Echtzeit-PCR-Systeme

CFX Maestro Dx SE Software
12014330
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12016687
Revision der Anleitung: Mai 2022
Revision der Software: 2.3

Benutzerhandbuch
Version 2.3

CFX Maestro Dx Software, Security
EditionBedienungsanleitung
Version 2.3

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EvaGreen ist eine Marke von Biotium, Inc.
Alle hier verwendeten Marken sind Eigentum ihres jeweiligen Eigentümers.
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Verwendungszweck

Verwendungszweck
Das Echtzeit-PCR-System CFX Opus Dx™ mit CFX Maestro Dx Software, Security EditionTM soll eine
Fluoreszenz-basierte PCR durchführen, um Nukleinsäuresequenzen nachzuweisen und zu
quantifizieren. Das System und die Software sind für die In-vitro-Diagnostik durch ausgebildete
Labortechniker vorgesehen. Die Systeme sind für die Verwendung mit Nukleinsäuretests von Dritten
vorgesehen, die zu Diagnostikzwecken hergestellt und für diese gekennzeichnet sind.

Symbollexikon

Hersteller

Chargennummer

Verwendung durch

Für In-vitro-Diagnostik

Temperaturgrenze

Katalognummer

Gebrauchsanweisung
beachtenAnzahl der Tests

Zum Gebrauch mit

Seriennummer

Benutzerhandbuch | iii

Nurverschreibungspflichtig

Enthält Latex

CE-Kennzeichnung Verordnung(EU) 2017/746 IVDRÜbersetzungen
Produktdokumente können in weiteren Sprachen auf elektronischen Medien bereitgestellt werden.

iv | CFX Maestro Dx SE Software

Revisionsverlauf

Revisionsverlauf
Dokument

Datum

Beschreibung der Änderung

CFX Maestro Dx Software,

Dezember 2020

Ver. A, ErstveröffentlichungMai 2022n Aktualisiert, um CFX Opus Deepwell Dx zu

Security Edition
Benutzerhandbuch, 2.0(Doc ID #10000135549)
CFX Maestro Dx Software,
Security Edition

unterstützen

Benutzerhandbuch, 2.3

n Überarbeitete Symbollexikon-Tabelle(Doc ID #10000135549)

n Hinweis zur Cybersicherheit zur Einleitung
hinzugefügt

Benutzerhandbuch | v

vi | CFX Maestro Dx SE Software

Inhaltsverzeichnis
Verwendungszweckiii

SymbollexikoniiiÜbersetzungeniv

Revisionsverlaufv

Sicherheit und Einhaltung von Normen

17

Sicherheitswarnkennzeichen

17

Sicherheit und Einhaltung von Normen

19

Sicherheitskonformität

19

Elektromagnetische Verträglichkeit (EMV)20

EMV-Warnungen und -Hinweise

20

Umgebungsbedingungen

22

Gefährdungen23

Biologische Gefährdungen23

Chemische Gefahren

25

Explosions- oder Brandgefahr

25

Elektrische Gefährdungen

26

Transport

26

Batterie

26

Entsorgung

26

Gewährleistung

26

Kapitel 1 Einleitung

29

Hauptfunktionen der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

31

Mehr erfahren

31

Kapitel 2 Installieren der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

33

Systemanforderungen

34

Installation der CFX Maestro Dx SE-Software

36

Erkennung verbundener Geräte
Softwaredateien

38
39

Benutzerhandbuch | vii

Inhaltsverzeichnis

Kapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzerkonten verwalten

41

Starten der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

42

Hinzufügen von Microsoft-Windows-Benutzern zu dem Computer mit der CFX Maestro Dx
Software, Security Edition

44

Hinzufügen und Entfernen von CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzern

46

Verwalten von Benutzerrollen in der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

47

Anzeigen Ihrer Rolle und Ihrer BerechtigungenKapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Sichere Dateien

Kapitel 5 Der Arbeitsbereich

48

51
51

63

Die Startseite

64

Der „Startup Wizard“ (Startassistent)

65

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

66

Das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor)

67

Das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

68

Kapitel 6 Die Startseite
Die Startseite

69
70

Menübefehle „File“ (Datei)

71

Menübefehle „View“ (Ansicht)

71

Menübefehle „User“ (Benutzer)

72

Menübefehle „Run“ (Lauf)73

Menübefehle „Tools“ (Werkzeuge)

73

Menübefehle „Help“ (Hilfe)

74

Symbolleistenbefehle

75

Der „Startup Wizard“ (Startassistent)

76

Statusleiste

76

Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte)

77

Anzeigen der Geräteeigenschaften80

Bevor Sie anfangen

82

Erstellen eines Reaktions-Master-Mix

82

Neue Farbstoffe kalibrieren

85

Festlegen von Benutzereinstellungen88

viii | CFX Maestro Dx SE Software

Inhaltsverzeichnis

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

107

Parameter und Bereiche für Protokollschritte

108

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

110

Menübefehle „File“ (Datei)

111

Menübefehle „Settings“ (Einstellungen)

111

Menübefehle „Tools“ (Werkzeuge)

111

Symbolleistenbefehle

111

Steuerungselemente zur Protokollbearbeitung

112

Erstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

116Öffnen einer neuen Protokolldatei im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

116Öffnen eines bestehenden Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

118

Einrichten eines neuen Protokolls

119

Hinzufügen von Schritten zu einem Protokoll

121

Einfügen eines Gradientenschritts

122

Einfügen eines GOTO-Schritts

123

Einfügen eines Schmelzkurvenschritts

124

Hinzufügen oder Entfernen eines Plattenableseschritts

126Ändern der Schrittoptionen

126

Löschen eines Schritts

127

Kopieren, Exportieren oder Drucken eines Protokolls

127

Erstellen eines Protokolls mit dem „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber)

128

Anwendung des „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)

130Über den „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)

130

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten
Platten-Editorfenster

137
138

Menübefehle „File“ (Datei)

138

Menübefehle „Edit“ (Bearbeiten)

139

Menübefehle „Settings“ (Einstellungen)

139

Menübefehle „Editing Tools“ (Bearbeitungswerkzeuge)

140

Symbolleistenbefehle

140

Erstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“ (Platteneditor)

142Öffnen einer neuen Plattendatei im „Plate Editor“ (Platteneditor)

142Öffnen einer bestehenden Plattendatei im „Plate Editor“ (Platteneditor)

144

Einrichten einer neuen Plattendatei

145

Benutzerhandbuch | ix

Inhaltsverzeichnis

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

153

Zuordnung eines Zielgens zu Kavitäten

153

Zuordnung eines Probennamens zu Kavitäten

156

Zuordnung von biologischen Gruppen zu Kavitäten

158

Zuordnung technischer Replikatnummern zu Kavitäten

160

Zuordnen einer Verdünnungsreihe zu Standardprobentypen

162

Kopieren von Kavitäteninhalten in eine andere Kavität

163

Hinzufügen eines Hinweises zu einer Kavität

164

Kavitäten von jeglichem Inhalt leeren

164Ändern der Versuchseinstellungen

166

Erstellen von Kavitätengruppen

169Ändern der Kurvenmarkierungen

171

Anzeigen, Exportieren und Importieren der Platte im Tabellenkalkulationsformat

173

Erstellen eines Platten-Layouts mit dem „Plate Setup Wizard“ (Platten-Einrichtungsassistent)

175

Verwenden des „Plate Setup Wizard“ (Platten-Einrichtungsassistent)

175

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

179

Das „Run Setup“-Fenster (Laufkonfiguration)

180

Zugriff auf das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration)

181

Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)

182

Registerkarte „Plate“ (Platte)

185

Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten)

188

Durchführen eines Experiments

189

Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen)

192

Registerkarte „Run Status“ (Laufstatus)

192

Registerkarte „Real-time Status“ (Echtzeitstatus)

195

Registerkarte „Time Status“ (Zeitstatus)

198

Durchführen von PrimePCR-Experimenten

199Übertragen von unabhängigen Daten zur Analyse201Übertragen von Daten per E-Mail

201

Daten von Echtzeit-PCR-System CFX Opus Dx übertragen

201

Daten übertragen durch CFX Maestro Dx Software, Security Edition

204Übertragen von Daten mit einem USB-Laufwerk

204Übertragen von Daten über ein freigegebenes Netzlaufwerk mithilfe von Echtzeit-PCR-System
CFX Opus Dx
205

x | CFX Maestro Dx SE Software

Inhaltsverzeichnis

Erstellen einer Datendatei

205

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

207

Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

207

Symbolleiste „Data Analysis“ (Datenanalyse)

208

Menüleiste „Data Analysis“ (Datenanalyse)

210

Registerkarte „Details“ (Informationen)

214

Auswahl „Step Number“ (Schrittnummer)

215

Anzeige der Kavitätengruppen in der Datenanalyse

215Ändern der Kavitäteninhalte nach einem Lauf

216

Datenanalyseeinstellungen217

Anpassen des Schwellenwerts

217

Einstellungen der Baseline

217„Analysis Mode“ (Analysemodus)

218„Cycles to Analyze“ (Zu analysierende Zyklen)

219„Well Selector“ (Kavitätenwähler)

220

Kontextmenüelemente des Kavitätenwählers

221

Temporäres Ausschließen von Kavitäten aus der Analyse

222

Diagramme

223

Diagrammwerkzeuge

223

Vergrößern eines Diagrammbereichs

231

Kopieren von Diagrammen in eine Microsoft-Datei

231

Häufige Kontextmenüelemente für Diagramme

231

Tabellen
Häufige Kontextmenüelemente für Tabellen„Export“ (Exportieren)

233
233
235

Exportieren aller Datentabellen

235

Exportieren von RDML-Dateien

236

Erstellen einer benutzerdefinierten Exportdatei

237

Export in einen LIMS-Ordner

239

Exportieren Seegene-formatierter Daten

239

Kapitel 11 Datenanalysedetails
Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)

241
242

Fluorophoroptionen

243

Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen)243

Benutzerhandbuch | xi

Inhaltsverzeichnis

Log-Skalen-Option

245„Standard Curve Chart“ (Standardkurvendiagramm)

245

Menüoptionen für das Diagramm „Amplification“ (Amplifikation)

247

Registerkarte „Quantification Spreadsheet“ (Quantifizierungstabelle)

247

Registerkarte „Quantification Data“ (Quantifizierungsdaten)

249

Ergebnistabelle

249

Tabelle der Standardkurvenergebnisse

251

Plattentabelle

252

RFU-Tabelle

253

Registerkarte „Melt Curve“ (Schmelzkurve)

254

Anpassen der Schmelzkurvendaten

256

Registerkarte „Melt Curve Data“ (Schmelzkurvendaten)

257

Tabelle – Schmelzkurven-Peaks

257

Plattentabelle

258

RFU-Tabelle

259

Tabelle „-d(RFU)/dT“

260

Registerkarte „End Point“ (Endpunkt)

261

Ergebnisdaten

262

Anpassen der Endpunktdatenanalyse

264

RFU-Tabelle für die Endpunktanalyse

264

Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)265

Anpassen der Daten für die „Allelic Discrimination“(Allelische Diskriminierung)

266

Menüoptionen Diagramm

268

Tabelle „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)

268

Registerkarte „Custom Data View“ (Benutzerdefinierte Datenansicht)
Erstellen einer benutzerdefinierten Datenansicht
Registerkarte „QC“ (QK)

270
271
272

Ändern der QK-Kriterien

273

Ausschließen von Kavitäten, die die QK nicht erfüllen

273

Registerkarte „Run Information“ (Laufinformationen)

274

Datenanalyseberichte

275

Berichtskategorien für die Datenanalyse

276

Erstellen eines Datenanalyseberichts

279

Erstellen von Kavitätengruppenberichten

281

xii | CFX Maestro Dx SE Software

Inhaltsverzeichnis

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

283

Einrichten der Platte zur Genexpressionsanalyse

283

Geführte Plattenkonfiguration

284

Genexpressionsdiagramme

285

Grafische Darstellung

286

Diagrammansicht ändern und Anmerkungen hinzufügen

288

Anpassen von Genexpressionsdaten

295

Experimenteinstellungen

297

Kontextmenüoptionen

299

Datentabelle

300„Show Details“ (Details anzeigen)

302

Clustergrafik

304„Settings“ (Einstellungen)

304

Kontextmenüoptionen

304

Datentabelle

305

Streudiagramm

306„Settings“ (Einstellungen)

306

Kontextmenüoptionen

306

Datentabelle

307

Ergebnistabelle

308„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

309

Inter-run-Kalibration309

Dialogfeld „Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

310

Registerkarte „Study Setup“ (Untersuchung einrichten)

310

Vorbereiten einer Genexpressionsstudie

311

Registerkarte „Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse)

312

Kategorien des Genexpressionsstudienberichts

313

Erstellen eines Genexpressionsstudienberichts

316

Anhang A Datenanalysekalkulationen

317

Reaktionseffizienz

317

Relative Quantität

317

Relative Quantität bei Auswahl einer Kontrolle

318Standardabweichung der relativen Quantität

318

Effizienzkorrigierter Cq (CqE)319

Benutzerhandbuch | xiii

Inhaltsverzeichnis

Mittelwert effizienzkorrigierter Cq (MCqE)

319

Normalisierte Expression

320

Expression und relative Quantität für biologische Gruppen

321

Normalisierte Expression bei Auswahl einer Kontrolle

321

Standardabweichung für die normalisierte Expression

322

Normalisierte Expression auf das höchste Expressionsniveau skaliert

323

Normalisierte Expression auf das niedrigste Expressionsniveau skaliert

323

Normalisierte Expression auf das durchschnittliche Expressionsniveau skaliert

323

Standardabweichung für die skalierte normalisierte Expression

325

Fehlerbalken für Standardabweichung (lg) und Standardfehler des Mittelwerts (lg)326

Fold Change

327

Formeln für korrigierte Werte

328

Berechnung des Konfidenzintervalls für die Analyse der biologischen Gruppe

329

Berechnungen des Box-Whisker-Diagramms (Kastengrafik)

329

Anhang B Prüfpfade

331

Anzeigen von Prüfpfaden

331

Prüfbare Ereignisse

333

Anhang C LIMS-Integration
Erstellen LIMS-kompatibler Datendateien

337
337

Einrichten eines LIMS-Ordners und der Datenexportoptionen

337

Erstellen eines LIMS-Protokolls

339

Erstellen einer LIMS-Datei

339

Starten eines LIMS-Laufs

344

Exportieren von Daten in ein LIMS

344

Anhang D CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Fehlerbehebung

347

Dateien und Ordner der CFX Maestro Dx Software, Security Edition auf die Positivliste setzen

347

Anwendungsprotokoll

348

Abrufen von Anwendungs- und Firmware-Protokolldateien

349

Fehlerbehebung

349

Stromausfall349Übertragen von Dateien auf den CFX Maestro Dx SE-Computer

350

CFX Maestro Dx Software, Security Edition manuell installieren

350

Treiberneuinstallation351

xiv | CFX Maestro Dx SE Software

Inhaltsverzeichnis

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

353

Software Notices

354

ZedGraph

354

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Anhang F Literaturverzeichnis

354
354

367

Benutzerhandbuch | xv

Inhaltsverzeichnis

xvi | CFX Maestro Dx SE Software

Sicherheit und Einhaltung von Normen
Die Echtzeit-PCR-Systeme CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx und CFX Opus Deepwell Dx (in diesem
Handbuch auch als CFX Opus Dx System bezeichnet) heizen und kühlen während des Betriebs sehrschnell. Für den sicheren Betrieb des Echtzeit-PCR-Systems empfiehlt Bio-Rad dringend, die in diesem
Abschnitt und in diesem Handbuch aufgeführten Sicherheitsspezifikationen einzuhalten.

Sicherheitswarnkennzeichen
Warnschilder auf dem CFX Opus Dx System und in diesem Handbuch warnen Sie vor Verletzungs- oder
Schadensquellen. Tabelle 1 beschreibt jedes Warnzeichen.
Tabelle 1. Allgemeine SicherheitswarnungenSymbolBedeutung
Der Betrieb des CFX Opus Dx Systems vor dem Lesen dieses Handbuchs kanneine Verletzungsgefahr darstellen. Die Verwendung dieses Geräts in einer Weise,
die nicht in diesem Handbuch oder von Bio-Rad spezifiziert ist, kann dazu führen,
dass die Schutzfunktionen des Geräts beeinträchtigt oder deaktiviert werden.
Mit dem CFX Opus Dx System selbst sind keine biologischen oder radioaktiven
Gefahren verbunden. Diese Gefahren werden erst dann zu einem Problem, wennsie über die zu testenden Proben in das System eingeführt werden. Beachten Siebeim Umgang mit biogefährdenden oder radioaktiven Proben die empfohlenen
Vorsichtsmaßnahmen und Richtlinien für Ihr Labor und Ihren Standort. Diese
Richtlinien sollten Reinigungs-, Überwachungs- und Entsorgungsmethoden für die
von Ihnen verwendeten gefährlichen Stoffe enthalten.
Darüber hinaus besteht, wie oben angegeben, eine geringe Gefahr der Explosion
oder des Ausstoßens von Flüssigkeiten oder Dämpfen aus den Probenbehältern.
Bei der Arbeit mit Gefahrstoffen erhöht sich das Verletzungsrisiko durchausgestoßenes Material um das Risiko, dass sich das Gefahrgut selbst im und um
das Gerät verteilt. Benutzer sollten in einer solchen Situation geeignete
Vorkehrungen treffen.

Benutzerhandbuch | 17

Sicherheit und Einhaltung von Normen

Tabelle 1. Allgemeine Sicherheitswarnungen, Fortsetzung

SymbolBedeutung
Die CFX Opus Dx Systeme arbeiten bei Temperaturen, die hoch genug sind, um
schwere Verbrennungen zu verursachen. Lassen Sie den Probenblock immer
zuerst wieder auf Zimmertemperatur abkühlen, bevor Sie den Deckel öffnen und
Proben entnehmen. Auch nach dem Abkühlen des Probenblocks können die
Umgebung sowie die Heizplatte noch einige Zeit heiß sein. In Situationen, in denen
nicht genügend Zeit zum Abkühlen des Geräts vorhanden ist, wird die Verwendung
von Schutzausrüstung wie Thermohandschuhen oder „Topflappen“ empfohlen.
Die Sicherheit und Leistung jedes Systems, das ein CFX Opus Dx System enthält,
liegt ausschließlich in der Verantwortung des Monteurs des Systems.

Das CFX Opus Dx System kann im Verlauf des normalen Betriebs so heiß werden,
dass Flüssigkeiten in den Proben kochen oder verdampfen und die Probenbehälter
unter Druck gesetzt werden. Es besteht die Möglichkeit, dass die Probenbehälter
versagen. Dies führt zu Undichtigkeiten, Versprühen von Flüssigkeiten oder
explosiven Brüchen und zum Ausstoßen von Dämpfen oder Flüssigkeiten im undum das Gerät.
Benutzer sollten das Gerät immer mit geschlossenem Deckel bedienen oderwährend des Betriebs eine Schutzbrille, Thermohandschuhe und andere
persönliche Schutzausrüstung tragen, um Verletzungen zu vermeiden. Das Öffnen
des Geräts, solange die Proben noch heiß sind, zum Beispiel nach dem Abbrucheines Laufs, kann dazu führen, dass unter Druck stehende Behälter auslaufen,
sprühen oder Flüssigkeit herausspritzen. Lassen Sie die Proben immer abkühlen,
bevor Sie den Deckel öffnen.
Benutzer sollten niemals Reaktionsgefäße mit einem Deckel oder einer Dichtung
verwenden, die offen, locker, durchstochen oder auf andere Weise beschädigt
sind, da dies die Wahrscheinlichkeit eines gefährlichen Bruchs oder einer
gefährlichen Explosion erhöht.
Benutzer sollten niemals Reaktionsgefäße mit flüchtigen Reagenzien verwenden,
die die Wahrscheinlichkeit eines gefährlichen Bruchs oder einer Explosion erhöhen
könnten.

18 | CFX Maestro Dx SE Software

Sicherheit und Einhaltung von Normen

Sicherheit und Einhaltung von Normen
Sicherheitskonformität
Die CFX Opus Dx Systeme wurden auf die Einhaltung aller geltenden Anforderungen der folgenden
Sicherheits- und elektromagnetischen Standards getestet und für konform befunden:n

IEC 61010-1:2010 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte– Teil 1: Allgemeine Anforderungenn

IEC 61010-2-010:2019 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-010: Besondere Anforderungen an Laborgeräte für das Erhitzen von Stoffenn

IEC 61010-2-081:2019 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-081: Besondere Anforderungen an automatische und semiautomatischeLaborgeräte für Analysen und andere ZweckenIEC 61010-2-101:2018 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-101: Besondere Anforderungen an In-vitro-Diagnostik-(IVD-)MedizingerätenCAN/CSA-C22.2 Nr. 61010-1-12:2018 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-,
Regel- und Laborgeräte – Teil 1: Allgemeine Anforderungenn

CAN/CSA-C22.2 Nr. 61010-2-010:19 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-,
Regel- und Laborgeräte – Teil 2-010: Besondere Anforderungen an Laborgeräte für das Erhitzen vonStoffenn

CAN/CSA-C22.2 Nr. 61010-2-081:19 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-,
Regel- und Laborgeräte – Teil 2-081: Besondere Anforderungen an automatische undsemiautomatische Laborgeräte für Analysen und andere Zwecken

CSA-C22.2 Nr. 61010-2-101:19 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regelund Laborgeräte – Teil 2-101: Besondere Anforderungen an In-vitro-Diagnostik-(IVD-)Medizingeräten

EN 61010-1:2010 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte– Teil 1: Allgemeine Anforderungenn

EN 61010-2-010:2014 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-010: Besondere Anforderungen an Laborgeräte für das Erhitzen von Stoffenn

EN 61010-2-081:2015 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-081: Besondere Anforderungen an automatische und semiautomatischeLaborgeräte für Analysen und andere Zwecke

Benutzerhandbuch | 19

Sicherheit und Einhaltung von NormennEN 61010-2-101:2017 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-101: Besondere Anforderungen an In-vitro-Diagnostik-(IVD-)Medizingeräten

UL 61010-1:2012 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte– Teil 1: Allgemeine Anforderungenn

UL 61010-2-010:2019 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-010: Besondere Anforderungen an Laborgeräte für das Erhitzen von Stoffenn

UL 61010-2-081:2019 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-081: Besondere Anforderungen an automatische und semiautomatischeLaborgeräte für Analysen und andere Zwecken

UL 61010-2-101:19 Sicherheitsbestimmungen für elektrische Mess-, Steuer-, Regel- undLaborgeräte – Teil 2-101: Besondere Anforderungen an In-vitro-Diagnostik-(IVD-)Medizingeräte

Elektromagnetische Verträglichkeit (EMV)Die CFX Opus Dx Systeme wurden auf die Einhaltung aller geltenden Anforderungen der folgenden
Standards für elektromagnetische Verträglichkeit getestet und für konform befunden:n

IEC 61326-1:2012 Elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte – EMV-Anforderungen –Teil 1: Allgemeine Anforderungen. Als Klasse-A-Gerät getestetnIEC 61326-2-6:2012 Elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte – EMV-Anforderungen –Teil 2–6: Besondere Anforderungen – In-vitro-Diagnostik-(IVD-)Medizingeräten

EN 61326-1:2013 Elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte – EMV-Anforderungen –Teil 1: Allgemeine Anforderungen. Als Klasse-A-Gerät getestetn

EN 61326-2:-6:2013 Elektrische Mess-, Steuer-, Regel- und Laborgeräte – EMV-Anforderungen –Teil 2-6: Besondere Anforderungen – In-vitro-Diagnostik-(IVD-)Medizingeräten

FCC Teil 15, Unterabschnitt B, Abschnitte 15.107 und 15.109. Als digitales Klasse-A-Gerät getestetn

CAN ICES-003v6: 2019 Interferenzverursachender Gerätestandard, informationstechnische Geräte(einschließlich digitaler Geräte) – Grenzwerte und Messmethoden. Getestet bis Klasse-A-Grenzen

EMV-Warnungen und -HinweisenAchtung: Änderungen oder Modifikationen an dieser Einheit, die nicht ausdrücklich von Bio-Rad
genehmigt wurden, können dazu führen, dass dem Benutzer die Betriebserlaubnis für das Gerätentzogen wird.

20 | CFX Maestro Dx SE Software

Sicherheit und Einhaltung von NormennHinweis: Dieses Gerät wurde getestet und entspricht den Grenzwerten für ein digitales Gerät der
Klasse A gemäß Teil 15 der FCC-Regeln. Diese Grenzwerte sind dazu vorgesehen, einen
ausreichenden Schutz gegen Funkstörungen zu gewähren, wenn das Gerät in einer kommerziellen
Umgebung betrieben wird. Dieses Gerät erzeugt, arbeitet mit und emittiert ggf. Hochfrequenzen undkann, sofern die Installation und Verwendung nicht gemäß der Gebrauchsanweisung erfolgt,
schädliche Funkstörungen verursachen. Der Betrieb dieses Geräts in Wohnbereichen verursacht
möglicherweise Störungen. In diesem Fall muss der Benutzer die Störung auf eigene Kosten
beheben.

n

Hinweis zur FCC-Konformität: Auch wenn dieses Gerät getestet wurde und die in Teil 15,
Unterabschnitt B der FCC-Regeln für ein digitales Gerät der Klasse A aufgeführten Bedingungenerfüllt, beachten Sie bitte, dass das Gerät, das nach 47 CFR 15.103(c) als ein „ausgenommenes
Gerät“ qualifiziert ist, in Bezug auf die erwähnten geltenden FCC-Vorschriften zum Zeitpunkt derHerstellung von deren Einhaltung freigestellt ist.

n

Hinweis zu Kabeln: Dieses Gerät wurde mit speziell entwickelten USB-Kabeln, die mit dem Gerät
geliefert werden, auf EMV-Konformität getestet. Diese Kabel oder von Bio-Rad autorisierter Ersatz
muss verwendet werden, um die fortgesetzte Einhaltung der EMV-Emissionsgrenzwerte
sicherzustellen.

Benutzerhandbuch | 21

Sicherheit und Einhaltung von Normen

Umgebungsbedingungen
CFX Opus Dx Systeme wurden für den sicheren Betrieb unter den in der nachstehenden Tabelle
aufgeführten Umgebungsbedingungen entwickelt.
Tabelle 2. Echtzeit-PCR-System CFX Opus Dx Umgebungsbedingungen

Parameter

Spezifikation

Umgebungsbedingungen

Nur in Innenbereichen verwenden

Betriebshöhe

Bis zu 2.000 Meter über dem Meeresspiegel

Umgebungstemperatur

15–31 °C*

Transport- und Lagertemperatur-20 ° bis 60 °C**
-4 bis 140 °F

Relative Feuchtigkeit

20 % bis 80 % (nicht kondensierend)***Betriebsleistung

100–240 VAC ±10 %, 50/60 Hz, 850 W max.

Schwankung der Netzspannung±10 %Maximale Leistung< 850 Watt

Sicherungen

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, flink (Anzahl 2)Überspannungskategorie

II

Verschmutzungsgrad

2*Der Betrieb des Geräts außerhalb dieses Temperaturbereichs entspricht möglicherweise nicht den
Leistungsspezifikationen. Als unbedenklich gilt eine Raumtemperatur zwischen 5–40 °C.
**Lagern und transportieren Sie das Gerät in seiner Versandverpackung, um dieseTemperaturbedingungen zu erfüllen.
***Der Betrieb des Geräts bei 4 °C sollte unter diesen Bedingungen auf 18 Stunden begrenzt werden.
Eine Aufbewahrung bei 4 °C kann bis zu 72 Stunden durchgeführt werden, sofern die Luftfeuchtigkeit
weniger als 60 % beträgt (nicht kondensierend).

22 | CFX Maestro Dx SE Software

Gefährdungen

Gefährdungen
Das CFX Opus Dx System ist für einen sicheren Betrieb ausgelegt, wenn es in der vom Hersteller
vorgeschriebenen Weise verwendet wird. Wenn das System oder eine der zugehörigen Komponenten
auf eine vom Hersteller nicht angegebene Weise verwendet wird, kann der vom Gerät bereitgestellte
Schutz beeinträchtigt werden. Bio-Rad haftet nicht für Verletzungen oder Schäden, die durch andere als
die vorgesehene Verwendung dieses Systems oder durch Veränderungen des Geräts durch andere
Personen als Angestellte oder autorisierte Vertreter von Bio-Rad verursacht werden. Wartungsarbeiten
am CFX Opus Dx System sollten nur von geschultem Bio-Rad-Personal durchgeführt werden.

Biologische Gefährdungen
Das CFX Opus Dx System ist ein Laborprodukt. Bei Anwesenheit biogefährlicher Materialien, beachten
Sie bitte die nachstehenden Richtlinien und halten Sie alle laborspezifischen und lokalen Vorschriften ein.
Hinweis: Während des normalen Betriebs dieses Geräts werden keine biologischen Gefahrenstoffe
ausgeblasen.

Allgemeine VorsichtsmaßnahmennTragen Sie stets einen Laborkittel, Laborhandschuhe und eine Schutzbrille mit Seitenschutz.

nVermeiden Sie die Berührung Ihres Mundes, Ihrer Nase und Augen mit den Händen.

n

Decken Sie jegliche Schnitt- oder Schürfwunden vor der Arbeit mit infektiösem Material vollständig
ab.

n

Waschen Sie Ihre Hände gründlich mit Seife und Wasser nach der Arbeit mit potenziell infektiösem
Material, bevor Sie das Labor verlassen.

nNehmen Sie Armbanduhren und Schmuck vor der Arbeit am Labortisch ab.

nBewahren Sie alle infektiösen oder potenziell infektiösen Materialien in bruch- und lecksicheren
Behältern auf.

n

Entfernen Sie vor dem Verlassen des Labors die Schutzkleidung.

n

Solange Sie Handschuhe tragen, sollten Sie nicht schreiben, das Telefon beantworten, Lichtschalter
betätigen oder Gegenstände berühren, die von anderen Personen möglicherweise ohne
Handschuhe berührt werden.

n

Wechseln Sie Ihre Handschuhe häufig. Ziehen Sie Ihre Handschuhe sofort aus, wenn sie sichtbar
kontaminiert sind.

nSetzen Sie Gegenstände, die nicht ordnungsgemäß dekontaminiert werden können, keinem
potenziell infektiösen Material aus.

Benutzerhandbuch | 23

Sicherheit und Einhaltung von NormennNachdem Sie eine Arbeit mit biogefährlichen Materialien durchgeführt haben, dekontaminieren Sie
den Arbeitsbereich mit einem geeigneten Desinfektionsmittel (z.B. mit 1:10 verdünnter
Haushaltsbleiche).

24 | CFX Maestro Dx SE Software

GefährdungenOberflächendekontamination
ACHTUNG! Schalten Sie das Gerät ab und ziehen Sie das Netzkabel des Geräts aus der
Steckdose, bevor Sie Dekontaminationsverfahren durchführen.

Folgende Bereiche können mit jeglichem Bakterizid-, Viruzid- oder Fungizidmittel in Klinikqualität
gereinigt werden:nÄußerer Deckel und GehäusenInnere Oberfläche des Probenblocks und Kavitäten des ProbenblocksnBedienfeld und Display

In Bezug auf die Vorbereitung und Anwendung des Desinfektionsmittels lesen Sie bitte die mitgelieferten
Anweisungen des Produktherstellers. Spülen Sie den Probenblock und die Kavitäten des Probenblocks
nach Anwendung des Desinfektionsmittels mehrere Male mit Wasser ab. Trocknen Sie den Probenblock
und die Kavitäten des Probenblocks nach dem Spülen mit Wasser gründlich ab.
Wichtig: Verwenden Sie keine scheuernden oder korrosiven Reinigungsmittel oder stark alkalischen
Lösungen. Diese Mittel können die Oberflächen zerkratzen und den Probenblock beschädigen,sodass die präzise thermische Kontrolle verloren geht.

Entsorgung biogefährdender Materialien
Entsorgen Sie die nachstehenden potenziell kontaminierten Materialien in Übereinstimmung mit
laborspezifischen, lokalen, regionalen und landesweiten Vorschriften:n

Klinische ProbennReagenziennGebrauchte Reaktionsgefäße oder andere Verbrauchsmaterialien, die ggf. kontaminiert sind.

Chemische Gefahren
Das CFX Opus Dx System enthält keine potenziell gefährlichen chemischen Materialien.

Explosions- oder Brandgefahr
Das CFX Opus Dx System stellt keine ungewöhnliche Gefahr in Bezug auf Entflammbarkeit oder
Explosion dar, wenn es von Bio-Rad-Laboren bestimmungsgemäß verwendet wird.

Benutzerhandbuch | 25

Sicherheit und Einhaltung von Normen

Elektrische Gefährdungen
Das CFX Opus Dx System stellt keine ungewöhnliche elektrische Gefahr für Bediener dar, wenn es ohne
physische Modifikation ordnungsgemäß installiert und betrieben und an eine Stromquelle mit den
richtigen Spezifikationen angeschlossen wird.

Transport
Vor dem Umzug oder Versand des CFX Opus Dx Systems müssen Dekontaminationsverfahren
durchgeführt werden. Transportieren oder versenden Sie das System stets in einem separaten Behälter
im von Bio-Rad gelieferten Verpackungsmaterial, welches das System vor Beschädigungen schützt.
Informationen zum Transport des Systems und zur Anforderung des entsprechenden
Verpackungsmaterials erhalten Sie von Ihrer örtlichen Bio-Rad-Niederlassung.

Batterie
Das CFX Opus Dx System verwendet eine 3-V-Lithium-Metall-Knopfzellenbatterie, um im Falle eines
Stromausfalls die Zeiteinstellungen zu erhalten. Wenn die Uhrzeit nach Abschalten des Geräts nicht
eingestellt bleibt, kann dies ein Hinweis darauf sein, dass die Batterie schwächer wird.
ACHTUNG! Versuchen Sie nicht, die Batterie auszutauschen. Sie kann nicht vom
Benutzer gewartet werden. Wenden Sie sich stattdessen an den technischen
Kundendienst von Bio-Rad.

Nur für den US-Bundestaat KaliforniennPerchloratmaterial – Lithiumbatterien enthalten Perchloratmaterial; eine besondere Handhabungkann erforderlich sein. Siehe www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Entsorgung
Das CFX Opus Dx System enthält elektrische Materialien. Diese sollten gemäß der EU-Richtlinie
2012/19/EU über Elektro- und Elektronikaltgeräte (WEEE-Richtlinie) als unsortierter elektrischer Abfall
entsorgt und abgeholt werden. Kontaktieren Sie vor der Entsorgung bitte Ihren lokalen Bio-Rad-Vertreterfür länderspezifische Anweisungen.

Gewährleistung
Das CFX Opus Dx System und das Zubehör werden von einer Standard-Bio-Rad-Garantie abgedeckt.
Wenden Sie sich an Ihre Bio-Rad-Niederlassung vor Ort, um Einzelheiten bezüglich der Garantie zu

26 | CFX Maestro Dx SE Software

Gewährleistung

erfahren.

Benutzerhandbuch | 27

Sicherheit und Einhaltung von Normen

28 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 1 Einleitung
Die Hochleistungs-PCR-Amplifikationssysteme von Bio-Rad verfügen über die neuesten technologischen
Fortschritte und bieten eine höhere Genauigkeit und Reproduzierbarkeit bei der NukleinsäureAmplifikation für genomische Experimente.
Die CFX Maestro Dx Software, Security Edition von Bio-Rad ist mit den folgenden Geräten kompatibelund bietet optimierte Laufdateien für PrimePCR Primer- und Sonden-Assays von Bio-Rad.
n

CFX Echtzeit-PCR-System Opus 96 Dx (in diesem Handbuch CFX Opus 96 Dx genannt)n

CFX Echtzeit-PCR-System Opus 384 Dx (in diesem Handbuch CFX Opus 384 Dx genannt)nEchtzeit-PCR-System CFX Opus Deepwell Dx (in diesem Leitfaden CFX Opus Deepwell Dxgenannt)

Benutzerhandbuch | 29

Kapitel 1 Einleitung

Mit CFX Maestro Dx Software, Security Edition (in diesem Handbuch CFX Maestro Dx SE genannt)
können Sie komplexe Daten interpretieren und aussagekräftige Untersuchungen für die genetische
Analyse ausfertigen. Mit nur wenigen Klicks können Sie Untersuchungen einrichten und Ihre
Genexpressionsuntersuchung mit Werkzeugen wie t-Tests, einfacher ANOVA, PrimePCRKontrollanalyse sowie dem Auswahlwerkzeug für das Referenzzielgen auswerten. Anschließend können
Sie Ihre Ergebnisse für Publikationen und Poster mit den höchst individualisierbaren
Datenvisualisierungs- und Kommentarwerkzeugen von CFX Maestro Dx SE vorbereiten.
Hinweis: Die Anzeige einiger Bildschirme in CFX Maestro kann anders aussehen als in diesem
Benutzerhandbuch dargestellt. Die Anzeige in der Software ist korrekt, die Funktionalität die gleiche.
Wichtig: Cybersicherheit beschreibt den Schutz von Vermögenswerten im Cyberspace vor
Cyberangriffen. Dank Cybersicherheit ist es Bio-Rad möglich, seine Mitarbeiter, Informationen und
Systeme sowie den Ruf des Unternehmens im Cyberspace zu schützen. Der Cyberspace ist einetechnologisch vernetzte Welt, die permanent verbunden und verfügbar ist. Er setzt sich aus
Menschen, Organisationen, Informationen und Technologien zusammen.
Ein schnelles Handeln ist bei Cybersicherheitsproblemen entscheidend! Wenn Sie vermuten, dass ein
Cybersicherheitsproblem bei Ihrem Gerät vorliegt oder dass die Cybersicherheit an Ihrem Standort
verletzt wurde, wenden Sie sich umgehend an Ihren Bio-Rad-Vertreter, um technischen Support
anzufordern.

30 | CFX Maestro Dx SE Software

Hauptfunktionen der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Hauptfunktionen der CFX Maestro Dx Software, Security
EditionMit CFX Maestro Dx SE ist Folgendes möglich:nAnalyse von Daten anhand von Balkendiagrammen, Clustergrafiken oder Streudiagrammen fürschnelles Interpretieren und Verstehen Ihrer Ergebnisse.

nPassen Sie die Datendarstellung nach Wunsch an und exportieren Sie hochauflösende Diagramme
für die Veröffentlichung und Berichterstellung.

nBestimmen Sie die RNA-Qualität und beheben Sie Fehler bei Experimenten mit den PrimePCRAnalysekontrollen.

nWählen Sie ein geeignetes Referenzgen und analysieren Sie dessen Stabilität mit dem
Referenzgen-Auswahlwerkzeug.

nFühren Sie statistische Analysen, einschließlich einer einfachen ANOVA, in der
Genexpressionsanalyse durch.

Dieses Benutzerhandbuch erklärt all diese Funktionen und ihre Anwendung.

Mehr erfahren
Nach der Installation von CFX Maestro Dx SE und Einrichtung des zugehörigen Bio-Rad PCR-Geräts
können Sie über das Menü „Help“ (Hilfe) in jeder Ansicht auf diesen Leitfaden sowie detaillierte
CFX Maestro Dx SE-Hilfethemen zugreifen.
Tipp: Klicken Sie auf das Bio-Rad-Logo in der oberen rechten Ecke eines beliebigen CFX Maestro
Dx SE-Fensters, um die Website von Bio-Rad zu starten. Auf dieser Seite finden Sie technische
Hinweise, Anleitungen, Videos, Produktinformationen und technischen Support. Diese Website
bietet außerdem technische Ressourcen für eine breite Vielfalt an Methoden und Anwendungen in
Bezug auf PCR, Echtzeit-PCR und Genexpression.

Benutzerhandbuch | 31Kapitel 1 Einleitung

32 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 2 Installieren der CFX Maestro Dx
Software, Security Edition
In diesem Kapitel wird die Installation der CFX Maestro Dx Software, Security Edition erklärt.
Informationen über die Einrichtung der unterstützten Echtzeit-PCR-Geräte von Bio-Rad entnehmen Sie
der entsprechenden Anleitung.
CFX Maestro Dx SE ist erforderlich, um Echtzeit-PCR-Daten von den Echtzeit-PCR-Systemen CFX Opus
96 Dx, CFX Opus 384 Dx und CFX Opus Deepwell Dx zu analysieren. Sie können diese Software auch
zur Steuerung dieser Systeme im softwaregesteuerten Modus verwenden.
CFX Opus Dx Systeme werden mit einem USB-Kabel in der Zubehörtasche geliefert. Verwenden Sie das
USB-Kabel, um den Computer mit CFX Maestro Dx SE an das CFX Opus Dx System anzuschließen.
Entfernen Sie das Verpackungsmaterial und bewahren Sie es für eine zukünftige Verwendung auf. Wenn
ein Teil fehlt oder beschädigt ist, informieren Sie Ihre lokale Bio-Rad-Niederlassung.

Benutzerhandbuch | 33

Kapitel 2 Installieren der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Systemanforderungen
In Tabelle 3 werden die empfohlenen und die Mindestsystemanforderungen für den Computer aufgeführt,auf dem CFX Maestro Dx SE ausgeführt wird.
Tabelle 3. Computeranforderungen für CFX Maestro Dx SE

SystemMinimum

Empfohlen

Betriebssystem

Microsoft Windows 10 (nurMicrosoft Windows 10 (nur 64-Bit), Build

64-Bit), Build 1511 oder1511 oder höher, mit den neuesten

höher, mit den neuesten

Sicherheitsupdates.

Sicherheitsupdates.
Hinweis: Windows 11 unterstützt auch CFX Maestro Dx Software, Security Edition.
Wichtig: „Secure Boot“ (Sicherer Start) muss auf Computern, auf denen CFX Maestro Dx SE läuft,deaktiviert sein. Computer, auf denen CFX Maestro Dx SE läuft, sollten so konfiguriert werden, dasssie nach einem System- oder Sicherheitsupdate nicht automatisch neu gestartet werden, wenn ein
Lauf ausgeführt wird. Wenden Sie sich an Ihren Systemadministrator, um Unterstützung zu erhalten.
Anschlüsse

2 USB 2.0 High-Speed-

2 USB 2.0 High-Speed-Anschlüsse

Anschlüsse
Festplattenspeicher

128 GB

128 GB

Prozessorgeschwindigkeit

2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad Core

RAM (Arbeitsspeicher)

4 GB RAM

8 GB RAM

Bildschirmauflösung

1024 x 768 mit „True

1280 x 1024 mit „True Color“-Modus

Color“-Modus
PDF-Reader

Adobe PDF-Reader oder Windows PDFReader von einem der unterstützten
Microsoft Office-Pakete:n 2016n 2019Lokalisierung

Unterstütztes Microsoft

Unterstütztes Microsoft Windows 64-Bit

Windows 64-Bit OS in

OS in Englisch, Chinesisch und RussischEnglisch, Chinesisch und
Russisch

34 | CFX Maestro Dx SE SoftwareSystemanforderungen

Hinweis: Wenn Sie auf demselben Computer, der CFX Maestro Dx SE ausführt, eine CFX
Automation Control-Software ausführen wollen, stellen Sie die Bildschirmauflösung auf 1280 x 1024
mit „True Color“-Modus ein.

Benutzerhandbuch | 35

Kapitel 2 Installieren der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Installation der CFX Maestro Dx SE-Software
Wichtig: Sie müssen vor der Installation oder dem Upgrade der Software sämtlicheangeschlossenen Geräte von dem CFX Maestro Dx SE-Computer trennen. Während der SoftwareInstallation muss das Gerät nicht abgeschaltet werden. Stellen Sie sicher, dass Sie alle Läufe
gespeichert haben und keine Experimente mehr laufen.
Hinweis: Stellen Sie sicher, dass die Option „Secure Boot“ (Sicherer Start) deaktiviert ist, bevor Sie
mit der Installation beginnen. Stellen Sie sicher, dass der Computer so konfiguriert ist, dass er nacheinem System- oder Sicherheitsupdate während eines Laufs nicht automatisch neu gestartet wird.
Wenden Sie sich an Ihren Systemadministrator, um Unterstützung zu erhalten.

So installieren Sie die CFX Maestro Dx SE Software
1.

Trennen Sie, falls erforderlich, sämtliche angeschlossenen Geräte vom Computer.
Suchen Sie das USB-Kabel des Geräts und trennen Sie es vom CFX Maestro Dx SE-Computer. Das
am CFX Opus Dx System eingesteckte Ende kann dort verbleiben.

2.

Melden Sie sich mit den Administratorrechten am CFX Maestro Dx SE-Computer an.

3.

Führen Sie das USB-Laufwerk mit der CFX Maestro Dx SE Software in den USB-Anschluss desComputers ein.

4.

Navigieren Sie im Windows Explorer zum CFX Maestro Dx SE Software-USB-Laufwerk und öffnen
Sie dieses.
Das USB-Laufwerk enthält die „Release Notes“ (Versionsinformationen) sowie die folgenden Ordner:
n

CFX

n

„Drivers“ (Treiber)n

Firmwaren„Quick Start“ (Schnellstart)
Zusammen mit anderen Dateien enthält der CFX-Ordner das CFX Maestro Dx SE SoftwareInstallationsprogramm (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Öffnen Sie den CFX-Ordner und doppelklicken Sie auf CFXMaestroDxSetup.exe, um das
Installationsprogramm zu starten.

6.

Folgen Sie der Installationsanleitung auf dem Bildschirm.
Nach Fertigstellung wird das Bio-Rad CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Symbol auf dem
Desktop des Computers angezeigt.

36 | CFX Maestro Dx SE SoftwareInstallation der CFX Maestro Dx SE-Software

Tipp: Das CFX Maestro-Installationsprogramm installiert automatisch das CFX Maestro Dx
Software, Security Edition-Benutzerhandbuch. Um diese Handbücher zu finden, navigieren Sie
zum Menü „Help“ (Hilfe) und wählen Sie „Open User Guides“ (Benutzerhandbücher öffnen).
7.

Nach Abschluss der Installation können Sie das Software-USB-Laufwerk sicher auswerfen.

Benutzerhandbuch | 37

Kapitel 2 Installieren der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Erkennung verbundener Geräte
Während der Installation installiert das CFX Maestro Dx SE-Installationsprogramm die Gerätetreiber
automatisch auf dem CFX Maestro Dx SE-Computer. CFX Maestro Dx SE erkennt verbundene Geräte,
wenn Sie die Software starten.

So werden verbundene Geräte erkannt
1.

Falls Sie dies noch nicht getan haben, stecken Sie das rechteckige Ende (Stecker) des mitgelieferten
USB-Kabels (Typ B) in den USB-Anschluss (Typ B) auf der Rückseite der Gerätebasis.

2.

Stecken Sie das andere Ende (Typ A) in einen USB-Anschluss des CFX Maestro Dx SE-Computers.

3.

Wenn das Gerät noch nicht in Betrieb ist, drücken Sie den Netzschalter, um es einzuschalten.

4.

Starten Sie CFX Maestro Dx SE.

Die Software erkennt automatisch das verbundene Gerät und zeigt dessen Namen im Bereich „Detected
Instruments“ (Erkannte Geräte) auf der Startseite an.
Hinweis: Sollte das Gerät nicht im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) angezeigt
werden, überprüfen Sie, ob das UBS-Kabel richtig angeschlossen ist. Zum erneuten Installieren vonTreibern wählen Sie auf der CFX Maestro Dx SE-Startseite „Tools“ (Werkzeuge) > „Reinstall
Instrument Drivers“ (Gerätetreiber erneut installieren).

38 | CFX Maestro Dx SE Software

Softwaredateien

Softwaredateien
Tabelle 4 führt die Dateitypen des CFX Maestro Dx SEs auf.
Tabelle 4. CFX Maestro Dx SE Dateitypen

DateitypErweiterung

Details„Protocol“ (Protokoll).prcl

Enthält die Protokolleinstellungsinformationen fürdie Durchführung eines PCR-Durchlaufs.

„Plate“ (Platte).pltd

Enthält die Plattenbelegungsinformationen für die
Durchführung eines PCR-Durchlaufs.

„Data“ (Daten).pcrd

Enthält die Ergebnisse eines Experimentlaufs undder PCR-Analyse.

„PrimePCR run“

.csv

(PrimePCR-Lauf)„Gene study“

PrimePCR-Platten.
.mgxd(Genexpressionsstudie)"Stand-alone pre-data file"

Enthält das Protokoll und Plattenlayout für die

Enthält die Ergebnisse mehrerer PCR-Läufe undGenexpressionsanalysen.

.zpcr

Enthält Fluoreszenzablesungen aus dem(komprimierte

Standalone-Betrieb, die in eine Datendatei

Rohdatendatei)

konvertiert werden.

LIMS

.plrn

Enthält Platteneinrichtungs- undProtokollinformationen, die für die Durchführungeines LIMS-kompatiblen Durchlaufs erforderlich
sind.

JSON

.json

Diese schreibgeschützte Datei, die nur von CFX
Opus Dx Systemen generiert wird, enthält die
Laufdateidaten, die im Detailbereich des „File
Browser“ (Dateibrowser) angezeigt werden, wenneine Laufdatei ausgewählt wird. Diese Datei wird
nach Abschluss eines Laufs generiert. Sie wird mit
der .zpcr-Datei exportiert und mit den Datendateien
gespeichert, wenn der Speicherort entweder ein
USB-Laufwerk oder ein freigegebener
Netzwerkordner ist.

Benutzerhandbuch | 39

Kapitel 2 Installieren der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

40 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security
Edition-Benutzerkonten verwalten
Benutzer melden sich in CFX Maestro Dx Software, Security Edition mit ihrem Windows-Benutzernamen
und -Kennwort an. Die Person, die CFX Maestro Dx SE installiert hat, bekommt automatisch die Rolle desAdministrators zugewiesen und kann Benutzerkonten und Rollen erstellen und verwalten. Allen anderen
Benutzern muss ein Benutzerkonto zugewiesen werden, um sich anzumelden und die Software zu
verwenden.
Wichtig: Jeder Benutzer muss über ein Windows-Konto und ein Kennwort auf dem CFX Maestro Dx
SE-Computer verfügen, bevor Sie ein Benutzerkonto und eine Rolle zuweisen können. Benutzer
können entweder Mitglieder der Windows-Benutzergruppe oder der Windows-Administratorgruppe
sein. Mitglieder der Windows-Benutzergruppe können nur auf ihre eigenen CFX Maestro Dx SEDateien und -Ordner zugreifen. Mitglieder der Windows-Administratorgruppe können auf die Dateien
und Ordner aller Benutzer auf dem Computer zugreifen.
In diesem Kapitel wird erläutert, wie man Microsoft-Windows-Benutzer erstellt, um diese Benutzer zu
CFX Maestro Dx SE hinzuzufügen. In diesem Abschnitt wird auch erläutert, wie man CFX Maestro Dx SEBenutzer hinzufügt und Benutzerrollen und Berechtigungen verwaltet.

Benutzerhandbuch | 41

Kapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzerkonten verwalten

Starten der CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Hinweis: Jeder Benutzer muss sich mit seinem Windows-Benutzernamen und -Kennwort anmelden.

So starten Sie CFX Maestro Dx SE
1.

Doppelklicken Sie auf dem CFX Maestro Dx SE-Computerdesktop auf das Verknüpfungssymbol für
CFX Maestro Dx SE, um die Anwendung zu starten.

2.

Geben Sie im Dialogfeld „Login“ (Anmelden) Ihr Windows-Kennwort ein und klicken Sie auf OK.

Es öffnet sich die CFX Maestro Dx SE-Startseite. In der Titelleiste erscheint der WindowsBenutzername des angemeldeten Benutzers und in der Menüleiste wird ein blaues Emblem
angezeigt, das angibt, dass die Software mit 21 CFR Part 11 konform ist. Ein Beispiel:42 | CFX Maestro Dx SE Software

Starten der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Benutzerhandbuch | 43

Kapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzerkonten verwalten

Hinzufügen von Microsoft-Windows-Benutzern zu dem
Computer mit der CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Alle Benutzer müssen sich am CFX Maestro Dx SE-Computer mit ihrem Windows-Benutzernamen und Passwort anmelden. Um eine genaue Rückverfolgung zur Prüfung zu gewährleisten, können WindowsBenutzerkonten nicht über das Dialogfeld „Start“ > „Settings“ (Einstellungen) > „Accounts“ (Konten)
hinzugefügt werden. Windows-Benutzerkonten müssen über die Computerverwaltungskonsole
hinzugefügt werden.
Wichtig: Durch Änderungen an den Windows-Benutzereigenschaften (einschließlich Benutzername
und vollständiger Name), nachdem Sie den zugehörigen CFX Maestro Dx SE-Benutzer erstellthaben, wird der CFX Maestro Dx SE-Benutzer ungültig. Stellen Sie sicher, dass die Informationen
korrekt sind, bevor Sie den Windows-Benutzer speichern und den zugehörigen CFX Maestro Dx SEBenutzer erstellen.
Tipp: Lesen Sie die Dokumentation zur Systemverwaltung von Microsoft Windows und wenden Sie
sich für weitere Informationen an Ihren Windows-Systemadministrator, bevor Sie Windows-Konten
erstellen.

So fügen Sie Windows-Benutzerkonten zum CFX Maestro Dx SE-Computer hinzu
1.

Melden Sie sich am CFX Maestro Dx SE-Computer als Mitglied der Windows-Administratorengruppe
an.

2.

Klicken Sie auf dem Desktop mit der rechten Maustaste auf „My Computer“ (Arbeitsplatz) und wählen
Sie „Manage“ (Verwalten), um die Computerverwaltungskonsole zu öffnen.

3.

Erweitern Sie in der Computerverwaltungskonsole „Local Users“ (Lokale Benutzer) und „Groups“(Gruppen).

4.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf den Ordner „Users“ (Benutzer) und wählen Sie „New User“(Neuer Benutzer), um das Dialogfeld „New User“ (Neuer Benutzer) zu öffnen.

44 | CFX Maestro Dx SE Software

Hinzufügen von Microsoft-Windows-Benutzern zu dem Computer mit der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

5.

6.

Im Dialogfeld „New User“ (Neuer Benutzer) müssen Sie die folgenden Felder ausfüllen:n„User Name“ (Benutzername)n„Full Name“ (Vollständiger Name)n„Password“ (Passwort)n„Confirm Password“ (Passwort bestätigen)

Klicken Sie auf „Create“ (Erstellen).

Benutzerhandbuch | 45

Kapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzerkonten verwalten

Hinzufügen und Entfernen von CFX Maestro Dx Software,
Security Edition-Benutzern
Tipp: Nur Benutzer mit der Administratorrolle für CFX Maestro Dx SE können CFX Maestro Dx SEBenutzerkonten erstellen und entfernen. Der Person, die CFX Maestro Dx SE installiert hat, wird
automatisch die Administratorrolle zugewiesen. Diese Person kann die Administratorrolle anderen
Benutzern zuweisen.
Hinweis: In CFX Maestro Dx SE muss mindestens einem Benutzer die Administratorrolle
zugewiesen sein.

So fügen Sie Benutzerkonten zu CFX Maestro Dx SE hinzu
1.

Stellen Sie sicher, dass jeder beabsichtigte Benutzer Mitglied entweder der WindowsBenutzergruppe oder der Windows-Administratorgruppe ist und über ein Windows-Kennwort auf
dem CFX Maestro Dx SE-Computer verfügt.

2.

Starten Sie CFX Maestro Dx SE und melden Sie sich als Administrator an.

3.

Wählen Sie auf der Startseite „User“ (Benutzer) > „User Administration“ (Benutzerverwaltung) aus.
Daraufhin erscheint das Dialogfeld „User Administration“ (Benutzerverwaltung).

46 | CFX Maestro Dx SE Software

Verwalten von Benutzerrollen in der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

4.

Geben Sie im Abschnitt „Manage Users“ (Benutzer verwalten) die folgenden Informationen für jeden
Benutzer an:n„User Name“ (Benutzername) – in CFX Maestro Dx SE muss dies der Windows-LoginBenutzername des Benutzers sein.

n„Full Name“ (Vollständiger Name) – der vollständige Name des Benutzers.
Dieser Name wird im Feld „Full User“ (Vollständiger Name) im Prüfpfad angezeigt. Dieser Namemuss derselbe Name sein, der beim Erstellen des Windows-Benutzers in das Feld „Full Name“(Vollständiger Name) eingegeben wurde.

n„Role“ (Rolle) – die Rolle, die dem Benutzer zugewiesen werden soll.
Hinweis: Sie können nur eine Rolle aus der Drop-down-Liste auswählen. Weitere
Informationen finden Sie unter Verwalten von Benutzerrollen in der CFX Maestro Dx
Software, Security Edition.

n„Domain“ (Domäne) – die Windows-Domäne, von der aus der Benutzer auf die Software
zugreift.
Weitere Informationen erhalten Sie von Ihrem Windows-Systemadministrator.

5.

Klicken Sie auf OK und dann auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld„User Administration“ (Benutzerverwaltung) zu schließen.

So entfernen Sie ein CFX Maestro Dx SE-Benutzerkonto
1.

Starten Sie CFX Maestro Dx SE und melden Sie sich als Administrator an.

2.

Wählen Sie auf der Startseite „User“ (Benutzer) > „User Administration“ (Benutzerverwaltung), um
das Dialogfeld „User Administration“ (Benutzerverwaltung) zu öffnen.

3.

Wählen Sie im Bereich „Manage Users“ (Benutzer verwalten) „Remove“ (Entfernen) für jeden
Benutzer aus, den Sie entfernen möchten.

4.

Klicken Sie auf OK und dann auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld„User Administration“ (Benutzerverwaltung) zu schließen.

Verwalten von Benutzerrollen in der CFX Maestro Dx
Software, Security Edition
Wichtig: CFX Maestro Dx SE erfordert, dass mindestens einem Benutzer die Administratorrolle
zugewiesen wird. Sie können diese Rolle mehreren Benutzern zuweisen.
CFX Maestro Dx SE beinhaltet vier Benutzerrollen. Jedem Benutzer muss eine Rolle zugewiesen
werden, um auf die Software zugreifen zu können. Benutzern kann jeweils nur eine Rolle zugewiesen

Benutzerhandbuch | 47

Kapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzerkonten verwalten

werden, Sie können die Rolle eines Benutzers jedoch jederzeit ändern.
Mit Ausnahme der Administratorrolle können Sie die jeder Rolle zugewiesenen Berechtigungen ändern.
Alle Benutzer, denen eine Rolle zugewiesen wurde, erhalten nur die Berechtigungen dieser Rolle.
Standardmäßig lauten die Rechte für jede Rolle wie folgt:n„Administrator“ – diese Rolle verfügt über alle Berechtigungen. Sie können diese Berechtigungennicht ändern.

n„Principal“ (Hauptnutzer) – diese Rolle verfügt über alle Berechtigungen außer zum Einrichten von EMails.

n„Operator“ (Nutzer) – diese Rolle verfügt über alle Berechtigungen, außer zum Überspringen von
Zyklen und zum Einrichten von E-Mails.

n„Guest“ (Gast) – diese Rolle kann Dateien nur lesen.

Beim Zuweisen von Rollen in CFX Maestro Dx SE sollten Sie die Anforderungen für jeden Benutzer
sorgfältig bestimmen. Beispielsweise können Benutzer, denen die Gastrolle zugewiesen wurde, ohne die
Berechtigung zum Speichern keine Datei signieren. Ohne die Berechtigung zum Einrichten eines E-MailKontos erhält keine der Rollen nach Abschluss eines Laufs eine E-Mail.

So ändern Sie die Berechtigungen für eine Rolle
1.

Starten Sie CFX Maestro Dx SE und melden Sie sich als Administrator an.

2.

Wählen Sie auf der Startseite „User“ (Benutzer) > „User Administration“ (Benutzerverwaltung), um
das Dialogfeld „User Administration“ (Benutzerverwaltung) zu öffnen.

3.

Deaktivieren oder aktivieren Sie im Abschnitt „Manage Rights“ (Rechte verwalten) für jede Rolle das
Kontrollkästchen für bestimmte Berechtigungen je nach Bedarf.

4.

Klicken Sie auf OK und dann auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld„User Administration“ (Benutzerverwaltung) zu schließen.

Anzeigen Ihrer Rolle und Ihrer Berechtigungen
Tipp: Benutzer, denen die Rolle „Principal“ (Hauptnutzer), „Operator“ (Bediener) oder „Guest“ (Gast)
zugewiesen wurde, können nur ihre eigenen Benutzereinstellungen, Berechtigungen und Rollen
ansehen. Benutzer, denen die Administratorrolle zugewiesen wurde, können alle
Benutzerberechtigungen und -rollen ansehen.

Anzeigen Ihrer aktuellen Benutzerrolle und Berechtigungenu

Wählen Sie auf der Startseite „User“ (Benutzer) > „User Administration“ (Benutzerverwaltung) aus.

48 | CFX Maestro Dx SE Software

Verwalten von Benutzerrollen in der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Kontaktieren Sie Ihren CFX Maestro Dx SE-Administrator, um die Benutzereinstellungen,
Berechtigungen und Rollen, die im Fenster „User Administration“ (Benutzerverwaltung) aufgeführt sind,zu ändern.

Benutzerhandbuch | 49

Kapitel 3 CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Benutzerkonten verwalten

50 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx
Software, Security Edition
Wichtig: CFX Maestro Dx Software, Security Edition verwendet die Benutzerauthentifizierung vonMicrosoft Windows, um den Zugriff auf sichere CFX-Datendateien zu überprüfen. Wenden Sie sichan Ihren Windows-Administrator, um eine Umgebung zu erstellen, die den Anforderungen der 21
CFR Part 11 entspricht.
CFX Maestro Dx SE erlaubt es BenutzernnDaten- und Genexpressionsstudiendateien zu signieren.

nDatendateien mit einem Passwort zu schützen.

nPrüfpfade anzuzeigen und zu drucken.

In diesem Abschnitt werden diese Funktionen ausführlich erläutert.

Sichere Dateien
Standardmäßig speichert CFX Maestro Dx SE sichere Dateien im persönlichen Ordner desangemeldeten Benutzers, der sich unter folgender Adresse befindet:
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Sie können .pcrd-Dateien in diesem Ordner speichern und bearbeiten. Dieser Ordner enthält
Verknüpfungen zu anderen Ordnern (z. B. dem Probendateiordner), die schreibgeschützte Dateien
enthalten. Ein Administrator kann jedoch den Inhalt dieses Ordners löschen.
Tipp: Alternativ kann Ihr Windows-Systemadministrator einen freigegebenen Ordner erstellen und
Ihr CFX Maestro Dx SE-Administrator kann die Software so programmieren, dass alle Dateien indiesem Ordner gespeichert werden.
In CFX Maestro Dx SE werden die Platten-, Protokoll-, Daten- und Genexpressionsstudiendateien beim
Speichern als sicher markiert. Sie können diese Dateien in der CFX Maestro-Software oder in
CFX Maestro Dx SE erstellen. Nachdem Sie in CFX Maestro Dx SE gespeichert sind, können Sie dieseDateien nur in CFX Maestro Dx SE öffnen.

Benutzerhandbuch | 51

Kapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

CFX Maestro Dx SE erstellt einen Prüfpfad für alle sicheren Daten- und Genexpressionsstudiendateien(.pcrd- bzw. .mgxd-Dateien). Die Software zeichnet alle prüfbaren Aktivitäten im Prüfpfad der Datei auf.
Weitere Informationen finden Sie unter Prüfpfade auf Seite 331.

Sichere Dateien signieren
Nach dem Speichern einer Datei in CFX Maestro Dx SE können Benutzer eine elektronische Signatur
hinzufügen. Um eine Datei zu signieren, muss die Rolle des Benutzers über die Berechtigung zum
Speichern einer Datei verfügen. Beispielsweise verfügt die Rolle Gast standardmäßig nicht über die
Berechtigung zum Speichern einer Datei. Daher können Benutzer, denen diese Rolle zugewiesen wurde,keine Datei signieren.
In CFX Maestro Dx SE sind signierte Dateien nicht schreibgeschützt. Sie können mehrmals überprüft,
geändert und signiert werden. Alle Änderungen und Signaturen werden im Prüfpfad der Datei
nachverfolgt. Sie können die folgenden Dateitypen signieren:nDatendateien (.pcrd)nGenexpressionsstudiendateien (.mgxd)

Hinweis: Dateien müssen gespeichert werden, bevor sie signiert werden können. Wenn Sie kürzlicheinen Lauf in CFX Maestro Dx SE durchgeführt haben, speichern Sie zuerst die resultierende
Datendatei.

So signieren Sie eine Datei
1.

Melden Sie sich in CFX Maestro Dx SE mit Ihren Windows-Anmeldeinformationen an.

2.

Öffnen Sie die zu signierende sichere Datendatei oder Genexpressionsstudiendatei.

3.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Sign“ (Signieren). Das Dialogfeld „Electronic Signature“ (Elektronische
Signatur) wird angezeigt.

52 | CFX Maestro Dx SE Software

4.

Geben Sie Ihren Windows-Benutzernamen und Ihr Kennwort sowie den Grund für das Signieren derDatei ein.
Der Benutzername und der Grund für das Signieren sind im Prüfpfad enthalten (weitere
Informationen finden Sie unter Prüfpfade auf Seite 331).

5.

Klicken Sie auf OK, um die Signatur zu senden und das Dialogfeld zu schließen.

