PCR em tempo real

Software CFX Maestro Dx SE
12014330
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12016687
Revisão do Manual: Maio de 2022
Revisão do software: 2.3

Guia do utilizador doVersão 2.3

CFX Maestro Dx Software, Security
Edition (Edição de Segurança)
Guia do utilizadorVersão 2.3

Suporte técnico da Bio-Rad™
O departamento de Suporte Técnico da Bio-Rad na EUROPA, Portugal está aberto de segunda-feira a sextafeira, das 9:00 às 17:30 GMT.
Telefone: 1-800-424-6723, opção 2
E-mail: Support@bio-rad.com (apenas para EUA/Canadá)Para assistência técnica fora dos EUA e do Canadá, entre em contacto com o suporte técnico local ou clique
no link Contact us (Contactar-nos) em bio-rad.com.

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Utilização prevista

Utilização prevista
O Sistema de PCR em tempo real CFX Opus DxTM com CFX Maestro Dx Software, Security Edition(Edição de Segurança)TM destina-se a realizar o PCR à base de fluorescência para detetar e quantificarsequências de ácidos nucleicos. O sistema e software destinam-se a ser utilizados para efetuar
diagnóstico in vitro por técnicos de laboratório com formação. Os sistemas destinam-se a ser utilizados
com testes de ácido nucleico de diagnóstico de terceiros que tenham sido fabricados e rotulados para
fins de diagnóstico.

Dicionário de símbolos

Fabricante

Número do lote

Utilizar atéPara utilização em diagnóstico in vitro

Limite de temperatura

Número de catálogo

Consulte as instruções de utilização

Número de testes

Para utilizar com

Número de série

Guia do utilizador | iii

Sujeito a receita médica

Contém látex

Marcação CE - Regulamento(EU) 2017/746 IVDR

Traduções
Os documentos relativos ao produto podem ser fornecidos noutras línguas em suporte eletrónico.

iv | Software CFX Maestro Dx SE

Histórico das revisões

Histórico das revisões
Documento

Data

Descrição da alteração

CFX Maestro Dx Software,

Dezembro deVer. A, versão inicial

Security Edition (Edição de2020

Segurança) Guia doutilizador, 2.0(Doc ID #10000135639)
CFX Maestro Dx Software,

Maio de 2022

n Atualizado para apoiar o CFX Opus Deepwell Dx

Security Edition (Edição den Tabela de conjunto de símbolos atualizada

Segurança) Guia do

n Adicionada nota de segurança cibernética à

utilizador, 2.3

Introdução

(Doc ID #10000135639)

Guia do utilizador | v

vi | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceUtilização previstaiii

Dicionário de símbolosiii

Traduções

iv

Histórico das revisões

v

Conformidade de segurança e regulamentar

17

Rótulos de advertência de segurança

17

Conformidade de segurança e regulamentar

19

Conformidade de segurança

19

Compatibilidade eletromagnética (CEM)

20

Advertências e observações da CEM

21

Requisitos ambientais

22

Riscos23

Riscos biológicos

23

Riscos químicos

25

Riscos de explosão ou de inflamabilidade

25

Riscos elétricos

26

Transporte

26

Bateria

26

Descarte

26

Garantia

27

Capítulo 1 Introdução

29

Principais funcionalidades do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

31

Como saber mais

31

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança)

33

Requisitos de sistema

34

Instalação de CFX Maestro Dx SE Software

36

Detetar os instrumentos ligados

37

Guia do utilizador | vii

Índice

Ficheiros de software

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no CFX Maestro Dx Software, Security Edition(Edição de Segurança)
Iniciar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

38

39
40

Adicionar utilizadores do Microsoft Windows ao computador do CFX Maestro Dx Software, Security
Edition (Edição de Segurança)
42
Adicionar e remover utilizadores do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança)

44

Gerir as funções do utilizador do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)46
Visualizar a sua função e as suas permissões

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança)
Ficheiros seguros

Capítulo 5 O espaço de trabalho

47

49
49

61

A janela Home (Início)62

O Startup Wizard (Assistente de arranque)63

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo)64

A janela Plate Editor (Editor de placa)

65

A janela Data Analysis (Análise de dados)

66

Capítulo 6 A janela Home (Início)A janela Home (Início)67
68

Comandos do menu File (Ficheiro)

69

Comandos do menu View (Visualizar)

69

Comandos do menu User (Utilizador)

70

Comandos do menu Run (Corrida)

71

Comandos do menu Tools (Ferramentas)

71

Comandos do menu Help (Ajuda)

72

Comandos da Toolbar (Barra de ferramentas)

73

O Startup Wizard (Assistente de arranque)74

Barra de estado

74

Painel Detected Instrument (Instrumentos detetados)

75

Visualizar as propriedades de um instrumento

78

Antes de começar
Criar uma mistura-mestre de reação

viii | Software CFX Maestro Dx SE

80
80

Índice

Calibrar novos corantes

82

Configurar as preferências do utilizador

85

Capítulo 7 Criar protocolos

105

Parâmetros e intervalos para as etapas do protocolo

106

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)

108

Comandos do menu File (Ficheiro)

109

Comandos do menu Settings (Configurações)109

Comandos do menu Tools (Ferramentas)

109

Comandos da Toolbar (Barra de ferramentas)

109

Controlos de edição de protocolo

110

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

114

Abrir um novo ficheiro de protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

114

Abrir um protocolo existente no Protocol Editor (Editor de protocolo)

116

Configurar um novo protocolo

117

Adicionar etapas a um protocolo

119

Inserir uma etapa de gradiente

120

Inserir a etapa GOTO (IR PARA)

121

Inserir uma etapa Melt Curve (Curva de fusão)122

Adicionar ou remover uma etapa de leitura de placa

124

Alterar as Step Options (Opções de etapa)

124

Eliminar uma etapa

125

Copiar, exportar ou imprimir um protocolo

125

Criar um protocolo com o Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo)

126

Usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta)

128

Sobre a Ta Calculator (Calculadora de Ta)

Capítulo 8 Preparar placas

128

133

Janela do Plate Editor (Editor de placa)

134

Comandos do menu File (Ficheiro)

134

Comandos do menu Edit (Editar)

135

Comandos do menu Settings (Configurações)135

Comandos do menu Editing Tools (Ferramentas de edição)136

Comandos da Toolbar (Barra de ferramentas)

136

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

138

Abrir um novo ficheiro de placa no Plate Editor (Editor de placa)

138

Guia do utilizador | ixÍndice

Abrir um ficheiro de placa existente no Plate Editor (Editor de placa)

140

Configurar um novo ficheiro de placa

141

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)

149

Atribuir um alvo a poços

149

Atribuir um nome da amostra a poços

152

Atribuir grupos biológicos a poços

153

Atribuir números de réplicas técnicas a poços

155

Atribuir uma série de diluição a tipos de amostra padrão

157

Copiar o conteúdo de um poço para outro poço

158

Adicionar uma observação a um poço

159

Limpar todo o conteúdo dos poços

159

Alterar configurações de experiências

161

Criar grupos de poços

164

Alterar estilos de traçados

166

Visualização, exportação e importação da placa em formato de folha de cálculo

168

Criar um Plate Layout (Layout de placa) usando o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração
da placa)
170
Usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) da placa

Capítulo 9 Correr experiências
A janela Run Setup (Configuração da corrida)
Aceder à janela Run Setup (Configuração da corrida)

170

173
174
175

Separador Protocol (Protocolo)

176

Separador Plate (Placa)

179

Separador Start Run (Iniciar corrida)

182

Correr uma experiência
Caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida)

183
185

Separador Run Status (Estado da corrida)

185

Separador Real-time Status (Estado em tempo real)

188

Separador Time Status (Estado de tempo)

191

Realizar experiências PrimePCR

192

Transferir dados autónomos para análise

194

Transferir dados por e-mail194

Transferir dados a partir do Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx

194Transferir dados utilizando o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)196

x | Software CFX Maestro Dx SEÍndice

Transferir dados usando uma unidade USB

196

Transferir dados através de uma unidade de rede partilhada usando o Sistema de PCR em
tempo real CFX Opus Dx

197

Criar um ficheiro de dados

197

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados
Janela Data Analysis (Análise de dados)

199
199

Barra de ferramentas Data Analysis (Análise de dados)

200

Barra de menu da Data Analysis (Análise de dados)

201

Informações do separador

206

Step Number Selector (Seletor de número de etapa)

206

Visualizar grupos de poços na Data Analysis (Análise de dados)

207

Alterar conteúdos de poços após uma corrida

207

Configurações de análise de dados

209

Ajustar o limiar

209

Configurações de linha de base

209

Analysis Mode (Modo de análise)

210

Cycles to Analyze (Ciclos para análise)

211

Well Selector (Seletor de poços)

212

Itens de menu do botão direito do rato para seletor de poços

213

Excluir temporariamente poços da análise

214

Gráficos

215

Ferramentas de gráficos

215

Ampliar uma área no gráfico

223

Copiar gráficos para um ficheiro da Microsoft

223

Itens de menu do botão direito do rato comuns para gráficos

223

Folhas de Cálculo
Itens de menu do botão direito do rato comuns para folhas de cálculo
Export (Exportar)

225
225
227

Exportar todas as folhas de dados

227

Exportar ficheiros RDML

228

Criar um ficheiro de exportação personalizado

229

Exportar para uma pasta LIMS

231

Exportar dados formatados para Seegene

231

Guia do utilizador | xiÍndiceCapítulo 11 Informações da análise de dados
Separador Quantification (Quantificação)

233
234

Opções de fluoróforos

234

Caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados)

235Opção Log Scale (Escala logarítmica)

236

Gráfico Standard Curve (Curva padrão)237

Opções de menu do gráfico Amplification (Amplificação)238

Folha de cálculo do separador Quantification (Quantificação)238

Separador Quantification Data (Dados de quantificação)240

Folha de Cálculo Results (Resultados)

240

Folha de Cálculo Standard Curve Results (Resultados de curva padrão)242

Folha de Cálculo Plate (Placa)

243

Folha de cálculo RFU

244

Separador Melt Curve (Curva de fusão)Ajustar os Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)Separador Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)

245
247
248

Folha de cálculo Melt Peaks (Picos de fusão)248

Folha de Cálculo Plate (Placa)

249

Folha de cálculo RFU

250

Folha de cálculo -d(RFU)/dT

251

Separador End Point (Ponto final)

252

Dados de Results (Resultados)

253

Ajustar a análise de dados de ponto final

255

Folha de cálculo RFU para End Point Analysis (Análise de ponto final)

255

Separador Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

256

Ajustar os dados de discriminação alélica

257

Opções do menu Chart (Gráfico)258

Folha de cálculo Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

258

Separador Custom Data View (Vista de dados personalizada)
Criar uma vista de dados personalizada
Separador QC (CQ)

260
261
262

Alterar os critérios de CQ

263

Excluir poços reprovados no CQ

263

Separador Run Information (Informações de corrida)xii | Software CFX Maestro Dx SE

264Índice

Relatórios de Data Analysis (Análise de dados)

265

Categorias de Data Analysis Report (Relatório de análise de dados)

266

Criar um Data Analysis Report (Relatório de análise de dados)

270

Criar Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços)

272

Capítulo 12 Análise de expressão génica

273

Configuração de placa para a análise de expressão génica

273

Configuração de placa orientada

274

Gene Expression Charts (Gráficos de expressão génica)

275

Graphing (Gráfico)276

Alterar e anotar a Chart View (Vista de Gráfico)

278

Ajustar os dados de expressão génica

284

Experiment Settings (Configurações de experiências)

286Opções do menu do botão direito

288

Folha de cálculo de dados289Opção Show Details (Mostrar pormenores)

291

Clustergram

293

Settings (Configurações)293Opções do menu do botão direito

293

Folha de cálculo de dados

293

Scatter Plot (Gráfico de dispersão)294

Configurações

294

Opções do menu do botão direito

294

Folha de cálculo de dados

294

Folha de cálculo Results (Resultados)

296

Gene Study (Estudo de genes)

297

Inter-run Calibration (Calibração entre corridas)297

Caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes)

298

Separador Study Setup (Configuração do estudo)

298

Preparar um Gene Study (Estudo de genes)

299

Separador Study Analysis (Análise do estudo)

300

Categorias de relatórios Gene Study (Estudo de genes)

301

Criar um relatório Gene Study (Estudo de genes)

304

Anexo A Cálculos da análise de dados
Eficiência da reação

305
305

Guia do utilizador | xiiiÍndice

Relative Quantity (Quantidade relativa)

305

Quantidade relativa quando é selecionado um controlo

306

Desvio padrão da quantidade relativa

306

Eficiência corrigida Cq (CqE)307

Mean Efficiency Corrected Cq (Eficiência média corrigida Cq) (MCqE)

307

Normalized Expression (Expressão normalizada)

308

Expressão e quantidade relativa para grupos biológicos309

Expressão normalizada quando for selecionado um controlo

309

Desvio padrão para a expressão normalizada

310

Expressão normalizada com escala fixada para o nível mais alto de expressão

311

Expressão normalizada com escala fixada o nível mais baixo de expressão

311

Expressão normalizada com escala fixada para o nível médio de expressão

311

Desvio padrão para a expressão normalizada com escala

313

Barras de erros para desvio padrão (lg) e erro padrão da média (lg)314

Alteração da multiplicação

315

Fórmulas de valor corrigidas

316

Cálculo do intervalo de confiança para Biological Group Analysis (Análise de grupo biológico)

317

Cálculos de Box and Whisker chart (Diagrama de caixa)

317

Anexo B Pistas de auditoria

319

Visualizar pistas de auditoria

319

Eventos auditáveis

321

Anexo C Integração LIMS
Criar ficheiros de dados compatíveis com LIMS

325
325

Configurar a pasta e as opções de exportação de dados LIMS

325

Criar um protocolo LIMS

327

Criar um ficheiro LIMS

327

Iniciar uma corrida LIMS

333

Exportar dados para um LIMS

334

Anexo D Resolução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition(Edição de Segurança)

335

Adicionar ficheiros e pastas do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)
à lista de permissões
335
Registo da aplicação
Recuperação de ficheiros de registo Aplicação e Firmware

xiv | Software CFX Maestro Dx SE

336
337

Índice

Resolução de problemas

337

Falta de energia

337Transferir ficheiros para o computador do CFX Maestro Dx SE

338

Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) manualmente

338

Reinstalar os drivers

339

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

341

Software Notices

342

ZedGraph342

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Anexo F Referências

342
342

355

Guia do utilizador | xv

Índicexvi | Software CFX Maestro Dx SE

Conformidade de segurança e regulamentar
Os sistemas de PCR em tempo real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx e CFX Opus Deepwell Dx(referidos neste guia como Sistema CFX Opus Dx) aquecem e arrefecem muito rapidamente durante a
operação. Para a operação segura do sistema de PCR em tempo real, a Bio-Rad recomenda seguir as
especificações de segurança listadas nesta secção e em todo este manual.

Rótulos de advertência de segurança
Os rótulos de advertência colocados no Sistema CFX Opus Dx e neste manual alertam para fontes deferimentos ou lesões. A Tabela 1 define cada rótulo com avisos de segurança.
Tabela 1. Advertências gerais de segurança

Ícone

Significado
Operar o Sistema CFX Opus Dx antes de ler este manual pode constituir um risco
de lesões corporais. A utilização deste instrumento de uma maneira não
especificada neste manual ou pela Bio-Rad poderá fazer com que as
funcionalidades de proteção do instrumento sejam afetadas ou desativadas.
Não existem riscos biológicos ou riscos radioativos associados ao próprio Sistema
CFX Opus Dx. Esses riscos só se tornam uma preocupação quando são
introduzidos no sistema por meio das amostras que estão a ser testadas. Aomanusear amostras com risco biológico ou radioativo, siga as precauções ediretrizes recomendadas específicas para o seu laboratório e localização. Estas
diretrizes devem incluir métodos de limpeza, monitorização e descarte para osmateriais perigosos utilizados.
Além disso, conforme identificado acima, há um pequeno risco de explosão ou de
expulsão de líquidos ou vapores dos recipientes de amostra. Ao trabalhar com
materiais perigosos, o risco de ferimentos causados por material expelido éagravado pelo próprio risco de dispersão dos materiais perigosos dentro e ao
redor do instrumento. Os utilizadores devem tomar as precauções adequadas facea tal situação.

Guia do utilizador | 17

Conformidade de segurança e regulamentar

Tabela 1. Advertências gerais de segurança, continuação

Ícone

Significado
O Sistema CFX Opus Dx funciona a temperaturas suficientemente altas paracausar queimaduras graves. Espere sempre que o bloco de amostras retorne àtemperatura ambiente antes de abrir a tampa e remover as amostras. Mesmo
depois de o bloco de amostras arrefecer, as áreas circundantes, bem como aplaca de aquecimento, podem permanecer quentes por algum tempo. Em
situações onde não há tempo suficiente para permitir que o instrumento arrefeça, érecomendada a utilização de equipamentos de proteção, como luvas térmicas ou«luvas de forno».
A segurança e o desempenho de qualquer sistema que incorpore um sistema
Sistema CFX Opus Dx é da exclusiva responsabilidade do montador do sistema.

Durante a operação normal, o Sistema CFX Opus Dx pode ficar suficientemente
quente para fazer com que os líquidos nas amostras fervam ou evaporem,
pressurizando os recipientes de amostra. Existe a possibilidade de falha dos
recipientes de amostra, levando a derrames, à pulverização de fluidos ou à rutura
explosiva, e à dispersão de vapores ou líquidos dentro e ao redor do instrumento.
Os utilizadores devem sempre operar o instrumento com a tampa fechada ou usaróculos de proteção, luvas térmicas e outros equipamentos de proteção individual
durante a operação para evitar ferimentos. Abrir o instrumento enquanto as
amostras ainda estão quentes, como após cancelar uma corrida, pode fazer comque os recipientes pressurizados derramem, pulverizem ou jorrem líquido. Espere
sempre que as amostras arrefeçam antes de abrir a tampa.
Os utilizadores nunca devem executar uma reação com uma tampa ou vedação
que esteja aberta, solta, perfurada ou danificada, pois isso aumenta aprobabilidade de rutura ou explosão.
Os utilizadores nunca devem executar uma reação com reagentes voláteis que
possam aumentar a probabilidade de rutura ou explosão.

18 | Software CFX Maestro Dx SE

Conformidade de segurança e regulamentar

Conformidade de segurança e regulamentar
Conformidade de segurança
O Sistema CFX Opus Dx foi testado e considerado em conformidade com todos os requisitos aplicáveis
das seguintes normas de segurança e padrões eletromagnéticos:n

IEC 61010-1:2010 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo e delaboratório, Parte 1: Requisitos geraisn

IEC 61010-2-010:2019 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamento de laboratório para oaquecimento de materiaisn

IEC 61010-2-081:2019 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório automáticos
e semiautomáticos para análises e outros usosn

IEC 61010-2-101:2018 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamento médico para diagnóstico invitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos demedição, de controlo e de laboratório, Parte 1: Requisitos geraisn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos demedição, de controlo e de laboratório, Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamento delaboratório para o aquecimento de materiaisn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos demedição, de controlo e de laboratório, Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos delaboratório automáticos e semiautomáticos para análises e outros usosn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, decontrolo e de laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamento médico paradiagnóstico in vitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo e delaboratório, Parte 1: Requisitos gerais

Guia do utilizador | 19

Conformidade de segurança e regulamentarn

EN 61010-2-010:2014 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamento de laboratório para oaquecimento de materiaisn

EN 61010-2-081:2015 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório automáticos
e semiautomáticos para análises e outros usosn

EN 61010-2-101:2017 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamento médico para diagnóstico invitro (IVD)n

UL 61010-1:2012 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo e delaboratório — Parte 1: Requisitos geraisn

UL 61010-2-010:2019 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamento de laboratório para oaquecimento de materiaisn

UL 61010-2-081:2019 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo ede laboratório — Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório automáticos
e semiautomáticos para análises e outros usosn

UL 61010-2-101:19 Requisitos de segurança para aparelhos elétricos de medição, de controlo e delaboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamento médico para diagnóstico invitro (IVD)

Compatibilidade eletromagnética (CEM)
O Sistema CFX Opus Dx foi testado e considerado em conformidade com todos os requisitos aplicáveis
das seguintes normas de compatibilidade eletromagnética:n

IEC 61326-1:2012 Equipamento elétrico de medição, de comando e de laboratório — Requisitos
relativos à CEM — Parte 1: Requisitos gerais Requisitos gerais. Testado como um dispositivo deClasse An

IEC 61326-2-6:2012 Equipamento elétrico de medição, de comando e de laboratório — Requisitos
relativos à CEM — Parte 2–6: Requisitos particulares — Equipamento médico para diagnóstico invitro (IVD)

20 | Software CFX Maestro Dx SE

Conformidade de segurança e regulamentarn

EN 61326-1:2013 Equipamento elétrico de medição, de comando e de laboratório — Requisitos
relativos à CEM — Parte 1: Requisitos gerais. Testado como um dispositivo de Classe An

EN 61326-2:-6:2013 Equipamento elétrico de medição, de comando e de laboratório — Requisitos
relativos à CEM — Parte 2–6: Requisitos particulares — Equipamento médico para diagnóstico invitro (IVD)nParte 15, subparte B, secções 15.107 e 15.109 da FCC. Testado como um dispositivo digital ClasseAn

CAN ICES-003v6:2019 Norma de equipamento causador de interferência, equipamento detecnologia da informação (incluindo aparelho digital) — Limites e métodos de medição. Testado paraos limites da Classe A

Advertências e observações da CEMnAdvertência: alterações ou modificações desta unidade que não sejam expressamente aprovadas
pela Bio-Rad podem anular a autoridade do utilizador para operar o equipamento.

nObservação: este equipamento foi testado e está em conformidade com os limites para dispositivos
digitais de Classe A, conforme a parte 15 das regras da FCC. Esses limites foram estabelecidos para
oferecer proteção razoável contra interferência prejudicial quando o equipamento é operado em
ambiente comercial. O equipamento gera, usa e pode irradiar energia de radiofrequência e, se nãofor instalado e utilizado de acordo com o manual de instruções, pode causar interferência prejudicial
em comunicações via rádio. É provável que a operação deste equipamento numa área residencial
cause interferência prejudicial, em cujo caso o utilizador deverá corrigir a interferência pelos seus
próprios meios.

nObservação sobre a conformidade FCC: embora este instrumento tenha sido testado econsiderado conforme com a parte 15, subparte B das regras da FCC para um dispositivo digital daClasse A, tenha em atenção que esta conformidade é voluntária, pois o instrumento qualifica-se
como um «dispositivo isento» ao abrigo da 47 CFR 15.103(c), com relação aos regulamentos da
FCC citados em vigor no momento do fabrico.

nObservação relativa a cabos: Este instrumento foi testado quanto à conformidade CEM usando
cabos USB especialmente projetados, que são fornecidos com o instrumento. Devem ser utilizados
estes cabos, ou substitutos autorizados pela Bio-Rad com este instrumento para garantir aconformidade contínua com os limites de emissões CEM.

Guia do utilizador | 21

Conformidade de segurança e regulamentar

Requisitos ambientais
O Sistema CFX Opus Dxs foi projetado para operar com segurança nas condições ambientais listadas na
seguinte tabela.
Tabela 2. Requisitos ambientais do Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx

Parâmetro

Especificação

Ambiente

Apenas para uso interno

Altitude de funcionamento

Até 2.000 metros acima do nível do mar

Temperatura ambiente da sala

15–31 °C*

Temperatura de transporte e-20° a 60 °C**armazenamento-4 a 140 °F

Humidade relativa

20% a 80% (sem condensação)***Potência de funcionamento

100 a 240 VCA ±10%, 50/60 Hz, 850 W máx.

Flutuação da tensão de alimentação da rede

±10%

Energia máxima utilizada<850 watts

Fusíveis

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, fusão rápida (qtd. 2)

Categoria de sobretensão

II

Grau de poluição

2*O funcionamento do instrumento fora desta gama de temperaturas pode não cumprir as
especificações de desempenho. Uma temperatura ambiente entre 5-40 °C é considerada segura.
**Armazenar e transportar o instrumento no seu contentor de transporte para satisfazer estas
condições de temperatura.
***Operar o instrumento a 4 ⁰C deve ser limitado a 18 horas nestas condições. Pode ser realizado em 4⁰C durante um máximo de 72 horas se a humidade for inferior a 60% (sem condensação).

22 | Software CFX Maestro Dx SE

Riscos

RiscosO Sistema CFX Opus Dx é concebido para funcionar em segurança quando utilizado da forma indicada
pelo fabricante. Se o sistema ou qualquer um de seus componentes associados for utilizado de maneiranão especificada pelo fabricante, a proteção inerente fornecida pelo instrumento poderá ser afetada. A
Bio-Rad não é responsável por qualquer lesão ou dano causado pela utilização deste equipamento demaneira não especificada, ou por modificações no instrumento não realizadas pela Bio-Rad ou por um
agente autorizado. A assistência do Sistema CFX Opus Dx deve ser realizada apenas por pessoal com
formação no Bio-Rad .

Riscos biológicos
O Sistema CFX Opus Dx é um produto de laboratório. Porém, se houver presença de materiais que
sejam potenciais riscos biológicos, siga as diretrizes abaixo e cumpra qualquer diretriz local específica
para o seu laboratório e localização:Observação: não é emitida nenhuma substância de risco biológico durante a operação normal
deste instrumento.

Precauções geraisn

Use sempre luvas de laboratório, bata e óculos de segurança com proteção lateral ou óculos deproteção.

nMantenha as mãos longe da boca, nariz e olhos.

nProteja completamente qualquer corte ou arranhão antes de trabalhar com materiais potencialmente
infeciosos.

nLave bem as mãos com água e sabão depois de trabalhar com qualquer material potencialmente
infecioso antes de sair do laboratório.

nRetire o relógio e as joias antes de trabalhar na bancada.

nArmazene todos os materiais infeciosos ou potencialmente infeciosos em recipientes inquebráveis à
prova de derrames.

n

Antes de sair do laboratório, remova o vestuário de proteção.

nNão use as mãos com luvas para escrever, atender ao telefone, acender a luz ou tocar algo que
outras pessoas possam tocar sem luvas.

nTroque as luvas com frequência. Retire as luvas imediatamente quando estiverem visivelmentecontaminadas.

Guia do utilizador | 23

Conformidade de segurança e regulamentarnNão exponha materiais que não podem ser devidamente descontaminados a material
potencialmente infecioso.

n

Ao concluir uma operação que envolva material que represente risco biológico, descontamine a áreade trabalho com um desinfetante apropriado (uma solução de lixívia doméstica 1:10, por exemplo).

24 | Software CFX Maestro Dx SE

Riscos

Descontaminação da superfície
AVISO! Para evitar choques elétricos, deve desligar e retirar sempre a ficha do
instrumento da tomada antes de realizar os procedimentos de descontaminação.

As seguintes áreas podem ser limpas com qualquer desinfetante bactericida, virucida ou fungicida de uso
hospitalar:nTampa exterior e chassisnSuperfície interior do bloco de amostras e poços de blocos de amostrasnPainel de controlo e ecrãPara preparar e aplicar o desinfetante, consulte as instruções fornecidas pelo fabricante do produto. Lavesempre os poços do bloco de amostras e o bloco de amostras várias vezes com água após aplicar um
desinfetante. Seque completamente o bloco de amostras e os poços do bloco de amostras após oenxaguamento com água.
Importante: não use detergentes abrasivos ou corrosivos ou soluções alcalinas fortes. Estes
agentes podem arranhar superfícies e danificar o bloco de amostras, resultando em perda docontrolo térmico preciso.

Descarte de materiais que representam um risco biológico
Descarte os seguintes materiais potencialmente contaminados de acordo com os regulamentos locais,regionais e nacionais de laboratório:nAmostras clínicas

nReagentes

nFrascos de reação utilizados ou outros consumíveis que possam estar contaminados.

Riscos químicos
O Sistema CFX Opus Dx não contém quaisquer materiais químicos potencialmente perigosos.

Riscos de explosão ou de inflamabilidade
O Sistema CFX Opus Dx não apresenta nenhum risco fora do normal relacionado com a inflamabilidadeou explosão quando utilizado de maneira apropriada, conforme especificado pelos Laboratórios da BioRad.

Guia do utilizador | 25

Conformidade de segurança e regulamentar

Riscos elétricos
O Sistema CFX Opus Dx não representa nenhum risco elétrico fora do normal para os operadores se
instalado e operado corretamente, sem modificação física e ligado a uma fonte de energia com aespecificação correta.

Transporte
Antes de mover ou transportar o Sistema CFX Opus Dx, devem ser executados os procedimentos dedescontaminação. Mova sempre ou transporte o sistema num contentor separado no material deembalagem Bio-Rad fornecido, que protege o sistema contra danos.
Para obter informações sobre como transportar o sistema e solicitar o material de embalagem adequado,
entre em contacto com o escritório local da Bio-Rad.

Bateria
O Sistema CFX Opus Dx usa uma bateria de lítio de 3 V do tipo moeda de metal e uma bateria
recarregável de níquel-hidreto metálico de 4,8 V para manter as configurações de hora em caso de perda
de energia CA. Se os dados de hora não permanecerem configurados após o encerramento da unidade,isso pode indicar que as baterias estão a ficar fracas.
AVISO! Não tente mudar as pilhas. Não podem receber assistência pelo utilizador.
Contacte com o Suporte Técnico da Bio-Rad para obter assistência.

Apenas para o Estado da Califórnia, EUAnMaterial de perclorato — As baterias de lítio contêm material de perclorato; pode ser necessário
manuseio especial. Consulte www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Descarte
O Sistema CFX Opus Dx contém materiais elétricos que não devem ser descartados como resíduos não
triados; devem ser recolhidos separadamente, de acordo com a Diretriz da União Europeia 2012/19/UE
sobre resíduos e equipamentos eletrônicos — Diretriz WEEE. Antes proceder ao descarte, contacte com
o representante local da Bio-Rad para obter instruções específicas do país.

26 | Software CFX Maestro Dx SE

Garantia

Garantia
O Sistema CFX Opus Dx e os seus acessórios associados estão cobertos por uma garantia Bio-Radpadrão. Entre em contacto com o seu escritório local da Bio-Rad para obter informações sobre agarantia.

Guia do utilizador | 27

Conformidade de segurança e regulamentar

28 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 1 Introdução
Os sistemas de amplificação de PCR de alto desempenho da Bio-Rad apresentam os mais recentesavanços tecnológicos, proporcionando maior precisão e reprodutibilidade na amplificação de ácidos
nucleicos para experiências genómicas.
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) da Bio-Rad é compatível com os
instrumentos seguintes e apresenta ficheiros executáveis otimizados para os ensaios de iniciadores e
sondas PrimePCR da Bio-Rad:n

CFX Sistema de PCR em tempo real Opus 96 Dx (referido neste guia como CFX Opus 96 Dx)nSistema de PCR em tempo real CFX Opus 384 Dx (referido neste guia como CFX Opus 384 Dx)nSistema de PCR em tempo real CFX Opus Deepwell Dx (conhecido neste guia como CFX Opus
Deepwell Dx)

Guia do utilizador | 29

Capítulo 1 Introdução

Com o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) (referido neste guia como
CFX Maestro Dx SE), é possível interpretar dados complexos e elaborar estudos poderosos para análise
genética. Com apenas alguns cliques, é possível configurar estudos e compreender o estudo deexpressão génica com ferramentas como testes t, ANOVA unidirecional, análise de controlos PrimePCRe a ferramenta de seleção de genes de referência. Em seguida, é possível preparar os resultados parapublicações e posters com as ferramentas de visualização e anotação de dados altamente
personalizáveis do CFX Maestro Dx SE.
Observação: A exibição de alguns ecrãs no CFX Maestro pode parecer diferente dos
representados neste guia do utilizador. A exibição no software é correta, e a funcionalidade é amesma.
Importante: A cibersegurança visa a proteção de bens no ciberespaço contra ciberataques. Atravésda cibersegurança, a Bio-Rad protege o seu pessoal, a sua informação, os seus sistemas e a sua
reputação no ciberespaço. O ciberespaço é um mundo continuamente ligado e tecnologicamenteinterligado constituído por pessoas, organizações, informação e tecnologias.
A reação rápida é importante para a resolução de problemas de cibersegurança! Se suspeitar de um
potencial problema de cibersegurança relativa ao seu instrumento ou de uma violação da cibersegurança
no seu local, contacte imediatamente o seu representante da Bio-Rad para obter suporte técnico.

30 | Software CFX Maestro Dx SE

Principais funcionalidades do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Principais funcionalidades do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança)
Com o CFX Maestro Dx SE, é possível realizar as seguintes operações:nAnalisar dados usando gráficos de barra, clustergrams ou gráficos de dispersão para interpretar ecompreender rapidamente os resultados obtidos.

nPersonalizar a representação dos dados obtidos e exportar gráficos de alta resolução parapublicação e geração de relatórios.

nDeterminar a qualidade do RNA e solucionar problemas de experiências com controlos de análise
PrimePCR.

n

Selecionar o gene de referência apropriado e analisar a sua estabilidade com a ferramenta
Reference Gene selection (Seleção de gene de referência).

nRealizar análise estatística, inclusive ANOVA unidirecional em análise de expressão génica.

Este guia do utilizador descreve estas funcionalidades e como as utilizar.

Como saber mais
Após instalar o CFX Maestro Dx SE e configurar o instrumento de PCR associado ao Bio-Rad, podeaceder a este guia, bem como a tópicos de ajuda CFX Maestro Dx SE detalhados a partir do menu Help
(Ajuda) em qualquer visualização.
Dica: clique no logotipo do Bio-Rad, no canto superior direito de qualquer janela do CFX Maestro Dx
SE para abrir o site da Bio-Rad. Este site inclui ligações para notas técnicas, manuais, vídeos,
informações sobre produtos e suporte técnico. Este site também fornece muitos recursos técnicos
numa ampla variedade de métodos e aplicações relacionados ao PCR, ao PCR em tempo real e à
expressão génica.

Guia do utilizador | 31

Capítulo 1 Introdução

32 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança)
Este capítulo explica como instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança).
Para obter mais informações sobre como configurar os instrumentos de PCR em tempo real suportados
da Bio-Rad, consulte o guia apropriado.
O CFX Maestro Dx SE é necessário para analisar dados de PCR em tempo real dos sistemas de PCR em
tempo real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx e CFX Opus Deepwell Dx. Também é possível usar este
software para controlar esses sistemas no modo controlado por software.
Os sistemas CFX Opus Dx são enviados com um cabo USB no saco de acessórios. Use o cabo USB
para ligar o computador com o CFX Maestro Dx SE ao Sistema CFX Opus Dx.
Remova os materiais de embalagem e guarde-os para uso futuro. Se algum item estiver em falta ou
danificado, entre em contacto com o escritório local da Bio-Rad.

Guia do utilizador | 33

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Requisitos de sistema
A Tabela 3 lista os requisitos de sistema mínimos e recomendados para o computador que executa o
CFX Maestro Dx SE.
Tabela 3. Requisitos do computador para o CFX Maestro Dx SE

SistemaMínimoRecomendado

Sistema

Microsoft Windows 10 (apenas

Microsoft Windows 10 (apenas 64 bits),

operacional

64 bits), compilação 1511 ou

compilação 1511 ou posterior, com as últimas

posterior, com as últimas

atualizações de segurança.

atualizações de segurança.
Observação: O Windows 11 também suporta CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança).
Importante: a inicialização no modo de segurança deve ser desativada nos computadores que
executam o CFX Maestro Dx SE. Os computadores que executam o CFX Maestro Dx SE devem serconfigurados de forma a não reiniciarem automaticamente após uma atualização de segurança ou dosistema se uma corrida estiver em curso. Consulte o administrador do sistema para obter assistência.
Portas2 portas USB 2.0 de alta

2 portas USB 2.0 de alta velocidade

velocidade
Espaço no disco

128 GB

128 GB

2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

4 GB RAM

8 GB RAM

Resolução do1024 x 768 com modo de cor real

1280 x 1024 com modo de cor real

rígidoVelocidade doprocessador

ecrã
Leitor PDF

Adobe PDF Reader ou Windows PDF Reader
de um dos pacotes do Microsoft Officesuportados:n 2016n 2019Localização

Microsoft Windows de 64 bits

Microsoft Windows de 64 bits suportado em

suportado em inglês, chinês einglês, chinês e russo

russo

34 | Software CFX Maestro Dx SE

Requisitos de sistema

Observação: se planeia executar o software CFX Automation Control no mesmo computador que o
CFX Maestro Dx SE, configure a resolução de ecrã para 1280 x 1024 com modo de cor real.

Guia do utilizador | 35

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Instalação de CFX Maestro Dx SE Software
Importante: deve-se desconectar quaisquer instrumentos ligados ao computador do CFX Maestro
Dx SE antes de instalar ou fazer upgrade do software. Não é necessário desligar o instrumento
durante a instalação do software. Certifique-se de que guardou todas as corridas e que não está acorrer nenhuma experiência.
Observação: verifique se o Secure Boot (inicialização em modo de segurança) está desativado
antes de iniciar o procedimento de instalação. Certifique-se de que o computador está configuradode forma a não reiniciar automaticamente após uma atualização de segurança ou do sistema se
estiver em curso uma corrida. Consulte o administrador do sistema para obter assistência.

Como instalar o software do CFX Maestro Dx SE
1.

Se necessário, desconecte todos os instrumentos ligados ao computador.
Localize e desligue o cabo USB do instrumento no computador do CFX Maestro Dx SE. A
extremidade inserida no Sistema CFX Opus Dx pode permanecer no lugar.

2.

Inicie a sessão no computador do CFX Maestro Dx SE com privilégios de administração.

3.

Insira a unidade USB do software CFX Maestro Dx SE na porta USB do computador.

4.

No Windows Explorer, aceda e abra a unidade USB do software CFX Maestro Dx SE.
A unidade USB contém as Release Notes (Notas de versão) e as seguintes pastas:
n

CFX

n

Driversn

Firmwaren

Quick Start (Início rápido)
Juntamente com outros ficheiros, a pasta CFX contém o instalador de software do CFX Maestro
Dx SE (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Abra a pasta CFX e clique duas vezes em CFXMaestroDxSetup.exe para iniciar o instalador.

6.

Siga as instruções de instalação no ecrã.
Quando concluído, o ícone Bio-Rad CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança) aparece no ambiente de trabalho do computador.
Dica: O instalador do CFX Maestro instala automaticamente o guia do utilizador do
CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança). Para localizar estas guias,
navegue até ao menu Help (Ajuda) e selecione Open User Guide (Abrir guias do utilizador).

7.

Após a conclusão da instalação, é possível ejetar com segurança a unidade USB do software.

36 | Software CFX Maestro Dx SE

Instalação de CFX Maestro Dx SE Software

Detetar os instrumentos ligados
Durante a instalação, o instalador do CFX Maestro Dx SE instala automaticamente os drivers do
instrumento no computador do CFX Maestro Dx SE. O CFX Maestro Dx SE deteta os instrumentos
ligados quando inicia o software.

Como detetar instrumentos ligados
1.

Se ainda não o tiver feito, insira a extremidade quadrada (macho) do cabo USB tipo B fornecido à
porta USB tipo B localizada na parte traseira da base do instrumento.

2.

Insira a outra extremidade (porta) numa porta USB no computador do CFX Maestro Dx SE.

3.

Se o instrumento ainda não estiver ligado, pressione o interruptor ligar/desligar no instrumento paraligá-lo.

4.

Inicie o CFX Maestro Dx SE.

O software deteta automaticamente o instrumento ligado e exibe o nome no painel Detected Instruments(Instrumentos detetados) na janela Home (Início).
Observação: se o instrumento não aparecer no painel Detected Instruments (Instrumentos
detetados), verifique se o cabo USB está instalado corretamente. Para reinstalar os drivers,
selecione Tools (Ferramentas) > Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar drivers do instrumento) na
janela Home (Início) do CFX Maestro Dx SE.

Guia do utilizador | 37

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Ficheiros de software
A Tabela 4 lista os tipos de ficheiro do CFX Maestro Dx SE.
Tabela 4. Tipos de ficheiro do CFX Maestro Dx SE

Tipo de ficheiro

Extensão

Informação

Protocolo.prcl

Contém pormenores de configuração do protocolo para
executar uma corrida de PCR.

Placa

.pltd

Contém pormenores de configuração da placa para
executar uma corrida de PCR.

Dados

.pcrd

Contém os resultados de uma corrida de experiência e deanálise de PCR.

Corrida PrimePCR.csv

Contém o protocolo e o esquema das placas para as placas
PrimePCR.

Estudo de genes.mgxd

Contém os resultados de múltiplas corridas PCR e análises
de expressão génica.

Ficheiro de dados.zpcr

prévios autónomos
LIMS

Contém leituras de fluorescência da operação autónoma
que são convertidos num ficheiro de dados.

.plrn

Contém informações de configuração da placa e do
protocolo requeridos para realizar uma corrida compatível
com LIMS.

JSON

.json

Um ficheiro somente de leitura gerado apenas pelos
sistemas CFX Opus Dx. Contém os dados do ficheiro
executável que aparecem no painel de informações no FileBrowser (Explorador de ficheiros) quando é selecionado
um ficheiro executável. É gerado após a conclusão de uma
corrida. É exportado com o ficheiro .zpcr e guardado com
os ficheiros de dados quando a Save Location (Localização
de armazenamento) é uma unidade USB ou uma pasta derede partilhada.

38 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no
CFX Maestro Dx Software, Security Edition(Edição de Segurança)
No CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança), os utilizadores iniciam a sessão
com o seu nome de utilizador e palavra-passe do Windows. A pessoa que instalou o CFX Maestro Dx SE
recebe automaticamente a função Administrator (Administrador) e pode criar e gerir contas e funções deutilizadores. Todos os outros utilizadores devem ter uma conta de utilizador atribuída para iniciar asessão e utilizar o software.
Importante: cada utilizador deve ter uma conta e uma palavra-passe do Windows no computador do
CFX Maestro Dx SE antes de lhe ser atribuída uma conta de utilizador e uma função. Os utilizadores
podem ser membros do grupo Windows Users (Utilizadores do Windows) ou do grupo Windows
Administrators (Administradores do Windows). Os membros do grupo Windows Users (Utilizadores
do Windows) podem aceder apenas aos seus próprios ficheiros e pastas do CFX Maestro Dx SE. Os
membros do grupo Windows Administrators (Administradores do Windows) podem aceder aos
ficheiros e pastas de todos os utilizadores do computador.
O desta secção explica como criar utilizadores do Microsoft Windows para adicioná-los ao CFX Maestro
Dx SE. Esta secção também explica como adicionar utilizadores do CFX Maestro Dx SE e gerir funções epermissões de utilizador.

Guia do utilizador | 39

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Iniciar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição
de Segurança)
Observação: cada utilizador deve iniciar a sessão com o seu nome de utilizador e palavra-passe do
Windows.

Como iniciar o CFX Maestro Dx SE
1.

Na área de trabalho do computador do CFX Maestro Dx SE, clique duas vezes no ícone de atalho do
CFX Maestro Dx SE para iniciar a aplicação.

2.

Na caixa de diálogo Login (Início de Sessão), digite a sua palavra-passe do Windows e clique em
OK.

O CFX Maestro Dx SE é aberto na janela inicial. A barra de título exibe o nome de utilizador do
Windows do utilizador com a sessão iniciada, e a barra de menu exibe uma etiqueta azul indicandoque o software é compatível com a parte 11, título 21 do CFR, por exemplo:

40 | Software CFX Maestro Dx SE

Iniciar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Guia do utilizador | 41

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Adicionar utilizadores do Microsoft Windows ao computador
do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança)
Todos os utilizadores devem iniciar a sessão no computador do CFX Maestro Dx SE com o seu nome deutilizador e a palavra-passe do Windows. Para um acompanhamento rigoroso das auditorias, as contas
de utilizador do Windows não podem ser adicionadas por meio da caixa de diálogo Start (Iniciar) >Settings (Configurações) > Accounts (Contas). As contas de utilizador do Windows devem ser
adicionadas por meio da consola de gestão do computador.
Importante: as alterações feitas às propriedades do utilizador do Windows (incluindo o nome deutilizador e o nome completo) após a criação do utilizador do CFX Maestro Dx SE associado invalidao utilizador do CFX Maestro Dx SE. Certifique-se de que as informações estão corretas antes deguardar o utilizador do Windows e criar o utilizador do CFX Maestro Dx SE associado.
Dica: reveja a documentação de administração do Microsoft Windows e consulte o administrador dosistema Windows para obter mais informações antes de criar contas do Windows.

Como adicionar contas de utilizador do Windows ao computador do CFX Maestro Dx SE
1.

Inicie a sessão no computador do CFX Maestro Dx SE como membro do grupo de administradores
do Windows.

2.

Na área de trabalho, clique com o botão direito em My Computer (O meu computador) e selecione
Manage (Gerir) para abrir a consola Computer Management (Gestão do computador).

3.

Em Computer Management (Gestão do computador), expanda Local Users and Groups(Utilizadores e grupos locais).

4.

Clique com o botão direito na pasta Users (Utilizadores) e selecione New User (Novo utilizador) para
abrir a caixa de diálogo New User (Novo utilizador).

42 | Software CFX Maestro Dx SE

Adicionar utilizadores do Microsoft Windows ao computador do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de5.

6.

Na caixa de diálogo New User (Novo utilizador), deve preencher os seguintes campos:nUser name (Nome de utilizador)n

Full name (Nome completo)n

Password (Palavra-passe)nConfirm password (Confirmar a palavra-passe)

Clique em Create (Criar).

Guia do utilizador | 43

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Adicionar e remover utilizadores do CFX Maestro Dx
Software, Security Edition (Edição de Segurança)
Dica: apenas utilizadores com a função Administrator (Administrador) do CFX Maestro Dx SE
podem criar e remover contas de utilizador do CFX Maestro Dx SE. A pessoa que instalou o
CFX Maestro Dx SE recebe automaticamente a função de administrador. Essa pessoa pode atribuir
a função Administrator (Administrador) a outros utilizadores.
Observação: no CFX Maestro Dx SE, deve ser atribuída a função Administrator (Administrador) apelo menos um utilizador.

Como adicionar contas de utilizador do CFX Maestro Dx SE
1.

Verifique se cada utilizador pretendido é membro do grupo Windows Users (Utilizadores do
Windows) ou do grupo Windows Administrators (Administradores do Windows) e possui uma
palavra-passe do Windows no computador do CFX Maestro Dx SE.

2.

Inicie o CFX Maestro Dx SE e inicie a sessão como Administrator (Administrador).

3.

Na janela Home (Início), selecione User (Utilizador) > User Administration (Administração deutilizadores).

44 | Software CFX Maestro Dx SE

Adicionar e remover utilizadores do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

É exibida a caixa de diálogo User Administration (Administração de utilizadores).

4.

Na secção Manage Users (Gerir utilizadores), forneça as seguintes informações para cadautilizador:n

User name (Nome de utilizador) — no CFX Maestro Dx SE , deve ser o nome que o utilizador
usa para fazer iniciar a sessão no Windows.

nFull name (Nome completo) — o nome completo do utilizador.
Este nome é exibido no campo Full User (utilizador completo) na pista de auditoria. Este nome
deve ser idêntico ao nome inserido no campo Full Name (Nome completo) quando o utilizador
do Windows foi criado.

nRole (Função) — a função a ser atribuída ao utilizador.
Observação: só pode selecionar uma função na lista suspensa. Consulte Gerir as funções
do utilizador do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) para
obter mais informações.

n

Domain (Domínio) — o domínio do Windows a partir do qual o utilizador acede ao software.
Consulte o administrador do sistema Windows para obter mais informações.

Guia do utilizador | 45

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo User
Administration (Administração de utilizadores).

Como remover uma conta de utilizador do CFX Maestro Dx SE
1.

Inicie o CFX Maestro Dx SE e inicie a sessão como Administrator (Administrador).

2.

Na janela Home (Início), selecione User (Utilizador) > User Administration (Administração deutilizadores) para abrir a caixa de diálogo User Administration (Administração de utilizadores).

3.

No painel Manage Users (Gerir utilizadores), selecione Remove (Remover) para cada utilizador que
deseje remover.

4.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo User
Administration (Administração de utilizadores).

Gerir as funções do utilizador do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança)
Importante: o CFX Maestro Dx SE requer que pelo menos um utilizador seja atribuído à função
Administrator (Administrador). Pode atribuir essa função a mais de um utilizador.
O CFX Maestro Dx SE tem quatro funções de utilizador. Cada utilizador deve ter uma função atribuída
para aceder ao software. Embora os utilizadores possam ter apenas uma função atribuída, é possível
alterar a função de um utilizador a qualquer momento.
Exceto para a função Administrator (Administrador), é possível alterar as permissões atribuídas a cadafunção. Todos os utilizadores a quem foi atribuída uma função herdam apenas as permissões dessafunção.
Por predefinição, os direitos para cada função são os seguintes:
nAdministrator (Administrador) — esta função tem todas as permissões; não é possível alterar estas
permissões.

nPrincipal — esta função tem todas as permissões, exceto para configurar o e-mail.

n

Operator (Operador) — esta função tem todas as permissões, exceto para saltar ciclos e configuraro e-mail.

n

Guest (Convidado) — esta função só pode ler os ficheiros.

Ao atribuir funções no CFX Maestro Dx SE, determine cuidadosamente os requisitos para cada utilizador.
Por exemplo, sem permissão para guardar, os utilizadores a quem foi atribuída a função Guest(Convidado) não poderão assinar um ficheiro. Sem permissão para configurar uma conta de e-mail,nenhuma das funções receberá e-mails quando uma corrida for concluída.

46 | Software CFX Maestro Dx SE

Gerir as funções do utilizador do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Como modificar as permissões de uma função
1.

Inicie o CFX Maestro Dx SE e inicie a sessão como Administrator (Administrador).

2.

Na janela Home (Início), selecione User (Utilizador) > User Administration (Administração deutilizadores) para abrir a caixa de diálogo User Administration (Administração de utilizadores).

3.

Na secção Manage Rights (Gerir direitos), para cada função, desmarque ou marque a caixa deseleção de permissões específicas conforme necessário.

4.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo User
Administration (Administração de utilizadores).

Visualizar a sua função e as suas permissões
Dica: os utilizadores a quem foram atribuídas as funções de utilizador Principal (Principal), Operator(Operador) ou Guest (Convidado) podem ver apenas as suas próprias configurações, permissões efunções de utilizador. Os utilizadores a quem foi atribuída a função Administrator (Administrador)podem ver todas as permissões e funções de utilizador.

Como ver as suas permissões e função de utilizadoruNa janela Home (Início), selecione User (Utilizador) > User Administration (Administração deutilizadores).

Entre em contacto com o administrador do CFX Maestro Dx SE para modificar as configurações, as
permissões e as funções de utilizador listadas na janela User Administration (Administração deutilizadores).

Guia do utilizador | 47

Capítulo 3 Gerir contas de utilizador no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

48 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança)
Importante: o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) usa aautenticação de utilizador do Microsoft Windows para verificar o acesso a ficheiros de dados seguros
do CFX. Entre em contacto com o administrador do Windows para criar um ambiente que atenda aosrequisitos da parte 11, título 21 do CFR.
Utilizando o CFX Maestro Dx SE, os utilizadores podemnAssinar ficheiros de dados e de estudo de genes.

nProteger os ficheiros de dados com palavra-passe.

nVisualizar e imprimir pistas de auditoria.

Esta secção descreve estas funcionalidades em pormenor.

Ficheiros seguros
Por predefinição, o CFX Maestro Dx SE guarda os ficheiros seguros na pasta pessoal do utilizador com asessão iniciada, localizada em
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Pode guardar e editar ficheiros .pcrd nessa pasta. Esta pasta contém ligações para outras pastas (porexemplo, a Pasta Sample Files (Ficheiros de amostra)) que contêm ficheiros que são apenas de leitura.
No entanto, um administrador pode apagar o conteúdo dessa pasta.
Dica: como alternativa, o administrador do sistema Windows pode criar uma pasta partilhada e oadministrador do CFX Maestro Dx SE pode programar o software para guardar todos os ficheiros
nessa pasta.
No CFX Maestro Dx SE, os ficheiros de placa, protocolo, dados e estudo de genes são marcados comoseguros quando guardados. Pode criar esses ficheiros no software CFX Maestro ou no CFX Maestro Dx
SE. Depois de serem guardados no CFX Maestro Dx SE, poderá abri-los apenas no CFX Maestro Dx SE.
O CFX Maestro Dx SE cria pistas de auditoria para todos ficheiros seguros de dados e de estudos degenes (ficheiros .prcd e .mgxd, respetivamente). O software regista todas as atividades auditáveis na
pista de auditoria do ficheiro. Para obter mais informações, consulte Pistas de auditoria na página 319.

