

第9章実 験の実施

5.

ランの詳 細 ペイン — 以下 を含 むランのリアルタイムステータスが表示 されます。
n 現 在 のステップ
n 現 在 のリピート 数
n 現 在 の温 度
n 残 り時 間n サンプル温 度
n リッド温 度

6.

Plate Setup (プレート 設定 ) — [Plate Setup (プレート 設 定)]ダイアログボックスが開 きます。ユーザーはこのダイアログボックスで、ラン実行 中 に現 在のプレート 設定 を変 更できます。

[Real-time Status (リアルタイムステータス)]タブでは、次 の操 作 を行 うことができますn

ウェルセレクターペインまたはプレート 設 定表 でリアルタイムト レースを選 択して、その表 示または非表 示 を切り替 えるn

単一 のト レースまたはト レースのグループを表示するために、[Well Group (ウェルグループ)]ドロップダウンで目的 のト レースを選 択 するn

プレート を編 集 する、またはプレート ファイルを置 き換えるnPrimePCRファイルをランに適 用 する

リアルタイムト レースの表 示 または非 表 示
デフォルト では、充填 されたすべてのウェルはアクティブであり、プレート 設定表 に表 示されます。アクティブウェル
は、ウェルセレクターペインに青色 で表 示されます。ウェルセレクターペインでは、非 表 示のウェルは薄 いグレーで表示 され、未 使 用のウェルは濃 いグレーで表示 されます。
ランの実 行中 にアクティブウェルからのト レースを非 表示 にすることができます。ウェルを非 表 示にしても、CFX Maestro Dx SEはすべてのウェルに関 するデータを引き続 き収 集しますが、非 表示 にされたウェルのデータ
はプレート 設 定表 に表 示 されません。

リアルタイムト レースを非 表 示 にするにはu

ウェルセレクターペインで、非 表 示 にするアクティブウェル(青色 )をクリックします。

リアルタイムト レースを表 示 するにはu

ウェルセレクターペインで、表 示 する非表示 ウェル(薄 いグレー)をクリックします。

ウェルセレクターについて詳 しくは、ウェルセレクター(195ページ)を参照 してください。

176 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Run Details (ランの詳 細)]ダイアログボックス

プレート 設 定 の編 集プレート 設 定 を編 集 するにはu[Plate Setup (プレート 設定)]をクリックして、[View/Edit Plate (プレート の表 示 /編 集)]を選 択します。
[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウが表 示 されます。このウィンドウで、ランの進 行中 にプレート を
編集 できます。プレート の編集 方法 について詳 しくは、第 8章 、プレート の準 備を参 照してください。
注 ：[Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウからト レーススタイルを編集 することもできます。ト レー
ススタイルに加えた変 更 は、[Real-time Status (リアルタイムステータス)]タブの増 幅 ト レースプロット に反映 されます。

プレート ファイルの置 換
ヒント ：プレート ファイルの置 き換 えは、ExpressLoadフォルダ内のクイックプレート ファイルを使 用 してランを開始 する場 合に特 に役立 ちます。

プレート ファイルを置 き換 えるにはu[Plate Setup (プレート 設定)]をクリックし、次 のいずれかのオプションを選 択 します。
n

Replace Plate file (プレート ファイルの置 換 ) — ブラウザウィンドウに表 示 されるリスト から新しいプレー
ト ファイルを選 択 しますnApply PrimePCR File (PrimePCRファイルの適 用 ) — スマート 検索を使用 して取 得したプレート レイ
アウト からランファイルを検 索します。または、[Browse (参 照)]をクリックして、PrimePCRフォルダ内にはない、Bio-Radのウェブサイト からダウンロードするファイルを見つけます。

注 ：CFX Maestro Dx SEにより、プレート ファイルのスキャンモードとプレート サイズが確認 されます。これらは、ランを開 始するときに使用 されたラン設定 と同 じである必要 があります。

ユーザーガイド | 177

第9章実 験の実施

[Time Status (時 間 ステータス)]タブ[Time Status (時間 ステータス)]タブには、現在のランが完 了 するまでの残り時 間が表 示されます。

178 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

PrimePCR実 験の実 施

PrimePCR実 験 の実 施
PrimePCR実 験では、Bio-Radがウェット ラボで検証 して最適化 済みのパスウェイまたは疾患 に固 有のアッセイ
が使用 されます。これらのアッセイは次の形 式で用意 されています。
n

プリプレート パネル—生物 学 的パスウェイまたは疾 患 に固有 のアッセイを含 むプレート 。これらのプレート には、PrimePCRコント ロールと対 照 遺 伝子が含 まれています。

nカスタム構 成 プレート —ユーザー決定 レイアウト で対 象 のターゲット 、コント ロール、およびリファレンスのアッ
セイを選 択 して設 定 できるプレート 。

n

個々 のアッセイ—ユーザーリアルタイム反応 で使 用する個 々のプライマーセット を含 むチューブ。

全体 的なラン時間 を短 縮 するために、プロト コルの融解 ステップを削除 することもできます。これ以 外 の変 更はPrimePCRランプロト コルに加 えないことを強 くお勧めします。デフォルト のプロト コルは、アッセイの検 証で使 用 されたものです。デフォルト のプロト コルを逸 脱すると、結 果に影響が及 ぶ可 能性があります。プロト コルの変 更は、結果 として生 成されるデータファイルの[Run Information (ラン情 報)]タブおよび作 成するすべてのレポート に記載 されます。

PrimePCRランを開 始 するにはuPrimePCRランを開 始 するには、次のいずれかの操 作を行います。
nスタート アップウィザードの[Run setup (ランの設定)]タブでPrimePCRを選択 し、該 当するケミスト リー(SYBR®またはプローブ)を選 択 します。

nスタート アップウィザードの[Repeat run (ランの繰り返し)]タブで、[Recent Runs (最 近のラン)]リスト からPrimePCRランを選 択します。

n

ホームウィンドウで[File (ファイル)] > [Open (開 く)]) > [PrimePCR Run File (PrimePCRランファイル)]を
選択 します。

nPrimePCRランファイルをホームウィンドウにドラッグアンドドロップします。

PrimePCRランを選 択 すると[Run Setup (ランの設定 )]ウィンドウが開き、[Start Run (ランの開始 )]タブに、選択されている機 器 に基 づいてデフォルト のPrimePCRプレート レイアウト がロードされます。

プロト コルの融 解 ステップを削 除 するにはu[Protocol (プロト コル)]タブで、[Include Melt Step (融解ステップを含める)]の横 にあるボックスをオフにします。

ユーザーガイド | 179

第9章実 験の実施

PrimePCRプレート のターゲット 情 報 をプレート レイアウト にインポート するには
1.

次のいずれかを実 行 します。
n[Run Details (ランの詳 細)]ダイアログボックスの[Real-time Status (リアルタイムステータス)]タブで、[Plate Setup (プレート 設 定)] > [Apply PrimePCR File (PrimePCRファイルの適用 )]を選 択します。

n[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウで、[Plate Setup (プレート 設 定 )] > [Apply PrimePCR File
(PrimePCRファイルの適 用 )]を選択します。

2.

[PrimePCR run file (PrimePCRランファイル)]ダイアログボックスで[Browse (参 照)]をクリックし、該当 する
PrimePCRファイル(.csv)に移動 します。

3.

ターゲット のPrimePCRファイルを選 択し、[Open (開 く)]をクリックします。

CFX Opus Dxシステムにより、ターゲット 情 報がプレート レイアウト にインポート されます。

180 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア解 析のためのスタンドアロンデータの転 送

解 析 のためのスタンドアロンデータの転 送
重 要 ：CFX Opus DxシステムからCFX Maestro Dx SEにデータファイルを転 送 するときは、システム上に保存されているすべてのファイルが転 送 されます。データを安全に転送するのに十分 な空 き容 量がディスクにあることを確 認 してください。
ランが完了 すると、CFX Maestro Dx SEが蛍光データを解析 します。ランがスタンドアロンモードで実 行されて、データがCFX Opus Dxシステム自 体に保 存 される場合 、そのデータを解析のためにCFX Maestro Dx SEコン
ピューターに転送 する必 要があります。
CFX Opus Dxシステムは最 大 5件までのリアルタイムPCRランを保存 できます。ランが完了 した後 、スタンドアロ
ンデータファイルをCFX Maestro Dx SEコンピューターに転 送するには、Eメール、USBドライブを使 用 できます。
このセクションでは、スタンドアロンデータファイルをCFX Maestro Dx SEコンピューターに転 送する方法 を説 明します。

Eメールを介 したデータの転 送
ラン終 了 時 にデータファイルをEメールで送 信 するには
1.

機器 でEメール通知 を設定 します。
Eメール通 知 のセット アップ(79ページ)またはCFX Opus DxリアルタイムPCRシステム操作 マニュアルを参 照
してください。

2.

Eメール通 知 を設定 するときに、[Attach Data File (データファイルの添付)]が選択 されていることを確 認してください。
ランデータは、.pcrdファイルとしてEメールで送信されます。

CFX Opus DxリアルタイムPCRシステムからのデータの転 送
CFX Opus Dxシステム上 のファイルブラウザ機 能 を使 用すると、接続されたUSBドライブまたは共 有 ネット ワーク
フォルダにデータファイルを転 送 できます。USBドライブまたは共 有ネット ワークドライブから、CFX Opus Dxシステ
ム上 の各 自のフォルダまたはパブリックフォルダへCFX Maestro Dx SEプロト コルファイルを転送 して、CFX Opus
Dxシステムで実 行することもできます。
ヒント ：このセクションでは、データの転 送 方 法 について説明します。イーサネット の設 定については、CFX
Opus DxリアルタイムPCRシステムの取 扱 説明 書を参照 してください。CFX Maestro Dx SEヘルプメニューでご覧いただけます。
1.

CFX Opus Dxシステムのホーム画面 で、[Files (ファイル)]をタップしてファイルブラウザ画 面を開 きます。

2.

ファイルブラウザ画 面でコピーするファイルを探 し、ファイルをタップしてファイルの詳 細ペインを表示 します。

3.

ファイルの詳 細 ペインで[Option (オプション)]をタップし、[Copy (コピー)]をタップします。

ユーザーガイド | 181

第9章実 験の実施

[Select Location (場所 の選択 )]ダイアログボックスが表 示されます。
4.

[Select Location (場所 の選択 )]ダイアログボックスで、次 のいずれかを実行 します。
n

既存 のフォルダに移 動します。

nファイルを保 存 するフォルダを作 成する場所 に移 動し、[Create Folder (フォルダの作 成)](

5.

)をタップしてその場所 に新 しいフォルダを作 成します。

[Select (選択 )]をタップして選択 した場 所にファイルをコピーするか、[Cancel (キャンセル)]をタップしてファイ
ルブラウザ画 面 に戻ります。
注 ：選択 した場 所に同 じ名前 のファイルが存 在する場 合は、メッセージボックスが表 示されます。[Yes(はい)]をタップして既 存 のファイルを上書きするか、[No (いいえ)]をタップしてファイルブラウザ画面 に戻ります。
CFX Opus Dxシステムでは、ファイルが正 常 にコピーされると確 認メッセージが表 示されます。

182 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア解 析のためのスタンドアロンデータの転 送

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアを介 したデータ転 送
CFX Maestro Dx SEを介 してデータを転 送 するには1.

ホームウィンドウの[Detected Instruments (検 出された機 器)]ペインで、ターゲット 機 器 を右 クリックして[Retrieve Data Files (データファイルの取得 )]を選 択します。
CFX Maestro Dx SEで[Browse For Folder (フォルダの参 照)]ダイアログボックスが表示 されます。

2.

[Browse For Folder (フォルダの参照 )]ダイアログボックスで、データファイルを保 存する場所 を参 照し、[OK]をクリックします。
転送 プロセスにより、選 択 した場 所 に「Real-Time Data (リアルタイムデータ)」というラベルの付 いたフォルダが作成 されます。ランデータは、個 別の.zpcrファイルとして「Real-Time Data (リアルタイムデータ)」フォルダに保存 されます。

USBドライブを使 用 したデータ転 送
機器 のUSBポート にUSBドライブを挿 入している場合、ランの完 了時 に、USBドライブのルート ディレクト リに自動的 にデータファイルが保 存 されます。保存 済 みのデータファイルを見つけて、接 続 されたUSBドライブに保 存することもできます。

CFX Opus Dxシステム上 のUSBドライブにデータファイルを転 送 するにはu[Select Location (場所 の選択 )]ダイアログボックスで、[USB]をタップし、ファイルのコピー先とするフォルダに移動 するか、[Cancel (キャンセル)]をクリックしてファイルブラウザ画 面に戻ります。
注 ：選択 した場 所に同 じ名前 のファイルが存 在する場 合は、ダイアログが表示 されます。[Yes (はい)]をタップして既 存 のファイルを上 書 きするか、[No (いいえ)]をタップしてファイルブラウザ画面 に戻 ります。

CFX Opus Dxシステムでは、ファイルが正 常 にコピーされると確 認メッセージが表 示されます。

ユーザーガイド | 183

第9章実 験の実施

CFX Opus DxリアルタイムPCRシステムを使 用 した共 有 ネット ワークドライブ
経 由 のデータ転 送
ヒント ：共有 ネット ワークドライブとの間 でデータを転送 できるのは、CFX Opus Dxシステムを使 用 する場 合のみです。
CFX Opus Dxシステムでは、イーサネット を使 用して共 有ネット ワークドライブに接 続 できるようになっています。
正常 に接 続されていれば、共 有 ネット ワークドライブ上 のフォルダとの間でデータファイルを転送 できます。

共 有 ネット ワークドライブとの間 でデータを転 送 するにはu[Select Location (場所 の選択 )]ダイアログボックスで、[Network (ネット ワーク)]をタップし、ファイルのコピー
先とするフォルダに移 動 するか、[Cancel (キャンセル)]をクリックしてファイルブラウザ画面 に戻 ります。
注 ：選択 した場 所に同 じ名前 のファイルが存 在する場 合は、ダイアログが表示 されます。[Yes (はい)]をタップして既 存 のファイルを上 書 きするか、[No (いいえ)]をタップしてファイルブラウザ画面 に戻 ります。

CFX Opus Dxシステムでは、ファイルが正 常 にコピーされると確 認メッセージが表 示されます。

データファイルの作 成
機器 からCFX Maestro Dx SEコンピューターに転 送されたデータを解析するには、圧縮 データファイル(.zpcrファイル)をデータファイル(.pcrdファイル)に変 換 する必 要があります。CFX Maestro Dx SEは.zpcrファイルを.pcrdファ
イルに変 換してから、スキャンモードとプレート サイズが同じプレート ファイルを選 択し、そのプレート ファイルを.pcrdファイルに適 用 します。

スタンドアロンデータファイルからデータファイルを作 成 するには1.

CFX Maestro Dx SEで、次のいずれかの操作 を行 います。
nターゲット の.zpcrファイルを見 つけて、CFX Maestro Dx SEホームウィンドウにドラッグします。

n[File (ファイル)] > [Open (開く)] > [Stand-alone Run (スタンドアロンラン)]を選 択し、ターゲット ファイルに移動 して選 択します。

CFX Maestro Dx SEにより、[Save As (名 前を付けて保 存 )]ダイアログボックスが表 示されます。
2.

.pcrdファイルを保 存 するフォルダに移動 し、[Save (保 存)]をクリックします。
.pcrdファイルを保 存 した後 、CFX Maestro Dx SEの[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウが開き、結果のデータが表 示 されます。

184 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 10章データ解 析の概要
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアは、各 ランの終了 時にリアルタイムPCRデータを自動 的に処理 し、[DataAnalysis (データ解析 )]ウィンドウを開いて、これらのデータ(.pcrdファイル)を表示 します。
n

データファイル(.pcrd拡 張子)を[Home (ホーム)]ウィンドウにドラッグしてマウスを放 すn[Home (ホーム)]ウィンドウで、[File (ファイル)] > [Open (開 く)] > [Data File (データファイル)]を選択 し、ター
ゲット の.pcrdファイルを参 照する

n[Home (ホーム)]ウィンドウで、[File (ファイル)] > [Recent Data Files (最 近 のデータファイル)]を選択 し、最近開 いた10個のデータファイルのリスト から選択 するn

スタート アップウィザードで[Analyze (解 析)]タブを選 択 し、[Recent Files (最 近 のファイル)]から選択 するか、[Browse (参 照 )]をクリックしてデータファイルを見 つける[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウ[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウには複数 のタブが表 示され、各 タブには特 定の解 析方 法の解 析 済 み
データまたはラン固 有 の情 報 が表 示 されます。タブは、ランで収 集されたデータがそのタイプの解析 に使 用可 能
な場 合にのみ表 示 されます。

ヒント ：表示 するタブを選 択するには、[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウのドロップダウンメニュー[View(表示 )]からタブを選 択します。元 のタブレイアウト に戻すには、[Settings (設定 )] > [Restore Default
Window Layout (デフォルト のウィンドウレイアウト に戻す)]を選 択します。

ユーザーガイド | 185

第10章データ解 析の概 要[Data Analysis (データ解 析 )]ツールバー[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウのツールバーから、重要 なデータ解析機 能にすばやくアクセスできます。

表11に、ツールバーのボタンの機 能 を示 します。
表 11. [Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウのツールバー

ボタン

名前

機能

Plate Setup (ププレート の表 示/編 集 — Plate Editorを開 いて、ウェ

レート のセット アッ

ルの内 容を表 示 して編集 します。

プ)

プレート の置 換 — プレート レイアウト を置 き換 える
プレート ファイルを選 択 します。
PrimePCRファイルの適 用 — PrimePCRランのプ
レート レイアウト を置 き換 えるランファイルを選 択 しま
す。

Manage Well

[Well Groups Manager]ウィンドウを開 き、ウェルグGroups (ウェルグループを作 成 、編集 、および削 除 します。

ループの管理 )Well Group (ウェルドロップダウンメニューから既 存のウェルグループ名 をグループ)

選択 します。デフォルト の選 択 は[All Wells (すべてのウェル)]です。このボタンは、ウェルグループが作 成された場 合 にのみ表 示 されます。

解 析 モード

蛍光 色 素 またはターゲット モードでデータを解 析 します。

Help (ヘルプ)オンラインヘルプとこのマニュアルのAcrobatPDF形式のデジタルコピーを参 照 できるソフト ウェアヘルプ
を開 きます。

186 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウ

データ解 析 メニューバー
表12に、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウのメニューバー項 目 を示 します。
表 12. [Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウのメニューバー項 目

メニュー項 目コマンド

機能

File (ファイル)

Save (保 存 )ファイルを保 存 します。

Save As (名 前を付 けて保 存 )ファイルを新 しい名 前 で保存 します。

File Passwords (ファイルパスワード)

ユーザーがファイルの保 存 パスワードと開 くための
パスワードを設定 できるようにします。

Sign (署 名 )ユーザーがデータファイルに署 名 できるようにします。

Repeat Run (繰り返しラン)

現 在 のランからプロト コルとプレート ファイルを抽 出してリランします。

Close (閉じる)[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウを閉 じます。

View (表示 )Run Log (ランログ)[Run Log (ランログ)]ウィンドウを開いて、現 在のデータファイルのランログを表 示 します。

Audit Trail (監 査証 跡 )ファイルの監 査 証跡 を開 きます。

Quantification, Melt Curve, Gene

[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウの選 択さExpression, End Point, Custom

れたタブに解 析 されたデータを表 示します。少 なくData View, QC, Run Information

とも1つのタブを選 択 する必 要 があります。

(定 量 化 、融解 曲 線 、遺伝 子 発
現 、エンドポイント 、カスタムデータ
ビュー、QC、ラン情 報 )ユーザーガイド | 187

第10章データ解 析の概 要

表 12. [Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウのメニューバー項 目 、続 き

メニュー項 目コマンド

機能

Settings (設 定 )Cq Determination Mode (Cq決 定

回 帰 モードまたは単 一しきい値モードのいずれか

モード)を選択 して、各 ト レースのCq値の計 算 方法 を決定 できます。

Baseline Setting (ベースライン設 定 )選 択 したウェルグループのベースライン減 算法 を
選 択 できます。

Analysis Mode (解 析 モード)

蛍 光 色素 またはターゲット ごとにデータを解析 できます。

Cycles to Analyze (解 析 するサイク

解 析 するサイクル数を選 択 できます。

ル数)
Baseline Threshold (ベースラインし[Baseline Threshold (ベースラインしきい値)]ウィ

きい値 )

ンドウを開 いて、ベースラインまたはしきい値 を調
整 します。

Trace Styles (ト レーススタイル)[Trace Styles (ト レーススタイル)]ウィンドウを開きます。

Plate Setup (プレート のセット アップ)

Plate Editorを開 き、プレート を表 示して編 集 します。現 在のプレート を、ユーザー定 義 のプレート
ファイルまたはPrimePCRランファイルのプレート に
置 き換 えます。

Include All Excluded Wells (除 外 さ

除 外 されたすべてのウェルを解 析 に含めます。

れたすべてのウェルを含 める)
Mouse Highlighting (マウス強 調 表

マウスポインターによるデータの同時 強 調 表 示を示)

オンまたはオフにします。
ヒント ：[Mouse Highlighting (マウス強 調表示 )]がオフになっている場合 は、Ctrlキーを押して一 時的 に強 調 表 示をオンにします。

Restore Default Window Layout (デフォルト のウィンドウレイアウト に戻 す)

188 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ウィンドウの配置 をデフォルト 設 定に戻 します。

[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウ

表 12. [Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウのメニューバー項 目 、続 き

メニュー項 目コマンド

機能

Export (エクスExport All Data Sheets (すべてのすべてのタブのすべてのスプレッドシート ビュー

ポート )データシート のエクスポート )を.csv、.txt、Excel、または.xmlファイルのどれにエクスポート するかを選択 できます。

Export RDML File (RDMLファイルのファイルをエクスポート するRDMLのバージョン1.1

エクスポート )または1.0のどちらかを選択 できます。

Custom Export (カスタムエクスポー[Custom Export (カスタムエクスポート )]ウィンドウト)が開 き、ここでエクスポート するフィールドとファイル
形 式 を指 定 できます。

Export to LIMS Folder (LIMSフォル

データを所 定 の形 式 でLIMSフォルダに保存 する

ダにエクスポート )ウィンドウが開 きます。

Manual Export (手動 エクスポート )ウィンドウが開 き、すべてのスプレッドシート ビュー
から、Seegene, IncおよびBio-Rad Laboratoriesの専 用構 造 を持つExcelファイルにデータを保 存する場所 を指 定できます。
ヒント ：エクスポート 時 にSeegeneViewerを
自 動 的に開 始 することもできます。詳 細 については、[Tools (ツール)]メニューのコマンド(65ページ)を参照 してください。

Tools (ツール)

Reports (レポート )このデータファイルのレポート を開きます。

Well Group Reports (ウェルグループ[Well Group Report (ウェルグループレポート )]ウィ

レポート )

ンドウを開 き、指 定 したウェルグループのレポートを生成 します。

Import Fluorophore Calibration (蛍現 在 のデータファイルに適 用 するキャリブレーショ

光 色 素キャリブレーションのインポーンファイルを選 択 します。

ト)qbase+

qbase+ v2.5がインスト ールされている場 合 は、それを現 在 の.pcrdファイルから直 接 起 動します。

Generate LIMS PLRN file (LIMS

データファイルをLIMS形 式の.plrnファイルとして保PLRNファイルの生 成 )存 します。

ユーザーガイド | 189

第10章データ解 析の概 要

タブの詳 細[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウの各 タブでは、特 定の解 析方法用 のグラフおよびスプレッドシート にデー
タが表 示され、表 示 するデータを選 択するためのウェルセレクターが含まれています。[Data Analysis (データ解析)]ウィンドウを開 くと、デフォルト で[Quantification (定量 化 )]タブが表示されます。[Quantification (定 量 化 )]タ
ブの増 幅グラフデータを使 用 して、ランに適 切な解 析設 定を決定できます。

注 ：ソフト ウェアは、各 [Data Analysis (データ解 析)]タブのペイン内のデータをリンクします。たとえば、ウェル
セレクタービューでウェルの上にマウスポインターを置いてウェルを強調 表示 すると、他 のすべてのペイン内 のデータが強 調表 示 されます。

ステップ番 号 セレクター
CFX Opus Dxシステムは、複 数のプロト コルステップで蛍 光データを取得できます。ソフト ウェアでは、各ステップ
で取 得したデータを個 別に維 持します。CFX Maestro Dx SEでは、[Quantification (定 量化 )]タブの検 量 線グ
ラフの下にステップ番 号セレクターが表示 されます。プロト コルに少なくとも1つのデータ収 集 ステップが含まれている場合は、CFX Maestro Dx SEに最初 の収集 ステップからのデータが表 示されます。
プロト コルに複 数 の収 集 ステップが含 まれている場合は、ドロップダウンリスト から別 のステップを選択 できます。
例：

ステップを選 択 すると、その選 択 が[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウに表 示されているすべてのデータに適用されます。

190 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウ

データ解 析 でのウェルグループの表 示
プレート 内のウェルは、ウェルグループを使用 した独 立 した解析 のためにサブセット にグループ化 できます。ウェル
グループを作 成 すると、それらのグループ名 が[Data Analysis (データ解析)]ウィンドウとツールバーの[WellGroups (ウェルグループ)]ドロップダウンリスト に表示 されます。
ウェルグループを作 成 した場 合は、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウを開 いたときに、デフォルト のウェルグ
ループ[All Wells (すべてのウェル)]が表示 され、グラフとスプレッドシート の内 容を含 むすべてのウェルにデータが表示 します。そのウェルグループ内のウェルのうち、内容がロードされたウェルのみがウェルセレクターに表 示され、それらのウェルのデータのみがデータ解 析の計算 に含 まれます。
ヒント ：ウェルグループを作 成、編 集 、および削除 するには、ツールバーの[Manage Well Groups (ウェルグループの管 理)]をクリックします。
注 ：ウェルグループを作 成 しなかった場 合は、[Well Groups (ウェルグループ)]ドロップダウンリスト がツールバーに表示されません。

