PCR în timp real

Software CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Revizuirea manualului: Mai 2022
Revizuirea software-ului: 2.3

Ghid de utilizare
Versiunea 2.3

Software-ul CFX Dx Maestro, ediția desecuritate
Ghid de utilizare
Versiunea 2.3

Serviciul de asistență tehnică Bio-Rad™
Departamentul de asistență tehnică Bio-Rad din SUA este deschis de luni până vineri, între orele 5:00 și
17:00, ora Pacificului.
Telefon: 1-800-424-6723, opțiunea 2
E-mail: Support@bio-rad.com (Numai SUA/Canada)
Pentru asistență tehnică în afara SUA și Canadei, contactați biroul de asistență tehnică local sau faceți clic pe
linkul Contactați-ne de la adresa www.bio-rad.com.

Notificare
Nicio parte a acestei publicații nu poate fi reprodusă sau transmisă sub nicio formă și prin niciun fel demijloace, electronice sau mecanice, incluzând foto-copierea, înregistrarea sau orice sistem de stocare sau
recuperare de informații, fără permisiunea scrisă a Bio-Rad Laboratories, Inc.
Bio-Rad își rezervă dreptul de a modifica produsele și serviciile sale în orice moment. Acest ghid poate suferi
modificări fără înștiințare prealabilă. Deși a fost întocmit astfel încât să asigure acuratețea, Bio-Rad nu îșiasumă nicio răspundere pentru erori sau omisiuni sau pentru orice daune care apar din aplicarea sau
utilizarea acestor informații.
BIO-RAD este marcă comercială a Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR este marcă comercială a Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen este marcă comercială a Biotium, Inc.
Toate mărcile comerciale utilizate în prezentul document sunt proprietatea deținătorilor lor de drept.
Copyright ©2022 prin Bio-Rad Laboratories, Inc. Toate drepturile rezervate.

Domeniu de utilizare

Domeniu de utilizare
Sistemul PCR în timp real CFX Opus DxTM cu Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitateTM este
proiectat să efectueze PCR pe bază de fluorescență pentru a detecta și cuantifica secvențe de acizi
nucleici. Sistemul și software-ul sunt destinate utilizării pentru diagnostic in vitro de către tehnicieni delaborator calificați. Sistemele sunt concepute pentru a fi utilizate cu teste de diagnostic pentru acizi
nucleici furnizate de alți producători care au fost produse și etichetate în scopuri de diagnostic.

Lexicon de simboluri

Producător

Numărul lotului

Utilizare de către

Pentru diagnosticare în vitro

Limita de temperatură

Numărul de catalog

Consultați instrucțiunile de utilizareNumărul de teste

Pentru utilizare cuNumăr de serie

Numai cu utilizare pe bază de prescripție

Conține latex

Ghid de utilizare | iii

Marcajul CE - Regulamentul(UE) 2017/746 privind dispozitivele
medicale pentru diagnostic in vitro

Traduceri
Documentele de produs pot fi furnizate în limbi suplimentare pe suport electronic.

iv | Software CFX Maestro Dx SE

Revision History (Istoric revizuiri)

Revision History (Istoric revizuiri)
DocumentDatăDescrierea modificării

Software-ul CFX Dx Maestro,

Decembrie 2020

Vers. A, lansarea inițială

Mai 2022

n Actualizare pentru a accepta CFX Opus Deepwellediția de securitate Ghidul
utilizatorului, 2.0(ID doc. nr. 10000135643)
Software-ul CFX Dx Maestro,ediția de securitate Ghidul

Dxutilizatorului, 2.3

n Tabel lexicon de simboluri actualizat(ID doc. nr. 10000135643)

n S-a adăugat o notă de securitate cibernetică la
Introducere

Ghid de utilizare | v

vi | Software CFX Maestro Dx SE

Cuprins
Domeniu de utilizare

iii

Lexicon de simboluri

iii

Traduceri

iv

Revision History (Istoric revizuiri)v

Siguranța și conformitatea cu reglementările

17

Etichete cu avertizări de siguranță

17

Siguranța și conformitatea cu reglementările

19

Conformitate cu siguranța

19

Compatibilitate electromagnetică (EMC)

20

Avertismente și observații EMC

21

Cerințe de mediu

22

Pericole

23

Pericole biologice

23

Pericole chimice

25

Pericole de explozie sau aprindere

25

Pericole electrice

25

Transport

26

Baterie

26

Eliminare

26

Garanția

26

Capitolul 1 Introducere

27

Caracteristici principale ale software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate29Aflați mai multe29

Capitolul 2 Instalarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate 31
Cerințe de sistem

32

Instalarea software-ului CFX Maestro Dx SE

33

Detectarea instrumentelor conectate35Fișierele software-ului

36

Ghid de utilizare | vii

Cuprins

Capitolul 3 Gestionarea conturilor de utilizator pentru Software-ul CFX Dx Maestro,ediția de securitate

37

Pornirea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate38Adăugarea utilizatorilor Microsoft Windows la calculatorul pentru Software-ul CFX Dx Maestro,ediția de securitate40Adăugarea și ștergerea utilizatorilor din Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

42

Gestionarea rolurilor utilizatorilor pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

43

Vizualizarea rolului și permisiunilor dvs.

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate4445Fișiere securizate

45

Capitolul 5 Spațiul de lucru

55

Fereastra Home (Pagină de pornire)56

Startup Wizard (Expert pornire)57

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)

58

Fereastra Plate Editor (Editor placă)59

Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

60

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)61

Fereastra Home (Pagină de pornire)

62

Comenzile meniului File (Fișier)63

Comenzile meniului View (Vizualizare)

63

Comenzile meniului User (Utilizator)

64

Comenzile meniului Run (Rulare)

65

Comenzile meniului Tools (Instrumente)

65

Comenzile meniului Help (Ajutor)

66

Comenzi bară de instrumente

67

Startup Wizard (Expert pornire)68

Bara de stare

68

Panoul Detected Instruments (Instrumente detectate)

69

Vizualizarea proprietăților unui instrument72Înainte de a începe

73

Crearea unui amestec principal de reacție

73

Calibrarea de noi coloranți

75

Setarea preferințelor utilizatorului

78

viii | Software CFX Maestro Dx SE

Cuprins

Capitolul 7 Crearea de protocoale

97

Parametrii și intervalele pentru pașii protocolului

98

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)

100

Comenzile meniului File (Fișier)101

Comandă meniu Settings (Setări)101

Comenzile meniului Tools (Instrumente)

101

Comenzi bară de instrumente101Soluții de control pentru editarea protocolului

102

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)

106

Deschiderea unui nou fișier de protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)

106

Deschiderea unui protocol existent în Protocol Editor (Editor Protocol)

108

Configurarea unui nou protocol

109Adăugarea de pași la un protocol

111

Inserarea unui pas de gradient112

Inserarea unui pas GOTO (SaltLa)

113

Inserarea unui pas de curbă de topire

113Adăugarea sau eliminarea unui pas de citire placă

115

Modificarea opțiunilor pașilor

115Ștergerea unui pas

116

Copierea, exportarea sau imprimarea unui protocol

116

Crearea unui protocol cu Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol)

117

Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta)

119

Despre Ta Calculator (Calculator Ta)

119

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

125

Fereastra Plate Editor (Editor placă)126

Comenzile meniului File (Fișier)126

Comenzile meniului Edit (Editare)

127

Comenzile meniului Settings (Setări)127

Comenzile meniului Editing Tools (Instrumente de editare)

128

Comenzi bară de instrumente

128

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)130

Deschiderea unui fișier placă nou în Plate Editor (Editor placă)130

Deschiderea unui fișier placă existent în Plate Editor (Editor placă)132

Configurația unui fișier de placă nou

133

Ghid de utilizare | ix

Cuprins

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

141

Atribuirea unei ținte godeurilor

141

Atribuirea unei denumiri de probă godeurilor

143

Atribuirea de Biological Groups (Grupuri biologice) la Wells (Godeuri)

145

Atribuirea de numere de replicate tehnice godeurilor

147

Atribuirea unei serii de diluție probelor de tip standard

149

Copierea conținutului unui godeu într-un alt godeu

150Adăugarea unei note la un godeu

151

Golirea godeurilor de tot conținutul

151

Schimbarea setărilor experimentelor

153

Crearea de grupuri de godeuri

156

Modificarea stilurilor urmelor

158

Vizualizare, export și import placă în format foaie de calcul

160

Crearea unei structuri de placă folosind Plate Setup Wizard (Expert configurație placă)162

Utilizarea Setup Wizard (Expert configurație) al plăcii

Capitolul 9 Rularea de experimente
Fereastra Run Setup (Configurare rulare)
Accesarea ferestrei Run Setup (Configurare rulare)

162

165
166
167

Fila Protocol

168

Fila Plate (Placă)171

Fila Start Run (Începere rulare)

174

Rularea unui experiment

175

Caseta de dialog Run Details (Detalii rulare)

177

Fila Run Status (Stare rulare)

177

Fila Real-time Status (Stare în timp real)

180

Fila Time Status (Stare timp)

183

Efectuarea de experimente PrimePCR

184

Transferarea datelor independente pentru analiză

186

Transferarea datelor prin e-mail186

Transferul datelor de pe Sistemul PCR în timp real CFX Opus Dx

186

Transferul de date prin Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

188

Transferarea datelor folosind o unitate USB

188

Transferul de date printr-o unitate de rețea partajată folosind Sistemul PCR în timp real CFX
Opus Dx

189

x | Software CFX Maestro Dx SE

Cuprins

Crearea unui fișier de date

189

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)
Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

191
191

Bara de instrumente de analiză a datelor

192

Bara de meniu de analiză a datelor

193

Detalii filă196

Selectorul Step Number (Număr pas)

196

Vizualizarea grupurilor de godeuri în Data Analysis (Analiza datelor)197

Modificarea conținutului godeurilor după o rulare

197

Data Analysis Settings (Setări Analiza datelor)

199

Ajustarea pragului

199

Setarea Nivel inițial

199

Analysis Mode (Mod Analiză)200

Cycles to Analyze (Cicluri de analizat)

201

Selectorul de godeu

202

Elementele de meniu afișate prin clic dreapta în Well Selector (Selector godeuri)

203

Excluderea temporară a godeurilor din analiză

204

Grafice

205

Instrumente grafic

205Mărirea unei zone a graficului

213

Copierea graficelor într-un fișier Microsoft

213

Elementele de meniu comune afișate prin clic dreapta pentru grafice213

Foi de calcul
Elementele de meniu comune afișate prin clic dreapta pentru foile de calcul
Export (Exportare)

215
215
217

Exportarea tuturor fișelor de date

217

Exportarea fișierelor RDML

218

Crearea unui fișier de exportare particularizată

219

Exportarea într-un folder LIMS

221

Exportarea de date în format Seegene

221

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)
Fila Quantification (Cuantificare)

223
224

Opțiuni fluorofori

224

Caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme)

225

Ghid de utilizare | xi

CuprinsOpțiunea Log Scale (Scară logaritmică)226

Standard Curve Chart (Grafic Curbă standard)227Opțiunile meniului graficului Amplification (Amplificare)

228

Foaia de calcul din fila Quantification (Cuantificare)

228

Fila Quantification Data (Date de cuantificare)

230

Foaia de calcul Results (Rezultate)

230

Foaia de calcul Standard Curve Results (Rezultate Curbă standard)

232

Foaia de calcul Plate (Placă)233

Foaia de calcul RFU

234

Fila Melt Curve (Curbă de topire)
Ajustarea datelor Melt Curve (Curbă de topire)
Fila Melt Curve Data (Date curbă de topire)

235
237
238

Foaia de calcul Melt Peaks (Vârfuri de topire)238

Foaia de calcul Plate (Placă)239

Foaia de calcul RFU

240

Foaia de calcul -d(RFU)/dT

241

Fila End Point (Momentul final)

242

Date rezultate

243

Ajustarea analizei datelor din momentul final

245

Foaia de calcul RFU pentru analiza momentului final

245

Fila Allelic Discrimination (Discriminare alelică)246

Ajustarea datelor pentru discriminare alelică

247

Opțiunile de meniu pentru grafice248

Foaia de calcul Allelic Discrimination (Discriminare alelică)248

Fila Custom Data View (Vizualizare de date personalizată)Crearea unei vizualizări de date personalizată
Fila QC (CC)

250
251
252

Schimbarea criteriilor QC (CC)253

Excluderea godeurilor care nu îndeplinesc QC (CC)253

Fila Run Information (Informații rulare)

254

Rapoarte de analiză a datelor

255

Categorii de rapoarte de analiză a datelor

256

Crearea unui raport de analiză a datelor

259

Crearea rapoartelor pentru grupuri de godeuri261

xii | Software CFX Maestro Dx SE

Cuprins

Capitolul 12 Analiza expresiei genice263

Configurația plăcii pentru analiza expresiei genice263

Configurația ghidată a plăcii

264

Graficele de expresie genică

265

Reprezentare grafică

266

Schimbarea și adnotarea vizualizării graficului

268

Ajustarea datelor de expresie genică

274

Setări experimente276Opțiunile de meniu afișate prin clic dreapta

278

Foaia de calcul Data (Date)

279Opțiunea Show Details (Afișare detalii)

281

Clustergramă

283

Setări283

Opțiunile de meniu afișate prin clic dreapta

283

Foaia de calcul Data (Date)

283

Corelogramă

284

Setări284Opțiunile de meniu afișate prin clic dreapta

284

Foaia de calcul Data (Date)284

Foaia de calcul Results (Rezultate)285

Studiu genic

286

Inter-Run Calibration (Calibrare între rulări)286

Caseta de dialog Gene Study (Studiu genic)

287

Fila Study Setup (Configurare studiu)

287Pregătirea unui studiu genic

288

Fila Study Analysis (Analiză studiu)

289

Categoriile raportului de studiu genic

290

Crearea unui raport de studiu genic

293

Anexa A Calcule Analiza datelor

295

Eficiența reacțiilor

295

Cantitate relativă

295

Cantitatea relativă când este selectat un control

296

Deviația standard a cantității relative296

Cq corectată eficient (CqE)

297

Ghid de utilizare | xiii

Cuprins

Cq corectată eficient medie (MCqE)

297

Expresie normalizată

298

Expresia și cantitatea relativă pentru grupurile biologice299

Expresia normalizată când este selectat un control

299

Deviația standard pentru expresia normalizată

300

Expresia normalizată scalată la cel mai ridicat nivel de expresie

301

Expresia normalizată scalată la cel mai redus nivel de expresie

301

Expresia normalizată scalată la nivelul de expresie mediu

301

Deviația standard pentru expresia normalizată scalată

303

Bare de eroare pentru deviația standard (lg) și eroarea standard a mediei (lg)304

Fold Change (Factorul de modificare)

305

Formule valori corectate

306

Calcularea intervalului de încredere pentru analiza grupului biologic

307

Calculele aferente diagramei boxplot

307

Anexa B Trasee de audit

309

Vizualizarea traseelor de audit

309

Evenimente verificabile

311

Anexa C Integrare LIMS

315

Crearea de fișiere de date compatibile cu LIMS

315

Configurarea folderului LIMS și a opțiunilor de exportare a datelor

315

Crearea unui protocol LIMS

317

Crearea unui fișier LIMS

317

Inițierea unei rulări LIMS

323

Exportarea datelor către un sistem LIMS

324

Anexa D Depanarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate325Listă de permisiuni pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate Fișiere și foldere

325

Jurnalul aplicației

326

Extragerea fișierelor jurnal de aplicație și firmware
Depanare

327
327

Pană de curent

327

Transferarea fișierelor în computerul CFX Maestro Dx SE

328

Instalarea manuală a software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

328

Reinstalarea driverelor329

xiv | Software CFX Maestro Dx SE

Cuprins

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

331

Software Notices

332

ZedGraph

332

Standard Open License Text

332

LGPL-2.1

332

Anexa F Bibliografie

345

Ghid de utilizare | xv

Cuprins

xvi | Software CFX Maestro Dx SE

Siguranța și conformitatea cu reglementările
Sistemele PCR în timp real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx, și CFX Opus Deepwell Dx Real-Time
PCR (cunoscute în acest ghid ca Sistemul CFX Opus Dx). se încălzește și se răcește foarte repede în
timpul funcționării. Pentru operarea în siguranță a sistemului PCR în timp real, Bio-Rad vă recomandă să
respectați specificațiile de siguranță enumerate în această secțiune și în acest manual.

Etichete cu avertizări de siguranță
Etichetele cu avertizări aplicate pe Sistemul CFX Opus Dx și prezentate în acest manual vă avertizează
despre sursele de rănire sau vătămare. Tabelul 1 definește fiecare etichetă cu avertizări de siguranță.
Tabelul 1. Avertismente generale de siguranță

Pictogramă

Semnificație
Operarea sistemului Sistemul CFX Opus Dx înainte de a citi acest manual poate
constitui un pericol de vătămare corporală. Utilizarea acestui instrument într-un
mod care nu este specificat în acest manual sau de către Bio-Rad poate duce ladeteriorarea sau dezactivarea caracteristicilor de protecție ale instrumentului.
Nu există pericole biologice sau pericole radioactive asociate cu sistemul
Sistemul CFX Opus Dx în sine. Aceste pericole devin îngrijorătoare numai atunci
când sunt introduse în sistem prin probele în curs de testare. Când manevrați
probe biologice periculoase sau radioactive, respectați măsurile de precauție
recomandate și liniile directoare specifice laboratorului și locației dvs. Aceste linii
directoare trebuie să includă metode de curățare, monitorizare și eliminare amaterialelor periculoase pe care le utilizați.
În plus, așa cum s-a menționat mai sus, există un risc minor de explozie sau dedegajare a lichidelor sau a vaporilor din recipientele cu probe. Atunci când lucrați
cu materiale periculoase, riscul de rănire cauzat de materialul degajat seagravează cu riscul ca materialul periculos să fie dispersat în interiorul și în jurul
instrumentului. Utilizatorii trebuie să ia măsurile de precauție adecvate pentru o
astfel de situație.

Ghid de utilizare | 17

Siguranța și conformitatea cu reglementările

Tabelul 1. Avertismente generale de siguranță, continuare

Pictogramă

Semnificație
Sistemul CFX Opus Dx funcționează la temperaturi suficient de ridicate pentru a
provoca arsuri grave. Lăsați întotdeauna blocul de probe să revină latemperatura camerei înainte de a deschide capacul și de a scoate probele. Chiar
și după ce blocul de probe s-a răcit, zonele înconjurătoare, precum și placa deîncălzire pot rămâne fierbinți destul de mult timp. În situațiile în care nu există
suficient timp pentru a permite instrumentului să se răcească, se recomandă
utilizarea echipamentului de protecție, cum ar fi mănuși termice sau „mănuși
pentru cuptor”.
Siguranța și performanța oricărui sistem care încorporează un sistem Sistemul
CFX Opus Dx este responsabilitatea exclusivă a persoanei care asamblează
sistemul.
Sistemul CFX Opus Dx poate deveni suficient de fierbinte în timpul funcționării
normale pentru a provoca fierberea sau vaporizarea lichidelor din probe, mărind
presiunea în recipientele pentru probe. Există posibilitatea ca recipientele pentru
probe să se defecteze; conducând la scurgeri, pulverizarea cu lichide sau
defecțiune explozivă și la degajarea vaporilor sau scurgerea lichidelor în
instrument și în jurul acestuia.
Utilizatorii trebuie să manevreze întotdeauna instrumentul cu capacul închis sausă poarte ochelari de protecție, mănuși termice și alte echipamente de protecție
personală în timpul funcționării pentru a evita vătămarea corporală. Deschiderea
instrumentului în timp ce probele sunt încă fierbinți, cum ar fi după întreruperea
unei rulări, poate permite recipientelor sub presiune să se scurgă, să pulverizeze
sau să stropească cu lichid. Lăsați întotdeauna probele să se răcească înainte
de a deschide capacul.
Utilizatorii nu trebuie să efectueze niciodată o reacție cu un capac sau sigiliu
deschis, desprins, perforat sau deteriorat în alt mod, deoarece va crește
probabilitatea unei defecțiuni sau explozii periculoase.
Utilizatorii nu trebuie să efectueze niciodată o reacție cu reactivi volatili care arputea crește probabilitatea unei defecțiuni sau explozii periculoase.

18 | Software CFX Maestro Dx SE

Siguranța și conformitatea cu reglementările

Siguranța și conformitatea cu reglementările
Conformitate cu siguranța
Sistemul CFX Opus Dx a fost testat și s-a dovedit a fi în conformitate cu toate cerințele aplicabile aleurmătoarelor standarde de siguranță și electromagnetice:n

IEC 61010-1:2010 Cerințe de securitate pentru echipamente electrice pentru măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 1: Cerințe generalenIEC 61010-2-010:2019 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2 010: Cerințe speciale pentru echipamente de laborator pentruîncălzirea materialelorn

IEC 61010-2-081:2019 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2 081: Cerințe speciale pentru echipamente de laborator automate și
semiautomate pentru analiză și alte scopurin

IEC 61010-2-101:2018 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2 101: Cerințe speciale pentru echipamente medicale pentru
diagnostic in vitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 NR. 61010-1-12:2018 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice demăsurare, control și utilizare în laborator, Partea 1: Cerințe generalen

CAN/CSA-C22.2 NR. 61010-2-010:19 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice demăsurare, control și utilizare în laborator, Partea 2-010: Cerințe speciale pentru echipamente delaborator pentru încălzirea materialelorn

CAN/CSA-C22.2 NR. 61010-2-081:19 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice demăsurare, control și utilizare în laborator, Partea 2-081: Cerințe speciale pentru echipamente delaborator automate și semiautomate pentru analiză și alte scopurin

CSA-C22.2 NR. 61010-2-101:19 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare,
control și utilizare în laborator — Partea 2-101: Cerințe speciale pentru echipamente medicale pentru
diagnostic in vitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control și utilizare
în laborator, Partea 1: Cerințe generale

Ghid de utilizare | 19

Siguranța și conformitatea cu reglementările

n

EN 61010-2-010:2014 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2-010: Cerințe speciale pentru echipamente de laborator pentruîncălzirea materialelorn

EN 61010-2-081:2015 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2-081: Cerințe speciale pentru echipamente de laborator automate și
semiautomate pentru analiză și alte scopurin

EN 61010-2-101:2017 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2-101: Cerințe speciale pentru echipamente medicale pentru
diagnostic in vitro (IVD)n

UL 61010-1:2012 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control și utilizare
în laborator — Partea 1: Cerințe generalen

UL 61010-2-010:2019 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2-010: Cerințe speciale pentru echipamente de laborator pentruîncălzirea materialelorn

UL 61010-2-081:2019 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2-081: Cerințe speciale pentru echipamente de laborator automate și
semiautomate pentru analiză și alte scopurin

UL 61010-2-101:19 Cerințe de siguranță pentru echipamente electrice de măsurare, control șiutilizare în laborator — Partea 2-101: Cerințe speciale pentru echipamente medicale pentru
diagnostic in vitro (IVD)

Compatibilitate electromagnetică (EMC)
Sistemul CFX Opus Dx a fost testat și s-a dovedit a fi în conformitate cu toate cerințele aplicabile aleurmătoarelor standarde de compatibilitate electromagnetică:n

IEC 61326-1:2012 Echipamente electrice de măsurare, control și utilizare în laborator — Cerințe
EMC — Partea 1: Cerințe generale. Testat ca dispozitiv de clasă An

IEC 61326-2-6:2012 Echipamente electrice de măsurare, control și utilizare în laborator — Cerințe
EMC — Partea 2–6: Cerințe speciale – Echipamente medicale pentru diagnostic in vitro (IVD)n

EN 61326-1:2013 Echipamente electrice de măsurare, control și utilizare în laborator — Cerințe EMC— Partea 1: Cerințe generale. Testat ca dispozitiv de clasă An

EN 61326-2:-6:2013 Echipamente electrice de măsurare, control și utilizare în laborator — Cerințe
EMC — Partea 2–6: Cerințe speciale – Echipamente medicale pentru diagnostic in vitro (IVD)

20 | Software CFX Maestro Dx SE

Siguranța și conformitatea cu reglementărilen

FCC Partea 15, Subpartea B, Secțiunile 15.107 și 15.109. Testat ca dispozitiv digital de clasă An

CAN ICES-003v6: 2019 Standard pentru echipamentele care cauzează interferențe, echipamente
pentru tehnologia informației (inclusiv aparate digitale) — Limite și metode de măsurare. Testat lalimitele clasei A

Avertismente și observații EMC
nAvertisment: Schimbările sau modificările acestei unități care nu au fost aprobate în mod expres de
Bio-Rad ar putea anula autoritatea utilizatorului de a opera echipamentul.

nNotă: Acest echipament a fost testat și s-a constatat că respectă limitele unui dispozitiv digital declasa A, în conformitate cu Partea 15 din Reglementările FCC. Aceste limite sunt stabilite astfel încât
să ofere o protecție rezonabilă împotriva interferențelor prejudiciabile atunci când echipamentul este
operat într-un mediu comercial. Acest echipament generează, utilizează și poate emite energie deradiofrecvență, iar dacă nu este instalat și utilizat conform manualului de instrucțiuni, poate provoca
interferențe perturbatoare pentru comunicațiile radio. Operarea acestui echipament într-o zonărezidențială poate provoca interferențe prejudiciabile, caz în care utilizatorul va trebui să corecteze
interferențele pe propria cheltuială.

nNotă privind conformitatea FCC: Cu toate că acest instrument a fost testat și s-a constatat că
respectă limitele unui dispozitiv digital de clasa A, în conformitate cu Partea 15, Subpartea B din
Reglementările FCC, rețineți faptul că această conformitate este voluntară, deoarece instrumentul secalifică drept „dispozitiv exceptat” conform 47 CFR 15.103(c), în ceea ce privește reglementările FCC
citate în vigoare în momentul fabricării.

nNotă privind cablurile: Acest instrument a fost testat pentru conformitatea EMC utilizând cabluri
USB special concepute, care sunt furnizate împreună cu instrumentul. Aceste cabluri sau înlocuiriautorizate de Bio-Rad trebuie utilizate împreună cu acest instrument pentru a asigura conformitatea
continuă cu limitele de emisii EMC.

Ghid de utilizare | 21

Siguranța și conformitatea cu reglementările

Cerințe de mediu
Sistemul CFX Opus Dx a fost proiectat pentru a fi operat în siguranță în condițiile de mediu enumerate întabelul următor.
Tabelul 2. Cerințe de mediu pentru Sistemul PCR în timp real CFX Opus Dx

Parametru

Specificație

Mediu

Numai pentru utilizare în spații interioare

Altitudinea de funcționarePână la 2.000 de metri deasupra nivelului mării

Temperatura încăperii

15–31 °C*

Temperatura de transportare și depozitare–20° până la 60 °C**
–4 până la 140 °F

Umiditate relativă

20% până la 80% (fără condensare)***Putere de funcționare

100 până la 240 VAC ±10%, 50/60 Hz, 850 W
Max

Fluctuația tensiunii de alimentare de la rețea

±10%

Consum maxim de energie< 850 wațiSiguranțe

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, fuzibile cu acțiune
rapidă (cant. 2)

Categorie de supratensiune

II

Grad de poluare

2* Funcționarea instrumentului în afara acestui interval de temperatură poate să nu îndeplinească
specificațiile de performanță. O temperatură a camerei între 5-40 °C este considerată sigură.
**Depozitați și transportați instrumentul în containerul său de transport pentru a îndeplini aceste condiții
de temperatură.
*** Funcționarea instrumentului la 4 ⁰C ar trebui limitată la 18 ore în aceste condiții. Menținerile la 4 ⁰C
pot fi efectuate timp de până la 72 de ore dacă umiditatea este mai mică de 60% (fără condensare).

22 | Software CFX Maestro Dx SE

Pericole

Pericole
Sistemul CFX Opus Dx este conceput să funcționeze în siguranță atunci când este utilizat conformmodului prescris de producător. Dacă sistemul sau oricare dintre componentele sale asociate este utilizat
într-un mod nespecificat de producător, protecția inerentă furnizată de instrument poate fi afectată. BioRad nu poartă răspunderea pentru vătămări sau daune cauzate de utilizarea acestui echipament într-un
mod nespecificat sau de modificări ale instrumentului care nu sunt efectuate de Bio-Rad sau de un agent
autorizat. Service-ul pentru Sistemul CFX Opus Dx se va face numai de către personalul instruit pentru
sistemul Bio-Rad.

Pericole biologice
Sistemul CFX Opus Dx este produs de laborator. Dacă există, totuși, materiale periculoase din punct devedere biologic, respectați următoarele instrucțiuni și conformați-vă tuturor recomandărilor locale
specifice pentru laboratorul dvs. și locul în care vă aflați.
Notă: Nicio substanță periculoasă din punct de vedere biologic nu este eliminată în timpul
operațiunilor normale ale acestui instrument.

Măsuri de precauție generalenPurtați întotdeauna mănuși și îmbrăcăminte de laborator, precum și ochelari de protecție sau ochelaride siguranță cu apărători laterale.

nȚineți mâinile la distanță de gură, nas și ochi.

nProtejați în mod complet orice tăietură sau urmă de frecare de pe piele înainte de a lucra cu materiale
potențial infecțioase.

nSpălați-vă pe mâini foarte bine, cu apă și săpun, după ce ați lucrat cu orice materiale potențial
infecțioase, înainte de a părăsi laboratorul.

nScoateți ceasurile de mână și bijuteriile înainte de a lucra în laborator.

nDepozitați toate materialele infecțioase sau potențial infecțioase în recipiente incasabile și
impermeabile.

nÎnainte de a părăsi laboratorul, scoateți îmbrăcămintea de protecție.

n

Nu folosiți mănuși pentru a scrie, a răspunde la telefon, a aprinde lumina sau pentru a atinge lucruri
pe care alte persoane le pot atinge fără mănuși.

n

Schimbați mănușile frecvent. Scoateți mănușile imediat ce au fost contaminate în mod vizibil.

nNu expuneți materialele care nu pot fi decontaminate în mod corespunzător la materiale potențial
infecțioase.

Ghid de utilizare | 23

Siguranța și conformitatea cu reglementările

nDupă terminarea unei operațiuni care implică materiale periculoase din punct de vedere biologic,
decontaminați zona de lucru cu un dezinfectant corespunzător (de exemplu, înălbitor de uz casnic,
diluat în proporție de 1:10).

24 | Software CFX Maestro Dx SE

Pericole

Decontaminarea suprafețelor
AVERTISMENT! Pentru a preveni electrocutarea, opriți și deconectați de la priză
instrumentul de fiecare dată înainte de a efectua procedurile de decontaminare.

Următoarele zone pot fi curățate cu orice dezinfectant bactericid, virucid sau fungicid de uz spitalicesc:nCapacul exterior și șasiulnSuprafața interioară a blocului de probă și godeurile blocului de probă

nPanoul de control și afișajul

Pentru a pregăti și aplica dezinfectantul, consultați instrucțiunile furnizate de producătorul produsului.
Clătiți întotdeauna blocul de probă și godeurile blocului de probă de mai multe ori cu apă după aplicarea
unui dezinfectant. Uscați complet blocul de probă și godeurile blocului de probă după ce ați clătit cu apă.
Important: Nu utilizați detergenți abrazivi sau corozivi sau soluții alcaline puternice. Acești agenți pot
zgâria suprafețele și deteriora blocul de probă, rezultând în pierderea controlului termic precis.

Eliminarea materialelor periculoase din punct de vedere biologic
Eliminați următoarele materiale posibil contaminate în conformitate cu regulamentele locale, regionale șinaționale privind laboratoarele:nProbe clinicen

ReactivinRecipientele de reacție sau alte consumabile folosite care ar putea fi contaminate

Pericole chimice
Sistemul CFX Opus Dx nu conține materiale chimice potențial periculoase.

Pericole de explozie sau aprindere
Sistemul CFX Opus Dx nu prezintă pericole deosebite de aprindere sau explozie atunci când este utilizat
corect, conform specificațiilor Bio-Rad Laboratories.

Pericole electrice
Sistemul CFX Opus Dx nu prezintă pericole electrice neobișnuite pentru operatori, dacă este instalat și
utilizat corect, fără modificări fizice, și dacă este conectat la o sursă de alimentare cu specificații
adecvate.

Ghid de utilizare | 25

Siguranța și conformitatea cu reglementările

TransportÎnainte de a muta sau expedia Sistemul CFX Opus Dx, trebuie efectuate proceduri de decontaminare.
Mutați sau expediați întotdeauna sistemul într-un container separat, în materialul de ambalaj furnizat de
Bio-Rad, care protejează sistemul de deteriorare.
Pentru informații despre transportarea sistemului și pentru a solicita materialul de ambalare adecvat,
contactați biroul local Bio-Rad.

Baterie
Sistemul CFX Opus Dx utilizează o baterie litiu-metal cu baterii de 3 V pentru a menține setările de timp
în caz de întrerupere a alimentării cu curent alternativ. Dacă ora nu rămâne setată după oprirea unității,acest lucru poate fi un semnal că bateriile încep să se consume.
AVERTISMENT! Nu încercați să înlocuiți bateriile. Nu pot fi reparate de către utilizator.
În schimb, contactați serviciul de asistență tehnică Bio-Rad pentru suport.

Exclusiv pentru statul California, SUAnPerclorați — Bateriile cu litiu conțin perclorați; poate fi necesară o manipulare specială. Consultați
www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Eliminare
Sistemele Sistemul CFX Opus Dx conține materiale electrice; acestea nu trebuie eliminate ca deșeuri
nediferențiate și trebuie să fie colectate separat, în conformitate cu Directiva Uniunii Europene
2012/19/UE privind deșeurile de echipamente electrice și electronice — Directiva WEEE. Înainte deeliminare, contactați reprezentantul local Bio-Rad pentru instrucțiuni specifice țării dvs.

Garanția
Sistemul CFX Opus Dx și accesoriile sunt acoperite de o garanție standard Bio-Rad. Pentru detalii privind
garanția, contactați biroul local Bio-Rad.

26 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 1 Introducere
Sistemele de amplificare PCR de înaltă performanță ale Bio-Rad sunt caracterizate de cele mai noi
progrese tehnologice, oferind o mai mare precizie și reproductibilitate în amplificarea acidului nucleic
pentru experimentele genomice.
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate al Bio-Rad este compatibil cu următoarele instrumenteși este caracterizat de fișiere pentru rularea optimizată pentru primerul PrimePCR al Bio-Rad și testele
pentru probe.
n

CFX Sistem PCR în timp real Opus 96 Dx (cunoscut în acest ghid ca CFX Opus 96 Dx)n

CFX Sistem PCR în timp real Opus 384 Dx (cunoscut în acest ghid ca CFX Opus 384 Dx)n

CFX Sistem PCR în timp real Opus Deepwell Dx (cunoscut în acest ghid ca CFX Opus Deepwell Dx)

Ghid de utilizare | 27

Capitolul 1 Introducere

Utilizând Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate (cunoscut în acest ghid sub denumirea de
CFX Maestro Dx SE), puteți interpreta date complexe și crea studii eficiente pentru analiza genetică. Prindoar câteva clicuri, puteți configura studii și înțelege studiul expresiei genice cu ajutorul unor instrumente
precum testul t, ANOVA unidirecțională, analiza de control PrimePCR și instrumentul de selectare a genei
de referință. Apoi vă puteți pregăti rezultatele pentru publicări și postere, cu ajutorul instrumentelor
CFX Maestro Dx SE de vizualizare a datelor și de adnotare, care pot fi particularizate în extrem de multe
aspecte.
Notă: Afișajul unor ecrane în CFX Maestro poate apărea diferit de cele reprezentate în acest ghid deutilizare. Afișajul din software este corect, iar funcționalitatea este aceeași.
Important: Securitatea cibernetică reprezintă protecția resurselor din spațiul cibernetic împotriva
atacurilor cibernetice. Securitatea cibernetică reprezintă capacitatea Bio-Rad de a-și proteja
oamenii, informațiile, sistemele și reputația în spațiul cibernetic. Spațiul cibernetic este lumea
interconectată tehnologic și mereu activă; este format din oameni, organizații, informații șitehnologie.
Reacția rapidă este importantă în cazul problemelor de securitate cibernetică! Dacă suspectați că arputea exista o problemă de securitate cibernetică în ceea ce privește instrumentul dvs. sau că securitatea
cibernetică a fost încălcată la locația dvs., contactați imediat reprezentantulBio-Rad pentru asistență
tehnică.

28 | Software CFX Maestro Dx SE

Caracteristici principale ale software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Caracteristici principale ale software-ului Software-ul CFX Dx
Maestro, ediția de securitate
Utilizând CFX Maestro Dx SE, puteți face următoarele:nAnaliza datele folosind sau corelograme pentru a interpreta și înțelege rapid rezultatele dvs.

n

Personaliza reprezentările datelor și exporta grafice de înaltă rezoluție, pentru publicare și generare
de rapoarte.

n

Determina calitatea ARN-ului și depana experimente cu controale de analiză PrimePCR.

n

Selecta gena de referință adecvată și analiza stabilitatea acesteia, cu ajutorul instrumentului deselectare a genei de referință.

n

Efectua analize statistice, inclusiv ANOVA unidirecțională, în analiza expresiei genice.

Acest ghid de utilizare explică aceste funcții și cum pot fi folosite ele.

Aflați mai multeDupă instalarea CFX Maestro Dx SE și configurarea instrumentului PCR asociat Bio-Rad, puteți accesa
acest ghid, precum și subiectele detaliate de ajutor CFX Maestro Dx SE din meniul Help (Ajutor) din orice
vizualizare.
Sfat: Faceți clic pe logoul Bio-Rad din colțul din dreapta sus al oricărei ferestre CFX Maestro Dx SE
pentru a accesa site-ul web al Bio-Rad. Acest site include linkuri către note tehnice, manuale,
videoclipuri, informații despre produse și suport tehnic. De asemenea, acest site pune la dispoziție
numeroase resurse tehnice despre o mare varietate de metode și aplicații legate de PCR, PCR în
timp real și expresia genică.

Ghid de utilizare | 29

Capitolul 1 Introducere

30 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 2 Instalarea software-ului Software-ul
CFX Dx Maestro, ediția de securitate
Acest capitol explică modul de instalare a software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate.
Pentru informații privind configurarea instrumentelor PCR în timp real acceptate de Bio-Rad, consultați
ghidul corespunzător.
CFX Maestro Dx SE este necesar pentru a analiza datele PCR în timp real din sistemele CFX Opus 96
Dx, CFX Opus 384 Dx și sistemul PCR în timp real CFX Opus Deepwell Dx. De asemenea, puteți utiliza
acest software pentru a controla aceste sisteme în modul controlat prin software.
Sistemele CFX Opus Dx sunt expediate cu un cablu USB în geanta pentru accesorii. Utilizați cablul USB
pentru a conecta computerul care rulează CFX Maestro Dx SE la Sistemul CFX Opus Dx.
Îndepărtați materialele de ambalare și depozitați-le pentru utilizarea viitoare. Dacă un element lipsește
sau este deteriorat, contactați reprezentantul Bio-Rad local.

Ghid de utilizare | 31

Capitolul 2 Instalarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Cerințe de sistem
Tabelul 3 indică cerințele de sistem minime și recomandate pentru computerul pe care rulează
CFX Maestro Dx SE.
Tabelul 3. Cerințele pentru computer pentru CFX Maestro Dx SE

SistemMinimeRecomandate

Sistem deMicrosoft Windows 10 (numai pe

Microsoft Windows 10 (numai pe 64 de biți),operare64 de biți), creat 1511 sau

creat 1511 sau ulterior, cu cele mai recente

ulterior, cu cele mai recente

actualizări de securitate

actualizări de securitate
Notă: Windows 11 suportă și Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate.
Important: Secure Boot (Boot securizat) trebuie să fie dezactivat pe computerele care rulează
CFX Maestro Dx SE . Calculatoare care rulează CFX Maestro Dx SE ar trebui să fie configurate astfelîncât să nu repornească automat după o actualizare de sistem sau de securitate dacă este îndesfășurare. Consultați administratorul de sistem pentru asistență.
Porturi

2 porturi USB 2.0 de mare viteză

2 porturi USB 2.0 de mare viteză

Spațiu hard disk

128 GB

128 GB

Viteza2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

4 GB RAM

8 GB RAM

Rezoluția

1024 x 768 cu mod de culori

1280 x 1024 cu mod de culori realiste

ecranuluirealisteprocesorului

Cititor PDF

Adobe PDF Reader sau Windows PDF Reader
de la unul dintre seturile Microsoft Officeacceptate:n 2016n 2019Localizare

SO acceptat Microsoft Windows

SO acceptat Microsoft Windows pe 64 de biți în

pe 64 de biți în engleză, chineză

engleză, chineză și rusăși rusă

Notă: Dacă intenționați să rulați software-ul CFX Automation Control pe același computer cu
CFX Maestro Dx SE, setați rezoluția ecranului la 1280 x 1024 cu mod de culori realiste.

32 | Software CFX Maestro Dx SE

Instalarea software-ului CFX Maestro Dx SE

Instalarea software-ului CFX Maestro Dx SE
Important: Trebuie să deconectați orice instrumente conectate de la computerul CFX Maestro Dx
SE înainte de a instala software-ul sau de a efectua o actualizare a acestuia. Nu trebuie să opriți
instrumentul în timpul instalării software-ului. Asigurați-vă că ați salvat toate rulările și că nu este îndesfășurare niciun experiment.
Notă: Verificați dacă Secure Boot (Boot securizat) este dezactivat înainte de a începe procedura deinstalare. Asigurați-vă că computerul este configurat astfel încât să nu repornească automat după oactualizare de sistem sau de securitate dacă aceasta este în desfășurare. Consultați administratorulde sistem pentru asistență.

Pentru a instala software-ul CFX Maestro Dx SE
1.

Dacă este necesar, deconectați orice instrumente conectate de la computer.
Localizați și deconectați cablul USB al instrumentului de la computerul CFX Maestro Dx SE. Capătul
introdus în Sistemul CFX Opus Dx poate rămâne conectat.

2.

Autentificați-vă pe computerul CFX Maestro Dx SE cu drepturi de administrator.

3.

Introduceți unitatea USB cu software-ul CFX Maestro Dx SE în portul USB al computerului.

4.

În Windows Explorer, navigați la și deschideți unitatea USB cu software-ul CFX Maestro Dx SE.
Unitatea USB conține Release Notes (Note privind versiunea) și următoarele foldere:
n

CFX

n

Drivers (Drivere)nFirmwaren

Quick Start (Pornire rapidă)Împreună cu alte fișiere, folderul CFX conține CFX Maestro Dx SE programul de instalare
software (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Deschideți folderul CFX și faceți dublu clic pe CFXMaestroDxSetup.exe pentru a porni programul deinstalare.

6.

Urmați instrucțiunile de instalare de pe ecran.
După finalizare, pictograma Bio-Rad Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate apare pe
desktopul computerului.
Sfat: Programul de instalare CFX Maestro instalează automat ghidul utilizatorului pentru
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate. Pentru a găsi aceste ghiduri, navigați lameniul Help (Ajutor) și selectați Open User Guides (Deschideți ghidurile utilizatorului).

Ghid de utilizare | 33

Capitolul 2 Instalarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate7.

După ce se finalizează instalarea, puteți scoate în siguranță unitatea USB cu software-ul.

34 | Software CFX Maestro Dx SE

Instalarea software-ului CFX Maestro Dx SE

Detectarea instrumentelor conectate
În timpul instalării, programul de instalare CFX Maestro Dx SE instalează automat driverele
instrumentului pe computerul CFX Maestro Dx SE . CFX Maestro Dx SE detectează instrumentele
conectate atunci când porniți software-ul.

Pentru a detecta instrumentele conectate1.

Dacă nu ați făcut încă acest lucru, introduceți capătul pătrat (tată) al cablului USB de tip B furnizat în
portul USB de tip B situat în partea din spate a bazei instrumentului.

2.

Introduceți celălalt capăt (port) într-un port USB de pe computerul CFX Maestro Dx SE.

3.

Dacă instrumentul nu este deja în funcțiune, apăsați întrerupătorul de pe partea din spate a
instrumentului pentru a-l porni.

4.

Porniți CFX Maestro Dx SE.

Software-ul detectează automat instrumentul conectat și afișează denumirea lui în panoul Detected
Instruments (Instrumente detectate) din fereastra Home (Pagină de pornire).
Notă: Dacă instrumentul nu apare în panoul Detected Instruments (Instrumente detectate), asigurațivă că este instalat corect cablul USB. Pentru a reinstala driverele, din fereastra Home (Pagină depornire) a CFX Maestro Dx SE, selectați Tools (Instrumente) > Reinstall Instrument Drivers(Reinstalare drivere instrumente).

Ghid de utilizare | 35

Capitolul 2 Instalarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitateFișierele software-uluiTabelul 4 listează tipurile de fișiere ale sistemului CFX Maestro Dx SE.
Tabelul 4. Tipuri de fișiere ale sistemului CFX Maestro Dx SE

Tipul de fișier

Extensie

Detalii

Protocol.prcl

Conține detaliile configurării protocolului pentru efectuarea
unei rulări PCR.

Placă

.pltd

Conține detaliile configurării plăcii pentru efectuarea uneirulări PCR.

Data (Date).pcrdConține rezultatele unei rulări de experiment și unei analize
PCR.

Rulare PrimePCR.csv

Conține structura protocolului și plăcii pentru plăcile
PrimePCR.

Studiu genic.mgxdConține rezultatele mai multor rulări PCR și analizele
expresiei genice.

Fișier pre-date de sine

.zpcrstătător
LIMSConține citiri ale fluorescenței din operarea de sinestătătoare, care sunt convertite într-un fișier de date.

.plrnConține informații de configurație a plăcii și informații
despre protocol necesare pentru efectuarea unei rulări
compatibile LIMS.

JSON

.json

Fișier disponibil doar în modul citire generat numai desistemele CFX Opus Dx, acest fișier conține datele desprefișierul de rulare care apar în panoul de detalii din FileBrowser (Browser fișiere) atunci când este selectat un fișier
de rulare. Acest fișier este generat după finalizarea uneirulări. Acesta este exportat împreună cu fișierul .zpcr șisalvat împreună cu fișierele de date când Save Location(Locație salvare) este fie o unitate USB, fie un folder derețea partajată.

36 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 3 Gestionarea conturilor de utilizator
pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția desecuritate
În Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate, utilizatorii se autentifică cu numele de utilizator șiparola Windows. Persoanei care a instalat CFX Maestro Dx SE i se atribuie automat rolul deAdministrator și poate crea și gestiona conturi și roluri de utilizator. Tuturor celorlalți utilizatori trebuie să li
se atribuie un cont de utilizator pentru a se autentifica și a utiliza software-ul.
Important: Fiecare utilizator trebuie să aibă un cont Windows și o parolă pe computerul
CFX Maestro Dx SE înainte de a i se putea atribui un cont de utilizator și un rol. Utilizatorii pot fi
membri ai grupului Windows Users sau al grupului Windows Administrators. Membrii grupului
Windows Users pot accesa doar propriile lor fișiere și foldere CFX Maestro Dx SE. Membrii grupului
Windows Administrators pot accesa fișierele și folderele tuturor utilizatorilor de pe computer.
Această capitolului explică modul de creare a utilizatorilor Microsoft Windows pentru a adăuga acei
utilizatori la CFX Maestro Dx SE. Această secțiune explică, de asemenea, cum să adăugați utilizatorii
CFX Maestro Dx SE și modul de gestionare a rolurilor și permisiunilor utilizatorilor.

Ghid de utilizare | 37

Capitolul 3 Gestionarea conturilor de utilizator pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Pornirea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția desecuritate
Notă: Fiecare utilizator trebuie să se conecteze cu numele de utilizator și parola Windows.

Pentru a porni CFX Maestro Dx SE
1.

Pe computerul CFX Maestro Dx SE, faceți dublu clic pe pictograma de comandă rapidă CFX Maestro
Dx SE pentru a porni aplicația.

2.

În caseta de dialog Login (Autentificare), tastați parola Windows și faceți clic pe OK.

CFX Maestro Dx SE se deschide la fereastra Acasă. Bara de titlu afișează numele de utilizator
Windows al utilizatorului conectat, iar bara de meniu afișează o etichetă albastră care indică faptul căsoftware-ul este compatibil cu 21 CFR Partea 11, de exemplu:

38 | Software CFX Maestro Dx SE

Pornirea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Ghid de utilizare | 39

Capitolul 3 Gestionarea conturilor de utilizator pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitateAdăugarea utilizatorilor Microsoft Windows la calculatorul
pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitateToți utilizatorii trebuie să se conecteze la calculatorul CFX Maestro Dx SE cu numele de utilizator și parolade autentificare în Windows. Pentru urmărirea corectă a auditului, conturile de utilizator Windows nu pot fiadăugate prin intermediul casetei de dialog Start> Settings (Setări)> Accounts (Conturi). Conturile deutilizator Windows trebuie adăugate prin intermediul consolei Computer Management.
Important: Modificări aduse proprietăților utilizatorului Windows (inclusiv numele de utilizator și
numele complet) după ce ați creat utilizatorul asociat CFX Maestro Dx SE invalidează utilizatorul
CFX Maestro Dx SE. Asigurați-vă că informațiile sunt corecte înainte de a salva utilizatorul Windows
și de a crea utilizatorul asociat CFX Maestro Dx SE.
Sfat: Înainte de a crea conturi Windows, consultați documentația de administrare Microsoft Windows
și consultați administratorul de sistem Windows pentru mai multe informații.

Pentru a adăuga conturi de utilizator Windows la calculatorul pentru CFX Maestro Dx SE
1.

Autentificați-vă pe calculatorul pentru CFX Maestro Dx SE ca membru al grupului Administrator
Windows.

2.

Pe desktop, faceți clic dreapta pe My Computer și selectați Manage (Gestionare) pentru a deschide
consola Computer Management.

3.

În consola Computer Management, deschideți pagina Local Users and Groups (Utilizatori și grupuri
locale).

4.

Faceți clic dreapta pe folderul Users (Utilizatori) și selectați New User (Utilizator nou) pentru adeschide caseta de dialog New User (Utilizator nou).

40 | Software CFX Maestro Dx SEAdăugarea utilizatorilor Microsoft Windows la calculatorul pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

5.

6.

În caseta de dialog New User (Utilizator nou), trebuie să completați următoarele câmpuri:nUser name (Nume de utilizator)n

Full name (Numele complet)nPassword (Parola)nConfirm password (Confirmă parola)Faceți clic pe Create (Creare).

Ghid de utilizare | 41

Capitolul 3 Gestionarea conturilor de utilizator pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitateAdăugarea și ștergerea utilizatorilor din Software-ul CFX Dx
Maestro, ediția de securitate
Sfat: Doar utilizatorii cu CFX Maestro Dx SE rolul de Administrator pot crea și elimina conturi deutilizator CFX Maestro Dx SE. Persoana care a instalat CFX Maestro Dx SE primește automat rolulde Administrator. Această persoană poate atribui rolul de Administrator altor utilizatori.
Notă: În CFX Maestro Dx SE, cel puțin unui utilizator trebuie să i se atribuie rolul de Administrator.

Pentru a adăuga conturi de utilizator CFX Maestro Dx SE
1.

Verificați dacă fiecare utilizator dorit este membru fie al grupului de utilizatori Windows, fie al grupului
Administratori Windows și are o parolă Windows pe calculatorul CFX Maestro Dx SE.

2.

Porniți CFX Maestro Dx SE și autentificați-vă ca Administrator.

3.

Din fereastra Home (Pagină de pornire), selectați User > User Administration (Utilizator >Administrare utilizatori).
Va apărea caseta de dialog User Administration (Administrare utilizatori).

42 | Software CFX Maestro Dx SE

Gestionarea rolurilor utilizatorilor pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate4.

În secțiunea Manage Users (Gestionare utilizatori), furnizați următoarele informații pentru fiecare
utilizator:n

User name (Nume utilizator) - în CFX Maestro Dx SE, acesta trebuie să fie numele deutilizator de autentificare pentru Windows.

nFull name (Nume complet) - numele complet al utilizatorului.
Acest nume apare în câmpul Utilizator complet din traseul de audit. Acest nume trebuie să fie
același nume introdus în câmpul Full Name (Nume complet) în momentul creării utilizatorului
Windows.

nRole (Rol) - rolul de atribuit utilizatorului.
Notă: Puteți selecta un singur rol din lista verticală. Pentru mai multe informații, consultați
Gestionarea rolurilor utilizatorilor pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitaten

Domain (Domeniu) - domeniul Windows din care utilizatorul accesează software-ul.
Consultați administratorul de sistem Windows pentru mai multe informații.

5.

Faceți clic pe OK, apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User
Administration (Administrare utilizator).

Pentru a elimina un cont de utilizator CFX Maestro Dx SE
1.

Porniți CFX Maestro Dx SE și autentificați-vă ca Administrator.

2.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați User > User Administration (Utilizator> Administrare
utilizator) pentru a deschide caseta de dialog User Administration (Administrare utilizator).

3.

În panoul Manage Users (Gestionare utilizatori), selectați Remove (Ștergere) pentru fiecare utilizatorpe care doriți să-l ștergeți.

4.

Faceți clic pe OK, apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User
Administration (Administrare utilizator).

Gestionarea rolurilor utilizatorilor pentru Software-ul CFX Dx
Maestro, ediția de securitate
Important: CFX Maestro Dx SE necesită ca cel puțin unui utilizator să i se atribuie rolul deAdministrator. Puteți atribui acest rol mai multor utilizatori.
CFX Maestro Dx SE are patru roluri de utilizator. Fiecărui utilizator trebuie să i se atribuie un rol pentru a
accesa software-ul. Deși utilizatorilor li se poate atribui un singur rol, puteți schimba oricând rolul unuiutilizator.

Ghid de utilizare | 43

Capitolul 3 Gestionarea conturilor de utilizator pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Cu excepția rolului de Administrator, puteți modifica permisiunile atribuite fiecărui rol. Toți utilizatoriicărora li s-a atribuit un rol moștenesc doar permisiunile acelui rol.
În mod implicit, permisiunile pentru fiecare rol sunt următoarele:nAdministrator — acest rol are toate permisiunile; nu puteți modifica aceste permisiuni.

nPrincipal — acest rol are toate permisiunile, cu excepția configurării e-mailului.

nOperator — acest rol are toate permisiunile, cu excepția omiterii ciclurilor și configurarea e-mailului.

nInvitat - acest rol poate doar să citească fișiere.

Când atribuiți roluri în CFX Maestro Dx SE, determinați cu atenție cerințele pentru fiecare utilizator. De
exemplu, fără permisiunea de a salva, utilizatorii atribuiți rolul de Invitat nu vor putea semna un fișier. Fărăpermisiunea de a configura un cont de e-mail, niciunul dintre roluri nu va primi un e-mail la finalizarea uneirulări.

Pentru a modifica permisiunile pentru un rol
1.

Porniți CFX Maestro Dx SE și autentificați-vă ca Administrator.

2.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați User > User Administration (Utilizator> Administrare
utilizator) pentru a deschide caseta de dialog User Administration (Administrare utilizator).

3.

În secțiunea Manage Rights (Gestionare drepturi), pentru fiecare rol debifați sau bifați caseta deselectare a permisiunilor specifice, după caz.

4.

Faceți clic pe OK, apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User
Administration (Administrare utilizator).

Vizualizarea rolului și permisiunilor dvs.
Sfat: Utilizatorilor cărora li s-au atribuit roluri de utilizator Principal, Operator sau Guest (Invitat) își
pot vizualiza doar setările, permisiunile și rolurile lor de utilizator. Utilizatorii cărora li se atribuie rolulde Administrator pot vizualiza toate permisiunile și rolurile utilizatorilor.

