PCR u stvarnom vremenu

Softver CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Izmjena priručnika: svibanj 2022.
Inačica softvera: 2.3

Korisnički vodič
Inačica 2.3

Softver CFX Maestro Dx, Security
EditionKorisnički vodič
Inačica 2.3

Tehnička podrška tvrtke Bio-Rad™
Odjel tehničke podrške tvrtke Bio-Rad u SAD-u otvoren je od ponedjeljka do petka od 5:00 do 17:00 po
pacifičkom vremenu.
Telefon: 1-800-424-6723, opcija 2E-pošta: Support@bio-rad.com (samo SAD/Kanada)
Za tehničku pomoć izvan SAD-a i Kanade obratite se lokalnom uredu za tehničku podršku ili kliknite na
poveznicu Contact us (Obratite nam se) na bio-rad.com.

Obavijest
Niti jedan se dio ove publikacije ne smije reproducirati ili prenositi ni u kojem obliku ili na bilo koji način,elektronički ili mehanički, uključujući fotokopiranje, snimanje ili bilo koji sustav za pohranu ili dohvaćanje
podataka bez pismenog odobrenja tvrtke Bio-Rad Laboratories, Inc.
Tvrtka Bio-Rad zadržava pravo izmjene svojih proizvoda i usluga u bilo kojem trenutku. Ovaj je vodič podložan
promjeni bez najave. Iako je tvrtka Bio-Rad spremna jamčiti točnost, ne preuzima odgovornost za pogreške ili
propuste, ni za bilo kakvu štetu koja nastane zbog primjene ili upotrebe ovih podataka.
BIO-RAD zaštitni je znak društva Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR zaštitni je znak društva Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen zaštitni je znak društva Biotium, Inc.
Svi zaštitni znakovi koji se ovdje upotrebljavaju vlasništvo su njihovih vlasnika.
Autorska prava © 2022. tvrtke Bio-Rad Laboratories, Inc. Sva prava pridržana.

Namjena

Namjena
Sustav Sustav CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenuTM uz Softver CFX Maestro Dx, Security EditionTM
namijenjen je za izvođenje PCR-a na bazi fluorescencije radi otkrivanja i kvantifikacije sekvenci
nukleinskih kiselina. Sustav i softver namijenjeni su osposobljenim laboratorijskim tehničarima za in vitro
dijagnostičku upotrebu. Sustavi su namijenjeni za upotrebu s dijagnostičkim testovima za detekciju
nukleinskih kiselina drugih proizvođača koji su proizvedeni i označeni za dijagnostičke svrhe.

Leksikon simbola

Proizvođač

Broj serije

Upotrijebiti do

Za in vitro dijagnostičku upotrebu

Ograničenje temperature

Kataloški broj

Pogledajte upute za upotrebu

Broj testova

Za upotrebu s

Serijski broj

Samo na receptSadržava lateks

Korisnički vodič | iii

Oznaka CE – Uredba(EU) 2017/746 IVDR

Prijevodi
Dokumenti proizvoda mogu se dostaviti na dodatnim jezicima na elektroničkim medijima.

iv | Softver CFX Maestro Dx SE

Povijest izmjena

Povijest izmjena
Dokument

Datum

Opis promjene

Softver CFX Maestro Dx,

prosinac 2020.

Ver. A, početno izdanje

svibanj 2022.

n Ažurirano za podršku sustavima CFX Opus

Security Edition Korisnički
vodič, 2.0(ID broj dokumenta
10000136678)
Softver CFX Maestro Dx,
Security Edition Korisnički

Deepwell Dxvodič, 2.3

n Ažurirana tablica leksikona simbola(ID broj dokumentan Dodajte bilješku o kibernetičkoj sigurnosti u uvod

10000136678)

Korisnički vodič | v

vi | Softver CFX Maestro Dx SE

Sadržaj
Namjenaiii

Leksikon simbolaiii

Prijevodi

iv

Povijest izmjenav

Sigurnost i usklađenost s propisima

17

Oznake sigurnosnih upozorenja

17

Sigurnost i usklađenost s propisima

19

Sukladnost sa sigurnošću

19

Elektromagnetska kompatibilnost (EMC)20

EMC upozorenja i napomene

20

Zahtjevi okoline

22

Opasnosti

23

Biološka opasnost

23

Kemijske opasnosti

24

Opasnost od eksplozije ili zapaljivosti

24

Električne opasnosti

25

Prijevoz

25

Baterija

25

Odlaganje

25

Jamstvo

25

Poglavlje 1 Uvod

27

Glavne značajke za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

29

Saznajte više

29

Poglavlje 2 Softver CFX Maestro Dx, Security Edition, instalacija

31

Zahtjevi sustava

32

Instalacija softvera CFX Maestro Dx SE

33

Otkrivanje povezanih uređaja
Softverske datoteke

34
35

Korisnički vodič | vii

Sadržaj

Poglavlje 3 Upravljanje korisničkim računima za Softver CFX Maestro Dx, Security
Edition37

Pokretanje za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

38

Dodavanje korisnika sustava Microsoft Windows u računalo za Softver CFX Maestro Dx, Security
Edition40

Dodavanje i uklanjanje korisnika za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

42

Upravljanje ulogama korisnika za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

43

Pregled vaše uloge i dozvola

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

44

45

Zaštićene datoteke

45

Poglavlje 5 Radni prostor

55

Prozor Home (Početno)

56

Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)

57

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)

58

Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)59

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)

60

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)
Prozor Home (Početno)

61
62

Naredbe izbornika File (Datoteka)

63

Naredbe izbornika View (Prikaz)

63

Naredbe korisničkog izbornika

64

Naredbe izbornika Run (Izvođenje)

65

Naredbe izbornika Tools (Alati)

65

Naredbe izbornika Help (Pomoć)

66

Naredbe na alatnoj traci

67

Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)

68

Status Bar

68

Okno Detected Instruments (Otkriveni uređaji)69

Pregled svojstava uređaja

72

Prije početka

73

Spravljanje glavne mješavine za reakciju

73

Kalibriranje novih boja

75

Postavljanje korisničkih postavki

78

viii | Softver CFX Maestro Dx SE

Sadržaj

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

95

Parametri i rasponi za korake protokola

96

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)

98

Naredbe izbornika File (Datoteka)

98

Naredba izbornika Settings (Postavke)

99

Naredbe izbornika Tools (Alati)99

Naredbe na alatnoj traci

99

Kontrole za uređivanje protokola

100

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)

104

Otvaranje nove datoteke protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)

104

Otvaranje postojećeg protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)

106

Postavljanje novog protokola

107

Dodavanje koraka protokolu

109

Umetanje koraka gradijenta

110

Umetanje koraka za GOTO

111

Umetanje koraka za Melt Curve (Krivulja taljenja)

111

Dodavanje ili uklanjanje koraka za Plate Read (Očitavanje pločice)113

Promjena koraka Options (Opcije)

113

Brisanje koraka

114

Kopiranje, izvoz ili ispis protokola

114

Postavljanje protokola programom Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola)

115

Upotreba kalkulatora Ta Calculator

117

Informacije o kalkulatoru Ta Calculator

Poglavlje 8 Priprema pločica

117

123

Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)124

Naredbe izbornika File (Datoteka)

124

Naredbe izbornika Edit (Uredi)

125

Naredbe izbornika Settings (Postavke)

125

Naredbe izbornika Editing Tools (Alati za uređivanje)

126

Naredbe na alatnoj traci

126

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač pločice)128

Otvaranje nove datoteke pločice u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice)128

Otvaranje postojeće datoteke pločice u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice)130

Postavljanje nove datoteke pločice

131

Korisnički vodič | ix

Sadržaj

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločice

138

Dodjeljivanje ciljne vrijednosti jažicama

138

Dodjeljivanje naziva uzorka jažicama

140

Dodjeljivanje bioloških skupina jažicama

142

Dodjeljivanje brojeva tehničkog replikata jažicama

144

Dodjeljivanje serije razrjeđivanja standardnim vrstama uzoraka

146

Kopiranje sadržaja jažice u drugu jažicu

147

Dodavanje zapisa Note (Bilješka) jažici

147

Čišćenje cijelokupnog sadržaja u jažici

148

Promjena Experiment Settings (Postavke eksperimenta)

149

Stvaranje skupina jažica

152

Promjena Trace Styles (Stilovi tragova)

154

Prikaz, izvoz i uvoz pločice u formatu proračunske tablice

156

Stvaranje rasporeda pločice pomoću Plate Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje pločice)158

Upotreba programa Plate Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje pločice)158

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

161

Prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja)

162

Pristup prozoru Run Setup (Postavljanje izvođenja)

163

Kartica Protocol (Protokol)

164

Kartica Plate (Pločica)166

Kartica Start Run (Pokreni izvođenje)

169

Pokretanje eksperimenta
Dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja)

170
172

Run Status Tab

172

Kartica Real-time Status (Status u stvarnom vremenu)

175

Kartica Time Status (Status vremena)

178Izvođenje PrimePCR eksperimenata

179

Prijenos samostalnih podataka za analizu

181

Prijenos podataka putem e-pošte

181

Sustav CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenu: prijenos podataka

181

Prijenos podataka kroz Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

183

Prijenos podataka s pomoću USB pogona

183

Prijenos podataka putem zajedničkog mrežnog pogona uz Sustav CFX Opus Dx PCR ustvarnom vremenu

184

x | Softver CFX Maestro Dx SE

Sadržaj

Izrada podatkovne datoteke

184

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

185

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)

185

Alatna traka Data Analysis (Analiza podataka)

186

Traka izbornika Data Analysis (Analiza podataka)

187

Pojedinosti kartice

190

Step Number Selector (Birač broja koraka)

190

Pregled skupina jažica u analizi podataka

191

Promjena sadržaja jažica nakon izvođenja

191

Postavke analize podataka

193

Podešavanje praga

193

Baseline Settings (Postavke osnovne vrijednosti)

193

Analysis Mode (Način analize)

194

Cycles to Analyze (Ciklusi za analizu)

195

Well Selector (Birač jažica)196

Stavke izbornika Well Selector (Birač jažica) koji se otvara desnim klikom miša

197

Privremeno izuzimanje jažica iz analize

198

Grafikoni

199

Alati za grafikone

199

Uvećavanje područja na grafikonu

207

Kopiranje grafikona u Microsoft datoteku

207

Uobičajene stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za grafikone

207

Proračunske tablice

209

Uobičajene stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za proračunske tablice
Export (Izvezi)

209
211

Izvoz svih podatkovnih listova

211

Izvoz RDML datoteka

212

Stvaranje prilagođene datoteke za izvoz

213

Izvoz u mapu sustava LIMS

215

Izvoz podataka u formatu Seegene

215

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

217

Kartica Quantification (Kvantifikacija)

218

Opcije fluorofora

218

Dijaloški okvir Trace Styles (Stilovi tragova)

219

Korisnički vodič | xi

Sadržaj

Opcija Log Scale (Logaritamska skala)220

Grafikon Standard Curve (Standardna krivulja)

221

Opcije izbornika grafikona Amplification (Pojačanje)

222

Proračunska tablica kartice Quantification (Kvantifikacija)

222

Kartica Quantification Data (Kvantifikacijski podaci)

224

Proračunska tablica Results (Rezultati)

224

Proračunska tablica Standard Curve Results (Rezultati standardne krivulje)

226

Proračunska tablica Plate (Pločica)227

RFU proračunska tablica

228

Kartica Melt Curve (Krivulja taljenja)

229

Prilagođavanje podataka krivulje taljenja

231

Kartica Melt Curve Data (Podaci krivulje taljenja)

232

Proračunska tablica Melt Peaks (Vršne vrijednosti taljenja)

232

Proračunska tablica Plate (Pločica)233

RFU proračunska tablica

234

Proračunska tablica -d(RFU)/dT

235

Kartica End Point (Krajnja točka)

236

Podaci o rezultatima

237

Prilagođavanje analize podataka krajnje točke

238

Proračunska tablica RFU-ova za analizu krajnjih točaka

238

Kartica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)

239

Prilagođavanje podataka za alelnu diskriminaciju

240

Opcije izbornika grafikona

241

Proračunska tablica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)

241

Kartica Custom Data View (Prilagođeni prikaz podataka)Stvaranje prilagođenog prikaza podataka
Kartica QC (Kontrola kvalitete)

243
244
245

Promjena kriterija kontrole kvalitete

246

Izuzimanje jažica koje ne zadovoljavaju kontrolu kvalitete

246

Kartica Run Information (Informacije o izvođenju)

247

Izvješća o analizi podataka

248

Kategorije izvješća o analizi podataka

249

Izrada izvješća o analizi podataka

253

Izrada izvješća o skupinama jažica

255

xii | Softver CFX Maestro Dx SE

Sadržaj

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

257

Postavljanje pločice za analizu genske ekspresije257Vođeno postavljanje pločice

258

Grafikoni genske ekspresije

259

Izrada grafikona

260

Promjena i bilježenje prikaza grafikona

262

Prilagođavanje podataka o genskoj ekspresiji

268

Postavke eksperimenta

270

Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša

271

Proračunska tablica podataka

273

Opcija prikaza detalja

275

Clustergram (Dijagram klastera)

277

Settings (Postavke)

277

Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša

277

Proračunska tablica podataka

278

Scatter Plot (Raspršeni dijagram)

279

Settings (Postavke)

279

Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša

279

Proračunska tablica podataka

279

Proračunska tablica Results (Rezultati)

280

Gene Study (Genetička studija)

281

Kalibracija između izvođenja

281

Dijaloški okvir Gene Study (Genetička studija)

282

Kartica Study Setup (Postavljanje studije)

282

Priprema genetičke studije

283

Kartica Study Analysis (Analiza studije)284

Kategorije za Gene Study Report (Izvješće o genetičkoj studiji)285

Izrada izvješća o genetičkoj studiji

288

Dodatak A Proračuni analize podataka

289

Učinkovitost reakcije

289

Relativna količina

289

Relativna količina kada se odabere kontrola

290

Standardno odstupanje relativne količine

290

Ispravljena učinkovitost Cq (CqE)

291

Korisnički vodič | xiii

Sadržaj

Ispravljena srednja učinkovitost Cq (MCqE)

291

Normalizirana ekspresija

292

Ekspresija i relativna količina za biološke skupine

293

Normalizirana ekspresija kad je odabrana kontrola

293

Standardno odstupanje za normaliziranu ekspresiju

294

Normalizirana ekspresija skalirana na najvišu razinu ekspresije

295

Normalizirana ekspresija skalirana na najnižu razinu ekspresije

295

Normalizirana ekspresija skalirana na prosječnu razinu ekspresije

295Standardno odstupanje za skaliranu normaliziranu ekspresiju

297

Error Bars (Trake pogrešaka) za Standard Deviation(lg) (Standardno odstupanje (lg)) i Standard
Error of the Mean (lg) (Standardna pogreška srednje vrijednosti (lg))

298

Promjena omjera

299

Formule ispravljenih vrijednosti

300

Izračun intervala pouzdanosti za biološku analizu skupine

301

Izračuni grafikona s okvirima i poveznicama

301

Dodatak B Revizijski tragovi

303

Pregled revizijskih tragova

303Događaji podložni reviziji

305

Dodatak C Integracija LIMS-a
Izrada podatkovnih datoteka kompatibilnih s LIMS-om

309
309

Postavljanje LIMS mape i mogućnosti izvoza podataka

309

Izrada LIMS protokola

311

Izrada LIMS datoteke

311

Pokretanje LIMS izvođenja

316

Izvoz podataka u LIMS

316

Dodatak D Rješavanje problema za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

319

Popis dopuštenih datoteka i mapa za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

319

Zapisnik aplikacije

320

Dohvaćanje datoteka zapisnika aplikacije i firmvera

321

Rješavanje problema

321

Nestanak napajanja

321

Prijenos datoteka u računalo CFX Maestro Dx SE

322

Softver CFX Maestro Dx, Security Edition, ručna instalacija

322

Ponovna instalacija upravljačkih programa323

xiv | Softver CFX Maestro Dx SE

Sadržaj

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

325

Software Notices

326

ZedGraph

326

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Dodatak F Reference

326
326

339

Korisnički vodič | xv

Sadržaj

xvi | Softver CFX Maestro Dx SE

Sigurnost i usklađenost s propisima
Sustavi CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx i CFX Opus Deepwell Dx PCR u stvarnom vremenu (u ovom
se vodiču nazivaju Sustav CFX Opus Dx) tijekom rada se vrlo brzo zagrijavaju i hlade. Za siguran radsustava PCR u stvarnom vremenu, tvrtka Bio-Rad toplo preporučuje da se pridržavate sigurnosnih
specifikacija navedenih u ovom odjeljku i u ovom priručniku.

Oznake sigurnosnih upozorenja
Oznake upozorenja postavljene na Sustav CFX Opus Dx i u ovom priručniku upozoravaju vas na izvore
ozljeda ili štete. Tablica 1 definira svaku oznaku sigurnosnog upozorenja.
Tablica 1. Opća sigurnosna upozorenja

Ikona

Značenje
Upravljanje sustavom Sustav CFX Opus Dx prije čitanja ovog priručnika možepredstavljati opasnost od ozljeda. Upotreba ovog uređaja na način koji nije
naveden u ovom priručniku ili koji nije navela tvrtka Bio-Rad može rezultirati
oštećenjem ili onemogućavanjem zaštitnih značajki uređaja.
Ne postoji biološka ili radioaktivna opasnost povezana sa samim sustavom Sustav
CFX Opus Dx. Te opasnosti postaju razlog za brigu tek kada se u sustav unesu
putem uzoraka koji se ispituju. Pri rukovanju biološki opasnim ili radioaktivnim
uzorcima pridržavajte se preporučenih mjera opreza i smjernica specifičnih za vašlaboratorij i lokaciju. Ove smjernice trebaju uključivati metode čišćenja, praćenja izbrinjavanja opasnih materijala koje upotrebljavate.
Uz to, kao što je gore navedeno, postoji mali rizik od eksplozije ili izbacivanja
tekućina ili para iz spremnika za uzorke. Pri radu s opasnim materijalima rizik odozljeda od izbačenog materijala dodatno je pogoršan rizikom da se opasni
materijal sam rasprši u uređaju i oko njega. Korisnici bi trebali poduzeti
odgovarajuće mjere predostrožnosti za takvu situaciju.

Korisnički vodič | 17

Sigurnost i usklađenost s propisima

Tablica 1. Opća sigurnosna upozorenja, nastavak

Ikona

Značenje
Sustav CFX Opus Dx radirade radi na visokim temperaturama koje mogu izazvati
ozbiljne opekline. Uvijek dopustite da se blok za uzroke ohladi na sobnu
temperaturu prije otvaranja poklopca i vađenja uzoraka. Čak i nakon što se blok za
uzroke ohladi, okolna područja, kao i ploča grijača, mogu ostati vruća još neko
vrijeme. U situacijama kada nema dovoljno vremena da se uređaj ohladi,
preporučuje se upotreba zaštitne opreme kao što su termo rukavice ili „kuhinjske
rukavice”.
Sigurnost i izvedba bilo kojeg sustava koji uključuje sustav Sustav CFX Opus Dx
isključiva je odgovornost montera sustava.

Sustav CFX Opus Dx može se dovoljno zagrijati tijekom normalnog rada daizazove prokuhavanje ili isparavanje tekućine u uzorcima, pritišćući spremnike zauzorke. Postoji mogućnost od kvara spremnika za uzorke, a to može dovesti docurenja, raspršivanja tekućine ili eksplozivnog pucanja i izbacivanje para ili
tekućina u uređaj i oko njega.
Korisnici bi uvijek trebali upotrebljavati uređaj sa zatvorenim poklopcem ili nositi
zaštitne naočale, termo rukavice i drugu osobnu zaštitnu opremu tijekom rada kako
bi izbjegli ozljede. Otvaranje uređaja dok su uzorci još vrući, na primjer nakon
prekida izvođenja, može omogućiti istjecanje, prskanje ili šiktanje tekućine iz
spremnika pod tlakom. Uvijek pustite da se uzorci ohlade prije otvaranja poklopca.
Korisnici nikada ne bi smjeli pokretati reakciju dok su poklopac ili brtva otvoreni,
labavi, probušeni ili oštećeni na bilo koji drugi način jer će povećati vjerojatnost
opasnog puknuća ili eksplozije.
Korisnici nikada ne smiju izvoditi reakciju hlapljivim reagensima koji mogu povećati
vjerojatnost opasnog puknuća ili eksplozije.

18 | Softver CFX Maestro Dx SE

Sigurnost i usklađenost s propisima

Sigurnost i usklađenost s propisima
Sukladnost sa sigurnošću
Sustav CFX Opus Dx testiran je i utvrđeno je da je u skladu sa svim primjenjivim zahtjevima sljedećih
sigurnosnih i elektromagnetskih standarda:n

IEC 61010-1:2010 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu, Dio
1: Opći zahtjevin

IEC 61010-2-010: 2019 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu– Dio 2-010: Posebni zahtjevi za laboratorijsku opremu za grijanje tvarin

IEC 61010-2-081:2019 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu,
Dio 2-081: Posebni zahtjevi za automatsku i poluautomatsku laboratorijsku opremu za analize idruge namjenen

IEC 61010-2-101:2018 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu– Dio 2-101: Posebni zahtjevi za in vitro dijagnostičku (IVD) medicinsku opremun

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku
električnu opremu, 1. dio: Opći zahtjevin

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku
električnu opremu – Dio 2-010: Posebni zahtjevi za laboratorijsku opremu za grijanje tvarin

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku
električnu opremu – Dio 2-081: Posebni zahtjevi za automatsku i poluautomatsku laboratorijsku
opremu za analize i druge namjenen

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku
električnu opremu – Dio 2-101: Posebni zahtjevi za in vitro dijagnostičku (IVD) medicinsku opremun

EN 61010-1:2010 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu – 1.
dio: Opći zahtjevin

EN 61010-2-010:2014 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu –Dio 2-010: Posebni zahtjevi za laboratorijsku opremu za grijanje tvarin

EN 61010-2-081:2015 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu –Dio 2-081: Posebni zahtjevi za automatsku i poluautomatsku laboratorijsku opremu za analize idruge namjene

Korisnički vodič | 19

Sigurnost i usklađenost s propisiman

EN 61010-2-101:2017 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu –Dio 2-101: Posebni zahtjevi za in vitro dijagnostičku (IVD) medicinsku opremun

UL 61010-1:2012 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu – 1.
dio: Opći zahtjevin

UL 61010-2-010:2019 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu –Dio 2-010: Posebni zahtjevi za laboratorijsku opremu za grijanje tvarin

UL 61010-2-081:2019 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu –Dio 2-081: Posebni zahtjevi za automatsku i poluautomatsku laboratorijsku opremu za analize idruge namjenen

UL 61010-2-101:19 Sigurnosni zahtjevi za mjernu, upravljačku i laboratorijsku električnu opremu –Dio 2-101: Posebni zahtjevi za in vitro dijagnostičku (IVD) medicinsku opremu

Elektromagnetska kompatibilnost (EMC)
Sustav CFX Opus Dx testiran je i utvrđeno je da je u skladu sa svim primjenjivim zahtjevima sljedećih
standarda za elektromagnetsku kompatibilnost:n

IEC 61326-1: 2012 Električna oprema za mjerenje, vođenje i laboratorijsku uporabu – Zahtjevi za
elektromagnetsku kompatibilnost (EMC) – 1. dio: Opći zahtjevi. Testiran kao uređaj klase An

IEC 61326-2-6:2012 Električna oprema za mjerenje, vođenje i laboratorijsku uporabu – Zahtjevi za
elektromagnetsku kompatibilnost (EMC) – Dio 2-6: Posebni zahtjevi – Medicinski uređaji za in vitro
dijagnostikun

EN 61326-1:2013 Električna oprema za mjerenje, vođenje i laboratorijsku uporabu – Zahtjevi za
elektromagnetsku kompatibilnost (EMC) – 1. dio: Opći zahtjevi. Testiran kao uređaj klase An

EN 61326-2:-6:2013 Električna oprema za mjerenje, vođenje i laboratorijsku uporabu – Zahtjevi za
elektromagnetsku kompatibilnost (EMC) – Dio 2-6: Posebni zahtjevi – Medicinski uređaji za in vitro
dijagnostikun

FCC dio 15, pododjeljak B, odjeljci 15.107 i 15.109. Testiran kao digitalni uređaj klase An

CAN ICES-003v6: 2019 Standard opreme koja uzrokuje smetnje, oprema informacijske tehnologije(uključujući digitalne uređaje) – Ograničenja i metode mjerenja. Testirano do ograničenja klase A

EMC upozorenja i napomenenUpozorenje: Izmjene ili preinake na ovoj jedinici, koje nije izričito odobrila tvrtka Bio-Rad, mogle biponištiti ovlaštenje korisnika da upravlja opremom.

20 | Softver CFX Maestro Dx SE

Sigurnost i usklađenost s propisiman

Napomena: Ova je oprema testirana i utvrđeno je da udovoljava ograničenjima za digitalni uređaj
klase A, u skladu s dijelom 15 FCC pravila. Ova su ograničenja osmišljena kako bi pružila razumnu
zaštitu od štetnih smetnji kada oprema radi u komercijalnom okruženju. Ova oprema generira,upotrebljava i može zračiti radiofrekvencijsku energiju i, ako se ne postavi i ne upotrebljava u skladu spriručnikom za rad, može uzrokovati štetne smetnje u radio komunikacijama. Rad ove opreme ustambenom području vjerojatno će prouzročiti štetne smetnje, a u tom će slučaju korisnik trebati
ispraviti smetnje o svom trošku.

nNapomena o usklađenosti s FCC-om: Iako je ovaj uređaj testiran i utvrđeno je da je u skladu s
dijelom 15, pododjeljkom B FCC pravila za digitalni uređaj klase A, imajte na umu da je ta
usklađenost dobrovoljna, jer se uređaj kvalificira kao „izuzeti uređaj” prema 47 CFR 15.103 (c), s
obzirom na citirane FCC propise koji su bili na snazi u vrijeme proizvodnje.

nNapomena u vezi s kabelima: Ovaj je uređaj testiran za EMC usklađenost s pomoću posebno
dizajniranih USB kabela koji se isporučuju s uređajem. Ti kabeli ili zamjene koje je odobrila tvrtka
Bio-Rad moraju se upotrebljavati s ovim uređajem kako bi se jamčila stalna usklađenost s
ograničenjima EMC emisija.

Korisnički vodič | 21

Sigurnost i usklađenost s propisima

Zahtjevi okoline
Sustav CFX Opus Dx dizajnirani su za siguran rad u uvjetima okoline navedenim u tablici u nastavku.
Tablica 2. Zahtjevi okoline za Sustav CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenu

Parametar

Specifikacija

Okolina

Samo u zatvorenom

Radna nadmorska visina

Do 2.000 metara nadmorske visine

Sobna temperatura u okolini

15 – 31 °C*

Temperatura transporta i skladištenja–20 ° do 60 °C**
–4 do 140 °F

Relativna vlažnost

20 % do 80 % (bez kondenzacije)***Radna snaga

100 do 240 VAC ± 10 %, 50/60 Hz, 850 W
maks.

Fluktuacije napona električne mreže

± 10 %

Maksimalna potrošnja energije<850 W

Osigurači

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, brzi (kol. 2)

Kategorija prenapona

II

Stupanj onečišćenja

2*Upotreba uređaja izvan navedenog raspona temperature možda neće udovoljavati specifikacijama
izvedbe. Sigurnom temperaturom smatra se sobna temperatura od 5 – 40 °C.
**Skladištite i transportirajte uređaj u odgovarajućem spremniku za dostavu kako bi se zadovoljili
zahtjevi temperature.
***Upotrebu uređaja pri temperaturi od 4 °C treba ograničiti na 18 sati pri navedenim uvjetima.
Zadržavanje na temperaturi od 4 °C moguće je u trajanju do 72 sata ako vlažnost iznosi manje od 60 %(bez kondenzacije).

22 | Softver CFX Maestro Dx SE

Opasnosti

Opasnosti
Sustav CFX Opus Dx Sustav CFX Opus Dx je dizajniran je za siguran rad kada se upotrebljava na načinkoji je propisao proizvođač. Ako se sustav ili bilo koji pridruženi dijelovi upotrebljavaju na način koji nije
odredio proizvođač, svojstvena zaštita koju pruža uređaj može biti narušena. Bio-Rad nije odgovoran za
bilo kakvu ozljedu ili štetu nastalu upotrebom ove opreme na bilo koji način koji nije naveden ili
preinakama uređaja koje nije izvršila tvrtka Bio-Rad ili ovlašteni posrednik. Servis Sustav CFX Opus Dx
treba obavljati samo obučeno osoblje tvrtke Bio-Rad .

Biološka opasnost
Sustav CFX Opus Dx je laboratorijski proizvod. Međutim, ako su prisutni biološki opasni uzorci,
pridržavajte se sljedećih smjernica i svih lokalnih smjernica koje se odnose na vaš laboratorij i lokaciju.
Napomena: Tijekom uobičajenog rada ovog uređaja ne ispušta se niti jedna opasna tvar.

Opće mjere oprezanUvijek nosite laboratorijsku kutu, laboratorijske rukavice i sigurnosne naočale s bočnim štitnicima ili
zaštitne naočale.

nDržite ruke dalje od usta, nosa i očiju.

n

U potpunosti zaštitite porezotine ili ogrebotine prije rada s potencijalno zaraznim materijalima.

nTemeljito operite ruke vodom i sapunom nakon rada s potencijalno zaraznim materijalom prijenapuštanja laboratorija.

n

Uklonite ručne satove i nakit prije rada za stolom.

n

Sav zarazni ili potencijalno zarazni materijal čuvajte u nelomljivim nepropusnim spremnicima.

n

Prije napuštanja laboratorija uklonite zaštitnu odjeću.

nUvijek nosite rukavice na rukama kada pišete, javljate se na telefon, uključujete prekidače svjetla ili
dodirujete bilo što drugo što bi drugi ljudi mogli dodirnuti bez rukavica.

nČesto mijenjajte rukavice. Skinite rukavice odmah kad su vidljivo onečišćene.

n

Ne izlažite materijale koji se ne mogu pravilno dekontaminirati potencijalno zaraznim materijalima.

n

Po završetku postupka koji uključuje biološki opasan materijal, dekontaminirajte radno područje
odgovarajućim dezinficijensom (na primjer, razrijedite kućni izbjeljivač u omjeru 1 : 10).

Korisnički vodič | 23

Sigurnost i usklađenost s propisima

Dekontaminacija površine
UPOZORENJE! Da biste spriječili strujni udar, uvijek isključite i iskopčajte uređaj prijeizvođenja dekontaminacije.

Sljedeća područja mogu se očistiti bilo kojim bolničkim baktericidnim, virucidnim ili fungicidnim
dezinficijensom:
nVanjski poklopac i kućište

n

Unutarnja površina bloka za uzroke i jažice bloka za uzrokenUpravljačka ploča i zaslon

Kako biste pripremili i primijenili dezinficijens, pogledajte upute proizvođača proizvoda. Nakon nanošenja
dezinficijensa, blok za uzroke i jažice bloka za uzroke obvezno nekoliko puta isperite vodom. Temeljito
osušite blok za uzroke i jažice bloka za uzroke nakon ispiranja vodom.
Važno: Nemojte upotrebljavati abrazivne ili korozivne deterdžente ili jake lužnate otopine. Ta
sredstva mogu ogrepsti površine i oštetiti blok za uzroke, što rezultira gubitkom precizne kontrole
topline.

Odlaganje biološki opasnog materijalaOdložite sljedeće potencijalno kontaminirane materijale u skladu s lokalnim, regionalnim i nacionalnim
propisima:n

Klinički uzorcinReagensi

nKorištene reakcijske posude ili drugi potrošni materijal koji može biti kontaminiran

Kemijske opasnosti
Sustav CFX Opus Dx ne sadržava potencijalno opasne kemijske materijale.

Opasnost od eksplozije ili zapaljivosti
Sustav CFX Opus Dx ne predstavljajune predstavlja neuobičajenu opasnost povezanu sa zapaljivošću ili
eksplozijom kada se upotrebljava na odgovarajući način kako navodi tvrtka Bio-Rad Laboratories.

24 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prijevoz

Električne opasnosti
Sustav CFX Opus Dx ne predstavljajune predstavlja neuobičajenu električnu opasnost za rukovatelje ako
je pravilno postavljen i radi bez fizičkih preinaka i priključen je na izvor napajanja odgovarajućih
specifikacija.

Prijevoz
Prije nego što premjestite ili otpremite Sustav CFX Opus Dx moraju se provesti postupci dekontaminacije.
Uvijek premjestite ili otpremite sustav u zasebnom spremniku u ambalaži koju dostavlja tvrtka Bio-Rad, akoja štiti sustav od oštećenja.
Za informacije o transportu sustava i da biste zatražili odgovarajući ambalažu, obratite se lokalnom uredu
tvrtke Bio-Rad.

Baterija
Sustav CFX Opus Dx upotrebljava jednu litij-metal gumbaste baterije od 3 V za održavanje vremenskih
postavki u slučaju nestanka izmjenične struje. Ako vrijeme ne ostane postavljeno nakon isključivanjauređaja, to može biti znak da baterije slabe.
UPOZORENJE! Ne pokušavajte zamijeniti baterije. Korisnik ih ne može servisirati.
Umjesto toga, pomoć zatražite od tehničke podrške tvrtke Bio-Rad.

Samo za državu Kaliforniju, SADnPerkloratni materijal – litijeve baterije sadržavaju perklorat; možda je potrebno posebno rukovanje.
Pogledajte www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Odlaganje
Sustav CFX Opus Dx sadržavaju električne materijale; ne smiju se odlagati kao nesortirani otpad i moraju
se odvojeno sakupljati, u skladu s Direktivom Europske unije 2012/19/EU o otpadnoj električnoj ielektroničkoj opremi – Direktiva OEEO. Prije odlaganja obratite se lokalnom predstavniku tvrtke Bio-Rad
za upute specifične za pojedinu zemlju.

Jamstvo
Sustav CFX Opus Dx i njegovi pripadajući dodaci obuhvaćeni su standardnim jamstvom tvrtke Bio-Rad.
Obratite se lokalnom ured tvrtke Bio-Rad za pojedinosti o jamstvu.

Korisnički vodič | 25

Sigurnost i usklađenost s propisima

26 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 1 Uvod
Sustavi za pojačanje PCR visokih performansi tvrtke Bio-Rad odlikuju se najnovijim tehnološkim
dostignućima, pružajući veću preciznost i ponovljivost pojačanja nukleinske kiseline za genomske
pokuse.
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition tvrtke Bio-Rad kompatibilan je sa sljedećim uređajima i ima
optimizirane datoteke izvođenja za PrimePCR ispitivanja početnice i sonde tvrtke Bio-Rad:n

CFX Opus 96 Dx PCR sustav u stvarnom vremenu (spominje se u ovom vodiču kao CFX Opus 96
Dx)n

CFX Opus 384 Dx PCR sustav u stvarnom vremenu (spominje se u ovom vodiču kao CFX Opus 384
Dx)n

PCR sustav u stvarnom vremenu CFX Opus Deepwell Dx (spominje se u ovom vodiču kao
CFX Opus Deepwell Dx)

Korisnički vodič | 27

Poglavlje 1 Uvod

Softver CFX Maestro Dx, Security Edition (u ovom se vodiču spominje kao CFX Maestro Dx SE) možeprotumačiti složene podatke i izraditi moćne studije za genetsku analizu. U samo nekoliko klikova možete
postaviti studiju i smisliti svoju studiju genske ekspresije s pomoću alata kao što su t-testovi,
jednosmjerna analiza ANOVA, analiza kontrola PrimePCR i referentni alat za odabir gena. Zatim svoje
rezultate možete pripremiti za publikacije i plakate s pomoću vrlo prilagodljivog alata koji nudi CFX
Maestro Dx SE za vizualizaciju podataka i bilješki.
Napomena: Prikaz nekih ekrana u softveru CFX Maestro može se razlikovati od onih prikazanih u
ovom korisničkom vodiču. Prikaz u softveru točan je, a funkcionalnost je ista.
Važno: Kibernetička sigurnost odnosi se na zaštitu imovine u kibernetičkom prostoru odkibernetičkih napada. Kibernetička sigurnost predstavlja sposobnost društva Bio-Rad da zaštiti svoje
zaposlenike, informacije, sustave i ugled u kibernetičkom prostoru. Kibernetički prostor odnosi se na
svijet koji je uvijek dostupan i tehnološki međusobno povezan. Sastoji se od osoba, organizacija,
informacija i tehnologije.
Važno je brzo reagirati na probleme povezane s kibernetičkom sigurnošću! Ako sumnjate u postojanje
problema povezanog s kibernetičkom sigurnošću Vašeg instrumenta ili u narušavanje kibernetičkesigurnosti Vaše internetske stranice, odmah kontaktirajte svojeg predstavnika društva Bio-Radzaduženog za tehničku podršku.

28 | Softver CFX Maestro Dx SE

Glavne značajke za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Glavne značajke za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition
CFX Maestro Dx SE može vam pomoći pri sljedećem:nAnalizirati podatke s pomoću trakastih grafikona, dijagrama klastera ili raspršenih dijagrama kakobiste brzo protumačili i razumjeli svoje rezultate.

nPrilagoditi prikaz podataka i izvesti grafikone visoke razlučivosti za objavljivanje i izradu izvješća.

n

Utvrditi kvalitetu RNK i riješiti probleme s eksperimentima s PrimePCR kontrolama analize.

nOdabrati odgovarajući referentni gen i analizirati njegovu stabilnost s pomoću alata za odabirreferentnog gena.

n

Izvršiti statističku analizu uključujući jednosmjernu analizu genske ekspresije ANOVA.

Ovaj korisnički vodič objašnjava ove značajke i kako ih upotrijebiti.

Saznajte više
Nakon što se instalira CFX Maestro Dx SE i postavi povezani PCR uređaj Bio-Rad, ovom vodiču kao idetaljnim temama pomoći CFX Maestro Dx SE možete pristupiti putem izbornika Help (Pomoć) u bilo
kojem prikazu.
Savjet: Kliknite logotip tvrtke Bio-Rad u gornjem desnom kutu bilo kojeg prozora za CFX Maestro Dx
SE kako biste pokrenuli internetsku stranicu tvrtke Bio-Rad. Na ovoj internetskoj stranici nalaze se
poveznice na tehničke napomene, priručnike, snimke, informacije o proizvodu i tehničku podršku. Na
stranici se također nalaze brojni tehnički izvori o širokom spektru metoda i primjena povezanih s
PCR-om, PCR-om u stvarnom vremenu i genskom ekspresijom.

Korisnički vodič | 29

Poglavlje 1 Uvod

30 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 2 Softver CFX Maestro Dx, Security
Edition, instalacija
Ovo poglavlje objašnjava instalaciju za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition. Za informacije opostavljanju podržanih Bio-Rad PCR uređaja u stvarnom vremenu pogledajte odgovarajući vodič.
CFX Maestro Dx SE potreban je za analizu PCR podataka u stvarnom vremenu iz PCR sustava u
stvarnom vremenu CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx i CFX Opus Deepwell Dx. Ovim softverommožete upravljati i tim sustavima u načinu upravljanja softverom.
Sustavi CFX Opus Dx isporučuju se s USB kabelom u torbi za pribor. Upotrijebite USB kabel za
povezivanje računala na kojem je pokrenut softver CFX Maestro Dx SE za Sustav CFX Opus Dx.
Uklonite materijale za pakiranje i spremite ih za buduću upotrebu. Ako bilo koji predmet nedostaje ili jeoštećen, obratite se lokalnom uredu tvrtke Bio-Rad.

Korisnički vodič | 31

Poglavlje 2 Softver CFX Maestro Dx, Security Edition, instalacija

Zahtjevi sustava
Tablica 3 navodi minimalne i preporučene sistemske zahtjeve za računalo na kojem je pokrenut CFX
Maestro Dx SE.
Tablica 3. Računalni zahtjevi za CFX Maestro Dx SE

Sustav

Minimum

Preporučeno

Operacijski

Microsoft Windows 10 (samo 64-

Microsoft Windows 10 (samo 64-bitni),

sustav

bitni), međuverzija 1511 ili novija,međuverzija 1511 ili novija, s najnovijim

s najnovijim sigurnosnim

sigurnosnim ažuriranjima.

ažuriranjima.
Napomena: Windows 11 isto tako podržava Softver CFX Maestro Dx, Security Edition.
Važno: Opcija Secure Boot (Sigurno pokretanje) mora biti onemogućena na računalima na kojima je
pokrenut CFX Maestro Dx SE. Računala na kojima je pokrenut CFX Maestro Dx SE trebaju biti
konfigurirana tako da se automatski ne pokrenu nakon ažuriranja sustava ili sigurnosti ako je izvođenje
u tijeku. Za pomoć se obratite administratoru sustava.
Priključci

2 USB 2.0 priključka velike brzine

2 USB 2.0 priključka velike brzine

Prostor na

128 GB

128 GB

Brzina procesora

2,4 GHz, dvojezgreni

2,4 GHz, četverojezgreniRAM

4 GB RAM-a

8 GB RAM-a

Razlučivost

1024 x 768 s načinom stvarne

1280 x 1024 s načinom stvarne boje

zaslonaboje

tvrdom disku

PDF čitač

Adobe PDF Reader ili Windows PDF Reader iz
jednog od podržanih Microsoft Office sustava:n 2016.
n 2019.

Lokalizacija

64-bitni OS Microsoft Windows

64-bitni OS Microsoft Windows na engleskom,na engleskom, kineskom ikineskom i ruskom jeziku podržan

ruskom jeziku podržan

Napomena: Ako planirate pokrenuti softver CFX Automation Control na istom računalu kao i CFX
Maestro Dx SE, postavite razlučivost zaslona na 1280 x 1024 s načinom stvarne boje.

32 | Softver CFX Maestro Dx SE

Instalacija softvera CFX Maestro Dx SE

Instalacija softvera CFX Maestro Dx SEVažno: morate odspojiti sve povezane instrumente od računala za CFX Maestro Dx SE prije
instalacije ili nadogradnje softvera. Tijekom instalacije softvera ne morate isključiti uređaj. Provjerite
jeste li spremili sva izvođenja i da se ne izvode nikakvi eksperimenti.
Napomena: prije početka postupka instalacije provjerite je li onemogućena opcija Secure Boot
(Sigurno pokretanje). Provjerite je li računalo konfigurirano tako da se ne pokreće automatski nakonažuriranja sustava ili sigurnosnog ažuriranje ako je izvođenje u tijeku. Za pomoć se obratite
administratoru sustava.

Za instalaciju softveraCFX Maestro Dx SE
1.

Ako je potrebno, odspojite sve povezane instrumente od računala.
Pronađite i odspojite USB kabel instrumenta na računalu za CFX Maestro Dx SE. Kraj umetnut uuređaj Sustav CFX Opus Dxmože ostati na svom mjestu.

2.

Prijavite se na računalo za CFX Maestro Dx SE s administratorskim pravima.

3.

Umetnite USB pogon softveraCFX Maestro Dx SE u USB priključak računala.

4.

U pregledniku Windows Explorer dođite do i otvorite USB pogon softvera CFX Maestro Dx SE.
USB pogon sadržava napomene o izdanju i sljedeće mape:
n

CFX

n

Drivers (Upravljački programi)nFirmware (Firmver)n

Quick Start (Brzi početak).
Zajedno s ostalim datotekama mapa CFX sadržava CFX Maestro Dx SE instalacijski softver(CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Otvorite mapu CFX i dvaput kliknite CFXMaestroDxSetup.exe da biste pokrenuli instalacijski
program.

6.

Slijedite upute za instalaciju na zaslonu.
Kad ste dovršili, ikona Bio-Rad Softver CFX Maestro Dx, Security Edition pojavljuje se na zaslonu
računala.
Savjet: Instalacijski program CFX Maestro automatski instalira korisnički vodič Softver CFX
Maestro Dx, Security Edition. Kako biste pronašli te vodiče, idite na izbornik Help (Pomoć) i
odaberite Open User Guides (Otvori korisničke vodiče).

7.

Nakon završetka instalacije možete sigurno izbaciti USB pogon softvera.

Korisnički vodič | 33

Poglavlje 2 Softver CFX Maestro Dx, Security Edition, instalacija

Otkrivanje povezanih uređaja
Tijekom instalacije, program za instalaciju za CFX Maestro Dx SE automatski instalira upravljačke
programe uređaja na računalo na kojem je instaliran CFX Maestro Dx SE. CFX Maestro Dx SE otkriva
povezane uređaje kad pokrenete softver.

Otkrivanje povezanih uređaja
1.

Ako to još niste učinili, umetnite kvadratni (muški) kraj isporučenog USB kabela tipa B u USB
priključak tipa B koji se nalazi na stražnjoj strani uređaja.

2.

Umetnite drugi kraj (za priključak) u USB priključak na računalu za CFX Maestro Dx SE.

3.

Ako sustav već nije pokrenut, pritisnite prekidač za napajanje na stražnjoj strani uređaja da biste ga
uključili.

4.

Pokrenite CFX Maestro Dx SE.

Softver automatski otkriva povezani uređaj i prikazuje njegov naziv u oknu Detected Instruments(Otkriveni uređaji) u prozoru Home (Početno).
Napomena: Ako se uređaj ne pojavi u oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji), provjerite je li
USB kabel pravilno postavljen. Da biste ponovo instalirali upravljačke programe, na početnom
prozoru za CFX Maestro Dx SE odaberite Tools (Alati) > Reinstall Instrument Drivers (Ponovno
instaliraj upravljačke programe uređaja).

34 | Softver CFX Maestro Dx SE

Softverske datoteke

Softverske datoteke
Tablica 4 navodi vrste datoteka softvera CFX Maestro Dx SE.
Tablica 4. CFX Maestro Dx SE – vrste datoteka

Vrsta datoteke

Ekstenzija

Pojedinosti

Protocol (Protokol).prclSadržava pojedinosti o prilagodbi protokola za izvođenje
PCR izvođenja.

Plate (Pločica).pltdSadržava pojedinosti o postavljanju pločice za izvođenje
PCR izvođenja.

Data (Podaci).pcrdSadržava rezultate pokusa i PCR analizu.

PrimePCR izvođenje

.csv

Sadržava protokol i raspored pločica za PrimePCR
pločice.

Genetička studija.mgxdSadržava rezultate više PCR izvođenja i analize ekspresije
gena.

Samostalna datoteka.zpcr

prije podataka
LIMSSadržava očitanja fluorescencije iz samostalnog rada koja
se pretvaraju u podatkovnu datoteku.

.plrnSadržava informacije o prilagodbi pločice i protokolu
potrebne za provođenje izvođenja kompatibilnog s LIMSom.

JSON

.json

Datoteka samo za čitanje koju generiraju samo sustavi
CFX Opus Dx sadržava podatke datoteke izvođenja koji se
pojavljuju u oknu s pojedinosti u pregledniku datoteka kadaje odabrana datoteka izvođenja. Ova se datoteka generiranakon završetka izvođenja. Izvozi se sa .zpcr datotekom isprema s podatkovnim datotekama kada je Save Location(Lokacija spremanja) USB pogon ili zajednička mrežna
mapa.

Korisnički vodič | 35

Poglavlje 2 Softver CFX Maestro Dx, Security Edition, instalacija

36 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 3 Upravljanje korisničkim računima za
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition
Za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition korisnici se prijavljuju sa svojim korisničkim imenom ilozinkom za sustav Windows. Osobi koja je instalirala CFX Maestro Dx SE automatski se dodjeljuje uloga
Administrator i može stvarati korisničke račune i uloge te upravljati njima. Svim ostalim korisnicima mora
biti dodijeljen korisnički račun da bi se mogli prijaviti i upotrebljavati softver.
Važno: Svaki korisnik mora imati Windows račun i lozinku na računalu za CFX Maestro Dx SE kakobiste mu mogli dodijeliti korisnički račun i ulogu. Korisnici mogu biti članovi grupe korisnika sustava
Windows ili grupe administratora sustava Windows. Članovi grupe korisnika sustava Windows mogu
pristupiti samo svojim datotekama i mapama za CFX Maestro Dx SE. Članovi grupe administratora
sustava Windows mogu pristupiti datotekama i mapama svih korisnika na računalu.
Ovo poglavlje objašnjava kako izraditi korisnike sustava Microsoft Windows kako bi ih dodali u CFX
Maestro Dx SE. Ovaj odjeljak također objašnjava kako dodati korisnike za CFX Maestro Dx SE i upravljati
korisničkim ulogama i dozvolama.

Korisnički vodič | 37

Poglavlje 3 Upravljanje korisničkim računima za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Pokretanje za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition
Napomena: Svaki se korisnik mora prijaviti sa svojim korisničkim imenom i lozinkom za sustav
Windows.

Pokretanje za CFX Maestro Dx SE
1.

Na radnoj površini računala za CFX Maestro Dx SE, dvaput kliknite na ikonu prečaca za CFX
Maestro Dx SE da biste pokrenuli aplikaciju.

2.

U dijaloški okvir Login (Prijava) upišite lozinku za sustav Windows i kliknite OK (U redu).

CFX Maestro Dx SE otvara se na prozoru Home (Početno). Naslovna traka prikazuje korisničko ime
korisnika prijavljenog u sustav Windows, a traka izbornika prikazuje plavu naljepnicu koja označava
da je softver usklađen s 21. Kodeksom saveznih propisa (CFR), dio 11, na primjer:

38 | Softver CFX Maestro Dx SE

Pokretanje za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Korisnički vodič | 39

Poglavlje 3 Upravljanje korisničkim računima za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Dodavanje korisnika sustava Microsoft Windows u računalo
za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition
Svi korisnici moraju se prijaviti na računalo za CFX Maestro Dx SE sa svojim korisničkim imenom ilozinkom za sustav Windows. Za precizno praćenje revizije korisnički računi sustava Windows ne mogu
se dodati putem dijaloškog okvira Start (Početak )> Settings (Postavke) > Accounts (Računi). Korisnički
računi sustava Windows moraju se dodati putem konzole Computer Management (Upravljanje
računalom).
Važno: Promjene u korisničkim svojstvima sustava Windows (uključujući User name (Korisničko
ime) i Full name (Puno ime)) nakon što ste izradili povezanog korisnika za CFX Maestro Dx SE
poništavaju korisnika CFX Maestro Dx SE. Pobrinite se da su informacije točne prije spremanja
korisnika sustava Windows i stvaranja povezanog korisnika za CFX Maestro Dx SE.
Savjet: Prije stvaranja računa sustava Windows pregledajte administracijsku dokumentaciju za
sustav Microsoft Windows i potražite više informacija kod svog administratora sustava Windows.

Dodavanje korisničkih računa za sustav Windows u računalo za CFX Maestro Dx SE
1.

Prijavite se u računalo za CFX Maestro Dx SE kao član grupe administratora sustava Windows.

2.

Na radnoj površini desnom tipkom miša kliknite My Computer (Moje računalo) i odaberite Manage(Upravljanje) da biste otvorili konzolu Computer Management (Upravljanje računalom).

3.

U konzoli Computer Management (Upravljanje računalom) proširite odjeljak Local Users and Groups(Lokalni korisnici i grupe).

4.

Desnom tipkom miša kliknite mapu Users (Korisnici) i odaberite New User (Novi korisnik) da biste
otvorili dijaloški okvir New User (Novi korisnik).

40 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodavanje korisnika sustava Microsoft Windows u računalo za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

6.

U dijaloškom okviru New User (Novi korisnik) morate ispuniti sljedeća polja:nUser name (Korisničko ime)nFull name (Puno ime)nPassword (Lozinka)nConfirm Password (Potvrda lozinke)

Kliknite Create (Izradi).

Korisnički vodič | 41

Poglavlje 3 Upravljanje korisničkim računima za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Dodavanje i uklanjanje korisnika za Softver CFX Maestro Dx,
Security Edition
Savjet: Samo korisnici s ulogom Administrator za CFX Maestro Dx SE mogu stvarati i uklanjati
korisničke račune za CFX Maestro Dx SE. Osobi koja je instalirala CFX Maestro Dx SE automatski
se dodjeljuje uloga Administrator. Ta osoba može dodijeliti ulogu Administrator drugim korisnicima.
Napomena: Barem jednom korisniku mora biti dodijeljena uloga Administrator za CFX Maestro Dx
SE.

Dodavanje korisničkih računa za CFX Maestro Dx SE
1.

Provjerite je li svaki predviđeni korisnik član grupe korisnika sustava Windows ili grupe administratora
sustava Windows te ima li lozinku za sustav Windows na računalu za CFX Maestro Dx SE.

2.

Pokrenite CFX Maestro Dx SE i prijavite se kao Administrator.

3.

U prozoru Home (Početno) odaberite User (Korisnik) > User Administration (Administracija
korisnika).
Pojavljuje se dijaloški okvir User Administration (Administracija korisnika).

42 | Softver CFX Maestro Dx SE

Upravljanje ulogama korisnika za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

4.

U odjeljku Manage Users (Upravljanje korisnicima) navedite sljedeće podatke za svakog korisnika:nUser name (Korisničko ime) – za CFX Maestro Dx SE ovo mora biti korisničko ime za prijavu
korisnika u sustav Windows.

nFull name (Puno ime) – puno ime korisnika.
Ovo se ime pojavljuje u polju Full User (Puno ime korisnika) u revizijskom tragu. Ovo ime mora
biti jednako imenu unesenom u polje Full Name (Puno ime) prilikom stvaranja korisnika sustava
Windows.

nRole (Uloga) – uloga koju treba dodijeliti korisniku.
Napomena: S padajućeg popisa možete odabrati samo jednu ulogu. Pogledajte
Upravljanje ulogama korisnika za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition za više
informacija.

nDomain (Domena) – domena sustava Windows s koje korisnik pristupa softveru.
Dodatne informacije potražite kod administratora sustava Windows.

5.

Kliknite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena i zatvaranje dijaloškog okvira User
Administration (Administracija korisnika).

Uklanjanje korisničkog računa za CFX Maestro Dx SE
1.

Pokrenite CFX Maestro Dx SE i prijavite se kao Administrator.

2.

U prozoru Home (Početno) odaberite User (Korisnik) > User Administration (Administracija korisnika)
da biste otvorili dijaloški okvir User Administration (Administracija korisnika).

3.

U oknu Manage Users (Upravljanje korisnicima) odaberite Remove (Ukloni) za svakog korisnika
kojeg želite ukloniti.

4.

Kliknite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena i zatvaranje dijaloškog okvira User
Administration (Administracija korisnika).

Upravljanje ulogama korisnika za Softver CFX Maestro Dx,
Security EditionVažno: CFX Maestro Dx SE zahtijeva da se barem jednom korisniku dodijeli uloga Administrator.
Ovu ulogu možete dodijeliti više korisnika.
CFX Maestro Dx SE ima četiri korisničke uloge. Svakom korisniku mora biti dodijeljena uloga kako bi
mogao pristupiti softveru. Iako se korisnicima može dodijeliti samo jedna uloga, ulogu korisnika možete
promijeniti u bilo kojem trenutku.

Korisnički vodič | 43

Poglavlje 3 Upravljanje korisničkim računima za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Osim uloge Administrator, možete promijeniti i dozvole dodijeljene svakoj ulozi. Svi korisnici kojima je
dodijeljena uloga nasljeđuju dozvole samo te uloge.
Prema zadanim postavkama, prava za svaku ulogu su sljedeća:nAdministrator – ova uloga ima sve dozvole; ne možete promijeniti te dozvole.

nPrincipal (Upravitelj) – ova uloga ima sve dozvole osim postavljanja e-pošte.

nOperator – ova uloga ima sve dozvole osim preskakanja ciklusa i postavljanja e-pošte.

nGuest (Gost) – ova uloga može samo čitati datoteke.

Pri dodjeli uloga za CFX Maestro Dx SE pažljivo odredite zahtjeve za svakog korisnika. Na primjer,
korisnici kojima je dodijeljena uloga Guest (Gost), bez dozvole za spremanje neće moći potpisati
datoteku. Bez dozvole za postavljanje računa e-pošte nijedna uloga neće primiti e-poštu kada se završiizvođenje.

Izmjena dozvola za ulogu
1.

Pokrenite CFX Maestro Dx SE i prijavite se kao Administrator.

2.

U prozoru Home (Početno) odaberite User (Korisnik) > User Administration (Administracija korisnika)
da biste otvorili dijaloški okvir User Administration (Administracija korisnika).

3.

U odjeljku Manage Rights (Upravljanje pravima) po potrebi za svaku ulogu označite ili odznačite
potvrdni okvir za određene dozvole.

4.

Kliknite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena i zatvaranje dijaloškog okvira User
Administration (Administracija korisnika).

Pregled vaše uloge i dozvola
Savjet: korisnici kojima su dodijeljene korisničke uloge Principal (Glavni korisnik), Operator(Operator) i Guest (Gost) mogu pregledavati samo svoje korisničke postavke, dozvole i uloge.
Korisnici kojima je dodijeljena uloga Administrator (Administrator) mogu pregledavati sve korisničke
dozvole i uloge.

Za pregled svoje trenutne korisničke uloge i dozvolau

U prozoru Home (Početno) odaberite User (Korisnik) > User Administration (Administracija
korisnika).

Obratite se svom administratoru za softver CFX Maestro Dx SE za izmjenu korisničkih postavki, dozvola iuloga navedenih u prozoru User Administration (Administracija korisnika).

44 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx,
Security EditionVažno: Softver CFX Maestro Dx, Security Edition upotrebljava provjeru autentičnosti korisnika
sustava Microsoft Windows za provjeru pristupa zaštićenim podatkovnim datotekama sustava CFX.
Obratite se administratoru sustava Windows da biste stvorili okruženje koje je u skladu sa zahtjevima
21. Kodeksom saveznih propisa (CFR), dio 11.
CFX Maestro Dx SE korisnicima omogućujenPotpisivanje podatkovnih datoteka i datoteka genetičke studije.

nZaštitu datoteka lozinkom.

nPregledavanje i ispis revizijskih tragova.

U ovom odjeljku te su značajke detaljno objašnjene.

