Valós idejű PCR-rendszerek

CFX Maestro Dx SE szoftver
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
A kézikönyv felülvizsgálata: 2022. május
Szoftverkiadás: 2.3

Felhasználói útmutató
Verzió 2.3

CFX Maestro Dx szoftver, Security
EditionFelhasználói útmutató
Verzió: 2.3

A Bio-Rad™ műszaki ügyfélszolgálata
A Bio-Rad műszaki ügyfélszolgálati (Technical Support) részlege az Amerikai Egyesült Államokban csendesóceáni időzóna szerint hétfőtől péntekig, 05:00-től 17:00-ig tart nyitva.
Telefon: +1-800-424-6723, 2-es mellék
E-mail: Support@bio-rad.com (kizárólag az amerikai egyesült államokbeli és a kanadai ügyfelek részére)
Ha Ön az Amerikai Egyesült Államokon vagy Kanadán kívülről szeretne műszaki segítséget kérni, vegye fel akapcsolatot a helyi műszaki ügyfélszolgálati irodával, vagy kattintson a Contact us (Kapcsolatfelvétel)hivatkozásra a bio-rad.com webhelyen.

Figyelmeztetés
A jelen kiadványt sem részben, sem egészben nem szabad a Bio-Rad Laboratories, Inc. írásbeli engedélye
nélkül semmilyen formában vagy eszközzel (sem elektronikusan, sem mechanikusan) sokszorosítani vagy
továbbítani, ideértve a fénymásoló, adatrögzítő vagy bármilyen információtároló vagy -lekérdező
rendszereket.
A Bio-Rad fenntartja a jogot, hogy termékeit és szolgáltatásait bármikor módosítsa. A jelen útmutató értesítés
nélkül megváltozhat. Habár a jelen dokumentum elkészítése során fontos szempont volt a pontosság, a BioRad nem vállal felelősséget sem az esetleges hibákért vagy hiányosságokért, sem a jelen dokumentumbanszereplő információk alkalmazásából vagy felhasználásából eredő semmilyen esetleges kárért.
A BIO-RAD a Bio-Rad Laboratories, Inc. védjegye.
A SYBR a Thermo Fisher Scientific Inc.
Az EvaGreen a Biotium, Inc. védjegye.
A jelen dokumentumban szereplő egyes védjegyek a tulajdonosaik tulajdonát képezik.
Copyright © 2022, jogtulajdonos: Bio-Rad Laboratories, Inc.. Minden jog fenntartva.

Rendeltetésszerű használat

Rendeltetésszerű használat
A CFX Opus Dx valós idejű PCR-rendszerTM és a CFX Maestro Dx szoftver, Security EditionTM
fluoreszcencia-alapú PCR-tesztek elvégzésére szolgál a nukleinsav-szekvenciák kimutatása és
mennyiségi meghatározása által. A rendszert és a szoftvert kizárólag képzett laboratóriumi technikusok
használhatják in vitro diagnosztikai célra. A rendszereket kizárólag olyan – harmadik felek által készített –diagnosztikai nukleinsavtesztekkel szabad használni, amelyeket diagnosztikai célokra gyártottak és eztjelző címkével láttak el.

Szimbólumjegyzék

Gyártó

Tétel száma

Felhasználhatóság lejárata

In vitro diagnosztikai használatraHőmérsékleti határérték

Katalógusszám

Olvassa el a használati utasítást

Vizsgálatok száma

A következő eszközökkel
használható:

Sorozatszám

Felhasználói útmutató | iii

Csak előírt használatra

Latexet tartalmaz

CE-jelzés – Rendelet(EU) 2017/746 IVDR

Fordítások
A termékdokumentumok további nyelveken is rendelkezésre állhatnak az elektronikus adathordozókon.

iv | CFX Maestro Dx SE szoftver

Módosítási előzmények

Módosítási előzmények
Dokumentum

Dátum

A változás leírása

CFX Maestro Dx szoftver,

2020. december„A” verzió, első kiadás

2022. májusn Frissítve a CFX Opus Deepwell Dx-hez

Security EditionFelhasználóiútmutató, 2.0(Dokumentum azonosítója:
10000135620)
CFX Maestro Dx szoftver,
Security Edition Felhasználói

n Frissített szimbólumjegyzék táblázata

útmutató, 2.3

n Kiberbiztonsági megjegyzés hozzáadva a(Dokumentum azonosítója:
10000135620)

Bevezetéshez
n Dokumentumvezérlő frissítés (D-től E-ig)

Felhasználói útmutató | v

vi | CFX Maestro Dx SE szoftver

Tartalomjegyzék
Rendeltetésszerű használatiii

Szimbólumjegyzékiii

Fordításokiv

Módosítási előzmények

v

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

17

Biztonsági figyelmeztető címkék

17

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

19

Biztonsági megfelelőség

19

Elektromágneses összeférhetőség (EMC)20

EMC figyelmeztetések és megjegyzések

21

A környezetre vonatkozó követelmények

22

Veszélyek

23

Biológiai veszélyek

23

Kémiai veszélyek

24

Robbanékonysággal vagy gyúlékonysággal kapcsolatos veszélyek

24

Elektromos veszélyek

25

Szállítás

25

Akkumulátor

25Ártalmatlanítás

25

Jótállás26

1. fejezet Bevezetés

27

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition főbb jellemzői

29

További információk

29

2. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition telepítése

31

Rendszerkövetelmények32

A CFX Maestro Dx SE szoftver telepítése

34

Csatlakoztatott műszerek észlelése

36

Szoftverfájlok

37

Felhasználói útmutató | vii

Tartalomjegyzék

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói fiókjainak kezelése39
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition elindítása

40

Microsoft Windows felhasználók hozzáadása a CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiont futtató
számítógéphez42

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználóinak létrehozása és törlése

44

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói szerepköreinek kezelése

46

A szerepköre és engedélyei megtekintése

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition használata

47

49

Biztonságos fájlok

49

5. fejezet A munkaterület

59

A Home (Kezdőlap) ablak

60

A Startup Wizard (Indítási varázsló)

61

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak

62

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak

63

A Data Analysis (Adatelemzés) ablak

64

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

65

A Home (Kezdőlap) ablak

66

A File (Fájl) menü parancsai

67

A View (Nézet) menüpont parancsai

67

A User (Felhasználó) menüpont parancsai

68

A Run (Futtatás) menüpont parancsai

69

A Tools (Eszközök) menü parancsai

69

A Help (Segítség) menüpont parancsai

70

Az eszköztár parancsai

71

A Startup Wizard (Indítási varázsló)

72Állapotsor

72

Detected Instruments (Felismert készülékek) panel

73

Készülék tulajdonságainak megtekintése

76Előkészületek

78

Reakció-törzsoldat létrehozása

78

Új festékek kalibrálása

81

Felhasználói beállítások

84

viii | CFX Maestro Dx SE szoftver

Tartalomjegyzék

7. fejezet Protokollok létrehozása

103

Paraméterek és tartományok a protokoll lépéseihez

104

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak

106

A File (Fájl) menü parancsai

107

A Settings (Beállítások) menüpont parancsa

107

A Tools (Eszközök) menü parancsai

107

Az eszköztár parancsai

107

Protokollszerkesztési vezérlőelemek

108

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

112

Új protokollfájl megnyitása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

112

Meglévő protokoll megnyitása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

114

Új protokoll beállítása

115

Lépések hozzáadása egy protokollhoz

117

Gradienslépés beillesztése

118

GOTO (LÉPJ) lépés beillesztése

119

Olvadási görbe lépés beillesztése

120

Lemezleolvasási lépés hozzáadása vagy eltávolítása

122

A lépésbeállítások módosítása

122

Lépés törlése

123

Protokoll másolása, exportálása vagy nyomtatása

123

Protokoll létrehozása a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) eszközzel

124

A Ta kalkulátor használata

126

Tudnivalók a Ta kalkulátorról

126

8. fejezet Lemezek előkészítése

131

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak

132

A File (Fájl) menü parancsai

132

Az Edit (Szerkesztés) menü parancsai

133

A Settings (Beállítások) menü parancsai

133

Az Editing Tools (Szerkesztőeszközök) menü parancsai

134

Az eszköztár parancsai

134

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel

136

Új lemezfájl megnyitása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban

136

Meglévő lemezfájl megnyitása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben

138

Új lemezfájl beállítása

139

Felhasználói útmutató | ix

Tartalomjegyzék

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz

147

Cél hozzárendelése cellákhoz

147

Mintanév hozzárendelése cellákhoz

150

Biológiai csoportok cellához rendelése

151

Technikai replikátumok számainak cellákhoz rendelése

154

Hígítási sor hozzárendelése standard mintatípusokhoz

155

Cellatartalmak másolása egy másik cellába

157

Megjegyzés hozzáadása egy cellához

157Összes tartalom törlése cellákból

158

Kísérleti beállítások módosítása

160

Cellacsoportok létrehozása

163

Jelstílusok módosítása

165

Lemez megtekintése, exportálása és importálása táblázatos formátumban

167

Lemezelrendezés létrehozása a Plate Setup Wizard (Lemezbeállítási varázsló) eszközzel

169

A Plate Setup Wizard (Lemezbeállítási varázsló) használata

9. fejezet Kísérletek futtatása
A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak
A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak megnyitása

169

173
174
175

A Protocol (Protokoll) fül

176

A Plate (Lemez) fül

179

A Start Run (Futtatás indítása) fül

182

Kísérlet futtatása
A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel

183
185

A Run Status (Futás állapota) fül

185

A Real-time Status (Valós idejű státusz) fül

188

A Time Status (Időstátusz) fül

191

PrimePCR-kísérletek végzése

192Önálló adatok továbbítása elemzésre

194

Adatok továbbítása e-mailben

194

Adatok átvitele a CFX Opus Dx valós idejű PCR-rendszerről

194

Adatátvitel a CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiontermékkel

196

Adatok továbbítása USB-meghajtó segítségével

196

Adatátvitel megosztott hálózati meghajtóval CFX Opus Dx valós idejű PCR-rendszer
termékeket használva

197

x | CFX Maestro Dx SE szoftver

Tartalomjegyzék

Adatfájl létrehozása

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése
Data Analysis (Adatelemzés) ablak

197

199
199

A Data Analysis (Adatelemzés) eszköztár

200

Data Analysis (Adatelemzés) menüsor

201

A fülek

205

Step Number Selector (Lépésszámválasztó)

205

Cellacsoportok megtekintése a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban

206

Cellatartalmak módosítása futtatás után206

Adatelemzési beállítások208

A küszöbérték módosítása

208

Kiindulási értékbeállítások

208

Analysis Mode (Analízis-üzemmód)

209

Vizsgálandó ciklusok

210

Cellaválasztó

211

A cellaválasztó jobb egérgombbal kattintással elérhető menüpontjai

212

Cellák ideiglenes kizárása az elemzésből

213

Diagramok

214

Diagrameszközök

214

Egy terület felnagyítása a diagramon

222

Diagramok másolása Microsoft-fájlba

222

A diagramoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontok

222

Táblázatok
A táblázatoknál jobb egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontok
Exportálás

224
224
226

Az összes adatlap exportálása

226

RDML-fájlok exportálása

227

Egyedi exportfájl létrehozása

228

Exportálás egy LIMS-mappába

230

Seegene formátumú adatok exportálása

230

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

231

A Quantification (Kvantifikáció) fül

232

Fluorofórokra vonatkozó opciók

233

A Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel

233

Felhasználói útmutató | xi

Tartalomjegyzék

Log Scale (Logaritmikus skála) opció

235

Standard Curve Chart (Standardgörbe-diagram)

236

Az Amplification (Sokszorosítás) diagramnál elérhető menüpontok

237

A Quantification (Kvantifikáció) fülön található táblázat

237

A Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül

239

A Results (Eredmények) táblázat

239

A Standard Curve Results (Standard görbe eredményei) táblázat

241

A Plate (Lemez) táblázat

242

Az RFU (RFE) táblázat

243

A Melt Curve (Olvadási görbe) fül
Olvadásigörbe-adatok módosítása

244
246

A Melt Curve Data (Olvadásigörbe-adatok) fül

247

A Melt Peaks (Olvadási csúcsok) táblázat

247

A Plate (Lemez) táblázat

248

Az RFU (RFE) táblázat249

A -d(RFU)/dT (-d(RFE)/dT) táblázat

250

Az End Point (Végpont) fül

251

Eredményül kapott adatok252

A végponti adatelemzés módosítása

254

RFE-táblázat a végponti elemzéshez

254

Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) fül

255

Az alléldiszkriminációra vonatkozó adatok módosítása

256

A diagramoknál elérhető menüpontok

257

Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) táblázat

257

A Custom Data View (Egyéni adatnézet) fül
Egyéni adatnézet létrehozása
A QC (Minőség-ellenőrzés) fül

259
260
261

A minőség-ellenőrzési kritériumok módosítása

262

A minőség-ellenőrzést sikertelen eredménnyel záró cellák kizárása

262

A Run Information (Futtatási információk) fül

263

Adatelemzési jelentések

264

Az adatelemzési jelentések kategóriái

265

Adatelemzési jelentés létrehozása

268

Cellacsoport-jelentések létrehozása

270xii | CFX Maestro Dx SE szoftver

Tartalomjegyzék

12. fejezet Génexpressziós elemzés

271

Lemezbeállítás a génexpresszió-elemzéshez

271

Irányított lemezbeállítás

272

Génexpressziós diagramok

273

Grafikus ábrázolás

275

A diagramnézet módosítása és jegyzettel való ellátása

277

Génexpressziós adatok módosítása

283

Kísérlet beállításai285

A jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok

287

Adattáblázat

288Show Details (Részletek megjelenítése) opció

290

Klasztergram

292

Beállítások292

A jobb egérgombbal kattintással elérhető menüpontok

292

Adattáblázat

292

Pontszórási diagram

293

Beállítások

293

A jobb egérgombbal kattintással elérhető menüpontok

293

Adattáblázat

294

A Results (Eredmények) táblázat

295

Génvizsgálat

296

Futtatások közötti kalibrálás

296

A Gene Study (Génvizsgálat) párbeszédpanel

297

A Study Setup (Vizsgálat beállítása) fül

297

Génvizsgálat előkészítése

298

A Study Analysis (Vizsgálati elemzés) fül

299

Génvizsgálat-jelentések kategóriái

300

Génvizsgálat-jelentés létrehozása

303

A. függelék Adatelemzési számítások

305

A reakció hatásfoka

305

Relative Quantity

305

Relatív mennyiség egy kontroll kiválasztásakor

306

A relatív mennyiség szórása

306

Hatásfokkal korrigált Cq (CqE)307

Felhasználói útmutató | xiii

Tartalomjegyzék

A közepes hatásfokkal korrigált Cq (MCqE)

307

Normalizált expresszió

308

A biológiai csoportokra vonatkozó expresszió és relatív mennyiség

309

Normalizált expresszió egy kontroll kiválasztásakor309

A normalizált expresszió szórása

310

A legmagasabb expressziószintre skálázott normalizált expresszió

311

A legalacsonyabb expressziószintre skálázott normalizált expresszió

311

Az átlagos expressziószintre skálázott normalizált expresszió

311

A skálázott normalizált expresszió szórása

313

Hibasávok a szóráshoz (lg) és a középérték standard hibájához (lg)314

Fold Change (A változás szorzója)

315

Korrigált értékek kiszámítására szolgáló képletek

316

Konfidenciaintervallum számítása biológiai csoport elemzéséhez

317

Dobozdiagram-számítások

317

B. függelék Auditnaplók

319

Auditnaplók megtekintése

319

Auditálható események

321

C. függelék LIMS-integráció

325

LIMS-kompatibilis adatfájlok létrehozása

325

A LIMS-mappa és az adatexportálási lehetőségek beállítása

325

LIMS-protokoll létrehozása

327

LIMS-fájl létrehozása

327

LIMS-futtatás indítása

332

Adatok exportálása egy LIMS rendszerbe

333

D. függelék A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition termék hibáinak elhárítása 335
Engedélyezőlista, a CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition fájljai és mappái

335

Alkalmazásnapló

336

Az Alkalmazás és a Firmware naplófájljainak lekérdezése
Hibaelhárítás

337
337

Áramkimaradás

337

Fájlok átvitele a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre

338

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition kézi telepítése

338

Az illesztőprogramok újratelepítése

339

xiv | CFX Maestro Dx SE szoftver

Tartalomjegyzék

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

341

Software Notices

342

ZedGraph342

Standard Open License Text
LGPL-2.1

F. függelék Irodalomjegyzék

342
342

355

Felhasználói útmutató | xv

Tartalomjegyzék

xvi | CFX Maestro Dx SE szoftver

Biztonsági és szabályozási megfelelőség
A CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx és CFX Opus Deepwell Dx valós idejű PCR-rendszerek (azútmutatóban CFX Opus Dx rendszer) működés közben nagyon gyorsan felmelegszenek és lehűlnek. A
valós idejű PCR-rendszer biztonságos üzemeltetéséhez a Bio-Rad nyomatékosan javasolja, hogy tartsa
be a jelen szakaszban és a kézikönyvben egyéb helyeken felsorolt biztonsági előírásokat.

Biztonsági figyelmeztető címkék
A CFX Opus Dx rendszer és ebben a kézikönyvben található figyelmeztető címkék sérülési veszélyekre
figyelmeztetnek. Az 1. táblázat az egyes biztonsági figyelmeztető címkéket határozza meg.
1. táblázat Általános biztonsági figyelmeztetések

Ikon

Jelentés
A CFX Opus Dx rendszer üzemeltetése e kézikönyv elolvasása nélkül személyi
sérülés veszélyével járhat. Ha a készüléket nem a jelen kézikönyvben vagy a BioRad által megadott módon használja, az a műszer védelmi funkcióinak
károsodásához vagy letiltásához vezethet.
Maga a CFX Opus Dx rendszer nem jelent biológiai vagy radioaktív veszélyt. Ezek
a veszélyek csak akkor adnak okot aggodalomra, ha a vizsgált mintákkal arendszerbe kerülnek. Biológiailag veszélyes vagy radioaktív minták kezelésekor
tartsa be a laboratóriumára és tartózkodási helyére vonatkozó ajánlottóvintézkedéseket és irányelveket. Az irányelveknek tartalmazniuk kell a tisztítási,ellenőrzési és ártalmatlanítási módszereket az Ön által használt veszélyes
anyagokhoz.
Ezenkívül, amint azt a fentiekben megállapítottuk, kis eséllyel robbanás
következhet be, illetve a folyadékok vagy a gőzök kijuthatnak a mintatartályból.
Veszélyes anyagokkal végzett munka során a kijutó anyagok okozta sérülés
kockázatához hozzáadódik annak kockázata, hogy maguk a veszélyes anyagok isszétszóródhatnak a készülékben és körülötte. A felhasználóknak megfelelő
óvintézkedéseket kell tenniük egy ilyen helyzet esetére.

Felhasználói útmutató | 17

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

1. táblázat Általános biztonsági figyelmeztetések, folytatás

Ikon

Jelentés
A CFX Opus Dx rendszer működési hőmérséklete elég magas ahhoz, hogy súlyos
égési sérüléseket okozzon. A fedél felnyitása és a minták eltávolítása előtt mindig
várja meg, hogy a mintablokk lehűljön a szobahőmérsékletre. A mintablokklehűlése után a környező területek, valamint a fűtőlemez jó ideig forró maradhat.
Olyan helyzetekben, amikor nincs elegendő idő a készülék lehűléséhez,védőfelszerelések, például hőálló kesztyű vagy „sütőkesztyű” használata ajánlott.
Az olyan rendszer biztonságáért és teljesítményéért, melynek része a CFX Opus
Dx rendszer, kizárólag a rendszer összeszerelője felelős.

A CFX Opus Dx rendszer normál működés közben annyira felforrósodhat, hogy amintákban lévő folyadékok felforrnak vagy elpárolognak, és a mintatartályokban
túlnyomás alakulhat ki. A mintatartályok meghibásodhatnak; ez szivárgáshoz,
folyadékpermetezéshez vagy robbanásveszélyes repedéshez vezethet, és gőzök
vagy folyadékok juthatnak a készülékbe és környezetébe.
A használóknak a sérülés elkerülése érdekében a készüléket mindig csukott
fedéllel kell működtetniük, vagy védőszemüveget, hőálló kesztyűt és egyéb
személyi védőfelszerelést kell viselniük. Ha a műszert kinyitja, amíg a minták még
forrók, például egy futtatás megszakítása után, a nyomás alatt lévő edényekből afolyadék szivároghat, permetezhet vagy kiszóródhat. A fedél felnyitása előtt mindig
hagyja kihűlni a mintákat.
A felhasználó semmiképpen se futtassa a reakciót nyitott, laza, átlyukadt vagy más
módon sérült fedéllel vagy tömítéssel, mert ez növeli a veszélyes repedés vagy
robbanás valószínűségét.
A felhasználó semmiképpen nem futtathatja a reakciót olyan illékony
reagensekkel, amelyek növelhetik a veszélyes repedés vagy robbanás
valószínűségét.

18 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

Biztonsági és szabályozási megfelelőség
Biztonsági megfelelőség
A CFX Opus Dx rendszer a tesztek alapján eleget tesz az alábbi biztonsági és elektromágneses
szabványok valamennyi követelményének:n

IEC 61010-1:2010 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 1. rész: Általános követelmények

n

IEC 61010-2-010:2019 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-010. rész Részletes követelmények
anyagok hevítésére szolgáló laboratóriumi berendezésekheznIEC 61010-2-081:2019 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-081. rész: Részletes követelmények elemző
és egyéb célú automatikus és félautomatikus laboratóriumi berendezésekheznIEC 61010-2-101:2018 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-101. rész: Részletes követelmények in vitro
diagnosztikai (IVD) orvosi berendezésekhezn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi
felhasználásra szolgáló elektromos berendezések biztonsági követelményei, 1. rész: Általános
követelmények

n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi
felhasználásra szolgáló elektromos berendezések biztonsági követelményei, 2-010. rész: Részletes
követelmények anyagok hevítésére szolgáló laboratóriumi berendezésekhezn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi
felhasználásra szolgáló elektromos berendezések biztonsági követelményei, 2-081. rész: Részletes
követelmények elemző és egyéb célú automatikus és félautomatikus laboratóriumi
berendezésekhezn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásraszolgáló elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-101. rész: Részletes
követelmények in vitro diagnosztikai (IVD) orvosi berendezésekhezn

EN 61010-1:2010 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei, 1. rész: Általános követelmények

Felhasználói útmutató | 19

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

n

EN 61010-2-010:2014 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-010. rész: Részletes követelmények
anyagok hevítésére szolgáló laboratóriumi berendezésekhezn

EN 61010-2-081:2015 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-081. rész: Részletes követelmények elemző
és egyéb célú automatikus és félautomatikus laboratóriumi berendezésekhezn

EN 61010-2-101:2017 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-101. rész: Részletes követelmények in vitro
diagnosztikai (IVD) orvosi berendezésekhezn

EN 61010-1:2012 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 1. rész: Általános követelmények

n

EN 61010-2-010:2019 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-010. rész: Részletes követelmények
anyagok hevítésére szolgáló laboratóriumi berendezésekhezn

EN 61010-2-081:2019 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-081. rész: Részletes követelmények elemző
és egyéb célú automatikus és félautomatikus laboratóriumi berendezésekhezn

EN 61010-2-101:19 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések biztonsági követelményei – 2-101. rész: Részletes követelmények in vitro
diagnosztikai (IVD) orvosi berendezésekhez

Elektromágneses összeférhetőség (EMC)A CFX Opus Dx rendszer a tesztek alapján eleget tesz az alábbi elektromágneses kompatibilitásra
vonatkozó szabványok valamennyi követelményének:n

IEC 61326-1:2012 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések – EMC követelmények – 1. rész: Általános követelmények. „A” osztályú
eszközként tesztelven

IEC 61326-2-6:2012 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések – EMC követelmények – 2–6. rész: Részletes követelmények in vitro
diagnosztikai (IVD) orvosi berendezésekhez.

20 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

n

IEC 61326-1:2013 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések – EMC követelmények – 1. rész: Általános követelmények. „A” osztályú
eszközként tesztelven

EN 61326-2:-6:2013 Méréstechnikai, irányítástechnikai és laboratóriumi felhasználásra szolgáló
elektromos berendezések – EMC követelmények – 2–6. rész: Részletes követelmények in vitro
diagnosztikai (IVD) orvosi berendezésekhez.

n

FCC 15. rész, B szakasz, 15.107 és 15.109 pont. „A” osztályú digitális eszközként tesztelven

CAN ICES-003v6: 2019 Zavarokat okozó berendezések szabványa, informatikai berendezések(beleértve a digitális készülékeket is) – Határértékek és mérési módszerek. Az „A” osztály
határértékei szerint tesztelve

EMC figyelmeztetések és megjegyzéseknFigyelmeztetés: Ha a jelen egységet a Bio-Rad által kifejezetten jóvá nem hagyott módonátalakítják, a felhasználónak a jelen egység üzemeltetésére vonatkozó jogosultsága érvénytelennéválhat.

n

Megjegyzés: A készülék tesztelése során megállapították, hogy megfelel az „A” osztályú digitális
eszközökre vonatkozó határértékeknek az FCC-szabályzat 15. része szerint. Ezeket ahatárértékeket úgy állapították meg, hogy megfelelő védelmet nyújtsanak a káros interferenciák
ellen, amikor a berendezést kereskedelmi környezetben üzemeltetik. Ez a berendezés
rádiófrekvenciás energiát hoz létre, használ és sugározhat, és ha nem a használati kézikönyvben
foglaltaknak megfelelően helyezik üzembe és használják, káros interferenciát okozhat a rádiós
kommunikációban. Lakókörnyezetben történő használat esetén a jelen berendezés valószínűleg
káros interferenciát fog okozni. Ilyen esetben az interferencia elhárításáról a felhasználónak a saját
költségén gondoskodnia kell.

n

Az FCC-megfelelőségre vonatkozó megjegyzés: Habár a jelen készüléket tesztelték, ésmegállapították, hogy megfelel az FCC-szabályzat B szakasza 15. részében az „A” osztályú digitális
eszközökre meghatározott előírásoknak, megjegyezzük, hogy ez a megfelelőség önkéntes, hiszen ajelen műszer a gyártás időpontjában hatályos, hivatkozott FCC-előírások tekintetében a 47 CFR
15.103(c) pontja értelmében „mentességet élvező eszköznek” minősül.

n

Megjegyzés a kábelekhez: A készülék EMC-megfelelőségét a készülékhez mellékelt, speciálisan
kialakított USB-kábelekkel tesztelték. A műszerrel az EMC-kibocsátási határértékek folyamatos
betartásához ezeket a kábeleket, illetve a Bio-Rad által engedélyezett egyéb kábeleket kellhasználni.

Felhasználói útmutató | 21

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

A környezetre vonatkozó követelmények
A CFX Opus Dx rendszer t biztonságos üzemeltetésre terveztük a következő táblázatban felsorolt
környezeti feltételek mellett.
2. táblázat A CFX Opus Dx valós idejű PCR-rendszer környezetre vonatkozó
követelményei

Paraméter

Specifikáció

Környezet

Kizárólag beltéri használatMűködési magasság

Legfeljebb 2000 méterrel a tengerszint felett

Környezeti szobahőmérséklet

15–31°C*

Szállítási és tárolási hőmérséklet

–20° és 60°C között**–4 és 140°F között

Relatív páratartalom

20–80% (nem lecsapódó)***Működési teljesítmény

100–240 VAC ± 10%, 50/60–850 Hz, max. 850
W

Hálózati feszültség ingadozása±10%

Maximális áramfogyasztás< 850 watt

Biztosítékok

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, gyors típusú
(mennyiség: 2)

Túlfeszültségi kategória

II

Szennyezési fok

2*A műszer ezen hőmérséklet-tartományon kívüli üzemeltetése nem felel meg a teljesítményre
vonatkozó előírásoknak. Az 5-40 °C közötti szobahőmérséklet biztonságosnak tekinthető.
**A készülék tárolását és szállítását a szállítási tartályban végezze, hogy megfeleljen a hőmérsékleti
feltételeknek.
***A műszer ilyen körülmények között 4⁰C-on legfeljebb 18 órán át működtethető. 4⁰C-on akár 72 óránkeresztül is tárolható, ha a páratartalom kevesebb, mint 60% (nem lecsapódó).

22 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Veszélyek

Veszélyek
A CFX Opus Dx rendszer úgy tervezték, hogy a gyártó által előírt módon használva biztonságosanműködjön. Ha a rendszert vagy annak bármely alkatrészét nem a gyártó által meghatározott módon
használják, a műszerbe beépített védelem károsodhat. A Bio-Rad nem vállal felelősséget semmilyen
sérülésért vagy kárért, amelyet a berendezés bármilyen, nem meghatározott módon történő használata
vagy a műszer olyan átalakítása okoz, amelyet nem engedélyezett a Bio-Rad vagy hivatalos képviselője.
A CFX Opus Dx rendszer szervizelését csak a Bio-Rad képzett szakemberei végezhetik.

Biológiai veszélyek
A CFX Opus Dx rendszer laboratóriumi termék. Biológiailag veszélyes minták jelenlétében azonban
kövesse az alábbi irányelveket, és tartsa be a saját laboratóriumára és tartózkodási helyére vonatkozó
helyi irányelveket.
Megjegyzés: Ez az eszköz normál működés során nem bocsát ki biológiailag veszélyes anyagokat.

Általános óvintézkedéseknMinden esetben viseljen laboratóriumi köpenyt, laboratóriumi kesztyűt, védőszemüveget vagy
oldalvédelemmel ellátott biztonsági szemüveget.

n

Ne nyúljon a szájához, orrához és a szeméhez.

nTeljes mértékben fedje le az összes vágást vagy horzsolást a potenciálisan fertőző anyagokkal való
munkavégzés előtt.

n

Ha bármilyen potenciálisan fertőző anyaggal dolgozott, mossa meg a kezét alaposan szappannal és
vízzel, mielőtt elhagyná a laboratóriumot.

nA munkaasztalnál való munkavégzés előtt vegye le óráját és ékszereit.

nTároljon minden fertőző vagy potenciálisan fertőző anyagot törés- és szivárgásbiztos edényben.

nMielőtt kimegy a laboratóriumból, vegye le a védőruhát.

nKesztyűs kézzel ne írjon, ne vegye fel a telefont, ne kapcsolja fel a villanyt, illetve ne nyúljon
semmihez, amihez mások kesztyű nélkül hozzányúlhatnak.

nCseréljen gyakran kesztyűt. A láthatóan szennyeződött kesztyűt azonnal vegye le.

n

Nem szabad potenciálisan fertőző anyagok hatásának kitenni olyan anyagokat, melyeket nem lehet
megfelelően fertőtleníteni.

nBiológiailag veszélyes anyagokkal végzett művelet befejezésekor fertőtlenítse a munkaterületet
megfelelő fertőtlenítőszerrel (például 1:10 arányban hígított háztartási fehérítőszerrel).

Felhasználói útmutató | 23

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

Felületi fertőtlenítés
FIGYELMEZTETÉS! Az áramütés elkerülése érdekében a fertőtlenítési művelet
végrehajtása előtt mindig kapcsolja ki a műszert, és a csatlakozódugóját húzza ki ahálózati dugaszolóaljzatból.
Az alábbi területek bármilyen kórházi minőségű baktériumölő, vírusölő vagy gombaölő fertőtlenítőszerrel
tisztíthatók:nKülső fedél és házn

A belső mintablokk felülete és mintablokk celláinVezérlőpanel és kijelző

A fertőtlenítőszer elkészítéséhez és alkalmazásához kövesse a termék gyártójának utasításait.
Fertőtlenítőszer alkalmazása után mindig többször öblítse ki vízzel a mintablokkot és a mintablokk celláit.
A vizes öblítés után alaposan szárítsa meg a mintablokkot és a mintablokk celláit.
Fontos: Ne használjon dörzsölő vagy maró hatású tisztítószereket vagy erős lúgos oldatokat. Ezek
a szerek megkarcolhatják a felületeket és megrongálhatják a mintablokkot, ami miatt megszűnhet apontos hőmérséklet-szabályozás.

Biológiai veszélyt jelentő anyagok ártalmatlanítása
A következő potenciálisan szennyezett anyagokat a laboratóriumra vonatkozó helyi, regionális ésnemzeti jogszabályokkal összhangban ártalmatlanítsa:n

Klinikai mintáknReagenseknHasznált reakciós edények, valamint egyéb olyan fogyóeszközök, amelyek szennyezettek lehetnek

Kémiai veszélyek
A CFX Opus Dx rendszer nem tartalmaz potenciálisan veszélyes vegyi anyagokat.

Robbanékonysággal vagy gyúlékonysággal kapcsolatos veszélyek
A CFX Opus Dx rendszer nem jelent(enek) gyúlékonysággal vagy robbanással kapcsolatos rendkívüli
veszélyt, ha a Bio-Rad Laboratories által előírt módon használják.

24 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Szállítás

Elektromos veszélyek
A CFX Opus Dx rendszer nem jelent(enek) rendkívüli elektromos veszélyt a kezelők számára, ha
megfelelő módon helyezték üzembe és fizikai átalakítás nélkül használják, valamint megfelelő
specifikációjú elektromos táphálózathoz csatlakoztatják.

Szállítás
A CFX Opus Dx rendszer mozgatása vagy szállítása előtt fertőtlenítési eljárásokat kell végrehajtani. A
rendszert mindig külön konténerben, a Bio-Rad által biztosított csomagolóanyagban mozgassa vagyszállítsa, amely megvédi a rendszert a sérülésektől.
A rendszer szállításával és a megfelelő csomagolóanyag igénylésével kapcsolatban forduljon a Bio-Rad
helyi irodájához.

Akkumulátor
A CFX Opus Dx rendszer egy 3 V-os lítium-fém gombelemet használ az időbeállítások és a futtatási
adatok megőrzéséhez a hálózati tápfeszültség kimaradása esetén. Ha az idő nem marad beállítva akészülék kikapcsolása után, ez azt jelezheti, hogy az elem és az akkumulátor kezd gyengülni.
FIGYELMEZTETÉS! Ne kísérelje meg kicserélni az elemet, illetve az akkumulátort.
Szervizelését nem végezheti a felhasználó. Ehelyett kérjen segítséget a Bio-Radműszaki ügyfélszolgálattól.

Kizárólag az Amerikai Egyesült Államok Kalifornia állama eseténnPerklorát – a lítiumakkumulátorok perklorátot tartalmaznak, ezért speciális kezelésre lehet szükség.
Lásd: www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Ártalmatlanítás
A CFX Opus Dx rendszer elektromos anyagokat tartalmaznak; ezeket nem szabad válogatatlan
hulladékként elhelyezni, valamint elkülönítve kell összegyűjteni, az Európai Uniónak az elektromos éselektronikus berendezésekből származó hulladékokról szóló 2012/19/EU számú direktívája szerint –WEEE Direktíva. Ártalmatlanítás előtt kérdezze meg a Bio-Rad helyi képviselőjét az adott országra
vonatkozó utasításokról.

Felhasználói útmutató | 25

Biztonsági és szabályozási megfelelőség

Jótállás
A CFX Opus Dx rendszer és a kapcsolódó tartozékokra általános Bio-Rad jótállás vonatkozik. A jótállás
részleteiről a Bio-Rad helyi irodájától kérhet információt.

26 | CFX Maestro Dx SE szoftver

1. fejezet Bevezetés
A Bio-Rad nagyteljesítményű PCR-sokszorosító rendszerei a legújabb technológiai újításokat
tartalmazzák, nagyobb pontosságot és reprodukálhatóságot biztosítva a nukleinsav-sokszorozásban
genomvizsgálatokhoz.
A Bio-Rad CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition valamennyi CFX készülékkel kompatibilis, és
optimalizált futtatás fájlokkal rendelkezik a Bio-Rad PrimePCR primerrel és szondával végzett
vizsgálatokhoz.
n

CFX Opus 96 Dx valós idejű PCR-rendszer (ebben az útmutatóban CFX Opus 96 Dx néven)n

CFX Opus 384 Dx valós idejű PCR-rendszer (ebben az útmutatóban CFX Opus 384 Dx néven)n

CFX Opus Deepwell Dx valós idejű PCR-rendszer (ebben az útmutatóban CFX Opus Deepwell Dxnéven)

Felhasználói útmutató | 27

1. fejezet Bevezetés

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition (ebben az útmutatóban CFX Maestro Dx SE) használatával
komplex adatok értelmezését végezheti el, és nagyon hatékony vizsgálatokat állíthat össze genetikaielemzéshez. Néhány kattintással összeállíthatja a vizsgálatokat, és génexpresszió-vizsgálatát különböző
eszközökkel, például t-tesztekkel, egyirányú ANOVA-val, PrimePCR kontroll analízissel és areferenciagén-kiválasztó eszközzel értelmezheti. Ezután az eredményeit a CFX Maestro Dx SE kitűnően
testre szabható adatmegjelenítő és jegyzetelőeszközeivel előkészítheti publikációkhoz és poszterekhez.
Megjegyzés: Néhány képernyő megjelenése a CFX Maestro szoftverben eltérően nézhet ki, mint
ebben a felhasználói útmutatóban. A szoftver megjelenése helyes, és a funkciók megegyeznek.
Fontos: A kiberbiztonság a kibertérben lévő eszközök védelme a kibertámadásokkal szemben. A
kiberbiztonság lehetővé teszi a Bio-Rad számára, hogy megvédje munkatársait, információit,
rendszereit és hírnevét a kibertérben. A kibertér mindig aktív, technológiailag összekapcsolódó világ;
emberekből, szervezetekből, információkból és technológiákból áll.
Kiberbiztonsági problémák esetén fontos a gyors reagálás! Ha azt gyanítja, hogy a műszerével
kapcsolatban kiberbiztonsági probléma merülhet fel, vagy hogy a kiberbiztonság megsérült az Ön
telephelyén, azonnal forduljon a Bio-Rad képviselőjéhez műszaki támogatásért.

28 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition főbb jellemzői

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition főbb jellemzői
A CFX Maestro Dx SE termékkel a következőket végezheti el:nKielemezheti az adatokat oszlopdiagramok, klasztergramok és szórásgörbék használatával, ígygyorsan értelmezheti és megértheti az eredményeket.

nAdatainak megjelenítését testre szabhatja és nagyfelbontású grafikonokat exportálhat publikációs
célokra, illetve jelentések készítésére.

nMeghatározhatja az RNS minőségét, és hibakeresést végezhet a kísérletekben PrimePCR-elemző
kontrollokkal.

nKiválaszthatja a megfelelő referenciagént, és elemezheti stabilitását a referenciagén-kiválasztó
eszközzel.

nStatisztikai elemzést, például egyirányú ANOVA-analízist hajthat végre a génexpressziós
vizsgálatokban.

Ez a felhasználói útmutató ezeket a jellemzőket, valamint használatukat ismerteti.

További információk
A(z) CFX Maestro Dx SE üzembe helyezése és telepítése, majd a vonatkozó Bio-Rad beállítása után ez
az útmutató, valamint a részletes CFX Maestro Dx SE súgótémák bármely nézetben elérhetők a Help
(Súgó) menüből.
Tipp: A Bio-Rad webhelyének megnyitásához kattintson a Bio-Rad logóra a CFX Maestro Dx SE
bármelyik ablakának jobb felső sarkában. Ez a webhely műszaki megjegyzésekre, kézikönyvekre,
videókra, termékinformációkra és műszaki támogatásra mutató hivatkozásokat tartalmaz. A webhelyszámos műszaki információforrást is tartalmaz a PCR-ral, valós idejű PCR-ral és génexpresszióvalkapcsolatos legkülönfélébb módszerekről és alkalmazásokról.

Felhasználói útmutató | 29

1. fejezet Bevezetés

30 | CFX Maestro Dx SE szoftver

2. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security
Edition telepítése
A jelen fejezetben bemutatjuk, hogyan kell telepíteni a CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiont. A BioRad támogatott valós idejű PCR-műszereinek beállítására vonatkozó információkat az adott útmutatóban
találja.
A(z) CFX Maestro Dx SE szükséges a CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx és a CFX Opus Deepwell Dxvalós idejű PCR-rendszerek valós idejű PCR-adatainak elemzéséhez. Ezt a szoftver által vezérelt
üzemmódban e rendszerek vezérléséhez is használhatja.
A CFX Opus Dx rendszer csomagolásában USB-kábel is található tartozékok zsákján belül. Az USBkábellel a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépet csatlakoztathatja a CFX Opus Dx
rendszerhez.
Vegye le a csomagolóanyagokat, és őrizze meg őket, mert később még szüksége lehet rájuk. Ha bármely
elem hiányzik vagy megsérült, vegye fel a kapcsolatot a helyi Bio-Rad irodával.

Felhasználói útmutató | 31

2. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition telepítése

Rendszerkövetelmények
A(z) 3. táblázat a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre vonatkozó minimális és ajánlott
rendszerkövetelményeket ismerteti.
3. táblázat A CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre vonatkozó követelmények

Rendszer

Minimális

Ajánlott

Operációs

Microsoft Windows 10 (csak 64

Microsoft Windows 10 (csak 64 bites), 1511-ös

rendszer

bites), 1511-ös build vagy

build vagy későbbi, a legújabb biztonságikésőbbi, a legújabb biztonsági

frissítésekkel.

frissítésekkel.
Megjegyzés: A(z) CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiont a Windows 11 is támogatja.
Fontos: A biztonságos rendszerindítást le kell tiltani a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató
számítógépeken. A(z) CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépeket úgy kell beállítani, hogy arendszer biztonsági frissítés után ne induljon automatikusan újra, ha egy futtatás folyamatban van.
Kérjen segítséget a rendszergazdától.
Portok2 darab USB 2.0 nagy sebességű

2 darab USB 2.0 nagy sebességű port

port
Szabad hely a

128 GB

128 GB

2,4 GHz, kétmagos

2,4 GHz, négymagosRAM

4 GB RAM

8 GB RAM

Képernyő

1024 x 768 képpont, True Color

1280 x 1024 képpont, True Color üzemmóddal

felbontásaüzemmóddal

merevlemezmeghajtón
Processzor
sebessége

PDF-olvasó

Adobe PDF Reader vagy valamelyik támogatott
Microsoft Office programcsomag Windows
PDF-olvasója:n 2016n 2019Lokalizáció

Támogatott Microsoft Windows

Támogatott Microsoft Windows 64 bites

64 bites operációs rendszer

operációs rendszer angol, kínai és orosz

angol, kínai és orosz nyelvennyelven32 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Rendszerkövetelmények

Megjegyzés: Ha a CFX Automation Control szoftvert futtató számítógépen a CFX Maestro Dx SE
szoftvert is szeretné futtatni, a képernyő felbontását állítsa 1280 x 1024 képpontra, és engedélyezzea True Color üzemmódot.

Felhasználói útmutató | 33

2. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition telepítése

A CFX Maestro Dx SE szoftver telepítése
Fontos: A szoftver telepítése vagy frissítése előtt a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató
számítógépről le kell választani az esetlegesen hozzá csatlakoztatott készülékeket. A szoftver
telepítése során a műszert nem kell kikapcsolnia. Gondoskodjon arról, hogy az összes futtatás ellegyen mentve, valamint hogy egyetlen kísérlet se fusson éppen.
Megjegyzés: A telepítés megkezdése előtt ellenőrizze, hogy a Biztonságos rendszerindítás ki van-e
kapcsolva. Győződjön meg arról, hogy a számítógép úgy van konfigurálva, hogy a rendszer- vagy abiztonsági frissítés után ne induljon újra automatikusan, ha futtatás van folyamatban. Kérjen
segítséget a rendszergazdától.

A CFX Maestro Dx SE szoftver telepítéséhez
1.

Szükség szerint válassza le a számítógépről az esetlegesen hozzá csatlakoztatott készülékeket.
Keresse meg a műszer USB-kábelét a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépen, ésválassza le ezt a kábelt a számítógépről. A kábel CFX Opus Dx rendszerhez csatlakoztatott vége ahelyén maradhat.

2.

Jelentkezzen be a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre rendszergazdai
jogosultságokkal.

3.

Helyezze a CFX Maestro Dx SE szoftvert tartalmazó USB-meghajtót a számítógép USB-portjába.

4.

A Windows Intézőben keresse meg és nyissa meg a CFX Maestro Dx SE szoftver USB-meghajtóját.
Az USB-meghajtó a kiadási megjegyzéseket és a következő mappákat tartalmazza:
n

CFX

n

Drivers (Illesztőprogramok)nFirmwaren

Quick Start (Gyors üzembe helyezés)A(z) CFX mappa más fájlok mellett tartalmazza a(z) CFX Maestro Dx SE szoftver telepítőjét(CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Nyissa meg a(z) CFX mappát, és kattintson duplán a(z) CFXMaestroDxSetup.exe fájlra a telepítő
elindításához.

6.

Kövesse a képernyőn megjelenő telepítési utasításokat.
A befejezés után a(z) Bio-Rad CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition ikon jelenik meg aszámítógépének asztalán.

34 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A CFX Maestro Dx SE szoftver telepítése

Tipp: A CFX Maestro telepítője automatikusan telepíti a(z) CFX Maestro Dx szoftver, Security
Edition felhasználói útmutatóját. Az útmutatókat úgy keresheti meg, ha a Help (Súgó) menüben
az Open User Guides (Felhasználói útmutatók megnyitása) opciót választja.
7.

A telepítés befejeződését követően a szoftvert tartalmazó USB-meghajtó biztonságosan
eltávolítható a számítógépből.

Felhasználói útmutató | 35

2. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition telepítése

Csatlakoztatott műszerek észlelése
A telepítés során a CFX Maestro Dx SE telepítője automatikusan telepíti az eszközillesztőket a
CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre. A CFX Maestro Dx SE észleli a csatlakoztatotteszközöket, amikor elindítja a szoftvert.

Csatlakoztatott műszerek észleléséhez
1.

Ha még nem tette meg, dugja be a mellékelt „B” típusú USB kábel négyzet alakú végét a készülék
alapjának hátulján található „B” típusú USB csatlakozóaljzatba.

2.

A kábel másik végét dugja be a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógép egyik USB
csatlakozóaljzatába.

3.

Ha a készülék még nem fut, nyomja meg a készüléken levő kapcsolót a készülék bekapcsolásához.

4.

Indítsa el a CFX Maestro Dx SE szoftvert.

A szoftver automatikusan érzékeli a csatlakoztatott készüléket, és megjeleníti a nevét a Detected
Instruments (Felismert készülékek) panelen a Home (Kezdőlap) ablakban.
Megjegyzés: Ha a műszer nem jelenik meg a Detected Instruments (Felismert készülékek) panelen,
ellenőrizze, hogy megfelelően be van-e dugva az USB kábel. A meghajtóprogramokújratelepítéséhez a CFX Maestro Dx SE Home (Kezdőlap) ablakában válassza ki a Tools > Reinstall
Instrument Drivers (Eszközök > Készülékmeghajtó programok újratelepítése) parancsot.

36 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Szoftverfájlok

Szoftverfájlok
A(z) 4. táblázat a CFX Maestro Dx SE fájltípusait ismerteti.
4. táblázat CFX Maestro Dx SE fájltípusok

Fájltípus

Kiterjesztés

Részletek

Protokoll.prcl

A PCR-futtatás elvégzéséhez szükséges
protokollbeállítási adatokat tartalmazza.

Lemez

.pltd

A PCR-futtatás elvégzéséhez szükséges lemezbeállítási
adatokat tartalmazza.

Adat

.pcrd

Egy kísérleti futtatás és a PCR-elemzés eredményeit
tartalmazza.

PrimePCR futtatás.csv

A PrimePCR-lemezekre vonatkozó protokollt éslemezelrendezést tartalmazza.

Génvizsgálat.mgxd

Több PCR-futtatás és génexpresszió-elemzés
eredményeit tartalmazza.

Önálló előadatfájl.zpcr

Önálló műveletek során kiolvasottfluoreszcenciaértékeket tartalmaz, amelyeket a rendszer
egy adatfájlba konvertál.

LIMS

.plrn

Egy LIMS-kompatibilis futtatás elvégzéséhez szükségeslemezbeállítási és protokollinformációkat tartalmazza.

JSON

.json

Csak olvasható fájl, amelyet csak a CFX Opus Dx
rendszerek hoznak létre; ez a fájl tartalmazza azokat afuttatásifájl-adatokat, amelyek a fájlböngésző részletek
ablaktáblájában jelennek meg, amikor kiválaszt egy
futtatási fájlt. Ez a fájl a futtatás befejezése után jön létre.
A rendszer a .zpcr fájllal együtt exportálja és az
adatfájlokkal együtt elmenti, ha a mentési hely USBmeghajtó vagy megosztott hálózati mappa.

Felhasználói útmutató | 37

2. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition telepítése

38 | CFX Maestro Dx SE szoftver

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security
Edition felhasználói fiókjainak kezelése
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition termékbe a felhasználók Windows-os felhasználói nevükkel
és jelszavukkal jelentkeznek be. Az a személy, aki a CFX Maestro Dx SE szoftvert telepítette,
automatikusan adminisztrátori szerepet kap, és létrehozhatja és kezelheti a felhasználói fiókokat ésszerepköröket. Minden más felhasználóhoz felhasználói fiókot kell rendelni a szoftverbe való
bejelentkezéshez és a szoftver használatához.
Fontos: Minden felhasználónak rendelkeznie kell Windows-fiókkal és jelszóval a CFX Maestro Dx
SE szoftvert futtató számítógépen, mielőtt felhasználói fiókot és szerepkört rendelhet hozzájuk. A
felhasználók a Windows felhasználók vagy a Windows rendszergazdák csoport tagjai lehetnek. A
Windows felhasználók csoport tagjai csak a saját CFX Maestro Dx SE fájlokhoz és mappákhoz
férhetnek hozzá. A Windows rendszergazdák csoport tagjai a számítógép összes felhasználójának
fájljaihoz és mappáihoz hozzáférnek.
Ez a fejezet azt ismerteti, hogyan kell létrehozni Microsoft Windows felhasználókat ahhoz, hogy ezeket afelhasználókat létre tudja hozni a CFX Maestro Dx SE szoftverben. Ebből a szakaszból azt ismegismerheti, hogyan vehet fel felhasználókat a CFX Maestro Dx SE szoftverben, és hogyan kezelheti afelhasználói szerepköröket és engedélyeket.

Felhasználói útmutató | 39

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói fiókjainak kezelése

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition elindítása
Megjegyzés: A felhasználóknak be kell jelentkeznie a Windows felhasználói nevükkel ésjelszavukkal.

A CFX Maestro Dx SE szoftver elindításához
1.

A CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépen kattintson duplán a parancsikonra a
CFX Maestro Dx SE elindításához.

2.

A Login (Bejelentkezés) párbeszédpanelen írja be a Windows jelszavát, és kattintson az OK gombra.

A CFX Maestro Dx SE megnyitja a Home (Kezdőlap) képernyőt. A címsor mutatja a bejelentkezettfelhasználó Windows felhasználói nevét, a menüsor pedig egy kék matricát jelenít meg, amely azt
jelzi, hogy a szoftver megfelel a 21 CFR 11. részének, például:

40 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition elindítása

Felhasználói útmutató | 41

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói fiókjainak kezelése

Microsoft Windows felhasználók hozzáadása a CFX Maestro
Dx szoftver, Security Editiont futtató számítógéphez
A CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre minden felhasználónak a Windowsfelhasználónévvel és -jelszóval kell bejelentkeznie. A pontos auditkövetés érdekében a Windows
felhasználói fiókokat nem lehet létrehozni a Start> Beállítások> Fiókok párbeszédpanelen keresztül. A
Windows felhasználói fiókokat a számítógép vezérlőpultján keresztül kell létrehozni.
Fontos: Ha a társított CFX Maestro Dx SE felhasználó létrehozása után módosítja a Windowsfelhasználó tulajdonságait (ideértve a felhasználónevet és a teljes nevet is), a CFX Maestro Dx SE
felhasználó érvénytelenné válik. Mielőtt elmentené a Windows-felhasználót és létrehozná a társított
CFX Maestro Dx SE felhasználót, ellenőrizze az adatok helyességét.
Tipp: A Windows-fiókok létrehozása előtt olvassa el a Microsoft felhasználókezelésről szóló
dokumentációját, és további információkért forduljon a Windows-rendszergazdájához.

Windows felhasználói fiókok létrehozása a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató
számítógépen
1.

Jelentkezzen be a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre a Windows rendszergazdai
csoport tagjaként.

2.

Az asztalon kattintson jobb gombbal a Sajátgép elemre, és válassza a Kezelés lehetőséget a
Számítógép-kezelő konzol megnyitásához.

3.

A Számítógép-kezelő konzolon bontsa ki a Helyi felhasználók és csoportok elemet.

4.

Kattintson jobb gombbal a Felhasználók mappára, és válassza ki az Új felhasználó lehetőséget az Újfelhasználó párbeszédpanel megnyitásához.

42 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Microsoft Windows felhasználók hozzáadása a CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiont futtató számítógéphez

5.

6.

Az Új felhasználó párbeszédpanelen a következő mezőket kell kitölteni:nFelhasználónévnTeljes név

nJelszó

nJelszó megerősítése

Kattintson a Create (Létrehozás) elemre.

Felhasználói útmutató | 43

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói fiókjainak kezelése

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználóinak
létrehozása és törlése
Tipp: Csak a CFX Maestro Dx SE rendszergazdai szerepköre hozhatja létre és törölheti a
CFX Maestro Dx SE felhasználói fiókjait. Az a személy, aki a CFX Maestro Dx SE szoftvert
telepítette, automatikusan megkapja a Rendszergazda szerepkört. Ez a személy hozzárendelheti arendszergazda szerepkörét más felhasználókhoz.
Megjegyzés: A CFX Maestro Dx SE szoftverben legalább egy felhasználónak rendszergazdai
szerepkört kell kapnia.

A CFX Maestro Dx SE felhasználói fiókjainak létrehozásához
1.

Ellenőrizze, hogy minden tervezett felhasználó a Windows felhasználók vagy a Windows
rendszergazdák csoportjának tagja-e, és rendelkezik-e Windows jelszóval a CFX Maestro Dx SE
szoftvert futtató számítógépen.

2.

Indítsa el a CFX Maestro Dx SE szoftvert, és jelentkezzen be rendszergazdaként.

3.

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a User > User Administration (Felhasználó > Felhasználók
kezelése) elemet.

44 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználóinak létrehozása és törlése

Ekkor megjelenik a User Administration (Felhasználók kezelése) párbeszédablak.

4.

A Manage Users (Felhasználók kezelése) szakaszban adja meg minden felhasználóhoz a következő
információkat:nUser name (Felhasználónév) – a CFX Maestro Dx SE szoftverben e felhasználó Windows
felhasználói nevének kell lennie.

nFull name (Teljes név) – a felhasználó teljes neve.
Ez a név az auditnaplóban a Teljes felhasználó mezőben jelenik meg. Ennek a névnek meg kellegyeznie a Teljes név mezőbe beírt névvel a Windows-felhasználó létrehozásakor.

nRole (Szerepkör) – a felhasználóhoz rendelendő szerepkör.
Megjegyzés: Csak egy szerepet választhat ki a legördülő listából. További információk: A
CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói szerepköreinek kezelése.

nDomain (Tartomány) – az a Windows-tartomány, ahonnan a felhasználó a szoftvert eléri.
További információkat a Windows-rendszergazdájától kaphat.

5.

Kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra a módosítások mentéséhez és a User
Administration (Felhasználókezelés) párbeszédpanel bezárásához.

Felhasználói útmutató | 45

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói fiókjainak kezelése

A CFX Maestro Dx SE egy felhasználói fiókjának törléséhez
1.

Indítsa el a CFX Maestro Dx SE szoftvert, és jelentkezzen be rendszergazdaként.

2.

A kezdőablakban válassza ki a User > User Administration (Felhasználó > Felhasználókezelés)lehetőséget a User Administration (Felhasználókezelés) párbeszédpanel megnyitásához.

3.

A Manage Users (Felhasználók kezelése) táblán válassza ki a Remove (Törlés) lehetőséget
mindegyik törölni kívánt felhasználóhoz.

4.

Kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra a módosítások mentéséhez és a User
Administration (Felhasználókezelés) párbeszédpanel bezárásához.

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói
szerepköreinek kezelése
Fontos: A CFX Maestro Dx SE szoftverben legalább egy felhasználóhoz Rendszergazda szerepkört
kell rendelni. Ezt a szerepet több felhasználóhoz is hozzárendelheti.
A CFX Maestro Dx SE négy felhasználói szerepkörrel rendelkezik. Minden felhasználóhoz hozzá kell
rendelni valamilyen szerepet, hogy hozzáférhessen a szoftverhez. Bár a felhasználókhoz csak egy
szerepkör rendelhető hozzá, a felhasználó szerepkörét bármikor megváltoztathatja.
A Rendszergazda szerep kivételével megváltoztathatja az egyes szerepkörökhöz rendelt engedélyeket.
A szerephez rendelt összes felhasználó csak az adott szerepkör engedélyeit örökli.
Alapértelmezés szerint az egyes szerepkörök jogosultságai a következők:nRendszergazda: ennek a szerepnek mindenhez van jogosultsága; ezeket az engedélyeket nem
lehet módosítani.

nVezető: ennek a szerepkörnek az e-mail beállítását kivéve mindenhez van engedélye.

nKezelő: ennek a szerepkörnek a ciklusok átugrását és az e-mail beállítását kivéve mindenre vanjogosultsága.

nVendég: ez a szerepkör csak fájlokat tud olvasni.

A szerepkörök kiosztásakor a CFX Maestro Dx SE szoftverben gondosan határozza meg az egyes
felhasználókra vonatkozó követelményeket. Például mentési engedély nélkül a Vendég szerepkörrel
rendelkező felhasználók nem fognak tudni fájlokat aláírni. E-mail fiók létrehozásának engedélye nélkül afuttatások befejeztével egyik szerepkör sem kap e-mailt.

46 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói szerepköreinek kezelése

Szerepkör engedélyeinek módosítása
1.

Indítsa el a CFX Maestro Dx SE szoftvert, és jelentkezzen be rendszergazdaként.

2.

A kezdőablakban válassza ki a User > User Administration (Felhasználó > Felhasználókezelés)lehetőséget a User Administration (Felhasználókezelés) párbeszédpanel megnyitásához.

3.

A Manage Rights (Jogok kezelése) szakaszban törölje vagy jelölje be a szükséges engedélyek
jelölőnégyzetét az egyes szerepkörökhöz.

4.

Kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra a módosítások mentéséhez és a User
Administration (Felhasználókezelés) párbeszédpanel bezárásához.

A szerepköre és engedélyei megtekintése
Tipp: A Principal (Vezető), Operator (Kezelő) vagy Guest (Vendég) felhasználói szerepkörrel
rendelkező felhasználók csak a saját felhasználói beállításaikat, jogosultságaikat és szerepköreiket
tekinthetik meg. Az adminisztrátori szerepkörrel rendelkező felhasználók megtekinthetik az összes
felhasználói engedélyt és szerepkört.

Saját aktuális felhasználói szerepkörének és jogosultságainak megtekintéséhezu

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a User > User Administration (Felhasználó > Felhasználó
kezelése) elemet.

Ha módosítani szeretné a User Administration (Felhasználó kezelése) ablakban látható felhasználói
beállításokat, jogosultságokat és szerepköröket, vegye fel a kapcsolatot a CFX Maestro Dx SE
rendszergazdájával.

Felhasználói útmutató | 47

3. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói fiókjainak kezelése48 | CFX Maestro Dx SE szoftver

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security
Edition használata
Fontos: A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition a Microsoft Windows felhasználóhitelesítését
használja a biztonságos CFX-adatfájlokhoz való hozzáférés ellenőrzéséhez. Vegye fel a kapcsolatot
a Windows rendszergazdájával, hogy hozzon létre olyan környezetet, amely megfelel a 21 CFR 11.
része követelményeinek.
A CFX Maestro Dx SE szoftvert használva a felhasználók megtehetik a következőket:nAdat- és génvizsgálati fájlok aláírása.

nAdatfájlok védelme jelszóval.

n

Auditnaplók megtekintése és kinyomtatása.

Ez a szakasz részletesen ismerteti ezeket a funkciókat.

Biztonságos fájlok
Alapértelmezés szerint a CFX Maestro Dx SE biztonságos fájlokat a bejelentkezett felhasználó
személyes mappájába menti, amely a következő helyen található:
C:\Felhasználók\<felhasználónév>\Dokumentumok\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
A .pcrd fájlokat elmentheti abba a mappába, és szerkesztheti is őket. Ez a mappa más mappákra (példáula Sample Files mappára) mutató hivatkozásokat tartalmaz, amelyek írásvédett fájlokat tartalmaznak.
Azonban egy rendszergazda törölheti annak a mappának a tartalmait.
Tipp: Alternatív megoldásként a Windows rendszergazdája létrehozhat egy megosztott mappát, ésa CFX Maestro Dx SE rendszergazdája beprogramozhatja a szoftvert, hogy az összes fájlt ebbe amappába mentse.
A CFX Maestro Dx SE szoftver a lemez-, protokoll-, adat- és génvizsgálati fájlokat mentéskor
biztonságosként jelöli. Ezeket a fájlokat a CFX Maestro vagy a CFX Maestro Dx SE szoftverben hozhatja
létre. Miután elmenti őket a CFX Maestro Dx SE szoftverben, ezeket a fájlokat csak a CFX Maestro Dx SE
szoftverben lehet megnyitni.

Felhasználói útmutató | 49

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition használata

A CFX Maestro Dx SE auditnaplót hoz létre az összes biztonságos adat- és génvizsgálati fájlhoz (.pcrd és.mgxd fájlok). A szoftver az összes auditálható tevékenységet rögzíti a fájl auditnaplójában. További
információ: Auditnaplók a(z) 319. oldalon.

Biztonságos fájlok aláírása
Egy fájl elmentése után a CFX Maestro Dx SE szoftverben a felhasználók elektronikus aláírást adhatnak
hozzá. Fájl aláírásához a felhasználó szerepkörének tartalmaznia kell az engedélyt fájlok mentésére.
Például alapértelmezés szerint a Guest (Vendég) szerepkör nem tartalmazza a fájlmentési engedélyt,ezért ezzel a szerepkörrel a felhasználók nem írhatnak alá fájlt.
A CFX Maestro Dx SE szoftverben az aláírt fájlok nincsenek csak olvashatóként beállítva. Többször
felülvizsgálhatók, módosíthatók és aláírhatók. A szoftver az auditnaplóban minden változtatást és aláírást
rögzít. A következő fájltípusokat lehet aláírni:nAdatfájlok (.pcrd)nGénvizsgálati fájlok (.mgxd)

Megjegyzés: A fájlokat el kell menteni, és csak utána lehet aláírni őket. Ha nemrégiben végzett
futtatást a CFX Maestro Dx SE szoftverben, először mentse el a kapott adatfájlt.