Guia do utilizador | 49

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Assinar ficheiros seguros
Depois de guardar um ficheiro no CFX Maestro Dx SE, os utilizadores podem adicionar uma assinatura
eletrónica. Para assinar um ficheiro, a função do utilizador deve ter permissão para guardar um ficheiro.
Por exemplo, por predefinição, a função Guest (Convidado) não tem permissão para guardar um ficheiroe, portanto, os utilizadores a quem foi atribuída essa função não podem assinar um ficheiro.
No CFX Maestro Dx SE, os ficheiros assinados não são definidos como somente de leitura. Podem serrevistos, modificados e assinados várias vezes. Todas as alterações e assinaturas são rastreadas na
pista de auditoria do ficheiro. Pode assinar os seguintes tipos de ficheiro:nFicheiros de dados (.pcrd)nFicheiros de estudo de genes (.mgxd)

Observação: os ficheiros devem ser guardados antes de serem assinados. Se efetuou uma corrida
no CFX Maestro Dx SE, guarde primeiro o ficheiro de dados criado.

Como assinar um ficheiro
1.

Inicie a sessão no CFX Maestro Dx SE com as suas credenciais de início de sessão do Windows.

2.

Abra o ficheiro de dados seguro ou o ficheiro de estudo de genes que deseja assinar.

3.

Escolha File (Ficheiro) > Sign (Assinar). É exibida a caixa de diálogo Electronic Signature(Assinatura eletrónica).

50 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Digite o seu nome de utilizador e palavra-passe do Windows e o motivo para assinar o ficheiro.
O nome de utilizador e o motivo da assinatura são incluídos na pista de auditoria (para obter mais
informações, consulte Pistas de auditoria na página 319).

5.

Clique em OK para enviar a assinatura e fechar a caixa de diálogo.

Modificar ficheiros seguros
No CFX Maestro Dx SE, os utilizadores podem modificar ficheiros seguros, incluindo ficheiros de dados
assinados e não assinados e ficheiros de estudo de genes. O software solicita que forneça um motivo
para a alteração ao guardar um ficheiro seguro modificado de dados ou de estudo de genes. As
alterações são rastreadas na pista de auditoria do ficheiro.
Dica: como o software não cria pistas de auditoria para ficheiros de placa ou de protocolo, não énecessário fornecer um motivo ao guardar as alterações nesses ficheiros.

Como guardar um ficheiro de dados ou de estudo de genes modificado
1.

Inicie a sessão no CFX Maestro Dx SE com as suas credenciais de início de sessão do Windows.

2.

Abra e modifique um ficheiro de dados seguro ou um ficheiro de estudo de genes.
Dica: para obter uma lista de atividades auditáveis, consulte Eventos auditáveis na página 321.

Guia do utilizador | 51

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

3.

Escolha File (Ficheiro) > Save (Guardar). É exibida a caixa de diálogo Audit Trail Change Reason(Motivo da alteração da pista de auditoria).

Esta caixa de diálogo exibe as seguintes informações, que são capturadas no cabeçalho da pista deauditoria do ficheiro para cada evento de alteração:nDate (Data) — a data em que a alteração ocorreu.

nUser (Utilizador) — o domínio do Windows e o nome do utilizador com a sessão iniciada.

nComment (Comentário) — o último comentário guardado.

n

Signature (Assinatura) — a assinatura eletrónica da última pessoa que assinou o ficheiro.

nSignature reason (Motivo da assinatura) — o motivo da assinatura.

nApplication (Aplicação) — CFX Maestro Dx SE (aparece como BioRadCFXManager.exe, oque está correto).

nApplication version (Versão da aplicação) — a versão atual do CFX Maestro Dx SE.

nFull user (Utilizador completo) — o nome completo do utilizador com a sessão iniciada.
Observação: este nome é exibido na pista de auditoria.

nMachine (Dispositivo) — o computador no qual está instalado.

52 | Software CFX Maestro Dx SE

A tabela de alterações exibe as alterações auditáveis que ocorreram como resultado da
modificação. Pode também ser mostrada uma breve descrição do motivo da alteração.
Dica: pode adicionar ou editar as descrições na coluna Reason for Change (Motivo daalteração).
4.

Reveja a lista de alterações. Forneça motivos pormenorizados, se necessário.

5.

Execute uma das seguintes opções:nClique em Save Changes (Guardar alterações) para guardar as alterações ao ficheiro, bemcomo quaisquer alterações feitas na tabela e feche a caixa de diálogo.
As alterações ao ficheiro e os motivos das alterações aparecem na pista de auditoria do ficheiro.

n

Clique em Cancel Changes (Cancelar alterações) para reverter o ficheiro ao estado anterior efechar a caixa de diálogo.
As alterações ao ficheiro não são guardadas e a pista de auditoria não é atualizada.

Guia do utilizador | 53

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Proteger os ficheiros com palavra-passe
Como um nível adicional de segurança, o CFX Maestro Dx SE permite que os utilizadores definam
palavras-passe em todos os ficheiros seguros. Ao definir palavras-passe para um ficheiro seguro,
considere as seguintes condições:Condição

AçãoNão é necessária nenhuma

Todos os utilizadores podem abrir, modificar, e guardar

palavra-passe.

o ficheiro seguro, com base nas suas permissões.

O ficheiro requer a palavra-

Todos os utilizadores podem abrir o ficheiro seguro e os

passe para Save (Guardar).

utilizadores que conhecem a palavra-passe para
Guardar podem modificar e guardar o ficheiro seguro.

O ficheiro requer a palavra-

Somente os utilizadores que conhecem a palavra-passe

passe para Open (Abrir).

para Abrir podem abrir, modificar e guardar o ficheiro
seguro.

O ficheiro requer as palavras-

Alguns utilizadores podem abrir o ficheiro seguro e um

passe para Open (Abrir) e Save

subgrupo desses utilizadores pode modificar e guardar o(Gravar).

ficheiro.

Dependendo da função do utilizador, qualquer utilizador pode executar o comando Save as (Guardarcomo) para criar um ficheiro seguro com outro nome ou guardar um ficheiro com o mesmo nome noutro
local, desde que uma das seguintes condições seja verdadeira:nO ficheiro seguro não está protegido por palavra-passe.

n

O utilizador tem a palavra-passe para abrir o ficheiro.

Dica: o novo ficheiro é guardado sem proteção com palavra-passe. O ficheiro original mantém assuas palavras-passe.
Dependendo da função, um utilizador pode modificar e guardar o ficheiro original, desde que uma das
seguintes condições seja verdadeira:nO ficheiro não está protegido por palavra-passe.

n

O utilizador tem a palavra-passe para abrir e guardar o ficheiro.

Observação: para definir palavras-passe, a função do utilizador deve incluir o direito de guardar
ficheiros. Por exemplo, os utilizadores com a função Guest (Convidado) não podem guardar
ficheiros e, portanto, não podem definir palavras-passe para um ficheiro.

54 | Software CFX Maestro Dx SE

Importante: somente os administradores do CFX Maestro Dx SE podem redefinir ou removerpalavras-passe.

Guia do utilizador | 55

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Como proteger um ficheiro com palavra-passe
1.

Inicie a sessão no CFX Maestro Dx SE com as suas credenciais do Windows.

2.

Abra o ficheiro seguro.

3.

Escolha File (Ficheiro) > File Passwords (Palavras-passe de ficheiros). É exibida a caixa de diálogo
File Passwords (Palavras-passe de ficheiros).

4.

Digite as palavras-passe nas caixas Save Password (Palavra-passe para Guardar) e Open
Password (Palavra-passe para Abrir).
Dica: por predefinição, as palavras-passe aparecem como asteriscos quando digitadas.
Selecione Show Password (Mostrar palavra-passe) para exibir a palavra-passe à medida que a
digita.
Importante: as palavras-passe diferenciam maiúsculas de minúsculas. O CFX Maestro Dx SE
não define limitações de palavras-passe. Para seguir as melhores práticas, consulte oadministrador do sistema para obter os requisitos de palavra-passe do local.

5.

Clique em Set Passwords (Definir palavras-passe) para definir as palavras-passe e fechar a caixa dediálogo.

6.

Escolha File (Ficheiro) > Save (Guardar) para guardar as alterações no ficheiro.

56 | Software CFX Maestro Dx SE

Como remover palavras-passe
Importante: para remover palavras-passe do CFX Maestro Dx SE deve ser um administrador.
1.

Na caixa de diálogo Password Required (Palavra-passe obrigatória), clique em Remove Passwords(Remover palavras-passe).

É exibida a caixa de diálogo Login (Início de sessão) do CFX Maestro Dx SE.

2.

Insira o User Name (Nome de utilizador) e a Password (Palavra-passe) do Windows para oadministrador do CFX Maestro Dx SE e clique em OK.
É exibido o ficheiro de dados original.
Importante: deve guardar o ficheiro para remover as palavras-passe.

3.

Escolha File (Ficheiro) > Save (Guardar) para guardar as alterações no ficheiro.

Guia do utilizador | 57

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Como alterar palavras-passe
Importante: somente os administradores do CFX Maestro Dx SE podem alterar as palavras-passe.
1.

Abra o ficheiro seguro.

2.

Escolha File (Ficheiro) > File Passwords (Palavras-passe de ficheiros). É exibida a caixa de diálogo
File Passwords (Palavras-passe de ficheiros).

Dica: Save Password (Palavra-passe para Guardar), Open Password (Palavra-passe para
Abrir) e Show Password (Mostrar palavra-passe) estão desativadas.
3.

Clique em Reset Passwords (Redefinir palavras-passe).
É exibida a caixa de diálogo Login (Início de sessão) do CFX Maestro Dx SE.

58 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Insira o User Name (Nome de utilizador) e a Password (Palavra-passe) do Windows para oadministrador do CFX Maestro Dx SE e clique em OK.
É exibida a caixa de diálogo File Passwords (Palavras-passe de ficheiros).

5.

6.

Execute uma das seguintes opções:nPara redefinir a proteção com palavra-passe, digite uma nova palavra-passe na caixa depalavra-passe apropriada.

nPara remover a proteção com palavra-passe, desmarque as caixas de palavra-passe.

Clique em Set Passwords (Definir palavras-passe) para guardar as alterações de palavra-passe e
sair da caixa de diálogo.

Guia do utilizador | 59

Capítulo 4 Utilizar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

60 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 5 O espaço de trabalho
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) fornece uma interface para a
configuração de placas, desenvolvimento de protocolos de PCR, correndo-os nos instrumentos CFX
Opus Dx Deepwell Dx e a análise de dados das corridas de PCR.
O CFX Maestro Dx SE apresenta cinco espaços de trabalho principais:nA janela Home (Início)n

O Startup Wizard (Assistente de arranque)n

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo)n

A janela Plate Editor (Editor de placa)n

A janela Data Analysis (Análise de dados)

Cada espaço de trabalho é apresentado e brevemente descrito neste capítulo.

Guia do utilizador | 61

Capítulo 5 O espaço de trabalho

A janela Home (Início)O CFX Maestro Dx SE abre na janela Home (Início) e exibe o Startup Wizard (Assistente de arranque) apartir do qual é possível configurar uma experiência, realizar ou repetir uma corrida, ou analisar uma
corrida existente. Na janela Home (Início) também é possível visualizar registos de aplicações e
instrumentos, criar e gerir utilizadores e aceder a várias ferramentas úteis. Consulte Capítulo 6, A janela
Home (Início) para obter mais informações.

62 | Software CFX Maestro Dx SE

O Startup Wizard (Assistente de arranque)

O Startup Wizard (Assistente de arranque)
Use o Startup Wizard (Assistente de arranque) para configurar e correr rapidamente experiências
definidas pelo utilizador ou selecionar e correr uma experiência PrimePCR. Também é possível utilizar
este assistente para repetir uma corrida ou analisar dados da corrida.

Guia do utilizador | 63

Capítulo 5 O espaço de trabalho

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo)
No Protocolo Editor (Editor de protocolo) é possível criar, abrir, rever e editar um protocolo. Também épossível modificar a temperatura da tampa para o protocolo aberto. A funcionalidade Protocol Editor(Editor de protocolo) está descrita em pormenor no Capítulo 7, Criar protocolos.

64 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Plate Editor (Editor de placa)

A janela Plate Editor (Editor de placa)
Use o Plate Editor (Editor de placa) para criar, abrir, rever e editar uma placa. A funcionalidade Plate
Editor (Editor de placa) está descrita em pormenor no Capítulo 8, Preparar placas.

Guia do utilizador | 65

Capítulo 5 O espaço de trabalho

A janela Data Analysis (Análise de dados)
Na janela Data Analysis (Análise de dados) é possível visualizar e comparar dados de corridas, executar
análise estatísticas, exportar dados e criar relatórios prontos para publicação. A funcionalidade deanálise de dados é descrita em pormenor no Capítulo 10, Visão geral da análise de dados e no Capítulo
11, Informações da análise de dados.

66 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 6 A janela Home (Início)O CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) fornece uma interface para
desenvolver protocolos de PCR, correndo-os em sistemas CFX Dx e analisando os dados da corrida de
PCR.
Este capítulo apresenta o CFX Maestro Dx SE e descreve as funcionalidades que podem ser acedidasna janela Home (Início).

Guia do utilizador | 67

Capítulo 6 A janela Home (Início)A janela Home (Início)O CFX Maestro Dx SE abre na janela Home (Início) e exibe o Startup Wizard (Assistente de arranque) apartir do qual é possível configurar uma corrida, realizar ou repetir uma corrida, ou analisar uma corrida
existente. Na janela Home (Início) também é possível visualizar registos de aplicações e instrumentos,
criar e gerir utilizadores e aceder a várias ferramentas úteis.

LEGENDA
1.
2.

A barra de título do software exibe o nome do software e o utilizador com a sessão iniciada.
A barra de menus fornece acesso rápido aos comandos de menu File (Ficheiro), View
(Visualizar), Users (Utilizadores), Run (Corrida), Tools (Ferramentas) e Help (Ajuda).

3.
4.

Os comandos da barra de ferramentas proporcionam um acesso rápido às opções do menu.
O painel da esquerda exibe os instrumentos ligados ao computador do CFX Maestro Dx SE e
disponibiliza botões com os quais é possível operar a tampa e visualizar o estado dos
instrumentos.

68 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)5.

O painel principal exibe a janela de trabalho. A janela de trabalho predefinida na tela Home
(Início) é o Startup Wizard (Assistente de arranque).

6.

A barra de estado exibe o nome dos instrumentos ligados e o utilizador com a sessão iniciada.

Comandos do menu File (Ficheiro)
New (Novo) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível optar por criar um protocolo, placa ou estudode genes.
Open (Abrir) — abre uma caixa de diálogo a partir da qual é possível optar por navegar e abrir um
protocolo existente, placa, ficheiro de dados, estudo de genes, ficheiro LIMS, executar uma corrida apartir de um instrumento independente (corrida independente) ou ficheiro executável PrimePCR.
Recent Data Files (Ficheiros de dados recentes) — exibe uma lista de ficheiros PCR abertos
recentemente.
Repeat a Run (Repetir uma corrida) — abre o Windows Explorer no local dos ficheiros de PCR
guardados, nos quais é possível localizar uma corrida para repetir.
Exit (Sair) — fecha o CFX Maestro Dx SE.

Comandos do menu View (Visualizar)
Application Log (Registo da aplicação) — exibe o registo da utilização do software desde a instalação
inicial até ao dia atual.
Run Reports (Relatórios de corrida) — exibe uma lista de relatórios de corrida.
Startup Wizard (Assistente de arranque) — exibe o Startup Wizard (Assistente de arranque) no painel
principal.
Run Setup (Configuração da corrida) — exibe a janela Run Setup (Configuração da corrida) no painel
principal.
Instrument Summary (Resumo de instrumentos) — exibe a janela Instrument Summary (Resumo de
instrumentos) no painel principal.
Detected Instruments (Instrumentos detetados) — alterna entre exibir ou não os instrumentos ligados
no painel da esquerda. Como predefinição, o software exibe os instrumentos ligados no painel daesquerda.
Toolbar (Barra de ferramentas) — alterna entre exibir ou não a barra de ferramentas na parte superior doecrã. Como predefinição, o software exibe a barra de ferramentas.

Guia do utilizador | 69

Capítulo 6 A janela Home (Início)Status Bar (Barra de estado) — alterna entre exibir ou não a barra de estado na parte inferior do ecrã.
Como predefinição, o software exibe a barra de estado.
Show (Mostrar) — abre uma caixa de diálogo na qual é possívelnVisualizar ou bloquear o registo do estado.

nAbrir e visualizar a pasta de dados do CFX Maestro Dx SE.

n

Abrir e visualizar a pasta de dados do utilizador.

n

Abrir e visualizar a pasta de ficheiros LIMS.

n

Abrir e visualizar a pasta do PrimePCR.

nVisualizar o histórico da corrida.

nVisualizar as propriedades de todos os instrumentos ligados.

Comandos do menu User (Utilizador)
Select User (Selecionar utilizador) — abre o ecrã Login (Início de sessão) no qual é possível selecionar
um utilizador na lista suspensa User Name (Nome do utilizador) e iniciar a sessão na aplicação.
Change Password (Alterar palavra-passe) — abre a caixa de diálogo Change Password (Alterar
palavra-passe), na qual os utilizadores podem alterar a sua palavra-passe .
Observação: esta opção está desativada para o CFX Maestro Dx SE. Os utilizadores devem alterara sua palavra-passe do Windows para alterar a sua palavra-passe do CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Preferências do utilizador) — abre a caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do utilizador), na qual os utilizadores podem alterar as configurações predefinidas
nEnviar e receber notificação por e-mail após a conclusão da corridanGuardar ficheiros de dadosnCriar protocolos através do Protocol Editor (Editor de protocolo) ou Protocol AutoWriter(Gerador automático de protocolo)n

Criar placasnAnalisar dadosnExecutar a análise de expressão génica

n

Determinar a qualidade dos dadosnExportar os dados de instrumento do CFX

70 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)User Administration (Administração do utilizador) — abre a caixa de diálogo User Administration(Administração do utilizador), na qual os administradores podem criar utilizadores, modificar permissões
de função e atribuir funções aos utilizadores.
Bio-Rad Service Login (Início de sessão de serviço da Bio-Rad)— apenas para uso do pessoal deserviço técnico da Bio-Rad. Não selecione este comando.

Comandos do menu Run (Corrida)
User-defined Run (Corrida definida pelo utilizador) — abre a janela Run Setup (Configuração dacorrida), na qual é possível configurar um protocolo e uma placa definidos pelo utilizador e, em seguida,correr um experiência de PCR no instrumento selecionado.
PrimePCR Run (Corrida PrimePCR) — abre o separador Start Run (Iniciar corrida) na janela Run Setup(Configuração da corrida) com o protocolo PrimePCR predefinido e o layout da placa carregado com
base no instrumento selecionado.
End-Point Only Run (Corrida somente de ponto final) — abre o separador Start Run (Iniciar corrida) na
janela Run Setup (Configuração da corrida) com o protocolo de ponto final predefinido e o layout da placa
carregado com base no instrumento selecionado.
Qualification Run (Corrida de qualificação) — abre o separador Start Run (Iniciar corrida) na Run Setup(Configuração da corrida) com o protocolo de qualificação da Bio-Rad predefinido e o layout da placa
carregado com base no instrumento selecionado.

Comandos do menu Tools (Ferramentas)
Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) — abre a Master Mix Calculator (Calculadora demistura-mestre), na qual é possível criar uma mistura de reação e imprimir os cálculos.
Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo) — abre a caixa de diálogo Protocol AutoWriter(Gerador automático de protocolo), na qual é possível criar facilmente um novo protocolo.
Ta Calculator (Calculadora de Ta) — abre a Ta Calculator (Calculadora de Ta), na qual é possível
calcular facilmente a temperatura de hibridação dos iniciadores.
Dye Calibration Wizard (Assistente de calibração de corante) — abre o Dye Calibration Wizard(Assistente de calibração de corante), no qual é possível calibrar um instrumento para um novo
fluoróforo.
Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar drivers de instrumentos) — reinstala os drivers que controlam
a comunicação com os sistemas de PCR em tempo real da Bio-Rad.

Guia do utilizador | 71

Capítulo 6 A janela Home (Início)Zip Data and Log Files (Compactar ficheiros de dados e de registo) — abre uma caixa de diálogo naqual é possível selecionar ficheiros para condensar e guardar num ficheiro compactado paraarmazenamento ou envio por e-mail.
Batch Analysis (Análise em lote) — abre a caixa de diálogo Batch Analysis (Análise em lote), na qual épossível definir parâmetros para analisar mais de um ficheiro de dados de cada vez.
Options (Opções) — abre uma caixa de diálogo na qual é possívelnDefinir as suas configurações de servidor de e-mailnDefinir configurações de exportação para ficheiros LIMS, Seegene e outros ficheiros de dados
Dica: também é possível selecionar a opção para iniciar automaticamente o Seegene
Viewer na exportação, se optar por exportar os dados no formato Seegene.

n

Altere o idioma que a interface do utilizador apresenta (inglês, chinês, russo)
Importante: Tem de reiniciar CFX Maestro Dx SE para exibir o idioma selecionado.
Importante: O idioma do seu sistema operativo deve corresponder ao idioma que pretende
exibir na interface do CFX Maestro Dx SE.

Comandos do menu Help (Ajuda)
Dica: o menu Help (Ajuda) fica disponível em todas as janelas do CFX Maestro Dx SE.
Contents (Índice) — exibe o separador Contents (Índice) no sistema de ajuda do CFX Maestro Dx SE.
Index (índice remissivo) — exibe o separador Index (índice remissivo) no Sistema de ajuda do
CFX Maestro Dx SE.
Search (Pesquisa) — exibe o separador Search (Pesquisa) no sistema de ajuda do CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Abrir o Guia do Utilizador) — abre uma versão em PDF deste guia.
Additional Documentation (Documentação adicional) — fornece acesso ao Manual de Funcionamento
dos sistemas de PCR em tempo real CFX Opus Dx.
Release Notes (Notas de versão) — abre o documento Release Notes (Notas de versão) para a versão
instalada do CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Recursos de vídeo) — abre um site em que há recursos de vídeo do Bio-Rad, comovídeos instrutivos.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Website de aplicações e tecnologias qPCR) — abreo website de aplicações e tecnologias qPCR da Bio-Rad, a partir do qual é possível obter informação
adicional sobre o PCR em tempo real (qPCR).

72 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)PCR Reagents Web Site (Website de reagentes PCR) — abre o website da Bio-Rad de reagentes PCR
e qPCR, no qual é possível encomendar reagentes, supermixes, corantes e kits de PCR.
PCR Plastic Consumables Web Site (Website de consumíveis plásticos de PCR) — abre o website deconsumíveis plásticos de PCR da Bio-Rad, no qual é possível encomendar placas, selos de placas, tubos
e tampas e outros acessórios plásticos para PCR.
Software Web Site (Website do software) — abre o website de software de análise de PCR da Bio-Rad,
onde é possível encomendar versões atualizadas do CFX Maestro Dx SE da Bio-Rad.
About (Sobre) — exibe as informações de direitos de autor e versão do CFX Maestro Dx SE.

Comandos da Toolbar (Barra de ferramentas)— abre o Windows Explorer, no qual é possível aceder e abrir um ficheiro de dados ou um ficheiro
de estudo de genes.

— abre a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

— abre a janela Run Setup (Configuração da corrida).

— abre a janela Run Setup (Configuração da corrida) com o protocolo PrimePCR predefinido e olayout da placa carregado com base no instrumento selecionado.

— abre o Startup Wizard (Assistente de arranque).

Guia do utilizador | 73

Capítulo 6 A janela Home (Início)O Startup Wizard (Assistente de arranque)
Quando o CFX Maestro Dx SE é iniciado, o painel de trabalho exibe o Startup Wizard (Assistente dearranque). A partir da caixa de diálogo Startup Wizard (Assistente de arranque), é possívelnSelecionar um instrumento entre os instrumentos detetados e configurar uma corrida definida pelo
utilizador ou PrimePCRn

Abrir e repetir uma corridanAbrir um ficheiro de dados para analisar resultados de uma única corrida ou um ficheiro de estudo degenes para resultados de múltiplas corridas de expressão génica

Essas tarefas são descritas em pormenor nos capítulos a seguir.

Barra de estado
O lado esquerdo da barra de estado na parte inferior da janela principal do software exibe o estado atual
dos instrumentos detetados. O lado direito da barra de estado exibe o nome do utilizador atual e a data e
hora.

74 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)Painel Detected Instrument (Instrumentos detetados)
O painel Detected Instruments (Instrumentos detetados) exibe cada instrumento que está ligado ao
computador do CFX Maestro Dx SE. Como predefinição, cada instrumento é exibido como um ícone e o seu
número de série aparece como o seu nome.
Neste painel, é possívelnVisualizar as propriedades e corantes calibrados para o instrumento selecionado
Para obter mais informações sobre as propriedades dos instrumentos, consulte Visualizar as
propriedades de um instrumento na página 78.

nVisualizar o estado de um instrumento ligadonAbrir a tampa motorizada do instrumento selecionadonFechar a tampa motorizada do instrumento selecionadonVisualizar o estado de todos os instrumentos ligados

Como visualizar o estado de um instrumento ligadou

No painel Detected Instruments (Instrumentos detetados), selecione o instrumento alvo e executeuma das seguintes opções:nClique em View Status (Visualizar estado) na secção Selected Instrument (Instrumento
selecionado).

nClique com o botão direito e selecione View Status (Visualizar estado) no menu exibido.

Abrir-se-á a caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida) exibindo o separador Run Status(Estado da corrida). O estado do instrumento selecionado será exibido abaixo do painel de estado
da corrida, por exemplo:

Guia do utilizador | 75

Capítulo 6 A janela Home (Início)Como abrir ou fechar a tampa de um instrumentou

No painel Detected Instruments (Instrumentos detetados), selecione o instrumento alvo e executeuma das seguintes opções:nClique em Open Lid (Abrir tampa) ou Close Lid (Fechar tampa) na secção Selected Instrument(Instrumento selecionado).

nClique com o botão direito e selecione a ação apropriada no menu exibido.

nAbra a caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida), selecione o separador Run Status(Estado da corrida) e clique em Open Lid (Abrir tampa) ou Close Lid (Fechar tampa).

Como visualizar o estado de todos os instrumentos detetadosu

Execute uma das seguintes opções:n

Na secção All Instruments (Todos os instrumentos) no painel Detected Instruments(Instrumentos detetados), clique em View Summary (Visualizar resumo).

n

Na barra de menu, selecione View (Visualizar) > Instrument Summary (Resumo de
instrumentos).

É exibida a caixa de diálogo Instrument Summary (Resumo de instrumentos).
Dica: se o sistema detetar apenas um instrumento ligado, a secção All Instruments (Todos os
instrumentos) não é exibida no painel Detected Instruments (Instrumentos detetados). Paravisualizar o resumo de instrumentos para um único instrumento, selecione View (Visualizar) >Instrument Summary (Resumo de instrumentos).

76 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)Controlos da barra de ferramentas Instrument Summary (Resumo de
instrumentos)
A Tabela 5 lista os controlos e as funções na barra de ferramentas Instrument Summary (Resumo de
instrumentos).
Tabela 5. Controlos da barra de ferramentas Instrument Summary (Resumo de instrumentos)

BotãoNome do botão

FunçãoCreate a new Run (Criar

Cria uma corrida no bloco selecionado

corrida)abrindo a janela Run Setup (Configuração
da corrida).

Stop (Parar)

Para a corrida atual nos blocos
selecionados.

Pause (Pausar)

Pausa a corrida atual nos blocos
selecionados.

Resume (Retomar)

Retoma a corrida nos blocos
selecionados.

Flash Block Indicator

Pisca o LED indicador na tampa dos(Piscar indicador do bloco)

blocos selecionados.

Open Lid (Abrir tampa)

Abre a tampa motorizada do bloco
selecionado.

Close Lid (Fechar tampa)

Fecha a tampa motorizada do bloco
selecionado.

Hide Selected Blocks

Oculta os blocos selecionados na lista(Ocultar blocos

Instrument Summary (Resumo deselecionados)

instrumentos)

Show All Blocks (Mostrar

Mostra os blocos selecionados na lista

todos os blocos)

Instrument Summary (Resumo de
instrumentos)

Guia do utilizador | 77

Capítulo 6 A janela Home (Início)Botão

Nome do botão

FunçãoShow (Mostrar)

Seleciona os blocos a mostrar na lista.
Selecione uma das opções para mostrar
todos os blocos detetados, todos os
blocos parados, todos os blocos em
corrida com o utilizador atual ou todos os
blocos em corrida

Visualizar as propriedades de um instrumento
No painel Detected Instruments (Instrumentos detetados), é possível ver informações sobre um
instrumento selecionado, incluindo as propriedades, o estado do parafuso de transporte (apenas os
instrumentos CFX Connect e CFX Touch) e uma lista dos corantes calibrados (fluoróforos).

Como visualizar as propriedades do instrumentou

No painel Detected Instruments (Instrumentos detetado), clique com o botão direito do rato no
instrumento alvo e selecione Properties (Propriedades) no menu.

Separador Properties (Propriedades)
O separador Properties (Propriedades) lista informações técnicas sobre o instrumento selecionado,
incluindo o modelo, números de série dos seus componentes e versões de firmware. O nome predefinido
do instrumento (o número de série) aparece em vários locais, incluindo o painel Detected Instruments(Instrumentos detetado) e na barra de cabeçalho da caixa de diálogo Instrument Properties(Propriedades do instrumento). É possível mudar o nome do instrumento para poder identificá-lo com
mais facilidade.
Observação: Não se pode mudar o nome do instrumento CFX Opus usando o CFX Maestro.

Separador Calibrated Dyes (Corantes calibrados)
O separador Calibrated Dyes (Corantes calibrados) exibe os fluoróforos e as placas calibrados para oinstrumento selecionado.

78 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)Para ver informações pormenorizadas sobre uma calibração, clique no botão Info (Informações) na
coluna Detail (Informação).

Guia do utilizador | 79

Capítulo 6 A janela Home (Início)Antes de começar
Esta secção explica as tarefas que pode precisar de realizar antes de usar o CFX Maestro Dx SE. Estas
incluem:nCriar uma mistura-mestre de reação

nCalibrar novos corantes

Criar uma mistura-mestre de reação
Usando a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) do CFX Maestro Dx SE, é possível
calcular facilmente o volume necessário de cada componente para uma mistura-mestre. É possível
imprimir a tabela de cálculos da mistura-mestre na impressora predefinida e guardar os cálculos paracada alvo para uso posterior.

Como criar uma Reaction Master Mix (Mistura-mestre de reação) usando a Master Mix
Calculator (Calculadora de mistura-mestre)
1.

Para abrir a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre), execute uma das seguintesopções:n

Selecione Tools (Ferramentas) > Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

nClique em Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) na barra de ferramentas.

É exibida a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

80 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

2.

Na secção Reaction (Reação), selecione o método de deteção:nSYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Sondas)

3.

Para criar um alvo, na secção Target (Alvo), clique em Create New (Criar). É exibido um novo nomede alvo aparece na lista suspensa de alvo.

4.

(Opcional) Para alterar o nome de alvo predefinido:a.

Realce o nome do alvo na lista suspensa de alvos.

b.

Digite um novo nome de alvo na caixa Target (Alvo).

c.

Pressione a tecla Enter.

5.

Ajuste as concentrações inicial e final para os iniciadores diretos/reversos e quaisquer sondas.

6.

Na secção Master Mix Setup (Configuração da mistura-mestre), ajuste os valores comon

Number of reactions to run (Números de reações a correr)

Guia do utilizador | 81

Capítulo 6 A janela Home (Início)nReaction volume per well (Volume de reação por poço)nTemplate volume per well (Volume de modelo por poço)nSupermix concentration per well (Concentração de Supermix por poço)n

Excess reaction volume per well (Volume de reação em excesso por poço)

7.

(Opcional) Executar as etapas 2–6 para tantos alvos quantos forem necessários.

8.

Na secção Choose Target to Calculate (Selecionar alvo para calcular), selecione o alvo para
calcular.
Dica: é possível calcular apenas um, vários ou todos os alvos ao mesmo tempo.
Os volumes calculados dos componentes necessários para cada alvo selecionado aparecem natabela de mistura-mestre.

9.

Clique em Set as Default (Configurar como predefinição) para configurar a entrada de quantidades
nas seções Target (Alvo) e Master Mix Setup (Configuração da mistura-mestre) como novas
predefinições.

10. Clique em OK para guardar os conteúdos da caixa de diálogo Master Mix Calculator (Calculadora demistura-mestre).

Imprimir a tabela de cálculos da mistura-mestreuPara imprimir a tabela de cálculos da mistura-mestre, clique em Print (Imprimir).
A tabela de cálculos é impressa na sua impressora predefinida.

Guardar a tabela de cálculos da mistura mestre como um PDF
u

Altere a sua impressora predefinida para um driver PDF e clique em Print (Imprimir) na Master Mix
Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

Como eliminar alvosu

Selecione o alvo usando a lista suspensa de alvos e clique em (Remove) Remover.
Importante: remover um alvo da lista de alvos também o remove de qualquer cálculo demistura-mestre em que é usado. Tenha cuidado ao eliminar um alvo.

Calibrar novos corantes
Os sistemas CFX Opus 96 Dx e CFX Opus Deepwell Dx são calibrados de fábrica para fluoróforos
comumente usados em placas de poços brancos e de poços transparentes. Os sistemas CFX Opus 384 Dx
são calibrados de fábrica apenas para fluoróforos comumente usados em placas de poços brancos. A
Tabela 6 lista os fluoróforos e o canal para o qual cada instrumento está calibrado.

82 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Observação: Os sistemas CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx e CFX Opus Deepwell Dx também
incluem um canal dedicado à química FRET. Este canal não requer calibração para corantes
específicos.
Importante: se realizar uma calibração definida pelo utilizador de um corante que foi calibrado na
fábrica, o instrumento usará a calibração definida pelo utilizador em vez da calibração de fábrica.
Tabela 6. Fluoróforos calibrados na fábrica, canais e instrumentos

Fluoróforos

Canal

Excitação, nm

Deteção, nm

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Green I

Instrumento
Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx, e
CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

Sistemas CFX

Fluor Gold 540,

Opus 96 Dx ,CFX

Cal Fluor Orange

Opus 384 Dx e

560

CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650

Sistemas CFX

CAL Fluor Red

Opus 96 Dx, CFX

610, TEX 615

Opus 384 Dx, e
CFX Opus
Deepwell Dx

CY5, Quasar 670

4

620–650

675–690

Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx, e
CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5

Somente sistemas
CFX Opus 96 Dx

FRET Chemistry (não calibrada de fábrica)
Cor não calibradade fábrica

FRET

450–490560-580

Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx, e
CFX Opus
Deepwell Dx

Guia do utilizador | 83

Capítulo 6 A janela Home (Início)Como calibrar novos corantes para sistemas CFX
1.

Na janela Home (Início), selecione um instrumento alvo no painel Detected Instruments(Instrumentos detetados).

2.

Selecione Tools (Ferramentas) > Calibration Wizard (Assistente de calibração) para abrir o Dye
Calibration wizard (Assistente de calibração de corante).

Os fluoróforos que já tenham sido calibrados para o instrumento alvo aparecem na tabela Calibrated
Fluorophores (Fluoróforos calibrados).
3.

Na secção Calibrate New or Existing Fluorophores (Calibrar fluoróforos novos ou existentes),
selecione o fluoróforo que deseja calibrar na lista suspensa.
Se o nome do fluoróforo não estiver incluído na lista, digite o nome na caixa de texto para adicioná-loà lista.
Importante: tome cuidado ao nomear fluoróforos com calibração personalizada. Se criar uma
calibração de corante personalizada para um fluoróforo com o mesmo nome de um fluoróforo
calibrado na fábrica, o fluoróforo personalizado (não o fluoróforo calibrado na fábrica) seráusado pelo instrumento durante as corridas.

4.

Selecione o tipo de placa para o fluoróforo.

84 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Se o tipo de placa não estiver incluído na lista, digite o nome na caixa de texto para adicioná-lo àlista.
5.

Selecione um canal para o fluoróforo.

6.

Selecione uma coluna de placa para o fluoróforo.

7.

(Opcional) Digite uma cor para associar ao fluoróforo.

8.

Clique em Add to Plate (Adicionar à placa) para adicionar o fluoróforo.

9.

(Opcional) Repita as etapas 3–8 para adicionar cada fluoróforo que pretenda calibrar para a placa.

10. Ao terminar de adicionar fluoróforos, clique em View Plate (Visualizar placa) para abrir a janela Pure
Dye Plate Display (Exibir placa de corante puro).
Use esta janela como guia para carregar corantes na placa.
11. Prepare uma placa com 96, 384 ou deep well para a calibração do corante:a.

Pipete a solução do corante em cada poço, seguindo o padrão mostrado em Pure Dye Plate
Display (Exibir placa de corante puro).

b.

Para cada fluoróforo, encha quatro poços com 50 µl (placa de 96 poços ou placa deep well) ou
30 µl (placa de 384 poços) da solução de corante 300 nM. Observe que pelo menos metade daplaca contenha poços vazios.

c.

Sele a placa usando o método de vedação que escolheu para a sua experiência.

12. Coloque a placa de calibração no bloco e feche a tampa.
13. No Dye Calibration wizard (Assistente de calibração de corante), clique em Calibrate (Calibrar) e
depois em OK para confirmar que a placa está no bloco.
14. Quando o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) concluir a corrida decalibração, será exibida uma caixa de diálogo. Clique em Yes (Sim) para concluir a calibração e abriro Dye Calibration Viewer (Visualização de calibração do corante).
15. Clique em OK para fechar a janela.

Configurar as preferências do utilizador
Dica: não é necessário realizar estas tarefas para usar o CFX Maestro Dx SE. É possível ignorar
esta secção ou realizar estas tarefas a qualquer momento sem problemas.
No CFX Maestro Dx SE, cada utilizador pode personalizar o seu ambiente de trabalho. Por exemplo, nomenu Users (Utilizadores) > User Preferences (Preferências do utilizador), é possível fazer o seguinte:nConfigurar a notificação por e-mail de conclusão da corrida.

Guia do utilizador | 85

Capítulo 6 A janela Home (Início)Observação: esta funcionalidade está disponível apenas para utilizadores cujas funções
tenham esse direito. Consulte Gerir as funções do utilizador do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança) na página 46 para mais informações.
n

Alterar as configurações predefinidas parao

A localização na qual guardar os ficheirosoOs ficheiros de configuração da corridaoO prefixo de nomenclatura do ficheironDefinir os parâmetros predefinidos para usar ao criar protocolo e placa.

nDefinir os parâmetros predefinidos de análise de dados e expressão génica.

nPersonalizar os parâmetros predefinidos de controlo de qualidade.

nPersonalizar os parâmetros de exportação de dados.

No menu Tools (Ferramentas), é possível fazer o seguinte:n

Criar uma mistura-mestre.

n

Calibrar corantes para um instrumento específico.

Observação: a mistura-mestre e a calibração de corantes estão disponíveis para qualquer pessoa
que inicie a sessão no software.
Esta secção explica como realizar essas tarefas.

Configurar a notificação por e-mailÉ possível ligar o CFX Maestro Dx SE ao seu servidor de e-mail de saída para enviar uma notificação por
e-mail da conclusão da corrida para uma lista de utilizadores. Também é possível optar por anexar um
ficheiro de dados e um relatório de análise à lista de utilizadores. Para configurar a ligação entre
CFX Maestro Dx SE e o seu servidor SMTP, consulte Ligar o Security Edition a um servidor SMTP napágina 88.
Observação: a capacidade do utilizador de aceder às funcionalidades de configuração de e-maildepende da função do utilizador e das permissões atribuídas pelo administrador. Para detalhes
sobre a gestão dos utilizadores e as suas funções, consulte Gerir as funções do utilizador do
CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) na página 46.

86 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Como configurar a notificação por e-mail1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).
É exibida a caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador) com o separador Email(E-mail).

Observação: será informado se o sistema detetar que não configurou um servidor SMTP válido
para o CFX Maestro Dx SE. Clique em Configure Outgoing Email (Configurar e-mail de saída)
para abrir a caixa de diálogo Options (Opções) e configurar o e-mail do servidor SMTP. Paramais informações, consulte Ligar o Security Edition a um servidor SMTP na página 88.
2.

Na caixa de texto To (Para), digite o endereço de e-mail de cada pessoa que pretende informar
sobre a conclusão da corrida. Todos os destinatários receberão um e-mail após a conclusão dacorrida.
Observação: deve-se inserir cada endereço de e-mail numa linha separada. Pressione Enterou Return (↲) após cada endereço.

3.

(Opcional) Na caixa de texto cc, digite o endereço de e-mail de qualquer destinatário para quem
pretende enviar uma cópia de cada notificação por e-mail.

4.

(Opcional) Como predefinição, todos os destinatários recebem uma cópia do ficheiro de dados comoum anexo. Desmarque a caixa de seleção Attach Data File (Anexar ficheiro de dados) se não deseja
anexar uma cópia do ficheiro de dados.

5.

(Opcional) Selecione Attach Analysis Report (Anexar relatório de análise) para anexar um PDF do
relatório de análise ao e-mail.

6.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo User Preferences(Preferências do utilizador).

Guia do utilizador | 87

Capítulo 6 A janela Home (Início)Observação: Poderá conseguir configurar o sistema para enviar uma notificação por e-mail para oseu telemóvel, dependendo do seu fornecedor de serviços. Contacte o seu fornecedor de serviçosde telemóvel para informações específicas sobre o endereço de correio eletrónico do seu telemóvel.
Introduza o endereço de correio eletrónico do seu telefone (por exemplo, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) na caixa de texto To (Para) do ecrã User Preferences(Preferências do utilizador).

Como editar o endereço de e-mail do destinatáriouModifique o endereço de e-mail conforme necessário e clique em OK.

Como remover um destinatário de e-mail1.

Selecione o destinatário do e-mail e pressione a tecla Delete (Eliminar).

2.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Ligar o Security Edition a um servidor SMTP
Importante: Alguns fornecedores de serviços de webmail comerciais têm segurança de e-mailmelhorada. Caso use uma destas contas, deve acionar a configuração Allow less secure apps
(Permitir aplicações menos seguras) nas suas configurações de contas para permitir que o
CFX Maestro Dx SE envie e-mails. Consulte as informações de segurança do seu fornecedor deserviços de webmail para obter mais informações.
Se está a utilizar um servidor SMTP Gmail da Google ou Microsoft Office 365 para enviar e-mails, tem deativar a verificação de 2 fatores e gerar uma "Palavra-passe da aplicação" nas definições da conta Gmail
ou Office365. Para autenticação na caixa de diálogo de Configuração do E-mail Maestro, copie e cole a“Palavra-passe da aplicação” para o campo da Password (Palavra-passe) em vez de usar a palavrapasse normal do e-mail.
É necessário estabelecer uma ligação entre o CFX Maestro Dx SE e o seu servidor de e-mail antes do
software poder enviar notificações por e-mail.

Como ligar o CFX Maestro Dx SE a um servidor de e-mail1.

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) e clique em
Configure Outgoing Email (Configurar e-mail de saída) no separador Email.

n

Selecione Tools (Ferramentas) > Options (Opções).

É exibida a caixa de diálogo Options (Opções), mostrando o separador Email.

88 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

2.

Insira as seguintes informações da sua empresa:n

SMTP Server Name (Nome do Servidor SMTP) — o nome do servidor de e-mail de saída dasua empresa.

nPort (Porta) — o número da porta do seu servidor SMTP. Normalmente, é 25.

n

Use SSL (Usar SSL) — opção para Secure Sockets Layer (SSL). Alguns servidores SMTP
requerem esta configuração. Se não for requerido na sua empresa, desmarque esta caixa deseleção.

n

Use Default “From” Address (Usar endereço “De” predefinido) — o nome do servidor de email na sua empresa. Alguns servidores SMTP exigem que todos os e-mails enviados tenhamum endereço “de” que seja de determinado domínio, por exemplo, nome@SuaEmpresa.com.
Se esse for o caso, desmarque esta caixa de seleção e insira um endereço de e-mail válido.

nAuthentication Required (Autenticação requerida) — se o seu local exigir autenticação daconta, verifique se esta caixa de seleção está marcada.

nUser Name (Nome de utilizador) — o nome da conta autenticada. Esta informação é requerida
apenas se for selecionado Authentication Required (Autenticação requerida).

Guia do utilizador | 89

Capítulo 6 A janela Home (Início)n

Password (Palavra-passe) — a palavra-passe para a conta autenticada. Esta informação é
requerida apenas se for selecionado Authentication Required (Autenticação requerida).

Importante: Se está a utilizar um servidor SMTP Gmail da Google ou Microsoft Office 365 para
enviar e-mails, tem de ativar a verificação de 2 fatores e então gerar uma "Palavra-passe da
aplicação" nas definições da conta Gmail ou Office365. Para autenticação na caixa de diálogo
de Configuração do E-mail Maestro, copie e cole a “Palavra-passe da aplicação” para o campo
da Password (Palavra-passe) do CFX Maestro Dx SE em vez da palavra-passe normal do email.
Para verificar se as configurações do servidor SMTP estão corretas, digite um endereço de e-mailválido na caixa de texto Test Email Address (Testar endereço de e-mail) e clique em Test Email(Testar e-mail).
Observação: Alguns servidores SMTP não permitem anexos e outros permitem anexos
somente até um tamanho específico. Caso pretenda enviar por e-mail ficheiros de dados e/ou
relatórios usando o CFX Maestro Dx SE, selecione Test Attachment (Testar anexo) e defina
Attachment Size (Tamanho do anexo) em MB como 5 megabytes (MB) ou mais.
3.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Alterar as configurações predefinidas dos ficheiros
No separador Files (Ficheiros), na caixa de diálogo User Preference (Preferências do utilizador), é
possível alterar o seguinte:n

A localização predefinida para guardar os ficheiros de CFX Maestro Dx SE.

n

Os ficheiros predefinidos para configuração da corrida.

n

Os parâmetros de nomenclatura de ficheiros predefinidos

Como alterar as configurações predefinidas dos ficheiros
1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador Files(Ficheiros).

90 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

3.

Na secção Default Folder for File Creation (Pasta predefinida para a criação de ficheiros), navegue e
selecione uma pasta predefinida na qual deseja guardar os novos ficheiros. É possível selecionar
uma localização diferente para cada tipo de ficheiro:nProtocol (Protocolo)n

Plate (Placa)nData File (Ficheiro de dados)nGene Study (Estudo de genes)4.

Na secção File Selection for Run Setup (Seleção de ficheiro para configuração da corrida), navegue
e selecione os ficheiros de placa e o protocolo alvo a serem exibidos quando abrir a janela
Experiment Setup (Configuração de experiência).

5.

Na secção Data File (Ficheiro de dados), defina o prefixo e/ou sufixo dos ficheiros de dados. Para
qualquer parte, selecione um novo valor na sua lista suspensa. Pode também fornecer valores deprefixo e sufixo personalizados nas caixas de texto Prefix (Prefixo) e Suffix (Sufixo).
O CFX Maestro Dx SE exibe uma pré-visualização do nome do ficheiro abaixo das caixas deseleção.

6.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Guia do utilizador | 91

Capítulo 6 A janela Home (Início)Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Configurar os parâmetros de protocolo predefinidos
Como configurar os parâmetros predefinidos do protocolo para o Protocol Editor (Editor deprotocolo) e o Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo)
1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador Protocol(Protocolo)

3.

4.

Na secção Protocol Editor (Editor de protocolo), especifique valores para as seguintes configurações
que aparecem no Protocol Editor (Editor de protocolo):nSample volume (Volume da amostra) — o volume de cada amostra nos poços (em µl).

n

Lid Shutoff temperature (Temperatura de desligamento da tampa) — a temperatura em ºC naqual o aquecedor da tampa se desliga durante uma corrida.

Na secção Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo), especifique valores para as
seguintes configurações que aparecem no Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo):nAnnealing temperature (Temperatura de hibridação) — a temperatura em ºC paraexperiências que usam polimerase de DNA iProof, polimerase de DNA iTaq, ou outras
polimerases.

n

Amplicon length (Comprimento do Amplicon) — o comprimento do amplicon em bp.

92 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

5.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Configurar os parâmetros de placa predefinidos
As alterações feitas no separador Plate (Placa) estão disponíveis para todos os utilizadores do software.
As alterações feitas durante a instalação da placa estão disponíveis para os utilizadores após ter
guardado e fechado o ficheiro da placa.
Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), é possível fazer o seguinte:nConfigurar os parâmetros de placa predefinidos.

nAdicionar novos nomes de alvos, amostras e grupos biológicos às respetivas bibliotecas.

nEliminar nomes de alvos, amostras e grupos biológicos das respetivas bibliotecas.

Como configurar os parâmetros de placa predefinidos
1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador Plate(Placa).

Guia do utilizador | 93

Capítulo 6 A janela Home (Início)3.

Especifique os valores seguinte para as configurações de um novo ficheiro de placa. Estes valoressão exibidos na janela Plate Editor (Editor de placa):nPlate Type (Tipo de placa)nPlate Size (Tamanho da placa)nUnits (Unidades) — a concentração do modelo inicial para poços que contêm padrões.
O CFX Maestro Dx SE usa estas unidades para criar uma curva padrão no separador Data
Analysis Quantification (Quantificação de análise de dados).

n

Scientific notation (Notação científica) — quando selecionado, o CFX Maestro Dx SE exibe as
unidades de concentração em notação científica.

nScan mode (Modo de leitura) — o número ou tipo de canais a serem lidos durante uma corrida.

nFluorophores (Fluoróforos) — os fluoróforos predefinidos que são exibidos nos controlos decarregamento do poço do Plate Editor (Editor de placa).

94 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começarn4.

Libraries (Bibliotecas) — os nomes de alvos, amostras e grupos biológicos que utiliza
habitualmente nas experiências:oTarget names (Nomes de alvos) — os nomes dos genes e sequências alvo.

oSample names (Nomes de amostras) — os nomes das amostras de experiências ou uma
característica identificadora das amostras (por exemplo, Rato1, Rato2, Rato3).

oBiological group names (Nomes do grupo biológico) — os nomes para grupos deamostras semelhantes que tenham o mesmo estado ou condições de tratamento (porexemplo, 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Como adicionar um novo alvo, amostra ou nome de grupo biológico
u

Na caixa da biblioteca apropriada, digite o nome do alvo, amostra ou grupo biológico e clique em OK.

Como eliminar um nome de alvo, amostra ou grupo biológico
u

Na caixa da biblioteca apropriada, selecione o nome e pressione a tecla Delete (Eliminar) e cliqueem OK.

Importante: nomes que sejam removidos da biblioteca Sample Names (Nomes de amostras) sãoremovidos do software e deixam de estar disponíveis para os utilizadores. Para restaurar os nomes
predefinidos do CFX Maestro Dx SE, clique em Restore Defaults (Restaurar predefinições). clicar
em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadores para as configurações
originais de fábrica. Tenha cuidado ao eliminar nomes predefinidos do CFX Maestro Dx SE e ao
clicar neste botão.

Guia do utilizador | 95

Capítulo 6 A janela Home (Início)Configurar os parâmetros de análise de dados predefinidos
Como configurar os parâmetros de análise de dados predefinidos
1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador Data
Analysis (análise de dados).

3.

Na secção Analysis Mode (Modo de análise), selecione o modo no qual analisar os dados(Fluorophore (Fluoróforo) ou Target (Alvo)).

4.

Na secção PCR Quantitation (Quantificação de PCR), defina os parâmetros predefinidos para as
seguintes opções:nBaseline Setting (Configuração de linha de base) — o método de linha de base para o modo deanálise.

n

Cq Determination Mode (Modo de determinação de Cq) — o modo no qual os valores de Cqsão calculados para cada traçado de fluorescência (regressão ou limiar individual).

nThreshold Calc. Mode (Modo de cálc. do limiar) — a quantidade do alvo do ponto final.
A predefinição é Auto (Automático). Ou seja, o software calcula automaticamente o alvo doponto final. Para definir um limiar específico, desmarque a caixa de seleção Auto (Automático) e

96 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

insira a quantidade do ponto final, calculada em unidades de fluorescência relativas (ou RFU). O
valor máximo é 65000,00 RFUs. Os ficheiros de dados para corridas subsequentes usarão esta
configuração de limiar.
n

Baseline Calc. Mode (Modo de cálc. de linha de base) — o valor da linha de base para todos ostraçados.
A predefinição é Auto (Automático). Ou seja, o software calcula automaticamente a linha debase para todos os traçados. Para definir um valor específico de linha de base, desmarque acaixa de seleção Auto (Automático) e insira os valores mínimo e máximo para o intervalo do
ciclo (1 a 9999). Os ficheiros de dados para corridas subsequentes usarão este intervalo deciclo.

n5.