Zaštićene datoteke
Prema zadanim postavkama, softver CFX Maestro Dx SE sprema zaštićene datoteke u osobnu mapu
prijavljenog korisnika koja se nalazi u
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCRMožete spremiti .pcrd datoteke u tu mapu i uređivati ih. Ta mapa sadržava poveznice na druge mape (naprimjer, mapu datoteka Sample (Uzorak)) koje sadržavaju datoteke samo za čitanje. Međutim,
administrator može izbrisati sadržaj te mape.
Savjet: Druga je mogućnost da vaš administrator sustava Windows izradi zajedničku mapu i vašadministrator za CFX Maestro Dx SE programira softver tako da sprema sve datoteke u tu mapu.
U softveru CFX Maestro Dx SE datoteke pločica, protokola, podatkovne datoteke i datoteke genetičke
studije označene su kao zaštićene kada su spremljene. Softver CFX Maestro ili CFX Maestro Dx SE
mogu izraditi takve datoteke. Nakon što su spremljene u CFX Maestro Dx SE, ove datoteke možete
otvoriti samo u CFX Maestro Dx SE.
CFX Maestro Dx SE stvara revizijski trag za sve zaštićene podatke i datoteke genetičke studije (.pcrd,
odnosno .mgxd datoteke). Softver bilježi sve aktivnosti koje se mogu provjeriti u revizijskom tragu
datoteke. Za više informacija pogledajte Revizijski tragovi na stranici 303.

Korisnički vodič | 45

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Potpisivanje zaštićenih datoteka
Nakon spremanja datoteke u softveru CFX Maestro Dx SE, korisnici mogu dodati elektronički potpis.
Uloga korisnika mora imati dozvolu za spremanje datoteke kako bi mogao potpisati datoteku. Na primjer,
prema zadanim postavkama uloga Guest (Gost) nema dozvolu za spremanje datoteke pa korisnici kojima
je ta uloga dodijeljena ne mogu potpisati datoteku.
Za CFX Maestro Dx SE potpisane datoteke nisu označene kao samo za čitanje. Mogu se pregledavati,
mijenjati i potpisivati više puta. Sve promjene i potpisi prate se u revizijskom tragu datoteke. Možete
potpisati sljedeće vrste datoteka:nPodatkovne datoteke (.pcrd)nDatoteke genetičke studije (.mgxd)

Napomena: Datoteke moraju biti spremljene kako bi se mogle potpisati. Ako ste nedavno izvršiliizvođenje u softveru CFX Maestro Dx SE, najprije spremite dobivenu podatkovnu datoteku.

Potpisivanje datoteke
1.

Prijavite se na CFX Maestro Dx SE s vašim vjerodajnicama za prijavu u sustav Windows.

2.

Otvorite zaštićenu podatkovnu datoteku ili datoteke genetičke studije za potpisivanje.

3.

Odaberite File (Datoteka) > Sign (Potpiši). Pojavljuje se dijaloški okvir Electronic Signature(Elektronički potpis).

46 | Softver CFX Maestro Dx SE

4.

Unesite svoje korisničko ime i lozinku za sustav Windows i razlog za potpisivanje datoteke.
Korisničko ime i razlog za potpisivanje uključeni su u revizijski trag (za više informacija pogledajte
Revizijski tragovi na stranici 303 ).

5.

Kliknite OK (U redu) da biste poslali potpis i zatvorili dijaloški okvir.

Izmjena zaštićenih datoteka
U CFX Maestro Dx SE korisnici mogu mijenjati zaštićene datoteke, uključujući potpisane i nepotpisane
podatke i datoteke genetičke studije. Softver od vas traži da navedete razlog promjene kada spremite
izmijenjenu zaštićenu podatkovnu datoteku ili datoteku genetičke studije. Promjene se prate u revizijskom
tragu datoteke.
Savjet: Budući da softver ne stvara revizijske tragove za datoteke pločice ili protokola, od vas se
neće tražiti da navedete razlog kada spremate promjene tih datoteka.

Spremanje modificiranih podataka ili datoteke genetičke studije
1.

Prijavite se na CFX Maestro Dx SE s vašim vjerodajnicama za prijavu u sustav Windows.

2.

Otvorite i izmijenite zaštićenu podatkovnu datoteku ili datoteku genetičke studije.

Korisnički vodič | 47

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Savjet: Za popis aktivnosti podložnih reviziji pogledajte Događaji podložni reviziji na stranici
305.
3.

Odaberite File (Datoteka) > Save (Spremi). Pojavit će se dijaloški okvir Audit Trail Change Reason(Razlog promjene revizijskog traga).

Ovaj dijaloški okvir prikazuje sljedeće podatke koji su zabilježeni u zaglavlju traga revizije datoteke za
svaki događaj izmjene:nDate (Datum) – datum kada je došlo do promjene.

n

User (Korisnik) – domena sustava Windows i korisničko ime prijavljenog korisnika.

nComment (Komentar) – posljednji spremljeni komentar.

nSignature (Potpis) – elektronički potpis posljednje osobe koja je potpisala datoteku.

nSignature reason (Razlog za potpisivanje) – razlog za potpisivanje.

nApplication (Aplikacija) – CFX Maestro Dx SE (pojavljuje se kao BioRadCFXManager.exe, štoje točno).

nApplication version (Inačica aplikacije) – trenutačna inačica za CFX Maestro Dx SE.

nFull user (Puno ime korisnika) – puno ime prijavljenog korisnika.

48 | Softver CFX Maestro Dx SE

Napomena: Ovo se ime pojavljuje u revizijskom tragu.
nMachine (Stroj) – računalo na kojem je instaliran.

Tablica promjena prikazuje promjene podložne reviziji koje su se dogodile kao rezultat izmjene.
Može se pojaviti i kratki opis razloga promjene.
Savjet: Možete dodati ili urediti opise u stupcu Reason for Change (Razlog za promjenu).
4.

Pregledajte popis promjena. Ako je potrebno, navedite detaljne razloge.

5.

Učinite jedno od sljedećeg:nKliknite Save Changes (Spremi promjene) da biste spremili promjene u datoteku kao i sve
promjene koje ste unijeli u tablicu te zatvorite dijaloški okvir.
Izmjene datoteke i razlozi za promjene pojavljuju se u revizijskom tragu datoteke.

n

Kliknite Cancel Changes (Otkaži promjene) da biste datoteku vratili u prethodno stanje i zatvorili
dijaloški okvir.
Promjene se ne spremaju u datoteku i revizijski trag se ne ažurira.

Korisnički vodič | 49

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Zaštita datoteka lozinkom
Kao dodatna razina sigurnosti, softver CFX Maestro Dx SE korisnicima omogućava postavljanje lozinki za
sve zaštićene datoteke. Pri stvaranju lozinki za zaštićenu datoteku u obzir uzmite sljedeće uvjete:

StanjeRadnjaNije potrebna lozinka.

Svi korisnici mogu otvoriti, izmijeniti i spremiti zaštićenu
datoteku, ovisno o svojim dozvolama.

Datoteka zahtijeva Save

Svi korisnici mogu otvoriti zaštićenu datoteku, a korisnici

password (Lozinka za

koji znaju Save password (Lozinka za spremanje) mogu

spremanje).

izmijeniti i spremiti zaštićenu datoteku.

Datoteka zahtijeva OpenSamo korisnici koji znaju Open password (Lozinka za

password (Lozinka za otvaranje).

otvaranje) mogu otvoriti, izmijeniti i spremiti zaštićenu
datoteku.

Datoteka zahtijeva OpenNeki korisnici mogu otvoriti zaštićenu datoteku, apassword (Lozinka za otvaranje)

podgrupa tih korisnika datoteku može izmijeniti ii Save password (Lozinka za

spremiti.

spremanje.)

Ovisno o ulozi korisnika, bilo koji korisnik može upotrijebiti naredbu Save As (Spremi kao) za stvaranje
nove zaštićene datoteke s drugim nazivom ili spremanje datoteku s istim nazivom na drugu lokaciju ako
vrijedi jedno od sljedećeg:nZaštićena datoteka nije zaštićena lozinkom.

nKorisnik ima lozinku za otvaranje datoteke.

Savjet: Nova datoteka sprema se bez zaštite lozinkom. Izvorna datoteka zadržava svoje lozinke.
Ovisno o ulozi, korisnik može mijenjati i spremati izvornu datoteku sve dok vrijedi jedno od sljedećeg:
nDatoteka nije zaštićena lozinkom.

nKorisnik ima lozinku za otvaranje i lozinku za spremanje datoteke.

Napomena: Uloga korisnika mora uključivati pravo spremanja datoteka radi postavljanja lozinki. Na
primjer, korisnici s ulogom Guest (Gost) ne mogu spremati datoteke i stoga ne mogu postaviti lozinke
za datoteku.
Važno: Samo administratori softvera CFX Maestro Dx SE mogu ponovno postaviti ili ukloniti lozinke.

50 | Softver CFX Maestro Dx SE

Zaštita datoteke lozinkom
1.

Prijavite se na CFX Maestro Dx SE s vašim vjerodajnicama za Windows.

2.

Otvorite zaštićenu datoteku.

3.

Odaberite File (Datoteka) > File Passwords (Lozinke datoteka). Pojavljuje se dijaloški okvir File
Passwords (Lozinke datoteka).

4.

Unesite lozinke u okvire Save Password (Spremi lozinku) i Open Password (Otvori lozinku).
Savjet: Prema zadanim postavkama, lozinke se pri upisu pojavljuju kao znakovi zvjezdice.
Odaberite Show Password (Prikaži lozinku) za prikaz lozinke dok je upisujete.
Važno: Lozinke razlikuju velika i mala slova. Softver CFX Maestro Dx SE ne postavlja
ograničenja na lozinke. Za najbolji postupak obratite se svom administratoru sustava za
preduvjet za lozinku na vašem web-mjestu.

5.

Kliknite Set Passwords (Postavi lozinke) da biste postavili lozinke i zatvorili dijaloški okvir.

6.

Odaberite File (Datoteka) > Save (Spremi) da biste promjene spremili u datoteku.

Korisnički vodič | 51

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Uklanjanje lozinkiVažno: Morate biti administrator softvera CFX Maestro Dx SE da biste uklonili lozinku.
1.

U dijaloškom okviru Password Required (Potrebna je lozinka) kliknite Remove Passwords (Ukloni
lozinke).

Pojavljuje se dijaloški okvir Login (Prijava) za CFX Maestro Dx SE.

2.

Navedite Windows korisničko ime i lozinku administratora za softver CFX Maestro Dx SE i kliknite OK(U redu).
Pojavljuje se izvorna podatkovna datoteka.
Važno: Morate spremiti datoteku da biste uklonili lozinke.

3.

Odaberite File (Datoteka) > Save (Spremi) da biste promjene spremili u datoteku.

52 | Softver CFX Maestro Dx SE

Promjena lozinkiVažno: Samo administratori softvera CFX Maestro Dx SE mogu mijenjati lozinke.
1.

Otvorite zaštićenu datoteku.

2.

Odaberite File (Datoteka) > File Passwords (Lozinke datoteka). Pojavljuje se dijaloški okvir File
Passwords (Lozinke datoteka).

Savjet: Onemogućene su naredbe Save Password (Spremi lozinku), Open Password (Otvori
lozinku) i Show Password (Prikaži lozinku).
3.

Kliknite Reset Passwords (Ponovno postavi lozinke).
Pojavljuje se dijaloški okvir Login (Prijava) za CFX Maestro Dx SE.

Korisnički vodič | 53

Poglavlje 4 Uporaba za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

4.

Navedite Windows korisničko ime i lozinku administratora za softver CFX Maestro Dx SE i kliknite OK(U redu).
Pojavljuje se dijaloški okvir File Passwords (Lozinke datoteka).

5.

6.

Učinite jedno od sljedećeg:n

Da biste ponovno postavili zaštitu lozinkom, upišite novu lozinku u odgovarajući okvir za lozinku.

nDa biste uklonili zaštitu lozinkom, odznačite okvire s lozinkom.

Kliknite Set Passwords (Postavi lozinke) da biste spremili promjene lozinke i izašli iz dijaloškog
okvira.

54 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 5 Radni prostor
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition pruža sučelje za postavljanje pločica, razvoj PCR protokola,njihovo izvođenje na uređajima CFX Opus Dx Deepwell Dx i analizu podataka iz izvođenja PCR-a.
CFX Maestro Dx SE predstavlja pet osnovnih radnih prostora:nprozor Home (Početno)nStartup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)nProzor Protocol Editor (Uređivač protokola)nProzor Plate Editor (Uređivač pločice)n

Prozor Data Analysis (Analiza podataka).

Svaki radni prostor prikazan je i ukratko opisan u ovom poglavlju.

Korisnički vodič | 55

Poglavlje 5 Radni prostor

Prozor Home (Početno)
CFX Maestro Dx SE otvara prozor Home (Početno) i prikazuje program Startup Wizard (Čarobnjak za
pokretanje) iz kojeg možete postaviti eksperiment, obaviti ili ponoviti izvođenje ili analizirati trenutnoizvođenje. U prozoru Home (Početno) također možete pregledavati zapisnike aplikacije i uređaja, stvarati
korisnike i upravljati njima te pristupiti više korisnih alata. Za više informacija pogledajte Poglavlje 6,
Prozor Home (Početno).

56 | Softver CFX Maestro Dx SE

Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)

Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)
S pomoću programa Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) brzo postavite i izvedite eksperimentekoje definira korisnik ili odaberite i izvedite eksperiment PrimePCR. Ovaj čarobnjak možete upotrijebiti i za
ponavljanje izvođenja ili analiziranje podataka o izvođenju.

Korisnički vodič | 57

Poglavlje 5 Radni prostor

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)
U programu Protocol Editor (Uređivač protokola) možete stvarati, otvarati, pregledavati i uređivati pločicu.
Također možete izmijeniti temperaturu poklopca za otvoreni protokol. Funkcija Protocol Editor (Uređivač
protokola) detaljno je opisana u Poglavlje 7, Postavljanje protokola.

58 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)U programu Plate Editor (Uređivač pločice) možete stvarati, otvarati, pregledavati i uređivati pločicu.
Funkcija programa Plate Editor (Uređivač pločice) detaljno je opisana u Poglavlje 8, Priprema pločica.

Korisnički vodič | 59

Poglavlje 5 Radni prostor

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)
U prozoru Data Analysis (Analiza podataka) možete pregledavati i uspoređivati izvršene podatke, izvoditi
statističke analize, izvoziti podatke i stvarati izvješća spremna za objavljivanje. Funkcija Data Analysis(Analiza podataka) detaljno je objašnjena u Poglavlje 10, Pregled analize podataka i Poglavlje 11,
Pojedinosti analize podataka.

60 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition pruža sučelje za razvoj PCR protokola, njihovo pokretanje na
sustavu CFX Dx i analizu podataka izvedenih PCR-ova.
Ovo poglavlje predstavlja CFX Maestro Dx SE i objašnjava značajke dostupne iz prozora Home
(Početno).

Korisnički vodič | 61

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Prozor Home (Početno)
U prozoru Home (Početno) otvara se CFX Maestro Dx SE i prikazuje se Startup Wizard (Čarobnjak za
pokretanje), odakle možete postaviti izvođenje, izvesti ili ponoviti izvođenje ili analizirati postojećeizvođenje. U prozoru Home (Početno) također možete pregledavati zapisnike aplikacije i uređaja, stvarati
korisnike i upravljati njima te pristupiti više korisnih alata.

LEGENDA1.

Na naslovnoj traci softvera prikazuje se naziv softvera i prijavljeni korisnik.

2.

Traka izbornika omogućuje brzi pristup naredbama izbornika File (Datoteka), View (Prikaz),Users (Korisnici), Run (Izvođenje), Tools (Alati), Window (Prozor) i Help (Pomoć).

3.

Naredbe na alatnoj traci omogućuju brz pristup opcijama izbornika.

4.

Lijevo okno prikazuje uređaje spojene na računalo za CFX Maestro Dx SE i nudi gumbe s
pomoću kojih možete upravljati poklopcem i pregledati status uređaja.

5.

Glavno okno prikazuje radni prozor. Zadani radni prozor na zaslonu Home (Početno) jest
Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje).

62 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Home (Početno)

6.

Statusna traka prikazuje nazive povezanih uređaja i prijavljenog korisnika.

Naredbe izbornika File (Datoteka)
New (Novo) – otvara dijaloški okvir iz kojeg možete odabrati postavljanje novog protokola, pločice ili
genetičke studije.
Open (Otvori) – otvara dijaloški okvir iz kojeg možete odabrati otići na i otvoriti postojeći protokol, pločicu,podatkovnu datoteku, genetičku studiju, LIMS datoteku, izvođenje iz samostalnog uređaja (samostalno
pokretanje) ili datoteke za izvođenje PrimePCR.
Recent Data Files (Nedavne podatkovne datoteke) – prikazuje popis nedavno otvorenih PCR datoteka.
Repeat a Run (Ponovi izvođenje) – otvara Windows Explorer na lokaciji spremljenih PCR datoteka gdjemožete pronaći izvođenje koje želite ponoviti.
Exit (Izlaz) - zatvara CFX Maestro Dx SE.

Naredbe izbornika View (Prikaz)
Application Log (Zapisnik aplikacije) – prikazuje zapisnik uporabe softvera od početne instalacije dodanas.
Run Reports (Izvješća o izvođenju) – prikazuje popis izvješća o izvođenju.
Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) – prikazuje Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) uglavnom oknu.
Run Setup (Postavljanje izvođenja) – prikazuje prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) u glavnom
oknu.
Instrument Summary (Sažetak uređaja) – prikazuje prozor Instrument Summary (Sažetak uređaja) u
glavnom oknu.
Detected Instruments (Otkriveni uređaji) – prebacuje se između prikazivanja i neprikazivanja povezanihuređaja u lijevom oknu. Prema zadanim postavkama, softver prikazuje povezane uređaje u lijevom oknu.
Toolbar (Alatna traka) – prebacuje se između prikazivanja i neprikazivanja alatne trake na vrhu zaslona.
Prema zadanim postavkama softver prikazuje alatnu traku.
Status Bar (Statusna traka) – prebacuje se između prikazivanja i neprikazivanja statusne trake na dnu
zaslona. Prema zadanim postavkama softver prikazuje statusnu traku.
Show (Prikaži) – otvara dijaloški okvir iz kojeg možete
npregledati ili blokirati Status log (Zapisnik statusa)notvoriti i pregledati podatkovnu mapu za CFX Maestro Dx SE

Korisnički vodič | 63

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)notvoriti i pregledati podatkovnu mapu korisnika

notvoriti i pregledati mapu datoteke LIMSnotvoriti i pregledati mapu PrimePCRnpregledati povijest izvođenja

npregledati svojstva svih povezanih uređaja.

Naredbe korisničkog izbornika
Select User (Odaberi korisnika) – otvara zaslon za prijavu na kojem možete odabrati korisnika spadajućeg popisa User Name (Korisničko ime) i prijaviti se u aplikaciju.
Change Password (Promijeni lozinku) – otvara dijaloški okvir Change Password (Promijeni lozinku) u
kojem korisnici mogu promijeniti svoju lozinku .
Napomena: Ova je opcija onemogućena za CFX Maestro Dx SE. Korisnici moraju promijeniti svoju
lozinku za sustav Windows kako bi promijenili svoju lozinku za CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Korisničke postavke) – otvara dijaloški okvir User Preferences (Korisničke postavke)
u kojem korisnici mogu promijeniti zadane postavke zanslanje i primanje obavijesti e-poštom po završetku izvođenja

nspremanje podatkovnih datotekanpostavljanje protokola putem Protocol Editor (Uređivač protokola) ili Protocol AutoWriter(Automatski upisivač protokola)nstvaranje pločicananaliziranje podataka

nprovođenje analize genske ekspresijenutvrđivanje kvalitete podatakanizvoz CFX podataka o uređaju

User Administration (Administracija korisnika) – otvara dijaloški okvir User Administration(Administracija korisnika) u kojem administratori mogu stvarati korisnike, mijenjati dozvole uloga i
dodijeliti uloge korisnicima.
Bio-Rad Service Login (Servisna prijava tvrtke Bio-Rad) – samo za osoblje tehničke službe tvrtke
Bio-Rad. Nemojte odabrati ovu naredbu.

64 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Home (Početno)

Naredbe izbornika Run (Izvođenje)
User-defined Run (Korisnički definirano izvođenje) – otvara prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) u
kojem možete postaviti korisnički definirani protokol i pločicu, a zatim pokrenuti PCR eksperiment naodabranom uređaju.
PrimePCR Run (Izvođenje PrimePCR) – otvara karticu Start Run (Pokretanje izvođenja) u prozoru Run
Setup (Postavljanje izvođenja) sa zadanim PrimePCR protokolom i rasporedom pločica učitanima na
temelju odabranog uređaja.
End-Point Only Run (Izvođenje samo krajnje točke) – otvara karticu Start Run (Pokretanje izvođenja) u
prozoru Run Setup (Postavljanje izvođenja) sa zadanim protokolom krajnje točke i rasporedom pločica
učitanima na temelju odabranog uređaja.
Qualification Run (Izvođenje kvalifikacije) – otvara karticu Start Run (Pokretanje izvođenja) u prozoru
Run Setup (Postavljanje izvođenja) sa zadanim kvalifikacijskim protokolom tvrtke Bio-Rad i rasporedom
pločica učitanima na temelju odabranog uređaja.

Naredbe izbornika Tools (Alati)
Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine) – otvara značajku Master Mix Calculator(Kalkulator glavne mješavine) u kojoj možete izraditi reakcijsku smjesu i ispisati izračune.
Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola) – otvara dijaloški okvir Protocol AutoWriter(Automatski upisivač protokola) u kojem možete lako izraditi novi protokol.
Ta Calculator (Kalkulator Ta) – otvara Ta Calculator (Kalkulator Ta) s pomoću kojeg možete lako
izračunati temperaturu popuštanja početnica.
Dye Calibration Wizard (Čarobnjak za kalibraciju boje) – otvara Dye Calibration Wizard (Čarobnjak zakalibraciju boje) s pomoću kojeg možete kalibrirati uređaj za novi fluorofor.
Reinstall Instrument Drivers (Ponovno instaliraj upravljačke programe) – ponovno instalira upravljačke
programe koji kontroliraju komunikaciju s PCR sustavima tvrtke Bio-Rad u stvarnom vremenu.
Zip Data and Log Files (Sažmi podatke i datoteke zapisnika) – otvara dijaloški okvir u kojem možete
odabrati datoteke za sažimanje i spremiti ih u datoteku zip formata za pohranu ili slanje putem e-pošte.
Batch Analysis (Skupna analiza) – otvara dijaloški okvir Batch Analysis (Skupna analiza) u kojemmožete postaviti parametre za analizu više podataka odjednom.
Option (Opcije) – otvara dijaloški okvir u kojem možete
nkonfigurirati postavke poslužitelja e-poštenkonfigurirati postavke izvoza za LIMS, Seegene i druge podatkovne datoteke

Korisnički vodič | 65

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Savjet: Također možete odabrati opciju automatskog pokretanja Seegene Viewer(Preglednik Seegene) prilikom izvoza ako odlučite izvesti podatke u formatu Seegene.
n

Promijenite jezik prikaza korisničkog sučelja (engleski, kineski, ruski)Važno: Za prikaz odabranog jezika obvezno je ponovno pokrenuti CFX Maestro Dx SE.
Važno: Jezik vašeg operacijskog sustava mora odgovarati vašem željenom jeziku prikaza
sučelja CFX Maestro Dx SE.

Naredbe izbornika Help (Pomoć)
Savjet: Izbornik Help (Pomoć) dostupan je na traci izbornika u svim prozorima za CFX Maestro Dx
SE.
Contents (Sadržaj) – prikazuje karticu Contents (Sadržaj) u sustavu Help (Pomoć) za CFX Maestro Dx
SE.
Index (Indeks) – prikazuje karticu Index (Indeks) u sustavu Help (Pomoć) za CFX Maestro Dx SE.
Search (Pretraživanje) – prikazuje karticu Search (Pretraživanje) u sustavu Help (Pomoć) za CFX
Maestro Dx SE.
Open User Guide (Otvori korisnički vodič) – otvara ovaj vodič u PDF formatu.
Additional Documentation (Dodatna dokumentacija) – omogućuje pristup priručniku za uporabu za
sustav CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenu.
Release Notes (Napomene o izdanju) – otvara dokument Release Notes (Napomene o izdanju) za
instaliranu inačicu za CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Video izvori) – otvara web-mjesto gdje se nalaze video izvori za Bio-Rad, kao što su
videozapisi s uputama.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Web-mjesto za qPCR Applications andTechnologies) – otvara se web-mjesto za qPCR Applications & Technologies tvrtke Bio-Rad gdje možete
saznati više o PCR-u u stvarnom vremenu (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Web-mjesto za PCR reagense) – otvara se web-mjesto za PCR i qPCR
reagense tvrtke Bio-Rad s kojeg možete naručiti PCR reagense, supermješavine, boje i komplete.
PCR Plastic Consumables Web Site (Web-mjesto za plastični potrošni materijal za PCR) – otvara webmjesto za plastiku i potrošni materijal za PCR tvrtke Bio-Rad s kojeg možete naručiti PCR pločice, brtve
za pločice, cijevi i poklopce i ostale plastične dodatke.
Software Web Site (Web-mjesto softvera) – otvara web-mjesto softvera za PCR analizu tvrtke Bio-Rad
odakle se može naručiti ažurirani CFX Maestro Dx SE tvrtke Bio-Rad.

66 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Home (Početno)

About (Osnovne informacije) – prikazuje informacije o autorskim pravima i inačicama za CFX Maestro Dx
SE.

Naredbe na alatnoj traci– otvara Windows Explorer u kojem možete ići na i otvoriti podatkovnu datoteku ili datoteku
genetičke studije.

– otvara značajku Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine).

– otvara prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja).

– otvara prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) sa zadanim protokolom PrimePCR irasporedom pločica učitanima na temelju odabranog uređaja.

– otvara Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje).

Korisnički vodič | 67

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)
Kada se pokreće CFX Maestro Dx SE, radno okno prikazuje Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje). Iz
Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) možete
nodabrati uređaj iz otkrivenih uređaja i postaviti korisnički definirano ili izvođenje PrimePCRnotvoriti i ponoviti izvođenje

notvoriti podatkovnu datoteku da biste analizirali rezultate iz jednog izvođenja ili datoteke genetičke
studije za rezultate iz više izvođenja genske ekspresije

Ti su zadaci detaljno objašnjeni u poglavljima koja slijede.

Status Bar
Lijeva strana statusne trake na dnu glavnog prozora softvera prikazuje trenutačni status otkrivenihuređaja. Desna strana statusne trake prikazuje naziv trenutačnog korisnika te datum i vrijeme.

68 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Home (Početno)

Okno Detected Instruments (Otkriveni uređaji)Okno Detected Instruments (Otkriveni uređaji) prikazuje svaki uređaj koji je povezan na računalo za CFX
Maestro Dx SE. Prema zadanim postavkama, svaki se uređaj prikazuje kao ikona, a njegov serijski broj kao
naziv.
Iz ovog okna možete
npregledati svojstva i kalibrirane boje za odabrani uređaj
Za informacije o svojstvima uređaja, pogledajte Pregled svojstava uređaja na stranici 72.

npregledati status povezanog uređaja

notvoriti motorizirani poklopac na odabranom uređaju

nzatvoriti motorizirani poklopac na odabranom uređaju

npregledati status svih povezanih uređaja.

Pregled statusa povezanog uređaja
u

U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) odaberite ciljani uređaj i učinite jedno od sljedećeg:nKliknite View Status (Prikaz statusa) u odjeljku Selected Instrument (Odabrani uređaj).

n

Desnom tipkom miša kliknite i odaberite View Status (Prikaz statusa) na izborniku koji se pojavi.

Pojavljuje se dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja) i prikazuje karticu Run Status (Statusizvođenja). Status odabranog uređaja pojavljuje se ispod okna statusa izvođenja, na primjer:

Otvaranje ili zatvaranje poklopca uređaja
u

U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) odaberite ciljani uređaj i učinite jedno od sljedećeg:

Korisnički vodič | 69

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)nKliknite Open Lid (Otvori poklopac) ili Close Lid (Zatvori poklopac) u odjeljku Selected
Instrument (Odabrani uređaj).

n

Desnom tipkom miša kliknite odgovarajuću radnju na izborniku koji se pojavi.

nOtvorite dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja), odaberite karticu Run Status (Statusizvođenja) i kliknite Open Lid (Otvori poklopac) ili Close Lid (Zatvori poklopac).

Prikaz statusa svih otkrivenih uređaja
u

Učinite jedno od sljedećeg:n

U odjeljku All Instruments (Svi uređaji) u oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) kliknite
View Summary (Prikaz sažetka).

n

Na traci izbornika odaberite View (Prikaz) > Instrument Summary (Sažetak uređaja).

Pojavljuje se dijaloški okvir Instrument Summary (Sažetak uređaja).
Savjet: Ako sustav otkrije samo jedan povezani uređaj, odjeljak All Instruments (Svi uređaji)neće se pojaviti u oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji). Da biste pregledali sažetak
uređaja za pojedini uređaj, odaberite View (Prikaz) > Instrument Summary (Sažetak uređaja).

70 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Home (Početno)

Kontrole sažetka uređaja na alatnoj traci
Tablica 5 navodi kontrole i funkcije na alatnoj traci Instrument Summary (Sažetak uređaja).
Tablica 5. Kontrole sažetka uređaja na alatnoj traci

Gumb

Naziv gumba

Funkcija

Create a new Run (Izradi

Stvara izvođenje na odabranom bloku

novo izvođenje)

otvaranjem prozora Run Setup(Postavljanje izvođenja).

Stop (Zaustavi)

Zaustavlja trenutačno izvođenje na
odabranim blokovima.

Pause (Pauza)

Pauzira trenutačno izvođenje na
odabranim blokovima.

Resume (Nastavi)

Nastavlja izvođenje na odabranim
blokovima.

Flash Block Indicator

LED indikator treperi na poklopcu(Indikator bloka bljeskalice)

odabranih blokova.

Open Lid (Otvori poklopac)

Otvara motorizirani poklopac odabranog
bloka.

Close Lid (Zatvori

Zatvara motorizirani poklopac odabranog

poklopac)bloka.

Hide Selected Blocks

Sakriva odabrane blokove na popisu(Sakrij odabrane blokove)

Instrument Summary (Sažetak uređaja)Show All Blocks (Prikaži

Prikazuje odabrane blokove na popisu

sve blokove)

Instrument Summary (Sažetak uređaja)Show (Prikaži)Odaberite koji će blokovi biti prikazani na
popisu. Odaberite jednu od opcija za
prikaz svih otkrivenih blokova, svih
neaktivnih blokova, svih blokova koji seizvode s trenutačnim korisnikom ili svih
blokova koji se izvodeKorisnički vodič | 71

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Pregled svojstava uređaja
U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) možete pregledati informacije o odabranom uređaju,uključujući njegova svojstva, status transportnog vijka (samo za uređaje CFX Connect i CFX Touch) i
popis kalibriranih boja (fluorofora).

Za pregled svojstava uređaja
u

U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) desnom tipkom miša kliknite ciljni uređaj i odaberite
Properties (Svojstva) na izborniku koji se pojavi.

Kartica Properties (Svojstva)
Na kartici Properties (Svojstva) nalaze se tehnički detalji o odabranom uređaju, uključujući model, serijske
brojeve njegovih komponenata i inačice firmvera. Zadani naziv uređaja (njegov serijski broj) pojavljuje sena mnogim mjestima, uključujući okno Detected Instruments (Otkriveni uređaji) i traku zaglavlja dijaloškog
okvira Instrument Properties (Svojstva uređaja). Možete preimenovati uređaj kako biste ga lakše
prepoznali.
Napomena: Ne možete promijeniti naziv uređaja CFX Opus sa softverom CFX Maestro.

Kartica Calibrated Dyes (Kalibrirane boje)
Kartica Calibrated Dyes (Kalibrirane boje) prikazuje kalibrirane fluorofore i pločice za odabrani uređaj.

Kako biste vidjeli detaljne informacije o kalibraciji, kliknite gumb Info (Informacije) u stupcu Detail(Pojedinosti).

72 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

Prije početka
Ovaj odjeljak objašnjava zadatke koje ćete možda trebati obaviti prije nego što počnete upotrebljavati
CFX Maestro Dx SE. To uključujenSpravljanje glavne mješavine za reakciju

nKalibriranje novih boja

Spravljanje glavne mješavine za reakciju
Uporabom značajke Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine) za CFX Maestro Dx SE možete
jednostavno izračunati potrebnu količinu svake komponente u vašoj glavnoj mješavini. Možete ispisati
tablicu izračuna glavne mješavine na zadani pisač i spremiti izračune za svaki cilj za kasniju upotrebu.

Spravljanje glavne mješavine za reakciju s pomoću značajke Master Mix Calculator(Kalkulator glavne mješavine)
1.

Da biste otvorili značajku Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine), učinite jedno od
sljedećeg:nOdaberite Tools (Alati) > Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine).

nKliknite Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine) na alatnoj traci.

Pojavljuje se značajka Master Mix Calculator (Kalkulator glavne mješavine).

Korisnički vodič | 73

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

2.

U odjeljku Reaction (Reakcija) odaberite metodu otkrivanja:n

SYBR® Green/EvaGreen®

n

Sonde

3.

Da biste izradili novi cilj u odjeljku Target (Cilj) kliknite Create New (Izradi novo). Na padajućem
popisu ciljeva pojavljuje se novi naziv cilja.

4.

(Opcionalno) Promjena zadanog naziva cilja:a.

Označite naziv cilja na padajućem popisu ciljeva.

b.

Upišite novi naziv cilja u okvir Target (Cilj).

c.

Pritisnite tipku Enter.

5.

Prilagodite početnu i krajnju koncentraciju za uzvodne i nizvodne početnice i sve sonde.

6.

U odjeljku Master Mix Setup (Postavljanje glavne mješavine) prilagodite vrijednosti zanbroj reakcija koje treba pokrenuti

74 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

nvolumen reakcije po jažici

nvolumen predloška po jažici

nkoncentraciju glavne mješavine po jažici

nvišak reakcijskog volumena po jažici.

7.

(Opcionalno) Izvedite korake 2–6 za onoliko ciljeva koliko je potrebno.

8.

U odjeljku Choose Target to Calculate (Odabir cilja za izračun) odaberite cilj za izračun.
Savjet: Istodobno možete izvesti izračun samo za jedan, nekoliko ili sve ciljeve.
Izračunati volumeni potrebnih komponenti za svaki odabrani cilj pojavljuju se u tablici glavne
mješavine.

9.

Kliknite Set as Default (Postavi kao zadano) da biste postavili unos količina u odjeljcima Target (Cilj) i
Master Mix Setup (Postavljanje glavne mješavine) kao nove zadane vrijednosti.

10. Kliknite OK (U redu) da biste spremili sadržaj dijaloškog okvira Master Mix Calculator (Kalkulator
glavne mješavine).

Ispis tablice izračuna glavne mješavineu

Da biste ispisali tablicu izračuna glavne mješavine, kliknite Print (Ispis).
Tablica izračuna ispisuje se na zadanom pisaču.

Spremanje tablice izračuna glavne mješavine u PDF formatuuPromijenite zadani pisač u PDF upravljački program i kliknite Print (Ispis) na značajci Master Mix
Calculator (Kalkulator glavne mješavine).

Brisanje ciljeva
uOdaberite cilj s pomoću padajućeg popisa ciljeva i kliknite Remove (Ukloni).
Važno: Uklanjanje cilja s popisa ciljeva također ga uklanja iz svih izračuna glavnih mješavina ukojima se upotrebljava. Budite pažljivi prilikom brisanja cilja.

Kalibriranje novih boja
Sustavi CFX Opus 96 Dx i CFX Opus Deepwell Dx tvornički su kalibrirani za fluorofore koji se najčešće
upotrebljavaju na pločicama s bijelim i prozirnim jažicama. Sustavi CFX Opus 384 Dx tvornički su kalibrirani
za fluorofore koji se najčešće upotrebljavaju isključivo na pločicama s bijelim jažicama. Tablica 6 navodi
fluorofore i kanale za koje je svaki uređaj kalibriran.

Korisnički vodič | 75

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Napomena: Sustavi CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx i CFX Opus Deepwell Dx također uključuju
kanal posvećen kemiji fluorescentnog rezonantnog prijenosa energije (eng. Fluorescence
Resonance Energy Transfer, FRET). Ovaj kanal ne zahtijeva kalibraciju za određene boje.
Važno: Ako provodite korisnički definiranu kalibraciju boje koja je tvornički kalibrirana, uređaj
upotrebljava korisničku kalibraciju umjesto tvorničke kalibracije.
Tablica 6. Tvornički kalibrirani fluorofori, kanali i uređaji

Fluorofori

Kanal

Ekscitacija, nm

Otkrivanje, nm

FAM, SYBR®

1450 – 490

515 – 530

Green IUređajSustavi CFX
Opus 96 Dx,
CFX Opus
384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515 – 535

560 – 580

Sustavi CFX

Fluor Gold 540,

Opus 96 Dx

Cal Fluor,CFX Opus

Orange 560

384 Dx i
CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas

3560 – 590

610 – 650

Sustavi CFX

Red, CAL Fluor

Opus 96 Dx,

Red 610, TEX

CFX Opus

615

384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

Cy5, Quasar

4620 – 650

675 – 690

670

Sustavi CFX
Opus 96 Dx,
CFX Opus
384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,

5

Cy5.5

672 – 684

705 – 730

Samo sustavi
CFX Opus 96
Dx

Kemija fluorescentnog rezonantnog prijenosa energije (FRET) (bez tvorničke kalibracije)

76 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

Fluorofori

Kanal

Ekscitacija, nm

Otkrivanje, nm

Boja bez

FRET

450 – 490

560 – 580

UređajSustavi CFX

tvorničke

Opus 96 Dx,

kalibracije

CFX Opus
384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

Kalibracija novih boja za sustave CFX
1.

U prozoru Home (Početno) odaberite ciljni uređaj u oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji).

2.

Odaberite Tools (Alati)> Calibration Wizard (Čarobnjak za kalibraciju) da biste otvorili čarobnjak Dye
Calibration (Kalibracija boje).

Fluorofori koji su već kalibrirani za ciljni uređaj pojavljuju se u tablici Calibrated Fluorophores(Kalibrirani fluorofori).
3.

U odjeljku Calibrate New or Existing Fluorophores (Kalibriranje novih ili postojećih fluorofora) s
padajućeg popisa odaberite fluorofor za kalibriranje.
Ako naziv fluorofora nije na popisu, upišite njegov naziv u tekstni okvir da biste ga dodali na popis.

Korisnički vodič | 77

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)Važno: Budite pažljivi kad imenujete prilagođene kalibrirane fluorofore. Ako izradite prilagođenu
kalibraciju boje za fluorofor s istim nazivom kao tvornički kalibrirani fluorofor, uređaj će prilikomizvođenja upotrebljavati prilagođeni fluorofor (a ne tvornički kalibrirani fluorofor).
4.

Odaberite vrstu ploče za fluorofor.
Ako vrsta ploče nije na popisu, upišite naziv u tekstni okvir da biste je dodali na popis.

5.

Odaberite kanal za fluorofor.

6.

Odaberite stupac pločice za fluorofor.

7.

(Opcionalno) Upišite boju koju želite povezati s fluoroforom.

8.

Kliknite Add to Plate (Dodaj na pločicu) da biste dodali fluorofor.

9.

(Opcionalno) Ponovite korake 3 – 8 da biste dodali svaki fluorofor koji namjeravate kalibrirati za
pločicu.

10. Kad završite s dodavanjem fluorofora, kliknite View Plate (Prikaz pločice) da biste otvorili prozor Pure
Dye Plate Display (Prikaz pločice s čistim bojama).
Upotrijebite ovaj prozor kao vodič za umetanje boja na pločicu.
11. Pripremite pločicu s 96 ili 384 jažice ili dubokim jažicama za kalibraciju boje:a.

U svaku jažicu pipetirajte otopinu boje prema uzorku prikazanom na Pure Dye Plate Display(Prikaz pločice s čistim bojama).

b.

Za svaki fluorofor napunite četiri jažice s 50 µl (pločica s 96 jažica ili dubokim jažicama), 30 µl(pločica s 384 jažice) otopine boje od 300 nM. Neka barem polovica pločice sadržava praznejažice.

c.

Zatvorite pločicu metodom brtvljenja koju ćete primjenjivati u eksperimentu.

12. Postavite kalibracijsku pločicu u blok i zatvorite poklopac.
13. U čarobnjaku Dye Calibration (Kalibracija boje) kliknite Calibrate (Kalibriraj), a zatim OK (U redu) dabiste potvrdili da je pločica u bloku.
14. Kada Softver CFX Maestro Dx, Security Edition dovrši postupak kalibracije, pojavljuje se dijaloški
okvir. Pritisnite Yes (Da) da biste završili kalibraciju i otvorili Dye Calibration Viewer (Preglednik za
kalibraciju boje).
15. Kliknite OK (U redu)da biste zatvorili prozor.

Postavljanje korisničkih postavki
Savjet: Nije potrebno izvršiti ove zadatke da biste upotrebljavali CFX Maestro Dx SE. Možete
sigurno preskočiti ovaj odjeljak ili izvršiti ove zadatke u bilo kojem trenutku.

78 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

Za CFX Maestro Dx SE svaki korisnik može prilagoditi svoje radno okruženje. Na primjer, u izborniku
Users (Korisnici) > User Preferences (Korisničke postavke) možete učiniti sljedeće:nPostaviti obavijest e-poštom o završetku izvođenja.
Napomena: Ova je značajka dostupna samo korisnicima čija je uloga dobila to pravo.
Pogledajte Upravljanje ulogama korisnika za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition na
stranici 43 za više informacija.

nPromijeniti zadane postavke zaolokaciju za spremanje datoteka

odatoteke za postavljanje izvođenja

oprefiks imenovanja datotekenPostaviti zadane parametre koji će se upotrebljavati pri stvaranju novog protokola i pločice.

n

Postaviti zadane parametre analize podataka i genske ekspresije.

nPrilagoditi zadane parametre kontrole kvalitete.

n

Prilagoditi parametre izvoza podataka.

U izborniku Tools (Alati) možete učiniti sljedeće:nIzraditi glavnu mješavinu.

nKalibrirati boje za određeni uređaj.

Napomena: Glavna mješavina i kalibracija boje dostupne su svima koji se prijave u softver.
Ovaj odjeljak objašnjava kako izvršiti ove zadatke.

Postavljanje obavijesti putem e-pošteMožete povezati CFX Maestro Dx SE na svoj poslužitelj odlazne e-pošte kako biste popisu korisnika
poslali obavijest o završetku izvođenja putem e-pošte. Također možete priložiti podatkovnu datoteku iizvješće o analizi popisu korisnika. Za uspostavljanje veze između CFX Maestro Dx SE i vašeg SMTP
poslužitelja pogledajte Povezivanje softvera Security Edition sa SMTP poslužiteljem na stranici 81.
Napomena: Sposobnost korisnika da pristupi značajkama za postavljanje e-pošte ovisi o ulozi
korisnika i dozvolama koje mu je dodijelio administrator. Za detalje o upravljanju korisnicima injihovim ulogama pogledajte Upravljanje ulogama korisnika za Softver CFX Maestro Dx, Security
Edition na stranici 43.

Korisnički vodič | 79

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Za postavljanje obavijesti putem e-pošte
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).
Pojavljuje se dijaloški okvir User Preferences (Korisničke postavke) i prikazana je kartica Email (Epošta).

Napomena: Primit ćete obavijest ako sustav otkrije da niste postavili valjani SMTP poslužitelj za
CFX Maestro Dx SE. Kliknite Configure Outgoing Email (Konfiguriraj odlaznu e-poštu) da biste
otvorili dijaloški okvir Options (Opcije) i konfigurirali SMTP poslužitelj e-pošte. Za više
informacija pogledajte Povezivanje softvera Security Edition sa SMTP poslužiteljem na stranici
81.
2.

U tekstni okvir To (Za) unesite adresu e-pošte svake osobe koju želite obavijestiti o završetku
izvođenja. Svi primatelji primit će poruku e-pošte nakon završetka izvođenja.
Napomena: Svaku adresu e-pošte morate unijeti u zaseban redak. Pritisnite tipku Enter ili
Return nakon svake adrese.

3.

(Opcionalno) U tekstni okvir CC (Kopija) upišite adresu e-pošte bilo kojeg primatelja kojem planirate
poslati kopiju svake obavijesti e-poštom.

4.

(Opcionalno) Prema zadanim postavkama svi primatelji primaju kopiju podatkovne datoteke kao
privitak. Odznačite ovaj potvrdni okvir ako ne želite priložiti kopiju podatkovne datoteke.

5.

(Opcionalno) Odaberite Attach Analysis Report (Priloži izvješće o analizi) da biste poruci e-pošte
priložili izvješće o analizi u PDF formatu.

6.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir User Preferences (Korisničke
postavke).

Napomena: Možda je moguće konfigurirati sustav za slanje obavijesti na vaš mobilni telefon putem
e-pošte, ovisno o pružatelju usluga. Obratite se svojem pružatelju mobilnih usluga i zatražite

80 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

konkretne informacije o adresi e-pošte vašeg mobilnog telefona. Unesite adresu e-pošte svojeg
telefona (na primjer, 5552221234@vas_pruzatelj_usluga_domenaeposte.net) u tekstni okvir To(Primatelj) na zaslonu User Preferences (Korisničke postavke).

Uređivanje adrese e-pošte primateljau

Po potrebi izmijenite adresu e-pošte i kliknite OK (U redu).

Uklanjanje primatelja e-pošte
1.

Odaberite primatelja e-pošte i pritisnite tipku Delete (Izbriši).

2.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

Povezivanje softvera Security Edition sa SMTP poslužiteljemVažno: Neki komercijalni pružatelji usluga web-pošte poboljšali su sigurnost e-pošte. Ako
upotrebljavate njihove račune, morate omogućiti postavku Allow less secure apps (Omogući manje
sigurne aplikacije) u njihovim postavkama računa da biste omogućili da CFX Maestro Dx SE šalje epoštu. Dodatne informacije potražite u sigurnosnim informacijama pružatelja usluga web-pošte.
Ako upotrebljavate SMTP poslužitelj Google Gmail ili Microsoft Office 365 za slanje e-pošte, obvezno
omogućite potvrdu u dva koraka i generirajte „lozinku za aplikaciju” u postavkama vašeg računa za Gmail
ili Office365. Za potrebe provjere autentičnosti u dijalogu za postavljanje e-pošte sustava Maestro u poljeza lozinku kopirajte pa zalijepite „lozinku za aplikaciju” umjesto uobičajene lozinke e-pošte.
CFX Maestro Dx SE treba uspostaviti vezu na vaš poslužitelj e-pošte kako bi softver mogao slati
obavijesti e-poštom.

CFX Maestro Dx SE i povezivanje na poslužitelj za e-poštu
1.

Učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) i kliknite Configure
Outgoing Email (Konfiguriraj odlaznu e-poštu) na kartici E-mail (E-pošta).

nOdaberite Tools (Alati) > Options (Opcije).

Pojavit će se dijaloški okvir Options (Opcije) koji prikazuje karticu E-mail (E-pošta).

Korisnički vodič | 81

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

2.

Navedite sljedeće podatke za svoju tvrtku:n

SMTP server name (Naziv SMTP poslužitelja) – naziv poslužitelja za odlaznu e-poštu u vašoj
tvrtki.

nPort – broj porta vašeg SMTP poslužitelja. To je obično 25.

n

Use SSL (Upotrijebite opciju SSL) – opcija Secure Sockets Layer (SSL). Neki SMTP poslužitelji
zahtijevaju ovu postavku. Ako to nije potrebno u vašoj tvrtki, odznačite ovaj okvir.

n

Use Default „From” Address (Upotrijebite zadanu adresu za polje „Od”) – naziv poslužitelja za
e-poštu u vašoj tvrtki. Neki SMTP poslužitelji zahtijevaju da sva poslana e-pošta ima adresu za
polje „Od” koja dolazi s određene domene, na primjer, ime@VašaTvrtka.com. Ako je to slučaj,
odznačite ovaj potvrdni okvir i navedite valjanu adresu e-pošte.

nAuthentication Required (Potrebna provjera autentičnosti) – ako vaše web-mjesto zahtijeva
provjeru autentičnosti računa, provjerite je li označen ovaj potvrdni okvir.

nUser name (Korisničko ime) – naziv provjerenog računa. To je potrebno samo ako je odabran
potvrdni okvir Authentication Required (Potrebna provjera autentičnosti).

82 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

n

Password (Lozinka) – lozinka za provjereni račun. To je potrebno samo ako je odabran potvrdni
okvir Authentication Required (Potrebna provjera autentičnosti).

Važno: Ako upotrebljavate SMTP poslužitelj Google Gmail ili Microsoft Office 365 za slanje epošte, obvezno omogućite potvrdu u dva koraka pa generirajte „lozinku za aplikaciju” upostavkama vašeg računa za Gmail ili Office365. Za potrebe provjere autentičnosti u dijalogu za
postavljanje e-pošte sustava Maestro u polje za lozinku sustava CFX Maestro Dx SE kopirajte
pa zalijepite „lozinku za aplikaciju” umjesto uobičajene lozinke e-pošte.
Da biste provjerili jesu li postavke SMTP poslužitelja točne, u tekstni okvir Test Email Address (Ispitaj
adresu e-pošte) unesite valjanu adresu e-pošte i kliknite Test Email (Ispitaj e-poštu).
Napomena: Neki SMTP poslužitelji ne dopuštaju privitke, a drugi dopuštaju privitke samo doodređene veličine. Ako planirate e-poštom slati podatkovne datoteke i/ili izvješća s pomoću CFX
Maestro Dx SE, odaberite Test Attachment (Ispitaj privitak) i postavite Attachment Size in MB(Veličina privitka u MB) na 5 megabajta (MB) ili više.
3.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Promjena zadanih postavki datoteka
Na kartici Files (Datoteke) u dijaloškom okviru User Preference (Korisničke postavke) možete promijenitinzadanu lokaciju za spremanje datoteka za CFX Maestro Dx SE

nzadane datoteke za postavljanje izvođenja

nzadane parametre za imenovanje datoteka.

Za promjenu zadanih postavki datoteke
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu Files (Datoteke).

Korisnički vodič | 83

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

3.

U odjeljku Default Folder for File Creation (Zadana mapa za stvaranje datoteka) idite na i odaberite
zadanu mapu u koju želite spremiti nove datoteke. Za svaku vrstu datoteke možete odabrati različitu
lokaciju:nProtocol (Protokol)nPlate (Pločica)n

Data File (Podatkovna datoteka)nGene Study (Genetička studija)

4.

U odjeljku File Selection for Run Setup (Odabir datoteke za postavljanje izvođenja) idite na ciljni
protokol i datoteke pločica koje će se pojaviti kada otvorite prozor Experiment Setup (Postavljanjeeksperimenta) i odaberite ih.

5.

U odjeljku Data File (Podatkovna datoteka) definirajte prefiks i/ili sufiks za podatkovne datoteke. Za
bilo koji dio odaberite novu vrijednost s padajućeg popisa. U tekstne okvire Prefix (Prefiks) i Suffix(Sufiks) također možete unijeti prilagođene vrijednosti prefiksa i sufiksa.
CFX Maestro Dx SE prikazuje pretpregled naziva datoteke ispod okvira za odabir.

6.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

84 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

Postavljanje zadanih parametara protokola
Postavljanje zadanih parametara protokola za Protocol Editor (Uređivač protokola) i
Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola)
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu Protocol (Protokol).

3.

U odjeljku Protocol Editor (Uređivač protokola) navedite vrijednosti za sljedeće postavke koje se
pojavljuju u Protocol Editor (Uređivač protokola):

4.

5.

n

Sample volume (Volumen uzorka) – volumen svakog uzorka u jažicama (u μl).

n

Lid Shutoff temperature (Temperatura isključivanja poklopca) – temperatura u ºC na kojoj se
grijač poklopca isključuje tijekom izvođenja.

U odjeljku Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola) navedite vrijednosti za sljedeće
postavke koje se pojavljuju u Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola):nAnnealing temperature (Temperatura za komplementarno sparivanje) – temperatura u ºC za
eksperimente u kojima se upotrebljavaju DNK polimeraza iProof, DNK polimeraza iTaq ili druge
polimeraze.

nAmplicon length (Duljina produkta umnažanja) – duljina produkta umnažanja u bp.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Korisnički vodič | 85

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

Postavljanje zadanih parametara pločice
Promjene koje izvršite na kartici Plate (Pločica) dostupne su svim korisnicima softvera. Promjene koje
izvršite tijekom postavljanja pločice dostupne su korisnicima nakon što spremite i zatvorite datoteku
pločice.
U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) možete učiniti sljedeće:nPostaviti zadane parametre pločice.

n

Dodati nove nazive cilja, uzorka i bioloških skupina u odgovarajuće biblioteke.

n

Izbrisati nazive cilja, uzorka i bioloških skupina u odgovarajućim bibliotekama.

Za postavljanje zadanih parametara pločice
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu Plate (Pločica).

86 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

3.

Navedite vrijednosti za sljedeće postavke za novu datoteku pločice. Te se vrijednosti pojavljuju uprozoru Plate Editor (Uređivač pločice):n

Plate Type (Vrsta pločice)nPlate Size (Veličina pločice)nUnits (Jedinice) – koncentracija početnog predloška za jažice koje sadržavaju standardne
otopine.
CFX Maestro Dx SE upotrebljava ove jedinice za stvaranje standardne krivulje na kartici Data
Analysis Quantification (Kvantifikacija analize podataka).

4.

nScientific notation (Znanstveni zapis) – kad je odabran, CFX Maestro Dx SE prikazuje jedinicekoncentracije u znanstvenom zapisu.

nScan mode (Način skeniranja) – broj ili vrsta kanala za skeniranje tijekom izvođenja.

nFluorophores (Fluorofori) – zadani fluorofori koje se pojavljuju na kontrolama za umetanjejažica prozora Plate Editor (Uređivač pločice).

n

Libraries (Biblioteke) – nazivi cilja, uzorka i bioloških skupina koje obično upotrebljavate usvojim eksperimentima:oTarget names (Nazivi ciljeva) – nazivi ciljnih gena i sekvenci.

oSample names (Nazivi uzoraka) – nazivi eksperimentalnih uzoraka ili identifikacijska
karakteristika uzoraka (na primjer, Miš1, Miš2, Miš3).

oBiological group names (Nazivi bioloških skupina) – nazivi za skupine sličnih uzoraka koji
imaju isti status ili uvjete liječenja (na primjer, 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Dodavanje novih naziva cilja, uzorka i bioloških skupinau

U odgovarajući okvir biblioteke unesite nazive cilja, uzorka i bioloških skupina i kliknite OK (U redu).

Brisanje naziva cilja, uzorka i bioloških skupinau

U odgovarajućem okviru biblioteke odaberite naziv i pritisnite tipku Delete (Izbriši), a zatim kliknite OK(U redu).

Važno: Nazivi koje uklonite iz biblioteke uklanjaju se iz softvera i više nisu dostupni korisnicima. Da
biste vratili zadane vrijednosti naziva za CFX Maestro Dx SE, kliknite Restore Defaults (Vrati zadane
postavke). Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada brišete zadana imena za CFX Maestro Dx SE i kada kliknete ovaj
gumb.

Korisnički vodič | 87

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Postavljanje zadanih parametara za analizu podataka
Postavljanje zadanih parametara za analizu podataka
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu Data Analysis (Analiza
podataka).

3.

U odjeljku Analysis mode (Način analize) odaberite način na koji ćete analizirati podatke(Fluorophore (Fluorofor) ili Target (Cilj)).

4.

U odjeljku PCR Quantitation (Određivanje PCR-a) postavite zadane parametre za sljedeće opcije:nBaseline Setting (Postavljanje osnovne vrijednosti) – osnovna metoda za način analize.

n

Cq Determination Mode (Način određivanja Cq) – način u kojem se izračunavaju vrijednosti Cq
za svaki trag fluorescencije (regresija ili pojedinačni prag).

nThreshold Calc. Mode (Način izračuna praga) – ciljni iznos krajnje točke.
Zadana postavka je Auto (Automatski). Odnosno, softver automatski izračunava cilj krajnje
točke. Da biste postavili određeni prag, odznačite potvrdni okvir Auto (Automatski) i unesite
iznos krajnje točke izračunat u relativnim jedinicama fluorescencije (eng. relative fluorescence

88 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

units, RFU). Maksimalna vrijednost je 65.000,00 RFU. Podatkovne datoteke za sljedećaizvođenja upotrebljavat će ovu postavku praga.
nBaseline Calc. Mode (Način izračuna osnovne vrijednosti) – osnovna vrijednost za sve tragove.
Zadana postavka je Auto (Automatski). Odnosno, softver automatski izračunava osnovnu
vrijednost za sve tragove. Da biste postavili određenu osnovnu vrijednost, odznačite potvrdni
okvir Auto (Automatski) i unesite minimalne i maksimalne vrijednosti za raspon ciklusa (od 1 do9999). Podatkovne datoteke za sljedeća izvođenja upotrebljavat će ovaj raspon ciklusa.

n5.

Log View (Prikaz zapisnika) – određuje kako softver prikazuje podatke o pojačanju:o

On (Uključeno) – podaci o pojačanju prikazuju se u polulogaritamskom grafikonu.

o

Off (Isključeno) – (zadano) podaci o pojačanju prikazuju se u linearnom grafikonu.

U odjeljku End Point (Krajnja točka) odaberite broj završnih ciklusa za uprosječivanje pri
izračunavanju izračuna krajnje točke:n

PCR – broj završnih ciklusa za uprosječivanje za podatke kvantifikacije (zadana vrijednost je 5).

nEnd-Point Only Run (Izvođenje samo krajnje točke) – prosječni broj završnih ciklusa za
podatke krajnje točke (zadana vrijednost je 2).

6.

U odjeljku Melt Curve (Krivulja taljenja) odaberite vrstu vršne vrijednosti za otkrivanje (pozitivnu ili
negativnu).

7.

U odjeljku Well Selector (Birač jažica) odaberite način prikazivanja oznaka jažica (prema vrsti uzorka,
nazivu cilja ili nazivu uzorka).