Sichere Dateien ändern
In CFX Maestro Dx SE können Benutzer sichere Dateien ändern, einschließlich signierter und nicht
signierter Daten- und Genexpressionsstudiendateien. Die Software fordert Sie auf, einen Grund für dieÄnderung anzugeben, wenn Sie eine geänderte sichere Daten- oder Genexpressionsstudiendatei
speichern. Die Änderungen werden im Prüfpfad der Datei nachverfolgt.
Tipp: Da die Software keine Prüfpfade für Platten- oder Protokolldateien erstellt, werden Sie nicht
aufgefordert, einen Grund anzugeben, wenn Sie Änderungen an diesen Dateien speichern.

So speichern Sie eine geänderte Daten- oder Genexpressionsstudiendatei
1.

Melden Sie sich in CFX Maestro Dx SE mit Ihren Windows-Anmeldeinformationen an.

2.

Öffnen und ändern Sie eine gesicherte Datendatei oder Genexpressionsstudiendatei.
Tipp: Eine Liste der prüfbaren Aktivitäten finden Sie unter Prüfbare Ereignisse auf Seite 333.

Benutzerhandbuch | 53

Kapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

3.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save“ (Speichern). Das Dialogfeld „Audit Trail Change Reason“(Änderungsgrund Prüfpfad) wird angezeigt.

In diesem Dialogfeld werden die folgenden Informationen angezeigt, die für jedes Änderungsereignis
in der Prüfpfad-Kopfzeile der Datei erfasst werden:n„Date“ (Datum) – das Datum, an dem die Änderung vorgenommen wurde.

n„User“ (Benutzer) – die Windows-Domäne und der Benutzername des angemeldeten
Benutzers.

n„Comment“ (Kommentar) – der zuletzt gespeicherte Kommentar.

n„Signature“ (Signatur) – die elektronische Signatur der letzten Person, die die Datei
unterschrieben hat.

n„Signature Reason“ (Grund für die Signatur) – der Grund für die Signatur.

n„Application“ (Anwendung) – CFX Maestro Dx SE (wird als BioRadCFXManager.exe
angezeigt, was korrekt ist).

n„Application Version“ (Anwendungsversion) – die aktuelle Version von CFX Maestro Dx SE.

n„Full User“ (Vollständiger Name) – der vollständige Name des angemeldeten Benutzers.

54 | CFX Maestro Dx SE SoftwareHinweis: Dieser Name wird im Prüfpfad angezeigt.
n„Machine“ (Gerät) – der Computer, auf dem CFX Maestro Dx SE installiert ist.

In der Änderungstabelle werden die prüfbaren Änderungen angezeigt, die infolge der Änderung
aufgetreten sind. Möglicherweise wird auch eine kurze Beschreibung für den Grund der Änderungangezeigt.
Tipp: In der Spalte „Reason for Change“ (Grund für die Änderung) können Sie Beschreibungenhinzufügen oder bearbeiten.
4.

Überprüfen Sie die Liste der Änderungen. Geben Sie gegebenenfalls detaillierte Gründe an.

5.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie auf „Save Changes“ (Änderungen speichern), um die Änderungen an der Datei
sowie alle an der Tabelle vorgenommenen Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu
schließen.
Die Änderungen an der Datei und die Gründe für die Änderungen werden im Prüfpfad der Datei
angezeigt.

nKlicken Sie auf „Cancel Changes“ (Änderungen verwerfen), um die Datei auf den vorherigen
Status zurückzusetzen und das Dialogfeld zu schließen.
Die Änderungen werden nicht in der Datei gespeichert und der Prüfpfad wird nicht aktualisiert.

Benutzerhandbuch | 55

Kapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Passwortschutz für Dateien einrichten
Als zusätzliche Sicherheitsstufe ermöglicht CFX Maestro Dx SE Benutzern das Festlegen von
Passwörtern für alle sicheren Dateien. Beachten Sie beim Festlegen von Passwörtern für eine sichere
Datei die folgenden Bedingungen:

BedingungAktionEs ist kein Passwort erforderlich.

Alle Benutzer können die sichere Datei basierend auf
ihren Berechtigungen öffnen, ändern und speichern.

Für die Datei ist das „Save

Alle Benutzer können die sichere Datei öffnen und

Password“ (Speichern-

Benutzer, die das Speichern-Passwort kennen, können

Passwort) erforderlich.

die sichere Datei ändern und speichern.

Für die Datei ist das „Open

Nur Benutzer, die das Öffnen-Passwort kennen, können

Password“ (Öffnen-Passwort)

die sichere Datei öffnen, ändern und speichern.

erforderlich.
Für die Datei sind sowohl das

Einige Benutzer können die sichere Datei öffnen, eineÖffnen- als auch das Speichern-

Untergruppe dieser Benutzer kann die Datei auch

Passwort erforderlich.

ändern und speichern.

Abhängig von der Rolle des Benutzers kann jeder Benutzer „Save As“ (Speichern unter) ausführen, um
eine neue sichere Datei mit einem anderen Namen zu erstellen oder eine Datei mit demselben Namen an
einem anderen Speicherort zu speichern, sofern eine der folgenden Bedingungen erfüllt ist:n

Die sichere Datei ist nicht passwortgeschützt.

n

Der Benutzer hat das Passwort zum Öffnen der Datei.

Tipp: Die neue Datei wird ohne Passwortschutz gespeichert. Die Originaldatei behält ihre
Passwörter bei.
Abhängig von der Rolle kann ein Benutzer die Originaldatei ändern und speichern, solang eine derfolgenden Bedingungen erfüllt ist:n

Die Datei ist nicht passwortgeschützt.

n

Der Benutzer hat das Passwort zum Öffnen und das Passwort zum Speichern der Datei.

Hinweis: Die Rolle des Benutzers muss das Recht zum Speichern von Dateien beinhalten, um
Passwörter festlegen zu können. Beispielsweise können Benutzer mit der Rolle „Guest“ (Gast) keine
Dateien speichern und daher keine Passwörter für eine Datei festlegen.

56 | CFX Maestro Dx SE Software

Wichtig: Nur CFX Maestro Dx SE-Administratoren können Kennwörter zurücksetzen oderentfernen.

Benutzerhandbuch | 57

Kapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

So richten Sie einen Passwortschutz für eine Datei ein
1.

Melden Sie sich in CFX Maestro Dx SE mit Ihren Windows-Anmeldeinformationen an.

2.

Öffnen Sie die sichere Datei.

3.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „File Passwords“ (Dateipasswörter). Das Dialogfeld „File Passwords“(Dateipasswörter) wird angezeigt.

4.

Geben Sie die Passwörter in die Felder „Save Password“ (Speichern-Passwort) und „Open
Password“ (Öffnen-Passwort) ein.
Tipp: Standardmäßig werden Passwörter bei der Eingabe als Sternchen angezeigt. Wählen Sie„Show Password“ (Passwort anzeigen), um das Passwort während der Eingabe anzuzeigen.
Wichtig: Bei Passwörtern wird zwischen Groß- und Kleinschreibung unterschieden.
CFX Maestro Dx SE legt keine Begrenzungen für Passwörter fest. Hinsichtlich der üblichen
Praxis erkundigen Sie sich bei Ihrem Systemadministrator nach den Anforderungen fürPasswörter an Ihrem Standort.

5.

Klicken Sie auf „Set Passwords“ (Passwörter festlegen), um die Passwörter festzulegen und das
Dialogfeld zu schließen.

6.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save“ (Speichern), um die Änderungen an der Datei zu speichern.

58 | CFX Maestro Dx SE Software

So entfernen Sie Passwörter
Wichtig: Sie müssen ein CFX Maestro Dx SE-Administrator sein, um Passwörter zu entfernen.
1.

Klicken Sie im Dialogfeld „Password Required“ (Passwort erforderlich) auf „Remove Passwords“(Passwörter entfernen).

Das CFX Maestro Dx SE-Dialogfeld „Login“ (Anmeldung) wird angezeigt.

2.

Geben Sie den Windows-Benutzernamen und das Kennwort für den CFX Maestro Dx SEAdministrator ein und klicken Sie auf OK.
Die ursprüngliche Datendatei wird angezeigt.
Wichtig: Sie müssen die Datei speichern, um die Passwörter zu entfernen.

3.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save“ (Speichern), um die Änderungen an der Datei zu speichern.

Benutzerhandbuch | 59

Kapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

So ändern Sie Passwörter
Wichtig: Nur CFX Maestro Dx SE-Administratoren können Passwörter ändern.
1.

Öffnen Sie die sichere Datei.

2.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „File Passwords“ (Dateipasswörter). Das Dialogfeld „File Passwords“(Dateipasswörter) wird angezeigt.

Tipp: Die Felder „Save Password“ (Speichern-Passwort), „Open Password“ (Öffnen-Passwort)und „Show Password“ (Passwort anzeigen) sind deaktiviert.
3.

Klicken Sie auf „Reset Passwords“ (Passwörter zurücksetzen).
Das CFX Maestro Dx SE-Dialogfeld „Login“ (Anmeldung) wird angezeigt.

60 | CFX Maestro Dx SE Software

4.

Geben Sie den Windows-Benutzernamen und das Kennwort für den CFX Maestro Dx SEAdministrator ein und klicken Sie auf OK.
Das Dialogfeld „File Passwords“ (Dateipasswörter) wird angezeigt.

5.

6.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nGeben Sie zum Zurücksetzen des Passwortschutzes ein neues Passwort in das entsprechende
Passwortfeld ein.

n

Deaktivieren Sie die Passwortfelder, um den Passwortschutz zu entfernen.

Klicken Sie auf „Set Passwords“ (Passwörter festlegen), um die Passwortänderungen zu speichernund das Dialogfeld zu schließen.

Benutzerhandbuch | 61

Kapitel 4 Verwenden der CFX Maestro Dx Software, Security Edition

62 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 5 Der Arbeitsbereich
CFX Maestro Dx Software, Security Edition bietet eine Schnittstelle zum Konfigurieren von Platten, zum
Entwickeln von PCR-Protokollen, zu deren Ausführen auf CFX Opus DxDeepwell Dx-Geräten und zur
Analyse der Daten von PCR-Läufen.
CFX Maestro Dx SE weist fünf primäre Arbeitsbereiche auf:n

Die Startseiten

Der „Startup Wizard“ (Startassistent)n

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)n

Das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor)n

Das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

In diesem Kapitel wird jeder Arbeitsbereich gezeigt und kurz beschrieben.

Benutzerhandbuch | 63Kapitel 5 Der Arbeitsbereich

Die Startseite
CFX Maestro Dx SE öffnet mit der Startseite und zeigt den „Startup Wizard“ (Startassistent) an, über den
Sie ein Experiment einrichten, einen Lauf ausführen oder wiederholen oder einen vorhandenen Laufanalysieren können. Auf der Startseite können Sie außerdem Anwendungs- und Geräteprotokolle
ansehen, Benutzer erstellen und verwalten und auf viele nützliche Werkzeuge zugreifen. Weitere
Informationen finden Sie in Kapitel 6, Die Startseite.

64 | CFX Maestro Dx SE Software

Der „Startup Wizard“ (Startassistent)

Der „Startup Wizard“ (Startassistent)
Nutzen Sie den Startassistenten für die schnelle Einrichtung und Durchführung benutzerdefinierter
Experimente oder die Auswahl und Durchführung eines PrimePCR-Experiments. Sie können diesen
Assistenten auch für die Wiederholung eines Laufs oder die Analyse von Laufdaten verwenden.

Benutzerhandbuch | 65

Kapitel 5 Der Arbeitsbereich

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)
Mithilfe des „Protocol Editor“ (Protokolleditor) können Sie ein Protokoll erstellen, öffnen, überprüfen undbearbeiten. Sie können auch die Deckeltemperatur für das geöffnete Protokoll ändern. Die
Funktionsweise des „Protocol Editor“ (Protokolleditor) wird in Kapitel 7, Erstellen von Protokollen
erläutert.

66 | CFX Maestro Dx SE Software

Das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor)

Das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor)
Mithilfe des „Plate Editor“ (Platteneditor) können Sie eine Platte erstellen, öffnen, überprüfen undbearbeiten. Die Funktionsweise des „Plate Editor“ (Platteneditor) wird in Kapitel 8, Vorbereiten von
Platten erläutert.

Benutzerhandbuch | 67

Kapitel 5 Der Arbeitsbereich

Das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)
Im Datenanalysefenster können Sie Laufdaten ansehen und vergleichen, statistische Analysen
durchführen, Daten exportieren und veröffentlichungsreife Berichte erstellen. Die
Datenanalysefunktionen werden in Kapitel 10, Datenanalyseübersicht und Kapitel 11,
Datenanalysedetails ausführlich beschrieben.

68 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 6 Die Startseite
CFX Maestro Dx Software, Security Edition bietet eine Schnittstelle für die Entwicklung von PCRProtokollen, zu deren Ausführung auf CFX-Dx Systemen und zur Analyse von PCR-Laufdaten.
In diesem Kapitel wird CFX Maestro Dx SE vorgestellt und die über die Startseite verfügbaren Funktionen
werden beschrieben.

Benutzerhandbuch | 69

Kapitel 6 Die Startseite

Die Startseite
CFX Maestro Dx SE öffnet mit der Startseite und zeigt den „Startup Wizard“ (Startassistent) an, über den
Sie einen Lauf einrichten, ausführen oder wiederholen oder einen vorhandenen Lauf analysieren können.
Auf der Startseite können Sie außerdem Anwendungs- und Geräteprotokolle ansehen, Benutzer erstellen
und verwalten und auf viele nützliche Werkzeuge zugreifen.

LEGENDE1.

Die Softwaretitelleiste zeigt den Namen der Software und den angemeldeten Benutzer an.

2.

Über die Menüleiste erhalten Sie schnellen Zugriff auf die Befehle für die Menüs „File“ (Datei),„View“ (Anzeige), „Users“ (Benutzer), „Run“ (Lauf), „Tools“ (Werkzeuge), „Window“ (Fenster)und „Help“ (Hilfe).

3.

Die Befehle der Symbolleiste bieten schnellen Zugriff auf Menüoptionen.

4.

Im linken Bereich werden die Geräte angezeigt, die mit dem CFX Maestro Dx SE-Computerverbunden sind, sowie Schaltflächen, über die Sie den Deckel bedienen und den Status derGeräte ansehen können.

70 | CFX Maestro Dx SE Software

Die Startseite

5.

Im Hauptbereich wird das Arbeitsfenster angezeigt. Das Standardarbeitsfenster auf dem
Startbildschirm ist „Startup Wizard“ (Startassistent).

6.

Die Statusleiste zeigt die Namen der verbundenen Geräte und den angemeldeten Benutzer an.

Menübefehle „File“ (Datei)„New“ (Neu) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie wählen können, ein neues Protokoll, eine neue Platte odereine neue „Gene Study“ (Genexpressionsstudie) zu erstellen.
„Open“ (Öffnen) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie wählen können, ein vorhandenes Protokoll, einevorhandene Platte, eine Datendatei, eine Genexpressionsstudie, eine LIMS-Datei, einen Lauf auf einem
eigenständigen Gerät ohne Computer (unabhängiger Lauf) durchzuführen oder eine PrimePCR™-Datei
zu öffnen.
„Recent Data Files“ (Aktuelle Datendateien) – zeigt eine Liste mit vor kurzem geöffneten PCR-Dateien
an.
„Repeat a Run“ (Einen Lauf wiederholen) – öffnet Windows Explorer am Speicherort der PCR-Dateien,
mit denen Sie einen Lauf wiederholen können.
„Exit“ (Beenden) – schließt CFX Maestro Dx SE.

Menübefehle „View“ (Ansicht)„Application Log“ (Anwendungsprotokoll) – zeigt ein Protokoll der Softwarenutzung ab derursprünglichen Installation bis zum aktuellen Datum an.
„Run Reports“ (Laufberichte) – zeigt eine Liste der Laufberichte an.
„Startup Wizard“ (Startassistent) – zeigt den „Startup Wizard“ (Startassistent) im Hauptbereich an.
„Run Setup“ (Laufkonfiguration) – zeigt das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) im Hauptbereichan.
„Instrument Summary“ (Gerätezusammenfassung) – zeigt das Fenster „Instrument Summary“(Gerätezusammenfassung) im Hauptbereich an.
„Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) – wechselt zwischen Anzeigen und Ausblenden dererkannten Geräte im linken Bereich. Standardmäßig zeigt die Software die erkannten Geräte im linken
Bereich an.
„Toolbar“ (Symbolleiste) – wechselt zwischen Anzeigen und Ausblenden der Symbolleiste am oberen
Bildschirmrand. Standardmäßig zeigt die Software die Symbolleiste an.

Benutzerhandbuch | 71Kapitel 6 Die Startseite„Status Bar“ (Statusleiste) – wechselt zwischen Anzeigen und Ausblenden der Statusleiste am unteren
Bildschirmrand. Standardmäßig zeigt die Software die Statusleiste an.
„Show“ (Anzeigen) – öffnet ein Dialogfeld, in dem SienStatus der erkannten Reaktionsblöcke (Geräte) anzeigen;nden CFX Maestro Dx SE-Datenordner öffnen und ansehen können;nden Datenordner des Benutzers öffnen und ansehen können;nden LIMS-Datenordner öffnen und ansehen können;nden PrimePCR-Ordner öffnen und ansehen können;ndie Laufhistorie ansehen können;ndie Eigenschaften aller verbundenen Geräte ansehen können.

Menübefehle „User“ (Benutzer)„Select User“ (Benutzer wählen) – öffnet den Anmeldebildschirm, auf dem Sie einen Benutzer aus derDrop-down-Liste der Benutzernamen auswählen und sich bei der Anwendung anmelden können.
„Change Password“ (Passwort ändern) – öffnet das Dialogfeld „Change Password“ (Passwort ändern),
in dem die Benutzer ihr Passwort ändern können.
Hinweis: Diese Option ist für CFX Maestro Dx SE deaktiviert. Benutzer müssen ihr WindowsPasswort ändern, um ihr CFX Maestro Dx SE-Passwort zu ändern.
„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) – öffnet das Dialogfeld „User Preferences“(Benutzereinstellungen), in dem Benutzer die Standardeinstellung für Folgendes ändern können:nVersenden und Empfangen von E-Mail-Benachrichtigungen bei Abschluss eines Laufsn

Speichern von DatendateiennAnwenderspezifische Grundeinstellungen für die Erstellung von ThermoprofilennVoreinstellungen für das anwenderspezifische PlattenlayoutnAnwenderspezifische Voreinstellungen für die DatenanalysenVoreinstellungen für die anwenderspezifische GenexpressionsanalysenAnwenderspezifische Einstellungen zur Qualitätskontrolle der DatennAnwenderspezifische Einstellungen zum Export von CFX-Daten

72 | CFX Maestro Dx SE Software

Die Startseite„User Administration“ (Benutzerverwaltung) – öffnet das Dialogfeld „User Administration“(Benutzerverwaltung), in dem Administratoren Benutzer erstellen, Rollenberechtigungen ändern und
Benutzern Rollen zuweisen können.
„Bio-Rad Service Login“ (Anmeldung zu Wartungszwecken) – nur für das technische Servicepersonalvon Bio-Rad. Wählen Sie diesen Befehl nicht aus.

Menübefehle „Run“ (Lauf)„User-defined Run“ (Benutzerdefinierter Lauf) – öffnet das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration), indem Sie ein benutzerdefiniertes Protokoll und eine Platte einrichten und anschließend ein PCRExperiment auf dem ausgewählten Gerät ausführen können.
„PrimePCR Run“ (PrimePCR-Lauf) – öffnet die Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) im Fenster „Run
Setup“ (Laufkonfiguration), in der das standardmäßige PrimePCR-Protokoll und das Plattenlayoutbasierend auf dem ausgewählten Gerät geladen sind.
„End-Point Only Run“ (Nur Endpunktlauf) – öffnet die Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) im
Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration), in der das standardmäßige Endpunktprotokoll und das
Plattenlayout basierend auf dem ausgewählten Gerät geladen sind.
„Qualification Run“ (Qualifikationslauf) – öffnet die Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) im Fenster„Run Setup“ (Laufkonfiguration), in der das standardmäßige Qualifikationsprotokoll und Plattenlayout von
Bio-Rad für das ausgewählte Gerät geladen sind.

Menübefehle „Tools“ (Werkzeuge)„Master Mix Calculator“ (Master-Mix-Rechner) – öffnet den Master-Mix-Rechner, in dem Sie eine
Reaktionsmischung erstellen und die Berechnungen ausdrucken können.
„Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) – öffnet das „Protocol AutoWriter“-Dialogfeld,in dem Sie auf einfache Weise ein neues Protokoll erstellen können.
„Ta Calculator“ (Ta-Rechner) – öffnet den Ta-Rechner, in dem Sie auf einfache Weise die AnnealingTemperatur der Primer berechnen können.
„Dye Calibration Wizard“ (Assistent für die Farbstoffkalibrierung) – öffnet den Assistenten für die
Farbstoffkalibrierung, in dem Sie ein Gerät für einen neuen Fluoreszenzfarbstoff kalibrieren können.
„Reinstall Instrument Drivers“ (Neuinstallation von Gerätetreibern) – installiert die Treiber neu, welche
die Kommunikation mit den Echtzeit-PCR-Systemen von Bio-Rad steuern.
„Zip Data and Log Files“ (Daten- und Protokolldateien komprimieren) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie
Dateien zum Komprimieren auswählen und diese zum Aufbewahren oder Versenden per E-Mail als ZIPDatei speichern können.

Benutzerhandbuch | 73

Kapitel 6 Die Startseite„Batch Analysis“ (Chargenanalyse) – öffnet ein Chargenanalyse-Dialogfeld, in dem Sie die Parameter
zur Analyse von mehr als einer Datendatei gleichzeitig einstellen können.
„Options“ (Optionen) – öffnet ein Dialogfeld, in dem SienIhre E-Mail-Servereinstellungen konfigurieren können

ndie Exporteinstellungen für LIMS-, Seegene- und andere Datendateien konfigurieren können
Tipp: Sie können auch die Option auswählen, den Seegene Viewer beim Export
automatisch zu starten, wenn Sie Ihre Daten im Seegene-Format exportieren möchten.

nSprache ändern, die die Benutzeroberfläche anzeigt (Englisch, Chinesisch, Russisch)
Wichtig: Sie müssen CFX Maestro Dx SE neu starten, um die gewählte Spracheanzuzeigen.
Wichtig: Die Sprache Ihres Betriebssystems muss der Sprache entsprechen, die Sie in der
CFX Maestro Dx SE-Schnittstelle anzeigen möchten.

Menübefehle „Help“ (Hilfe)
Tipp: Das Menü „Help“ (Hilfe) ist in der Menüleiste in allen CFX Maestro Dx SE-Fenstern verfügbar.
„Contents“ (Inhalte) – zeigt die Registerkarte „Contents“ (Inhalte) im CFX Maestro Dx SE-Hilfesysteman.
„Index“ – zeigt die Registerkarte „Index“ im CFX Maestro Dx SE-Hilfesystem an.
„Search“ (Suche) – zeigt die Registerkarte „Search“ (Suche) im CFX Maestro Dx SE-Hilfesystem an.
„Open User Guide“ (Benutzerhandbuch öffnen) – öffnet ein PDF dieses Handbuchs.
„Additional Documentation“ (Zusätzliche Dokumentation) – bietet Zugriff auf die Bedienungsanleitung
für CFX Opus Dx Echtzeit-PCR-Systeme.
„Release Notes“ (Versionsinformationen) – öffnet das Dokument mit Versionsinformationen für die
installierte Version von CFX Maestro Dx SE.
„Video Resources“ (Videoressourcen) – öffnet eine Website mit Videoressourcen von Bio-Rad, wie zum
Beispiel Anleitungsvideos.
„qPCR Applications and Technologies Web Site“ (Website qPCR-Anwendungen und
Technologien) – öffnet die Website von Bio-Rad mit qPCR-Anwendungen und Technologien, auf der Sie
mehr über Echtzeit-PCR (qPCR) erfahren können.
„PCR Reagents Web Site“ (Website qPCR-Reagenzien) – öffnet die PCR- und qPCR-ReagenzienWebsite von Bio-Rad, über die Sie PCR-Reagenzien, Supermixe, Farbstoffe und Kits bestellen können.

74 | CFX Maestro Dx SE Software

Die Startseite„PCR Plastic Consumables Web Site“ (Website qPCR-Kunststoff- und -Verbrauchsmaterialien) –öffnet die Website von Bio-Rad mit PCR-Kunststoff- und -Verbrauchsmaterialien, über die Sie PCRPlatten, Plattendichtungen, Röhrchen und Deckel sowie anderes Kunststoffzubehör bestellen können.
„Software Web Site“ (Softwarewebsite) – öffnet die Website von Bio-Rad mit PCR-Analysesoftware,über die Sie aktualisierte Versionen der CFX Maestro Dx SE von Bio-Rad herunterladen können.
„About“ (Info) – zeigt Copyright- und Versionsinformationen von CFX Maestro Dx SE an.

Symbolleistenbefehle– öffnet den Windows Explorer, in dem Sie zu einer Daten- oder einer Genexpressionsstudiendatei
navigieren und diese öffnen können.

– öffnet den „Master Mix Calculator“ (Master-Mix-Rechner).

– öffnet das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration).

– öffnet das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) mit dem für das ausgewählte Gerät
festgelegten standardmäßigen PrimePCR-Protokoll und Plattenlayout.

– öffnet den „Startup Wizard“ (Startassistent).

Benutzerhandbuch | 75

Kapitel 6 Die Startseite

Der „Startup Wizard“ (Startassistent)
Wenn CFX Maestro Dx SE startet, zeigt der Arbeitsbereich den „Startup Wizard“ (Startassistent) an. Überden „Startup Wizard“ (Startassistent) können Sie:n

Ein Gerät aus der Liste „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) auswählen und einenbenutzerdefinierten oder PrimePCR-Lauf einrichten.

nEinen Lauf öffnen und wiederholen.

nEine Datendatei öffnen, um die Ergebnisse eines einzelnen Laufs zu analysieren, oder eine
Genexpressionsstudiendatei öffnen, um die Ergebnisse mehrerer Genexpressionsläufe zu
analysieren.

Diese Aufgaben werden in den nachfolgenden Kapiteln noch detaillierter erklärt.

Statusleiste
Auf der linken Seite der Statusleiste am unteren Rand des Haupt-Softwarefensters wird der aktuelle
Status der erkannten Geräte angezeigt. Auf der rechten Seite der Statusleiste wird der Name desaktuellen Benutzers sowie Datum und Uhrzeit angezeigt.

76 | CFX Maestro Dx SE Software

Die Startseite

Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte)
Im Fensterbereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) wird jedes Gerät angezeigt, das mit dem
CFX Maestro Dx SE-Computer verbunden ist. Standardgemäß erscheint jedes Gerät als ein Symbol unddessen Seriennummer erscheint als dessen Name.
Von diesem Bereich aus können Sie
nDie Eigenschaften und kalibrierten Farbstoffe für das ausgewählte Gerät anzeigen.
Informationen über Geräteeigenschaften finden Sie unter Anzeigen der Geräteeigenschaften auf
Seite 80.

n

Den Status eines verbundenen Geräts anzeigen.

n

Den motorisierten Deckel des ausgewählten Geräts öffnen.

nDen motorisierten Deckel des ausgewählten Geräts schließen.

n

Den Status aller verbundenen Geräte anzeigen.

Anzeige des Status eines verbundenen GerätsuWählen Sie im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) das Zielgerät und führen Sie einender folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie im Abschnitt „Selected Instrument“ (Ausgewähltes Gerät) auf „View Status“ (Statusanzeigen).

n

Klicken Sie mit der rechten Maustaste und wählen Sie aus dem sich öffnenden Menü die Option„View Status“ (Status anzeigen).

Es erscheint das Dialogfeld „Run Details“ (Laufdetails), das die Registerkarte „Run Status“(Laufstatus) anzeigt. Der Status des ausgewählten Geräts wird unter dem Bereich „Run Status“(Laufstatus) angezeigt. Zum Beispiel:

Benutzerhandbuch | 77Kapitel 6 Die Startseite

So öffnen oder schließen Sie einen GerätedeckeluWählen Sie im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) ein Zielgerät und führen Sie einender folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie im Abschnitt „Selected Instrument“ (Ausgewähltes Gerät) auf „Open Lid“ (Deckelöffnen) oder „Close Lid“ (Deckel schließen).

n

Klicken Sie mit der rechten Maustaste und wählen Sie in dem sich öffnenden Menü die
entsprechende Maßnahme aus.

nÖffnen Sie das Dialogfeld „Run Details“ (Laufdetails), wählen Sie die Registerkarte „Run Status“(Laufstatus) und klicken Sie auf „Open Lid“ (Deckel öffnen) oder „Close Lid“ (Deckel schließen).

Anzeigen des Status aller erkannten GeräteuFühren Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie im Abschnitt „All Instruments“ (Alle Geräte) im Bereich „Detected Instruments“(Erkannte Geräte) auf „View Summary“ (Zusammenfassung anzeigen).

n

Wählen Sie in der Menüleiste „View“ (Ansicht) > „Instrument Summary“(Gerätezusammenfassung) aus.

Das Dialogfeld „Instrument Summary“ (Gerätezusammenfassung) wird angezeigt.
Tipp: Wenn das System nur ein verbundenes Gerät erkennt, erscheint der Abschnitt „All
Instruments“ (Alle Geräte) nicht im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte). Um die
Gerätezusammenfassung für ein einzelnes Gerät anzuzeigen, wählen Sie „View“ (Ansicht) >„Instrument Summary“ (Gerätezusammenfassung).

78 | CFX Maestro Dx SE Software

Die Startseite

Steuerungen der Symbolleiste „Instrument Summary“ (Gerätezusammenfassung)Tabelle 5 führt die Steuerungen und Funktionen in der Symbolleiste „Instrument Summary“(Gerätezusammenfassung) auf.
Tabelle 5. Steuerungen der Symbolleiste „Instrument Summary“ (Gerätezusammenfassung)Schaltfläche

Name derSchaltfläche

Funktion„Create a new Run“ (Einen

Erstellt einen neuen Lauf für den

neuen Lauf erstellen)

ausgewählten Block, indem das Fenster„Run Setup“ (Laufkonfiguration) geöffnet
wird.

„Stop“ (Stopp)

Hält den aktuellen Lauf für ausgewählte
Blöcken an.

Pause

Unterbricht den aktuellen Lauf fürausgewählte Blöcken.

„Resume“ (Fortsetzen)

Setzt den Lauf bei ausgewählten Blöcken
fort.

„Flash Block Indicator“

Lässt die Anzeige-LED am Deckel der(Blinkanzeige Block)ausgewählten Blöcke aufleuchten.

„Open Lid“ (Deckel öffnen)Öffnet den motorisierten Deckel desausgewählten Blocks.

„Close Lid“ (Deckel

Schließt den motorisierten Deckel desschließen)

ausgewählten Blocks.

„Hide Selected Blocks“

Blendet die ausgewählten Blöcke in der(Ausgewählte Blöcke

Liste „Instrument Summary“

ausblenden)(Gerätezusammenfassung) aus.

„Show All Blocks“ (AlleZeigt die ausgewählten Blöcke in der Liste

Blöcke anzeigen)„Instrument Summary“(Gerätezusammenfassung) an.

Benutzerhandbuch | 79Kapitel 6 Die Startseite

Schaltfläche

Name derSchaltfläche

Funktion„Show“ (Anzeigen)Wählen Sie aus, welche Blöcke in derListe angezeigt werden. Wählen Sie eineder Optionen, um alle erkannten Blöcke,alle inaktiven Blöcke, alle Blöcke, die vom
aktuellen Benutzer ausgeführt werden,oder alle aktuell ausgeführten Blöcke
anzuzeigen.

Anzeigen der Geräteeigenschaften
Im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) können Sie Details zu einem erkannten Gerät
einsehen, einschließlich seiner Eigenschaften, des Status seiner Transportsicherungsschraube (nur
CFX Connect- und CFX Touch-Geräte) und einer Liste seiner kalibrierten Farbstoffe (Fluorophore).

So zeigen Sie die Geräteeigenschaften anu

Klicken Sie im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) mit der rechten Maustaste auf das
Zielgerät und wählen Sie „Properties“ (Eigenschaften) im Menü, das erscheint.

Registerkarte „Properties“ (Eigenschaften)
In der Registerkarte „Properties“ (Eigenschaften) werden die technischen Details zum ausgewählten
Gerät, einschließlich Modell, Seriennummer seiner Komponenten sowie Firmwareversionen, angezeigt.
Der Standardname des Gerätes (seine Seriennummer) erscheint an vielen Stellen, einschließlich desBereichs „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) sowie in der Kopfleiste des Dialogfelds „Instrument
Properties“ (Geräteeigenschaften). Sie können das Gerät umbenennen, um es leichter identifizieren zu
können.
Hinweis: Sie können den Namen des CFX Opus-Geräts nicht mit CFX Maestro ändern.

Registerkarte „Calibrated Dyes“ (Kalibrierte Farbstoffe)
Die Registerkarte „Calibrated Dyes“ (Kalibrierte Farbstoffe) zeigt die kalibrierten Fluorophore und Platten
für das ausgewählte Gerät an.

80 | CFX Maestro Dx SE Software

Die Startseite

Klicken Sie auf die Schaltfläche „Info“ in der Spalte „Detail“ (Details), um detaillierte Informationen zu
einer Kalibration zu erhalten.

Benutzerhandbuch | 81

Kapitel 6 Die Startseite

Bevor Sie anfangen
In diesem Abschnitt werden Schritte erläutert, die Sie möglicherweise durchführen müssen, bevor Sie
CFX Maestro Dx SE verwenden. Diese beinhalten:nErstellen eines Reaktions-Master-MixnKalibrieren neuer Farbstoffe

Erstellen eines Reaktions-Master-Mix
Mithilfe des Master-Mix-Rechners von CFX Maestro Dx SE können Sie das erforderliche Volumen fürjede Komponente in Ihrem Master-Mix leicht berechnen. Sie können die Master-Mix-Berechnungstabelle
mit Ihrem Standarddrucker ausdrucken und die Berechnungen für jedes Zielgen zur späteren
Verwendung speichern.

So erstellen Sie einen Reaktions-Master-Mix unter Verwendung des Master-Mix-Rechners
1.

Zum Öffnen des Master-Mix-Rechners führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nWählen Sie „Tools“ (Werkzeuge) > „Master Mix Calculator“ (Master-Mix-Rechner).

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „Master Mix Calculator“ (Master-Mix-Rechner).

Der Master-Mix-Rechner wird angezeigt.

82 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

2.

Wählen Sie im Abschnitt „Reaction“ (Reaktion) eine Nachweismethode aus:n

SYBR® Green/EvaGreen®

n„Probes“ (Sonden)

3.

Um ein neues Ziel zu erstellen, klicken Sie im Abschnitt „Target“ (Zielgen) auf „Create New“ (Neuerstellen). Ein neuer Zielgenname wird in der Ziel-Drop-down-Liste angezeigt.

4.

(Optional) Zum Ändern des Standardzielgennamens:

5.

a.

Markieren Sie den Zielgennamen in der Ziel-Drop-down-Liste.

b.

Geben Sie in das Feld „Target“ (Zielgen) einen neuen Zielgenamen ein.

c.

Drücken Sie die ENTER-Taste.

Passen Sie die Start- und Endkonzentrationen für die Forward- und Reverse-Primer und jegliche
Sonden an.

Benutzerhandbuch | 83

Kapitel 6 Die Startseite

6.

Passen Sie im Abschnitt „Master Mix Setup“ (Einrichten des Master-Mix) die Werte an fürndie Anzahl an auszuführenden Reaktionenndas Reaktionsvolumen pro Kavitätndas Templatevolumen pro Kavitätndie Supermix-Konzentration pro Kavitätndas überschüssige Reaktionsvolumen pro Kavität

7.

(Optional) Führen Sie die Schritte 2–6 für so viele Zielgene durch wie nötig.

8.

Wählen Sie im Abschnitt „Choose Target to Calculate“ (Zu berechnendes Zielgen auswählen) das
Zielgen aus, das Sie berechnen möchten.
Tipp: Sie können nur ein Zielgen, mehrere Zielgene oder alle Zielgene gleichzeitig berechnen.
Die errechneten Volumina der erforderlichen Komponenten für jedes ausgewählte Zielgen werden inder Master-Mix-Tabelle angezeigt.

9.

Klicken Sie auf „Set as Default“ (Als Standardwert festlegen), um die Mengeneingabe in den
Abschnitten „Target“ (Zielgen) und „Master Mix Setup“ (Einrichten des Master-Mix) als neueStandardwerte festzulegen.

10. Klicken Sie auf OK, um die Inhalte des Dialogfelds „Master Mix Calculator“ (Master-Mix-Rechner) zu
speichern.

So drucken Sie die Master-Mix-Berechnungstabelleu

Um eine Master-Mix-Berechnungstabelle auszudrucken, klicken Sie auf „Print“ (Drucken).
Die Berechnungstabelle wird auf Ihrem Standarddrucker ausgedruckt.

So speichern Sie die Master-Mix-Berechnungstabelle im PDF-FormatuÄndern Sie Ihren Standarddrucker in einen PDF-Druckertreiber und klicken Sie im „Master Mix
Calculator“ (Master-Mix-Rechner) auf „Print“ (Drucken).

So löschen Sie ZielgeneuWählen Sie das Zielgen anhand der Ziel-Drop-down-Liste aus und klicken Sie auf „Remove“(Entfernen).
Wichtig: Wird ein Zielgen von der Zielgenliste entfernt, so wird es ebenfalls aus allen MasterMix-Berechnungen gelöscht, in denen es verwendet wurde. Geben Sie daher acht, wenn Sie ein
Zielgen löschen.

84 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Neue Farbstoffe kalibrieren
Die CFX Opus 96 Dx und CFX Opus Deepwell Dx-Systeme sind werkseitig für häufig verwendete
Fluorophore in Platten mit weißen und transparenten Kavitäten kalibriert. Die CFX Opus 384 Dx-Systeme
sind werkseitig nur für häufig verwendete Fluorophore in Platten mit weißen Kavitäten kalibriert. Tabelle 6
listet die Fluorophore und Kanäle auf, für die jedes Gerät kalibriert ist.
Hinweis: Die CFX Opus 96 Dx , CFX Opus 384 Dx und CFX Opus Deepwell Dx Systeme enthalten
auch einen Kanal für die FRET-Chemie. Dieser Kanal erfordert keine Kalibrierung für spezifische
Farbstoffe.
Wichtig: Wenn Sie eine benutzerdefinierte Kalibrierung eines Farbstoffs durchführen, der werkseitig
kalibriert wurde, verwendet das Gerät die benutzerdefinierte Kalibrierung anstelle der werkseitigen
Kalibrierung.
Tabelle 6. Werkseitig kalibrierte Fluorophore, Kanäle und Geräte

Fluorophore

Kanal

Exzitation, nm

Nachweis, nm

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Green IGerät
CFX Opus 96
Dx , CFX
Opus 384 Dx
und CFX
Opus
Deepwell Dx
Systeme

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

CFX Opus 96

Fluor Gold 540,

Dx , CFX

Cal Fluor Orange

Opus 384 Dx

560

und CFX
Opus
Deepwell Dx
Systeme

ROX, Texas Red,3

560–590

610–650

CFX Opus 96

CAL Fluor Red

Dx , CFX

610, TEX 615

Opus 384 Dx
und CFX
Opus
Deepwell Dx
SystemeBenutzerhandbuch | 85

Kapitel 6 Die Startseite

Fluorophore

Kanal

Exzitation, nm

Nachweis, nm

CY5, Quasar 670

4

620–650

675–690Gerät
CFX Opus 96
Dx , CFX
Opus 384 Dx
und CFX
Opus
Deepwell Dx
SystemeQuasar 705, Cy5.5

5

672–684705–730Nur
CFX Opus 96
Dx Systeme

FRET-Chemie (nicht werkseitig kalibriert)
Nicht werkseitig„FRET“kalibrierte Farbe

450–490560–580

CFX Opus 96
Dx , CFX
Opus 384 Dx
und CFX
Opus
Deepwell Dx
Systeme86 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

So kalibrieren Sie neue Farbstoffe für CFX-Systeme
1.

Wählen Sie auf der Startseite ein Zielgerät im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) aus.

2.

Wählen Sie „Tools“ (Werkzeuge) > „Calibration Wizard“ (Kalibrierungsassistent), um den Assistenten
zur Farbstoffkalibrierung zu öffnen.

Bereits für das Zielgerät kalibrierte Fluorophore erscheinen in der Tabelle „Calibrated Fluorophores“(Kalibrierte Fluorophore).
3.

Wählen Sie im Abschnitt „Calibrate New or Existing Fluorophores“ (Neue oder vorhandene
Fluorophore kalibrieren) den Fluorophor aus der Drop-down-Liste aus, das Sie kalibrieren möchten.
Wenn der Fluorophorname nicht in der Liste aufgeführt ist, geben Sie den Namen in das Textfeld ein,um ihn zu der Liste hinzuzufügen.
Wichtig: Geben Sie acht, wenn Sie benutzerdefinierte kalibrierte Fluorophore benennen. Wenn
Sie eine benutzerdefinierte Farbstoffkalibrierung für einen Fluorophor mit demselben Namen
wie der eines werkseitig kalibrierten Fluorophors erstellen, verwendet das Gerät während der
Läufe den benutzerdefinierten Fluorophor (nicht den werkseitig kalibrierten Fluorophor).

4.

Wählen Sie den Plattentyp für den Fluorophor aus.
Wenn der Plattentyp nicht in der Liste aufgeführt ist, geben Sie den Namen in das Textfeld ein, um
ihn zu der Liste hinzuzufügen.

Benutzerhandbuch | 87Kapitel 6 Die Startseite

5.

Wählen Sie einen Kanal für den Fluorophor aus.

6.

Wählen Sie eine Plattenspalte für den Fluorophor aus.

7.

(Optional) Geben Sie eine Farbe ein, die mit dem Fluorophor verbunden werden soll.

8.

Klicken Sie auf „Add to Plate“ (Zur Platte hinzufügen), um den Fluorophor hinzuzufügen.

9.

(Optional) Wiederholen Sie die Schritte 3–8, um jeden Fluorophor hinzuzufügen, der für die Plattekalibriert werden soll.

10. Wenn Sie alle Fluorophore hinzugefügt haben, klicken Sie auf „View Plate“ (Platte anzeigen), um das
Fenster „Pure Dye Plate Display“ (Anzeige reine Farbstoffe für Platte) zu öffnen.
Nutzen Sie dieses Fenster als Anleitung für das Laden von Farbstoffen in die Platte.
11. Bereiten Sie eine Platte mit 96, 384 Kavitäten oder Deep Well zur Farbstoffkalibrierung vor:a.

Fügen Sie mit einer Pipette Farbstofflösung in jede Kavität, wobei Sie dem im Fenster „Pure Dye
Plate Display“ (Anzeige reine Farbstoffe für Platte) aufgeführten Muster folgen.

b.

Füllen Sie für jedes Fluorophor vier Kavitäten mit 50 µl (Platte mit 96 Kavitäten oder Deep Well)oder 30 µl (Platte mit 384 Kavitäten) an 300 nM Farbstofflösung. Beachten Sie, dass mindestens
die Hälfte der Platte freie Kavitäten enthält.

c.

Versiegeln Sie die Platte unter Anwendung der Versiegelungsmethode, die Sie bei Ihrem
Experiment verwenden werden.

12. Platzieren Sie die Kalibrierungsplatte im Block und schließen Sie den Deckel.
13. Klicken Sie im Assistenten für die Farbstoffkalibrierung auf „Calibrate“ (Kalibrieren) undanschließend auf OK, um zu bestätigen, dass sich die Platte im Block befindet.
14. Wenn die CFX Maestro Dx Software, Security Edition den Kalibrierungslauf abgeschlossen hat,erscheint ein Dialogfeld. Klicken Sie auf „Yes“ (Ja), um die Kalibrierung zu beenden und den „Dye
Calibration Viewer“ (Farbstoffkalibrierungsansicht) zu öffnen.
15. Klicken Sie zum Schließen des Fensters auf OK.

Festlegen von Benutzereinstellungen
Tipp: Es ist nicht erforderlich, diese Schritte durchzuführen, um CFX Maestro Dx SE zu verwenden.
Sie können diesen Abschnitt ohne Bedenken überspringen oder diese Schritte zu einem anderen
Zeitpunkt durchführen.
In CFX Maestro Dx SE kann jeder Benutzer seine Arbeitsumgebung anpassen. Im Menü „Users“(Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) können Sie zum Beispiel Folgendes
vornehmen:nEine E-Mail-Benachrichtigung nach Beendigung des Laufs einrichten.

88 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Hinweis: Diese Funktion steht nur Benutzern zur Verfügung, deren Rolle dieses Recht erhalten
hat. Weitere Informationen finden Sie unter Verwalten von Benutzerrollen in der CFX Maestro
Dx Software, Security Edition auf Seite 47.
n

Die Standardeinstellung ändern füroden Speicherort, an dem die Dateien gespeichert werdenodie Dateien der Laufkonfigurationodas Präfix der Dateinamenn

Die Standardparameter einstellen, die beim Erstellen eines neuen Protokolls und einer neuen Platteangewendet werden sollen.

n

Die Standardparameter für die Datenanalyse und die Genexpression einstellen.

n

Die Standardparameter für die Qualitätskontrolle anpassen.

n

Die Datenexportparameter anpassen.

Im Menü „Tools“ (Werkzeuge) können Sie Folgendes durchführen:nEinen Master-Mix erstellen.

n

Farbstoffe für ein bestimmtes Gerät kalibrieren.

Hinweis: Der Master-Mix und die Farbstoffkalibrierung sind für jeden verfügbar, der sich in derSoftware anmeldet.
In diesem Abschnitt wird erklärt, wie diese Schritte durchgeführt werden.

Einstellen von E-Mail-BenachrichtigungenSie können CFX Maestro Dx SE mit Ihrem Postausgangsserver verbinden, um eine E-MailBenachrichtigung über die Fertigstellung des Laufs an eine Liste von Benutzern zu senden. Sie können
auch eine Datendatei sowie einen Analysebericht anhängen und an die Liste von Benutzern versenden.
Zur Einrichtung der Verbindung zwischen CFX Maestro Dx SE und Ihrem SMTP-Server siehe Verbindung
der Security Edition mit einem SMTP Server auf Seite 91.
Hinweis: Die Fähigkeit eines Benutzers zum Zugriff auf E-Mail-Einrichtungsfunktionen hängt von derRolle des Benutzers und den vom Administrator zugewiesenen Berechtigungen ab. Einzelheiten
zum Verwalten von Benutzern und ihren Rollen finden Sie unter Verwalten von Benutzerrollen in der
CFX Maestro Dx Software, Security Edition auf Seite 47.

Benutzerhandbuch | 89Kapitel 6 Die Startseite

So stellen Sie E-Mail-Benachrichtigungen ein
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.
Es erscheint das Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), das die Registerkarte„Email“ (E-Mail) anzeigt.

Hinweis: Wenn das System ermittelt, dass Sie keinen gültigen SMTP-Server für CFX Maestro
Dx SE eingerichtet haben, erhalten Sie eine Benachrichtigung. Klicken Sie auf „Configure
Outgoing Email“ (Ausgehende E-Mails konfigurieren), um das Dialogfeld „Options“ (Optionen)zu öffnen und den SMTP-Server zu konfigurieren. Für weitere Informationen lesen Sie bitte
Verbindung der Security Edition mit einem SMTP Server auf Seite 91.
2.

Geben Sie im Textfeld „To“ (An) die E-Mail-Adressen aller Personen ein, die Sie über die
Fertigstellung eines Laufs in Kenntnis setzen möchten. Nach Abschluss des Laufs erhalten alleEmpfänger eine E-Mail.
Hinweis: Sie müssen jede E-Mail-Adresse in eine separate Zeile eingeben. Drücken Sie nachjeder Adresse die ENTER- oder Eingabetaste.

3.

(Optional) Geben Sie in die Textzeile „cc“ die E-Mail-Adresse jedes Empfängers ein, dem Sie eine
Kopie jeder E-Mail-Benachrichtigung senden möchten.

4.

(Optional) Alle Empfänger erhalten eine Kopie der Datendatei als Anhang. Deaktivieren Sie dieses
Kontrollkästchen, wenn Sie keine Kopie der Datendatei anhängen möchten.

5.

(Optional) Wählen Sie „Attach Analysis Report“ (Analysebericht anhängen), um eine PDF-Datei desAnalyseberichts an die E-Mail anzuhängen.

6.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld „User Preferences“(Benutzereinstellungen) zu schließen.

90 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Hinweis: Abhängig von Ihrem Dienstanbieter können Sie das System möglicherweise so
konfigurieren, dass eine E-Mail-Benachrichtigung an Ihr Mobiltelefon gesendet wird. Wenden Sie
sich an Ihren Mobilfunkanbieter, um spezifische Informationen zur E-Mail-Adresse für Ihr
Mobiltelefon zu erhalten. Geben Sie die E-Mail-Adresse Ihres Telefons (z. B. 5552221234@Ihr_
Dienstanbieter_E-Mail-Domain.de) in das Textfeld „To“ (An) im Bildschirm „User Preferences“(Benutzereinstellungen) ein.

So bearbeiten Sie die E-Mail-Adresse eines EmpfängersuNehmen Sie die nötigen Änderungen an der E-Mail-Adresse vor und klicken Sie auf OK.

So entfernen Sie einen E-Mail-Empfänger
1.

Wählen Sie die E-Mail-Adresse des Empfängers und drücken Sie die ENTF-Taste.

2.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen
Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

Verbindung der Security Edition mit einem SMTP Server
Wichtig: Einige kommerzielle E-Mail-Anbieter haben die E-Mail-Sicherheit erhöht. Falls Sie dieseKonten nutzen, müssen Sie die Einstellung „Allow less secure apps“ (Weniger sichere Apps
zulassen) in deren Kontoeinstellungen aktivieren, um CFX Maestro Dx SE das Versenden von EMails zu ermöglichen. Weitere Informationen finden Sie in den Sicherheitsinformationen Ihres EMail-Anbieters.
Wenn Sie Google Gmail- oder Microsoft Office 365-SMTP-Server nutzen, um E-Mails zu senden, müssen
Sie eine Zwei-Faktor-Authentifizierung aktivieren und ein „App-Passwort“ in Ihren Gmail- bzw. Office365Kontoeinstellungen erzeugen. Kopieren und fügen Sie das „App-Passwort“ anstatt des normalen E-MailPassworts zur Authentifizierung im Maestro E-Mail-Einrichtungsdialog in das Passwortfeld ein.
Sie müssen eine Verbindung zwischen CFX Maestro Dx SE und Ihrem E-Mail-Server herstellen, bevor
die Software eine E-Mail-Benachrichtigung versenden kann.

So verbinden Sie CFX Maestro Dx SE mit einem E-Mail-Server
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nWählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzerpräferenzen) und klicken Sie inder E-Mail-Registerkarte auf „Configure Outgoing Mail“ (Ausgehende E-Mails konfigurieren).

nWählen Sie „Tools“ (Werkzeuge) > „Options“ (Optionen).

Es erscheint das Dialogfeld „Options“ (Optionen), das die Registerkarte „Email“ (E-Mail) anzeigt.

Benutzerhandbuch | 91

Kapitel 6 Die Startseite

2.

Geben Sie folgende Informationen zu Ihrem Unternehmen an:n„SMTP Server Name“ (Name des SMTP-Servers) – Name des Postausgangsservers Ihres
Unternehmens.

n„Port“ – die Portnummer Ihres SMTP-Servers. Diese lautet normalerweise 25.

n„Use SSL“ (SSL verwenden) – „Secure Sockets Layer“-(SSL-)Option. Manche SMTP-Server
erfordern diese Einstellung. Falls sie in Ihrem Unternehmen nicht erforderlich ist, deaktivieren
Sie dieses Kontrollkästchen.

n„Use Default ‚From‘ Address“ (Standard-Absenderadresse verwenden) – Name des EMail-Servers Ihres Unternehmens. Manche SMTP-Server erfordern, dass alle versendeten EMails eine Absenderadresse einer bestimmten Domäne aufweisen, wie zum Beispiel
Name@IhrUnternehmen.com. Wenn das der Fall ist, deaktivieren Sie dieses Kontrollkästchen
und geben Sie eine gültige E-Mail-Adresse ein.

n„Authentication Required“ (Authentifizierung erforderlich) – Wenn Ihr Standort eine
Kontoauthentifizierung verlangt, stellen Sie sicher, dass dieses Kontrollkästchen ausgewählt
wurde.

n„User Name“ (Benutzername) – Name des authentifizierten Kontos. Dies ist nur notwendig,
wenn „Authentication Required“ (Authentifizierung erforderlich) ausgewählt wurde.

92 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangenn„Password“ (Passwort) – das Passwort für das authentifizierte Konto. Dies ist nur notwendig,
wenn „Authentication Required“ (Authentifizierung erforderlich) ausgewählt wurde.

Wichtig: Wenn Sie Google Gmail- oder Microsoft Office 365-SMTP-Server nutzen, um E-Mails
zu senden, müssen Sie eine Zwei-Faktor-Authentifizierung aktivieren und dann ein „AppPasswort“ in Ihren Gmail- bzw. Office365-Kontoeinstellungen erzeugen. Kopieren und fügen Sie
das „App-Passwort“ anstatt des normalen E-Mail-Passworts zur Authentifizierung im Maestro EMail-Einrichtungsdialog in das Passwortfeld von CFX Maestro Dx SE ein.
Um zu überprüfen, ob die Einstellungen des SMTP-Servers korrekt sind, geben Sie bitte eine gültige
Test-E-Mail-Adresse in das Textfeld ein und klicken Sie auf „Test Email“ (Test-E-Mail).
Hinweis: Manche SMTP-Server lassen gar keine Anhänge und manche nur Anhänge bis zu
einer bestimmten Größe zu. Wenn Sie Datendateien und/oder Berichte mit CFX Maestro Dx SE
senden möchten, wählen Sie bitte „Test Attachment“ (Testanhang) und stellen Sie die
Anhanggröße in MB auf 5 Megabyte (MB) oder mehr ein.
3.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Ändern der StandarddateieinstellungenIn der Registerkarte „Files“ (Dateien) im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) können
Sie Folgendes ändern:n

Den Standardspeicherort, an dem die CFX Maestro Dx SE-Dateien gespeichert werdenn

Die Standarddateien für die Laufkonfigurationn

Die Standardparameter zur Benennung von Dateien

So ändern Sie die Standarddateieinstellungen1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) die Registerkarte „Files“(Dateien).

Benutzerhandbuch | 93

Kapitel 6 Die Startseite

3.

Gehen Sie im Abschnitt „Default Folder for File Creation“ (Standardordner zur Dateierstellung) zu
einem Standardordner, in dem Sie neue Dateien speichern möchten, und wählen Sie diesen aus. Sie
können für jeden Dateityp einen anderen Speicherort wählen:n„Protocol“ (Protokoll)n„Plate“ (Platte)n„Data File“ (Datendatei)n„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

4.

Gehen Sie im Abschnitt „File Selection for Run Setup“ (Dateiauswahl für die Laufkonfiguration) zum
Zielgenprotokoll und den Plattendateien, die erscheinen sollen, wenn Sie das Fenster „Experiment
Setup“ (Experimentkonfiguration) öffnen, und wählen Sie diese aus.

5.

Definieren Sie im Abschnitt „Data File“ (Datendatei) das Präfix und/oder Suffix für Datendateien.
Wählen Sie für jeden Teil einen neuen Wert aus der Drop-down-Liste aus. Sie können auchbenutzerdefinierte Präfix- und Suffix-Werte in die Textfelder „Prefix“ (Präfix) und „Suffix“ eingeben.
CFX Maestro Dx SE zeigt eine Vorschau des Dateinamens unter den Auswahlkästchen an.

6.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen

94 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

Einstellen der Standard-Protokollparameter
So stellen Sie Standard-Protokollparameter für den „Protocol Editor“ (Protokolleditor) und„Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) ein
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) die Registerkarte „Protocol“(Protokoll).

3.

Geben Sie im Abschnitt „Protocol Editor“ (Protokolleditor) die Werte für die nachfolgenden
Einstellungen an, die im Protokolleditor erscheinen:

4.

5.

n

„Sample Volume“ (Probenvolumen) – das Volumen jeder Probe in den Kavitäten (in µl).

n

„Lid Shutoff temperature“ (Deckelabschalttemperatur) – die Temperatur in °C, bei der sichder Deckelheizer während eines Laufs abschaltet.

Geben Sie im Abschnitt „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) die Werte für die
nachfolgenden Einstellungen an, die im Protocol AutoWriter erscheinen:n„Annealing Temperature“ (Annealing-Temperatur) – die Temperatur in °C für Experimente,
bei denen iProof DNA-Polymerase, iTaq DNA-Polymerase oder andere Polymerasen verwendet
werden.

n„Amplicon length“ (Amplicon-Länge) – die Länge des Amplicons in bp.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Benutzerhandbuch | 95

Kapitel 6 Die Startseite

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen
Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

Einstellen der Standard-PlattenparameterÄnderungen, die Sie in der Registerkarte „Plate“ (Platte) vornehmen, sind für alle Benutzer der Software
verfügbar. Änderungen, die Sie während der Einrichtung der Platte vornehmen, werden für Benutzer
verfügbar, nachdem Sie die Plattendatei gespeichert und geschlossen haben.
Im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) können Sie Folgendes vornehmen:n

Die Standard-Plattenparameter einstellen.

n

Neue Namen für Zielgen, Probe und biologische Gruppe zu ihren jeweiligen Bibliotheken hinzufügen.

nNamen von Zielgenen, Proben und biologischen Gruppen aus ihren jeweiligen Bibliotheken löschen.

So stellen Sie die Standard-Plattenparameter ein
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzerpräferenzen) die Registerkarte „Plate“(Platte).

96 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

3.

Geben Sie für eine neue Plattendatei Werte für die folgenden Einstellungen an. Diese Werte werden
Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) angezeigt.
n„Plate Type“ (Plattentyp)n„Plate Size“ (Plattengröße)n„Units“ (Einheiten) – die Konzentration des Starttemplates für Kavitäten, die Standards
enthalten.
CFX Maestro Dx SE nutzt diese Einheiten zur Erstellung einer Standardkurve in derRegisterkarte „Data Analysis Quantification“ (Quantifizierung der Datenanalyse).

4.

n„Scientific Notation“ (Wissenschaftliche Notation) – CFX Maestro Dx SE zeigt bei dieser
Auswahl die Konzentrationseinheiten in wissenschaftlicher Notation an.

n„Scan Mode“ (Scanmodus) – die Anzahl oder Arten von zu scannenden Kanälen während
eines Laufs.

n„Fluorophores“ (Fluorophore) – die Standardfluorophore, die in den Kavitätenladesteuerungendes „Plate Editor“ (Platteneditor) angezeigt werden.

n„Libraries“ (Bibliotheken) – die Namen für Zielgene, Proben und biologische Gruppen, die Sieüblicherweise in Ihren Experimenten verwenden:o„Target Names“ (Zielgennamen) – die Namen der Zielgene und -sequenzen.

o„Sample Names“ (Probennamen) – die Namen der Experimentproben oderbeschreibende Merkmale der Proben (zum Beispiel Maus1, Maus2, Maus3).

o„Biological group names“ (Namen biologischer Gruppen) – die Namen für Gruppenähnlicher Proben, die denselben Behandlungsstatus oder dieselben Bedingungen haben(zum Beispiel 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

So fügen Sie einen neuen Namen für Zielgene, Proben oder biologische Gruppen hinzuuGeben Sie im entsprechenden Bibliotheksfeld den Namen des Zielgens, der Probe oder biologischen
Gruppe ein und klicken Sie auf OK.

So löschen Sie einen Namen für Zielgene, Proben oder biologische Gruppenu

Wählen Sie im entsprechenden Bibliotheksfeld den Namen aus, drücken Sie die ENTF-Taste undklicken Sie auf OK.

Wichtig: Namen, die Sie aus der Bibliothek entfernen, werden auch von der Software entfernt undsind für Benutzer nicht mehr verfügbar. Zur Wiederherstellung der CFX Maestro Dx SEStandardnamen klicken Sie auf „Restore Defaults“ (Standardeinstellungen wiederherstellen). Wenn

Benutzerhandbuch | 97

Kapitel 6 Die Startseite

Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“ (Standardwerte
wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen Registerkarten auf
die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht, wenn Sie
CFX Maestro Dx SE-Standardnamen löschen und auf diese Schaltfläche klicken.

98 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Einstellen der Standardparameter der Datenanalyse
So stellen Sie die Standardparameter der Datenanalyse ein
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) die Registerkarte „Data
Analysis“ (Datenanalyse).

3.

Wählen Sie im Abschnitt „Analysis Mode“ (Analysemodus) den Modus, in dem die Daten analysiert
werden sollen (entweder „Fluorophore“ (Fluorophor) oder „Target“ (Zielgen)).

4.

Stellen Sie im Abschnitt „PCR Quantitation“ (PCR-Quantifizierung) die Standardparameter für die
folgenden Optionen ein:n„Baseline Setting“ (Baseline-Einstellung) – die Baseline-Methode für den Analysemodus.

n„Cq Determination Mode“ (Cq-Bestimmungsmodus) – der Modus, in dem Cq-Werte für jedeFluoreszenzkurve berechnet werden (entweder Regression oder einzelner Schwellenwert).

n„Threshold Calc. Mode“ (Berechnungsmodus für Schwellenwert) – der Endpunktzielgenwert.
Der Standardwert ist Auto. Das bedeutet, die Software berechnet automatisch das
Endpunktzielgen. Um einen bestimmten Schwellenwert einzustellen, heben Sie die Auswahl desAuto-Kontrollkästchens auf und geben Sie Ihren Endpunktwert ein, berechnet in relativen

Benutzerhandbuch | 99

Kapitel 6 Die Startseite

Fluoreszenzeinheiten (oder RFU). Der Maximalwert beträgt 65000,00 RFU. Datendateien fürnachfolgende Läufe werden diese Schwellenwerteinstellung verwenden.
n„Baseline Calc. Mode“ (Berechnungsmodus der Baseline) – der Baseline-Wert für alle Kurven.
Der Standardwert ist Auto. Das heißt, die Software berechnet automatisch die Baseline für alle
Kurven. Zum Einstellen eines bestimmten Baseline-Werts heben Sie die Auswahl des AutoKontrollkästchens auf und geben Mindest- und Höchstwerte für den Zyklusbereich ein (1 bis9999). Datendateien für nachfolgende Läufe werden diesen Zyklusbereich verwenden.

n

5.

„Log View“ (Protokollansicht) – legt fest, wie die Software die Amplifikationsdaten anzeigt:o„On“ (Ein) – die Amplifikationsdaten werden in einem semilogarithmischen Diagramm
angezeigt.

o„Off“ (Aus) – (Standard) die Amplifikationsdaten werden in einem linearen Diagramm
angezeigt.

Wählen Sie im Abschnitt „End Point“ (Endpunkt) die Anzahl an Endzyklen, deren Mittelwert bei den
Endpunktberechnungen berechnet werden soll:n„PCR“ – die Anzahl an Endzyklen, deren Mittelwert für die Quantifizierungsdaten zu berechnen
ist (Standardwert ist 5).

n„End Point Only run“ (Nur Endpunktlauf) – die Anzahl an Endzyklen, deren Mittelwert für
Endpunktdaten zu berechnen ist (Standardwert ist 2).

6.

Wählen Sie im Abschnitt „Melt Curve“ (Schmelzkurve) den nachzuweisenden Peak-Typ aus(entweder positiv oder negativ).

7.

Wählen Sie im Abschnitt „Well Selector“ (Kavitätenwähler), wie Kavitätenkennzeichnungenangezeigt werden sollen (nach Probentyp, Zielgenname oder Probenname).

8.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen
Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

100 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Einstellen der Standarddateiparameter für die Genexpression
So stellen Sie die Standardparameter für eine neue Genexpressionsdatendatei ein
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) die Registerkarte „Gene
Expression“ (Genexpression).

3.

Bestimmen Sie die Werte für die folgenden Einstellungen:n„Relative to“ (Relativ zu) – stellt die Genexpressionsdaten entweder in Relation zu einer
Kontrolle (ausgehend von 1) oder zu Null dar:o„Zero“ (Null) – die Software ignoriert die Kontrolle. Dies ist die Standardeinstellung, wenn
im Fenster „Experiment Setting“ (Experimenteinstellungen) keine Kontrollprobe
zugewiesen ist.

o„Control“ (Kontrolle) – die Software berechnet die Daten in Bezug zu der Kontrollprobe, die
im Fenster „Experiment Setting“ (Experimenteinstellungen) zugewiesen wurde.

n„X-axis“ (X-Achse) – stellt die Probe oder das Zielgen auf der X-Achse dar.

n

„Y-axis“ (Y-Achse) – stellt die Daten auf einer linearen Log2- oder Log10-Skala auf der y-Achse
dar.

n„Scaling“ (Skalierung) – die Skalierungsoption für die Grafik (die Standardoption ist unskaliert):o„Highest“ (Höchster) – die Software skaliert de Grafik auf den höchsten Datenpunkt.

o„Lowest“ (Niedrigster) – die Software skaliert die Grafik auf den niedrigsten Datenpunkt.

o„Unscaled“ (Unskaliert) – die Software stellt die Daten in der Grafik unskaliert dar.

n„Mode“ (Modus) – der Analysemodus, entweder als relative Quantität (∆Cq) oder normalisierte
Expression (∆∆Cq).

n„Error Bar“ (Fehlerbalken) – die Datenvariabilität, entweder dargestellt als die
Standardabweichung (Std. Dev.) oder als Standardfehler des Mittelwerts (Std. Error Mean).

n„Error Bar Multiplier“ (Fehlerbalkenmultiplikator) – der Standardabweichungsmultiplikator, derzur Darstellung der Fehlerbalken verwendet wird (Standard ist 1).
Sie können den Multiplikator entweder auf 2 oder 3 erhöhen.

n„Sample Types to Exclude“ (Auszuschließende Probentypen) – die Probentypen, die aus der
Analyse auszuschließen sind.

