PCR en temps réel

Logiciel CFX Maestro Dx SE
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Révision du manuel : Mai 2022
Révision du logiciel : 2.3

Guide d’utilisation
Version 2.3

Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
Guide d’utilisation
Version 2.3

Bio-Rad™ Assistance technique
Le service d'assistance technique de Bio-Rad aux États-Unis est ouvert du lundi au vendredi, de 5h00 à
17h00, heure du Pacifique.
Tél. : 1-800-424-6723, option 2
Courriel : Support@bio-rad.com (États-Unis/Canada uniquement)
Pour obtenir une assistance technique en dehors des États-Unis et du Canada, contacter le bureaud'assistance technique local ou cliquer sur le lien Nous contacter à l'adresse bio-rad.com.

Avis
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Bio-Rad se réserve le droit de modifier ses produits et ses services à tout moment. Des modifications pourrontêtre apportées à ce guide sans préavis. Bien que sa rédaction ait été guidée par un souci d’homogénéité,Bio-Rad décline toute responsabilité en cas d’erreurs ou d’omissions, ou de tout dommage découlant del’application ou de l’utilisation des présentes informations.
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EvaGreen est une marque commerciale de Biotium, Inc.
Toutes les marques commerciales utilisées dans le présent document sont la propriété de leur propriétaire
respectif.
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Usage prévu

Usage prévu
Le Système de PCR en temps réel CFX Opus DxTM avec Logiciel CFX Maestro Dx, Security EditionTM est
conçu pour effectuer une PCR reposant sur la fluorescence pour détecter et quantifier des séquencesd’acide nucléique. Le système et le logiciel sont destinés à un usage de diagnostic in vitro par destechniciens de laboratoire formés. Les systèmes sont prévus pour être utilisés avec des tests d’acides
nucléiques tiers fabriqués et étiquetés à des fins diagnostiques.

Lexique des symboles

FabricantNuméro de lot

Date limite d’utilisation

Pour un usage diagnostique in vitro

Limite de température

Numéro de catalogue

Consulter les instructions d'utilisation

Nombre de tests

À utiliser avec

Numéro de série

Guide d’utilisation | iii

Utilisation sur ordonnanceuniquement

Contient du latex

Marquage CE - Règlement(UE) 2017/746 IVDR

Traductions
Les documents produits peuvent être fournis dans d'autres langues sur des supports électroniques.

iv | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Historique des révisions

Historique des révisions
Document

Date

Description du changement

Guide d’utilisation 2.0 du Logiciel

Décembre 2020

Ver A, version initiale

Mai 2022

n Mise à jour pour la prise en charge du

CFX Maestro Dx, Security Edition(ID du document #10000135551)
Guide d’utilisation 2.3 du Logiciel
CFX Maestro Dx, Security Edition

système CFX Opus Deepwell Dx(ID du document #10000135551)

n Mise à jour du tableau de lexique dessymbolesn Ajout d'une note sur la cybersécurité à
l'introduction

Guide d’utilisation | v

vi | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sommaire
Usage prévu

iii

Lexique des symbolesiii

Traductions

iv

Historique des révisionsv

Sécurité et conformité réglementaire17

Étiquettes d’avertissement de sécurité

17

Sécurité et conformité réglementaire

20

Conformité de sécurité

20

Compatibilité électromagnétique (CEM)

21

Avertissements et remarques relatifs à la CEM

22

Exigences environnementales

23

Risques24

Risques biologiques

24

Risques chimiques

26

Risques d’explosion ou d’inflammabilité

26

Risques électriques

27

Transport

27

Batterie

27

Élimination

27

Garantie

28

Chapitre 1 Introduction

29

Caractéristiques principales du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition31

En savoir plus

31

Chapitre 2 Installation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

33

Configuration minimum requise du système

34

Installation du logiciel CFX Maestro Dx SE

36

Détection des appareils connectés38

Fichiers logiciels

39

Guide d’utilisation | vii

Sommaire

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
Démarrage du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

41
42

Ajout d’utilisateurs Microsoft Windows sur l’ordinateur du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition 44
Ajout et suppression d’utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

46

Gestion des rôles d’utilisateur du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition48

Affichage de votre rôle et de vos autorisations

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
Fichiers sécurisés

Chapitre 5 L’espace de travail

49

51
51

63

La fenêtre d’accueil64

Le Startup Wizard (Assistant de démarrage)65

La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)66

La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)67

La fenêtre Data Analysis (Analyse de données)

68

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil
La fenêtre d’accueil

69
70

Commandes du menu File (Fichier)

71

Commandes du menu View (Affichage)

71

Commandes du menu User (Utilisateur)

72

Commandes du menu Run (Série)73

Commandes du menu Tools (Outils)

73

Commandes du menu Help (Aide)74

Commandes de la barre d’outils

75

Le Startup Wizard (Assistant de démarrage)

76

Barre d'état76

Volet Detected Instruments (Appareils détectés)

77

Visualisation des propriétés d’un appareil

80

Avant de commencer

81

Création d’un mélange réactionnel pour réaction

81

Calibration de nouveaux fluorophores

84

Définition des préférences utilisateur

87

viii | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sommaire

Chapitre 7 Création de protocoles

105

Paramètres et plages pour les étapes de protocole

106Fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)

108

Commandes du menu File (Fichier)108

Commande du menu Settings (Paramètres)

109

Commandes du menu Tools (Outils)

109

Commandes de la barre d’outils

109

Commandes de modification des protocoles

110

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

114

Ouverture d’un nouveau fichier de protocole dans l’éditeur de protocole

114

Ouverture d’un protocole existant dans l’éditeur de protocole

116

Configuration d’un nouveau protocole

117

Ajout d'étapes à un protocole

120

Insertion d'une étape de gradient121

Insertion d’une étape de boucle GOTO

122

Insertion d’une étape de courbe de fusion

123

Ajout ou suppression d’une étape de lecture de plaque125

Modification des options de l'étape

125

Suppression d’une étape

126

Copie, exportation ou impression d'un protocole

126

Création d’un protocole à l’aide du rédacteur automatique de protocole

127

Utilisation du calculateur Ta

129

À propos du calculateur Ta

129

Chapitre 8 Préparation des plaques135Fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)136

Commandes du menu File (Fichier)136

Commandes du menu Edit (Édition)

137

Commandes du menu Settings (Paramètres)

137

Modification des commandes du menu Tools (Outils)

138

Commandes de la barre d’outils

138

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaque140

Ouverture d’un nouveau fichier de plaque dans l’éditeur de plaque140

Ouverture d’un fichier de plaque existant dans l’éditeur de plaque142

Configuration d’un nouveau fichier de plaque143

Guide d’utilisation | ix

Sommaire

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaque

151

Attribution d’une cible aux puits

151

Attribution d’un nom d’échantillon aux puits

154

Attribution des groupes biologiques aux puits

156

Attribution de nombres de réplicats techniques aux puits

158

Attribution d'une série de dilutions aux types d'échantillons étalons

160

Copie du contenu d'un puits dans un autre puits

161

Ajout d'une note à un puits

162

Élimination de tout le contenu des puits

162

Modification des paramètres de l’expérience

164

Création de groupes de puits

167

Changement des styles de traces

170

Affichage, exportation et importation de la plaque sous forme de feuille de calcul

172

Création d'une disposition de plaque à l'aide du Plate Setup Wizard (Assistant de configuration deplaque)174
Utilisation de l'assistant de configuration de plaqueChapitre 9 Réalisation d’expériences
La fenêtre Run Setup (Configuration de la série)Accès à la fenêtre Run Setup (Configuration de la série)

174

177
178
179

Onglet Protocol (Protocole)

180

Onglet Plate (Plaque)

183

Onglet Start Run (Démarrer la série)186

Réalisation d’une expérience187Boîte de dialogue Run Details (Détails de la série)189

Onglet Run Status (État de la série)189

Onglet Real-time Status (État en temps réel)

192

Onglet Time Status (État temporel)

195

Réalisation d'expériences PrimePCR

196

Transfert de données autonomes à des fins d’analyse

198

Transfert des données par e-mail198

Transfert de données depuis le Système de PCR en temps réel CFX Opus Dx

198

Transfert de données via le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

201

Transfert de données à l'aide d'une clé USB

201

Transfert de données via un lecteur réseau partagé à l’aide du Système de PCR en temps réel 202

x | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sommaire

CFX Opus Dx
Création d’un fichier de données

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de donnéesFenêtre Data Analysis (Analyse de données)

202

203
203

Barre d'outils Data Analysis (Analyse de données)

204

Barre du menu Data Analysis (Analyse de données)

205

Onglet Details (Détails)

210

Sélecteur du numéro d’étape

210

Visualisation des groupes de puits dans l'analyse de données

211

Changement du contenu des puits après une série

211

Paramètres de l’analyse de données

213

Réglage du seuil

213

Baseline Settings (Paramètres de la ligne de base)

213

Mode d'analyse

214

Cycles à analyser

215

Sélecteur de puits

216

Éléments du menu contextuel du sélecteur de puits

217

Exclusion temporaire de puits de l'analyse

218

Graphiques

219

Outils des graphiques

219

Grossissement d'une zone du graphique

227

Copie de graphiques dans un fichier Microsoft

227

Éléments courants du menu contextuel pour les graphiques

227

Feuilles de calcul
Éléments courants du menu contextuel pour les feuilles de calcul
Exportation

229
229
231

Exportation de toutes les fiches de données

231

Exportation de fichiers RDML

232

Création d'un fichier d'exportation personnalisé

233

Exportation vers un dossier LIMS

235

Exportation de données formatées pour Seegene

235

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données
Onglet Quantification
Options des fluorophores

237
238
238

Guide d’utilisation | xi

SommaireBoîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes)

239

Option de l'échelle logarithmique240

Graphique de courbe d'étalonnage

241

Options du menu Amplification Chart (Graphique d’amplification)

242

Feuille de calcul de l’onglet Quantification

242

Onglet Quantification Data (Données de quantification)

244

Feuille de calcul des résultats

244

Feuille de calcul des résultats de la courbe standard

246

Feuille de calcul de la plaque247

Feuille de calcul des RFU

248

Onglet Melt Curve (Courbe de fusion)
Ajustement des données de la courbe de fusion
Onglet Melt Curve Data (Données de la courbe de fusion)

249
251
252

Feuille de calcul des pics de fusion

252

Feuille de calcul de la plaque253

Feuille de calcul de la RFU

254

Feuille de calcul -d(RFU)/dT

255

Onglet End Point (Point final)

256

Données de résultats

257

Ajustement de l'analyse de données du point final

258

Feuille de calcul des RFU pour l’analyse de point final

258

Onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique)259

Ajustement des données pour la discrimination allélique

260

Options du menu Chart (Graphique)262

Feuille de calcul de la discrimination allélique

262

Onglet Custom Data View (Affichage de données personnalisé)
Création d'un affichage de données personnalisé
Onglet QC (CQ)

264
265
266

Modification des critères de CQ

267

Exclusion des puits qui ne passent pas le CQ

267

Onglet Run Information (Informations sur la série)268

Rapports de l’analyse de données

269

Catégories des rapports d’analyse de données

270

Création d’un rapport d’analyse de données

274

xii | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sommaire

Création de rapports de groupes de puits

276

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

277

Configuration de la plaque pour l'analyse de l'expression génétique

277

Configuration de plaque guidée

278

Graphiques d’expression des gènes

279

Représentation graphique

280

Modification et annotation de l’affichage du graphique

282

Ajustement des données d’expression des gènes

288

Paramètres de l’expérience

290

Options du menu contextuel

292

Feuille de calcul des données

293

Option Show Details (Afficher les détails)

295

Dendrogramme

298

Paramètres

298

Options du menu contextuel

298

Tableur de données

299

Nuage de points

300

Paramètres

300

Options du menu contextuel

300

Feuille de calcul des données

301

Feuille de calcul des résultats

302

Étude des gènes

303

Étalonnage inter-séries

303Boîte de dialogue Gene Study (Étude des gènes)304

Onglet Study Setup (Configuration de l’étude)

304

Préparation d'une étude des gènes

305

Onglet Study Analysis (Analyse de l'étude)

306

Catégories de rapports d'étude des gènes

307

Création d'un rapport de l'étude des gènes

310

Annexe A Calculs de l’analyse de données

311

Efficacité d'une réaction

311

Quantité relative

311

Quantité relative en cas de sélection d'un contrôle

312

Écart-type de la quantité relative

312

Guide d’utilisation | xiii

Sommaire

Cq à l’efficacité corrigée (CqE)313

Cq à l’efficacité moyenne corrigée (MCqE)

313

Expression normalisée

314

Expression et quantité relative pour les groupes biologiques

315

Expression normalisée lorsqu'un contrôle est sélectionné

315

Écart-type pour l'expression normalisée

316

Expression normalisée mise à l'échelle au niveau d'expression le plus haut

317

Expression normalisée mise à l'échelle au niveau d'expression le plus bas

317

Expression normalisée mise à l'échelle au niveau d'expression moyen

317

Écart-type pour l'expression normalisée mise à l'échelle

319

Barres d’erreur pour l’écart-type(lg) et l’erreur-type de la moyenne (lg)320

Fold-change

321

Formules des valeurs corrigées

322

Calcul de l'intervalle de confiance pour l'analyse des groupes biologiques

323

Calculs dans un diagramme en boîte (Box and Whisker)

323

Annexe B Pistes d’audit

325

Affichage des pistes d’audit

325

Événements auditables

327

Annexe C Intégration au LIMS
Création de fichiers de données compatibles avec le système LIMS

331
331

Configuration du dossier LIMS et options d’exportation des données

331

Création d’un protocole LIMS

333

Création d'un fichier LIMS

333

Démarrage d'une série LIMS

338

Exportation des données vers un LIMS

339

Annexe D Résolution des problèmes avec le Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition

341

Mettre des fichiers et dossiers du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition en liste autorisée

341

Journal des applications

342

Récupération des fichiers journaux d’application et de micrologiciel

343

Résolution des problèmes

343

Coupure de courant

343

Transfert de fichiers vers l’ordinateur de CFX Maestro Dx SE

344

Installation manuelle du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition344

xiv | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sommaire

Réinstallation des pilotes

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

345

347

Software Notices

348

ZedGraph

348Standard Open License Text
LGPL-2.1

Annexe F Références bibliographiques

348
348

361

Guide d’utilisation | xv

Sommairexvi | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sécurité et conformité réglementaire
Les systèmes de PCR en temps réel CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx, et CFX Opus Deepwell Dx(connus dans ce guide comme le Système CFX Opus Dx) chauffent et refroidissent très rapidement
pendant le fonctionnement. Pour un fonctionnement sûr du système de PCR en temps réel, Bio-Rad vous
recommande vivement de suivre les spécifications de sécurité répertoriées dans cette section et tout aulong de ce manuel.

Étiquettes d’avertissement de sécurité
Les étiquettes d’avertissement apposées sur le Système CFX Opus Dx et figurant dans ce manuelsignalent à l’utilisateur les sources de blessures ou de dégâts. Le Tableau 1 définit chaque étiquetted’avertissement de sécurité.

Guide d’utilisation | 17

Sécurité et conformité réglementaire

Tableau 1. Avertissements de sécurité généraux

Icône

Signification
L’utilisation du Système CFX Opus Dx avant de lire ce manuel peut présenter unrisque de lésions corporelles. L’utilisation de cet appareil d’une manière non
spécifiée dans ce manuel ou par Bio-Rad peut entraîner une dégradation ou unedésactivation des fonctions de protection de l’appareil.
Il n’y a aucun danger biologique ou radioactif associé au Système CFX Opus Dx
lui-même. Ces dangers ne deviennent un problème que lorsqu’ils sont introduits
dans le système via les échantillons testés. Lors de la manipulation d’échantillons
présentant un danger biologique ou radioactif, il convient de respecter lesprécautions et les directives recommandées propres au laboratoire ou au lieu detravail. Ces directives doivent inclure des méthodes de nettoyage, de surveillance
et d’élimination des matières dangereuses que vous utilisez.
De plus, comme indiqué ci-dessus, il existe un faible risque d’explosion ou
d’expulsion de liquides ou de vapeurs des conteneurs d’échantillons. Lorsque vous
travaillez avec des matières dangereuses, le risque de blessure due à l’expulsion
de matières est aggravé par le risque que les matières dangereuses elles-mêmes
puissent être dispersées dans et autour de l’instrument. Les utilisateurs doivent
prendre les précautions appropriées dans une telle situation.
Le Système CFX Opus Dx fonctionne(nt) à des températures suffisammentélevées pour provoquer de graves brûlures. Laissez toujours le bloc d’échantillons
revenir à la température ambiante avant d’ouvrir le couvercle et de retirer leséchantillons. Même après le refroidissement du bloc d’échantillons, les zones
environnantes ainsi que la plaque chauffante peuvent rester chaudes pendant uncertain temps. Dans les situations où le temps n’est pas suffisant pour permettre àl’instrument de refroidir, il est recommandé d’utiliser des équipements deprotection tels que des gants thermiques ou des « gants isolants ».
La sécurité et les performances de tout système intégrant un Système CFX Opus
Dx est sous la seule responsabilité de l’assembleur du système.

18 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Étiquettes d’avertissement de sécurité

Tableau 1. Avertissements de sécurité généraux, suite

Icône

Signification
Le Système CFX Opus Dx peut devenir suffisamment chaud au cours dufonctionnement normal pour provoquer l’ébullition ou la vaporisation des liquides
des échantillons, ce qui met sous pression les conteneurs d’échantillons. Il est
possible que les conteneurs d’échantillons tombent en panne, entraînant desfuites, des projections de liquide ou une rupture explosive et expulsant des vapeurs
ou des liquides dans et autour de l’appareil.
Les utilisateurs doivent toujours utiliser l’appareil avec le couvercle fermé ou porterdes lunettes de sécurité, des gants thermiques et d’autres équipements deprotection individuelle pendant le fonctionnement pour éviter les blessures.
L'ouverture de l'appareil alors que les échantillons sont encore chauds, parexemple après avoir interrompu une série, peut permettre aux récipients souspression de fuir, de pulvériser ou de faire jaillir du liquide. Laissez toujours refroidirles échantillons avant d’ouvrir le couvercle.
Les utilisateurs ne doivent jamais exécuter une réaction avec un couvercle ou un
joint ouvert, desserré, perforé ou autrement endommagé car cela augmentera laprobabilité d'une rupture ou d'une explosion dangereuse.
Les utilisateurs ne doivent jamais exécuter une réaction avec des réactifs volatils
qui pourraient augmenter la probabilité d'une rupture ou d'une explosion
dangereuse.

Guide d’utilisation | 19

Sécurité et conformité réglementaire

Sécurité et conformité réglementaire
Conformité de sécurité
Le Système CFX Opus Dx a été testé(s) et déclaré(s) conforme(s) à toutes les exigences applicables desnormes de sécurité et électromagnétiques suivantes :n

CEI 61010-1:2010 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation et delaboratoire, Partie 1 : exigences généralesn

CEI 61010-2-010:2019 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-010 : exigences particulières pour appareils de laboratoire utilisés pourl'échauffement des matièresn

CEI 61010-2-081:2019 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-081 : exigences particulières pour les appareils de laboratoire,automatiques et semi-automatiques, destinés à l'analyse et autres usagesn

CEI 61010-2-101:2018 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-101 : Exigences particulières pour les appareils médicaux de diagnostic
in vitro (DIV)nCAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage,de régulation et de laboratoire, Partie 1 : exigences généralesn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage,de régulation et de laboratoire, Partie 2-010 : exigences particulières pour appareils de laboratoire
utilisés pour l'échauffement des matièresn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage,de régulation et de laboratoire, Partie 2-081 : exigences particulières pour les appareils delaboratoire, automatiques et semi-automatiques, destinés à l'analyse et autres usagesn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, derégulation et de laboratoire – Partie 2-101 : Exigences particulières pour les appareils médicaux dediagnostic in vitro (DIV)n

EN 61010-1:2010 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation et delaboratoire, Partie 1 : exigences générales

20 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sécurité et conformité réglementairenEN 61010-2-010:2014 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-010 : exigences particulières pour appareils de laboratoire utilisés pourl'échauffement des matièresn

EN 61010-2-081:2015 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-081 : exigences particulières pour les appareils de laboratoire,automatiques et semi-automatiques, destinés à l'analyse et autres usagesn

EN 61010-2-101:2017 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-101 : Exigences particulières pour les appareils médicaux de diagnostic
in vitro (DIV)n

UL 61010-1:2012 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation et delaboratoire – Partie 1 : exigences généralesn

UL 61010-2-010:2019 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-010 : exigences particulières pour appareils de laboratoire utilisés pourl'échauffement des matièresn

UL 61010-2-081:2019 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation etde laboratoire – Partie 2-081 : exigences particulières pour les appareils de laboratoire,automatiques et semi-automatiques, destinés à l'analyse et autres usagesn

UL 61010-2-101:19 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation et delaboratoire – Partie 2-101 : Exigences particulières pour les appareils médicaux de diagnostic in vitro(DIV)

Compatibilité électromagnétique (CEM)
Le Système CFX Opus Dx a été testé(s) et déclaré(s) conforme(s) à toutes les exigences applicables desnormes électromagnétiques et de compatibilité suivantes :n

CEI 61326-1:2012 Appareils électriques de mesurage, de régulation et de laboratoire – Exigences de
CEM – Partie 1 : exigences générales Testé en tant qu'appareil de classe An

CEI 61326-2-6:2012 Règles de sécurité pour appareils électriques de mesurage, de régulation et delaboratoire – Exigences de CEM – Partie 2-6 : Exigences particulières – appareils médicaux dediagnostic in vitro (DIV)n

EN 61326-1:2013 Appareils électriques de mesurage, de régulation et de laboratoire – Exigences de
CEM – Partie 1 : exigences générales Testé en tant qu'appareil de classe An

EN 61326-2:-6:2013 Appareils électriques de mesurage, de régulation et de laboratoire – Exigencesde CEM – Partie 2-6 : Exigences particulières – appareils médicaux de diagnostic in vitro (DIV)

Guide d’utilisation | 21

Sécurité et conformité réglementairen

FCC partie 15, sous-partie B, sections 15.107 et 15.109. Testé en tant qu'appareil numérique declasse An

CAN ICES-003v6:2019 Norme sur le matériel brouilleur, matériel informatique (y compris lesappareils numériques) – Limites et méthodes de mesure. Testé aux limites de classe A

Avertissements et remarques relatifs à la CEMnAvertissement : Les changements ou modifications apportés à cette unité et qui ne sont pas
expressément autorisés par Bio-Rad pourraient annuler la capacité de l'utilisateur à utiliser l'appareil.

nRemarque : Cet appareil a été testé et s'est révélé conforme aux limites pour un appareil numériquede classe A, conformément à la Partie 15 des règles FCC. Ces limites sont conçues pour assurer une
protection raisonnable contre les perturbations nuisibles lorsque l'appareil fonctionne dans unenvironnement commercial. Cet appareil produit, utilise et peut émettre des rayonnements
radiofréquences et provoquer des perturbations nuisibles dans les communications radio s'il n'est
pas installé et utilisé conformément au manuel d'instructions. Le fonctionnement de cet appareil dansun environnement résidentiel est susceptible de provoquer des perturbations nuisibles, auquel cas
l'utilisateur devra y remédier à ses propres frais.

nRemarque concernant la conformité FCC : Bien que cet appareil ait été testé et qu'il se soit révélé
conforme à la Partie 15, sous-partie B, des règles FCC pour un appareil numérique de classe A,
veuillez noter que cette mise en conformité est volontaire, dans la mesure où l'appareil rentre dans lacatégorie des « dispositifs exemptés » visés au Titre 47 CFR 15.103(c), en ce qui concerne les règles
FCC mentionnées en vigueur au moment de sa fabrication.

nRemarque concernant les câbles : Cet instrument a été testé pour sa conformité CEM à l'aide decâbles USB spécialement conçus, qui sont fournis avec l'instrument. Ces câbles, ou les
remplacements autorisés par Bio-Rad, doivent être utilisés avec cet instrument pour garantir laconformité continue avec les limites d'émissions CEM.