ラン後 のウェルの内 容 の変 更
データ解 析中に、Plate Editorでウェルの内 容 を変更してデータの表 示 方 法を変更 しても、ラン中に各 ウェルから収 集された蛍 光 データは変 更されません。モジュールが蛍光 データを収集 した後 、それらのデータを削 除 することはできませんが、ビューと解 析 からデータを削除することはできます。

ラン後 にウェルの内 容 を変 更 するにはu[Data Analysis (データ分 析 )]ウィンドウで、[Plate Setup (プレート のセット アップ)]をクリックし、次のいずれかのオプションを選 択 します。
nEdit/View Plate (プレート の編 集 /表 示 ) — Plate Editorを開きます。ここでは、レイアウト を手動 で変更できます。

n

Replace Plate File (プレート ファイルの置 換 ) — [Select Plate (プレート の選 択 )]ブラウザが開 きます。ここで、以 前 保 存 したプレート ファイルにナビゲート し、そのファイルで現在 のプレート レイアウト を置
き換えることができます。

n

Apply PrimePCR file (PrimePCRファイルの適 用 ) — [Select PrimePCR file (PrimePCRファイルの選択 )]ダイアログボックスを開 きます。ここで、PrimePCRランファイルにナビゲート して、そのファイルをプ
レート レイアウト に適 用できます。

ヒント ：ラン前、ラン中 、またはPCRランの完 了後に、ウェルの内容に関 する情報 を追加 または編集 できます。ラン前 にスキャンモードとプレート サイズを割 り当 てる必要 があります。これらのパラメータは、ラン後 に変更 することはできません。

ユーザーガイド | 191

第10章データ解 析の概 要

データ解 析 設 定[Quantification (定量 化 )]タブの増幅 グラフデータは、すべてのサイクルでの各 ウェルの相 対 蛍光 単位 (RFU)を示します。グラフ内の各 ト レースは、1つのウェル内の単 一の蛍光 色 素からのデータを表 します。これらのデータ
は、蛍光 色素 ごとに各 ウェルのCq値を決 定するために使 用 されます。ソフト ウェアでは、次 の2つのモードのどち
らかを使用 してCq値を決定します。
nregression (回 帰 ) — 多 変数 の非 線形回 帰モデルを個々のウェルト レースに適 用してから、このモデルを使用 して最 適なCq値 を計 算します。

nSingle Threshold (単 一 しきい値 ) — 単一 しきい値を使 用して、個 々 の蛍光 ト レースのしきい値交 差ポ
イント に基 づいてCq値を計算 します。

[Settings (設定 )] > [Cq Determination Mode (Cq決定モード)]を選 択し、Cq決 定 モードを選 択します。

しきい値 の調 整
単一 しきい値 モードでは、増 幅 グラフのしきい値線 をクリックして、マウスポインターを縦 方 向 に移 動 させること
で、蛍光 色 素 のしきい値 を調整 できます。または、選 択した蛍光 色素 の正確な交 差しきい値を指 定 できます。

ベースライン設 定
ベースラインは、ウェルごとに自 動的 に設 定されます。ベースライン設定によって、すべての蛍 光ト レースのベース
ライン減算 法 が決 定 されます。ソフト ウェアは、次の3つのベースライン減 算 オプションを提供 しています。
n

No Baseline Subtraction (ベースライン減 算 なし) — データを相対 蛍光 ト レースとして表 示 します。この
解析 モードでは一 部 の解 析 を行 えないため、[Gene Expression (遺伝 子 発現 )]、[End Point (エンドポイント )]、および[Allelic Discrimination (対立 遺伝 子 識 別)]タブが表示 されません。

nBaseline Subtracted (減 算 ベースライン) — ウェル内の各蛍 光色 素のベースライン減 算 ト レースとしてデータを表 示 します。ソフト ウェアでは、データをベースライン減 算して定 量 化サイクルを決 定し、検量 線 を作成 して、不 明 なサンプルの濃 度を決 定 する必 要があります。ベースライン減 算 ト レースを生 成するために、ソフト ウェアは、ベースラインサイクル中 に記 録された各ウェルの蛍光を通 して最 適な直線 を適 合 させ、各サイクルで背 景減 算 データから最 良 適 合データを減算します。

nBaseline Subtracted Curve Fit (ベースライン減 算 曲 線 適 合 ) — データをベースライン減 算ト レースとして表示 し、ソフト ウェアは中心 平 均フィルターを使用してベースライン減算曲 線を平滑 化 します。このプロ
セスは、各 Cqが不 変のままになるように実 行されます。

これらのオプションに加 えて、[Apply Fluorescent Drift Correction (蛍光 ドリフト 補正 の適 用 )]を選 択することもできます。ランの最 初の数 サイクル中 に異 常 にドリフト するRFU値を持つウェルの場 合 は、水 平ベースラインが正 常に生成 された隣 接 ウェルから推 定ベースラインが導 出されます。

192 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データ解 析設 定

ベースライン減 算 設 定 を変 更 するにはu[Settings (設定 )] > [Baseline Setting (ベースライン設定 )]を選 択します。

解 析 モード
データは、蛍 光 色 素 またはターゲット 名 のいずれかによってグループ化 して解 析 できます。蛍 光色 素でグループ化
すると、そのランのプレート セット アップに示されているように、データト レースが蛍 光色素 別に表示 されます。増 幅
グラフの下にある該当 する蛍光色 素 セレクターチェックボックスをオンにすると、個 々の蛍光 色素 データが増幅 グラ
フと検 量線 グラフ(利用 可 能 な場 合 )に表 示されます。

ターゲット でグループ化 すると、データト レースがそのランのプレート セット アップで入力 されたターゲット 名 別 に表示されます。

データ分 析 モードを選 択 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
n[Settings (設定 )] > [Analysis Mode (解析 モード)]を選択 します。

n

ツールバーの[Analysis Mode (解 析モード)]ドロップダウンメニューからモードを選択 します。

ユーザーガイド | 193

第10章データ解 析の概 要

解 析 するサイクル数
解析 するサイクル数を制限できます。特定 のサイクルのセット からのデータを解析 することもできます。解 析できる最 大 サイクル数 は50です。
注 ：ランの開 始 からサイクルを削除 すると、ベースライン化 に大 きな影 響を与 える可 能性 があります。

データ解 析 を特 定 のサイクルの範 囲 に制 限 するには
1.

[Settings (設定 )] > [Cycles to Analyze (解 析するサイクル数)]を選択します。
[Cycles to Analyze (解析 するサイクル数 )]ダイアログボックスが表 示されます。

2.

開始 サイクル値 と終 了サイクル値 を入 力し、[OK]をクリックします。

[Cycles to Analyze (解析 するサイクル数 )]ダイアログボックスの[Restore Defaults (デフォルト に戻 す)]をクリックすると、最 初 に解 析 に使用 されていたサイクルに戻ります。

194 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ウェルセレクター

ウェルセレクター
ウェルセレクターは、[Data Analysis (データ解析)]ウィンドウ上 のグラフやスプレッドシート でウェルデータを表 示 ま
たは非 表示 にするために使用します。ウェルセレクターで選択 できるのは、サンプルがロードされたウェルのみです。ソフト ウェアは、ウェルセレクター内 のウェルを色 分けして表示します。
n

青 色 — 選 択 されたウェルを示 します。選 択されたウェルのデータが[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウに表示 されます。

n

薄 い灰 色 — 選 択されていないウェルを示します。選択されていないウェルのデータは[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウに表 示 されません。

n

濃 い灰 色 — 空 のウェルを示します。

ウェルデータを表 示 または非 表 示 にするにはu

ウェルセレクターで、次 のいずれかを実 行 します。
n

1つのウェルを非 表 示 にするには、そのウェルをクリックします。非 表示 にしたウェルを表示 するには、もう一度 クリックします。

n

複数 のウェルを非表 示 にするには、非表 示 にするウェル全 体 をドラッグします。非表 示 にしたウェルを表示 するには、もう一 度ドラッグします。

nプレート の左 上 隅 をクリックして、すべてのウェルを非表 示 にします。プレート の左 上 隅をもう一 度 クリッ
クして、すべてのウェルを表 示 します。

n列または行 の先 頭 をクリックして、それらのウェルを非 表示にします。列 または行 をもう一度 クリックして、ウェルを表示 します。

ユーザーガイド | 195

第10章データ解 析の概 要

ウェルセレクターの右 クリックメニュー項 目
表13に、ウェルセレクタービューで使 用可 能 な右 クリックオプションを示します。
表 13. ウェルセレクタービューの右 クリックメニュー項 目

項目

機能Well XX (ウェルXX)

このウェルのみを表 示する、このウェルをビューから削 除 する、このウェルの色 を設定 する、またはこのウェルを解 析から除 外 します。

Selected Wells (right-click andこれらのウェルのみを表示 する、これらのウェルをビューから削 除する、これdrag) (選 択されたウェル(右 クリック

らのウェルの色 を設 定する、またはこれらのウェルを解 析 から除 外 します。

してドラッグ))
Copy (コピー)サンプルタイプとオプションの複 製 番 号を含 む、ウェルの内 容をクリップボー
ドにコピーします。

Copy as Image (画 像 としてコ

ウェルセレクタービューを画 像 としてコピーします。

ピー)
Print (印刷 )ウェルセレクタービューを印 刷 します。

Print Selection (選択 項 目 の印

現 在 の選 択 を印刷 します。

刷)
Export to Excel (Excelにエクス

データをExcelスプレッドシート にエクスポート します。

ポート )Export to CSV (CSVにエクスポー

データを.csv文 書 としてエクスポート します。

ト)
Export to Xml (Xmlにエクスポー

データを.xml文 書としてエクスポート します。

ト)Well Labels (ウェルラベル)

ウェルラベルをサンプルタイプ、ターゲット 名、またはサンプル名 に変 更 します。

196 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ウェルセレクター

解 析 からの一 時 的 なウェルの除 外
データ解 析 から一 時 的 にウェルを除 外 するには
1.

ウェルセレクターで、蛍 光 ト レースで、または検 量 線 上にプロット されたポイント でウェルを右 クリックします。
複数 のウェルを除 外 するには、複数 のウェル、ト レース、またはポイント を右クリックしてドラッグし、強 調表
示します。

2.

右クリックメニューから、該 当するオプションを選択 します。
n[Well (ウェル)] > [Exclude Well (ウェルの除外 )]n[Selected Wells (選択 されたウェル)] > [Exclude from Analysis (解 析からの除外 )]n[Selected Traces (選択 されたト レース)] > [Exclude these wells from Analysis (解 析からのこれらのウェルの除 外 )]または、解析 からウェルを完全 に削 除 するには、[Clear Wells (ウェルのクリア)]ボタンをクリックすることによって、Plate Editorでウェルから内 容 をクリアします。
重 要 ：クリアされたウェルの内 容は再 入力 する必 要があります。

除 外 されたウェルを含 めるにはu

ウェルセレクターで該当 するウェルを右クリックし、[Well (ウェル)] > [Include Well in Analysis (解析 にウェルを含める)]を選 択 します。

ユーザーガイド | 197

第10章データ解 析の概 要

グラフ[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウ内 の各グラフには、データが異なるグラフで表 示され、データまたはグラフのグラフィックを調 整してエクスポート するためのオプションが含まれています。

グラフツール
表14に、ほとんどのグラフで使 用 可 能 な右クリックオプションを示します。
表 14. ほとんどのグラフに共 通 の右 クリックメニュー項 目

項目

機能

Copy (コピー)

グラフをクリップボードにコピーします。

Save Image As... (画 像 に名前 を

グラフを画 像 ファイルとして保 存 します。画 像 の解 像 度 と寸 法を設 定 して付 けて保 存 ...)から、ファイルタイプ(PNG、GIF、JPG、TIF、またはBMP)を選 択 します。

Page Setup... (ページのセット アッ

印刷 用 のページのセット アップを選 択します。

プ...)
Print... (印 刷 ...)

グラフを印 刷 します。

Set Scale to Default (スケールを

棒グラフ内 のすべてのデータを表 示 します。データポイント /サンプルが多 すデフォルト に設 定 )ぎてグラフフレームに表 示 しきれない場 合は、スクロールバーが表 示 されます。

Chart Settings (グラフ設 定 )[Chart Settings (グラフ設 定)]ダイアログボックスが開 き、ここで次 のようなグラフの表示 オプションを変 更 できます。
n グラフと軸 のタイト ル
n グラフと軸 のフォント とサイズ
n 軸の目 盛 り
n 凡例 の位 置

グラフツールは、[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウの各 グラフにも表示 されます。すべてのグラフに次 のツー
ルが表 示されます。
Copy to Clipboard (クリップボードにコピー) — グラフビューの内容をクリップボードにコピーします。
Chart Settings (グラフ設 定 ) — グラフの表 示オプションを変更可 能な[Chart Settings (グラフ設定 )]ダイアログ
ボックスを開 きます。
Export (エクスポート ) — [Export Options (エクスポート オプション)]ダイアログボックスを開 きます。このダイアログ
ボックスでは、グラフの解 像度 とサイズを変 更し、指 定した場 所に以 下のいずれかのファイルタイプで保存 できます。

198 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

n

.bmp

n

.jpg

n

.png

棒 グラフツール
グラフツールに加 えて、棒グラフには以下 のツールが表 示されます。
Sort — ターゲット とサンプルをアルファベット 順または逆アルファベット 順 に並 べ替えます。
Color Settings — [Color Settings]ダイアログボックスを開 きます。このダイアログボックスでは、ターゲット とサン
プルの色を変 更できます。
これらのツールの詳 細 については、グラフビューの変更 と注 釈付け(258ページ)を参 照してください。

増 幅 グラフツール
上記 のツールに加 えて、増幅 グラフには以 下 のツールが表示 されます。
Trace Styles — [Trace Styles]ダイアログボックスを開きます。このダイアログボックスで、増 幅 グラフ内 のト レースの外観 を変 更 できます。
Baseline Threshold — [Baseline Threshold]ダイアログボックスを開きます。このダイアログボックスでは、選択したウェルのデフォルト ベースラインを変 更 したり、増 幅 グラフ内の各蛍 光曲 線 のしきい値を変 更したりできます。

クリップボードへのグラフデータのコピー
グラフビューの内 容をコピーして、ビット マップ画像ファイルを受 け入れる任意のアプリケーションに貼り付けることができます。

グラフデータをクリップボードにコピーするには1.

グラフツールから、[Copy to Clipboard (クリップボードにコピー)]アイコンを選択 します。

2.

Microsoft Wordなど、ビット マップ画 像 を受 け入 れるアプリケーションを開 きます。

3.

右クリックして[Paste (貼 り付 け)]を選択 し、ビット マップ画像 をクリップボードからアプリケーションに貼り付けます。

グラフ表 示 設 定 の変 更[Chart Settings (グラフ設 定 )]ダイアログボックスを使 用して、表 示 されるグラフのタイト ル、フォント とサイズ、軸の
目盛 り、および凡 例の位置 を変更 します。行 った変 更 は、表 示されているグラフにのみ適 用 され、グラフとともに保存されます。

ユーザーガイド | 199

第10章データ解 析の概 要

グラフ表 示 設 定 を変 更 するには1.

グラフツールから、[Chart Settings (グラフ設定)]をクリックします。
[Chart Settings (グラフ設定 )]ダイアログボックスが表 示されます。

2.

3.

[Chart And Axes (グラフと軸)]タブを選 択 して、次 の操作を行います。
n

グラフのタイト ルを入 力 します。

nx軸の新しいタイト ルを入力 し、ラベルに角 度を付けます。

ny軸の新しいタイト ルを入力 します。

[Fonts (フォント )]タブを選択 して、グラフのフォント とフォント サイズを変更 します。
ヒント ：デフォルト で、グラフサイズの変更に応 じてフォント サイズが自 動 スケーリングされます。各 ラベル
タイプの静 的 フォント サイズを設定 するには、[Change Font Size (フォント サイズの変更 )]を選 択 しま
す。

4.

5.

[Axes Scale (軸スケール)]タブを選 択して、次の操 作を行 います。
nx軸とy軸 の自動 スケーリングをクリアし、最 小および最大のスケーリング値を指 定 します。

n

グラフ上 にグリッド線 または目盛 りを表 示するように選択 します。

[Legend (凡例 )]タブを選択 して、次 の操作 を行います。
n

グラフの凡例 を非 表示 にするように選択 します。

n

グラフの凡例 のデフォルト 位置 を変 更します。

200 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

注 ：凡例 をグラフの左 側または右側 に配 置すると、グラフ内 の最 初の10個 の蛍 光 色素 のみが表示 されます。
6.

[Apply (適用 )]をクリックすれば、いつでも変更 を保 存 せずにグラフ設 定の変更 を表 示できます。

7.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、グラフに戻ります。

グラフのエクスポート
このダイアログボックスを使 用 して、グラフの幅 、高 さ、および解像 度を変更し、次 のいずれかのファイル形式 でエクスポート します。
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

その後 で、エクスポート したグラフを使 用して、ポスターセッション、Microsoft PowerPointプレゼンテーション、および専門 誌に結 果 を表 示 できます。
注 ：設定の変 更 時 は、次 の点に注 意 してください。
nn

幅と高 さの上 限 と下 限o

72 dpi：0.1〜 83インチo

96 dpi：0.1〜 62インチo

150 dpi：0.1〜40インチo

300 dpi：0.1〜20インチo

600 dpi：0.1〜10インチo

すべての解 像 度：2〜 6,000ピクセル

アスペクト 比 は幅 を基 準 とします。

グラフをエクスポート するには1.

グラフツールから、[Export (エクスポート )]をクリックします。
[Export Preview (エクスポート プレビュー)]ダイアログボックスが表示 されます。

ユーザーガイド | 201

第10章データ解 析の概 要

2.

必要 に応 じて、表 示 の設定 を変更 します。

3.

[Export (エクスポート )]をクリックします。

4.

[Export (エクスポート )]ダイアログボックスで、次の手順 を実行します。

5.

a.

(オプション)グラフファイルを保 存するフォルダに移 動 します。

b.

ファイルの名 前 を入力 し、ドロップダウンリスト からファイルタイプを選択 します。

[Save (保存 )]をクリックして、グラフファイルを保 存 します。

ベースラインしきい値 設 定 の変 更単一 しきい値 モードでは、増 幅 グラフのしきい値線 をクリックして、マウスポインターを縦 方 向 に移 動 させること
で、蛍光 色 素 のしきい値 を調整 できます。または、選 択した蛍光 色素 の正確な交 差しきい値を指 定 できます。
ヒント ：サイクル範 囲 を指 定して、[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設 定)]の[DataAnalysis (データ解析 )]タブですべてのデータファイルのベースラインを決定 できます。

各 ウェルの開 始 ベースラインサイクルと終 了 ベースラインサイクルを調 整 するには
1.

[Quantification (定量 化)]タブで、増 幅 グラフの下 にある単一 の蛍 光色素 を選択 します。

2.

グラフツールから、[Baseline Threshold (ベースラインしきい値 )]を選択 します。
[Baseline Threshold (ベースラインしきい値 )]ダイアログボックスが表示されます。

202 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

3.

[Baseline Cycles (ベースラインサイクル)]セクションで、次 のいずれかを実行 します。
n

1つのウェルを選 択 するには、その行 番号 をクリックします。

n

隣接 する複 数のウェルを選 択 するには、最 初のウェルの行番 号 をクリックして、その列を最 後 のウェルまで下 にドラッグします。

n

隣接 していない複 数 のウェルを選 択 するには、Controlキーを押 しながら、各 ターゲット ウェルの行 番
号をクリックします。

n
4.

すべてのウェルを選択するには、表の左 上隅 をクリックします。

選択 したすべてのウェルのベースライン開 始サイクルとベースライン終 了 サイクルを調 整するか、スプレッド
シート の下 部にある開 始 サイクル番 号と終 了サイクル番号 を変更します。
ヒント ：設定 を最後 に保 存した値 に戻 すには、[Reset All User Defined Values (すべてのユーザー定
義値 をリセット )]をクリックします。

5.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、グラフに戻ります。

すべてのデータファイルのサイクル範 囲 を指 定 するにはu[Home (ホーム)]または[Plate Editor]ウィンドウで、[User (ユーザー)] > [User Preferences (ユーザー設定 )]を選択 し、[Data Analysis (データ解 析)]タブを選択 します。

ターゲット 、サンプル、および生 物 学 的 グループデータの並 べ替 え
注 ：このオプションは、遺 伝子 発 現 グラフでのみ使用 できます。
デフォルト で、[Targets (ターゲット )]、[Samples (サンプル)]、および[Biological Groups (生物 学 的グループ)]のリ
スト はアルファベット 順に表 示 されます。[Sort (並 べ替 え)]ダイアログボックスを使 用して、表 示を逆 アルファベット
順に並べ替えたり、項目 をリスト 内の別の場所 に手動 で移 動したりします。

ターゲット 、サンプル、および生 物 学 的 グループデータを並 べ替 えるには
1.

グラフツールから、[Sort (並 べ替 え)]をクリックします。
[Gene Expression Chart Sorting (遺伝子 発現 グラフの並 べ替え)]ダイアログボックスが表 示されます。

ユーザーガイド | 203

第10章データ解 析の概 要

2.

ダイアログボックスで、[Z-A]をクリックして、リスト を逆 アルファベット 順に並 べ替えます。

3.

項目 を手動 で移動 するには、項 目を選 択して、グラフの間の該 当するボタンをクリックします。

4.

n

選択 した項 目を1つ移動 するには、上矢 印または下 矢印 をクリックします。

n

選択 した項 目をリスト の一 番上 または一 番下に移動 するには、上 矢印または下 矢印 をクリックします。

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[Gene Expression (遺 伝 子発現)]タブに戻ります。

204 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

ターゲット とサンプルの色 設 定 の変 更
注 ：このオプションは、遺 伝子 発 現 グラフでのみ使用 できます。
[Color Settings (色 設定 )]ダイアログボックスを使用して、ターゲット またはサンプルの色を変更 したり、グラフから
項目 を削除 したりします。

色 設 定 を変 更 するには1.

グラフツールから、[Color Settings (色設定)]を選択 します。
[Color Settings (色 設定 )]ダイアログボックスが表示 されます。

2.

ターゲット またはサンプルの表 示 色 を変 更するには、[Color (色)]列でその色をクリックします。

3.

表示 された[Color (色 )]ダイアログボックスで、新 しい色 を選択し、[OK]をクリックします。

4.

遺伝 子発 現 グラフから項 目を削 除するには、[Show Chart (グラフの表 示)]列のチェックボックスをオフにします。
ヒント ：遺伝 子 発 現 グラフからすべての項目 をクリアするには、列見出 しの[Show Chart (グラフの表示)]チェックボックスをオフにします。

5.

(オプション)デフォルト で、棒 グラフの色 はグラデーションで表 示されます。色 を単色 で表 示するには、[UseSolid Colors (単 色の使 用)]を選択 します。

6.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[Gene Expression (遺 伝 子発現)]タブに戻ります。

ユーザーガイド | 205

第10章データ解 析の概 要グラフ内 の領 域 の拡 大
グラフの領 域 を拡 大 するにはu

グラフをクリックしてドラッグしてから、[Zoom (ズーム)]をクリックします。グラフのサイズが変更 され、選択 された領域 の中 央 に配 置されます。
注 ：棒グラフでは、[Zoom (ズーム)]ポップアップコマンドをクリックする必要はありません。

グラフをフルビューにリセット するにはu

グラフを右 クリックして、[Set Scale to Default (スケールをデフォルト に設 定)]を選択 します。

Microsoftファイルへのグラフのコピー
データグラフをMicrosoft Word、Excel、またはPowerPoint文書 にコピーできます。画像 の解 像度 は、画 像が取得 された画 面 の解 像度 に対 応 します。

グラフをMicrosoftファイルにコピーするには1.

[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウで、グラフのペインの右上隅 にある[Copy To Clipboard (クリップ
ボードにコピー)]をクリックします。

2.

空のMicrosoftファイルを開き、クリップボードからコピーした内容 を貼り付けます。

グラフの一 般 的 な右 クリックメニュー項 目
表15に、グラフで使 用可 能 な右 クリックメニュー項 目を示 します。項 目の中にはすべてのグラフに存在 するものがあります。このような項目 を使 用して、データの表 示 方法 を変 更したり、グラフからデータを簡 単 にエクスポー
ト したりできます。
表 15. グラフの右 クリックメニュー項 目

項目

機能

Copy (コピー)

グラフをクリップボードにコピーします。

Save Image As (画

指 定 したサイズ、解像 度 、およびファイルタイプ(PNG( デフォルト ) 、JPG、BMPなど)で画像 に名前 を付 けて像 を保 存 します。

保存)
Page Setup (ペー印 刷 セット アップオプションを表 示 します。

ジのセット アップ)
Print (印刷 )グラフを印刷 します。

206 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

項目

機能

Set Scale to

グラフを拡大 後 にデフォルト のビューに戻します。

Default (スケールを
デフォルト に設 定 )Chart Options (グラ[Chart Options (グラフオプション)]ウィンドウを開 いてグラフを変 更 します。これには、タイト

フオプション)

ル、x軸 とy軸 の制 限 の選 択 、グリッド線 および軸の補 助 目盛 りの表 示が含 まれます。

注 ：特定のグラフに適 用 されるメニュー項 目については、第11章、データ解 析の詳 細を参 照してください。

ユーザーガイド | 207

第10章データ解 析の概 要

スプレッドシート[Data Analysis (データ解析 )]に表 示されるスプレッドシート には、データを並 べ替えて転送 するためのオプションが含まれています。次 のいずれかの方法 で列を並 べ替 えます。
n

列をクリックして、選 択 した表 の新 しい場所 にドラッグします。

n列ヘッダーをクリックして、データを昇 順 または降 順で並 べ替 えます。

[Sort (並 べ替 え)]ウィンドウで最 大 3列 のデータを並 べ替 えるには
1.