Pentru a vă vizualiza rolul de utilizator și permisiunile curenteu

Din fereastra Home (Pagină de pornire), selectați User > User Administration (Utilizator >Administrare utilizatori).

Contactați-vă administratorul CFX Maestro Dx SE pentru a modifica setările, drepturile și rolurile deutilizator listate în fereastra User Administration (Administrare utilizatori).

44 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul
CFX Dx Maestro, ediția de securitate
Important: Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate folosiți autentificarea utilizatorului
Microsoft Windows pentru a verifica accesul la fișierele de date CFX securizate. Contactați
administratorul Windows pentru a crea un mediu care respectă cerințele 21 CFR Partea 11.
Folosind CFX Maestro Dx SE, utilizatorii potn

Semna fișiere de date și studii genice.

nProteja prin parolă fișierele de datenVizualiza și imprima trasee de audit.

Această secțiune explică în detaliu aceste funcții.

Fișiere securizateÎn mod implicit, CFX Maestro Dx SE salvează fișierele securizate în folderul personal al utilizatorului
conectat, care se află la adresa
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCRPuteți salva și edita fișierele .pcrd în acel folder. Acest folder conține linkuri către alte foldere (de exemplu,
Folder Fișiere Probe) care conțin fișiere care sunt doar în citire. Cu toate acestea, un administrator poateșterge conținutul acelui folder.
Sfat: Alternativ, administratorul de sistem Windows poate crea un folder partajat iar administratorul
CFX Maestro Dx SE poate programa software-ul pentru a salva toate fișierele în acel folder.
În CFX Maestro Dx SE fișierele pentru placă, protocol, date și studiu genice sunt marcate ca fiind sigure
atunci când sunt salvate. Puteți crea aceste fișiere în software-ul CFX Maestro sau în CFX Maestro Dx
SE. După salvarea lor în CFX Maestro Dx SE, puteți deschide aceste fișiere numai în CFX Maestro Dx
SE.
CFX Maestro Dx SE creează un traseu de audit pentru toate fișierele securizate de date și studii genice(fișierele .pcrd și respectiv .mgxd). Software-ul înregistrează toată activitatea verificabilă în traseul deaudit al fișierului. Pentru mai multe informații, consultați Trasee de audit de la pagina 309.

Ghid de utilizare | 45

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Semnarea fișierelor securizateDupă salvarea unui fișier în CFX Maestro Dx SE, utilizatorii pot adăuga o semnătură electronică. Pentru a
semna un fișier, rolul utilizatorului trebuie să aibă permisiunea de a salva un fișier. De exemplu, în mod
implicit rolul Guest (Invitat) nu are permisiunea de a salva un fișier și, prin urmare, utilizatorii care au
atribuit acest rol nu pot semna un fișier.
În CFX Maestro Dx SE, fișierele semnate nu sunt setate doar pentru citire. Ele pot fi revizuite, modificate
și semnate de mai multe ori. Toate modificările și semnăturile sunt înregistrate în traseul de audit alfișierului. Puteți semna următoarele tipuri de fișiere:nFișiere de date (.pcrd)nFișiere de studiu genic (.mgxd)

Notă: Fișierele trebuie salvate înainte de a putea fi semnate. Dacă ați efectuat recent o rulare în
CFX Maestro Dx SE, salvați mai întâi fișierul de date rezultat.

Pentru a semna un fișier
1.

Autentificați-vă la CFX Maestro Dx SE cu datele de conectare Windows.

2.

Deschideți fișierul securizat de date sau fișierul de studiu genic pentru a semna.

3.

Selectați File (Fișier)> Sign (Semnare). Apare caseta de dialog Electronic Signature (Semnătură
electronică).

46 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Introduceți numele dvs. de utilizator și parola Windows și motivul semnării fișierului.
Numele de utilizator și motivul semnării sunt înregistrate în traseul de audit (pentru mai multe
informații, consultați Trasee de audit de la pagina 309 ).

5.

Faceți clic pe OK pentru a transmite semnătura și a închide caseta de dialog.

Modificarea fișierelor securizate
În CFX Maestro Dx SE, utilizatorii pot modifica fișierele securizate, inclusiv fișierele de date semnate și
nesemnate și studiile genice. Software-ul vă solicită să furnizați un motiv pentru modificare atunci cândsalvați un fișier de date securizate sau un fișier de studiu genic modificat. Modificările sunt urmărite în
traseul de audit al fișierului.
Sfat: Deoarece software-ul nu creează trasee de audit pentru fișierele pentru plăci sau protocol, nu vi
se solicită să furnizați un motiv atunci când salvați modificările acestor fișiere.

Pentru a salva un fișier de date sau studiu genic modificat
1.

Autentificați-vă la CFX Maestro Dx SE cu datele de conectare Windows.

2.

Deschideți și modificați un fișier de date securizat sau un fișier de studiu genic.
Sfat: Pentru o listă de activități verificabile, consultați Evenimente verificabile de la pagina 311.

Ghid de utilizare | 47

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

3.

Selectați File (Fișier)> Save (Salvare). Pe ecran este afișată caseta de dialog Audit Trail Change
Motive (Motiv pentru modificarea traseului auditului).

Această casetă de dialog afișează următoarele informații, care sunt memorate în antetul traseului
auditului fișierului pentru fiecare eveniment de modificare:nDate (Data) - data la care s-a produs modificarea.

n

User (Utilizator) - domeniul Windows și numele de utilizator al utilizatorului conectat.

nComment (Comentariu) - ultimul comentariu salvat.

nSignature (Semnătură) - semnătura electronică a ultimei persoane care a semnat fișierul.

nSignature reason (Motivul semnăturii) - motivul semnăturii.

nApplication (Aplicație) -CFX Maestro Dx SE (apare ca BioRadCFXManager.exe, ceea ce este
corect).

nApplication version (Versiunea aplicației) - versiunea curentă a CFX Maestro Dx SE.

nFull user (Utilizator complet) - numele complet al utilizatorului conectat.
Notă: Acest nume apare în traseul auditului.

nMachine (Mașină) - computerul pe care este instalat.

48 | Software CFX Maestro Dx SE

Tabelul de modificări afișează modificările care pot fi verificate ca urmare a modificării. S-ar putea săapară și o scurtă descriere a motivului modificării.
Sfat: Puteți adăuga sau edita descrieri în coloana Reason for Change (Motivul modificării).
4.

Examinați lista modificărilor. Furnizați motive detaliate, dacă este necesar.

5.

Urmați una dintre procedurile următoare:nFaceți clic pe Save Changes (Salvați modificările) pentru a salva modificările la fișier, precum și
orice modificări pe care le-ați făcut în tabel și pentru a închide caseta de dialog.
Modificările aduse fișierului și motivele modificărilor apar în traseul auditului fișierului.

nFaceți clic pe Cancel Changes (Anulare modificări) pentru a readuce fișierul la starea saanterioară și a închide caseta de dialog.
Modificările nu sunt salvate în fișier și traseul auditului nu este actualizat.

Ghid de utilizare | 49

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Protejarea prin parolă a fișierelor
Ca un nivel suplimentar de securitate, CFX Maestro Dx SE permite utilizatorilor să configureze parole
pentru toate fișierele securizate. Când configurați o parolă pentru un fișier securizat, luați în considerareurmătoarele condiții:Condiție

AcțiuneNu este necesară nicio parolă.

Toți utilizatorii pot deschide, modifica și salva fișierul
securizat, pe baza permisiunii acestora.

Fișierul necesită parolă deToți utilizatorii pot deschide fișierul securizat, iarsalvare.

utilizatorii care cunosc parola de salvare pot modifica șisalva fișierul securizat.

Fișierul necesită parola deNumai utilizatorii care cunosc parola de deschidere pot

deschidere.

deschide, modifica și salva fișierul securizat.

Fișierul necesită atât parolele deUnii utilizatori pot deschide fișierul securizat, iar un

deschidere, cât și de salvare.

subgrup din acei utilizatori poate modifica și salvafișierul.

În funcție de rolul utilizatorului, orice utilizator poate efectua acțiunea Save as (Salvare ca) pentru a crea
un nou fișier securizat cu alt nume sau să salveze un fișier cu același nume într-o altă locație, atâta timp
cât una dintre următoarele este adevărată:nFișierul securizat nu este protejat prin parolă.

n

Utilizatorul are parola pentru a deschide fișierul.

Sfat: Noul fișier este salvat fără protecție prin parolă. Fișierul original își păstrează parolele.
În funcție de rol, un utilizator poate modifica și salva fișierul original, atâta timp cât una dintre următoarele
este adevărată:nFișierul nu este protejat prin parolă.

n

Utilizatorul are parola pentru a deschide și parola pentru a salva fișierul.

Notă: Rolul utilizatorului trebuie să includă dreptul de a salva fișiere pentru a configura parole. De
exemplu, utilizatorii cu rolul Guest (Invitat) nu pot salva fișiere și, prin urmare, nu pot configura parole
pentru un fișier.
Important: Numai Administratorii CFX Maestro Dx SE pot reseta sau elimina parolele.

50 | Software CFX Maestro Dx SE

Pentru a proteja un fișier cu parolă
1.

Autentificați-vă la CFX Maestro Dx SE cu datele de conectare Windows.

2.

Deschideți fișierul securizat.

3.

Selectați File (Fișier)> File passwords (Parole fișier). Pe ecran este afișată caseta de dialog Filepasswords (Parole fișier).

4.

Introduceți parolele în casetele Save Password (Parolă salvare) și Open Password (Parolă
deschidere).
Sfat: În mod implicit, în timpul introducerii parolelor, acestea apar scrise cu caractere asterisc.
Selectați Show Password (Afișare parolă) pentru a afișa parola pe măsură ce o introduceți.
Important: Parolele sunt sensibile la litere mari și mici. CFX Maestro Dx SE nu prevede limitări
pentru parole. Pentru cele mai bune practici, consultați administratorul de sistem pentru cerințele
de parolă din unitatea dvs.

5.

Faceți clic pe Set Passwords (Setare parole) pentru a seta parolele și pentru a închide caseta dedialog.

6.

Alegeți File (Fișier)> Save (Salvare) pentru a salva modificările la fișier.

Ghid de utilizare | 51

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Pentru a elimina parolele
Important: Pentru a elimina parolele, trebuie să fiți administrator CFX Maestro Dx SE.
1.

În caseta de dialog Password Required (Parolă necesară), faceți clic pe Remove Passwords(Eliminare parole).

Apare caseta de dialog Login (Autentificare) CFX Maestro Dx SE.

2.

Furnizați numele de utilizator și parola Windows pentru administratorul CFX Maestro Dx SE și faceți
clic pe OK.
Apare fișierul de date original.
Important: Trebuie să salvați fișierul pentru a elimina parolele.

3.

Alegeți File (Fișier)> Save (Salvare) pentru a salva modificările la fișier.

52 | Software CFX Maestro Dx SE

Pentru a schimba parolele
Important: Numai administratorii CFX Maestro Dx SE pot schimba parolele.
1.

Deschideți fișierul securizat.

2.

Selectați File (Fișier)> File passwords (Parole fișier). Pe ecran este afișată caseta de dialog Filepasswords (Parole fișier).

Sfat: Save Password (Parolă salvare), Open Password (Parolă deschidere) și Show Password(Parolă afișare) sunt dezactivate.
3.

Faceți clic pe Reset Passwords (Resetare parole).
Apare caseta de dialog Login (Autentificare) CFX Maestro Dx SE.

Ghid de utilizare | 53

Capitolul 4 Utilizarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

4.

Furnizați numele de utilizator și parola Windows pentru administratorul CFX Maestro Dx SE și faceți
clic pe OK.
Pe ecran este afișată caseta de dialog File passwords (Parole fișier).

5.

6.

Urmați una dintre procedurile următoare:nPentru a reseta protejarea prin parolă, tastați o parolă nouă în caseta de parolă
corespunzătoare.

nPentru a elimina protejarea prin parolă, debifați casetele pentru parole.

Faceți clic pe Set Passwords (Setare parole) pentru a salva modificările parolei și a ieși din caseta dedialog.

54 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 5 Spațiul de lucru
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate oferă o interfață pentru configurația plăcilor, dezvoltarea
protocoalelor PCR, rularea acestora în instrumentele CFX Opus Dx Deepwell Dx, și analizarea datelor
din rulările PCR.
CFX Maestro Dx SE prezintă cinci spații de lucru principale:n

Fereastra Home (Pagină de pornire)nStartup Wizard (Expert pornire)n

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)nFereastra Plate Editor (Editor placă)n

Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fiecare spațiu de lucru este prezentat și descris pe scurt în acest capitol.

Ghid de utilizare | 55

Capitolul 5 Spațiul de lucru

Fereastra Home (Pagină de pornire)
CFX Maestro Dx SE deschide fereastra Home (Pagină de pornire) și afișează Startup Wizard (Expert
pornire), din care puteți configura un experiment, realiza sau repeta o rulare sau analiza o rulare
existentă. Din fereastra Home (Pagină de pornire) puteți, de asemenea, vizualiza jurnalele aplicației și
instrumentului, crea și gestiona utilizatori și accesa multiple instrumente utile. Pentru mai multe informații,consultați Capitolul 6, Fereastra Home (Pagină de pornire).

56 | Software CFX Maestro Dx SE

Startup Wizard (Expert pornire)Startup Wizard (Expert pornire)
Folosiți Startup Wizard (Expert pornire) pentru a configura și rula rapid experimente definite de utilizator
sau pentru a selecta și rula rapid un experiment PrimePCR. Puteți folosi acest expert și pentru a repeta orulare sau analiza datele rulării.

Ghid de utilizare | 57

Capitolul 5 Spațiul de lucru

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)
În Protocol Editor (Editor Protocol) puteți crea, deschide, revizui și edita un protocol. De asemenea, puteți
modifica temperatura capacului pentru protocolul deschis. Funcționalitatea Editorului de protocol este
detaliată în Capitolul 7, Crearea de protocoale.

58 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Plate Editor (Editor placă)Fereastra Plate Editor (Editor placă)În Plate Editor (Editor placă) puteți crea, deschide, revizui și edita o placă. Funcționalitatea Editorului deplăci este detaliată în Capitolul 8, Pregătirea plăcilor.

Ghid de utilizare | 59

Capitolul 5 Spațiul de lucru

Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)În fereastra Data Analysis (Analiza datelor) puteți vizualiza și compara date de rulare, efectua analize
statistice, exporta date și crea rapoarte pregătite pentru publicare. Funcționalitatea Data Analysis(Analiza datelor) este detaliată în Capitolul 10, Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza
datelor) și în Capitolul 11, Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor).

60 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate oferă o interfață pentru dezvoltarea protocoalelor PCR,
rularea acestora pe instrumentele sistemelor CFXDx și analizarea datelor de rulare PCR.
Acest capitol prezintă CFX Maestro Dx SE și explică funcțiile accesibile din fereastra Home (Pagină depornire).

Ghid de utilizare | 61

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

Fereastra Home (Pagină de pornire)
CFX Maestro Dx SE deschide fereastra Home (Pagină de pornire) și afișează Startup Wizard (Expert
pornire), din care puteți configura o rulare, efectua sau repeta o rulare sau analiza o rulare existentă. Din
fereastra Home (Pagină de pornire) puteți, de asemenea, vizualiza jurnalele aplicației și instrumentului,crea și gestiona utilizatori și accesa multiple instrumente utile.

LEGENDĂ
1.

Bara de titlu a software-ului afișează numele software-ului și utilizatorul conectat.

2.

Bara de meniu oferă acces rapid la comenzile meniurilor File (Fișier), View (Vizualizare), Users(Utilizatori), Run (Rulare), Tools (Instrumente), Window (Fereastră) și Help (Ajutor).

3.

Comenzile barei de instrumente oferă acces rapid la opțiunile meniului.

4.

Panoul din stânga afișează instrumentele conectate la computerul CFX Maestro Dx SE și
furnizează butoanele prin care puteți opera capacul și vizualiza starea instrumentelor.

5.

Panoul principal afișează fereastra de lucru. Fereastra de lucru implicită de pe ecranul Home
(Pagină de pornire) este Startup Wizard (Expert pornire).

62 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Home (Pagină de pornire)

6.

Bara de stare afișează numele instrumentelor conectate și utilizatorul conectat.

Comenzile meniului File (Fișier)New (Nou) – deschide o casetă de dialog pe care o puteți folosi pentru a crea un protocol nou, o placă nouăsau un studiu genic nou.
Open (Deschidere) – deschide o casetă de dialog din care puteți alege să navigați la și să deschideți unprotocol, o placă, un fișier de date, un studiu genic, un fișier LIMS existente, să rulați dintr-un instrument
de sine stătător (rulare de sine stătătoare) sau un fișier de rulare PrimePCR.
Recent Data Files (Fișiere de date recente) – afișează o listă a fișierelor PCR deschise recent.
Repeat a Run (Repetare rulare) – deschide Windows Explorer în locul în care sunt salvate fișierele
PCR, unde puteți localiza o rulare de repetat.
Exit (Ieșire) – închide CFX Maestro Dx SE.

Comenzile meniului View (Vizualizare)
Application Log (Jurnalul aplicației) – afișează un jurnal de utilizare a software-ului de la instalareainițială și până în ziua actuală.
Run Reports (Rapoarte rulare) – afișează o listă de rapoarte de rulare.
Startup Wizard (Expert pornire) – afișează Startup Wizard (Expert pornire) în panoul principal.
Run Setup (Configurare rulare) – afișează fereastra Run Setup (Configurare rulare) în panoul principal.
Instrument Summary (Rezumat instrument) – afișează fereastra Instrument Summary (Rezumat
instrument) în panoul principal.
Detected Instruments (Instrumente detectate) – comută între afișarea și neafișarea instrumentelor
conectate în panoul stâng. Implicit, software-ul afișează instrumentele conectate în panoul din stânga.
Toolbar (Bară de instrumente) – comută între afișarea și neafișarea barei de instrumente în partea desus a ecranului. Implicit, software-ul afișează bara de instrumente.
Status Bar (Bară de stare) – comută între afișarea și neafișarea barei de stare în partea de jos aecranului. Implicit, software-ul afișează bara de stare.
Show (Afișare) – deschide o casetă de dialog din care puteți
nVizualiza sau bloca jurnalul Status (Stare).

nDeschide și vizualiza folderul de date CFX Maestro Dx SE.

nDeschide și vizualiza folderul de date al utilizatorului.

Ghid de utilizare | 63

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)nDeschide și vizualiza folderul de fișiere LIMS.

nDeschide și vizualiza folderul PrimePCR.

n

Vizualiza istoricul rulărilor.

nVizualiza proprietățile tuturor instrumentelor conectate.

Comenzile meniului User (Utilizator)
Select User (Selectare utilizator) – deschide ecranul Login (Autentificare) în care puteți selecta unutilizator din lista verticală User Name (Nume utilizator) și vă puteți autentifica în aplicație.
Change Password (Schimbare parolă) – deschide caseta de dialog Change Password (Schimbare
parolă), în care utilizatorii își pot schimba parola pentru .
Notă: Această opțiune este dezactivată pentru CFX Maestro Dx SE . Utilizatorii trebuie să-și
schimbe parola Windows pentru a le schimba parola CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Preferințe utilizator) – deschide caseta de dialog User Preferences (Preferințe
utilizator), în care utilizatorii pot schimba setările implicite pentrunTrimiterea și primirea notificării prin e-mail la finalizarea rulării

n

Salvarea fișierelor de datenCrearea de protocoale prin Protocol Editor (Editor protocol) sau Protocol AutoWriter (Utilitar descriere automată protocol)nCrearea de plăci

nAnalizarea datelornRealizarea analizei expresiei genicen

Determinarea calității datelornExportarea datelor instrumentului CFX

User Administration (Administrare utilizatori) – deschide caseta de dialog User Administration(Administrare utilizatori), în care administratorii pot crea utilizatori, modifica permisiunile rolurilor și atribui
roluri utilizatorilor.
Bio-Rad Service Login (Autentificare serviciu) – pentru utilizarea exclusivă de către personalul deasistență tehnică Bio-Rad. Nu selectați această comandă.

64 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Home (Pagină de pornire)

Comenzile meniului Run (Rulare)
User-defined Run (Rulare definită de utilizator) – deschide fereastra Run Setup (Configurare rulare),în care puteți configura un protocol și o placă definite de utilizator, apoi puteți rula un experiment PCR pe
instrumentele selectate.
PrimePCR Run (Rulare PrimePCR) – deschide fila Start Run (Începere rulare) în fereastra Run Setup(Configurare rulare) cu protocolul PrimePCR și structura de placă implicite încărcate în funcție deinstrumentul selectat.
End-Point Only Run (Rulare numai punct final) – deschide fila Start Run (Începere rulare) în fereastra
Run Setup (Configurare rulare) cu protocolul de punct final și structura de placă implicite încărcate înfuncție de instrumentul selectat.
Qualification Run (Rulare de calificare) – deschide fila Start Run (Începere rulare) în fereastra Run
Setup (Configurare rulare) cu protocolul de calificare Bio-Rad și structura de placă implicite încărcate
pentru instrumentul selectat.

Comenzile meniului Tools (Instrumente)
Master Mix Calculator (Calculator Amestec principal) – deschide Master Mix Calculator (Calculator
Amestec principal), în care puteți crea un amestec de reacție și imprima calculele.
Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol) – deschide caseta de dialog Protocol
AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol), în care puteți crea cu ușurință un protocol nou.
Ta Calculator (Calculator Ta) – deschide calculatorul Ta, în care puteți calcula cu ușurință temperatura deatașare a primerilor.
Dye Calibration Wizard (Expert calibrare coloranți) – deschide expertul Dye Calibration (Calibrarecoloranți), în care puteți calibra un instrument pentru un nou fluorofor.
Reinstall Instrument Drivers (Reinstalare drivere instrument) – reinstalează driverele care
controlează comunicarea cu sistemele PCR în timp real ale Bio-Rad.
Zip Data and Log Files (Fișiere ZIP jurnal și de date) – deschide o casetă de dialog în care puteți
selecta fișiere pentru a le condensa și salva într-un fișier ZIP comprimat pentru stocare sau trimitere prine-mail.
Batch Analysis (Analiza loturilor) – deschide caseta de dialog Batch Analysis (Analiza loturilor), în careputeți seta parametrii pentru analizarea mai multor fișiere de date în același timp.
Options (Opțiuni) – deschide o casetă de dialog în care puteți
n

Configura setările serverului dvs. de e-mailnConfigura setările de exportare pentru fișierele LIMS, Seegene și alte fișiere de date.

Ghid de utilizare | 65

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)Sfat: De asemenea, puteți selecta opțiunea de a porni automat Seegene Viewer dupăexport dacă alegeți să exportați datele în format Seegene.
n

Schimbați limba în care este afișată interfața cu utilizatorul (engleză, chineză, rusă)Important: Trebuie să reporniți CFX Maestro Dx SEpentru a afișa limba selectată.
Important: Limba sistemului dvs. de operare trebuie să corespundă cu limba pe care doriți
să o afișați în interfața CFX Maestro Dx SE.

Comenzile meniului Help (Ajutor)
Sfat: Meniul Help (Ajutor) este disponibil în bara de meniu a tuturor ferestrelor CFX Maestro Dx SE.
Contents (Cuprins)– afișează fila Contents (Cuprins) în secțiunea Help (Ajutor) a sistemului
CFX Maestro Dx SE.
Index - afișează fila Index secțiunea Help (Ajutor) a sistemului CFX Maestro Dx SE.
Search (Căutare) – afișează fila Search (Căutare) în secțiunea Help (Ajutor) a sistemului CFX Maestro
Dx SE.
Open User Guide (Deschide ghidul utilizatorului) - deschide o versiune PDF a acestui ghid.
Additional Documentation (Documentație suplimentară) - oferă acces la manualul de utilizare asistemelor PCR în timp real, CFX Opus Dx.
Release Notes (Note privind versiunea) – deschide documentul Release Notes (Note privindversiunea) pentru versiunea instalată a CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Resurse Video) – deschide un site web care conține resurse video Bio-Rad precum
materiale video de instruire.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Site-ul web al aplicațiilor și tehnologiilor qPCR)– deschide site-ul web al aplicațiilor și tehnologiilor qPCR ale Bio-Rad, unde puteți afla mai multe despre
PCR (qPCR) în timp real.
PCR Reagents Web Site (Site-ul web al reactivilor PCR) – deschide site-ul web al Bio-Rad careconține reactivii PCR și qPCR, de unde puteți comanda reactivi, amestecuri de reacție, coloranți și kituri
PCR.
PCR Plastic Consumables Web Site (Site web consumabile PCR din plastic) – deschide site-ul web
Bio-Rad cu articole din plastic și consumabile PCR, de unde puteți comanda plăci, folii de sigilare placă,eprubete și capace și alte accesorii PCR din plastic.
Software Web Site (Site-ul web al software-ului) – deschide site-ul web al software-ului de analiză
PCR al Bio-Rad, de unde puteți comanda versiuni actualizate ale software-ului Bio-Rad CFX Maestro Dx
SE.

66 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Home (Pagină de pornire)

About (Despre) – afișează informații despre copyright și versiune pentru CFX Maestro Dx SE.

Comenzi bară de instrumente– deschide Windows Explorer, în care puteți naviga la și deschide un fișier de date sau un fișier destudiu genic.

– deschide Master Mix Calculator (Calculator Amestec principal).

– deschide fereastra Run Setup (Configurare rulare).

– deschide fereastra Run Setup (Configurare rulare) cu protocolul PrimePCR și structura de placă
implicite încărcate în funcție de instrumentul selectat.

– deschide Startup Wizard (Expert pornire).

Ghid de utilizare | 67

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)Startup Wizard (Expert pornire)Când se inițializează CFX Maestro Dx SE, panoul de lucru afișează Startup Wizard (Expert pornire). Din
Startup Wizard (Expert pornire) puteți
n

Selecta un instrument dintre instrumentele detectate și configura o rulare definită de utilizator sau
PrimePCR.

nDeschide și repeta o rularenDeschide un fișier de date pentru a analiza rezultatele dintr-o singură rulare sau dintr-un fișier destudiu genic pentru rezultate din mai multe rulări de expresie genică

Aceste activități sunt explicate în mod detaliat în capitolele care urmează.

Bara de stare
Partea stângă a barei de stare din partea de jos a ferestrei principale a software-ului afișează starea
actuală a instrumentelor detectate. Partea dreaptă a barei de stare afișează numele utilizatorului actual șidata și ora.

68 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Home (Pagină de pornire)

Panoul Detected Instruments (Instrumente detectate)
Panoul Detected Instruments (Instrumente detectate) afișează fiecare instrument care este conectat lacomputerul CFX Maestro Dx SE. Implicit, fiecare instrument apare sub formă de pictogramă, iar numărul său deserie apare ca denumirea sa.
Din acest panou puteți
nVizualiza proprietățile și coloranții calibrați pentru instrumentul selectat.
Pentru informații referitoare la proprietățile instrumentului, consultați Vizualizarea proprietăților unui
instrument de la pagina 72.

nVizualiza starea unui instrument conectatnDeschide capacul motorizat al instrumentului selectatnÎnchide capacul motorizat al instrumentului selectatnVizualiza starea tuturor instrumentelor conectate

Pentru a vizualiza starea unui instrument conectatuÎn panoul Detected Instruments (Instrumente detectate), selectați instrumentul țintă și faceți una
dintre următoarele:nFaceți clic pe View Status (Vizualizare stare) în secțiunea Selected Instrument (Instrument
selectat).

nFaceți clic dreapta și selectați View Status (Vizualizare stare) în meniul care apare.

Va apărea caseta de dialog Run Details (Detalii rulare), care afișează fila Run Status (Stare rulare).
Starea instrumentului selectat apare sub panoul de stare a rulării, de exemplu:

Ghid de utilizare | 69

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

Pentru a deschide sau închide capacul unui instrumentuÎn panoul Detected Instruments (Instrumente detectate), selectați instrumentul țintă și faceți una
dintre următoarele:nFaceți clic pe Open Lid (Deschidere capac) sau Close Lid (Închidere capac) în secțiunea
Selected Instrument (Instrument selectat).

nFaceți clic dreapta și selectați acțiunea corespunzătoare în meniul care apare.

nDeschideți caseta de dialog Run Details (Detalii rulare), selectați fila Run Status (Stare rulare) șifaceți clic pe Open Lid (Deschidere capac) sau Close Lid (Închidere capac).

Pentru a vizualiza starea tuturor instrumentelor detectateuUrmați una dintre procedurile următoare:nÎn secțiunea All Instruments (Toate instrumentele) din panoul Detected Instruments(Instrumente detectate), faceți clic pe View Summary (Vizualizare rezumat).

nÎn bara de meniu, selectați View > Instrument Summary (Vizualizare > Rezumat instrument).

Va apărea caseta de dialog Instrument Summary (Rezumat instrument).
Sfat: Dacă sistemul detectează doar un singur instrument conectat, secțiunea All Instruments(Toate instrumentele) nu apare în panoul Detected Instruments (Instrumente detectate). Pentru
a vizualiza rezumatul instrumentului pentru un singur instrument, selectați View > Instrument
Summary (Vizualizare > Rezumat instrument).

70 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Home (Pagină de pornire)

Comenzile barei de instrumente Instrument Summary (Rezumat instrument)
Tabelul 5 prezintă comenzile și funcțiile de pe bara de instrumente Instrument Summary (Rezumat
instrument).
Tabelul 5. Comenzile barei de instrumente Instrument Summary (Rezumat instrument)

Buton

Nume buton

Function (Funcție)Creați o nouă rulare

Creează o rulare pe blocul selectat
deschizând fereastra Run Setup(Configurare rulare).

OprireOprește rularea curentă pe blocurile
selectate.

PauzăRealizează o pauză în rularea curentă pe
blocurile selectate.

ReluareReia rularea pe blocurile selectate.

Indicator lumină

Face să lumineze intermitent indicatorul

intermitentă bloc

LED de pe capacul blocurilor selectate.

Deschidere capac

Deschide capacul motorizat al blocului
selectat.

Închidere capacÎnchide capacul motorizat al blocului
selectat.

Ascundere blocuri selectate

Ascunde blocurile selectate din lista
Instrument Summary (Rezumat
instrument)Afișare toate blocurileAfișează blocurile selectate din lista
Instrument Summary (Rezumat
instrument)

Show (Afișare)Selectați ce blocuri vor fi afișate în listă.
Selectați una dintre opțiuni pentru a afișa
toate blocurile detectate, toate blocurile
inactive, toate blocurile care rulează cu
utilizatorul curent sau toate blocurile carerulează

Ghid de utilizare | 71

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

Vizualizarea proprietăților unui instrument
În panoul Detected Instruments (Instrumente detectate) puteți vedea detalii despre un instrument
selectat, inclusiv proprietățile acestuia, starea șurubului de expediere (doar instrumentele CFX Connect și
CFX Touch) și o listă a coloranților săi calibrați (fluorofori).

Pentru vizualizarea proprietăților instrumentuluiuÎn panoul Detected Instruments (Instrumente detectate), faceți clic dreapta pe instrumentul țintă și
selectați Properties (Proprietăți) în meniul care apare.

Fila Properties (Proprietăți)Fila Properties (Proprietăți) prezintă detaliile tehnice privind instrumentul selectat, inclusiv modelul, seriile
componentelor și versiunile de firmware. Denumirea implicită a instrumentului (seria acestuia) apare în
multe locuri, inclusiv în panoul Detected Instruments (Instrumente detectate) și pe bara de antet a casetei
de dialog Instrument Properties (Proprietăți instrument). Puteți redenumi instrumentul pentru a-l identifica
mai simplu.
Notă: Nu puteți schimba numele instrumentului CFX Opus folosind CFX Maestro.

Fila Calibrated Dyes (Coloranți calibrați)Fila Calibrated Dyes (Coloranți calibrați) afișează fluoroforii și plăcile calibrate pentru instrumentul
selectat.

Pentru a vedea informații detaliate despre o calibrare, faceți clic pe butonul Info (Informații) din coloana
Detail (Detalii).

72 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Înainte de a începe
Această secțiune explică sarcinile pe care poate fi necesar să le efectuați înainte de utilizarea
CFX Maestro Dx SE. Aceasta includenCrearea unui amestec principal de reacție

nCalibrarea de noi coloranți

Crearea unui amestec principal de reacție
Folosind Master Mix Calculator (Calculator Amestec principal) al CFX Maestro Dx SE, puteți calcula cuușurință volumul necesar al fiecărei componente a amestecului principal. Puteți imprima tabelul de calcul
al amestecului principal la imprimanta dvs. implicită și puteți salva calculele pentru fiecare țintă în vederea
utilizării ulterioare.

Pentru a crea un amestec principal de reacție cu ajutorul Master Mix Calculator (Calculator
Amestec principal)
1.

Pentru a deschide Master Mix Calculator (Calculator Amestec principal), urmați una dintre
procedurile următoare:nSelectați Tools > Master Mix Calculator (Instrumente > Calculator Amestec principal).

nFaceți clic pe Master Mix Calculator (Calculator Amestec principal) de pe bara de instrumente.

Va apărea Master Mix Calculator (Calculator Amestec principal).

Ghid de utilizare | 73

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)2.

În secțiunea Reaction (Reacție), selectați o metodă de detecție:nSYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Sonde)3.

Pentru a crea o țintă nouă, în secțiunea Target (Țintă) faceți clic pe Create New (Creare nou). În lista
verticală de ținte va apărea o nouă denumire de țintă.

4.

(Opțional) Pentru a schimba denumirea țintei implicite:a.

Evidențiați denumirea țintei în lista verticală a țintei.

b.

Tastați o nouă denumire a țintei în caseta Target (Țintă).

c.

Apăsați tasta Enter.

5.

Ajustați concentrațiile inițiale și finale pentru primerii de redirecționare și inversare și orice sonde.

6.

În secțiunea Master Mix Setup (Configurare Amestec principal), ajustați valorile pentrunNumărul de reacții de rulat

74 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

nVolumul reacției per godeunVolumul matriței per godeunConcentrație amestec de reacție per godeunVolumul reacției în exces per godeu

7.

(Opțional) Urmați pașii 2–6 pentru câte ținte este necesar.

8.

În secțiunea Choose Target to Calculate (Alegere țintă de calculat), selectați ținta de calculat.
Sfat: Puteți calcula doar una sau mai multe sau toate țintele în același timp.
Volumele calculate ale componentelor necesare pentru fiecare țintă selectată apar în tabelul
amestecului principal.

9.

Faceți clic pe Set as Default (Stabilire ca implicit) pentru a seta cantitățile în secțiunile Target (Țintă)și Master Mix Setup (Configurare Amestec principal) drept noi valori implicite.

10. Faceți clic pe OK pentru a salva conținutul casetei de dialog Master Mix Calculator (Calculator
Amestec principal).

Pentru a imprima tabelul de calcul al amestecului principaluPentru a imprima tabelul de calcul al amestecului principal, faceți clic pe Print (Imprimare).
Tabelul de calcul se imprimă la imprimanta dvs. implicită.

Pentru a salva tabelul de calcul al amestecului principal ca fișier PDF
uSchimbați imprimanta implicită cu un driver PDF și faceți clic pe Print (Imprimare) în Master Mix
Calculator (Calculator Amestec principal).

Pentru a șterge ținteleu

Selectați ținta utilizând lista verticală de ținte și făcând clic pe Remove (Eliminare).
Important: Ștergerea unei ținte din lista de ținte o șterge și din toate calculele amestecului
principal în care este folosită. Procedați cu atenție când ștergeți o țintă.

Calibrarea de noi coloranți
CFX Opus 96 Dx și CFX Opus Deepwell Dx sunt calibrate din fabrică pentru fluoroforii utilizați în modobișnuit cu plăcile cu godeuri albe și transparente. Sistemele CFX Opus 384 Dx sunt calibrate din fabrică
pentru fluoroforii utilizați în mod obișnuit doar cu plăcile cu godeuri albe. Tabelul 6 afișează fluoroforii și
canalul pentru care este calibrat fiecare instrument.

Ghid de utilizare | 75

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)Notă: Sistemele CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx și CFX Opus Deepwell Dx includ și un canaldedicat compușilor FRET. Acest canal nu necesită calibrare pentru coloranți specifici.
Important: Dacă efectuați o calibrare definită de utilizator a unui colorant care a fost calibrat din
fabrică, instrumentul utilizează calibrarea definită de utilizator în locul calibrării din fabrică.
Tabelul 6. Fluorofori calibrați din fabrică, canale și instrumente

Fluorofori

Canal

Stimulare, nm

Detecție, nm

Instrument

FAM, SYBR®

1

450-490515-530

sistemele CFXGreen I

Opus 96 Dx și
CFX Opus 384
Dx și CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515-535

560–580

sistemele CFX

Fluor Gold 540,

Opus 96 Dx,

Cal Fluor

CFX Opus 384

Orange 560

Dx și CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas

3560-590610-650

sistemele CFX

Red, CAL Fluor

Opus 96 Dx și

Red 610, TEX

CFX Opus 384

615

Dx și CFX Opus
Deepwell Dx

Cy5, Quasar

4620-650675-690670

sistemele CFX
Opus 96 Dx și
CFX Opus 384
Dx și CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,5

672-684705-730

Cy5.5doar sistemele
CFX Opus 96 Dx

Chimie FRET (necalibrat din fabrică)CuloareFRET

450-490560-580

sistemele CFX

necalibrată din

Opus 96 Dx și

fabrică

CFX Opus 384
Dx și CFX Opus
Deepwell Dx

76 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Pentru a calibra coloranți noi pentru sistemele CFX1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați un instrument țintă în panoul Detected Instruments(Instrumente detectate).

2.

Selectați Tools > Calibration Wizard (Instrumente > Expert calibrare) pentru a deschide expertul Dye
Calibration (Calibrare coloranți).

Fluoroforii calibrați deja pentru instrumentul țintă apar în tabelul Calibrated Fluorophores (Fluorofori
calibrați).
3.

În secțiunea Calibrate New or Existing Fluorophores (Calibrare fluorofori noi sau existenți), selectați
fluoroforul de calibrat din lista verticală.
Dacă denumirea fluoroforului nu este inclusă în listă, introduceți denumirea în caseta de text pentru ao adăuga în listă.
Important: Aveți grijă când denumiți fluoroforii calibrați personalizați. Dacă creați o calibrarepersonalizată a colorantului pentru un fluorofor cu același nume ca pentru un fluorofor calibrat
din fabrică, fluoroforul personalizat (nu fluoroforul calibrat din fabrică) va fi cel folosit de
instrument în timpul rulărilor.

4.

Selectați tipul de placă pentru fluorofor.

Ghid de utilizare | 77

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)Dacă tipul de placă nu este inclus în listă, introduceți denumirea în caseta de text pentru a o adăuga
în listă.
5.

Selectați un canal pentru fluorofor.

6.

Selectați o coloană de placă pentru fluorofor.

7.

(Opțional) Scrieți o culoare care doriți să fie asociată cu fluoroforul.

8.

Faceți clic pe Add to Plate (Adăugare la placă) pentru a adăuga fluoroforul.

9.

(Opțional) Repetați pașii 38 pentru a adăuga fiecare fluorofor pe care doriți să îl calibrați pentru placă.

10. Când finalizați adăugarea fluoroforilor, faceți clic pe View Plate (Vizualizare placă) pentru a deschide
fereastra Pure Dye Plate Display (Afișare placă coloranți puri).
Utilizați această fereastră ca ghid pentru încărcarea coloranților pe placă.
11. Pregătiți o placă cu 96 sau 384 godeuri sau o placă cu godeuri adânci pentru calibrarea colorantului:a.

Pipetați soluție de colorant în fiecare godeu, respectând tiparul din Pure Dye Plate Display(Afișare placă coloranți puri).

b.

Pentru fiecare fluorofor, umpleți patru godeuri cu 50 µl (placă cu 96 de godeuri) sau 30 µl (placă
cu 384 de godeuri) de soluție de colorant 300 nM. Veți observa că cel puțin jumătate din placă
conține godeuri goale.

c.

Sigilați placa folosind metoda de sigilare pe care o veți utiliza în cadrul experimentului.

12. Poziționați placa de calibrare în bloc și închideți capacul.
13. În expertul Dye Calibration (Calibrare coloranți), faceți clic pe Calibrate (Calibrare) și apoi pe OK
pentru a confirma că placa se află în bloc.
14. Când Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate finalizează rularea de calibrare, apare ocasetă de dialog. Faceți clic pe Yes (Da) pentru a finaliza calibrarea și a deschide Dye Calibration
Viewer (Instrumentul de vizualizare pentru calibrarea coloranților).
15. Faceți clic pe OK pentru a închide fereastra.

Setarea preferințelor utilizatorului
Sfat: Nu este obligatoriu să realizați aceste acțiuni pentru a utiliza CFX Maestro Dx SE. Puteți omitefără probleme această secțiune sau puteți realiza aceste acțiuni în orice moment.
În CFX Maestro Dx SE , fiecare utilizator își poate personaliza mediul de lucru. De exemplu, în meniul
Users > User Preferences (Utilizatori > Preferințe utilizator), puteți face următoarele:nConfigura notificarea prin e-mail pentru finalizarea rulării.

78 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Notă: Această funcție este disponibilă numai pentru utilizatorii cărora le-a fost atribuit acest
drept. Consultați Gestionarea rolurilor utilizatorilor pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția desecuritate de la pagina 43 pentru mai multe informații.
n

Modifica setările implicite pentruoLocul în care se salvează fișiereleoFișierele de configurare a rulării

oPrefixul de denumire a fișierelornSeta parametrii impliciți pe care să-i utilizați când creați un nou protocol și o placă nouă.

nSeta parametrii impliciți pentru analiza datelor și expresia genică.

n

Personaliza parametrii impliciți de control al calității.

n

Personaliza parametrii de exportare a datelorÎn meniul Tools (Instrumente), puteți face următoarele lucruri:nCrea un amestec principal de reacție.

nCalibra coloranți pentru un anumit instrument.

Notă: Amestecul principal și calibrarea colorantului sunt disponibile pentru oricine se conectează lasoftware.
Această secțiune vă explică cum să realizați aceste acțiuni.

Configurarea notificării prin e-mailPuteți conecta CFX Maestro Dx SE la serverul dvs. de expediere a e-mailurilor pentru a trimite o notificare
prin e-mail privind finalizarea unei rulări unei liste de utilizatori. Puteți, de asemenea, alege să atașați unfișier de date și un raport de analiză listei de utilizatori. Pentru a configura conexiunea dintre CFX Maestro
Dx SE și serverul SMTP, consultați Conectarea Security Edition (Ediție de securitate) la un server SMTPde la pagina 81.
Notă: Capacitatea unui utilizator de a accesa funcțiile de configurare a e-mailului depinde de rolul
utilizatorului și permisiunile atribuite de administrator. Pentru detalii referitoare la gestionarea
utilizatorilor și a rolurilor acestora, consultați Gestionarea rolurilor utilizatorilor pentru Software-ul
CFX Dx Maestro, ediția de securitate de la pagina 43.

Pentru a configura notificările prin e-mail1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).
Va apărea caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), afișând fila Email (E-mail).

Ghid de utilizare | 79

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)Notă: Veți fi informat dacă sistemul detectează că nu ați configurat un server SMTP valid pentru
CFX Maestro Dx SE. Faceți clic pe Configure Outgoing Email (Configurare e-mail de expediere)
pentru a deschide caseta de dialog Options (Opțiuni) și a configura serverul SMTP de e-mail.
Pentru mai multe informații, consultați Conectarea Security Edition (Ediție de securitate) la unserver SMTP de la pagina 81.
2.

În caseta de text To (Destinatar), tastați adresa de e-mail a fiecărei persoane pe care intenționați să oinformați despre finalizarea rulării. Toți destinatarii vor primi un e-mail după finalizarea rulării.
Notă: Trebuie să introduceți fiecare adresă de e-mail pe un rând separat. Apăsați Enter sau
Return după fiecare adresă.

3.

(Opțional) În caseta de text cc, tastați adresa de e-mail a fiecărui destinatar căruia intenționați să-i
trimiteți o copie a fiecărei notificări prin e-mail.

4.

(Opțional) Implicit, toți destinatarii primesc o copie a fișierului de date sub formă de atașare. Debifați
această casetă de selectare dacă nu doriți să atașați o copie a fișierului de date.

5.

(Opțional) Selectați Attach Analysis Report (Atașare raport analiză) pentru a atașa un PDF alraportului de analiză la e-mail.

6.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User Preferences(Preferințe utilizator).

Notă: Este posibil să puteți configura sistemul pentru a trimite o notificare prin e-mail către telefonul
dvs. mobil, în funcție de furnizorul de servicii. Contactați furnizorul dvs. de servicii de telefonie mobilă
pentru informații specifice referitoare la adresa de e-mail a telefonului dvs. mobil. Introduceți adresade e-mail a telefonului dvs. (de exemplu, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) încaseta de text To text box (Notificare prin e-mail) din ecranul User Preferences (Preferințe utilizator).

Pentru a edita adresa de e-mail a unui destinataruModificați adresa de e-mail după cum este necesar și faceți clic pe OK.

80 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Pentru a șterge un destinatar de e-mail1.

Selectați destinatarul e-mailului și apăsați tasta Delete (Ștergere).

2.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

Conectarea Security Edition (Ediție de securitate) la un server SMTP
Important: Unii furnizori de servicii comerciale de e-mail au sporit securitatea e-mailurilor. Dacăutilizați aceste conturi, trebuie să activați setarea Allow less secure apps (Permiteți aplicațiile
mai puțin sigure) în setările contului respectiv, pentru a permite CFX Maestro Dx SE să trimită emailuri. Consultați informațiile de securitate ale furnizorului dvs. de servicii e-mail pentru informații
suplimentare.
Dacă utilizați Google Gmail sau serverul SMTP Microsoft Office 365 pentru a trimite e-mailuri, trebuie să
activați verificarea cu 2 factori și să generați o "App Password" (Parolă pentru aplicație) în setările contului
Gmail sau Office365. Pentru autentificare în caseta de dialog Maestro Email Setup, copiați și lipiți "AppPassword" (Parolă pentru aplicație) în câmpul Password (Parolă) în loc de parola obișnuită de e-mail.
Trebuie să stabiliți o conexiune de la CFX Maestro Dx SE serverul dvs. de e-mail înainte ca software-ul săpoată trimite notificări prin e-mail.

Pentru a conecta CFX Maestro Dx SE la un server de e-mail1.

Urmați una dintre procedurile următoare:nSelectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) și faceți clic pe Configure
Outgoing Email (Configurare e-mail de expediere) în fila Email (E-mail).

n

Selectați Tools > Options (Instrumente > Opțiuni).

Apare caseta de dialog Options (Opțiuni), care afișează fila Email (E-mail).

Ghid de utilizare | 81

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)2.

Introduceți următoarele informații pentru compania dvs.:n

SMTP Server Name (Denumire server SMTP) – numele serverului de expediere a e-mailurilor
al companiei dvs.

n

Port – numărul portului aferent serverului dvs. SMTP. De obicei, acesta este 25.

nUtilizare opțiunea SSL – Secure Sockets Layer (SSL). Unele servere SMTP necesită această
setare. Dacă nu este necesară în cadrul companiei dvs., debifați respectiva casetă de selectare.

n

Use Default “From” Address (Utilizare adresă „De la” implicită) – numele serverului de email al companiei dvs. Unele servere SMTP impun ca toate e-mailurile trimise să aibă o adresă
„de la” dintr-un anumit domeniu, de exemplu, nume@Companiadvs.com. În acest caz, debifați
această casetă de selectare și introduceți o adresă de e-mail validă.

nAuthentication Required (Autentificare necesară) – dacă instituția dvs. impune
autentificarea cu un cont, asigurați-vă că această casetă de selectare este bifată.

nUser Name (Nume utilizator) – numele contului autentificat. Este necesar numai dacă seselectează Authentication Required (Autentificare necesară).

82 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începenPassword (Parolă) – parola pentru contul autentificat. Este necesar numai dacă se selectează
Authentication Required (Autentificare necesară).

Important: Dacă utilizați Google Gmail sau serverul SMTP Microsoft Office 365 pentru a trimite
e-mailuri, trebuie să activați verificarea cu 2 factori și apoi să generați o "App Password" (Parolă
pentru aplicație) în setările contului Gmail sau Office365. Pentru autentificare în caseta de dialog
Maestro Email Setup, copiați și lipiți "App Password" (Parolă pentru aplicație) în câmpul
Password (Parolă) al sistemului CFX Maestro Dx SE în loc de parola obișnuită de e-mail.
Pentru a vă asigura că setările serverului SMTP sunt corecte, introduceți o adresă de e-mail validă în
caseta text Test Email Address (Adresă de e-mail de test) și faceți clic pe Test Email (Testare e-mail).
Notă: Unele servere SMTP nu permit utilizarea de atașări, iar altele permit numai utilizarea deatașări până la o dimensiune maximă specifică. Dacă intenționați să trimiteți prin e-mail fișiere
de date și/sau rapoarte utilizând CFX Maestro Dx SE, selectați Test Attachment (Atașament detest) și setați Attachment Size in MB (Dimensiune atașament în MB) la minimum 5 megabytes
(MB).
3.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Schimbarea setărilor implicite ale fișierelorÎn fila Files (Fișiere) din caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), puteți modifica
nLocația implicită în care se salvează fișierele CFX Maestro Dx SEnFișierele implicite pentru configurarea rulării

nParametrii impliciți de denumire a fișierelor

Pentru a schimba setările implicite ale fișierelor
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila Files (Fișiere).

Ghid de utilizare | 83

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)3.

În secțiunea Default Folder for File Creation (Folder implicit pentru crearea fișierelor), navigați la și
selectați un folder implicit în care doriți să salvați noile fișiere. Puteți selecta un loc diferit pentru
fiecare tip de fișier:nProtocol

n

Placă

n

Fișier de datenStudiu genic

4.

În secțiunea File Selection for Run Setup (Selectare fișier pentru configurarea rulării), navigați la și
selectați protocolul țintă și fișierele de placă ce vor apărea când deschideți fereastra Experiment
Setup (Configurare experiment).

5.

În secțiunea Data File (Fișier de date), definiți prefixul și/sau sufixul pentru fișierele de date. Pentru
orice parte, selectați o nouă valoare din lista sa verticală. Puteți, de asemenea, furniza valoripersonalizate pentru prefix și sufix în casetele de text Prefix și Suffix.
CFX Maestro Dx SE afișează o previzualizare a numelui fișierului sub casetele de selectare.

6.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

84 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

Setarea parametrilor de protocol impliciți
Pentru a seta parametri de protocol impliciți pentru Protocol Editor (Editor Protocol) și
Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol)
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila Protocol.

3.

În secțiunea Protocol Editor (Editor Protocol), specificați valori pentru următoarele setări care apar în
Protocol Editor (Editor Protocol):

4.

5.

n

Sample volume (Volumul probei) – volumul fiecărei probe din godeuri (în µl).

n

Lid Shutoff temperature (Temperatură oprire capac) – temperatura în ºC la care încălzitorul
capacului se oprește în timpul unei rulări.

În secțiunea Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol), specificați valori pentruurmătoarele setări care apar în Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol):nAnnealing temperature (Temperatură de atașare) – temperatura în ºC pentru experimente
care utilizează polimerază ADN iProof, polimerază ADN iTaq sau alte polimeraze.

nAmplicon length (Lungime amplicon) – lungimea ampliconului în bp.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Ghid de utilizare | 85

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

Setarea parametrilor de placă impliciți
Schimbările pe care le faceți în fila Plate (Placă) sunt disponibile tuturor utilizatorilor software-ului.
Schimbările pe care le faceți în timpul configurării plăcii sunt disponibile utilizatorilor după ce salvați șiînchideți fișierul de placă.
În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator) puteți efectua următoarele:nSetați parametrii de placă impliciți.

nAdăugați noi denumiri pentru țintă, probă și grup biologic la bibliotecile lor respective.

nȘtergeți denumiri pentru țintă, probă și grup biologic din bibliotecile lor respective.

Pentru a seta parametrii de placă impliciți
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila Plate (Placă).

86 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

3.

Specificați valori pentru următoarele setări pentru un fișier nou de placă. Aceste valori apare în
fereastra Plate Editor (Editor placă):n

Tip de placă

nDimensiune placă

nUnits (Unități) – concentrația matriței de pornire pentru godeurile care conțin standarde.
CFX Maestro Dx SE utilizează aceste unități pentru a crea o curbă standard în fila Data Analysis
Quantification (Cuantificare analiza datelor).

4.

nScientific notation (Notație științifică) – când este selectată, CFX Maestro Dx SE afișează
unitățile de concentrație în notația științifică.

n

Scan mode (Mod scanare) – numărul sau tipul de canale de scanat în timpul unei rulări.

n

Fluorophores (Fluorofori) – fluoroforii impliciți care apar în soluțiile de control Plate Editor(Editor placă) pentru încărcarea godeului.

nLibraries (Biblioteci) – denumirile pentru țintă, probă și grup biologic pe care le utilizați deobicei în experimentele dvs.:oTarget Names (Denumiri ținte) – denumirile genelor și secvențelor țintă.

oSample Names (Denumiri probe) – denumirile pentru probele experimentului sau ocaracteristică identificatoare pentru mostre (de exemplu, Mouse1, Mouse2, Mouse3 –Șoarece1, Șoarece2, Șoarece3).

oBiological group names (Denumiri grupuri biologice) – denumirile pentru grupuri deprobe similare care au aceeași stare de tratament sau aceleași condiții (de exemplu, 0 ore,
1 oră, 2 ore).

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Pentru a adăuga un nume nou pentru țintă, probă sau grup biologicuÎn caseta corespunzătoare bibliotecii, introduceți numele pentru țintă, probă sau grup biologic șifaceți clic pe OK.

Pentru a șterge un nume țintă, probă sau grup biologicuÎn caseta de bibliotecă corespunzătoare, selectați numele și apăsați tasta Delete (Ștergere), apoifaceți clic pe OK.

Important: Numele pe care le înlăturați din bibliotecă sunt eliminate automat din software și nu mai
sunt disponibile utilizatorilor. Pentru a restaura denumirile implicite CFX Maestro Dx SE, faceți clic pe
Restore Defaults (Restabilire valori implicite). Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori
implicite) în caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din

Ghid de utilizare | 87

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

toate filele la setările de fabrică inițiale. Procedați cu atenție la ștergerea denumirilor CFX Maestro Dx
SE implicite și când faceți clic pe acest buton.

88 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Setarea parametrilor impliciți pentru analiza de datePentru a configura parametrii impliciți ai analizei datelor
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila Data Analysis (Analiza
datelor).

3.

În secțiunea Analysis Mode (Mod Analiză), selectați modul în care să analizați datele (fie Fluorophore(Fluorofor), fie Target (Țintă)).

4.