22 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sécurité et conformité réglementaire

Exigences environnementales
Le(s) Système CFX Opus Dx ont été conçus pour être utilisés en toute sécurité dans les conditions
environnementales énumérées dans le tableau suivant.
Tableau 2. Exigences environnementales du Système de PCR en temps réel CFX Opus
Dx

Paramètre

Spécification

Environnement

Réservé à un usage en intérieur

Altitude de fonctionnement

Jusqu’à 2 000 mètres au-dessus du niveau dela merTempérature ambiante de la pièce

15 à 31 °C*

Température de transport et de stockage-20 à 60 °C**

Humidité relative

20 % à 80 % (sans condensation)***Puissance de fonctionnement

100 à 240 VCA ± 10 %, 50/60 Hz, 850 W
maximum

Fluctuation de la tension d’alimentation± 10 %

secteur
Consommation électrique maximum< 850 W

Fusibles

10 A, 250 V, 5x20 mm, rapides (qté. 2)

Catégorie de surtension

II

Degré de pollution

2*Le fonctionnement de l’appareil en dehors de cette plage de température peut ne pas répondre auxspécifications de performance. Une température ambiante entre 5 et 40 °C est considérée comme sûre.
**Stockez et transportez l’appareil dans son emballage d’expédition pour répondre à ces conditions detempérature.
***Le fonctionnement de l’appareil à 4 °C doit être limité à 18 heures dans ces conditions. Tout maintienà 4 °C peut être effectué jusqu’à 72 heures si l’humidité est inférieure à 60 % (sans condensation).

Guide d’utilisation | 23

Sécurité et conformité réglementaire

Risques
Le Système CFX Opus Dx est conçu(s) pour fonctionner en toute sécurité pour une utilisation de lamanière prescrite par le fabricant. Si le système ou l’un de ses composants associés est utilisé d’unemanière non spécifiée par le fabricant, la protection inhérente fournie par l’appareil peut être altérée.
Bio-Rad n’est pas responsable des blessures ou des dommages causés par l’utilisation de cetéquipement d’une manière non spécifiée, ou des modifications de l’appareil non effectuées par Bio-Rad
ou un agent autorisé. L’entretien du Système CFX Opus Dx doit uniquement être réalisé par un personnel
formé au Bio-Rad.

Risques biologiques
Le Système CFX Opus Dx est un produit de laboratoire. Cependant, en présence d’échantillons
présentant un danger biologique, il convient de respecter les directives locales propres au laboratoire ou
au lieu de travail et les consignes suivantes.
Remarque : Aucune substance présentant un danger biologique ne se dégage durant les opérations
normales de cet appareil.

Précautions généralesnToujours porter une blouse et des gants de laboratoire, ainsi que des lunettes de sécurité muniesd’écrans latéraux.

nConserver les mains à l'écart de la bouche, du nez et des yeux.

nProtéger complètement les coupures ou abrasions avant de travailler avec des matières
potentiellement infectieuses.

n

Se laver soigneusement les mains au savon et à l'eau après avoir manipulé des matières
potentiellement infectieuses et avant de quitter le laboratoire.

nRetirer les montres-bracelets et les bijoux avant de travailler sur la paillasse.

nConserver tout matériel infectieux ou potentiellement infectieux dans des récipients incassables
hermétiques.

nAvant de quitter le laboratoire, retirer les vêtements de protection.

nRetirer les gants avant d'écrire, de téléphoner, d'allumer la lumière ou de toucher tout objet qued'autres personnes pourraient toucher sans gants.

nChanger fréquemment de gants. Retirer immédiatement les gants lorsqu'ils sont visiblement
contaminés.

24 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Risquesn

Ne pas exposer le matériel ne pouvant pas être adéquatement décontaminé au matériel
potentiellement infectieux.

nLorsqu'une tâche impliquant du matériel présentant un risque biologique est terminée, décontaminerla zone de travail avec un décontaminant approprié (par exemple, une dilution à 1:10 d'eau de Javel
ménagère).

Guide d’utilisation | 25

Sécurité et conformité réglementaire

Décontamination de la surface
AVERTISSEMENT ! Afin de prévenir tout choc électrique, systématiquement mettrehors tension et débrancher l'appareil avant de procéder à la décontamination.

Les parties suivantes peuvent être nettoyées avec tout désinfectant bactéricide, virucide ou fongicide degrade hospitalier :nCouvercle externe et châssis

n

Surface interne du bloc d’échantillons et puits du bloc d’échantillonsnPanneau de commande et affichage

Pour préparer et appliquer le désinfectant, se reporter aux instructions fournies par le fabricant du produit.
Toujours rincer le bloc d’échantillons et les puits du bloc d’échantillons plusieurs fois avec de l’eau après
avoir appliqué un désinfectant. Sécher soigneusement le bloc d’échantillons et les puits du blocd’échantillons après le rinçage à l’eau.
Important : Ne pas utiliser de détergents abrasifs ou corrosifs ou de solutions alcalines fortes. Ces
agents peuvent rayer les surfaces et endommager le bloc d’échantillons, résultant en une perte decontrôle thermique précis.

Élimination du matériel présentant un risque biologique
Éliminer le matériel suivant potentiellement contaminé conformément aux réglementations locales,régionales et nationales des laboratoires :nÉchantillons cliniquesn

RéactifsnCuvettes réactionnelles ou autres consommables usagés susceptibles d'être contaminés

Risques chimiques
Le Système CFX Opus Dx ne contient aucune substance chimique potentiellement dangereuse.

Risques d’explosion ou d’inflammabilité
Le Système CFX Opus Dx ne présente(nt) aucun risque inhabituel d’inflammabilité ou d’explosion, àcondition d’une utilisation de manière appropriée selon les indications des laboratoires Bio-Rad.

26 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Transport

Risques électriques
Le Système CFX Opus Dx ne présente(nt) aucun risque électrique inhabituel pour les opérateurs en cas
d’installation et d’utilisation correctes, sans subir d’altérations physiques, et en cas de raccordement à
une source d’alimentation conforme aux spécifications.

Transport
Avant de déplacer ou d’expédier le Système CFX Opus Dx, des procédures de décontamination doiventêtre effectuées. Déplacez ou expédiez toujours le système dans un ou plusieurs conteneurs séparésdans le matériau d’emballage fourni par Bio-Rad, qui protégera le système contre les dommages.
Pour plus d’informations sur le transport du système et pour demander la caisse de transport appropriée,contactez votre bureau Bio-Rad local.

Batterie
Le Système CFX Opus Dx utilise une pile bouton au lithium-métal de 3 V pour conserver les réglages del’heure en cas de coupure de courant. Si la configuration de l’heure n’est pas conservée après la misehors tension de l’unité, cela peut indiquer une baisse de capacité des piles.
AVERTISSEMENT ! Ne pas tenter de remplacer les piles. Elles ne sont pas réparables
par l’utilisateur. Au lieu de cela, contactez le service d’assistance technique de Bio-Rad
pour obtenir de l’aide.

Disposition uniquement applicable dans l’état de Californie, États-Unis.
n

Matériau perchlorate : les piles au lithium contiennent du perchlorate ; des précautions demanipulation particulières peuvent s’appliquer. Voir www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Élimination
Le Système CFX Opus Dx contien(nen)t des composants électriques ; ceux-ci ne doivent pas êtreéliminés comme des déchets non triés et être collectés séparément, conformément à la directive del’Union européenne 2012/19/UE sur les déchets d’équipements électriques et électroniques (DirectiveDEEE). Avant l’élimination, contacter le représentant local de Bio-Rad pour les instructions spécifiques au
pays.

Guide d’utilisation | 27

Sécurité et conformité réglementaire

Garantie
Le Système CFX Opus Dx et ses accessoires associés sont couverts par une garantie Bio-Rad standard.
Contacter le bureau local de Bio-Rad pour les détails relatifs à la garantie.

28 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 1 Introduction
Les systèmes d’amplification par PCR haute performance de Bio-Rad présentent les avancées
technologiques les plus récentes et procurent une précision et une reproductibilité supérieures pourl’amplification des acides nucléiques en lien avec les expériences génomiques.
Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition de Bio-Rad est compatible avec les appareils suivants etpropose des fichiers de séries optimisés pour tests avec amorce et sondes PrimePCR de Bio-Rad :n

Système de PCR en temps réel Opus 96 Dx CFX (connu dans ce guide sous le nom de CFX Opus 96
Dx)n

Système de PCR en temps réel Opus 384 Dx CFX (connu dans ce guide sous le nom de CFX Opus
384 Dx)nSystème de PCR en temps réel Opus Deepwell Dx CFX (connu dans ce guide sous le nom de
CFX Opus Deepwell Dx)

Guide d’utilisation | 29

Chapitre 1 Introduction

L’utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition (désigné dans ce guide sous le nom de
CFX Maestro Dx SE) permet d’interpréter des données complexes et de créer de solides études pourl’analyse génétique. Quelques clics suffisent pour configurer les études et rendre intelligible l’analyse del’expression génétique grâce à des outils tels que les tests t de Student, l’ANOVA unidirectionnelle,l’analyse des contrôles PrimePCR et l’outil sélecteur des gènes de référence. L’utilisateur peut ensuite seservir des outils de visualisation et d’annotation personnalisables de CFX Maestro Dx SE afin de préparerses résultats en vue de leur publication.
Remarque : L’affichage de certains écrans dans CFX Maestro peut sembler différent de ceux
représentés dans ce guide d’utilisation. L’affichage dans le logiciel est correct, et les fonctionnalités
sont identiques.
Important : la cybersécurité représente la protection des actifs dans le cyberespace contre lescyberattaques. La cybersécurité est la capacité de Bio-Rad à sécuriser son personnel, ses
informations, ses systèmes et sa réputation dans le cyberespace. Le cyberespace est le mondetechnologiquement interconnecté en permanence. Il se compose de personnes, d’organisations,d’informations et de technologies.
En cas de problèmes de cybersécurité, une réaction rapide est importante ! Si vous suspectez unproblème de cybersécurité concernant votre instrument ou si vous pensez que la cybersécurité a été
violée sur votre site, contactez immédiatement votre représentant Bio-Rad pour une assistancetechnique.

30 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Caractéristiques principales du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Caractéristiques principales du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
CFX Maestro Dx SE permet d’effectuer les tâches suivantes :nAnalyser des données à l’aide de graphiques en barres, dendogrammes ou nuages de points pourrapidement interpréter et comprendre les résultats.

nPersonnaliser la présentation des données et exporter des graphiques haute résolution pourpublication et création de rapports.

nDéterminer la qualité de l’ARN et résoudre les problèmes relatifs aux expériences avec les contrôlesd’analyse PrimePCR.

n

Sélectionner le gène de référence approprié et analyser sa stabilité avec l’outil Reference Gene
Selection (Sélection des gènes de référence).

nProcéder à l’analyse statistique, y compris ANOVA unidirectionnelle dans l’analyse de l’expression
génétique.

Ce guide d'utilisation explique ces fonctions et montre comment les utiliser.

En savoir plus
Après avoir installé CFX Maestro Dx SE et avoir configuré l’appareil de PCR Bio-Rad associé, l’utilisateurpourra accéder à ce guide ainsi qu’à des rubriques d’aide CFX Maestro Dx SE dans le menu Help (Aide)de n’importe quel affichage.
Conseil : Cliquer sur le logo Bio-Rad dans le coin supérieur droit de n’importe quelle fenêtre
CFX Maestro Dx SE pour lancer le site web de Bio-Rad. Ce site comporte des liens vers des notes
techniques, des manuels, des vidéos, des informations sur les produits et le service d’assistancetechnique. Il fournit aussi de nombreuses ressources techniques sur une grande variété deméthodes et d’applications liées à la PCR, à la PCR en temps réel et à l’expression des gènes.

Guide d’utilisation | 31

Chapitre 1 Introduction

32 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 2 Installation du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
Ce chapitre explique comment installer le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition. Pour obtenir desinformations sur la configuration des appareils de PCR en temps réel pris en charge par Bio-Rad,
consulter le guide correspondant.
CFX Maestro Dx SE est obligatoire pour analyser les données de PCR en temps réel à partir dessystèmes de PCR en temps réel CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx et CFX Opus Deepwell Dx. Il estégalement possible d’utiliser ce logiciel pour contrôler ces systèmes en mode contrôlé par le logiciel.
Les systèmes CFX Opus Dx sont livrés avec un câble USB dans le paquet d’accessoires. Utiliser le câble
USB pour connecter l’ordinateur exécutant CFX Maestro Dx SE au Système CFX Opus Dx.
Retirer le matériel d’emballage et le conserver en vue d’une utilisation ultérieure. Si un article manque ou
qu'il est endommagé, contacter le bureau local de Bio-Rad.

Guide d’utilisation | 33

Chapitre 2 Installation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Configuration minimum requise du système
Le Tableau 3 répertorie la configuration minimum recommandée du système pour l’ordinateur sur lequelle logiciel CFX Maestro Dx SE s’exécute.
Tableau 3. Configuration informatique requise pour CFX Maestro Dx SE

SystèmeMinimum

Recommandé

SystèmeMicrosoft Windows 10 (64 bits

Microsoft Windows 10 (64 bits uniquement),

d’exploitation

uniquement), version 1511 ou

version 1511 ou ultérieure, avec les dernières

ultérieure, avec les dernières

mises à jour de sécurité.

mises à jour de sécurité.
Remarque : Windows 11 prend également en charge le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition.
Important : Le démarrage sécurisé doit être désactivé sur les ordinateurs exécutant CFX Maestro Dx
SE. Les ordinateurs sur lesquels CFX Maestro Dx SE est exécuté doivent être configurés de manière à
ne pas redémarrer automatiquement après une mise à jour du système ou de sécurité si une série est
en cours. Consultez votre administrateur système pour obtenir de l’aide.
Ports

2 ports USB 2.0 ultrarapides

2 ports USB 2.0 ultrarapides

Espace sur le

128 Go128 Go2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

4 Go de RAM

8 Go de RAM

Résolution

1024 x 768 avec mode true-color

1280 x 1024 avec mode true-color

disque dur
Vitesse duprocesseurd’écran
PDF Reader

Adobe PDF Reader ou Windows PDF Reader
de l’une des suites Microsoft Office prises encharge :n 2016n 2019Localisation

SE Microsoft Windows 64 bits

SE Microsoft Windows 64 bits pris en charge enpris en charge en anglais, chinois

anglais, chinois et russe

et russe

Remarque : S’il est prévu que le logiciel CFX Automation Control soit exécuté sur le mêmeordinateur que CFX Maestro Dx SE, définir la résolution d’écran à 1280 x 1024 avec mode true-color.

34 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Configuration minimum requise du système

Guide d’utilisation | 35

Chapitre 2 Installation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Installation du logiciel CFX Maestro Dx SE
Important : Tous les appareils connectés doivent être débranchés de l’ordinateur CFX Maestro Dx
SE avant d’installer le logiciel ou de le mettre à niveau. Il n’est pas nécessaire d’éteindre l’appareil
pendant l’installation du logiciel. Veiller à enregistrer toutes les séries et à ce qu’aucune expériencene soit en cours d’exécution.
Remarque : Vérifier que Secure Boot (Démarrage sécurisé) est désactivé avant de lancer laprocédure d’installation. S’assurer que l’ordinateur est configuré de manière à ne pas redémarrer
automatiquement après une mise à jour du système ou de sécurité si une série est en cours.
Consultez votre administrateur système pour obtenir de l’aide.

Pour installer le logiciel CFX Maestro Dx SE
1.

Si nécessaire, débrancher d’éventuels appareils connectés de l’ordinateur.
Localiser et débrancher le câble USB de l’appareil sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE. L’extrémité
insérée dans le Système CFX Opus Dx peut rester en place.

2.

Ouvrir une session sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE avec privilèges d’administration.

3.

Insérer la clé USB du logiciel CFX Maestro Dx SE dans le port USB de l’ordinateur.

4.

Dans Windows Explorer, accéder à la clé USB du logiciel CFX Maestro Dx SE et l’ouvrir.
La clé USB contient les notes de mise à jour et les dossiers suivants :
n

CFX

n

Pilotesn

MicrologicielnDémarrage rapide
Conjointement avec d’autres fichiers, le dossier CFX contient le programme d’installation dulogiciel CFX Maestro Dx SE (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Ouvrir le dossier CFX et double-cliquer sur CFXMaestroDxSetup.exe pour démarrer le programmed’installation.

6.

Suivre les instructions d’installation à l’écran.
Une fois terminé, l’icône Bio-Rad du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition apparaît sur le bureau
de l’ordinateur.
Conseil : Le programme d’installation CFX Maestro installe automatiquement le guided’utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition. Pour localiser ces guides, accédez au
menu Help (Aide) et sélectionnez Open User Guides (Ouvrir les guides d’utilisation).

36 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Installation du logiciel CFX Maestro Dx SE

7.

Une fois l’installation terminée, la clé USB du logiciel peut être éjectée en toute sécurité.

Guide d’utilisation | 37

Chapitre 2 Installation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Détection des appareils connectésDurant l’installation, le programme d’installation de CFX Maestro Dx SE installe automatiquement lespilotes sur l’ordinateur de CFX Maestro Dx SE. CFX Maestro Dx SE détecte les appareils connectéslorsque vous démarrez le logiciel.

Pour détecter les appareils connectés1.

Si cela n’a pas été fait, insérer l’extrémité carrée (mâle) du câble USB de type B fourni dans le port
USB de type B situé à l’arrière de la base de l’appareil.

2.

Insérez l’autre extrémité (port) dans un port USB sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE.

3.

Si l’appareil ne fonctionne pas déjà, appuyer sur l’interrupteur d’alimentation sur l’appareil pour lemettre en marche.

4.

Démarrer le logiciel CFX Maestro Dx SE.

Le logiciel détecte automatiquement l’appareil connecté et en affiche le nom dans le volet Detected
Instruments (Appareils détectés) de la fenêtre d’accueil.
Remarque : si l’appareil n’apparaît pas dans le volet Detected Instruments (Appareils détectés),vérifiez que le câble USB est correctement installé. Pour réinstaller les pilotes, dans la fenêtre
d'accueil de CFX Maestro Dx SE, sélectionner Tools (Outils) > Reinstall Instrument Drivers(Réinstaller les pilotes de l'appareil).

38 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Fichiers logiciels

Fichiers logiciels
Le Tableau 4 répertorie les types de fichiers de CFX Maestro Dx SE.
Tableau 4. Types de fichiers de CFX Maestro Dx SE

Type de fichier

Extension

Détails

Protocol (Protocole).prcl

Contient les détails de configuration du protocole pour laréalisation d'une série de PCR.

Plate (Plaque).pltd

Contient les détails de configuration de la plaque pour laréalisation d'une série de PCR.

Data (Données).pcrdContient les résultats d'une série expérimentale et d'une
analyse de la PCR.

Série PrimePCR.csv

Contient le protocole et la disposition de plaque pour les
plaques PrimePCR.