スプレッドシート を右クリックして、[Sort (並 べ替 え)]を選択します。

2.

[Sort (並 べ替え)]ダイアログボックスで、並 べ替 える最初の列のタイト ルを選 択します。データを昇 順または降順 で並 べ替 えます。

3.

並べ替える2つ目 または3つ目 の列 を選 択し、[Ascending (昇 順)]または[Descending (降 順)]を選択 します。

4.

[OK]をクリックしてデータを並 べ替えるか、[Cancel (キャンセル)]をクリックして並べ替えを停止 します。

ヒント ：セルの上 にマウスポインターを置 いて、関連 するグラフとウェルセレクター上のデータを強 調 表示 します。セルをクリックして、その内 容 をコピーして別のソフト ウェアプログラムに貼り付 けます。

スプレッドシート の一 般 的 な右 クリックメニュー項 目
表16に、スプレッドシート ビューで使 用可 能 な右 クリックメニュー項目 を示します。
表 16. スプレッドシート の右 クリックメニュー項 目

項目

機能

Copy (コピー)

選 択 したウェルの内 容をクリップボードにコピーしてから、Excelなどのスプ
レッドシート に貼 り付 けます。

Copy as Image (画 像 としてコスプレッドシート ビューを画 像 ファイルとしてコピーし、テキスト 、画 像 、スピー)

プレッドシート ファイルなどの画 像 ファイルを受 け入 れるファイルに貼り付けます。

Print (印刷 )現 在 のビューを印 刷 します。

Print Selection (選択 項 目 の印

現 在 の選 択 を印 刷 します。

刷)
Export to Excel (Excelにエクス
ポート )208 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データをExcelスプレッドシート にエクスポート します。

スプレッドシート

表 16. スプレッドシート の右 クリックメニュー項 目 、続 き

項目

機能Export to Text (テキスト にエクス

データをテキスト エディターにエクスポート します。

ポート )Export to CSV (CSVにエクスポー

データを.csvファイルにエクスポート します。

ト)
Export to Xml (Xmlにエクスポート )データを.xmlファイルにエクスポート します。

Export to Html (Htmlにエクスポー

データを.htmlファイルにエクスポート します。

ト)
Find (検 索)テキスト を検 索 します。

Sort (並べ替 え)

最 大 3列 のデータを並 べ替 えます。

Select Columns (列 の選 択 )スプレッドシート に表 示 される列 を選択 します。

ユーザーガイド | 209

第10章データ解 析の概 要

Export (エクスポート )CFX Maestro Dx SEでは、[Export (エクスポート )]ドロップダウンメニューで複数 のエクスポート オプションを利 用できます。
nExport All Data Sheets (すべてのデータシート のエクスポート )nExport RDML Files (RDMLファイルのエクスポート )nCustom Export (カスタムエクスポート )nExport to LIMS Folder (LIMSフォルダにエクスポート )nManual Export (手動 エクスポート )すべてのデータシート のエクスポート
CFX Maestro Dx SEのすべてのタブから個 々のファイルにすべてのスプレッドシート ビューをエクスポート できます。

すべてのデータシート をエクスポート するにはu[Export (エクスポート )] > [Export All Data Sheets (すべてのデータシート のエクスポート )]を選 択 してから、必要 なファイルタイプを選択 します。
n

CSV (*.csv)

nテキスト (* .txt)

nExcelブック (*.xlsx)
エクスポート された解 析 は、ファイルごとに1つの解 析データワークシート タブを持つ複 数 のExcelブック
ファイルに保 存されます。解 析に複 数 の蛍 光 色 素が含まれている場合 は、各蛍 光色 素 からのデータ
が個別 のワークシート タブにエクスポート されます。

nExcelブック - 結合(* .xlsx)
エクスポート された解 析 は、解析 データセット ごとに1つずつ、複数 のワークシート タブを含む単一 の
Excelブックファイルに保 存 されます。

nExcel 97～2003 (* .xls)
重 要 ：データをMicrosoft Excelスプレッドシート にエクスポート するには、コンピューターにMicrosoft Excelがインスト ールされている必 要があります。

nXml (*.xml)

210 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Export (エクスポート )RDMLファイルのエクスポート
RDMLは、定 量 PCR(qPCR)データを交 換 するための構 造化 された汎用データ標 準 です。このデータ標準 は、
拡張 マークアップ言 語 (.xml)形式 のテキスト ファイルです。RDMLデータ交換形 式の詳細 については、International RDML Consortiumのウェブサイト (www.rdml.org)を参 照してください。
重 要 ：エクスポート されたRDMLファイルには、分析 データと、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウで適用するベースライン設 定 が含 まれています。ベースライン設定の詳細 については、ベースライン設 定(192ページ)を参照 してください。
注 ：qbase+ソフト ウェアのバージョン2.3以降 を使用している場合 は、RDMLファイルをバージョン1.1として保存 してください。

RDMLファイルをエクスポート するには
1.

[Export (エクスポート )] > [Export RDML Files (RDMLファイルのエクスポート )]を選 択 し、表 示されたリスト
から[RDMLv1.1]または[RDMLv1.0]を選択します。
[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスが表示されます。

2.

[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスで、RDMLファイルを保 存 するファイル名 と場 所 を指 定します。

3.

[OK]をクリックして、エクスポート ファイルを保存 します。

ユーザーガイド | 211

第10章データ解 析の概 要

カスタムエクスポート ファイルの作 成カスタムエクスポート ファイルを作 成 するには
1.

[Export (エクスポート )] > [Custom Export (カスタムエクスポート )]を選 択 します。[Custom Export (カスタム
エクスポート )]ダイアログボックスが表 示 されます。

2.

表示 されたドロップダウンリスト からエクスポート 形 式を選 択します。

3.

エクスポート する項 目のチェックボックスをオンにします。

4.

(オプション) [Customize Column Names (列名 のカスタマイズ)]をクリックして、列 名 を変 更します。

5.

[Export (エクスポート )]をクリックします。[Save As (名 前を付 けて保 存)]ダイアログボックスが表 示されます。

6.

[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスで、エクスポート されたファイルを保 存 するファイル名 と場所を指 定します。

212 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Export (エクスポート )7.

[OK]をクリックして、エクスポート ファイルを保存 します。

ユーザーガイド | 213

第10章データ解 析の概 要

LIMSフォルダへのエクスポート
データをLIMS互 換 のファイル形 式 にエクスポート できます。LIMSファイルの作成 、管理 、および使 用の詳細 については、付 録 C、LIMS統合 を参 照してください。

LIMS形 式 でデータをエクスポート するには
1.

[Export (エクスポート )] > [Export to LIMS Folder (LIMSフォルダにエクスポート )]を選択 します。
[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスが表示されます。

2.

[Save As (名前 を付けて保存 )]ダイアログボックスで、エクスポート されたファイルを保 存 するファイル名 と場所を指 定します。

3.

[OK]をクリックして、エクスポート ファイルを保存 します。

Seegene形 式 のデータのエクスポート
すべてのスプレッドシート ビューからSeegene, Incによる専用の構 造を持 つExcelファイルにデータをエクスポート
できます。
ヒント ：エクスポート が完 了 したら、Seegene Viewerを自 動的に開 始することもできます。詳 細 については、[Tools (ツール)]メニューのコマンド(65ページ)を参照してください。

Seegene固 有 の形 式 でデータをエクスポート するには
1.

[Export (エクスポート )] > [Manual Export (手動 エクスポート )] を選択します。
[Browse For Folder (フォルダの参照 )]ダイアログボックスが表 示されます。

2.

[Browse For Folder (フォルダの参照 )]ダイアログボックスで、エクスポート されたSeegene形式 のExcel(.xlsx)ファイルを保存 するフォルダの場 所 を指定 します。
解析 は、ファイルごとに1つの解析 データワークシート タブを持 つ複 数のExcelブックファイルにエクスポート さ
れます。

3.

[OK]をクリックして、エクスポート ファイルを保存 します。

214 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 11章データ解 析の詳細
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの[Data Analysis (データ解析)]ウィンドウは、データを表 示 するための複 数 のタブで構成 されています。この章では、これらのタブについて詳しく説明 します。
ヒント ：[View (表 示 )]メニューを使用 して、[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウに表示 するタブを選 択 できます。カスタマイズされたレイアウト はデータファイルとともに保存されます。

ユーザーガイド | 215

第11章データ解 析の詳 細[Quantification (定 量 化 )]タブ
[Quantification (定量 化 )]タブのデータを使 用 して、個 々のウェルのベースライン設 定やしきい値 設 定などのデータ解 析条件 を設 定 します。[Quantification (定 量 化)]タブには、次の4つのビューにデータが表示 されます。
n

増幅 グラフ — 各 サイクルでの各 ウェルの相対 蛍光 単位 (RFU)を表示 します。グラフ内の各ト レースは、1
つのウェル内 の単 一 の蛍 光 色素 からのデータを表 します。

n

検量 線 — ランにサンプルタイプ標 準 (Std)として指 定されたウェルが含 まれている場 合にのみ表示 されます。検量 線には、初期 量 の対 数に対 してプロット されたしきい値サイクルが表 示されます。凡例 には、標準サンプルタイプのウェル内 の各 蛍光 色 素の反応 効率(E)が表 示されます。

n

ウェルセレクター — 表 示 する蛍光 データを含むウェルを選 択 します。

n

スプレッドシート — 選択したウェルで収 集されたデータのスプレッドシート を表 示します。

蛍 光 色 素 オプション[Quantification (定量 化 )]タブのグラフとスプレッドシート に蛍光 色素データを表示 するには、増幅 グラフの下 にあるターゲット 蛍 光 色 素 を選択 します。データ解 析 ウィンドウで蛍 光色素 データを非 表 示にするには、チェックボックスをオフにします。

[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログボックス[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログボックスを使 用すると、[Quantification (定量 化 )]タブと[Melt Curve(融解 曲線 )]タブの増 幅 グラフと融 解 曲線 グラフのト レースの外 観を調 整できます。その後 で、[Trace Styles (ト216 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Quantification (定 量化 )]タブ

レーススタイル)]ダイアログボックスに表示 されるウェルセレクターで変 更をプレビューできます。

ト レーススタイルを調 整 するには
1.

増幅 グラフで蛍 光 色 素 を1つだけ選択 します。

2.

[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログボックスを開くには、次 のいずれかを実行 します。
n

増幅 グラフの[Trace Styles (ト レーススタイル)]をクリックします。

n[Data Analysis (データ解 析 )]メニューバーで、[Settings (設 定)] > [Trace Styles (ト レーススタイル)]を
選択 します。

n

ト レースを右 クリックして、[Trace Styles (ト レーススタイル)]を選 択します。

[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログが表示 されます。

3.

[Trace Styles (ト レーススタイル)]ダイアログボックスで、下部 ペインのウェルセレクターで特 定のウェルのセッ
ト を選 択 します。または、[Wells (ウェル)]列のドロップダウンメニューで、1つのサンプルタイプを含むウェルを
選択 します。

4.

次のいずれかを実 行 します。
n

選択 したウェルの色 を選択 するには、[Color (色 )]列 内のボックスをクリックします。

n

選択 したウェルにシンボルを割 り当 てるには、[Symbol (シンボル)]ドロップダウンリスト からシンボルを選
択します。

n

ボタンラベルでウェルにすばやく色を付けるには、該当 するクイックセット をクリックします。

ユーザーガイド | 217

第11章データ解 析の詳 細noRandom by Well (ウェルごとにランダム)oRandom by Replicate (複製 ごとにランダム)o

Use Fluor Colors (蛍 光色 素 ごと)oUse Target Colors (ターゲット ごと)oUse Sample Colors (サンプルごと)

ウェルにラベルを割 り当 てるには、サンプルタイプ、ターゲット 名 、サンプル名、シンボルのいずれかを選択します。

対 数 スケールオプション
片対 数スケールで蛍光 ト レースを表 示 するには、増 幅グラフの下 の[Log Scale (対 数 スケール)]を選択 します。

ヒント ：グラフの任 意 の領 域 を拡 大 するには、ターゲット 領域 をドラッグして広 げます。フルビューに戻 すには、グラフを右 クリックして、[Set Scale to Default (スケールをデフォルト に設 定)]を選択 します。

218 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Quantification (定 量化 )]タブ

Standard Curve Chart (検 量 線 グラフ)
ランの少 なくとも1つの蛍 光 色 素の標準 として定義 されたサンプルタイプがデータに含 まれている場 合は、ソフトウェアが[Quantification (定量 化 )]タブに検 量 線グラフを作 成 します。

検量 線グラフには、次 の情 報 が表示 されます。
n

各曲 線の名前 (蛍 光色 素 またはターゲット )。

n

各蛍 光色 素 またはターゲット の色 。

n反応 効率 (E)。この統 計 値 は、マルチプレックス反 応を最 適化し、検 量 線のデータを均等 化 するために使用します。
注 ：反応 効 率 は、プロト コル内 の各 サイクルで生 成されるターゲット の量を表 します。100％の効率
は、各 サイクルでターゲット が2倍になることを示します。

n決定 係数 、R2(R^2と示 されます)。この統計 値は、線がデータをどの程度正 確に表しているか(適 合度 )を判断 するために使 用します。

nSlope (勾配 )nY-intercept (Y切 片)

ユーザーガイド | 219

第11章データ解 析の詳 細[Amplification Chart (増 幅 グラフ)]メニューのオプション
グラフの一般 的 な右クリックメニューオプション(グラフの一 般的 な右 クリックメニュー項目 (206ページ)を参 照)に加えて、表 17に増 幅 グラフでのみ使 用可 能なメニューオプションを示します。
表 17. 増 幅 グラフの右 クリックメニュー項 目 と左 クリックメニュー項 目

メニューオプション

機能

Well XX, Fluor Target (ウェこのウェルのみを表示 する、このウェルをビューから削 除する、このト レースの色

ルXX、蛍 光 色 素ターゲット )を設定 する、またはこのウェルを解 析から除 外 します。

Selected Traces (選 択 されこれらのウェルのみを表 示 する、これらのウェルをビューから削除 する、これらのたト レース)ト レースの色 を設定 する、またはこれらのウェルを解析 から除 外 します。

Show Threshold Values (しグラフ上 の各 増 幅 曲 線のしきい値 を表示 します。

きい値 の表 示)
Trace Styles (ト レーススタイ[Trace Styles (ト レーススタイル)]ウィンドウを開いて、[Quantification (定 量ル)化 )]タブと[Melt Curve (融 解 曲線 )]タブに表 示 されるト レーススタイルを変更します。

Baseline Thresholds (ベー[Baseline Thresholds (ベースラインしきい値 )]ウィンドウを開いて、各 蛍光 色

スラインしきい値 )素 のベースラインまたはしきい値 を変 更 します(変 更は[Quantification (定 量化 )]タブの増幅 グラフに表 示 されます)。

[Quantification (定 量 化 )]タブのスプレッドシート
表18は、[Quantification (定 量化 )]タブのスプレッドシート に表示 されるデータを定義 したものです。
表 18. [Quantification (定 量 化 )]タブのスプレッドシート の内 容

情報説明Well (ウェル)プレート 内 のウェルの位 置

Fluor (蛍 光 色 素)検 出された蛍 光 色素

Target( ターゲット )Plate Editorウェルにロードされたターゲット 名Content (内容 )Plate Editorにロードされたサンプルタイプ(必 須 )と複 製 番号 (任意 )の組 み
合 わせSample (サンプル)

Plate Editorウェルにロードされたサンプル名

Cq

各 ト レースの定 量化 サイクル

220 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Quantification (定 量化 )]タブ

ターゲット 、内 容 、またはサンプルデータの変 更
実験 を行 った後 でも、Plate Editorを使用 してプレート ファイルを編集することにより、[Target (ターゲット )]、[Content (内 容 )]、および[Sample (サンプル)]列 のデータを変更 できます。

[Content (内 容 )]、[Target (ターゲット )]、および[Sample (サンプル)]列 のデータを変 更 するにはu[Plate Setup (プレート のセット アップ)]をクリックして、[View/Edit Plate (プレート の表 示 /編 集)]を選択 し、Plate Editorを開 きます。

ユーザーガイド | 221

第11章データ解 析の詳 細[Quantification Data (定 量 化 データ)]タブ[Quantification Data (定量データ)]タブには、各 ウェルで収 集 された定 量化データが表示 されます。
CFX Maestro Dx SEでは、4種 類のスプレッドシート ビューにデータが表 示されます。
n

Results (結 果) — データのスプレッドシート を表示 します。これがデフォルト のビューです。

nStandard Curve Results (検量 線 結 果) — 検 量線 データのスプレッドシート を表示 します。

nPlate (プレート ) — 各ウェル内 のデータをプレート マップとして表 示します。

n

RFU — 各 サイクルの各 ウェル内 のRFU量 を表示 します。

[Quantification Data (定量化 データ)]タブの下に表 示 されるドロップダウンリスト から各 スプレッドシート を選 択 します。

結 果 スプレッドシート
結果 スプレッドシート には、プレート 内 の各 ウェルのデータが表 示 されます。

注 ：すべてのStd.Dev(標 準 偏差 )の計算 は、[Plate Editor]ウィンドウ内のウェルで割 り当 てられた複製 グ
ループに適用 されます。この計 算 では、複製グループ内の各ウェルのCq値が平 均化 されます。
表19は、結 果 スプレッドシート に表 示 されるデータを定 義 したものです。
表 19. 結 果 スプレッドシート の内 容

情報説明Well (ウェル)プレート 内のウェルの位置

Fluor (蛍 光 色 素)

検 出 された蛍光 色 素

222 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Quantification Data (定 量化 データ)]タブ

表 19. 結 果 スプレッドシート の内 容 、続 き

情報

説明

Target( ターゲット )増 幅 ターゲット 名 (遺伝 子 )Content (内容 )サンプルタイプと複 製 番 号

Sample (サンプル)

サンプルの説 明

Biological Set Name (生 物 学的

生 物 学 的セット の名前

セット 名 )
Cq

定 量 化 サイクル

Cq Mean (Cq平 均 )複 製 グループの定 量 化サイクルの平 均

Cq Std.Dev (Cq標 準偏 差 )複 製 グループの定 量 化サイクルの標 準 偏 差

Starting Quantity (SQ) (初期 量ターゲット の予 想 初 期 量(SQ))
Log Starting Quantity (対 数 初期

初 期 量 の対 数

量)SQ Mean (SQ平 均)

初 期 量 の平 均

SQ Std.Dev (Cq標準 偏 差 )複 製 全 体の初 期 量の標 準 偏差ユーザーガイド | 223

第11章データ解 析の詳 細

検 量 線 結 果 スプレッドシート
検量 線結 果 スプレッドシート には、計 算された検 量線 パラメータが表示されます。

表20は、検 量 線結 果スプレッドシート に表示されるデータを定 義したものです。
表 20. 検 量 線 結 果 スプレッドシート の内 容

情報説明

Fluor (or Target) (蛍 光色 素 (また検 出された蛍 光 色 素(またはターゲット )はターゲット ))Efficiency % (効率 %)反 応効 率Slope (勾 配)

検 量線 の勾 配

Y-intercept (Y切 片 )曲 線がy軸 と交 差 するポイントR^2

決 定係 数224 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Quantification Data (定 量化 データ)]タブ

プレート スプレッドシート
プレート スプレッドシート には、一 度に1つの蛍光色 素に関するデータのプレート マップが表示 されます。

特 定 の蛍 光 色 素 に関 するデータを表 示 するにはu

スプレッドシート の下 部 にあるタブをクリックします。

ユーザーガイド | 225

第11章データ解 析の詳 細RFUスプレッドシート
RFUスプレッドシート には、ランの各 サイクルで取 得された各ウェルの相 対蛍光 単 位(RFU)の測定 値が表 示 されます。ウェル番 号 が各 列 の上 部 に表 示 され、サイクル番 号 が各行の左側 に表 示されます。

226 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Melt Curve (融解 曲線 )]タブ

[Melt Curve (融 解 曲 線 )]タブ
DNA結合色 素 と非 分 解ハイブリダイゼーションプローブの場合は、DNAの二 本鎖 のアニーリング時 に最 も強い
蛍光 発色 が得 られます。そのため、融 解 温度(Tm)に向けて温 度が上昇 すると、蛍 光強 度 は一 定の速度 で減少 します(一 定 の勾 配 )。Tmでは、蛍 光強度 が大 幅 に低 下 するため、勾 配が顕 著 に変化 します。この変 化の速 度は、負 の蛍 光強 度 の最 初 の回 帰と温度 をプロット することにより求められます(-d(RFU)/dT)。蛍 光 強度の最大 変化 率 は、グラフ上 でピークとして表示され、二重鎖 DNA複合体 のTmを表 します。
CFX Maestro Dx SEは、融解 曲 線期 間に収集されたRFUデータを温度 の関数 としてプロット します。融解
ピークデータを分 析するために、ソフト ウェアはしきい値 バーを移動 することにより、各ピークに開 始 温度 と終 了
温度 を割り当てます。ピーク領 域の下 限 は、融解 しきい値バーの位置 によって示されます。有 効なピークは、
しきい値 バーと最 大 ピークの高さの間の距離に対 して最小の高さである必 要があります。
[Melt Curve (融 解曲 線 )]タブでは、増 幅されたPCR生 成物のTm(融解温度 )が4つのビューに表示 されます。
n

融解 曲線 — 各 ウェルの温度 ごとのRFUとして各 蛍光 色素 のリアルタイムデータを表 示します。

n

融解 ピーク — 各ウェルの温度 ごとのRFUデータの負の回帰 を表 示 します。

n

ウェルセレクター — データを表示 または非表示 にするウェルを表示します。

n

ピークスプレッドシート — 選択 したウェルで収 集されたデータを表示します。
注 ：このスプレッドシート には、ト レースごとに最大 2つのピークが表示されます。さらにピークを表 示す
るには、[Melt Curve Data (融解 曲 線 データ)]タブをクリックします。

表21は、融 解 曲線 スプレッドシート に表 示されるデータを定義 したものです。

ユーザーガイド | 227

第11章データ解 析の詳 細表 21. 融 解 曲 線 スプレッドシート の内 容

情報説明Well (ウェル)プレート 内のウェルの位 置

Fluor (蛍 光

検 出 された蛍 光 色 素

色素)Content (内サンプルタイプと複 製 番号 の組 み合 わせ容)Sample (サPlate Editorにロードされたサンプルの名 前

ンプル)
Melt Temp

各 ウェルの融 解 ピークの温度(融 解 温 度 )

注 ：このスプレッドシート には、最も高 い2つのピークのみが表 示されます。

228 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Melt Curve (融解 曲線 )]タブ

融 解 曲 線 データの調 整
融 解 曲 線 データを調 整 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
n

融解 ピークグラフのしきい値バーをクリックしてドラッグし、データ解 析に対してピークを含 めたり除 外したりします。

n[Peaks (ピーク)]ドロップダウンメニューで[Positive (ポジティブ)]を選 択して、融 解しきい値線 より上 のピークのスプレッドシート データを表 示するか、[Negative (ネガティブ)]を選 択 して、融 解 しきい値 線より下 のピークのスプレッドシート データを表示 します。

n[Trace Styles (ト レーススタイル)]ウィンドウを開 いて、融解曲 線グラフと融 解 ピークグラフ内のト レースの色 を変 更 します。

n

ステップ番 号 セレクターで番号 を選 択し、プロト コル内の別 のステップで融 解曲 線データを表 示します。プロト コルの複 数の融解 曲線 ステップにプレート リードが含まれている場合 は、リスト に複数 のス
テップが表 示されます。

n

ウェルセレクターでウェルを選 択 して、データのサブセット に焦点 を当 てます。

n

ウェルグループを選 択 して、プレート 内のウェルのサブセット を表示 して解 析します。ツールバーの[WellGroup (ウェルグループ)]ドロップダウンメニューで、各ウェルグループを名 前で選択 します。

ユーザーガイド | 229

第11章データ解 析の詳 細[Melt Curve Data (融 解 曲 線 データ)]タブ[Melt Curve Data (融解 曲 線 データ)]タブでは、[Melt Curve (融 解 曲 線)]タブからのデータが、各ト レースのすべての融 解ピークを含 む複 数のスプレッドシート に表示 されます。CFX Maestro Dx SEは、溶 融曲 線 データを表示するための4つのスプレッドシート オプションを提供しています。
nMelt Peaks (融解 ピーク) — 各ト レースのすべての融 解ピークを含 むすべてのデータを表示 します。これがデフォルト のビューです。

nPlate (プレート ) — プレート 内 の各 ウェルのデータと内容 のビューを表示 します。

n

RFU — 各 ウェルの各 温 度でのRFU量 を表 示します。

n-d(RFU)/dT — 温 度 (T)の変 化に伴 うRFUの負の変化 率を表示します。これは、プレート 内 の各 ウェルの最初 の回 帰プロット です。

[Melt Curve Data (融解 曲 線 データ)]タブの下に表 示されるドロップダウンリスト から各 スプレッドシート を選 択 します。

融 解 ピークスプレッドシート
融解 ピークスプレッドシート には、すべての融解曲 線データが表 示 されます。

表22(231ページ)は、融 解ピークスプレッドシート に表 示されるデータを定義したものです。

230 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Melt Curve Data (融解 曲線 データ)]タブ