În secțiunea PCR Quantitation (Cuantificare PCR), configurați parametrii impliciți pentru următoareleopțiuni:nBaseline Setting (Setarea Nivel inițial) – metoda de referință pentru modul de analiză.

n

Cq Determination Mode (Mod Determinare Cq) – modul în care sunt calculate valorile Cq
pentru fiecare urmă de fluorescență (fiecare regresie sau prag unic).

nThreshold Calc. (Calculare Prag) Mode (Mod calc. prag) – cantitatea țintei la momentul final.
Opțiunea implicită este Auto. Adică software-ul calculează automat ținta la momentul final.
Pentru a configura un anumit prag, debifați caseta de selectare Auto și introduceți valoarea de la

Ghid de utilizare | 89

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

momentul final, calculată în unități de fluorescență relativă (sau RFU). Valoarea maximă este de
65.000,00 RFU. Fișierele de date pentru rulările ulterioare vor folosi această setare de prag.
nBaseline Calc. Mode (Mod calc. nivel inițial) – nivelul inițial pentru toate urmele.
Opțiunea implicită este Auto. Adică software-ul calculează automat nivelul inițial pentru toate
urmele. Pentru a configura un anumit nivel inițial, debifați caseta de dialog Auto și introduceți
valorile minime și maxime pentru intervalul de cicluri (de la 1 la 9999). Fișierele de date pentrurulările ulterioare vor folosi acest interval de cicluri.

n5.

Log View (Vizualizare log) – determină modul în care software-ul afișează datele deamplificare:oOn (Activat) – datele amplificării sunt afișate într-un grafic semi-logaritmic.

o

Off (Dezactivat) – (implicit) datele amplificării sunt afișate într-un grafic liniar.

În secțiunea End Point (Momentul final), selectați numărul de cicluri finale pentru care veți calcula
media atunci când faceți calculele pentru momentul final.
n

PCR – numărul de cicluri finale pentru care veți calcula media datelor de cuantificare (valoarea
implicită este 5).

n

End Point Only run (Rulare doar la momentul final) – numărul de cicluri finale pentru careveți calcula media datelor de la momentul final (valoarea implicită este 2).

6.

În secțiunea Melt Curve (Curbă de topire), selectați tipul vârfului de detectat (pozitiv sau negativ).

7.

În secțiunea Well Selector (Selector godeuri), selectați modul de afișare a etichetelor godeurilor(după tipul probei, denumirea țintei sau denumirea probei).

8.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

90 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Setarea parametrilor impliciți pentru fișierul de date de expresie genică
Pentru a seta parametrii impliciți pentru un nou fișier de date de expresie genică
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila Gene Expression (Expresie
genică).

3.

Specificați valorile pentru următoarele setări:n

Relative to (Relativ la) – generează un grafic pentru datele expresiei genice relativ la o proba
control (începând de la 1) sau relativ la zero:oZero – software-ul ignoră proba control. Aceasta este valoarea implicită atunci când nu
este alocată nicio probă de control în fereastra Experiment Settings (Setări experiment).

oControl – software-ul calculează datele relativ la proba de control alocată în fereastra
Experiment Setup (Configurare experiment).

nX-axis (Axa x) – reprezintă grafic proba sau ținta pe axa x.

nY-axis (Axa y) – reprezintă grafic scara liniară, log2 sau log10 pe axa y.

nScaling (Scalare) – opțiunea de scalare pentru grafic (opțiunea implicită este Unscaled(Nescalat)):oHighest (Cel mai ridicat) – software-ul scalează graficul la punctul de date cel mai ridicat.

oLowest (Cel mai scăzut) – software-ul scalează graficul către punctul de date cel maiscăzut.

o

Unscaled (Nescalat) – software-ul prezintă datele nescalate (fără scalare) în grafic.

nMode (Mod) – modul de analiză, fie cantitate relativă (∆Cq) fie expresie normalizată (∆∆Cq).

nError Bar (Bară de eroare) – variabilitatea datelor s-a prezentat fie ca deviația standard (Std.
Dev.), fie ca eroarea standard a mediei (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Multiplicator bară de eroare) – multiplicatorul deviației standard utilizat
pentru a desena barele de eroare (valoarea implicită este 1).
Puteți mări multiplicatorul la 2 sau 3.

nSample Types to Exclude (Tipuri de probe de exclus) – aceleași tipuri de probe de exclus
din analiză.
Puteți selecta una sau mai multe probe pentru excludere din analiză. Pentru a exclude toate
tipurile de probe, debifați casetele de selectare pentru orice tipuri de probe selectate.

Ghid de utilizare | 91

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)4.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

Personalizarea regulilor de control al calității
În CFX Maestro Dx SE, puteți seta reguli pentru controlul calității, care sunt aplicate datelor din fereastra
Data Analysis (Analiza datelor). Software-ul validează datele față de regulile setate de dvs.
Notă: Implicit, toate regulile de control al calității sunt activate.
Sfat: Puteți exclude cu ușurință godeurile care nu îndeplinesc un parametru CC în modulul CC alferestrei Data Analysis (Analiza datelor).

Pentru a personaliza regulile de control al calității
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila QC (CC).

92 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începe

Unde:

3.

4.

n

NTC — control fără țintă de amplificaren

NRT – control fără transcriptaza inversă

n

Efficiency (Eficiență) – eficiența reacțiilorn

Std Curve R^2 (R^2 curbă standard) – valoarea R pătrat pentru curba standardnReplicate group Cq Std Dev (Deviație standard Cq pentru grup de replicate) – deviația
standard calculată pentru fiecare grup de replicate

Pentru fiecare regulă QC (CC), urmați una dintre procedurile următoare:nPentru a utiliza valoarea implicită, nu faceți nimic.

nPentru a modifica valoarea, faceți clic pe caseta de text Value (Valoare) aferentă, introduceți onouă valoare și apăsați tasta Enter.

nPentru a dezactiva regula, debifați caseta de selectare Use (Utilizare) aferentă.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

Personalizarea parametrilor de exportare a datelorPuteți exporta datele CFX Maestro Dx SE în următoarele formate:n

Text (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Important: Computerul dvs. trebuie să aibă instalat Microsoft Excel pentru a putea exporta date întro fișă de calcul Microsoft Excel.
Puteți specifica tipul de date de exportat și personaliza ieșirea datelor exportate.

Ghid de utilizare | 93

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

Pentru a personaliza parametrii de exportare a datelor
1.

Selectați User > User Preferences (Utilizator > Preferințe utilizator) pentru a deschide caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator).

2.

În caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), selectați fila Custom Export (Exportare
particularizată).

3.

În lista verticală Export Format (Format de exportare), selectați un format în care să exportați datele.

4.

În secțiunea Data to Export (Date de exportat), bifați sau debifați casetele de selectare pentru tipul dedate de exportat. Elementele selectate apar în caseta listă Exported Columns (Coloane exportate).
Notă: Implicit, informațiile rulării sunt incluse în antet. Debifați această casetă de selectare dacănu doriți să fie incluse informațiile de rulare.

5.

Puteți modifica ordinea de pe afișajul de ieșire a elementelor selectate.
În caseta listă Exported Columns (Coloane exportate), evidențiați elementul, apoi faceți clic pebutoanele săgeată din stânga listei pentru a-l deplasa în sus sau în jos.

6.

Opțional, puteți modifica numele coloanelor de ieșire ale elementelor selectate:

94 | Software CFX Maestro Dx SEÎnainte de a începea.

Faceți clic pe Customize Column Names (Personalizare nume coloană).
Va apărea caseta de dialog Column Name Customizer (Instrument de particularizare nume
coloană).

7.

b.

Pentru fiecare nume implicit de coloană pe care doriți să-l schimbați, tastați un nume nou în
câmpul Custom Name (Nume personalizat) corespunzător.

c.

Urmați una dintre procedurile următoare:nFaceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la fila Custom Export (Exportare
particularizată). Noul nume apare în paranteze, lângă coloana implicită din caseta listă
Exported Columns (Coloane exportate).

nFaceți clic pe Cancel (Anulare) pentru a anula modificările și a reveni la fila Custom Export(Exportare particularizată).

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog.

Important: Făcând clic pe Restore Defaults (Restabilire valori implicite) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator), resetați toate preferințele din toate filele la setările de fabrică
inițiale. Procedați cu atenție când faceți clic pe acest buton.

Ghid de utilizare | 95

Capitolul 6 Fereastra Home (Pagină de pornire)

96 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 7 Crearea de protocoale
Un protocol este un set de pași care sunt executați într-o secvență specifică. În Software-ul CFX Dx
Maestro, ediția de securitate, toți pașii sunt asociați cu opțiunile instrumentului. De exemplu, pașii dau
instrucțiuni instrumentului să controleze temperatura blocului și a capacului, să aplice o diferență detemperatură pe bloc, să efectueze o citire de placă sau să efectueze o analiză pentru curba de topire.
Fiecare opțiune este specificată pentru diferite tipuri de placă și rulare.
CFX Maestro Dx SE oferă două opțiuni pentru crearea protocoalelor: Protocol Editor (Editor protocol) și
Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol).
Funcția Protocol Editor (Editor Protocol) include următoarele:nSoluții de control standard pentru protocol, pentru a crea rapid protocoalenCapacitatea de a calcula rapid un gradient pentru numărul selectat de rândurinCapacitatea de a calcula rapid timpul de rulare pentru tipul de placă selectatnCapacitatea de a edita pași de protocolnCapacitatea de a salva protocoale pentru reutilizarenCapacitatea de a imprima protocolul la o imprimantă implicită

Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol) generează automat un protocol PCR
personalizat cu pași pentru start fierbinte, denaturare inițială, atașare și extensie, folosind parametrii pecare îi furnizați dvs. Puteți apoi să vizualizați o reprezentare grafică a protocolului sugerat și să editați,rulați sau salvați protocolul.

Ghid de utilizare | 97

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Parametrii și intervalele pentru pașii protocolului
Utilizați informațiile din Tabelul 7 pentru a modifica setările implicite pentru pașii din protocolul dvs.

Pașii de temperatură
Temperatura țintă este o valoare cuprinsă între 4,0 și 100,0 °C, stabilită în zecimi de grad. Sistemul crește
temperatura până la această valoare și menține valoarea respectivă pentru o anumită perioadă de timp
(timpul de menținere).

Pașii de gradientGama de gradienți reprezintă diferența dintre temperaturile inferioare și cele superioare într-un pas degradient. Intervalul maxim admis este de 24 °C. Temperatura inferioară reprezintă o valoare cuprinsă
între 30,0 și 99,0 °C, stabilită în zecimi de grad. Temperatura maximă superioară este de 100 °C. Ciclorul
termic crește până la gradientul de temperatură țintă de-a lungul blocului și menține această temperatură
pentru un timp de menținere specificat.
Important: Instrumentul calculează valoarea gradientului. Când introduceți o valoare în câmpurilede sus și de jos ale calculatorului de gradient, software-ul calculează și atribuie automat
temperaturile pentru câmpurile rămase. Când introduceți o temperatură în orice câmp între câmpul
de sus și cel de jos, instrumentul calculează automat câmpurile rămase. Nu puteți introduce manualo valoare a temperaturii în fiecare câmp.

98 | Software CFX Maestro Dx SE

Parametrii și intervalele pentru pașii protocolului

Tabelul 7. Parametrii și intervalele pentru pașii protocolului

Parametru

Interval

Descriere

Viteza den Pentru sistemele CFX Opus 96

Indică ciclorului termic să atingă

creștereDx :temperatura țintă la viteza specificată în

0,1–5 °C pe sec.

pasul respectiv.

n Pentru sistemele CFX Opus 384

Disponibil numai la pașii de temperatură.

Dx :0,1–2,5 °C pe sec
n Pentru sistemele CFX Opus
Deepwell Dx :0,1–2,5 °C pe sec
Increment

Un număr de la –10,0 la 10,0 °C per

Indică ciclorului termic să schimbe

ciclu în zecimi de gradtemperatura țintă a unui pas cu fiecare
ciclu, unde un număr pozitiv crește
temperatura și un număr negativ scade
temperatura.
Disponibil numai la pașii de temperatură.

ExtendUn timp de la –60 la 60 sec. pe ciclu(Prelungire)

Indică ciclorului termic să prelungească
timpul de menținere cu fiecare ciclu. Unnumăr pozitiv crește timpul de așteptare și
un număr negativ scade timpul deașteptare.
Disponibil atât pentru pașii de temperatură,cât și pentru cei de gradient.

Bip(Fără parametri)

Indică ciclorului termic să emită un semnal
sonor pentru a semnala că ciclorul termic a
atins temperatura țintă pentru etapa
respectivă.
Disponibil numai la pașii de temperatură.

Plate read (Citireplacă)(Fără parametri)

Indică ciclorului termic să adauge o citire aplăcii la pasul selectat.
Disponibil atât pentru pașii de temperatură,cât și pentru cei de gradient.

Ghid de utilizare | 99

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)
Folosiți fereastra Protocol Editor (Editor Protocol) pentru a crea, deschide, verifica și edita un protocol.
Implicit, Protocol Editor (Editor Protocol) afișează un protocol generic în 2 pași în timp real pentru o placă
de 96 de godeuri.

LEGENDĂ
1.

Bara de meniu oferă acces rapid la comenzile de meniu File (Fișier), Settings (Setări) și Tools(Instrumente).

2.

Bara de instrumente oferă acces rapid pentru salvarea și imprimarea protocolului, stabilirea
punctului de inserare a unui pas, setarea volumului probei și vizualizarea timpului de rulare
estimat al protocolului.

3.

Panoul principal afișează o reprezentare grafică a protocolului.

4.

Panoul de jos afișează schița protocolului.

5.

Panoul din stânga afișează comenzile protocolului pe care le puteți adăuga pentru a
personaliza protocolul.

100 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)

Comenzile meniului File (Fișier)Save (Salvare) – salvează protocolul curent.
Save As (Salvare ca) – salvează protocolul curent cu o denumire nouă sau într-un loc nou.
File Passwords (Parole fișier) - permite utilizatorilor să-și seteze parolele de salvare și deschidere afișierelor.
Sfat: Pentru mai multe informații, consultați Protejarea prin parolă a fișierelor de la pagina 50.
Close (Închidere) – închide Protocol Editor (Editor Protocol).

Comandă meniu Settings (Setări)Lid Settings (Setări capac) – deschide caseta de dialog Lid Setting (Setări capac) în care puteți
schimba sau seta temperatura capacului.

Comenzile meniului Tools (Instrumente)
Gradient Calculator (Calculator Gradient) – deschide o casetă de dialog din care puteți selecta tipul debloc pentru un pas de gradient. Opțiunea implicită este 96 de godeuri.
Run time Calculator (Calculator timp rulare) – deschide o casetă de dialog din care puteți selecta tipul
de placă și modul de scanare pentru a calcula timpul de rulare estimat în fereastra Run Setup(Configurare rulare). Opțiunea implicită este 96 de godeuri, toate canalele.

Comenzi bară de instrumente– salvează fișierul de protocol actual.

– imprimă fereastra selectată.

– utilizați această comandă pentru a selecta unde să introduceți pași relativi lapasul selectat în prezent.

– utilizați această comandă pentru a introduce un volum de probă în µl. Volumele
probelor diferă în funcție de tipul de bloc:nPentru un bloc de 96 de godeuri intervalul este de 0-50 µl.

Ghid de utilizare | 101

Capitolul 7 Crearea de protocoalenPentru un bloc de 384 de godeuri intervalul este de 0-30 µl.

nPentru un bloc de 96 de godeuri adânci intervalul este de 0-125 µl.

– afișează timpul de rulare estimat bazat pe pașii de protocol, viteza de creștere
și tipul de bloc selectat.

– afișează informații de Ajutor despre protocoale.

Soluții de control pentru editarea protocolului
Panoul stâng din fereastra Protocol Editor (Editor Protocol) include soluții de control pe care le puteți
utiliza pentru a crea protocoale.
Fiecare soluție de control constă într-un set de parametri care reprezintă un pas din protocol. Puteți
modifica fiecare parametru și puteți adăuga sau elimina parametri pentru a vă personaliza protocolul.
Această secțiune descrie opțiunile din fiecare soluție de control.
nInsert Step (Inserare pas) – inserează un pas înainte sau după pasul
selectat. Puteți edita valorile pentru temperatură și timpul de menținere înafișajul grafic al protocolului sau în schița protocolului.

nInsert Gradient (Inserare gradient) – inserează un pas de gradientbazat pe tipul de bloc cu godeuri selectat în calculatorul de gradient.
Puteți edita intervalul de gradient în panoul Gradient care apare atunci
când un pas de gradient este inserat.

nInsert GOTO (Inserare SaltLa) – inserează un pas de ciclu (buclă), careinformează software-ul să repete pași specifici în secvență pentru unnumăr specificat de cicluri. Repetițiile încep după ce primul ciclu este
finalizat. De exemplu, puteți informa software-ul să efectueze 39 derepetiții pentru pașii 2-4. După repetiția finală, software-ul va fi efectuat pașii 2-4 de 40 de ori în total.
Puteți edita pasul de return-to (revenire-la) (GOTO (SaltLa)) și numărul de cicluri fie din afișajul
grafic, fie din schița de protocol.
nInsert Melt Curve (Inserare curbă de topire) – inserează un pas de citire de curbă de topire.

nInsert Plate Read to Step (Inserare citire placă la pas) – adăugați o comandă de citire placă lapasul selectat. O citire de placă măsoară cantitatea de fluorescență de la sfârșitul unui ciclu. Pasul
pentru citire placă este în general ultimul pas dintr-o buclă GOTO (SaltLa).
Sfat: După ce adăugați o comandă de citire placă unui pas, butonul se schimbă în Remove
Plate Read (Eliminare citire placă) atunci când selectați pasul.

102 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)nRemove Plate Read (Eliminare citire placă) – elimină o comandă de citire placă din pasul selectat.
Sfat: După ce eliminați o comandă de citire placă dintr-un pas, butonul de schimbă în Add Plate
Read to Step (Adăugare citire placă la pas) atunci când selectați pasul.

n

Step Options (Opțiuni pas) – deschide caseta de dialog Step Options (Opțiuni pas) și afișează
opțiunile disponibile pentru pasul selectat. Consultați Opțiuni pas de la pagina 104 pentru informații
detaliate despre opțiunile pasului.
Sfat: De asemenea, puteți accesa Step Options (Opțiuni pas) făcând clic dreapta pe pas înafișajul grafic.

nDelete Step (Ștergere pas) – șterge pasul selectat din protocol.

Ghid de utilizare | 103

Capitolul 7 Crearea de protocoaleOpțiuni pas
Deschideți caseta de dialog Step Options (Opțiuni pas) pentru a vizualiza opțiunile pe care le puteți
adăuga, schimba sau elimina dintr-un pas.

n

Plate Read (Citire placă) – când este selectată, adaugă o citire de placă la pas.

nTemperature (Temperatură) – setează temperatura țintă pentru pasul selectat.

nGradient – setează intervalul de gradient pentru pas; intervalul este 1-24°C.
Notă: Un gradient rulează cu cea mai joasă temperatură în partea din fata a blocului (în această
imagine, rândul H) și cea mai ridicată temperatură în partea din spatele blocului (în această
imagine, rândul A).

n

Increment – suma cu care să crească (sau scadă) temperatura pasului selectat; această valoare
este adăugată la temperatura țintă cu fiecare ciclu. Intervalul este de ±0,1-10°C.
Notă: Pentru a reduce temperatura, introduceți un semn de minus (–) înainte de valoarea
numerică (de exemplu, –5°C).

nRamp Rate (Viteză de creștere) – viteza de creștere pentru pasul selectat; intervalul depinde dedimensiunea blocului.

nTime (Timp) – timpul de menținere pentru pasul selectat.

104 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Protocol Editor (Editor Protocol)nExtend (Prelungire) – timpul (în sec.) pentru prelungirea sau scurtarea pasului selectat; această
opțiune este adăugată la timpul de menținere din fiecare ciclu; intervalul este de 1-60 sec.

n

Beep - când este selectat, se aude un bip în timpul pasului.
Sfat: Când introduceți un număr care este în afara intervalului de opțiuni, software-ul schimbă
numărul la cea mai apropiată intrare din interval.

Ghid de utilizare | 105

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)
Utilizând Protocol Editor (Editor Protocol), puteți crea fișiere protocol personalizate. Puteți, de asemenea,
edita și salva fișiere protocol salvate anterior sau exemple de fișiere protocol livrate împreună cu
CFX Maestro Dx SE.
Pentru a crea un nou fișier protocol, procedați în felul următor:nDeschideți un fișier protocol în Protocol Editor (Editor Protocol).
Sfat: Puteți deschide un protocol nou sau existent în Protocol Editor (Editor Protocol).

n

Configurați noul protocol.

nAdăugați pași la protocol din panoul de control al protocolului.

nEditați proprietățile pașilor.

n

Salvați protocolul.

Sfat: Pentru a crea un protocol nou dintr-un fișier de protocol salvat anterior sau exemplu, consultați
Deschiderea unui protocol existent în Protocol Editor (Editor Protocol) de la pagina 108.

Deschiderea unui nou fișier de protocol în Protocol Editor (Editor
Protocol)
CFX Maestro Dx SE oferă mai multe opțiuni de deschidere a unui nou fișier de protocol:n

Din meniul File (Fișiere) din fereastra Home (Pagină de pornire)n

Din caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare) din fereastra Home (Pagină de pornire)n

Din fereastra de dialog Startup Wizard (Expert pornire) din fereastra Home (Pagină de pornire)

Pentru a deschide un nou fișier de protocol din meniul File (Fișier)uÎn fereastra Home (Pagină de pornire), selectați File > Open > Protocol (Fișier > Nou > Protocol).
Se va deschide fereastra Protocol Editor (Editor Protocol), care afișează fișierul de protocol implicit.
Sfat: Pentru informații despre setarea protocolului implicit, consultați Schimbarea setărilor
implicite ale fișierelor de la pagina 83.

Pentru a deschide un nou protocol din caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare)1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), urmați una dintre procedurile următoare pentru a deschidecaseta de dialog Run Setup (Configurare rulare):n

Selectați Run > User-defined Run (Rulare > Rulare definită de utilizator).

106 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)nFaceți clic pe User-defined Run Setup (Configurare rulare definită de utilizator) de pe bara de
instrumente.

Se va deschide caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare) în fila Protocol, care vă va afișa
fișierul de protocol implicit.
2.

Faceți clic pe Create New (Creare nou).
Se va deschide fereastra Protocol Editor (Editor Protocol), care afișează protocolul implicit în timp
real.

Pentru a deschide un nou fișier de protocol din Startup Wizard (Expert pornire)1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), urmați una dintre procedurile următoare pentru a deschide
Startup Wizard (Expert pornire) dacă nu apare în vizualizare:nSelectați View > Startup Wizard (Vizualizare > Expert pornire).

nFaceți clic pe Startup Wizard (Expert pornire) de pe bara de instrumente.

2.

Dacă este necesar, selectați tipul de instrument din lista verticală.

3.

Faceți clic pe User-defined (Definit de utilizator) ca tip de rulare.
Se va deschide caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare) în fila Protocol, care va afișa fișierul
de protocol implicit.

4.

Faceți clic pe Create New (Creare nou).
Se va deschide fereastra Protocol Editor (Editor Protocol), care afișează protocolul implicit în timp
real.

Pentru a deschide un nou protocol din meniul Run (Rulare)1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), urmați una dintre procedurile următoare pentru a deschidecaseta de dialog Run Setup (Configurare rulare):n

Selectați Run > User-defined Run (Rulare > Rulare definită de utilizator).

nFaceți clic pe User-defined Run Setup (Configurare rulare definită de utilizator) de pe bara de
instrumente.

Se va deschide caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare) în fila Protocol, care vă va afișa
fișierul de protocol implicit.
2.

Faceți clic pe Create New (Creare nou).
Se va deschide fereastra Protocol Editor (Editor Protocol), care afișează protocolul implicit în timp
real.

Ghid de utilizare | 107

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Deschiderea unui protocol existent în Protocol Editor (Editor
Protocol)
CFX Maestro Dx SE furnizează exemple de fișiere de protocol pe care le puteți edita și salva ca
protocoale noi personalizate. De asemenea puteți crea un protocol nou dintr-un protocol personalizat
existent.

Pentru a deschide un exemplu de fișier de protocol1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați File > Open > Protocol (Fișier > Deschidere >Protocol).
Implicit, Windows Explorer se deschide la locația folderului CFX Maestro Dx SE Sample files (Fișiere
probă).

2.

Deschideți folderul Sample files (Fișiere probă). Vedeți următoarele foldere:nConventionalProtocols (ProtocoaleConvenționale) – conține fișiere de protocol exemplu
pentru analiză PCR tradițională.

n

DataFiles (FișiereDate) – conține fișiere de date exemplu pe care le puteți utiliza pentru a
explora funcțiile CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration (CalibrareTopire) – conține fișiere de protocol exemplu pentru utilizare cu
software-ul Precision Melt Analysis al Bio-Rad.

n

Plates (Plăci) – conține exemple de fișiere de placă.

n

RealTimeProtocols (ProtocoaleTimpReal) – conține exemple de fișiere de protocol pentru
analiză PCR în timp real.

3.

Deschideți folderul de protocol pentru tipul de rulare pe care doriți să îl efectuați, fie
ConventionalProtocols (ProtocoaleConvenționale) fie RealTimeProtocols (ProtocoaleTimpReal).

4.

Selectați protocolul pe care îl doriți și faceți clic pe Open (Deschidere).
Exemplul de protocolul se deschide în fereastra Protocol Editor (Editor Protocol).

5.

Selectați File > Save As (Fișier > Salvare ca) și salvați protocolul cu o denumire nouă sau într-un
folder nou.

Pentru a deschide un protocol existent1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), efectuați una dintre următoarele:nSelectați File > Open > Protocol (Fișier > Deschidere > Protocol), navigați la și selectați
protocolul țintă și faceți clic pe Open (Deschidere).

nDeschideți Startup Wizard (Expert pornire) și efectuați una dintre următoarele:108 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)oPentru a edita protocolul afișat, faceți clic pe Edit Selected (Editare selectate).

oPentru a edita un alt protocol existent, faceți clic pe Select Existing (Selectare existent) șinavigați la fișierul țintă.

Protocolul se deschide în fereastra Protocol Editor (Editor Protocol).
2.

Selectați File > Save As (Fișier > Salvare ca) și salvați protocolul cu o denumire nouă sau într-un
folder nou.

Configurarea unui nou protocol
Sfat: Dacă fișierul dvs. de protocol include parametrii necesari (de exemplu, dacă editați un fișier
placă existent), puteți omite această secțiune. Continuați cu Adăugarea de pași la un protocol de lapagina 111.
Noile fișiere de protocol necesită următorii parametri:n

Tipul bloculuinModul de scanare pentru tipul de bloc selectatnTemperatura capaculuinVolumul probei

Ghid de utilizare | 109

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Setarea tipului de bloc
CFX Maestro Dx SE calculează automat creșterile de temperatură pentru pașii de gradient pe baza tipuluide bloc.
Notă: Tipul de placă setat în Protocol Editor (Editor protocol) trebuie să fie același cu cel pentru placa
din modulul de reacție.

Pentru a seta tipul de blocuÎn fereastra Protocol Editor (Editor protocol), selectați Tools > Gradient Calculator (Instrumente >Calculator gradient) și alegeți tipul de placă adecvat din lista verticală care apare.

Selectarea modului de scanare pentru tipul de bloc selectat
Pentru a stabili timpul de rulare a protocolului, selectați tipul blocului țintă și modul de scanare.

Pentru a selecta tipul blocului și modul de scanareuÎn fereastra Protocol Editor (Editor Protocol), selectați Tools > Run time Calculator (Instrumente >Calculator timp de rulare) și alegeți tipul de placă și modul de scanare adecvate din lista verticală
care apare.

Ajustarea temperaturii capacului
CFX Maestro Dx SE setează temperaturile implicite ale capacului după cum urmează:ninstrumente cu 96 godeuri și godeuri adânci — 105,0 °Cninstrumente cu 384 de godeuri – 95,0 °CPuteți modifica setările implicite sau opri încălzitorul capacului în funcție de cerințele protocolului.

Pentru a ajusta temperatura capacului1.

În fereastra Plate Editor (Editor placă), selectați Settings > Lid Settings (Setări > Setări capac).
Apare caseta de dialog Lid Settings (Setări capac).

2.

3.

Urmați una dintre procedurile următoare:nSelectați User Defined (Definite de utilizator) și introduceți o valoare de temperatură în caseta de
text.

n

Selectați Turn Off Lid Heater (Oprire încălzitor capac).

Faceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a închide caseta de dialog.

110 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)

Setarea volumului probei
Implicit, CFX Maestro Dx SE setează volumul probei pentru fiecare godeu la 25 µl. Volumele probelor
diferă în funcție de tipul de bloc, de exemplu:
n0-50 µl pentru un bloc de 96 de godeurin0-30 µl pentru un bloc de 384 de godeuri

Instrumentul utilizează unul din două moduri de control al temperaturii pentru a determina când ajunge
proba la temperatura țintă într-un protocol:nCalculated mode (Mod calculat) – atunci când volumul probei este setat la un volum diferit de zerocorespunzător pentru bloc, instrumentul calculează temperatura probei pe baza volumului probei.
Acesta este modul standard.

nBlock mode (Mod bloc) – atunci când volumul probei este setat la zero (0) µl, instrumentulînregistrează temperatura probei ca fiind aceeași cu temperatura măsurată a blocului.

Pentru a seta volumul probei pentru un bloc specificuÎn fereastra Plate Editor (Editor placă), introduceți valoarea corectă în caseta de text Sample Volume(Volum probă) de pe bara de instrumente.

Sfat: Puteți modifica volumul probei implicit în caseta de dialog User Preferences (Preferințe
utilizator). Consultați Schimbarea setărilor implicite ale fișierelor de la pagina 83.

Adăugarea de pași la un protocol
Pentru a adăuga un pas la un protocol
1.

Deschideți protocolul în fereastra Protocol Editor (Editor Protocol).

2.

Stabiliți unde doriți să inserați noul pas. Pe bara de instrumente, selectați Before (Înainte) sau After(După) din lista verticală Step (Pas).

3.

În grafic, selectați pasul înainte sau după care intenționați să inserați noul pas.

4.

În panoul din stânga, faceți clic pe Insert Step (Inserare pas).

5.

Pentru a modifica temperatura sau timpul de așteptare, faceți clic pe valoarea implicită din grafic sauschița protocolului și tastați o valoare nouă.

6.

(Opțional) În panoul din stânga, faceți clic pe Step Options (Opțiuni pași) pentru a deschide caseta dedialog Step Options (Opțiuni pași) și pentru a modifica opțiunile disponibile pentru pasul selectat.
Sfat: Puteți accesa caseta de dialog Step Options (Opțiuni pași) din meniul clic dreapta alpanoului graficului sau al panoului schiței protocolului.

7.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările protocolului.

Ghid de utilizare | 111

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Va apărea caseta de dialog Save As (Salvare ca).
8.

În caseta de dialog Save As (Salvare ca), tastați denumirea noului fișier de protocol și faceți clic pe
Save (Salvare).

Inserarea unui pas de gradientPentru a insera un pas de gradient1.

Verificați dacă dimensiunea plăcii pentru gradient este aceeași cu tipul de bloc al instrumentului, cu
96 de godeuri, cu 384 de godeuri sau godeu adânc.

2.

Dacă încă nu ați procedat astfel, selectați dimensiunea plăcii pentru gradient:
Selectați Tools > Gradient Calculator (Instrumente > Calculator gradient) și selectați tipul de godeu
corespunzător din lista verticală.

3.

Pe bara de instrumente, selectați Before (Înainte) sau After (După) din lista verticală Insert Step
(Inserare pas).

4.

În grafic sau în panoul de schiță, selectați pasul înainte sau după care intenționați să inserați pasul degradient.

5.

În panoul din stânga, faceți clic pe Insert gradient (Inserare gradient). Noul pas de gradient este
evidențiat în grafic și în panoul de schiță, de exemplu:

112 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)

Temperatura fiecărui rând din gradient apare în tabelul Gradient în panoul din dreapta.
6.

Pentru a edita intervalul de temperatură pentru gradient, efectuați una dintre următoarele:nFaceți clic pe temperatura implicită în grafic sau panoul de schiță și introduceți o temperatură
nouă.

n

Faceți clic pe Step Options (Opțiuni Pas) pentru a introduce intervalul de gradient în fereastra
Step Options (Opțiuni Pas).

n

Schimbați valoarea pentru Range (Interval) în tabelul Gradient.

7.

Pentru a edita timpul de menținere, faceți clic pe timpul implicit din vizualizarea grafică sau text și
introduceți un timp nou.

8.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările.

Inserarea unui pas GOTO (SaltLa)
Notă: Nu puteți insera un pas GOTO (SaltLa) într-un set GOTO (SaltLa); nu puteți crea bucle GOTO
(SaltLa) imbricate.

Pentru a insera un pas GOTO (SaltLa)
1.

Pe bara de instrumente, selectați Before (Înainte) sau After (După) din lista verticală Insert Step
(Inserare pas).

2.

În grafic, selectați pasul înainte sau după care intenționați să inserați pasul GOTO (SaltLa).

3.

În panoul din stânga, faceți clic pe Insert GOTO (Inserare SaltLa).

4.

Pentru a edita numărul pasului GOTO (SaltLa) sau numărul de repetări GOTO (SaltLa), selectați
numărul implicit din grafic sau din panoul de schiță și introduceți o valoare nouă.

5.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările.

Inserarea unui pas de curbă de topire
Sfat: Nu puteți insera un pas de curbă de topire într-o buclă GOTO (SaltLa).
Notă: Pasul de curbă de topire include o menținere de 30 de secunde la începutul pasului, care nu
este afișată în protocol.

Pentru a insera un pas de curbă de topire
1.

Pe bara de instrumente, selectați Before (Înainte) sau After (După) din lista verticală Insert Step
(Inserare pas).

2.

În grafic, selectați pasul înainte sau după care intenționați să inserați pasul de curbă de topire.

Ghid de utilizare | 113

Capitolul 7 Crearea de protocoale3.

În panoul din stânga, faceți clic pe Insert Melt Curve (Inserare curbă de topire). Noul pas de curbă detopire este evidențiat în grafic și în panoul de schiță, de exemplu:

4.

Pentru a edita intervalul de temperatură de topire sau timpul de increment, selectați numărul implicit
în grafic sau în panoul de schiță și introduceți o valoare nouă.

5.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările.

114 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui protocol în Protocol Editor (Editor Protocol)Adăugarea sau eliminarea unui pas de citire placă
Sfat: După ce adăugați o comandă de citire placă unui pas, butonul se schimbă în Remove Plate
Read (Eliminare citire placă) atunci când selectați pasul.

Pentru a adăuga o citire de placă la un pas
1.

Pe bara de instrumente, selectați Before (Înainte) sau After (După) din lista verticală Insert Step
(Inserare pas).

2.

În grafic, selectați pasul înainte sau după care intenționați să inserați pasul de citire placă.

3.

În panoul din stânga, faceți clic pe Add Plate Read to Step (Adăugare citire placă la pas) pentru aadăuga o citire de placă la pasul selectat.

4.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva modificările.

Pentru a elimina o citire de placă dintr-un pasuÎn grafic, selectați pasul care conține citirea de placă și faceți clic pe Remove Plate Read (Eliminare
citire placă) în panoul din stânga.

Modificarea opțiunilor pașilor
Pentru a modifica opțiunile pașilor pentru un pas selectat1.

Selectați pasul țintă în grafic sau în panoul de schiță.

2.

În panoul din stânga, faceți clic pe Step Options (Opțiuni pași) pentru a deschide caseta de dialog
Step Options (Opțiuni pași).
Ca alternativă, faceți clic dreapta pe pasul țintă în oricare panou și selectați Step Options (Opțiunipași) în meniul care apare.

3.

Pentru a adăuga, modifica sau elimina opțiuni:nIntroduceți o valoare în caseta de text corespunzătoare.

n

Editați o valoare în caseta de text specifică.

nBifați sau debifați o casetă de selectare.

4.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog Step Options (Opțiuni pași).

5.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva protocolul.

Ghid de utilizare | 115

Capitolul 7 Crearea de protocoaleȘtergerea unui pas
Important: Această funcție nu poate fi anulată. Procedați cu atenție când ștergeți pași.

Pentru a șterge un pas din protocol
1.

Selectați pasul în grafic sau în panoul de schiță.

2.

În panoul din stânga, faceți clic pe Delete Step (Ștergere pas) pentru a șterge pasul selectat.

3.

Faceți clic pe OK și apoi pe Yes (Da) pentru a salva protocolul.

Copierea, exportarea sau imprimarea unui protocol
Pentru a copia un protocoluFaceți clic dreapta pe schița protocolului și selectați Copy Protocol (Copiere protocol).
Puteți copia schița într-un fișier .txt, .xls, .doc sau .ppt.

Pentru a exporta un protocol
1.

Faceți clic dreapta pe schița protocolului și selectați Export Protocol (Exportare protocol).
Va apărea caseta de dialog Save As (Salvare ca).

2.

(Opțional) În Windows Explorer, navigați la un folder în care doriți să salvați fișierul protocolului.

3.

În File name (Denumire fișier), introduceți o denumire pentru fișierul de protocol exportat.

4.

Faceți clic pe Save (Salvare).

Pentru a imprima un protocoluFaceți clic dreapta pe schița protocolului și selectați Print (Imprimare).
Puteți imprima schița protocolului utilizând imprimanta dvs. implicită.

116 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui protocol cu Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol)

Crearea unui protocol cu Protocol AutoWriter (Utilitar descriere automată protocol)
Important: Bio-Rad nu garantează că rularea unui protocol creat cu Protocol AutoWriter (Utilitar descriere automată protocol) va determina întotdeauna un produs PCR.
Utilitarul Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol) al CFX Maestro Dx SE generează
automat protocoale de ciclu bazate pe următorii parametri de intrare:nAmplicon length (Lungime amplicon) – lungimea așteptată a produsului PCRnAnnealing temperature (Temperatură de atașare) – Ta de reacție pentru primerii utilizați
Dacă Ta este necunoscută, puteți utiliza calculatorul Ta pentru a o calcula automat pe baza
secvențelor de primer.
Notă: Ta este ajustată pe baza informațiilor privind temperatura de topire a primerului (Tm), carese bazează pe enzima selectată și pe viteza protocolului.

nEnzyme type (Tip de enzimă) – enzima DNA (ADN) polimerază (iTaq, iProof DNA (ADN)
polimerază sau Other (Alta))Dacă utilizați o altă enzimă decât iTaq sau iProof DNA (ADN) polimerază, puteți introduce informații
suplimentare, inclusiv intervalul de gradient, timpul de activare la pornirea la cald (în sec) și timpul deextensie finală (în sec).

n

Run speed (Viteza de rulare) – viteza de reacție (standard, rapid sau ultrarapid)
Utilitarul Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol) optimizează protocolul în funcție
de setarea selectată pentru viteză. Timpul de rulare total este determinat de numărul de pași și decicluri, de timpul de incubare la fiecare pas și de timpul necesar pentru atingerea uniformității latemperatura țintă.

Utilizând parametrii introduși de dvs. și ghidul standard pentru PCR, Protocol AutoWriter (Utilitar descriere automată protocol) generează automat un protocol PCR personalizat cu pași pentru start fierbinte,
denaturare inițială, atașare și extensie. Puteți apoi să vizualizați o reprezentare grafică a protocolului
sugerat și să editați, rulați sau salvați protocolul.

Ghid de utilizare | 117

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Pentru a crea un nou protocol utilizând utilitarul Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere
automată protocol) al CFX Maestro Dx SE
1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați Tools > Protocol AutoWriter (Instrumente > Utilitarde scriere automată protocol).
Apare caseta de dialog Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol).

2.

În secțiunea Enter Target Values/Enzyme (Introducere valori țintă/enzimă), procedați după cum
urmează:nIntroduceți temperatura de atașare (Ta) pentru primeri, dacă este cunoscută.
Sfat: Consultați Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta) de la pagina 119 pentru mai multe
informații.
Notă: Pentru informații despre calculele utilizate în Ta Calculator (Calculator Ta), consultați
Breslauer et al. 1986.

nIntroduceți lungimea ampliconului în perechi de baze (pb).

nSelectați un tip de enzimă din lista de opțiuni (iTaq DNA (ADN) polimerază, iProof DNA (ADN)
polimerază sau Other (Alta)).
Sfat: Dacă selectați Other (Alta) ca tip de enzimă, parametrii din secțiunea Additional
Parameters (Optional) (Parametri suplimentari (Opțional)) devin activi.

118 | Software CFX Maestro Dx SE

Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta)

3.

Dacă ați selectat Other (Alta) ca tip de enzimă, puteți adăuga oricare dintre sau toți parametriiurmători la protocol:nGradient range (Interval de gradient)n

Hot start activation temperature (Temperatură de activare pentru pornirea la cald)nFinal extension time (Timp de extensie finală)4.

În secțiunea Type (Tip), deplasați cursorul pentru a selecta o viteză de protocol (Standard, Fast
(Rapid) sau Ultrafast (Ultrarapid)). CFX Maestro Dx SE reglează timpul total.

5.

Selectați tipul de PCR de efectuat (Real-time PCR (PCR în timp real) este opțiunea implicită).
În cazul PCR în timp real, CFX Maestro Dx SE adaugă un pas de citire placă pentru colectarea dedate de fluorescență.

6.

În secțiunea Preview (Previzualizare), revizuiți protocolul. Puteți efectua modificări în funcție denecesități.

7.

Urmați una dintre procedurile următoare:nFaceți clic pe OK pentru a salva noul protocol. După ce a fost salvat, protocolul se deschide înStartup Wizard (Expert pornire). Faceți clic pe Edit Selected (Editare selectate) pentru a aduceorice modificări protocolului. De exemplu, ați putea avea nevoie să schimbați temperatura
capacului și volumul probei.

nFaceți clic pe Cancel (Anulare) pentru a închide fereastra fără a salva protocolul.

Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta)
Atunci când nu cunoașteți temperatura de atașare pentru primer, puteți folosi Ta Calculator (CalculatorTa) pentru a calcula valoarea. Puteți folosi valoarea din Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată
protocol) sau din Protocol Editor (Editor protocol) pentru a vă crea protocolul.

Despre Ta Calculator (Calculator Ta)
Ta Calculator (Calculator Ta) calculează valoarea Tm pentru fiecare primer, precum și valoarea Ta pentru
protocol la viteză standard.
Valoarea Ta pentru protocol este bazată pe valorile medii Tm ale primerului, aplicându-se următoarele
reguli:nDacă diferența dintre valorile Tm ale primerului este > 4°C, Ta = (valoarea cea mai mică dintre celedouă valori Tm ale primerului + 2) – 4 °CnDacă diferența dintre valorile Tm este ≤4 °C, Ta = (media valorilor Tm ale primerului) – 4 °C

Ghid de utilizare | 119

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Metoda numărării perechilor de baze
Pentru fiecare primer, Ta Calculator (Calculator Ta) utilizează metoda numărării perechilor de baze pentru
secvențe de maximum 14 perechi de baze (pb).
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)unde w, x, y și z sunt numerele bazelor A, T, G, respectiv C din secvență.

Metoda Cel mai apropiat vecin
Pentru secvențe mai lungi de 14 bp, se utilizează metoda cu cel mai apropiat vecin. În metoda cu cel mai
apropiat vecin, calculele pentru temperatura de topire sunt bazate pe relația termodinamică dintre
entropie (ordine sau o măsură a caracterului aleatoriu al oligonucleotidei), entalpie (căldură eliberată sau
absorbită de oligonucleotidă), energie liberă și temperatură.
∆H = ∆G + T* ∆S
unde:n∆H = Valoare entalpie, Cal/Mol*Kn

T = temperatură, Kelvinn∆S = Valoare entropie, Cal/Mol*Kn∆G = Energie liberă Gibbs în Cal/Mol*K

Schimbarea entropiei și entalpiei este calculată direct însumând valorile pentru perechile de nucleotideafișate în Tabelul 8 (Breslauer et al. 1986).
Relația dintre energia liberă și concentrația de reactanți și produse la echilibru este dată de:∆G = R*T*ln ((ADN * Primer)/(ADN + Primer))unde R este constanta gazoasă (1,986 Cal/Mol*K).
Prin substituirea G în cele două ecuații și rezolvarea pentru T rezultă
T = ∆H/(∆S + R*Ln((ADN * Primer)/(ADN + Primer)))
presupunând că concentrațiile pentru ADN și complexul ADN-primer sunt egale.
S-a determinat în mod empiric faptul că există o schimbare de energie liberă de 5 kcal (3,4 kcal)(Sugimoto et al. 1996) în timpul tranziției de la ADN cu catenă unică la ADN de formă B. Aceasta se
presupune a fi energie de inițializare a helixului. La final, adăugarea unei ajustări pentru sare dă ecuația
pe care o utilizează Ta Calculator (Calculatorul Ta):T = (∆H – 5(KCal/K*Mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16,6 log10 (MolaritateSare)

120 | Software CFX Maestro Dx SE

Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta)

Nicio constantă de ajustare pentru concentrația de sare nu este necesară, deoarece diverșii parametri au
fost determinați la 1 M NaCl, iar log10 de 1 este zero.
Calculele termodinamice presupun că procesul de atașare are loc la pH 7,0. Calculele pentru Tm
presupun că secvențele nu sunt simetrice și conțin cel puțin un G sau C.
Secvența de oligonucleotidă trebuie să fie la o lungime de cel puțin 14 baze pentru a oferi valori Tm
rezonabile. Mai puțin de 14 baze utilizează aceeași metodă de numărare a perechilor de baze (consultați
Tabelul 8 care urmează).
Tabelul 8. Constante de interacțiune Breslauer

Interacțiune

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Ghid de utilizare | 121

Capitolul 7 Crearea de protocoale

Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta)
Pentru a utiliza Ta Calculator (Calculator Ta)
1.

Pentru a deschide Ta Calculator (Calculator Ta ), urmați una dintre procedurile următoare:nDacă momentan vă aflați în Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere automată protocol), faceți clicpe Ta Calculator (Calculator Ta).

nÎn fereastra Home (Pagină de pornire), selectați Tools > Ta Calculator (Instrumente > CalculatorTa).

Va apărea caseta de dialog Ta Calculator (Calculator Ta).

2.

În caseta de dialog Forward Primer, tastați sau lipiți secvența de înaintare a primerului.
Sfat: Puteți, de asemenea, folosi butoanele A, T, G, C din partea stângă a casetei de dialog
pentru a introduce secvența.

3.

Tastați sau lipiți Reverse primer în caseta de text Reverse Primer (Retur primer).

4.

Faceți clic pe Calculate (Calculare).

122 | Software CFX Maestro Dx SE

Utilizarea Ta Calculator (Calculator Ta)

Ta Calculator (Calculator Ta) calculează și afișează Tm pentru fiecare primer și media Tm și valorile
Ta, de exemplu:

Dacă valorile Tm ale primerului diferă între ele cu mai mult de 4°C, Protocol AutoWriter (Utilitar descriere automată protocol) folosește valoarea Tm mai mică a primerului + 2 °C ca bază de calcul
pentru valoarea Ta, pe care o puteți modifica ulterior prin modificarea enzimei și a vitezei de reacție.
Ta Calculator (Calculator Ta) generează o temperatură de atașare pentru viteza standard cu
polimeraza ADN iTaq. Dacă se folosește o altă enzimă, setările de viteză se ajustează automat Ta.
5.

Urmați una dintre procedurile următoare:nDacă ați deschis Ta Calculator (Calculator Ta) din Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere
automată protocol), faceți clic pe OK. Reveniți la Protocol AutoWriter (Utilitar de scriere
automată protocol). Temperatura de atașare este modificată automat.

nDacă ați deschis Ta Calculator (Calculator Ta) din meniul Tools (Instrumente), înregistrați
calculele și faceți clic pe Cancel (Anulare) pentru a închide calculatorul.

Ghid de utilizare | 123

Capitolul 7 Crearea de protocoale

124 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor
Un fișier placă conține informații despre parametrii rulării, precum modul de scanare, fluoroforii șiconținutul godeului. După rulare, Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate asociază conținutul
godeurilor cu datele de fluorescență colectate în timpul rulării și aplică analiza corespunzătoare în
fereastra Data Analysis (Analiza datelor). De exemplu, godeurile încărcate cu probă de tip standard suntutilizate pentru a genera o curbă standard.
CFX Maestro Dx SE oferă două opțiuni pentru crearea plăcilor: Plate Editor (Editorul de plăci) pentrurulările PCR în timp real și Setup Wizard (Expertul de configurație) pentru analiza normalizată a expresiei
genice.
Plate Editor (Editor placă) include următoarele funcții:n

Fluorofori standard și tipuri de probe ce vor fi atribuite godeurilor plăcii

nCapacitatea de a configura țintă de referință și probă de control pentru analiza expresiei genicen

Capacitatea de a edita configurația plăcii înainte, în timpul sau după finalizarea unei rulări

nCapacitatea de a salva fișierele placă pentru reutilizarenCapacitatea de a imprima fișierul placă la o imprimantă implicită

Setup Wizard (Expert configurație) vă asistă la crearea unei structuri de placă pentru analiza expresiei
genice normalizate. Puteți folosi Setup Wizard (Expert configurație) înainte, în timpul sau după finalizarea
unei rulări.

Ghid de utilizare | 125

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Fereastra Plate Editor (Editor placă)Utilizați Plate Editor (Editor placă) pentru a crea plăci personalizate sau modifica plăcile existente.

LEGENDĂ
1.

Bara de meniu furnizează acces rapid la comenzile de meniu File (Fișier) și Settings (Setări),precum și la opțiunile de instrumente de editare pentru placă.

2.

Bara de instrumente oferă acces rapid la funcții de încărcare de placă importante.

3.

Panoul principal afișează schița plăcii și opțiunile de placă atunci când le aplicați.

4.

Panoul din dreapta afișează opțiuni pe care le utilizați pentru a vă personaliza placa.

5.

Panoul de jos afișează tipul de placă și oferă acces rapid la opțiunile de vizualizare.

Comenzile meniului File (Fișier)Save (Salvare) – salvează fișierul de date de placă în locația specificată în fila File (Fișier) din caseta dedialog User Preferences (Preferințe utilizator). Consultați Schimbarea setărilor implicite ale fișierelor de lapagina 83 pentru mai multe informații. Acest element de meniu este disponibil numai la crearea unui fișier
de placă nou.
Save As (Salvare ca) – salvează fișierul de date de placă deschis cu un nume nou pe care îl furnizați
dvs. Acest element de meniu este disponibil numai la crearea unui fișier de placă nou.

126 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Plate Editor (Editor placă)File Passwords (Parole fișier) - permite utilizatorilor să-și seteze parolele de salvare și deschidere afișierelor.
Extract Plate (Extragere placă) – deschide o casetă de dialog în care puteți extrage/salva fișierul deplacă (.pltd). Acest element de meniu este disponibil numai la vizualizarea sau editarea unui fișier deplacă existent.
Print (Imprimare) – imprimă fișierul de date de placă deschis.
Close (Închidere) – închide Plate Editor (Editor placă)Comenzile meniului Edit (Editare)
Undo (Anulare) – anulează o modificare dintr-un fișier placă înainte ca fișierul placă să fie salvat.
Redo (Refacere) – anulează cea mai recentă acțiune de anulare dacă fișierul placă nu a fost salvat.

Comenzile meniului Settings (Setări)Plate Size (Dimensiune placă) – deschide o casetă de dialog din care puteți selecta o dimensiune aplăcii pentru rulare.
Notă: Dimensiunea plăcii trebuie să fie aceeași cu dimensiunea blocului de pe instrumentul pe
care se realizează rularea.
Alegeți 96-godeuri pentru:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Alegeți 384 godeuri pentru:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Tipul plăcii) – vă permite să alegeți tipul godeurilor din placa cu probele dvs., fie BR White(BR Alb), fie BR Clear (BR Transparent). Pentru o analiză de date precisă, tipul de placă selectat trebuiesă corespundă cu tipul de placă utilizat în rulare.
Notă: Trebuie să calibrați noile tipuri de placă. Consultați Calibrarea de noi coloranți de lapagina 75 pentru mai multe informații.
Number Convention (Convenție numerică) – vă permite să bifați sau să debifați opțiunea de afișare aunităților în notație științifică. Opțiunea implicită este afișarea unităților în notație științifică.
Units (Unități) – vă permite să alegeți unitățile de afișat în foile de calcul atunci când efectuați
cuantificarea unei curbe necunoscute vs. una standard.

Ghid de utilizare | 127

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Comenzile meniului Editing Tools (Instrumente de editare)
Setup Wizard (Expert configurație) – deschide Setup Wizard (Expert configurație), în care puteți defini
parametrii de structură și analiză pentru placa actuală. Puteți folosi Setup Wizard (Expert configurație)înainte de, în timpul sau după finalizarea unei rulări.
Spreadsheet View/Importer (Vizualizare/importare foaie de calcul) – deschide caseta de dialog View
(Vizualizare), care afișează structura de placă drept matriță în format de foaie de calcul. Puteți utilizaaceastă casetă de dialog pentru a exporta sau importa datele de matriță de placă în format .csv.
Flip Plate (Întoarcere placă) – întoarce conținutul plăcii la 180o.

Comenzi bară de instrumente
Revine asupra schimbării unei plăci.CFX Maestro Dx SE acceptă până lazece acțiuni de anulare
Inversează cea mai recentă acțiune Undo (Anulare). CFX Maestro Dx SE
acceptă până la zece acțiuni de refacere.
Salvează fișierul de placă actual.

Afișează o listă verticală din care puteți crește sau reduce mărirea
vizualizării plăcii.
Afișează o listă verticală din care puteți selecta un mod de scanare, caredă instrucțiuni instrumentului din ce canale să colecteze date defluorescență în timpul unei rulări.
Deschide fereastra Well Groups Manager (Manager grupuri de godeuri),
pe care o puteți utiliza pentru a crea grupuri de godeuri pentru placa
actuală.
Afișează o casetă de dialog în care puteți alege culorile și simbolurile
pentru urmele de amplificare.
Deschide caseta de dialog View (Vizualizare), care afișează structura deplacă drept matriță într-un format de foaie de calcul. Puteți utiliza această
casetă de dialog pentru a exporta sau importa datele de matriță de placă
în format .csv.
Deschide Setup Wizard (Expert configurație), unde puteți defini
parametrii de structură și analiză pentru placa actuală. Puteți folosi Setup
Wizard (Expert configurație) înainte, în timpul sau după finalizarea uneirulări.

128 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Plate Editor (Editor placă)Deschide fila Plate (Placă) în caseta de dialog User Preferences(Preferințe utilizator), în care puteți defini parametrii pentru structura dvs.
de placă și puteți crea sau șterge denumiri de țintă, probă și grup biologic.
Schimbările pe care le efectuați în fila Plate (Placă) sunt disponibile data
viitoare când deschideți Plate Editor (Editor placă).
Afișează pașii necesari pentru configurația unei plăci și încărcarea
godeurilor.

Ghid de utilizare | 129

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)Utilizând Plate Editor (Editor placă), puteți crea fișiere placă particularizate. Puteți, de asemenea, edita șisalva fișiere placă salvate anterior sau fișiere placă de probă livrate împreună cu Sistemul CFX Opus Dx.
Pentru a crea un nou fișier placă, procedați în felul următor:nDeschideți un fișier placă în Plate Editor (Editor placă).

n

Selectați tipul plăcii.
Notă: Tipul plăcii pentru fișierul placă trebuie să fie același cu tipul de placă din modulul dereacție.

nSelectați modul de scanare care va fi utiliza în protocol.

nSelectați fluoroforii care vor fi utilizați în placă.

n

Selectați tipul probei, țintele și probele.

nSelectați replicatele tehnice, dacă este cazul.

n

Salvați structura plăcii.

Sfat: Pentru a crea o placă nouă din fișiere placă salvate anterior sau probă, consultați Deschidereaunui fișier placă existent în Plate Editor (Editor placă) de la pagina 132.