Benutzerhandbuch | 101

Kapitel 6 Die Startseite

Sie können eine oder mehrere Proben auswählen, die Sie aus der Analyse ausschließen
möchten. Wenn Sie alle Probentypen ausschließen möchten, deaktivieren Sie die
Kontrollkästchen jeglicher ausgewählter Probentypen.
4.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen
Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

Anpassen der Qualitätskontrollregeln
In CFX Maestro Dx SE können Sie Qualitätskontrollregeln festlegen, die auf Daten im Fenster „Data
Analysis“ (Datenanalyse) angewendet werden. Die Software validiert die Daten anhand der von Ihnen
festgelegten Regeln.
Hinweis: Standardmäßig sind alle Qualitätskontrollregeln aktiviert.
Tipp: Sie können ganz einfach Kavitäten ausschließen, die die QK-Parameter bei der Analyse im
QK-Modul des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse) nicht erfüllen.

So passen Sie die Qualitätskontrollregeln an
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) die Registerkarte „QC“
(Qualitätskontrolle, QK).

102 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

Wobei:

3.

4.

n„NTC“ – Kontrollreaktion ohne Template.

n„NRT“ – Kontrollreaktion ohne reverse Transkription.

n„Efficiency“ (Effizienz) – Reaktionseffizienz.

n„Std Curve R^2“ – R-Quadratwert für die Standardkurve.

n„Replicate group Cq Std Dev“ – kalkulierte Standardabweichung für jede Replikatgruppe.

Führen Sie für jede QK-Regel einen der folgenden Schritte aus:n

Wenn Sie den Standardwert verwenden möchten, müssen Sie keine Aktion ausführen.

nWenn Sie den Wert ändern möchten, klicken Sie auf das Textfeld „Value“ (Wert), geben Sieeinen neuen Wert ein und drücken Sie die Enter-Taste.

n

Um die Regel zu deaktivieren, heben Sie die Auswahl des zugehörigen Kontrollkästchens „Use“(Anwenden) auf.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen

Benutzerhandbuch | 103

Kapitel 6 Die Startseite

Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

Anpassen der Datenexportparameter
Sie können CFX Maestro Dx SE-Daten in den folgenden Formaten exportieren:nText (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Wichtig: Auf Ihrem Computer muss Microsoft Excel installiert sein, damit Sie Daten in eine Microsoft
Excel-Tabelle exportieren können.
Sie können die Art von Daten bestimmen, die exportiert werden sollen, und die Ausgabe der exportierten
Daten anpassen.

So passen Sie die Datenexportparameter an
1.

Wählen Sie „User“ (Benutzer) > „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), um das Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) zu öffnen.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) die Registerkarte „Custom
Export“ (Benutzerdefinierter Export).

104 | CFX Maestro Dx SE Software

Bevor Sie anfangen

3.

Wählen Sie aus der Drop-down-Liste „Export Format“ (Exportformat) ein Format aus, in das die
Daten exportiert werden sollen.

4.

Markieren Sie im Abschnitt „Data to Export“ (Zu exportierende Daten) die Kontrollkästchen für den
Typ der zu exportierenden Daten oder heben Sie die Auswahl auf. Die ausgewählten Elemente
werden im Listenfeld „Exported Columns“ (Exportierte Spalten) angezeigt.
Hinweis: Standardgemäß sind die Informationen des Laufs in der Kopfzeile enthalten. Heben
Sie die Auswahl dieses Kontrollkästchen auf, wenn die Informationen des Laufs nicht aufgeführt
werden sollen.

5.

Sie können die Reihenfolge der ausgewählten Elemente in der Ausgabeanzeige ändern.
Markieren Sie im Listenfeld „Exported Columns“ (Exportierte Spalten) das Element und klicken Sieanschließend auf die Pfeiltasten links neben der Liste, um es nach oben oder unten zu verschieben.

6.

Optional können Sie die Namen der Ausgabespalten der ausgewählten Elemente ändern:a.

Klicken Sie auf „Customize Column Names“ (Spaltennamen anpassen).
Das Dialogfeld „Column Name Customizer“ (Anpassung Spaltenname) wird angezeigt.

b.

Geben Sie für jeden standardmäßigen Spaltennamen, den Sie ändern möchten, den neuen
Namen in dessen Feld „Custom Name“ (Benutzerdefinierter Name) ein.

Benutzerhandbuch | 105

Kapitel 6 Die Startseitec.

7.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen zu speichern und zur Registerkarte „Custom
Export“ (Benutzerdefinierter Export) zurückzukehren. Der neue Name wird in Klammern
neben dem Standardspaltennamen im Listenfeld „Exported Columns“ (Exportierte Spalten)
angezeigt.

nKlicken Sie auf „Cancel“ (Abbrechen), um die Änderungen aufzuheben und zur
Registerkarte „Custom Export“ (Benutzerdefinierter Export) zurückzukehren.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld zu schließen.

Wichtig: Wenn Sie im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) auf „Restore Defaults“(Standardwerte wiederherstellen) klicken, werden alle benutzerdefinierten Einstellungen auf allen
Registerkarten auf die ursprünglichen Werkseinstellungen zurückgestellt. Geben Sie daher acht,
wenn Sie auf diese Schaltfläche klicken.

106 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 7 Erstellen von Protokollen
Ein Protokoll ist eine Reihe von Schritten, die in einer spezifischen Reihenfolge ausgeführt werden. In der
CFX Maestro Dx Software, Security Edition sind alle Schritte mit Optionen auf dem Gerät verknüpft. Die
Schritte können das Gerät zum Beispiel zur Kontrolle der Block- und Deckeltemperatur, zur Anwendungeines Temperaturunterschieds innerhalb des Blocks, zur Ablesung der Platte oder zur Durchführung
einer Schmelzkurvenanalyse anweisen. Jede Option wurde für unterschiedliche Platten- und Lauftypen
spezifiziert.
CFX Maestro Dx SE bietet zwei Optionen zum Erstellen von Protokollen: Den „Protocol Editor“(Protokolleditor) und den „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber).
Der „Protocol Editor“ (Protokolleditor) umfasst unter anderem folgende Funktionen:nStandard-Protokollsteuerungen für das schnelle Erstellen von ProtokollennMöglichkeit zum schnellen Berechnen eines Gradienten für die ausgewählte Anzahl an ReihennMöglichkeit zum schnellen Berechnen der Laufzeit für den ausgewählten PlattentypnMöglichkeit zum Bearbeiten von ProtokollschrittennMöglichkeit zum Speichern von Protokolldateien für die WiederverwendungnMöglichkeit zum Drucken eines Protokolls über einen Standarddrucker

Der „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) erzeugt automatisch ein
benutzerdefiniertes PCR-Protokoll mit Heißstart, initialer Denaturierung, Annealing undExtensionsschritten anhand der von Ihnen vorgegebenen Parameter. Sie können anschließend eine
grafische Darstellung des vorgeschlagenen Protokolls sehen und dieses Protokoll bearbeiten, ausführen
oder speichern.

Benutzerhandbuch | 107

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Parameter und Bereiche für Protokollschritte
Verwenden Sie die Informationen in Tabelle 7, um die Standardeinstellungen für die Schritte in Ihrem
Protokoll zu ändern.

Temperaturschritte
Die Zieltemperatur ist ein Wert zwischen 4,0 und 100,0 °C, der in Zehntelgrad eingestellt wird. Das
System fährt auf diese Temperatur hoch und hält diesen Wert für eine bestimmte Zeit (die Haltezeit).

Gradientenschritte
Der Gradientenbereich ist die Differenz zwischen der unteren und der oberen Temperatur in einem
Gradientenschritt. Der maximal zulässige Bereich beträgt 24 °C. Die niedrigere Temperatur ist ein Wert
zwischen 30,0 und 99,0 °C, der in Zehntelgrad eingestellt wird. Die maximale obere Temperatur beträgt
100 °C. Der Thermocycler fährt im gesamten Block auf den Zieltemperaturgradienten hoch und hält dieseTemperatur für eine bestimmte Haltezeit.
Wichtig: Das Instrument berechnet den Gradientenwert. Wenn Sie einen Wert in die oberen und
unteren Felder des Gradientenrechners eingeben, berechnet die Software automatisch die
Temperaturen für die verbleibenden Felder und weist sie zu. Wenn Sie eine Temperatur in ein Feldzwischen dem oberen und unteren Feld eingeben, berechnet das Instrument automatisch dieverbleibenden Felder. Sie können nicht in jedem Feld manuell einen Temperaturwert eingeben.

108 | CFX Maestro Dx SE Software

Parameter und Bereiche für Protokollschritte

Tabelle 7. Parameter und Bereiche für Protokollschritte

Parameter

BereichBeschreibung

Steigerungsraten Für CFX Opus 96- Dx-

Weist den Thermocycler an, in diesem

Systeme:Schritt mit der angegebenen

0,1–5 °C pro Sekunde

Geschwindigkeit auf die Zieltemperatur

n Für CFX Opus 384 DxSysteme:hochzufahren.
Nur für Temperaturschritte verfügbar.

0,1–2,5 °C pro Sek
n Für CFX Opus Deepwell DxSysteme:
0,1–2,5 °C pro Sek
Temperaturinkrement

Eine Zahl von -10,0 bis 10,0 °C

Weist den Thermocycler an, diepro Zyklus in Zehntelgrad

Zieltemperatur eines Schritts mit jedem
Zyklus zu ändern, wobei eine positive
Zahl die Temperatur erhöht und eine
negative Zahl die Temperatur senkt.
Nur für Temperaturschritte verfügbar.

„Extend“ (Verlängern)

Eine Zeit von -60 bis 60

Weist den Thermocycler an, die

Sekunden pro Zyklus

Haltezeit mit jedem Zyklus zu
verlängern. Eine positive Zahl erhöht die
Haltezeit und eine negative Zahl
verringert die Haltezeit.
Verfügbar für Temperatur- und
Gradientenschritte.

„Beep“ (Signalton)(Keine Parameter)

Weist den Thermocycler an, einen
Signalton zu senden, um zu
signalisieren, dass der Thermocycler die
Zieltemperatur für diesen Schritt erreicht
hat.
Nur für Temperaturschritte verfügbar.

„Plate read“(Plattenablesung)(Keine Parameter)

Weist den Thermocycler an, demausgewählten Schritt eine
Plattenablesung hinzuzufügen.
Verfügbar für Temperatur- und
Gradientenschritte.

Benutzerhandbuch | 109

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)
Sie können den „Protocol Editor“ (Protokolleditor) zum Erstellen, Öffnen, Überprüfen und Bearbeiten
eines Protokolls verwenden. Der Protokolleditor zeigt standardmäßig ein generisches 2-SchritteEchtzeitprotokoll für eine 96-Kavitäten-Platte an.

LEGENDE1.

Über die Menüleiste erhalten Sie schnellen Zugriff auf die Menübefehle „File“ (Datei), „Settings“(Einstellungen) und „Tools“ (Werkzeuge).

2.

Die Symbolleiste ermöglicht das schnelle Speichern und Drucken des Protokolls, das Einfügeneines Schritts, das Einstellen des Probenvolumens sowie die Anzeige der geschätzten
Protokolllaufzeit.

3.

Im Hauptfensterbereich wird eine grafische Darstellung des Protokolls angezeigt.

4.

Im unteren Fensterbereich wird die Protokollübersicht angezeigt.

5.

Im linken Fensterbereich werden die Protokollsteuerungen eingeblendet, die Sie zur
Anpassung des Protokolls hinzufügen können.

110 | CFX Maestro Dx SE Software

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

Menübefehle „File“ (Datei)„Save“ (Speichern) – speichert das aktuelle Protokoll.
„Save As“ (Speichern unter) – speichert das aktuelle Protokoll unter einem neuen Namen oder an einem
anderen Ort.
„File Passwords“ (Dateipasswörter) – ermöglicht Benutzern das Festlegen von Speichern- und ÖffnenPasswörtern für Dateien.
Tipp: Weitere Informationen finden Sie unter Passwortschutz für Dateien einrichten auf Seite 56.
„Close“ (Schließen) – schließt den „Protocol Editor“ (Protokolleditor).

Menübefehle „Settings“ (Einstellungen)„Lid Settings“ (Deckeleinstellungen) – öffnet das Dialogfeld „Lid Setting“ (Deckeleinstellung), inwelchem Sie die Deckeltemperatur ändern oder festlegen können.

Menübefehle „Tools“ (Werkzeuge)„Gradient Calculator“ (Gradientenrechner) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie den Blocktyp für einen
Gradientenschritt auswählen können. Standardmäßig sind 96 Kavitäten ausgewählt.
„Run time Calculator“ (Laufzeitrechner) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie den Plattentyp und den
Scanmodus auswählen können, um die geschätzte Laufzeit im Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration)
zu berechnen. Standardmäßig sind 96 Kavitäten und alle Kanäle ausgewählt.

Symbolleistenbefehle– Speichert die aktuelle Protokolldatei.

– Druckt das ausgewählte Fenster.

– Nutzen Sie diesen Befehl, um auszuwählen, wo Sie Schritte in Bezug zu den
aktuell ausgewählten Schritten einfügen möchten.

– Verwenden Sie diesen Befehl, um ein Beispielvolumen in µl einzugeben. Die
Beispielvolumina können je nach Blocktyp variieren:nBei einem Block mit 96 Kavitäten liegt der Bereich zwischen 0–50 µl.

Benutzerhandbuch | 111

Kapitel 7 Erstellen von ProtokollennBei einem Block mit 384 Kavitäten liegt der Bereich zwischen 0–30 µl.

n

Bei einem 96-Deep-Well-Block liegt der Bereich zwischen 0–125 µl.

– Zeigt die geschätzte Durchlaufzeit auf Grundlage der Protokollschritte,
Steigerungsrate und ausgewähltem Blocktyp an.

– Zeigt Hilfeinformationen zu den Protokollen an.

Steuerungselemente zur Protokollbearbeitung
Der linke Bereich des Protokoll-Editorfensters umfasst Steuerungselemente, die Sie zum Erstellen vonProtokollen verwenden können.
Jedes Steuerungselement besteht aus einem Parametersatz, der einen Schritt im Protokoll repräsentiert.
Sie können jeden Parameter ändern und welche hinzufügen oder entfernen, um Ihr Protokoll
anzupassen. In diesem Abschnitt werden die Optionen bei jedem Steuerungselement beschrieben.
n„Insert Step“ (Schritt einfügen) – fügt einen Schritt vor oder nach dem
ausgewählten Schritt ein. Sie können die Temperatur- undHaltezeitenwerte entweder in der grafischen Anzeige des Protokolls oderin der Protokollübersicht bearbeiten.

n„Insert Gradient“ (Gradient einfügen) – fügt einen Gradientenschrittbasierend auf dem Typ des ausgewählten Kavitätenblocks im
Gradientenrechner ein. Sie können den Gradientenbereich im GradientFenster bearbeiten, das angezeigt wird, wenn ein Gradientenschritt
eingefügt wird.

n„Insert GOTO“ (GOTO einfügen) – fügt einen Zyklusschritt (Schleife)
ein, der die Software anweist, spezifische Schritte in Folge für einebestimmte Anzahl an Zyklen zu wiederholen. Die Wiederholungen beginnen, nachdem der erste
Zyklus abgeschlossen ist. Zum Beispiel können Sie die Software anweisen, 39 Wiederholungen derSchritte 2 - 4 durchzuführen. Nach der letzten Wiederholung hat die Software die Schritte 2 - 4
insgesamt 40 Mal durchgeführt. Sie können den Zurück-zu (GOTO)-Schritt und die Anzahl an Zyklen
entweder in der graphischen Darstellung oder in der Protokollübersicht bearbeiten.
n„Insert Melt Curve“ (Schmelzkurve einfügen) – fügt einen Ableseschritt der Schmelzkurve ein.

112 | CFX Maestro Dx SE Software

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)n„Insert Plate Read to Step“ (Plattenablesung in Schritt einfügen) – fügt einen Plattenablesebefehl
zu einem ausgewählten Schritt hinzu. Eine Plattenablesung misst die Fluoreszenzmenge am Endeeines Zyklus. Der Plattenableseschritt ist allgemein der letzte Schritt in einer GOTO-Schleife.
Tipp: Nachdem Sie einen Plattenablesebefehl zu einem Schritt hinzugefügt haben, ändert sich
die Schaltfläche zu „Remove Plate Read“ (Plattenablesung entfernen), wenn Sie den Schritt
auswählen.

n„Remove Plate Read“ (Plattenablesung entfernen) – entfernt einen Plattenablesebefehl von dem
ausgewählten Schritt.
Tipp: Nachdem Sie einen Plattenablesebefehl von einem Schritt entfernt haben, ändert sich die
Schaltfläche zu „Add Plate Read to Step“ (Plattenablesung zu Schritt hinzufügen), wenn Sie den
Schritt auswählen.

n„Step Options“ (Schrittoptionen) – öffnet das Dialogfeld „Step Options“ (Schrittoptionen) und zeigt
die für den ausgewählten Schritt verfügbaren Optionen an. Ausführliche Informationen über die
Schrittoptionen finden Sie unter Schrittoptionen auf Seite 114.
Tipp: Sie können auf die Schrittoptionen ebenfalls über Rechtsklick auf den Schritt in dergrafischen Anzeige zugreifen.

n„Delete Step“ (Schritt löschen) – löscht den ausgewählten Schritt aus dem Protokoll.

Benutzerhandbuch | 113

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

SchrittoptionenÖffnen Sie das Dialogfeld „Step Options“ (Schrittoptionen), um die Optionen zu sehen, die Sie bei einem
Schritt hinzufügen, ändern oder entfernen können.

n„Plate Read“ (Plattenablesung) – fügt bei Auswahl dem Schritt eine Plattenablesung hinzu.

n„Temperature“ (Temperatur) – Einstellen der Zielgentemperatur für den ausgewählten Schritt.

n„Gradient“ – Einstellen des Gradientenbereichs für den Schritt: der Bereich liegt bei 1–24 °C.
Hinweis: Ein Gradient wird vorn im Block mit der niedrigsten Temperatur (in diesem Bild: Reihe
H) und hinten im Block (in diesem Bild: Reihe A) mit der höchsten Temperatur ausgeführt.

n„Increment“ (Schrittgröße) – der Faktor, um den die Temperatur des ausgewählten Schritts erhöht(oder gesenkt) wird; dieser Wert wird der Zielgentemperatur mit jedem Zyklus hinzugefügt. Der
Wertebereich ist ± 0,1–10 °C.
Hinweis: Fügen Sie ein Minuszeichen (–) vor dem Zahlenwert (z. B. –5 °C) ein, um die
Temperatur zu senken.

n„Ramp Rate“ (Steigerungsrate) – die Steigerungsrate für den gewählten Schritt; der Wertebereich
hängt von der Blockgröße ab.

n„Time“ (Zeit) – die Haltezeit für den gewählten Schritt.

114 | CFX Maestro Dx SE Software

Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor)n„Extend“ (Verlängern) – die Zeit (in Sek.), um die der gewählte Schritt verlängert oder verkürzt wird;
diese Option wird bei jedem Zyklus der Haltezeit hinzugerechnet; der Wertebereich liegt bei ±1–60 Sek.

n„Beep“ (Signalton) – wenn diese Option ausgewählt ist, ertönt während des Schritts ein Signalton.
Tipp: Wenn Sie eine Zahl eingeben, die außerhalb des Optionsbereichs liegt, ändert die
Software die Zahl zum nächstliegenden Eintrag innerhalb des Bereichs.

Benutzerhandbuch | 115

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Erstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“(Protokolleditor)
Mithilfe des „Protocol Editor“ (Protokolleditor) können Sie benutzerdefinierte Protokolldateien erstellen.
Sie können auch zuvor gespeicherte oder Musterprotokolldateien bearbeiten und speichern, die mit dem
CFX Maestro Dx SE geliefert wurden.
Um eine neue Protokolldatei zu erstellen, gehen Sie folgendermaßen vor:nÖffnen Sie eine Protokolldatei im „Protocol Editor“ (Protokolleditor).
Tipp: Sie können im „Protocol Editor“ (Protokolleditor) ein neues oder ein bereits vorhandenes
Protokoll öffnen.

nRichten Sie das neue Protokoll ein.

nFügen Sie im Bereich zur Protokollsteuerung Schritte zum Protokoll hinzu.

nBearbeiten Sie die Eigenschaften der Schritte.

n

Speichern Sie das Protokoll.

Tipp: Um anhand einer zuvor gespeicherten oder einer Musterprotokolldatei ein neues Protokoll zu
erstellen, siehe Öffnen eines bestehenden Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor) auf Seite
118.

Öffnen einer neuen Protokolldatei im „Protocol Editor“(Protokolleditor)
CFX Maestro Dx SE bietet mehrere Optionen zum Öffnen einer neuen Protokolldatei:nÜber das Menü „File“ (Datei) auf der StartseitenÜber das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration) auf der StartseitenÜber das Dialogfeld „Startup Wizard“ (Startassistent) auf der Startseite

So öffnen Sie eine neue Protokolldatei über das Menü „File“ (Datei)uWählen Sie auf der Startseite „File“ (Datei) > „New“ (Neu) > „Protocol“ (Protokoll).
Der „Protocol Editor“ (Protokolleditor) wird geöffnet und zeigt die Standard-Protokolldatei an.
Tipp: Informationen über das Einstellen Ihres Standardprotokolls finden Sie unter Ändern derStandarddateieinstellungen auf Seite 93.

116 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

So öffnen Sie ein neues Protokoll über das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration)
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte auf der Startseite aus, um das Dialogfeld „Run Setup“(Laufkonfiguration) zu öffnen:nWählen Sie „Run“ (Lauf) > „User-defined Run“ (Benutzerdefinierter Lauf).

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „User-defined Run Setup“ (Benutzerdefinierte
Laufkonfiguration).

Das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration) wird auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)
geöffnet und zeigt Ihre Standard-Protokolldatei an.
2.

Klicken Sie auf „Create New“ (Neu erstellen).
Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) wird geöffnet und zeigt das Standard-Echtzeitprotokollan.

So öffnen Sie eine neue Protokolldatei über den Startassistenten
1.

Führen Sie auf der Startseite einen der folgenden Schritte aus, um den „Startup Wizard“(Startassistent) zu öffnen, falls dieser nicht sichtbar ist:n

Wählen Sie „View“ (Ansicht) > „Startup Wizard“ (Startassistent).

n

Klicken Sie in der Symbolleiste auf „Startup Wizard“ (Startassistent).

2.

Wählen Sie gegebenenfalls den Gerätetyp aus der Drop-down-Liste aus.

3.

Klicken Sie bei „Run Type“ (Lauftyp) „User-defined“ (Benutzerdefiniert) an.
Das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration) wird auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)
geöffnet und zeigt die Standard-Protokolldatei an.

4.

Klicken Sie auf „Create New“ (Neu erstellen).
Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) wird geöffnet und zeigt das Standard-Echtzeitprotokollan.

So öffnen Sie ein neues Protokoll über das Menü „Run“ (Lauf)
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte auf der Startseite aus, um das Dialogfeld „Run Setup“(Laufkonfiguration) zu öffnen:nWählen Sie „Run“ (Lauf) > „User-defined Run“ (Benutzerdefinierter Lauf).

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „User-defined Run Setup“ (Benutzerdefinierte
Laufkonfiguration).

Benutzerhandbuch | 117

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration) wird auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)
geöffnet und zeigt Ihre Standard-Protokolldatei an.
2.

Klicken Sie auf „Create New“ (Neu erstellen).
Das Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) wird geöffnet und zeigt das Standard-Echtzeitprotokollan.

Öffnen eines bestehenden Protokolls im „Protocol Editor“(Protokolleditor)
CFX Maestro Dx SE wird mit Musterprotokolldateien geliefert, die Sie bearbeiten und als
benutzerdefinierte neue Protokolle speichern können. Sie können auch ein neues Protokoll anhand eines
bestehenden benutzerdefinierten Protokolls erstellen.

So öffnen Sie eine Musterprotokolldatei
1.

Wählen Sie auf der Startseite „File > Open > Protocol“ (Datei > Öffnen > Protokoll).
Windows Explorer öffnet standardmäßig den Speicherort des Ordners „Sample files“ (Musterdateien)von CFX Maestro Dx SE.

2.

Öffnen Sie den Ordner „Sample files“ (Musterdateien). Sie sehen die folgenden Ordner:n„ConventionalProtocols“ (Konventionelle Protokolle) – enthält Beispielprotokolldateien fürtraditionelle PCR-Analysen.

n„DataFiles“ (Datendateien) – enthält Beispieldatendateien, die Sie zur Erkundung der
CFX Maestro Dx SE-Funktionen verwenden können.

n„MeltCalibration“ (Schmelzkalibrierung) – enthält Beispielprotokolldateien zur Verwendung mit
Bio-Rads Precision Melt Analysis-Software.

n„Plates“ (Platten) – enthält Beispielplattendateien.

n„RealTimeProtocols“ (Echtzeitprotokolle) – enthält Beispielprotokolldateien für die EchtzeitPCR-Analyse.

3.

Öffnen Sie den Protokollordner für die Art des Lauf, den Sie planen, entweder„ConventionalProtocols“ (Konventionelle Protokolle) oder „RealTimeProtocols“ (Echtzeitprotokolle).

4.

Wählen Sie das gewünschte Protokoll und klicken Sie auf „Open“ (Öffnen).
Das Musterprotokoll wird im Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) geöffnet.

5.

Wählen Sie „Select File > Save As“ (Datei auswählen > Speichern unter) und speichern Sie das
Protokoll mit einem neuen Namen oder in einem neuen Ordner.

118 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

So öffnen Sie ein bestehendes Protokoll
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte auf der Startseite aus:n

Navigieren Sie zunächst zu „Select File > Open > Protocol“ (Datei auswählen > Öffnen >Protokoll), wählen Sie das Zielgenprotokoll und klicken Sie auf „Open“ (Öffnen).

nÖffnen Sie den „Startup Wizard“ (Startassistent) und führen Sie einen der folgenden Schritte
aus:oWählen Sie zum Bearbeiten des angezeigten Protokolls „Edit Selected“ (Ausgewählte
bearbeiten).

oKlicken Sie zur Bearbeitung eines anderen bestehenden Protokolls auf „Select Existing“(Vorhandenes auswählen) und wählen Sie die Zielgendatei.

Das Protokoll wird im Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) geöffnet.
2.

Wählen Sie „Select File > Save As“ (Datei auswählen > Speichern unter) und speichern Sie das
Protokoll mit einem neuen Namen oder in einem neuen Ordner.

Einrichten eines neuen Protokolls
Tipp: Wenn Ihre Protokolldatei bereits die erforderlichen Parameter enthält (zum Beispiel, wenn Sieeine bestehende Plattendatei bearbeiten), können Sie diesen Abschnitt überspringen. Gehen Sie zu
Hinzufügen von Schritten zu einem Protokoll auf Seite 121.
Neue Protokolldateien erfordern die folgenden Parameter:nBlocktypn

Scan-Modus für den gewählten BlocktypnDeckeltemperaturnProbenvolumen

Benutzerhandbuch | 119

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Einstellen des Blocktyps
CFX Maestro Dx SE berechnet automatisch Temperaturschrittgrößen für die Gradientenschritte auf
Grundlage des Blocktyps.
Hinweis: Der im Protokoll-Editor eingestellte Plattentyp muss derselbe wie für die Platte im
Reaktionsmodul sein.

So stellen Sie den Blocktyp einuWählen Sie im Protokoll-Editor-Fenster „Tools“ (Werkzeuge) > „Gradient Calculator“(Gradientenrechner) und wählen Sie den entsprechenden Plattentyp aus der erscheinenden Dropdown-Liste aus.

Auswählen des Scanmodus für den gewählten BlocktypUm die Laufzeit des Protokolls zu bestimmen, wählen Sie den Zielgenblocktyp und den Scanmodus aus.

So wählen Sie den Blocktyp und den Scanmodus ausu

Wählen Sie im Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) „Tools > Run Time Calculator“ (Werkzeuge> Laufzeitrechner) und wählen Sie den entsprechenden Plattentyp und Scanmodus aus der Dropdown-Liste aus, die erscheint.

Anpassen der Deckeltemperatur
CFX Maestro Dx SE stellt die Standardtemperatur für den Deckel folgendermaßen ein:nGeräte mit 96 Kavitäten und Deep-Well-Geräte – 105,0 °CnGeräte mit 384 Kavitäten – 95,0 °C

Sie können die Standardeinstellungen ändern oder den Deckelheizer ausschalten, je nachdem, wie es für
das Protokoll erforderlich ist.

So passen Sie die Deckeltemperatur an
1.

Wählen Sie im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) „Settings > Lid Settings“ (Einstellungen >Deckeleinstellungen).
Das Dialogfeld „Lid Settings“ (Deckeleinstellungen) wird angezeigt.

2.

3.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nWählen Sie „User Defined“ (Benutzerdefiniert) aus und geben Sie einen Temperaturwert in das
Textfeld ein.

nWählen Sie „Turn Off Lid Heater“ (Deckelheizer ausschalten).

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen zu übernehmen, und schließen Sie das Dialogfeld.

120 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

Einstellen des Probenvolumens
CFX Maestro Dx SE stellt das Probenvolumen für jede Kavität standardmäßig auf 25 µl ein. Die
Probenvolumina können je nach Blocktyp variieren, zum Beispiel:n0–50 µl bei einem Block mit 96 Kavitätenn0–30 µl bei einem Block mit 384 Kavitäten

Das Gerät verwendet einen von zwei Temperaturkontrollmodi, um zu bestimmen, wann die Probe die
Zielgentemperatur in einem Protokoll erreicht:n„Calculated Mode“ (Kalkulierter Modus) – wenn das Probenvolumen auf ein für den Blockangemessenes Volumen ungleich Null eingestellt ist, berechnet das Gerät die Probentemperatur auf
Grundlage des Probenvolumens. Dies ist der Standardmodus.

n„Block Mode“ (Blockmodus) – wenn das Probenvolumen auf Null (0) µl eingestellt ist, erfasst das
Gerät die Probentemperatur als dieselbe Temperatur wie die gemessene Blocktemperatur.

So stellen Sie das Probenvolumen für einen bestimmten Block einuGeben Sie im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) den richtigen Wert in das Textfeld „Sample
Volume“ (Probenvolumen) in der Symbolleiste ein.

Tipp: Sie können das Standard-Probenvolumen im Dialogfeld „User Preferences“(Benutzereinstellungen) ändern. Siehe Ändern der Standarddateieinstellungen auf Seite 93.

Hinzufügen von Schritten zu einem Protokoll
So fügen Sie einen Schritt zu einem Protokoll hinzu
1.

Öffnen Sie das Protokoll im Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor).

2.

Bestimmen Sie, an welcher Stelle Sie den neuen Schritt einfügen möchten. Wählen Sie in der
Symbolleiste „Before“ (Vor) oder „After“ (Nach) aus der Drop-down-Liste „Step“ (Schritt) aus.

3.

Wählen Sie in der Grafik den Schritt aus, vor oder nach dem Sie den neuen Schritt einfügenmöchten.

4.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Insert Step“ (Schritt einfügen).

5.

Klicken Sie zum Ändern der Temperatur oder Haltedauer auf den Standardwert in der Grafik oder auf
der Protokollübersicht und geben Sie einen neuen Wert ein.

6.

(Optional) Klicken Sie im linken Bereich auf „Step Options“ (Schrittoptionen), um das Dialogfeld „Step
Options“ (Schrittoptionen) anzuzeigen und die verfügbaren Optionen für den ausgewählten Schritt zuändern.

Benutzerhandbuch | 121

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Tipp: Sie können sowohl im Grafikbereich als auch im Protokollübersichtsbereich per
Rechtsklick auf das Dialogfeld „Step Options“ (Schrittoptionen) zugreifen.
7.

Klicken Sie auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen am Protokoll zu speichern.
Das Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) wird eingeblendet.

8.

Geben Sie im Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) einen Namen für die neue Protokolldatei ein
und klicken Sie auf „Save“ (Speichern).

Einfügen eines Gradientenschritts
So fügen Sie einen Gradientenschritt ein
1.

Vergewissern Sie sich, dass die Größe der Platte für den Gradienten die gleiche ist wie der Blocktypdes Geräts, also 96, 384 Kavitäten oder Deep Well.

2.

Falls Sie dies nicht bereits getan haben, wählen Sie die Plattengröße für den Gradienten aus:
Navigieren Sie zu „Tools > Gradient Calculator“ (Werkzeuge > Gradientenrechner) und wählen Sie
den entsprechenden Kavitätentyp aus der Drop-down-Liste aus.

3.

Wählen Sie aus der Drop-down-Liste „Insert Step“ (Schritt einfügen) in der Symbolleiste entweder„Before“ (Vor) oder „After“ (Nach) aus.

4.

Wählen Sie in der Grafik oder im Übersichtsbereich den Schritt aus, vor oder nach dem derGradientenschritt eingefügt werden soll.

5.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Insert Gradient“ (Gradient einfügen). Der neue Gradientenschritt
wird in der Grafik und im Übersichtsbereich hervorgehoben, zum Beispiel:

122 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

Die Temperatur jeder Zeile im Gradient erscheint in der Tabelle „Gradient“ im rechten Bereich.
6.

Um den Temperaturbereich des Gradienten zu bearbeiten, führen Sie eine der folgenden Aktionen
durch:
n

Klicken Sie in der Grafik oder im Übersichtsbereich auf die Standardtemperatur und geben Sieeine neue Temperatur ein.

nKlicken Sie auf „Step Options“ (Schrittoptionen), um den Gradientenbereich im Fenster „Step
Options“ (Schrittoptionen) einzugeben.

nÄndern Sie den Wert für den Bereich in der Tabelle „Gradient“.

7.

Zur Bearbeitung der Haltezeit klicken Sie in der Grafik oder der Textansicht auf die Standardzeit undgeben Sie eine neue Zeit ein.

8.

Klicken Sie auf „OK“ und anschließend auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern.

Einfügen eines GOTO-Schritts
Hinweis: Sie können keinen GOTO-Schritt innerhalb eines GOTO-Satzes einfügen; sie können
keine verschachtelten GOTO-Schleifen erzeugen.

Benutzerhandbuch | 123

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

So fügen Sie einen GOTO-Schritt ein
1.

Wählen Sie aus der Drop-down-Liste „Insert Step“ (Schritt einfügen) in der Symbolleiste „Before“(Vor) oder „After“ (Nach) aus.

2.

Wählen Sie in der Grafik den Schritt aus, vor oder nach dem Sie den GOTO-Schritt einfügenmöchten.

3.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Insert GOTO“ (GOTO einfügen).

4.

Wählen Sie zum Bearbeiten der GOTO-Schrittnummer oder der Anzahl an GOTO-Wiederholungen
die Standardnummer in der Grafik oder im Übersichtsbereich aus und geben Sie einen neuen Wert
ein.

5.

Klicken Sie auf „OK“ und anschließend auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern.

Einfügen eines Schmelzkurvenschritts
Tipp: Sie können keinen Schmelzkurvenschritt in eine GOTO-Schleife einfügen.
Hinweis: Der Schmelzkurvenschritt umfasst eine 30-sekündige Haltedauer am Beginn des Schritts,
die nicht im Protokoll angezeigt wird.

So fügen Sie einen Schmelzkurvenschritt ein
1.

Wählen Sie aus der Drop-down-Liste „Insert Step“ (Schritt einfügen) in der Symbolleiste „Before“(Vor) oder „After“ (Nach) aus.

2.

Wählen Sie in der Grafik den Schritt aus, vor oder nach dem Sie den Schmelzkurvenschritt einfügenmöchten.

124 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

3.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Insert Melt Curve“ (Schmelzkurve einfügen). Der neue
Schmelzkurvenschritt wird in der Grafik und im Übersichtsbereich hervorgehoben, zum Beispiel:

4.

Wählen Sie zum Bearbeiten des Schmelztemperaturbereichs oder der Schmelztemperaturschrittzeit
den Standardwert in der Grafik oder im Übersichtsbereich aus und geben Sie einen neuen Wert ein.

5.

Klicken Sie auf „OK“ und anschließend auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern.

Benutzerhandbuch | 125

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Hinzufügen oder Entfernen eines Plattenableseschritts
Tipp: Nachdem Sie einen Plattenablesebefehl zu einem Schritt hinzugefügt haben, ändert sich die
Schaltfläche zu „Remove Plate Read“ (Plattenablesung entfernen), wenn Sie den Schritt auswählen.

So fügen Sie einem Schritt eine Plattenablesung hinzu
1.

Wählen Sie aus der Drop-down-Liste „Insert Step“ (Schritt einfügen) in der Symbolleiste „Before“(Vor) oder „After“ (Nach) aus.

2.

Wählen Sie in der Grafik den Schritt aus, vor oder nach dem der Plattenableseschritt eingefügt
werden soll.

3.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Add Plate Read to Step“ (Plattenablesung zum Schritt hinzufügen),um eine Plattenablesung zu dem ausgewählten Schritt hinzuzufügen.

4.

Klicken Sie auf „OK“ und anschließend auf „Yes“ (Ja), um die Änderungen zu speichern.

So entfernen Sie eine Plattenablesung aus einem SchrittuWählen Sie in der Grafik den Schritt aus, der die Plattenablesung enthält, und klicken Sie im linken
Bereich auf „Remove Plate Read“ (Plattenablesung entfernen).

Ändern der Schrittoptionen
So ändern Sie die Schrittoptionen für einen ausgewählten Schritt
1.

Wählen Sie den Zielschritt in der Grafik oder im Übersichtsbereich aus.

2.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Step Options“ (Schrittoptionen), um das Dialogfeld „Step Options“(Schrittoptionen).
Klicken Sie alternativ mit der rechten Maustaste auf den Zielschritt in einem der Bereiche und wählen
Sie „Step Options“ (Schrittoptionen) im Menü, das erscheint.

3.

Um Optionen hinzuzufügen, zu ändern oder zu entfernen:nGeben Sie einen Wert in das entsprechende Textfeld ein.

nBearbeiten Sie einen Wert in einem spezifischen Textfeld.

nMarkieren oder deaktivieren Sie ein Kontrollkästchen.

4.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld „Step Options“(Schrittoptionen) zu schließen.

5.

Klicken Sie auf „OK“ und anschließend auf „Yes“ (Ja), um das Protokoll zu speichern.

126 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls im „Protocol Editor“ (Protokolleditor)

Löschen eines Schritts
Wichtig: Diese Funktion kann nicht rückgängig gemacht werden. Seien Sie daher vorsichtig beim
Löschen von Schritten.

So löschen Sie einen Schritt aus dem Protokoll
1.

Wählen Sie den Schritt in der Grafik oder im Übersichtsbereich aus.

2.

Klicken Sie im linken Bereich auf „Delete Step“ (Schritt löschen), um den ausgewählten Schritt zu
löschen.

3.

Klicken Sie auf „OK“ und anschließend auf „Yes“ (Ja), um das Protokoll zu speichern.

Kopieren, Exportieren oder Drucken eines Protokolls
So kopieren Sie ein ProtokolluKlicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Protokollübersicht und wählen Sie „Copy Protocol“(Protokoll kopieren).
Sie können die Übersicht in eine .txt-, .xls-, .doc- oder .ppt-Datei einfügen.

So exportieren Sie ein Protokoll
1.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Protokollübersicht und wählen Sie „Export Protocol“(Protokoll exportieren).
Das Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) wird eingeblendet.

2.

(Optional) Navigieren Sie in Windows Explorer zu einem Ordner, in dem die Protokolldatei
gespeichert werden soll.

3.

Geben Sie unter „File name“ (Dateiname) einen Namen für die exportierte Protokolldatei ein.

4.

Klicken Sie auf „Save“ (Speichern).

So drucken Sie ein ProtokolluKlicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Protokollübersicht und wählen Sie „Print“ (Drucken).
Sie können die Protokollübersicht mit Ihrem Standarddrucker ausdrucken.

Benutzerhandbuch | 127

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Erstellen eines Protokolls mit dem „Protocol AutoWriter“(Automatischer Protokollschreiber)
Wichtig: Bio-Rad gibt keine Garantie dafür, dass das Ausführen eines Protokolls, das mit dem„Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) erstellt wurde, immer zu einem PCRProdukt führt.
Der „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) von CFX Maestro Dx SE erzeugt
automatisch PCR-Protokolle, die auf den folgenden Eingabeparametern basieren:n„Amplicon length“ (Amplicon-Länge) – zu erwartende Länge des PCR-Produktsn„Annealing temperature“ (Annealing-Temperatur) – die Reaktions-Ta für die verwendeten Primer
Wenn die Ta unbekannt ist, können Sie den Ta-Kalkulator für die automatische Berechnung auf
Grundlage Ihrer Primer-Sequenzen verwenden.
Hinweis: Die Ta wird anhand der Primer-Schmelztemperaturinformationen (Tm) angepasst, die
auf dem ausgewählten Enzym und der Protokollgeschwindigkeit basieren.

n„Enzyme type“ (Enzymtyp) – das DNA-Polymeraseenzym (iTaq-, iProof-DNA-Polymerase odersonstige)
Wenn Sie ein anderes Enzym als iTaq- oder iProof-DNA-Polymerase verwenden, können Sie
zusätzliche Informationen eingeben, einschließlich des Gradientenbereichs, derHeißstartaktivierungszeit (in Sek.) und der finalen Extensionszeit (in Sek.).

n„Run Speed“ (Laufgeschwindigkeit) – die Reaktionszeit (Standard, schnell oder ultraschnell)
Der „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) optimiert das Protokoll in Abhängigkeit
von der ausgewählten Geschwindigkeitseinstellung. Die Gesamtlaufzeit wird durch die Anzahl an
Schritten und Zyklen, die Inkubationszeit bei jedem Schritt und die benötigte Zeit für das Erreichen
von Homogenität bei der Zielgentemperatur bestimmt.

Anhand der von Ihnen eingegebenen Parameter sowie von Standard-PCR-Richtlinien erzeugt der„Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) automatisch ein benutzerdefiniertes PCRProtokoll mit Heißstart, initialer Denaturierung, Annealing und Extensionsschritten. Sie können
anschließend eine grafische Darstellung des vorgeschlagenen Protokolls sehen und dieses Protokoll
bearbeiten, ausführen oder speichern.

128 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Protokolls mit dem „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber)

So erstellen Sie ein neues Protokoll mit dem „Protocol AutoWriter“ (Automatischer
Protokollschreiber) von CFX Maestro Dx SE:
1.

Wählen Sie auf der Startseite „Tools“ (Werkzeuge) > „Protocol AutoWriter“ (Automatischer
Protokollschreiber).
Das Dialogfeld „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) erscheint.

2.

Führen Sie im Abschnitt „Enter Target Values/Enzyme“ (Zielgenwerte/Enzym eingeben) folgenden
Schritt aus:nGeben Sie, falls bekannt, die Annealing-Temperatur (Ta) für die Primer ein.
Tipp: Weitere Informationen finden Sie unter Anwendung des „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)
auf Seite 130.
Hinweis: Für weitere Details zu den im Ta-Rechner verwendeten Kalkulationen siehe
Breslauer et al. 1986.

nGeben Sie die Amplicon-Länge in Basenpaaren (bp) ein.

nWählen Sie einen Enzymtyp aus der Liste an Optionen („iTaq DNA polymerase“ (iTaq-DNAPolymerase), „iProof DNA polymerase“ (iProof-DNA-Polymerase) oder „Other“ (Sonstige)) aus.
Tipp: Wenn Sie „Other“ (Sonstige) als Enzymtyp wählen, werden die Parameter imAbschnitt „Additional Parameters (Optional)“ (Weitere Parameter (Optional)) aktiviert.

Benutzerhandbuch | 129

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

3.

Wenn Sie „Other“ (Sonstige) als Enzymtyp wählen, können Sie dem Protokoll einen oder alle derfolgenden Parameter hinzufügen:n„Gradient range“ (Gradientenbereich)n„Hot start activation temperature“ (Heißstartaktivierungstemperatur)n„Final extension time“ (Finale Extensionszeit)

4.

Wählen Sie im Abschnitt „Type“ (Typ) mithilfe des Schiebereglers eine Protokollgeschwindigkeit aus(Standard, schnell oder ultraschnell). CFX Maestro Dx SE passt die Gesamtlaufzeit an.

5.

Wählen Sie die Art der PCR aus, die durchgeführt werden soll (Echtzeit-PCR ist die
Standardeinstellung).
Bei der Echtzeit-PCR fügt CFX Maestro Dx SE einen Plattenableseschritt für die Erfassung derFluoreszenzdaten hinzu.

6.

Im Abschnitt „Preview“ (Vorschau) können Sie das Protokoll überprüfen. Bei Bedarf können SieÄnderungen vornehmen.

7.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie auf OK, um das neue Protokoll zu speichern. Nach dem Speichern öffnet sich das
Protokoll im „Startup Wizard“ (Startassistent). Klicken Sie auf „Edit Selected“ (Auswahl
bearbeiten), um gegebenenfalls Änderungen am Protokoll vorzunehmen. Sie könnten zum
Beispiel die Deckeltemperatur oder das Probenvolumen ändern müssen.

nKlicken Sie auf „Cancel“ (Abbrechen), um das Fenster zu schließen, ohne das Protokoll zu
speichern.

Anwendung des „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)
Wenn die Annealing-Temperatur für den Primer unbekannt ist, können Sie den „Ta Calculator“ (TaRechner) für die Berechnung des Wertes verwenden. Sie können diesen Wert im „Protocol AutoWriter“(Automatischer Protokollschreiber) oder im „Protocol Editor“ (Protokolleditor) verwenden, um ein
Protokoll zu erstellen.

Über den „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)
Der „Ta Calculator“ (Ta-Rechner) berechnet sowohl den Tm-Wert für jeden Primer als auch den Ta-Wert
für das Protokoll bei Standardgeschwindigkeit.
Der Ta-Wert für das Protokoll basiert auf den durchschnittlichen Primer-Tm-Werten unter Anwendung derfolgenden Regeln:

130 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnwendung des „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)nWenn die Differenz zwischen den Primer-Tm-Werten > 4 °C ist, dann ist Ta = (der niedrigere der
beiden Primer-Tm-Werte + 2) - 4 °CnWenn die Differenz zwischen den Tm-Werten ≤ 4 °C ist, dann ist Ta = (Durchschnitt der Primer-TmWerte) - 4 °C

Basenpaar-RechenmethodeFür jeden Primer wendet der „Ta Calculator“ (Ta-Rechner) die Basenpaar-Rechenmethode fürSequenzen von 14 Basenpaaren (bp) oder weniger an.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)wobei w, x, y und z jeweils die Anzahl der Basen A, T, G und C in der Sequenz angeben.

Die Nächste-Nachbarn-Methode
Für Sequenzen, die länger sind als 14 bp, wird die Nächste-Nachbarn-Methode angewendet. Bei der
Nächste-Nachbarn-Methode basieren die Schmelztemperaturberechnungen auf dem
thermodynamischen Verhältnis zwischen Entropie (Reihenfolge oder Maß der Zufälligkeit desOligonukleotids), Enthalpie (vom Oligonukleotid freigesetzte oder absorbierte Wärme), freier Energie undTemperatur.
∆H = ∆G + T* ∆S
wobei:n∆H = Enthalpiewert, cal/mol*Kn

T = Temperatur, Kelvinn∆S = Entropiewert, cal/mol*Kn∆G = Gibbs-Energie in cal/mol*KDie Änderung von Entropie und Enthalpie wird direkt durch Summieren der Werte für Nukleotidpaare
berechnet, die in Tabelle 8 (Breslauer et al. 1986) aufgeführt sind.
Das Verhältnis zwischen der freien Energie und der Konzentration an Reaktanten und Produkten im
Gleichgewicht ist gegeben durch:∆G = R*T*ln ((DNA * Primer)/(DNA + Primer))wobei R die Gaskonstante ist (1,986 cal/mol*K).
Ersetzt man G in den beiden Gleichungen und löst diese nach T auf, erhält man
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Primer)/(DNA + Primer)))unter der Annahme, dass die Konzentration von DNA- und DNA-Primer-Komplex gleich ist.

Benutzerhandbuch | 131

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Es wurde empirisch bestimmt, dass sich eine Änderung von 5 kcal freier Energie (3,4 kcal) (Sugimoto etal. 1996) während des Übergangs von Einzelstrang- zu B-DNA ergibt. Dabei handelt es sich vermutlich
um die Energie der Helixbildung. Schließlich, unter Hinzufügen der sogenannten Salz-Anpassung, ergibt
sich die Gleichung, die der Ta -Rechner anwendet:
T = (∆H – 5(kcal/K*mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16,6 log10 (Salzmolarität)
Es ist keine Anpassungskonstante für die Salzkonzentration erforderlich, da mehrere Parameter auf 1 M
NaCl festgelegt wurden und der log10 von 1 Null ist.
Die thermodynamischen Berechnungen gehen davon aus, dass die Hybridisierung bei pH 7,0 erfolgt. Die
Tm-Berechnungen setzen voraus, dass die Sequenzen nicht symmetrisch sind und mindestens ein Goder C enthalten.
Die Oligonukleotid-Sequenz sollten mindestens 14 Basen lang sein, um vernünftige Tm-Werte
bereitzustellen. Bei weniger als 14 Basen wird die Methode der Zählung von Basenpaaren verwendet(siehe folgende Tabelle 8).
Tabelle 8. Breslauer Interaktionskonstanten

Interaktion

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

132 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnwendung des „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)

Tabelle 8. Breslauer Interaktionskonstanten, FortsetzungInteraktion

∆H

∆S

∆G

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Benutzerhandbuch | 133

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

Anwendung des Ta-Rechners
So verwenden Sie den Ta-Rechner1.

Zum Öffnen des Ta-Rechners haben Sie folgende Möglichkeiten:nWenn Sie aktuell im „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber) sind, klicken Sie
auf Ta-Rechner.

nWählen Sie im Startfenster „Tools > Ta Calculator“ (Werkzeuge > Ta-Rechner).

Es wird das Dialogfeld „ Ta Calculator“ (Ta-Rechner) angezeigt.

2.

Geben oder fügen Sie im Textfeld „Forward Primer“ (Vorwärts-Primer) die Vorwärts-Primer-Sequenzein.
Tipp: Sie können auch die Schaltflächen A, T, G, C links neben dem Dialogfeld verwenden, um
die Sequenz einzugeben.

3.

Geben oder fügen Sie im Textfeld „Reverse Primer“ (Rückwärts-Primer) die Rückwärts-PrimerSequenz ein.

4.

Klicken Sie auf „Calculate“ (Berechnen).

134 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnwendung des „Ta Calculator“ (Ta-Rechner)

Der Ta-Rechner berechnet den Tm-Wert von jedem Primer und den Mittelwert für Tm und Ta und zeigt
die Werte an, zum Beispiel:Wenn die Primer Tm-Werte mehr als 4 °C auseinanderliegen, verwendet der „Protocol AutoWriter“(Automatischer Protokollschreiber) den niedrigeren Primer Tm-Wert + 2 °C als Grundlage für die
Berechnung des Ta-Werts, den Sie zusätzlich durch Änderung des Enzyms und der
Reaktionsgeschwindigkeit modifizieren können.
Der Ta-Rechner erzeugt eine Annealing-Temperatur für die Standardgeschwindigkeit mit iTaq DNAPolymerase. Wenn Sie ein anderes Enzym verwenden, passen die Geschwindigkeitseinstellungenautomatisch den Ta-Wert an.
5.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Wenn Sie den Ta-Rechner über den „Protocol AutoWriter“ (Automatischer Protokollschreiber)
geöffnet haben, klicken Sie auf „OK“. Sie kehren zum „Protocol AutoWriter“ (Automatischer
Protokollschreiber) zurück. Die Annealing-Temperatur wird automatisch geändert.

nWenn Sie den Ta-Rechner über das Werkzeuge-Menü geöffnet haben, zeichnen Sie die
Berechnungen auf und klicken Sie auf „Cancel“ (Abbrechen), um den Rechner zu schließen.

Benutzerhandbuch | 135

Kapitel 7 Erstellen von Protokollen

136 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 8 Vorbereiten von Platten
Eine Plattendatei enthält Informationen zu den Laufparametern wie Scanmodus, Fluorophoren und
Kavitäteninhalten. Nach dem Lauf verknüpft die CFX Maestro Dx Software, Security Edition die Inhalte
der Kavität mit den während des Laufs erfassten Fluoreszenzdaten und wendet die entsprechende
Analyse im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) an. Die mit einem Standardprobentyp geladenen
Kavitäten werden beispielsweise für die Erstellung einer Standardkurve verwendet.
CFX Maestro Dx SE bietet zwei Optionen zum Erstellen von Platten: den „Plate Editor“ (Platteneditor) für
Echtzeit-PCR-Läufe und den „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) für die normalisierte
Genexpressionsanalyse.
Der „Plate Editor“ (Platteneditor) umfasst die folgenden Funktionen:nStandardfluorophore und Probentypen für die Zuordnung zu den PlattenkavitätennMöglichkeit der Einstellung eines Referenzzielgens und einer Kontrollprobe für die
GenexpressionsanalysenMöglichkeit der Plattenkonfiguration vor, während oder nach einem Laufn

Möglichkeit zum Speichern von Plattendateien für die WiederverwendungnMöglichkeit zum Ausdrucken einer Plattendatei über einen Standarddrucker

Der „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) führt Sie durch den Erstellungsprozess eines Plattenlayouts
für die normalisierte Genexpressionsanalyse. Sie können den Einrichtungsassistenten vor, während odernach einem Lauf verwenden.

Benutzerhandbuch | 137

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

Platten-Editorfenster
Sie verwenden den Platteneditor, um benutzerdefinierte Platten zu erstellen oder vorhandene Platten zuändern.

LEGENDE
1.

Die Menüleiste bietet Schnellzugriff auf die Befehle des Datei- und Einstellungsmenüs, ebenso
wie auf Werkzeugoptionen zur Bearbeitung von Platten.

2.

Die Symbolleiste bietet Schnellzugriff auf wichtige Plattenladefunktionen.

3.

Das Hauptfenster zeigt die Plattenübersicht und die Plattenoptionen an, die Sie anwenden.

4.

Das rechte Fenster zeigt Optionen an, die Sie zum Anpassen Ihrer Platte verwenden.

5.

Das untere Fenster zeigt den Plattentyp an und bietet Schnellzugriff auf Anzeigeoptionen.

Menübefehle „File“ (Datei)„Save“ (Speichern) – speichert die Plattendatendatei an dem in der Registerkarte „File“ (Datei)
festgelegten Ort im Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen). Weitere Informationen finden
Sie unter Ändern der Standarddateieinstellungen auf Seite 93. Dieses Menüelement ist nur beim
Erstellen einer neuen Plattendatei verfügbar.

138 | CFX Maestro Dx SE SoftwarePlatten-Editorfenster„Save As“ (Speichern unter) – speichert die offene Plattendatendatei unter einem neuen von Ihnen
gewählten Namen. Dieses Menüelement ist nur beim Erstellen einer neuen Plattendatei verfügbar.
„File Passwords“ (Dateipasswörter) – ermöglicht Benutzern das Festlegen von Speichern- und ÖffnenPasswörtern für Dateien.
„Extract Plate“ (Platte extrahieren) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie die Plattendatei (.pltd)
extrahieren/speichern können. Dieses Menüelement ist nur verfügbar, wenn Sie eine vorhandene
Plattendatei ansehen oder bearbeiten.
„Print“ (Drucken) – druckt die offene Plattendatendatei.
„Close“ (Schließen) – schließt den „Plate Editor“ (Platteneditor).

Menübefehle „Edit“ (Bearbeiten)„Undo“ (Rückgängig) – macht eine Änderung an einer Plattendatei rückgängig, bis die Plattendatei
gespeichert wird.
„Redo“ (Wiederherstellen) – macht die letzte Rückgängig-Aktion wieder rückgängig, außer die
Plattendatei wurde gespeichert.

Menübefehle „Settings“ (Einstellungen)„Plate Size“ (Plattengröße) – öffnet ein Dialogfeld, in dem Sie eine Plattengröße für den Lauf auswählen
können.
Hinweis: Die Plattengröße muss der Blockgröße des Geräts entsprechen, auf dem der Lauf
durchgeführt wird.
Wählen Sie 96 Kavitäten für:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Wählen Sie 384 Kavitäten für:n

CFX Opus 384Dx„Plate Type“ (Plattentyp) – ermöglicht Ihnen die Auswahl von Kavitätentypen in der Platte, die Ihre
Proben enthält, entweder „BR White“ (BR Weiß) oder „BR Clear“ (BR Transparent). Für eine akkurate
Datenanalyse muss der ausgewählte Plattentyp dem im Lauf verwendeten Plattentyp entsprechen.
Hinweis: Sie müssen die neuen Plattentypen kalibrieren. Weitere Informationen finden Sie
unter Neue Farbstoffe kalibrieren auf Seite 85.

Benutzerhandbuch | 139

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten„Number Convention“ (Nummernkonvention) – ermöglicht Ihnen das Aktivieren oder Deaktivieren der
Option zur Anzeige von Einheiten in wissenschaftlicher Notation. Standardmäßig werden die Einheiten inwissenschaftlicher Notation angezeigt.
„Units“ (Einheiten) – ermöglicht Ihnen die Auswahl der Einheiten, die bei Durchführung einer
Quantifizierung von Unbekannten gegenüber einer Standardkurve in den Tabellen angezeigt werden.

Menübefehle „Editing Tools“ (Bearbeitungswerkzeuge)„Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) – öffnet den „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent), in dem Sie
das Layout und die Analyseparameter für die aktuelle Platte definieren können. Sie können den „Setup
Wizard“ (Einrichtungsassistent) vor, während oder nach Abschluss eines Laufs verwenden.
„Spreadsheet View/Importer“ (Ansicht/Import von Tabellen) – öffnet das Dialogfeld „View“ (Ansicht), indem das Plattenlayout als Vorlage im Tabellenformat angezeigt wird. Über dieses Dialogfeld können Sie
Daten der Plattenvorlage im CSV-Format exportieren oder importieren.
„Flip Plate“ (Platte drehen) – dreht die Platteninhalte um 180o.

Symbolleistenbefehle
Macht eine Änderung an einer Platte rückgängig. CFX Maestro Dx SE
unterstützt bis zu zehn Rückgängig-Aktionen
Macht die letzte Rückgängig-Aktion rückgängig. CFX Maestro Dx SE
unterstützt bis zu zehn Wiederholen-Aktionen.
Speichert die aktuelle Plattendatei.

Zeigt eine Drop-down-Liste an, über die Sie die Vergrößerung derPlattenansicht erhöhen oder verringern können.
Zeigt eine Drop-down-Liste an, über die Sie einen Scanmodus
auswählen können, der das Gerät anweist, von welchen Kanälen die
Fluoreszenzdaten während eines Laufs erfasst werden sollen.
Öffnet den „Well Groups Manager“ (Kavitätengruppenmanager), den Sie
zum Erstellen von Kavitätengruppen für die aktuelle Platte verwenden
können.
Zeigt ein Dialogfeld an, in dem Sie die Farben und Symbole für die
Amplifikationskurven auswählen können.

140 | CFX Maestro Dx SE SoftwarePlatten-EditorfensterÖffnet das Dialogfeld „View“ (Ansicht), in dem das Plattenlayout als
Vorlage im Tabellenformat angezeigt wird. Über dieses Dialogfeld
können Sie Daten der Plattenvorlage im CSV-Format exportieren oderimportieren.
Öffnet den „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent), in dem Sie das Layout
und die Analyseparameter für die aktuelle Platte definieren können. Sie
können den Einrichtungsassistenten vor, während oder nach einem Laufverwenden.
Öffnet die Registerkarte „Plate“ (Platte) im Dialogfeld „User Preferences“(Benutzereinstellungen), in der Sie die Parameter des Plattenlayouts
definieren und Ziel-, Proben- und biologische Gruppennamen erstellenoder löschen können. Änderungen, die Sie in der Registerkarte „Plate“(Platte) vornehmen, sind verfügbar, wenn Sie das nächste Mal den „Plate
Editor“ (Platteneditor) öffnen.
Zeigt die für das Einrichten einer Platte und das Laden der Kavitäten
erforderlichen Schritte an.

Benutzerhandbuch | 141

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

Erstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“(Platteneditor)
Mithilfe des Platteneditors können Sie benutzerdefinierte Plattendateien erstellen. Sie können auch zuvor
gespeicherte Plattendateien oder Proben-Plattendateien bearbeiten und speichern, die mit dem
CFX Opus Dx System geliefert wurden.
Um eine neue Plattendatei zu erstellen, gehen Sie folgendermaßen vor:nÖffnen Sie eine Plattendatei im Platteneditor.

n

Wählen Sie den Plattentyp.
Hinweis: Der Plattentyp für die Plattendatei muss der Platte im Reaktionsmodul entsprechen.

n

Wählen Sie den im Protokoll zu verwendenden Scan-Modus.

nWählen Sie die Fluorophore, die in der Platte verwendet werden sollen.

nWählen Sie die Probentypen, Zielgene und Proben aus.

nWählen Sie ggf. auch technische Replikate aus.

n

Speichern Sie das Plattenlayout.

Tipp: Um von einer zuvor gespeicherten oder einer Proben-Plattendatei eine neue Platte zu
erstellen, siehe Öffnen einer bestehenden Plattendatei im „Plate Editor“ (Platteneditor) auf Seite 144.

Öffnen einer neuen Plattendatei im „Plate Editor“ (Platteneditor)
CFX Maestro Dx SE bietet mehrere Optionen für das Öffnen einer neuen Plattendatei:nÜber die StartseitenÜber das Dialogfeld „Startup Wizard“ (Startassistent)nÜber das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration)

So öffnen Sie eine neue Plattendatei über die StartseiteuWählen Sie „File“ (Datei) > „New“ (Neu) > „Plate“ (Platte).
Es wird das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) geöffnet und die Standard-Plattendatei für das
ausgewählte Gerät angezeigt.
Tipp: Weitere Informationen zur Einstellung Ihrer Standard-Plattendatei finden Sie unter Ändern
der Standarddateieinstellungen auf Seite 93

142 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“ (Platteneditor)

So öffnen Sie eine neue Plattendatei über den Startassistenten
1.

Führen Sie auf der Startseite einen der folgenden Schritte aus, um den „Startup Wizard“(Startassistent) zu öffnen, falls dieser nicht sichtbar ist:n

Wählen Sie „View“ (Ansicht) > „Startup Wizard“ (Startassistent).

n

Klicken Sie in der Symbolleiste auf „Startup Wizard“ (Startassistent).

2.

Wählen Sie gegebenenfalls den Gerätetyp aus der Drop-down-Liste aus.

3.

Klicken Sie auf „User-defined“ (Benutzerdefiniert) als Lauftyp, um eine neue Platte zu erstellen.
Es wird das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration) geöffnet, das die Registerkarte „Protocol“(Protokoll) anzeigt.

4.

Klicken Sie auf die Registerkarte „Plate“ (Platte) und anschließend auf „Create New“ (Neu erstellen).
Das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) öffnet sich und zeigt das Standard-Plattenlayout für das
ausgewählte Gerät an.

So öffnen Sie eine neue Plattendatei über das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration)
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte auf der Startseite aus, um das Dialogfeld „Run Setup“(Laufkonfiguration) zu öffnen:nWählen Sie „Run“ (Lauf) > „User-defined Run“ (Benutzerdefinierter Lauf).

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „User-defined Run Setup“ (Benutzerdefinierte
Laufkonfiguration).

Es wird das Dialogfeld „Run Setup“ (Laufkonfiguration) in der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)
geöffnet.
2.

Klicken Sie auf die Registerkarte „Plate“ (Platte) und anschließend auf „Create New“ (Neu erstellen),um eine neue Platte anzulegen.
Das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) öffnet sich und zeigt das Standard-Plattenlayout für das
ausgewählte Gerät an.

Benutzerhandbuch | 143

Kapitel 8 Vorbereiten von PlattenÖffnen einer bestehenden Plattendatei im „Plate Editor“(Platteneditor)
CFX Maestro Dx SE liefert Beispiel-Plattendateien, die Sie bearbeiten und als eine neue Platte speichern
können. Sie können auch eine neue Plattendatei anhand einer zuvor gespeicherten Plattendatei
erstellen.

So öffnen Sie eine Beispiel-Plattendatei
1.

Wählen Sie auf der Startseite „File“ (Datei) > „Open“ (Öffnen) > „Plate“ (Platte).
Der Windows Explorer öffnet standardmäßig den Speicherort des CFX Opus Dx System-Ordners„Sample files“ (Beispieldateien).

2.

Öffnen Sie den Ordner „Sample files“ (Beispieldateien) und dann den Ordner „Plates“ (Platten).

3.

Wählen Sie eine Plattendatei aus und klicken Sie auf „Open“ (Öffnen).
Die Beispiel-Plattendatei wird im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) angezeigt.

4.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save As“ (Speichern unter) und speichern Sie die Plattendatei mit einem
neuen Namen oder in einem neuen Ordner.