表 22. 融 解 ピークスプレッドシート の内 容

情報説明Well (ウェル)プレート 内 のウェルの位 置

Fluor (蛍 光 色 素)検 出された蛍 光 色素

Content (内容 )[Plate Editor]ウィンドウにリスト されているサンプルタイプ

Target( ターゲット )増 幅ターゲット (遺 伝 子 )Sample (サンプル)[Plate Editor]ウィンドウにリスト されているサンプル名

Melt Temperature (融 解温 度 )各 生成 物 の融解 温 度 、スプレッドシート の行 ごとに1つのピーク(最 大 )としてリスト される

Peak Height (ピーク高 さ)

ピークの高さBegin Temperature (開始 温 度 )ピークの開始 時 点 の温 度

End Temperature (終 了 温 度 )ピークの終了 時 点 の温 度

プレート スプレッドシート
プレート スプレッドシート には、融 解曲 線データがプレート 形 式で表示 されます。

注 ：ソフト ウェアがコールするピークを調整 するには、[Melt Curve (融 解曲線)]タブの[Melt Peak (融解 ピーク)]グラフのしきい値 線を調 整 します。
表23(232ページ)は、プレート スプレッドシート に表 示されるデータを定 義したものです。

ユーザーガイド | 231

第11章データ解 析の詳 細表 23. プレート スプレッドシート の内 容

情報説明Content (内容 )サンプルタイプ(必 須)と複 製番 号 (任 意 )の組 み合 わせSample (サンプル)

サンプルの説 明Peak 1 (ピーク1)

1つ目の融 解 ピーク(最 大 )Peak 2 (ピーク2)2つ目の融 解 ピーク(次 に多 い)

RFUスプレッドシート
RFUスプレッドシート には、融 解 曲 線 期 間に取 得 された各サイクルでの各ウェルの蛍 光 が表示 されます。

表24は、RFUスプレッドシート に表示 されるデータを定 義 したものです。
表 24. RFUスプレッドシート の内 容

情報説明Well number (A1, A2, A3, A4, A5) (ウェル番

ロードされたウェルのプレート 内 の位置

号 (A1、A2、A3、A4、A5))
Temperature (温 度 )増 幅 されたターゲット の融解 温 度 。行ごとに1つのウェルとしてプロット され、同 じウェル内の複 数 の生
成 物 の場 合 は複 数 のウェルとしてプロット されます。

232 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Melt Curve Data (融解 曲線 データ)]タブ-d(RFU)/dTスプレッドシート-d(RFU)/dTスプレッドシート には、温度 (T)の変化に伴 うRFUの負 の変 化 率 が表 示されます。

表25は、-d(RFU)/dTスプレッドシート に表示されるデータを定 義 したものです。
表 25. -d(RFU)/dTスプレッドシート の内 容

情報説明Well number (A1, A2, A3, A4, A5) (ウェルロードされたウェルのプレート 内 の位 置

番 号 (A1、A2、A3、A4、A5))
Temperature -d(RFU)/dT (温 度 -d

温 度 (T)の変 化 に伴 うRFUの負 の変 化率(RFU)/dT)

ユーザーガイド | 233

第11章データ解 析の詳 細[End Point (エンドポイント )]タブ
[End Point (エンドポイント )]タブを開いて、サンプルウェルの最終 的な相 対 蛍光単 位(RFU)を解 析します。ソフ
ト ウェアは、不 明 なサンプルを含 むウェルのRFUレベルを、ネガティブコント ロールを含 むウェルのRFUレベルと比較し、不明 なポジティブまたはネガティブを「コール」します。ポジティブサンプルのRFU値 は、ネガティブコント ロー
ルの平均 RFU値 にカット オフ値 を加 えた値より大きくなります。

エンドポイント データを解 析 するには、プレート にネガティブコント ロールが含まれている必要 があります。含 まれていないと、ソフト ウェアはコールを行 うことができません。
n

定量 化プロト コルのラン — 標 準 プロト コルをセット アップします。ランが完 了 したら、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウを開 き、[Quantification (定 量化 )]タブでデータ解 析 設定を調整 してから、[End Point (エンドポイント )]タブをクリックしてエンドポイント サイクルを選択 します。

n

エンドポイント のみのプロト コルのラン — [Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウの[Plate (プレート )]タブに
エンドポイント のみのプロト コルをロードし、プレート を選 択または作 成して、ランを開 始 します。

[End Point (エンドポイント )]タブに、ターゲット が最終 (エンド)サイクルで増幅されたかどうかを判 断 するための平均RFU値が表 示 されます。これらのデータを使用して、特 定のターゲット シーケンスがサンプル内 に存在 する(ポジティブ)かどうかを判 断 します。ポジティブターゲット のRFU値 は、定 義されたカット オフレベルより大 きくなります。

234 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[End Point (エンドポイント )]タブ

ヒント ：エンドポイント プロト コルを作 成 するには、[Protocol (プロト コル)]タブ([Run Setup (ランのセット アップ)]ウィンドウ)を開 き、[Run (ラン)] > [End Point Only Run (エンドポイント のみのラン)]を選 択します。
ランが完了 すると、データファイルが[End Point (エンドポイント )]タブで開きます。このは、以下 のセクションで構成されています。
n

Settings (設定 ) — データ解 析 設 定を調整します。

nResults (結 果) — 設定 が調 整 された直後 に結果 を表示します。

n

ウェルセレクター — 表 示 するエンドポイント データを含むウェルを選択します。

n

RFUスプレッドシート — 選択 したウェルで収 集 された最終 RFUを表示 します。

結 果 データ[Results (結果 )]セクションには、以 下 のデータが表示 されます。
n

最小 RFU値 — データ内 の最 小 RFU値n

最大 RFU値 — データ内 の最 大 RFU値nネガティブコント ロール平均 — ネガティブコント ロールを含むウェルの平 均RFUn

カット オフ値 — 許 容 値 (設 定 にリスト されているRFUまたは範囲率)とネガティブコント ロールの平均 を加算して計 算 されます。カット オフ値 よりも大 きいRFUを持つサンプルは、「ポジティブ」と呼ばれます。カット オフ
値を調 整するには、RFUまたは範 囲率 を変 更します。

カット オフ値 は、次 の式 を使 用 して計 算 されます。
カット オフ値 = ネガティブコント ロール平 均 + 許 容値
次のいずれかの方 法で許容値 を選 択 します。
n

RFU (デフォルト ) — 許 容 値の絶対 RFU値を使用 する場 合 は、この方法 を選 択 します。最 小RFU許 容
値は2です。最大 値 は、最大 RFU値 の絶対 値から最 小RFU値の絶対 値を引いたものです。デフォルト の
RFU許 容値 は、RFU範 囲全 体の10％ です。

n

範囲 率 — 許 容 値 のRFU範 囲率 を使 用する場合 は、この方法を選 択します。最小 範囲 率 は1％です。
最大 範囲 率 は99％ です。デフォルト の範囲 率は10％ です。

ユーザーガイド | 235

第11章データ解 析の詳 細エンドポイント データ解 析 の調 整[End Point (エンドポイント )]タブ内 のデータを調 整 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
nドロップダウンリスト から蛍 光 色 素 を選択します。

n[End Cycle to Average (平 均 化 するエンドサイクル)]値を選 択して、平 均 エンドポイント RFUを計 算するためのサイクル数 を設 定します。

n

RFUを選 択 して、相対 蛍光 単 位でデータを表 示します。

n[Percentage of Range (範 囲 のパーセンテージ)]を選択 して、データをRFU範囲 のパーセンテージとして表示 します。

n

ウェルセレクターでウェルを選 択 して、データのサブセット に焦点 を当 てます。

n

ウェルグループを選 択 して、プレート 内のウェルのサブセット を表示 して解 析します。ツールバーの[WellGroup (ウェルグループ)]ドロップダウンメニューで、各ウェルグループを名 前で選択 します。

エンドポイント 解 析 用 のRFUスプレッドシート
表26は、[End Point (エンドポイント )]タブのRFUスプレッドシート に表示されるデータを定 義したものです。
表 26. RFUエンドポイント スプレッドシート の内 容

情報説明Well (ウェル)プレート 内 のウェルの位 置

Fluor (蛍 光 色 素)検 出された蛍 光 色 素Content (内容 )サンプルタイプと複 製 番号 の組 み合 わせ

End RFU (エンドRFU)

エンドポイント サイクルでのRFU

Call (コール)ポジティブまたはネガティブ。ポジティブサンプルのRFU値 は、ネガティブコント ロー
ルの平 均 RFUにカット オフ値 を足 したものより大 きくなります。

Sample (サンプル)

Plate Editorにロードされたサンプル名

236 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Allelic Discrimination (対立遺 伝子 識別 )]タブ

[Allelic Discrimination (対 立 遺 伝 子 識 別 )]タブ
[Allelic Discrimination (対立 遺 伝 子識 別)]タブは、不明 なサンプルのあるウェルに遺伝 子型 を割 り当 てます。
これらのデータは、対立 遺伝子 1、対 立 遺 伝子2、ヘテロ接合 体、ノーコール(増幅 なし)、未 確 定などのさまざ
まな遺 伝子 型 のサンプルを識 別するために使用 します。
注 ：対立遺 伝 子 識別 のデータは、少 なくとも2つの蛍 光色 素を使 用したマルチプレックスランから取 得 する
必要 があります。各蛍 光 色 素は、すべてのサンプル内 で1つの対立 遺伝子 を識別 します。

対立 遺伝 子 識別 解析 には、少なくとも以下 のウェルの内 容 が必要です。
n

ウェルごとに2つずつの蛍 光 色素n

最適 化されたデータ解 析のためのNTC(テンプレート コント ロールなし)サンプル

CFX Maestro Dx SEは、対立 遺 伝子 識別 データを表 示 するための4つのオプションを提供 しています。
n

対立 遺伝 子 識別 グラフ — 対 立遺 伝子1/対 立遺 伝 子2のRFUのグラフにデータを表 示します。グラフの各ポイント は、1つのウェル内 の両 方の蛍光 色 素からのデータを表しています。[Polar Coordinates (極 座標)]チェックボックスをオンまたはオフにすることで、デカルト 座標と極座標 を切 り替 えることができます。デカ
ルト 座 標 は、x軸 上 の対 立 遺伝 子1のRFUとy軸上 の対 立 遺伝 子2のRFUを表 します。極 座標 は、x軸上の角度 と、原 点 とy軸 上 のRFU間 の距 離(すべてのNTCの中 央 値 )を表 します。

n

ウェルスプレッドシート — プレート の各 ウェルで収 集された対立 遺 伝子 識別 データを表示 します。

n

ウェルセレクター — 表 示 する対立 遺 伝子データを含むウェルを選択 します。

ユーザーガイド | 237

第11章データ解 析の詳 細n[Selected Fluorophores (選択 された蛍光色 素)]パネル — 対立 遺伝子 識 別 グラフのx軸 とy軸 のラベル、解析 するサイクル、およびコールマップを表 示するかどうかを変更 します。

対 立 遺 伝 子 識 別 に関 するデータの調 整
ソフト ウェアは、NTCの位 置と、NTCからの不明なデータポイント の角度 と距 離に基づいて、不明 なサンプルを含むウェルに遺 伝子 型 を自 動 的 に割 り当 てます。

対 立 遺 伝 子 識 別 データを調 整 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
n

極座 標を表 示 するには、対 立 遺 伝子 識別 グラフ内のチェックボックスをオンにします。

n

別の蛍光 色素 を表示 するには、[Selected Fluorophores (選 択された蛍 光色 素 )]パネルのドロップダ
ウンリスト からその色 素を選択 します。

n

コールを変 更 するには、対立 遺 伝子 識別 グラフ内 のデータポイント をドラッグして、[Selected Wells(選択 されたウェル)]リスト 内 のオプションを選 択します。
oAllele 1 (対立 遺 伝 子1)oAllele 2 (対立 遺 伝 子2)oHeterozygote (ヘテロ接 合体 )oUndetermined (未定 )oNo Call (ノーコール)oAuto Call (自 動 コール)

ヒント ：[Auto Call (自 動コール)]を選択 すると、デフォルト のコールに戻 ります。

238 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Allelic Discrimination (対立遺 伝子 識別 )]タブ

[Chart (グラフ)]メニューのオプション
グラフの一般 的 な右クリックメニューオプション(グラフの一 般的 な右 クリックメニュー項目 (206ページ)を参 照)に加えて、表 27に対 立 遺伝 子 識 別グラフで使用可 能なメニューオプションを示 します。
表 27. 対 立 遺 伝 子 識 別 グラフの右 メニューオプションと左 メニューオプション

メニューオプション

機能

Zoom (ズーム)選 択 した領 域 にグラフビューをフォーカスします(グラフ内 のカーソルをクリックしてドラッグします)。
ヒント ：すべてのデータポイント が表示 されるようにズームを元 に戻すには、右 クリックして[Set Scale to Default (スケールをデフォルト に設 定 )]を選 択 します。

Well (ウェル)選 択 したウェルのオプションは、このウェルのみを表 示 する、このウェルをビューから削 除 する、このト レースの色 を設 定 する、またはこのウェルを解析 から除外 することです。

Selected Wells (選択 されたウェ

選 択 したウェル(グラフ内でカーソルをクリックしてドラッグすることで選択 )ル)のオプションは、これらのウェルのみを表示 する、これらのウェルをビューから削 除 する、これらのト レースの色 を設 定 する、またはこれらのウェルを解 析 から除 外 することです。

対 立 遺 伝 子 識 別 スプレッドシート
表28は、対 立 遺伝 子識 別 スプレッドシート に表 示されるデータを定 義したものです。
表 28. 対 立 遺 伝 子 識 別 スプレッドシート の内 容

情報説明Well (ウェル)プレート 内 のウェルの位 置

Sample (サンプル)

サンプル名の説 明Call (コール)

自 動 対 立遺 伝 子 1、対 立 遺伝 子 2、ヘテロ接 合 体 、ノーコール、または未 定 を含む対 立 遺伝 子 の識別Type (タイプ)[Auto (自 動)]または[Manual (手 動)]。コールがどのように行 われたかを示します。[Auto (自 動 )]は、ソフト ウェアがコールを選 択したことを示 します。
[Manual (手動 )]は、ユーザーがコールを選 択したことを示 します

RFU1

対 立 遺 伝子 1のRFU

RFU2

対 立 遺 伝子 2のRFU

ユーザーガイド | 239

第11章データ解 析の詳 細[Custom Data View (カスタムデータビュー)]タブ[Custom Data View (カスタムデータビュー)]タブには、カスタマイズ可能 な形 式 で複数 のペインが同 時 に表示 されます。
[Load a Preset View (プリセット ビューのロード)]ドロップダウンリスト は、表示形 式 テンプレート の選 択 肢を提 供します。表示 されるデフォルト のビューは、解 析対 象のファイルによって異 なります。たとえば、融解 曲線 データが存在 する場 合は、Amp+Meltのデフォルト ビューが表 示 されます。

240 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[Custom Data View (カスタムデータビュー)]タブ

カスタムデータビューの作 成
カスタムデータビューを作 成 するにはu

次のいずれかを実 行 します。
nドロップダウンリスト から代 替 プリセット ビューを選択します。

n

個々 のペインの上 部にあるドロップダウンリスト から別のグラフビューを選 択します。

n

タブ内 の行 と列 の数を変更 します。

n

個々 のペインの寸 法を変 更します。各 ペインの周 囲にあるバーをドラッグします。

カスタマイズしたものをプリセット テンプレート として保存 するには、[Save as Preset (プリセット として保 存)]をク
リックします。既 存 のプリセット ビューを削除 、名 前変更 、または復元 するには、[Manage Presets (プリセット の管理 )]をクリックします。

ユーザーガイド | 241

第11章データ解 析の詳 細[QC]タブ[QC]タブは、[User Preferences (ユーザー設定)]ウィンドウのの[QC]タブで定義 されたルールに基 づいて、ラン
データの品質 をすばやく評 価するために使 用 します。
CFX Maestro Dx SEは、QCデータを表示 するための以下 の4つのオプションを提供 しています。
n

増 幅 グラフ — すべてのサイクルで各ウェルのRFUを表示 します。グラフ内の各ト レースは、1つのウェル内 の単一 の蛍 光色 素 からのデータを表 します。

n

QCルール表 — 使用 可能なQCルールと各ルールを定義 する設定を表示 します。適 用されたQCルールはチェックマークで示 されます。

n

ウェルセレクター — 表 示 する蛍 光 データを含 むウェルを選 択します。

n

QCルールの概 要 ペイン — 選 択 したQCルールを表 示し、ルールを満たさないウェルを強 調表 示します。

QC基 準 の変 更QC基 準 を変 更 するにはu

QCに含めるまたはQCから除 外 するルールの[Use (使 用)]チェックボックスをオンまたはオフにします。

242 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

[QC]タブ

QCを満 たしていないウェルの除 外
CFX Maestro Dx SEは、QCルールテーブルの[Results (結 果)]列と概要ペインに、QC基準 を満 たしていない
ウェルを表示 します。

QC基 準 を満 たしていないウェルを除 外 するにはu

除外 するウェルごとに[Exclude Wells (ウェルの除 外)]を選択します。

ユーザーガイド | 243

第11章データ解 析の詳 細[Run Information (ラン情 報 )]タブ
[Run Information (ラン情 報 )]タブには、各 ランに関 するプロト コルおよびその他 の情 報が表 示 されます。このタブを使用 して、以 下 を実行 します。
n

プロト コルを表 示します。

nランに関するメモを入 力または編集 します。

n

ランのIDまたはバーコードを入力 または編集 します。

n

ランの最 中 に発生 した可能 性のあるイベント を表 示します。これらのメッセージを使 用 して、ランのト ラブル
シューティングに役 立 ててください。

ヒント ：[Protocol (プロト コル)]を右クリックし、そのプロト コルをコピー、エクスポート 、または印 刷 します。
[Notes (メモ)]、[ID/Bar Code (ID/バーコード)]、または[Other (その他 )]ペインを右クリックし、テキスト を元 に戻す、切 り取 り、コピー、貼 り付 け、削除 、または選択 の操作 を行 います。

244 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データ解 析レポート

データ解 析 レポート
[Report (レポート )]ダイアログボックスでは、現在のデータファイルに関する情報 が[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウに表 示 されます。レポート を開 くには、[Tools (ツール)] > [Reports (レポート )]を選 択するか、ツール
バーの[Reports (レポート )]をクリックします。
[Report (レポート )]ダイアログには、以下 のセクションがあります。
n

メニューとツールバー — レポート またはテンプレート をフォーマット 、保存 、および印刷 するためのオプションを
提供 します。

n

オプションリスト (ダイアログボックスの左 上) — レポート に表示 するオプションを提供 します。

n

オプションペイン(ダイアログボックスの左 下) — 選 択したオプションに関 する情 報を入 力 できるテキスト ボック
スが表示 されます。

n

プレビューペイン(ダイアログボックスの右側 ) — 現 在のレポート のプレビューが表 示されます。

ユーザーガイド | 245

第11章データ解 析の詳 細データ解 析 レポート のカテゴリ
表29に、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウのデータのタイプに応 じて、データ解 析レポート に使用 可 能なすべてのオプションを示します。
表 29. オプションリスト 内 のデータ解 析 レポート のカテゴリ

カテゴリ

オプション

説明

ヘッダー
レポート のタイト ル、サブタイト ル、ロゴ
Report Information( レポート 情

ランの日付 、ユーザー名 、データファイル

報)

名、データファイルパス、および選 択されたウェルグループ

Audit Information (監 査 情報 )署名 を含む、監 査 に必要 な補 足 情 報

Notes( メモ)データレポート に関するメモ

Run Information (ラン情 報 )ランの日付 、ユーザー名 、データファイル

ランのセット アップ

名、データファイルパス、および選 択されたウェルグループ
Protocol (プロト コル)

プロト コルのステップとオプションのテキスト
ビュー

Plate Display (プレート 表 示 )プレート の各ウェルの情 報 のプレート ビュー

Analysis Settings (解析 設 定 )データ収 集 ステップ番 号、解 析 モード、およ

定量化

びベースライン減 算法
Amplification Chart (増 幅 グラフ)

定量 化 データを含 むランの増幅 グラフ

Standard Curve Chart (検 量 線 グ

検量 線 グラフ

ラフ)
Data (データ)

各ウェル内 のデータをリスト したスプレッド
シート

246 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データ解 析レポート

表 29. オプションリスト 内 のデータ解 析 レポート のカテゴリ、続 き

カテゴリ

オプション

説明

Analysis Settings (解析 設 定 )解析 モード、グラフデータ、スケーリングオプ

遺 伝 子 発 現 — 棒 グラフ
ション、およびグラフエラー
Chart (グラフ)

棒グラフのコピー

Target Names (ターゲット 名 )ターゲット 名 のグラフ

Sample Names (サンプル名 )サンプル名 のグラフ

Data (データ)

各ウェル内 のデータをリスト したスプレッド
シート

Target Stability( ターゲット の安 定ターゲット 安 定 性値 のグラフ

性)Box-and-Whisker Chart( 箱 ひげ

箱ひげ図

図)
Dot Plot Chart (ドット プロット グラフ)

ドット プロット グラフ

遺 伝 子 発 現 — クラスターグラム、および散 布 図
Analysis Settings (解析 設 定 )各グラフタイプの設定

Chart (グラフ)

グラフのコピー

Data (データ)

各ターゲット のデータをリスト するスプレッド
シート

遺 伝 子 発 現 — ANOVAデータ
ANOVA Settings (ANOVA設 定)

解析 で使 用されるP値しきい値

ANOVA Results( ANOVA結 果)

ANOVAの結 果 、Tukey's HSD事 後 解 析
結果 の表

融解曲線
Analysis Settings (解析 設 定 )溶融 ステップ番 号 としきい値 バー設 定

ユーザーガイド | 247

第11章データ解 析の詳 細表 29. オプションリスト 内 のデータ解 析 レポート のカテゴリ、続 き

カテゴリ

オプション

説明

Melt Curve Chart (融解 曲 線 グラ

融解 曲 線 グラフ

フ)Melt Peak Chart (融 解ピークグラ

融解 ピークグラフフ)
Data (データ)

各ウェル内 のデータをリスト したスプレッド
シート

対立遺伝子識別Analysis Settings (解析 設 定 )蛍光 色 素 、サイクル、およびコールマップの表示

Allelic Discrimination Chart (対 立

対立 遺 伝 子識 別 グラフのコピー

遺 伝 子 識別 グラフ)
Data (データ)

各ウェル内 のデータをリスト したスプレッド
シート

エンドポイント
Analysis Settings (解析 設 定 )蛍光 色 素 、平 均 までのエンドサイクル、モード、最 低 RFU値 、最高 RFU値 、およびカット オフ値

Data (データ)

各ウェル内 のデータをリスト したスプレッド
シート

QCパラメータ
Data (データ)

各QCルールのパラメータをリスト したスプレッ
ドシート

248 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データ解 析レポート

データ解 析 レポート の作 成
レポート レイアウト をテンプレート として保 存 し、同様 のレポート で再度使 用 できます。

データ解 析 レポート を作 成 するには1.

レポート を作 成 する前 に、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウでウェルの内 容 、選 択されたウェル、グラフ、およびスプレッドシート を最 終 調整 します。

2.

[Data Analysis (データ解 析 )]メニューバーで[Tools (ツール)] > [Reports (レポート )]を選択 し、[Report (レポート )]ダイアログボックスを開 きます。

3.

レポート に含 めるオプションを選 択します。デフォルト のオプションが選 択 された状 態でレポート が開 きます。
チェックボックスをオンまたはオフにすることによって、カテゴリ全 体を変 更するのか、カテゴリ内 の個 々 のオプ
ションを変 更 するのかを選 択 します。
表29(246ページ)、表示 可 能 なオプションを示します。
注 ：レポート に表 示 されるデータは、[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウのタブ内 で現 在選 択 されている内 容 によって異 なります。たとえば、定量 化ランには検 量線が含まれない可能 性 があるため、これらのデータは[Data Analysis (データ解 析)]ウィンドウまたはデータレポート に表示 されません。

4.

レポート 内 のカテゴリと項 目 の順序 を変更します。オプションを相対 位 置にドラッグします。項目 の順 序
は、その項 目が属 するカテゴリ内 でのみ変 更できます。

5.

(オプション) [Report Options (レポート オプション)]ペインで、選択 したオプションに関連 する情 報 を入力 します。
nレポート に表 示する情 報のサブセット を選 択します。

n

選択 したオプションに固 有の設定 を選択 します。

n

選択 したオプションに表 示するテキスト を変 更 します。

6.

[Update Report( レポート の更 新 ) ]をクリックして[Report Preview( レポート プレビュー) ]を更 新し、変更 を反映 させます。

7.

レポート を印 刷 または保存 します。
a.

ツールバーの[Print Report( レポート の印刷 ) ]ボタンをクリックすると、現在のレポート を印 刷できます。

b.

[File (ファイル)] > [Save (保存 )]を選択して、レポート をPDF (Adobe Acrobat Readerファイル)、MHT(Microsoft文 書)、またはMHTML (Microsoft文 書)ファイル形式 で保 存 します。

c.

ファイルを保 存 する場 所 を選 択 します。

d.

[File( ファイル) ] > [Save As( 名 前を付 けて保存 ) ] を選 択すると、レポート を新しい名前 で保 存 した
り、新 しい場 所 に保 存できます。

ユーザーガイド | 249

第11章データ解 析の詳 細8.

( オプション) 必要 な情 報 を使用 してレポート テンプレート を作 成します。現 在のレポート 設 定をテンプレー
ト に保 存 するには、[Template( テンプレート ) ] > [Save( 保存 ) ]または[Save As( 名 前 を付 けて保 存 ) ]を
選択 します。次回 新 しいレポート を作成するときには、このレポート テンプレート をロードして使用 できます。

250 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

データ解 析レポート

ウェルグループレポート の作 成
ウェルグループレポート を作 成 するには1.