Deschiderea unui fișier placă nou în Plate Editor (Editor placă)CFX Maestro Dx SE oferă mai multe opțiuni de deschidere a unui nou fișier de placă:n

Din fereastra Home (Pagină de pornire)n

Din caseta de dialog Startup Wizard (Expert pornire)n

Din caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare)

Pentru a deschide un nou fișier de placă din fereastra Home (Pagină de pornire)u

Selectați File > New > Plate (Fișier > Nou > Placă).
Fereastra Plate Editor (Editor placă) se deschide afișând fișierul de placă implicit pentru instrumentul
selectat.
Sfat: Pentru informații despre setarea fișierului dvs. implicit de placă, consultați Schimbareasetărilor implicite ale fișierelor de la pagina 83.

130 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)Pentru a deschide un nou fișier de placă din Startup Wizard (Expert pornire)1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), urmați una dintre procedurile următoare pentru a deschide
Startup Wizard (Expert pornire) dacă nu apare în vizualizare:nSelectați View > Startup Wizard (Vizualizare > Expert pornire).

nFaceți clic pe Startup Wizard (Expert pornire) de pe bara de instrumente.

2.

Dacă este necesar, selectați tipul de instrument din lista verticală.

3.

Pentru a crea o placă nouă, faceți clic pe User-defined (Definit de utilizator) ca tip de rulare.
Se va deschide caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare) care afișează fila Protocol.

4.

Faceți clic pe fila Plate (Placă) și faceți clic pe Create New (Creare nou).
Fereastra Plate Editor (Editor placă) se deschide afișând structura de placă implicită pentru
instrumentul selectat.

Pentru a deschide un nou fișier de placă din caseta de dialog Run Setup (Configurare
rulare)1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), urmați una dintre procedurile următoare pentru a deschidecaseta de dialog Run Setup (Configurare rulare):n

Selectați Run > User-defined Run (Rulare > Rulare definită de utilizator).

nFaceți clic pe User-defined Run Setup (Configurare rulare definită de utilizator) de pe bara de
instrumente.

Se va deschide caseta de dialog Run Setup (Configurare rulare) în fila Protocol.
2.

Pentru a crea o placă nouă, faceți clic pe fila Plate (Placă) și faceți clic pe Create New (Creare nou).
Fereastra Plate Editor (Editor placă) se deschide afișând structura de placă implicită pentru
instrumentul selectat.

Ghid de utilizare | 131

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Deschiderea unui fișier placă existent în Plate Editor (Editor placă)CFX Maestro Dx SE furnizează fișiere de placă probă pe care le puteți edita și salva ca o placă nouă. De
asemenea, puteți crea un fișier de placă nou dintr-un fișier de placă salvat.

Pentru a deschide un fișier de placă probă
1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați File > Open > Plate (Fișier > Deschidere > Placă).
Windows Explorer (funcția Căutare) deschide locația folderului Sistemul CFX Opus Dx Sample files(Fișiere probă).

2.

Deschideți folderul Sample files (Fișiere probă), apoi deschideți folderul Plates (Plăci).

3.

Selectați un fișier placă și faceți clic pe Open (Deschidere).
Fișierul de placă probă se deschide în fereastra Plate Editor (Editor placă).

4.

Selectați File > Save As (Fișier > Salvare ca) și salvați fișierul de placă cu o denumire nouă sau întrun folder nou.

Pentru a deschide un fișier de placă salvat anterior1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), efectuați una dintre următoarele:nSelectați File > Open > Plate (Fișier > Deschidere > Placă), navigați la și selectați placa țintă șifaceți clic pe Open (Deschidere).

nDeschideți Startup Wizard (Expert pornire) și efectuați una dintre următoarele:oPentru a edita un fișier de placă existent, faceți clic pe Select Existing (Selectare existent) șinavigați la fișierul țintă.

oPentru a edita fișierul de placă afișat, faceți clic pe Edit Selected (Editare selectate).

Fișierul de placă țintă se deschide în fereastra Plate Editor (Editor placă).
2.

Selectați File > Save As (Fișier > Salvare ca) și salvați fișierul de placă cu o denumire nouă sau întrun folder nou.

132 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)Configurația unui fișier de placă nou
Sfat: Dacă fișierul dvs. de placă include parametrii necesari (de exemplu, dacă editați un fișier deprobă sau un fișier de placă existent), puteți omite această secțiune. Continuați cu Atribuirea deparametri opționali fișierului placă de la pagina 141.
Noile fișiere de placă necesită următorii parametri:nDimensiune placăn

Tip de placă

n

Mod de scanaren

Un fluorofor (colorant)n

Un tip de probă

Selectarea dimensiunii și tipului plăcii
Important: Trebuie să selectați o dimensiune de placă în timpul configurației plăcii. Nu puteți
modifica dimensiunea plăcii în timpul sau după o rulare.
Software-ul aplică dimensiunea și tipul plăcii tuturor godeurilor în timpul rulării. Asigurați-vă că
dimensiunea de placă selectată este aceeași cu cea a plăcii pe care o veți utiliza în rulare.
Sistemele CFX Opus Dx de la Bio-Rad sunt calibrate din fabrică pentru multe combinații de coloranți
fluorescenți și plăci. Calibrarea este specifică instrumentului, colorantului și tipului de placă. Asigurați-văcă fluoroforul pe care intenționați să îl utilizați este calibrat pentru tipul de placă selectat.
Sfat: Pentru a calibra o combinație nouă de colorant și tip de placă pe un instrument, selectați
Tools > Calibration Wizard (Instrumente > Expert calibrare). Pentru informații despre calibrarea
coloranților și a tipurilor de plăci, consultați Calibrarea de noi coloranți de la pagina 75.

Selectarea modului de scanare
Sistemele CFX Opus 96 și CFX Opus Deepwell Dx stimulează și detectează fluorofori în cinci canale(plus FRET). Sistemele CFX Opus 384 Dx excită și detectează fluorofori în patru canale și FRET. Toate
sistemele folosesc moduri multiple de scanare a datelor obținute, pentru a colecta date privind
fluorescența din timpul unei rulări.
CFX Maestro Dx SE oferă trei moduri de scanare:nToate canaleleoScanează canalele de la 1 la 5 pe sistemele CFX Opus 96 Dx și CFX Opus Deepwell DxoScanează canalele de la 1 la 4 pe sistemele CFX Opus 384 Dx

Ghid de utilizare | 133

Capitolul 8 Pregătirea plăcilornn

SYBR®/FAMoScanează doar canalul 1oOferă o scanare rapidăFREToScanează doar canalul FREToOferă o scanare rapidă

Selectarea fluoroforilor
Important: Înainte de a începe rularea, sistemele CFX verifică dacă fluoroforii specificați în placă
sunt calibrați pe acel instrument. Nu puteți rula o placă dacă include fluorofori care nu au fost calibrați
pe instrumentul respectiv.
Trebuie să încărcați cel puțin un fluorofor în structura plăcii înainte de rulare. Puteți adăuga câți fluorofori
sunt necesari în acest moment, însă placa trebuie să conțină cel puțin un fluorofor. Fluoroforii selectați
apar ca opțiuni pentru țintele din Target Names (Denumiri ținte).
Puteți folosi caseta de dialog Select Fluorophores (Selectare fluorofori) pentru a încărca fluorofori (saucoloranți placă) în comenzile de încărcare a godeurilor din Plate Editor (Editor placă). Fluoroforii care apar
în caseta de dialog Select Fluorophores (Selectare fluorofori) depind de modul de scanare selectat:nToate canalele
Apar toți fluoroforii disponibili.
Sfat: Puteți adăuga oricâți fluorofori trebuie, însă puteți încărca doar un fluorofor per canal în
fiecare godeu.

n

SYBR®/FAM
Vor apărea doar fluoroforii din canalul 1.

n

FRET
Va apărea doar fluoroforul din canalul 6.
Sfat: Fluoroforul din canalul 6 FRET apare doar când modul de scanare selectat este FRET. Nu
este disponibil pentru modul de scanare All Channels (Toate canalele).

Notă: Nu puteți adăuga sau îndepărta fluorofori direct din caseta de dialog Select Fluorophore(Selectare fluorofor). Trebuie să calibrați noii fluorofori pe un instrument utilizând Calibration Wizard(Expert calibrare). După calibrare, noul fluorofor este adăugat automat pe această listă. Pentru mai
multe informații, consultați Calibrarea de noi coloranți de la pagina 75.

134 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)Selectarea tipurilor de probe
Important: Trebuie să selectați cel puțin un tip de probă pe care să îl atribuiți godeurilor plăcii înaintede rulare.
CFX Maestro Dx SE oferă cinci tipuri de probă:nUnknown (Necunoscută)n

Eroaren

NTC (control fără țintă de amplificare)nPositive Control (Control pozitiv)n

Negative Control (Control negativ)n

NRT (fără transcriptază inversă)Atribuiți tipurile de probe godeurilor plăcii.

Configurația unei plăci noi
Pentru a configura o placă nouă1.

Deschideți o placă nouă în fereastra Plate Editor (Editor placă).

2.

Pentru a seta dimensiunea plăcii, selectați Settings > Plate Size (Setări > Dimensiune placă) și
selectați dimensiunea corespunzătoare a plăcii din meniul vertical.

3.

Pentru a seta tipul plăcii, selectați Settings > Plate Type (Setări > Tip de placă) și selectați fie BR
White (Alb), fie BR Clear (Transparent) din meniul vertical.

4.

Opțional, din meniul Settings (Setări), puteți schimba convenția numerică și unitățile de afișare:nPentru a schimba convenția numerică, selectați Settings > Number Convention (Setări >Convenție numerică) și selectați Scientific Notation (Notație științifică).
Sfat: Scientific Notation (Notație științifică) este selectată implicit. În acest caz, selectarea
Scientific Notation (Notație științifică) anulează selecția implicită și setează convenția
numerică la forma standard.

n5.

Pentru a schimba unitățile de afișare, selectați Settings > Units (Setări > Unități) și selectați onouă valoare pentru unitate.

Pentru a configura modul de scanare, selectați modul de scanare corespunzător din lista verticală
Scan Mode (Mod de scanare) de pe bara de instrumente a ferestrei Plate Editor (Editor placă).

Ghid de utilizare | 135

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

6.

Selectați fluoroforii necesari pentru placă:a.

În panoul din dreapta, faceți clic pe Select Fluorophores (Selectare fluorofori).
Va apărea caseta de dialog Select Fluorophores (Selectare fluorofori). Veți vedea fluoroforii
disponibili pentru tipul modului de scanare selectat de dvs. la Pasul 5, de exemplu:b.

Pentru a selecta un fluorofor, faceți clic pe caseta sa de selectare Selected (Selectat).
Sfat: Pentru a elimina un fluorofor din listă, debifați-i caseta de selectare Selected(Selectat).

c.

Pentru a modifica culoarea cu care este afișat un fluorofor, faceți clic pe caseta Color (Culoare) aacestuia.
Notă: Culoarea pe care o selectați prezintă fluoroforul atât în fereastra Plate Editor (Editorplacă), cât și în graficele Data Analysis (Analiza datelor).

d.

În caseta de dialog Color (Culoare), selectați culoarea dorită sau faceți clic pe Define Custom
Colors (Definire culori personalizate) și creați o nouă culoare care să prezinte fluoroforul.

e.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog Select Fluorophores(Selectare fluorofori).

136 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)7.

Trebuie să selectați cel puțin un godeu în care să încărcați un tip de probă. Implicit este selectat
godeul A1.
În panoul plăcii, urmați una dintre procedurile următoare:nPentru a încărca mai multe godeuri adiacente, faceți clic pe un godeu și trageți-l către godeulțintă.

nPentru a încărca mai multe godeuri ne-adiacente, apăsați tasta Control și faceți clic pe fiecare
godeu.

nPentru a încărca o întreagă coloană cu același tip de probă, faceți clic pe numărul coloanei.

nPentru a încărca un întreg rând, faceți clic pe numărul rândului.

nPentru a încărca întreaga placă, faceți clic pe colțul din stânga sus al plăcii.

De exemplu:

Ghid de utilizare | 137

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

8.

Atribuiți un tip de probă godeului sau godeurilor selectate din meniul vertical Sample Type (Tipprobă).

9.

Atribuiți cel puțin un fluorofor tuturor godeurilor care conțin un tip de probă. Puteți atribui mai multdecât un fluorofor unui godeu sau unui grup de godeuri.
Notă: Puteți atribui doar un singur fluorofor per canal. Nu puteți atribui mai mult de un fluorofor
din același canal aceluiași godeu.
Sfat: Puteți asocia o țintă cu fluoroforul sau puteți atribui doar fluoroforul godeului de această
dată și asocia o țintă fluoroforului după ce ați rulat experimentul.
nPentru a atribui doar un fluorofor godeurilor selectate, în secțiunea Target Names (Denumiriținte) din panoul din dreapta bifați caseta de selectare Load (Încărcare) pentru respectivul
fluorofor.

n

Pentru a asocia o țintă unui fluorofor, în secțiunea Target Names (Denumiri ținte) selectați odenumire de țintă din lista verticală pentru respectivul fluorofor. Software-ul selectează automat
caseta de selectare Load (Încărcare) aferentă.

10. Pentru godeurile care conțin un tip de probă Standard, trebuie să încărcați o concentrație. Fiecare
godeu poate avea o valoare diferită a concentrației. Implicit, CFX Maestro Dx SE încarcă oconcentrație de 1,00E+06 tuturor godeurilor cu un tip de probă Standard. Puteți modifica valoareadacă este necesar.
a.

În panoul plăcii, selectați un godeu sau un grup de godeuri Standard.

b.

În secțiunea Concentration (Concentrație), faceți clic pe Load (Încărcare) pentru a încărca
valoarea în godeul sau godeurile selectate.

c.

(Opțional) Pentru a încărca altă concentrație, tastați noua valoare în caseta de text
Concentration (Concentrație) și apăsați Enter.

d.

Realizați acest pas pentru toate godeurile cu tipul de probă Standard.

138 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editor placă)Sfat: Pentru a încărca aceeași concentrație pentru toate godeurile Standard, asigurați-văcă <All> (Toate) apare în lista verticală de sub valoarea Concentration (Concentrație).
Pentru a încărca aceeași valoare de concentrație pentru toate godeurile cu un anumit
fluorofor, faceți clic pe lista verticală și selectați fluoroforul.
11. Faceți clic pe OK pentru a salva noua placă.

Ghid de utilizare | 139

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Elemente meniu contextual pentru instrumentul Plate Editor (Editor Placă)Tabelul 9 prezintă elementele de meniu disponibile în instrumentul Plate Editor (Editor placă) când faceți
clic dreapta pe orice godeu din instrument. Acest meniu apare și în Spreadsheet View/Importer(Vizualizare/Importator foaie de calcul).
Tabelul 9. Elemente de meniu contextual afișate în instrumentul Plate Spreadsheet
View/Importer (Vizualizator/Importator foaie de calcul placă)Element

Function (Funcție)Copy (Copiere)

Copiază toată foaia de calcul.

Copy as Image

Copiază foaia de calcul ca fișier imagine.

(Copiere ca imagine)
Print (Imprimare)Imprimă foaia de calcul.

Print Selection

Imprimă doar celulele selectate.

(Imprimare selecție)Export to Excel

Exportă fișierul într-o foaie de calcul Excel.

(Exportare în Excel)
Export to CSVExportă fișierul ca fișier .csv.

(Exportare în CSV)
Export to Xml

Exportă fișierul ca fișier .xml.

(Exportare în Xml)
Export to Html

Exportă fișierul ca fișier .html.

(Exportare în Html)
Find (Găsire)Caută text specific.

Sort (Sortare)

Sortează foaia de calcul selectând până la trei coloane de date în
fereastra Sort (Sortare).

140 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă
Fișierul plăcii conține informații despre conținutul fiecărui godeu încărcate cu probă pentru o rulare. Dupărulare, CFX Maestro Dx SE asociază conținutul godeurilor cu datele de fluorescență colectate în timpul
protocolului și aplică analiza corespunzătoare în fereastra Data Analysis (Analiza datelor).
În CFX Maestro Dx SE, puteți atribui parametri fiecărui godeu din placă înainte, în timpul sau chiar dupărularea experimentelor. Puteți atribui parametrii unui fișier de placă existent sau unui nou fișier de placă.
Acești parametri includ:nTarget names (Denumiri ținte) – ținta sau țintele de interes (gene sau secvențe) din fiecare godeuîncărcat.

nSample Names (Denumiri probe) – identificatorul sau condiția care corespunde probei din fiecare
godeu încărcat, de exemplu șoarece1, șoarece2 sau șoarece3.

nBiological groups (Grupuri biologice) – identificatorul sau condiția care corespunde unui grup degodeuri, de exemplu 0 h, 1 h sau 2 h.
Sfat: Denumiri ținte, denumiri probe și grupuri biologice trebuie să fie identice între godeuri,
pentru a putea compara datele din fila Gene Expression (Expresie genică) din fereastra Data
Analysis (Analiza datelor). Fiecare denumire trebuie să utilizeze același tip de caractere(majuscule sau minuscule), punctuație și spații. De exemplu, „Actin” nu este același lucru cu„actin”, „2Hr” nu este același cu „2 hr”, iar „Mouse 1” nu este același cu „mouse1”. Pentru a
asigura coerența numirii, introduceți numele în secțiunea Libraries (Biblioteci) din User > User
Preferences > Plate (Utilizator> Preferințe utilizator> Placă), disponibilă în fereastra Home
(Pagină de pornire).

nTechnical replicates (Replicate tehnice) – fiecare godeu care este utilizat pentru a analiza aceeași
combinație probă și țintă, adică replicatele reacțiilor qPCR.

n

Dilution series (Serie de diluție) – cantitatea pentru modificarea concentrației tipului de probă
Standard în cadrul unui grup de replicate, pentru a crea datele curbei standard de analizat.

Atribuirea unei ținte godeurilor
Sfat: Puteți atribui același nume de țintă unui singur godeu sau mai multor godeuri. Puteți atribui, deasemenea, mai multe ținte aceluiași godeu.
Important: Făcând clic pe OK după ce ați atribuit o țintă, se salvează modificările și se dezactivează
Undo (Anulare) de pe bara de instrumente Plate Editor (Editor placă). Procedați cu atenție cândfaceți clic pe OK.

Ghid de utilizare | 141

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Pentru a atribui o țintă unui godeu sau unui grup de godeuri1.

În Plate Editor (Editor placă), asigurați-vă că godeului sau grupului de godeuri i s-a atribuit un tip deprobă.
Consultați Selectarea tipurilor de probe de la pagina 135 pentru informații despre atribuirea tipurilor
de probe la godeuri.

2.

În panoul plăcii, selectați godeul sau grupul de godeuri:nPentru a selecta un singur godeu, faceți clic pe godeu.

nPentru a selecta mai multe godeuri adiacente, faceți clic pe un godeu și trageți-l către godeulțintă.

nPentru a selecta mai multe godeuri ne-adiacente, apăsați tasta Ctrl și faceți clic pe fiecare
godeu.

nPentru a selecta o întreagă coloană cu același tip de probă, faceți clic pe numărul coloanei.

nPentru a selecta un întreg rând, faceți clic pe numărul rândului.

3.

În panoul din dreapta, selectați un nume din lista verticală Target Name (Denumire țintă) pentru
fiecare fluorofor selectat.

4.

Repetați Pasul 3 pentru fiecare godeu sau grup de godeuri căruia trebuie să îi atribuiți o țintă.
Sfat: Puteți atribui aceeași denumire sau o denumire diferită de țintă pentru fiecare fluorofor
selectat.

5.

Faceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a salva placa.
Notă: Dacă ați schimbat din greșeală placa, faceți clic pe Undo (Anulare) de pe bara de
instrumente Plate Editor (Editor placă) înainte de a face clic pe OK pentru a accepta modificările.

Pentru a șterge o denumire de țintă
uPentru a elimina o denumire de țintă din godeu sau din grupul de godeuri selectat, debifați-i caseta deselectare Load (Încărcare).
Important: Eliminarea unei denumiri de țintă dintr-un godeu îi elimină și fluoroforii asociați.
Procedați cu atenție când eliminați o denumire de țintă dintr-un godeu.

142 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

Pentru a adăuga o denumire de țintă în listă
uPentru a adăuga o denumire de țintă în lista verticală, urmați una dintre procedurile următoare:nTastați un nume din lista verticală Target Name (Denumiri ținte) și apăsați Enter.
Sfat: Numele țintelor pe care le-ați adăugat pe o listă apar în toate celelalte liste de ținte.

nFaceți clic pe simbolul + verde din dreapta listei verticale, tastați un nume pentru țintă și apăsați
Enter.

nFaceți clic pe User Preferences (Preferințe utilizator) de pe bara de instrumente și adăugați
numele în biblioteca Target Names (Denumiri ținte) din fila Plate (Placă).

Important: Denumirile țintelor pe care le adăugați pe lista verticală sunt disponibile doar pentru
placa curentă și doar dacă atribuiți denumirea unui godeu și salvați structura plăcii. Dacă nu
atribuiți numele unui godeu și nu salvați configurația plăcii, numele nu este salvat și nu este
disponibil pentru utilizarea ulterioară. Pentru a adăuga permanent o denumire de țintă, adăugațio și în biblioteca Target Names (Denumiri ținte) utilizând caseta de dialog User Preferences(Preferințe utilizator). Numele pe care le adăugați în bibliotecă sunt disponibile după ce
deschideți din nou Plate Editor (Editor placă). Consultați Setarea parametrilor de placă impliciți
de la pagina 86 pentru mai multe informații.

Pentru a șterge o denumire de țintă din listă
1.

Faceți clic pe User Preferences (Preferințe utilizator) de pe bara de instrumente.
Va apărea caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), afișând fila Plate (Placă).

2.

În biblioteca Target Names (Denumiri ținte) din fila Plate (Placă), selectați denumirea pe care doriți săo ștergeți și apăsați tasta Delete (Ștergere).

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User Preferences(Preferințe utilizator).
Important: Nu puteți șterge denumirile de ținte pe care le-ați salvat împreună cu un fișier placă.
Numele personalizate pe care le adăugați pe lista verticală Target Names (Denumiri ținte) și nu
le folosiți și salvați împreună cu placa sunt eliminate automat din listă. Numele pe care le ștergeți
din biblioteca Target Names (Denumiri ținte) sunt eliminate automat din software și nu mai suntdisponibile utilizatorilor. Procedați cu atenție când ștergeți denumiri de ținte.

Atribuirea unei denumiri de probă godeurilor
Notă: Pentru a atribui o denumire probă, trebuie să atribuiți godeurilor selectate cel puțin un fluorofor.
Dacă godeurilor selectate nu li se atribuie un fluorofor, lista verticală Sample Names (Denumiri

Ghid de utilizare | 143

Capitolul 8 Pregătirea plăcilorprobe) este dezactivată. Consultați Atribuirea unei ținte godeurilor de la pagina 141 pentru informații
despre atribuirea fluoroforilor.
Sfat: Puteți atribui o singură denumire probă fiecărui godeu sau fiecărui grup de godeuri.

Pentru a atribui o denumire probă unui godeu sau unui grup de godeuri1.

În Plate Editor (Editor placă), asigurați-vă că godeului sau grupului de godeuri i s-a atribuit unfluorofor.

2.

În panoul plăcii, selectați godeul sau grupul de godeuri.

3.

În panoul din dreapta, selectați un nume din lista verticală Sample Names (Denumiri probe).
Software-ul selectează automat caseta de selectare Load (Încărcare) aferentă.

4.

Repetați Pasul 3 pentru fiecare godeu sau grup de godeuri căruia trebuie să îi atribuiți o denumireprobă.

5.

Faceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a salva placa.
Notă: Dacă ați schimbat din greșeală placa, faceți clic pe Undo (Anulare) de pe bara de
instrumente Plate Editor (Editor placă) înainte de a face clic pe OK pentru a accepta modificările.

Pentru a șterge o denumire probă
uPentru a elimina o denumire probă din godeul sau grupul de godeuri selectate, debifați-i caseta deselectare Load (Încărcare).

Pentru a adăuga o denumire probă în listă
uPentru a adăuga o denumire probă în lista verticală, urmați una dintre procedurile următoare:nTastați un nume din lista verticală Sample Names (Denumiri probe) și apăsați Enter.

nFaceți clic pe simbolul + verde din dreapta listei verticale și tastați un nume pentru probă.

nFaceți clic pe User Preferences (Preferințe utilizator) de pe bara de instrumente și adăugați
numele în biblioteca Sample Names (Denumiri probe) din fila Plate (Placă).

Important: Denumirile probelor pe care le adăugați pe lista verticală sunt disponibile doarpentru placa curentă și doar dacă atribuiți denumirea unui godeu și salvați configurația plăcii.

144 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

Dacă nu atribuiți numele unui godeu și nu salvați configurația plăcii, numele nu este salvat și nu
este disponibil pentru utilizarea ulterioară. Pentru a adăuga permanent o denumire probă,adăugați-o și în biblioteca Sample Names (Denumiri probe) utilizând caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator). Numele pe care le adăugați în bibliotecă sunt disponibiledupă ce deschideți din nou Plate Editor (Editor placă). Consultați Setarea parametrilor de placă
impliciți de la pagina 86 pentru mai multe informații.

Pentru a șterge o denumire probă din listă
1.

Faceți clic pe User Preferences (Preferințe utilizator) de pe bara de instrumente.
Va apărea caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), afișând fila Plate (Placă).

2.

În biblioteca Sample Names (Denumiri probe) din fila Plate (Placă), selectați denumirea pe care doriți
să o ștergeți și apăsați tasta Delete (Ștergere).

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User Preferences(Preferințe utilizator).
Important: Nu puteți șterge denumirile de probe pe care le-ați salvat împreună cu un fișier
placă. Numele personalizate pe care le adăugați pe lista verticală Sample Names (Denumiri
probe) și nu le folosiți și salvați împreună cu placa sunt eliminate automat din lista verticală.
Numele pe care le ștergeți din biblioteca Sample Names (Denumiri probe) sunt eliminate
automat din software și nu mai sunt disponibile utilizatorilor. Procedați cu atenție când ștergeți
denumiri de probe.

Atribuirea de Biological Groups (Grupuri biologice) la Wells(Godeuri)Notă: Pentru a atribui un grup biologic, trebuie să atribuiți godeurilor selectate cel puțin un fluorofor.
Atribuirea unui fluorofor activează lista verticală Biological Groups (Grupuri biologice). Consultați
Atribuirea unei ținte godeurilor de la pagina 141 pentru informații despre atribuirea fluoroforilor.
Sfat: Puteți atribui un grup biologic fiecărui godeu sau fiecărui grup de godeuri.

Pentru a atribui un grup biologic unui godeu sau unui grup de godeuri1.

În Plate Editor (Editor placă), asigurați-vă că godeului sau grupului de godeuri i s-a atribuit unfluorofor.

2.

În panoul plăcii, selectați godeul sau grupul de godeuri.

3.

În panoul din dreapta, faceți o selecție din lista verticală Biological Group (Grup biologic).
CFX Maestro Dx SE selectează automat caseta de selectare Load (Încărcare).

Ghid de utilizare | 145

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

4.

Repetați Pasul 3 pentru fiecare godeu sau grup de godeuri căruia trebuie să îi atribuiți un grup
biologic.

5.

Faceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a salva placa.
Notă: Dacă ați schimbat din greșeală placa, faceți clic pe Undo (Anulare) de pe bara de
instrumente Plate Editor (Editor placă) înainte de a face clic pe OK pentru a accepta modificările.

Pentru a elimina un grup biologicuPentru a elimina un grup biologic din godeul sau grupul de godeuri selectat, debifați-i caseta deselectare Load (Încărcare).

Pentru a adăuga un grup biologic la listă
uPentru a adăuga un grup biologic la lista verticală, efectuați una dintre următoarele acțiuni:nTastați un nume în caseta listei verticale Biological Group (Grup biologic) și apăsați Enter.

nFaceți clic pe simbolul + verde din dreapta listei verticale și tastați un nume pentru grupul
biologic.

nFaceți clic pe User Preferences (Preferințe utilizator) de pe bara de instrumente și adăugați
numele în biblioteca Biological Names (Nume biologice) din fila Plate (Placă).

Important: Denumirile grupurilor biologice pe care le adăugați pe lista verticală sunt disponibile
doar pentru placa curentă și doar dacă atribuiți denumirea unui godeu și salvați configurația
plăcii. Dacă nu atribuiți numele unui godeu și nu salvați configurația plăcii, numele nu este salvat
și nu este disponibil pentru utilizarea ulterioară. Pentru a adăuga permanent un nume de grup
biologic, adăugați-l și în biblioteca Biological Group Names (Nume grupuri biologice) utilizândcaseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator). Numele pe care le adăugați în
bibliotecă sunt disponibile după ce deschideți din nou Plate Editor (Editor placă). Consultați
Setarea parametrilor de placă impliciți de la pagina 86 pentru mai multe informații.

Pentru a șterge un nume de grup biologic din listă
1.

Faceți clic pe User Preferences (Preferințe utilizator) de pe bara de instrumente.
Va apărea caseta de dialog User Preferences (Preferințe utilizator), afișând fila Plate (Placă).

146 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

2.

În biblioteca Biological Group Names (Nume grupuri biologice) din fila Plate (Placă), selectați numele
pe care doriți să-l ștergeți și apăsați tasta Delete (Ștergere).

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog User Preferences(Preferințe utilizator).
Important: Nu puteți șterge numele grupurilor biologice pe care le-ați salvat împreună cu unfișier placă. Numele personalizate pe care le adăugați pe lista verticală Biological Group Names(Nume grupuri biologice) și nu le folosiți și salvați împreună cu placa sunt eliminate automat dinlistă. Numele pe care le ștergeți din biblioteca Biological Group Names (Nume grupuri biologice)sunt eliminate automat din software și nu mai sunt disponibile utilizatorilor. Procedați cu atenție
când ștergeți nume biologice.

Pentru a vizualiza toate grupurile biologice de pe placăuFaceți clic pe Show Biological Groups (Afișare grupuri biologice) pentru a vedea toate grupurile
biologice de pe placă.

Fiecare grup este identificat printr-o culoare specifică, iar butonul Show Biological Groups (Afișare
grupuri biologice) se schimbă în Hide Biological Groups (Ascundere grupuri biologice).
Faceți clic pe Hide Biological Groups (Ascundere grupuri biologice) pentru a elimina culoarea dingodeuri. Alternativ, puteți face clic pe orice godeu din placă pentru a ascunde grupurile biologice.

Atribuirea de numere de replicate tehnice godeurilor
Important: Pentru a atribui numere de replicate tehnice, godeurile selectate trebuie să aibă conținut
identic. Adică godeurile selectate trebuie să aibă același tip de probă și același fluorofor. Dacă sepoate, trebuie, de asemenea, să le fie atribuite aceleași denumiri de țintă și de probă și același grup
biologic. Dacă nu sunt aceleași, CFX Maestro Dx SE nu activează această opțiune.

Pentru a atribui numere de replicate tehnice unui grup de godeuri1.

În Plate Editor (Editor placă), asigurați-vă că conținutul grupului de godeuri este identic.

2.

În panoul pentru placă, selectați grupul de godeuri țintă.

3.

Pentru a atribui aceleași număr de replicat tuturor godeurilor selectate, în secțiunea Replicate # (Nr.
replicat) din panoul din dreapta tastați numărul replicatului în casetă și selectați Load (Încărcare).

Ghid de utilizare | 147

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

4.

(Opțional) Pentru a aplica o serie de replicate unui set de godeuri selectate:a.

Faceți clic pe Replicate tehnice. Secțiunea Replicate # (Nr. replicat) se modifică, afișând
următoarele opțiuni:nReplicate size (Dimensiunea replicatului) – un număr care reprezintă numărul degodeuri din fiecare grup de replicatnStarting replicate # (Nr. replicat inițial) – primul număr din seria de replicate pentru
grupul selectat de replicate

Notă: Implicit, CFX Maestro Dx SE afișează numărul inițial al replicatului cu o cifră maimare decât atribuit în placă. De exemplu, dacă ultimul număr de replicat tehnic din placă
este cinci, următorul număr inițial este șase. Puteți schimba numărul inițial cu orice număr
care nu a fost încă atribuit.
n
b.

5.

Direcția de încărcare (orizontală sau verticală)Faceți clic pe Apply (Aplicare) pentru a aplica parametrii seriei și a reveni la afișajul Replicate #(Nr. replicat).

Faceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a salva placa.
Notă: Dacă ați schimbat din greșeală placa, faceți clic pe Undo (Anulare) de pe bara de
instrumente Plate Editor (Editor placă) înainte de a face clic pe OK pentru a accepta modificările.

Pentru a elimina un godeu dintr-o serie de replicateuSelectați godeul sau grupul de godeuri pe care doriți să le eliminați și debifați caseta de selectare
Replicate # Load (Încărcare nr. replicat).

148 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

Alternativ, puteți face clic pe Clear Replicate # (Ștergere nr. replicat) pentru a șterge numărul
replicatului dintr-un godeu sau dintr-un grup de godeuri selectate.

Pentru a vedea toate replicatele tehnice de pe placăuFaceți clic pe Show Technical Replicates (Afișare replicate tehnice) pentru a vedea toate replicatele
tehnice de pe placă.
Fiecare grup este identificat printr-o culoare specifică, iar butonul Show Technical Replicates (Afișare
replicate tehnice) se schimbă în Hide Technical Replicates (Ascundere replicate tehnice).
Faceți clic pe Hide Technical Replicates (Ascundere replicate tehnice) pentru a elimina culoarea dingodeuri. Alternativ, puteți face clic pe orice godeu din placă pentru a ascunde replicatele tehnice.

Atribuirea unei serii de diluție probelor de tip standardDupă cum a fost menționat anterior, tuturor godeurilor cu probe de tip Standard trebuie să li se atribuie ovaloare de concentrație. Puteți atribui o serie de diluție mai multor godeuri cu probe de tip Standard.
Notă: Pentru a atribui o serie de diluție unui grup de godeuri, godeurile trebuie să fie incluse într-oserie de replicate tehnice. Consultați Atribuirea de numere de replicate tehnice godeurilor de lapagina 147 pentru informații despre adăugarea godeurilor la o serie de replici.

Pentru a atribui o serie de diluție unui grup de godeuri cu probe de tip Standard
1.

În Plate Editor (Editor placă), asigurați-vă că sunt îndeplinite următoarele cerințe:nTipul de probă pentru grupul de godeuri este Standard.

nTuturor godeurilor din grup li s-a atribuit cel puțin un fluorofor și toate conțin aceiași fluorofori.

nToate godeurile din grup sunt incluse în aceeași serie de replicate tehnice.
Notă: CFX Maestro Dx SE permite opțiunea Dilution Series (Serie de diluție) doar dacătoate godeurile selectate îndeplinesc aceste criterii.

2.

În panoul pentru placă, selectați grupul de godeuri țintă.

3.

În secțiunea Concentration (Concentrație) din panoul din dreapta, faceți clic pe Dilution Series (Serie
de diluție). Secțiunea Concentration (Concentrație) se modifică, afișând următoarele opțiuni:

Ghid de utilizare | 149

Capitolul 8 Pregătirea plăcilornStarting concentration (Concentrația inițială) – valoarea concentrației de la care pornește
seria

n

Replicates from and to (Replicate de la și până la) – replicatele din serie cărora li se va
aplica factorul de diluție

nDilution factor (Factor de diluție) – cantitatea pentru modificarea concentrației din fiecare
grup de replicate

4.

Configurați valorile pentru opțiuni sau acceptați valorile implicite.

5.

Implicit, seria de diluție scade cu factorul de diluție. Selectați Increasing (Crescător) pentru a crește
seria de diluție.

6.

(Opțional) Implicit, factorul de diluție se aplică tuturor fluoroforilor din seria de replicate. Dacă seria
dvs. conține mai mult de un fluorofor și doriți să aplicați diluția unui singur fluorofor, selectați-l din lista
verticală.

7.

Faceți clic pe Apply (Aplicare) pentru a aplica seria de diluție grupului de godeuri și pentru a reveni lavizualizarea Concentration (Concentrație).

8.

Faceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a salva placa.

Copierea conținutului unui godeu într-un alt godeuPuteți copia conținutul unui godeu și-l puteți adăuga într-un singur godeu sau în mai multe godeuri. Cu
toate acestea, puteți copia conținutul unui singur godeu. Nu puteți selecta mai multe godeuri pentru ca
apoi să le copiați conținutul.

Pentru a copia conținutul unui godeu într-un alt godeu1.

În panoul plăcii, selectați godeul pe care doriți să îl copiați.

2.

Faceți clic dreapta pe godeu și selectați Copy Well (Copiere godeu).

3.

Selectați godeul sau godeurile în care doriți să adăugați conținutul:nPentru a selecta un singur godeu, faceți clic pe godeu.

150 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuirea de parametri opționali fișierului placă

4.

nPentru a selecta mai multe godeuri adiacente, faceți clic pe un godeu și trageți-l către godeulțintă.

nPentru a selecta mai multe godeuri ne-adiacente, apăsați tasta Ctrl și faceți clic pe fiecare
godeu.

După ce ați selectat godeurile țintă, faceți clic dreapta și selectați Paste Well (Lipire godeu).
CFX Maestro Dx SE adaugă conținutul primului godeu în godeurile selectate.

Adăugarea unei note la un godeuPuteți adăuga o notă descriptivă la un godeu. Puteți vizualiza notele godeurilor în fila Quantification(Cuantificare) din fereastra Data Analysis (Analiza datelor).

Pentru a adăuga o notă la un godeu1.

În panoul plăcii, selectați godeu sau godeurile la care intenționați să adăugați o notă.

2.

În secțiunea View (Vizualizare) din panoul de jos, selectați Well Note (Notă godeu).
Zona Well Note (Notă godeu) apare în panoul din dreapta.

3.

Scrieți conținutul notei în caseta de text și apăsați Enter.
Textul apare în partea de jos a godeurilor selectate.
Sfat: Dacă ați creat o notă de godeu anterior, o puteți selecta din lista verticală și o puteți aplica
godeurilor selectate.

Golirea godeurilor de tot conținutulPuteți debifa un godeu individual, un grup de godeuri sau întreaga placă de tot conținutul. Golirea
godeurilor nu elimină datele de fluorescență colectate în timpul citirii plăcii.
Important: Golirea unui godeu elimină permanent conținutul din godeu. Dacă faceți clic pe OK și
salvați placa după golirea unui godeu, nu puteți anula acțiunea de debifare. Procedați cu atenție cânddebifați godeurile.

Pentru a debifa godeurile de toate setările
1.

În Plate Editor (Editor placă), selectați godeul sau grupul de godeuri în panoul plăcii:nPentru a selecta un singur godeu, faceți clic pe godeu.

Ghid de utilizare | 151

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

2.

nPentru a selecta mai multe godeuri adiacente, faceți clic pe un godeu și trageți-l către godeulțintă.

nPentru a selecta mai multe godeuri ne-adiacente, apăsați tasta Ctrl și faceți clic pe fiecare
godeu.

nPentru a selecta o întreagă coloană cu același tip de probă, faceți clic pe numărul coloanei.

nPentru a selecta un întreg rând, faceți clic pe numărul rândului.

În panoul din dreapta, faceți clic pe Clear Wells (Debifare godeuri).
CFX Maestro Dx SE debifează godeurile selectate de toate setările.

3.

Urmați una dintre procedurile următoare:nDacă ați debifat godeurile din greșeală, faceți clic pe Undo (Anulare) de pe bara de instrumente
Plate Editor (Editor placă) înainte de a face clic pe OK pentru a accepta modificările.
Important: Dacă faceți clic pe OK înainte de a face clic pe Undo (Anulare), modificările vor
fi salvate și butonul Undo (Anulare) va dispărea de pe bara de instrumente Plate Editor(Editor placă).

nFaceți clic pe OK pentru a accepta modificările și a salva placa.

152 | Software CFX Maestro Dx SE

Schimbarea setărilor experimentelor

Schimbarea setărilor experimentelor
Utilizați caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente) pentru a vizualiza sau a modifica listade ținte, probe sau grupuri biologice sau pentru a seta grupul de probe pentru analiza expresiei genice săanalizeze dacă ați atribuit grupuri biologice godeurilor din cadrul plăcii.
În caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente), fila Targets (Ținte) afișează o listă adenumirilor țintelor pentru fiecare reacție PCR, de exemplu gena țintă sau secvențele de gene de interes.
Fila Samples (Probe) și Biological Group (Grupuri biologice) afișează o listă de denumiri de probe și
grupuri biologice care indică sursa țintei, de exemplu o probă recoltată la 1 oră (1 h) sau de la un anumit
individ (mouse1 (șoarece1)).

Pentru a schimba setările plăcii utilizând caseta de dialog Experiment Settings (Setări
experimente)
1.

Pentru a deschide caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente), urmați una dintre
procedurile următoare:nÎn panoul din dreapta al Plate Editor (Editor placă), faceți clic pe Experiment Settings (Setări
experimente).

nÎn fila Gene Expression (Expresie genică) din fereastra Data Analysis (Analiza datelor), faceți
clic pe Experiment Settings (Setări experimente).

Apare caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente), care afișează conținutul filei
Targets (Ținte).

Ghid de utilizare | 153

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

2.

Pentru a adăuga o nouă denumire de țintă, probă sau grup biologic, în tipul de filă corespunzător
introduceți o denumire în caseta de text New (Nou) și faceți clic pe Add (Adăugare).

3.

Pentru a elimina una sau mai multe denumiri de țintă, probă sau grup biologic din listă, în filacorespunzătoare bifați caseta de selectare a elementului din coloana Select to Remove (Selectare
pentru eliminare) și faceți clic pe Remove checked item(s) (Eliminare elementebifate).

4.

CFX Maestro Dx SE exclude tipul de probă NTC (control fără ținta de amplificare) din analiza
expresiei genice.
Pentru a include tipurile de probe NTC, debifați caseta de selectare corespunzătoare din secțiunea
Exclude the following sample types (Excludeți următoarele tipuri de probe). Puteți alege să excludeți
următoarele tipuri de probe selectând caseta de selectare corespunzătoare:5.

n

NRT (fără transcriptază inversă)n

Negative Control (Control negativ)n

Positive Control (Control pozitiv)nEroareÎn fila Targets (Ținte):a.

Pentru a selecta o țintă ca referință pentru analiza datelor expresiei genice, selectați-o în
coloana Reference (Referință).

b.

Pentru a ascunde setările de analiză care vor fi aplicate în fila Gene Expression (Expresie
genică) din fereastra Analysis Settings (Setări analiză), debifați Show Analysis Settings (Afișare
setări analiză).
Software-ul ascunde următoarele coloane:nColor (Culoare)nShow Chart (Afișare grafic)nAuto Efficiency (Eficiență automată)n

Efficiency (%) (Eficiență (%))

c.

Pentru a schimba culoarea țintei așa cum este reprezentată în graficul Gene Expression(Expresie genică), faceți clic pe celula corespunzătoare din coloana Color (Culoare), selectați oculoare nouă în caseta de dialog Color (Culoare) și faceți clic pe OK.

d.

Pentru a afișa ținta cu culoarea selectată în graficul Gene Expression (Expresie genică), bifați-i
caseta de selectare în coloana Show Chart (Afișare grafic).

154 | Software CFX Maestro Dx SE

Schimbarea setărilor experimentelore.

Implicit, CFX Maestro Dx SE calculează automat eficiența relativă a țintei, dacă datele acesteia
includ o curbă standard.
Pentru a utiliza o valoare de eficiență determinată anterior, introduceți valoarea în celula
corespunzătoare din coloana Efficiency (%) (Eficiență (%)) și apăsați tasta Enter. CFX Maestro
Dx SE deselectează căsuța de selecție Auto Efficiency (Eficiență automată).

6.

7.

În fila Samples (Probe) și Biological Groups (Grupuri biologice):a.

Pentru a selecta o probă sau un grup biologic drept probă de control pentru analiza datelor
expresiei genice, selectați caseta sa de selectare în coloana Control.

b.

Pentru a atribui condiția de control unei probe sau unui grup biologic pentru o rulare, faceți clicpe caseta sa de selectare în coloana Control.

c.

Dacă nu este deja selectată, faceți clic pe Show Analysis Settings (Afișare setări analiză) pentru
a vizualiza sau a schimba parametrii de analiză care vor fi aplicați în fila Gene Expression(Expresie genică). Software-ul ascunde coloanele Color (Culoare) și Show Chart (Afișare
grafic).

Faceți clic pe OK pentru a salva parametrii în caseta de dialog Experiment Settings (Setări
experimente) și a reveni la fereastra Plate Editor (Editor placă).

Ghid de utilizare | 155

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Crearea de grupuri de godeuri
Grupurile de godeuri împart o placă individuală în subseturi de godeuri care pot fi analizate independent
în fereastra Data Analysis (Analiza datelor). După configurarea grupurilor de godeuri, selectați unul în
fereastra Data Analysis (Analiza datelor) pentru a analiza datele pentru fiecare grup în mod independent.
De exemplu, configurați grupuri de godeuri pentru a analiza mai multe rulări de experimente pe o singură
placă sau pentru a analiza fiecare grup de godeuri cu o curbă standard diferită.
Notă: Grupul de godeuri implicit este All Wells (Toate godeurile).

Pentru a crea grupuri de godeuri
1.

Pentru a deschide Well Groups Manager (Manager grupuri de godeuri), urmați una dintre procedurileurmătoare:nPe bara de instrumente Plate Editor (Editor placă), faceți clic pe Well Groups (Grupuri godeuri).

nÎn fereastra Data Analysis (Analiza datelor), faceți clic pe Manage Well Groups (Gestionare
grupuri godeuri).

Apare caseta de dialog Well Groups Manager (Manager grupuri de godeuri).

2.

Faceți clic pe Add (Adăugare) pentru a crea un grup nou. Meniul vertical afișează denumirea grupului
ca Group 1 (Grupul 1) pentru primul grup.

156 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea de grupuri de godeuri

3.

Selectați godeurile pentru grupul de godeuri din vizualizarea plăcii, făcând clic și deplasând cursorul
peste grupul de godeuri. Godeurile selectate apar cu albastru în Manager.

4.

(Opțional) Pentru a schimba denumirea grupului, selectați-o din meniul vertical și introduceți odenumire nouă.

5.

(Opțional) Pentru a șterge un grup de godeuri, selectați denumirea sa din lista verticală și faceți clicpe Delete (Ștergere).

6.

Faceți clic pe OK pentru a finaliza și a închide fereastra sau faceți clic pe Cancel (Anulare) pentru aînchide fereastra fără a efectua modificări.

Elementele de meniu afișate prin clic dreapta pentru caseta de dialog Well Groups
Manager (Manager grupuri de godeuri)
Tabelul 10 listează elementele disponibile în caseta de dialog Well Groups Manager (Manager grupuri degodeuri) atunci când faceți clic dreapta pe orice godeu.
Tabelul 10. Faceți clic dreapta pe elementele de meniu din caseta de dialog Plate
Editor Well Groups Manager (Manager grupuri de godeuri pentru editorul de plăci)Element

Function (Funcție)Copy (Copiere)

Copiază conținutul godeului, care poate fi apoi lipit la alt
godeu sau alte godeuri.

Copy as Image (Copiere ca

Copiază vizualizarea selector de godeu sub formă deimagine)imagine.

Print (Imprimare)Imprimă vizualizarea selector de godeu.

Print Selection (Imprimare

Imprimă doar celulele selectate.

selecție)Export to Excel (Exportare în

Exportă datele într-o foaie de calcul Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportare în

Exportă datele într-un document cu valori separate prin

CSV)virgulă.

Export to Xml (Exportare în Xml)

Exportă datele drept document .xml.

Export to Html (Exportare în

Exportă datele drept document .html.

Html)

Ghid de utilizare | 157

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Modificarea stilurilor urmelorÎn timpul configurației plăcii și în cursul rulării, puteți modifica culoarea și stilul urmelor de amplificare. Apoiputeți vedea cu ușurință urmele în fereastra de stare în timp real, pe măsură ce datele sunt colectate.

Pentru a modifica stilurile urmelor1.

Faceți clic pe Trace Styles (Stiluri Urme) în bara de instrumente Plate Editor (Editor placă).
Va apărea caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme) pentru placa deschisă, de exemplu:

2.

Pentru a afișa stilurile urmelor în funcție de un anumit fluorofor, selectați-l din lista verticală
Fluorophores (Fluorofori).

3.

Pentru a schimba afișarea urmei:a.

Selectați tipul urmei din lista verticală Wells (Godeuri).

b.

Faceți clic pe culoarea acesteia în coloana Color (Culoare).

c.

În caseta de dialog Color (Culoare) care apare, selectați o altă culoare pentru urmă și faceți clicpe OK.
CFX Maestro Dx SE afișează schimbarea culorii pentru tipul de godeu din grilă.

d.
4.

(Opțional) Selectați un simbol pentru urmă din lista verticală Symbols (Simboluri).

Pentru a schimba rapid setul de culori, faceți clic pe opțiunea corespunzătoare din secțiunea Color
Quick Set (Set de culori rapid).

158 | Software CFX Maestro Dx SE

Modificarea stilurilor urmelor

5.

Pentru a vedea etichetele godeului în grilă, selectați tipul etichetei în secțiunea Well Labels (Etichete
godeuri).

6.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările sau pe Cancel (Anulare) pentru a anula modificările.

Ghid de utilizare | 159

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Vizualizare, export și import placă în format foaie de calcul
Instrumentul Spreadsheet View/Importer (Vizualizator/Importator foaie de calcul) afișează conținutul uneiplăci în format foaie de calcul. Vizualizatorul oferă opțiunea de a vizualiza, importa și exporta date despre
godeuri, așa cum este prezentat mai jos.

Utilizarea Spreadsheet Viewer (Vizualizare foaie de calcul) pentru a exporta și
importa datele plăcilor
Din Spreadsheet Viewer (Vizualizare foaie de calcul), puteți exporta Target Name (Denumire țintă),Sample Name (Denumire probă), Biological Group Name (Denumire grup biologic) și Well Notes (Notegodeu) ca șablon într-un format delimitat de file într-o aplicație precum Microsoft Excel. De asemenea,puteți importa acele date dintr-o aplicație delimitată de file într-o placă predefinită dintr-un fișier cu
informații despre experiment.

Pentru a utiliza instrumentul Spreadsheet View/Importer (Vizualizare/Importator foaie decalcul)1.

Creați și salvați un fișier de plăci (consultați Crearea unui fișier placă utilizând Plate Editor (Editorplacă)).

2.

În bara de instrumente Plate Editor (Editor placă), faceți clic pe Spreadsheet View/Importer(Vizualizator/Importator foaie de calcul) pentru a deschide caseta de dialog Plate Spreadsheet View
(Vizualizare placă în foaie de calcul).

160 | Software CFX Maestro Dx SE

Vizualizare, export și import placă în format foaie de calcul

3.

(Opțional) Faceți clic pe casetele Show Biological Set Name (Afișare denumire set biologic) și Show
Well Note (Afișare notă probe) pentru a afișa acele coloane în Vizualizarea foii de calcul și în fișierul
exportat.

4.

Faceți clic pe butonul Export Template pentru a crea un șablon gol într-un fișier Excel (format .csv).
Fișierul exportat va afișa același aspect ca și placa dvs.
Sfat: Folosiți numele fișierului cu plăci atunci când salvați fișierele cu plăci pentru a identifica cuușurință fișierul.

5.

Completați celulele fișierului Excel cu conținutul probei dvs.
Notă: Puteți edita numai conținutul oricărei celule dintr-o coloană care are un asterisc (*) în
dreptul numelui coloanei (*Target Name, *Sample Name, *Biological Group Name, *Well Note(*Denumire țintă, *Denumire probă, *Denumire grup biologic, *Notă godeu)).
Notă: Nu puteți adăuga valori la coloanele Standard Curve (Curbă standard) și Quantity
Columns (Coloane cantitate) din fișierul Excel exportat. Pentru a modifica acele date, reveniți laPlate Editor (Editor placă) și selectați Settings > Units (Setări > Unități) în bara de meniu. Dupăce rularea plăcii este finalizată, datele din aceste standarde apar în graficul Standard Curve(Curbă standard) din fila Quantification (Cuantificare) din fereastra Data Analysis (Analiza
datelor) cu unitățile pe care le-ați selectat.

6.

Importați fișierul Excel populat înapoi în Plate Editor (Editor placă) făcând clic pe butonul Import.
Datele importate ale plăcii apar în fereastra Plate Spreadsheet View (Vizualizare foaie de calcul
pentru placă).
Important: Dacă aveți mai mulți fluorofori, va trebui să efectuați pașii 3-5 pentru fiecare
fluorofor, utilizând meniul derulant Flours List (Listă fluorofori) din Plate Spreadsheet View
(Vizualizare fișă de calcul placă).

7.

Faceți clic pe butonul OK. Noile date ale plăcii apar acum în fereastra Plate Editor (Editor placă).

Sfat: Puteți vizualiza elementele de meniu disponibile în instrumentul Spreadsheet View/Importer(Vizualizare/Importator fișe de calcul) atunci când faceți clic dreapta pe orice godeu din instrument
sau pe oricare dintre anteturile tabelelor din vizualizarea Fișă de calcul placă.

Ghid de utilizare | 161

Capitolul 8 Pregătirea plăcilor

Crearea unei structuri de placă folosind Plate Setup Wizard(Expert configurație placă)Puteți utiliza Setup Wizard (Expert configurație) pentru a introduce informațiile privind structura plăcii caresunt necesare pentru analiza expresiei genice normalizate, inclusiv:nTarget names (Denumiri ținte)n

Sample names (Denumiri probe)nPoziția țintelor și probei pe placă

nGenă/gene de referință

nProbă de controlPuteți folosi Setup Wizard (Expert configurație) înainte, în timpul sau după finalizarea unei rulări.

Utilizarea Setup Wizard (Expert configurație) al plăcii
Această secțiune explică modul de creare a unei structuri de placă cu ajutorul Setup Wizard (Expert
configurație). Pentru a vizualiza conținutul fiecărui godeu din placă mai ușor, faceți clic pe Zoom plate(Mărire placă) din partea de sus a Setup Wizard (Expert configurație).
Important: Revenirea la fila Auto layout (Structură automată) când vă aflați în orice altă filă din Setup
Wizard (Expert configurație) resetează structura plăcii. Procedați cu atenție când selectați această
filă.
Sfat: Puteți reseta structura selectând Tools > Clear Plate (Instrumente > Ștergere placă) în Setup
Wizard (Expert configurație).

Pentru a utiliza Setup Wizard (Expert configurație) al plăcii
1.

Deschideți Plate Editor (Editor placă)2.

Pentru a deschide Setup Wizard (Expert configurație), efectuați una dintre următoarele acțiuni:nAlegeți Editing Tools > Setup Wizard (Instrumente de editare > Expert configurație).

nFaceți clic pe Setup Wizard (Expert configurație) în bara de instrumente Plate Editor (Editorplacă).

Setup Wizard (Expert configurație) va apărea în fila Auto layout (Structură automată).

162 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea unei structuri de placă folosind Plate Setup Wizard (Expert configurație placă)3.

În fila Auto layout (Structură automată), urmați procedura următoare:a.

Faceți clic pe un godeu din grilă și trageți peste și în jos pentru a specifica zona de pe placă încare doriți să încărcați proba.

b.

Introduceți numărul de ținte și probe de încărcat.
Sfat: Numărul de ținte și probe trebuie să fie egal cu numărul de celule selectate. Dacănumerele introduse nu se potrivesc în zona selectată, modificați numerele sau zona deselectare a plăcii. Orientarea elementelor de pe placă și gruparea acestora pot fi
specificate.

c.