So öffnen Sie eine zuvor gespeicherte Plattendatei
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte auf der Startseite aus:nGehen Sie auf „File“ (Datei) > „Open“ (Öffnen) > „Plate“ (Platte), wählen Sie die Zielgenplatteund klicken Sie auf „Open“ (Öffnen).

nÖffnen Sie den „Startup Wizard“ (Startassistent) und führen Sie einen der folgenden Schritte
aus:o

Zur Bearbeitung einer bestehenden Plattendatei klicken Sie auf „Select Existing“(Vorhandene auswählen) und gehen Sie zur Zielgendatei.

oGehen Sie zum Bearbeiten der angezeigten Plattendatei auf „Edit Selected“ (Auswahl
bearbeiten).

Die Zielgenplatte wird im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) angezeigt.
2.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save As“ (Speichern unter) und speichern Sie die Plattendatei mit einem
neuen Namen oder in einem neuen Ordner.

144 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“ (Platteneditor)

Einrichten einer neuen Plattendatei
Tipp: Wenn Ihre Plattendatei die erforderlichen Parameter enthält (zum Beispiel, wenn Sie eine
Probendatei oder eine bestehende Plattendatei bearbeiten), können Sie diesen Abschnittüberspringen. Fahren Sie fort mit dem Abschnitt Zuordnen von optionalen Parametern zur
Plattendatei auf Seite 153.
Neue Plattendateien erfordern die folgenden Parameter:n„Plate Size“ (Plattengröße)n„Plate Type“ (Plattentyp)nScanmodusn

Ein Fluorophor (Farbstoff)nEinen Probentyp

Auswahl von Plattengröße und -typ
Wichtig: Bei der Plattenkonfiguration müssen Sie eine Plattengröße auswählen. Sie können die
Plattengröße nicht während oder nach einem Lauf ändern.
Die Software wendet die Plattengröße und den Plattentyp während des Laufs auf alle Kavitäten an.
Stellen Sie sicher, dass die ausgewählte Plattengröße derjenigen entspricht, die Sie im Lauf verwenden.
CFX Opus Dx Systeme des Bio-Rad sind werkseitig für viele Fluoreszenzfarbstoff- undPlattenkombinationen kalibriert. Die Kalibrierung ist spezifisch je nach Gerät, Farbstoff und Plattentyp.
Stellen Sie sicher, dass der Fluorophor, den Sie verwenden möchten, für den von Ihnen ausgewählten
Plattentyp kalibriert ist.
Tipp: Für die Kalibrierung einer neuen Kombination aus Farbstoff und Plattentyp auf einem Gerät
wählen Sie „Tools“ (Werkzeuge) > „Dye Calibration Wizard“ (Assistent für die Farbstoffkalibrierung).
Informationen zum Kalibrieren von Farbstoffen und Plattentypen finden Sie unter Neue Farbstoffekalibrieren auf Seite 85.

Auswahl des Scanmodus
Die CFX Opus 96 Dx und CFX Opus Deepwell Dx Systeme regen Fluorophore an und erkennen sie in
fünf Kanälen (plus FRET). Das CFX Opus 384 Dx System regt Fluorophore an und erkennt sie in vier
Kanälen (plus FRET). Alle Systeme nutzen mehrere Scanmodi zur Datenerfassung, um
Fluoreszenzdaten während eines Laufs zu erfassen.
CFX Maestro Dx SE bietet drei Scanmodi:n„All Channels“ (Alle Kanäle)o

Scannt die Kanäle 1 bis 5 auf CFX Opus 96 Dx und CFX Opus Deepwell Dx Systemen

Benutzerhandbuch | 145

Kapitel 8 Vorbereiten von PlattenonnScannt die Kanäle 1 bis 4 auf CFX Opus 384 Dx Systemen„SYBR®/FAM“oScannt nur Kanal 1o

Liefert einen schnellen Scan

„FRET“oScannt nur den FRET-Kanalo

Liefert einen schnellen Scan

Auswahl der Fluorophore
Wichtig: Bevor Sie mit dem Lauf beginnen, überprüft das CFX-System, dass die Fluorophore, die
Sie in der Platte bestimmt haben, auf diesem Gerät kalibriert sind. Sie können eine Platte nicht
ausführen, wenn diese Fluorophore enthält, die nicht auf diesem Gerät kalibriert wurden.
Sie müssen vor dem Lauf mindestens einen Fluorophor im Plattenlayout laden. Sie können zu diesem
Zeitpunkt so viele Fluorophore wie nötig hinzufügen, die Platte muss jedoch mindestens einen Fluorophor
enthalten. Die ausgewählten Fluorophore erscheinen als Optionen für Zielgene unter „Target Names“(Zielgennamen).
Sie verwenden das Dialogfeld „Select Fluorophores“ (Fluorophore auswählen), um Fluorophore (oderPlattenfarbstoffe) in die Kavitätenladesteuerungen im „Plate Editor“ (Platteneditor) zu laden. Die
Fluorophore, die im Dialogfeld „Select Fluorophores“ (Fluorophore auswählen) angezeigt werden, sindvom Scanmodus abhängig, den Sie auswählen:n„All Channels“ (Alle Kanäle)
Es werden alle verfügbaren Fluorophore angezeigt.
Tipp: Sie können so viele Fluorophore wie notwendig hinzufügen, aber Sie können nur einen
Fluorophor pro Kanal in jeder Kavität laden.

n„SYBR®/FAM“
Es werden nur Fluorophore aus Kanal 1 angezeigt.

n„FRET“Es werden nur die Fluorophore aus Kanal 6 angezeigt.
Tipp: Der FRET-Fluorophor aus Kanal 6 wird nur angezeigt, wenn FRET der gewählte
Scanmodus ist. Er ist nicht für den Scanmodus „All Channels“ (Alle Kanäle) verfügbar.

Hinweis: Sie können Fluorophore nicht direkt im Dialogfeld „Select Fluorophores“ (Fluorophoreauswählen) hinzufügen oder entfernen. Sie müssen neue Fluorophore auf einem Gerät unter

146 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“ (Platteneditor)

Verwendung des „Dye Calibration Wizard“ (Farbstoffkalibrierungsassistent) kalibrieren. Nach der
Kalibrierung wird der neue Fluorophor automatisch zu dieser Liste hinzugefügt. Weitere
Informationen finden Sie unter Neue Farbstoffe kalibrieren auf Seite 85.

Auswahl der Probenarten
Wichtig: Sie müssen vor dem Lauf mindestens einen Probentyp auswählen, der den
Plattenkavitäten zugeordnet werden soll.
CFX Maestro Dx SE bietet fünf Probentypen an:n„Unknown“ (Unbekannt)nStandardn

NTC (Kontrollreaktion ohne Template)n„Positive Control“ (Positivkontrolle)n„Negative Control“ (Negativkontrolle)n

NRT (Kontrollreaktion ohne reverse Transkription)

Sie ordnen die Probentypen den Plattenkavitäten zu.

Konfiguration einer neuen Platte
So konfigurieren Sie eine neue Platte1.

Öffnen Sie eine neue Platte im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor)

2.

Für die Einstellung der Plattengröße gehen Sie auf „Settings“ (Einstellungen) > „Plate Size“(Plattengröße) und wählen Sie die entsprechende Plattengröße aus dem Drop-down-Menü aus.

3.

Für die Einstellung des Plattentyps gehen Sie auf „Settings“ (Einstellungen) > „Plate Type“(Plattentyp) und wählen Sie entweder „BR White“ (BR Weiß) oder „BR Clear“ (BR Transparent) aus
dem Drop-down-Menü aus.

4.

Optional können Sie im Menü „Settings“ (Einstellungen) die Nummernkonvention und die
Anzeigeeinheiten ändern:nZum Ändern der Nummernkonvention gehen Sie auf „Settings“ (Einstellungen) > „Number
Convention“ (Nummernkonvention) und wählen Sie „Scientific Notation“ (Wissenschaftliche
Notation).
Tipp: „Scientific Notation“ (Wissenschaftliche Notation) wird standardmäßig ausgewählt. In
diesem Fall wird bei Auswahl von „Scientific Notation“ (Wissenschaftliche Notation) der
Standard gelöscht und die Nummernkonvention auf das Standardformat eingestellt.

Benutzerhandbuch | 147

Kapitel 8 Vorbereiten von Plattenn

Zur Änderung der Anzeigeeinheiten wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Units“ (Einheiten)
und wählen Sie einen neuen Wert für die Einheit.

5.

Für die Einstellung des Scanmodus wählen Sie den entsprechenden Scanmodus aus der Dropdown-Liste „Scan Mode“ (Scanmodus) in der Symbolleiste des „Plate Editor“ (Platteneditor).

6.

Wählen Sie die erforderlichen Fluorophore für die Platte:a.

Klicken Sie im rechten Fensterbereich auf „Select Fluorophores“ (Fluorophore auswählen).
Es wird das Dialogfeld „Select Fluorophores“ (Fluorophore auswählen) eingeblendet. Hierwerden Ihnen die verfügbaren Fluorophore für die Art des Scanmodus angezeigt, den Sie in
Schritt 5 ausgewählt haben, wie zum Beispiel:b.

Um einen Fluorophor auszuwählen, aktivieren Sie das zugehörige Kontrollkästchen.
Tipp: Um einen Fluorophor zu entfernen, deaktivieren Sie das zugehörige
Kontrollkästchen.

c.

Um die Anzeigefarbe des Fluorophors zu ändern, klicken Sie auf das zugehörige
Kontrollkästchen „Color“ (Farbe).

148 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“ (Platteneditor)

Hinweis: Die Farbe, die Sie auswählen, stellt den Fluorophor sowohl im Fenster „Plate
Editor“ (Platteneditor) als auch in den Datenanalysediagrammen dar.

7.

d.

Im Dialogfeld „Color“ (Farbe) wählen Sie die gewünschte Farbe aus oder klicken Sie auf „Define
Custom Colors“ (Benutzerdefinierte Farben definieren) und erstellen Sie eine neue Farbe für die
Darstellung des Fluorophors.

e.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern, und verlassen Sie das Dialogfeld „SelectFluorophores“ (Fluorophore auswählen).

Sie müssen mindestens eine Kavität auswählen, in die ein Probentyp gefüllt werden soll.
Standardmäßig wird „Well A1“ (Kavität A1) ausgewählt.
Führen Sie im Platten-Fensterbereich einen der folgenden Schritte aus:n

Um mehrere benachbarte Kavitäten zu laden, wählen Sie eine Kavität und ziehen Sie diese zur
Zielgenkavität.

n

Um mehrere nicht benachbarte Kavitäten zu laden, halten Sie die STRG-Taste gedrückt und
klicken Sie auf jede Kavität.

n

Um eine gesamte Spalte mit demselben Probentyp zu laden, klicken Sie auf die
Spaltennummer.

n

Um eine gesamte Zeile zu laden, klicken Sie auf die Zeilennummer.

n

Um die gesamte Platte zu laden, klicken Sie in die obere linke Ecke des Fensterbereichs.

Benutzerhandbuch | 149

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

Zum Beispiel:

8.

Ordnen Sie einen Probentyp der ausgewählten Kavität oder den ausgewählten Kavitäten aus dem
Drop-down-Menü „Sample Type“ (Probentyp) zu.

9.

Ordnen Sie allen Kavitäten, die einen Probentyp enthalten, mindestens einen Fluorophor zu. Sie
können mehr als einen Fluorophor einer Kavität oder Kavitätengruppe zuordnen.
Hinweis: Sie können nur einen Fluorophor pro Kanal zuweisen. Sie können nicht mehr als einen
Fluorophor desselben Kanals derselben Kavität zuweisen.
Tipp: Sie können ein Zielgen mit dem Fluorophor verknüpfen oder zu diesem Zeitpunkt nur den
Fluorophor der Kavität zuordnen und erst nach Durchführung des Experiments ein Zielgen mit
dem Fluorophor verknüpfen.

150 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen einer Plattendatei mit dem „Plate Editor“ (Platteneditor)n

Um den ausgewählten Kavitäten nur einen Fluorophor zuzuordnen, markieren Sie im Abschnitt„Target Names“ (Zielgennamen) im rechten Fensterbereich das Kontrollkästchen „Load“(Laden) für den entsprechenden Fluorophor.

n

Um ein Zielgen mit einem Fluorophor zu verknüpfen, wählen Sie im Abschnitt „Target Names“(Zielgennamen) einen Zielgennamen aus der Drop-down-Liste für den bestimmten Fluorophor
aus. Die Software aktiviert automatisch das zugehörige Kontrollkästchen „Load“ (Laden).

10. Bei Kavitäten, die einen Standardprobentyp enthalten, müssen Sie eine Konzentration eingeben.
Jede Kavität kann einen anderen Konzentrationswert aufweisen. CFX Maestro Dx SE lädt
standardmäßig eine Konzentration von 1.00E+06 in alle Kavitäten mit dem Probentyp „Standard“.
Sie können den Wert bei Bedarf ändern.
a.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich eine Kavität oder eine Gruppe von Kavitäten als„Standard“ aus.

b.

Klicken Sie im Abschnitt „Concentration“ (Konzentration) auf „Load“ (Laden), um den Wert für
die ausgewählte Kavität bzw. Kavitäten zu laden.

c.

(Optional) Um eine andere Konzentration zu laden, geben Sie den neuen Wert in das Textfeld„Concentration“ (Konzentration) ein und drücken Sie Enter.

d.

Wiederholen Sie diesen Schritt mit allen Kavitäten des Probentyps „Standard“.
Tipp: Für das Laden derselben Konzentration in alle als „Standard“ ausgewählten
Kavitäten, stellen Sie sicher, dass „All“ (Alle) in der Drop-down-Liste unter dem
Konzentrationswert eingeblendet wird. Für das Laden desselben Konzentrationswerts füralle Kavitäten mit einem spezifischen Fluorophor, klicken Sie auf die Drop-down-Liste undwählen Sie den Fluorophor aus.

11. Klicken Sie auf OK, um die neue Platte zu speichern.

Benutzerhandbuch | 151

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf Menüelemente für das Platteneditor-Tool
Tabelle 9 listet die Menüpunkte auf, die im Platteneditor verfügbar sind, wenn Sie mit der rechten
Maustaste auf eine beliebige Kavität im Tool klicken. Dieses Menü erscheint auch in „Spreadsheet
View/Importer“ (Ansicht/Import von Tabellen).
Tabelle 9. Kontextmenüelemente im Werkzeug „Plate Spreadsheet View/Importer“(Ansicht/Import von Plattentabellen)

Menüelement

Funktion„Copy“ (Kopieren)

Kopiert die gesamte Tabelle.

„Copy as Image“ (Als

Kopiert die Tabelle als Bilddatei.

Bild kopieren)„Print“ (Drucken)

Druckt die Tabelle.

„Print Selection“

Druckt nur die ausgewählten Zellen.

(Auswahl drucken)„Export to Excel“ (InExportiert die Datei in eine Excel-Tabelle.

Excel exportieren)„Export to CSV“ (InExportiert die Datei als CSV-Datei.

CSV exportieren)„Export to XML“ (InExportiert die Datei als XML-Datei.

XML exportieren)„Export to HTML“ (InExportiert die Datei als HTML-Datei.

HTML exportieren)„Find“ (Suchen)

Suche nach bestimmtem Text.

„Sort“ (Sortieren)

Sortiert die Tabelle durch Auswählen von bis zu drei Datenspalten
im Fenster „Sort“ (Sortieren).

152 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei
Eine Plattendatei enthält Informationen über die Inhalte von jeder Kavität, die mit einer Probe für einen
Lauf geladen wurde. Nach dem Lauf verknüpft CFX Maestro Dx SE die Inhalte der Kavität mit den
während des Protokolls erfassten Fluoreszenzdaten und wendet die entsprechende Analyse im Fenster„Data Analysis“ (Datenanalyse) an.
In CFX Maestro Dx SE können Sie jeder Kavität in Ihrer Platte vor, während oder sogar nach dem Laufvon Experimenten Parameter zuordnen. Sie können die Parameter einer vorhandenen Plattendatei odereiner neuen Plattendatei zuordnen. Zu diesen Parametern gehören:n„Target names“ (Zielgennamen) – das oder die zu untersuchenden Ziele (Gene oder Sequenzen) injeder geladenen Kavität.

n„Sample names“ (Probennamen) – die Identifikation oder Bedingung, die der Probe in jeder
geladenen Kavität entspricht, zum Beispiel Maus1, Maus2 oder Maus3.

n„Biological groups“ (Biologische Gruppen) – die Identifikation oder Bedingung, die einer
Kavitätengruppe entspricht, wie zum Beispiel 0Hr, 1Hr oder 2Hr.
Tipp: Zielgennamen, Probennamen und biologische Gruppen müssen bei Kavitäten gleich sein,um Daten in der Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) im Fenster „Data Analysis“(Datenanalyse) zu vergleichen. Jeder Name muss die gleiche Großschreibung, Zeichensetzung
und Leerzeichen enthalten. Zum Beispiel ist „Actin“ nicht dasselbe wie „actin“, „2Hr“ ist nicht
dasselbe wie „2 hr“ und „Maus 1“ ist nicht dasselbe wie „maus1“. Um die Übereinstimmung derBezeichnungen sicherzustellen, geben Sie die Namen im Abschnitt „Libraries“ (Bibliotheken) in„User > User Preferences > Plate“ (Benutzer > Benutzereinstellungen > Platte) auf der Startseiteein.

n„Technical replicates“ (Technische Replikate) – jede Kavität, die zur Analyse der gleichen
Kombination aus Probe und Zielgen verwendet wird; das heißt, das Replizieren von qPCRReaktionen.

n„Dilution series“ (Verdünnungsreihe) – der Betrag zur Änderung der Konzentration desStandardprobentyps innerhalb einer Replikatgruppe, um die zu analysierenden Daten derStandardkurve zu erstellen.

Zuordnung eines Zielgens zu Kavitäten
Tipp: Sie können den gleichen Zielgennamen einer einzelnen oder mehreren Kavitäten zuordnen.
Sie können auch mehrere Zielgene einer gleichen Kavität zuordnen.

Benutzerhandbuch | 153

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

Wichtig: Wenn Sie, nachdem Sie ein Zielgen zugeordnet haben, auf „OK“ klicken, werden dieÄnderungen gespeichert und die Option „Undo“ (Rückgängig) wird in der Symbolleiste im
Platteneditor deaktiviert. Seien Sie daher vorsichtig, wenn Sie auf „OK“ klicken.

So ordnen Sie ein Zielgen einer Kavität oder einer Kavitätengruppe zu
1.

Stellen Sie im Platteneditor sicher, dass der Kavität oder der Kavitätengruppe ein Probentyp
zugewiesen wurde.
Informationen über das Zuordnen von Probentypen zu Kavitäten finden Sie unter Auswahl der
Probenarten auf Seite 147.

2.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich die Kavität oder Kavitätengruppe aus:n

Um eine einzelne Kavität auszuwählen, klicken Sie auf die Kavität.

n

Um mehrere nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, klicken Sie auf eine Kavität undgehen Sie mit gedrückter Maustaste bis zur Zielgenkavität.

n

Um mehrere nicht nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, halten Sie die
Steuerungstaste gedrückt und klicken Sie auf jede Kavität.

n

Für die Auswahl einer gesamten Spalte mit demselben Probentyp klicken Sie auf die
Spaltennummer.

n

Für die Auswahl einer gesamten Zeile klicken Sie auf die Zeilennummer.

3.

Wählen Sie im rechten Fensterbereich einen Namen aus der Drop-down-Liste „Target Names“(Zielgenname) für jeden ausgewählten Fluorophor aus.

4.

Wiederholen Sie Schritt 3 für jede Kavität oder Kavitätengruppe, der Sie ein Zielgen zuordnen
müssen.
Tipp: Sie können jedem ausgewählten Fluorophor den gleichen oder einen anderen
Zielgennamen zuordnen.

5.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen anzunehmen und die Platte zu speichern.
Hinweis: Wenn Sie die Platte irrtümlich geändert haben, klicken Sie in der Symbolleiste desPlatteneditors auf „Undo“ (Rückgängig), bevor Sie zum Bestätigen der Änderungen auf „OK“
klicken.

154 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

So entfernen Sie einen Zielgennamenu

Um einen Zielgennamen von einer ausgewählten Kavität oder Kavitätengruppe zu entfernen, heben
Sie die Auswahl des zugehörigen Kontrollkästchens „Load“ (Laden) auf.
Wichtig: Durch das Entfernen eines Zielgennamens von einer Kavität wird ebenfalls der damit
verbundene Fluorophor entfernt. Seien Sie daher vorsichtig, wenn Sie einen Zielgennamen voneiner Kavität entfernen.

So fügen Sie einen Zielgennamen zur Liste hinzuu

Um einen Zielgennamen zur Drop-down-Liste hinzuzufügen, führen Sie einen der folgenden Schritteaus:nGeben Sie einen Namen in die Drop-down-Liste „Target Names“ (Zielgennamen) ein unddrücken Sie Enter.
Tipp: Zielgennamen, die Sie zu einer Liste hinzufügen, erscheinen in allen anderen
Zielgenlisten.

n

Klicken Sie auf das grüne +-Symbol rechts neben der Drop-down-Liste, geben Sie einen Namen
für das Zielgen ein und drücken Sie Enter.

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) und fügen Sie
den Namen zu der Bibliothek „Target Names“ (Zielgennamen) auf der Registerkarte „Plate“(Platte) hinzu.

Wichtig: Zielgennamen, die Sie zur Drop-down-Liste hinzufügen, sind nur für die aktuelle Platte
verfügbar und nur, wenn Sie den Namen einer Kavität zuordnen und das Plattenlayout
speichern. Wenn Sie den Namen nicht einer Kavität zuordnen und das Plattenlayout speichern,
wird der Name nicht gespeichert und steht nicht für künftige Verwendungen zur Verfügung. Um
einen Zielgennamen dauerhaft hinzuzufügen, fügen Sie ihn anhand des Dialogfelds „User
Preferences“ (Benutzereinstellungen) ebenfalls zu der Bibliothek „Target Names“(Zielgennamen) hinzu. Namen, die Sie zu der Bibliothek hinzugefügt haben, sind verfügbar,
wenn Sie den Platteneditor das nächste Mal öffnen. Weitere Informationen finden Sie unter
Einstellen der Standard-Plattenparameter auf Seite 96.

So löschen Sie einen Zielgennamen von der Liste
1.

Klicken Sie in der Symbolleiste auf „User Preferences“ (Benutzereinstellungen).
Es erscheint das Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), das die Registerkarte„Plate“ (Platte) anzeigt.

2.

Wählen Sie auf der Registerkarte „Plate“ (Platte) in der Bibliothek „Target names“ (Zielgennamen)
den Namen, den Sie löschen möchten, und drücken Sie die Löschtaste.

Benutzerhandbuch | 155

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

3.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen zu speichern und schließen Sie das Dialogfeld „User
Preferences“ (Benutzereinstellungen).
Wichtig: Sie können keine Zielgennamen löschen, die Sie mit einer Plattendatei gespeichert
haben. Benutzerdefinierte Namen, die Sie zu der Drop-down-Liste „Target Names“(Zielgennamen) hinzufügen und nicht mit der Platte verwenden und speichern, werden
automatisch aus der Liste entfernt. Namen, die Sie aus der Bibliothek „Target Names“(Zielgennamen) löschen, werden dauerhaft aus der Software entfernt und stehen den Benutzern
nicht länger zur Verfügung. Seien Sie daher vorsichtig beim Löschen von Zielgennamen.

Zuordnung eines Probennamens zu Kavitäten
Hinweis: Um einen Probennamen zuzuordnen, müssen Sie den ausgewählten Kavitäten
mindestens einen Fluorophor zuweisen. Wenn den ausgewählten Kavitäten kein Fluorophor
zugewiesen wurde, ist die Drop-down-Liste „Sample Names“ (Probennamen) deaktiviert. Weitere
Informationen über das Zuweisen von Fluorophoren finden Sie unter Zuordnung eines Zielgens zu
Kavitäten auf Seite 153.
Tipp: Sie können jeder Kavität oder Kavitätengruppe nur einen Probennamen zuordnen.

So ordnen Sie einer Kavität oder einer Kavitätengruppe einen Probennamen zu
1.

Stellen Sie im Platteneditor sicher, dass der Kavität oder der Kavitätengruppe ein Fluorophor
zugewiesen wurde.

2.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich die Kavität oder die Kavitätengruppe aus.

3.

Wählen Sie im rechten Fensterbereich einen Namen in der Drop-down-Liste „Sample Names“(Probennamen) aus.
Die Software aktiviert automatisch das zugehörige Kontrollkästchen „Load“ (Laden).

4.

Wiederholen Sie Schritt 3 für jede Kavität oder Kavitätengruppe, der Sie einen Probennamen
zuordnen müssen.

5.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen anzunehmen und die Platte zu speichern.

156 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

Hinweis: Wenn Sie die Platte irrtümlich geändert haben, klicken Sie in der Symbolleiste desPlatteneditors auf „Undo“ (Rückgängig), bevor Sie zum Bestätigen der Änderungen auf „OK“
klicken.

So entfernen Sie einen Probennamenu

Um einen Probennamen von einer ausgewählten Kavität oder Kavitätengruppe zu entfernen, heben
Sie die Auswahl des zugehörigen Kontrollkästchens „Load“ (Laden) auf.

So fügen Sie einen Probennamen zur Liste hinzuu

Um einen Probennamen zur Drop-down-Liste hinzuzufügen, führen Sie einen der folgenden Schritteaus:nGeben Sie einen Namen in die Drop-down-Liste „Sample Names“ (Probennamen) ein unddrücken Sie Enter.

nKlicken Sie auf das grüne +-Symbol rechts neben der Drop-down-Liste und geben Sie einen
Namen für die Probe ein.

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) und fügen Sie
den Namen zu der Bibliothek „Sample Names“ (Probennamen) auf der Registerkarte „Plate“(Platte) hinzu.

Wichtig: Probennamen, die Sie zur Drop-down-Liste hinzugefügt haben, sind nur für die
aktuelle Platte verfügbar und nur, wenn Sie den Namen einer Kavität zugeordnet und das
Plattenlayout gespeichert haben. Wenn Sie den Namen nicht einer Kavität zuordnen und das
Plattenlayout speichern, wird der Name nicht gespeichert und steht nicht für künftige
Verwendungen zur Verfügung. Um einen Probennamen dauerhaft hinzuzufügen, fügen Sie ihn
anhand des Dialogfelds „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) ebenfalls zu der Bibliothek„Sample Names“ (Probennamen) hinzu. Namen, die Sie zu der Bibliothek hinzugefügt haben,sind verfügbar, wenn Sie den Platteneditor das nächste Mal öffnen. Weitere Informationen
finden Sie unter Einstellen der Standard-Plattenparameter auf Seite 96.

So löschen Sie einen Probennamen aus der Liste
1.

Klicken Sie in der Symbolleiste auf „User Preferences“ (Benutzereinstellungen).
Es erscheint das Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), das die Registerkarte„Plate“ (Platte) anzeigt.

2.

Wählen Sie in der Bibliothek „Sample Names“ (Probennamen) auf der Registerkarte „Plate“ (Platte)
den Namen, den Sie löschen möchten, und drücken Sie die Löschtaste.

3.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen zu speichern und schließen Sie das Dialogfeld „User
Preferences“ (Benutzereinstellungen).

Benutzerhandbuch | 157

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

Wichtig: Sie können keine Probennamen löschen, die Sie mit einer Plattendatei gespeichert
haben. Benutzerdefinierte Namen, die Sie zu der Liste „Sample Names“ (Probennamen)
hinzufügen und nicht mit der Platte verwenden und speichern, werden automatisch aus derDrop-down-Liste entfernt. Namen, die Sie aus der Bibliothek „Sample Names“ (Probennamen)löschen, werden von der Software entfernt und sind für Benutzer nicht länger verfügbar. Seien
Sie daher vorsichtig beim Löschen von Probennamen.

Zuordnung von biologischen Gruppen zu Kavitäten
Hinweis: Um eine biologische Gruppe zuzuordnen, müssen Sie den ausgewählten Kavitäten
mindestens einen Fluorophor zuweisen. Durch die Zuweisung eines Fluorophors wird die Dropdown-Liste „Biological Groups“ (Biologische Gruppen) aktiviert. Weitere Informationen über das
Zuweisen von Fluorophoren finden Sie unter Zuordnung eines Zielgens zu Kavitäten auf Seite 153.
Tipp: Sie können jeder Kavität oder jeder Kavitätengruppe eine biologische Gruppe zuordnen.

So ordnen Sie eine biologische Gruppe einer Kavität oder Kavitätengruppe zu
1.

Stellen Sie im Platteneditor sicher, dass der Kavität oder der Kavitätengruppe ein Fluorophor
zugewiesen wurde.

2.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich die Kavität oder die Kavitätengruppe aus.

3.

Treffen Sie im rechten Bereich eine Auswahl aus der Drop-down-Liste „Biological Groups“(Biologische Gruppen) .
CFX Maestro Dx SE aktiviert automatisch das zugehörige Kontrollkästchen „Load“ (Laden).

4.

Wiederholen Sie Schritt 3 für jede Kavität oder Kavitätengruppe, der Sie eine biologische Gruppe
zuordnen müssen.

5.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen anzunehmen und die Platte zu speichern.
Hinweis: Wenn Sie die Platte irrtümlich geändert haben, klicken Sie in der Symbolleiste desPlatteneditors auf „Undo“ (Rückgängig), bevor Sie zum Bestätigen der Änderungen auf „OK“
klicken.

158 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

So entfernen Sie eine biologische Gruppeu

Um eine biologische Gruppe von einer Kavität oder Kavitätengruppe zu entfernen, deaktivieren Sie
das zugehörige Kontrollkästchen „Load“ (Laden).

So fügen Sie eine biologische Gruppe zur Liste hinzuuFühren Sie einen der folgenden Schritte aus, um der Drop-down-Liste eine biologische Gruppe
hinzuzufügen:nGeben Sie einen Namen in das Drop-down-Feld „Biological Group“ (Biologische Gruppe) ein
und drücken Sie die Eingabetaste.

n

Klicken Sie auf das grüne +-Symbol rechts neben der Drop-down-Liste und geben Sie einen
Namen für die biologische Gruppe ein.

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) und fügen Sie
den Namen zu der Bibliothek „Biological Group Names“ (Biologische Gruppennamen) auf derRegisterkarte „Plate“ (Platte) hinzu.

Wichtig: Namen von biologischen Gruppen, die Sie in der Drop-down-Liste hinzufügen, sind nur
für die aktuelle Platte verfügbar und nur, wenn Sie den Namen einer Kavität zuordnen und das
Plattenlayout speichern. Wenn Sie den Namen nicht einer Kavität zuordnen und das
Plattenlayout speichern, wird der Name nicht gespeichert und steht nicht für künftige
Verwendungen zur Verfügung. Um den Namen einer biologischen Gruppe dauerhafthinzuzufügen, fügen Sie ihn ebenfalls zur Bibliothek „Biological Names“ (Biologische Namen)
unter Verwendung des Dialogfelds „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) hinzu. Namen,
die Sie zu der Bibliothek hinzugefügt haben, sind verfügbar, wenn Sie den Platteneditor das
nächste Mal öffnen. Weitere Informationen finden Sie unter Einstellen der StandardPlattenparameter auf Seite 96.

So löschen Sie den Namen einer biologischen Gruppe aus der Liste
1.

Klicken Sie in der Symbolleiste auf „User Preferences“ (Benutzereinstellungen).
Es erscheint das Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen), das die Registerkarte„Plate“ (Platte) anzeigt.

2.

Wählen Sie in der Bibliothek „Biological Group Names“ (Biologische Gruppennamen) auf derRegisterkarte „Plate“ (Platte) den Namen, den Sie löschen möchten, und drücken Sie die Löschtaste.

3.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen zu speichern und schließen Sie das Dialogfeld „User
Preferences“ (Benutzereinstellungen).
Wichtig: Sie können keine Namen von biologischen Gruppen löschen, die Sie mit einer PlattenDatei gespeichert haben. Benutzerdefinierte Namen, die Sie zur Drop-down-Liste „BiologicalGroup Names“ (Biologische Gruppennamen) hinzufügen und nicht mit der Platte verwenden und

Benutzerhandbuch | 159

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

speichern, werden automatisch aus der Liste entfernt. Namen, die Sie aus der Bibliothek„Biological Group Names“ (Biologische Gruppennamen) löschen, werden dauerhaft aus derSoftware entfernt und sind für Benutzer nicht länger verfügbar. Seien Sie daher beim Löschenvon biologischen Namen vorsichtig.

So zeigen Sie alle biologischen Gruppen auf der Platte anu

Klicken Sie auf „Show Biological Groups“ (Biologische Gruppen anzeigen), um alle biologischen
Gruppen auf der Platte anzuzeigen.

Jede Gruppe wird durch eine spezifische Farbe identifiziert und die Schaltfläche „Show BiologicalGroups“ (Biologische Gruppen anzeigen) ändert sich zu „Hide Biological Groups“ (Biologische
Gruppen ausblenden).
Klicken Sie auf „Hide Biological Groups“ (Biologische Gruppen ausblenden), um die Farbe in den
Kavitäten aufzuheben. Alternativ können Sie auf jede Kavität in der Platte klicken, um biologische
Gruppen auszublenden.

Zuordnung technischer Replikatnummern zu Kavitäten
Wichtig: Für die Zuordnung technischer Replikatnummern müssen die ausgewählten Kavitäten
dieselben Kavitäteninhalte enthalten. Das heißt, die ausgewählten Kavitäten müssen dieselben
Probentypen und Fluorophore enthalten. Gegebenenfalls müssen diesen auch dieselben Zielgenund Probennamen sowie derselben biologischen Gruppe zugewiesen werden. Wenn diese nichtübereinstimmen, aktiviert CFX Maestro Dx SE diese Option nicht.

So ordnen Sie technische Replikatnummern einer Gruppe von Kavitäten zu
1.

Stellen Sie im Platteneditor sicher, dass die Inhalte der Kavitätengruppe identisch sind.

2.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich die Zielgenkavitätengruppe aus.

3.

Für die Zuordnung derselben Replikatnummer zu allen ausgewählten Kavitäten geben Sie im
rechten Bereich „Replicate #“ (Replikatnummer) die Replikatnummer in das Feld ein und wählen Sie„Load“ (Laden).

160 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

4.

(Optional) Für die Anwendung einer Replikatserie auf einen Satz an ausgewählten Kavitäten:a.

Klicken Sie auf „Technical Replicates“ (Technische Replikate). Im Abschnitt „Replicate #“(Replikatnummer) werden nun die folgenden Optionen angezeigt:n„Replicate Size“ (Replikatgröße) – Nummer, welche die Anzahl an Kavitäten in jeder
Replikatgruppe angibtn„Starting replicate #“ (Startreplikatnummer) – die erste Nummer in der Replikatserie für
die ausgewählte Replikatgruppe

Hinweis: Standardmäßig zeigt CFX Maestro Dx SE die Startreplikatnummer als eine Zahlüber der letzten auf der Platte zugeordneten technischen Replikatnummer an. Falls zum
Beispiel die letzte technische Replikatnummer auf der Platte fünf beträgt, lautet die nächste
Startnummer sechs. Sie können die Startnummer zu jeder noch nicht zugeordneten
Nummer ändern.
n
b.

5.

Richtung laden (horizontal oder vertikal)

Klicken Sie auf „Apply“ (Anwenden), um die Parameter auf die Serien anzuwenden, und gehen
Sie zurück zur Anzeige „Replicate #“ (Replikatnummer).

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen anzunehmen und die Platte zu speichern.
Hinweis: Wenn Sie die Platte irrtümlich geändert haben, klicken Sie in der Symbolleiste desPlatteneditors auf „Undo“ (Rückgängig), bevor Sie zum Bestätigen der Änderungen auf „OK“
klicken.

Benutzerhandbuch | 161

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

So entfernen Sie eine Kavität aus einer Replikatserieu

Wählen Sie im Plattenfenster die Kavität oder Kavitätengruppe aus, die entfernt werden kann, unddeaktivieren Sie dann das Kontrollkästchen „Replicate # Load“ (Replikatnummer laden).
Alternativ können Sie auch auf „Clear Replicate #“ (Replikatnummer löschen) gehen, um die
Replikatnummer aus einer ausgewählten Kavität oder Kavitätengruppe zu löschen.

So zeigen Sie alle technischen Replikate auf der Platte anu

Klicken Sie auf „Show Technical Replicates“ (Technische Replikate anzeigen) um alle technischen
Replikate auf der Platte anzuzeigen.
Jede Gruppe ist durch eine bestimmte Farbe gekennzeichnet und die Schaltfläche „Show TechnicalReplicates“ (Technische Replikate anzeigen) ändert sich zu „Hide Technical Replicates“ (Technische
Replikate verbergen).
Klicken Sie auf „Hide Technical Replicates“ (Technische Replikate verbergen), um die Farben in den
Kavitäten zu löschen. Alternativ können Sie auf jede Kavität in der Platte klicken, um technische
Replikate zu verbergen.

Zuordnen einer Verdünnungsreihe zu Standardprobentypen
Wie zuvor bereits erwähnt, muss allen Kavitäten mit dem Probentyp „Standard“ ein Konzentrationswert
zugeordnet werden. Sie können eine Verdünnungsreihe mehreren Kavitäten mit dem Probentyp
Standard zuordnen.
Hinweis: Um eine Verdünnungsreihe einer Kavitätengruppe zuzuordnen, müssen die Kavitäten ineine Reihe technischer Replikate aufgenommen werden. Informationen über das Hinzufügen vonKavitäten zu einer Replikatreihe finden Sie unter Zuordnung technischer Replikatnummern zu
Kavitäten auf Seite 160.

So ordnen Sie eine Verdünnungsreihe einer Gruppe von Standardprobenkavitäten zu
1.

Stellen Sie im Platteneditor sicher, dass die folgenden Anforderungen erfüllt sind:n

Der Probentyp für die Kavitätengruppe ist Standard.

nAllen Kavitäten in der Gruppe ist mindestens ein Fluorophor zugeordnet und sie alle enthalten
die gleichen Fluorophore.

nAlle Kavitäten in der Gruppe befinden sich in der gleichen technischen Replikatreihe.
Hinweis: CFX Maestro Dx SE aktiviert die Option „Dilution Series“ (Verdünnungsreihe) nur,
wenn alle ausgewählten Kavitäten diese Kriterien erfüllen.

2.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich die Zielgenkavitätengruppe aus.

162 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

3.

Klicken Sie im Abschnitt „Concentration“ (Konzentration) im rechten Fensterbereich auf „Dilution
Series“ (Verdünnungsreihe). Im Abschnitt „Concentration“ (Konzentration) werden nun die folgenden
Optionen angezeigt:n„Starting concentration“ (Startkonzentration) – Der Konzentrationswert, mit dem die Reihe
startetn„Replicates from and to“ (Replikate von und bis) – Die Replikate in der Reihe, auf die derVerdünnungsfaktor angewendet wirdn

„Dilution factor“ (Verdünnungsfaktor) – Der Betrag zur Änderung der Konzentration
innerhalb jeder Replikatgruppe

4.

Stellen Sie die Werte für die Optionen ein oder akzeptieren Sie die Standardwerte.

5.

Standardmäßig nimmt die Verdünnungsreihe durch den Verdünnungsfaktor ab. Wählen Sie zum
Erhöhen der Verdünnungsreihe „Increase“ (Erhöhen).

6.

(Optional) Standardmäßig gilt der Verdünnungsfaktor für alle Fluorophore in der Replikatreihe. Wenn
Ihre Reihe mehr als einen Fluorophor enthält und Sie die Verdünnung auf einen einzelnen
Fluorophor anwenden möchten, wählen Sie diesen aus der Drop-down-Liste aus.

7.

Klicken Sie auf „Apply“ (Anwenden), um die Verdünnungsreihe auf die Kavitätengruppe
anzuwenden, und gehen Sie zurück zur Konzentration-Ansicht.

8.

Klicken Sie auf „OK“, um die Änderungen anzunehmen und die Platte zu speichern.

Kopieren von Kavitäteninhalten in eine andere Kavität
Sie können die Inhalte einer Kavität kopieren und sie in eine einzelne oder in mehrere Kavitäten einfügen.
Sie können jedoch nur die Inhalte von einer einzelnen Kavität kopieren. Sie haben nicht die Möglichkeit,
mehrere Kavitäten auszuwählen und deren Inhalte zu kopieren.

So kopieren Sie Kavitäteninhalte in eine andere Kavität
1.

Wählen Sie im Platten-Fensterbereich die zu kopierende Kavität.

Benutzerhandbuch | 163

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

2.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Kavität und wählen Sie „Copy Well“ (Kavität kopieren).

3.

Wählen Sie die Kavität oder die Kavitäten, in die der Inhalt eingefügt werden soll:

4.

n

Um eine einzelne Kavität auszuwählen, klicken Sie auf die Kavität.

n

Um mehrere nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, klicken Sie auf eine Kavität undgehen Sie mit gedrückter Maustaste bis zur Zielgenkavität.

n

Um mehrere nicht nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, halten Sie die
Steuerungstaste gedrückt und klicken Sie auf jede Kavität.

Wenn Sie die Zielgenkavitäten ausgewählt haben, drücken Sie die rechte Maustaste und wählen Sie„Paste Well“ (Kavität einfügen).
CFX Maestro Dx SE fügt die Inhalte der ersten Kavität in die ausgewählten Kavitäten ein.

Hinzufügen eines Hinweises zu einer Kavität
Sie können einer Kavität eine Beschreibung hinzufügen. Sie können die Kavitätenhinweise auf derRegisterkarte „Quantification“ (Quantifizierung) im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) anzeigen.

So fügen Sie einen Hinweis zu einer Kavität hinzu
1.

Wählen Sie im Plattenfenster die Kavität(en) aus, zu der bzw. denen Sie einen Hinweis hinzufügenmöchten.

2.

Wählen Sie im unteren Bereich im Abschnitt „View“ (Ansicht) „Well Note“ (Kavitätenhinweis) aus.
Der Bereich „Well Note“ (Kavitätenhinweis) erscheint im rechten Fenster.

3.

Geben Sie den Inhalt für den Hinweis in das Textfeld ein und drücken Sie Enter.
Der Text erscheint im unteren Bereich der ausgewählten Kavitäten.
Tipp: Wenn Sie einen vorherigen Kavitätenhinweis erstellt haben, können Sie diesen aus derDrop-down-Liste auswählen und ihn auf die ausgewählten Kavitäten anwenden.

Kavitäten von jeglichem Inhalt leeren
Sie können entweder eine einzelne Kavität, eine Kavitätengruppe oder die gesamte Platte von jeglichem
Inhalt leeren. Das Leeren der Kavitäten entfernt nicht die während der Plattenablesung erfassten
Fluoreszenzdaten.

164 | CFX Maestro Dx SE Software

Zuordnen von optionalen Parametern zur Plattendatei

Wichtig: Das Leeren einer Kavität entfernt dauerhaft die Bezeichnungen aus der Kavität. Wenn Sie
auf „OK“ klicken und die Platte nach dem Leeren einer Kavität speichern, können Sie den
Leervorgang nicht mehr rückgängig machen. Seien Sie daher vorsichtig, wenn Sie Kavitäten leeren.

So löschen Sie jegliche Einstellungen von Kavitäten
1.

2.

Wählen Sie im Platteneditor die Kavität oder Kavitätengruppe im Fensterbereich „Plate“ (Platte) aus:n

Um eine einzelne Kavität auszuwählen, klicken Sie auf die Kavität.

n

Um mehrere nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, klicken Sie auf eine Kavität undgehen Sie mit gedrückter Maustaste bis zur Zielgenkavität.

n

Um mehrere nicht nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, halten Sie die
Steuerungstaste gedrückt und klicken Sie auf jede Kavität.

n

Für die Auswahl einer gesamten Spalte mit demselben Probentyp klicken Sie auf die
Spaltennummer.

n

Für die Auswahl einer gesamten Zeile klicken Sie auf die Zeilennummer.

Klicken Sie im rechten Fensterbereich auf „Clear Wells“ (Kavitäten leeren).
CFX Maestro Dx SE bereinigt die ausgewählten Kavitäten von jeglichen Einstellungen.

3.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Wenn Sie die Bezeichnungen der Kavität irrtümlicherweise entfernt haben, klicken Sie in der
Symbolleiste im Platteneditor auf „Undo“ (Rückgängig), bevor Sie auf „OK“ klicken, um dieÄnderungen anzunehmen.
Wichtig: Wenn Sie auf „OK“ klicken, bevor Sie auf „Undo“ (Rückgängig) klicken, werden
die Änderungen gespeichert und die Option „Undo“ (Rückgängig) wird in der Symbolleiste
im Platteneditor deaktiviert.

nKlicken Sie auf „OK“, um die Änderungen anzunehmen und die Platte zu speichern.

Benutzerhandbuch | 165

Kapitel 8 Vorbereiten von PlattenÄndern der Versuchseinstellungen
Verwenden Sie das Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen), um die Liste mit
Zielgenen, Proben oder biologischen Gruppen anzuzeigen oder zu ändern oder um die zu analysierende
Probengruppe der Genexpressionsanalyse einzustellen, wenn Sie den Kavitäten in der Platte biologische
Gruppen zugeordnet haben.
Im Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) wird auf der Registerkarte „Targets“(Zielgene) eine Liste mit Zielgennamen für jede PCR-Reaktion angezeigt, wie zum Beispiel das Zielgenoder die zu untersuchende Gensequenz.
Die Registerkarte „Samples and Biological Groups“ (Proben und biologische Gruppen) zeigt eine Liste mit
Namen von Proben und biologischen Gruppen an, die die Quelle des Zielgens angeben, wie zum Beispieleine Probe, die nach 1 Stunde (1Hr) oder von einem spezifischen Individuum (maus1) entnommen
wurde.

So ändern Sie die Platteneinstellungen unter Verwendung des Dialogfelds „ExperimentSettings“ (Experimenteinstellungen)1.

Zum Öffnen des Dialogfelds „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) führen Sie einen derfolgenden Schritte aus:n

Klicken Sie im rechten Fensterbereich im Platteneditor auf „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen).

n

Klicken Sie auf der Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) im Fenster „Data Analysis(Datenanalyse) auf „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen).

Es wird das Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) eingeblendet, in dem die
Inhalte der Registerkarte „Targets“ (Zielgene) angezeigt werden.

166 | CFX Maestro Dx SE SoftwareÄndern der Versuchseinstellungen2.

Um einen neuen Namen für ein Zielgen, eine Probe oder eine biologische Gruppe hinzuzufügen,geben Sie auf der entsprechenden Registerkarte einen Namen in das Textfeld „New“ (Neu) ein und
klicken Sie auf „Add“ (Hinzufügen).

3.

Um einen oder mehrere Zielgennamen, Probennamen oder biologische Gruppennamen aus derListe zu entfernen, markieren Sie in der entsprechenden Registerkarte das Kontrollkästchen desentsprechenden Elements in der Spalte „Select to Remove“ (Auswahl zum Entfernen) aus und
klicken Sie auf „Remove checked item(s)“ (ausgewählte Elemente entfernen).

4.

CFX Maestro Dx SE schließt den Probentyp NTC (Kontrollreaktion ohne Template) aus derGenexpressionsanalyse aus.
Um NTC-Probentypen aufzunehmen, heben Sie die Auswahl des zugehörigen Kontrollkästchens imAbschnitt „Exclude the following sample types“ (Die folgenden Probentypen ausschließen) auf. Sie
können entscheiden, die folgenden Probentypen auszuschließen, indem Sie das entsprechende
Kontrollkästchen markieren:

5.

n

NRT (Kontrollreaktion ohne reverse Transkription)n„Negative Control“ (Negativkontrolle)n„Positive Control“ (Positivkontrolle)nStandard

In der Registerkarte „Targets“ (Zielgene):

Benutzerhandbuch | 167

Kapitel 8 Vorbereiten von Plattena.

Um ein Zielgen als Referenz für eine Genexpressionsdatenanalyse auszuwählen, wählen Sie
dieses in der Spalte „Reference“ (Referenz) aus.

b.

Um die Analyseeinstellungen auszublenden, die auf der Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) im Fenster „Analysis Settings“ (Analyseeinstellungen) angewendet werden,
heben Sie die Auswahl „Show Analysis Settings“ (Analyseeinstellungen anzeigen) auf.
Die Software blendet die folgenden Spalten aus:
n

Farbe

n

Diagramm anzeigennAuto-EffizienznEffizienz (%)

c.

Zur Änderung der Farbe des Zielgens, das im Diagramm „Gene Expression“ (Genexpression)
grafisch dargestellt wird, klicken Sie auf dessen Zelle in der Spalte „Color“ (Farbe), wählen Sieeine neue Farbe im eingeblendeten Dialogfeld „Color“ (Farbe) aus und klicken Sie auf „OK“.

d.

Um das Zielgen in der ausgewählten Farbe im Diagramm „Gene Expression“ (Genexpression)
anzuzeigen, markieren Sie das zugehörige Kontrollkästchen in der Spalte „Show Chart“(Diagramm anzeigen).

e.

Standardgemäß berechnet CFX Maestro Dx SE automatisch die relative Effizienz für ein
Zielgen, wenn dessen Daten eine Standardkurve beinhalten.
Wenn Sie einen zuvor festgelegten Effizienzwert verwenden möchten, geben Sie den Wert indessen Zelle in der Spalte „Efficiency (%)“ (Effizienz (%)) ein. CFX Maestro Dx SE hebt die
Auswahl des Kontrollkästchens „Auto Efficiency“ (Auto Effizienz) auf.

6.

7.

Auf der Registerkarte „Samples and Biological Groups“ (Proben und biologische Gruppen):a.

Um eine Probe oder biologische Gruppe als die Kontrollprobe für die
Genexpressionsdatenanalyse auszuwählen, markieren Sie das zugehörige Kontrollkästchen in
der Spalte „Control“ (Kontrolle).

b.

Um einer Probe oder biologischen Gruppe eine Kontrollbedingung für einen Lauf zuzuordnen,
markieren Sie das zugehörige Kontrollkästchen in der Spalte „Control“ (Kontrolle).

c.

Wenn dies nicht bereits ausgewählt ist, klicken Sie auf „Show Analysis Settings“(Analyseeinstellungen anzeigen), um Analyseparameter anzuzeigen oder zu ändern, die auf derRegisterkarte „Gene Expression“ (Genexpression) angewendet werden. Die Software blendet
die Spalten „Color“ (Farbe) und „Show Chart“ (Diagramm anzeigen) aus.

Klicken Sie auf „OK“, um die Parameter im Dialogfeld „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen) zu speichern, und kehren Sie zum Platteneditor-Fenster zurück.

168 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen von Kavitätengruppen

Erstellen von Kavitätengruppen
Kavitätengruppen unterteilen eine einzelne Platte in Untergruppen an Kavitäten, die im DatenanalyseFenster unabhängig analysiert werden können. Sobald die Kavitätengruppen eingerichtet sind, wählen
Sie im Datenanalyse-Fenster eine Gruppe aus, um die Daten als eine unabhängige Gruppe zu
analysieren. Richten Sie zum Beispiel Kavitätengruppen ein, um mehrere Experimentläufe in einer Plattezu analysieren oder um jede Kavitätengruppe mit einer anderen Standardkurve zu analysieren.
Hinweis: Die Standardkavitätengruppe ist „All Wells“ (Alle Kavitäten).

So erstellen Sie Kavitätengruppen
1.

Zum Öffnen des Kavitätengruppen-Managers führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie in der Symbolleiste des Platteneditors auf „Well Groups“ (Kavitätengruppen).

n

Klicken Sie im Datenanalyse-Fenster auf „Manage Well Groups“ (Kavitätengruppen verwalten).

Das Dialogfeld „Well Groups Manager“ (Kavitätengruppen-Manager) wird angezeigt.

2.

Klicken Sie auf „Add“ (Hinzufügen), um eine neue Gruppe zu erstellen. Im Drop-down-Menü wird derGruppenname als „Group 1“ (Gruppe 1) für die erste Gruppe angezeigt.

3.

Wählen Sie in der Plattenansicht die Kavitäten für die Kavitätengruppe aus, indem Sie dieseanklicken und quer über die Gruppen an Kavitäten ziehen. Im Manager werden die ausgewählten
Kavitäten blau angezeigt.

Benutzerhandbuch | 169

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

4.

(Optional) Um den Namen der Gruppe zu ändern, wählen Sie deren Namen im Drop-down-Menü aus
und geben Sie einen neuen Namen ein.

5.

(Optional) Um eine Kavitätengruppe zu löschen, wählen Sie den Namen in der Drop-down-Liste aus
und klicken Sie auf „Delete“ (Löschen).

6.

Klicken Sie zum Beenden auf „OK“ und schließen Sie das Fenster oder klicken Sie auf „Cancel“(Abbrechen), um das Fenster ohne Änderungen zu schließen.

Kontextmenüelemente für das Dialogfeld „Well groups Manager“(Kavitätengruppenmanager)
Tabelle 10 listet die Kontextmenüelemente für das Dialogfeld „Well groups Manager“(Kavitätengruppenmanager) auf, wenn Sie mit der rechten Maustaste auf eine Kavität klicken.
Tabelle 10. Kontextmenüelemente im Dialogfeld „Well Groups Manager“ (Kavitätengruppenmanager) des „Plate Editor“ (Platteneditor)

Menüelement

Funktion„Copy“ (Kopieren)

Kopiert die Kavitäteninhalte, die dann in eine andere
Kavität bzw. in andere Kavitäten eingefügt werden können.

„Copy as Image“ (Als Bild

Kopiert die Kavitätenwähleransicht als Bild.

kopieren)„Print“ (Drucken)

Druckt die Kavitätenwähleransicht.

„Print Selection“ (Auswahl

Druckt nur die ausgewählten Zellen.

drucken)„Export to Excel“ (In Excel

Exportiert die Daten in eine Excel-Tabelle.

exportieren)„Export to CSV“ (In CSV

Exportiert die Daten als CSV-Datei.

exportieren)„Export to XML“ (In XML

Exportiert die Daten als XML-Dokument.

exportieren)„Export to HTML“ (In HTML
exportieren)

170 | CFX Maestro Dx SE Software

Exportiert die Daten als HTML-Dokument.

Ändern der KurvenmarkierungenÄndern der Kurvenmarkierungen
Während der Plattenkonfiguration und während eines Laufs können Sie die Farbe und den Typ der
Amplifikationskurven ändern. Sie können die Kurven ganz einfach während der Erfassung der Daten im
Echtzeit-Statusfenster sehen.

So ändern Sie die Kurvenmarkierungen1.

Klicken Sie in der Symbolleiste „Plate Editor“ (Platteneditor) auf „Trace Styles“(Kurvenmarkierungen) .
Es wird das Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) für die geöffnete Platte eingeblendet,
zum Beispiel:2.

Für die Anzeige der Kurvenmarkierungen nach einem spezifischen Fluorophor, wählen Sie diesen
aus dem Fluorophor-Drop-down-Menü aus.

3.

So ändern Sie die Kurvenanzeige:a.

Wählen Sie die Kurvenmarkierung aus der Drop-down-Liste „Wells“ (Kavitäten) aus.

b.

Klicken Sie auf dessen Farbe in der Farbspalte.

c.

Wählen Sie in dem sich öffnenden Dialogfeld „Color“ (Farbe) eine andere Farbe für die Kurve
aus und klicken Sie auf OK.
CFX Maestro Dx SE zeigt die Farbänderung für den Kavitätentyp im Raster an.

d.

(Optional) Wählen Sie ein Symbol für die Kurve aus der Drop-down-Liste „Symbols“ (Symbole).

Benutzerhandbuch | 171

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

4.

Um die eingestellte Farbe schnell zu ändern, klicken Sie auf die entsprechende Auswahl im Abschnitt„Color Quick Set“ (Farbschnelleinstellung).

5.

Um Kavitätenkennzeichnungen im Raster zu sehen, wählen Sie den „Label Type“ (Kennzeichentyp)im Abschnitt „Well Labels“ (Kavitätenkennzeichnungen) aus.

6.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern, oder auf „Cancel“ (Abbrechen), um denÄnderungsvorgang abzubrechen.

172 | CFX Maestro Dx SE Software

Anzeigen, Exportieren und Importieren der Platte im Tabellenkalkulationsformat

Anzeigen, Exportieren und Importieren der Platte imTabellenkalkulationsformat
Das Werkzeug „Spreadsheet View/Importer“ (Ansicht/Import von Tabellen) zeigt die Inhalte einer Platte
im Tabellenformat an. Der Viewer bietet Optionen zum Anzeigen, Importieren und Exportieren vonKavitätendaten wie unten beschrieben.

Verwenden des Spreadsheet Viewer zum Exportieren und Importieren von
Plattendaten
Vom Spreadsheet Viewer aus können Sie Zielgenname, Probenname, Name der biologischen Gruppe
und Kavitätenanmerkungen als Vorlage in einem tabulatorgetrennten Format in eine Anwendung wie
Microsoft Excel exportieren. Sie können diese Daten auch aus einer tabulatorgetrennten Anwendung ineine vordefinierte Platte aus einer Experimentinformationsdatei importieren.

Verwenden des Werkzeugs „Spreadsheet View/Importer“ (Ansicht/Import von Tabellen)
1.

Erstellen und speichern Sie eine Plattendatei (siehe Erstellen einer Plattendatei mit dem „Plate
Editor“ (Platteneditor)).

2.

Klicken Sie in der Symbolleiste des Platteneditors auf die Registerkarte „Spreadsheet View/Importer“(Ansicht/Import von Tabellen), um das Dialogfeld „Plate Spreadsheet View“ (Tabellenansicht derPlatte) zu öffnen.

Benutzerhandbuch | 173

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

3.

(Optional) Klicken Sie auf die Felder „Show Biological Set Name“ (Name biologischer Satz anzeigen)und „Show Well Note“ (Kavitätenanmerkung anzeigen), um diese Spalten in „Spreadsheet View“(Ansicht von Tabellen) und in der exportierten Datei anzuzeigen.

4.

Klicken Sie auf die Schaltfläche „Export Template“ (Vorlage exportieren), um eine leere Vorlage ineiner Excel-Datei (.csv-Format) zu erstellen. Die exportierte Datei zeigt das gleiche Layout wie Ihre
Platte.
Tipp: Verwenden Sie beim Speichern Ihrer Plattendateien den Plattendateinamen, um die Datei
einfach zu identifizieren.

5.

Füllen Sie die Zellen der Excel-Datei mit Ihrem Kavitäteninhalt.
Hinweis: Sie können nur den Inhalt jeder Zelle in einer Spalte bearbeiten, die ein Sternchen (*)
neben dem Spaltennamen hat (*Zielgenname, *Probenname, *Name der biologischen Gruppe,*Kavitätenanmerkung).
Hinweis: Sie können keine Werte zu den Standardkurven- und Mengenspalten in derexportierten Excel-Datei hinzufügen. Um diese Daten zu ändern, kehren Sie zum Platteneditor
zurück und wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Units“ (Einheiten) in der Menüleiste. Nach
Abschluss eines Plattenlaufs erscheinen diese Standardwerte im Standardkurvendiagramm auf
der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) im Datenanalysefenster mit den von Ihnen
gewählten Einheiten.

6.

Importieren Sie die ausgefüllte Excel-Datei zurück in den Platteneditor, indem Sie auf die
Schaltfläche „Import“ (Importieren) klicken. Die importierten Plattendaten werden im Fenster „Plate
Spreadsheet View“ (Tabellenansicht der Platte) angezeigt.
Wichtig: Wenn Sie mehrere Fluorophore haben, müssen Sie die Schritte 3–5 für jeden
Fluorophor mithilfe des Drop-down-Menüs „Flours List“ in der „Plate Spreadsheet View“(Tabellenansicht der Platte) durchführen.

7.

Klicken Sie auf die Schaltfläche „OK“. Die neuen Plattendaten werden jetzt im Platteneditor-Fenster
angezeigt.

Tipp: Sie können Menüelemente anzeigen, die im Werkzeug „Spreadsheet View/Importer“(Ansicht/Import von Tabellen) verfügbar sind, wenn Sie mit der rechten Maustaste auf eine beliebige
Kavität im Tool oder auf eine der Tabellenüberschriften in „Plate Spreadsheet View“ (PlattentabelleAnsicht) klicken.

174 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Platten-Layouts mit dem „Plate Setup Wizard“ (Platten-Einrichtungsassistent)

Erstellen eines Platten-Layouts mit dem „Plate Setup Wizard“(Platten-Einrichtungsassistent)
Sie können den „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) zur Eingabe der Plattenlayoutinformationen
verwenden, die für die normalisierte Genexpressionsanalyse erforderlich sind. Dazu gehören:n

ZielgennamennProbennamenn

Position von Zielgenen und Probe auf der PlattenReferenzzielgen(e)nKontrollprobe

Sie können den Einrichtungsassistenten vor, während oder nach einem Lauf verwenden.

Verwenden des „Plate Setup Wizard“ (PlattenEinrichtungsassistent)
In diesem Abschnitt wird erklärt, wie Sie ein Plattenlayout mit dem „Plate Setup Wizard“ (PlattenEinrichtungsassistent) erstellen. Zur besseren Anzeige der Inhalte jeder Kavität in der Platte klicken Sie
auf „Zoom Plate“ (Platte heranzoomen) oben im „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent).
Wichtig: Wenn Sie zur Registerkarte „Auto Layout“ (Automatisches Layout) zurückkehren, während
Sie auf einer anderen Registerkarte im „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) sind, wird das
Plattenlayout zurückgesetzt. Seien Sie daher vorsichtig bei der Auswahl dieser Registerkarte.
Tipp: Sie können das Layout durch Auswahl von „Tools“ (Werkzeuge) > „Clear Plate“ (Platte
löschen) im „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) zurücksetzen.

So verwenden Sie den „Plate Setup Wizard“ (Platten-Einrichtungsassistent)1.

Öffnen Sie den Platteneditor

2.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus, um den „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) zuöffnen:n

Wählen Sie „Editing Tools“ (Bearbeitungswerkzeuge) > „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent).

n

Klicken Sie auf „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistent) auf der Platteneditor-Symbolleiste.

Es wird der Einrichtungsassistent mit Anzeige der Registerkarte „Auto Layout“ (Automatisches
Layout) eingeblendet.

Benutzerhandbuch | 175

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

3.

Führen Sie in der Registerkarte „Auto Layout“ (Automatisches Layout) einen der folgenden Schritte
aus:a.

Klicken Sie auf eine Kavität im Raster und ziehen Sie diese zur Seite und unten, um den Bereich
auf der Platte zu bestimmen, für den Sie Proben laden möchten.

b.

Geben Sie die Anzahl der zu ladenden Zielgene und Proben ein.
Tipp: Die Anzahl der Zielgene und Proben muss der Anzahl der ausgewählten Zellen
entsprechen. Falls die eingegebenen Nummern nicht in den ausgewählten Bereich passen,ändern Sie die Nummern oder den Plattenauswahlbereich. Die Ausrichtung der Elemente
auf der Platte und deren Gruppierung kann bestimmt werden.

c.

(Optional) Änderung der Plattenausrichtung. Sie können zum Beispiel Zielgene in Spalten und
Proben in Zeilen setzen oder nach Proben gruppieren.

d.

Klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Target Names“ (Zielgennamen)
weiterzugehen.

Hinweis: Falls Ihr Plattenlayout kein regelmäßiges Muster aufweist, verwenden Sie die
Registerkarte „Target Names“ (Zielgennamen), um Ihre Zielgene manuell zu positionieren bzw.
die Registerkarte „Sample Names“ (Probennamen), um Ihre Proben manuell auf der Platte zu
positionieren. Klicken und ziehen Sie, um mehrere Kavitäten auszuwählen.

176 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen eines Platten-Layouts mit dem „Plate Setup Wizard“ (Platten-Einrichtungsassistent)

4.

Definieren Sie in der Registerkarte „Target Names“ (Zielgennamen) die Zielgennamen für die
Zielgengruppen:a.

b.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Für die Umbenennung von Zielgenen nach Gruppe wählen Sie „Select by Target“ (Auswahlnach Zielgen).

n

Für die Umbenennung von Zielgenen nach Kavität wählen Sie „Select by Well“ (Auswahlnach Kavität).

Wählen Sie eine Zielgengruppe oder eine Kavität im Raster und geben Sie einen Namen in die
Drop-down-Liste ein.
Tipp: Drücken Sie auf Tab, um die nächste Gruppe oder Kavität rechts, bzw. auf Enter, um
die nächste Gruppe oder Kavität darunter auszuwählen. Alternativ können Sie in den
Registerkarten „Target Name“ (Zielgenname) und „Sample Name“ (Probenname) die
Steuerungstaste gedrückt halten und mehrere, nicht angrenzende Kavitäten auswählen.

c.

Klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Sample Names“ (Probennamen)
weiterzugehen.

5.

Definieren Sie in der Registerkarte „Sample Names“ (Probennamen) die Probennamen für die
Probengruppen:

6.

Klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Reference Targets“ (Referenzzielgene)weiterzugehen.

7.

Wählen Sie in der Registerkarte „Reference Targets“ (Referenzzielgene) eines oder mehrere Ziele,
die Sie als Referenz für die normalisierte Genexpression nutzen und klicken Sie auf „Next“ (Weiter),um zur Registerkarte „Control Sample“ (Kontrollprobe) zu gelangen.

8.

Wählen Sie in der Registerkarte „Control Sample“ (Kontrollprobe) eine Probe, die Sie als Kontrolle für
die relativen Genexpressionskalkulationen verwenden möchten.

9.