[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウで、[Tools (ツール)] > [Well Group Reports (ウェルグループレポート )]を選 択 します。

2.

[Well Groups Reports (ウェルグループレポート )]ダイアログボックスで、レポート に含 めるウェルグループ、増幅ステップ、および融 解 ステップを選 択します。

3.

パスを入 力 するか、レポート を保 存する宛先フォルダに移 動します。

4.

(オプション) [Choose a Report Template (レポート テンプレート の選 択 )]を選 択 し、テンプレート ファイルフォ
ルダに移 動 します。

5.

(オプション) [Open Destination Folder (宛先 フォルダを開く)]を選択 してフォルダを開 き、生成 後にレポートを表示 します。

6.

[Create Reports (レポート の作成 )]をクリックします。

ユーザーガイド | 251

第11章データ解 析の詳 細252 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

第 12章遺 伝 子発 現解 析
厳密 な条 件 を満 たしている対 照物 質 を反 応で使用 することによって、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアを使 用
して遺 伝 子 発現 ランを実 施 し、サンプル間 でのターゲット 遺伝 子濃 度の相対差 を正規 化 できます。通 常 は、
対象 の遺 伝子 の発 現 レベルを正 規 化するために、1つ以上のリファレンス遺伝子 の発 現レベルが使 用 されます。リファレンス遺 伝 子 では、各サンプルで表わされる取 り込み差やその他 の変 動 が考 慮されるため、その発 現レベルは研 究対 象 の生体 系 で影 響 を受 けることがありません。
複数 のウェルでのPCR反応 の相対 差 を評 価 するには、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウの[GeneExpression (遺 伝 子 発 現 )]タブを選 択します。たとえば、PCR反応 でのウイルスゲノムの相 対 数や導入 配 列の相対 数を評 価 できます。遺伝 子 発現 実験 の最も一般的 な応 用 例としては、定 常 状態 のメッセンジャーRNA
レベルを推定 するために、複 数の反応 で得 られたcDNA濃 度 を比 較評価 することが挙げられます。
ソフト ウェアは、次のいずれかのシナリオでのターゲット の相対 発現 レベルを計算 します。
nあるターゲット 配 列 (遺 伝子 1)に対 する別 のターゲット 配列(遺 伝子 2)の相 対 発 現レベル。たとえば、同一のサンプル処 理 条件 における、ある遺 伝子 に対 する別 の遺 伝子の相対 量 。

n異なるサンプル処理 条 件 における、同 一ターゲット に対 する1サンプル内での1ターゲット 配 列 の相 対発 現レベル。たとえば、異なる時 間 、場所 、または発現 条件 下におけるある遺伝子 の自 身に対 する相 対 量。

遺 伝 子 発 現 解 析 用 プレート のセット アップ
遺伝 子発 現 解析 を実施 するには、ウェルに以下 が含 まれている必要 があります。
n

2つ以上 のターゲット —サンプル内で増幅遺 伝子 または増幅配列 をそれぞれ表 す2つのターゲット 。

n1つ以上 のリファレンスターゲット —少なくとも1つのターゲット は、正規 化発現 のリファレンスターゲット である
必要 があります。[Experiment Settings (実 験設 定)]ウィンドウですべてのリファレンスターゲット を割 り当て、正 規化 発 現 モード(ΔΔCq)でデータを解析 します。リファレンスを含 まないランは、相 対 発現 モード(ΔCq)で解析 する必 要 があります。

n

共通 サンプル — [Gene Expression (遺 伝 子発 現)]タブにプロット されたデータを表 示 するには、反 応 に共通サンプルが2つ以 上 含 まれている必 要があります。このようなサンプルは、ターゲット 配 列ごとの異なる処
理または条 件を表 します。必 要 に応じて、[Experiment Settings (実験 設定)]ウィンドウで対 照サンプルを割り当 てます。対照 サンプルが選択 されていない場 合 、ソフト ウェアは最 小 Cqを対 照サンプルとして使 用します。

プレート エディターでの遺 伝 子発 現 設定 の要件 は、反 応内容 が、1タイプの蛍 光 色 素 を用いるシングルプレッ
クスPCRであるか、または2タイプ以 上の蛍 光 色素 を用 いるマルチプレックスPCRであるかによって異なります。

ユーザーガイド | 253

第12章遺 伝子 発現 解析

プレート 設 定 ガイド
データファイルのプレート 設 定 に、解 析 に必要 な情 報 が含まれていない場 合、[Gene Expression (遺 伝子 発現)]タブを選 択 すると、通 常 棒グラフが表示 される空間 に情 報入力のための指示 が表 示されます。正規 化 遺伝子 発現 解 析を実 施するには、以下 の手 順に従 ってください。
1.

2.

次のいずれかのオプションを使 用して、ターゲット 名とサンプル名を定義 します。
nPlate Setup (プレート 設定 ) — [Plate Editor (プレート エディター)]ウィンドウを開 きます。

n

Replace Plate File (プレート ファイルの置 換) — [Select Plate (プレート の選 択 )]ブラウザが開 きます。
ここで、以 前保 存 したプレート ファイルにナビゲート し、そのファイルで現在 のプレート レイアウト を置 き
換えることができます。

n

Replace PrimePCR File (PrimePCRファイルの置 換 ) — [Select PrimePCR file (PrimePCRファイルの選 択)]ダイアログボックスを開 きます。ここで、PrimePCRランファイルにナビゲート して、そのファイルをプレート レイアウト に適 用できます。

[Experiment Settings (実験 設 定)]ダイアログボックスを使 用して、1つ以 上 のリファレンスターゲット と対 照サンプルを選 択します。
プレート レイアウト にすでにターゲット とサンプルの情 報 が含まれている場合 は、2番 目のステップのみが必要です。この場 合、このステップがオレンジ色 で強 調表 示されます。このステップは、正 規 化遺 伝子 発 現
解析 を実施 する前に完 了 しておく必要 があります。
注 ：散布 図 クラスターグラムのデータが表示 されるのは、「遺伝 子 発現解 析用 プレート の設 定 」に記載されている正 規 化 遺 伝子 発 現の要 件がすべて満たされている場 合 のみです。

254 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

遺伝子 発現 グラフ

遺 伝 子 発 現 グラフ
CFX Maestro Dx SEでは、遺 伝子 発 現データを複 数のビューで表示 できます。表 30に、このソフト ウェアで使用可 能なグラフオプションを示 します。
表 30. 遺 伝 子 発 現 グラフオプション

ボタン

名前

機能

グラフ

次 のいずれかのビューで、正 規化 された遺 伝子 発
現 データを表 示 します。
n 棒 グラフ(デフォルト )n 箱 ひげ図n ドット プロット グラフ

クラスターグラム異 なるターゲット およびサンプルの発現 の類 似度に基 づき、正 規化 発 現 データを階 層 構造 で表 示
します。

散布図

対 照 サンプルと実 験サンプルとの対比 でターゲットの正規 化 発 現 を表 示 します。

ANOVA

次 のRパッケージを使 用して実 行 された、遺 伝 子
発 現 データの一 元配 置 分 散分 析 (ANOVA)の結果 を表 示 し、Tukey検 定 結果 を判 断します。
n 応 用 回帰 の手 引(car)n 最 小 二乗 平 均 (lsmeans)

リファレンス遺伝 子 選 択 ツール([Gene Study (遺 伝子 研 究 )]ウィンドウの[Study
Analysis (研 究 解 析)]タブで利 用 可 能)試 験されたリファレンス遺伝 子 を識別 し、それぞれの安 定
性 に基づいて、良好 、許 容 可能 、または不 安 定に分 類します。

PrimePCRコント ロール解析([Gene Study (遺 伝子 研 究 )]ウィンドウの[Study
Analysis (研 究 解 析)]タブで利 用 可 能)試 験されたサンプルの結 果を表 示 します。

ユーザーガイド | 255

第12章遺 伝子 発現 解析

グラフ

ターゲット の相 対 発 現は、次の2つのビューで示されます。
n

遺伝 子発 現 グラフ — リアルタイムPCRデータを次 のいずれかとして表 示します。
o

ΔΔCq — 対 照 サンプルとリファレンスターゲット を使用して計 算された相 対正 規 化発 現。

o

ΔCq — 対 照 サンプルを基 準 としたサンプル内のターゲット 遺伝子 の相 対 量。

データの表 示 の詳 細 については、グラフビューの変更 と注 釈付 け(258ページ)を参 照 してください。
n

Spreadsheet (スプレッドシート ) — 遺 伝子発現 データのスプレッドシート を表 示します。
ヒント ：オプションについては、グラフまたはスプレッドシート を右クリックしてください。[Plate Setup (プレート のセット アップ)]ドロップダウンメニューから[View/Edit Plate (プレート の表 示/編集 )]を選 択 して、Plate Editorを開 き、プレート 内 のウェルの内 容を変更します。
ヒント ：右クリックメニューから[Sort (並べ替え)]を選択して、グラフ内のターゲット 名 とサンプル名の順
序を並 べ替 えます。

正規化遺伝子発現
データを正 規化 するには、1つ以 上のリファレンス遺 伝 子の測定 された発 現レベルを正 規 化係 数 として使 用します。リファレンス遺 伝子 は、actin、GAPDH、tubulinなどの研 究対 象の生 体 系 で調 整 されていないターゲットです。

256 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

正 規 化 遺 伝 子 発 現 (ΔΔCq)解 析 をセット アップするには
1.

データファイル(.pcrd拡 張子)を開 きます。

2.

[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウの[Quantification (定量 化 )]タブでデータを確認 します。しきい値や解析 モードの変 更 など、データに調整 を加 えます。

3.

[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブを選択 します。

4.

[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブで、[Experiment Settings (実験設 定)]をクリックします。

5.

[Experiment Settings (実験 設 定)]ダイアログボックスで、次 の手 順を実行 します。

6.

a.

[Samples (サンプル)]タブを選 択し、対照 を選 択します。対照が割り当 てられると、CFX Maestro Dx SEがすべての遺 伝 子の相 対量 を、1に設定 された対 照量 に正 規 化します。

b.

[Target (ターゲット )]タブを選択 し、リファレンス遺伝 子を選択 します。遺 伝子 発現 解 析には、サンプ
ル内 のターゲット 間 に1つのリファレンスが必 要です。

まだ選 択 されていない場 合 は正 規 化 発現(ΔΔCq)を選択 してから、[Gene Expression (遺 伝子 発現 )]タ
ブで発 現 レベルを表 示します。
注 ：セット アップウィザードを使用 して、正規 化遺 伝子発 現 解析用 のプレート レイアウト をセット アップ
することもできます。

相対量
定義 上、相対 量 (ΔCq)データは、正 規 化 されていません。この方法は、リファレンス遺 伝 子(ターゲット )を含 まな
いサンプルを定 量 化するために使 用 されます。通 常、研究 者 は、ランをセット アップするときに、次 の考慮 事項のいずれかが当 てはまることを理 解しています。
n各サンプルには、各 ウェル内 に同量 のRNAまたはcDNAが含 まれています。

n

ロードされる生 物 学 的 サンプルの量のばらつきは、ソフト ウェア外のデータ解 析による方法 でランされた後 に正規 化されます。たとえば、研 究者 は、相対 量の値 を正 規化係数 で割 る、場 合によって各 サンプルにロードされた核 酸 の質 量 で割 る、または核酸 が分離 された細胞 の数 で割 ることを選 択できます。

相 対 量 (ΔCq)解 析 をランするにはu[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブで、右 ペインの[Mode (モード)]ドロップダウンリスト から、相対 量(ΔCq)を選 択します。
ヒント ：結果 を他の遺 伝 子 発 現 ランのデータと比 較するには、新しいGene Studyを開 くか、既存 のGene Studyにデータファイルを追加 します。

ユーザーガイド | 257

第12章遺 伝子 発現 解析

グラフビューの変 更 と注 釈 付 け
グラフツールバーメニューコマンドとデータ解析グラフツールを使 用 すると、グラフビューの変 更 、各 グラフへの注釈
付け、およびグラフ表 示の変更 を行うことができます。グラフツールバーは、グラフと画 面 下部 のデータ解 析スプ
レッドシート の間 に表 示 されます。

グラフツールバーツール
ヒント ：データ解 析グラフの右側 に表 示 されるグラフツールについては、グラフ(198ページ)を参 照 してください。
グラフの下のツールバーから、注 釈ツールにすばやくアクセスできます。

表31に、グラフツールバーのボタンの機 能を示 します。
表 31. グラフツールバー

ボタン

名前

機能

棒 グラフ

ターゲット の相 対 発 現を表 示 します。

箱 ひげ図

データを四 分 位 範囲 として表 示 します(計算 の詳 細について
は、箱 ひげ図 の計 算 (294ページ)を参照 してください)。
注 ：[Analyze Using (解 析に使 用 )]が[Biological Groups
Only (生物 学 的 グループのみ)]に設 定されている場 合 にのみ
使 用 できます。

ドット プロット チャート

各 ターゲット の個 々 のサンプルデータポイント を表 示 します。
注 意 ：[Analyze Using (解 析 に使 用)]が[Biological Groups
Only (生物 学 的 グループのみ)]に設 定されている場 合 にのみ
使 用 できます。

矢 印 の追 加

アクティブなグラフに矢 印 を描画 します。

円 の追 加アクティブなグラフに円 を描 画します。

テキスト の追 加

アクティブなグラフにテキスト ボックスを挿 入します。このテキス
ト ボックスに、グラフ内の関 心 のある項目 を識 別するためのテ
キスト を追 加 できます。

258 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

表 31. グラフツールバー、続 き

ボタン

名前

機能

元 に戻す

アクティブなグラフで実 行 された最後 の注 釈を削 除 または元に戻 します。

やり直 しアクティブなグラフで実 行 された最後 の元 に戻すアクションを元 に戻します。

すべてクリア

アクティブなグラフ上のすべての注 釈 をクリアします。

ターゲット 、サンプル、および生 物 学 的 グループデータの並 べ替 え
注 ：このオプションは、遺 伝子 発 現 グラフでのみ使用 できます。
デフォルト で、[Targets (ターゲット )]、[Samples (サンプル)]、および[Biological Groups (生物 学 的グループ)]のリ
スト はアルファベット 順に表 示 されます。[Sort (並 べ替 え)]ダイアログボックスを使 用して、表 示を逆 アルファベット
順に並べ替えたり、項目 をリスト 内の別の場所 に手動 で移 動したりします。

ターゲット 、サンプル、および生 物 学 的 グループデータを並 べ替 えるには
1.

グラフツールから、[Sort (並 べ替 え)]をクリックします。
[Gene Expression Chart Sorting (遺伝子 発現 グラフの並 べ替え)]ダイアログボックスが表 示されます。

2.

ダイアログボックスで、[Z-A]をクリックして、リスト を逆 アルファベット 順に並 べ替えます。

3.

項目 を手動 で移動 するには、項 目を選 択して、グラフの間の該 当するボタンをクリックします。
n

選択 した項 目を1つ移動 するには、上矢 印または下 矢印 をクリックします。

n

選択 した項 目をリスト の一 番上 または一 番下に移動 するには、上 矢印または下 矢印 をクリックします。

ユーザーガイド | 259

第12章遺 伝子 発現 解析

4.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[Gene Expression (遺 伝 子発現)]タブに戻ります。

260 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

ターゲット 、サンプル、および生 物 学 的 グループの色 設 定 の変 更[Color Settings (色 設定 )]ダイアログボックスを使用して、ターゲット 、サンプル、または生 物 学的 グループの色 を変更 したり、グラフから項目 を削 除したりします。

ターゲット の色 設 定 を変 更 するには
1.

[Gene Expression (遺伝子 発 現)]ダイアログボックスの右側のペインで、[X-Axis (X軸)]ドロップダウンリストにそのサンプルが表 示されていることを確 認します。

2.

グラフツールで、[Color Settings (色設 定)]を選 択します。
[Color Settings (色 設定 )]ダイアログボックスが表示 されます。

3.

ターゲット の表 示 色 を変 更するには、[Color (色)]列 でその色 をクリックします。

4.

表示 された[Color (色 )]ダイアログボックスで、新 しい色 を選択し、[OK]をクリックします。

5.

遺伝 子発 現 グラフからターゲット を削除 するには、[Show Chart (グラフの表 示 )]列 のチェックボックスをオフにします。
ヒント ：すべてのターゲット をクリアするには、列見 出しの[Show Chart (グラフの表示 )]をオフにします。

6.

(オプション)デフォルト で、バーは単色 で表示されます。バーをグラデーション色 で表 示するには、[Use Solid
Colors (単 色の使用 )]をオフにします。

7.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[Gene Expression (遺 伝 子発現)]タブに戻ります。

サンプルまたは生 物 学 的 グループの色 設 定 を変 更 するには
1.

[Gene Expression (遺伝子 発 現)]ダイアログボックスの右側のペインで、そのターゲット が[X-Axis (X軸 )]ドロップダウンリスト に表 示 されていることを確認します。

2.

ターゲット の色 設 定 を変 更するには(261ページ)の手 順を実 行します。

グラフビューの変 更
現 在 のグラフビューを変 更 するにはuターゲット ビューのツールバーメニューコマンドを選 択します。

注 ：[Gene Expression (遺 伝 子発 現)]タブが常に開き、デフォルト の棒 グラフビューにデータが表示 されます。

ユーザーガイド | 261

第12章遺 伝子 発現 解析

はずれ値 のデータポイント の除 外
ドット プロット グラフでは、はずれ値を容易 に表示 したり、解 析から除外 したりできます。

はずれ値 のデータポイント を除 外 するにはu

ドット プロット グラフで、ターゲット のはずれ値 を右 クリックし、[Exclude Well from Analysis (解析 からのウェ
ルの除 外 )]を選 択 します。

データポイント がドット プロット グラフから削除 され、[Quantification (定 量化)]タブのウェルセレクターでウェルが灰色に変化 します。

除 外 されたはずれ値 のデータポイント を含 めるにはu[Quantification (定量 化)]タブで、ウェルセレクター内のウェルを右クリックし、[Well (ウェル)] > [Include in
Analysis (解析 に含 める)]を選 択 します。

データポイント の詳 細 の表 示
データポイント の詳 細 を表 示 するにはu

箱ひげ図 またはドット プロット で、個 々 のデータポイント にカーソルを置 きます。

ツールチップが表 示され、サンプル名 とその発現(選 択したモードに応 じて、相 対 量または正 規化 発現 )が示 されます。

グラフの注 釈 付 け
各棒 グラフビューに矢 印、円 、およびテキスト を追 加することによって、データをわかりやすく伝えることができます。注釈 は棒 グラフとともに保 存 され、エクスポート または印刷 したファイルに表 示されます。ただし、あるグラフ
ビューに付 けられた注釈 は、他 のグラフビューには追 加されません。

グラフ上 に矢 印 または円 を描 くには
1.

棒グラフツールバーで、特定 のツールをクリックします。

2.

棒グラフをクリックし、必要 に応じてグラフ上でカーソルをドラッグします。

262 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

グラフにテキスト を追 加 するには1.

棒グラフツールバーで、[Add Text (テキスト の追加 )]をクリックします。

2.

棒グラフをクリックします。その位置 にテキスト ボックスが表 示されます。

3.

テキスト ボックスにテキスト を追加 します。

4.

グラフの任意 の場 所をクリックすると、テキスト ボックスが終 了します。
ヒント ：テキスト ボックスに複数 の行 を追 加するには、Enterキーを押 します。

注 釈 を移 動 するには
1.

注釈 の上 にカーソルを置 きます。アイコンが人差 し指に変わり、注 釈の境界 線が強 調 表示 されます。

2.

注釈 をクリックして、別 の位 置にドラッグします。

3.

注釈 をドロップして、その位置 を確 定 します。

注 釈 を元 に戻 すにはu[Undo (元 に戻 す)]をクリックします。
最近 追加 された注釈 が削 除されます。
ヒント ：最新 の10個の注 釈 を一 度に1つずつ元に戻 すことができます。

注 釈 をやり直 すにはu[Redo (やり直 し)]をクリックします。
最近 削除 された注釈 が元 に戻 ります。
ヒント ：最新 の10個の注 釈 を一 度に1つずつやり直すことができます。

注 釈 を削 除 するにはu

注釈 を右クリックして、[Delete (削 除)]を選択 します。

ユーザーガイド | 263

第12章遺 伝子 発現 解析

遺 伝 子 発 現 データの調 整
解析 モード、正 規 化 発現 (∆∆Cq)、または相 対量(∆Cq)を選択したら、グラフの右 側 にある設 定 オプションを変更して、[Gene Expression (遺 伝 子発 現 )]タブに表示するデータを調整します。
ヒント ：デフォルト の遺 伝 子 発 現 データオプションは、[User Preferences (ユーザー設 定 )]ダイアログボックスで設定します(デフォルト の遺 伝子 発 現 データファイルパラメータの設定 (90ページ)を参 照)。

グラフデータy軸の値を線 形 目盛 りに設 定し、グラフデータオプションを有 効にします。グラフデータオプションを使 用 すると、次のいずれかのオプションを使 用してグラフでデータを表 示 できます。
n

Relative to control (対 照 との相 対 ) — 軸 を0から1にスケーリングしてデータをグラフ化 します。ラン中に対照を割 り当 てる場 合は、このオプションを選 択して、ターゲット のアップレギュレーションとダウンレギュレーショ
ンをすばやく視 覚 化します。

n

Relative to zero (ゼロとの相対 ) — 原 点をゼロにしてデータをグラフ化 します。

解 析 に使 用
ドロップダウンメニューを使 用 して、データの解析 方法とプロット 方 法 を選択 します。オプションは次のとおりです。
nSamples Only (サンプルのみ) — データはサンプルごとに分析およびプロット されます。

nBiological Groups Only (生 物 学 的 グループのみ) — データは生 物学的グループについて分 析およびプ
ロット されます。生 物 学 的 グループに表 示される式 は、そのグループ内 のサンプルの幾 何平 均です。

nSample Biological Group (サンプル生 物 学的グループ) — データは、サンプル名 の後ろに生物 学 的 グ
ループを付 加 して、サンプルごとに分析 およびプロット されます。表示されるP値 は、生 物学 的グループに基づいて計 算 されます。

nBiological Group Sample (生 物 学的 グループサンプル) — データは、サンプル名 の前に生物 学 的グループを付加 して、サンプルごとに分析 およびプロット されます。表 示されるP値は、生 物学 的グループに基 づ
いて計 算されます。

ドロップダウンメニューを使 用 して、相 対量 の正 規 化に使 用 されるサンプルを選 択します。

P値 の注 釈 とP値 しきい値
[Annotate P-Values (P値の注 釈)]を選択 すると、ターゲット のP値が選 択されたしきい値 を下 回 った場 合に、
ターゲット の上 の棒 グラフにアスタリスク(*)が表 示されます。ソフト ウェアは、標準 のt検 定 を使 用 して、サンプルの発現 レベルを選択 されたコント ロールサンプルの発 現レベルと比較 することにより、P値 を自 動 的に計算 しま
す。P値しきい値 の範囲 は0.000〜 1.000です。

X軸 オプション
x軸オプションを使用 すると、遺伝 子 発現 グラフのx軸データを選択できます。

264 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

n

Target (ターゲット ) — x軸 にターゲット 名をグラフ化 します。

nSample (サンプル) — x軸 にサンプル名 をグラフ化 します。

Y軸 オプション
y軸オプションを使用 すると、次の3つのスケールのいずれかで遺伝 子 発 現グラフを表示 できます。
nLinear (線 形 ) — このオプションは、線形 目 盛りを表 示する場合 に選択します。
ヒント ：y軸を線 形に設 定 すると、[Graph Data (グラフデータ)]ドロップダウンリスト が有効 になります。このリスト から、対 照 またはゼロを基 準にしてデータをグラフ化 することを選 択 できます。

n

Log 2 — このオプションは、広 いダイナミックレンジにわたってサンプルを評 価 する場 合に選 択 します。

n

Log 10 — このオプションは、非常 に広 いダイナミックレンジにわたってサンプルを評 価 する場 合 に選択 します。

スケーリングオプション
正規 化遺 伝 子発 現(ΔΔCq)を選 択 して、を[None (なし)]に設定し、遺 伝 子 発現 グラフのスケーリングオプション
を有効 にします。次 のスケーリングオプションのいずれかを選択 して、ラン設計 に最 適な方法 でデータを計 算して表示します。
n

Unscaled (非 基準 化 ) — 非基 準 化 の正 規化 遺伝子 発 現を示 します。

nHighest (最高 ) — 各 サンプルの発 現 レベルをすべてのサンプルの最 高の発 現 レベルで割 ることにより、各ターゲット の正 規 化 遺伝子 発 現をスケーリングします。
このスケーリングオプションでは、最高 レベルにスケーリングされた式が使用 されます。

nLowest (最 低 ) — 各 サンプルの発 現 レベルをすべてのサンプルの最 低の発 現レベルで割ることにより、各ターゲット の正 規 化 遺伝子 発 現をスケーリングします。
このスケーリングオプションでは、最低 レベルにスケーリングされた式が使用 されます。

nAverage (平均 ) — 各サンプルの発 現 レベルをすべてのサンプルの発現レベルの幾何 平 均で割ることにより、各 ターゲット の正 規化遺 伝 子発 現 をスケーリングします。
このスケーリングオプションでは、平均 レベルにスケーリングされた式が使用 されます。