(Opțional) Modificați orientarea plăcii. De exemplu, puteți configura țintele în coloane și probeleîn rânduri sau puteți grupa după probe.

d.

Faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Target Names (Denumiri ținte).

Notă: Dacă structura plăcii nu are un model obișnuit, folosiți fila Target Names (Denumiri ținte)
pentru a vă poziționa manual țintele sau fila Sample Names (Denumiri probe) pentru a văpoziționa manual probele pe placă. Faceți clic și trageți pentru a selecta mai multe godeuri.
4.

În fila Target Names (Denumiri țintă), definiți numele țintei pentru grupurile de ținte:a.

Urmați una dintre procedurile următoare:nPentru a redenumi țintele după grup, setați Select by (Selectare după) cu valoarea Target(Țintă).

Ghid de utilizare | 163

Capitolul 8 Pregătirea plăcilornb.

Pentru a redenumi țintele după godeu, setați Select by (Selectare după) cu valoarea Well
(Godeu).

Selectați un grup de ținte sau godeuri din grilă și tastați un nume în lista verticală Target name(Denumire țintă).
Sfat: Apăsați Tab pentru a selecta următorul grup sau următorul godeu din dreapta sau
Enter pentru a selecta următorul grup sau următorul godeu de dedesubt. Alternativ, în filele
Target name (Denumire țintă) și Sample name (Denumire probă), apăsați tasta Control șifaceți clic pe un godeu pentru a selecta mai multe godeuri care nu sunt adiacente.

c.

Faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Sample Names (Denumiri probe).

5.

În fila Sample Names (Denumiri probe), definiți numele probelor pentru grupurile de probe.

6.

Faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Reference targets (Ținte de referință).

7.

În fila Reference targets (Ținte de referință), selectați una sau mai multe ținte pe care să le folosiți
drept referințe pentru expresia genică normalizată și faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa
fila Control sample (Probă de control).

8.

În fila Control sample (Probă de control), selectați o probă de utilizat ca și control în calculele
expresiei genice relative.

9.

Faceți clic pe OK pentru a salva structura plăcii și a reveni la fila Plate Editor (Editor placă), în careputeți defini alți parametri de placă. Consultați Atribuirea de parametri opționali fișierului placă de lapagina 141 pentru mai multe informații.
Alternativ, faceți clic pe Previous (Anterior) pentru a reveni la o filă anterioară și a efectua orice
modificări.
Notă: Revenirea la fila Auto layout (Structură automată) resetează automat placa. Procedați cuatenție când faceți clic pe Previous (Anterior).

164 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 9 Rularea de experimente
Acest capitol vă explică cum să rulați experimente de testare personalizate (definite de utilizator) sau
teste PrimePCR folosind Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate.
Un fișier de date de rulare conține informațiile despre protocol și placă pentru rularea respectivă. Fișierulconține și datele obținute în urma analizelor realizate de CFX Maestro Dx SE după finalizarea rulării.
CFX Maestro Dx SE facilitează configurarea și rularea experimentelor definite de utilizator sau
PrimePCR. Fereastra Run Setup (Configurare rulare) vă ghidează prin pașii comuni de configurare a unuiexperiment, ducându-vă la caseta de dialog Start Run (Începere rulare), din care puteți iniția rularea.

Ghid de utilizare | 165

Capitolul 9 Rularea de experimente

Fereastra Run Setup (Configurare rulare)
Fereastra Run Setup (Configurare rulare) oferă acces rapid la fișierele și setările necesare pentru
configurarea și desfășurarea unui experiment. Când optați să rulați un experiment definit de utilizator,
fereastra Run Setup (Configurare rulare) se deschide, afișând fila Protocol. Când optați să rulați unexperiment PrimePCR, fereastra Run Setup (Configurare rulare) se deschide, afișând fila Start Run(Începere rulare).
Sfat: Consultați Efectuarea de experimente PrimePCR de la pagina 184 pentru informații despre
PrimePCR; consultați Fila Start Run (Începere rulare) de la pagina 174 pentru informații despre fila
Start Run (Începere rulare).

166 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Run Setup (Configurare rulare)

LEGENDĂ
1.

Filele vă ghidează prin configurarea și rularea unui experiment:n Fila Protocol – selectați un protocol existent pentru rulare sau editare sau pentru a
crea un protocol nou în Protocol Editor (Editor Protocol).
n Fila Plate (Placă) – selectați o placă existentă pentru rulare sau editare sau
pentru a crea o placă nouă în Plate Editor (Editor placă).
n Fila Start Run (Începere rulare) – vizualizați setările experimentului, selectați unulsau mai multe blocuri de instrumente și începeți rularea.

2.

Fereastra principală afișează opțiunile pentru fiecare filă pe măsură ce le aplicați.

3.

Butoanele de navigare vă duc la fila Start Run (Începere rulare).

Accesarea ferestrei Run Setup (Configurare rulare)
Pentru a accesa fereastra Run Setup (Configurare rulare)uUrmați una dintre procedurile următoare:nÎn fila Run Setup (Configurare rulare) din Startup Wizard (Expert pornire), faceți clic fie pe Userdefined (Definită de utilizator), fie pe PrimePCR.

nÎn fereastra Home (Pagină de pornire), faceți clic fie pe User-defined Run Setup (Configurare
rulare definită de utilizator), fie pe PrimePCR Run Setup (Configurare rulare PrimePCR) de pebara de instrumente.

nÎn fereastra Home (Pagină de pornire), selectați fie Run > User-defined Run (Rulare > Rulare
definită de utilizator), fie Run (Rulare) > PrimePCR Run (Rulare PrimePCR).

Ghid de utilizare | 167

Capitolul 9 Rularea de experimente

Fila Protocol
Fila Protocol afișează o previzualizare a fișierului de protocol pe care intenționați să-l rulați. Un fișier deprotocol conține instrucțiunile pentru pașii de temperatură ai instrumentului, precum și opțiunile
instrumentului care controlează viteza de creștere, volumul probei și temperatura capacului.

Implicit, software-ul afișează protocolul definit în secțiunea File Selection for Run Setup (Selectare fișier
pentru configurarea rulării) din fila Files (Fișiere) în caseta de dialog User > User Preferences (Utilizator >Preferințe utilizator). Puteți modifica protocolul implicit în caseta de dialog User Preferences (Preferințe
utilizator). Consultați Schimbarea setărilor implicite ale fișierelor de la pagina 83 pentru mai multe
informații.
În fila Protocol, puteți:nCrea un nou protocol de rulatnSelecta un protocol existent pentru a-l rula sau edita

Pentru mai multe informații despre crearea și modificarea protocoalelor, consultați Capitolul 7, Crearea deprotocoale.

168 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Protocol

Pentru a crea un nou protocol
1.

În fila Protocol, faceți clic pe Create New (Creare nou).
Va apărea fereastra Protocol Editor (Editor Protocol).

2.

Utilizați Protocol Editor (Editor Protocol) pentru a crea un nou protocol.

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva protocolul și a reveni la fila Protocol din Run Setup (Configurare
rulare).

4.

Vizualizați detaliile protocolului și urmați una dintre procedurile următoare:nDacă detaliile sunt corecte, faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Plate (Placă).

nDacă detaliile sunt incorecte, faceți clic pe Edit Selected (Editare selectat) pentru a reveni lafereastra Protocol Editor (Editor Protocol). Revizuiți protocolul, salvați modificările, apoi faceți
clic pe Next (Următorul) din fila Protocol pentru a accesa fila Plate (Placă).

Pentru a selecta un protocol existent1.

În fila Protocol, urmați una dintre procedurile următoare:nFaceți clic pe Select Existing (Selectare existent) pentru a naviga la un protocol existent.

nFaceți clic pe Express Load (Încărcare expresă) și selectați un protocol din lista verticală aprotocoalelor.
Sfat: Puteți adăuga sau elimina protocoale din lista verticală Express Load (Încărcare
expresă). Consultați Adăugarea și ștergerea protocoalelor cu încărcare expresă careurmează pentru mai multe informații.

2.

Vizualizați detaliile protocolului și urmați una dintre procedurile următoare:nDacă detaliile sunt corecte, faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Plate (Placă).

nDacă detaliile sunt incorecte, faceți clic pe Edit Selected (Editare selectat) pentru a deschide
fereastra Protocol Editor (Editor Protocol). Revizuiți protocolul, salvați modificările, apoi faceți
clic pe Next (Următorul) din fila Protocol pentru a accesa fila Plate (Placă).

Adăugarea și ștergerea protocoalelor cu încărcare expresă
Puteți modifica conținutul listei verticale Express Load (Încărcare expresă) care apare în Protocol Editor(Editor Protocol). Protocoalele din această listă sunt salvate în următorul folder:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Ghid de utilizare | 169

Capitolul 9 Rularea de experimente

Pentru a modifica lista de protocoale Express Load (Încărcare expresă)1.

Navigați la și deschideți folderul ExpressLoad (Încărcare expresă).

2.

Verificați fișierele de protocol (.pcrl) din folder.

3.

Urmați una dintre procedurile următoare:nȘtergeți protocoalele din folder pentru a le îndepărta din lista verticală.

n

Copiați protocoalele în folder pentru a le adăuga în lista verticală.

170 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Plate (Placă)Fila Plate (Placă)Notă: Dacă protocolul selectat în fila Protocol nu include un pas de citire placă pentru analiza PCR în
timp real, fila Plate (Placă) este ascunsă. Pentru a vizualiza fila Plate (Placă), adăugați cel puțin ocitire de placă la protocol.
Fila Plate (Placă) afișează o previzualizare a fișierului de placă pe care doriți să îl încărcați. Într-o rulare
PCR în timp real, fișierul cu plăci conține o descriere a conținutului fiecărui godeu, inclusiv fluoroforii săi,modul de scanare și tipul de placă. CFX Maestro Dx SE folosește aceste descrieri pentru colectarea șianaliza datelor.

Implicit, software-ul afișează placa definită în secțiunea File Selection for Run Setup (Selectare fișier
pentru configurarea rulării) din fila Files (Fișiere) din caseta de dialog User > User Preferences (Utilizator> Preferințe utilizator). Puteți modifica placa implicită în caseta de dialog User Preferences (Preferințe
utilizator). Consultați Schimbarea setărilor implicite ale fișierelor de la pagina 83 pentru mai multe
informații.
În fila Plate (Placă), puteți:nCreați o placă nouă pentru încărcare.

nSelectați o placă existentă pentru încărcare sau editare.

Ghid de utilizare | 171

Capitolul 9 Rularea de experimente

Pentru mai multe informații despre crearea și modificarea plăcilor, consultați Capitolul 8, Pregătireaplăcilor.

Pentru a crea o placă nouă1.

Pe fila Plate (Placă), faceți clic pe Create New (Creare nou).
Apare Plate Editor (Editor placă).

2.

Utilizați Plate Editor (Editor placă) pentru a crea o placă nouă.

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva placa și a reveni la fila Plate (Placă) din Run Setup (Configurare
rulare).

4.

Vizualizați detaliile plăcii și urmați una dintre procedurile următoare:nDacă detaliile sunt corecte, faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Start Run(Începere rulare).

nDacă detaliile sunt incorecte, faceți clic pe Edit Selected (Editare selectate) pentru a reveni lafereastra Plate Editor (Editor placă). Revizuiți fișierul de placă, salvați modificările, apoi faceți clicpe Next (Următorul) pentru a accesa fila Plate (Placă) pentru a continua la fila Start Run(Începere rulare).

Pentru a selecta un fișier de placă existent1.

În fila Plate (Placă), urmați una dintre procedurile următoare:nFaceți clic pe Select Existing (Selectare existent) pentru a naviga la un fișier de placă existent.

nFaceți clic pe Express Load (Încărcare expresă) și selectați un fișier de placă din lista verticală.
Sfat: Puteți adăuga sau elimina plăci din lista verticală Express Load (Încărcare expresă).
Consultați Adăugarea și ștergerea fișierelor placă cu încărcare expresă care urmează
pentru mai multe informații.

2.

Vizualizați detaliile plăcii și urmați una dintre procedurile următoare:nDacă detaliile sunt corecte, faceți clic pe Next (Următorul) pentru a accesa fila Start Run(Începere rulare).

nDacă detaliile sunt incorecte, faceți clic pe Edit Selected (Editare selectat) pentru a deschide
fereastra Plate Editor (Editor placă). Revizuiți fișierul de placă, salvați modificările, apoi faceți clicpe Next (Următorul) pentru a accesa fila Start Run (Începere rulare).

Adăugarea și ștergerea fișierelor placă cu încărcare expresă
Puteți modifica conținutul listei verticale Express Load (Încărcare expresă) care apare în Plate Editor(Editor placă). Plăcile care apar în această listă sunt salvate în următorul folder:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

172 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Plate (Placă)Pentru a modifica lista Express Load (Încărcare expresă) pentru fișierele de placă
1.

Navigați la și deschideți folderul ExpressLoad (Încărcare expresă).

2.

Verificați fișierele de placă (.pltd) din folder.

3.

Urmați una dintre procedurile următoare:nȘtergeți fișierele de placă din folder pentru a le îndepărta din lista verticală.

n

Copiați fișierele de placă din folder pentru a le adăuga în lista verticală.

Ghid de utilizare | 173

Capitolul 9 Rularea de experimente

Fila Start Run (Începere rulare)
Fila Start Run (Începere rulare) afișează informații despre experimentul care urmează a fi rulat. Aceastaafișează, de asemenea, blocul sau blocurile instrumentului conectat pe care puteți rula experimentul.

Utilizând fila Start Run (Începere rulare), puteți face următoarele lucruri:nVizualiza informații detaliate despre rulare, inclusiv fișierul de protocol selectat, fișierul placă și modul
de scanare.

nAdăuga observații despre rulare.

nVizualiza detalii despre toate instrumentele conectate, inclusiv starea lor de rulare (în funcțiune sau
inactiv), volumul probei în µl, temperatura capacului, modul de emulare și nr. de identificare sau
codul de bare, dacă sunt disponibile.
Notă: Puteți modifica coloanele care apar în tabelul Start Run on Selected Blocks (Începere
rulare pe blocurile selectate). Pentru informații suplimentare, consultați Modificarea detaliilor dintabelul Selected Blocks (Blocuri selectate) de la pagina 175.

n

Selectați blocul sau blocurile pe care doriți să realizați rularea.

nDeschideți sau închideți de la distanță capacul fiecărui instrument selectat.

174 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Start Run (Începere rulare)nPorniți rularea.

Modificarea detaliilor din tabelul Selected Blocks (Blocuri selectate)Puteți modifica coloanele care apar în tabelul Start Run on Selected Block(s) (Începere rulare pe blocurile
selectate). Puteți, de asemenea, modifica valorile implicite pentru volumul probei și temperatura
capacului în tabel. Schimbările setărilor sunt aplicate asupra rulării de efectuat.

Pentru a adăuga coloane în tabelul Start Run on Selected Blocks (Începere rulare pe
blocurile selectate)uFaceți clic dreapta pe tabel și selectați o opțiune în meniul care apare.

Pentru a elimina coloane din tabelul Start Run on Selected Blocks (Începere rulare pe
blocurile selectate)uFaceți clic dreapta pe tabel și ștergeți opțiunea din meniul care apare.

Pentru a edita valorile pentru volumul probei sau temperatura capacului pentru un blocu

Selectați celula pentru volumul probei sau temperatura capacului pentru blocul țintă și introduceți ovaloare nouă în celulă.

Pentru a adăuga un ID de rulare sau un cod de bare pentru un blocu

Selectați celula ID/Bar Code (ID/Cod de bare) pentru blocul țintă și introduceți un ID sau scanați
blocul cu un cititor de cod de bare.

Rularea unui experiment
Important: Înainte de a rula un experiment, asigurați-vă că software-ul anti-virus al computerului
dvs. nu va iniția o scanare în timpul rulării. Consultați Instalarea software-ului CFX Maestro Dx SE dela pagina 33 și administratorul de sistem pentru mai multe informații.

Pentru a rula un experiment1.

În fila Start Run (Începere rulare) verificați detaliile despre placă și protocol în secțiunea Run
Information (Informații rulare).

2.

(Opțional) Adăugați observații despre rulare sau experiment în caseta de text Notes (Observații).

3.

Bifați caseta de selectare a blocului sau blocurilor pe care doriți să realizați rularea.
Sfat: Pentru a rula experimentul pe toate blocurile, selectați Select All Blocks (Selectare toate
blocurile) de sub tabelul Selected Blocks (Blocuri selectate).

4.

(Opțional) Faceți clic pe Flash Block Indicator (Indicator luminos intermitent bloc) pentru a face să lumineze
indicatorul LED de pe blocurile selectate ale instrumentului.

Ghid de utilizare | 175

Capitolul 9 Rularea de experimente

5.

Introduceți plăcile experimentului în bloc:a.

Faceți clic pe Open Lid (Deschidere capac). Se va deschide capacul motorizat al fiecărui bloc
selectat.

b.

Introduceți o placă de experiment în fiecare bloc selectat.

c.

Faceți clic pe Close Lid (Închidere capac).

Sfat: Pe Sistemul CFX Opus Dx, atingeți Deschidere capac sau Închidere capac pe ecranul depornire.
6.

Faceți clic pe Open Lid (Deschidere capac) și Close Lid (Închidere capac) pentru a deschide șiînchide capacul motorizat al fiecărui bloc selectat pentru instrument.

7.

Vizualizați detaliile rulării și urmați una dintre procedurile următoare:nDacă detaliile sunt corecte, faceți clic pe Start Run (Începere rulare).

nDacă detaliile sunt incorecte:oCorectați detaliile în tabelul Selected Blocks (Blocuri selectate) și faceți clic pe Start Run(Începere rulare).

o

Reveniți la fila corectă și efectuați modificările adecvate, salvați modificările, apoi faceți clicpe Next (Următorul) pentru a reveni la fila Start Run (Începere rulare) și a iniția rularea.

Pentru a iniția o nouă rulare dintr-o rulare anterioarăuUrmați una dintre procedurile următoare:nSelectați File > Repeat a Run (Fișier > Repetare rulare) din bara meniului principal al softwareului; navigați la și faceți dublu clic pe fișierul de date al rulării pe care doriți să o repetați.

n

Selectați fila Repeat Run (Repetare rulare) din Startup Wizard (Expert pornire) și faceți dublu clicpe fișierul de date al rulării pe care doriți să o repetați.
Opțional, în fila Repeat Run (Repetare rulare) puteți face clic pe Browse (Navigare) și naviga lași face dublu clic pe fișierul de date al rulării pe care doriți să o repetați.

176 | Software CFX Maestro Dx SE

Caseta de dialog Run Details (Detalii rulare)

Caseta de dialog Run Details (Detalii rulare)
Când faceți clic pe Start Run (Începere rulare), CFX Maestro Dx SE vă indică să salvați fișierul de date(.pcrd), începe rularea și deschide caseta de dialog Run Details (Detalii rulare). Caseta de dialog Run
Details (Detalii rulare) cuprinde trei file de stare:n

Run Status (Stare rulare) – utilizată pentru a vizualiza starea actuală a protocolului, a deschide sauînchide capacul, a pune pe pauză o rulare, a adăuga repetări, a omite pași sau a opri rularea.

n

Real-time Status (Stare în timp real) – utilizată pentru a vizualiza datele fluorescenței PCR în timp
real, pe măsură ce sunt colectate.

nTime Status (Stare timp) – utilizată pentru a vizualiza pe întregul ecran cronometrul pentrunumărătoarea inversă pentru protocol.

Aceste file sunt explicate în detaliu în următoarele secțiuni.

Fila Run Status (Stare rulare)
Fila Run Status (Stare rulare) afișează starea actuală a unei rulări în curs de desfășurare. În această
vizualizare puteți, de asemenea, să controlați capacul și să schimbați rularea în curs de desfășurare.

Ghid de utilizare | 177

Capitolul 9 Rularea de experimente

LEGENDĂ
1.

Panoul Run Status (Stare rulare) – afișează progresul actual al protocolului.

2.

Soluții de control pentru Run Status (Stare rulare) – vă permit să operați
instrumentul sau să întrerupeți protocolul actual.

3.

Panoul Run Information (Informații rulare) – afișează detaliile rulării.

Comenzi Run Status (Stare rulare)
Utilizați comenzile din fila Run Status (Stare rulare) fie pentru a opera instrumentul din software, fie pentru
a modifica o rulare în curs.
Notă: Schimbările aduse protocolului în timpul rulării, precum adăugarea de repetări, nu modifică
fișierul de protocol asociat rulării. Aceste acțiuni sunt înregistrate în Run Log (Jurnal rulare).

– deschide capacul motorizat al instrumentelor selectate.
Important: Deschiderea capacului în timpul unei rulări pune rularea pe pauză în timpul pasului
curent și ar putea modifica datele. Comenzi Run Status (Stare rulare) de la pagina 178.

– închide capacul motorizat al instrumentelor selectate.

– adaugă mai multe repetări la pasul curent GOTO (SaltLa) din protocol. Această opțiune este
disponibilă doar când rulează un pas GOTO (SaltLa).
Notă: Puteți adăuga repetări suplimentare în timpul unui ciclu GOTO (Salt La) când protocolul
este în desfășurare. Totuși, CFX Maestro Dx SE recunoaște cea mai recentă modificare anumărului de repetări. De exemplu, dacă adăugați 10 repetări suplimentare în timpul unui ciclu
GOTO (Salt La), software-ul va schimba numărul total la n + 10. Dacă apoi adăugați încă cinci(5) repetări în același ciclu, CFX Maestro va schimba numărul total de repetări la n + 5. Prima
modificare (10 repetări) este ignorată. Pentru a vă asigura că software-ul efectuează numărul
țintă de repetări, introduceți numărul total (în acest caz, 15 repetări).

– omite pasul curent din protocol.
Notă: Dacă inițiați un salt în timpul unui pas GOTO (SaltLa), sistemul trece la următorul ciclu înbucla GOTO (SaltLa). Dacă, în momentul saltului, era în desfășurare ultimul ciclu al pasului
GOTO (SaltLa), sistemul trece la pasul următor.

178 | Software CFX Maestro Dx SE

Caseta de dialog Run Details (Detalii rulare)– aprinde intermitent LED-ul de pe instrumentul selectat, pentru a identifica blocurile selectate.

– pune pauză protocolului.
Notă: Această acțiune este înregistrată în Run Log (Jurnal rulare).

– reia un protocol care a fost pus pe pauză.

– oprește rularea înainte ca protocolul să fie finalizat.
Notă: Oprirea unei rulări înainte ca protocolul să fie finalizat vă poate modifica datele.

Deschiderea capacului instrumentului în timpul unei rulări PCRDacă capacul oricărui instrument este deschis în timpul unei rulări PCR, CFX Maestro Dx SE va afișa
următorul dialog de confirmare:În timp ce dialogul apare, instrumentele continuă să ruleze protocolul. Butonul OK întrerupe rularea, iar capacul
instrumentului se deblochează și se deschide. Butonul Cancel (Anulare) închide dialogul și reia rularea.

Ghid de utilizare | 179

Capitolul 9 Rularea de experimente

Fila Real-time Status (Stare în timp real)
Fila Real-time Status (Stare în timp real) afișează datele PCR în timp real colectate în fiecare ciclu în
timpul rulării, după primele două citiri ale plăcii.

LEGENDĂ
1.

Panoul urme de amplificare – afișează datele de amplificare în timp real din timpulrulării.

2.

Identificator grup de godeuri – dacă la configurația plăcii au fost identificate grupuri
de godeuri, utilizatorii pot selecta un anumit grup de godeuri pentru a-i vizualiza
urmele, godeurile și informațiile tabelare.
Identificator număr de pas – dacă protocolul colectează date la mai mult de un pas(de exemplu, în timpul amplificării și curbei de topire), utilizatorii pot selecta unanumit pas și vizualiza urmele colectate la pasul respectiv.

3.

Panoul selectorului de godeuri – afișează godeurile active, inactive și goale dinplacă.

4.

Panoul tabelului de configurație a plăcii – afișează configurația plăcii în format
tabelar.

180 | Software CFX Maestro Dx SE

Caseta de dialog Run Details (Detalii rulare)

5.

Panoul cu detalii despre rulare – afișează starea rulării în timp real, inclusiv:
n Pasul curent
n Repetarea curentă
n Temperatura curentă
n Timpul rămas
n Temperatura probein Temperatura capacului

6.

Plate Setup (Configurație placă) – deschide caseta de dialog Plate Setup(Configurație placă), în care utilizatorii pot modifica configurația curentă a plăcii în
timpul unei rulări.

În fila Real-time Status (Stare în timp real) puteți:nAfișa sau ascunde urmele în timp real, selectându-le în panoul selectorului de godeuri sau în tabelul
de configurație a plăcii

nVizualiza o singură urmă sau grupuri de urme selectându-le din meniul vertical al grupurilor degodeurin

Edita placa sau înlocui fișierul placă

nAplica un fișier PrimePCR la rulareAfișarea sau ascunderea urmelor în timp real
Implicit, toate godeurile umplute sunt active și apar în tabelul de configurație a plăcii. Godeurile active
apar cu albastru în panoul selectorului de godeuri. Godeurile ascunse apar cu gri deschis, iar godeurile
nefolosite apar cu gri închis în panoul selectorului de godeuri.
Puteți ascunde urme din godeurile active în timpul rulării. CFX Maestro Dx SE continuă să colecteze datepentru toate godeurile; când ascundeți godeurile, datele lor nu apar în tabelul de configurare a plăcilor.

Pentru a ascunde urmele în timp realuÎn panoul selectorului de godeuri, faceți clic pe godeurile active (albastre) pe care doriți să leascundeți.

Pentru a afișa urmele în timp realuÎn panoul selectorului de godeuri, faceți clic pe godeurile ascunse (gri deschis) pe care doriți să leafișați.

Pentru mai multe informații despre selectorul de sonde, consultați Selectorul de godeu de la pagina 202.

Ghid de utilizare | 181

Capitolul 9 Rularea de experimente

Editarea configurației plăcii
Pentru a edita configurația plăciiuFaceți clic pe Plate Setup (Configurație placă) și apoi selectați View/Edit Plate (Vizualizare
editare/placă).
Apare fereastra Plate Editor (Editor placă) în care puteți edita placa în timp ce rularea este în curs.
Pentru mai multe informații despre editarea plăcilor, consultați Capitolul 8, Pregătirea plăcilor.
Notă: De asemenea, puteți edita stilurile de urme din fereastra Plate Editor (Editor placă).
Modificările apar în graficul urmelor de amplificare din fila Real-time Status (Stare în timp real).

Înlocuirea unui fișier placă
Sfat: Înlocuirea unui fișier placă este utilă în special dacă inițiați o rulare cu un fișier Quick Plate(Placă rapidă) din folderul ExpressLoad (Încărcare expresă).

Pentru a înlocui un fișier placăuFaceți clic pe Plate Setup (Configurație placă), apoi selectați una dintre următoarele opțiuni:n

Replace Plate file (Înlocuire fișier placă) – selectați noul fișier placă din lista din fereastra denavigaren

Apply PrimePCR file (Aplicare fișier PrimePCR) – căutați un fișier de rulare din care se va obține
structura plăcii, utilizând Smart search (Căutare inteligentă) sau făcând clic pe Browse(Răsfoire) pentru a găsi un fișier pe care l-ați descărcat de pe site-ul web Bio-Rad și care nu seaflă în folderul PrimePCR

Notă: CFX Maestro Dx SE verifică modul de scanare și dimensiunea plăcii pentru fișierul placă.
Acestea trebuie să corespundă cu cele din setările rulării cu care a început rularea.

182 | Software CFX Maestro Dx SE

Caseta de dialog Run Details (Detalii rulare)

Fila Time Status (Stare timp)
Fila Time Status (Stare timp) afișează timpul rămas pentru finalizarea rulării actuale.

Ghid de utilizare | 183

Capitolul 9 Rularea de experimente

Efectuarea de experimente PrimePCR
Experimentele PrimePCR utilizează teste specifice pentru cale biologică sau afecțiune pe care Bio-Rad
le-a validat și le-a optimizat în laborator umed și care sunt disponibile în următoarele formate:nPanouri cu placă preconfigurată – plăci care conțin teste care sunt specifice pentru o cale biologică
sau afecțiune; acestea includ soluții de control PrimePCR și gene de referință

nPlăci cu o configurație personalizată – plăci care pot fi configurate într-o structură definită deutilizator, cu opțiunea de a selecta teste pentru ținte de interes, soluții de control și referințe.

nTeste individuale – eprubete care conțin seturi de primeri individual pentru utilizare în reacții în timp
realPentru a reduce timpul de rulare general, puteți elimina pasul de topire din protocol. Bio-Rad vă
recomandă insistent să nu faceți nicio altă modificare a unui protocol de rulare PrimePCR. Protocolul
implicit este cel care a fost utilizat pentru validarea testului. Orice deviere de la aceasta poate afecta
rezultatele. Schimbările privind protocolul sunt notate în fila Run Information (Informații rulare) pentrufișierul de date rezultat și în orice rapoarte create.

Pentru a iniția o rulare PrimePCRuPentru a iniția o rulare PrimePCR, efectuați oricare dintre următoarele:nÎn Startup Wizard (Expert pornire), selectați PrimePCR pe fila Run Setup (Configurare rulare) șiapoi selectați chimia corespunzătoare (SYBER® sau Probe - sondă).

n

Selectați o rulare PrimePCR din lista Recent Runs (Rulări recente) de pe fila Repeat Run(Repetare rulare) în Startup Wizard (Expert pornire).

nSelectați File > New > PrimePCR Run File (Fișier > Nou > Fișier Rulare PrimePCR) în fereastra
Home (Pagină de pornire).

nTrageți și eliberați un fișier de rulare PrimePCR în fereastra Home (Pagină de pornire).

După ce ați selectat o rulare PrimePCR, în fereastra Run Setup (Configurare rulare) se deschide pe fila
Start Run (Începere rulare) cu structura implicită de placă PrimePCR încărcată în funcție de instrumentul
selectat.

Pentru a elimina pasul de topire din protocolu

Pe fila Protocol, ștergeți caseta adiacentă de lângă opțiunea Include Melt Step (Includere pas topire).

184 | Software CFX Maestro Dx SE

Efectuarea de experimente PrimePCR

Pentru a importa informații țintă pentru plăci PrimePCR într-o structură de placă
1.

Urmați una dintre procedurile următoare:nÎn fila Real-time Status (Stare în timp real), în caseta de dialog Run Details (Detalii rulare),selectați Plate Setup > Apply PrimePCR File (Configurare placă > Aplicare fișier PrimePCR).

nÎn fereastra Data Analysis (Analiza datelor), selectați Plate Setup > Apply PrimePCR File
(Configurație placă > Aplicare fișier PrimePCR).

2.

În caseta de dialog pentru fișierul de rulare PrimePCR, faceți clic pe Browse (Răsfoire) pentru anaviga la fișierul PrimePCR corespunzător (.csv).

3.

Selectați fișierul PrimePCR țintă și faceți clic pe Open (Deschidere).

Sistemul CFX Opus Dx importă informațiile țintă în structura dvs. de placă.

Ghid de utilizare | 185

Capitolul 9 Rularea de experimente

Transferarea datelor independente pentru analiză
Important: Când transferați fișiere de date din Sistemul CFX Opus Dx pe CFX Maestro Dx SE, toatefișierele salvate pe sistem sunt transferate. Asigurați-vă că aveți suficient spațiu pe disc pentru ca
datele să se transfere în siguranță.
Când rularea este finalizată, CFX Maestro Dx SE analizează datele de fluorescență. Dacă rularea este
efectuată în modul independent și salvată pe Sistemul CFX Opus Dx, datele trebuie transferate către
computerul CFX Maestro Dx SE pentru analiză.
Sistemul CFX Opus Dx poate stoca până la 100 de rulări PCR în timp real. După ce rularea se finalizează,puteți transfera fișiere de date independente către computerul cu CFX Maestro Dx SE prin e-mail, unitate
USB sau prin software-ul însuși.
Această secțiune explică modul de a transfera fișiere de date independente către computerul
CFX Maestro Dx SE.

Transferarea datelor prin e-mailPentru a trimite prin e-mail un fișier de date la sfârșitul unei rulări
1.

Configurați notificări prin e-mail pentru instrument.
Consultați Configurarea notificării prin e-mail de la pagina 79 sau Manualul de utilizare Sistemul PCR
în timp real CFX Opus Dx.

2.

Atunci când configurați notificări prin e-mail, asigurați-vă că opțiunea Attach Data File (Atașare fișier
de date) este selectată.
Datele rulării sunt trimise prin e-mail ca fișier .pcrd.

Transferul datelor de pe Sistemul PCR în timp real CFX Opus Dx
Cu ajutorul funcției File Browser (Browser fișiere) de pe Sistemul CFX Opus Dx, puteți transfera fișiere dedate pe o unitate USB atașată sau într-un folder de rețea partajat. De asemenea, puteți transfera
CFX Maestro Dx SE fișiere de protocol de pe o unitate USB sau o unitate de rețea partajată în folderul
dvs. sau în folderul public de pe Sistemul CFX Opus Dx și le puteți rula pe Sistemul CFX Opus Dx.
Sfat: În această secțiune este explicat modul de transfer al datelor. Pentru informații referitoare laconfigurarea conexiunii Ethernet consultați Sistemul PCR în timp real CFX Opus Dx Manual de
instrucțiuni disponibil din CFX Maestro Dx SE meniul Help (Ajutor).

186 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferarea datelor independente pentru analiză

1.

În ecranul de pornire din Sistemul CFX Opus Dx, atingeți Files (Fișiere) pentru a vizualiza ecranul
File Browser (Browser fișiere).

2.

În ecranul File Browser (Browser fișiere), navigați la fișierul pe care doriți să îl copiați, apoi atingeți
fișierul pentru a vizualiza fereastra cu detalii corespunzătoare fișierului.

3.

În panoul cu detalii despre fișier, atingeți Options (Opțiuni), apoi atingeți Copy (Copiere).

Apare caseta de dialog Select Location (Selectare locație).
4.

În caseta de dialog Select Location (Selectare locație), efectuați una dintre următoarele acțiuni:nNavigați la un folder existent.

nNavigați la locație pentru a crea un folder în care să salvați fișierul, apoi atingeți Create Folder(Creare dosar)(

5.

) pentru a crea un folder nou în locația respectivă.

Atingeți Select (Selectare) pentru a copia folderul în locația selectată sau Cancel (Anulare) pentru areveni la ecranul File Browser (Browser fișiere).
Notă: Dacă există un fișier cu același nume în locația selectată, pe ecran va fi afișată o fereastră
cu un mesaj. Atingeți Yes (Da) pentru a suprascrie fișierul existent sau No (Nu) pentru a reveni laecranul File Browser (Browser fișiere).
Sistemul CFX Opus Dx afișează un mesaj de confirmare atunci când fișierul este copiat cu succes.

Ghid de utilizare | 187

Capitolul 9 Rularea de experimente

Transferul de date prin Software-ul CFX Dx Maestro, ediția desecuritate
Pentru a transfera date prin CFX Maestro Dx SE
1.

În panoul Detected Instruments (Instrumente detectate) din fereastra Home (Pagină de pornire),faceți clic dreapta pe instrumentul țintă și selectați Retrieve Data Files (Extragere fișiere de date).
CFX Maestro Dx SE afișează caseta de dialog Browse For Folder (Răsfoire după folder).

2.

În caseta de dialog Browser For Folder (Răsfoire după folder), navigați la locația în care intenționați
să salvați fișierele de date și faceți clic pe OK.
Procesul de transfer creează un folder etichetat Real-time Data (Date în timp real) în locația
selectată. Datele rulării sunt salvate în folderul Real-Time Data (Date în timp real) ca fișiere .zpcr
separate.

Transferarea datelor folosind o unitate USBDacă introduceți o unitate USB în portul USB de pe instrument, fișierul de date este salvat automat în
directorul rădăcină al unității USB atunci când rularea este finalizată. De asemenea, puteți găsi fișiere dedate salvate anterior și le puteți salva pe o unitate USB atașată.

Pentru a transfera fișiere de date pe o unitate USB introdusă în Sistemul CFX Opus DxuÎn caseta de dialog Select Location (Selectare locație), atingeți USB și navigați la folderul țintă în caresă copiați fișierul sau Cancel (Anulați) pentru a reveni la ecranul File Browser (Browser fișiere).
Notă: Dacă există un fișier cu același nume în locația selectată, apare un dialog. Atingeți Yes(Da) pentru a suprascrie fișierul existent sau No (Nu) pentru a reveni la ecranul File Browser(Browser fișiere).

Sistemul CFX Opus Dx afișează un mesaj de confirmare atunci când fișierul este copiat cu succes.

188 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferarea datelor independente pentru analiză

Transferul de date printr-o unitate de rețea partajată folosind
Sistemul PCR în timp real CFX Opus Dx
Sfat: Puteți transfera date către și de pe o unitate de rețea partajată numai prin Sistemul CFX Opus
Dx.
Sistemul CFX Opus Dx vă permit să vă conectați la o unitate de rețea partajată utilizând Ethernet. Cu oconexiune reușită, puteți transfera fișiere de date către și dintr-un folder de pe unitatea de rețea partajată.

Pentru a transfera date către și de pe o unitate de rețea partajatăuÎn caseta de dialog Select Location (Selectare locație), atingeți Network (Rețea) și navigați la folderulțintă în care să copiați fișierul sau Cancel (Anulați) pentru a reveni la ecranul File Browser (Browserfișiere).
Notă: Dacă există un fișier cu același nume în locația selectată, apare un dialog. Atingeți Yes(Da) pentru a suprascrie fișierul existent sau No (Nu) pentru a reveni la ecranul File Browser(Browser fișiere).

Sistemul CFX Opus Dx afișează un mesaj de confirmare atunci când fișierul este copiat cu succes.

Crearea unui fișier de datePentru a analiza datele transferate de la instrument la computerul CFX Maestro Dx SE, fișierul de datecomprimate (fișierul .zpcr) trebuie convertit într-un fișier de date (fișierul .pcrd). CFX Maestro Dx SE
convertește fișierul .zpcr într-un fișier .pcrd și apoi selectează un fișier placă care are același mod descanare și dimensiunea plăcii și îl aplică fișierului .pcrd.

Pentru a crea un fișier de date dintr-un fișier de date de sine stătător
1.

În CFX Maestro Dx SE, urmați una dintre procedurile următoare:nLocalizați fișierul .zpcr țintă și trageți-l în fereastra Home (Pagină de pornire) a CFX Maestro Dx
SE.

n

Selectați File > Open > Stand-alone Run (Fișier > Deschidere > Rulare de sine stătătoare) șinavigați la și selectați fișierul țintă.

CFX Maestro Dx SE afișează caseta de dialog Save as (Salvare ca).
2.

Navigați la folderul în care intenționați să salvați fișierul .pcrd și faceți clic pe Save (Salvare).
După ce ați salvat fișierul .pcrd, CFX Maestro Dx SE deschide fereastra Data Analysis (Analiza
datelor) și afișează datele rezultate.

Ghid de utilizare | 189

Capitolul 9 Rularea de experimente

190 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data
Analysis (Analiza datelor)
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate procesează automat date PCR în timp real la finalulfiecărei rulări și deschide fereastra Data Analysis (Analiza datelor) pentru a afișa aceste date (fișierul.pcrd).
nTrageți un fișier de date (extensie .pcrd) în fereastra Home (Pagină de pornire) și să-l eliberați

n

Selectați File > Open > Data File (Fișier > Deschidere > Fișier de date) din fereastra Home (Pagină
de pornire) și să navigați la fișierul .pcrd țintă

n

Selectați File > Recent Data Files (Fișier > Fișiere de date recente) din fereastra Home (Pagină depornire) pentru a selecta dintr-o listă cu cele mai recente zece fișiere de date deschisenAlegeți fila Analyze (Analizare) din Startup Wizard (Expert pornire) și fie să selectați din Recent Files(Fișiere recente), fie să faceți clic pe Browse (Navigare) pentru a localiza fișierul de dateFereastra Data Analysis (Analiza datelor)
Fereastra Data Analysis (Analiza datelor) afișează mai multe file, fiecare filă afișând datele analizate
pentru o anumită metodă de analiză sau informații specifice rulării. Filele apar doar dacă datele colectate
în timpul rulării sunt disponibile pentru tipul respectiv de analiză.

Sfat: Pentru a alege filele care vor fi afișate, selectați-le din meniul vertical View (Vizualizare) din
fereastra Data Analysis (Analiza datelor). Pentru a reveni la aspectul original al filei, selectați Settings> Restore Default Window Layout (Setări > Restabilire Aspect fereastră implicit).

Ghid de utilizare | 191

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Bara de instrumente de analiză a datelor
Bara de instrumente din fereastra Data Analysis (Analiza datelor) oferă acces rapid la funcții importantede analiză a datelor.

Tabelul 11 prezintă funcțiile butoanelor de pe bara de instrumente.
Tabelul 11. Bara de instrumente din fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Buton

Denumire

Function (Funcție)Plate Setup

View/Edit plate (Vizualizare/Editare placă) —(Configurație

deschide Plate Editor (Editor placă) pentru aplacă)

vizualiza și edita conținutul godeurilor.
Replace Plate (Înlocuire placă) — selectează unfișier placă pentru a înlocui configurația plăcii.
Apply PrimePCR file (Fișier pentru aplicarea
PrimePCR) — selectează un fișier de rulare
care va înlocui structura plăcii pentru o rulare
PrimePCR.

Manage Well

Deschide fereastra Well Groups Manager

Groups(Manager grupuri de godeuri) pentru a crea,(Gestionare

edita și șterge grupuri de godeuri.

grupuri de godeuri)
Grup de godeuri

Selectează numele unui grup de godeuri
existent din meniul vertical. Selecția implicită
este All Wells (Toate godeurile). Acest buton
apare doar când sunt create grupuri de godeuri.

Analysis Mode

Analizează datele fie în modul Fluorophore(Mod Analiză)(Fluorofor), fie în modul Target (Țintă).

Help (Ajutor)

Deschide utilitarul Help (Ajutor) al software-uluiprin intermediul căruia care puteți găsi ajutor
online și o copie digitală a acestui manual în
format Acrobat PDF.

192 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Bara de meniu de analiză a datelor
Tabelul 12 listează elementele barei de meniu din fereastra Data Analysis (Analiza datelor).
Tabelul 12. Elementele barei de meniu din fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Element demeniu

Comandă

Function (Funcție)File (Fișier)Save (Salvare)

Salvează fișierul.

Save As (Salvare ca)

Salvează fișierul cu o denumire nouă.

File Passwords (Parole fișier)Permite utilizatorilor să seteze o parolă pentru
salvarea, respectiv deschiderea fișierelor.

Sign (Semnătură)Permite utilizatorilor să semneze fișierul dedate.

Repeat Run (Repetare rulare)

Extrage fișierul de protocol și pentru placă din
rularea curentă, pentru a-l rula din nou.

Close (Închidere)Închide fereastra Data Analysis (Analiza
datelor).

View

Run Log (Jurnal rulare)(Vizualizare)

Deschide o fereastră Run Log (Jurnal rulare)pentru a vizualiza jurnalul rulării fișierului dedate curent.

Traseul auditului

Deschide traseul de audit pentru fișier.

Quantification, Melt Curve, GeneAfișează datele analizate din filele selectate în

Expression, End Point, Custom

fereastra Data Analysis (Analiza datelor).

Data View, QC, Run Information

Trebuie selectată cel puțin o filă.

(Cuantificare, Curbă de topire,
Expresie genică, Momentul final,
Vizualizare personalizată adatelor, CC, Informații rulare)

Ghid de utilizare | 193

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Tabelul 12. Elementele barei de meniu din fereastra Data Analysis (Analiza datelor), continuare

Element demeniu

Comandă

Function (Funcție)SetăriCq Determination Mode (ModVă permite să selectați modul Regression

determinare Cq)(Regresie) sau Single Threshold (Prag unic)
pentru a determina cum se calculează valorile
Cq pentru fiecare urmă.

Baseline Setting (Setarea NivelVă permite să selectați metoda de scădere ainițial)nivelului inițial pentru grupurile selectate degodeuri.

Analysis Mode (Mod Analiză)Vă permite să analizați datele în funcție deFluorophore (Fluorofor) sau Target (Țintă).

Cycles to Analyze (Cicluri deVă permite să selectați ciclurile de analizat.

analizat)
Baseline Threshold (Prag nivel

Deschide fereastra Baseline Thresholdsinițial)(Praguri nivel inițial) pentru a ajusta nivelulinițial sau pragul.

Trace Styles (Stiluri Urme)Deschide fereastra Trace Styles (Stiluri Urme).

Plate Setup (Configurație placă)Deschide Plate Editor (Editor placă) pentru a
vizualiza și edita placa; a înlocui placa curentă
cu una dintr-un fișier pentru placă definit deutilizator sau un fișier de rulare PrimePCR.

Include All Excluded Wells

Include toate godeurile excluse în analiză.

(Includeți toate godeurile excluse)
Mouse Highlighting (Evidențiere cu

Activează sau dezactivează evidențierea

mouse-ul)simultană a datelor cu indicatorul mouse-ului.
Sfat: Dacă Mouse Highlighting(Evidențiere cu mouse-ul) este
dezactivată, apăsați tasta Control pentru
a activa temporar evidențierea.

Restore Default Window Layout

Restabilește aranjarea ferestrei la setările

(Restabilire Aspect fereastră

implicite.

implicit)

194 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Tabelul 12. Elementele barei de meniu din fereastra Data Analysis (Analiza datelor), continuare

Element demeniu

Comandă

Function (Funcție)ExportExportă toate fișele de dateVă permite să selectați dacă doriți să exportați

(Exportare)toate vizualizările foilor de calcul din fiecare filăîntr-un fișier .csv, .txt. Excel sau .xml.
Export RDML File (Exportă unVă permite să selectați versiunea 1.1 sau 1.0 afișier RDML)

RDML, în care să exportați fișierul.

Custom Export (Export

Deschide fereastra Custom Export (Export

personalizat)

personalizat) în care pot fi specificate
câmpurile de exportat și formatul fișierului.

Export to LIMS Folder (Exportare

Deschide o fereastră pentru a salva datele într-în folderul LIMS)

un format predeterminat în folderul LIMS.

Export manualDeschide fereastra pentru a identifica locul desalvare a datelor din toate foile de calcul înfișiere Excel structurate special pentru a fi
utilizate de Seegene, Inc. și Bio-Rad
Laboratories.
Sfat: De asemenea, poate porni automat
programul Seegene Viewer după export.
Pentru mai multe informații, consultați
Comenzile meniului Tools (Instrumente)de la pagina 65.

Tools

Reports (Rapoarte)

Deschide Raportul pentru acest fișier de date.

Well Group Reports (Rapoarte

Deschide fereastra Well Group Reportpentru grupuri de godeuri)(Rapoarte pentru grupuri de godeuri) pentru a(Instrumente)

genera rapoarte pentru grupurile de godeuri
specificate.
Import Fluorophore Calibration

Selectează un fișier de calibrare de aplicat(Importare calibrare fluorofor)fișierului de date curent.

qbase+

Lansează qbase+ v2.5 direct din fișierul .pcrd
curent, dacă este instalat.

Generate LIMS PLRN file

Salvează fișierul de date ca fișier .plrn formatat(Generare fișier LIMS PLRN)

LIMS.

Ghid de utilizare | 195

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Detalii filăFiecare filă din fereastra Data Analysis (Analiza datelor) afișează datele în grafice și foi de calcul pentru oanumită metodă de analiză și include un selector de godeu pentru selectarea datelor pe care doriți să leafișați. Când se deschide, Data Analysis (Analiza datelor) afișează implicit fila Quantification(Cuantificare). Puteți utiliza datele din graficul Amplification (Amplificare) din fila Quantification(Cuantificare) pentru a determina setările adecvate de analiză pentru rulare.

Notă: Software-ul asociază datele din panourile fiecărei file Data Analysis (Analiza datelor). De
exemplu, evidențierea unui godeu prin plasarea indicatorului mouse-ului pe godeu în vizualizarea
selector de godeuri evidențiază datele din toate celelalte panouri.

Selectorul Step Number (Număr pas)
Sistemele CFX Opus Dx pot obține date de fluorescență în mai mulți pași de protocol; software-ul menține
datele obținute la fiecare pas în mod independent. CFX Maestro Dx SE afișează selectorul Step Number(Număr pas) sub graficul Standard Curve (Curbă standard) din fila Quantification (Cuantificare). Atunci
când un protocol conține cel puțin un pas de colectare a datelor, CFX Maestro Dx SE afișează datele dinprimul pas de colectare.
Dacă protocolul conține mai mult de un pas de colectare, puteți selecta un alt pas din lista verticală. De
exemplu:

196 | Software CFX Maestro Dx SE

Fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Atunci când selectați un pas, software-ul aplică acea selecție tuturor datelor afișate în fereastra Data
Analysis (Analiza datelor).

Vizualizarea grupurilor de godeuri în Data Analysis (Analiza
datelor)
Godeurile din placă pot fi grupate în subseturi pentru analiză independentă utilizând grupuri de godeuri.
Când creați grupuri de godeuri, denumirea grupului apare în fereastra Data Analysis (Analiza datelor), înlista verticală Well Groups (Grupuri de godeuri) de pe bara de instrumente.
Dacă ați creat grupuri de godeuri, software-ul afișează grupul implicit de godeuri All Wells (Toate
godeurile) atunci când deschideți fereastra Data Analysis (Analiza datelor), afișând datele din toate
godeurile cu conținut în grafice și foi de calcul. Doar godeurile din grupul de godeuri respectiv încărcate cuconținut apar în selectorul de godeuri și doar datele pentru godeurile respective sunt incluse în calculele
analizei datelor.
Sfat: Pentru a crea, edita și șterge grupuri de godeuri, faceți clic pe Manage Well Groups(Gestionare grupuri de godeuri) de pe bara de instrumente.
Notă: Dacă nu ați creat grupuri de godeuri, lista verticală Well Groups (Grupuri de godeuri) nu vaapărea în bara de instrumente.

Modificarea conținutului godeurilor după o rulareÎn timpul analizei datelor, modificarea modului în care sunt afișate datele prin modificarea conținutului
godeurilor în Plate Editor (Editor placă) nu modifică niciodată datele de fluorescență colectate din fiecare
godeu în timpul rulării. După ce modulul colectează datele de fluorescență, acele date nu pot fi șterse, darputeți să le eliminați din vizualizare și din analiză.

Pentru modificarea conținutului godeurilor după o rulareuÎn fereastra Data Analysis (Analiza datelor), faceți clic pe Plate Setup (Configurație placă) și selectați
una dintre următoarele opțiuni:nEdit/View Plate (Editare/Vizualizare placă) – deschide Plate Editor (Editor placă), unde puteți
face modificări manuale la configurație.

n

Replace Plate File (Înlocuire fișier placă) – deschide browser-ul Select Plate (Selectareplacă), în care puteți naviga la un fișier placă salvat anterior cu care să înlocuiți structura curentă
a plăcii.

n

Apply PrimePCR file (Aplicare fișier PrimePCR) – deschide caseta de dialog SelectPrimePCR file (Selectare fișier PrimePCR), în care puteți naviga la un fișier de rulare PrimePCR,
pe care îl puteți aplica structurii plăcii.

Ghid de utilizare | 197

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Sfat: Puteți adăuga sau edita informații despre conținutul godeului înainte de o rulare, în timpul saudupă o rulare sau după finalizarea unei rulări PCR. Trebuie să atribuiți modul de scanare și
dimensiunea plăcii înainte de rulare. Acești parametri nu pot fi modificați după rulare.

198 | Software CFX Maestro Dx SE

Data Analysis Settings (Setări Analiza datelor)

Data Analysis Settings (Setări Analiza datelor)
Datele graficului Amplification (Amplificare) din fila Quantification (Cuantificare) indică unitatea defluorescență relativă (RFU) pentru fiecare godeu din fiecare ciclu. Fiecare urmă din grafic reprezintă
datele de la un singur fluorofor dintr-un godeu. Aceste date sunt utilizate pentru determinarea valorilor Cq
pentru fiecare godeu și fiecare fluorofor. Software-ul folosește unul dintre cele două moduri pentru a
determina valorile Cq:nRegression (Regresie) – aplică un model de regresie neliniar, cu mai multe variabile, urmelor
individuale ale godeului, iar apoi utilizează modelul respectiv pentru a calcula o valoare Cq optimă.

nSingle Threshold (Prag unic) – folosește o singură valoare de prag pentru a calcula valoarea Cq înfuncție de punctul de depășire a pragului urmelor de fluorescență individuale.

Selectați Settings> Cq Determination Mode (Setări > Mod determinare Cq) pentru a alege modul dedeterminare a Cq .

Ajustarea praguluiÎn modul Single Threshold (Prag unic), puteți ajusta pragul pentru un fluorofor făcând clic pe linia de prag
din graficul Amplification (Amplificare) și deplasând indicatorul mouse-ului pe verticală. Alternativ, puteți
specifica un prag exact pentru fluoroforul existent.

Setarea Nivel inițial
Software-ul setează automat nivelul inițial individual pentru fiecare godeu. Setarea Nivel inițial determină
metoda de scădere a nivelului inițial pentru toate urmele de fluorescență. Software-ul oferă trei opțiuni descădere a nivelului inițial:n

No Baseline Subtraction (Fără scădere a nivelului inițial) – afișează datele sub formă de urmede fluorescență relativă. Anumite analize nu sunt posibile în acest mod de analiză, prin urmare
software-ul nu afișează filele Gene Expression (Expresie genică), End Point (Momentul final) șiAllelic Discrimination (Discriminare alelică).

nBaseline Subtracted (Nivelul inițial scăzut) – afișează datele sub formă de urme din care s-ascăzut nivelul inițial pentru fiecare fluorofor dintr-un godeu. Software-ul trebuie să scadă nivelul inițial
din date pentru a determina ciclurile de cuantificare, construi curbele standard și determina
concentrația probelor necunoscute. Pentru a genera o urmă din care s-a scăzut nivelul inițial,software-ul integrează cea mai bună linie dreaptă prin fluorescența înregistrată a fiecărui godeu întimpul ciclurilor inițiale, apoi scade datele cele mai potrivite din datele de fond din care s-a scăzut
nivelul inițial la fiecare ciclu.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Potrivirea curbei din care s-a scăzut nivelul inițial) – afișează
datele drept urme din care s-a scăzut nivelul inițial, iar software-ul ajustează curba din care s-a

Ghid de utilizare | 199

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)scăzut nivelul inițial folosind un filtru de medie centrat. Acest proces este realizat în așa fel încât
fiecare Cq să rămână invariabilă.
Pe lângă aceste opțiuni, puteți selecta și Apply Fluorescent Drift Correction (Aplicare corecție deviație
fluorescență). Pentru godeurile care au valori de deviație RFU anormale în timpul primelor câteva cicluri ale
unei rulări, software-ul derivă un nivel inițial estimat din godeurile adiacente pentru care s-a generat cu
succes un nivel inițial orizontal.

Pentru a schimba setarea scăderii nivelului inițial:u

Selectați Settings > Baseline Setting (Setări > Setarea nivelului de referință).

Analysis Mode (Mod Analiză)Datele pot fi grupate și analizate fie după fluorofor, fie după denumirea țintei. Atunci când sunt grupate dupăfluorofor, urmele de date sunt afișate în funcție de fluorofor, așa cum este indicat de configurația plăcii pentru
rularea respectivă. Datele individuale ale fluoroforului apar în graficul curbei de amplificare și în graficul
curbei standard (dacă este disponibil) atunci când sunt bifate casetele de selectare a fluoroforului localizate
sub graficul de amplificare.

