36 jPOSTrepo メタデータの SDRF 化

トーゴーの日シンポジウム2021○有馬 佳奈美１、○岡本 瑠璃１、小林 大樹2、吉沢 明康3、河野 信１,4
1. 富山国際大学 現代社会学部、2. 新潟大学大学院 医歯学総合研究科、3. 京都大学大学院 薬学研究科、
4. 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

jPOST プロジェクト
データベースjPOSTrepo1)

ProteomeXchange (PX)2)

プロテオーム実験データ共有のためのリポジトリ

プロテオームデータ共有の世界連合

データセット登録数
公開済みデータセット
論⽂査読中データセット

リポジトリ

再解析

2016

2017

2018

2019

2020 2021

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プロテオームデータの標準化： Proteomics Standards Initiative (PSI)
プロテオーム研究に関する国際的組織であるHuman Proteome Organization (HUPO)のPSI分科会で標準を策定
・データの共有に必要なメタデータ項⽬
Minimum Information About a Proteomics Experiment (MIAPE)
Sample and Data Relationship Format (SDRF) 等
・ファイル/データフォーマット
mzML: スペクトルデータ
https://www.psidev.info/mzIdentML: ペプチド同定データ
Universal Spectrum Identifier (USI)3):
リポジトリ中のスペクトルを識別するための識別⼦
mzSpecLib: スペクトラルライブラリのデータフォーマット
ProForma: タンパク質/ペプチドの修飾を記述するデータ表記法
・統制⽤語（Controlled Vocabulary)
PSI-MS 等
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SDRF (Sample and Data Relationship Format)4) とは？
• リポジトリにはプロジェクト単位でデータが登録されるため、複数のサンプルのデータが、複数のファイルに分かれて登録されている。
• 機械可読かつ⼈間可読の形で、サンプルの情報と得られたデータファイルとを対応づけるためのメタデータフォーマット
• 遺伝⼦発現の分野で使われている MAGE-TAB-SDRF のプロテオーム版• 多対多の情報を記述するので冗⻑になる

SDRF はサンプルとデータファイルの対応関係を記述する

SDRF の記述形式
サンプル情報、データファイル情報、実験のキーとなる情報の3項⽬が必要

https://github.com/bigbio/proteomics-metadata-standard

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SDRF 化された jPOSTrepo に登録されているデータセット
PXD005173 (JPST000210) の SDRF 例（⼀部省略）
Tomonaga et al., Phosphoproteomics data of colon tissues (tumor and non-tumor).

jPOSTrepoに登録されている
SDRF化された全11データセット
PXD004528
PXD004603
PXD004616
PXD005163
PXD005171
PXD005172
PXD005173
PXD005174
PXD005175
PXD005176
PXD005177

https://github.com/bigbio/proteomics-metadata-standard/tree/master/annotated-projects
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SDRF化するにあたっての問題点：詳細なメタデータが無い！！
Journal of Proteome Data and Methods (JPDM)
プロテオームデータの詳細なメタデータを記述するためのデータジャーナル5)
詳細なメタデータ提供に対して論⽂出版のインセンティブを付与
https://www.jhupo.org/jpdm/

JPDM Data Description 投稿時に必要となる Supplementary ファイル（EXCEL）
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参考文献
1. jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes,
Shujiro Okuda, et al., Nucleic Acids Res., 45, D1107-D1111 (2017)
2. The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling ‘big data’approaches in proteomics,Eric W Deutsch, et al., Nucleic Acids Res., 48, D1145-D1152 (2020)
3. Universal Spectrum Identifier for mass spectra,
Eric W Deutsch, et al., Nat. Methods, 18, 768-770 (2021)
4. A proteomics sample metadata representation for multiomics integration, and big data analysis,
Chengxin Dai, et al., bioRxiv, 10.1101/2021.05.21.445143 (2021)
5. From Bench to Internet: Sharing Proteomics Data and Methods through the Open Access Journal,
Yasushi Ishihama, J. Proteome Data and Methods, 1, 1 (2019)

謝辞
研究データを共有してくださるすべての研究者、ならびに今回追加でメタデータを提供いただいた研究者の⽅々に感謝致します。また、SDRFの仕様策定ならびに実際にSDRF化を担当されているメンバーに感謝致します。本成果は、統合化推進プログラム「プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化」（18063028）の⽀援のもと得られたものです。また、JPDMは科研費 研究公開促進費 国際発信強化B（21HP2004）の⽀援のもと運営されています。
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