遺伝 子発 現 グラフで誤差 計算のタイプ(エラーバー)のオプションを選 択します。

グラフのエラーバーの乗 数
遺伝 子発 現 グラフのエラーバーの乗 数 を選 択します。次のいずれかの整 数を選択 します：n+/- 1 (デフォルト )n2

ユーザーガイド | 265

第12章遺 伝子 発現 解析

n3

エラーバーを選 択 すると、乗 数のタイプが変 化 します。
n

SEM (平 均値 の標 準 誤 差)n

Std Devs (標 準偏 差 )実験設定
ヒント ：このダイアログボックスは、Plate Editorでも使用 できます。詳細 については、実験 設 定の変更 (148ページ)を参照 してください。
[Experiment Settings (実 験 設 定)]ダイアログボックスでは、ターゲット 、サンプル、または生 物 学的 グループのリ
スト を表示または変更 したり、リファレンス遺伝子 を選 択したり、対 照を選 択したり、生物 学的 グループがウェルに追加されている場 合に解 析 する遺 伝 子 発現解析 グループを設定 したりできます。

[Experiment Settings (実 験 設 定 )]ダイアログボックスを開 くにはu[Graphing (グラフ)]タブで、右 ペインの下部にある[Experiment Settings (実 験設 定 )]をクリックします。
[Experiment Settings (実験 設 定)]ダイアログボックスが開 いて、[Targets (ターゲット )]タブが表示 されます。

ターゲット 設 定 を調 整 するにはu[Targets (ターゲット )]タブで、次 のいずれかを実 行 します。
n

遺伝 子発 現 データ解析 のリファレンスとしてターゲット を選 択するには、[Reference (リファレンス)]列 でその名 前 を選択 します。

nターゲット の色 を変 更 するには、[Color (色 )]列 のセルをクリックし、表 示 された[Color (色 )]ダイアログ
ボックスで色 を変 更 します。
色の変化 が遺伝 子 発 現 グラフに反 映されます。

n

事前 に決 定 された効 率値 を使 用 するには、[Auto Efficiency (自動 効率 )]列 のターゲット のチェックボックスをオフにして、ターゲット の効率 (%)の数 値 を入 力します。
ターゲット のデータに検 量 線 が含まれている場 合は、自動効 率を使用 してターゲット の相 対効 率が計算 されます。

サンプルの設 定 を調 整 するにはu[Samples (サンプル)]タブで、次 のいずれかを実行 します。
n

遺伝 子発 現 データ解析 の対 照 としてサンプルを選択 するには、[Control (対 照)]列 でその名 前 を選択します。

266 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

n

サンプルグループの色 を変 更するには、[Color (色)]列でそのセルをクリックし、表示 された[Color (色 )]ダイアログボックスで色 を変 更します。
色の変化 が遺伝 子 発 現 グラフに反 映されます。

n

遺伝 子発 現 グラフにサンプルを表 示するには、[Show Chart (グラフの表 示 )]列でそれを選択 します。

n

遺伝 子発 現 グラフからサンプルを削 除するには、[Show Chart (グラフの表 示)]列 でそれをクリアします。
ヒント ：サンプルグループのデータは、[Results (結果 )]表に残 ります。

解 析 計 算 からサンプルタイプを除 外 するにはu[Experiment Settings (実験 設 定)]ダイアログボックスの下部 にあるチェックボックスをオンにします。
注 ：これにより、遺 伝 子 発現 解析 から対照 および/または標 準が除外されます。

右 クリックメニューオプション
遺伝 子発 現 グラフを右 クリックして、表 32に示す項 目を選択します。
表 32. 遺 伝 子 発 現 の右 クリックメニュー項 目

項目

機能

Copy (コピー)

グラフをクリップボードにコピーします。

Save Image As (画 像 に名 前を

グラフを画 像 ファイルとして保 存します。画 像の解 像 度と寸 法 を設定 して付 けて保 存 )から、ファイルタイプ(PNG、JPG、またはBMP)を選 択 します。

Page Setup (ページのセット アップ)

印 刷 用 のページのセット アップを選択 します。

Print (印刷 )グラフを印 刷 します。

Set Scale to Default (スケールを[Show All (すべて表 示 )]は、棒 グラフにすべてのデータを表 示 します。

デフォルト に設 定 )[Scroll Bar (スクロールバー)]は、最 小バー幅 を維持 しながら、グラフフレー
ムに表 示 するサンプルが多 すぎる場 合 にスクロールバーを表 示します。

Chart Settings (グラフ設 定 )[Chart Settings (グラフ設定 )] ウィンドウを開いて、グラフを調整 します。

Sort (並べ替 え)

グラフのx軸に表 示 されるサンプルまたはターゲット の順 序を入 れ替 えます。

Use Corrected Std Devs (補 正 さ

補 正 された標準 偏 差 式 を使 用 してエラーバーを計 算 します。

れたStd Devsを使 用 する)

ユーザーガイド | 267

第12章遺 伝子 発現 解析

表 32. 遺 伝 子 発 現 の右 クリックメニュー項 目 、続 き

項目

機能Use Solid Bar Colors (実線 のグラフに実 線 のバーを表 示します。

バーの色 を使 用する)
X–Axis Labels (X軸 ラベル)x軸 ラベルを水 平 にまたは角 度 を付けて表 示 します。

データスプレッドシート
表33は、遺 伝 子発 現データ表 に表 示されるデータを定義 したものです。
注 ：表の値 は、右 側 のペインで選択 されたグラフのタイプと設 定 に基 づいて計 算されます。
表 33. タブのスプレッドシート 内 の情 報 の説 明

情報説明

Target( ターゲット )[Experiment Settings (実験 設 定 )]ウィンドウで選 択 されたターゲット 名 (増幅 遺伝 子 )。

生 物 学的 グループ

[Experiment Settings (実験 設 定 )]ウィンドウで選 択 されたサンプルおよび/

サンプル生 物 学 的グループ

または生物 学 的 グループの名 前 。

生 物 学的 グループサンプル
Control (対照 )[Experiment Settings (実験 設 定 )]ウィンドウで選 択 された対 照名 。
[Analyze Using (解 析 に使用 )]が[Samples Only (サンプルのみ)]に設 定されている場合 は、[Experiment Settings (実 験 設 定)]ウィンドウで選 択 されたサンプルが対 照 です。[Biological Groups Only (生 物 学 的 グループのみ)]、[Sample Biological Group (サンプル生 物 学的 グループ)]、または[Biological Group Sample (生 物 学的 グループサンプル)]のいずれかが選択 されている場合 は、対 照 が[Experiment Settings (実 験設 定 )]ウィンド
ウで選択 された生 物 学的 グループです。

[Relative Quantity (相 対 量)]

選 択されたモードに応 じて、相 対量 (ΔCq)または正 規 化 遺 伝子 発 現

または[Expression (発 現 )](ΔΔCq)。

[Relative Quantity (相 対 量)]また選 択されたオプションに応 じて、相 対量 または正 規 化発 現 の平均 標 準は[Expression SEM (or SD) (発誤 差(SEM)または標 準 偏差 (SD)。[Analyze Using (解析 に使 用 )が現 SEM (またはSD))][Samples Only (サンプルのみ)]、[Sample Biological Group (サンプル生物 学的 グループ)]、または[Biological Group Sample (生 物 学的 グループ
サンプル)]に設 定 されている場 合にのみ使用 できます。

268 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

グラフ

情報

説明

[Corrected Relative Quantity (補選 択されたオプションに応 じて、相 対量 または正 規 化発 現 のSEMまたは

正 相 対量 )]または[Expression

SDの補 正値 計 算 。[Analyze Using (解 析に使 用 )が[Samples Only (サSEM (or SD) (発現 SEM (またはンプルのみ)]、[Sample Biological Group (サンプル生 物 学 的グループ)]、SD))]または[Biological Group Sample (生 物学 的 グループサンプル)]に設 定 されている場合 にのみ使 用 できます。

Mean Cq (平均 Cq)

定 量化 サイクルの平 均 ([Analyze Using (解析 に使 用 )]が[BiologicalGroups Only (生物 学 的 グループのみ)]に設 定されている場 合 は表 示 されません)。

Cq SEM (or SD) (Cq SEM (また選 択されたオプションに応 じて、定 量化 サイクルのSEMまたはSD

はSD))([Analyze Using (解析 に使 用 )]が[Biological Groups Only (生 物 学 的グ
ループのみ)]に設 定 されている場 合は表 示されません)。

ユーザーガイド | 269

第12章遺 伝子 発現 解析[Show Details (詳 細 の表 示 )]オプション
表34は、棒 グラフスプレッドシート の右 クリックメニューから[Show Details (詳 細 の表 示)]を選択 したときに表示されるデータを定 義 したものです。
表 34. [Show Details (詳 細 の表 示 )]が選 択 された棒 グラフスプレッドシート 内 の情 報

情報説明

Data Set (データセット )データファイル内 の1つの蛍 光 色 素からの蛍 光データ

Relative Quantity (相 対 量)

サンプルの計 算 された相 対 量

Relative Quantity SD (相 対 量

相 対 量計 算 の標準 偏 差

SD)Corrected Relative Quantity SD

補 正 相対 量 の計算 された標 準 偏差(補 正 相 対 量SD)
Relative Quantity SEM (相 対量

相 対 量計 算 の平均 標 準 誤 差

SEM)
Corrected Relative Quantity

補 正 相対 量 の計算 された平 均 標準 誤 差

SEM (補 正 相対 量 SEM)
Relative Quantity(lg) (相 対 量

統 計 解析 に使 用 される相 対 量のlog2(lg))
SD RQ(lg)

相 対 量の標 準 偏差 (log2)

SEM Expression(lg) (SEM発 現発 現 の平 均 標 準誤 差 (log2)(lg))
Unscaled Expression (非 基 準化

計 算 された非 基 準 化 発現

発現)
Unscaled Expression SD (非 基

非 基 準化 発 現 の計 算 された標 準偏 差

準 化 発現 SD)
Corrected Unscaled Expression

補 正 された非 基 準 化 発現 の計 算された標 準 偏差SD (補正 非 基 準化 発 現 SD)
Unscaled Expression SEM (非非 基 準化 発 現 の計 算 された平 均標 準 誤 差

基 準 化発 現 SEM)
Corrected Unscaled Expression
SEM (補 正 非基 準 化 発 現SEM)

270 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

補 正 された非 基 準 化 発現 の計 算された平 均 標準 誤 差

グラフ

表 34. [Show Details (詳 細 の表 示 )]が選 択 された棒 グラフスプレッドシート 内 の情 報 、続 き

情報

説明

Unscaled Expression(lg) (非 基

非 基 準化 発 現 のlog2

準 化 発現 (lg))
SD Unscaled Expression(lg) (SD

非 基 準化 発 現 の標 準 偏 差 (log2)

非 基 準化 発 現 (lg))
SEM Unscaled Expression(lg)

非 基 準化 発 現 の平 均 標 準 誤差 (log2)(SEM非 基 準 化発 現 (lg))
Expression (発現 )正 規 化遺 伝 子 発 現

Corrected Expression SD (補正

補 正 発現 の計 算された標 準 偏 差

発 現 SD)
Expression SEM (発 現 SEM)

発 現 の平 均 標 準誤 差

Corrected Expression SEM (補補 正 発現 の計 算された平 均 標 準誤 差

正 発 現SEM)
Expression(lg) (発 現 (lg))

統 計 解析 に使 用 される発 現 (正 規 化された発 現 )のlog2

SD Expression(lg) (SD発 現 (lg))

発 現 の標 準 偏 差(log2)

SEM Expression(lg) (SEM発 現発 現 の平 均 標 準誤 差 (log2)(lg))
Mean Cq (平均 Cq)

定 量 化サイクルの平均

Cq SD

定 量 化サイクルの標準 偏 差

Cq SEM

定 量 化サイクルの平均 標 準 誤差

ユーザーガイド | 271

第12章遺 伝子 発現 解析

クラスターグラムクラスターグラムは、異なるターゲット およびサンプルの発 現 の類似度 に基づき、データを階 層 構造 で表 示します。
注 ：棒グラフで相対 発 現 以 外のデータプロット を表示 するには、リファレンスターゲット を選 択する必要 があります。
クラスターグラム画 像は、サンプルまたはターゲット の相対 発現を次 のように示 します。
n

アップレギュレーション(赤 ) — 高発 現n

ダウンレギュレーション(緑 または青 ) — 低発現nレギュレーションなし(黒 )n

算出 値なし(黒 地 に白 の×印)

色合 いが明 るいほど、相対 発 現の違いが大きくなります。正規化されたCq値 を算 出できない場合 は、四角
部分 が黒字 に白 の×印 になります。
データプロット の外縁 は、クラスター階 層 を示 す樹状 図になります。発 現パターンが似 ているターゲット またはサンプルは枝の位 置が近 いのに対 して、似ていないパターンの場 合は枝 の位置が遠くなります。

Settings (設 定 )次のオプションを設 定 できます。
n

Cluster By (クラスター方 法) — ターゲット 、サンプル、両 方、またはなしから選 択 します。

nSize (サイズ) — 画 像 サイズを調 整し、グラフの拡 大率 を変 更してします。

nSplit Out Replicates (レプリケート 分 割 ) — 個 々のレプリケート の値 を表示 します。

ヒント ：の配 色を、これらのグラフの右 クリックメニューからこのオプションを選択することで、デフォルト の[Red/Green(赤/緑)]から[Red/Blue (赤 /青 )]に変 更 できます。

右 クリックメニューオプション
クラスターグラムの右 クリックメニューオプションは、棒グラフの右 クリックメニューオプションと同 じです。使 用 可能 なオプションについては、表 32(267ページ)を参照 してください。加 えて、[Color Scheme (配 色 )]を選 択 して、ダウンレギュレーション発現 をグラフでデフォルト の[Red/Green (赤/緑 )]から[Red/Blue (赤 /青)]に変 更します。

データスプレッドシート
スプレッドシート には、ターゲット 、サンプル、および正規 化 発現の値 が表示 されます。

272 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

散布 図

散布図
散布 図には、対 照 サンプルと実験 サンプルとの対 比でターゲット の正規化 発 現が表 示されます。図中 の線 は、倍率
変化 のしきい値 を示 しています。線 の間 にあるデータポイント は、そのターゲット (遺伝 子)の発 現 の差 はサンプル間 で無視 できるほど小 さいことを意味 します。線の外側にあるデータポイント は倍率 変 化のしきい値 を超 えており、注 目 する必 要 がある可 能 性 があります。
図の画像 には、倍 率変 化 のしきい値 に基づくターゲット 遺 伝子 発 現の次の変化 が示されます。
n

アップレギュレーション(赤 い円) — 相対 的 に高発 現n

ダウンレギュレーション(緑 または青 の円 ) — 相対 的に低 発現

n変化 なし(黒 い丸 )いずれかのしきい値線 をクリックしてドラッグすることで、倍率変 化 のしきい値 を調整できます。

設定
次のオプションを設 定 できます。
nControl Sample (対 照 サンプル)n

実験 サンプルn

倍率 変化 しきい値 。倍 率 変 化しきい値を増 減 すると、それに応 じてプロット のしきい値 線が移 動 します。

右 クリックメニューオプション
散布 図の右クリックメニューオプションは、棒グラフの場合 と同 じです。使 用 可能 なオプションについては、表32(267ページ)を参 照 してください。さらに、[Symbol (記 号 )]を選択して、プロット で使 用 する記 号 をデフォルト の円
から次 のいずれかに変 更することもできます。
n

三角 形

n

十字

n

四角

n

ひし形

データスプレッドシート
このスプレッドシート には、対 照サンプルと実 験サンプルのターゲット および正 規化 発 現の値が表示 されます。また、ターゲット のレギュレーションと比 較してターゲット がアップレギュレーションされているかダウンレギュレーションされているかどうかも示 します。

ユーザーガイド | 273

第12章遺 伝子 発現 解析

結 果 スプレッドシート[Results (結果 )]スプレッドシート には、すべてのグラフのデータが要 約されます。表35に、[Results (結 果 )]スプ
レッドシート に表示 されるデータを定 義 します。
表 35. [Results (結 果 )]タブの情 報

情報説明

Target( ターゲット )ターゲット 名 (増 幅 遺 伝 子)

Sample (サンプル)

サンプル名

Mean Cq (平均 Cq)

定量 化 サイクルの平 均

Mean Efficiency Corrected Cq

反応 効 率 を調 整 した後 の定 量 化 サイクルの平 均(補 正 Cq平 均効 率 )Normalized Expression (正 規化

リファレンスターゲット に正 規化 されたターゲット 発現 (ΔΔCq)

発現)
Relative Normalized Expression

対照 サンプルを基 準 とした相対 正 規 化 発現 。倍 率 変化 とも呼 ばれます

(相 対 正 規 化発 現 )Regulation (レギュレーション)

対照 サンプルと比較 した発 現 の変 化

Compared to Regulation

しきい値 設定 に基 づく実 験サンプルのアップレギュレーションまたはダウンレ

Threshold (レギュレーションしきい

ギュレーション

値 との比較 )

注 ：レプリケート のデータは、[Split Out Replicates (レプリケート の分 割 )]が選 択 されているデータ解析 タブのスプレッドシート (つまり、クラスターグラム)にのみ表示 されます。棒グラフで対照 サンプルとして[none (無し)]を選択すると、遺伝 子 発 現 解析 スプレッドシート の発現 データ間 に矛 盾 が生じる可能 性 があります。

274 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Gene Study (遺伝子 研究 )Gene Study (遺 伝 子 研 究 )インターランキャリブレーターを使 用して、1つ以上 のリアルタイムPCR実験による遺 伝 子発 現 データを比 較し、
実験 間の差異 を正 規 化 する遺伝 子 研究 を作 成します。遺 伝 子研 究を作 成するには、1つ以 上のデータファ
イル(.pcrd拡張 子)から遺伝 子 研 究にデータを追 加します。ソフト ウェアはこれらのデータを1つのファイル(.mgxd拡張 子)にまとめます。
注 ：遺伝子 研 究 で解 析 できるサンプルの最 大数は、コンピューターのRAMおよび仮 想 メモリのサイズによって制限されます。

インターランキャリブレーション
個別 のリアルタイムPCRラン(異 なるプレート から生成 された、異なる.pcrdファイル)で分析 されたターゲット 間 のラン間変 動を正 規 化 するために、ターゲット ごとのすべての遺伝 子研 究 で自 動的 にインターランキャリブレーションが適用されます。
サンプルをインターランキャリブレーターとしてソフト ウェアに認識 させるためには、比較 対 象のすべてのプレート で同じターゲット 名 、サンプル名 、(使用 する場合は)生物学 的 セット 名を共有 する必 要 があります。
注 ：インターランキャリブレーションを行 うには、遺伝 子研 究 に少 なくとも1つのインターランキャリブレーターサ
ンプルが存 在 していなければなりません。適 切なインターランキャリブレーターサンプルのないターゲット は、
遺伝 子研 究 で補 正なしで処理 されることになります(非 推奨)。
インターランキャリブレーターを適 用するには、次 の2つの方 法 があります。
nターゲット ごと — 効 率 が異なる複 数のPCRプライマーを使用 できます。デフォルト では、インターランキャリ
ブレーターは、同 じプレート 上 で同 じターゲット 名が設 定 されたすべてのウェルに適 用されます(同 じ分 析を使用 して生 成されたCqなど)。

n

研究 全体 — ユーザーが選 択 した1つのインターランキャリブレーターが遺 伝子 研究 全体 に適 用 されます。

ユーザーガイド | 275

第12章遺 伝子 発現 解析[Gene Study (遺 伝 子 研 究 )]ダイアログボックス[Gene Study (遺 伝 子 研 究 )]ダイアログボックスには、次の2つのタブがあります。
n[Study Setup (研 究設 定)]タブ — 遺 伝 子 研究 でのランを管理 します。
重 要 ：遺伝 子研 究でデータファイルを追 加または削 除しても、元 のファイルのデータは変更 されません。

n[Study Analysis (研究解 析 )]タブ — 組 み合 わせランでの遺 伝子発現 データを表示 します。

[Study Setup (研 究 設 定 )]タブ
表36に、[Study Setup (研究設 定 )]タブに表 示されるデータの説明 を示 します。
表 36. [Gene Study (遺 伝 子 研 究 )]ダイアログボックスの[Study Setup (研 究 設 定 )]タブ

カラムのタイト ル

説明File Name (ファイル名)

ランデータファイルの名 前(拡 張子 .pcrd)

File Folder (ファイルフォルダ)

遺 伝 子研 究 での各 ランのデータファイルを格納 するディレクト リ

Date Created (作 成日 )実 行 データが収 集 された日 付

276 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Gene Study (遺伝子 研究 )表 36. [Gene Study (遺 伝 子 研 究 )]ダイアログボックスの[Study Setup (研 究 設 定 )]タブ、続 き

カラムのタイト ル

説明Well Group Name (ウェルグ

ファイルが遺 伝 子 研究 に追 加 されたときに選 択 されたウェルグループの名

ループ名 )

前
ヒント ：遺 伝 子 研 究で1つのウェルグループを解 析するには、データファ
イルを遺 伝 子 研究 にインポート する前に、[Data Analysis (データ解析 )]ウィンドウでそのウェルグループを選 択 する必要 があります。

Step (ステップ)

リアルタイムPCRデータを収集 するためのプレート リードを含 むプロト コルス
テップ

Run Type (ランタイプ)

ユーザー定 義 またはPrimePCRランのいずれか

Protocol Edited (プロト コル

これが選 択されている場合 、PrimePCRランに使用 されるプロト コルが編

編 集 済み)集 されていることを意 味します。

View Plate (プレート の表 示)

プレート のプレート マップを開 き、遺 伝 子 研 究に含 まれるランごとのデータを表 示 します。

遺 伝 子 研 究 の準 備
遺 伝 子 研 究 を準 備 するには1.

遺伝 子研 究 にデータをインポート する前に、[Data Analysis (データ解 析 )]ウィンドウで次の手順 を行 います。
n

同じ内 容 を含 むサンプルに同 じ名 前 が付 けられていることを確 認します。ソフト ウェアでは、遺 伝 子研
究で同じターゲット 名 またはサンプル名を使用 しているウェルには同 じサンプルが含 まれているものと見
なします。

n

[Quantification (定 量 化 )]タブでベースラインとしきい値 (Cq)を調整 して、各 ランでのデータを最適 化 します。

n

遺伝 子研 究 に含 めるウェルグループを選 択します。
遺伝 子研 究 で1つのウェルグループからのデータを表示 するには、データファイルをインポート する前にそのグループを選 択 しておく必 要があります。

[Study Setup (研 究設 定)]タブに、遺伝子 研 究でのすべてのランのリスト が表 示 されます。
2.

[Gene Study (遺 伝 子 研究 )]ダイアログボックスで、[Study Setup (研 究設定 )]タブを選 択します。

3.

[Add Data Files (データファイルの追 加 )]をクリックして、ブラウザウィンドウからファイルを選 択 します。
ヒント ：遺伝 子 研 究 に迅速 にランを追加するには、データファイル(.pcrd拡 張 子 )を[Study Setup (研究設 定)]ダイアログボックスにドラッグします。

ユーザーガイド | 277

第12章遺 伝子 発現 解析

4.