8.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

Korisnički vodič | 89

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Postavljanje zadanih parametara genske ekspresije za podatkovne datoteke
Za postavljanje zadanih parametara genske ekspresije za podatkovne datoteke
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu Gene Expression(Genska ekspresija).

3.

Navedite vrijednosti za sljedeće postavke:n

Relative to (U odnosu na) – prikazuje podatke o genskoj ekspresiji u odnosu na kontrolu (kojakreće od 1) ili nulu:oZero (Nula) – softver ignorira kontrolu. To je zadana postavka kada u prozoru ExperimentSettings (Postavke eksperimenta) nije dodijeljen kontrolni uzorak.

oControl (Kontrola) – softver izračunava podatke u odnosu na kontrolni uzorak dodijeljen u
prozoru Experiment Setup (Postavljanje eksperimenta).

nX-axis (Os X) – prikazuje uzorak ili cilj na osi X.

nY-axis (Os Y) – prikazuje linearnu, log2 ili log10 ljestvicu na osi Y.

nScaling (Skaliranje) – opcija skaliranja za grafikon (zadana opcija je bez skaliranja):oHighest (Najviša) – softver skalira grafikon na najvišu podatkovnu točku.

oLowest (Najniža) – softver skalira grafikon na najnižu podatkovnu točku.

oUnscaled (Neskalirano) – softver prikazuje neskalirane podatke na grafikonu.

nMode (Način) – način analize, bilo relativna kvantifikacija (∆Cq) ili normalizirana ekspresija(∆∆Cq).

nError Bar (Traka pogrešaka) – varijabilnost podataka predstavljena je kao standardno
odstupanje (Std. Dev.) ili standardna pogreška srednje vrijednosti (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Množitelj trake pogrešaka) – množitelj standardnog odstupanja koji se
upotrebljava za izradu grafičkog prikaza trake pogrešaka (zadana je vrijednost 1).
Množitelj možete povećati na 2 ili 3.

nSample Types to Exclude (Vrste uzoraka koje treba izuzeti) – vrste uzoraka koje treba izuzeti
iz analize.
Možete odabrati jedan ili više uzoraka koje ćete izuzeti iz analize. Da biste izuzeli sve vrste
uzoraka, odznačite potvrdne okvire svih odabranih vrsta uzoraka.

4.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

90 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

Prilagođavanje pravila za kontrole kvalitete
Za CFX Maestro Dx SE možete postaviti pravila za kontrolu kvalitete koja se primjenjuju na podatke u
prozoru Data Analysis (Analiza podataka). Softver provjerava valjanost podataka u skladu s pravilima
koja ste postavili.
Napomena: Prema zadanim postavkama omogućena su sva pravila za kontrolu kvalitete.
Savjet: Jažice koje ne odgovaraju parametrima kontrole kvalitete možete jednostavno isključiti iz
analize u modulu za kontrolu kvalitete prozora Data Analysis (Analiza podataka).

Prilagodba pravila za kontrolu kvalitete
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu QC (Kontrolakvalitete).

Korisnički vodič | 91

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

Gdje je:

3.

4.

n

NTC – bez kontrole predloškan

NRT – nema kontrole reverzne transkriptazenEfficiency (Učinkovitost) – učinkovitost reakcijen

Std Curve R^2 (Standardna krivulja R^2) – R kvadratna vrijednost za standardnu krivulju

nReplicate group Cq Std Dev (Standardno odstupanje skupine replika Cq) – standardno
odstupanje izračunato za svaku skupinu replika

Za svako pravilo kontrole kvalitete učinite jedno od sljedećeg:n

Da biste upotrijebili njegovu zadanu vrijednost, nemojte ništa raditi.

nDa biste promijenili njegovu vrijednost, kliknite tekstni okvir Value (Vrijednost), unesite novu
vrijednost i pritisnite tipku Enter.

nDa biste onemogućili pravilo, odznačite njegov potvrdni okvir Use (Upotrijebi).

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

Prilagođavanje parametara za izvoz podatakaMožete izvesti podatke za CFX Maestro Dx SE u sljedećim formatima:ntekst (.txt)n

CSV (.csv)

ndatoteka programa Excel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Važno: na vašem računalu mora biti instaliran Microsoft Excel kako biste mogli izvesti podatke u
proračunsku tablicu Microsoft Excel.
Možete odrediti vrstu podataka za izvoz i prilagoditi izlaz izvezenih podataka.

92 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prije početka

Za prilagođavanje parametara za izvoz podataka
1.

Odaberite User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) da biste otvorili dijaloški okvir
User Preferences (Korisničke postavke).

2.

U dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke postavke) odaberite karticu Custom Export(Prilagođeni izvoz).

3.

Na padajućem popisu Export Format (Format izvoza) odaberite format za izvoz podataka.

4.

U odjeljku Data to Export (Podaci za izvoz) označite ili odznačite potvrdne okvire za vrstu podataka
za izvoz. Odabrane se stavke pojavljuju u okviru s popisom Exported Columns (Izvezeni stupci).
Napomena: Prema zadanim postavkama, podaci o izvođenju uključeni su u zaglavlje.
Odznačite ovaj potvrdni okvir ako ne želite da se uključuju podaci o izvođenju.

5.

Možete promijeniti redoslijed prikaza izlaza odabranih stavki.
U okviru s popisom Exported Columns (Izvezeni stupci) istaknite stavku, a zatim kliknite gumbe sa
strelicama lijevo od popisa da biste je pomaknuli prema gore ili dolje.

6.

Po želji možete promijeniti nazive izlaznih stupaca odabranih stavki:a.

Kliknite Customize Column Names (Prilagodi nazive stupaca).
Pojavljuje se dijaloški okvir Column Name Customizer (Prilagoditelj naziva stupca).

Korisnički vodič | 93

Poglavlje 6 Prozor Home (Početno)

7.

b.

Za svaki zadani naziv stupca koji želite promijeniti upišite novi naziv u njegovo polje Custom
Name (Prilagođeni naziv).

c.

Učinite jedno od sljedećeg:nKliknite OK (U redu) za spremanje promjena i povratak na karticu Custom Export(Prilagođeni izvoz). Novi se naziv pojavljuje u zagradama pored zadanog naziva stupca uokviru s popisom Exported Columns (Izvezeni stupci).

n

Kliknite Cancel (Odustani) da biste obrisali promjene i vratili se na karticu Custom Export(Prilagođeni izvoz).

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

Važno: Klikom na Restore Defaults (Vrati zadane postavke) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke) sve postavke na svim karticama ponovno se postavljaju na izvorne tvorničke
postavke. Budite pažljivi kada kliknete ovaj gumb.

94 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 7 Postavljanje protokola
Protokol je niz koraka koji se izvršavaju u određenom slijedu. Softver CFX Maestro Dx, Security Editionsadržava sve korake koji su povezani s opcijama u uređaju. Na primjer, koraci upućuju uređaj dakontrolira temperaturu bloka i poklopca, primijeni temperaturnu razliku na blok, uzme očitavanje s pločice
ili izvrši analizu krivulje taljenja. Svaka je opcija određena za različite tipove pločica i izvođenja.
CFX Maestro Dx SE pruža dvije opcije za postavljanje protokola: Protocol Editor (Uređivač protokola) i
Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola).
Značajke opcije Protocol Editor (Uređivač protokola) uključuju sljedeće:nstandardne kontrole protokola za brzo postavljanje protokola,nsposobnost brzog izračuna gradijenta za odabrani broj redaka,nsposobnost brzog izračunavanja vremena izvođenja za odabranu vrstu pločice,nsposobnost uređivanja koraka protokola,nsposobnost spremanja protokola za ponovnu upotrebu,nmogućnost ispisa protokola na zadani pisač.

Program Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola) automatski generira prilagođeni PCR
protokol s vrućim pokretanjem, početnim denaturiranjem, komplementarnim sparivanjem i produljenjem
koraka upotrebom parametara koje navedete. Zatim možete pregledati grafički prikaz predloženog
protokola i urediti, pokrenuti ili spremiti protokol.

Korisnički vodič | 95

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Parametri i rasponi za korake protokola
Upotrijebite podatke koje navodi Tablica 7 za izmjenu zadanih postavki za korake u vašem protokolu.

Koraci temperature
Ciljna temperatura je vrijednost između 4,0 i 100,0 °C, postavljena u desetinkama stupnja. Sustav postiže
ciljnu temperaturu i zadržava tu vrijednost određeno vrijeme (vrijeme zadržavanja).

Koraci gradijenta
Raspon gradijenta je razlika između donje i gornje temperature u koraku gradijenta. Maksimalni dopušten
raspon je 24 °C. Donja temperatura je vrijednost između 30,0 i 99,0 °C postavljena u desetinkama
stupnja. Maksimalna gornja temperatura je 100 °C. Termocikler postiže temperaturu do ciljnog
temperaturnog gradijenta preko bloka i zadržava tu temperaturu određeno vrijeme zadržavanja.
Važno: Uređaj izračunava vrijednost gradijenta. Kada u gornje i donje polje kalkulatora gradijenta
unesete vrijednost, softver automatski izračunava i dodjeljuje temperature za preostala polja. Kada
unesete temperaturu u bilo koje polje između gornjeg i donjeg polja, uređaj automatski izračunava
preostala polja. Ne možete ručno unijeti vrijednost temperature u svako polje.
Tablica 7. Parametri i rasponi za korake protokola

Parametar

RasponOpisstopa promjenen Za sustave CFX Opus 96 Dx :Upućuje termocikler da u tom koraku

temperature

0,1 – 5 °C u sekundin Za sustave CFX Opus 384 Dx :0,1 – 2,5 °C u sekundi

promijeni na ciljnu temperaturu zadanom
stopom.
Dostupno samo za korake temperature.

n Za sustave CFX Opus DeepwellDx :0,1 – 2,5 °C u sekundi
Increment

Broj od -10,0 do 10,0 °C po ciklusu

Upućuje termocikler da promijeni ciljnu(Promjena)u desetinkama stupnja

temperaturu koraka sa svakim ciklusom,
gdje pozitivan broj povećava temperaturu, anegativan smanjuje temperaturu.
Dostupno samo za korake temperature.

96 | Softver CFX Maestro Dx SE

Parametri i rasponi za korake protokola

Tablica 7. Parametri i rasponi za korake protokola, nastavak

Parametar

RasponOpis

ExtendVrijeme od -60 do 60 sekundi po

Upućuje termocikler da promijeni vrijeme(Produljenje)

ciklusuzadržavanja sa svakim ciklusom. Pozitivan
broj povećava vrijeme zadržavanja, anegativan broj smanjuje vrijemezadržavanja.
Dostupno za korak temperature i korak
gradijenta.

Beep (Zvučni(Nema parametara)

signal)Upućuje termocikler da emitira zvučni
signal da je termocikler dostigao ciljnu
temperaturu za taj korak.
Dostupno samo za korake temperature.

Plate read
(Očitanje ploče)(Nema parametara)

Upućuje termocikler da odabranom koraku
doda očitanu ploču.
Dostupno za korak temperature i korak
gradijenta.

Korisnički vodič | 97

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)
Upotrijebite Protocol Editor (Uređivač protokola) za postavljanje, otvaranje, pregled i uređivanje
protokola. Prema zadanim postavkama, Protocol Editor (Uređivač protokola) prikazuje generički protokol
u dva koraka u stvarnom vremenu za pločicu s 96 jažica.

LEGENDA
1.

Traka izbornika omogućuje brzi pristup naredbama izbornika File (Datoteka), Settings(Postavke) i Tools (Alati).

2.

Alatna traka omogućuje brzi pristup spremanju i ispisu protokola, određivanju mjesta zaumetanje koraka, postavljanju volumena uzorka i pregledavanju procijenjenog vremenaizvođenja protokola.

3.

Glavno okno prikazuje grafički prikaz protokola.

4.

Donje okno prikazuje raspored protokola.

5.

Lijevo okno prikazuje kontrole protokola koje možete dodati za prilagodbu protokola.

Naredbe izbornika File (Datoteka)
Save (Spremi) – sprema trenutni protokol.

98 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)

Save As (Spremi kao) – sprema trenutni protokol s novim nazivom ili na novom mjestu.
Lozinke datoteke (File Passwords) – omogućuje korisnicima postavljanje lozinki za spremanje
datoteka i otvaranje datoteka.
Savjet: Za više informacija pogledajte Zaštita datoteka lozinkom na stranici 50.
Close (Zatvori) – zatvara program Protocol Editor (Uređivač protokola).

Naredba izbornika Settings (Postavke)
Lid Settings (Postavke poklopca) – otvara dijaloški okvir Lid Setting (Postavke poklopca) u kojemmožete promijeniti ili postaviti temperaturu poklopca.

Naredbe izbornika Tools (Alati)
Gradient Calculator (Kalkulator gradijenta) – otvara dijaloški okvir iz kojeg možete odabrati vrstu bloka
za korak gradijenta. Zadana vrijednost je 96 jažica.
Run time Calculator (Kalkulator vremena izvođenja) – otvara dijaloški okvir iz kojeg možete odabrati
vrstu pločice i način skeniranja kako biste izračunali procijenjeno vrijeme rada u prozoru Run Setup(Postavljanje izvođenja). Zadana je vrijednost 96 jažica, svi kanali.

Naredbe na alatnoj traci– sprema trenutnu datoteku protokola.

– ispisuje odabrani prozor.

– upotrijebite ovu naredbu za odabir mjesta gdje ćete umetnuti korake u odnosu
na trenutno odabrani korak.

– upotrijebite ovu naredbu za unos volumena uzorka u µl. Količine uzoraka
razlikuju se ovisno o vrsti bloka:n

Za blok s 96 jažica raspon je 0 – 50 µl.

nZa blok s 384 jažice raspon je 0 – 30 µl.

nZa blok s 96 dubokih jažica raspon je 0 – 125 µl.

Korisnički vodič | 99

Poglavlje 7 Postavljanje protokola– prikazuje procijenjeno vrijeme izvođenja na temelju koraka protokola, stope
povećanja i vrste odabranog bloka.

– prikazuje informacije izbornika Help (Pomoć) o protokolima.

Kontrole za uređivanje protokola
Lijevo okno prozora programa Protocol Editor (Uređivač protokola) sadržava kontrole koje možete
upotrijebiti za postavljanje protokola.
Svaka se kontrola sastoji od niza parametara koji predstavljaju korak u protokolu. Svaki parametarmožete prilagođavati, dodavati ili ga uklanjati kako biste prilagodili svoj protokol. Ovaj odjeljak opisuje
opcije svake kontrole.
nInsert Step (Umetni korak) – ubacuje korak prije ili nakon odabranog
koraka. Vrijednosti temperature i vremena zadržavanja možete urediti na
grafičkom prikazu protokola ili u rasporedu protokola.

nInsert Gradient (Umetni gradijent) – ubacuje korak gradijenta na
temelju vrste bloka jažice odabrane u kalkulatoru gradijenta. Raspon
gradijenta možete urediti u okviru Gradient (Gradijent) koji se pojavljuje
kad se umetne korak gradijenta.

n

Insert GOTO (Umetni GOTO) – ubacuje korak ciklusa (petlje) koji
informira softver da ponavlja određene korake u nizu za određeni broj
ciklusa. Ponavljanja započinju nakon završetka prvog ciklusa. Na
primjer, možete obavijestiti softver da izvede 39 ponavljanja koraka 2. –4. Nakon konačnog ponavljanja, softver će izvesti korake 2. – 4. ukupno 40 puta. Možete urediti
korak povratka (GOTO) i broj ciklusa bilo na grafičkom prikazu ili u rasporedu protokola.
nInsert Melt Curve (Umetni krivulju taljenja) – ubacuje korak očitavanja krivulje taljenja.

nInsert Plate Read to Step (Umetni očitavanje pločice u korak) – dodaje naredbu za očitavanje
pločice odabranom koraku. Očitavanjem pločice mjeri se količina fluorescencije na kraju ciklusa.
Korak očitavanja pločice općenito je zadnji korak u GOTO petlji.
Savjet: nakon što koraku dodate naredbu za očitavanje pločice, gumb se mijenja u Remove
Plate Read (Ukloni očitavanje pločice) kad odaberete korak.

100 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)nRemove Plate Read (Ukloni očitavanje pločice) – uklanja naredbu za očitavanje pločice izodabranog koraka.
Savjet: Nakon što iz koraka uklonite naredbu za očitavanje pločice, gumb se mijenja u Add Plate
Read to Step (Dodaj očitavanje pločice u korak) kad odaberete korak.

n

Step Options (Opcije koraka) – otvara dijaloški okvir Step Options (Opcije koraka) i prikazuje opcije
dostupne za odabrani korak. Za više informacija pogledajte Opcije koraka na stranici 102.
Savjet: opciji Step Options (Opcije koraka) možete pristupiti i desnim pritiskom miša na korak na
grafičkom zaslonu.

nDelete Step (Izbriši korak) – briše odabrani korak iz protokola.

Korisnički vodič | 101

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Opcije koraka
Otvorite dijaloški okvir Step Options (Opcije koraka) da biste pregledali opcije koje možete dodati,
promijeniti ili ukloniti iz koraka.

nPlate Read (Očitavanje pločice) – kad je odabrano, koraku dodaje očitavanje pločice.

nTemperature (Temperatura) – postavlja ciljanu temperaturu za odabrani korak.

n

Gradient (Gradijent) – postavlja raspon gradijenta za korak; raspon je 1–24 °C.
Napomena: gradijent se izvodi s najnižom temperaturom u prednjem dijelu bloka (na ovoj slici
red H) i najvišom temperaturom u stražnjem dijelu bloka (na ovoj slici red A).

n

Increment (Povećanje) – količina za povećanje (ili smanjenje) temperature odabranog koraka; ta se
vrijednost dodaje ciljanoj temperaturi sa svakim ciklusom. Raspon je ± 0,1–10 °C.
Napomena: da biste smanjili temperaturu, unesite znak minus (–) prije numeričke vrijednosti(na primjer, –5 °C).

n

Ramp Rate (Stopa povećanja) - stopa povećanja za odabrani korak; stopa ovisi o veličini bloka.

nTime (Vrijeme) – vrijeme zadržavanja za odabrani korak.

102 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Protocol Editor (Uređivač protokola)nExtend (Proširi) – vrijeme (u sekundama) za produženje ili smanjenje odabranog koraka; ova se
opcija dodaje vremenu zadržavanja u svakom ciklusu; raspon je ± 1–60 sekunda.

nBeep (Zvučni signal) – kad je odabran, tijekom koraka oglašava se zvučni signal.
Savjet: kada unesete broj koji je izvan raspona opcija, softver mijenja broj u najbliži unos unutar
raspona.

Korisnički vodič | 103

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač
protokola)
S pomoću Protocol Editor (Uređivač protokola) možete stvoriti prilagođene datoteke protokola. Također
možete uređivati i spremati prethodno spremljene datoteke protokola ili datoteke protokola uzorka
isporučene uz CFX Maestro Dx SE.
Da biste stvorili novu datoteku protokola, učinite nešto od sljedećeg:nOtvorite datoteke protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola).
Savjet: Otvorite postojeći protokol u programu Protocol Editor (Uređivač protokola).

n

Postavite novi protokol.

n

Dodajte korake protokolu iz okna za kontrolu protokola.

n

Uredite svojstva koraka.

nSpremite protokol.

Savjet: da biste stvorili novi protokol iz prethodno spremljenog protokola ili datoteke protokola
uzorka, pogledajte Otvaranje postojećeg protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)na stranici 106.

Otvaranje nove datoteke protokola u programu Protocol Editor(Uređivač protokola)
CFX Maestro Dx SE nudi više mogućnosti za otvaranje nove datoteke protokola:niz izbornika File (Datoteka) u prozoru Home (Početno)niz dijaloškog okvira Run Setup (Postavljanje izvođenja) u prozoru Home (Početno)niz dijaloškog okvira Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) u prozoru Home (Početno).

Za otvaranje nove datoteke protokola s izbornika File (datoteka)u

U prozoru Home (Početno) odaberite File (Datoteka) > New (Novo) > Protocol (Protokol).
Otvara se prozor Protocol Editor (Uređivač protokola) koji prikazuje zadanu datoteku protokola.
Savjet: Za informacije o postavljanju zadanog protokola pogledajte Promjena zadanih postavki
datoteka na stranici 83.

104 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)Za otvaranje novog protokola iz dijaloškog okvira Run Setup (Postavljanje izvođenja)
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg da biste otvorili dijaloški okvir Run Setup(Postavljanje izvođenja):nOdaberite Run (Izvođenje) > User-defined Run (Korisnički definirano izvođenje)nPritisnite User-defined Run Setup (Postavljanje korisnički definiranog izvođenja) na alatnoj traci.

Dijaloški okvir Run Setup (Postavljanje izvođenja) otvara se u kartici Protocol (Protokol) i prikazuje
vašu zadanu datoteku protokola.
2.

Kliknite Create New (Izradi novi).
Otvara se prozor Protocol Editor (Uređivač protokola) koji prikazuje zadani protokol u stvarnom
vremenu.

Za otvaranje nove datoteke protokola iz programa Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg da biste otvorili program Startup Wizard(Čarobnjak za pokretanje):
nOdaberite View (Pogled) > Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje).

nPritisnite Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) na alatnoj traci.

2.

Ako je potrebno, na padajućem popisu odaberite vrstu uređaja.

3.

Pritisnite User-defined run (Korisnički definirano izvođenje) kao tip izvođenja.
Dijaloški okvir Run Setup (Postavljanje izvođenja) otvara se u kartici Protocol (Protokol) i prikazuje
zadanu datoteku protokola.

4.

Kliknite Create New (Izradi novi).
Otvara se prozor Protocol Editor (Uređivač protokola) koji prikazuje zadani protokol u stvarnom
vremenu.

Za otvaranje novog protokola iz izbornika Run (Izvođenje)
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg da biste otvorili dijaloški okvir Run Setup(Postavljanje izvođenja):nOdaberite Run (Izvođenje) > User-defined Run (Korisnički definirano izvođenje)nPritisnite User-defined Run Setup (Postavljanje korisnički definiranog izvođenja) na alatnoj traci.

Dijaloški okvir Run Setup (Postavljanje izvođenja) otvara se u kartici Protocol (Protokol) i prikazuje
vašu zadanu datoteku protokola.
2.

Kliknite Create New (Izradi novi).

Korisnički vodič | 105

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Otvara se prozor Protocol Editor (Uređivač protokola) koji prikazuje zadani protokol u stvarnom
vremenu.

Otvaranje postojećeg protokola u programu Protocol Editor(Uređivač protokola)
CFX Maestro Dx SE pruža datoteke protokola uzorka koje možete uređivati i spremati kao prilagođene
nove protokole. Također možete stvoriti novi protokol od postojećeg prilagođenog protokola.

Za otvaranje datoteke protokola uzorka
1.

U prozoru Home (Početno) odaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > Protocol (Protokol).
Prema zadanim postavkama, Windows Explorer otvara se na lokaciji u mapi datoteka Sample(Uzorak) CFX Maestro Dx SE.

2.

Otvorite mapu datoteka Sample (Uzorak). Prikazat će vam se sljedeće mape:nConventionalProtocols (Konvencionalni protokoli) – sadržava primjere datoteka protokola
za tradicionalnu PCR analizu.

n

DataFiles (datoteke podataka) – sadržava primjere datoteka podataka koje možete upotrijebiti
za istraživanje značajki programa CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration (Kalibracija taljenja) – sadržava primjere datoteka protokola za upotrebu sa
softverom Precision Melt Analysis Bio-Rad (Analiza preciznosti taljenja).

nPlates (Pločice) – sadržava primjere datoteka pločica.

n

RealTimeProtocols (Protokoli u stvarnom vremenu) - sadržava primjere datoteka protokola
za PCR analizu u stvarnom vremenu.

3.

Otvorite mapu protokola za vrstu izvođenja koje planirate izvesti, bilo ConventionalProtocols(Konvencionalni protokoli) ili RealTimeProtocols (Protokoli u stvarnom vremenu).

4.

Odaberite protokol po želji i pritisnite Open (Otvori).
Protokol uzorka otvara se u prozoru Protocol Editor (Uređivač protokola).

5.

Odaberite File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) i spremite protokol pod novim nazivom ili u novu
mapu.

Za otvaranje postojećeg protokola
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > Protocol (Protocol) i dođite do ciljnog protokola iodaberite ga te pritisnite Open (Otvori).

106 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)nOtvorite program Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) i učinite jedno od sljedećeg:oDa biste uredili prikazani protokol, Pritisnite Edit Selected (Uredi odabrano).

o

Da biste uredili postojeći protokol, pritisnite Select Existing (Odaberi postojeću) i dođite do
ciljne datoteke.

Protokol se otvara u prozoru Protocol Editor (Uređivač protokola).
2.

Odaberite File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) i spremite protokol pod novim nazivom ili u novu
mapu.

Postavljanje novog protokola
Savjet: ako vaša datoteka protokola sadržava potrebne parametre (na primjer, ako uređujete
postojeću datoteku pločice), možete preskočiti ovaj odjeljak. Idite na Dodavanje koraka protokolu na
stranici 109.
Nove datoteke protokola zahtijevaju sljedeće parametre:nBlock type (Vrsta bloka)nScan mode for the chosen block type (Način skeniranja za odabranu vrstu bloka)n

Lid temperature (Temperatura poklopca)nSample volume (Volumen uzorka)

Korisnički vodič | 107

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Postavljanje vrste bloka
CFX Maestro Dx SE automatski izračunava promjenu temperature za korake gradijenta na temelju vrste
bloka.
Napomena: Vrsta pločice postavljena u programu Protocol Editor (Uređivač protokola) mora biti
jednaka pločici u reakcijskom modulu.

Za postavljanje vrste blokau

U prozoru Protocol Editor (Uređivač protokola) odaberite Tools (Alati) > Gradient Calculator(Kalkulator gradijenta) i na padajućem popisu koji se pojavi odaberite odgovarajuću vrstu pločice.

Odabir načina Scan Mode (Način skeniranja) za odabranu vrstu bloka
Da biste odredili vrijeme izvođenja protokola, odaberite vrstu bloka cilja i način skeniranja.

Za odabir vrste bloka i načina skeniranjau

U prozoru Protocol Editor (Uređivač protokola) odaberite Tools (Alati) > Run time Calculator(Kalkulator vremena izvođenja) i na padajućem popisu koji se pojavi odaberite odgovarajuću vrstu
pločice i način skeniranja.

Prilagođavanje temperature poklopca
CFX Maestro Dx SE postavlja zadane temperature poklopca kako slijedi:nuređaji s 96 jažica i dubokim jažicama – 105,0 °Cnuređaji s 384 jažice – 95,0 °CMožete promijeniti zadane postavke ili isključiti grijač poklopca prema potrebi za protokol.

Za prilagođavanje temperature poklopca
1.

U prozoru Plate Editor (Uređivač pločice) odaberite Settings (Postavke) > Lid Settings (Postavke
poklopca).
Pojavljuje se dijaloški okvir Lid Settings (Postavke poklopca).

2.

3.

Učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite User Defined (Definira korisnik) i u tekstni okvir unesite vrijednost temperature.

nOdaberite Turn Off Lid Heater (Isključi grijač poklopca).

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i zatvorili dijaloški okvir.

108 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)

Postavljanje volumena uzorka
Prema zadanim postavkama, CFX Maestro Dx SE postavlja volumen uzorka za svaku jažicu na 25 µl.
Volumeni uzoraka razlikuju se ovisno o vrsti bloka, na primjer:n

0–50 µl za blok s 96 jažica

n0–30 µl za blok s 384 jažice

Uređaj upotrebljava jedan od dva načina kontrole temperature kako bi odredio kada uzorak u protokolu
dosegne ciljanu temperaturu:nCalculated mode (Izračunati način) – kada je volumen uzorka podstavljen na volumen koji nemože biti nula i koji odgovara bloku, uređaj izračunava temperaturu uzorka na temelju volumena
uzorka. Ovo je standardni način rada.

nBlock mode (Način rada bloka) – kada je volumen uzorka postavljen na nula (0) µl, uređaj bilježi
temperaturu uzorka kao jednaku izmjerenoj temperaturi bloka.

Za postavljanje volumena uzorka za određeni bloku

U prozor Plate Editor (Uređivač pločice) upišite točnu vrijednost u tekstualni okvir Sample Volume(Volumen uzorka) na alatnoj traci.

Savjet: Zadani volumen uzorka možete promijeniti u dijaloškom okviru User Preferences (Korisničke
postavke). Pogledajte Promjena zadanih postavki datoteka na stranici 83.

Dodavanje koraka protokolu
Za dodavanje koraka protokolu
1.

Otvorite protokol u prozoru Protocol Editor (Uređivač protokola).

2.

Odredite gdje ćete umetnuti novi korak. Na alatnoj traci na padajućem popisu odaberite Before (Prijeu koraku) ili After in the Step (Naknadno u koraku)

3.

Na grafikonu odaberite korak prije ili nakon kojeg planirate umetnuti novi korak.

4.

U lijevom oknu pritisnite Insert Step (Umetni korak).

5.

Da biste promijenili temperaturu ili vrijeme zadržavanja, pritisnite zadanu vrijednost na grafikonu ili
obrisu protokola i unesite novu vrijednost.

6.

(Opcionalno) U lijevom oknu pritisnite Step Options (Opcije koraka) da biste prikazali dijaloški okvir
Step Options (Opcije koraka) i izmijenili dostupne opcije za odabrani korak.
Savjet: dijaloškom okviru Step Options (Opcije koraka) možete pristupiti na izborniku s desnim
pritiskom miša u oknu grafikona ili oknu rasporeda protokola.

7.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena u protokol.

Korisnički vodič | 109

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Pojavit će se dijaloški okvir Save As (Spremi kao):
8.

U dijaloški okvir Save As (Spremi kao) upišite naziv nove datoteke protokola i pritisnite Save
(Spremi).

Umetanje koraka gradijenta
Za umetanje koraka gradijenta
1.

Provjerite je li veličina pločice za gradijent jednaka vrsti bloka uređaja, 96 jažica, 384 jažice ili dubokejažice.

2.

Ako to još niste učinili, odaberite veličinu pločice za gradijent:
Odaberite Tools (Alati) > Gradient Calculator (Kalkulator gradijenta) i s padajućeg popisa odaberite
odgovarajuću vrstu jažice.

3.

Na alatnoj traci na padajućem popisu odaberite Before (Prije) ili After(Naknadno) u padajućem
popisu Insert Step (Umetni korak).

4.

U grafikonu ili oknu rasporeda odaberite korak prije ili nakon kojeg planirate umetnuti korak
gradijenta.

5.

U lijevom oknu pritisnite Insert Gradient (Umetni gradijent). Novi korak gradijenta istaknut je na
grafikonu i oknu rasporeda, na primjer:

110 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)

temperatura svakog retka u gradijentu pojavljuje se u tablici Gradient (Gradijent) u desnom oknu.
6.

Da biste uredili raspon temperature gradijenta, učinite jedno od sljedećeg:nPritisnite zadanu temperaturu u grafikonu ili oknu rasporeda i unesite novu temperaturu.

nPritisnite Step Options (Opcije koraka) da biste unijeli raspon gradijenta u prozoru Step Options(Opcije koraka).

nPromijenite vrijednost Range (Raspon) u tablici Gradient (Gradijent).

7.

Da biste uredili vrijeme zadržavanja, pritisnite zadano vrijeme u grafikonu ili tekstualnom prikazu i
unesite novo vrijeme.

8.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena.

Umetanje koraka za GOTO
Napomena: Ne možete umetnuti GOTO korak unutar GOTO niza; ne možete stvoriti ugniježđene
GOTO petlje.

Za umetanje GOTO koraka
1.

Na alatnoj traci na padajućem popisu odaberite Before (Prije) ili After(Naknadno) u padajućem
popisu Insert Step (Umetni korak).

2.

Na grafikonu odaberite korak prije ili nakon kojeg planirate umetnuti GOTO korak.

3.

U lijevom oknu pritisnite Insert GOTO (Umetni GOTO).

4.

Da biste uredili broj GOTO koraka ili broj GOTO ponavljanja, odaberite zadani broj na grafikonu ili
rasporedu i unesite novu vrijednost.

5.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena.

Umetanje koraka za Melt Curve (Krivulja taljenja)
Savjet: ne možete umetnuti korak krivulje taljenja unutar GOTO petlje.
Napomena: korak krivulje taljenja uključuje zadržavanje od 30 sekundi na početku koraka, što nije
prikazano u protokolu.

Umetanje koraka krivulje taljenja
1.

Na alatnoj traci na padajućem popisu odaberite Before (Prije) ili After(Naknadno) u padajućem
popisu Insert Step (Umetni korak).

2.

Na grafikonu odaberite korak prije ili nakon kojeg planirate umetnuti korak krivulje taljenja.

Korisnički vodič | 111

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

3.

U lijevom oknu pritisnite Insert Melt Curve (Umetni krivulju taljenja). Novi korak krivulje taljenja
istaknut je na grafikonu i oknu rasporeda, na primjer:

4.

Da biste uredili raspon temperature taljenja ili vrijeme promjena, odaberite zadani broj na grafikonu ili
rasporedu i unesite novu vrijednost.

5.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena.

112 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavljanje protokola u programu Protocol Editor (Uređivač protokola)

Dodavanje ili uklanjanje koraka za Plate Read (Očitavanje pločice)Savjet: nakon što koraku dodate naredbu za očitavanje pločice, gumb se mijenja u Remove Plate
Read (Ukloni očitavanje pločice) kad odaberete korak.

Za dodavanje očitavanja pločice koraku
1.

Na alatnoj traci na padajućem popisu odaberite Before (Prije) ili After(Naknadno) u padajućem
popisu Insert Step (Umetni korak).

2.

Na grafikonu odaberite korak prije ili nakon kojeg planirate umetnuti novo očitavanje pločice.

3.

U lijevom oknu pritisnite Add Plate Read to Step (Dodaj očitavanje pločice u korak) da biste dodali
očitavanje pločice u odabrani korak.

4.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje promjena.

Za uklanjanje očitavanja pločice iz korakau

Na grafikonu odaberite korak koji sadržava očitavanje pločice i pritisnite Remove Plate Read (Ukloni
očitavanje pločice) u lijevom oknu.

Promjena koraka Options (Opcije)
Za promjenu koraka Options (Opcije) za poseban korak
1.

Odaberite željeni korak na grafikonu ili oknu.

2.

U lijevom oknu pritisnite Step Options (Opcije koraka) da biste otvorili dijaloški okvir Step Options(Opcije koraka).
Umjesto toga, pritisnite desnom tipkom miša željeni korak u bilo kojem oknu i odaberite Step Options(Opcije koraka) u izborniku koji se pojavi.

3.

Da biste dodali, izmijenili ili uklonili opcije:nUnesite vrijednost u odgovarajući tekstni okvir.

nUredite vrijednost u određenom tekstnom okviru.

nOznačite ili poništite potvrdni okvir.

4.

Pritisnite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir Step Options (Opcije
koraka).

5.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje protokola.

Korisnički vodič | 113

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Brisanje korakaVažno: Ovu funkciju ne možete poništiti. Budite pažljivi prilikom brisanja koraka.

Za brisanje koraka u protokolu
1.

Odaberite korak na grafikonu ili oknu rasporeda.

2.

U lijevom oknu pritisnite Delete Step (Izbriši korak) da biste izbrisali odabrani korak.

3.

Pritisnite OK (U redu), a zatim Yes (Da) za spremanje protokola.

Kopiranje, izvoz ili ispis protokola
Za kopiranje protokolauDesnom tipkom miša pritisnite raspored protokola i odaberite Copy Protocol (Kopiraj protokol).
Raspored možete zalijepiti u datoteku .txt, .xls, .doc ili .ppt.

Za izvoz protokola
1.

Desnom tipkom miša pritisnite raspored protokola i odaberite Export Protocol (Izvezi protokol).
Pojavit će se dijaloški okvir Save As (Spremi kao):

2.

(Opcionalno) U pregledniku Windows Explorer dođite do mape u koju ćete spremiti datoteku
protokola.

3.

Pod File name (Naziv datoteke) upišite naziv izvezene datoteke protokola.

4.

Pritisnite Save (Spremi).

Za ispis protokolauDesnom tipkom miša pritisnite raspored protokola i odaberite Print Protocol (Ispiši protokol).
Raspored protokola možete ispisati na zadani pisač.

114 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavljanje protokola programom Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola)

Postavljanje protokola programom Protocol AutoWriter(Automatski upisivač Protokola)Važno: Tvrtka Bio-Rad ne jamči da će pokretanje protokola stvorenog programom Protocol
AutoWriter (Automatski upisivač Protokola) uvijek rezultirati PCR proizvodom.
Program Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola) od CFX Maestro Dx SE automatski
generira protokole ciklusa na temelju sljedećih ulaznih parametara:n

Amplicon length (Duljina produkta umnažanja) – očekivana duljina PCR proizvoda

nAnnealing temperature (Temperatura komplementarnog sparivanja) – reakcija T a za
primjenjene početnice
Ako je T a nepoznat, pomoću kalkulatora Ta Calculator možete ga automatski izračunati na temelju
vaših sekvenci početnica.
Napomena: Ta se prilagođava na temelju podataka o temperaturi taljenja početnice (Tm) koji setemelje na odabranom enzimu i brzini protokola.

nEnzyme type (Vrsta enzima) – enzim DNK polimeraze (iTaq, iProof DNA polymerase (iProof DNK
polimeraza) ili Other (Ostale))
Ako upotrebljavate enzim koji nije iTaq ili iProof DNA polymerase (iProof DNK polimeraza), možete
unijeti dodatne informacije, uključujući raspon gradijenta, vrijeme aktivacije vrućeg pokretanja (usekundama) i konačno vrijeme produženja (u sekundama).

n

Run speed — brzina reakcije (standardna, brza, ultrabrza)
program Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola) optimizira protokol ovisno o odabranoj
postavci brzine. Ukupno vrijeme izvođenja određeno je brojem koraka i ciklusa, vremenom inkubacijeu svakom koraku i vremenom potrebnim za postizanje ujednačenosti na ciljanoj temperaturi.

Upotrebom parametara koje unesete i standardnih smjernica za PCR, program Protocol AutoWriter(Automatski upisivač protokola) automatski generira prilagođeni PCR protokol s vrućim pokretanjem,
početnim denaturiranjem, komplementarnim sparivanjem i produljenjem koraka. Zatim možete pregledati
grafički prikaz predloženog protokola i urediti, pokrenuti ili spremiti protokol.

Korisnički vodič | 115

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Za postavljanje novog protokola pomoću programa Protocol AutoWriter (Automatski
upisivač Protokola) od CFX Maestro Dx SE
1.

U početnom prozoru odaberite Tools (Alati) > Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola).
Pojavljuje se dijaloški okvir Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola).

2.

U odjeljku Enter Target Values/Enzyme (Unesi ciljane vrijednosti/enzim) učinite sljedeće:nUnesite temperaturu komplementarnog sparivanja (Ta) za početnice ako je poznata.
Savjet: za više informacija pogledajte Upotreba kalkulatora Ta Calculator na stranici 117.
Napomena: Informacije o izračunima upotrijebljenima u kalkulatoru Ta Calculator potražite
u Breslauer et al. 1986.

n

Unesite duljinu produkta umnažanja u bazne parove (bp).

nOdaberite vrstu enzima s popisa opcija (iTaq, iProof DNA polymerase (iProof DNK polimeraza)
ili Other (Ostale)).
Savjet: ako kao vrstu enzima odaberete Other (Ostalo), parametri u odjeljku Additional
Parameters (Optional) (Dodatni parametri (opcionalno)) postaju aktivni.

116 | Softver CFX Maestro Dx SE

Upotreba kalkulatora Ta Calculator

3.

Ako ste za vrstu enzima odabrali Other (Ostalo), u protokol možete dodati bilo koji ili sve sljedeće
parametre:nraspon gradijentantemperatura aktivacije vrućeg startankonačno vrijeme produženja.

4.

U odjeljku Type (Vrsta) pomaknite kliznu traku da biste odabrali brzinu protokola (Standard(Standardno), Fast (Brzo) ili Ultrafast (Ultrabrzo)). CFX Maestro Dx SE podešava ukupno vrijemeizvođenja.

5.

Odaberite vrstu PCR-a koji želite izvršiti (zadani je PCR u stvarnom vremenu).
Uz PCR u stvarnom vremenu CFX Maestro Dx SE dodaje korak očitavanja pločice za prikupljanje
podataka o fluorescenciji.

6.

U odjeljku Preview (Pregled) pregledajte protokol. Promjene možete uvrstiti po potrebi.

7.

Učinite jedno od sljedećeg:nPritisnite OK (U redu) da biste spremili novi protokol. Nakon spremanja, protokol se otvara učarobnjaku Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje). Pritisnite Edit Selected (Uredi izabrano)
da biste unijeli bilo kakve promjene u protokol. Na primjer, možda ćete trebati promijeniti
temperaturu poklopca i volumen uzorka.

nPritisnite Cancel (Odustani) da biste zatvorili prozor bez spremanja protokola.

Upotreba kalkulatora Ta Calculator
Kada je temperatura komplementarnog sparivanja početnice nepoznata, za izračunavanje vrijednostimožete upotrijebiti kalkulator T a Calculator. Za izradu protokola možete upotrijebiti vrijednost u programu
Protocol AutoWriter (Automatski upisivač Protokola) ili Protocol Editor (Uređivač protokola).

Informacije o kalkulatoru Ta Calculator
Kalkulator T a Calculator izračunava vrijednost T m za svaku temeljnu početnicu, kao i vrijednost T a za
protokol pri standardnoj brzini.
T a za protokol temelji se na prosječnim vrijednostima T m početnice s primjenom sljedećih pravila:n

Ako je razlika između vrijednosti početnice T m > 4 °C, T a = (niža od vrijednosti dviju početnica T m +2) - 4 °C.

n

Ako je razlika između vrijednosti T m ≤ 4 °C, T a = (prosjek vrijednosti početnice T m) - 4 °C

Korisnički vodič | 117

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Metoda brojanja baznog paraZa svaku početnicu kalkulator T a Calculator upotrebljava metodu brojanja baznih parova za sekvence od
14 parova baza (bp) ili manje.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
gdje su w, x, y i z brojevi baza A, T, G i C u nizu.

Metoda najbližeg susjeda
Za sekvence dulje od 14 bp koristi se metoda najbližeg susjeda. U metodi najbližeg susjeda izračuni
temperature taljenja temelje se na termodinamičkom odnosu između entropije (redoslijed ili mjera
nasumičnosti oligonukleotida), entalpije (topline koju oligonukleotid oslobađa ili apsorbira), slobodne
energije i temperature.
∆H = ∆G + T* ∆S
gdje je:n∆H =vrijednost entalpije, Cal/Mole*Kn

T = temperatura, Kelvinn∆ S = vrijednost entropije, Cal/Mole*Kn∆ G = Gibbsova slobodna energija u Cal/Mole*K

Promjena entropije i entalpije izravno se izračunava zbrajanjem vrijednosti za nukleotidne parove
prikazane u Tablica 8 (Breslauer et al. 1986.).
Odnos između slobodne energije i koncentracije reaktanata i proizvoda u ravnoteži daje:∆G = R*T*ln ((DNK * početnica)/(DNK + početnica))
gdje je R plinska konstanta (1,986 Cal/Mole*K).
Zamjenom G u dvije jednadžbe i rješenjem za T dobivamo
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNK * početnica)/(DNA + početnica)))
pod pretpostavkom da su koncentracija DNK i DNK-početnica kompleksa jednake.
Empirijski je utvrđeno da postoji promjena od 5 kcal slobodne energije (3,4 kcal) (Sugimoto et al. 1996.)
tijekom prijelaza iz jednolančane DNK u DNK B-oblika. Ovo je vjerojatno energija inicijacije zavojnice.
Napokon, dodavanjem prilagodbe za sol dobiva se jednadžba koju kalkulator Ta Calculator upotrebljava:
T = (∆H – 5(KCal/K*Mole))/(∆S + (R * ln(1/(početnica)))) + 16.6 log10 (molarnost soli)
Nije potrebna konstantna prilagodba koncentracije soli jer su različiti parametri određeni pri 1 M NaCl i
log10 od 1 je nula.

118 | Softver CFX Maestro Dx SE

Upotreba kalkulatora Ta Calculator

Termodinamički izračuni pretpostavljaju da se komplementarno sparivanje događa pri pH 7,0. Izračuni Tm
pretpostavljaju da nizovi nisu simetrični i sadrže barem jedan G ili C.
Slijed oligonukleotida trebao bi biti dug najmanje 14 baza da bi se dobio prihvatljiv Tm. Manje od 14 baza
koristi metodu brojanja baznih parova (pogledajte Tablica 8 u nastavku).
Tablica 8. Breslauerove konstante interakcije

Interakcija

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6.5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6.5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Korisnički vodič | 119

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

Upotreba kalkulatora Ta Calculator
Za upotrebu kalkulatora T a Calculator
1.

Da biste otvorili kalkulator T a Calculator, učinite jedno od sljedećeg:n

Ako ste trenutno u programu Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola), pritisnite T a
Calculator.

n

U prozoru Home (Početno) odaberite Tools (Alati)> T a Calculator.

Pojavit će se dijaloški okvir kalkulatora Ta Calculator.

2.

U tekstni okvir Forward Primer (Uzvodna početnica) upišite ili zalijepite slijed uzvodne početnice.
Savjet: za unos niza možete upotrijebiti i gumbe A, T, G, C s lijeve strane dijaloškog okvira.

3.

Utipkajte ili zalijepite slijed nizvodne početnice u dijaloški okvir Reverse Primer (Nizvodna početnica).

4.

Pritisnite Calculate (Izračunaj).

120 | Softver CFX Maestro Dx SE

Upotreba kalkulatora Ta Calculator

Kalkulator T a Calculator izračunava i prikazuje T m svake početnice i prosječne vrijednosti T m i T a,na primjer:

ako je razlika između vrijednosti T m početnice veća od 4 °C, program Protocol AutoWriter(Automatski upisivač protokola) upotrebljava donju vrijednost T m početnice +2 °C kao osnovu za
izračunavanje vrijednosti T a, što možete dalje mijenjati promjenom enzima i brzine reakcije.
Kalkulator T a Calculator generira temperaturu komplementarnog sparivanja za standardnu brzinu
pomoću iTaq DNA polimeraze. Kada upotrebljavate drugi enzim, postavke brzine automatski
podešavaju T a Calculator.
5.

Učinite jedno od sljedećeg:n

Ako ste otvorili T a Calculator iz programa Protocol AutoWriter (Automatski upisivač protokola),pritisnite OK (U redu). Vratit ćete se na program Protocol AutoWriter (Automatski upisivač
Protokola). Temperatura komplementarnog sparivanja mijenja se automatski.

n

Ako ste otvorili kalkulator T a Calculator u izborniku Tools (Alati), snimite izračune i pritisnite
Cancel (Odustani) da biste zatvorili kalkulator.

Korisnički vodič | 121

Poglavlje 7 Postavljanje protokola

122 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 8 Priprema pločica
Datoteka pločice sadržava informacije o parametrima izvođenja kao što su način skeniranja, fluorofori isadržaj jažice. Nakon izvođenja Softver CFX Maestro Dx, Security Edition povezuje sadržaj jažice s
podacima o fluorescenciji prikupljenima tijekom izvođenja i primjenjuje odgovarajuću analizu u prozoru
Data Analysis (Analiza podataka). Na primjer, jažice s umetnutom standardnom vrstom uzorka koriste seza generiranje standardne krivulje.
CFX Maestro Dx SE pruža dvije opcije za stvaranje pločica: pokreće se Plate Editor (Uređivač pločice) za
PCR u stvarnom vremenu i Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) za normaliziranu analizu genske
ekspresije.
Plate Editor (Uređivač pločice) uključuje sljedeće značajke:nstandardni fluorofori i vrste uzoraka koji se dodjeljuju u pločaste jažice

nsposobnost postavljanja referentnog cilja i kontrolnog uzorka za analizu genske ekspresijensposobnost uređivanja postavki pločice prije, tijekom ili nakon izvođenja

nsposobnost spremanja datoteka pločica za ponovnu upotrebunsposobnost ispisa datoteke pločica na zadani pisač.

Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) vodi vas kroz izradu rasporeda pločice za normaliziranu analizu
genske ekspresije. Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) možete upotrijebiti prije, tijekom ili nakonizvođenja.

Korisnički vodič | 123

Poglavlje 8 Priprema pločica

Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)Plate Editor (Uređivač pločice) upotrijebite za izradu prilagođenih pločica ili izmjenu postojećih pločica.

LEGENDA
1.

Traka izbornika omogućuje brzi pristup naredbama izbornika File (Datoteka) i Settings(Postavke), kao i opcijama alata za uređivanje pločica.

2.

Alatna traka omogućuje brzi pristup važnim funkcijama umetanja pločica.

3.

Glavno okno prikazuje raspored pločice i opcije pločice dok ih primjenjujete.

4.

Desno okno prikazuje opcije koje se koristite za prilagodbu pločice.

5.

Donje okno prikazuje vrstu pločice i pruža brzi pristup opcijama prikaza.

Naredbe izbornika File (Datoteka)
Save (Spremi) – sprema datoteku podataka pločice na mjesto navedeno na kartici File (Datoteka) u
dijaloškom okviru User Preference (Korisničke postavke). Pogledajte Promjena zadanih postavki
datoteka na stranici 83 za više informacija. Ova je stavka izbornika dostupna samo prilikom izrade nove
datoteke pločice.
Save As (Spremi kao) – sprema datoteku podataka otvorene pločice pod novim nazivom koje ste unijeli.
Ova je stavka izbornika dostupna samo prilikom izrade nove datoteke pločice.

124 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)Lozinke datoteke (File Passwords) – omogućuje korisnicima postavljanje lozinki za spremanje
datoteka i otvaranje datoteka.
Extract Plate (Izdvajanje pločice) – otvara dijaloški okvir u kojem možete izdvojiti/spremiti datoteku
pločice (.pltd). Ova je stavka izbornika dostupna samo kada pregledavate ili uređujete postojeću datoteku
pločice.
Print (Ispis) – ispisuje datoteku podataka otvorene pločice.
Close (Zatvori) – zatvara program Plate Editor (Uređivač pločice).

Naredbe izbornika Edit (Uredi)
Undo (Poništi) – poništava promjenu na datoteci pločice sve dok se datoteka pločice ne spremi.
Redo (Ponovi) – poništava najnoviju radnju Undo (Poništi) sve dok se datoteka pločice ne spremi.

Naredbe izbornika Settings (Postavke)
Plate Size (Veličina pločice) – otvara dijaloški okvir iz kojeg možete odabrati veličinu pločice zaizvođenje.
Napomena: Veličina pločice mora biti jednaka veličini bloka na uređaju na kojem se obavljaizvođenje.
Izaberite 96-well (96 jažica) za:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Izaberite 384-well (384 jažica) za:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Tip pločice) – omogućuje vam odabir vrste jažica na pločici u kojoj se nalaze vaši uzorci,bilo BR White ili BR Clear. Za točnu analizu podataka odabrana vrsta pločice mora biti jednaka vrsti
pločice upotrebljavanoj u izvođenju.
Napomena: morate kalibrirati nove vrste pločica. Zas više informacija pogledajte Kalibriranje
novih boja na stranici 75.
Number Convention (Konvencija brojeva) – omogućuje vam odabir ili poništavanje mogućnosti
prikazivanja jedinica u znanstvenom zapisu. Zadano je prikazivanje jedinica u znanstvenom zapisu.
Units (Jedinice) – omogućuje vam odabir jedinica koje će se prikazivati u proračunskim tablicama
prilikom izvođenja kvantifikacije nepoznanica u odnosu na standardnu krivulju.

Korisnički vodič | 125

Poglavlje 8 Priprema pločica

Naredbe izbornika Editing Tools (Alati za uređivanje)
Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) –otvara Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) u kojemmožete definirati raspored i parametre analize za trenutnu pločicu. Setup Wizard (Čarobnjak za
postavljanje) možete upotrijebiti prije, tijekom ili nakon završetka izvođenja.
Spreadsheet View/Importer (Prikaz proračunske tablice / uvoznik) – otvara dijaloški okvir View
(Prikaz) koji prikazuje raspored pločica kao predložak u obliku proračunske tablice. Ovaj dijaloški okvirmožete upotrijebiti za izvoz ili uvoz podataka predloška pločice u .csv formatu.
– preokretanje sadržaja pločice za 180o.

Naredbe na alatnoj traci
Vraća promjenu na pločicu. CFX Maestro Dx SE podržava do deset
akcija poništavanja.
Poništava najnoviju radnju Undo (Poništi). CFX Maestro Dx SE podržava
do deset radnji ponavljanja.
Sprema trenutnu datoteku pločice.

Prikazuje padajući popis s kojeg možete povećati ili smanjiti povećanje
prikaza pločice.
Prikazuje padajući popis na kojem možete odabrati način skeniranja koji
upućuje uređaj s kojih će kanala prikupljati podatke o fluorescenciji
tijekom izvođenja.
Otvara Well Groups Manager (Upravitelj skupina jažica) pomoću kojegmožete stvoriti skupine jažica za trenutnu pločicu.
Prikazuje dijaloški okvir u kojem možete odabrati boje i simbole za
tragove pojačanja.
Otvara dijaloški okvir View (Prikaz) koji prikazuje raspored pločice kao
predložak u obliku proračunske tablice. Ovaj dijaloški okvir možete
upotrijebiti za izvoz ili uvoz podataka predloška pločice u .csv formatu.
Otvara Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) u kojem možete
definirati raspored i parametre analize za trenutnu pločicu. Setup Wizard(Čarobnjak za postavljanje) možete upotrijebiti prije, tijekom ili nakonizvođenja.

126 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Plate Editor (Uređivač pločice)Otvara karticu Plate (Pločica) u dijaloškom okviru User Preferences(Korisničke postavke), u kojoj možete definirati parametre rasporeda
pločice i stvoriti ili izbrisati nazive ciljeva, uzoraka i bioloških skupina.
Promjene koje napravite na kartici Plate (Pločica) dostupne su pri
sljedećem otvaranju Plate Editor (Uređivač pločice).
Prikazuje potrebne korake za postavljanje pločice i umetanje jažica.

Korisnički vodič | 127

Poglavlje 8 Priprema pločica

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač
pločice)
S pomoću Plate Editor (Uređivač pločice) možete stvoriti prilagođene datoteke pločica. Također možete
uređivati i spremati prethodno spremljene datoteke pločica ili datoteke pločica s uzorcima isporučene uz
Sustav CFX Opus Dx.
Da biste stvorili novu datoteku pločice, učinite nešto od sljedećeg:nOtvorite datoteku pločice u programu Plate Editor (Uređivač pločice).

nOdaberite vrstu pločice.
Napomena: vrsta pločice za datoteku pločice mora biti jednaka pločici u reakcijskom modulu.

nOdaberite način skeniranja koji ćete upotrijebiti u protokolu.

nOdaberite fluorofore koje ćete upotrijebiti na pločici.

nOdaberite vrstu uzorka, ciljeve i uzorke.

nOdaberite tehničke replikate, ako je to prikladno.

nSpremite raspored pločice.

Savjet: Da biste stvorili novu pločicu od prethodno spremljenih ili datoteka pločica s uzorkom,
pogledajte Otvaranje postojeće datoteke pločice u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice) na stranici
130.

Otvaranje nove datoteke pločice u prozoru Plate Editor (Uređivač
pločice)
CFX Maestro Dx SE nudi više mogućnosti za otvaranje nove datoteke pločice:niz prozora Home (Početno)niz dijaloškog okvira Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)niz dijaloškog okvira Run Setup (Postavljanje izvođenja).

Za otvaranje nove datoteke pločice iz prozora Home (Početno)uOdaberite File (Datoteka) > New (Nova) > Plate (Pločica).
Otvara se prozor Plate Editor (Uređivač pločice) koji prikazuje zadanu datoteku pločice za odabraniuređaj.

128 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač pločice)Savjet: Za informacije o postavljanju zadane datoteke pločice pogledajte Promjena zadanih
postavki datoteka na stranici 83.

Za otvaranje nove datoteke pločice iz programa Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg da biste otvorili program Startup Wizard(Čarobnjak za pokretanje):
nOdaberite View (Pogled) > Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje).

nPritisnite Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) na alatnoj traci.

2.

Ako je potrebno, na padajućem popisu odaberite vrstu uređaja.

3.

Da biste stvorili novu pločicu, pritisnite User-defined run (Korisnički definirano izvođenje) kao tipizvođenja.
Otvara se dijaloški okvir Run Setup (Postavljanje izvođenja) koji prikazuje karticu Protocol (Protokol).

4.

Na kartici Plate (Pločica) pritisnite Create New (Izradi novo).
Otvara se prozor Plate Editor (Uređivač pločice) koji prikazuje zadani raspored pločice za odabraniuređaj.

Za otvaranje nove datoteke pločice iz dijaloškog okvira Run Setup (Postavljanje izvođenja)
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg da biste otvorili dijaloški okvir Run Setup(Postavljanje izvođenja):nOdaberite Run (Izvođenje) > User-defined Run (Korisnički definirano izvođenje)nPritisnite User-defined Run Setup (Postavljanje korisnički definiranog izvođenja) na alatnoj traci.

Dijaloški okvir Run Setup (Postavljanje izvođenja) otvara se na kartici Protocol (Protokol).
2.

Da biste stvorili novu pločicu, pritisnite karticu Plate (Pločica) i zatim pritisnite Create New (Izradinovu).
Otvara se prozor Plate Editor (Uređivač pločice) koji prikazuje zadani raspored pločice za odabraniuređaj.

Korisnički vodič | 129

Poglavlje 8 Priprema pločica

Otvaranje postojeće datoteke pločice u prozoru Plate Editor(Uređivač pločice)CFX Maestro Dx SE pruža datoteke uzorka pločice koje možete uređivati i spremati kao nove pločice.
Također možete stvoriti novu datoteku pločice iz prethodno spremljene datoteke pločice.

Za otvaranje datoteke pločice s uzorkom
1.

U prozoru Home (Početno) odaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > Plate (Pločica).
Windows Explorer otvara lokaciju mape datoteka Sample (Uzorak) za Sustav CFX Opus Dx.