Gene Study (Étude des.mgxd

gènes)
Fichier de pré-donnéesContient les résultats de plusieurs séries de PCR etd'analyses d'expression génétique.

.zpcr

autonome

Contient les lectures de fluorescence issues dufonctionnement autonome qui sont converties en un fichierde données.

LIMS

.plrn

Contient les informations sur la configuration de la plaqueet le protocole nécessaires à la réalisation d'une série
compatible avec le LIMS.

JSON

.json

Fichier en lecture seule généré uniquement par lessystèmes CFX Opus Dx, ce fichier contient les données dufichier de série qui apparaissent dans le volet de détails dunavigateur de fichiers lorsqu'un fichier de série est
sélectionné. Ce fichier est généré une fois la série
terminée. Il est exporté avec le fichier .zpcr et enregistré
avec les fichiers de données lorsque l'emplacementd'enregistrement est une clé USB ou un dossier réseau
partagé.

Guide d’utilisation | 39

Chapitre 2 Installation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

40 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du
Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
Dans le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition, les utilisateurs se connectent avec leur nom
d’utilisateur et leur mot de passe Windows. La personne qui a installé CFX Maestro Dx SE se voit
attribuer automatiquement le rôle Administrator (Administrateur) et peut créer et gérer des comptes et desrôles d’utilisateurs. Tous les autres utilisateurs doivent se voir attribuer un compte d’utilisateur pourpouvoir se connecter et utiliser le logiciel.
Important : Chaque utilisateur doit posséder un compte Windows et un mot de passe surl’ordinateur de CFX Maestro Dx SE avant que vous puissiez lui attribuer un compte utilisateur et unrôle. Les utilisateurs peuvent être membres du groupe Windows Users (Utilisateurs Windows) ou dugroupe Windows Administrators (Administrateurs Windows). Les membres du groupe Windows
Users (Utilisateurs Windows) ne peuvent accéder qu’à leurs propres fichiers et dossiers
CFX Maestro Dx SE. Les membres du groupe Windows Administrators (Administrateurs Windows)
peuvent accéder aux fichiers et dossiers de tous les utilisateurs de l’ordinateur.
Ce chapitre explique comment créer des utilisateurs Microsoft Windows afin d’ajouter ces utilisateurs à
CFX Maestro Dx SE. Cette section explique également comment ajouter des utilisateurs CFX Maestro Dx
SE et gérer les rôles et autorisations des utilisateurs.

Guide d’utilisation | 41

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Démarrage du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
Remarque : Chaque utilisateur doit se connecter avec son nom d’utilisateur et son mot de passe
Windows.

Pour démarrer CFX Maestro Dx SE
1.

Sur le bureau de l’ordinateur de CFX Maestro Dx SE, effectuer un double clic sur l’icône de raccourci
CFX Maestro Dx SE pour démarrer l’application.

2.

Dans la boîte de dialogue Login (Connexion), saisir votre mot de passe Windows et cliquer sur OK.

CFX Maestro Dx SE s’ouvre dans la fenêtre d’accueil. La barre de titre affiche le nom d’utilisateur
Windows de l’utilisateur connecté et la barre de menus affiche un autocollant bleu indiquant que lelogiciel est conforme à la norme 21 CFR Part 11, par exemple :42 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Démarrage du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Guide d’utilisation | 43

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Ajout d’utilisateurs Microsoft Windows sur l’ordinateur du
Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
Tous les utilisateurs doivent se connecter à l’ordinateur CFX Maestro Dx SE avec leur nom d’utilisateur et
mot de passe Windows. Pour un suivi d’audit précis, les comptes d’utilisateurs Windows ne peuvent pasêtre ajoutés par l’intermédiaire de la boîte de dialogue Start (Démarrer) > Settings (Paramètres) >Accounts (Comptes). Les comptes d’utilisateurs Windows doivent être ajoutés par l’intermédiaire de laconsole Computer Management (Gestion de l’ordinateur).
Important : Les modifications apportées aux propriétés des utilisateurs Windows (y compris le nom
d’utilisateur et le nom complet) après avoir créé l’utilisateur CFX Maestro Dx SE invalident l’utilisateur
CFX Maestro Dx SE. Assurez-vous que les informations sont correctes avant d’enregistrer
l’utilisateur Windows et de créer l’utilisateur CFX Maestro Dx SE associé.
Conseil : Examiner la documentation Microsoft Windows Administration (Administration deMicrosoft Windows) et consulter votre administrateur système Windows pour obtenir plusd’informations avant de créer des comptes Windows.

Pour ajouter des comptes d’utilisateurs Windows à l’ordinateur CFX Maestro Dx SE
1.

Connectez-vous à l’ordinateur CFX Maestro Dx SE en tant que membre du groupe d’administrateurs
Windows.

2.

Sur le bureau, cliquez avec le bouton droit sur My Computer (Mon ordinateur) et sélectionnez
Manage (Gérer) pour ouvrir la console Computer Management (Gestion de l’ordinateur).

3.

Dans la console Computer Management (Gestion de l’ordinateur), développez Local Users(Utilisateurs locaux) et Groups (Groupes).

4.

Cliquez avec le bouton droit sur le dossier Users (Utilisateurs) et sélectionnez New User (Nouvel
utilisateur) pour ouvrir la boîte de dialogue New User (Nouvel utilisateur).

44 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Ajout d’utilisateurs Microsoft Windows sur l’ordinateur du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

6.

Dans la boîte de dialogue New User (Nouvel utilisateur), vous devez remplir les champs suivants :nUser name (Nom d’utilisateur)nFull name (Nom complet)nPassword (Mot de passe)nConfirm password (Confirmer le mot de passe)

Cliquer sur Create (Créer).

Guide d’utilisation | 45

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Ajout et suppression d’utilisateurs du Logiciel
CFX Maestro Dx, Security Edition
Conseil : Seuls les utilisateurs avec le rôle Administrator (Administrateur) CFX Maestro Dx SE
peuvent créer et supprimer des comptes d’utilisateur CFX Maestro Dx SE. La personne qui a installé
CFX Maestro Dx SE reçoit automatiquement le rôle Administrator (Administrateur). Cette personne
peut attribuer le rôle Administrator (Administrateur) à d’autres utilisateurs.
Remarque : Dans CFX Maestro Dx SE, au moins un utilisateur doit avoir le rôle Administrator(Administrateur).

Pour ajouter des comptes d’utilisateur à CFX Maestro Dx SE
1.

Vérifier que chaque utilisateur prévu est membre du groupe Windows Users (Utilisateurs Windows)
ou du groupe Windows Administrators (Administrateurs Windows) et dispose d’un mot de passe
Windows sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE.

2.

Démarrer CFX Maestro Dx SE et se connecter en tant qu’Administrateur.

3.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionner User (Utilisateur) > User Administration (Administration desutilisateurs).

46 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Ajout et suppression d’utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

La boîte de dialogue User Administration (Administration des utilisateurs) s’affiche.

4.

Dans la section Manage Users (Gérer les utilisateurs), fournir les informations suivantes pour chaqueutilisateur :nUser name (Nom d’utilisateur) — dans CFX Maestro Dx SE, il doit s’agir du nom d’utilisateurde connexion Windows de l’utilisateur.

nFull name (Nom complet) — le nom complet de l’utilisateur.
Ce nom s’affiche dans le champ Full User (Utilisateur complet) de la piste d’audit. Ce nom doitêtre le même que celui saisi dans le champ Full Name (Nom complet) lors de la création del’utilisateur Windows.

nRole (Rôle) — le rôle à attribuer à l’utilisateur.
Remarque : Vous ne pouvez sélectionner qu’un seul rôle dans la liste déroulante. Pourplus d’informations, reportez-vous à la rubrique Gestion des rôles d’utilisateur du Logiciel
CFX Maestro Dx, Security Edition.

n

Domain (Domaine) — le domaine Windows à partir duquel l’utilisateur accède au logiciel.
Consultez votre administrateur système Windows pour plus d’informations.

Guide d’utilisation | 47

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

Cliquez sur OK, puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue
User Administration (Administration des utilisateurs).

Pour supprimer un compte d’utilisateur CFX Maestro Dx SE
1.

Démarrer CFX Maestro Dx SE et se connecter en tant qu’Administrateur.

2.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionnez User (Utilisateur) > User Administration (Administration desutilisateurs) pour ouvrir la boîte de dialogue User Administration (Administration des utilisateurs).

3.

Dans le volet Manager Users (Gérer les utilisateurs), sélectionner Remove (Supprimer) pour chaqueutilisateur que l’on souhaite supprimer.

4.

Cliquez sur OK, puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue
User Administration (Administration des utilisateurs).

Gestion des rôles d’utilisateur du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
Important : CFX Maestro Dx SE exige qu’au moins un utilisateur se voie attribuer le rôle
Administrator (Administrateur). Vous pouvez attribuer ce rôle à plusieurs utilisateurs.
Il existe quatre rôles d’utilisateur pour CFX Maestro Dx SE. Chaque utilisateur doit se voir attribuer un rôlepour accéder au logiciel. Bien que les utilisateurs ne puissent se voir attribuer qu’un seul rôle, vous
pouvez modifier le rôle d’un utilisateur à tout moment.
À l’exception du rôle Administrator (Administrateur), vous pouvez modifier les autorisations attribuées àchaque rôle. Tous les utilisateurs auxquels un rôle est attribué héritent uniquement des autorisations dece rôle.
Par défaut, les droits pour chaque rôle sont les suivants :nAdministrator (Administrateur) — ce rôle dispose de toutes les autorisations; vous ne pouvez pas
modifier ces autorisations.

nPrincipal — ce rôle dispose de toutes les autorisations, sauf celle permettant de configurer lamessagerie électronique.

nOperator (Opérateur) — ce rôle dispose de toutes les autorisations, sauf celle permettant d’ignorer
des cycles et configurer la messagerie électronique.

nGuest (Invité) — ce rôle peut seulement consulter les fichiers en lecture seule.

Lors de l’attribution de rôles dans CFX Maestro Dx SE, déterminez soigneusement les besoins de chaqueutilisateur. Par exemple, sans l’autorisation d’enregistrer, les utilisateurs avec le rôle Guest (Invité) ne

48 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Gestion des rôles d’utilisateur du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

pourront pas signer un fichier. Sans l’autorisation de configurer un compte de messagerie, aucun desrôles ne recevra d’e-mail à la fin d’une série.

Pour modifier les autorisations d’un rôle
1.

Démarrer CFX Maestro Dx SE et se connecter en tant qu’Administrateur.

2.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionnez User (Utilisateur) > User Administration (Administration desutilisateurs) pour ouvrir la boîte de dialogue User Administration (Administration des utilisateurs).

3.

Dans la section Manage Rights (Gérer les droits), pour chaque rôle, cochez ou décochez la cased’autorisations spécifiques si nécessaire.

4.

Cliquez sur OK, puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue
User Administration (Administration des utilisateurs).

Affichage de votre rôle et de vos autorisations
Conseil : Les utilisateurs à qui des rôles de Principal (Principal), Operator (Opérateur) ou Guest(Invité) sont attribués ne peuvent afficher que les paramètres, autorisations et rôles d’utilisateur
associés. Les utilisateurs auxquels le rôle Administrator (Administrateur) est attribué peuvent afficher
l’ensemble des autorisations et rôles d’utilisateur.

Pour afficher le rôle et les autorisations d’utilisateur en coursuDans la fenêtre d’accueil, sélectionner User (Utilisateur) > User Administration (Administration desutilisateurs).

Contacter l’administrateur CFX Maestro Dx SE pour modifier les paramètres, autorisations et rôlesd’utilisateur répertoriés dans la fenêtre User Administration (Administration des utilisateurs).

Guide d’utilisation | 49

Chapitre 3 Gestion des comptes utilisateurs du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

50 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
Important : Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition utilise l’authentification d’utilisateur
Microsoft Windows pour vérifier l’accès aux fichiers de données CFX sécurisés. Contacter votre
administrateur Windows pour créer un environnement conforme aux exigences de la norme 21 CFRPart 11.
Avec CFX Maestro Dx SE, les utilisateurs peuventn

Signer les fichiers de données et d’étude des gènes.

nProtéger par mot de passe les fichiers de données.

nAfficher et imprimer les pistes d’audit.

Cette section explique ces fonctionnalités en détail.

Fichiers sécurisés
Par défaut, CFX Maestro Dx SE enregistre les fichiers sécurisés dans le dossier personnel de l’utilisateurconnecté, qui se trouve dans
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Vous pouvez enregistrer et modifier les fichiers .pcrd dans ce dossier. Ce dossier contient des liens versd’autres dossiers (par exemple, le dossier Sample Files [Fichiers d’échantillons]) contenant des fichiersen lecture seule. Cependant, un administrateur peut supprimer le contenu de ce dossier.
Conseil : Autrement, votre administrateur système Windows peut créer un dossier partagé et votre
administrateur CFX Maestro Dx SE peut programmer le logiciel pour enregistrer tous les fichiers
dans ce dossier.
Dans CFX Maestro Dx SE, les fichiers de plaque, de protocole, de données et d’étude des gènes sontmarqués comme sécurisés lorsqu’ils sont enregistrés. Vous pouvez créer ces fichiers dans le logiciel CFX
Maestro ou dans CFX Maestro Dx SE. Après avoir été enregistrés dans CFX Maestro Dx SE, vous ne
pouvez ouvrir ces fichiers que dans CFX Maestro Dx SE.

Guide d’utilisation | 51

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

CFX Maestro Dx SE crée une piste d’audit pour tous les fichiers de données sécurisés et d’étude desgènes (fichiers .pcrd et .mgxd, respectivement). Le logiciel enregistre toutes les activités auditables dansla piste d’audit du fichier. Pour plus d’informations, voir Pistes d’audit à la page 325.

Signature de fichiers sécurisés
Après avoir enregistré un fichier dans CFX Maestro Dx SE, les utilisateurs peuvent ajouter une signatureélectronique. Pour signer un fichier, le rôle de l’utilisateur doit avoir l’autorisation d’enregistrer un fichier.
Par exemple, par défaut, le rôle Guest (Invité) n’a pas l’autorisation d’enregistrer un fichier et parconséquent, les utilisateurs auxquels ce rôle est attribué ne peuvent pas signer un fichier.
Dans CFX Maestro Dx SE, les fichiers signés ne sont pas définis en lecture seule. Ils peuvent êtreexaminés, modifiés et signés plusieurs fois. Un suivi de toutes les modifications et signatures est effectué
dans la piste d’audit du fichier. Vous pouvez signer les types de fichiers suivants :nFichiers de données (.pcrd)nFichiers d’étude des gènes (.mgxd)

Remarque : Les fichiers doivent être enregistrés avant de pouvoir être signés. Si vous avez
récemment effectué une analyse dans CFX Maestro Dx SE, enregistrer d’abord le fichier de données
résultant.

Pour signer un fichier1.

Se connecter à CFX Maestro Dx SE avec vos informations de connexion Windows.

2.

Ouvrir le fichier de données sécurisé ou le fichier d’étude des gènes à signer.

3.

Choisir File (Fichier) > Sign (Signer). La boîte de dialogue Electronic Signature (Signatureélectronique) s’affiche.

52 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

4.

Saisir votre nom d’utilisateur et votre mot de passe Windows et le motif de la signature du fichier.
Le nom d’utilisateur et le motif de la signature sont inclus dans la piste d’audit (pour plusd’informations, voir Pistes d’audit à la page 325).

5.

Cliquer sur OK pour soumettre la signature et fermer la boîte de dialogue.

Modification des fichiers sécurisés
Dans CFX Maestro Dx SE, les utilisateurs peuvent modifier les fichiers sécurisés, y compris les donnéessignées et non signées et les fichiers d’étude des gènes. Le logiciel vous invite à fournir une raison de lamodification lorsque vous enregistrez une donnée sécurisée modifiée ou un fichier d’étude des gènes. Un
suivi des modifications est effectué dans la piste d’audit du fichier.
Conseil : Étant donné que le logiciel ne crée pas de pistes d’audit pour les fichiers de plaque ou deprotocole, vous n’êtes pas invité à fournir une raison lorsque vous enregistrez les modifications
apportées à ces fichiers.

Pour enregistrer un fichier modifié de données ou d’étude des gènes
1.

Se connecter à CFX Maestro Dx SE avec vos informations de connexion Windows.

2.

Ouvrir et modifier un fichier de données sécurisé ou un fichier d’étude des gènes.
Conseil : Pour une liste des activités auditables, voir Événements auditables à la page 327.

Guide d’utilisation | 53

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

3.

Choisir File (Fichier) > Save (Enregistrer). La boîte de dialogue Audit Trail Change Reason (Motif demodification de la piste d’audit) s’affiche.

Cette boîte de dialogue affiche les informations suivantes, qui sont capturées dans l’en-tête de pisted’audit du fichier pour chaque événement de modification :nDate — la date à laquelle la modification a été effectuée.

nUser (Utilisateur) — le domaine Windows et le nom d’utilisateur de l’utilisateur connecté.

nComment (Commentaire) — le dernier commentaire enregistré.

nSignature — la signature électronique de la dernière personne qui a signé le fichier.

nSignature reason (Motif de la signature) — le motif de la signature.

nApplication – CFX Maestro Dx SE (s’affiche comme BioRadCFXManager.exe, ce qui est
correct).

nApplication version (Version de l’application) — la version actuelle de CFX Maestro Dx SE.

nFull user (Utilisateur complet) — le nom complet de l’utilisateur connecté.
Remarque : Ce nom s’affiche dans la piste d’audit.

nMachine — l’ordinateur sur lequel l’installation est effectuée.

54 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La table des modifications affiche les modifications auditables qui se sont produites à la suite de lamodification. Une brève description de la raison du changement peut également s’afficher.
Conseil : Vous pouvez ajouter ou modifier des descriptions dans la colonne Reason for Change(Motif de la modification).
4.

Consulter la liste des modifications. Fournir des raisons détaillées si nécessaire.

5.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nCliquer sur Save Changes (Enregistrer les modifications) pour enregistrer les modifications
apportées au fichier, ainsi que toutes les modifications que vous avez apportées au tableau et
fermer la boîte de dialogue.
Les modifications apportées au fichier et les raisons des modifications apparaissent dans lapiste d’audit du fichier.

nCliquer sur Cancel Changes (Annuler les modifications) pour rétablir le fichier à son étatprécédent et fermer la boîte de dialogue.
Les modifications ne sont pas enregistrées dans le fichier et la piste d’audit n’est pas mise à jour.

Guide d’utilisation | 55

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Protection par mot de passe des fichiersComme niveau de sécurité supplémentaire, CFX Maestro Dx SE permet aux utilisateurs de définir desmots de passe sur tous les fichiers sécurisés. Lorsque vous définissez des mots de passe sur un fichiersécurisé, tenez compte des conditions suivantes :Condition

ActionAucun mot de passe n’est requis.

Tous les utilisateurs peuvent ouvrir, modifier etenregistrer le fichier sécurisé en fonction de leursautorisations.

Le fichier nécessite le mot deTous les utilisateurs peuvent ouvrir le fichier sécurisé etpasse d’enregistrement.

les utilisateurs qui connaissent le mot de passed’enregistrement peuvent modifier et enregistrer lefichier sécurisé.

Le fichier nécessite le mot deSeuls les utilisateurs qui connaissent le mot de passe

passe d’ouverture.

d’ouverture peuvent ouvrir, modifier et enregistrer lefichier sécurisé.

Le fichier nécessite à la fois lesCertains utilisateurs peuvent ouvrir le fichier sécurisé etmots de passe d’ouverture et

un sous-groupe de ces utilisateurs peut modifier etd’enregistrement.

enregistrer le fichier.

En fonction du rôle de l’utilisateur, n’importe quel utilisateur peut exécuter Save As (Enregistrer sous)pour créer un nouveau fichier sécurisé avec un autre nom ou enregistrer un fichier avec le même nom
dans un autre emplacement tant que l’une des conditions suivantes est vraie :n

Le fichier sécurisé n’est pas protégé par mot de passe.

nL’utilisateur connaît le mot de passe pour ouvrir le fichier.

Conseil : Le nouveau fichier est enregistré sans protection par mot de passe. Le fichier d’origine
conserve ses mots de passe.
Selon le rôle, un utilisateur peut modifier et enregistrer le fichier d’origine tant que l’une des conditions
suivantes est vraie :n

Le fichier n’est pas protégé par mot de passe.

nL’utilisateur connaît les mots de passe d’ouverture et d’enregistrement du fichier.

Remarque : Le rôle de l’utilisateur doit comprendre le droit d’enregistrer des fichiers afin de définir
des mots de passe. Par exemple, les utilisateurs ayant le rôle Guest (Invité) ne peuvent pas
enregistrer de fichiers et ne peuvent donc pas définir de mots de passe sur un fichier.

56 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Important : Seuls les administrateurs CFX Maestro Dx SE peuvent réinitialiser ou supprimer les
mots de passe.

Guide d’utilisation | 57

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Pour protéger un fichier par mot de passe
1.

Se connecter à CFX Maestro Dx SE avec vos informations d’identification Windows.

2.

Ouvrir le fichier sécurisé.

3.

Choisir File (Fichier) > File Passwords (Mots de passe de fichier). La boîte de dialogue File
Passwords (Mots de passe de fichier) s’affiche.

4.