Log View (Visualização de registo) — determina como o software exibe os dados deamplificação:o

On (Ligado) — os dados de amplificação são exibidos num gráfico semilogarítmico.

o

Off (Desligado) — (predefinição) os dados de amplificação são exibidos num gráfico linear.

Na secção End Point (Ponto final), selecione o número de ciclos finais para calcular a média ao
calcular os pontos finais:n

PCR — o número de ciclos finais para a média para os dados de quantificação (a predefinição é
5).

n

End Point Only run (Corrida somente de ponto final) — o número de ciclos finais para a média
para os dados de ponto final (a predefinição é 2).

6.

Na secção Melt Curve (Curva de fusão), selecione o tipo de pico a detetar (positivo ou negativo).

7.

Na secção Well Selector (Seletor de poços), selecione como exibir os rótulos dos poços (por tipo deamostra, nome do alvo, ou nome da amostra).

8.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Guia do utilizador | 97

Capítulo 6 A janela Home (Início)Configurar os parâmetros predefinidos do ficheiro de dados de expressão génica
Como configurar os parâmetros predefinidos de um novo ficheiro de dados de expressão
génica1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador Gene
Expression (Expressão génica).

3.

Especifique os valores para as configurações a seguir:n

Relative to (Relativo a) — representa graficamente os dados da expressão génica relativos aum controlo (originado em 1) ou a zero:oZero — o software ignora o controlo. Este é o valor predefinido quando nenhuma amostra
de controlo é atribuída na janela Experiment Settings (Configurações de experiências).

oControl (Controlo) — o software calcula os dados relativos à amostra de controlo atribuída
na janela Experiment Setup (Configuração de experiência).

nX-axis (Eixo X) — representa graficamente a amostra ou o alvo no eixo x.

nY-axis (Eixo Y) — representa graficamente em escala linear, log2 ou log10 no eixo y.

nScaling (escala) — a opção de escala para o gráfico (a opção predefinida é sem escala):oHighest (Mais alto) — o software ajusta a escala do gráfico para o ponto de dados mais
alto.

o

Lowest (Mais baixo) — o software ajusta a escala do gráfico para o ponto de dados mais
baixo.

oUnscaled (Sem escala) — o software apresenta os dados sem escala no gráfico.

nMode (Modo) — o modo de análise, quantidade relativa (∆Cq) ou expressão normalizada(∆∆Cq).

nError Bar (Barra de erro) — a variabilidade dos dados apresentada como desvio padrão (Std.
Dev.) (Desvio padrão) ou o erro padrão da média (Std. Error Mean) (Média de erro padrão).

nError Bar Multiplier (Multiplicador de barra de erros) — o multiplicador de desvio padrão usado
para representar graficamente as barras de erro (o padrão é 1).
É possível aumentar o multiplicador para 2 ou 3.

nSample Types to Exclude (Tipos de amostra para exclusão) — os tipos de amostra a serem
excluídos da análise.

98 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

É possível selecionar uma ou mais amostras para excluir da análise. Para excluir todos os tipos
de amostra, desmarque as caixas de seleção de todos os tipos de amostra selecionados.
4.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Personalizar as regras de controlo de qualidade
No CFX Maestro Dx SE, é possível definir regras de controlo de qualidade que são aplicadas aos dados
na janela Data Analysis (Análise de dados). O software valida os dados em relação às regras
configuradas.
Observação: Por predefinição, todas as regras de controlo de qualidade estão ativadas.
Dica: pode facilmente excluir poços que falham num parâmetro de CQ da análise no módulo CQ da
janela Data Analysis (Análise de dados).

Como personalizar as regras de controlo de qualidade
1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador QC (CQ)

Guia do utilizador | 99

Capítulo 6 A janela Home (Início)Em que:3.

4.

n

NTC — sem controlo de modelon

NRT — sem controlo de transcriptase reversanEfficiency (Eficiência) — eficiência da reaçãon

Std Curve R^2 (R^2 de curva padrão) — valor quadrado R para a curva padrão

n

Replicate group Cq Std Dev (Desvio padrão Cq do grupo de réplicas) — desvio padrão
calculado para cada grupo de réplicas

Para cada CQ, execute uma das seguintes opções:nPara usar o seu valor predefinido, não faça nada.

nPara alterar esse valor, clique na caixa de texto Value (Valor), digite um novo valor e pressione atecla Enter.

nPara desabilitar a regra, desmarque a caixa de seleção Use (Usar).

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

100 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Personalizar os parâmetros de exportação de dados
Pode exportar os dados do CFX Maestro Dx SE nos seguintes formatos:nTexto (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Importante: O seu computador tem de ter instalado o Microsoft Excel para que possa exportar
dados para uma folha de cálculo Microsoft Excel.
Pode especificar o tipo de dados a serem exportados e personalizar a saída dos dados exportados.

Como personalizar os parâmetros de exportação de dados
1.

Selecione User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador) para abrir a caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador), selecione o separador Custom
Export (Personalizar exportação).

Guia do utilizador | 101

Capítulo 6 A janela Home (Início)3.

Na lista suspensa Export Format (Formato da exportação), selecione um formato no qual exportar os
dados.

4.

Na secção Data to Export (Dados a exportar), selecione ou desmarque as caixas de verificação paraos tipos de dado a exportar. Os itens selecionados aparecem na caixa de listagem Exported
Columns (Colunas exportadas).
Observação: como predefinição, as informações da corrida estão incluídas no cabeçalho.
Desmarque esta caixa de seleção se não desejar que essas informações da corrida sejam
incluídas.

5.

Pode alterar a ordem de exibição da saída dos itens selecionados.
Na caixa de listagem Exported Columns (Colunas exportadas), destaque o item e em seguida cliquenos botões de seta à esquerda da lista para movê-lo para cima ou para baixo.

6.

Opcionalmente, é possível alterar os nomes da coluna da saída dos itens selecionados:a.

Clique em Customize Column Names (Personalizar nomes de colunas).
É exibida a caixa de diálogo Column Name Customizer (Personalizador de nome de colunas).

b.

Para cada nome predefinido de coluna que deseje alterar, digite o novo nome no campo Custom
Name (Nome personalizado).

102 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começarc.

7.

Execute uma das seguintes opções:nClique em OK para guardar as alterações e voltar para o separador Custom Export(Personalizar exportação). O novo nome aparece entre parênteses ao lado do nome
predefinido da coluna na caixa de listagem Exported Columns (Colunas exportadas).

nClique em Cancel (Cancelar) para desfazer as alterações e voltar para o separador Custom
Export (Personalizar exportação).

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do utilizador) redefine todas as preferências em todos os separadorespara as configurações originais de fábrica. Tenha cuidado ao clicar neste botão.

Guia do utilizador | 103

Capítulo 6 A janela Home (Início)104 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 7 Criar protocolos
Um protocolo é um conjunto de etapas executadas numa sequência específica. No CFX Maestro Dx
Software, Security Edition (Edição de Segurança), todas as etapas estão associadas às opções do
instrumento. Por exemplo, as etapas dão instruções ao instrumento para controlar a temperatura do
bloco e da tampa, aplicar uma diferença de temperatura ao bloco, fazer uma leitura de placa ou executar
uma análise da curva de fusão. Cada opção é especificada para diferentes tipos de placa e corrida.
O CFX Maestro Dx SE oferece duas opções para criar protocolos: Protocol Editor (Editor de protocolo) e
Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo).
As funcionalidades do Protocol Editor (Editor de protocolo) incluem o seguinte:nControlos de protocolo padrão para criar protocolos rapidamentenCapacidade de calcular rapidamente um gradiente para o número selecionado de linhasnCapacidade de calcular rapidamente o tempo de execução para o tipo de placa selecionadonCapacidade de editar etapas do protocolonCapacidade de guardar protocolos para reutilização

nCapacidade de imprimir o protocolo para uma impressora predefinida

O Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo) gera automaticamente um protocolo de PCR
personalizado com etapas de início a quente, desnaturação inicial, hibridação e extensão, usando osparâmetros fornecidos. É possível, então, visualizar uma representação gráfica do protocolo sugerido eeditar, executar ou guardar o protocolo.

Guia do utilizador | 105

Capítulo 7 Criar protocolosParâmetros e intervalos para as etapas do protocolo
Use as informações da Tabela 7 para modificar as configurações padrão das etapas do protocolo.

Etapas de temperatura
A temperatura-alvo é um valor entre 4,0 e 100,0 °C, definido em décimos de grau. O sistema aquece até
essa temperatura e mantém esse valor pelo período especificado (o tempo de espera).

Etapas de gradiente
O intervalo do gradiente é a diferença entre as temperaturas inferior e superior numa etapa de gradiente.
O intervalo máximo permitido é de 24 °C. A temperatura inferior é um valor entre 30,0 e 99,0 °C, definido
em décimos de grau. A temperatura superior máxima é 100 °C. O termociclador aquece até ao gradientede temperatura-alvo em todo o bloco e mantém essa temperatura pelo tempo de espera especificado.
Importante: o instrumento calcula o valor do gradiente. Quando insere um valor nos campos
superior e inferior da calculadora de gradiente, o software calcula e atribui automaticamente as
temperaturas aos campos restantes. Quando insere uma temperatura em qualquer campo entre os
campos superior e inferior, o instrumento calcula automaticamente os campos restantes. Não é
possível inserir um valor de temperatura manualmente em cada campo.

106 | Software CFX Maestro Dx SE

Parâmetros e intervalos para as etapas do protocolo

Tabela 7. Parâmetros e intervalos para as etapas do protocolo

Parâmetro

Intervalo

Descrição

Ramp rate (Taxan Para os sistemas CFX Opus 96

Instrui o termociclador a aquecer até àde rampa)

Dx :temperatura-alvo na taxa especificada

0,1–5 °C por segundo

nessa etapa.

n Para sistemas CFX Opus 384 Dx:

Disponível apenas para etapas detemperatura.

0,1–2,5 °C por segundon Para sistemas CFX Opus
Deepwell Dx:
0,1–2,5 °C por segundo
Increment

Um número de -10,0 a 10,0 °C por

Instrui o termociclador a alterar a(Incremento)

ciclo, em décimos de grau

temperatura-alvo de uma etapa a cada
ciclo, em que um número positivo aumenta
a temperatura e um número negativo
diminui a temperatura.
Disponível apenas para etapas detemperatura.

ExtendUm tempo de -60 a 60 segundos

Instrui o termociclador a prolongar o tempo(Prolongar)

por ciclo

de espera a cada ciclo. Um número positivo
aumenta o tempo de espera e um número
negativo diminui o tempo de espera.
Disponível para etapas de temperatura e
gradiente.

Beep (Sinal(Nenhum parâmetro)sonoro)Instrui o termociclador a emitir um sinal
sonoro para sinalizar que o termociclador
atingiu a temperatura desejada para essa
etapa.
Disponível apenas para etapas detemperatura.

Plate Read
(Leitura da placa)(Nenhum parâmetro)

Instrui o termociclador a adicionar uma
leitura de placa à etapa selecionada.
Disponível para etapas de temperatura e
gradiente.

Guia do utilizador | 107

Capítulo 7 Criar protocolos

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)
Use o Protocol Editor (Editor de protocolo) para criar, abrir, rever e editar um protocolo. Comopredefinição, o Protocol Editor (Editor de protocolo) exibe um protocolo genérico de duas etapas em
tempo real para uma placa de 96 poços.

LEGENDA1.

A barra de menus fornece acesso rápido aos comandos do menu File (Ficheiro), Settings(Configurações) e Tools (Ferramentas).

2.

A barra de ferramentas fornece acesso rápido para guardar e imprimir o protocolo, determinaronde inserir uma etapa, definir o volume da amostra e visualizar o tempo estimado de corrida
do protocolo.

3.

O painel principal exibe uma representação gráfica do protocolo.

4.

O painel inferior exibe o esquema do protocolo.

5.

O painel esquerdo exibe os controlos de protocolo que é possível adicionar para personalizar oprotocolo.

108 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)

Comandos do menu File (Ficheiro)
Save (Guardar) — guarda o protocolo atual.
Save As (Guardar como) — guarda o protocolo atual com um novo nome ou numa nova localização.
File Passwords (Palavras-passe de ficheiros) — permite que os utilizadores definam palavras-passepara guardar e abrir os ficheiros.
Dica: para obter mais informações, consulte Proteger os ficheiros com palavra-passe na página 54.
Close (Fechar) — fecha o Protocol Editor (Editor de protocolo).

Comandos do menu Settings (Configurações)Lid Settings (Configurações da tampa) — abre a caixa de diálogo Lid Setting (Configuração da tampa)
na qual é possível alterar ou definir a temperatura da tampa.

Comandos do menu Tools (Ferramentas)
Gradient Calculator (Calculadora de gradiente) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível
selecionar o tipo de bloco para uma etapa de gradiente. O padrão é 96 poços.
Run time Calculator (Calculadora do tempo de corrida) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível
selecionar o tipo de placa e modo de leitura para calcular o tempo de corrida estimado na janela Run
Setup (Configuração da corrida). O padrão é 96 poços, todos os canais.

Comandos da Toolbar (Barra de ferramentas)— guarda o ficheiro de protocolo atual.

— imprime a janela selecionada.

— use este comando para selecionar onde inserir etapas com relação à etapa
atualmente selecionada.

— use este comando para inserir um volume de amostra em µl. Os volumes deamostra diferem dependendo do tipo de bloco:nPara um bloco de 96 poços, o intervalo é 0–50 µl.

Guia do utilizador | 109

Capítulo 7 Criar protocolosnPara um bloco de 384 poços, o intervalo é 0–30 µl.

nPara um bloco de 96 poços fundos, o intervalo é 0–125 µl.

— exibe o tempo de corrida estimado com base nas etapas de protocolo, taxa
de rampa e o tipo de bloco selecionado.

— exibe informações de ajuda sobre protocolos.

Controlos de edição de protocolo
O painel da esquerda da janela do Protocol Editor (Editor de protocolo) contém os controlos que podem
ser usados para criar protocolos.
Cada controlo consiste num conjunto de parâmetros que representam uma etapa no protocolo. É
possível modificar cada parâmetro e adicioná-lo ou removê-lo para personalizar o protocolo. Esta secção
descreve as opções em cada controlo.
n

Insert Step (Inserir etapa) — insere uma etapa antes ou depois da etapa
selecionada. É possível editar os valores de temperatura e tempo deespera na exibição gráfica do protocolo ou no esquema do protocolo.

n

Insert Gradient (Inserir gradiente) — insere uma etapa de gradiente
com base no tipo de bloco de poços selecionado na calculadora degradiente. É possível editar o intervalo do gradiente no painel Gradient(Gradiente) que aparece quando uma etapa de gradiente é inserida.

nInsert GOTO (Inserir IR PARA) — insere uma etapa cíclica (loop), que
instrui o software para repetir etapas específicas em sequência para um
número especificado de ciclos. As repetições começam depois doprimeiro ciclo ser concluído. Por exemplo, é possível instruir o software
para executar 39 repetições das etapas 2–4. Depois da repetição final, o software terá realizado as
etapas 2–4 um total de 40 vezes. É possível editar a etapa de retorno (GOTO (IR PARA)) e o número
de ciclos na exibição gráfica do protocolo ou no esquema do protocolo.
n

Insert Melt Curve (Inserir curva de fusão) — insere uma etapa de leitura de curva de fusão.

nInsert Plate Read to Step (Inserir leitura de placa na etapa) — adiciona um comando de leitura deplaca para a etapa selecionada. Uma leitura de placa mede a quantidade de fluorescência ao fim deum ciclo. A etapa de leitura de placa geralmente é a última etapa num loop GOTO (IR PARA).
Dica: depois de adicionar um comando de leitura de placa a uma etapa, o botão será mudado
para Remove Plate Read (Remover leitura de placa) ao selecionar a etapa.

110 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)nRemove Plate Read (Remover leitura de placa) — remove um comando de leitura de placa daetapa selecionada.
Dica: depois de remover um comando de leitura de placa de uma etapa, o botão será mudado
para Add Plate Read to Step (Adicionar leitura de placa à etapa) ao selecionar a etapa.

n

Step Options (Opções de etapa) — abre a caixa de diálogo Step Options (Opções da etapa) e exibe
as opções disponíveis para a etapa selecionada. Consulte Step Options (Opções de etapa) na
página 112 para informações pormenorizadas sobre as opções da etapa.
Dica: também é possível aceder Step Options (Opções de etapa) clicando com o botão direito
do rato na etapa na exibição gráfica.

nDelete Step (Eliminar etapa) — elimina a etapa selecionada do protocolo.

Guia do utilizador | 111

Capítulo 7 Criar protocolos

Step Options (Opções de etapa)
Abra a caixa de diálogo Step Options (Opções de etapa) para exibir as opções que é possível adicionar,alterar ou remover a uma etapa.

nPlate Read (Leitura de placa) — quando selecionado, adiciona uma leitura de placa à etapa.

nTemperature (Temperatura) — configura a temperatura alvo para a etapa selecionada.

nGradient (Gradiente) — configura o intervalo do gradiente para a etapa; o intervalo é de 1 a 24° C.
Observação: um gradiente é executado com a temperatura mais baixa na frente do bloco(nesta imagem, linha H) e a temperatura mais alta na parte de trás do bloco (nesta imagem,
linha A).

n

Increment (Incremento) — a quantidade para aumentar (ou diminuir) a temperatura da etapa
selecionada; esse valor é adicionado à temperatura alvo em cada ciclo. O intervalo é de ± 0,1 a 10°
C.
Observação: para diminuir a temperatura, insira um sinal de menos (–) antes do valor numérico
(por exemplo, – 5° C).

n

Ramp Rate (Taxa de rampa) — a taxa de rampa para a etapa selecionada; o intervalo depende dotamanho do bloco.

nTime (Hora) — o tempo de espera para a etapa selecionada.

112 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)n

Extend (Prolongar) — a quantidade de tempo (em segundos) para prolongar ou encurtar a etapa
selecionada; esta opção é adicionada ao tempo de espera em cada ciclo; o intervalo é de ±1 a 60
segundos.

n

Beep (Sinal sonoro) — quando selecionado, é emitido um sinal sonoro durante a etapa.
Dica: quando insere um número que está fora do intervalo de opções, o software altera onúmero para a entrada mais próxima dentro do intervalo.

Guia do utilizador | 113

Capítulo 7 Criar protocolos

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)
Usando o Protocol Editor (Editor de protocolo), é possível criar ficheiros de protocolo personalizados.
Também é possível editar e guardar ficheiros de protocolo guardados anteriormente ou ficheiros deprotocolo de amostra enviados com o CFX Maestro Dx SE.
Para criar um ficheiro de protocolo, faça o seguinte:nAbra um ficheiro de protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo).
Dica: é possível abrir um protocolo novo ou existente no Protocol Editor (Editor de protocolo).

n

Configure o novo protocolo.

nAdicione etapas ao protocolo a partir do painel de controlos de protocolo.

n

Edite as propriedades das etapas.

nGuarde o protocolo.

Dica: para criar um protocolo a partir de um guardado anteriormente ou de um modelo de ficheiro deprotocolo, consulte Abrir um protocolo existente no Protocol Editor (Editor de protocolo) na página
116.

Abrir um novo ficheiro de protocolo no Protocol Editor (Editor deprotocolo)
O CFX Maestro Dx SE oferece várias opções para abrir um novo ficheiro de protocolo:n

A partir do menu File (Ficheiro) na janela inicialn

A partir da caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida) na janela inicialn

A partir da caixa de diálogo do Startup Wizard (Assistente de arranque) na janela inicial

Como abrir um novo ficheiro de protocolo a partir do menu File (Ficheiro)u

Na janela Home (Início), selecione File (Ficheiro) > New (Novo) > Protocol (Protocolo).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o layout do protocolo predefinido.
Dica: para obter informações sobre como configurar o protocolo predefinido, consulte Alterar as
configurações predefinidas dos ficheiros na página 90.

114 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Como abrir um novo protocolo na caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida)
1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções para abrir a caixa de diálogo Run Setup(Configuração da corrida):nSelecione Run (Corrida) > User-defined Run (Corrida definida pelo utilizador).

nClique em User-defined Run Setup (Configuração da corrida definida pelo utilizador) na barra deferramentas.

A caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida) abre no separador Protocol (Protocolo) e
exibe o ficheiro de protocolo predefinido
2.

Clique em Create New (Criar).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o protocolo em tempo real predefinido.

Como abrir um novo ficheiro de protocolo a partir do Startup Wizard (Assistente dearranque)1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções para abrir o Startup Wizard (Assistente
de arranque), se não estiver à vista:n

Selecione View (Visualizar) > Startup Wizard (Assistente de arranque).

nClique em Startup Wizard (Assistente de arranque) na barra de ferramentas.

2.

Se necessário, selecione o tipo de instrumento na lista suspensa.

3.

Clique em User-defined (Definido pelo utilizador) como run type (Tipo de corrida).
A caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida) abre no separador Protocol (Protocolo) e
exibe o ficheiro de protocolo predefinido.

4.

Clique em Create New (Criar).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o protocolo em tempo real predefinido.

Como abrir um novo protocolo a partir do menu Run (Corrida)
1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções para abrir a caixa de diálogo Run Setup(Configuração da corrida):nSelecione Run (Corrida) > User-defined Run (Corrida definida pelo utilizador).

nClique em User-defined Run Setup (Configuração da corrida definida pelo utilizador) na barra deferramentas.

A caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida) abre no separador Protocol (Protocolo) e
exibe o ficheiro de protocolo predefinido

Guia do utilizador | 115

Capítulo 7 Criar protocolos

2.

Clique em Create New (Criar).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o protocolo em tempo real predefinido.

Abrir um protocolo existente no Protocol Editor (Editor deprotocolo)
O CFX Maestro Dx SE fornece ficheiros de protocolo de amostra que é possível editar e guardar como
novos protocolos personalizados. Também é possível criar um protocolo a partir de um protocolo
personalizado existente.

Como abrir um ficheiro de protocolo de amostra
1.

Na janela Home (Início), selecione File (Ficheiro) > Open (Abrir) > Protocol (Protocolo).
Como predefinição, o Windows Explorer abre a localização da pasta de ficheiros Sample (Amostra)
do CFX Maestro Dx SE.

2.

Abra a pasta de ficheiros Sample (Amostra). São exibidas as seguintes pastas:n

ConventionalProtocols — contém exemplos de ficheiros de protocolo para a análise
tradicional de PCR.

n

DataFiles — contém exemplos de ficheiros de dados que é possível usar para explorar as
funcionalidades do CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration — contém exemplos de ficheiros de protocolo para uso com a Precision Melt
Analysis (Análise de fusão de precisão) do software Bio-RadnPlates (Placas) — contém exemplos de ficheiros de placa.

n

RealTimeProtocols – contém exemplos de ficheiros de protocolo para análise de PCR em
tempo real.

3.

Abra a pasta do protocolo para o tipo de execução que pretende executar, ConventionalProtocols ou
RealTimeProtocols.

4.

Selecione o protocolo e clique em Open (Abrir).
O ficheiro do protocolo é aberto na janela Plate Editor (Editor de protocolo).

5.

Selecione File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) e guarde o protocolo com um novo nome ou
numa nova pasta.

116 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Como abrir um protocolo existente
1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Ficheiro) > Open (Abrir) > Protocol (Protocolo), navegue, selecione o protocolo
alvo e clique em Open (Abrir).

nAbra o Startup Wizard (Assistente de arranque) e execute uma das seguintes opções:oPara editar o protocolo exibido, clique em Edit Selected (Editar selecionado).

oPara editar outro protocolo existente, clique em Select Existing (Selecionar existente) e
navegue até ao ficheiro pretendido.

O protocolo é aberto na janela Plate Editor (Editor de protocolo).
2.

Selecione File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) e guarde o protocolo com um novo nome ou
numa nova pasta.

Configurar um novo protocolo
Dica: se o ficheiro de protocolo incluir os parâmetros necessários (por exemplo, se estiver a editar
um ficheiro de placa existente), poderá ignorar esta secção. Siga para Adicionar etapas a um
protocolo na página 119.
Os novos ficheiros de protocolo requerem os seguintes parâmetros:nTipo de bloconModo de leitura para o tipo de bloco selecionadon

Lid temperature (Temperatura da tampa)nSample volume (Volume de amostras)

Guia do utilizador | 117

Capítulo 7 Criar protocolos

Definir o tipo de bloco
O CFX Maestro Dx SE calcula automaticamente os incrementos de temperatura para etapas degradiente com base no tipo de bloco.
Observação: o tipo de placa definido no Protocol Editor (Editor de protocolo) deve ser o mesmo doque a placa no módulo de reação.

Como definir o tipo de blocou

Na janela do Protocol Editor (Editor de protocolo), selecione Tools (Ferramentas) > Gradiente
Calculator (Calculadora de gradiente) e escolha o tipo de placa apropriado na lista suspensa exibida.

Selecionar o modo de leitura para o tipo de bloco selecionado
Para determinar o tempo de corrida do protocolo, selecione o tipo de bloco pretendido e o modo deleitura.

Como selecionar o tipo de bloco e o modo de leiturau

Na janela do Protocol Editor (Editor de protocolo), selecione Tools (Ferramentas) > Run time
Calculator (Calculadora do tempo de corrida) e escolha o tipo de placa e o modo de leitura
apropriados na lista suspensa exibida.

Ajustar a temperatura da tampa
O CFX Maestro Dx SE define as temperaturas predefinidas da tampa como segue:ninstrumentos de 96 poços e poços profundos — 105,0 °CnInstrumentos de 384 poços — 95,0 °C

É possível alterar as configurações predefinidas ou desligar o aquecedor da tampa conforme necessáriopara o protocolo.

Como ajustar a temperatura da tampa
1.

Na janela Plate Editor (Editor de placa), selecione Settings (Configurações) > Lid Settings(Configurações da tampa).
É exibida a caixa de diálogo Lid Settings (Configurações da tampa).

2.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione User Defined (Definido pelo utilizador) e insira um valor de temperatura na caixa detexto.

n

Selecione Turn Off Lid Heater (Desligar o aquecedor de tampa).

Clique em OK para aceitar as alterações e fechar a caixa de diálogo

118 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Definir o volume de amostra
Como predefinição, o CFX Maestro Dx SE define o volume de amostra para cada poço para 25 µl. Os
volumes de amostra diferem dependendo do tipo de bloco, por exemplo:n

0 a 50 µl para um bloco de 96 poçosn

0 a 30 µl para um bloco de 384 poços

O instrumento usa um de dois modos de controlo de temperatura para determinar quando a amostra
atinge a temperatura alvo num protocolo:nCalculated mode (Modo calculado) — quando o volume da amostra é ajustado para um volume
diferente de zero apropriado para o bloco, o instrumento calcula a temperatura da amostra com baseno volume da amostra. Este é o modo padrão.

nBlock mode (Modo de bloco) — quando o volume da amostra é ajustado para zero (0) µl, o
instrumento regista a temperatura da amostra como a mesma do que a temperatura medida no
bloco.

Como definir o volume de amostra para um bloco específico
u

Na janela do Plate Editor (Editor de placa), digite o valor correto na caixa de texto Sample Volume(Volume de amostra) na barra de ferramentas.

Dica: é possível alterar o volume de amostra predefinido na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do utilizador). Consulte Alterar as configurações predefinidas dos ficheiros na página
90.

Adicionar etapas a um protocolo
Como adicionar etapas a um protocolo
1.

Abra o protocolo na janela Protocol Editor (Editor de protocolo).

2.

Determine onde inserir a nova etapa. Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After(Depois) na lista suspensa Step (Etapa).

3.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual pretende inserir a nova etapa.

4.

No painel esquerdo, clique em Insert Step (Inserir etapa).

5.

Para alterar a temperatura ou o tempo de espera, clique no valor predefinido do gráfico ou noesquema do protocolo e insira um novo valor.

6.

(Opcional) No painel esquerdo, clique em Step Options (Opções de etapa) para exibir a caixa dediálogo Step Options (Opções de etapa) e modifique as opções disponíveis para a etapa
selecionada.

Guia do utilizador | 119

Capítulo 7 Criar protocolos

Dica: é possível aceder à caixa de diálogo Step Options (Opções de etapa) no menu do botão
direito no painel de gráfico ou no painel de esquema do protocolo.
7.

Clique em OK e, em seguida, clique em Yes (Sim) para guardar as alterações do protocolo.
É exibida a caixa de diálogo Save As (Guardar como).

8.

Na caixa de diálogo Save As (Guardar como), insira um nome para o novo ficheiro de protocolo eclique em Save (Guardar).

Inserir uma etapa de gradiente
Como inserir uma etapa de gradiente
1.

Verifique se o tamanho de placa para o gradiente é o mesmo do tipo de bloco do instrumento, 96
poços, 384 poços ou poços profundos.

2.

Se ainda não tiver sido feito, selecione o tamanho da placa para o gradiente:
Selecione Tools (Ferramentas) > Gradient Calculator (Calculadora de gradiente) e escolha o tipo depoço apropriado da lista suspensa.

3.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

4.

No painel de gráfico ou de esquema, selecione a etapa antes ou depois da qual pretende inserir a
etapa de gradiente.

5.

No painel esquerdo, clique em Insert Gradient (Inserir gradiente). A nova etapa de gradiente édestacada no painel de gráfico e de esquema, por exemplo:

120 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

A temperatura de cada linha do gradiente aparece na tabela Gradient (Gradiente) no painel dadireita.
6.

Para editar o intervalo de temperatura do gradiente, execute uma das seguintes opções:nClique na temperatura predefinida no painel de gráfico ou de esquema e insira uma nova
temperatura.

nClique em Step Options (Opções de etapa) para inserir o intervalo de gradiente na janela Step
Options (Opções de etapa).

nAltere o valor de Range (Intervalo) na tabela Gradient (Gradiente).

7.

Para editar o tempo de espera, clique no tempo predefinido na vista de gráfico ou texto e insira um
novo tempo.

8.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações.

Inserir a etapa GOTO (IR PARA)
Observação: não é possível inserir uma etapa GOTO (IR PARA) dentro de um conjunto GOTO (IRPARA); não é possível criar loops GOTO (IR PARA) aninhados.

Guia do utilizador | 121

Capítulo 7 Criar protocolos

Como inserir a etapa GOTO (IR PARA)
1.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

2.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual pretende inserir a etapa GOTO (IR PARA).

3.

No painel esquerdo, clique em Insert GOTO (Inserir IR PARA).

4.

Para editar o número da etapa GOTO (IR PARA) ou o número de repetições GOTO (IR PARA),
selecione o número predefinido no painel gráfico ou de esquema e insira um novo valor.

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações.

Inserir uma etapa Melt Curve (Curva de fusão)Dica: não é possível inserir uma etapa de curva de fusão dentro de um loop GOTO (IR PARA).
Observação: A etapa de curva de fusão inclui uma retenção de 30 seg no início da etapa que não é
mostrada no protocolo.

Como inserir uma etapa de curva de fusão
1.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

2.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual pretende inserir a etapa de curva de fusão.

122 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)3.

No painel esquerdo, clique em Insert Melt Curve (Inserir curva de fusão). A nova etapa de curva defusão é destacada no painel de gráfico e de esquema, por exemplo:

4.

Para editar o intervalo de temperatura ou tempo de incremento da fusão, selecione o número
predefinido no painel de gráfico ou de esquema e insira um novo valor.

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações.

Guia do utilizador | 123

Capítulo 7 Criar protocolos

Adicionar ou remover uma etapa de leitura de placa
Dica: depois de adicionar um comando de leitura de placa a uma etapa, o botão será mudado para
Remove Plate Read (Remover leitura de placa) ao selecionar a etapa.

Como adicionar uma leitura de placa a uma etapa
1.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

2.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual pretende inserir a etapa de leitura de placa.

3.

No painel da esquerda, clique em Add Plate Read to Step (Adicionar leitura de placa à etapa) paraadicionar uma leitura de placa à etapa selecionada.

4.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar as alterações.

Como remover uma leitura de placa de uma etapau

No gráfico, selecione a etapa contendo a leitura de placa e clique em Remove Plate Read (Removerleitura de placa) no painel da esquerda.

Alterar as Step Options (Opções de etapa)
Como alterar as Step Options (opções de etapa) para uma etapa selecionada
1.

Selecione a etapa desejada no painel de gráfico ou de esquema.

2.

No painel esquerdo, clique em Step Options (Opções de etapa) para abrir a caixa de diálogo Step
Options (Opções de etapa).
Como alternativa, clique com o botão direito do rato na etapa desejada no painel e selecione Step
Options (Opções de etapa) no menu.

3.

Para adicionar, modificar ou remover opções:n

Insira um valor na caixa de texto apropriada.

n

Edite um valor na caixa de texto específica.

nMarque ou desmarque uma caixa de seleção.

4.

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo Step Options (Opções deetapa).

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar o protocolo.

124 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Eliminar uma etapa
Importante: não é possível anular esta função. Tenha cuidado ao eliminar etapas.

Como eliminar uma etapa no protocolo
1.

Selecione a etapa no painel de gráfico ou de esquema.

2.

No painel da esquerda, clique em Delete Step (Eliminar etapa) para eliminar a etapa selecionada.

3.

Clique em OK e em Yes (Sim) para guardar o protocolo.

Copiar, exportar ou imprimir um protocolo
Como copiar um protocolouClique com o botão direito do rato no esquema do protocolo e selecione Copy Protocol (Copiar
protocolo)
É possível colar o esquema num ficheiro .txt, .xls, .doc, ou .ppt.

Como exportar um protocolo
1.

Clique com o botão direito do rato no esquema do protocolo e selecione Export Protocol (Exportar
protocolo)
É exibida a caixa de diálogo Save As (Guardar como).

2.

(Opcional) No Windows Explorer, navegue até uma pasta na qual guardar o ficheiro do protocolo.

3.

Em File Name (Nome do ficheiro), insira um nome para o ficheiro de protocolo exportado.

4.

Clique em Save (Guardar).

Como imprimir um protocolouClique com o botão direito do rato no esquema do protocolo e selecione Print (Imprimir)
É possível imprimir o esquema do protocolo na impressora predefinida.

Guia do utilizador | 125

Capítulo 7 Criar protocolos

Criar um protocolo com o Protocol AutoWriter (Gerador
automático de protocolo)
Importante: a Bio-Rad não garante que a corrida de um protocolo criado com o Protocol AutoWriter(Gerador automático de protocolo) resultará sempre num produto PCR.
O Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo) do CFX Maestro Dx SE gera automaticamente
protocolos de ciclagem com base nos seguintes parâmetros de entrada:nAmplicon length (Comprimento do amplicon) — o comprimento esperado do produto PCRnAnnealing temperature (Temperatura de hibridação) — a Ta da reação para os iniciadores queestão a ser usados
Se a Ta for desconhecida, será possível usar a calculadora de Ta para a calcular automaticamente
com base na sequência de iniciadores utilizada.
Observação: a Ta é ajustada a partir da informação da temperatura de fusão do iniciador (Tm),que é baseada na enzima selecionada e na velocidade do protocolo.

n

Enzyme type (Tipo de enzima) — a enzima DNA polimerase (DNA polimerase iTaq, iProof ou outra)
Se usar uma enzima diferente de DNA polimerase iTaq ou iProof, poderá inserir informações
adicionais, incluindo o intervalo de gradiente, o tempo de ativação de início a quente (em segundos)
e o tempo de extensão final (em segundos).

n

Run speed (Velocidade da corrida) — a velocidade da reação (standard (padrão), fast (rápida) ou
ultrafast (ultrarrápida))
O Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo) otimiza o protocolo, dependendo daconfiguração de velocidade selecionada. O tempo total da corrida é determinado pelo número deetapas e ciclos, o tempo de incubação em cada etapa e o tempo necessário para atingir a
uniformidade na temperatura desejada.

Usando parâmetros inseridos e diretrizes padrão de PCR, o Protocolo AutoWriter (Gerador automático
de protocolo) gera automaticamente um protocolo de PCR personalizado com etapas de início a quente,desnaturação inicial, hibridação e extensão. É possível, então, visualizar uma representação gráfica do
protocolo sugerido e editar, executar ou guardar o protocolo.

126 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo com o Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo)

Como criar um protocolo usando o Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo)
do CFX Maestro Dx SE
1.

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Protocol AutoWriter (Gerador automático
de protocolo).
É exibida a caixa de diálogo Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo).

2.

Na secção Enter Target Values/Enzyme (Inserir Valores/Enzimas de alvo), execute uma das opções
a seguir:nInsira Annealing temperature (Temperatura de hibridação) (Ta) para os iniciadores sendo
usados, se conhecida.
Dica: consulte Usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta) na página 128 para obter mais
informações.
Observação: para obter informações sobre os cálculos usados na Ta Calculator(Calculadora de Ta), consulte Breslauer et al. 1986.

n

Insira o Amplicon Lenght (Comprimento do amplicon) em pares de bases (bp).

nSelecione um tipo de enzima a partir da lista de opções (iTaq DNA polymerase (DNA polimerase
iTaq), iProof DNA polymerase (DNA polimerase iProof) ou Other (Outra)).
Dica: Se selecionar Other (Outra) como o tipo de enzima, os parâmetros na secção
Additional Parameters (Optional) (Parâmetros Adicionais (Opcional)) serão ativados.

Guia do utilizador | 127

Capítulo 7 Criar protocolos3.

Se selecionou Other (Outra) como o tipo de enzima, será possível adicionar um ou todos osparâmetros a seguir ao protocolo:n

Gradient range (Intervalo do gradiente)n

Hot start activation temperature (Temperatura de ativação de início a quente)nFinal extension time (Tempo de extensão final)

4.

Na secção Type (Tipo), mova a barra deslizante para selecionar uma velocidade de protocolo(Standard (Padrão), Fast (Rápida) ou Ultrafast (Ultrarrápida)). O CFX Maestro Dx SE ajusta o tempo
de corrida total.

5.

Selecione o tipo de PCR para execução (Real-time PCR (PCR em tempo real) é a predefinição).
Com o Real-time PCR (PCR em tempo real), o CFX Maestro Dx SE adiciona uma etapa de leitura deplaca para recolher dados de fluorescência.

6.

Na secção Preview (Pré-visualização), reveja o protocolo. É possível fazer alterações, senecessário.

7.

Execute uma das seguintes opções:nClique em OK para guardar o novo protocolo. Depois de guardado, o protocolo é aberto no
Startup Wizard (Assistente de arranque). Clique em Edit Selected (Editar selecionado) parafazer qualquer alteração ao protocolo. Por exemplo, pode precisar de alterar a temperatura datampa e o volume da amostra.

nClique em Cancel (Cancelar) para fechar a janela sem guardar o protocolo.

Usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta)
Quando a temperatura de hibridação para o iniciador é desconhecida, é possível usar a Ta Calculator(Calculadora de Ta) para calcular o valor. É possível usar o valor no Protocol AutoWriter (Gerador
automático de protocolo) ou no Protocol Editor (Editor de protocolo) para criar o seu protocolo.

Sobre a Ta Calculator (Calculadora de Ta)
A Ta Calculator (Calculadora de Ta) calcula o valor Tm para cada iniciador, além do valor Ta para oprotocolo na velocidade padrão.
O Ta para o protocolo é baseado nos valores médios Tm dos iniciadores com as seguintes regras
aplicadas:n

Se a diferença entre os valores Tm do iniciador for >4 °C, a Ta = (menor dos dois valores Tm do
iniciador + 2) – 4 °C

128 | Software CFX Maestro Dx SE

Usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta)n

Se a diferença entre os valores Tm for ≤4 °C, a Ta = (média dos valores do Tm) – 4 °C

Método de contagem de pares de bases
Para cada iniciador, a Ta Calculator (Calculadora de Ta) usa o método de contagem de pares de bases
para sequências de 14 pares de bases (pb) ou menos.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
em que w, x, y e z são os números das bases A, T, G e C na sequência, respetivamente.

Método do “vizinho mais próximo”
Para sequências mais longas do que 14 bp, é usado o método de “vizinho mais próximo”. No método de“vizinho mais próximo”, os cálculos de temperatura de fusão são baseados na relação termodinâmica
entre entropia (ordem ou uma medida da aleatoriedade do oligonucleotídeo), entalpia (calor libertado ou
absorvido pelo oligonucleotídeo), energia livre e temperatura.
∆H = ∆G + T* ∆Sem que:n∆H = Valor de entalpia, Cal/Mole*Kn

T = temperatura, Kelvinn∆S = Valor de entropia, Cal/Mol*Kn∆G = Energia livre de Gibbs em Cal/Mol*K

As mudanças na entropia e na entalpia são calculadas diretamente pela soma dos valores para os paresde nucleótidos mostrados na Tabela 8 (Breslauer et al. 1986).
A relação entre a energia livre e a concentração dos reagentes e produtos em equilíbrio é dada por:
∆G = R*T*ln ((DNA * Iniciador)/(DNA + Iniciador))onde R é a constante do gás (1,986 Cal/Mol*K).
Substituir G nas duas equações e solucionar T resulta em
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Iniciador)/(DNA + Iniciador)))supondo que as concentrações de DNA e complexo DNA-iniciador sejam iguais.
Foi determinado empiricamente que há uma alteração de 5 kcal de energia livre (3,4 kcal) (Sugimoto etal. 1996) durante a transição de DNA de linhagem individual para o DNA da forma B. Isto é
presumivelmente a energia de iniciação da hélice. Por fim, adicionar um ajuste para sal resulta naequação que a calculadora de Ta usa:
T = (∆H - 5(KCal/K*Mol))/(∆S + (R * ln(1/(iniciador)))) + 16,6 log10 (Molaridade do sal)

Guia do utilizador | 129

Capítulo 7 Criar protocolosNão é necessária a constante de ajuste para a concentração do sal, uma vez que os vários parâmetros
foram determinados em 1 M NaCl e o log10 de 1 é zero.
Os cálculos termodinâmicos supõem que a hibridação ocorra no pH 7,0. Os cálculos de Tm supõem que
as sequências não sejam simétricas e contenham pelo menos um G ou C.
A sequência do oligonucleotídeo deve ter pelo menos 14 bases de comprimento para resultar em valores
de Tm razoáveis. Menos de 14 bases usam o método de contagem de pares de bases (consulte a Tabela
8 a seguir).
Tabela 8. Constantes de interação de Breslauer

Interação

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3.1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3.1

GG

CC

11

26,6

3.1

130 | Software CFX Maestro Dx SE

Usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta)

Usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta)
Como usar a Ta Calculator (Calculadora de Ta)
1.

Para abrir a Ta Calculator (Calculadora de Ta), execute uma das seguintes opções:n

Se estiver no Protocol AutoWriter (Gerador automático de protocolo), clique em Ta Calculator(Calculadora de Ta).

n

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Ta Calculator (Calculadora de Ta).

É exibida a caixa de diálogo Ta Calculator (Calculadora de Ta).

2.

Na caixa de texto Forward Primer (Iniciador direto), digite ou cole a sequência de iniciador direto.
Dica: também é possível usar os botões A, T, G, C no lado esquerdo da caixa de diálogo para
inserir a sequência.

3.

Digite ou cole a sequência do iniciador reverso na caixa de texto Reverse Primer (Iniciador reverso).

4.

Clique em Calculate (Calcular).

Guia do utilizador | 131

Capítulo 7 Criar protocolos

A Ta Calculator (Calculadora de Ta) calcula e exibe o Tm de cada iniciador e os valores médios de
Tm e Ta, por exemplo:

Se os valores Tm do iniciador tiverem mais de 4 °C de distância, o Protocol AutoWriter (Gerador
automático de protocolo) usa o valor mais baixo Ta do iniciador + 2 °C como base para cálculo dovalor de Ta, que pode ser modificado ainda mais alterando a enzima e a velocidade de reação.
A Ta Calculator (Calculadora de Ta) gera uma temperatura de hibridação para a velocidade padrão
com a polimerase de DNA iTaq. Ao usar uma enzima diferente, as configurações de velocidade
ajustam automaticamente o Ta.
5.

Execute uma das seguintes opções:n

Se a Ta Calculator (Calculadora de Ta) tiver sido aberta pelo Protocol AutoWriter (Gerador
automático de protocolo), clique em OK. Voltará ao Protocol AutoWriter (Gerador automático deprotocolo). A temperatura de hibridação é modificada automaticamente.

n

Se a Ta Calculator (Calculadora de Ta) tiver sido aberta a partir do menu Tools (Ferramentas),
grave os cálculos e clique em Cancel (Cancelar) para fechar a calculadora.

132 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 8 Preparar placas
Um ficheiro de placa contém informações sobre parâmetros da corrida, como o modo de leitura, os
fluoróforos e o conteúdo dos poços. Após a corrida, o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição
de Segurança) associa o conteúdo dos poços aos dados de fluorescência recolhidos durante a corrida e
aplica a análise apropriada na janela Data Analysis (Análise de dados). Por exemplo, poços carregados
com o tipo de amostra padrão são usados para gerar uma curva padrão.
O CFX Maestro Dx SE oferece duas opções para criar placas: o Plate Editor (Editor de placa) para
corridas de PCR em tempo real e o Setup Wizard (Assistente de configuração) para análise de expressão
génica normalizada.
O Plate Editor (Editor de placa) inclui as seguintes funcionalidades:nFluoróforos padrão e tipos de amostras para atribuir a poços de placanCapacidade de configurar o alvo de referência e a amostra de controlo para análise de expressão
génicanCapacidade de editar a configuração da placa antes, durante ou depois de uma corridanCapacidade de guardar ficheiros de placa para reutilização

nCapacidade de imprimir o ficheiro de placa numa impressora predefinida

O Setup Wizard (Assistente de configuração) proporciona orientação na criação de um layout de placa
para análise de expressão génica normalizada. É possível usar o Setup Wizard (Assistente deconfiguração) antes, durante ou depois de uma corrida.

Guia do utilizador | 133

Capítulo 8 Preparar placas

Janela do Plate Editor (Editor de placa)
Use o Plate Editor (Editor de placa) para criar placas personalizadas ou modificar placas existentes.

LEGENDA1.

A barra de menus proporciona acesso rápido aos comandos do menu File (Ficheiro) e Settings(Configurações), bem como às opções de ferramentas de edição de placas.

2.

A barra de ferramentas proporciona acesso rápido a funções importantes de carregamento deplacas.

3.

O painel principal exibe o esquema da placa e as opções da placa à medida que são aplicadas.

4.

O painel direito exibe as opções usadas para personalizar a placa.

5.

O painel inferior exibe o tipo de placa e proporciona acesso rápido às opções de visualização.

Comandos do menu File (Ficheiro)
Save (Guardar) — guarda o ficheiro de dados da placa na localização especificada no separador File(Ficheiro) na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador). Consulte Alterar as
configurações predefinidas dos ficheiros na página 90 para obter mais informações. Este item de menu
está disponível somente ao criar um ficheiro de placa.

134 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela do Plate Editor (Editor de placa)

Save As (Guardar como) — Guarda o ficheiro de dados de placa aberto com um novo nome fornecido
pelo utilizador. Este item de menu está disponível somente ao criar um ficheiro de placa.
File Passwords (Palavras-passe de ficheiros) — permite que os utilizadores definam palavras-passepara guardar e abrir os ficheiros.
Extract Plate (Extrair placa) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível extrair/guardar o ficheiro deplaca (.pltd). Este item de menu está disponível somente ao visualizar ou editar um ficheiro de placa
existente.
Print (Imprimir) — imprime o ficheiro de dados de placa aberto.
Close (Fechar) — fecha o Plate Editor (Editor de placa).

Comandos do menu Edit (Editar)
Undo (Anular) — reverte uma alteração para um ficheiro de placa até que a placa seja guardada.
Redo (Refazer) — inverte a ação Undo (Anular) mais recente, a menos que o ficheiro de placa tenha sido
guardado.

Comandos do menu Settings (Configurações)Plate Size (Tamanho da placa) — abre uma caixa de diálogo a partir da qual é possível selecionar um
tamanho de placa para a corrida.
Observação: o tamanho da placa deve ser o mesmo que o tamanho do bloco no instrumento
no qual a corrida é executada.
Escolher 96-poços para:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Escolher 384 poços para:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Tipo de placa) — permite que escolha o tipo de poços na placa que contém as amostras, BR
White (BR branco) ou BR Clear (BR transparente). Para uma análise de dados precisa, o tipo de placa
selecionado deve ser o mesmo que o tipo de placa usado na corrida.
Observação: deve-se calibrar os novos tipos de placa. Consulte Calibrar novos corantes napágina 82 para obter mais informações.

Guia do utilizador | 135

Capítulo 8 Preparar placas

Number Convention (Convenção de números) — permite que marque ou desmarque a opção para
exibir unidades em notação científica. Como predefinição, as unidades são exibidas em notação
científica.
Units (Unidades) — permite que escolha as unidades a serem exibidas nas folhas de cálculo ao realizar
a quantificação de incógnitas versus uma curva padrão.

Comandos do menu Editing Tools (Ferramentas de edição)Setup Wizard (Assistente de configuração) — abre o Setup Wizard (Assistente de configuração), no qualé possível definir o layout e os parâmetros de análise para a placa atual. É possível usar o Setup Wizard(Assistente de configuração) antes, durante ou depois de uma corrida ser concluída.
Spreadsheet View/Importer (Ver/importar folha de cálculo) — abre a caixa de diálogo View (Visualizar),que exibe o layout da placa como um modelo em formato de folha de cálculo. É possível usar esta caixa
de diálogo para exportar ou importar dados de modelo de placa no formato .csv.
Flip Plate (Inverter placa) — inverte o conteúdo da placa em 180o.

Comandos da Toolbar (Barra de ferramentas)
Reverte uma alteração para uma placa. O CFX Maestro Dx SE permite
anular até dez ações
Reverte a ação Undo (Anular) mais recente. O CFX Maestro Dx SE
permite refazer até dez ações.
Guarda o ficheiro de placa atual.

Exibe uma lista suspensa na qual é possível aumentar ou reduzir aampliação da vista de placa.
Exibe uma lista suspensa a partir da qual é possível selecionar um modode leitura, que indica ao instrumento de quais canais deve recolher os
dados de fluorescência durante uma corrida.
Abre o Well Groups Manager (Gestor de grupos de poços), que pode ser
usado para criar grupos de poços para a placa atual.
Exibe uma caixa de diálogo na qual é possível selecionar as cores e os
símbolos para os traçados de amplificação.

136 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela do Plate Editor (Editor de placa)

Abre a caixa de diálogo View (Visualizar), que exibe o layout da placa
como um modelo em formato de folha de cálculo. É possível usar esta
caixa de diálogo para exportar ou importar dados de modelo de placa noformato .csv.
Abre o Setup Wizard (Assistente de configuração), no qual é possível
definir o layout e os parâmetros de análise para a placa atual. É possível
usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) antes, durante ou
depois de uma corrida.
Abre o separador Plate (Placa) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do utilizador), onde é possível definir parâmetros de layoutde placa e criar ou eliminar nomes de alvo, amostra e grupo biológico. As
alterações feitas no separador Plate (Placa) estarão disponíveis na
próxima vez que o Plate Editor (Editor de placa) for aberto.
Exibe as etapas necessárias para configurar uma placa e carregar ospoços.

Guia do utilizador | 137

Capítulo 8 Preparar placas

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor deplaca)
Usando o Plate Editor (Editor de placa), é possível criar ficheiros de placa personalizados. Também épossível editar e guardar ficheiros de placas guardados anteriormente ou ficheiros de placas de amostra
enviados com o Sistema CFX Opus Dx.
Para criar um ficheiro de placa, faça o seguinte:nAbra um ficheiro de placa no Plate Editor (Editor de placa).

nSelecione o tipo de placa.
Observação: o tipo de placa para o ficheiro de placa deve ser o mesmo que a placa no módulo
de reação.

n

Selecione o modo de leitura a usar no protocolo.

n

Selecione os fluoróforos a usar na placa.

nSelecione o tipo de amostra, alvos e amostras.

n

Selecione as réplicas técnicas, se apropriado.

nGuarde o layout da placa.

Dica: para criar uma placa a partir de uma placa guardada anteriormente ou de um modelo deficheiro de placa, consulte Abrir um ficheiro de placa existente no Plate Editor (Editor de placa) na
página 140.

Abrir um novo ficheiro de placa no Plate Editor (Editor de placa)
O CFX Maestro Dx SE oferece várias opções para abrir um novo ficheiro de placa:n

A partir da janela Home (Início)n

A partir da caixa de diálogo Startup Wizard (Assistente de arranque)n

A partir da caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida)

Como abrir um novo ficheiro de placa a partir da janela Home (Início)u

Selecione File (Ficheiro) > New (Novo) > Plate (Placa).
A janela Plate Editor (Editor de placa) abre exibindo a ficheiro de placa predefinido para oinstrumento selecionado.