Fájl aláírása
1.

Jelentkezzen be a CFX Maestro Dx SE szoftverbe a Windows bejelentkezési adataival.

2.

Nyissa meg az aláíráshoz a biztonságos adatfájlt vagy génvizsgálati fájlt.

3.

Válassza ki a File > Sign (Fájl > Aláírás) lehetőséget. Megjelenik az Electronic Signature(Elektronikus aláírás) párbeszédpanel.

50 | CFX Maestro Dx SE szoftver

4.

Írja be a Windows felhasználónevét és jelszavát, valamint a fájl aláírásának okát.
A felhasználónév és az aláírás oka szerepel az auditnaplóban (további információ: Auditnaplók a(z)319. oldalon ).

5.

Kattintson az OK gombra az aláírás elküldéséhez és a párbeszédpanel bezárásához.

Biztonságos fájlok módosítása
A CFX Maestro Dx SE szoftverben a felhasználók módosíthatják a biztonságos fájlokat, beleértve az
aláírt és aláíratlan adat- és génvizsgálati fájlokat is. Amikor elment egy módosított biztonságos adat- vagy
génvizsgálati fájlt, a szoftver felszólítja, hogy adja meg a változás okát. A változásokat a rendszer rögzíti afájl auditnaplójában.
Tipp: Mivel a szoftver nem hoz létre auditnaplókat a lemez- és protokollfájlokhoz, e fájlok
módosításainak mentésekor nem kap felszólítást.

Módosított adat- vagy génvizsgálati fájl mentéséhez
1.

Jelentkezzen be a CFX Maestro Dx SE szoftverbe a Windows bejelentkezési adataival.

2.

Nyisson meg és módosítson egy biztonságos adatfájlt vagy génvizsgálati fájlt.
Tipp: Az auditálható tevékenységek listáját lásd: Auditálható események a(z) 321. oldalon.

Felhasználói útmutató | 51

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition használata

3.

Válassza ki a File > Save (Fájl > Mentés) lehetőséget. Megjelenik az Audit Trail Change Reason (Azauditnapló változásának oka) párbeszédpanel.

Ez a párbeszédpanel a következő információkat jeleníti meg, amelyeket a rendszer minden egyes
módosítási eseménynél rögzít a fájl naplófejlécében:nDate (Dátum) – a változás bekövetkezésének dátuma.

nUser (Felhasználó) – a bejelentkezett felhasználó Windows-tartománya és felhasználóneve.

nComment (Megjegyzés) – az utolsó mentett megjegyzés.

nSignature (Aláírás) – a fájl utolsó aláírójának elektronikus aláírása.

nSignature reason (Az aláírás oka) – az aláírás oka.

nApplication (Alkalmazás) – CFX Maestro Dx SE (BioRadCFXManager.exe néven jelenik meg,ami helyes).

nApplication version (Alkalmazásverzió) – a CFX Maestro Dx SE aktuális verziója.

nFull user (Teljes felhasználó) – a bejelentkezett felhasználó teljes neve.
Megjegyzés: Ez a név jelenik meg az auditnaplóban.

n

Machine (Gép) – az a számítógép, amelyre a szoftver telepítve van.

52 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A módosítási táblázat a módosítás eredményeként bekövetkezett auditálható változásokat jeleníti
meg. A változás okának rövid leírása is megjelenhet.
Tipp: A Reason for Change (Változás oka) oszlopban hozzáadhat vagy szerkeszthet egy
leírást.
4.

Tekintse át a változtatások listáját. Szükség esetén adjon meg részletes okokat.

5.

Tegye az alábbiak egyikét:nKattintson a Save Changes (Változtatások mentése) gombra a fájl változásainak, valamint atáblázatban végrehajtott módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához.
A fájl változásai és a változások okai megjelennek a fájl auditnaplójában.

n

Kattintson a Cancel Changes (Változtatások visszavonása) gombra a fájl korábbi állapotának
visszaállításához és a párbeszédpanel bezárásához.
A változásokat a rendszer nem menti el a fájlba, és az auditnapló nem frissül.

Felhasználói útmutató | 53

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition használata

A fájlok védelme jelszóval
További biztonsági szintként a CFX Maestro Dx SE lehetővé teszi a felhasználók számára, hogy jelszótállítsanak be az összes biztonságos fájlhoz. Amikor jelszót állít be egy biztonságos fájlra, vegye
figyelembe a következő feltételeket:Állapot

Teendő

Nem szükséges jelszó.

Minden felhasználó megnyithatja, módosíthatja éselmentheti a biztonságos fájlt, a jogosultságaiktólfüggően.

A fájl mentéséhez jelszót kell

Minden felhasználó megnyithatja a biztonságos fájlt, és

megadni.

azok, akik ismerik a mentéshez szükséges jelszót,
módosíthatják és elmenthetik a biztonságos fájlt.

A fájl megnyitásához jelszót kellCsak azok a felhasználók tudják megnyitni, módosítani

megadni.

és menteni a biztonságos fájlt, akik ismerik amegnyitáshoz szükséges jelszót.

A fájlhoz meg kell adni aNéhány felhasználó megnyithatja a biztonságos fájlt, és

megnyitáshoz és mentéshez

e felhasználók egy része módosíthatja és mentheti is.

szükséges jelszót is.

A felhasználó szerepétől függően bármely felhasználó elvégezheti a Save as (Mentés másként)műveletet, új biztonságos fájlt létrehozva más néven, vagy azonos néven elmentve egy másik helyre,amennyiben az alábbiak egyike igaz:nA biztonságos fájl nincs jelszóval védve.

n

A felhasználó tudja a jelszót a fájl megnyitásához.

Tipp: Az új fájl mentése jelszóvédelem nélkül történik. Az eredeti fájlhoz továbbra is kelljelszó/jelszavak.
A szereptől függően a felhasználó módosíthatja és mentheti az eredeti fájlt, amennyiben az alábbiak
egyike igaz:n

A fájl nincs jelszóval védve.

n

A felhasználó tudja a fájl megnyitásához és mentéséhez szükséges jelszót.

Megjegyzés: A felhasználó szerepének tartalmaznia kell a fájlok mentésének jogát a jelszavak
beállításához. Például a Guest (Vendég) szerepkörrel rendelkező felhasználók nem menthetnek
fájlokat, ezért nem állíthatnak be jelszavakat a fájlokra.
Fontos: Csak a CFX Maestro Dx SE adminisztrátorai állíthatják vissza vagy törölhetik a jelszavakat.

54 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Fájl védelme jelszóval
1.

Jelentkezzen be a CFX Maestro Dx SE szoftverbe a Windows hitelesítő adataival.

2.

Nyissa meg a biztonságos fájlt.

3.

Válassza a File > File Passwords (Fájl > Fájljelszavak) lehetőséget. Megjelenik a File Passwords(Fájljelszavak) párbeszédpanel.

4.

Írja be a jelszavakat a Save Password (Jelszó mentéshez) és Open Password (Jelszó
megnyitáshoz) mezőbe.
Tipp: Alapértelmezés szerint a jelszavak csillagként jelennek meg gépeléskor. Válassza ki aShow Password (Jelszó megjelenítése) lehetőséget, hogy a jelszó megjelenjen gépelés közben.
Fontos: A jelszavakban meg vannak különböztetve a kis- és nagybetűk. A CFX Maestro Dx SE
nem korlátozza a jelszavakat. A legjobb gyakorlatokról az intézményben a rendszergazdája tud
felvilágosítást adni.

5.

Kattintson a Set Passwords (Jelszavak beállítása) elemre a jelszavak beállításához és apárbeszédpanel bezárásához.

6.

A fájl módosításainak mentéséhez válassza ki a File > Save (Fájl > Mentés) lehetőséget.

Felhasználói útmutató | 55

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition használata

Jelszavak törléséhez
Fontos: A jelszavak törléséhez rendszergazdának kell lennie a CFX Maestro Dx SE szoftverben.
1.

A Password Required (Jelszó szükséges) párbeszédpanelen kattintson a Remove Passwords(Jelszavak törlése) elemre.

Megjelenik a CFX Maestro Dx SE Login (Bejelentkezés) párbeszédpanelje.

2.

Adja meg a CFX Maestro Dx SE adminisztrátorának Windows felhasználói nevét és jelszavát, majd
kattintson az OK gombra.
Megjelenik az eredeti adatfájl.
Fontos: A jelszavak törléséhez el kell mentenie a fájlt.

3.

A fájl módosításainak mentéséhez válassza ki a File > Save (Fájl > Mentés) lehetőséget.

56 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Jelszavak megváltoztatásához
Fontos: Csak a CFX Maestro Dx SE adminisztrátorai változtathatják meg a jelszavakat.
1.

Nyissa meg a biztonságos fájlt.

2.

Válassza a File > File Passwords (Fájl > Fájljelszavak) lehetőséget. Megjelenik a File Passwords(Fájljelszavak) párbeszédpanel.

Tipp: A Save Password (Jelszó mentéshez), Open Password (Jelszó megnyitáshoz) és Show
Password (Jelszó megjelenítése) le van tiltva.
3.

Kattintson a Reset Passwords (Jelszavak visszaállítása) elemre.
Megjelenik a CFX Maestro Dx SE Login (Bejelentkezés) párbeszédpanelje.

Felhasználói útmutató | 57

4. fejezet A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition használata

4.

Adja meg a CFX Maestro Dx SE adminisztrátorának Windows felhasználói nevét és jelszavát, majd
kattintson az OK gombra.
Megjelenik a File Passwords (Fájljelszavak) párbeszédpanel.

5.

6.

Tegye az alábbiak egyikét:n

A jelszóvédelem visszaállításához írja be az új jelszót a megfelelő jelszómezőbe.

n

A jelszóvédelem törléséhez törölje a jelszómezőket.

Kattintson a Set Passwords (Jelszavak beállítása) elemre a jelszó módosításainak mentéséhez és apárbeszédpanelből való kilépéshez.

58 | CFX Maestro Dx SE szoftver

5. fejezet A munkaterület
A(z) CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition interfészt biztosít a PCR-protokollok kifejlesztéséhez,futtatásukhoz CFX Opus Dx és Deepwell Dx műszereken és a PCR-futtatások adatainak elemzéséhez.
A CFX Maestro Dx SE szoftver öt elsődleges munkafelületet kínál:n

A Home (Kezdőlap) ablakn

A Startup Wizard (Indítási varázsló)n

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakn

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakn

A Data Analysis (Adatelemzés) ablak

Ez a fejezet bemutatja és röviden ismerteti az egyes munkaterületeket.

Felhasználói útmutató | 59

5. fejezet A munkaterület

A Home (Kezdőlap) ablak
A CFX Maestro Dx SE program elindításakor megnyílik a Home (Kezdőlap) ablak, és megjelenik aStartup Wizard (Indítási varázsló), amelyben beállíthat egy kísérletet, elvégezhet vagy megismételhet
egy futtatást vagy elemezhet egy meglévő futtatást. Ezenkívül a Home (Kezdőlap) ablakból megtekinthetiaz alkalmazásra és a műszerekre vonatkozó naplókat, létrehozhat új felhasználókat, kezelheti a meglévő
felhasználókat, valamint számos hasznos eszközt elérhet. További információk: 6. fejezet, A Home
(Kezdőlap) ablak.

60 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Startup Wizard (Indítási varázsló)

A Startup Wizard (Indítási varázsló)
A Startup Wizard (Indítási varázsló) segítségével gyorsan beállíthat és futtathat felhasználó által beállított
kísérleteket, valamint gyorsan kiválaszthat és futtathat egy PrimePCR-kísérletet. Ezenkívül ezzel avarázslóval megismételhet egy futtatást vagy kielemezhet futtatási adatokat.

Felhasználói útmutató | 61

5. fejezet A munkaterület

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak
A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban létrehozhat, megnyithat, áttekinthet és szerkeszthet egy
protokollt. Módosíthatja a fedélhőmérsékletet is a megnyitott protokollhoz. A Protocol Editor(Protokollszerkesztő) működését az 7. fejezet, Protokollok létrehozása című szakasza részletezi.

62 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak
A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban létrehozhat, megnyithat, áttekinthet és szerkeszthet egy
lemezt. A Plate Editor (Lemezszerkesztő) működésének részletei a 8. fejezet, Lemezek előkészítése
című részében találhatók.

Felhasználói útmutató | 63

5. fejezet A munkaterület

A Data Analysis (Adatelemzés) ablak
A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban megtekinthet és összehasonlíthat futtatási adatokat, statisztikaielemzéseket végezhet, adatokat exportálhat, valamint publikációra kész jelentéseket hozhat létre. Az
adatelemzési funkciókat a 10. fejezet, Az adatelemzés áttekintése és 11. fejezet, Az adatelemzéssel
kapcsolatos részletek című szakaszok ismertetik.

64 | CFX Maestro Dx SE szoftver

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition interfészt biztosít a PCR-protokollok kifejlesztéséhez,futtatásukhoz CFX Dx rendszereken és a PCR-futtatási adatok elemzéséhez.
A jelen fejezet bemutatja a CFX Maestro Dx SE szoftvert, és ismerteti a Home (Kezdőlap) ablakból
elérhető funkciókat.

Felhasználói útmutató | 65

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

A Home (Kezdőlap) ablak
A CFX Maestro Dx SE szoftver elindításakor megnyílik a Home (Kezdőlap) ablak, és megjelenik a Startup
Wizard (Indítási varázsló), amellyel beállíthat egy futtatást, elvégezhet vagy megismételhet egy futtatást
vagy elemezhet egy meglévő futtatást. Ezenkívül a Home (Kezdőlap) ablakból megtekintheti az
alkalmazásra és a műszerekre vonatkozó naplókat, létrehozhat új felhasználókat, kezelheti a meglévő
felhasználókat, valamint számos hasznos eszközt elérhet.

JELMAGYARÁZAT
1.
2.

A szoftver címsorában a szoftver és a bejelentkezett felhasználó neve látható.
A menüsor gyors hozzáférést kínál a File (Fájl), View (Nézet), Users (Felhasználók), Run(Futtatás), Tools (Eszközök), Window (Ablak) és Help (Súgó) menüpontban található
parancsokhoz.

3.

Az eszköztárban található parancsok gyors hozzáférést biztosítanak a menüpontokhoz.

66 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Home (Kezdőlap) ablak

4.

A bal oldali panelen a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógéphez csatlakoztatottkészülékek, valamint olyan gombok láthatók, amelyekkel működtetheti a fedelet ésmegtekintheti a műszerek állapotát.

5.

A fő panelen a munkaablak látható. A Home (Kezdőlap) képernyőn a Startup Wizard (Indítási
varázsló) az alapértelmezett munkaablak.

6.

A státuszsorban a csatlakoztatott készülékek és a bejelentkezett felhasználó neve látható.

A File (Fájl) menü parancsai
New (Új) – megnyit egy párbeszédpanelt, amelyen választhat az új protokoll, lemez vagy génvizsgálat
létrehozása lehetőségek közül.
Open (Megnyitás) – megnyit egy párbeszédpanelt, amelyen egy meglevő protokollra, lemezre, adatfájlra,
génvizsgálatra, LIMS-fájlra, egy önálló műszerről történő futtatási (önálló futtatási) vagy PrimePCR
futtatási fájlra navigálhat, és megnyithatja a kiválasztott elemet.
Recent Data Files (Legutóbbi adatfájlok) – megjeleníti a legutóbb megnyitott PCR-fájlok listáját.
Repeat a Run (Egy futtatás megismétlése) – a Windows fájlkezelőjében megnyitja az elmentett PCRfájlok helyét, ahol megkereshet egy megismételni kívánt futtatást.
Exit (Kilépés) – bezárja a CFX Maestro Dx SE szoftvert.

A View (Nézet) menüpont parancsai
Application Log (Alkalmazásnapló) – szoftverhasználati napló megjelenítése, amelyben a kezdeti
telepítéstől az aznapi dátumig láthatók az adatok.
Run Reports (Futtatási jelentések) – a futtatási jelentések megjelenítése egy listában.
Startup Wizard (Indítási varázsló) – a Startup Wizard (Indítási varázsló) megjelenítése a fő panelen.
Run Setup (Futtatás beállításai) – a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak megjelenítése a fő panelen.
Instrument Summary (Készülék-összefoglaló) – az Instrument Summary (Készülék-összefoglaló) ablak
megjelenítése a fő panelen.
Detected Instruments (Felismert készülékek) – váltókapcsoló annak a beállításához, hogy a szoftver abal oldali panelen megjelenítse a csatlakoztatott műszereket vagy ne. A szoftver alapértelmezés szerint
megjeleníti a csatlakoztatott műszereket a bal oldali panelen.
Toolbar (Eszköztár) – váltókapcsoló annak a beállítására, hogy a szoftver megjelenítse az eszköztárat aképernyő tetején vagy ne. A szoftver alapértelmezés szerint megjeleníti az eszköztárat.

Felhasználói útmutató | 67

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

Status Bar (Állapotsor) – váltókapcsoló annak a beállítására, hogy a szoftver megjelenítse az állapotsort
a képernyő alján vagy ne. A szoftver alapértelmezés szerint megjeleníti az állapotsort.
Show (Megjelenítés) – párbeszédpanel megnyitása, amellyel Ön a következőket teheti:n

A Status log (Státusznapló) megjelenítése vagy zárolása.

n

A CFX Maestro Dx SE adatmappájának megnyitása és megtekintése.

n

A felhasználó adatmappájának megnyitása és megtekintése.

n

A LIMS-fájl mappájának megnyitása és megtekintése.

n

A PrimePCR mappa megnyitása és megtekintése.

n

A futtatási előzmények megtekintése.

nAz összes csatlakoztatott készülék tulajdonságainak megtekintése.

A User (Felhasználó) menüpont parancsai
Select User (Felhasználó kiválasztása) – megnyitja a Login (Bejelentkezés) képernyőt, amelyen
kiválaszthat egy felhasználót a User Name (Felhasználónév) legördülő listáról, és bejelentkezhet az
alkalmazásba.
Change Password (Jelszó megváltoztatása) – megnyitja a Change Password (Jelszó megváltoztatása)
párbeszédpanelt, amelyben a felhasználók megváltoztathatják a jelszavukat.
Megjegyzés: Ez az opció le van tiltva a CFX Maestro Dx SE esetében. A felhasználóknak aWindows jelszavukat kell megváltoztatni a CFX Maestro Dx SE szoftverben használt jelszavuk
megváltoztatásához.
User Preferences (Felhasználói beállítások) – megnyitja a User Preferences (Felhasználói beállítások)párbeszédpanelt, amelyben a felhasználók módosíthatják az alapértelmezett beállításokat az
alábbiakhoz:nE-mail-értesítés küldése és fogadása a futtatás befejezésekornAdatfájlok elmentésenProtokollok létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) vagy a Protocol AutoWriter(Automatikus protokollíró) használatávalnLemezek létrehozásanAdatok elemzésenGénexpresszió-elemzés végrehajtásanAz adatok minőségének meghatározása

68 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Home (Kezdőlap) ablakn

A CFX készülék adatainak exportálása

User Administration (Felhasználók kezelése) – megnyitja a User Administration (Felhasználók
kezelése) párbeszédpanelt, amelyben a rendszergazdák felhasználókat hozhatnak létre, módosíthatják aszerepkörök engedélyeit, és szerepköröket rendelhetnek a felhasználókhoz.
Bio-Rad Service Login (Szervizbejelentkezés) – kizárólag a Bio-Rad műszaki szervizszemélyzete
használatára. Ezt a parancsot ne válassza ki.

A Run (Futtatás) menüpont parancsai
User-defined Run (Felhasználó által definiált futtatás) — megnyitja a Run Setup (Futtatás beállításai)ablakot, amelyben beállíthat egy felhasználó által definiált protokollt és lemezt, majd lefuttathat egy PCRkísérletet a kiválasztott készüléken.
PrimePCR Run (PrimePCR futtatás) — megnyitja a Start Run (Futtatás indítása) fület a Run Setup(Futtatás beállításai) ablakban a kiválasztott készülék alapján betöltött alapértelmezett PrimePCR
protokollal és lemezelrendezéssel.
End-Point Only Run (Csak végpont futtatása) — megnyitja a Start Run (Futtatás indítása) fület a Run
Setup (Futtatás beállításai) ablakban a kiválasztott készülék alapján betöltött alapértelmezettvégpontprotokollal és lemezelrendezéssel.
Qualification Run (Kvalifikációs futtatás) — megnyitja a Start Run (Futtatás indítása) fület a Run Setup(Futtatás beállításai) ablakban a Bio-Rad a kiválasztott készülékhez betöltött alapértelmezett kvalifikációs
protokolljával és lemezelrendezéssel.

A Tools (Eszközök) menü parancsai
Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor) – a Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor)megnyitása, amellyel létrehozhat egy reakciókeveréket, és kinyomtathatja a számításokat.
Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) – a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró)
párbeszédpanel megnyitása, amellyel könnyen létrehozhat egy új protokollt.
Ta Calculator (Ta-kalkulátor) – a Ta Calculator (Ta-kalkulátor) megnyitása, amellyel könnyen
kiszámíthatja a primerek izzítási hőmérsékletét.
Dye Calibration Wizard (Festékkalibráló varázsló) – a Dye Calibration Wizard (Festékkalibráló varázsló)
megnyitása, amellyel bekalibrálhat egy műszert egy új fluorofórhoz.
Reinstall Instrument Drivers (A műszer illesztőprogramjainak újratelepítése) – a Bio-Rad valós idejű
PCR-rendszereivel való kommunikációt vezérlő illesztőprogramok újratelepítése.

Felhasználói útmutató | 69

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

Zip Data and Log Files (Adat- és naplófájlok tömörítése) – egy olyan párbeszédpanel megnyitása,amellyel kiválaszthatja azokat a fájlokat, amelyeket szeretne tömöríteni és tömörített fájlba elmenteni
tároláshoz vagy e-mail-üzenetben történő elküldéshez.
Batch Analysis (Kötegelt elemzés) – a Batch Analysis (Kötegelt elemzés) párbeszédpanel megnyitása,amellyel beállíthatja az egynél több adatfájl egyidejű elemzésére vonatkozó paramétereket.
Options (Opciók) – egy párbeszédpanel megnyitása, amelyben a következőket teheti:nA levelezőszerver beállításainak konfigurálása.

n

A LIMS, Seegene és más adatfájlokra vonatkozó exportálási beállítások konfigurálása.
Tipp: Kiválaszthatja azt a lehetőséget is, hogy exportáláskor a Seegene Viewer
automatikusan elinduljon, ha az adatokat Seegene formátumban exportálja.

nMegváltoztathatja a felhasználói kezelőfelület megjelenített nyelvét (angol, kínai, orosz)
Fontos: A kiválasztott nyelv megjelenítéséhez újra kell indítania a(z) CFX Maestro Dx SE
szoftvert.
Fontos: Az operációs rendszere által használt nyelvnek meg kell egyeznie a(z)CFX Maestro Dx SE kezelőfelületén megjeleníteni kívánt nyelvvel.

A Help (Segítség) menüpont parancsai
Tipp: A CFX Maestro Dx SE Help (Súgó) menüje minden ablakban elérhető a menüsorban.
Contents (Tartalom) – megjeleníti a Contents (Tartalom) fület a CFX Maestro Dx SE súgórendszerében.
Index – megjeleníti a tárgymutató fület a CFX Maestro Dx SE súgórendszerében.
Search (Keresés) – megjeleníti a Search (Keresés) fület a CFX Maestro Dx SE súgórendszerében.
Open User Guide (A Felhasználói útmutató megnyitása) – megnyitja ezt az útmutatót PDF
formátumban.
Additional Documentation (Kiegészítő dokumentáció) – hozzáférést biztosít a CFX Opus Dx valós idejű
PCR-rendszerek üzemeltetési kézikönyvéhez.
Release Notes (Kiadási megjegyzések) – megnyitja a Kiadási megjegyzéseket a CFX Maestro Dx SE
telepített verziójához.
Video Resources (Videoanyagok) – megnyit egy webhelyet, ahol a Bio-Rad videoanyagai, pl.
oktatóvideói találhatók.
qPCR Applications and Technologies (qPCR alkalmazások és technológiák) webhely – megnyitja aBio-Rad qPCR Applications & Technologies webhelyét, ahonnan további információkhoz juthat a valósidejű PCR (qPCR) technológiával kapcsolatban.

70 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Home (Kezdőlap) ablak

PCR Reagents (PCR-reagensek) webhely – megnyitja a Bio-Rad PCR és qPCR Reagents webhelyét,
ahonnan PCR-reagenseket, szupermixeket, festékeket és készleteket rendelhet.
PCR Plastic Consumables (Műanyag fogyóeszközök PCR-hoz) webhely – megnyitja a Bio-Rad PCR
Plastics and Consumables webhelyét, ahonnan PCR-lemezeket, lemeztömítéseket, kémcsöveket és
kupakokat, valamint egyéb műanyag tartozékokat rendelhet.
Software (Szoftver) webhely – megnyitja a Bio-Rad PCR Analysis Software webhelyét, ahonnan
megrendelheti a Bio-Rad CFX Maestro Dx SE termékének frissített verzióit.
About (Névjegy) – megjeleníti a CFX Maestro Dx SE szerzői jogi és verzióinformációit.

Az eszköztár parancsai– a Windows Intéző megnyitása, amellyel megkereshet és megnyithat egy adatfájlt vagy egy
génvizsgálati fájlt.

– a Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor) megnyitása.

– a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak megnyitása.

– a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak megnyitása a kiválasztott műszer alapján betöltöttalapértelmezett PrimePCR-protokollal és lemezelrendezéssel.

– a Startup Wizard (Indítási varázsló) megnyitása.

Felhasználói útmutató | 71

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

A Startup Wizard (Indítási varázsló)
A CFX Maestro Dx SE szoftver elindulásakor a munkatáblán megjelenik a Startup Wizard (Indítási
varázsló). Az Indítási varázslóból a következőket tudja elvégezni:nKiválaszthat egy készüléket a felismert készülékek közül, és beállíthat egy felhasználó által definiált
vagy PrimePCR futtatást.

n

Megnyithat és megismételhet egy futtatást.

n

Megnyithat egy adatfájlt vagy egy génvizsgálati fájlt, és elemezheti egy egyszeri futtatás vagy több
génexpressziós futtatás eredményeit.

Ezeket a feladatokat a későbbi fejezetekben részletesen ismertetjük.

Állapotsor
A szoftver fő ablakának alján található állapotsor bal oldalán az észlelt műszerek aktuális állapota látható.
Az állapotsor jobb oldalán az aktuális felhasználó neve, valamint a dátum és az idő látható.

72 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Home (Kezdőlap) ablak

Detected Instruments (Felismert készülékek) panel
A Detected Instruments (Felismert készülékek) panel a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógéphez
csatlakoztatott műszereket jeleníti meg. Alapértelmezettként mindegyik műszer egy ikonként jelenik meg,amelynek a neve a készülék sorozatszáma.
Erről a panelről a következőket teheti:n

A kiválasztott készülék jellemzőinek és kalibrált festékeinek megtekintése
A készülék jellemzőivel kapcsolatos információk: Készülék tulajdonságainak megtekintése a(z) 76.
oldalon.

n

Egy csatlakoztatott készülék állapotának megtekintésen

A kiválasztott készülék motoros fedelének felnyitásan

A kiválasztott készülék motoros fedelének lezárásanAz összes csatlakoztatott készülék állapotának megtekintése

Egy csatlakoztatott készülék állapotának megtekintéséhezu

A Detected Instruments (Észlelt készülékek) panelen válassza ki a célkészüléket, és végezze el az
alábbiak egyikét:nKattintson a View Status (Állapot megtekintése) opcióra a Selected Instrument (Kiválasztott
készülék) részben.

n

Jobb gombbal kattintson, és a megjelenő menüben válassza ki a View Status (Állapot
megtekintése) lehetőséget.

Megjelenik a Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel, amelyen látható a Run Status(Futtatás állapota) fül. A kiválasztott készülék státusza megjelenik a futtatás állapota panel alatt, pl.:Felhasználói útmutató | 73

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

Egy készülék fedelének felnyitásához vagy lezárásáhozu

A Detected Instruments (Észlelt készülékek) panelen válassza ki a célkészüléket, és végezze el az
alábbiak egyikét:nKattintson az Open Lid (Fedél felnyitása) vagy a Close Lid (Fedél lezárása) lehetőségre a
Selected Instrument (Kiválasztott készülék) részben.

n

Jobb gombbal kattintson, és válassza ki a megfelelő műveletet a megjelenő menüben.

nNyissa meg a Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanelt, válassza ki a Run Status(Futtatás állapota) fület, és kattintson az Open Lid (Fedél felnyitása) vagy a Close Lid (Fedéllezárása) lehetőségre.

Az összes csatlakoztatott készülék állapotának megtekintéséhezuTegye az alábbiak egyikét:nAz All Instruments (Összes készülék) részben a Detected Instruments (Észlelt készülékek)panelen kattintson a View Summary (Összefoglalás megtekintése) parancsra.

n

A menüsorban válassza ki a View > Instrument Summary (Megtekintés > Készülékösszefoglalása) lehetőséget.

Megjelenik az Instrument Summary (Készülék összefoglalása) párbeszédpanel.
Tipp: Ha a rendszer csak egy csatlakoztatott készüléket érzékel, az All Instruments (Összes
készülék) rész nem jelenik meg a Detected Instruments (Észlelt készülékek) panelen. Egyetlen
készülék összefoglalásának megtekintéséhez válassza ki a View > Instrument Summary(Megtekintés > Készülék összefoglalása) lehetőséget.

74 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Home (Kezdőlap) ablak

Az Instrument Summary (Készülék összefoglalása) eszköztár vezérlőelemeiAz 5. táblázat az Instrument Summary (Készülék összefoglalása) eszköztárban található
vezérlőelemeket és funkciókat sorolja fel.
5. táblázat Az Instrument Summary (Készülék összefoglalása) eszköztár vezérlőelemei

Gomb

A gomb neve

FunkcióÚj futtatás létrehozása

Létrehoz egy futtatást a kiválasztott
blokkon a Run Setup (Futtatás
beállításai) ablak megnyitásával.

Leállítás

Leállítja az aktuális futtatást a kiválasztott
blokkokon.

SzünetSzünetelteti az aktuális futtatást akiválasztott blokkokon.

ÚjraindításÚjraindítja a futtatást a kiválasztott
blokkokon.

Blokkjelző villogtatása

Villogtatja a kijelző LED-et a kiválasztott
blokkok fedelén.

Fedél felnyitása

Felnyitja a kiválasztott blokk motorizált
fedelét.

Fedél lezárása

Lezárja a kiválasztott blokk motorizált
fedelét.

A kiválasztott blokkok

Elrejti a kiválasztott blokkokat az

elrejtése

Instrument Summary (Készülékösszefoglalása) listában

Az összes blokk

Megjeleníti a kiválasztott blokkokat az

megjelenítése

Instrument Summary (Készülékösszefoglalása) listában

Felhasználói útmutató | 75

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

Gomb

A gomb neve

Funkció

Megjelenítés

Annak kiválasztása, hogy melyik
blokkokat jelenítse meg a listában.
Válassza ki az egyik opciót az összes
detektált blokk, az összes nem használt
blokk, az aktuális felhasználóval futóösszes blokk vagy az összes futó blokk
megjelenítésére

Készülék tulajdonságainak megtekintése
A Detected Instruments (Felismert készülékek) panelból megtekintheti egy kiválasztott készülék adatait,például a tulajdonságait a szállítási rögzítőcsavar állapotát (csak a CFX Connect és a CFX Touchesetén), valamint kalibrált festékei (fluorofórjai) listáját.

A készülék tulajdonságainak megtekintéséhezu

A Detected Instruments (Felismert készülékek) panelben kattintson a jobb gombbal a célkészülékre,és válassza ki a megjelenő menüből a Properties (Tulajdonságok) lehetőséget.

Properties (Tulajdonságok) fül
A Properties (Tulajdonságok) fül a kiválasztott készülékkel kapcsolatos műszaki adatokat sorol fel,például a típust, az alkatrészek sorozatszámát, valamint a firmware-verziókat. A készülék alapértelmezettneve (a sorozatszáma) sok helyen megjelenik, például a Detected Instruments (Felismert készülékek)panelen, valamint az Instrument Properties (Készüléktulajdonságok) párbeszédpanel fejlécében. A
könnyebb azonosítás érdekében a készüléket átnevezheti.
Megjegyzés: Nem változtathatja meg a CFX Opus műszer nevét, ha CFX Maestro szoftvert használ.

Calibrated Dyes (Kalibrált festékek) fül
A Calibrated Dyes (Kalibrált festékek) fül a kalibrált fluorofórokat és lemezeket jeleníti meg a kiválasztottműszerhez.

76 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Home (Kezdőlap) ablak

Egy adott kalibrációval kapcsolatos részletes információk megtekintéséhez kattintson a kalibráció Info
gombjára a Detail (Részlet) oszlopban.

Felhasználói útmutató | 77

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablakElőkészületek
Ez a szakasz azokat a feladatokat ismerteti, amelyek elvégzésére szükség lehet a CFX Maestro Dx SE
használata előtt. A következők tartoznak ide:nReakció-törzsoldat létrehozásanÚj festékek kalibrálása

Reakció-törzsoldat létrehozása
A CFX Maestro Dx SE Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor) eszközével könnyen kiszámíthatja,
hogy az egyes összetevőkből mennyire van szükség a törzsoldat elkészítéséhez. A törzsoldat-számítási
táblát kinyomtathatja az alapértelmezett nyomtatón, valamint az egyes célokhoz tartozó számításokat
elmentheti későbbi felhasználásra.

Reakció-törzsoldat létrehozása a Master Mix Calculator (Törzskeverék-kalkulátor) eszközzel
1.

A Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor) eszközt kétféleképpen is megnyithatja:n

Válassza ki a Tools > Master Mix Calculator (Eszközök > Törzsoldat-kalkulátor) elemet.

nKattintson a Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor) elemre az eszköztárban.

Megjelenik a Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor).

78 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

2.

A Reaction (Reakció) szakaszban válasszon egy detektálási módszert:n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Szondák)3.

Új cél létrehozásához a Target (Cél) szakaszban kattintson a Create New (Új cél létrehozása)
elemre. A célok legördülő listájában megjelenik egy új célnév.

4.

(Opcionális) Az alapértelmezett célnév módosítása:

5.

a.

Jelölje ki a cél nevét a célok legördülő listájában.

b.

Írjon be egy új célnevet a Target (Cél) mezőbe.

c.

Nyomja meg az Enter gombot.

Állítsa be az induló és befejező koncentrációkat az előrehaladó és fordított primerekhez és az
esetleges szondákhoz.

Felhasználói útmutató | 79

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

6.

A Master Mix Setup (Törzsoldat beállítása) szakaszban állítsa be a következő paraméterek értékeit:nA futtatni kívánt reakciók számanReakciós térfogat cellánkéntnSablontérfogat cellánkéntnSupermix-koncentráció cellánkéntnReakciós többlettérfogat cellánként

7.

(Opcionális) Végezze el a 2–6. lépéseket annyi célhoz, amennyihez szükséges.

8.

A Choose Target to Calculate (A számítani kívánt cél kiválasztása) szakaszban válassza ki aszámítani kívánt célt.
Tipp: Egyidejűleg csak egy, több vagy az összes célt lehet kiszámítani.
Az egyes kiválasztott célhoz szükséges komponensek számított térfogatai megjelennek atörzsoldattáblában.

9.

Ha a Target (Cél) és a Master Mix Setup (Törzsoldat beállítása) szakaszban beírt mennyiségeket
szeretné beállítani új alapértelmezett értékekként, kattintson a Set as Default (Beállítás
alapértelmezettként) elemre.

10. Ha el szeretné menteni a Master Mix Calculator (Törzsoldat-kalkulátor) párbeszédpanel tartalmát,
kattintson az OK gombra.

A törzsoldat-számítási tábla kinyomtatásához
uHa szeretne kinyomtatni egy törzsoldat-számítási táblát, kattintson a Print (Nyomtatás) elemre.
A rendszer a számítási táblát az Ön alapértelmezett nyomtatójának a segítségével nyomtatja ki.

A törzsoldat-számítási tábla mentése PDF-fájlkéntuMódosítsa az alapértelmezett nyomtatót egy PDF-meghajtóra, majd a Master Mix Calculator(Törzsoldat-kalkulátor) párbeszédpanelen kattintson a Print (Nyomtatás) elemre.

Célok törléséhezuVálassza ki a célt a célok legördülő listájáról, majd kattintson a Remove (Törlés) elemre.
Fontos: Ha egy célt töröl a célok listájából, a rendszer az adott célt azokból a törzsoldatszámításokból is törli, amelyekben a cél szerepel. A cél törlésénél legyen óvatos.

80 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

Új festékek kalibrálása
A CFX Opus 96 Dx és CFX Opus Deepwell Dx,rendszerek a fehér cellás és átlátszó cellás lemezekbenáltalánosan használt fluorofórokhoz gyárilag kalibrálva van. A CFX Opus 384 Dx rendszereket gyárilag
csak fehér cellás lemezekben használt fluorofórokhoz kalibráljuk be. A(z) 6. táblázat azokat a fluorofórokatés csatornát sorolja fel, amelyekhez az egyes műszerek kalibrálva vannak.
Megjegyzés: A CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx, CFX Opus Deepwell Dx, rendszerek
tartalmaznak egy olyan csatornát is, amely FRET-vizsgálatokhoz használható. Ez a csatorna nem
igényel kalibrációt az adott festékekhez.
Fontos: Ha felhasználó által meghatározott kalibrálást végez egy gyárilag kalibrált festékhez, akészülék a felhasználó által megadott kalibrálást használja a gyári kalibrálás helyett.
6. táblázat Gyárilag kalibrált fluorofórok, csatornák és műszerek

Fluorofórok

Csatorna

Gerjesztés, nm

Detektálás, nm

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Green IMűszer
CFX Opus 96
Dx, CFX Opus
384 Dx és CFX
Opus Deepwell
Dx rendszerek

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

CFX Opus 96

Fluor Gold 540,

Dx, CFX Opus

Cal Fluor Orange

384 Dx és CFX

560

Opus Deepwell
Dx rendszerek

ROX, Texas Red,3

560–590

610–650

CFX Opus 96

CAL Fluor Red

Dx, CFX Opus

610, TEX 615

384 Dx és CFX
Opus Deepwell
Dx rendszerek

Cy5, Quasar 670

4

620–650

675–690

CFX Opus 96
Dx, CFX Opus
384 Dx és CFX
Opus Deepwell
Dx rendszerek

Felhasználói útmutató | 81

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

Fluorofórok

Csatorna

Gerjesztés, nm

Detektálás, nm

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5MűszerCsak a CFX
Opus 96 Dx
rendszer

FRET-vizsgálat (nem gyárilag kalibrált)
Nem gyárilag

FRET

450–490kalibrált szín

560–580

CFX Opus 96
Dx, CFX Opus
384 Dx és CFX
Opus Deepwell
Dx rendszerek

Új festékek CFX rendszerekhez történő kalibrálásához
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban válasszon ki egy célműszert a Detected Instruments (Felismert
készülékek) táblán.

2.

Válassza ki a Tools > Calibration Wizard (Eszközök > Kalibráció varázsló) lehetőséget a Dye
Calibration (Festékkalibráció) varázsló megnyitásához.

82 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

A Calibrated Fluorophores (Kalibrált fluorofórok) című táblázatban a célműszerhez már bekalibrált
fluorofórok láthatók.
3.

A Calibrate New or Existing Fluorophores (Új vagy létező fluorofórok kalibrálása) részben válassza ki
a kalibrálni kívánt fluorofórt a legördülő listából.
Ha a fluorofór neve nem szerepel a listán, a nevét a szövegablakba beírva adhatja a listához.
Fontos: Az egyedileg kalibrált fluorofórok elnevezésekor legyen óvatos. Ha egyedi
festékkalibrációt hoz létre egy fluorofórhoz a gyárilag kalibrált fluorofórral azonos néven, aműszer az egyedi fluorofórt (nem a gyárilag kalibrált fluorofórt) fogja használni a futtatásoksorán.

4.

Válassza ki a lemeztípust a fluorofórhoz.
Ha a lemeztípus nem szerepel a listában, a nevét a szövegablakba írva adhatja hozzá a listához.

5.

Válasszon ki egy csatornát a fluorofórhoz.

6.

Válasszon ki egy lemezoszlopot a fluorofórhoz.

7.

(Opcionális) Írjon be egy színt, melyet a fluorofórhoz szeretne rendelni.

8.

Kattintson az Add to Plate (Hozzáadás lemezhez) gombra a fluorofór hozzáadásához.

9.

(Opcionális) Ismételje meg a 3–8. lépést a lemezhez kalibrálni tervezett minden egy fluorofór
hozzáadásához.

10. Amikor befejezte a fluorofórok hozzáadását, kattintson a View Plate (Lemez megtekintése) gombra a
Pure Dye Plate Display (Tiszta festékes lemez megjelenítése) ablak megnyitásához.
Használja ezt az ablakot útmutatónak, amikor a festékeket a lemezekbe tölti.
11. Készítsen elő egy 96- vagy 384-cellás vagy mély cellás lemezt a festék kalibráláshoz:a.

A Pure Dye Plate Display (Tiszta festékes lemez megjelenítése) ablakban látható elrendezésszerint pipettázzon festékoldatot a cellákba.

b.

Minden fluorofórhoz töltsön négy cellába 50 µl (96-cellás vagy mély cellás lemez) vagy 30 µl(384-cellás lemez) 300 nM festékoldatot. Megjegyzés: a lemeznek legalább a fele üres cellákat
tartalmaz.

c.

Zárja le a lemezt a kísérleténél használandó tömítési módszerrel.

12. Helyezze a kalibrációs lemezt a blokkba, és zárja le a fedelet.
13. A Dye Calibration (Festékkalibrálás) varázslóban kattintson a Calibrate (Kalibrálás), majd az OK
gombra annak megerősítéséhez, hogy a lemez a blokkban van.

Felhasználói útmutató | 83

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

14. Amikor a CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition végrehajtotta a kalibráló futtatást, megjelenik
egy párbeszédpanel. Kattintson a Yes (Igen) gombra a kalibrálás befejezéséhez, és nyissa meg a
Dye Calibration Viewer (Festékkalibrálás megtekintése) ablakot.
15. Kattintson az OK gombra az ablak bezárásához.

Felhasználói beállítások
Tipp: Ezeket a műveleteket nem szükséges elvégezni a CFX Maestro Dx SE használatához.
Nyugodtan kihagyhatja ezt a részt, illetve ezeket a műveleteket bármikor elvégezheti.
A CFX Maestro Dx SE szoftverben minden felhasználó testre szabhatja munkakörnyezetét. Például a
Users > User Preferences (Felhasználók > Felhasználói beállítások) menüben a következőket végezhetiel:nE-mail-értesítések beállítása a futtatás befejezéséről.
Megjegyzés: Ez a funkció csak azoknak a felhasználóknak érhető el, akiknek a szerepköre
tartalmazza ezt a jogot. További információkért lásd: A CFX Maestro Dx szoftver, Security
Edition felhasználói szerepköreinek kezelése a(z) 46. oldalon.

nAlapértelmezett beállítások módosítása:o

A fájlok mentésének helyeo

A futtatásbeállítási fájlok

o

A fájlok nevének előtagjanAlapértelmezett paraméterek beállítása egy új protokoll és lemez létrehozásakor.

nAz alapértelmezett adatelemzési és génexpressziós paraméterek beállítása.

nAz alapértelmezett minőség-ellenőrzési paraméterek testreszabása.

nAz exportálási paraméterek tesztre szabása.

A Tools (Eszközök) menüben a következőket végezheti el:nTörzsoldat létrehozása.

nFestékek kalibrálása egy adott berendezéshez.

Megjegyzés: A törzsoldat és a festékkalibrálás bárki számára elérhető, aki bejelentkezik aszoftverbe.
Ez a rész ezeknek a műveleteknek az elvégzését ismerteti.

84 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

E-mail-értesítés beállítása
A CFX Maestro Dx SE szoftvert kimenő levelezőszerveréhez csatlakoztathatja, és így e-mail üzenetbenértesítheti a meghatározott felhasználókat a futtatás befejeződéséről. Ezenkívül adatfájlt és elemzési
jelentést is csatolhat a meghatározott felhasználóknak. A CFX Maestro Dx SE és az Ön SMTPkiszolgálója közötti kapcsolat beállításához lásd: A Security Edition csatlakoztatása egy SMTPkiszolgálóhoz a(z) 86. oldalon.
Megjegyzés: Az, hogy egy felhasználó hozzáférhet-e az e-mail-beállítási funkciókhoz, attól függ,
hogy a rendszergazda milyen felhasználói csoportot és jogosultságokat állított be az adottfelhasználóhoz. A felhasználók és a szerepköreik kezelésére vonatkozó részletekért lásd: A CFX
Maestro Dx szoftver, Security Edition felhasználói szerepköreinek kezelése a(z) 46. oldalon.

E-mail-értesítések beállítása
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.
Megjelenik a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel és rajta az Email (E-mail)fül.

Megjegyzés: Ha a rendszer úgy érzékeli, hogy Ön még nem állított be érvényes SMTPkiszolgálót a CFX Maestro Dx SE szoftverhez, erről értesíti Önt. Az Options (Beállítások)párbeszédpanel megnyitásához és az SMTP-szerver beállításához kattintson a Configure
Outgoing Email (Kimenő e-mail beállítása) lehetőségre. További információkért lásd: A Security
Edition csatlakoztatása egy SMTP-kiszolgálóhoz a(z) 86. oldalon.
2.

A To (Címzett) szövegbeviteli mezőbe írja be minden egyes személy e-mail címét, akit tájékoztatni
szeretne a futtatás befejeződéséről. A futtatás befejeződése után az összes címzett e-mailt kap.
Megjegyzés: Az egyes e-mail-címeket külön sorba kell írni. Az egyes címek beírása után
nyomja meg az Enter billentyűt.

Felhasználói útmutató | 85

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

3.

(Opcionális) A cc (Másolat) szövegbeviteli mezőbe adott esetben írja be azoknak a címzetteknek az
e-mail-címét, akiknek másolatot szeretne küldeni az egyes e-mail-értesítésekből.

4.

(Opcionális) A rendszer alapértelmezés szerint az összes címzettnek elküldi csatolmányként az
adatfájl másolatát. Ha nem szeretné csatolni az adatfájl másolatát, törölje ebből a jelölőnégyzetből ajelölést.

5.

(Opcionális) Ha az e-mail-üzenethez szeretné csatolni az elemzési jelentést PDF formátumban,
jelölje be az Attach Analysis Report (Elemzési jelentés csatolása) elemet.

6.

A módosítások mentéséhez és a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel
bezárásához kattintson az OK gombra.

Megjegyzés: A szolgáltatótól függően be tudja állítani, hogy a rendszer e-mail értesítést küldjön amobiltelefonjára. A mobiltelefonja e-mail címére vonatkozó konkrét információkért forduljon amobiltelefon-szolgáltatójához. Írja be a telefon e-mail címét (például 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) a User Preferences (Felhasználói beállítások) képernyő
szövegmezőjébe.

Címzett e-mail-címének a szerkesztéséhezuSzükség szerint módosítsa az e-mail címet, majd kattintson az OK gombra.

E-mail címzettjének törlése
1.

Válassza ki az e-mail-címzettet, majd nyomja le a Delete (Törlés) billentyűt.

2.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön
visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

A Security Edition csatlakoztatása egy SMTP-kiszolgálóhoz
Fontos: Néhány kereskedelmi webmail-szolgáltató fokozott e-mailes biztonsági beállításokat
használ. Ha Ön ilyen fiókot használ, engedélyeznie kell az Allow less secure apps (Kevésbé
biztonságos appok engedélyezés) beállítást ahhoz, hogy a CFX Maestro Dx SE e-mailt tudjon
küldeni. További információt webmail-szolgáltatója biztonsági információiban találhat.
Ha Ön a Google Gmail vagy Microsoft Office 365 SMTP-kiszolgálóját használja e-mailek küldésére, akkor
be kell kapcsolnia a 2 lépcsős azonosítást és létre kell hoznia egy „alkalmazásjelszót” a Gmail- vagy
Office365-fiókjának beállításaiban. A Maestro e-mail-beállítások párbeszédpanelen történő
hitelesítéshez másolja és illessze be az „alkalmazásjelszót” a jelszómezőbe a normál e-mail-jelszava
helyett.

86 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

A szoftver csak akkor tud e-mail-értesítéseket küldeni, ha Ön beállítja a kapcsolatot a CFX Maestro Dx
SE és az Ön e-mail-szervere között.

A CFX Maestro Dx SE csatlakoztatásához egy levelezőszerverhez
1.

Tegye az alábbiak egyikét:nVálassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) opciót, éskattintson a Configure Outgoing Email (Kimenő e-mail konfigurálása) gombra az Email (E-mail)fülön.

n

Válassza ki a Tools > Options (Eszközök > Opciók) menüpontot.

Megjelenik az Options (Opciók) párbeszédpanel és rajta az Email (E-mail) fül.

2.

Adja meg a következő információkat a vállalatához:n

SMTP Server Name (az SMTP-szerver neve) – a kimenő e-mail-szerver neve a cégénél.

nPort – az SMTP-szervere portszáma. Ez általában 25.

n

Use SSL (SSL használata) — Secure Sockets Layer (SSL; biztonságos csatlakozási réteg)opció. Egyes SMTP-szerverek megkövetelik ezt a beállítást. Ha ez nem szükséges az Ön
cégénél, szüntesse meg a jelölőnégyzet bejelölését.

n

Use Default “From” Address (Használja az alapértelmezett „Feladó” címet) – alevelezőszerver neve az Ön cégénél. Egyes SMTP-szerverek megkövetelik, hogy minden
elküldött e-mail tartalmazzon egy bizonyos tartományból származó „feladó” címet, pl.
név@AzÖnCége.com. Ha ez az eset áll fenn, szüntesse meg a jelölőnégyzet bejelölését, és
adjon meg egy érvényes e-mail-címet.

Felhasználói útmutató | 87

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablaknAuthentication Required (Hitelesítés szükséges) — ha az adott intézményben megkövetelik afiók hitelesítését, ellenőrizze, hogy ez a jelölőnégyzet be van-e jelölve.

nUser Name (Felhasználónév) — a hitelesített fiók neve. Ez csak akkor szükséges, ha az
Authentication Required (Hitelesítés szükséges) beállítás ki van választva.

88 | CFX Maestro Dx SE szoftver

ElőkészületeknPassword (Jelszó) — a hitelesített fiók jelszava. Ez csak akkor szükséges, ha az Authentication
Required (Hitelesítés szükséges) beállítás ki van választva.

Fontos: Ha Ön a Google Gmail vagy Microsoft Office 365 SMTP-kiszolgálóját használja emailek küldésére, akkor be kell kapcsolnia a 2 lépcsős azonosítást, majd létre kell hoznia egy„alkalmazásjelszót” a Gmail- vagy Office365-fiókjának beállításaiban. Maestro e-mailbeállítások párbeszédpanelen történő hitelesítéshez másolja és illessze be az„alkalmazásjelszót” a CFX Maestro Dx SE jelszómezejébe a normál e-mail-jelszava helyett.
Az SMTP-beállítások helyességének ellenőrzéséhez írjon be egy érvényes e-mail címet a Test Email
Address (Ellenőrző e-mail-cím) szövegmezőbe, és kattintson a Test Email (E-mail tesztelése)
gombra.
Megjegyzés: egyes SMTP-szerverek nem engedélyezik a mellékleteket, mások pedig csak egy
bizonyos méretig engedélyezik őket. Ha Ön adatfájlok, illetve jelentések e-mail mellékletként
való elküldését tervezi a CFX Maestro Dx SE berendezéssel, válassza ki a Test Attachment(Tesztmelléklet) opciót, és állítsa be az Attachment Size in MB (Melléklet mérete MB-ban)értéket legalább 5 megabájtra (MB).
3.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Az alapértelmezett fájlbeállítások módosítása
A User Preference (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel Files (Fájlok) fülén módosíthatja akövetkezőket:n

A CFX Maestro Dx SE fájljainak elmentésére használt alapértelmezett helyn

A futtatás beállításának alapértelmezett fájljainAz alapértelmezett fájlelnevezési paraméterek

Az alapértelmezett fájlbeállítások módosításához
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen válassza ki a Files (Fájlok) fület.

Felhasználói útmutató | 89

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

3.

A Default Folder for File Creation (Alapértelmezett mappa fájl létrehozásához) részben válasszon ki
egy alapértelmezett mappát, ahová el akarja menteni az új fájlokat. Az egyes fájltípusokhoz más és
más helyet választhat:nProtokoll

n

Lemez

n

Adatfájl

nGénvizsgálat

4.

A File Selection for Run Setup (Fájl kiválasztása futtatás beállításához) részben lépjen a célprotokollés lemezfájlokhoz, és válassza ki őket az Experiment Setup (Kísérlet beállítása) ablakban való
megjelenítéshez.

5.

A Data File (Adatfájl) részben határozza meg az adatfájlok elő-, illetve utótagját. Bármelyik részhez
válasszon ki egy új értéket saját legördülő listájából. Egyéni előtagot és utótagot is megadhat a Prefix(Előtag) és Suffix (Utótag) szövegmezőkben.
A CFX Maestro Dx SE megjeleníti az új fájlnév előnézetét a kiválasztó ablakok alatt.

6.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön

90 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

A protokollra vonatkozó alapértelmezett paraméterek beállítása
Az alapértelmezett protokollparaméterek beállításához a Protocol Editor(Protokollszerkesztő) és a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) eszközökhöz
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen válassza ki a Protocol (Protokoll)fület.

3.

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) szakaszban határozza meg a Protocol Editor(Protokollszerkesztő) ablakban megjelenő következő beállítások értékeit:

4.

nSample volume (Mintatérfogat) – a cellákban található egyes minták térfogata (µlmértékegységben kifejezve).

n

Lid Shutoff temperature (Kikapcsolási fedélhőmérséklet) – az a hőmérséklet (ºCmértékegységben kifejezve), amelyen a fedélfűtő futtatás közben kikapcsol.

A Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) szakaszban határozza meg a Protocol AutoWriter(Automatikus protokollíró) ablakban megjelenő következő beállítások értékeit:nAnnealing temperature (Izzítási hőmérséklet) – a ºC mértékegységben kifejezett hőmérséklet
az iProof DNS-polimerázt, iTaq DNS-polimerázt vagy egyéb polimerázokat használó
kísérletekhez.

Felhasználói útmutató | 91

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablakn5.

Amplicon length (Amplikonhosszúság) – az amplikon hosszúsága bázispárokban (bp)kifejezve.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön
visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

A lemezre vonatkozó alapértelmezett paraméterek beállítása
A Plate (Lemez) fülön Ön által végrehajtott módosításokat a szoftver összes felhasználója tudja
használni. A lemezbeállítás során Ön által végrehajtott módosítások azt követően állnak a felhasználók
rendelkezésére, hogy Ön elmentette és bezárta a lemezfájlt.
A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a következőket végezheti el:nAlapértelmezett lemezparaméterek beállítása.

nCél, minta és biológiai csoport nevének hozzáadása az adott könyvtárhoz.

nCél, minta és biológiai csoport nevének törlése az adott könyvtárból.

Az alapértelmezett lemezparaméterek beállításához
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen válassza ki a Plate (Lemez) fület.

92 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

3.

Határozza meg a következő beállítások értékeit egy új lemezfájlhoz. Ezek az értékek jelennek meg a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban:nPlate Type (Lemeztípus)nPlate size (Lemezméret)nUnits (Egységek) – A standardot tartalmazó cellák indítási sablonjának koncentrációja.
A CFX Maestro Dx SE ezeket az egységeket egy standard görbe létrehozására használja a
Data Analysis Quantification (Adatelemzés kvantifikálása) fülön.

n

Scientific notation (Tudományos jelölés) – ha ez a beállítás van kiválasztva, a CFX Maestro Dx
SE a koncentrációegységeket tudományos jelöléssel jeleníti meg.

n

Scan mode (Leolvasási üzemmód) – a leolvasandó csatornák száma és típusa futtatás közben.

nFluorophores (Fluorofórok) – a Plate Editor (Lemezszerkesztő) cellabetöltő vezérlőiben
megjelenő alapértelmezett fluorofórok.

Felhasználói útmutató | 93

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablakn4.

Libraries (Könyvtárak) – az Ön által a kísérleteiben jellemzően használt cél, minta és biológiai
csoport neve:oTarget names (Célnevek) – a célgének és -szekvenciák neve.

oSample names (Mintanevek) – a kísérleti minták neve vagy azonosító jellemző amintákhoz (pl. Egér1, Egér2, Egér3).

oBiological group names (Biológiaicsoport-nevek) – olyan minták csoportjainak neve,
melyeknél megegyezik a kezelési státusz vagy a kezelési körülmények (pl. 0. óra, 1. óra, 2.
óra).

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Cél, minta vagy biológiai csoport új nevének hozzáadásáhozu

A megfelelő könyvtármezőbe írja be a nevet a célhoz, mintához vagy biológiai csoporthoz, éskattintson az OK gombra.

Cél, minta vagy biológiai csoport nevének törléséhezuA megfelelő könyvtármezőben válassza ki a nevet, nyomja meg a Delete (Törlés) gombot, majd
kattintson az OK gombra.

Fontos: A könyvtárból törölt neveket a szoftver véglegesen törli, és többé nem állnak a felhasználók
rendelkezésére. A CFX Maestro Dx SE alapértelmezett neveinek visszaállításához kattintson a
Restore Defaults (Alapértelmezett beállítások visszaállítása) gombra. Ha a User Preferences(Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults (Visszaállítás az alapértelmezettbeállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön visszaállítja az összes beállítást az eredeti,
gyári beállításokra. Járjon el körültekintően a CFX Maestro Dx SE alapértelmezett neveinek
törlésénél és ennek a gombnak a megnyomásánál.

94 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

Az adatelemzésre vonatkozó alapértelmezett paraméterek beállítása
Az alapértelmezett adatelemzési paraméterek beállításához
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen válassza ki a Data Analysis(Adatelemzés) fület.

3.

Az Analysis Mode (Analízis-üzemmód) részben válassza ki azt az üzemmódot, amellyel elemezni
kívánja az adatokat (Fluorophore /Fluorofór/ vagy Target /Cél/).

4.

A PCR Quantitation (Mennyiségi PCR) részben állítsa be az alapértelmezett paramétereket akövetkező opciókhoz:nBaseline Setting (Kiindulási érték beállítása) – a kiindulási érték módszere az elemzésiüzemmódhoz.

n

Cq Determination Mode (A Cq-meghatározás üzemmódja) – az az üzemmód, amelyben arendszer kiszámítja a Cq értékeket az egyes fluoreszcencia-jelvonalakhoz (regresszió vagy
egyetlen küszöbérték).

Felhasználói útmutató | 95

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablaknThreshold Calc. Mode (Küszöbérték-számítási üzemmód) – a végpont célmennyisége.
Az alapértelmezett üzemmód az Auto (Automatikus), azaz a szoftver automatikusan kiszámítja
a végpont célt. Egy adott küszöbérték beállításához szüntesse meg az Auto (Automatikus)
jelölőnégyzet kijelölését, és írja be saját végpontmennyiségét relatív
fluoreszcenciaegységekben (RFE) számítva. A maximális érték 65 000,00 RFE. Az adatfájlok a
további futtatásokban ezt a küszöbérték-beállítást fogják használni.

nBaseline Calc. Mode (Alapérték-számítási üzemmód) — az alapérték az összes jelvonalhoz.
Az alapértelmezett üzemmód az Auto (Automatikus), azaz a szoftver automatikusan kiszámítja
az alapvonalat az összes jelvonalhoz. Egy adott alapérték beállításához szüntesse meg az Auto
(Automatikus) jelölőnégyzet kijelölését, és írja be a minimális és maximális értékeket aciklustartományhoz (1-től 9999-ig). Az adatfájlok a további futtatásokban ezt a ciklustartományt
fogják használni.

n5.

Log View (Napló nézet) — azt határozza meg, hogy a szoftver hogyan ábrázolja asokszorosítási adatokat:oOn (Be) – a sokszorosítási adatokat a szoftver egy féllogaritmikus grafikonon ábrázolja.

o

Off (Ki) – (alapértelmezett) a sokszorosítási adatokat a szoftver egy lineáris grafikononábrázolja.

Az End Point (Végpont) részben válassza ki az átlagolandó végciklusok számát avégpontszámításoknál:n

PCR — az átlagolandó végciklusok száma a mennyiségi adatokhoz (az alapértelmezett 5).

n

End Point Only run (Csak végpontok futtatása) — a végpontok száma az átlagoláshoz avégpontadatokhoz (az alapértelmezett 2).

6.

A Melt Curve (Olvadási görbe) részben válassza ki a detektálandó csúcstípust (pozitív vagy negatív).

7.

A Well Selector (Cellaválasztó) részben válassza ki, hogyan legyenek megjelenítve a cellacímkék
(mintatípus, célnév vagy mintanév szerint).

8.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön
visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

96 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

A génexpresszió-adatfájlra vonatkozó alapértelmezett paraméterek beállítása
Az alapértelmezett paraméterek beállítása egy új génexpressziós adatfájlhoz
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen válassza ki a Gene Expression(Génexpresszió) fület.

3.

Határozza meg a következő beállítások értékeit:nRelative to (Viszonyítási alap) – a génexpressziós adatok grafikus ábrázolása egy 1-es
origójú kontrollhoz vagy a nullához viszonyítva:oZero (Nulla) – a szoftver figyelmen kívül hagyja a kontrollt. Ez az alapértelmezett beállítás
olyankor, amikor az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban nincs megadva
kontrollminta.

oControl (Kontroll) – a szoftver az Experiment Setup (Kísérlet beállításai) ablakban
megadott kontrollmintához viszonyítva számítja ki az adatokat.

nX-axis (X tengely) – a minta vagy a cél grafikus ábrázolása az X tengelyen.

nY-axis (Y tengely) – lineáris, log2 vagy log10 skála grafikus ábrázolása az Y tengelyen.

nScaling (Skálázás) – a grafikonhoz kapcsolódó skálázási opció (az alapértelmezett opció:
Unscaled /Nem skálázott/):oHighest (Legmagasabb) – a szoftver a legmagasabb adatponthoz skálázza a grafikont.

oLowest (Legalacsonyabb) – a szoftver a legalacsonyabb adatponthoz skálázza a
grafikont.

oUnscaled (Nem skálázott) – a szoftver skálázás nélkül ábrázolja az adatokat a grafikonon.

nMode (Üzemmód) – az elemzés üzemmódja: relatív mennyiség (∆Cq) vagy normalizált
expresszió (∆∆Cq).

nError Bar (Hibasáv) – az adatok variabilitása szórásként (Std. Dev.) vagy a középérték standard
hibájaként (Std. Error Mean) ábrázolva.

nError Bar Multiplier (Hibasávszorzó) – a szórás szorzója, amelyet a rendszer a hibasávok
grafikus ábrázolásához használ (az alapértelmezett érték: 1).
A szorzót 2 vagy 3 értékre növelheti.

nSample Types to Exclude (Kizárni kívánt mintatípusok) – az elemzésből kizárni kívánt
mintatípusok.

