平成 26 年度（2014）第二回 GBIF 日本ノード運営委員会議事録
2015.3.27 福田
日時：平成 27 年 3 月 24 日（火） 13:00－15:00
場所：国立科学博物館 上野本館 大会議室
出席者：伊藤、大久保、大澤、大原、城石、中山、星、細矢、松浦、三橋、山﨑（剛）、山崎（由）の各委員
オブザーバー：
岸本 圭子

東京大学大学院 総合文化研究科・研究員

髙久 宏佑

環境省自然環境局生物多様性センター 生態系監視科 主任技術専門員

戸津 久美子 国立環境研究所 生物・生態系環境研究センター・高度技能専門員
神保 宇嗣

国立科学博物館 動物研究部 陸上無脊椎動物研究グループ・研究員

中江 雅典

国立科学博物館 動物研究部 脊椎動物研究グループ・研究員

海老原 淳

国立科学博物館 植物研究部 陸上植物研究グループ・研究員

福田 知子

国立科学博物館 植物研究部・支援研究員

欠席者：

小池、多田内、藤倉、山野（以上委任状あり）、柴崎、の各委員

開会あいさつ、出席委員の確認により会議の成立確認。前回の議事録案の承認。
【１】各機関の活動報告
国立科学博物館（細矢）1. ワークショップ 21 世紀の生物多様性研究（通算第 9 回）
「日本と世界の生物多様性情報学の現状と展望」を開催し、GBIO の内容の解説を行った（2014 年 12 月 13 日）。
2. 第 24 回自然史標本情報の発信に関する研究会を西日本自然史系博物館ネットワークと共同で開催した（2015 年 2 月 2 日）。
3. S-Net の「自然史標本情報検索システム」の参加機関数・データ件数を報告した（71 館、約362 万件（2015 月 3 月 16 日現在）。
4. 標本の全国コレクションデータ調査の結果の暫定的なリンクの場所を紹介した。
5. 研究員・学芸員データベースの状況を報告した（484 名。2015 月 3 月 16 日現在）。
6. S-Net の普及に関する講習会（弘前大学：2015 年 2 月 13 日）、と講演（全国科学博物館協議会総会、札幌市青少年科学館：2015 年 2 月 26 日）を実施した。
7. GBIF の生物多様性情報指針（GBIO）の翻訳（改訂）版の配布・説明を行った。
8. S-Net のパンフレットを作成準備中である。
東京大学（伊藤）1. 生物多様性情報の国際標準化対応
第 21 回理事国会議・執行委員会に出席（2014 年 9 月 15~19 日、インド・ニューデリー）、COP12における AP-BON 関係集会（10 月 9 日〜12 日、平昌、韓国）、AP-BON ワークショップ（仁川、韓国）に参加・発表し、生物多様性情報の標準化およびデータベース化についての議論を行った。
1

2. 種名目録を出版した（ハエ目の日本産種 124 科 7658 種の学名・和名）。
3. 生物分布情報（文献、生物多様性センターの観察情報等）の公開を準備中である。
4. 種情報システムと DNA バーコードシステムを構築している。
国立遺伝学研究所（山崎由）
1.

JBIF サイトに各種ドキュメントページを追加し、重要な GBIF ドキュメントへのリンクと和訳版を掲載し、トップページから直接アクセスできるようにした。
2.

IPT2.2 テスト版和訳を終了した（GBIF が用意した crowdin を利用）。

3. GBIF のニュースレターの和訳および e-book を継続公開している（WG）。
4.

GBIF へのデータ登録を行った。

5.

バーコードオブライフデータを用いた生物種同定システムのデータを更新した（2015 年 2 月6 日）＜質疑＞①JBIF ポータルサイトにはどれぐらいアクセスがあるか？
●3,000 件/月前後で安定したアクセスがある。
②GBIF に対して日本のポータルサイトから検索する理由は何か？
●日本語で説明があり、使いやすいため。和名辞書に入っている学名については和名で検索も可能である。
③誰がアクセスしたか、どのデータがアクセスされたかについて、どこまでわかるか？
●GBIF の country report を見れば、アクセスの詳細が分かる。データセットごとに DOI がついているので引用件数もわかるし、アクセスした人についても IP アドレスで見当がつけられる。
④データセットの利用者の割合はどうなっているか？
●IP アドレスを見ると約半分が生物・環境関係の研究者、2－3 割が政府関係者で一般（野鳥関係？）のアクセスもあるようである。
ワーキンググループ（細矢）1. サイエンスミュージアムネットおよび GBIF へのデータ提供を促すための普及活動を青森県弘前市（弘前大）、北海道札幌市（全科協の機会）にて行った。
2. 地球規模生物多様性情報概況（原訳版）の翻訳を見直し、読みやすく改訂するとともに、解説記事などを収録した改訳版を出版し、ワークショップ（2015/12/13）を開催した。
3. Japan Museum Bioinformatics (“Museomics”) Working Group 集会（3/17）に参加。
4. 国立科学博物館の GBIF 公開サーバマシンの更新、およびデータ提供ソフトウェアの IPT への移行をおこなっている。
5. アジア地域絶滅危惧種・侵略的外来種リスト統合について台湾ノードと共同して作業中。
6. GBIF 事務局で開催された GBIF の中期計画の立案に関しての会合に参加（細矢）。同時に開催された Node Steering Group の会合に参加、意見交換を行った。
＜質疑＞①メタデータを受け付ける時、学名が入っていなくても大丈夫か？
2