138 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

Dica: para obter informações sobre como configurar o ficheiro de placa predefinido, consulte
Alterar as configurações predefinidas dos ficheiros na página 90.

Como abrir um novo ficheiro de placa a partir do Startup Wizard (Assistente de arranque)1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções para abrir o Startup Wizard (Assistente
de arranque), se não estiver à vista:n

Selecione View (Visualizar) > Startup Wizard (Assistente de arranque).

nClique em Startup Wizard (Assistente de arranque) na barra de ferramentas.

2.

Se necessário, selecione o tipo de instrumento na lista suspensa.

3.

Para criar uma placa, clique em User-defined (Definido pelo utilizador) como o tipo de corrida.
A caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida) abre exibindo o separador Protocol(Protocolo).

4.

Clique no separador Plate (Placa) e em Create New (Criar).
A janela Plate Editor (Editor de placa) abre exibindo o layout da placa predefinido para o instrumento
selecionado.

Como abrir um novo ficheiro de placa na caixa de diálogo Run Setup (Configuração dacorrida)1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções para abrir a caixa de diálogo Run Setup(Configuração da corrida):nSelecione Run (Corrida) > User-defined Run (Corrida definida pelo utilizador).

nClique em User-defined Run Setup (Configuração da corrida definida pelo utilizador) na barra deferramentas.

É exibida a caixa de diálogo Run Setup (Configuração da corrida) no separador Protocol (Protocolo).
2.

Para criar uma placa, clique no separador Plate (Placa) e clique em Create New (Criar).
A janela Plate Editor (Editor de placa) abre exibindo o layout da placa predefinido para o instrumento
selecionado.

Guia do utilizador | 139

Capítulo 8 Preparar placas

Abrir um ficheiro de placa existente no Plate Editor (Editor deplaca)O CFX Maestro Dx SE fornece ficheiros de placa de amostra que é possível editar e guardar como uma
nova placa. Também é possível criar um ficheiro de placa a partir de um ficheiro de placa anteriormente
guardado.

Como abrir um ficheiro de placa de amostra
1.

Na janela Home (Início), selecione File (Ficheiro) > Open (Abrir) > Plate (Placa).
O Windows Explorer abre a localização da pasta de ficheiros Sample (Amostra) do Sistema CFX
Opus Dx.

2.

Abra a pasta de ficheiros Sample (Amostra) e abra a pasta Plates (Placas).

3.

Selecione um ficheiro de placa e clique em Open (Abrir).
O ficheiro da placa de amostra é aberto na janela Plate Editor (Editor de placa).

4.

Selecione File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) e guarde o ficheiro de placa com um novo nomeou numa nova pasta.

Como abrir um ficheiro de placa previamente guardado
1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Ficheiro) > Open (Abrir) > Plate (Placa), navegue, selecione a placa pretendida eclique em Open (Abrir).

nAbra o Startup Wizard (Assistente de arranque) e execute uma das seguintes opções:oPara editar um ficheiro de placa existente, clique em Select Existing (Selecionar existente)e navegue até ao ficheiro pretendido.

oPara editar o ficheiro de placa exibido, clique em Edit Selected (Editar selecionado).

A placa pretendida é aberta na janela Plate Editor (Editor de placa).
2.

Selecione File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) e guarde o ficheiro de placa com um novo nomeou numa nova pasta.

140 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

Configurar um novo ficheiro de placa
Dica: se o ficheiro da placa incluir os parâmetros necessários (por exemplo, se estiver a editar uma
amostra ou um ficheiro de placa existente), poderá ignorar esta secção. Continue com Atribuir
parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa) na página 149.
Os novos ficheiros de placa requerem os seguintes parâmetros:nPlate Size (Tamanho da placa)nPlate Type (Tipo de placa)n

Scan mode (Modo de leitura)n

One fluorophore (Um fluoróforo) (corante)n

One sample type (Um tipo de amostra)

Selecionar o tamanho e tipo de placa
Importante: é necessário selecionar um tamanho de placa durante a configuração de placa. Não é
possível alterar o tamanho da placa durante a corrida ou depois dela.
O software aplica o tamanho e tipo de placa a todos os poços durante a corrida. Certifique-se de que otamanho de placa selecionado é o mesmo da placa que será usada na corrida.
Os sistemas Bio-Rad CFX Opus Dx são calibrados de fábrica para muitas combinações de corantes
fluorescentes e placas. A calibração é específica para o instrumento, corante e tipo de placa. Certifiquese de que o fluoróforo que tenciona usar está calibrado para o tipo de placa selecionado.
Dica: para calibrar uma nova combinação de corante e tipo de placa num instrumento, selecione
Tools (Ferramentas) > Dye Calibration Wizard (Assistente de calibração de corante). Para obter
mais informações sobre calibração de corantes e tipos de placa, consulte Calibrar novos corantes napágina 82.

Selecionar o modo de leitura
Os sistemas CFX Opus 96 Dx e CFX Opus Deepwell Dx excitam e detetam fluoróforos em cinco canais(mais FRET). O sistema CFX Opus 384 Dx excita e deteta fluoróforos em quatro canais (mais FRET).
Todos os sistemas usam vários modos de leitura de aquisição de dados para recolher dados defluorescência durante uma corrida.
O CFX Maestro Dx SE fornece três modos de leitura:n

All Channels (Todos os canais)oAnalisa os canais 1 a 5 nos sistemas CFX Opus 96 Dx e CFX Opus Deepwell DxoAnalisa os canais 1 a 4 nos sistemas CFX Opus 384 Dx

Guia do utilizador | 141

Capítulo 8 Preparar placasnn

SYBR®/FAMoAnalisa apenas o canal 1oFornece uma leitura rápida

FREToAnalisa apenas o canal FREToFornece uma leitura rápida

Selecionar fluoróforos
Importante: antes de iniciar a execução, os sistemas CFX verificam se os fluoróforos especificados
na placa estão calibrados naquele instrumento. Não é possível executar uma corrida numa placa se
esta incluir fluoróforos que não foram calibrados naquele instrumento.
Deve-se carregar pelo menos um fluoróforo no layout da placa antes da corrida. É possível adicionar
tantos fluoróforos quantos forem necessários neste momento, mas a placa deve conter pelo menos um
fluoróforo. Os fluoróforos selecionados aparecem como opções para alvos em Target Names (Nomes dealvos).
Use a caixa de diálogo Select Fluorophores (Selecione fluoróforos) para carregar fluoróforos (oucorantes de placa) nos controlos de carga de poços do Plate Editor (Editor de placa). Os fluoróforos que
aparecem na caixa de diálogo Select Fluorophores (Selecionar fluoróforos) dependem do modo deleitura selecionado:n

All Channels (Todos os canais)
São exibidos todos os fluoróforos disponíveis.
Dica: é possível adicionar tantos fluoróforos quantos forem necessários, mas apenas poderá
carregar um fluoróforo por canal em cada poço.

n

SYBR®/FAM
São exibidos apenas os fluoróforos do canal 1.

n

FRETApenas é exibido o fluoróforo do canal 6.
Dica: o fluoróforo FRET do canal 6 apenas é exibido quando FRET é o modo de leitura
selecionado. Não está disponível para o modo de leitura All Channels (Todos os canais).

Observação: não é possível adicionar fluoróforos diretamente ou removê-los da caixa de diálogo
Select Fluorophore (Selecionar fluoróforo). Deve-se calibrar os novos fluoróforos num instrumento
usando o Dye Calibration Wizard (Assistente de calibração de corante). Após a calibração, o novo

142 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

fluoróforo será automaticamente adicionado a esta lista. Para obter mais informações, consulte
Calibrar novos corantes na página 82.

Selecionar tipos de amostra
Importante: deve-se carregar pelo menos um tipo de amostra para atribuir aos poços de placa
antes da corrida.
O CFX Maestro Dx SE oferece cinco tipos de amostra:nUnknown (Desconhecido)nStandard (Padrão)n

NTC (no template control (sem controlo de modelo))n

Positive Control (Controlo positivo)n

Negative Control (Controlo negativo)n

NRT (no reverse transcriptase (sem transcriptase reversa))

Atribua os tipos de amostra aos poços de placa.

Configurar uma nova placa
Como configurar uma nova placa
1.

Abra uma nova placa na janela Plate Editor (Editor de placa).

2.

Para definir o tamanho da placa, selecione Settings (Configurações) > Plate Size (Tamanho daplaca) e selecione o tamanho da placa apropriado no menu suspenso.

3.

Para configurar o tipo de placa, selecione Settings (Configurações) > Plate Type (Tipo de placa) e
selecione BR White (BR branco) ou BR Clear (BR transparente) no menu suspenso.

4.

Opcionalmente, no menu Settings (Configurações), é possível alterar a convenção de números e as
unidades de exibição:nPara alterar a convenção de números, selecione Settings (Configurações) > Number
Convention (Convenção de números) e selecione Scientific Notification (Notação científica).
Dica: A Scientific Notation (Notação científica) está selecionada como predefinição. Nestecaso, selecionar Scientific Notation (Notação científica) desmarca a predefinição e define a
convenção de números como formato padrão.

nPara alterar as unidades de exibição, selecione Settings (Configurações) > Units (Unidades) eselecione um novo valor de unidade.

Guia do utilizador | 143

Capítulo 8 Preparar placas

5.

Para configurar o modo de leitura, selecione o modo de leitura apropriado na lista suspensa Scan
Mode (Modo de leitura) na barra de ferramentas da janela do Plate Editor (Editor de placa).

6.

Selecione os fluoróforos necessários para a placa:a.

No painel direito, clique em Select Fluorophores (Selecionar fluoróforos).
É exibida a caixa de diálogo Select Flourophores (Selecionar fluoróforos). São exibidos os
fluoróforos disponíveis para o tipo de modo de leitura selecionado na Etapa 5, por exemplo:b.

Para selecionar um fluoróforo, clique na caixa de seleção Selected (Selecionado).
Dica: para remover um fluoróforo da lista, desmarque a caixa de seleção Selected(Selecionado).

c.

Para alterar a cor de exibição do fluoróforo, clique na caixa Color (Cor).
Observação: a cor selecionada representa o fluoróforo na janela do Plate Editor (Editor deplaca) e nos gráficos Data Analysis (Análise de dados).

d.

Na caixa de diálogo Color (Cor), selecione a cor que deseja ou clique em Define Custom Colors(Definir cores personalizadas) e crie uma cor para representar o fluoróforo.

144 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)e.

7.

Clique em OK para guardar as alterações e sair da caixa de diálogo Select Fluorophores(Selecionar fluoróforos).

Deve-se selecionar ao menos um poço no qual carregar um tipo de amostra. Como predefinição, opoço A1 está selecionado.
No painel de placa, execute uma das seguintes opções:nPara carregar vários poços adjacentes, clique num poço e arraste para o poço alvo.

nPara carregar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Crtl) e clique
em cada poço.

nPara carregar uma coluna inteira com o mesmo tipo de amostra, clique no número da coluna.

n

Para carregar uma linha inteira, clique no número da linha.

nPara carregar a placa inteira, clique no canto superior esquerdo da placa.

Por exemplo:

Guia do utilizador | 145

Capítulo 8 Preparar placas

8.

Atribua um tipo de amostra ao poço ou poços selecionados no menu suspenso Sample Type (Tipode amostra).

9.

Atribua pelo menos um fluoróforo a todos os poços que contenham um tipo de amostra. É possível
atribuir mais de um fluoróforo a um poço ou grupo de poços.
Observação: apenas é possível atribuir um fluoróforo por canal. Não é possível atribuir mais deum fluoróforo do mesmo canal e ao mesmo poço.
Dica: é possível associar um alvo ao fluoróforo ou atribuir apenas o fluoróforo ao poço neste
momento e associar um alvo ao fluoróforo depois de executar a experiência.
nPara atribuir apenas um fluoróforo aos poços selecionados, na secção Target names (Nomesde alvos) no painel direito, marque a caixa de seleção Load (Carregar) para o fluoróforo
específico.

nPara associar um alvo a um fluoróforo, na secção Target names (Nomes de alvos), selecione
um nome de alvo na lista suspensa para o fluoróforo específico. O software marca
automaticamente a respetiva caixa de seleção Load (Carregar).

10. Para poços contendo um tipo de amostra Standard (Padrão), deve-se carregar uma concentração.
Cada poço pode ter um valor de concentração diferente. Como predefinição, o CFX Maestro Dx SE
carrega a concentração de 1.00E+06 para todos os poços com um tipo de amostra Standard(Padrão). É possível alterar o valor, se necessário.
a.

No painel da placa, selecione o poço Standard (Padrão) ou o grupo de poços.

b.

Na secção Concentration (Concentração), clique em Load (Carregar) para carregar o valor parao(s) poço(s) selecionado(s).

c.

(Opcional) Para carregar outra concentração, insira o novo valor na caixa de texto
Concentration (Concentração) e pressione Enter.

d.

Execute esta etapa para todos os poços com tipo de amostra Standard (Padrão).

146 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

Dica: para carregar a mesma concentração em todos os poços Standard (Padrão),verifique se <All> (Todos) aparece na lista suspensa abaixo do valor Concentration(Concentração). Para carregar o mesmo valor de concentração em todos os poços com um
fluoróforo específico, clique na lista suspensa e selecione o fluoróforo.
11. Clique em OK para guardar a nova placa.

Guia do utilizador | 147

Capítulo 8 Preparar placas

Clique com o botão direito do rato nos itens do menu para a ferramenta de edição
de placas
A Tabela 9 lista os itens de menu disponíveis no Plate Editor (Editor de placas) ao clicar com o botão
direito do rato em qualquer poço na ferramenta. Este menu também aparece na Vista de Folha deCálculo/Importar.
Tabela 9. Itens de menu do botão direito do rato para a ferramenta Spreadsheet
View/Importer (Ver/Importar folha de cálculo) da Plate (Placa)

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia a folha de cálculo inteira.

Copy as Image (Copiar

Guarda a folha de cálculo como um ficheiro de imagem.

como imagem)
Print (Imprimir)

Imprime a folha de cálculo.

Print Selection

Imprime apenas as células selecionadas.

(Imprimir seleção)Export to Excel

Exporta o ficheiro para uma folha de cálculo Excel.

(Exportar para Excel)
Export to CSVExporta o ficheiro como um ficheiro .csv.

(Exportar para CSV)
Export to Xml (Exportar

Exporta o ficheiro como um ficheiro .xml.

para Xml)
Export to Html

Exporta o ficheiro como um ficheiro .html.

(Exportar para Html)
Find (Localizar)

Procura um texto específico.

Sort (Ordenar)

Ordena a folha de cálculo selecionando até três colunas de dados
na janela Sort (Ordenar).

148 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)
Um ficheiro de placa contém informações sobre o conteúdo de cada poço carregado com amostras parauma corrida. Após a corrida, o CFX Maestro Dx SE associa o conteúdo do poço aos dados defluorescência recolhidos durante o protocolo e aplica a análise apropriada na janela Data Analysis(Análise de dados).
No CFX Maestro Dx SE, é possível atribuir parâmetros a cada poço na placa antes, durante ou mesmo
depois de executar experiências. É possível atribuir os parâmetros a um ficheiro de placa existente ou aum novo ficheiro de placa. Esses parâmetros incluem:nTarget names (Nomes dos alvos) — o alvo ou os alvos de interesse (genes ou sequências) em cadapoço carregado.

nSample names (Nomes das amostras) — o identificador ou a condição que corresponde à amostra
em cada poço carregado, como rato1, rato2 ou rato3.

nBiological groups (Grupos biológicos) — o identificador ou a condição que corresponde a um
grupo de poços, como 0Hr, 1Hr, ou 2Hr.
Dica: os nomes de alvos, amostras e grupos biológicos devem ser os mesmos entre os poçospara comparar os dados no separador Gene Expression (Expressão génica) na janela Data
Analysis (Análise de dados). Cada nome deve usar maiúsculas/minúsculas, pontuação eespaçamento de modo idêntico. Por exemplo, "Actina" não é o mesmo que "actina", "2Hr" não éo mesmo que "2 hr" e "Rato 1" não é o mesmo que "rato1." Para garantir a consistência danomenclatura, insira os nomes na secção Libraries (Bibliotecas) em User (Utilizador) > User
Preferences (Preferências do utilizador) > Plate (Placa), disponível na janela inicial.

nTechnical replicates (Réplicas técnicas) — cada poço que é usado para analisar a mesma
combinação de amostra e alvo; ou seja, replicar reações de qPCR.

n

Dilution series (Série de diluição) — a quantidade para mudar a concentração do tipo de amostraPadrão dentro de um grupo de réplicas para criar dados da curva padrão para analisar.

Atribuir um alvo a poços
Dica: é possível atribuir o mesmo nome de alvo a um único poço ou a múltiplos poços. Também épossível atribuir múltiplos alvos ao mesmo poço.
Importante: clicar em OK depois de atribuir um alvo guarda as alterações e desativa Undo (Anular)
na barra de ferramentas Plate Editor (Editor de placa). Tenha cuidado ao clicar em OK.

Guia do utilizador | 149

Capítulo 8 Preparar placas

Como atribuir um alvo a um poço ou grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), certifique-se de que o poço ou o grupo de poços tem um tipo deamostra atribuído.
Veja Selecionar tipos de amostra na página 143 para mais informações sobre atribuição de tipos deamostra a poços.

2.

No painel da placa, selecione o poço ou o grupo de poços:nPara selecionar um único poço, clique no poço.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique num poço e arraste para o poço alvo.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Ctrl) eclique em cada poço.

nPara selecionar uma coluna inteira com o mesmo tipo de amostra, clique no número da coluna.

n

Para selecionar uma linha inteira, clique no número de linha.

3.

No painel da direita, selecione um nome na lista suspensa Target Name (Nome do alvo) para cadafluoróforo selecionado.

4.

Repita a Etapa 3 para cada poço ou grupo de poços aos quais deve atribuir um alvo.
Dica: é possível atribuir o mesmo nome de alvo ou um diferente para cada fluoróforo
selecionado.

5.

Clique em OK para aceitar as alterações e guardar a placa.
Observação: se alterou a placa com erro, clique em Undo (Anular) na barra de ferramentas
Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Como remover um nome de alvouPara remover um nome de alvo do poço ou grupo de poços selecionado, desmarque a respetiva
caixa de seleção Load (Carregar).
Importante: remover um nome de alvo de um poço também remove o fluoróforo associado.
Tenha cuidado ao remover um nome de alvo de um poço.

150 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)

Como adicionar um nome de alvo à listauPara adicionar um nome de alvo à lista suspensa, execute uma das seguintes opções:n

Insira um nome na lista suspensa Target Name (Nome do alvo) e pressione Enter.
Dica: os nomes de alvos que adicionar a uma lista aparecerão em todas as outras listas dealvos.

nClique no símbolo + verde à direita da lista suspensa, insira um nome para o alvo e pressione
Enter.

nClique em User Preferences (Preferências do utilizador) na barra de ferramentas e adicione onome à biblioteca Target Names (Nomes de alvos) no separador Plate (Placa).

Importante: os nomes de alvos que adicionar à lista suspensa estão disponíveis somente paraa placa atual e apenas se atribuir o nome a um poço e guardar o layout da placa. Se não atribuiro nome a um poço e guardar o layout da placa, o nome não será guardado e não estará
disponível para uso futuro. Para adicionar permanentemente um nome de alvo, adicione-otambém à biblioteca Target Names (Nomes de alvos) usando a caixa de diálogo User
Preferences (Preferências de utilizadores). Os nomes que adicionar à biblioteca estarão
disponíveis quando abrir o Plate Editor (Editor de placa) novamente. Consulte Configurar os
parâmetros de placa predefinidos na página 93 para obter mais informações.

Como eliminar um nome de alvo da lista
1.

Clique em User Preferences (Preferências do utilizador) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador) aparece, exibindo o separador
Plate (Placa).

2.

Na biblioteca User Preferences (Preferências do utilizador) no separador Plate (Placa), selecione onome a eliminar e pressione a tecla Delete (Eliminar).

3.

Clique em OK para guardar as modificações e sair da caixa de diálogo User Preferences(Preferências do utilizador).
Importante: não é possível eliminar nomes de alvos que tenham sido guardados com um
ficheiro de placa. Os nomes personalizados que sejam adicionados à lista suspensa Target
Names (Nomes de alvos), e não sejam usados e guardados com a placa, serão
automaticamente removidos da lista. Os nomes que sejam eliminados da biblioteca Target
Names (Nomes de alvos) são removidos do software permanentemente e deixam de estar
disponíveis para os utilizadores. Tenha cuidado ao eliminar nomes de alvos.

Guia do utilizador | 151

Capítulo 8 Preparar placas

Atribuir um nome da amostra a poços
Observação: para atribuir um nome de amostra, é necessário atribuir aos poços selecionados pelo
menos um fluoróforo. Se aos poços selecionados não for atribuído um fluoróforo, a lista suspensa
Sample Names (Nomes de amostras) é desativada. Veja Atribuir um alvo a poços na página 149
para obter mais informações sobre a atribuição de fluoróforos.
Dica: é possível atribuir apenas um nome de amostra a cada poço ou grupo de poços.

Como atribuir um nome de amostra a um poço ou grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), certifique-se de que o poço ou o grupo de poços tem um fluoróforo
atribuído.

2.

No painel da placa, selecione o poço ou o grupo de poços.

3.

No painel da direita, selecione um nome na lista suspensa Sample Names (Nomes de amostras).
O software marca automaticamente a respetiva caixa de seleção Load (Carregar).

4.

Repita a Etapa 3 para cada poço ou grupo de poços aos quais deve atribuir um nome de amostra.

5.

Clique em OK para aceitar as alterações e guardar a placa.
Observação: se alterou a placa com erro, clique em Undo (Anular) na barra de ferramentas
Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Como remover um nome de amostrauPara remover um nome de amostra do poço ou grupo de poços selecionado, desmarque a respetiva
caixa de seleção Load (Carregar).

Como adicionar um nome de amostra à listauPara adicionar um nome de amostra à lista suspensa, execute uma das seguintes opções:n

Insira um nome na lista suspensa Sample names (Nomes de amostras) e pressione Enter.

nClique no símbolo + verde à direita da lista suspensa e insira um nome para a amostra.

152 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)nClique em User Preferences (Preferências do utilizador) na barra de ferramentas e adicione onome à biblioteca Sample names (Nomes de amostras) no separador Plate (Placa).

Importante: os nomes de placas que adicionar à lista suspensa estão disponíveis somentepara a placa atual e apenas se atribuir o nome a um poço e guardar o layout da placa. Se nãoatribuir o nome a um poço e guardar o layout da placa, o nome não será guardado e não estará
disponível para uso futuro. Para adicionar permanentemente um nome de amostra, adicione-otambém à biblioteca Sample Names (Nomes de amostras) usando a caixa de diálogo User
Preferences (Preferências de utilizadores). Os nomes que adicionar à biblioteca estarão
disponíveis quando abrir o Plate Editor (Editor de placa) novamente. Consulte Configurar os
parâmetros de placa predefinidos na página 93 para obter mais informações.

Como eliminar um nome de amostra da lista
1.

Clique em User Preferences (Preferências do utilizador) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador) aparece, exibindo o separador
Plate (Placa).

2.

Na biblioteca Sample Names (Nomes de amostras) no separador Plate (Placa), selecione o nome aeliminar e pressione a tecla Delete (Eliminar).

3.

Clique em OK para guardar as modificações e sair da caixa de diálogo User Preferences(Preferências do utilizador).
Importante: não é possível eliminar nomes de amostras que tenham sido guardados com um
ficheiro de placa. Os nomes personalizados que sejam adicionados à lista suspensa Sample
Names (Nomes de amostras), e não sejam usados e guardados com a placa, serão
automaticamente removidos da lista. Os nomes que sejam eliminados da biblioteca Sample
Names (Nomes de amostras) são removidos do software e deixam de estar disponíveis para osutilizadores. Tenha cuidado ao eliminar nomes de amostras.

Atribuir grupos biológicos a poços
Observação: para atribuir um grupo biológico, deve atribuir aos poços selecionados ao menos um
fluoróforo. Atribuir um fluoróforo aciona a lista suspensa Biological Groups (Grupos biológicos). Veja
Atribuir um alvo a poços na página 149 para obter mais informações sobre a atribuição defluoróforos.
Dica: é possível atribuir um grupo biológico a cada poço ou grupo de poços.

Como atribuir um grupo biológico a um poço ou grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), certifique-se de que o poço ou o grupo de poços tem um fluoróforo
atribuído.

2.

No painel da placa, selecione o poço ou o grupo de poços.

Guia do utilizador | 153

Capítulo 8 Preparar placas

3.

No painel direito, faça uma seleção na lista suspensa Biological Group (Grupo biológico).
O CFX Maestro Dx SE seleciona automaticamente a caixa de seleção Load (Carregar).

4.

Repita a Etapa 3 para cada poço ou grupo de poços aos quais deve atribuir um grupo biológico.

5.

Clique em OK para aceitar as alterações e guardar a placa.
Observação: se alterou a placa com erro, clique em Undo (Anular) na barra de ferramentas
Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Como remover um grupo biológico
uPara remover um grupo biológico do poço ou do grupo de poços selecionado, desmarque a caixa deseleção Load (Carregar).

Como adicionar um grupo biológico à listauPara adicionar um grupo biológico à lista suspensa, execute uma das seguintes opções:n

Insira um nome na lista suspensa Biological Group (Grupo biológico) e pressione Enter.

nClique no símbolo + verde à direita da lista suspensa e insira um nome para o grupo biológico.

nClique em User Preferences (Preferências do utilizador) na barra de ferramentas e adicione onome à biblioteca Biological Group Names (Nomes de grupos biológicos) no separador Plate(Placa).

Importante: os nomes de grupos biológicos que adicionar à lista suspensa estão disponíveis
somente para a placa atual e apenas se atribuir o nome a um poço e guardar o layout da placa.
Se não atribuir o nome a um poço e guardar o layout da placa, o nome não será guardado e não
estará disponível para uso futuro. Para adicionar permanentemente um nome de grupo
biológico, adicione-o também à biblioteca Biological Group Names (Nomes de grupos
biológicos) usando a caixa de diálogo User Preferences (Preferências de utilizadores). Os
nomes que adicionar à biblioteca estarão disponíveis quando abrir o Plate Editor (Editor deplaca) novamente. Consulte Configurar os parâmetros de placa predefinidos na página 93 para
obter mais informações.

154 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)

Como eliminar um nome de grupo biológico da lista
1.

Clique em User Preferences (Preferências do utilizador) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador) aparece, exibindo o separador
Plate (Placa).

2.

Na biblioteca Biological Group Names (Nomes de grupos biológicos) no separador Plate (Placa),
selecione o nome a eliminar e pressione a tecla Delete (Eliminar).

3.

Clique em OK para guardar as modificações e sair da caixa de diálogo User Preferences(Preferências do utilizador).
Importante: não é possível eliminar nomes de grupos biológicos que tenham sido guardados
com um ficheiro de placa. Os nomes personalizados que sejam adicionados à lista suspensa
Biological Group Names (Nomes de grupos biológicos), e não sejam usados e guardados com aplaca, serão removidos da lista automaticamente. Nomes que sejam eliminados da biblioteca
Biological Group Names (Nomes de grupos biológicos) são removidos do software e deixam deestar disponíveis para os utilizadores. Tenha cuidado ao eliminar nomes biológicos.

Como visualizar todos os grupos biológicos na placauClique em Show Biological Groups (Mostrar grupos biológicos) para visualizar todos os grupos
biológicos na placa.

Cada grupo é identificado por uma cor específica e o botão Show Biological Groups (Mostrar grupos
biológicos) é alterado para Hide Biological Groups (Ocultar grupos biológicos).
Clique em Hide Biological Groups (Ocultar grupos biológicos) para limpar a cor nos poços. Comoalternativa, é possível clicar em qualquer poço na placa para ocultar os grupos biológicos.

Atribuir números de réplicas técnicas a poços
Importante: para atribuir os números de réplicas técnicas, os poços selecionados devem ter
conteúdos de poço idênticos. Ou seja, os poços selecionados devem ter o mesmo tipo de amostra e
fluoróforo. Se apropriado, também devem receber os mesmos nomes de alvo e de amostra e omesmo grupo biológico. Se não forem os mesmos, o CFX Maestro Dx SE não ativa esta opção.

Guia do utilizador | 155

Capítulo 8 Preparar placas

Como atribuir números de réplicas técnicas a um grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), assegure-se de que os conteúdos do grupo de poços são idênticos.

2.

No painel de placa, selecione o grupo alvo dos poços.

3.

Para atribuir o mesmo número de réplicas a todos os poços selecionados, na secção Replicate #(N.º de réplica) no painel direito, insira o número da réplica na caixa e selecione Load (Carregar).

4.

(Opcional) Para aplicar uma série de réplicas a um conjunto de poços selecionado:a.

Clique em Technical Replicates (Réplicas técnicas). A secção Replicate # (N.º de réplica) éalterada para exibir as seguintes opções:n

Replicate size (Tamanho da réplica) — um número que representa o número de poços em
cada grupo de réplicasnStarting replicate # (Nº inicial da réplica) — o primeiro número na série de réplicas para ogrupo selecionado de réplicas.

Observação: como predefinição, o CFX Maestro Dx SE exibe o número inicial da réplica
como um número maior que o último número de réplicas técnicas atribuído na placa. Por
exemplo, se o último número de réplicas técnicas na placa for cinco, o próximo número
inicial será seis. É possível alterar o número inicial para qualquer número que ainda não
esteja atribuído.
n
b.

5.

Direção de carregamento (horizontal e vertical)

Clique em Apply (Aplicar) para aplicar os parâmetros à série e volte para a vista Replicate # (N.ºde réplica).

Clique em OK para aceitar as alterações e guardar a placa.

156 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)

Observação: se alterou a placa com erro, clique em Undo (Anular) na barra de ferramentas
Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Remover um poço de uma série de réplicasu

Selecione o poço ou grupo de poços a serem removidos e desmarque a caixa de seleção Replicate #Load (Carregar n.º de réplica).
Alternativamente, é possível clicar em Clear Replicate # (Limpar n.º de réplica) para limpar o número
de réplica de um poço ou grupo de poços selecionado.

Visualizar todas as réplicas técnicas na placauClique em Show Technical Replicates (Mostrar réplicas técnicas) para visualizar todas as réplicas
técnicas na placa.
Cada grupo é identificado por uma cor específica e o botão Show Technical Replicates (Mostrar
réplicas técnicas) é alterado para Hide Technical Replicates (Ocultar réplicas técnicas).
Clique em Hide Technical Replicates (Ocultar réplicas técnicas) para limpar a cor nos poços. Comoalternativa, é possível clicar em qualquer poço na placa para ocultar as réplicas técnicas.

Atribuir uma série de diluição a tipos de amostra padrão
Como mencionado anteriormente, todos os poços com o tipo de amostra Standard (Padrão) devem
receber um valor de concentração. É possível atribuir uma série de diluição a vários poços com o tipo deamostra Standard (Padrão).
Observação: para atribuir uma série de diluição a um grupo de poços, os poços devem ser incluídosnuma série de réplicas técnicas . Consulte Atribuir números de réplicas técnicas a poços na página
155 para obter mais informações sobre como adicionar poços a uma série de réplicas.

Como atribuir uma série de diluição a um grupo de poços de amostra Standard (Padrão)1.

No Plate Editor (Editor de placa), assegure-se de que os seguintes requisitos a seguir são
cumpridos:n

O tipo de amostra do grupo de poços é Standard (Padrão).

nTodos os poços do grupo recebem pelo menos um fluoróforo e todos contêm os mesmos
fluoróforos.

nTodos os poços no grupo estão incluídos na mesma série de réplicas técnicas .
Observação: o CFX Maestro Dx SE ativa a opção Dilution Series (Série de diluição)apenas quando todos os poços selecionados cumprirem esses critérios.

2.

No painel de placa, selecione o grupo alvo dos poços.

Guia do utilizador | 157

Capítulo 8 Preparar placas

3.

Na secção Concentration (Concentração) no painel direito, clique em Dilution Series (Série dediluição). A secção Concentration (Concentração) é alterada para exibir as seguintes opções:nStarting concentration (Início da concentração) — o valor de concentração a partir do qual asérie começanReplicates from and to (Réplicas de e para)— as réplicas da série à qual o fator de diluição
será aplicadonDilution factor (Fator de diluição) — o valor para alterar a concentração dentro de cada grupode réplica

4.

Defina os valores para as opções ou aceite os padrões.

5.

Como predefinição, a série de diluição diminui pelo fator de diluição. Selecione Increasing (Aumento)para aumentar a série de diluição.

6.

(Opcional) Como predefinição, o fator de diluição aplica-se a todos os fluoróforos da série de réplica.
Se a série contém mais de um fluoróforo e pretende aplicar a diluição a um único fluoróforo,
selecione-o na lista suspensa.

7.

Clique em Apply (Aplicar) para aplicar a série de diluição ao grupo de poços e voltar à vista
Concentration (Concentração).

8.

Clique em OK para aceitar as alterações e guardar a placa.

Copiar o conteúdo de um poço para outro poço
É possível copiar o conteúdo de um poço e colá-lo num único poço ou em vários poços. No entanto, épossível copiar o conteúdo de um único poço. Não é possível selecionar vários poços e copiar os
respetivos conteúdos.

Como copiar o conteúdo de um poço para outro poço1.

No painel de placa, selecione o poço a ser copiado.

2.

Clique com o botão direito do rato no poço e selecione Copy Well (Copiar poço)

158 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File (Ficheiro de placa)

3.

4.

Selecione o poço ou poços em que o conteúdo deve ser colado:nPara selecionar um único poço, clique no poço.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique num poço e arraste para o poço alvo.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Ctrl) eclique em cada poço.

Com os poços destino selecionados, clique com o botão direito do rato e selecione Paste Well (Colarpoço).
O CFX Maestro Dx SE cola o conteúdo do primeiro poço nos poços selecionados.

Adicionar uma observação a um poço
É possível adicionar uma observação descritiva a um poço. É possível visualizar as observações dospoços no separador Quantification (Quantificação) na janela Data Analysis (Análise de dados).

Como adicionar uma observação a um poço1.

No painel de placa, selecione o poço ou poços aos quais pretende adicionar uma observação.

2.

Na secção View (Visualizar) no painel inferior, selecione Well Note (Observação de poço).
A área Well Note (Observação de poço) aparece no painel direito.

3.

Insira o conteúdo da observação na caixa de texto e pressione Enter.
O texto aparece na parte inferior dos poços selecionados.
Dica: se criou anteriormente uma observação de poço, poderá selecioná-la a partir da lista
suspensa e aplicá-la aos poços selecionados.

Limpar todo o conteúdo dos poços
É possível limpar um poço individual, um grupo de poços ou todo o conteúdo da placa. A limpeza dospoços não remove os dados de fluorescência recolhidos durante a leitura de placa.
Importante: limpar um poço remove permanentemente o conteúdo do poço. Se clicar em OK e
guardar a placa após limpar um poço, não poderá anular a ação de limpeza. Tenha cuidado ao
limpar poços.

Guia do utilizador | 159

Capítulo 8 Preparar placas

Como limpar toda a configuração dos poços
1.

2.

No Plate Editor (Editor de placa), selecione o poço ou o grupo de poços no painel de placa:nPara selecionar um único poço, clique no poço.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique num poço e arraste para o poço alvo.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Ctrl) eclique em cada poço.

nPara selecionar uma coluna inteira com o mesmo tipo de amostra, clique no número da coluna.

n

Para selecionar uma linha inteira, clique no número de linha.

No painel direito, clique em Clear Wells (Limpar poços).
O CFX Maestro Dx SE limpa toda a configuração dos poços selecionados.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Se limpou os poços com erro, clique em Undo (Anular) na barra de ferramentas Plate Editor(Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.
Importante: clicar em OK antes de clicar em Undo (Anular) guarda as alterações edesativa Undo (Anular) na barra de ferramentas Plate Editor (Editor de placa).

nClique em OK para aceitar as alterações e guardar a placa.

160 | Software CFX Maestro Dx SE

Alterar configurações de experiências

Alterar configurações de experiências
Use a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências) para visualizar ou alterar alista de alvos, amostras ou grupos biológicos, ou definir o grupo de amostras para análise de expressão
génica para ser analisado se tiverem sido atribuídos grupos biológicos a poços na placa.
Na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências), o separador Targets (Alvos)
exibe uma lista de nomes de alvos para cada reação de PCR, como o gene alvo ou sequências de genes
de interesse.
O separador Samples and Biological Groups (Amostras e grupos biológicos) exibe uma lista de nomes deamostras e grupos biológicos que indica a origem do alvo, como uma amostra tirada a uma 1 hora (1Hr)ou de um indivíduo específico (rato1).

Alterar as configurações de placa usando a caixa de diálogo Experiment Settings(Configurações de experiências)
1.

Para abrir a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências), execute uma
das seguintes opções:n

No painel da direita no Plate Editor (Editor de placa), clique em Experiment Settings(Configurações de experiências).

n

No separador Gene Expression (Expressão génica) na janela Data Analysis (Análise de dados),clique em Experiment Settings (Configurações de experiências).

A caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências) aparece exibindo oconteúdo do separador Targets (Alvos).

Guia do utilizador | 161

Capítulo 8 Preparar placas

2.

Para adicionar um novo nome de alvo, amostra ou grupo biológico, insira na respetivo separador um
nome na caixa de texto New (Novo) e clique em Add (Adicionar).

3.

Para remover um ou mais nomes de alvo, amostra ou grupo biológico da lista, selecione, noseparador apropriado, a caixa de seleção do item na coluna Select to Remove (Selecionar para
remover) e clique em Remove (Remover) no(s) item(ns) marcado(s).

4.

O CFX Maestro Dx SE elimina o tipo de amostra NTC (no template control (sem controlo de modelo))da análise de expressão génica.
Para incluir tipos de amostras NTC, desmarque a respetiva caixa de seleção na secção Exclude thefollowing sample types (Eliminar os seguintes tipos de amostra). É possível escolher eliminar os
seguintes tipos de amostras marcando a caixa de seleção apropriada:

5.

n

NRT (no reverse transcriptase (sem transcriptase reversa))n

Negative Control (Controlo negativo)nPositive Control (Controlo positivo)nStandard (Padrão)No separador Targets (Alvos):a.

Para selecionar um alvo como referência para a análise de dados de expressão génica,
selecione-o na coluna Reference (Referência).

b.

Para ocultar as configurações de análise que serão aplicadas, no separador Gene Expression(Expressão génica) na janela Analysis Settings (Configurações de análise), desmarque Show
Analysis Settings (Mostrar configurações de análise).
O software oculta as seguintes colunas:nColor (Cor)nShow Chart (Mostrar gráfico)nAuto Efficiency (Eficiência automática)n

Efficiency % (% de eficiência)c.

Para alterar a cor do alvo no gráfico Gene (Expressão génica), clique na respetiva célula na
coluna Color (Cor), selecione uma nova cor na caixa de diálogo Color (Cor) que é exibida eclique em OK.

d.

Para exibir a amostra na cor selecionada no gráfico Gene Expression (Expressão génica),
selecione a respetiva caixa de seleção na coluna Show Chart (Mostrar gráfico).

e.

Como predefinição, o CFX Maestro Dx SE calcula automaticamente a eficiência relativa de um
alvo se os dados incluírem uma curva padrão.

162 | Software CFX Maestro Dx SE

Alterar configurações de experiências

Para usar um valor de eficiência determinado previamente, insira o valor na célula respetiva na
coluna Efficiency (%) (% de eficiência) e pressione a tecla Enter. O CFX Maestro Dx SE
desmarca a caixa de seleção Auto Efficiency (Eficiência automática).
6.

7.

No separador Samples and Biological Groups (Amostras e grupos biológicos):a.

Para selecionar uma amostra ou um grupo biológico como a amostra de controlo para a análise
de dados de expressão génica, marque a respetiva caixa de seleção na coluna Control(Controlo).

b.

Para definir uma amostra ou um grupo biológico como a amostra de controlo para a análise dedados de expressão génica, marque a respetiva caixa de seleção na coluna Control (Controlo).

c.

Se ainda não estiver selecionada, clique em Show Analysis Settings (Mostrar configurações deanálise) para visualizar ou alterar os parâmetros de análise que serão aplicados ao separador
Gene Expression (Expressão génica). O software oculta as colunas Color (Cor) e Show Chart(Mostrar gráfico).

Clique em OK para guardar os parâmetros na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações
de experiências) e voltar para a janela Plate Editor (Editor de placa).

Guia do utilizador | 163

Capítulo 8 Preparar placas

Criar grupos de poços
Os grupos de poços dividem uma única placa em subconjuntos de poços que podem ser analisados
independentemente na janela Data Analysis (Análise de dados). Após configurar os grupos de poços,selecione um deles na janela Data Analysis (Análise de dados) para analisar os dados como um grupo
independente. Por exemplo, configurar grupos de poços para analisar múltiplas experiências executadas
numa placa ou para analisar cada grupo de poços com uma curva padrão diferente.
Observação: o grupo de poços predefinido é All Wells (Todos os poços).

Como criar grupos de poços
1.

Para abrir o Well Groups Manager (Gestor de grupos de poços), execute uma das seguintes opções
n

Na barra de ferramentas do Plate Editor (Editor de placa), clique em Well Groups (Grupos depoços).

n

Na janela Data Analysis (Análise de dados), clique em Manage Well Groups (Gerir grupos depoços).

É exibida a caixa de diálogo Well Groups Manager (Gestor de grupos de poços).

2.

Clique em Add (Adicionar) para criar um grupo. O menu suspenso exibe o nome do grupo como
Group 1 (Grupo 1) para o primeiro grupo.

164 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar grupos de poços

3.

Selecione os poços para o grupo de poços na vista da placa clicando e arrastando o rato pelo grupo
de poços. Os poços selecionados aparecem em azul no Manager (Gestor).

4.

(Opcional) Para alterar o nome do grupo, selecione o nome no menu suspenso e insira um novo
nome.

5.

(Opcional) Para eliminar um grupo de poços, selecione o respetivo nome na lista suspensa e clique
em Delete (Eliminar).

6.

Clique em OK para concluir e fechar a janela, ou clique em Cancel (Cancelar) para fechar a janela
sem fazer alterações.

Itens de menu do botão direito para a caixa de diálogo Well Groups Manager(Gestor de grupos de poços)
A Tabela 10 lista os itens de menu disponíveis na caixa de diálogo Well Groups Manager (Gestor degrupos de poços) ao clicar com o botão direito em qualquer poço.
Tabela 10. Itens de menu do botão direito na caixa de diálogo Plate Editor Well
Groups Manager (Gestor de grupos de poços do Editor de placa)

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o conteúdo do poço, que pode então ser colado
noutro poço ou poços.

Copy as Image (Copiar como

Copia a vista do seletor de poços como uma imagem.

imagem)Print (Imprimir)

Imprime a vista do seletor de poços.

Print Selection (Imprimir

Imprime apenas as células selecionadas.

seleção)Export to Excel (Exportar para

Exporta os dados para uma folha de cálculo Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportar para

Exporta os dados como um documento separado por

CSV)

vírgulas.

Export to Xml (Exportar para

Exporta os dados como um documento .xml.

Xml)
Export to Html (Exportar para

Exporta os dados como um documento .html.

Html)

Guia do utilizador | 165

Capítulo 8 Preparar placas

Alterar estilos de traçados
Durante a configuração de placa e enquanto uma corrida estiver em curso, é possível modificar a cor e oestilo dos traçados de amplificação. É possível visualizar facilmente os traçados na janela de estado em
tempo real à medida que os dados são recolhidos.

Como alterar os estilos de traçados
1.

Clique em Trace Styles (Estilos de traçados) na barra de ferramentas do editor de placa.
É exibida a caixa de diálogo estilos de traçados para a placa aberta, por exemplo:

2.

Para visualizar os estilos de traçados para um fluoróforo específico, selecione-o na lista suspensa
Fluorophores (Fluoróforos).

3.

Para alterar a exibição do traçado:a.

Selecione o tipo de traçado na lista suspensa Wells (Poços).

b.

Clique na cor na coluna Color (Cor).

c.

Na caixa de diálogo Color (Cor) que aparecerá, escolha outra cor para o traçado e clique em
OK.
O CFX Maestro Dx SE exibe a alteração da cor para o tipo de poço na grelha.

d.
4.

(Opcional) Selecione um símbolo para o traçado na lista suspensa Symbols (Símbolos).

Para alterar rapidamente o conjunto de cores, clique na escolha apropriada na secção Color Quick
Set (Definição de cor rápida).

166 | Software CFX Maestro Dx SE

Alterar estilos de traçados

5.

Para visualizar os rótulos dos poços na grelha, selecione o tipo de rótulo na secção Well Labels(Rótulos de poços).

6.

Clique em OK para guardar as alterações ou em Cancel (Cancelar) para cancelar as alterações.

Guia do utilizador | 167

Capítulo 8 Preparar placas

Visualização, exportação e importação da placa em formato
de folha de cálculo
A ferramenta Spreadsheet View/Importer (Ver/Importar folha de cálculo) exibe o conteúdo de uma placa
no formato de folha de cálculo. O visualizador oferece a opção de visualizar, importar e exportar dados dopoço, tal como descrito abaixo.

Utilização do visualizador de folhas de cálculo para exportar e importar dados deplacasA partir do visualizador da folha de cálculo, pode exportar o Nome do alvo, Nome da amostra, Nome do
grupo biológico e Notas do poço como modelo num formato delimitado por tabulação para uma aplicação
como o Microsoft Excel. Também pode importar esses dados de uma aplicação delimitada por tabulação
para uma placa pré-definida a partir de um ficheiro de informação experimental.

Como usar a ferramenta Spreadsheet View/Importer (Ver/Importar folha de cálculo)
1.

Criar e guardar um ficheiro de placas (ver Criar um ficheiro de placa usando o Plate Editor (Editor deplaca)).

2.

Na barra de ferramentas do Plate Editor (Editor de placa), clique no separador para abrir oSpreadsheet View/Importer (Ver/Importar folha de cálculo) para abrir a caixa de diálogo Plate
Spreadsheet View (Vista de folha de cálculo de placa).

168 | Software CFX Maestro Dx SE

Visualização, exportação e importação da placa em formato de folha de cálculo

3.

(Opcional) Clique nas caixas Show Biological Set Name (Mostrar nome do conjunto biológico) e
Show Well Note (Mostrar nota do poço) para exibir essas colunas na Spreadsheet View (Vista defolha de cálculo) e no ficheiro exportado.

4.

Clique no botão Export Template (Exportar modelo) para criar um modelo vazio num ficheiro Excel(formato .csv). O ficheiro exportado apresentará a mesma disposição que a sua placa.
Dica: Utilize o nome do ficheiro de placas quando guardar os seus ficheiros de placas para
identificar facilmente o ficheiro.

5.

Preencha automaticamente as células do ficheiro Excel com o conteúdo dos seus poços.
Observação: Só se pode editar o conteúdo de qualquer célula numa coluna que tenha um
asterisco (*) ao lado do nome da coluna (*Target Name (Nome do alvo), *Sample Name (Nomeda amostra), *Biological Group Name (Nome do grupo biológico), *Well Name (Nome do poço)).
Observação: Não é possível adicionar valores às colunas Standard Curve (Curva padrão) e deQuantity (Quantidade) no ficheiro Excel exportado. Para modificar esses dados, volte ao editor
de placas e selecione Settings (Definições) > Units (Unidades) na barra de menu. Após aconclusão da corrida da placa, os dados desses padrões aparecem no gráfico Standard Curve(Curva padrão) no separador Quantification (Quantificação) na janela Data Analysis (Análise dedados) com as unidades selecionadas.

6.

Importe o ficheiro Excel preenchido de volta para o editor de placas, clicando no botão Importar. Os
dados da chapa importados aparecem na janela de visualização da folha de cálculo.
Importante: Se tiver vários fluoróforos, terá de executar as etapas 3-5 para cada fluoróforo
utilizando o menu pendente Lista de Fluoróforos na Vista da Folha de Cálculo de Placas.

7.

Clique no botão OK. Os novos dados da placa aparecem agora na janela do editor de placas.

Dica: Pode ver os itens de menu disponíveis na ferramenta de Folha de Cálculo/importador quando
clicar com o botão direito do rato em qualquer poço da ferramenta ou em qualquer um dos
cabeçalhos da vista da folha de cálculo da placa.

Guia do utilizador | 169

Capítulo 8 Preparar placas

Criar um Plate Layout (Layout de placa) usando o Plate Setup
Wizard (Assistente de configuração da placa)
É possível usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) para inserir as informações de layout deplaca necessárias para a análise de expressão génica normalizada, incluindo:nTarget names (Nomes de alvos)nSample names (Nomes de amostras)nLocalização dos alvos e amostra na placanReference gene(s) (Gene(s) de referência)

nControl sample (Amostra de controlo)

É possível usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) antes, durante ou depois de uma corrida.

Usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) da placa
Esta secção explica como criar um layout de placa usando o Setup Wizard (Assistente de configuração)da placa. Para visualizar o conteúdo de cada poço na placa com mais facilidade, clique em Zoom plate(Ampliar placa) na parte superior do Setup Wizard (Assistente de configuração).
Importante: voltar ao separador Auto layout (Layout automático) enquanto estiver em qualquer
outro separador no Setup Wizard (Assistente de configuração) redefine o layout da placa. Tenha
cuidado ao selecionar este separador.
Dica: é possível reiniciar o layout selecionando Tools (Ferramentas) > Clear Plate (Limpar placa) no
Setup Wizard (Assistente de configuração).

Como usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) da placa
1.

Abra o Plate Editor (Editor de placa).

2.

Para abrir o assistente de configuração, execute uma das seguintes opções:n

Selecione Editing Tools (Editar ferramentas) > Setup Wizard (Assistente de configuração).

nClique em Setup Wizard (Assistente de configuração) na barra de ferramentas Plate Editor(Editor de placa).

O Setup Wizard (Assistente de configuração) aparece exibindo o separador Auto layout (Layout
automático).

170 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um Plate Layout (Layout de placa) usando o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração da placa)3.

No separador Auto layout (Layout automático), execute uma das opções a seguir:a.

Clique num poço na grelha e arraste para cima e para baixo para especificar a área na placa naqual pretende carregar a amostra.

b.

Insira o número de alvos e amostras a carregar.
Dica: o número de alvos e amostras deve ser igual ao número de células selecionadas. Se
os números inseridos não couberem na área selecionada, modifique os números ou a áreade seleção da placa. A orientação dos itens na placa e o seu agrupamento podem ser
especificados.

c.

(Opcional) Alterar a orientação da placa. Por exemplo, é possível definir metas em colunas eamostras em linhas ou agrupar por amostras.

d.

Clique em Next (Avançar) para continuar para o separador Target names (Nomes de alvos).

Observação: se o layout da placa não tiver um padrão regular, use o separador Target names(Nomes de alvos) para posicionar manualmente os alvos ou o separador Samples names(Nomes de amostra) para posicionar manualmente as amostras na placa. Clique e arraste paraselecionar vários poços.
4.

No separador Target Names (Nomes de alvos), defina os nomes de alvos para os grupos de alvo:a.

Execute uma das seguintes opções:nPara mudar o nome dos alvos por grupo, configure Select by (Selecionar por) como Target(Alvo).

Guia do utilizador | 171

Capítulo 8 Preparar placasnb.

Para mudar o nome dos alvos por poço, configure Select by (Selecionar por) como Well
(Poço).

Selecione um grupo de alvos ou poços na grelha e insira um nome na lista suspensa Target
name (Nome do alvo).
Dica: pressione Tab (→) para selecionar o próximo grupo ou poço para a direita ou Enterpara selecionar o próximo grupo ou poço abaixo. Como alternativa, nos separadores Target
name (Nome do alvo) e Sample Name (Nome da amostra), mantenha pressionada a tecla
Control (Crtl) e clique num poço para selecionar vários poços que não são adjacentes.

c.

Clique em Next (Avançar) para continuar para o separador Sample Names (Nomes deamostras).

5.

No separador Sample names (Nomes de amostras), defina os nomes de amostra para os grupos deamostras.

6.

Clique em Next (Avançar) para continuar para o separador Reference targets (Alvos de referência)

7.

No separador Reference targets (Alvos de referência), selecione um ou mais alvos para usar como
referência para a expressão génica normalizada e clique em Next (Avançar) para prosseguir para oseparador Control sample (Amostra de controlo).

8.

No separador Control sample (Amostra de controlo), selecione uma amostra para usar como
controlo para cálculos relativos de expressão génica.

9.