Felhasználói útmutató | 97

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

Egy vagy több mintát is választhat, amelye(ke)t ki szeretne zárni az elemzésből. Ha az összes
mintatípust ki szeretné zárni, törölje a kijelölt mintatípusok jelölőnégyzeteiből a jelölést.
4.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön
visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

A minőség-ellenőrzési szabályok testreszabása
A CFX Maestro Dx SE szoftverben minőségellenőrzési szabályokat állíthat be, amelyeket a rendszer a
Data Analysis (Adatelemzés) ablakban levő adatokra alkalmaz. A szoftver az Ön által beállított szabályok
szerint ellenőrzi az adatokat.
Megjegyzés: alapértelmezés szerint az összes minőség-ellenőrzési szabály engedélyezve van.
Tipp: a Data Analysis (Adatelemzés) ablak QC-moduljában egyszerűen kizárhatja azokat a cellákat
az elemzésből, amelyek nem felelnek meg egy QC-paraméternek.

A minőség-ellenőrzési szabályok testreszabásához
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelben válassza ki a QC (Minőségellenőrzés) fület.

98 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

Ahol:

3.

4.

n

NTC – sablon nélküli kontrolln

NRT – reverz transzkriptáz nélküli kontrollnEfficiency (Hatásfok) – a reakció hatásfokan

Std Curve R^2 – a standard görbe R négyzet értékenReplicate group Cq Std Dev (Replikátum csoport) Cq szórása – az egyes
replikátumcsoportokhoz kiszámított szórás

Mindegyik QC (minőség-ellenőrzési) szabályhoz végezze el az alábbiak egyikét:nAz alapértelmezett érték használatához ne tegyen semmit.

nAz érték módosításához kattintson a Value (Érték) szövegmezőbe, írjon be egy új értéket, és
nyomja meg az Enter gombot.

n

A szabály letiltásához szüntesse meg a Use (Használat) jelölőnégyzet kijelölését.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön

Felhasználói útmutató | 99

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablak

visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

Az adatexportálás paramétereinek testreszabása
A CFX Maestro Dx SE adatait a következő formátumokban exportálhatja:nSzöveg (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Fontos: A számítógépre telepítenie kell a Microsoft Excel programot, ha Microsoft Excel táblázatba
szeretné exportálni az adatokat.
Megadhatja az exportálandó adatok típusát, és testre szabhatja az exportált adatok kimenetét.

Az exportálási paraméterek testreszabásához
1.

Válassza ki a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) elemet a User
Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel megnyitásához.

2.

A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen válassza ki a Custom Export(Egyedi exportálás) fület.

100 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Előkészületek

3.

Az Export Format (Exportálás formátuma) legördülő listán válassza ki, milyen formátumban szeretné
exportálni az adatokat.

4.

A Data to Export (Exportálandó adatok) részben jelölje be az exportálandó adatok típusainak ajelölőnégyzeteit, vagy szüntesse meg a kijelölésüket. A kiválasztott elemek megjelennek az Exported
Columns (Exportált oszlopok) listamezőben.
Megjegyzés: Alapértelmezés szerint a futtatási információk szerepelnek a fejlécben. Ha nem
akarja szerepeltetni a futtatási információkat, törölje a jelölőnégyzetet.

5.

Módosíthatja a kiválasztott elemek kimeneti megjelenítésének sorrendjét
Az Exported Columns (Exportált oszlopok) listamezőben jelölje ki az elemet, majd kattintson a listától
balra levő nyíl gombokra a felfelé vagy lefelé mozgatásához.

6.

Opcionálisan módosíthatja a kiválasztott elemek kimeneti oszlopainak nevét:a.

Kattintson a Customize Column Names (Oszlopnevek testreszabása) lehetőségre.
Megjelenik a Column Name Customizer (Oszlop nevének testreszabása) párbeszédpanel.

b.

Minden módosítani kívánt alapértelmezett oszlopnévhez írja be az új nevet a Custom Name
(Egyedi név) mezőbe.

Felhasználói útmutató | 101

6. fejezet A Home (Kezdőlap) ablakc.

7.

Tegye az alábbiak egyikét:nKattintson az OK gombra a módosítások elmentéséhez és a Custom Export (Testreszabottexport) fülre való visszatéréshez. Az új név zárójelben jelenik meg az alapértelmezettoszlopnév mellett az Exported Columns (Exportált oszlopok) listamezőben.

n

A módosítások törléséhez és a Custom Export (Testreszabott export) fülre való
visszatéréshez kattintson a Cancel (Mégse) gombra.

A módosítások mentéséhez és a párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK gombra.

Fontos: Ha a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Restore Defaults(Visszaállítás az alapértelmezett beállításokra) elemre kattint, a rendszer az összes fülön
visszaállítja az összes beállítást az eredeti, gyári beállításokra. Legyen körültekintő, ha erre agombra kattint.

102 | CFX Maestro Dx SE szoftver

7. fejezet Protokollok létrehozása
Egy protokoll egy meghatározott sorrendben végrehajtott lépések összessége. A CFX Maestro Dx
szoftver, Security Edition termékben az összes lépés a berendezés opcióihoz kapcsolódik. A lépések
például a műszert a blokk- és fedélhőmérséklet szabályozására, a blokkban hőmérséklet-különbség
létrehozására, lemez leolvasására vagy olvadási görbe elemzésének végrehajtására utasítják. Minden
opció különböző lemez- és futtatástípusokhoz van megadva.
A CFX Maestro Dx SE két lehetőséget kínál a protokollok létrehozására: a Protokollszerkesztő és az
Automatikus protokollíró.
A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) jellemzői a következők:nStandard protokollvezérlő elemek a protokollok gyors létrehozásáhoznGradiens gyors kiszámítása a kiválasztott sorokhoznFuttatási idő gyors kiszámítása a kiválasztott lemeztípushoz

nProtokoll-lépések szerkesztésenProtokollok elmentése ismételt felhasználáshoz

n

A protokoll kinyomtatása az alapértelmezett nyomtatón

A Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) az Ön által megadott paraméterek felhasználásávalautomatikusan létrehoz egy testreszabott PCR-protokollt a következő lépésekkel: forróindítás, kezdeti
denaturálás, hevítés, valamint kiterjesztés. Ezután megtekintheti a javasolt protokoll grafikus ábrázolását,valamint szerkesztheti, futtathatja vagy elmentheti a protokollt.

Felhasználói útmutató | 103

7. fejezet Protokollok létrehozása

Paraméterek és tartományok a protokoll lépéseihez
A(z) 7. táblázat információi segítségével módosíthatja a protokoll lépéseinek alapértelmezett beállításait.

Hőmérsékleti lépések
A célhőmérséklet 4,0 és 100,0 °C közötti érték, tizedfokban beállítva. A rendszer felmelegszik erre ahőmérsékletre, és ezt az értéket egy meghatározott ideig (tartási idő) tartja.

Gradienslépések
A gradienstartomány az alsó és felső hőmérséklet közötti különbség egy gradienslépésben. A
megengedett legnagyobb tartomány 24 °C. Az alsó hőmérséklet 30,0 és 99,0 °C közötti érték,
tizedfokban beállítva. A maximális felső hőmérséklet 100 °C. A PCR készülék a célhőmérsékletgradiensig melegszik a blokkon keresztül, és egy meghatározott tartási ideig tartja ezt a hőmérsékletet.
Fontos: A műszer kiszámítja a gradiens értékét. Amikor beír egy értéket a gradienskalkulátor felső
és alsó mezőjébe, a szoftver automatikusan kiszámítja és hozzárendeli a hőmérsékletet a többimezőhöz. Ha a felső és az alsó mező közötti bármelyik mezőben hőmérsékletet ad meg, a készülék
automatikusan kiszámítja a fennmaradó mezőket. Nem lehet minden mezőben manuálisan megadnia hőmérsékleti értéket.

104 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Paraméterek és tartományok a protokoll lépéseihez

7. táblázat Paraméterek és tartományok a protokoll lépéseihez

Paraméter

Tartomány

LeírásFelfutásin CFX Opus 96 Dx rendszerek

Utasítja a PCR készüléket, hogy az adottsebesség

esetében:lépésben a megadott sebességgel

0,1–5 °C másodpercenként

melegedjen a célhőmérsékletre.

n CFX Opus 384 Dx rendszerek
esetében:Csak hőmérsékleti lépések esetébenérhető el.

0,1–2,5 °C másodpercenként
n CFX Opus Deepwell Dx
rendszerek esetében:0,1–2,5 °C másodpercenként
Növekmény–10,0 és 10,0 °C közötti szám

Utasítja a PCR készüléket, hogy minden

ciklusonként, tizedfokokban

ciklusnál változtassa meg egy lépéscélhőmérsékletét, ahol pozitív szám növeli
a hőmérsékletet, negatív szám pedig
csökkenti azt.
Csak hőmérsékleti lépések esetébenérhető el.

Hosszabbítás

Ciklusonként –60 és 60 másodperc

Utasítja a PCR készüléket, hogy

közötti idő

hosszabbítsa meg a tartási időt az egyes
ciklusokkal. A pozitív szám növeli a tartásiidőt, a negatív szám pedig csökkenti azt.
Hőmérsékleti és gradienslépésekben
egyaránt elérhető.

Hangjelzés(Nincs paraméter)Utasítja a PCR készüléket, hogy
hangjelzést adjon, ha elérte az adott lépéscélhőmérsékletét.
Csak hőmérsékleti lépések esetébenérhető el.

Lemezolvasás(Nincs paraméter)Utasítja a PCR készüléket, hogy adjon
hozzá egy lemezolvasást a kiválasztott
lépéshez.
Hőmérsékleti és gradienslépésekben
egyaránt elérhető.

Felhasználói útmutató | 105

7. fejezet Protokollok létrehozása

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak
A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakot protokollok létrehozására, megnyitására, áttekintésére és
szerkesztésére használhatja. A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) alapértelmezés szerint egyáltalános, valós idejű, 2 lépéses, 96 cellás lemezhez használható protokoll megjelenítésével nyílik meg.

JELMAGYARÁZAT
1.

A menüsor gyors hozzáférést biztosít a File (Fájl), Settings (Beállítások) és Tools (Eszközök)menü parancsaihoz.

2.

Az eszközsor gyors hozzáférést biztosít a protokoll elmentéséhez és kinyomtatásához, annak
meghatározásához, hogy hová illesszen be egy lépést, a mintatérfogat beállításához, valamint
a becsült protokollfuttatási idő megtekintéséhez.

3.

A fő panel a protokoll grafikus ábrázolását mutatja.

4.

Az alsó panel a protokoll áttekintő nézetét mutatja.

5.

A bal oldali panel a protokoll vezérlőelemeit mutatja, amelyeket hozzáadhat a protokoll
testreszabásához.

106 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak

A File (Fájl) menü parancsai
Save (Mentés) – az aktuális protokoll mentése.
Save As (Mentés másként) – az aktuális protokoll mentése új névvel vagy egy új helyre.
File Passwords (Fájljelszavak) – lehetővé teszi a felhasználók számára a fájl mentéséhez és
megnyitásához szükséges jelszavak beállítását.
Tipp: További információ: A fájlok védelme jelszóval a(z) 54. oldalon.
Close (Bezárás) – a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak bezárása.

A Settings (Beállítások) menüpont parancsa
Lid Settings (Fedélbeállítások) – a Lid Setting (Fedélbeállítás) párbeszédpanel megnyitása, amelyen
beállíthatja vagy módosíthatja a fedél hőmérsékletét.

A Tools (Eszközök) menü parancsai
Gradient Calculator (Gradienskalkulátor) – egy párbeszédpanel megnyitása, amelyen kiválaszthatja ablokktípust egy gradienslépéshez. Az alapértelmezett beállítás: 96 cella.
Run time Calculator (Futtatásiidő-kalkulátor) – egy párbeszédpanel megnyitása, amelyen kiválaszthatja
a lemeztípust és a leolvasási üzemmódot, hogy a rendszer a Run Setup (Futtatás beállításai) ablakban
kiszámíthassa a becsült futtatási időt. Az alapértelmezett beállítás: 96 cella, összes csatorna.

Az eszköztár parancsai– az aktuális protokollfájl mentése.

– a kiválasztott ablak nyomtatása.

– ezzel a paranccsal kiválaszthatja, hogy a rendszer az aktuálisan kiválasztott
lépéshez viszonyítva hová illesszen be lépéseket.

– ezzel a paranccsal megadhat egy mintatérfogatot µl mértékegységben. A
mintatérfogatok a blokktípustól függően eltérők:n

96 cellás blokk esetében a tartomány: 0–50 µl.

Felhasználói útmutató | 107

7. fejezet Protokollok létrehozásan

384 cellás blokk esetében a tartomány: 0–30 µl.

n

96 mély cellás blokk esetében a tartomány: 0–125 µl.

– a protokoll-lépések, a felfutási sebesség, valamint a kiválasztott blokktípus
alapján a becsült futtatási idő megjelenítése.

– a protokollokra vonatkozó súgóinformációk megjelenítése.

Protokollszerkesztési vezérlőelemek
A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak bal oldali panelén olyan vezérlőelemek találhatók,
amelyekkel protokollokat hozhat létre.
Az egyes vezérlőelemek olyan paraméterekből tevődnek össze, amelyek a protokoll egy-egy lépését
alkotják. Protokollját testre szabhatja az egyes paraméterek módosításával, valamint hozzáadásukkal
vagy eltávolításukkal. A jelen szakaszban az egyes vezérlőelemekben található opciókat mutatjuk be.
nInsert Step (Lépés beillesztése) – egy lépés beillesztése a kiválasztott
lépés elé vagy mögé. A hőmérsékletre és a várakozási időre vonatkozó
értékeket a protokoll grafikus kijelzőjén és a protokoll áttekintő
nézetében is szerkesztheti.

nInsert Gradient (Gradiens beillesztése) – egy gradienslépés
beillesztése a gradienskalkulátorban kiválasztott cellablokk típusa
alapján. A gradienstartományt a Gradient (Gradiens) panelenszerkesztheti; ez a panel egy gradienslépés beillesztésekor jelenik meg.

nInsert GOTO (GOTO lépés beillesztése) – egy ciklikus (hurok-) lépés
beillesztése, amely arra utasítja a szoftvert, hogy meghatározott számú
cikluson keresztül ismételje egy szekvencia meghatározott lépéseit. Az
ismétlések akkor kezdődnek, amikor az első ciklus befejeződik. Például utasíthatja a szoftvert, hogy
39 alkalommal ismételje meg a 2–4. lépéseket. Az utolsó ismétlés végére a szoftver összesen 40
alkalommal végzi el a 2–4. lépéseket. A visszatérési (GOTO) lépést és a ciklusok számát a protokoll
grafikus kijelzőjén és a protokoll áttekintő nézetében is szerkesztheti.
nInsert Melt Curve (Olvadási görbe beillesztése) – egy olvadásigörbe-leolvasási lépés beillesztése.

108 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablaknInsert Plate Read to Step (Lemezleolvasás beillesztése a lépéshez) – egy lemezleolvasási parancs
hozzáadása a kiválasztott lépéshez. A lemezleolvasás funkció célja a fluoreszcencia
mennyiségének mérése egy ciklus végén. A lemezleolvasási lépés általában az utolsó lépés egy
GOTO hurokban.
Tipp: ha egy lépéshez hozzáad egy lemezleolvasási parancsot, akkor az adott lépés
kiválasztásakor a gomb a Remove Plate Read (Lemezleolvasás eltávolítása) gombra vált.

nRemove Plate Read (Lemezleolvasás eltávolítása) – egy lemezleolvasási parancs eltávolítása akiválasztott lépésből.
Tipp: ha egy lépésből eltávolít egy lemezleolvasási parancsot, az adott lépés kiválasztásakor agomb a következőre változik: Add Plate Read to Step (Lemezleolvasás hozzáadása alépéshez).

n

Step Options (Lépésbeállítások) – a Step Options (Lépésbeállítások) párbeszédpanel megnyitása
és a kiválasztott lépéshez elérhető opciók megjelenítése. A lépésbeállításokra vonatkozó részletes
információk: Step Options (Lépésbeállítások) a(z) 110. oldalon.
Tipp: A Step Options (Lépésbeállítások) párbeszédpanel úgy is elérhető, ha a grafikus kijelzőn
a jobb egérgombbal rákattint a lépésre.

n

Delete Step (Lépés törlése) – a kiválasztott lépés törlése a protokollból.

Felhasználói útmutató | 109

7. fejezet Protokollok létrehozása

Step Options (Lépésbeállítások)Nyissa meg a Step Options (Lépésbeállítások) párbeszédpanelt azoknak az opcióknak amegtekintéséhez, amelyeket hozzáadhat, módosíthat vagy eltávolíthat egy lépésből.

nPlate Read (Lemez leolvasása) – kiválasztásakor hozzáad egy lemezleolvasást a lépéshez.

nTemperature (Hőmérséklet) – beállítja a célhőmérsékletet a kiválasztott lépéshez.

nGradient (Gradiens) – beállítja a gradienstartományt a lépéshez; a tartomány 1–24 °C.
Megjegyzés: egy gradiens a blokk elején levő legalacsonyabb hőmérséklettel (a képen a „H”sor) és a blokk végén levő legmagasabb hőmérséklettel (a képen az „A” sor) fut.

nIncrement (Növekedés) – a kiválasztott lépés hőmérsékletének növelésének (vagycsökkentésének) mértéke; ezt a mennyiséget adja hozzá a berendezés a célhőmérséklethez
mindegyik ciklusban. A tartomány ±0,1–10 °C.
Megjegyzés: A hőmérséklet csökkentéséhez írjon egy mínusz jelet (-) a számérték elé (például:-5°C).

nRamp Rate (Felfutási sebesség) – a felfutási sebesség a kiválasztott lépéshez; a tartomány a blokk
méretétől függ.

nTime (Idő) – a várakozási idő a kiválasztott lépéshez.

110 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablaknExtend (Meghosszabbítás) – az időmennyiség (mp-ben) a kiválasztott lépés meghosszabbításához
vagy csökkentéséhez; a berendezést ezt az értéket hozzáadja a várakozási időhöz minden
ciklusban; a tartomány 1–60 mp.

nBeep (Sípolás) – ha be van jelölve, a lépés közben a berendezés sípol.
Tipp: Ha egy olyan számot ír be, amely kívül esik az opció tartományán, a szoftver a számot atartományon belüli legközelebbi értékre módosítja.

Felhasználói útmutató | 111

7. fejezet Protokollok létrehozása

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő)eszközzel
A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel egyedi protokollfájlokat hozhat létre. Továbbá
lehetősége van a korábban mentett protokollfájlokat, illetve a CFX Maestro Dx SE szoftverhez mellékelt
mintaprotokollfájlokat szerkeszteni és elmenteni.
Új protokollfájl létrehozásához tegye a következőket:nNyisson meg egy protokollfájlt a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban.
Tipp: a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban egy új vagy egy meglévő protokollt ismegnyithat.

nÁllítsa be az új protokollt.

nAdjon lépéseket a protokollhoz a protokollvezérlő elemeket tartalmazó panelről.

n

Szerkessze a lépések tulajdonságait.

nMentse el a protokollt.

Tipp: ha egy korábban mentett vagy egy mintaprotokollfájlból szeretne létrehozni egy új protokollt,
lásd: Meglévő protokoll megnyitása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel a(z) 114.
oldalon.

Új protokollfájl megnyitása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő)eszközzel
A CFX Maestro Dx SE több lehetőséget kínál egy új protokollfájl megnyitására:n

A Home (Kezdőlap) ablak File (Fájl) menüjébőln

A Futtatás beállítása párbeszédpanelen a Home (Kezdőlap) ablakbann

A Startup Wizard (Indítási varázsló) párbeszédpanelen a Home (Kezdőlap) ablakban

Új protokollfájl megnyitásához a Home (Kezdőlap) ablakbólu

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a File > Open > Protocol (Fájl > Megnyitás > Protokoll)
lehetőséget.
Megnyílik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak, és megjeleníti az alapértelmezett
protokollfájlt.
Tipp: az alapértelmezett protokoll beállítására vonatkozó információk: Az alapértelmezett
fájlbeállítások módosítása a(z) 89. oldalon.

112 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

Új protokoll megnyitásához a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanelről1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét a Run Setup (Futtatás beállításai)párbeszédpanel megnyitásához:n

Válassza ki a Run > User-defined Run (Futtatás > Felhasználó által meghatározott futtatás)elemet.

n

Kattintson a User-defined Run Setup (Felhasználó által meghatározott futtatás beállítása)
elemre az eszköztárban.

Megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanel a Protocol (Protokoll) füllel, amelyen az
Ön alapértelmezett protokollfájlja látható.
2.

Kattintson a Create New (Új protokoll létrehozása) elemre.
Megnyílik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak, és megjelenik benne az alapértelmezettvalós idejű protokoll.

Új protokollfájl megnyitásához a Startup Wizard (Indítási varázsló) párbeszédpanelről1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét a Startup Wizard (Indítási varázsló)
megnyitásához, ha jelenleg nem látható:nVálassza ki a View > Startup Wizard (Nézet > Indítási varázsló) elemet.

nKattintson a Startup Wizard (Indítási varázsló) elemre az eszköztárban.

2.

Szükség esetén válassza ki a műszer típusát a legördülő listából.

3.

Kattintson a futtatás típusaként a User-defined (Felhasználó által beállított) elemre.
Megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanel és rajta a Protocol (Protokoll) fül,
amelyen az alapértelmezett protokollfájl látható.

4.

Kattintson a Create New (Új protokoll létrehozása) elemre.
Megnyílik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak, és megjelenik benne az alapértelmezettvalós idejű protokoll.

Új protokoll megnyitásához a Run (Futtatás) menüből1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét a Run Setup (Futtatás beállításai)párbeszédpanel megnyitásához:n

Válassza ki a Run > User-defined Run (Futtatás > Felhasználó által meghatározott futtatás)elemet.

n

Kattintson a User-defined Run Setup (Felhasználó által meghatározott futtatás beállítása)
elemre az eszköztárban.

Felhasználói útmutató | 113

7. fejezet Protokollok létrehozása

Megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanel a Protocol (Protokoll) füllel, amelyen az
Ön alapértelmezett protokollfájlja látható.
2.

Kattintson a Create New (Új protokoll létrehozása) elemre.
Megnyílik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak, és megjelenik benne az alapértelmezettvalós idejű protokoll.

Meglévő protokoll megnyitása a Protocol Editor(Protokollszerkesztő) eszközzel
A CFX Maestro Dx SE mintaprotokollfájlokat biztosít, amelyeket szerkeszthet és új testreszabottprotokollként elmenthet. Egy létező testreszabott protokollból is létrehozhat új protokollt.

Példa protokollfájl megnyitásához
1.

A Home Window (Kezdőlap) ablakban válassza ki a File > Open > Protocol (Fájl > Megnyitás >Protokoll) opciót.
Alapértelmezés szerint a Windows fájlkezelője a CFX Maestro Dx SE mintafájljainak mappáját nyitja
meg.

2.

Nyissa meg a Sample files (Mintafájlok) mappát. A következő mappákat láthatja:nConventionalProtocols – (Konvencionális protokollok) hagyományos PCR-analízis
mintaprotokollfájljait tartalmazza.

n

DataFiles (Adatfájlok) – mintaadatfájlokat tartalmaz, amelyeket a CFX Maestro Dx SE
jellemzőinek felfedezéséhez használhat.

n

MeltCalibration (Olvadáskalibráció) – a Bio-Rad Precision Melt Analysis (Precíziós
olvadásvizsgálat) szoftverével használandó mintaprotokollfájlokat tartalmaz.

nPlates (Lemezek) – mintalemezfájlokat tartalmaz.

n

RealTimeProtocols (Valós idejű protokollok) – valósidejű PCR-elemzéshez használható
mintaprotokollfájlokat tartalmaz.

3.

Nyissa meg a protokollmappát a végrehajtani kívánt futtatási típushoz, azaz vagy aConventionalProtocols (Konvencionális protokollok), vagy a RealTimeProtocols (Valós idejű
protokollok) mappát.

4.

Válassza ki a protokollt, és kattintson az Open (Megnyitás) gombra.
A mintaprotokoll megnyílik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban.

5.

Válassza ki a File > Save As (Fájl > Mentés másként) opciót, és mentse el a protokollt egy új névvel
vagy egy új mappába.

114 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

Létező protokoll megnyitásához
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét:nVálassza ki a File > Open > Protocol (Fájl > Megnyitás > Protokoll) opciót, keresse meg ésválassza ki a célprotokollt, majd kattintson az Open (Megnyitás) gombra.

nNyissa meg a Startup Wizard (Indítási varázsló) párbeszédpanelt, és tegye a következők
egyikét:o

A megjelenített protokoll szerkesztéséhez kattintson az Edit Selected (Kiválasztott protokoll
szerkesztése) gombra.

o

Egy másik létező protokoll szerkesztéséhez kattintson a Select Existing (Meglévő protokoll
kiválasztása) opcióra, majd lépjen a célfájlhoz.

A protokoll megnyílik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban.
2.

Válassza ki a File > Save As (Fájl > Mentés másként) opciót, és mentse el a protokollt egy új névvel
vagy egy új mappába.

Új protokoll beállítása
Tipp: Ha a protokollfájl tartalmazza a szükséges paramétereket (pl. ha egy létező lemezfájlt
szerkeszt), átugorhatja ezt a részt. Ugorjon a Lépések hozzáadása egy protokollhoz a(z) 117.
oldalon.
Az új protokollfájlokhoz a következő paraméterek szükségesek:nBlokk típusa

n

A leolvasási üzemmód a kiválasztott blokktípushozn

A fedél hőmérsékletenA minta térfogata

Felhasználói útmutató | 115

7. fejezet Protokollok létrehozása

A blokktípus beállítása
A CFX Maestro Dx SE a blokktípus alapján automatikusan kiszámítja a hőmérséklet-növekményeket a
gradienslépésekhez.
Megjegyzés: a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban beállított lemeztípusnak meg kellegyeznie a reakciómodulban található lemez típusával.

A blokktípus beállításáhozu

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban válassza ki a Tools > Gradient Calculator(Eszközök > Gradienskalkulátor) elemet, majd a megjelenő legördülő listában válassza ki amegfelelő lemeztípust.

A leolvasási üzemmód kiválasztása a kiválasztott blokktípushoz
A protokoll lefutási idejének meghatározásához válassza ki a célblokk típusát és a leolvasás üzemmódját.

A blokktípus és a leolvasási üzemmód kiválasztásáhozu

A Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban válassza ki a Tools > Run time Calculator(Eszközök > Futtatásiidő-kalkulátor) elemet, majd válassza ki a megfelelő lemeztípust és leolvasásiüzemmódot a megjelenő legördülő listából.

A fedélhőmérséklet módosítása
A CFX Maestro Dx SE a következők szerint állítja be az alapértelmezett fedélhőmérsékleteket:n

96 cellás és mély cellás műszerek – 105,0 °C

n384 cellás műszerek – 95,0°C

A protokoll szükségleteinek megfelelően az alapértelmezett beállítások módosíthatók, illetve a fedélfűtés
kikapcsolható.

A fedélhőmérséklet módosításához
1.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban válassza ki a Settings > Lid Settings (Beállítások >Fedélbeállítások) lehetőséget.
Ekkor megjelenik a Lid Settings (Fedélbeállítások) párbeszédablak.

2.

3.

Tegye az alábbiak egyikét:nVálassza ki a User Defined (Felhasználó által meghatározott) lehetőséget, és írjon be egyhőmérsékleti értéket a szövegmezőbe.

n

Válassza ki a Turn Off Lid Heater (Fedélfűtés kikapcsolása) lehetőséget.

Kattintson az OK gombra a módosítások elfogadásához és a párbeszédablak bezárásához.

116 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

A mintatérfogat beállítása
A CFX Maestro Dx SE alapértelmezés szerint 25 µl értékre állítja az egyes cellák mintatérfogatát. A
mintatérfogatok a blokktípustól függően eltérők, például:n

96 cellás blokk esetében 0–50 µln384 cellás blokk esetében 0–30 µl

A műszer a kétféle hőmérséklet-szabályozási üzemmód egyikének a segítségével határozza meg, hogy aminta mikor éri el a célhőmérsékletet egy protokollban:nCalculated mode (Kiszámított üzemmód) – ha a mintatérfogat a blokknak megfelelő, nem nullaértékre van beállítva, a műszer a mintatérfogat alapján számítja ki a minta hőmérsékletét. Ez astandard üzemmód.

nBlock mode (Blokk üzemmód) – amikor a mintatérfogat nulla (0) µl értékre van beállítva, a műszer aminta hőmérsékletét a blokk mért hőmérsékletével azonos értékként rögzíti.

A mintatérfogat beállítása egy meghatározott blokkhozu

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban írja be a helyes értéket az eszköztárban található
Sample Volume (Mintatérfogat) szövegbeviteli mezőbe.

Tipp: Az alapértelmezett mintatérfogatot módosíthatja a User Preferences (Felhasználói beállítások)párbeszédpanelen. Lásd: Az alapértelmezett fájlbeállítások módosítása a(z) 89. oldalon.

Lépések hozzáadása egy protokollhoz
Lépés hozzáadásához egy protokollhoz
1.

Nyissa meg a protokollt a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakban.

2.

Döntse el, hogy hová szeretné beilleszteni az új lépést. Az eszköztárban válassza ki a Before (Elé)
vagy After (Mögé) lehetőséget a Step (Lépés) legördülő listában.

3.

Az ábrán válassza ki azt a lépést, amely elé vagy után be kívánja illeszteni az új lépést.

4.

A bal oldali panelen kattintson az Insert Step (Lépés beszúrása) gombra.

5.

A hőmérséklet vagy a várakozási idő módosításához kattintson az alapértelmezett értékre az ábrán
vagy a protokoll áttekintésén, és írjon be egy új értéket.

6.

(Opcionális) A bal oldali panelen kattintson a Step Options (Lépésbeállítások) gombra a Step
Options (Lépésbeállítások) párbeszédablak megjelenítéséhez, és módosítsa a kiválasztott lépéshez
rendelkezésre álló opciókat.

Felhasználói útmutató | 117

7. fejezet Protokollok létrehozása

Tipp: a Step Options (Lépésbeállítások) párbeszédablakot a grafikon panelen vagy a protokolláttekintő panelén a jobb egérgombbal előhívható menüből érheti el.
7.

A protokoll módosításainak elmentéséhez kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra.
Megjelenik a Save As (Mentés másként) párbeszédpanel.

8.

A Save As (Mentés másként) párbeszédablakban írjon be egy nevet az új protokollfájlhoz, éskattintson a Save (Mentés) gombra.

Gradienslépés beillesztése
Gradienslépés beillesztéséhez1.

Győződjön meg arról, hogy a gradiensre vonatkozó lemezméret ugyanaz, mint a műszer blokktípusa,
vagyis 96 cellás, 384 cellás vagy mély cellás.

2.

Ha eddig még nem tette meg, válassza ki a lemezméretet a gradienshez:
Válassza ki a Tools > Gradient Calculator (Eszközök > Gradienskalkulátor) elemet, majd a legördülő
listáról válassza ki a megfelelő cellatípust.

3.

Az eszköztárban válassza ki a Before (Elé) vagy az After (Utána) elemet az Insert Step (Lépés
beillesztése) legördülő listából.

4.

A grafikonon vagy az áttekintő panelen válassza ki azt a lépést, amely elé vagy mögé be szeretné
illeszteni a gradienslépést.

5.

A bal oldali panelen kattintson az Insert Gradient (Gradiens beillesztése) elemre. A rendszer az új
gradienslépést kiemeli a grafikonon és az áttekintő panelen. Például:

118 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

A gradiensben található egyes sorok hőmérséklete megjelenik a jobb oldali panelen található
Gradient (Gradiens) táblázatban.
6.

A gradiens hőmérséklet-tartományának szerkesztéséhez tegye a következők egyikét:nKattintson az alapértelmezett hőmérsékletre a grafikonon vagy az áttekintő panelen, és írjon beegy új hőmérsékletet.

nKattintson a Step Options (Lépésbeállítások) elemre, majd írja be a gradienstartományát a Step
Options (Lépésbeállítások) ablakban.

nMódosítsa a Range (Tartomány) értéket a Gradient (Gradiens) táblázatban.

7.

A várakozási idő szerkesztéséhez kattintson az alapértelmezett időre a grafikus vagy a szöveges
nézeten, majd írjon be egy új időt.

8.

A módosítások mentéséhez kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra.

GOTO (LÉPJ) lépés beillesztése
Megjegyzés: Egy GOTO (LÉPJ) készletbe nem lehet GOTO (LÉPJ) lépést beilleszteni; nem
lehetséges egymásba ágyazott GOTO ciklusokat létrehozni.

Felhasználói útmutató | 119

7. fejezet Protokollok létrehozása

GOTO (LÉPJ) lépés beillesztéséhez1.

Az eszköztárban válassza ki a Before (Elé) vagy After (Mögé) lehetőséget az Insert Step (Lépés
beillesztése) legördülő listában.

2.

A grafikonon válassza ki a beilleszteni kívánt GOTO lépés előtti vagy az utáni lépést.

3.

A bal oldali táblában kattintson az Insert GOTO (GOTO utasítás beillesztése) gombra.

4.

A GOTO lépés számának vagy az ismétlések számának a szerkesztéséhez válassza ki azalapértelmezett számot a grafikonban vagy az áttekintő táblában, és írjon be egy új értéket.

5.

A módosítások mentéséhez kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra.

Olvadási görbe lépés beillesztése
Tipp: olvadási görbe lépés nem illeszthető be GOTO (LÉPJ) ciklusba.
Megjegyzés: az olvadási görbe lépés 30 másodperces várakozást tartalmaz a lépés elején, amely
nem látható a protokollban.

Olvadási görbe lépés beillesztéséhez1.

Az eszköztárban válassza ki a Before (Elé) vagy After (Mögé) lehetőséget az Insert Step (Lépés
beillesztése) legördülő listában.

2.

A grafikonon válassza ki azt a lépést, amely elé vagy után szeretné beilleszteni az olvadási görbét.

120 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

3.

A bal oldali panelen kattintson az Insert Melt Curve (Olvadási görbe beillesztése) parancsra. Az új
olvadási görbe lépés ki van emelve a grafikonban és az áttekintő panelen, pl.:4.

Az olvadási görbe tartományának vagy növekedési lépésidejének szerkesztéséhez válassza ki azalapértelmezett számot a grafikonban vagy az áttekintő panelen, és írjon be egy új értéket.

5.

A módosítások mentéséhez kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra.

Felhasználói útmutató | 121

7. fejezet Protokollok létrehozása

Lemezleolvasási lépés hozzáadása vagy eltávolítása
Tipp: ha egy lépéshez hozzáad egy lemezleolvasási parancsot, akkor az adott lépés kiválasztásakor
a gomb a Remove Plate Read (Lemezleolvasás eltávolítása) gombra vált.

Lemezleolvasás hozzáadásához egy lépéshez
1.

Az eszköztárban válassza ki a Before (Elé) vagy After (Mögé) lehetőséget az Insert Step (Lépés
beillesztése) legördülő listában.

2.

A grafikonon válassza ki azt a lépést, amely elé vagy mögé be szeretné illeszteni a lemezleolvasás
lépést.

3.

A bal oldali panelen kattintson az Add Plate Read to Step (Lemezleolvasás hozzáadása a lépéshez)
elemre egy lemezleolvasás hozzáadásához a kiválasztott lépéshez.

4.

A módosítások mentéséhez kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra.

Lemezleolvasás eltávolításához egy lépésből
u

A grafikonon válassza ki a lemezleolvasást tartalmazó lépést, majd a bal oldali panelen kattintson a
Remove Plate Read (Lemezleolvasás eltávolítása) elemre.

A lépésbeállítások módosítása
A lépésbeállítások módosításához egy kiválasztott lépésnél
1.

Válassza ki a céllépést a diagramon vagy az áttekintő panelen.

2.

A bal oldali panelen kattintson a Step Options (Lépésbeállítások) gombra a Step Options(Lépésbeállítások) párbeszédpanel megnyitásához.
Másik megoldásként a jobb egérgombbal kattintson valamelyik panelen a céllépésre, és válassza ki
a Step Options (Lépésbeállítások) lehetőséget a megjelenő menüben.

3.

Opciók hozzáadásához, módosításához vagy eltávolításához:nÍrjon be egy értéket a megfelelő szövegmezőbe.

nMódosítson egy értéket az adott szövegmezőben.

nJelöljön be egy jelölőnégyzetet, vagy szüntesse meg a bejelölését.

4.

Kattintson az OK gombra a módosítások elmentéséhez és a Step Options (Lépésbeállítások)párbeszédpanel bezárásához.

5.

Kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra a protokoll elmentéséhez.

122 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközzel

Lépés törlése
Fontos: Ez a funkció nem vonható vissza. Óvatosan járjon el a lépések törlésénél.

A protokoll egy lépésének törléséhez
1.

Válassza ki a lépést a diagramban vagy az áttekintő panelen.

2.

A bal oldali panelen kattintson a Delete Step (Lépés törlése) opcióra a kiválasztott lépés törléséhez.

3.

Kattintson az OK gombra, majd a Yes (Igen) gombra a protokoll elmentéséhez.

Protokoll másolása, exportálása vagy nyomtatása
Protokoll másolásáhozu

Kattintson a jobb gombbal a protokoll áttekintésére, és válassza ki a Copy Protocol (Protokoll
másolása) parancsot.
Az áttekintést beillesztheti egy .txt, .xls, .doc vagy .ppt fájlba.

Protokoll exportálásához
1.

Kattintson a jobb gombbal a protokoll áttekintésére, és válassza ki az Export Protocol (Protokoll
exportálása) parancsot.
Megjelenik a Save As (Mentés másként) párbeszédpanel.

2.

(Opcionális) A Windows fájlkezelőjével lépjen egy mappába, amelybe el akarja menteni a
protokollfájlt.

3.

A File name (Fájlnév) mezőbe írjon be egy nevet az exportált protokollfájlhoz.

4.

Kattintson a Save (Mentés) gombra.

Protokoll kinyomtatásáhozu

Kattintson a jobb gombbal a protokoll áttekintő nézetére, és válassza ki a Print (Nyomtatás)parancsot.
A protokoll áttekintését kinyomtathatja az alapértelmezett nyomtatóján.

Felhasználói útmutató | 123

7. fejezet Protokollok létrehozása

Protokoll létrehozása a Protocol AutoWriter (Automatikus
protokollíró) eszközzel
Fontos: A Bio-Rad nem garantálja, hogy a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) eszközzel
létrehozott protokoll futtatása minden esetben PCR-terméket eredményez.
A CFX Maestro Dx SE Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) eszköze a következő bemeneti
paraméterek alapján automatikusan hoz létre PCR-protokollokat:nAmplicon length (Amplikonhosszúság) – a PCR-termék elvárt hosszúsága

n

Annealing temperature (Izzítási hőmérséklet) – az aktuálisan használt primerek Ta reakcióhőmérséklet értéke
Ha a Ta ismeretlen, a Ta-kalkulátorral a primerszekvenciái alapján automatikusan kiszámíthatja.
Megjegyzés: a Ta értéke a primer olvadási hőmérsékletére (Tm) vonatkozó, a kiválasztott
enzimen és a protokoll sebességén alapuló információk helyesbítésével számítható ki.

nEnzyme type (Enzimtípus) – a DNS-polimeráz enzim (iTaq, iProof DNA polymerase /iTaq, iProof
DNS-polimeráz/ vagy Other /Egyéb/)
Ha az iTaq vagy az iProof DNS-polimeráztól eltérő enzimet használ, további információkat írhat be,például a gradienstartományt, a forróindítási aktiválási időt (másodpercben), valamint a végső
kiterjesztési időt (másodpercben).

n

Run speed (Futtatási sebesség) – a reakció sebessége (standard, fast /gyors/ vagy ultrafast/ultragyors/)
A Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) a kiválasztott sebességbeállításnak megfelelően
optimalizálja a protokollt. A teljes futtatási időt a következő tényezők határozzák meg: a lépések és aciklusok száma, az egyes lépések inkubációs időtartama, valamint a célhőmérsékleten az
uniformitás eléréséhez szükséges időtartam.

A Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) az Ön által beírt paraméterek, valamint a standard PCRirányelvek alapján automatikusan létrehoz egy testreszabott PCR-protokollt a következő lépésekkel:
forróindítás, kezdeti denaturálás, izzítás, valamint kiterjesztés. Ezután megtekintheti a javasolt protokoll
grafikus ábrázolását, valamint szerkesztheti, futtathatja vagy elmentheti a protokollt.

124 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Protokoll létrehozása a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) eszközzel

Új protokoll létrehozása a CFX Maestro Dx SE Protocol AutoWriter (Automatikus
protokollíró) eszközével
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a Tools > Protocol AutoWriter (Eszközök > Automatikus
protokollíró) elemet.
Megjelenik a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) párbeszédpanel.

2.

Az Enter Target Values/Enzyme (Célértékek/enzim beírása) szakaszban tegye a következőket:n

Ha ismeri a primerek izzítási hőmérsékletét (Ta), írja be ezt az értéket.
Tipp: további információk: A Ta kalkulátor használata a(z) 126. oldalon.
Megjegyzés: bővebb információk a Ta kalkulátorban alkalmazott számításokról: Breslauer
et al. 1986.

nÍrja be az amplikonhosszúságot bázispárokban (bp).

nVálasszon ki egy enzimtípust az opciókat tartalmazó listából (iTaq DNA polymerase /iTaq DNSpolimeráz/, iProof DNA polymerase /iProof DNS-polimeráz/ vagy Other /Egyéb/).
Tipp: ha az enzimtípusnál az Other (Egyéb) értéket választja, az Additional Parameters(Optional) (További paraméterek /opcionális/) szakaszban található paraméterek aktívvá
válnak.

Felhasználói útmutató | 125

7. fejezet Protokollok létrehozása

3.

Ha az enzimtípusnál az Other (Egyéb) értéket választotta, a protokollhoz hozzáadhatja a következő
paraméterek bármelyikét vagy mindegyikét:nGradienstartománynForróindítási aktiválási hőmérséklet

nVégső kiterjesztési idő

4.

A Type (Típus) szakaszban a csúszka mozgatásával válassza ki a protokoll sebességét (Standard,
Fast /Gyors/ vagy Ultrafast /Ultragyors/). A CFX Maestro Dx SE kiigazítja a teljes futtatási időt.

5.

Válassza ki az elvégezni kívánt PCR-vizsgálat típusát (az alapértelmezett érték a Real-time PCR/Valós idejű PCR/).
A valós idejű PCR-vizsgálatnál a CFX Maestro Dx SE hozzáad egy lemezleolvasási lépést afluoreszcenciaadatok rögzítésére.

6.

A Preview (Előnézet) szakaszban tekintse át a protokollt. Szükség szerint módosításokat végezhet.

7.

Tegye az alábbiak egyikét:nAz új protokoll mentéséhez kattintson az OK gombra. A protokoll az elmentését követően
megnyílik a Startup Wizard (Indítási varázsló) ablakban. Ha módosítást szeretne végezni aprotokollon, akkor kattintson az Edit Selected (Kijelölt elemek szerkesztése) gombra. Így például
lehetséges, hogy módosítania kell a fedélhőmérsékletet és a mintatérfogatot.

n

Ha a protokoll mentése nélkül szeretné bezárni az ablakot, kattintson a Cancel (Mégse) gombra.

A Ta kalkulátor használata
Ha a primer izzítási hőmérséklete ismeretlen, az érték kiszámításához használhatja a Ta Calculator (Takalkulátor) eszközt. Az értéket használhatja a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) vagy aProtocol Editor (Protokollszerkesztő) eszközben a protokoll létrehozásához.

Tudnivalók a Ta kalkulátorról
A Ta kalkulátor kiszámítja az egyes primerekhez tartozó Tm értékeket, valamint a protokollhoz standard
sebességnél tartozó Ta értéket.
A protokollhoz tartozó Ta a következő szabályok figyelembevételével az átlagos primer Tm értékeken
alapszik:n

Ha a primer Tm értékei közötti különbség több mint 4 °C, akkor a Ta = (a primer két Tm értéke közül
az alacsonyabb + 2) – 4 °Cn

Ha a Tm értékek közötti különbség ≤4 °C, akkor a Ta = (a primer Tm értékeinek átlaga) – 4 °C

126 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Ta kalkulátor használata

Bázispárszámlálási módszer
A Ta Calculator (Ta kalkulátor) mindegyik primer esetében a 14 vagy annál kevesebb bázispárból (bp)álló szekvenciához használható bázispárszámlálási módszert alkalmazza.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4),ahol w, x, y és z az A, T, G és C bázisok száma a szekvenciában.

„Legközelebbi szomszéd” módszer
A 14 bázispárnál hosszabb szekvenciákhoz a rendszer a legközelebbi szomszéd módszert alkalmazza. A
legközelebbi szomszéd módszerben az olvadási hőmérséklet számítása az entrópia (az oligonukleotid
véletlenszerűségének sorrendje, illetve mértéke), az entalpia (az oligonukleotid által kibocsátott vagy
elnyelt hő), a szabad energia és a hőmérséklet közötti termodinamikai összefüggésen alapul.
∆H = ∆G + T* ∆Sahol:n∆H = az entalpia értéke, cal/mol*Kn

T = hőmérséklet, Kelvinn∆S = az entrópia értéke, cal/mol*Kn∆G = Gibbs-féle szabad energia cal/mol*K egységben

Az entrópia és az entalpia változásait a 8. táblázat látható nukleotidpár-értékek összegzésével
közvetlenül lehet számítani (Breslauer és mtsai. 1986).
A szabad energia és a reagensek, valamint termékek egyensúlyi koncentrációi közötti kapcsolatot a∆G = R*T*ln ((DNS * primer)/(DNS + primer))egyenlet adja, ahol R a gázállandó (1,986 cal/mol*K).
A két egyenletben a G behelyettesítése és a T-re történő megoldás a
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNS * primer)/(DNS + primer)))
eredményt adja, feltételezve, hogy a DNS és a DNS-primer komplex koncentrációja megegyezik.
Empirikusan meghatározták, hogy 5 kcal (3,4 kcal) szabad energia (Sugimoto és mtsai. 1996) változás
történik az egyszálúról a B-formájú DNS-be való átalakulás során. Ez feltételezhetően a spirál kezdési
energiája. Végül pedig, egy só miatti módosítás hozzáadása azt az egyenletet adja, amelyet a Ta kalkulátor használ:
T = (∆H – 5(KCal/K*mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16,6 log10 (SóMolaritás)

Felhasználói útmutató | 127

7. fejezet Protokollok létrehozása

A sókoncentrációhoz nincs szükség módosító állandóra, mivel a különböző paraméterek meghatározása
1 M NaCl értéknél történt, és 1 log10 értéke nulla.
A termodinamikai számítások azt feltételezik, hogy az izzítás 7,0 pH-értéken történik. A Tm számításai azt
feltételezik, hogy a szekvenciák nem szimmetrikusak, és legalább egy G vagy C nukleinsavat
tartalmaznak.
Az oligonukleotid-szekvenciának legalább 14 bázis hosszúságúnak kell lennie ahhoz, hogy elfogadható
Tm értékeket adjon. A 14-nél kevesebb bázis esetében a bázispárszámlálási módszert kell használni(lásd az alábbi 8. táblázat).
8. táblázat Breslauer interakciós állandók

Interakció

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

128 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Ta kalkulátor használataA Ta kalkulátor használataA Ta Calculator (Ta kalkulátor) használatához
1.

A Ta Calculator (Ta kalkulátor) megnyitásához végezze el az alábbiak egyikét:n

Ha a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró) ablakban van, kattintson a Ta Calculator (Takalkulátor) opcióra.

n

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a Tools > Ta Calculator (Eszközök > Ta kalkulátor)opciót.

Megjelenik a Ta Calculator (Ta kalkulátor) párbeszédpanel.

2.

A Forward Primer (Egyenes primer) szövegmezőbe írja be vagy illessze be az egyenes primer
szekvenciáját.
Tipp: használhatja a párbeszédpanel bal oldalán levő A, T, G, C gombokat is a szekvencia
beírásához.

3.

Írja be vagy illessze be a fordított primer szekvenciáját a Reverse Primer (Fordított primer)szövegmezőbe.

4.

Kattintson a Calculate (Számítás) gombra.

Felhasználói útmutató | 129

7. fejezet Protokollok létrehozása

A Ta Calculator (Ta kalkulátor) kiszámítja és megjeleníti az egyes primerek Tm értékét és az átlagos
Tm és Ta értékeket, például:

Ha a primer Tm értékei több mint 4 °C távolságra vannak egymástól, a Protocol AutoWrite(Automatikus protokollíró) az alacsonyabb primer Tm értéke + 2 °C-ot használ alapként a Ta érték
kiszámításához, amelyet Ön tovább módosíthat az enzim és a reakciósebesség megváltoztatásával.
A Ta Calculator (Ta kalkulátor) izzítási hőmérsékletet generál a standard sebességhez iTaq DNSpolimerázzal. Más enzim használata esetén a sebességbeállítások automatikusan módosítják a Taértéket.
5.

Tegye az alábbiak egyikét:n

Ha a Ta Calculator (Ta kalkulátor) ablakot a Protocol AutoWriter (Automatikus protokollíró)
ablakból nyitotta meg, kattintson az OK gombra. Ekkor visszatér a Protocol AutoWriter(Automatikus protokollíró) ablakba. Az izzítási hőmérséklet a program automatikusan módosítja.

n

Ha a Ta Calculator (Ta kalkulátor) opciót a Tools (Eszközök) menüből nyitotta meg, jegyezze fela számításokat, és kattintson a Cancel (Mégse) gombra a kalkulátor bezárásához.

130 | CFX Maestro Dx SE szoftver

8. fejezet Lemezek előkészítése
A lemezfájl a futtatás paramétereire vonatkozó információkat tartalmaz, például a leolvasási üzemmódot,a fluorofórokat és a cellák tartalmát. A futtatás után a CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition a cellák
tartalmát összekapcsolja a protokoll során rögzített fluoreszcenciaadatokkal, valamint elvégzi a megfelelő
elemzést a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban. Így például a rendszer a standard típusú mintát
tartalmazó cellák segítségével egy standard görbét hoz létre.
A CFX Maestro Dx SE két lehetőséget kínál a lemezek létrehozására: a Plate Editor (Lemezszerkesztő) a
valós idejű PCR-futtatáshoz és a Setup Wizard (Beállítási varázsló) a normalizált génexpressziós
elemzéshez.
A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköz a következő funkciókat tartalmazza:n

A lemez celláihoz hozzárendelhető standard fluorofórok és mintatípusok.

n

A referenciacél és kontroll minta beállítása a génexpresszió-elemzéshez.

n

A lemezbeállítás szerkesztése egy futtatás előtt, közben vagy után.

n

A lemezfájlok elmentése későbbi ismételt felhasználásra.

n

A lemezfájl kinyomtatása az alapértelmezett nyomtatóval.

A Setup Wizard (Beállítási varázsló) végigvezeti Önt azokon a lépéseken, amelyekkel lemezelrendezést
hozhat létre a normalizált génexpresszió elemzéséhez. A Setup Wizard (Beállítási varázsló) eszközt
futtatás előtt, közben és után is használhatja.

Felhasználói útmutató | 131

8. fejezet Lemezek előkészítése

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak
A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban egyedi lemezeket hozhat létre, illetve módosíthatja ameglévő lemezeket.

JELMAGYARÁZAT
1.

A menüsor gyors hozzáférést kínál a File (Fájl) és Settings (Beállítások) menüpontban található
parancsokhoz, valamint a lemezszerkesztési eszközök által kínált lehetőségekhez.

2.

Az eszköztár gyors hozzáférést kínál a fontos lemezbetöltési funkciókhoz.

3.

A fő panelen a lemez áttekintő nézete és az Ön által alkalmazott lemezopciók láthatók.

4.

A jobb oldali panelen olyan opciók láthatók, amelyekkel testre szabhatja a lemezt.

5.

Az alsó panel a lemez típusát mutatja, valamint gyors hozzáférést kínál a megtekintési
lehetőségekhez.

A File (Fájl) menü parancsai
Save (Mentés) – a lemezadatfájl mentése a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel
File (Fájl) fülén meghatározott helyre. További információk: Az alapértelmezett fájlbeállítások módosítása
a(z) 89. oldalon. Ez a menüpont csak új lemezfájl létrehozásakor érhető el.

132 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak

Save As (Mentés másként) – a megnyitott lemezadatfájl mentése egy Ön által megadott új névvel. Ez amenüpont csak új lemezfájl létrehozásakor érhető el.
File Passwords (Fájljelszavak) – lehetővé teszi a felhasználók számára a fájl mentéséhez és
megnyitásához szükséges jelszavak beállítását.
Extract Plate (Lemez kinyerése) – egy párbeszédpanel megnyitása, amelyen kinyerheti/elmentheti a(.pltd kiterjesztésű) lemezfájlt. Ez a menüpont csak meglévő lemezfájl megtekintésekor vagyszerkesztésekor érhető el.
Print (Nyomtatás) – a megnyitott lemezadatfájl kinyomtatása.
Close (Bezárás) – a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak bezárása.

Az Edit (Szerkesztés) menü parancsai
Undo (Visszavonás) – visszavon egy lemezfájlon végzett módosítást a lemezfájl elmentéséig.
Redo (Mégis) – visszafordítja a legutóbbi Undo (Visszavonás) műveletet, hacsak el nem mentette alemezt.

A Settings (Beállítások) menü parancsai
Plate Size (Lemezméret) – egy párbeszédpanel megnyitása, amelyen kiválaszthat egy lemezméretet a
futtatáshoz.
Megjegyzés: A lemezméretnek azonosnak kell lennie annak a blokknak a méretével, amely afuttatás elvégzéséhez használni kívánt műszeren található.
Válassza a 96 cellást, ha:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Válassza a 384 cellást, ha:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Lemeztípus) – lehetővé teszi a mintáit tartalmazó lemezben található cellák típusának
kiválasztását, mely BR White (BR fehér) vagy BR Clear (BR átlátszó) lehet. Az adatok pontos
elemzéséhez a kiválasztott lemeztípusnak azonosnak kell lennie a futtatás során használt lemeztípussal.
Megjegyzés: Az új lemeztípusokat be kell kalibrálni. Bővebb információk: Új festékek
kalibrálása a(z) 81. oldalon.

Felhasználói útmutató | 133

8. fejezet Lemezek előkészítése

Number Convention (Számok megjelenítése) – kiválaszthatja, hogy a rendszer az egységeket
tudományos jelöléssel jelenítse-e meg. A rendszer alapértelmezés szerint az egységeket tudományos
jelöléssel jeleníti meg.
Units (Egységek) – lehetővé teszi, hogy kiválassza azokat az egységeket, amelyek akkor jelennek atáblázatokban, ha ismeretlen mintákat szeretne kvantifikálni standard görbével összehasonlítva.

Az Editing Tools (Szerkesztőeszközök) menü parancsai
Setup Wizard (Beállítási varázsló) – megnyitja a Setup Wizard (Beállítási varázsló) opciót, amelyben
megadhatja az elrendezési és elemzési paramétereket az aktuális lemezhez. A Setup Wizard (Beállítási
varázsló) funkciót egy futtatás előtt, közben és befejeződése után is használhatja.
Spreadsheet View/Importer (Táblázatos nézet /importálás) – megnyitja a View (Megtekintés)párbeszédpanelt, amely sablonként, táblázatos formában mutatja a lemezelrendezést. Ezen apárbeszédpanelen a lemezsablon adatait .csv formátumban exportálhatja vagy importálhatja.
Flip Plate (Lemez átfordítása) – a lemez tartalmát 180o-kal átfordítja.

Az eszköztár parancsai
Visszaállítja a lemezen végzett változtatást. A CFX Maestro Dx SE
legfeljebb tíz visszavonási műveletet támogat.
Érvényteleníti a legutóbbi Visszavonás műveletet. A CFX Maestro Dx SE
legfeljebb tíz érvénytelenítési műveletet támogat.
Az aktuális lemezfájl mentése.

Legördülő lista megjelenítése, amellyel növelheti vagy csökkentheti alemeznézet nagyítását.
Legördülő lista megjelenítése, amellyel kiválaszthat egy leolvasásiüzemmódot, amely meghatározza, hogy a műszer egy futtatás során
mely csatornákból gyűjtsön fluoreszcenciaadatokat.
A Well Groups Manager (Cellacsoport-kezelő) megnyitása, amelyben
cellacsoportokat hozhat létre az aktuális lemezhez.
Párbeszédpanel megjelenítése, amelyen kiválaszthatja a sokszorosítási
jelek színeit és szimbólumait.

134 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak

A View (Nézet) párbeszédpanel megnyitása, amely sablonként,
táblázatos formátumban megjeleníti a lemezelrendezést. Ezen apárbeszédpanelen a lemezsablon adatait .csv formátumban
exportálhatja vagy importálhatja.
A Setup Wizard (Beállítási varázsló) megnyitása, amellyel
meghatározhatja az elrendezési és elemzési paramétereket az aktuálislemezhez. A Setup Wizard (Beállítási varázsló) eszközt futtatás előtt,közben és után is használhatja.
A User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen a Plate(Lemez) fül megnyitása, amelyen meghatározhatja a lemezelrendezési
paramétereket, valamint létrehozhat és törölhet cél-, minta- és
biológiaicsoport-neveket. A Plate (Lemez) fülön Ön által végzettmódosítások elérhetők lesznek, amikor legközelebb megnyitja a Plate
Editor (Lemezszerkesztő) ablakot.
A lemez beállításához és a cellák betöltéséhez szükséges lépések
megjelenítése.

Felhasználói útmutató | 135

8. fejezet Lemezek előkészítése

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő)eszközzel
A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel egyedi lemezfájlokat hozhat létre. Lehetősége van akorábban mentett lemezfájlok, illetve a CFX Opus Dx rendszerhez mellékelt mintalemezfájlok
szerkesztésére és mentésére is.
Új lemezfájl létrehozásához tegye a következőket:nNyisson meg egy lemezfájlt a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban.

n

Válassza ki a lemez típusát.
Megjegyzés: a lemezfájlhoz megadott lemeztípusnak meg kell egyeznie a reakciómodulban
található lemez típusával.

n

Válassza ki a protokollban használni kívánt leolvasási üzemmódot.

n

Válassza ki a lemezben használni kívánt fluorofórokat.

nVálassza ki a minta típusát, a célokat és mintákat.

n

Adott esetben válassza ki a technikai replikátumokat.

nMentse el a lemezelrendezést.

Tipp: ha egy korábban elmentett vagy egy mintalemezfájlból szeretne létrehozni egy új lemezt, lásd:
Meglévő lemezfájl megnyitása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben a(z) 138. oldalon.

Új lemezfájl megnyitása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban
A CFX Maestro Dx SE több lehetőséget is kínál egy új lemezfájl megnyitására:n

A Home (Kezdőlap) ablakbóln

A Startup Wizard (Indítási varázsló) párbeszédpanelről

n

A Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanelről

Új lemezfájl megnyitása a Home (Kezdőlap) ablakból
u

Válassza ki a File > New Plate (Fájl > Új lemez) elemet.
Megnyílik a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak és rajta a kiválasztott műszerhez tartozó
alapértelmezett lemezfájl.
Tipp: az alapértelmezett lemezfájl beállítására vonatkozó információk: Az alapértelmezett
fájlbeállítások módosítása a(z) 89. oldalon.

136 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel

Új lemezfájl megnyitása a Startup Wizard (Indítási varázsló) párbeszédpanelről1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét a Startup Wizard (Indítási varázsló)
megnyitásához, ha jelenleg nem látható:nVálassza ki a View > Startup Wizard (Nézet > Indítási varázsló) elemet.

nKattintson a Startup Wizard (Indítási varázsló) elemre az eszköztárban.

2.

Szükség esetén válassza ki a műszer típusát a legördülő listából.

3.

Új lemez létrehozásához kattintson a User-defined (Felhasználó által meghatározott) elemre afuttatás típusaként.
Megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanel és rajta a Protocol (Protokoll) fül.

4.

Kattintson a Plate (Lemez) fülre, majd a Create New (Új lemez létrehozása) elemre.
Megnyílik a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak és rajta a kiválasztott műszerhez tartozó
alapértelmezett lemezelrendezés.

Új lemezfájl megnyitásához a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanelről1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét a Run Setup (Futtatás beállításai)párbeszédpanel megnyitásához:n

Válassza ki a Run > User-defined Run (Futtatás > Felhasználó által meghatározott futtatás)elemet.

n

Kattintson a User-defined Run Setup (Felhasználó által meghatározott futtatás beállítása)
elemre az eszköztárban.

Megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) párbeszédpanel és rajta a Protocol (Protokoll) fül.
2.

Új lemez létrehozásához kattintson a Plate (Lemez) fülre, majd kattintson a Create New (Új lemezlétrehozása) elemre.
Megnyílik a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak és rajta a kiválasztott műszerhez tartozó
alapértelmezett lemezelrendezés.

Felhasználói útmutató | 137

8. fejezet Lemezek előkészítése

Meglévő lemezfájl megnyitása a Plate Editor (Lemezszerkesztő)eszközben
A CFX Maestro Dx SE mintalemezfájlokat kínál, amelyeket Ön szerkeszthet és elmenthet új lemezként.
Egy korábban mentett lemezfájlból is létrehozhat egy új lemezfájlt.

Mintalemezfájl megnyitásához
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a File > Open > Plate (Fájl > Megnyitás > Lemez) elemet.
A Windows fájlkezelője megnyitja a CFX Opus Dx rendszer Sample files (Mintafájlok) mappáját.

2.

Nyissa meg a Sample files (Mintafájlok) mappát, majd nyissa meg a Plates (Lemezek) mappát.