Saisir les mots de passe dans les zones Save Password (Mot de passe d’enregistrement) et Open
Password (Mot de passe d’ouverture).
Conseil : Par défaut, les mots de passe apparaissent sous forme d’astérisque lorsqu’ils sontsaisis. Sélectionner Show Password (Afficher le mot de passe) pour afficher le mot de passe àmesure que vous le saisissez.
Important : Les mots de passe sont sensibles à la casse. CFX Maestro Dx SE ne fixe pas delimitations sur les mots de passe. Pour consulter les meilleures pratiques, consulter votre
administrateur système afin de connaître les exigences en matière de mot de passe sur votre
site.

5.

Cliquer sur Set Passwords (Définir les mots de passe) pour définir les mots de passe et fermer laboîte de dialogue.

6.

Choisir File (Fichier) > Save (Enregistrer) pour enregistrer les modifications apportées au fichier.

58 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Pour supprimer les mots de passe
Important : Vous devez être un administrateur CFX Maestro Dx SE pour supprimer les mots depasse.
1.

Dans la boîte de dialogue Password Required (Mot de passe requis), cliquer sur Remove Passwords(Supprimer les mots de passe).

La boîte de dialogue Login (Connexion) de CFX Maestro Dx SE s’affiche.

2.

Indiquer le nom d’utilisateur et le mot de passe Windows pour l’administrateur CFX Maestro Dx SE et
cliquer sur OK.
Le fichier de données d’origine s’affiche.
Important : Vous devez enregistrer le fichier pour supprimer les mots de passe.

3.

Choisir File (Fichier) > Save (Enregistrer) pour enregistrer les modifications apportées au fichier.

Guide d’utilisation | 59

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Pour modifier les mots de passe
Important : Seuls les administrateurs CFX Maestro Dx SE peuvent modifier les mots de passe.
1.

Ouvrir le fichier sécurisé.

2.

Choisir File (Fichier) > File Passwords (Mots de passe de fichier). La boîte de dialogue File
Passwords (Mots de passe de fichier) s’affiche.

Conseil : Les mots de passe d’enregistrement, d’ouverture et d’affichage sont désactivés.
3.

Cliquer sur Reset Passwords (Réinitialiser les mots de passe).
La boîte de dialogue Login (Connexion) de CFX Maestro Dx SE s’affiche.

60 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

4.

Indiquer le nom d’utilisateur et le mot de passe Windows pour l’administrateur CFX Maestro Dx SE et
cliquer sur OK.
La boîte de dialogue File Passwords (Mots de passe de fichier) s’affiche.

5.

6.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nPour réinitialiser la protection par mot de passe, saisir un nouveau mot de passe dans la zone demot de passe appropriée.

nPour supprimer la protection par mot de passe, effacer les zones de mot de passe.

Cliquer sur Set Passwords (Définir les mots de passe) pour enregistrer les modifications de mot depasse et quitter la boîte de dialogue.

Guide d’utilisation | 61

Chapitre 4 Utilisation du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

62 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 5 L’espace de travail
Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition fournit une interface qui permet de configurer les plaques,de mettre au point des protocoles de PCR et de les exécuter sur les appareils CFX Opus DxDeepwell Dx
et d’analyser les données issues des séries de PCR.
CFX Maestro Dx SE se compose de cinq principaux espaces de travail :n

La fenêtre d’accueiln

Le Startup Wizard (Assistant de démarrage)n

La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)n

La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)n

La fenêtre Data Analysis (Analyse de données)

Chaque espace de travail est reproduit et brièvement décrit dans chapitre.

Guide d’utilisation | 63

Chapitre 5 L’espace de travail

La fenêtre d’accueil
Le logiciel CFX Maestro Dx SE s'ouvre dans la fenêtre d'accueil et affiche l'assistant de démarrage àpartir duquel l'utilisateur peut configurer une expérience, réaliser ou répéter une série ou analyser unesérie existante. La fenêtre d’accueil permet par ailleurs d’afficher les logs des applications et desappareils, de créer et gérer les utilisateurs et d’accéder à une panoplie d’outils utiles. Pour de plus amples
informations, consulter le Chapitre 6, La fenêtre d’accueil.

64 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Le Startup Wizard (Assistant de démarrage)

Le Startup Wizard (Assistant de démarrage)
Utiliser l’assistant de démarrage pour rapidement configurer et effectuer des expériences définies parl’utilisateur ou sélectionner et effectuer une expérience PrimePCR. Il est également possible d’utiliser cet
assistant pour répéter une série ou en analyser les données.

Guide d’utilisation | 65

Chapitre 5 L’espace de travail

La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)
Le Protocol Editor (Éditeur de protocole) permet de créer, d'ouvrir, d'examiner et de modifier un protocole.
Il est également possible de modifier la température du couvercle pour le protocole ouvert. La
fonctionnalité Protocol Editor (Éditeur de protocole) est décrite en détail au Chapitre 7, Création deprotocoles.

66 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)Dans l’éditeur de plaque, il est possible de créer, ouvrir, passer en revue et modifier une plaque. La
fonctionnalité de l'éditeur de plaque est détaillée dans le Chapitre 8, Préparation des plaques.

Guide d’utilisation | 67

Chapitre 5 L’espace de travail

La fenêtre Data Analysis (Analyse de données)
La fenêtre Data Analysis (Analyse de données) permet d’afficher et de comparer les données d’une série,d’effectuer des analyses statistiques, d’exporter des données et de créer des rapports prêts à êtrepubliés. La fonctionnalité Data Analysis (Analyse des données) est détaillée au Chapitre 10, Présentation
générale de l’analyse de données et au Chapitre 11, Détails de l’analyse de données.

68 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil
Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition fournit une interface qui permet de mettre au point desprotocoles de PCR, de les exécuter sur les systèmes Dx CFX, et d’analyser les données issues desséries de PCR.
Ce chapitre présente le logiciel CFX Maestro Dx SE et explique les fonctionnalités accessibles depuis lafenêtre d’accueil.

Guide d’utilisation | 69

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

La fenêtre d’accueil
Le logiciel CFX Maestro Dx SE s’ouvre dans la fenêtre d’accueil et affiche l’assistant de démarrage àpartir duquel l’utilisateur peut configurer une expérience, réaliser ou répéter une série ou analyser unesérie existante. La fenêtre d’accueil permet par ailleurs d’afficher les logs des applications et desappareils, de créer et gérer les utilisateurs et d’accéder à une panoplie d’outils utiles.

LÉGENDE1.

La barre de titre du logiciel affiche le nom du logiciel et de l’utilisateur connecté.

2.

La barre de menu offre un accès rapide aux commandes des menus File (Fichier), View
(Affichage), Users (Utilisateurs), Run (Série), Tools (Outils), Window (Fenêtre) et Help (Aide).

3.

Les commandes de la barre d’outils fournissent un accès rapide aux options de menu.

4.

Le volet de gauche présente les appareils connectés à l'ordinateur CFX Maestro Dx SE etfournit des boutons qui permettent d'agir sur le couvercle et d'afficher l'état des appareils.

5.

Le volet principal affiche la fenêtre de travail. La fenêtre de travail par défaut de l'écran d'accueil
est Startup Wizard (Assistant de démarrage).

70 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre d’accueil

6.

La barre d'état affiche les noms des appareils connectés et de l'utilisateur connecté.

Commandes du menu File (Fichier)
New (Nouveau) — ouvre une boîte de dialogue à partir de laquelle un nouveau protocole, une nouvelleplaque ou une nouvelle étude des gènes peuvent être créés.
Open (Ouvrir) — ouvre une boîte de dialogue à partir de laquelle il est possible d’accéder à et d’ouvrir unprotocole, une plaque, un fichier de données, une étude des gènes, un fichier LIMS existants, une série
issue d’un appareil autonome (série autonome) ou un fichier de série PrimePCR™.
Recent Data Files (Fichiers de données récents) — affiche une liste des fichiers PCR récemment
ouverts.
Repeat a Run (Répéter une série) — ouvre Windows Explorer à l’emplacement des fichiers PCR
enregistrés, dans lesquels il est possible de rechercher une série qui doit être répétée.
Exit (Quitter) — ferme CFX Maestro Dx SE.

Commandes du menu View (Affichage)
Application Log (Journal des applications) — permet d’afficher un journal d’utilisation du logiciel
depuis son installation initiale jusqu’à la date actuelle.
Run Reports (Rapports de séries) — affiche une liste des rapports de séries.
Startup Wizard (Assistant de démarrage) — affiche l’assistant de démarrage dans le volet principal.
Run Setup (Configuration de la série) — affiche la fenêtre Run Setup (Configuration de la série) dansle volet principal.
Instrument Summary (Résumé des appareils) — affiche la fenêtre Instrument Summary (Résumé desappareils) dans le volet principal.
Detected Instruments (Appareils détectés) — permet d’afficher ou de masquer les appareils
connectés dans le volet de gauche. Par défaut, le logiciel affiche les appareils connectés dans le volet degauche.
Toolbar (Barre d'outils) — permet d'afficher ou de masquer la barre d'outils en haut de l'écran. Par
défaut, le logiciel affiche la barre d’outils.
Status Bar (Barre d'état) — permet d'afficher ou de masquer la barre d'état au bas de l'écran. Par
défaut, le logiciel affiche la barre d’état.
Show (Afficher) — ouvre une boîte de dialogue à partir de laquelle l’utilisateur peutnAfficher ou bloquer le journal d’état.

Guide d’utilisation | 71

Chapitre 6 La fenêtre d’accueilnOuvrir et afficher le dossier de données de CFX Maestro Dx SE.

nOuvrir et afficher le dossier de données de l’utilisateur.

nOuvrir et afficher le dossier de fichiers du système LIMS.

n

Ouvrir et afficher le dossier PrimePCR.

n

Afficher l’historique des séries.

nAfficher les propriétés de l’ensemble des appareils connectés.

Commandes du menu User (Utilisateur)
Select User (Sélectionner l’utilisateur) — ouvre l’écran Login sur lequel il est possible de sélectionner
un utilisateur dans la liste déroulante User Name et se connecter à l’application.
Change Password (Modifier le mot de passe) — ouvre la boîte de dialogue Change Password danslaquelle les utilisateurs peuvent modifier leur mot de passe .
Remarque : Cette option est désactivée pour CFX Maestro Dx SE. Les utilisateurs doivent modifier
leur mot de passe Windows pour modifier leur mot de passe CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Préférences utilisateur) — ouvre la boîte de dialogue User Preferences danslaquelle les utilisateurs peuvent modifier les paramètres par défaut pourn

L’envoi ou la réception d’une notification par e-mail à la fin de la sérien

L’enregistrement de fichiers de donnéesnLa création de protocoles via l’éditeur de protocole ou le rédacteur automatique de protocolen

La création de plaquesnL’analyse de donnéesnLa réalisation d’une analyse de l’expression géniquen

La détermination de la qualité des donnéesnL’exportation des données de l’appareil CFX

User Administration (Administration des utilisateurs) — ouvre la boîte de dialogue User
Administration dans laquelle les administrateurs peuvent créer des utilisateurs, modifier les autorisations
des rôles et attribuer des rôles aux utilisateurs.
Service Login Bio-Rad (Connexion de service) — usage réservé au personnel technique de Bio-Rad.
Ne pas sélectionner cette commande.

72 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre d’accueil

Commandes du menu Run (Série)User-defined Run (Série définie par l’utilisateur) — ouvre la fenêtre Run Setup (Configuration de lasérie) dans laquelle il est possible de configurer un protocole et une plaque définis par l’utilisateur puis
d’effectuer une expérience de PCR sur l’appareil sélectionné.
PrimePCR Run (Série PrimePCR) — ouvre l’onglet Start Run (Démarrer la série) dans la fenêtre Run
Setup (Configuration de la série) avec le protocole PrimePCR par défaut et la disposition de plaquechargée sur la base de l’appareil sélectionné.
End-Point Only Run (Série de point final uniquement) — ouvre l’onglet Start Run (Démarrer la série)dans la fenêtre Run Setup (Configuration de la série) avec le protocole de point final par défaut et ladisposition de plaque chargée sur la base de l’appareil sélectionné.
Qualification Run (Série de qualification) — ouvre l’onglet Start Run (Démarrer la série) dans lafenêtre Run Setup (Configuration de la série) avec le protocole de qualification Bio-Rad par défaut et ladisposition de plaque chargée pour l’appareil sélectionné.

Commandes du menu Tools (Outils)
Master Mix Calculator (Calculateur du mélange principal) — ouvre le calculateur du mélange
principal dans lequel il est possible de créer un mélange réactionnel et d’imprimer les calculs.
Protocol AutoWriter (Rédacteur automatique de protocole) — ouvre la boîte de dialogue Protocol
AutoWriter dans laquelle il est aisé de créer un nouveau protocole.
Ta Calculator (Calculateur Ta) — ouvre le calculateur Ta dans lequel il est possible de facilement
calculer la température de renaturation des amorces.
Dye Calibration Wizard (Assistant d’étalonnage des fluorophores) — ouvre l’assistant d’étalonnage
des fluorophores dans lequel il est possible d’étalonner un appareil pour un nouveau fluorophore.
Reinstall Instrument Drivers (Réinstaller les pilotes de l’appareil) — réinstalle les pilotes qui
contrôlent la communication avec les systèmes de PCR en temps réel de Bio-Rad.
Zip Data and Log Files (Compresser les données et les fichiers logs) — ouvre une boîte dedialogue dans laquelle il est possible de sélectionner les fichiers à compresser et à enregistrer dans unfichier zippé pour stockage ou envoi par e-mail.
Batch Analysis (Analyse par lots) — ouvre la boîte de dialogue Batch Analysis dans laquelle il est
possible de définir les paramètres pour l’analyse de plusieurs fichiers de données en même temps.
Options — ouvre une boîte de dialogue dans laquelle il est possible denConfigurer les paramètres du serveur de messagerienConfigurer les paramètres d’exportation pour LIMS, Seegene et d’autres fichiers de données

Guide d’utilisation | 73

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Conseil : Vous pouvez également sélectionner l’option permettant de démarrer
automatiquement la visionneuse Seegene une fois l’exportation terminée si vous choisissezd’exporter vos données au format Seegene.
n

Modifier la langue d’affichage de l’interface utilisateur (anglais, chinois, russe)
Important : Vous devez redémarrer CFX Maestro Dx SE pour afficher la langue
sélectionnée.
Important : La langue de votre système d’exploitation doit correspondre à la langue quevous souhaitez afficher dans l’interface de CFX Maestro Dx SE.

Commandes du menu Help (Aide)
Conseil : Le menu Help (Aide) est disponible sur la barre de menu dans toutes les fenêtres dulogiciel CFX Maestro Dx SE.
Contents (Contenu) — affiche l’onglet Contents (Sommaire) dans le système Help (Aide) du logiciel
CFX Maestro Dx SE.
Index — affiche l’onglet Index dans le système Help (Aide) de CFX Maestro Dx SE.
Search (Rechercher) — affiche l’onglet Search (Rechercher) dans le système Help (Aide) du logiciel
CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Ouvrir le guide d’utilisation) — ouvre ce guide au format PDF.
Additional Documentation (Documentation supplémentaire) — donne accès au manuel d’utilisation
des systèmes de PCR en temps réel CFX Opus Dx.
Release Notes (Notes de mise à jour) — Ouvre le document Notes de mise à jour pour la version
installée de CFX Maestro Dx SE.
Video Ressources (Ressources vidéo) — permet d’accéder à un site web qui héberge des ressources
vidéo sur Bio-Rad, telles que des vidéos d’instructions.
Site web des applications et technologies de la PCRq — permet d’accéder au site des applications ettechnologies de la qPCR de Bio-Rad où l’utilisateur pourra obtenir des informations complémentaires surla PCR en temps réel.
Site web des réactifs de PCR — permet d’accéder au site web des réactifs de PCR et de qPCR de
Bio-Rad pour pouvoir commander des réactifs, des SuperMix, des fluorophores et des kits de PCR.
Site web des consommables plastique de PCR — permet d’accéder au site web des consommables
plastique de PCR de Bio-Rad pour pouvoir commander des plaques, des films adhésifs, des tubes et desbouchons et autres accessoires pour la PCR.

74 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre d’accueil

Site web du logiciel — permet d’accéder au site web du logiciel d’analyse de la PCR de Bio-Rad pourpouvoir commander les versions mises à jour de CFX Maestro Dx SE de Bio-Rad.
About (À propos) — affiche les informations relatives au copyright et à la version de CFX Maestro Dx
SE.

Commandes de la barre d’outils— ouvre Windows Explorer, où il est possible d’accéder à un fichier de données ou à un fichierd’étude des gènes et de l’ouvrir.

— ouvre le calculateur du mélange principal.

— ouvre la fenêtre Run Setup (Configuration de la série).

— ouvre la fenêtre Run Setup (Configuration de la série) avec le protocole PrimePCR par défaut etla disposition de plaque chargée sur la base de l’appareil sélectionné.

— ouvre le Startup Wizard (Assistant de démarrage).

Guide d’utilisation | 75

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Le Startup Wizard (Assistant de démarrage)
Lorsque CFX Maestro Dx SE démarre, le volet de travail affiche l'assistant de démarrage. À partir del’assistant de démarrage, il est possible de :n

Sélectionner un appareil parmi les appareils détectés et configurer une série définie par l’utilisateur
ou PrimePCRn

Ouvrir et répéter une sérienOuvrir un fichier de données pour analyser les résultats d’une série unique ou un fichier d’étude desgènes pour les résultats de plusieurs séries d’expression génique

Ces tâches sont expliquées en détail dans les chapitres suivants.

Barre d'état
Le côté gauche de la barre d'état au pied de la fenêtre principale du logiciel affiche l'état actuel desappareils détectés. Le côté droit affiche le nom de l'utilisateur en cours ainsi que la date et l'heure.

76 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre d’accueil

Volet Detected Instruments (Appareils détectés)
Le volet Detected Instruments (Appareils détectés) affiche chacun des appareils connectés à l'ordinateur
CFX Maestro Dx SE. Par défaut, chaque appareil se présente sous la forme d’une icône, et son numéro desérie apparaît comme son nom.
À partir de ce volet, vous pouveznAfficher les propriétés et les fluorophores calibrés pour l’appareil sélectionné.
Pour obtenir des informations sur les propriétés de l’appareil, consulter la section Visualisation despropriétés d’un appareil à la page 80.

nAfficher l’état d’un appareil connecténOuvrir le couvercle motorisé sur l’appareil sélectionnénFermer le couvercle motorisé sur l’appareil sélectionnénAfficher l’état de tous les appareils connectésPour afficher l’état d’un appareil connectéuDans le volet Detected Instruments (Appareils détectés), sélectionner l’appareil cible et effectuer
l’une des opérations suivantes :nCliquer sur View Status (Afficher l’état) dans la section Selected Instrument (Appareil
sélectionné).

nCliquer avec le bouton droit et sélectionner View Status (Afficher l’état) sur le menu qui s’affiche.

La boîte de dialogue Run Details (Détails de la série) apparaît, affichant l'onglet Run Status (État dela série). L'état de l'appareil sélectionné apparaît sous le volet d'état de la série, par exemple :Guide d’utilisation | 77

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Pour ouvrir ou fermer le couvercle d’un appareiluDans le volet Detected Instruments (Appareils détectés), sélectionner l’appareil cible et effectuer
l’une des opérations suivantes :nCliquer sur Open Lid (Ouvrir le couvercle) ou Close Lid (Fermer le couvercle) dans la section
Selected Instrument (Appareil sélectionné).

nCliquer avec le bouton droit et sélectionner l’action appropriée sur le menu qui s’affiche.

nOuvrir la boîte de dialogue Run Details (Détails de la série), sélectionner l’onglet Run Status(État de la série) et cliquer sur Open Lid (Ouvrir le couvercle) ou Close Lid (Fermer le couvercle).

Pour afficher l’état de tous les appareils connectésuEffectuez l’une des opérations suivantes :nDans la section All Instruments (Tous les instruments) du volet Detected Instruments (Appareilsdétectés), cliquer sur View Summary (Afficher le résumé).

nDans la barre d’outils, sélectionner View (Afficher) > Instrument Summary (Résumé del’appareil).

La boîte de dialogue Instrument Summary (Résumé de l’appareil) s’affiche.
Conseil : Si l’appareil ne détecte qu’un seul appareil connecté, la section All Instruments (Tous
les instruments) ne s’affiche pas dans le volet Detected Instruments (Appareils détectés). Pour
afficher le résumé de l'appareil pour un seul appareil, sélectionner View (Afficher) > Instrument
Summary (Résumé de l'appareil).

78 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre d’accueil

Commandes de la barre d’outils Instrument Summary (Résumé de l’appareil)
Le Tableau 5 répertorie les commandes et les fonctions dans la barre de données Instrument Summary(Résumé de l’appareil).
Tableau 5. Commandes de la barre d’outils Instrument Summary (Résumé de l’appareil)

BoutonNom du bouton

Fonction

Create a new Run (Créer

Crée une série sur le bloc sélectionné en

une nouvelle série)ouvrant la fenêtre Run Setup(Configuration de la série).

Stop (Arrêt)Arrête la série en cours sur les blocs
sélectionnés.

Pause

Met en pause la série en cours sur les
blocs sélectionnés.

Resume (Reprendre)

Reprend la série sur les blocs
sélectionnés.

Flash Block Indicator

Fait clignoter le voyant sur le couvercle(Clignotant du témoin dedes blocs sélectionnés.

bloc)Open Lid (Ouvrir leOuvre le couvercle motorisé du bloc

couvercle)

sélectionné.

Close Lid (Fermer leFerme le couvercle motorisé du bloc

couvercle)

sélectionné.