Clique em OK para guardar o layout da placa e voltar ao Plate Editor (Editor de placa), no qual épossível definir os parâmetros da placa. Consulte Atribuir parâmetros opcionais ao Plate File(Ficheiro de placa) na página 149 para obter mais informações.
Em alternativa, clique em Previous (Anterior) para voltar a um separador anterior para fazer
alterações.
Observação: voltar para o separador Auto layout (Layout automático) redefine
automaticamente a placa. Tenha cuidado ao clicar em Previous (Anterior).

172 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 9 Correr experiências
Este capítulo explica como correr experiências de ensaio personalizadas (definidas pelo utilizador) ou dePrimePCR usando o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança).
Um ficheiro de dados da corrida contém as informações do protocolo e da placa para a corrida. O ficheiro
também contém os dados da análise que o CFX Maestro Dx SE executa depois de a corrida serconcluída.
O CFX Maestro Dx SE facilita a configuração e a corrida de experiências definidas pelo utilizador ou dePrimePCR. A janela Run Setup (Configuração da corrida) guia o utilizador pelas etapas comuns deconfiguração de uma experiência, conduzindo-o para a caixa de diálogo Start Run (Iniciar corrida), a
partir da qual a corrida é iniciada.

Guia do utilizador | 173

Capítulo 9 Correr experiências

A janela Run Setup (Configuração da corrida)
A janela Run Setup (Configuração da corrida) oferece acesso rápido aos ficheiros e às configurações
necessárias para configurar e correr uma experiência. Se escolher correr uma experiência definida pelo
utilizador, a janela Run Setup (Configuração da corrida) abre-se exibindo o separador Protocol(Protocolo). Se escolher correr uma experiência PrimePCR, a janela Run Setup (Configuração dacorrida) abre-se exibindo o separador Start run (Iniciar corrida).
Dica: consulte Realizar experiências PrimePCR na página 192 para obter mais informações sobre oPrimePCR; consulte Separador Start Run (Iniciar corrida) na página 182 para obter mais
informações sobre o separador Start Run (Iniciar corrida).

174 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Run Setup (Configuração da corrida)

LEGENDA1.

Os separadores orientam o utilizador na configuração e corrida de uma experiência:
n Separador Protocol (Protocolo) — selecionar um protocolo existente para
executar ou editar ou para criar um protocolo no Protocol Editor (Editor deprotocolo).
n Separador Plate (Placa) — selecionar uma placa existente para executar ou
editar ou para criar um protocolo no Plate Editor (Editor de placa).
n Separador Start Run (Iniciar corrida) — visualizar as configurações deexperiência, selecionar um ou mais blocos do instrumento e iniciar a corrida.

2.

A janela principal exibe as opções para cada separador à medida que as aplica.

3.

Os botões de navegação conduzem o utilizador para o separador Start Run (Iniciar
corrida).

Aceder à janela Run Setup (Configuração da corrida)
Como aceder à janela Run Setup (Configuração da corrida)u

Execute uma das seguintes opções:n

No separador Run setup (Executar configuração) do Startup Wizard (Assistente de arranque),clique em User-defined (Definido pelo utilizador) ou PrimePCR.

n

Na janela Home (Início), selecione User-defined Run Setup (Configuração da corrida definida
pelo utilizador) ou PrimePCR Run Setup (Configuração da corrida PrimePCR) na barra deferramentas.

nNa janela Home (Início), selecione Run (Corrida) > User-defined Run (Corrida definida pelo
utilizador) ou Run (Corrida) > PrimePCR Run (Corrida PrimePCR).

Guia do utilizador | 175

Capítulo 9 Correr experiências

Separador Protocol (Protocolo)
O separador Protocol (Protocolo) exibe uma pré-visualização do ficheiro de protocolo que se pretendecorrer. Um ficheiro de protocolo contém as instruções para as etapas de temperatura do instrumento,
bem como as opções do instrumento que controlam a taxa de rampa, o volume da amostra e atemperatura da tampa.

Como predefinição, o software exibe o protocolo definido na secção File Selection for Run Setup(Seleção de ficheiro para Configuração da corrida) no separador Files (Ficheiros) na caixa de diálogo
User (Utilizador) > User Preferences (Preferências do utilizador). É possível alterar o protocolo
predefinido na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do utilizador). Consulte Alterar as
configurações predefinidas dos ficheiros na página 90 para obter mais informações.
No separador Protocol (Protocolo), é possível:n

Criar um protocolo para a corridanSelecionar um protocolo existente para correr ou editar

Para obter mais informações sobre a criação e modificação de protocolos, consulte o Capítulo 7, Criar
protocolos.

176 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Protocol (Protocolo)

Como criar um protocolo
1.

No separador Protocol (Protocolo), clique em Create New (Criar).
É exibido o Protocol Editor (Editor de protocolo).

2.

Use o Protocol Editor (Editor de protocolo) para criar um protocolo.

3.

Clique em OK para guardar o protocolo e voltar para o separador Protocol (Protocolo) em Run Setup(Configuração da corrida).

4.

Visualize os pormenores do protocolo e execute uma das seguintes opções:n

Se os pormenores estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para o separador
Plate (Placa).

n

Se os pormenores estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para voltar
ao Protocol Editor (Editor de protocolo). Reveja o protocolo, guarde as alterações e clique em
Next (Próximo) no separador Protocol (Protocolo) para avançar para o separador Plate (Placa).

Como selecionar um protocolo existente
1.

No separador Protocol (Protocolo), execute uma das seguintes opções:nClique em Select Existing (Selecionar existente) e navegue até um protocolo existente.

nClique em Express Load (Carregamento rápido) e selecione um protocolo da lista suspensa deprotocolos.
Dica: é possível adicionar ou remover protocolos da lista suspensa Express Load
(Carregamento rápido). Consulte Adicionar e remover protocolos de Carregamento rápido,a seguir, para mais informações.

2.

Visualize os pormenores do protocolo e execute uma das seguintes opções:n

Se os pormenores estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para o separador
Plate (Placa).

n

Se os pormenores estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para abrira janela do Protocol Editor (Editor de protocolo). Reveja o protocolo, guarde as alterações eclique em Next (Próximo) no separador Protocol (Protocolo) para avançar para o separador
Plate (Placa).

Adicionar e remover protocolos de Carregamento rápido
É possível modificar os conteúdos da lista suspensa Express Load (Carregamento rápido) que aparece
no Protocol Editor (Editor de protocolo). Os protocolos nesta lista estão guardados na pasta a seguir:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Guia do utilizador | 177

Capítulo 9 Correr experiências

Como modificar a lista Express Load (Carregamento rápido) dos protocolos
1.

Navegue e abra a pasta ExpressLoad (Carregamento rápido).

2.

Reveja os ficheiros de protocolo (.pcrl) na pasta.

3.

Execute uma das opções a seguir:nElimine os protocolos da pasta para os remover da lista suspensa.

nCopie os protocolos para a pasta para os adicionar à lista suspensa.

178 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Plate (Placa)

Separador Plate (Placa)
Observação: se o protocolo selecionado no separador Protocol (Protocolo) não incluir uma etapade leitura de placa para a análise de PCR em tempo real, o separador Plate (Placa) fica oculto. Paravisualizar o separador Plate (Placa), adicione pelo menos uma leitura de placa ao protocolo.
O separador Plate (Placa) exibe uma pré-visualização do ficheiro de placa que se pretende carregar.
Numa corrida de PCR em tempo real, o ficheiro de placa contém uma descrição do conteúdo de cadapoço, inclusive os fluoróforos, o modo de leitura e o tipo de placa. O CFX Maestro Dx SE utiliza estas
descrições para a recolha e análise dos dados.

Como predefinição, o software exibe a placa definida na seção File Selection for Run Setup (Seleção deficheiro para configuração da corrida) no separador Files (Ficheiros) na caixa de diálogo User (Utilizador)> User Preferences (Preferências do utilizador). É possível alterar a placa predefinida na caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do utilizador). Consulte Alterar as configurações predefinidas dos
ficheiros na página 90 para obter mais informações.
No separador Plate (Placa), é possível:n

Criar uma placa para carregarnSelecionar uma placa existente para carregar ou editar

Guia do utilizador | 179

Capítulo 9 Correr experiências

Para obter mais informações sobre a criação e modificação de placas, consulte o Capítulo 8, Preparar
placas.

Como criar uma placa
1.

No separador Plate (Placa), clique em Create New (Criar).
É exibido o Plate Editor (Editor de placa).

2.

Use o Plate Editor (Editor de placa) para criar a placa.

3.

Clique em OK para guardar a placa e voltar para o separador Plate (Placa) em Run Setup(Configuração da corrida).

4.

Visualize os pormenores da placa e execute uma das seguintes opções:n

Se os pormenores estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para o separador
Start Run (Iniciar corrida).

n

Se os pormenores estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para voltar
ao Plate Editor (Editor de placa). Reveja o ficheiro da placa, guarde as alterações e clique em
Next (Próximo) no separador Plate (Placa) para avançar para o separador Start Run (Iniciar
corrida).

Como selecionar um ficheiro de placa existente
1.

No separador Plate (Placa), execute uma das seguintes opções:nClique em Select Existing (Selecionar existente) e navegue até um ficheiro de placa existente.

nClique em Express Load (Carregamento rápido) e selecione um ficheiro de placa da lista
suspensa.
Dica: é possível adicionar ou remover placas da lista suspensa Express Load
(Carregamento rápido). Consulte Adicionar e remover ficheiros de placa de Carregamento
rápido, a seguir, para mais informações.

2.

Visualize os pormenores da placa e execute uma das seguintes opções:n

Se os pormenores estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para o separador
Start Run (Iniciar corrida).

n

Se os pormenores estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para abrir ajanela do Plate Editor (Editor de placa). Reveja o ficheiro da placa, guarde as alterações e cliqueem Next (Próximo) para avançar para o separador Start Run (Iniciar corrida).

Adicionar e remover ficheiros de placa de Carregamento rápido
É possível modificar o conteúdo da lista suspensa Express Load (Carregamento rápido) que aparece no
Plate Editor (Editor de placa). As placas que aparecem nesta lista são guardadas na pasta a seguir:

180 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Plate (Placa)

c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Como modificar a lista Express Load (Carregamento rápido) dos ficheiros de placa
1.

Navegue e abra a pasta ExpressLoad (Carregamento rápido).

2.

Reveja os ficheiros de placa (.pltd) na pasta.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Elimine os ficheiros de placa da pasta para os remover da lista suspensa.

nCopie os ficheiros de placa para a pasta para os adicionar à lista suspensa.

Guia do utilizador | 181

Capítulo 9 Correr experiências

Separador Start Run (Iniciar corrida)
O separador Start Run (Iniciar corrida) exibe informações sobre a experiência que se vai correr. Exibe
também o bloco ou blocos do instrumento ligado nos quais é possível correr a experiência.

No separador menu Start Run (Iniciar corrida), é possível fazer o seguinte:nVisualizar informações pormenorizadas da corrida, nomeadamente o ficheiro de protocolo
selecionado, o ficheiro de placa e o modo de leitura.

nAdicionar observações sobre a corrida.

nVisualizar pormenores sobre todos os instrumentos ligados, nomeadamente o seu estado de corrida(em operação ou parado), o volume da amostra em µl, a temperatura da tampa, o modo deemulação e a ID ou código de barras, se disponível.
Observação: é possível modificar as colunas que aparecem na tabela Start Run on Selected
Blocks (Iniciar corrida nos blocos selecionados). Consulte Modificar os pormenores na tabela deblocos selecionados na página 183 para obter mais informações.

n

Selecionar o bloco ou blocos nos quais realizar a corrida.

nAbrir ou fechar remotamente a tampa de cada instrumento selecionado.

182 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Start Run (Iniciar corrida)n

Iniciar a corrida.

Modificar os pormenores na tabela de blocos selecionados
É possível modificar as colunas que aparecem na tabela Start Run on Selected Block(s) (Iniciar corrida
no(s) bloco(s) selecionado(s)). Também é possível modificar os valores predefinidos de volume deamostra e temperatura da tampa na tabela. As alterações das configurações são aplicadas à corrida a
ser realizada.

Como adicionar colunas na tabela Start Run on Selected Block(s) (Iniciar corrida no(s)bloco(s) selecionado(s))
uClique com o botão direito do rato na tabela e selecione uma opção no menu exibido.

Como remover colunas na tabela Start Run on Selected Block(s) (Iniciar corrida no(s) bloco(s) selecionado(s))
uClique com o botão direito do rato na tabela e desmarque a opção no menu exibido.

Como editar valores de volume de amostra volume ou temperatura da tampa de um blocou

Selecione a célula do volume da amostra ou temperatura da tampa para o bloco pretendido e insira
um novo valor na célula.

Como adicionar uma ID da corrida ou um código de barras para um blocou

Selecione a célula de ID/código de barras para o bloco pretendido e insira uma ID ou scaneie o bloco
com um leitor de código de barras.

Correr uma experiência
Importante: antes de correr uma experiência, verifique se o software antivírus do seu computador
não iniciará uma leitura durante a corrida. Consulte Instalação de CFX Maestro Dx SE Software na
página 36 e o administrador do sistema para obter mais informações.

Como correr uma experiência
1.

No separador Star Run (Iniciar corrida), verifique os pormenores da placa e do protocolo na seção
Run Information (Informações da corrida).

2.

(Opcional) Adicione observações sobre a corrida ou experiência na caixa de texto Notes(Observações).

3.

Selecione a caixa de seleção de um ou mais blocos nos quais realizar a corrida.
Dica: para executar a experiência em todos os blocos, selecione Select All Blocks (Selecionar
todos os blocos) localizados abaixo da tabela Selected Blocks (Blocos selecionados).

Guia do utilizador | 183

Capítulo 9 Correr experiências

4.

(Opcional) Clique em Flash Block Indicator (Piscar indicador do bloco) para piscar o LED indicador nos
blocos de instrumentos selecionados.

5.

Insira as placas de experiência no bloco:a.

Clique em Open Lid (Abrir tampa). A tampa motorizada de cada bloco selecionado é aberta.

b.

Insira uma placa de experiência em cada bloco selecionado.

c.

Clique em Close Lid (Fechar tampa).

Dica: no Sistema CFX Opus Dx, toque em Open Lid (Abrir tampa) ou Close Lid (Fechar tampa)
no ecrã inicial.
6.

Clique em Open Lid (Abrir tampa) e Close Lid (Fechar tampa) para abrir e fechar a tampa motorizada
de cada bloco do instrumento selecionado.

7.

Visualize os pormenores da corrida e execute uma das seguintes opções:n

Se os pormenores estiverem corretos, clique em Start Run (Iniciar corrida).

n

Se os pormenores estiverem incorretos:oCorrija os pormenores na tabela Selected Blocks (Blocos selecionados) e clique em Start
Run (Iniciar corrida).

oVolte ao separador correto e faça as alterações apropriadas, guarde as alterações e cliqueem Next (Avançar) para voltar ao separador Start Run (Iniciar corrida) e iniciar a corrida.

Como iniciar uma nova corrida a partir de uma corrida anterioru

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Ficheiro) > Repeat a Run (Repetir uma corrida) na barra de menu principal dosoftware; navegue e clique duas vezes no ficheiro de dados da corrida que deseja repetir.

nSelecione o separador Repeat Run (Repetir corrida) no Startup Wizard (Assistente de arranque)e clique duas vezes no ficheiro de dados da corrida que deseja repetir.
Opcionalmente, no separador Repeat Run (Repetir corrida), é possível clicar em Browse(Procurar), navegar para os ficheiros de dados da corrida que deseja repetir e clicar duas vezes
neste ficheiro.

184 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida)

Caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida)
Ao clicar em Start Run (Iniciar corrida), o CFX Maestro Dx SE solicita que guarde o ficheiro de dados(.pcrd), inicia a corrida e abre a caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida). A caixa de diálogo
Run Details (Pormenores da corrida) contém três separadores de estado:n

Run Status (Estado da corrida) — use este separador para visualizar o estado atual do protocolo,
abrir ou fechar a tampa, pausar uma corrida, adicionar repetições, ignorar etapas ou interromper a
corrida.

n

Real-time Status (Estado em tempo real) — use este separador para visualizar os dados defluorescência de PCR em tempo real à medida que são recolhidos.

nTime Status (Estado de tempo) — use este separador para exibir um cronómetro de contagem
regressiva em ecrã total para o protocolo.

Estes separadores são descritos em pormenor nas secções a seguir.

Separador Run Status (Estado da corrida)
O separador Run Estado (Estado da corrida) exibe o estado atual de uma corrida em curso. Nesta
visualização também é possível controlar a tampa e alterar a corrida em curso.

Guia do utilizador | 185

Capítulo 9 Correr experiências

LEGENDA1.
2.

Painel Run Status (Estado da corrida) — exibe o progresso atual do protocolo.
Controlos do Run Status (Estado da corrida) — permitem operar o instrumento ou
interromper o protocolo atual.

3.

Painel Run Information (Informações da corrida) — exibe as informações dacorrida.

Comandos Run Status (Estado da corrida)
Use os comandos no separador Run Status (Estado da corrida) para operar o instrumento a partir dosoftware ou alterar uma corrida em curso.
Observação: fazer alterações no protocolo durante a corrida, como adicionar repetições, não alterao ficheiro de protocolo associado à corrida. Estas ações são registadas no Run Log (Registo decorrida).

— abre a tampa motorizada nos instrumentos selecionados.
Importante: abrir a tampa durante uma corrida interrompe a corrida durante a etapa atual epode alterar os dados. Comandos Run Status (Estado da corrida) na página 186.

— fecha a tampa motorizada nos instrumentos selecionados.

— adiciona mais repetições à etapa atual do GOTO (IR PARA) no protocolo. Esta opção está
disponível somente quando uma etapa GOTO (IR PARA) está a ser executada.
Observação: é possível adicionar mais repetições durante um ciclo GOTO (Ir para) quando oprotocolo está em curso. No entanto, o CFX Maestro Dx SE reconhece a alteração mais recenteno número de repetições. Por exemplo, se adicionar mais 10 repetições durante um ciclo GOTO
(Ir para), o software alterará o número total para n + 10. Se, em seguida, adicionar mais cinco(5) repetições ao mesmo ciclo, o CFX Maestro alterará o número total de repetições para n + 5.
A primeira alteração (10 repetições) será ignorada. Para garantir que o software executa onúmero desejado de repetições, insira o número total (neste caso, 15 repetições).

— ignora a etapa atual no protocolo.

186 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida)

Observação: se ignorar uma etapa GOTO (IR PARA), o sistema avançará para o próximo ciclono loop GOTO (IR PARA). Se o último ciclo da etapa GOTO (IR PARA) estava em curso no
momento do avanço, o sistema passa para a próxima etapa.

— pisca o LED no instrumento selecionado para identificar os blocos selecionados.

— pausa o protocolo.
Observação: esta ação é registada no Run Log (Registo de corrida).

- retoma um protocolo em pausa.

— interrompe a corrida antes que os protocolos terminem.
Observação: interromper uma corrida antes do término do protocolo pode alterar os dados.

Abrir a tampa do instrumento durante uma PCR Run (Corrida PCR)
Se a tampa de qualquer instrumento for aberta durante uma corrida de PCR, o CFX Maestro Dx SE
mostrará a seguinte caixa de diálogo de confirmação:Enquanto a caixa de diálogo aparece, os instrumentos continuam a correr o protocolo. O botão OK coloca acorrida em pausa e a tampa do instrumento desengata e abre. O botão Cancelar rejeita a caixa de diálogo eretoma a corrida.

Guia do utilizador | 187

Capítulo 9 Correr experiências

Separador Real-time Status (Estado em tempo real)
O separador Real-time Status (Estado em tempo real) exibe os dados de PCR em tempo real recolhidos
em cada ciclo durante a corrida após as duas primeiras leituras de placa.

LEGENDA
1.

Amplification trace pane (Painel de traçado de amplificação) — exibe os dados deamplificação em tempo real durante a corrida.

2.

Well group identifier (Identificador de grupo de poço) — se forem identificados
grupos de poços na configuração da placa, os utilizadores podem selecionar um
grupo de poços específico para visualizar os traçados, os poços e as informações
das tabelas.
Step number identifier (Identificador do número de etapa) — se o protocolo recolher
dados em mais de uma etapa (por exemplo, durante a amplificação e a curva defusão), os utilizadores poderão selecionar uma etapa específica e visualizar os
traçados recolhidos nessa etapa.

3.

Well selector pane (Painel seletor de poço) — exibe os poços ativos, inativos evazios na placa.

4.

Plate setup table pane (Painel de tabela de configuração de placa) — exibe aconfiguração da placa em formato de tabela.

188 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida)

5.

Run details pane (Painel de informações da corrida) — exibe o estado em tempo
real da corrida, incluindo:n Current step (Etapa atual)n Current repeat (Repetição atual)n Current temperature (Temperatura atual)n Time remaining (Tempo restante)n Sample temperature (Temperatura da amostra)n Lid temperature (Temperatura da tampa)

6.

Plate Setup (Configuração de placa) — abre a caixa de diálogo Plate Setup(Configuração de placa), na qual os utilizadores podem modificar a configuração deplaca atual durante uma corrida.

No separador Real-time Status (Estado em tempo real), é possível:n

Mostrar ou ocultar os traçados em tempo real selecionando-os no painel do seletor de poço ou natabela de configuração da placanVisualizar um único traçado ou grupos de traçados, selecionando-os no menu suspenso do grupo de
poços

n

Editar a placa ou substituir o ficheiro da placanAplicar um ficheiro PrimePCR à corrida.

Exibir ou ocultar traçados em tempo real
Como predefinição, todos os poços cheios estão ativos e aparecem na tabela de configuração de placa.
Os poços ativos aparecem em azul no painel de seletor de poços. Os poços ativos ocultos aparecem emcinza claro e os poços sem uso aparecem em cinza escuro no painel de seletor de poços.
É possível ocultar traçados de poços ativos durante a corrida. O CFX Maestro Dx SE continua a recolher
dados para todos os poços; ao ocultar poços, os dados não aparecem na tabela de configuração daplaca.

Como ocultar traçados em tempo realu

No painel de seletor de poços, clique nos poços ativos (azuis) que deseja ocultar.

Como exibir traçados em tempo realu

No painel de seletor de poços, clique nos poços ocultos (cinza claros) que deseja exibir.

Para mais informações sobre o seletor de poços, consulte Well Selector (Seletor de poços) na página
212.

Guia do utilizador | 189

Capítulo 9 Correr experiências

Editar uma Plate Setup (Configuração de placa)
Como editar uma configuração de placauClique em Plate Setup (Configuração de placa) e selecione View/Edit Plate (Visualizar/Editar placa).
A janela Plate Editor (Editor de placa) aparece, na qual é possível editar a placa enquanto a corrida
está em curso. Para obter mais informações sobre a edição de placas, consulte Capítulo 8, Preparar
placas.
Observação: também é possível editar os estilos de traçados na janela Plate Editor (Editor deplaca). As alterações aparecem no traçado de rastreio de amplificação no separador Real-time
Status (Estado em tempo real).

Substituir um ficheiro de placa
Dica: substituir um ficheiro de placa é especialmente útil se uma corrida for iniciada com um ficheiro
Quick Plate (Placa rápida) na pasta ExpressLoad (Carregamento rápido).

Como substituir um ficheiro de placauClique em Plate Setup (Configuração de placa) e selecione uma das seguintes opções:n

Replace Plate file (Substituir ficheiro de placa) — selecione o novo ficheiro de placa da lista na
janela do exploradornApply PrimePCR file (Aplicar ficheiro PrimePCR) — procure um ficheiro executável a partir doqual o layout da placa será obtido usando a pesquisa inteligente ou clique em Browse (Navegar)
para encontrar um ficheiro que tenha sido descarregado do website da Bio-Rad e que não
esteja localizado na pasta PrimePCR

Observação: o CFX Maestro Dx SE verifica o modo de leitura e o tamanho da placa do ficheiro
de placa. Devem ser os mesmos do que as configurações nas quais a corrida foi iniciada.

190 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Pormenores da corrida)

Separador Time Status (Estado de tempo)
O separador Time Status (Estado de tempo) exibe o tempo restante para concluir a corrida atual.

Guia do utilizador | 191

Capítulo 9 Correr experiências

Realizar experiências PrimePCR
As experiências PrimePCR utilizam ensaios específicos para percurso ou doença validados e otimizados
pela Bio-Rad em laboratório experimental nos seguintes formatos:n

Preplated panels (Painéis com placa prévia) — placas contendo ensaios que sejam específicos paraum percurso biológico ou uma doença; incluem genes de controlo e referência PrimePCR.

n

Custom configured plates (Placas de configuração personalizadas) — placas que podem serconfiguradas num layout definido pelo utilizador com a opção de selecionar ensaios para alvos deinteresse, controlos e referências.

nIndividual assays (Ensaios individuais) — tubos contendo conjuntos de iniciadores individuais para
uso em reações em tempo real.

Para reduzir o tempo geral da corrida, é possível remover a etapa de fusão no protocolo. A Bio-Rad
recomenda vigorosamente que não faça nenhuma outra modificação a um protocolo de corrida
PrimePCR. O protocolo predefinido é aquele que foi usado para a validação do ensaio. Qualquer desvio
em relação a este protocolo pode afetar os resultados. As alterações ao protocolo são anotadas noseparador Run Information (Informações da corrida) do ficheiro de dados resultante e em quaisquer
relatórios que sejam criados.

Como iniciar uma corrida PrimePCRuPara iniciar uma corrida PrimePCR, execute qualquer uma das seguintes opções:n

No Startup Wizard (Assistente de arranque), selecione PrimePCR no separador Run setup(Configuração da corrida) e, em seguida, selecione a química apropriada (SYBR® ou Probe(Sonda)).

n

Selecione uma corrida PrimePCR na lista Recent Runs (Corridas recentes) no separador
Repeat run (Repetir corrida) no Startup Wizard (Assistente de arranque).

nSelecione File (Ficheiro) > Open (Abrir) > PrimePCR Run File (Ficheiro executável PrimePCR)
na janela Home (Início).

nArraste e solte um ficheiro executável PrimePCR para a janela Home (Início).

Depois de selecionar uma corrida PrimePCR, a janela Run Setup (Configuração da corrida) abre-se no
separador Start Run (Iniciar corrida) com o layout da placa PrimePCR predefinido carregado com baseno instrumento selecionado.

Como remover a etapa de fusão no protocolou

No separador Protocol (Protocolo), desmarque a caixa adjacente a Include Melt Step (Incluir etapa
de fusão).

192 | Software CFX Maestro Dx SE

Realizar experiências PrimePCR

Como importar as informações do alvo das placas PrimePCR para um layout de placa
1.

Execute uma das seguintes opções:n

No separador Real-time Status (Estado em tempo real) na caixa de diálogo Run Details(Pormenores da corrida), selecione Plate Setup (Configuração de placa) > Apply PrimePCR File
(Aplicar ficheiro PrimePCR).

n

Na janela Data Analysis (Análise de dados), selecione Plate Setup (Configuração de placa) >Apply PrimePCR File (Aplicar ficheiro PrimePCR).

2.

Na caixa de diálogo do ficheiro executável PrimePCR, clique em Browse (Navegar) para navegar até
ao ficheiro PrimePCR apropriado (.csv).

3.

Selecione o ficheiro PrimePCR pretendido e clique em Open (Abrir).

O Sistema CFX Opus Dx importa as informações do ficheiro pretendido para o layout da sua placa.

Guia do utilizador | 193

Capítulo 9 Correr experiências

Transferir dados autónomos para análise
Importante: quando transfere ficheiros de dados do Sistema CFX Opus Dx para o CFX Maestro Dx
SE, todos os ficheiros guardados no sistema são transferidos. Certifique-se de que tem espaço em
disco suficiente para que os dados sejam transferidos com segurança.
Quando a corrida é concluída, o CFX Maestro Dx SE analisa os dados de fluorescência. Se a corrida forrealizada no modo autónomo e guardada no próprio Sistema CFX Opus Dx, os dados deverão sertransferidos para o computador do CFX Maestro Dx SE para análise.
O Sistema CFX Opus Dx pode armazenar até 100 corridas de PCR em tempo real. Depois da conclusão
da corrida, é possível transferir ficheiros de dados autónomos para o computador do CFX Maestro Dx SE
por e-mail, unidade USB ou pelo próprio software.
Esta seção explica como transferir ficheiros de dados autónomos para o computador do CFX Maestro Dx
SE.

Transferir dados por e-mailComo enviar um ficheiro de dados por e-mail no término de uma corrida
1.

Configure as notificações por e-mail para o instrumento.
Consulte Configurar a notificação por e-mail na página 86 ou o Manual de funcionamento do Sistemade PCR em tempo real CFX Opus Dx .

2.

Ao configurar notificações por e-mail, certifique-se de que Attach Data File (Anexar ficheiro dedados) está selecionado.
Os dados da corrida são enviados por e-mail como um ficheiro .pcrd.

Transferir dados a partir do Sistema de PCR em tempo real CFX
Opus Dx
Utilizando a funcionalidade File Browser (Explorador de ficheiros) no Sistema CFX Opus Dx, é possível
transferir ficheiros de dados para uma unidade USB ligada ou para uma pasta de rede partilhada. É
também possível transferir ficheiros de protocolo do CFX Maestro Dx SE de uma unidade USB ou deuma unidade de rede partilhada para a sua pasta ou a pasta Pública no Sistema CFX Opus Dx e executálos no Sistema CFX Opus Dx.
Dica: esta seção explica como transferir dados. Para obter informações sobre como configurar aligação Ethernet , consulte o Manual de funcionamento do Sistema de PCR em tempo real CFX
Opus Dx disponível na no menu Help (Ajuda) do CFX Maestro Dx SE.

194 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferir dados autónomos para análise

1.

No ecrã inicial do Sistema CFX Opus Dx, toque em Files (Ficheiros) para visualizar o ecrã FileBrowser (Explorador de ficheiros).

2.

No ecrã File Browser (Explorador de ficheiros), navegue até ao ficheiro que deseja copiar e toque noficheiro para visualizar o painel de informações.

3.

No painel de informações do ficheiro, toque em Options (Opções) e em Copy (Copiar).

É exibida a caixa de diálogo Select Location (Selecionar localização).
4.

Na caixa de diálogo Select Location (Selecionar localização), execute uma das seguintes opções:nNavegue até uma pasta existente.

nNavegue até à localização para criar uma pasta na qual guardar o ficheiro e toque em Create
Folder (Criar pasta)(

5.

) para criar uma pasta nessa localização.

Toque em Select (Selecionar) para copiar o ficheiro para a localização selecionada ou em Cancel(Cancelar) para voltar ao ecrã File Browser (Explorador de ficheiros).
Observação: se já existir um ficheiro com esse nome na localização selecionada, será exibida
uma caixa de mensagens. Toque em Yes (Sim) para substituir o ficheiro existente ou em No(Não) para voltar ao ecrã File Browser (Explorador de ficheiros).
O Sistema CFX Opus Dx exibirá uma mensagem de confirmação quando o ficheiro for copiado com
sucesso.

Guia do utilizador | 195

Capítulo 9 Correr experiências

Transferir dados utilizando o CFX Maestro Dx Software, Security
Edition (Edição de Segurança)
Como transferir dados utilizando o CFX Maestro Dx SE
1.

No painel Detected Instruments (Instrumentos detetados) na janela Home (Início), clique com obotão direito do rato no instrumento pretendido e selecione Retrieve Data Files (Recuperar ficheiros
de dados).
O CFX Maestro Dx SE exibe a caixa de diálogo Browse for Folder (Procurar pasta).

2.

Na caixa de diálogo Browse for Folder (Procurar pasta), navegue para o local no qual planeia
guardar os ficheiros de dados e clique em OK.
O processo de transferência cria uma pasta chamada Real-Time Data no local selecionado. Os
dados da corrida são salvos na pasta Real-Time Data como ficheiros .zpcr separados.

Transferir dados usando uma unidade USB
Se for inserida uma unidade USB na porta USB do instrumento, o ficheiro de dados será guardado
automaticamente no diretório raiz da unidade USB quando a corrida estiver completa. Também épossível localizar ficheiros de dados guardados e guardá-los numa unidade USB conectada.

Como transferir ficheiros de dados para uma unidade USB no Sistema CFX Opus DxuNa caixa de diálogo Select Location (Selecionar localização), toque em USB e navegue até à pasta
para a qual deseja copiar o ficheiro, ou em Cancel (Cancelar) para voltar ao ecrã File Browser(Explorador de ficheiros).
Observação: se já existir um ficheiro com esse nome na localização selecionada, será exibida
uma caixa de diálogo. toque em Yes (Sim) para substituir o ficheiro existente ou em No (Não)
para voltar ao ecrã File Browser (Explorador de ficheiros).

O Sistema CFX Opus Dx exibirá uma mensagem de confirmação quando o ficheiro for copiado com
sucesso.

196 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferir dados autónomos para análise

Transferir dados através de uma unidade de rede partilhada
usando o Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx
Dica: é possível transferir dados de e para uma unidade de rede partilhada usando apenas oSistema CFX Opus Dx.
O Sistema CFX Opus Dx permite ligar-se a uma unidade de rede partilhada usando a Ethernet. Tendo
estabelecido uma ligação, é possível transferir ficheiros de dados de e para uma pasta na unidade derede partilhada.

Como transferir dados de e para uma unidade de rede partilhadau

Na caixa de diálogo Select Location (Selecionar localização), toque em Network (Rede) e navegue
até à pasta para a qual deseja copiar o ficheiro, ou em Cancel (Cancelar) para voltar ao ecrã FileBrowser (Explorador de ficheiros).
Observação: se já existir um ficheiro com esse nome na localização selecionada, será exibida
uma caixa de diálogo. toque em Yes (Sim) para substituir o ficheiro existente ou em No (Não)
para voltar ao ecrã File Browser (Explorador de ficheiros).

O Sistema CFX Opus Dx exibirá uma mensagem de confirmação quando o ficheiro for copiado com
sucesso.

Criar um ficheiro de dadosPara analisar os dados transferidos do instrumento para o computador do CFX Maestro Dx SE, o ficheiro
de dados comprimido (ficheiro .zpcr) deve ser convertido num ficheiro de dados (ficheiro .pcrd). O
CFX Maestro Dx SE converte o ficheiro .zpcr num ficheiro .pcrd e seleciona um ficheiro de placa quetenha o mesmo modo de leitura e tamanho de placa e aplica-o ao ficheiro .pcrd.

Criar um ficheiro de dados a partir de um ficheiro de dados independente
1.

No CFX Maestro Dx SE, execute uma das seguintes opções:n

Localize o ficheiro .zpcr pretendido e arraste-o para a janela Home (Início) do CFX Maestro Dx
SE.

n

Selecione File (Ficheiro) > Open (Abrir) > Stand-alone Run (Corrida independente), navegue e
selecione o ficheiro pretendido.

O CFX Maestro Dx SE exibe a caixa de diálogo Save As (Guardar como).
2.

Navegue até à pasta onde pretende guardar o ficheiro .pcrd e clique em Save (Guardar).
Depois de guardar o ficheiro .pcrd, o CFX Maestro Dx SE abre a janela Data Analysis (Análise dedados) e exibe os dados resultantes.

Guia do utilizador | 197

Capítulo 9 Correr experiências

198 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) processa dados de PCR em tempo
real automaticamente no final de cada corrida e abre a janela Data Analysis (Análise de dados) para
exibir esses dados (o ficheiro .pcrd).
nArrastar um ficheiro de dados (extensão .pcrd) na janela Home (Início) e soltá-lo.

nSelecionar File (Ficheiro) > Open (Abrir) > Data File (Ficheiros de dados) na janela Home (Início) e
procurar o ficheiro .pcrd pretendido.

nSelecionar File (Ficheiro) > Recent Data Files (Ficheiros de dados recentes) na janela Home (Início)para escolher a partir de uma lista dos dez ficheiros de dados abertos recentementenSelecionar o separador Analyze (Analisar) no Startup Wizard (Assistente de arranque) e escolher apartir de Recent Files (Ficheiros recentes) ou clicar em Browse (Procurar) para localizar o ficheiro dedados.

Janela Data Analysis (Análise de dados)
A janela Data Analysis (Análise de dados) exibe vários separadores, cada um com os dados analisados
para um método de análise ou específico ou uma informação específica da corrida. Os separadores
apenas são exibidos se os dados recolhidos na corrida estiverem disponíveis para aquele tipo de análise.

Dica: para escolher os separadores a exibir, selecione-os no menu suspenso View (Visualizar) na
janela Data Analysis (Análise de dados). Para voltar ao layout original do separador, selecione
Settings (Configurações) > Restore Default Window Layout (Restaurar o layout da janela
predefinido).

Guia do utilizador | 199

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Barra de ferramentas Data Analysis (Análise de dados)
A barra de ferramentas na janela Data Analysis (Análise de dados) proporciona um acesso rápido afunções importantes de análise de dados.

A Tabela 11 lista as funções dos botões na barra de ferramentas.
Tabela 11. Barra de ferramentas na janela Data Analysis (Análise de dados)

Botão

Nome

FunçãoPlate Setup

View/Edit plate (Visualizar/editar placa) — abre

(Configuração deo Plate Editor (Editor de placa) para visualizar e

placa)

editar o conteúdo dos poços.
Replace Plate (Substituir placa) — seleciona
um ficheiro de placa para substituir o layout daplaca.
Apply PrimePCR file (Aplicar ficheiro
PrimePCR) — seleciona um ficheiro executávelpara substituir o layout da placa para uma
corrida PrimePCR.

Manage Well

Abre a janela do Well Groups Manager (Gestor

Groups (Gerirde grupos de poços) para criar, editar e eliminar

grupos de poços)

grupos de poços.

Well Group (Grupo

Seleciona um nome de grupo de poçosde poços)existente no menu suspenso. A seleção
predefinida é All Wells (Todos os poços). Estebotão é exibido apenas quando são criados
grupos de poços.

Analysis Mode

Analisa os dados no modo de fluoróforo ou(Modo de análise)alvo.

Help (Ajuda)

Abre a secção de ajuda do software, na qual épossível encontrar a ajuda online e uma cópia
digital deste manual no formato Acrobat PDF.

200 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Barra de menu da Data Analysis (Análise de dados)
A Tabela 12 lista os itens da barra de menu na janela Data Analysis (Análise de dados).
Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados)

Item do menu

Command (Comando)FunçãoFile (Ficheiro)

Save (Guardar)

Guarda o ficheiro.

Save As (Guardar como)

Guarda o ficheiro com um novo nome.

File Passwords (Palavras-passe

Permite que os utilizadores definamde ficheiro)

palavras-passe para guardar e abrir
ficheiros.

Sign (Assinar)

Permite que os utilizadores assinem oficheiro de dados.

Repeat Run (Repetir corrida)

Extrai o protocolo e o ficheiro de placa dacorrida atual para a voltar a executar

Close (Fechar)Fecha a janela Data Analysis (Análise dedados).

View (Visualizar)

Run Log (Registo de corrida)

Abre uma janela Run Log (Registo decorrida) para visualizar o registo da corrida
do ficheiro de dados atual.

Audit Trail (Pista de auditoria)

Abre a pista de auditoria para o ficheiro.

Quantification (Quantificação),Exibe os dados analisados nos separadores

Melt Curve (Curva de fusão),selecionados na janela Data Analysis

Gene Expression (Expressão

(Análise de dados). Pelo menos um

génica), End Point (Ponto final),

separador deve ser selecionado.

Custom Data View (Vista dedados personalizada), QC (CQ),Run Information (Informações decorrida)Guia do utilizador | 201

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

Command (Comando)FunçãoSettings

Cq Determination Mode (Modo dePermite selecionar o modo Regression(Configurações)determinação de Cq)(Regressão) ou Single Threshold (Limiarúnico) para determinar como os valores Cq
são calculados para cada traçado.

202 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

Command (Comando)FunçãoBaseline Setting (Configuração

Permite selecionar o método Baselinede linha de base)

Subtraction (Subtração de linha de base)para os grupos de poços selecionados.

Analysis Mode (Modo de análise)

Permite analisar os dados por Fluorophore(Fluoróforo) ou por Target (Alvo).

Cycles to Analyze (Ciclos para

Permite selecionar os ciclos a serem

análise)analisados.

Baseline Thresholds (Limiares deAbre a janela Baseline Threshold (Limiar delinha de base)linha de base) para ajustar a linha de base ou
o limiar.

Trace Styles (Estilos de traçados)Abre a janela Trace Styles (Estilos detraçados).

Plate Setup (Configuração deAbre o Plate Editor (Editor de placa) para

placa)

visualizar e editar a placa; substituir a placa
atual por uma de um ficheiro de placa
definido pelo utilizador ou de um ficheiro
executável PrimePCR.

Include All Excluded Wells (Incluir

Inclui todos os poços excluídos na análise.

todos os poços excluídos)
Mouse Highlighting (Realce doAtiva ou desativa o realce simultâneo derato)dados com o ponteiro do rato.
Dica: se o Mouse Highlighting (Realce
do rato) estiver desligado, pressione atecla Control (Ctrl) para ligar
temporariamente o realce.

Restore Default Window Layout

Restaura o layout das janelas para a(Restaurar o layout da janela

configuração predefinida.

predefinido)

Guia do utilizador | 203

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

Command (Comando)FunçãoExport (Exportar)

Export All Data Sheets (Exportar

Permite selecionar se deseja exportar todas

todas as folhas de dados)

as vistas de folha de cálculo de cadaseparador para um .csv, .txt. Excel ou
ficheiro .xml.

Export RDML File (Exportar

Permite selecionar a versão 1.1 ou 1.0 do

ficheiro RDML).

RDML para exportar o ficheiro.

Custom Export (Personalizar

Abre a janela Custom Export (Personalizar

exportação)exportação), na qual podem ser definidos os
campos e o formato de ficheiro a serexportados.

Export to LIMS Folder (Exportar

Abre uma janela para guardar dados num

para a pasta LIMS)

formato predeterminado para a pasta LIMS.

Manual Export (Exportar manual)

Abre uma janela para identificar a
localização para guardar dados de todas asvistas de folhas de cálculo em ficheiros Excel
estruturados especificamente para uso pela
Seegene, Inc. e Bio-Rad Laboratories.
Dica: É igualmente possível iniciar
automaticamente o Seegene Viewer na
exportação. Consulte Comandos domenu Tools (Ferramentas) na página 71
para obter mais informações.

204 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

Command (Comando)FunçãoTools

Reports (Relatórios)

Abre o Report (Relatório) para este ficheiro(Ferramentas)

de dados.
Well Group Reports (Relatórios

Abre uma janela Well Group Reportde grupo de poços)(Relatórios de grupo de poços) para gerar
relatórios para grupos de poçosespecificados.

Import Fluorophore Calibration

Seleciona um ficheiro de calibragem para

(Importar calibragem deaplicar ao ficheiro de dados atual.

fluoróforo)
qbase+

Inicia o qbase+ v2.5 diretamente do ficheiro.pcrd atual, se estiver instalado.

Generate LIMS PLRN file (Gerar

Guarda o ficheiro de dados como um ficheiro

um ficheiro LIMS PLRN).plrn no formato LIMS.

Guia do utilizador | 205

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Informações do separador
Cada separador na janela Data Analysis (Análise de dados) exibe dados em gráficos e folhas de cálculo
para um método de análise específico e inclui um seletor de poços para selecionar os dados que
pretende exibir. Quando é aberta, a Data Analysis (Análise de dados) exibe o separador Quantification(Quantificação) por predefinição. É possível usar os dados do gráfico Amplification (Amplificação) no
separador Quantification (Quantificação) para determinar as configurações da análise de dados
apropriadas para a corrida.

Observação: o software liga os dados nos painéis de cada separador Data Analysis (Análise dedados). Por exemplo, destacar um poço colocando o ponteiro do rato sobre o poço na vista doseletor de poços realça os dados em todos os outros painéis.

Step Number Selector (Seletor de número de etapa)
Os sistemas CFX Opus Dx podem adquirir dados de fluorescência em várias etapas do protocolo; osoftware mantém os dados adquiridos em cada etapa de forma independente. O CFX Maestro Dx SE
exibe o seletor de número de etapa abaixo do gráfico de curva padrão no separador Quantification(Quantificação). Quando um protocolo contém pelo menos uma etapa de recolha de dados, o
CFX Maestro Dx SE exibe os dados da primeira etapa da recolha.
Se o protocolo contiver mais do que uma etapa de recolha, é possível selecionar outra etapa na lista
suspensa. Por exemplo:

206 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Quando uma etapa é selecionada, o software aplica essa seleção a todos os dados exibidos na janela
Data Analysis (Análise de dados).

Visualizar grupos de poços na Data Analysis (Análise de dados)
Os poços na placa podem ser agrupados em subconjuntos para análise independente usando grupos depoços. Quando cria grupos de poços, os nomes dos grupos são exibidos na janela Data Analysis (Análise
de dados), na lista suspensa Well Groups (Grupos de poços) na barra de ferramentas.
Se criou grupos de poços, o software exibe o grupo de poços predefinido All Wells (Todos os poços)quando a janela de Data Analysis (Análise de dados) é aberta, exibindo os dados em todos os poços com
conteúdo nos gráficos e folhas de cálculo. Somente os poços nesse grupo de poços carregados com
conteúdo são exibidos no seletor de poços e somente os dados para esses poços são incluídos nos
cálculos de análise de dados.
Dica: para criar, editar e eliminar todos os grupos, clique em Manage Well Groups (Gerir grupos depoços) na barra de ferramentas.
Observação: se não criou grupos de poços, a lista suspensa Well Groups (Grupos de poços) não
será exibida na barra de ferramentas.

Alterar conteúdos de poços após uma corrida
Durante a análise de dados, alterar a forma como os dados são exibidos, alterando o conteúdo dos poçosno Plate Editor (Editor de placa), nunca altera os dados de fluorescência que foram recolhidos em cadapoço durante a corrida. Após terem sido recolhidos os dados de fluorescência pelo módulo, não serápossível eliminar esses dados, mas será possível optar por remover os dados da exibição e da análise.

Como alterar o conteúdo de poços após uma corridau

Na janela Data Analysis (Análise de dados), clique em Plate Setup (Configuração de placa) e
selecione uma das opções a seguir:nEdit/View Plate (Editar/Visualizar placa) — abre o Plate Editor (Editor de placa), no qual épossível fazer alterações manuais ao layout.

n

Replace Plate File (Substituir ficheiro de placa) — abre o explorador Select Plate (Selecionar
placa), no qual é possível navegar para um ficheiro de placa anteriormente guardado para
substituir o layout atual da placa.

n

Apply PrimePCR file (Aplicar ficheiro PrimePCR) — abre a caixa de diálogo Select PrimePCR
file (Selecionar ficheiro PrimePCR), na qual é possível navegar para um ficheiro executável
PrimePCR e aplicá-lo no layout da placa.

Guia do utilizador | 207

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Dica: é possível adicionar ou editar informações sobre o conteúdo do poço antes de uma corrida,
durante uma corrida ou após a conclusão de uma corrida de PCR. Deve atribuir-se o modo de leiturae o tamanho da placa antes da corrida. Estes parâmetros não podem ser alterados após a corrida.

208 | Software CFX Maestro Dx SE

Configurações de análise de dados

Configurações de análise de dados
Os dados do gráfico Amplification (Amplificação) no separador Quantification (Quantificação) exibem aunidade de fluorescência relativa (RFU) para cada poço em cada ciclo. Cada traçado no gráfico
representa dados de um único fluoróforo em um poço. Estes dados são usados para determinar osvalores de Cq para cada poço numa base por fluoróforo. O software usa um ou dois modos para
determinar os valores Cq:nnRegression (Regressão) — aplica um modelo de regressão não linear multivariável a
rastreamentos de poços individuais e, em seguida, usa esse modelo para calcular o valor Cq.
Single Threshold (Limiar único) — usa um valor de limiar único para calcular o valor de Cq com
base no ponto de cruzamento de limiar de traçados individuais de fluorescência.

Selecione Settings (Configurações) > Cq Determination Mode (Modo de determinação de Cq) paraselecionar o modo de determinação Cq.

Ajustar o limiar
No modo Single Threshold (Limiar único), é possível ajustar o limiar para um fluoróforo clicando na linha
de limiar no gráfico Amplification (Amplificação) e movendo o ponteiro do rato verticalmente.
Alternativamente, é possível especificar um limiar de cruzamento exato para o fluoróforo selecionado.

Configurações de linha de base
O software automaticamente define a linha de base individualmente para cada poço. A configuração delinha de base determina o método de subtração da linha de base para todos os traçados defluorescência. O software oferece três opções de subtração de linha de base:n

No Baseline Subtraction (Nenhuma subtração de linha de base) — exibe os dados como traçados
de fluorescência relativa. Algumas análises não são possíveis neste modo de análise e, portanto, osoftware não exibe os separadores Gene Expression (Expressão génica), End Point (Ponto final) e
Allelic Discrimination (Discriminação alélica).

nBaseline Subtracted (Linha de base subtraída) — exibe os dados como traçados com linha de basesubtraída para cada fluoróforo num poço. O software deve subtrair a linha de base dos dados para
determinar ciclos de quantificação, construir curvas padrão e determinar a concentração deamostras desconhecidas. Para gerar o traçado com linha de base subtraída, o software enquadra amelhor linha reta pela fluorescência registada de cada poço durante os ciclos de linha de base e em
seguida subtrai os dados de melhor ajuste dos dados de fundo subtraídos a cada ciclo.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Encaixe de curva de linha de base subtraída) — exibe os dados
como traçados de linha de base subtraída e o software suaviza a curva de linha de base subtraída

Guia do utilizador | 209

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

usando um filtro de média centralizada. Este processo é realizado para que cada Cq seja deixado
sem variante.
Adicionalmente a essas opções, também é possível selecionar Apply Fluorescent Drift Correction (Aplicar
correção de derivação fluorescente). Para poços que tenham valores de RFU com derivação anormal
durante os ciclos iniciais de uma corrida, o software deriva uma linha de base estimada dos poçosadjacentes para os quais uma linha de base horizontal tenha sido gerada com sucesso.

Como alterar a configuração de subtração de linha de baseu

Selecione Settings (Configurações) > Baseline Setting (Configuração de linha de base).

Analysis Mode (Modo de análise)
Os dados podem ser agrupados e analisados por nome de fluoróforo ou de alvo. Quando agrupados por
fluoróforo, os traçados de dados são exibidos por fluoróforo conforme indicado na configuração de placa
para essa corrida. Os dados do fluoróforo individual são exibidos no gráfico de amplificação e curva padrão
(se disponível) quando as caixas de seleção de fluoróforo apropriadas, localizadas abaixo do gráfico deamplificação, são selecionadas.

Quando agrupados por alvo, os traçados de dados são exibidos por nome de alvo conforme inserido na
configuração de placa para essa corrida.

Como escolher um modo de análise de dadosu

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione Settings (Configurações) > Analysis Mode (Modo de análise).

210 | Software CFX Maestro Dx SE

Configurações de análise de dadosnSelecione um modo no menu suspenso Analysis Mode (Modo de análise) na barra deferramentas.

Cycles to Analyze (Ciclos para análise)
É possível restringir o número de ciclos para análise. Também é possível analisar os dados de um
conjunto específico de ciclos. O número máximo de ciclos que é possível analisar é 50.
Observação: a remoção de ciclos do início de uma corrida pode ter um impacto significativo na linha
de base.

Como restringir a análise de dados para um intervalo específico de ciclos
1.

Selecione Settings (Configurações) > Cycles to Analyze (Ciclos para análise).
É exibida a caixa de diálogo Cycles to Analyze (Ciclos para análise).

2.

Digite os valores dos ciclos inicial e final e clique em OK.

Clique em Restore Defaults (Restaurar predefinições) na caixa de diálogo Cycles to Analyze (Ciclos paraanálise) para voltar aos ciclos usados originalmente para análise.

Guia do utilizador | 211

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Well Selector (Seletor de poços)
Use o Well Selector (Seletor de poços) para visualizar ou ocultar os dados dos poços nos gráficos ou
folhas de cálculo na janela Data Analysis (Análise de dados). Somente os poços carregados com
amostra podem ser selecionados no seletor de poços. O software aplica cores nos poços no seletor depoços:nAzul — indica poços selecionados. Os dados dos poços selecionados são exibidos na janela Data
Analysis (Análise de dados).

nCinza claro — indica poços não selecionados. Os dados dos poços não selecionados não são
exibidos na janela Data Analysis (Análise de dados).

nCinza escuro — indica poços vazios.

Como exibir ou ocultar dados de poçosu

No seletor de poços, execute uma das opções a seguir:nPara ocultar um poço, clique no poço individual. Para voltar a exibir o poço, clique nele
novamente.

nPara ocultar vários poços, arraste o cursor pelos poços que deseja selecionar. Para voltar a
exibir os poços, arraste o cursor pelos poços novamente.

nClique no canto esquerdo superior da placa para ocultar todos os poços. Clique no cantosuperior esquerdo novamente para exibir todos os poços.

nClique no início de uma coluna ou linha para ocultar os poços. Clique na coluna ou linha
novamente para voltar a exibir os poços.