3.

Válasszon ki egy lemezfájlt, majd kattintson a Megnyitás gombra.
A mintalemezfájl megnyílik a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban.

4.

Válassza ki a File > Save As (Fájl > Mentés másként) elemet, majd mentse el a lemezfájlt új névvel
vagy egy új mappába.

Egy korábban mentett lemezfájl megnyitásához
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban tegye a következők egyikét:nVálassza ki a File > Open > Plate (Fájl > Megnyitás > Lemez) elemet, keresse meg és válassza
ki a kívánt lemezt, majd kattintson az Open (Megnyitás) elemre.

nNyissa meg a Startup Wizard (Indítási varázsló) párbeszédpanelt, és tegye a következők
egyikét:oMeglévő lemezfájl szerkesztéséhez kattintson a Select Existing (Meglévő fájl kiválasztása)
elemre, majd lépjen a kívánt fájlhoz.

oA megjelenített lemezfájl szerkesztéséhez kattintson az Edit Selected (Kijelölt fájlszerkesztése) gombra.

A kívánt lemez megnyílik a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban.
2.

Válassza ki a File > Save As (Fájl > Mentés másként) elemet, majd mentse el a lemezfájlt új névvel
vagy egy új mappába.

138 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel

Új lemezfájl beállítása
Tipp: Ha a lemezfájl tartalmazza a szükséges paramétereket (pl. ha egy mintát vagy egy meglevő
lemezfájlt szerkeszt), kihagyhatja ezt a részt. Ugorjon ide: Opcionális paraméterek hozzárendelése alemezfájlhoz a(z) 147. oldalon.
Az új lemezfájlokhoz a következő paraméterek szükségesek:nPlate size (Lemezméret)nPlate Type (Lemeztípus)n

Leolvasási üzemmódn

Egy fluorofór (festék)n

Egy mintatípus

A lemez méretének és típusának kiválasztása
Fontos: A lemezbeállítás során ki kell választania egy lemezméretet. Futtatás közben vagy azt
követően nem módosíthatja a lemezméretet.
A szoftver a lemezméretet és -típust a futtatás közben az összes cellára alkalmazza. Ügyeljen arra, hogya kiválasztott lemezméret megegyezzen a futtatásban használni tervezett lemez méretével.
A(z) Bio-Rad CFX Opus Dx rendszerei gyárilag kalibráltak számos fluoreszkáló festékre és
lemezkombinációra való tekintettel. A kalibráció a készülékre, festékre és lemeztípusra specifikus eljárás.
Ügyeljen arra, hogy a használni tervezett fluorofór kalibrálva legyen a kiválasztott lemeztípushoz.
Tipp: Egy új festék és lemeztípus kombinációnak kalibrációjához egy adott készüléken válassza ki a
Tools > Calibration Wizard (Eszközök > Kalibrációs varázsló) lehetőséget. A festékek éslemeztípusok kalibrálásával kapcsolatos információk: Új festékek kalibrálása a(z) 81. oldalon.

A leolvasási üzemmód kiválasztása
A CFX Opus 96 Dx és a CFX Opus Deepwell Dx rendszerek öt csatornán (plusz FRET) gerjesztik ésérzékelik a fluorofórokat. A CFX Opus 384 Dx rendszer a fluorofórokat négy csatornában (plusz FRET)
gerjeszti és detektálja. Valamennyi rendszer többszörös adatrögzítő leolvasási üzemmódot alkalmaz
futtatás közben a fluoreszcenciaadatok rögzítésére.
A CFX Maestro Dx SE három leolvasási üzemmódot biztosít:nMinden csatornaoAz 1–5. csatornát olvassa le a CFX Opus 96 Dx és a CFX Opus Deepwell Dx rendszerekenoAz 1–4. csatornát olvassa le a CFX Opus 384 Dx rendszereken

Felhasználói útmutató | 139

8. fejezet Lemezek előkészítésenn

SYBR®/FAMoCsak az 1. csatornát olvassa leoGyors leolvasást biztosít

FRETo

Csak a FRET-csatornát olvassa leoGyors leolvasást biztosít

Fluorofórok kiválasztása
Fontos: A futás elkezdése előtt a CFX rendszerek ellenőrzik, hogy az Ön által a lemezben megadottfluorofórok kalibrálva vannak-e az adott készüléken. Olyan lemezt nem futtathat, mely az adottkészüléken nem kalibrált fluorofórokat tartalmaz.
A futtatás előtt legalább egy fluorofórt be kell töltenie a lemezelrendezésbe. Ekkor annyi fluorofórt adhathozzá, amennyi csak szükséges, de a lemeznek tartalmaznia kell legalább egy fluorofórt. A kiválasztott
fluorofórok opcióként jelennek meg a célokhoz a Target Names (Célnevek) ablakban.
A Select Fluorophores (Fluorofórok kiválasztása) párbeszédpanelt a fluorfórok (vagy lemezfestékek)betöltéséhez használhatja a Plate Editor (Lemezszerkesztő) cellabetöltő vezérlőelemeibe. A SelectFluorophores (Fluorofórok kiválasztása) párbeszédpanelben megjelenő fluorofórok az Ön által
kiválasztott leolvasási üzemmódtól függenek:nMinden csatorna
Az összes rendelkezésre álló fluorofór megjelenik.
Tipp: annyi fluorofórt hozzáadhat, amennyi szükséges, de mindegyik cellába csatornánként
csak egyetlen fluorofórt tölthet be.

n

SYBR®/FAM
Csak az 1. csatorna fluorofórjai jelennek meg.

n

FRETCsak a 6. csatorna fluorofórja jelenik meg.
Tipp: A 6. (FRET) csatorna fluorofórja csak akkor jelenik meg, ha a kiválasztott leolvasásiüzemmód FRET. Ez nem áll rendelkezésre az All Channels (Minden csatorna) leolvasásiüzemmódhoz.

Megjegyzés: Közvetlenül nem adhat fluorofórokat, illetve nem távolíthatja el őket a SelectFluorophore (Fluorofór kiválasztása) párbeszédpanelben. Az új fluorofórokat kalibrálnia kell egyműszeren a Calibration Wizard (Kalibrációs varázsló) használatával. A kalibrálás után az új fluorofór
automatikusan megjelenik a listán. További információk: Új festékek kalibrálása a(z) 81. oldalon.

140 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel

Mintatípusok kiválasztása
Fontos: A futás előtt legalább egy, a lemezcellákhoz hozzárendelni kívánt mintatípust ki kellválasztania.
A CFX Maestro Dx SE öt mintatípust kínál:nUnknown (Ismeretlen)nStandardn

NTC (no template control, sablon nélküli kontroll)nPositive Control (Pozitív kontroll)n

Negative Control (Negatív kontroll)n

NRT (no reverse transcriptase, reverz transzkriptáz nélkül)

A lemezcellákhoz Ön rendeli hozzá a mintatípusokat.

Új lemez beállítása
Új lemez beállításához
1.

Nyisson meg egy új lemezt a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban.

2.

A lemez méretének beállításához válassza ki a Settings > Plate Size (Beállítások > Lemezméret)opciót, és válassza ki a megfelelő lemezméretet a legördülő menüből.

3.

A lemeztípus beállításához válassza ki a Settings > Plate Type (Beállítások > Lemeztípus) opciót, ésválassza ki a BR White (BR fehér) vagy BR Clear (BR átlátszó) lehetőséget a legördülő menüből.

4.

Opcionálisan a Settings (Beállítások) menüből módosíthatja a számformátumot és a megjelenítési
egységeket:n

A számformátum módosításához válassza ki a Settings > Number Convention (Beállítások >Számformátum) opciót, és válassza ki a Scientific Notation (Tudományos jelölés) lehetőséget.
Tipp: Alapértelmezett beállításként a Scientific Notation (Tudományos jelölés) van
kiválasztva. Ebben az esetben a Scientific Notation (Tudományos jelölés) kiválasztása törli
az alapértelmezett választást, és a számformátumot standard formátumra állítja be.

n5.

A megjelenítési egységek módosításához válassza ki a Settings > Units (Beállítások >Egységek) lehetőséget, és válasszon ki egy új egységet.

A leolvasási üzemmód beállításához válassza ki a megfelelő leolvasási üzemmódot a Scan Mode
(Leolvasási üzemmód) legördülő listából a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak eszközsorában.

Felhasználói útmutató | 141

8. fejezet Lemezek előkészítése

6.

Válassza ki a szükséges fluorfórokat a lemezhez:a.

A jobb oldali panelen kattintson a Select Fluorophores (Fluorofórok kiválasztása) opcióra.
Megjelenik a Select Fluorophores (Fluorofórok kiválasztása) párbeszédpanel. Láthatja az 5.
lépés kiválasztott leolvasási üzemmódjához rendelkezésre álló fluorofórokat, például:b.

Egy fluorofór kiválasztásához kattintson a Selected (Kiválasztva) jelölőnégyzetébe.
Tipp: Egy fluorofór törléséhez a listából szüntesse meg a Selected (Kiválasztva)
jelölőnégyzetének kijelölését.

c.

A fluorofór megjelenítési színének módosításához kattintson a Color (Szín) mezőjébe.
Megjegyzés: az Ön által kiválasztott szín mind a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban,
mind a Data Analysis (Adatelemzés) diagramokon jelöli a fluorofórt.

d.

A Color (Szín) párbeszédpanelen válassza ki a kívánt színt, vagy kattintson a Define Custom
Colors (Egyedi színek definiálása) opcióra egy új szín létrehozásához a fluorofór jelölésére.

e.

Kattintson az OK gombra a módosítások elmentéséhez és a Select Fluorophores (Fluorofórok
kiválasztása) párbeszédpanelből történő kilépéshez.

142 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel

7.

Legalább egy cellát ki kell választania egy mintatípus betöltéséhez. Alapértelmezés szerint az A1cella van kiválasztva.
A Plate (Lemez) panelen végezze el az alábbiak egyikét:nTöbb egymással szomszédos cella hozzáadásához kattintson egy cellába, és húzza a
célcellához.

nTöbb, egymással nem szomszédos cella betöltéséhez tartsa nyomva a Control billentyűt, majd
kattintson az egyes cellákra.

n

Egy ugyanazt a mintatípust tartalmazó egész sor kiválasztásához kattintson az oszlop számára.

n

Egy egész sor betöltéséhez kattintson a sor számára.

nAz egész lemez betöltéséhez kattintson a lemez bal felső sarkába.

Például:Felhasználói útmutató | 143

8. fejezet Lemezek előkészítése

8.

Rendeljen hozzá egy mintatípust a kiválasztott cellához vagy cellákhoz a Sample Type (Mintatípus)legördülő menüből.

9.

Rendeljen hozzá legalább egy fluorofórt egy mintatípust tartalmazó összes cellához. Egy cellához
vagy cellacsoporthoz egynél több fluorofórt is hozzárendelhet.
Megjegyzés: Csatornánként csak egyetlen fluorofórt lehet megadni. Ugyanabból a csatornából
ugyanahhoz a cellához nem rendelhet hozzá egynél több fluorofórt.
Tipp: a fluorofórral társíthat egy célt, vagy megteheti, hogy most csak hozzárendeli a fluorofórt acellához, és a kísérlet lefuttatása után társít egy célt a fluorofórhoz.
nHa csak egy fluorofórt szeretne társítani a kiválasztott cellákhoz, a Target Names (Célnevek)rész jobb oldali paneljében válassza ki a Load (Betöltés) jelölőnégyzetet az adott fluorofórhoz.

nEgy cél társításához egy fluorofórral a Target Names (Célnevek) részben válasszon ki egy
célnevet a legördülő listából az adott fluorofórhoz. A szoftver automatikusan bejelöli a Load
(Betöltés) jelölőnégyzetet.

10. A Standard mintatípust tartalmazó cellákhoz be kell töltenie egy koncentrációt. Mindegyik cellához
különböző koncentrációértéket adhat meg. Alapértelmezés szerint a CFX Maestro Dx SE 1,00E+06
koncentrációt tölt be az összes cellába Standard mintatípussal. Az értéket szükség szerint
módosíthatja.
a.

A Plate (Lemez) panelen válasszon ki egy Standard cellát vagy cellacsoportot.

b.

A Concentration (Koncentráció) részben kattintson a Load (Betöltés) gombra az érték
betöltéséhez a kiválasztott cellába vagy cellacsoportba.

c.

(Opcionális) Egy másik koncentráció betöltéséhez írja be az új értéket a Concentration(Koncentráció) szövegmezőbe, és nyomja meg az Enter gombot.

d.

Végezze el ezt a lépést az összes Standard mintatípust tartalmazó cellához.

144 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezfájl létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközzel

Tipp: Ha ugyanazt a koncentrációt szeretné az összes Standard cellába betölteni,ügyeljen, hogy az <All> <Összes> felirat jelenjen meg a legördülő listában a Concentration(Koncentráció) érték alatt. Ha ugyanazt a koncentrációértéket szeretné egy adott fluorofórt
tartalmazó összes cellába betölteni, kattintson a legördülő listára, és válassza ki a fluorofórt.
11. Az új lemez elmentéséhez kattintson az OK gombra.

Felhasználói útmutató | 145

8. fejezet Lemezek előkészítése

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben a jobb egérgombbal kattintással
elérhető menüpontok
A(z) 9. táblázat azokat a menüpontokat ismerteti, amelyek a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben
elérhetők, ha az eszközben bármely cellára rákattint a jobb egérgombbal. Ez a menü megjelenik a
Spreadsheet View/Importer (Táblázatos nézet/Importálás) eszközben is.
9. táblázat A lemezek Spreadsheet View/Importer (Táblázatos nézet / importálás)eszközében a jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok

Tétel

Funkció

Copy (Másolás)

A teljes táblázat másolása.

Copy as Image

A táblázat másolása képfájlként.

(Másolás képként)
Print (Nyomtatás)

A táblázat nyomtatása.

Print Selection (ACsak a kiválasztott cellák nyomtatása.

kiválasztott rész
nyomtatása)
Export to Excel

A fájl exportálása egy Excel-táblázatba.

(Exportálás Excelfájlba)
Export to CSV

A fájl exportálása .csv kiterjesztésű fájlként.

(Exportálás .csv
kiterjesztésű fájlba)
Export to Xml

A fájl exportálása .xml kiterjesztésű fájlként.

(Exportálás .xml
kiterjesztésű fájlba)
Export to Html

A fájl exportálása .html kiterjesztésű fájlként.

(Exportálás .html
kiterjesztésű fájlba)
Find (Keresés)Meghatározott szöveg keresése.

Sort (Rendezés)

A táblázat rendezése a Sort (Rendezés) ablakban legfeljebb
három adatoszlop kiválasztásával.

146 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz
A lemezfájl az összes olyan cella tartalmára vonatkozó információkat tartalmaz, amelyekben egy
futtatáshoz minta található. A futtatás után a CFX Maestro Dx SE a cellatartalmakat összekapcsolja aprotokoll során rögzített fluoreszcenciaadatokkal, valamint alkalmazza a megfelelő elemzést a Data
Analysis (Adatelemzés) ablakban.
A CFX Maestro Dx SE programban Ön paramétereket rendelhet a lemezben található egyes cellákhoz akísérletek futtatása előtt, közben vagy akár után. A paramétereket egy meglévő lemezfájlhoz vagy egy újlemezfájlhoz is hozzárendelheti. Ezek a paraméterek a következők:nTarget names (Célnevek) – az egyes betöltött cellákban található vizsgált cél vagy célok (gének
vagy szekvenciák).

n

Sample names (Mintanevek) – az egyes betöltött cellákban található mintának megfelelő azonosító
vagy állapot, például „mouse1” (1. egér), „mouse2” (2. egér) vagy „mouse3” (3. egér).

nBiological groups (Biológiai csoportok) – egy cellacsoportnak megfelelő azonosító vagy állapot,
például 0Hr (0 óra), 1Hr (1 óra) vagy 2Hr (2 óra).
Tipp: A célneveknek és a mintaneveknek és biológiai csoportoknak azonosnak kell lenniük acellákban ahhoz, hogy az adatokat össze lehessen hasonlítani a Data Analysis (Adatelemzés)
ablak Gene Expression (Génexpresszió) fülén. Minden névnél egyeznie kell a kis- és nagybetűs
írásmódnak, írásjeleknek és szóközöknek is. Például az „Aktin” nem ugyanaz, mint az „aktin”, a„2óra” nem ugyanaz, mint a „2 óra”, az „Egér 1” pedig nem ugyanaz, mint az „egér1”. Azegységes elnevezések biztosításához írja be a neveket a Kezdőlapon elérhető User > User
Preferences > Plate (Felhasználó > Felhasználói beállítások > Lemez) menüpont Libraries(Könyvtárak) szakaszába.

nTechnical replicates (Technikai replikátumok) – minden egyes cella, amelyet a minta és cél(ok)ugyanazon kombinációja (vagyis az ismétlődő qPCR-reakciók) elemzésére használ.

nDilution series (Hígítási sor) – ennyivel kell változnia a Standard mintatípus koncentrációjának egy
replikátumcsoporton belül ahhoz, hogy a rendszer létrehozza az elemezni kívánt standardgörbeadatokat.

Cél hozzárendelése cellákhoz
Tipp: Ugyanazt a célnevet egy vagy több cellához is hozzárendelheti. Ezenkívül több célt ishozzárendelhet ugyanahhoz a cellához.
Fontos: Ha a cél hozzárendelése után az OK (Rendben) gombra kattint, a rendszer elmenti amódosításokat, és a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban letiltja az Undo (Visszavonás)
elemet. Legyen körültekintő, amikor az OK gombra kattint.

Felhasználói útmutató | 147

8. fejezet Lemezek előkészítése

Cél hozzárendeléséhez egy cellához vagy cellacsoporthoz
1.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban győződjön meg arról, hogy a cellához vagy acellacsoporthoz hozzárendelt egy mintatípust.
Bővebb információk a mintatípusok cellákhoz történő hozzárendeléséről: Mintatípusok kiválasztásaa(z) 141. oldalon.

2.

A Plate (Lemez) panelen válassza ki a cellát vagy cellacsoportot:n

Ha csak egyetlen cellát szeretne kiválasztani, kattintson az adott cellára.

nTöbb, egymással szomszédos cella kiválasztásához kattintson egy cellára, majd húzza az
egérmutatót a célcellára.

nTöbb, egymással nem szomszédos cella kiválasztásához tartsa nyomva a Control billentyűt,majd kattintson az egyes cellákra.

n

Ha egy teljes oszlopot szeretne kiválasztani ugyanazzal a mintatípussal, kattintson az oszlop
számára.

n

Ha egy egész sort szeretne kiválasztani, kattintson az adott sor számára.

3.

A jobb oldali panelen válasszon ki egy nevet a Target Name (Cél neve) legördülő listáról minden
kiválasztott fluorofórhoz.

4.

Ismételje meg a 3. lépést minden olyan cellánál vagy cellacsoportnál, amelyhez célt kell rendelnie.
Tipp: Az egyes kiválasztott fluorofórokhoz azonos vagy eltérő célneveket is hozzárendelhet.

5.

A módosítások elfogadásához és a lemez mentéséhez kattintson az OK gombra.
Megjegyzés: ha a lemezt tévedésből módosította, kattintson az Undo (Visszavonás) elemre a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban, mielőtt a módosítások elfogadásához az OK
gombra kattint.

Egy célnév eltávolításához
uHa szeretne eltávolítani egy célnevet a kiválasztott cellából vagy cellacsoportból, törölje a jelölést az
adott cél Load (Betöltés) jelölőnégyzetéből.

148 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz

Fontos: Ha egy célnevet eltávolít egy cellából, a rendszer a célnévhez kapcsolódó fluorofórt iseltávolítja. Legyen körültekintő, amikor egy célnevet eltávolít egy cellából.

Célnév hozzáadásához a listáhozu

Ha a legördülő listához szeretne hozzáadni egy célnevet, tegye a következők egyikét:nÍrjon be egy nevet a Target Name (Célnév) legördülő listába, majd nyomja le az Enter billentyűt.
Tipp: ha egy listához hozzáad egy célnevet, az a célnév az összes többi céllistában ismegjelenik.

nKattintson a legördülő listától jobbra található zöld + szimbólumra, írjon be egy nevet a célhoz,
majd nyomja le az Enter billentyűt.

n

Kattintson a User Preferences (Felhasználói beállítások) gombra az eszközsoron, és adja hozzáa nevet a Target Names (Célnevek) könyvtárhoz a Plate (Lemez) fülön.

Fontos: A legördülő listában hozzáadott célnevek csak az aktuális lemezhez állnak
rendelkezésre, és csak akkor, ha a nevet egy cellához hozzárendeli, és a lemezkiosztást
elmenti. Ha a nevet nem rendeli hozzá egy cellához, és a lemez elrendezését nem menti el, aszoftver nem menti el a nevet, így nem tudja majd használni. Ha egy célnevet állandó jelleggelszeretne hozzáadni, a Target Names (Célnevek) könyvtárhoz is adja hozzá a User Preferences(Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen. A könyvtárhoz hozzáadott nevek akkor iselérhetők lesznek, amikor később újból megnyitja a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakot.
További információk: A lemezre vonatkozó alapértelmezett paraméterek beállítása a(z) 92.
oldalon.

Célnév törléséhez a listából
1.

Az eszköztáron kattintson a User Preferences (Felhasználói beállítások) elemre.
Megjelenik a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel és rajta a Plate (Lemez)
fül.

2.

A Plate (Lemez) fülön található Target Names (Célnevek) könyvtárban válassza ki a törölni kívánt
nevet, majd nyomja meg a Delete (Törlés) billentyűt.

3.

A módosítások mentéséhez és a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelről
történő kilépéshez kattintson az OK gombra.
Fontos: Olyan célneveket nem lehet törölni, amelyeket korábban elmentett egy lemezfájllal. A
rendszer automatikusan eltávolítja a listából azokat az egyedi neveket, amelyeket Ön ugyan
hozzáad a Target Names (Célnevek) legördülő listához, de nem használja és nem menti el őketa lemezzel. Ha egy nevet töröl a Target Names (Célnevek) könyvtárból, a szoftver az adott nevet
véglegesen törli, így az a felhasználók számára nem lesz elérhető. Legyen körültekintő acélnevek törlésénél.

Felhasználói útmutató | 149

8. fejezet Lemezek előkészítése

Mintanév hozzárendelése cellákhoz
Megjegyzés: Egy mintanév hozzárendeléséhez a kiválasztott cellákhoz legalább egy fluorofórt
hozzá kell rendelnie. Ha a kiválasztott cellák nincsenek hozzárendelve egy fluorofórhoz, a Sample
Names (Mintanevek) legördülő lista le van tiltva. A fluorofórok hozzárendelésével kapcsolatos
információk: Cél hozzárendelése cellákhoz a(z) 147. oldalon.
Tipp: minden cellához vagy cellacsoporthoz csak egy mintanevet rendelhet hozzá.

Egy mintanév hozzárendeléséhez egy cellához vagy egy cellacsoporthoz
1.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben ellenőrizze, hogy a cellához vagy cellacsoporthoz
hozzá van-e rendelve egy fluorofór.

2.

A Plate (Lemez) panelen válassza ki a cellát vagy a cellacsoportot.

3.

A jobb oldali panelen válasszon ki egy nevet a Sample Names (Mintanevek) legördülő listából.
A szoftver automatikusan bejelöli a Load (Betöltés) jelölőnégyzetet.

4.

Ismételje meg a 3. lépést mindegyik cellához vagy cellacsoporthoz, amelyhez hozzá kell rendelnie
egy mintanevet.

5.

A módosítások elfogadásához és a lemez mentéséhez kattintson az OK gombra.
Megjegyzés: ha a lemezt tévedésből módosította, kattintson az Undo (Visszavonás) elemre a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban, mielőtt a módosítások elfogadásához az OK
gombra kattint.

Mintanév eltávolításáhozu

Egy kiválasztott cellához vagy cellacsoporthoz tartozó mintanév eltávolításához szüntesse meg a
Load (Betöltés) jelölőnégyzet bejelölését.

Mintanév hozzáadásához a listáhozu

Mintanév hozzáadásához a legördülő listához végezze el az alábbiak egyikét:nÍrjon be egy nevet a Sample Names (Mintanevek) legördülő listába, és nyomja meg az Enter
gombot.

150 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoznKattintson a legördülő listától jobbra levő zöld + jelre, és írjon be egy nevet a mintához.

n

Kattintson a User Preferences (Felhasználói beállítások) gombra az eszközsoron, és adja hozzáa nevet a Sample Names (Mintanevek) könyvtárhoz a Plate (Lemez) fülön.

Fontos: A legördülő listában hozzáadott mintanevek csak az aktuális lemezhez állnak
rendelkezésre, és csak akkor, ha a nevet egy cellához hozzárendeli, és a lemezkiosztást
elmenti. Ha a nevet nem rendeli hozzá egy cellához, és a lemez elrendezését nem menti el, aszoftver nem menti el a nevet, így nem tudja majd használni. Egy mintanév véglegeshozzáadásához adja hozzá a Sample Names (Mintanevek) könyvtárhoz is a User Preferences(Felhasználói beállítások) párbeszédablakban. A könyvtárhoz hozzáadott nevek akkor iselérhetők lesznek, amikor később újból megnyitja a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakot.
További információk: A lemezre vonatkozó alapértelmezett paraméterek beállítása a(z) 92.
oldalon.

Egy mintanév törléséhez a listáról
1.

Az eszköztáron kattintson a User Preferences (Felhasználói beállítások) elemre.
Megjelenik a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel és rajta a Plate (Lemez)
fül.

2.

A Sample Names (Mintanevek) könyvtárban a Plate (Lemez) fülön válassza ki a törölni kívánt nevet,
és nyomja meg a Delete (Törlés) gombot.

3.

A módosítások mentéséhez és a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelről
történő kilépéshez kattintson az OK gombra.
Fontos: Egy lemezfájllal elmentett mintanevek nem törölhetők. A Sample Names (Mintanevek)
listához hozzáadott és a lemezzel nem használt, illetve nem elmentett egyéni neveket a szoftver
automatikusan törli a legördülő listából. A Sample Names (Mintanevek) könyvtárból törölt
neveket a szoftver véglegesen törli, és többé nem állnak a felhasználók rendelkezésére. A
mintanevek törlésénél körültekintően kell eljárni.

Biológiai csoportok cellához rendelése
Megjegyzés: Biológiai csoport kijelöléséhez a kiválasztott cellákat legalább egy fluorofórhoz hozzá
kell rendelni. A fluorofór hozzárendelése bekapcsolja a Biológiai csoportok legördülő listát. A
fluorofórok hozzárendelésével kapcsolatos információk: Cél hozzárendelése cellákhoz a(z) 147.
oldalon.
Tipp: minden cellához vagy cellacsoporthoz egy biológiai csoportot rendelhet hozzá.

Felhasználói útmutató | 151

8. fejezet Lemezek előkészítése

Biológiai csoport hozzárendeléséhez egy cellához vagy cellacsoporthoz
1.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben ellenőrizze, hogy a cellához vagy cellacsoporthoz
hozzá van-e rendelve egy fluorofór.

2.

A Plate (Lemez) panelen válassza ki a cellát vagy a cellacsoportot.

3.

A jobb oldali panelen válasszon a Biological Group (Biológiai csoport) legördülő listáról.
A CFX Maestro Dx SE automatikusan bejelöli a csoport Load (Betöltés) jelölőnégyzetét.

4.

Ismételje meg a 3. lépést mindegyik cellához vagy cellacsoporthoz, amelyhez hozzá kell rendelni egy
biológiai csoportot.

5.

A módosítások elfogadásához és a lemez mentéséhez kattintson az OK gombra.
Megjegyzés: ha a lemezt tévedésből módosította, kattintson az Undo (Visszavonás) elemre a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban, mielőtt a módosítások elfogadásához az OK
gombra kattint.

Biológiai csoport eltávolítása
u

Egy biológiai csoport eltávolításához a kiválasztott cellából vagy cellacsoportból szüntesse meg a
Load (Betöltés) jelölőnégyzete bejelölését.

Biológiai csoport felvétele a listárau

Biológiai csoport felvételéhez a legördülő listába tegye a következők egyikét:nÍrjon be egy nevet a Biological Group (Biológiai csoport) legördülő listába, és nyomja meg az
Enter gombot.

nKattintson a legördülő listától jobbra levő zöld + jelre, és írjon be egy nevet a biológiai
csoporthoz.

nKattintson a User Preferences (Felhasználói beállítások) gombra az eszközsoron, és adja hozzáa nevet a Biological Names (Biológiai nevek) könyvtárhoz a Plate (Lemez) fülön.

Fontos: A biológiai csoportok a legördülő listához hozzáadott neve csak az aktuális lemezhezérhető el, és kizárólag akkor, ha az adott nevet hozzárendeli egy cellához, és elmenti a lemez

152 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz

elrendezését. Ha a nevet nem rendeli hozzá egy cellához, és a lemez elrendezését nem menti
el, a szoftver nem menti el a nevet, így nem tudja majd használni. Egy biológiai csoport nevének
végleges hozzáadásához adja hozzá a Biological Names (Biológiai nevek) könyvtárhoz is a
User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédablakban. A könyvtárhoz hozzáadottnevek akkor is elérhetők lesznek, amikor később újból megnyitja a Plate Editor(Lemezszerkesztő) ablakot. További információk: A lemezre vonatkozó alapértelmezettparaméterek beállítása a(z) 92. oldalon.

Egy biológiai csoport nevének törlése a listából
1.

Az eszköztáron kattintson a User Preferences (Felhasználói beállítások) elemre.
Megjelenik a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanel és rajta a Plate (Lemez)
fül.

2.

A Biological Names (Biológiai nevek) könyvtárban a Plate (Lemez) fülön válassza ki a törölni kívánt
nevet, és nyomja meg a Delete (Törlés) gombot.

3.

A módosítások mentéséhez és a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelről
történő kilépéshez kattintson az OK gombra.
Fontos: A biológiai csoportok lemezfájllal elmentett neve nem törölhető. A szoftver
automatikusan törli a listából azokat a neveket, melyeket hozzáadott a Biological Group Names(Biológiaicsoport-nevek) legördülő listához, és nem használta a lemezzel, valamint nem
mentette el a lemezhez. A Biological Group Names (Biológiaicsoport-nevek) könyvtárból törölt
neveket a szoftver véglegesen törli, és ezután nem állnak a felhasználók rendelkezésére. A
biológiai nevek törlésénél körültekintően kell eljárni.

Az összes biológiai csoport megtekintéséhez a lemezenuKattintson a Show Biological Groups (Biológiai csoportok megjelenítése) lehetőségre a lemezen levőösszes biológiai csoport megtekintéséhez.

Mindegyik csoportot egy adott szín jelöl; a Show Biological Groups (Biológiai csoportok
megjelenítése) gomb Hide Biological Groups (Biológiai csoportok elrejtése) gombbá változik.
Kattintson a Hide Biological Groups (Biológiai csoportok elrejtése) gombra a cellák színének az
eltüntetéséhez. Másik lehetőségként a lemezben levő bármelyik cellára rákattinthat a biológiai

Felhasználói útmutató | 153

8. fejezet Lemezek előkészítése

csoportok elrejtéséhez.

Technikai replikátumok számainak cellákhoz rendelése
Fontos: A technikai replikátumok számainak hozzárendeléséhez a kiválasztott celláknak azonos
cellatartalommal kell rendelkezniük. Ez azt jelenti, hogy a kiválasztott cellákban azonos
mintatípusnak és fluorofórnak kell lennie. Adott esetben további feltétel, hogy azonos cél- és
mintaneveknek, valamint azonos biológiai csoportnak kell tartoznia hozzájuk. Ha nem azonosak, a
CFX Maestro Dx SE nem engedélyezi ezt az opciót.

Technikai replikátumok számainak cellacsoporthoz rendeléséhez
1.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban győződjön meg arról, hogy a cellacsoportban levő cellák
tartalma azonos.

2.

A Plate (Lemez) panelen válassza ki a cél cellacsoportot.

3.

Ha ugyanazt a replikátumszámot szeretné hozzárendelni az összes kiválasztott cellához, a jobb
oldali panelen található Replicate # (Replikátumszám) szakaszban írja be a replikátumszámot amezőbe, majd jelölje be a Load (Betöltés) elemet.

4.

(Opcionális) Replikátumsorozat alkalmazása kiválasztott cellákhoz:a.

Kattintson a Technical Replicates (Műszaki replikációk) elemre. A Replicate # (Replikátumszám)
szakasz megváltozik, és a következő opciókat jeleníti meg:nReplicate size (Replikátumméret) – a replikátumok egyes csoportjaiban található cellák
száma

154 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoznStarting replicate # (Kezdő replikátumszám) – a replikátumsorozatban található első száma kiválasztott replikátumcsoporthoz

Megjegyzés: A CFX Maestro Dx SE alapértelmezés szerint a lemezben hozzárendelt
legutolsó technikai replikátum számánál eggyel nagyobb számot jeleníti meg a kezdő
replikátumszámként. Ha például a lemezben az utolsó technikai replikátum száma az ötös,a soron következő kezdő szám a hatos lesz. A kezdő számot bármilyen számra
módosíthatja, amelyet még nem osztott ki.
n
b.

5.

Betöltési irány (Horizontal /Vízszintes/ vagy Vertical /Függőleges/)

A paraméterek alkalmazásához a sorozathoz és a Replicate # (Replikátumszám) kijelzőhöz
történő visszatéréshez kattintson az Apply (Alkalmazás) elemre.

A módosítások elfogadásához és a lemez mentéséhez kattintson az OK gombra.
Megjegyzés: ha a lemezt tévedésből módosította, kattintson az Undo (Visszavonás) elemre a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban, mielőtt a módosítások elfogadásához az OK
gombra kattint.

Egy cella eltávolításához egy replikátumsorozatbólu

Válassza ki az eltávolítani kívánt cellát vagy cellacsoportot, majd törölje a Replicate # Load
(Replikátumszám betöltése) jelölőnégyzetből a jelölést.
Másik lehetőségként a Clear Replicate # (Replikátumszám törlése) elemre is kattinthat, ha szeretné
törölni a replikátumszámot a kiválasztott cellából vagy cellacsoportból.

Az összes technikai replikátum megtekintéséhez a lemezenuHa szeretné megtekinteni az összes technikai replikátumot a lemezen, kattintson a Show TechnicalReplicates (Technikai replikátumok megjelenítése) elemre.
A rendszer az egyes csoportokat meghatározott színekkel jelzi, és a Show Technical Replicates(Technikai replikátumok megjelenítése) gomb helyett a Hide Technical Replicates (Technikai
replikátumok elrejtése) gomb jelenik meg.
Ha szeretné törölni a cellákban található színt, kattintson a Hide Technical Replicates (Technikai
replikátumok elrejtése) elemre. Másik lehetőségként a lemezben található bármelyik cellára
kattinthat, ha el szeretné rejteni a technikai replikátumokat.

Hígítási sor hozzárendelése standard mintatípusokhoz
A korábban említetteknek megfelelően valamennyi Standard mintatípusú cellához hozzá kell rendelni egy
koncentrációértéket. Egy hígítási sor több Standard mintatípusú cellához is hozzárendelhető.

Felhasználói útmutató | 155

8. fejezet Lemezek előkészítése

Megjegyzés: Hígítási sor hozzárendeléséhez egy cellacsoporthoz a celláknak egy technikai
replikátumsorozatban kell lenniük. Információk a cellák replikátumsorozathoz való hozzáadásáról:Technikai replikátumok számainak cellákhoz rendelése a(z) 154. oldalon.

Hígítási sor hozzárendelése Standard mintatípusú cellacsoporthoz
1.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben ellenőrizze, hogy teljesülnek-e az alábbi
követelmények:nA cellacsoport mintatípusa Standard.

n

A csoportban levő összes cellához legalább egy fluorofór hozzá van rendelve, és mind ugyanazt
a fluorofórt tartalmazza.

n

A csoportban levő összes cella ugyanabban a technikai replikátumsorozatban van.
Megjegyzés: a CFX Maestro Dx SE csak akkor engedélyezi a Dilution Series (Hígítási sor)
opciót, ha az összes kiválasztott cella eleget tesz ezeknek a követelményeknek.

2.

A Plate (Lemez) panelen válassza ki a cél cellacsoportot.

3.

A jobb oldali panelen levő Concentration (Koncentráció) részben kattintson a Dilution Series (Hígítási
sorok) gombra. A Concentration (Koncentráció) rész átvált az alábbi opciók megjelenítésére:nStarting concentration (Kiindulási koncentráció) – az a koncentrációérték, amelytől a sorozatkezdődiknReplicates from and to (Replikátumok ettől eddig) – a sorozatban levő azon replikátumok,
amelyekre a hígítási faktort alkalmazni fogjanDilution factor (Hígítási faktor) – a koncentráció változtatásának mértéke az egyes
replikátumcsoportokban

4.

Állítsa be az értékeket az opciókhoz, vagy fogadja el az alapértelmezett értékeket.

5.

Alapértelmezés szerint a hígítási sorozat a hígítási faktorral csökken. A hígítási sorozat növeléséhez
válassza ki az Increasing (Növelés) lehetőséget.

156 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz

6.

(Opcionális) A hígítási faktor alapértelmezés szerint a replikátumsorozatban levő összes fluorofórraérvényes. Ha az Ön sorozata egynél több fluorofórt tartalmaz, és a hígítást egyetlen fluorofórra
akarja alkalmazni, válassza ki a legördülő listáról.

7.

Kattintson az Apply (Alkalmaz) gombra a hígítási faktor alkalmazásához a cellacsoportra és aConcentration (Koncentráció) nézetre történő visszalépéshez.

8.

A módosítások elfogadásához és a lemez mentéséhez kattintson az OK gombra.

Cellatartalmak másolása egy másik cellába
Egy cella tartalmát kimásolhatja és beillesztheti egyetlen cellába vagy több cellába. Azonban csak
egyetlen cella tartalmát tudja kimásolni. Nem lehet több cellát kiválasztani és kimásolni a tartalmukat.

A cellák tartalmának bemásolásához egy másik cellába
1.

A Plate (Lemez) panelen válassza ki a másolandó cellát.

2.

A jobb gombbal kattintson a cellára, és válassza ki a Copy Well (Cella másolása) opciót.

3.

Válassza ki azt a cellát vagy cellákat, ahová be kívánja illeszteni a tartalmat:

4.

n

Ha csak egyetlen cellát szeretne kiválasztani, kattintson az adott cellára.

nTöbb, egymással szomszédos cella kiválasztásához kattintson egy cellára, majd húzza az
egérmutatót a célcellára.

nTöbb, egymással nem szomszédos cella kiválasztásához tartsa nyomva a Control billentyűt,majd kattintson az egyes cellákra.

Miközben a célcellák ki vannak választva, kattintson a jobb gombbal, és válassza ki a Paste Well
(Cella beillesztése) parancsot.
A CFX Maestro Dx SE beilleszti az első cella tartalmát a kiválasztott cellákba.

Megjegyzés hozzáadása egy cellához
Lehetősége van leíró megjegyzést hozzáadni az egyes cellákhoz. A cellákhoz tartozó megjegyzéseket a
Data Analysis (Adatelemzés) ablakban található Quantification (Kvantifikáció) fülön tekintheti meg.

Megjegyzés hozzáadásához egy cellához
1.

A lemezpanelen válassza ki az(oka)t a cellá(ka)t, amely(ek)hez szeretne megjegyzést fűzni.

2.

Az alsó panelen található View (Megtekintés) szakaszban válassza ki a Well Note (Megjegyzés acellához) elemet.
A Well Note (Megjegyzés a cellához) terület megjelenik a jobb oldali panelen.

Felhasználói útmutató | 157

8. fejezet Lemezek előkészítése

3.

Írja be a megjegyzés tartalmát a szövegbeviteli mezőbe, majd nyomja le az Enter billentyűt.
A szöveg a kiválasztott cellák aljánál jelenik meg.
Tipp: ha korábban már létrehozott megjegyzést valamelyik cellához, kiválaszthatja a legördülő
listából, és alkalmazhatja a kiválasztott cellákra.

Összes tartalom törlése cellákból
Lehetősége van egyetlen cellából, több cellából vagy a teljes lemezből törölni az összes tartalmat. A
cellák kiürítésekor a lemezleolvasás során rögzített fluoreszcenciaadatokat nem törli a rendszer.
Fontos: Egy cella kiürítésekor a rendszer véglegesen törli a tartalmat a cellából. Ha egy cella ürítése
után rákattint az OK gombra és elmenti a lemezt, az ürítést nem lehet visszavonni. Legyen
körültekintő a cellák tartalmának törlésekor.

Összes beállítás törléséhez a cellákból
1.

2.

A Plate (Lemez) panel Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközén válassza ki a cellát vagy
cellacsoportot:n

Ha csak egyetlen cellát szeretne kiválasztani, kattintson az adott cellára.

nTöbb, egymással szomszédos cella kiválasztásához kattintson egy cellára, majd húzza az
egérmutatót a célcellára.

nTöbb, egymással nem szomszédos cella kiválasztásához tartsa nyomva a Control billentyűt,majd kattintson az egyes cellákra.

n

Ha egy teljes oszlopot szeretne kiválasztani ugyanazzal a mintatípussal, kattintson az oszlop
számára.

n

Ha egy egész sort szeretne kiválasztani, kattintson az adott sor számára.

A jobb oldali panelen kattintson a Clear Wells (Cellák ürítése) elemre.
A CFX Maestro Dx SE az összes beállítást törli a kiválasztott cellákból.

3.

Tegye az alábbiak egyikét:n

Ha a cellákat tévedésből ürítette, kattintson az Undo (Visszavonás) elemre a Plate Editor(Lemezszerkesztő) eszköztárban, mielőtt a módosítások elfogadásához az OK gombra kattint.

158 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz

Fontos: Ha az Undo (Visszavonás) gombra kattintás előtt az OK gombra kattint, a rendszer
elmenti a módosításokat, és a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban letiltja az Undo
(Visszavonás) elemet.
n

A módosítások elfogadásához és a lemez mentéséhez kattintson az OK gombra.

Felhasználói útmutató | 159

8. fejezet Lemezek előkészítése

Kísérleti beállítások módosítása
Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) párbeszédpanelen megtekintheti vagy módosíthatja a célok,minták és biológiai csoportok listáját, vagy ha a lemezben található cellákhoz biológiai csoportokat
rendelt, beállíthatja az elemezni kívánt génexpresszió-elemzési mintacsoportot.
Az Experiment Settings (Kísérleti beállítások) párbeszédpanel Targets (Célok) fülén az egyes PCRreakciókhoz kapcsolódó célnevek listája látható, ideértve például a célgént vagy a vizsgálandó
génszekvenciákat.
A Samples and Biological Groups (Minták és biológiai csoportok) fülön azoknak a mintáknak és biológiai
csoportoknak a nevei láthatók, amelyek a cél forrását jelzik (például egy 1 óra után /1 óra/ vagy egy
meghatározott alanytól /1. egér/ vett mintát).

Lemezbeállítások módosítása az Experiment Settings (Kísérleti beállítások)párbeszédpanelen
1.

Az Experiment Settings (Kísérleti beállítások) párbeszédpanel megnyitásához tegye a következők
egyikét:n

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak jobb oldali panelén kattintson az Experiment Settings(Kísérleti beállítások) elemre.

n

A Data Analysis (Adatelemzés) ablak Gene Expression (Génexpresszió) fülén kattintson az
Experiment Settings (Kísérleti beállítások) elemre.

Megjelenik az Experiment Settings (Kísérleti beállítások) párbeszédpanel és rajta a Targets (Célok)fül tartalma.

160 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Kísérleti beállítások módosítása

2.

Ha új célt, mintát vagy biológiai csoportot szeretne hozzáadni, írja be a nevét a megfelelő fülön a
New (Új) szövegbeviteli mezőbe, majd kattintson az Add (Hozzáadás) elemre.

3.

Ha szeretne egy vagy több célt, mintát vagy biológiai csoportot eltávolítani a listáról, a megfelelő
fülön jelölje be az adott elem jelölőnégyzetét a Select to Remove (Kijelölés eltávolításhoz)
oszlopban, majd kattintson a Remove checked item(s) (Bejelölt elem/ek/ eltávolítása)
lehetőségre.

4.

A CFX Maestro Dx SE az NTC (sablon nélküli kontroll) mintatípust kizárja a génexpresszióelemzésből.
Ha az NTC mintatípusokat szeretné belefoglalni az elemzésbe, törölje a jelölőnégyzetéből a jelölést
az Exclude the following sample types (A következő mintatípusok kizárása) szakaszban. A megfelelő
jelölőnégyzet bejelölésével a következő mintatípusokat zárhatja ki:

5.

n

NRT (no reverse transcriptase, reverz transzkriptáz nélkül)nNegative Control (Negatív kontroll)nPositive Control (Pozitív kontroll)nStandard

A Targets (Célok) fülön:a.

Ha szeretne kiválasztani egy célt a génexpresszióadat-elemzés referenciájaként, a Reference(Referencia) oszlopban választhatja ki.

b.

Ha az Analysis Settings (Elemzési beállítások) ablak Gene Expression (Génexpresszió) fülén
szeretné elrejteni azokat az elemzési beállításokat, amelyeket a rendszer alkalmazni fog, törölje
a Show Analysis Settings (Elemzési beállítások megjelenítése) jelölőnégyzetből a jelölést.
A szoftver elrejti a következő oszlopokat:nColor (Szín)nShow Chart (Diagram mutatása)nAuto Efficiency (Automatikus hatásfok)nEfficiency (%) (Százalékos hatásfok)c.

Ha szeretné megváltoztatni a cél megjelenítési színét a Gene Expression (Génexpresszió)
diagramon, kattintson a cél cellájára a Color (Szín) oszlopban, válasszon egy új színt amegjelenő Color (Szín) párbeszédpanelen, majd kattintson az OK elemre.

d.

A cél megjelenítéséhez a Gene Expression (Génexpresszió) diagramon a kiválasztott színnel
jelölje be a cél jelölőnégyzetét a Show Chart (Diagram megjelenítése) oszlopban.

Felhasználói útmutató | 161

8. fejezet Lemezek előkészítésee.

A CFX Maestro Dx SE alapértelmezés szerint automatikusan kiszámítja egy cél relatív
hatásfokát, ha az adott cél adatai standard görbét tartalmaznak.
Ha egy korábban meghatározott hatásfokértéket szeretne használni, írja be az értéket acellájába az Efficiency (%) (Százalékos hatásfok) oszlopba, majd nyomja le az Enter billentyűt.
A CFX Maestro Dx SE törli az Auto Efficiency (Automatikus hatásfok) jelölőnégyzetet.

6.

A Samples and Biological Groups (Minták és biológiai csoportok) fülön:a.

Ha szeretne kiválasztani egy mintát vagy egy biológiai csoportot a génexpressziós adatelemzés
kontroll mintájaként, jelölje be a jelölőnégyzetét a Control (Kontroll) oszlopban.

b.

Ha a kontrollfeltételt szeretné hozzárendelni egy mintához vagy biológiai csoporthoz egy
futtatásnál, jelölje be a jelölőnégyzetét a Control (Kontroll) oszlopban.

c.

7.

Ha a Show Analysis Settings (Elemzési beállítások megjelenítése) jelölőnégyzet még nincs
bejelölve, a bejelölésével a Gene Expression (Génexpresszió) fülön megtekintheti vagy
módosíthatja azokat az elemzési paramétereket, amelyeket a rendszer alkalmazni fog. A
szoftver elrejti a Color (Szín) és a Show Chart (Diagram megjelenítése) oszlopokat.

Az Experiment Settings (Kísérleti beállítások) párbeszédpanelen található paraméterek mentéséhezés a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakhoz történő visszatéréshez kattintson az OK gombra.

162 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Cellacsoportok létrehozása

Cellacsoportok létrehozása
A cellacsoportok cellák részhalmazaira osztanak egy lemezt, amelyek függetlenül elemezhetők a Data
Analysis (Adatelemzés) ablakban. A cellacsoportok beállítása után válasszon ki egyet a Data Analysis(Adatelemzés) ablakban az adatok elemzéséhez független csoportként. Például állítson becellacsoportokat egy lemezben futtatott többszörös kísérletek elemzéséhez vagy mindegyik cellacsoport
elemzéséhez különböző standard görbékkel.
Megjegyzés: az alapértelmezett cellacsoport az All Wells (Összes cella).

Cellacsoportok létrehozásához
1.

A Well Groups Manager (Cellacsoport-kezelő) megnyitásához végezze el az alábbiak egyikét:n

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban kattintson a Well Groups (Cellacsoportok)
lehetőségre.

n

A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban kattintson a Manage Well Groups (Cellacsoportok
kezelése) lehetőségre.

Ekkor megjelenik a Well Groups Manager (Cellacsoport-kezelő) párbeszédpanel.

2.

Új csoport létrehozásához kattintson az Add (Hozzáadás) parancsra. A legördülő menüben a csoport
neveként Group 1 (1. csoport) jelenik meg az első csoporthoz.

Felhasználói útmutató | 163

8. fejezet Lemezek előkészítése

3.

Válassza ki a cellákat a cellacsoporthoz a Plate (Lemez) nézetben az egérrel a cellacsoportba
kattintva és a mutatót a cellacsoporton áthúzva. A kiválasztott cellák kék színnel jelennek meg aManager (Kezelő) ablakban.

4.

(Opcionális) A csoport nevének módosításához válassza ki a nevét a legördülő menüből, és írjon beegy új nevet.

5.

(Opcionális) Cellacsoport törléséhez válassza ki a nevét a legördülő listából, és kattintson a Delete(Törlés) parancsra.

6.

Kattintson az OK gombra a befejezéshez és az ablak bezárásához, vagy kattintson a Cancel(Mégse) gombra az ablak bezárásához a módosítások elmentése nélkül.

A Well Groups Manager (Cellacsoport-kezelő) eszközhöz a jobb egérgombbal
kattintással elérhető menüpontok
A 10. táblázat azokat a menüpontokat ismerteti, amelyek bármely cellára a jobb egérgombbal kattintva
elérhetők a Well Groups Manager (Cellacsoport-kezelő) párbeszédpanelen.
10. táblázat A Plate Editor (Lemezszerkesztő) Well Groups Manager (Cellacsoportkezelő) párbeszédpanelén a jobb gombbal kattintva elérhető menüpontok

Tétel

Funkció

Copy (Másolás)

A cellák tartalmának másolása, amelyek azután
beilleszthetők egy másik cellába vagy cellákba.

Copy as Image (Másolás

A cellaválasztó nézet másolása képként.

képként)
Print (Nyomtatás)

A cellaválasztó nézet nyomtatása.

Print Selection (A kiválasztott

Csak a kiválasztott cellák nyomtatása.

rész nyomtatása)
Export to Excel (Exportálás

Az adatok exportálása Excel-táblázatba.

Excel-fájlba)
Export to CSV (Exportálás .csv

Az adatok exportálása vesszővel tagolt dokumentumként.

kiterjesztésű fájlba)
Export to Xml (Exportálás .xml

Az adatok exportálása .xml kiterjesztésű

kiterjesztésű fájlba)

dokumentumként.

Export to Html (Exportálás .html

Az adatok exportálása .html kiterjesztésű

kiterjesztésű fájlba)

dokumentumként.

164 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Jelstílusok módosítása

Jelstílusok módosítása
A lemezbeállítás során, valamint amikor egy futtatás folyamatban van, módosíthatja a sokszorozási jelek
színét és stílusát. Így azután könnyen megtekintheti a jeleket a valós idejű állapotot mutató ablakban,
miközben a rendszer rögzíti az adatokat.

A jelstílusok módosításához
1.

Kattintson a Trace Styles (Jelstílusok) elemre a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban.
Megjelenik a Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel az aktuálisan megnyitott lemezhez. Például:2.

Ha egy adott fluorofór szerint szeretné megjeleníteni a jelstílusokat, válassza ki az adott fluorofórt a
Fluorophores (Fluorofórok) legördülő listából.

3.

A jel megjelenítési formájának a módosításához:a.

Válassza ki a jel típusát a Wells (Cellák) legördülő listából.

b.

Kattintson a színére a Color (Szín) oszlopban.

c.

A megjelenő Color (Szín) párbeszédpanelen válasszon ki egy másik színt a jelhez, majd
kattintson az OK gombra.
A CFX Maestro Dx SE megjeleníti a cellatípus színváltozását a rácsban.

d.

(Opcionális) Válasszon ki egy szimbólumot a jelhez a Symbols (Szimbólumok) legördülő
listából.

Felhasználói útmutató | 165

8. fejezet Lemezek előkészítése

4.

A színkészlet gyors módosításához kattintson a kívánt elemre a Color Quick Set (Szín gyors
beállítása) szakaszban.

5.

Ha a cellacímkéket szeretné megtekinteni a rácsban, válassza ki a címketípust a Well Labels(Cellacímkék) szakaszban.

6.

A módosítások mentéséhez kattintson az OK gombra, vagy a módosítások elvetéséhez kattintson a
Cancel (Mégse) gombra.

166 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemez megtekintése, exportálása és importálása táblázatos formátumban

Lemez megtekintése, exportálása és importálása táblázatos
formátumban
A Spreadsheet View/Importer (Táblázatos nézet / Importálás) eszköz táblázatos formátumban jeleníti
meg egy lemez tartalmát. A megjelenítőben az alábbiak szerint tekintheti meg, importálhatja ésexportálhatja a cellaadatokat.

A Spreadsheet Viewer (Táblázatmegjelenítő) használata a Plate Data
(Lemezadatok) exportálásához és importálásához
A táblázatmegjelenítőből exportálhatja: Target Names (Célnevek), Sample Name (Mintanév), BiologicalGroup Name (Biológiai csoportnév) és Well Notes (Megjegyzések a cellához). Az exportált sablon
tabulátorral tagolt formátumú, így a Microsoft Excel és a hasonló alkalmazások tudják kezelni. Ugyancsak
importálhat adatokat tabulátorral tagolt alkalmazásból egy előre meghatározott lemezbe egy kísérleti
információs fájlból.

A Spreadsheet View/Importer (Táblázatos nézet / Importálás) eszköz használatához
1.

Hozzon létre és mentsen el lemezfájlokat (lásd Lemezfájl létrehozása a Plate Editor(Lemezszerkesztő) eszközzel).

2.

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszköztárban kattintson a Spreadsheet View/Importer (Táblázatos
nézet / Importálás) fülre a Plate Spreadsheet View (Lemez táblázatos nézete) párbeszédpanel
megnyitásához.

Felhasználói útmutató | 167

8. fejezet Lemezek előkészítése

3.

(Opcionális) Kattintson a Show Biological Set Name (Biológiai sor nevének mutatása) és a Show
Well Note (Mutassa a megjegyzést a cellához) mezőkre, hogy megjelenjenek azok az oszlopok a
Spreadsheet View (Táblázatos nézet) fülön és az exportált fájlban.

4.

Kattintson az Export Template (Sablonexportálás) gombra, ha létre akar hozni egy üres sablont
Excel (.csv) formátumban. Az exportált fájl ugyanazt az elrendezést mutatja majd, mint a lemeze.
Tipp: Használja a lemezfájl nevét, amikor lemezfájlokat ment el, hogy a fájl könnyen
azonosítható legyen.

5.

Töltesse ki az Excel fájljának mezőit a celláinak tartalmával.
Megjegyzés: Csak olyan oszlopban található cellák tartalmát szerkesztheti, amelynek a nevemellett egy csillag (*) látható (például *Target Name /*Célnév, *Sample Name (Mintanév),*Biological Group Name (biológiai csoportnév), *Well Note (Megjegyzés a cellához)).
Megjegyzés: Nem adhat hozzá értékeket a Standard Curve (standard görbe) és a Quantity(mennyiség) oszlopokhoz az exportált Excel fájlban. Ha ezeket az adatokat akarja módosítani,vissza kell lépnie a Plate editorba (Lemezszerkesztőbe) és a Settings (Beállítások) > Units(Mértékegységek) menübe kell belépnie. A lemez futtatásának befejeződését követően az
ezekből a standardokból származó adatok az Ön által kiválasztott egységekkel megjelennek a
Data Analysis (Adatelemzés) ablak Quantification (Kvantifikáció) fülén látható Standard Curve(Standard görbe) diagramon.

6.

Importálja a kitöltött Excel fájlt vissza a Plate Editorba (Lemezszerkesztőbe) az Import gombra
kattintással. Az importált lemezadatok megjelennek a Plate Spreadsheet View (Lemezek táblázatos
nézete) ablakban.
Fontos: Ha több fluorofórja is van, akkor a 3–5. lépéseket minden egyes fluorofórra
vonatkozóan el kell végeznie a Flours List (Fluorlista) legördülő menüben a Plate Spreadsheet
View (Lemezek táblázatos nézete) ablakban.

7.

Kattintson az OK gombra. Az új lemezadatok meg fognak jelenni a Plate Editor (Lemezszerkesztő)ablakban.

Tipp: Megtekintheti azokat a menüpontokat, amelyek a Spreadsheet View/Importer (Táblázatos
nézet / importálás) eszközben elérhetők, ha az eszközben bármely cellára vagy bármely
táblázatcímre a Plate Spreadsheet (Lemeztáblázat) nézetben rákattint a jobb egérgombbal.

168 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezelrendezés létrehozása a Plate Setup Wizard (Lemezbeállítási varázsló) eszközzel

Lemezelrendezés létrehozása a Plate Setup Wizard(Lemezbeállítási varázsló) eszközzel
A Setup Wizard (Beállítási varázsló) eszközzel megadhatja a normalizált génexpresszió elemzéséhez
szükséges lemezelrendezési információkat, beleértve a következőket:n

Célnevekn

MintaneveknA célok és a minta helye a lemezennReferenciagén(ek)nKontroll minta

A Setup Wizard (Beállítási varázsló) eszközt futtatás előtt, közben és után is használhatja.

A Plate Setup Wizard (Lemezbeállítási varázsló) használata
Ez a rész ismerteti a lemezelrendezés létrehozását a lemez Setup Wizard (Beállítási varázsló)
eszközével. A lemezben levő egyes cellák tartalmának egyszerűbb megtekintéséhez kattintson a Zoom
plate (Lemezre közelítés) opcióra a Setup Wizard (Beállítási varázsló) felső részén.
Fontos: Ha visszatér az Auto layout (Automatikus elrendezés) fülre, miközben a Setup Wizard(Beállítási varázsló) bármelyik fülén van, ez visszaállítja a lemez elrendezését. Legyen körültekintő,amikor ezt a fület választja ki.
Tipp: az elrendezést a Tools > Clear Plate (Eszközök > Lemez kiürítése) parancs kiválasztásávalhozhatja alaphelyzetbe a Setup Wizard (Beállítási varázsló) ablakban.

A lemez Setup Wizard (Beállítási varázsló) eszközének használatához
1.

Nyissa meg a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakot.

2.

A Setup Wizard (Beállítási varázsló) megnyitásához tegye a következők egyikét:nVálassza ki az Editing Tools > Setup Wizard (Szerkesztőeszközök > Beállítási varázsló) ablakot.

nKattintson a Setup Wizard (Beállítási varázsló) lehetőségre a Plate Editor (Lemezszerkesztő)eszköztárban.

Megjelenik a Setup Wizard (Beállítási varázsló), az Auto layout (Automatikus elrendezés) fület
megjelenítve.

Felhasználói útmutató | 169

8. fejezet Lemezek előkészítése3.

Az Auto layout (Automatikus elrendezés) fülön végezze el az alábbiak egyikét:a.

Kattintson egy cellára a rácson, és az egeret húzza keresztbe és lefelé a lemezen annak aterületnek a meghatározására, ahová minta betöltését tervezi.

b.

Írja be a betöltendő célok és minták számát.
Tipp: A célok és minták számának meg kell egyeznie a kiválasztott cellák számával. Ha a
beírt szám nem fér el a kiválasztott területre, módosítsa vagy a számokat, vagy a lemezen
kiválasztott területet. Megadható az elemek lemezen belül orientációja és csoportosítása.

c.

(Opcionális) Módosítsa a lemez orientációját. Például beállíthatja a célokat oszlopokba, amintákat pedig sorokba, vagy csoportosíthat minták szerint.

d.

Kattintson a Next (Tovább) gombra a Target names (Célnevek) fülre lépéshez.

Megjegyzés: Ha az Ön lemezelrendezése nem rendelkezik szabályos mintával, céljainak
manuális pozicionálásához használja a Target names (Célnevek) fület, vagy a minták lemezen
történő manuális pozicionálásához a Sample names (Mintanevek) fület. Több cellakiválasztásához végezzen kattintást és húzást.
4.

A Target names (Célnevek) fülön adja meg a célneveket a célcsoportokhoz:a.

Tegye az alábbiak egyikét:n

A célok átnevezéséhez csoport szerint állítsa be a Select by (Kijelölési szempont) opciót a
Target (Cél) értékre.

170 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Lemezelrendezés létrehozása a Plate Setup Wizard (Lemezbeállítási varázsló) eszközzel

nb.

A célok átnevezéséhez cella szerint állítsa a Select by (Kijelölési szempont) opciót a Well
(Cella) értékre.

Válasszon ki egy célcsoportot vagy egy cellát a rácsban, és írjon be egy nevet a Target name
(Célnév) legördülő listába.
Tipp: Nyomja meg a Tab gombot a jobbra levő következő csoport vagy cellakiválasztásához vagy az Enter gombot a lent levő következő csoport vagy cellakiválasztásához. Másik lehetőségként több, nem egymás mellett levő cella kiválasztásához
a Target name (Célnév) és Sample name (Mintanév) füleken tartsa lenyomva a Control
gombot, és kattintson rá az egyes cellákra.

c.

Kattintson a Next (Tovább) gombra a Sample names (Mintanevek) fülre történő továbblépéshez.

5.

A Sample names (Mintanevek) fülön adjon meg mintaneveket a mintacsoportokhoz.

6.

Kattintson a Next (Tovább) gombra a Reference Targets (Referenciacélok) fülre történő
továbblépéshez.

7.

A Reference targets (Referenciacélok) fülön válasszon ki egy vagy több célt referenciának anormalizált génexpresszióhoz, és kattintson a Next (Tovább) gombra a Control sample (Kontroll
minta) fülre való továbblépéshez.

8.

A Control sample (Kontroll minta) fülön válasszon ki egy mintát kontrollnak a relatív génexpressziószámításokhoz.

9.