2.

Otvorite mapu datoteka Sample (Uzorak), a zatim otvorite mapu Plates (Pločice).

3.

Odaberite datoteku pločice i pritisnite Open (Otvori).
Datoteka pločice s uzorkom otvara se u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice).

4.

Odaberite File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) da biste datoteku pločice spremili pod novim
nazivom ili u novu mapu.

Za otvaranje prethodno spremljene datoteke pločice
1.

U prozoru Home (Početno) učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > Plate (Pločica) i dođite do ciljne datoteke i odaberite
je te pritisnite Open (Otvori).

nOtvorite program Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) i učinite jedno od sljedećeg:oDa biste uredili postojeću datoteku pločice, pritisnite Select Existing (Odaberi postojeću) idođite do ciljne datoteke.

o

Da biste uredili prikazanu datoteku pločice, Pritisnite Edit Selected (Uredi odabrano).

Ciljna pločica otvara se u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice).
2.

Odaberite File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) da biste datoteku pločice spremili pod novim
nazivom ili u novu mapu.

130 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač pločice)Postavljanje nove datoteke pločice
Savjet: ako vaša datoteka pločice sadržava potrebne parametre (na primjer, ako uređujete postojeći
uzorak ili postojeću datoteku pločice), možete preskočiti ovaj odjeljak. Pređite na Dodjeljivanje
opcionalnih parametara datoteci pločice na stranici 138.
Nove datoteke pločice zahtijevaju sljedeće parametre:nPlate Size (Veličina pločice)nPlate Type (Vrsta pločice)n

Scan mode (Način skeniranja)n

Jedan fluorofor (boja)n

Jedna vrsta uzorka

Odabir veličine i vrste pločiceVažno: Tijekom postavljanja pločice morate odabrati veličinu pločice. Ne možete promijeniti veličinu
pločice tijekom ili nakon izvođenja.
Softver primjenjuje veličinu i vrstu pločice na sve jažice tijekom izvođenja. Pazite da je odabrana veličina
pločice jednaka pločici koju ćete upotrijebiti u izvođenju.
Sustavi društvaBio-Rad CFX Opus Dx tvornički su kalibrirani za mnogobrojne kombinacije fluorescentnih
boja i pločica. Kalibracija ovisi o tipu instrumenta, boji i vrsti pločice. Provjerite je li fluorofor koji planirate
upotrijebiti kalibriran za odabranu vrstu pločice.
Savjet: da biste kalibrirali novu kombinaciju boje i pločice na uređaju, odaberite Tools (Alati) > Dye
Calibration Wizard (Čarobnjak za kalibraciju boje). Za informacije o kalibraciji boja i vrstama pločica
pogledajte Kalibriranje novih boja na stranici 75.

Odabir načina Scan Mode (Način skeniranja)
Sustavi CFX Opus 96 Dx i CFX Opus Deepwell Dx pobuđuju i otkrivaju fluorofore u pet kanala (plus
FRET). Sustav CFX Opus 384 Dx pobuđuje i otkriva fluorofore u četiri kanala (plus FRET). Svi sustavi
upotrebljavaju više načina skeniranja prikupljanja podataka za prikupljanje podataka o fluorescenciji
tijekom izvođenja.
CFX Maestro Dx SE pruža tri načina skeniranja:n

All Channels (Svi kanali)oSkenira kanale od 1 do 5 na sustavima CFX Opus 96 Dx i CFX Opus Deepwell DxoSkenira kanale od 1 do 4 na sustavima CFX Opus 384 Dx.

Korisnički vodič | 131

Poglavlje 8 Priprema pločicann

SYBR®/FAMoSkenira samo kanal 1.

oOmogućuje brzo skeniranje.

FREToSkenira samo FRET kanal.

oOmogućuje brzo skeniranje.

Odabir fluoroforaVažno: prije početka izvođenja sustavi CFX provjeravaju jesu li fluorofori koje ste naveli na pločici
kalibrirani na tom uređaju. Ne možete provesti izvođenje pločice ako sadržava fluorofore koji nisu
kalibrirani na tom uređaju.
Prije izvođenja na pločicu morate umetnuti najmanje jedan fluorofor. Tada možete dodati onoliko
fluorofora koliko je potrebno, ali pločica mora sadržavati barem jedan fluorofor. Odabrani fluorofori
pojavljuju se kao opcije za ciljeve u Target Names (Nazivi ciljeva).
Dijaloški okvir Select Fluorophores (Odaberi fluorofore) upotrebljavate za učitavanje fluorofora (ili bojila
za pločice) u kontrole za umetanje jažica u programu Plate Editor (Uređivač pločice). Fluorofori koji se
pojavljuju u dijaloškom okviru Select Fluorophores (Odaberi fluorofore) ovise o odabranom načinu
skeniranja:n

All Channels (Svi kanali)
Pojavljuju se svi dostupni fluorofori.
Savjet: možete dodati onoliko fluorofora koliko je potrebno, ali možete umetnuti samo jedan
fluorofor po kanalu u svaku jažicu.

nSYBR®/FAM
Pojavljuju se samo fluorofori kanala 1.

n

FRET
Pojavljuje se samo fluorofor kanala 6.
Savjet: fluorofor kanala 6 pojavljuje se samo kada je FRET odabran način skeniranja. Nije
dostupan za način skeniranja All Channels (Svi kanali).

Napomena: ne možete izravno dodati fluorofore ili ih ukloniti iz dijaloškog okvira Select Fluorophore(Odaberi fluorofore) Morate kalibrirati nove fluorofore na uređaju pomoću čarobnjaka Dye Calibration
Wizard (Čarobnjak za kalibraciju boje). Nakon kalibracije, novi fluorofor automatski se dodaje na ovaj
popis. Za više informacija pogledajte Kalibriranje novih boja na stranici 75.

132 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač pločice)Odabir vrsta uzorakaVažno: Morate odabrati barem jednu vrstu uzorka koju ćete dodijeliti jažicama s pločicama prijeizvođenja.
CFX Maestro Dx SE nudi pet vrsta uzoraka:nUnknown (Nepoznato)

nStandardn

NTC (no template control) (NTC (bez kontrole predloška))n

Positive Control (Pozitivna kontrola)n

Negative Control (Negativna kontrola)n

NRT (no reverse transcriptase) (NRT (bez reverzne transkriptaze))

Vrste uzoraka dodjeljujete jažicama pločica.

Postavljanje nove pločice
Za postavljanje nove pločice
1.

Otvorite novu pločicu u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice).

2.

Da biste postavili veličinu pločice, odaberite Settings (Postavke) > Plate Size (Veličina pločice) i s
padajućeg izbornika odaberite odgovarajuću veličinu pločice.

3.

Da biste postavili vrstu pločice, odaberite Settings (Postavke) > Plate Type (Vrsta pločice) i odaberite
BR White ili BR Clear s padajućeg izbornika.

4.

Opcionalno, u izborniku Settings (Postavke) možete promijeniti konvenciju brojeva i jedinice prikaza:n

Da biste promijenili konvenciju s brojevima, odaberite Settings (Postavke) > Number Convention(Konvencija brojeva) i odaberite Scientific Notation (Znanstveni zapis).
Savjet: Scientific Notation (Znanstveni zapis) odabran je prema zadanim postavkama. U
ovom slučaju odabirom opcije Scientific Notation (Znanstveni zapis) briše se zadani okvir ipostavlja konvencija brojeva na standardni oblik.

n5.

Da biste promijenili jedinice prikaza, odaberite Settings (Postavke) > Units (Jedinice) i odaberite
novu vrijednost jedinice.

Da biste postavili način skeniranja, odaberite odgovarajući način skeniranja s padajućeg popisa Scan
Mode (Način skeniranja) na alatnoj traci prozora Plate Editor (Uređivač pločice).

Korisnički vodič | 133

Poglavlje 8 Priprema pločica

6.

Odaberite potrebne fluorofore za ploču:a.

U desnom oknu pritisnite Select Fluorophores (Odaberi fluorofore).
Pojavljuje se dijaloški okvir Select Fluorophores (Odaberi fluorofore). Vidite fluorofore dostupne
za vrstu načina skeniranja koji ste odabrali u Korak 5, na primjer:b.

Da biste odabrali fluorofor, pritisnite njegov potvrdni okvir Selected (Odabrano).
Savjet: Da biste uklonili fluorofor sa popisa, poništite njegov potvrdni okvir Selected(Odabrano).

c.

Da biste promijenili boju prikaza fluorofora, pritisnite okvir Color (Boja).
Napomena: Boja koju ste odabrali predstavlja fluorofor u prozoru Plate Editor i grafikonima
Data Analysis (Analiza podataka).

d.

U dijaloškom okviru Color (Boja) odaberite boju koju želite ili pritisnite Define Custom Color(Definiraj prilagođene boje) i stvorite novu boju koja će predstavljati fluorofor.

e.

Pritisnite OK (U redu) da biste spremili promjene i izašli iz dijaloškog okvira Select Fluorophores(Odaberi fluorofore).

134 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač pločice)7.

Morate odabrati barem jednu jažicu u koju ćete umetnuti vrstu uzorka. Prema zadanim postavkama
odabrana je jažica A1.
U oknu pločice učinite jedno od sljedećeg:n

Da biste umetnuli više susjednih jažica, pritisnite jažicu i povucite do ciljne jažice.

n

Da biste umetnuli više susjednih jažica, držite tipku Control i pritisnite svaku jažicu.

n

Da biste umetnuli cijeli stupac s istom vrstom uzorka, pritisnite broj stupca.

n

Da biste umetnuli cijeli redak, pritisnite broj retka.

n

Da biste umetnuli cijelu pločicu, pritisnite gornji lijevi kut pločice.

Na primjer:

8.

Dodijelite vrstu uzorka odabranoj jažici ili jažicama s padajućeg izbornika Sample Type (Vrsta
uzorka).

Korisnički vodič | 135

Poglavlje 8 Priprema pločica

9.

Dodijelite barem jedan fluorofor svim jažicama koje sadrže vrstu uzorka. U jažicu ili skupinu jažica
možete dodijeliti više fluorofora.
Napomena: Po kanalu možete dodijeliti samo jedan fluorofor. Ne možete dodijeliti više
fluorofora s istog kanala istoj jažici.
Savjet: Možete povezati cilj s fluoroforom ili trenutno možete dodijeliti samo fluorofor jažici i
pridružiti cilj fluoroforu nakon izvođenja eksperimenta.
n

Da biste odabranim jažicama dodijelili samo fluorofor, u odjeljku Target Names (Nazivi ciljeva) u
desnom oknu potvrdite okvir Load (Umetni) za određeni fluorofor.

n

Da biste cilj povezali s fluoroforom, u odjeljku Target Names (Nazivi ciljeva) odaberite naziv ciljas padajućeg popisa za određeni fluorofor. Softver automatski bira potvrdni okvir Load (Umetni).

10. Za jažice koje sadrže vrstu uzorka Standard (Standardni) morate unijeti koncentraciju. Svaka jažica
može imati različitu koncentracijsku vrijednost. Prema zadanim postavkama, CFX Maestro Dx SE
puni koncentraciju od 1,00E+06 u sve jažice s vrstom uzorka Standard (Standardni). Ako je
potrebno, možete promijeniti vrijednost.
a.

U oknu pločice odaberite jažicu Standard (Standardna) ili skupinu jažica.

b.

U odjeljku Concentration (Koncentracija) pritisnite Load (Umetni) da biste učitali vrijednost u
odabranu jažicu ili jažice.

c.

(Opcionalno) Da biste učitali drugu koncentraciju, upišite novu vrijednost u tekstualni okvir
Concentration (Koncentracija) i pritisnite tipku Enter.

d.

Izvršite ovaj korak za sve jažice s uzorkom vrste Standard (Standardni).
Savjet: da biste učitali istu koncentraciju u sve jažice Standard (Standardne), pazite da se<All> (Svi) pojavi na padajućem popisu ispod vrijednosti koncentracije. Da biste učitali istu
vrijednost koncentracije u sve jažice s određenim fluoroforom, pritisnite padajući popis iodaberite fluorofor.

11. Pritisnite OK (U redu) da biste spremili novu pločicu.

136 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor (Uređivač pločice)Stavke izbornika alata Plate Editor (Uređivač pločice) za pritisak desnom tipkom
Tablica 9 navedene su stavke izbornika dostupne u alatu Plate Editor (Uređivač pločice) kada pritisnete
desnu tipku miša na bilo koju jažicu u alatu. Taj izbornik pojavljuje se i u alatu Spreadsheet View/Importer(Prikaz proračunske tablice / uvoznik).
Tablica 9. Stavke izbornika dobivene desnom tipkom miša za alat Spreadsheet
View/Importer (Prikaz proračunske tablice / uvoznik)

StavkaFunkcija

Copy (Kopiraj)

Kopira cijelu proračunsku tablicu.

Copy as Image (Kopiraj

Kopira proračunsku tablicu kao datoteku slike.

kao sliku)
Print (Ispis)

Ispisuje proračunsku tablicu.

Print Selection (Ispis

Ispisuje samo odabrane ćelije.

odabira)
Export to Excel (Izvoz u

Izvozi datoteku u Excel proračunsku tablicu.

Excel)
Export to CSV (Izvoz u

Izvozi datoteku kao .csv datoteku.

CSV)
Export to Xml (Izvoz u

Izvozi datoteku kao .xml datoteku.

Xml)
Export to Html (Izvoz u

Izvozi datoteku kao .html datoteku.

HTML)
Find (Pretraži)Pretražuje određeni tekst.

Sort (Sortiraj)

Sortira proračunsku tablicu odabirom do tri stupca podataka u
prozoru Sort (Sortiraj).

Korisnički vodič | 137

Poglavlje 8 Priprema pločica

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločice
Datoteka pločice sadržava informacije o sadržaju svake jažice koja sadržava uzorak za izvođenje. Nakonizvođenja, CFX Maestro Dx SE povezuje sadržaje jažice s podacima o fluorescenciji prikupljenim tijekom
protokola i primjenjuje odgovarajuću analizu u prozoru Data Analysis (Analiza podataka).
U softveru CFX Maestro Dx SE možete dodijeliti parametre svakoj jažici na pločici prije, tijekom ili čak
nakon izvođenja eksperimenata. Parametre možete dodijeliti postojećoj datoteci pločice ili novoj datoteci
pločice. Ti parametri uključuju:nTarget Names (Nazivi ciljeva) – cilj ili ciljevi od interesa (geni ili sekvence) u svakoj napunjenojjažici.

n

Sample Names (Nazivi uzoraka) – identifikator ili uvjet koji odgovara uzorku u svakoj napunjenojjažici, kao što je miš1, miš2 ili miš3.

nBiological groups (Biološke skupine) – identifikator ili uvjet koji odgovara skupini jažica, poput
0Hr, 1Hr ili 2Hr.
Savjet: Nazivi ciljeva, nazivi uzoraka i biološke skupine moraju biti jednake između jažica za
uspoređivanje podataka na kartici Gene Expression (Genska ekspresija) u prozoru Data
Analysis (Analiza podataka). Svaki naziv mora sadržavati ista velika i mala slova, interpunkciju irazmak. Na primjer, „Aktin” nije isto što i „aktin”, „2Hr” nije isto što i „2 h”, a „Miš 1” nije isto što i„miš1”. Da biste osigurali dosljednost imenovanja, unesite ih u odjeljak Libraries (Knjižnice) pod
User (Korisnik) > User Preferences (Korisničke postavke) > Plate (Pločica), dostupno u prozoru
Home (Početno).

nTechnical replicates (Tehnički replikati) – svaka jažica koja se koristi za analizu iste kombinacije
uzorka i cilja, odnosno replicirane qPCR reakcije.

nDilution series (Serija razrjeđivanja) – količina za promjenu koncentracije standardne vrste uzorka
unutar replicirane skupine za stvaranje podataka standardne krivulje za analizu.

Dodjeljivanje ciljne vrijednosti jažicama
Savjet: Možete dodijeliti isti naziv cilja jednoj ili više jažica. Istoj jažici također možete dodijeliti više
ciljeva.
Važno: pritiskom na OK (U redu) nakon što odredite cilj spremate promjene i onemogućujete Undo
(Poništi) na alatnoj traci Plate Editor (Uređivač pločice). Budite pažljivi kada pritisnete OK (U redu).

138 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločice

Za dodjeljivanje cilja jažici ili skupini jažica
1.

U programu Plate Editor (Uređivač pločice) provjerite je li jažici ili skupini jažica dodijeljena vrsta
uzorka.
Informacije o dodjeljivanju vrste uzoraka jažicama potražite pod Odabir vrsta uzoraka na stranici 133.

2.

U oknu pločice odaberite jažicu ili skupinu jažica:n

Da biste odabrali jednu jažicu, pritisnite jažicu.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, pritisnite jažicu i povucite do ciljne jažice.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, držite tipku Control i pritisnite svaku jažicu.

n

Da biste odabrali cijeli stupac s istom vrstom uzorka, pritisnite broj stupca.

n

Da biste odabrali cijeli redak, pritisnite broj retka.

3.

U desnom oknu odaberite naziv s padajućeg popisa Target Name (Naziv cilja) za svaki odabrani
fluorofor.

4.

Ponovite Korak 3 za svaku jažicu ili skupinu jažica kojima morate dodijeliti cilj.
Savjet: za svaki odabrani fluorofor možete dodijeliti isti ili različit naziv cilja.

5.

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i spremili pločicu.
Napomena: Ako ste pločicu promijenili pogreškom, pritisnite Undo (Poništi) na alatnoj traci
funkcije Plate Editor (Uređivač pločice) prije nego što kliknete OK (U redu) da biste prihvatili
promjene.

Za uklanjanje naziva ciljauDa biste uklonili naziv cilja iz odabrane jažice ili skupine jažica, poništite mu okvir Load (Umetni).
Važno: Uklanjanjem ciljanog naziva iz jažice uklanjate i pripadajući fluorofor. Budite pažljivi
kada uklanjate naziv cilja iz jažice.

Za dodavanje naziva cilja na popisu

Da biste dodali naziv cilja na padajući popis, učinite jedno od sljedećeg:nUpišite naziv na padajući popis Target Name (Naziv cilja) i pritisnite tipku Enter.

Korisnički vodič | 139

Poglavlje 8 Priprema pločica

Savjet: nazivi ciljeva koje dodate na jedan popis pojavljuju se na svim ostalim popisima
ciljeva.
n

Pritisnite zeleni simbol + s desne strane padajućeg popisa i upišite naziv cilja i pritisnite tipku
Enter.

n

Pritisnite User Preferences (Korisničke postavke) na alatnoj traci i dodajte naziv u knjižnicu
Target Names (Naziv cilja) na kartici Plate (Pločica).

Važno: nazivi ciljeva koje dodate na padajući popis dostupni su samo za trenutnu pločicu i samo
ako naziv dodijelite jažici i spremite raspored pločice. Ako ne dodijelite naziv jažici i ne spremite
raspored pločice, naziv se ne sprema i nije dostupan za buduću upotrebu. Da biste trajno dodali
naziv cilja, dodajte ga i u knjižnicu Target Names (Nazivi ciljeva) s pomoću dijaloškog okvira
User Preferences (Korisničke postavke). Nazivi koje dodate u knjižnicu dostupni su nakon
ponovnog otvaranja funkcije Plate Editor (Uređivač pločice). Pogledajte Postavljanje zadanih
parametara pločice na stranici 86 za više informacija.

Za brisanje naziva cilja s popisa
1.

Pritisnite User Preferences (Korisničke postavke) na alatnoj traci.
Pojavljuje se dijaloški okvir User Preferences (Korisničke postavke) koji prikazuje karticu Plate(pločica).

2.

U knjižnici Target Names (Nazivi ciljeva) na kartici Plate (Pločica) odaberite naziv za brisanje i
pritisnite tipku Delete (Izbriši).

3.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i izašli iz dijaloškog okvira User Preferences(Korisničke postavke).
Važno: Ne možete izbrisati nazive ciljeva koje ste spremili s datotekom s pločicama. Prilagođeni
nazivi koje dodate na padajući popis Target Names (Nazivi ciljeva), a ne upotrebljavate i ne
spremate s pločicom, automatski se uklanjaju s popisa. Nazivi koje izbrišete iz knjižnice Target
Names (Nazivi ciljeva) trajno se uklanjaju iz softvera i više nisu dostupni korisnicima. Buditepažljivi prilikom brisanja naziva cilja.

Dodjeljivanje naziva uzorka jažicama
Napomena: Da biste dodijelili naziv uzorka, morate dodijeliti barem jedan fluorofor odabranimjažicama. Ako odabranim jažicama nije dodijeljen fluorofor, padajući popis Sample Names (Nazivi
uzoraka) je onemogućen. Pogledajte Dodjeljivanje ciljne vrijednosti jažicama na stranici 138 za
informacije o dodjeljivanju fluorofora.
Savjet: Svakoj jažici ili skupini jažica možete dodijeliti samo jedan naziv uzorka.

140 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločice

Dodjeljivanje naziva uzorka jažici ili skupini jažica
1.

U funkciji Plate Editor (Uređivač pločice) provjerite je li jažici ili skupini jažica dodijeljen fluorofor.

2.

U oknu pločice odaberite jažicu ili skupinu jažica.

3.

U desnom oknu odaberite naziv s padajućeg popisa Sample Names (Nazivi uzoraka).
Softver automatski bira potvrdni okvir Load (Umetni).

4.

Ponovite Korak 3 za svaku jažicu ili skupinu jažica kojima morate dodijeliti naziv uzorka.

5.

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i spremili pločicu.
Napomena: Ako ste pločicu promijenili pogreškom, pritisnite Undo (Poništi) na alatnoj traci
funkcije Plate Editor (Uređivač pločice) prije nego što kliknete OK (U redu) da biste prihvatili
promjene.

Za uklanjanje naziva uzorkau

Da biste uklonili naziv uzorka iz odabrane jažice ili skupine jažica, poništite mu okvir Load (Umetni).

Za dodavanje naziva uzorka na popisu

Da biste dodali naziv uzorka na padajući popis, učinite jedno od sljedećeg:nUpišite naziv na padajući popis Sample Names (Naziv uzoraka) i pritisnite tipku Enter.

n

Pritisnite zeleni simbol + s desne strane padajućeg popisa i upišite naziv uzorka.

nPritisnite User Preferences (Korisničke postavke) na alatnoj traci i dodajte naziv u knjižnicu
Sample Names (Nazivi uzoraka) na kartici Plate (Pločica).

Važno: nazivi uzoraka koje dodate na padajući popis dostupni su samo za trenutnu pločicu isamo ako naziv dodijelite jažici i spremite raspored pločice. Ako ne dodijelite naziv jažici i ne
spremite raspored pločice, naziv se ne sprema i nije dostupan za buduću upotrebu. Da biste
trajno dodali naziv uzorka, dodajte ga i u knjižnicu Sample Names (Nazivi uzoraka) s pomoću
dijaloškog okvira User Preferences (Korisničke postavke). Nazivi koje dodate u knjižnicu
dostupni su nakon ponovnog otvaranja funkcije Plate Editor (Uređivač pločice). Pogledajte
Postavljanje zadanih parametara pločice na stranici 86 za više informacija.

Korisnički vodič | 141

Poglavlje 8 Priprema pločica

Za brisanje naziva uzoraka s popisa
1.

Pritisnite User Preferences (Korisničke postavke) na alatnoj traci.
Pojavljuje se dijaloški okvir User Preferences (Korisničke postavke) koji prikazuje karticu Plate(pločica).

2.

U knjižnici Sample Names (Nazivi uzoraka) na kartici Plate (Pločica) odaberite naziv za brisanje i
pritisnite tipku Delete (Izbriši).

3.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i izašli iz dijaloškog okvira User Preferences(Korisničke postavke).
Važno: ne možete izbrisati nazive uzoraka koje ste spremili s datotekom pločice. Prilagođeni
nazivi koje dodate na padajući popis Sample Names (Nazivi uzoraka), a ne upotrebljavate i ne
spremate s pločicom, automatski se uklanjaju s padajućeg popisa. Nazivi koje uklonite izknjižnice Sample Names (Nazivi uzoraka) uklanjaju se iz softvera i više nisu dostupni
korisnicima. Budite pažljivi prilikom brisanja naziva uzoraka.

Dodjeljivanje bioloških skupina jažicama
Napomena: Da biste dodijelili biološku skupinu, morate dodijeliti odabranim jažicama barem jedan
fluorofor. Dodjela fluorofora omogućuje padajući popis Biological Groups (Biološke skupine).
Pogledajte Dodjeljivanje ciljne vrijednosti jažicama na stranici 138 za informacije o dodjeljivanju
fluorofora.
Savjet: Možete dodijeliti po jednu biološku skupinu svakoj jažici ili skupini jažica.

Za dodjeljivanje biološke skupine jažici ili skupini jažica
1.

U funkciji Plate Editor (Uređivač pločice) provjerite je li jažici ili skupini jažica dodijeljen fluorofor.

2.

U oknu pločice odaberite jažicu ili skupinu jažica.

3.

U desnom oknu odaberite ih s padajućeg popisa Biological Group (Biološka skupina) .
CFX Maestro Dx SE automatski odabire svoj potvrdni okvir za učitavanje.

4.

Ponovite Korak 3 za svaku jažicu ili skupinu jažica kojima morate dodijeliti biološku skupinu.

142 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločice

5.

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i spremili pločicu.
Napomena: Ako ste pločicu promijenili pogreškom, pritisnite Undo (Poništi) na alatnoj traci
funkcije Plate Editor (Uređivač pločice) prije nego što kliknete OK (U redu) da biste prihvatili
promjene.

Za uklanjanje biološke skupineu

Da biste uklonili biološku skupinu iz odabrane jažice ili skupine jažica, poništite njezin okvir Load(učitavanje).

Dodavanje biološke skupine na popisu

Da biste dodali biološku skupinu na padajući popis, učinite jedno od sljedećeg:nUpišite naziv u padajući okvir Biological Group (Biološka skupina) i pritisnite tipku Enter.

nKliknite zeleni simbol + s desne strane padajućeg popisa i unesite naziv za biološku skupinu.

nKliknite User Preferences (Korisničke postavke) na alatnoj traci i dodajte naziv biblioteci
Biological Group Names (Nazivi bioloških skupina) na kartici Plate (Pločica).

Važno: Nazivi bioloških skupina koje dodate na padajući popis dostupna su samo za trenutačnu
pločicu i samo ako naziv dodijelite jažici i spremite raspored pločice. Ako ne dodijelite naziv jažici
i ne spremite raspored pločice, naziv se ne sprema i nije dostupan za buduću upotrebu. Da biste
trajno dodali naziv biološke skupine, dodajte ga i u biblioteku Biological Group Names (Nazivi
bioloških skupina) s pomoću dijaloškog okvira User Preferences (Korisničke postavke). Nazivi
koje dodate u knjižnicu dostupni su nakon ponovnog otvaranja funkcije Plate Editor (Uređivač
pločice). Pogledajte Postavljanje zadanih parametara pločice na stranici 86 za više informacija.

Brisanje naziva biološke skupine s popisa
1.

Pritisnite User Preferences (Korisničke postavke) na alatnoj traci.
Pojavljuje se dijaloški okvir User Preferences (Korisničke postavke) koji prikazuje karticu Plate(pločica).

2.

U biblioteci Biological Group Names (Nazivi bioloških skupina) na kartici pločica odaberite naziv za
brisanje i pritisnite tipku Delete (Izbriši).

3.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i izašli iz dijaloškog okvira User Preferences(Korisničke postavke).
Važno: Ne možete izbrisati nazive bioloških skupina koje ste spremili s datotekom s pločicama.
Prilagođeni nazivi koje dodate na padajući popis Biological Group Names (Nazivi bioloških
skupina), a ne upotrebljavate i ne spremate s pločicom, automatski se uklanjaju s popisa. Nazivi
koje izbrišete iz biblioteke Biological Group Names (Nazivi bioloških skupina) trajno se uklanjaju
iz softvera i više nisu dostupni korisnicima. Pazite kad brišete biološke nazive.

Korisnički vodič | 143

Poglavlje 8 Priprema pločica

Pregled svih bioloških skupina na pločiciuKliknite Show Biological Groups (Prikaži biološke skupine) da biste vidjeli sve biološke skupine na
pločici.

Svaka se skupina prepoznaje po određenoj boji, a gumb Show Biological Groups (Prikaži biološke
skupine) mijenja se u Hide Biological Groups (Sakrij biološke skupine).
Kliknite Hide Biological Groups (Sakrij biološke skupine) da biste očistili boju u jažicama. Možete ikliknuti bilo koji otvor na pločici kako biste sakrili biološke skupine.

Dodjeljivanje brojeva tehničkog replikata jažicamaVažno: za dodjeljivanje brojeva tehničkih replikata odabrane jažice moraju sadržavati identičansadržaj jažica. Odnosno, odabrane jažice moraju imati isti tip uzorka i fluorofor. Ako je to prikladno,
moraju im se također dodijeliti ista nazivi ciljeva i uzoraka te ista biološka skupina. Ako nisu isti, CFX
Maestro Dx SE ne omogućuje ovu opciju.

Za dodjeljivanje brojeva tehničkih replikata skupini jažica
1.

U programu Plate Editor (Uređivač pločica) provjerite jesu li sadržaji skupine jažica identični.

2.

U oknu pločice odaberite ciljnu skupinu jažica.

3.

Da biste dodijelili isti broj replikata svim odabranim jažicama, u odjeljak Replicate # (Broj replikata) u
desnom oknu upišite broj replikata u okvir i odaberite Load (Umetni).

4.

(Opcionalno) Da biste primijenili seriju replikata na niz odabranih jažica:144 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločicea.

Pritisnite Technical Replicates (Tehnički replikati). Odjeljak Replicate # (Broj replikata) mijenja
se da bi se prikazale sljedeće mogućnosti:n(Veličina replikata) – broj koji predstavlja broj jažica u svakoj skupini replikatan(Početni broj replikata) – prvi broj u seriji replikata za odabranu skupinu replikata

Napomena: prema zadanim postavkama, CFX Maestro Dx SE prikazuje početni broj
replikata kao jedan broj veći od zadnjeg broja tehničkog replikata dodijeljenog na pločici.
Primjerice, ako je zadnji broj tehničkog replikata na pločici pet, sljedeći početni broj je šest.
Početni broj možete promijeniti u bilo koji broj koji već nije dodijeljen.
n
b.

5.

Smjer umetanja (vodoravni ili okomiti)

Pritisnite Apply (Primjeni) da biste primijenili parametre na seriju i vratite se na zaslon Replicate# (Broj replikata).

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i spremili pločicu.
Napomena: Ako ste pločicu promijenili pogreškom, pritisnite Undo (Poništi) na alatnoj traci
funkcije Plate Editor (Uređivač pločice) prije nego što kliknete OK (U redu) da biste prihvatili
promjene.

Za uklanjanje jažice iz serije replikatauOznačite jažicu ili skupinu jažica koje želite ukloniti i poništite potvrdni okvir Replicate # Load (Umetni
broj replikata).
Možete i pritisnuti Clear Replicate # (Ukloni broj replikata) da biste uklonili broj replikata iz odabranejažice ili skupine jažica.

Za pregled svih tehničkih replikata na pločiciuKliknite Show Technical Replicates (Prikaži tehničke replikate) za prikaz svih tehničkih replikata na
pločici.
Svaka se skupina određuje po posebnoj boji, a gumbom Show Technical Replicates (Prikaži tehničke
replikate) mijenjate u Hide Technical Replicates (Sakrij tehničke replikate).

Korisnički vodič | 145

Poglavlje 8 Priprema pločica

Pritisnite Hide Technical Replicates (Sakrij tehničke replikate) da biste očistili boju u jažicama.
Možete i pritisnuti bilo koji otvor na pločici kako biste sakrili tehničke replikate.

Dodjeljivanje serije razrjeđivanja standardnim vrstama uzoraka
Kao što je prethodno spomenuto, svim jažicama s uzorkom vrste Standard mora se dodijeliti vrijednost
koncentracije. Seriju razrjeđivanja možete dodijeliti više jažica s uzorkom vrste Standard.
Napomena: Da bi se skupini jažica dodijelila serija razrjeđivanja, jažice moraju biti uključene u
tehnički ponovljenu seriju. Pogledajte Dodjeljivanje brojeva tehničkog replikata jažicama na stranici
144 za informacije o dodavanju jažica u repliciranu seriju.

Dodjeljivanje serije razrjeđenja skupini jažica standardnih uzoraka
1.

U funkciji Plate Editor (Uređivač pločice) provjerite jesu li ispunjeni sljedeći zahtjevi:nVrsta uzorka za skupinu jažica je Standard.

nSvim jažicama u skupini dodijeljen je barem jedan fluorofor i svi sadržavaju iste fluorofore.

n

Sve jažice u skupini uključene su u istu seriju tehničkih replikacija.
Napomena: CFX Maestro Dx SE omogućuje opciju Dilution Series (Serija razrjeđivanja)samo kada sve odabrane jažice udovoljavaju tim kriterijima.

2.

U oknu pločice odaberite ciljnu skupinu jažica.

3.

U odjeljku Concentration (Koncentracija) u desnom oknu Dilution Series (Serija razrjeđivanja).
Odjeljak Concentration (Koncentracija) mijenja se da bi se prikazale sljedeće mogućnosti:nStarting concentration (Početna koncentracija) – vrijednost koncentracije od koje serija
započinjenReplicates from/to (Replicira se od/do) – replike u seriji na koju će se primijeniti faktor
razrjeđivanja

146 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodjeljivanje opcionalnih parametara datoteci pločicenDilution factor (Faktor razrjeđivanja) – količina za promjenu koncentracije unutar svake
replicirane skupine

4.

Postavite vrijednosti za opcije ili prihvatite zadane vrijednosti.

5.

Prema zadanim postavkama, serija razrjeđivanja smanjuje se za faktor razrjeđivanja. Odaberite
Increasing (Povećavanje) da biste povećali seriju razrjeđivanja.

6.

(Opcionalno) Prema zadanim postavkama, faktor razrjeđivanja odnosi se na sve fluorofore u
repliciranoj seriji. Ako vaša serija sadržava više od jednog fluorofora i želite primijeniti razrjeđivanje
na jedan fluorofor, odaberite ga s padajućeg popisa.

7.

Kliknite Apply (Primijeni) da primijenite seriju razrjeđivanja na skupinu jažica i vratite se u prikaz
Concentration (Koncentracija).

8.

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i spremili pločicu.

Kopiranje sadržaja jažice u drugu jažicu
Možete kopirati sadržaj jažice i zalijepiti ga u jednu ili više jažica. Međutim, možete kopirati sadržaj samo
jedne jažice. Ne možete odabrati više jažica i kopirati njihov sadržaj.

Za kopiranje sadržaja jažice u drugu jažicu
1.

U oknu pločice odaberite jažicu za kopiranje.

2.

Desnom tipkom miša pritisnite jažicu i odaberite Copy Well (Kopiraj jažicu).

3.

Odaberite jažicu ili jažice u koje ćete lijepiti sadržaj:4.

n

Da biste odabrali jednu jažicu, pritisnite jažicu.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, pritisnite jažicu i povucite do ciljne jažice.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, držite tipku Control i pritisnite svaku jažicu.

S odabranim ciljnim jažicama pritisnite desnu tipku miša i odaberite Paste Well (Zalijepi jažicu).
CFX Maestro Dx SE lijepi sadržaj prve jažice u odabrane jažice.

Dodavanje zapisa Note (Bilješka) jažici
Jažici možete dodati opisnu bilješku. Bilješke o jažicama možete pregledati na kartici Quantification(Kvantifikacija) u prozoru Data Analysis (Analiza podataka).

Za dodavanje bilješke jažici
1.

U oknu pločice odaberite jažicu ili jažice kojima planirate dodati bilješku.

2.

U odjeljku View (Prikaz) u donjem oknu odaberite Well Note (Bilješka o jažici).

Korisnički vodič | 147

Poglavlje 8 Priprema pločica

Područje Well Note (Bilješka o jažici) pojavljuje se u desnom oknu.

3.

Upišite sadržaj bilješke u okvir za tekst i pritisnite tipku Enter.
Tekst se pojavljuje na dnu odabranih jažica.
Savjet: Ako ste stvorili prethodnu bilješku jažice, možete je odabrati s padajućeg popisa i
primijeniti na odabrane jažice.

Čišćenje cijelokupnog sadržaja u jažici
Možete cjelokupni sadržaj za pojedinu jažicu, skupinu jažica ili cijelu pločicu. Čišćenjem jažica neuklanjaju se podaci o fluorescenciji prikupljeni tijekom očitavanja s pločice.
Važno: čišćenjem jažice trajno uklanjate sadržaj iz jažice. Ako nakon čišćenja jažice pritisnete OK (Uredu) i spremite pločicu, ne možete poništiti radnju čišćenja. Budite pažljivi prilikom čišćenja jažice.

Za brisanje svih postavki jažica
1.

2.

U Plate Editor (Uređivač pločice) odaberite jažicu ili skupinu jažica u oknu pločice:n

Da biste odabrali jednu jažicu, pritisnite jažicu.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, pritisnite jažicu i povucite do ciljne jažice.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, držite tipku Control i pritisnite svaku jažicu.

n

Da biste odabrali cijeli stupac s istom vrstom uzorka, pritisnite broj stupca.

n

Da biste odabrali cijeli redak, pritisnite broj retka.

U desnom oknu pritisnite Clear Wells (Očisti jažice).
CFX Maestro Dx SE briše sve postavke u odabranim jažicama.

3.

Učinite jedno od sljedećeg:n

Ako ste jažicu izbrisali pogreškom, pritisnite Undo (Poništi) na alatnoj traci funkcije Plate Editor(Uređivač pločice) prije nego što kliknete OK (U redu) da biste prihvatili promjene.
Važno: pritiskom na OK (U redu) prije nego pritisnete Undo (Poništi) spremate promjene i
onemogućujete Undo (Poništi) na alatnoj traci Plate Editor (Uređivač pločice).

n

Pritisnite OK (U redu) da biste prihvatili promjene i spremili pločicu.

148 | Softver CFX Maestro Dx SE

Promjena Experiment Settings (Postavke eksperimenta)

Promjena Experiment Settings (Postavke eksperimenta)
Upotrijebite dijaloški okvir Experiment Settings (Postavke eksperimenta) za prikaz ili promjenu popisa
ciljeva, uzoraka ili bioloških skupina ili za postavljanje skupine uzoraka za analizu genske ekspresije dabiste analizirali jeste li dodijelili biološke skupine jažicama na ploči.
U dijaloškom okviru Experiment Settings (Postavke eksperimenta), kartica Targets (Ciljevi) prikazuje
popis ciljanih imena za svaku PCR reakciju, kao što su ciljni gen ili sekvence gena od interesa.
Kartica Samples and Biological Groups (Uzorci i biološke skupine) prikazuje popis uzoraka i imena
bioloških skupina koji ukazuju na izvor cilja, poput uzorka uzetog nakon 1 sata (1Hr) ili od određenog
pojedinca (miš1).

Za promjenu postavki pločice pomoću dijaloškog okvira Experiment Settings (Postavkeeksperimenta)
1.

Da biste otvorili dijaloški okvir Experiment Settings (Postavke eksperimenta), učinite jedno od
sljedećeg:n

U desnom oknu u programu Plate Editor (Uređivač ploča) pritisnite Experiment Settings(Postavke eksperimenta).

n

Na kartici Gene Expression (Genska ekspresija) u prozoru Data Analysis (Analiza podataka)pritisnite Experiment Settings (Postavke eksperimenta).

Pojavit će se dijaloški okvir Experiment Settings (Postavke eksperimenta) koji prikazuje sadržaj
kartice Targets (Ciljevi).

Korisnički vodič | 149

Poglavlje 8 Priprema pločica

2.

Da biste dodali novi naziv cilja, uzorka ili biološke skupine, u odgovarajuću karticu upišite naziv utekstualni okvir New (Novo) i pritisnite Add (Dodaj).

3.

Da biste s popisa uklonili jedan ili više naziva ciljeva, uzoraka ili bioloških skupina, na odgovarajućoj
kartici označite okvir stavke u stupcu Select to Remove (Odaberi za uklanjanje) i pritisnite Remove
checkeditem(s) (Ukloni označenu(e) stavku(e)).

4.

CFX Maestro Dx SE isključuje vrstu uzorka NTC (bez kontrole predloška) iz analize genske
ekspresije.
Da biste uključili NTC vrste uzoraka, poništite njegov potvrdni okvir u odjeljku Izuzmi sljedeće tipove
uzoraka. Možete izuzeti sljedećih vrsta uzoraka odabirom odgovarajućeg potvrdnog okvira:5.

n

NRT (no reverse transcriptase) (NRT (bez reverzne transkriptaze))n

Negative Control (Negativna kontrola)n

Positive Control (Pozitivna kontrola)nStandard

Na kartici Targets (Ciljevi):a.

Da biste odabrali cilj kao referencu za analizu podataka genske ekspresije, odaberite ga ustupcu Reference (Referenca).

b.

Da biste sakrili postavke analize koje će se primijeniti na kartici Gene Expression (Genska
ekspresija) u prozoru Analysis Settings (Postavke analize), izbrišite opciju Show Analysis
Settings (Prikaži postavke analize).
Softver skriva sljedeće stupce:nColor (Boja)n

Show Chart (Prikaži grafikon)nAuto Efficiency (Automatska učinkovitost)nEfficiency (%) (Učinkovitost (%))

c.

Da biste promijenili boju cilja kako je prikazan na grafikonu Gene Expression (Genska
ekspresija), pritisnite njegovu ćeliju u stupcu Color (Boja), odaberite novu boju u dijaloškom
okviru Color (Boja) koji se pojavi i pritisnite OK (U redu).

d.

Da biste prikazali cilj u odabranoj boji na grafikonu Gene Expression (Genska ekspresija),
označite njegov okvir u stupcu Show Chart (Prikaži grafikon).

e.

Prema zadanim postavkama, CFX Maestro Dx SE automatski izračunava relativnu učinkovitost
cilja ako njegovi podaci uključuju standardnu krivulju.

150 | Softver CFX Maestro Dx SE

Promjena Experiment Settings (Postavke eksperimenta)

Da biste upotrijebili prethodno utvrđenu vrijednost učinkovitosti, upišite vrijednost u njegovućeliju u stupac Efficiency (%) (Učinkovitost (%)) i pritisnite tipku Enter. CFX Maestro Dx SE briše
okvir Auto Efficiency (Automatska učinkovitost).
6.

7.

Na kartici Samples (Uzorci) i Biological Groups (Biološke skupine):a.

Da biste odabrali uzorak ili biološku skupinu kao uzorak kontrole za analizu podataka genske
ekspresije, odaberite im potvrdni okvir u stupcu Control (Kontrola).

b.

Da biste dodijelili kontrolni uvjet uzorku ili biološkoj skupini za izvođenje, pritisnite njegov
potvrdni okvir u stupcu Control (Kontrola).

c.

Ako već nije odabran, pritisnite Show Analysis Settings (Prikaži postavke analize) da biste
pogledali ili promijenili parametre analize koji će se primijeniti na kartici Gene Expression(Genska ekspresija). Softver skriva stupce Color (Boja) i Show Chart (Prikaži grafikon).

Pritisnite OK (U redu) da biste parametre spremili u dijaloški okvir (Experiment Settings) Postavkeeksperimenta i vratili se u prozor Plate Editor (Uređivač pločice).

Korisnički vodič | 151

Poglavlje 8 Priprema pločica

Stvaranje skupina jažica
Skupine jažica dijele jednu pločicu na podskupine jažica koje se mogu samostalno analizirati u prozoru
Data Analysis (Analiza podataka). Nakon postavljanja skupina jažica, odaberite jednu u prozoru Data
Analysis (Analiza podataka) da biste analizirali podatke kao neovisnu skupinu. Na primjer, postavite
skupine jažica za analizu više eksperimenata u jednoj pločici ili za analizu svake skupine jažica s različitim
standardnim krivuljama.
Napomena: zadana skupina jažica je All Wells (Sve jažice).

Stvaranje skupina jažica
1.

Da biste otvorili Well Groups Manager (Upravitelj skupina jažica), učinite jedno od sljedećeg:n

Na alatnoj traci Plate Editor (Uređivača pločica) pritisnite Well Groups (Skupina jažica).

n

U prozoru Data Analysis (Analiza podataka) pritisnite Manage Well Groups (Upravljanje
skupinama jažica).

Pojavljuje se dijaloški okvir Well Groups Manager (Upravitelj za skupine jažica).

2.

Pritisnite Add (Dodaj) da biste stvorili novu skupinu. Padajući izbornik prikazuje Group 1 (Skupina 1)
kao naziv prve skupine.

3.

Odaberite jažice za skupinu jažica u prikazu pločice pritiskom i povlačenjem preko skupine jažica.
Odabrane jažice u programu Manager (Upravitelj) izgledaju plavo.

152 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje skupina jažica

4.

(Opcionalno) Da biste promijenili naziv skupine, odaberite njezino ime na padajućem izborniku iunesite novi naziv.

5.

(Opcionalno) Da biste izbrisali skupinu jažica, odaberite njezino ime na padajućem popisu i pritisnite
Delete (Izbriši).

6.

Pritisnite OK (U redu) da biste dovršili i zatvorili prozor ili pritisnite Cancel (Otkaži) da biste zatvorili
prozor bez izmjena.

Stavke dijaloškog okvira Well Groups Manager (Upravitelj za skupine jažica) za
pritisak desnom tipkom
Tablica 10 prikazuje stavke izbornika dostupne u dijaloškom okviru Well Groups Manager (Upravitelj za
skupine jažica) kada desnom tipkom miša pritisnete bilo koju jažicu.
Tablica 10. Stavke dijaloškog okvira Well Groups Manager (Upravitelj za skupinejažica) programa Plate Editor (Uređivač pločice) za pritisak desnom tipkom

StavkaFunkcija

Copy (Kopiraj)

Kopira sadržaj jažice, koji se zatim može zalijepiti u drugujažicu ili jažice.

Copy as Image (Kopiraj kao

Kopira prikaz birača jažica kao sliku.

sliku)
Print (Ispis)

Ispisuje prikaz birača jažica.

Print Selection (Ispis odabira)

Ispisuje samo odabrane ćelije.

Export to Excel (Izvoz u Excel)

Izvozi podatke u Excel proračunsku tablicu.

Export to CSV (Izvoz u CSV)

Izvozi podatke kao dokument razdvojen zarezom.

Export to Xml (Izvoz u Xml)

Izvozi podatke kao .xml dokument.

Export to Html (Izvoz u HTML)

Izvozi podatke kao .html dokument.

Korisnički vodič | 153

Poglavlje 8 Priprema pločica

Promjena Trace Styles (Stilovi tragova)
Tijekom postavljanja pločice i dok je izvođenje u tijeku možete izmijeniti boju i stil tragova pojačanja. Tadamožete lako pregledavati tragove u prozoru statusa u stvarnom vremenu dok se podaci prikupljaju.

Za promjenu stilova praćenja
1.

Pritisnite Trace Styles (Stilovi tragova) na alatnoj traci Plate Editor (Uređivač pločice).
Dijaloški okvir Trace Styles (Stilovi tragova) pojavljuje se za otvorenu pločicu, na primjer:

2.

Da biste prikazali stilove tragova pomoću određenog fluorofora, odaberite ga u padajućem izborniku
Fluorophores (Fluorofori).

3.

Da biste promijenili prikaz traga:a.

Odaberite vrstu traga s padajućeg popisa Wells (Jažice).

b.

Pritisnite njegovu boju u stupcu Color (Boja).

c.

U dijaloškom okviru Color (Boja) koji se pojavi odaberite drugu boju za praćenje i pritisnite OK (Uredu).
CFX Maestro Dx SE prikazuje promjenu boje za vrstu jažice na mreži.

d.
4.

(Opcionalno) Na padajućem popisu Symbols (Simboli) odaberite simbol za trag.

Da biste brzo promijenili skup boja, pritisnite odgovarajući izbor u odjeljku Color Quick Set (Brzopostavljanje boja).

154 | Softver CFX Maestro Dx SE

Promjena Trace Styles (Stilovi tragova)

5.

Da biste pregledali oznake jažica u mreži, odaberite vrstu oznake u odjeljku Well Labels (Oznakejažica)6.

Pritisnite OK (U redu) za spremanje promjena ili Cancel (Odustani) za otkazivanje promjena.

Korisnički vodič | 155

Poglavlje 8 Priprema pločica

Prikaz, izvoz i uvoz pločice u formatu proračunske tablice
Alat Spreadsheet View/Importer (Prikaz proračunske tablice / uvoznik) prikazuje sadržaj pločice u obliku
proračunske tablice. Preglednik nudi opciju prikaza, uvoza i izvoza podataka jažice kako je opisano unastavku.

Upotreba preglednika proračunske tablice za izvoz i uvoz podataka pločice
U pregledniku proračunske tablice možete izvesti naziv cilja, naziv uzorka, naziv biološke skupine ibilješke o jažici kao predložak u formatu razgraničenom tabulatorima u aplikaciju kao što je Microsoft
Excel. Isto tako možete uvesti te podatke iz aplikacije razgraničene tabulatorima u prethodno definiranu
pločicu iz datoteke s informacijama o eksperimentu.

Za upotrebu alata Spreadsheet View/Importer (Prikaz proračunske tablice / uvoznik)
1.

Izradite i spremite datoteku pločice (vidjeti Stvaranje datoteke pločice prozorom Plate Editor(Uređivač pločice)).

2.

Na alatnoj traci Plate Editor (Uređivač pločice) pritisnite karticu Spreadsheet View/Importer (Prikaz
proračunske tablice / uvoznik) da biste otvorili dijaloški okvir Plate Spreadsheet View (Prikaz
proračunske tablice).

3.

(Opcionalno) Kliknite okvire Show Biological Set Name (Pokaži naziv biološkog skupa) i Show Well
Note (Pokaži bilješku o jažici) za prikaz tih stupaca u Spreadsheet View (Prikaz proračunske tablice) iizvezenoj datoteci.

4.

Kliknite gumb Export Template (Izvezi predložak) kako biste izradili prazan predložak u datoteci
Excel (format .csv). Izvezena datoteka prikazivat će isti raspored kao vaša pločica.

156 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prikaz, izvoz i uvoz pločice u formatu proračunske tablice

Savjet: Upotrijebite naziv datoteke pločice pri spremanju svojih datoteka pločice kako biste
jednostavno identificirali datoteku.
5.

Popunite ćelije datoteke Excel svojim sadržajem jažica.
Napomena: Možete urediti samo sadržaj ćelija u stupcu koji pored naziva stupca ima zvjezdicu(*) (na primjer * Target Name (Naziv cilja), *Sample Name (Naziv uzorka), *Biological Group
Name (Naziv biološke skupine), *Well Note (Bilješka o jažici)).
Napomena: Ne možete dodavati vrijednosti stupcima Standard Curve (Standardna krivulja) i
Quantity (Količina) u izvezenoj datoteci Excel. Kako biste izmijenili te podatke, vratite se u Plate
Editor (Uređivač pločice) i odaberite Settings (Postavke) > Units (Jedinice) u traci izbornika.
Nakon završetka izvođenja pločice, podaci iz navedenih standarda pojavljuju se na grafikonu
Standard Curve (Standardna krivulja) na kartici Quantification (Kvantifikacija) u prozoru Analiza
podataka s odabranim jedinicama.

6.

Uvezite popunjenu datoteku Excel natrag u Plate Editor (Uređivač pločice) tako što ćete kliknuti
gumb Import (Uvezi). Uvezeni podaci pločice pojavljuju se u prozoru Plate Spreadsheet View (Prikaz
proračunske tablice pločice).
Važno: Ako imate više fluorofora, korake 3 do 5 trebat ćete izvesti za svaki fluorofor s pomoću
padajućeg izbornika Flours List (Popis fluorofora) u Plate Spreadsheet View (Prikaz
proračunske tablice pločice).

7.

Kliknite gumb OK (U redu). Novi podaci pločice sad se pojavljuju u prozoru Plate Editor (Uređivač
pločice).

Savjet: Stavke izbornika dostupne u alatu Spreadsheet View/Importer (Prikaz proračunske tablice /uvoznik) možete prikazati kada pritisnete desnu tipku miša na bilo koju jažicu u alatu ili bilo koje odzaglavlja tablice u prikazu Plate Spreadsheet (Proračunska tablica pločice).

Korisnički vodič | 157

Poglavlje 8 Priprema pločica

Stvaranje rasporeda pločice pomoću Plate Setup Wizard(Čarobnjak za postavljanje pločice)S pomoću programa Plate Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje pločice) možete unijeti informacije orasporedu pločica potrebne za normaliziranu analizu genske ekspresije, uključujući:
nnazive ciljeva

nnazive uzorakanmjesta ciljeva i uzoraka na pločicinreferentne genenkontrolni uzorak.

Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) možete upotrijebiti prije, tijekom ili nakon izvođenja.

Upotreba programa Plate Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje
pločice)
Ovaj odjeljak objašnjava kako stvoriti raspored pločice pomoću programa Plate Setup Wizard (Čarobnjak
za postavljanje pločice). Da biste lakše pregledali sadržaj svake jažice na pločici, pritisnite Zoom
(Zumiranje) pločice na gornjem dijelu programa Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje).
Važno: povratak na karticu Auto layout (Automatski raspored) dok ste na bilo kojoj drugoj kartici u
programu Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) poništava raspored pločice. Budite pažljivi pri
odabiru ove kartice.
Savjet: Raspored možete poništiti odabirom Tools (Alati) > Clear Plate (Očisti ploču) u programu
Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje).

Za upotrebu programa Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) za pločice
1.

Otvorite Plate Editor (Uređivač pločice).

2.

Da biste otvorili program Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje), učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite Editing Tools (Alat za uređivanje) > Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje).

nPritisnite Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) na alatnoj traci Plate Editor (Uređivač
pločice).

Pojavit će se Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) koji prikazuje karticu Auto layout (Automatski
raspored).

158 | Softver CFX Maestro Dx SE

Stvaranje rasporeda pločice pomoću Plate Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje pločice)3.

Na kartici Auto layout (Automatski raspored) učinite sljedeće:a.

Pritisnite jažicu na mreži i povucite preko i prema dolje kako biste odredili područje na pločici ukoje planirate umetnuti uzorak.

b.

Unesite broj ciljeva i uzoraka za umetanje.
Savjet: broj ciljeva i uzoraka mora biti jednak broju odabranih stanica. Ako se uneseni
brojevi ne uklapaju u odabrano područje, izmijenite brojeve ili područje za odabir pločice.
Može se odrediti orijentacija predmeta na pločici i njihovo grupiranje.

c.

(Opcionalno) Promijenite orijentaciju pločice. Na primjer, možete postaviti ciljeve u stupce iuzorke u retke ili grupirati po uzorcima.

d.

Pritisnite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Target names (Nazivi ciljeva).

Napomena: Ako raspored pločice nema uobičajeni obrazac, upotrijebite karticu Target names(Nazivi ciljeva) za ručno postavljanje ciljeva ili karticu Sample names (Nazivi uzoraka) za ručno
postavljanje uzoraka na pločici. Pritisnite i povucite za odabir više jažica.
4.

Na kartici Target names (Nazivi ciljeva) definirajte nazive ciljeva za skupine ciljeva:a.

Učinite jedno od sljedećeg:n

Da biste preimenovali ciljeve prema skupini, postavite Select by (Odaberi prema) na Target(Cilj).

Korisnički vodič | 159

Poglavlje 8 Priprema pločicanb.

Da biste ciljeve preimenovali prema jažici, postavite Select by (Odaberi prema) na Well(Jažica).

Odaberite skupinu ciljeva ili jažicu u mreži i upišite naziv na padajući popis Target name (naziv
cilja).
Savjet: pritisnite Tab (Kartica) za odabir sljedeće skupine ili jažice zdesna ili tipku Enter za
odabir sljedeće skupine ili jažice ispod. Umjesto toga, u karticama Target name (Naziv cilja)
i Sample name (Naziv uzorka) držite tipku Control i pritisnite jažicu da biste odabrali višejažica koje nisu susjedne.

c.

Pritisnite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Sample names (Nazivi uzoraka).

5.

U kartici Sample Names (Nazivi uzoraka) definirajte nazive uzoraka za skupine uzoraka.

6.

Kliknite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Reference targets (Referentni ciljevi).

7.

Na kartici Reference targets (Referentni ciljevi) odaberite jedan ili više ciljeva koji će se koristiti kao
reference za normaliziranu gensku ekspresiju i pritisnite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice
Control sample (Kontrolni uzorak).

8.

U kartici Control sample (Kontrolni uzorak) odaberite jedan uzorak koji ćete upotrijebiti kao kontrolu
za izračun relativne genske ekspresije.

9.

Pritisnite OK (U redu) da biste spremili raspored pločice i vratili se u Plate Editor (Uređivač pločice) u
kojem možete dalje definirati parametre pločice. Za više informacija pogledajte Dodjeljivanje
opcionalnih parametara datoteci pločice na stranici 138.
Možete i pritisnuti Previous (Natrag) za povratak na prethodnu karticu da biste unijeli promjene.
Napomena: Povratak na karticu Auto layout (Automatski raspored) automatski resetira pločicu.
Budite pažljivi kada pritisnete Previous (Natrag).

160 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata
Ovo poglavlje objašnjava kako izvesti prilagođene (korisnički definirane) ili PrimePCR eksperimente za
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition.
Podatkovna datoteka za izvođenje sadržava podatke o protokolu i pločici za izvođenje. Datotekasadržava i podatke iz analiza koje CFX Maestro Dx SE izvodi nakon završetka izvođenja.
CFX Maestro Dx SE olakšava postavljanje i izvođenje korisničkih ili PrimePCR eksperimenata. Prozor
Run Setup (Pokretanje izvođenja) vodi vas kroz uobičajene korake postavljanja eksperimenta, vodeći vas
do dijaloškog okvira Start Run (Pokreni izvođenje) iz kojeg započinjete izvođenje.