212 | Software CFX Maestro Dx SE

Well Selector (Seletor de poços)

Itens de menu do botão direito do rato para seletor de poços
A Tabela 13 lista as opções do botão direito disponíveis na vista de seletor de poços.
Tabela 13. Itens de menu do botão direito do rato para vista de seletor de poços

ItemFunçãoWell XX (Poço XX)

Exibe somente este poço, remove-o da vista, define a cor desse poçoou exclui-o da análise.

Selected Wells (right-click andExibe apenas estes poços, remove-os da vista, define a cor dessesdrag) (Poços selecionados

poços ou exclui-os da análise.

(clicar com o botão direito earrastar))
Copy (Copiar)

Copia o conteúdo do poço para uma área de transferência, incluindo oSample Type (Tipo de amostra) e Replicate # (N.º de réplica) opcional.

Copy as Image (Copiar como

Copia a vista do seletor de poços como uma imagem.

imagem)Print (Imprimir)

Imprime a vista do seletor de poços.

Print Selection (Imprimir

Imprime a seleção atual.

seleção)Export to Excel (Exportar para

Exporta os dados para uma folha de cálculo Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportar para

Exporta os dados como um documento .csv.

CSV)
Export to Xml (Exportar para

Exporta os dados como um documento .xml.

Xml)
Well Labels (Rótulos de poço)

Altera os rótulos dos poços para Sample Type (Tipo de amostra),Target Name (Nome do alvo) ou Sample Name (Nome da amostra).

Guia do utilizador | 213

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Excluir temporariamente poços da análise
Como excluir temporariamente poços da análise de dados
1.

Clique com o botão direito do rato no seletor de poços, num traçado de fluorescência ou num ponto
desenhado na curva padrão. Para excluir vários poços, clique com o botão direito do rato e arrastepara destacar vários poços, traçados ou pontos.

2.

A partir do menu do botão direito do rato, selecione a opção apropriada:nWell (Poço) > Exclude Well (Excluir poço)nSelected Wells (Poços selecionados) > Exclude from Analysis (Excluir da análise)nSelected Traces (Traçados selecionados) > Exclude these wells from Analysis (Excluir estes
poços da análise)

Como alternativa, para remover permanentemente poços da análise, limpe o conteúdo dos poços no
Plate Editor (Editor de placas) clicando no botão Clear Wells (Limpar poços).
Importante: deve-se voltar a inserir qualquer conteúdo de poço que estiver limpo.

Como incluir um poço excluídouClique com o botão direito do rato no poço apropriado no seletor de poços e selecione Well (Poço) >Include Well in Analysis (Incluir poço na análise).

214 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Gráficos
Cada gráfico na janela Data Analysis (Análise de dados) exibe os dados num gráfico diferente e incluiopções para ajustar e exportar os dados ou gráficos.

Ferramentas de gráficos
A Tabela 14 lista as opções disponíveis ao clicar com o botão direito disponíveis na maioria dos gráficos.
Tabela 14. Itens de menu do botão direito do rato comuns à maioria dos gráficos

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o gráfico para a área de transferência

Save Image As... (Guardar

Guarda o gráfico como um ficheiro de imagem. Configure a resolução

imagem como)e as dimensões da imagem e, em seguida, selecione o tipo de ficheiro(PNG, GIF, JPG, TIF ou BMP).

Page Setup... (Configuração deSeleciona uma configuração de página para impressão.

página)Print... (Imprimir)

Imprime o gráfico.

Set Scale to Default (Colocar na

Mostra todos os dados no gráfico de barras. Exibe a barra deescala predefinida)

deslocamento se houver muitos pontos de dados/amostras a serem
exibidos no quadro do gráfico.

Chart Settings (Configurações
do gráfico)Abre a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações do gráfico), na
qual é possível modificar as opções de exibição do gráfico, incluindo:n Títulos de gráficos e eixos
n Fonte e tamanho de gráficos e eixos
n Escala do eixon Posição da legenda

As ferramentas aparecem em cada gráfico na janela Data Analysis (Análise de dados). Todos os gráficos
exibem estas ferramentas:
Copy to Clipboard (Copiar para área de transferência) — copia o conteúdo da vista do gráfico para aárea de transferência.
Chart Settings (Configurações de gráfico) — abre a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações do
gráfico), na qual é possível modificar as opções de exibição do gráfico.

Guia do utilizador | 215

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Export (Exportar) — abre a caixa de diálogo Export Options (Opções de exportação), onde é possível
modificar a resolução e o tamanho do gráfico e guardá-lo numa localização especificada como um dos
seguintes tipos de ficheiro:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Ferramentas do gráfico de barras
Além das ferramentas de gráfico, os gráficos de barra exibem as seguintes ferramentas:
Sort (Ordenar) — ordena os alvos e amostras alfabeticamente ou em ordem alfabética inversa.
Color Settings (Configurações de cores) — abre a caixa de diálogo Color Settings (Configurações decores), na qual é possível alterar a cor dos alvos e amostras.
Para obter mais informações sobre estas ferramentas, consulte Alterar e anotar a Chart View (Vista deGráfico) na página 278.

Ferramentas do gráfico Amplification (Amplificação)Além das listadas acima, os gráficos de amplificação exibem as seguintes ferramentas:
Trace Styles (Estilos de traçados) — abre a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados) na qual épossível modificar a aparência dos traçados no gráfico de amplificação.
Baseline Threshold (Limiar de base) — abre a caixa de diálogo Baseline Threshold (Limiar de base), na
qual é possível modificar a linha de base predefinida para poços selecionados ou alterar o limite paracada curva de fluorescência no gráfico de amplificação.

Copiar dados do gráfico para a área de transferência
É possível copiar o conteúdo de uma vista de gráfico e colá-la em qualquer aplicação que aceite ficheiros
de imagem bitmap.

Como copiar dados do gráfico para a área de transferência
1.

Nas ferramentas de gráfico, selecione o ícone Copy to Clipboard (Copiar para a área detransferência).

2.

Abra uma aplicação que aceite imagens de bitmap, por exemplo o Microsoft Word.

3.

Clique o botão direito e selecione Paste (Colar) para colar a imagem bitmap da área de transferência
na aplicação.

216 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Alterar as configurações de exibição de gráfico
Use a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações do gráfico) para alterar títulos, fontes e tamanhos,
escala do eixo e localização da legenda para o gráfico exibido. As alterações feitas aplicar-se-ão apenas
ao gráfico exibido e serão guardadas com o gráfico.

Como alterar as configurações de exibição de gráfico
1.

Nas ferramentas do gráfico, clique em Chart Settings (Configurações do gráfico).
É exibida a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações do gráfico).

2.

3.

Selecione o separador Chart And Axes (Gráfico e eixos) para:nDigite um título para o gráfico.

nDigite um novo título para o eixo x e aplique o ângulo dos rótulos.

nDigite um novo título para o eixo y.

Selecione o separador Fonts (Fontes) para alterar a fonte e o tamanho da fonte do gráfico.
Dica: como predefinição, o tamanho da fonte é alterado automaticamente á medida que otamanho do gráfico muda. Selecione Change Font Size (Alterar tamanho da fonte) para definir
um tamanho de fonte fixo para cada tipo de rótulo.

4.

Selecione o separador Axes Scale (Escala dos eixos) para:nDesmarcar a escala automática dos eixos x e y e especificar valores de escala mínimos emáximos.

n

Selecionar exibir linhas de grelha ou marcas de verificação no gráfico.

Guia do utilizador | 217

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

5.

Selecione o separador Legend (Legenda) para:nEscolher ocultar a legenda do gráfico.

nAlterar a posição predefinida da legenda do gráfico.

Observação: quando a legenda estiver posicionada à esquerda ou à direita do gráfico, apenasserão exibidos os dez primeiros fluoróforos no gráfico.
6.

Clique em Apply (Aplicar) a qualquer momento para visualizar as alterações das configurações do
gráfico sem as guardar.

7.

Clique em OK para guardar as alterações e voltar para o gráfico.

Exporting the Chart (Exportar o gráfico)
Use esta caixa de diálogo para modificar a largura, altura e resolução do gráfico para exportá-lo num dos
seguintes formatos de ficheiro:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Em seguida, é possível usar o gráfico exportado para exibir os resultados em sessões de posters,
apresentações do Microsoft PowerPoint e publicações profissionais.
Observação: considere o seguinte ao modificar as configurações:nn

Limites máximos e mínimos de largura e alturao

At 72 dpi: 0,1–83 pol.

oAt 96 dpi: 0,1–62 pol.

oAt 150 dpi: 0,1–40 pol.

oAt 300 dpi: 0,1–20 pol.

oAt 600 dpi: 0,1–10 pol.

o

Em todas as resoluções: 2–6.000 píxeis

A proporção é baseada na largura.

Como exportar o gráfico
1.

Nas ferramentas do gráfico, clique em Export (Exportar).
É exibida a caixa de diálogo Export Preview (Pré-visualização da exportação).

218 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

2.

Modifique as configurações para a exibição conforme requerido.

3.

Clique em Export (Exportar).

4.

Na caixa de diálogo Export (Exportar), faça o seguinte:

5.

a.

(Opcional) Navegue até uma pasta na qual guardar o ficheiro do relatório.

b.

Digite um nome para o ficheiro e escolha um tipo de ficheiro na lista suspensa.

Clique em Save (Guardar) para guardar o ficheiro do gráfico.

Modificar as configurações de limiar de linha de base
No modo Single Threshold (Limiar único), é possível ajustar o limiar para um fluoróforo clicando na linha
de limiar no gráfico Amplification (Amplificação) e movendo o ponteiro do rato verticalmente.
Alternativamente, é possível especificar um limiar de cruzamento exato para o fluoróforo selecionado.
Dica: é possível especificar um intervalo de ciclo para determinar a linha de base para todos osficheiros de dados no separador Data Analysis (Análise de dados) em User (Utilizador) > User
Preferences (Preferências do utilizador).

Como ajustar o ciclo inicial e final da linha de base para cada poço1.

No separador Quantification (Quantificação), selecione um único fluoróforo no gráfico Amplification(Amplificação).

2.

Nas ferramentas de gráfico, selecione Baseline Threshold (Limiar de linha de base).

Guia do utilizador | 219

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

É exibida a caixa de diálogo Baseline Threshold (Limiar de linha de base).
3.

4.

Na seção Baseline Cycles (Ciclos de linha de base), execute uma das seguintes opções:nPara selecionar um poço, clique no número da linha.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique no número da linha do primeiro poço e arraste acoluna até o poço final.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, pressione a tecla Control (Ctrl) e clique no número
da linha de cada poço alvo.

nPara selecionar todos os poços, clique no canto superior esquerdo da tabela.

Ajuste os ciclos Baseline Begin (Início da linha de base) e Baseline End (Final da linha de base) para
todos os poços selecionados ou altere o número dos ciclos Baseline Begin (Início da linha de base) e
Baseline End (Final da linha de base) na parte inferior da folha de cálculo.
Dica: para reverter as configurações para os últimos valores guardados, clique em Reset All
User Defined Values (Redefinir todos os valores definidos pelo utilizador).

5.

Clique em OK para guardar as alterações e voltar para o gráfico.

Como especificar um intervalo de ciclo para todos os ficheiros de dadosu

Na janela Home (Início) ou Plate Editor (Editor de placa), selecione User (Utilizador) > User
Preferences (Preferências do utilizador) e selecione o separador Data Analysis (Análise de dados).

Ordenar dados de Target (Alvo), Sample (Amostra) e Biological Group (Grupo
biológico)Observação: esta opção está disponível apenas em gráficos de expressão génica.
Como predefinição, as listas de alvos, amostras e grupos biológicos são mostradas em ordem alfabética.
Use a caixa de diálogo Sort (Ordenar) para ordenar a exibição em ordem alfabética inversa ou para
mover manualmente um termo para uma posição diferente na lista.

Como ordenar dados de alvos, amostras e grupos biológicos1.

Nas ferramentas de gráfico, clique em Sort (Ordenar).
É exibida a caixa de diálogo Gene Expression Chart Sorting (Ordenar gráfico de expressão génica).

220 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

2.

Na caixa de diálogo, clique em Z-A para ordenar a lista em ordem alfabética inversa.

3.

Para mover um termo manualmente, selecione-o e clique no botão apropriado entre os gráficos:

4.

nClique na seta para cima ou para baixo para mover o termo selecionado uma posição.

nClique na seta com barra para cima ou para baixo para mover o termo selecionado para a partede cima ou para a parte de baixo da lista.

Clique em OK para guardar as alterações e voltar para o separador Gene Expression (Expressão
génica).

Guia do utilizador | 221

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Alterar as Color Settings (Configurações de cores) de Targets (Alvo) e Sample(Amostra)Observação: esta opção está disponível apenas em gráficos de expressão génica.
Use a caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores) para alterar a cor de um alvo ou amostra,ou remover o item do gráfico.

Como alterar as configurações de cores1.

Nas ferramentas do gráfico, selecione Color Settings (Configurações de cores).
É exibida a caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores).

2.

Para alterar a cor de exibição para um alvo ou amostra, clique na respetiva cor na coluna Color(Cor).

3.

Na caixa de diálogo Color (Cor), escolha uma nova cor e clique em OK.

4.

Para remover o item do gráfico de expressão génica, remova a seleção na coluna Show Chart(Mostrar gráfico).
Dica: para remover todos os itens do gráfico de expressão génica, remova a seleção na coluna
Show Chart (Mostrar gráfico) no topo da coluna.

5.

(Opcional) Como predefinição, a cor do gráfico de barras aparece em forma de gradiente. Para exibira cor em forma sólida, selecione Use Solid Colors (Usar cores sólidas).

6.

Clique em OK para guardar as alterações e voltar para o separador Gene Expression (Expressão
génica).

222 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Ampliar uma área no gráfico
Como ampliar uma área do gráfico
u

Clique e arraste o cursor no gráfico e, em seguida, clique em Zoom. O software redimensiona ográfico e centraliza-o na área selecionada.
Observação: o gráfico de barras não exige clicar no comando Zoom.

Como redefinir o gráfico para uma vista completauClique com o botão direito do rato no gráfico e selecione Set Scale to Default (Colocar na escalapredefinida).

Copiar gráficos para um ficheiro da Microsoft
É possível copiar gráficos de dados para documentos do Microsoft Word, Excel ou PowerPoint. A
resolução da imagem corresponde à do ecrã na qual a imagem foi obtida.

Como copiar gráficos para um ficheiro da Microsoft
1.

Na janela Data Analysis (Análise de dados), clique em Copy To Clipboard (Copiar para a área detransferência) no canto superior direito do painel do gráfico.

2.

Abra um ficheiro da Microsoft em branco e cole o conteúdo da área de transferência.

Itens de menu do botão direito do rato comuns para gráficos
A Tabela 15 lista os itens do menu do botão direito disponíveis em gráficos. Alguns dos itens estão
presentes em todos os gráficos, incluindo itens para mudar o modo como os dados são exibidos ou para
exportar facilmente dados de um gráfico.
Tabela 15. Itens de menu do botão direito do mouse para os gráficos

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o gráfico para a área de transferência.

Save Image As

Guarda a imagem no tamanho, na resolução e no tipo de ficheiro especificados,(Guardar imagem

incluindo PNG (predefinido), JPG e BMP.

como)
Page Setup

Exibe as opções de configuração de impressão.

(Configuração depágina)Guia do utilizador | 223

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

ItemFunçãoPrint (Imprimir)

Imprime o gráfico.

Set Scale toRetorna o gráfico para a sua vista predefinida depois de ampliá-lo.

Default (Colocar na
escala predefinida)
Chart Options

Abre a janela Chart Options (Opções do gráfico) para alterar o gráfico, incluindo o(Opções dopróprio título, selecionar limites para os eixos x e y e exibir linhas de grelha egráfico)marcações menores nos eixos.

Observação: os itens de menu que se aplicam a gráficos específicos são descritos no Capítulo 11,
Informações da análise de dados.

224 | Software CFX Maestro Dx SE

Folhas de Cálculo

Folhas de Cálculo
As folhas de cálculo exibidas em Data Analysis (Análise de dados) incluem opções para ordenar etransferir os dados. Ordene as colunas com um destes métodos:nClique e arraste uma coluna para uma nova localização na tabela selecionada.

nClique no cabeçalho da coluna para ordenar os dados em ordem crescente ou decrescente.

Como ordenar até três colunas de dados na janela Sort (Ordenar)
1.

Clique com o botão direito na folha de cálculo e selecione Sort (Ordenar).

2.

Na caixa de diálogo Sort (Ordenar), selecione o título da primeira coluna a ordenar. Ordene os dados
em ordem crescente ou decrescente.

3.

Selecione uma segunda ou terceira coluna para ordenar e selecione Ascending (Crescente) ou
Descending (Decrescente).

4.

Clique em OK para ordenar os dados ou clique em Cancel (Cancelar) para interromper a ordenação.

Dica: destaque os dados nos gráficos associados e no seletor de poços segurando o cursor sobre
uma célula. Clique numa célula para copiar e colar o seu conteúdo noutro programa de software.

Itens de menu do botão direito do rato comuns para folhas decálculo
A Tabela 16 lista os itens de menu do botão direito disponíveis em qualquer vista de folha de cálculo.
Tabela 16. Itens de menu do botão direito do rato para folhas de cálculo

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o conteúdo dos poços selecionados para uma área detransferência e depois cola o conteúdo numa folha de cálculo, comoo Excel.

Copy as Image (Copiar como

Copia a vista da folha de cálculo como um ficheiro de imagem e

imagem)cola-a num ficheiro que aceita um ficheiro de imagem, comoficheiros de texto, imagem ou folhas de cálculo.

Print (Imprimir)

Imprime a vista atual.

Print Selection (Imprimir

Imprime a seleção atual.

seleção)Guia do utilizador | 225

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Tabela 16. Itens de menu do botão direito do rato para folhas de cálculo, continuação

ItemFunçãoExport to Excel (Exportar para

Exporta os dados para uma folha de cálculo Excel.

Excel)
Export to Text (Exportar para

Exporta os dados para um editor de texto.

texto)
Export to CSV (Exportar para

Exporta os dados para um ficheiro .csv.

CSV)
Export to Xml (Exportar para

Exporta os dados para um ficheiro .xml.

Xml)
Export to Html (Exportar para

Exporta os dados para um ficheiro .html.

Html)
Find (Localizar)

Procura o texto.

Sort (Ordenar)

Ordena os dados em até três colunas.

Select Columns (Selecionar

Seleciona as colunas que serão exibidas na folha de cálculo.

colunas)226 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportar)

Export (Exportar)O CFX Maestro Dx SE oferece várias opções de exportação no menu suspenso Export (Exportar):n

Export All Data Sheets (Exportar todas as folhas de dados)nExport RDML Files (Exportar ficheiros RDML).

n

Custom Export (Personalizar exportação)nExport to LIMS Folder (Exportar para a pasta LIMS)nManual Export (Exportar manual)

Exportar todas as folhas de dados
É possível exportar todas as vistas de folha de cálculo de todos separadores do CFX Maestro Dx SE para
ficheiros separados.

Como exportar todas as folhas de dadosuSelecione Export (Exportar) > Export All Data Sheets (Exportar todas as folhas de dados) e, em
seguida, selecione o tipo de ficheiro desejado:n

CSV (*.csv)

nTexto (*.txt)

nLivro Excel (*.xlsx)
As análises exportadas são guardadas em vários livros Excel, com uma folha de dados deanálise por ficheiro. Quando uma análise inclui vários fluoróforos, os dados de cada fluoróforo
são exportados para folhas diferentes.

nLivro Excel - combinado (*.xlsx)
As análises exportadas são guardadas num único livro Excel que inclui várias folhas, uma paracada conjunto de dados de análise.

nExcel 97 - 2003 (*.xls)
Importante: O seu computador tem de ter instalado o Microsoft Excel para que possa
exportar dados para uma folha de cálculo do Microsoft Excel.

nXML (*.xml)

Guia do utilizador | 227

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Exportar ficheiros RDML
O RDML é um padrão de dados estruturado e universal para intercâmbio de dados quantitativos de PCR(qPCR). O padrão dos dados é um ficheiro de texto em formato Extensible Markup Language (.xml).
Consulte o website do International RDML Consortium (www.rdml.org) para informações adicionais
sobre o formato de intercâmbio de dados RDML.
Importante: Os ficheiros RDML exportados incluem dados de análise com as definições da linha debase que se aplicam na janela Data Analysis (Análise de dados). Para mais informações sobre as
definições de linha de base, consulte Configurações de linha de base na página 209.
Observação: guarde o ficheiro RDML como versão 1.1 se estiver a usar a versão 2.3 ou posterior dosoftware qbase+.

Como exportar um ficheiro RDML
1.

Selecione Export (Exportar) > Export RDML Files (Exportar ficheiros RDML) e selecione RDML v1.1
ou RDML v1.0 na lista exibida.
É exibida a caixa de diálogo Save As (Guardar como).

2.

Na caixa de diálogo Save As (Guardar como), especifique um nome do ficheiro e localização na qualpretende guardar o ficheiro RDML.

3.

Clique em OK para guardar o ficheiro exportado.

228 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportar)

Criar um ficheiro de exportação personalizado
Como criar um ficheiro de exportação personalizado
1.

Selecione Export (Exportar) > Custom Export (Exportação personalizada). É exibida a caixa dediálogo Custom Export (Exportação personalizada).

2.

Selecione o formato de exportação na lista suspensa que é exibida.

3.

Selecione as caixas de seleção para os itens a exportar.

4.

(Opcional) Clique em Customize Column (Customizar coluna) para alterar nomes de colunas.

5.

Clique em Export (Exportar). É exibida a caixa de diálogo Save As (Guardar como).

6.

Na caixa de diálogo Save As (Guardar como), especifique um nome do ficheiro e localização na qualpretende guardar o ficheiro exportado.

Guia do utilizador | 229

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

7.

Clique em OK para guardar o ficheiro exportado.

230 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportar)

Exportar para uma pasta LIMS
É possível exportar dados para um formato de ficheiro compatível com LIMS. Para obter mais
informações sobre a criação, gestão e utilização de ficheiros LIMS, consulte o Anexo C, Integração LIMS.

Como exportar dados para o formato LIMS
1.

Selecione Export (Exportar) > Export to LIMS Folder (Exportar para pasta LIMS).
É exibida a caixa de diálogo Save As (Guardar como).

2.

Na caixa de diálogo Save As (Guardar como), especifique um nome do ficheiro e localização na qualpretende guardar o ficheiro exportado.

3.

Clique em OK para guardar o ficheiro exportado.

Exportar dados formatados para Seegene
É possível exportar os dados de todas as vistas de folhas de cálculo para ficheiros Excel estruturados
especificamente para uso pela Seegene, Inc.
Dica: é igualmente possível automaticamente o Seegene Viewer quando a exportação for
concluída. Consulte Comandos do menu Tools (Ferramentas) na página 71 para obter mais
informações.

Como exportar dados num formato específico para o Seegene
1.

Selecione Export (Exportar) > Manual Export (Exportar manual).
A caixa de diálogo Browse for Folder (Procurar pasta) é exibida.

2.

Na caixa de diálogo Browse for Folder (Procurar pasta), especifique a localização da pasta onde
pretende guardar os ficheiros exportados do Excel (.xlsx) formatados para o Seegene.
As análises são exportadas para vários livros Excel, com uma folha de dados de análise por ficheiro.

3.

Clique em OK para guardar os ficheiros exportados.

Guia do utilizador | 231

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

232 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 11 Informações da análise de dados
A janela de Data Analysis (Análise de dados) do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança) inclui vários separadores para visualizar os dados. Este capítulo explica esses separadores
em pormenor.
Dica: é possível selecionar que separadores visualizar na janela Data Analysis (Análise de dados)usando o menu View (Visualizar). O layout personalizado é guardado com o ficheiro de dados.

Guia do utilizador | 233

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador Quantification (Quantificação)Use os dados no separador Quantification (Quantificação) para configurar as condições de análise dedados, incluindo as configurações de linha de base para poços individuais e as configurações de limiar. O
separador Quantification (Quantificação) exibe os dados nestas quatro vistas:nGráfico Amplification (Amplificação) — exibe as unidades de fluorescência relativas (RFU) para cadapoço em cada ciclo. Cada traçado no gráfico representa dados de um único fluoróforo em um poço.

nStandard curve (Curva padrão) — é exibido apenas se a corrida incluir poços designados comopadrão de tipo de amostra (Std). A curva padrão exibe o ciclo de limiar desenhado em relação ao log
da quantidade inicial. A legenda exibe a Reaction Efficiency (Eficiência da reação) (E) para cadafluoróforo nos poços com um tipo de amostra Standard (Padrão).

n

Well selector (Seletor de poços) — seleciona os poços com os dados de fluorescência que deseja
exibir.

nSpreadsheet (Folha de Cálculo) — exibe uma folha de cálculo dos dados recolhidos nos poçosselecionados.

Opções de fluoróforos
Para exibir os dados do fluoróforo nos gráficos e folha de cálculos do separador Quantification(Quantificação), selecione o(s) fluoróforo(s)-alvo abaixo do gráfico Amplification (Amplificação). Paraocultar os dados do fluoróforo na janela de análise de dados, desmarque a caixa de seleção.

234 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Quantification (Quantificação)Caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados)
Usando a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados), é possível ajustar os gráficos deamplificação e curva de fusão nos separadores Quantification (Quantificação) e Melt Curve (Curva defusão). Em seguida, é possível pré-visualizar as alterações no seletor de poços que aparece na caixa dediálogo Trace Styles (Estilos de traçados).

Como ajustar os Estilos de traçados
1.

Selecione um único fluoróforo no gráfico Amplification (Amplificação).

2.

Para abrir a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados), execute uma das seguintes opções:nClique em Trace Styles (Estilos de traçados) no gráfico Amplification (Amplificação).

n

Selecione Settings (Configurações) > Trace Styles (Estilos de traçados) na barra de menu Data
Analysis (Análise de dados).

nClique com o botão direito num traçado e selecione Trace Styles (Estilos de traçados).

É exibida a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados).

3.

Na caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traçados), selecione um conjunto específico de poçosno seletor de poços no painel inferior. Como alternativa, selecione poços que contenham um tipo deamostra no menu suspenso na coluna Wells (Poços).

4.

Execute uma das opções a seguir:

Guia do utilizador | 235

Capítulo 11 Informações da análise de dadosnPara selecionar uma cor para os poços selecionados, clique na caixa na coluna Color (Cor).

nPara atribuir um símbolo aos poços selecionados, selecione um símbolo na lista suspensa
Symbols (Símbolos).

nPara colorir rapidamente os poços, clique na formatação rápida apropriada (Color Quick Set):noRandom by Well (Aleatório por poço)oRandom by Replicate (Aleatório por réplica)o

Use Fluor Colors (Use cores de fluorescência)o

Use Target Colors (Use cores de alvo)o

Use Sample Colors (Use cores de amostra)

Para atribuir rótulos de poço, selecione Sample Type (Tipo de amostra), Target Name (Nome doalvo), Sample Name (Nome da amostra) ou Symbol (Símbolo).

Opção Log Scale (Escala logarítmica)
Selecione Log Scale (Escala logarítmica) abaixo do gráfico Amplification (Amplificação) para visualizar
os traçados de fluorescência numa escala semilogarítmica:

Dica: para ampliar qualquer área do gráfico, arraste o cursor ao longo da área pretendida. Para
voltar à vista completa, clique com o botão direito do rato no gráfico e selecione Set Scale to Default(Colocar na escala predefinida).

236 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Quantification (Quantificação)Gráfico Standard Curve (Curva padrão)O software cria um gráfico Standard Curve (Curva padrão) no separador Quantification (Quantificação)se os dados incluírem tipos de amostra definidos como padrão para pelo menos um fluoróforo na corrida.

O gráfico Standard Curve (Curva padrão) exibe as informações a seguir:nNome de cada curva (o fluoróforo ou alvo).

n

Cor de cada fluoróforo ou alvo.

nEficiência da reação (E). Use esta estatística para otimizar uma reação multiplexada e equalizar os
dados para uma curva padrão.
Observação: a eficiência da reação descreve quanto do seu alvo está a ser produzido em cada
ciclo do protocolo. Uma eficiência de 100% indica que está a dobrar o seu alvo em cada ciclo.

n

Coeficiente de determinação, R2 (escrito como R^2). Use esta estatística para determinar com que
rigor a linha descreve os dados (qualidade do ajuste).

n

Slope (Inclinação)ninterceto y

Guia do utilizador | 237

Capítulo 11 Informações da análise de dadosOpções de menu do gráfico Amplification (Amplificação)Além das opções comuns de menu do botão direito para gráficos (consulte Itens de menu do botão direito
do rato comuns para gráficos na página 223), a Tabela 17 lista as opções de menu disponíveis apenas no
gráfico Amplification (Amplificação).
Tabela 17. Itens de menu dos botões direito e esquerdo do rato para o gráfico Amplification(Amplificação)Opções do menuFunçãoWell XX (Poço XX), Fluor

Exibe somente esse poço, remove poço desta visualização, configura a

Target (Alvo de flúor)

cor desse traçado ou exclui esse poço da análise.

Selected Traces (Traçados

Exibe apenas esses poços, remove esses poços da visualização,selecionados)

configura a cor desses traçados ou exclui esses poços da análise.

Show Threshold Values

Exibe o valor de limiar para cada curva de amplificação no gráfico.

(Mostrar valores de limiar)Trace Styles (Estilos deAbre a janela Trace Styles (Estilos de traçados) para alterar Estilos detraçados)traçados que aparecem nos separadores Quantification (Quantificação) e
Melt Curve (Curva de fusão).

Baseline Thresholds

Abre a janela Baseline Thresholds (Limiares de linha de base) para

(Limiares de linha de base)alterar a linha de base ou os limiares de cada fluoróforo (as alterações
aparecem no gráfico Amplification (Amplificação), no separador
Quantification (Quantificação)).

Folha de cálculo do separador Quantification (Quantificação)A Tabela 18 define os dados exibidos na folha de cálculo no separador Quantification (Quantificação).
Tabela 18. Conteúdo da folha de cálculo do separador Quantification (Quantificação)Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Flúor)

Fluoróforo detetado

Target (Alvo)

Nome do alvo carregado nos poços do Plate Editor (Editor de placa)

238 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Quantification (Quantificação)Informações

Descrição

Conteúdo

Uma combinação de Sample Type (Tipo de amostra) (requerido) e
Replicate # (N.º de réplica) (opcional) carregada no Plate Editor (Editor
de placa)

Sample (Amostra)

Nome da amostra carregada nos poços do Plate Editor (Editor deplaca)

Cq

Ciclo de quantificação para cada traçado

Alterar dados em Target (Alvo), Content (Conteúdo) ou Sample (Amostra)
É possível alterar os dados nas colunas Target (Alvo), Content (Conteúdo) e Sample (Amostra) editandoo ficheiro de placa através do Plate Editor (Editor de placa), mesmo depois de ter corrido a experiência.

Como alterar os dados nas colunas Content (Conteúdo), Target (Alvo) e Sample (Amostra)u

Clique em Plate Setup (Configuração de placa) e selecione View/Edit Plate (Visualizar/Editar placa)para abrir o editor de placa.

Guia do utilizador | 239

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador Quantification Data (Dados de quantificação)O separador Quantification Data (Dados de quantificação) exibe os dados de quantificação recolhidos
em cada poço. O CFX Maestro Dx SE exibe os dados em quatro vistas diferentes de folhas de cálculo:nResults (Resultados) — exibe uma folha de cálculo dos dados. Esta é a vista predefinida.

nStandard Curve Results (Resultados da curva padrão) — exibe uma folha de cálculo dos dados dacurva padrão.

nPlate (Placa) — exibe os dados em cada poço como um mapa da placa.

n

RFU — exibe as quantidades de RFU em cada poço para cada ciclo.

Selecione cada folha de cálculo na lista suspensa abaixo do separador Quantification Data (Dados dequantificação).

Folha de Cálculo Results (Resultados)
A folha de cálculo Results (Resultados) exibe os dados de cada poço na placa.

Observação: todos os cálculos Std. Dev (Desvio padrão) aplicam-se aos grupos replicados
atribuídos nos poços na janela do Plate Editor (Editor de placa). A média de cálculos do valor Cq
para cada poço no grupo de réplicas.
A Tabela 19 define os dados que aparecem na folha de cálculo Results (Resultados).

240 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Quantification Data (Dados de quantificação)Tabela 19. Conteúdo da folha de cálculo Results (Resultados)

Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Flúor)

Fluoróforo detetado

Target (Alvo)

Nome do alvo de amplificação (gene)Conteúdo

Sample type (Tipo de amostra) e Replicate # (N.º de réplica)

Sample (Amostra)

Descrição de amostra

Biological Set Name (Nome do

Nome do conjunto biológico

conjunto biológico)
Cq

Ciclo Quantification (Quantificação)Cq Mean (Média de Cq)

Média do ciclo de quantificação para o grupo de réplica

Cq Std. Dev (Desvio Padrão Cq)

Desvio padrão do ciclo de quantificação para o grupo de réplica

Starting Quantity (Quantidade

Estimativa da quantidade inicial do alvo

inicial) (QI)
Log Starting Quantity (Log da

Log da quantidade inicial

quantidade inicial)
SQ Mean (Média QI)

Média da quantidade inicial

SQ Std. (Desvio Padrão Cq)

Desvio padrão da quantidade inicial nas réplicas

Guia do utilizador | 241

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Folha de Cálculo Standard Curve Results (Resultados de curvapadrão)A folha de cálculo Standard Curve Results (Resultados de curva padrão) exibe os parâmetros da curvapadrão calculada.

A Tabela 20 define os dados que aparecem na folha de cálculo Standard Curve Results (Resultados decurva padrão).
Tabela 20. Conteúdo da folha de cálculo Standard Curve Results (Resultados de curva padrão)Informações

Descrição

Fluor (Flúor) (ou Target (Alvo))

Fluoróforo (ou alvo) detetado

Efficiency % (% de eficiência)

Eficiência da reação

Slope (Inclinação)Inclinação da curva padrão

Y-intercept (Interceto y)

Ponto no qual a curva interceta o eixo yR^2

Coeficiente de determinação

242 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Quantification Data (Dados de quantificação)Folha de Cálculo Plate (Placa)
A folha de cálculo Plate (Placa) exibe um mapa da placa dos dados para um fluoróforo de cada vez.

Como visualizar dados de um fluoróforo específico
u

Clique no respetivo separador na parte inferior da folha de cálculo.

Guia do utilizador | 243

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Folha de cálculo RFU
A folha de cálculo de RFU exibe as leituras das unidades de fluorescência relativa (RFU) para cada poçoadquirido em cada ciclo da corrida. O número do poço aparece no topo de cada coluna e o número do
ciclo aparece à esquerda de cada linha.

244 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Melt Curve (Curva de fusão)Separador Melt Curve (Curva de fusão)Para corantes de ligação ao DNA e sondas de hibridização não cliváveis, a fluorescência é mais brilhantequando as duas cadeias de DNA se ligam. Portanto, à medida que a temperatura aumenta para atemperatura de fusão (Tm), a fluorescência diminui a uma taxa constante (inclinação constante). No Tm
há uma redução dramática na fluorescência com uma mudança percetível na inclinação. A taxa dessa
mudança é determinada pelo desenho da primeira regressão negativa de fluorescência versus
temperatura (-d(RFU)/dT). A maior taxa de alteração na fluorescência resulta em picos visíveis erepresenta o Tm dos complexos de DNA de cadeia dupla.
O CFX Maestro Dx SE desenha os dados da RFU recolhidos durante uma curva de fusão em função datemperatura. Para analisar os dados do pico de fusão, o software atribui uma temperatura inicial e final acada pico movendo a barra limiar. O piso da área do pico é especificado pela posição da barra do limiar
de fusão. Um pico válido deve ter uma altura mínima em relação à distância entre a barra limiar e a altura
do pico mais alto.
O separador Melt Curve (Curva de fusão) exibe a temperatura Tm (temperatura de fusão) dos produtos
de PCR amplificados em quatro visualizações:nMelt Curve (Curva de fusão) — exibe os dados em tempo real de cada fluoróforo como RFU portemperatura para cada poço.

nMelt Peak (Pico de fusão) — exibe a regressão negativa dos dados da RFU por temperatura paracada poço.

nWell selector (Seletor de poços) — exibe poços para mostrar ou ocultar os dados.

nPeak spreadsheet (Folha de cálculo de pico) — exibe os dados recolhidos no poço selecionado.
Observação: esta folha de cálculo exibe até dois picos para cada traçado. Para ver mais picos,
clique no separador Melt Curve Data (Dados da curva de fusão).

Guia do utilizador | 245

Capítulo 11 Informações da análise de dados

A Tabela 21 define os dados mostrados na folha de cálculo Melt Curve (Curva de fusão).
Tabela 21. Conteúdo da folha de cálculo Melt Curve (Curva de fusão)Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Flúor)

Fluoróforo detetado

Conteúdo

Uma combinação de Sample Type (Tipo de amostra) e Replicate number (Nº deréplica)

Sample (Amostra)

Nome da amostra carregada no Plate Editor (Editor de placa)

Melt Temp

A temperatura do pico de fusão para cada poço

(Temperatura deObservação: somente os dois picos mais altos aparecem nesta folha defusão)

cálculo.

246 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Melt Curve (Curva de fusão)Ajustar os Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)Como ajustar os Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)u

Execute uma das opções a seguir:nClique e arraste as barras de limiar no gráfico Melt Peak (Pico de fusão) para incluir ou excluir
picos na análise de dados.

n

Selecione Positive (Positivo) no menu suspenso Peaks (Picos) para mostrar os dados da folhade cálculo para os picos acima da linha Melt Threshold (Limiar de fusão) ou selecione Negative(Negativo) para visualizar os dados da folha de cálculo para os picos abaixo da linha MeltThreshold (Limiar de fusão).

n

Abra a janela Trace Styles (Estilos de traçados) para alterar a cor dos traçados nos gráficos Melt
Curve (Curva de fusão) e Melt Peak (Pico de fusão).

n

Selecione um número no seletor Step Number (Número da etapa) para visualizar os dados daMelt Curve (Curva de fusão) noutra etapa do protocolo. A lista mostra mais de uma etapa se oprotocolo incluir leituras de placa em mais de uma etapa de curva de fusão.

n

Selecione poços no seletor de poços para se concentrar nos subconjuntos dos dados.

n

Selecione um grupo de poços para visualizar e analisar um subconjunto dos poços na placa.
Selecione cada grupo de poços por nome no menu suspenso Well Group (Grupo de poços) na
barra de ferramentas.

Guia do utilizador | 247

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)O separador Melt Curve Data (Dados de curva de fusão) exibe os dados do separador Melt Curve (Curva
de fusão) em várias folhas de cálculo que incluem todos os picos de fusão para cada traçado. O
CFX Maestro Dx SE oferece quatro opções de folha de cálculo para visualizar os dados da curva defusão:nMelt Peaks (Picos de fusão) — exibe todos os dados, inclusive todos os picos de fusão, para cadatraçado. Esta é a vista predefinida.

n

Plate (Placa) — exibe uma visualização dos dados e do conteúdo de cada poço na placa.

n

RFU — exibe as quantidades de RFU em cada temperatura para cada poço.

n-d(RFU)/dT — exibe a taxa de mudança negativa na RFU à medida que a temperatura (T) muda.
Este é um gráfico de primeira regressão de cada poço na placa.

Selecione cada folha de cálculo na lista suspensa que aparece abaixo do separador Melt Curve Data
(Dados da curva de fusão).

Folha de cálculo Melt Peaks (Picos de fusão)A folha de cálculo Melt Peaks (Picos de fusão) exibe todos os dados de curva de fusão.

A Tabela 22 na página 249 define os dados que aparecem na folha de cálculo Melt Peaks (Picos defusão).

248 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)Tabela 22. Conteúdo da folha de cálculo Melt Peaks (Picos de fusão)Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Flúor)

Fluoróforo detetado

Conteúdo

Sample Type (Tipo de amostra) listada na janela Plate Editor (Editor
de placa)

Target (Alvo)

Amplification target (Alvo de amplificação) (gene)

Sample (Amostra)

Sample Name (Nome da amostra) listada na janela Plate Editor(Editor de placa)

Melt Temperature (Temperatura

A temperatura de fusão de cada produto, listada como um pico (maisde fusão)alto) por linha na folha de cálculo

Peak Height (Altura do pico)

Altura do pico

Begin Temperature (Temperatura

Temperatura no início do picode início)End Temperature (Temperatura

Temperatura no final do pico

final)

Folha de Cálculo Plate (Placa)
A folha de cálculo Plate (Placa) exibe os dados da curva de fusão num formato de placa.

Observação: para ajustar o pico que o software chama, ajuste a linha de limiar no gráfico Melt Peak
(Pico de fusão) no separador Melt Curve (Curva de fusão).
A Tabela 23 na página 250 define os dados que aparecem na folha de cálculo Plate (Placa).

Guia do utilizador | 249

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Tabela 23. Conteúdo da folha de cálculo Plate (Placa)

Informações

Descrição

Conteúdo

Combinação de Sample Type (Tipo de amostra) (obrigatório) e Replicate # (N.º deréplica) (opcional)

Sample (Amostra)

Descrição de amostra

Peak 1 (Pico 1)

Primeiro pico de fusão (mais alto)

Peak 2 (Pico 2)

Segundo pico de fusão (mais baixo)

Folha de cálculo RFU
A folha de cálculo de RFU exibe a fluorescência para cada poço em cada ciclo adquirido durante a curva
de fusão.

A Tabela 24 define os dados exibidos na folha de cálculo RFU.
Tabela 24. Conteúdo da folha de cálculo RFU

Informações

Descrição

Well number (Número do poço) (A1, A2,

Posição do poço na placa para os poços

A3, A4, A5)

carregados

Temperature (Temperatura)

Temperatura de fusão do alvo amplificado,
desenhado como um poço por linha e múltiplos
poços para múltiplos produtos no mesmo poço

250 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)Folha de cálculo -d(RFU)/dT
A folha de cálculo -d(RFU)/dT exibe a taxa de mudança negativa na RFU à medida que a temperatura (T)muda.

A Tabela 25 define os dados que aparecem na folha de cálculo -d(RFU)/dT.
Tabela 25. Conteúdo da folha de cálculo -d(RFU)/dT

Informações

Descrição

Well number (Número do poço) (A1, A2,

Posição do poço na placa para os poços carregados

A3, A4, A5)
Temperature (Temperatura) -d(RFU)/dT

Taxa de variação negativa no RFU como alterações detemperatura (T)Guia do utilizador | 251

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador End Point (Ponto final)
Abra o separador End Point (Ponto final) para analisar as unidades de fluorescência relativa (RFUs)
finais para os poços de amostra. O software compara os níveis de RFU para poços com amostras
desconhecidas para os níveis de RFU para poços com controlos negativos e “chama” o desconhecido
positivo ou negativo. As amostras positivas têm um valor de RFU maior que o valor médio de RFU dos
controlos negativos mais o valor de corte.

Para analisar os dados do ponto final, a placa deve conter controlos negativos ou o software não podefazer a chamada.
nCorrer um protocolo Quantification (Quantificação) — configurar um protocolo predefinido. Após aconclusão da corrida, abra a janela Data Analysis (Análise de dados), ajuste as configurações deanálise de dados no separador Quantification (Quantificação) e, em seguida, clique no separador
End Point (Ponto final) para selecionar um ciclo de ponto final.

n

Executar um protocolo End Point Only (Apenas ponto final) — carregue o protocolo End Point Only
(Apenas ponto final) no separador Plate (Placa) da janela Run Setup (Configuração da corrida),
selecione ou crie uma placa e inicie a corrida

252 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador End Point (Ponto final)

O separador End Point (Ponto final) exibe os valores de RFU para determinar se o alvo foi amplificado
pelo último (final) ciclo. Use esses dados para determinar se uma sequência de alvos específica estápresente (positiva) numa amostra. Os alvos positivos têm valores de RFU mais altos do que o nível decorte que define.
Dica: para criar um protocolo de ponto final, abra o separador Protocol (Protocolo) na janela Run
Setup (Configuração da corrida) e selecione Run (Corrida) > End Point Only Run (Apenas corrida deponto final).
Quando a corrida for concluída, o ficheiro de dados é aberto no separador End Point (Ponto final), que
compreende as seguintes seções:n

Settings (Configurações) — ajusta as configurações de análise de dados.

nResults (Resultados)— exibe os resultados imediatamente depois de ajustar as configurações.

n

Well selector (Seletor de poços) — selecione os poços com os dados de ponto final que deseja
exibir.

n

RFU spreadsheet (Folha de cálculo RFU) — exibe a RFU final recolhida nos poços selecionados.

Dados de Results (Resultados)
A seção Results (Resultados) exibe os seguintes dados:nLowest RFU value (Valor de RFU mais baixo) — valor de RFU mais baixo nos dadosnHighest RFU value (Valor de RFU mais alto) — valor de RFU mais alto nos dadosn

Negative Control Average (Média do controlo negativo) — RFU média para os poços que contêm
controlos negativosn

Cut Off Value (Valor de corte) — calculado ao adicionar a tolerância (RFU ou percentagem dointervalo listada em Settings (Configurações)) e a média dos controlos negativos. Amostras com
RFU maiores do que o valor de corte são designadas "Positivas". Como ajustar o valor de corte,altere a RFU ou a percentagem de intervalo

O Cut Off Value (Valor de corte) é calculado usando esta fórmula:
Cut Off Value (Valor de corte) = Negative Control Average (Média do controlo negativo) +Tolerance (Tolerância)
Selecione uma tolerância por um destes métodos:n

RFU (predefinição) — selecione este método para usar um valor absoluto de RFU para a tolerância.
O valor mínimo de tolerância de RFU é 2. O máximo é o valor absoluto do mais alto valor de RFU
menos o valor absoluto do mais baixo valor de RFU. O valor predefinido de tolerância de RFU é 10%
do intervalo total de RFU.

Guia do utilizador | 253

Capítulo 11 Informações da análise de dadosnPercentagem do intervalo — selecione este método para usar uma percentagem do intervalo RFU
para a tolerância. A percentagem mínima do intervalo é 1%. A percentagem máxima do intervalo é99%. A percentagem predefinida do intervalo é 10%.

254 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador End Point (Ponto final)

Ajustar a análise de dados de ponto final
Como ajustar os dados no separador End Point (Ponto final)u

Execute uma das opções a seguir:nSelecione um fluoróforo na lista suspensa.

nSelecione um End Cycle (Ciclo final) para o valor de Average (Média) para definir o número de
ciclos com os quais calcular a média da RFU do ponto final.

nSelecione RFU para visualizar os dados nas unidades de fluorescência relativas.

nSelecione Percentage of Range (Percentagem do intervalo) para visualizar os dados como uma
percentagem do intervalo RFU.

n

Selecione poços no seletor de poços para se concentrar nos subconjuntos dos dados.

n

Selecione um grupo de poços para visualizar e analisar um subconjunto dos poços na placa.
Selecione cada grupo de poços por nome no menu suspenso Well Group (Grupo de poços) na
barra de ferramentas.

Folha de cálculo RFU para End Point Analysis (Análise de ponto
final)A Tabela 26 define os dados que aparecem na folha de cálculo RFU no separador End Point (Ponto final)
Tabela 26. Conteúdo da folha de cálculo End Point (Ponto final) de RFU

Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Flúor)

Fluoróforo detetado

Conteúdo

Combinação de Sample Type (Tipo de amostra) e Replicate # (N.º deréplica)

End RFU (RFU final)

RFU no ciclo final

Call (Chamada)Positive (Positivo) ou Negative (Negativo), onde as amostras positivas têm
um valor de RFU maior que a RFU média dos controlos negativos mais o Cut
Off Value (Valor de corte)

Sample (Amostra)

Nome da amostra carregada no Plate Editor (Editor de placa)

Guia do utilizador | 255

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador Allelic Discrimination (Discriminação alélica)
O separador Allelic Discrimination (Discriminação alélica) designa genótipos para poços com amostras
desconhecidas. Use esses dados para identificar amostras com diferentes genótipos, incluindo o Alelo 1,
Alelo 2, Heterozygote (Heterozigoto), No Call (Sem chamada (sem amplificação)) ou Undetermined (Nãodeterminado).
Observação: Os dados para discriminação alélica devem ser provenientes de execuções multiplex
com ao menos dois fluoróforos. Cada fluoróforo identifica um alelo em todas as amostras.

A análise de discriminação alélica exige o conteúdo de poço mínimo a seguir:n

Dois fluoróforos em cada poçon

Amostras NTC (sem controlo de modelo) para análise de dados otimizada.

O CFX Maestro Dx SE oferece quatro opções para a visualização dos dados de discriminação alélica:n

Allelic Discrimination chart (Gráfico de Discriminação alélica) — exibe os dados num gráfico de RFU
para Alelo 1/Alelo 2. Cada ponto no gráfico representa dados de ambos fluoróforos num poço. É
possível alternar entre coordenadas cartesianas e polares selecionando e desmarcando a caixa deseleção Polar Coordinates (Coordenadas polares). Cartesian Coordinates (Coordenadascartesianas) representam RFU para Alelo 1 no eixo X e RFU para Alelo 2 no eixo Y. Polar

256 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

Coordinates (Coordenadas polares) representam o ângulo no eixo X e a distância entre a origem e a
RFU no eixo Y (mediana de todos os NTC).
n

Well spreadsheet (Folha de cálculo de poço) — exibe os dados de discriminação alélica recolhidos
em cada poço da placa.

nWell seletor (Seletor de poços) — selecione os poços com os dados alélicos que deseja exibir.

nPainel Selected Fluorophores (Fluoróforos selecionados) — altera os rótulos dos eixos X e Y no
gráfico Allelic Discrimination (Discriminação alélica), o ciclo para análise e se deseja exibir o mapade chamadas.

Ajustar os dados de discriminação alélica
O software atribui automaticamente um genótipo aos poços com amostras desconhecidas com base nas
posições dos NTC e o ângulo e distância dos pontos de dados desconhecidos dos NTC.

Como ajustar os dados de discriminação alélica
u

Execute uma das opções a seguir:nPara visualizar coordenadas polares, selecione a caixa de seleção no gráfico de Allelic
Discrimination (Discriminação alélica).

nPara visualizar outro fluoróforo, selecione-o na lista suspensa no painel Selected Fluorophores(Fluoróforos selecionados).

nPara alterar uma chamada, arraste o rato pelos pontos de dados no gráfico Allelic Discrimination(Discriminação alélica) e selecione uma opção na lista Selected Wells (Poços selecionados):oAllele 1 (Alelo 1)oAllele 2 (Alelo 2)oHeterozygote (Heterozigoto)oUndetermined (Não determinado)o

No Call (Sem chamada)oAuto Call (Chamada automática)

Dica: selecione Auto Call (Chamada automática) para reverter para a chamadapredefinida.

Guia do utilizador | 257

Capítulo 11 Informações da análise de dadosOpções do menu Chart (Gráfico)Além das opções comuns de menu do botão direito para gráficos (consulte Itens de menu do botão direito
do rato comuns para gráficos na página 223), a Tabela 27 lista as opções de menu disponíveis no gráfico
Allelic Discrimination (Discriminação alélica).
Tabela 27. Opções de menu com clique nos botões direito e esquerdo do rato para o gráfico
Allelic Discrimination (Discriminação alélica)Opções do menuFunçãoZoom

Focaliza a visualização do gráfico na área selecionada (clicando earrastando o cursor no gráfico).
Dica: para restaurar o zoom para mostrar todos os pontos dedados, clique com o botão direito do rato e selecione Set Scale
to Default (Colocar na escala predefinida).

Well (Poço)

Para o poço selecionado, as opções são: display only this well
(exibir apenas este poço), remove this well from view (remover estepoço da vista), set color for this trace (definir a cor para este traçado)ou exclude the well from analysis (excluir este poço da análise).

Selected Wells (Poços

Para os poços selecionados (selecionados clicando e arrastando oselecionados)

cursor no gráfico), as opções são: display only these wells (exibir
somente esses poços), remove these wells from view (removerestes poços da vista), set color for these traces (definir a cor paraestes traçados) ou exclude these wells from analysis (excluir estes
poços da análise).

Folha de cálculo Allelic Discrimination (Discriminação alélica)
A Tabela 28 define os dados que aparecem na folha de cálculo Allelic Discrimination (Discriminação
alélica).
Tabela 28. Conteúdo da folha de cálculo de Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Sample (Amostra)

Sample name description (Descrição do nome da amostra)

258 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

Tabela 28. Conteúdo da folha de cálculo de Allelic Discrimination (Discriminação alélica), continuação

Informações

Descrição

Call (Chamada)

Identidade do alelo, nomeadamente Allele 1 (Alelo 1), Allele 2 (Alelo2), Heterozygote (Heterozigoto), No Call (Sem chamada) ou
Undetermined (Não determinado) automáticos

Tipo

Auto (Automático) ou Manual, descreve como a chamada foi feita.
Automático indica que o software selecionou a chamada. Manual
indica que o utilizador selecionou a chamada.