Kattintson az OK gombra a lemezelrendezés elmentéséhez és Plate Editor (Lemezszerkesztő)ablakba való visszatéréshez, ahol folytathatja a lemezparaméterek megadását. További információk:
Opcionális paraméterek hozzárendelése a lemezfájlhoz a(z) 147. oldalon.
Másik megoldásként kattintson a Previous (Előző) gombra egy korábbi fülre való visszatéréshez
bármilyen módosítás végrehajtásához.
Megjegyzés: Az Auto layout (Automatikus elrendezés) fülre való visszatérés automatikusan
alaphelyzetbe állítja a lemezt. Óvatosan járjon el a Previous (Előző) gomb megnyomásakor.

Felhasználói útmutató | 171

8. fejezet Lemezek előkészítése

172 | CFX Maestro Dx SE szoftver

9. fejezet Kísérletek futtatása
Ez a fejezet az egyedi (felhasználó által definiált) vagy PrimePCR-vizsgálatok futtatását ismerteti a CFX
Maestro Dx szoftver, Security Edition termékkel.
A futtatási adatfájlok protokoll- és lemezinformációkat tartalmaznak a futtatáshoz. A fájl azoknak az
elemzéseknek az adatait is tartalmazza, amelyeket a CFX Maestro Dx SE a futtatás befejezése utánvégez el.
A CFX Maestro Dx SE szoftver megkönnyíti a felhasználó által definiált vagy PrimePCR-kísérletek
beállítását és futtatását. A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak végigvezeti Önt egy kísérlet
beállításának a szokásos lépésein, és a Start Run (Futtatás indítása) párbeszédpanelre irányítja,ahonnan elindíthatja a futtatást.

Felhasználói útmutató | 173

9. fejezet Kísérletek futtatása

A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak
A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak gyors hozzáférést biztosít egy kísérlet beállításához és
futtatásához szükséges fájlokhoz és opciókhoz. Ha Ön egy felhasználó által beállított kísérletet szeretne
futtatni, megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak és rajta a Protocol (Protokoll) fül. Ha
PrimePCR-kísérletet kíván futtatni, megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak és rajta a Start Run(Futtatás indítása) fül.
Tipp: a PrimePCR-kísérletekkel kapcsolatban lásd: PrimePCR-kísérletek végzése a(z) 192. oldalon,
A Start Run (Futtatás indítása) fül a(z) 182. oldalon.

174 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak

JELMAGYARÁZAT
1.

A fülek végigvezetik Önt a kísérletek beállításának és futtatásának lépésein:n Protocol (Protokoll) fül – egy meglévő protokoll kiválasztása futtatásra vagyszerkesztésre, vagy egy új protokoll létrehozása a Protocol Editor(Protokollszerkesztő) ablakban.
n Plate (Lemez) fül – egy meglévő lemez kiválasztása futtatásra vagyszerkesztésre, vagy egy új lemez létrehozása a Plate Editor (Lemezszerkesztő)ablakban.
n Start Run (Futtatás indítása) fül – a kísérlet beállításainak megtekintése, egy
vagy több műszerblokk kiválasztása, valamint a futtatás elkezdése.

2.

A fő ablakban megjelennek az egyes fülekre vonatkozó opciók, amikor Ön
alkalmazza őket.

3.

A navigálási gombok a Start Run (Futtatás indítása) fülre viszik Önt.

A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak megnyitása
A Run Setup (Futtatás beállításai) ablak megnyitásáhozuTegye az alábbiak egyikét:n

A Startup Wizard (Indítási varázsló) Run Setup (Futtatás beállításai) fülén kattintson a Userdefined (Felhasználó által meghatározott) vagy a PrimePCR elemre.

n

A Home (Kezdőlap) ablakban található eszköztárban kattintson a User-defined Run Setup(Felhasználó által meghatározott futtatás beállítása) vagy a PrimePCR Run Setup (PrimePCRfuttatás beállítása) elemre.

n

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a Run > User-defined Run (Futtatás > Felhasználóáltal meghatározott futtatás) vagy a Run > PrimePCR Run (Futtatás > PrimePCR-futtatás)elemet.

Felhasználói útmutató | 175

9. fejezet Kísérletek futtatása

A Protocol (Protokoll) fül
A Protocol (Protokoll) fülön az Ön által futtatni tervezett protokollfájl előnézeti képe látható. A protokollfájl
a műszer által hőmérsékleti lépésekre alkalmazandó instrukciókat, valamint a növekedési/csökkenési
sebességet, a mintatérfogatot és a fedélhőmérsékletet szabályozó műszerbeállításokat tartalmazza.

A szoftver alapértelmezés szerint a File Selection for Run Setup (Fájl kiválasztása a futtatás
beállításához) szakaszban meghatározott protokollt jeleníti meg a User > User Preferences (Felhasználó> Felhasználói beállítások) párbeszédpanel Files (Fájlok) fülén. Az alapértelmezett protokollt
módosíthatja a User Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen. További információk: Az
alapértelmezett fájlbeállítások módosítása a(z) 89. oldalon.
A Protocol (Protokoll) fülön a következőket teheti:nÚj protokoll létrehozása és futtatásanMeglévő protokoll kiválasztása és futtatása vagy szerkesztéseBővebb információk a protokollok létrehozásáról és módosításáról: 7. fejezet, Protokollok létrehozása.

Új protokoll létrehozásához
1.

A Protocol (Protokoll) fülön kattintson a Create New (Új protokoll létrehozása) elemre.
Megjelenik a Protocol Editor (Protokollszerkesztő).

176 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Protocol (Protokoll) fül

2.

Új protokoll létrehozásához használja a Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakot.

3.

A protokoll mentéséhez, valamint a Run Setup (Futtatás beállításai) ablakban található Protocol(Protokoll) fülre történő visszatéréshez kattintson az OK gombra.

4.

Tekintse meg a protokoll adatait, majd tegye a következők egyikét:n

Ha az adatok helyesek, kattintson a Next (Tovább) elemre a Plate (Lemez) fülre történő
továbblépéshez.

nHa az adatok helytelenek, kattintson az Edit Selected (Kijelölt protokoll szerkesztése) gombra a
Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablakhoz történő visszatéréshez. Módosítsa a protokollt,
mentse a módosításokat, majd a Protocol (Protokoll) fülön kattintson a Next (Tovább) elemre a
Plate (Lemez) fülre történő továbblépéshez.

Meglévő protokoll kiválasztása
1.

A Protocol (Protokoll) fülön tegye a következők egyikét:nKattintson a Select Existing (Meglévő protokoll kiválasztása) elemre, majd lépjen egy meglévő
protokollhoz.

nKattintson az Express Load (Expressz betöltés) elemre, és válasszon ki egy protokollt a
protokollok legördülő listájából.
Tipp: Lehetősége van protokollokat hozzáadni az Express Load (Expressz betöltés)
legördülő listához vagy eltávolítani onnan őket. További információk: Express Load
(Expressz betöltés) protokollok hozzáadása és eltávolítása.

2.

Tekintse meg a protokoll adatait, majd tegye a következők egyikét:n

Ha az adatok helyesek, kattintson a Next (Tovább) elemre a Plate (Lemez) fülre történő
továbblépéshez.

nHa az adatok helytelenek, kattintson az Edit Selected (Kijelölt protokoll szerkesztése) gombra a
Protocol Editor (Protokollszerkesztő) ablak megnyitásához. Módosítsa a protokollt, mentse amódosításokat, majd a Protocol (Protokoll) fülön kattintson a Next (Tovább) elemre a Plate(Lemez) fülre történő továbblépéshez.

Express Load (Expressz betöltés) protokollok hozzáadása és eltávolítása
Módosíthatja az Express Load (Expressz betöltés) legördülő lista tartalmát, amely a Protocol Editor(Protokollszerkesztő) ablakban jelenik meg. Az ebben a listában szereplő protokollok a következő
mappában vannak elmentve:
c:\Felhasználók\Nyilvános\Nyilvános dokumentumok\Bio-Rad\CFX_
MDx\Felhasználók\<felhasználónév>\ExpressLoad\

Felhasználói útmutató | 177

9. fejezet Kísérletek futtatása

Az Express Load (Expressz betöltés) protokoll-lista módosításához
1.

Keresse meg és nyissa meg az ExpressLoad mappát.

2.

Tekintse át a protokollfájlokat (.pcrl) a mappában.

3.

Végezze el az alábbiak valamelyikét:n

A legördülő listából történő eltávolításhoz törölje a protokollokat a mappából.

n

A legördülő listához történő hozzáadáshoz másolja a protokollokat a mappába.

178 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Plate (Lemez) fül

A Plate (Lemez) fül
Megjegyzés: Ha a Protocol (Protokoll) fülön kiválasztott protokoll nem tartalmaz valós idejű PCRelemzésre vonatkozó lemezleolvasási lépést, a rendszer a Plate (Lemez) fület elrejti. A Plate(Lemez) fül megtekintéséhez vegyen fel legalább egy lemezleolvasást a protokollba.
A Plate (Lemez) fülön megjelenik az Ön által betölteni tervezett lemezfájl előnézeti képe. Valós idejű
PCR-futtatás során a lemezfájl tartalmazza az egyes cellák tartalmának leírását, így a fluorofórokat, a
letapogatási módszert és a lemez típusát. A CFX Maestro Dx SE ezeket a leírásokat használja az
adatgyűjtéshez és elemzéshez.

A szoftver alapértelmezés szerint a File Selection for Run Setup (Fájl kiválasztása a futtatás
beállításához) szakaszban meghatározott lemezt jeleníti meg a User > User Preferences (Felhasználó >Felhasználói beállítások) párbeszédpanel Files (Fájlok) fülén. Az alapértelmezett lemezt módosíthatja aUser Preferences (Felhasználói beállítások) párbeszédpanelen. További információk: Az alapértelmezett
fájlbeállítások módosítása a(z) 89. oldalon.
A Plate (Lemez) fülön a következőket teheti:nÚj lemez létrehozása és betöltése.

nMeglévő lemez kiválasztása és betöltése vagy szerkesztése.

Bővebb információk a lemezek létrehozásáról és módosításáról: 8. fejezet, Lemezek előkészítése.

Felhasználói útmutató | 179

9. fejezet Kísérletek futtatása

Új lemez létrehozásához
1.

A Plate (Lemez) fülön kattintson a Create New (Új lemez létrehozása) elemre.
Megjelenik a Plate Editor (Lemezszerkesztő).

2.

Új lemez létrehozásához használja a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakot.

3.

A lemez mentéséhez, valamint a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak Plate (Lemez) fülére történő
visszatéréshez kattintson az OK gombra.

4.

Tekintse meg a lemez adatait, majd tegye a következők egyikét:n

Ha az adatok helyesek, kattintson a Next (Tovább) elemre a Start Run (Futtatás indítása) fülre
történő továbblépéshez.

nHa az adatok helytelenek, kattintson az Edit Selected (Kijelölt elemek szerkesztése) gombra a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakhoz történő visszatéréshez. Módosítsa a lemezfájlt,mentse a módosításokat, majd a Plate (Lemez) fülön kattintson a Next (Tovább) elemre a Start
Run (Futtatás indítása) fülre történő továbblépéshez.

Meglévő lemezfájl kiválasztása
1.

A Plate (Lemez) fülön tegye a következők egyikét:nKattintson a Select Existing (Meglévő lemez kiválasztása) elemre, majd tallózzon be egy
meglévő lemezfájlt.

n

Kattintson az Express Load (Expressz betöltés) elemre, és válasszon ki egy lemezfájlt alegördülő listából.
Tipp: Lehetősége van lemezeket hozzáadni az Express Load (Expressz betöltés) legördülő
listához vagy eltávolítani őket onnan. További információ: Express Load (Expressz betöltés)lemezfájlok hozzáadása és eltávolítása.

2.

Tekintse meg a lemez adatait, majd tegye a következők egyikét:n

Ha az adatok helyesek, kattintson a Next (Tovább) elemre a Start Run (Futtatás indítása) fülre
történő továbblépéshez.

nHa az adatok helytelenek, kattintson az Edit Selected (Kijelölt elemek szerkesztése) gombra a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak megnyitásához. Módosítsa a lemezfájlt, mentse amódosításokat, majd kattintson a Next (Tovább) elemre a Start Run (Futtatás indítása) fülre történő
továbblépéshez.

Express Load (Expressz betöltés) lemezfájlok hozzáadása és eltávolítása
A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban megjelenő Express Load (Expressz betöltés) legördülő lista
tartalmát módosítani lehet. A listában megjelenő lemezek a következő mappában vannak elmentve:
c:\Felhasználók\Nyilvános\Dokumentumok\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<felhasználónév>\ExpressLoad\180 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Plate (Lemez) fül

A lemezfájlok Express Load (Expressz betöltés) listájának módosításához
1.

Keresse meg és nyissa meg az ExpressLoad mappát.

2.

Tekintse át a mappában található (.pltd kiterjesztésű) lemezfájlokat.

3.

Tegye az alábbiak egyikét:n

A legördülő listából történő eltávolításhoz törölje a lemezfájlokat a mappából.

n

A legördülő listához történő hozzáadáshoz másolja a lemezfájlokat a mappába.

Felhasználói útmutató | 181

9. fejezet Kísérletek futtatása

A Start Run (Futtatás indítása) fül
A Start Run (Futtatás indítása) fülön a futtatni kívánt kísérletre vonatkozó információk láthatók. Ezenkívül
megjeleníti az(oka)t a csatlakoztatott műszerblokko(ka)t, amely(ek)en Ön lefuttathatja a kísérletet.

A Start Run (Futtatás indítása) fülön a következőket teheti:n

A futtatásra vonatkozó részletes információk megtekintése, beleértve a kiválasztott protokollfájlt,lemezfájlt és leolvasási üzemmódot.

n

A futtatásra vonatkozó megjegyzések hozzáadása.

nAz összes csatlakoztatott műszer adatainak megtekintése, beleértve a futtatási állapotukat (futás
vagy üresjárat), a mintatérfogat µl mértékegységben kifejezett értékét, a fedél hőmérsékletét, az
emulációs üzemmódot, valamint az azonosítót vagy a vonalkódot (ha van).
Megjegyzés: Módosítani lehet, hogy mely oszlopok jelenjenek meg a Start Run on Selected
Blocks (Futtatás indítása a kiválasztott blokkokon) táblában. Bővebb információk: Adatok
módosítása a Selected Blocks (Kiválasztott tömbök) táblázatban a(z) 183. oldalon.

nAzon blokk(ok) kiválasztása, amelye(ke)n szeretné a futtatást elvégezni.

n

A kiválasztott műszerek fedelének kinyitása vagy lezárása távolról.

182 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Start Run (Futtatás indítása) fülnA futtatás elindítása.

Adatok módosítása a Selected Blocks (Kiválasztott tömbök) táblázatban
Módosíthatja a Start Run on Selected Blocks (Futtatás indítása a kiválasztott blokkokon) táblában
megjelenő oszlopokat. Az alapértelmezett mintatérfogat és fedél hőmérsékletének értékeket szintén
módosíthatja a táblában. A beállítások módosításait a rendszer alkalmazza a végrehajtani kívánt
futtatásra.

Oszlopok hozzáadásához a Start Run on Selected Blocks (Futtatás indítása a kiválasztott
blokkokon) tábláhozu

A jobb egérgombbal kattintson a táblára, és válasszon ki egy lehetőséget a megjelenő menüben.

Oszlopok törléséhez a Start Run on Selected Blocks (Futtatás indítása a kiválasztott
blokkokon) táblábólu

A jobb egérgombbal kattintson a táblára, és törölje az opciót a megjelenő menüben.

A mintatérfogat vagy a fedélhőmérséklet szerkesztéséhez egy blokknál
uVálassza ki a mintatérfogat vagy a fedélhőmérséklet mezőjét a célblokkhoz, és írjon be egy új értéket
a mezőbe.

Futtatásazonosító vagy vonalkód hozzáadásához a blokkhozuVálassza ki az ID/Bar Code (Azonosító/Vonalkód) mezőt a célblokkhoz, és írjon be egy azonosítót,vagy szkennelje le a blokkot egy vonalkódolvasóval.

Kísérlet futtatása
Fontos: Egy kísérlet lefuttatása előtt ügyeljen arra, hogy a számítógépe vírusölő programja ne
kezdjen el ellenőrizni a futtatás közben. További információk: A CFX Maestro Dx SE szoftver
telepítése a(z) 34. oldalon, illetve forduljon a rendszergazdához.

Kísérlet futtatásához
1.

A Start Run (Futtatás indítása) fülön ellenőrizze a lemez és protokoll adatait a Run Information(Futtatási információk) részben.

2.

(Opcionális) A futtatással vagy a kísérlettel kapcsolatos megjegyzéseket írja be a Notes(Megjegyzések) szövegpanelbe.

3.

Válassza ki egy vagy több blokk jelölőnégyzetét, amelyeken végre akarja hajtani a futtatást.
Tipp: ha az összes blokkon szeretné futtatni a kísérletet, válassza ki a Select All Blocks (Azösszes blokk kiválasztása) lehetőséget a Selected Blocks (Kiválasztott blokkok) táblázat alatt.

Felhasználói útmutató | 183

9. fejezet Kísérletek futtatása

4.

(Opcionális) Kattintson a Flash Block Indicator (Blokkjelző villogtatása) opcióra a jelző LED villogtatásához
a kiválasztott műszerblokkoknál.

5.

Tegye be a kísérleti lemezeket a blokkba:a.

Kattintson az Open Lid (Fedél felnyitása) gombra. A kiválasztott blokkok motoros fedele felnyílik.

b.

Tegyen egy kísérleti lemezt minden kiválasztott blokkba.

c.

Kattintson a Close Lid (Fedél lezárása) gombra.

Tipp: a CFX Opus Dx rendszereken érintse meg a Kezdőképernyőn a Fedél felnyitása vagy
Fedél lezárása lehetőséget.
6.

Kattintson az Open Lid (Fedél felnyitása) és a Close Lid (Fedél lezárása) gombra az egyes
kiválasztott műszerblokkok motoros fedelének felnyitásához vagy lezárásához.

7.

Tekintse meg a futtatás adatait, majd végezze el a következők egyikét:n

Ha az adatok helyesek, kattintson a Start Run (Futtatás indítása) opcióra.

n

Ha az adatok nem helyesek:oHelyesbítse az adatokat a Selected Blocks (Kiválasztott blokkok) táblázatban, majd
kattintson a Start Run (Futtatás indítása) gombra.

oTérjen vissza a megfelelő fülre, és hajtsa végre a szükséges módosításokat, mentse előket, kattintson a Next (Tovább) gombra a Start Run (Futtatás indítása) fülre való
visszatéréshez, és indítsa el a futtatást.

Új futtatás elindításához egy korábbi futtatásból
uTegye az alábbiak egyikét:nVálassza ki a File > Repeat a Run (Fájl > Futtatás megismétlése) lehetőséget a szoftver főmenüsorából; lépjen a megismételni kívánt futtatási fájlra, és kattintson rá duplán.

n

Válassza ki a Repeat Run (Futtatás megismétlése) fület a Startup Wizard (Indítási varázsló)
ablakban, és kattintson duplán a megismételni kívánt futtatás futtatási adatfájljára.
Opcionálisan a Repeat Run (Futtatás megismétlése) fülön rákattinthat a Browse (Böngészés)
gombra, és a megismételni kívánt adatfájlra lépve duplán rákattinthat.

184 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel

A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel
Amikor a Start Run (Futtatás indítása) parancsra kattint, a CFX Maestro Dx SE szoftver felszólítja az
adatfájl (.pcrd) elmentésére, elindítja a futtatást, és megnyitja a Run Details (Futtatás részletei)
párbeszédpanelt. A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel három állapotjelző fülből áll:n

Run Status (Futtatás állapota) – ezt a fület a protokoll aktuális állapotának megtekintésére, a fedél
felnyitására vagy lezárására, a futtatás szüneteltetésére, ismétlések hozzáadására, lépésekkihagyására vagy a futtatás megállítására használhatja.

nReal-time Status (Valós idejű státusz) – ezt a fület a valós idejű PCR fluoreszcenciaadatainak
rögzítésével egyidejűleg történő megtekintésére használhatja.

nTime Status (Időstátusz) – ezt a fület a protokoll teljes képernyős visszaszámlálójának
megtekintésére használhatja.

Ezeket a füleket a későbbi szakaszokban részletesen ismertetjük.

A Run Status (Futás állapota) fül
A Run Status (Futtatás állapota) fülön egy folyamatban lévő futtatás aktuális állapota látható. Ezenkívül
ezen a nézeten vezérelheti a fedelet és módosíthatja a folyamatban lévő futtatást.

Felhasználói útmutató | 185

9. fejezet Kísérletek futtatása

JELMAGYARÁZAT
1.

Run Status (Futtatás állapota) panel – a protokoll aktuális előrehaladási állapotát
jeleníti meg.

2.

Run Status (Futtatás állapota) vezérlőelemek – lehetővé teszik a műszer
működtetését vagy az aktuális protokoll félbeszakítását.

3.

Run Information (Futtatási információk) panel – a futtatás részleteit jeleníti meg.

A Run Status (Futtatás állapota) fülön található parancsok
A Run Status (Futtatás állapota) fülön található parancsokat a készülék a szoftverről történő
működtetéséhez vagy a folyamatban levő futtatás módosításához használhatja.
Megjegyzés: A protokoll módosítása egy futtatás közben (pl. ismétlések hozzáadása) nem
változtatja meg a futtatáshoz rendelt protokollfájlt. Ezeket a műveleteket a Run Log (Futtatási napló)
rögzíti.

– felnyitja a motoros fedelet a kiválasztott műszereken.
Fontos: A fedél felnyitása futtatás közben szünetelteti a futtatást az aktuális lépésben, ésmegváltoztathatja az adatokat. A Run Status (Futtatás állapota) fülön található parancsok a(z) 186.
oldalon.

– lezárja a motoros fedelet a kiválasztott műszereken.

– több ismétlést ad hozzá az aktuális GOTO (LÉPJ) lépéshez a protokollban. Ez az opció csak
akkor elérhető, ha fut egy GOTO (LÉPJ) lépés.
Megjegyzés: Amikor a protokoll folyamatban van, további ismétléseket is felvehet egy GOTO
ciklus végrehajtása közben. Azonban A CFX Maestro Dx SE az ismétlések számának legújabb
változását ismeri fel. Például ha 10 további ismétlést vesz fel egy GOTO ciklus közben, aszoftver a teljes számot n + 10-re változtatja. Ha ezután további öt (5) ismétlést vesz fel
ugyanebben a ciklusban, a CFX Maestro az ismétlések teljes számát n + 5-re változtatja. Az
első változtatást (10 ismétlés) figyelmen kívül hagyja. Annak biztosításához, hogy a szoftver
elvégezze a célzott ismétlések számát, írja be a teljes számot (ebben az esetben 15 ismétlés).

– kihagyja az aktuális lépést a protokollban.

186 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel

Megjegyzés: Ha egy GOTO lépés során ugrást kezdeményez, a rendszer a következő
ismétlésre ugrik a GOTO ciklusban. Ha a GOTO lépés utolsó ciklusa volt folyamatban az ugrás
idején, a rendszer a következő lépésre ugrik.

– a kiválasztott műszeren villogtatja a LED-et, azonosítva a kiválasztott blokkokat.

– szünetelteti a protokollt.
Megjegyzés: ezt a műveletet a Run Log (Futtatási napló) rögzíti.

– folytat egy szüneteltetett protokollt.

– megállítja a futtatást a protokoll vége előtt.
Megjegyzés: ha egy futtatást a protokoll vége előtt megállít, megváltoztathatnak a kapott
adatok.

A műszer fedelének felnyitása a PCR futtatása alatt
Ha bármely műszer fedelét felnyitják, miközben fut egy PCR, a(z) CFX Maestro Dx SE a következő
párbeszédpanelt jeleníti meg:

A párbeszédpanel megjelenésekor a műszer továbbra is futtatja a protokollt. Az OK gomb szünetelteti aműködést, a műszer fedelének zárszerkezete kiold és a fedél kinyílik. A Cancel (Mégse) gomb bezárja apárbeszédpanelt, és a működés folytatódik.

Felhasználói útmutató | 187

9. fejezet Kísérletek futtatása

A Real-time Status (Valós idejű státusz) fül
A Real-time Status (Valós idejű státusz) fül az egyes ciklusoknál a futtatás közben az első két lemez
leolvasása után rögzített valós idejű PCR-adatokat jeleníti meg.

JELMAGYARÁZAT
1.

Sokszorosítási jelvonal panel – valós idejű sokszorosítási adatokat jelenít meg afuttatás közben.

2.

Cellacsoport-azonosító – ha cellacsoportokat hozott létre a lemez beállítása során,a felhasználók kiválaszthatnak egy specifikus cellacsoportot a jelvonalak, cellák és
táblázatos információk megtekintéséhez.
Lépésszám-azonosító – ha a protokoll egynél több lépésnél rögzít adatokat (pl. asokszorosítás és olvadási görbe során), a felhasználók kiválaszthatnak egy
specifikus lépést, és megtekinthetik az annál a lépésnél rögzített jelvonalakat.

3.

Cellaválasztó panel – megjeleníti a lemezben levő aktív, inaktív és üres cellákat.

4.

Lemezbeállítás panel – a lemezbeállításokat mutatja táblázatos formában.

188 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel

5.

Futtatás részletei panel – a futtatás valós idejű státuszát jeleníti meg, amely akövetkezőkből áll:n Aktuális lépésn Aktuális ismétlés
n Aktuális hőmérséklet
n Hátralevő időn A minta hőmérsékleten A fedél hőmérséklete

6.

Lemezbeállítás – megnyitja a Lemezbeállítás párbeszédpanelt, amelyben afelhasználók futtatás közben módosíthatják az aktuális lemezbeállításokat.

A Real-time Status (Valós idejű státusz) fülön a következőket végezheti el:nMegjeleníthet vagy elrejthet valós idejű jelvonalakat a lemezszerkesztő táblán vagy a lemezbeállító
táblán kiválasztva őket.

n

Megtekinthet egyes jelvonalakat vagy jelvonalcsoportokat a cellacsoport legördülő listában való
kiválasztásukkal.

n

Szerkesztheti a lemezt vagy kicserélheti a lemezfájlt.

n

Egy PrimePCR-fájlt alkalmazhat a futtatáshoz.

Valós idejű jelek megjelenítése vagy elrejtése
Alapértelmezés szerint minden betöltött cella aktív, és megjelenik a lemezbeállítás táblázatában. Az aktív
cellák kék színnel jelennek meg a cellaválasztó panelen. Az elrejtett cellák világosszürke színnel, a nem
használt cellák pedig sötétszürke színnel jelennek meg a cellaválasztó panelen.
A futtatás során elrejtheti az aktív cellákhoz tartozó jelvonalakat. A CFX Maestro Dx SE továbbra is rögzíti
minden cella adatait; ha elrejti a cellákat, az adataik nem jelennek meg a lemezbeállítási táblában.

Valós idejű jelvonalak elrejtéséhezu

A cellaválasztó panelen kattintson az elrejteni kívánt aktív (kék színű) cellákra.

Valós idejű jelvonalak megjelenítéséhezu

A cellaválasztó panelen kattintson a megjeleníteni kívánt elrejtett (világosszürke színű) cellákra.

A cellaválasztóval kapcsolatos további információk: Cellaválasztó a(z) 211. oldalon.

Felhasználói útmutató | 189

9. fejezet Kísérletek futtatása

Lemezbeállítás szerkesztése
Lemezbeállítás szerkesztéséhezuKattintson a Plate Setup (Lemezbeállítás) elemre, majd válassza ki a View/Edit Plate (Lemez
megtekintése/szerkesztése) elemet.
Megjelenik a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak, amelyben szerkesztheti a lemezt, miközben afuttatás folyamatban van. Bővebb információk a lemezek szerkesztéséről: 8. fejezet, Lemezekelőkészítése.
Megjegyzés: A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakból a jelstílusokat is szerkesztheti. A
változások megjelennek a sokszorosítási jel grafikonján a Real-time Status (Valós idejű státusz)
fülön.

Lemezfájl cseréje
Tipp: egy lemezfájl cseréje különösen akkor lehet hasznos, ha úgy indít el egy futtatást, hogy az
ExpressLoad (Expressz betöltés) mappában egy Quick Plate (Gyors lemez) fájl található.

Lemezfájl cseréjéhezuKattintson a Plate Setup (Lemezbeállítás) elemre, majd válassza ki a következő lehetőségek egyikét:nLemezfájl cseréje – válassza ki az új lemezfájlt a tallózóablakban látható listából.

n

Egy PrimePCR-fájl alkalmazása – a Smart search (Intelligens keresés) funkcióval keressen egy
olyan futtatási fájlt, amelyből a szoftver a lemezelrendezést lekérdezi, vagy a Browse (Tallózás)elemre kattintva keressen egy olyan fájlt, amelyet Ön a Bio-Rad webhelyéről letöltött, és nem a
PrimePCR mappában található.

Megjegyzés: A CFX Maestro Dx SE ellenőrzi a lemezfájlra vonatkozó leolvasási üzemmódot ésa lemezméretet. Ezeknek azonosnak kell lenniük azokkal a futtatási beállításokkal, amelyekkel afuttatást elindította.

190 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Run Details (Futtatás részletei) párbeszédpanel

A Time Status (Időstátusz) fül
A Time Status (Időstátusz) fülön az aktuális futtatás befejeződéséig hátralévő idő látható.

Felhasználói útmutató | 191

9. fejezet Kísérletek futtatása

PrimePCR-kísérletek végzése
A PrimePCR-kísérletek a Bio-Rad által laboratóriumi kísérletekben validált és optimalizált útvonal- vagy
betegségspecifikus vizsgálatokat használnak, amelyek a következő formátumokban állnak
rendelkezésre:n

Lemezekkel előre ellátott panelek – egy biológiai útvonalra vagy betegségre vonatkozó, specifikus
vizsgálatokat tartalmazó lemezek; ilyenek például a PrimePCR-kontrollok és a referenciagének.

nEgyedileg konfigurált lemezek – olyan lemezek, amelyeket a felhasználó által definiált elrendezéssel
lehet beállítani, és lehetőséget biztosítanak arra, hogy kiválassza a vizsgálatot a vizsgált célokhoz,
kontrollokhoz és referenciákhoz.

nEgyéni vizsgálatok – egyéni primerkészleteket tartalmazó, valós idejű reakciókban használható
kémcsövek.

A teljes futási idő csökkentéséhez eltávolíthatja az olvadási lépést a protokollból. A Bio-Rad határozottan
ajánlja, hogy semmilyen egyéb módosítást ne végezzen a PrimePCR-futtatási protokollban. Az
alapértelmezett protokoll az, amelyet a vizsgálat validálására használtak. Bármiféle ettől való eltérés
befolyásolhatja az eredményeket. A protokollmódosítások a kapott adatfájl Run Information (Futtatási
információk) fülén, valamint minden létrehozott jelentésben be vannak jegyezve.

Egy PrimePCR-futtatás elindításáhozu

Egy PrimePCR-futtatás elindításához végezze el az alábbiak bármelyikét:n

A Startup Wizard (Indítási varázsló) ablakban válassza ki a PrimePCR opciót a Run Setup(Futtatás beállításai) fülön, majd válassza ki a megfelelő kémiát) (SYBER® vagy szonda).

n

Válasszon ki egy PrimePCR-futtatást a Repeat Run (Futtatás megismétlése) fülön levő Recent
Runs (Legutóbbi futtatások) listából a Startup Wizard (Indítási varázsló) ablakban.

n

Válassza ki a File > Open > PrimePCR Run File (Fájl > Megnyitás > PrimePCR-futtatási fájl)
lehetőséget a Home (Kezdőlap) ablakban.

n

Húzzon egy PrimePCR-futtatási fájlt a Home (Kezdőlap) ablakba, majd engedje el.

Miután kiválasztott egy PrimePCR-futtatást, megnyílik a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak a Start
Run (Futtatás indítása) fülön, a kiválasztott készüléknek megfelelő alapértelmezett PrimePCRlemezelrendezést betöltve.

Az olvadási lépés eltávolításához a protokollbólu

A Protocol (Protokoll) fülön törölje az Include Melt Step (Olvadási lépés belefoglalása) opció melletti
jelölőnégyzetet.

192 | CFX Maestro Dx SE szoftver

PrimePCR-kísérletek végzése

Célinformációk importálásához PrimePCR-lemezekhez egy lemezelrendezésbe
1.

Tegye az alábbiak egyikét:n

A Real-time Status (Valós idejű státusz) fülön a Run Details (Futtatás részletei)
párbeszédablakban válassza ki a Plate Setup > Apply PrimePCR File (Lemezbeállítás >PrimePCR-fájl alkalmazása) lehetőséget.

n

A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban válassza ki a Plate Setup > Apply PrimePCR File
(Lemezbeállítás > PrimePCR-fájl alkalmazása) lehetőséget.

2.

A PrimePCR run file (PrimePCR-futtatási fájl) párbeszédpanelen kattintson a Browse (Böngészés)
gombra, és lépjen a megfelelő PrimePCR-fájlhoz (.csv).

3.

Válassza ki a cél PrimePCR-fájlját, és kattintson az Open (Megnyitás) gombra.

A CFX Opus Dx rendszer a célinformációkat importálja a lemezelrendezésbe.

Felhasználói útmutató | 193

9. fejezet Kísérletek futtatásaÖnálló adatok továbbítása elemzésre
Fontos: Ha adatfájlokat továbbít CFX Opus Dx rendszer műszerből a CFX Maestro Dx SE
szoftverbe, a rendszerre mentett összes fájl átkerül. Az adatok biztonságos továbbításáhozgyőződjön meg arról, hogy elegendő lemezterület áll rendelkezésre a művelethez.
Amikor a futtatás befejeződik, a CFX Maestro Dx SE elemzi a fluoreszcenciaadatokat. Ha a futtatástönálló üzemmódban végzi el, és a futtatás adatait magára a CFX Opus Dx rendszerre menti el, az
elemzés elvégzéséhez az adatokat továbbítani kell CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre.
A CFX Opus Dx rendszer összesen 100 valós idejű PCR-futtatást képes tárolni. Miután a futtatás
befejeződik, az önálló adatfájlokat e-mail-üzenetben, USB-meghajtón keresztül vagy magán a szoftveren
keresztül továbbíthatja a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre.
A jelen szakaszban azt ismertetjük, hogy az önálló adatokat hogyan lehet továbbítani a CFX Maestro Dx
SE szoftvert futtató számítógépnek.

Adatok továbbítása e-mailben
Adatfájl elküldéséhez e-mailben a futtatás végén
1.

Állítsa be az e-mail-értesítéseket a műszerhez.
Lásd: E-mail-értesítés beállítása a(z) 85. oldalon vagy a CFX Opus Dx valós idejű PCR-rendszer
kezelési kézikönyve.

2.

Az e-mail-értesítések beállításakor ügyeljen arra, hogy az Attach Data File (Adatfájl csatolása) opció
be legyen jelölve.
A rendszer a futtatási adatokat .pcrd fájlként küldi el e-mailben.

Adatok átvitele a CFX Opus Dx valós idejű PCR-rendszerről
A CFX Opus Dx rendszer File Browser (Fájlböngésző) funkciójával adatfájlokat vihet ét egy csatolt USBmeghajtóra vagy egy megosztott hálózati mappába. A CFX Maestro Dx SE protokollfájljait is átviheti egy
USB meghajtóról vagy megosztott hálózati meghajtóról a mappájába vagy a CFX Opus Dx rendszer
nyilvános mappájába, és futtathatja őket a CFX Opus Dx rendszeren.
Tipp: Ez a szakasz az adatok továbbítását ismerteti. Az Ethernet-kapcsolat beállításáról a CFX
Opus Dx valós idejű PCR-rendszer felhasználói kézikönyvében talál információkat, amely elérhető a
CFX Maestro Dx SE Súgó menüjében.

194 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Önálló adatok továbbítása elemzésre

1.

A File Browser (Fájlböngésző) képernyő megjelenítéséhez a CFX Opus Dx rendszer
kezdőképernyőjén érintse meg a Files (Fájlok) elemet.

2.

A File Browser (Fájlböngésző) képernyőn keresse meg a másolni kívánt fájlt, majd érintse meg a fájlt
a fájlrészletek ablaktáblájának megtekintéséhez.

3.

A fájlrészletek ablaktábláján koppintson az Options (Opciók) elemre, majd a Copy (Másolás) elemre.

Megjelenik a Select Location (Hely kiválasztása) párbeszédpanel.
4.

A Select Location (Hely kiválasztása) párbeszédpanelen tegye a következők egyikét:nNavigáljon egy meglévő mappához.

n

Navigáljon oda, ahol a fájl elmentéséhez létre szeretne hozni egy mappát, majd érintse meg a
Create Folder (Mappa létrehozása)(

5.

) elemet új mappa létrehozásához ezen a helyen.

Koppintson a Select (Kiválasztás) gombra a fájl másolásához a kiválasztott helyre, vagy a Cancel(Mégse) gombra koppintva térjen vissza a File Browser (Fájlböngésző) képernyőre.
Megjegyzés: Ha a kiválasztott helyen létezik azonos nevű fájl, megjelenik egy párbeszédpanel.
Érintse meg a Yes (Igen) gombot a meglévő fájl felülírásához vagy a No (Nem) gombot a FileBrowser (Fájlböngésző) képernyőhöz való visszatéréshez.
A CFX Opus Dx rendszer megerősítő üzenetet jelenít meg, amikor a fájlt sikeresen átmásolta.

Felhasználói útmutató | 195

9. fejezet Kísérletek futtatása

Adatátvitel a CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiontermékkel
Adatátvitelhez CFX Maestro Dx SE szoftveren keresztül
1.

A Home (Kezdőlap) ablak Detected Instruments (Felismert készülékek) panelén kattintson a jobb
egérgombbal a kívánt műszerre, majd válassza ki a Retrieve Data Files (Adatfájlok lekérése) elemet.
A CFX Maestro Dx SE megjeleníti a Browse For Folder (Mappa tallózása) párbeszédpanelt.

2.

A Browse For Folder (Mappa tallózása) párbeszédpanelen lépjen arra a helyre, ahova szeretné
elmenteni az adatfájlokat, majd kattintson az OK gombra.
A rendszer a továbbítási folyamat során a kiválasztott helyen létrehoz egy Real-Time Data (Valósidejű adatok) nevű mappát. A rendszer a futtatási adatokat különálló (.zpcr kiterjesztésű) fájlokként
menti el a Real-Time Data (Valós idejű adatok) mappába.

Adatok továbbítása USB-meghajtó segítségével
Ha a műszeren található USB-portba egy USB-meghajtót helyez, a rendszer a futtatás befejeződésekor
automatikusan elmenti az adatfájlt az USB-meghajtó gyökérkönyvtárába. Ezenkívül megkereshetkorábban elmentett adatfájlokat is, és elmentheti őket a csatlakoztatott USB-meghajtóra.

Adatfájlok továbbításához USB-meghajtóra CFX Opus Dx rendszerekenu

A Select Location (Hely kiválasztása) párbeszédpanelen érintse meg az USB elemet, és keresse
meg a célmappát, ahová át szeretné másolni a fájlt, vagy a Cancel (Mégse) gombra kattintva térjen
vissza a Fájlböngésző képernyőre.
Megjegyzés: Ha a kiválasztott helyen létezik azonos nevű fájl, megjelenik egy párbeszédpanel.
Érintse meg a Yes (Igen) gombot a meglévő fájl felülírásához vagy a No (Nem) gombot a FileBrowser (Fájlböngésző) képernyőhöz való visszatéréshez.

A CFX Opus Dx rendszer megerősítő üzenetet jelenít meg, amikor a fájlt sikeresen átmásolta.

196 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Önálló adatok továbbítása elemzésre

Adatátvitel megosztott hálózati meghajtóval CFX Opus Dx valósidejű PCR-rendszer termékeket használva
Tipp: megosztott hálózati meghajtóra/meghajtóról csak CFX Opus Dx rendszer műszerekkel lehet
adatokat átvinni.
A CFX Opus Dx rendszer műszerek lehetővé teszik, hogy Ethernet használatával csatlakozzon egy
megosztott hálózati meghajtóhoz. Sikeres kapcsolat esetén adatfájlokat vihet át a megosztott hálózati
meghajtón lévő mappába/mappából.

Adatok átviteléhez megosztott hálózati meghajtóra/meghajtórólu

A Select Location (Hely kiválasztása) párbeszédpanelen érintse meg a Network (Hálózat) elemet, és
keresse meg a célmappát, ahová át szeretné másolni a fájlt, vagy a Cancel (Mégse) gombra kattintva
térjen vissza a File Browser (Fájlböngésző) képernyőre.
Megjegyzés: Ha a kiválasztott helyen létezik azonos nevű fájl, megjelenik egy párbeszédpanel.
Érintse meg a Yes (Igen) gombot a meglévő fájl felülírásához vagy a No (Nem) gombot a FileBrowser (Fájlböngésző) képernyőhöz való visszatéréshez.

A CFX Opus Dx rendszer megerősítő üzenetet jelenít meg, amikor a fájlt sikeresen átmásolta.

Adatfájl létrehozása
A műszerről a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre átvitt tömörített adatfájlt (.zpcr fájl)
adatfájlokká (.pcrd fájl) kell konvertálni. A CFX Maestro Dx SE a .zpcr fájlt .pcrd fájlokká konvertálja, majd
kiválaszt egy lemezfájlt, amelynél megegyezik a szkennelési üzemmód és a lemezméret, és alkalmazza
a .pcrd fájlra.

Adatfájl létrehozásához egy önálló adatfájlból
1.

A CFX Maestro Dx SE szoftverben végezze el az alábbiak egyikét:nKeresse meg a cél .zpcr fájlt, és húzza a CFX Maestro Dx SE Home Window (Kezdőlap)ablakára.

n

Válassza ki a File > Open > Stand-alone Run (Fájl > Megnyitás > Önálló futtatás) opciót, és
keresse meg és válassza ki a cél fájlt.

A CFX Maestro Dx SE megjeleníti a Save As (Mentés másként) párbeszédpanelt.
2.

Lépjen abba a mappába, amelyikbe el szeretné menteni a .pcrd fájlt, és kattintson a Save (Mentés)gombra.
A .pcrd fájl elmentése után a CFX Maestro Dx SE megnyitja a Data Analysis (Adatelemzés) ablakot,
és megjeleníti a kapott adatokat.

Felhasználói útmutató | 197

9. fejezet Kísérletek futtatása

198 | CFX Maestro Dx SE szoftver

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition a valós idejű PCR-adatokat automatikusan feldolgozza azegyes futtatások végén, és megnyitja a Data Analysis (Adatelemzés) ablakot az adatok (a .pcrd fájl)
megjelenítéséhez.
n

Húzzon egy adatfájlt (.pcrd kiterjesztéssel) a Home (Kezdőlap) ablakba, és eressze el.

nVálassza ki a File > Open > Data File (Fájl > Megnyitás > Adatfájl) lehetőséget a Home (Kezdőlap)ablakban, és menjen a cél .pcrd fájlhoz.

nVálassza ki a File > Recent Data Files (Fájl > Legutóbbi adatfájlok) lehetőséget a Home (Kezdőlap)ablakban; itt a tíz legutóbb megnyitott adatfájl listájából választhat.

nVálassza ki az Analyze (Elemzés) fület a Startup Wizard (Indítási varázsló) ablakban, és válasszon a
Recent Files (Legutóbbi fájlok) listájából, vagy kattintson a Browse (Böngészés) gombra az adatfájl
megkereséséhez.

Data Analysis (Adatelemzés) ablak
A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban több fül látható; az egyes füleken egy-egy meghatározott
elemzési módszerrel elemzett adatok, illetve a futtatásra vonatkozó információk láthatók. A fülek csak
akkor jelennek meg, ha a futtatás során rögzített adatok elérhetők az adott típusú elemzéshez.

Tipp: A megjeleníteni kívánt füleket a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban látható View
(Megtekintés) legördülő menüből választhatja ki. A fülek eredeti elrendezéséhez a Settings >Restore Default Windows Layout (Beállítások > Alapértelmezett ablakelrendezés visszaállítása)
elem kiválasztásával térhet vissza.

Felhasználói útmutató | 199

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

A Data Analysis (Adatelemzés) eszköztár
A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban levő eszköztár gyors hozzáférést biztosít a fontos adatelemzési
funkciókhoz.

A 11. táblázat az eszköztárban levő gombok funkcióit sorolja fel.
11. táblázat Eszköztár a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban

Gomb

Név

Funkció

Plate Setup

View/Edit plate (Lemez(Lemezbeállítás)megtekintése/szerkesztése) – megnyitja aPlate Editor (Lemezszerkesztő) eszközt acellák tartalmának megtekintéséhez ésszerkesztéséhez.
Replace Plate file (Lemezfájl kicserélése) –kiválaszt egy lemezfájlt a lemezelrendezés
kicserélésére.
Apply PrimePCR file (PrimePCR-fájl
alkalmazása) – kiválaszt egy futtatási fájlt alemezelrendezés kicserélésére egy
PrimePCR-futtatáshoz.

Manage Well

Megnyitja a Well Groups Manager

Groups(Cellacsoport-kezelő) ablakot cellacsoportok(Cellacsoportok

létrehozásához, szerkesztéséhez éskezelése)törléséhez.

Well Group

Kiválaszt egy létező cellacsoportnevet a(Cellacsoport)

legördülő menüből. Az alapértelmezettválasztás az All Wells (Összes cella). Ez agomb csak akkor jelenik meg, ha létrehozottcellacsoportokat.

Analysis ModeAz adatokat Fluorophore (Fluorofór) vagy

(Analízis-üzemmód)

Target (Cél) üzemmódban elemzi.

Help (Súgó)

Megnyitja a szoftver súgóját, ahol megtalálja
az online súgót és a kézikönyv digitális
példányát Acrobat PDF formátumban.

200 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Data Analysis (Adatelemzés) ablak

Data Analysis (Adatelemzés) menüsor
A 12. táblázat a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban lévő menüsor menüpontjait sorolja fel.
12. táblázat A Data Analysis (Adatelemzés) ablak menüsorának menüpontjai

Menüpont

Parancs

Funkció

File (Fájl)

Save (Mentés)Elmenti a fájlt.

Save As (Mentés másként)

Elmenti a fájlt egy új néven.

Fájljelszavak

Lehetővé teszi a felhasználók számára a fájlok
mentéséhez és megnyitásához szükséges
jelszavak beállítását.

Aláírás

Lehetővé teszi a felhasználók számára az
adatfájl aláírását.

Futtatás megismétlése

Az aktuális futtatásból kivonja a protokoll- és
lemezfájlt az újrafuttatáshoz.

Close (Bezárás)Bezárja a Data Analysis (Adatelemzés)
ablakot.

View

Run Log (Futtatási napló)(Megtekintés)

Megnyit egy Run Log (Futtatási napló) ablakot
az aktuális adatfájl futtatási naplójának
megtekintéséhez.

Auditnapló

Megnyitja a fájl auditnaplóját.

Quantification, Melt Curve, Gene

Megjeleníti a vizsgált adatokat a kiválasztott

Expression, End Point, Custom

fülekben a Data Analysis (Adatelemzés)

Data View, QC, Run Information

ablakban. Legalább egy fület ki kell választani.

(Kvantifikáció, Olvadási görbe,Génexpresszió, Végpont,
Testreszabott adat nézet,Minőség-ellenőrzés, Futtatási
információk)

Felhasználói útmutató | 201

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

12. táblázat A Data Analysis (Adatelemzés) ablak menüsorának menüpontjai, folytatás

Menüpont

Parancs

Funkció

Beállítások

Cq Determination Mode (Cq-

Kiválaszthatja a Regression (Regresszió)

meghatározás üzemmód)

vagy Single Threshold (Egyetlen küszöbérték)üzemmódot, meghatározva, hogy a Cqértékeket a szoftver hogyan számítsa az
egyes görbékhez.

202 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Data Analysis (Adatelemzés) ablak

12. táblázat A Data Analysis (Adatelemzés) ablak menüsorának menüpontjai, folytatás

Menüpont

Parancs

Funkció

Baseline Setting (Kiindulási érték

Lehetővé teszi a Baseline Subtraction

beállítása)(Alapérték kivonása) módszer kiválasztását amegjelölt cellacsoportokhoz.

Analysis Mode (Analízis-Az adatok elemzését Fluorophore (Fluorofór)üzemmód)vagy Target (Cél) szerint teszi lehetővé.

Vizsgálandó ciklusok

Lehetővé teszi az elemezni kívánt ciklusok
kiválasztását.

Baseline Threshold (Kiindulási

Megnyitja a Baseline Thresholds (Kiindulási

küszöbérték)küszöbértékek) ablakot a kiindulási érték vagy
a küszöbérték módosításához.

Trace Styles (Jelstílusok)

Megnyitja a Trace Styles (Jelstílusok) ablakot.

Plate Setup (Lemezbeállítás)Megnyitja a Plate Editor (Lemezszerkesztő)eszközt a lemez megtekintéséhez ésszerkesztéséhez; kicserélheti az aktuálislemezt egy felhasználó által definiált
lemezfájlra vagy egy PrimePCR-futtatási
fájlra.

Include All Excluded Wells (AzAz összes kizárt cellát belefoglalja azösszes kizárt cella belefoglalása)

elemzésbe.

Mouse Highlighting (Kiemelés

Be- vagy kikapcsolja az adatok egyidejű

egérrel)kiemelését az egérmutatóval.
Tipp: ha a Mouse Highlighting (Kiemelés
egérrel) funkció ki van kapcsolva, nyomja
meg a Control gombot a kiemelésideiglenes bekapcsolásához.

Restore Default Window Layout

Az ablakok elrendezését visszaállítja az(Alapértelmezett ablakelrendezés

alapértelmezett beállításra.

visszaállítása)

Felhasználói útmutató | 203

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

12. táblázat A Data Analysis (Adatelemzés) ablak menüsorának menüpontjai, folytatás

Menüpont

Parancs

Funkció

Exportálás

Az összes adatlap exportálása

Lehetővé teszi annak kiválasztását, hogy aprogram az összes táblázatnézetet exportálja
minden fülről egy .csv, .txt, Excel vagy .xml
fájlba.

Export RDML File (RDML-fájl

Lehetővé teszi az RDML 1.1 vagy 1.0

exportálása)

verziójának kiválasztását, amelybe a fájlt
exportálni kívánja.

Custom Export (Testreszabott

Megnyitja a Custom Export (Testreszabottexport)export) ablakot, amelyben megadhatja az
exportálandó mezőket és a fájlformátumot.

Export to LIMS Folder (Exportálás

Megnyit egy ablakot az adatok elmentéséhez

LIMS-mappába)

az előre meghatározott formátumban a LIMSmappába.

Kézi exportálás

Megnyit egy ablakot, ahol megadhatja, hovászeretné elmenteni az összes táblázatnézet
adatait olyan Excel-fájlokba, amelyek
kimondottan a Seegene, Inc. és a Bio-Rad
Laboratories által használhatók.
Tipp: Exportáláskor automatikusan el isindíthatja a Seegene Viewer programot.
További információk: A Tools (Eszközök)menü parancsai a(z) 69. oldalon.

Tools (Eszközök)Reports (Jelentések)Megnyitja a jelentést az adott adatfájlhoz.

Well Group Reports (Cellacsoport-

Megnyitja a Well Group Report (Cellacsoport-

jelentések)jelentés) ablakot, ahol meghatározottcellacsoportokhoz lehet jelentéseket
létrehozni.

Import Fluorophore Calibration

Az aktuális adatfájlra alkalmazandó(Fluorofórkalibrálás importálása)

kalibrációs fájl kiválasztása.

qbase+

A qbase+ v2.5 elindítása közvetlenül az
aktuális .pcrd fájlból, ha telepítve van.

LIMS PLRN fájl előállítása

Az adatfájlt LIMS formátumú .plrn fájlként
menti.

204 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Data Analysis (Adatelemzés) ablak

A fülek
A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban található összes fül diagramokon és táblázatokban jeleníti meg
az adatokat egy adott elemzési módszerhez, és tartalmaz egy cellaválasztót a megjeleníteni kívánt
adatok kiválasztásához. Kinyitásakor a Data Analysis (Adatelemzés) ablak alapértelmezettként a
Quantification (Kvantifikáció) fület jeleníti meg. Az Amplification (Sokszorosítás) diagramadatokat a
Quantification (Kvantifikáció) fülön a futtatáshoz megfelelő elemzési beállítások meghatározására
használhatja.

Megjegyzés: A szoftver a táblákban levő adatokat az egyes Data Analysis (Adatelemzés) fülekhez
kapcsolja. Például ha az egérmutatót a cellaválasztóban egy cella fölé helyezi, a szoftver az összes
többi táblában kiemeli az adatokat.

Step Number Selector (Lépésszámválasztó)
A CFX Opus Dx rendszer több protokoll-lépésben gyűjthet fluoreszcenciaadatokat; a szoftver az egyes
lépésekben rögzített adatokat önállóan tárolja. A(z) CFX Maestro Dx SE a lépésszámválasztót a
Kvantifikáció fülön a Standard görbe diagram alatt jeleníti meg. Ha egy protokoll tartalmaz legalább egy
adatgyűjtési lépést, a CFX Maestro Dx SE az első adatgyűjtési lépés adatait jeleníti meg.
Ha a protokoll egynél több adatgyűjtési lépést tartalmaz, a lépést kiválaszthatja egy legördülő listából.
Például:Felhasználói útmutató | 205

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Ha kiválaszt egy lépést, a szoftver a választást a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban megjelenített
összes adatra alkalmazza.

Cellacsoportok megtekintése a Data Analysis (Adatelemzés)
ablakbanA lemezben levő cellákat cellacsoportokkal részhalmazokba csoportosíthatja önálló elemzéshez. Hacellacsoportokat hoz létre, a csoportnevek megjelennek a Data Analysis (Adatelemzés) ablak Well
Groups (Cellacsoportok) legördülő listájában az eszköztáron.
Ha cellacsoportokat hozott létre, a szoftver az All Wells (Összes cella) alapértelmezett cellacsoportot
jeleníti meg a Data Analysis (Adatelemzés) ablak megnyitásakor, az összes olyan cellában levő adatokat
megjelenítve, amelyekben a diagramokban és táblázatokban szereplő tartalom található. A
cellaválasztóban csak a cellacsoportban levő olyan cellák jelennek meg, amelyekben van tartalom, és az
adatelemzések számításaiban csak az ezekből a cellákból származó adatok szerepelnek.
Tipp: a cellacsoportok létrehozásához, szerkesztéséhez és törléséhez kattintson a Manage Well
Groups (Cellacsoportok kezelése) gombra az eszközsorban.
Megjegyzés: ha nem hozott létre cellacsoportokat, a Well Groups (Cellacsoportok) legördülő lista
nem jelenik meg az eszköztárban.

Cellatartalmak módosítása futtatás után
Ha az adatelemzés során módosítja az adatok megjelenítését úgy, hogy megváltoztatja a cellák tartalmát
a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban, ez soha nem módosítja a futtatás során az egyes cellákból
begyűjtött fluoreszcenciaadatokat. Miután a modul begyűjti a fluoreszcenciaadatokat, Ön ezeket az
adatokat nem tudja törölni, de a nézetből és az elemzésből eltávolíthatja az adatokat.

A cellák tartalmának a módosításához egy futtatás utánuA Data Analysis (Adatelemzés) ablakban kattintson a Plate Setup (Lemezbeállítás) lehetőségre, ésválasszon ki egyet az alábbi opciók közül:n

Edit/View Plate (Lemez szerkesztése/megtekintése) – megnyitja a Plate Editor(Lemezszerkesztő) ablakot, amelyben kézzel módosíthatja az elrendezést.

nReplace Plate File (Lemezfájl cseréje) – a Select Plate (Lemez kiválasztása) böngésző
megnyitása, ahol megkereshet egy korábban elmentett lemezfájlt, amelyre a jelenlegilemezelrendezést szeretné lecserélni.

n

Apply PrimePCR file (PrimePCR-fájl alkalmazása) – megnyitja a Select PrimePCR(PrimePCR-fájl kiválasztása) fájlkiválasztó párbeszédpanelt, amelyben egy PrimePCR futtatási
fájlra léphet, és a fájlt alkalmazhatja a lemezelrendezésre.

206 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Data Analysis (Adatelemzés) ablak

Tipp: A cella tartalmára vonatkozó információkat vehet fel vagy szerkeszthet futtatás előtt, futtatás
közben vagy egy PCR-futtatás befejezése után is. A futtatás előtt hozzá kell rendelnie a szkennelésiüzemmódot és a lemezméretet. Ezek a paraméterek nem változhatnak a futtatás után.

Felhasználói útmutató | 207

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Adatelemzési beállítások
A Quantification (Kvantifikáció) fülön lévő Amplification (Sokszorosítás) diagram adatai a relatív
fluoreszcenciát (RFE) mutatják az egyes cellákhoz, minden ciklusban. A diagramon látható egyes jelek
egyetlen cellában található egyetlen fluorofór adatait jelzik. Ezek az adatok az egyes cellák Cq-értékeineka meghatározására használhatók fluorofóronként. A szoftver két üzemmódot tud használni Cq-értékek
meghatározására:nRegression (Regresszió) – többváltozós, nem lineáris regressziós modellt alkalmaz az egyes cellák
jelére, majd a modell alapján kiszámítja az optimális Cq-értéket.

nSingle Threshold (Egyetlen küszöbérték) – egyetlen küszöbértéket használ a Cq-érték
kiszámítására, az egyes fluoreszcenciagörbék küszöbérték-keresztezési pontja alapján.

Válassza ki a Settings > Cq Determination Mode (Beállítások > A Cq-meghatározás módja) a Cqmeghatározás módjának kiválasztásához.

A küszöbérték módosítása
Single Threshold (Egyetlen küszöbérték) üzemmódban úgy módosíthat egy fluorofórra vonatkozó
küszöbértéket, hogy a küszöbérték vonalára kattint az Amplification (Sokszorosítás) diagramon, ésfüggőlegesen mozgatja az egér mutatóját. Másik megoldásként meghatározhat egy pontos keresztezési
küszöbértéket a kiválasztott fluorofórhoz.

Kiindulási értékbeállítások
A szoftver automatikusan, egyénileg beállítja a kiindulási értéket az egyes cellákhoz. A kiindulási érték
beállítása határozza meg azt, hogy a rendszer milyen kiindulási értékkivonási módszert alkalmaz azösszes fluoreszcenciajelhez. A szoftver három lehetőséget kínál a kiindulási értékek kivonásához:n

No Baseline Subtraction (Nincs kiindulási értékkivonás) – az adatok megjelenítése relatív
fluoreszcenciajelekként. Ebben az elemzési üzemmódban bizonyos elemzések nem végezhetők el,
ezért a szoftver a Gene Expression (Génexpresszió), End Point (Végpont) és Allelic Discrimination(Alléldiszkrimináció) füleket nem jeleníti meg.

nBaseline Subtracted (Kiindulási érték kivonva) – az adatok megjelenítése a kiindulási érték
kivonását követő jelekként a cellákban található egyes fluorofórokhoz. A szoftvernek el kell végezni akiindulási érték kivonását az adatokon a kvantifikációs ciklusok meghatározásához, a standard
görbék felépítéséhez, valamint az ismeretlen minták koncentrációjának meghatározásához. A
szoftver olyan jel létrehozásához, ahol kivonta a kiindulási értékeket, a kiindulási ciklusok során
hozzáilleszti a legjobb egyenes vonalat az egyes cellákhoz rögzített fluoreszcenciaértékhez, majd alegjobban illeszkedő adatokat kivonja a háttérben az egyes ciklusok során kivont adatokból.

208 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Adatelemzési beállításoknBaseline Subtracted Curve Fit (A kiindulási értékek kivonásával kapott görbe illesztése) – az
adatok megjelenítése a kiindulási értékek kivonásával kapott jelekként; a szoftver egy
középpontosított középérték-szűrővel kisimítja a kapott görbét. A rendszer ezt a folyamatot azért
végzi el, hogy az egyes Cq értékek változatlanok maradjanak.

Ezeken a lehetőségeken kívül az Apply Fluorescent Drift Correction (Fluoreszcenciacsúszási korrekció
alkalmazása) funkciót is választhatja. Az olyan cellákhoz, ahol egy futtatás első pár ciklusa soránrendellenesen elcsúsznak az RFE-értékek, a szoftver egy becsült kiindulási értéket számít azokból aszomszédos cellákból, amelyekhez sikerült vízszintes kiindulási értéket létrehozni.

A kiindulási értékkivonási beállítás módosításához
u

Válassza ki a Settings > Baseline Setting (Beállítások > Kiindulási érték beállítása) elemet.

Analysis Mode (Analízis-üzemmód)
Az adatok fluorofór vagy célnév szerint csoportosíthatók és elemezhetők. Fluorofór szerinti csoportosítás
esetében a rendszer az adatjeleket fluorofórok szerint jeleníti meg, ahogy az az adott futtatásra vonatkozó
lemezbeállításban szerepel. Ha a sokszorosítási diagram alatt található megfelelő fluorofórválasztó
jelölőnégyzetek be vannak jelölve, az egyes fluorofórok adatai megjelennek a sokszorosítási és
standardgörbe-diagramon (ha elérhető).

Cél szerinti csoportosítás esetében a rendszer az adatjeleket az adott futtatásra vonatkozó
lemezbeállításban beírt célnév szerint jeleníti meg.

Adatelemzési mód kiválasztásáhozuTegye az alábbiak egyikét:nVálassza ki a Settings > Analysis Mode (Beállítások > Analízis-üzemmód) elemet.

Felhasználói útmutató | 20910. fejezet Az adatelemzés áttekintése

nVálasszon ki egy üzemmódot az eszköztárban található Analysis Mode (Analízis-üzemmód)
legördülő listából.

Vizsgálandó ciklusok
Az elemezni kívánt ciklusok számát korlátozni lehet. Ezen kívül arra is lehetősége van, hogy
meghatározott ciklusokból származó adatokat elemezzen. Az elemezhető ciklusok maximális száma 50.
Megjegyzés: ha egy futtatás elejéről ciklusokat távolít el, ez jelentős hatással lehet a kiindulási érték
meghatározására.

Az adatelemzés korlátozásához meghatározott ciklustartományra
1.

Válassza ki a Settings > Cycles to Analyze (Beállítások > Vizsgálandó ciklusok) elemet.
Megjelenik a Cycles to Analyze (Vizsgálandó ciklusok) párbeszédpanel.

2.

Írja be a kezdési és a befejezési ciklusértékeket, majd kattintson az OK gombra.

Ha szeretne visszatérni az elemzéshez eredetileg használt ciklusokhoz, a Cycles to Analyze(Vizsgálandó ciklusok) párbeszédpanelen kattintson a Restore Defaults (Alapértelmezett értékek
visszaállítása) elemre.