Klicken Sie auf „OK“, um das Plattenlayout zu speichern und zum Platteneditor zurückzukehren, in
dem Sie die Plattenparameter weiter definieren können. Siehe Zuordnen von optionalen Parametern
zur Plattendatei auf Seite 153 für weitere Informationen.
Klicken Sie alternativ auf „Previous“ (Zurück), um zu einer vorherigen Registerkarte zurückzukehrenund Änderungen vorzunehmen.
Hinweis: Wenn Sie zur Registerkarte „Auto Layout“ (Automatisches Layout) zurückkehren, wird
die Platte automatisch zurückgesetzt. Seien Sie daher vorsichtig, wenn Sie auf „Previous“(Zurück) klicken.

Benutzerhandbuch | 177

Kapitel 8 Vorbereiten von Platten

178 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 9 Durchführen von Experimenten
In diesem Kapitel wird erläutert, wie benutzerdefinierte oder PrimePCR™-Assay-Experimente mithilfe
von CFX Maestro Dx Software, Security Edition ausgeführt werden.
Eine Laufdatendatei enthält die Protokoll- und Platteninformationen für den Lauf. Die Datei enthält
außerdem die Daten von den Analysen, die CFX Maestro Dx SE nach Abschluss des Laufs durchführt.
CFX Maestro Dx SE erleichtert das Einrichten und Ausführen von benutzerdefinierten oder PrimePCRExperimenten. Das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) führt Sie durch die allgemeinen Schritte zum
Einrichten eines Experiments und bringt Sie zu dem Dialogfeld „Start Run“ (Lauf starten), über das Sie
den Lauf starten können.

Benutzerhandbuch | 179

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Das „Run Setup“-Fenster (Laufkonfiguration)
Das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) bietet Schnellzugriff auf die Dateien und Einstellungen, die
zum Einrichten und Ausführen eines Experiments erforderlich sind. Wenn Sie die Ausführung eines
benutzerdefinierten Experiments wählen, wird das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) geöffnet, dasdie Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) anzeigt. Wenn Sie die Ausführung eines PrimePCR-Experimentswählen, wird das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) geöffnet, das die Registerkarte „Start Run“
(Lauf starten) anzeigt.
Tipp: Siehe Durchführen von PrimePCR-Experimenten auf Seite 199 für Informationen überPrimePCR; siehe Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) auf Seite 188 für Informationen über die
Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten).

180 | CFX Maestro Dx SE Software

Das „Run Setup“-Fenster (Laufkonfiguration)

LEGENDE1.

Die Registerkarten führen Sie durch das Einrichten und Ausführen eines
Experiments:
n Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) – ein vorhandenes Protokoll für den Lauf oderzur Bearbeitung auswählen oder ein neues Protokoll im Protokoll-Editor erstellen.
n Registerkarte „Plate“ (Platte) – eine vorhandene Platte für den Lauf oder zur
Bearbeitung auswählen oder eine neue Platte im Platteneditor erstellen.
n Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) – die Experimenteinstellungen ansehen,einen oder mehrere Geräteblöcke auswählen und den Lauf starten.

2.

Das Hauptfenster zeigt die Optionen für jede Registerkarte an, wenn Sie dieseanwenden.

3.

Navigationsschaltflächen führen Sie zur Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten).

Zugriff auf das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration)
So greifen Sie auf das Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration) zuuFühren Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie auf der Registerkarte „Run Setup“ (Laufkonfiguration) im „Startup Wizard“(Startassistent) entweder „User-defined“ (Benutzerdefiniert) oder „PrimePCR“.

nKlicken Sie in der Symbolleiste auf der Startseite entweder „User-defined Run Setup“(Benutzerdefinierte Laufkonfiguration) oder „PrimePCR Run Setup“ (PrimePCR
Laufkonfiguration).

n

Wählen Sie auf der Startseite entweder „Run > User-defined“ (Lauf > Benutzerdefinierter Lauf)oder „Run > PrimePCR Run“ (Lauf > PrimePCR-Lauf).

Benutzerhandbuch | 181

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)
Die Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) zeigt eine Vorschau der Protokolldatei an, die Sie ausführen
möchten. Eine Protokolldatei enthält die Anweisungen für die Temperaturschritte des Geräts sowie
Geräteoptionen, über die die Steigerungsrate, das Probenvolumen und die Deckeltemperatur gesteuert
werden.

Standardgemäß zeigt die Software das im Abschnitt „File Selection for Run Setup“ (Dateiauswahl für die
Laufkonfiguration) auf der Registerkarte „Files“ (Dateien) im Dialogfeld „User > User Preferences“(Benutzer > Benutzereinstellungen) definierte Protokoll an. Sie können das Standardprotokoll im
Dialogfeld „User Preferences“ (Benutzereinstellungen) ändern. Weitere Informationen finden Sie unterÄndern der Standarddateieinstellungen auf Seite 93.
Auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) können Sie:n

Ein neues Protokoll zum Ausführen erstellennEin vorhandenes Protokoll zum Ausführen oder zur Bearbeitung auswählen

Für weitere Informationen über das Erstellen und Ändern von Protokollen siehe Kapitel 7, Erstellen vonProtokollen.

182 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)

So erstellen Sie ein neues Protokoll
1.

Klicken Sie auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) auf „Create New“ (Neu erstellen).
Der „Protocol Editor“ (Protokolleditor) wird angezeigt.

2.

Verwenden Sie den „Protocol Editor“ (Protokolleditor), um ein neues Protokoll zu erstellen.

3.

Klicken Sie auf „OK“, um das Protokoll zu speichern und zur Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) in„Run Setup“ (Laufkonfiguration) zurückzukehren.

4.

Schauen Sie sich die Details des Protokolls an und führen Sie eine der folgenden Aktionen durch:nWenn die Details korrekt sind, klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Plate“(Platte) zu gelangen.

n

Wenn die Details nicht korrekt sind, klicken Sie auf „Edit Selected“ (Ausgewählte bearbeiten),um zum Fenster „Protocol Editor“ (Protokolleditor) zurückzukehren. Überarbeiten Sie das
Protokoll, speichern Sie die Änderungen und klicken Sie anschließend auf der Registerkarte„Protocol“ (Protokoll) auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Plate“ (Platte) zu gelangen.

So wählen Sie ein vorhandenes Protokoll aus
1.

Führen Sie auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie auf „Select Existing“ (Vorhandenes auswählen) und navigieren Sie zu einem
vorhandenen Protokoll.

nKlicken Sie auf „Express Load“ (Schnellladen) und wählen Sie ein Protokoll aus der Drop-downListe mit Protokollen aus.
Tipp: Sie können Protokolle zur Drop-down-Liste „Express Load“ (Schnellladen)hinzufügen oder von dieser entfernen. Siehe nachfolgend den Abschnitt Hinzufügen und
Entfernen von Express Load-Plattendateien für weitere Informationen.

2.

Schauen Sie sich die Details des Protokolls an und führen Sie eine der folgenden Aktionen durch:nWenn die Details korrekt sind, klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Plate“(Platte) zu gelangen.

n

Wenn die Details nicht korrekt sind, klicken Sie auf „Edit Selected“ (Ausgewählte bearbeiten),um den „Protocol Editor“ (Protokolleditor) zu öffnen. Überarbeiten Sie das Protokoll, speichern
Sie die Änderungen und klicken Sie anschließend auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll)auf „Next“ (Weiter), um zur Registerkarte „Plate“ (Platte) zu gelangen.

Benutzerhandbuch | 183

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Hinzufügen und Entfernen von Express Load-Plattendateien
Sie können die Inhalte der Express Load-Drop-down-Liste, die im Protokoll-Editor erscheint, ändern. Die
in dieser Liste angezeigten Protokolle sind im folgenden Ordner gespeichert:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

So ändern Sie die Express Load-Liste der Protokolle
1.

Navigieren Sie zum Ordner „ExpressLoad“ (Schnellladen) und öffnen Sie diesen.

2.

Überprüfen Sie die Protokolldateien (.pcrl) im Ordner.

3.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nLöschen Sie Protokolle aus dem Ordner, um sie aus der Drop-down-Liste zu entfernen.

nKopieren Sie Plattendateien in den Ordner, um sie zur Drop-down-Liste hinzuzufügen.

184 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Plate“ (Platte)

Registerkarte „Plate“ (Platte)
Hinweis: Wenn das auf der Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) ausgewählte Protokoll für die
Echtzeit-PCR-Analyse keinen Plattenableseschritt umfasst, wird die Registerkarte „Plate“ (Platte)
ausgeblendet. Um die Registerkarte „Plate“ (Platte) anzuzeigen, fügen Sie mindestens eine
Plattenablesung zum Protokoll hinzu.
Die Registerkarte „Plate“ (Platte) zeigt eine Vorschau der Plattendatei an, die Sie laden möchten. Bei
einem Echtzeit-PCR-Lauf enthält die Plattendatei eine Beschreibung der Inhalte von jeder Kavität,
einschließlich deren Fluorophore, dem Scan-Modus und dem Plattentyp. CFX Maestro Dx SE verwendet
diese Beschreibungen zur Datenerfassung und -analyse.

Standardgemäß zeigt die Software die im Abschnitt „File Selection for Run Setup“ (Dateiauswahl zur
Laufkonfiguration) auf der Registerkarte „Files“ (Dateien) im Dialogfeld „User > User Preferences“(Benutzer > Benutzereinstellungen) definierte Platte an. Sie können die Standardplatte im Dialogfeld„User Preferences“ (Benutzereinstellungen) ändern. Weitere Informationen finden Sie unter Ändern derStandarddateieinstellungen auf Seite 93.
Auf der Registerkarte „Plate“ (Platte) können Sie Folgendes vornehmen:nEine neue Platte zum Laden erstellen.

nEine vorhandene Platte zum Laden oder Bearbeiten auswählen.

Benutzerhandbuch | 185

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Für weitere Informationen über das Erstellen und Ändern von Platten siehe Kapitel 8, Vorbereiten von
Platten.

So erstellen Sie eine neue Platte
1.

Klicken Sie auf der Registerkarte „Plate“ (Platte) auf „Create New“ (Neu erstellen).
Der Platteneditor wird angezeigt.

2.

Verwenden Sie den Platteneditor, um eine neue Platte zu erstellen.

3.

Klicken Sie auf „OK“, um die Platte zu speichern und kehren Sie zur Registerkarte „Plate“ (Platte) in„Run Setup“ (Laufkonfiguration) zurück.

4.

Schauen Sie sich die Details der Platte an und führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Wenn die Details korrekt sind, klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um weiter zur Registerkarte „Start
Run“ (Lauf starten) zu gehen.

nWenn die Details nicht korrekt sind, klicken Sie auf „Edit Selected“ (Ausgewählte bearbeiten),um zum Platteneditor zurückzukehren. Überarbeiten Sie die Plattendatei, speichern Sie dieÄnderungen und klicken Sie anschließend in der Registerkarte „Plate“ (Platte) auf „Next“(Weiter), um weiter zur Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) zu gehen.

So wählen Sie eine vorhandene Plattendatei aus
1.

Führen Sie auf der Registerkarte „Plate“ (Platte) einen der folgenden Schritte aus:n

Klicken Sie auf „Select Existing“ (Vorhandene auswählen) und gehen Sie zu einer vorhandenen
Plattendatei.

nKlicken Sie auf „Express Load“ (Express-Laden) und wählen Sie eine Plattendatei aus der Dropdown-Liste aus.
Tipp: Sie können Platten zur Drop-down-Liste „Express Load“ (Express-Laden) hinzufügenoder davon entfernen. Weitere Informationen finden Sie im nachfolgenden Abschnitt
Hinzufügen und Entfernen von Express Load-Plattendateien.

2.

Schauen Sie sich die Details der Platte an und führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Wenn die Details korrekt sind, klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um weiter zur Registerkarte „Start
Run“ (Lauf starten) zu gehen.

nWenn die Details nicht korrekt sind, klicken Sie auf „Edit Selected“ (Ausgewählte bearbeiten), um
das Platteneditorfenster zu öffnen. Überarbeiten Sie die Plattendatei, speichern Sie dieÄnderungen und klicken Sie anschließend auf „Next“ (Weiter), um weiter zur Registerkarte „Start
Run“ (Lauf starten) zu gehen.

186 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Plate“ (Platte)

Hinzufügen und Entfernen von Express Load-Plattendateien
Sie können die Inhalte der Express Load-Drop-down-Liste, die im Platteneditor erscheint, ändern. Die indieser Liste angezeigten Platten sind im folgenden Ordner gespeichert:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

So ändern Sie die Express Load-Liste der Plattendateien
1.

Navigieren Sie zum Ordner „ExpressLoad“ (Schnellladen) und öffnen Sie diesen.

2.

Überprüfen Sie die Plattendateien (.pltd) im Ordner.

3.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nLöschen Sie Plattendateien aus dem Ordner, um sie von der Drop-down-Liste zu entfernen.

nKopieren Sie Plattendateien in den Ordner, um sie zur Drop-down-Liste hinzuzufügen.

Benutzerhandbuch | 187

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten)
Die Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) zeigt Informationen über das auszuführende Experiment an.
Es werden außerdem der bzw. die verbundenen Geräteblöcke angezeigt, auf dem bzw. denen Sie dasExperiment ausführen können.

Auf der Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) können Sie Folgendes durchführen:nAusführliche Laufinformationen ansehen, einschließlich der ausgewählten Protokolldatei, derPlattendatei und dem Scan-Modus.

nAnmerkungen über den Lauf hinzufügen.

n

Details über alle verbundenen Geräte ansehen, einschließlich deren Lauf-Status (wird ausgeführt
oder inaktiv), des Probenvolumens in µl, der Deckeltemperatur, des Emulationsmodus und, falls
verfügbar, der ID oder des Strichcodes.
Hinweis: Sie können die Spalten, die in der Tabelle „Start Run on Selected Block“ (Lauf fürausgewählte Blöcke starten) erscheinen, ändern. Weitere Informationen finden Sie unter Ändern
von Angaben in der Tabelle „Selected Blocks“ (Ausgewählte Blöcke) auf Seite 189.

n

Wählen Sie den oder die Blöcke aus, in denen der Lauf durchgeführt werden soll.

nÖffnen oder schließen Sie den Deckel von jedem ausgewählten Gerät über Fernsteuerung.

188 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten)n

Starten Sie den Lauf.

Ändern von Angaben in der Tabelle „Selected Blocks“ (Ausgewählte Blöcke)Sie können die Spalten ändern, die in der Tabelle „Start Run on Selected Block(s)“ (Lauf für ausgewählte
Blöcke starten) erscheinen. Sie können auch das Standardprobenvolumen und die
Deckeltemperaturwerte in der Tabelle ändern. Die Änderungen an den Einstellungen werden auf den
durchzuführenden Lauf angewendet.

So fügen Sie Spalten zur Tabelle „Start Run on Selected Block(s)“ (Lauf für ausgewählte
Blöcke starten) hinzuuKlicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Tabelle und wählen Sie eine Option im Menü, daserscheint.

So entfernen Sie Spalten aus der Tabelle „Start Run on Selected Block(s)“ (Lauf fürausgewählte Blöcke starten)u

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Tabelle und entfernen Sie die Option im Menü, daserscheint.

So bearbeiten Sie die Probenvolumen- oder Deckeltemperaturwerte eines Blocksu

Wählen Sie die Zelle „Sample Volume“ (Probenvolumen) oder „Lid Temperature“ (Deckeltemperatur)
für den Zielgenblock aus und geben Sie einen neuen Wert ein.

So fügen Sie eine Lauf-ID oder einen Strichcode zu einem Block hinzuuWählen Sie die Zelle „ID/Bar Code“ (ID/Strichcode) für den Zielgenblock und tippen Sie eine ID ein
oder scannen Sie den Block mit einem Strichcodeleser.

Durchführen eines Experiments
Wichtig: Vor Durchführung eines Experiments müssen Sie sicherstellen, dass die AntivirusSoftware Ihres Computers keinen Scan während des Durchlaufs startet. Weitere Informationen
erhalten Sie unter Installation der CFX Maestro Dx SE-Software auf Seite 36 und von Ihrem
Systemadministrator.

So führen Sie ein Experiment durch1.

Überprüfen Sie in der Registerkarte „Start Run“ (Durchlauf starten) die Platten- und Protokolldetails
im Abschnitt „Run Information“ (Informationen starten).

2.

(Optional) Im Textfeld „Notes“ können Sie Anmerkungen zum Durchlauf oder Experimenthinzufügen.

Benutzerhandbuch | 189

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

3.

Markieren Sie das Kontrollkästchen eines oder mehrerer Blöcke, mit denen der Durchlauf
durchgeführt werden soll.
Tipp: Um das Experiment in allen Blöcken durchzuführen, wählen Sie „Select All Blocks“ (AlleBlöcke auswählen) unterhalb der Tabelle „Selected Blocks“ (Ausgewählte Blöcke) aus.

4.

(Optional) Klicken Sie auf „Flash Block Indicator“ (Blinkanzeige Block), um die Anzeige-LEDs an den
ausgewählten Geräteblöcken aufleuchten zu lassen.

5.

Legen Sie die Experimentplatten in den Block ein:a.

Klicken Sie auf „Open Lid“ (Deckel öffnen). Der motorisierte Deckel jedes ausgewählten Blocks
wird geöffnet.

b.

Legen Sie eine Experimentplatte in jeden ausgewählten Block ein.

c.

Klicken Sie auf „Close Lid“ (Deckel schließen).

Tipp: Tippen Sie im Startbildschirm von CFX Opus Dx System auf „Open Lid“ (Deckel öffnen)oder „Close Lid“ (Deckel schließen).
6.

Klicken Sie auf „Open Lid“ (Deckel öffnen) und „Close Lid“ (Deckel schließen), um den motorisierten
Deckel jedes ausgewählten Geräteblocks zu öffnen und zu schließen.

7.

Sehen Sie sich die Details zum Durchlauf an und führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Wenn die Details korrekt sind, klicken Sie auf „Start Run“ (Durchlauf starten).

n

Wenn die Details inkorrekt sind:oBerichtigen Sie die Details in der Tabelle „Selected Blocks“ (Ausgewählte Blöcke) und
klicken Sie auf „Start Run“ (Durchlauf starten).

oKlicken Sie auf die Registerkarte „Correct“ (Korrigieren) und führen Sie die entsprechendenÄnderungen durch, speichern Sie diese und klicken Sie auf „Next“ (Weiter), um zur
Registerkarte „Start Run“ (Durchlauf starten) zurückzukehren und den Durchlauf zu starten.

So starten Sie einen neuen Durchlauf von einem vorherigen ausuFühren Sie einen der folgenden Schritte aus:nWählen Sie „File“ (Datei) > „Repeat Run“ (Durchlauf wiederholen) in der SoftwareHauptmenüleiste, gehen Sie dann auf die Datendatei des Durchlaufs, den Sie wiederholenmöchten, und doppelklicken Sie auf diese.

n

Wählen Sie die Registerkarte „Repeat Run“ (Durchlauf wiederholen) im „Startup Wizard“(Startassistent) und doppelklicken Sie auf die Datendatei des Durchlaufs, den Sie wiederholenmöchten.

190 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten)

Optional können Sie auf der Registerkarte „Repeat Run“ (Durchlauf wiederholen) auf „Browse“(Durchsuchen) klicken und auf die Datendatei des Durchlaufs doppelklicken, den Sie
wiederholen möchten.

Benutzerhandbuch | 191

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen)
Wenn Sie auf „Start Run“ (Durchlauf starten) klicken, fordert CFX Maestro Dx SE Sie dazu auf, dieDatendatei (.pcrd) zu speichern, startet den Durchlauf und öffnet das Dialogfeld „Run Details“(Laufinformationen). Das Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen) enthält drei Status-Registerkarten:n„Run Status“ (Laufstatus) – verwenden Sie diese Registerkarte, um den aktuellen Status desProtokolls einzusehen, den Deckel zu öffnen oder zu schließen, Wiederholungen hinzuzufügen,Schritte zu überspringen oder den Durchlauf zu stoppen.

n„Real-time Status“ (Echtzeit-Status) – verwenden Sie diese Registerkarte, um die Echtzeit-PCRFluoreszenzdaten zu sehen, während diese erfasst werden.

n„Time Status“ (Zeitstatus) – verwenden Sie diese Registerkarte, um einen Countdown-Zähler in
Vollbildansicht für das Protokoll zu sehen.

Diese Registerkarten werden in den nachfolgenden Abschnitten noch detaillierter erklärt.

Registerkarte „Run Status“ (Laufstatus)
Die Registerkarte „Run Status“ (Laufstatus) zeigt den aktuellen Status eines aktiven Laufs an. In dieser
Ansicht können Sie auch den Deckel steuern und den aktiven Lauf ändern.

192 | CFX Maestro Dx SE Software

Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen)

LEGENDE
1.

Bereich „Run Status“ (Laufstatus) – zeigt den aktuellen Fortschritt des Protokolls an.

2.

Steuerung des „Run Status“ (Laufstatus) – ermöglicht Ihnen die Bedienung desGerätes oder die Unterbrechung des aktuellen Protokolls.

3.

Bereich „Run Information“ (Laufinformationen) – zeigt die Details zum Lauf an.

Menübefehle „Run Status“ (Laufstatus)
Verwenden Sie die Befehle in der Registerkarte „Run Status“ (Laufstatus), um das Gerät entweder überdie Software zu bedienen oder einen aktuellen Durchlauf zu ändern.
Hinweis: Die Vornahme von Änderungen am Protokoll während des Durchlaufs, wie das Hinzufügen
von Wiederholungen, ändert nicht die zum Durchlauf zugehörige Protokolldatei. Diese Aktionen
werden im Durchlaufprotokoll aufgezeichnet.

– öffnet den motorisierten Deckel an den ausgewählten Geräten.
Wichtig: Bei Öffnung des Deckels während eines Durchlaufs pausiert der Durchlauf beim
aktuellen Schritt, was zu einer Veränderung der Daten führen könnte. Menübefehle „Run Status“(Laufstatus) auf Seite 193.

– schließt den motorisierten Deckel an den ausgewählten Geräten.

– fügt dem aktuellen GOTO-Schritt im Protokoll weitere Wiederholungen hinzu. Diese Option ist nur
während eines laufenden GOTO-Schritts verfügbar.
Hinweis: Sie können während eines GOTO-Zyklus zusätzliche Wiederholungen hinzufügen,wenn das Protokoll ausgeführt wird. Jedoch erkennt CFX Maestro Dx SE die letzte Änderung inder Anzahl der Wiederholungen. Wenn Sie beispielsweise in einem GOTO-Zyklus zehn
zusätzliche Wiederholungen hinzufügen, ändert die Software die Gesamtzahl in n + 10. Wenn
Sie dann im selben Zyklus weitere fünf (5) Wiederholungen hinzufügen, ändert CFX Maestro die
Gesamtzahl der Wiederholungen auf n+5. Die erste Änderung (10 Wiederholungen) wird
ignoriert. Geben Sie die Gesamtzahl ein (in diesem Fall 15 Wiederholungen), um
sicherzustellen, dass die Software die Zielgenanzahl der Wiederholungen ausführt.

– überspringt den aktuellen Schritt im Protokoll.

Benutzerhandbuch | 193

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Hinweis: Wenn Sie während eines GOTO-Schritts einen Sprung einleiten, springt das System
zum nächsten Zyklus in der GOTO-Schleife. Wenn der letzte Zyklus des GOTO-Schritts zum
Zeitpunkt des Überspringens ausgeführt wurde, springt das System zum nächsten Schritt.

– die LED auf dem ausgewählten Geräte blinkt auf, um die ausgewählten Blöcke anzuzeigen.

– pausiert das Protokoll.
Hinweis: Diese Aktion wird im Durchlaufprotokoll aufgezeichnet.

– nimmt ein pausiertes Protokoll wieder auf.

– stoppt den Durchlauf vor Ende des Protokolls.
Hinweis: Das Stoppen eines Durchlaufs vor dem Ende des Protokolls könnte Ihre Datenändern.

Öffnen des Gerätedeckels während eines PCR-Laufs
Wenn der Deckel eines Geräts während eines PCR-Laufs geöffnet wird, zeigt CFX Maestro Dx SE
folgenden Bestätigungsdialog an:

Während der Dialog angezeigt wird, führt das Gerät das Protokoll weiter aus. Die OK-Taste pausiert den Lauf,und der Gerätedeckel wird gelöst und geöffnet. Die Schaltfläche „Cancel“ (Abbrechen) schließt den Dialog und
setzt den Lauf fort.

194 | CFX Maestro Dx SE Software

Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen)

Registerkarte „Real-time Status“ (Echtzeitstatus)
Die Registerkarte „Real-time Status“ (Echtzeitstatus) zeigt Echtzeit-PCR-Daten an, die bei jedem Zyklus
während des Laufs nach den ersten zwei Plattenablesungen erfasst wurden.

LEGENDE
1.

Amplifikationskurvenbereich – zeigt Echtzeit-Amplifikationsdaten während desLaufs an.

2.

Kavitätengruppenidentifikator – wenn bei der Plattenkonfiguration
Kavitätengruppen identifiziert wurden, können Benutzer eine spezifische
Kavitätengruppe wählen, um deren Kurven, Kavitäten und tabellarische
Informationen anzuzeigen.
Schrittnummeridentifikator – wenn das Protokoll bei mehr als einem Schritt Datenerfasst (z. B. während Amplifikation und Schmelzkurve), können Benutzer einenspezifischen Schritt wählen, um die bei diesem Schritt erfassten Kurven
anzuzeigen.

3.

Kavitätenwählerbereich – zeigt die aktiven, inaktiven und leeren Kavitäten in derPlatte an.

4.

Tabellenansicht der Plattenkonfiguration – zeigt die Konfiguration der Platte inTabellenform an.

Benutzerhandbuch | 195

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

5.

Laufdetailsbereich – zeigt den Echtzeitstatus des Laufs an, einschließlich folgender
Informationen:n Aktueller Schritt
n Aktuelle Wiederholungn Aktuelle Temperaturn Verbleibende Zeitn Probentemperaturn Deckeltemperatur

6.

„Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) – öffnet das Dialogfeld „Plate Setup“(Plattenkonfiguration), in dem Benutzer die aktuelle Konfiguration der Platte
während eines Laufs ändern können.

Auf der Registerkarte „Real-time Status“ (Echtzeitstatus) können Sie Folgendes vornehmen:nEchtzeitkurven anzeigen oder ausblenden, indem Sie diese im Kavitätenwählerbereich oder in derPlattenkonfigurationstabelle auswählen.

nEinzelne Kurven oder Gruppen von Kurven ansehen, indem Sie diese in der Drop-down-Liste derKavitätengruppe auswählen.

n

Die Platte bearbeiten oder die Plattendatei ersetzen.

nEine PrimePCR-Datei für den Lauf anwenden.

Anzeigen und Ausblenden von Echtzeit-KurvenStandardmäßig sind alle gefüllten Kavitäten aktiv und erscheinen in der Tabelle „Plate Setup“(Plattenkonfiguration). Im Fensterbereich „Well Selector“ (Kavitätenwähler) werden aktive Kavitäten blauangezeigt. Ausgeblendete Kavitäten werden hellgrau und nicht genutzte Kavitäten dunkelgrau im
Fensterbereich „Well Selector“ (Kavitätenwähler) angezeigt.
Sie können Kurven aktiver Kavitäten während des Durchlaufs ausblenden. CFX Maestro Dx SE erfasst
weiter Daten für alle Kavitäten. Wenn Sie die Kavitäten ausblenden, werden deren Daten allerdings nicht
in der Tabelle „Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) angezeigt.

So blenden Sie Echtzeit-Kurven ausu

Klicken Sie im Fensterbereich „Well Selector“ (Kavitätenwähler) auf die aktiven (blauen) Kavitäten,die Sie ausblenden möchten.

So zeigen Sie Echtzeit-Kurven anu

Klicken Sie im Fensterbereich „Well Selector“ (Kavitätenwähler) auf die ausgeblendeten (hellgrauen)
Kavitäten, die Sie anzeigen möchten.

196 | CFX Maestro Dx SE Software

Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen)

Weitere Informationen zum Kavitätenwähler finden Sie unter „Well Selector“ (Kavitätenwähler) auf Seite
220.

Bearbeiten einer eingerichteten Platte
So bearbeiten Sie eine eingerichtete PlatteuKlicken Sie auf „Plate Setup“ (Platte einrichten) und wählen Sie „View/Edit Plate“ (Platteanzeigen/bearbeiten).
Es erscheint das Platteneditor-Fenster, in dem Sie die Platte während des Durchlaufs bearbeiten
können. Für weitere Informationen über das Bearbeiten von Platten siehe Kapitel 8, Vorbereiten von
Platten.
Hinweis: Sie können auch die Kurvenmarkierungen über das Platteneditor-Fenster ändern. DieÄnderungen erscheinen im Diagramm „Amplification“ (Amplifikation) in der Registerkarte „Realtime Status“ (Echtzeit-Status).

Ersetzen einer Plattendatei
Tipp: Das Ersetzen einer Plattendatei ist besonders hilfreich, wenn Sie einen Lauf mit einer „Quick
Plate“-Datei (Schnelle Platte) im Ordner „ExpressLoad“ (Schnellladen) starten.

So ersetzen Sie eine PlattendateiuKlicken Sie auf „Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) und wählen Sie eine der folgenden Optionen aus:n

„Replace Plate file“ (Plattendatei ersetzen) – wählen Sie die neue Plattendatei aus der Liste im
Browserfenster aus.

n„Apply PrimePCR file“ (PrimePCR-Datei anwenden) – suchen Sie mithilfe von Smart Searchnach einer Laufdatei, von der Sie das Plattenlayout übernehmen möchten, oder klicken Sie auf„Browse“ (Durchsuchen), um nach einer Datei zu suchen, die Sie von der Bio-Rad-Website
heruntergeladen haben und die sich nicht im Ordner „PrimePCR“ befindet.

Hinweis: CFX Maestro Dx SE prüft den Scanmodus und die Plattengröße der Plattendatei.
Diese müssen mit den Einstellungen übereinstimmen, mit denen der Lauf gestartet wurde.

Benutzerhandbuch | 197

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Registerkarte „Time Status“ (Zeitstatus)
Die Zeitstatusleiste zeigt die ausstehende Zeit bis zur Fertigstellung des aktuellen Durchlaufs an.

198 | CFX Maestro Dx SE SoftwareDurchführen von PrimePCR-Experimenten

Durchführen von PrimePCR-Experimenten
PrimePCR-Experimente nutzen signalwegs- oder krankskeitsspezifische Assays, die Bio-Rad im WetLabor validiert und optimiert hat und in den folgenden Formaten verfügbar sind:n„Preplated panels“ (Vorbereitete Platten) – Platten, die Assays enthalten, die für einen biologischen
Signalweg oder eine Erkrankung spezifisch sind; sie umfassen PrimePCR-Kontrollen sowie
Referenzzielgene.

n„Custom configured plates“ (Benutzerkonfigurierte Platten) – Platten, die in einem
benutzerdefinierten Layout mit der Option eingerichtet werden können, Assays für zu untersuchende
Zielgene, Kontrollen und Referenzen zu wählen

n„Individual assays“ (Individuelle Assays) – Röhrchen mit individuellen Primersätzen, die in EchtzeitReaktionen eingesetzt werden können

Zur Reduzierung der Gesamtlaufzeit können Sie den Schmelzschritt aus dem Protokoll entfernen. BioRad empfiehlt ausdrücklich, keine weiteren Änderungen an einem PrimePCR-Laufprotokoll
vorzunehmen. Das Standardprotokoll wurde auch für die Assay-Validierung verwendet. Jegliche
Abweichung von diesem könnte sich auf die Ergebnisse auswirken. Protokolländerungen werden in derRegisterkarte „Run Information“ (Laufinformationen) der resultierenden Datendatei sowie in jeglichen
generierten Berichten vermerkt.

So starten Sie einen PrimePCR-DurchlaufuFühren Sie einen der folgenden Schritte zum Start eines PrimePCR-Durchlaufs aus:nWählen Sie im „Startup Wizard“ (Startassistent) „PrimePCR“ auf der Registerkarte „Run Setup“(Durchlauf einrichten) und wählen Sie dann die entsprechende Chemie (SYBR® oder Sonde)aus.

nWählen Sie einen PCR-Durchlauf aus der Liste der letzten Durchläufe auf der Registerkarte„Repeat Run“ (Durchlauf wiederholen) im Startassistenten aus.

nWählen Sie „File“ (Datei) > „Open“ (Öffnen) > „PrimePCR Run“ (PrimePCR-Durchlauf) im
Startseitenfenster aus.

n

Ziehen und kopieren Sie eine PrimePCR-Laufdatei in das Startseitenfenster.

Nach Auswahl eines PrimePCR-Durchlaufs öffnet sich das Fenster „Run Setup“ (Durchlauf einrichten)
auf der Registerkarte „Start Run“ (Durchlauf starten) mit dem Standard-PrimePCR-Plattenlayout, das je
nach ausgewähltem Gerät geladen wird.

So entfernen Sie den Schmelzschritt im Protokollu

Leeren Sie in Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) das Feld neben „Include Melt Step“ (Schmelzschritt
hinzufügen).

Benutzerhandbuch | 199

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

So importieren Sie Zielgeninformationen von PrimePCR-Platten in ein Plattenlayout
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:nWählen Sie in der Echtzeit-Statusleiste im Dialogfeld „Run Details“ (Laufinformationen) „Plate
Setup“ (Platte einrichten) > „Apply PrimePCR File“ (PrimePCR-Datei anwenden).

nWählen Sie im Datenanalysefenster „Plate Setup“ (Platte einrichten) > „Apply PrimePCR File“(PrimePCR-Datei anwenden).

2.

Klicken Sie im Dialogfeld „PrimePCR Run File“ (PrimePCR-Laufdatei) auf „Browse“ (Durchsuchen)
und navigieren Sie zur entsprechenden PrimePCR-Datei (.csv).

3.

Wählen Sie die entsprechende PrimePCR-Datei und klicken Sie auf „Open“ (Öffnen).

Das CFX Opus Dx System importiert die Zielgeninformationen in Ihr Plattenlayout.

200 | CFX Maestro Dx SE SoftwareÜbertragen von unabhängigen Daten zur AnalyseÜbertragen von unabhängigen Daten zur Analyse
Wichtig: Wenn Sie Datendateien vom CFX Opus Dx System zu CFX Maestro Dx SE übertragen,werden alle auf dem System gespeicherten Dateien übertragen. Stellen Sie sicher, dass Sie überausreichend Speicherplatz verfügen, um die Daten sicher übertragen zu können.
Bei Abschluss des Laufs analysiert CFX Maestro Dx SE die Fluoreszenzdaten. Wenn der Lauf im
unabhängigen Modus durchgeführt und auf dem CFX Opus Dx System selbst gespeichert wurde,müssen die Daten zur Analyse auf den CFX Maestro Dx SE-Computer übertragen werden.
Das CFX Opus Dx System kann bis zu 1000 Echtzeit-PCR-Läufe speichern. Nach Abschluss des Laufs
können Sie unabhängige Datendateien an den CFX Maestro Dx SE-Computer per E-Mail, über ein USBSpeichermedium oder über die Software selbst übertragen.
In diesem Abschnitt wird erklärt, wie unabhängige Datendateien an den CFX Maestro Dx SE-Computerübertragen werden.

Übertragen von Daten per E-Mail
So verschicken Sie eine Datendatei am Ende eines Laufs per E-Mail
1.

Richten Sie E-Mail-Benachrichtigungen für das Gerät ein.
Siehe Einstellen von E-Mail-Benachrichtigungen auf Seite 89 oder in der Bedienungsanleitung vonEchtzeit-PCR-System CFX Opus Dx.

2.

Wenn Sie E-Mail-Benachrichtigungen einrichten, achten Sie darauf, dass „Attach Data File“(Datendatei anhängen) ausgewählt ist.
Die Daten des Laufs werden als pcrd-Datei per E-Mail verschickt.

Daten von Echtzeit-PCR-System CFX Opus Dx übertragenMit der Funktion „File Browser“ (Dateibrowser) des CFX Opus Dx Systems können Sie Datendateien auf
ein angeschlossenes USB-Laufwerk oder einen freigegebenen Netzwerkordner übertragen. Sie können
CFX Maestro Dx SE-Protokolldateien auch von einem USB-Laufwerk oder einem freigegebenen
Netzwerklaufwerk in Ihren Ordner oder in den Ordner „Public“ (Öffentlich) auf dem CFX Opus Dx Systemübertragen und sie auf dem CFX Opus Dx System ausführen.
Tipp: In diesem Abschnitt wird das Übertragen von Daten erläutert. Informationen zur Einstellung
des Ethernets finden Sie in der Bedienungsanleitung von Echtzeit-PCR-System CFX Opus Dx, die
im CFX Maestro Dx SE-Hilfemenü verfügbar ist.

Benutzerhandbuch | 201

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

1.

Tippen Sie auf dem Startbildschirm des CFX Opus Dx Systems auf „Files“ (Dateien), um den
Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) anzuzeigen.

2.

Navigieren Sie im Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) zu der Datei, die Sie kopieren möchten.
Tippen Sie dann auf die Datei, um den Bereich mit den Dateidetails anzuzeigen.

3.

Tippen Sie im Bereich für die Dateidetails auf „Options“ (Optionen) und anschließend auf „Copy“(Kopieren).

Das Dialogfeld „Select Location“ (Speicherort auswählen) wird angezeigt.
4.

Führen Sie im Dialogfeld „Select Location“ (Speicherort auswählen) einen der folgenden Schritteaus:nNavigieren Sie zu einem vorhandenen Ordner.

nNavigieren Sie zu dem Speicherort, um einen Ordner zu erstellen, in dem die Datei gespeichert
werden soll. Tippen Sie anschließend auf „Create Folder“ (Ordner erstellen)(5.

), um an dieser Stelle einen neuen Ordner zu erstellen.

Tippen Sie auf „Select“ (Auswählen), um die Datei an den ausgewählten Speicherort zu kopieren,oder auf „Cancel“ (Abbrechen), um zum Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) zurückzukehren.
Hinweis: Wenn am ausgewählten Speicherort eine gleichnamige Datei vorhanden ist, wird ein
Nachrichtenfeld angezeigt. Tippen Sie auf „Yes“ (Ja), um die vorhandene Datei zu

202 | CFX Maestro Dx SE SoftwareÜbertragen von unabhängigen Daten zur Analyseüberschreiben, oder auf „No“ (Nein), um zum Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser)
zurückzukehren.
Das CFX Opus Dx System zeigt eine Bestätigung an, wenn die Datei erfolgreich kopiert wurde.

Benutzerhandbuch | 203

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

Daten übertragen durch CFX Maestro Dx Software, Security
EditionSo übertragen Sie Daten durch CFX Maestro Dx SE
1.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) auf derStartseite auf das Zielgengerät und wählen Sie „Retrieve Data Files“ (Datendateien abrufen) aus.
CFX Maestro Dx SE zeigt das Dialogfeld „Browse For Folder“ (Nach Ordner durchsuchen) an.

2.

Gehen Sie im Dialogfeld „Browse For Folder“ (Nach Ordner durchsuchen) zu dem Ort, an dem Sie
die Datendateien speichern möchten und klicken Sie auf „OK“.
Der Übertragungsvorgang erstellt einen Ordner mit dem Namen „Real-Time Data“ (Echtzeit-Daten)
an dem gewählten Ort. Die Laufdaten werden im Ordner „Real-Time Data“ (Echtzeit-Daten) als
separate .zpcr-Dateien gespeichert.

Übertragen von Daten mit einem USB-Laufwerk
Wenn Sie ein USB-Medium in den USB-Anschluss des Geräts einstecken, wird die Datendatei nach
Abschluss des Durchlaufs automatisch im Root-Verzeichnis des USB-Laufwerks gespeichert. Sie können
auch nach zuvor gespeicherten Datendateien suchen und diese auf einem angeschlossenen USBLaufwerk speichern.

So übertragen Sie Datendateien auf ein USB-Laufwerk auf CFX Opus Dx SystemenuTippen Sie im Dialogfeld „Select Location“ (Speicherort auswählen) auf „USB“ (USB) und navigieren
Sie zu dem Zielgenordner, in den die Datei kopiert werden soll, oder tippen Sie auf „Cancel“(Abbrechen), um zum Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) zurückzukehren.
Hinweis: Wenn am ausgewählten Speicherort eine gleichnamige Datei vorhanden ist, wird ein
Dialogfeld angezeigt. Tippen Sie auf „Yes“ (Ja), um die vorhandene Datei zu überschreiben,
oder auf „No“ (Nein), um zum Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) zurückzukehren.

Das CFX Opus Dx System zeigt eine Bestätigung an, wenn die Datei erfolgreich kopiert wurde.

204 | CFX Maestro Dx SE SoftwareÜbertragen von unabhängigen Daten zur AnalyseÜbertragen von Daten über ein freigegebenes Netzlaufwerk
mithilfe von Echtzeit-PCR-System CFX Opus Dx
Tipp: Sie können Daten von und zu einem freigegebenen Netzlaufwerk nur mithilfe von CFX Opus
Dx Systemen übertragen.
Das CFX Opus Dx System ermöglicht es Ihnen, über Ethernet eine Verbindung zu einem freigegebenen
Netzlaufwerk herzustellen. Bei einer erfolgreichen Verbindung können Sie Datendateien zu und voneinem Ordner auf dem freigegebenen Netzlaufwerk übertragen.

So übertragen Sie Daten zu und von einem freigegebenen NetzlaufwerkuTippen Sie im Dialogfeld „Select Location“ (Speicherort auswählen) auf „Network“ (Netzwerk) und
navigieren Sie zu dem Zielgenordner, in den die Datei kopiert werden soll, oder tippen Sie auf„Cancel“ (Abbrechen), um zum Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) zurückzukehren.
Hinweis: Wenn am ausgewählten Speicherort eine gleichnamige Datei vorhanden ist, wird ein
Dialogfeld angezeigt. Tippen Sie auf „Yes“ (Ja), um die vorhandene Datei zu überschreiben,
oder auf „No“ (Nein), um zum Bildschirm „File Browser“ (Dateibrowser) zurückzukehren.

Das CFX Opus Dx System zeigt eine Bestätigung an, wenn die Datei erfolgreich kopiert wurde.

Erstellen einer Datendatei
Zur Analyse der vom Gerät an den CFX Maestro Dx SE-Computer übermittelten Daten, muss die
komprimierte Datendatei (.zpcr-Datei) in eine Datendatei (.pcrd-Datei) konvertiert werden. CFX Maestro
Dx SE konvertiert die .zpcr-Datei in eine .pcrd-Datei und wählt dann eine Plattendatei, die denselben
Scanmodus und dieselbe Plattengröße hat, und wendet diese dann auf die .prcd-Datei an.

So erstellen Sie eine Datendatei auf Grundlage einer unabhängigen Datendatei
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte in CFX Maestro Dx SE aus:nFinden Sie die .zpcr-Zielgendatei und ziehen Sie sie auf die CFX Maestro Dx SE-Startseite.

nGehen Sie auf „Select File“ (Datei auswählen) > „Open“ (Öffnen) > „Stand-alone Run“(Unabhängiger Lauf), wählen Sie die Zielgendatei und klicken Sie auf „Open“ (Öffnen).

CFX Maestro Dx SE blendet das Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) ein.
2.

Navigieren Sie zu dem Ordner, in dem Sie die .prcd-Datei speichern möchten, und klicken Sie auf„Save“ (Speichern).
Nachdem Sie die .prcd-Datei gespeichert haben, öffnet CFX Maestro Dx SE das
Datenanalysefenster und zeigt die resultierenden Daten an.

Benutzerhandbuch | 205

Kapitel 9 Durchführen von Experimenten

206 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 10 Datenanalyseübersicht
CFX Maestro Dx Software, Security Edition verarbeitet Echtzeit-PCR-Daten automatisch am Ende eines
jeden Laufs und öffnet das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse), um diese Daten anzuzeigen (die.pcrd-Datei).
nEine Datendatei (.pcrd-Erweiterung) auf die Startseite ziehen und sie freigebenn

Auf der Startseite „File“ (Datei) > „Open“ (Öffnen) > „Data File“ (Datendatei) auswählen und zur .pcrdZielgendatei navigierennAuf der Startseite „File“ (Datei) > „Recent Data Files“ (Kürzlich verwendete Datendateien)auswählen, um aus einer Liste mit den zehn vor Kurzem verwendeten Datendateien auszuwählen

n

Die Registerkarte „Analyze“ (Analysieren) im „Startup Wizard“ (Startassistent) auswählen undentweder aus den „Recent Files“ (Kürzlich verwendete Dateien) auswählen oder auf „Browse“(Durchsuchen) klicken, um die Datendatei zu finden

Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)
Das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) zeigt mehrere Registerkarten an, wobei jede Registerkarte
die analysierten Daten für eine spezifische Analysemethode oder laufspezifische Informationen enthält.
Die Registerkarten werden nur angezeigt, wenn die im Lauf erfassten Daten für diesen Analysetypverfügbar sind.

Tipp: Um die Registerkarten zu wählen, die angezeigt werden sollen, wählen Sie diese aus dem
Drop-down-Menü „View“ (Ansicht) im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) aus. Um zum
ursprünglichen Registerkartenlayout zurückzukehren, wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) >„Restore Default Window Layout“ (Standardwerte für Windows-Layout wiederherstellen).

Benutzerhandbuch | 207

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

Symbolleiste „Data Analysis“ (Datenanalyse)
Die Symbolleiste im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) bietet Schnellzugriff auf wichtige
Datenanalysefunktionen.

Tabelle 11 führt die Funktionen der Schaltflächen in der Symbolleiste auf.
Tabelle 11. Symbolleiste im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

Schaltfläche

Name

Funktion„Plate Setup“„View/Edit Plate“ (Platte(Plattenkonfiguration)anzeigen/bearbeiten) – Öffnet den „Plate
Editor“ (Platteneditor), um die Inhalte derKavitäten anzuzeigen und zu bearbeiten.
„Replace Plate File“ (Plattendatei
ersetzen) – Wählt eine Plattendatei, mit
der das Plattenlayout ersetzt wird.
„Apply PrimePCR file“ (PrimePCR-Datei
anwenden) – Wählt eine Laufdatei, mit
der das Plattenlayout durch einen
PrimePCR-Lauf ersetzt wird.

„Manage Well Groups“Öffnet das Fenster „Manage Well

(Kavitätengruppen

Groups“ (Kavitätengruppen verwalten)

verwalten)

zum Erstellen, Bearbeiten und Löschen
von Kavitätengruppen.

„Well Group“

Wählt einen vorhandenen(Kavitätengruppe)

Kavitätengruppennamen aus dem Dropdown-Menü. Die Standardauswahl ist „All
Wells“ (Alle Kavitäten). Diese
Schaltfläche erscheint nur, wenn
Kavitätengruppen erstellt wurden.

„Analysis Mode“

Analysiert die Daten entweder im Modus(Analysemodus)„Fluorophore“ (Fluorophor) oder „Target“(Zielgen).

208 | CFX Maestro Dx SE SoftwareFenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

Schaltfläche

Name

Funktion„Help“ (Hilfe)Öffnet die Softwarehilfe, in der Sie die
Onlinehilfe und eine digitale Kopie dieses
Handbuchs im Acrobat PDF-Format
finden.

Benutzerhandbuch | 209Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

Menüleiste „Data Analysis“ (Datenanalyse)
Tabelle 12 führt die Menüleistenelemente im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) auf.
Tabelle 12. Menüleistenelemente des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse)

Menüelement

BefehlFunktion„File“ (Datei)„Save“ (Speichern)

Speichert die Datei.

„Save As“ (Speichern unter)

Speichert die Datei unter einem neuen
Namen.

„File Passwords“

Ermöglicht Benutzern das Festlegen von(Dateipasswörter)

Speichern- und Öffnen-Passwörtern fürDateien.

„Sign“ (Signieren)

Ermöglicht Benutzern das Signieren derDatendatei.

„Repeat Run“ (Lauf wiederholen)

Extrahiert das Protokoll und die Plattendatei
aus dem aktuellen Lauf, um ihn erneut
auszuführen.

„Close“ (Schließen)

Schließt das Fenster „Data Analysis“(Datenanalyse).

„View“ (Ansicht)„Run Log“ (Laufprotokoll)Öffnet das Fenster „Run Log“
(Laufprotokoll), um das Laufprotokoll deraktuellen Datendatei anzuzeigen.

„Audit Trail“ (Prüfpfad)Öffnet den Prüfpfad für die Datei.

„Quantification“ (Quantifizierung),

Zeigt die analysierten Daten in„Melt Curve“ (Schmelzkurve),

ausgewählten Registerkarten im Fenster„Gene Expression“„Data Analysis“ (Datenanalyse) an. Es muss

(Genexpression), „End Point“

mindestens eine Registerkarte ausgewählt(Endpunkt), „Custom Data View“

sein.

(Benutzerdefinierte
Datenanzeige), „QC“
(Qualitätskontrolle), „Run
Information“ (Laufinformationen)

210 | CFX Maestro Dx SE SoftwareFenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

Tabelle 12. Menüleistenelemente des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse), Fortsetzung

Menüelement

BefehlFunktion„Settings“„Cq Determination Mode“ (Cq-

Damit können Sie den Modus „Regression“(Einstellungen)

Bestimmungsmodus)

oder „Single Threshold“ (Einzelner
Schwellenwert) auswählen, um zu
bestimmen, wie Cq-Werte für jede Kurve
berechnet werden.

Benutzerhandbuch | 211

Kapitel 10 DatenanalyseübersichtTabelle 12. Menüleistenelemente des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse), Fortsetzung

Menüelement

BefehlFunktion„Baseline Setting“ (Baseline-

Ermöglicht die Auswahl der Baseline-

Einstellung)

Subtraktionsmethode für die ausgewählten
Kavitätengruppen.

„Analysis Mode“ (Analysemodus)

Damit können Sie festlegen, ob die Datenentweder nach „Fluorophore“ (Fluorophor)oder „Target“ (Zielgen) analysiert werden.

Zu analysierende Zyklen

Ermöglicht die Auswahl der zu
analysierenden Zyklen.

„Baseline Threshold“ (Baseline-Öffnet das Fenster „Baseline Threshold“

Schwellenwert)(Baseline-Schwellenwert), um die Baselineoder den Schwellenwert anzupassen.

„Trace Styles“Öffnet das Fenster „Trace Styles“(Kurvenmarkierungen)(Kurvenmarkierungen).

„Plate Setup“Öffnet den „Plate Editor“ (Platteneditor) zur(Plattenkonfiguration)

Ansicht und Bearbeitung der Platte; zum
Ersetzen der aktuellen Platte durch eine voneiner benutzerdefinierten Plattendatei odereiner PrimePCR-Datei.

„Include All Excluded Wells“ (AlleNimmt alle ausgeschlossenen Kavitäten inausgeschlossen Kavitäten

die Analyse mit auf.

einschließen)„Mouse Highlighting“

Schaltet das simultane Hervorheben von(Hervorheben durch Maus)

Daten mit dem Mauszeiger ein oder aus.
Tipp: Wenn „Mouse Highlighting“(Hervorheben durch Maus)
ausgeschaltet ist, drücken Sie die
STRG-Taste, um die
Hervorhebungsfunktion
vorübergehend einzuschalten.

„Restore Default Window Layout“

Stellt die Standardeinstellung für die(Standard-Fensterlayout

Anordnung der Fenster wieder her.

wiederherstellen)

212 | CFX Maestro Dx SE SoftwareFenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

Tabelle 12. Menüleistenelemente des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse), Fortsetzung

Menüelement

BefehlFunktion„Export“„Export All Data Sheets“ (AlleHier können Sie auswählen, ob alle

(Exportieren)

Datentabellen exportieren)

Tabellenansichten von jeder Registerkarte
in eine CSV-, TXT-, Excel- oder XML-Datei
exportiert werden sollen.

„Export RDML File“ (RDML-Datei

Ermöglicht die Auswahl von Version 1.1

exportieren)oder 1.0 von RDML, in die die Datei
exportiert werden soll.

„Custom Export“Öffnet das Fenster „Custom Export“(Benutzerdefinierter Export)(Benutzerdefinierter Export), in dem die zu
exportierenden Felder und das Dateiformat
bestimmt werden können.

„Export to LIMS Folder“ (In LIMS-

Öffnet ein Fenster, um Daten in einem

Ordner exportieren)vorgegebenen Format im LIMS-Ordner zu
speichern.

Manueller ExportÖffnet ein Fenster, um den Speicherort fürDaten aus allen Tabellenansichten in ExcelDateien festzulegen, die speziell für die
Verwendung durch Seegene, Inc. und BioRad Laboratories strukturiert sind.
Tipp: Sie können den Seegene Viewer
auch beim Export automatisch starten.
Weitere Informationen finden Sie unter
Menübefehle „Tools“ (Werkzeuge) auf
Seite 73.

Benutzerhandbuch | 213

Kapitel 10 DatenanalyseübersichtTabelle 12. Menüleistenelemente des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse), Fortsetzung

Menüelement

BefehlFunktion„Tools“„Reports“ (Berichte)Öffnet den Bericht für diese Datendatei.

„Well Group Reports“Öffnet das Fenster „Well Group Reports“(Kavitätengruppenberichte)(Kavitätengruppenberichte), um Berichte für(Werkzeuge)

festgelegte Kavitätengruppen zu erstellen.
„Import Fluorophore Calibration“

Wählen Sie eine Kalibrierungsdatei, die auf(Fluorophorkalibrierung

die aktuelle Datendatei angewendet werden

importieren)soll.

qbase+Startet qbase+ v2.5 direkt von der aktuellen.pcrd-Datei, wenn es installiert ist.

„Generate LIMS PLRN file“ (LIMS-

Speichert die Datendatei als LIMS-

PLRN-Datei generieren)

formatierte .plrn-Datei.

Registerkarte „Details“ (Informationen)
Jede Registerkarte im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) zeigt Daten in Diagrammen und Tabellen
für eine spezifische Analysemethode an und enthält einen Kavitätenwähler für die Auswahl der Daten, die
Sie anzeigen möchten. Wenn sie geöffnet wird, zeigt die Datenanalyse die Registerkarte „Quantification“(Quantifizierung) standardmäßig an. Sie können die Amplifikationsdiagrammdaten in der Registerkarte„Quantification“ (Quantifizierung) nutzen, um die richtigen Analyseeinstellungen für den Lauf zu
bestimmen.

214 | CFX Maestro Dx SE SoftwareFenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)

Hinweis: Die Software verknüpft die Daten in den Fensterbereichen jeder Registerkarte „Data
Analysis“ (Datenanalyse). Wenn Sie zum Beispiel eine Kavität markieren, indem Sie den Mauszeigerüber die Kavität in der Kavitätenwähleransicht halten, werden auch alle Daten in den anderen
Fensterbereichen hervorgehoben.

Auswahl „Step Number“ (Schrittnummer)
Die CFX Opus Dx Systeme können Fluoreszenzdaten in mehreren Protokollschritten erfassen. Die
Software verwaltet die bei jedem Schritt erfassten Daten unabhängig voneinander. CFX Maestro Dx SE
zeigt die Auswahl „Step Number“ (Schrittnummer) unter dem Diagramm „Standard Curve“(Standardkurve) auf der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) an. Wenn ein Protokoll
mindestens einen Datenerfassungsschritt enthält, zeigt CFX Maestro Dx SE die Daten des ersten
Erfassungsschritts an.
Wenn das Protokoll mehr als einen Erfassungsschritt umfasst, können Sie einen weiteren Schritt aus derDrop-down-Liste auswählen. Zum Beispiel:Wenn Sie einen Schritt auswählen, wendet die Software diese Auswahl auf alle Daten an, die im Fenster„Data Analysis“ (Datenanalyse) gezeigt werden.

Anzeige der Kavitätengruppen in der Datenanalyse
Die Kavitäten in der Platte können für eine unabhängige Analyse mithilfe von Kavitätengruppen in
Untergruppen eingeteilt werden. Wenn Sie Kavitätengruppen erstellen, erscheint deren Gruppenname im
Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) in der Drop-down-Liste „Well Groups“ (Kavitätengruppen) in der
Symbolleiste.
Wenn Sie Kavitätengruppen erstellt haben, zeigt die Software beim Öffnen des Fensters „Data Analysis“(Datenanalyse) die Standard-Kavitätengruppe „All Wells“ (Alle Kavitäten) an und stellt die Daten in allen
Kavitäten mit Inhalten in den Diagrammen und Tabellen dar. Nur Kavitäten in dieser Kavitätengruppe, die
Inhalte enthalten, erscheinen im Kavitätenwähler und es werden nur Daten für diese Kavitäten in die
Datenanalysekalkulationen miteinbezogen.
Tipp: Zum Erstellen, Bearbeiten und Löschen von Kavitätengruppen klicken Sie in der Symbolleisteauf „Manage Well Groups“ (Kavitätengruppen verwalten).
Hinweis: Wenn Sie keine Kavitätengruppen angelegt haben, erscheint die Drop-down-Liste „Well
Groups“ (Kavitätengruppen) nicht in der Symbolleiste.

Benutzerhandbuch | 215

Kapitel 10 DatenanalyseübersichtÄndern der Kavitäteninhalte nach einem Lauf
Die Änderung der Darstellungsweise durch eine Änderung der Inhalte der Kavitäten im „Plate Editor“(Platteneditor) während einer Datenanalyse ändert niemals die Fluoreszenzdaten, die von jeder Kavität
während eines Laufs erfasst wurden. Nachdem das Modul Fluoreszenzdaten erfasst hat, können Sie
diese Daten nicht löschen, aber Sie können die Daten aus der Ansicht und Analyse zu entfernen.

So ändern Sie die Kavitäteninhalte nach einem Laufu

Klicken Sie im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) auf „Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) undwählen Sie eine der folgenden Optionen:n„View/Edit Plate“ – (Platte anzeigen/bearbeiten) öffnet den „Plate Editor“ (Platteneditor), indem Sie manuelle Änderungen am Layout vornehmen können.

n„Replace Plate File“ (Plattendatei ersetzen) – öffnet den Browser „Select Plate“ (Platte
auswählen), in dem Sie zu einer zuvor gespeicherten Plattendatei navigieren können, die dasaktuelle Plattenlayout ersetzen soll.

n„Apply PrimePCR file“ – (PrimePCR-Datei anwenden) öffnet das Dialogfeld „SelectPrimePCR File“ (PrimePCR-Datei auswählen), in dem Sie zu einer PrimePCR-Laufdatei
navigieren und diese auf das Plattenlayout anwenden können.

Tipp: Sie können Informationen zu den Inhalten einer Kavität vor und während eines Laufs sowie
nach Abschluss eines PCR-Laufs hinzufügen oder bearbeiten. Sie müssen den Scanmodus und die
Plattengröße vor dem Lauf zuweisen. Diese Parameter können nach dem Lauf nicht mehr geändert
werden.

216 | CFX Maestro Dx SE Software

DatenanalyseeinstellungenDatenanalyseeinstellungen
Die Daten des Amplifikationsdiagramms auf der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) zeigen
die relative Fluoreszenzeinheit (RFU) für jede Kavität bei jedem Zyklus. Jede Kurve in dem Diagramm
stellt Daten von einem einzelnen Fluorophor in einer Kavität dar. Diese Daten werden verwendet, um CqWerte für jede Kavität pro Fluorophor zu bestimmen. Die Software verwendet einen von zwei Modi, um
Cq-Werte zu bestimmen:n„Regression“ – wendet ein multivariables, nicht-lineares Regressionsmodell auf individuelle
Kavitätenkurven an und verwendet dieses Modell anschließend zur Berechnung eines optimalen CqWerts.

n„Single Threshold“ – (Einzelner Schwellenwert) verwendet einen einzelnen Schwellenwert, um
den Cq-Wert basierend auf dem Schnittpunkt des Schwellenwerts mit individuellen Fluoreszenzlinien
zu berechnen.

Wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Cq Determination Mode“ (Cq-Bestimmungsmodus), um den
Bestimmungsmodus für Cq zu wählen.

Anpassen des Schwellenwerts
Im Modus „Single Threshold“ (Einzelner Schwellenwert) können Sie den Schwellenwert für einen
Fluorophor anpassen, indem Sie auf die Schwellenwertlinie im Amplifikationsdiagramm klicken und den
Mauszeiger vertikal bewegen. Alternativ können Sie den genauen Schnittpunkt-Schwellenwert für den
ausgewählten Fluorophor angeben.

Einstellungen der Baseline
Die Software stellt automatisch die Baseline individuell für jede Kavität ein. Die Einstellungen derBaseline bestimmen die Methode der Baseline-Subtraktion für alle Fluoreszenzkurven. Die Softwarebietet drei Optionen für die Baseline-Subtraktion:n„No Baseline Subtraction“ – (Keine Baseline-Subtraktion) zeigt die Daten als relative
Fluoreszenzkurven an. Manche Analysen sind in diesem Analysemodus nicht möglich und aus
diesem Grund zeigt die Software nicht die Registerkarten „Gene Expression“ (Genexpression), „End
Point“ (Endpunkt) und „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung) an.

n„Baseline Subtracted“ – (Baseline-subtrahiert) zeigt die Daten als Baseline-subtrahierte Kurven fürjeden Fluorophor in einer Kavität an. Die Software muss die Daten Baseline-subtrahieren, um
Quantifizierungszyklen zu bestimmen, Standardkurven zu erstellen und die Konzentration vonunbekannten Proben zu bestimmen. Um eine Baseline-subtrahierte Kurve zu erzeugen, fügt die
Software während der Baseline-Zyklen die beste gerade Linie durch die erfasste Fluoreszenz vonBenutzerhandbuch | 217

Kapitel 10 Datenanalyseübersichtjeder Kavität ein und subtrahiert dann die am besten geeigneten Daten von den bei jedem Zyklus
Background-subtrahierten Daten.
n„Baseline Subtracted Curve Fit“ – (Baseline-subtrahierte Kurvenanpassung) zeigt die Daten als
Baseline-subtrahierte Kurven an und die Software glättet die Baseline-subtrahierte Kurve anhandeines zentrierten Mittelwertfilters. Dieser Prozess wird so ausgeführt, damit jeder Cq invariant bleibt.

Zusätzlich zu diesen Optionen können Sie außerdem „Apply Fluorescent Drift Correction“ (Korrektur der
fluoreszierenden Abweichung anwenden) auswählen. Für Kavitäten, die anormale abweichende RFU-Werte
während der ersten Zyklen eines Laufs aufweisen, leitet die Software eine geschätzte Baseline vonangrenzenden Kavitäten ab, für die eine horizontale Baseline erfolgreich erzeugt wurde.

So ändern Sie die Einstellungen der Baseline-Subtraktionu

Wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Baseline Setting“ (Baseline-Einstellung).

„Analysis Mode“ (Analysemodus)
Daten können entweder nach Fluorophor oder Zielgenname gruppiert und analysiert werden. Wenn Sie
nach Fluorophor gruppiert werden, werden die Datenkurven nach Fluorophor angezeigt, wie in derPlatteneinrichtung für diesen Lauf angegeben. Einzelne Fluorophordaten erscheinen im Amplifikations- undStandardkurvendiagramm (sofern verfügbar), wenn die entsprechenden FluorophorAuswahlkontrollkästchen unterhalb des Amplifikationsdiagramms ausgewählt wurden.

Wenn Sie nach Zielgen gruppiert werden, werden die Datenkurven nach Zielgenname angezeigt, wie inder Platteneinrichtung für diesen Lauf angegeben.

So wählen Sie einen DatenanalysemodusuFühren Sie einen der folgenden Schritte aus:

218 | CFX Maestro Dx SE Software

Datenanalyseeinstellungenn

Wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Analysis Mode“ (Analysemodus).

nWählen Sie einen Modus aus dem Drop-down-Menü „Analysis Mode“ (Analysemodus) in der
Symbolleiste.

„Cycles to Analyze“ (Zu analysierende Zyklen)
Sie können die Anzahl der zu analysierenden Zyklen begrenzen. Sie können auch Daten aus einem
spezifischen Satz an Zyklen analysieren. Sie können maximal 50 Zyklen analysieren.
Hinweis: Das Entfernen von Zyklen am Anfang eines Laufs kann eine signifikante Auswirkung auf
das Baselining haben.

So grenzen Sie die Datenanalyse auf einen spezifischen Bereich an Zyklen ein
1.

Wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Cycles to Analyse“ (Zu analysierende Zyklen).
Es erscheint das Dialogfeld „Cycles to Analyse“ (Zu analysierende Zyklen).

2.

Geben Sie die Start- und Endzykluswerte ein und klicken Sie auf OK.

Klicken Sie auf „Restore Defaults“ (Standardeinstellungen wiederherstellen) im Dialogfeld „Cycles toAnalyse“ (Zu analysierende Zyklen), um zu den ursprünglich für die Analyse verwendeten Zyklen
zurückzukehren.

Benutzerhandbuch | 219

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht„Well Selector“ (Kavitätenwähler)
Sie können den „Well Selector“ (Kavitätenwähler) nutzen, um Kavitätendaten in den Diagrammen oder
Tabellen im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) anzuzeigen oder auszublenden. Es können nur
Kavitäten, die eine Probe enthalten, im Kavitätenwähler ausgewählt werden. Die Software färbt die
Kavitäten im Kavitätenwähler ein.
nBlau – zeigt ausgewählte Kavitäten an. Die Daten aus den ausgewählten Kavitäten werden im
Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) angezeigt.

nHellgrau – zeigt nicht ausgewählte Kavitäten an. Die Daten aus den ausgewählten Kavitäten werden
nicht im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) angezeigt.

nDunkelgrau – zeigt leere Kavitäten an.