RFU1

RFU para Allele1 (Alelo 1)

RFU2

RFU para Allele2 (Alelo 2)

Guia do utilizador | 259

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador Custom Data View (Vista de dados personalizada)
O separador Custom Data View (Vista de dados personalizada) exibe vários painéis simultaneamente
num formato personalizável.
A lista suspensa Load a Preset View (Carregar uma vista predefinida) oferece uma seleção de modelosde formato de exibição. A vista predefinida exibida depende do ficheiro que está a ser analisado. Por
exemplo, se houver dados de Melt Curve (Curva de fusão), será exibida a vista predefinida Amp+Melt(Amp + fusão).

260 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador Custom Data View (Vista de dados personalizada)

Criar uma vista de dados personalizada
Como criar uma vista de dados personalizadauExecute uma das opções a seguir:nSelecione uma vista predefinida alternativa na lista suspensa.

nSelecione outra vista de gráfico na lista suspensa localizada no cimo de cada painel individual.

n

Altere o número de linhas e colunas na tabela.

n

Altere as dimensões do painel individual. Arraste as barras para a periferia de cada painel.

Clique em Save as Preset (Guardar como predefinição) para guardar a personalização como um modelo
predefinido. Clique em Manage Presets (Gerir predefinições) para eliminar, mudar o nome, ou restaurar
visualizações predefinidas existentes.

Guia do utilizador | 261

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador QC (CQ)
Use o separador CQ para avaliar rapidamente a qualidade dos dados de corrida com base nas regras
definidas no separador CQ na janela User Preferences (Preferências do utilizador).
O CFX Maestro Dx SE oferece quatro opções para visualizar os dados de CQ:nGráfico Amplification (Amplificação) — exibe a RFU para cada poço, em cada ciclo. Cada traçado
no gráfico representa dados de um único fluoróforo em um poço.

nTabela de regras de CQ — exibe as regras de CQ disponíveis e as configurações que definem
cada regra. As regras de CQ aplicadas são indicadas por uma marca de seleção.

n

Well selector (Seletor de poços) — seleciona os poços com os dados de fluorescência que deseja
exibir.

nPainel de resumo de regras de CQ — exibe a regra de CQ selecionada e destaca os poços que
falham na regra.

262 | Software CFX Maestro Dx SE

Separador QC (CQ)

Alterar os critérios de CQ
Como alterar os critérios de CQuSelecione ou desmarque a caixa de seleção Use (Utilizar) para que a regra seja incluída ou excluída
do CQ.

Excluir poços reprovados no CQO CFX Maestro Dx SE exibe os poços que reprovam nos critérios de CQ na coluna Results (Resultados)da tabela de regras de CQ e no painel de resumo.

Como excluir os poços que reprovaram nos critérios de CQuSelecione Exclude Wells (Excluir poços) para cada poço a ser excluído.

Guia do utilizador | 263

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Separador Run Information (Informações de corrida)
O separador Run Information (Informações de corrida) exibe o protocolo e outras informações sobrecada corrida. Use este separador para executar uma das opções a seguir:nVisualizar o protocolo.

n

Inserir ou editar observações sobre a corrida.

nInserir ou editar o ID ou código de barras para a corrida.

nVisualizar eventos que possam ter ocorrido durante a corrida. Usar essas mensagens para ajudar aresolver o problema de uma corrida.

Dica: clicar com o botão direito do rato em Protocol (Protocolo) para copiar, exportar ou imprimi-lo.
Clique com o botão direito do rato nos painéis Notes (Observações), ID/Bar Code (ID/Código debarras) ou Other (Outro) para anular, cortar, copiar, colar, eliminar ou selecionar o texto.

264 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de Data Analysis (Análise de dados)

Relatórios de Data Analysis (Análise de dados)
A caixa de diálogo Report (Relatório) exibe informações sobre o ficheiro de dados atual na janela Data
Analysis (Análise de dados). Para abrir um relatório, selecione Tools (Ferramentas) > Reports(Relatórios) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo Report (Relatório) contém as seguintes seções:nMenu e barra de ferramentas — fornece opções para formatar, guardar e imprimir o relatório ou
modelo.

n

Options list (Lista de opções) (lado superior esquerdo da caixa de diálogo) — fornece opções para
exibir no relatório.

n

Options pane (Painel de opções) (lado inferior esquerdo da caixa de diálogo) — exibe caixas detexto nas quais é possível inserir informações sobre uma opção selecionada.

nPreview pane (Painel de visualização) (lado direito da caixa de diálogo) — exibe uma visualização
do relatório atual.

Guia do utilizador | 265

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Categorias de Data Analysis Report (Relatório de análise dedados)A Tabela 29 lista todas as opções disponíveis para um relatório de análise de dados, dependendo do tipo
de dados na janela Data Analysis (Análise de dados).
Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções

CategoriaOpçãoDescrição

Header (Cabeçalho)
Título, subtítulo e logotipo do relatório
Report Information (Informações

Run date (Data da corrida), user namedo relatório)(nome do utilizador), data file name(nome do ficheiro de dados), data file
path (caminho do ficheiro de dados) e
selected well group (grupo de poçosselecionados)

Audit Information (Informações

Informações suplementares requeridas

sobre auditoria)

para auditoria, incluindo assinaturas

Notes (Observações)Observações sobre o relatório de dados

Run Setup (Configuração da corrida)
Run Information (Informações da

Run date (Data da corrida), user namecorrida)(nome do utilizador), data file name(nome do ficheiro de dados), data file
path (caminho do ficheiro de dados) e
selected well group (grupo de poçosselecionados)

Protocol (Protocolo)

Vista do texto das etapas e opções do
protocolo

Plate Display (Exibição de placa)

Vista da placa da informação em cadapoço da placa

Quantification (Quantificação)266 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de Data Analysis (Análise de dados)

Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Analysis Settings

Data collection step number (Número de(Configurações de análise)

etapa de recolha de dados), analysis
mode (modo de análise) e baseline
subtraction method (método desubtração de linha de base)

Amplification Chart (Gráfico de

Gráfico Amplification (Amplificação) para

amplificação)corridas que incluem dados dequantificação

Gráfico Standard Curve (Curva

Gráfico Standard Curve (Curva padrão)padrão)Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cadapoço

Gene Espression (Expressão génica) — Bar chart (Gráfico de barras)
Analysis Settings

Analysis mode (Modo de análise), chart(Configurações de análise)data (dados de gráfico), scaling option(opção de escala) e chart error (erro de
gráfico)Chart (Gráfico)Cópia do gráfico de barras

Target Names (Nomes de alvos)

Gráfico de nomes de alvos

Sample Names (Nomes deGráfico de nomes de amostras

amostras)
Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cadapoço

Target Stability (Estabilidade

Gráfico dos valores de estabilidade alvo

alvo)
Box-and-Whisker Chart

Box-and-Whisker Chart (Diagrama de(Diagrama de caixa)

caixa)Dot Plot Chart (Gráfico de

Dot Plot Chart (Gráfico de pontos)

pontos)Guia do utilizador | 267

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Gene Expression (Expressão génica) — Clustergram e Scatter Plot (Gráfico de dispersão)Analysis Settings

Configurações para cada tipo de gráfico

(Configurações de análise)
Chart (Gráfico)Cópia do gráfico

Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cadaalvo

Gene Expression (Expressão génica) — ANOVA Data (Dados ANOVA)ANOVA Settings (Configurações

P-value Threshold (Limiar de valor P)

ANOVA)

usado na análiseANOVA Results (Resultados

Tabela de resultados de ANOVA e

ANOVA)

análise Tukey's HSD post-hoc (post-hoc
de HSD de Tukey)

Melt Curve (Curva de fusão)Analysis Settings

Número da etapa de fusão e(Configurações de análise)

configuração da barra limiar

Melt Curve Chart (Gráfico deMelt Curve Chart (Gráfico de Curva deCurva de Fusão)Fusão)

Melt Peak Chart (Gráfico de Pico

Melt Peak Chart (Gráfico de Pico dede fusão)fusão)

Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cadapoço

Allelic Discrimination (Discriminação alélica)
Analysis Settings

Exibe os fluoróforos, o ciclo e a vista de(Configurações de análise)mapa de chamadas

Allelic Discrimination Chart

Cópia do gráfico de discriminação alélica

(Gráfico de discriminação
alélica)

268 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de Data Analysis (Análise de dados)

Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cadapoço

End Point (Ponto final)
Analysis Settings

Fluorophore (Fluoróforo), end cycles to(Configurações de análise)

average (ciclos finais para média), mode
(modo), lowest RFU value (valor RFU
mais baixo), highest RFU value (valor
RFU mais alto) e cut off value (valor decorte)

Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cadapoço

QC Parameters(Parâmetros de CQ)
Data (Dados)

Folha de cálculo com os parâmetros paracada regra de CQ

Guia do utilizador | 269

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Criar um Data Analysis Report (Relatório de análise de dados)
É possível guardar o layout do relatório como um modelo, que pode ser usado novamente para relatórios
similares.

Como criar um relatório de análise de dados
1.

Faça ajustes finais ao conteúdo do poço, poços selecionados, gráficos e folha de cálculos na janela
Data Analysis (Análise de dados) antes de criar o relatório.

2.

Selecione Tools (Ferramentas) > Reports (Relatórios) na barra de menu Data Analysis (Análise dedados) para abrir a caixa de diálogo Report (Relatório).

3.

Escolha as opções que deseja incluir no relatório. O relatório é aberto com as opções predefinidas
selecionadas. Selecione ou desmarque as caixas de seleção para alterar categorias inteiras ouopções individuais dentro de uma categoria.
A Tabela 29 na página 266 lista as opções disponíveis para exibição.
Observação: os dados que aparecem no relatório dependem das seleções atuais nos
separadores da janela Data Analysis (Análise de dados). Por exemplo, uma corrida dequantificação pode não conter uma curva padrão e, portanto, esses dados não aparecem na
janela Data Analysis (Análise de dados) ou no relatório de dados.

4.

Altere a ordem das categorias e itens num relatório. Arraste as opções para a posição relativa. Os
itens podem ser reordenados apenas dentro das categorias às quais pertencem.

5.

(Opcional) No painel Report Options (Opções do relatório), insira informações relevantes para aopção selecionada:nEscolha um subconjunto de informações para visualizar no relatório.

n

Selecione as configurações específicas para a opção selecionada.

nAltere o texto a ser exibido para a opção selecionada.

6.

Clique em Update Report (Atualizar relatório) para atualizar a Report Preview (Pré-visualização derelatório) com quaisquer alterações.

7.

Imprima ou guarde o relatório:a.

Clique no botão Print Report (Imprimir relatório) na barra de ferramentas para imprimir orelatório atual.

b.

Selecione File (Ficheiro) > Save (Guardar) para guardar o relatório no formato de ficheiro PDF(ficheiro Adobe Acrobat Reader) , MHT (documento da Microsoft) ou MHTML (documento da
Microsoft).

c.

Selecione uma localização para guardar o ficheiro.

270 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de Data Analysis (Análise de dados)d.

8.

Selecione File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) para guardar o relatório com um novo nomeou numa nova localização.

(Opcional) Criar um modelo de relatório com as informações desejadas. Para guardar as
configurações atuais do relatório num modelo, selecione Template (Modelo) > Save (Guardar) ou
Save As (Guardar como). Em seguida, carregue o modelo de relatório na próxima vez que pretendercriar um relatório.

Guia do utilizador | 271

Capítulo 11 Informações da análise de dados

Criar Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços)
Como criar um relatório de grupo de poços
1.

Selecione Tools (Ferramentas) > Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços) na janela Data
Analysis (Análise de dados).

2.

Na caixa de diálogo Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços), selecione os Well Groups(Grupos de poços), Amplification Steps (Etapas de amplificação) e as Melt Steps (Etapas de fusão) a
incluir no relatório.

3.

Digite o caminho ou navegue até à pasta de destino em que pretende guardar o relatório.

4.

(Opcional) Selecione Choose a Report Template (Selecionar um modelo de relatório) e navegue atéà pasta de ficheiro de modelo.

5.

(Opcional) Selecione Open Destination Folder (Abrir pasta de destino) para abrir a pasta e exibir os
relatórios depois que eles forem gerados.

6.

Clique em Create Reports (Criar relatórios).

272 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 12 Análise de expressão génica
Utilizando controlos altamente qualificados nas reações, é possível usar o CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança) para executar uma corrida de expressão génica para normalizar
as diferenças relativas numa concentração alvo entre as amostras. Tipicamente, os níveis de expressão
para um ou mais genes de referência são usados para normalizar os níveis de expressão de um gene deinteresse. Os genes de referência levam em consideração as diferenças de carga ou outras variações
representadas em cada amostra e os seus níveis de expressão não devem ser afetados no sistema
biológico em estudo.
Selecione o separador Gene Expression (Expressão génica) na janela Data Analysis (Análise de dados)para avaliar as diferenças relativas entre as reações PCR em dois ou mais poços. Por exemplo, épossível avaliar os números relativos de genomas virais ou os números relativos de sequências
transfetadas numa reação de PCR. A aplicação mais comum para o estudo da expressão génica é acomparação da concentração de cDNA em mais de uma reação para estimar os níveis de RNA
mensageiro em estado estacionário.
O software calcula o nível de expressão relativa de um alvo num destes cenários:nNível de expressão relativa de uma sequência alvo (Alvo 1) em relação a outro alvo (Alvo 2); por
exemplo, a quantidade de um gene em relação a outro gene sob o mesmo tratamento de amostra.

nNível de expressão relativa de uma sequência alvo numa amostra em comparação com o mesmo
alvo sob outro tratamento de amostra; por exemplo, a quantidade relativa de um gene em relação aele mesmo em diferentes condições temporais, geográficas ou de desenvolvimento.

Configuração de placa para a análise de expressão génica
Para realizar a análise de expressão génica, o conteúdo dos poços deve incluir os seguintes:
nDois ou mais alvos — os dois alvos que representam diferentes genes amplificados ou sequências
nas amostras.

n

Um ou mais alvos de referência — pelo menos um alvo deve ser um alvo de referência para a
expressão normalizada. Atribua todos os alvos de referência na janela Experiment Settings(Configurações de experiências) para analisar os dados no modo de expressão normalizada(ΔΔCq). Corridas que não contenham uma referência devem ser analisadas usando o modo deexpressão relativa (ΔCq).

Guia do utilizador | 273

Capítulo 12 Análise de expressão génica

nAmostras comuns — as reações devem incluir amostras comuns (pelo menos duas) para visualizar
os dados desenhados no separador Gene Expression (Expressão génica). Essas amostras devem
representar tratamentos ou condições diferentes para cada uma das sequências de alvo. Atribua
uma amostra de controlo (opcional) na janela Experiment Settings (Configurações de experiências).
Se não for selecionado nenhum controlo, o software usará o Cq mais baixo como o controlo.

Os requisitos para a configuração da expressão génica no Plate Editor (Editor de placa) dependem doconteúdo da reação ser singleplex PCR, com um fluoróforo nas reações, ou multiplex PCR, com mais deum fluoróforo nas reações.

Configuração de placa orientada
Se a configuração de placa de um ficheiro de dados de não contiver as informações requeridas para aanálise e o separador Gene Expression (Expressão génica) estiver selecionado, o espaço normalmente
ocupado pelo gráfico de barras conterá instruções para inserir estas informações. Para a expressão
génica normalizada, execute as seguintes etapas:
1.

Defina os nomes de alvo e amostra utilizando um dos seguintes:
n

Plate Setup (Configuração de placa) — abre a janela Plate Editor (Editor de placa).

nReplace Plate File (Substituir ficheiro de placa) —abre o explorador Select Plate (Selecionar
placa), no qual é possível navegar para um ficheiro de placa anteriormente guardado para
substituir o layout atual da placa.

n

Replace PrimePCR file (Substituir ficheiro PrimePCR) — abre a caixa de diálogo SelectPrimePCR file (Selecionar ficheiro PrimePCR), na qual é possível navegar para um ficheiro
executável PrimePCR e aplicá-lo no layout da placa.

2.

Selecione um ou mais alvos de referência e uma amostra de controlo usando a caixa de diálogo
Experiment Settings (Configurações de experiências).
Se o layout da placa já contiver informações de alvo e amostra, somente a segunda etapa serárequerida e estará destacada em laranja. Esta etapa deve ser concluída antes que a análise da
expressão génica normalizada possa ocorrer.
Observação: os dados para gráfico de dispersão e clustergram são exibidos somente se todos
os requisitos para a expressão génica normalizada listados em Plate Setup for Gene Expression
Analysis (Configuração de placa para análise de expressão génica) forem cumpridos.

274 | Software CFX Maestro Dx SE

Gene Expression Charts (Gráficos de expressão génica)

Gene Expression Charts (Gráficos de expressão génica)
O CFX Maestro Dx SE exibe os dados de expressão génica em várias vistas. A Tabela 30 lista as opções
de gráfico disponíveis no software.
Tabela 30. Opções do gráfico de expressão génica

Botão

Nome

FunçãoGraphing (Gráfico)Exibe dados de expressão génica normalizada
numa das vistas a seguir:n Bar chart (Gráfico de barras) (predefinido)
n Box and whisker chart (Diagrama de caixa)
n Dot plot chart (Gráfico de pontos)

Clustergram

Exibe os dados de expressão normalizada
numa hierarquia com base no grau desimilaridade de expressão para diferentes alvos
e amostras.

Scatter Plot (Gráfico deExibe a expressão normalizada de alvos paradispersão)um controlo versus uma amostra experimental.

ANOVA

Exibe os resultados da ANOVA unidirecionalnos dados da expressão génica usando os
seguintes pacotes R para executar a ANOVA edeterminar os resultados de Tukey:
n Companion to Applied Regression (Guia paraa regressão aplicada) (car)n Least-square means (Médias de mínimo
quadrado) (lsmeans)

Reference Gene Selection Tool

(Disponível no separador Study Analysis(Ferramenta de seleção do gene

(Análise do estudo) na janela Gene Studyde referência)(Estudo de genes)). Identifica os genes dereferência testados e classifica-os como Ideal,
Acceptable (Aceitável) ou Unstable (Instável)com base na sua estabilidade.

PrimePCR Controls Analysis(Disponível no separador Study Analysis(Análise de controlos PrimePCR)(Análise do estudo) na janela Gene Study(Estudo de genes)) Exibe os resultados das
amostras testadas.

Guia do utilizador | 275

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Graphing (Gráfico)

A expressão relativa dos alvos é apresentada nestas duas vistas:n

Gene Expression chart (Gráfico de expressão génica) — exibe os dados em tempo real do PCR
como um dos seguintes:o

ΔΔCq — expressão normalizada relativa calculada usando amostras de controlo e alvos de referência.

o

ΔCq — quantidade relativa do gene alvo numa amostra relativa a uma amostra de controlo.

Consulte Alterar e anotar a Chart View (Vista de Gráfico) na página 278 para obter mais informações
sobre como visualizar gráficos.
nSpreadsheet (Folha de cálculo) — exibe uma folha de cálculo dos dados de expressão génica.
Dica: clique com o botão direito em qualquer gráfico ou folha de cálculo para ver as opções.
Selecione View/Edit Plate (Visualizar/editar placa) no menu suspenso Plate Setup(Configuração de placa) para abrir o Plate Editor (Editor de placa) e alterar o conteúdo do poçona placa.
Dica: selecione Sort (Ordenar) no menu ao clicar com o botão direito para reorganizar a ordem
de nomes de Target (Alvo) e Sample (Amostra) no gráfico.

276 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)Expressão génica normalizada
Para normalizar os dados, use o nível de expressão medido de um ou mais genes de referência como um
fator de normalização. Os genes de referência são alvos que não são regulados no sistema biológico em
estudo, como a actina, a GAPDH ou a tubulina.

Como configurar a análise de expressão génica normalizada (ΔΔCq)
1.

Abra um ficheiro de dados (extensão .pcrd).

2.

Reveja os dados no separador Quantification (Quantificação) na janela Data Analysis (Análise dedados). Ajuste os dados, como, por exemplo, alterando o limiar e o modo de análise.

3.

Selecione o separador Gene Expression (Expressão génica).

4.

No separador Gene Expression (Expressão génica), clique em Experiment Settings (Configurações
de experiências).

5.

Na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências), faça o seguinte:

6.

a.

Selecione o separador Samples (Amostras) e selecione um controlo. Quando for atribuído o controlo,o CFX Maestro Dx SE normaliza as quantidades relativas de todos os genes para a quantidade decontrolo, que é definida como 1.

b.

Selecione o separador Target (Alvo) e selecione os genes de referência. A análise de expressão
génica exige uma referência entre os alvos das suas amostras.

Selecione Normalized Expression (Expressão normalizada) (ΔΔCq), se ainda não estiver
selecionado e, em seguida, exibir os níveis de expressão no separador Gene Expression(Expressão génica).
Observação: também é possível usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) para
configurar o layout da placa para análise de expressão génica normalizada.

Relative Quantity (Quantidade relativa)
Por definição, os dados de quantidade relativa (ΔCq) não estão normalizados. Este método é usado paraquantificar amostras que não incluem genes de referência (alvos). Normalmente, os investigadoresconfiam numa das seguintes premissas quando configuram uma corrida:nCada amostra contém a mesma quantidade de RNA ou cDNA em cada poço.

nQualquer variação na quantidade de amostra biológica carregada será normalizada após a corrida por
algum método na análise de dados exterior ao software. Por exemplo, um investigador pode optar por
dividir o valor da quantidade relativa pelo fator de normalização, possivelmente a massa de ácido
nucleico carregada para cada amostra ou o número de células das quais o ácido nucleico foi isolado.

Guia do utilizador | 277

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Como executar uma análise Relative Quantity (Quantidade relativa) (ΔCq)
u

No separador Gene Expression (Expressão génica), selecione Relative Quantity (Quantidade
relativa) (ΔCq) da lista suspensa Mode (Modo) no painel direito.
Dica: Para comparar os resultados com dados de outras corridas de expressão génica, abra um
novo estudo de genes ou adicione um ficheiro de dados a um estudo de genes existente.

Alterar e anotar a Chart View (Vista de Gráfico)Usando os comandos de menu e as ferramentas de análise de dados, é possível alterar a exibição do
gráfico, anotar cada gráfico e alterar a exibição do gráfico. A barra de ferramentas de gráficos é exibida
entre o gráfico e a folha de cálculo de análise de dados na parte inferior do ecrã.

Chart Toolbar Tools (Barra de ferramentas do gráfico)
Dica: consulte Gráficos na página 215 para obter informações sobre as ferramentas de gráfico que
aparecem no lado direito dos gráficos de análise de dados.
A barra de ferramentas abaixo dos gráficos fornece acesso rápido às ferramentas de anotação.

A Tabela 31 lista as funções dos botões na barra de ferramentas dos gráficos.
Tabela 31. Barra de ferramentas do gráfico

Botão

Nome

FunçãoBar chart (Gráfico deExibe a expressão relativa dos alvos.

barras)Box and Whisker chart

Exibe os dados como intervalos de quartil (consulte(Diagrama de caixa)

Cálculos de Box and Whisker chart (Diagrama de caixa)na página 317 para obter os pormenores do cálculo).
Observação: Disponível somente se Analyze Using(Analisar usando) estiver definido como Biological Groups
Only (Apenas grupos biológicos).

Dot Plot chart (Gráfico deExibe os pontos de dados de amostra para cada alvo.

pontos)Observação: Disponível somente se Analyze Using(Analisar usando) estiver definido como Biological Groups
Only (Apenas grupos biológicos).

278 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)Tabela 31. Barra de ferramentas do gráfico, continuação

Botão

Nome

FunçãoAdd Arrow (Adicionar

Desenha uma seta no gráfico ativo.

seta)
Add Circle (Adicionar

Desenha um círculo no gráfico ativo

círculo)
Add Text (Adicionar

Insere uma caixa de texto no gráfico ativo, na qual é

texto)

possível adicionar texto para identificar itens de interesse
no gráfico.

Undo (Anular)

Remove ou reverte a última anotação realizada no gráfico
ativo.

Redo (Refazer)

Reverte a última ação Undo (Anular) executada no gráfico
ativo.

Clear All (Limpar todos)

Limpa todas as anotações no gráfico ativo.

Ordenar dados de Target (Alvo), Sample (Amostra) e Biological Group (Grupo
biológico)Observação: esta opção está disponível apenas em gráficos de expressão génica.
Como predefinição, as listas de alvos, amostras e grupos biológicos são mostradas em ordem alfabética.
Use a caixa de diálogo Sort (Ordenar) para ordenar a exibição em ordem alfabética inversa ou para
mover manualmente um termo para uma posição diferente na lista.

Como ordenar dados de alvos, amostras e grupos biológicos1.

Nas ferramentas de gráfico, clique em Sort (Ordenar).
É exibida a caixa de diálogo Gene Expression Chart Sorting (Ordenar gráfico de expressão génica).

Guia do utilizador | 279

Capítulo 12 Análise de expressão génica

2.

Na caixa de diálogo, clique em Z-A para ordenar a lista em ordem alfabética inversa.

3.

Para mover um termo manualmente, selecione-o e clique no botão apropriado entre os gráficos:

4.

nClique na seta para cima ou para baixo para mover o termo selecionado uma posição.

nClique na seta com barra para cima ou para baixo para mover o termo selecionado para a partede cima ou para a parte de baixo da lista.

Clique em OK para guardar as alterações e voltar para o separador Gene Expression (Expressão
génica).

280 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)

Alterar as Color Settings (Configurações de cores) de Target (Alvo), Sample(Amostra) e Biological Group (Grupo Biológico)
Use a caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores) para alterar a cor de um alvo, amostra ou
grupo biológico, ou remover o item do gráfico.

Como alterar as configurações de cores de alvo1.

No painel da direita, na caixa de diálogo Gene Expression (Expressão génica), verifique se Sample(Amostra) aparece na lista suspensa X-Axis (Eixo X).

2.

Em Chart Tools (Ferramentas do gráfico), selecione Color Settings (Configurações de cores).
É exibida a caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores).

3.

Para alterar a cor de exibição para um alvo, clique na cor na coluna Color (Cor).

4.

Na caixa de diálogo Color (Cor), escolha uma nova cor e clique em OK.

5.

Para remover um alvo do gráfico de expressão génica, remova a seleção na coluna Show Chart(Mostrar gráfico).
Dica: para limpar todos os alvos, desmarque Show Chart (Mostrar gráfico) no cabeçalho dacoluna.

6.

(Opcional) Como predefinição, as barras são exibidas em cores sólidas. Para exibir as barras em
cores gradientes, desmarque Use Solid Colors (Usar cores sólidas).

7.

Clique em OK para guardar as alterações e voltar para o separador Gene Expression (Expressão
génica).

Como alterar as configurações de cor de amostra ou grupo biológico
1.

No painel da direita, na caixa de diálogo Gene Expression (Expressão génica), verifique se Target(Alvo) aparece na lista suspensa X-Axis (Eixo X).

2.

Execute as etapas em Como alterar as configurações de cores de alvo na página 281.

Alterar a Chart View (Vista de Gráfico)Como alterar a vista de gráfico atualu

Selecione o comando do menu da barra de ferramentas para a vista pretendida.

Observação: O separador Gene Expression (Expressão génica) abre sempre exibindo os dados na
vista Bar Chart (Gráfico de barra).

Guia do utilizador | 281

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Excluir pontos de dados discrepantes
No gráfico Dot Plot (Pontos), é possível visualizar e excluir facilmente os valores discrepantes da análise.

Como excluir pontos de dados discrepantesu

No gráfico Dot Plot (Pontos), clique com o botão direito no valor discrepante e selecione Exclude
Well from Analysis (Excluir poço da análise).

O ponto de dados é removido do gráfico Dot Plot (Pontos) e o poço muda para a cor cinza em Well
Selector (Seletor de poços) no separador Quantification (Quantificação).

Como incluir um ponto de dados discrepante excluídou

No separador Quantification (Quantificação), clique com o botão direito em Well Selector (Seletor depoços e selecione) Well (Poço) > Include in Analysis (Incluir na análise).

Visualização de pormenores do ponto de dados
Como visualizar os pormenores do ponto de dadosu

Nos gráficos Box and Whisker (Diagrama de caixa) e Dot Plot (Pontos), coloque o cursor sobre um
ponto de dados individual.

É exibida uma dica de ferramenta aparece, mostrando o nome da amostra e sua expressão (quantidade
relativa ou expressão normalizada, dependendo da opção selecionada).

Anotar os gráficos
É possível adicionar setas, círculos e texto a cada gráfico de barras para comunicar os dados com
clareza. As anotações são guardadas com o gráfico de barras e exibidas no ficheiro exportado e
impresso. No entanto, as anotações feitas a uma vista de gráfico não são adicionadas às outras vistas degráfico.

Como desenhar uma seta ou um círculo no gráfico
1.

Na barra de ferramentas do gráfico de barras, clique na ferramenta específica.

2.

Clique no gráfico de barras e arraste o cursor pelo gráfico, conforme necessário.

282 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)Como adicionar texto ao gráfico
1.

Na barra de ferramentas do gráfico de barras, clique em Add Text (Adicionar texto).

2.

Clique no gráfico de barras. É exibida uma caixa de texto nessa localização.

3.

Adicione texto na caixa de texto.

4.

Clique em qualquer parte do gráfico para sair da caixa de texto.
Dica: pressione Enter para adicionar linhas múltiplas à caixa de texto.

Como mover uma anotação
1.

Passe o cursor sobre a anotação. O ícone muda para um dedo apontando e o limite da anotação édestacado.

2.

Clique na anotação e arraste-a para outra posição.

3.

Solte a anotação para garantir sua posição.

Como anular uma anotação
u

Clique em Undo (Anular).
A anotação adicionada mais recentemente é removida.
Dica: é possível anular as dez anotações mais recentes, uma de cada vez.

Como refazer uma anotação
u

Clique em Redo (Refazer).
A anotação removida mais recente é reposta.
Dica: é possível refazer as dez anotações mais recentes, uma de cada vez.

Como eliminar uma anotação
u

Clique com o botão direito na anotação e selecione Delete (Eliminar).

Guia do utilizador | 283

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Ajustar os dados de expressão génica
Após selecionar o modo de análise, a expressão normalizada (∆∆Cq) ou a quantidade relativa (∆Cq),
ajuste os dados exibidos no separador Gene Expression (Expressão génica), alterando as opções deconfiguração à direita do gráfico.
Dica: as opções de dados predefinida da Gene Expression (Expressão génica) são definidas na caixa dediálogo User Preferences (Preferências do utilizador) (consulte Configurar os parâmetros predefinidos doficheiro de dados de expressão génica na página 98).

Dados do gráfico
Define o valor do eixo y para a escala linear para permitir as opções dados do gráfico. As opções dedados do gráfico permitem que apresente os dados no gráfico com uma destas opções:n

Relative to control (Relativos ao controlo) — traça um gráfico dos dados com o eixo em escala de 0 a
1. Se atribuir um controlo à corrida, selecione esta opção para visualizar rapidamente a regulação
positiva e a regulação negativa do alvo.

nRelative to zero (Relativos a zero) — traça um gráfico dos dados com origem no zero.

Analyze Using (Analisar usando)
Use o menu suspenso para selecionar como os dados são analisados e desenhados. As opções são:n

Samples Only (Apenas amostras) — os dados são analisados e desenhados por amostra.

nBiological Groups Only (Apenas grupos biológicos) — os dados são analisados e desenhados por
grupos biológicos. A expressão exibida para o grupo biológico é a média geométrica das amostras
naquele grupo.

nSample Biological Group (Grupo biológico da amostra) — os dados são analisados e desenhados
por amostra com o grupo biológico aposto ao nome da amostra. Os valores de P são calculados com
base no grupo biológico.

nBiological Group Sample (Amostra de grupo biológico) — os dados são analisados e desenhados
por amostra com o grupo biológico antes do nome da amostra. Os valores de P são calculados com
base no grupo biológico.

Use o menu suspenso para selecionar uma amostra que será usada para normalizar a Relative Quantity(Quantidade relativa):

Annotate P-Values (Anotar Valores P) e P-Value Threshold (Limiar do Valor P)
Quando Annotate P-Values (Anotar Valores P) for selecionado, o software exibirá um asterisco (*) no
gráfico de barras acima de um alvo se o respetivo valor P estiver abaixo do limiar selecionado. O software284 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)calcula automaticamente o valor P, comparando o nível de expressão da amostra com o nível deexpressão da amostra de controlo selecionada, usando um teste t padrão. O intervalo limiar do valor P é
0,000—1,000.

X-Axis Options (Opções do eixo X)
A opção do eixo x permite exibir os dados do eixo x do gráfico Gene Expression (Expressão génica):nTarget (Alvo) — traça um gráfico com os nomes dos alvos no eixo x.

nSample (Amostra) — traça um gráfico com os nomes das amostras no eixo x.

Y-Axis Options (Opções de eixo Y)
A opção do eixo y permite exibir o gráfico Gene Expression (Expressão génica) numa destas trêsescalas:nLinear — selecione esta opção para traçar uma escala linear
Dica: definir o eixo y como Linear ativa a lista suspensa Graph Data (Dados do gráfico), a partirda qual é possível optar por representar graficamente os dados relativos ao controlo ou relativos
a zero.

n

Log 2 — selecione esta opção para avaliar amostras através de um grande intervalo dinâmico.

n

Log 10 — selecione esta opção para avaliar amostras através de um muito grande intervalo
dinâmico.

Opções de escala
Selecione Normalized Gene Expression (Expressão génica normalizada) (ΔΔCq) e defina como None
(Nenhum) para ativar as opções de escala no gráfico de expressão génica. Selecione uma dessasopções de escala para calcular e apresentar os dados do modo que melhor se enquadre à conceção dacorrida:nUnscaled (Sem escala) — apresenta a expressão génica normalizada sem escala.

nHighest (Mais alto) — ajusta a escala da expressão génica normalizada para cada alvo, dividindo onível de expressão de cada amostra pelo nível de expressão mais alto em todas as amostras.
Esta opção de escala usa a fórmula “escala criada para o mais alto”.

nLowest (Mais baixo) — ajusta a escala da expressão génica normalizada para cada alvo, dividindo onível de expressão de cada amostra pelo nível de expressão mais baixo em todas as amostras.
Esta opção de escala usa a fórmula “escala criada para o mais baixo”

Guia do utilizador | 285

Capítulo 12 Análise de expressão génica

n

Average (Média) — ajusta a escala da expressão génica normalizada para cada alvo, dividindo onível de expressão de cada amostra pela média geométrica dos níveis de expressão de todas asamostras.
Esta opção de escala usa a fórmula “escala criada para a média”.

Selecione uma opção para o tipo de cálculos de erro (barras de erros) no gráfico Gene Expression(Expressão génica):

Chart Error Bar Multiplier (Multiplicador de barra de erros do gráfico)Selecione um multiplicador para as barras de erros no gráfico Gene Expression (Expressão génica).
Selecione um destes números inteiros:n+/- 1 (predefinição)

n

2

n

3

O tipo de multiplicador muda ao selecionar a barra de erros:n

SEM para erros padrão da médian

Std Devs (Desv. padrão) para desvios padrão.

Experiment Settings (Configurações de experiências)
Dica: esta caixa de diálogo também está disponível no Plate Editor (Editor de placa). Para obter
mais informações, consulte a seção Alterar configurações de experiências na página 161.
Na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências), é possível visualizar ou alterar
a lista de alvos, amostras ou grupos biológicos, selecionar os genes de referência, selecionar os
controlos ou configurar o grupo Gene Expression Analysis (Análise de expressão génica) a ser analisado
se forem adicionados grupos biológicos aos poços.

Abrir a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências)u

No separador Graphing (Gráficos), clique em Experiment Settings (Configurações de experiências)
na parte inferior do painel direito.
É exibida a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experiências) com o separador
Targets (Alvos).

286 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)Como ajustar as configurações de Targets (Alvos)u

No separador Targets (Alvos), execute uma das opções a seguir:nPara selecionar um alvo como referência para análise de dados de expressão génica, selecioneo respetivo nome na coluna Reference (Referência).

nPara alterar a cor do alvo, clique na respetiva célula na coluna Color (Cor) e altere a cor na caixa
de diálogo Color (Cor) exibida.
A alteração de cor aparece nos gráficos Gene Expression (Expressão génica).

nPara usar um valor de eficiência determinado anteriormente, limpe a caixa de seleção do alvona coluna Auto Efficiency (Eficiência automática) e insira um número para a percentagem deeficiência de um alvo.
O software calcula a eficiência relativa de um alvo usando Auto Efficiency (Eficiência
automática), se os dados de um alvo incluírem uma curva padrão.

Ajustar as configurações de Sample (Amostra)u

No separador Samples (Amostras e grupos biológicos), execute uma das opções a seguir:nPara selecionar uma amostra como controlo para a análise de dados de expressão génica,
selecione o respetivo nome na coluna Control (Controlo).

nPara alterar a cor da amostra, clique na respetiva célula na coluna Color (Cor) e altere a cor na
caixa de diálogo Color (Cor) exibida.
A alteração de cor aparece nos gráficos Gene Expression (Expressão génica).

nPara exibir a amostra nos gráficos Gene Expression (Expressão génica), selecione-o na coluna
Show Chart (Mostrar gráfico).

n

Para remover a amostra dos gráficos Gene Expression (Expressão génica), remova a seleção
na coluna Show Chart (Mostrar gráfico).
Dica: os dados da amostra permanecem na tabela Results (Resultados).

Como excluir um tipo de amostra dos cálculos de análiseuMarque a caixa de seleção na parte inferior da caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações
de experiências).
Observação: esta ação exclui controlos e/ou padrões da análise de expressão génica.

Guia do utilizador | 287

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Opções do menu do botão direito
Clique com o botão direito do rato no gráfico de expressão génica para selecionar os itens exibidos na
Tabela 32.
Tabela 32. Itens de expressão génica do menu do botão direito

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o gráfico para a área de transferência

Save Image As (Guardar

Guarda o gráfico como um ficheiro de imagem. Configure a resolução

imagem como)e as dimensões da imagem e, em seguida, selecione o tipo de ficheiro(PNG, JPG, ou BMP).

Page Setup (Configuração deSeleciona uma configuração de página para impressão.

página)Print (Imprimir)

Imprime o gráfico.

Set Scale to Default (Colocar na

Show All (Mostrar todos) exibe todos os dados no gráfico de barra.

escala predefinida)

Scroll Bar (Barra de deslocamento) exibe uma barra de deslocamento
se houver muitas amostras a serem exibidas no quadro do gráfico,mantendo a largura mínima da barra.

Chart Settings (Configurações

Abre a janela Chart Settings (Configurações do gráfico) para ajustar odo gráfico)gráfico.

Sort (Ordenar)

Ordena as amostras ou os alvos que aparecem no eixo X do gráfico.

Use Corrected Std Devs (UsarCalcula as barras de erros usando a fórmula de desvio padrão

desvios padrão corrigidos)

corrigida.

Use Solid Bar Colors (UsarExibe as barras no gráfico numa cor sólida.

cores sólidas na barra)
X–Axis Labels (Rótulos do eixoX)288 | Software CFX Maestro Dx SE

Exibe os rótulos do eixo x na horizontal ou inclinados.

Graphing (Gráfico)Folha de cálculo de dados
A Tabela 33 define os resultados exibidos na tabela de dados Gene Expression (Expressão génica).
Observação: os valores na tabela são calculados com base no tipo de gráfico e nas preferências
selecionados no painel da direita.
Tabela 33. Descrição das informações na folha de cálculo no separador

Informações

Descrição

Target (Alvo)

Nome do alvo (gene amplificado) selecionado na janela ExperimentSettings (Configurações de experiências).

Biological Group (Grupo

Nome da amostra e/ou grupo biológico selecionado na janela

biológico)Experiment Settings (Configurações de experiências).

Sample Biological Group (Grupo
biológico da amostra)
Biological Group Sample(Amostra de grupo biológico)Controlo

Nome do controlo selecionado na janela Experiment Settings(Configurações de experiências). Quando Analyze Using (Analisar
usando) estiver definido como Samples Only (Apenas amostras),
Control (Controlo) é a amostra selecionada na janela ExperimentSettings (Configurações de experiências). Quando Biological Groups
Only (Apenas grupos biológicos), Sample Biological Group (Grupo
biológico da amostra) ou Biological Group Sample (Amostra de grupo
biológico) for selecionado, o controlo é o grupo biológico selecionado
na janela Experiment Settings (Configurações de experiências).

Relative Quantity (Quantidade

Relative Quantity (Quantidade relativa) (ΔCq) ou Normalized Gene

relativa) ou

Expression (Expressão génica normalizada) (ΔΔCq), dependendo do

Expression (Expressão)modo selecionado.

Relative Quantity (Quantidade

Erro padrão da média (SEM) ou desvio padrão (SD) da quantidade

relativa) ou Expression SEM

relativa ou expressão normalizada, dependendo da opção

(SEM da expressão) ou SD

selecionada. Disponível somente se Analyze Using (Analisar usando)
estiver definido como Samples Only (Apenas amostras), Sample
Biological Group (Grupo biológico da amostra) ou Biological Group
Sample (Amostra de grupo biológico).

Guia do utilizador | 289

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Informações

Descrição

Relative Quantity (Quantidade

Cálculo do valor corrigido para SEM ou SD da quantidade relativa ou

relativa) ou Expression SEM

expressão normalizada, dependendo da opção selecionada.

(SEM de expressão) (ou SD)

Disponível somente se Analyze Using (Analisar usando) estiver

corrigido

definido como Samples Only (Apenas amostras), Sample BiologicalGroup (Grupo biológico da amostra) ou Biological Group Sample(Amostra de grupo biológico).

Mean Cq (Média de Cq)

Média do ciclo de quantificação (não é exibida se Analyze Using(Analisar usando) estiver definido como Biological Groups Only
(Apenas grupos biológicos)).

SEM (ou SD) de Cq

SEM ou SD do ciclo de quantificação, dependendo da opção
selecionada (não é exibido se Analyze Using (Analisar usando) for
definido como Biological Groups Only (Apenas grupos biológicos)).

290 | Software CFX Maestro Dx SE

Graphing (Gráfico)Opção Show Details (Mostrar pormenores)
A Tabela 34 define os dados exibidos quando é selecionado Show Details (Mostrar pormenores) nomenu ao clicar com o botão direito da folha de cálculo do gráfico de barras.
Tabela 34. Informações na folha de cálculo do gráfico de barras com Show Details (Mostrar pormenores) selecionado

Informações

Descrição

Data Set (Conjunto de dados)

Dados de fluorescência de um fluoróforo no ficheiro de dados

Relative Quantity (Quantidade

Quantidade relativa calculada de amostras

relativa)
Relative Quantity SD (SD da

Desvio padrão do cálculo de quantidade relativa

quantidade relativa)
Corrected Relative Quantity SD

Desvio padrão calculado da quantidade relativa corrigida(SD da quantidade relativa
corrigida)
Relative Quantity SEM (SEM da

Erro padrão da média do cálculo da quantidade relativa

quantidade relativa)
Corrected Relative Quantity

Erro padrão calculado da média da quantidade relativa corrigida

SEM (SEM da quantidade
relativa corrigida)
Relative Quantity (Quantidade

Log2 da quantidade relativa que é usado para a análise estatística

relativa) (lg)SD RQ(lg)Desvio padrão da quantidade relativa (log2)

SEM Expression (Expressão

Erro padrão da média da expressão (log2)

SEM) (lg)Unscaled Expression

Expressão sem escala calculada(Expressão sem escala)Unscaled Expression SD (SD de

Desvio padrão calculado da expressão sem escala

expressão sem escala)Corrected Unscaled Expression

Desvio padrão calculado da expressão sem escala corrigida

SD (SD de expressão sem
escala corrigida)

Guia do utilizador | 291

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Tabela 34. Informações na folha de cálculo do gráfico de barras com Show Details (Mostrar pormenores) selecionado, continuação

Informações

Descrição

Unscaled Expression SEM

Erro padrão calculado da média da expressão sem escala(SEM de expressão sem escala)Corrected Unscaled Expression

Erro padrão calculado da média da expressão sem escala corrigida

SEM (SEM de expressão sem
escala corrigida)
Unscaled Expression

Log2 da expressão sem escala(Expressão sem escala) (lg)
SD Unscaled Expression (SD de

Desvio padrão da expressão sem escala (log2)

expressão sem escala)SEM Unscaled Expression

Erro padrão da média da expressão sem escala (log2)(SEM de expressão sem escala)Expression (Expressão)Expressão génica normalizada

Corrected Expression SD (SDDesvio padrão calculado da expressão corrigida

de expressão corrigida)
Expression SEM (SEM deErro padrão da média da expressão

expressão)Corrected Expression SEM

Erro padrão calculado da média da expressão corrigida(SEM de expressão corrigida)
Expression (Expressão) (lg)Log2 da expressão (expressão normalizada) que é usado para aanálise estatística

SD Expression (Expressão SD)

Desvio padrão da expressão (log2)(lg)
SEM Expression (Expressão

Erro padrão da média da expressão (log2)

SEM) (lg)Mean Cq (Média de Cq)

Média do ciclo de quantificaçãoCq SD

Desvio padrão do ciclo de quantificação

Cq SEM

Erro padrão da média do ciclo de quantificação

292 | Software CFX Maestro Dx SE

Clustergram

Clustergram
O clustergram exibe os dados numa hierarquia com base no grau de similaridade de expressão paradiferentes alvos e amostras.
Observação: deve escolher um alvo de referência para exibir qualquer um dos gráficos de dados
que não sejam a expressão relativa para gráficos de barras.
A imagem do clustergram representa a expressão relativa de uma amostra ou alvo da seguinte forma:nUpregulation (Regulação positiva) (vermelho) — maior expressão

n

Downregulation (Regulação negativa) (verde ou azul) — menor expressão

n

No regulation (Sem regulação) (preto)n

No value calculated (Sem valor calculado) (preto com um X branco)

Quanto mais claro o tom de cor, maior a diferença de expressão relativa. Se nenhum valor Cq
normalizado puder ser calculado, o quadrado ficará preto com um X branco.
Nos limites externos do gráfico de dados há um dendrograma, que indica a hierarquia de agrupamento.
Os alvos ou amostras que possuem padrões de expressão semelhantes terão ramificações adjacentes,
enquanto aqueles com padrões diferentes estarão mais distantes.

Settings (Configurações)É possível configurar as seguintes opções:n

Cluster By (Agrupar por)— selecione a partir de Targets (Alvos), Samples (Amostras), Both (Ambos)
ou None (Nenhum).

nSize (Tamanho) — ajusta o tamanho da imagem e altera o grau de ampliação do gráfico.

nSplit Out Replicates (Réplicas separadas) — exibe os valores para as réplicas individuais.

Dica: é possível alterar o esquema de cores para do esquema predefinido Red/Green (vermelho/verde)para Red/Blue (vermelho/azul), selecionando esta opção a partir do menu do botão direito desses gráficos.

Opções do menu do botão direito
As opções do menu do botão direito do rato para o clustergram são as mesmas do gráfico de barras.
Consulte Tabela 32 na página 288 para ver as opções disponíveis. Além disso, selecione Color Scheme(Esquema de cores) para alterar a expressão de regulação negativa do esquema predefinido Red/Green(vermelho/verde) para Red/Blue (vermelho/azul) no gráfico.

Folha de cálculo de dados
A folha de cálculo exibe valores para o alvo, a amostra e a expressão normalizada.

Guia do utilizador | 293

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Scatter Plot (Gráfico de dispersão)O gráfico de dispersão exibe a expressão normalizada de alvos para uma amostra de controlo versus uma
amostra. As linhas no gráfico indicam o limiar de alteração da multiplicação. Os pontos de dados entre as linhas
indicam que a diferença na expressão para esse alvo (gene) é insignificante entre as amostras. Os pontos dedados fora das linhas excedem o limiar de alteração da multiplicação e podem ser interessantes.
A imagem do gráfico mostra as seguintes alterações na expressão de alvo com base no limiar de alteração damultiplicação
n

Upregulation (Regulação positiva) (círculo vermelho) — relativamente maior expressão

n

Downregulation (Regulação negativa) (círculo verde ou azul) — relativamente menor expressão

n

No change (Sem alteração) (círculo preto)

Clique e arraste a linha de limiar para ajustar o valor limiar de alteração da multiplicação

Configurações
É possível configurar as seguintes opções:nControl Sample (Amostra de controlo)n

Experimental Sample (Amostra experimental)

nLimiar de alteração da multiplicação. À medida que aumenta ou diminui o valor de alteração damultiplicação, as linhas de limiar no gráfico acompanham.

Opções do menu do botão direito
As opções do menu do botão direito do rato para o gráfico de dispersão são as mesmas do gráfico debarras. Consulte Tabela 32 na página 288 para ver as opções disponíveis. Além disso, selecione Symbol(Símbolo) para alterar o símbolo usado no gráfico, do círculo predefinido para um dos seguintes:nTriângulo

n

Cruz

n

QuadradonLosangoFolha de cálculo de dados
A folha de cálculo exibe os valores para o alvo, a amostra e a expressão normalizada para controlo eamostras experimentais. Também indica se os alvos apresentam uma regulação positiva ou negativa,

294 | Software CFX Maestro Dx SE

Scatter Plot (Gráfico de dispersão)em comparação com a regulação do alvo.

Guia do utilizador | 295

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Folha de cálculo Results (Resultados)
A folha de cálculo Results (Resultados) resume os dados de todos os gráficos. A Tabela 35 define os
resultados exibidos na folha de cálculo Results (Resultados).
Tabela 35. Informações no separador Results (Resultados)

Informações

Descrição

Target (Alvo)

Nome do alvo (gene amplificado)

Sample (Amostra)

Nome da amostra

Mean Cq (Média de Cq)

Média do ciclo de quantificaçãoMean Efficiency Corrected Cq

A média do ciclo de quantificação após o ajuste para a eficiência da(Eficiência média corrigida Cq)reaçãoNormalized Expression

Expressão de destino normalizada para um alvo de referência (ΔΔCq)(Expressão normalizada)
Relative Normalized Expression

Expressão normalizada relativa a uma amostra de controlo; também(Expressão normalizada

chamado de Fold Change (Alteração de multiplicação)relativa)
Regulation (Regulação)Alteração na expressão normalizada relativa numa amostra decontrolo

Compared to Regulation

Regulação positiva ou negativa de uma amostra experimental com

Threshold (Por comparação

base na configuração do limiar

com o Limiar de regulação)Observação: os dados para as réplicas são encontrados apenas nas folhas de cálculo dos
separadores de análise de dados nas quais foi selecionada a opção Split Out Replicates (Réplicas
separadas) (ou seja, Clustergram). Pode haver uma discrepância entre os dados de expressão nas
folhas de cálculo de análise de expressão génica se selecionar “none” (nenhum) como a amostra decontrolo no gráfico de barras.

296 | Software CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Estudo de genes)

Gene Study (Estudo de genes)
Crie um estudo de genes para comparar os dados de expressão génica de uma ou mais experiências de
PCR em tempo real usando um calibrador entre corridas para normalizar entre as experiências. Crie um
estudo de genes adicionando dados de um ou mais ficheiros de dados (extensão .pcrd) ao estudo degenes. O software agrupa-os num único ficheiro (extensão .mgxd).
Observação: o número máximo de amostras que é possível analisar num estudo de genes élimitado pelo tamanho da memória RAM e da memória virtual do computador.

Inter-run Calibration (Calibração entre corridas)
A calibração entre corridas é tentada automaticamente em cada estudo de genes para cada alvo, a fim
de normalizar as variações entre corridas entre os alvos analisados em ensaios separados de PCR em
tempo real (isto é, ficheiros .pcrd diferentes gerados a partir de placas diferentes).
Para que o software reconheça uma amostra como um calibrador entre corridas, deve partilhar o mesmo
nome de alvo, nome da amostra e, se usado, o nome do conjunto biológico em todas as placas
comparadas.
Observação: pelo menos uma amostra de calibrador entre corridas deve estar presente no estudode genes para que a calibração entre corridas ocorra. Alvos sem amostras de calibradores entre
corridas apropriados serão processados sem correção no estudo de genes (não recomendado).
Os calibradores entre corridas podem ser aplicados de duas maneiras:n

Per target (Por alvo) — diferentes iniciadores de PCR podem ter diferentes eficiências. Comopredefinição, o calibrador entre corridas é aplicado a todos os poços na mesma placa que possuem
o mesmo nome de alvo, por exemplo, o Cq gerado com o mesmo ensaio.

nEntire study (Estudo completo) — é selecionado um calibrador entre corridas pelo utilizador e
aplicado a todo o estudo de genes.