210 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Cellaválasztó

Cellaválasztó
A Well Selector (Cellaválasztó) ablakban megjelenítheti vagy elrejtheti a cellaadatokat a Data Analysis(Adatelemzés) ablakban megjelenő diagramokon, illetve táblázatokban. A cellaválasztóban kizárólag
olyan cellák választhatók ki, amelyekbe van minta betöltve. A szoftver a következőképpen színezi acellákat a Well Selector (Cellaválasztó) párbeszédpanelen:n

Kék – a kiválasztott cellák jelzése. A kiválasztott cellák adatai megjelennek a Data Analysis(Adatelemzés) ablakban.

nVilágosszürke – a ki nem választott cellák jelzése. A ki nem választott cellák adatai nem jelennek
meg a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban.

n

Sötétszürke – az üres cellák jelzése.

A cellaadatok megjelenítése vagy elrejtéseu

A cellaválasztóban a következőket teheti:nEgyetlen cella elrejtéséhez kattintson az adott cellára. A cella megjelenítéséhez kattintson újból
az adott cellára.

nTöbb cella elrejtéséhez kattintson és húzza át az egérmutatót a kiválasztani kívánt cellákon.
Ezeknek a celláknak a megjelenítéséhez húzza át újból az egérmutatót a cellákon.

nAz összes cella elrejtéséhez kattintson a lemez bal felső sarkára. Az összes cellamegjelenítéséhez kattintson újból a bal felső sarokra.

Felhasználói útmutató | 211

10. fejezet Az adatelemzés áttekintésenKattintson egy oszlop vagy egy sor elejére, ha szeretné az adott oszlopban, illetve sorban
található cellákat elrejteni. A cellák megjelenítéséhez kattintson újból az adott oszlopra, illetve azadott sorra.

A cellaválasztó jobb egérgombbal kattintással elérhető
menüpontjai
A 13. táblázat a cellaválasztó nézetben a jobb egérgombbal kattintva elérhető lehetőségeket ismerteti.
13. táblázat A cellaválasztó nézetben a jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok

Tétel

Funkció

Well XX (XX cella)

Kizárólag az adott cella megjelenítése, az adott cella eltávolítása anézetből, a szín beállítása a cellához vagy a cella kizárása az
elemzésből.

Selected Wells (Kiválasztott

Kizárólag az adott cellák megjelenítése, az adott cellák eltávolítása acellák) (kattintás a jobb

nézetből, a szín beállítása a cellákhoz vagy a cellák kizárása az

egérgombbal és húzás)elemzésből.

Copy (Másolás)

A cella tartalmának másolása a vágólapra; a program a Sample Type
(Mintatípus) és az opcionális Replicate # (Replikátumszám)
paramétert is a vágólapra másolja.

Copy as Image (Másolás

A cellaválasztó nézet másolása képként.

képként)
Print (Nyomtatás)

A cellaválasztó nézet nyomtatása.

Print Selection (A kiválasztott

Az aktuálisan kiválasztott rész nyomtatása.

rész nyomtatása)
Export to Excel (Exportálás

Az adatok exportálása Excel-táblázatba.

Excel-fájlba)
Export to CSV (Exportálás .csv

Az adatok exportálása .csv kiterjesztésű dokumentumként.

kiterjesztésű fájlba)
Export to Xml (Exportálás .xml

Az adatok exportálása .xml kiterjesztésű dokumentumként.

kiterjesztésű fájlba)
Well Labels (Cellacímkék)

A cellacímkék módosítása a következő értékek egyikére: Sample Type
(Mintatípus), Target Name (Célnév) vagy Sample Name (Mintanév).

212 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Cellaválasztó

Cellák ideiglenes kizárása az elemzésből
Cellák ideiglenes kizárásához az elemzésből
1.

Jobb gombbal kattintson a cellára a cellaválasztóban, egy fluoreszcencia-jelvonalra vagy egy pontra
a standard görbén. Több cella kizárásához kattintson a jobb egérgombbal, majd húzza el a kurzort
több cella, jelvonal vagy pont kiemeléséhez.

2.

A jobb gombbal elérhető menüről válassza ki a megfelelő lehetőséget:n

Well > Exclude Well (Cella > Cella kizárása)nSelected Wells > Exclude from Analysis (Kiválasztott cellák > Kizárás az elemzésből)n

Selected Traces > Exclude these wells from Analysis (Kiválasztott jelvonalak > A cellák kizárása
az elemzésből)Másik lehetőségként a cellák végleges eltávolításához az elemzésből ürítse ki a cellák tartalmát a
Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban a Clear Wells (Cellák kiürítése) gombra kattintva.
Fontos: Minden kiürített cellatartalmat újra be kell írnia.

Kizárt cella befoglalásáhozu

Kattintson a cellaválasztóban jobb gombbal a megfelelő cellára, és válassza ki a Well > Include Well
in Analysis (Cella > Cella belefoglalása az elemzésbe) lehetőséget.

Felhasználói útmutató | 213

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Diagramok
A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban levő valamennyi diagram különböző grafikonon jeleníti meg az
adatokat, és lehetőséget nyújt az adatok vagy a diagramok módosításához és exportálásához.

Diagrameszközök
A 14. táblázat a diagramok többségén a jobb egérgombbal kattintva elérhető lehetőségeket ismerteti.
14. táblázat A diagramok többségén a jobb egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontok

Tétel

Funkció

Copy (Másolás)

A diagram vágólapra másolása.

Save Image As... (Kép mentése

A diagram mentése képfájlként. Állítsa be a kép felbontását és

másként)

méreteit, majd válassza ki a fájltípust (PNG, GIF, JPG, TIF vagy BMP).

Page Setup... (Oldalbeállítás)A nyomtatásra vonatkozó oldalbeállítás kiválasztása.

Print... (Nyomtatás)

A diagram kinyomtatása.

Set Scale to Default (Skála

Az összes adat megjelenítése az oszlopdiagramon. Ha annyi

alapértelmezett értékre állítása)

adatpont/minta található, amennyit nem lehet egyszerre megjeleníteni
a diagram keretében, görgetősávok jelennek meg.

Diagrambeállítások

A Chart Settings (Diagrambeállítások) párbeszédpanel megnyitása,
amelyen módosíthatja a diagram megjelenítési lehetőségeit, például:n A diagram címe és a tengelyek elnevezésen A diagram és a tengelyek betűtípusa és betűmérete
n Tengelyskálan A jelmagyarázat helyzete

A diagrameszközök a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban található minden egyes diagramon is
megjelennek. Minden diagramon megjelennek a következő eszközök:Copy to Clipboard (Másolás vágólapra) – a diagramnézet tartalmának a másolása a vágólapra.
Chart Settings (Diagrambeállítások) – a Chart Settings (Diagrambeállítások) párbeszédpanel
megnyitása, amelyen módosíthatja a diagram megjelenítési lehetőségeit, például:
Export (Exportálás) – az Export Options (Exportálási beállítások) párbeszédpanel megnyitása, amelyen
módosíthatja a grafikon felbontását és méretét, és elmentheti a grafikont egy meghatározott helyre akövetkező fájltípusokban:n.bmp

214 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Diagramok

n

.jpg

n

.png

Oszlopdiagram-eszközök
Az oszlopdiagramok a diagrameszközökön kívül a következő eszközöket is megjelenítik:Sort (Rendezés) – a célok és a minták rendezése ábécésorrendben vagy fordított ábécésorrendben.
Color Settings (Színbeállítások) – a Color Settings (Színbeállítások) párbeszédpanel megnyitása,
amelyben módosíthatja a célok és a minták színét.
Bővebb tájékoztatás ezekről az eszközökről: A diagramnézet módosítása és jegyzettel való ellátása a(z)277. oldalon.

A sokszorosítási diagram eszközei
A sokszorosítási diagramok a fent felsoroltakon kívül a következő eszközöket is megjelenítik:Trace Styles (Jelstílusok) – a Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel megnyitása, amelyben
módosíthatja a jelek megjelenési formáját a sokszorosítási diagramon.
Baseline Threshold (Kiindulási küszöbérték) – a Baseline Threshold (Kiindulási küszöbérték)párbeszédpanel megnyitása, amelyben módosíthatja a kiválasztott cellák alapértelmezett alapvonalát,
vagy módosíthatja az egyes fluoreszcenciagörbék küszöbértékét a sokszorosítási diagramon.

Diagramadatok másolása a vágólapra
A diagramnézet tartalmát kimásolhatja, majd beillesztheti bármilyen alkalmazásba, amely képes kezelni abitkép típusú fájlokat.

Diagramadatok másolásához a vágólapra
1.

A diagrameszközökben válassza ki a Copy to Clipboard (Másolás a vágólapra) ikont.

2.

Nyisson meg egy olyan alkalmazást, amely képes kezelni a bitképeket (például a Microsoft Word
programot).

3.

Kattintson a jobb egérgombbal, majd a Paste (Beillesztés) elemet kiválasztva illessze be a vágólapramásolt bitképet.

A diagramok megjelenítési beállításainak módosítása
A Chart Settings (Diagrambeállítások) párbeszédpanelen módosíthatja a címeket, betűtípusokat ésbetűméreteket, a tengely skáláját, valamint a jelmagyarázat elhelyezkedését a megjelenített diagramhoz.
Az Ön által végzett módosításokat a rendszer kizárólag az aktuálisan megjelenített diagramhoz
alkalmazza, és elmenti őket az adott diagrammal együtt.

Felhasználói útmutató | 215

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

A diagramok megjelenítési beállításainak módosításához
1.

A diagrameszközök közül kattintson a Chart Settings (Diagrambeállítások) elemre.
Megjelenik a Chart Settings (Diagrambeállítások) párbeszédpanel.

2.

3.

A Chart And Axes (Diagram és tengelyek) fül kiválasztásával a következőket teheti:nCím beírása a diagramhoz.

nÚj cím beírása az X tengelyhez, valamint a címkék megdöntése.

nÚj cím beírása az Y tengelyhez.

A Fonts (Betűtípusok) fül kiválasztásával módosíthatja a diagram betűtípusát és betűméretét.
Tipp: A rendszer alapértelmezés szerint automatikusan változtatja a betűméretet, amikor adiagram mérete megváltozik. Válassza ki a Change Font Size (Betűméret módosítása) elemet,
ha szeretne állandó betűméretet beállítani az egyes címketípusokhoz.

4.

5.

Az Axes Scale (Tengelyek skálája) fül kiválasztásával a következőket teheti:n

Az X és Y tengely automatikus skálázásának a kikapcsolása és a minimális és a maximális
skálázási értékek meghatározása.

nAnnak beállítása, hogy a grafikonon láthatók legyenek-e rácsvonalak, illetve másodlagos
osztásjelek.

A Legend (Jelmagyarázat) fül kiválasztásával a következőket teheti:nA diagram jelmagyarázatának elrejtése.

216 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Diagramokn

A diagram jelmagyarázata alapértelmezett helyzetének módosítása.

Megjegyzés: ha a jelmagyarázat a diagramtól balra vagy jobbra helyezkedik el, csak az első tíz
fluorofórt jeleníti meg a diagramon.
6.

Ha a módosítások mentése nélkül szeretné megtekinteni, hogy a diagrambeállítási módosításokhogyan változtatnak a diagram megjelenésén, bármikor rákattinthat az Apply (Alkalmaz) elemre.

7.

A módosítások mentéséhez és a diagramhoz történő visszatéréshez kattintson az OK gombra.

A diagram exportálása
Ezt a párbeszédpanelt a diagram szélességének, magasságának és felbontásának módosítására
használhatja exportáláshoz az alábbi formátumok egyikében:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Ezt követően az exportált diagramot felhasználhatja az eredmények bemutatására poszteren, Microsoft
PowerPoint bemutatókban és szakmai folyóiratokban.
Megjegyzés: A beállítások módosításakor tartsa szem előtt a következőket:nn

Maximális és minimális szélesség és magasságo

72 dpi felbontásnál: 0,1 – 83 hüvelyko

96 dpi felbontásnál: 0,1 – 62 hüvelyko

150 dpi felbontásnál: 0,1 – 40 hüvelyko

300 dpi felbontásnál: 0,1 – 20 hüvelyko

600 dpi felbontásnál: 0,1 – 10 hüvelyko

Minden felbontáson: 2–6000 képpont

Az oldalarány a szélességen alapszik.

A diagram exportálásához
1.

A diagrameszközökből válassza ki az Export (Exportálás) eszközt.
Megjelenik az Export Preview (Előnézet az exportáláshoz) párbeszédpanel.

Felhasználói útmutató | 217

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

2.

Módosítsa szükség szerint a kijelzési beállításokat.

3.

Kattintson az Export gombra.

4.

Az Export párbeszédpanelben végezze el a következőt:5.

a.

(Opcionális) Lépjen abba a mappába, amelybe el kívánja menteni a diagramfájlt.

b.

Írjon be egy fájlnevet, és válasszon ki egy fájltípust a legördülő listából.

Kattintson a Save (Mentés) gombra a diagramfájl elmentéséhez.

A kiindulási küszöbértékre vonatkozó beállítások módosítása
Single Threshold (Egyetlen küszöbérték) üzemmódban úgy módosíthat egy fluorofórra vonatkozó
küszöbértéket, hogy a küszöbérték vonalára kattint az Amplification (Sokszorosítás) diagramon, ésfüggőlegesen mozgatja az egér mutatóját. Másik megoldásként meghatározhat egy pontos keresztezési
küszöbértéket a kiválasztott fluorofórhoz.
Tipp: egy ciklustartomány megadásával az összes adatfájlhoz meghatározhatja a kiindulási értéket
a User > User Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) menüpontban található Data
Analysis (Adatelemzés) fülön.

218 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Diagramok

A kiindulási és a befejező ciklus módosítása az egyes cellákhoz
1.

A Quantification (Kvantifikáció) fülön látható Amplification (Sokszorosítás) diagram alatt válasszon ki
egyetlen fluorofórt.

2.

A diagrameszközökből válassza ki a Baseline Threshold (Kiindulási küszöbérték) lehetőséget.
Megjelenik a Baseline Threshold (Kiindulási küszöbérték) párbeszédpanel.

3.

A Baseline Cycles (Kiindulási ciklusok) szakaszban tegye a következők egyikét:nHa egyetlen cellát szeretne kiválasztani, kattintson az adott cella sorának a számára.

n

Ha több, egymással szomszédos cellát szeretne kiválasztani, kattintson az első cella sorának aszámára, tartsa nyomva az egérgombot, majd húzza le az egérmutatót az oszlopon az utolsó
celláig.

4.

nHa több, egymással nem szomszédos cellát szeretne kiválasztani, nyomja a Control billentyűt,majd kattintson az egyes kívánt cellák sorainak számára.

nAz összes cella kiválasztásához kattintson a táblázatban a bal felső sarokra.

Módosítsa a kezdő és befejező kiindulási ciklust (Baseline Begin cycle és Baseline End cycle) azösszes kiválasztott cellához, vagy módosítsa a kezdő és befejező ciklus számát a táblázat alján.
Tipp: a beállításokat visszaállíthatja az utoljára mentett értékekre, ha a Reset All User Defined
Values (Az összes, a felhasználó által meghatározott érték visszaállítása) elemre kattint.

5.

A módosítások mentéséhez és a diagramhoz történő visszatéréshez kattintson az OK gombra.

Ciklustartomány beállítása az összes adatfájlhozu

A Home (Kezdőlap) vagy a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban válassza ki a User > User
Preferences (Felhasználó > Felhasználói beállítások) menüpontot, majd válassza ki a Data Analysis(Adatelemzés) fület.

A célokra, mintákra és biológiai csoportokra vonatkozó adatok rendezése
Megjegyzés: ez az opció csak a génexpressziós diagramokon érhető el.
A célok, minták és biológiai csoportok listája alapértelmezés szerint ábécé-sorrendben jelenik meg. A
Sort (Rendezés) párbeszédpanelen a megjelenítést megváltoztathatja csökkenő ábécé-sorrendre, vagy
egy expressziót áthelyezhet a lista egy másik pontjára.

A célokra, mintákra és biológiai csoportokra vonatkozó adatok rendezéséhez
1.

A diagrameszközökből válassza ki a Sort (Rendezés) eszközt.
Megjelenik a Gene Expression Chart Sorting (Génexpressziós diagram rendezése) párbeszédpanel.

Felhasználói útmutató | 219

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

2.

Ha a listát fordított ábécé-sorrendben szeretné megjeleníteni, a párbeszédpanelen kattintson a Z-A
elemre.

3.

Egy expresszió áthelyezéséhez válassza ki az adott expressziót, majd a diagramok között kattintson
a megfelelő gombra:

4.

n

A kiválasztott expresszió áthelyezéséhez egyetlen pozícióval kattintson a felfelé, illetve lefelé
mutató nyílra.

n

A kiválasztott expressziót a lista tetejére, illetve aljára helyezheti, ha a felfelé, illetve lefelé
mutató vonalas nyílra kattint.

Kattintson az OK gombra a módosítások elmentéséhez és a Gene Expression (Génexpresszió) fülre
való visszatéréshez.

220 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Diagramok

A cél és minta színbeállításának módosítása
Megjegyzés: ez az opció csak a génexpressziós diagramokon érhető el.
A Color Settings (Színbeállítások) párbeszédpanelt egy cél vagy minta színének a módosításához vagy
az adott tételnek a diagramról való eltávolításához használhatja.

A színbeállítások módosításához
1.

A diagrameszközökből válassza ki a Color Settings (Színbeállítások) eszközt.
Ekkor megjelenik a Color Settings (Színbeállítások) párbeszédpanel.

2.

Egy cél vagy minta megjelenítési színének módosításához kattintson a színére a Color (Szín)
oszlopban.

3.

A megjelenő Color (Szín) párbeszédpanelben válasszon ki egy új színt, majd kattintson az OK
gombra.

4.

A szóban forgó elem eltávolításához a génexpressziós diagramról szüntesse meg a jelölőnégyzet
bejelölését a Show Chart (Diagram megjelenítése) oszlopban.
Tipp: ha az összes elemet szeretné eltávolítani a génexpressziós diagramról, szüntesse meg aShow Chart (Diagram megjelenítése) jelölőnégyzet bejelölését az oszlop fejlécében.

5.

(Opcionális) Az oszlopdiagram színe alapértelmezés szerint színátmenetként jelenik meg. Ha
homogén formában szeretné megjeleníteni, válassza ki a Use Solid Colors (Homogén színek
alkalmazása) lehetőséget.

6.

Kattintson az OK gombra a módosítások elmentéséhez és a Gene Expression (Génexpresszió) fülre
való visszatéréshez.

Felhasználói útmutató | 221

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Egy terület felnagyítása a diagramon
Egy terület felnagyításához a diagramonuKattintson az egérrel és húzza át a diagramon, majd kattintson a Zoom (Ráközelítés) parancsra. A
szoftver átméretezi és a kiválasztott területre középpontosítja a diagramot.
Megjegyzés: Az oszlopdiagramhoz nem szükséges a Zoom (Ráközelítés) parancsra kattintani.

A diagram teljes nézetének visszaállításáhozu

A jobb egérgombbal kattintson a diagramba, és válassza ki a Set Scale to Default (Skála beállítása
alapértelmezettre) parancsot.

Diagramok másolása Microsoft-fájlba
Az adatdiagramokat át lehet másolni Microsoft Word, Excel, illetve PowerPoint dokumentumokba. A kép
felbontása megegyezik annak a képernyőnek a felbontásával, amelyről a képet rögzítette.

Diagramok másolásához Microsoft-fájlba
1.

A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban kattintson a Copy To Clipboard (Másolás vágólapra)
elemre a diagram ablaktáblájának jobb felső sarkában.

2.

Nyisson meg egy üres Microsoft-fájlt, majd illessze be a vágólap tartalmát.

A diagramoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető közös
menüpontok
A 15. táblázat azokat a menüpontokat ismerteti, amelyek a diagramokon a jobb egérgombbal kattintvaérhetők el. A menüpontok némelyike az összes diagramnál használható, beleértve azokat amenüpontokat, amelyekkel módosítható az adatok megjelenítési módja, illetve könnyen exportálhatók az
adatok egy diagramból.
15. táblázat A diagramoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok

Tétel

Funkció

Copy (Másolás)

A diagram másolása a vágólapra.

Save Image As (Kép

A képet mentése a megadott méretben, felbontással és fájltípusba (például

mentése másként)

PNG /alapértelmezett/, JPG és BMP).

Page Setup

A nyomtatás beállítási lehetőségeit jeleníti meg.

(Oldalbeállítás)222 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Diagramok

Tétel

Funkció

Print (Nyomtatás)

A diagram kinyomtatása.

Set Scale to Default

A diagram nagyítása után a diagram visszaállítása az alapértelmezett(Skála alapértelmezettnézetére.

értékre állítása)
Chart Options

A Chart Options (Diagramopciók) ablak megnyitása, amelyben módosíthatja(Diagramopciók)

a diagramot, például annak címét, kiválaszthatja az X és az Y tengelyre
vonatkozó határértékeket és megjelenítheti a rácsvonalakat, valamint amásodlagos osztásjeleket a tengelyeken.

Megjegyzés: a meghatározott diagramokra vonatkozó menüpontok leírása: 11. fejezet, Az
adatelemzéssel kapcsolatos részletek.

Felhasználói útmutató | 223

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Táblázatok
A Data Analysis (Adatelemzés) ablakban megjelenített táblázatok az adatok rendezéséhez és
továbbításához különféle lehetőségeket tartalmaznak. Az oszlopokat az alábbi módszerek egyikével
rendezheti:nKattintson egy oszlopra, és húzza egy új helyre a kiválasztott táblázatban.

nKattintson az oszlop fejlécére az adatok rendezéséhez növekvő vagy csökkenő sorrendben.

Maximum három adatoszlop rendezéséhez a Sort (Rendezés) ablakban
1.

Kattintson a jobb gombbal a táblázatba, és válassza ki a Sort (Rendezés) lehetőséget.

2.

A Sort (Rendezés) párbeszédpanelben válassza ki a rendezni kívánt első oszlop címét. Rendezze az
adatokat növekvő vagy csökkenő sorrendben.

3.

Válasszon ki egy második vagy harmadik oszlopot, és válassza ki az Ascending (Növekvő) vagy
Descending (Csökkenő) lehetőséget.

4.

Kattintson az OK gombra az adatok rendezéséhez, vagy kattintson a Cancel (Mégse) gombra arendezés leállításához.

Tipp: Az egérmutatót egy mező fölé tartva kiemelheti az adatokat a kapcsolódó diagramokon és acellaválasztóban. Egy mezőbe kattintva kimásolhatja és egy másik programba beillesztheti atartalmát.

A táblázatoknál jobb egérgombbal kattintva elérhető közös
menüpontok
A 16. táblázat azokat a menüpontokat ismerteti, amelyek bármely táblázatos nézeten elérhetők a jobb
egérgombbal kattintva.
16. táblázat A táblázatoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok

Tétel

Funkció

Copy (Másolás)

A kiválasztott cellák tartalmának a másolása a vágólapra, ahonnan
beilleszthető egy táblázatba (például Excelben).

Copy as Image (Másolás

A táblázatos nézet másolása képfájlként, amely azután beilleszthető

képként)

egy olyan fájlba, amely képes képfájlokat kezelni (például szövegvagy képszerkesztő vagy táblázatkezelő szoftverek fájljaiba).

Print (Nyomtatás)

224 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az aktuális nézet nyomtatása.

Táblázatok

16. táblázat A táblázatoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok, folytatás

Tétel

Funkció

Print Selection (A kiválasztott

Az aktuálisan kiválasztott rész nyomtatása.

rész nyomtatása)
Export to Excel (Exportálás

Az adatok exportálása Excel-táblázatba.

Excel-fájlba)
Export to Text (Exportálás

Az adatok exportálása egy szövegszerkesztőbe.

szöveges dokumentumba)
Export to CSV (Exportálás .csv

Az adatok exportálása .csv fájlba.

kiterjesztésű fájlba)
Export to Xml (Exportálás .xml

Az adatok exportálása .xml fájlba.

kiterjesztésű fájlba)
Export to Html (Exportálás .html

Az adatok exportálása .html fájlba.

kiterjesztésű fájlba)
Find (Keresés)Szöveg keresése.

Sort (Rendezés)Az adatok rendezése legfeljebb három oszlopban.

Select Columns (Oszlopok

A táblázatban megjelenítendő oszlopok kiválasztása.

kiválasztása)

Felhasználói útmutató | 225

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Exportálás
A CFX Maestro Dx SE négy exportálási lehetőséget kínál az Export (Exportálás) legördülő menüből:nAz összes adatlap exportálása

nExport RDML Files (RDML-fájlok exportálása)nCustom Export (Testreszabott export)nExport to LIMS Folder (Exportálás LIMS-mappába)nKézi exportálás

Az összes adatlap exportálása
A CFX Maestro Dx SE egyes fülein található összes táblázatnézetet exportálhatja önálló fájlokba.

Az összes adatlap exportálásához
u

Válassza ki az Export > Export All Data Sheets (Exportálás > Az összes adatlap exportálása) elemet,
majd válassza ki a kívánt fájltípust:n

CSV (*.csv)

nText (szöveg) (*.txt)

nExcel munkafüzet (* .xlsx)
Az exportált elemzéseket a szoftver több Excel munkafüzetfájlba menti, fájlonként egy-egy
munkalappal az egyes elemzésekhez. Ha egy elemzés több fluorofórt tartalmaz, az egyes
fluorofórok adatait külön munkalapra exportálja.

n

Excel munkafüzet – kombinált (* .xlsx)
Az exportált elemzéseket a szoftver egyetlen Excel munkafüzetfájlba menti, amely minden
egyes elemzett adatkészlethez egy külön munkalapot tartalmaz.

nExcel 97–2003 (*.xls)
Fontos: A számítógépre telepítenie kell a Microsoft Excel programot, ha Microsoft Excel
táblázatba szeretné exportálni az adatokat.

nXml (*.xml)

226 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Exportálás

RDML-fájlok exportálása
Az RDML egy strukturált, univerzális adatszabvány kvantitatív PCR (qPCR) adatok cseréjéhez. Azadatszabvány egy bővíthető jelölőnyelv (Extensible Markup Language, .xml) formátumú szövegfájl. Az
RDML adatcsere-formátummal kapcsolatos további információkat az International RDML Consortium
webhelyén (www.rdml.org) találhat.
Fontos: Az exportált RDML-fájlok elemzési adatokat tartalmaznak, a Data Analysis (Adatelemzés)
ablakban megadott kiindulási értékbeállításoknak megfelelően. A kiindulási értékbeállításokkal
kapcsolatos további információkért lásd Kiindulási értékbeállítások a(z) 208. oldalon.
Megjegyzés: Ha legalább 2.3-as verziószámú qbase+ szoftvert használ, az RDML-fájlt 1.1
verzióban mentse el.

RDML-fájl exportálásához
1.

Válassza ki az Export > Export RDML Files (Exportálás > RDML-fájlok exportálása) lehetőséget,majd a megjelenő listáról az RDML v1.1 vagy RDML v1.0 opciót.
Megjelenik a Save As (Mentés másként) párbeszédpanel.

2.

A Save As (Mentés másként) párbeszédpanelben adjon meg egy fájlnevet, valamint azt a helyet,ahová az RDML-fájlt el akarja menteni.

3.

Az exportált fájl elmentéséhez kattintson az OK gombra.

Felhasználói útmutató | 227

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Egyedi exportfájl létrehozása
Egyedi exportfájl létrehozására
1.

Válassza ki az Export > Custom Export (Exportálás > Egyedi exportálás) elemet. Megjelenik a
Custom Export (Egyedi exportálás) párbeszédpanel.

2.

A megjelenő legördülő listából válassza ki az exportálási formátumot.

3.

Jelölje be az exportálni kívánt elemek jelölőnégyzeteit.

4.

(Opcionális) Ha módosítani szeretné egy oszlop nevét, kattintson a Customize Column Name
(Oszlopnév testreszabása) elemre.

5.

Kattintson az Export gombra. Megjelenik a Save As (Mentés másként) párbeszédpanel.

228 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Exportálás

6.

A Save As (Mentés másként) párbeszédpanelen határozzon meg egy fájlnevet, valamint azt a helyet,ahová az exportált fájlt menteni szeretné.

7.

Az exportált fájl elmentéséhez kattintson az OK gombra.

Felhasználói útmutató | 229

10. fejezet Az adatelemzés áttekintése

Exportálás egy LIMS-mappába
A szoftver lehetővé teszi az adatok exportálását LIMS-kompatibilis formátumú fájlba. Bővebb információk
a LIMS-fájlok létrehozásáról, kezeléséről és használatáról: C. függelék, LIMS-integráció.

Adatok exportálása LIMS-formátumban
1.

Válassza ki az Export > Export to LIMS Folder (Exportálás > Exportálás LIMS-mappába) elemet.
Megjelenik a Save As (Mentés másként) párbeszédpanel.

2.

A Save As (Mentés másként) párbeszédpanelen határozzon meg egy fájlnevet, valamint azt a helyet,ahová az exportált fájlt menteni szeretné.

3.

Az exportált fájl elmentéséhez kattintson az OK gombra.

Seegene formátumú adatok exportálása
Az adatokat valamennyi táblázatnézetből exportálni lehet olyan Excel fájlokba, melyek kimondottan a
Seegene, Inc. által használhatók.
Tipp: Az exportálás befejeztével automatikusan elindíthatja a Seegene Viewer programot is.
További információk: A Tools (Eszközök) menü parancsai a(z) 69. oldalon.

Adatok exportálásához Seegene-specifikus formátumban
1.

Válassza az Export > Manual Export (Exportálás > Kézi exportálás) elemeket.
Megjelenik a Browse For Folder (Mappa tallózása) párbeszédpanel.

2.

A Save As (Mentés másként) párbeszédpanelben adjon meg egy mappahelyet, ahová az exportált
Seegene formátumú Excel (.xlsx) fájlokat el akarja menteni.
Az elemzéseket a szoftver több Excel munkafüzet-fájlba exportálja, fájlonként egy munkalappal az
elemzés adataihoz.

3.

Az exportált fájlok elmentéséhez kattintson az OK gombra.

230 | CFX Maestro Dx SE szoftver

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos
részletek
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition Data Analysis (Adatelemzés) ablaka több fület tartalmaz,ahonnan megtekintheti az adatokat. A jelen fejezetben ezeket a füleket mutatjuk be részletesen.
Tipp: A View (Nézet) menüpontban kiválaszthatja, hogy mely füleket szeretné megtekinteni a Data
Analysis (Adatelemzés) ablakban. A rendszer a testreszabott elrendezést elmenti az adatfájllal
együtt.

Felhasználói útmutató | 231

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

A Quantification (Kvantifikáció) fül
A Quantification (Kvantifikáció) fülön található adatok segítségével beállíthatja az adatelemzési
feltételeket, például az egyes cellákra vonatkozó alapértékek beállítását, valamint a küszöbértékbeállításokat. A Quantification (Kvantifikáció) fül a következő négy nézeten jeleníti meg az adatokat:nAmplification (Sokszorosítás) diagram – az egyes ciklusok során az egyes cellákra vonatkozó relatív
fluoreszcencia egységek (RFE) megjelenítése. A diagramon látható egyes jelek egyetlen cellában
található egyetlen fluorofór adatait jelzik.

nStandard curve (Standard görbe) – kizárólag akkor jelenik meg, ha a futtatásban standard (Std)mintatípusúként megjelölt cellák szerepelnek. A standard görbe a kiindulási mennyiség
logaritmusához viszonyítva ábrázolt küszöbértékciklust mutatja. A jelmagyarázatban megtekinthető
a standard mintatípust tartalmazó cellákban található egyes fluorofórokra vonatkozó
reakcióhatásosság (E).

nWell Selector (Cellaválasztó) – az Ön által megjeleníteni kívánt fluoreszcenciaadatokat tartalmazó
cellák kiválasztása.

nSpreadsheet (Táblázat) – a kiválasztott cellákban összegyűjtött adatok táblázatának a
megjelenítése.

232 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Quantification (Kvantifikáció) fül

Fluorofórokra vonatkozó opciók
Ha egy fluorofór adatait szeretné megjeleníteni a Quantification (Kvantifikáció) fülön elérhető
diagramokon és táblázatokban, válassza ki az adott célfluorofór(oka)t az Amplification (Sokszorosítás)diagram alatt. Ha azt szeretné, hogy a fluorofór adatai ne látszódjanak a Data Analysis (Adatelemzés)
ablakban, törölje a jelölőnégyzetéből a jelölést.

A Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel
A Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanelen módosíthatja a jelek megjelenését a Quantification(Kvantifikáció) és Melt Curve (Olvadási görbe) fülön látható sokszorosítási, illetve olvadásigörbediagramokon. Ezt követően a változások előnézetét megtekintheti a Trace Styles (Jelstílusok)
párbeszédpanelen megjelenő cellaválasztóban.

A jel stílusának a módosítása1.

Az Amplification (Sokszorosítás) diagram alatt válasszon ki egyetlen fluorofórt.

2.

A Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel megnyitásához tegye a következők egyikét:nKattintson a Trace Styles (Jelstílusok) elemre az Amplification (Sokszorosítás) diagramon.

nVálassza ki a Settings > Trace Styles (Beállítások > Jelstílusok) elemet a Data Analysis(Adatelemzés) menüsorban.

nKattintson a jobb egérgombbal egy jelre, majd válassza ki a Trace Styles (Jelstílusok) elemet.

Megjelenik a Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel.

Felhasználói útmutató | 233

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

3.

A Trace Styles (Jelstílusok) párbeszédpanel alsó panelén található cellaválasztóban válassza ki akívánt cellákat. Másik megoldásként válasszon ki a Wells (Cellák) oszlopban található legördülő
menüben olyan cellákat, amelyek egyetlen mintatípust tartalmaznak.

4.

Végezze el az alábbiak valamelyikét:n

A kiválasztott cellák színének kiválasztásához kattintson a Color (Szín) oszlopban található
jelölődobozra.

nHa egy szimbólumot szeretne hozzárendelni a kiválasztott cellákhoz, válasszon ki egy
szimbólumot a Symbol (Szimbólum) legördülő listáról.

n

Ha gombcímke alapján szeretné gyorsan beszínezni a cellákat, kattintson a megfelelő gyors
beállításra:noRandom by Well (Véletlenszerűen a cella alapján)oRandom by Replicate (Véletlenszerűen a replikátum alapján)o

Use Fluor Colors (Fluorofórszínek használata)o

Use Target Colors (Célszínek használata)o

Use Sample Colors (Mintaszínek használata)

Cellacímkék hozzárendeléséhez válasszon a következő értékek közül: Sample Type
(Mintatípus), Target Name (Célnév), Sample Name (Mintanév) vagy Symbol (Szimbólum).

234 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Quantification (Kvantifikáció) fül

Log Scale (Logaritmikus skála) opció
Válassza ki a Log Scale (Logaritmikus skála) opciót az Amplification (Sokszorosítás) diagram alatt a
fluoreszcenciagörbék megtekintéséhez fél-logaritmikus skálán:Tipp: Bármely terület felnagyításához a diagramon kattintson az egérrel, és húzza át a célterületen.
Ha szeretne visszatérni a teljes nézethez, a jobb egérgombbal kattintson a diagramba, és válassza ki
a Set Scale to Default (Skála beállítása alapértelmezettre) parancsot.

Felhasználói útmutató | 235

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Standard Curve Chart (Standardgörbe-diagram)
A szoftver egy Standard Curve (Standard görbe) diagramot hoz létre a Quantification (Kvantifikáció)fülön, ha az adatok között a futtatáson belül legalább egy fluorofórhoz standardként (Std) definiált
mintatípusok is tartoznak.

A Standard Curve (Standard görbe) diagram a következő információkat jeleníti meg:nAz egyes görbék neve (a fluorofór vagy a cél)nAz egyes fluorofórok vagy célok színen

A reakció hatásfoka (E). Ezt a statisztikai adatot egy többszörös reakció optimalizálására és az
adatok kiegyenlítésére használhatja egy standard görbéhez.
Megjegyzés: A reakció hatásfoka azt írja le, hogy a cél mekkora része jön létre a protokoll
egyes ciklusaiban. A 100%-os hatásfok azt jelzi, hogy minden ciklusban megduplázódik a cél.

nCoefficient of determination (Determinációs együttható), R2 (R^2 formában írva). Ezt a statisztikaiadatot annak meghatározására használhatja, hogy a vonal mennyire helyesen írja le az adatokat (azilleszkedés helyessége).

n

Slope (Meredekség)ny-intercept (Y metszéspont)

236 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Quantification (Kvantifikáció) fül

Az Amplification (Sokszorosítás) diagramnál elérhető menüpontok
A diagramoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontokon (lásd: A diagramoknál a jobb
egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontok a(z) 222. oldalon) kívül vannak olyan menüpontok,
amelyek kizárólag az Amplification (Sokszorosítás) diagramon érhetők el. Ezeket a 17. táblázat mutatjabe.
17. táblázat Az Amplification (Sokszorosítás) diagramon a jobb és a bal kattintással elérhető
menüpontok

Menüpont

Funkció

Well XX, Fluor Target (XXKizárólag az adott cella megjelenítése, az adott cella eltávolítása acella, fluorofórcél)

nézetből, a szín beállítása az adott jelhez vagy a cella kizárása az
elemzésből.

Selected Traces

Kizárólag az adott cellák megjelenítése, az adott cella eltávolítása a(Kiválasztott jelek)

nézetből, a szín beállítása az adott jelekhez vagy a cellák kizárása az
elemzésből.

Show Threshold Values

A küszöbérték megjelenítése a diagramon az egyes sokszorosítási

(Küszöbértékek

görbékhez.

megjelenítése)
Trace Styles (Jelstílusok)

A Trace Styles (Jelstílusok) ablak megnyitása, amelyben módosíthatja a
Quantification (Kvantifikáció) és Melt Curve (Olvadási görbe) füleken
látható jelek megjelenésének formáját.

Baseline Thresholds

A Baseline Thresholds (Kiindulási küszöbértékek) ablak megnyitása,(Kiindulási küszöbértékek)amelyben módosíthatja az egyes fluorofórokra vonatkozó alapvonalat
vagy küszöbértékeket (a változások a Quantification /Kvantifikáció/ fülön
látható Amplification /Sokszorosítás/ diagramon jelennek meg).

A Quantification (Kvantifikáció) fülön található táblázat
A 18. táblázat a Kvantifikáció fülön megjelenő táblázatban található adatokat ismerteti.
18. táblázat A Quantification (Kvantifikáció) fül táblázatának tartalma

Információk

LeírásWell (Cella)

A cella pozíciója a lemezen

Fluor

Detektált fluorofór

Felhasználói útmutató | 237

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Információk

LeírásTarget (Cél)

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) celláiba betöltött cél neve

Content (Tartalom)

A Lemezszerkesztőbe betöltött Sample Type (Mintatípus, kötelező) ésa Replicate # (Replikátumszám, opcionális) kombinációja

Sample (Minta)

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) celláiba betöltött minta neve

Cq

Kvantifikációs ciklus az egyes jelvonalakhoz

Célokra, tartalmakra vagy mintákra vonatkozó adatok módosítása
Módosíthatja a Cél, Tartalom és Minta oszlopokban levő adatokat a lemezfájl szerkesztésével alemezszerkesztőben (Plate Editor), akár a kísérlet lefuttatása után is.

A Tartalom, Cél és Minta oszlopokban levő adatok módosításáhozu

Kattintson a Plate Setup (Lemezbeállítás) opcióra, és válassza ki a View/Edit Plate (Lemez
megtekintése/szerkesztése) lehetőséget a Plate Editor (Lemezszerkesztő) megnyitásához.

238 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül

A Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül
A Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül mutatja az egyes cellákban gyűjtött kvantifikációs
adatokat. A CFX Maestro Dx SE az adatokat négy különböző táblázatnézetben jeleníti meg:n

Results (Eredmények) – egy adattáblázatot jelenít meg. Ez az alapértelmezett nézet.

nStandard Curve Results (Standard görbe eredményei) – a standard görbe adatainak táblázatát
jeleníti meg.

nPlate (Lemez) – az egyes cellákban levő adatokat lemeztérképként jeleníti meg.

n

RFU (RFE) — az RFE-mennyiségeket jeleníti meg az egyes cellákban az egyes ciklusokhoz.

Válassza ki az adott táblázatot a Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül alatt megjelenő legördülő
listából.

A Results (Eredmények) táblázat
A Results (Eredmények) táblázat a lemezben levő egyes cellákhoz jeleníti meg az adatokat.

Megjegyzés: Valamennyi Std. Dev (szórás) számítás a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban
levő cellákhoz kijelölt replikátumcsoportokra vonatkozik. A számítások a Cq értéket átlagolják azegyes cellákhoz a replikátumcsoportban.
A 19. táblázat a Results (Eredmények) táblázatban megjelenő adatokat adja meg.

Felhasználói útmutató | 239

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

19. táblázat A Results (Eredmények) táblázat tartalma

Információk

LeírásWell (Cella)

A cella pozíciója a lemezen

Fluor

Detektált fluorofór

Target (Cél)

Sokszorosítási cél neve (gén)

Content (Tartalom)

Mintatípus és replikátumszám

Sample (Minta)

A minta leírása

Biological Set Name (Biológiai

A biológiai sor neve

sor neve)
Cq

Kvantifikációs ciklus

Cq Mean (középérték)

A kvantifikációs ciklus középértéke a replikátumcsoporthoz

Cq Std. Dev (szórás)A kvantifikációs ciklus szórása a replikátumcsoporthoz

Starting Quantity (indítási

A cél becsült indítási mennyiségemennyiség, SQ)
Log Starting Quantity (az indítási

Az indítási mennyiség logaritmusa

mennyiség logaritmusa)
SQ Mean (az indítási mennyiség

Az indítási mennyiség középértéke

középértéke)
SQ Std. Dev (szórás)240 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az indítási mennyiség szórása a replikátumok között

A Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül

A Standard Curve Results (Standard görbe eredményei) táblázat
A Standard Curve Results (Standard görbe eredményei) táblázat a számított standardgörbeparamétereket jeleníti meg.

A 20. táblázat a Standard Curve Results (Standard görbe eredményei) táblázatban megjelenő adatokatadja meg.
20. táblázat A Standard Curve Results (Standard görbe eredményei) táblázat tartalma

Információk

LeírásFluor (vagy Target) (fluor vagy

Detektált fluorofór (vagy cél)

cél)
Efficiency % (Hatásfok %)A reakció hatásfoka

Slope (Meredekség)

A standard görbe meredeksége

Y-intercept (Y metszéspont)

Az a pont, amelynél a görbe metszi az Y tengelyt

R^2

Determinációs együttható

Felhasználói útmutató | 241

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

A Plate (Lemez) táblázat
A Plate (Lemez) táblázatban egyidejűleg egyetlen fluorofórra vonatkozó adatok lemeztérképe látható.

Egy meghatározott fluorofórra vonatkozó adatok megtekintéséhezuKattintson a hozzá tartozó fülre a táblázat alján.

242 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Quantification Data (Kvantifikációs adatok) fül

Az RFU (RFE) táblázat
Az RFU (RFE) táblázat a futtatás egyes ciklusai során leolvasott RFE-értékeket mutatja az egyes
cellákhoz. A cellaszám az egyes oszlopok tetején, a ciklusszám pedig az egyes soroktól balra látható.

Felhasználói útmutató | 243

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

A Melt Curve (Olvadási görbe) fül
DNS-megkötő festékeknél és nem hasítható hibridizációs próbáknál a fluoreszcencia akkor alegfényesebb, amikor a DNS két szála izzani kezd. Ennélfogva ahogy a hőmérséklet közeledik az
olvadási hőmérséklethez (Tm), a fluoreszcencia állandó mértékben csökken (konstans meredekség). Tm
hőmérsékleten a fluoreszcencia drámai mértékben csökken, a meredekség feltűnő megváltozásával.
Ennek a változásnak a sebességét úgy lehet meghatározni, hogy a fluoreszcencia negatív elsőregresszióját a hőmérséklettel szemben ábrázoljuk (-d(RFE)/dT). A fluoreszcencia legmagasabb mértékű
változása látható csúcsokat eredményez, és a kettős szálú DNS-komplexek Tm értékét jelzi.
A CFX Maestro Dx SE egy olvadási görbe meghatározása során begyűjtött RFE-adatokat a hőmérséklet
függvényében ábrázolja. Az olvadási csúcsok adatainak elemzéséhez a szoftver mindegyik csúcshoz
kijelöl egy kezdő és egy befejező hőmérsékletet a küszöbérték oszlopának elmozdításával. A
csúcsterület alsó értékét az olvadási küszöb oszlopának helyzete adja meg. Egy érvényes csúcsnak egy
minimum magassággal kell rendelkeznie a küszöbértékoszlop és a legmagasabb csúcs magassága
közötti távolsághoz képest.
A Melt Curve (Olvadási görbe) fül a Tm értéket (olvadási hőmérséklet) mutatja a sokszorosított PCRtermékekhez, négy nézetben:nMelt Curve (Olvadási görbe) – az egyes fluorofórok valós idejű adatait RFE/hőmérséklet formában
jeleníti meg az egyes cellákhoz.

nMelt Peak (Olvadási csúcs) – az RFE-adatok hőmérséklettel osztott negatív regresszióját jeleníti
meg az egyes cellákhoz.

nWell selector (Cellaválasztó) – megjeleníti a cellákat az adatok megjelenítéséhez vagy elrejtéséhez.

nPeak spreadsheet (Csúcstáblázat) – a kiválasztott cellában begyűjtött adatokat jeleníti meg.
Megjegyzés: Ez a táblázat mindegyik jelvonalhoz maximum két csúcsot jelenít meg. Több
csúcs megtekintéséhez kattintson a Melt Curve Data (Olvadásigörbe-adatok) fülre.

244 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Melt Curve (Olvadási görbe) fül

A 21. táblázat a Melt Curve (Olvadási görbe) táblázatban megjelenő adatokat adja meg.
21. táblázat A Melt Curve (Olvadási görbe) táblázat tartalma

Információk

LeírásWell (Cella)

A cella pozíciója a lemezen

Fluor

Detektált fluorofór

Content

A Mintatípus és a Replikátumszám kombinációja(Tartalom)
Sample (Minta)

A lemezszerkesztőbe betöltött minta neve

Melt Temp

Az olvadási csúcs hőmérséklete az egyes cellákhoz(Olvadási

Megjegyzés: ebben a táblázatban csak a két legmagasabb csúcs jelenik meg.

hőmérséklet)

Felhasználói útmutató | 245

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Olvadásigörbe-adatok módosítása
Az olvadásigörbe-adatok módosításához
uVégezze el az alábbiak valamelyikét:n

A csúcsok befoglalásához az adatelemzésbe, illetve kizárásukhoz kattintson a küszöbértékoszlopokra a Melt Peak (Olvadási csúcs) diagramban, és húzza el őket.

n

Válassza ki a Positive (Pozitív) opciót a Peaks (Csúcsok) legördülő menüben a Melt Threshold(Olvadási küszöb) vonal fölötti csúcsok táblázatadatainak megjelenítéséhez, vagy válassza ki a
Negative (Negatív) opciót a vonal alatti csúcsok táblázatadatainak a megjelenítéséhez.

nNyissa meg a Trace Styles (Jelstílusok) ablakot a jelvonalak színének módosításához a Melt
Curve (Olvadási görbe) és a Melt Peak (Olvadási csúcs) diagramon.

nVálasszon ki egy számot a Step Number (Lépésszám) kiválasztóablakban a Melt Curve(Olvadási görbe) adatok megtekintéséhez a protokoll egy másik lépésében. A lista egynél több
lépést mutat, ha a protokoll egynél több olvadásigörbe-lépésben tartalmaz lemezolvasást.

n

Ha az adatok egy részhalmazát szeretné megvizsgálni, válassza ki a cellákat acellaválasztóban.

n

Válasszon ki egy cellacsoportot a lemezben levő cellák egy részének megtekintéséhez és
elemzéséhez. Válassza ki az egyes cellacsoportokat név szerint a Well Group (Cellacsoport)
legördülő menüből az eszköztárban.

246 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Melt Curve Data (Olvadásigörbe-adatok) fül

A Melt Curve Data (Olvadásigörbe-adatok) fül
Az Olvadásgörbe-adatok fül az adatokat több táblázatban jeleníti meg, amelyek az egyes nyomok összes
olvadási csúcsát tartalmazzák. A CFX Maestro Dx SE négy táblázatkezelési lehetőséget kínál az olvadási
görbe adatainak megtekintésére:nMelt Peaks (Olvadási csúcsok) – az egyes jelekre vonatkozó összes adat megjelenítése, beleértve
az összes olvadási csúcsot. Ez az alapértelmezett nézet.

nPlate (Lemez) – az adatokat, valamint a lemezben található egyes cellák tartalmát feltüntető nézet
megjelenítése.

n

RFU (RFE) – az egyes cellákra és egyes hőmérsékletekre vonatkozó RFE-mennyiségek
megjelenítése.

n-d(RFU)/dT – annak a megjelenítése, hogy a hőmérséklet (T) változásakor mekkora az RFU negatív
változási sebessége. Ez egy első regressziós grafikon a lemezben található egyes cellákhoz.

Válassza ki az egyes táblázatokat a Melt Curve Data (Olvadásigörbe-adatok) fül alatt megjelenő
legördülő listából.

A Melt Peaks (Olvadási csúcsok) táblázat
A Melt Peaks (Olvadási csúcsok) táblázat az összes olvadásigörbe-adatot megjeleníti.

A 22. táblázat a(z) 248. oldalon a Melt Peaks (Olvadási csúcsok) táblázatban megjelenő adatokat adjameg.

Felhasználói útmutató | 247

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

22. táblázat A Melt Peaks (Olvadási csúcsok) táblázat tartalma

Információk

LeírásWell (Cella)

A cella pozíciója a lemezen

Fluor

Detektált fluorofór

Content (Tartalom)

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban felsorolt mintatípus

Target (Cél)

Sokszorosítási cél (gén)

Sample (Minta)

A Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban felsorolt mintanév

Melt Temperature (OlvadásiAz egyes termékek olvadási hőmérséklete, a táblázatban soronkénthőmérséklet)

egyetlen csúcsként (legmagasabb) felsorolva

Peak Height (Csúcsmagasság)

A csúcs magassága

Begin Temperature (Kezdeti

Hőmérséklet a csúcs kezdeténhőmérséklet)
End TemperatureHőmérséklet a csúcs végén(Véghőmérséklet)

A Plate (Lemez) táblázat
A Plate (Lemez) táblázat lemezformátumban jeleníti meg az olvadásigörbe-adatokat.

Megjegyzés: a szoftver által hívott csúcsérték módosításához változtassa meg aküszöbértékvonalat a Melt Curve (Olvadási görbe) fülön látható Melt Peak (Olvadási csúcs)
diagramon.
A 23. táblázat a(z) 249. oldalon a Plate (Lemez) táblázatban megjelenő adatokat adja meg.

248 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Melt Curve Data (Olvadásigörbe-adatok) fül

23. táblázat A Plate (Lemez) táblázat tartalma

Információk

LeírásContent

Egy Sample Type (Mintatípus) (kötelező) és egy Replicate # (Replikátumszám)(Tartalom)(opcionális) paraméter kombinációja

Sample (Minta)

A minta leírása

Peak 1 (1. csúcs)

Az első olvadási csúcs (legmagasabb)

Peak 2 (2. csúcs)

Második olvadási csúcs (alacsonyabb)

Az RFU (RFE) táblázat
Az RFU (RFE) táblázat az olvadási görbe elkészítésének egyes ciklusai során leolvasottfluoreszcenciaértékeket mutatja az egyes cellákhoz.

A 24. táblázat az RFU (RFE) táblázatban megjelenő adatokat adja meg.
24. táblázat Az RFU (RFE) táblázat tartalma

Információk

LeírásWell number (Cella száma) (A1, A2, A3,

A lemez betöltött celláinak helyzete

A4, A5)Temperature (Hőmérséklet)

A sokszorosított cél olvadási hőmérséklete,amelyet a rendszer soronként egy cellaként,
valamint az ugyanazon cellában található több
termék esetében több cellaként ábrázol

Felhasználói útmutató | 249

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

A -d(RFU)/dT (-d(RFE)/dT) táblázat
A -d(RFE)/dT táblázat a változás negatív mértékét mutatja az RFE-értékként a hőmérséklet (T)változásával.

A 25. táblázat a -d(RFU)/dT táblázatban megjelenő adatokat adja meg.
25. táblázat A -d(RFE)/dT táblázat tartalma

Információk

LeírásWell number (Cella száma) (A1, A2, A3,

A lemez betöltött celláinak helyzete

A4, A5)Temperature -d(RFU)/dT (Hőmérséklet -Az RFE változásának negatív mértéke a hőmérséklet (T)d(RFE)/dT)

változásával

250 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az End Point (Végpont) fül

Az End Point (Végpont) fül
Az End Point (Végpont) fület megnyitva elemezheti a végső relatív fluoreszcencia egységeket( RFE) a
mintával töltött celláknál. A szoftver az ismeretlen mintákat tartalmazó cellák RFE-szintjét összehasonlítja
a negatív kontrollokat tartalmazó cellák RFE-szintjével, és az ismeretlent pozitívnak vagy negatívnak
„hívja”. A pozitív minták RFE-értéke nagyobb, mint a negatív kontrollok átlagos RFE-értéke és ahatárérték összege.

A végpontadatok elemzéséhez a lemeznek negatív kontrollokat kell tartalmaznia, máskülönben a szoftver
nem tudja elvégezni a hívást.
nQuantification (Kvantifikáció) protokoll futtatása – egy standard protokoll beállítása. A futtatás
befejeződése után nyissa meg a Data Analysis (Adatelemzés) ablakot, végezze el az adatelemzési
beállításokat a Quantification (Kvantifikáció) fülön, majd kattintson az End Point (Végpont) fülre egy
végpontciklus kiválasztásához.

n

End Point Only (Csak végpont) protokoll futtatása – az End Point Only (Csak végpont) protokoll
betöltése a Run Setup (Futtatás beállításai) ablak Plate (Lemez) fülén, egy lemez kiválasztása vagy
létrehozása, majd a futtatás elindítása

Felhasználói útmutató | 251

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Az End Point (Végpont) fül megjeleníti az átlagos RFE-értékeket, így meghatározható, hogy a céltsokszorosította-e az utolsó (befejező) ciklus. Ezekkel az adatokkal meghatározhatja, hogy egy mintában
jelen van-e egy meghatározott célszekvencia (pozitív). A pozitív célok RFE-értékei nagyobbak, mint az
Ön által meghatározott határértékszint.
Tipp: végpont típusú protokoll létrehozásához nyissa meg a Protocol (Protokoll) fület (a Run Setup/Futtatás beállítása/ ablakban), majd válassza ki a Run > End Point Only Run (Futtatás > Csak
végpont futtatása) parancsot.
Amikor a futtatás befejeződik, az adatfájl megnyílik az End Point (Végpont) fülön, amely a következő
szakaszokból tevődik össze:nSettings (Beállítások) – az adatelemzési beállítások módosítása.

nResults (Eredmények) – a beállítások módosítása után az eredmények azonnal megjelennek.

nWell Selector (Cellaválasztó) – az Ön által megjeleníteni kívánt végpontadatokat tartalmazó cellák
kiválasztása.

n

RFU spreadsheet (RFU-táblázat) – a kiválasztott cellákban összegyűjtött befejező RFE
megjelenítése.

Eredményül kapott adatok
A Results (Eredmények) rész a következő adatokat jeleníti meg:n

Lowest RFU value (Legalacsonyabb RFE-érték) – az adatok közt megtalálható legalacsonyabb RFEérték

nHighest RFU value (Legmagasabb RFE-érték) – az adatok közt megtalálható legmagasabb RFEérték

n

Negative Control Average (A negatív kontroll átlaga) – átlagos RFE a negatív kontrollokat tartalmazó
cellákhozn

Cut Off Value (Határérték) – a szoftver a tolerancia (RFE vagy a beállításokban megadott százalékos
tartomány) értékének és a negatív kontrollok átlagának összeadásával számítja. Azokat a mintákat,amelyek RFE-értéke nagyobb a határértéknél, pozitívnak nevezzük. A határérték beállításához
módosítsa az RFE-t vagy a százalékos tartományt

A határérték kiszámításához a szoftver ezt a képletet használja:határérték = negatív kontroll átlaga + tolerancia
Válasszon ki egy toleranciát az alábbi módszerek egyikével:n

RFUs (RFE-k) (alapértelmezett) – ezzel a módszerrel egy abszolút RFE-értéket használhat atoleranciához. A minimális RFE-toleranciaérték 2. A maximum a legmagasabb RFE abszolút

252 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az End Point (Végpont) fül

értékének és a legalacsonyabb RFE-értékének különbsége. Az alapértelmezett RFE-tolerancia ateljes RFE-tartomány 10%-a.
nPercent of Range (Százalékos tartomány) – ezt a módszert akkor válassza, ha az RFE-tartomány
egy százalékos értékét szeretné használni a toleranciához. A tartomány minimum százaléka 1%. A
tartomány maximum százaléka 99%. A tartomány százalékának alapértelmezett értéke 10%.

Felhasználói útmutató | 253

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

A végponti adatelemzés módosítása
Az End Point (Végpont) fülön levő adatok módosításához
uVégezze el az alábbiak valamelyikét:nVálasszon ki egy fluorofórt a legördülő listából.

n

Válasszon ki egy End Cycle to Average (Átlagolandó végciklus) értéket azon ciklusok számánaka beállításához, amelyekkel ki akarja számítani az átlagos végponti RFE-értéket.

n

Válassza ki az RFE-ket az adatok megtekintéséhez relatív fluoreszcencia egységekben.

nVálassza ki a Percentage of Range (Tartomány százaléka) értéket az adatok megtekintéséhezaz RFE-tartomány százalékaként.

nHa az adatok egy részhalmazát szeretné megvizsgálni, válassza ki a cellákat acellaválasztóban.

n

Válasszon ki egy cellacsoportot a lemezben levő cellák egy részének megtekintéséhez és
elemzéséhez. Válassza ki az egyes cellacsoportokat név szerint a Well Group (Cellacsoport)
legördülő menüből az eszköztárban.

RFE-táblázat a végponti elemzéshez
A 26. táblázat az RFE-táblázatban az End Point (Végpont) fülön megjelenő adatokat adja meg.
26. táblázat Az RFE-végponttáblázat tartalma

Információk

LeírásWell (Cella)

A cella pozíciója a lemezen

Fluor

Detektált fluorofór

Tartalom

A Sample type (Mintatípus) és a Replicate # (Replikátumszám) kombinációja

End RFU (Vég RFE)

RFE a végponti ciklusnál

Call (Lehívás)Pozitív vagy negatív, ahol a pozitív minták RFE-értéke magasabb a negatív
kontrollok átlagos RFE-értéke és a határérték összegénél.

Sample (Minta)

A Lemezszerkesztőbe betöltött mintanév

254 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) fül

Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) fül
Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) fülön genotípusok rendelhetők az ismeretlen mintákat
tartalmazó cellákhoz. Ezen adatok segítségével Ön beazonosíthatja a különböző genotípusokkal
rendelkező mintákat, ideértve az Allele 1 (1. allél), az Allele 2 (2. allél), a Heterozygote (Heterozigóta), a
No Call (Nincs lehívás) (nincs sokszorosítás) és az Undetermined (Meghatározatlan) típusokat.
Megjegyzés: Az alléldiszkriminációra vonatkozó adatoknak többszörös (legalább két-két fluorofórt
tartalmazó) futtatásokból kell származniuk. Az egyes fluorofórok egy-egy allélt azonosítanak azösszes mintában.

Az alléldiszkrimináció-elemzéshez a celláknak legalább a következőket kell tartalmazniuk:nKét-két fluorofór minden egyes cellábann

NTC (no template control, sablon nélküli kontroll) minták az optimalizált adatelemzéshez

A CFX Maestro Dx SE négy opciót kínál az alléldiszkriminációs adatok megtekintésére:nAllelic Discrimination (Alléldiszkriminációs) diagram – az adatok megjelenítése az Allele 1 (1. allél) /Allele 2 (2. allél) paraméterre vonatkozó RFE-grafikonon. A grafikonon látható egyes pontok az egy
cellában található mindkét fluorofór adatait jelzik. A Polar Coordinates (Polárkoordináták)jelölőnégyzet bejelölésével, illetve bejelölésének megszüntetésével átválthat a Descartes-féle és apolárkoordináták között. A Descartes-féle koordináták esetében az 1. allélra vonatkozó RFE az X

Felhasználói útmutató | 255

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

tengelyen, a 2. allélra vonatkozó RFE pedig az Y tengelyen jelenik meg. A polárkoordináták
esetében a szög az X tengelyen, az origó és az RFE közötti távolság pedig az Y tengelyen jelenikmeg (az összes NTC mediánja).
nWell spreadsheet (Cellatáblázat) – a lemez egyes celláiból gyűjtött alléldiszkriminációs adatok
megjelenítése.

nWell Selector (Cellaválasztó) – azoknak a celláknak a kiválasztása, amelyek az Ön által
megjeleníteni kívánt alléladatokat tartalmazzák.

nSelected Fluorophores (Kiválasztott fluorofórok) panel – az alléldiszkriminációs diagram X
tengelyéhez és Y tengelyéhez tartozó címke módosítása, az elemezni kívánt ciklus módosítása,
valamint annak a módosítása, hogy a rendszer megjelenítse-e a lehívási térképet.

Az alléldiszkriminációra vonatkozó adatok módosítása
A szoftver automatikusan hozzárendel egy genotípust az ismeretlen mintákat tartalmazó cellákhoz, az
NTC-k pozíciói és az ismeretlen adatpontoknak az NTC-khez viszonyított szöge és távolsága alapján.

Az alléldiszkriminációs adatok módosításához
uVégezze el az alábbiak valamelyikét:nA polárkoordináták megjelenítéséhez jelölje be az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció)diagramban levő jelölőnégyzetet.

n

Egy másik fluorofór megtekintéséhez válassza ki az adott fluorofórt a Selected Fluorophores(Kiválasztott fluorfórok) panel legördülő listájából.

n

Lehívás módosításához kattintson az egérrel és húzza át az Allelic Discrimination(Alléldiszkrimináció) diagram adatpontján/adatpontjain, majd válasszon ki egy opciót a Selected
Wells (Kiválasztott cellák) nevű listából:oAllele 1 (1. allél)oAllele 2 (2. allél)oHeterozygote (Heterozigóta)o

Undetermined (Meghatározatlan)o

No Call (Nincs lehívás)oAuto Call (Automatikus lehívás)Tipp: ha szeretne visszatérni az alapértelmezett lehívásra, válassza ki az Auto Call
(Automatikus lehívás) lehetőséget.