データファイルを追 加 すると、CFX Maestro Dx SEにより遺 伝子 研究 解 析が自 動 的に行 われます。解 析
結果 を表示 するには、[Study Analysis (研 究 解 析)]タブを選 択します。

遺 伝 子 研 究 からランを削 除 するにはu

リスト 内 の1つ以 上のファイルを選 択 してから、[Remove (削 除)]をクリックします。

遺 伝 子 研 究 に関 するメモを追 加 するにはu[Notes (メモ)]テキスト ボックスに、ファイルと分 析に関するメモを入 力します。

[Study Analysis (研 究 解 析 )]タブ
[Study Analysis (研究 解 析 )]タブには、遺伝子 研究 でのすべてのランで得 られたデータが表示 されます。遺伝
子発 現データ解 析 オプションは、単 一 データファイルでの場合 のオプションと同 じですが、次 の例 外があります。
n

棒グラフの場 合 、[Inter-run Calibration (インターランキャリブレーション)]をクリックすると、インターランキャリ
ブレーションの値 が表示 されます(計 算 されている場 合 )。
注 ：インターランキャリブレーターとして使用できるのは、次のサンプルタイプのみです。
oUnknown (不 明)oStandard (標準 )oPositive Control (陽 性対 照 )陰性 対照 、テンプレート コント ロールなし(NTC)、逆転 写酵素 コント ロールなし(NRT)のサンプルタイプは、
インターランキャリブレーターとして使 用 できません。
nn[Reference Gene Selection (リファレンス遺伝 子 選択)]ツールは、試 験されたリファレンス遺伝 子を識別し、それぞれの安定 性 に基づいて、良好 、許容 可能 、または不安定 に分 類します。
o

良好 なリファレンス遺 伝子 は安 定しており、試験されたサンプル全 体での変 動が最 小 限です。

o

許容 可能 なリファレンス遺 伝子 の安定 性は良好 ではなく、試 験されたサンプル全体 での変 動 は中程度 です。良 好 なリファレンス遺 伝子がない場合 は、これらのリファレンス遺伝 子を解 析 で使 用してください。

o

不安 定なリファレンス遺伝 子は、試験 されたサンプル全体にわたり過 剰な変動 が見 られます。これらの遺 伝子 は解 析 から除 外することをお勧めします。

[PrimePCR Analysis Controls (PrimePCR解 析コント ロール)]ツールは、試 験されたサンプルの結果 を表
形式 で表 示します。
o[Summary (概 要)]タブには、試験 されたすべてのサンプルの概 要 が表 示 されます。すべてのコント ロー
ルアッセイに合格 したサンプルは緑 色で表示 されます。1つ以 上のコント ロールアッセイで不 合格 だった
サンプルは黄 色 で表示 されます。

278 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Gene Study (遺伝子 研究 )o[PCR]タブには、陰 性PCRコント ロールアッセイの結果が表示 されます。このアッセイは、このアッセイは遺伝 子発 現 に影 響を及ぼす抑 制問 題または実験上の問題 を検出します。

o[RT]タブには、逆 転 写コント ロールアッセイの結 果が表示 されます。このアッセイは、RT性 能 を定 性的に評価 し、RT性 能 が遺 伝子 発 現 を損 なう可能 性のあるサンプルを特 定 します。

o[gDNA]タブには、DNA汚 染 コント ロールアッセイの結 果が表 示されます。このアッセイは、サンプル内に、qPCRの結 果 に影響 を与える可能性 のあるレベルでゲノムDNA( gDNA) が存 在するかどうかを判
断します。

o

[RQ]タブには、RNA品 質アッセイ(RQ1およびRQ2)の結 果が表示されます。このアッセイは、RNAの完全 性が遺 伝 子 発現 に悪 影響 を及ぼす可能 性があるかどうかを定性 的に評価 します。

遺 伝 子 研 究 レポート のカテゴリ[Gene Study Report (遺伝子 研 究レポート )]ダイアログボックスを使用して、遺伝子 研 究 データをレポート に配置します。表 37に、遺 伝子研 究 レポート で利 用できるすべてのオプションを示します。
表 37. 遺 伝 子 研 究 レポート のカテゴリ

カテゴリ

オプション

説明

ヘッダー
レポート のタイト ル、サブタイト ル、ロゴ
Report Information( レポート

日 付 、ユーザー名 、データファイル名 、データファイル

情報)

パス、選 択 されているウェルグループ

Gene Study File List (遺 伝

遺 伝 子研 究 のすべてのデータファイルのリスト

子 研 究ファイルリスト )Notes( メモ)データレポート に関 するメモ

Analysis Settings (解 析 設

選 択 されている解析 パラメータのリスト

研 究 分 析 ：棒 グラフ
定)Chart (グラフ)

データを表 示 する遺 伝 子 発現 の棒 グラフ

Target Names (ターゲット

遺 伝 子研 究 のターゲット のリスト

名)
Sample Names (サンプル名 )遺 伝 子研 究 のサンプルのリスト

Data (データ)

データを表 示 するスプレッドシート

ユーザーガイド | 279

第12章遺 伝子 発現 解析

表 37. 遺 伝 子 研 究 レポート のカテゴリ、続 き

カテゴリ

オプション

説明

Target Stability( ターゲット のターゲット の安 定 性 データ

安 定 性)
Inter-run Calibration (インインターランキャリブレーションのデータ

ターランキャリブレーション)
Box-and-Whisker Chart( 箱遺 伝 子発 現 の箱ひげ図

ひげ図)
Dot-Plot Chart (ドット プロット遺 伝 子発 現 のドット プロット グラフ

グラフ)

研 究 分 析 ：クラスターグラム、および散 布 図
Analysis Settings (解 析 設

各 グラフタイプの設 定

定)Chart (グラフ)

データを表 示 する遺 伝 子 発現 チャート

Data (データ)各 ターゲット のデータをリスト するスプレッドシート

研 究 分 析 ：ANOVAデータ
ANOVA Settings (ANOVA

解 析 で使 用 されるP値 しきい値

設定)
ANOVA Results( ANOVA結ANOVAの結 果 、Tukey's HSD事 後解 析 結 果の果)

表Shapiro-Wilk Normality

生 物 学的 グループ、カウント 、P値 、解 析 中に各

Test( シャピロウィルク正 規 性ターゲット で発 生 したエラー

検定)
ANOVA Errors( ANOVAエラー)

280 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ANOVA計 算中 に特 定 されたエラー

Gene Study (遺伝子 研究 )遺 伝 子 研 究 レポート の作 成
遺 伝 子 研 究 レポート を作 成 するには1.

レポート を作 成 する前 に、必 要 に応 じて遺伝子 研究 レポート のデータとグラフを調 整 します。

2.

[Gene Study (遺 伝 子 研究 )]メニューで[Tools (ツール)] > [Reports (レポート )]を選択 して[Reports (レポート )]ダイアログボックスを開きます。

3.

レポート に含 めるオプションを選 択します。デフォルト のオプションが選 択 された状 態でレポート が開 きます。
チェックボックスをオンまたはオフにすることによって、カテゴリ全 体を変 更するのか、カテゴリ内 の個 々 のオプ
ションを変 更 するのかを選 択 します。
遺伝 子研 究 レポート のカテゴリ(279ページ)に、表示 できるオプションがリスト されます。

4.

レポート 内 のカテゴリと項 目 の順序 を変更します。それには、オプションを目 的 の位 置 にドラッグします。項目の順序 は、その項 目 が属 するカテゴリ内 でのみ変更 できます。

5.

[Update Report( レポート の更 新 ) ]をクリックして[Report Preview( レポート プレビュー) ]を更 新し、変更 を反映 させます。

6.

レポート を印 刷 または保存 します。ツールバーの[Print Report( レポート の印 刷) ]ボタンをクリックすると、現在のレポート を印 刷 できます。[File (ファイル)] > [Save (保 存)] を選 択して、レポート を保 存 するファイル形式としてPDF (Adobe Acrobat Readerファイル)を選択 し、ファイルを保 存する場 所を選 択 します。[File( ファイル) ] > [Save As( 名 前 を付けて保 存) ] を選 択 すると、レポート を新 しい名 前で保 存 したり、新 しい
場所 に保 存 できます。

7.

( オプション) 必要 な情 報 を使用 してレポート テンプレート を作 成します。現 在のレポート 設 定をテンプレー
ト に保 存 するには、[Template( テンプレート ) ] > [Save( 保存 ) ]または[Save As( 名 前 を付 けて保 存 ) ]を
選択 します。次回 新 しいレポート を作成するときには、このレポート テンプレート をロードして使用 できます。

ユーザーガイド | 281

第12章遺 伝子 発現 解析

282 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

付 録A データ解 析の計算
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアは数 式 を自動的 に計 算して、結果を[Data Analysis (データ解析 )]タブに表示します。この付 録 では、CFX Maestro Dx SEによる数式 の計 算方 法 について説 明します。

反応効率
各プライマーおよびプローブセット の効 率の正確な測定 値を使 用 すると、遺 伝子 発現 データを解析 するときに、より正確 な結 果 が得 られることを示 唆 する証 拠があります。遺 伝子 発現計 算 で使用 される効 率 のデフォ
ルト 値 は100％ です。反 応 効 率を評価 するには、関連 するダイナミックレンジにわたる代 表的 なサンプルの系
列希 釈を使 用 して検量 線 を生 成 してから、その後の遺 伝子 発現 解析のために効率 を記 録します。ランに検量線 が含まれている場 合 は、[Experiment Settings (実 験設定)]ウィンドウの[Targets (ターゲット )]タブで[AutoEfficiency (自動 効 率 )]がオンになっていると、ソフト ウェアが自 動 的に効率を計 算 し、[Quantification (定 量化)]タブの[Standard Curve (検 量 線)]の下 に表 示します。
効率 式内 の効 率 (E)は、Pfaffl (2001)とVandesompele et al. (2002)に記載されているように、「efficiencies(効率 )」を意 味 します。これらの文 献では、2の効率 (各 サイクルにおいて正確に2倍 )が本 ソフト ウェアの100%の効率 と同 等です。以 下の数学的 関 係を使 用すれば、効率計算 をソフト ウェアで使用 される計 算に変 換 することもできます。
n

E = (% Efficiency * 0.01) + 1n% Efficiency = (E – 1) * 100

相対量
サンプル(GOI)の相 対 量(ΔCq)の計算 式 は次のとおりです。

注 ：この式 は、対照 サンプルが定 義 されていない場合 に、相対 量 を計算 するために使 用されます。
説明 :n

E = プライマーとプローブセット の効 率 。この効率 は、式(% Efficiency * 0.01) + 1を使 用して計算されます。ここで、100% efficiency = 2です。

n

C q (min) = GOIの平均 Cqが最 低の平均Cq

ユーザーガイド | 283

付録 A データ解 析の計 算

n

C q (サンプル) = サンプルの平 均Cqn

GOI = 対象 の遺伝 子 (1つのターゲット )対 照 選 択 時 の相 対 量
対照 サンプルまたは生物 学 的 グループが割り当 てられると、対象の遺伝子 (GOI)を持 つサンプルの相対 量(RQ)が次の式 で計 算 されます。

説明 :n

E = プライマーとプローブセット の効 率 。この効率 は、式(% Efficiency * 0.01) + 1を使 用して計算されます。ここで、100% efficiency = 2です。

n

Cq (対 照 ) = 対 照サンプルの平均 Cqn

Cq (サンプル) = GOIを含 むサンプルの平 均 Cqn

GOI = 対象 の遺伝 子 (1つのターゲット )相 対 量 の標 準 偏 差
重 要 ：この計算 は、[Analyze Using (解 析に使用 )が[Samples Only (サンプルのみ)]、[Sample BiologicalGroup (サンプル生物 学 的 グループ)]、または[Biological Group Sample (生物 学的 グループサンプル)]に設定 されている場 合 にのみ適用 されます。
相対 量の標準 偏 差の計 算 式 は次 のとおりです。

説明 :n

SD相 対量 = 相 対 量の標 準偏 差n

SD CqGOIサンプル = サンプル(GOI)のCqの標準偏 差n相対 量 = サンプルの相 対 量n

E = プライマーとプローブセット の効 率 。この効率 は、式(% Efficiency * 0.01) + 1を使 用して計算されます。ここで、100% efficiency = 2です。

n

GOI = 対象 の遺伝 子 (1つのターゲット )284 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

効 率補 正Cq (CqE)

効 率 補 正 Cq (CqE)
効率 補正 C qの計 算 式は次 のとおりです。

説明 :n

E = 効率平 均 効 率 補 正 Cq (MCqE)
平均 効率 補 正Cqの計 算式は次のとおりです。

説明 :n

CqE = 効 率 補 正 Cqnn = レプリケート の数

ユーザーガイド | 285

付録 A データ解 析の計 算

正規化発現
正規 化発 現 (ΔΔCq)は、生物 学 的 システムのリファレンスターゲット (遺 伝子または配 列)の量に対 して正 規 化されたターゲット (遺 伝子 )の相 対 量 です。リファレンスターゲット を選 択するには、[Experiment Settings (実験設定 )]ウィンドウを開 き、リファレンス遺 伝子 として機能 する各ターゲット のリファレンス列をクリックします。
計算 された相 対 量(RQ)の計 算を使用 する正 規化発 現の計算 式は次のとおりです。

説明 :n

RQ = サンプルの相 対 量nRef = 各サンプルに1つ以 上のリファレンスターゲット を含むランのリファレンスターゲットn

GOI = 対象 の遺伝 子 (1つのターゲット )リファレンスターゲット によって生 物 学的 システム内 の発 現レベルを変更されない場合 、正規 化発 現 の計 算では、各サンプルで表される細 胞数 のロードの差 異またはばらつきが考慮 されます。

286 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

対照 選択 時の正規 化発 現

生 物 学 的 グループの発 現 と相 対 量[Analyze Using (解析 に使 用 )]が[Biological Groups Only (生物 学 的 グループのみ)]に設 定 されている場 合は、生物 学的 グループ内のサンプルの平 均 発現(モード選択 に応 じて、正規化 された発現 または相対 量 )が表示 されます。発 現は、通 常 、対 数 正規 型に分布するため、幾何 平 均を使 用して平均 化されます。

説明 :n

Exp1、Exp2、Expn = 生 物 学的 グループ内のサンプルの相 対量 または正規 化された発 現nn = 生物 学 的 グループ内 のサンプルの数

対 照 選 択 時 の正 規 化 発 現[Experiment Settings (実 験 設 定)]ウィンドウで対 照サンプルを選択 すると、対照 サンプルの発 現レベルが1に設定 されます。この状 況 で、ソフト ウェアは、すべてのターゲット (遺 伝子)発現 の相 対量 を対 照量 (1の値 )に正
規化 します。この正 規 化 発 現は、対 照 が選択 された場合の非 基準 化正規 化 発 現 解析 と同 等です。
注 ：これは、相 対 正 規化 発 現 (RNE)と倍 率 変化としても知 られています。

ユーザーガイド | 287

付録 A データ解 析の計 算

正 規 化 発 現 の標 準 偏 差
正規 化発 現 値の再スケーリングは、正規 化 発現 の標準 偏 差 を、個々 の発現 レベルが最 高 または最低 (選 択されたスケーリングオプションに応 じて)の正 規 化発現 値で割ることによって行 われます。正 規化 係 数の標準 偏差(SD)の計 算 式は次のとおりです。

説明 :n

RQ = サンプルの相 対 量nSD = 標準 偏差n

NF = 正規 化 係 数nRef = リファレンスターゲットnn = リファレンスターゲット の数

対照 サンプルが割 り当 てられている場 合は、次の式に示 すように、標準 偏 差に対 してこの再 スケーリング機 能を実行 する必 要 はありません。

説明 :nNE = 正規 化発 現n

RQ = サンプルの相 対 量nSD = 標準 偏差n

GOI = 対象 の遺伝 子 (1つのターゲット )288 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

最高発 現レベルにスケーリングされた正規 化発 現

最 高 発 現 レベルにスケーリングされた正 規 化 発 現ランに対照 が含 まれていない場 合 は、各 サンプルの発 現レベルをすべてのサンプルの最高 発 現レベルで割ることにより、各 ターゲット (遺伝子 )の正 規 化発 現(NE)をスケーリングします。ソフト ウェアは、最 高 発現 レベルを1の値に設定 し、すべてのサンプル発現 レベルを再スケーリングします。最高 スケーリングの計 算 式は次のとおりで
す。

説明 :
n

GOI = 対象 の遺伝 子 (ターゲット )最 低 発 現 レベルにスケーリングされた正 規 化 発 現ランに対照 が含 まれていない場 合 は、各 サンプルの発 現レベルをすべてのサンプルの最低 発 現レベルで割ることにより、各 ターゲット (遺伝子 )の正 規 化発 現(NE)をスケーリングします。ソフト ウェアは、最 低 発現 レベルを1の値に設定 し、すべてのサンプル発現 レベルを再スケーリングします。最低 スケーリングの計 算 式は次のとおりで
す。

説明 :
n

GOI = 対象 の遺伝 子 (ターゲット )平 均 発 現 レベルにスケーリングされた正 規 化 発 現ランに対照 が含 まれていない場 合 は、各 サンプルの発 現レベルをすべてのサンプルの発現 レベルの幾 何 平均 で割ることにより、各 ターゲット (遺 伝 子)の正 規 化発現 (NE)をスケーリングします。ソフト ウェアは、発現 の平 均レ
ベルを1の値に設定 し、すべてのサンプル発現レベルを再スケーリングします。平 均 スケーリングの計 算 式は次 のとおりです。

説明 :n

GOI = 対象 の遺伝 子 (ターゲット )nGM = すべてのサンプルの正 規 化 発 現の幾何 平 均

ユーザーガイド | 289

付録 A データ解 析の計 算

スケーリングされた正 規 化 発 現 の標 準 偏 差
スケーリングされた正 規 化 発 現 (NE)値 の再 スケーリングは、正規化 発現 の標 準 偏差 (SD)を、発 現レベルが最高(MAX)または最 低 (MIN) (選 択されたスケーリングオプションに応じて)の正規化 発現 値 で割 ることによって行われます。
注 ：対照サンプルが割 り当 てられている場合は、標準 偏差 に対してこの再スケーリング機 能 を実 行 する必
要はありません。
この式 の計算は次 のとおりです。

説明 :nNE = 正規 化発 現nSD = 標準 偏差n

GOI = 対象 の遺伝 子 (ターゲット )nMAX = 最 高 発 現 レベルn

MIN = 最低 発 現 レベル

290 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

標 準偏 差(lg)と平均 標準誤 差(lg)のエラーバー

標 準 偏 差 (lg)と平 均 標 準 誤 差 (lg)のエラーバー
信頼 区間 の使 用 に加えて、発 現 のlog2の標準偏 差 または平 均標 準 誤差 に基 づいて、生 物学 的 グループのエラーバーを表 示 することができます。エラーバーは次 のように計算 されます。
RQ下 部エラーバー = 2RQ(lg)-SD RQ(lg)または2RQ(lg)-SEM RQ(lg)
RQ上 部エラーバー = 2RQ(lg)+SD RQ(lg)または2RQ(lg)+SEM RQ(lg)
説明 :n

RQ(lg) = 生物 学 的 グループの相 対 量 のlog2n

SD RQ(lg) = 相 対量 の標 準 偏 差(log2)n

SEM RQ(lg) = 相対 量 の平 均標 準 誤差 (log2)Exp.下部 エラーバー = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg)または2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp.上部 エラーバー = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg)または2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)説明 :nExp.(lg) = 生 物学 的 グループの発 現 (正規化発 現 )のlog2n

SD RQ(lg) = 発 現の標 準 偏 差 (log2)n

SEM RQ(lg) = 発現 の平均 標準 誤 差(log2)

ユーザーガイド | 291

付録 A データ解 析の計 算

倍率変化
倍率 変化 は、実験 サンプルと対 照 サンプルまたは生物 学的 グループのターゲット の発 現の増加 または減少 の尺度 であり、次 のように決 定 されます。
発現 (実 験 ) > 発 現 (対 象 )の場合 ：発現 (実 験 ) < 発 現 (対 照 )の場合 ：注 ：グラフの場 合は、発現 が、選 択されたモードに応じて、相対量 または正規 化発 現 に基づきます(グラフ(256ページ)を参 照 )。ただし、散布 図 およびクラスターグラムの倍 率変化 は、常 に正 規化 表現 から計 算されます。

292 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

補正値 の計算 式

補 正 値 の計 算 式
重 要 ：これらの計 算は、[Analyze Using (解析に使 用)が[Samples Only (サンプルのみ)]、[Sample
Biological Group (サンプル生物学 的 グループ)]、または[Biological Group Sample (生物 学的 グループサンプル)]に設 定 されている場 合 にのみ適 用 されます。
補正 値と非補 正 値の違いは、リアルタイムPCRランの一部として検 量線が作成 された場 合 にのみ見 られます。ソフト ウェアは、3つの方 程 式 を使 用 して誤差伝 播 を決定 します。
n

標準 誤差

n

正規 化発 現 の標 準誤 差n

対象 の正 規化 遺 伝子 (ターゲット )の標 準誤差

標準 誤差 の計 算 式は次 のとおりです。

説明 :nn = リファレンスターゲット (遺 伝子 )の数n

SD = 標準 偏差

正規 化表 現 式の正規 化 係数 の標 準 誤差 は次のとおりです。

説明 :nn = リファレンスターゲット の数

nSE = 標準 誤 差n

NF = 正規 化 係 数nRQ = 相対 量

対象 の正 規化 遺 伝子 (GOI)式 の標 準誤 差 は次 のとおりです。

説明 :nSE = 標準 誤 差nGOI = 対象 の遺伝 子 (1つのターゲット )ユーザーガイド | 293

付録 A データ解 析の計 算

n

NF = 正規 化 係 数nn = リファレンスターゲット の数

生 物 学 的 グループ解 析 用 の信 頼 区 間 の計 算
生物 学的 グループ解 析 を実施 する([Analyze Using (解 析に使用 )]が[Biological Groups Only (生物 学 的 グ
ループのみ)]に設 定されている)場 合は、信頼区 間が相 対量 と相対 正規 化発現 に対 して計算 されます。
信頼 区間 は、次の式 を使用 して、t分 布 に基づく対数 スケールで計 算されます。

説明 :n= 生物 学 的 グループ内 のサンプルの対 数スケール発現レベルの平均発 現nSD = 生 物学 的グループ内 のサンプルの対数 スケール発現 レベルの標 準偏差nn = 生 物学 的 グループ内 のサンプルの数

nt = 自由 度 とαレベルに基づくt分 布から取得
注 ：αレベルは、[Graphing (グラフ)]タブの[P-value threshold (P値しきい値 )]フィールドを使用 して設定できます。

信頼 区間 の計 算 後は、それらが線 形 目盛 りに変換 され、遺 伝 子発 現データ表 と[Graphing (グラフ)]タブの棒
グラフに表 示 されます。

箱 ひげ図 の計 算
箱ひげ図は、データを四 分 位 数 としてプロット することにより、生 物学的 グループ内 の発 現 値の分布 を表 しま
す。第1および第 3四分 位 数は、それぞれ、箱の下 限と上限によって表 されます。中 央 値は、箱 全体 の実 線 として表 されます。ひげは、データセット 内のはずれ値 以 外の最 小 値と最大値 を表 します。はずれ値 とは、四 分
位範 囲の1.5倍 を超 えて、第 1四 分 位数 より小さいか、第 3四 分位数 より大 きい値 のことです。
注 ：生物学 的 グループ内 にサンプルが1つしかない場合 は、単 一のデータポイント を示 す単 一 の円 として表示 されます。
次の箱ひげ図 は、これらのデータがどのように表 示されるかを示しています。

294 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

箱ひげ図の計 算

凡例
1.

はずれ値 。このはずれ値はQ3 + (1.5 x [Q3 - Q1])より大 きくなります。
注 ：円の上 にカーソルを置 くと、選 択 されたモードに応 じて、サンプル名 と相 対 量 または正規 化
発 現 情 報を示 すツールチップが表 示 されます。

2.

はずれ値 ではない値 の最大 境 界

3.

上 部 /第3四分 位 数 (Q3)。発 現 値 の75％ がQ3未満 です。

4.

ランク付 けされた発 現 値の中 央 値

5.

下 部 /第1四分 位 数 (Q1)。発 現 値 の25％ がQ1未満 です。

6.

はずれ値 ではない値 の最小 境 界

7.

はずれ値 。このはずれ値はQ1 - (1.5 x [Q3 - Q1])より小 さくなります。

ユーザーガイド | 295

付録 A データ解 析の計 算

296 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

付 録B 監 査証 跡
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアでは、データファイル(.prcdファイル)とGene Studyファイル(.mgxdファイル)の監
査証 跡が作 成 されます。セキュアデータファイルとGene Studyファイルに対 して行われた変 更または実 行されたアクションは、ファイルの保 存 時 に監 査証 跡 に記録 されます。CFX Maestro Dx SEではファイルごとに個 別 の監
査証 跡が作 成 されます。
[File (ファイル)] > [Save As (名 前を付 けて保存)]を選 択して、署 名 付 きまたは署 名なしのセキュアデータファイ
ルと遺伝 子究 ファイルを別 のフォルダに保存 するか、または別 の名 前で保存できます。新 しいファイルは、元のファイルから監査 証 跡 を継 承します。新 しいファイルの監査 証 跡 には、[Save As (名 前を付 けて保存 )]アクティ
ビティも含まれます。新 しいファイルに対 して行われた変 更 または実行 されたアクションは、そのファイル自体 の監
査証 跡に記録 されます。元 のファイルの監査証 跡 が保 持され、以 降のアクティビティが記 録 されます。
監査 可能 なイベント (299ページ)には、ソフト ウェアが記 録できる監査可 能なイベント がリスト されています。

監 査 証 跡 の表 示
各監 査証 跡 には次 の情 報 が表 示されます。
nn

監査 ヘッダーの詳細oFile version (ファイルのバージョン) — ファイルの保 存バージョンoDate (日付 ) — 現 在 の監 査 可能 なイベント の日付

oUser (ユーザー) — ログインユーザーのWindowsドメインとユーザー名

oComment (コメント ) — 最 後に保存 されたコメントo

Signature (署名 ) — ファイルに最後 に署名 したユーザーの電子 署名o

Signature reason (署 名の理由 ) — 署 名の理 由

oApplication (アプリケーション) — CFX Maestro Dx SEoApplication version (アプリケーションのバージョン) —CFX Maestro Dx SEの現 行バージョン。

oFull user (フルユーザー) — ログインしたユーザーの氏 名oMachine (マシン) —CFX Maestro Dx SEがインスト ールされているコンピューター

監査 変更 の詳 細oObject (オブジェクト ) — 変更 されたアイテム(監査済 みアイテム)

ユーザーガイド | 297

付録 B 監 査証 跡oOld value (古 い値 ) — 以前 の値oNew value (新しい値) — 新しい値o

Description (説 明) — 変 更 の説明

監 査 証 跡 を表 示 するにはu

開いているデータファイルまたは遺 伝 子研究ファイルで、[View (表 示 )] > [Audit Trail (監 査 証跡 )]を選 択します。ファイルの監 査証 跡 が表 示 されます。

デフォルト では、データは日付 と時 刻 で並べ替えられ、展 開されたビューにすべてのイベント が表示 されます。ユーザー名 とオブジェクト を使 用 してビューを絞り込み、展 開されたビューを折 りたたむことで、任意 のヘッダーフィールドに基 づいて簡単 に並 べ替 えることができます。監査 証跡をHTMLレポート として表 示することもできます。

ユーザー名 で並 べ替 えるにはu[User Name (ユーザー名 )]ドロップダウンリスト からターゲット ユーザーを選択 します。

オブジェクト で並 べ替 えるにはu[Object (オブジェクト )]ドロップダウンリスト からターゲット を選 択 します。

イベント の詳 しい説 明 を非 表 示 にするにはu[Collapse All (すべて折りたたむ)]をクリックします。

変 更 詳 細 テーブルのデータを並 べ替 えるにはu

データカラムヘッダーのひし形の記号 をクリックして、昇 順の並 べ替 えを実 行します (AからZ、最 小 の数 値
から最 大 の数 値 、または最 も古 いものから最 も新 しいもの) 。

298 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

監査 可能なイベント

監 査 証 跡 を印 刷 するには1.

[HTML Report (HTMLレポート )]をクリックして、Webブラウザに監査証跡 を表 示します。

2.