Korisnički vodič | 161

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja)
Prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) pruža brzi pristup datotekama i postavkama potrebnim za
postavljanje i izvođenje eksperimenta. Kada odlučite izvesti korisnički definirani eksperiment, otvara se
prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) koji prikazuje karticu Protocol (Protokol). Kada odlučite izvesti
eksperiment PrimePCR, otvara se prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) koji prikazuje karticu Startrun (Pokreni izvođenje).
Savjet: Informacije o PrimePCR potražite u odjeljku Izvođenje PrimePCR eksperimenata na stranici
179; pogledajte Kartica Start Run (Pokreni izvođenje) na stranici 169 za informacije o kartici Start
Run (Pokretanje izvođenja).

162 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja)

LEGENDA
1.

Kartice vas vode kroz postavljanje i izvođenje eksperimenta:n Kartica Protocol (Protokol) – odaberite postojeći protokol za izvođenje iliuređivanje ili za izradu novog protokola u programu Protocol Editor (Uređivač
protokola).
n Kartica Plate (Pločica) – odaberite postojeću pločicu za izvođenje ili uređivanje ili
za izradu nove pločice u programu Protocol Editor (Uređivač protokola).
n Kartica Start Run (Pokreni izvođenje) – pregledajte postavke eksperimenta,
odaberite jedan ili više blokova s uređajima i započnite s izvođenjem.

2.

Glavni prozor prikazuje opcije za svaku karticu dok ih primjenjujete.

3.

Navigacijski gumbi vode vas do kartice Start Run (Pokreni izvođenje).

Pristup prozoru Run Setup (Postavljanje izvođenja)
Za pristup prozoru Run Setup (Postavljanje izvođenja)u

Učinite jedno od sljedećeg:n

Na kartici Run setup (Postavljanje izvođenja) u funkciji Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje)
kliknite User-defined (Korisnički definirano) ili PrimePCR.

n

U prozoru Home (početno) na alatnoj traci kliknite User-defined Run Setup (Korisnički definirano
postavljanje izvođenja) ili PrimePCR Run Setup (Postavljanje izvođenja PrimePCR).

n

U prozoru Home (početno) odaberite Run (Izvedi) > User-defined Run (Korisnički definiranoizvođenje) ili Run (Izvođenje) > PrimePCR Run (PrimePCR izvođenje).

Korisnički vodič | 163

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Kartica Protocol (Protokol)
Kartica Protocol (Protokol) prikazuje pregled datoteke protokola koju planirate pokrenuti. Datoteka
protokola sadržava upute za korake temperature uređaja, kao i opcije uređaja koje kontroliraju stopu
povećanja, volumen uzorka i temperaturu poklopca.

Prema zadanim postavkama, softver prikazuje protokol definiran u odjeljku File Selection for Run Setup(Izbor datoteke za pokretanje izvođenja) na kartici Files (Datoteke) u dijaloškom okviru User (Korisnik) >User Preferences (Korisničke postavke). Zadani protokol možete promijeniti u dijaloškom okviru User
Preferences (Korisničke postavke). Pogledajte Promjena zadanih postavki datoteka na stranici 83 za više
informacija.
Na kartici Protocol (Protokol) možete
n

Izraditi novi protokol za izvođenje

nOdabrati postojeći protokol za izvođenje ili uređivanje

Za više informacija o izradi i izmjeni protokola, pogledajte Poglavlje 7, Postavljanje protokola.

Izrada novog protokola
1.

Na kartici Protocol (Protokol) kliknite Create New (Izradi novo).
Pojavljuje se program Protocol Editor (Uređivač protokola).

164 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Protocol (Protokol)

2.

Upotrijebite funkciju Plate Protocol (Uređivač protokola) za izradu novog protokola.

3.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili protokol i vratili se na karticu Protocol (Protokol) u Run Setup(Postavljanje izvođenja).

4.

Pogledajte detalje protokola i učinite jedno od sljedećeg:n

Ako su detalji točni, kliknite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Plate (Pločica).

n

Ako su detalji netočni, kliknite Edit Selected (Uredi odabrano) da biste se vratili u prozor Protocol
Editor (Uređivač protokola). Pregledajte protokol, spremite promjene, a zatim kliknite Next
(Dalje) na kartici Protocol (Protokol) da biste nastavili do kartice Plate (Pločica).

Za odabir postojećeg protokola
1.

Na kartici Protocol (Protokol) učinite jedno od sljedećeg:nKliknite Select Existing (Odaberi postojeće) i prijeđite na postojeći protokol.

nKliknite Express Load (Brzo umetanje) i odaberite protokol s padajućeg popisa protokola.
Savjet: Možete dodati protokole ili ih ukloniti s padajućeg popisa Express Load (Brzoumetanje). Pogledajte Dodavanje i uklanjanje protokola brzog umetanja koje slijedi za više
informacija.

2.

Pogledajte detalje protokola i učinite jedno od sljedećeg:n

Ako su detalji točni, kliknite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Plate (Pločica).

n

Ako su detalji netočni, kliknite Edit Selected (Uredi odabrano) da biste otvorili Protocol Editor(Uređivač protokola). Pregledajte protokol, spremite promjene, a zatim kliknite Next (Dalje) na
kartici Protocol (Protokol) da biste nastavili do kartice Plate (Pločica).

Dodavanje i uklanjanje protokola brzog umetanjaMožete izmijeniti sadržaj padajućeg popisa Express Load (Brzo umetanje) koji se pojavljuje u funkciji
Protocol Editor (Uređivač protokola). Protokoli s ovog popisa spremaju se u sljedeću mapu:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Izmjena popisa Express Load (Brzo umetanje) protokola
1.

Dođite do mape ExpressLoad (Brzo umetanje) i otvorite je.

2.

Pregledajte datoteke protokola (.pcrl) u mapi.

3.

Učinite nešto od sljedećeg:nIzbrišite protokole iz mape da biste ih uklonili s padajućeg popisa.

nKopirajte protokole u mapu da biste ih dodali na padajući popis.

Korisnički vodič | 165

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Kartica Plate (Pločica)Napomena: Ako protokol odabran na kartici Protokol ne uključuje korak čitanja s pločica za PCR
analizu u stvarnom vremenu, kartica Plate (Pločica) je skrivena. Da biste pogledali karticu Plate(Pločica), dodajte barem jednu očitanu pločicu u protokol.
Kartica Plate (Pločica) prikazuje pregled datoteke pločice koju planirate učitati. U PCR izvođenju u
stvarnom vremenu, datoteka s pločicom sadržava opis sadržaja svake jažice, uključujući njezine
fluorofore, način skeniranja i vrstu pločice. CFX Maestro Dx SE koristi ove opise za prikupljanje i analizu
podataka.

Prema zadanim postavkama, softver prikazuje pločicu definiranu u odjeljku File Selection for Run Setup(Izbor datoteke za pokretanje izvođenja) na kartici Files (Datoteke) u dijaloškom okviru User (Korisnik) >User Preferences (Korisničke postavke). Možete promijeniti zadanu pločicu u dijaloškom okviru User
Preferences (Korisničke postavke). Pogledajte Promjena zadanih postavki datoteka na stranici 83 za više
informacija.
Na kartici Plate (Pločica) možete
n

Izraditi novu pločicu za umetanjenOdabrati postojeću pločicu za umetanje ili uređivanje

Za više informacija o izradi i izmjeni pločica, pogledajte Poglavlje 8, Priprema pločica.

166 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Plate (Pločica)Za izradu nove pločice
1.

Na kartici Plate (Pločica) kliknite Create New (Izradi novo).
Pojavljuje se Plate Editor (Uređivač pločice).

2.

Upotrijebite funkciju Plate Editor (Uređivač pločice) za izradu nove pločice.

3.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili pločicu i vratili se na karticu Plate (pločica) u Run Setup(Postavljanje izvođenja).

4.

Pogledajte detalje pločice i napravite jedno od sljedećeg:n

Ako su detalji točni, kliknite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Start Run (Pokretanjaizvođenja).

n

Ako su detalji netočni, kliknite Edit Selected (Uredi odabrano) da biste se vratili u funkciju Plate
Editor (Uređivač pločice). Pregledajte datoteku pločice, spremite promjene, a zatim kliknite Next
(Dalje) na kartici pločica da biste nastavili do kartice Start Run (Pokretanja izvođenja).

Za odabir postojeće datoteke pločice
1.

Na kartici pločica učinite jedno od sljedećeg:nKliknite Select Existing (Odaberi postojeće) i prijeđite na postojeću datoteku pločice.

n

Kliknite Express Load (Brzo umetanje) i odaberite datoteku pločice s padajućeg popisa.
Savjet: Možete dodati pločice ili ih ukloniti s padajućeg popisa Express Load (Brzoumetanje). Pogledajte Dodavanje i uklanjanje datoteka za brzo umetanje pločice što slijedi
za više informacija.

2.

Pogledajte detalje pločice i napravite jedno od sljedećeg:n

Ako su detalji točni, kliknite Next (Dalje) da biste nastavili do kartice Start Run (Pokretanjaizvođenja).

n

Ako su detalji netočni, kliknite Edit Selected (Uredi odabrano) da biste otvorili prozor Plate Editor(Uređivač pločice). Pregledajte datoteku pločice, spremite promjene, a zatim kliknite Next (Dalje)da biste nastavili do kartice Start Run (Pokretanje izvođenja).

Dodavanje i uklanjanje datoteka za brzo umetanje pločiceMožete izmijeniti sadržaj padajućeg popisa Express Load (Brzo umetanje) koji se pojavljuje u funkciji
Plate Editor (Uređivač pločice). Pločice koje se pojavljuju na ovom popisu spremaju se u sljedeću mapu:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Korisnički vodič | 167

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Za izmjenu popisa Express Load (Brzo umetanje) datoteka pločica
1.

Dođite do mape ExpressLoad (Brzo umetanje) i otvorite je.

2.

Pregledajte datoteke s pločicama (.pltd) u mapi.

3.

Učinite jedno od sljedećeg:nIzbrišite datoteke s pločicama iz mape da biste ih uklonili s padajućeg popisa.

nKopirajte datoteke s pločicama u mapu da biste ih dodali na padajući popis.

168 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Start Run (Pokreni izvođenje)

Kartica Start Run (Pokreni izvođenje)
Kartica Start Run (Pokreni izvođenje) prikazuje informacije o eksperimentu koji treba izvesti. Također
prikazuje povezani blok uređaja ili blokove na kojima možete izvoditi eksperiment.

Na kartici Start Run (Pokreni izvođenje) možete učiniti sljedeće:nPregledati detaljne podatke o izvođenju, uključujući odabranu datoteku protokola, datoteku pločice inačin skeniranja.

n

Dodati bilješke o izvođenju.

nPregledati detalje o svim povezanim uređajima, uključujući njihov status izvođenja (izvodi se ili upraznom hodu), volumen uzorka u μl, temperaturu poklopca, način emulacije i ID ili crtični kod ako su
dostupni.
Napomena: Možete izmijeniti stupce koji se pojavljuju na kartici Start Run (Pokreni izvođenje) utablici Selected Blocks (Odabrani blokovi). Pogledajte Izmjena detalja u tablici Selected Blocks(Odabrani blokovi) na stranici 170.

nOdaberite blok ili blokove na kojima ćete izvesti izvođenje.

nDaljinski otvorite ili zatvorite poklopac svakog odabranog uređaja.

Korisnički vodič | 169

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenatan

Započnite izvođenje.

Izmjena detalja u tablici Selected Blocks (Odabrani blokovi)Možete izmijeniti stupce koji se pojavljuju na kartici Start Run (Pokreni izvođenje) u tablici Selected Block(s) (Odabrani blokovi). Također možete izmijeniti zadane vrijednosti volumena uzorka i temperature
poklopca u tablici. Promjene postavki primjenjuju se na izvođenje koje će se izvesti.

Dodavanje stupaca na kartici Start Run (Pokreni izvođenje) u tablici Selected Blocks(Odabrani blokovi)uDesnom tipkom miša kliknite tablicu i odaberite opciju u izborniku koji će se pojaviti.

Uklanjanje stupaca na kartici Start Run (Pokreni izvođenje) u tablici Selected Blocks(Odabrani blokovi)uDesnom tipkom miša kliknite tablicu i izbrišite opciju u izborniku koji će se pojaviti.

Za uređivanje vrijednosti volumena uzorka ili temperature poklopca za bloku

Odaberite ćeliju zapremnine uzorka ili temperature poklopca za ciljni blok i unesite novu vrijednost ućeliju.

Dodavanje ID-a izvođenja ili crtični kod za bloku

Odaberite ID / crtični kod ćelije za ciljni blok i upišite ID ili skenirajte blok čitačem crtičnog koda.

Pokretanje eksperimentaVažno: Prije izvođenja eksperimenta, pobrinite se da antivirusni softver vašeg računala nećepokrenuti skeniranje tijekom izvođenja. Pogledajte Instalacija softvera CFX Maestro Dx SE na
stranici 33 i kontaktirajte s vašim administratorom sustava za više informacija.

Za izvođenje eksperimenta
1.

Na kartici Start Run (Pokretanje izvođenja) provjerite pločicu i detalje protokola u odjeljku Run
Information (Informacije o izvođenju).

2.

(Opcionalno) U tekstni okvir Notes (Bilješke) dodajte bilješke o izvođenju ili eksperimentu.

3.

Označite potvrdni okvir jednog ili više blokova na kojima ćete izvesti izvođenje.
Savjet: Da biste izveli eksperiment na svim blokovima, odaberite opciju Select All Blocks(Odaberi sve blokove) koji se nalazi ispod tablice Selected Blocks (Odabrani blokovi).

4.

(Opcionalno) Kliknite Flash Block Indicator (Indikator bloka bljeskalice) da biste nakratko osvijetlili
odabrane blokove uređaja LED svjetlom indikatora.

5.

U blok umetnite pločice eksperimenta:

170 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Start Run (Pokreni izvođenje)a.

Kliknite Open Lid (Otvori poklopac). Otvara se motorizirani poklopac svakog odabranog bloka.

b.

U svaki odabrani blok umetnite pločicu za pokus.

c.

Kliknite Close Lid (Zatvori poklopac).

Savjet: Sustav CFX Opus Dx: na početnom zaslonu dodirnite Open Lid (Otvori poklopac) ili
Close Lid (Zatvori poklopac).
6.

Kliknite Open Lid (Otvori poklopac) i Close Lid (Zatvori poklopac) da otvorite i zatvorite motorizirani
poklopac svakog odabranog bloka uređaja.

7.

Pogledajte detalje izvođenja i učinite jedno od sljedećeg:n

Ako su detalji točni, kliknite Start Run (Pokreni izvođenje).

n

Ako su podaci netočni:
oIspravite detalje u tablici Selected Blocks (Odabrani blokovi) i kliknite Start Run (Pokreniizvođenje).

oVratite se na ispravnu karticu i napravite odgovarajuće promjene, spremite promjene, azatim kliknite Next (Dalje) za povratak na karticu Start Run (Pokreni izvođenje) i pokreniteizvođenje.

Za započinjanje novog izvođenja iz prethodnog izvođenja
u

Učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite File (Datoteka) > Repeat a Run (Ponovi izvođenja) na glavnoj traci izbornika softvera;dođite do i dvaput kliknite podatkovnu datoteku izvođenja koju želite ponoviti.

nOdaberite karticu Repeat Run (Ponovi izvođenje) u funkciji Startup Wizard (Čarobnjak za
pokretanje) i dvokliknite podatkovnu datoteku izvođenja koje želite ponoviti.
Po želji, na kartici Repeat Run (Ponavljanje izvođenja) možete kliknuti Browse (Pregledaj) i
pomaknuti se na i dvostruko kliknuti podatkovnu datoteku izvođenja koje želite ponoviti.

Korisnički vodič | 171

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja)
Kada kliknete Start Run (Pokreni izvođenje), CFX Maestro Dx SE od vas traži da spremite podatkovnu
datoteku (.pcrd), pokrene izvođenje i otvori dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja). Dijaloški okvir
Run Details (Detalji izvođenja) sadržava tri kartice statusa:n

Run Status (Status pokretanja) – upotrijebite ovu karticu za prikaz trenutačnog statusa protokola,otvaranje ili zatvaranje poklopca, pauziranje izvođenja, dodavanje ponavljanja, preskakanje koraka ili
zaustavljanje izvođenja.

nReal-time Status (Status u stvarnom vremenu) – upotrijebite ovu karticu za prikaz podataka ofluorescenciji PCR-a u stvarnom vremenu dok se prikupljaju.

nTime Status (Status vremena) – upotrijebite ovu karticu za prikaz odbrojavanja preko cijelog
zaslona za protokol.

Te su kartice detaljno objašnjene u sljedećim odjeljcima.

Run Status Tab
Kartica Run Status (Status izvođenja) prikazuje trenutačni status izvođenja u tijeku. U ovom prikazutakođer možete kontrolirati poklopac i promijeniti izvođenje.

172 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja)

LEGENDA
1.

Okno Run Status (Status izvođenja) – prikazuje trenutačni napredak protokola.

2.

Kontrole Run Status (Status izvođenja) – omogućuju vam upravljanje uređajem ili
prekid trenutačnog protokola.

3.

Okno Run Information (Informacije o izvođenju) – prikazuje detalje o izvođenju.

Run Status Commands
Upotrijebite naredbe na kartici Run Status (Status izvođenja) da biste upravljali uređajem s pomoću
softvera ili promijenili izvođenje koje je u tijeku.
Napomena: Izmjene protokola tijekom izvođenja, poput dodavanja ponavljanja, ne mijenjaju
datoteku protokola povezanu s izvođenjem. Te se radnje bilježe u bilješci Run Log (Zapisnikizvođenja).

– otvara motorizirani poklopac na odabranim uređajima.
Važno: Otvaranje poklopca tijekom izvođenja zaustavlja pokretanje tijekom trenutačnog korakai može promijeniti podatke. Run Status Commands na stranici 173.

– zatvara motorizirani poklopac na odabranim uređajima.

– dodaje više ponavljanja trenutačnom GOTO koraku u protokolu. Ova je opcija dostupna samokada je pokrenut GOTO korak.
Napomena: Možete dodati dodatna ponavljanja u ciklusu GOTO dok je protokol u tijeku.
Međutim, CFX Maestro Dx SE prepoznaje najnoviju promjenu u broju ponavljanja. Na primjer,
ako dodate 10 dodatnih ponavljanja tijekom ciklusa GOTO, softver će ukupan broj promijeniti na
n + 10. Ako zatim dodate dodatnih pet (5) ponavljanja dok ste u istom ciklusu, CFX Maestro
promijenit će ukupan broj ponavljanja na n + 5. Prva promjena (10 ponavljanja) se zanemaruje.
Da biste osigurali da softver izvodi ciljni broj ponavljanja, unesite ukupan broj (u ovom slučaju 15
ponavljanja).

– preskače trenutačni korak u protokolu.
Napomena: Ako pokrenete preskakanje tijekom GOTO koraka, sustav preskače na sljedeći
ciklus u GOTO petlji. Ako je zadnji ciklus GOTO koraka bio u tijeku u trenutku preskakanja,
sustav preskače na sljedeći korak.

Korisnički vodič | 173

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata– treperi LED svjetlo na odabranom uređaju za prepoznavanje odabranih blokova.

– pauzira protokol.
Napomena: Ova se radnja bilježi u zapisniku pokretanja.

– nastavlja pauzirani protokol.

– zaustavlja pokretanje prije završetka protokola.
Napomena: Zaustavljanje izvođenja prije završetka protokola može promijeniti vaše podatke.

Otvaranje poklopca uređaja tijekom izvođenja PCR-a
Ako se tijekom izvođenja PCR-a otvori poklopac bilo kojeg uređaja, proizvod CFX Maestro Dx SE prikazat
će sljedeći dijalog potvrde:Uređaji nastavljaju izvoditi protokol dok se dijalog prikazuje. Gumbom OK (U redu) izvođenje se pauzira, apoklopac uređaja odspaja se i otvara. Gumbom Cancel (Odustani) dijalog se odbacuje, a izvođenje se nastavlja.

174 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja)

Kartica Real-time Status (Status u stvarnom vremenu)
Kartica Real-time Status (Status u stvarnom vremenu) prikazuje PCR podatke u stvarnom vremenu
prikupljene u svakom ciklusu tijekom izvođenja nakon čitanja prve dvije pločice.

LEGENDA
1.

Okno za praćenje Amplification (Pojačanje) – prikazuje podatke pojačanja ustvarnom vremenu tijekom izvođenja.

2.

Identifikator skupine jažica – ako su skupine jažica identificirane pri postavljanju
pločice, korisnici mogu odabrati određenu skupinu jažica kako bi pregledali njezine
tragove, jažice i tablične informacije.
Identifikator broja koraka – ako protokol prikuplja podatke u više od jednog koraka(na primjer tijekom pojačanja i krivulje taljenja), korisnici mogu odabrati određeni
korak i pregledati tragove prikupljene u tom koraku.

3.

Okno za odabir jažice – prikazuje aktivne, neaktivne i prazne jažice u pločici.

4.

Okno tablice za postavljanje pločice – prikazuje postavljanje pločice u tabličnom
formatu.

Korisnički vodič | 175

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

5.

Okno Run details (Detalji izvođenja) – prikazuje status izvođenja u stvarnom
vremenu, uključujući:
n Trenutačni korak
n Trenutačno ponavljanjen Trenutačna temperaturan Preostalo vrijeme (Remaining)n Temperatura uzorka
n Lid temperature (Temperatura poklopca)

6.

Plate Setup (Postavljanje pločice) – otvara dijaloški okvir Plate Setup (Postavljanje
pločice), u kojem korisnici mogu izmijeniti trenutačnu postavku pločice tijekomizvođenja.

Na kartici Real-time Status (Status u stvarnom vremenu) možete
nPrikazati ili sakriti tragove u stvarnom vremenu odabirom u oknu za odabir jažice ili tablici
postavljanja pločicenPregledati pojedinačne ili skupine tragova odabirom na padajućem izborniku skupine jažica

n

Urediti pločice ili zamijenite datoteku pločicenPrimijeniti PrimePCR datoteku na izvođenje.

Prikazivanje ili skrivanje tragova u stvarnom vremenu
Prema zadanim postavkama sve napunjene jažice su aktivne i pojavljuju se u tablici postavljanja pločice.
Aktivne jažice izgledaju plavo u oknu za odabir jažice. Skrivene jažice izgledaju svijetlo sive, aneiskorištene jažice tamno sive u oknu za odabir jažice.
Za vrijeme izvođenja možete sakriti tragove iz aktivnih jažica. CFX Maestro Dx SE nastavlja prikupljati
podatke za sve jažice; kada sakrijete jažice, njihovi se podaci ne pojavljuju u tablici postavljanja pločice.

Sakrivanje tragova u stvarnom vremenuuU oknu za odabir jažice kliknite aktivne (plave) jažice koje želite sakriti.

Za prikaz tragova u stvarnom vremenuuU oknu za odabir jažice kliknite skrivene (svijetlo sive) jažice koje želite prikazati.

Za više informacija o biraču jažica, pogledajte Well Selector (Birač jažica) na stranici 196.

176 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dijaloški okvir Run Details (Detalji izvođenja)Uređivanje postavljanja pločiceUređivanje postavljanja pločiceuKliknite Plate Setup (Postavljanje pločice), a zatim odaberite View/Edit Plate (Prikaz/uređivanje
pločice).
Pojavljuje se prozor Plate Editor (Uređivač pločice) u kojem možete uređivati pločicu dok je izvođenje
u tijeku. Za više informacija o uređivanju pločica, pogledajte Poglavlje 8, Priprema pločica.
Napomena: Također možete urediti stilove praćenja iz prozora Plate Editor (Uređivač pločice).
Promjene se pojavljuju u grafikonu praćenja pojačanja na kartici Real-time Status (Status u
stvarnom vremenu).

Zamjena datoteke pločice
Savjet: Zamjena datoteke pločice posebno je korisna ako pokrenete izvođenje datotekom Quick
Plate (Brza pločica) u mapi ExpressLoad (Brzo umetanje).

Zamjena datoteke pločiceuKliknite Plate Setup (Postavljanje pločice), a zatim odaberite jednu od sljedećih opcija:nReplace Plate file (Zamijeni datoteku pločice) – odaberite novu datoteku pločice s popisa u
prozoru preglednikanApply PrimePCR file (Primijeni datoteku PrimePCR) – potražite datoteku za izvođenje iz koje će
se s pomoću funkcije Smart search (Pametno pretraživanje) dobiti raspored pločice ili kliknite
Browse (Pregledaj) da biste pronašli datoteku koju ste preuzeli s internetske stranice tvrtke BioRad, a koja se ne nalazi u mapi PrimePCR

Napomena: CFX Maestro Dx SE provjerava način skeniranja i veličinu pločice za datoteku
pločice. Moraju biti jednake postavkama izvođenja s kojima je izvođenje pokrenuto.

Korisnički vodič | 177

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Kartica Time Status (Status vremena)
Kartica Time Status (Status vremena) prikazuje preostalo vrijeme za završetak trenutačnog izvođenja.

178 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izvođenje PrimePCR eksperimenataIzvođenje PrimePCR eksperimenata
PrimePCR eksperimenti koriste ispitivanja specifična za kanal ili bolest koje je tvrtka Bio-Rad potvrdila i
optimizirala u laboratoriju, a dostupna su u sljedećim formatima:nPrethodno pripremljene pločice – pločice koje sadržavaju ispitivanja specifična za biološki kanal ilibolest; uključuju PrimePCR kontrole i referentne gene.

n

Prilagođene konfiguracijske pločice – pločice koje se mogu postaviti u korisnički definiranom
rasporedu s opcijom odabira ispitivanja za ciljeve od interesa, kontrole i reference.

n

Pojedinačna ispitivanja – epruvete koje sadržavaju pojedinačne setove početnica za upotrebu u
reakcijama u stvarnom vremenu.

Da biste smanjili ukupno vrijeme izvođenja, možete ukloniti korak taljenja u protokolu. Bio-Rad
preporučuje da ne pravite nikakve druge izmjene na protokolu izvođenja PrimePCR-a. Zadani protokol je
onaj koji je korišten za validaciju ispitivanja. Svako odstupanje od ovoga može utjecati na rezultate.
Izmjene protokola bilježe se na kartici Run Information (Podaci o izvođenju) rezultirajuće podatkovne
datoteke i u svim stvorenim izvješćima.

Pokretanje izvođenja PrimePCRu

Da biste započeli izvođenje PrimePCR-a, učinite nešto od sljedećeg:n

U funkciji Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) odaberite PrimePCR na kartici Run setup(Postavljanje izvođenja), a zatim odaberite odgovarajuću kemiju (SYBR® ili Probe (Sonda)).

nOdaberite izvođenje PrimePCR-a s popisa Recent Runs (Nedavna izvođenja) na kartici Repeatrun (Ponavljanje izvođenja) u Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje).

nOdaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > PrimePCR Run File (PrimePCR datoteka zaizvođenje) u prozoru Home (Početno).

n

Povucite i ispustite datoteku za izvođenje PrimePCR u početni prozor.

Nakon što odaberete pokretanje PrimePCR-a, otvorit će se prozor Run Setup (Postavljanje izvođenja) na
kartici Start Run (Pokretanje izvođenja) sa zadanim rasporedom pločice PrimePCR postavljenim na
temelju odabranog uređaja.

Uklanjanje koraka taljenja u protokoluu

Na kartici Protocol (Protokol) poništite okvir pored Include Melt Step (Dodaj korak taljenja).

Korisnički vodič | 179

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Uvoz ciljnih podataka za PrimePCR pločice u raspored pločica
1.

Učinite jedno od sljedećeg:n

Na kartici Real-time Status (Status u stvarnom vremenu) u dijaloškom okviru Run Details (Detaljiizvođenja) odaberite Plate Setup (Postavljanje pločice) > Apply PrimePCR File (Primijeni
datoteku PrimePCR).

n

U prozoru Data Analysis (Analiza podataka) odaberite Plate Setup (Postavljanje pločice) > Apply
PrimePCR File (Primijeni datoteku PrimePCR).

2.

U dijaloškom okviru PrimePCR run file (Datoteka za izvođenje PrimePCR), kliknite Browse(Pregledaj) da biste došli do odgovarajuće PrimePCR datoteke (.csv).

3.

Odaberite ciljnu datoteku PrimePCR i kliknite Open (Otvori).

Sustav CFX Opus Dx uvozi informacije o cilju u raspored pločica.

180 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prijenos samostalnih podataka za analizu

Prijenos samostalnih podataka za analizuVažno: Prilikom prijenosa podatkovnih datoteka u smjeru Sustav CFX Opus Dx na CFX Maestro Dx
SE, prenose se sve datoteke spremljene u sustavu. Provjerite imate li dovoljno prostora na disku za
siguran prijenos podataka.
Kada je izvođenje završeno, CFX Maestro Dx SE analizira podatke o fluorescenciji. Ako se izvođenje
izvodi u samostalnom načinu i spremi na sam Sustav CFX Opus Dx, podaci se trebaju prenijeti naračunalo sa softverom CFX Maestro Dx SE radi analize.
Sustav CFX Opus Dx može pohraniti do 100 PCR izvođenja u stvarnom vremenu. Po završetku izvođenja
možete prenijeti samostalne podatkovne datoteke u računalo za CFX Maestro Dx SE putem e-pošte,
USB pogona ili putem samog softvera.
Ovaj odjeljak objašnjava kako prenijeti samostalne podatkovne datoteke na računalo za CFX Maestro Dx
SE.

Prijenos podataka putem e-pošte
Slanje podatkovne datoteke e-poštom na kraju izvođenja
1.

Postavite obavijesti e-poštom za uređaj.
Pogledajte Postavljanje obavijesti putem e-pošte na stranici 79 ili upute za upotrebu za Sustav CFX
Opus Dx PCR u stvarnom vremenu .

2.

Kada postavljate obavijesti e-poštom, provjerite je li odabrano Attach Data File (Priloži podatkovnu
datoteku).
Podaci o izvođenju šalju se u obliku .pcrd datoteke.

Sustav CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenu: prijenos podataka
Uporabom značajke File Browser (Preglednik datoteka) za Sustav CFX Opus Dx možete prenijeti
podatkovne datoteke na priključeni USB pogon ili u zajedničku mrežnu mapu. Također možete prenijeti
datoteke protokola CFX Maestro Dx SE s USB pogona ili zajedničkog mrežnog pogona u vašu mapu ili
mapu Public (Javno) na Sustav CFX Opus Dx i pokrenite ih na Sustav CFX Opus Dx.
Savjet: U ovom odjeljku objašnjen je način prijenosa podataka. Informacije o postavljanju Ethernet
potražite u Priručniku za rad za Sustav CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenu koji je dostupan uizborniku Help (Pomoć) za CFX Maestro Dx SE.

Korisnički vodič | 181

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

1.

Na početnom zaslonu za Sustav CFX Opus Dx dodirnite Files (Datoteke) za prikaz zaslona FileBrowser (Preglednik datoteka).

2.

Na zaslonu File Browser (Preglednik datoteka) dođite do datoteke koju želite kopirati, a zatim
dodirnite datoteku za prikaz okna s pojedinostima o datoteci.

3.

U oknu s pojedinostima o datoteci dodirnite Options (Mogućnosti) i zatim Copy (Kopiraj).

Pojavljuje se dijaloški okvir Select Location (Odaberi lokaciju).
4.

U dijaloškom okviru Select Location (Odaberi lokaciju) učinite jedno od sljedećeg:nDođite do postojeće mape.

nDođite do lokacije za stvaranje mape u koju ćete spremiti datoteku, a zatim dodirnite Create
Folder (Izradi mapu)(

5.

) kako biste izradili novu mapu na toj lokaciji.

Dodirnite Select (Odaberi) za kopiranje datoteke u odabranu lokaciju ili Cancel (Odustani) za
povratak na zaslon File Browser (Preglednik datoteka).
Napomena: Ako datoteka s istim nazivom postoji u odabranoj lokaciji, pojavit će se okvir
poruke. Dodirnite Yes (Da) da biste presnimili preko postojeće datoteke ili No (Ne) da biste sevratili na zaslon File Browser (Preglednik datoteka).
Sustav CFX Opus Dx prikazuje poruku potvrde kada se datoteka uspješno kopira.

182 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prijenos samostalnih podataka za analizu

Prijenos podataka kroz Softver CFX Maestro Dx, Security Edition
Prijenos podataka kroz CFX Maestro Dx SE
1.

U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) na početnom prozoru desnom tipkom miša kliknite
ciljni uređaj i odaberite Retrieve Data Files (Dohvati podatkovne datoteke).
CFX Maestro Dx SE prikazuje dijaloški okvir Browse For Folder (Pregledaj mapu).

2.

U dijaloškom okviru Browse For Folder (Pregledaj mapu) pronađite mjesto na kojem planirate
spremiti podatkovne datoteke i kliknite OK (U redu).
Postupak prijenosa stvara mapu s oznakom Real-Time Data (Podaci u stvarnom vremenu) na
odabranom mjestu. Podaci izvođenja spremaju se u mapu Real-Time Data (Podaci u stvarnom
vremenu) kao zasebne .zpcr datoteke.

Prijenos podataka s pomoću USB pogona
Ako umetnete USB pogon u USB priključak na uređaju, podatkovna datoteka automatski se sprema u
korijenski direktorij USB pogona kada je izvođenje završeno. Također možete pronaći prethodno
spremljene podatkovne datoteke i spremiti ih na priključeni USB pogon.

Prijenos podatkovnih datoteka na USB pogon za Sustav CFX Opus DxuU dijaloškom okviru Select Location (Odaberi lokaciju) dodirnite USB i dođite do ciljne mape u koju
želite kopirati datoteku ili dodirnite Cancel (Odustani) za povratak na zaslon File Browser (Preglednik
datoteka).
Napomena: Ako datoteka s istim nazivom postoji u odabranoj lokaciji, pojavit će se dijaloški
okvir. Dodirnite Yes (Da) da biste presnimili preko postojeće datoteke ili No (Ne) da biste sevratili na zaslon File Browser (Preglednik datoteka).

Sustav CFX Opus Dx prikazuje poruku potvrde kada se datoteka uspješno kopira.

Korisnički vodič | 183

Poglavlje 9 Pokretanje eksperimenata

Prijenos podataka putem zajedničkog mrežnog pogona uz Sustav
CFX Opus Dx PCR u stvarnom vremenu
Savjet: Podatke možete prenijeti na i sa zajedničkog mrežnog pogona samo uz Sustav CFX Opus
Dx.
Sustav CFX Opus Dx omogućuje vam povezivanje sa zajedničkim mrežnim pogonom s pomoću
Etherneta . Uspješnom vezom možete prenijeti podatkovne datoteke u i iz mape na zajedničkommrežnom pogonu.

Za prijenos podataka na i sa zajedničkog mrežnog pogonau

U dijaloškom okviru Select Location (Odaberi lokaciju) dodirnite Network (Mreža) i dođite do ciljne
mape u koju ćete kopirati datoteku ili dodirnite Cancel (Odustani) za povratak na zaslon File Browser(preglednik datoteka).
Napomena: Ako datoteka s istim nazivom postoji u odabranoj lokaciji, pojavit će se dijaloški
okvir. Dodirnite Yes (Da) da biste presnimili preko postojeće datoteke ili No (Ne) da biste sevratili na zaslon File Browser (Preglednik datoteka).

Sustav CFX Opus Dx prikazuje poruku potvrde kada se datoteka uspješno kopira.

Izrada podatkovne datoteke
Za analizu podataka prenesenih s uređaja na CFX Maestro Dx SE računalo, komprimirana podatkovna
datoteka (.zpcr datoteka) mora se pretvoriti u podatkovnu datoteku (.pcrd datoteka). CFX Maestro Dx SE
pretvara .zpcr datoteku u .pcrd datoteku, a zatim odabire datoteku pločice koja ima isti način skeniranja iveličinu pločice i primjenjuje je na datoteku .pcrd.

Izrada podatkovne datoteke iz samostalne podatkovne datoteke
1.

U CFX Maestro Dx SE učinite jedno od sljedećeg:nPronađite ciljnu .zpcr datoteku i povucite je na CFX Maestro Dx SE prozor Home (Početno).

nOdaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > Stand-alone Run (Samostalno izvođenje) i dođite do
ciljne datoteke i odaberite je.

CFX Maestro Dx SE prikazuje dijaloški okvir Save As (Spremi kao).
2.

Dođite do mape u koju planirate spremiti .pcrd datoteku i kliknite Save (Spremi).
Nakon što spremite .pcrd datoteku, CFX Maestro Dx SE otvara prozor Data Analysis (Analiza
podataka) i prikazuje rezultirajuće podatke.

184 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 10 Pregled analize podataka
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition obrađuje PCR podatke u stvarnom vremenu automatski na
kraju svakog izvođenja i otvara prozor Data Analysis (Analiza podataka) za prikaz tih podataka (.pcrd
datoteka).
npovući podatkovnu datoteku (s ekstenzijom .pcrd) u prozoru Home (Početno) i otpustite jenodabrati File (Datoteka) > Open (Otvori) > Data File (Podatkovna datoteka) u prozoru Home
(Početno) i pronaći ciljnu .pcrd datotekunodabrati File (Datoteka) > Recent Data Files (Nedavne podatkovne datoteke) u prozoru Home
(Početno) da biste s popisa odabrali deset nedavno otvorenih podatkovnih datotekanodabrati karticu Analyze (Analiza) u Startup Wizard (Čarobnjak za pokretanje) i odaberite Recent
Files (Nedavne datoteke) u čarobnjaku ili kliknite Browse (Pregledaj) da biste pronašli podatkovnu
datoteku.

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)
Prozor Data Analysis (Analiza podataka) prikazuje više kartica, a svaka kartica prikazuje analizirane
podatke za određenu metodu analize ili informacije specifične za izvođenje. Kartice se pojavljuju samo
ako su podaci prikupljeni u izvođenju dostupni za tu vrstu analize.

Savjet: Da biste odabrali kartice za prikaz, odaberite ih s padajućeg izbornika View (Prikaz) u
prozoru Data Analysis (Analiza podataka). Da biste se vratili na izvorni izgled kartice, odaberite
Settings (Postavke) > Restore Default Window Layout (Vrati zadani izgled prozora).

Korisnički vodič | 185

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Alatna traka Data Analysis (Analiza podataka)
Alatna traka u prozoru Data Analysis (Analiza podataka) omogućuje brzi pristup važnim funkcijama
analize podataka.

Tablica 11 navodi funkcije gumba na alatnoj traci.
Tablica 11. Alatna traka u prozoru Data Analysis (Analiza podataka)

Gumb

Naziv

Funkcija

Plate Setup

View/Edit plate (Prikaz/uređivanje pločice) –(Postavljanje

otvara Plate Editor (Uređivač pločice) za pregled

pločice)i uređivanje sadržaja jažica.
Replace Plate (Zamijeni pločicu) – odabire
datoteku pločice koja će zamijeniti raspored
pločice.
Apply PrimePCR file (Primijeni datoteku
PrimePCR) – odabire datoteku izvođenja koja
će zamijeniti izgled pločice za pokretanje
PrimePCR-a.

Manage Well

Otvara prozor Well Groups Manager (Upravitelj

Groupsskupina jažica) za stvaranje, uređivanje i(Upravljanje

brisanje skupina jažica.

skupinama jažica)Well GroupS padajućeg izbornika odabire postojeći naziv(Skupina jažica)skupine jažica. Zadani je odabir All Wells (Svejažice). Ovaj se gumb pojavljuje samo kada se
kreiraju skupine jažica.

Analysis Mode

Analizira podatke prema načinu Fluorophore(Način analize)(Fluorofor) ili Target (Cilj).

Help (Pomoć)

Otvara Help (Pomoć) za softver gdje možete
pronaći internetsku pomoć i digitalnu kopiju
ovog priručnika u Acrobat PDF formatu.

186 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)

Traka izbornika Data Analysis (Analiza podataka)
Tablica 12 navodi stavke na traci izbornika u prozoru Data Analysis (Analiza podataka).
Tablica 12. Stavke izbornika prozora Data Analysis (Analiza podataka)Stavkaizbornika

Naredba

Funkcija

File (Datoteka)

Save (Spremi)

Sprema datoteku.

Save As (Spremi kao)

Sprema datoteku s novim nazivom.

File Password (Lozinka datoteke)

Omogućuje korisnicima postavljanje lozinke za
spremanje i otvaranje.

Sign (Potpisivanje)

Omogućuje korisnicima potpisivanje
podatkovne datoteke.

Repeat Run (Ponovi izvođenje)

Izdvaja protokol i datoteku pločice iztrenutačnog izvođenja da bi je ponovno
pokrenuo.

Close (Zatvori)

Zatvara prozor Data Analysis (Analiza
podataka).

View (Prikaz)

Run Log (Zapisnik izvođenja)

Otvara prozor Run Log (Zapisnik izvođenja) za
prikaz zapisnika izvođenja za trenutačnu
podatkovnu datoteku.

Revizijski trag

Otvara revizijski trag za datoteku.

Quantification (Kvantifikacija), Melt

Prikazuje analizirane podatke na odabranim

Curve (Krivulja taljenja), Genekarticama u prozoru Data Analysis (Analiza

Expression (Genska ekspresija),

podataka). Mora biti odabrana najmanje jedna

End Point (Krajnja točka), Custom

kartica.

Data View (Prilagođeni prikaz
podataka), QC (Kontrola kvalitete),
Run Information (Podaci oizvođenju)

Korisnički vodič | 187

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Tablica 12. Stavke izbornika prozora Data Analysis (Analiza podataka), nastavak

Stavkaizbornika

Naredba

Funkcija

Settings

Cq Determination Mode (Način

Omogućuje vam odabir načina Regression(Postavke)određivanja Cq)(Regresija) ili Single Threshold (Pojedinačniprag) da biste odredili kako se izračunavaju
vrijednosti Cq za svaki trag.

Baseline Setting (Postavke

Omogućuje vam odabir metode Baselineosnovne vrijednosti)

Subtraction (Oduzimanje osnovne vrijednosti)
za odabrane skupine jažica.

Analysis Mode (Način analize)

Omogućuje vam analizu podataka prema
Fluorophore (Fluorofor) ili Target (Cilj).

Cycles to Analyze (Ciklusi za

Omogućuje vam odabir ciklusa koji će seanalizu)

analizirati.

Baseline Threshold (Osnovni prag)

Otvara prozor Baseline Threshold (Osnovniprag) za prilagodbu osnovne vrijednosti ili
praga.

Trace Styles (Stilovi tragova)

Otvara prozor Trace Styles (Stilovi tragova).

Plate Setup (Postavljanje pločice)Otvara Plate Editor (Uređivač pločice) za
pregled i uređivanje pločice; zamijenite
trenutačnu pločicu onom iz datoteke definirane
od strane korisnika ili datoteke za izvođenje
PrimePCR.

Include All Excluded Wells (Uključi

U analizu uključuje sve izuzete jažice.

sve izuzete jažice)
Mouse Highlighting (Isticanje

Uključuje ili isključuje istodobno isticanje

mišem)

podataka pokazivačem miša.
Savjet: Ako je Mouse Highlighting(Isticanje mišem) isključeno, pritisnite
tipku Control (Ctrl) da biste privremeno
uključili označavanje.

Restore Default Window Layout(Vrati zadani raspored prozora)

188 | Softver CFX Maestro Dx SE

Vraća raspored prozora na zadane postavke.

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)

Tablica 12. Stavke izbornika prozora Data Analysis (Analiza podataka), nastavak

Stavkaizbornika

Naredba

Funkcija

Export (Izvezi)

Export All Data Sheets (Izvezi sve

Omogućuje vam da odaberete želite li izvesti

listove podataka)

sve prikaze proračunske tablice sa svake
kartice u .csv, .txt, Excel ili .xml datoteku.

Export RDML File (Izvoz RDML

Omogućuje vam odabir inačice RDML-a 1.1 ili

datoteke)

1.0 u koju želite izvesti datoteku.

Custom Export (Prilagođeni izvoz)

Otvara prozor Custom Export (Prilagođeni
izvoz) u kojem se mogu navesti polja koja se
izvoze i format datoteke.

Export to LIMS Folder (Izvoz u

Otvara prozor za spremanje podataka umapu sustava LIMS)

unaprijed određenom formatu u mapu sustava
LIMS.

Manual Export (Izvezi ručno)

Otvara prozor za odabir lokacije za spremanje
podataka iz svih prikaza proračunskih tablica u
Excel datoteke koje su strukturirane posebno
za upotrebu za društvo Seegene, Inc. i BioRad Laboratories.
Savjet: Također možete automatski
pokrenuti Seegene Viewer prilikom
izvoza. Pogledajte Naredbe izbornika
Tools (Alati) na stranici 65 za više
informacija.

Tools (Alati)

Reports (Izvješća)

Otvara Report (Izvješće) za ovu podatkovnu
datoteku.

Well Group Reports (Izvješća

Otvara prozor Well Group Report (Izvješće

skupine jažica)skupine jažica) za generiranje izvješća zaodređene skupine jažica.

Import Fluorophore Calibration

Odaberite datoteku za kalibraciju koja će se(Uvezi kalibraciju fluorofora)

primijeniti na trenutačnu podatkovnu datoteku.

qbase+

Pokreće qbase + v2.5 izravno iz trenutačne.pcrd datoteke ako je instalirana.

Generate LIMS PLRN file

Sprema podatkovnu datoteku kao .plrn(Generiraj LIMS PLRN datoteku)

datoteku u formatu LIMS.

Korisnički vodič | 189

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Pojedinosti kartice
Svaka kartica u prozoru Data Analysis (Analiza podataka) prikazuje podatke na grafikonima iproračunskim tablicama za određenu metodu analize i uključuje birač jažica za odabir podataka koježelite prikazati. Kad se otvori, Data Analysis (Analiza podataka) prema zadanim postavkama prikazuje
karticu Quantification (Kvantifikacija). Podatke za grafikon Amplification (Pojačanje) možete upotrijebiti na
kartici Quantification (Kvantifikacija) da odredite odgovarajuće postavke analize za izvođenje.

Napomena: Softver povezuje podatke u oknima svake kartice Data Analysis (Analiza podataka). Na
primjer, označavanje jažica postavljanjem pokazivača miša preko jažice u prikazu birača jažice
naglašava podatke u svim ostalim oknima.

Step Number Selector (Birač broja koraka)
Sustavi CFX Opus Dx mogu prikupiti podatke o fluorescenciji u više koraka protokola; softver neovisnoodržava podatke prikupljene u svakom koraku. CFX Maestro Dx SE prikazuje birač Step Number (Brojkoraka) ispod grafikona Standard Curve (Standardna krivulja) na kartici Quantification (Kvantifikacija).
Kada protokol sadržava barem jedan korak prikupljanja podataka, CFX Maestro Dx SE prikazuje podatke
iz prvog koraka prikupljanja.
Ako protokol sadržava više od jednog koraka prikupljanja, s padajućeg popisa možete odabrati drugi
korak. Na primjer:

190 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prozor Data Analysis (Analiza podataka)

Kada odaberete korak, softver taj odabir primjenjuje na sve podatke koji su prikazani u prozoru Data
Analysis (Analiza podataka).

Pregled skupina jažica u analizi podatakaJažice na pločici mogu se grupirati u podskupine za neovisnu analizu s pomoću skupina jažica. Kada
izradite skupine jažica, nazivi njihovih skupina pojavit će se na padajućem popisu prozora Data Analysis(Analiza podataka) na alatnoj traci.
Ako ste izradili skupine jažica, softver prikazuje zadanu skupinu jažica All Wells (Sve jažice) kada otvorite
prozor Data Analysis (Analiza podataka), prikazujući podatke u svim jažicama sa sadržajem na
grafikonima i proračunskim tablicama. Samo se jažice u toj skupini jažica napunjenih sadržajem pojavljuju
u biraču jažica, a samo su podaci za te jažice uključeni u izračune analize podataka.
Savjet: Da biste izradili, uredili i izbrisali skupine jažica, kliknite Manage Well Groups (Upravljanje
skupinama jažica) na alatnoj traci.
Napomena: Ako niste izradili skupine jažica, padajući popis Well Groups (Skupina jažica) neće se
pojaviti na alatnoj traci.

Promjena sadržaja jažica nakon izvođenja
Tijekom analize podataka promjena načina prikaza podataka promjenom sadržaja jažica u značajki Plate
Editor (Uređivač pločice) nikada ne mijenja podatke o fluorescenciji prikupljene iz svake jažice tijekomizvođenja. Nakon što modul prikupi podatke o fluorescenciji, te podatke ne možete izbrisati, ali možete
odabrati uklanjanje podataka iz prikaza i analize.

Promjena sadržaja jažica nakon izvođenja
u

U prozoru Data Analysis (Analiza podataka) kliknite Plate Setup (Postavljanje pločice) i odaberite
jednu od sljedećih opcija:nEdit/View Plate (Uređivanje/prikaz pločice) – otvara Plate Editor (Uređivač pločice) u kojemmožete ručno izmijeniti izgled.

n

Replace Plate File (Zamjena datoteke pločice) – otvara preglednik Select Plate (Odaberi
pločicu) u kojem možete prijeći na prethodno spremljenu datoteku pločice kojom ćete zamijeniti
trenutačni raspored pločice.

n

Apply PrimePCR file (Primijeni datoteku PrimePCR) – otvara dijaloški okvir SelectPrimePCR (Odabir datoteke PrimePCR), u kojem možete doći do datoteke za izvođenje
PrimePCR i primijeniti je na raspored pločice.

Korisnički vodič | 191

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Savjet: Možete dodati ili urediti podatke o sadržaju jažice prije izvođenja, tijekom izvođenja ili nakon
završetka PCR-a. Prije izvođenja morate dodijeliti način skeniranja i veličinu pločice. Ovi separametri ne mogu mijenjati nakon izvođenja.

192 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavke analize podataka

Postavke analize podataka
Podaci grafikona Amplification (Pojačanje) na kartici Quantification (Kvantifikacija) prikazuju relativnu
fluorescentnu jedinicu (RFU) za svaku jažicu u svakom ciklusu. Svaki trag na grafikonu predstavlja
podatke iz jednog fluorofora u jednoj jažici. Ti se podaci upotrebljavaju za određivanje vrijednosti Cq za
svaku jažicu na osnovi fluorofora. Softver upotrebljava jedan od dva načina za određivanje vrijednosti Cq:nRegression (Regresija) – primjenjuje multivarijabilni, nelinearni regresijski model na pojedinačne
tragove jažica, a zatim upotrebljava taj model za izračunavanje optimalne vrijednosti Cq.

nSingle Threshold (Pojedinačni prag) – upotrebljava pojedinačnu vrijednost praga za
izračunavanje vrijednosti Cq na temelju točke prijelaza praga pojedinačnih tragova fluorescencije.

Odaberite Settings (Postavke) > Cq Determination Mode (Način određivanja Cq) da biste odabrali načinodređivanja Cq.

Podešavanje praga
U načinu Single Threshold (Pojedinačni prag) možete prilagoditi prag za fluorofor klikom na liniju praga na
grafikonu Amplification (Pojačanje) i pomicanjem pokazivača miša okomito. Možete i odrediti točan prag
prijelaza za odabrani fluorofor.

Baseline Settings (Postavke osnovne vrijednosti)
Softver automatski postavlja osnovnu vrijednost pojedinačno za svaku jažicu. Postavka osnovne
vrijednosti određuje metodu oduzimanja osnovice za sve tragove fluorescencije. Softver nudi tri osnovne
mogućnosti oduzimanja:n

No Baseline Subtraction (Bez oduzimanja osnovne vrijednosti) – prikazuje podatke kao
relativne tragove fluorescencije. Neke analize nisu moguće u ovom načinu analize, pa softver stoga
ne prikazuje kartice Gene Expression (Genska ekspresija), End Point (Krajnja točka) i Allelic
Discrimination (Alelna diskriminacija).

nBaseline Subtracted (Oduzimanje osnovne vrijednosti) – prikazuje podatke kao tragove
oduzetih osnovnih vrijednosti za svaki fluorofor u jažici. Softver mora oduzeti osnovnu vrijednost
podataka kako bi odredio cikluse kvantifikacije, konstruirao standardne krivulje i odredio
koncentraciju nepoznatih uzoraka. Za generiranje osnovne vrijednosti oduzetog traga, softver uklapa
najbolju ravnu liniju kroz zabilježenu fluorescenciju svake jažice tijekom osnovnih ciklusa, a zatim usvakom ciklusu oduzima podatke koji se najbolje uklapaju iz pozadinskih oduzetih podataka.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Postavljanje krivulje oduzete osnovne vrijednosti) – prikazuje
podatke u obliku tragova oduzete osnovne vrijednosti, a softver izravnava krivulju oduzete osnovne
vrijednosti s pomoću filtra centrirane srednje vrijednosti. Taj se postupak izvodi tako da svaki Cq
ostane nepromijenjen.

Korisnički vodič | 193

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Osim ovih opcija možete odabrati i Apply Fluorescent Drift Correction (Primijeni korekciju fluorescentnog
pomaka). Za jažice koje imaju RFU vrijednosti s abnormalnim pomakom tijekom nekoliko početnih ciklusaizvođenja softver izvodi procijenjenu osnovnu vrijednost iz susjednih jažica za koje je uspješno generirana
vodoravna osnovna vrijednost.

Promjena postavke oduzimanja osnovne vrijednostiuOdaberite Settings (Postavke) > Baseline Setting (Postavke osnovne vrijednosti).

Analysis Mode (Način analize)
Podaci se mogu grupirati i analizirati nazivom fluorofora ili cilja. Kada se grupiraju prema fluoroforu, fluorofor
prikazuje tragove podataka kako je naznačeno u postavci pločice za to izvođenje. Pojedinačni podaci ofluoroforu pojavljuju se na grafikonu pojačanja i standardne krivulje (ako su dostupni) kada su odabraniodgovarajući potvrdni okviri za odabir fluorofora, smješteni ispod grafikona pojačanja.

Kada se grupiraju prema cilju, tragovi podataka prikazuju se prema nazivu cilja kako je uneseno u
postavku pločice za to izvođenje.

Za odabir načina analize podatakau

Učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite Settings (Postavke) > Analysis Mode (Način analize).

nOdaberite način s padajućeg izbornika Analysis Mode (Način analize) na alatnoj traci.

194 | Softver CFX Maestro Dx SE

Postavke analize podataka

Cycles to Analyze (Ciklusi za analizu)Možete ograničiti broj ciklusa za analizu. Također možete analizirati podatke iz određenog skupa ciklusa.
Maksimalan broj ciklusa koje možete analizirati je 50.
Napomena: Uklanjanje ciklusa s početka izvođenja može imati značajan utjecaj na osnovnu
vrijednost.

Ograničiti analizu podataka na određeni raspon ciklusa
1.

Odaberite Settings (Postavke) > Cycles to Analyze (Ciklusi za analizu).
Pojavljuje se dijaloški okvir Cycles to Analyze (Ciklusi za analizu).

2.

Unesite početnu i završnu vrijednost ciklusa i kliknite OK (U redu).

Kliknite Restore Defaults (Vraćanje zadanih vrijednosti) u dijaloškom okviru Cycles to Analyze (Ciklusi za
analizu) da biste se vratili na cikluse koji su izvorno upotrijebljeni za analizu.

Korisnički vodič | 195

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Well Selector (Birač jažica)S pomoću značajke Well Selector (Birač jažica) prikažite ili sakrijte podatke o jažici na grafikonima ili
proračunskim tablicama putem prozora Data Analysis (Analiza podataka). U izborniku jažica mogu se
odabrati samo jažice napunjene uzorkom. Softver boji jažice u značajki Well Selector (Birač jažica):nBlue (Plava) – označava odabrane jažice. Podaci iz odabranih jažica pojavljuju se u prozoru Data
Analysis (Analiza podataka).

nLight gray (Svijetlosiva) – označava neodabrane jažice. Podaci iz neodabranih jažica ne pojavljuju
se u prozoru Data Analysis (Analiza podataka).

nDark gray (Tamnosiva) – označava prazne jažice.

Prikaz ili skrivanje podataka jažica
u

U biraču jažica učinite nešto od sljedećeg:n

Da biste sakrili jednu jažicu kliknite pojedinačnu jažicu. Da biste prikazali tu jažicu ponovno
kliknite jažicu.

n

Da biste sakrili više jažica, povucite preko jažica koje želite odabrati. Da biste prikazali te jažice,ponovno povucite preko njih.

nKliknite gornji lijevi kut pločice da biste sakrili sve jažice. Ponovno kliknite gornji lijevi kut za
prikaz svih jažica.

n

Kliknite početak stupca ili retka da biste sakrili te jažice. Ponovno kliknite stupac ili redak da biste
prikazali jažice.

196 | Softver CFX Maestro Dx SE

Well Selector (Birač jažica)Stavke izbornika Well Selector (Birač jažica) koji se otvara desnim
klikom mišaTablica 13 navodi opcije desnog klika miša dostupne u prikazu birača jažica.
Tablica 13. Stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša u prikazu birača jažica

StavkaFunkcija

Well XX (Jažica XX)

Prikazuje samo ovu jažicu, uklanja je iz prikaza, postavlja boju za tujažicu ili je izuzima iz analize.

Selected Wells (Odabrane

Prikazuje samo ove jažice, uklanja ih iz prikaza, postavlja boju za tejažice) (desni klik i povlačenje)jažice ili ih izuzima iz analize.

Copy (Kopiraj)

Kopira sadržaj jažice u međuspremnik, uključujući Sample Type (Vrsta
uzorka) i opcionalni Replicate # (Broj replike).

Copy as Image (Kopiraj kao

Kopira prikaz birača jažica kao sliku.

sliku)
Print (Ispis)

Ispisuje prikaz birača jažica.

Print Selection (Ispis odabira)

Ispisuje trenutačni odabir.

Export to Excel (Izvoz u Excel)

Izvozi podatke u Excel proračunsku tablicu.

Export to CSV (Izvoz u CSV)

Izvozi podatke kao .csv dokument.

Export to Xml (Izvoz u Xml)

Izvozi podatke kao .xml dokument.

Well Labels (Oznake jažica)Mijenja oznake jažica u Sample Type (Vrsta uzorka), Target Name
(Naziv cilja) ili Sample Name (Naziv uzorka).

Korisnički vodič | 197

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Privremeno izuzimanje jažica iz analize
Privremeno izuzimanje jažica iz analize podataka
1.