256 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) fül

A diagramoknál elérhető menüpontok
A diagramoknál a jobb egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontokon (lásd A diagramoknál a jobb
egérgombbal kattintva elérhető közös menüpontok a(z) 222. oldalon) kívül vannak olyan menüpontok is,amelyek kifejezetten az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) diagramon érhetők el. Ezeket a 27.
táblázat mutatja be.
27. táblázat Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) diagramon a jobb és bal
egérgombbal kattintva elérhető menüpontok

Menüpont

Funkció

Zoom (Nagyítás)A diagramnézet fókuszálása a kiválasztott területre (a kurzorral adiagramon kattintva és elhúzva).
Tipp: ha a nagyítást szeretné úgy visszaállítani, hogy azösszes adatpont látszódjon, kattintson a jobb egérgombbal, ésválassza ki a Set Scale to Default (Skála alapértelmezettértékre állítása) elemet.

Well (Cella)

A kiválasztott cellához elérhető opciók: kizárólag az adott cellamegjelenítése, a cella eltávolítása a nézetből, a szín beállítása az
adott jelhez vagy a cella kizárása az elemzésből.

Selected Wells (Kiválasztott

A (kurzorral a diagramon kattintva és elhúzva) kiválasztott cellákhoz

cellák)elérhető opciók: csak a kiválasztott cellák megjelenítése, akiválasztott cellák eltávolítása a nézetből, a szín beállítása az adottjelekhez vagy a kiválasztott cellák kizárása az elemzésből.

Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) táblázat
A 28. táblázat az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) táblázatban megjelenő adatokat határozzameg.
28. táblázat Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) táblázat tartalma

Információk

LeírásWell (Cella)

A cella pozíciója a lemezen

Sample (Minta)

A minta megnevezése

Call (Lehívás)Az allél azonosítása, ideértve: automatikus 1. allél, 2. allél,
Heterozigóta, Nincs lehívás vagy Meghatározatlan

Felhasználói útmutató | 257

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

28. táblázat Az Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) táblázat tartalma, folytatás

Információk

LeírásType (Típus)Auto (Automatikus) vagy Manual (Manuális); a lehívás
végrehajtásának módját adja meg. Az Automatikus azt jelzi, hogy alehívást a szoftver választotta ki. A Manuális azt jelzi, hogy a lehívást afelhasználó választotta ki.

RFU1

RFE az 1. allélhoz

RFU2

RFE a 2. allélhoz

258 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Custom Data View (Egyéni adatnézet) fül

A Custom Data View (Egyéni adatnézet) fül
A Custom Data View (Egyéni adatnézet) fül egyszerre több panelt jelenít meg testre szabható formában.
A Load a Preset View (Előre definiált nézet betöltése) legördülő lista különböző formátumsablonokat kínál
fel a megjelenítéshez. Az alapértelmezett nézet az elemzés alatt álló fájltól függ. Például ha léteznek Melt
Curve (Olvadási görbe) adatok, az Amp + Melt (Sokszorosítás + Olvadás) alapértelmezett nézet jelenikmeg.

Felhasználói útmutató | 259

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Egyéni adatnézet létrehozása
Egyéni adatnézet létrehozásához
uVégezze el az alábbiak valamelyikét:nVálasszon ki egy másik előre beállított nézetet a legördülő listából.

n

Válasszon ki egy másik diagramnézetet az egyes egyedi panelek tetejénél levő legördülő
listából.

nMódosítsa a sorok és az oszlopok számát a fülön.

nMódosítsa az egyes panelméreteket. Húzza el az egyes panelek szélénél levő sávokat.

Kattintson a Save as Preset (Elmentés előre definiált beállításként) gombra a testreszabott nézet
elmentéséhez előre beállított sablonként. Kattintson a Manage Presets (Előre definiált beállításokkezelése) gombra a létező előre beállított nézetek törléséhez, átnevezéséhez vagy visszaállításához.

260 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A QC (Minőség-ellenőrzés) fül

A QC (Minőség-ellenőrzés) fül
A QC (Minőség-ellenőrzés) fülön a User Preferences (Felhasználói beállítások) ablakban meghatározott
szabályok alapján gyorsan kiértékelheti a futtatási adatok minőségét.
A CFX Maestro Dx SE négy lehetőséget kínál a minőség-ellenőrzési adatok megtekintésére:nAmplification chart (Sokszorosítási diagram) – az egyes ciklusok során az egyes cellákra
vonatkozó RFE megjelenítése. A diagramon látható egyes jelek egyetlen cellában található egyetlen
fluorofór adatait jelzik.

n

QC rules table (Minőség-ellenőrzési szabályok táblázata) – az elérhető minőség-ellenőrzési
szabályok, valamint az egyes szabályokat meghatározó beállítások megjelenítése. A rendszer az
alkalmazott minőség-ellenőrzési szabályokat pipával jelzi.

nWell Selector (Cellaválasztó) – azoknak a celláknak a kiválasztása, amelyek az Ön által
megjeleníteni kívánt fluoreszcenciaadatokat tartalmazzák.

n

QC rule summary (Minőség-ellenőrzési szabályok összefoglalása) panel – a kiválasztott minőségellenőrzési szabály megjelenítése, valamint az adott szabálynak meg nem felelő cellák kiemelése.

Felhasználói útmutató | 261

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

A minőség-ellenőrzési kritériumok módosítása
A QC (Minőség-ellenőrzési) kritériumok módosításáhozuJelölje be vagy törölje a Use (Használat) jelölőnégyzetet attól függően, hogy szeretné-e a szabályt a
QC (Minőség-ellenőrzés) során használni.

A minőség-ellenőrzést sikertelen eredménnyel záró cellák kizárása
A CFX Maestro Dx SE a minőség-ellenőrzés kritériumainak meg nem felelő cellákat is megjeleníti a
Results (Eredmények) oszlopban a minőség-ellenőrzési szabályok táblázatában és az összefoglaló
táblában.

A minőség-ellenőrzés kritériumainak meg nem felelő cellák kizárásához
u

Válassza ki az Exclude Wells (Cellák kizárása) opciót mindegyik kizárandó cellához.

262 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Run Information (Futtatási információk) fül

A Run Information (Futtatási információk) fül
A Run Information (Futtatási információk) fülön a protokoll, valamint az egyes futtatásokra vonatkozó
egyéb információk láthatók. Ezen a fülön a következőket teheti:n

A protokoll megtekintése.

n

A futtatásra vonatkozó megjegyzések beírása vagy szerkesztése.

n

A futtatásra vonatkozó ID (azonosító) vagy vonalkód beírása vagy szerkesztése.

n

A futtatás során esetlegesen előforduló események megtekintése. Ezeket az üzeneteket afuttatással kapcsolatos hibák elhárítására használhatja.

Tipp: A protokoll másolásához, exportálásához, illetve nyomtatásához kattintson a jobb
egérgombbal a protokollra. Ha a Notes (Megjegyzések), az ID/Bar Code (Azonosító/vonalkód) vagy
az Other (Egyéb) panelekre kattint a jobb egérgombbal, visszavonhatja, kivághatja, másolhatja,
beillesztheti, törölheti vagy kijelölheti a szöveget.

Felhasználói útmutató | 263

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Adatelemzési jelentések
A Report (Jelentés) párbeszédpanel információkat közöl az aktuális adatfájlról a Data Analysis(Adatelemzés) ablakban. Egy jelentés megnyitásához válassza ki a Tools > Reports (Eszközök >Jelentések) opciót, vagy kattintson a Reports (Jelentések) lehetőségre az eszköztáron.
A Report (Jelentés) párbeszéd az alábbi részekből áll:nMenü és eszköztár – opciókat biztosít a jelentés vagy sablon formátumához, elmentéséhez éskinyomtatásához.

n

Opciólista (a párbeszédpanel bal felső oldala) – opciókat biztosít a jelentésben való megjelenítéshez.

nOpciók panel (a párbeszédpanel bal alsó oldala) – szövegmezőket jelenít meg, amelyekbe
információkat írhat be egy kiválasztott opcióról.

nElőnézet panel (a párbeszédpanel jobb oldala) – az aktuális jelentés előnézetét jeleníti meg.

264 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Adatelemzési jelentések

Az adatelemzési jelentések kategóriái
A 29. táblázat a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban található adatok típusától függően megjeleníti az
adatelemzési jelentéshez elérhető összes opciót.
29. táblázat Adatelemzési jelentések kategóriái az opciók listájában

Kategória

Opció

LeírásFejlécA jelentés címe, alcíme és logója
Report Information (A jelentéssel

A futtatás dátuma, a felhasználó neve, az

kapcsolatos információk)

adatfájl neve, az adatfájl útvonala,valamint a kiválasztott cellacsoport

Audit Information

Az auditáláshoz szükséges kiegészítő

(Auditinformációk)

információk, beleértve az aláírásokat

Notes (Megjegyzések)Az adatjelentésre vonatkozó
megjegyzések

Run Setup (Futtatás beállításai)Run Information (Futtatási

A futtatás dátuma, a felhasználó neve, az

információk)

adatfájl neve, az adatfájl útvonala,valamint a kiválasztott cellacsoport

Protocol (Protokoll)

A protokoll lépéseinek és opcióinak
szöveges nézete

Plate Display (Lemezkijelző)A lemez egyes celláiban található
információk lemeznézete

Quantification (Kvantifikáció)Analysis Settings (Elemzési

Adatgyűjtési lépés száma, elemzési

beállítások)üzemmód, valamint a kiindulási érték
kivonásának módszere

Amplification Chart

Sokszorosítási diagram a kvantifikációs

(Sokszorosítási diagram)adatokat tartalmazó futtatásokhoz

Standard Curve Chart

Standardgörbe-diagram(Standardgörbe-diagram)

Felhasználói útmutató | 265

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

29. táblázat Adatelemzési jelentések kategóriái az opciók listájában, folytatás

Kategória

Opció

LeírásData (Adatok)Az egyes cellákban található adatokat
tartalmazó táblázat

Gene Expression – Bar Chart (Génexpresszió – oszlopdiagram)Analysis Settings (Elemzési

Elemzési üzemmód, diagramadatok,beállítások)skálázási opció, valamint a diagram
hibájaChart (Diagram)Az oszlopdiagram másolata

Target Names (Célnevek)

A célnevek diagramja

Sample Names (Mintanevek)

A mintanevek diagramja

Data (Adatok)Az egyes cellákban található adatokat
tartalmazó táblázat

Target Stability (Célstabilitás)

A célok stabilitásának diagramja

Box-and-Whisker Chart

Dobozdiagram(Dobozdiagram)Dot Plot Chart (Pontdiagram)

Pontdiagram

Gene Expression (Génexpresszió) – klasztergram és szóródási ábraAnalysis Settings (Elemzési

Az egyes diagramtípusok beállításai

beállítások)Chart (Diagram)A diagram másolata

Data (Adatok)Az egyes célok adatait tartalmazó
táblázat

Gene Expression (Génexpresszió) – ANOVA Data (ANOVA-adatok)
ANOVA Settings (ANOVA-Az elemzéshez használt p-érték

beállítások)küszöbértéke

ANOVA Results (ANOVA-

Az ANOVA és a Tukey-féle HSD post-

eredmények)

hoc elemzésből származó eredmények
táblázata

266 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Adatelemzési jelentések

29. táblázat Adatelemzési jelentések kategóriái az opciók listájában, folytatás

Kategória

Opció

LeírásMelt Curve (Olvadási görbe)Analysis Settings (Elemzési

Olvadási lépés száma és abeállítások)küszöbértékoszlop beállítása

Olvadásigörbe-diagram

Olvadásigörbe-diagram

Olvadásicsúcs-diagram

Olvadásicsúcs-diagram

Data (Adatok)Az egyes cellákban található adatokat
tartalmazó táblázat

Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció)Analysis Settings (Elemzési

A fluorofórok, a ciklus, valamint a lehívási

beállítások)térkép megjelenítése

Allelic Discrimination Chart

Az alléldiszkriminációs diagram másolata(Alléldiszkrimináció diagram)
Data (Adatok)Az egyes cellákban található adatokat
tartalmazó táblázat

End Point (Végpont)
Analysis Settings (Elemzési

Fluorofór, az átlagolandó végciklusok,

beállítások)üzemmód, a legalacsonyabb RFE-érték,a legmagasabb RFE-érték, valamint a
határérték

Data (Adatok)Az egyes cellákban található adatokat
tartalmazó táblázat

QC Parameters(Minőség-ellenőrzési
paraméterek)
Data (Adatok)Az egyes QC (Minőség-ellenőrzési)
szabályokhoz tartozó paramétereket
tartalmazó táblázat

Felhasználói útmutató | 267

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Adatelemzési jelentés létrehozása
A jelentés elrendezését elmentheti sablonként, amelyet hasonló jelentésekhez újra felhasználhat.

Adatelemzési jelentés létrehozásához
1.

A jelentés létrehozása előtt végezze el a cellák tartalma, a kiválasztott cellák, diagramok és
táblázatok utolsó módosításait a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban.

2.

Válassza ki a Tools > Reports (Eszközök > Jelentések) opciót a Data Analysis (Adatelemzés)
menüsorban a Report (Jelentés) párbeszédpanel megnyitásához.

3.

Válassza ki azokat az opciókat, amelyeket szerepeltetni kíván a jelentésben. A jelentés
megnyitásakor az alapértelmezett opciók ki vannak választva. Jelölje be vagy törölje ajelölőnégyzeteket az egész kategóriák vagy egy kategórián belüli egyedi opciók módosításához.
A 29. táblázat a(z) 265. oldalon a megjelenítési opciókat sorolja fel.
Megjegyzés: A jelentésben megjelenő adatok a Data Analysis (Adatelemzés) vagy a Melt Study(Olvadásvizsgálat) ablak füleiben levő aktuális kiválasztásoktól függenek. Például lehetséges,hogy egy kvantifikációs futtatás nem tartalmaz egy standard görbét, ennélfogva ezek az adatok
nem jelennek meg a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban vagy az adatjelentésben.

4.

Módosítsa a kategóriák és elemek jelentésen belüli sorrendjét. Húzza az opciókat a relatív helyzetbe.
Az elemek csak azokon a kategóriákon belül rendezhetők át, amelyekhez tartoznak.

5.

(Opcionális) A Report Options (Jelentési opciók) panelen adja meg a kiválasztott opcióra vonatkozó
információkat:n

Válassza ki az információk egy, a jelentésben megjelenítendő részhalmazát.

nVálasszon ki specifikus beállításokat a kijelölt opcióhoz.

nMódosítsa a kiválasztott opcióhoz megjelenítendő szöveget.

6.

Kattintson az Update Report (Jelentés frissítése) opcióra a Report Preview (Jelentés előnézete)
frissítéséhez az esetleges módosítások miatt.

7.

Nyomtassa ki vagy mentse el a jelentést:a.

Kattintson a Print Report (Jelentés nyomtatása) gombra az eszköztárban az aktuális jelentés
kinyomtatásához.

b.

Válassza ki a Select File > Save (Fájl > Mentés) lehetőséget a jelentés mentéséhez PDF (Adobe
Acrobat Reader fájl), MHT (Microsoft dokumentum) vagy MHTML (Microsoft dokumentum)
fájlformátumban.

c.

Válassza ki a fájl mentésének helyét.

268 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Adatelemzési jelentésekd.

8.

Válassza ki a File > Save As (Fájl > Mentés másként) opciót a jelentés elmentéséhez új névvel
vagy egy új helyre.

(Opcionális) Hozzon létre egy jelentéssablont a kívánt információkkal. A jelentés aktuális
beállításainak elmentéséhez sablonként válassza ki a Template > Save (Sablon > Mentés) vagy
Save As (Mentés másként) opciót. Ezután ha egy új jelentést akar elkészíteni, töltse be ajelentéssablont.

Felhasználói útmutató | 269

11. fejezet Az adatelemzéssel kapcsolatos részletek

Cellacsoport-jelentések létrehozása
Cellacsoport-jelentés létrehozásához
1.

Válassza ki a Tools > Well Group Reports (Eszközök > Cellacsoport-jelentések) opciót a Data
Analysis (Adatelemzés) ablakban.

2.

A Well Groups Reports (Cellacsoport-jelentések) párbeszédpanelen válassza ki a jelentésbe
belefoglalni kívánt cellacsoportokat, sokszorosítási lépéseket és olvadási lépéseket.

3.

Írja be az útvonalat, vagy lépjen abba a mappába, amelybe el kívánja menteni a jelentést.

4.

(Opcionális) Válassza ki a Choose a Report Template (Válasszon ki egy jelentéssablont) opciót, és
lépjen a sablonfájl mappájába.

5.

(Opcionális) Válassza ki az Open Destination Folder (Célmappa megnyitása) parancsot a mappa
megnyitásához és a jelentések megtekintéséhez létrehozásuk után.

6.

Kattintson a Create Reports (Jelentések létrehozása) parancsra.

270 | CFX Maestro Dx SE szoftver

12. fejezet Génexpressziós elemzés
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Editiont használhatja génexpresszió-futtatás végrehajtására areakciókban szigorúan minősített kontrollokat használva, a minták célkoncentrációi között mutatkozó
relatív különbségek normalizálásához. Egy vizsgálandó gén expressziószintjeinek normalizálására
általában egy vagy több referenciagén expressziószintjeit alkalmazzák. A referenciagének figyelembe
veszik az egyes mintákra jellemző betöltési különbségeket és egyéb variációkat, és ezek
expressziószintjeit nem befolyásolhatják a vizsgált biológiai rendszerben.
A két vagy több cellában végbemenő PCR-reakciók közötti relatív különbségek értékeléséhez válassza ki
a Gene Expression (Génexpresszió) fület a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban. Például értékelheti
egy PCR-reakción belül a víruseredetű génállományok relatív számát vagy a transzfektált szekvenciák
relatív számát. A génexpresszió-vizsgálat legelterjedtebb alkalmazása a cDNS-koncentrációösszehasonlítása egynél több reakcióban, az állandó állapotú messenger RNS szintjeinek afelbecsülésére.
A szoftver egy cél relatív expressziószintjét az alábbi esetek egyikével számítja ki:nEgy célszekvencia (1. cél) relatív expressziószintje egy másik célhoz (2. cél) képest; pl. egy gén
mennyisége egy másik génhez képest ugyanazon mintakezelés alatt.

n

Egy célszekvencia relatív expressziós szintje egy mintában ugyanahhoz a célhoz képest eltérő
mintakezelés során; például egy gén önmagához viszonyított relatív mennyisége különböző időbeli,földrajzi vagy fejlődési körülmények között.

Lemezbeállítás a génexpresszió-elemzéshez
A génexpresszió-elemzés elvégzéséhez a celláknak a következőket kell tartalmazniuk:nKettő vagy annál több cél – az a két cél, amelyek különböző sokszorosított géneket vagy
szekvenciákat képviselnek az Ön mintáiban.

n

Egy vagy több referenciacél – normalizált expresszió esetében legalább egy célnak referenciacélnak
kell lennie. Jelölje ki az összes referenciacélt az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban,
hogy az adatokat normalizált expresszió üzemmódban elemezhesse (ΔΔCq). A referenciát nem
tartalmazó futtatásokat relatív expresszió üzemmódban kell elemezni (ΔCq).

n

Közös minták – az Ön reakcióinak tartalmazniuk kell közös mintákat (legalább kettő szükséges)ahhoz, hogy a Gene Expression (Génexpresszió) fülön ábrázolt adatokat meg lehessen tekinteni.

Felhasználói útmutató | 271

12. fejezet Génexpressziós elemzésEzeknek a mintáknak az Ön egyes célszekvenciáira vonatkozó különböző kezeléseket vagy
feltételeket kell képviselniük. Jelöljön ki egy kontroll mintát (ez egy opcionális lépés) az ExperimentSettings (Kísérlet beállításai) ablakban. Ha nincs kiválasztva kontroll, a szoftver a legalacsonyabb Cqértéket használja kontrollként.
A génexpresszió beállítására vonatkozó követelmények a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablakban attól
függnek, hogy a reakciótartalmak egyszeres PCR típusúak (a reakciókban egyetlen fluorofór szerepel)
vagy többszörös PCR típusúak (a reakciókban egynél több fluorofór szerepel).

Irányított lemezbeállítás
Ha egy adatfájl lemezbeállítása nem tartalmazza az elemzéshez szükséges információkat, és a Gene
Expression (Génexpresszió) fül van kiválasztva, azon a helyen, ahol normál esetben az oszlopdiagram
látható, ezen információk beírására vonatkozó utasítások fognak megjelenni. Normalizált
génexpresszióhoz végezze el a következő lépéseket:
1.

Határozza meg a Target (Cél) és a Sample (Minta) nevét a következők bármelyikével:nPlate Setup (Lemezbeállítás) – a Plate Editor (Lemezszerkesztő) ablak megnyitása.

nReplace Plate File (Lemezfájl cseréje) – a Select Plate (Lemez kiválasztása) böngésző
megnyitása, amelyben megkereshet egy korábban elmentett lemezfájlt, amelyre a jelenlegilemezelrendezést szeretné kicserélni.

n

Replace PrimePCR File (PrimePCR fájl cseréje) – a Select PrimePCR File (PrimePCR fájl
kiválasztása) párbeszédpanel megnyitása, amelyben megkereshet egy PrimePCR futtatási fájlt,és azt alkalmazhatja a lemezelrendezésre.

2.

Válasszon ki egy vagy több referenciacélt és egy kontroll mintát az Experiment Settings (Kísérlet
beállításai) párbeszédpanellel.
Ha a lemezelrendezés már tartalmaz a célra és a mintára vonatkozó információkat, csak a második
lépés szükséges (ilyen esetben ezt a rendszer narancssárga színnel kiemeli). Ezt a lépést el kellvégezni ahhoz, hogy a rendszer elvégezhesse a normalizált génexpresszió elemzését.
Megjegyzés: a pontszórási diagramok és klasztergramok adatai kizárólag akkor jelennek meg,ha a génexpressziós vizsgálathoz a Plate Setup (Lemezbeállítás) alatt meghatározott, anormalizált génexpresszióra vonatkozó összes követelmény teljesül.

272 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Génexpressziós diagramok

Génexpressziós diagramok
A CFX Maestro Dx SE több nézetben jeleníti meg a génexpresszió-adatokat. A(z) 30. táblázat a
szoftverben elérhető diagrambeállításokat határozza meg.
30. táblázat A génexpressziós diagramoknál elérhető beállítások

Gomb

Név

Funkció

Grafikus ábrázolás

A normalizált génexpresszió-adatok
megjelenítése a következő nézetek egyikében:n Oszlopdiagram (alapértelmezett)n Dobozdiagramn Pontdiagram

Klasztergram

A normalizált expresszióadatok megjelenítése akülönböző célok és minták expressziójának
hasonlósági fokán alapuló hierarchiában.

Pontszórási diagram

Egy kontroll céljai normalizált expressziójának
megjelenítése egy kísérleti mintávalösszehasonlítva.

ANOVA

A génexpresszió-adatokra vonatkozó egyirányú
ANOVA eredményeinek megjelenítése akövetkező R csomagok segítségével,amelyekkel a rendszer elvégzi az ANOVA
elemzést, és meghatározza a Tukey-féleeredményeket:
n Kísérőelem az alkalmazott regresszióhoz(Companion to Applied Regression; röviden:car)n Legkisebb négyzetek átlagai (least-squaremeans; röviden: lsmeans)

Reference Gene Selection(A Gene Study /Génvizsgálat/ ablak Study(Referenciagén kiválasztása)

Analysis /Vizsgálat analízise/ fülén érhető el.)eszközAzonosítja a tesztelt referenciagéneket, és astabilitásuk szerint az Ideal (Ideális), Acceptable(Elfogadható) vagy Unstable (Instabil)kategóriába sorolja őket.

Felhasználói útmutató | 273

12. fejezet Génexpressziós elemzés

30. táblázat A génexpressziós diagramoknál elérhető beállítások, folytatás

Gomb

Név

Funkció

PrimePCR Controls Analysis(A Gene Study /Génvizsgálat/ ablak Study(PrimePCR kontrollok elemzése)

Analysis /Vizsgálat analízise/ fülén érhető el.)Megjeleníti a tesztelt mintákra vonatkozó
eredményeket.

274 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

Grafikus ábrázolás

A rendszer a célok relatív expresszióját a következő két nézetben jeleníti meg:nGene Expression (Génexpressziós) diagram – a valós idejű PCR-adatok megjelenítése akövetkezők egyikeként:o

ΔΔCq – kontroll minták és referenciacélok használatával kiszámított relatív normalizált expresszió.

o

ΔCq – a célgén relatív mennyisége egy mintában egy kontroll mintához viszonyítva.

Bővebb információk az adatok megtekintésével kapcsolatban: A diagramnézet módosítása és
jegyzettel való ellátása a(z) 277. oldalon.
n

Spreadsheet (Táblázat) – a génexpressziós adatokat tartalmazó táblázat megjelenítése.
Tipp: Az elérhető lehetőségeket a jobb egérgombbal bármelyik diagramra vagy táblázatra
kattintva láthatja. A Plate Setup (Lemezbeállítás) legördülő menüben a View/Edit Plate (Lemez
megtekintése/szerkesztése) elem kiválasztásával megnyithatja a Plate Editor(Lemezszerkesztő) ablakot, amelyben módosíthatja a lemez celláinak tartalmát.
Tipp: ha szeretné átrendezni a diagramon a célok és minták nevének sorrendjét, a jobb
egérgombbal kattintással elérhető menüből válassza ki a Sort (Rendezés) elemet.

Felhasználói útmutató | 275

12. fejezet Génexpressziós elemzés

Normalizált génexpresszió
Az adatok normalizálásához használja egy vagy több referenciagén mért expressziószintjét
normalizációs faktorként. A referenciagének olyan célok, amelyek nincsenek szabályozva a vizsgált
biológiai rendszerben, pl. aktin, GAPDH vagy tubulin.

Normalizált génexpresszió (ΔΔCq) vizsgálatának beállítása
1.

Nyisson meg egy adatfájlt (.pcrd kiterjesztéssel).

2.

Tekintse át az adatokat a Data Analysis (Adatelemzés) ablak Quantification (Kvantifikáció) fülén.
Végezze el az adatok beállításait, pl. a küszöbérték és az elemzési üzemmód módosítását.

3.

Zárja be a Gene Expression (Génexpresszió) fület.

4.

A Gene Expression (Génexpresszió) fülön kattintson az Experiment Settings (Kísérlet beállításai)lehetőségre.

5.

Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) párbeszédpanelen végezze el a következőket:6.

a.

Válassza ki a Samples (Minták) fület, és jelöljön ki egy kontrollt. Kontroll hozzárendelésekor a
CFX Maestro Dx SE az összes génhez tartozó relatív mennyiségeket a kontroll mennyiségére
normalizálja, ami a beállítás szerint 1.

b.

Válassza ki a Target (Cél) fület, és jelölje ki a referenciagéneket. A génexpresszió-analízishezszükség van egy referenciára a mintáiban levő célok közül.

Válassza ki a Normalized Expression (ΔΔCq) (Normalizált expresszió) lehetőséget, ha még nincs
kiválasztva, majd tekintse meg az expressziós szinteket a Gene Expression (Génexpresszió) fülön.
Megjegyzés: a Setup Wizard (Beállítási varázsló) szintén használható a lemezelrendezésbeállításához a normalizált génexpresszió-elemzéshez.

Relatív mennyiség
A relatív mennyiségi (ΔCq) adatok definíció szerint nincsenek normalizálva. Ez a módszer olyan minták
kvantifikálására használható, amelyek nem tartalmaznak referenciagéneket (célokat). A kutatók a futtatás
beállításakor általában adottnak veszik a következő szempontok egyikét:nMinden minta megegyező mennyiségű RNS-t vagy cDNS-t) tartalmaz mindegyik cellában.

n

A betöltött biológiai minta mennyiségében mutatkozó esetleges varianciát a futtatás után valamilyen
módszerrel normalizálni fogják a szoftveren kívül végzett adatelemzés során. Például a kutató dönthetúgy, hogy a relatív mennyiségi értéket elosztja egy normalizáló faktorral, például az egyes mintákhoz
betöltött nukleinsav tömegével vagy azoknak a sejteknek a számával, amelyekből a nukleinsavat
izolálták.

276 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

Relatív mennyiségi (ΔCq) elemzés futtatásáhozu

A Gene Expression (Génexpresszió) fülön válassza ki a Relative Quantity (Relatív mennyiség, ΔCq)
opciót a Mode (Üzemmód) legördülő listáról a jobb oldali táblán.
Tipp: ha szeretné az eredményeket összevetni a többi génexpresszió-futtatás eredményeivel,nyisson meg egy új génvizsgálatot, vagy adjon egy adatfájlt egy létező génvizsgálathoz.

A diagramnézet módosítása és jegyzettel való ellátása
A diagram eszköztár menüparancsaival és az adatelemző diagrameszközökkel módosíthatja adiagramnézetet, jegyzetekkel láthatja el az egyes diagramokat, és módosíthatja a diagram
megjelenítését. A diagram eszköztár a diagram és az adatelemző táblázat között jelenik meg a képernyő
alján.

A Diagram eszköztár eszközei
Tipp: az adatelemzési diagramok jobb oldalán megjelenő diagrameszközökkel kapcsolatos
információk: Diagramok a(z) 214. oldalon.
A diagramok alatt található eszköztár gyors hozzáférést biztosít a jegyzetelést biztosító eszközökhöz.

A 31. táblázat a diagramok eszköztárában levő gombok funkcióit ismerteti.
31. táblázat A diagramok eszköztára

Gomb

Név

Funkció

Oszlopdiagram

A célok relatív expresszióját jeleníti meg.

Dobozdiagram

Az adatokat kvartilis tartományokként jeleníti meg (aszámítással kapcsolatos részletek: Dobozdiagramszámítások a(z) 317. oldalon).
Megjegyzés: Csak akkor érhető el, ha az Analyze Using(Elemzés a következő segítségével:) paraméter a
Biological Groups Only (Csak biológiai csoportok) értékrevan állítva.

Felhasználói útmutató | 277

12. fejezet Génexpressziós elemzés

31. táblázat A diagramok eszköztára, folytatás

Gomb

Név

Funkció

Pontdiagram

Az egyes mintaadatpontokat jeleníti meg az egyes
célokhoz.
Megjegyzés: Csak akkor érhető el, ha az Analyze Using(Elemzés a következő segítségével:) paraméter a
Biological Groups Only (Csak biológiai csoportok) értékrevan állítva.

Nyíl hozzáadása

Nyilat rajzol az aktív diagramra.

Kör hozzáadása

Kört rajzol az aktív diagramra.

Szöveg hozzáadása

Szövegablakot illeszt az aktív diagramba, amelybe
szöveget írhat be a diagramon levő fontos elemekazonosításához.

Visszavonás

Eltávolítja vagy visszavonja az aktív diagramba helyezett
legutóbbi jelölést.

Mégis

Érvényteleníti az aktív diagramon végrehajtott legutolsó
Visszavonás műveletet.

Minden jelölés törlése

Törli az aktív diagram összes jelölését.

A célokra, mintákra és biológiai csoportokra vonatkozó adatok rendezése
Megjegyzés: ez az opció csak a génexpressziós diagramokon érhető el.
A célok, minták és biológiai csoportok listája alapértelmezés szerint ábécé-sorrendben jelenik meg. A
Sort (Rendezés) párbeszédpanelen a megjelenítést megváltoztathatja csökkenő ábécé-sorrendre, vagy
egy expressziót áthelyezhet a lista egy másik pontjára.

A célokra, mintákra és biológiai csoportokra vonatkozó adatok rendezéséhez
1.

A diagrameszközökből válassza ki a Sort (Rendezés) eszközt.
Megjelenik a Gene Expression Chart Sorting (Génexpressziós diagram rendezése) párbeszédpanel.

278 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

2.

Ha a listát fordított ábécé-sorrendben szeretné megjeleníteni, a párbeszédpanelen kattintson a Z-A
elemre.

3.

Egy expresszió áthelyezéséhez válassza ki az adott expressziót, majd a diagramok között kattintson
a megfelelő gombra:

4.

n

A kiválasztott expresszió áthelyezéséhez egyetlen pozícióval kattintson a felfelé, illetve lefelé
mutató nyílra.

n

A kiválasztott expressziót a lista tetejére, illetve aljára helyezheti, ha a felfelé, illetve lefelé
mutató vonalas nyílra kattint.

Kattintson az OK gombra a módosítások elmentéséhez és a Gene Expression (Génexpresszió) fülre
való visszatéréshez.

Felhasználói útmutató | 279

12. fejezet Génexpressziós elemzés

A cél, a minta és a biológiai csoport színbeállításainak módosítása
A Color Settings (Színbeállítások) párbeszédpanelen módosíthatja egy cél, minta vagy biológiai csoport
színét, valamint törölheti az elemet a grafikonról.

A cél színbeállításainak a módosítása
1.

Ellenőrizze a Gene Expression (Génexpresszió) párbeszédpanel jobb oldali panelén, hogy a Sample(Minta) elem látható-e az X-Axis (X tengely) legördülő listában.

2.

A Chart Tools (Diagrameszközök) szakaszban válassza ki a Color Settings (Színbeállítások) elemet.
Ekkor megjelenik a Color Settings (Színbeállítások) párbeszédpanel.

3.

Ha szeretné módosítani egy cél megjelenítési színét, kattintson az adott cél színére a Color (Szín)
oszlopban.

4.

A megjelenő Color (Szín) párbeszédpanelben válasszon ki egy új színt, majd kattintson az OK
gombra.

5.

Ha szeretne törölni egy célt a génexpressziós grafikonról, vegye ki az adott cél jelölőnégyzetéből ajelölést a Show Chart (Diagram megjelenítése) oszlopban.
Tipp: ha az összes célt törölni szeretné, vegye ki a Show Chart (Diagram mutatása)
jelölőnégyzetből a jelölést az oszlop fejlécében.

6.

(Opcionális) Az oszlopok alapértelmezés szerint homogén színnel jelennek meg. Ha az oszlopokat
színátmenettel szeretné megjeleníteni, vegye ki a Use Solid Colors (Egyszínű stílus használata)
jelölőnégyzetből a jelölést.

7.

Az OK gombra kattintva elmentheti a módosításokat, és visszatérhet a Gene Expression(Génexpresszió) fülre.

A minta vagy a biológiai csoport színbeállításainak módosításához
1.

Ellenőrizze a Gene Expression (Génexpresszió) párbeszédpanel jobb oldali panelén, hogy a Target(Cél) elem látható az X-Axis (X tengely) legördülő listában.

2.

Végezze el a következő szakaszban szereplő lépéseket: A cél színbeállításainak a módosítása a(z)280. oldalon.

A diagramnézet módosítása
Az aktuális diagramnézet módosításához
u

Válassza ki a célnézet menüparancsát az eszköztárból.

Megjegyzés: a Gene Expression (Génexpresszió) fül mindig az alapértelmezett Bar Chart(Oszlopdiagram) nézet adatait megjelenítve nyílik meg.

280 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

Szélsőséges adatpontok kizárása
A pontdiagramon egyszerűen megtekintheti a szélsőséges adatpontokat, és kizárhatja őket a
vizsgálatból.

A szélsőséges adatpontok kizárásáhozu

A pontdiagramon kattintson a jobb egérgombbal a cél szélsőséges adatpontjára, és válassza ki az
Exclude Well from Analysis (Cella kizárása a vizsgálatból) lehetőséget.

A szoftver törli az adatpontot a pontdiagramról, és a cella szürke színűre vált a Quantifiation(Kvantifikáció) fül Well Selector (Cella kiválasztása) menüpontjában.

Kizárt szélsőséges adatpont befoglalásau

A Quantification (Kvantifikáció) fülön kattintson a jobb egérgombbal a cellára a Well Selector (Cella
kiválasztása) ablakban, és válassza ki a Well > Include in Analysis (Cella > Befoglalás az elemzésbe)lehetőséget.

Az adatpontok részleteinek megtekintése
Adatpontok részleteinek megtekintéséhezu

A dobozdiagramban vagy pontdiagramban vigye a kurzort egy egyedi adatpont fölé.

Megjelenik egy eszközleírás, amely a minta nevét és expresszióját mutatja (relatív mennyiség vagy
normalizált expresszió, a kiválasztott üzemmódtól függően).

Diagramok ellátása jegyzetekkel
Az adatok egyértelmű közlése érdekében mindegyik oszlopdiagram-nézethez hozzáadhat nyilakat,
köröket és szövegeket. A jegyzeteket a szoftver az oszlopdiagrammal együtt elmenti, és megjelennek az
exportált és kinyomtatott fájlban. Egy adott diagramnézethez adott jegyzeteket azonban nem adja hozzáa többi diagramnézethez.

Egy nyíl vagy egy kör diagramra rajzolásához
1.

Az oszlopdiagram eszköztárában kattintson a megfelelő eszközre.

2.

Kattintson az oszlopdiagramba, és szükség szerint húzza át a kurzort a diagramon.

Felhasználói útmutató | 281

12. fejezet Génexpressziós elemzés

Szöveg hozzáadásához a diagramhoz
1.

Az oszlopdiagram eszköztárában kattintson az Add Text (Szöveg hozzáadása) lehetőségre.

2.

Kattintson az oszlopdiagramba. Az adott helyen megjelenik egy szövegmező.

3.

Írja be a szöveget a szövegmezőbe.

4.

A szövegmezőből a diagramon bárhová kattintva léphet ki.
Tipp: az Enter gombot megnyomva több sort is beírhat a szövegmezőbe.

Jegyzet mozgatásához
1.

Vigye az egérmutatót a jegyzet fölé. Az ikon átvált egy mutató ujj képére, és a program kiemeli a
jegyzet határvonalát.

2.

Kattintson a jegyzetbe, és húzza egy másik helyre.

3.

Az új helyére történő rögzítéshez eressze el a jegyzetet.

Jegyzet visszavonásáhozu

Kattintson az Undo (Visszavonás) gombra.
A szoftver törli a legutolsó alkalommal hozzáadott jegyzetet.
Tipp: a tíz legutóbbi jegyzetet vonhatja vissza egyenként.

Jegyzet visszaállításáhozu

Kattintson a Redo (Mégis) gombra.
a legutolsóként eltávolított jegyzet újra megjelenik.
Tipp: A tíz legutóbbi jegyzetet hozhatja vissza egyenként.

Jegyzet törléséhezuKattintson a jobb egérgombbal a jegyzetre, és válassza ki a Delete (Törlés) opciót.

282 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

Génexpressziós adatok módosítása
Az analízis-üzemmód (normalizált expresszió /∆∆Cq/ vagy relatív mennyiség /∆Cq/) kiválasztása utánállítsa be a megtekintett adatokat a Gene Expression (Génexpresszió) fülön, a diagram jobb oldalán levőbeállítási lehetőségek módosításával.
Tipp: az alapértelmezett génexpressziós adatokat a User Preferences (Felhasználói beállítások)párbeszédablakban állíthatja be (lásd: A génexpresszió-adatfájlra vonatkozó alapértelmezettparaméterek beállítása a(z) 97. oldalon).

Grafikonadatok
A grafikonadatok beállításainak engedélyezéséhez állítsa az Y tengely értékét lineáris skálára (Linear
scale). A grafikonadatok beállításai lehetővé teszik az adatok grafikonon való megjelenítését az alábbi
opciók egyike szerint:nRelative to control (A kontrollhoz képest) – az adatok megjelenítése grafikonon 0-tól 1-ig skálázott
tengellyel. Akkor válassza ki ezt a lehetőséget, ha a futtatásban kontrollt állított be, és a cél csökkent
vagy fokozott expresszióját szeretné gyorsan ábrázolni.

nRelative to zero (A nullához képest) – az adatok megjelenítése grafikonon, az origó a nullponton van.

Analyze Using (Elemzés a következő segítségével:)
A legördülő menüben kiválaszthatja, hogy a rendszer hogyan elemezze és ábrázolja az adatokat. A
következő lehetőségeket használhatja:nSamples Only (Csak minták) – a rendszer mintánként elemzi és ábrázolja az adatokat.

nBiological Groups Only (Csak biológiai csoportok) – a rendszer a biológiai csoportok alapján elemziés ábrázolja az adatokat. A biológiai csoporthoz megjelenített expresszió az adott csoportban
található minták geometriai középértéke.

nSample Biological Group (Minta, biológiai csoport) – a rendszer mintánként elemzi és ábrázolja az
adatokat, a minta neve után illesztve a biológiai csoportot. A rendszer a megjelenített p-értékeket abiológiai csoport alapján számítja ki.

nBiological Group Sample (Biológiai csoport, minta) – a rendszer mintánként elemzi és ábrázolja az
adatokat, a minta neve elé illesztve a biológiai csoportot. A rendszer a megjelenített p-értékeket abiológiai csoport alapján számítja ki.

A legördülő menüvel kiválaszthatja azt a mintát, amelyet a rendszer a relatív mennyiség
normalizálásához fog használni:Felhasználói útmutató | 283

12. fejezet Génexpressziós elemzésP-értékek és a p-értékre vonatkozó küszöbérték megjelölése a diagramon
Amikor be van jelölve az Annotate P-Values (P-értékek megjelölése) elem, a szoftver egy csillagot (*)
jelenít meg az oszlopdiagramon a cél felett, ha p-értéke a kiválasztott küszöbérték alatt van. A szoftver
automatikusan kiszámítja a p-értéket úgy, hogy egy standard t-próbával összehasonlítja a minta
expressziójának szintjét a kiválasztott kontroll minta expressziójának szintjével. A p-érték
küszöbértékének tartománya: 0,000 – 1,000.

Az X tengelyre vonatkozó beállítások
Az X tengelyre vonatkozó beállítások lehetővé teszik a Gene Expression (Génexpressziós) diagram X
tengelye adatainak kiválasztását:nTarget (Cél) – a célneveket ábrázolja az X tengelyen.

nSample (Minta) – a mintaneveket ábrázolja az X tengelyen.

Az Y tengelyre vonatkozó beállítások
Az Y tengelyre vonatkozó beállítások lehetővé teszik a Gene Expression (Génexpressziós) diagramábrázolását az alábbi három skála egyikével:nLinear (Lineáris) – ezzel az opcióval lineáris skálán ábrázolhatja az adatokat.
Tipp: az Y tengely Linear (Lineáris) értékre állítása bekapcsolja a Graph Data (Diagramadatok)
legördülő listát, amelyről kiválaszthatja az adatok a kontrollhoz vagy nullához viszonyított
ábrázolását.

n

Log 2 – ezzel az opcióval a mintákat nagy dinamikus tartományban értékelheti ki.

n

Log 10 – ezzel az opcióval a mintákat nagy dinamikus tartományban értékelheti ki.

Skálázási opciók
Válassza ki a Normalized Gene Expression (ΔΔCq) (Normalizált génexpresszió) lehetőséget, és állítsa be
a opciót None (Nincs) értékre a Gene Expression (Génexpresszió) diagram skálázási opcióinak
engedélyezéséhez. Válasszon ki egyet ezekből a méretezési lehetőségekből az adatok a futtatás
beállításainak legjobban megfelelő kiszámításához és megjelenítéséhez:n

Unscaled (Skálázatlan) – a skálázatlan normalizált génexpressziót jeleníti meg.

nHighest (Legmagasabb) – a normalizált génexpressziót az egyes célokhoz úgy skálázza, hogy az
egyes minták expressziószintjét elosztja a legmagasabb szintű expresszióval az összes mintában.
Ez a skálázási lehetőség a „legmagasabbra méretezett” képletet használja.

n

Lowest (Legalacsonyabb) – a normalizált génexpressziót az egyes célokhoz úgy skálázza, hogy az
egyes minták expressziószintjét elosztja a legalacsonyabb szintű expresszióval az összes mintában.

284 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

Ez a skálázási lehetőség a „legalacsonyabbra méretezett” képletet használja.
n

Average (Átlag) – a normalizált génexpressziót az egyes célokhoz úgy skálázza, hogy az egyes
minták expressziószintjét elosztja az összes minta mértani középértékével.
Ez a skálázási lehetőség az „átlagra méretezett” képletet használja.

Válassza ki, hogy a rendszer milyen típusú hibaszámításokat (hibasávokat) jelenítsen meg a Gene
Expression (Génexpresszió) diagramon:

A diagramhibasáv szorzója
Válasszon ki egy szorzót a hibaoszlopokhoz a Gene Expression (Génexpresszió) diagramban.
Válasszon egyet a következő egész számokból:n+/- 1 (alapértelmezett)

n

2

n

3

A szorzó típusa változik, amikor kiválasztja a hibaoszlopot:n

SEMs a középérték standard hibájáhozn

Std Devs a szórásokhoz

Kísérlet beállításai
Tipp: Ez a párbeszédpanel a Plate Editor (Lemezszerkesztő) eszközben is elérhető. További
információ: Kísérleti beállítások módosítása a(z) 160. oldalon.
Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) párbeszédpanelen megtekintheti vagy módosíthatja a célok,minták vagy biológiai csoportok listáját, kiválaszthatja a referenciagéneket, kontrollokat, vagy beállíthatja
a vizsgálni kívánt Gene Expression Analysis (Génexpresszió-elemzési) csoportot, ha hozzáadottbiológiai csoportokat a cellákhoz.

Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) párbeszédpanel megnyitásáhozu

Kattintson a Graphing (Grafikus ábrázolás) fülön az Experiment Settings (Kísérlet beállításai)gombra a jobb oldali panel alján.
Megjelenik az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) párbeszédpanel és rajta a Targets (Célok)fül.

Felhasználói útmutató | 285

12. fejezet Génexpressziós elemzés

A Targets (Célok) beállításainak módosításáhozu

A Targets (Célok) fülön végezze el az alábbiak valamelyikét:nEgy cél kiválasztásához génexpresszióadat-elemzés referenciájaként jelölje be a nevét a
Reference (Referencia) oszlopban.

n

A cél színének módosításához kattintson a cellájára a Color (Szín) oszlopban, és módosítsa aszínt a megjelenő Color (Szín) párbeszédpanelen.
A szín változása megjelenik a Gene Expression (Génexpresszió) diagramokban.

n

Egy korábban meghatározott hatásfokérték használatához szüntesse meg a cél
jelölőnégyzetének bejelölését az Auto Efficiency (Automatikus hatásfok) oszlopban, majd írjon
be egy számot a cél hatásfokának százalékos értékéhez.
Ha egy cél adatai tartalmaznak standard görbét, a szoftver az Auto Efficiency (Automatikus
hatásfok) funkcióval kiszámítja a cél relatív hatásfokát.

A Sample (Minta) beállításainak módosításáhozu

A Samples (Minták) fülön végezze el az alábbiak valamelyikét:n

Egy minta kiválasztásához génexpresszióadat-elemzés kontrolljaként jelölje be a nevét aControl (Kontroll) oszlopban.

n

A minta színének módosításához kattintson a cellájába a Color (Szín) oszlopban, és módosítsaa színt a megjelenő Color (Szín) párbeszédpanelen.
A szín változása megjelenik a Gene Expression (Génexpresszió) diagramokban.

n

A minta megjelenítéséhez a génexpressziós diagramokban válassza ki a Show Chart (Diagram
megjelenítése) oszlopban.

n

A minta törléséhez a génexpressziós diagramokból szüntesse meg a bejelölését a Show Chart(Diagram megjelenítése) oszlopban.
Tipp: a mintacsoport adatai megmaradnak a Results (Eredmények) táblázatban.

Minta kizárásához az elemzés számításaibóluJelölje be a jelölőnégyzetét az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) párbeszédpanel alján.
Megjegyzés: ezzel kizárja a kontrollokat, illetve standardokat a génexpresszió-elemzésből.

286 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

A jobb egérgombbal kattintva elérhető menüpontok
Kattintson a jobb egérgombbal a génexpressziós diagramra a 32. táblázat látható elemek
kiválasztásához.
32. táblázat A jobb egérgombbal kattintással elérhető génexpressziós menüpontok

Tétel

Funkció

Copy (Másolás)

A diagram vágólapra másolása.

Save Image As (Kép mentése

A diagram mentése képfájlként. Állítsa be a kép felbontását és

másként)

méreteit, majd válassza ki a fájltípust (PNG, JPG, vagy BMP).

Page Setup (Oldalbeállítás)A nyomtatásra vonatkozó oldalbeállítás kiválasztása.

Print (Nyomtatás)

A diagram kinyomtatása.

Set Scale to Default (Skála

Show All (Az összes adat megjelenítése) – az összes adat

alapértelmezett értékre állítása)

megjelenítése az oszlopdiagramon. Scroll Bar (Görgetősáv) –görgetősáv megjelenítése, ha annyi minta található, amennyit nem
lehet egyszerre megjeleníteni a diagram keretében a minimális
oszlopszélesség megtartása mellett.

Diagrambeállítások

A Chart Settings (Diagrambeállítások) ablak megnyitása, ahol
módosíthatja a grafikont.

Sort (Rendezés)

A diagram X tengelyén megjelenő minták vagy célok sorrendjének
rendezése.

Use Corrected Std Devs

A hibasávok kiszámítása a korrigált szórás képletével.

(Korrigált szórások használata)
Use Solid Bar Colors (Homogén

Homogén oszlopok megjelenítése a diagramon.

oszlopok használata)
X–Axis Labels (Az X tengely

Az X tengely címkéinek megjelenítése vízszintesen vagy döntve.

címkéi)

Felhasználói útmutató | 287

12. fejezet Génexpressziós elemzés

Adattáblázat
A 33. táblázat a Gene Expression (Génexpresszió) adattáblában megjelenő adatokat ismerteti.
Megjegyzés: A rendszer a táblában szereplő értékeket a jobb oldali panelen kiválasztott
grafikontípus és beállítások alapján számítja ki.
33. táblázat A Graphing (Grafikus ábrázolás) fül

Információk

LeírásTarget (Cél)

Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban kiválasztott
célnév (sokszorosított gén).

Biological Group (Biológiai

Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban kiválasztott

csoport)minta és/vagy biológiai csoport neve.

Sample Biological Group (Minta,
biológiai csoport)
Biological Group Sample(Biológiai csoport,) minta
Kontroll

Az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban kiválasztott
kontroll neve. Ha az Analyze Using (Elemzés a következő
segítségével:) paraméterhez a Samples Only (Csak minták) érték vanbeállítva, az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban aControl (Kontroll) a kiválasztott minta. Ha a Biological Groups Only
(Csak biológiai csoportok), a Sample Biological Group (Minta, biológiai
csoport) vagy a Biological Group Sample (Biológiai csoport, minta)érték van kiválasztva, a kontroll az Experiment Settings (Kísérlet
beállításai) ablakban kiválasztott biológiai csoport.

Relatív mennyiség vagy

A kiválasztott üzemmódtól függően relatív mennyiség (ΔCq) vagy

expresszió

normalizált génexpresszió (ΔΔCq).

A relatív mennyiség vagy az

A kiválasztott opciótól függően a relatív mennyiség, illetve a

expresszió középértékének

normalizált expresszió középértékének standard hibája vagy szórása.

standard hibája (vagy szórása)

Csak akkor elérhető, ha az Analyze Using (Elemzés a következő
segítségével:) paraméter a Samples Only (Csak biológiai csoportok),
Sample Biological Group (Minta, biológiai csoport) vagy BiologicalGroup Sample (Biológiai csoport, minta) értékre van állítva.

288 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

Információk

Leírás

A relatív mennyiség vagy

A kiválasztott opciótól függően a relatív mennyiség, illetve a

expresszió korrigált

normalizált expresszió korrigált középértékének standard hibája vagy

középértékének standard hibája

szórása. Csak akkor elérhető, ha az Analyze Using (Elemzés a(vagy szórása)

következő segítségével:) paraméter a Samples Only (Csak biológiai
csoportok), Sample Biological Group (Minta, biológiai csoport) vagy
Biological Group Sample (Biológiai csoport, minta) értékre van állítva.

A Cq középértéke

A kvantifikációs ciklus középértéke (nem jelenik meg, ha az Analyze
Using (Elemzés a következő segítségével:) paraméter a BiologicalGroups Only (Csak biológiai csoportok) értékre van állítva).

A Cq középértékének standard

A kiválasztott opciótól függően a kvantifikációs ciklus középérték

hibája (vagy szórása)

standard hibája vagy szórása (nem jelenik meg, ha az Analyze Using(Elemzés a következő segítségével:) paraméter a Biological Groups
Only (Csak biológiai csoportok) értékre van állítva).

Felhasználói útmutató | 289

12. fejezet Génexpressziós elemzésShow Details (Részletek megjelenítése) opció
A 34. táblázat az oszlopdiagram táblázatának jobb gombos menüjéről kiválasztott Show Details(Részletek megjelenítése) parancs hatására megjelenített adatokat mutatja be.
34. táblázat Az oszlopdiagram táblázatában látható információk a Show Details (Részletek
megjelenítése) parancs kiválasztása esetén

Információk

LeírásData Set (Adatkészlet)

Fluoreszcenciaadatok egy fluorofórból az adatfájlban

Relative Quantity

A minták számított relatív mennyisége

Relative Quantity SD

A relatív mennyiség számításának szórása

Corrected Relative Quantity SD

A korrigált relatív mennyiség számított szórása

Relative Quantity SEM

A relatív mennyiség számítása középértékének standard hibája

Corrected Relative Quantity

A korrigált relatív mennyiség középértékének számított standardSEM

hibájaRelative Quantity(lg)A statisztikai vizsgálathoz használt relatív mennyiség log2 értéke

SD RQ(lg)A relatív mennyiség szórása (log2)

SEM Expression(lg)Az expresszió középértékének standard hibája (log2)

Unscaled Expression

Számított skálázatlan expresszió

Unscaled Expression SD

A skálázatlan expresszió számított szórása

Corrected Unscaled Expression

A korrigált skálázatlan expresszió számított szórása

SD
Unscaled Expression SEM

A skálázatlan expresszió számított középértékének standard hibája

Corrected Unscaled Expression

A korrigált skálázatlan expresszió középértékének számított standardSEM

hibájaUnscaled Expression(lg)A skálázatlan expresszió log2 értéke

SD Unscaled Expression(lg)A skálázatlan expresszió szórása (log2)

SEM Unscaled Expression(lg)A skálázatlan expresszió középértékének standard hibája (log2)

Expression

Normalizált génexpresszió

290 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Grafikus ábrázolás

34. táblázat Az oszlopdiagram táblázatában látható információk a Show Details (Részletek
megjelenítése) parancs kiválasztása esetén, folytatás

Információk

LeírásCorrected Expression SD

A korrigált expresszió számított szórása

Expression SEM

Az expresszió középértékének standard hibája

Corrected Expression SEM

A korrigált expresszió középértékének számított standard hibája

Expression(lg)A statisztikai analízishez használt expresszió (normalizált expresszió)
log2 értéke

SD Expression(lg)Az expresszió szórása (log2)

SEM Expression(lg)Az expresszió középértékének standard hibája (log2)

Mean Cq

A kvantifikációs ciklus középértéke

Cq SD

A kvantifikációs ciklus szórása

Cq SEMA kvantifikációs ciklus középértékének standard hibája

Felhasználói útmutató | 291

12. fejezet Génexpressziós elemzés

Klasztergram
A klasztergram az adatokat a különböző célokhoz és mintákhoz az expresszió hasonlósági fokán alapuló
hierarchiában jeleníti meg.
Megjegyzés: az oszlopdiagramok relatív expresszióján kívüli bármelyik adatdiagram
megjelenítéséhez ki kell választania egy referenciacélt.
A klasztergram a következők szerint ábrázolja egy minta vagy cél relatív expresszióját:n

Fokozott expresszió (piros) – magasabb expressziónCsökkent expresszió (zöld vagy kék) — alacsonyabb expresszió

nNincs változás (fekete)nNincs számított érték (fekete, fehér „X”-szel)

Minél halványabb a szín, annál nagyobb az expresszió relatív különbsége. Ha nem számítható ki
normalizált Cq-érték, a négyzet fekete színű lesz egy fehér „X”-szel.
Az adatdiagram külső szélein egy dendrogram található, amely a klaszterhierarchiát jelzi. A hasonló
expressziós mintát mutató célok vagy minták ágai egymáshoz közel lesznek, míg az eltérő mintát
mutatók távolabb lesznek egymástól.

Beállítások
A következő opciókat állíthatja be:n

Cluster By (Csoportosítás a következő szerint:) – válasszon a Targets, Samples, Both, or None
(Célok, Minták, Mindkettő vagy Egyik sem) lehetőségek közül.

nSize (Méret) – beállítja a kép méretét, és módosítja a diagram nagyításának a mértékét.

n

Split Out Replicates (Replikátumok különválasztása) – megjeleníti az egyes replikátumok értékeit.

Tipp: módosíthatja a színmintát az alapértelmezett Piros/Zöld színmintáról Piros/Kék színmintára , hakiválasztja ezt a lehetőséget diagram jobb gombos menüjéből.

A jobb egérgombbal kattintással elérhető menüpontok
A klasztergramnál ugyanazok a menüpontok érhetők el a jobb egérgombbal kattintással, mint az
oszlopdiagramnál. Az elérhető opciók: 32. táblázat a(z) 287. oldalon. Továbbá a Color Scheme(Színséma) kiválasztásával módosíthatja a csökkent expressziót a diagramon az alapértelmezett
Red/Green (Piros/zöld) beállításról a Red/Blue (Piros/kék) beállításra.

Adattáblázat
A táblázat a cél, a minta és a normalizált expresszió értékeit mutatja.

292 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Pontszórási diagram

Pontszórási diagram
A pontszórási diagram a célok normalizált expresszióját ábrázolja egy kontrollnál egy kísérleti mintávalszemben. A görbében levő vonalak a változási szorzó küszöbértékét jelzik. A vonalak között levő adatpontok azt
jelzik, hogy az adott célhoz (génhez) tartozó expressziókülönbség elhanyagolható a minták között. A vonalakon
kívül levő adatpontok meghaladják a változási szorzó küszöbértékét, és érdemes lehet megvizsgálni őket.
A diagram a következő célexpresszió-változásokat mutatja a változási szorzó küszöbértéke alapján:n

Fokozott expresszió (piros színű kör) – viszonylag magasabb expressziónCsökkent expresszió (zöld vagy kék színű kör) – viszonylag alacsonyabb expresszió

nNincs változás (fekete színű kör)

A változási szorzó küszöbértékének módosításához kattintson valamelyik küszöbértékvonalra, és húzzael.

Beállítások
A következő opciókat állíthatja be:nControl Sample (Kontroll minta)nExperimental Sample (Kísérleti minta)n

Fold Change Threshold (A változási szorzó küszöbértéke). Ha Ön növeli vagy csökkenti a változási
szorzó értékét, a küszöbértéket jelző vonalak ennek megfelelően mozognak a grafikonon.

A jobb egérgombbal kattintással elérhető menüpontok
A pontszórási diagramnál ugyanazok a menüpontok érhetők el a jobb egérgombbal kattintással, mint az
oszlopdiagramnál. Az elérhető opciók: 32. táblázat a(z) 287. oldalon. Továbbá a Symbol (Szimbólum)kiválasztásával módosíthatja, hogy a rendszer az alapértelmezett kör helyett a következők közül melyik
szimbólumot használja a görbén:nTriangle (Háromszög)nCross (Kereszt)nSquare (Négyzet)nDiamond (Gyémánt)

Felhasználói útmutató | 293

12. fejezet Génexpressziós elemzés

Adattáblázat
A táblázat a kontroll és kísérleti mintákra vonatkozó cél- és normalizált expresszió értékeit mutatja.
Továbbá azt is jelzi, hogy a célok expressziója a célszabályozáshoz viszonyítva fokozott vagy csökkent.

294 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A Results (Eredmények) táblázat

A Results (Eredmények) táblázat
Az Eredmények táblázat összefoglalja az összes diagram adatait. A 35. táblázat a Results (Eredmények)
táblázatban megjelenő adatokat jeleníti meg.
35. táblázat A Results (Eredmények) fülön látható információk

Információk

Leírás

Cél

Célnév (sokszorosított gén)Sample (Minta)

Mintanév

A Cq középértéke

A kvantifikációs ciklus középértéke

Mean Efficiency Corrected Cq (AA kvantifikációs ciklus középértéke a reakció hatásosságához történő

hatásfokkal korrigált Cq

helyesbítés utánközépértéke)
Normalizált expresszió

Egy referenciacélhoz normalizált célexpresszió (ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Egy kontroll mintához viszonyított normalizált expresszió; más néven:(Relatív normalizált expresszió)

Fold Change (A változás szorzója)

Regulation (Szabályozás)

Az expressziónak egy kontroll mintához viszonyított változása

Compared to Regulation

Egy kísérleti minta fokozott vagy csökkentett expressziója a

Threshold (A szabályozási

küszöbérték-beállítás alapján

küszöbértékkel
összehasonlítva)Megjegyzés: A replikátumokra vonatkozó adatok kizárólag azokon az adatelemzési füleken látható
táblázatokban találhatók meg, amelyeken a Split Out Replicates (Replikátumok szétosztása) ki vanválasztva (vagyis a Clustergram /klasztergram/ fülön). Ha az oszlopdiagramon kontroll mintaként a„none” (nincs) opciót választja ki, a génexpresszió-elemzési táblázatokban található
expresszióadatok között eltérések lehetnek.

Felhasználói útmutató | 295

12. fejezet Génexpressziós elemzés

Génvizsgálat
Génvizsgálatot hoz létre, hogy egy – a kísérletek között normalizálást végző – futtatások közötti kalibrátor
segítségével összehasonlíthasson egy vagy több valós idejű PCR-kísérletből származó génexpresszióadatokat. Génvizsgálat létrehozásához adjon hozzá egy vagy több (.pcrd kiterjesztésű) adatfájlból
adatokat a génvizsgálathoz. A szoftver ezeket egyetlen (.mgxd kiterjesztésű) fájlba csoportosítja.
Megjegyzés: azt, hogy egy génvizsgálat részeként legfeljebb hány darab mintát elemezhet, az
határozza meg, hogy a számítógép mennyi RAM-mal és virtuális memóriával rendelkezik.

Futtatások közötti kalibrálás
A rendszer minden egyes génvizsgálat során automatikusan megkísérli elvégezni a futtatások közötti
kalibrálást az egyes célokhoz, hogy normalizálja a különálló valós idejű PCR-futtatásokban (vagyis akülönböző lemezekből létrehozott különböző .pcrd kiterjesztésű fájlokban) vizsgált célok közötti
eltéréseket.
Ahhoz, hogy a szoftver futtatások közötti kalibrátorként érzékeljen egy mintát, az összehasonlítani kívánt
összes lemezben azonosnak kell lennie a célnévnek, a mintanévnek, valamint – ha használja – a biológiai
sor nevének.
Megjegyzés: Ahhoz, hogy a rendszer futtatás közötti kalibrálást végezzen, legalább egy futtatások
közötti kalibrátor mintának jelen kell lennie a génvizsgálatban. A megfelelő futtatások közötti
kalibrátor mintákat nem tartalmazó célokat a rendszer korrigálás nélkül fogja feldolgozni agénvizsgálatban (ez nem ajánlott).
A futtatások közötti kalibrátorok kétféleképpen alkalmazhatók:nCélonként – a különböző PCR-primerek különböző hatásfokkal rendelkezhetnek. A rendszer
alapértelmezés szerint az ugyanazon lemezben található összes olyan cellára alkalmazza afuttatások közötti kalibrátort, amelyek azonos nevű céllal (például az ugyanazon vizsgálattal generált
Cq-értékkel) rendelkeznek.

nA teljes vizsgálatra – a felhasználó kiválaszt egyetlen futtatások közötti kalibrátort, és a rendszer ezt
alkalmazza a teljes génvizsgálatra.