ブラウザウィンドウで、次 のいずれかを実行 します。
n[File (ファイル)] > [Print (印刷 )]を選択します。

nレポート を右 クリックして、[Print (印 刷)]を選 択します。

監 査 可 能 なイベント
CFX Maestro Dx SEは、以下 の監 査 可能 なイベント をデータファイルおよびGene Studyファイルに記録 します。

ランの実 行 中 に監 査 可 能 なイベントn

Run Start Time (ラン開 始時 刻 )n

Run Time Plate edits (ランタイムプレート の編 集 )n

Run Time Protocol edits (ランタイムプロト コルの編 集 )n

Run End Time (ラン終 了時 刻 )データファイル作 成 時 に監 査 可 能 なイベントnData file created (データファイルの作 成 )nInterpolated Plate Reads added by the system (システムによって追 加された補間 プレート 読 み取 り)

データファイル保 存 時 に監 査 可 能 なイベントn一般oName (名 前付 け)oSigning (署 名 )oPlate Setup (プレート のセット アップ)o

Display Wells (ウェルの表 示 )oAnalyzed fluorophores (解 析 された蛍光色 素 )oPlate edits (プレート 編集 )oAnalysis Mode (解析モード)o

PCR Active Well Group (PCRアクティブウェルグループ)

ユーザーガイド | 299

付録 B 監 査証 跡

n

n

n

n

n

[Quantification (定量 化)]タブo

Active Step ( アクティブステップ)oSettings (設定 ) — Cq Determination Mode (Cq決定モード)

oSettings (設定 ) — Baseline Setting (ベースライン設定 )oDrift correction applied (ドリフト 補 正の適 用)

oSettings (設定 ) — Cycles to Analyze (解 析するサイクル数)

oSettings (設定 ) — Analysis Mode (解析 モード)oSettings (設定 ) — Baseline Threshold (ベースラインしきい値 )[Melt Curve (融 解曲 線 )]タブoActive Step ( アクティブステップ)oPeak type displayed (表示 されるピークタイプ)

oPeak analysis threshold (ピーク解析 しきい値 )[End Point (エンドポイント )]タブoActive fluorophore/target (アクティブな蛍光 色素/ターゲット )oEnd cycles to average (平 均 化 するエンドサイクル数 )oTolerance calculation method (公差計 算法 )oPercentage of range (範囲 率 )[Allelic Discrimination (対 立遺 伝 子識別 )]タブoX- and Y-axis fluorophore (X軸 およびY軸 の蛍 光要素 )oSelect cycle number (サイクル番号の選択 )oView call map (コールマップを表 示)[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブ — All plots (すべてのプロット )oExperiment Settings (実 験設 定 ) — Target reference (ターゲット リファレンス)oExperiment Settings (実 験設 定 ) — Sample control (サンプルコント ロール)oExperiment Settings (実 験設 定 ) — Auto Efficiency (自 動効率 )oExperiment Settings (実 験設 定 ) — Efficiency (効率)300 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

監査 可能なイベント

n

n

n

n

[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブ — Graphing (グラフ)oAnalysis Mode (解析モード)oGraph data (グラフデータ)oX-axis (X軸)oY-axis (Y軸)oScaling option (スケーリングオプション)oError bar (エラーバー)oError bar multiplier (エラーバー乗 数)

oP-Value Threshold( P値しきい値 )[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブ — Clustergram (クラスターグラム)oCluster By (クラスター方 法)oSplit out replicates (レプリケート 分 割)

[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブ — Scatter Plot (散布 図)oControl biological group (対 照 生 物学的 グループ)oExperimental biological group (実験 生物学 グループ)

o

Fold change threshold (倍率 変 化しきい値)[Gene Expression (遺伝子 発 現)]タブ — ANOVAonn

P-Value Threshold( P値しきい値 )Plate Setup (プレート のセット アップ) — View/Edit Plate (プレート の表 示 /編集 )oSettings (設定 ) — PlateType (プレート タイプ)o

Settings (設定 ) — Units (単 位 )oEditing Tools (編 集 ツール) — Flip Plate (プレート の反 転 )oWell Group (ウェルグループ)oPlate fluorophores (プレート の蛍光色 素)

Plate Setup (プレート のセット アップ) — Replace Plate (プレート の置 換 ) および Apply PrimePCR File
(PrimePCRファイルの適 用 )oPlate Setup Import (プレート セット アップのインポート )ユーザーガイド | 301

付録 B 監 査証 跡

Gene Studyファイルの変 更 の監 査
一般nName (名 前)n[Study Setup( 研 究 設 定 ) ]タブon

Add/Remove data files (データファイルの追 加/削除 )[Study Analysis( 研 究 解 析) ]タブ

302 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

付 録C LIMS統 合
CFX Maestro Dx SEソフト ウェアは、実 験 室 情報 管 理 システム(LIMS)で使 用するように構成 できます。LIMSの統 合には、CFX Maestro Dx SEで、LIMSプラット フォームによって生 成 されたプレート 設 定情 報 (LIMSファイ
ル、*.plrnn)、CFX Maestro Dx SEを使 用して作成 されたプロト コルファイル(*.prcl)が必 要 となります。また、
データのエクスポート 先とエクスポート 形 式も定義する必要 があります。
ランが完了 すると、CFX Maestro Dx SEはデータ(.pcrd)ファイルを生成 して、定 義 されたデータエクスポート フォ
ルダに保 存します。CFX Maestro Dx SEでは.csv形 式のLIMS互 換 データファイルを作成 して、同じ場 所 に保存することもできます。

LIMS互 換 データファイルの作 成
この付 録 では、LIMS互 換データファイルを作 成、保 存、エクスポート するようにCFX Maestro Dx SEを設 定する方 法 を説明 します。

LIMSフォルダとデータエクスポート オプションの設 定
デフォルト では、CFX Maestro Dx SEはLIMSプロト コル、ファイル、およびデータのエクスポート ファイルを次 のフォ
ルダに保 存します。
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
ファイルを別 のフォルダに保 存 するようにCFX Maestro Dx SEを構成して、LIMSデータのエクスポート オプション
を変更 することもできます。

LIMSフォルダとデータエクスポート オプションを設 定 するには1.

ホームウィンドウで、[Tools (ツール)] > [Options (オプション)]を選択します。

2.

[Options (オプション)]ダイアログボックスで、[Data Export Settings (データエクスポート 設 定 )]を選択 します。

ユーザーガイド | 303

付録 C LIMS統合

3.

(オプション) [Automatically export LIMS data at end of run (ラン後 にLIMSデータを自動 的にエクスポート )]を選 択 します。
これにより、ソフト ウェアはランが完了 するたびにLIMSデータを自動的にエクスポート して指定 された場 所 に保存 します。

4.

LIMSデータのデフォルト のエクスポート オプションを変 更するには、[LIMS Data Export Settings (LIMSデー
タエクスポート 設 定)]をクリックします。
重 要 ：CFX Maestro Dx SEに再 インポート できるのは、.csvファイルとしてエクスポート されたLIMSデー
タのみです。

5.

[LIMS Data Export Format Settings (LIMSデータエクスポート 形式の設定 )]ダイアログボックスで、必 要 な
エクスポート オプションを選 択し、[OK]をクリックします。

6.

[Options (オプション)]ダイアログボックスで、デフォルト でLIMSデータファイルを保 存するフォルダに移 動して
選択 します。ファイルタイプごとに異 なる場所を選択 できます。
nProtocol (プロト コル)nLIMS File (LIMSファイル)n

Data Export (データエクスポート )304 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

LIMS互 換データファイルの作 成

7.

[OK]をクリックして変更 を保存 し、[Options (オプション)]ダイアログボックスを閉 じます。

LIMSプロト コルの作 成
LIMSランを開 始 するには、CFX Maestro Dx SEプロト コルファイル(* .prcl)を作成 し、指 定 されたLIMSプロト コ
ルフォルダに保 存 します。
詳細 については、第 7章 、プロト コルの作成 を参照してください。

LIMSファイルの作 成
LIMSファイル(* .plrn)には、プレート の設 定詳 細 とプロト コルファイル名が含 まれています。このファイルは、組織
内部 LIMSによって生成 されます。CFX Maestro Dx SEではLIMSファイルを使用して、プロト コルファイルで使 用するプレート ファイルを作 成します。
CFX Maestro Dx SEには、プレート インポート テンプレート ファイルが用 意 されており、これを編 集 してカスタム
LIMSプレート ファイルを作 成 できます。
ヒント ：このタスクは、LIMS専 門家 が実 施 する必 要があります。

LIMSファイルを作 成 するには1.

ホームウィンドウで、[View (表示 )] > [Show (表 示 )] > [LIMS File Folder (LIMSファイルフォルダ)]を選 択 します。

2.

[LIMS Templates (LIMSテンプレート )]フォルダを開 き、内 部LIMSにインポート する.csvファイルを選 択 します。

3.

表38記 載 されている必 須フィールドに値 を入 力 して、テンプレート ファイルを編 集 します。

4.

次のいずれかを実 行 します。
n

後で使用 するために変 更を保 存するには、ファイルを.csvファイルとして保 存します。

n

変更 を保存 してすぐにファイルを使 用 するには、拡 張子 .plrnを付 けてファイルを保存 します。

n

ファイル名 に拡張 子 .plrnが付 いたテンプレート を[LIMS File (LIMSファイル)]フォルダに保 存 します。

重 要 ：CFX Maestro Dx SEでは.plrnファイルのみを開 くことができます。LIMSランを開始 するには、.csvファイルを.plrnとして保 存する必要があります。

ユーザーガイド | 305

付録 C LIMS統合

表 38. LIMS.csvファイルの内 容 の定 義

カラム

行

説明

Content (内 容 )

目的

A

1

Plate Header (プレート ヘッ

編集不可

事前

ダー)

定義
済み

A、B、C

2

Field/Data/Instruction

編集不可(フィールド/データ/指 示 )

事前
定義
済み

B

3

Version (バージョン)

編集不可

事前
定義
済み

B

4

Plate Size (プレート サイ

編集不可

ズ)

事前
定義
済み

B

5

Plate Type (プレート タイ「BR White (BRホワイト )」、「BRプ)

Clear (BRクリア)」、またはその他

必須のキャリブレーション済 みプレート
タイプを入 力します。
B

6

Scan Mode (スキャンモー「SYBR/FAM Only:ド)(SYBR/FAMのみ:)」、「AllChannels (全 チャンネル)」、または「FRET」と入 力 します。

306 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

必須

LIMS互 換データファイルの作 成

表 38. LIMS.csvファイルの内 容 の定 義 、続 き

カラム

行

説明

Content (内 容 )

目的

B

7

Units (単 位 )「copy number (コピー数 )」、必須「fold dilution (倍 数 希 釈)」、「micromoles (マイクロモル)」、「nanomoles (ナノモル)」、「picomoles (ピコモル)」、「femtomoles (フェムト モル)」、「attomoles (アト モル)」、「milligrams (ミリグラム)」、「micrograms (マイクログラム)」、「nanograms (ナノグラム)」、「picograms (ピコグラム)」、「femtograms (フェムト グラム)」、「attograms (アト グラム)」、または「percent (パーセント )」のいず
れかを入 力 します。
B

8

Run ID (ランID)

このランを識 別 する簡 単 な説 明

任意またはバーコードを入 力 します(最 大30文 字 。カンマは使用 できません)。
B

B

9

10

A

11

A

12～15

Run Notes (ランに関 する

ランに関 する説 明 を入 力 しま

メモ)

す。

任意

Run Protocol (ランプロト コ

プロト コルファイル名をリスト されル)ているとおりに入力 します。

データファイル

データファイル名 を入力 します。

任意

TBD/Empty (未 定 /空 )

編集不可

事前

必須

定義
済み
A

16

Plate Data (プレート デー

編集不可

タ)

事前
定義
済み

A

17～ 113

Well Position (ウェルの位
置)

編集不可

事前
定義
済み

ユーザーガイド | 307

付録 C LIMS統合

表 38. LIMS.csvファイルの内 容 の定 義 、続 き

カラム

行

B～ G

説明

Content (内 容 )

目的Ch1 Dye (Ch1色 素 )、使 用 するチャンネルごとに1つの必須

Ch2 Dye (Ch2色 素 )、キャリブレーション済 み色 素の名

Ch3 Dye (Ch3色 素 )、前 (「FAM」など)を入 力します。

Ch4 Dye (Ch4色 素 )、Ch5 Dye (Ch5色 素 )、FRET
HSample Type (サンプルタ

次 のサンプルタイプとして

イプ)「Unknown (不明 )」、「Standard

必須(標 準)」、「Positive Control (陽性 対 照 )」、「Negative Control(陰 性対 照 )」、「NTC」、または「NRT」と入 力 します。
I

サンプル名を入 力 します。

任意

CH1 Target (CH1ターゲッ

使 用 するチャンネルごとにター任意ト )、CH2 Target (CH2ター

ゲット 名 を入力 します。

Sample Name (サンプル名)J～O

ゲット )、CH3 Target (CH3
ターゲット )、CH4 Target(CH4ターゲット )、CH5
Target (CH5ターゲット )、FRET Target (FRETター
ゲット )
P

Q

Collection Name (コレク

生 物 学 的セット 名 を入力 しま

ション名 )す。

Replicate (レプリケート )レプリケート のセット ごとに正 の整
数 を入 力します。値 をゼロにする
ことはできません。

308 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

任意

任意

LIMS互 換データファイルの作 成

表 38. LIMS.csvファイルの内 容 の定 義 、続 き

カラム
R～W

行

説明

Content (内 容 )

目的CH1 Quantity (CH1数

標 準 の数量 値 を入力 します。

すべて量 )、CH2 Quantity (CH2

濃 度 を10進 数 で入 力 します。

の標数 量)、CH3 Quantity

準に(CH3数 量 )、CH4

必須

Quantity (CH4数 量)、
CH5 Quantity (CH5数
量 )、FRET Quantity(FRET数 量 )XWell Note (ウェルに関 する

ウェルに関 するメモを入 力しますメモ)

(最 大20文 字 )。

任意

注 ：CFX Maestro Dx SEではソフト ウェアで[Well Note
(ウェルに関するメモ)]を入
力 するときの字 数 を20文 字に制 限 していますが、インポート された.plrnファイルにそれよりも多い文 字 が含 まれている場 合 は、[WellNote (ウェルに関 するメモ)]に最 大 500文 字を入 力 できます。ただし、
CFX Maestro Dx SEでは
最 初 の20文 字 のみが表 示されます。エクスポート される.pcrdファイルには、[WellNote (ウェルに関 するメモ)]
フィールドのすべての文 字 が含 まれ、データが失 われる
ことはありません。

ユーザーガイド | 309

付録 C LIMS統合

表 38. LIMS.csvファイルの内 容 の定 義 、続 き

カラム

行

Y～ AD

説明

Content (内 容 )

目的Ch1 Well Color (Ch1ウェ

ユーザー定 義 のト レーススタイル

任意ルカラー)、Ch2 Well Colorの色 を32ビット の10進 数 整数

(Ch2ウェルカラー)、Ch3(argb)で入 力 します。

Well Color (Ch3ウェルカラー)、Ch4 Well Color(Ch4ウェルカラー)、Ch5
Well Color (Ch5ウェルカラー)、FRET Well Color(FRETウェルカラー)

LIMSランの開 始
LIMSランを開 始 するには
1.

次のいずれかの操 作を行 って、LIMS .plrnファイルを開 きます。
n

ホームウィンドウで、[View (表示 )] > [Show (表 示 )] > [LIMS File Folder (LIMSファイルフォルダ)]を選択し、ターゲット .plrnファイルを開 きます。

n

ホームウィンドウで、[File (ファイル)] > [Open (開く)] > [LIMS File (LIMSファイル)]を選 択し、ターゲットの.plrnファイルを開 きます。

[Run Setup (ランの設 定 )]ウィザードの[Start Run (ランの開始 )]タブにファイルが開きます。[Start Run (ランの開 始)]タブには、ランを行 う実 験 に関 する情報 が表 示されます。また、実験 のランに使 用 できる、1つ以上の接続 機器 のブロックも表 示されます。
2.

[Start Run (ランの開 始 )]タブで、機 器 を選 択してから[Start Run (ランの開 始)]をクリックします。

310 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

LIMS互 換データファイルの作 成

LIMSへのデータのエクスポート
ランが完了 すると、CFX Maestro Dx SEはデータ(.pcrd)ファイルを生成 して、定 義 されたデータエクスポート フォ
ルダに保 存します。

データファイルをLIMSにエクスポート するにはu

.pcrdファイルを開 き、[Export (エクスポート )]> [Export to LIMS Folder (LIMSフォルダにエクスポート )]を選択します。

ヒント ：LIMSオプションで[Automatically Export Data after Run in LIMS (ラン後にデータを自 動的 にエクス
ポート )]オプションを選択 すると、CFX Maestro Dx SEは.csv形 式のLIMS互換 データファイルを作 成して、同じフォルダに保 存 します。

ユーザーガイド | 311

付録 C LIMS統合

312 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

付 録D CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのト ラブル
シューティング
この付 録 では、CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのアップグレードまたは実 行時に発生 する可 能性 のある問題のト ラブルシューティングの推 奨事 項を示 します。

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアファイルとフォルダのホワイト リスト 登 録
ウイルスやマルウェアから保 護 するために、IT部門 が非常 に厳 格 なソフト ウェアセキュリティ対 策を実 施 していることがあります。このような対 策 が、CFX Maestro Dx SEのアップグレードまたは実 行に影響 を及 ぼす可能 性があります。
CFX Maestro Dx SEのパフォーマンスを向上 させるため、Bio-Radでは、CFX Maestro Dx SEコンピューターにインスト ールされているウイルス対策 ソフト ウェアのファイアウォール設 定で、IT部 門が次 のファイルとフォルダをホワ
イト リスト に登 録 することをお勧めします。

フォルダ
nC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

ファイル
n

C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxフォルダにあるすべての.exeファイル

nR.exeおよびRscript.exe (C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\binフォルダにあります)

ユーザーガイド | 313

付録 D CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのト ラブルシューティング

アプリケーションログ
新しいランを開 始 する前 に、CFX Opus Dxシステムは自己 診断テスト を開 始 して、仕 様の範囲 内で実 行されていることを確認 します。ソフト ウェアは、このテスト の結 果 をランログおよびアプリケーションログファイルに記 録 します。1つ以上 の実 験 で問 題 が発生 している場 合は、ランログおよびアプリケーションログファイルを開 いて、問題が始 まった時点 を確認 してください。
CFX Maestro Dx SE Dxは、ランの実行 中 の機 器の状態 に関 する情 報 を、アプリケーションログで追 跡します。
これらのログを使 用 して、機 器とソフト ウェアで発生 するイベント を追 跡し、ト ラブルシューティングを行 います。

アプリケーションログを開 くにはu[Home (ホーム)]ウィンドウで、[View (表示)] > [Application Log (アプリケーションログ)]を選択 します。

アプリケーションログをHTMLファイルとして表 示するには、[HTML Report (HTMLレポート )]ボタンをクリックします。

314 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ト ラブルシューティング

アプリケーションとファームウェアのログファイルの取 得
アプリケーションとファームウェアのログには、ソフト ウェアの使用 中 に実行 されたアクションとランのパフォーマンスの
詳細 が含まれています。これらのログには、ソフト ウェアまたは機器の操作 中に発 生 したソフト ウェアまたはファー
ムウェアのエラーも記 録 されます。

アプリケーションとファームウェアのログファイルにアクセスするには：
1.

[Detected Instruments (検 出された機 器)]ペインで、機 器 を右クリックします。

2.

[Retrieve Log Files (ログファイルの取得)]を選 択します。

3.

[Browse for Folder (フォルダの参照 )]ダイアログで、ログファイルを保存 するネット ワーク上 の宛 先フォルダまたはローカルドライブを選択 します。
注 ：フォルダのタイト ルは「Logs (ログ)」です。

4.

[OK]をクリックしてファイルを保 存 します。
重 要 ：既存 のログファイルと同 じファイル名 でログファイルを保存 すると、既存 のログファイルが上 書きされます。

ト ラブルシューティング
通常 、ソフト ウェアと機 器の通 信の問題 は、コンピューターとシステムを再起 動 することで解 決 できます。再 起
動する前に、進 行中 の作 業 を必 ず保 存 してください。
注 ：コンピューターに十 分なRAMと空 きディスク容量があることを確認 します。最 小RAMは4 GB、最 小
ハードディスク容 量 は128 GBです。

電源障害
電源 障害 が発 生すると、機 器とコンピューターはシャット ダウンします。電源 がすぐに復 旧すれば、機 器 はプロト
コルのランを再 開 しますが、アプリケーションログには電 源障害 が記 録されます。プロト コルがどのステップにあるかによって、機 器 とソフト ウェアがコンピューターの設 定 および電源の遮断 時 間に応 じてランの続行 を試みる動作は異なります。
n

プロト コルがプレート リードを含まないステップにある場 合 、プロト コルは機 器 の電源 が復 旧 した時 点でランを続行 します。

n

プロト コルがプレート リードを含むステップにある場合 、機 器はソフト ウェアが再 起 動するのを待 ってから、通信を再 開してデータを収集 します。この状況 では、ソフト ウェアがコンピューターによってシャット ダウンされていない場合 にのみプロト コルが続行 されます。コンピューターとソフト ウェアが再起 動 すると、プロト コルが続行されます。

ユーザーガイド | 315

付録 D CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのト ラブルシューティング

CFX Maestro Dx SEコンピューターへのファイルの転 送
機器 にあるデータやログファイルを、接 続されているCFX Maestro Dx SEコンピューターのハードドライブに転送できます。
ヒント ：機器 ベースのリアルタイムデータフォルダ内 のすべてのファイルがコンピューターに転 送 されます。
注 ：CFX Opus Dx機器 からはログファイルのみを転送 できます。機器 のすべてのログファイルがコンピューターに転 送されます。

機 器 からファイルを取 得 するには1.

[Home (ホーム)]ウィンドウの[Detected Instruments (検出 された機 器)]ペインで、ターゲット 機 器を右 クリッ
クして[Retrieve Log Files (ログファイルの取得 )]を選択します。

2.

取得 したファイルを保 存 するフォルダの場所を選 択 します。

3.

[OK] をクリックします。

CFX Maestro Dx SEソフト ウェアの手 動 でのインスト ール
CFX Maestro Dx SEを手 動 でインスト ールするには
1.

必要 に応 じて、接 続 されている機器 をコンピューターから取 り外 します。
CFX Maestro Dx SEコンピューターで機 器のUSBケーブルを見つけて取り外 します。機 器 に挿入 されている端 はそのままにしておくことができます。

2.

管理 者権 限 でCFX Maestro Dx SEコンピューターにログインします。

3.

CFX Maestro Dx SEUSB ドライブをコンピューターのUSBポート に差し込みます。

4.

Windows エクスプローラーで、CFX Maestro Dx SEUSBドライブに移 動して開きます。

5.

CFXフォルダを開 いて、CFXMaestroDxSetup.exeをダブルクリックしてCFX Maestro Dx SEをインスト ール
します。

6.

画面 に表 示 される指 示 に従 ってソフト ウェアをインスト ールします。
完了 すると、Bio-Rad CFX Maestro Dx SEソフト ウェアスプラッシュ画 面がコンピューターの画面 に表 示 され、Bio-Rad CFX Maestro Dx SEソフト ウェアアイコンがデスクト ップに表示 されます。

7.

ソフト ウェアUSBドライブを安 全 に取り出してCFX Maestro Dx SEを起 動できます。

316 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

ト ラブルシューティング

ドライバーの再 インスト ール
機 器 のドライバーを再 インスト ールするにはu[Home (ホーム)]ウィンドウで[Tools (ツール)] > [Reinstall Instrument Drivers (機器 のドライバーの再 インス
ト ール)]を選 択します。

注 ：ドライバーを再インスト ールしてUSB接続を確 認した後に、ソフト ウェアとリアルタイムシステムの通信 で問題 が発生 した場 合は、Bio-Radテクニカルサポート にご連 絡ください。

ユーザーガイド | 317

付録 D CFX Maestro Dx SEソフト ウェアのト ラブルシューティング

318 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

付 録E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for
PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

ユーザーガイド | 319

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

320 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

ユーザーガイド | 321

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

322 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

ユーザーガイド | 323

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

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Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andユーザーガイド | 325

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the

326 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

ユーザーガイド | 327

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this328 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

ユーザーガイド | 329

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
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16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
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GENERAL,
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INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
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FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
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END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

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Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

ユーザーガイド | 331

付録 E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products332 | CFX Maestro Dx SEソフト ウェア

付 録F 参考 文献
1.

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control genes.Genome Biology 3, 1–12.

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Fox J (2008).Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models.2nd ed (New York:SAGE
Publications, Inc.).

Minpack Copyright Notice (1999) University of Chicago.All rights reserved
改変 の有 無に関 わらず、以 下 の条 件を満 たす場合 には、ソースおよびバイナリの形 式 での再 頒 布および使 用を許可 します。
1.

ソースコードの再 頒 布 では、上 記の著 作権 表示 、本 条件 リスト 、および下 記 の免 責 事項 を含める必要があります。

2.

バイナリ形 式 での再頒 布 では、上 記 の著作 権 表示 、本 条 件リスト 、および下記 の免 責 事項 を複 製して、ドキュメント および/またはディスト リビューションで提 供 される他の媒体 に含 める必 要があります。

3.

再頒 布に含 めるエンドユーザードキュメント には、次 の謝 辞 を含 める必要 があります。

「この製品 には、アルゴンヌ国 立研 究所 の運営 機関 であるシカゴ大学 が開発 したソフト ウェアが含 まれています。」

ユーザーガイド | 333

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, France
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

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