Hide Selected Blocks

Masque les blocs sélectionnés dans la(Masquer les blocs

liste Instrument Summary (Résumé desélectionnés)l’appareil)Show All Blocks (Afficher

Affiche les blocs sélectionnés dans la liste

tous les blocs)

Instrument Summary (Résumé del’appareil)Show (Afficher)

Sélectionner les blocs à afficher dans laliste. Sélectionner l'une des options pourafficher tous les blocs détectés, tous les
blocs inactifs, tous les blocs qui sontanalysés avec l'utilisateur actuel ou tous
les blocs en cours d'analyse

Guide d’utilisation | 79

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Visualisation des propriétés d’un appareilÀ partir du volet Detected Instruments (Appareils détectés), il est possible de visualiser les détails sur unappareil sélectionné, y compris ses propriétés, l’état de sa vis de transport (appareils CFX Connect et
CFX Touch uniquement) et une liste de ses fluorophores calibrés.

Pour visualiser les propriétés d’un appareiluDans le volet Detected Instruments (Appareils détectés), faire un clic droit sur l’instrument concerné
et sélectionner Properties (Propriétés) dans le menu qui apparaît.

Onglet Properties (Propriétés)L'onglet Properties répertorie les détails techniques sur l'appareil sélectionné, y compris le modèle, lesnuméros de série de ses composants et les versions des micrologiciels. Le nom par défaut de l'appareil(son numéro de série) apparaît à de nombreux endroits, y compris dans le volet Detected Instruments(Appareils détectés) et dans la barre d'en-tête de la boîte de dialogue Instrument Properties (Propriétésde l'appareil). Il est possible de renommer l’appareil pour mieux l’identifier.
Remarque : Vous ne pouvez pas modifier le nom de l’appareil CFX Opus à l’aide de CFX Maestro.

Onglet Calibrated Dyes (fluorophores calibrés)
L’onglet Calibrated Dyes (Fluorophores calibrés) affiche les fluorophores et les plaques calibrés pourl’appareil sélectionné.

Pour voir les informations détaillées sur une calibration, cliquer sur le bouton Info (Informations) dans lacolonne Detail (Détails).

80 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Avant de commencer
Cette section explique les tâches que vous devrez peut-être effectuer avant d’utiliser CFX Maestro Dx
SE. Ceci comprendnCréation d’un mélange réactionnel pour réactionnCalibration de nouveaux fluorophores

Création d’un mélange réactionnel pour réaction
À l'aide du calculateur du mélange réactionnel de CFX Maestro Dx SE, il est facile de calculer le volume
requis de chaque composant dans le mélange réactionnel. Il est possible d’imprimer le tableau de calcul
du mélange réactionnel sur l’imprimante par défaut et d’enregistrer les calculs pour chaque cible pourusage ultérieur.

Pour créer un mélange réactionnel pour réaction à l'aide du calculateur du mélangeréactionnel
1.

Pour ouvrir le calculateur du mélange réactionnel, procéder de l’une des façons suivantes :nSélectionner Tools (Outils) > Master Mix Calculator (Calculateur du mélange réactionnel).

nCliquer sur Master Mix Calculator dans la barre d’outils.

Le calculateur du mélange réactionnel s’affiche.

Guide d’utilisation | 81

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

2.

Dans la section Reaction (Réaction), sélectionner une méthode de détection :n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Sondes)

3.

Pour créer une nouvelle cible, dans la section Target (Cible), cliquer sur Create New (Créer
nouvelle). Le nom d'une nouvelle cible apparaît dans la liste déroulante des cibles.

4.

(Facultatif) Pour changer le nom de cible par défaut :5.

a.

Mettre le nom de la cible en surbrillance dans la liste déroulante.

b.

Saisir un nouveau nom dans la zone Target (Cible).

c.

Appuyer sur la touche Entrée.

Ajuster les concentrations initiale et finale pour les amorces sens et anti-sens et les éventuelles
sondes.

82 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

6.

Dans la section Master Mix Setup (Configuration du mélange réactionnel), ajuster les valeurs pournle nombre de réactions à exécuter,nle volume de réaction par puits,nle volume de matrice par puits,nla concentration supermix par puits,nle volume de réaction excédentaire par puits.

7.

(Facultatif) Effectuer les étapes 2 à 6 pour autant de cibles que nécessaire.

8.

Dans la section Choose Target to Calculate (Sélectionner la cible à calculer), sélectionner la cible à
calculer.
Conseil : Il est possible de calculer simultanément une seule, plusieurs ou l’ensemble descibles.
Les volumes calculés des composants requis pour chaque cible sélectionnée apparaissent dans letableau du mélange réactionnel.

9.

Cliquer sur Set as Default (Définir par défaut) pour définir comme nouvelles valeurs par défaut lasaisie des quantités dans les sections Target (Cible) et Master Mix Setup (Configuration du mélangeréactionnel).

10. Cliquer sur OK pour enregistrer le contenu de la boîte de dialogue Master Mix Calculator.

Pour imprimer le tableau des calculs du mélange réactionnelu

Pour imprimer un tableau des calculs du mélange réactionnel, cliquer sur Print (Imprimer).
Le tableau des calculs s'imprime sur l'imprimante par défaut.

Pour enregistrer le tableau des calculs du mélange réactionnel au format PDF
uRemplacer l’imprimante par défaut par un pilote PDF puis cliquer sur Print (Imprimer) dans la boîte
de dialogue Master Mix Calculator.

Pour supprimer des ciblesu

Sélectionner la cible dans la liste déroulante puis cliquer sur Remove (Supprimer).
Important : La suppression d’une cible de la liste des cibles la supprime aussi de tous lescalculs de mélange réactionnel où elle est éventuellement utilisée. L’utilisateur doit supprimer
une cible avec prudence.

Guide d’utilisation | 83

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Calibration de nouveaux fluorophores
Les systèmes CFX Opus 96 Dx et CFX Opus Deepwell Dx sont calibrés en usine pour les fluorophores
couramment utilisés dans les plaques à puits blancs et les plaques à puits clairs. Les systèmes
CFX Opus 384 Dx sont calibrés en usine pour les fluorophores couramment utilisés sur les plaques à puits
blancs uniquement. Le Tableau 6 présente les fluorophores, ainsi que le canal pour lesquels chaqueappareil est calibré.
Remarque : Les systèmes CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx et CFX Opus Deepwell Dx
comprennent également un canal dédié à la chimie FRET. Ce canal ne nécessite pas de calibration
pour des colorants spécifiques.
Important : Si vous effectuez une calibration définie par l’utilisateur d’un fluorophore qui a été calibré
en usine, l’appareil utilise la calibration définie par l’utilisateur au lieu de la calibration usine.
Tableau 6. Fluorophores, canaux et appareils étalonnés en usine

Fluorophores

Canal

Excitation,nm

Détection,nm

Appareil

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Systèmes

Green I

CFX Opus 96 Dx,
CFX Opus 384 Dx et
CFX Opus Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

Systèmes

Fluor Gold 540, Cal

CFX Opus 96 Dx,

Fluor Orange 560

CFX Opus 384 Dx et
CFX Opus Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650

Systèmes

CAL Fluor Red 610,

CFX Opus 96 Dx,

TEX 615

CFX Opus 384 Dx et
CFX Opus Deepwell Dx

Cy5, Quasar 670

4

620–650

675–690

Systèmes
CFX Opus 96 Dx,
CFX Opus 384 Dx et
CFX Opus Deepwell Dx

Quasar 705, Cy5.5

5

672–684705–730

Systèmes CFX Opus 96 Dx
uniquement

Chimie FRET (non calibrée en usine)84 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Fluorophores

Canal

Excitation,nm

Détection,nm

Appareil

Couleur non

FRET

450–490560-580

Systèmes

calibrée en usine

CFX Opus 96 Dx,
CFX Opus 384 Dx et
CFX Opus Deepwell Dx

Pour calibrer de nouveaux fluorophores pour les systèmes CFX
1.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionner un appareil cible dans le volet Detected Instruments(Appareils détectés).

2.

Sélectionner Tools (Outils) > Calibration Wizard (Assistant d'étalonnage) pour ouvrir le Dye
Calibration wizard (Assistant de calibration des fluorophores).

Les fluorophores déjà calibrés pour l’appareil cible apparaissent dans le tableau Calibrated
Fluorophores (Fluorophores calibrés).
3.

Dans la section Calibrate New or Existing Fluorophores (Calibrer les fluorophores nouveaux ou
existants), sélectionner le fluorophore à calibrer dans la liste déroulante.
Si le nom du fluorophore ne figure pas dans la liste, saisir son nom dans la zone de texte pourl’ajouter à la liste.

Guide d’utilisation | 85

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Important : L’utilisateur doit nommer les fluorophores calibrés de manière personnalisée avec
prudence. Si vous créez une calibration de fluorophore personnalisée pour un fluorophore
portant le même nom qu’un fluorophore calibré en usine, le fluorophore personnalisé (et non lefluorophore calibré en usine) sera celui utilisé par l’instrument pendant les analyses.
4.

Sélectionner le type de plaque pour le fluorophore.
Si le type de plaque ne figure pas dans la liste, saisir le nom dans la zone de texte pour l'ajouter à laliste.

5.

Sélectionner un canal pour le fluorophore.

6.

Sélectionner une colonne de plaque pour le fluorophore.

7.

(Facultatif) Saisir une couleur à associer au fluorophore.

8.

Cliquer sur Add to Plate (Ajouter à la plaque) pour ajouter le fluorophore.

9.

(Facultatif) Recommencer les étapes 3 à 8 pour ajouter chaque fluorophore que l’on prévoit decalibrer pour la plaque.

10. Une fois l’ajout des fluorophores terminé, cliquer sur View Plate (Afficher la plaque) pour ouvrir lafenêtre Pure Dye Plate Display (Affichage de la plaque de colorant pur).
Utiliser cette fenêtre comme guide pour charger les fluorophores dans la plaque.
11. Préparer une plaque 96 puits, 384 puits ou puits profond pour la calibration des fluorophores :a.

Pipeter la solution de fluorophore dans chaque puits, en suivant le schéma reproduit dans lafenêtre Pure Dye Plate Display (Affichage de la plaque de fluorophore pur).

b.

Pour chaque fluorophore, remplir quatre puits avec 50 µl (plaque 96 puits ou puits profond), 30 µl(plaque 384 puits) de solution de colorant 300 nM. Noter que la moitié de la plaque au moinscontient des puits vides.

c.

Sceller la plaque à l’aide de la méthode de scellage qui sera utilisée au cours de l’expérience.

12. Placer la plaque de calibration dans le bloc et fermer le couvercle.
13. Dans le Dye Calibration wizard (Assistant de calibration des fluorophores), cliquer sur Calibrate(Calibrer), puis sur OK pour confirmer que la plaque se trouve dans le bloc.
14. Lorsque le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition termine la calibration, une boîte de dialogue
apparaît. Cliquer sur Yes (Oui) pour terminer la calibration et ouvrir la visionneuse de calibration desfluorophores.
15. Cliquer sur OK pour fermer la fenêtre.

86 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Définition des préférences utilisateur
Conseil : la réalisation de ces tâches n’est pas obligatoire pour pouvoir utiliser le logiciel
CFX Maestro Dx SE. Il est possible d’ignorer cette section ou d’effectuer ces tâches à tout moment.
Dans CFX Maestro Dx SE, chaque utilisateur peut personnaliser son environnement de travail. Par
exemple, dans le menu Users (Utilisateurs) > User Preferences (Préférences utilisateur), il est possibled’effectuer les opérations suivantes :nConfigurer une notification par e-mail à la fin de la série.
Remarque : Cette fonctionnalité n’est disponible que pour les utilisateurs dont le rôle leur fournit
ce droit. Consultez Gestion des rôles d’utilisateur du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition à
la page 48 pour plus d’informations.

nModifier les paramètres par défaut pouroL’emplacement pour l’enregistrement des fichiersoLes fichiers de configuration de la sérieoLe préfixe d’affectation des noms de fichiern

Définir les paramètres par défaut à utiliser lors de la création d’un nouveau protocole et d’une
nouvelle plaque.

n

Définir les paramètres d’analyse de données et d’expression génique par défaut.

nPersonnaliser les paramètres de contrôle qualité par défaut.

nPersonnaliser les paramètres d’exportation des données.

Dans le menu Tools (Outils), effectuer l’une des opérations suivantes :nCréer un mélange master mix.

n

Étalonner les fluorophores pour un appareil spécifique.

Remarque : Le mélange master mix et la calibration des fluorophores sont disponibles à tout
utilisateur qui se connecte au logiciel.
Cette section explique comment réaliser ces tâches.

Configuration de la notification par e-mailIl est possible de connecter CFX Maestro Dx SE à son serveur de messagerie sortant pour envoyer par email à une liste d'utilisateurs des notifications des séries effectuées. L’on peut aussi choisir de joindre un
fichier de données et un rapport d’analyse à la liste des utilisateurs. Pour configurer la connexion entre

Guide d’utilisation | 87

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

CFX Maestro Dx SE et le serveur SMTP, voir Connexion de Security Edition à un serveur SMTP à la page89.
Remarque : La possibilité pour un utilisateur d’accéder aux fonctions de configuration de lamessagerie dépend du rôle de l’utilisateur et des autorisations accordées par l’administrateur. Pourles détails sur la gestion des utilisateurs et leurs rôles, consultez Gestion des rôles d’utilisateur du
Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition à la page 48.

Pour configurer les notifications par e-mail1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).
La boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur) apparaît et affiche l’onglet Email (Email).

Remarque : L’utilisateur est informé si le système détecte qu’aucun serveur SMTP valide n’apas été configuré pour CFX Maestro Dx SE. Cliquer sur Configure Outgoing Email (Configurer lecourrier sortant) pour ouvrir la boîte de dialogue Options et configurer le serveur SMTP. Pour deplus amples informations, voir Connexion de Security Edition à un serveur SMTP à la page 89.
2.

Dans la zone de texte To (À), saisir l’adresse e-mail de chaque personne devant être informée desséries effectuées. Tous les destinataires recevront un e-mail une fois la série terminée.
Remarque : Chaque adresse e-mail doit être saisie sur une ligne distincte. Appuyer sur Entrée
ou Retour après chaque adresse.

3.

(Facultatif) Dans la zone de texte Cc, saisir l'adresse e-mail de tout destinataire auquel il est prévu
d'envoyer une copie de chaque notification par e-mail.

4.

(Facultatif) Par défaut, tous les destinataires reçoivent une copie du fichier de données en pièce
jointe. Décocher cette case pour ne pas joindre une copie du fichier de données.

5.

(Facultatif) Sélectionner Attach Analysis Report pour joindre un PDF du rapport d’analyse à l’e-mail.

88 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

6.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue User Preferences.

Remarque : Il se peut que vous puissiez configurer le système de manière à ce qu’il envoie une
notification par e-mail à votre téléphone portable, en fonction de votre fournisseur de services.
Contactez votre fournisseur de services de téléphonie mobile pour obtenir des informations
spécifiques concernant l’adresse e-mail de votre téléphone portable. Saisissez l’adresse e-mail devotre téléphone (par exemple, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) dans la zone
de texte To (Destinataire) de l’écran User Preferences (Préférences utilisateur).

Pour modifier l’adresse e-mail d’un destinataireu

Le cas échéant, modifier l’adresse e-mail puis cliquer sur OK.

Pour supprimer l'adresse e-mail d'un destinataire
1.

Sélectionner le destinataire puis appuyer sur la touche Suppr.

2.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

Connexion de Security Edition à un serveur SMTP
Important : Certains fournisseurs de services de messagerie Web commerciaux ont amélioré lasécurité des messageries. En cas d’utilisation de ces comptes, il faut d’abord activer l’option Allowless secure apps (Autoriser les applications moins sécurisées) dans les paramètres de soncompte pour autoriser CFX Maestro Dx SE à envoyer des e-mails. Pour plus d’informations,consulter les informations relatives à la sécurité de son fournisseur de services de messagerie.
Si vous utilisez le serveur SMTP de Google Gmail ou de Microsoft Office 365 pour envoyer des e-mails,
vous devez activer une vérification à 2 facteurs et générer un « mot de passe d’application » dans lesparamètres de votre compte Gmail ou Office365. Pour l’authentification dans la boîte de dialogue Maestro
Email Setup (Configuration de la messagerie Maestro), copiez et collez le « mot de passe d’application »dans le champ Password (Mot de passe) au lieu du mot de passe normal de messagerie.
Il faut établir une connexion entre CFX Maestro Dx SE et le serveur de messagerie avant que le logiciel
ne puisse envoyer des notifications par e-mail.

Pour connecter CFX Maestro Dx SE à un serveur de messagerie
1.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nSélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) puis cliquer sur
Configure Outgoing Email (Configurer le courrier sortant) dans l’onglet Email.

n

Sélectionner Tools (Outils) > Options.

Guide d’utilisation | 89

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

La boîte de dialogue Options s’affiche, affichant l’onglet Email (E-mail).

2.

Fournir les informations suivantes pour sa société :n

SMTP Server Name (Nom du serveur SMTP) — nom du serveur de courrier sortant de lasociété.

nPort — numéro de port du serveur SMTP. Il s’agit généralement du numéro 25.

n

Use SSL (Utiliser SSL) — Option Secure Sockets Layer (SSL). Certains serveurs SMTP
exigent cette option. Si cela n’est pas le cas pour la société concernée, décocher cette case.

n

Use Default “From” Address (Utiliser l’adresse « De » par défaut) — nom du serveur demessagerie de la société. Certains serveurs SMTP exigent que tous les messages envoyésaient une adresse « De » d’un certain domaine, par exemple, nom@entreprise.com. Si c’est lecas, décocher cette case et fournir une adresse e-mail valide.

nAuthentication Required (Authentification requise) — si le site exige une authentification ducompte, vérifier que cette case est cochée.

n

User Name (Nom d’utilisateur) — nom du compte authentifié. Cela n’est requis que siAuthentication Required est coché.

90 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencernPassword (Mot de passe) — mot de passe du compte authentifié. Cela n’est requis que siAuthentication Required est coché.

Important : Si vous utilisez le serveur SMTP de Google Gmail ou de Microsoft Office 365 pourenvoyer des e-mails, vous devez activer une vérification à 2 facteurs puis générer un « mot depasse d’application » dans les paramètres de votre compte Gmail ou Office365. Pourl’authentification dans la boîte de dialogue Maestro Email Setup (Configuration de la messagerie
Maestro), copiez et collez le « mot de passe d’application » dans le champ Password (Mot depasse) du CFX Maestro Dx SE au lieu du mot de passe normal de messagerie.
Pour vérifier que les paramètres du serveur SMTP sont corrects, saisir une adresse e-mail valide
dans la zone de texte Test Email Address (Adresse e-mail de test) puis cliquer sur Test Email (E-mailtest).
Remarque : Certains serveurs SMTP n’autorisent pas les pièces jointes et d’autres ne lesautorisent que jusqu’à une taille spécifique. S'il est prévu que des fichiers de données et/ou desrapports soient transmis par e-mail à l'aide de CFX Maestro Dx SE, sélectionner Test
Attachment (Pièce jointe test) et définir Attachment Size in Mb (Taille pièce jointe en Mo) à 5 Mo
au moins.
3.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Modification des paramètres de fichier par défautLes éléments suivants peuvent être modifiés dans l’onglet Files (Fichiers) de la boîte de dialogue User
Preference (Préférences utilisateur) :nL’emplacement par défaut pour l’enregistrement des fichiers CFX Maestro Dx SEnLes fichiers par défaut pour la configuration de la sérien

Les paramètres d’affectation des noms de fichier par défaut

Pour modifier les paramètres de fichier par défaut
1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur), sélectionner l’onglet Files(Fichiers).

Guide d’utilisation | 91

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

3.

Dans la section Default Folder for File Creation (Dossier par défaut pour la création de fichiers),
accéder à un dossier par défaut pour l'enregistrement des nouveaux fichiers et le sélectionner. Il est
possible de sélectionner un emplacement différent pour chaque type de fichier :nProtocol (Protocole)nPlate (Plaque)nData File (Fichier de données)nGene Study (Étude des gènes)4.

Dans la section File Selection for Run Setup (Sélection de fichier pour la configuration de la série),
accéder au fichier de protocole de la cible et aux fichiers de plaque qui devront apparaître lors del'ouverture de la fenêtre Experiment Setup (Configuration de l'expérience) et les sélectionner.

5.

Dans la section Data File (Fichier de données), définir le préfixe et/ou le suffixe pour les fichiers dedonnées. Quel que soit l'élément, sélectionner une nouvelle valeur dans la liste déroulantecorrespondante. Il est également possible de fournir des valeurs personnalisées pour le préfixe et lesuffixe dans les zones de texte Prefix (Préfixe) et Suffix (Suffixe).
CFX Maestro Dx SE affiche un aperçu du nom de fichier sous les zones de sélection.

6.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

92 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

Définition des paramètres de protocole par défaut
Pour définir les paramètres de protocole par défaut pour l’éditeur de protocole et lerédacteur automatique de protocole
1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur), sélectionner l’onglet Protocol(Protocole).

3.

Dans la section Protocol Editor (Éditeur de protocole), spécifier les valeurs pour les paramètres
suivants qui apparaissent dans l’éditeur de protocole :4.

nSample volume (Volume d’échantillon) — volume de chaque échantillon dans les puits (enµl).

n

Lid Shutoff temperature (Température d’arrêt du couvercle) — température en ºC à
laquelle le chauffage du couvercle s’arrête durant une série.