Guia do utilizador | 297

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes)

A caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes) inclui dois separadores:nSeparador Study Setup (Configuração do estudo) — gere as corridas no estudo de genes.
Importante: adicionar ou remover ficheiros de dados num estudo de genes não altera os dados
no ficheiro original.

n

Separador Study Analysis (Análise do estudo) — exibe os dados da expressão génica para as
corridas combinadas.

Separador Study Setup (Configuração do estudo)
A Tabela 36 define os dados que aparecem no separador Study Setup (Configuração do estudo).
Tabela 36. Separador Study Setup (Configuração do estudo) na caixa de diálogo Gene
Study (Estudo de genes)

Título da coluna

Descrição

File Name (Nome do

Nome do ficheiro de dados executável (extensão .pcrd)

ficheiro)
File Folder (Pasta de

Diretório que armazena o ficheiro de dados para cada corrida no

ficheiros)

estudo de genes

298 | Software CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Estudo de genes)

Tabela 36. Separador Study Setup (Configuração do estudo) na caixa de diálogo Gene Study(Estudo de genes), continuação

Título da coluna

Descrição

Date Created (Data deData em que os dados da corrida foram recolhidos

criação)Well Group Name (Nome do

Nome do grupo de poços que foi selecionado quando o ficheiro foi

grupo de poços)

adicionado ao estudo de genes
Dica: para analisar um grupo de poços no estudo de genes, deve
selecionar esse grupo de poços na janela Data Analysis (Análise
de dados) antes de importar o ficheiro de dados para o estudo degenes.

Step (Etapa)

Etapa do protocolo que inclui a leitura de placa para recolher dados de
PCR em tempo real

Run Type (Tipo de corrida)

Corrida definida pelo utilizador ou PrimePCR

Protocol Edited (Protocolo

Se selecionado, indica que o protocolo usado para uma corrida

editado)PrimePCR foi editado

View Plate (Visualizar

Abre um mapa de placa relativo à placa com os dados em cada uma

placa)

das execuções incluídas no Gene Study (Estudo de genes)

Preparar um Gene Study (Estudo de genes)
Como preparar um Gene Study (Estudo de genes)
1.

Antes de importar dados para um estudo de genes, execute o seguinte na janela Data Analysis(Análise de dados):nVerifique se as amostras contendo o mesmo conteúdo têm o mesmo nome. Num estudo degenes, o software assume que poços com o mesmo nome de Target (Alvo) ou Sample(Amostra) contêm as mesmas amostras.

n

Ajuste a linha de base e o limiar (Cq) no separador Quantification (Quantificação) para otimizar
os dados em cada corrida.

n

Selecione o grupo de poços que deseja incluir no estudo de genes.
Para exibir dados de um grupo de poços no estudo de genes, esse grupo deve ser selecionado
antes de importar o ficheiro de dados.

O separador Study Setup (Configuração do estudo) exibe uma lista de todas as corridas no estudode genes.

Guia do utilizador | 299

Capítulo 12 Análise de expressão génica

2.

Na caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes), selecione o separador Study Setup(Configuração do estudo).

3.

Clique em Add Data Files (Adicionar ficheiros de dados) para selecionar um ficheiro numa janela do
explorador.
Dica: Para adicionar corridas rapidamente a um estudo de genes, arraste os ficheiros de dados(com extensão .pcrd) para a caixa de diálogo Study Setup (Configuração do estudo).

4.

O CFX Maestro Dx SE realiza automaticamente a análise do estudo de genes à medida que osficheiros de dados são adicionados. Selecione o separador Study Analysis (Análise do estudo) paravisualizar os resultados.

Como remover execuções do estudo de genesu

Selecione um ou mais ficheiros na lista e clique em Remove (Remover).

Como adicionar observações sobre o estudo de genesuInsira observações sobre os ficheiros e a análise na caixa de texto Notes (Observações).

Separador Study Analysis (Análise do estudo)
O separador Study Analysis (Análise do estudo) exibe os dados de todas as corridas do estudo de genes.
As opções de análise de dados da expressão génica são as mesmas do que para um único ficheiro dedados com as seguintes exceções:nPara gráficos de barras, os valores de calibração entre corridas (se calculados) aparecem quando
clica Inter-run Calibration (Calibração entre corridas).
Observação: somente os seguintes tipos de amostra podem ser usados como um calibrador
entre corridas:oUnknown (Desconhecido)oStandard (Padrão)oPositive Control (Controlo positivo)

Os tipos de amostra negative control (controlo negativo), no template control (sem controlo demodelo) (NTC) e no reverse transcriptase control (sem controlo de transcriptase reversa) (NRT) não
podem ser usados como um calibrador entre corridasnA ferramenta Reference Gene Selection (Seleção de genes de referência) identifica os genes dereferência testados e classifica-os como Ideal, Acceptable (Aceitável) ou Unstable (Instável) com
base em sua estabilidade:300 | Software CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Estudo de genes)noOs genes de referência ideais são estáveis e representam variações mínimas entre as amostras
testadas.

oGenes de referência aceitáveis não são idealmente estáveis e representam variação moderada
entre as amostras testadas. Use estes genes de referência em análise se nenhum gene dereferência ideal estiver presente.

oGenes de referência instáveis representam variação excessiva entre as amostras testadas.
Recomenda-se que esses genes sejam excluídos das análises.

A ferramenta PrimePCR Analysis Controls (Controlos de análise PrimePCR) exibe os resultados das
amostras testadas numa tabela:o

O separador Summary (Resumo) exibe um resumo de todas as amostras testadas. As amostras
que passaram por todos os ensaios de controlo aparecem em verde. As amostras que falharamem um ou mais dos ensaios de controlo aparecem em amarelo.

o

O separador PCR exibe os resultados do ensaio de controlo PCR positivo. Este ensaio deteta a
inibição ou problemas experimentais que afetam a expressão génica.

oO separador RT exibe os resultados do ensaio de controlo de transcrição reversa. Este ensaio
avalia qualitativamente o desempenho da RT e identifica amostras onde o desempenho da RT é
suscetível de comprometer a expressão génica.

oO separador gDNA exibe os resultados do ensaio de controlo de contaminação de DNA. Este
ensaio determina se o genomic DNA (DNA genómico) (gDNA) está presente numa amostra
num nível que pode afetar os resultados do qPCR.

o

O separador RQ exibe os resultados dos ensaios de qualidade de RNA (RQ1 e RQ2). Estes
ensaios avaliam qualitativamente se a integridade do RNA pode afetar adversamente a
expressão génica.

Categorias de relatórios Gene Study (Estudo de genes)
Use a caixa de diálogo Gene Study Report (Relatório do estudo de genes) para organizar os dados do
estudo de genes num relatório. A Tabela 37 lista todas as opções disponíveis para um relatório de estudode genes.
Tabela 37. Categorias para um relatório de estudo de genes

CategoriaOpçãoDescrição

Header (Cabeçalho)
Título, subtítulo e logotipo do relatório

Guia do utilizador | 301

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Tabela 37. Categorias para um relatório de estudo de genes, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Report Information

Date (Data), user name (nome do utilizador),(Informações do relatório)data file name (nome do ficheiro de dados), data
file path (caminho do ficheiro de dados) e
selected well group (grupo de poçosselecionados)

Gene Study File List (Lista

Lista de todos os ficheiros de dados no estudo dede ficheiros do estudo degenes

genes)
Notes (Observações)Observações sobre o relatório de dados

Análise de estudo: Bar chart (Gráfico de barras)
Analysis Settings

Lista dos parâmetros de análise selecionados(Configurações de análise)
Chart (Gráfico)

Gráfico de barras da expressão génica em quesão exibidos os dados

Target Names (Nomes deLista de alvos no estudo de genes

alvos)
Sample Names (Nomes deLista de amostras no estudo de genes

amostras)
Data (Dados)

Folha de cálculo que exibe os dados

Target Stability

Dados de estabilidade do alvo

(Estabilidade alvo)
Inter-run Calibration

Dados de calibração entre corridas(Calibração entre corridas)
Box-and-Whisker Chart

Diagrama de caixa da expressão génica

(Diagrama de caixa)
Dot-Plot Chart (Gráfico de

Gráfico de pontos da expressão génica

pontos)Análise de estudo: Clustergram e Scatter Plot (Gráfico de dispersão)302 | Software CFX Maestro Dx SE

Gene Study (Estudo de genes)

Tabela 37. Categorias para um relatório de estudo de genes, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Analysis Settings

Configurações para cada tipo de gráfico

(Configurações de análise)
Chart (Gráfico)

Gráfico de expressão génica em que são
exibidos os dados

Data (Dados)

Folha de cálculo com os dados em cada alvo

Análise de estudo: Dados ANOVAANOVA Settings

P-value Threshold (Limiar de valor P) usado na(Configurações ANOVA)

análiseANOVA Results

Tabela de resultados de ANOVA e análise

(Resultados ANOVA)

Tukey's HSD post-hoc (post-hoc de HSD de
Tukey)

Shapiro-Wilk Normality

Grupo biológico, contagem, valor P e quaisquer

Test (Teste de normalidade

erros que ocorram para cada alvo na análise

Shapiro-Wilk)
ANOVA Errors (Erros de

Erros identificados durante os cálculos de

ANOVA)ANOVA

Guia do utilizador | 303

Capítulo 12 Análise de expressão génica

Criar um relatório Gene Study (Estudo de genes)
Como criar um relatório Gene Study (Estudo de genes)
1.

Ajuste os dados e gráficos do relatório de estudo de genes, conforme necessário, antes de criar um
relatório.

2.

Selecione Tools (Ferramentas) > Reports (Relatórios) no menu Gene Study (Estudo de genes) para
abrir a caixa de diálogo Report (Relatórios).

3.

Escolha as opções que deseja incluir no relatório. O relatório é aberto com as opções predefinidas
selecionadas. Selecione ou desmarque as caixas de seleção para alterar categorias inteiras ouopções individuais dentro de uma categoria.
Categorias de relatórios Gene Study (Estudo de genes) na página 301 lista as opções disponíveis
para exibição.

4.

Altere a ordem das categorias e itens num relatório. Arraste as opções para a posição desejada. Os
itens podem ser reordenados apenas dentro das categorias às quais pertencem.

5.

Clique em Update Report (Atualizar relatório) para atualizar a Report Preview (Pré-visualização derelatório) com quaisquer alterações.

6.

Imprima ou guarde o relatório. Clique no botão Print Report (Imprimir relatório) na barra deferramentas para imprimir o relatório atual. Selecione File (Ficheiro) > Save (Guardar) para guardaro relatório em formato de ficheiro PDF (ficheiro Adobe Acrobat Reader) e selecione uma localização
para guardar o ficheiro. Selecione File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) para guardar o relatório
com um novo nome ou numa nova localização.

7.

(Opcional) Criar um modelo de relatório com as informações desejadas. Para guardar as
configurações atuais do relatório num modelo, selecione Template (Modelo) > Save (Guardar) ou
Save As (Guardar como). Em seguida, carregue o modelo de relatório na próxima vez que pretendercriar um relatório.

304 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexo A Cálculos da análise de dados
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) calcula as fórmulas
automaticamente e exibe os resultados nos separadores Data Analysis (Análise de dados). Este anexo
explica em pormenor como o CFX Maestro Dx SE calcula as fórmulas.

Eficiência da reação
A evidência sugere que o uso de uma medida precisa de eficiências para cada iniciador e sonda lhe dará
resultados mais precisos ao analisar os dados de expressão génica. O valor de eficiência predefinido
usado nos cálculos de expressão génica é 100%. Para avaliar a eficiência da reação, gere uma curvapadrão usando diluições seriadas de uma amostra representativa numa faixa dinâmica relevante e, em
seguida, registe a eficiência para a análise de expressão génica subsequente. Se a corrida incluir uma
curva padrão, o software calcula automaticamente a eficiência e exibe-a na Standard Curve (Curvapadrão) no separador Quantification (Quantificação) quando Auto Efficiency (Eficiência automática) for
selecionada no separador Targets (Alvos) na janela Experiment Settings (Configurações deexperiências).
A efficiency (eficiência) (E) nas fórmulas de eficiência refere-se às “eficiências” descritas por Pfaffl (2001)
e Vandesompele et al. (2002). Nestas publicações, uma eficiência de 2 (duplicação perfeita em cada
ciclo) é equivalente a 100% de eficiência neste software. É possível converter os cálculos de eficiência
que utiliza para os que são usados no software através das seguintes relações matemáticas:n

E = (% de Eficiência * 0,01) + 1n% de Eficiência = (E – 1) * 100

Relative Quantity (Quantidade relativa)
A fórmula para quantidade relativa (ΔCq) para qualquer amostra (GOI) é:

Observação: esta fórmula é usada para calcular a Relative Quantity (Quantidade relativa) quandonão há amostra de controlo definido.
Em que:Guia do utilizador | 305

Anexo A Cálculos da análise de dadosn

E = eficiência do iniciador e conjunto de sondas. Esta eficiência é calculada com a fórmula(% de eficiência * 0,01) + 1, em que 100% de eficiência = 2nC q (mín.) = Cq médio para a amostra com a menor média Cq para GOInC q (amostra) = Cq médio para a amostran

GOI = Gene of interest (gene de interesse) (um alvo)

Quantidade relativa quando é selecionado um controlo
Quando é atribuída uma amostra controlo ou grupo biológico, a relative quantity (quantidade relativa)(RQ) para qualquer amostra com um gene of interest (gene de interesse) (GOI) é calculada com esta
fórmula:Em que:n

E = eficiência do iniciador e conjunto de sondas. Esta eficiência é calculada com a fórmula(% de eficiência * 0,01) + 1, em que 100% de eficiência = 2nCq (controlo) = Average (Média) Cq para a amostra de controlon

Cq (amostra) = Average (Média) Cq para todas as amostras com um GOInGOI = Gene of interest (gene de interesse) (um alvo)

Desvio padrão da quantidade relativa
Importante: Este cálculo é aplicável apenas quando Analyze Using (Analisar usando) estiverconfigurado como Samples Only (Apenas amostras), Sample Biological Group (Grupo biológico deamostra) ou Biological Group Sample (Amostra de grupo biológico).
A fórmula para o desvio padrão da quantidade relativa éEm que:n

SD Relative Quantity (Quantidade relativa SD) = desvio padrão da quantidade relativan

SD CqGOI sample (amostra) = Desvio padrão do Cq para a amostra (GOI)n

Relative Quantity (Quantidade relativa) = Quantidade relativa da amostra

306 | Software CFX Maestro Dx SE

Eficiência corrigida Cq (CqE)n

E = eficiência do iniciador e conjunto de sondas. Esta eficiência é calculada com a fórmula(% de eficiência * 0,01) + 1, em que 100% de eficiência = 2nGOI = Gene of interest (gene de interesse) (um alvo)

Eficiência corrigida Cq (CqE)
A fórmula para a eficiência corrigida Cq é

Em que:n

E = EficiênciaMean Efficiency Corrected Cq (Eficiência média corrigida Cq)(MCqE)
A fórmula para Mean Efficiency Corrected Cq (Eficiência média corrigida Cq) éEm que:n

CqE = Eficiência corrigida Cqnn = Número de réplicas

Guia do utilizador | 307

Anexo A Cálculos da análise de dados

Normalized Expression (Expressão normalizada)
Normalized expression (Expressão normalizada) (ΔΔCq) é a quantidade relativa de alvo (gene)normalizada para as quantidades dos alvos de referência (genes ou sequências) no sistema biológico em
causa. Para selecionar alvos de referência, abra a janela Experiment Settings (Configurações deexperiências) e clique na coluna de referência para cada alvo que serve como um gene de referência.
A fórmula para expressão normalizada, que usa o cálculo da Relative Quantity (Quantidade relativa)(RQ) calculada, éEm que:n

RQ = Relative Quantity (Quantidade relativa) da amostran

Ref = Alvo de referência numa corrida que inclua um ou mais alvos de referência em cada amostran

GOI = Gene of interest (gene de interesse) (um alvo)

Desde que os alvos de referência não alterem o respetivo nível de expressão no sistema biológico em
causa, o cálculo da expressão normalizada será responsável pelas diferenças de carregamento ou
variações no número de células que são representadas em cada uma de suas amostras.

308 | Software CFX Maestro Dx SE

Expressão normalizada quando for selecionado um controlo

Expressão e quantidade relativa para grupos biológicos
Quando Analyze Using (Analisar usando) estiver configurado como Biological Groups Only (Apenas
grupos biológicos), o software exibe a expressão da média (expressão normalizada ou quantidade
relativa, dependendo da seleção de modo) das amostras dentro do grupo biológico. Como a expressão
tipicamente é distribuída normalmente por log, a expressão tem a média calculada usando a média
geométrica:

Em que:nExp1, Exp2, Expn = Quantidade relativa ou expressão normalizada das amostras no grupo biológico

nn = Número de amostras no grupo biológico

Expressão normalizada quando for selecionado um controlo
Ao selecionar uma amostra de controlo na janela Experiment Settings (Configurações de experiências), o
software define o nível de expressão da amostra de controlo como 1. Nesta situação, o software
normaliza as quantidades relativas de toda a expressão do alvo (gene) para a quantidade de controlo(um valor igual a 1). Esta expressão normalizada é equivalente à análise da expressão normalizada sem
escala quando é escolhido um controlo.
Observação: esta expressão também é conhecida como a expressão normalizada relativa (RNE) ealteração da multiplicação.

Guia do utilizador | 309

Anexo A Cálculos da análise de dados

Desvio padrão para a expressão normalizada
A alteração da escala do valor da expressão normalizada (NE) é realizada dividindo o desvio padrão (SD)da expressão normalizada pelo valor da expressão normalizada para os níveis de expressão individual
mais altos (MAX) ou mais baixos (MIN), dependendo da opção de escala escolhida. Á fórmula para
desvio padrão (SD) do fator de normalização é

Em que:n

RQ = Relative Quantity (Quantidade relativa) da amostran

SD = Desvio padrão

n

NF = Fator de normalização

n

Ref = Alvo de referência

nn = Número de alvos de referência

Quando uma amostra de controlo é designada, não é necessário executar essa função de alteração daescala no desvio padrão, conforme mostrado na fórmula a seguir:Em que:n

NE = Expressão normalizadan

RQ = Relative Quantity (Quantidade relativa) da amostran

SD = Desvio padrão

n

GOI = Gene of interest (gene de interesse) (um alvo)

310 | Software CFX Maestro Dx SE

Expressão normalizada com escala fixada para o nível mais alto de expressão

Expressão normalizada com escala fixada para o nível mais
alto de expressão
Quando a corrida não inclui controlos, dimensione a expressão normalizada (NE) para cada alvo (gene)
dividindo o nível de expressão de cada amostra pelo nível mais alto de expressão de todas as amostras.
O software define o nível mais alto de expressão para um valor de 1 e redimensiona todos os níveis deexpressão de amostra. A fórmula para a escala mais alta éEm que:n

GOI = Gene de interesse (alvo)

Expressão normalizada com escala fixada o nível mais baixo
de expressão
Quando a corrida não inclui controlos, dimensione a expressão normalizada (NE) para cada alvo (gene)
dividindo o nível de expressão de cada amostra pelo nível mais baixo de expressão de todas asamostras. O software define o nível mais baixo de expressão para um valor de 1 e redimensiona todos osníveis de expressão de amostra. A fórmula para a escala mais baixa éEm que:n

GOI = Gene de interesse (alvo)

Expressão normalizada com escala fixada para o nível médiode expressão
Quando a corrida não inclui controlos, dimensione a normalized expression (expressão normalizada)(NE) para cada alvo (gene) dividindo o nível de expressão de cada amostra pelo nível médio geométrico
de expressão de todas as amostras. O software define o nível médio de expressão para um valor de 1 eredimensiona todos os níveis de expressão de amostra. A fórmula para a escala média éEm que:n

GOI = Gene de interesse (alvo)

Guia do utilizador | 311

Anexo A Cálculos da análise de dadosnGM = Geometric mean (Média geométrica) da expressão normalizada para todas as amostras

312 | Software CFX Maestro Dx SE

Desvio padrão para a expressão normalizada com escala

Desvio padrão para a expressão normalizada com escala
A alteração da escala do valor da expressão normalizada (NE) com escala é realizada dividindo o desviopadrão (SD) da expressão normalizada pelo valor da expressão normalizada para os níveis deexpressão individual mais altos (MAX) ou mais baixos (MIN), dependendo da opção de escala escolhida.
Observação: quando uma amostra de controlo é designada, não é necessário executar essa função
de alteração da escala no desvio padrão.
O cálculo para esta fórmula éEm que:n

NE = Expressão normalizadanSD = Desvio padrão

n

GOI = Gene de interesse (alvo)nMAX = Nível de expressão mais alton

MIN = Nível de expressão mais baixo

Guia do utilizador | 313

Anexo A Cálculos da análise de dados

Barras de erros para desvio padrão (lg) e erro padrão damédia (lg)Além dos intervalos de confiança, as barras de erros podem ser exibidas para grupos biológicos com
base no desvio padrão ou no erro padrão da média de log2 da expressão. As barras de erros são
calculadas como segue:
RQ barra de erros inferior = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) ou 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ barra de erros superior = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) ou 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Em que:nRQ(lg) = log2 da quantidade relativa para o grupo biológicon

SD RQ(lg) = desvio padrão da quantidade relativa (log2)n

SEM RQ(lg) = erro padrão da média da quantidade relativa (log2)

Exp. Barra de erros inferior = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) ou 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. Barra de erros superior = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) ou 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Em que:nExp.(lg) = log2 da expressão (expressão normalizada) para o grupo biológicon

SD RQ(lg) = desvio padrão da expressão (log2)n

SEM RQ(lg) = erro padrão da média da expressão (log2)

314 | Software CFX Maestro Dx SE

Alteração da multiplicação

Alteração da multiplicação
A alteração da multiplicação é uma medida do aumento ou da redução na expressão de um alvo parauma amostra experimental em comparação com uma de controlo ou um grupo biológico e é determinada
da seguinte forma:
Se Expressão (experimental) > Expressão (controlo):

Se Expressão (experimental) < Expressão (controlo):

Observação: para o gráfico, a Expressão é baseada na quantidade relativa ou expressão
normalizada, dependendo do modo selecionado (ver Graphing (Gráfico) na página 276). No entanto,para gráfico de dispersão e clustergram a alteração da multiplicação sempre é calculada a partir da
expressão normalizada.

Guia do utilizador | 315

Anexo A Cálculos da análise de dados

Fórmulas de valor corrigidas
Importante: estes cálculos são aplicáveis apenas quando Analyze Using (Analisar usando) estiver
definido como Samples Only (Apenas amostras), Sample Biological Group (Grupo biológico deamostra) ou Biological Group Sample (Amostra de grupo biológico).
A diferença entre valores corrigidos e não corrigidos é visualizada apenas caso a curva padrão for criada
como parte da corrida de PCR em tempo real. O software usa três equações para determinar a
propagação de erro:nStandard Error (Erro padrão)nErro padrão para a expressão normalizadanErro padrão para o gene de interesse (alvo) normalizado

A fórmula para o erro padrão é

Em que:nn = Número de alvos de referência (genes)n

SD = Desvio padrão

O erro padrão para o fator de normalização na fórmula de expressão normalizada éEm que:nn = Número de alvos de referência

n

SE = Erro padrão

n

NF = Fator de normalização

n

RQ = Relative quantity (Quantidade relativa)

A fórmula para o erro padrão para o gene de interesse (GOI) normalizado é

Em que:n

SE = Erro padrão

316 | Software CFX Maestro Dx SE

Cálculo do intervalo de confiança para Biological Group Analysis (Análise de grupo biológico)n

GOI = Gene of interest (gene de interesse) (um alvo)n

NF = Fator de normalização

nn = Número de alvos de referência

Cálculo do intervalo de confiança para Biological Group
Analysis (Análise de grupo biológico)Ao conduzir a análise de grupos biológicos (Analyze Using (Analisar usando) é configurado como
Biological Groups Only (Apenas grupos biológicos), os intervalos de confiança são calculados para aquantidade relativa e a expressão normalizada relativa.
Os intervalos de confiança são calculados em escala logarítmica com base na distribuição t usando a
seguinte fórmula:

Em que:n= Expressão média dos níveis de expressão em escala logarítmica das amostras no grupo
biológicon

SD = Desvio padrão dos níveis de expressão em escala logarítmica das amostras no grupo biológico

nn = número de amostras no grupo biológico

nt = obtido a partir da distribuição t com base nos graus de liberdade e no nível alfa
Observação: O nível alfa pode ser definido usando o campo de P-value threshold (Limiar dovalor P) no separador Graphing (Gráficos).

Após cálculo dos intervalos de confiança estes são convertidos em escala linear e apresentados na Gene
Expression Data Table (Tabela de dados de expressão génica) e no gráfico de barras no separador
Graphing (Gráficos).

Cálculos de Box and Whisker chart (Diagrama de caixa)
O diagrama de caixa exibe a distribuição dos valores de expressão dentro de um grupo biológico
desenhando os dados como quartis. O 1º e o 3º quartis são representados pelos limites inferior e superiorda caixa, respetivamente. A média é exibida como uma reta sólida que atravessa a caixa. As retas
representam os valores mínimos e máximos não discrepantes no conjunto de dados. Os discrepantes
são valores que ultrapassam o 1º e o 3º quartis por 1,5 vez o intervalo entre os quartis.

Guia do utilizador | 317

Anexo A Cálculos da análise de dados

Observação: se houver apenas uma amostra no grupo biológico, esta será mostrada como umúnico círculo, indicando um único ponto de dados.
O Box and Whisker chart (Diagrama de caixa) a seguir mostra como esses dados são representados.

LEGENDA1.

Discrepante. O valor deste discrepante é > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Observação: coloque o cursor sobre o círculo para visualizar uma dica de ferramenta que
exibe o nome da amostra e as informações da quantidade relativa ou da expressão
normalizada dependendo de qual modo é selecionado.

2.

Demarcação máxima não discrepante

3.

Quartil superior/3º (Q3). 75% dos valores de expressão são inferiores a Q3.

4.

A média, ou o valor mais central dos valores de expressão ordenados por classificação

5.

Quartil inferior/1º (Q1). 25% dos valores de expressão são inferiores a Q1.

6.

Demarcação mínima não discrepante

7.

Discrepante. O valor deste discrepante é < Q1 + (1,5 x [Q3 - Q1]).

318 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexo B Pistas de auditoria
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) cria pistas de auditoria para
ficheiros de dados e de estudos de genes (ficheiros .prcd e .mgxd, respetivamente). Quaisquer
alterações feitas ou ações executadas em ficheiros de dados seguros e de estudo de genes são
capturadas na pista de auditoria quando o ficheiro é guardado. O CFX Maestro Dx SE cria uma pista deauditoria separada para cada ficheiro.
É possível escolher File (Ficheiro) > Save As (Guardar como) e guardar os ficheiros de dados seguros ede estudo de genes assinados ou não assinados noutra pasta ou com outro nome. O novo ficheiro herda
a pista de auditoria do ficheiro original. A pista de auditoria do novo ficheiro também inclui a atividade
Save As (Guardar como). As alterações ou ações executadas no novo ficheiro são capturadas na sua
própria pista de auditoria. O ficheiro original mantém a pista de auditoria na qual são capturadas outras
atividades.
Eventos auditáveis na página 321 lista os eventos auditáveis que o software captura.

Visualizar pistas de auditoria
Cada pista de auditoria exibe as seguintes informações:nInformações do cabeçalho de auditoriaoFile version (Versão do ficheiro) — a versão guardada do ficheirooDate (Data) — a data do evento auditável atualo

User (utilizador) — o domínio do Windows e o nome do utilizador com a sessão iniciadaoComment (Comentário) — o último comentário guardadoo

Signature (Assinatura) — a assinatura eletrónica da última pessoa que assinou o ficheiroo

Signature reason (Motivo da assinatura) — o motivo da assinaturaoApplication (Aplicação) — CFX Maestro Dx SEoApplication version (Versão da aplicação) — a versão atual do CFX Maestro Dx SE

oFull user (Utilizador completo) — o nome completo do utilizador com a sessão iniciadaoMachine (Dispositivo) — o computador no qual o CFX Maestro Dx SE está instalado

Guia do utilizador | 319

Anexo B Pistas de auditorianInformações sobre alterações para auditoriaoObject (Objeto) — o item que foi alterado (o item auditado)o

Old value (Valor antigo) — o valor anterioro

New value (Novo valor) — o novo valoroDescription (Descrição) — a descrição da alteração

Como visualizar a pista de auditoriauNo ficheiro de dados ou de estudo de genes aberto, selecione View (Visualizar) > Audit Trail (Pistade auditoria). A pista de auditoria do ficheiro é exibida.

Por predefinição, os dados são ordenados por data e hora, e todos os eventos aparecem na vista
expandida. Pode filtrar a vista por nome de utilizador e objeto e recolher a vista expandida paraordenar por qualquer campo de cabeçalho. Pode também visualizar a pista de auditoria como um
relatório html.

Como ordenar por nome de utilizadoru

Selecione o utilizador de destino na lista suspensa User Name (Nome do utilizador).

Como ordenar por objetou

Selecione o alvo na lista suspensa Object (Objeto).

Como ocultar a descrição completa dos eventosuClique em Collapse All (Recolher tudo).

320 | Software CFX Maestro Dx SE

Eventos auditáveis

Como ordenar dados na tabela de informações sobre alterações
u

Clique no símbolo de losango no cabeçalho da coluna de dados para ordenar de forma crescente (Aa Z, do menor ao maior número, ou do mais antigo ao mais recente).

Como imprimir a pista de auditoria
1.

Clique em HTML Report (Relatório HTML) para exibir a pista de auditoria num navegador da Web.

2.

Na janela do navegador, execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Ficheiro) > Print (Imprimir).

nClique com o botão direito no relatório e selecione Print (Imprimir).

Eventos auditáveisO CFX Maestro Dx SE captura os eventos auditáveis a auditar em ficheiros de dados e de estudos degenes.

Eventos auditáveis durante a corrida
nHora de início da corridanEdições de placa no tempo de corridanEdições de protocolo no tempo de corrida

nHora de término da corrida

Eventos auditáveis quando é criado um ficheiro de dadosnCriação do ficheiro de dadosnLeituras de placa interpoladas adicionadas pelo sistema

Eventos auditáveis quando é guardado um ficheiro de dadosnGeneral (Geral)
o

Nome

o

Signing (Assinatura)oPlate Setup (Configuração de placa)oDisplay Wells (Exibição de poços)oAnalyzed fluorophores (Fluoróforos analisados)oPlate edits (Edições de placa)

Guia do utilizador | 321

Anexo B Pistas de auditoria

n

n

n

n

n

o

Analysis mode (Modo de análise)o

PCR Active Well Group (Grupo de poços de PCR ativos)

Separador Quantification (Quantificação)oActive step (Etapa ativa)oSettings (Configurações) — Cq Determination mode (Modo de determinação de Cq)oSettings (Configurações) — Baseline Setting (Configuração de linha de base)oDrift correction applied (Aplicada correção de derivação)o

Settings (Configurações) — Cycles to Analyze (Ciclos para análise)oSettings (Configurações) — Analysis Mode (Modo de análise)oSettings (Configurações) — Baseline Threshold (Limiares de linha de base)

Separador Melt Curve (Curva de fusão)oActive step (Etapa ativa)oTipo de pico exibidooLimiar de análise de pico

Separador End Point (Ponto final)oFluoróforo ativo/alvooCiclos finais para a médiaoMétodo de cálculo de tolerância

oPercentagem do intervalo

Separador Allelic Discrimination (Discriminação alélica)o

Fluoróforo dos eixos X e YoSelecionar número do ciclooExibir mapa de chamadas

Separador Gene Expression (Expressão génica) — Todos os gráficosoExperiment Settings (Configurações de experiências) — Target reference (Referência alvo)oExperiment Settings (Configurações de experiências) — Sample control (Controlo da amostra)oExperiment Settings (Configurações de experiências) — Auto efficiency (Eficiência automática)

322 | Software CFX Maestro Dx SE

Eventos auditáveis

o
n

n

n

n

Separador Gene Expression (Expressão génica) — Graphing (Gráficos)oAnalysis mode (Modo de análise)oDados do gráfico

o

Eixo XoEixo YoOpção de escalaoBarra de errosoError Bar Multiplier (Multiplicador da barra de erros)oLimiar de P-Value (Valor P)

Separador Gene Expression (Expressão génica) — Clustergramo

Cluster By (Agrupar por)oSplit out replicates (Réplicas separadas)

Separador Gene Expression (Expressão génica) — Scatter Plot (Gráfico de dispersão)o

Grupo biológico de controlooGrupo biológico experimentaloLimiar de alteração da multiplicação

Separador Gene Expression (Expressão génica) — ANOVAonnExperiment Settings (Configurações de experiências) — Efficiency (Eficiência)

Limiar de P-Value (Valor P)

Plate Setup (Configuração da placa) — View/Edit Plate (Visualizar/editar placa)oSettings (Configurações) — PlateType (Tipo de placa)oSettings (Configurações) — Units (Unidades)oEditing Tools (Ferramentas de edição) — Flip Plate (Inverter placa)oGrupos de poçosoPlacas de fluoróforo

Plate Setup (Configuração da placa) — Substituir a placa e aplicar o ficheiro PrimePCRo

Importação da configuração da placa

Guia do utilizador | 323

Anexo B Pistas de auditoria

Auditar alterações nos ficheiros de estudo de genes
General (Geral)
n

Nome

n

Separador Study Setup (Configuração do estudo)onAdicionar/remover ficheiros de dados

Separador Study Analysis (Análise do estudo)

324 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexo C Integração LIMS
É possível configurar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança) para uso com
um sistema de gestão de informações de laboratório (LIMS). Para integração LIMS, o CFX Maestro Dx
SE requer informações de configuração da placa geradas pela plataforma LIMS (um ficheiro LIMS,*.plrn), um ficheiro de protocolo criado usando o CFX Maestro Dx SE (* .prcl), uma localização deexportação de dados definida e um formato de exportação definido.
Quando a corrida termina, o CFX Maestro Dx SE gera um ficheiro de dados (.pcrd) e guarda-o na pasta
de exportação de dados definida. O CFX Maestro Dx SE também pode criar um ficheiro de dados
compatível com LIMS no formato .csv e guardá-lo no mesmo local.

Criar ficheiros de dados compatíveis com LIMS
Este anexo explica como configurar o CFX Maestro Dx SE para criar, guardar e exportar ficheiros dedados compatíveis com LIMS.

Configurar a pasta e as opções de exportação de dados LIMS
Como predefinição, o CFX Maestro Dx SE guarda os protocolos LIMS, os ficheiros e os ficheiros deexportação de dados na seguinte pasta:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
É possível configurar o CFX Maestro Dx SE para guardar os ficheiros noutra pasta e alterar as opções deexportação para os dados LIMS.

Como configurar uma pasta e as opções de exportação de dados LIMS
1.

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Options (Opções).

2.

Na caixa de diálogo Options (Opções), selecione Data Export Settings (Configurações deexportação de dados).

Guia do utilizador | 325

Anexo C Integração LIMS

3.

(Opcional) Selecione Automatically export LIMS data (Exportar dados LIMS automaticamente) no
final da corrida.
O software exportará automaticamente os dados LIMS após cada corrida e guardá-los-á na
localização especificada.

4.

Para alterar as opções de exportação predefinidas para os dados LIMS, clique em LIMS Data Export
Settings (Configurações de exportação de dados LIMS).
Importante: apenas os dados LIMS exportados como um ficheiro .csv file podem sernovamente importados para o CFX Maestro Dx SE.

5.

Na caixa de diálogo LIMS Data Export Format Settings (Configurações de formato de exportação dedados LIMS), selecione as opções de exportação necessárias e clique em OK.

6.

Na caixa de diálogo Options (Opções), navegue e selecione uma pasta predefinida na qual deseja
guardar os ficheiros de dados LIMS. É possível selecionar uma localização diferente para cada tipo
de ficheiro:nProtocol (Protocolo)n

LIMS file (ficheiro LIMS)

326 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar ficheiros de dados compatíveis com LIMSn7.

Data export (Exportação de dados)

Clique em OK para guardar as alterações e fechar a caixa de diálogo Options (Opções).

Criar um protocolo LIMS
Para iniciar uma corrida do LIMS, crie um ficheiro de protocolo (* .prcl) do CFX Maestro Dx SE e guarde-o
na localização da pasta do protocolo LIMS designado.
Consulte o Capítulo 7, Criar protocolos para obter mais informações.

Criar um ficheiro LIMS
Os ficheiros LIMS (*.plrn) contêm as informações de configuração da placa e o nome do ficheiro do
protocolo. Este ficheiro é gerado pelo LIMS interno. O CFX Maestro Dx SE usa o ficheiro LIMS para criar
um ficheiro de placa para usar com um ficheiro de protocolo.
O CFX Maestro Dx SE fornece ficheiros de modelo de importação de placa que é possível editar para
criar ficheiros de placa LIMS personalizados.
Dica: esta tarefa deve ser executada por um especialista em LIMS.

Como criar um ficheiro LIMS
1.

Na janela Home (Início), selecione View (Visualizar) > Show (Mostrar) > LIMS File Folder (Pasta deficheiros LIMS).

2.

Abra a pasta LIMS Templates (Modelos LIMS) e selecione um ficheiro .csv para importar para o
LIMS interno.

3.

Edite o ficheiro de modelo preenchendo os campos requeridos enumerados na Tabela 38.

4.

Execute uma das seguintes opções:nPara guardar as alterações para uso futuro, guarde o ficheiro como um ficheiro .csv.

nPara guardar as alterações e usar o ficheiro imediatamente, guarde o ficheiro com a extensão
.plrn.

n

Guarde o modelo com a extensão de nome de ficheiro .plrn na pasta File LIMS (Ficheiro LIMS).

Importante: o CFX Maestro Dx SE só pode abrir o ficheiro .plrn. Deve guardar o ficheiro .csv
como .plrn para iniciar a corrida do LIMS.

Guia do utilizador | 327

Anexo C Integração LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do ficheiro .csv LIMS

ColunaA

Linha
1

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Plate Header (Cabeçalho daNão editar

Predefinido

Não editar

Predefinido

placa)
A, B, C

2

Field/Data/Instruction(Campo/Dados/Instrução)B

3

Version (Versão)Não editar

Predefinido

B

4

Plate Size (Tamanho daNão editar

Predefinido

Inserir “BR White”

Requerido

placa)
B

5

Plate Type (Tipo de placa)(Branco BR), “BR
Clear” (TransparenteBR) ou outro tipo deplaca calibrada
B

6

Scan Mode (Modo de leitura)

Inserir “SYBR/FAM
Only” (Apenas
SYBR/FAM), “AllChannels” (Todos oscanais) ou “FRET”

328 | Software CFX Maestro Dx SE

Requerido

Criar ficheiros de dados compatíveis com LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do ficheiro .csv LIMS, continuaçãoColunaB

Linha
7

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Units (Unidades)

Inserir um dos

Requerido

seguintes: “copynumber” (número dacópia), “fold dilution”(diluição damultiplicação),“micromoles,”“nanomoles,”“picomoles,”“femtomoles,”“attomoles,”“milligrams”(miligramas),“micrograms”(microgramas),“nanograms”(nanogramas),“picograms”(picogramas),“femtograms”(femtogramas),“attograms”(atogramas) ou“percent” (por cento)
B

8

Run ID (ID da corrida)

Inserir uma breve

Opcional

descrição ou código
de barras que
identifique esta
corrida (máximo de 30
carateres, vírgulasnão permitidas)
B

9(Run Notes) Observações daInserir a descrição dacorridacorridaOpcional

Guia do utilizador | 329

Anexo C Integração LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do ficheiro .csv LIMS, continuaçãoColunaB

Linha
10

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Run Protocol (Protocolo da

Inserir o nome do

Requerido

corrida)ficheiro de protocolo
exatamente comolistado.

A

11

Data File (Ficheiro de dados)

Inserir o nome do

Opcional

ficheiro de dados
A

12-15

TBD/Empty (Vazio)

Não editar

Predefinido

A

16

Plate Data (Dados da placa)

Não editar

PredefinidoA

17-113Well Position (Posição deNão editar

Predefinido

Ch1 Dye (Corante), Ch2 DyeInserir um nome do

Requerido(Corante), Ch3 Dyecorante calibrado (por(Corante), Ch4 Dye

exemplo, “FAM”) para

(Corante), Ch5 Dye

cada canal que está a(Corante), FRET

ser usado

Sample Type (Tipo deInserir um dos tipos

amostra)de amostra a seguir:

poço)
B-G

H

Requerido“Unknown”(Desconhecido),“Standard” (Padrão),“Positive Control”(Controlo positivo),“Negative Control”(Controlo negativo),“NTC” ou “NRT”
I

J-O

Sample Name (Nome daInserir o nome daamostra)amostraCH1 Target (Alvo), CH2

Inserir o nome do alvo

Target (Alvo), CH3 Target

para cada canal(Alvo), CH4 Target (Alvo),

usado

CH5 Target (Alvo), FRET
Target (Alvo)

330 | Software CFX Maestro Dx SE

Opcional

Opcional

Criar ficheiros de dados compatíveis com LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do ficheiro .csv LIMS, continuaçãoColunaP

Q

Linha

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Collection Name (Nome daInserir o nome do

Opcional

coleção)conjunto biológico

Replicate (Réplica)

Inserir um inteiro

Opcional

positivo para cadaconjunto de réplicas.
O valor não pode ser
zero.
R-W

CH1 Quantity (Quantidade),

Inserir os valores deRequerido para

CH2 Quantity (Quantidade),quantidade para

todos os

CH3 Quantity (Quantidade),

qualquer padrão.

padrões

CH4 Quantity (Quantidade),

Inserir a

CH5 Quantity (Quantidade),

concentração em

FRET (Quantidade)formato decimal.

Guia do utilizador | 331

Anexo C Integração LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do ficheiro .csv LIMS, continuaçãoColunaX

Linha

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Well Note (Observação deInserir a observação

Opcional

poço)

de poço (máximo de
20 carateres)
Observação:embora o
CFX Maestro Dx
SE tenha um
limite de 20
carateres para
observações
inseridas em
Well Note(Observação depoço) por meio
do software, ocampo Well Note
(Observação depoço) podeconter até 500
carateres se
incluído num
ficheiro .plrn
importado. No
entanto, o
CFX Maestro Dx
SE exibirá
apenas os
primeiros 20
carateres. O
ficheiro .pcrd
exportado
conterá todos oscarateres nocampo Well Note
(Observação depoço); nenhum
dado seráperdido.

332 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar ficheiros de dados compatíveis com LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do ficheiro .csv LIMS, continuaçãoColunaY-AD

Linha

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Ch1 Well Color (Cor do

Inserir qualquer cor

Opcionalpoço), Ch2 Well Color (Corde estilo de traçado

do poço), Ch3 Well Colordefinida pelo(Cor do poço), Ch4 Wellutilizador num

Color (Cor do poço), Ch5

formato decimal de

Well Color (Cor do poço),inteiro de 32 bits

FRET Well Color (Cor do(argb)poço),

Iniciar uma corrida LIMS
Como iniciar uma corrida LIMS
1.

Execute uma das opções a seguir para abrir um ficheiro LIMS .plrn:n

Na janela Home (Início), selecione View (Visualizar) > Show (Mostrar) > LIMS File Folder (Pasta
de ficheiros LIMS) e abra o ficheiro .plrn pretendido.

n

Na janela Home (Início), selecione View (Visualizar) > Open (Abrir) > LIMS File (Ficheiro LIMS)e abra o ficheiro .plrn pretendido.

O ficheiro abre no separador Start Run (Iniciar corrida) no Run Setup Wizard (Assistente deconfiguração da corrida). O separador Start Run (Iniciar corrida) exibe informações sobre aexperiência que se vai correr. Exibe também o bloco ou blocos do instrumento ligado nos quais épossível correr a experiência.
2.

No separador Start Run (Iniciar corrida) selecione um instrumento e clique em Start Run (Iniciar
corrida).

Guia do utilizador | 333

Anexo C Integração LIMS

Exportar dados para um LIMS
Após a conclusão da corrida, o CFX Maestro Dx SE gera um ficheiro de dados (.pcrd) e guarda-o numa
localização definida na pasta de exportação de dados.

Como exportar o ficheiro de dados para LIMSu

Abra o ficheiro .pcrd e selecione Export (Exportar) > Export to LIMS Folder (Exportar para pasta
LIMS).

Dica: se selecionar Automatically Export Data after Run (Exportar dados automaticamente depois
da corrida) em LIMS Options (Opções de LIMS), o CFX Maestro Dx SE cria um ficheiro de dados
compatível com o LIMS no formato .csv e guarda-o na mesma pasta.

334 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexo D Resolução de problemas no
CFX Maestro Dx Software, Security Edition(Edição de Segurança)
Este anexo oferece sugestões para solucionar os problemas que pode encontrar durante a atualização
ou a execução do CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança).

Adicionar ficheiros e pastas do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança) à lista de permissões
A fim de garantir proteção contra vírus e malware, o departamento de TI pode ter implementado medidas
de segurança de software muito rígidas. Essas medidas podem afetar o tempo de atualização ou de
execução do CFX Maestro Dx SE.
A fim de melhorar o desempenho do CFX Maestro Dx SE, a Bio-Rad recomenda que o departamento de
TI adicione os seguintes ficheiros e pastas à lista de permissões nas configurações de Firewall dosoftware antivírus instalado no computador do CFX Maestro Dx SE:

PastasnC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Ficheirosn

Todos os ficheiros .exe localizados na pasta C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe e Rscript.exe (localizados na pasta C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Guia do utilizador | 335

Anexo D Resolução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

Registo da aplicação
Antes de iniciar uma nova corrida, o sistema CFX Opus Dx inicia um teste de autodiagnóstico paraverificar se está a ser executado dentro das especificações. O software regista os resultados do teste no
ficheiro Run Log (Registo de corrida) e Application Log (Registo da aplicação). Se se aperceber de um
problema em uma ou mais experiências, abra os Registos de corrida e da aplicação para descobrir
quando teve início o problema.
O CFX Maestro Dx SE Dx rastreia informações sobre o estado de um instrumento durante uma corrida
no Application Log (Registo da aplicação). Use esses registos para rastrear eventos que ocorrem nos
instrumentos e no software e para solução de problemas.

Como abrir o Registo da aplicação
u

Na janela Home (Início), selecione View (Visualizar) > Application Log (Registo da aplicação).

Para ver o Application Log (Registo da aplicação) como um ficheiro HTML, clique no botão HTML
Report (Relatório HTML).

336 | Software CFX Maestro Dx SE

Resolução de problemas

Recuperação de ficheiros de registo Aplicação e Firmware
Os registos de aplicações e firmware contêm informações que detalham as ações executadas durante a
utilização do software e o desempenho das execuções. Estes registos também guardam quaisquer errosde software ou firmware que ocorram durante o funcionamento do software ou instrumento.

Para aceder aos ficheiros de registo da aplicação e do firmware:1.

No painel Detected Instruments (Instrumentos detetados), clique com o botão direito do rato sobre oinstrumento.

2.

Selecione Retrieve Log Files (Recuperar ficheiros de registo).

3.

Na caixa de diálogo Browse for Folder (Procurar por pasta), selecione a pasta de destino na sua redeou numa unidade local para a qual pretende guardar os ficheiros de registo.
Observação: A pasta chama-se "Logs" (Registos).

4.

Clique em OK para guardar os ficheiros.
Importante: Guardar um ficheiro de registo com o mesmo nome de ficheiro que um ficheiro deregisto existente irá sobrescrever o ficheiro de registo existente.

Resolução de problemas
Tipicamente, os problemas de comunicação do software e do instrumento podem ser resolvidos
reiniciando o computador e o sistema. Certifique-se de que guardou qualquer trabalho em curso antes dereiniciar.
Observação: verifique se o seu computador tem RAM e espaço livre em disco suficientes. O mínimo
de RAM é 4 GB e o mínimo de espaço no disco rígido é 128 GB.

Falta de energia
Em caso de falta de energia, o instrumento e o computador serão desligados. Se a falta de energia forcurta, o instrumento retomará a corrida de um protocolo, mas o registo da aplicação anotará a falta deenergia. Dependendo das configurações do computador e do período em que a energia está desligada, oinstrumento e o software tentam continuar a corrida, dependendo da etapa do protocolo:n

Se o protocolo estiver numa etapa sem leitura de placa, o protocolo continuará a corrida assim que o
instrumento voltar a receber energia.

n

Se o protocolo estiver numa etapa com uma leitura de placa, o instrumento aguardará areinicialização do software e retomará a comunicação para recolher os dados. Nessa situação, oGuia do utilizador | 337

Anexo D Resolução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

protocolo continua apenas se o software não for desligado pelo computador. Quando o computadore o software são inicializados novamente, o protocolo continua.

Transferir ficheiros para o computador do CFX Maestro Dx SE
É possível transferir os dados e os ficheiros de registo localizados no instrumento para o disco rígido deum computador CFX Maestro Dx SE ligado.
Dica: todos os ficheiros na pasta de dados em tempo real da base do instrumento são transferidospara o computador.
Observação: nos instrumentos CFX Opus Dx, é possível transferir apenas ficheiros de registo.
Todos os ficheiros de registo do instrumento são transferidos para o computador.

Como recuperar ficheiros do instrumento1.

No painel Detected Instruments (Instrumentos detetados) na janela Home (Início), clique com obotão direito do rato no instrumento pretendido e selecione Retrieve Log Files (Recuperar ficheiros
de registo).

2.

Escolha uma localização de pastas para guardar os ficheiros recuperados.

3.

Clique em OK.

Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição deSegurança) manualmente
Como instalar o CFX Maestro Dx SE manualmente
1.

Se necessário, desconecte todos os instrumentos ligados ao computador.
Localize e desligue o cabo USB do instrumento no computador do CFX Maestro Dx SE. A
extremidade inserida no instrumento pode permanecer no lugar.

2.

Inicie a sessão no computador do CFX Maestro Dx SE com privilégios de administração.

3.

Insira a unidade USB do CFX Maestro Dx SE na porta USB do computador.

4.

No Windows Explorer, navegue para e abra a unidade USB do CFX Maestro Dx SE.

5.

Abra a pasta CFX e clique duas vezes em CFXMaestroDxSetup.exe para instalar o CFX Maestro Dx
SE.

6.

Siga as instruções no ecrã para instalar o software.
Depois de concluída, o ecrã de abertura do Bio-Rad CFX Maestro Dx Software, Security Edition(Edição de Segurança) é exibido no computador e o ícone do Bio-Rad CFX Maestro Dx Software,
Security Edition (Edição de Segurança) aparece na área de trabalho.

338 | Software CFX Maestro Dx SE

Resolução de problemas

7.

Ejete com segurança a unidade USB do software e inicie o CFX Maestro Dx SE.

Reinstalar os drivers
Como reinstalar os drivers do instrumentou

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar os
drivers do instrumento).

Observação: Se tiver problemas de comunicação entre o software e um sistema em tempo real
depois de reinstalar os drivers e verificar a ligação USB, entre em contacto com o Technical Support(Suporte Técnico) da Bio-Rad.

Guia do utilizador | 339

Anexo D Resolução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition (Edição de Segurança)

340 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices
for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Guia do utilizador | 341

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

342 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Guia do utilizador | 343

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

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Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Guia do utilizador | 345

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

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Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveonamediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andGuia do utilizador | 347

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the348 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Guia do utilizador | 349

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this350 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Guia do utilizador | 351

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

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Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Guia do utilizador | 353

Anexo E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products354 | Software CFX Maestro Dx SE

Anexo F Referências
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4.501–4.505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3.746–3.750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2.002–2.007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2nd ed (Nova Iorque:
SAGE Publications, Inc.).

Minpack Copyright Notice (1999) Universidade de Chicago. Todos os direitos reservados
A redistribuição e a utilização em formatos de fonte e binários, com ou sem modificações, são permitidos,
desde que sejam cumpridas as seguintes condições:1.

As redistribuições do código-fonte devem reter a notificação de direitos autorais acima referida, esta
lista de condições e a exoneração de responsabilidade seguinte.

2.

As redistribuições em formato binário devem reproduzir a notificação de direitos autorais acimareferida, esta lista de condições e a exoneração de responsabilidade seguinte na documentação
e/ou outros materiais fornecidos com a distribuição.

3.

A documentação para o utilizador final incluída com a redistribuição, se houver, deve incluir aseguinte declaração:“Este produto inclui software desenvolvido pela Universidade de Chicago, atuando na qualidade deoperador do Argonne National Laboratory.”

Guia do utilizador | 355

Anexo F Referências

356 | Software CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, FrançaTel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

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US/EG

22-02390422

Sig 0122