Atunci când sunt grupate după țintă, urmele de date sunt afișate în funcție de denumirea țintei, așa cum afost introdusă în configurația plăcii pentru rularea respectivă.

Pentru a alege un mod de analiză a dateloruUrmați una dintre procedurile următoare:nSelectați Settings > Analysis Mode (Setări > Mod Analiză).

n

Alegeți un mod din meniul vertical Analysis Mode (Mod Analiză) de pe bara de instrumente.

200 | Software CFX Maestro Dx SE

Data Analysis Settings (Setări Analiza datelor)

Cycles to Analyze (Cicluri de analizat)Puteți restricționa numărul de cicluri de analizat. Puteți, de asemenea, analiza date dintr-un anumit set decicluri. Numărul maxim de cicluri pe care le puteți analiza este 50.
Notă: Eliminarea ciclurilor de la începutul unei rulări poate avea un impact semnificativ asupra valoriiinițiale.

Pentru a restricționa analiza datelor la un anumit interval de cicluri
1.

Selectați Settings > Cycles to Analyze (Setări > Cicluri de analizat).
Va apărea caseta de dialog Cycles to Analyze (Cicluri de analizat).

2.

Introduceți valorile ciclului inițial și final și faceți clic pe OK.

Faceți clic pe Restore Defaults (Restaurare valori implicite) din caseta de dialog Cycles to Analyze (Cicluri
de analizat) pentru a reveni la ciclurile utilizate original pentru analiză.

Ghid de utilizare | 201

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Selectorul de godeu
Folosiți Selectorul de godeuri pentru a afișa sau ascunde datele godeurilor în graficele sau foile de calcul
din fereastra Data Analysis (Analiza datelor). Doar godeurile încărcate cu probă pot fi selectate în
selectorul de godeuri. Software-ul colorează godeurile din Well Selector (Selectorul de godeuri):nAlbastru – indică godeurile selectate. Datele din godeurile selectate apar în fereastra Data Analysis(Analiza datelor).

n

Gri deschis – indică godeurile neselectate. Datele din godeurile neselectate nu apar în fereastra
Data Analysis (Analiza datelor).

nGri închis – indică godeurile goale.

Pentru a afișa sau ascunde datele godeuriloruÎn selectorul de godeuri, urmați oricare dintre procedurile următoare:nPentru a ascunde un godeu, faceți clic pe godeul respectiv. Pentru a afișa godeul respectiv,
faceți clic din nou pe el.

nPentru a ascunde mai multe godeuri, trageți cu mouse-ul peste godeurile pe care doriți să leselectați. Pentru a afișa godeurile respective, trageți din nou cu mouse-ul peste godeuri.

nFaceți clic pe colțul din stânga sus al plăcii pentru a ascunde toate godeurile. Faceți clic din nou
pe colțul din stânga sus pentru a afișa toate godeurile.

nFaceți clic pe începutul unei coloane sau al unui rând pentru a ascunde godeurile respective.
Faceți clic din nou pe coloană sau pe rând pentru a afișa godeurile.

202 | Software CFX Maestro Dx SE

Selectorul de godeu

Elementele de meniu afișate prin clic dreapta în Well Selector(Selector godeuri)
Tabelul 13 listează opțiunile afișate prin clic dreapta disponibile în vizualizarea selector de godeu.
Tabelul 13. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta în vederea de selecție a godeurilor

Element

Function (Funcție)Well XX (Godeu XX)Afișează numai acest godeu, elimină acest godeu din vizualizare,setează culoarea pentru acest godeu sau exclude acest godeu dinanaliză.

Selected Wells (GodeuriAfișează numai aceste godeuri, elimină aceste godeuri din vizualizare,

selectate) (faceți clic dreapta și

setează culoarea pentru aceste godeuri sau exclude aceste godeuri

trageți)din analiză.

Copy (Copiere)

Copiază conținutul godeului pe clipboard, inclusiv Sample Type (Tipprobă) și Replicate # (Nr. replicat) opțional.

Copy as Image (Copiere ca

Copiază vizualizarea selector de godeu sub formă de imagine.

imagine)Print (Imprimare)Imprimă vizualizarea selector de godeu.

Print Selection (Imprimare

Imprimă selecția curentă.

selecție)Export to Excel (Exportare în

Exportă datele într-o foaie de calcul Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportare în

Exportă datele ca document .csv.

CSV)
Export to Xml (Exportare în Xml)

Exportă datele drept document .xml.

Well Labels (Etichete godeuri)

Schimbă etichetele godeurilor în Sample Type (Tip probă), Target
Name (Denumire țintă) sau Sample Name (Denumire probă).

Ghid de utilizare | 203

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Excluderea temporară a godeurilor din analiză
Pentru a exclude temporar godeuri din analiza datelor1.

Faceți clic dreapta pe godeu în selectorul de godeuri, pe o urmă de fluorescență sau pe un punctreprezentat grafic pe curba standard. Pentru a exclude godeurile multiple, faceți clic dreapta și trageți
pentru a evidenția mai multe godeurile, urme sau puncte.

2.

Din meniul afișat prin clic dreapta, alegeți opțiunea corespunzătoare:nWell > Exclude Well (Godeu > Excludere godeu)nSelected Wells > Exclude from Analysis (Godeuri selectate > Excludere din analiză)n

Selected Traces > Exclude these wells from Analysis (Urme selectate > Excludere aceste
godeuri din analiză)Alternativ, pentru a elimina permanent godeuri din analiză, ștergeți conținutul godeului în Plate Editor(Editor placă), făcând clic pe butonul Clear Wells (Ștergere godeuri).
Important: Trebuie să reintroduceți orice conținut de godeu care este debifat.

Pentru a include un godeu exclusuFaceți clic dreapta pe godeul corespunzător în selectorul de godeuri și selectați Well > Include Well in
Analysis (Godeu > Includere godeu în analiză).

204 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafice

Grafice
Fiecare grafic din fereastra Data Analysis (Analiza datelor) afișează datele într-o reprezentare grafică
diferită și include opțiuni pentru ajustarea și exportarea datelor sau a imaginilor din grafice.

Instrumente grafic
Tabelul 14 listează opțiunile afișate prin clic dreapta disponibile în majoritatea graficelor.
Tabelul 14. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta comune majorității graficelor

Element

Function (Funcție)Copy (Copiere)

Copiază graficul pe clipboard.

Save Image As... (Salvați

Salvează graficul ca fișier imagine. Configurați rezoluția și

imaginea ca...)dimensiunile imaginii, apoi selectați tipul fișierului (PNG, GIF, JPG, TIF
sau BMP).

Page Setup... (Configurare

Selectează configurarea paginii pentru imprimare.

pagină...)Print... (Imprimare...)Imprimă graficul.

Set Scale to Default (SetareAfișează toate datele în graficul cu bare. Barele de defilare apar dacăscară la implicit)

există prea multe puncte de date/probe de afișat în cadrul graficului.

Setări grafic

Deschide caseta de dialog Chart Settings (Setări grafic), în care puteți
modifica opțiunile de afișare ale graficului, inclusiv:
n Titlurile graficului și axein Caracterul și dimensiunea graficului și axein Scara axein Poziția legendei

De asemenea, instrumente pentru grafic apar în fiecare grafic în fereastra Data Analysis (Analiza datelor).
Toate graficele afișează aceste instrumente:
Copy to Clipboard (Copiere pe clipboard) – copiază conținutul graficului pe clipboard.
Chart Settings (Setări grafic) – deschide caseta de dialog Chart Settings (Setări grafic), în care puteți
modifica opțiunile de afișare ale graficului.
Export (Exportare) – deschide caseta de dialog Export Options (Opțiuni de exportare), din care puteți
modifica rezoluția și dimensiunea graficului și îl puteți salva într-o locație specificată, sub forma unuia
dintre următoarele tipuri de fișier:Ghid de utilizare | 205

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Instrumente din graficul cu bare
Pe lângă instrumentele din grafic, graficele cu bare afișează următoarele instrumente:
Sort (Sortare) – sortează țintele și probele în ordine alfabetică sau în ordine alfabetică inversă.
Color Settings (Setări culoare) – deschide caseta de dialog Color Settings (Setări culoare), în careputeți schimba culoarea țintelor și probelor.
Pentru mai multe informații despre aceste instrumente, consultați Schimbarea și adnotarea vizualizării
graficului de la pagina 268.

Instrumente din graficul Amplification (Amplificare)
Pe lângă cele enumerate mai sus, graficele de amplificare afișează următoarele instrumente:
Trace Styles (Stiluri Urme) – deschide caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme), în care puteți
modifica aspectul urmelor în graficul de amplificare.
Baseline Threshold (Prag de referință) – deschide caseta de dialog Baseline Threshold (Prag dereferință), în care puteți modifica valoarea de referință implicită pentru godeurile selectate sau puteți
schimba pragul pentru fiecare curbă de fluorescență din graficul de amplificare.

Copierea datelor din grafic pe clipboardPuteți copia conținutul din vizualizarea graficului și lipi acest conținut în orice aplicație care acceptă fișiere
imagine bitmap.

Pentru a copia date din grafic pe clipboard1.

Din instrumentele pentru grafic, selectați pictograma Copy to Clipboard (Copiere în clipboard).

2.

Deschideți o aplicație care acceptă imagini bitmap, de exemplu Microsoft Word.

3.

Faceți clic dreapta și selectați Paste (Lipire) pentru a lipi imaginea bitmap din clipboard în aplicație.

Modificarea setărilor de afișare a graficului
Utilizați caseta de dialog Chart Settings (Setări grafic) pentru a modifica titlurile, caracterele șidimensiunile, scara axei și poziționarea legendei pentru graficul afișat. Modificările efectuate sunt aplicate
numai graficului afișat și sunt salvate împreună cu graficul.

206 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafice

Pentru a modifica setările de afișare a graficului
1.

Din instrumentele graficului, faceți clic pe Chart Settings (Setări grafic).
Apare caseta de dialog Chart Settings (Setări grafic).

2.

3.

Selectați fila Chart And Axes (Grafic și axe) pentru:
nA introduce un titlu pentru grafic.

n

A introduce un titlu nou pentru axa x și a schimba unghiul etichetelor.

n

A introduce un titlu nou pentru axa y.

Selectați fila Fonts (Caractere) pentru a modifica caracterul și dimensiunea caracterului utilizate în
grafic.
Sfat: Implicit, dimensiunea caracterului este scalată automat odată cu modificarea dimensiunii
graficului. Selectați Change Font Size (Modificare dimensiune caracter) pentru a seta odimensiune de caracter statică pentru fiecare tip de etichetă.

4.

5.

Selectați fila Axes Scale (Scară axe) pentru:
nA debifa opțiunile de scalare automată a axelor x și y și a specifica valorile de scalare minime și
maxime.

n

A alege afișarea de linii de grilă sau de gradații pe grafic.

Selectați fila Legend (Legendă) pentru:
nA alege să ascundeți legenda graficului.

Ghid de utilizare | 207

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)n

A modifica poziția implicită a legendei graficului.

Notă: Când legenda este poziționată în stânga sau dreapta graficului, afișează numai primii
zece fluorofori din grafic.
6.

Faceți clic pe Apply (Aplicare) în orice moment pentru a vizualiza modificările setărilor graficului fărăa salva modificările.

7.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la grafic.

Exportarea graficului
Folosiți această casetă de dialog pentru a modifica lățimea, înălțimea și rezoluția graficului, ca să-lexportați în unul dintre următoarele formate de fișier:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Puteți apoi utiliza graficul exporta pentru a vă afișa rezultatele în sesiuni de prezentare, prezentări
Microsoft PowerPoint și publicații de specialitate.
Notă: Atunci când modificați setările, luați în considerare următoarele:nnLimitele maxime și minime de lățime și înălțime
o

La 72 dpi: 0,1-83 ino

La 96 dpi: 0,1–62 ino

LA 150 dpi: 0,1–40 ino

La 300 dpi: 0,1–20 ino

La 600 dpi: 0,1-10 ino

La toate rezoluțiile: 2-6.000 pixeli

Raportul de aspect se bazează pe lățime.

Pentru a exporta graficul
1.

Din instrumentele graficului, faceți clic pe Export (Exportare).
Va apărea caseta de dialog Export Preview (Previzualizare export).

208 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafice2.

Modificați setările pentru afișare după cum este necesar.

3.

Faceți clic pe Export (Exportare).

4.

În caseta de dialog Export (Exportare), urmați procedura următoare:5.

a.

(Opțional) Navigați la folderul în care doriți să salvați fișierul grafic.

b.

Tastați o denumire pentru fișier și alegeți un tip de fișier din lista verticală.

Faceți clic pe Save (Salvare) pentru a salva fișierul grafic.

Modificarea setărilor de prag pentru nivelul inițial
În modul Single Threshold (Prag unic), puteți ajusta pragul pentru un fluorofor făcând clic pe linia de prag
din graficul Amplification (Amplificare) și deplasând indicatorul mouse-ului pe verticală. Alternativ, puteți
specifica un prag exact pentru fluoroforul existent.
Sfat: Puteți specifica un interval de cicluri pentru a determina nivelul inițial pentru toate fișierele dedate din fila Data Analysis (Analiza datelor) din User > User Preferences (Utilizator > Preferințe
utilizator).

Pentru a ajusta ciclul inițial pentru început și sfârșit pentru fiecare godeu1.

În fila Quantification (Cuantificare), în graficul Amplification (Amplificare) selectați un singur fluorofor.

2.

Din instrumentele pentru grafic, selectați Baseline Threshold (Pragul nivel inițial).

Ghid de utilizare | 209Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)Va fi afișată caseta de dialog Baseline Threshold (Prag nivel inițial).
3.

4.

În secțiunea Baseline Cycles (Cicluri nivel inițial), urmați una dintre procedurile următoare:nPentru a selecta un godeu, faceți clic pe numărul de rând al acesteia.

nPentru a selecta mai multe godeuri adiacente, faceți clic pe numărul de rând al primului godeu șideplasați cursorul în jos de-a lungul coloanei până la ultimul godeu.

nPentru a selecta mai multe godeuri neadiacente, apăsați tasta Ctrl și faceți clic pe numărul derând al fiecărui godeu țintă.

nPentru a selecta toate godeurile, faceți clic în colțul din stânga sus al tabelului.

Ajustați ciclul inițial pentru început și ciclul inițial pentru sfârșit pentru toate godeurile selectate sau
modificați numărul ciclurilor de început și de sfârșit în partea de jos a foii de calcul.
Sfat: Pentru a readuce setările la ultimele valori salvate, faceți clic pe Reset All User Defined
Values (Resetare toate valorile definite de utilizator).

5.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la grafic.

Pentru a specifica un interval de cicluri pentru toate fișierele de dateu

Din fereastra Home (Pagină de pornire) sau fereastra Plate Editor (Editor placă), selectați User
(Utilizator) > User Preferences (Preferințe utilizator) și alegeți fila Data Analysis (Analiza datelor).

Sortarea datelor țintei, probei și grupului biologic
Notă: Această opțiune este disponibilă numai în graficele de expresie genică.
Implicit, listele Targets (Ținte), Samples (probe), și Biological Groups (Grupuri biologice) apar în ordine
alfabetică. Utilizați caseta de dialog Sort (Sortare) pentru a sorta afișajul în ordine alfabetică inversă sau
pentru a muta manual un termen în altă poziție din listă.

Pentru a sorta datele pentru țintă, probă și grupul biologic1.

Din instrumentele graficului, faceți clic pe Sort (Sortare).
Va apărea caseta de dialog Gene Expression Chart Sorting (Sortare grafic expresie genică).

210 | Software CFX Maestro Dx SE

Grafice2.

În caseta de dialog, faceți clic pe Z-A pentru a sorta lista în ordine alfabetică inversă.

3.

Pentru a muta manual un termen, selectați-l și faceți clic pe butonul corespunzător dintre grafice:4.

nFaceți clic pe săgeata În sus sau În jos pentru a muta termenul selectat cu o poziție.

nFaceți clic pe săgeata bară În sus sau În jos pentru a muta termenul selectat în partea de sus
sau de jos a listei.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la fila Gene Expression (Expresie genică).

Ghid de utilizare | 211

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Modificarea setărilor de culoare pentru țintă și probă
Notă: Această opțiune este disponibilă numai în graficele de expresie genică.
Utilizați caseta de dialog Color Settings (Setări culoare) dacă doriți să modificați culoarea unei ținte sau aunei probe sau dacă doriți să eliminați elementul respectiv din grafic.

Pentru a modifica setările de culoare1.

Din instrumentele graficului, selectați Color Settings (Setări culoare).
Apare caseta de dialog Color Settings (Setări culoare).

2.

Dacă doriți să modificați culoarea afișajului pentru o țintă sau o probă, faceți clic pe culoarea sa încoloana Color (Culoare).

3.

În caseta de dialog Color (Culoare) care apare, selectați o culoare nouă și faceți clic pe OK.

4.

Pentru a elimina un element din graficul de expresie genică, debifați caseta de selectare aferentă din
coloana Show Chart (Afișare grafic).
Sfat: Pentru a elimina toate elementele din graficul de expresie genică, debifați caseta deselectare Show Chart (Afișare grafic) în capul de tabel.

5.

(Opțional) Implicit, culoarea graficului cu bare este afișată cu gradient. Pentru a afișa culoarea înformă compactă, selectați opțiunea Use Solid Colors (Utilizare culori compacte).

6.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la fila Gene Expression (Expresie genică).

212 | Software CFX Maestro Dx SE

GraficeMărirea unei zone a graficului
Pentru a mări o zonă a graficuluiuFaceți clic și deplasați mouse-ul deasupra graficului, apoi faceți clic pe Zoom (Mărire). Software-ul
redimensionează graficul și îl centrează asupra zonei selectate.
Notă: Pentru graficul cu bare, nu este necesar să faceți clic pe comanda pop-up Zoom (Mărire).

Pentru a reseta graficul la vizualizarea completăuFaceți clic dreapta în grafic și selectați Set Scale to Default (Setare scară la implicit).

Copierea graficelor într-un fișier Microsoft
Puteți copia grafice de date în documente Microsoft Word, Excel sau PowerPoint. Rezoluția imaginii
corespunde cu cea a ecranului din care a fost obținută aceasta.

Pentru a copia grafice într-un fișier Microsoft
1.

În fereastra Data Analysis (Analiza datelor), faceți clic pe Copy To Clipboard (Copiere în clipboard) încolțul din dreapta sus al panoului graficului.

2.

Deschideți un fișier Microsoft gol și lipiți conținutul din clipboard.

Elementele de meniu comune afișate prin clic dreapta pentru
grafice
Tabelul 15 listează elementele de meniu afișate prin clic dreapta disponibile în grafice. Câteva dintre
elemente sunt prezente în toate graficele, iar aceste elemente pot fi utilizate pentru a schimba modul deafișare a datelor sau pentru a exporta cu ușurință datele dintr-un grafic.
Tabelul 15. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta pentru graficeElement

Function (Funcție)Copy (Copiere)

Copiază graficul pe clipboard.

Save Image As

Salvează imaginea la o dimensiune, rezoluție și tip de fișier, specificate, inclusiv(Salvați imaginea

PNG (implicit), JPG și BMP.

ca)
Page SetupAfișează opțiunile de configurare a tipăririi.

(Configurare
pagină)Ghid de utilizare | 213

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Element

Function (Funcție)Print (Imprimare)Imprimă graficul.

Set Scale to Default

Restaurează vizualizarea implicită a graficului după ce acesta a fost mărit.

(Setare scară laimplicit)
Chart Options

Deschide fereastra Chart Options (Opțiuni grafic) pentru a modifica graficul,(Opțiuni grafic)

incluzând titlul, selectând limitele pentru axele x și y, afișarea liniilor grilei și agradațiilor minore de pe axe.

Notă: Elementele de meniu care se aplică graficelor specifice sunt descrise în Capitolul 11, Detalii
despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor).

214 | Software CFX Maestro Dx SE

Foi de calcul

Foi de calcul
Foile de calcul afișate în Data Analysis (Analiza datelor) includ opțiuni pentru sortarea și transferarea
datelor. Sortați coloanele folosind una dintre aceste metode:nFaceți clic pe și trageți o coloană într-o nouă locație din tabelul selectat.

nFaceți clic pe antetul coloanei pentru a sorta datele în ordine ascendentă sau descendentă.

Pentru a sorta până la trei coloane de date din fereastra Sort (Sortare)1.

Faceți clic dreapta în foaia de calcul și selectați Sort (Sortare).

2.

În caseta de dialog Sort (Sortare), selectați titlul primei coloane pe care doriți să o sortați. Sortați
datele în ordine ascendentă sau descendentă.

3.

Selectați a doua sau a treia coloană pe care doriți să o sortați și alegeți Ascending (Ascendent) sau
Descending (Descendent).

4.

Faceți clic pe OK pentru a sorta datele sau clic pe Cancel (Anulare) pentru a opri sortarea.

Sfat: Evidențiați datele din graficele asociate și selectorul de godeuri ținând indicatorul mouse-ului
pe o celulă. Faceți clic într-o celulă pentru a copia și lipi conținutul acesteia în alt program software.

Elementele de meniu comune afișate prin clic dreapta pentru foilede calcul
Tabelul 16 listează elementele de meniu afișate prin clic dreapta disponibile în orice vizualizare a foii decalcul.
Tabelul 16. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta pentru foile de calcul

Element

Function (Funcție)Copy (Copiere)

Copiază conținutul godeurilor selectate pe clipboard, apoi lipește
conținutul într-o foaie de calcul precum un document Excel.

Copy as Image (Copiere ca

Copiază vizualizarea foii de calcul sub formă de fișier imagine și oimagine)lipește într-un fișier care acceptă un fișier imagine, precum fișierele
text, imagine sau foaie de calcul.

Print (Imprimare)Imprimă vizualizarea curentă.

Print Selection (Imprimare

Imprimă selecția curentă.

selecție)Ghid de utilizare | 215

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Tabelul 16. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta pentru foile de calcul, continuare

Element

Function (Funcție)Export to Excel (Exportare în

Exportă datele într-o foaie de calcul Excel.

Excel)
Export to Text (Exportare în

Exportă datele într-un editor de text.

Text)
Export to CSV (Exportare în

Exportă datele într-un fișier .csv.

CSV)
Export to Xml (Exportare în Xml)

Exportă datele într-un fișier xml.

Export to Html (Exportare în

Exportă datele într-un fișier Html.

Html)
Find (Găsire)Caută text.

Sort (Sortare)

Sortează datele din până la trei coloane.

Select Columns (Selectare

Selectează coloanele care vor fi afișate în foaia de calcul.

coloane)216 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportare)

Export (Exportare)
CFX Maestro Dx SE oferă mai multe opțiuni de exportare din meniul vertical Export (Exportare):n

Exportă toate fișele de datenExport RDML Files (Exportă fișierele RDML)n

Custom Export (Export personalizat)nExport to LIMS Folder (Exportare în folderul LIMS)nExport manual

Exportarea tuturor fișelor de datePuteți exporta toate vizualizările foilor de calcul din fiecare filă a CFX Maestro Dx SE în fișiere individuale.

Pentru a exporta toate fișele de dateu

Selectați Export > Export All Data Sheets (Exportare > Exportă toate fișele de date) și apoi selectați
tipul de fișier dorit:n

CSV (*.csv)

nText (*.txt)nRegistru de lucru Excel (* .xlsx)
Analizele exportate sunt salvate în mai multe registre de lucru Excel cu o foaie de lucru cu datede analiză pentru fiecare fișier. În cazul în care o analiză include mai mulți fluorofori, datele de lafiecare fluorofor sunt exportate într-o foaie separată de lucru.

nRegistru de lucru Excel - combinat (* .xlsx)
Analizele exportate sunt salvate într-un singur registru de lucru Excel care include mai multe foi
de lucru, câte una pentru fiecare set de date de analiză.

n

Excel 97 - 2003 (*.xls)
Important: Computerul dvs. trebuie să aibă instalat Microsoft Excel pentru a putea exporta
date într-o fișă de calcul Microsoft Excel.

nXML (*.xml)

Ghid de utilizare | 217

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)

Exportarea fișierelor RDML
RDML este un standard structurat și universal de date pentru realizarea de schimburi de date PCR
cantitativ (qPCR). Standardul de date este un fișier text în format Extensible Markup Language (.xml).
Consultați site-ul web al Consorțiului Internațional RDML (www.rdml.org) pentru informații suplimentare
despre formatul de schimb de date RDML.
Important: Fișierele RDML exportate includ analiza datelor cu setările de bază pe care le aplicați în
fereastra Data Analysis (Analiza datelor). Pentru mai multe informații despre setările de referință,consultați Setarea Nivel inițial de la pagina 199.
Notă: Salvați fișierul RDML ca versiune 1.1 dacă utilizați versiunea 2.3 sau o versiune ulterioară asoftware-ului qbase+.

Pentru a exporta un fișier RDML
1.

Selectați Export (Exportare) > Export RDML Files (Exportare fișiere RDML) și selectați RDML v1.1
sau RDML v1.0 din lista care apare.
Va apărea caseta de dialog Save As (Salvare ca).

2.

În caseta de dialog Save As (Salvare ca), specificați un nume de fișier și locul în care doriți să salvați
fișierul RDML.

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva fișierul exportat.

218 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportare)

Crearea unui fișier de exportare particularizată
Pentru a crea un fișier de exportare particularizată
1.

Selectați Export > Custom Export (Exportare > Exportare particularizată). Apare caseta de dialog
Custom Export (Exportare particularizată).

2.

Selectați formatul de exportare din lista verticală care apare.

3.

Bifați casetele de selectare pentru elementele de exportat.

4.

(Opțional) Faceți clic pe Customize Column Names (Personalizare nume coloană) pentru a modifica
numele coloanei.

5.

Faceți clic pe Export (Exportare). Va apărea caseta de dialog Save As (Salvare ca).

Ghid de utilizare | 219

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)6.

În caseta de dialog Save As (Salvare ca), specificați un nume de fișier și locul în care doriți să salvați
fișierul exportat.

7.

Faceți clic pe OK pentru a salva fișierul exportat.

220 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportare)

Exportarea într-un folder LIMS
Puteți exporta datele într-un format de fișier compatibil cu LIMS. Pentru mai multe informații despre
crearea, gestionarea și utilizarea fișierelor LIMS, consultați Anexa C, Integrare LIMS.

Pentru a exporta datele în format LIMS
1.

Selectați Export > Export to LIMS Folder (Exportare > Exportare în folder-ul LIMS).
Va apărea caseta de dialog Save As (Salvare ca).

2.

În caseta de dialog Save As (Salvare ca), specificați un nume de fișier și locul în care doriți să salvați
fișierul exportat.

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva fișierul exportat.

Exportarea de date în format SeegenePuteți exporta datele din toate vizualizările foilor de calcul în fișiere Excel structurate special pentru a fi
utilizate de Seegene, Inc.
Sfat: De asemenea, puteți porni automat programul Seegene Viewer în momentul finalizării
exportului. Pentru mai multe informații, consultați Comenzile meniului Tools (Instrumente) de lapagina 65.

Pentru a exporta date în format manual1.

Select Export > Manual Export (Selectați export> Export manual).
Se afișează caseta de dialog Browse For Folder (Căutare după folder).

2.

În caseta de dialog Browse For Folder (Răsfoire după folder), specificați localizarea folderului în caredoriți să salvați fișierele în format Seegene Excel (.xlsx) exportate.
Analizele sunt exportate în mai multe fișiere Excel Workbook cu o singură filă de date de analiză
pentru fiecare fișier.

3.

Faceți clic pe OK pentru a salva fișierele exportate.

Ghid de utilizare | 221

Capitolul 10 Prezentare generală a ferestrei Data Analysis (Analiza datelor)222 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis(Analiza datelor)
Fereastra de analiză a datelor din Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate cuprinde mai multe
file în de vizualizare a datelor. Acest capitol explică detaliat aceste file.
Sfat: Puteți alege filele pe care doriți să le vizualizați în fereastra Data Analysis (Analiza datelor)utilizând meniul View (Vizualizare). Aspectul personalizat al ferestrei este salvat împreună cu fișierul
de date.

Ghid de utilizare | 223

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila Quantification (Cuantificare)
Utilizați datele din fila Quantification (Cuantificare) pentru a seta condițiile pentru analiza datelor, inclusivsetările de nivel inițial pentru godeuri individuale și setările de prag. Fila Quantification (Cuantificare)afișează date în aceste patru vizualizări:n

Graficul Amplification (Amplificare) – afișează unitățile de fluorescență relativă (RFU) pentru fiecare
godeu la fiecare ciclu. Fiecare urmă din grafic reprezintă datele de la un singur fluorofor dintr-un
godeu.

nStandard curve (Curbă standard) – apare numai dacă rularea include godeuri desemnate ca tip deprobă standard (Std). Curba standard afișează ciclul de prag reprezentat pe baza logaritmului
cantității inițiale. Legenda afișează Reaction Efficiency (Eficiența reacțiilor) (E) pentru fiecare
fluorofor din godeuri cu un tip de probă Standard.

nWell selector (Selector godeuri) – selectează godeurile cu datele de fluorescență pe care doriți să leafișați.

n

Spreadsheet (Foaie de calcul) – afișează o foaie de calcul a datelor colectate în godeurile selectate.

Opțiuni fluorofori
Pentru a afișa datele pentru fluorofori în fila Quantification (Cuantificare) a graficelor și foilor de calcul,
selectați fluoroforul (fluoroforii) țintă de sub graficul Amplification (Amplificare). Pentru a ascunde datele
pentru fluorofori din fereastra Data Analysis (Analiza datelor), debifați caseta de selectare aferentă.

224 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Quantification (Cuantificare)

Caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme)
Folosind caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme), puteți ajusta aspectul urmelor în graficele pentru
amplificare și curbă de topire din filele Quantification (Cuantificare) și Melt Curve (Curbă de topire). Apoiputeți previzualiza schimbările în selectorul de godeuri care apare în caseta de dialog Trace Styles (Stiluri
Urme).

Pentru a ajusta stilurile de urme
1.

Selectați un singur fluorofor din graficul Amplification (Amplificare).

2.

Pentru a deschide caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme), efectuați una dintre următoarele:nFaceți clic pe Trace Styles (Stiluri Urme) în graficul Amplification (Amplificare).

n

Selectați Settings > Trace Styles (Setări > Stiluri Urme) din bara de meniu Data Analysis(Analiza datelor).

nFaceți clic dreapta pe o urmă și selectați Trace Styles (Stiluri Urme).

Apare dialogul Trace Styles (Stiluri Urme).

3.

În caseta de dialog Trace Styles (Stiluri Urme), selectați un set specific de godeuri în selectorul degodeuri din panoul de jos. Alternativ, selectați godeurile care conțin un tip de probă în meniul vertical
din coloana Wells (Godeuri).

4.

Urmați oricare dintre procedurile următoare:

Ghid de utilizare | 225

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)nPentru a alege o culoare pentru godeurile selectate, faceți clic pe caseta din coloana Color(Culoare).

nPentru a aloca un simbol godeurilor selectate, selectați un simbol din lista verticală Symbol(Simbol).

nPentru a colora rapid godeurile prin eticheta butonului, faceți clic pe setul rapid corespunzător:noRandom by Well (Aleatoriu după godeuri)oRandom by Replicate (Aleatoriu după replicate)o

Use Fluor Colors (Utilizare culori fluorofor)o

Use Target Colors (Utilizare culori pentru țintă)o

Use Sample Colors (Utilizare culori pentru probă)Pentru a aloca etichete de godeu, selectați Sample Type (Tip de probă), Target Name
(Denumire țintă), Sample Name (Denumire probă) sau Symbol (Simbol).

Opțiunea Log Scale (Scară logaritmică)Selectați Log Scale (Scară logaritmică) de sub graficul Amplification (Amplificare) pentru a vizualiza
urmele de fluorescență într-o scară semi-logaritmică:Sfat: Pentru a mări orice zonă a graficului, trageți de-a lungul zonei țintă. Pentru a reveni la ovizualizare completă, faceți clic dreapta în grafic și selectați Set Scale to Default (Setare scară laimplicit).

226 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Quantification (Cuantificare)Standard Curve Chart (Grafic Curbă standard)
Software-ul creează un grafic Standard Curve (Curbă standard) în fila Quantification (Cuantificare) dacădatele includ tipuri de probă definite ca Std pentru cel puțin un fluorofor din rulare.

Graficul Standard Curve (Curbă standard) afișează următoarele informații:n

Denumirea fiecărei curbe (fluoroforul sau ținta).

nCuloarea fiecărui fluorofor sau fiecărei ținte.

nEficiența reacțiilor (E). Utilizați această statistică pentru a optimiza o reacție multiplă și pentru aegaliza datele unei curbe standard.
Notă: Eficiența reacțiilor descrie cât de mult este produsă ținta dvs. cu fiecare ciclu din protocol.
O eficiență de 100% indică faptul că vă dublați ținta cu fiecare ciclu.

nCoeficientul de determinare, R2 (scris sub forma R^2). Folosiți această statistică pentru a determina
cât de corect descrie linia datele (adecvarea potrivirii).

nSlope (Pantă)ny-intercept (Punct de intersecție Y)

Ghid de utilizare | 227

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)Opțiunile meniului graficului Amplification (Amplificare)În plus față de opțiunile obișnuite de meniu afișate prin clic dreapta pentru grafice (consultați Elementele
de meniu comune afișate prin clic dreapta pentru grafice de la pagina 213 ), Tabelul 17 prezintă opțiunile
de meniu disponibile numai în diagrama Amplification (Amplificare).
Tabelul 17. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta și clic stânga în graficul deamplificareOpțiune de meniu

Function (Funcție)Well XX, Fluor TargetAfișează numai acest godeu, elimină acest godeu din vizualizare,(Godeu XX, Țintă fluorofor)

setează culoarea pentru această urmă sau exclude acest godeu dinanaliză.

Selected Traces (UrmeAfișează numai aceste godeuri, elimină aceste godeuri din vizualizare,

selectate)setează culoarea pentru aceste urme sau exclude aceste godeuri dinanaliză.

Show Threshold ValuesAfișează valoarea pragului pentru fiecare curbă de amplificare din grafic.

(Afișare valori prag)
Trace Styles (Stiluri Urme)Deschide fereastra Trace Styles (Stiluri Urme) pentru a schimba stilurile
urmelor care apar pe filele Quantification (Cuantificare) și Melt Curve(Curbă de topire).

Baseline Thresholds

Deschide fereastra Baseline Thresholds (Praguri de nivel de referință)(Praguri nivel inițial)pentru a schimba nivelul de referință sau pragurile fiecărui fluorofor(schimbările apar în graficul Amplification (Amplificare) din fila
Quantification (Cuantificare)).

Foaia de calcul din fila Quantification (Cuantificare)
Tabelul 18 definește datele afișate în foaia de calcul din fila Quantification (Cuantificare).
Tabelul 18. Conținutul foii de calcul din fila Quantification (Cuantificare)

Informație

Descriere

Well (Godeu)Poziția godeului în placă

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detectat

Target (Țintă)Denumirea țintei încărcate în godeurile Plate Editor (Editor placă)228 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Quantification (Cuantificare)

Informație

Descriere

Content (Conținut)

O combinație între Tipul de probă (obligatoriu) și Numărul replicatului(opțional) încărcate în Plate Editor (Editor placă)Probă

Denumirea probei încărcate în godeurile Plate Editor (Editor placă)Cq

Ciclul de cuantificare pentru fiecare urmăModificarea datelor aferente țintei, conținutului sau probeiPuteți modifica datele din coloanele Țintă, Conținut și Probă editând fișierul plăcii cu Editor placă chiar șidupă rularea experimentului.

Pentru a modifica datele din coloanele Conținut, Țintă și ProbăuFaceți clic pe Plate Setup (Configurare placă) și selectați View/Edit Plate (Vizualizare/editare placă)pentru a deschide Plate Editor (Editor placă).

Ghid de utilizare | 229

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila Quantification Data (Date de cuantificare)
Fila Quantification Data (Date de cuantificare) afișează datele de cuantificare colectate în fiecare godeu.
CFX Maestro Dx SE afișează datele în patru vizualizări diferite ale foilor de calcul:nResults (Rezultate) – afișează o foaie de calcul a datelor. Aceasta este vizualizarea implicită.

nStandard Curve Results (Rezultate Curbă standard) – afișează o foaie de calcul cu datele curbei
standard.

n

Plate (Placă) – afișează datele din fiecare godeu sub formă de hartă a plăcii.

n

RFU – afișează cantitățile RFU din fiecare godeu pentru fiecare ciclu.

Selectați fiecare foaie de calcul din lista verticală care apare sub fila Quantification Data (Date decuantificare).

Foaia de calcul Results (Rezultate)
Foaia de calcul Results (Rezultate) afișează date pentru fiecare godeu din placă.

Notă: Toate calculele Std. Dev (deviație standard) se aplică grupelor de replicate alocate în
godeurile din fereastra Plate Editor (Editor placă). Calculele stabilesc media pentru valoarea Cq
pentru fiecare godeu din grupul de replicate.
Tabelul 19 definește datele care apar în foaia de calcul Results (Rezultate).

230 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Quantification Data (Date de cuantificare)

Tabelul 19. Conținutul foii de calcul Results (Rezultate)

Informație

Descriere

Well (Godeu)Poziția godeului în placă

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detectat

Target (Țintă)

Nume țintă amplificare (genă)Content (Conținut)

Tipul de probă și Numărul replicatuluiProbăDescrierea probei

Biological Set Name (Denumire

Denumirea setului biologic

set biologic)
Cq

Ciclul de cuantificare

Cq MedieMedia ciclului de cuantificare pentru grupul de replicate

Cq Std. Dev

Deviația standard a ciclului de cuantificare pentru grupul de replicate

Starting Quantity (SQ) (Cantitate

Estimare a cantității inițiale a ținteiinițială (SQ))
Log Starting Quantity (Log.

Logaritmul cantității inițiale

cantitate inițială)SQ Mean (Medie SQ)Media cantității inițiale

SQ Std. Dev

Deviație standard a cantității inițiale între replicate

Ghid de utilizare | 231

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)Foaia de calcul Standard Curve Results (Rezultate Curbă standard)
Foaia de calcul Standard Curve Results (Rezultate Curbă standard) afișează parametrii curbei standard
calculați.

Tabelul 20 definește datele care apar în foaia de calcul Standard Curve Results (Rezultate Curbă
standard).
Tabelul 20. Conținutul foii de calcul Rezultate Curbă standard

Informație

Descriere

Fluor (or Target) (Fluorofor sau

Fluorofor (sau Țintă) detectat(ă)Țintă)
Efficiency % (% Eficiență)Eficiența reacțiilor

Slope (Pantă)Panta curbei standard

Y-intercept (Punct de intersecție

Punctul în care curba se intersectează cu axa y

Y)R^2

232 | Software CFX Maestro Dx SE

Coeficientul de determinareFila Quantification Data (Date de cuantificare)

Foaia de calcul Plate (Placă)Foaia de calcul Plate (Placă) afișează o hartă a plăcii datelor pentru câte un fluorofor pe rând.

Pentru a vedea datele pentru un anumit fluoroforuFaceți clic pe fila sa din partea de jos a foii de calcul.

Ghid de utilizare | 233

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)Foaia de calcul RFU
Foaia de calcul RFU afișează citirile de unități de fluorescență relativă (RFU) pentru fiecare godeuobținute la fiecare ciclu al rulării. Numărul de godeuri apare în partea de sus a fiecărei coloane și numărul
de cicluri apare la stânga fiecărui rând.

234 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Melt Curve (Curbă de topire)

Fila Melt Curve (Curbă de topire)
Pentru coloranții de fixare a DNA (ADN) și sondele de hibridizare neclivabile, fluorescența este cea mai
puternică atunci când cele două catene de DNA (ADN) se atașează. Prin urmare, pe măsură cetemperatura crește apropiindu-se de temperatura de topire (Tm), fluorescența scade cu o viteză
constantă (pantă constantă). La Tm se înregistrează o reducere dramatică a fluorescenței, cu oschimbare notabilă a pantei. Viteza acestei schimbări este determinată prin trasarea primei regresii
negative a fluorescenței versus temperatura (-d(RFU)/dT). Cea mai mare viteză de modificare afluorescenței determină valori de vârf vizibile și reprezintă Tm (Temperatura de topire) a complexelor DNA(ADN) cu două catene.
CFX Maestro Dx SE trasează datele RFU colectate în timpul unei curbe de topire ca o funcție atemperaturii. Pentru a analiza datele valorilor de vârf de topire, software-ul atribuie o temperatură inițială
și finală fiecărui vârf, deplasând bara de prag. Valoarea minimă a zonei de vârf este specificată de poziția
barei pragului de topire. Un vârf valid trebuie să aibă o înălțime minimă relativ la distanța dintre bara deprag și înălțimea celui mai înalt vârf.
Fila Melt Curve (Curbă de topire) afișează Tm (temperatura de topire) a produselor PCR amplificate în
patru vizualizări:nMelt Curve (Curbă de topire) – afișează datele în timp real pentru fiecare fluorofor sub formă de
RFUs per temperatura pentru fiecare godeu.

nMelt Peak (Vârf de topire) – afișează regresia negativă a datelor RFU per temperatură pentru fiecare
godeu.

n

Well selector (Selector godeuri) – afișează godeurile pentru a arăta sau ascunde datele.

nPeak spreadsheet (Foaie de calcul vârf) – afișează datele colectate din godeul selectat.
Notă: Această foaie de calcul afișează până la două vârfuri pentru fiecare urmă. Pentru a vedea
mai multe vârfuri, faceți clic pe fila Melt Curve (Curbă de topire).

Ghid de utilizare | 235

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Tabelul 21 definește datele care apar în foaia de calcul Melt Curve (Curbă de topire).
Tabelul 21. Conținutul foii de calcul Melt Curve (Curbă de topire)

Informație

Descriere

Well (Godeu)Poziția godeului în placă

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detectat

Content

O combinație între Tipul de probă și Numărul replicatului(Conținut)Probă

Denumirea probei încărcate în Plate Editor (Editor placă)Melt Temp

Temperatura vârfului de topire pentru fiecare godeu(Temperatura deNotă: Doar cele mai mari două valori de vârf apar în această foaie de calcul.

topire)236 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Melt Curve (Curbă de topire)

Ajustarea datelor Melt Curve (Curbă de topire)
Pentru a ajusta datele Melt Curve (Curbă de topire)uUrmați oricare dintre procedurile următoare:nFaceți clic pe și trageți barele de prag din graficul Melt Peak (Vârf de topire) pentru a include sau
exclude valorile de vârf în analiza datelor.

nSelectați Positive (Pozitive) în meniul vertical Peaks (Valori de vârf) pentru a afișa datele din
foaia de calcul pentru valorile de vârf de deasupra linei Melt Threshold (Prag de topire) sau
selectați Negative (Negative) pentru a vizualiza datele din foaia de calcul pentru valorile de vârfde sub linia pragului de topire.

nDeschideți fereastra Trace Styles (Stiluri Urme) pentru a schimba culoarea urmelor din graficele
Melt Curve (Curbă de topire) și Melt Peak (Vârf de topire).

nSelectați un număr în selectorul Step Number (Număr pas) pentru a vizualiza datele din Melt
Curve (Curbă de topire) la un alt pas din protocol. Lista afișează mai mult de un pas dacăprotocolul include citiri ale plăcii în mai mult de un pas al curbei de topire.

n

Selectați godeuri din selectorul de godeuri, pentru a vă axa pe subseturi de date.

n

Selectați un grup de godeuri pentru a vizualiza și analiza un subset al godeurilor din placă.
Selectați fiecare grup de godeuri după nume în meniul vertical Well Group (Grup godeuri) de pebara de instrumente.

Ghid de utilizare | 237

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila Melt Curve Data (Date curbă de topire)
Fila Melt Curve Data (Date curbă de topire) afișează datele din fila Melt Curve (Curbă de topire) în mai
multe foi de calcul care includ toate vârfurile de topire pentru fiecare urmă. CFX Maestro Dx SE oferă
patru opțiuni de foaie de calcul în care să vizualizați datele curbei de topire:nMelt Peaks (Vârfuri de topire) – afișează toate datele, inclusiv toate vârfurile de topire, pentru fiecareurmă. Aceasta este vizualizarea implicită.

nPlate (Placă) – afișează o vizualizare a datelor și conținutului fiecărui godeu din placă.

n

RFU – afișează cantitățile RFU la fiecare temperatură pentru fiecare godeu.

n-d(RFU)/dT – afișează rata negativă de schimbare din RFU pe măsură ce se schimbă temperatura(T). Acesta este un grafic de regresie inițial pentru fiecare godeu din placă.

Selectați fiecare foaie de calcul din lista verticală care apare sub fila Melt Curve Data (Date curbă detopire).

Foaia de calcul Melt Peaks (Vârfuri de topire)Foaia de calcul Melt Peaks (Vârfuri de topire) afișează toate datele curbei de topire.

Tabelul 22 de la pagina 239 definește datele care apar în foaia de calcul Melt Peaks (Vârfuri de topire).

238 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Melt Curve Data (Date curbă de topire)

Tabelul 22. Conținutul foii de calcul Melt Peaks (Vârfuri de topire)

Informație

Descriere

Well (Godeu)Poziția godeului în placă

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detectat

Content (Conținut)

Tipul de probă listat în fereastra Plate Editor (Editor placă)Target (Țintă)Ținta amplificării (genă)Probă

Denumirea probei listată în fereastra Plate Editor (Editor placă)Melt Temperature (Temperatura

Temperatura de topire a fiecărui produs, listată ca valoare de vârfde topire)(cea mai mare) per rând în foaia de calcul

Peak Height (Înălțime de vârf)Înălțimea vârfului

Begin Temperature (Temperatura

Temperatura la începutul vârfuluiinițială)End Temperature (Temperatura

Temperatura la finalul vârfului

finală)Foaia de calcul Plate (Placă)Foaia de calcul Plate (Placă) afișează datele privind curba de topire într-un format placă.

Notă: Pentru a ajusta vârful apelat de software, ajustați linia pragului din graficul Melt Peak (Vârf detopire) în fila Melt Curve (Curbă de topire).
Tabelul 23 de la pagina 240 definește datele care apar în foaia de calcul Plate (Placă).

Ghid de utilizare | 239

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Tabelul 23. Conținutul foii de calcul Plate (Placă)Informație

Descriere

Content

O combinație între Sample Type (Tipul de probă) (obligatoriu) și Replicate # (Numărul

(Conținut)

replicatului) (opțional)ProbăDescrierea probei

Peak 1 (Vârful 1)

Primul vârf de topire (cel mai mare)Peak 2 (Vârful 2)

Al doilea vârf de topire (mai mic)

Foaia de calcul RFU
Foaia de calcul RFU afișează fluorescența pentru fiecare godeu în fiecare ciclu achiziționat în timpul
curbei de topire.

Tabelul 24 definește datele afișate în foaia de calcul RFU.
Tabelul 24. Conținutul foii de calcul RFU

Informație

Descriere

Well number (Număr godeu) (A1, A2, A3,Poziția godeului în placă pentru godeurile

A4, A5)încărcate

Temperature (Temperatura)

Temperatura de topire a țintei amplificate,reprezentată ca un godeu per rând și mai multegodeuri pentru mai multe produse din același
godeu

240 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Melt Curve Data (Date curbă de topire)Foaia de calcul -d(RFU)/dT
Foaia de calcul -d(RFU)/dT afișează raportul negativ de schimbare din RFU pe măsură ce temperatura(T) se modifică.

Tabelul 25 definește datele care apar în foaia de calcul -d(RFU)/dT.
Tabelul 25. Conținutul foii de calcul -d(RFU)/dT

Informație

Descriere

Well number (Număr godeu) (A1, A2, A3,Poziția godeului în placă pentru godeurile încărcate

A4, A5)Temperature -d(RFU)/dT (Temperatura -Raportul negativ de schimbare din RFU pe măsură ced(RFU)/dT)

temperatura (T) se modifică

Ghid de utilizare | 241

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila End Point (Momentul final)
Deschideți fila End Point (Momentul final) pentru a analiza unitățile finale de fluorescență relativă (RFU)
pentru godeurile cu probe. Software-ul compară nivelurile RFU pentru godeurile cu probe necunoscute cu
nivelurile RFU pentru godeurile cu controale negative și determină dacă proba necunoscută este pozitivă
sau negativă. Probele pozitive au o valoare RFU mai mare decât media valorii RFU a controalelor
negative plus valoarea limită.

Pentru a analiza datele din momentul final, placa trebuie să conțină controale negative, altfel software-ul
nu poate efectua analiza.
nRulați un protocol Quantification (Cuantificare) – configurați un protocol standard. După finalizarearulării, deschideți fereastra Data Analysis (Analiza datelor), ajustați setările analizei datelor în fila
Quantification (Cuantificare), apoi faceți clic pe fila End Point (Momentul final) pentru a alege un ciclu
final.

nRulați un protocol End Point Only (Doar momentul final) – încărcați protocolul End Point Only (Doarmomentul final) în fila Plate (Placă) a ferestrei Run Setup (Configurare rulare), selectați sau creați oplacă și inițiați rularea.

242 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila End Point (Momentul final)

Fila End Point (Momentul final) afișează media valorilor RFU, pentru a determina dacă ținta a fost
amplificată de ultimul ciclu (final). Folosiți aceste date pentru a stabili dacă o anumită secvență țintă este
prezentă (pozitivă) într-o probă. Țintele pozitive au valori RFU mai mari decât nivelul de prag definit dedvs.
Sfat: Pentru a crea un protocol pentru momentul final, deschideți fila Protocol (fereastra Run Setup(Configurare rulare)) și selectați Run > End Point Only Run (Rulare > Rulare doar momentul final).
După finalizarea rulării, fișierul de date se deschide la fila End Point (Momentul final), care cuprindeurmătoarele secțiuni:nSettings (Setări) – ajustează setările analizei datelor.

nResults (Rezultate) – afișează rezultatele imediat după ce ați ajustat setările.

nWell selector (Selector godeuri) – selectează godeurile cu datele finale pe care doriți să le afișați.

n

RFU spreadsheet (Foaie de calcul RFU) – afișează datele RFU finale colectate din godeurile
selectate.

Date rezultateSecțiunea Results (Rezultate) afișează următoarele date:nLowest RFU value (Cea mai mică valoare RFU) – cea mai mică valoare RFU din cadrul datelornHighest RFU value (Cea mai mare valoare RFU) – cea mai mare valoare RFU din cadrul datelorn

Negative Control Average (Medie control negativ) – valoarea RFU medie pentru godeurile careconțin controale negativen

Cut Off Value (Valoare limită) – calculată prin adunarea toleranței (RFU sau Percentage (Procent) alintervalului indicat în Setări) și a mediei controalelor negative. Eșantioanele cu valori RFU mai maridecât valoarea limită vor fi denumite „pozitive”. Pentru a regla valoarea de limită, modificați RFU sau
Procentajul intervalului

Valoarea limită este calculată utilizând următoarea formulă:Valoare limită = medie control negativ + toleranță
Selectați o toleranță printr-una dintre următoarele metode:n

RFU (implicit) – selectați această metodă pentru a utiliza o valoare RFU absolută pentru toleranță.
Valoarea minimă a toleranței RFU este 2. Valoarea maximă este valoarea absolută a celei mai marivalori RFU minus valoarea absolută a celei mai mici valori RFU. Valoarea implicită a toleranței RFU
este 10 % din intervalul RFU total.

Ghid de utilizare | 243

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)nPercent of Range (Procent interval) – selectați această metodă pentru a utiliza un procent alintervalului RFU pentru toleranță. Procentul minim al intervalului este 1 %. Procentul maxim alintervalului este 99 %. Procentul implicit al intervalului este 10 %.

244 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila End Point (Momentul final)

Ajustarea analizei datelor din momentul final
Pentru a ajusta datele din fila End Point (Moment final)uUrmați oricare dintre procedurile următoare:nAlegeți un fluorofor din lista verticală.

n

Alegeți o valoare End Cycle to Average (Ciclu final la medie) pentru a configura numărul decicluri cu care să calculați valoarea medie finală RFU.

n

Selectați RFUs (Valori RFU) pentru a vizualiza datele în unități de fluorescență relativă.

n

Selectați Percentage of Range (Procentaj interval) pentru a vizualiza datele sub formă deprocentaj al intervalului RFU.

n

Selectați godeuri din selectorul de godeuri, pentru a vă axa pe subseturi de date.

n

Selectați un grup de godeuri pentru a vizualiza și analiza un subset al godeurilor din placă.
Selectați fiecare grup de godeuri după nume în meniul vertical Well Group (Grup godeuri) de pebara de instrumente.

Foaia de calcul RFU pentru analiza momentului final
Tabelul 26 definește datele care apar în foaia de calcul RFU din fila End Point (Momentul final).
Tabelul 26. Conținutul foii de calcul RFU End Point (RFU la momentul final)

Informație

Descriere

Well (Godeu)Poziția godeului în placă

Fluor (Fluorofor)

Fluorofor detectat

Content (Conținut)

Combinație între tipul de probă și numărul replicatului

End RFU (RFU final)

RFU pentru ciclul de la momentul final

Call (Apel)

Pozitiv sau negativ, unde probele pozitive au o valoare RFU mai mare decât
RFU medie a controalelor negative plus valoarea limită

Probă

Denumirea probei încărcate în Plate Editor (Editor placă)Ghid de utilizare | 245

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila Allelic Discrimination (Discriminare alelică)Fila Allelic Discrimination (Discriminare alelică) atribuie genotipuri godeurilor cu probe necunoscute.
Utilizați aceste date pentru a identifica probe cu diferite genotipuri, inclusiv Alela 1, Alela 2, Heterozigot,
Niciun apel (nicio amplificare) sau Nedeterminat.
Notă: Datele pentru discriminarea alelică trebuie să provină din rulări multiplex cu cel puțin doi
fluorofori. Fiecare fluorofor identifică o alelă în toate probele.

Analiza discriminării alelice necesită următorul conținut minim al godeurilor:n

Doi fluorofori în fiecare godeunProbe NTC (control fără țintă de amplificare) pentru analiza de date optimizată

CFX Maestro Dx SE oferă patru opțiuni în care puteți vizualiza datele privind discriminarea alelică:n

Graficul Allelic Discrimination (Discriminare alelică) – afișează datele într-un grafic al RFU pentru
Alela 1/Alela 2. Fiecare punct din grafic reprezintă datele din ambii fluorofori dintr-un godeu. Puteți
comuta între coordonate carteziene și polare, bifând și debifând caseta de selectare Polar
Coordinates (Coordonate polare). Coordonatele carteziene reprezintă RFU pentru Alela 1 de pe axa
x și RFU pentru Alela 2 de pe axa y. Coordonatele polare reprezintă unghiul de pe axa x și distanța
dintre origine și RFU de pe axa y (media tuturor NTC).

246 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Allelic Discrimination (Discriminare alelică)n

Well spreadsheet (Foaie de calcul godeu) – afișează datele de discriminare alelică colectate în
fiecare godeu al plăcii.

n

Well selector (Selector godeuri) – selectează godeurile cu datele alelice pe care doriți să le afișați.

n

Selected Fluorophores panel (Panoul Fluorofori selectați) – schimbă etichetele axei x și y în graficul
Discriminare alelică, ciclul de analizat și afișarea sau ascunderea hărții apelurilor.