●MIxS というデータ形式にのっとっていれば、学名がなくても大丈夫とのことだった。
【2】各機関の活動計画
国立科学博物館（細矢）
1. 恒例の研究会等を行い、自然史標本情報の意義と利用について発信する。
2. 引き続きサイエンスミュージアム・ネット（S-Net）のデータ拡充を行う。
3. 標本のコレクションデータ・データベース作成につき、提供のない館に呼びかける。
4. 引き続き学芸員情報を収集し、学芸員の異動の把握、研究者リソース収集に努める。
5. S-Net 説明会を各地でおこない、GBIF の生物多様性情報指針（GBIO）について広報活動を行う。特に、データ収集のための仕組みづくりの一環として事例収集に取り組む。
＜コメント＞① S-Net の生物群ごとのデータの内訳などがわかるとよい（松浦）。
東京大学（伊藤）1.

生物多様性情報の国際標準化対応

2. 種名目録の出版の継続
3. 生物分布情報（文献、生物多様性センターの観察情報等）収集
4. 種情報システムと DNA バーコードシステム構築＜質疑＞①環境省のいきものログのデータは、東大でクリーニングをしているということだが、東大で和名・学名の標準化をすることで、いきものログと GBIF の名前が一致しなくなるという問題もある。多様性センターから直接 GBIF にデータを渡せないのか？
●いきものログのデータは質的には問題ないが、形式上、DwC 形式に合っていない項目があるので、東大に頼んでいる。また、現在、以前の DwC 形式になっていないデータも、DwC 形式にしていきものログに入れている所。
②日本のデータのうち、多様性センターのデータの割合はどのくらいになるか？
●最終的には 1-2 割になると思われる。ただ、山階鳥研の標識データが 550 万件あり、日本野鳥の会のデータはさらに膨大なので、将来それらを入れると多様性センターの割合はかなり減少する。
③データはデータペーパーにすれば引用してもらえるのではないか？
●データ公開については、現場のボランティアの同意を得るのが非常に大変である。データの使用をオープンにすること以外に、環境省・山階など事業管轄者の切り分けが難しく、どこの許可・同意が必要かが不明な事も問題。研究者がデータを勝手に使用したことへの反感も高い。ただ、モニタリング 1000 事業の成功例があり、データを公開して保全に活かすことに対する理解が出来つつある。
国立遺伝学研究所（山崎由）
1.

サーバーマシンの Retina チェック、WAF（Web Application Firewall）、Sonic Wall による
3

監視下で安定運用を継続。バーコードオブライフデータを用いた生物種同定システムのサーバマ
シンを移設.
2. 国際 GBIF サイトのリニューアル版に対応したチュートリアルを作成（WG）
3.

国際 GBIF のニュースレターの和訳および e-book の公開を継続（WG）

4. GBIF へのデータ登録 (NBRP リソースのデータを登録・公開)
5. GBIF 日本ノードの検索サイト（東大・遺伝研の英語版標本・観察データベース）とS-Net（科博の日本語版標本・観察データベース）経由 GBIF データとの統合（WG）
6. 和名辞書の更新
ワーキンググループ（細矢）1. GBIF ワークショップ・研究会について（6 月、2 月の研究会、12 月のワークショップ）
2. GBIF（S-Net）データ利用の推進と、利用例の収集
3. GBIF アジア会合
4. S-Net 説明会への協力＜質疑＞①標本データを GBIF に送る前に S-Net を経由するのはなぜか？
●S-Net を経由しているわけではなく、S-Net と GBIF の両方に送っている。
②GBIF では観察情報が多く、政策立案などに使われているが、S-Net では標本しか扱っておらず、日本のデータには観察データが少ない。観察データをもっと出せるようにしたい。
●観察データについては東大で扱っているので情報があったらいただきたい。
●S-Net の当初の話し合いでは、まず、博物館でしか出せない情報を出そう、ということから標本情報に限ることになった、といういきさつがある。
●まず、観察データをどう扱うかについて野鳥の会・いきものログなどの間で話し合いの場を設ける必要がある。特に同定の担保が問題である。編集・クリーニングの責任の所在を明確にし、ガイドラインをつくるべき。
●山階鳥研のデータはいきものログに出してもらうとよい。いきものログでは地元のリサーチャーが直接アクセスできるように、使いやすさを重視している。
③日本の多様性データは GBIF、JAMSTEC、国交省など、多すぎるので整理が必要。
●日本の生物多様性データはどのように統合できるかを話し合う機会があるとよいと考えている。
以上

4