So zeigen Sie Kavitätendaten an oder blenden sie ausuFühren Sie im „Well Selector“ (Kavitätenwähler) einen der folgenden Schritte aus:n

Um eine Kavität auszublenden, klicken Sie auf die einzelne Kavität. Um diese Kavität
einzublenden, klicken Sie erneut auf diese Kavität.

n

Um mehrere Kavitäten auszublenden, ziehen Sie den Mauszeiger über die Kavitäten, die Sieauswählen möchten. Um diese Kavitäten anzuzeigen, ziehen Sie erneut über diese Kavitäten.

n

Klicken Sie in die linke obere Ecke der Platte, um alle Kavitäten auszublenden. Klicken Sie
erneut in die linke obere Ecke der Platte, um alle Kavitäten anzuzeigen.

n

Klicken Sie auf den Anfang einer Spalte oder Zeile, um diese Kavitäten auszublenden. Klicken
Sie erneut auf die Spalte oder Zeile, um die Kavitäten anzuzeigen.

220 | CFX Maestro Dx SE Software„Well Selector“ (Kavitätenwähler)

Kontextmenüelemente des Kavitätenwählers
Tabelle 13 führt die in der Ansicht des Kavitätenwählers verfügbaren Kontextmenüoptionen auf.
Tabelle 13. Kontextmenüelemente in der Kavitätenwähleransicht

Menüelement

Funktion„Well XX“ (Kavität XX)

Zeigt nur diese Kavität an, blendet diese Kavität aus, stellt die Farbe
für diese Kavität ein oder schließt diese Kavität von der Analyse aus.

„Selected Wells“ (Ausgewählte

Zeigt nur diese Kavitäten an, blendet diese Kavitäten aus, stellt die

Kavitäten) (Rechtsklicken undFarbe für diese Kavitäten ein oder schließt diese Kavitäten von derdurch Ziehen verschieben)

Analyse aus.

„Copy“ (Kopieren)

Kopiert den Inhalt der Kavität in eine Zwischenablage, einschließlich
Probentyp und optional Replikatnummer.

„Copy as Image“ (Als Bild

Kopiert die Kavitätenwähleransicht als Bild.

kopieren)„Print“ (Drucken)

Druckt die Kavitätenwähleransicht.

„Print Selection“ (Auswahl

Druckt die aktuelle Auswahl.

drucken)„Export to Excel“ (In Excel

Exportiert die Daten in eine Excel-Tabelle.

exportieren)„Export to CSV“ (In CSV

Exportiert die Daten als .csv-Dokument.

exportieren)„Export to XML“ (In XML

Exportiert die Daten als XML-Dokument.

exportieren)„Well Labels“Ändert die Kavitätenkennzeichnungen in „Sample Type“ (Probentyp),(Kavitätenkennzeichnungen)„Target Name“ (Zielgenname) oder „Sample Name“ (Probenname).

Benutzerhandbuch | 221

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

Temporäres Ausschließen von Kavitäten aus der Analyse
So schließen Sie temporär Kavitäten aus der Analyse aus
1.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Kavität im Kavitätenwähler, auf eine Fluoreszenzkurveoder auf einen auf der Standardkurve abgebildeten Punkt. Zum Ausschließen mehrerer Kavitäten
klicken Sie mit der rechten Maustaste und ziehen Sie den Mauszeiger über den gewünschten
Bereich, um mehrere Kavitäten, Kurven oder Punkte hervorzuheben.

2.

Wählen Sie die entsprechende Option aus dem Kontextmenü:n„Well“ (Kavität) > „Exclude Well“ (Kavität ausschließen)n„Selected Wells“ (Ausgewählte Kavitäten) > „Exclude from Analysis“ (Von Analyse
ausschließen)n„Selected Traces“ (Ausgewählte Kurven) > „Exclude these wells from Analysis“ (Diese Kavitäten
von der Analyse ausschließen)

Wenn Sie alternativ Kavitäten permanent aus der Analyse entfernen möchten, leeren Sie einfach die
Inhalte aus den Kavitäten im „Plate Editor“ (Platteneditor), indem Sie auf die Schaltfläche „Clear
Wells“ (Kavitäten leeren) klicken.
Wichtig: Sie müssen jegliche geleerten Kavitäteninhalte neu eingeben.

So schließen Sie eine ausgeschlossene Kavität einuKlicken Sie mit der rechten Maustaste auf die entsprechende Kavität im Kavitätenwähler und wählen
Sie „Well“ (Kavität) > „Include Well in Analyse“ (Kavität in Analyse einschließen).

222 | CFX Maestro Dx SE Software

Diagramme

Diagramme
Jedes Diagramm im Datenanalysefenster zeigt die Daten in einem anderen Diagramm an und enthält
Optionen für das Anpassen und Exportieren der Daten oder Diagrammgrafiken.

Diagrammwerkzeuge
Tabelle 14 führt die für die meisten Diagramme verfügbaren Kontextmenüelemente auf.
Tabelle 14. Häufige Kontextmenüelemente für Diagramme

Menüelement

Funktion„Copy“ (Kopieren)

Kopiert das Diagramm in eine Zwischenablage.

„Save Image As...“ (Bild

Speichert das Diagramm als Bilddatei. Stellen Sie die Auflösung undspeichern unter)

Abmessung des Bilds ein und wählen Sie dann den Dateityp (PNG,
GIF, JPG, TIF oder BMP).

„Page Setup...“ (Seite einrichten)

Wählt ein Seitenformat für den Druck.

„Print...“ (Drucken)

Druckt das Diagramm.

„Set Scale to Default“ (Maßstab

Zeigt alle Daten im Balkendiagramm an. Scrollleisten werdenauf Standard einstellen)angezeigt, falls es mehr Datenpunkte/Proben gibt, als im
Diagrammrahmen angezeigt werden können.

„Chart Settings“Öffnet das Dialogfeld „Chart Settings“ (Diagrammeinstellungen), in(Diagrammeinstellungen)dem Sie die Anzeigeoptionen des Diagramms ändern können, unter
anderem:n Diagramm- und Achsennamenn Diagramm- sowie Achsenschriftart und -größe
n Achsenskalan Position der Legende

Die Diagrammwerkzeuge werden außerdem in jedem Diagramm im Fenster „Data Analysis“(Datenanalyse) eingeblendet. Alle Diagramme zeigen diese Tools an:„Copy to Clipboard“ – (In Zwischenablage kopieren) kopiert den Inhalt der Diagrammansicht in die
Zwischenablage.
„Chart Settings“ – (Diagrammeinstellungen) öffnet das Dialogfeld „Chart Settings“(Diagrammeinstellungen), in dem Sie die Anzeigeoptionen des Diagramms ändern können.

Benutzerhandbuch | 223

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht„Export“ – (Exportieren) öffnet das Dialogfeld „Export Options“ (Exportoptionen), mit dem Sie die
Auflösung und Größe des Diagramms anpassen und an einem bestimmten Ort als eines der folgenden
Dateiformate speichern können:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Balkendiagrammwerkzeuge
Neben den Diagrammwerkzeugen zeigt das Balkendiagramm auch die nachfolgenden Werkzeuge an:„Sort“ – (Sortieren) sortiert die Zielgene und Proben in alphabetischer oder umgekehrter alphabetischer
Reihenfolge.
„Color Settings“ – (Farbeinstellungen) öffnet das Dialogfeld für die Farbeinstellungen, in dem Sie die
Farbe der Zielgene und Proben ändern können.
Siehe Diagrammansicht ändern und Anmerkungen hinzufügen auf Seite 288 für weitere Informationen zu
diesen Werkzeugen.

Werkzeuge des Diagramms „Amplification“ (Amplifikation)
Neben den Diagrammwerkzeugen zeigt das Diagramm „Amplification“ (Amplifikation) auch die
nachfolgenden Werkzeuge an:„Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) – öffnet das Dialogfeld für die Kurvenmarkierungen, in dem Sie
das Erscheinungsbild der Kurven im Diagramm „Amplification“ (Amplifikation) ändern können.
„Baseline Threshold“ (Baseline-Schwellenwert) – öffnet das Dialogfeld für den BaselineSchwellenwert, in dem Sie die Standard-Baseline für ausgewählte Kavitäten oder den Schwellenwert fürjede Fluoreszenzkurve im Diagramm „Amplification“ (Amplifikation) ändern können.

Kopieren von Diagrammdaten in die Zwischenablage
Sie können die Inhalte der Diagrammansicht kopieren und in jede Anwendung einfügen, die BitmapBilddateien akzeptiert.

So kopieren Sie Diagrammdaten in die Zwischenablage
1.

Wählen Sie in den Diagrammwerkzeugen das Symbol „Copy to Clipboard“ (In die Zwischenablage
kopieren) aus.

2.

Öffnen Sie eine Anwendung, die Bitmap-Bilddateien akzeptiert, zum Beispiel Microsoft Word.

224 | CFX Maestro Dx SE Software

Diagramme

3.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste und wählen Sie „Paste“ (Einfügen) aus, um das Bitmap-Bild
aus der Zwischenablage in die Anwendung einzufügen.

Ändern der Diagrammanzeigeeinstellungen
Verwenden Sie das Dialogfeld „Chart Settings“ (Diagrammeinstellungen), um die Titel, Schriftarten undGrößen, Skalierung der Achsen und die Positionierung der Legende für das angezeigte Diagramm zuändern. Die vorgenommenen Änderungen werden nur für das angezeigte Diagramm angewendet und mit
dem Diagramm gespeichert.

So ändern Sie die Diagrammanzeigeeinstellungen1.

Klicken Sie unter den Diagrammwerkzeugen auf „Chart Settings“ (Diagrammeinstellungen).
Das Dialogfeld „Chart Settings“ (Diagrammeinstellungen) wird angezeigt.

2.

3.

Wählen Sie die Registerkarte „Chart And Axes“ (Diagramm und Achsen) um Folgendes
vorzunehmen:nEinen Titel für das Diagramm eingeben.

nEinen neuen Titel für die x-Achse eingeben und die Kennzeichnungen schräg positionieren.

nEinen neuen Titel für die y-Achse eingeben.

Wählen Sie die Registerkarte „Fonts“ (Schriftarten), um die Schriftart und die Schriftgröße desDiagramms zu ändern.

Benutzerhandbuch | 225

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

Tipp: Standardmäßig wird die Schriftgröße bei Änderung der Diagrammgröße automatischskaliert. Wählen Sie „Change Font Size“ (Schriftgröße ändern), um eine statische Schriftgröße
für jeden Kennzeichnungstyp einzustellen.
4.

Wählen Sie die Registerkarte „Axes Scale“ (Skalierung der Achsen), um Folgendes vorzunehmen:n

Die automatische Skalierung der x- und der y-Achse aufheben und minimale und maximale
Skalierwerte festlegen.

n5.

Die Anzeige von Gitterlinien oder Teilstrichen im Diagramm auswählen.

Wählen Sie die Registerkarte „Legend“ (Legende), um Folgendes vorzunehmen:n

Die Diagrammlegende ausblenden.

n

Die Standardposition der Diagrammlegende ändern.

Hinweis: Wenn die Legende links oder rechts vom Diagramm positioniert ist, werden nur die
ersten zehn Fluorophore im Diagramm angezeigt.
6.

Klicken Sie jederzeit auf „Apply“ (Anwenden), um die Änderungen der Diagrammeinstellungenanzuzeigen, ohne die Änderungen zu speichern.

7.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und zum Diagramm zurückzukehren.

Das Diagramm exportieren
Verwenden Sie dieses Dialogfeld, um die Breite, die Höhe und die Auflösung des Diagramms zu ändern
und es in einem der folgenden Dateiformate zu exportieren:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Sie können dann das exportierte Diagramm verwenden, um Ihre Ergebnisse in Postersessions, Microsoft
PowerPoint-Präsentationen und Fachzeitschriften zu präsentieren.
Hinweis: Beachten Sie Folgendes, wenn Sie die Einstellungen ändern:nMaximale und minimale Grenzen für Breite und Höheo

Bei 72 dpi: 0,1–83 ZolloBei 96 dpi: 0,1–62 ZolloBei 150 dpi: 0,1–40 ZolloBei 300 dpi: 0,1–20 ZolloBei 600 dpi: 0,1–10 Zoll

226 | CFX Maestro Dx SE Software

DiagrammeonBei allen Auflösungen: 2–6.000 Pixel

Das Seitenverhältnis basiert auf der Breite.

So exportieren Sie das Diagramm
1.

Klicken Sie bei den Diagrammwerkzeugen auf „Export“ (Exportieren).
Das Dialogfeld „Export Preview“ (Exportvorschau) wird angezeigt.

2.

Ändern Sie nach Bedarf die Einstellungen für die Anzeige.

3.

Klicken Sie auf „Export“ (Exportieren).

4.

Im Dialogfeld „Export“ (Exportieren) können Sie Folgendes vornehmen:

5.

a.

(Optional) Gehen Sie zu dem Ordner, in dem die Diagrammdatei gespeichert werden soll.

b.

Geben Sie den Namen für die Datei ein und wählen Sie aus der Drop-down-Liste einen Dateityp
aus.

Klicken Sie auf „Save“ (Speichern), um die Diagrammdatei zu speichern.

Benutzerhandbuch | 227

Kapitel 10 DatenanalyseübersichtÄndern der Einstellungen für den Baseline-Schwellenwert
Im Modus „Single Threshold“ (Einzelner Schwellenwert) können Sie den Schwellenwert für einen
Fluorophor anpassen, indem Sie auf die Schwellenwertlinie im Amplifikationsdiagramm klicken und den
Mauszeiger vertikal bewegen. Alternativ können Sie den genauen Schnittpunkt-Schwellenwert für den
ausgewählten Fluorophor angeben.
Tipp: Sie können einen Zyklusbereich angeben, um die Baseline für alle Datendateien in derRegisterkarte „Data Analysis“ (Datenanalyse) unter „User“ (Benutzer) > „User Preferences“(Benutzereinstellungen) zu bestimmen.

So passen Sie den Start- und End-Baseline-Zyklus für jede Kavität an
1.

Wählen Sie in der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) einen einzelnen Fluorophor unterdem Amplifikationsdiagramm aus.

2.

Wählen Sie in den Diagrammwerkzeugen die Option „Baseline Threshold“ (Baseline-Schwellenwert)
aus.
Es erscheint das Dialogfeld „Baseline Threshold“ (Baseline-Schwellenwert).

3.

4.

Führen Sie im Abschnitt „Baseline Cycles“ (Baseline-Zyklen) einen der folgenden Schritte aus:n

Um eine Kavität auszuwählen, klicken Sie bitte auf deren Zeilennummer.

n

Um mehrere benachbarte Kavitäten auszuwählen, klicken Sie bitte auf die Zeilennummer derersten Kavität und ziehen Sie den Mauszeiger die Spalte bis zur letzten Kavität hinunter.

n

Um mehrere nicht nebeneinander liegende Kavitäten auszuwählen, halten Sie die STRG-Taste
gedrückt und klicken Sie auf die Zeilennummer jeder Zielgenkavität.

nKlicken Sie in die linke obere Ecke der Tabelle, um alle Kavitäten auszuwählen.

Passen Sie den Baseline-Startzyklus und den Baseline-Endzyklus für alle ausgewählten Kavitäten
an oder ändern Sie die Start- und Endzyklusnummer unten in der Tabelle.
Tipp: Klicken Sie auf „Reset All User Defined Values“ (Alle benutzerdefinierten Werte
zurücksetzen), um die Einstellungen auf die letzten gespeicherten Werte zurückzusetzen.

5.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und zum Diagramm zurückzukehren.

So geben Sie einen Zyklusbereich für alle Datendateien anu

Wählen Sie auf der Startseite oder im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) „User“ (Benutzer) > User
Preferences“ (Benutzereinstellungen) und gehen Sie auf die Registerkarte „Data Analysis“(Datenanalyse).

228 | CFX Maestro Dx SE Software

Diagramme

Sortieren von Zielgen-, Proben- und biologische Gruppendaten
Hinweis: Diese Option ist nur in den Genexpressionsdiagrammen verfügbar.
Standardmäßig werden die Zielgene, Proben und biologischen Gruppen in alphabetischer Reihenfolge
angezeigt. Verwenden Sie das Dialogfeld „Sort“ (Sortieren), um die Anzeige in umgekehrteralphabetischer Reihenfolge anzuzeigen oder um ein Element manuell an eine andere Position in der Listezu bewegen.

So sortieren Sie Zielgen-, Proben- und biologische Gruppendaten
1.

Klicken Sie in den Diagrammwerkzeugen auf „Sort“ (Sortieren).
Das Dialogfeld „Gene Expression Chart Sorting“ (Sortieren des Genexpressionsdiagramms) wird
angezeigt.

2.

Klicken Sie im Dialogfeld auf „Z-A“, um die Liste in umgekehrter alphabetischer Reihenfolge zu
sortieren.

3.

Um ein Element manuell zu verschieben, wählen Sie dieses aus und klicken Sie auf die
entsprechende Schaltfläche zwischen den Diagrammen:

4.

n

Klicken Sie auf den Pfeil nach oben oder den Pfeil nach unten, um das ausgewählte Element um
eine Position zu verschieben.

nKlicken Sie den Pfeil nach oben zu Querstrich oder den Pfeil nach unten zu Querstrich, um das
ausgewählte Element an die Spitze oder an das Ende der Liste zu verschieben.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und zur Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) zurückzukehren.

Benutzerhandbuch | 229

Kapitel 10 DatenanalyseübersichtÄndern der Farbeinstellungen des Zielgens und der Probe
Hinweis: Diese Option ist nur in den Genexpressionsdiagrammen verfügbar.
Ändern Sie die Farbe eines Zielgens oder einer Probe über das Dialogfeld „Color Settings“(Farbeinstellungen) oder entfernen Sie das Element aus dem Diagramm.

So ändern Sie die Farbeinstellungen1.

Wählen Sie unter „Chart Tools“ (Diagrammwerkzeuge) „Color Settings“ (Farbeinstellungen) aus.
Das Dialogfeld „Color Settings“ (Farbeinstellungen) wird angezeigt.

2.

Klicken Sie für die Änderung der Anzeigefarbe eines Zielgens oder einer Probe auf dessen bzw.
deren Farbe in der Spalte „Color“ (Farbe).

3.

Wählen Sie in dem sich öffnenden Dialogfeld „Color“ (Farbe) eine neue Farbe aus und klicken Sie auf
OK.

4.

Um das Element aus dem Genexpressionsdiagramm zu entfernen, heben Sie die Auswahl deszugehörigen Kontrollkästchens in der Spalte „Show Chart“ (Diagramm anzeigen) auf.
Tipp: Um alle Elemente aus dem Genexpressionsdiagramm zu entfernen, heben Sie die
Auswahl des Kontrollkästchens „Show Chart“ (Diagramm anzeigen) im Spaltenkopf auf.

5.

(Optional) Die Balkendiagrammfarbe wird standardmäßig als Farbverlauf angezeigt. Um die Farbe in
einheitlicher Form anzuzeigen, wählen Sie „Use Solid Colors“ (Volltonfarben verwenden).

6.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und zur Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) zurückzukehren.

230 | CFX Maestro Dx SE Software

Diagramme

Vergrößern eines Diagrammbereichs
So vergrößern Sie einen DiagrammbereichuKlicken und ziehen Sie über das Diagramm und klicken Sie dann auf Zoom*. Die Software ändert die
Diagrammgröße und fokussiert den ausgewählten Bereich.
Hinweis: Beim Balkendiagramm ist kein Anklicken des Zoom-Pop-up-Befehls erforderlich.

So setzen Sie das Diagramm auf die Gesamtansicht zurück
uKlicken Sie mit der rechten Maustaste in das Diagramm und wählen Sie „Set Scale to Default“(Maßstab auf Standard einstellen).

Kopieren von Diagrammen in eine Microsoft-Datei
Sie können Datendiagramme in Microsoft Word-, Excel- oder PowerPoint-Dokumente kopieren. Die
Bildauflösung entspricht der des Bildschirms, von dem das Bild bezogen wurde.

So kopieren Sie Diagramme in eine Microsoft-Datei
1.

Klicken Sie im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) in der oberen rechten Ecke desDiagrammbereichs auf „Copy to Clipboard“ (In Zwischenablage kopieren).

2.

Öffnen Sie eine leere Microsoft-Datei und fügen Sie die Inhalte aus der Zwischenablage ein.

Häufige Kontextmenüelemente für Diagramme
In Tabelle 15 werden die in den Diagrammen verfügbaren Kontextmenüelemente aufgeführt. Einige derElemente sind für alle Diagramme vorhanden, einschließlich Elemente zum Ändern der Datenanzeigeoder zum einfachen Exportieren von Daten aus einem Diagramm.
Tabelle 15. Kontextmenüelemente für Diagramme

Menüelement

Funktion„Copy“ (Kopieren)

Kopiert das Diagramm in die Zwischenablage.

„Save Image As“ (Bild

Speichert das Bild in einer bestimmten Größe, einer bestimmten Auflösung

speichern unter)und einem bestimmten Dateityp, unter anderem PNG (Standard), JPG und
BMP.

„Page Setup“ (Seite

Zeigt Optionen für die Druckeinrichtung an.

einrichten)„Print“ (Drucken)

Druckt das Diagramm.

Benutzerhandbuch | 231

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

Menüelement

Funktion„Set Scale to Default“

Stellt das Diagramm nach dessen Vergrößerung auf die Standardansicht(Maßstab auf Standard

zurück.

einstellen)„Chart Options“Öffnet das Fenster „Chart Options“ (Diagrammoptionen) zum Ändern des(Diagrammoptionen)

Diagramms, unter anderem zur Änderung des Titels, Auswahl der Grenzen
für die x- und y-Achsen und Anzeige von Rasterlinien sowie von Hilfsstrichen
auf der Achse.

Hinweis: Menüelemente, die für spezifische Programme verfügbar sind, werden in Kapitel 11,
Datenanalysedetails beschrieben.

232 | CFX Maestro Dx SE Software

Tabellen

Tabellen
Die in „Data Analysis“ (Datenanalyse) gezeigten Tabellen enthalten Optionen für das Sortieren undÜbertragen der Daten. Sortieren Sie die Spalten mithilfe einer dieser Methoden:nKlicken Sie auf eine Spalte und ziehen Sie diese an den neuen Ort in der ausgewählten Tabelle.

nKlicken Sie auf die Kopfzeile der Spalte und sortieren Sie die Daten in auf- oder absteigender
Reihenfolge.

So sortieren Sie bis zu drei Datenspalten im Fenster „Sort“ (Sortieren)
1.

Klicken Sie mit der rechten Maustaste in die Tabelle und wählen Sie „Sort“ (Sortieren).

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „Sort“ (Sortieren) den Titel der ersten Spalte, die sortiert werden soll.
Sortieren Sie die Daten in auf- oder absteigender Reihenfolge.

3.

Wählen Sie eine zweite oder dritte Spalte zum Sortieren und wählen Sie „Ascending“ (Aufsteigend)oder „Descending“ (Absteigend).

4.

Klicken Sie auf OK, um die Daten zu sortieren oder auf „Cancel“ (Abbrechen), um das Sortieren zu
beenden.

Tipp: Heben Sie die Daten in den zugehörigen Diagrammen und dem Kavitätenwähler hervor, indem
Sie den Mauszeiger über eine Zelle halten. Klicken Sie in eine Zelle, um deren Inhalt per Copy-andpaste zu kopieren und in ein anderes Softwareprogramm einzufügen.

Häufige Kontextmenüelemente für Tabellen
In Tabelle 16 werden die für jede Tabellenansicht verfügbaren Kontextmenüelemente aufgeführt.
Tabelle 16. Kontextmenüelemente für Tabellen

Menüelement

Funktion„Copy“ (Kopieren)

Kopiert die Inhalte der ausgewählten Kavitäten in eine
Zwischenablage und fügt die Inhalte schließlich in eine Tabelle wie
zum Beispiel Excel ein.

„Copy as Image“ (Als Bild

Kopiert die Tabellenansicht als Bilddatei und fügt diese in eine Datei

kopieren)ein, die eine Bilddatei akzeptiert, wie zum Beispiel Text-, Bild- oder
Tabellendateien.

„Print“ (Drucken)

Druckt die aktuelle Ansicht.

Benutzerhandbuch | 233

Kapitel 10 DatenanalyseübersichtTabelle 16. Kontextmenüelemente für Tabellen, Fortsetzung

Menüelement

Funktion„Print Selection“ (Auswahl

Druckt die aktuelle Auswahl.

drucken)„Export to Excel“ (In Excel

Exportiert die Daten in eine Excel-Tabelle.

exportieren)„Export to Text“ (In Textdatei

Exportiert die Daten in einen Text-Editor.

exportieren)„Export to CSV“ (In CSV

Exportiert die Daten in eine CSV-Datei.

exportieren)„Export to XML“ (In XML

Exportiert die Daten in eine XML-Datei.

exportieren)„Export to HTML“ (In HTML

Exportiert die Daten in eine HTML-Datei.

exportieren)„Find“ (Suchen)

Sucht nach Text.

„Sort“ (Sortieren)

Sortiert die Daten in bis zu drei Spalten.

„Select Columns“ (Spalten

Wählt die Spalten, die in der Tabelle angezeigt werden.

auswählen)

234 | CFX Maestro Dx SE Software„Export“ (Exportieren)„Export“ (Exportieren)
CFX Maestro Dx SE bietet im Drop-down-Menü „Export“ verschiedene Exportoptionen:n„Export All Data Sheets“ (Alle Datentabellen exportieren)n„Export RDML File“ (RDML-Datei exportieren)n„Custom Export“ (Benutzerdefinierter Export)n„Export to LIMS Folder“ (In LIMS-Ordner exportieren)nManueller Export

Exportieren aller Datentabellen
Sie können alle Tabellenansichten jeder Registerkarte von CFX Maestro Dx SE in individuelle Dateien
exportieren.

So exportieren Sie alle DatentabellenuWählen Sie „Export“ (Exportieren) > „Export All Data Sheets“ (Alle Datentabellen exportieren) undwählen Sie dann den von Ihnen gewünschten Dateityp:n

CSV (*.csv)

nText (*.txt)

nExcel-Arbeitsmappe (*.xlsx)
Exportierte Analysen werden in mehreren Excel-Arbeitsmappendateien mit einer
Arbeitsblattregisterkarte für Analysedaten pro Datei gespeichert. Wenn eine Analyse mehrere
Fluorophore enthält, werden die Daten von jedem Fluorophor auf eine separate
Arbeitsblattregisterkarte exportiert.

n

Excel-Arbeitsmappe – kombiniert (*.xlsx)
Exportierte Analysen werden in einer einzelnen Excel-Arbeitsmappendatei gespeichert, diemehrere Arbeitsblattregisterkarten enthält – eine für jeden Analysedatensatz.

nExcel 97-2003 ( *.xls)
Wichtig: Auf Ihrem Computer muss Microsoft Excel installiert sein, damit Sie Daten in eine
Microsoft Excel-Tabelle exportieren können.

nXML (*.xml)

Benutzerhandbuch | 235

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

Exportieren von RDML-Dateien
RDML ist ein strukturierter und universeller Datenstandard für den Austausch von quantitativen PCR(qPCR-)Daten. Der Datenstandard ist eine Textdatei im „Extensible Markup Language“-(.xml-)Format.
Weitere Informationen zum RDML-Datenaustauschformat finden Sie auf der Website des International
RDML Consortium (www.rdml.org).
Wichtig: Exportierte RDML-Dateien enthalten Analysedaten mit den Baseline-Einstellungen, die Sie
im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) anwenden. Weitere Informationen zu BaselineEinstellungen finden Sie unter Einstellungen der Baseline auf Seite 217.
Hinweis: Speichern Sie die RDML-Datei als Version 1.1, wenn Sie die Version 2.3 oder eine neuere
Version der Software qbase+ verwenden.

So exportieren Sie eine RDML-Datei
1.

Wählen Sie „Export“ (Exportieren) > „Export RDML Files“ (RDML-Dateien exportieren) und wählen
Sie aus der Liste, die angezeigt wird, entweder RDML v1.1 oder RDML v1.0 aus.
Das Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) wird eingeblendet.

2.

Geben Sie im Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) einen Dateinamen und einen Speicherort für
die RDML-Datei an.

3.

Klicken Sie auf OK, um die Exportdatei zu speichern.

236 | CFX Maestro Dx SE Software„Export“ (Exportieren)

Erstellen einer benutzerdefinierten Exportdatei
So erstellen Sie eine benutzerdefinierte Exportdatei
1.

Wählen Sie „Export“ (Exportieren) > „Custom Export“ (Benutzerdefinierter Export). Das Dialogfeld„Custom Export“ (Benutzerdefinierter Export) erscheint.

2.

Wählen Sie darin das Exportformat aus der Drop-down-Liste aus.

3.

Markieren Sie die Kontrollkästchen der zu exportierenden Elemente.

4.

(Optional) Klicken Sie auf „Customize Column Names“ (Spaltennamen anpassen), um die
Spaltennamen zu ändern.

5.

Klicken Sie auf „Export“ (Exportieren). Das Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) wird eingeblendet.

Benutzerhandbuch | 237

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

6.

Geben Sie im Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) einen Dateinamen und einen Speicherort für
die exportierte Datei an.

7.

Klicken Sie auf OK, um die Exportdatei zu speichern.

238 | CFX Maestro Dx SE Software„Export“ (Exportieren)

Export in einen LIMS-Ordner
Sie können Daten in ein LIMS-kompatibles Dateiformat exportieren. Weitere Informationen zur
Erstellung, Verwaltung und Verwendung von LIMS-Dateien finden Sie in Anhang C, LIMS-Integration.

So exportieren Sie Daten in ein LIMS-Format
1.

Gehen Sie auf „Export“ (Exportieren) > „Export to LIMS Folder“ (In LIMS-Ordner exportieren).
Das Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) wird eingeblendet.

2.

Geben Sie im Dialogfeld „Save As“ (Speichern unter) einen Dateinamen und einen Speicherort für
die exportierte Datei an.

3.

Klicken Sie auf OK, um die Exportdatei zu speichern.

Exportieren Seegene-formatierter Daten
Sie können die Daten aus allen Tabellenansichten in Excel-Dateien exportieren, die speziell für die
Nutzung durch Seegene, Inc., strukturiert worden sind.
Tipp: Sie können den Seegene Viewer auch automatisch starten, wenn der Export abgeschlossen
ist. Weitere Informationen finden Sie unter Menübefehle „Tools“ (Werkzeuge) auf Seite 73.

So exportieren Sie Daten in ein Seegene-spezifisches Format
1.

Wählen Sie „Export“ (Exportieren) > „Manual Export“ (Manueller Export).
Das Dialogfeld „Browse For Folder“ (Nach Ordner durchsuchen) wird angezeigt.

2.

Geben Sie im Dialogfeld „Browse For Folder“ (Nach Ordner durchsuchen) einen Speicherort für den
Ordner an, in dem die Seegene-formatierten Excel-Dateien (.xlsx) gespeichert werden sollen.
Die Analysen werden in mehreren Excel-Arbeitsmappendateien mit einer Arbeitsblattregisterkarte fürAnalysedaten pro Datei exportiert.

3.

Klicken Sie auf OK, um die Exportdateien zu speichern.

Benutzerhandbuch | 239

Kapitel 10 Datenanalyseübersicht

240 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 11 Datenanalysedetails
Das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse) der CFX Maestro Dx Software, Security Edition enthält
mehrere Registerkarten, auf denen Daten angezeigt werden. In diesem Kapitel werden dieseRegisterkarten eingehend erläutert.
Tipp: Sie können über das Menü „View“ (Ansicht) auswählen, welche Registerkarten Sie im Fenster„Data Analysis“ (Datenanalyse) anzeigen möchten. Das benutzerdefinierte Layout wird mit derDatendatei gespeichert.

Benutzerhandbuch | 241

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)
Nutzen Sie die Daten in der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung), um die
Datenanalysebedingungen, einschließlich der Baseline-Einstellungen für einzelne Kavitäten sowie die
Schwellenwerteinstellungen, festzulegen. Die Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) zeigt Daten
in diesen vier Anzeigen an:nDiagramm „Amplification“ (Amplifikation) – zeigt die relativen Fluoreszenzeinheiten (RFU) für jede
Kavität in jedem Zyklus an. Jede Kurve in dem Diagramm stellt Daten von einem einzelnen
Fluorophor in einer Kavität dar.

nStandard Curve (Standardkurve) – erscheint nur, wenn der Durchlauf Kavitäten umfasst, die alsStandardprobentyp (Std.) definiert worden sind. Die Standardkurve zeigt den Schwellenwertzyklus
an, der gegen den Logarithmus der Startquantität aufgetragen wird. Die Legende zeigt die
Reaktionseffizienz (E) für jeden Fluorophor in den Kavitäten mit einem Standardprobentyp an.

nWell Selector (Kavitätenwähler) – wählt die Kavitäten mit den Fluoreszenzdaten aus, die Sieanzeigen möchten.

nSpreadsheet (Tabelle) – zeigt eine Tabelle mit den in den ausgewählten Kavitäten erfassten Datenan.

242 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)

Fluorophoroptionen
Zum Anzeigen der Fluorophordaten in den Diagrammen und Tabellen der Registerkarte „Quantification“(Quantifizierung) wählen Sie den bzw. die Zielfluorophor(e) unter dem Amplifikationsdiagramm. Um die
Fluorophordaten im Datenanalysefenster auszublenden, heben Sie die Auswahl des zugehörigen
Kontrollkästchens auf.

Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen)Mit dem Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) können Sie das Erscheinungsbild der Kurven in
den Amplifikations- und Schmelzkurvendiagrammen in den Registerkarten „Quantification“(Quantifizierung) und „Melt Curve“ (Schmelzkurve) anpassen. Sie können dann eine Vorschau derÄnderungen im Kavitätenwähler einsehen, die im Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen)erscheint.

So passen Sie Kurvenmarkierungen an
1.

Wählen Sie nur einen Fluorophor unter dem Diagramm „Amplification“ (Amplifikation) aus.

2.

Zum Öffnen des Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) gehen Sie folgendermaßen vor:n

Klicken Sie auf „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) im Diagramm „Amplification“(Amplifikation).

n

Wählen Sie „Settings“ (Einstellungen) > „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) in derDatenanalyse-Menüleiste.

n

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf eine Kurve und wählen Sie „Trace Styles“(Kurvenmarkierungen).

Es wird das Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) eingeblendet.

Benutzerhandbuch | 243

Kapitel 11 Datenanalysedetails

3.

Wählen Sie im Dialogfeld „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen) einen spezifischen Kavitätensatz im
Kavitätenwähler im unteren Bereich aus. Wählen Sie alternativ Kavitäten, die einen Probentyp
enthalten, im Drop-down-Menü in der Spalte „Wells“ (Kavitäten) aus.

4.

Gehen Sie wie folgt vor:n

Klicken Sie auf das Feld in der Spalte „Color“ (Farbe), um eine Farbe für die ausgewählten
Kavitäten auszuwählen.

n

Um den ausgewählten Kavitäten ein Symbol zuzuordnen, wählen Sie ein Symbol aus derSymbol-Drop-down-Liste.

n

Um den Kavitäten ganz einfach nach Schaltflächenbezeichnung eine Farbe zuordnen zu
können, klicken Sie einfach auf die entsprechende Schnellauswahl:no„Random by Well“ (Zufall nach Kavität)o„Random by Replicate“ (Zufall nach Replikat)o„Use Fluor Colors“ (Verwenden der Fluor-Farben)o„Use Target Colors“ (Verwenden der Zielgenfarben)o„Use Sample Colors“ (Verwenden der Proben-Farben)

Für die Zuweisung von Kavitätenkennzeichnungen wählen Sie entweder „Sample Type“(Probentyp), „Target Name“ (Zielgenname), „Sample Name“ (Probenname) oder Symbol aus.

244 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)

Log-Skalen-Option
Wählen Sie „Log Scale“ (Log-Skala) unter dem Diagramm „Amplification“ (Amplifikation), um die
Fluoreszenzkurven in einer halblogarithmischen Skala zu sehen:

Tipp: Für die Vergrößerung eines Bereichs des Diagramms, ziehen Sie über den Zielgenbereich.
Wenn Sie zur Vollbildansicht zurückkehren möchten, klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das
Diagramm und wählen Sie „Set Scale to Default“ (Maßstab auf Standard einstellen).

„Standard Curve Chart“ (Standardkurvendiagramm)
Die Software erstellt ein Standardkurvendiagramm auf der Registerkarte Quantifizierung, wenn die Daten
einen Probentyp beinhalten, der für mindestens einen Fluorophor im Lauf als Std. definiert ist.

Benutzerhandbuch | 245

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Das Standardkurvendiagramm zeigt folgende Informationen an:nName für jede Kurve (Fluorophor oder Zielgen).

n

Farbe von jedem Fluorophor oder Zielgen.

nReaktionseffizienz (E). Verwenden Sie diese Statistik, um eine Multiplex-Reaktion zu optimieren und
die Daten für die Standardkurve anzugleichen.
Hinweis: Die Reaktionseffizienz beschreibt, wie viel von Ihrem Zielgen bei jedem Zyklus im
Protokoll produziert wird. Eine Effizienz von 100 Prozent bedeutet, dass Sie Ihr Zielgen mit
jedem Zyklus verdoppeln.

nBestimmungskoeffizient R2 (geschrieben als R^2). Verwenden Sie diese Statistik, um zu bestimmen,
wir korrekt die Linie die Daten beschreibt (Anpassungsgüte).

n

Steigungny-Schnittpunkt

246 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)

Menüoptionen für das Diagramm „Amplification“ (Amplifikation)
Neben den üblichen Kontextmenüoptionen für Diagramme (siehe Häufige Kontextmenüelemente fürDiagramme auf Seite 231), werden in Tabelle 17 die Menüoptionen aufgeführt, die nur im Diagramm„Amplification“ (Amplifikation) verfügbar sind.
Tabelle 17. Menüelemente des Diagramms „Amplification“ (Amplifikation) per Rechts- und
Linksklick

Menüoption

Funktion„Well XX, Fluor Target“

Zeigt nur diese Kavität an, blendet diese Kavität aus, stellt die Farbe für(Kavität XX, Fluor-Zielgen)diese Kurve ein oder schließt diese Kavität von der Analyse aus.

„Selected Traces“

Zeigt nur diese Kavitäten an, blendet diese Kavitäten aus, stellt die Farbe(Ausgewählte Kurven)für diese Kurven ein oder schließt diese Kavitäten von der Analyse aus.

„Show Threshold Values“

Zeigt den Schwellenwert für jede Amplifikationskurve im Diagramm an.

(Schwellenwerte anzeigen)„Trace Styles“Öffnet das Fenster „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen), um(Kurvenmarkierungen)

Kurvenmarkierungen zu ändern, die auf den Registerkarten„Quantification“ (Quantifizierung) und „Melt Curve“ (Schmelzkurve)
erscheinen.

„Baseline Thresholds“Öffnet das Fenster „Baseline Thresholds“ (Baseline-Schwellenwerte), um(Baseline-Schwellenwerte)

die Baseline oder die Schwellenwerte für jeden Fluorophor zu ändern (dieÄnderungen erscheinen im Diagramm „Amplification“ (Amplifikation) auf
der Registerkarte Quantifizierung).

Registerkarte „Quantification Spreadsheet“(Quantifizierungstabelle)
Tabelle 18 definiert die Daten, die in der Tabelle auf der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)angezeigt werden.
Tabelle 18. Inhalt der Tabelle auf der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)

Information

Beschreibung„Well“ (Kavität)

Kavitätsposition in der Platte

Fluor

Erkannter Fluorophor

Benutzerhandbuch | 247

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Information

Beschreibung„Target“ (Zielgen)

Der in den Kavitäten des Platteneditors geladene Zielgenname„Content“ (Inhalt)

Eine Kombination aus dem Probentyp (erforderlich) und der ReplikatNr. (optional), die im Platteneditor geladen sind„Sample“ (Probe)

Der in den Kavitäten des Platteneditors geladene Probenname

Cq

Quantifizierungszyklus für jede KurveÄndern von Zielgen, Inhalt oder Probendaten
Sie können die Daten in den Zielgen-, Inhalt- und Probenspalten ändern, indem Sie die Plattendatei
mithilfe des Platten-Editors bearbeiten. Dies kann sogar nach der Durchführung des Experiments
erfolgen.

So ändern Sie die Daten in den Spalten „Content“ (Inhalt), „Target“ (Zielgen) und „Sample“(Probe)u

Klicken Sie auf „Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) und wählen Sie „View/Edit Plate“ (Platteanzeigen/bearbeiten), um den „Plate Editor“ (Platteneditor) zu öffnen.

248 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Quantification Data“ (Quantifizierungsdaten)

Registerkarte „Quantification Data“ (Quantifizierungsdaten)
Die Registerkarte „Quantification Data“ (Quantifizierungsdaten) zeigt die in jeder Kavität gesammelten
Quantifizierungsdaten. CFX Maestro Dx SE zeigt die Daten in vier verschiedenen Tabellenansichten an:n„Results“ (Ergebnisse) – zeigt eine Tabelle der Daten an. Dies ist die Standardansicht.

n„Standard Curve Results“ (Standardkurvenergebnisse) – zeigt eine Tabelle derStandardkurvendaten an.

n„Plate“ (Platte) – zeigt die Daten in jeder Kavität in Form einer Plattenabbildung an.

n

RFU – zeigt die RFU-Quantitäten in jeder Kavität für jeden Zyklus an.

Wählen Sie jede Tabelle aus der Drop-down-Liste aus, die unter der Registerkarte „Quantification Data“(Quantifizierungsdaten) angezeigt wird.

Ergebnistabelle
Die Ergebnistabelle zeigt die Daten für jede Kavität in der Platte an.

Hinweis: Alle Berechnungen der Std. Dev (Standardabweichung) gelten für die im PlatteneditorFenster den Kavitäten zugewiesenen Replikatgruppen. Die Berechnungen ermitteln den
durchschnittlichen Cq-Wert für jede Kavität in der Replikatgruppe.
Tabelle 19 definiert die Daten, die in der Ergebnistabelle angezeigt werden.

Benutzerhandbuch | 249

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Tabelle 19. Ergebnistabelleninhalte

Information

Beschreibung„Well“ (Kavität)

Kavitätsposition in der Platte

Fluor

Erkannter Fluorophor„Target“ (Zielgen)

Amplifikationszielname (Gen)„Content“ (Inhalt)

Probentyp und Replikatsnummer„Sample“ (Probe)

Beschreibung der Probe„Biological Set Name“ (NameName der biologischen Gruppe

biologischer Satz)
Cq

Quantifizierungszyklus„Cq Mean“ (Mittelwert Cq)

Mittelwert des Quantifizierungszyklus für die Replikatgruppe

Cq Std. Dev

Standardabweichung des Quantifizierungszyklus für die
Replikatgruppe„Starting Quantity (SQ)“

Schätzung der Startquantität des Zielgens(Startquantität)„Log Starting Quantity“ (Log.

Logarithmierte Startquantität

Startquantität)„SQ Mean“ (Mittelwert SQ)

Mittelwert der Startquantität

SQ Std. Dev

Standardabweichung der Startquantität bei den Replikaten

250 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Quantification Data“ (Quantifizierungsdaten)

Tabelle der Standardkurvenergebnisse
Die Tabelle mit den Standardkurvenergebnissen zeigt die berechneten Standardkurvenparameter an.

Tabelle 20 definiert die Daten, die in der Tabelle der Standardkurvenergebnisse angezeigt werden.
Tabelle 20. Inhalte der Tabelle der Standardkurvenergebnisse

Information

Beschreibung

Fluor (oder Zielgen)

Nachgewiesener Fluorophor (oder nachgewiesenes Zielgen)

Effizienz %Reaktionseffizienz

Steigung

Steigung der Standardkurve

Y-Schnittpunkt

Punkt, an dem die Kurve die y-Achse schneidet

R^2Bestimmungskoeffizient

Benutzerhandbuch | 251

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Plattentabelle
Die Tabelle „Plate“ (Platte) zeigt eine Plattenkarte mit den Daten eines Fluorophors zu einem Zeitpunktan.

So zeigen Sie Daten für einen bestimmten Fluorophor anu

Klicken Sie auf die entsprechende Registerkarte unten an der Tabelle.

252 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Quantification Data“ (Quantifizierungsdaten)

RFU-Tabelle
Die RFU-Tabelle zeigt die relativen Fluoreszenzeinheiten (RFU)-Werte für jede Kavität an, die bei jedem
Zyklus des Laufs erzielt wurden. Die Kavitätennummer erscheint oben in jeder Spalte und die
Zyklusnummer wird links von jeder Zeile angezeigt.

Benutzerhandbuch | 253

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Registerkarte „Melt Curve“ (Schmelzkurve)
Bei DNA-bindenden Farbstoffen und nicht spaltbaren Hybridisierungssonden ist die Fluoreszenz am
hellsten, wenn die beiden DNA-Stränge sich an bestimmten Stellen binden (Annealing). Während die
Temperatur auf die Schmelztemperatur (Tm) ansteigt, nimmt die Fluoreszenz konstant ab (konstante
Steigung). Auf Höhe der Tm kommt es zu einer dramatischen Abnahme der Fluoreszenz mit einer
merkbaren Veränderung der Steigung. Die Rate dieser Veränderung wird bestimmt, indem die negativeerste Regression gegen die Temperatur (-d(RFU)/dT) aufgetragen wird. Die höchste Änderungsrate derFluoreszenz resultiert in sichtbaren Peaks und stellt die Tm der doppelsträngigen DNA-Komplexe dar.
CFX Maestro Dx SE stellt die während einer Schmelzkurve erfassten RFU-Daten als Funktion derTemperatur dar. Zur Analyse der Daten des Schmelzkurven-Peaks weist die Software jedem Peak eine
Start- und eine Endtemperatur durch Verschieben der Schwellenwertlinie zu. Die Fläche des PeakBereichs wird durch die Position der Schmelzschwellenwertlinie spezifiziert. Ein gültiger Peak muss eine
minimale Höhe relativ zum Abstand zwischen der Schwellenwertlinie und der Höhe des größten Peaks
aufweisen.
Die Registerkarte „Melt Curve“ (Schmelzkurve) zeigt die Tm (Schmelztemperatur) der amplifizierten PCRProdukte in vier Ansichten an:n„Melt Curve“ (Schmelzkurve) – zeigt die Echtzeitdaten für jeden Fluorophor als RFU pro Temperatur
für jede Kavität an.

n„Melt Peak“ (Schmelzkurven-Peak) – zeigt die negative Regression der RFU-Daten pro Temperatur
für jede Kavität an.

n„Well Selector“ (Kavitätenwähler) – zeigt Kavitäten zum Anzeigen oder Ausblenden von Daten an.

n„Peak Spreadsheet“ (Peak-Tabelle) – zeigt die in der ausgewählten Kavität erfassten Daten an.
Hinweis: Diese Tabelle zeigt bis zu zwei Peaks für jede Kurve an. Klicken Sie auf die
Registerkarte „Melt Curve Data“ (Schmelzkurvendaten), um mehr Peaks zu sehen.

254 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Melt Curve“ (Schmelzkurve)

Tabelle 21 definiert die Daten, die in der Tabelle „Melt Curve“ (Schmelzkurve) angezeigt werden.
Tabelle 21. Inhalte der Tabelle „Melt Curve“ (Schmelzkurve)

Information

Beschreibung„Well“ (Kavität)

Kavitätsposition in der Platte

Fluor

Erkannter Fluorophor„Content“ (Inhalt)

Eine Kombination aus Probentyp und Replikatsnummer„Sample“ (Probe)

Name der im „Plate Editor“ (Platteneditor) geladenen Probe„Melt Temp“

Die Temperatur des Schmelzkurven-Peaks jeder Kavität.

(Schmelztemperatur)

Hinweis: Es werden nur die zwei höchsten Peaks in der Tabelle
angezeigt.

Benutzerhandbuch | 255

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Anpassen der Schmelzkurvendaten
So passen Sie die Schmelzkurvendaten anuGehen Sie wie folgt vor:n

Klicken Sie die Schwellenwert-Balken im Schmelz-Peak-Diagramm an und verschieben Sie sie,um Peaks in die Datenanalyse aufzunehmen oder sie auszuschließen.

nWählen Sie im Peaks-Drop-down-Menü Positiv aus, um die Tabellendaten für die Peaks
oberhalb der Linie des Schmelz-Schwellenwerts anzuzeigen, oder wählen Sie Negativ, um die
Tabellendaten für Peaks unterhalb der Linie des Schmelz-Schwellenwerts zu sehen.

nÖffnen Sie das Fenster „Trace Styles“ (Kurvenmarkierungen), um die Farbe der Kurven im
Schmelzkurve- und Schmelz-Peak-Diagramm zu ändern.

nWählen Sie eine Nummer im Schrittnummer-Wähler aus, um die Schmelzkurvendaten bei
einem anderen Schritt im Protokoll zu sehen. Die Liste zeigt mehr als einen Schritt an, wenn das
Protokoll Plattenablesungen in mehr als einem Schmelzkurvenschritt umfasst.

n

Wählen Sie Kavitäten im Kavitätenwähler aus, um den Schwerpunkt auf Untergruppen derDaten zu legen.

nWählen Sie eine Kavitätengruppe, um eine Untergruppe der Kavitäten in der Platte anzuzeigen
und zu analysieren. Wählen Sie jede Kavitätengruppe nach Namen im Drop-down-Menü „Well
Group“ (Kavitätengruppe) in der Symbolleiste aus.

256 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Melt Curve Data“ (Schmelzkurvendaten)

Registerkarte „Melt Curve Data“ (Schmelzkurvendaten)
Auf der Registerkarte „Melt Curve Data“ (Schmelzkurvendaten) werden die Daten von der Registerkarte„Melt Curve“ (Schmelzkurve) in mehreren Tabellen angezeigt, die alle Schmelzkurven-Peaks für jede
Kurve enthalten. CFX Maestro Dx SE bietet vier Tabellenoptionen zur Anzeige der Schmelzkurvendaten:n„Melt Peaks“ (Schmelzkurven-Peaks) – zeigt alle Daten, einschließlich der Schmelzkurven-Peaks,
für jede Kurve an. Dies ist die Standardansicht.

n„Plate“ (Platte) – zeigt eine Ansicht der Daten und Inhalte jeder Kavität in der Platte an.

n

RFU – zeigt die RFU-Quantitäten zu jeder Temperatur für jede Kavität an.

n-d(RFU)/dT – zeigt die negative Veränderungsrate in RFU bei Veränderung der Temperatur (T) an.
Dies ist eine grafische Darstellung der ersten Regression für jede Kavität in der Platte.

Jede der Tabellen können Sie aus der Drop-down-Liste auswählen, die unter der Registerkarte „Melt
Curve Data“ (Schmelzkurvendaten) erscheint.

Tabelle – Schmelzkurven-Peaks
Die Tabelle mit den „Melt Peaks“ (Schmelzkurven-Peaks) zeigt alle Schmelzkurvendaten an.

Tabelle 22 auf Seite 258 definiert die Daten, die in der Tabelle für die Schmelzkurven-Peaks angezeigt
werden.

Benutzerhandbuch | 257

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Tabelle 22. Inhalte der Tabelle für die Schmelzkurven-Peaks

Information

Beschreibung„Well“ (Kavität)

Kavitätsposition in der Platte

Fluor

Erkannter Fluorophor„Content“ (Inhalt)

Im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) aufgeführter Probentyp„Target“ (Zielgen)

Amplifikationsziel (Gen)„Sample“ (Probe)

Im Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor) aufgeführter Probenname„Melt Temperature“

Schmelztemperatur eines jeden Produkts, aufgeführt als ein Peak(Schmelztemperatur)(Höhepunkt) pro Zeile in der Tabelle„Peak Height“ (Peak-Höhe)

Höhe des Peaks„Begin Temperature“

Temperatur zu Beginn des Peaks(Anfangstemperatur)„End Temperature“

Temperatur am Ende des Peaks(Endtemperatur)

Plattentabelle
Die Tabelle „Plate“ (Platte) zeigt die Schmelzkurvendaten in einem Plattenformat an.

Hinweis: Zum Anpassen des Peaks, den die Software zuordnet, passen Sie die Schwellenwertlinie
im Schmelzkurven-Peak-Diagramm in der Registerkarte „Melt Curve“ (Schmelzkurve) an.
Tabelle 23 auf Seite 259 definiert die Daten, die in der Plattentabelle angezeigt werden.

258 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Melt Curve Data“ (Schmelzkurvendaten)

Tabelle 23. Inhalt der Plattentabelle

Information

Beschreibung„Content“ (Inhalt)

Eine Kombination aus dem Probentyp (erforderlich) und der Replikatnummer(optional)„Sample“ (Probe)

Beschreibung der Probe

Peak 1

Erster Schmelzkurven-Peak (höchster)Peak 2

Zweiter Schmelzkurven-Peak (niedriger)

RFU-Tabelle
Die RFU-Tabelle zeigt die Fluoreszenzwerte für jede Kavität an, die bei jedem Zyklus während derSchmelzkurve erzielt wurden.

Tabelle 24 definiert die Daten, die in der RFU-Tabelle gezeigt werden.
Tabelle 24. Inhalt der RFU-Tabelle

Information

Beschreibung„Well number“ (Kavitätennummer) (A1, A2,

Position der geladenen Kavitäten in der Platte

A3, A4, A5)„Temperature“ (Temperatur)

Schmelztemperatur des amplifizierten Zielgens,dargestellt als eine Kavität pro Zeile und alsmehrere Kavitäten für mehrere Produkte inderselben Kavität

Benutzerhandbuch | 259

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Tabelle „-d(RFU)/dT“
Die Tabelle „-d(RFU)/dT“ zeigt die negative Veränderungsrate in RFU bei Änderung der Temperatur (T)an.

Tabelle 25 definiert die Daten, die in der Tabelle „-d(RFU)/dT“ angezeigt werden.
Tabelle 25. Inhalt der Tabelle „-d(RFU)/dT“Information

Beschreibung„Well number“ (Kavitätennummer) (A1,

Position der geladenen Kavitäten in der Platte

A2, A3, A4, A5)„Temperature -d(RFU)/dT“ (Temperatur -Negative Veränderungsrate in RFU bei Änderung derd(RFU)/dT)

Temperatur (T)260 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „End Point“ (Endpunkt)

Registerkarte „End Point“ (Endpunkt)Öffnen Sie die Registerkarte „End Point“ (Endpunkt), um die finalen relativen Fluoreszenzeinheiten(RFUs) für die Probenkavitäten zu analysieren. Die Software vergleicht die RFU-Level der Kavitäten mit
unbekannten Proben mit den RFU-Leveln der Kavitäten mit den Negativkontrollen und „bezeichnet“ dieunbekannten als „positiv“ oder „negativ“. Positive Proben haben einen RFU-Wert, der über dem RFUMittelwert der Negativkontrollen plus dem Grenzwert liegt.

Für die Analyse der Endpunktdaten muss die Platte Negativkontrollen enthalten, sonst kann die Software
keine Zuordnung tätigen.
n

Durchführen des Protokolls „Quantification“ (Quantifizierung) – erstellen Sie ein Standardprotokoll.
Öffnen Sie nach Abschluss des Laufs das Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse), passen Sie die
Datenanalyseeinstellungen in der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) an und klicken Siedann auf die Registerkarte „End Point“ (Endpunkt), um einen Endpunktzyklus auszuwählen.

nDurchführen des Protokolls „End Point Only“ (Nur Endpunkt) – laden Sie das Protokoll „End Point
Only“ (Nur Endpunkt) in die Registerkarte „Plate“ (Platte) des Fensters „Run Setup“(Laufkonfiguration), wählen oder erstellen Sie eine Platte und starten Sie den Lauf.

Benutzerhandbuch | 261

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Die Registerkarte „End Point“ (Endpunkt) zeigt die durchschnittlichen RFU-Werte an, um zu bestimmen,ob das Zielgen durch den letzten (End-)Zyklus amplifiziert wurde. Benutzen Sie diese Daten, um zu
bestimmen, ob eine spezifische Zielgensequenz in einer Probe vorliegt (positiv). Positive Zielgene haben
RFU-Werte, die über dem von Ihnen definierten Grenzwert liegen.
Tipp: Öffnen Sie die Registerkarte „Protocol“ (Protokoll) (Fenster „Run Setup“ (Laufkonfiguration))
und wählen Sie „Run > End Point Only Run“ (Lauf > Nur Endpunktlauf), um ein Endpunktprotokoll zu
erstellen.
Nach Abschluss des Laufs öffnet die Datendatei die Registerkarte „End Point“ (Endpunkt). Diese enthält
folgende Abschnitte:n„Settings“ (Einstellungen) – Anpassen der Datenanalyseeinstellungen.

n„Results“ (Ergebnisse) – zeigt die Ergebnisse direkt an, nachdem Sie die Einstellungen angepasst
haben.

n„Well Selector“ (Kavitätenwähler) – wählt die Kavitäten mit den Endpunktdaten aus, die Sie anzeigen
möchten.

n„RFU spreadsheet“ (RFU-Tabelle) – zeigt die in den ausgewählten Kavitäten erfassten End-RFUs
an.

Ergebnisdaten
Im Abschnitt „Results“ (Ergebnisse) werden die folgenden Daten angezeigt:n„Lowest RFU Value“ (Niedrigster RFU-Wert) – niedrigster RFU-Wert der Datenn„Highest RFU Value“ (Höchster RFU-Wert) – höchster RFU-Wert der Datenn„Negative Control Average“ (Durchschnitt Negativkontrolle) – durchschnittliche RFU für die
Kavitäten, die Negativkontrollen enthaltenn„Cut Off Value“ (Cutoff-Wert) – wird berechnet, indem die Toleranz (RFU oder Prozentsatz des in den
Einstellungen aufgeführten Bereichs) und der Mittelwert der Negativkontrollen addiert werden.
Proben mit RFUs, die größer als der Cutoff-Wert sind, werden als „positiv“ bezeichnet. Ändern Sie
zum Anpassen des Cutoff-Werts die RFU oder den Prozentsatz des Bereichs

Der Cutoff-Wert wird anhand der folgenden Formel berechnet:
Cutoff-Wert = Mittelwert der Negativkontrolle + Toleranz
Wählen Sie anhand einer der folgenden Methoden eine Toleranz:n„RFUs (Default)“ (RFU-Werte (Standard)) – wählen Sie diese Methode, um einen absoluten RFUWert für die Toleranz zu verwenden. Der minimale RFU-Toleranzwert ist 2. Der Maximalwert ist der

262 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „End Point“ (Endpunkt)Absolutwert des höchsten RFU-Werts abzüglich des absoluten Werts des niedrigsten RFU-Werts.
Der standardmäßige RFU-Toleranzwert beträgt 10 Prozent des gesamten RFU-Bereichs.
n„Percent of Range“ (Prozentsatz des Bereichs) – wählen Sie diese Methode, um einen Prozentsatz
des RFU-Bereichs für die Toleranz zu verwenden. Der Mindestprozentsatz des Bereichs ist
1 Prozent. Der maximale Prozentsatz des Bereichs ist 99 %. Der Standard-Prozentsatz des Bereichs
ist 10 Prozent.

Benutzerhandbuch | 263

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Anpassen der Endpunktdatenanalyse
So passen Sie die Daten in der Registerkarte „End Point“ (Endpunkt) anuGehen Sie wie folgt vor:n

Wählen Sie einen Fluorophor aus der Drop-down-Liste aus.

nWählen Sie einen Wert für „End Cycle to Average“ (Endzyklus- bis Mittelwert), um die Anzahl an
Zyklen einzustellen, mit denen die mittlere relative Fluoreszenzeinheit (RFU) des Endpunkts
berechnet wird.

n

Wählen Sie „RFUs“ aus, um die Daten in relativen Fluoreszenzeinheiten anzuzeigen.

n

Wählen Sie „Percentage of Range“ (Prozentsatz des Bereichs), um die Daten als Prozentsatz
des RFU-Bereichs anzuzeigen.

n

Wählen Sie Kavitäten im Kavitätenwähler aus, um den Schwerpunkt auf Untergruppen derDaten zu legen.

nWählen Sie eine Kavitätengruppe, um eine Untergruppe der Kavitäten in der Platte anzuzeigen
und zu analysieren. Wählen Sie jede Kavitätengruppe nach Namen im Drop-down-Menü „Well
Group“ (Kavitätengruppe) in der Symbolleiste aus.

RFU-Tabelle für die Endpunktanalyse
Tabelle 26 definiert die Daten, die in der RFU-Tabelle auf der Registerkarte „End point“ (Endpunkt)angezeigt werden.
Tabelle 26. Inhalte der RFU-Endpunkttabelle

Information

Beschreibung„Well“ (Kavität)

Kavitätsposition in der Platte

Fluor

Erkannter Fluorophor„Content“ (Inhalt)

Eine Kombination aus Probentyp und Replikatnummer„End RFU“ (End-RFU)

RFU beim Endpunktzyklus„Call“ (Zuordnung)Positiv oder negativ, wenn positive Proben einen RFU-Wert aufweisen, dergrößer ist als der durchschnittliche RFU-Wert der Negativkontrollen plus dem
Cutoff-Wert„Sample“ (Probe)

Der Probenname, der im „Plate Editor“ (Platteneditor) geladen ist

264 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)

Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische
Diskriminierung)
Die Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung) weist Kavitäten mit unbekannten
Proben Genotypen zu. Verwenden Sie diese Daten, um Proben mit verschiedenen Genotypen zu
identifizieren, einschließlich „Allele 1“ (Allel 1), „Allele 2“ (Allel 2), „Heterozygote“ (Heterozygot), „No Call(no amplification)“ (Keine Zuordnung (keine Amplifikation)) oder „Undetermined“ (Nicht festgelegt).
Hinweis: Die Daten für allelische Diskriminierung müssen aus Multiplex-Läufen mit mindestens zwei
Fluorophoren stammen. Jeder Fluorophor identifiziert ein Allel in allen Proben.

Die Analyse der allelischen Diskriminierung erfordert die folgenden minimalen Kavitäteninhalte:n

Zwei Fluorophore in jeder KavitätnNTC-Proben (no template control, Kontrollreaktion ohne Template) für optimierte Datenanalyse

CFX Maestro Dx SE bietet vier Optionen zur Anzeige von Daten der allelischen Diskriminierung an:n„Allelic Discrimination Chart“ (Diagramm allelische Diskriminierung) – zeigt die Daten in einem
Diagramm in relativen Fluoreszenzeinheiten (RFU) für Allel 1/Allel 2 an. Jeder Punkt in dem
Diagramm repräsentiert Daten von beiden Fluorophoren in einer Kavität. Sie können zwischen
kartesischen und Polarkoordinaten wechseln, indem Sie das Kontrollkästchen „Polar Coordinates“

Benutzerhandbuch | 265

Kapitel 11 Datenanalysedetails(Polarkoordinaten) markieren oder dessen Auswahl aufheben. Die kartesischen Koordinaten
repräsentieren RFU für Allel 1 auf der x-Achse und RFU für Allel 2 auf der y-Achse. Die
Polarkoordinaten stellen den Winkel auf der x-Achse und den Abstand zwischen dem Ursprung und
der RFU auf der y-Achse dar (Medianwert von allen NTC).
n„Well spreadsheet“ (Kavitätentabelle) – zeigt die Daten der allelischen Diskriminierung in jeder
Kavität der Platte an.

n„Well Selector“ (Kavitätenwähler) – wählt die Kavitäten mit den allelischen Daten aus, die Sieanzeigen möchten.

nBereich „Selected Fluorophores“ (Ausgewählte Fluorophore) – ändert die Kennzeichnungen der xund der y-Achse im „Allelic Discrimination Chart“ (Diagramm allelische Diskriminierung), den zu
analysierenden Zyklus und ob die Abbildung der Zuordnung angezeigt werden soll.

Anpassen der Daten für die „Allelic Discrimination“(Allelische
Diskriminierung)Basierend auf den Positionen der NTCs (No Template Control, Kontrollreaktion ohne Template) sowie
dem Winkel und dem Abstand der unbekannten Datenpunkte zu den NTCs weist die Software Kavitäten
mit unbekannten Proben automatisch einen Genotyp zu.

So passen Sie die Daten der allelischen Diskriminierung anuGehen Sie wie folgt vor:n

Um die Polarkoordinaten anzuzeigen, markieren Sie das Kontrollkästchen im Diagramm „Allelic
Discrimination“ (Allelische Diskriminierung).

n

Um einen anderen Fluorophor anzuzeigen, wählen Sie diesen aus der Drop-down-Liste im
Bereich „Selected Fluorophores“ (Ausgewählte Fluorophore) aus.

n

Um eine Zuordnung zu ändern, markieren Sie im Diagramm „Allelic Discrimination“ (Allelische
Diskriminierung) die Datenpunkte und wählen Sie eine Option aus der Liste „Selected Wells“(Ausgewählte Kavitäten) aus:o„Allele 1“ (Allel 1)o„Allele 2“ (Allel 2)o„Heterozygote“ (Heterozygot)o„Undetermined“ (Nicht festgelegt)o„No Call“ (Keine Zuordnung)o„Auto Call“ (Automatische Zuordnung)

266 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)

Tipp: Wählen Sie „Auto Call“ (Automatische Zuordnung), um zur Standardzuordnung
zurückzukehren.

Benutzerhandbuch | 267

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Menüoptionen Diagramm
Neben den üblichen Kontextmenüoptionen für Diagramme (siehe Häufige Kontextmenüelemente fürDiagramme auf Seite 231), sind in Tabelle 27 auch die im Diagramm „Allelic Discrimination“ (Allelische
Diskriminierung) verfügbaren Menüoptionen aufgeführt.
Tabelle 27. Diagramm „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung): Menüoptionen per
Rechts- und Linksklick

Menüoption

Funktion„Zoom“

Fokussiert die Diagrammansicht auf den ausgewählten Bereich(durch Klicken und Ziehen des Mauszeigers im Diagramm).
Tipp: Um nach dem Zoomen wieder alle Datenpunkteanzuzeigen, klicken Sie mit der rechten Maustaste und wählen
Sie „Set Scale to Default“ (Maßstab auf Standard einstellen).