Ajustarea datelor pentru discriminare alelică
Software-ul atribuie automat un genotip godeurilor cu probe necunoscute, pe baza pozițiilor probelormartor NTC și a unghiului și distanței punctelor de date necunoscute din probele martor NTC.

Pentru a ajusta datele de discriminare alelicăuUrmați oricare dintre procedurile următoare:nPentru a afișa coordonatele polare, bifați caseta de selectare din graficul Allelic Discrimination(Discriminare alelică).

nPentru a vizualiza un alt fluorofor, alegeți-l din lista verticală de pe panoul Selected Fluorophores(Fluorofori selectați).

nPentru a schimba un apel, glisați peste punctul (punctele) de date din graficul Allelic
Discrimination (Discriminare alelică) și alegeți o opțiune din lista Selected Wells (godeuri
selectate):oAllele 1 (Alela 1)oAllele 2 (Alela 2)oHeterozygote (Heterozigot)oUndetermined (Nedeterminat)o

No Call (Niciun apel)oAuto Call (Apel automat)

Sfat: Selectați Auto Call (Apel automat) pentru a reveni la apelul implicit.

Ghid de utilizare | 247

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)Opțiunile de meniu pentru graficeÎn plus față de opțiunile comune de meniu afișate prin clic dreapta pentru grafice (consultați Elementele
de meniu comune afișate prin clic dreapta pentru grafice de la pagina 213), Tabelul 27 prezintă opțiunile
de meniu disponibile în graficul Allelic Discrimination (Discriminare alelică).
Tabelul 27. Opțiunile de meniu dreapta și stânga pentru graficul Allelic Discrimination(Discriminare alelică)Opțiune de meniu

Function (Funcție)Zoom (Mărire)

Focalizează vizualizarea graficului asupra zonei selectate (făcând
clic și trăgând cursorul în grafic).
Sfat: Pentru a anula mărirea și a afișa toate punctele de date,faceți clic dreapta și selectați Set Scale to Default (Setare scară
la implicit).

Well (Godeu)

Pentru godeul selectat, opțiunile sunt: afișează doar acest godeu,
elimină acest godeu din vizualizare, setează culoarea pentru
această urmă sau exclude acest godeu din analiză.

Selected Wells (Godeurile

Pentru godeurile selectate (făcând clic și trăgând cursorul în grafic),

selectate)opțiunile sunt: afișează doar aceste godeuri, elimină aceste godeuri
din vizualizare, setează culoarea pentru aceste urme sau exclude
aceste godeuri din analiză.

Foaia de calcul Allelic Discrimination (Discriminare alelică)Tabelul 28 definește datele care apar în foaia de calcul Allelic Discrimination (Discriminare alelică).
Tabelul 28. Conținutul foii de calcul Allelic Discrimination (Discriminare alelică)Informație

Descriere

Well (Godeu)Poziția godeului în placă

Probă

Descrierea denumirii probei

Call (Apel)

Identitatea alelei, incluzând opțiunile automate Alelă 1, Alelă 2,
Heterozigot, Niciun apel sau Nedeterminat

Type (Tip)Auto (Automat) sau Manual, descrie modul în care a fost efectuat
apelul. Automat indică faptul că software-ul a selectat apelul. Manual
indică faptul că utilizatorul a ales apelul.

248 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Allelic Discrimination (Discriminare alelică)Tabelul 28. Conținutul foii de calcul Allelic Discrimination (Discriminare alelică), continuare

Informație

Descriere

RFU1

RFU pentru Alelă 1

RFU2

RFU pentru Alelă 2

Ghid de utilizare | 249

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila Custom Data View (Vizualizare de date personalizată)Fila Custom Data View (Vizualizare de date personalizată) afișează simultan mai multe panouri într-un
format care poate fi personalizat.
Lista verticală Load a Preset View (Încărcare vizualizare prestabilită) oferă o selecție a matrițelor deformat de afișare. Vizualizarea implicită afișată depinde de fișierul analizat. De exemplu, dacă suntprezente date Melt Curve (Curbă de topire), va apărea vizualizarea implicită Amp+Melt.

250 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila Custom Data View (Vizualizare de date personalizată)Crearea unei vizualizări de date personalizată
Pentru a crea o vizualizare de date personalizatăuUrmați oricare dintre procedurile următoare:nSelectați o vizualizare prestabilită alternativă din lista verticală.

n

Selectați altă vizualizare grafic din lista verticală aflată în partea de sus a fiecărui panou
individual.

nModificați numărul de rânduri și coloane din filă.

n

Modificați dimensiunile panourilor individuale. Trageți de barele de la marginea fiecărui panou.

Faceți clic pe Save as Preset (Salvare ca prestabilit) pentru a salva vizualizarea personalizată ca matriță
prestabilită. Faceți clic pe Manage Presets (Gestionare prestabilite) pentru a șterge, redenumi sau
restabili vizualizări prestabilite existente.

Ghid de utilizare | 251

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila QC (CC)
Utilizați fila QC (CC) pentru a evalua rapid calitatea datelor de rulare pe baza regulilor definite în fila QC(CC) User Preferences (Preferințe utilizator).
CFX Maestro Dx SE oferă patru opțiuni în care puteți vizualiza datele QC (CC):n

Graficul Amplification (Amplificare) – afișează RFU pentru fiecare godeu la fiecare ciclu. Fiecareurmă din grafic reprezintă datele de la un singur fluorofor dintr-un godeu.

nTabelul de reguli QC (CC) – afișează regulile QC (CC) disponibile și setările care definesc fiecare
regulă. Regulile QC (CC) aplicate sunt indicate printr-o bifă.

n

Well selector (Selector godeuri) – selectează godeurile cu datele de fluorescență pe care doriți să
le afișați.

n

QC rule summary pane (Panou rezumat pentru regula CC) – afișează regula QC (CC) selectată
și evidențiază godeurile care nu îndeplinesc regula.

252 | Software CFX Maestro Dx SE

Fila QC (CC)

Schimbarea criteriilor QC (CC)Pentru a schimba criteriile QC (CC)uBifați sau debifați caseta de selectare Use (Utilizare) pentru regulă, pentru a o include sau exclude
din QC (CC).

Excluderea godeurilor care nu îndeplinesc QC (CC)CFX Maestro Dx SE afișează godeurile care nu îndeplinesc criteriile QC (CC) în coloana Rezultate dintabelul de reguli QC (CC) și în panoul rezumativ.

Pentru a exclude godeurile care nu îndeplinesc criteriile QC (CC)u

Selectați Exclude Wells (Excludere godeuri) pentru fiecare godeu pe care doriți să îl excludeți.

Ghid de utilizare | 253

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Fila Run Information (Informații rulare)
Fila Run Information (Informații rulare) afișează informații despre protocol și alte informații despre fiecare
rulare. Folosiți această filă pentru a:nVizualiza protocolul.

nIntroduce și edita observații despre rulare.

nIntroduce sau edita ID (Nr. de identificare) sau codul de bare al rulării.

nVizualiza evenimentele potențial produse în timpul rulării. Folosiți aceste mesaje pentru depanarea
unei rulări.

Sfat: Faceți clic dreapta pe Protocol pentru a-l copia, exporta sau imprima. Faceți clic dreapta pe
panourile Notes (Observații), ID/Bar Code (Nr. de identificare/cod de bare) sau Other (Altele) pentru
a anula, tăia, copia, lipi, șterge sau selecta textul.

254 | Software CFX Maestro Dx SE

Rapoarte de analiză a datelor

Rapoarte de analiză a datelor
Caseta de dialog Report (Raport) afișează informații despre fișierul de date curent în fereastra Data
Analysis (Analiza datelor). Pentru a deschide un raport, selectați Tools > Reports (Instrumente >Rapoarte) sau faceți clic pe Reports (Rapoarte) de pe bara de instrumente.
Caseta de dialog Report (Raport) conține următoarele secțiuni:nMeniu și bară de instrumente – oferă opțiuni de formatare, salvare și imprimare a raportului sau
matriței.

nListă de opțiuni (partea stângă sus a casetei de dialog) – oferă opțiuni de afișare a raportului.

nPanou de opțiuni (partea stângă jos a casetei de dialog) – afișează casete text în care puteți
introduce informații despre o opțiune selectată.

nPanou de previzualizare (partea dreaptă a casetei de dialog) – afișează o previzualizare a raportului
curent.

Ghid de utilizare | 255

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Categorii de rapoarte de analiză a datelor
Tabelul 29 afișează toate opțiunile disponibile pentru un raport de analiză a datelor, în funcție de tipul dedate din fereastra Data Analysis (Analiza datelor).
Tabelul 29. Categorii de rapoarte de analiză a datelor în lista de opțiuni

CategorieOpțiuneDescriere

Header (Antet)
Titlu, subtitlu și logo pentru raport
Report Information (Informații

Data rulării, nume utilizator, denumirearaport)fișierului de date, calea fișierului de dateși grupul de godeuri selectat

Audit Information (Informații

Informații suplimentare necesare pentru

audit)

audit, inclusiv semnături

Notes (Observații)Observații despre raportul de date

Run Setup (Configurare rulare)
Run Information (Informații

Data rulării, nume utilizator, denumirea

rulare)fișierului de date, calea fișierului de dateși grupul de godeuri selectat

ProtocolVizualizare în format text a pașilor șiopțiunilor protocolului

Plate Display (Afișare placă)Vizualizare a plăcii, cu informații despre
fiecare godeu din placă

Quantification (Cuantificare)
Analysis Settings (Setări analiză)Numărul pașilor de colectare a datelor,
modul de analiză și metoda de scădere anivelului inițial

Graficul Amplification

Graficul de amplificare pentru rulările

(Amplificare)

care includ date de cuantificare

Standard Curve Chart (GraficStandard curve chart (Grafic curbă

Curbă standard)

standard)

256 | Software CFX Maestro Dx SE

Rapoarte de analiză a datelor

Tabelul 29. Categorii de rapoarte de analiză a datelor în lista de opțiuni, continuare

CategorieOpțiuneDescriere

Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele dinfiecare godeu

Gene Expression – Bar Chart (Expresie genică – Grafic cu bare)Analysis Settings (Setări analiză)Modul de analiză, datele graficului,opțiunea de scalare și erori grafic

Chart (Grafic)

Copie a graficului cu bareTarget Names (Denumiri ținte)

Grafic cu denumirile țintelor

Sample Names (Denumiri probe)

Grafic cu denumirile probelor

Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele dinfiecare godeu

Target Stability (Stabilitatea

Grafic cu valorile de stabilitate a țintelorțintei)Diagramă boxplot

Diagramă boxplot

Dot Plot Chart (Grafic de puncte)

Dot plot chart (Grafic de puncte)

Expresia genelor - clustergrama și corelograma
Analysis Settings (Setări analiză)Setări pentru fiecare tip de grafic

Chart (Grafic)

Copie a graficului

Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele dinfiecare țintă

Gene Expression (Expresie genică) – ANOVA Data (Date ANOVA)ANOVA Settings (Setări

Pragul valorii P utilizat în analizăANOVA)ANOVA Results (Rezultate

Tabelul cu rezultatele analizelor ANOVAANOVA)

și HSD Tukey post-hoc

Melt Curve (Curbă de topire)

Ghid de utilizare | 257

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)

Tabelul 29. Categorii de rapoarte de analiză a datelor în lista de opțiuni, continuare

CategorieOpțiuneDescriere

Analysis Settings (Setări analiză)Număr pași de topire și setare bară prag

Melt Curve Chart (Graficul curbei

Melt curve chart (Graficul curbei dede topire)

topire)Graficul Melt peak (Vârf deGraficul Melt peak (Vârf de topire)

topire)Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele dinfiecare godeu

Allelic Discrimination (Discriminare alelică)Analysis Settings (Setări analiză)Fluorofori, ciclu și harta apelurilor devizualizare

Allelic Discrimination Chart

Copie a graficului de discriminare alelică

(Grafic discriminare alelică)Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele dinfiecare godeu

End Point (Momentul final)
Analysis Settings (Setări analiză)Fluorofor, cicluri finale la medie, mod,cea mai mică valoare RFU, cea mai marevaloare RFU și valoarea limită

Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele dinfiecare godeu

QC Parameters(Parametri CC)
Data (Date)

Foaie de calcul cu parametrii pentru
fiecare regulă CC

258 | Software CFX Maestro Dx SE

Rapoarte de analiză a datelor

Crearea unui raport de analiză a datelorPuteți salva structura raportului drept matriță, pe care o puteți utiliza din nou pentru rapoarte similare.

Pentru a crea un raport de analiză a datelor
1.

Efectuați ajustările finale la conținutul godeurilor, godeurile selectate, grafice și foile de calcul în
fereastra Data Analysis (Analiza datelor) înainte de a crea raportul.

2.

Selectați Tools > Reports (Instrumente > Rapoarte) din bara de meniu Data Analysis (Analiza
datelor) pentru a deschide caseta de dialog Report (Raport).

3.

Alegeți opțiunile pe care doriți să le includeți în raport. Raportul se deschide cu opțiunile implicite
selectate. Bifați sau debifați casetele de selectare pentru a schimba categorii întregi sau opțiuni
individuale dintr-o categorie.
Tabelul 29 de la pagina 256 prezintă opțiunile disponibile pentru afișare.
Notă: Datele care apar în raport depind de selecțiile curente din cadrul filelor ferestrei Data
Analysis (Analiza datelor). De exemplu, o rulare de cuantificare poate să nu conțină o curbă
standard și prin urmare datele respective nu apar în fereastra Data Analysis (Analiza datelor)sau în raportul de date.

4.

Schimbați ordinea categoriilor și elementelor dintr-un raport. Trageți opțiunile în poziția aferentă.
Elementele pot fi reordonate doar în cadrul categoriilor cărora le aparțin.

5.

(Opțional) În panoul Report Options (Opțiuni raport), introduceți informațiile relevante pentruopțiunea selectată:n

Alegeți un subset de informații de afișat în raport.

nAlegeți setările specifice pentru opțiunea selectată.

n

Modificați textul de afișat pentru opțiunea selectată.

6.

Faceți clic pe Update Report (Actualizare raport) pentru a actualiza Report Preview (Previzualizareraport) cu orice modificări efectuate.

7.

Imprimați sau salvați raportul:a.

Faceți clic pe butonul Print Report (Imprimare raport) de pe bara de instrumente pentru a
imprima raportul curent.

b.

Selectați File (Fișier)> Save (Salvare) pentru a salva raportul în formatul de fișier PDF (fișier
Adobe Acrobat Reader) , MHT (document Microsoft) sau MHTML (document Microsoft).

c.

Selectați o locație în care să salvați fișierul.

Ghid de utilizare | 259

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)d.

8.

Selectați File > Save As (Fișier > Salvare ca) pentru a salva raportul cu o nouă denumire sau
într-un nou loc.

(Opțional) Creați o matriță de raport cu informațiile pe care le doriți. Pentru a salva setările raportului
curent într-o matriță, selectați Template > Save (Matriță > Salvare) sau Save As (Salvare ca). Apoiîncărcați matrița raportului data viitoare când doriți să creați un raport nou.

260 | Software CFX Maestro Dx SE

Rapoarte de analiză a datelor

Crearea rapoartelor pentru grupuri de godeuri
Pentru a crea un raport pentru un grup de godeuri
1.

Selectați Tools > Well Group Reports (Instrumente > Rapoarte grupuri de godeuri) din fereastra Data
Analysis (Analiza datelor).

2.

Din caseta de dialog Well Groups Reports (Rapoarte grupuri de godeuri), selectați grupurile degodeuri, pașii de amplificare și pașii de topire de inclus în raport.

3.

Introduceți calea sau navigați la folderul de destinație în care doriți să salvați raportul.

4.

(Opțional) Selectați Choose a Report Template (Alegeți o matriță de raport) și navigați la folderulfișierului matriță.

5.

(Opțional) Selectați Open Destination Folder (Deschidere folder destinație) pentru a deschide
folderul și vizualiza rapoartele după ce sunt generate.

6.

Faceți clic pe Create Reports (Creare rapoarte).

Ghid de utilizare | 261

Capitolul 11 Detalii despre fereastra Data Analysis (Analiza datelor)262 | Software CFX Maestro Dx SE

Capitolul 12 Analiza expresiei genice
Cu ajutorul unor probe control calificate mai stringent în reacțiile dvs., puteți utiliza Software-ul CFX Dx
Maestro, ediția de securitate pentru a efectua o rulare de expresie genică pentru a normaliza diferențele
relative dintr-o concentrație țintă printre probe. În mod tipic, nivelurile de expresie pentru una sau mai
multe gene de referință sunt utilizate pentru a normaliza nivelurile de expresie ale unei gene de interes.
Genele de referință iau în considerare diferențele de încărcare sau alte variații reprezentate în fiecareprobă și nivelurile lor de expresie trebuie să nu fie afectate în sistemul biologic studiat.
Selectați fila Gene Expression (Expresie genică) în fereastra Data Analysis (Analiza datelor) pentru aevalua diferențele relative între reacțiile PCR din două sau mai multe godeuri. De exemplu, puteți evalua
numerele relative de genomuri virale sau numerele relative de secvențe transfectate dintr-o reacție PCR.
Cea mai comună aplicație pentru studiul de expresie genică este comparația între concentrația cDNA
(ADNc) în mai mult de o reacție, pentru a estima nivelurile de stare de echilibru al RNA (ARN) mesager.
Software-ul calculează nivelul de expresie relativă al unei ținte cu unul dintre aceste scenarii:nNivelul de expresie relativă pentru o secvență țintă (Ținta 1) relativ la o altă țintă (Ținta 2); de exemplu
cantitatea unei gene relativ la o altă genă sub același tratament al probei.

nNivelul expresiei relative al unei secvențe țintă într-o probă comparativ cu aceeași țintă sub tratamentdiferit al probei; de exemplu, cantitatea relativă a unei gene în raport cu ea însăși în condiții
temporale, geografice sau de dezvoltare diferite.

Configurația plăcii pentru analiza expresiei genice
Pentru a realiza analiza expresiei genice, conținutul godeurilor trebuie să includă următoarele:nDouă sau mai multe ținte – cele două ținte care reprezintă diferite gene amplificate sau secvențe dinprobele dvs.

n

Una sau mai multe ținte de referință – cel puțin o țintă trebuie să fie țintă de referință pentru expresia
normalizată. Atribuiți toate țintele de referință în fereastra Experiment Settings (Setări experimente),
pentru a analiza datele în modul Normalized Expression (Expresie normalizată) (ΔΔCq). Rulările carenu conțin o referință trebuie analizate utilizând modul Relative Expression (Expresie relativă) (ΔCq).

n

Probe comune – reacțiile dvs. trebuie să includă probe comune (minimum două necesare) pentru a
vă vizualiza datele reprezentate grafic în fila Gene Expression (Expresie genică). Aceste probe artrebui să reprezinte diferite tratamente sau condiții pentru fiecare dintre secvențele dvs. țintă. Atribuiți

Ghid de utilizare | 263

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceo probă de control (opțională) în fereastra Experiment Settings (Setări experimente). Dacă nu este
selectată nicio probă de control, software-ul folosește cea mai mică valoare Cq drept valoare decontrol.
Cerințele pentru setarea Gene Expression (Expresie genică) din Plate Editor (Editor placă) depind de tipulconținutului reacției: PCR singleplex, cu un fluorofor în reacții, sau PCR multiplex, cu mai mulți fluorofori înreacții.

Configurația ghidată a plăcii
Dacă configurația plăcii unui fișier de date nu conține informațiile necesare pentru analiză și este
selectată fila Gene Expression (Expresie genică), spațiul ocupat în mod normal de graficul cu bare vaconține instrucțiuni pentru introducerea acestor informații. Pentru expresia genică normalizată, parcurgeți
următorii pași:1.

2.

Definiți denumirile Target (Țintă) și Sample (Probă) urmând oricare dintre procedurile următoare:nPlate Setup (Configurație placă) – deschide fereastra Plate Editor (Editor placă).

n

Replace Plate File (Înlocuire fișier placă) – deschide browser-ul Select Plate (Selectare placă),în care puteți naviga la un fișier placă salvat anterior cu care să înlocuiți structura curentă aplăcii.

n

Replace PrimePCR File (Înlocuire fișier PrimePCR) – deschide caseta de dialog SelectPrimePCR File (Selectare fișier PrimePCR), în care puteți naviga la un fișier de rulare PrimePCR
pe care să-l aplicați la structura plăcii.

Selectați una sau mai multe ținte de referință și o probă de control utilizând caseta de dialog
Experiment Settings (Setări experimente).
Dacă structura plăcii conține deja informații despre țintă și probă, doar al doilea pas este necesar șieste evidențiat cu portocaliu. Acest pas trebuie parcurs înainte de realizarea analizei expresiei
genice normalizate.
Notă: Datele pentru corelogramă, și clustergramă și sunt afișate doar dacă toate cerințele
pentru expresia genică normalizată listate în Plate Setup (Configurație placă) pentru Gene
Expression Analysis (Analiza expresiei genice) sunt îndeplinite.

264 | Software CFX Maestro Dx SE

Graficele de expresie genică

Graficele de expresie genică
CFX Maestro Dx SE afișează datele expresiei genice în mai multe vizualizări. Tabelul 30 listează opțiunile
graficelor disponibile în software.
Tabelul 30. Opțiunile graficelor de expresie genică

Buton

Denumire

Function (Funcție)Reprezentare grafică

Afișează datele expresiei genice normalizate
folosind una dintre următoarele vizualizări:n Grafic cu bare (implicită)n Diagramă boxplot
n Dot plot chart (Grafic de puncte)

Clustergramă

Afișează datele expresiei normalizate într-o
ierarhie bazată pe gradul de similaritate a
expresiei pentru diferite ținte și probe.

Corelogramă

Afișează expresia normalizată a țintelor pentru
un control versus o probă experimentală.

ANOVA

Afișează rezultatele unei ANOVA
unidirecționale pentru datele expresiei geniceutilizând următoarele pachete R pentru aefectua ANOVA și a determina rezultatele
Tukey:n Complement de regresie aplicată (car)n Media celor mai mici pătrate (lsmeans)

Instrumentul de selectare a(Disponibil în fila Study Analysis (Analiză studiu)

genei de referință

din fereastra Gene Study (Studiu genic))
Identifică genele de referință testate și leclasifică drept Ideal (Ideale), Acceptable(Acceptabile) sau Unstable (Instabile), în funcție
de stabilitatea lor.

Analiza controalelor PrimePCR(Disponibilă în fila Study Analysis (Analiză
studiu) din fereastra Gene Study (Studiu genic))Afișează rezultatele probelor testate.

Ghid de utilizare | 265

Capitolul 12 Analiza expresiei genice

Reprezentare grafică

Expresia relativă a țintelor este prezentată în aceste două vizualizări:n

Graficul Expresie genică – afișează datele PCR în timp real, sub una dintre următoarele forme:oΔΔCq – expresie normalizată relativă, calculată folosind probe de control și ținte de referință.

o

ΔCq – cantitatea relativă a genei țintă dintr-o probă în raport cu o probă de control.

Pentru mai multe informații privind vizualizarea datelor, consultați Schimbarea și adnotarea
vizualizării graficului de la pagina 268.
nFoaie de calcul – afișează o foaie de calcul a datelor expresiei genice.
Sfat: Faceți clic dreapta pe orice grafic sau foaie de calcul pentru a accesa opțiunile. Selectați
View/Edit Plate (Vizualizare/Editare placă) din meniul vertical Plate Setup (Configurație placă)pentru a deschide Plate Editor (Editor placă) și a modifica conținutul godeului din placă.
Sfat: Selectați Sort (Sortare) din meniul clic dreapta pentru a rearanja ordinea denumirilor
Target (Țintă) și Sample (Probă) din grafic.

Expresie genică normalizată
Pentru a normaliza datele, utilizați nivelul expresiei măsurat pentru una sau mai multe gene de referință
ca factor de normalizare. Genele de referință sunt ținte care nu sunt regulate în sistemul biologic studiat,266 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

de exemplu actină, GAPDH sau tubulină.

Pentru a configura analiza expresiei genice normalizate (ΔΔCq)
1.

Deschideți un fișier de date (extensia .pcrd).

2.

Revizuiți datele din fila Quantification (Cuantificare) din fereastra Data Analysis (Analiza datelor).
Ajustați datele, de exemplu schimbând pragul și modul de analiză.

3.

Alegeți fila Gene Expression (Expresie genică).

4.

În fila Gene Expression (Expresie genică), faceți clic pe Experiment Settings (Setări experimente).

5.

În caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente), urmați procedura următoare:

6.

a.

Alegeți fila Samples (Probe) și selectați un control. La atribuirea unui control, CFX Maestro Dx SE
normalizează cantitățile relative pentru toate genele la cantitatea de control, care este setată la 1.

b.

Alegeți fila Target (Țintă) și selectați genele de referință. Analiza expresiei genice necesită oreferință între țintele din probele dvs.

Selectați Normalized Expression (Expresie normalizată) (ΔΔCq) dacă această opțiune nu este deja
selectată și apoi vizualizați nivelurile de expresie în fila Gene Expression (Expresie genică).
Notă: De asemenea, puteți utiliza Setup Wizard (Expert configurație) pentru a configura
structura plăcii pentru analiza expresiei genice normalizate.

Cantitate relativă
Prin definiție, datele de cantitate relativă (ΔCq) nu sunt normalizate. Această metodă este utilizată pentru
a cuantifica probele care nu includ gene de referință (ținte). În mod obișnuit, cercetătorii se bazează pe
una dintre următoarele considerente când setează rularea:nFiecare probă conține aceeași cantitate de RNA (ARN) sau cDNA (ADNc) în fiecare godeu.

nOrice variație a cantității de probă biologică încărcată va fi normalizată după rulare printr-o metodă deanaliză a datelor, în afara software-ului. De exemplu, un cercetător poate alege să împartă valoarea
cantității relative la factorul de normalizare, dacă se poate la masa de acizi nucleici încărcată pentru
fiecare probă, sau la numărul de celule din care a fost izolați acizii nucleici.

Pentru a rula o analiză a cantității relative (ΔCq)
u

In fila Gene Expression (Expresie genică), selectați Relative Quantity (ΔCq) (Cantitate relativă) (ΔCq)
din lista verticală Mode (Mod) din panoul din dreapta.
Sfat: Pentru a compara rezultatele cu datele din alte rulări ale expresiei genice, deschideți unnou studiu genic sau adăugați un fișier de date la un studiu genic existent.

Ghid de utilizare | 267

Capitolul 12 Analiza expresiei genice

Schimbarea și adnotarea vizualizării graficului
Utilizând comenzile de meniu de pe bara de instrumente pentru grafice și instrumentele graficului pentru
analiza datelor, puteți modifica modul de vizualizare a graficului, adnota fiecare grafic și modifica afișarea
graficului. Bara de instrumente a graficelor este afișată între grafic și foaia de calcul cu analiza datelor, înpartea de jos a ecranului.

Instrumente bară de instrumente grafic
Sfat: Consultați Grafice de la pagina 205 pentru informații despre instrumentele graficului care apar
în partea dreaptă a graficelor de analiză a datelor.
Bara de instrumente de sub grafice oferă acces rapid la instrumentele de adnotare.

Tabelul 31 afișează funcțiile butoanelor de pe bara de instrumente a graficelor.
Tabelul 31. Bară de instrumente grafic

Buton

Denumire

Function (Funcție)Grafic cu bareAfișează expresia relativă a țintelor.

Diagramă boxplotAfișează datele sub formă de intervale de cuartile (a sevedea Calculele aferente diagramei boxplot de la pagina
307 pentru detalii de calcul).
Notă: Disponibil numai dacă Analyze Using (Analiză cu)
este setată la Biological Groups Only (Numai grupuri
biologice).

Dot Plot chart (Grafic deAfișează punctele de date ale probei individuale pentru

puncte)fiecare țintă.
Note: Disponibil numai dacă Analyze Using (Analiză cu)
este setată la Biological Groups Only (Numai grupuri
biologice).

Adăugare săgeată

Desenează o săgeată pe graficul activ.

Adăugare cerc

Desenează un cerc pe graficul activ

268 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

Tabelul 31. Bară de instrumente grafic, continuare

Buton

Denumire

Function (Funcție)Adăugare text

Inserează o casetă text în graficul activ, în care puteți
adăuga text pentru a identifica elementele de interes din
grafic.

AnulareElimină sau aduce la starea anterioară ultima adnotareefectuată în graficul activ.

Refacere

Aduce la starea anterioară ultima acțiune de Anulare
efectuată pe graficul activ.

Ștergere toate

Elimină toate adnotările de pe graficul activ.

Sortarea datelor țintei, probei și grupului biologic
Notă: Această opțiune este disponibilă numai în graficele de expresie genică.
Implicit, listele Targets (Ținte), Samples (probe), și Biological Groups (Grupuri biologice) apar în ordine
alfabetică. Utilizați caseta de dialog Sort (Sortare) pentru a sorta afișajul în ordine alfabetică inversă sau
pentru a muta manual un termen în altă poziție din listă.

Pentru a sorta datele pentru țintă, probă și grupul biologic1.

Din instrumentele graficului, faceți clic pe Sort (Sortare).
Va apărea caseta de dialog Gene Expression Chart Sorting (Sortare grafic expresie genică).

2.

În caseta de dialog, faceți clic pe Z-A pentru a sorta lista în ordine alfabetică inversă.

3.

Pentru a muta manual un termen, selectați-l și faceți clic pe butonul corespunzător dintre grafice:Ghid de utilizare | 269

Capitolul 12 Analiza expresiei genice4.

nFaceți clic pe săgeata În sus sau În jos pentru a muta termenul selectat cu o poziție.

nFaceți clic pe săgeata bară În sus sau În jos pentru a muta termenul selectat în partea de sus
sau de jos a listei.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la fila Gene Expression (Expresie genică).

270 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

Modificarea setărilor de culoare pentru țintă, probă și grup biologic
Utilizați caseta de dialog Color Settings (Setări culoare) dacă doriți să modificați culoarea unei ținte, probe
sau grup biologic sau să eliminați elementul respectiv din grafic.

Pentru a modifica setările de culoare ale țintei1.

În panoul din dreapta al casetei de dialog Gene Expression (Expresie genică), asigurați-vă că
Sample (Probă) apare în lista verticală a axei x.

2.

În Chart Tools (Instrumente grafic), selectați Color Settings (Setări culoare).
Apare caseta de dialog Color Settings (Setări culoare).

3.

Ca să modificați culoarea afișajului pentru o țintă, faceți clic pe culoarea acesteia în coloana Color(Culoare).

4.

În caseta de dialog Color (Culoare) care apare, selectați o culoare nouă și faceți clic pe OK.

5.

Pentru a elimina o țintă din graficul de expresie genică, debifați caseta de selectare aferentă din
coloana Show Chart (Afișare grafic).
Sfat: Pentru a elimina toate țintele, debifați Show Chart (Afișare grafic) în capul de tabel.

6.

(Opțional) Implicit, barele sunt afișate în culori compacte. Pentru a afișa barele cu gradient deculoare, debifați Use Solid Colors (Utilizare culori compacte).

7.

Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a reveni la fila Gene Expression (Expresie genică).

Pentru a modifica setările de culoare ale probei sau grupului biologic1.

În panoul din dreapta al casetei de dialog Gene Expression (Expresie genică), asigurați-vă că Target(Țintă) apare în lista verticală a axei x.

2.

Efectuați pașii din Pentru a modifica setările de culoare ale țintei de la pagina 271.

Schimbarea vizualizării graficului
Pentru a schimba vizualizarea curentă a graficuluiuSelectați comanda de meniu de pe bara de instrumente pentru vizualizarea țintei.

Notă: Fila Gene Expression (Expresie genică) se deschide întotdeauna afișând datele în
vizualizarea implicită a graficului cu bare.

Ghid de utilizare | 271

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceExcluderea punctelor de date extreme
În graficul de puncte, puteți vizualiza și exclude cu ușurință extremele din analiză.

Pentru a exclude punctele de date extremeuÎn graficul de puncte, faceți clic dreapta pe extremele țintei și selectați Exclude Well from Analysis(Excludere godeu din analiză).

Punctul de date este eliminat din graficul de puncte și godeul devine gri în Well Selector (Selector
godeuri) din fila Quantification (Cuantificare).

Pentru a include un punct de date extreme exclusuÎn fila Quantification (Cuantificare), faceți clic dreapta pe godeu în Well Selector (Selector godeuri) șiselectați Well (Godeu) > Include in Analysis (Includere în analiză).

Vizualizarea detaliilor punctului de datePentru a vizualiza detaliile punctului de dateuÎn diagrama boxplot sau în graficul de puncte, opriți cursorul pe un singur punct de date.

Va apărea un sfat pe ecran, indicând denumirea probei și expresia acesteia (cantitatea relativă sau
expresia normalizată, în funcție de modul selectat).

Adnotarea graficelorPuteți adăuga săgeți, cercuri și text la fiecare vizualizare a graficului cu bare, pentru o comunicare clară adatelor. Adnotările sunt salvate împreună cu graficul cu bare și apar în fișierul exportat și tipărit. Cu toate
acestea, adnotările efectuate la o vizualizare a graficului nu sunt adăugate la celelalte vizualizări ale
graficului.

Pentru a desena o săgeată sau un cerc pe grafic
1.

Pe bara de instrumente a graficului cu bare, faceți clic pe instrumentul specific.

2.

Faceți clic în graficul cu bare și deplasați cursorul peste grafic, după caz.

272 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

Pentru a adăuga text la grafic
1.

Pe bara de instrumente a graficului cu bare, faceți clic pe Add Text (Adăugare text).

2.

Faceți clic în graficul cu bare. Va apărea o casetă text în locul respectiv.

3.

Adăugați text în caseta de text.

4.

Faceți clic oriunde pe grafic pentru a ieși din caseta de text.
Sfat: Apăsați Enter pentru a adăuga mai multe rânduri în caseta de text.

Pentru a muta o adnotare1.

Mișcați cursorul peste adnotare. Pictograma se transformă într-un deget arătător și chenarul
adnotării este evidențiat.

2.

Faceți clic pe adnotare și deplasați-o într-o altă poziție.

3.

Eliberați adnotarea pentru a o fixa pe poziție.

Pentru a anula o adnotareuFaceți clic pe Undo (Anulare).
Va fi eliminată adnotarea adăugată cel mai recent.
Sfat: Puteți anula pe rând cele mai recente zece adnotări.

Pentru a reface o adnotareuFaceți clic pe Redo (Refacere).
Adnotarea eliminată cel mai recent este restaurată.
Sfat: Puteți reface pe rând cele mai recente zece adnotări.

Pentru a șterge o adnotareuFaceți clic dreapta pe adnotare și selectați Delete (Ștergere).

Ghid de utilizare | 273

Capitolul 12 Analiza expresiei genice

Ajustarea datelor de expresie genică
După ce ați selectat modul de analiză – expresie normalizată (∆∆Cq) sau cantitate relativă (∆Cq), ajustați
datele pe care le vedeți în fila Gene Expression (Expresie genică) modificând opțiunile de setare dinpartea dreaptă a graficului.
Sfat: Setați opțiunile implicite de date Gene Expression (Expresie genică) în caseta de dialog User
Preferences (Preferințe utilizator) (consultați Setarea parametrilor impliciți pentru fișierul de date deexpresie genică de la pagina 91).

Graph Data (Datele graficului)Setați valoarea axei y la scara liniară pentru a activa opțiunile datelor graficului. Opțiunile datelor graficuluivă permit să prezentați datele din grafic folosind una dintre următoarele opțiuni:nRelativ la control – reprezentarea grafică a datelor cu axa scalată de la 0 la 1. Dacă atribuiți o valoarede control în rularea dvs., selectați această opțiune pentru a vizualiza rapid reglarea pozitivă și
negativă a țintei.

nRelativ la zero – reprezentarea grafică a datelor cu originea la zero.

Analyze Using (Analiză cu)
Utilizați meniul vertical pentru a selecta modul de analiză și reprezentare grafică a datelor. Opțiunile
disponibile sunt:nSamples Only (Numai probe) – datele sunt analizate și reprezentate grafic pentru fiecare probă.

nBiological Groups Only (Numai grupuri biologice) – datele sunt analizate și reprezentate grafic pentru
grupurile biologice. Expresia afișată pentru grupul biologic este media geometrică a probelor din acel
grup.

n

Sample Biological Group (Probă Grup biologic) – datele sunt analizate și reprezentate grafic pentru
fiecare probă, cu grupul biologic adăugat după denumirea probei. Valorile P afișate sunt calculate pebaza grupului biologic.

nBiological Group Sample (Grup biologic Probă) – datele sunt analizate și reprezentate grafic pentru
fiecare probă, cu grupul biologic precedând denumirea probei. Valorile P afișate sunt calculate pebaza grupului biologic.

Utilizați meniul derulant pentru a selecta o probă care va fi utilizată pentru a normaliza Relative Quantity(Cantitatea relativă):274 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

Adnotarea valorilor P și a pragului valorii P
Când selectați Annotate P-Values (Adnotare valori P), software-ul afișează un asterisc (*) pe graficul cubare deasupra unei ținte, dacă valoarea sa P este sub pragul selectat. Software-ul calculează automat
valoarea P comparând nivelul expresiei probei cu nivelul expresiei probei de control selectate, utilizând
un test t standard. Intervalul pragului valorii P este de 0,000-1,000.

Opțiuni axa xOpțiunea axei x vă permite să selectați datele axei x ale graficului Gene Expression (Expresie genică):nTarget (Țintă) – reprezintă grafic denumirile țintelor pe axa x.

nSample (Probă) – reprezintă grafic denumirile probelor pe axa x.

Opțiuni axa yOpțiunea axei y vă permite să afișați graficul Gene Expression (Expresie genică) pe una dintreurmătoarele trei scări:nLinear (Liniară) – selectați această opțiune pentru a afișa o scară liniară.
Sfat: Setarea axei y la Linear (Liniară) activează lista verticală Graph Data (Date grafic), dincare puteți alege să reprezentați grafic datele relativ la control sau relativ la zero.

n

Log 2 – selectați această opțiune pentru a evalua probele la nivelul unui interval dinamic mare.

n

Log 10 – selectați această opțiune pentru a evalua probele la nivelul unui interval dinamic foartemare.

Opțiuni de scalare
Selectați Normalized Gene Expression (Expresie genică normalizată) (ΔΔCq) și setați la None (Niciuna)pentru a activa opțiunile de scalare în graficul Gene Expression (Expresie genică). Selectați una dintre
aceste opțiuni de scalare pentru a calcula și prezenta datele în maniera cea mai adecvată pentru designulrulării dvs.:n

Unscaled (Nescalat) – prezintă expresia genică normalizată nescalată.

nHighest (Cel mai ridicat) – scalează expresia genică normalizată pentru fiecare țintă, împărțind
nivelul expresiei fiecărei probe la cel mai ridicat nivel de expresie pentru toate probele.
Această opțiune de scalare folosește formula „scalat la cel mai ridicat nivel”.

nLowest (Cel mai scăzut) – scalează expresia genică normalizată pentru fiecare țintă, împărțind
nivelul expresiei fiecărei probe la cel mai scăzut nivel de expresie pentru toate probele.
Această opțiune de scalare folosește formula „scalat la cel mai scăzut nivel”.

Ghid de utilizare | 275

Capitolul 12 Analiza expresiei genicen

Average (Mediu) – scalează expresia genică normalizată pentru fiecare țintă, împărțind nivelul
expresiei fiecărei probe la media geometrică a nivelurilor de expresie pentru toate probele.
Această opțiune de scalare folosește formula „scalat la nivel mediu”.

Selectați o opțiune pentru calcularea tipului de eroare (barele de eroare) din graficul Gene Expression(Expresie genică).

Multiplicator bare de eroare din grafic
Selectați un multiplicator pentru barele de eroare din graficul Gene Expression (Expresie genică).
Selectați unul dintre aceste numere întregi:n+/- 1 (implicit)

n

2

n

3

Tipul multiplicatorului se schimbă atunci când selectați bara de eroare:n

SEMs pentru eroarea standard a mediein

Std Devs pentru deviațiile standardSetări experimente
Sfat: Această casetă de dialog este disponibilă și în Plate Editor (Editor placă). Pentru mai multe
informații, consultați Schimbarea setărilor experimentelor de la pagina 153.
În caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente), puteți vizualiza sau modifica lista de ținte,probe sau grupuri biologice, selecta genele de referință, selecta controalele sau seta grupul Gene
Expression Analysis (Analiză expresie genică) de analizat, dacă grupurile biologice au fost adăugate lagodeuri.

Pentru a deschide caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente)uÎn fila Graphing (Reprezentare grafică), faceți clic pe Experiment Settings (Setări experimente) înpartea de jos a panoului din dreapta.
Apare caseta de dialog Experiment Settings (Setări experimente), care afișează fila Targets (Ținte).

Pentru a ajusta setările pentru Targets (Ținte)uÎn fila Targets (Ținte), urmați oricare dintre procedurile următoare:nPentru a selecta o țintă ca referință pentru analiza datelor expresiei genice, selectați denumireasa în coloana Reference (Referință).

276 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

nPentru a schimba culoarea țintei, faceți clic pe celula corespunzătoare din coloana Color(Culoare) și modificați culoarea în caseta de dialog Color (Culoare) care apare.
Schimbarea culorii apare în graficele Gene Expression (Expresie genică).

nPentru a utiliza o valoare de eficiență determinată anterior, debifați caseta de selectare aferentă
țintei din coloana Auto Efficiency (Eficiență automată) și introduceți un număr pentru procentul
de eficiență al unei ținte.
Software-ul calculează eficiența relativă a unei ținte folosind Auto Efficiency (Eficiență
automată), dacă datele pentru o țintă includ o curbă standard.

Pentru a ajusta setările pentru Sample (Probă) sauuÎn fila Samples (Probe) și , urmați oricare dintre procedurile următoare:nPentru a selecta o probă drept control pentru analiza datelor expresiei genice, selectați
denumirea sa în coloana Control.

nPentru a schimba culoarea probei, faceți clic pe celula corespunzătoare din coloana Color(Culoare) și schimbați culoarea în caseta de dialog Color (Culoare) care apare.
Schimbarea culorii apare în graficele Gene Expression (Expresie genică).

nPentru a afișa proba în graficele Gene Expression (Expresie genică), selectați-o în coloana
Show Chart (Afișare grafic).

nPentru a elimina proba din graficele Gene Expression (Expresie genică), debifați-o în coloana
Show Chart (Afișare grafic).
Sfat: Datele probei rămân în tabelul Results (Rezultate).

Pentru a exclude un tip de probă din calculele analizeiuBifați caseta de selectare aferentă din partea de jos a casetei de dialog Experiment Settings (Setări
experimente).
Notă: Aceasta exclude controalele și/sau standardele din analiza expresiei genice.

Ghid de utilizare | 277

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceOpțiunile de meniu afișate prin clic dreaptaFaceți clic dreapta pe graficul expresiei genice pentru a selecta elementele afișate în Tabelul 32.
Tabelul 32. Elementele de meniu afișate prin clic dreapta pentru expresia genică

Element

Function (Funcție)Copy (Copiere)

Copiază graficul pe clipboard.

Save Image As (Salvați

Salvează graficul ca fișier imagine. Configurați rezoluția și

imaginea ca)

dimensiunile imaginii, apoi selectați tipul fișierului (PNG, JPG, sau
BMP).

Page Setup (Configurare

Selectează configurarea paginii pentru imprimare.

pagină)Print (Imprimare)Imprimă graficul.

Set Scale to Default (Setare

Show All (Afișare toate) afișează toate datele din graficul cu bare.

scară la implicit)

Scroll Bar (Bară de defilare) afișează o bară de defilare dacă există
prea multe probe de afișat în cadrul graficului, menținând o lățime
minimă a barei.

Setări grafic

Deschide fereastra Chart Settings (Setări grafic)pentru a ajusta
graficul.

Sort (Sortare)

Sortează ordinea probelor sau țintelor care apar pe axa x a graficului.

Use Corrected Std Devs

Calculează barele de eroare utilizând formula deviației standard(Utilizare deviații standard

corectate.

corectate)
Use Solid Bar Colors (UtilizareAfișează barele compacte din grafic.

culori compacte bare)
X–Axis Labels (Etichete axă x)

278 | Software CFX Maestro Dx SEAfișează etichetele axei x pe orizontală sau în unghi.

Reprezentare grafică

Foaia de calcul Data (Date)
Tabelul 33 definește datele afișate în tabelul de date Gene Expression (Expresie genică).
Notă: Valorile din tabel sunt calculate pe baza tipului de grafic și a preferințelor selectate în panoul
din dreapta.
Tabelul 33. Descrierea informațiilor din foaia de calcul din fila

Informație

Descriere

Target (Țintă)Denumirea țintei (genă amplificată) selectată în fereastra ExperimentSettings (Setări experimente).

Grup biologic

Denumirea probei și/sau a grupului biologic selectată în fereastraProbă Grup biologic

Experiment Settings (Setări experimente).

Grup biologic Probă
Control

Denumirea controlului selectat în fereastra Experiment Settings (Setări
experimente). Când Analyze Using (Utilizare analiză) este setată laSamples Only (Numai probe), Control este proba selectată în fereastra
Experiment Settings (Setări experimente). Când se selectează fie
Biological Groups Only (Numai grupuri biologice), Sample BiologicalGroup (Probă Grup biologic) sau Biological Group Sample (Grupbiologic Probă), controlul este grupul biologic selectat în fereastra
Experiment Settings (Setări experimente).

Relative Quantity (Cantitate

Cantitate relativă (ΔCq) sau Expresie genică normalizată (ΔΔCq), în

relativă) saufuncție de modul selectat.

Expression (Expresie)
SEM (sau SD) pentru cantitate

Eroarea standard a mediei (SEM) sau deviația standard (SD) a

relativă sau expresiecantității relative sau a expresiei normalizate, în funcție de opțiunea
selectată. Disponibil numai dacă Analyze Using (Analiză cu) este
setată la Samples Only (Numai probe), Sample Biological Group(Probă Grup biologic) sau Biological Group Sample (Grup biologicProbă).

SEM (sau SD) corectată pentru

Calculul valorii corectate pentru SEM sau SD a cantității relative sau acantitate relativă sau expresie

expresiei normalizate, în funcție de opțiunea selectată. Disponibil
numai dacă Analyze Using (Analiză cu) este setată la Samples Only
(Numai probe), Sample Biological Group (Probă Grup biologic) sau
Biological Group Sample (Grup biologic Probă).

Ghid de utilizare | 279

Capitolul 12 Analiza expresiei genice

Informație

Descriere

Medie CqMedia ciclului de cuantificare (neafișată dacă Analyze Using (Analiză
cu) este setată la Biological Groups Only (Numai grupuri biologice).

SEM (sau SD) Cq

SEM sau SD a ciclului de cuantificare, în funcție de opțiunea selectată
(neafișată dacă Analyze Using (Analiză cu) este setată la BiologicalGroups Only (Numai grupuri biologice).

280 | Software CFX Maestro Dx SE

Reprezentare grafică

Opțiunea Show Details (Afișare detalii)
Tabelul 34 definește datele afișate când este selectată opțiunea Show Details (Afișare detalii) din meniul
clic dreapta al foii de calcul a graficului cu bare.
Tabelul 34. Informațiile din foaia de calcul a graficului cu bare cu opțiunea Show Details (Afișare
detalii) selectată

Informație

DescriereSet de date

Date privind fluorescența de la un fluorofor din fișierul de date

Cantitate relativă

Cantitatea relativă calculată a probelor

SD cantitate relativă

Deviația standard a calculării cantității relative

SD cantitate relativă corectată

Deviația standard calculată a cantității relative corectate

SEM cantitate relativă

Eroarea standard a mediei calculării cantității relative

SEM cantitate relativă corectată

Eroarea standard a mediei calculării cantității relative corectate

Cantitate relativă(lg)Log2 al cantității relative utilizate pentru analiza statisticăSD RQ(lg)Deviația standard a cantității relative (log2)

SEM expresie(lg)Eroarea standard a mediei expresiei (log2)

Expresie nescalată

Expresia nescalată calculată

SD expresie nescalată

Deviația standard calculată a expresiei nescalate

SD expresie nescalată corectată

Deviația standard calculată a expresiei nescalate corectate

SEM expresie nescalată

Eroarea standard a mediei calculată a expresiei nescalate

SEM expresie nescalată

Eroare standard a mediei calculată a expresiei nescalate corectate

corectată
Expresie nescalată(lg)Log2 al expresiei nescalate

SD expresie nescalată(lg)Deviația standard a expresiei nescalate (log2)

SEM expresie nescalată(lg)Eroarea standard a mediei expresiei nescalate (log2)

Expresie

Expresie genică normalizată

SD expresie corectată

Deviația standard calculată a expresiei corectate

Ghid de utilizare | 281

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceTabelul 34. Informațiile din foaia de calcul a graficului cu bare cu opțiunea Show Details (Afișare
detalii) selectată, continuare

Informație

Descriere

SEM expresie

Eroarea standard a mediei expresiei

SEM expresie corectată

Eroare standard a mediei calculată a expresiei corectate

Expresie(lg)Log2 al expresiei (expresia normalizată) utilizate pentru analiza
statistică

SD expresie(lg)Deviația standard a expresiei (log2)

SEM expresie(lg)Eroarea standard a mediei expresiei (log2)

Medie CqMedia ciclului de cuantificare

SD Cq

Deviație standard a ciclului de cuantificare

SEM CqEroarea standard a mediei ciclului de cuantificare

282 | Software CFX Maestro Dx SE

Clustergramă

Clustergramă
Clustergrama afișează datele într-o ierarhie bazată pe gradul de similaritate a expresiei pentru diferiteleținte și probe.
Notă: Trebuie să alegeți o țintă de referință pentru a afișa oricare dintre reprezentările grafice dedate, în afară de expresia relativă pentru graficele cu bare.
Imaginea clustergramei descrie expresia relativă a unei probe sau ținte, după cum urmează:nReglare pozitivă (roșu) – expresie mai marenReglare negativă (verde sau albastru) – expresie mai micăn

Nicio reglare (negru)nNicio valoare calculată (negru cu un X alb)Cu cât nuanța culorii este mai deschisă, cu atât mai mare este diferența expresiei relative. Dacă nu se
poate calcula nicio valoare Cq normalizată, pătratul va fi negru cu un X alb.
Pe marginile exterioare ale graficului de date se găsește o dendrogramă, care indică ierarhia declustering. Țintele sau probele care au tipare de expresie similare vor avea ramuri adiacente, iar cele cu
tipare nesimilare vor fi mai depărtate.

SetăriPuteți seta următoarele opțiuni:nCluster By (Grupare după) – alegeți dintre Targets (Ținte), Samples (Probe), Both (Ambele) sau
None (Niciuna).

nSize (Dimensiune) – ajustează dimensiunea imaginii și modifică gradul de mărire a graficului pentru.

nSplit Out Replicates (Împărțire replicate) – afișează valorile replicatelor individuale.

Sfat: Puteți schimba schema de culoare pentru de la setarea implicită Red/Green (Roșu/Verde) la
Red/Blue (Roșu/Albastru) selectând această opțiune din meniul clic dreapta dintre aceste grafice.

Opțiunile de meniu afișate prin clic dreaptaOpțiunile de meniu afișate prin clic dreapta pentru clustergramă sunt aceleași cu cele pentru graficul cubare. Consultați Tabelul 32 de la pagina 278 pentru opțiunile disponibile. De asemenea, selectați Color
Scheme (Schemă de culori) pentru a modifica expresia de reglare negativă de la setarea implicită
Red/Green (Roșu/Verde) la Red/Blue (Roșu/Albastru) pe grafic.

Foaia de calcul Data (Date)
Foaia de calcul afișează valorile pentru țintă, probă și expresia normalizată.

Ghid de utilizare | 283

Capitolul 12 Analiza expresiei genice

Corelogramă
Corelograma afișează expresia normalizată a țintelor pentru un control versus o probă experimentală. Liniile dingrafic indică pragul factorului de modificare. Punctele de date dintre linii indică faptul că diferența de expresie
pentru ținta (gena) respectivă este neglijabilă între probe. Punctele de date din afara liniilor depășesc pragul devariație și ar putea fi de interes.
Imaginea din grafic afișează următoarele modificări în expresia țintă pe baza pragului factorului de modificarenReglare pozitivă (cerc roșu) – expresie relativ mai marenReglare negativă (cerc verde sau albastru) – expresie relativ mai micăn

Nicio schimbare (cerc negru)Faceți clic pe și trageți oricare linie de prag pentru a ajusta valoarea de prag a factorului de modificare.

SetăriPuteți seta următoarele opțiuni:nProbă de control

nProbă experimentală

n

Fold Change Threshold (Pragul factorului de modificare) Pe măsură ce măriți sau micșorați valoarea
factorului de modificare, liniile de prag din grafic se mută și ele în mod corespunzător.

Opțiunile de meniu afișate prin clic dreaptaOpțiunile de meniu afișate prin clic dreapta pentru corelogramă sunt aceleași cu cele pentru graficul cubare. Consultați Tabelul 32 de la pagina 278 pentru opțiunile disponibile. În plus, selectați Symbol(Simbol) pentru a schimba simbolul utilizat pe grafic din cercul implicit în unul dintre următoarele:n

Triunghi

n

Cruce

n

PătratnRomb

Foaia de calcul Data (Date)
Foaia de calcul afișează valorile pentru țintă și expresia normalizată pentru proba de control și proba
experimentală. Indică, de asemenea, dacă țintele sunt reglate pozitiv sau negativ în comparație cu
reglarea țintă.

284 | Software CFX Maestro Dx SE

Foaia de calcul Results (Rezultate)

Foaia de calcul Results (Rezultate)
Foaia de calcul Rezultate rezumă datele din toate diagramele. Tabelul 35 definește datele afișate în foaia
de calcul Results (Rezultate).
Tabelul 35. Informațiile din fila Rezultate

Informație

Descriere

Target (Țintă)Denumirea țintei (genă amplificată)Probă

Denumire probă

Medie CqMedia ciclului de cuantificare

Mean Efficiency Corrected Cq

Media ciclului de cuantificare după ajustarea pentru eficiența reacțiilor(media Cq corectată eficient)
Expresie normalizată

Expresia țintei normalizată în funcție de o țintă de referință (ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Expresie normalizată relativă la o probă de control; denumită și Fold

(Expresie normalizată relativă)Change (Factor de modificare)

Regulation (Reglare)

Modificare a expresiei relativă la o probă de control

Compared to Regulation

Reglare pozitivă sau negativă a unei probe experimentale bazată pe

Threshold (Comparativ cu

setarea pragului

pragul de reglare)

Notă: Datele pentru replicate se găsesc numai în foile de calcul ale filelor de analiză a datelor în cares-a selectat Split Out Replicates (Replicate individuale) (respectiv Clustergram (Clustergramă)).
Poate exista o discrepanță între datele de expresie din foile de calcul de analiză a expresiei genicedacă selectați „none” (niciuna) drept probă de control pe graficul cu bare.

Ghid de utilizare | 285

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceStudiu genicCreați un studiu genic pentru a compara datele de expresie genică de la unul sau mai multe experimente
PCR în timp real folosind un element de calibrare între rulări pentru normalizare între experimente. Creați
un studiu genic adăugând date din unul sau mai multe fișiere de date (extensia .pcrd) la studiul genic.
Software-ul le grupează într-un fișier unic (extensie .mgxd).
Notă: Numărul maxim de probe pe care le puteți analiza într-un studiu genic este limitat de mărimea
memoriei RAM a computerului și de memoria virtuală.

