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BRSO:Biological Rresource Schema Ontology の利用 と現状〇高月照江1)、臼田大輝2)、北橋優子4)、櫛田達矢2)、市川夏子4)、川本祥子3,1)、桝屋啓志2)、川島秀一1)
1）情報システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター，2）理化学研究所 バイオリソース研究センター , ３）国立遺伝学研究所 , 4)（独）製品評価技術基盤機構●

目的

Biological Resource Schema Ontology (BRSO)は、原核生物から動物まで、様々なバイオリソース（生物資源）のメタデータの記述に用いることを目的としたオントロジーである。生物資源のメタデータには、株名、寄託日、寄託者、標品の形態といった基本的な情報や、バイオセーフティーレベルなどの取り扱いに関する情報、表現型やアリル等の生物学的な情報など、多様な内容が含まれているが、BRSOは基本的には、あらゆる生物種に共通して記述される概念を対象として開発されている。
一般に、メタデータはバイオリソース保存機関毎に異なる仕様で記載されているが、BRSOを用いたRDFとして記述することで、機関間におけるデータの相互運用性が高まると考えられる。これまでに、BRSOは理研BRC及びナショナルバイオリソースプロジェクト （NBRP）において利用されており、現在、理研のJapan Collection ofMicroorganisms (JCM)及び製品評価技術基盤機構のBiological Resource Center, NITE (NBRC)が管理する微生物資源についても、BRSOを用いたRDFデータの開発を進めている。本発表では、BRSOの詳細を紹介すると共に、BRSOを利用してRDF化されたデータの実際の利用例や、リソースデータ以外の外部データとの連携等についても報告する。BRSOを用いたRDF化を実現することにより、機関をまたいだデータの横断検索の実現が容易になり、また、ゲノムや疾患等の多様な外部データとの統合による、より高度な生物資源検索につながると考えている。

BRSOを用いたRDF化とその活用

BRSOについて●brso（biological resource schema ontology)
brsoは、バイオリソース情報における共通項目部分をRDF化するために、DBCLSが中心となり、理研バイオリソース研究センター、遺伝学研究所と協力して、開発を進めているオントロジー。
必要に応じて拡張を進めている。

●理研BRCにおける実際の活用事例
BRCカタログシステム（バイオリソース横断検索）でのBRSOの活用
https://web.brc.riken.jp/

リソースの情報の中に実験マウスは、共通化できない、リソース特有の情報や、管理施設特有の情報がある。共通化できない情報について、RDF化

細胞材料する場合には、リソース独自のスキーマを検討する必要がある。

●国内版バイオハッカソン BH19.7 （http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/BH19.7）においてバ
イオリソースとして必要な情報の項目を整理し、スキーマを設計を開始、その後、より使いやすく汎用的に利用できるよう、検討を重ねている。

遺伝子材料
BRSOを用いてバイオリソース情報をRDF化した結果、リソースの横断検索を実現している。

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Takatsuki Terue（DBCLS）

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BRSO:Biological Rresource Schema Ontology の利用 と現状

BRSOを利用したRDF化データの活用との連携について

外部データ

BRSOを用いた新たなデータ連携の取り組み（微生物リソース）
BRSOの特徴は、生物種関係なく、汎用的にバイオリソースを記述できる点である。生物が基本的に持日本の難病疾患の詳細情報を提供するNanbyoData（http://nanbyodata.jp/）では、理研BRC

つ情報の他に、バイオリソースとしての基本的な共通項目を統一したフォーマットで記述することがでの取り扱う細胞データを、難病疾患の研究リソースとして表示させている。これは、バイオリ

きる。このことは、生物種を超えて、統計や検索を可能にすることができる。今年度の新たな取り組み

ソースの特性情報の一つとして、関連疾患名をNANDO（Nanbyo disease ontology）を用いとして、理研のJapan Collection of Microorganisms (JCM)及び製品評価技術基盤機構のBiologicalてアノテーションし、それらのデータをBRSOを用いてRDF化した結果、NanbyoDataで表示

Resource Center, NITE (NBRC)が管理する微生物資源についても、BRSOを用いたRDFデータの開発されているNANDO（Nanbyo disease ontology）との連携が可能になっている。理研のRDFを進めている。これまでMCCV（Microbial Culture Collection Vocabulary）で記述されていた微生物データは理研のエンドポイントで管理されており、NANDOのデータはDBCLSのエンドポインのRDFデータに、BRSOを用いたRDFデータを加えることで、微生物もバイオリソースの一つとして取トで管理されている。RDF化されたデータは、違うエンドポイントに投入されたデータでも連り扱いが可能となり、バイオリソースとして共通項目事項については、他の生物種同様のデータ管理が携が可能となる。NANDOのIDに対して、関連ある細胞のIDを、紐づけされたNANDOのIDで可能となる。

SPARQL検索を行い、ID,理研BRCの細胞の詳細ページ、細胞の説明等を表示させているが、これらの表示項目についてもBRSOを用いてRDF化された結果、表示が可能となっている。
微生物データにおいてBRSOで共通化可能なPropertyのスキーマ

バイオリソース（生物資源）
brsoを用いて、生物資源であるという事を記述することにより、生物種関係なく、生物資源としてデータ上扱う事が可能となる。

＋
実際のNanbyoDataでの細胞の表示例及びスキーマ図

これまでも、MCCVを使ったRDF化により、情報連携を行っているが、更にBRSOを加える事で、その他のバイオリソースとの連携も可能となる

理研BRCでは、細胞以外のリソース（マウス、遺伝子）についても、疾患特性のアノテーションを実施していく予定であり、結果、関連バイオリソースとして、細胞だけではなく、その他のリソースを追加することも可能となる

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今後の展望

BRSOを用いたRDF化を実現することにより、機関をまたいだデータの横断検索の実現が容易になる。
生物種関係なく、ゲノムや疾患等の多様な外部データとの統合が可能になることで、ゲノムからリソース、疾患からリソースと言った、より高度な生物資源検索につながると考えている。

その他のリソース「本研究（の一部）は、戦略的イノベーション創造プログラム（ＳＩＰ）「スマートバイオ産業・農業基盤技術」（管理法人：農研機構生研支援センター）によって実施されました」●

関連ポスター紹介

ポスター番号：39「セマンティックウェブ技術を用いたバイオリソース横断 検索システム 」
ポスター番号：41 「NBRPカイコデータベースのRDF化とその利用」
ポスター番号：42 「NBRP藻類リソースのRDFデータ提供およびWebサイト 公開」
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