Dans la section Protocol AutoWriter (Rédacteur automatique de protocole), spécifier les valeurs pourles paramètres suivants qui apparaissent dans le rédacteur automatique de protocole :nAnnealing temperature (Température de renaturation) — température en ºC pour lesexpériences faisant appel à l’ADN polymérase iProof, l’ADN polymérase iTaq ou d’autres
polymérases.

n

Amplicon length (Longueur de l’amplicon) — longueur de l’amplicon dans la pb.

Guide d’utilisation | 93

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

5.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

Définition des paramètres de plaque par défaut
Les modifications apportées dans l'onglet Plate (Plaque) sont à la disposition de tous les utilisateurs dulogiciel. Les modifications apportées durant la configuration de la plaque sont à disposition de tous lesutilisateurs après l'enregistrement et la fermeture du fichier de plaque.
Dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur), il est possible d’effectuer lesopérations suivantes :nDéfinir les paramètres de plaque par défaut.

n

Ajouter de nouveaux noms de cible, d’échantillon et de groupe biologique à leurs bibliothèques
respectives.

n

Supprimer des noms de cible, d’échantillon et de groupe biologique de leurs bibliothèques
respectives.

Pour définir les paramètres de plaque par défaut
1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences, sélectionner l’onglet Plate (Plaque).

94 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

3.

Spécifier les valeurs pour les paramètres suivants d’un nouveau fichier de plaque. Ces valeursapparaissent dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) :nPlate Type (Type de plaque)nPlate size (Dimensions de la plaque)nUnits (Unités) — concentration de la matrice de départ pour les puits contenant les étalons.
CFX Maestro Dx SE utilise ces unités pour créer une courbe standard dans l’onglet
Quantification de l’analyse de données.

n

Scientific notation (Notation scientifique) — lorsque cette case est cochée, CFX Maestro Dx
SE affiche les unités de la concentration en notation scientifique.

n

Scan mode (Mode de balayage) — nombre ou type de canaux à balayer durant une série.

n

Fluorophores — fluorophores par défaut apparaissant dans les contrôles de chargement dupuits de l’éditeur de plaque.

Guide d’utilisation | 95

Chapitre 6 La fenêtre d’accueilnLibraries (Bibliothèques) – noms de cible, d’échantillon et de groupe biologique généralement
utilisés dans les expériences :oTarget names (Noms des cibles) — noms des gènes et des séquences de la cible.

oSample names (Noms des échantillons) — noms des échantillons expérimentaux ou
caractéristique d’identification pour les échantillons (par exemple, Souris1, Souris2,
Souris3).

o4.

Biological group names (Noms des groupes biologiques) — noms pour les groupesd’échantillons similaires ayant le même état ou les mêmes conditions de traitement (parexemple, 0 h, 1 h, 2 h).

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Pour ajouter un nouveau nom de cible, d’échantillon ou de groupe biologiqueuDans la zone de bibliothèque appropriée, saisir le nom pour la cible, l’échantillon ou le groupe
biologique puis cliquer sur OK.

Pour supprimer un nom de cible, d’échantillon ou de groupe biologiqueuDans la zone de bibliothèque appropriée, sélectionner le nom, appuyer sur la touche Suppr puis
cliquer sur OK.

Important : Les noms supprimés de la bibliothèque sont supprimés du logiciel et ne sont plus
disponibles pour les utilisateurs. Pour rétablir les noms par défaut de CFX Maestro Dx SE, cliquer sur
Restore Defaults (Rétablir les paramètres par défaut). Le fait de cliquer sur Restore Defaults(Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur)rétablit les paramètres d’usine d’origine pour toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur
doit faire preuve de prudence lorsqu'il supprime les noms par défaut de CFX Maestro Dx SE et clique
sur ce bouton.

96 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Configuration des paramètres d'analyse de données par défaut
Pour configurer les paramètres d’analyse de données par défaut
1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur), sélectionner l’onglet Data
Analysis (Analyse de données).

3.

Dans la section Analysis Mode (Mode d'analyse), sélectionner le mode avec lequel les données
seront analysées (Fluorophore ou Target [Cible]).

4.

Dans la section PCR Quantification (Quantification de la PCR), définir les paramètres par défaut pourles options suivantes :nBaseline Setting (Paramètre de la valeur de référence) — la méthode de référence pour lemode d’analyse.

n

Cq Determination Mode (Mode de détermination du Cq) — le mode avec lequel les valeurs
Cq sont calculées pour chaque trace de fluorescence (régression ou seuil unique).

nThreshold Calc. Mode (Mode calc. seuil) — quantité de cible du point final.
Le paramètre par défaut est Auto. En d'autres termes, le logiciel calcule automatiquement lacible du point final. Pour définir un seuil spécifique, décocher la case Auto et saisir la quantité

Guide d’utilisation | 97

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

pour le point final, calculée dans les unités de la fluorescence relative (ou RFU). La valeurmaximale est 65000.00 RFU. Les fichiers de données pour les séries suivantes utiliseront ce
paramètre de seuil.
nBaseline Calc. Mode (Mode cal. valeur de référence) — la valeur de référence pour toutes
les traces.
Le paramètre par défaut est Auto. En d'autres termes, le logiciel calcule automatiquement lavaleur de référence pour toutes les traces. Pour définir une valeur de référence spécifique,décocher la case Auto et saisir des valeurs minimales et maximales pour la plage de cycle (1 à
9999). Les fichiers de données utiliseront cette plage de cycle pour les séries suivantes.

n5.

Log View (Affichage du log) — détermine la façon dont le logiciel affiche les donnéesd’amplification :o

On (Activé) — les données d’amplification sont affichées dans un graphique semilogarithmique.

o

Off (Désactivé) — (valeur par défaut) les données d’amplification sont affichées dans ungraphique linéaire.

Dans la section End Point (Point final), sélectionner le nombre de cycles de fin à moyenner lors descalculs de point final :n

PCR — le nombre de cycles de fin à moyenner pour les données de quantification (5 par défaut).

n

End Point Only run (Série de point final uniquement) — le nombre de cycles de fin àmoyenner pour les données de point final (2 par défaut).

6.

Dans la section Melt Curve (Courbe de fusion), sélectionner le type de pic à détecter (positif ou
négatif).

7.

Dans la section Well Selector (Sélecteur de puits), sélectionner le mode d'affichage des étiquettes depuits (par type d'échantillon, nom de la cible ou nom de l'échantillon).

8.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

98 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Définition des paramètres du fichier de données de l'expression génique pardéfautPour définir les paramètres par défaut pour un nouveau fichier de données d’expression
génique1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences, sélectionner l’onglet Gene Expression (Expression
génique).

3.

Spécifier les valeurs pour les paramètres suivants :nRelative to (Par rapport à) — représente les données d’expression génique graphiquement
par rapport soit à un contrôle (ayant 1 pour origine) soit à zéro :o

Zero — le logiciel ignore le contrôle. Il s’agit de la valeur par défaut lorsqu’aucun échantillon
de contrôle n’est désigné dans la fenêtre Experiment Settings (Paramètres de l’expérience).

oControl — le logiciel calcule les données par rapport à l’échantillon de contrôle désignédans la fenêtre Experiment Settings (Paramètres de l’expérience).

nX-axis (Axe des abscisses) — représente graphiquement l’échantillon ou la cible sur l’axe desabscisses.

nY-axis (Axe des ordonnées) — représente graphiquement l’échelle linéaire, log2 ou log10 surl’axe des ordonnées.

nScaling (Mise à l’échelle) — option de mise à l’échelle pour le graphique (l’option par défaut
est l’absence de mise à l’échelle) :oHighest (Le plus élevé) — le logiciel met le graphique à l’échelle par rapport au point dedonnées le plus élevé.

oLowest (Le plus bas) — le logiciel met le graphique à l’échelle par rapport au point dedonnées le plus bas.

oUnscaled (Sans mise à l’échelle) — le logiciel présente les données sans mise àl’échelle.

nMode — mode d’analyse, soit quantité relative (∆Cq) soit expression normalisée (∆∆Cq).

nError Bar (Barre d’erreur) — variabilité des données présentée soit comme l’écart-type (Std.
Dev.) soit comme l’erreur type de la moyenne (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Multiplicateur de barres d’erreur) — multiplicateur de l’écart-type utilisé
pour représenter les barres d’erreur graphiquement (la valeur par défaut est 1).

Guide d’utilisation | 99

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Le multiplicateur peut être augmenté à 2 ou 3.
nSample Types to Exclude (Types d’échantillons à exclure) — types d’échantillons à exclure
de l’analyse.
Il est possible de sélectionner un ou plusieurs échantillons à exclure de l’analyse. Pour exclure
tous les types d'échantillons, décocher les cases des types d'échantillons sélectionnés.

4.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

Personnalisation des règles de contrôle qualité
CFX Maestro Dx SE permet de définir des règles de contrôle qualité qui sont appliquées aux données
dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Le logiciel valide les données en fonction des règles
définies par l’utilisateur.
Remarque : Par défaut, toutes les règles de contrôle qualité sont activées.
Conseil : Les puits pour lesquels l’analyse renvoie un paramètre CQ non concluant peuvent êtreaisément exclus dans le module CQ de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).

Pour personnaliser les règles de contrôle qualité1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur), sélectionner l’onglet QC (CQ).

100 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

Où :

3.

4.

n

NTC — contrôle sans matricen

NRT — contrôle sans transcriptase inversenEfficiency (Efficacité) — efficacité d’une réaction de PCRn

Std Curve R^2 (R^2 courbe d’étalonnage) — valeur R carrée pour la courbe d’étalonnage

nReplicate group Cq Std Dev (Écart-type Cq pour groupe de réplicats) — écart-type calculé
pour chaque groupe de réplicats

Pour chaque règle de CQ, effectuer l’une des opérations suivantes :n

Ne rien faire s’il s’agit d’utiliser sa valeur par défaut.

n

Pour modifier sa valeur, cliquer dans la zone de texte Value (Valeur) correspondante, saisir une
nouvelle valeur et appuyer sur la touche Entrée.

nPour désactiver la règle, décocher la case Use (Utiliser) correspondante.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Guide d’utilisation | 101

Chapitre 6 La fenêtre d’accueil

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

Personnalisation des paramètres d’exportation des données
Les données de CFX Maestro Dx SE peuvent être exportées dans les formats suivants :nText (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Important : Microsoft Excel doit être installé sur votre ordinateur pour que vous puissiez exporterdes données vers une feuille de calcul Microsoft Excel.
L’utilisateur peut spécifier le type de données à exporter et personnaliser la sortie des données
exportées.

Pour personnaliser les paramètres d’exportation des données
1.

Sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) pour ouvrir la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur).

2.

Dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur), sélectionner l’onglet Custom
Export (Exportation personnalisée).

102 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Avant de commencer

3.

Dans la liste déroulante Export Format (Format d'exportation), sélectionner le format pourl'exportation des données.

4.

Dans la section Data to Export (Données à exporter), cocher ou décocher les cases correspondant
au type de données à exporter. Les éléments sélectionnés apparaissent dans la zone de liste
déroulante Exported Columns (Colonnes exportées).
Remarque : Par défaut, les informations sur la série sont incluses dans l’en-tête. Décocher
cette case pour ne pas inclure les informations sur la série.

5.

Il est possible de modifier l'ordre d'affichage de sortie des éléments sélectionnés.
Dans la liste de texte déroulante Exported Columns (Colonnes exportées), mettre l'élément ensurbrillance puis cliquer sur les boutons fléchés à gauche de la liste pour la déplacer vers le haut ouvers le bas.

6.

Le cas échéant, il sera possible de modifier les noms des colonnes de sortie des éléments suivants :a.

Cliquer sur Customize Column Names (Personnaliser les noms de colonnes).
La boîte de dialogue Column Name Customizer (Assistant de personnalisation des noms decolonnes) s’affiche.

b.

Pour chaque nom de colonne par défaut que l’on souhaite modifier, saisir le nouveau nom dansle champ Custom Name (Nom personnalisé) correspondant.

Guide d’utilisation | 103

Chapitre 6 La fenêtre d’accueilc.

7.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nCliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir à l’onglet Custom Export(Exportation personnalisée). Le nouveau nom s’affiche entre parenthèses à côté du nom decolonne par défaut, dans la zone de liste déroulante Exported Columns (Colonnes
exportées).

nCliquer sur Cancel (Annuler) pour effacer les modifications et revenir à l’onglet Custom
Export (Exportation personnalisée).

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Important : Le fait de cliquer sur Restore Defaults (Rétablir paramètres par défaut) dans la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur) rétablit les paramètres d’usine d’origine pour
toutes les préférences de tous les onglets. L'utilisateur doit appuyer sur cette touche avec prudence.

104 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 7 Création de protocoles
Un protocole est constitué d’étapes qui sont exécutées dans un ordre spécifique. Dans le Logiciel
CFX Maestro Dx, Security Edition, toutes les étapes sont associées à des options de l’appareil. Par
exemple, les étapes indiquent à l’appareil de contrôler la température du bloc et du couvercle, d’appliquer
une différence de température dans le bloc, de procéder à une lecture de plaque ou d’effectuer une
analyse de la courbe de fusion. Chaque option est spécifiée pour des types de plaque et de série
différents.
CFX Maestro Dx SE propose deux options pour créer des protocoles : Protocol Editor (Éditeur deprotocole) et Protocol AutoWriter (Rédacteur automatique de protocole).
Les fonctions de l’éditeur de protocole sont les suivantes :nCommandes de protocole standard pour rapidement créer des protocolesnCapacité à rapidement calculer un gradient pour le nombre de lignes sélectionnéesnCapacité à rapidement calculer le temps d’exécution pour le type de plaque sélectionnénCapacité à modifier les étapes du protocolenCapacité à enregistrer les protocoles pour réutilisationnCapacité à imprimer le protocole sur une imprimante par défaut

Le rédacteur automatique de protocole génère automatiquement un protocole PCR personnalisé avecétapes de démarrage à chaud, dénaturation initiale, renaturation et extension à l'aide des paramètres
saisis. Il est possible de visualiser une représentation graphique du protocole suggéré et de modifier,exécuter ou enregistrer le protocole.

Guide d’utilisation | 105

Chapitre 7 Création de protocoles

Paramètres et plages pour les étapes de protocole
Utilisez les informations du Tableau 7 pour modifier les paramètres par défaut des étapes de votre
protocole.

Étapes de température
La température cible est une valeur comprise entre 4,0 et 100,0 °C, définie en dixièmes de degré. Le
système augmente jusqu’à cette température et maintient cette valeur pendant une durée spécifiée (letemps de maintien).

Étapes de gradient
La plage de gradient est la différence entre les températures inférieure et supérieure dans une étape degradient. La plage maximale autorisée est de 24 °C. La température la plus basse est une valeur
comprise entre 30,0 et 99,0 °C, définie en dixièmes de degré. La température supérieure maximale est
de 100 °C. Le thermocycleur monte au gradient de température cible à travers le bloc et maintient cettetempérature pendant une durée spécifiée.
Important : l’instrument calcule les points du gradient. Lorsque vous entrez une valeur dans leschamps supérieur et inférieur du calculateur de gradient, le logiciel calcule et attribue
automatiquement les températures pour les champs restants. Lorsque vous entrez une températuredans n’importe quel champ entre les champs supérieur et inférieur, l’appareil calcule
automatiquement les champs restants. Vous ne pouvez pas saisir manuellement une valeur detempérature dans chaque champ.

106 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Paramètres et plages pour les étapes de protocole

Tableau 7. Paramètres et plages pour les étapes de protocole

Paramètre

Plage

Description

Ramp rate

n Pour les systèmes CFX Opus 96

Indique au thermocycleur de monter à la(Vitesse deDx :température cible à la vitesse spécifiéerampe)

0,1 à 5 °C par secondedans cette étape.

n Pour les systèmes
CFX Opus 384 Dx :Disponible uniquement pour les étapes detempérature.

0,1 à 2,5 °C par seconden Pour les systèmes
CFX Opus Deepwell Dx :0,1 à 2,5 °C par seconde
Increment

Un nombre de -10,0 à 10,0 °C par

Demande au thermocycleur de changer la(Incrément)

cycle en dixièmes de degré

température cible d’une étape à chaquecycle, où un nombre positif augmente latempérature et un nombre négatif diminuela température.
Disponible uniquement pour les étapes detempérature.

ExtendUne durée de -60 à 60 s par cycle(Prolonger)

Demande au thermocycleur de prolonger letemps de maintien à chaque cycle. Un
nombre positif augmente le temps demaintien et un nombre négatif diminue letemps de maintien.
Disponible pour les étapes de température
et de gradient.

Beep (Bip)(Pas de paramètres)

Demande au thermocycleur d’émettre un
bip pour signaler que le thermocycleur aatteint la température cible pour cetteétape.
Disponible uniquement pour les étapes detempérature.

Plate read(Pas de paramètres)

Demande au thermocycleur d’ajouter une(Lecture de lalecture de plaque à l’étape sélectionnée.

plaque)Disponible pour les étapes de température
et de gradient.

Guide d’utilisation | 107

Chapitre 7 Création de protocolesFenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)
Utiliser la fenêtre Protocol Editor pour créer, ouvrir, passer en revue et modifier un protocole. Par défaut,l’éditeur de protocole affiche un protocole à 2 étapes en temps réel générique pour une plaque à 96 puits.

LÉGENDE1.

La barre de menu permet un accès rapide aux commandes des menus File (Fichier), Settings(Paramètres) et Tools (Outils).

2.

La barre d'outils constitue un accès rapide pour enregistrer et imprimer le protocole, déterminers'il faut ou non insérer une étape, définir le volume d'échantillon et visualiser la durée
d'exécution estimée du protocole.

3.

Le volet principal comporte une représentation graphique du protocole.

4.

Le volet inférieur affiche le plan du protocole.

5.

Le volet gauche comprend les commandes de protocole qu'il est possible d'ajouter pourpersonnaliser le protocole.

Commandes du menu File (Fichier)
Save (Enregistrer) — enregistre le protocole en cours.

108 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)

Save As (Enregistrer sous) — enregistre le protocole en cours avec un nouveau nom ou à un nouvel
emplacement.
File Passwords (Mots de passe de fichier) — permet aux utilisateurs de définir leurs mots de passed’enregistrement et d’ouverture de fichier.
Conseil : Pour plus d’informations, voir Protection par mot de passe des fichiers à la page 56.
Close (Fermer) — ferme l’éditeur de protocole.

Commande du menu Settings (Paramètres)
Lid Settings (Paramètres de couvercle) — ouvre la boîte de dialogue Lid Settings dans laquelle il est
possible de changer ou de définir la température de couvercle.

Commandes du menu Tools (Outils)
Gradient Calculator (Calculateur de gradient) — ouvre une boîte de dialogue à partir de laquelle
l'utilisateur peut sélectionner le type de bloc pour une étape de gradient. La valeur par défaut est 96 puits.
Run time Calculator (Calculateur de la durée d'exécution)— ouvre une boîte de dialogue à partir delaquelle il est possible de sélectionner le type de plaque et le mode de balayage afin de calculer la durée
d'exécution estimée dans la fenêtre Run Setup (Configuration de la série). La valeur par défaut est
96 puits, tous les canaux.

Commandes de la barre d’outils— enregistre le fichier de protocole en cours.

— imprime la fenêtre sélectionnée.

— utiliser cette commande pour sélectionner l’emplacement dédié à l’insertiondes étapes correspondant à l’étape actuellement sélectionnée.

— utiliser cette commande pour saisir un volume d’échantillon en µl. Lesvolumes d’échantillon diffèrent en fonction du type de bloc :nPour un bloc 96 puits, la plage est comprise entre 0 et 50 µl.

nPour un bloc 384 puits, la plage est comprise entre 0 et 30 µl.

Guide d’utilisation | 109

Chapitre 7 Création de protocolesn

Pour un bloc 96 puits profond, la plage est comprise entre 0 et 125 µl.

— affiche la durée estimée de la série en fonction des étapes de protocole, de lavitesse de la rampe et du type de bloc sélectionné.

— affiche les informations d’aide concernant les protocoles.

Commandes de modification des protocoles
Le volet de gauche de la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) contient des commandes qui
peuvent être utilisées pour créer des protocoles.
Chaque commande consiste en un jeu de paramètres qui représentent une étape dans le protocole. Il est
possible de modifier chaque paramètre et de l'ajouter ou de le supprimer pour personnaliser le protocole.
Cette section décrit les options associées à chaque commande.
nInsert Step (Insérer une étape) — insère une étape avant ou aprèsl’étape sélectionnée. L’utilisateur peut modifier les valeurs detempérature et de durée de suspension soit dans l’affichage graphiquedu protocole, soit dans le plan du protocole.

nInsert Gradient (Insérer un gradient) — insère une étape de gradienten fonction du type de bloc de puits sélectionné dans le calculateur degradient. La plage de gradient peut être modifiée dans le volet Gradientqui apparaît lors de l’insertion d’une étape de gradient.

nInsert GOTO (Insérer une boucle GOTO) — insère une étape de cycle(boucle) qui indique au logiciel de répéter des étapes spécifiques enséquence pour un nombre de cycles donné. Les répétitions commencent
après l’achèvement du premier cycle. Par exemple, l'utilisateur peut indiquer au logiciel d'effectuer
39 répétitions des étapes 2 à 4. Après la dernière répétition, le logiciel aura effectué les étapes 2 à 4
40 fois au total. Il est possible de modifier l’étape revenir à (boucle GOTO) ainsi que le nombre decycles soit dans l’affichage graphique, soit dans le plan du protocole.
nInsert Melt Curve (Insérer une courbe de fusion) — insère une étape de lecture de courbe defusion.