„Well“ (Kavität)

Für die ausgewählte Kavität stehen folgende Optionen zur
Verfügung: nur diese Kavität anzeigen, diese Kavität aus der Ansicht
entfernen, Farbe für diese Kurve festlegen oder diese Kavität vonder Analyse ausschließen.

„Selected Wells“ (Ausgewählte

Für die ausgewählten Kavitäten (Auswahl durch Klicken und Ziehen

Kavitäten)des Mauszeigers im Diagramm) stehen folgende Optionen zur
Verfügung: nur diese Kavitäten anzeigen, diese Kavitäten aus der
Ansicht entfernen, Farbe für diese Kurven festlegen oder dieseKavitäten von der Analyse ausschließen.

Tabelle „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)
Tabelle 28 definiert die Daten, die in der Tabelle „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)angezeigt werden.
Tabelle 28. Inhalt der Tabelle „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)

Information

Beschreibung„Well“ (Kavität)

Kavitätsposition in der Platte„Sample“ (Probe)

Beschreibung Probenname„Call“ (Zuordnung)Identität des Allels, u. a. automatisches „Allele 1“ (Allel 1), „Allele 2“(Allel 2), „Heterozygote“ (Heterozygot), „No Call“ (keine Zuordnung)oder „Undetermined“ (Nicht festgelegt)

268 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)

Tabelle 28. Inhalt der Tabelle „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung), Fortsetzung

Information

Beschreibung

Typ„Auto“ (Automatisch) oder „Manual“ (Manuell), beschreibt, wie die
Zuordnung erfolgt ist. Automatisch weist darauf hin, dass die Software
die Zuordnung ausgewählt hat. Manuell weist darauf hin, dass der
Benutzer die Zuordnung ausgewählt hat.

RFU1

RFU für Allel1

RFU2

RFU für Allel2

Benutzerhandbuch | 269

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Registerkarte „Custom Data View“ (Benutzerdefinierte
Datenansicht)
Die Registerkarte „Custom Data View“ (Benutzerdefinierte Datenansicht) zeigt gleichzeitig mehrere
Ausschnitte in einem benutzerdefinierten Format an.
Die Drop-down-Liste „Load a Preset View“ (Voreingestellte Ansicht laden) bietet eine Auswahl an
Anzeigeformatvorlagen. Die angezeigte Standardansicht hängt von der analysierten Datei ab. Wenn zum
Beispiel Schmelzkurvendaten vorliegen, erscheint die Amp+Melt-Standardansicht.

270 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „Custom Data View“ (Benutzerdefinierte Datenansicht)

Erstellen einer benutzerdefinierten Datenansicht
So erstellen Sie eine benutzerdefinierte DatenansichtuGehen Sie wie folgt vor:n

Wählen Sie eine andere voreingestellte Ansicht aus der Drop-down-Liste aus.

nWählen Sie eine andere Diagrammansicht aus der Drop-down-Liste aus, die sich oben in jedem
einzelnen Bereich befindet.

nÄndern Sie die Anzahl an Zeilen und Spalten in der Registerkarte.

nÄndern Sie die Größe des jeweiligen Bereichs. Verschieben Sie die Leisten am Rand desjeweiligen Bereichs.

Klicken Sie auf „Save as Preset“ (Als Voreinstellung speichern), um die benutzerdefinierte Ansicht als
Vorlage zu speichern. Klicken Sie auf „Manage Presets“ (Voreinstellungen verwalten), um bestehende
voreingestellte Ansichten zu löschen, umzubenennen oder wiederherzustellen.

Benutzerhandbuch | 271

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Registerkarte „QC“ (QK)
Verwenden Sie die Registerkarte „QC“ (QK), um schnell die Qualität der Durchlaufdaten anhand der inder QK-Registerkarte im Fenster „User Preferences“ (Benutzerpräferenzen) zu beurteilen.
CFX Maestro Dx SE bietet vier Optionen zur Anzeige der QK-Daten:n„Amplification Chart“ (Diagramm Amplifikation) – zeigt die relativen Fluoreszenzeinheiten (RFU)
für jede Kavität in jedem Zyklus an. Jede Kurve in dem Diagramm stellt Daten von einem einzelnen
Fluorophor in einer Kavität dar.

n

„QC Rules Table“ (QK-Regeltabelle) – zeigt die verfügbaren QK-Regeln und die Einstellungen an,
die jede Regel definieren. Angewandte QK-Regeln werden durch ein Häkchen angezeigt.

n„Well Selector“ (Kavitätenwähler) – wählt die Kavitäten mit den Fluoreszenzdaten aus, die Sieanzeigen möchten.

n„QC rule summary pane“ (QK-Regelübersicht) – zeigt die ausgewählten QK-Regeln an undmarkiert Kavitäten, welche gegen die Regel verstoßen.

272 | CFX Maestro Dx SE Software

Registerkarte „QC“ (QK)Ändern der QK-Kriterien
So ändern Sie die QK-KriterienuMarkieren oder deaktivieren Sie das Kontrollkästchen „Use“ (Anwenden) für die Regel, um Sie in die
Qualitätskontrolle (QK) aufzunehmen oder davon auszuschließen.

Ausschließen von Kavitäten, die die QK nicht erfüllen
CFX Maestro Dx SE zeigt Kavitäten, welche die QK-Kriterien nicht erfüllen, in der Spalte „Results“(Ergebnisse) in der QK-Regeltabelle und im Zusammenfassungsbereich an.

So schließen Sie Kavitäten aus, die die QK-Kriterien nicht erfüllen
u

Wählen Sie für jede Kavität, die ausgeschlossen werden soll, „Exclude Wells“ (Kavitäten
ausschließen) aus.

Benutzerhandbuch | 273

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Registerkarte „Run Information“ (Laufinformationen)
Die Registerkarte „Run Information“ (Laufinformationen) zeigt das Protokoll sowie weitere Informationen
zu jedem Lauf an. Verwenden Sie diese Registerkarte für Folgendes:nAnzeige des Protokolls.

nEingabe oder Bearbeitung von Anmerkungen zum Lauf.

nEingabe oder Bearbeitung der ID oder des Strichcodes des Laufs.

nAnzeige von Ereignissen, die während des Laufs eingetreten sein könnten. Verwenden Sie diese
Benachrichtigungen für die Fehlerbehebung eines Laufs.

Tipp: Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Protokoll, um dieses zu kopieren, zu exportierenoder zu drucken. Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Bereiche „Notes“ (Anmerkungen),„ID/Bar Code“ (ID/Strichcode) oder „Other“ (Anderes), um Text rückgängig zu machen,auszuschneiden, zu kopieren, einzufügen, zu löschen oder auszuwählen.

274 | CFX Maestro Dx SE Software

Datenanalyseberichte

Datenanalyseberichte
Das Dialogfeld „Report“ (Bericht) zeigt Informationen über die aktuelle Datendatei im Fenster „Data
Analysis“ (Datenanalyse) an. Wählen Sie „Tools“ (Werkzeuge) > „Reports“ (Berichte) oder klicken Sie inder Symbolleiste auf „Reports“ (Berichte).
Der Dialog „Reports“ (Berichte) enthält die folgenden Abschnitte:nMenü und Symbolleiste – bietet Optionen zum Formatieren, Speichern oder Drucken des Berichts
oder der Vorlage an.

nOptionsliste (obere linke Seite des Dialogfelds) – bietet Optionen zur Anzeige im Bericht.

nOptionsbereich (untere linke Seite des Dialogfelds) – zeigt Textfelder an, in die Sie Informationen zu
einer ausgewählten Option eingeben können.

nVorschaubereich (rechte Seite des Dialogfelds) – zeigt eine Vorschau des aktuellen Berichts an.

Benutzerhandbuch | 275

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Berichtskategorien für die Datenanalyse
Tabelle 29 listet alle verfügbaren Optionen für den Datenanalysebericht auf, je nach Art der Daten im
Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse).
Tabelle 29. Berichtskategorien für die Datenanalyse in der Optionsliste

Kategorie

OptionBeschreibung

Kopfzeile
Titel, Untertitel und Logo für den Bericht„Report Information“

Laufdatum, Benutzername,(Berichtsinformationen)

Datendateiname, Datendateipfad undausgewählte Kavitätengruppe„Audit Information“

Zusätzliche Informationen, die für die(Prüfinformationen)

Prüfung erforderlich sind, einschließlich
Signaturen„Notes“ (Hinweise)

Anmerkungen zum Datenbericht„Run Setup“ (Laufkonfiguration)„Run Information“

Laufdatum, Benutzername,(Laufinformationen)

Datendateiname, Datendateipfad undausgewählte Kavitätengruppe„Protocol“ (Protokoll)

Textansicht der Protokollschritte undProtokolloptionen„Plate Display“ (Plattenanzeige)

Plattenansicht der Informationen in jeder
Kavität der Platte„Quantification“ (Quantifizierung)„Analysis Settings“

Schrittnummer der Datenerfassung,(Analyseeinstellungen)Analysemodus sowie BaselineSubtraktionsmethode„Amplification Chart“

Amplifikationsdiagramm für Läufe, die(Amplifikationsdiagramm)

Quantifizierungsdaten enthalten„Standard Curve Chart“„Standard Curve Chart“(Standardkurvendiagramm)(Standardkurvendiagramm)

276 | CFX Maestro Dx SE Software

Datenanalyseberichte

Tabelle 29. Berichtskategorien für die Datenanalyse in der Optionsliste, Fortsetzung

Kategorie

OptionBeschreibung„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jeder Kavität
aufgelistet werden„Gene Expression“ (Genexpression) – „Bar Chart“ (Balkendiagramm)„Analysis Settings“

Analysemodus, Diagrammdaten,(Analyseeinstellungen)Skalierungsoption und Diagrammfehler„Chart“ (Diagramm)

Kopie des Balkendiagramms„Target Names“ (Zielgennamen)

Diagramm mit den Zielgennamen„Sample Names“ (Probennamen)

Diagramm mit den Probennamen„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jeder Kavität
aufgelistet werden„Target Stability“ (Zielgenstabilität)

Diagramm der Zielgenstabilitätswerte„Box-and-Whisker Chart“ (Box-„Box-and-Whisker Chart“ (Box-Whisker-

Whisker-Diagramm)

Diagramm)„Dot Plot Chart“„Dot Plot Chart“ (Punktediagramm)(Punktediagramm)„Gene Expression“ (Genexpression) – „Clustergram“ (Clustergrafik) und „Scatter Plot“(Streudiagramm)„Analysis Settings“

Einstellungen für jeden Diagrammtyp(Analyseeinstellungen)„Chart“ (Diagramm)

Kopie des Diagramms„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jedem
Zielgen aufgelistet werden„Gene Expression“ (Genexpression) – „ANOVA Data“ (ANOVA-Daten)„ANOVA Settings“ (ANOVA-In der Analyse verwendeter

Einstellungen)

Schwellenwert für den p-Wert„ANOVA Results“ (ANOVA-

Ergebnistabelle aus der ANOVA- undErgebnisse)

Tukeys HSD-Post-Hoc-Analyse

Benutzerhandbuch | 277

Kapitel 11 Datenanalysedetails

Tabelle 29. Berichtskategorien für die Datenanalyse in der Optionsliste, Fortsetzung

Kategorie

OptionBeschreibung„Melt Curve“ (Schmelzkurve)„Analysis Settings“

Nummer des Schmelzschritts und(Analyseeinstellungen)Einstellung des Schwellenwerts„Melt Curve Chart“

Schmelzkurvendiagramm(Schmelzkurvendiagramm)„Melt Peak Chart“

Schmelzkurven-Peak-Diagramm(Schmelzkurven-Peak-Diagramm)„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jeder Kavität
aufgelistet werden„Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)„Analysis Settings“

Fluorophore, Zyklus und Anzeige der(Analyseeinstellungen)

Abbildung der Zuordnung„Allelic Discrimination Chart“

Kopie des Diagramms für die allelische(Diagramm allelische

Diskriminierung

Diskriminierung)„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jeder Kavität
aufgelistet werden„End Point“ (Endpunkt)„Analysis Settings“

Fluorophore, Endzyklen zur(Analyseeinstellungen)Mittelwertberechnung, Modus,
niedrigster RFU-Wert, höchster RFUWert und Cutoff-Wert„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jeder Kavität
aufgelistet werden„QC Parameters“(QK-Parameter)„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Parameter für jede
QK-Regel aufgelistet werden

278 | CFX Maestro Dx SE Software

Datenanalyseberichte

Erstellen eines Datenanalyseberichts
Sie können das Berichtslayout als Vorlage speichern und es für ähnliche Berichte wiederverwenden.

So erstellen Sie einen Datenanalysebericht
1.

Nehmen Sie vor dem Erstellen des Berichts die letzten Anpassungen an den Inhalten der Kavitäten,den ausgewählten Kavitäten, Diagrammen und Tabellen im Fenster „Data Analysis“ (Datenanalyse)
vor.

2.

Wählen Sie in der Menüleiste „Data Analysis“ (Datenanalyse) „Tools“ (Werkzeuge) > „Reports“(Berichte) aus, um das Dialogfeld „Report“ (Bericht) zu öffnen.

3.

Wählen Sie die Optionen, die im Bericht enthalten sein sollen. Der Bericht wird mit den ausgewähltenStandardoptionen geöffnet. Markieren Sie die Kontrollkästchen oder heben Sie deren Auswahl auf,
um ganze Kategorien oder einzelne Optionen innerhalb einer Kategorie zu ändern.
Tabelle 29 auf Seite 276 führt die verfügbaren Anzeigeoptionen auf.
Hinweis: Die Daten, die im Bericht angezeigt werden, hängen von der aktuellen Auswahl auf
den Registerkarten des Fensters „Data Analysis“ (Datenanalyse) ab. Zum Beispiel enthält ein
Quantifizierungslauf möglicherweise keine Standardkurve, sodass diese Daten nicht im Fenster„Data Analysis“ (Datenanalyse) oder im Datenbericht erscheinen.

4.

Ändern Sie die Reihenfolge der Kategorien und Elemente in einem Bericht. Ziehen Sie die Optionen
an die entsprechende Position. Die Elemente können nur innerhalb der Kategorien neu geordnet
werden, zu denen sie gehören.

5.

(Optional) Geben Sie im Bereich „Report Options“ (Berichtsoptionen) die für die ausgewählte Option
relevanten Informationen ein:nWählen Sie eine Teilmenge an Informationen, die im Bericht angezeigt werden soll.

nWählen Sie spezifische Einstellungen für die ausgewählte Option.

nÄndern Sie den Text, der für die ausgewählte Option angezeigt werden soll.

6.

Klicken Sie auf „Update Report“ (Bericht aktualisieren), um die „Report Preview“ (Berichtsvorschau)
mit allen Änderungen zu aktualisieren.

7.

Drucken oder speichern Sie den Bericht:a.

Klicken Sie in der Symbolleiste auf die Schaltfläche „Print Report“ (Bericht drucken), um den
aktuellen Bericht zu drucken.

b.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save“ (Speichern), um den Bericht im Dateiformat PDF (Adobe
Acrobat Reader-Datei), MHT (Microsoft-Dokument) oder MHTML (Microsoft-Dokument) zu
speichern.

Benutzerhandbuch | 279

Kapitel 11 Datenanalysedetails

8.

c.

Wählen Sie einen Speicherort für die Datei aus.

d.

Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save As“ (Speichern unter), um den Bericht mit einem neuen
Namen oder an einem neuen Ort zu speichern.

(Optional) Erstellen Sie eine Berichtsvorlage mit den von Ihnen gewünschten Informationen. Um die
aktuellen Berichteinstellungen in einer Vorlage zu speichern, wählen Sie „Template“ (Vorlage) >„Save“ (Speichern) oder „Save As“ (Speichern unter). Laden Sie die Berichtsvorlage das nächste
Mal, wenn Sie einen neuen Bericht erstellen möchten.

280 | CFX Maestro Dx SE Software

Datenanalyseberichte

Erstellen von Kavitätengruppenberichten
So erstellen Sie Kavitätengruppenberichte
1.

Wählen Sie „Tools > Well Group Reports“ (Werkzeuge > Kavitätengruppenberichte) im Fenster „Data
Analysis“ (Datenanalyse) aus.

2.

Wählen Sie im Dialogfeld „Well Group Reports“ (Kavitätengruppenberichte) die Kavitätengruppen,
Amplifikationsschritte und Schmelzschritte, die in den Bericht aufgenommen werden sollen.

3.

Geben Sie den Pfad ein oder navigieren Sie zu dem Zielgenordner, in dem der Bericht gespeichert
werden soll.

4.

(Optional) Wählen Sie „Choose a Report Template“ (Berichtsvorlage wählen) und navigieren Sie
zum Vorlagendateiordner.

5.

(Optional) Wählen Sie „Open Destination Folder“ (Zielgenordner öffnen), um den Ordner zu öffnen
und die Berichte nach deren Erzeugung einzusehen.

6.

Klicken Sie auf „Create Reports“ (Berichte erstellen).

Benutzerhandbuch | 281

Kapitel 11 Datenanalysedetails

282 | CFX Maestro Dx SE SoftwareKapitel 12 Genexpressionsanalyse
Durch die Anwendung streng qualifizierter Kontrollen in Ihren Reaktionen, können Sie CFX Maestro Dx
Software, Security Edition für die Durchführung eines Genexpressionslaufs nutzen, um die relativen
Differenzen in einer Zielgenkonzentration von Proben zu normalisieren. Üblicherweise werden
Expressionsniveaus für eines oder mehrere Referenzzielgene verwendet, um die Expressionsniveauseines untersuchten Gens zu normalisieren. Referenzzielgene berücksichtigen Ladedifferenzen oderandere Variationen jeder Probe und deren Expressionsniveaus sollten in dem untersuchten biologischen
System nicht beeinflusst werden.
Wählen Sie die Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) im Fenster „Data Analysis“(Datenanalyse), um die relativen Unterschiede zwischen PCR-Reaktionen in zwei oder mehr Kavitäten zu
evaluieren. Sie können beispielsweise die relative Anzahl viraler Genome oder die relative Anzahl
transfizierter Sequenzen in einer PCR-Reaktion evaluieren. Die häufigste Anwendung derGenexpressionsuntersuchung ist der Vergleich der cDNA-Konzentration in mehr als einer Reaktion, um
die Level von mRNA im Gleichgewichtszustand zu schätzen.
Die Software berechnet das relative Expressionsniveau eines Zielgens mit einem der folgenden
Szenarien:nRelatives Expressionsniveau einer Zielgensequenz (Zielgen 1) im Verhältnis zu einem anderen
Zielgen (Zielgen 2), zum Beispiel für die Anzahl an Genen im Verhältnis zu einem anderen Gen mit
derselben Probebehandlung.

n

Relatives Expressionsniveau einer Zielgensequenz in einer Probe im Vergleich zu demselben
Zielgen unter verschiedenen Probenbehandlungen; zum Beispiel die relative Menge eines Gens
unter unterschiedlichen zeitlichen, geografischen oder Entwicklungsbedingungen.

Einrichten der Platte zur Genexpressionsanalyse
Um die Genexpressionsanalyse durchzuführen, müssen die Inhalte der Kavitäten Folgendes umfassen:nZwei oder mehr Zielgene – die beiden Zielgene, die verschiedene amplifizierte Gene oder
Sequenzen in Ihren Proben repräsentieren.

n

Ein oder mehrere Referenzzielgene – mindestens ein Zielgen muss als Referenzzielgen für die
normalisierte Expression vorhanden sein. Ordnen Sie alle Referenzzielgene im Fenster „ExperimentSettings“ (Experimenteinstellungen) zu, um die Daten im Modus Normalisierte Expression zu

Benutzerhandbuch | 283

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

analysieren (ΔΔCq). Läufe, die kein Referenzzielgen enthalten, müssen unter Verwendung desModus Relative Expression analysiert werden (ΔCq).
n

Gewöhnliche Proben – Ihre Reaktionen müssen gewöhnliche Proben beinhalten (mindestens zwei),um die grafische Darstellung Ihrer Daten auf der Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression)
anzuzeigen. Diese Proben sollten verschiedene Behandlungen oder Bedingungen für jede Ihrer
Zielgensequenzen repräsentieren. Weisen Sie eine Kontrollprobe (optional) im Fenster „ExperimentSettings“ (Experimenteinstellungen) zu. Wenn keine Kontrolle ausgewählt wurde, verwendet die
Software den niedrigsten Cq als Kontrolle.

Die Anforderungen für die Einrichtung der Genexpression im Platteneditor hängen davon ab, ob die
Reaktionen Singleplex-PCR, mit einem Fluorophor in den Reaktionen, oder Multiplex-PCR, mit mehr als
einem Fluorophor in den Reaktionen, sind.

Geführte Plattenkonfiguration
Wenn die Plattenkonfiguration einer Datendatei nicht die für die Analyse erforderlichen Informationen
enthält und die Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) ausgewählt ist, enthält der Bereich, dernormalerweise vom Balkendiagramm ausgefüllt wird, Anweisungen zur Eingabe dieser Informationen.
Führen Sie zur normalisierten Genexpression die folgenden Schritte aus:
1.

2.

Definieren Sie Zielgen- und Probennamen anhand einer der folgenden Optionen:n„Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) – öffnet das Fenster „Plate Editor“ (Platteneditor).

n„Replace Plate File“ (Plattendatei ersetzen) – öffnet den Browser „Select Plate“ (Platte
auswählen), in dem Sie zu einer zuvor gespeicherten Plattendatei navigieren können, die dasaktuelle Plattenlayout ersetzen soll.

n„Replace PrimePCR File“ (PrimePCR-Datei ersetzen) – öffnet das Dialogfeld „Select PrimePCR
file“ (PrimePCR-Datei wählen), in dem Sie zu einer PrimePCR-Datei navigieren und diese fürdas Plattenlayout anwenden können.

Wählen Sie ein oder mehrere Referenzzielgene und eine Kontrollprobe über das Dialogfeld„Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) aus.
Wenn das Plattenlayout bereits Zielgen- und Probeninformationen enthält, ist nur der zweite Schritt
erforderlich und wird orange hervorgehoben. Dieser Schritt muss abgeschlossen sein, bevor die
normalisierte Genexpressionsanalyse vorgenommen werden kann.
Hinweis: Daten für Streudiagramm und Clustergrafik werden nur angezeigt, wenn alle
Anforderungen für die normalisierte Genexpression, die unter „Plate Setup for Gene Expression
Analysis“ (Plattenkonfiguration zur Genexpressionsanalyse) aufgeführt sind, erfüllt sind.

284 | CFX Maestro Dx SE Software

Genexpressionsdiagramme

Genexpressionsdiagramme
CFX Maestro Dx SE zeigt die Genexpressionsdaten in mehreren Ansichten an. Tabelle 30 führt die in derSoftware verfügbaren Diagrammoptionen auf.
Tabelle 30. Optionen für das Genexpressionsdiagramm

Schaltfläche

Name

Funktion

Grafische Darstellung

Zeigt normalisierte Genexpressionsdaten in
einer der folgenden Darstellungen an:
n Balkendiagramm (Standardeinstellung)n Box-Whisker-Diagrammn „Dot Plot Chart“ (Punktediagramm)

Clustergrafik

Die Cluster-Grafik zeigt die Daten der
normalisierten Expression in einer Hierarchie
basierend auf dem Ähnlichkeitsgrad derExpression für verschiedene Zielgene undProben an.

Streudiagramm

Zeigt die normalisierte Expression vonZielgenen für eine Kontrolle im Vergleich zu
einer experimentellen Probe an.

ANOVA

Zeigt die Ergebnisse der einfachen ANOVA
anhand der Genexpressionsdaten unter
Anwendung der nachfolgenden R-Pakete für
die Durchführung einer ANOVA und
Bestimmung der Tukey-Ergebnisse an:n Companion to Applied Regression (car)n Kleinstquadrat-Mittelwerte (Ismeans)

Referenzzielgen-(Verfügbar auf der Registerkarte „Study

Auswahlwerkzeug

Analysis“ (Untersuchungsanalyse) im Fenster„Gene Study“ (Genexpressionsstudie))Identifiziert die getesteten Referenzzielgene
und kategorisiert sie als ideal, annehmbar oderinstabil auf Grundlage ihrer Stabilität.

PrimePCR-Kontrollanalyse(Verfügbar auf der Registerkarte „Study
Analysis“ (Untersuchungsanalyse) im Fenster„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)) Zeigt
die Ergebnisse der getesteten Proben an.

Benutzerhandbuch | 285

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Grafische Darstellung

Die relative Expression von Zielgenen wird in diesen zwei Ansichten dargestellt:nGenexpressionsdiagramm – zeigt die Echtzeit-PCR-Daten wie folgt an:o

ΔΔCq – relative, normalisierte Expression, die anhand von Kontrollproben und Referenzzielgenen
berechnet wird.

oΔCq – relative Quantität des Zielgens in einer Probe in Relation zu einer Kontrollprobe.

Weitere Informationen zur Datenanzeige finden Sie unter Diagrammansicht ändern und
Anmerkungen hinzufügen auf Seite 288.
nTabelle – zeigt eine Tabelle der Genexpressionsdaten an.
Tipp: Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf ein Diagramm oder eine Tabelle, um Optionen
anzuzeigen. Wählen Sie im Drop-down-Menü „Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) die Option„View/Edit Plate“ (Platte anzeigen/bearbeiten), um den Platteneditor zu öffnen und die Inhalte
der Kavitäten in der Platte zu ändern.
Tipp: Wählen Sie aus dem Kontextmenü „Sort“ (Sortieren), um die Reihenfolge der Zielgene
und Probennamen im Diagramm neu anzuordnen.

286 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Normalisierte Genexpression
Nutzen Sie das gemessene Expressionsniveau für eines oder mehrere Referenzzielgene als
Normalisierungsfaktor, um Daten zu normalisieren. Referenzzielgene sind Zielgene, die im untersuchten
biologischen System nicht reguliert werden, so wie Aktin, GAPDH oder Tubulin.

So stellen Sie die normalisierte Genexpressionsanalyse (ΔΔCq) ein
1.

Öffnen Sie eine Datendatei (.pcrd-Erweiterung).

2.

Sie können die Daten in der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) im Fenster „Data
Analysis“ (Datenanalyse) überprüfen. Nehmen Sie die gewünschten Änderungen an den Daten vor,
wie eine Änderung des Schwellenwerts oder des Analysemodus.

3.

Wählen Sie die Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression).

4.

Klicken Sie in der Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) auf „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen).

5.

Im Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) können Sie Folgendes vornehmen:

6.

a.

Gehen Sie auf die Registerkarte „Sample“ (Probe) und wählen Sie eine Kontrolle aus. Wenn eine
Kontrolle zugewiesen ist, normalisiert CFX Maestro Dx SE die relativen Quantitäten für alle Gene auf
die Kontrollquantität, die auf 1 eingestellt ist.

b.

Gehen Sie auf die Registerkarte „Target“ (Zielgen) und wählen Sie Referenzzielgene aus. Fürdie Genexpressionsanalyse ist eine Referenz unter den Zielgenen in Ihren Proben erforderlich.

Wählen Sie „Normalized Expression“ (Normalisierte Expression) (ΔΔCq), falls diese nicht schonausgewählt ist, und sehen Sie sich die Expressionsniveaus in der Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) an.
Hinweis: Sie können auch den „Setup Wizard“ (Einrichtungsassistenten) verwenden, um das
Plattenlayout für die normalisierte Genexpressionsanalyse einzustellen.

Relative Quantität
Per Definition sind die Daten für die relative Quantität (ΔCq) nicht normalisiert. Diese Methode wird zur
Quantifizierung von Proben eingesetzt, die keine Referenzzielgene (Zielgene) umfassen. In der Regel
vertrauen Forscher bei der Einrichtung ihres Laufs auf eine der folgenden Annahmen:nJede Probe enthält die gleiche Menge an RNA oder cDNA in jeder Kavität.

nJegliche Varianz an der Menge der eingesetzten biologischen Proben wird nach dem Lauf durch eine
Methode in der Datenanalyse außerhalb der Software normalisiert. Ein Forscher könnte sichbeispielweise dazu entscheiden, den Wert der relativen Quantität durch den Normalisierungsfaktor zu
dividieren, möglicherweise die Masse an Nukleinsäure für jede Probe oder die Anzahl an Zellen, ausder die Nukleinsäure isoliert wurde.

Benutzerhandbuch | 287

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

So führen Sie eine relative Quantitätsanalyse (ΔCq) durchuWählen Sie in der Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) „Relative Quantity“ (Relative
Quantität) (ΔCq) aus der Drop-down-Liste „Mode“ (Modus) im rechten Fensterbereich aus.
Tipp: Um die Ergebnisse mit Daten aus anderen Genexpressionsläufen zu vergleichen, öffnen
Sie eine neue „Gene Study“ (Genexpressionsstudie) oder fügen Sie eine Datendatei zu einer
bestehenden „Gene Study“ Genexpressionsstudie hinzu.

Diagrammansicht ändern und Anmerkungen hinzufügen
Mithilfe der Menübefehle der Diagramm-Symbolleiste und der Datenanalysewerkzeuge können Sie die
Diagrammansicht ändern, Diagramme kommentieren und die Diagrammanzeige ändern. Die DiagrammSymbolleiste wird zwischen dem Diagramm und der Datenanalysetabelle unten auf dem Bildschirmangezeigt.

Werkzeuge der Diagramm-Symbolleiste
Tipp: Weitere Informationen über die Diagrammwerkzeuge, die auf der rechten Seite derDatenanalysediagramme erscheinen, finden Sie unter Diagramme auf Seite 223.
Die Symbolleiste unter den Diagrammen bietet Schnellzugriffe auf Anmerkungswerkzeuge.

Tabelle 31 listet die Funktionen der Schaltflächen in der Diagramm-Symbolleiste auf.
Tabelle 31. Diagramm-Symbolleiste

Schaltfläche

Name

Funktion„Bar chart“ (Balkendiagramm)

Zeigt die relative Expression derZielgene an.

„Box and Whisker chart“ (Box-

Zeigt die Daten als Quartilbereiche

Whisker-Diagramm)an (siehe Berechnungen des BoxWhisker-Diagramms(Kastengrafik) auf Seite 329 fürEinzelheiten zur Berechnung).
Hinweis: Nur verfügbar, wenn„Analyze Using“ (Analyse unter
Verwendung von) auf „BiologicalGroups Only“ (Nur biologische
Gruppen) eingestellt ist.

288 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Tabelle 31. Diagramm-Symbolleiste, Fortsetzung

Schaltfläche

Name

Funktion„Dot Plot chart“ (Punktediagramm)

Zeigt die individuellen
Probendatenpunkte für jedes
Zielgen an.
Hinweis: Nur verfügbar, wenn„Analyze Using“ (Analyse unter
Verwendung von) auf „BiologicalGroups Only“ (Nur biologische
Gruppen) eingestellt ist.

„Add Arrow“ (Pfeil hinzufügen)Zeichnet einen Pfeil im aktiven
Diagramm ein.

„Add Circle“ (Kreis hinzufügen)Zeichnet einen Kreis im aktiven
Diagramm ein„Add Text“ (Text hinzufügen)Fügt ein Textfeld im aktiven
Diagramm ein, in das Sie Text zum
Identifizieren von zu
untersuchenden Elementen im
Diagramm eintragen können.

„Undo“ (Rückgängig)

Entfernt die zuletzt
vorgenommenen Anmerkungen imaktiven Diagramm oder macht
diese rückgängig.

„Redo“ (Wiederherstellen)

Stellt den im aktiven Diagramm
zuletzt rückgängig gemachten
Vorgang wieder her.

„Clear all“ (Alle löschen)

Löscht alle Anmerkungen imaktiven Diagramm.

Sortieren von Zielgen-, Proben- und biologische Gruppendaten
Hinweis: Diese Option ist nur in den Genexpressionsdiagrammen verfügbar.
Standardmäßig werden die Zielgene, Proben und biologischen Gruppen in alphabetischer Reihenfolge
angezeigt. Verwenden Sie das Dialogfeld „Sort“ (Sortieren), um die Anzeige in umgekehrteralphabetischer Reihenfolge anzuzeigen oder um ein Element manuell an eine andere Position in der Listezu bewegen.

Benutzerhandbuch | 289

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

So sortieren Sie Zielgen-, Proben- und biologische Gruppendaten
1.

Klicken Sie in den Diagrammwerkzeugen auf „Sort“ (Sortieren).
Das Dialogfeld „Gene Expression Chart Sorting“ (Sortieren des Genexpressionsdiagramms) wird
angezeigt.

2.

Klicken Sie im Dialogfeld auf „Z-A“, um die Liste in umgekehrter alphabetischer Reihenfolge zu
sortieren.

3.

Um ein Element manuell zu verschieben, wählen Sie dieses aus und klicken Sie auf die
entsprechende Schaltfläche zwischen den Diagrammen:

4.

n

Klicken Sie auf den Pfeil nach oben oder den Pfeil nach unten, um das ausgewählte Element um
eine Position zu verschieben.

nKlicken Sie den Pfeil nach oben zu Querstrich oder den Pfeil nach unten zu Querstrich, um das
ausgewählte Element an die Spitze oder an das Ende der Liste zu verschieben.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und zur Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) zurückzukehren.

290 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische DarstellungÄndern der Farbeinstellungen für Zielgen, Probe und biologische GruppeÄndern Sie die Farbe eines Zielgens, einer Probe oder einer biologischen Gruppe über das Dialogfeld„Color Settings“ (Farbeinstellungen) oder entfernen Sie das Element aus dem Diagramm.

Ändern der Farbeinstellungen des Zielgens
1.

Überprüfen Sie im rechten Bereich im Dialogfeld „Gene Expression“ (Genexpression), ob die Probein der Drop-down-Liste der x-Achse erscheint.

2.

Wählen Sie unter „Chart Tools“ (Diagrammwerkzeuge) „Color Settings“ (Farbeinstellungen) aus.
Das Dialogfeld „Color Settings“ (Farbeinstellungen) wird angezeigt.

3.

Um die Anzeigefarbe eines Zielgens zu ändern, klicken Sie auf dessen Farbe in der Spalte „Color“(Farbe).

4.

Wählen Sie in dem sich öffnenden Dialogfeld „Color“ (Farbe) eine neue Farbe aus und klicken Sie auf
OK.

5.

Um ein Zielgen aus dem Genexpressionsdiagramm zu entfernen, heben Sie die Auswahl deszugehörigen Kontrollkästchens in der Spalte „Show Chart“ (Diagramm anzeigen) auf.
Tipp: Zum Entfernen aller Zielgene heben Sie die Auswahl „Show Chart“ (Diagramm anzeigen)im Spaltenkopf auf.

6.

(Optional) Standardmäßig erscheinen die Balken einfarbig. Um die Balken in Farbverläufen
anzuzeigen, heben Sie die Auswahl „Use Solid Colors“ (Volltonfarben verwenden) auf.

7.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und zur Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) zurückzukehren.

So ändern Sie die Farbeinstellungen der Probe oder biologischen Gruppe1.

Überprüfen Sie im rechten Bereich des Dialogfelds „Gene Expression“ (Genexpression), ob das
Zielgen in der Drop-down-Liste der x-Achse erscheint.

2.

Führen Sie die Schritte unter Ändern der Farbeinstellungen des Zielgens auf Seite 291 aus.

Ändern der DiagrammansichtÄndern der aktuellen Diagrammansichtu

Wählen Sie den Menübefehl auf der Symbolleiste für die Zielgenansicht.

Hinweis: Es öffnet sich die Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) immer mit Anzeige
der Daten in der Standard-Balkendiagrammansicht.

Benutzerhandbuch | 291

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Ausschließen von Ausreißerdatenpunkten
Im Streudiagramm können Sie ganz einfach Ausreißer anzeigen und von Ihrer Analyse ausschließen.

So schließen Sie Ausreißerdatenpunkte von Ihrer Analyse ausu

Klicken Sie im Streudiagramm mit der rechten Maustaste auf den Zielgenausreißer und wählen Sie„Exclude Well from Analysis“ (Kavität von Analyse ausschließen).

Der Datenpunkt wird aus dem Streudiagramm entfernt und die Kavität ändert sich im „Well Selector“(Kavitätenwähler) in der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) zu grau.

So schließen Sie Ausreißerdatenpunkte in Ihre Analyse einuKlicken Sie in der Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) mit der rechten Maustaste im „Well
Selector“ (Kavitätenwähler) auf die entsprechende Kavität und wählen Sie „Well“ (Kavität) > „Include
in Analysis“ (In Analyse einbeziehen).

Anzeige von Datenpunktdetails
So zeigen Sie Datenpunktdetails anuGehen Sie im Box-Whisker-Diagramm oder im Punktdiagramm mit Ihrem Mauszeiger auf einen
individuellen Datenpunkt.

Es wird ein Tooltip angezeigt, das den Probennamen und dessen Expression anzeigt (relative Quantität
oder normalisierte Expression, je nach ausgewähltem Modus).

292 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Anmerkungen zu Diagrammen hinzufügen
Sie können jeder Balkendiagrammansicht Pfeile, Kreise sowie Text hinzufügen, um Daten deutlich zu
kommunizieren. Die Anmerkungen werden zusammen mit dem Balkendiagramm gespeichert underscheinen in der exportierten und der gedruckten Datei. Allerdings werden an einer Diagrammansicht
vorgenommene Anmerkungen nicht den anderen Diagrammansichten hinzugefügt.

So zeichnen Sie einen Pfeil oder Kreis auf dem Diagramm
1.

Klicken Sie in der Balkendiagramm-Symbolleiste auf das entsprechende Werkzeug.

2.

Klicken Sie in das Balkendiagramm und ziehen Sie Ihren Mauszeiger wie gewünscht über das
Diagramm.

So fügen Sie Text zum Diagramm hinzu
1.

Klicken Sie in der Balkendiagramm-Symbolleiste auf „Add Text“ (Text hinzufügen).

2.

Klicken Sie in das Balkendiagramm. An dieser Stelle wird ein Textfeld eingeblendet.

3.

Geben Sie Text in das Textfeld ein.

4.

Klicken Sie auf eine beliebige Stelle im Diagramm, um das Textfeld wieder zu verlassen.
Tipp: Drücken Sie „Enter“, um dem Textfeld mehrere Zeilen hinzuzufügen.

So verschieben Sie eine Anmerkung
1.

Halten Sie Ihren Mauszeiger über die Anmerkung. Das Zeichen verändert sich zu einem zeigenden
Finger und die Anmerkung wird hervorgehoben.

2.

Klicken Sie auf die Anmerkung und ziehen Sie diese an eine andere Stelle.

3.

Lassen Sie die Anmerkung wieder los, um deren Position zu sichern.

So machen Sie eine Anmerkung rückgängig
uKlicken Sie auf „Undo“ (Rückgängig).
Die zuletzt hinzugefügte Anmerkung wird entfernt.
Tipp: Sie können die letzten zehn Anmerkungen eine nach der anderen rückgängig machen.

So stellen Sie eine Anmerkung wieder heruKlicken Sie auf „Redo“ (Wiederherstellen).
Die zuletzt entfernte Anmerkung wird wiederhergestellt.
Tipp: Sie können die letzten zehn Anmerkungen eine nach der anderen wiederherstellen.

Benutzerhandbuch | 293

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

So löschen Sie eine AnmerkunguKlicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Anmerkung und wählen Sie „Delete“ (Löschen).

294 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Anpassen von Genexpressionsdaten
Nachdem Sie Ihren Analysemodus ausgewählt haben – normalisierte Expression (∆∆Cq) oder relative
Quantität (∆Cq) –, passen Sie die Daten an, die Sie in der Registerkarte „Gene Expression“(Genexpression) sehen, indem Sie die Einstellungsoptionen auf der rechten Seite des Diagrammsändern.
Tipp: Sie stellen die Standardoptionen für Genexpressionsdaten im Dialogfeld „User Preferences“(Benutzereinstellungen) ein (siehe Einstellen der Standarddateiparameter für die Genexpression auf
Seite 101).

Diagrammdaten
Stellen Sie den y-Achsen-Wert auf die Skala „Linear“, um die Optionen für die Diagrammdaten zu
aktivieren. Mit den Diagrammdatenoptionen können Sie die Daten im Diagramm mit einer dieser
Optionen darstellen:n„Relative to control“ – (In Relation zur Kontrolle) stellt die Daten mit der auf zwischen 0 und 1
skalierten Achse dar. Wenn Sie Ihrem Lauf eine Kontrolle zuordnen, wählen Sie diese Option, um
schnell die Auf- und Abregulation des Zielgens zu visualisieren.

n„Relative to zero“ – (In Relation zu Null) stellt die Daten mit dem Ursprung bei 0 dar.

„Analyze Using“ (Analyse unter Verwendung von)Verwenden Sie das Drop-down-Menü, um auszuwählen, wie die Daten analysiert und dargestellt werden.
Es gibt folgende Optionen:n„Samples Only“ – (Nur Proben) Daten werden auf Probenbasis analysiert und dargestellt.

n„Biological Groups Only“ – (Nur biologische Gruppen) Daten werden auf Basis biologischer Gruppen
analysiert und dargestellt. Die anzeigte Expression für die biologische Gruppe ist der geometrische
Mittelwert der Proben in dieser Gruppe.

n„Sample Biological Group“ – (Probe biologische Gruppe) die Daten werden auf Probenbasis
analysiert und dargestellt, wobei die biologische Gruppe an den Probennamen angehängt wird. Die
gezeigten p-Werte werden anhand der biologischen Gruppe kalkuliert.

nBiological Group Sample – (Biologische Gruppe Probe) die Daten werden auf Probenbasis analysiert
und dargestellt, wobei die biologische Gruppe dem Probennamen vorangestellt wird. Die gezeigten
p-Werte werden anhand der biologischen Gruppe kalkuliert.

Verwenden Sie das Drop-down-Menü , um eine Probe auszuwählen, die zur Normalisierung der relativen
Menge verwendet wird:

Benutzerhandbuch | 295

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

p-Werte und Schwellenwerte des p-Werts annotieren
Wenn „Annotate P-Values“ (p-Werte annotieren) ausgewählt ist, zeigt die Software einen Asterisk (*) im
Balkendiagramm über dem Zielgen an, wenn dessen p-Wert unter dem ausgewählten Schwellenwert
liegt. Die Software berechnet automatisch den p-Wert, indem das Expressionsniveau der Probe anhandeines standardmäßigen t-Tests mit dem Expressionsniveau der Kontrollprobe verglichen wird. Der
Bereich für den Schwellenwert des p-Werts ist 0,000 — 1,000.

Optionen der x-Achse
Anhand der x-Achsen-Option können Sie die Daten der x-Achse des Genexpressionsdiagramms
auswählen:n„Target“ – (Zielgen) die Zielgennamen werden auf der x-Achse dargestellt.

n„Sample“ – (Probe) die Probennamen werden auf der x-Achse dargestellt.

Y-Achsen-Optionen
Anhand der y-Achsen-Option können Sie die Daten der y-Achse des Genexpressionsdiagramms
auswählen:nLinear – wählen Sie diese Option, um eine lineare Skala anzuzeigen.
Tipp: Durch Einstellung der y-Achse auf „Linear“ wird die Drop-down-Liste „Graph Data“(Diagrammdaten) aktiviert, aus der Sie die Diagrammdaten in Relation zur Kontrolle oder in
Relation zu Null auswählen können.

nLog 2 – wählen Sie diese Option, um Proben über einen großen dynamischen Bereich hinweg zu
analysieren.

n

Log 10 – wählen Sie diese Option, um Proben über einen sehr großen dynamischen Bereich hinweg
zu analysieren.

Skalierungsoptionen
Wählen Sie „Normalized Gene Expression“ (Normalisierte Genexpression) (ΔΔCq) und stellen Sie auf„None“ (Keine) ein, um die Skalierungsoptionen im Genexpressionsdiagramm zu aktivieren. Wählen Sieeine dieser Skalierungsoptionen aus, um Ihre Daten auf eine Art und Weise zu kalkulieren und zu
präsentieren, die am besten zur Ihrem Laufdesign passt:nUnscaled – (Unskaliert) zeigt die unskalierte normalisierte Genexpression an.

nHighest – (Höchste) skaliert die normalisierte Expression für jedes Zielgen, indem das
Expressionsniveau von jeder Probe durch das höchste Expressionsniveau aller Proben dividiert wird.
Diese Skalierungsoption wendet die Scaled-to-highest-Formel an.

296 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische DarstellungnLowest – (Niedrigste) skaliert die normalisierte Expression für jedes Zielgen, indem das
Expressionsniveau von jeder Probe durch das niedrigste Expressionsniveau aller Proben dividiert
wird.
Diese Skalierungsoption wendet die Scaled-to-lowest-Formel an.

n

Average – (Mittlere) skaliert die normalisierte Expression für jedes Zielgen, indem das
Expressionsniveau von jeder Probe durch das geometrische Mittel des Expressionsniveaus aller
Proben dividiert wird.
Diese Skalierungsoption wendet die Scaled-to-average-Formel an.

Wählen Sie eine Option für die Art von Fehlerberechnungen (Fehlerbalken) im Genexpressionsdiagramm
aus:Fehlerbalkenmultiplikator im Diagramm
Wählen Sie einen Multiplikator (Vergrößerungsfaktor) für die Fehlerbalken im Genexpressionsdiagramm.
Wählen Sie eine dieser Ganzzahlen aus:n+/- 1 (Standard)

n

2

n

3

Die Art des Multiplikators ändert sich, wenn Sie den Fehlerbalken wählen:n

SEM für Standardfehler des Mittelwertsn

Std Devs für StandardabweichungenExperimenteinstellungen
Tipp: Dieses Dialogfeld ist auch im „Plate Editor“ (Platteneditor) verfügbar. Weitere Informationen
finden Sie unter Ändern der Versuchseinstellungen auf Seite 166.
Im Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) können Sie die Liste an Zielgenen,
Proben oder biologischen Gruppen einsehen oder ändern, Referenzzielgene auswählen, Kontrollen
auswählen oder die zu analysierende Genexpressionsanalysegruppe festlegen, wenn biologische
Gruppen den Kavitäten hinzugefügt worden sind.

So öffnen Sie das Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen)u

Klicken Sie in der Registerkarte „Graphing“ (Grafische Darstellung) auf „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen) im rechten Fensterbereich unten.

Benutzerhandbuch | 297

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Es wird das Dialogfeld „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) eingeblendet und die
Registerkarte „Targets“ (Zielgene) angezeigt.

So passen Sie die Zielgeneinstellungen anuFühren Sie einen der folgenden Schritte in der Registerkarte „Targets“ (Zielgene) aus:n

Für die Auswahl eines Zielgens als Referenz für die Genexpressionsdatenanalyse wählen Sie
den entsprechenden Namen in der Spalte „Reference“ (Referenz).

n

Zur Änderung der Farbe des Zielgens klicken Sie auf die entsprechende Zelle in der Spalte„Color“ (Farbe) und ändern Sie die Farbe im eingeblendeten Dialogfeld „Color“ (Farbe).
Die Farbänderung wird in den Genexpressionsdiagrammen dargestellt.

nFür die Nutzung eines zuvor bestimmten Effizienzwerts deaktivieren Sie das Kontrollkästchen
des Zielgens in der Spalte „Auto Efficiency“ (Auto-Effizienz) und geben Sie einen Wert für die
Effizienz eines Zielgens in Prozent ein.
Die Software berechnet die relative Effizienz eines Zielgens unter Anwendung von „Auto
Efficiency“ (Auto-Effizienz), wenn die Daten eines Zielgens eine Standardkurve beinhalten.

So passen Sie die Einstellungen der Probe anuFühren Sie in der Registerkarte „Samples“ (Proben) einen der folgenden Schritte aus:n

Für die Auswahl einer Probe als Kontrolle für die Genexpressionsdatenanalyse wählen Sie den
entsprechenden Namen in der Spalte „Control“ (Kontrolle).

n

Zur Änderung der Farbe einer Probe Gruppe klicken Sie auf die entsprechende Zelle in derFarbspalte und ändern Sie die Farbe im eingeblendeten Dialogfeld „Color“ (Farbe).
Die Farbänderung wird in den Genexpressionsdiagrammen dargestellt.

n

Zur Anzeige der Probe in den Genexpressionsdiagrammen wählen Sie diese in der Spalte„Show Chart“ (Diagramm anzeigen) aus.

n

Um die Probe aus den Genexpressionsdiagrammen zu entfernen, deaktivieren Sie diese in der
Spalte „Show Chart“ (Diagramm anzeigen).
Tipp: Die Daten der Probe bleiben in der Tabelle „Results“ (Ergebnisse) erhalten.

So schließen einen Probentyp aus den Analysekalkulationen ausu

Aktiveren Sie das zugehörige Kontrollkästchen im Dialogfeld „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen) unten.
Hinweis: Davon ausgenommen sind Kontrollen und/oder Standards derGenexpressionsanalyse.

298 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Kontextmenüoptionen
Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf das Genexpressionsdiagramm, um die Elemente, die in
Tabelle 32 angezeigt werden, auszuwählen.
Tabelle 32. Kontextmenüelemente bei Genexpression

Menüelement

Funktion„Copy“ (Kopieren)

Kopiert das Diagramm in eine Zwischenablage.

„Save Image As“ (Bild speichern

Speichert das Diagramm als Bilddatei. Stellen Sie die Auflösung undunter)

Abmessung des Bilds ein und wählen Sie dann den Dateityp (PNG,
JPG oder BMP).

„Page Setup“ (Seite einrichten)

Wählt ein Seitenformat für den Druck.

„Print“ (Drucken)

Druckt das Diagramm.

„Set Scale to Default“ (Maßstab

„Show All“ (Alle anzeigen) zeigt alle Daten im Balkendiagramm an.

auf Standard einstellen)„Scroll Bar“ (Scrollleiste) zeigt eine Scrollleiste, falls es zu viele Proben
gibt, die im Diagrammrahmen angezeigt werden können, während
eine minimale Balkenbreite beibehalten wird.

„Chart Settings“Öffnet das Fenster „Chart Settings“ (Diagrammeinstellungen) zum(Diagrammeinstellungen)

Anpassen des Diagramms.

„Sort“ (Sortieren)

Sortiert die Reihenfolge der Proben oder Zielgene, die auf der x-Achse
des Diagramms angezeigt werden.

„Use Corrected Std Devs“

Berechnet die Fehlerbalken anhand der korrigierten(Korrigierte

Standardabweichungsformel.

Standardabweichungenverwenden)„Use Solid Bar Colors“

Zeigt einfarbige Balken im Diagramm an.

(Einfarbige Balken verwenden)„X-Axis Labels“ (Bezeichnungen

Zeigt die Bezeichnungen der x-Achse horizontal oder gewinkelt an.

der x-Achse)

Benutzerhandbuch | 299

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Datentabelle
Tabelle 33 definiert die Daten, die in der Genexpressionsdatentabelle angezeigt werden.
Hinweis: Die Werte in der Tabelle werden basierend auf dem Diagrammtyp und den Einstellungenberechnet, die im rechten Fensterbereich ausgewählt werden.
Tabelle 33. Beschreibung der Information in der Tabelle auf der Registerkarte

Information

Beschreibung„Target“ (Zielgen)

Der Zielgenname (amplifiziertes Gen), der im Fenster „ExperimentSettings“ (Experimenteinstellungen) ausgewählt wurde.

„Biological Group“ (Biologische

Der Name der Probe und/oder der biologischen Gruppe, der im

Gruppe)Fenster „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) ausgewählt„Sample Biological Group“

wurde.

(Probe biologische Gruppe)„Biological Group Sample“(Biologische Gruppe Probe)„Control“ (Kontrolle)

Der Kontrollname, der im Fenster „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen) ausgewählt wurde. Wenn „Analyze Using“(Analyse unter Verwendung von) auf „Samples Only“ (Nur Proben)
eingestellt ist, dann ist „Control“ (Kontrolle) die im Fenster „ExperimentSettings“ (Experimenteinstellungen) ausgewählte Probe. Wennentweder „Biological Groups Only“ (Nur biologische Gruppen),„Sample Biological Group“ (Probe biologische Gruppe) oder
„Biological Group Sample“ (Biologische Gruppe Probe) ausgewählt ist,
ist die Kontrolle die im Fenster „Experiment Settings“(Experimenteinstellungen) ausgewählte biologische Gruppe.

„Relative Quantity“ (Relative

Die relative Quantität (ΔCq) oder normalisierte Genexpression (ΔΔCq),

Quantität) oderje nach dem ausgewählten Modus.

„Expression“„Relative Quantity“ (Relative

Standardfehler des Mittelwerts (SEM) oder Standardabweichung (SD)

Quantität) oder „Expression

der relativen Quantität oder normalisierten Expression, je nach derSEM“ (SEM Expression) bzw.

ausgewählten Option. Nur verfügbar, wenn „Analyze Using“ (Analyse„Expression SD“ (SDunter Verwendung von) auf „Samples Only“ (Nur Proben), „Sample

Expression)

Biological Group“ (Probe biologische Gruppe) oder „Biological Group
Sample“ (Biologische Gruppe Probe) eingestellt ist.

300 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Information

Beschreibung„Corrected Relative Quantity“Die korrigierte Wertberechnung für SEM oder SD der relativen(Korrigierte relative Quantität)

Quantität oder normalisierten Expression, je nach der ausgewählten

oder „Expression SEM“ (SEM

Option. Nur verfügbar, wenn „Analyze Using“ (Analyse unter

Expression) bzw. „Expression

Verwendung von) auf „Samples Only“ (Nur Proben), „Sample

SD“ (SD Expression)

Biological Group“ (Probe biologische Gruppe) oder „Biological Group
Sample“ (Biologische Gruppe Probe) eingestellt ist.

„Mean Cq“ (Mittelwert Cq)

Mittelwert des Quantifizierungszyklus (wird nicht angezeigt, wenn„Analyze Using“ (Analyse unter Verwendung von) auf „BiologicalGroups Only“ (Nur biologische Gruppen) eingestellt ist).

„Cq SEM“ (oder „SD“)

SEM oder SD des Quantifizierungszyklus, abhängig von derausgewählten Option (wird nicht angezeigt, wenn „Analyze Using“(Analyse unter Verwendung von) auf „Biological Groups Only“ (Nurbiologische Gruppen) eingestellt ist).

Benutzerhandbuch | 301

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse„Show Details“ (Details anzeigen)
Tabelle 34 definiert die angezeigten Daten, wenn „Show Details“ (Details anzeigen) im Kontextmenü derBalkendiagrammtabelle ausgewählt ist.
Tabelle 34. Die Informationen in der Balkendiagrammtabelle, wenn „Show Details“ (Details anzeigen) ausgewählt ist

Information

Beschreibung„Data Set“ (Datensatz)

Fluoreszenzdaten von einem Fluorophor in der Datendatei„Relative Quantity“ (Relative

Die berechnete relative Quantität von Proben

Quantität)„Relative Quantity SD“ (SDStandardabweichung der Berechnung der relativen Quantität

relative Quantität)„Corrected Relative Quantity

Berechnete Standardabweichung der korrigierten relativen Quantität

SD“ (SD korrigierte relative
Quantität)„Relative Quantity SEM“ (SEM

Standardfehler des Mittelwerts von der Berechnung der relativen

relative Quantität)

Quantität„Corrected Relative Quantity

Berechneter Standardfehler des Mittelwerts der korrigierten relativen

SEM“ (SEM korrigierte relative

Quantität

Quantität)„Relative Quantity(lg)“ (Relative

Log2 der relativen Quantität, der für die statistische Analyse verwendet

Quantität(lg))

wird„SD RQ(lg)“Standardabweichung der relativen Quantität (Log2)„SEM Expression(lg)“Standardfehler des Mittelwerts der Expression (Log2)„Unscaled Expression“

Berechnete unskalierte Expression(Unskalierte Expression)„Unscaled Expression SD“ (SDBerechnete Standardabweichung der unskalierten Expression

unskalierte Expression)„Corrected Unscaled Expression

Berechnete Standardabweichung der korrigierten unskalierten

SD“ (SD korrigierte unskalierte

Expression

Expression)

302 | CFX Maestro Dx SE SoftwareGrafische Darstellung

Tabelle 34. Die Informationen in der Balkendiagrammtabelle, wenn „Show Details“ (Details anzeigen) ausgewählt ist, Fortsetzung

Information

Beschreibung„Unscaled Expression SEM“

Berechneter Standardfehler des Mittelwerts der unskalierten(SEM unskalierte Expression)

Expression„Corrected Unscaled Expression

Berechneter Standardfehler des Mittelwerts der korrigierten

SEM“ (SEM korrigierte

unskalierten Expression

unskalierte Expression)„Unscaled Expression(lg)“Log2 der unskalierten Expression(Unskalierte Expression(lg))„SD Unscaled Expression(lg)“Standardabweichung der unskalierten Expression (Log2)(SD unskalierte Expression(lg))„SEM Unscaled Expression(lg)“Standardfehler des Mittelwerts der unskalierten Expression (Log2)(SEM unskalierte Expression(lg))„Expression“

Normalisierte Genexpression„Corrected Expression SD“ (SDBerechnete Standardabweichung der korrigierten Expression

korrigierte Expression)„Expression SEM“Standardfehler des Mittelwerts der Expression„Corrected Expression SEM“

Berechneter Standardfehler des Mittelwerts der korrigierten(SEM korrigierte Expression)

Expression„Expression(lg)“Log2 der Expression (normalisierte Expression), der für die statistische
Analyse verwendet wird

„SD Expression(lg)“Standardabweichung der Expression (Log2)„SEM Expression(lg)“Standardfehler des Mittelwerts der Expression (Log2)„Mean Cq“ (Mittelwert Cq)

Mittelwert des Quantifizierungszyklus„Cq SD“Standardabweichung des Quantifizierungszyklus„Cq SEM“

Standardfehler des Mittelwerts des Quantifizierungszyklus

Benutzerhandbuch | 303

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Clustergrafik
Die Clustergrafik zeigt die Daten in einer Hierarchie basierend auf dem Ähnlichkeitsgrad der Expressionfür verschiedene Zielgene und Proben an.
Hinweis: Sie müssen ein Referenzzielgen auswählen, um eine andere Datendarstellung als die
relative Expression für Balkendiagramme anzuzeigen.
Die Abbildung der Clustergrafik zeigt die relative Expression einer Probe oder eines Zielgens
folgendermaßen an:nAufregulation (rot) – höhere ExpressionnAbregulation (grün oder blau) – niedrigere ExpressionnKeine Regulation (schwarz)nKein Wert berechnet (schwarz mit einem weißen X)

Je heller die Farbschattierung, desto größer die Differenz der relativen Expression. Wenn keinnormalisierter Cq-Wert berechnet werden kann, ist das Quadrat schwarz mit einem weißen X.
An den äußeren Enden der Datendarstellung befindet sich ein Dendrogramm, das die Clusterhierarchie
angibt. Zielgene oder Proben mit ähnlichen Expressionsmustern haben nebeneinanderliegende Äste,während jene mit unterschiedlichen Mustern weiter entfernt voneinander liegen.

„Settings“ (Einstellungen)Es können die folgenden Optionen eingestellt werden:n

Cluster By – (Nach Cluster) wählen Sie „Targets“ (Zielgene), „Samples“ (Proben), „Both“ (Beides)
oder „None“ (Keines).

nSize – (Größe) passt die Bildgröße an und ändert den Vergrößerungsgrad des Diagramms.

nSplit Out Replicates – (Replikate aufschlüsseln) zeigt Werte für die individuellen Replikate an.

Tipp: Sie können das Farbschema für von der Standardeinstellung rot/grün zu rot/blau ändern, indem Sie
diese Option aus dem Kontextmenü in dieser Diagramme ändern.

Kontextmenüoptionen
Die Kontextmenüoptionen für die Clustergrafik sind die gleichen wie für das Balkendiagramm. Siehe
Tabelle 32 auf Seite 299 für verfügbare Optionen. Außerdem können Sie „Color Scheme“ (Farbschema)
wählen, um die Expression der Abregulierung im Diagramm von der Standardeinstellung rot/grün zu
rot/blau zu ändern.

304 | CFX Maestro Dx SE SoftwareClustergrafik

Datentabelle
Die Tabelle zeigt die Werte für das Zielgen, die Probe und die normalisierte Expression an.

Benutzerhandbuch | 305

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Streudiagramm
Das Streudiagramm zeigt die normalisierte Expression von Zielgenen für eine Kontrollprobe gegenüber einer
Experimentprobe an. Die Linien in dem Diagramm zeigen den Fold-Change-Schwellenwert an. Datenpunkte
zwischen den Linien weisen darauf hin, dass die Differenz in der Expression für dieses Zielgen zwischen den
Proben minimal ist. Datenpunkte außerhalb der Linien überschreiten den Fold-Change-Schwellenwert undkönnten von Interesse sein.
Das Diagrammbild zeigt die folgenden Änderungen in der Zielgenexpression, basierend auf dem Fold-ChangeSchwellenwert:nAufregulation (roter Kreis) – relativ höhere ExpressionnAbregulation (grüner oder blauer Kreis) – relativ niedrigere ExpressionnKeine Änderung (schwarzer Kreis)

Klicken und ziehen Sie eine der Schwellenwertlinien, um den Schwellenwert für den Fold Change
anzupassen.

„Settings“ (Einstellungen)Es können die folgenden Optionen eingestellt werden:n„Control Sample“ (Kontrollprobe)n„Experimental Sample“ (Experimentelle Probe)n„Fold Change Threshold“ (Fold-Change-Schwellenwert). Mit Erhöhung oder Verringerung des FoldChange-Werts werden entsprechend die Schwellenwertlinien im Diagramm verschoben.

Kontextmenüoptionen
Die Kontextmenüoptionen für das Streudiagramm sind die gleichen wie für das Balkendiagramm. Siehe
Tabelle 32 auf Seite 299 für verfügbare Optionen. Wählen Sie zusätzlich „Symbol“, um das in der Grafik
verwendete Symbol vom Standardkreis zu einer der folgenden Optionen zu ändern:nDreieck

n

Kreuz

n

Quadratn

Raute306 | CFX Maestro Dx SE Software

Streudiagramm

Datentabelle
Die Tabelle zeigt die Werte für das Zielgen und die normalisierte Expression für Kontrollen undExperimentproben an. Sie zeigt auch an, ob Zielgene im Vergleich zur Zielgenregulation auf- oderabreguliert wurden.

Benutzerhandbuch | 307

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Ergebnistabelle
Die Tabelle „Results“ (Ergebnisse) fasst die Daten aller Diagramme zusammen. Tabelle 35 definiert die
Daten, die in der Ergebnistabelle angezeigt werden.
Tabelle 35. Informationen in der Registerkarte „Results“ (Ergebnisse)

Information

Beschreibung„Target“ (Zielgen)

Zielgenname (amplifiziertes Gen)

„Sample“ (Probe)

Probenname„Mean Cq“ (Mittelwert Cq)

Mittelwert des Quantifizierungszyklus für die Replikatgruppe„Mean Efficiency Corrected Cq“

Mittelwert des Quantifizierungszyklus nach Anpassung für die(Mittelwert effizienzkorrigierter

Reaktionseffizienz

Cq)„Normalized Expression“

Auf ein Referenzzielgen normalisierte Zielgenexpression (ΔΔCq)(Normalisierte Expression)„Relative Normalized

Normalisierte Expression in Bezug auf eine Kontrollprobe; auch „Fold

Expression“ (Relative

Change“ genannt

normalisierte Expression)„Regulation“Änderung der Expression in Bezug auf eine Kontrollprobe„Compared to Regulation

Auf- oder Abregulation einer experimentellen Probe auf Grundlage derThreshold“ (Verglichen mit dem

Schwellenwerteinstellungen

Regulationsschwellenwert)

Hinweis: Daten für Replikate sind nur in den Tabellen der Registerkarten „Data Analysis“(Datenanalyse) zu finden, in den „Split Out Replicates“ (Replikate aufschlüsseln) ausgewählt wurde(d. h. Clustergrafik). Es kann eine Diskrepanz zwischen den Expressionsdaten in den Tabellen fürGenexpressionsanalyse auftreten, wenn Sie „None“ (Keine) als Kontrollprobe im Balkendiagramm
wählen.

308 | CFX Maestro Dx SE Software„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)
Erstellen Sie eine Genexpressionsstudie, um die Genexpressionsdaten von einem oder mehreren
Echtzeit-PCR-Experimenten zu vergleichen, wobei ein Kalibrator zwischen Läufen zur Normalisierungzwischen den Experimenten verwendet wird. Erstellen Sie eine Genexpressionsstudie, indem Daten voneiner oder mehreren Datendateien (.pcrd-Datei) zu der Genexpressionsstudie hinzugefügt werden. Die
Software gruppiert diese in einer einzigen Datei (.mgxd-Datei).
Hinweis: Die maximale Anzahl an Proben, die Sie in einer Genexpressionsstudie analysieren
können, wird durch die Größe des Arbeitsspeichers und des virtuellen Speichers des Computers
begrenzt.