Inter-Run Calibration (Calibrare între rulări)Inter-run calibration (Calibrare între rulări) este încercată automat în fiecare studiu genic pentru fiecarețintă pentru a normaliza variațiile între rulări între țintele testate în rulări PCR în timp real separate (cu altecuvinte, fișiere .pcrd diferite generate din plăci diferite).
Pentru ca software-ul să recunoască o probă drept element de calibrare între rulări, aceasta trebuie săaibă același nume de țintă, nume de probă și, dacă este utilizat, același nume de set biologic pe fiecareplacă comparată.
Notă: Cel puțin o probă element de calibrare între rulări trebuie să fie prezentă în studiul genic pentru
a avea loc calibrarea între rulări. Țintele fără probe element de calibrare între rulări adecvate vor fi
procesate fără corecție în studiul genic (nerecomandat).
Elementele de calibrare între rulări pot fi aplicate în două moduri:nPer țintă – diferiți primeri PCR pot avea eficiențe diferite. În mod implicit, elementul de calibrare între
rulări este aplicat tuturor godeurilor unei plăci care au aceeași denumire a țintei de amplificare, deexemplu Cq generată cu același test.

nÎntregul studiu – un element de calibrare între rulări este selectat de utilizator și aplicat întreguluistudiu genic.

286 | Software CFX Maestro Dx SE

Studiu genic

Caseta de dialog Gene Study (Studiu genic)

Caseta de dialog Gene Study (Studiu genic) include două file:nFila Study Setup (Configurare studiu) – gestionează rulările din studiul genic.
Important: Adăugarea sau eliminarea fișierelor de date într-un studiu genic nu modifică datele
din fișierul original.

nFila Study Analysis (Analiză studiu) – afișează datele de expresie genică pentru rulările combinate.

Fila Study Setup (Configurare studiu)
Tabelul 36 definește datele care apar în fila Study Setup (Configurare studiu).
Tabelul 36. Fila Study Setup (Configurare studiu) din caseta de dialog Gene Study (Studiu
genic)

Titlu coloană

Descriere

File Name (Nume fișier)Denumirea fișierului de date pentru rulare (extensie .pcrd)

File Folder (Folder fișiere)

Director care stochează fișierul de date pentru fiecare rulare din studiul
genic

Date Created (Data creării)Data la care au fost colectate datele rulării

Ghid de utilizare | 287

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceTabelul 36. Fila Study Setup (Configurare studiu) din caseta de dialog Gene Study (Studiu
genic), continuare

Titlu coloană

Descriere

Well Group Name (NumeNumele grupului de godeuri care a fost selectat atunci când fișierul agrup godeuri)

fost adăugat la studiul genic
Sfat: Pentru a analiza un grup de godeuri din studiul genic,
trebuie să selectați acel grup de godeuri din fereastra Data
Analysis (Analiza datelor) înainte de a importa fișierul de date în
studiul genic.

Step (Pas)

Pas de protocol care include citirea de placă pentru colectarea datelor
PCR în timp real

Run Type (Tip rulare)

Rulare definită de utilizator sau rulare PrimePCR

Protocol Edited (ProtocolDacă este selectat, indică faptul că protocolul utilizat pentru o rulare

editat)PrimePCR a fost editat

View Plate (Vizualizare

Deschide o hartă de placă a plăcii cu datele din fiecare rulare inclusă înplacă)

studiul genicPregătirea unui studiu genic
Pentru a pregăti un studiu genic
1.

Înainte de a importa datele într-un studiu genic, efectuați următoarele în fereastra Data Analysis(Analiza datelor):nVerificați că probele cu același conținut au același nume. Într-un studiu genic, software-ul
presupune că godeurile cu același nume pentru Target (Țintă) sau Sample (Probă) conțin
aceleași probe.

n

Ajustați nivelul inițial și pragul (Cq) în fila Quantification (Cuantificare) pentru a optimiza datele
din fiecare rulare.

nSelectați grupul de godeuri pe care doriți să îl includeți în studiul genic.
Pentru a afișa date de la un grup de godeuri în studiul genic, grupul respectiv trebuie să fie
selectat înainte de a importa fișierul de date.

Fila Study Setup (Configurare studiu) afișează o listă a tuturor rulărilor din studiul genic.
2.

În caseta de dialog Gene Study (Studiu genic) selectați fila Study Setup (Configurare studiu).

3.

Faceți clic pe Add Data Files (Adăugare fișiere de date) pentru a selecta un fișier din fereastra
browser-ului.

288 | Software CFX Maestro Dx SE

Studiu genic

Sfat: Pentru a adăuga rapid rulări la un studiu genic, trageți fișierele de date (extensia .pcrd) încaseta de dialog Study Setup (Configurare studiu).
4.

CFX Maestro Dx SE efectuează automat analiza studiului genic pe măsură ce adăugați fișiere dedate. Selectați fila Study Analysis (Analiză studiu) pentru a vizualiza rezultatele.

Pentru a elimina rulări din studiul genicu

Selectați unul sau mai multe fișiere din listă și faceți clic pe Remove (Eliminare).

Pentru a adăuga observații despre studiul genicuIntroduceți observații despre fișiere și analiză în caseta de dialog Notes (Observații).

Fila Study Analysis (Analiză studiu)
Fila Study Analysis (Analiză studiu) afișează datele de la toate rulările din studiul genic. Opțiunile deanaliză pentru datele de expresie genică sunt aceleași cu cele pentru un fișier de date unic, cuurmătoarele excepții:nPentru graficele cu bare, valorile de calibrare între rulări (dacă sunt calculate) apar atunci când faceți
clic pe Inter-run Calibration (Calibrare între rulări).
Notă: Numai următoarele tipuri de probe pot fi utilizate drept element de calibrare între rulări:oUnknown (Necunoscută)o

EroareoPositive Control (Control pozitiv)

Tipurile de probe Negative Control (Control negativ), no template control (control fără ținta deamplificare) (NTC) și no reverse transcriptase control (control fără transcriptază inversă) (NRT) nu
pot fi utilizate drept element de calibrare între rulări.
nInstrumentul Reference Gene Selection (Selectare a genei de referință) identifică genele de referință
testate și le clasifică drept Ideal (Ideală), Acceptable (Acceptabilă) sau Unstable (Instabilă), pe bazastabilității acestora:oGenele de referință ideale sunt stabile și reprezintă variații minime între probele testate.

oGenele de referință acceptabile nu sunt stabile în mod ideal și reprezintă o variație moderată
între probele testate. Utilizați aceste gene de referință în analiză dacă nu sunt prezente gene dereferință ideale.

oGenele de referință instabile reprezintă o variație excesivă între probele testate. Se recomandă
ca aceste gene să fie excluse din analize.

Ghid de utilizare | 289

Capitolul 12 Analiza expresiei genicenInstrumentul PrimePCR Analysis Control (Controlul analizei PrimePCR) afișează rezultatele probelortestate într-un tabel:oFila Summary (Rezumat) afișează un rezumat al tuturor probelor testate. Probele care au trecut
toate testele de control apar în culoarea verde. Probele care nu au trecut unul sau mai multe
dintre testele de control apar în culoarea galbenă.

oFila PCR afișează rezultatele testului pozitiv de control PCR. Acest test detectează inhibarea
sau probleme experimentale care afectează expresia genică.

oFila RT afișează rezultatele testului de control cu transcriere inversă. Acest test evaluează
calitativ performanța RT și identifică probele la care performanța RT este probabil săcompromită expresia genică.

oFila gDNA (ADNg) afișează rezultatele testului de control pentru contaminare ADN. Acest test
determină dacă ADN-ul genomic (gDNA) este prezent într-o probă la un nivel care ar putea
afecta rezultatele qPCR.

oFila RQ afișează rezultatele testelor de calitate pentru ARN (RQ1 și RQ2). Aceste teste
evaluează calitativ dacă integritatea ARN ar putea afecta în mod negativ expresia genică.

Categoriile raportului de studiu genic
Folosiți caseta de dialog Gene Study Report (Raport studiu genic) pentru a aranja datele studiului genic
într-un raport. Tabelul 37 listează toate opțiuni disponibile pentru un raport de studiu genic.
Tabelul 37. Categoriile unui raport de studiu genic

CategorieOpțiuneDescriere

Header (Antet)
Titlu, subtitlu și logo pentru raport
Report Information

Data, numele utilizatorului, denumirea fișierului(Informații raport)

de date, calea fișierului de date și grupul degodeuri selectat

Gene Study File List (Lista

Lista tuturor fișierelor de date din studiul genicfișierelor studiului genic)
Notes (Observații)Observații despre raportul de dateStudy Analysis (Analiză studiu): Grafic cu bareAnalysis Settings (Setări
analiză)290 | Software CFX Maestro Dx SE

Lista parametrilor de analiză selectațiStudiu genic

Tabelul 37. Categoriile unui raport de studiu genic, continuare

CategorieOpțiuneDescriere

Chart (Grafic)

Graficul cu bare al expresiei genice care afișează
dateleTarget Names (Denumiri

Lista țintelor din studiul genicținte)
Sample Names (Denumiri

Lista probelor din studiul genic

probe)
Data (Date)

Foaie de calcul care afișează datele

Target Stability (Stabilitatea

Date privind stabilitatea ținteițintei)Inter-run Calibration

Date de calibrare între rulări

(Calibrare între rulări)Diagramă boxplot

Diagrama boxplot a expresiei genice

Dot-Plot Chart (Grafic de

Graficul de puncte al expresiei genicepuncte)Study Analysis (Analiză studiu): clustergramă și corelogramă
Analysis Settings (Setări

Setări pentru fiecare tip de grafic

analiză)Chart (Grafic)

Graficul expresiei genice care afișează datele

Data (Date)

Foaie de calcul care listează datele din fiecarețintăStudy Analysis (Analiză studiu): DateANOVAANOVA Settings (Setări

Pragul valorii P utilizat în analizăANOVA)ANOVA Results (Rezultate

Tabelul cu rezultatele analizelor ANOVA și HSD

ANOVA)

Tukey post-hoc

Ghid de utilizare | 291

Capitolul 12 Analiza expresiei geniceTabelul 37. Categoriile unui raport de studiu genic, continuare

CategorieOpțiuneDescriere

Shapiro-Wilk Normality

Grup biologic, număr, valoarea P și orice erori

Test (Test de normalitate

care survin pentru fiecare țintă din analiză

Shapiro-Wilk)
ANOVA Errors (Erori
ANOVA)

292 | Software CFX Maestro Dx SE

Erori identificate în timpul calculelor ANOVAStudiu genic

Crearea unui raport de studiu genic
Pentru a crea un raport de studiu genic
1.

Ajustați datele raportului de studiu genic și graficele după caz înainte de a crea un raport.

2.

Selectați Tools > Reports (Instrumente > Rapoarte) din meniul Gene Study (Studiu genic) pentru adeschide caseta de dialog Report (Raport).

3.

Alegeți opțiunile pe care doriți să le includeți în raport. Raportul se deschide cu opțiunile implicite
selectate. Bifați sau debifați casetele de selectare pentru a schimba categorii întregi sau opțiuni
individuale dintr-o categorie.
Categoriile raportului de studiu genic de la pagina 290 listează opțiunile disponibile de afișat.

4.

Schimbați ordinea categoriilor și elementelor dintr-un raport. Trageți opțiunile în poziția necesară.
Elementele pot fi reordonate doar în cadrul categoriilor cărora le aparțin.

5.

Faceți clic pe Update Report (Actualizare raport) pentru a actualiza Report Preview (Previzualizareraport) cu orice modificări efectuate.

6.

Imprimați sau salvați raportul. Faceți clic pe butonul Print Report (Imprimare raport) de pe bara de
instrumente pentru a imprima raportul curent. Selectați File > Save (Fișier > Salvare) pentru a salva
raportul în format PDF (fișier Adobe Acrobat Reader), și selectați o locație în care să salvați fișierul.
Selectați File > Save As (Fișier > Salvare ca) pentru a salva raportul cu o nouă denumire sau într-un
nou loc.

7.

(Opțional) Creați o matriță de raport cu informațiile pe care le doriți. Pentru a salva setările raportului
curent într-o matriță, selectați Template > Save (Matriță > Salvare) sau Save As (Salvare ca). Apoiîncărcați matrița raportului data viitoare când doriți să creați un raport nou.

Ghid de utilizare | 293

Capitolul 12 Analiza expresiei genice294 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexa A Calcule Analiza datelor
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate software calculează automat formulele și afișează
rezultatele în filele Data Analysis (Analiza datelor). Această anexă explică în detaliu cum calculează
CFX Maestro Dx SE formulele.

Eficiența reacțiilor
Dovezile sugerează că utilizarea unei modalități exacte de măsură a eficiențelor pentru fiecare primer și
set de sonde va determina rezultate mai exacte la analiza datelor de expresie genică. Valoarea implicită aeficienței utilizată în calculele de expresie genică este 100 %. Pentru a evalua eficiența reacțiilor, generați
o curbă standard utilizând diluții în serie ale unei probe reprezentative la nivelul unui interval dinamic
relevant și apoi înregistrați eficiența pentru analiza ulterioară a expresiei genice. Dacă rularea dvs.
include o curbă standard, atunci software-ul va calcula automat eficiența și o va afișa sub Standard Curve(Curbă standard) în fila Quantification (Cuantificare), când Auto Efficiency (Eficiență automată) este bifată
în fila Targets (Ținte) din fereastra Experiment Settings (Setări experimente).
Eficiența (E) din formulele de eficiență se referă la „eficiențele” descrise de Pfaffl (2001) și Vandesompele
et al. (2002). În aceste publicații, o eficiență de 2 (dublarea perfectă cu fiecare ciclu) este echivalentă cu oeficiență de 100 % în acest software. Aveți posibilitatea să convertiți calculele dvs. de eficiență în cele
utilizate de software, utilizând următoarele relații matematice:n

E = (% eficiență * 0,01) + 1n% eficiență = (E – 1) * 100

Cantitate relativă
Formula pentru cantitatea relativă (ΔCq) pentru orice probă (GOI) este:Notă: Această formulă este utilizată la calcularea cantității relative atunci când nu s-a definit o probă
de control.
Unde:

Ghid de utilizare | 295

Anexa A Calcule Analiza datelorn

E = Eficiența primerului și a setului de sonde. Această eficiență se calculează cu formula(% Eficiență * 0,01) + 1, unde 100% eficiență = 2nC q (min) = Cq medie pentru proba cu cea mai mică medie Cq pentru GOIn

C q (probă) = Cq medie pentru probă

n

GOI = Genă de interes (o țintă)Cantitatea relativă când este selectat un control
Atunci când se atribuie o probă de control sau un grup biologic, cantitatea relativă (RQ) pentru orice probă
care include o genă de interes (GOI) este calculată după următoarea formulă:

Unde:
n

E = Eficiența primerului și a setului de sonde. Această eficiență se calculează cu formula(% Eficiență * 0,01) + 1, unde 100% eficiență = 2nCq (control) = Cq medie pentru proba de controlnCq (probă) = Cq medie pentru orice probe cu GOIn

GOI = Genă de interes (o țintă)Deviația standard a cantității relative
Important: Acest calcul se aplică doar dacă parametrul Analyze Using (Analiză cu) este configurat
cu valoarea Samples Only (Numai probe), Sample Biological Group (Probă Grup biologic) sau
Biological Group Sample (Grup biologic Probă).
Formula pentru deviația standard a cantității relative este

Unde:
n

SD Relative Quantity = Deviația standard a cantității relativen

SD CqGOI sample = Deviația standard a Cq pentru probă (GOI)n

Relative Quantity = Cantitatea relativă a probein

E = Eficiența primerului și a setului de sonde. Această eficiență se calculează cu formula(% Eficiență * 0,01) + 1, unde 100% eficiență = 2

296 | Software CFX Maestro Dx SE

Cq corectată eficient (CqE)n

GOI = Genă de interes (o țintă)Cq corectată eficient (CqE)
Formula pentru Cq corectată eficient este

Unde:
n

E = Eficiență

Cq corectată eficient medie (MCqE)
Formula pentru Cq media corectată eficient este

Unde:
n

CqE = Cq corectată eficientnn = Numărul de replicate

Ghid de utilizare | 297

Anexa A Calcule Analiza datelor

Expresie normalizată
Expresia normalizată (ΔΔCq) este cantitatea relativă a țintei (genei) normalizată la cantitățile țintelor dereferință (gene sau secvențe) din sistemul dvs. biologic. Pentru a selecta țintele de referință, deschideți
fereastra Experiment Settings (Setări experimente) și faceți clic pe coloana de referință pentru fiecarețintă care servește drept genă de referință.
Formula pentru expresia normalizată, care folosește metoda de calcul a Cantității relative (RQ) calculate,
este

Unde:
n

RQ = Cantitatea relativă a unei proben

Ref = Ținta de referință dintr-o rulare, care include una sau mai multe ținte de referință în fiecare
probă

n

GOI = Genă de interes (o țintă)Cu condiția ca țintele de referință să nu își modifice nivelul de expresie din sistemul dvs. biologic,
calcularea expresiei normalizate va lua în considerare diferențele de încărcare sau variațiile numărului decelule care sunt reprezentate în fiecare dintre probele dvs.

298 | Software CFX Maestro Dx SE

Expresia normalizată când este selectat un control

Expresia și cantitatea relativă pentru grupurile biologiceDacă parametrul Analyze Using (Analiză cu) este configurat cu valoarea Biological Groups Only (Numai
grupuri biologice), software-ul afișează expresia medie (expresia normalizată sau cantitatea relativă, înfuncție de modul selectat) a probelor din grupul biologic. Având în vedere că expresia este de obicei
distribuită printr-o distribuție normală logaritmică, media expresiei este obținută folosind media
geometrică:

Unde:
n

Exp1, Exp2, Expn = cantitatea relativă sau expresia normalizată a probelor din grupul biologicnn = Numărul de probe din grupul biologic

Expresia normalizată când este selectat un control
Când selectați o probă de control din fereastra Experiment Settings (Setări experimente), software-ul
setează nivelul de expresie al probei de control la 1. În această situație, software-ul normalizează
cantitățile relative ale tuturor expresiilor țintelor (genelor) la cantitatea de control (o valoare de 1). Această
expresie normalizată este echivalentă cu analiza expresiei normalizate nescalate atunci când este
selectat un control.
Notă: Aceasta este cunoscută și sub denumirea de expresie normalizată relativă (RNE) și factor demodificare.

Ghid de utilizare | 299

Anexa A Calcule Analiza datelor

Deviația standard pentru expresia normalizată
Rescalarea valorii expresiei normalizate este realizată împărțind deviația standard a expresiei
normalizate la valoarea expresiei normalizate pentru cele mai ridicate sau cele mai scăzute niveluri
individuale de expresie, în funcție de opțiunea de scalare aleasă. Formula pentru deviația standard (SD) a
factorului de normalizare este

Unde:
n

RQ = Cantitatea relativă a unei proben

SD = Deviația standardn

NF = Factor de normalizaren

Ref = Țintă de referință

nn = Numărul de ținte de referință

Când se atribuie o probă de control, nu este nevoie să aplicați această funcție de rescalare pentru
deviația standard, după cum se arată în formula de mai jos:

Unde:
n

NE = Expresia normalizată

n

RQ = Cantitatea relativă a unei proben

SD = Deviația standardn

GOI = Genă de interes (o țintă)300 | Software CFX Maestro Dx SE

Expresia normalizată scalată la cel mai ridicat nivel de expresie

Expresia normalizată scalată la cel mai ridicat nivel deexpresieCând rularea nu include controale, scalați expresia normalizată (NE) pentru fiecare țintă (genă) împărțind
nivelul expresiei fiecărei probe la cel mai ridicat nivel de expresie pentru toate probele. Software-ul
stabilește cel mai ridicat nivel de expresie la o valoare de 1 și rescalează toate niveluri de expresie ale
probelor. Formula celei mai ridicate scalări este

Unde:
n

GOI = Gena de interes (țintă)Expresia normalizată scalată la cel mai redus nivel deexpresieCând rularea nu include controale, scalați expresia normalizată (NE) pentru fiecare țintă (genă) împărțind
nivelul expresiei fiecărei probe la cel mai redus nivel de expresie pentru toate probele. Software-ul
stabilește cel mai redus nivel de expresie la o valoare de 1 și rescalează toate nivelurile de expresie ale
probelor. Formula celei mai reduse scalări este

Unde:
n

GOI = Gena de interes (țintă)Expresia normalizată scalată la nivelul de expresie mediu
Când rularea nu include controale, scalați expresia normalizată (NE) pentru fiecare țintă (genă), împărțind
nivelul expresiei fiecărei probe la media geometrică a expresiei pentru toate probele. Software-ul
stabilește nivelul mediu de expresie la o valoare de 1 și rescalează toate nivelurile de expresie ale
probelor. Formula scalării medii este

Unde:
n

GOI = Gena de interes (țintă)Ghid de utilizare | 301

Anexa A Calcule Analiza datelorn

GM = Media geometrică a expresiei normalizate pentru toate probele

302 | Software CFX Maestro Dx SE

Deviația standard pentru expresia normalizată scalată

Deviația standard pentru expresia normalizată scalată
Rescalarea valorii expresiei normalizate (NE) este realizată împărțind deviația standard (SD) a expresiei
normalizate la valoarea expresiei normalizate pentru cele mai ridicate (MAX) sau cele mai scăzute (MIN)
niveluri de expresie, în funcție de opțiunea de scalare aleasă.
Notă: Când se atribuie o probă de control, nu este nevoie să aplicați această funcție de rescalarepentru deviația standard.
Calculul pentru această formulă este

Unde:
n

NE = Expresia normalizată

n

SD = Deviația standardn

GOI = Gena de interes (țintă)n

MAX = Cel mai ridicat nivel de expresien

MIN = Cel mai scăzut nivel de expresie

Ghid de utilizare | 303

Anexa A Calcule Analiza datelor

Bare de eroare pentru deviația standard (lg) și eroarea
standard a mediei (lg)Pe lângă utilizarea intervalelor de încredere, barele de eroare pot fi afișate pentru grupuri biologice înfuncție de deviația standard sau de eroarea standard a mediei log2 a expresiei. Barele de eroare suntcalculate după cum urmează:RQ bară de eroare inferioară = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) sau 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ bară de eroare superioară = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) sau 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)
Unde:n

RQ(lg) = log2 al cantității relative pentru grupul biologicn

SD RQ(lg) = deviația standard a cantității relative (log2)n

SEM RQ(lg) = eroarea standard a mediei cantității relative (log2)

Exp. bară de eroare inferioară = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) sau 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. bară de eroare superioară = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) sau 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Unde:nExp.(lg) = log2 al expresiei (expresiei normalizate) pentru grupul biologicn

SD RQ(lg) = deviația standard a expresiei (log2)n

SEM RQ(lg) = eroarea standard a mediei expresiei (log2)

304 | Software CFX Maestro Dx SE

Fold Change (Factorul de modificare)

Fold Change (Factorul de modificare)
Factorul de modificare este o modalitate de a măsura creșterea sau micșorarea expresiei unei ținte
pentru o probă experimentală față de o probă de control sau un grup biologic și se determină astfel:Dacă Expresie (experimentală) > Expresie (control):Dacă Expresie (experimentală) < Expresie (control):Notă: Pentru Graphing (reprezentarea grafică), Expression (Expresia) se bazează fie pe cantitatea
relativă fie pe expresia normalizată, în funcție de modul selectat (consultați Reprezentare grafică dela pagina 266). Cu toate acestea, pentru corelogramă și clustergramă factorul de modificare este
calculat întotdeauna pe baza expresiei normalizate.

Ghid de utilizare | 305

Anexa A Calcule Analiza datelor

Formule valori corectate
Important: Aceste calcule se aplică doar dacă parametrul Analyze Using (Analiză cu) esteconfigurat cu valoarea Samples Only (Numai probe), Sample Biological Group (Probă Grup biologic)
sau Biological Group Sample (Grup biologic Probă).
O diferență între valorile corectate și valorile necorectate este observată doar dacă este creată o curbă
standard ca parte a rulării PCR în timp real. Software-ul folosește trei ecuații pentru a determina
propagarea erorilor:n

Eroare standardnEroare standard pentru expresie normalizată

n

Eroare standard pentru gena de interes normalizată (țintă)Formula pentru eroarea standard este

Unde:
n

n = Numărul de ținte de referință (gene)n

SD = Deviația standard

Eroarea standard pentru factorul de normalizare din formula expresiei normalizate este

Unde:
n

n = Numărul de ținte de referință

n

SE = Eroare standardn

NF = Factor de normalizaren

RQ = Cantitate relativă

Formula erorii standard pentru gena de interes (GOI) normalizată este

Unde:
n

SE = Eroare standard

306 | Software CFX Maestro Dx SE

Calcularea intervalului de încredere pentru analiza grupului biologicn

GOI = Genă de interes (o țintă)n

NF = Factor de normalizarenn = Numărul de ținte de referință

Calcularea intervalului de încredere pentru analiza grupului
biologicCând realizați analize ale grupurilor biologice – parametrul Analyze Using (Analiză cu) este configurat cu
valoarea Biological Groups Only (Numai grupuri biologice) – intervalele de încredere sunt calculate
pentru cantitatea relativă și expresia normalizată relativă.
Intervalele de încredere sunt calculate pe scară logaritmică în funcție de distribuția t, utilizând următoarea
formulă:Unde:n= expresia medie a nivelurilor de expresie pe scara logaritmică a probelor din grupul biologicnSD = deviația standard a nivelurilor de expresie pe scara logaritmică a probelor din grupul biologicnn = numărul de probe din grupul biologicnt = obținut din distribuția t pe baza gradelor de libertate și nivelului alfa
Notă: Nivelul alfa poate fi setat folosind câmpul de prag pentru valoarea P din fila Graphing(Reprezentare grafică).

După ce s-au calculat intervalele de încredere, acestea sunt convertite în scara liniară și prezentate întabelul cu datele expresiei genice și graficul cu bare din fila Graphing (Reprezentare grafică).

Calculele aferente diagramei boxplot
Diagrama boxplot afișează distribuția valorilor expresiei dintr-un grup biologic, reprezentând datele subformă de cuartile. Prima și a treia cuartilă sunt reprezentate de limita inferioară și, respectiv, superioară, acasetei. Mediana este afișată ca o linie continuă de-a lungul casetei. Liniile reprezintă valorile nonaberante minime și maxime din setul de date. Valorile aberante sunt cele care depășesc prima și a treia
cuartilă cu o valoare egală cu 1,5 ori intervalul inter-cuartile.

Ghid de utilizare | 307

Anexa A Calcule Analiza datelorNotă: Dacă grupul biologic conține o singură probă, aceasta este afișată ca un cerc individual,
indicând un singur punct de date.
Următoarea diagramă boxplot demonstrează modul de reprezentare al acestor date.

LEGENDĂ
1.

Extremă. Valoarea acestei extreme este > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Notă: Plasați cursorul peste cerc pentru a vizualiza un sfat care afișează denumirea
probei și cantitatea relativă sau informații despre expresia normalizată, în funcție de modul
selectat.

2.

Demarcare valori non-aberante maxime

3.

Cuartila superioară/a treia (Q3). 75% din valorile expresiei sunt mai mici decât Q3.

4.

Mediana, sau valoarea cea mai de mijloc, a valorilor expresiei ordonate după rang

5.

Cuartila inferioară/primă (Q1). 25% din valorile expresiei sunt mai mici decât Q1.

6.

Demarcare valori non-aberante minime

7.

Extremă. Valoarea acestei extreme este < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

308 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexa B Trasee de audit
Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate creează trasee de audit pentru fișiere de date și studii
genetice (fișierele .prcd și respectiv .mgxd). Orice modificări sau acțiuni efectuate asupra datelor
securizate și a fișierelor de studiu genetic sunt memorate în traseul de audit al fișierului atunci cândfișierul este salvat.CFX Maestro Dx SE creează un traseu separat de audit pentru fiecare fișier.
Puteți alege File (Fișier)> Save (Salvare ca) și să salvați date sigure semnate sau nesemnate și fișiere destudiu genetic într-un alt folder sau cu alt nume. Noul fișier moștenește traseul de audit al fișierului
original. Traseul de audit pentru noul fișier include, de asemenea, activitatea Save As (Salvare ca).
Modificările sau acțiunile efectuate asupra noului fișier sunt memorate în propriul său traseu de audit.
Fișierul original își păstrează traseul de audit, în care este memorată activitatea suplimentară.
Evenimente verificabile de la pagina 311 listează evenimentele verificabile pe care software-ul lememorează.

Vizualizarea traseelor de audit
Fiecare traseu de audit afișează următoarele informații:nn

Audit header detail (Detalii antet audit)oFile version (Versiune fișier) - versiunea salvată a fișieruluioDate (Data) - data evenimentului verificabil curentoUser (Utilizator) - domeniul Windows și numele de utilizator al utilizatorului conectatoComment (Comentariu) - ultimul comentariu salvatoSignature (Semnătură) - semnătura electronică a ultimei persoane care a semnat dosaruloSignature reason (Motivul semnăturii) - motivul semnăturiioApplication (Aplicație) - CFX Maestro Dx SEoApplication version (Versiunea aplicației) - versiunea curentă a CFX Maestro Dx SE

oFull user (Utilizator complet) - numele complet al utilizatorului conectatoMachine (Mașină) - computerul pe care este instalat CFX Maestro Dx SE

Audit change detail (Detaliile modificării auditului)

Ghid de utilizare | 309

Anexa B Trasee de auditoObject (Obiect) - elementul care a fost schimbat (elementul auditat)o

Old value (Valoare veche) - valoarea anterioarăo

New value (Valoare nouă) - noua valoareoDescription (Descriere) - descrierea modificării

Pentru a vizualiza traseul de audituÎn fișierul de date sau studiu genic deschis, selectați View (Vizualizare)> Audit Trail (traseul
auditului). Este afișat traseul auditului fișierului.

În mod implicit, datele sunt sortate după dată și oră și toate evenimentele apar în vizualizarea
extinsă. Puteți filtra vizualizarea după numele de utilizator și obiect și puteți restrânge vizualizarea
extinsă pentru a sorta cu ușurință după orice câmp de antet. De asemenea, puteți vizualiza traseul deaudit ca un raport html.

Pentru a sorta după numele de utilizatoru

Selectați utilizatorul dorit din lista verticală User Name (Nume utilizator).

Pentru a sorta după obiectu

Selectați ținta din lista verticală Object (Obiect).

Pentru a ascunde descrierea completă a evenimenteloruFaceți clic pe Collapse All (Restrângeți totul).

310 | Software CFX Maestro Dx SE

Evenimente verificabile

Pentru a sorta datele în tabelul cu detalii de modificareuFaceți clic pe simbolul diamantului din antetul coloanei de date pentru a efectua o sortare
crescătoare (de la A la Z, de la cel mai mic la cel mai mare sau de la cel mai vechi la cel mai recent).

Pentru a imprima traseul de audit1.

Faceți clic pe HTML Report (Raport HTML) pentru a afișa traseul de audit într-un browser web.

2.

În fereastra browserului, efectuați una dintre următoarele acțiuni:nSelectați File (Fișier)> Print (Imprimare).

nFaceți clic dreapta pe raport și selectați Print (Imprimare).

Evenimente verificabile
CFX Maestro Dx SE reține următoarele evenimente verificabile în fișiere de date și de studii a genelor.

Evenimente verificabile în timpul funcționării
n

Ora de pornirenModificări ale plăcilor procesatenModificări ale protocolului de procesarenOra de finalizare

Evenimente verificabile la crearea unui fișier de datenFișier de date creatnCitiri interpolate de plăci adăugate de sistem

Evenimente verificabile la salvarea unui fișier de daten

Aspecte generaleoDenumireoSigning (Semnare)oPlate Setup (Configurație placă)o

Display Wells (Afișare godeuri)oAnalyzed fluorophores (Fluorofori analizați)oPlate edits (Modificări ale plăcii)oAnalysis mode (Mod Analiză)Ghid de utilizare | 311

Anexa B Trasee de audit

o
n

n

n

n

n

PCR Active Well Group (Grup de godeuri active PCR)

Fila Quantification (Cuantificare)oActive step (Pas activ)oSettings (Setări) - C q Determination mode (Mod determinare)oSettings — Baseline Setting Setări — (Setarea nivelului de referință)oDrift correction applied (Corecția derivației aplicată)o

Settings — Cycles to Analyze (Setări — Cicluri de analizat)oSettings — Analysis Mode (Setări — Mod Analiză)o

Settings — Baseline Threshold (Setări — Pragul nivelului de referință)Fila Melt Curve (Curbă de topire)oActive step (Pas activ)oPeak type displayed (Tipul de vârf afișat)oPeak analysis threshold (Pragul de analiză de vârf)

Fila End Point (Momentul final)oActive fluorophore/target (Fluorofor activ/țintă)o

End cycles to average (Cicluri finalizate până la medie)oTolerance calculation method (Metoda de calcul a toleranței)oPercentage of range (Procentul intervalului)Fila Allelic Discrimination (Discriminare alelică)o

X- and Y-axis fluorophore (Fluorofor pe axa X și Y)o

Select cycle number (Selectați numărul ciclului)oView call map (Vizualizați harta apelurilor)

Fila Gene Expression (Expresie genică) - All plots (Toate punctele)oExperiment Settings (Setări experiment) - Target reference (Referință țintă)oExperiment Settings (Setări experiment) - Sample control (Controlul probei)oExperiment Settings (Setări experiment) - Auto efficiency (Eficiență automată)oExperiment Settings (Setări experiment) - Efficiency (Eficiență)312 | Software CFX Maestro Dx SE

Evenimente verificabile

n

n

n

n

Fila Gene Expression (Expresie genică) - Graphing (Prezentare grafică)oAnalysis mode (Mod Analiză)oGraph data (Datele graficului)oX-axis (Axa X)oY-axis (Axa Y)oScaling option (Opțiune de scalare)oError bar (Bară de erori)oError bar multiplier (Multiplicator bară de erori)oP-value threshold (Prag valoare P)

Fila Expresie genică - Clustergram (Grafic grupat)oCluster By (Grupare după)oSplit out replicates (Împărțire replicate)

Fila Gene Expression (Expresie genică) - Scatter Plot (Corelogramă)oControl biological group (Grup biologic de control)oExperimental biological group (Grup biologic experimental)oFold change threshold (Pragul factorului de modificare)

Fila Gene Expression (Expresie genică) - ANOVAonnP-value threshold (Prag valoare P)

Plate Setup (Configurație placă) - View/Edit Plate (Vizualizare/Editare placă)o

Settings (Setări) - PlateType (Tip placă)o

Settings (Setări) - Units (Unități)o

Editing Tools (Instrumente de editare) - Flip Plate (Placă de răsturnare)oWell groups (Grupuri de godeuri)oPlate fluorophores (Fluorofori din plăci)Plate Setup (Configurația plăcii) - Replace Plate and Apply PrimePCR File (Înlocuiți placa și aplicați
fișierul PrimePCR)oPlate Setup Import (Importarea configurației plăcilor)

Ghid de utilizare | 313

Anexa B Trasee de audit

Audit Changes for Gene Study Files (Modificări de audit pentru fișierele de studiu
genic)
Aspecte generalenDenumirenFila Study Setup (Configurare studiu)onAdd/Remove data files (Adăugați/eliminați fișiere de date)

Fila Study Analysis (Analiză studiu)

314 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexa C Integrare LIMS
Puteți configura Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate pentru utilizarea cu un sistem demanagement al informațiilor din laborator (LIMS). Pentru integrarea LIMS, CFX Maestro Dx SE necesită
informații pentru configurația plăcii generate de platforma LIMS (un fișier LIMS, *.plrn), un fișier deprotocol creat folosind CFX Maestro Dx SE (*.prcl), o locație definită pentru exportarea datelor și unformat de exportare definit.
După finalizarea rulării, CFX Maestro Dx SE generează un fișier de date (.pcrd) și îl salvează într-o locație
de folder de export de date definită. CFX Maestro Dx SE poate crea, de asemenea, un fișier de datecompatibil LIMS în format .csv și îl poate salva în aceeași locație.

Crearea de fișiere de date compatibile cu LIMS
Această anexă explică modul în care puteți configura CFX Maestro Dx SE pentru a crea, salva și exportafișiere de date compatibile cu LIMS.

Configurarea folderului LIMS și a opțiunilor de exportare a datelor
Implicit, CFX Maestro Dx SE salvează protocoalele LIMS, fișierele LIMS și fișierele de exportare a datelorîn acest folder:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMSPuteți configura CFX Maestro Dx SE să salveze fișiere într-un alt folder și puteți schimba opțiunile deexportare pentru date LIMS.

Pentru a configura un folder LIMS și opțiunile de exportare a datelor1.

Din fereastra Home (Pagină de pornire), selectați Tools > Options (Instrumente > Opțiuni).

2.

În caseta de dialog Options (Opțiuni), selectați Data Export Settings (Setări exportare date).

Ghid de utilizare | 315

Anexa C Integrare LIMS

3.

(Opțional) Selectați Automatically Export LIMS data at end of run (Exportare automată date LIMS lasfârșitul rulării).
Software-ul va exporta automat date LIMS după fiecare rulare și le va salva în locația specificată.

4.

Pentru a schimba opțiunile de exportare implicite pentru date LIMS, faceți clic pe LIMS Data Export
Settings (Setări exportare date LIMS).
Important: Numai datele LIMS exportate ca fișier .csv pot fi importate înapoi în CFX Maestro Dx
SE.

5.

În caseta de dialog LIMS Data Export Format Settings (Setări format exportare date LIMS), selectați
opțiunile de exportare necesare și faceți clic pe OK.

6.

În caseta de dialog Options (Opțiuni), navigați la și selectați un folder implicit în care doriți să salvați
fișierele de date LIMS. Puteți selecta un loc diferit pentru fiecare tip de fișier:7.

nProtocolnFișier LIMSn

Data export (Exportare date)Faceți clic pe OK pentru a salva modificările și a închide caseta de dialog Options (Opțiuni).

316 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea de fișiere de date compatibile cu LIMS

Crearea unui protocol LIMS
Pentru a iniția o rulare LIMS, creați un fișier protocol (*.prcl) CFX Maestro Dx SE și salvați-l în folderul deprotocol LIMS desemnat.
Consultați Capitolul 7, Crearea de protocoale pentru mai multe informații.

Crearea unui fișier LIMS
Un fișier LIMS (*.plrn) conține detaliile configurației plăcii și denumirea fișierului de protocol. Acest fișier
este generat de LIMS-ul dvs. intern. CFX Maestro Dx SE folosește fișierul LIMS pentru a crea un fișier
placă care să fie utilizat cu un fișier al unui protocol.
CFX Maestro Dx SE oferă două fișiere matriță de import a plăcii, pe care le puteți edita pentru a creafișiere placă LIMS personalizate.
Sfat: Această sarcină trebuie realizată de un specialist LIMS.

Pentru a crea un fișier LIMS1.

În fereastra Home (Pagină de pornire), selectați View > Show > LIMS File Folder (Vizualizare >Afișare > Folder fișier LIMS).

2.

Deschideți folderul LIMS Templates (Matrițe LIMS) și selectați un fișier .csv pe care să-l importați în
unitatea LIMS internă.

3.

Cu ajutorul LIMS, editați fișierul matriță completând câmpurile obligatorii listate în Tabelul 38.

4.

Urmați una dintre procedurile următoare:nPentru a salva modificările pentru o utilizare viitoare, salvați fișierul ca fișier .csv.

nPentru a salva modificările și a utiliza fișierul imediat, salvați fișierul cu extensia .plrn.

nSalvați matrița cu extensia .plrn în folderul cu fișiere LIMS.

Important: CFX Maestro Dx SE poate deschide doar fișierul .plrn. Trebuie să salvați fișierul .csv
ca .plrn pentru a putea să inițiați rularea LIMS.

Ghid de utilizare | 317

Anexa C Integrare LIMS

Tabelul 38. Definirea conținutului unui fișier LIMS .csv

Coloană

Rox(Rând)

Descriere

Content(Conținut)

Purpose(Scop)

A

1

Plate header (Antet placă)Nu editați

Predefinit

A,B,C

2

Field/Data/Instruction

Nu editați

Predefinit(Câmp/Date/Instrucțiuni)
B

3

Versiunea

Nu editați

PredefinitB

4Dimensiune placă

Nu editați

PredefinitB

5

Tip de placă

Introduceți „BR

Obligatoriu

White” (BR Alb), „BR
Clear” (BRTransparent) sau alt
tip de plăci calibrateB

6

Mod de scanare

Introduceți„SYBR/FAM Only:”(Doar SYBR/FAM),„All Channels” (Toate
canalele) sau „FRET”

318 | Software CFX Maestro Dx SE

Obligatoriu

Crearea de fișiere de date compatibile cu LIMS

Tabelul 38. Definirea conținutului unui fișier LIMS .csv, continuare

Coloană
B

Rox(Rând)
7

Descriere

Content(Conținut)

Purpose(Scop)

Unități

Introduceți una dintre

Obligatoriuurmătoarele „copy
number” (număr
copie), „fold dilution”(factor diluție),„micromoles”(micromoli),„nanomoles”(nanomoli),„picomoles”(picomoli),„femtomoles”(femtomoli),„attomoles” (atomoli),„milligrams”(miligrame),„micrograms”(micrograme),„nanograms”(nanograme),„picograms”(picograme),„femtograms”(femtograme),„attograms”(atograme) sau„percent” (procent)B

8

ID rulare

Introduceți o scurtă

Opțional

descriere sau un codde bare care să
identifice această
rulare (maximum 30
de caractere,virgulele nu suntpermise)Ghid de utilizare | 319

Anexa C Integrare LIMS

Tabelul 38. Definirea conținutului unui fișier LIMS .csv, continuare

Coloană
B

Rox(Rând)

Descriere

Content(Conținut)

Purpose(Scop)

9Note rulare

Introduceți

Opțional

descrierea rulării
B

10

Protocol rulare

Introduceți numele

Obligatoriufișierului de protocol
exact cum apare înlistă.
A

11Fișier de date

Introduceți numeleOpționalfișierului de date
A

12-15

A

16

A

17-113B-GRămâne de discutat/Gol

Nu editați

Predefinit

Date placă

Nu editați

PredefinitPoziția godeului

Nu editați

Predefinit

Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3

Introduceți un numeObligatoriu

Dye, Ch4 Dye, Ch5 Dye,de colorant calibrat

FRET (Colorant canal1,(de exemplu, „FAM”)

Colorant canal2, Colorantpentru fiecare canal

canal3, Colorant canal4,

utilizat

Colorant canal5, FRET)
H

Tipul de probă

Introduceți unul dintre

Obligatoriuurmătoarele tipuri deprobe: „Unknown”(Necunoscută),„Standard”, „Positive
Control” (Control
pozitiv), „Negative
Control” (Control
negativ), „NTC” sau„NRT”
I

Denumire probă

Introduceți
denumirea probei

320 | Software CFX Maestro Dx SEOpționalCrearea de fișiere de date compatibile cu LIMS

Tabelul 38. Definirea conținutului unui fișier LIMS .csv, continuare

Coloană
J-O

Rox(Rând)

Descriere

Content(Conținut)

Purpose(Scop)

CH1 Target, CH2 Target,

Introduceți

Opțional

CH3 Target, CH4 Target,

denumirea țintei

CH5 Target, FRET Target

pentru fiecare canal(Țintă CH, Țintă CH, Țintă

utilizatCH, Țintă CH, Țintă CH,Țintă FRET)
P

Numele colecției

Introduceți

Opțional

denumirea setului
biologic
Q

Replicat

Introduceți un întregOpțional

pozitiv pentru fiecare
set de replicate.
Valoarea nu poate fi
zero.
R-W

CH1 Quantity, CH2

Introduceți cantitatea

Obligatoriu

Quantity, CH3 Quantity,

valorilor pentru

pentru toate

CH4 Quantity, CH5oricare standard.

standardele

Quantity, FRET Quantity

Introduceți

(Cantitate C1, Cantitate C2,

concentrația sub

Cantitate C3, Cantitate C4,formă de număr

Cantitate C5, Cantitate

zecimal.

FRET)

Ghid de utilizare | 321

Anexa C Integrare LIMS

Tabelul 38. Definirea conținutului unui fișier LIMS .csv, continuare

Coloană

Rox(Rând)

X

Descriere

Content(Conținut)

Purpose(Scop)

Notă godeu

Introduceți o notăOpțional

pentru godeu(maximum 20 decaractere)Notă: DeșiCFX Maestro Dx
SE are o limită
de 20 decaractere atunci
când introduceți
note în Well
Note prinintermediul
software-ului,
câmpul Well
Note poateconține până la
500 de caracteredacă este inclus
într-un fișier .plrn
importat. Cu
toate acestea,
CFX Maestro Dx
SE va afișa doarprimele 20 decaractere.
Fișierul .pcrd
exportat va
conține toate
caracterele în
câmpul Well
Note, nu sepierd date.

322 | Software CFX Maestro Dx SE

Crearea de fișiere de date compatibile cu LIMS

Tabelul 38. Definirea conținutului unui fișier LIMS .csv, continuare

Coloană

Rox(Rând)Y-AD

Descriere

Content(Conținut)

Purpose(Scop)

Ch1 Well Color, Ch2 Well

Introduceți oriceOpțional

Color, Ch3 Well Color, Ch4

culoare de stil deWell Color, Ch5 Well Color,urmă definită de

FRET Well Color (Culoare

utilizator în format

godeu C1, Culoare godeu

zecimal întreg pe 32

C2, Culoare godeu C3,biți (argb)

Culoare godeu C4, Culoare
godeu C5, Culoare godeu
FRET)Inițierea unei rulări LIMS
Pentru a iniția o rulare LIMS
1.

Urmați una dintre procedurile următoare pentru a deschide un fișier LIMS .plrn:nÎn fereastra Home (Pagină de pornire), selectați View > Show > LIMS File Folder (Vizualizare >Afișare > Folder fișier LIMS) și deschideți fișierul .plrn țintă.

nÎn fereastra Home (Pagină de pornire), selectați File > Open > LIMS File (Fișier > Deschidere >Fișier LIMS) și deschideți fișierul .plrn țintă.

Fișierul se deschide în fila Start Run (Începere rulare) din expertul Run Setup (Configurare rulare).
Fila Start Run (Începere rulare) afișează informații despre experimentul care urmează a fi rulat.
Aceasta afișează, de asemenea, blocul sau blocurile instrumentului conectat pe care puteți rulaexperimentul.
2.

În fila Start Run (Începere rulare), selectați un instrument și faceți clic pe Start Run (Începere rulare).

Ghid de utilizare | 323

Anexa C Integrare LIMS

Exportarea datelor către un sistem LIMS
La finalizarea rulării, CFX Maestro Dx SE generează un fișier de date (.pcrd) și îl salvează în locul definit
al folderului de exportare a datelor.

Pentru a exporta fișierul de date către un sistem LIMSuDeschideți fișierul .pcrd și selectați Export > Export to LIMS Folder (Export > Exportare către folder
LIMS).

Sfat: Dacă selectați Automatically Export Data after Run (Exportare automată date după rulare) în
LIMS Options (Opțiuni LIMS), CFX Maestro Dx SE creează un fișier compatibil cu LIMS în format.csv și îl salvează în același folder.

324 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexa D Depanarea software-ului Software-ul
CFX Dx Maestro, ediția de securitate
Această anexă oferă sugestii pentru depanarea problemelor pe care le-ați putea întâlni în timp ce se
actualizează sau rulează Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate.

Listă de permisiuni pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția
de securitate Fișiere și foldere
Pentru a vă proteja împotriva virușilor și a programelor malware, este posibil ca departamentul dvs. IT săfi implementat măsuri de securitate software foarte stricte. Aceste măsuri ar putea afecta timpul deactualizare sau de execuție a CFX Maestro Dx SE.
Pentru a îmbunătăți performanța CFX Maestro Dx SE, Bio-Rad recomandă departamentului IT să
introducă în lista de permisiuni din setările Firewall ale software-ului antivirus instalat pe computerul
CFX Maestro Dx SE următoarele fișiere și foldere:

FolderenC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

FișierenToate fișierele .exe aflate în folderul C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX _MDxnR.exe și Rscript.exe (aflate în folderul C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX _MDx\R\R-3.3.1\bin)Ghid de utilizare | 325

Anexa D Depanarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Jurnalul aplicației
Înainte de a începe o nouă rulare, sistemul CFX Opus Dx inițiază un test de auto-diagnosticare pentru a
verifica dacă rulează în conformitate cu specificațiile. Software-ul înregistrează rezultatele acestui test înfișierul Run Log (Jurnalul rulării) și Application Log (Jurnalul aplicației). Dacă observați o problemă la unulsau mai multe experimente, deschideți jurnalele rulării și aplicației pentru a descoperi când a început
problema.
CFX Maestro Dx SE Dx urmărește informații despre starea unui instrument în timpul unei rulări în
Application Log (Jurnalul aplicației). Folosiți aceste jurnale pentru a monitoriza evenimentele produse în
cazul instrumentelor și software-ului și pentru a le depana.

Pentru a deschide Application Log (Jurnalul aplicației)u

Din fereastra Home (Pagină de pornire), selectați View > Application Log (Vizualizare > Jurnalul
aplicației).

Pentru a vedea Application Log (Jurnalul aplicației) ca fișier HTML, faceți clic pe butonul HTML
Report (Raport HTML).

326 | Software CFX Maestro Dx SE

Depanare

Extragerea fișierelor jurnal de aplicație și firmware
Jurnalele de aplicație și firmware conțin informații care detaliază acțiunile efectuate în timpul utilizării
software-ului și performanța rulărilor. Aceste jurnale înregistrează, de asemenea, orice erori de software
sau firmware care apar în timpul funcționării software-ului sau instrumentului.

Pentru a accesa fișierele jurnal de aplicație și firmware:1.

În panoul Detected Instruments (Instrumente detectate), faceți clic dreapta pe instrument.

2.

Selectați Retrieve Log Files (Extragere fișiere jurnal).

3.

În caseta de dialog Browse for folder (Căutare folder), selectați folderul de destinație din rețea sau ounitate locală pe care doriți să salvați fișierele jurnal.
Notă: Fișierul este intitulat "Logs."

4.

Faceți clic pe OK pentru a salva fișierele.
Important: Salvarea unui fișier jurnal cu același nume de fișier ca un fișier jurnal existent va
suprascrie fișierul jurnal existent.

Depanare
De obicei, problemele de comunicare ale software-ului și instrumentului pot fi rezolvate prin repornirea
computerului dvs. și a sistemului. Asigurați-vă că ați salvat lucrul în desfășurare înainte de repornire.
Notă: Verificați dacă computerul dvs. are suficient RAM și spațiu liber pe disc. Memoria RAM minimă
este de 4 GB, iar spațiul minim pe disc este de 128 GB.

Pană de curent
În caz de pană de curent, instrumentul și computerul se vor închide. Dacă pana de curent este scurtă,instrumentul va relua rularea unui protocol, dar Application Log (Jurnalul aplicației) va nota pana decurent. În funcție de setările computerului și durata de timp pentru care este oprită alimentarea electrică,instrumentul și software-ul încearcă să continue să ruleze în funcție de pasul protocolului:nDacă protocolul este într-un pas fără nicio citire de placă, protocolul rulează în continuare de îndată
ce instrumentul este din nou alimentat cu energie.

nDacă protocolul este într-un pas cu o citire de placă, instrumentul așteaptă ca software-ul sărepornească și să reia comunicarea pentru a colecta datele. În această situație, protocolul continuă
numai dacă software-ul nu este oprit de computer. Atunci când computerul și software-ul pornesc dinnou, protocolul continuă.

Ghid de utilizare | 327

Anexa D Depanarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate

Transferarea fișierelor în computerul CFX Maestro Dx SEPuteți transfera date și fișiere jurnal situate pe instrument pe hard disk-ul unui computer CFX Maestro Dx
SE atașat.
Sfat: Toate fișierele din folderul cu date în timp real din baza instrumentului sunt preluate în
computer.
Notă: Din instrumentele CFX Opus Dx, puteți transfera numai fișiere jurnal. Toate fișierele jurnal depe instrument sunt transferate pe computer.

Pentru a prelua fișiere din instrument1.

În panoul Detected Instruments (Instrumente detectate) din fereastra Home (Pagină de pornire),faceți clic dreapta pe instrumentul țintă și selectați Retrieve Log Files.

2.

Alegeți locația folderului în care să salvați fișierele preluate.

3.

Faceți clic pe OK.

Instalarea manuală a software-ului Software-ul CFX Dx Maestro,ediția de securitate
Pentru a instala manual CFX Maestro Dx SE
1.

Dacă este necesar, deconectați orice instrumente conectate de la computer.
Localizați și deconectați cablul USB al instrumentului de la computerul CFX Maestro Dx SE. Capătul
introdus în instrument poate să rămână în poziție.

2.

Autentificați-vă pe computerul CFX Maestro Dx SE cu drepturi de administrator.

3.

Introduceți unitatea USB cu CFX Maestro Dx SE în portul USB al computerului.

4.

În Windows Explorer, navigați la și deschideți unitatea USB cu CFX Maestro Dx SE.

5.

Deschideți folderul CFX și faceți dublu clic pe CFXMaestro Dx Setup.exe pentru a instala
CFX Maestro Dx SE.

6.

Urmați instrucțiunile de pe ecran pentru a instala software-ul.
La finalizare, ecranul de pornire pentru Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate Bio-Rad
apare pe ecranul computerului, iar pictograma cu Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate
Bio-Rad apare pe desktop.

7.

Îndepărtați în siguranță unitatea USB cu software-ul și inițializați CFX Maestro Dx SE.

328 | Software CFX Maestro Dx SE

Depanare

Reinstalarea driverelor
Pentru a reinstala driverele instrumentuluiu

Din fereastra Home (Pagină de pornire), selectați Tools > Reinstall Instrument Drivers (Instrumente >Reinstalare drivere instrument).

Notă: Dacă aveți probleme cu comunicarea dintre software și sistemul în timp real după ce ați
reinstalat driverele și ați verificat conexiunea USB, contactați serviciul de asistență tehnică Bio-Rad.

Ghid de utilizare | 329

Anexa D Depanarea software-ului Software-ul CFX Dx Maestro, ediția de securitate330 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices
for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Ghid de utilizare | 331

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

332 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Ghid de utilizare | 333

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

334 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Ghid de utilizare | 335

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

336 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andGhid de utilizare | 337

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the338 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Ghid de utilizare | 339

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this340 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Ghid de utilizare | 341

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

342 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Ghid de utilizare | 343

Anexa E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products344 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexa F Bibliografie
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3,746–3,750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2,002–2,007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2nd ed (New York:SAGE Publications, Inc.).

Minpack Copyright Notice (1999) University of Chicago. Toate drepturile rezervate
Redistribuirea și utilizarea în forma sursă și binară, cu sau fără modificare, sunt permise cu îndeplinireaurmătoarelor condiții:1.

Redistribuirile codului sursă trebuie să păstreze notificarea privind drepturile de utilizator de mai sus,
această listă de condiții și următoarea exonerare de răspundere.

2.

Redistribuirile în formă binară trebuie să reproducă notificarea privind drepturile de autor de mai sus,
această listă de condiții și următoarea exonerare de răspundere în documentația și/sau celelaltemateriale furnizate împreună cu distribuirea.

3.

Documentația pentru utilizatorul final inclusă cu redistribuirea, dacă există, trebuie să includă
următoarea recunoaștere:„Acest produs include software dezvoltat de Universitatea din Chicago, ca Operator al LaboratoruluiNațional Argonne.”

Ghid de utilizare | 345

Anexa F Bibliografie

346 | Software CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547
Bio-Rad3, bd. Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Franța
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135643 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122