110 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)nInsert Plate Read to Step (Ajouter la lecture de plaque à l’étape) — ajoute une commande delecture de plaque à l’étape sélectionnée. Une lecture de plaque mesure la quantité de fluorescence à
la fin d’un cycle. L’étape de lecture de plaque est généralement la dernière étape dans une boucle
GOTO.
Conseil : Après avoir ajouté une commande de lecture de plaque à une étape, le boutonchange en Remove Plate Read (Supprimer la lecture de plaque) lors de la sélection de l’étape.

nRemove Plate Read (Supprimer la lecture de plaque) — supprime une commande de lecture deplaque de l’étape sélectionnée.
Conseil : Après avoir supprimé une commande de lecture de plaque d’une étape, le boutonchange en Add Plate Read to Step (Ajouter la lecture de plaque à l’étape) lors de la sélection del’étape.

n

Step Options (Options de l’étape) — ouvre la boîte de dialogue Step Options (Options de l’étape)et affiche les options disponibles pour l’étape sélectionnée. Consulter la section Options de l'étape àla page 112 pour obtenir des informations détaillées à propos des options de l’étape.
Conseil : Il est également possible d’accéder à Step Options (Options de l’étape) en cliquantavec le bouton droit sur l’étape dans l’affichage graphique.

nDelete Step (Supprimer l’étape) — supprime l’étape sélectionnée du protocole.

Guide d’utilisation | 111

Chapitre 7 Création de protocoles

Options de l'étape
Ouvrir la boîte de dialogue Step Options (Options de l’étape) pour voir les options que l’on peut ajouter,modifier ou supprimer dans une étape.

nPlate Read (Lecture de plaque) — lorsque cette option est sélectionnée, ajoute une lecture deplaque à l’étape.

nTemperature (Température) — définit la température cible pour l’étape sélectionnée.

nGradient — définit la plage de gradient pour l’étape ; la plage est comprise entre 1 et 24 °C.
Remarque : Un gradient s’exécute avec la température minimale à l’avant du bloc (sur cetteimage, ligne H) et la température maximale à l’arrière du bloc (sur cette image, ligne A).

n

Increment (Incrément) — valeur pour l’augmentation (ou la diminution) de la température de l’étape
sélectionnée ; cette valeur est ajoutée à la température cible avec chaque cycle. La plage est
comprise entre ±0,1 et 10 °C.
Remarque : Pour diminuer la température, saisir un signe moins (–) avant la valeur numérique(par exemple, –5 °C).

n

Ramp Rate (Vitesse de rampe) — vitesse de rampe pour l’étape sélectionnée ; la plage dépend dela taille du bloc.

nTime (Durée) — durée de maintien pour l’étape sélectionnée.

112 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole)nExtend (Prolonger) — durée (en secondes) de prolongement ou de raccourcissement de l’étape
sélectionnée ; cette option est ajoutée à la durée de maintien dans chaque cycle ; la plage est
comprise entre ±1 et 60 s.

nBeep (Bip) — lorsque cette case est cochée, un bip retentit pendant l’étape.
Conseil : Lorsque le nombre saisi est en dehors de la plage de l’option, le logiciel remplace ce
nombre par l’entrée la plus proche dans la plage.

Guide d’utilisation | 113

Chapitre 7 Création de protocoles

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur deprotocole)
L’utilisation du Protocol Editor (Éditeur de protocole) permet de créer des fichiers de protocole
personnalisés. Il est également possible de modifier et d'enregistrer des fichiers de protocole
précédemment enregistrés ou des fichiers de protocole d'échantillons livrés avec le logiciel CFX Maestro
Dx SE.
Pour créer un nouveau fichier de protocole, procéder comme suit :nOuvrir un fichier de protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole).
Conseil : Il est possible d’ouvrir un protocole nouveau ou existant dans Protocol Editor (Éditeurde protocole).

nConfigurer le nouveau protocole.

n

Ajouter des étapes au protocole depuis le volet des commandes de protocole.

nModifier les propriétés des étapes.

nEnregistrer le protocole.

Conseil : Pour créer un nouveau protocole à partir d’un fichier précédemment enregistré ou d’unfichier de protocole d’échantillon, consulter la section Ouverture d’un protocole existant dans l’éditeurde protocole à la page 116.

Ouverture d’un nouveau fichier de protocole dans l’éditeur deprotocole
CFX Maestro Dx SE propose plusieurs options pour ouvrir un nouveau fichier de protocole :n

Depuis le menu File (Fichier) de la fenêtre d’accueilnDepuis la boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série) de la fenêtre d’accueilnDepuis la boîte de dialogue Startup Wizard (Assistant de démarrage) dans la fenêtre d’accueil

Pour ouvrir un nouveau fichier de protocole depuis le menu File (Fichier)uDans la fenêtre d’accueil, sélectionner File (Fichier) > New (Nouveau) > Protocol (Protocole).
La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) s’ouvre, affichant le fichier de protocole par défaut.
Conseil : Pour obtenir des informations sur la configuration du protocole par défaut, consulter lasection Modification des paramètres de fichier par défaut à la page 91.

114 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

Pour ouvrir un nouveau fichier de protocole depuis la boîte de dialogue Run Setup(Configuration de la série)1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes pour ouvrir la boîte de dialogue
Run Setup (Configuration de la série) :n

Sélectionner Run (Série) > User-defined Run (Série définie par l’utilisateur).

nCliquer sur User-defined Run Setup (Configuration de la série définie par l’utilisateur) dans labarre d’outils.

La boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série) s'ouvre dans l'onglet Protocol (Protocole)
et affiche le fichier de protocole par défaut.
2.

Cliquer sur Create New (Créer nouveau).
La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) s’ouvre, affichant le protocole en temps réel pardéfaut.

Pour ouvrir un nouveau fichier de protocole depuis le Startup Wizard (Assistant dedémarrage)
1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes pour ouvrir l’assistant dedémarrage s’il n’apparaît pas dans l’affichage :nSélectionner View (Afficher) > Startup Wizard (Assistant de démarrage).

nCliquer sur Startup Wizard (Assistant de démarrage) dans la barre d’outils.

2.

Le cas échéant, sélectionner le type d’appareil dans la liste déroulante.

3.

Cliquer sur User-defined (Définie par l'utilisateur) pour le type de série.
La boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série) s'ouvre dans l'onglet Protocol (Protocole)
et affiche le fichier de protocole par défaut.

4.

Cliquer sur Create New (Créer nouveau).
La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) s’ouvre, affichant le protocole en temps réel pardéfaut.

Pour ouvrir un nouveau protocole depuis le menu Run (Série)1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes pour ouvrir la boîte de dialogue
Run Setup (Configuration de la série) :n

Sélectionner Run (Série) > User-defined Run (Série définie par l’utilisateur).

nCliquer sur User-defined Run Setup (Configuration de la série définie par l’utilisateur) dans labarre d’outils.

Guide d’utilisation | 115

Chapitre 7 Création de protocoles

La boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série) s'ouvre dans l'onglet Protocol (Protocole)
et affiche le fichier de protocole par défaut.
2.

Cliquer sur Create New (Créer nouveau).
La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) s'ouvre, affichant le protocole en temps réel pardéfaut.

Ouverture d’un protocole existant dans l’éditeur de protocole
CFX Maestro Dx SE fournit des exemples de fichiers de protocole qu'il est possible de modifier etd'enregistrer comme de nouveaux protocoles personnalisés. Il est également possible de créer unnouveau protocole à partir d’un protocole personnalisé existant.

Pour ouvrir un exemple de fichier de protocole
1.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > Protocol (Protocole).
Par défaut, Windows Explorer s’ouvre à l’emplacement du dossier Sample files (Fichiers d’exemple)
de CFX Maestro Dx SE.

2.

Ouvrir le dossier Sample files. Les dossiers suivants sont visibles :nConventionalProtocols — contient des exemples de fichiers de protocole pour l’analyse de
PCR traditionnelle.

n

DataFiles — contient des exemples de fichiers de données pouvant servir à explorer lesfonctions de CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration — contient des exemples de fichiers de protocole à utiliser avec le logicield’analyse de la fusion de précision de Bio-Rad.

n

Plates — contient des exemples de fichiers de plaque.

n

RealTimeProtocols – contient des exemples de fichiers de protocole pour l’analyse de la PCR
en temps réel.

3.

Ouvrir le dossier de protocoles pour le type de série à réaliser, à savoir ConventionalProtocols ou
RealTimeProtocols.

4.

Sélectionner le protocole choisi puis cliquer sur Open (Ouvrir).
L’exemple de protocole s’ouvre dans la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole).

5.

Sélectionner File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) et enregistrer le protocole avec un nouveau
nom ou dans un nouveau dossier.

116 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

Pour ouvrir un protocole existant1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes :nSélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > Protocol (Protocole), accéder au protocole de lacible et le sélectionner, puis cliquer sur Open.

n

Ouvrir le Startup Wizard (Assistant de démarrage) et effectuer l’une des opérations suivantes :oPour modifier le protocole affiché, cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection).

oPour modifier un autre protocole existant, cliquer sur Select Existing (Sélectionner un fichierexistant) et accéder au fichier de la cible.

Le protocole s’ouvre dans la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole).
2.

Sélectionner File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) et enregistrer le protocole avec un nouveau
nom ou dans un nouveau dossier.

Configuration d’un nouveau protocole
Conseil : Si le fichier de protocole comprend les paramètres requis (par exemple, en cas demodification d’un fichier de plaque existant), il est possible d’ignorer cette section. Passer à Ajoutd'étapes à un protocole à la page 120.
Les nouveaux fichiers de protocole exigent les paramètres suivants :nType de blocnMode de balayage pour le type de bloc choisinTempérature de couverclenVolume d’échantillon

Guide d’utilisation | 117

Chapitre 7 Création de protocoles

Définition du type de bloc
CFX Maestro Dx SE calcule automatiquement les incréments de température pour les étapes de gradient
sur la base du type de bloc.
Remarque : Le type de plaque défini dans l’éditeur de protocole doit être identique au type de plaquedu module de réaction.

Pour définir le type de blocu

Dans la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole), sélectionner Tools (Outils) > GradientCalculator (Calculateur de gradient) et choisir le type de plaque approprié dans la liste déroulante qui
apparaît.

Sélection du mode de lecture pour le type de bloc choisi
Pour déterminer la durée d'exécution du protocole, sélectionner le type de bloc de la cible et le mode delecture.

Pour sélectionner le type de bloc et le mode de lectureuDans la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole), sélectionner Tools (Outils) > Run time
Calculator (Calculateur de la durée d’exécution) et choisir le type de plaque et le mode de balayage
appropriés dans la liste déroulante qui apparaît.

Réglage de la température du couvercle
CFX Maestro Dx SE définit les températures de couvercle par défaut comme suit :nAppareils à 96 puits et puits profonds – 105,0 °CnAppareils à 384 puits – 95,0 °C

Il est possible de changer les paramètres par défaut ou d’éteindre le chauffage du couvercle pour leprotocole.

Pour régler la température du couvercle
1.

Dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), sélectionner Settings (Paramètres) > Lid Settings(Paramètres du couvercle).
La boîte de dialogue Lid Settings (Paramètres du couvercle) apparaît.

2.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nSélectionner User Defined (Défini par l’utilisateur) et saisir une valeur de température dans lazone de texte.

nSélectionner Turn Off Lid Heater (Éteindre le chauffage du couvercle).

118 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

3.

Cliquer sur OK pour accepter les modifications et fermer la boîte de dialogue.

Guide d’utilisation | 119

Chapitre 7 Création de protocoles

Définition du volume d’échantillon
Par défaut, CFX Maestro Dx SE définit le volume d'échantillon pour chaque puits sur 25 µl. Les volumesd’échantillon différent en fonction du type de bloc, par exemple :n0–50 µl pour un bloc 96 puitsn0–30 µl pour un bloc 384 puits

L’appareil utilise l’un des deux modes de contrôle de la température pour déterminer à quel momentl’échantillon atteint la température cible dans un protocole :nCalculated mode (Mode calculé) — lorsque le volume d’échantillon est défini sur un volume
adéquat non nul pour le bloc, l’appareil calcule la température de l’échantillon en fonction du volumed’échantillon. Il s’agit du mode standard.

nBlock mode (Mode bloc) — lorsque le volume d’échantillon est défini sur zéro (0) µl, l’appareil
enregistre la température de l’échantillon comme étant identique à la température du bloc mesurée.

Pour définir le volume d’échantillon pour un bloc spécifiqueuDans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), saisir la valeur correcte dans la zone de texte
Sample Volume (Volume d’échantillon) de la barre d’outils.

Conseil : Il est possible de modifier le volume d’échantillon par défaut dans la boîte de dialogue User
Preferences (Préférences utilisateur). Consulter la section Modification des paramètres de fichier pardéfaut à la page 91.

Ajout d'étapes à un protocole
Pour ajouter une étape à un protocole
1.

Ouvrir le protocole dans la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole).

2.

Déterminer l'endroit où insérer la nouvelle étape. Dans la barre d'outils, sélectionner Before (Avant)ou After (Après) dans la liste déroulante Step (Étape).

3.

Sur le graphique, sélectionner l'étape avant ou après laquelle il est prévu d'insérer la nouvelle étape.

4.

Dans le volet gauche, cliquer sur Insert Step (Insérer une étape).

5.

Pour changer la température ou la durée de maintien, cliquer sur la valeur par défaut sur le graphique
ou le plan du protocole et saisir une nouvelle valeur.

6.

(Facultatif) Dans le volet gauche, cliquer sur Step Options (Options de l’étape) pour faire apparaître
la boîte de dialogue Step Options (Options de l’étape) et modifier les options disponibles pour l’étape
sélectionnée.

120 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

Conseil : Il est possible d’accéder à la boîte de dialogue Step Options (Options de l’étape) dansle menu contextuel soit dans le volet du graphique soit dans le volet du plan du protocole.
7.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les changements de protocole.
La boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous) apparaît.

8.

Dans la boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous), saisir un nom pour le nouveau fichier deprotocole puis cliquer sur Save (Enregistrer).

Insertion d'une étape de gradientPour insérer une étape de gradient1.

Vérifier que les dimensions de la plaque pour le gradient sont les mêmes que celles du type de bloc
de l’appareil, à 96 puits, 384 puits, ou puits profond.

2.

Si ce n’est déjà fait, sélectionner les dimensions de la plaque pour le gradient :Sélectionner Tools (Outils) > Gradient Calculator (Calculateur de gradient) et choisir le type de puits
approprié dans la liste déroulante.

3.

Dans la barre d’outils, sélectionner Before (Avant) ou After (Après) dans la liste déroulante Insert
Step (Insérer une étape).

4.

Dans le graphique ou le volet de plan, sélectionner l'étape avant ou après laquelle l'on prévoit
d'insérer la nouvelle étape.

5.

Dans le volet de gauche, cliquer sur Insert Gradient (Insérer un gradient). La nouvelle étape degradient est mise en surbrillance dans le graphique et le volet de plan, par exemple :Guide d’utilisation | 121

Chapitre 7 Création de protocoles

La température de chaque ligne du gradient apparaît dans le tableau Gradient du volet de droite.
6.

Pour modifier la plage de température du gradient, effectuer l’une des opérations suivantes :nCliquer sur la température par défaut dans le graphique ou le volet de plan et saisir une nouvelle
température.

n

Cliquer sur Step Options (Options de l’étape) pour saisir la plage du gradient dans la fenêtre
Step Options (Options de l’étape).

n

Modifier la valeur Range (Plage) dans le tableau Gradient.

7.

Pour modifier la durée de stabilisation, cliquer sur la durée par défaut dans le graphique oul'affichage texte et saisir une nouvelle heure.

8.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications.

Insertion d’une étape de boucle GOTO
Remarque : Il n’est pas possible d’insérer une étape de boucle GOTO dans un ensemble GOTO ni
de créer des boucles GOTO imbriquées.

122 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

Pour insérer une étape de boucle GOTO
1.

Dans la barre d'outils, sélectionner Before (Avant) ou After (Après) dans la liste déroulante Insert
Step (Insérer une étape).

2.

Dans le graphique, sélectionner l'étape avant ou après laquelle l'on prévoit d'insérer l'étape deboucle GOTO.

3.

Dans le volet gauche, cliquer sur Insert GOTO (Insérer une boucle GOTO).

4.

Pour modifier le numéro de l'étape de boucle GOTO ou le nombre de répétitions de boucles GOTO,
sélectionner le nombre par défaut dans le graphique ou le volet de plan et saisir une nouvelle valeur.

5.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications.

Insertion d’une étape de courbe de fusion
Conseil : Il est impossible d’insérer une étape de courbe de fusion dans une boucle GOTO.
Remarque : L’étape de courbe de fusion inclut une durée de stabilisation de 30 s au début de l’étape
qui ne s’affiche pas dans le protocole.

Pour insérer une étape de courbe de fusion
1.

Dans la barre d'outils, sélectionner Before (Avant) ou After (Après) dans la liste déroulante Insert
Step (Insérer une étape).

2.

Dans le graphique, sélectionner l'étape avant ou après laquelle l'on prévoit d'insérer l'étape decourbe de fusion.

Guide d’utilisation | 123

Chapitre 7 Création de protocoles

3.

Dans le volet de gauche, cliquer sur Insert Melt Curve (Insérer une courbe de fusion). La nouvelleétape de courbe de fusion est mise en surbrillance dans le graphique et le volet de plan, parexemple :4.

Pour modifier la plage de température de fusion ou augmenter la durée, sélectionner le nombre pardéfaut dans le graphique ou le volet de plan et saisir une nouvelle valeur.

5.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications.

124 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un protocole dans Protocol Editor (Éditeur de protocole)

Ajout ou suppression d’une étape de lecture de plaqueConseil : Après avoir ajouté une commande de lecture de plaque à une étape, le bouton change en
Remove Plate Read (Supprimer la lecture de plaque) lors de la sélection de l’étape.

Pour ajouter une lecture de plaque à une étape
1.

Dans la barre d'outils, sélectionner Before (Avant) ou After (Après) dans la liste déroulante Insert
Step (Insérer une étape).

2.

Sur le graphique, sélectionner l'étape avant ou après laquelle il est prévu d'insérer l'étape de lecturede plaque.

3.

Dans le volet gauche, cliquer sur Add Plate Read to Step (Ajouter une lecture de plaque à l’étape)pour ajouter une lecture de plaque à l’étape sélectionnée.

4.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer les modifications.

Pour supprimer une lecture de plaque d’une étape
u

Sur le graphique, sélectionner l’étape qui contient la lecture de plaque puis cliquer sur Remove Plate
Read (Supprimer la lecture de plaque) dans le volet gauche.

Modification des options de l'étape
Pour modifier les options de l'étape associées à l'étape sélectionnée
1.

Sélectionner l'étape cible dans le graphique ou le volet de plan.

2.

Dans le volet de gauche, cliquer sur Step Options (Options de l'étape) pour ouvrir la boîte dedialogue Step Options (Options de l'étape).
Le cas échéant, cliquer avec le bouton droit sur l'étape cible dans l'un des deux volets et sélectionner
Step Options (Options de l'étape) dans le menu qui apparaît.

3.

Pour ajouter, modifier ou supprimer des options :nSaisir une valeur dans la zone de texte correspondante.

n

Saisir une valeur dans la zone de texte spécifique.

nCocher ou décocher une case.

4.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue Step Options(Options de l'étape).

5.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer le protocole.

Guide d’utilisation | 125

Chapitre 7 Création de protocoles

Suppression d’une étape
Important : Il est impossible d’annuler cette fonction. L'utilisateur doit supprimer les étapes avec
prudence.

Pour supprimer une étape dans le protocole
1.

Sélectionner l'étape dans le graphique ou le volet de plan.

2.

Dans le volet de gauche, cliquer sur Delete Step (Supprimer l'étape) pour supprimer l'étape
sélectionnée.

3.

Cliquer sur OK puis sur Yes (Oui) pour enregistrer le protocole.

Copie, exportation ou impression d'un protocole
Pour copier un protocoleu

Faire un clic droit sur le plan du protocole et sélectionner Copy Protocol (Copier le protocole).
Il est possible de copier la description dans un fichier .txt, .xls, .doc ou .ppt.

Pour exporter un protocole
1.

Faire un clic droit sur le plan du protocole et sélectionner Export Protocol (Exporter le protocole).
La boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous) apparaît.

2.

(Facultatif) Dans Windows Explorer, accéder à un dossier dans lequel enregistrer le fichier duprotocole.

3.

Dans la zone File name (Nom de fichier), saisir un nom pour le fichier de protocole exporté.

4.

Cliquer sur Save (Enregistrer).

Pour imprimer un protocoleu

Faire un clic droit sur le plan du protocole et sélectionner Print (Imprimer).
Il est possible d'imprimer le plan du protocole sur l'imprimante par défaut.