296 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Génvizsgálat

A Gene Study (Génvizsgálat) párbeszédpanel

A Gene Study (Génvizsgálat) párbeszédpanel két fület tartalmaz:nStudy Setup (Vizsgálat beállítása) fül – a futtatásokat kezeli a génvizsgálatban.
Fontos: egy génvizsgálatban az adatfájlok hozzáadása vagy eltávolítása nem változtatja meg
az eredeti fájlban levő adatokat.

nStudy Analysis (Vizsgálat kiértékelése) fül – megjeleníti a génexpresszió adatokat a kombinált
futtatásokhoz.

A Study Setup (Vizsgálat beállítása) fül
A 36. táblázat a Study Setup (Vizsgálat beállítása) fülön megjelenő adatokat ismerteti.
36. táblázat A Study Setup (Vizsgálat beállítása) fül a Gene Study (Génvizsgálat)párbeszédpanelen

Oszlop címe

LeírásFile Name (Fájl neve)

A futtatási adatfájl (.pcrd kiterjesztés) neve

File Folder (Fájlmappa)

A génvizsgálatban levő egyes futtatások adatfájljait tároló könyvtár

Date Created (Létrehozás

A futtatási adatok rögzítésének dátuma

dátuma)Felhasználói útmutató | 297

12. fejezet Génexpressziós elemzés

36. táblázat A Study Setup (Vizsgálat beállítása) fül a Gene Study (Génvizsgálat)párbeszédpanelen, folytatás

Oszlop címe

LeírásWell Group Name

A fájlnak a génvizsgálathoz történt hozzáadásakor kiválasztott(Cellacsoport neve)cellacsoport neve
Tipp: egy cellacsoport elemzéséhez a génvizsgálatban az adottcellacsoportot az adatfájl génvizsgálatba történő importálása előtt
ki kell választani a Data Analysis (Adatelemzés) ablakban.

Step (Lépés)A protokoll azon lépése, amely tartalmazza a lemezleolvasást a valósidejű PCR adatok rögzítéséhez

Run Type (Futtatás típusa)

A felhasználó által meghatározott vagy PrimePCR-futtatás

Protocol Edited (Protokoll

Ha ki van választva, ez azt jelzi, hogy egy PrimePCR-futtatáshoz

szerkesztve)

használt protokoll szerkesztve volt

View Plate (Lemez

Megjeleníti a lemez lemeztérképét a génvizsgálatban szereplő összes

megtekintése)

futtatás adataival

Génvizsgálat előkészítése
Génvizsgálat előkészítéséhez1.

Mielőtt adatokat importálna egy génvizsgálatba, végezze el a következőket a Data Analysis(Adatelemzés) ablakban:nEllenőrizze, hogy az ugyanazt a tartalmat tartalmazó minták neve megegyezik. Egy
génvizsgálatban a szoftver feltételezi, hogy a megegyező cél- vagy mintanevű cellák
ugyanolyan mintákat tartalmaznak.

nÁllítsa be a kiindulási értéket és a küszöbértéket (Cq) a Quantification (Kvantifikáció) fülön az
adatok optimalizálására az egyes futtatásokban.

n

Válassza ki azt a cellacsoportot, amelyet szeretne bevenni a génvizsgálatba.
Egy cellacsoport adatainak a megjelenítéséhez a génvizsgálatban azt a csoportot ki kellválasztani az adatfájl importálása előtt.

A Study Setup (Vizsgálat beállítása) fül a génvizsgálat összes futtatásának listáját mutatja.
2.

A Gene Study (Génvizsgálat) párbeszédpanelen válassza ki a Study Setup (Vizsgálat beállítása)
fület.

3.

Kattintson az Add Data Files (Adatfájlok hozzáadása) opcióra egy fájl kiválasztásához a fájlkezelő
ablakból.

298 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Génvizsgálat

Tipp: gyorsan hozzáadhat futtatásokat egy génvizsgálathoz, ha az adatfájlokat (.pcrd
kiterjesztés) ráhúzza a Study Setup (Vizsgálat beállítása) párbeszédpanelre.
4.

A CFX Maestro Dx SE az adatfájlok hozzáadásával egyidejűleg automatikusan végrehajtja agénvizsgálat elemzését. Az eredmények megtekintéséhez válassza ki a Study Analysis (Vizsgálatelemzése) fület.

Futtatások eltávolításához a génvizsgálatbólu

Válasszon ki egy vagy több fájlt a listából, és kattintson a Remove (Eltávolítás) parancsra.

Megjegyzések hozzáadásához a génvizsgálathozu

A fájlokkal és az analízissel kapcsolatos megjegyzéseket írja be a Notes (Megjegyzések)szövegpanelbe.

A Study Analysis (Vizsgálati elemzés) fül
A Study Analysis (Vizsgálati elemzés) fülön a génvizsgálat során elvégzett összes futtatásból származó
adatok láthatók. A génexpresszióadat-elemzési opciók ugyanazok, mint egyetlen adatfájl esetében,kivéve a következőket:n

Az oszlopdiagramok esetében az Inter-run Calibration (Futtatások közötti kalibrálás) elemre kattintva
megjelennek a futtatások közötti kalibrálási értékek (ha a rendszer kiszámította őket).
Megjegyzés: kizárólag a következő mintatípusok használhatók futtatások közötti kalibrátorként:oUnknown (Ismeretlen)oStandardoPositive Control (Pozitív kontroll)

A Negative Control (Negatív kontroll), no template control (sablon nélküli kontroll, NTC) és no reverse
transcriptase control (reverz transzkriptáz nélküli kontroll, NRT) mintatípusok nem használhatók
futtatások közötti kalibrátorként.
n

A Reference Gene Selection (Referenciagén kiválasztása) eszköz beazonosítja a tesztelt
referenciagéneket, és a stabilitásuk szerint az Ideal (Ideális), Acceptable (Elfogadható) vagy
Unstable (Instabil) kategóriába sorolja őket:o

Az ideális referenciagének stabilak, és minimális eltérésekkel vannak jelen a tesztelt mintákban.

o

Az elfogadható referenciagének nem ideálisan stabilak, és mérsékelt eltérésekkel vannak jelen
a tesztelt mintákban. Akkor használja ezeket a referenciagéneket az elemzéshez, ha nincsenek
ideális referenciagének.

Felhasználói útmutató | 299

12. fejezet Génexpressziós elemzéson

Az instabil referenciagének nagymértékű eltérésekkel vannak jelen a tesztelt mintákban.
Ajánlott ezeket a géneket kizárni az elemzésekből.

A PrimePCR Controls (PrimePCR-vezérlők) eszköz egy táblában megjeleníti a tesztelt mintákra
vonatkozó eredményeket:o

A Summary (Összefoglalás) fülön az összes tesztelt minta összefoglalása látható. Az összes
kontrollvizsgálatot sikeresen teljesítő minták zöld színnel jelennek meg. A kontrollvizsgálatok
közül egyet vagy többet sikertelenül teljesítő minták sárga színnel jelennek meg.

o

A PCR fülön a pozitív PCR kontroll típusú vizsgálat eredményei láthatók. Ez a vizsgálat agénexpressziót befolyásoló gátlás vagy kísérleti problémák detektálására használható.

o

Az RT fülön a reverz transzkriptáz kontroll típusú vizsgálat eredményei láthatók. Ez a vizsgálat
az RT teljesítmény kvalitatív kiértékelésére használható, és azonosítja azokat a mintákat, ahol
az RT teljesítmény valószínűleg meghiúsítja a génexpressziót.

o

A gDNA (gDNS) fülön a DNS-szennyezési kontroll típusú vizsgálat eredményei láthatók. Ezzel a
vizsgálattal azt határozhatja meg, hogy egy mintában van-e jelen olyan szinten genom DNS(gDNS), amely befolyásolhatja a qPCR eredményeket.

o

Az RQ fülön az RNS-minőség típusú vizsgálatok (RQ1 és RQ2) eredményei láthatók. Ezekkel a
vizsgálatokkal kvalitatívan kiértékelhető, hogy az RNS-integritás kedvezőtlenül befolyásolhatjae a génexpressziót.

Génvizsgálat-jelentések kategóriái
A Gene Study Report (Génvizsgálati jelentés) párbeszédpanelt a génvizsgálati adatok jelentésbe
rendezéséhez használhatja. A 37. táblázat a génvizsgálati jelentéshez rendelkezésre álló összes opciót
sorolja fel.
37. táblázat Kategóriák a génvizsgálati jelentésekhez

Kategória

Opció

LeírásFejlécA jelentés címe, alcíme és logója
Report Information (ADátum, a felhasználó neve, az adatfájl neve, az

jelentéssel kapcsolatos

adatfájl útvonala és a kiválasztott cellacsoport

információk)
Gene Study File List
(Génvizsgálat-fájllista)

300 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A génvizsgálatban levő összes adatfájl listája

Génvizsgálat

37. táblázat Kategóriák a génvizsgálati jelentésekhez, folytatás

Kategória

Opció

Leírás

Notes (Megjegyzések)Az adatjelentésre vonatkozó megjegyzések

Study Analysis (Vizsgálati elemzés): Oszlopdiagram
Analysis Settings (Elemzési

A kiválasztott elemzési paraméterek listája

beállítások)Chart (Diagram)Az adatokat ábrázoló génexpressziós
oszlopdiagram

Target Names (Célnevek)

A génvizsgálatban levő célok listája

Sample NamesA génvizsgálatban levő minták listája(Mintanevek)
Data (Adatok)

Az adatokat mutató táblázat

Target Stability

A cél stabilitására vonatkozó adatok(Célstabilitás)Inter-run Calibration

Futtatások közötti kalibrálási adatok(Futtatások közötti
kalibrálás)Box-and-Whisker Chart

Génexpressziós dobozdiagram(Dobozdiagram)
Dot-Plot Chart

Génexpressziós pontdiagram(Pontdiagram)

Study Analysis (Vizsgálati elemzés): Klasztergram és pontszórási diagram
Analysis Settings (Elemzési

Az egyes diagramtípusok beállításai

beállítások)Chart (Diagram)Az adatokat ábrázoló génexpressziós diagram

Data (Adatok)Az egyes célok adatait tartalmazó táblázat

Study Analysis (Vizsgálati elemzés): ANOVA
Data (ANOVA-adatok)

Felhasználói útmutató | 301

12. fejezet Génexpressziós elemzés

37. táblázat Kategóriák a génvizsgálati jelentésekhez, folytatás

Kategória

Opció

LeírásANOVA Settings (ANOVA-Az elemzésben használt p-érték küszöbértéke

beállítások)ANOVA Results (ANOVA-

Az ANOVA és a Tukey-féle HSD post-hoc

eredmények)elemzésből származó eredmények táblázata

Shapiro-Wilk Normality

Biológiai csoport, szám, p-érték és az analízisben

Test (Shapiro-Wilk

az egyes céloknál előforduló esetleges hibák

normalitási próba)
ANOVA Errors (ANOVAhibák)

302 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Az ANOVA-számítások során azonosított hibák

Génvizsgálat

Génvizsgálat-jelentés létrehozása
Génvizsgálat-jelentés létrehozásához
1.

Egy jelentés létrehozása előtt szükség szerint módosítsa a génvizsgálat-jelentés adatait és
diagramjait.

2.

Válassza ki a Tools > Reports (Eszközök > Jelentések) lehetőséget a Gene Study (Génvizsgálat)menüben a Report (Jelentés) párbeszédpanel megnyitásához.

3.

Válassza ki azokat az opciókat, amelyeket szerepeltetni kíván a jelentésben. A jelentés
megnyitásakor az alapértelmezett opciók ki vannak választva. Jelölje be vagy törölje ajelölőnégyzeteket az egész kategóriák vagy egy kategórián belüli egyedi opciók módosításához.
A Génvizsgálat-jelentések kategóriái a(z) 300. oldalon felsorolja a rendelkezésre álló megjelenítendő
opciókat.

4.

Módosítsa a kategóriák és elemek jelentésen belüli sorrendjét. Húzza az opciókat a szükséges
pozícióba. Az elemek csak azokon a kategóriákon belül rendezhetők át, amelyekhez tartoznak.

5.

Kattintson az Update Report (Jelentés frissítése) opcióra a Report Preview (Jelentés előnézete)
frissítéséhez az esetleges módosítások miatt.

6.

Nyomtassa ki vagy mentse el a jelentést. Kattintson a Print Report (Jelentés nyomtatása) gombra azeszköztárban az aktuális jelentés kinyomtatásához. Válassza ki a File > Save (Fájl > Mentés) opciót
a jelentés elmentéséhez PDF (Adobe Acrobat Reader fájl) formátumban, és válasszon ki egy helyet,
ahova el akarja menteni a fájlt. Válassza ki a File > Save As (Fájl > Mentés másként) opciót a jelentéselmentéséhez új névvel vagy egy új helyre.

7.

(Opcionális) Hozzon létre egy jelentéssablont a kívánt információkkal. A jelentés aktuális
beállításainak elmentéséhez sablonként válassza ki a Template > Save (Sablon > Mentés) vagy
Save As (Mentés másként) opciót. Ezután ha egy új jelentést akar elkészíteni, töltse be ajelentéssablont.

Felhasználói útmutató | 303

12. fejezet Génexpressziós elemzés

304 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A. függelék Adatelemzési számítások
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition automatikusan kiszámítja a képleteket, és az eredményeket
megjeleníti a Data Analysis (Adatelemzés) füleken. A jelen mellékletben azt ismertetjük részletesen, hogya CFX Maestro Dx SE hogyan számítja ki a képleteket.

A reakció hatásfoka
A bizonyítékok alapján a génexpresszióra vonatkozó adatok elemzésekor a hatásfok pontos mérése
minden primer- és próbakészletnél pontosabb eredményeket ad. A génexpresszió-számításokban
használt alapértelmezett hatásfok értéke 100%. A reakció hatásfokának kiértékeléséhez készítsen egy
standard görbét egy reprezentatív minta sorozatos hígításának felhasználásával egy releváns dinamikus
tartományban, majd jegyezze le az azt követő génexpresszió-elemzés hatásfokát. Amennyiben a futtatás
standard görbét tartalmaz, és az Auto Efficiency (Automatikus hatásfok) be van jelölve a Targets (Célok)fülön az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban, a szoftver automatikusan kiszámítja ahatásfokot, és megjeleníti a Standard Curve (Standard görbe) alatt a Quantification (Kvantifikáció) fülön.
A hatásfok képleteiben szereplő hatásfok (E) a Pfaffl (2001) és Vandesompele és mtsai. (2002) által leírt„hatásosságra” utal. Ezekben a publikációkban a 2-es hatásosság (minden egyes ciklusnál tökéletes
duplázódás) ebben a szoftverben a 100%-os hatásfokkal egyenértékű. A hatásfok számítását aszoftverben használt hatásfokra konvertálhatja a következő matematikai összefüggések alkalmazásával:n

E = (%-os hatásfok * 0,01) + 1

n%-os hatásfok = (E – 1) * 100

Relative Quantity
A relatív mennyiség (ΔCq) képlete bármely minta (releváns gén) esetében a következő:Megjegyzés: A rendszer ezt a képletet használja a relatív mennyiség kiszámításához, amikor nincs
meghatározva kontrollminta.
Ahol:

Felhasználói útmutató | 305

A. függelék Adatelemzési számításokn

E = a primer- és szondakészlet hatásfoka. Ezt a hatékonyságot a következő képlettel lehet
kiszámítani:(%-os hatékonyság * 0,01) + 1, ahol 100%-os hatékonyság = 2nC q (min) = annak a mintának az átlagos Cq értéke, amelynél a legalacsonyabb a vizsgálandó génrevonatkozó átlagos Cqn

C q (minta) = a minta átlagos Cq értéken

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, egyetlen cél)Relatív mennyiség egy kontroll kiválasztásakor
Ha ki van jelölve egy kontroll minta- vagy biológiai csoport, a rendszer bármelyik vizsgálandó gént (GOI)
tartalmazó mintához a relatív mennyiséget (RQ) ezzel a képlettel számítja ki:

Ahol:
n

E = a primer- és szondakészlet hatásfoka. Ezt a hatékonyságot a következő képlettel lehet
kiszámítani:(%-os hatékonyság * 0,01) + 1, ahol a 100%-os hatékonyság = 2nCq (kontroll) = Átlag Cq a kontroll mintáhoznCq (minta) = átlagos Cq bármely GOI-t tartalmazó mintáhozn

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, egyetlen cél)A relatív mennyiség szórása
Fontos: a jelen számítás kizárólag akkor alkalmazható, ha az Analyze Using (Elemzés a következő
segítségével:) paraméter a Samples Only (Csak minták), a Sample Biological Group (Minta, biológiai
csoport) vagy a Biological Group Sample (Biológiai csoport, minta) értékre van állítva.
A relatív mennyiség szórásának képlete:

Ahol:
n

SD Relative Quantity = a relatív mennyiség szórásan

SD CqGOI minta = a minta (vizsgálandó gén) Cq értékének a szórása

306 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Hatásfokkal korrigált Cq (CqE)nRelative Quantity = a minta relatív mennyiségen

E = a primer- és szondakészlet hatásfoka. Ezt a hatékonyságot a következő képlettel lehet
kiszámítani:(%-os hatékonyság * 0,01) + 1, ahol a 100%-os hatékonyság = 2nGOI = vizsgálandó gén (gene of interest, egyetlen cél)

Hatásfokkal korrigált Cq (CqE)
A hatásfokkal korrigált Cq képlete:

Ahol:
n

E = hatásfok

A közepes hatásfokkal korrigált Cq (MCqE)
A közepes hatásfokkal korrigált Cq képlete:

Ahol:
n

CqE = hatásfokkal korrigált Cqnn = replikátumok száma

Felhasználói útmutató | 307

A. függelék Adatelemzési számítások

Normalizált expresszió
A normalizált expresszió (ΔΔCq) az Ön céljának (génjének) az Ön biológiai rendszerében található
referenciacélok (gének vagy szekvenciák) mennyiségéhez normalizált relatív mennyisége. A
referenciacélok kiválasztásához nyissa meg az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakot, majd
kattintson minden egyes referenciagénként szolgáló cél referenciaoszlopára.
A normalizált expresszió képlete (amely a kiszámított relatív mennyiségen (RQ) alapuló kiszámítást
használja):

Ahol:
n

RQ = egy minta relatív mennyiségen

Ref = a referenciacél egy olyan futtatásban, amelynél az egyes mintákban egy vagy több
referenciacél találhatón

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, egyetlen cél)

Feltéve, hogy a referenciacélok expressziószintje nem változik az Ön biológiai rendszerében, a szoftver anormalizált expresszió kiszámítása során figyelembe veszi az Ön egyes mintáiban jelen lévő betöltési
különbségeket vagy a sejtszám változását.

308 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Normalizált expresszió egy kontroll kiválasztásakor

A biológiai csoportokra vonatkozó expresszió és relatív
mennyiség
Amikor az Analyze Using (Elemzés a következő segítségével:) paraméter a Biological Groups Only (Csakbiológiai csoportok) értékre van állítva, a szoftver megjeleníti a biológiai csoporton belül található mintákátlagos expresszióját (a kiválasztott üzemmódtól függően a normalizált expressziót vagy a relatív
mennyiséget). Mivel az expresszió jellemzően lognormális eloszlású, a rendszer az expressziót ageometriai középérték segítségével átlagolja:

Ahol:
n

Exp1, Exp2, Expn = a biológiai csoportban található minták relatív mennyisége vagy normalizált
expressziójann = a biológiai csoportban található minták száma

Normalizált expresszió egy kontroll kiválasztásakor
Amikor kiválaszt egy kontroll mintát az Experiment Settings (Kísérlet beállításai) ablakban, a szoftver akontroll minta expressziószintjét 1-re állítja. Ebben a helyzetben a szoftver normalizálja az összes cél(gén) expressziójának relatív mennyiségeit a kontroll mennyiségére (értéke 1). Ez a normalizált
expresszió egyenértékű a skálázatlan normalizált expresszió elemzésével egy kontroll kiválasztásakor.
Megjegyzés: ez relatív normalizált expresszió (RNE) és a változás szorzója néven is ismert.

Felhasználói útmutató | 309

A. függelék Adatelemzési számítások

A normalizált expresszió szórása
A normalizált expresszió átméretezése a normalizált expresszió szórásának (a kiválasztott méretezési
opciótól függően) a legmagasabb vagy legalacsonyabb expressziószintekhez tartozó normalizált
expresszióértékkel való elosztásával történik. A normalizációs tényező szórásának (SD) képlete

Ahol:
n

RQ = egy minta relatív mennyiségen

SD = szórásn

NF = normalizációs tényező

n

Ref = referenciacélnn = a referenciacélok száma

Ha ki van jelölve egy kontroll minta, nem szükséges végrehajtani ezt az átméretezési funkciót a szóráson,amint az a következő képletben látható:

Ahol:
n

NE = normalizált expresszión

RQ = egy minta relatív mennyiségen

SD = szórásn

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, egyetlen cél)

310 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A legmagasabb expressziószintre skálázott normalizált expresszió

A legmagasabb expressziószintre skálázott normalizált
expresszió
Ha a futtatás nem tartalmaz kontrollokat, skálázza az egyes célok (gének) normalizált expresszióját(rövidítve: NE) úgy, hogy az egyes minták (gének) expressziószintjét elosztja az összes mintábanelőforduló legmagasabb expressziószinttel. A szoftver a legmagasabb expressziószintet az 1-es értékreállítja, majd újraskálázza az összes minta expressziószintjeit. A legmagasabb értékre történő skálázás
képleteAhol:n

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, cél)A legalacsonyabb expressziószintre skálázott normalizált
expresszió
Ha a futtatás nem tartalmaz kontrollokat, skálázza az egyes célok (gének) normalizált expresszióját(rövidítve: NE) úgy, hogy az egyes minták (gének) expressziószintjét elosztja az összes mintábanelőforduló legalacsonyabb expressziószinttel. A szoftver a legalacsonyabb expressziószintet az 1-esértékre állítja, majd újraskálázza az összes minta expressziószintjeit. A legalacsonyabb méretezés
képleteAhol:n

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, cél)Az átlagos expressziószintre skálázott normalizált expresszió
Ha a futtatás nem tartalmaz kontrollokat, skálázza az egyes célok (gének) normalizált expresszióját(rövidítve: NE) úgy, hogy az egyes minták expressziószintjét elosztja az összes minta
expressziószintjeinek geometriai középértékével. A szoftver az átlagos expressziószintet 1-es értékreállítja, majd újraskálázza az összes minta expressziószintjeit. Az átlagos értékre történő skálázás képlete:

Ahol:

Felhasználói útmutató | 311

A. függelék Adatelemzési számításokn

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, cél)n

GM = az összes minta normalizált expresszióinak mértani középértéke

312 | CFX Maestro Dx SE szoftver

A skálázott normalizált expresszió szórása

A skálázott normalizált expresszió szórása
A skálázott normalizált expressziós (NE) érték átméretezése a normalizált expresszió szórásának (SD) (akiválasztott méretezési opciótól függően) a legmagasabb (MAX) vagy legalacsonyabb (MIN)
expressziószintekhez tartozó normalizált expresszióértékkel való elosztásával történik.
Megjegyzés: ha ki van jelölve egy kontroll minta, nem szükséges végrehajtani ezt az átméretezési
funkciót a szóráson.
Ennek a képletnek a számítása:

Ahol:
n

NE = normalizált expresszión

SD = szórásn

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, cél)n

MAX = legmagasabb expressziószintn

MIN = legalacsonyabb expressziószint

Felhasználói útmutató | 313

A. függelék Adatelemzési számítások

Hibasávok a szóráshoz (lg) és a középérték standard
hibájához (lg)
A konfidenciaintervallumok használatán kívül a rendszer a biológiai csoportoknál hibasávokat ismegjeleníthet az expresszió log2 értékének szórása vagy a középérték standard hibája alapján. A
rendszer a hibasávokat a következőképpen számítja ki:
RQ alsó hibasáv = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) vagy 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ felső hibasáv = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) vagy 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)
Ahol:n

RQ(lg) = a biológiai csoportra vonatkozó relatív mennyiség log2 értéken

SD RQ(lg) = a relatív mennyiség szórása (log2)n

SEM RQ(lg) = a relatív mennyiség középértékének standard hibája (log2)

Exp. alsó hibasáv = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) vagy 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. felső hibasáv = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) vagy 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Ahol:nExp.(lg) = a biológiai csoportra vonatkozó expresszió (normalizált expresszió) log2 értéken

SD RQ(lg) = az expresszió szórása (log2)n

SEM RQ(lg) = az expresszió középértékének standard hibája (log2)

314 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Fold Change (A változás szorzója)

Fold Change (A változás szorzója)
A változás szorzója a célexpresszió növekedésének vagy csökkenésének mértéke egy kísérleti mintánál
egy kontroll mintához vagy biológiai csoporthoz képest, és a következőképpen van meghatározva:
Ha a kísérleti expresszió > kontroll expresszió:

Ha a kísérleti expresszió < kontroll expresszió:

Megjegyzés: A grafikus ábrázoláshoz az expresszió vagy a relatív mennyiségen, vagy a normalizált
expresszión alapul, a kiválasztott üzemmódtól függően (lásd: Grafikus ábrázolás a(z) 275. oldalon).
A szórásdiagramhoz és a klasztergramhoz a változás szorzóját a szoftver mindig a normalizált
expresszióból számítja.

Felhasználói útmutató | 315

A. függelék Adatelemzési számítások

Korrigált értékek kiszámítására szolgáló képletek
Fontos: a jelen számítások kizárólag akkor alkalmazhatók, ha az Analyze Using (Elemzés akövetkező segítségével:) paraméter a Samples Only (Csak minták), Sample Biological Group (Minta,
biológiai csoport) vagy a Biological Group Sample (Biológiai csoport, minta) értékre van állítva.
A korrigált és a nem korrigált értékek közötti különbség csak akkor látszódik, ha a rendszer a valós idejű
PCR-futtatás részeként létrehoz egy standard görbét. A szoftver három egyenlet segítségével határozza
meg a hibaterjedést:nStandard hibanA normalizált expresszió standard hibájan

A normalizált releváns gén (cél) standard hibája

A standard hiba képlete:

Ahol:
n

n = a referenciacélok (gének) számanSD = szórás

A normalizált expresszió képletében szereplő normalizációs tényező közepes hibája:

Ahol:
n

n = a referenciacélok számanSE = standard hiban

NF = normalizációs tényező

n

RQ = relatív mennyiség

A normalizált vizsgált gén (GOI) standard hibájának képlete:

Ahol:
n

SE = standard hiba

316 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Konfidenciaintervallum számítása biológiai csoport elemzéséhezn

GOI = vizsgálandó gén (gene of interest, egyetlen cél)n

NF = normalizációs tényező

nn = a referenciacélok száma

Konfidenciaintervallum számítása biológiai csoport
elemzéséhez
Biológiai csoportok elemzésekor (az Analyze Using /Elemzés a következő segítségével:/ paraméter a
Biological Groups Only /Csak biológiai csoportok/ értékre van állítva) a rendszer a
konfidenciaintervallumokat a relatív mennyiségre és a relatív normalizált expresszióra számítja.
A rendszer a konfidenciaintervallumokat logaritmus skálán számítja ki a t-eloszlás alapján, a következő
képlettel:

Ahol:
n

= a biológiai csoportban található minták logaritmikusan skálázott expressziószintjeinek közepes
expressziójanSD = a biológiai csoportban található minták logaritmikusan skálázott expressziószintjeinek szórása

nn = a biológiai csoportban található minták számant = a t-eloszlásból a szabadságfok és a szignifikanciaszint alapján kapott érték
Megjegyzés: a szignifikanciaszint a Graphing (Grafikus ábrázolás) fülön található P-Value
Threshold (p-érték küszöbértéke) mezőben állítható be.

A rendszer a konfidenciaintervallumok kiszámítása után lineáris skálára konvertálja őket, majd
megjeleníti őket a Gene Expression (Génexpresszió) adattáblában és a Graphing (Grafikus ábrázolás)
fülön található oszlopdiagramon.

Dobozdiagram-számítások
A dobozdiagram az expressziós értékek eloszlását mutatja egy biológiai csoporton belül, az adatok
kvartilisként való ábrázolásával. Az 1. és a 3. kvartilist a doboz alsó, illetve felső határa jelenti. A medián adobozon keresztülhaladó folyamatos vonallal van megjelenítve. A szálak a minimum és maximum nem
szélsőséges értékeket képviselik az adatkészletben. Szélsőséges értékek azok, amelyek az 1. és 3.
kvartilist a kvartilisek közötti tartomány 1,5-szeresével meghaladják.

Felhasználói útmutató | 317

A. függelék Adatelemzési számítások

Megjegyzés: Ha a biológiai csoportban csak egyetlen minta van, a szoftver egyetlen körkéntábrázolja, amely egyetlen adatpontot jelez.
A következő dobozdiagram ezeknek az adatoknak az ábrázolását mutatja.

JELMAGYARÁZAT
1.

Szélsőséges. Ennek a szélsőséges értéknek a nagysága > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Megjegyzés: helyezze a kurzort a kör fölé a leírás megtekintéséhez, amely a minta nevétés a relatív mennyiséget vagy a normalizált expressziót jeleníti meg, attól függően, hogy
melyik üzemmód van kiválasztva.

2.

Maximum nem szélsőséges jelzés3.

Felső/3. kvartilis (Q3). Az expressziós értékek 75%-a alacsonyabb, mint a Q3.

4.

A rangsorolt expressziós értékek medián vagy középső értéke

5.

Alsó/1. kvartilis (Q1). Az expressziós értékek 25%-a alacsonyabb, mint a Q1.

6.

Minimum nem szélsőséges jelzés

7.

Szélsőséges. Ennek a szélsőséges értéknek a nagysága < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

318 | CFX Maestro Dx SE szoftver

B. függelék Auditnaplók
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition auditnaplókat hoz létre az adat- és génvizsgálati fájlok
számára (.prcd és .mgxd fájlok). A biztonságos adatokban és génvizsgálati fájlokban végrehajtottbármilyen változtatást vagy végrehajtott műveletet a fájl mentésekor rögzíti a fájl auditnaplójában. A
CFX Maestro Dx SE külön auditnaplót hoz létre minden fájlhoz.
A Fájl > Mentés másként lehetőséget kiválasztva a biztonságos, aláírt vagy aláíratlan adat- és
génvizsgálati fájlokat elmentheti egy másik mappába vagy más néven. Az új fájl örökli az eredeti fájl
auditnaplóját. Az új fájl auditnaplójába a Mentés másként művelet is belekerül. Az új fájl változtatásait
vagy a fájllal végrehajtott műveleteket a fájl saját auditnaplója rögzíti. Az eredeti fájl megőrzi auditnaplóját,amely rögzíti a további tevékenységeket.
Az Auditálható események a(z) 321. oldalon ismerteti azokat az auditálható eseményeket, amelyeket aszoftver rögzít.

Auditnaplók megtekintése
Minden auditnapló a következő információkat tartalmazza:nn

Az auditfejléc adataioFájlverzió – a fájl mentett verziójaoDátum – az aktuális auditálható esemény dátuma

oFelhasználó – a bejelentkezett felhasználó Windows-tartománya és felhasználóneve

oMegjegyzés – az utolsó mentett megjegyzésoAláírás – a fájl utolsó aláírójának elektronikus aláírása

o

Aláírás oka – az aláírás okaoAlkalmazás – CFX Maestro Dx SEoAlkalmazásverzió – az CFX Maestro Dx SE aktuális verziójaoTeljes felhasználó – a bejelentkezett felhasználó teljes neveoMachine – az a számítógép, amelyre a CFX Maestro Dx SE telepítve vanAz auditváltozás adatai

Felhasználói útmutató | 319

B. függelék Auditnaplók

oObjektum – a módosított elem (az auditált elem)oRégi érték – az előző értékoÚj érték – az új érték

o

Leírás – a változás leírása

Az auditnapló megtekintéséhezuA megnyitott adat- vagy génvizsgálati fájlban válassza ki a View > Audit Trail (Nézet > Auditnapló)
lehetőséget. Megjelenik a fájl auditnaplója.

Alapértelmezés szerint az adatok dátum és idő szerint vannak rendezve, és az összes esemény
megjelenik a kibontott nézetben. Szűrheti a nézetet felhasználónév és objektum alapján, ésösszecsukhatja a kibővített nézetet, így bármilyen fejlécmező alapján könnyen rendezheti. Az
auditnaplót html-jelentésként is megtekintheti.

Felhasználónév szerinti rendezéshez
u

Válassza ki a kívánt felhasználót a User Name (Felhasználónév) legördülő listából.

Objektum szerinti rendezéshez
u

Válassza ki a kívánt objektumot az Object (Objektum) legördülő listából.

Az események teljes leírásának elrejtéséhezuKattintson a Collapse All (Az összes tétel összecsukása) elemre.

320 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Auditálható események

Adatok rendezéséhez a változás adatait tartalmazó táblázatbanu

Az adatoszlop fejlécében kattintson a gyémánt szimbólumra a növekvő rendezés végrehajtásához(A-tól Z-ig, a legkisebb számtól a legnagyobbig vagy a legkorábbitól a legújabbig).

Az auditnapló kinyomtatásához
1.

Kattintson a HTML jelentés elemre az auditnapló megjelenítéséhez egy webböngészőben.

2.

A böngésző ablakában tegye a következők egyikét:nVálassza ki a Fájl > Nyomtatás lehetőséget.

n

Kattintson a jobb gombbal a jelentésre, és válassza ki a Nyomtatás parancsot.

Auditálható események
A CFX Maestro Dx SE a következő auditálható eseményeket rögzíti az adat- és a génvizsgálati fájlokban.

Auditálható események futtatás közben
n

A futtatás megkezdésének idejenLemezek szerkesztése futásidőben

nProtokoll szerkesztése futásidőben

n

A futtatás befejezésének ideje

Auditálható események adatfájl létrehozásakornAdatfájl létrehozvanA rendszer interpolált lemezolvasásokat vett fel

Auditálható események adatfájl mentésekornÁltalános
o

Név

o

Aláírás

o

LemezbeállításoCellák megjelenítése

oElemzett fluorofórokoLemezek szerkesztéseoAnalysis mode (Elemzés üzemmód)

Felhasználói útmutató | 321

B. függelék Auditnaplók

o
n

n

n

n

n

Aktív PCR cellacsoport

Quantification (Mennyiségi vizsgálat) fül
o

Aktív lépésoSettings – Cq Determination mode (Beállítások – Cq meghatározási üzemmód)o

Settings – Baseline Setting (Beállítások – Alapérték beállítása)oSodródás-korrekció alkalmazásaoSettings – Cycles to Analyze (Beállítások – Vizsgálandó ciklusok)o

Settings – Analysis Mode (Beállítások – Analízis-üzemmód)o

Settings — Baseline Threshold (Beállítások – Kiindulási küszöbérték)

Melt Curve (Olvadási görbe) fül
o

Aktív lépéso

A csúcs típusának megjelenítése

o

Csúcselemzési küszöbérték

End Point (Végpont) fül
o

Aktív fluorofór/céloÁtlagolandó végciklusokoToleranciaszámítási módszeroA tartomány százalékos aránya

Allelic Discrimination (Alléldiszkrimináció) füloX és Y tengely fluorofóro

A ciklusszám kiválasztásao

Hívástérkép megtekintése

Gene Expression (Génexpresszió) fül – Minden ábraoExperiment Settings (Kísérlet beállításai) – CélreferenciaoExperiment Settings (Kísérlet beállításai) – Mintavezérlés

oExperiment Settings (Kísérlet beállításai) – Automatikus hatékonyságoExperiment Settings (Kísérlet beállításai) – Hatékonyság

322 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Auditálható események

n

n

n

n

Gene Expression (Génexpresszió) fül – GrafikonoAnalysis mode (Elemzés üzemmód)oGrafikonadatokoX tengelyo

Y tengelyoSkálázás opcióoHibasávoA hibasáv szorzójaoP-Value Threshold (a P-érték küszöbértéke)

Gene Expression (Génexpresszió) fül – Klasztergramo

Cluster By (Csoportosítás)oIsmétlések szétosztása

Gene Expression (Génexpresszió) fül – Szóródási diagramoControl Biological Group (Kontroll biológiai csoport)oExperimental Biological Group (Kísérleti biológiai csoport)oFold Change Threshold (A változási szorzó küszöbértéke)

Gene Expression (Génexpresszió) fül – ANOVAonn

P-Value Threshold (a P-érték küszöbértéke)

Plate Setup (Lemez beállítása) – Lemez megtekintése/szerkesztéseoSettings (Beállítások) – PlateTypeo

Settings( Beállítások) – EgységekoEditing Tools (Szerkesztőeszközök) – lemez átfordítása

oCellacsoportokoFluorofórok a lemezen

Plate Setup (Lemezbeállítás) – A lemez cseréje és PrimePCR fájlt alkalmazásaoLemezbeállítás importálása

Felhasználói útmutató | 323

B. függelék Auditnaplók

A génvizsgálati fájlok auditjának változásaiÁltalános
n

Név

n

Study Setup (A vizsgálat beállítása) fülonAdatfájlok létrehozása/törlése

Study Analysis (A vizsgálat kiértékelése) fül

324 | CFX Maestro Dx SE szoftver

C. függelék LIMS-integráció
A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition terméket beállíthatja laboratóriumi információkezelő
rendszerrel (LIMS) való használatra. A LIMS-integrációhoz a CFX Maestro Dx SE szoftvernek szüksége
van a LIMS-platform által generált lemezbeállítási információkra (LIMS-fájl, *.plrn), egy CFX Maestro Dx
SE termékkel létrehozott protokollfájlra (*.prcl), egy meghatározott exportálási helyre és egy
meghatározott exportálási formátumra.
A futás befejezése után a CFX Maestro Dx SE létrehoz egy adatfájlt (.pcrd), és elmenti egy meghatározottadatexportáló mappába. A CFX Maestro Dx SE LIMS-kompatibilis adatfájlt is létre tud hozni .csv
formátumban, és ezt is elmentheti ugyanarra a helyre.

LIMS-kompatibilis adatfájlok létrehozása
Ez a függelék azt ismerteti, hogyan kell beállítani a CFX Maestro Dx SE szoftvert LIMS-kompatibilis
adatfájlok létrehozásához, elmentéséhez és exportálásához.

A LIMS-mappa és az adatexportálási lehetőségek beállítása
A CFX Maestro Dx SE alapértelmezés szerint ebbe a mappába menti a LIMS-protokollokat, fájlokat és
adatexport-fájlokat:
C:\Felhasználók\Nyilvános\Dokumentumok\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
A CFX Maestro Dx SE szoftvert beállíthatja úgy, hogy a fájlokat egy másik mappába mentse, valamintmódosíthatja a LIMS-adatok exportálására vonatkozó beállításokat.

A LIMS-mappa és az adatexportálási lehetőségek beállításához
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a Tools > Options (Eszközök > Opciók) elemet.

2.

Az Options (Opciók) párbeszédpanelen válassza ki a Data Export Settings (Adatexportálási
beállítások) elemet.

Felhasználói útmutató | 325

C. függelék LIMS-integráció

3.

(Opcionális) Jelölje be az Automatically export LIMS data at end of run (A LIMS-adatok automatikus
exportálása a futtatás végén) elemet.
A szoftver az egyes futtatások után automatikusan exportálja a LIMS-adatokat, és elmenti őket ameghatározott helyre.

4.

A LIMS-adatokra vonatkozó alapértelmezett exportálási beállítások módosításához kattintson a
LIMS Data Export Settings (LIMS-adatexportálási beállítások) elemre.
Fontos: a CFX Maestro Dx SE szoftverbe kizárólag olyan LIMS-adatok importálhatók vissza,
amelyeket eredetileg .csv kiterjesztésű fájlba exportált.

5.

A LIMS Data Export Format Settings (LIMS-adatexportálási formátumra vonatkozó beállítások)párbeszédpanelen válassza ki a szükséges exportálási beállításokat, majd kattintson az OK gombra.

6.

Az Options (Opciók) párbeszédpanelen keresse meg és válassza ki azt az alapértelmezett mappát,
amelybe szeretné elmenteni a LIMS adatfájlokat. Az egyes fájltípusokhoz más és más helyet
választhat:nProtokollnLIMS-fájl

326 | CFX Maestro Dx SE szoftver

LIMS-kompatibilis adatfájlok létrehozásan7.

Data export (Adatexportálás)A módosítások mentéséhez és az Options (Opciók) párbeszédpanel bezárásához kattintson az OK
gombra.

LIMS-protokoll létrehozása
Ha el szeretne indítani egy LIMS-futtatást, előbb hozzon létre egy protokollfájlt a CFX Maestro Dx SE
szoftverhez (*.prcl), és mentse el az erre a célra kijelölt LIMS-protokollmappába.
További információk: 7. fejezet, Protokollok létrehozása.

LIMS-fájl létrehozása
A LIMS-fájl (*.plrn) a lemezbeállítási adatokat és a protokollfájl nevét tartalmazza. Ezt a fájlt a belső LIMS
rendszer hozza létre. A CFX Maestro Dx SE a LIMS-fájl segítségével létrehoz egy lemezfájlt, amelyet egy
protokollfájllal használhat.
A CFX Maestro Dx SE lemezimportálási sablonfájlokat kínál, amelyek szerkesztésével Ön egyedi LIMSlemezfájlokat hozhat létre.
Tipp: ezt a feladatot LIMS-szakértőnek kell elvégeznie.

LIMS-fájl létrehozásához
1.

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a View > Show > LIMS File Folder (Nézet > Megjelenítés >LIMS-fájl mappája) elemet.

2.

Nyissa meg a LIMS Templates (LIMS-sablonok) mappát, és válassza ki azt a .csv fájlt, amelyet
importálni szeretne az Ön belső LIMS-rendszerébe.

3.

Szerkessze meg a sablonfájlt a 38. táblázat felsorolt mezők kitöltésével.

4.

Tegye az alábbiak egyikét:n

Ha a módosításokat később szeretné használni, mentse el a fájlt .csv fájlként.

n

A módosítások mentéséhez és a fájl azonnali használatához mentse a fájlt .plrn kiterjesztéssel.

nMentse el a sablont .plrn fájlnévkiterjesztéssel a LIMS-fájl mappájába.

Fontos: A CFX Maestro Dx SE kizárólag a .plrn fájlt képes megnyitni. A LIMS-futtatás
elindításához a .csv fájlt.plrn kiterjesztéssel kell elmentenie.

Felhasználói útmutató | 327

C. függelék LIMS-integráció

38. táblázat A LIMS .csv fájl tartalmi elemeinek meghatározása

OszlopA

Sor

Leírás

Tartalom

Cél

1

Plate Header

Ne szerkesszeElőre(Lemezfejléc)
A, B, C

2

Field/Data/Instruction

meghatározott
Ne szerkessze(Mező/adat/utasítás)B

3

Version (Verzió)

Előremeghatározott

Ne szerkesszeElőremeghatározott

B

4

Plate Size (Lemezméret)Ne szerkesszeElőremeghatározott

B

5

Plate Type (Lemeztípus)Írja be a „BR White” (BRKötelező

fehér), „BR Clear” (BRátlátszó) értéket vagy
egyéb kalibrált lemeztípust
B

6

Scan Mode (LeolvasásiÍrja be a „SYBR/FAM Only:”üzemmód)(Csak SYBR/FAM:), „All
Channels” (Minden
csatorna) vagy „FRET”
értéket328 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Kötelező

LIMS-kompatibilis adatfájlok létrehozása

38. táblázat A LIMS .csv fájl tartalmi elemeinek meghatározása, folytatás

Oszlop
B

Sor

Leírás

Tartalom

Cél

7

Units (Mértékegység)Írja be a következők

Kötelező

egyikét: „copy number”(példányszám), „folddilution” (hígítási szorzó),„micromoles” (mikromol),„nanomoles” (nanomol),„picomoles” (pikomol),„femtomoles” (femtomol),„attomoles” (attomol),„milligrams” (milligramm),„micrograms”(mikrogramm),„nanograms” (nanogramm),„picograms” (pikogramm),„femtograms”(femtogramm), „attograms”(attogramm) vagy „percent”(százalék)
B

8

Run ID (A futtatásÍrja be a futtatásazonosítója)

azonosítására szolgáló

Opcionális

rövid leírást vagyvonalkódot (maximum 30
karakter hosszúságú lehet,és vesszőt nem
tartalmazhat)
B

9

Run Notes (Jegyzetek aÍrja be a futtatás leírását

Opcionális

Run Protocol (FuttatásiÍrja be a protokollfájl nevét

Kötelező

protokoll)

pontosan úgy, ahogyan afuttatáshoz)
B

10

listában szerepel.
A

11

A

12–15

Data File (Adatfájl)Írja be az adatfájl nevét

OpcionálisKésőbb kerül

Ne szerkesszeElőremeghatározásra / üresmeghatározott

Felhasználói útmutató | 329

C. függelék LIMS-integráció

38. táblázat A LIMS .csv fájl tartalmi elemeinek meghatározása, folytatás

OszlopA

Sor

Leírás

Tartalom

Cél

16

Plate Data

Ne szerkesszeElőre(Lemezadatok)A

17–113Well Position

meghatározott
Ne szerkessze(Cellapozíció)
B-G

Előre
meghatározott

Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3

Minden egyes használt

Dye, Ch4 Dye, Ch5 Dye,csatornához írjon be egy-

FRET (1. csat. festék, 2.

egy kalibrált festéknevet

csat. festék, 3. csat.

(például „FAM”)

Kötelező

festék, 4. csat. festék, 5.
csat. festék, FRET)H

Sample TypeÍrja be a következő

(Mintatípus)mintatípusok egyikét:

Kötelező

„Unknown” (Ismeretlen),„Standard”, „Positive
Control” (Pozitív kontroll),„Negative Control” (Negatív
kontroll), „NTC” vagy „NRT”
I

Sample NameÍrja be a minta nevét

Opcionális

CH1 Target, CH2Írja be az egyes használt

Opcionális

Target, CH3 Target,

csatornákhoz a cél nevét(Mintanév)
J–O

CH4 Target, CH5
Target, FRET Target(Cél, 1. csat., Cél, 2.
csat., Cél, 3. csat., Cél,
4. csat., Cél, 5. csat.,Cél, FRET)
P

Collection NameÍrja be a biológiai sor nevét

OpcionálisÍrjon be egy pozitív egész

Opcionális(Gyűjtemény neve)
Q

Replicate (Replikátum)számot az egyes
replikátumkészletekhez. Azérték nem lehet nulla.

330 | CFX Maestro Dx SE szoftver

LIMS-kompatibilis adatfájlok létrehozása

38. táblázat A LIMS .csv fájl tartalmi elemeinek meghatározása, folytatás

Oszlop
R–W

Sor

Leírás

Tartalom

Cél

CH1 Quantity, CH2Írja be a

Az összes

Quantity, CH3 Quantity,

mennyiségértékeket az

standardhoz

CH4 Quantity, CH5

esetleges standardokhoz.

kötelező

Quantity, FRET Quantity

A koncentrációt tizedes(Mennyiség, 1. csat.,formátumban írja be.

Mennyiség, 2. csat.,
Mennyiség, 3. csat.,
Mennyiség, 4. csat.,
Mennyiség, 5. csat.,
Mennyiség, FRET
X

Well Note (Megjegyzés aÍrjon be egy megjegyzést acellához)

cellához (maximum 20

Opcionális

karakter hosszúságú lehet)
Megjegyzés: Habár a
CFX Maestro Dx SE
20 karakterrekorlátozza a bevitelt,
amikor a jegyzeteket aszoftveren keresztülírja be a Well Note
(Megjegyzés acellához) mezőbe, ez
a mező maximálisan
500 karaktert
tartalmazhat, ha egy
importált .plrn fájl
tartalmazza. A
CFX Maestro Dx SE
szoftverben azonban
csak az első 20
karakter jelenik meg.
Az exportált .pcrd fájl amezőben levő összes
karaktert tartalmazza,
nem vesznek eladatok.

Felhasználói útmutató | 331

C. függelék LIMS-integráció

38. táblázat A LIMS .csv fájl tartalmi elemeinek meghatározása, folytatás

Oszlop
Y–AD

Sor

Leírás

Tartalom

Cél

Ch1 Well Color, Ch2Írja be a felhasználó által

Opcionális

Well Color, Ch3 Well

esetlegesen meghatározottColor, Ch4 Well Color,jelstílusszínt 32 bites egész

Ch5 Well Color, FRET

szám (argb) tizedes

Well Color (1. csat.

formátumbancellaszíne, 2. csat.
cellaszíne, 3. csat.
cellaszíne, 4. csat.
cellaszíne, 5. csat.
cellaszíne, FRET
cellaszíne)

LIMS-futtatás indítása
LIMS-futtatás indításához
1.

Egy .plrn kiterjesztésű LIMS-fájl megnyitásához tegye a következők egyikét:n

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a View > Show > LIMS File Folder (Nézet >Megjelenítés > LIMS-fájl mappája) elemet, majd nyissa meg a kívánt (.plrn kiterjesztésű) fájlt.

n

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a File > Open > LIMS File (Fájl > Megnyitás > LIMSfájl) elemet, majd nyissa meg a kívánt (.plrn kiterjesztésű) fájlt.

A rendszer megnyitja a fájlt a Run Setup (Futtatás beállításai) varázsló Start Run (Futtatás indítása)
fülén. A Start Run (Futtatás indítása) fülön a futtatni kívánt kísérletre vonatkozó információk láthatók.
Ezenkívül megjeleníti az(oka)t a csatlakoztatott műszerblokko(ka)t is, amely(ek)en Ön lefuttathatja akísérletet.
2.

A Start Run (Futtatás indítása) fülön válasszon ki egy műszert, majd kattintson a Start Run (Futtatás
indítása) elemre.

332 | CFX Maestro Dx SE szoftver

LIMS-kompatibilis adatfájlok létrehozása

Adatok exportálása egy LIMS rendszerbe
Amikor befejeződött a futtatás, a CFX Maestro Dx SE egy adatfájlt (.pcrd) hoz létre, és elmenti ameghatározott adatexport-mappába.

Az adatfájl exportálásához LIMS-rendszerbeuNyissa meg a .pcrd fájlt, és válassza ki az Export > Export to LIMS Folder (Exportálás > Exportálás
LIMS-mappába) opciót.

Tipp: ha kiválasztja az Automatically Export Data after Run (Automatikusan exportálja az adatokat afuttatás után) lehetőséget a LIMS Options (LIMS-beállítások) szakaszban, a CFX Maestro Dx SE
létrehoz egy LIMS-kompatibilis adatfájlt .csv formátumban, és elmenti ugyanabba a mappába.

Felhasználói útmutató | 333

C. függelék LIMS-integráció

334 | CFX Maestro Dx SE szoftver

D. függelék A CFX Maestro Dx szoftver, Security
Edition termék hibáinak elhárítása
Ez a függelék javaslatokat kínál a CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition frissítése vagy futtatása
során felmerülő problémák elhárításához.

Engedélyezőlista, a CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition
fájljai és mappái
A vírusok és a rosszindulatú programok elleni védelem érdekében az informatikai részleg nagyon szigorú
szoftverbiztonsági intézkedéseket vezethet be. Ezek az intézkedések befolyásolhatják a CFX Maestro Dx
SE frissítésének vagy a futtatásának idejét.
A CFX Maestro Dx SE teljesítményének javítására a Bio-Rad azt javasolja, hogy az informatikai részleg
engedélyezze a következő fájlokat és mappákat a tűzfal beállításaiban a CFX Maestro Dx SE szoftvert
futtató számítógépre telepített víruskereső szoftverben:

Mappákn

C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Felhasználók\Nyilvános\Dokumentumok\Bio-Rad\CFX_MDx

Fájlokn

A C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx mappában található összes .exe fájlnR.exe és Rscript.exe (a C:\ Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\R\R-3.3.1 \bin mappában)Felhasználói útmutató | 335

D. függelék A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition termék hibáinak elhárítása

Alkalmazásnapló
Új futtatás megkezdése előtt a CFX Opus Dx rendszer öndiagnosztikai tesztet indít annak ellenőrzésére,hogy a specifikációk szerint fut-e. A szoftver ennek a tesztnek az eredményeit a Run Log (Futtatási napló)
és Application Log (Alkalmazásnapló) fájlban rögzíti. Ha egy vagy több kísérletnél problémát észlel,
nyissa meg a futtatási és alkalmazásnaplókat, hogy kideríthesse, mikor kezdődött a probléma.
A(z) CFX Maestro Dx SE Dx az alkalmazásnaplóban nyomon követi a műszer üzemi állapotára
vonatkozó információkat. Ezek a naplók segítenek nyomon követni a műszereken és a szoftverben
történő eseményeket, valamint segítenek a hibák elhárításában.

Az alkalmazásnapló megnyitásáhozu

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a View > Application Log (Nézet > Alkalmazásnapló)
elemet.

Ha az alkalmazásnaplót HTML-fájlként szeretné megtekinteni, akkor kattintson a HTML Report(HTML-jelentés) gombra.

336 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Hibaelhárítás

Az Alkalmazás és a Firmware naplófájljainak lekérdezése
Az alkalmazás és a firmware naplófájljai információkat tartalmaznak a szoftver használata közben
elvégzett műveletekre és a futtatások teljesítményére vonatkozóan. Ezek a naplók szintén rögzítenek
minden szoftver- és firmware-hibát, amely a szoftver vagy a műszer üzemeltetése közben felmerül.

Az alkalmazás és a firmware naplófájljait a következőképpen nyithatja meg:
1.

A Detected Instruments (Felismert készülékek) panelen kattintson a jobb egérgombbal a műszerre.

2.

Válassza a Retrieve Log Files (Naplófájlok letöltése) opciót.

3.

A Browse for Folder (Mappa tallózása) párbeszédpanelen válassza ki azt a célmappát a hálózatán
vagy helyi merevlemezen, amelybe a naplófájlt menteni kívánja.
Megjegyzés: A mappa neve „Logs” (Naplók).

4.

A fájlok elmentéséhez kattintson az OK gombra.
Fontos: Egy naplófájl elmentése ugyanazzal a névvel, amellyel egy meglévő naplófájl
rendelkezik, felülírja a meglévő naplófájlt.

Hibaelhárítás
A szoftver és műszer kommunikációs hibái általában megoldhatók a számítógép és a rendszer
újraindításával. Ügyeljen arra, hogy az újraindítás előtt elmentse a folyamatban levő munkákat.
Megjegyzés: Ellenőrizze, hogy a számítógépe elegendő RAM-mal és szabad tárterülettel
rendelkezik. A minimum RAM 4 GB, a minimum lemeztárhely pedig 128 GB.

ÁramkimaradásÁramkimaradás esetén a műszer és a számítógép leáll. Ha az áramkimaradás rövid ideig tart, a műszer
folytatni fogja a protokoll futtatását, de az Alkalmazásnaplóban (Application Log) szerepelni fog egy
megjegyzés az áramkimaradásról. A számítógép beállításaitól és az áramkimaradás időtartamátólfüggően a műszer és a szoftver megpróbálja folytatni a futtatást a protokoll adott lépésének megfelelően:n

Ha a protokoll éppen egy olyan lépésnél tart, amely nem tartalmaz lemezleolvasási műveletet, aprotokoll tovább fog futni, amint a műszer áramellátása helyreáll.

n

Ha a protokoll éppen olyan lépésnél tart, amely tartalmaz lemezleolvasási műveletet, a műszer
megvárja, hogy a szoftver újrainduljon, és folytatja a kommunikációt az adatrögzítéshez. Ilyen
esetben a protokoll csak akkor folytatódik, ha a számítógép nem állította le a szoftvert. Amikor aszámítógép és a szoftver újból elindul, a protokoll folytatódik.

Felhasználói útmutató | 337

D. függelék A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition termék hibáinak elhárítása

Fájlok átvitele a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre
A berendezésen található adatokat és naplófájlokat átviheti a kapcsolódó, CFX Maestro Dx SE szoftvert
futtató számítógép merevlemezére.
Tipp: a készülék alapján levő valósidejű adatmappában levő összes fájl rákerül a számítógépre.
Megjegyzés: A CFX Opus Dx eszközökről csak naplófájlokat vihet át. A műszer összes naplófájlja
átkerül a számítógépre.

A fájlok letöltéséhez a készülékről1.

A Detected Instruments (Felismert készülékek) panelen a Home (Kezdőlap) ablakban a jobb
gombbal kattintson a célkészülékre, és válassza ki a Retrieve Log Files (Naplófájlok letöltése)lehetőséget.

2.

Válasszon ki egy mappát a letöltött fájlok elmentéséhez.

3.

Kattintson az OK gombra.

A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition kézi telepítése
A CFX Maestro Dx SE kézi telepítéséhez
1.

Szükség szerint válassza le a számítógépről az esetlegesen hozzá csatlakoztatott készülékeket.
Keresse meg a műszer USB-kábelét a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépen, ésválassza le ezt a kábelt a számítógépről. A kábel műszerhez csatlakoztatott vége a helyén maradhat.

2.

Jelentkezzen be a CFX Maestro Dx SE szoftvert futtató számítógépre rendszergazdai
jogosultságokkal.

3.

Helyezze a CFX Maestro Dx SE telepítőjét tartalmazó USB-meghajtót a számítógép USB-portjába.

4.

A Windows Intézőben keresse meg és nyissa meg a CFX Maestro Dx SE USB-meghajtóját.

5.

Nyissa meg a CFX mappát, és kattintson duplán a CFXMaestroDxSetup.exe fájlra a CFX Maestro Dx
SE telepítéséhez.

6.

Kövesse a képernyőn megjelenő utasításokat a szoftver telepítéséhez.
Amikor a művelet befejeződött, a számítógép képernyőjén megjelenik a Bio-Rad CFX Maestro Dx
szoftver, Security Edition indulóképernyője, az Asztalon pedig megjelenik a Bio-Rad CFX Maestro
Dx szoftver, Security Edition ikonja.

7.

Biztonságosan távolítsa el a szoftvert tartalmazó USB-meghajtót a számítógépből, majd indítsa el a
CFX Maestro Dx SE szoftvert.

338 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Hibaelhárítás

Az illesztőprogramok újratelepítéseA műszer illesztőprogramjainak újratelepítéséhezu

A Home (Kezdőlap) ablakban válassza ki a Tools > Reinstall Instrument Drivers (Eszközök > Aműszer illesztőprogramjainak az újratelepítése) elemet.

Megjegyzés: ha az illesztőprogramok újratelepítése és az USB-kapcsolat ellenőrzése után aszoftver továbbra sem képes megfelelően kommunikálni egy valós idejű rendszerrel, vegye fel akapcsolatot a Bio-Rad műszaki támogatási osztályával.

Felhasználói útmutató | 339

D. függelék A CFX Maestro Dx szoftver, Security Edition termék hibáinak elhárítása

340 | CFX Maestro Dx SE szoftver

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Felhasználói útmutató | 341

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

342 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Felhasználói útmutató | 343

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

344 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Felhasználói útmutató | 345

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

346 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveonamediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andFelhasználói útmutató | 347

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the348 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Felhasználói útmutató | 349

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this350 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which isFelhasználói útmutató | 351

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

352 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Felhasználói útmutató | 353

E. függelék Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products354 | CFX Maestro Dx SE szoftver

F. függelék Irodalomjegyzék
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. (Továbbfejlesztett termodinamikai paraméterek és spiráliniciációs faktor a
DNS-duplexek stabilitásának előrejelzésére.) Nucleic Acids Research 24, 4501–4505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. (A DNS-duplex
stabilitásának előrejelzése a bázisszekvenciából.) Proc Nat Acad Sci 83, 3746–3750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. (qBase relatív kvantifikációs keretrendszer ésszoftver valós idejű kvantitatív PCR-adatok kezeléséhez és automatizált elemzéséhez.) Genome
Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. (Úton ateljesen automatizált, teljes genomos polimorfizmusszűrés felé.) Nature Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. (Újmatematikai modell a valós idejű RT-PCR-vizsgálatokban végzett relatív kvantifikációhoz.) Nucleic
Acids Research 29, 2 002-2 007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. (Valós idejű kvantitatív RT-PCR-adatok
pontos normalizálása több belső kontroll gén geometriai átlagolásával.) Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. (Alkalmazott
regresszióelemzés és általánosított lineáris modellek.) 2. kiadás (New York: SAGE Publications,Inc.).

Minpack szerzői jogi közlemény (1999) University of Chicago (Chicagói Egyetem). Minden jog
fenntartva.
A forrás és bináris formákban történő, módosított vagy módosítás nélküli továbbadás és felhasználás
engedélyezett, feltéve, hogy a következő feltételek teljesülnek:
1.

A forráskód továbbadott változatában meg kell maradnia a fenti szerzői jogi közleménynek, a jelen
feltétellistának, valamint az alábbi jogi nyilatkozatnak.

2.

A bináris formában továbbadott változatoknál reprodukálni kell a fenti szerzői jogi közleményt, a jelen
feltétellistát, valamint az alábbi jogi nyilatkozatot a terjesztett változathoz mellékelt

Felhasználói útmutató | 355

F. függelék Irodalomjegyzék

dokumentációban, illetve a terjesztett változathoz mellékelt egyéb anyagokban.
3.

A továbbadott változat részét képező végfelhasználói dokumentációban (ha van ilyen) szerepelniekell a következő köszönetnyilvánításnak:„This product includes software developed by the University of Chicago, as Operator of Argonne National
Laboratory.” (A jelen termék az Argonne Nemzeti Laboratórium üzemeltetőjeként eljáró Chicagói
Egyetem által kifejlesztett szoftvert tartalmaz.)356 | CFX Maestro Dx SE szoftver

Valós idejű PCR-rendszerek

CFX Maestro Dx SE szoftver
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
A kézikönyv felülvizsgálata: 2022. május
Szoftverkiadás: 2.3

Felhasználói útmutató
Verzió 2.3

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette,
Franciaország
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135620 Ver E

US/EG

22-02390422

Sig 0122