Desnom tipkom miša kliknite jažicu u biraču jažica, na tragu fluorescencije ili na točki prikazanoj na
standardnoj krivulji. Da biste izuzeli više jažica, kliknite desnu tipku miša i povucite da biste istaknuli
više jažica, tragova ili točaka.

2.

U izborniku koji se otvara desnim klikom miša odaberite odgovarajuću opciju:nWell (Jažica) > Exclude Well (Izuzmi jažicu)n

Selected Wells (Odabrane jažice) > Exclude from Analysis (Izuzmi iz analize)nSelected Traces (Odabrani tragovi) > Exclude these wells from Analysis (Izuzmi ove jažice izanalize)

Da biste trajno uklonili jažice iz analize, očistite sadržaj iz jažica u značajki Plate Editor (Uređivač
pločica) klikom na gumb Clear Wells (Očisti jažice).
Važno: Morate ponovo unijeti sav sadržaj jažica koji je očišćen.

Uključivanje izuzete jažice
u

Desnom tipkom miša kliknite odgovarajuću jažicu u biraču jažice i odaberite Well (Jažica) > Include
Well in Analysis (Uključi jažicu u analizu).

198 | Softver CFX Maestro Dx SE

Grafikoni

Grafikoni
Svaki grafikon u prozoru Data Analysis (Analiza podataka) prikazuje podatke u drugom grafikonu i
uključuje opcije za prilagođavanje i izvoz podataka ili grafičkog prikaza grafikona.

Alati za grafikone
Tablica 14 navodi opcije kojima se pristupa desnom tipkom miša dostupne za većinu grafikona.
Tablica 14. Stavke izbornika grafikona kojima se pristupa desnom tipkom miša

StavkaFunkcija

Copy (Kopiraj)

Kopira grafikon u međuspremnik.

Save Image As... (Spremi sliku

Sprema grafikon kao slikovnu datoteku. Postavite razlučivost ikao...)

dimenzije slike, a zatim odaberite vrstu datoteke (PNG, GIF, JPG, TIF
ili BMP).

Page Setup... (Postavljanje

Odabire postavke stranice za ispis.

stranice...)Print... (Ispis...)Ispisuje grafikon.

Set Scale to Default (Postavi

Prikazuje sve podatke na trakastom grafikonu. Klizači se prikazuju ako

skaliranje na zadano)

ima previše podatkovnih točaka / uzoraka za prikaz u okviru grafikona.

Chart Settings (Postavke

Otvara dijaloški okvir Chart Settings (Postavke grafikona) u kojem

grafikona)možete izmijeniti opcije prikaza grafikona, uključujući:
n Naslove grafikona i osi
n Font i veličinu grafikona i osi
n Skaliranje osi
n Položaj legende

Alati za grafikone također se pojavljuju na svakom grafikonu u prozoru Data Analysis (Analiza podataka).
Svi grafikoni prikazuju alate u nastavku:
Copy to Clipboard (Kopiraj u međuspremnik) – kopira sadržaj prikaza grafikona u međuspremnik.
Chart Settings (Postavke grafikona) – otvara dijaloški okvir Chart Settings (Postavke grafikona) u
kojem možete izmijeniti opcije prikaza grafikona.
Export (Izvezi) – otvara dijaloški okvir Export Options (Mogućnosti izvoza) gdje možete izmijeniti
razlučivost i veličinu grafikona i spremiti ga na određenu lokaciju kao jednu od sljedećih vrsta datoteka:n.bmp

Korisnički vodič | 199

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

n

.jpg

n

.png

Alati stupčastih grafikona
Uz alate za grafikone, trakasti grafikoni prikazuju sljedeće alate:
Sort (Sortiraj) – sortira ciljeve i uzorke po abecedi ili obrnutim redoslijedom abecede.
Color Settings (Postavke boje) – otvara dijaloški okvir Color Settings (Postavke boje) u kojem možete
promijeniti boju ciljeva i uzoraka.
Za više informacija o tim alatima pogledajte Promjena i bilježenje prikaza grafikona na stranici 262.

Alati grafikona Amplification (Pojačanje)
Uz gore navedene, grafikoni pojačanja prikazuju sljedeće alate:
Trace Styles (Stilovi tragova) – otvara dijaloški okvir Trace Styles (Stilovi tragova) u kojem možete
izmijeniti izgled tragova u grafikonu pojačanja.
Baseline Threshold (Osnovni prag) – otvara dijaloški okvir Baseline Threshold (Osnovni prag), u kojemmožete izmijeniti zadanu osnovicu za odabrane jažice ili promijeniti prag za svaku krivulju fluorescencije
na grafikonu pojačanja.

Kopiranje podataka grafikona u međuspremnikMožete kopirati sadržaj prikaza grafikona i zalijepiti ga u bilo koju aplikaciju koja prihvaća bitmapneslikovne datoteke.

Kopiranje podataka grafikona u međuspremnik
1.

Iz alata za grafikone odaberite ikonu Copy to Clipboard (Kopiraj u međuspremnik).

2.

Otvorite program koji prihvaća bitmapne slike, na primjer Microsoft Word.

3.

Kliknite desnom tipkom miša i odaberite Paste (Zalijepi) da biste zalijepili bitmapnu sliku izmeđuspremnika u aplikaciju.

Promjena postavki prikaza grafikona
S pomoću dijaloškog okvira Chart Settings (Postavke grafikona) promijenite naslove, fontove i veličine,skalu osi i lokaciju legende za prikazani grafikon. Promjene koje napravite odnose se samo na prikazani
grafikon i spremaju se s grafikonom.

200 | Softver CFX Maestro Dx SE

Grafikoni

Promjena postavki prikaza grafikona
1.

Među alatima za grafikone kliknite Chart Settings (Postavke grafikona).
Pojavljuje se dijaloški okvir Chart Settings (Postavke grafikona).

2.

3.

Odaberite karticu Chart And Axes (Grafikoni i osi) da biste:n

Upisali naslov za grafikon.

nUpisali novi naslov za os X i nagnuli oznake.

nUpisali novi naslov za os Y.

Odaberite karticu Fonts (Fontovi) da biste promijenili font i veličinu fonta.
Savjet: Prema zadanim postavkama veličina fonta se automatski skalira kako se veličina
grafikona mijenja. Odaberite Change Font Size (Promijeni veličinu fonta) da biste postavili
statičnu veličinu fonta za svaku vrstu oznake.

4.

5.

Odaberite karticu Axes Scale (Skaliranje osi) da biste:n

Izbrisali automatsko skaliranje osi X i Y i odredili minimalne i maksimalne vrijednosti skaliranja.

nOdabrali prikazivanje crti rešetke ili crtičnih oznaka na osi na grafikonu.

Odaberite karticu Legend (Legenda) da biste:n

Sakrili legendu grafikona.

nPromijenili zadani položaj legende grafikona.

Korisnički vodič | 201

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Napomena: Kad je legenda smještena lijevo ili desno od grafikona, prikazuje samo prvih deset
fluorofora na grafikonu.
6.

U bilo kojem trenutku kliknite Apply (Primijeni) za prikaz promjena postavki grafikona bez spremanja
promjena.

7.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i vratili se na grafikon.

Izvoz grafikona
Upotrijebite ovaj dijaloški okvir za izmjenu širine, visine i razlučivosti grafikona za izvoz u jedan od
sljedećih formata datoteka:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Zatim možete upotrijebiti izvezeni grafikon za prikaz rezultata na znanstvenim konferencijama sposterima, Microsoft PowerPoint prezentacijama i u profesionalnim časopisima.
Napomena: Pri izmjeni postavki uzmite u obzir sljedeće:nnOgraničenja maksimalne i minimalne širine i visineoPri 72 dpi: 0,1 – 83 ino

Pri 96 dpi: 0,1 – 62 ino

Pri 150 dpi: 0,1 – 40 ino

Pri 300 dpi: 0,1 – 20 ino

Pri 600 dpi: 0,1 – 10 ino

U svim rezolucijama: 2 – 6000 piksela

Proporcije se temelje na širini.

Izvoz grafikona
1.

U alatu za grafikone kliknite Export (Izvezi).
Pojavit će se dijaloški okvir Export Preview (Pregled izvoza).

202 | Softver CFX Maestro Dx SE

Grafikoni

2.

Prema potrebi prilagodite postavke zaslona.

3.

Kliknite Export (Izvezi).

4.

U dijaloškom okviru Export (Izvezi) učinite sljedeće:

5.

a.

(Opcionalno) Idite na mapu u koju ćete spremiti datoteku grafikona.

b.

Upišite naziv datoteke i s padajućeg popisa odaberite vrstu datoteke.

Kliknite Save (Spremi) da biste spremili datoteku grafikona.

Izmjena postavki osnovnog praga
U načinu Single Threshold (Pojedinačni prag) možete prilagoditi prag za fluorofor klikom na liniju praga na
grafikonu Amplification (Pojačanje) i pomicanjem pokazivača miša okomito. Možete i odrediti točan prag
prijelaza za odabrani fluorofor.
Savjet: Možete odrediti raspon ciklusa da biste odredili osnovnu vrijednost za sve podatkovne
datoteke na kartici Data Analysis (Analiza podataka) u User (Korisnik) > User Preferences(Korisničke postavke).

Prilagodba početnog i završnog osnovnog ciklusa za svaku jažicu
1.

Na kartici Quantification (Kvantifikacija) odaberite jedan fluorofor iz grafikona Amplification(Pojačanje).

2.

Iz alata za grafikone odaberite Baseline Threshold (Osnovni prag).

Korisnički vodič | 203

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Pojavit će se dijaloški okvir Baseline Threshold (Osnovni prag).
3.

4.

U odjeljku Baseline Cycles (Osnovni ciklusi) učinite jedno od sljedećeg:n

Da biste odabrali jednu jažicu, kliknite njezin broj retka.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, kliknite broj retka prve jažice i povucite stupac premadolje do završne jažice.

n

Da biste odabrali više susjednih jažica, pritisnite tipku Control (Ctrl) i kliknite broj retka svake
ciljne jažice.

n

Da biste odabrali sve jažice, kliknite gornji lijevi kut u tablici.

Prilagodite ciklus Baseline Begin (Početni osnovni ciklus) i Baseline End (Završni osnovni ciklus) za
sve odabrane jažice ili promijenite broj početnog i završnog ciklusa na dnu proračunske tablice.
Savjet: Da biste vratili postavke na zadnju spremljenu vrijednost, kliknite Reset All User Defined
Values (Poništi sve korisnički definirane vrijednosti).

5.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i vratili se na grafikon.

Određivanje raspona ciklusa za sve podatkovne datotekeu

U prozoru Home (Početno) ili Plate Editor (Uređivač pločice) odaberite User (Korisnik) > User
Preferences (Korisničke postavke) i odaberite karticu Data Analysis (Analiza podataka).

Sortiranje podataka o cilju, uzorku i biološkim skupinama
Napomena: Ova je opcija dostupna samo na grafikonima genske ekspresije.
Prema zadanim postavkama, popisi Targets (Ciljevi), Samples (Uzorci) i Biological Groups (Biološke
skupine) pojavljuju se po abecednom redu. Upotrijebite dijaloški okvir Sort (Sortiraj) za sortiranje prikaza
obrnutim abecednim redoslijedom ili za ručno premještanje pojma na drugo mjesto na popisu.

Za sortiranje podataka o ciljevima, uzorcima i biološkim skupinama
1.

Iz alata za grafikone kliknite Sort (Sortiraj).
Pojavljuje se dijaloški okvir Gene Expression Chart Sorting (Sortiranje grafikona genske ekspresije).

204 | Softver CFX Maestro Dx SE

Grafikoni

2.

U dijaloškom okviru kliknite Z–A da biste sortirali popis obrnutim abecednim redom.

3.

Da biste ručno premjestili pojam, odaberite ga i kliknite odgovarajući gumb između grafikona:

4.

nKliknite strelicu gore ili dolje za pomicanje odabranog pojma za jedan položaj.

n

Pritisnite strelicu gore ili dolje da biste odabrani pojam premjestili na vrh ili na dno popisa.

Pritisnite OK (U redu) za spremanje promjena i povratak na karticu Gene Expression (Genska
ekspresija).

Korisnički vodič | 205

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Promjena Color Settings (Postavke boje) za Target (Cilj) i Sample (Uzorak)
Napomena: Ova je opcija dostupna samo na grafikonima genske ekspresije.
S pomoću dijaloškog okvira Color Settings (Postavke boje) promijenite boju cilja ili uzorka ili uklonite
stavku s grafikona.

Promjena postavki boje
1.

Iz alata za grafikone odaberite Color Settings (Postavke boje).
Pojavljuje se dijaloški okvir Color Settings (Postavke boje).

2.

Da biste promijenili boju prikaza za cilj ili uzorak, kliknite njegovu boju u stupcu Color (Boja).

3.

U dijaloškom okviru Color (Boja) koji se pojavi odaberite novu boju i kliknite OK (U redu).

4.

Da biste uklonili stavku s grafikona genske ekspresije, odznačite njezin potvrdni okvir u stupcu Show
Chart (Prikaži grafikon).
Savjet: Da biste očistili sve stavke s grafikona genske ekspresije, odznačite potvrdni okvir Show
Chart (Prikaži grafikon) na zaglavlju stupca.

5.

(Opcionalno) Prema zadanim postavkama boja trakastih grafikona pojavljuje se u gradijentnom
obliku. Da biste prikazali punu boju odaberite Use Solid Colors (Upotrijebi pune boje).

6.

Pritisnite OK (U redu) za spremanje promjena i povratak na karticu Gene Expression (Genska
ekspresija).

206 | Softver CFX Maestro Dx SE

Grafikoni

Uvećavanje područja na grafikonu
Uvećavanje područja na grafikonuuKliknite i povucite preko grafikona, a zatim kliknite Zoom (Uvećaj). Softver mijenja veličinu grafikona icentrira ga na odabrano područje.
Napomena: Za Bar Chart (Trakasti grafikon) nije potrebno kliknuti na skočnu naredbu Zoom
(Zumiraj).

Ponovno postavljanje grafikona u puni prikazuDesnom tipkom miša kliknite grafikon i odaberite Set Scale to Default (Postavi skaliranje na zadano).

Kopiranje grafikona u Microsoft datoteku
Grafikone podataka možete kopirati u dokumente Microsoft Word, Excel ili PowerPoint. Rezolucija slike
odgovara onoj na zaslonu s kojeg je slika dobivena.

Kopiranje grafikona u Microsoft datoteku
1.

U prozoru Data Analysis (Analiza podataka) kliknite Copy To Clipboard (Kopiraj u međuspremnik) u
gornjem desnom kutu okna grafikona.

2.

Otvorite praznu Microsoft datoteku i zalijepite sadržaj iz međuspremnika.

Uobičajene stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za
grafikone
Tablica 15 navodi stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša dostupne na grafikonima. Neke
stavke prisutne su na svim grafikonima, uključujući stavke za promjenu načina prikaza podataka ili za
jednostavan izvoz podataka s grafikona.
Tablica 15. Stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za grafikone

StavkaFunkcija

Copy (Kopiraj)

Kopira grafikon u međuspremnik.

Save Image As

Sprema sliku u određenoj veličini, razlučivosti i vrsti datoteke, uključujući PNG(Spremi sliku kao)(zadano), JPG i BMP.

Page Setup

Prikazuje mogućnosti postavljanja ispisa.

(Postavljanje
stranice)

Korisnički vodič | 207

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

StavkaFunkcija

Print (Ispis)

Ispisuje grafikon.

Set Scale to

Vraća grafikon u zadani prikaz nakon povećavanja grafikona.

Default (Postavi
skaliranje nazadano)Chart Options

Otvara prozor Chart Options (Opcije grafikona) za promjenu grafikona, uključujući(Opcije grafikona)promjenu naslova, odabir ograničenja za osi X i Y, kao i prikaz linija mreže i manjih
kvačica u osi.

Napomena: Stavke izbornika koje se primjenjuju na određene grafikone opisane su u Poglavlje 11,
Pojedinosti analize podataka.

208 | Softver CFX Maestro Dx SE

Proračunske tablice

Proračunske tablice
Proračunske tablice prikazane u Data Analysis (Analiza podataka) uključuju opcije za sortiranje i prijenos
podataka. Razvrstajte stupce na jedan od ovih načina:n

Kliknite i povucite stupac na novo mjesto u odabranoj tablici.

nKliknite zaglavlje stupca da biste sortirali podatke u uzlaznom ili silaznom redoslijedu.

Sortiranje do tri stupca podataka u prozoru Sort (Sortiraj)
1.

Desnom tipkom miša kliknite proračunsku tablicu i odaberite Sort (Sortiraj).

2.

U dijaloškom okviru Sort (Sortiraj) odaberite naslov prvog stupca za sortiranje. Sortirajte podatke uuzlaznom ili silaznom redoslijedu.

3.

Odaberite drugi ili treći stupac za sortiranje i odaberite Ascending (Uzlazno) ili Descending (Silazno).

4.

Kliknite OK (U redu) da biste sortirali podatke ili kliknite Cancel (Odustani) da biste zaustavili
sortiranje.

Savjet: Označite podatke na pridruženim grafikonima i biraču jažica držeći pokazivač miša iznadćelije. Kliknite ćeliju da biste kopirali i zalijepili njezin sadržaj u drugi softverski program.

Uobičajene stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za
proračunske tablice
Tablica 16 navodi stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša dostupne u bilo kojem prikazu
proračunske tablice.
Tablica 16. Stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za proračunske tablice

StavkaFunkcija

Copy (Kopiraj)

Kopira sadržaj odabranih jažica u međuspremnik, a zatim zalijepi
sadržaj u proračunsku tablicu kao što je Excel.

Copy as Image (Kopiraj kao

Kopira prikaz proračunske tablice kao datoteku slike i zalijepi je u

sliku)

datoteku koja prihvaća datoteku slike, poput teksta, slike ili datoteke
proračunske tablice.

Print (Ispis)

Ispisuje trenutačni prikaz.

Print Selection (Ispis odabira)

Ispisuje trenutačni odabir.

Export to Excel (Izvoz u Excel)

Izvozi podatke u Excel proračunsku tablicu.

Korisnički vodič | 209Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Tablica 16. Stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za proračunske tablice,
nastavakStavkaFunkcija

Export to Text (Izvoz u tekst)

Izvozi podatke u uređivač teksta.

Export to CSV (Izvoz u CSV)

Izvozi podatke u .csv datoteku.

Export to Xml (Izvoz u Xml)

Izvozi podatke u .xml datoteku.

Export to Html (Izvoz u HTML)

Izvozi podatke u .html datoteku.

Find (Pretraži)Traži tekst.

Sort (Sortiraj)

Sortira podatke u najviše tri stupca.

Select Columns (Odaberi

Odabire stupce koji će se prikazati u proračunskoj tablici.

stupce)210 | Softver CFX Maestro Dx SE

Export (Izvezi)

Export (Izvezi)
CFX Maestro Dx SE nudi nekoliko opcija izvoza u padajućem izborniku Export (Izvoz):nExport All Data Sheets (Izvezi sve listove podataka)n

Export RDML Files (Izvoz RDML datoteka)nCustom Export (Prilagođeni izvoz)nExport to LIMS Folder (Izvoz u mapu sustava LIMS)nManual Export (Izvezi ručno)

Izvoz svih podatkovnih listovaMožete prikazati sve prikaze proračunskih tablica sa svake kartice za CFX Maestro Dx SE u pojedinačne
datoteke.

Izvoz svih podatkovnih listovauOdaberite Export (Izvoz) > Export All Data Sheets (Izvoz svih podatkovnih listova), a zatim odaberiteželjenu vrstu datoteke:n

CSV (*.csv)

nTekst (*.txt)

nRadna knjiga programa Excel (*.xlsx)
Izvezene analize spremaju se u više radnih knjiga programa Excel s jednom karticom radnog
lista podataka po datoteci. Kada analiza uključuje više fluorofora, podaci iz svakog fluorofora
izvoze se na zasebnu karticu radnog lista.

nRadna knjiga programa Excel – kombinirano (*.xlsx)
Izvezene analize spremaju se u jednu radnu knjigu programa Excel koja uključuje više kartica
radnog lista, po jednu za svaki skup podataka analize.

nExcel 97 – 2003 (*.xls)
Važno: na vašem računalu mora biti instaliran Microsoft Excel kako biste mogli izvesti
podatke u proračunsku tablicu Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

Korisnički vodič | 211

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

Izvoz RDML datoteka
RDML je strukturirani i univerzalni standard podataka za razmjenu kvantitativnih PCR (qPCR) podataka.
Podatkovni standard je tekstualna datoteka u formatu Extensible Markup Language (.xml). Dodatne
informacije o formatu razmjene podataka RDML potražite na web-mjestu Međunarodnog RDML
konzorcija (www.rdml.org).
Važno: izvezene RDML datoteke uključuju podatke analize s postavkama osnovne vrijednosti koje
primijenite u prozoru Data Analysis (Analiza podataka). Za više informacija o postavkama osnovne
vrijednosti pogledajte Baseline Settings (Postavke osnovne vrijednosti) na stranici 193.
Napomena: Spremite RDML datoteku kao inačicu 1.1 ako upotrebljavate inačicu softvera qbase+
2.3 ili noviju.

Izvoz RDML datoteke
1.

Odaberite Export (Izvoz) > Export RDML Files (Izvoz RDML datoteka) i na popisu koji se pojavi
odaberite RDML v1.1 ili RDML v1.0.
Pojavit će se dijaloški okvir Save As (Spremi kao):

2.

U dijaloškom okviru Save As (Spremi kao) navedite naziv datoteke i lokaciju za spremanje RDML
datoteke.

3.

Kliknite OK (U redu) za spremanje izvozne datoteke.

212 | Softver CFX Maestro Dx SE

Export (Izvezi)

Stvaranje prilagođene datoteke za izvoz
Da biste izradili prilagođenu datoteku za izvoz
1.

Odaberite Export (Izvezi) > Custom Export (Prilagođeni izvoz). Pojavljuje se dijaloški okvir Custom
Export (Prilagođeni izvoz).

2.

Na padajućem popisu koji se pojavi odaberite format izvoza.

3.

Označite potvrdne okvire za stavke za izvoz.

4.

(Opcionalno) Kliknite Customize Column Names (Prilagodi nazive stupaca) da biste promijenili
nazive stupaca.

5.

Kliknite Export (Izvezi). Pojavit će se dijaloški okvir Save As (Spremi kao):

Korisnički vodič | 213

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

6.

U dijaloškom okviru Save As (Spremi kao) navedite naziv datoteke i lokaciju za spremanje izvezene
datoteke.

7.

Kliknite OK (U redu) za spremanje izvozne datoteke.

214 | Softver CFX Maestro Dx SE

Export (Izvezi)

Izvoz u mapu sustava LIMS
Podatke možete izvesti u format datoteke kompatibilan sa sustavom LIMS. Za više informacija ostvaranju, upravljanju i uporabi datoteka sustava LIMS pogledajte Dodatak C, Integracija LIMS-a.

Izvoz podataka u LIMS formatu
1.

Odaberite Export (Izvoz) > Export to LIMS Folder (Izvoz u LIMS mapu).
Pojavit će se dijaloški okvir Save As (Spremi kao):

2.

U dijaloškom okviru Save As (Spremi kao) navedite naziv datoteke i lokaciju za spremanje izvezene
datoteke.

3.

Kliknite OK (U redu) za spremanje izvozne datoteke.

Izvoz podataka u formatu SeegeneMožete izvesti podatke iz svih prikaza proračunskih tablica u Excel datoteke strukturirane posebno za
upotrebu tvrtke Seegene, Inc.
Savjet: Također možete automatski pokrenuti preglednik Seegene kada se izvoz dovrši. Pogledajte
Naredbe izbornika Tools (Alati) na stranici 65 za više informacija.

Izvoz podataka u formatu specifičnom za Seegene
1.

Odaberite Export (Izvezi) > Manual Export (Izvezi ručno).
Pojavit će se dijaloški okvir Browse For Folder (Pregledaj mapu).

2.

U dijaloškom okviru Browse For Folder (Pregledaj mapu) navedite lokaciju mape u koju ćete spremiti
izvezene Excel datoteke (.xlsx) u formatu Seegene.
Analize se izvoze u više radnih knjiga programa Excel s jednom karticom radnog lista podataka po
datoteci.

3.

Kliknite OK (U redu) za spremanje izvoznih datoteka.

Korisnički vodič | 215

Poglavlje 10 Pregled analize podataka

216 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka
Prozor Data Analysis (Analiza podataka) za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition sadržava višekartica s kojih se mogu pregledavati podaci. U ovom se poglavlju detaljno objašnjavaju ove kartice.
Savjet: S pomoću izbornika View (Prikaz) možete odabrati koje kartice ćete prikazati u prozoru Data
Analysis (Analiza podataka). Prilagođeni izgled sprema se s podatkovnom datotekom.

Korisnički vodič | 217

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Kartica Quantification (Kvantifikacija)
S pomoću podataka na kartici Quantification (Kvantifikacija) postavite uvjete analize podataka, uključujući
postavke osnovne vrijednosti za pojedinačne jažice i postavke pragova. Kartica Quantification(Kvantifikacija) prikazuje podatke u ova četiri prikaza:n

Amplification chart (Grafikon pojačanja) – prikazuje relativne jedinice fluorescencije (RFU) za svakujažicu u svakom ciklusu. Svaki trag na grafikonu predstavlja podatke iz jednog fluorofora u jednojjažici.

nStandard curve (Standardna krivulja) – pojavljuje se samo ako izvođenje uključuje jažice označene
kao standardnu vrstu uzorka (Std). Standardna krivulja prikazuje ciklus praga ucrtan u odnosu na
logaritam početne veličine. Legenda prikazuje Reaction Efficiency (Reakcijsku učinkovitost) (E) za
svaki fluorofor u jažicama s vrstom uzorka Standard (Standardno).

nWell selector (Birač jažica) – odabire jažice s podacima fluorescencije koje želite prikazati.

nSpreadsheet (Proračunska tablica) – prikazuje proračunsku tablicu podataka prikupljenih uodabranim jažicama.

Opcije fluorofora
Za prikaz podataka o fluoroforu na grafikonima i u proračunskim tablicama kartice Quantification(Kvantifikacija), odaberite ciljne fluorofore ispod grafikona Amplification (Pojačanje). Da biste sakrili
podatke fluorofora u prozoru za analizu podataka odznačite njegov potvrdni okvir.

218 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Quantification (Kvantifikacija)

Dijaloški okvir Trace Styles (Stilovi tragova)
S pomoću dijaloškog okvira Trace Styles (Stilovi tragova) možete prilagoditi izgled tragova na grafikonima
pojačanja i krivulje taljenja na karticama Quantification (Kvantifikacija) i Melt Curve (Krivulja taljenja).
Zatim možete pregledati promjene u biraču jažica koji se pojavljuje u dijaloškom okviru Trace Styles(Stilovi tragova).

Prilagodba stilova tragova
1.

Odaberite samo jedan fluorofor ispod grafikona Amplification (Pojačanje).

2.

Da biste otvorili dijaloški okvir Trace Styles (Stilovi tragova), učinite jedno od sljedećeg:nKliknite Trace Styles (Stilovi tragova) na grafikonu Amplification (Pojačanje).

nOdaberite Settings (Postavke) > Trace Styles (Stilovi tragova) na traci izbornika Data Analysis(Analiza podataka).

n

Desnom tipkom miša kliknite trag i odaberite Trace Styles (Stilovi tragova).

Pojavljuje se dijaloški okvir Stilovi tragova.

3.

U dijaloškom okviru Trace Styles (Stilovi tragova) odaberite određeni skup jažica u biraču jažica udonjem oknu. Ili na padajućem izborniku u stupcu Wells (Jažice) odaberite jažice koje sadržavaju
jednu vrstu uzorka.

4.

Učinite nešto od sljedećeg:

Korisnički vodič | 219

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podatakan

Da biste odabrali boju za odabrane jažice, kliknite okvir u stupcu Color (Boja).

n

Da biste odabranim jažicama dodijelili simbol, odaberite simbol s padajućeg popisa Symbol(Simbol).

n

Da biste brzo obojili jažice oznakom na gumbu kliknite odgovarajući brzi set:noRandom by Well (Nasumično po jažici)oRandom by Replicate (Nasumično po replici)o

Use Fluor Colors (Upotrijebi boje fluorofora)o

Use Target Colors (Upotrijebi boje cilja)o

Use Sample Colors (Upotrijebi boje uzorka)

Da biste dodijelili oznake jažica, odaberite Sample Type (Vrsta uzorka), Target Name (Naziv
cilja), Sample Name (Naziv uzorka) ili Symbol (Simbol).

Opcija Log Scale (Logaritamska skala)Odaberite Log Scale (Logaritamska skala) ispod grafikona Amplification (Pojačanje) da biste vidjeli
tragove fluorescencije u polulogaritamskoj skali:

Savjet: Da biste povećali bilo koje područje grafikona, povucite preko ciljanog područja. Da biste sevratili u puni prikaz, desnom tipkom miša kliknite grafikon i odaberite Set Scale to Default (Postavi
skalu na zadano).

220 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Quantification (Kvantifikacija)

Grafikon Standard Curve (Standardna krivulja)
Softver stvara grafikon Standard Curve (Standardna krivulja) na kartici Quantification (Kvantifikacija) ako
podaci uključuju vrste uzoraka definirane kao Std (Standardni) za barem jedan fluorofor tijekomizvođenja.

Grafikon Standard Curve (Standardna krivulje) prikazuje sljedeće podatke:n

Naziv za svaku krivulju (fluorofor ili cilj).

nBoja svakog fluorofora ili cilja.

nUčinkovitost reakcije (E). Ovaj statistički podatak upotrijebite za optimizaciju multipleks reakcije i za
izjednačavanje podataka za standardnu krivulju.
Napomena: Učinkovitost reakcije opisuje koliko se vašeg cilja stvara sa svakim ciklusom u
protokolu. Učinkovitost od 100 % ukazuje na to da udvostručujete cilj sa svakim ciklusom.

n

Koeficijent determinacije, R2 (piše se kao R^2). Ovaj statistički podatak upotrijebite da biste odredili
koliko točno linija opisuje podatke (mjera prikladnosti modela).

nSlope (Nagib)nY-intercept (Sjecište s osi Y)

Korisnički vodič | 221

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Opcije izbornika grafikona Amplification (Pojačanje)
Osim uobičajenih opcija izbornika grafikona kojima se pristupa desnom tipkom miša (pogledajte
Uobičajene stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za grafikone na stranici 207 ), Tablica 17
navodi opcije izbornika dostupne samo na grafikonu Amplification (Pojačanje).
Tablica 17. Opcije izbornika grafikona Amplification (Pojačanje) kojima se pristupa desnom ilijevom tipkom miša

Opcija izbornika

Funkcija

Well XX, Fluor Target

Prikazuje samo tu jažicu, uklanja je iz prikaza, postavlja boju za ovaj trag(Jažica XX, Ciljni fluorofor)

ili izuzima jažicu iz analize.

Selected Traces (Odabrani

Prikazuje samo ove jažice, uklanja ih iz prikaza, postavlja boju za te jažice

tragovi)

ili ih isključuje iz analize.

Show Threshold Values

Prikazuje granične vrijednosti za svaku krivulju pojačanja na grafikonu.

(Prikaži granične
vrijednosti)
Trace Styles (Stilovi

Otvara prozor Trace Styles (Stilovi tragova) za promjenu stilova tragova

tragova)koji se pojavljuju na karticama Quantification (Kvantifikacija) i Melt Curve(Krivulja taljenja).

Baseline Thresholds

Otvara prozor Baseline Thresholds (Osnovni pragovi) za promjenu(Osnovni pragovi)

osnovne linije ili pragova svakog fluorofora (promjene se pojavljuju na
grafikonu Amplification (Pojačanje) na kartici Quantification(Kvantifikacija)).

Proračunska tablica kartice Quantification (Kvantifikacija)
Tablica 18 definira podatke prikazane u proračunskoj tablici na kartici Quantification (Kvantifikacija).
Tablica 18. Sadržaj proračunske tablice Quantification (Kvantifikacija)

Informacija

Opis

Well (Jažica)Položaj jažice na pločici

Fluor (Fluorofor)

Otkriven fluorofor

Target (Cilj)

Naziv cilja učitanog u jažice Plate Editor (Uređivač pločice)222 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Quantification (Kvantifikacija)

Informacija

Opis

Content (Sadržaj)Kombinacija Sample Type (Vrsta uzorka) (obavezno) i broja replike(opcionalno) učitanih u Plate Editor (Uređivač pločice)Sample (Uzorak)

Naziv uzorka učitanog u jažice Plate Editor (Uređivač pločice)Cq

Ciklus kvantifikacije za svaki trag

Promjena podataka Target (Cilj), Content (Sadržaj) ili Sample (Uzorak)Možete promijeniti podatke u stupcima Target (Cilj), Content (Sadržaj) ili Sample (Uzorak) uređivanjem
datoteke pločice s pomoću Plate Editor (Uređivač pločice) čak i nakon izvođenja eksperimenta.

Promjena podataka u stupcima Target (Cilj), Content (Sadržaj) ili Sample (Uzorak)u

Kliknite Plate Setup (Postavljanje pločice) i odaberite View/Edit Plate (Pregled/uređivanje pločice) dabiste otvorili Plate Editor (Uređivač pločice).

Korisnički vodič | 223

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Kartica Quantification Data (Kvantifikacijski podaci)
Kartica Quantification Data (Kvantifikacijski podaci) prikazuje kvantifikacijske podatke prikupljene usvakoj jažici. CFX Maestro Dx SE prikazuje podatke u četiri različita prikaza proračunskih tablica:n

Results (Rezultati) – prikazuje proračunsku tablicu podataka. Ovo je zadani prikaz.

nStandard Curve Results (Rezultati standardne krivulje) – prikazuje proračunsku tablicu podataka
standardne krivulje.

nPlate (Pločica) – prikazuje podatke u svakoj jažici kao pločicu mape.

n

RFU – prikazuje količine RFU u svakoj jažici za svaki ciklus.

Odaberite svaku proračunsku tablicu s padajućeg popisa koji se prikazuje ispod kartice Quantification
Data (Kvantifikacijski podaci).

Proračunska tablica Results (Rezultati)
Proračunska tablica Results (Rezultati) prikazuje podatke za svaku jažicu na pločici.

Napomena: Svi izračuni Std. Izračuni odstupanja (standardnog odstupanja) primjenjuju se na
skupine replika koje su dodijeljene u jažicama prozora Plate Editor (Uređivač pločice). Izračuni
uprosječivaju vrijednost Cq za svaku jažicu u skupini replika.
Tablica 19 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici Results (Rezultati).

224 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Quantification Data (Kvantifikacijski podaci)

Tablica 19. Sadržaj proračunske tablice Results (Rezultati)

Informacija

Opis

Well (Jažica)Položaj jažice na pločici

Fluor (Fluorofor)

Otkriven fluorofor

Target (Cilj)

Naziv cilja pojačanja (gen)Content (Sadržaj)Vrsta uzorka i broj replike

Sample (Uzorak)Opis uzorka

Biological Set Name (Naziv

Naziv biološkog skupa

biološkog skupa)
Cq

Ciklus kvantifikacije

Cq Mean (Srednja vrijednost Cq)

Srednja vrijednost ciklusa kvantifikacije za skupinu replika

Cq Std. Dev

Standardno odstupanje ciklusa kvantifikacije za skupinu replika

Starting Quantity (SQ) (Početna

Procjena početne količine cilja

količina)
Log Starting Quantity (Zapisnik

Zapisnik početne količine

početne količine)SQ Mean (Srednja vrijednost

Srednja vrijednost početne količine

početne količine)SQ Std. Dev

Standardno odstupanje početne količine u replikama

Korisnički vodič | 225

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Proračunska tablica Standard Curve Results (Rezultati standardne
krivulje)
Proračunska tablica Standard Curve Results (Rezultati standardne krivulje) prikazuje izračunate
parametre standardne krivulje.

Tablica 20 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici Standard Curve Results (Rezultati
standardne krivulje).
Tablica 20. Sadržaj proračunske tablice Standard Curve Results (Rezultati standardne krivulje)

Informacija

Opis

Fluor (or Target) (Fluorofor (iliOtkriven je fluorofor (ili cilj)cilj))
Efficiency % (Učinkovitost %)Učinkovitost reakcije

Slope (Nagib)

Nagib standardne krivulje

Y-intercept (Sjecište s osi Y)

Točka u kojoj krivulja presijeca os YR^2

Koeficijent determinacije

226 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Quantification Data (Kvantifikacijski podaci)

Proračunska tablica Plate (Pločica)Proračunska tablica Plate (Pločica) prikazuje pločicu s mapom podataka za po jedan fluorofor.

Prikaz podataka za određeni fluoroforuKliknite njegovu karticu na dnu proračunske tablice.

Korisnički vodič | 227

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

RFU proračunska tablica
RFU proračunska tablica prikazuje očitanja relativne jedinice fluorescencije (RFU) za svaku jažicu
stečenu u svakom ciklusu izvođenja. Broj jažice nalazi se na vrhu svakog stupca, a broj ciklusa s lijeve
strane svakog retka.

228 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Melt Curve (Krivulja taljenja)

Kartica Melt Curve (Krivulja taljenja)
Za boje koje vežu DNK i sonde za hibridizaciju koje se ne mogu dijeliti, fluorescencija je najsjajnija kada
se dvije niti DNK komplementarno spare. Stoga, kako temperatura raste prema temperaturi taljenja (Tm ),fluorescencija opada konstantnom brzinom (stalni nagib). Na Tm dolazi do dramatičnog smanjenja
fluorescencije s primjetnom promjenom nagiba. Brzina ove promjene određuje se prikazom negativne
prve regresije fluorescencije u odnosu na temperaturu (-d(RFU)/dT). Najveća brzina promjene
fluorescencije rezultira vidljivim vršnim vrijednostima i predstavlja Tm dvolančanih kompleksa DNK.
Ucrtavanje RFU podataka prikupljenih uz krivulju taljenja u ovisnosti o temperaturi izvodi CFX Maestro Dx
SE. Za analizu podataka vršne vrijednosti taljenja softver dodjeljuje početnu i završnu temperaturu
pomicanjem trake praga. Dno vršnog područja određuje se položajem trake praga taljenja. Važeća vršna
vrijednost mora imati minimalnu visinu u odnosu na udaljenost između trake praga i visine najviše vršne
vrijednosti.
Kartica Melt Curve (Krivulja taljenja) prikazuje Tm (temperatura taljenja) pojačanih PCR produkata u četiri
prikaza:nMelt Curve (Krivulja taljenja) – prikazuje podatke u stvarnom vremenu za svaki fluorofor kao RFUove podijeljene temperaturom za svaku jažicu.

nMelt Peak (Vršna vrijednost taljenja) – prikazuje negativnu regresiju RFU podataka po temperaturi za
svaku jažicu.

n

Well selector (Birač jažica) – prikazuje jažice za prikaz ili skrivanje podataka.

n

Proračunska tablica Peak (Vršna vrijednost) – prikazuje podatke prikupljene u odabranoj jažici.
Napomena: Ova proračunska tablica prikazuje do dvije vršne vrijednosti za svaki trag. Da biste
vidjeli više vršnih vrijednosti, kliknite karticu Melt Curve Data (Podaci krivulje taljenja).

Korisnički vodič | 229

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Tablica 21 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici Melt Curve (Krivulja taljenja).
Tablica 21. Sadržaj proračunske tablice Melt Curve (Krivulja taljenja)

Informacija

Opis

Well (Jažica)Položaj jažice na pločici

Fluor (Fluorofor)

Otkriven fluorofor

Content (Sadržaj)Kombinacija Sample Type (Vrsta uzorka) i broja replike

Sample (Uzorak)

Naziv uzorka učitan u Plate Editor (Uređivač pločice)Melt Temp

Temperatura vršne vrijednosti taljenja za svaku jažicu

(Temp. taljenja)

Napomena: U ovoj proračunskoj tablici pojavljuju se samo dvije najviše vršne
vrijednosti.

230 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Melt Curve (Krivulja taljenja)

Prilagođavanje podataka krivulje taljenja
Prilagođavanje podataka krivulje taljenjauUčinite nešto od sljedećeg:nKliknite i povucite trake pragova na grafikonu Melt Peak (Vršna vrijednost taljenja) da biste
uključili ili izuzeli vršne vrijednosti u analizi podataka.

n

Odaberite Positive (Pozitivno) iz padajućeg izbornika Peaks (Vršne vrijednosti) da biste prikazali
podatke proračunske tablice za vršne vrijednosti iznad linije Melt Threshold (Linija taljenja) ili
odaberite Negative (Negativno) da biste pregledali podatke proračunske tablice za vršne
vrijednosti Melt Threshold (Linija taljenja).

nOtvorite prozor Trace Styles (Stilovi tragova) da biste promijenili boju tragova na grafikonima
Melt Curve (Krivulja taljenja) i Melt Peak (Vršna vrijednost taljenja).

nOdaberite broj u biraču Step Number (Broj koraka) da biste vidjeli podatke krivulje taljenja udrugom koraku u protokolu. Popis prikazuje više od jednog koraka ako protokol uključuje
očitanja s pločice u više od jednog koraka krivulje taljenja.

nOdaberite jažice u biraču jažica da biste se usredotočili na podskupine podataka.

n

Odaberite skupinu jažica za prikaz i analizu podskupine jažica na pločici. Odaberite svaku
skupinu jažica po nazivu s padajućeg izbornika Well Group (Skupina jažica) na alatnoj traci.

Korisnički vodič | 231

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Kartica Melt Curve Data (Podaci krivulje taljenja)
Kartica Melt Curve Data (Podaci krivulje taljenja) prikazuje podatke s kartice Melt Curve (Krivulja taljenja)
u više proračunskih tablica koje uključuju sve vršne vrijednosti taljenja za svaki trag. CFX Maestro Dx SE
nudi četiri mogućnosti proračunske tablice u kojima je moguće prikazati podatke krivulje taljenja:nMelt Peaks (Vršne vrijednosti taljenja) – prikazuje sve podatke, uključujući sve vršne vrijednosti
taljenja, za svaki trag. Ovo je zadani prikaz.

nPlate (Pločica) – prikazuje prikaz podataka i sadržaja svake jažice na pločici.

n

RFU – prikazuje količine RFU pri svakoj temperaturi za svaku jažicu.

n-d(RFU)/dT – prikazuje negativnu brzinu promjene u RFU prema promjeni temperature (T). Ovo jeprvi regresijski dijagram za svaku jažicu na pločici.

Odaberite svaku proračunsku tablicu s padajućeg popisa koji se prikazuje ispod kartice Melt Curve Data
(Podaci krivulje taljenja).

Proračunska tablica Melt Peaks (Vršne vrijednosti taljenja)
Proračunska tablica Melt Peaks (Vršne vrijednosti taljenja) prikazuje sve podatke krivulje taljenja.

Tablica 22 na stranici 233 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici Melt Peaks (Vršne
vrijednosti taljenja).

232 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Melt Curve Data (Podaci krivulje taljenja)

Tablica 22. Sadržaj proračunske tablice Melt Peaks (Vršne vrijednosti taljenja)

Informacija

Opis

Well (Jažica)Položaj jažice na pločici

Fluor (Fluorofor)

Otkriven fluorofor

Content (Sadržaj)Vrsta uzorka navedena u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice)Target (Cilj)

Cilj pojačanja (gen)Sample (Uzorak)

Naziv uzorka naveden u prozoru Plate Editor (Uređivač pločice)Melt Temperature (Temperatura

Temperatura taljenja svakog proizvoda, navedena u proračunskoj

taljenja)

tablici kao jedna vršna vrijednost (najviša) po redu

Peak Height (Vršna visina)

Visina vršne vrijednosti

Begin Temperature (Početna

Temperatura na početku vršne vrijednosti

temperatura)
End Temperature (Završna

Temperatura na završetku vršne vrijednosti

temperatura)

Proračunska tablica Plate (Pločica)Proračunska tablica Plate (Pločica) prikazuje podatke krivulje taljenja u formatu pločice.

Napomena: Da biste prilagodili vršnu vrijednost koju softver poziva, prilagodite liniju praga u
grafikonu Melt Peak (Vršna vrijednost taljenja) na kartici Melt Curve (Krivulja taljenja).
Tablica 23 na stranici 234 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici Plate (Pločica).

Korisnički vodič | 233

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Tablica 23. Sadržaj proračunske tablice

Informacija

Opis

Content (Sadržaj)Kombinacija Sample Type (Vrsta uzorka) (obavezno) i broja replike (opcionalno)

Sample (Uzorak)Opis uzorka

Peak 1 (Vršna

Prva vršna vrijednost taljenja (najviša)

vrijednost 1)
Peak 2 (Vršna

Druga vršna vrijednost taljenja (niža)vrijednost 2)

RFU proračunska tablica
RFU proračunska tablica prikazuje fluorescenciju za svaku jažicu u svakom ciklusu stečenom tijekom
krivulje taljenja.

Tablica 24 definira podatke prikazane u proračunskoj tablici RFU.
Tablica 24. Sadržaj proračunske tablice RFU

Informacija

Opis

Well number (Broj jažice) (A1, A2, A3, A4,Položaj jažice na pločici za napunjene jažice

A5)
Temperature (Temperatura)

Temperatura taljenja pojačanog cilja, prikazana
kao jedna jažica po redu i više jažica za više
proizvoda u istoj jažici

234 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Melt Curve Data (Podaci krivulje taljenja)

Proračunska tablica -d(RFU)/dT
Proračunska tablica -d(RFU)/dT prikazuje negativnu brzinu promjene u RFU prema promjeni temperature(T).

Tablica 25 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici -d(RFU)/dT.
Tablica 25. Sadržaj proračunske tablice -d(RFU)/dT

Informacija

Opis

Well number (Broj jažice) (A1, A2, A3, A4,Položaj jažice na pločici za napunjene jažice

A5)
Temperatura -d(RFU)/dT

Negativna brzina promjene RFU prema promjeni temperature(T)

Korisnički vodič | 235

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Kartica End Point (Krajnja točka)
Otvorite karticu End Point (Krajnja točka) da biste analizirali konačne relativne jedinice fluorescencije(RFU) za jažice za uzorke. Softver uspoređuje razine RFU-ova za jažice s nepoznatim uzorcima s
razinama RFU za jažice s negativnom kontrolom i „poziva” nepoznate pozitivne ili negativne. Pozitivni
uzorci imaju veću RFU vrijednost od vrijednosti prosječne RFU negativnih kontrola zajedno s graničnom
vrijednosti.

Da biste analizirali podatke o krajnjoj točki, pločica mora sadržavati negativne kontrole ili softver ne možeuputiti poziv.
nPokrenite protokol Quantification (Kvantifikacija) – postavite standardni protokol. Nakon završetka
izvođenja otvorite prozor Data Analysis (Analiza podataka), prilagodite postavke analize podataka na
kartici Quantification (Kvantifikacija), a zatim kliknite karticu End Point (Krajnja točka) da biste
odabrali ciklus krajnje točke.

nPokrenite protokol End Point Only (Samo krajnja točka) – učitajte protokol End Point Only (Samokrajnja točka) na karticu Plate (Pločica) prozora Run Setup (Postavljanje izvođenja), odaberite ili
izradite pločicu i pokrenite izvođenje

236 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica End Point (Krajnja točka)

Kartica End Point (Krajnja točka) prikazuje prosječne vrijednosti RFU da bi se utvrdilo je li cilj pojačan
posljednjim (završnim) ciklusom. S pomoću ovih podataka utvrdite je li određena ciljna sekvenca prisutna(pozitivna) u uzorku. Pozitivni ciljevi imaju veće RFU vrijednosti od granične vrijednosti koju definirate.
Savjet: Da biste izradili protokol krajnje točke, otvorite karticu Protocol (Protokol) (prozor Run Setup(Postavljanje izvođenja)) i odaberite Run (Izvođenje) > End Point Only Run (Izvođenje samo krajnje
točke).
Kada se izvršavanje završi, podatkovna datoteka otvara se na kartici End Point (Krajnja točka) kojasadržava sljedeće odjeljke:nSettings (Postavke) – prilagođava postavke analize podataka.

n

Results (Rezultati) – prikazuje rezultate odmah nakon što prilagodite postavke.

nWell Selector (Birač jažica) – odabire jažice s podacima o krajnjoj točki koje želite prikazati.

n

RFU proračunska tablica – prikazuje krajnji RFU prikupljen u odabranim jažicama.

Podaci o rezultatima
Odjeljak Results (Rezultati) prikazuje sljedeće podatke:nNajniža vrijednost RFU – najniža vrijednost RFU u podaciman

Najveća vrijednost RFU - najviša vrijednost RFU u podacimanProsjek negativne kontrole – prosječni RFU za jažice koje sadržavaju negativne kontrolenGranična vrijednost – izračunava se zbrajanjem tolerancije (RFU ili Percentage of Range (Postotak
raspona) naveden u Settings (Postavke)) i prosjeka negativnih kontrola. Uzorci s RFU-ovima koji su
veći od granične vrijednosti zvat će se „Positive” (Pozitivni). Da biste prilagodili graničnu vrijednost
promijenite RFU ili Percentage of Range (Postotak raspona)

Granična vrijednost izračunava se s pomoću ove formule:Granična vrijednost = negativni kontrolni prosjek + tolerancija
Odaberite toleranciju jednom od ovih metoda:n

RFU-ovi (zadani) – odaberite ovu metodu da biste upotrijebili apsolutnu vrijednost RFU za
toleranciju. Minimalna vrijednost tolerancije RFU je 2. Maksimum je apsolutna vrijednost najviše
vrijednosti RFU umanjena za apsolutnu vrijednost najniže vrijednosti RFU. Zadana vrijednost
tolerancije RFU je 10 % od ukupnog raspona RFU-ova.

nPostotak raspona – odaberite ovu metodu da biste upotrijebili postotak raspona RFU-ova za
toleranciju. Minimalni postotak raspona je 1 %. Maksimalni postotak raspona je 99 %. Zadani
postotak raspona je 10 %.

Korisnički vodič | 237

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Prilagođavanje analize podataka krajnje točke
Prilagođavanje analize podataka na kartici End Point (Krajnja točka)u

Učinite nešto od sljedećeg:n

Na padajućem popisu odaberite fluorofor.

n

Odaberite vrijednost End Cycle to Average (Završni ciklus za uprosječivanje) da biste postavili
broj ciklusa s pomoću kojih će se izračunati prosječni RFU krajnje točke.

nOdaberite RFU-ove za prikaz podataka u relativnim jedinicama fluorescencije.

nOdaberite Percentage of Range (Postotak raspona) za prikaz podataka kao postotka raspona
RFU-ova.

nOdaberite jažice u biraču jažica da biste se usredotočili na podskupine podataka.

n

Odaberite skupinu jažica za prikaz i analizu podskupine jažica na pločici. Odaberite svaku
skupinu jažica po nazivu s padajućeg izbornika Well Group (Skupina jažica) na alatnoj traci.

Proračunska tablica RFU-ova za analizu krajnjih točaka
Tablica 26 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici RFU-ova na kartici End Point (Krajnja
točka).
Tablica 26. Sadržaj proračunske tablice RFU-ova za krajnje točke

Informacija

Opis

Well (Jažica)Položaj jažice na pločici

Fluor (Fluorofor)

Otkriven fluorofor

Content (Sadržaj)Kombinacija vrste uzorka i broja replike

End RFU (Krajnji RFU)

RFU u ciklusu krajnje točke

Call (Pozivanje)

Pozitivno ili negativno, gdje pozitivni uzorci imaju veću RFU vrijednost od
vrijednosti prosječne RFU negativnih kontrola zajedno s graničnom
vrijednosti

Sample (Uzorak)

Naziv uzorka učitan u Plate Editor (Uređivač pločice)238 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)

Kartica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)
Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija) dodjeljuje genotipove jažicama s nepoznatim uzorcima.
Upotrijebite ove podatke za identifikaciju uzoraka s različitim genotipovima, uključujući Allele 1 (Alel 1),
Allele 2 (Alel 2), Heterozygote (Heterozigot), No Call (Bez pozivanja) (bez pojačanja) ili Undetermined(Neodređeno).
Napomena: Podaci o alelnoj diskriminaciji moraju potjecati iz multipleks izvođenja s najmanje dva
fluorofora. Svaki fluorofor identificira jedan alel u svim uzorcima.

Analiza alelne diskriminacije zahtijeva sljedeći minimalni sadržaj jažice:n

dva fluorofora u svakoj jažicin

NTC (eng. no template control, bez kontrole predloška) uzorci za optimiziranu analizu podataka

CFX Maestro Dx SE nudi četiri mogućnosti pregledavanja podataka o alelnoj diskriminaciji:nGrafikon alelne diskriminacije – prikazuje podatke u RFU grafikonu za Allele 1 (Alel 1) / Allele 2 (Alel2). Svaka točka na grafikonu predstavlja podatke s oba fluorofora u jednoj jažici. Možete seprebacivati između pravokutnih i polarnih koordinata označavanjem i odznačavanjem potvrdnog
okvira Polar Coordinates (Polarne koordinate). Pravokutne koordinate predstavljaju RFU za Allele 1(Alel 1) na osi X i RFU za Allele 2 (Alel 2) na osi Y. Polarne koordinate predstavljaju kut na osi X iudaljenost između ishodišta i RFU na osi Y (medijan svih NTC-ova).

Korisnički vodič | 239

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podatakanProračunska tablica jažice – prikazuje podatke o alelnoj diskriminaciji prikupljene u svakoj jažici
pločice.

nBirač jažica – odabire jažice s alelnim podacima koje želite prikazati.

nOdabrana pločica fluorofora – mijenja oznake osi X i Y na grafikonu Allelic Discrimination (Alelna
diskriminacija), ciklus koji se analizira te prikaz mape pozivanja.

Prilagođavanje podataka za alelnu diskriminaciju
Softver automatski dodjeljuje genotip jažicama s nepoznatim uzorcima na temelju položaja NTC-a i kuta i
udaljenosti nepoznatih podatkovnih točaka od NTC-a.

Prilagođavanje podataka alelne diskriminacijeuUčinite nešto od sljedećeg:n

Da biste prikazali polarne koordinate, označite potvrdni okvir na grafikonu Allelic Discrimination(Alelne diskriminacije).

nDa biste pogledali drugi fluorofor, odaberite ga s padajućeg popisa na pločici SelectedFluorophores (Odabrani fluorofori).

n

Da biste promijenili pozivanje, povucite preko podatkovnih točaka na grafikonu Allelic
Discrimination (Alelne diskriminacije) i odaberite opciju s popisa Selected Wells (Odabranejažice):oAllele 1 (Alel 1)oAllele 2 (Alel 2)oHeterozygote (Heterozigot)oUndetermined (Neodređeno)o

No call (Bez pozivanja)oAuto Call (Automatsko pozivanje)

Savjet: Odaberite Auto Call (Automatsko pozivanje) da biste se vratili na zadano pozivanje.

240 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)

Opcije izbornika grafikona
Osim uobičajenih opcija izbornika grafikona kojima se pristupa desnom tipkom miša (pogledajte
Uobičajene stavke izbornika koji se otvara desnim klikom miša za grafikone na stranici 207 ), Tablica 27
navodi opcije izbornika dostupne na grafikonu Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija).
Tablica 27. Opcije izbornika grafikona Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija) kojima se
pristupa desnom i lijevom tipkom miša

Opcija izbornika

Funkcija

Zoom (Zumiranje)

Fokusira prikaz grafikona na odabrano područje (klikom i
povlačenjem pokazivača miša na grafikonu).
Savjet: Da biste vratili zumiranje tako da se prikažu sve
podatkovne točke, kliknite desnom tipkom miša i odaberite Set
Scale to Default (Postavi skalu na zadanu vrijednost).

Well (Jažica)Za odabranu jažicu možete: prikazati samo tu jažicu, ukloniti tujažicu iz prikaza, postaviti boju za taj trag ili isključiti tu jažicu iz
analize.

Selected Wells (Odabrane

Za odabrane jažice (odabrane klikom i povlačenjem pokazivačajažice)miša na grafikonu) možete: prikazati samo te jažice, ukloniti te jažice
iz prikaza, postaviti boju za te tragove ili isključiti te jažice iz analize.

Proračunska tablica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)
Tablica 28 definira podatke koji se pojavljuju u proračunskoj tablici Allelic Discrimination (Alelna
diskriminacija).
Tablica 28. Sadržaj proračunske tablice Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)

Informacija

Opis

Well (Jažica)Položaj jažice na pločici

Sample (Uzorak)Opis naziva uzorka

Call (Pozivanje)

Identitet alela, uključujući automatske Allele 1 (Alel 1), Allele 2 (Alel 2),
Heterozygote (Heterozigot), No Call (Bez pozivanja) ili Undetermined(Neodređeno)Korisnički vodič | 241

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Tablica 28. Sadržaj proračunske tablice Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija), nastavak

Informacija

OpisType (Vrsta)

Auto (Automatski) ili Manual (Ručno), opisuje kako je pozivanje
upućeno. Automatic (Automatski) označava da je softver odabrao
pozivanje. Manual (Ručno) označava da je korisnik odabrao pozivanje

RFU1

RFU za Allele1 (Alel 1)

RFU2

RFU za Allele2 (Alel 2)

242 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Custom Data View (Prilagođeni prikaz podataka)Kartica Custom Data View (Prilagođeni prikaz podataka)Kartica Custom Data View (Prilagođeni prikaz podataka) istovremeno prikazuje više okna u prilagodljivom
formatu.
Padajući popis Load a Preset View (Učitaj unaprijed postavljeni prikaz) nudi izbor predložaka formata
prikaza. Prikazani zadani prikaz ovisi o datoteci koja se analizira. Na primjer, ako su prisutni podaci
krivulje taljenja, pojavit će se zadani prikaz Amp+Melt.

Korisnički vodič | 243

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Stvaranje prilagođenog prikaza podataka
Stvaranje prilagođenog prikaza podatakau

Učinite nešto od sljedećeg:n

Na padajućem popisu odaberite drugi unaprijed postavljeni prikaz.

n

S padajućeg popisa koji se nalazi na vrhu svakog pojedinačnog okna odaberite drugi prikaz
grafikona.

nPromijenite broj redaka i stupaca na kartici.

nPromijenite pojedinačne dimenzije okna. Povucite trake na obodu svakog okna.