Inter-run-Kalibration
Die Kalibration zwischen den Durchläufen (Inter-run) wird automatisch in jeder Genexpressionsstudie fürjedes Zielgen versucht, um die Inter-run-Schwankungen der untersuchten Zielgene in separaten EchtzeitPCR-Durchläufen (d. h. verschiedene .pcrd-Dateien, die von unterschiedlichen Platten generiert wurden)
zu normalisieren.
Damit die Software eine Probe als Inter-run-Kalibrator erkennt, muss sie denselben Zielgennamen,
Probennamen und gegebenenfalls den Namen der biologischen Gruppe für jede verglichene Platte
haben.
Hinweis: Es muss mindestens eine Inter-run-Kalibrator-Probe in der Genexpressionsstudie
vorhanden sein, damit eine Kalibration zwischen den Läufen erfolgen kann. Zielgene ohne
entsprechende Inter-run-Kalibrator-Proben werden ohne Korrektur in der Genexpressionsstudie
verarbeitet (nicht empfohlen).
Inter-run-Kalibratoren können auf zwei Arten verwendet werden:n

Per Target (Pro Zielgen) – unterschiedliche PCR-Primer können unterschiedliche Effizienzen
aufweisen. Der Inter-run-Kalibrator wird standardmäßig auf alle Kavitäten derselben Platte mit
demselben Zielgennamen angewendet, wie zum Beispiel der mit demselben Assay erzeugte Cq.

nEntire Study (Gesamte Untersuchung) – ein Inter-run-Kalibrator wird vom Benutzer ausgewählt undauf die gesamte Genexpressionsstudie angewendet.

Benutzerhandbuch | 309

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Dialogfeld „Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

Das Dialogfeld „Gene Study“ (Genexpressionsstudie) umfasst zwei Registerkarten:n

Registerkarte „Study Setup“ (Einrichten der Untersuchung) – verwaltet die Läufe in der
Genexpressionsstudie.
Wichtig: Das Hinzufügen oder Entfernen von Datendateien zu bzw. von einer
Genexpressionsstudie ändert nicht die Daten in der Originaldatei.

nRegisterkarte „Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse) – zeigt die Genexpressionsdaten für die
kombinierten Läufe an.

Registerkarte „Study Setup“ (Untersuchung einrichten)
Tabelle 36 definiert die Daten, die in der Registerkarte „Study Setup“ (Untersuchung einrichten) angezeigt
werden.
Tabelle 36. Registerkarte „Study Setup“ (Untersuchung einrichten) im Dialogfeld „Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

Spaltentitel

Beschreibung„File Name“ (Dateiname)Name der Laufdatei (.pcrd-Datei).

„File Folder“ (Dateiordner)

Verzeichnis, das die Datendatei für jeden Lauf in der
Genexpressionsstudie speichert

310 | CFX Maestro Dx SE Software„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

Tabelle 36. Registerkarte „Study Setup“ (Untersuchung einrichten) im Dialogfeld „Gene Study“ (Genexpressionsstudie), Fortsetzung

Spaltentitel

Beschreibung„Date Created“

Datum, an dem die Daten erfasst wurden(Erstellungsdatum)„Well Group Name“

Name der Kavitätengruppe, die ausgewählt wurde, als die Datei der(Kavitätengruppenname)

Genexpressionsstudie hinzugefügt wurde
Tipp: Für die Analyse einer Kavitätengruppe in der
Genexpressionsstudie müssen Sie die Kavitätengruppe im
Datenanalysefenster auswählen, bevor Sie die Datendatei in die
Genexpressionsstudie importieren.

„Step“ (Schritt)Protokollschritt, der das Ablesen der Platte für die Erfassung vonEchtzeit-PCR-Daten umfasst„Run Type“ (Lauftyp)

Entweder benutzerdefiniert oder PrimePCR™-Lauf„Protocol Edited“ (Protokoll

Zeigt an, sofern ausgewählt, dass das für einen PrimePCR-Laufbearbeitet)

verwendete Protokoll bearbeitet wurde„View Plate“ (PlatteÖffnet eine Plattenkarte der Platte mit den Daten eines jeden Laufsanzeigen)der Genexpressionsstudie

Vorbereiten einer Genexpressionsstudie
So bereiten Sie eine Genexpressionsstudie vor
1.

Bevor Daten in eine Genexpressionsstudie importiert werden, führen Sie Folgendes im Fenster„Data Analysis“ (Datenanalyse) aus:nÜberprüfen Sie, ob die Proben mit dem gleichen Inhalt den gleichen Namen haben. In einer
Genexpressionsstudie setzt die Software voraus, dass Kavitäten mit dem gleichen Zielgen- oder
Probennamen die gleichen Proben enthalten.

nPassen Sie die Baseline und den Schwellenwert (Cq) in der Registerkarte „Quantification“(Quantifizierung) an, um in jedem Lauf die Daten zu optimieren.

nWählen Sie die Kavitätengruppe aus, die Sie in die Genexpressionsstudie mit einschließen
möchten.
Um die Daten von einer Kavitätengruppe in der Genexpressionsstudie anzuzeigen, muss diese
Gruppe vor dem Importieren der Datendatei ausgewählt werden.

Benutzerhandbuch | 311

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Die Registerkarte „Study Setup“ (Einrichtung der Untersuchung) zeigt eine Liste aller Läufe in der
Genexpressionsstudie an.
2.

Wählen Sie im Dialogfeld „Gene Study“ (Genexpressionsstudie) die Registerkarte „Study Setup“(Einrichtung der Untersuchung) aus.

3.

Klicken Sie auf „Add Data Files“ (Datendateien hinzufügen), um eine Datei aus einem
Browserfenster auszuwählen.
Tipp: Um Läufe schnell zu einer Genexpressionsstudie hinzuzufügen, ziehen Sie die
Datendateien (.pcrd-Datei) in das Dialogfeld „Study Setup“ (Einrichten der Untersuchung).

4.

CFX Maestro Dx SE führt automatisch die Genexpressionsstudienanalyse durch, sobald Sie
Datendateien hinzufügen. Wählen Sie die Registerkarte „Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse),
um die Ergebnisse anzusehen.

So entfernen Sie Läufe aus der GenexpressionsstudieuWählen Sie eine oder mehrere Dateien in der Liste aus und klicken Sie auf „Remove“ (Entfernen).

So fügen Sie Anmerkungen über die Genexpressionsstudie hinzuu

Im Textfeld „Notes“ (Anmerkungen) können Sie Anmerkungen über die Dateien und die Analyse
hinzufügen.

Registerkarte „Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse)
Die Registerkarte „Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse) zeigt die Daten aus allen Läufen der
Genexpressionsstudie an. Die Optionen für die Genexpressionsdatenanalyse sind dieselben wie bei
einer einzelnen Datendatei mit folgenden Ausnahmen:nFür Balkendiagramme werden die Kalibrierungswerte zwischen den Läufen (falls berechnet)
eingeblendet, wenn Sie auf „Inter-run Calibration“ (Kalibrierung zwischen Läufen) klicken.
Hinweis: Es können nur die folgenden Probentypen als Kalibratoren zwischen Läufen
verwendet werden.
o„Unknown“ (Unbekannt)oStandardo„Positive Control“ (Positivkontrolle)

Die Probentypen „Negative control“ (Negativkontrolle), „no template control“ (Kontrollreaktion ohne
Template) (NTC) und „no reverse transcriptase control“ (Kontrollreaktion ohne reverse Transkription)(NRT) können nicht als Kalibrator zwischen den Läufen verwendet werden.

312 | CFX Maestro Dx SE Software„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)nn

Das Werkzeug „Reference Gene Selection“ (Referenzzielgenauswahl) identifiziert die getesteten
Referenzzielgene und kategorisiert sie als „Ideal“ (ideal), „Acceptable“ (annehmbar) oder „Unstable“(instabil) basierend auf Ihrer Stabilität:o

Ideale Referenzzielgene (ideal) sind stabil und weisen minimale Schwankungen bei dengetesteten Proben auf.

oAnnehmbare Referenzzielgene (acceptable) sind nicht idealerweise stabil und weisen mäßige
Schwankungen bei den getesteten Proben auf. Verwenden Sie diese Referenzzielgene in der
Analyse, falls es keine idealen Referenzzielgene gibt.

oInstabile Referenzzielgene (unstable) weisen zu hohe Abweichungen unter den getesteten
Proben auf. Es wird empfohlen, diese Gene von den Analysen auszuschließen.

Das Werkzeug „PrimePCR Analysis Controls“ (PrimePCR-Analysekontrollen) stellt die Ergebnisse
der getesteten Proben in einer Tabelle dar:o

Die Registerkarte „Summary“ (Zusammenfassung) zeigt eine Übersicht aller getesteten Proben
an. Proben, die erfolgreich alle Kontrollen bestanden haben, werden in Grün angezeigt. Proben,
die eine oder mehrere der Kontrollen nicht bestanden haben, werden in Gelb angezeigt.

o

Die Registerkarte „PCR“ zeigt die Ergebnisse des positiven PCR-Kontroll-Assays an. Dieser
Assay erkennt Inhibition oder experimentelle Probleme, welche die Genexpression
beeinflussen.

o

Die Registerkarte „RT“ zeigt die Ergebnisse des reversen Transkriptions-Kontroll-Assays an.
Dieser Assay liefert eine qualitative Bewertung der RT-Performance und ermittelt die Proben,
bei denen die RT-Performance die Genexpression wahrscheinlich beeinträchtigt.

o

Die Registerkarte „gDNA“ zeigt die Ergebnisse des DNA-Kontaminations-Kontroll-Assays an.
Dieser Assay bestimmt, ob eine genomische DNA (gDNA) in einer Probe in einem Maße
vorhanden ist, dass sie die qPCR-Ergebnisse beeinträchtigen könnte.

o

Die Registerkarte „RQ“ zeigt die Ergebnisse der RNA-Qualitäts-Assays an (RQ1 und RQ2).
Diese Assays liefern eine qualitative Bewertung, inwiefern die RNA-Integrität die Genexpression
negativ beeinflussen könnte.

Kategorien des Genexpressionsstudienberichts
Verwenden Sie das Dialogfeld „Gene Study Report“ (Genexpressionsstudienbericht), um die Daten der
Genexpressionsstudie in einem Bericht anzuordnen. Tabelle 37 führt alle verfügbaren Optionen für einen
Genexpressionsstudienbericht auf.

Benutzerhandbuch | 313

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Tabelle 37. Kategorien für einen Genexpressionsstudienbericht

Kategorie

OptionBeschreibung

Kopfzeile
Titel, Untertitel und Logo für den Bericht„Report Information“

Daten, Benutzername, Datendateiname,(Berichtsinformationen)

Datendateipfad und die ausgewählte
Kavitätengruppe„Gene Study File List“ (Liste derEine Liste aller Datendateien in der

Genexpressionsstudiendateien)

Genexpressionsstudie„Notes“ (Hinweise)

Anmerkungen zum Datenbericht„Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse): Balkendiagramm„Analysis Settings“

Eine Liste der ausgewählten(Analyseeinstellungen)Analyseparameter„Chart“ (Diagramm)

Das Balkendiagramm derGenexpressionsstudie, das die Daten
anzeigt„Target Names“ (Zielgennamen)

Eine Liste der Zielgene in der
Genexpressionsstudie„Sample Names“ (Probennamen)

Eine Liste der Proben in der
Genexpressionsstudie„Data“ (Daten)

Eine Tabelle, in der die Daten angezeigt
werden„Target Stability“ (Zielgenstabilität)

Daten der Zielgenstabilität„Inter-run Calibration“ (Kalibrierung

Daten der Kalibrierung zwischen Läufen

zwischen Läufen)„Box-and-Whisker Chart“ (Box-

Box-Whisker-Diagramm der Genexpression

Whisker-Diagramm)„Dot-Plot Chart“ (Punktediagramm)

Punktediagramm der Genexpression„Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse): Clustergrafik und Streudiagramm

314 | CFX Maestro Dx SE Software„Gene Study“ (Genexpressionsstudie)

Tabelle 37. Kategorien für einen Genexpressionsstudienbericht, Fortsetzung

Kategorie

OptionBeschreibung„Analysis Settings“

Einstellungen für jeden Diagrammtyp(Analyseeinstellungen)„Chart“ (Diagramm)

Genexpressionsdiagramm, in dem die
Daten angezeigt werden„Data“ (Daten)

Tabelle, in der die Daten zu jedem Zielgenaufgelistet werden„Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse):
ANOVA-Daten„ANOVA Settings“ (ANOVA-

Schwellenwert für p-Wert, der in derEinstellungen)Analyse verwendet wird

„ANOVA Results“ (ANOVA-

Ergebnistabelle aus der ANOVA- undErgebnisse)

Tukeys HSD-Post-Hoc-Analyse„Shapiro-Wilk Normality Test“

Biologische Gruppe, Anzahl, p-Wert und(Shapiro-Wilk-Test auf

jegliche Fehler, die für jedes Zielgen in derNormalverteilung)Analyse auftreten„ANOVA Errors“ (ANOVA-Fehler)

Während der ANOVA-Berechnungenerkannte Fehler

Benutzerhandbuch | 315

Kapitel 12 Genexpressionsanalyse

Erstellen eines Genexpressionsstudienberichts
Zur Erstellung eines Genexpressionsstudienberichts
1.

Passen Sie Genexpressionsstudienberichtsdaten und -diagramme nach Bedarf an, bevor Sie einen
Bericht erstellen.

2.

Wählen Sie im Menü „Gene study“ (Genexpressionsstudie) „Tools“ (Werkzeuge) > „Reports“(Berichte), um das Dialogfeld „Report“ (Bericht) zu öffnen.

3.

Wählen Sie die Optionen, die im Bericht enthalten sein sollen. Der Bericht wird mit den ausgewähltenStandardoptionen geöffnet. Markieren Sie die Kontrollkästchen oder heben Sie deren Auswahl auf,
um ganze Kategorien oder einzelne Optionen innerhalb einer Kategorie zu ändern.
Unter Kategorien des Genexpressionsstudienberichts auf Seite 313 werden die verfügbaren
Anzeigeoptionen aufgeführt.

4.

Ändern Sie die Reihenfolge der Kategorien und Elemente in einem Bericht. Ziehen Sie die Optionen
an die entsprechende Position. Die Elemente können nur innerhalb der Kategorien neu geordnet
werden, zu denen sie gehören.

5.

Klicken Sie auf „Update Report“ (Bericht aktualisieren), um die „Report Preview“ (Berichtsvorschau)
mit allen Änderungen zu aktualisieren.

6.

Drucken oder speichern Sie den Bericht. Klicken Sie in der Symbolleiste auf die Schaltfläche „Print
Report“ (Bericht drucken), um den aktuellen Bericht zu drucken. Wählen Sie „File > Save“ (Datei >Speichern), um den Bericht im PDF-Format (Adobe Acrobat Reader-Datei) zu speichern und wählen
Sie einen Ort, an dem Sie die Datei speichern möchten. Wählen Sie „File“ (Datei) > „Save As“(Speichern unter), um den Bericht mit einem neuen Namen oder an einem neuen Ort zu speichern.

7.

(Optional) Erstellen Sie eine Berichtsvorlage mit den von Ihnen gewünschten Informationen. Um die
aktuellen Berichteinstellungen in einer Vorlage zu speichern, wählen Sie „Template“ (Vorlage) >„Save“ (Speichern) oder „Save As“ (Speichern unter). Laden Sie die Berichtsvorlage das nächste
Mal, wenn Sie einen neuen Bericht erstellen möchten.

316 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnhang A Datenanalysekalkulationen
CFX Maestro Dx Software, Security Edition berechnet Formeln automatisch und zeigt die Ergebnisse inden Registerkarten „Data Analysis“ (Datenanalyse) an. In diesem Anhang wird ausführlich erklärt, wie
CFX Maestro Dx SE Formeln berechnet.

Reaktionseffizienz
Wissenschaftliche Erkenntnisse legen nahe, dass die Anwendung einer akkuraten Effizienzmessung fürjeden Primer- und Sondensatz Ihnen genauere Ergebnisse bei der Analyse von Genexpressionsdaten
liefert. Der in Genexpressionsberechnungen verwendete Standardeffizienzwert liegt bei 100 Prozent. Zur
Bewertung der Reaktionseffizienz generieren Sie eine Standardkurve unter Verwendung serieller
Verdünnungen einer repräsentativen Probe über einen relevanten dynamischen Bereich und zeichnen
Sie die Effizienz für die nachfolgende Genexpressionsanalyse auf. Falls Ihr Durchlauf eine Standardkurve
enthält, berechnet die Software automatisch die Effizienz und zeigt diese unterhalb der Standardkurve inder Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung) an, sofern „Auto Efficiency“ (Auto-Effizienz) in derRegisterkarte „Targets“ (Zielgene) im Fenster „Experiment Setting“ (Experimenteinstellungen) markiert
wurde.
Die Effizienz (E) in den Referenzformeln verweist auf die „Effizienzen“, wie von Pfaffl (2001) und
Vandesompele et al. (2002). In diesen Publikationen entspricht eine Effizienz von 2 (perfekte
Verdopplung bei jedem Zyklus) einer Effizienz von 100 Prozent in der Software. Sie haben die
Möglichkeit, Ihre Effizienzberechnungen in die in der Software verwendeten umzuwandeln, indem Sie die
folgenden mathematischen Beziehungen anwenden:n

E = (% Effizienz * 0,01) + 1n% Effizienz = (E – 1) * 100

Relative Quantität
Die Formel für die relative Quantität (ΔCq) für eine Probe (GOI) lautet:

Hinweis: Diese Formel wird für die Berechnung der relativen Quantität verwendet, wenn keine
Kontrollprobe definiert wurde.

Benutzerhandbuch | 317

Anhang A Datenanalysekalkulationen

Wobei:n

E = Effizienz von Primer und Sondensatz. Diese Effizienz wird mit der Formel(% Effizienz * 0,01) + 1 berechnet, wobei 100 % Effizienz = 2nC q (min) = Mittlerer Cq für die Probe mit dem niedrigsten mittleren Cq für GOIn

Cq (Probe) = Mittlerer Cq für die Proben

GOI = das zu untersuchende Gen (ein Zielgen)

Relative Quantität bei Auswahl einer Kontrolle
Wenn eine Kontrollprobe oder biologische Gruppe zugeordnet ist, dann wird die relative Quantität (RQ)
für jede Probe mit einem zu untersuchenden Gen (GOI) mit dieser Formel berechnet:

Wobei:n

E = Effizienz von Primer und Sondensatz. Diese Effizienz wird mit der Formel(% Effizienz * 0,01) + 1 berechnet, wobei 100 % Effizienz = 2nCq (Kontrolle) = Durchschnittlicher Cq für die Kontrollproben

Cq (Probe) = Durchschnittlicher Cq für alle Proben mit einem GOInGOI = das zu untersuchende Gen (ein Zielgen)

Standardabweichung der relativen Quantität
Wichtig: Diese Berechnung ist nur anwendbar, wenn „Analyze Using“ (Analyse unter Verwendungvon) auf „Samples Only“ (Nur Proben), „Sample Biological Group“ (Probe biologische Gruppe) oder
„Biological Group Sample“ (Biologische Gruppe Probe) eingestellt ist.
Die Formel für die Standardabweichung der relativen Quantität lautet

Wobei:n

SD Relative Quantität = Standardabweichung der relativen Quantitätn

SD CqGOI Probe = Standardabweichung des Cq für die Probe (GOI)n

Relative Quantität = Relative Quantität der Probe

318 | CFX Maestro Dx SE Software

Effizienzkorrigierter Cq (CqE)n

E = Effizienz von Primer und Sondensatz. Diese Effizienz wird mit der Formel(% Effizienz * 0,01) + 1 berechnet, wobei 100 % Effizienz = 2nGOI = das zu untersuchende Gen (ein Zielgen)

Effizienzkorrigierter Cq (CqE)Die Formel für den effizienzkorrigierten Cq ist

Wobei:n

E = Effizienz

Mittelwert effizienzkorrigierter Cq (MCqE)
Die Formel für den Mittelwert des effizienzkorrigierten Cq lautet

Wobei:n

CqE = effizienzkorrigierter Cqnn = Anzahl an Replikaten

Benutzerhandbuch | 319

Anhang A Datenanalysekalkulationen

Normalisierte Expression
Die normalisierte Expression (ΔΔCq) ist die relative Quantität Ihres Zielgens, das auf die Quantitäten der
Referenzzielgene (Gene oder Sequenzen) in Ihrem biologischen System normalisiert wurde. Um
Referenzzielgene auszuwählen, öffnen Sie das Fenster „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen)und klicken Sie in der Referenzspalte auf jedes Zielgen, das als Referenzzielgen dient.
Die Formel für die normalisierte Expression, welche die kalkulierte relative Quantitäts-(RQ-)Kalkulation
nutzt, lautet:

Wobei:n

RQ = relative Quantität einer Proben

Ref = Referenzzielgen in einem Lauf, der eines oder mehrere Referenzzielgene in jeder Probeumfasstn

GOI = das zu untersuchende Gen (ein Zielgen)

Vorausgesetzt, dass die Referenzzielgene Ihr Expressionsniveau in Ihrem biologischen System nichtändern, berücksichtigt die Kalkulation der normalisierten Expression auch Ladedifferenzen oder
Variationen der Zellanzahl, die in jeder Ihrer Proben repräsentiert sind.

320 | CFX Maestro Dx SE Software

Normalisierte Expression bei Auswahl einer Kontrolle

Expression und relative Quantität für biologische Gruppen
Wenn „Analyse Using“ (Die Analyse verwendet) auf „Biological Groups Only“ (Nur Biologische Gruppen)
eingestellt ist, zeigt die Software die durchschnittliche Expression (normalisierte Expression oder relative
Quantität, je nach ausgewähltem Modus) der Proben innerhalb der biologischen Gruppe an. Da die
Expression normalerweise logarithmisch normalverteilt ist, wird die Expression mithilfe desgeometrischen Mittelwerts gemittelt:

Wobei:
nExp1, Exp2, Expn = Relative Quantität oder normalisierte Expression der Proben in der biologischen
Gruppenn = Anzahl an Proben in der biologischen Gruppe

Normalisierte Expression bei Auswahl einer Kontrolle
Wenn Sie eine Kontrollprobe im Fenster „Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) wählen, legt
die Software das Expressionsniveau der Kontrollprobe auf 1 fest. In dieser Situation normalisiert die
Software die relative Quantität der gesamten Zielgenexpression (Gene) auf die Kontrollquantität (einen
Wert von 1). Diese normalisierte Expression entspricht der unskalierten normalisierten
Expressionsanalyse bei Auswahl einer Kontrolle.
Hinweis: Dies ist auch als relative normalisierte Expression (RNE) und Fold Change bekannt.

Benutzerhandbuch | 321

Anhang A Datenanalysekalkulationen

Standardabweichung für die normalisierte Expression
Eine Neuskalierung des normalisierten Expressionswerts wird erzielt, indem die Standardabweichung der
normalisierten Expression durch den normalisierten Expressionswert für die höchsten oder niedrigsten
einzelnen Expressionsniveaus dividiert wird, je nachdem, welche Skalierungsoption Sie wählen. Die
Formel für die Standardabweichung (SD) des Normalisierungsfaktors lautet

Wobei:n

RQ = relative Quantität einer Proben

SD = Standardabweichungn

NF = Normalisierungsfaktorn

Ref = Referenzzielgennn = Anzahl an Referenzzielgenen

Wenn eine Kontrollprobe zugeordnet wird, müssen Sie diese Funktion der Neuskalierung an derStandardabweichung nicht durchführen, wie an der nachfolgenden Formel verdeutlicht:

Wobei:nNE = Normalisierte Expressionn

RQ = relative Quantität einer Proben

SD = Standardabweichungn

GOI = das zu untersuchende Gen (ein Zielgen)322 | CFX Maestro Dx SE Software

Normalisierte Expression auf das höchste Expressionsniveau skaliert

Normalisierte Expression auf das höchste Expressionsniveau
skaliert
Wenn der Analyselauf keine Kontrollen beinhaltet, skalieren Sie die normalisierte Expression (NE) für
jedes Zielgen, indem das Expressionsniveau jeder Probe durch das höchste Expressionsniveau aller
Proben dividiert wird. Die Software stellt das höchste Expressionsniveau auf einen Wert von 1 ein undskaliert alle Proben-Expressionsniveaus neu. Die Formel für die höchste Skalierung lautet

Wobei:n

GOI = das zu untersuchende Zielgen

Normalisierte Expression auf das niedrigste
Expressionsniveau skaliert
Wenn der Lauf keine Kontrollen beinhaltet, skalieren Sie die normalisierte Expression (NE) für jedes
Zielgen, indem das Expressionsniveau von jeder Probe durch das niedrigste Expressionsniveau in allen
Proben dividiert wird. Die Software stellt das niedrigste Expressionsniveau auf einen Wert von 1 ein undskaliert alle Proben-Expressionsniveaus neu. Die Formel für die niedrigste Skalierung lautet

Wobei:n

GOI = das zu untersuchende Zielgen

Normalisierte Expression auf das durchschnittliche
Expressionsniveau skaliert
Wenn der Analyselauf keine Kontrollen beinhaltet, skalieren Sie die normalisierte Expression (NE) für
jedes Zielgen, indem das Expressionsniveau jeder Probe durch das geometrische Mittelwertniveau aller
Proben dividiert wird. Die Software stellt das durchschnittliche Expressionsniveau auf einen Wert von 1
ein und skaliert alle Proben-Expressionsniveaus neu. Die Formel für die mittlere Skalierung lautet

Wobei:

Benutzerhandbuch | 323

Anhang A Datenanalysekalkulationenn

GOI = das zu untersuchende ZielgennGM = Geometrischer Mittelwert der normalisierten Expression für alle Proben

324 | CFX Maestro Dx SE Software

Standardabweichung für die skalierte normalisierte Expression

Standardabweichung für die skalierte normalisierte
Expression
Eine Neuskalierung des skalierten normalisierten Expressionswerts (NE) wird erzielt, indem die
Standardabweichung (SD) der normalisierten Expression durch den normalisierten Expressionswert für
das höchste (MAX) oder niedrigste (MIN) Expressionsniveau dividiert wird, je nachdem, welche
Skalierungsoption Sie wählen.
Hinweis: Wenn eine Kontrollprobe zugeordnet wird, müssen Sie diese Funktion der Neuskalierung
bei der Standardabweichung nicht durchführen.
Die Berechnung für diese Formel lautet

Wobei:nNE = Normalisierte ExpressionnSD = Standardabweichungn

GOI = das zu untersuchende ZielgennMAX = das höchste Expressionsniveaun

MIN = das niedrigste Expressionsniveau

Benutzerhandbuch | 325

Anhang A Datenanalysekalkulationen

Fehlerbalken für Standardabweichung (lg) und Standardfehler
des Mittelwerts (lg)Neben der Verwendung von Konfidenzintervallen können auch Fehlerbalken für biologische Gruppen
angezeigt werden, die auf der Standardabweichung oder dem Standardfehler des Mittelwerts von Log2
der Expression basieren. Die Fehlerbalken werden folgendermaßen berechnet:
RQ unterer Fehlerbalken = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) oder 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ oberer Fehlerbalken = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) oder 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)
Wobei:n

RQ(lg) = Log2 der relativen Quantität für die biologische Gruppen

SD RQ(lg) = Standardabweichung der relativen Quantität (Log2)n

SEM RQ(lg) = Standardfehler des Mittelwerts der relativen Quantität (Log2)Exp. Unterer Fehlerbalken = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) oder 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. Oberer Fehlerbalken = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) oder 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Wobei:
nExp.(lg) = Log2 der Expression (normalisierte Expression) für die biologische Gruppen

SD RQ(lg) = Standardabweichung der Expression (Log2)n

SEM RQ(lg) = Standardfehler des Mittelwerts der Expression (Log2)

326 | CFX Maestro Dx SE Software

Fold Change

Fold Change„Fold Change“ ist eine Messung der Zunahme oder Abnahme in der Expression eines Zielgens für eine
experimentelle Probe gegenüber einer Kontrollprobe oder biologischen Gruppe und wird folgendermaßen
bestimmt:
Wenn Expression (experimentell) > Expression (Kontrolle)

Wenn Expression (experimentell) < Expression (Kontrolle)

Hinweis: Für die grafische Darstellung basiert die Expression entweder auf der relativen Quantität
oder der normalisierten Expression, je nachdem, welcher Modus ausgewählt wurde (siehe Grafische
Darstellung auf Seite 286). Für das Streudiagramm und die Clustergrafik wird Fold Change jedoch
immer anhand der normalisierten Expression berechnet.

Benutzerhandbuch | 327

Anhang A Datenanalysekalkulationen

Formeln für korrigierte Werte
Wichtig: Diese Berechnungen sind nur anwendbar, wenn „Analyze Using“ (Analyse unter
Verwendung von) auf „Samples Only“ (Nur Proben), „Sample Biological Group“ (Probe biologische
Gruppe) oder „Biological Group Sample“ (Biologische Gruppe Probe) eingestellt ist.
Ein Unterschied zwischen korrigierten und nicht korrigierten Werten ist nur sichtbar, wenn eineStandardkurve als Teil des Echtzeit-PCR-Laufs erstellt wird. Die Software verwendet drei Gleichungen,um die Fehlerfortpflanzung zu bestimmen:nStandardfehlernStandardfehler für normalisierte ExpressionnStandardfehler für das zu untersuchende normalisierte Gen (Zielgen)

Die Formel für Standardfehler lautet

Wobei:
nn = Anzahl an Referenzzielgenen (Gene)n

SD = Standardabweichung

Der Standardfehler für den Normalisierungsfaktor in der normalisierten Expressionsformel lautet

Wobei:
nn = Anzahl an ReferenzzielgenennSE = Standardfehlern

NF = Normalisierungsfaktorn

RQ = relative Quantität

Der Standardfehler für die Formel des zu untersuchenden normalisierten Gens (GOI) lautet

Wobei:nSE = Standardfehler

328 | CFX Maestro Dx SE Software

Berechnung des Konfidenzintervalls für die Analyse der biologischen Gruppen

GOI = das zu untersuchende Gen (ein Zielgen)n

NF = Normalisierungsfaktornn = Anzahl an Referenzzielgenen

Berechnung des Konfidenzintervalls für die Analyse derbiologischen Gruppe
Bei Durchführung einer biologischen Gruppenanalyse („Analyse Using“ (Die Analyse verwendet) ist nur
auf biologische Gruppen eingestellt) werden die Konfidenzintervalle für die relative Quantität und relative
normalisierte Expression berechnet.
Die Konfidenzintervalle werden in der logarithmischen Darstellung anhand der t-Verteilung mit derfolgenden Formel berechnet:

Wobei:n= Mittelwert der Log-Skalen-Expressionsniveaus der Proben in der biologischen Gruppen

SD = Standardabweichung der Log-Skalen-Expressionsniveaus der Proben in der biologischen
Gruppenn = Anzahl an Proben in der biologischen Gruppent = erhalten aus der t-Verteilung basierend auf der Anzahl der Freiheitsgrade und des Alpha-Niveaus
Hinweis: Das Alphaniveau kann durch Anwendung des Schwellenwertfelds für den p-Wert inRegisterkarte „Graphing“ (Grafische Darstellung) eingestellt werden.

Nach Kalkulation der Konfidenzintervalle, werden diese auf linearen Maßstab umgerechnet und in der
Genexpressionsdatentabelle und dem Balkendiagramm in der Registerkarte „Graphing“ (Grafische
Darstellung) dargestellt.

Berechnungen des Box-Whisker-Diagramms (Kastengrafik)
Das Box-Whisker-Diagramm zeigt die Verteilung der Expressionswerte innerhalb einer biologischen
Gruppe anhand der Darstellung der Daten in Form von Quartilen an. Das 1. und 3. Quartil wird jeweils
durch die Unter- bzw. Obergrenze der Box dargestellt. Der Median wird als durchgehende Linie durch die
Box angezeigt. Die sogenannten Whisker (Antennen) stellen die minimalen und maximalen Nicht-

Benutzerhandbuch | 329

Anhang A Datenanalysekalkulationen

Quartil um das 1,5-fache des Interquartilbereichs überschreiten.
Hinweis: Wenn es in der biologischen Gruppe nur eine Probe gibt, wird diese als ein einzelner Kreis
dargestellt, der einen einzelnen Datenpunkt angibt.
Das folgende Box-Whisker-Diagramm zeigt, wie diese Daten dargestellt werden.

LEGENDE
1.

Ausreißer. Dieser Ausreißerwert ist > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Hinweis: Positionieren Sie den Mauszeiger über dem Kreis, um ein Tooltip anzuzeigen,das den Probennamen und, je nach ausgewähltem Modus, die relative Quantität odernormalisierte Expressionsinformationen zeigt.

2.

Abgrenzung maximaler Nicht-Ausreißer

3.

Obergrenze/3. Quartil (Q3). 75 % der Expressionswerte sind niedriger als Q3.

4.

Der Median oder Zentralwert der nach Rangfolge geordneten Expressionswerte

5.

Untergrenze/1. Quartil (Q1). 25 % der Expressionswerte sind niedriger als Q1.

6.

Abgrenzung minimaler Nicht-Ausreißer

7.

Ausreißer. Dieser Ausreißerwert ist < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

330 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnhang B Prüfpfade
Die CFX Maestro Dx Software, Security Edition erstellt Prüfpfade für Daten- undGenexpressionsstudiendateien (.prcd- bzw. .mgxd-Dateien). Alle Änderungen oder Aktionen, die an
sicheren Daten- und Genexpressionsstudiendateien vorgenommen wurden, werden beim Speichern derDatei im Dateiprüfpfad erfasst. CFX Maestro Dx SE erstellt für jede Datei einen eigenen Prüfpfad.
Sie können „File“ (Datei) > „Save As“ (Speichern unter) wählen und sichere signierte oder unsignierte
Daten- sowie Genexpressionsstudiendateien in einem anderen Ordner oder unter einem anderen Namen
speichern. Die neue Datei übernimmt den Prüfpfad von der Originaldatei. Der Prüfpfad für die neue Datei
beinhaltet auch die Aktivität „Save As“ (Speichern unter). Änderungen oder Aktionen, die an der neuen
Datei ausgeführt werden, werden in einem eigenen Prüfpfad erfasst. Die Originaldatei behält ihren
Prüfpfad bei, in dem weitere Aktivitäten erfasst werden.
Prüfbare Ereignisse auf Seite 333 listet die prüfbaren Ereignisse auf, die von der Software erfasst
werden.

Anzeigen von Prüfpfaden
Jeder Prüfpfad zeigt die folgenden Informationen an:nKopfzeilendetailso„File Version“ (Dateiversion) – die gespeicherte Version der Dateio„Date“ (Datum) – das Datum des aktuellen prüfbaren Ereignisseso„User“ (Benutzer) – die Windows-Domäne und der Benutzername des angemeldeten Benutzerso„Comment“ (Kommentar) – der zuletzt gespeicherte Kommentaro„Signature“ (Signatur) – die elektronische Signatur der letzten Person, die die Datei signiert hato„Signature Reason“ (Grund für die Signatur) – der Grund für die Signaturo„Application“ (Anwendung) – CFX Maestro Dx SEo„Application Version“ (Anwendungsversion) – die aktuelle Version von CFX Maestro Dx SE

o„Full User“ (Vollständiger Name) – der vollständige Name des angemeldeten Benutzerso„Machine“ (Gerät) – der Computer, auf dem CFX Maestro Dx SE installiert ist.

Benutzerhandbuch | 331

Anhang B PrüfpfadenÄnderungsdetailso„Object“ (Objekt) – das Element, das geändert wurde (das geprüfte Element)o„Old Value“ (Alter Wert) – der vorherige Werto„New Value“ (Neuer Wert) – der neue Werto„Description“ (Beschreibung) – die Beschreibung der Änderung

So zeigen Sie den Prüfpfad anuWählen Sie in der geöffneten Daten- oder Genexpressionsstudiendatei „View“ (Ansicht) > „Audit
Trail“ (Prüfpfad). Der Prüfpfad der Datei wird angezeigt.

Standardmäßig werden die Daten nach Datum und Uhrzeit sortiert und alle Ereignisse werden in dererweiterten Ansicht angezeigt. Sie können die Ansicht nach Benutzername und Objekt filtern und die
erweiterte Ansicht reduzieren, um sie einfach nach Kopfzeilenfeldern zu sortieren. Sie können den
Prüfpfad auch als HTML-Bericht anzeigen.

So sortieren Sie nach BenutzernameuWählen Sie den gewünschten Benutzer aus der Drop-down-Liste „User Name“ (Benutzername) aus.

So sortieren Sie nach ObjektuWählen Sie das Zielgen aus der Drop-down-Liste „Object“ (Objekt) aus.

So blenden Sie die vollständige Beschreibung der Ereignisse ausu

Klicken Sie auf „Collapse All“ (Alle reduzieren).

332 | CFX Maestro Dx SE SoftwarePrüfbare Ereignisse

So sortieren Sie Daten in der Tabelle der Änderungsdetailsu

Klicken Sie auf das Rautesymbol in der Kopfzeile der Datenspalte, um eine aufsteigende Sortierung
durchzuführen (A bis Z, kleinste Zahl bis größte oder älteste bis neueste).

So drucken Sie den Prüfpfad
1.

Klicken Sie auf „HTML Report“ (HTML-Bericht), um den Prüfpfad in einem Webbrowser anzuzeigen.

2.

Führen Sie in Ihrem Browserfenster einen der folgenden Schritte aus:nWählen Sie „File“ (Datei) > „Print“ (Drucken).

n

Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf den Bericht und wählen Sie „Print“ (Drucken).

Prüfbare Ereignisse
CFX Maestro Dx SE erfasst die folgenden prüfbaren Ereignisse in Daten- undGenexpressionsstudiendateien.

Prüfbare Ereignisse während des Laufsn„Run Start Time“ (Startzeit des Laufs)

n„Run Time Plate Edits“ (Änderungen an der Platte während des Laufs)

n„Run Time Protocol Edits“ (Änderungen am Protokoll während des Laufs)

n„Run End Time“ (Endzeit des Laufs)

Prüfbare Ereignisse beim Erstellen einer Datendatein„Data File Created“ (Erstellte Datendatei)n„Interpolated Plate Reads Added by the System“ (Vom System hinzugefügte interpolierte
Plattenlesevorgänge)Prüfbare Ereignisse beim Speichern einer Datendatein„General“ (Allgemein)
o

Name

o

„Signing“ (Signieren)o„Plate Setup“ (Plattenkonfiguration)o„Display Wells“ (Kavitäten anzeigen)o„Analyzed Fluorophores“ (Analysierte Fluorophore)

Benutzerhandbuch | 333

Anhang B Prüfpfade

n

n

n

n

n

o

„Plate Edits“ (Änderungen an der Platte)o„Analysis Mode“ (Analysemodus)o„PCR Active Well Group“ (PCR aktive Kavitätengruppe)

Registerkarte „Quantification“ (Quantifizierung)o„Active Step“ (Aktiver Schritt)o„Settings“ (Einstellungen) – „Cq Determination mode“ (Cq-Bestimmungsmodus)o„Settings“ (Einstellungen) – „Baseline Setting“ (Baseline-Einstellung)o„Drift Correction Applied“ (Driftkorrektur angewendet)o„Settings“ (Einstellungen) – „Cycles to Analyze“ (Zu analysierende Zyklen)o„Settings“ (Einstellungen) – „Analysis Mode“ (Analysemodus)o„Settings“ (Einstellungen) – „Baseline Threshold“ (Baseline-Schwellenwert)

Registerkarte „Melt Curve“ (Schmelzkurve)o„Active Step“ (Aktiver Schritt)o„Peak Type Displayed“ (Angezeigter Peak-Typ)o„Peak Analysis Threshold“ (Schwellenwert für die Peak-Analyse)

Registerkarte „End Point“ (Endpunkt)o„Active Fluorophore/Target“ (Aktiver/s Fluorophor/Zielgen)o„End Cycles to Average“ (Endzyklen zur Mittelwertberechnung)o„Tolerance Calculation Method“ (Toleranzberechnungsmethode)o„Percentage of Range“ (Prozentsatz des Bereichs)

Registerkarte „Allelic Discrimination“ (Allelische Diskriminierung)o„X- and Y-Axis Fluorophore“ (X- und Y-Achsen-Fluorophor)o„Select Cycle Number“ (Zyklusnummer wählen)o„View Call Map“ (Abbildung der Zuordnung anzeigen)

Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) – „All Plots“ (Alle Diagramme)o„Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) – „Target Reference“ (Zielgenreferenz)o„Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) – „Sample Control“ (Probenkontrolle)

334 | CFX Maestro Dx SE SoftwarePrüfbare Ereignisse

n

n

n

n

o

„Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) – „Auto Efficiency“ (Auto-Effizienz)o„Experiment Settings“ (Experimenteinstellungen) – „Efficiency“ (Effizienz)

Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) – „Graphing“ (Grafische Darstellung)o„Analysis Mode“ (Analysemodus)o„Graph Data“ (Diagrammdaten)o„X-Axis“ (X-Achse)o„Y-Axis“ (Y-Achse)o„Scaling Option“ (Skalierungsoption)o„Error Bar“ (Fehlerbalken)o„Error Bar Multiplyer“ (Fehlerbalkenmultiplikator)o„P-Value Threshold“ (Schwellenwert für den p-Wert)

Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) – „Clustergram“ (Clustergrafik)o„Cluster By“ (Gruppieren nach)o„Split Out Replicates“ (Replikate aufschlüsseln)

Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) – „Scatter Plot“ (Streudiagramm)o„Control Biological Group“ (Biologische Kontrollgruppe)o„Experimental Biological Group“ (Experimentelle biologische Gruppe)o„Fold Change Threshold“ (Fold-Change-Schwellenwert)

Registerkarte „Gene Expression“ (Genexpression) – ANOVAon„P-Value Threshold“ (Schwellenwert für den p-Wert)„Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) – „View/Edit Plate“ (Platte anzeigen/bearbeiten)o„Settings“ (Einstellungen) – „Plate Type“ (Plattentyp)o„Settings“ (Einstellungen) – „Units“ (Einheiten)o„Editing Tools“ (Bearbeitungswerkzeuge) – „Flip Plate“ (Platte drehen)o„Well Groups“ (Kavitätengruppen)o„Plate Fluorophores“ (Plattenfluorophore)

Benutzerhandbuch | 335

Anhang B Prüfpfaden„Plate Setup“ (Plattenkonfiguration) – „Replace Plate“ (Platte ersetzen) und „Apply PrimePCR File“(PrimePCR-Datei anwenden)o„Plate Setup Import“ (Plattenkonfiguration importieren)Prüfungsänderungen für Genexpressionsstudiendateien„General“ (Allgemein)
n

Name

n

Registerkarte „Study Setup“ (Untersuchung einrichten)on„Add/Remove Data Files“ (Hinzufügen/Entfernen von Datendateien)

Registerkarte „Study Analysis“ (Untersuchungsanalyse)

336 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnhang C LIMS-Integration
Sie können CFX Maestro Dx Software, Security Edition zur Verwendung mit einem
Laborinformationsmanagementsystem (LIMS) konfigurieren. Für die LIMS-Integration benötigt
CFX Maestro Dx SE von der LIMS-Plattform erstellte Plattenkonfigurationsinformationen (eine LIMSDatei, *.plrn), eine mithilfe von CFX Maestro Dx SE erstellte Protokolldatei (*.prcl), einen definierten Ort
für Datenexport und ein definiertes Exportformat.
Nach Abschluss des Laufs erzeugt CFX Maestro Dx SE eine .pcrd-Datendatei und speichert diese ineinem definierten Datenexportordner. CFX Maestro Dx SE kann auch eine LIMS-kompatible Datendatei
im .csv-Format erstellen und am selben Speicherort speichern.

Erstellen LIMS-kompatibler Datendateien
In diesem Anhang wird erklärt, wie Sie CFX Maestro Dx SE einrichten, um LIMS-kompatible
Datendateien zu erstellen, zu speichern und zu exportieren.

Einrichten eines LIMS-Ordners und der Datenexportoptionen
Standardmäßig speichert CFX Maestro Dx SE die LIMS-Protokolle, -Dateien und -Datenexportdateien indiesem Ordner:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
Sie können CFX Maestro Dx SE so konfigurieren, dass die Dateien in einem anderen Ordner gespeichert
werden, und Sie können die Exportoptionen für LIMS-Daten ändern.

So richten Sie einen LIMS-Ordners und die Datenexportoptionen ein
1.

Wählen Sie auf der Startseite „Tools“ (Werkzeuge) > „Options“ (Optionen).

2.

Wählen Sie im „Options“-Dialogfeld „Data Export Settings“ (Datenexporteinstellungen).

Benutzerhandbuch | 337

Anhang C LIMS-Integration

3.

(Optional) Wählen Sie „Automatically export LIMS Data at end of run“ (LIMS-Daten bei Beendigung
des Laufs automatisch exportieren).
Die Software wird LIMS-Daten automatisch nach jedem Lauf exportieren und sie am festgelegten
Speicherort speichern.

4.

Zum Ändern der Standard-Exportoptionen für LIMS-Daten klicken Sie auf „LIMS Data Export
Settings“ (Exporteinstellungen für LIMS-Daten).
Wichtig: Nur LIMS-Daten, die als .csv-Datei exportiert werden, können wieder in CFX Maestro
Dx SE zurück importiert werden.

5.

Wählen Sie im Dialogfeld „LIMS Data Export Format Settings“ (Einstellungen des Exportformats von
LIMS-Daten) die erforderlichen Exportoptionen und klicken Sie auf OK.

6.

Wählen Sie Dialogfeld „Options“ (Optionen) einen Standardordner, in dem die LIMS-Datendateien
gespeichert werden sollen. Sie können für jeden Dateityp einen anderen Speicherort wählen:n„Protocol“ (Protokoll)n„LIMS file“ (LIMS-Datei)n„Data export“ (Datenexport)

338 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen LIMS-kompatibler Datendateien

7.

Klicken Sie auf OK, um die Änderungen zu speichern und das Dialogfeld „Options“ (Optionen) zu
schließen.

Erstellen eines LIMS-Protokolls
Um einen LIMS-Lauf zu starten, erstellen Sie eine CFX Maestro Dx SE Protokolldatei (*.prcl) undspeichern Sie diese im festgelegten LIMS-Protokollordner.
Weitere Informationen finden Sie in Kapitel 7, Erstellen von Protokollen.

Erstellen einer LIMS-Datei
Eine LIMS-Datei (*.plrn) enthält die Plattenkonfigurationsdetails sowie den Protokolldateinamen. Diese
Datei wird vom internen LIMS generiert. CFX Maestro Dx SE nutzt die LIMS-Datei für die Erzeugung einer
Plattendatei, die mit einer Protokolldatei verwendet wird.
CFX Maestro Dx SE bietet Plattenimport-Vorlagendateien, die Sie bearbeiten können, um
benutzerdefinierte LIMS-Plattendateien zu erstellen.
Tipp: Diese Aufgabe sollte von einem LIMS-Spezialisten durchgeführt werden.

So erstellen Sie eine LIMS-Datei
1.

Wählen Sie auf der Startseite „View“ (Ansicht) > „Show“ (Anzeigen) > „LIMS File Folder“ (LIMSDateiordner).

2.

Öffnen Sie den LIMS-Vorlagenordner und wählen Sie eine .csv-Datei, die Sie in Ihr internes LIMS
importieren möchten.

3.

Bearbeiten Sie die Vorlagendatei, indem Sie die in Tabelle 38 aufgeführten erforderlichen Felder
ausfüllen.

4.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus:n

Speichern Sie die Datei als .csv-Datei, um Ihre Änderungen für die zukünftige Verwendung zu
speichern.

nSpeichern Sie die Datei mit der Erweiterung „.plrn“, um Ihre Änderungen zu speichern und die
Datei sofort zu verwenden.

n

Speichern Sie die Vorlage mit der Dateinamenerweiterung „.plrn“ im LIMS-Dateiordner.

Wichtig: CFX Maestro Dx SE kann nur die .plrn-Datei öffnen. Sie müssen die .csv-Datei als.plrn speichern, um den LIMS-Lauf zu starten.

Benutzerhandbuch | 339

Anhang C LIMS-Integration

Tabelle 38. Definition von LIMS-.csv-Dateiinhalten

Spalte

Zeile

A

1

Beschreibung„Content“ (Inhalt)

Zweck„Plate Header“ (Kopfzeile

Nicht bearbeiten

Vordefiniert

Nicht bearbeiten

Vordefiniert

Platte)A,B,C

2„Field/Data/Instruction“(Feld/Daten/Anweisung)B

3„Version“

Nicht bearbeiten

Vordefiniert

B

4„Plate Size“

Nicht bearbeiten

Vordefiniert

Geben Sie „BR White“ („BR

Pflichtfeld(Plattengröße)
B

5„Plate Type“ (Plattentyp)Weiß“), „BR Clear“ (BRTransparent) oder einen
anderen kalibrierten
Plattentyp an.
B

6„Scan Mode“

Geben Sie „SYBR/FAM Only:“(Scanmodus)(Nur SYBR/FAM), „All

Pflichtfeld

Channels“ (Alle Kanäle) oder
„FRET“ (FRET) ein.
B

7

„Units“ (Einheiten)

Geben Sie “copy number”(Kopienanzahl), “fold dilution”(-fache Verdünnung),„nanomoles“ (Nanomol),„picomoles“ (Pikomol),„emtomoles“ (Emtomol),„attomoles“ (Attomol),„milligrams“ (Milligramm),„micrograms“ (Mikrogramm),„nanograms“ (Nanogramm),„picograms“ (Pikogramm),„femtograms“ (Femtogramm),„attograms“ (Attogramm) oder„percent“ (Prozent) ein.

340 | CFX Maestro Dx SE Software

Pflichtfeld

Erstellen LIMS-kompatibler Datendateien

Tabelle 38. Definition von LIMS-.csv-Dateiinhalten, Fortsetzung

SpalteZeile

Beschreibung„Content“ (Inhalt)

Zweck

B

8

„Run ID“ (Lauf-ID)

Geben Sie eine kurze

Optional

Beschreibung oder den
Strichcode des Laufs ein(maximal 30 Zeichen,
Kommas nicht zulässig).
B

B

9

10

„Run Notes“ (Anmerkung

Geben Sie eine Beschreibung

zum Lauf)

des Laufs ein.

„Run Protocol“

Geben Sie den(Laufprotokoll)

Protokolldateinamen genau

Optional

Pflichtfeld

wie angegeben ein.
A

11

„Data File“ (Datendatei)

Geben Sie den

Optional

Datendateinamen ein.
A

12–15

„TBD/Empty“

Nicht bearbeiten

Vordefiniert

Nicht bearbeiten

Vordefiniert

Nicht bearbeiten

Vordefiniert„Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3

Geben Sie einen kalibrierten

Pflichtfeld

Dye, Ch4 Dye, Ch5 Dye,

Farbstoffnamen für jeden

FRET“ (Ch1-Farbstoff,verwendeten Kanal ein (z. B.

Ch2-Farbstoff, Ch3-

„FAM“).

(Festzulegen/Leer)
A

16„Plate Data“(Plattendaten)A

17–113„Well Position“(Kavitätenposition)

B–G

Farbstoff, Ch4-Farbstoff,
Ch5-Farbstoff, FRET)

Benutzerhandbuch | 341

Anhang C LIMS-Integration

Tabelle 38. Definition von LIMS-.csv-Dateiinhalten, Fortsetzung

SpalteH

Zeile

Beschreibung„Content“ (Inhalt)

Zweck„Sample Type“

Geben Sie einen der

Pflichtfeld(Probentyp)folgenden Probentypen ein:
„Unknown“ (Unbekannt),„Standard“ (Standard),„Positive Control“(Positivkontrolle), „Negative
Control“ (Negativkontrolle),„NTC“ (Kontrollreaktion ohne
Template) oder „NRT“(Kontrollreaktion ohne
reverse Transkription).

I

J–O„Sample Name“

Geben Sie den Probennamen(Probenname)ein.

„CH1 Target, CH2 Target,

Geben Sie den Zielgennamen

CH3 Target, CH4 Target,

für jeden verwendeten Kanal

CH5 Target, FRET Target“

ein.

Optional

Optional(CH1-Zielgen, CH2Zielgen, CH3-Zielgen,
CH4-Zielgen, CH5Zielgen, FRET-Zielgen)
P

Q„Collection Name“

Geben Sie den Namen des(Erfassungsname)biologischen Satzes ein.

„Replicate“ (Replikat)

Geben Sie eine positive

Optional

Optional

Ganzzahl für jeden
Replikatsatz ein. Der Wert
darf nicht Null betragen.
R–W„CH1 Quantity, CH2

Geben Sie die Mengenwerte

Für alle

Quantity, CH3 Quantity,

für jegliche Standards ein.

Standards

CH4 Quantity, CH5

Geben Sie die Konzentration

erforderlich

Quantity, FRET Quantity“in Dezimalschreibweise ein.

(CH1-Menge, CH2Menge, CH3-Menge,
CH4-Menge, CH5-Menge,
FRET-Menge)342 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen LIMS-kompatibler Datendateien

Tabelle 38. Definition von LIMS-.csv-Dateiinhalten, Fortsetzung

SpalteX

Zeile

Beschreibung„Content“ (Inhalt)

Zweck„Well Note“

Geben Sie eine Anmerkung

Optional(Kavitätenanmerkung)zu einer Kavität ein (maximal
20 Zeichen).
Hinweis: Obwohl
CFX Maestro Dx SE die
Eingabe vonKavitätenanmerkungenüber die Software auf 20
Zeichen begrenzt, kanndas Feld „Well Note“(Kavitätenanmerkung)bis zu 500 Zeichen
enthalten, wenn es ineiner importierten .plrnDatei enthalten ist.
Jedoch zeigt
CFX Maestro Dx SE nur
die ersten 20 Zeichen an.
Die exportierte .pcrdDatei enthält alle Zeichen
im Feld „Well Note“(Kavitätenanmerkung).
Es gehen keine Datenverloren.

Y–AD„Ch1 Well Color, Ch2 Well

Geben Sie einenColor, Ch3 Well Color,benutzerdefinierten

Ch4 Well Color, Ch5 Well

Kurvenfarbstil als 32-Bit-

Color, FRET Well Color“Integer-Dezimalformat (argb)(Ch1-Kavitätenfarbe, Ch2-ein.

Optional

Kavitätenfarbe, Ch3Kavitätenfarbe, Ch4Kavitätenfarbe, Ch5Kavitätenfarbe, FRETKavitätenfarbe)

Benutzerhandbuch | 343

Anhang C LIMS-Integration

Starten eines LIMS-Laufs
So starten Sie einen LIMS-Lauf
1.

Führen Sie einen der folgenden Schritte aus, um eine LIMS-Datei (.plrn) zu öffnen:nWählen Sie im Startfenster „View > Show > LIMS File Folder“ (Ansicht > Anzeigen > LIMSDateiordner) und öffnen Sie die Zielgen-plrn-Datei.

nWählen Sie im Startfenster „File > Open > LIMS File Folder“ (Datei > Öffnen > LIMS-Datei) undöffnen Sie die Zielgen-plrn-Datei.

Die Datei wird auf der Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) im „Setup Wizard“(Einrichtungsassistent) des Laufs geöffnet. Die Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) zeigt
Informationen über das auszuführende Experiment an. Es werden außerdem der bzw. dieverbundenen Geräteblöcke angezeigt, auf dem bzw. denen Sie das Experiment ausführen können.
2.

Wählen Sie auf der Registerkarte „Start Run“ (Lauf starten) ein Gerät aus und klicken Sie auf „Start
Run“ (Lauf starten).

Exportieren von Daten in ein LIMS
Bei Abschluss des Laufs erzeugt CFX Maestro Dx SE eine .pcrd-Datendatei und speichert diese im
definierten Datenexportordner.

344 | CFX Maestro Dx SE SoftwareErstellen LIMS-kompatibler Datendateien

So exportieren Sie die Datendatei in ein LIMSuÖffnen Sie die .pcrd-Datei und wählen Sie „Export“ (Exportieren) > „Export to LIMS Folder“ (In LIMSOrdner exportieren).

Tipp: Wenn Sie unter den LIMS-Optionen „Automatically Export Data after Run“ (Daten automatischnach Lauf exportieren) wählen, erstellt CFX Maestro Dx SE eine LIMS-kompatible Datendatei im.csv-Format und speichert diese im gleichen Ordner.

Benutzerhandbuch | 345

Anhang C LIMS-Integration

346 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnhang D CFX Maestro Dx Software, Security
Edition-Fehlerbehebung
Dieser Anhang enthält Vorschläge zur Fehlerbehebung bei Problemen, die beim Upgrade oder Ausführen
der CFX Maestro Dx Software, Security Edition auftreten können.

Dateien und Ordner der CFX Maestro Dx Software, Security
Edition auf die Positivliste setzen
Zum Schutz vor Viren und Malware hat Ihre IT-Abteilung möglicherweise sehr strenge
Sicherheitsmaßnahmen für Software implementiert. Diese Maßnahmen können sich auf die Zeit
auswirken, die benötigt wird, um CFX Maestro Dx SE zu aktualisieren oder auszuführen.
Um die Leistung von CFX Maestro Dx SE zu verbessern, empfiehlt Bio-Rad Ihrer IT-Abteilung, diefolgenden Dateien und Ordner in den Firewalleinstellungen Ihrer auf dem CFX Maestro Dx SE-Computer
installierten Antivirensoftware auf die Positivliste zu setzen:

OrdnernC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

DateiennAlle .exe-Dateien im Ordner C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe und Rscript.exe (im Ordner C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\R\R-3.3.1\bin)Benutzerhandbuch | 347

Anhang D CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Fehlerbehebung

Anwendungsprotokoll
Das CFX Opus Dx System initiiert vor dem Starten eines neuen Laufs einen Selbstdiagnosetest, um
sicherzustellen, dass es innerhalb der Spezifikationen ausgeführt wird. Die Software zeichnet die
Ergebnisse dieses Tests in den Dateien „Run Log“ (Laufprotokoll) und „Application Log“
(Anwendungsprotokoll) auf. Falls Sie in einem oder mehreren Experimenten ein Problem feststellen
sollten, öffnen Sie die Lauf- und Anwendungsprotokolle, um den Ursprung des Problems festzustellen.
CFX Maestro Dx SE Dx erfasst Informationen über den Status eines Geräts während eines Laufs im
Anwendungsprotokoll. Verwenden Sie diese Protokolle, um Ereignisse nachzuverfolgen, die auf den
Geräten und in der Software auftreten, sowie für die Fehlerbehebung.

So öffnen Sie das Anwendungsprotokollu

Wählen Sie auf der Startseite „View“ (Ansicht) > „Application Log“ (Anwendungsprotokoll).

Klicken Sie auf die Schaltfläche „HTML Report“ (HTML-Bericht), um das Anwendungsprotokoll als
HTML-Datei anzuzeigen.

348 | CFX Maestro Dx SE Software

Fehlerbehebung

Abrufen von Anwendungs- und Firmware-Protokolldateien
Die Anwendungs- und Firmware-Protokolle enthalten Informationen zu Aktionen, die während derVerwendung der Software und der Ausführung von Läufen durchgeführt wurden. Diese Protokolle
zeichnen auch alle Software- oder Firmware-Fehler auf, die während des Betriebs der Software oder desGeräts auftreten.

So greifen Sie auf die Anwendungs- und Firmware-Protokolldateien zu:
1.

Klicken Sie im Bereich „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) mit der rechten Maustaste auf das
Gerät.

2.

Wählen Sie „Retrieve Log Files“ (Protokolldateien abrufen).

3.

Wählen Sie im Dialogfeld „Browse for Folder“ (Nach Ordner suchen) den Zielordner in Ihrem
Netzwerk oder auf einem lokalen Laufwerk aus, in dem Sie die Protokolldateien speichern möchten.
Hinweis: Der Ordner hat den Namen „Logs“ (Protokolle).

4.

Klicken Sie auf „OK“, um die Dateien zu speichern.
Wichtig: Das Speichern einer Protokolldatei mit demselben Dateinamen wie eine vorhandene
Protokolldatei überschreibt die vorhandene Protokolldatei.

Fehlerbehebung
Normalerweise können Software- und Geräteprobleme durch einen Neustart Ihres Computers und desSystems behoben werden. Stellen Sie sicher, dass Sie alle Arbeiten, die gerade ausgeführt werden, vor
dem Neustarten speichern.
Hinweis: Überprüfen Sie, ob Ihr Computer über ausreichend Arbeitsspeicher und freien
Speicherplatz verfügt. Der minimale Arbeitsspeicherplatz ist 4 GB und der minimale
Festplattenspeicherplatz beträgt 128 GB.

Stromausfall
Bei einem Stromausfall schalten sich die Geräte und der Computer ab. Wenn der Stromausfall nur kurz
ist, setzt das Gerät die Ausführung eines Protokolls weiter fort, aber das Anwendungsprotokoll wird den
Stromausfall trotzdem aufzeichnen. Je nach Computereinstellung und der Dauer des Stromausfalls
versuchen das Gerät und die Software, den Durchlauf in Abhängigkeit vom Protokollschritt weiterauszuführen:nWenn das Protokoll gerade bei einem Schritt ohne eine Plattenablesung ist, setzt das Protokoll den
Durchlauf fort, sobald das Gerät wieder mit Strom versorgt wird.

Benutzerhandbuch | 349

Anhang D CFX Maestro Dx Software, Security Edition-FehlerbehebungnWenn das Protokoll gerade bei einem Schritt mit einer Plattenablesung ist, setzt das Protokoll den
Durchlauf fort, sobald das Gerät wieder mit Strom versorgt wird. In diesem Fall wird das Protokoll nur
fortgesetzt, wenn die Software durch den Computer nicht abgeschaltet wird. Wenn der Computerund die Software wieder starten, wird das Protokoll fortgesetzt.

Übertragen von Dateien auf den CFX Maestro Dx SE-Computer
Sie können Daten und Protokolldateien auf dem Gerät auf die Festplatte eines angeschlossenen
CFX Maestro Dx SE-Computers übertragen.
Tipp: Alle Dateien im Echtzeitdatenordner auf der Gerätebasis werden auf den Computerübertragen.
Hinweis: Von CFX Opus Dx-Geräten können Sie nur Protokolldateien übertragen. Alle
Protokolldateien auf dem Gerät werden auf den Computer übertragen.

So rufen Sie Dateien vom Gerät ab1.

Klicken Sie im Fenster „Detected Instruments“ (Erkannte Geräte) auf der Startseite mit der rechten
Maustaste auf das Zielgengerät und wählen Sie „Retrieve Log Files“ (Protokolldateien abrufen).

2.

Wählen Sie einen Zielgenordner, in dem die abgerufenen Dateien gespeichert werden sollen.

3.

Klicken Sie auf OK.

CFX Maestro Dx Software, Security Edition manuell installieren
So installieren Sie CFX Maestro Dx SE manuell:
1.

Trennen Sie, falls erforderlich, sämtliche angeschlossenen Geräte vom Computer.
Suchen Sie das USB-Kabel des Geräts und trennen Sie es vom CFX Maestro Dx SE-Computer. Das
am Gerät eingesteckte Ende kann dort verbleiben.

2.

Melden Sie sich mit den Administratorrechten am CFX Maestro Dx SE-Computer an.

3.

Führen Sie das CFX Maestro Dx SE-USB-Laufwerk in den USB-Anschluss des Computers ein.

4.

Navigieren Sie im Windows Explorer zum CFX Maestro Dx SE USB-Laufwerk und öffnen Sie dieses.

5.

Öffnen Sie den CFX-Ordner und doppelklicken Sie auf CFXMaestroDxSetup.exe, um CFX Maestro
Dx SE zu installieren.

6.

Befolgen Sie die Anweisungen auf dem Bildschirm, um die Software zu installieren.
Nach Abschluss erscheinen der Startbildschirm von Bio-Rad CFX Maestro Dx Software, Security
Edition auf dem Computerbildschirm und das Bio-Rad CFX Maestro Dx Software, Security EditionSymbol auf dem Desktop.

350 | CFX Maestro Dx SE Software

Fehlerbehebung7.

Werfen Sie das Software-USB-Laufwerk sicher aus und starten Sie CFX Maestro Dx SE.

Treiberneuinstallation
So installieren Sie die Gerätetreiber neuu

Wählen Sie im Startfenster „Tools“ (Werkzeuge) > „Reinstall Instrument Drivers“ (Neuninstallation
der Gerätetreiber).

Hinweis: Wenn Sie Probleme mit der Kommunikation der Software mit einem Echtzeit-System nachder Neuinstallation der Treiber und der Prüfung des USB-Anschlusses haben sollten, wenden Sie
sich bitte an den Technischen Support von Bio-Rad.

Benutzerhandbuch | 351

Anhang D CFX Maestro Dx Software, Security Edition-Fehlerbehebung

352 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices
for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Benutzerhandbuch | 353

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

354 | CFX Maestro Dx SE Software

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Benutzerhandbuch | 355

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU356 | CFX Maestro Dx SE Software

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Benutzerhandbuch | 357

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

358 | CFX Maestro Dx SE Software

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andBenutzerhandbuch | 359

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the360 | CFX Maestro Dx SE Software

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Benutzerhandbuch | 361

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
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otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
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distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
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if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this362 | CFX Maestro Dx SE Software

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
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may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Benutzerhandbuch | 363

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copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
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16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
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If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

364 | CFX Maestro Dx SE Software

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Benutzerhandbuch | 365

Anhang E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products366 | CFX Maestro Dx SE SoftwareAnhang F Literaturverzeichnis
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Minpack Copyright Notice (1999) University of Chicago. Alle Rechte vorbehalten.
Eine Weitergabe und Verwendung in Quell- und Binärform ist mit oder ohne Änderungen erlaubt, sofern
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2.

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3.

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enthalten:„Dieses Produkt enthält von der Universität Chicago als Betreiber des Argonne National Laboratory
entwickelte Software.“

Benutzerhandbuch | 367

Anhang F Literaturverzeichnis

368 | CFX Maestro Dx SE Software

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547, USA

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Frankreich
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

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US/EG

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