トーゴ―の日シンポジウム2019 (2019/10/5)

プロテオームデータベースjPOSTの挑戦
京大院薬 石濱 泰&jPOST TEAM
Licensed under CC-BY 4.0 ©2019 Yasushi Ishihama (Kyoto Univ)What is jPOST? https://jpostdb.org
For Data Integration& Sharing
in Life Science

Supported by NBDC-JST since 2015

jpostdb.org

MS raw data with metadata are
stored in ProteomeXchange
formats.

4

ProteomeXchange Consortium

Panorama-public

PRIDE
iProX

PASSEL
MassIVE

Only one repository in Asia-Oceania

5

jPOST User Distribution
July 2019265 users from 28 countries

6Registered Project Number
July 2019

Registered 476 projects

7

Statistics

Oct 2019jPOST Re-Analysis

9Target-Decoy Approach for estimating FDR(%)

Forward Database

Hitproteins

Decoy Database

False hit proteins

False Discovery Rate = False Positive/(False Positive + True Positive)
10

Multiple search engines with FDR control
PSM at FDR=1% by different search engines
 HeLa global proteome dataset (JPST000200)

Decoy
1,739 PSM in total

Target72,279 PSM in total
MaxQuant（49,084 PSM）

Comet
（62,917 PSM）

249
Mascot521（61,251 PSM）

1,278

2,733
111

466

3,554

9,070

Comet
（628 PSM）

281Mascot（613 PSM）

62

315

FDR
2.41%

357
19

18
43

97
1,424

1,693

X!Tandem（66,154 PSM）

4,100

184
46,032767

MaxQuant（488 PSM）

73
20

53
45
58

360
1619

X!Tandem（644 PSM）

Universal index for annotated MSMS spectra

How can we merge the resultsfrom different sources?

UniScore•••••based on peak annotation in MSMS
search engine independent
MS instrument independent
search DB independent
can be used as universal thresholdfor peptide identification

12

Relationship between different scores
Dataset:JPST000200(5 files)Tryptic peptides from HeLa cells, by Thermo Q-Exactive with 8h gradient

関係UniScore

UniScore

UniScore

UniScoreOptimized UniScore to rank down the decoy hits
Dataset:JPST000200(5 files)

FDR%

Tryptic peptides from HeLa cells, by Thermo Q-Exactive with 8h gradient

Mascot results

X! tandem results

Mascot results sorted
by UniScore

X!tandem results sorted
by UniScore

MaxQuant results

Comet results

MQ results sorted
by UniScore

Comet results sorted
by UniScore# PSM

4 engines merged results
Sorted by UniScoreMascot
X! tandem
MQ
CometUniScore# PSM

Optimized UniScore to rank down the decoy hits
Dataset:PXD001792

FDR%

Phosphopeptides from mouse Hepa cells by Thermo Q-Exactive

Mascot results

X! tandem results

Mascot results sorted
by UniScore

X!tandem results sorted
by UniScore

MaxQuant results

Comet results

MQ results sorted
by UniScore

Comet results sorted
by UniScore

4 engines merged results
Sorted by UniScore
MascotX! tandem
MQ
CometUniScore

# PSM
# PSM

Re-analysis of large-scale HPP datasets

17mHCT116_iTRAQ（HCD）

CRC_iTRAQ（HCD）
MaxQuant
56,787

1,583

55,204
peptidesUniScore
72,733

17,529CRC_phospho_iTRAQ（HCD）
MaxQuant
UniScore
9,028
11,773

1,585

366

3,111

58,809peptides

18,045

mHCT116_phospho（HCD)
MaxQuant
UniScore
15,524
18,496592

8,662
peptidesUniScore
76,854

MaxQuant
60,394

14,932
peptides3,564

The jPOST Environment
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and databaseMoriya et al., Nucleic Acids Res, 2019 Jan 8;47(D1):D1218-D1224

jPOSTrepo

jPOSTdbChIP-Atlas 連携
jPOST では Slice (データセットグループ） 間で変動解析するための簡易的なツールを提供しており、有意な変動のあったタンパク質（遺伝子）リストを用いてシームレスに ChIP-Atlas でエンリッチメント解析を行うことが可能

これまで提供していた
KEGG, GOの他に
ChIP-Atlasが追加

ChIP-Atlas 連携

変動遺伝子リスト

ChIP-Atlas サイト
変動遺伝子の発現を制御している転写因子などのリスト

Crop Proteome Datasets in jPOST
コメダイズ

Crop proteome datasets in jPOST
Re-analysis• jPOST と他の PX repositoryからのデータ抽出• UniScoreによる再解析• 再解析IDによるデータ登録• データインテグレーション

Database• プロテオーム発現データベース化と比較定量• 各種ツールによるデータ可視化、ネットワーク解析• Missing protein の同定

On-going

統計情報• UniProt(ヒトはneXtProt)におけるタンパク質の同定レベル

25

キュレーションの深化と強化〜Journal of Proteome Data and Methods (JPDM) 創刊〜
Instructions to Authors

Guide to Reviewers
Ethics Policies
https://www.jhupo.org/jpdm/

投稿システム（ScholarOne）
https://mc.manuscriptcentral.com/jpdm

FAQ••
•
•

各種ドキュメントの整備
ウェブサイト構築
投稿システム構築
JST J-stage システムから提供予定

2019.9.30
創刊！

jPOSTメンバー2019