Kliknite Save as Preset (Spremi kao unaprijed postavljeno) za spremanje prilagođenog predloška kao
unaprijed postavljenog predloška. Kliknite Manage Presets (Upravljanje unaprijed postavljenim
postavkama) da biste izbrisali, preimenovali ili vratili postojeće unaprijed postavljene prikaze.

244 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica QC (Kontrola kvalitete)

Kartica QC (Kontrola kvalitete)
Upotrijebite karticu QC (Kontrola kvalitete) za brzu procjenu kvalitete podataka o izvođenju na temelju
pravila definiranih na kartici QC (Kontrola kvalitete) na prozoru User Preferences (Korisničke postavke).
CFX Maestro Dx SE nudi četiri mogućnosti za pregled podataka kontrole kvalitete:n

Amplification chart (Grafikon pojačanja) – prikazuje RFU za svaku jažicu u svakom ciklusu. Svaki
trag na grafikonu predstavlja podatke iz jednog fluorofora u jednoj jažici.

n

QC rules table (Tablica pravila za kontrolu kvalitete) – prikazuje dostupna pravila za kontrolu
kvalitete i postavke kojima se definira svako pravilo. Primijenjena pravila za kontrolu kvaliteteoznačena su kvačicom.

nWell selector (Birač jažica) – odabire jažice s podacima fluorescencije koje želite prikazati.

n

QC rule summary pane (Okno sažetka pravila za kontrolu kvalitete) – prikazuje odabrano pravilo za
kontrolu kvalitete i ističe jažice koje ne zadovoljavaju pravilo.

Korisnički vodič | 245

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Promjena kriterija kontrole kvalitete
Promjena kriterija kontrole kvaliteteuOznačite ili odznačite potvrdni okvir Use (Upotrijebi) za pravilo koje nešto uključuje ili isključuje iz
kontrole kvalitete.

Izuzimanje jažica koje ne zadovoljavaju kontrolu kvalitete
CFX Maestro Dx SE prikazuje jažice koje ne zadovolje kriterije kontrole kvalitete u stupcu Results(Rezultati) u tablici pravila kontrole kvalitete i u oknu sažetka.

Izuzimanje jažica koje ne zadovoljavaju kontrolu kvaliteteuOdaberite Exclude Wells (Izuzmi jažice) za svaku jažicu koju želite izuzeti.

246 | Softver CFX Maestro Dx SE

Kartica Run Information (Informacije o izvođenju)

Kartica Run Information (Informacije o izvođenju)
Kartica Run Information (Informacije o izvođenju) prikazuje protokol i ostale informacije o svakomizvođenju. S pomoću ove kartice učinite sljedeće:nPogledajte protokol.

nUnesite ili uredite bilješke o izvođenju.

nUnesite ili uredite ID ili crtični kod za izvođenje.

nPogledajte događaje koji su se mogli dogoditi tijekom izvođenja. Upotrijebite te poruke za otklanjanje
poteškoća s izvođenjem.

Savjet: Desnom tipkom miša kliknite Protocol (Protokol) da biste ga kopirali, izvezli ili ispisali.
Desnom tipkom miša kliknite okna Notes (Bilješke), ID/Bar Code (ID / crtični kod) ili Other (Ostalo) dabiste poništili, izrezali, kopirali, zalijepili, izbrisali ili odabrali tekst.

Korisnički vodič | 247

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Izvješća o analizi podataka
Dijaloški okvir Report (Izvješće) prikazuje informacije o trenutačnoj podatkovnoj datoteci u prozoru Data
Analysis (Analiza podataka). Da biste otvorili izvješće odaberite Tools (Alati) > Reports (Izvješća) ili
kliknite Reports (Izvješća) na alatnoj traci.
Dijaloški okvir Report (Izvješće) sadržava sljedeće odjeljke:nIzbornik i alatna traka – pružaju mogućnosti oblikovanja, spremanja i ispisa izvješća ili predloška.

nPopis Options (Opcije) (gornja lijeva strana dijaloškog okvira) – pruža opcije za prikaz u izvješću.

nOkno Options (Opcije) (donja lijeva strana dijaloškog okvira) – prikazuje okvire za tekst u koje možete
unijeti podatke o odabranoj opciji.

nOkno Preview (Pretpregled) (desna strana dijaloškog okvira) – prikazuje pregled trenutačnog
izvješća.

248 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izvješća o analizi podataka

Kategorije izvješća o analizi podataka
Tablica 29 navodi sve opcije dostupne za izvješće o analizi podataka, ovisno o vrsti podataka u prozoru
Data Analysis (Analiza podataka).
Tablica 29. Kategorije izvješća o analizi podataka na popisu opcija

Kategorija

OpcijaOpis

Header (Zaglavlje)
Naslov, podnaslov i logotip izvješća
Report Information (Informacije oDatum izvođenja, korisničko ime, naziv

izvješću)podatkovne datoteke, put podatkovne
datoteke i odabrana skupina jažica

Audit Information (Informacije o

Dodatne informacije potrebne za reviziju,

reviziji)uključujući potpise

Notes (Napomene)

Bilješke o podatkovnom izvješću

Run information (Informacije oDatum izvođenja, korisničko ime, nazivizvođenju)

podatkovne datoteke, put podatkovne

Postavljanje izvođenja

datoteke i odabrana skupina jažica
Protocol (Protokol)

Tekstualni prikaz koraka i opcija
protokola

Plate Display (Prikaz pločice)Prikaz informacija na pločici za svakijažicu pločice

Kvantifikacija
Analysis Settings (Postavke

Broj koraka prikupljanja podataka, način

analize)analize i metoda oduzimanja osnovne
vrijednosti

Amplification Chart (Grafikon

Grafikon pojačanja za izvođenja koja

pojačanja)

uključuju kvantifikacijske podatke

Grafikon Standard Curve

Grafikon Standardna krivulja(Standardna krivulja)

Korisnički vodič | 249

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Tablica 29. Kategorije izvješća o analizi podataka na popisu opcija, nastavak

Kategorija

OpcijaOpis

Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka
u svakoj jažici

Genska ekspresija –trakasti grafikon
Analysis Settings (Postavke

Način analize, podaci grafikona,analize)mogućnost skaliranja i pogreška
grafikona

Chart (Grafikon)

Kopija trakastog grafikona

Target Names (Nazivi ciljeva)

Grafikon naziva ciljeva

Sample Names (Nazivi uzoraka)

Grafikon naziva uzoraka

Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka
u svakoj jažici

Target Stability (Stabilnost cilja)

Grafikon vrijednosti ciljne stabilnosti

Box-and-Whisker Chart

Grafikon s okvirima i poveznicama(Grafikon s okvirima i
poveznicama)
Dot Plot Chart (Točkasti

Dot Plot chart (Točkasti grafikon)

grafikon)

Gene Expression — Clustergram (Dijagram klastera) i Scatter Plot (Raspršeni dijagram)Analysis Settings (Postavke

Postavke za svaku vrstu grafikona

analize)
Chart (Grafikon)

Kopija grafikona

Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka
u svakom cilju

Genska ekspresija - podaci analize ANOVAANOVA Settings (Postavke
ANOVA)

250 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prag vrijednosti P upotrijebljen u analizi

Izvješća o analizi podataka

Tablica 29. Kategorije izvješća o analizi podataka na popisu opcija, nastavak

Kategorija

OpcijaOpis

ANOVA Results (Rezultati

Tablica rezultata analize ANOVA i

ANOVA)

Tukeyjeve HSD post-hoc analize

Melt Curve (Krivulja taljenja)
Analysis Settings (Postavke

Broj koraka taljenja i postavka trake

analize)praga

Melt Curve Chart (Grafikon

Grafikon krivulje taljenja

krivulje taljenja)
Melt Peak Chart (Grafikon vršne

Grafikon vršne vrijednosti taljenja

vrijednosti taljenja)
Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka
u svakoj jažici

Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)
Analysis Settings (Postavke

Fluorofori, ciklus i prikaz mape pozivanja

analize)
Allelic Discrimination Chart

Kopija grafikona alelne diskriminacije(Grafikon alelne diskriminacije)
Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka
u svakoj jažici

Krajnja točka
Analysis Settings (Postavke

Fluorofor, završni ciklusi za

analize)

uprosječivanje, način rada, najniža
vrijednost RFU, najviša vrijednost RFU i
granična vrijednost

Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka
u svakoj jažici

QC Parameters(Parametri kontrole
kvalitete)

Korisnički vodič | 251

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

Tablica 29. Kategorije izvješća o analizi podataka na popisu opcija, nastavak

Kategorija

OpcijaOpis

Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom
parametara za svako pravilo kontrole
kvalitete252 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izvješća o analizi podataka

Izrada izvješća o analizi podataka
Izgled izvješća možete spremiti kao predložak koji možete ponovo upotrebljavati za slična izvješća.

Izrada izvješća o analizi podataka
1.

Konačna prilagođavanja sadržaja jažice, odabranih jažica, grafikona i proračunskih tablica izvedite u
prozoru Data Analysis (Analiza podataka) prije stvaranja izvješća.

2.

Odaberite Tools (Alati)> Reports (Izvješća) na traci izbornika Data Analysis (Analiza podataka) dabiste otvorili dijaloški okvir Report (Izvješća).

3.

Odaberite opcije koje želite uključiti u izvješće. Izvješće se otvara s odabranim zadanim opcijama.
Označite ili odznačite potvrdne okvire da biste promijenili cijele kategorije ili pojedinačne opcije
unutar kategorije.
Tablica 29 na stranici 249 navodi opcije dostupne za prikaz.
Napomena: Podaci koji se pojavljuju u izvješću ovise o trenutačnim odabirima na karticama
prozora Data Analysis (Analiza podataka). Na primjer, izvođenje kvantifikacije možda nećesadržavati standardnu krivulju pa se ti podaci ne pojavljuju u prozoru Data Analysis (Analiza
podataka) ili u podatkovnom izvješću.

4.

Promijenite redoslijed kategorija i stavki u izvješću. Povucite opcije u relativni položaj. Stavkama semože mijenjati redoslijed samo unutar kategorija kojima pripadaju.

5.

(Opcionalno) U okno Report Options (Opcije izvješća) unesite podatke relevantne za odabranu
opciju:nOdaberite podskup podataka koji će se prikazivati u izvješću.

nOdaberite određene postavke za odabranu opciju.

nPromijenite prikaz teksta za odabranu opciju.

6.

Kliknite Update Report (Ažuriraj izvješće) da biste ažurirali pregled izvješća s promjenama.

7.

Ispis ili spremanje izvješća:a.

Na alatnoj traci kliknite gumb Print Report (Ispiši izvješće) da biste ispisali trenutačno izvješće.

b.

Odaberite File (Datoteka) > Save (Spremi) da biste izvješće spremili u formatu PDF (datoteka
Adobe Acrobat Reader), MHT (Microsoft dokument) ili MHTML (Microsoft dokument).

c.

Odaberite lokaciju za spremanje datoteke.

d.

Odaberite File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) da biste izvješće spremili pod novim nazivom
ili na novu lokaciju.

Korisnički vodič | 253

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

8.

(Opcionalno) Izradite predložak izvješća s informacijama koje želite. Da biste trenutačne postavke
izvješća spremili u predložak, odaberite Template (Predložak) > Save (Spremi) ili Save As (Spremikao). Zatim učitajte predložak izvješća sljedeći puta kada želite izraditi novo izvješće.

254 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izvješća o analizi podataka

Izrada izvješća o skupinama jažica
Izrada izvješća o skupinama jažica
1.

Odaberite Tools (Alati) > Well Group Reports (Izvješća o skupinama jažica) u prozoru Data Analysis(Analiza podataka).

2.

U dijaloškom okviru Well Groups Reports (Izvješća o skupinama jažica) odaberite skupine jažica,korake pojačanja i korake taljenja koje ćete uključiti u izvješće.

3.

Unesite put ili idite do odredišne mape u koju ćete spremiti izvješće.

4.

(Opcionalno) Odaberite Choose a Report Template (Odaberite predložak izvješća) i idite na mapu
datoteke predloška.

5.

(Opcionalno) Odaberite Open Destination Folder (Otvori odredišnu mapu) da biste otvorili mapu i
pregledali izvješća nakon generiranja.

6.

Kliknite Create Reports (Izradi izvješća).

Korisnički vodič | 255

Poglavlje 11 Pojedinosti analize podataka

256 | Softver CFX Maestro Dx SE

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije
Uz upotrebu strogo kvalificiranih kontrola u svojim reakcijama, možete upotrijebiti Softver CFX Maestro
Dx, Security Edition za izvođenje genske ekspresije radi normalizacije relativnih razlika u ciljnoj
koncentraciji među uzorcima. Tipično, razine ekspresije za jedan ili više referentnih gena koriste se za
normalizaciju razine ekspresije gena od interesa. Referentni geni uzimaju u obzir razlike u opterećenju ili
druge varijacije zastupljene u svakom uzorku i na razinu njihove ekspresije ne bi trebao utjecati biološki
sustav koji se proučava.
Odaberite karticu Gene Expression (Genska ekspresija) u prozoru Data Analysis (Analiza podataka) dabiste procijenili relativne razlike između PCR reakcija u dvije ili više jažica. Na primjer, možete procijeniti
relativni broj virusnih genoma ili relativni broj transficiranih sekvenci u PCR reakciji. Najčešća primjena
studije genske ekspresije jest usporedba koncentracije kDNK u više od jedne reakcije za procjenu razina
glasničke RNK u ravnotežnom stanju.
Softver izračunava relativnu razinu ekspresije cilja s jednim od ovih scenarija:n

Relativna razina ekspresije ciljne sekvence (Target (Cilj) 1) u odnosu na drugi cilj (Target (Cilj) 2); na
primjer količina jednog gena u odnosu na drugi gen pod istom obradom uzorka.

n

Relativna razina ekspresije jednog ciljne sekvence u jednom uzorku u usporedbi s istim ciljem pod
različitom obradom uzorka; na primjer, relativna količina jednog gena u odnosu na sebe u različitim
vremenskim, zemljopisnim ili razvojnim uvjetima.

Postavljanje pločice za analizu genske ekspresije
Da bi se izvršila analiza genske ekspresije, sadržaj jažica mora sadržavati sljedeće:n

Dva ili više ciljeva – dva cilja koji predstavljaju različite pojačane gene ili sekvence u vašim uzorcima.

n

Jedan ili više referentnih ciljeva – barem jedan cilj mora biti referentni cilj za normaliziranu ekspresiju.
Dodijelite sve referentne ciljeve u prozoru Experiment Settings (Postavke eksperimenta) za analizu
podataka u načinu Normalized Expression (Normalizirana ekspresija) (ΔΔCq). Izvođenja koja nesadržavaju referencu moraju se analizirati s pomoću načina Relative Expression (Relativna
ekspresija) (ΔCq).

n

Uobičajeni uzorci – vaše reakcije moraju uključivati uobičajene uzorke (potrebna su najmanje dva) dabiste vidjeli svoje podatke nacrtane na kartici Gene Expression (Genska ekspresija). Ti bi uzorci
trebali predstavljati različite tretmane ili uvjete za svaku od vaših ciljnih sekvenci. Dodijelite kontrolni

Korisnički vodič | 257

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresijeuzorak (nije obavezno) u prozoru Experiment Settings (Postavke eksperimenta). Ako nije odabrana
nijedna kontrola, softver koristi najniži Cq kao kontrolu.
Zahtjevi za postavljanje značajke Gene Expression (Genska ekspresija) u Plate Editor (Uređivač pločice)ovise o tome jesu li reakcijski sadržaji pojedinačni PCR, s jednim fluoroforom u reakcijama ili multipleksni
PCR, s više od jednog fluorofora u reakcijama.

Vođeno postavljanje pločice
Ako postavljanje pločice podatkovne datoteke ne sadržava podatke potrebne za analizu i ako je odabranakartica Gene Expression (Genska ekspresija), prostor koji inače zauzima trakasti grafikon sadržavat će
upute za unos tih podataka. Za normaliziranu gensku ekspresiju izvršite sljedeće korake:
1.

2.

Definirajte nazive za Target (Cilj) i Sample (Uzorak) koristeći bilo što od sljedećeg:nPlate Setup (Postavljanje pločice) – otvara prozor Plate Editor (Uređivač pločice).

n

Replace Plate File (Zamjena datoteke pločice) – otvara preglednik Select Plate (Odaberi
pločicu) u kojem možete prijeći na prethodno spremljenu datoteku pločice kojom ćete zamijeniti
trenutačni raspored pločice.

n

Replace PrimePCR File (Zamjena datoteke PrimePCR) – otvara dijaloški okvir SelectPrimePCR file (Odabir PrimePCR datoteke), u kojem možete doći do datoteke za izvođenje
PrimePCR i primijeniti je na raspored pločice.

Odaberite jedan ili više referentnih ciljeva i kontrolni uzorak s pomoću dijaloškog okvira ExperimentSettings (Postavke eksperimenta).
Ako raspored pločice već sadržava podatke o cilju i uzorku, potreban je samo drugi korak i označen
je narančastom bojom. Ovaj korak mora biti završen prije nego što se može dogoditi normalizirana
analiza genske ekspresije.
Napomena: Podaci za raspršeni dijagram i dijagram klastera prikazuju se samo ako su
zadovoljeni svi zahtjevi za normaliziranu gensku ekspresiju navedeni u odjeljku Plate Setup(Postavljanje pločice) za Gene Expression Analysis (Analiza genske ekspresije).

258 | Softver CFX Maestro Dx SE

Grafikoni genske ekspresije

Grafikoni genske ekspresije
CFX Maestro Dx SE prikazuje podatke genske ekspresije u više prikaza. Tablica 30 navodi opcije
grafikona dostupne u softveru.
Tablica 30. Opcije grafikona genske ekspresije

Gumb

Naziv

Funkcija

Izrada grafikona

Prikazuje normalizirane podatke genske
ekspresije u jednom od sljedećih prikaza:n Trakasti grafikon (zadano)n Grafikon s okvirima i poveznicama
n Dot Plot chart (Točkasti grafikon)

Clustergram (Dijagram klastera)

Prikazuje normalizirane podatke ekspresije uhijerarhiji na temelju stupnja sličnosti ekspresije
za različite ciljeve i uzorke.

Scatter Plot (Raspršeni

Prikazuje normalizirane ekspresije ciljeva za

dijagram)

kontrolu u odnosu na eksperimentalni uzorak.

ANOVA

Prikazuje rezultate jednosmjerne analize
ANOVA na podacima genske ekspresije spomoću sljedećih R paketa za izvođenje analize
ANOVA i određivanje Tukey rezultata:n Companion to Applied Regression (car)(Pratitelj primijenjene regresije (car))n Najmanja kvadratna sredstva (lsmeans)

Referentni alat za odabir gena

(Dostupno na kartici Study Analysis (Analiza
studije) u prozoru Gene Study (Genetička
studija)) Identificira testirane referentne gene ikategorizira ih kao Ideal (Idealno), Acceptable(Prihvatljivo) ili Unstable (Nestabilno) na temelju
njihove stabilnosti.

Analiza PrimePCR kontrola(Dostupno na kartici Study Analysis (Analiza
studije) u prozoru Gene Study (Genetička
studija)) Prikazuje rezultate testiranih uzoraka.

Korisnički vodič | 259

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Izrada grafikona

Relativna ekspresija ciljeva predstavljena je u ova dva pogleda:nGrafikon Gene Expression (Genska ekspresija) – prikazuje podatke PCR-a u stvarnom vremenu kao
jedno od sljedećeg:o

ΔΔCq – relativna normalizirana ekspresija izračunata s pomoću kontrolnih uzoraka i referentnih ciljeva.

o

ΔCq – relativna količina ciljnog gena u uzorku u odnosu na kontrolni uzorak.

Pogledajte Promjena i bilježenje prikaza grafikona na stranici 262 za više informacija i prikazu
podataka.
n

Spreadsheet (Proračunska tablica) – prikazuje proračunsku tablicu podataka o genskoj ekspresiji.
Savjet: Desnom tipkom miša kliknite bilo koji grafikon ili proračunsku tablicu za opcije.
Odaberite View/Edit Plate (Prikaz/uređivanje pločice) s padajućeg izbornika Plate Setup(Postavljanje pločice) da biste otvorili Plate Editor (Uređivač pločice) i promijenili sadržaj jažice u
pločici.
Savjet: Odaberite Sort (Sortiraj) s izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša da biste
preuredili redoslijed naziva Target (Cilj) i Sample (Uzorak) na grafikonu.

260 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada grafikona

Normalizirana genska ekspresija
Da biste normalizirali podatke, upotrijebite izmjerenu razinu ekspresije jednog ili više referentnih gena kao
faktor normalizacije. Referentni geni su ciljevi koji nisu regulirani u biološkom sustavu koji se proučava,poput aktina, GAPDH ili tubulina.

Postavljanje analize normalizirane genske ekspresije (ΔΔCq)
1.

Otvorite podatkovnu datoteku (.pcrd nastavak).

2.

Pregledajte podatke na kartici Quantification (Kvantifikacija) u prozoru Data Analysis (Analiza
podataka). Izvršite prilagodbe podataka, poput promjene praga i načina analize.

3.

Odaberite karticu Gene Expression (Genska ekspresija).

4.

Na kartici Gene Expression (Genska ekspresija) kliknite Experiment Settings (Postavkeeksperimenta).

5.

U dijaloškom okviru Experiment Settings (Postavke eksperimenta) učinite sljedeće:

6.

a.

Odaberite karticu Samples (Uzorci) i odaberite kontrolu. Kada se dodijeli kontrola, CFX Maestro Dx
SE normalizira relativne količine za sve gene na kontrolnu količinu koja je postavljena na 1.

b.

Odaberite karticu Target (Cilj) i odaberite referentne gene. Analiza genske ekspresije zahtijeva
jednu referencu među ciljevima u vašim uzorcima.

Odaberite Normalized Expression (Normalizirana ekspresija) (ΔΔCq) ako već nije odabrano, a zatim
pogledajte razine ekspresije na kartici Gene Expression (Genska ekspresija).
Napomena: Setup Wizard (Čarobnjak za postavljanje) možete upotrijebiti i za postavljanje
izgleda pločice za normaliziranu analizu genske ekspresije.

Relativna količina
Prema definiciji, podaci o relativnoj količini (ΔCq) nisu normalizirani. Ova se metoda koristi za
kvantificiranje uzoraka koji ne uključuju nikakve referentne gene (ciljeve). Tipično, istraživači su sigurni u
jedno od sljedećih razmatranja kada postavljaju svoje izvođenje:nSvaki uzorak sadržava jednaku količinu RNK ili kDNK u svakoj jažici.

n

Sve razlike u količini učitanih bioloških uzoraka normalizirat će se nakon izvođenja nekom metodom u
analizi podataka izvan softvera. Na primjer, istraživač može odabrati podijeliti vrijednost relativne
količine s normalizirajućim faktorom, možda masom nukleinske kiseline napunjene za svaki uzorak ili
brojem stanica iz kojih je nukleinska kiselina izolirana.

Izvođenje analize relativne količine (ΔCq)
u

Na kartici Gene Expression (Genska ekspresija) odaberite Relative Quantity (Relativna količina)(ΔCq) s padajućeg popisa Mode (Način rada) u desnom oknu.

Korisnički vodič | 261

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Savjet: Da biste usporedili rezultate s podacima iz drugih izvođenja genske ekspresije, otvorite
novu genetičku studiju ili dodajte podatkovnu datoteku u postojeću genetičku studiju.

Promjena i bilježenje prikaza grafikona
S pomoću naredbi izbornika alatne trake grafikona i alata grafikona za analizu podataka možete
promijeniti prikaz grafikona, označiti svaki grafikon i promijeniti prikaz grafikona. Alatna traka grafikona
pojavljuje se između grafikona i proračunske tablice za analizu podataka na dnu zaslona.

Alati alatne trake grafikona
Savjet: Pogledajte Grafikoni na stranici 199 za informacije o alatima za grafikone koji se pojavljuju na
desnoj strani grafikona za analizu podataka.
Alatna traka ispod grafikona omogućuje brzi pristup alatima za bilješke.

Tablica 31 navodi funkcije gumba na alatnoj traci grafikona.
Tablica 31. Alatna traka grafikona

Gumb

Naziv

Funkcija

Trakasti grafikon

Prikazuje relativnu ekspresiju ciljeva.

Grafikon s okvirima i

Prikazuje podatke u rasponima kvartila (za detalje opoveznicama

izračunu pogledajte Izračuni grafikona s okvirima i
poveznicama na stranici 301 ).
Napomena: Dostupno samo ako je Analyze Using(Analiza s pomoću) postavljena na Biological Groups Only
(Samo biološke skupine).

Dot Plot chart (Točkasti

Prikazuje pojedinačne uzorke podatkovnih točaka za svaki

grafikon)cilj.
Napomena: Dostupno samo ako je Analyze Using(Analiza s pomoću) postavljena na Biological Groups Only
(Samo biološke skupine).

Add Arrow (Dodaj
strelicu)

262 | Softver CFX Maestro Dx SE

Na aktivnom grafikonu crta strelicu.

Izrada grafikona

Tablica 31. Alatna traka grafikona, nastavak

Gumb

Naziv

Funkcija

Add Circle (Dodaj krug)

Na aktivnom grafikonu crta krug

Add Text (Dodaj tekst)

Na aktivni grafikon ubacuje okvir za tekst u koji možete
dodati tekst kako biste prepoznali stavke od interesa ugrafikonu.

Undo (Poništi)

Uklanja ili vraća zadnju bilješku izvedenu na aktivnom
grafikonu.

Redo (Ponovi)

Vraća zadnju radnju poništavanja koja je izvršena naaktivnom grafikonu.

Clear All (Očistiti sve)Čisti sve bilješke na aktivnom grafikonu.

Sortiranje podataka o cilju, uzorku i biološkim skupinama
Napomena: Ova je opcija dostupna samo na grafikonima genske ekspresije.
Prema zadanim postavkama, popisi Targets (Ciljevi), Samples (Uzorci) i Biological Groups (Biološke
skupine) pojavljuju se po abecednom redu. Upotrijebite dijaloški okvir Sort (Sortiraj) za sortiranje prikaza
obrnutim abecednim redoslijedom ili za ručno premještanje pojma na drugo mjesto na popisu.

Za sortiranje podataka o ciljevima, uzorcima i biološkim skupinama
1.

Iz alata za grafikone kliknite Sort (Sortiraj).
Pojavljuje se dijaloški okvir Gene Expression Chart Sorting (Sortiranje grafikona genske ekspresije).

2.

U dijaloškom okviru kliknite Z–A da biste sortirali popis obrnutim abecednim redom.

Korisnički vodič | 263

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

3.

4.

Da biste ručno premjestili pojam, odaberite ga i kliknite odgovarajući gumb između grafikona:n

Kliknite strelicu gore ili dolje za pomicanje odabranog pojma za jedan položaj.

n

Pritisnite strelicu gore ili dolje da biste odabrani pojam premjestili na vrh ili na dno popisa.

Pritisnite OK (U redu) za spremanje promjena i povratak na karticu Gene Expression (Genska
ekspresija).

264 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada grafikona

Promjena postavki boje cilja, uzorka i biološke skupine
S pomoću dijaloškog okvira Color Settings (Postavke boje) promijenite boju cilja, uzorka ili biološke
skupine ili uklonite stavku s grafikona.

Promjena postavki boje cilja
1.

U desnom oknu u dijaloškom okviru Gene Expression (Genska ekspresija) provjerite prikazuje li se
Sample (Uzorak) na padajućem popisu osi X.

2.

U značajki Chart Tools (Alati za grafikone) odaberite Color Settings (Postavke boje).
Pojavljuje se dijaloški okvir Color Settings (Postavke boje).

3.

Da biste promijenili postavke boje cilja, kliknite njegovu boju u stupcu Color (Boja).

4.

U dijaloškom okviru Color (Boja) koji se pojavi odaberite novu boju i kliknite OK (U redu).

5.

Da biste uklonili cilj s grafikona genske ekspresije, poništite njegov potvrdni okvir u stupcu Show
Chart (Prikaži grafikon).
Savjet: Da biste očistili sve ciljeve, očistite Show Chart (Prikaži grafikon) u zaglavlju stupca.

6.

(Opcionalno) Prema zadanim postavkama trake se pojavljuju u jednobojnim bojama. Da biste
prikazali trake u gradijentnim bojama, odznačite opciju Use Solid Colors (Upotrijebi pune boje).

7.

Pritisnite OK (U redu) za spremanje promjena i povratak na karticu Gene Expression (Genska
ekspresija).

Promjena postavki boje uzorka ili biološke skupine
1.

U desnom oknu dijaloškog okvira Gene Expression (Genska ekspresija) provjerite prikazuje li se cilj
na padajućem popisu osi X.

2.

Izvršite korake u Promjena postavki boje cilja na stranici 265.

Promjena značajke Chart View (Prikaz grafikona)
Promjena trenutačnog prikaza grafikonauOdaberite naredbu izbornika alatne trake za ciljni prikaz.

Napomena: Kartica Gene Expression (Genska ekspresija) uvijek se otvara prikazujući podatke uzadanom prikazu Bar Chart (Trakasti grafikon).

Korisnički vodič | 265

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Izuzimanje izvanrednih podatkovnih točaka
U točkastom grafikonu možete lako pregledati i izuzeti netipične vrijednosti iz svoje analize.

Izuzimanje podatkovnih točaka netipičnih vrijednostiu

U grafikonu Dot Plot (Točkasti grafikon) desnom tipkom miša kliknite ciljnu netipičnu vrijednost i
odaberite Exclude Well from Analysis (Izuzmi jažicu iz analize).

Podatkovna točna uklonjena je s grafikona Dot Plot (Točkasti grafikon), a jažica postaje siva u Well
Selector (Birač jažica) na kartici Quantification (Kvantifikacija).

Uključivanje podatkovne točke netipične vrijednostiu

Na kartici Quantification (Kvantifikacija) desnom tipkom miša kliknite jažicu u značajki Well Selector(Birač jažice) i odaberite Well (Jažica) > Include in Analysis (Uključi u analizu).

Prikaz pojedinosti o podatkovnoj točki
Prikaz pojedinosti o podatkovnoj točkiu

U grafikonima Box and Whisker plot (Grafikon s okvirima i poveznicama) i Dot Plot (Točkasti
grafikon) zaustavite pokazivač na pojedinoj podatkovnoj točki.

Prikazuje se opis koji prikazuje naziv uzorka i njegov izraz (relativna količina ili normalizirani izraz, ovisno
o odabranom načinu rada).

Bilješke grafikona
U svaki prikaz trakastog grafikona možete dodati strelice, krugove i tekst kako biste jasno prenijeli
podatke. Bilješke se spremaju u trakasti grafikon i pojavljuju se u izvezenoj i ispisanoj datoteci. Međutim,
bilješke izrađene u jednom prikazu grafikona ne dodaju se u druge prikaze grafikona.

Crtanje strelice ili kruga na grafikonu
1.

Na alatnoj traci trakastog grafikona kliknite određeni alat.

2.

Kliknite na trakasti grafikon i po potrebi povucite pokazivač preko grafikona.

266 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada grafikona

Dodavanje teksta na grafikon
1.

Na alatnoj traci trakastog grafikona kliknite Add Text (Dodaj tekst).

2.

Kliknite na trakasti grafikon. Na tom mjestu pojavit će se tekstni okvir.

3.

Dodajte tekst u tekstni okvir.

4.

Kliknite bilo gdje na grafikonu da biste izašli iz tekstnog okvira.
Savjet: Pritisnite tipku Enter za dodavanje više redaka u tekstni okvir.

Premještanje bilješke
1.

Zadržite pokazivač iznad bilješke. Ikona se mijenja u prst koji pokazuje i označena je granica bilješke.

2.

Kliknite bilješku i povucite je na drugo mjesto.

3.

Otpustite bilješku da biste osigurali njezin položaj.

Poništavanje bilješkeuKliknite Undo (Poništi).
Uklonjena je posljednja dodana bilješka.
Savjet: Možete poništiti deset najnovijih bilješki, jednu po jednu.

Ponavljanje poništene bilješkeuKliknite Redo (Ponovi).
Vraća se zadnja uklonjena bilješka.
Savjet: Možete ponoviti deset najnovije poništenih bilješki, jednu po jednu.

Brisanje bilješkeuDesnom tipkom miša kliknite bilješku i odaberite Delete (Izbriši).

Korisnički vodič | 267

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Prilagođavanje podataka o genskoj ekspresiji
Nakon odabira načina analize, normalizirane ekspresije (∆∆Cq) ili relativne količine (∆Cq), prilagodite
podatke koje pregledavate na kartici Gene Expression (Genska ekspresija) promjenom opcija postavki s
desne strane grafikona.
Savjet: Zadane opcije podataka za Gene Expression (Ekspresija gena) postavljate u dijaloškom okviru
User Preferences (Korisničke postavke) (pogledajte Postavljanje zadanih parametara genske ekspresije
za podatkovne datoteke na stranici 90).

Graph data (Podaci grafikona)
Postavite vrijednost osi Y na značajku Linear scale (Linearna skala) kako biste omogućili opcije podataka
grafikona. Opcije podataka grafikona omogućuju vam prikazivanje podataka na grafikonu s jednom odovih opcija:nRelative to control (U odnosu na kontrolu) – grafički prikažite podatke s osi skaliranom od 0 do 1. Ako
dodijelite kontrolu u svom izvođenju, odaberite ovu opciju za brzu vizualizaciju povećanja ili
smanjenja cilja.

nRelative to zero (U odnosu na nulu) – grafički prikažite podatke kojima je ishodište nula.

Analyze Using (Analizirajte s pomoću)
S pomoću padajućeg izbornika odaberite način na koji se podaci analiziraju i prikazuju. Opcije su:nSamples Only (Samo uzorci) – podaci se analiziraju i prikazuju na osnovi uzorka.

nBiological Groups Only (Samo biološke skupine) – podaci se analiziraju i prikazuju za biološke
skupine. Ekspresija prikazana za biološku skupinu geometrijska je sredina uzoraka u toj skupini.

nSample Biological Group (Uzimanje uzorka biološke skupine) – podaci se analiziraju i crtaju na
osnovi uzorka s biološkom skupinom koja je dodana nakon naziva uzorka. Prikazane p-vrijednosti
izračunavaju se na temelju biološke skupine.

nBiological Group Sample (Uzorak biološke skupine) – podaci se analiziraju i prikazuju na osnovi
uzorka, a biološka skupina se dodaje ispred naziva uzorka. Prikazane p-vrijednosti izračunavaju se
na temelju biološke skupine.

S pomoću padajućeg izbornika odaberite uzorak koji će se upotrijebiti za normalizaciju Relative Quantity(Relativna količina):

Annotate P-values (Označi p-vrijednosti) i P-Value Threshold (Prag p-vrijednosti)
Kad je odabrano Annotate P-values (Označi p-vrijednosti), softver prikazuje zvjezdicu (*) na trakastom
grafikonu iznad cilja ako je njegova p-vrijednost ispod odabranog praga. Softver automatski izračunava

268 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada grafikonap–vrijednost uspoređujući razinu ekspresije uzorka s razinom ekspresije odabranog kontrolnog uzorka s
pomoću standardnog t-testa. Raspon praga vrijednosti P je 0,000 – 1,000.

Opcije osi X
Opcija osi X omogućuje vam odabir podataka o x osi na grafikonu Gene Expression (Genska ekspresija):nTarget (Cilj) – prikazuje nazive ciljeva na osi X.

nSample (Uzorak) – grafički prikazuje nazive uzoraka na osi X.

Opcije osi Y
Opcija osi Y omogućuje vam prikaz grafikona Gene Expression (Genska ekspresija) u jednoj od ove tri
skale:nLinear (Linearno) – odaberite ovu opciju za prikaz linearne skale.
Savjet: Postavljanje osi Y na Linear (Linearno) omogućuje padajući popis Graph Data (Podaci
grafikona) s kojeg možete odabrati grafički prikaz podataka u odnosu na kontrolu ili u odnosu na
nulu.

n

Log 2 – odaberite ovu opciju za procjenu uzoraka u velikom dinamičkom rasponu.

n

Log 10 – odaberite ovu opciju za procjenu uzoraka u vrlo velikom dinamičkom rasponu.

Opcije skaliranja
Odaberite Normalized Gene Expression (Normalizirana genska ekspresija) (ΔΔCq) i postavite na None
(Ništa) kako biste omogućili mogućnosti skaliranja na grafikonu Gene Expression (Genska ekspresija).
Odaberite jednu od ovih mogućnosti skaliranja da biste izračunali i prikazali svoje podatke na način koji
najbolje odgovara vašoj izvedbi izvođenja:n

Unscaled (Neskalirano) – predstavlja neskaliranu normaliziranu gensku ekspresiju.

nHighest (Najviše) – skalira normaliziranu gensku ekspresiju za svaki cilj dijeljenjem razine ekspresijesvakog uzorka s najvišom razinom ekspresije u svim uzorcima.
Ova opcija skaliranja koristi formulu skaliranja do najvišeg.

nLowest (Najniže) – skalira normaliziranu gensku ekspresiju za svaki cilj dijeljenjem razine ekspresijesvakog uzorka s najnižom razinom ekspresije u svim uzorcima.
Ova opcija skaliranja koristi formulu skaliranja do najnižeg.

n

Average (Prosjek) – skalira normaliziranu gensku ekspresiju za svaki cilj dijeljenjem razine ekspresijesvakog uzorka s geometrijskom sredinom razina ekspresije za sve uzorke.
Ova opcija skaliranja koristi formulu prilagođenog prosjeka.

Korisnički vodič | 269

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Odaberite opciju za vrstu izračuna pogrešaka (trake pogrešaka) na grafikonu Gene Expression (Genska
ekspresija):Množitelj trake pogrešaka grafikona
Odaberite množitelj za trake pogrešaka na grafikonu Gene Expression (Genska ekspresija). Odaberite
jedan od ovih cijelih brojeva:n+/- 1 (zadano)

n

2

n

3

Vrsta množitelja mijenja se kad odaberete traku pogreške:n

SEMs (SEM-ovi) za standardnu pogrešku srednje vrijednostin

Std Devs (Standardna odstupanja) za standardna odstupanja

Postavke eksperimenta
Savjet: Ovaj dijaloški okvir također je dostupan u značajki Plate Editor (Uređivač pločice). Za više
informacija pogledajte Promjena Experiment Settings (Postavke eksperimenta) na stranici 149.
U dijaloškom okviru Experiment Settings (Postavke eksperimenta) možete pregledati ili promijeniti popis
ciljeva, uzoraka ili bioloških skupina, odabrati referentne gene, odabrati kontrole ili postaviti skupinu Gene
Expression Analysis (Analiza genske ekspresije) koja će biti analizirana ako su biološke skupine dodanejažicama.

Otvaranje dijaloškog okvira Experiment Settings (Postavke eksperimenta)u

Na kartici Graphing (Izrada grafikona) kliknite Experiment Settings (Postavke eksperimenta) na dnu
desnog okna.
Pojavit će se dijaloški okvir Experiment Settings (Postavke eksperimenta) koji prikazuje karticu
Targets (Ciljevi).

Prilagodba postavki za Targets (Ciljevi)u

Na kartici Targets (Ciljevi) učinite nešto od sljedećeg:n

Da biste odabrali cilj kao referencu za analizu podataka genske ekspresije, odaberite njegov
naziv u stupcu Reference (Referenca).

n

Da biste promijenili boju cilja, kliknite njegovu ćeliju u stupcu Color (Boja) i promijenite boju u
dijaloškom okviru Color (Boja) koji se pojavio.
Promjena boje pojavljuje se na grafikonima Gene Expression (Genska ekspresija).

270 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada grafikonan

Da biste upotrijebili prethodno utvrđenu vrijednost učinkovitosti, odznačite potvrdni okvir cilja ustupcu Auto Efficiency (Automatska učinkovitost) i unesite broj za postotak učinkovitosti cilja.
Softver izračunava relativnu učinkovitost za cilj s pomoću značajke Auto Efficiency (Automatska
učinkovitost) ako podaci za cilj uključuju standardnu krivulju.

Prilagodba postavki za Sample (Uzorak)u

Na kartici Samples (Uzorci) učinite nešto od sljedećeg:n

Da biste odabrali uzorak kao kontrolu za analizu podataka genske ekspresije, odaberite njegov
naziv u stupcu Control (Kontrola).

n

Da biste promijenili boju uzorka skupine, kliknite njezinu ćeliju u stupcu Color (Boja) i promijenite
boju u dijaloškom okviru Color (Boja) koji se pojavi.
Promjena boje pojavljuje se na grafikonima Gene Expression (Genska ekspresija).

n

Da biste prikazali uzorak na grafikonima Gene Expression (Genska ekspresija), odaberite ih u
stupcu Show Chart (Prikaži grafikon).

n

Da biste uklonili uzorak s grafikona genske ekspresije, obrišite ga u stupcu Show Chart (Prikaži
grafikon).
Savjet: Podaci uzorka skupine ostaju u tablici Results (Rezultati).

Izuzimanje vrste uzorka iz izračuna analizeuOznačite njegov potvrdni okvir na dnu dijaloškog okvira Experiment Settings (Postavkeeksperimenta).
Napomena: Ovo izuzima kontrole i/ili standarde iz analize genske ekspresije.

Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša
Desnom tipkom miša kliknite grafikon genske ekspresije za odabir stavki prikazanih u Tablica 32.
Tablica 32. Stavke izbornika za gensku ekspresiju kojemu se pristupa desnim klikom miša

StavkaFunkcija

Copy (Kopiraj)

Kopira grafikon u međuspremnik.

Save Image As (Spremi sliku

Sprema grafikon kao slikovnu datoteku. Postavite razlučivost ikao)dimenzije slike, a zatim odaberite vrstu datoteke (PNG, JPG, ili BMP).

Korisnički vodič | 271

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Tablica 32. Stavke izbornika za gensku ekspresiju kojemu se pristupa desnim klikom miša,
nastavakStavkaFunkcija

Page Setup (Postavljanje

Odabire postavke stranice za ispis.

stranice)
Print (Ispis)

Ispisuje grafikon.

Set Scale to Default (Postavi

Prikaži sve prikazuje sve podatke na trakastom grafikonu. Scroll Bar

skaliranje na zadano)(Klizač) prikazuje klizač ako ima previše uzoraka za prikaz u okviru
grafikona dok održava minimalne širine trake.

Chart Settings (Postavke

Otvara prozor Chart Settings (Postavke grafikona) za prilagodbu

grafikona)grafikona.

Sort (Sortiraj)

Sortira redoslijed uzoraka ili ciljeva koji se pojavljuju na osi X grafikona.

Use Corrected Std Devs

Izračunava trake pogrešaka s pomoću formule ispravljenog(Upotrijebi ispravljeno

standardnog odstupanja.

standardno odstupanje)
Use Solid Bar Colors (Koristi

Prikazuje pune trake na grafikonu.

pune trakaste boje)
Oznake osi X

272 | Softver CFX Maestro Dx SE

Prikazuje oznake osi X vodoravno ili pod kutom.

Izrada grafikona

Proračunska tablica podataka
Tablica 33 definira podatke prikazane u Gene Expression Data Table (Tablica podataka o genskoj
ekspresiji).
Napomena: Vrijednosti u tablici izračunavaju se na temelju vrste grafikona i postavke odabranih u
desnom oknu.
Tablica 33. Opis podataka u proračunskoj tablici na kartici

Informacija

Opis

Target (Cilj)

Naziv cilja (pojačani gen) odabran u prozoru Experiment Settings(Postavke eksperimenta).

Biological Group (Biološka

Uzorak i/ili naziv biološke skupine odabran u prozoru Experimentskupina)

Settings (Postavke eksperimenta).

Sample Biological Group(Uzimanje uzorka biološke
skupine)Biological Group Sample(Uzorak biološke skupine)
Control (Kontrola)

Naziv značajke Control (Kontrola) odabran u prozoru ExperimentSettings (Postavke eksperimenta). Kada je Analyze Using (Analiza s
pomoću) postavljeno na Samples Only (Samo uzorci), Control(Kontrola) je uzorak odabran u prozoru Experiment Settings (Postavkeeksperimenta). Kad je odabrana Biological Groups Only (Samobiološke skupine), Biological Group Sample (Uzimanje uzorka biološke
skupine) ili Biological Group Sample (Uzorak biološke skupine),kontrola je biološka skupina odabrana u prozoru Experiment Settings(Postavke eksperimenta).

Relativna količina ili

Relativna količina (ΔCq) ili normalizirana genska ekspresija (ΔΔCq),

Ekspresija

ovisno o odabranom načinu rada.

Relative Quantity or Expression

Standardna pogreška srednje vrijednosti (SEM) ili standardnog

SEM (or SD) (Relativna količina

odstupanja (SD) relativne količine ili normalizirane ekspresije, ovisno o

ili Ekspresija SEM (ili SD))odabranoj opciji. Dostupno samo ako je Analyze Using (Analiza s
pomoću) postavljena na Samples Only (Samo uzorci), Sample
Biological Group (Uzimanje uzorka biološke skupine) ili BiologicalGroup Sample (Uzorak biološke skupine).

Korisnički vodič | 273

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Informacija

Opis

Corrected Relative Quantity or

Izračun ispravljene vrijednosti za SEM ili SD relativne količine ili

Expression SEM (or SD)

normalizirane ekspresije, ovisno o odabranoj opciji. Dostupno samo

(Ispravljena relativna količina ili

ako je Analyze Using (Analiza s pomoću) postavljena na Samples Only

Ekspresija SEM (ili SD))

(Samo uzorci), Sample Biological Group (Uzimanje uzorka biološke
skupine) ili Biological Group Sample (Uzorak biološke skupine).

Mean Cq (Srednji Cq)

Srednja vrijednost ciklusa kvantifikacije (ne prikazuje se ako je Analyze
Using (Analiza s pomoću) postavljeno na Biological Groups Only
(Samo biološke skupine)).

Cq SEM (or SD) (Cq SEM (iliSEM ili SD ciklusa kvantifikacije, ovisno o odabranoj opciji (neSD))

prikazuje se ako je Analyze Using (Analiza s pomoću) postavljeno na
Biological Groups Only (Samo biološke skupine)).

274 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada grafikona

Opcija prikaza detalja
Tablica 34 definira podatke koji se prikazuju kada se odabere Show Details (Prikaz detalja) iz izbornika
kojemu se pristupa desnim klikom miša na proračunske tablice stupaca.
Tablica 34. Informacije u proračunskoj tablici trakastog grafikona s odabranom opcijom Show
Details (Prikaz detalja)

Informacija

Opis

Data Set (Skup podataka)

Podaci o fluorescenciji iz jednog fluorofora u podatkovnoj datoteci

Relativna količina

Izračunata relativna količina uzoraka

Relative Quantity SD (Relativna

Standardno odstupanje izračuna relativne količine

količina SD)
Corrected Relative Quantity SD

Izračunato standardno odstupanje ispravljene relativne količine(Ispravljena relativna količina
SD)
Relative Quantity SEM

Standardna pogreška srednje vrijednosti izračuna relativne količine(Relativna količina SEM)
Corrected Relative Quantity

Izračunata standardna pogreška srednje vrijednosti ispravljene

SEM (Ispravljena relativna

relativne količine

količina SEM)
Relative Quantity(lg) (Relativna

Log2 relativne količine koja se koristi za statističku analizu

količina (lg))
SD RQ(lg)Standardno odstupanje relativne količine (log2)

SEM Expression(lg) (SEM

Standardna pogreška srednje vrijednosti ekspresije (log2)

ekspresija (lg))
Unscaled Expression

Izračunata neskalirana ekspresija(Neskalirana ekspresija)
Unscaled Expression SD

Izračunato standardno odstupanje neskalirane ekspresije(Neskalirana ekspresija SD)
Corrected Unscaled Expression

Izračunato standardno odstupanje ispravljene neskalirane ekspresije

SD (Ispravljeni SD bez
ekspresije)

Korisnički vodič | 275

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Tablica 34. Informacije u proračunskoj tablici trakastog grafikona s odabranom opcijom Show
Details (Prikaz detalja), nastavak

Informacija

Opis

Unscaled Expression SEM

Izračunata standardna pogreška srednje vrijednosti neskalirane(Neskalirana SEM ekspresija)

ekspresije

Corrected Unscaled Expression

Izračunata standardna pogreška srednje vrijednosti ispravljene

SEM (Ispravljena neskalirana

neskalirane ekspresije

SEM ekspresija)
Unscaled Expression(lg)Log2 neskalirane ekspresije(Neskalirana ekspresija (lg))
SD Unscaled Expression(lg) (SDStandardno odstupanje neskalirana ekspresija (log2)

neskalirana ekspresija (lg))
SEM Unscaled Expression(lg)Standardna pogreška srednje vrijednosti neskalirane ekspresije (log2)(SEM neskalirana ekspresija(lg))
Ekspresija

Normalizirana genska ekspresija

Corrected Expression SD

Izračunato standardno odstupanje ispravljene ekspresije(Ispravljena SD ekspresija)
Expression SEM (Ekspresija

Standardna pogreška srednje vrijednosti ekspresije

SEM)
Corrected Expression SEM

Izračunata standardna pogreška srednje vrijednosti ispravljene(Ispravljena SEM ekspresija)

ekspresije

Expression(lg) (Ekspresija (lg))

Log2 ekspresije (normalizirana ekspresija) koji se koristi za statističku
analizu

SD Expression(lg) (SDStandardno odstupanje ekspresije (log2)

ekspresije (lg))
SEM Expression(lg) (SEM

Standardna pogreška srednje vrijednosti ekspresije (log2)

ekspresija (lg))
Mean Cq (Srednji Cq)

Srednja vrijednost ciklusa kvantifikacije

Cq SDStandardno odstupanje ciklusa kvantifikacije

Cq SEM

Standardna pogreška srednje vrijednosti ciklusa kvantifikacije

276 | Softver CFX Maestro Dx SE

Clustergram (Dijagram klastera)

Clustergram (Dijagram klastera)
Dijagram klastera prikazuje podatke u hijerarhiji na temelju stupnja sličnosti ekspresija za različite ciljeve iuzorke.
Napomena: Morate odabrati referentni cilj da biste prikazali bilo koju grafiku podataka, osim
relativne ekspresije za trakaste grafikone.
Slika dijagrama klastera prikazuje relativnu ekspresiju uzorka ili cilja na sljedeći način:nUpregulation (red) (Poboljšanje (crvena)) – viša ekspresijanDownregulation (green or blue) (Smanjenje (zelena ili plava)) – niža ekspresijan

No regulation (black) (Nema promjene (crno))n

No value calculated (black with a white X) (Nije izračunata vrijednost (crno s bijelim X))

Što je svjetlija sjena boje, to je veća relativna razlika u izražavanju. Ako se ne može izračunati
normalizirana vrijednost Cq, kvadrat će biti crn s bijelim X.
Na vanjskim rubovima grafikona podataka nalazi se dendrogram koji označava hijerarhiju klasteriranja.
Ciljevi ili uzorci koji imaju slične uzorke ekspresije imat će susjedne grane, dok će oni s različitim uzorcima
biti udaljeniji.

Settings (Postavke)Možete postaviti sljedeće opcije:nCluster By (Izradi klaster prema) – odaberite između Targets (Ciljevi), Samples (Uzorci), Both
(Oboje) ili None (Nijedno).

nSize (Veličina) – prilagođava veličinu slike i mijenja stupanj povećanja grafikona .

nSplit Out Replicates (Podijeli replike) – prikazuje vrijednosti za pojedinačne replike.

Savjet: Možete promijeniti shemu boja za sa zadanog Red/Green (Crvena/Zelena) u Red/Blue(Crvena/Plava) odabirom ove opcije iz izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša na od ovih
grafikona.

Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša
Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša za dijagram klastera iste su kao i one za trakasti
grafikon. Pogledajte Tablica 32 na stranici 271 za dostupne opcije. Uz to, odaberite Color Scheme(Shema boja) da biste na grafikonu promijenili smanjenje ekspresije iz zadanog Red/Green(Crvena/Zelena) u Red/Blue (Crvena/Plava).

Korisnički vodič | 277

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Proračunska tablica podataka
Proračunska tablica prikazuje vrijednosti za cilj, uzorak i normaliziranu ekspresiju.

278 | Softver CFX Maestro Dx SE

Scatter Plot (Raspršeni dijagram)

Scatter Plot (Raspršeni dijagram)
Raspršeni dijagram prikazuje normaliziranu ekspresiju ciljeva za kontrolu u odnosu na ogledni uzorak. Linije u
dijagramu označavaju prag promjene omjera. Točke podataka između linija ukazuju da je razlika u ekspresiji za
taj cilj (gen) zanemariva između uzoraka. Podatkovne točke izvan linija premašuju prag promjene omjera i mogu
biti zanimljive.
Slika dijagrama prikazuje sljedeće promjene u ekspresiji cilja na temelju praga promjene omjera:n

Poboljšanje (crveni krug) – relativno viša ekspresijanSmanjenje (zeleni ili plavi krug) – relativno niža ekspresijanBez promjene (crni krug)

Kliknite i povucite bilo koju liniju praga da biste prilagodili vrijednost praga promjene omjera.

Settings (Postavke)Možete postaviti sljedeće opcije:nControl Sample (Kontrolni uzorak)nExperimental Sample (Eksperimentalni uzorak)n

Fold Change Threshold (Prag promjene omjera). Kako povećavate ili smanjujete vrijednost promjene
omjera, linije praga na crtežu pomiču se u skladu s tim.

Opcije izbornika kojemu se pristupa desnim klikom miša
Opcije izbornika koji se otvara desnim klikom miša za grafikon raspršenja jednake su onima za trakasti
grafikon. Pogledajte Tablica 32 na stranici 271 za dostupne opcije. Osim toga, odaberite opciju Symbol(Simbol) da biste promijenili simbol koji se koristi na crtežu iz zadanog kruga u jedan od sljedećih:nTrokutnKrižn

Kvadratn

Dijamant

Proračunska tablica podataka
Proračunska tablica prikazuje vrijednosti ciljne i normalizirane ekspresije za kontrolne i eksperimentalne
uzorke. Također ukazuje jesu li ciljevi povećani ili smanjeni u usporedbi s propisima o ciljevima.

Korisnički vodič | 279

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Proračunska tablica Results (Rezultati)
Proračunska tablica Results (Rezultati) sažima podatke sa svih grafikona. Tablica 35 definira podatke
prikazane u proračunskoj tablici Results (Rezultati).
Tablica 35. Informacije na kartici Results (Rezultati)

Informacija

Opis

Target (Cilj)

Naziv cilja (pojačani gen)Sample (Uzorak)Sample Name (Naziv uzorka)

Mean Cq (Srednji Cq)

Prosjek ciklusa kvantifikacije

Mean Efficiency Corrected Cq

Srednja vrijednost ciklusa kvantifikacije nakon prilagođavanja(Ispravljena srednja učinkovitostučinkovitosti reakcije

Cq)
Normalizirana ekspresija

Ekspresija cilja normalizirana na referentni cilj (ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Normalizirana ekspresija u odnosu na kontrolni uzorak; naziva se i

(Relativna normalizirana

promjena ekspresije gena

ekspresija)
Regulation (Regulacija)

Promjena u ekspresiji u odnosu na kontrolni uzorak

Compared to Regulation

Povećanje ili smanjenje eksperimentalnog uzorka na temelju

Threshold (U usporedbi s

postavljenog praga

pragom regulacije)

Napomena: Podaci za replike nalaze se samo u proračunskim tablicama kartica za analizu podataka
u kojima je odabrano Split Out Replicates (Podijeli replike) (odnosno Clustergram (Dijagram klastera)). Možda u podacima o proračunu za analizu genske ekspresije postoji razlika između podataka oekspresiji ako na trakastom grafikonu kao kontrolni uzorak odaberete „none”(„ništa”).

280 | Softver CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Genetička studija)

Gene Study (Genetička studija)
Izradite genetičku studiju za usporedbu podataka genske ekspresije iz jednog ili više PCR eksperimenata
u stvarnom vremenu s pomoću kalibratora između izvođenja za normalizaciju između pokusa. Izradite
genetičku studiju dodavanjem podataka iz jedne ili više podatkovnih datoteka (nastavak .pcrd) u
genetičkoj studiji. Softver ih grupira u jednu datoteku (nastavak .mgxd).
Napomena: Maksimalni broj uzoraka koje možete analizirati u genetičkoj studiji ograničen jeveličinom RAM-a i virtualne memorije računala.

Kalibracija između izvođenja
Kalibracija između izvođenja pokušava se automatski u svakoj genetičkoj studiji za svaki cilj kako bi se
normalizirale varijacije između izvođenja među ciljevima ispitanima u odvojenim PCR izvođenjima ustvarnom vremenu (to jest, različite .pcrd datoteke generirane s različitih pločica).
Da bi softver prepoznao uzorak kao kalibrator između izvođenja, mora dijeliti isti naziv cilja, naziv uzorka i,
ako se upotrebljava, naziv biološke skupine na svakoj pločici koja se uspoređuje.
Napomena: Da bi došlo do kalibracije između izvođenja, u genetičkoj studiji mora biti prisutan
najmanje jedan uzorak kalibratora između izvođenja. Ciljevi bez odgovarajućih uzoraka kalibratoraizmeđu izvođenja obrađivat će se bez korekcije u genetičkoj studiji (ne preporučuje se).
Kalibratori između izvođenja mogu se primijeniti na dva načina:n

Po cilju – različite PCR početnice mogu imati različitu učinkovitost. Prema zadanim postavkama
kalibrator između izvođenja primjenjuje se na sve jažice na istoj pločici koje imaju isti naziv cilja, na
primjer Cq generiran istim ispitivanjem.

nCijela studija – korisnik odabire jedan kalibrator između izvođenja koji se primjenjuje na cijelu
genetičku studiju.

Korisnički vodič | 281

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Dijaloški okvir Gene Study (Genetička studija)

Dijaloški okvir Gene Study (Genetička studija) uključuje dvije kartice:n

Kartica Study Setup (Postavljanje studije) – upravlja izvođenjem u genetičkoj studiji.
Važno: Dodavanje ili uklanjanje podatkovne datoteke u genetičkoj studiji ne mijenja podatke u
izvornoj datoteci.

nKartica Study Analysis (Analiza studije) – prikazuje podatke genske ekspresije za kombiniranaizvođenja.

Kartica Study Setup (Postavljanje studije)
Tablica 36 definira podatke koji se pojavljuju na kartici Study Setup (Postavljanje studije).
Tablica 36. Kartica Study Setup (Postavljanje studije) u dijaloškom okviru Gene Study(Genetička studija)

Naslov stupca

Opis

File Name (Naziv datoteke)

Naziv podatkovne datoteke za izvođenje (.pcrd nastavak)

File Folder (Mapa datoteke)

Direktorij koji pohranjuje podatkovnu datoteku za svako izvođenje u
genetičkoj studiji

Date Created (Datum
kreiranja)

282 | Softver CFX Maestro Dx SE

Datum prikupljanja podataka o izvođenju

Gene Study (Genetička studija)

Tablica 36. Kartica Study Setup (Postavljanje studije) u dijaloškom okviru Gene Study(Genetička studija), nastavak

Naslov stupca

Opis

Well Group Name (Naziv

Naziv skupine jažica koja je odabrana kada je datoteka dodana u

skupine jažica)genetičku studiju
Savjet: Da biste analizirali jednu skupinu jažica u genetičkoj
studiji, morate odabrati tu skupinu jažica u prozoru Data Analysis(Analiza podataka) prije uvoza podatkovne datoteke u genetičku
studiju.

Step (Korak)

Korak protokola koji uključuje očitanje s pločice za prikupljanje PCR
podataka u stvarnom vremenu

Run Type (Vrsta izvođenja)

Korisnički definirano ili PrimePCR izvođenje

Protocol Edited (Protokol

Ako je odabrano, znači da je uređen protokol koji se upotrebljava zauređen)izvođenje PrimePCR-a

View Plate (Pregled pločice)Otvara mapu pločice s podacima u svakom od ciklusa obuhvaćenih u
opciji Gene Study (Genetička studija)

Priprema genetičke studije
Za pripremu genetičke studije
1.

Prije uvoza podataka u genetičku studiju, učinite sljedeće u prozoru Data Analysis (Analiza
podataka):n

Provjerite imaju li uzorci istog sadržaja isti naziv. U genetičkoj studiji softver pretpostavlja dajažice s istim nazivom za Target (Cilj) ili Sample (Uzorak) sadržavaju iste uzorke.

n

Prilagodite osnovnu vrijednost i prag (Cq) na kartici Quantification (Kvantifikacija) kako biste
optimizirali podatke u svakom izvođenju.

nOdaberite skupinu jažica koju želite uključiti u genetičku studiju.
Da bi se u genetičkoj studiji prikazali podaci iz jedne skupine jažica, ta skupina mora biti izabrana
prije uvoza podatkovne datoteke.

Kartica Study Setup (Postavljanje studije) prikazuje popis svih izvođenja u genetičkoj studiji.
2.

U dijaloškom okviru Gene Study (Genetička studija) odaberite karticu Study Setup (Postavljanje
studije).

3.

Kliknite Add Data Files (Dodaj podatkovne datoteke) da biste odabrali datoteku iz prozora
preglednika.

Korisnički vodič | 283

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Savjet: Da biste brzo dodali izvođenja u genetičku studiju, povucite podatkovne datoteke(nastavak .pcrd) u dijaloški okvir Study Setup (Postavljanje studije).
4.

CFX Maestro Dx SE automatski vrši analizu genetičke studije dok dodajete podatkovne datoteke.
Odaberite karticu Study Analysis (Analiza studije) za prikaz rezultata.

Uklanjanje izvođenja iz genetičke studije
uOdaberite jednu ili više datoteka s popisa i kliknite Ukloni.

Da biste dodali bilješke o genetičkoj studiji
uUnesite bilješke o datotekama i analizama u okvir za tekst Notes (Bilješke).

Kartica Study Analysis (Analiza studije)
Kartica Study Analysis (Analiza studije) prikazuje podatke iz svih izvođenja genetičke studije. Opcije
analize podataka genske ekspresije jednake su onima za jednu podatkovnu datoteku sa sljedećim
iznimkama:nZa trakaste dijagrame, vrijednosti kalibracije između izvođenja (ako se izračunavaju) pojavit će sekada kliknete Inter-run Calibration (Kalibracija između izvođenja).
Napomena: Za kalibrator između izvođenja mogu se upotrijebiti samo sljedeće vrste uzoraka:oUnknown (Nepoznato)oStandardoPositive Control (Pozitivna kontrola)

Vrste uzoraka negativne kontrole, bez kontrole predloška (NTC) i bez kontrole reverzne transkriptaze(NRT) ne mogu se upotrijebiti kao kalibratori između izvođenja.
nnAlat Reference Gene Selection (Alat za odabir referentnih gena) identificira testirane referentne genei kategorizira ih kao Ideal (Idealno), Acceptable (Prihvatljivo) ili Unstable (Nestabilno) na temelju
njihove stabilnosti:
oIdealni referentni geni su stabilni i predstavljaju minimalne varijacije u testiranim uzorcima.

o

Prihvatljivi referentni geni nisu idealno stabilni i predstavljaju umjerene razlike u testiranim
uzorcima. Upotrijebite ove referentne gene u analizi ako nisu prisutni Idealni referentni geni.

o

Nestabilni referentni geni predstavljaju pretjerane varijacije u testiranim uzorcima. Preporučuje
se da se ti geni izuzmu iz analiza.

Alat PrimePCR Analysis Controls (Analiza PrimePCR kontrole) prikazuje rezultate testiranih uzoraka
u tablici:

284 | Softver CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Genetička studija)oKartica Summary (Sažetak) prikazuje sažetak svih testiranih uzoraka. Uzorci koji su prošli sva
kontrolna ispitivanja pojavljuju se u zelenoj boji. Uzorci koji nisu uspjeli na jednom ili višekontrolnih ispitivanja pojavljuju se u žutoj boji.

oKartica PCR prikazuje rezultate pozitivnog ispitivanja PCR kontrole. Ovim se ispitivanjem
otkrivaju problemi s inhibicijom ili eksperimentalni problemi koji utječu na gensku ekspresiju.

oKartica RT prikazuje rezultate ispitivanja kontrole reverzne transkripcije. Ovim ispitivanjem
kvalitativno se ocjenjuju performanse RT-a i identificiraju uzorci kod kojih će izvedba RT-a
vjerojatno ugroziti gensku ekspresiju.

oKartica gDNA (gDNK) prikazuje rezultate ispitivanja kontrole kontaminacije DNK. Ovim se
ispitivanjem utvrđuje je li genomska DNK (gDNK) prisutna u uzorku na razini koja bi mogla
utjecati na rezultate qPCR.

o

Kartica RQ prikazuje rezultate ispitivanja kvalitete RNK (RQ1 i RQ2). Ova ispitivanja kvalitativno
procjenjuju može li integritet RNK negativno utjecati na gensku ekspresiju.

Kategorije za Gene Study Report (Izvješće o genetičkoj studiji)
S pomoću dijaloškog okvira Gene Study Report (Izvješće o genetičkoj studiji) rasporedite podatke ogenetičkoj studiji u izvješće. Tablica 37 navodi sve opcije dostupne za izvješće o genetičkoj studiji.
Tablica 37. Kategorije za izvješće Gene Study (Genetička studija)

Kategorija

OpcijaOpis

Header (Zaglavlje)
Naslov, podnaslov i logotip izvješća
Report Information

Datum, korisničko ime, naziv podatkovne(Informacije o izvješću)

datoteke, put do podatkovne datoteke i odabrana
skupina jažica

Gene Study File List (Popis

Popis svih podatkovnih datoteka u Gene Study

datoteka genetičke studije)(Genetička studija)

Notes (Napomene)

Bilješke o podatkovnom izvješću

Analiza studije: Trakasti grafikon
Analysis Settings

Popis odabranih parametara analize(Postavke analize)
Chart (Grafikon)

Trakasti grafikon Gene Expression (Genska
ekspresija) koji prikazuje podatke

Korisnički vodič | 285

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Tablica 37. Kategorije za izvješće Gene Study (Genetička studija), nastavak

Kategorija

OpcijaOpis

Target Names (Nazivi

Popis ciljeva u Genetičkoj studiji

ciljeva)
Sample Names (Nazivi

Popis uzoraka u Genetičkoj studiji

uzoraka)
Data (Podaci)

Proračunska tablica koja prikazuje podatke

Target Stability (Stabilnost

Podaci o stabilnosti cilja

cilja)
Inter-run Calibration

Podaci o kalibraciji između izvođenja

(Kalibracija između
izvođenja)
Box-and-Whisker Chart

Grafikon s okvirima i poveznicama Gene

(Grafikon s okvirima i

Expression (Genska ekspresija)

poveznicama)
Dot-Plot Chart (Točkasti

Točkasti grafikon Gene Expression (Genska

grafikon)ekspresija)

Analiza studije: dijagram klastera i raspršeni dijagram
Analysis Settings

Postavke za svaku vrstu grafikona(Postavke analize)
Chart (Grafikon)

Grafikon Gene Expression (Genska ekspresija)
koji prikazuje podatke

Data (Podaci)

Proračunska tablica s popisom podataka usvakom cilju

Analiza studije: ANOVA Data (Podaci
ANOVA)ANOVA Settings (Postavke

Prag P-vrijednosti korišten u analizi

ANOVA)ANOVA Results (Rezultati

Tablica rezultata analize ANOVA i Tukeyjeve

ANOVA)HSD post-hoc analize

286 | Softver CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Genetička studija)

Tablica 37. Kategorije za izvješće Gene Study (Genetička studija), nastavak

Kategorija

OpcijaOpis

Shapiro-Wilk Normality

Biološka skupina, broj, P-vrijednost i sve

Test (Shapiro-Wilkov test

pogreške koje se javljaju za svaki cilj u analizi

normalnosti)
ANOVA Errors (Pogreške

Pogreške utvrđene tijekom izračuna ANOVAANOVA)

Korisnički vodič | 287

Poglavlje 12 Analiza genske ekspresije

Izrada izvješća o genetičkoj studiji
Izrada izvješća o genetičkoj studiji
1.

Prije izrade izvješća prilagodite podatke i grafikone izvješća o genetičkoj studiji po potrebi.

2.

Odaberite Tools (Alati) > Reports (Izvješća) u izborniku Gene Study (Genetička studija) da biste
otvorili dijaloški okvir Report (Izvješće).

3.

Odaberite opcije koje želite uključiti u izvješće. Izvješće se otvara s odabranim zadanim opcijama.
Označite ili odznačite potvrdne okvire da biste promijenili cijele kategorije ili pojedinačne opcije
unutar kategorije.
Kategorije za Gene Study Report (Izvješće o genetičkoj studiji) na stranici 285 navode dostupne
opcije za prikaz.

4.

Promijenite redoslijed kategorija i stavki u izvješću. Povucite opcije na željeni položaj. Stavkama semože mijenjati redoslijed samo unutar kategorija kojima pripadaju.

5.

Kliknite Update Report (Ažuriraj izvješće) da biste ažurirali pregled izvješća s promjenama.

6.

Ispišite ili spremite izvješće. Na alatnoj traci kliknite gumb Print Report (Ispiši izvješće) da biste
ispisali trenutačno izvješće. Odaberite File (Datoteka) > Save (Spremi) da biste izvješće spremili u
PDF (datoteka Adobe Acrobat Reader) i odaberite lokaciju na koju ćete spremiti datoteku. Odaberite
File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) da biste izvješće spremili pod novim nazivom ili na novu
lokaciju.

7.

(Opcionalno) Izradite predložak izvješća s informacijama koje želite. Da biste trenutačne postavke
izvješća spremili u predložak, odaberite Template (Predložak) > Save (Spremi) ili Save As (Spremikao). Zatim učitajte predložak izvješća sljedeći puta kada želite izraditi novo izvješće.

288 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodatak A Proračuni analize podataka
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition automatski izračunava formule i prikazuje rezultate na
karticama Data Analysis (Analiza podataka). Ovaj dodatak detaljno objašnjava kako CFX Maestro Dx SE
izračunava formule.

Učinkovitost reakcije
Dokazi sugeriraju da će vam korištenje točne mjere učinkovitosti za svaki set početnice i sonde dati
točnije rezultate pri analizi podataka o genskoj ekspresiji. Zadana vrijednost učinkovitosti koja se koristi uizračunima genske ekspresije je 100 %. Da bi se procijenila učinkovitost reakcije, generirajte standardnu
krivulju s pomoću serijskih razrjeđenja reprezentativnog uzorka u relevantnom dinamičkom rasponu, azatim zabilježite učinkovitost za naknadnu analizu genske ekspresije. Ako vaše izvođenje uključuje
standardnu krivulju, tada softver automatski izračunava učinkovitost i prikazuje je ispod standardne
krivulje na kartici Quantification (Kvantifikacija) kada je automatska učinkovitost označena na kartici
Targets (Ciljevi) u prozoru Experiment Settings (Postavke eksperimenta).
Učinkovitost (E) u formulama učinkovitosti odnosi se na „učinkovitost” kako su je opisali Pfaffl (2001) i
Vandesompele et al. (2002). U ovim je publikacijama učinkovitost od 2 (savršeno udvostručavanje sasvakim ciklusom) jednaka 100 % učinkovitosti ovog softvera. Imate mogućnost pretvoriti izračune
učinkovitosti u one koji se koriste u softveru s pomoću sljedećih matematičkih odnosa:n

E = (% učinkovitost * 0,01) + 1

n% učinkovitost = (E – 1) * 100

Relativna količina
Formula za relativnu količinu (ΔCq) za bilo koji uzorak (GOI) je:

Napomena: Ova se formula koristi za izračunavanje relativne količine kada nije definiran kontrolni
uzorak .
Gdje je:Korisnički vodič | 289

Dodatak A Proračuni analize podatakan

E = Učinkovitost seta početnice i sonde. Ova se učinkovitost izračunava s pomoću formule(% učinkovitost * 0,01) + 1, gdje je 100 % učinkovitost = 2n

Cq (min.) = Prosječni Cq za uzorak s najnižim prosječnim Cq za GOIn

Cq (uzorak) = Prosječni Cq za uzorakn

GOI = Gen od interesa (jedan cilj)

Relativna količina kada se odabere kontrola
Kada se dodijeli kontrolni uzorak ili biološka skupina, tada se relativna količina (RQ) za bilo koji uzorak s
genom od interesa (GOI) izračunava ovom formulom:

Gdje je:n

E = Učinkovitost seta početnice i sonde. Ova se učinkovitost izračunava s pomoću formule(% učinkovitost * 0,01) + 1, gdje je 100 % učinkovitost = 2nCq (kontrola) = Prosječni Cq za kontrolni uzoraknCq (uzorak) = Prosječni Cq za bilo koji uzorak s GOIn

GOI = Gen od interesa (jedan cilj)Standardno odstupanje relativne količineVažno: Ovaj izračun primjenjiv je samo ako je Analyze Using (Analiza s pomoću) postavljena na
Samples Only (Samo uzorci), Sample Biological Group (Uzimanje uzorka biološke skupine) ili
Biological Group Sample (Uzorak biološke skupine).
Formula za standardno odstupanje relativne količine je

Gdje je:n

SD relativne količine = standardno odstupanje relativne količinen

SD CqGOI uzorak = Standardno odstupanje Cq za uzorak (GOI)n

Relativna količina = Relativna količina uzorkan

E = Učinkovitost seta početnice i sonde. Ova se učinkovitost izračunava s pomoću formule(% učinkovitost * 0,01) + 1, gdje je 100 % učinkovitost = 2

290 | Softver CFX Maestro Dx SE

Ispravljena učinkovitost Cq (CqE)n

GOI = Gen od interesa (jedan cilj)

Ispravljena učinkovitost Cq (CqE)
Formula za ispravljenu učinkovitost Cq je

Gdje je:n

E = Učinkovitost

Ispravljena srednja učinkovitost Cq (MCqE)
Formula za ispravljenu srednju učinkovitost Cq je

Gdje je:n

CqE = Ispravljena učinkovitost Cqnn = Broj replika

Korisnički vodič | 291

Dodatak A Proračuni analize podataka

Normalizirana ekspresija
Normalizirana ekspresija (ΔΔCq) relativna je količina vašeg cilja (gena) normalizirana na količine
referentnih ciljeva (geni ili sekvence) u vašem biološkom sustavu. Da biste odabrali referentne ciljeve,otvorite prozor Postavke eksperimenta i kliknite referentni stupac za svaki cilj koji služi kao referentni gen.
Formula za normaliziranu ekspresiju, koja upotrebljava izračunati izračun relativne količine (RQ), je

Gdje je:n

RQ = Relativna količina uzorkan

Ref = Referentni cilj u izvođenju koji uključuje jedan ili više referentnih ciljeva u svakom uzorkun

GOI = Gen od interesa (jedan cilj)

Pod uvjetom da referentni ciljevi ne mijenjaju razinu ekspresije u vašem biološkom sustavu, izračun
normalizirane ekspresije uzet će u obzir razlike u učitavanju ili razlike u broju stanica koje su zastupljene usvakom od vaših uzoraka.

292 | Softver CFX Maestro Dx SE

Normalizirana ekspresija kad je odabrana kontrola

Ekspresija i relativna količina za biološke skupine
Kad je Analyze Using (Analiza s pomoću) postavljena na Biological Groups Only (Samo biološke
skupine), softver prikazuje prosječnu ekspresiju (normalizirana ekspresija ili relativna količina, ovisno oodabiru načina) uzoraka unutar biološke skupine. Budući da je izraz obično normalno logaritamski
raspoređeno, prosjek ekspresije izražava se s pomoću geometrijske sredine:

Gdje je:nEksp.1, Eksp.2, Eksp.n = Relativna količina ili normalizirana ekspresija uzoraka u biološkoj skupininn = Broj uzoraka u biološkoj skupini

Normalizirana ekspresija kad je odabrana kontrola
Kada odaberete kontrolni uzorak u prozoru Experiment Settings (Postavke eksperimenta), softver
postavlja razinu ekspresije kontrolnog uzorka na 1. U ovoj situaciji softver normalizira relativne količine
svih ekspresija cilja (gena) na kontrolnu količinu (vrijednost 1). Ova normalizirana ekspresija ekvivalentna
je analiza neskalirane normalizirane ekspresije kada se odabere kontrola.
Napomena: To je također poznato kao relativna normalizirana ekspresija (RNE) i promjena
ekspresije gena.

Korisnički vodič | 293

Dodatak A Proračuni analize podataka

Standardno odstupanje za normaliziranu ekspresiju
Ponovno skaliranje vrijednosti normalizirane ekspresije postiže se dijeljenjem standardnog odstupanja
normalizirane ekspresije s normaliziranom vrijednošću ekspresije za najvišu ili najnižu pojedinačnu razinu
ekspresije, ovisno o odabranoj opciji skaliranja. Formula za standardno odstupanje (SD) faktora
normalizacije je

Gdje je:n

RQ = Relativna količina uzorkanSD = Standardno odstupanjen

NF = Faktor normalizacijen

Ref = Referentni ciljnn = Broj referentnih ciljeva

Kada je dodijeljen kontrolni uzorak, ne trebate izvoditi ovu funkciju skaliranja na standardnom odstupanju,
kao što je prikazano u sljedećoj formuli:

Gdje je:n

NE = Normalizirana ekspresijan

RQ = Relativna količina uzorkanSD = Standardno odstupanjen

GOI = Gen od interesa (jedan cilj)

294 | Softver CFX Maestro Dx SE

Normalizirana ekspresija skalirana na najvišu razinu ekspresije

Normalizirana ekspresija skalirana na najvišu razinu
ekspresije
Kada izvođenje ne uključuje kontrole, skalirajte normaliziranu ekspresiju (NE) za svaki cilj (gen)dijeljenjem razine ekspresije svakog uzorka s najvišom razinom ekspresije u svim uzorcima. Softver
postavlja najvišu razinu ekspresije na vrijednost 1 i ponovno skalira sve razine uzorka ekspresije. Formulaza najveće skaliranje je

Gdje je:n

GOI = Gen od interesa (cilj)

Normalizirana ekspresija skalirana na najnižu razinu
ekspresije
Kada izvođenje ne uključuje kontrole, skalirajte normaliziranu ekspresiju (NE) za svaki cilj (gen)dijeljenjem razine ekspresije svakog uzorka s najnižom razinom ekspresije u svim uzorcima. Softver
postavlja najnižu razinu ekspresije na vrijednost 1 i ponovno skalira sve razine uzorka ekspresije.
Formula za najniže skaliranje je

Gdje je:n

GOI = Gen od interesa (cilj)

Normalizirana ekspresija skalirana na prosječnu razinu
ekspresije
Kada izvođenje ne uključuje kontrole, skalirajte normaliziranu ekspresiju (NE) za svaki cilj (gen)dijeljenjem razine ekspresije svakog uzorka s geometrijskom srednjom razinom ekspresije svih uzoraka.
Softver postavlja prosječnu razinu ekspresije na vrijednost od 1 i skalira sve razine uzorka ekspresije.
Formula za prosječno skaliranje je

Gdje je:n

GOI = Gen od interesa (cilj)

Korisnički vodič | 295

Dodatak A Proračuni analize podatakan

GM = Geometrijska sredina normalizirane ekspresije za sve uzorke

296 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standardno odstupanje za skaliranu normaliziranu ekspresiju

Standardno odstupanje za skaliranu normaliziranu ekspresiju
Premjeravanje vrijednosti skalirane normalizirane ekspresije (NE) postiže se dijeljenjem standardnog
odstupanja (SD) normalizirane ekspresije s normaliziranom vrijednošću ekspresije za najvišu (MAX) ili
najnižu (MIN) razinu ekspresije, ovisno o odabranoj opciji skaliranja.
Napomena: Kada je dodijeljen kontrolni uzorak, ne trebate izvoditi ovu funkciju skaliranja na
standardnom odstupanju.
Izračun za ovu formulu je

Gdje je:n

NE = Normalizirana ekspresijan

SD = Standardno odstupanjen

GOI = Gen od interesa (cilj)nMAKS. = Najviša razina ekspresijenMIN. = Najniža razina ekspresije

Korisnički vodič | 297

Dodatak A Proračuni analize podataka

Error Bars (Trake pogrešaka) za Standard Deviation(lg)(Standardno odstupanje (lg)) i Standard Error of the Mean (lg)(Standardna pogreška srednje vrijednosti (lg))
Uz upotrebu intervala pouzdanosti, trake pogrešaka mogu se prikazati za biološke skupine na temelju
standardnog odstupanja ili standardne pogreške srednje vrijednosti log2 izraza. Trake pogrešaka
izračunavaju se na sljedeći način:
RQ donje trake pogreške = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) ili 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ gornje trake pogreške = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) ili 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Gdje je:n

RQ(lg) = log2 relativne količine za biološku skupinun

SD RQ(lg) = standardno odstupanje relativne količine (log2)n

SEM RQ(lg) = standardna pogreška srednje vrijednosti relativne količine (log2)

Eksp. donje trake pogreške = 2Eksp.(lg)-SD Eksp. (lg) ili 2Eksp. (lg)-SEM Eksp.(lg)Eksp. gornje trake pogreške = 2Eksp.(lg) + SD Eksp.(lg) ili 2Eksp.(lg) + SEM Eksp.(lg)Gdje je:nEksp.(lg) = log2 ekspresije (normalizirana ekspresija) za biološku skupinun

SD RQ(lg) = standardno odstupanje ekspresije (log2)n

SEM RQ(lg) = standardna pogreška srednje vrijednosti ekspresije (log2)

298 | Softver CFX Maestro Dx SE

Promjena omjera

Promjena omjera
Promjena ekspresije gena mjera je povećanja ili smanjenja ekspresije cilja za eksperimentalni u odnosu
na kontrolni uzorak ili biološku skupinu i određuje se na sljedeći način:
Ako je Ekspresija (eksperimentalno) > Ekspresija (kontrola):

Ako je Ekspresija (eksperimentalno) < Ekspresija (kontrola):

Napomena: Za izradu grafikona ekspresija se temelji ili na relativnoj količini ili na normaliziranoj
ekspresiji, ovisno o odabranom načinu rada (pogledajte Izrada grafikona na stranici 260). Međutim,
za raspršeni dijagram i dijagram klastera promjena ekspresije gena uvijek se izračunava iz
normalizirane ekspresije.

Korisnički vodič | 299

Dodatak A Proračuni analize podataka

Formule ispravljenih vrijednostiVažno: Ovi su izračuni primjenjivi samo kada je Analyze Using (Analiza s pomoću) postavljena na
Samples Only (Samo uzorci), Sample Biological Group (Uzimanje uzorka biološke skupine) ili
Biological Group Sample (Uzorak biološke skupine).
Razlika između ispravljenih vrijednosti i neispravljenih vrijednosti vidi se samo ako se izradi standardna
krivulja kao dio izvođenja PCR-a u stvarnom vremenu. Softver koristi tri jednadžbe za utvrđivanje širenja
pogreške:nStandard Error (Standardna pogreška)nStandard Error for Normalized Expression (Standardna pogreška za normaliziranu ekspresiju)nStandard Error for the Normalized Gene of Interest (target) (Standardna pogreška za normalizirani
gen od interesa (cilj))

Formula standardne pogreške je

Gdje je:nn = Broj referentnih ciljeva (gena)n

SD = Standardno odstupanjeStandardna pogreška za faktor normalizacije u formuli normalizirane ekspresije je

Gdje je:nn = Broj referentnih ciljevanSE = Standardna pogreškan

NF = Faktor normalizacijen

RQ = Relativna količina

Standardna pogreška formule za normalizirani gen od interesa (GOI) je

Gdje je:n

SE = Standardna pogreška

300 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izračun intervala pouzdanosti za biološku analizu skupinen

GOI = Gen od interesa (jedan cilj)n

NF = Faktor normalizacijenn = Broj referentnih ciljeva

Izračun intervala pouzdanosti za biološku analizu skupine
Pri provođenju analize bioloških skupina (Analyze Using (Analiza s pomoću) postavljena je na BiologicalGroups Only (Samo biološke skupine)), intervali pouzdanosti izračunavaju se za relativnu količinu i
relativnu normaliziranu ekspresiju.
Intervali pouzdanosti izračunavaju se u logaritamskoj ljestvici na temelju t-raspodjele s pomoću sljedeće
formule:Gdje je:n= Srednja ekspresija ekspresije logaritamske ljestvice uzoraka u biološkoj skupinin

SD = standardno odstupanje razina ekspresije logaritamske ljestvice uzoraka u biološkoj skupininn = broj uzoraka u biološkoj skupinint = dobiveno iz t-raspodjele na temelju stupnjeva slobode i alfa razine
Napomena: Alfa razinu može se postaviti s pomoću polja praga vrijednosti P na kartici Graphing(Izrada grafikona).

Nakon izračuna intervala pouzdanosti, oni se pretvaraju u linearnu skalu i prikazuju u Gene Expression
Data Table (Tablica podataka genetske ekspresije) i trakastom grafikonu na kartici Graphing (Izrada
Grafikona).

Izračuni grafikona s okvirima i poveznicama
Grafikon Box and Whisker (Grafikon s okvirima i poveznicama) prikazuje raspodjelu vrijednosti ekspresija
unutar biološke skupine crtanjem podataka kao kvartila. I. i III. kvartil predstavljeni su donjom i gornjom
granicom okvira. Medijan je prikazan kao puna crta preko okvira. Poveznice predstavljaju minimalne i
maksimalne tipične vrijednosti u skupu podataka. Netipične vrijednosti vrijednosti su koje prelaze I. i III.
kvartil za 1,5 raspona između kvartila.
Napomena: Ako je u biološkoj skupini samo jedan uzorak, prikazan je kao jedan krug, što označava
jednu podatkovnu točku.

Korisnički vodič | 301

Dodatak A Proračuni analize podataka

Sljedeći grafikon Box and Whisker (Grafikon s okvirima i poveznicama) pokazuje kako su ti podaci
predstavljeni.

LEGENDA
1.

Netipična vrijednost. Vrijednost ove netipične vrijednosti je > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Napomena: Postavite pokazivač iznad kruga da biste vidjeli opis alata koji prikazuje naziv
uzorka i relativnu količinu ili normalizirane informacije o ekspresiji, ovisno o odabranomnačinu rada.

2.

Maksimalno razgraničenje tipične vrijednosti

3.

Gornji/III. kvartil (Q3). 75 % vrijednosti ekspresije manje je od Q3.

4.

Medijan ili najviša srednja vrijednost vrijednosti po redoslijedu ekspresija

5.

Niži/I. kvartil (Q1). 25 % vrijednosti ekspresije manje je od Q1.

6.

Minimalno razgraničenje tipične vrijednosti

7.

Netipična vrijednost. Vrijednost ove netipične vrijednosti je < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

302 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodatak B Revizijski tragovi
Softver CFX Maestro Dx, Security Edition stvara revizijske tragove za podatkovne datoteke i datoteke
genetičke studije (.prcd odnosno .mgxd datoteke). Sve promjene ili radnje izvedene na zaštićenim
podatkovnim datotekama i datotekama genetičke studije bilježe se u revizijski trag datoteke kad se
datoteka spremi. CFX Maestro Dx SE stvara zasebni revizijski trag za svaku datoteku.
Možete odabrati File (Datoteka) > Save As (Spremi kao) i spremiti zaštićene potpisane ili nepotpisane
podatkovne datoteke i datoteke genetičke studije u drugu mapu ili pod drugim nazivom. Nova datoteka
nasljeđuje revizijski trag izvorne datoteke. Revizijski trag za novu datoteku također uključuje aktivnost
Save As (Spremi kao). Promjene ili radnje izvršene na novoj datoteci bilježe se u njezin revizijski trag.
Izvorna datoteka zadržava svoj revizijski trag u kojem se bilježe daljnje aktivnosti.
Događaji podložni reviziji na stranici 305 navodi događaje koji se mogu revidirati koje bilježi softver.

Pregled revizijskih tragova
Svaki revizijski trag prikazuje sljedeće podatke:nn

Pojedinosti zaglavlja revizijeoFile version (Inačica datoteke) – spremljena inačica datotekeoDate (Datum) – datum trenutačnog događaja koji je podložan revizijioUser (Korisnik) – domena sustava Windows i korisničko ime prijavljenog korisnikaoComment (Komentar) – posljednji spremljeni komentaro

Signature (Potpis) – elektronički potpis posljednje osobe koja je potpisala datotekuoSignature reason (Razlog za potpisivanje) – razlog za potpisivanjeoApplication (Aplikacija) – CFX Maestro Dx SEoApplication version (Inačica aplikacije) – trenutačna inačica za CFX Maestro Dx SE

oFull user (Puno ime korisnika) – puno ime prijavljenog korisnikaoMachine (Stroj) – računalo na kojem je instaliran CFX Maestro Dx SE

Pojedinosti promjene revizijeoObject (Objekt) – stavka koja je promijenjena (stavka revizije)

Korisnički vodič | 303

Dodatak B Revizijski tragovio

Old value (Stara vrijednost) – prethodna vrijednosto

New value (Nova vrijednost) – nova vrijednostoDescription (Opis) – opis promjene

Pregled revizijskog tragau

U otvorenoj podatkovnoj datoteci ili datoteci genetičke studije odaberite View (Prikaz) > Audit Trail(Revizijski trag). Pojavljuje se trag revizije datoteke.

Podaci su prema zadanim postavkama poredani po datumu i vremenu, a svi se događaji pojavljuju uproširenom prikazu. Možete filtrirati prikaz prema korisničkom imenu i objektu i sažeti prošireni prikazda biste ga lako sortirali po bilo kojem polju zaglavlja. Revizijski trag možete pogledati i kao html
izvješće.

Sortiranje prema korisničkom imenuuOdaberite ciljnog korisnika s padajućeg popisa User Name (Korisničko ime).

Razvrstavanje prema objektuuOdaberite cilj s padajućeg popisa Object (Objekt).

Skrivanje čitavog opisa događaja
uKliknite Collapse All (Sažmi sve).

Sortiranje podataka u tablici o pojedinostima promjeneuKliknite simbol dijamanta u zaglavlju stupca podataka da biste proveli uzlazno sortiranje (od A do Ž,
od najmanjeg do najvećeg broja ili od najstarijeg do najnovijeg).

304 | Softver CFX Maestro Dx SE

Događaji podložni reviziji

Ispisivanje revizijskog traga
1.

Kliknite HTML Report (HTML izvješće) da biste u web-pregledniku prikazali revizijski trag.

2.

U prozoru preglednika učinite jedno od sljedećeg:nOdaberite File (Datoteka) > Print (Ispis).

nDesnom tipkom miša kliknite izvješće i odaberite Print (Ispis).

Događaji podložni reviziji
CFX Maestro Dx SE bilježi sljedeće događaje podložne reviziji u podatkovnim datotekama i datotekama
genetičke studije.

Događaji podložni reviziji tijekom izvođenja
n

Run Start Time (Vrijeme početka izvođenja)nUređivanja Run Time Plate (Ploča vremena izvođenja)nUređivanja Run Time Protocol (Protokol vremena izvođenja)n

Run End Time (Vrijeme završetka izvođenja)Događaji podložni reviziji kada se izradi podatkovna datotekanIzrađena podatkovna datotekanInterpolated Plate Reads (Očitavanja interpolirane ploče) koje je dodao sustav

Događaji koji se mogu revidirati kada se spremi podatkovna datotekanGeneral (Općenito)
o

Naziv

o

Signing (Potpisivanje)oPlate Setup (Postavljanje pločice)o

Display Wells (Prikaz jažica)oAnalizirani fluoroforioUređivanja pločiceoAnalysis mode (Način analize)o

PCR aktivna skupina jažica

Korisnički vodič | 305

Dodatak B Revizijski tragovi

n

n

n

n

n

Kartica Quantification (Kvantifikacija)o

Aktivni korakoSettings (Postavke) – način Cq Determination (Određivanje Cq)oSettings (Postavke) – Baseline Setting (Postavljanje osnovne vrijednosti)oPrimijenjena korekcija pomakaoSettings (Postavke) – Cycles to Analyze (Ciklusi za analizu)oSettings (Postavke) – Analysis Mode (Način analize)oSettings (Postavke) – Baseline Threshold (Osnovni prag)

Kartica Melt Curve (Krivulja taljenja)o

Aktivni korakoPrikazana vrsta vršne vrijednostioVršni prag analize

Kartica End Point (Krajnja točka)oAktivni fluorofor/ciljoZavršni ciklusi za uprosječivanjeoMetoda izračuna tolerancijeoPostotak raspona

Kartica Allelic Discrimination (Alelna diskriminacija)oX- and Y-axis fluorophore (Fluorofor osi X i Y)o

Select cycle number (Odaberi broj ciklusa)oView call map (Prikaz mape pozivanja)

Kartica Gene Expression (Genska ekspresija) – svi grafikonioExperiment Settings (Postavke eksperimenta) – Target reference (Ciljna referenca)oExperiment Settings (Postavke eksperimenta) – Sample Control (Kontrola uzorka)oExperiment Settings (Postavke eksperimenta) – Auto efficiency (Automatska učinkovitost)oExperiment Settings (Postavke eksperimenta) – Efficiency (Učinkovitost)306 | Softver CFX Maestro Dx SE

Događaji podložni reviziji

n

n

n

n

Kartica Gene Expression (Genska ekspresija) – Graphing (Izrada grafova)oAnalysis mode (Način analize)oGraph data (Podaci grafikona)oX-axis (Os X)oY-axis (Os Y)

oOpcija skaliranjaoError bar (Traka pogrešaka)oError bar multiplier (Množitelj trake pogrešaka)oP-value threshold (Prag p-vrijednosti)

Kartica Gene Expression (Genska ekspresija) – Clustergram (Dijagram klastera)oCluster By (Izradi klaster prema)oSplit out replicates (Podijeli replike)

Kartica Gene Expression (Genska ekspresija) – Scatter Plot (Raspršeni dijagram)oKontrolna biološka skupinaoEksperimentalna biološka skupinaoPrag promjene ekspresije gena

Kartica Gene Expression (Genska ekspresija) – ANOVAonnP-value threshold (Prag p-vrijednosti)

Plate Setup (Postavljanje pločice) – View/Edit Plate (Prikaz/uređivanje pločice)o

Settings (Postavke) – PlateType (Vrsta pločice)o

Settings (Postavke) – Units (Jedinice)o

Editing Tools (Alati za uređivanje) – Flip Plate (Preokretanje pločice)o

Skupine jažica

o

Pločasti fluorofori

Plate Setup (Postavljanje pločice) – Replace Plate (Zamjena pločice) i Apply PrimePCR File
(Primjena datoteke PrimePCR)oPlate Setup Import (Uvoz postavki pločice)Korisnički vodič | 307

Dodatak B Revizijski tragovi

Promjene revizije za datoteke genetičke studije
General (Općenito)
n

Naziv

n

Kartica Study Setup (Postavljanje studije)onAdd/Remove data files (Dodaj/ukloni podatkovne datoteke)

Kartica Study Analysis (Analiza studije)308 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodatak C Integracija LIMS-aMožete konfigurirati Softver CFX Maestro Dx, Security Edition za upotrebu s laboratorijskim sustavom za
upravljanje informacijama (LIMS). Za integraciju LIMS-a, CFX Maestro Dx SE zahtijeva podatke opostavljanju pločice koju generira LIMS platforma (LIMS datoteka, *.plrn), datoteka protokola izrađena s
pomoću CFX Maestro Dx SE (*.prcl), definirano mjesto izvoza podataka i definirani format izvoza.
Nakon završetka izvođenja, CFX Maestro Dx SE generira datoteku podataka (.pcrd) i sprema je na
definirano mjesto mape za izvoz podataka. CFX Maestro Dx SE također može izraditi podatkovnu
datoteku kompatibilnu s LIMS-om u .csv formatu i spremiti je na isto mjesto.

Izrada podatkovnih datoteka kompatibilnih s LIMS-om
Ovaj dodatak objašnjava kako postaviti CFX Maestro Dx SE za izradu, spremanje i izvoz LIMS
kompatibilnih podatkovnih datoteka.

Postavljanje LIMS mape i mogućnosti izvoza podataka
Prema zadanim postavkama, CFX Maestro Dx SE sprema LIMS protokole, datoteke i datoteke za izvoz
podataka u ovu mapu:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMSMožete konfigurirati CFX Maestro Dx SE za spremanje datoteka u drugu mapu i promjenu mogućnosti
izvoza za LIMS podatke.

Za postavljanje mape LIMS i mogućnosti izvoza podataka1.

U početnom prozoru odaberite Tools (Alati) > Opcije (Options).

2.

U dijaloškom okviru Options (Opcije) odaberite Data Export Settings (Postavke izvoza podataka).

Korisnički vodič | 309

Dodatak C Integracija LIMS-a

3.

(Opcionalno) Odaberite Automatically export LIMS data at end of run (Automatski izvozi LIMS
podatke na kraju izvođenja).
Softver će automatski izvesti LIMS podatke nakon svakog izvođenja i spremiti ih na određeno mjesto.

4.

Da biste promijenili zadane mogućnosti izvoza za LIMS podatke, kliknite LIMS Data Export Settings(Postavke izvoza podataka LIMS).
Važno: Samo LIMS podaci izvezeni kao .csv datoteka mogu se vratiti u CFX Maestro Dx SE.

5.

U dijaloškom okviru LIMS Data Export Format Settings (Postavke formata izvoza podataka LIMS)
odaberite potrebne mogućnosti izvoza i kliknite OK (U redu).

6.

U dijaloškom okviru Options (Opcije) navigirajte do i odaberite zadanu mapu u koju želite spremiti
LIMS podatkovne datoteke. Za svaku vrstu datoteke možete odabrati različitu lokaciju:

7.

nProtocol (Protokol)n

LIMS datotekanIzvoz podataka

Kliknite OK (U redu) da biste spremili promjene i zatvorili dijaloški okvir Options (Opcije).

310 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada podatkovnih datoteka kompatibilnih s LIMS-om

Izrada LIMS protokola
Da biste započeli LIMS izvođenje, izradite datoteku protokola za CFX Maestro Dx SE (*.prcl) i spremite je
na određeno mjesto mape protokola LIMS.
Pogledajte Poglavlje 7, Postavljanje protokola za više informacija.

Izrada LIMS datoteke
LIMS datoteka (*.plrn) sadržava detalje o postavljanju pločice i naziv datoteke protokola. Ovu datoteku
generira vaš interni LIMS. CFX Maestro Dx SE koristi datoteku LIMS za izradu datoteke pločice koja će se
upotrijebiti s datotekom protokola.
CFX Maestro Dx SE pruža datoteke predloška za uvoz pločica koje možete uređivati kako biste izradili
prilagođene LIMS datoteke pločica.
Savjet: Ovaj zadatak treba obaviti stručnjak za LIMS.

Izrada LIMS datoteke
1.

U početnom prozoru odaberite View (Prikaz) > Show (Pokaži) > LIMS File Folder (Mapa datoteke
LIMS).

2.

Otvorite mapu LIMS Templates (LIMS Predlošci) i odaberite .csv datoteku za uvoz u vaš interni
LIMS.

3.

Uredite datoteku predloška popunjavanjem obaveznih polja navedenih u Tablica 38.

4.

Učinite jedno od sljedećeg:n

Da biste sačuvali promjene za buduću upotrebu, spremite datoteku u obliku .csv datoteke.

n

Da biste spremili promjene i datoteku upotrijebili odmah, spremite datoteku s nastavkom .plrn.

nSpremite predložak s nastavkom naziva datoteke .plrn u mapu LIMS File (LIMS datoteka).

Važno: CFX Maestro Dx SE može otvoriti samo .plrn datoteku. Morate spremiti .csv datoteku
kao .plrn da biste pokrenuli izvođenje LIMS-a.

Korisnički vodič | 311

Dodatak C Integracija LIMS-a

Tablica 38. Definicija sadržaja LIMS .csv datoteke

Stupac
A

Red
1

Opis

Content (Sadržaj)Svrha

Plate Header (Zaglavlje

Nemojte uređivati

Unaprijed

pločice)
A, B, C

2

Field/Data/Instruction

definirano
Nemojte uređivati(Polje/Podaci/Upute)B

3

Version (Verzija)

Unaprijeddefinirano

Nemojte uređivati

Unaprijeddefinirano

B

4

Plate Size (Veličina

Nemojte uređivati

pločice)B

5

Unaprijeddefinirano

Plate Type (Vrsta

Unesite „BR White”, „BR

pločice)

Clear” ili drugu kalibriranu

Potrebno

vrstu pločice
B

6

Scan Mode (Način

Unesite „SYBR/FAM

skeniranja)

Only:” („SamoSYBR/FAM:”), „All
Channels” („Svi kanali”) ili„FRET”

312 | Softver CFX Maestro Dx SE

Potrebno

Izrada podatkovnih datoteka kompatibilnih s LIMS-om

Tablica 38. Definicija sadržaja LIMS .csv datoteke, nastavak

Stupac
B

Red
7

Opis

Content (Sadržaj)Svrha

Units (Jedinice)Unesite jedan od sljedećih

Potrebno„copy number” (brojkopija), „fold dilution”(razblaživanja uomjerima), „micromoles”(mikromoli), „nanomoles”(nanomoli), „picomoles”(pikomoli), „femtomoles”(femtomoli), „attomoles”(atomoli), „milligrams”(miligrami), „micrograms”(mikrogrami),„nanograms”(nanogrami), „picograms”(pikogrami), „femtograms”(femtogrami), „attograms”(attogrami) ili „percent”(postotak)
B

8

Run ID (ID izvođenja)

Unesite kratki opis ili

Opcionalno

crtični kod koji identificira
ovo izvođenje
(maksimalno 30 znakova,
zarezi nisu dopušteni)
B

9

Run Notes (Bilješke o

Unesite opis izvođenja

Opcionalno

Run Protocol (Protokol

Unesite naziv datoteke

Potrebnoizvođenja)

protokola točno onakoizvođenju)
B

10kako je navedeno.
A

A

11

12 – 15

Data File (Podatkovna

Unesite naziv podatkovne

datoteka)

datoteke

Treba odrediti / Prazno

Nemojte uređivati

Opcionalno

Unaprijeddefinirano

Korisnički vodič | 313

Dodatak C Integracija LIMS-a

Tablica 38. Definicija sadržaja LIMS .csv datoteke, nastavak

StupacRed

Opis

Content (Sadržaj)

Svrha

A

16

Plate Data (Podaci o

Nemojte uređivati

Unaprijed

pločici)A

17 – 113

Well Position (Pozicija

definirano
Nemojte uređivatijažice)
B-G

Unaprijeddefinirano

Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3

Unesite jedan kalibrirani

Dye, Ch4 Dye, Ch5 Dye,naziv boje (na primjer

FRET„FAM”) za svaki kanal koji

Potrebno

se koristi
H

Sample Type (Vrsta

Unesite jednu od sljedećih

uzorka)vrsta uzoraka „Unknown”

Potrebno(Nepoznato), „Standard”(Standardno), „Positive
Control” (Pozitivna
kontrola), „Negative
Control” (Negativna
kontrola), „NTC” ili „NRT”
I

Sample Name (Naziv

Unesite naziv uzorka

Opcionalno

CH1 Target, CH2 Target,

Unesite naziv cilja za

Opcionalno

CH3 Target, CH4 Target,

svaki korišteni kanaluzorka)J-O

CH5 Target, FRET
TargetP

Q

Collection Name (Naziv

Unesite naziv biološkog

seta)

seta

Replicate (Replika)

Unesite pozitivan cijeli

Opcionalno

Opcionalno

broj za svaki set replika.
Vrijednost ne može biti
nula.
R-W

314 | Softver CFX Maestro Dx SE

CH1 Quantity (količina),

Unesite vrijednosti

Potrebno za

CH2 Quantity, CH3

količine za bilo koji

sve standarde

Quantity, CH4 Quantity,

standard. Unesite

CH5 Quantity, FRET

koncentraciju u

Quantity

decimalnom obliku.

Izrada podatkovnih datoteka kompatibilnih s LIMS-om

Tablica 38. Definicija sadržaja LIMS .csv datoteke, nastavak

Stupac
X

Red

Opis

Content (Sadržaj)Svrha

Well Note (Bilješka o

Unesite bilješku o jažici

Opcionalnojažici )(najviše 20 znakova)
Napomena: Iako
CFX Maestro Dx SE
ima ograničenje od
20 znakova prilikom
unosa bilješki u polje
Well Note (Bilješka ojažici) putem
softvera, polje Well
Note (Bilješka ojažici) možesadržavati do 500
znakova ako je
uključeno u uvezenu.plrn datoteku.
Međutim, CFX
Maestro Dx SE
prikazat će samo
prvih 20 znakova.
Izvezena .pcrd
datoteka sadržavat
će sve znakove u
polju Well Note
(Bilješka o jažici), a
podaci se neće
izgubiti.

Y-AD

Ch1 Well Color (boja

Unesite bilo koju

jažice), Ch2 Well Color,korisnički definiranu boju

Ch3 Well Color, Ch4 Well

stila traga u 32-bitnom

Color, Ch5 Well Color,cjelovitom (argb)

FRET Well Colordecimalnom formatu

Opcionalno

Korisnički vodič | 315

Dodatak C Integracija LIMS-a

Pokretanje LIMS izvođenja
Pokretanje LIMS izvođenja
1.

Učinite jedno od sljedećeg da biste otvorili LIMS .plrn datoteku:n

U prozoru Home (početno) odaberite View (Prikaz) > Show (Pokaži) > LIMS File Folder (Mapa
datoteke LIMS) i otvorite ciljnu .plrn datoteku.

n

U prozoru Home (početno) odaberite File (Datoteka) > Open (Otvori) > LIMS File (LIMS
datoteka) i otvorite ciljnu .plrn datoteku.

Datoteka se otvara u kartici Start Run (Pokreni izvođenje) u čarobnjaku Run Setup (Pokreni
postavljanje). Kartica Start Run (Pokreni izvođenje) prikazuje informacije o eksperimentu koji trebaizvesti. Također prikazuje povezani blok uređaja ili blokove na kojima možete izvoditi eksperiment.
2.

Na kartici Start Run (Pokreni izvođenje) odaberite uređaj i kliknite Start Run (Pokreni izvođenje).

Izvoz podataka u LIMS
Kada se izvođenje završi, CFX Maestro Dx SE generira podatkovnu datoteku (.pcrd) i sprema je na
definirano mjesto mape za izvoz podataka.

Za izvoz podatkovne datoteke u LIMSu

Otvorite .pcrd datoteku i odaberite Export (Izvoz) > Export to LIMS Folder (Izvezi u LIMS mapu).

316 | Softver CFX Maestro Dx SE

Izrada podatkovnih datoteka kompatibilnih s LIMS-om

Savjet: Ako odaberete Automatically Export Data after Run (Automatski izvoz podataka nakonizvođenja) u LIMS Options (LIMS mogućnosti), CFX Maestro Dx SE izrađuje podatkovnu datoteku
kompatibilnu sa sustavom LIMS u .csv formatu i sprema je u istu mapu.

Korisnički vodič | 317

Dodatak C Integracija LIMS-a

318 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodatak D Rješavanje problema za Softver CFX
Maestro Dx, Security Edition
Ovaj dodatak predlaže rješenja za probleme s kojima biste se mogli susresti tijekom nadogradnje ilipokretanja za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition.

Popis dopuštenih datoteka i mapa za Softver CFX Maestro Dx,
Security EditionZa zaštitu od virusa i zlonamjernog softvera vaš informatički odjel možda je primijenio vrlo stroge mjere
sigurnosti softvera. Te mjere mogu utjecati na vrijeme nadogradnje ili pokretanja softvera CFX Maestro
Dx SE.
Za poboljšanju radnu učinkovitost softvera CFX Maestro Dx SE tvrtka Bio-Rad preporučuje da
informatički odjel sljedeće datoteke i mape stavi na popis dopuštenih datoteka i mapa u postavkama
vatrozida u vašem antivirusnom softveru instaliranom na računalu CFX Maestro Dx SE:

Mapen

C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Datoteken

Sve datoteke .exe files koje se nalaze u mapi C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe i Rscript.exe (u mapi C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Korisnički vodič | 319

Dodatak D Rješavanje problema za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Zapisnik aplikacije
Prije početka novog izvođenja sustav CFX Opus Dx pokreće dijagnostičko samotestiranje kako bi
provjerio radi li prema specifikacijama. Softver bilježi rezultate ovog testa u datoteku Run Log (Zapisnikizvođenja) i Application Log (Zapisnik aplikacije). Ako primijetite problem u jednom ili više eksperimenata,otvorite zapisnike izvođenja i aplikacije da biste saznali kada je problem započeo.
CFX Maestro Dx SEDx prati informacije o stanju uređaja tijekom izvođenja datoteke Application Log(Zapisnik aplikacije). Upotrijebite ove zapisnike za praćenje događaja koji se događaju u uređaju i usoftveru te za rješavanje problema.

Za otvaranje datoteke Application log (Zapisnik aplikacije)u

U prozoru Home (Početno) odaberite View (Prikaz) > Application Log (Zapisnik aplikacije).

Za prikaz datoteke Application Log (Zapisnik aplikacije) kao HTML datoteke kliknite gumb HTML
Report (HTML izvješće).

320 | Softver CFX Maestro Dx SE

Rješavanje problema

Dohvaćanje datoteka zapisnika aplikacije i firmvera
Zapisnici aplikacije i firmvera sadržavaju detaljne informacije o radnjama izvršenima tijekom upotrebe
softvera i provedbe izvođenja. U tim zapisnicima bilježe se i pogreške softvera i firmvera do kojih dođetijekom rada softvera ili uređaja.

Za pristup datotekama zapisnika aplikacije i firmvera:
1.

U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji), desnom tipkom miša kliknite na instrument.

2.

Odaberite Retrieve Log Files (Dohvati datoteke zapisnika).

3.

U dijalogu Browse for Folder (Pregledaj mapu) odaberite odredišnu mapu na svojoj mreži ili lokalnompogonu na koji želite spremiti datoteke zapisnika.
Napomena: mapa nosi naslov „Logs” (Zapisnici).

4.

Kliknite OK (U redu) da biste spremili datoteke.
Važno: Spremanjem datoteke zapisnika koja nosi isti naziv datoteke kao postojeća datoteka
zapisnika prebrisat će se postojeća datoteka zapisnika.

Rješavanje problema
Problemi s komunikacijom softvera i instrumenata obično se mogu riješiti ponovnim pokretanjem računalai sustava. Prije ponovnog pokretanja obavezno spremite sav rad u tijeku.
Napomena: provjerite ima li vaše računalo dovoljno RAM-a i slobodnog prostora na disku. Minimalni
RAM je 4 GB, a minimalni prostor na tvrdom disku 128 GB.

Nestanak napajanja
U slučaju nestanka napajanja, uređaj i računalo će se isključiti. Ako je nestanak napajanja kratak, uređaj
će nastaviti s izvođenjem protokola, ali Application Log (Zapisnik aplikacije) primijetit će nestanak
napajanja. Ovisno o postavkama računala i trajanju nestanka napajanja, uređaj i softver pokušavaju
nastaviti raditi, ovisno o koraku protokola:n

Ako je protokol u koraku bez čitanja s pločice, protokol nastavlja s izvođenjem čim uređaj vrati
energiju.

n

Ako je protokol u koraku s čitanjem pločice, uređaj čeka ponovno pokretanje softvera i nastavak
komunikacije za prikupljanje podataka. U ovoj se situaciji protokol nastavlja samo ako računalo ne
isključuje softver. Kada se računalo i softver ponovno pokrenu, protokol se nastavlja.

Korisnički vodič | 321

Dodatak D Rješavanje problema za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

Prijenos datoteka u računalo CFX Maestro Dx SEMožete prenijeti podatke i datoteke zapisnika smještene na instrumentu na tvrdi disk priključenog
računala CFX Maestro Dx SE.
Savjet: Sve datoteke u mapi s podacima u stvarnom vremenu na bazi uređaja prenose se naračunalo.
Napomena: iz instrumenta CFX Opus Dx možete prenositi samo datoteke zapisnika. Sve datoteke
zapisnika na uređaju prenose se na računalo.

Za dohvaćanje datoteka s uređaja
1.

U oknu Detected Instruments (Otkriveni uređaji) u prozoru Home (Početno) desnom tipkom miša
pritisnite ciljni uređaj i odaberite Retrieve Log Files (Dohvati datoteke zapisnika).

2.

Odaberite mjesto mape za spremanje dohvaćenih datoteka.

3.

Pritisnite OK (U redu).

Softver CFX Maestro Dx, Security Edition, ručna instalacija
Za ručnu instalaciju softvera CFX Maestro Dx SE
1.

Ako je potrebno, odspojite sve povezane instrumente od računala.
Pronađite i odspojite USB kabel instrumenta na računalu za CFX Maestro Dx SE. Kraj umetnut uuređaj može ostati na svom mjestu.

2.

Prijavite se na računalo za CFX Maestro Dx SE s administratorskim pravima.

3.

Umetnite USB pogon softvera CFX Maestro Dx SE u USB priključak računala.

4.

U pregledniku Windows Explorer dođite do i otvorite USB pogon CFX Maestro Dx SE.

5.

Otvorite mapu CFX i dvaput pritisnite CFXMaestro Dx Setup.exe za instalaciju softvera CFX Maestro
Dx SE.

6.

Slijedite upute na zaslonu za instalaciju softvera.
Po završetku pojavit će se pozdravni zaslon za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition tvrtke
Bio-Rad na zaslonu računala i ikona za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition tvrtke Bio-Rad na
radnoj površini.

7.

Sigurno izbacite USB pogon softvera i pokrenite softver CFX Maestro Dx SE.

322 | Softver CFX Maestro Dx SE

Rješavanje problema

Ponovna instalacija upravljačkih programa
Za ponovnu instalaciju upravljačkih programa uređaja
u

U prozoru Home (Početno) odaberite Tools (Alati) > Reinstall Instrument Drivers (Ponovo instaliraj
upravljačke programe uređaja).

Napomena: Ako imate problema s komunikacijom softvera sa sustavom u stvarnom vremenu nakon
što ponovo instalirate upravljačke programe i provjerite USB vezu, obratite se tehničkoj podršci tvrtke
Bio-Rad.

Korisnički vodič | 323

Dodatak D Rješavanje problema za Softver CFX Maestro Dx, Security Edition

324 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Korisnički vodič | 325

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

326 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Korisnički vodič | 327

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

328 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Korisnički vodič | 329

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

330 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andKorisnički vodič | 331

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the

332 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Korisnički vodič | 333

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this334 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Korisnički vodič | 335

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

336 | Softver CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Korisnički vodič | 337

Dodatak E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products338 | Softver CFX Maestro Dx SE

Dodatak F Reference1.

Sugimoto et al. (1996.). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4501–4505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986.). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3746–3750.

3.

Hellemans J et al. (2007.). qBase relative quantification framework and software for management
and automated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995.). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001.). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2002–2007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008.). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2. izdanje (New York:SAGE Publications, Inc.).

Obavijest o autorskim pravima Minpack (1999.) University of Chicago. Sva prava pridržana.
Preraspodjela i upotreba u izvornom i binarnom obliku, s izmjenama ili bez njih, dopušteni su pod uvjetom
da su ispunjeni sljedeći uvjeti:
1.

Preraspodjela izvornog koda mora zadržati gornju obavijest o autorskim pravima, ovaj popis uvjeta isljedeću izjavu o odricanju odgovornosti.

2.

Preraspodjela u binarnom obliku mora reproducirati gornju obavijest o autorskim pravima, ovaj popis
uvjeta i sljedeću izjavu o odricanju odgovornosti u dokumentaciji i/ili drugim materijalima koji seisporučuju u distribuciji.

3.

Dokumentacija krajnjeg korisnika koja je uključena u preraspodjelu, ako postoji, mora sadržavati
sljedeću potvrdu:„Ovaj proizvod uključuje softver koji je razvilo Sveučilište u Chicagu kao operator američkog državnog
laboratorija Argonne National Laboratory.”

Korisnički vodič | 339

Dodatak F Reference

340 | Softver CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Francuska
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Telefaks: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000136678 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122