126 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d’un protocole à l’aide du rédacteur automatique de protocole

Création d’un protocole à l’aide du rédacteur automatique deprotocole
Important : Bio-Rad ne garantit pas que l’exécution d’un protocole créé avec le rédacteur
automatique de protocole résultera systématiquement en un produit de PCR.
Le rédacteur automatique de protocole de CFX Maestro Dx SE génère automatiquement des cycles deprotocole reposant sur les paramètres d’entrée suivants :nAmplicon length (Longueur de l’amplicon) — longueur prévue du produit de la PCRnAnnealing temperature (Température de renaturation) — Ta de réaction pour les amorces
utilisées
Si la Ta est inconnue, il est possible d’utiliser le calculateur Ta pour automatiquement la calculer sur
la base des séquences d’amorce.
Remarque : La valeur Ta est ajustée à partir des informations de température de fusion del’amorce (Tm) qui reposent sur l’enzyme sélectionnée et la vitesse de protocole.

n

Enzyme type (Type d’enzyme) — enzyme ADN polymérase (iTaq, iProof ou Other)
Si une enzyme autre que l’ADN polymérase iTaq ou iProof est utilisée, il est possible de saisir desinformations complémentaires, y compris la plage de gradient, le temps d’activation en démarrage à
chaud (en s) et la durée d’extension finale (en s).

nRun speed (Vitesse de la série) — vitesse de réaction (Standard, Fast [Rapide] ou Ultrafast[Ultrarapide])Le rédacteur automatique de protocole optimise le protocole en fonction du paramètre de vitessesélectionné. La durée d'exécution totale est déterminée par le nombre d'étapes et de cycles, la duréed'incubation à chaque étape et le temps qu'il faut pour atteindre une température cible uniforme.

À l'aide des paramètres saisis et des directives de PCR standard, le rédacteur automatique de protocole
génère automatiquement un protocole PCR personnalisé avec étapes de démarrage à chaud,dénaturation initiale, renaturation et extension. Il est possible de visualiser une représentation graphiquedu protocole suggéré et de modifier, exécuter ou enregistrer le protocole.

Guide d’utilisation | 127

Chapitre 7 Création de protocoles

Pour créer un nouveau protocole à l’aide du rédacteur automatique de protocole de
CFX Maestro Dx SE
1.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionner Tools (Outils) > Protocol AutoWriter (Rédacteur automatiquede protocole).
La boîte de dialogue Protocol AutoWriter apparaît.

2.

Dans la section Enter Target Values/Enzyme (Saisir valeurs de la cible/enzyme), procéder commesuit :
n

Saisir la température de renaturation (Ta) pour les amorces, si elle est connue.
Conseil : Voir Utilisation du calculateur Ta à la page 129 pour plus d’informations.
Remarque : Pour plus d’informations sur les calculs utilisés dans le calculateur Ta,
consulter Breslauer et al. 1986.

n

Saisir la longueur de l’amplicon dans les paires de base (pb).

nSélectionner un type d’enzyme dans la liste d’options (ADN polymérase iTaq, ADN polymérase
iProof ou Other).
Conseil : Si Other (Autre) est sélectionné comme type d’enzyme, les paramètres de lasection Additional Parameters (Optional) (Paramètres supplémentaires (facultatif))deviennent actifs.

128 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Utilisation du calculateur Ta

3.

Si Other a été sélectionné comme type d’enzyme, il est possible d’ajouter l’un ou l’ensemble desparamètres suivants au protocole :nGradient range (Plage de gradient)n

Hot start activation temperature (Température d’activation du démarrage à chaud)nFinal extension time (Durée d’extension finale)

4.

Dans la section Type, déplacer le curseur pour sélectionner une vitesse de protocole (Standard, Fast
[Rapide] ou Ultrafast [Ultrarapide]). CFX Maestro Dx SE ajuste la durée d’exécution totale.

5.

Sélectionner le type de PCR à effectuer (la PCR en temps réel est la valeur par défaut).
Avec la PCR en temps réel, CFX Maestro Dx SE ajoute une étape de lecture de plaque pour recueillir
les données de fluorescence.

6.

Dans la section Preview (Aperçu), passer le protocole en revue. Il est possible d'apporter leséventuels changements nécessaires.

7.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nCliquer sur OK pour enregistrer le nouveau protocole. Une fois le protocole enregistré, il s'ouvre
dans l'assistant de démarrage. Cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection) pour apporter leséventuelles modifications du protocole. Par exemple, il peut être nécessaire de modifier latempérature de couvercle et le volume d’échantillon.

nCliquer sur Cancel (Annuler) pour fermer la fenêtre sans enregistrer le protocole.

Utilisation du calculateur Ta
Lorsque la température d’hybridation pour l’amorce est inconnue, utiliser le calculateur Ta pour calculer lavaleur. Il est possible d’utiliser la valeur dans les options Protocol AutoWriter (Rédacteur automatique deprotocole) ou Protocol Editor (Éditeur de protocole) pour créer son propre protocole.

À propos du calculateur Ta
Le calculateur Ta calcule la valeur Tm pour chaque amorce ainsi que la valeur Ta pour le protocole à lavitesse standard.
La valeur Ta pour le protocole repose sur les valeurs Tm moyennes de l’amorce, auxquelles s’appliquentles valeurs suivantes :n

Si la différence entre les valeurs Tm de l’amorce est > 4 °C, Ta = (valeur la plus basse des deux
valeurs Tm de l’amorce + 2) – 4 °Cn

Si la différence entre les valeurs Tm est ≤ 4 °C, Ta = (moyenne des valeurs Tm de l’amorce) – 4 °C

Guide d’utilisation | 129

Chapitre 7 Création de protocoles

Méthode de comptage des paires de base
Pour chaque amorce, le calculateur Ta utilise la méthode de comptage des paires de base pour lesséquences de 14 paires de base (pb) au maximum.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)où w, x, y et z sont les nombres de bases A, T, G et C de la séquence, respectivement.

Méthode des plus proches voisins
La méthode des plus proches voisins est utilisée pour les séquences supérieures à 14 bp. Dans laméthode des plus proches voisins, les calculs de la température de fusion reposent sur la relation
thermodynamique entre l’entropie (ordre ou valeur des données aléatoires de l’oligonucléotide),
l’enthalpie (chaleur dégagée ou absorbée par l’oligonucléotide), l’énergie libre et la température.
∆H = ∆G + T* ∆Soù :n∆H = Valeur d’enthalpie, cal/mol*Kn

T = température, Kelvinn∆S = Valeur d’entropie, cal/mol*Kn∆G = Énergie libre de Gibbs en cal/mol*K

Le changement dans les valeurs d’entropie et d’enthalpie est directement calculé en additionnant lesvaleurs pour les paires de nucléotides reproduites dans le Tableau 8 (Breslauer et al. 1986).
La relation entre l’énergie libre et la concentration de réactifs et de produits à l’équilibre est donnée par :∆G = R*T*ln ((ADN * Amorce)/((ADN + Amorce))où R désigne le gaz constant (1,986 cal/mol*K).
En remplaçant G dans les deux équations et en résolvant T, on obtient :T = ∆H/(∆S + R*Ln((ADN * Amorce)/(ADN + Amorce)))dans l’hypothèse où la concentration d’ADN et du complexe ADN-amorce sont égales.
La survenue d'un changement d'énergie libre de 5 kcal (3,4 kcal) (Sugimoto et al. 1996) durant latransition d'un ADN monobrin à un ADN B a été déterminée empiriquement. Il s’agit probablement d’uneénergie liée à l’initiation de l’hélice. Pour finir, l’ajout d’un ajustement pour le sel produit l’équation utiliséepar le calculateur Ta :T = (∆H – 5(Kcal/K*mol))/(∆S + (R * ln(1/(amorce)))) + 16,6 log10 (MolaritéSel)130 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Utilisation du calculateur Ta

Aucune constante d’ajustement n’est requise pour la concentration en sel, dans la mesure où lesdifférents paramètres ont été déterminés à 1 M NaCl et que le log10 de 1 est égal à zéro.
Les calculs thermodynamiques partent du présupposé que l’hybridation se produit à un pH 7.0. Les
calculs Tm supposent que les séquences ne soient pas symétriques et qu’elles contiennent au moins un
G ou un C.
La séquence des oligonucléotides doit avoir une longueur d’au moins 14 bases pour produire des valeurs
Tm raisonnables. S’il y a moins de 14 bases, il faudra recourir à la méthode de comptage des paires debases (voir le Tableau 8 suivant).
Tableau 8. Constantes (de couplage) pour l’interaction de Breslauer

Interaction

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Guide d’utilisation | 131

Chapitre 7 Création de protocoles

Utilisation du calculateur Ta
Pour utiliser le calculateur Ta
1.

Pour ouvrir le calculateur Ta, effectuer l’une des opérations suivantes :nPour l’utilisateur qui se trouve actuellement dans Protocol AutoWriter (Rédacteur automatiquede protocole), cliquer sur Ta Calculator (Calculateur Ta).

nDans la fenêtre d’accueil, sélectionner Tools (Outils) > Ta Calculator (Calculateur Ta).

La boîte de dialogue Ta Calculator (Calculateur Ta) apparaît.

2.

Dans la zone de texte Forward Primer (Amorce sens), saisir ou coller la séquence de l’amorce sens.
Conseil : Il est également possible d’utiliser les boutons A, T, G et C sur le côté gauche de laboîte de dialogue pour saisir la séquence.

3.

Saisir ou coller la séquence de l'amorce antisens dans la zone de texte Reverse Primer (Amorce
antisens).

4.

Cliquer sur Calculate (Calculer).

132 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Utilisation du calculateur Ta

Le calculateur Ta calcule et affiche la Tm de chaque amorce et les valeurs moyennes Tm et Ta, parexemple :Si les valeurs Tm de l’amorce présentent un écart de plus de 4 °C, le rédacteur automatique deprotocole utilise la valeur Tm inférieure de l’amorce + 2 °C comme base pour calculer la valeur Ta, qui
pourra être modifiée ultérieurement en changeant l’enzyme et la vitesse réactionnelle.
Le calculateur Ta génère une température d’hybridation pour la vitesse standard avec l’ADN
polymérase iTaq. En cas d’utilisation d’une autre enzyme, les paramètres de vitesse règlentautomatiquement la Ta.
5.

Effectuez l’une des opérations suivantes :n

Si le calculateur Ta a été ouvert à partir de Protocol AutoWriter (Rédacteur automatique deprotocole), cliquer sur OK pour revenir dans Protocol AutoWriter (Rédacteur automatique deprotocole). La température d’hybridation est automatiquement modifiée.

n

Si le calculateur Ta a été ouvert à partir du menu Tools (Outils), enregistrer les calculs et cliquer
sur Cancel (Annuler) pour fermer le calculateur.

Guide d’utilisation | 133

Chapitre 7 Création de protocoles

134 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 8 Préparation des plaques
Un fichier de plaque contient des informations sur les paramètres de série, comme le mode de lecture, lesfluorophores et le contenu du puits. Au terme de la série, le logiciel Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition lie le contenu du puits aux données de fluorescence collectées au cours de la série etapplique l’analyse appropriée dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Par exemple, les puits
chargés avec un type d’échantillon étalon sont utilisés pour générer une courbe d’étalonnage.
CFX Maestro Dx SE propose deux options pour créer des plaques : L’éditeur de plaque (Plate Editor)
pour les séries de PCR en temps réel et l’assistant de configuration (Setup Wizard) pour l’analyse del’expression génétique normalisée.
La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) comporte les fonctionnalités suivantes :nFluorophores étalons et types d’échantillons à attribuer aux plaques de puitsnFonction de définition de la cible de référence et de l’échantillon de contrôle pour l’analyse del’expression génétiquenFonction de modification de la configuration de la plaque avant, pendant ou après une sérien

Fonction d’enregistrement des fichiers de plaques en vue de leur réutilisationn

Fonction d’impression du fichier de plaque sur une imprimante par défaut

L'assistant de configuration guide l'utilisateur dans la création d'une disposition de plaque pour l'analysede l'expression génétique normalisée. L'assistant de configuration peut être utilisé avant, pendant ou
après une série.

Guide d’utilisation | 135

Chapitre 8 Préparation des plaquesFenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)Il est possible d’utiliser la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) pour créer des plaques personnalisées
ou modifier des plaques existantes.

LÉGENDE1.

La barre de menu fournit un accès rapide aux commandes de menu File (Fichier) et Settings(Paramètres) ainsi qu’aux options des outils de modification de la plaque.

2.

La barre d'outils fournit un accès rapide à d'importantes fonctions de chargement de plaque.

3.

Le volet principal affiche le volet de plan de la plaque et les options de plaque à mesure de leurapplication.

4.

Le volet de droite affiche les options utilisées pour personnaliser la plaque.

5.

Le volet inférieur affichage le type de plaque et fournit un accès rapide aux options d'affichage.

Commandes du menu File (Fichier)
Save (Enregistrer) — enregistre le fichier de données de la plaque à l’emplacement spécifié dansl’onglet File (Fichier) de la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur). Consulter lasection Modification des paramètres de fichier par défaut à la page 91 pour de plus amples informations.
Cet élément de menu n’est disponible que lors de la création d’un nouveau fichier de plaque.

136 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)

Save As (Enregistrer sous) — enregistre le fichier de données de plaque ouvert avec le nouveau nom
indiqué par l'utilisateur. Cet élément de menu n’est disponible que lors de la création d’un nouveau fichierde plaque.
File Passwords (Mots de passe de fichier) — permet aux utilisateurs de définir leurs mots de passed’enregistrement et d’ouverture de fichier.
Extract Plate (Extraire la plaque) — ouvre une boîte de dialogue dans laquelle il est possible
d’extraire/enregistrer le fichier de plaque (.pltd). Cet élément de menu n’est disponible que lors de lavisualisation ou de la modification d’un fichier de plaque existant.
Print (Imprimer) — imprime le fichier de données de plaque ouvert.
Close (Fermer) — ferme l’éditeur de protocole.

Commandes du menu Edit (Édition)
Undo (Annuler) — rétablit une modification sur un fichier de plaque jusqu’à l’enregistrement du fichier.
Redo (Rétablir) — inverse l’opération d’annulation la plus récente à moins que le fichier de plaque n’ait
été enregistré.

Commandes du menu Settings (Paramètres)
Plate size (Dimensions de la plaque) — ouvre une boîte de dialogue permettant de sélectionner une
dimension de plaque pour la série.
Remarque : Les dimensions de la plaque doivent être identiques aux dimensions du bloc del’appareil sur lequel la série est réalisée.
Sélectionnez 96 puits pour :n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Sélectionnez 384 puits pour :n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (type de plaque) — permet de choisir le type de puits dans la plaque contenant leséchantillons, soit BR White ou BR Clear. Pour une analyse de données exacte, le type de plaquesélectionné doit être identique au type de plaque utilisé dans la série.
Remarque : Les nouveaux types de plaque doivent être étalonnés. Consulter Calibration de
nouveaux fluorophores à la page 84 pour plus d’informations.

Guide d’utilisation | 137

Chapitre 8 Préparation des plaques

Number Convention (Convention numérique) — permet de cocher ou de décocher la case d’affichage
des unités en notation scientifique. Par défaut, les unités sont affichées en notation scientifique.
Units (Unités) — permet de choisir les unités à afficher dans les feuilles de calcul lors de la réalisation dela quantification d'inconnus versus une courbe standard.

Modification des commandes du menu Tools (Outils)
Setup Wizard (Assistant de configuration) — ouvre l'assistant de configuration dans lequel il est
possible de définir les paramètres de disposition et d'analyse pour la plaque en cours. L’assistant deconfiguration peut être utilisé avant, pendant ou après la finalisation d’une série.
Spreadsheet View/Importer (Affichage sous forme de feuille de calcul/importation) — ouvre laboîte de dialogue View (Afficher) qui permet de visualiser la disposition de plaque sous forme de modèle
au format feuille de calcul. Cette boîte de dialogue peut être utilisée pour exporter ou importer lesdonnées du modèle de plaque au format .csv.
Flip Plate (Retourner la plaque) — retourne le contenu de la plaque de 180o.

Commandes de la barre d’outils
Rétablit une modification apportée à une plaque. CFX Maestro Dx SE
prend en charge jusqu’à dix actions d’annulation
Annule l’action d’annulation la plus récente. CFX Maestro Dx SE prend
en charge jusqu’à dix actions de restauration.
Enregistre le fichier de plaque en cours.

Affiche une liste déroulante à partir de laquelle il est possible d'augmenterou de diminuer le grossissement de l'affichage de plaque.
Affiche une liste déroulante qui permet de sélectionner un mode debalayage indiquant à l'appareil les canaux dans lesquels les données defluorescence doivent être collectées pendant une série.
Ouvre la fenêtre Well Groups Manager (Gestionnaire des groupes depuits) qui peut être utilisée pour créer des groupes de puits pour la plaqueen cours.
Affiche une boîte de dialogue dans laquelle il est possible de choisir lescouleurs et les symboles pour les traces d'amplification.

138 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque)Ouvre la boîte de dialogue View (Afficher) qui permet de visualiser ladisposition de plaque sous forme de modèle au format feuille de calcul.
Cette boîte de dialogue peut être utilisée pour exporter ou importer lesdonnées du modèle de plaque au format .csv.
Ouvre le Setup Wizard (Assistant de configuration) dans lequel il est
possible de définir les paramètres de disposition et d'analyse pour laplaque en cours. L'assistant de configuration peut être utilisé avant,pendant ou après une série.
Ouvre l'onglet Plate (Plaque) dans la boîte de dialogue User Preferences(Préférences utilisateur) dans laquelle il est possible de définir lesparamètres de disposition de plaque et de créer ou de supprimer lesnoms de cibles, d'échantillons et de groupes biologiques. Les
modifications apportées dans l'onglet Plate (Plaque) seront disponibles
lors de la prochaine ouverture de l'éditeur de plaque.
Affiche les étapes nécessaires pour configurer une plaque et charger les
puits.

Guide d’utilisation | 139

Chapitre 8 Préparation des plaques

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaqueL’utilisation du Plate Editor (Éditeur de plaque) permet de créer des fichiers de plaque personnalisés. Il
est également possible de modifier et d’enregistrer des fichiers de plaque précédemment enregistrés ou
des exemples de fichiers de plaque fournis avec le Système CFX Opus Dx.
Pour créer un nouveau fichier de plaque, procéder comme suit :nOuvrir un fichier de plaque dans l’éditeur de plaque.

n

Sélectionner le type de plaque.
Remarque : Le type de plaque pour le fichier de plaque doit être identique à la plaque dans lemodule de réaction.

n

Sélectionner le mode de lecture à utiliser dans le protocole.

n

Sélectionner les fluorophores à utiliser dans la plaque.

n

Sélectionner le type d’échantillon, les cibles et les échantillons.

nSélectionner les réplicats techniques le cas échéant.

n

Enregistrer la disposition de plaque.

Conseil : Pour créer une nouvelle plaque à partir de fichiers de plaque précédemment enregistrés
ou d’exemples de fichiers, consulter Ouverture d’un fichier de plaque existant dans l’éditeur deplaque à la page 142.

Ouverture d’un nouveau fichier de plaque dans l’éditeur de plaque
CFX Maestro Dx SE propose plusieurs options pour ouvrir un nouveau fichier de plaque :n

Depuis la fenêtre d’accueilnDepuis la boîte de dialogue Startup Wizard (Assistant de démarrage)n

Depuis la boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série)Pour ouvrir un nouveau fichier de plaque depuis la fenêtre d’accueilu

Sélectionner File (Fichier) > New (Nouvelle) > Plate (Plaque).
La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) s’ouvre, affichant le fichier de plaque par défaut pourl’appareil sélectionné.
Conseil : Pour obtenir des informations sur la configuration du fichier de plaque par défaut,consulter la section Modification des paramètres de fichier par défaut à la page 91.

140 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaquePour ouvrir un nouveau fichier de plaque depuis le Startup Wizard (Assistant dedémarrage)
1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes pour ouvrir l’assistant dedémarrage s’il n’apparaît pas dans l’affichage :nSélectionner View (Afficher) > Startup Wizard (Assistant de démarrage).

nCliquer sur Startup Wizard (Assistant de démarrage) dans la barre d’outils.

2.

Le cas échéant, sélectionner le type d’appareil dans la liste déroulante.

3.

Pour créer une nouvelle plaque, cliquer sur User-defined (Définie par l'utilisateur) pour le type desérie.
La boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série) s'ouvre, affichant l'onglet Plate (Plaque).

4.

Cliquer sur l'onglet Plate (Plaque) et cliquer sur Create New (Créer nouvelle).
La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) s'ouvre, affichant la disposition de plaque par défaut pourl'appareil sélectionné.

Pour ouvrir un nouveau fichier de plaque depuis la boîte de dialogue Run Setup(Configuration de la série)1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes pour ouvrir la boîte de dialogue
Run Setup (Configuration de la série) :n

Sélectionner Run (Série) > User-defined Run (Série définie par l’utilisateur).

nCliquer sur User-defined Run Setup (Configuration de la série définie par l’utilisateur) dans labarre d’outils.

La boîte de dialogue Run Setup (Configuration de la série) s'ouvre dans l'onglet Protocol (Protocole).
2.

Pour créer une nouvelle plaque, cliquer sur l'onglet Plate (Plaque) puis cliquer sur Create New (Créer
nouvelle).
La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) s'ouvre, affichant la disposition de plaque par défaut pourl'appareil sélectionné.

Guide d’utilisation | 141

Chapitre 8 Préparation des plaques

Ouverture d’un fichier de plaque existant dans l’éditeur de plaque
CFX Maestro Dx SE fournit des exemples de fichiers de plaque qu'il est possible de modifier etd'enregistrer comme une nouvelle plaque. Il est également possible de créer un nouveau fichier deplaque à partir d’un fichier de plaque précédemment enregistré.

Pour ouvrir un exemple de fichier de plaque1.

Dans la fenêtre d’accueil, sélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > Plate (Plaque).
Windows Explorer s’ouvre à l’emplacement du dossier Sample files (Fichiers d’exemple) du Système
CFX Opus Dx.

2.

Ouvrir le dossier Sample files puis le dossier Plates (Plaques).

3.

Sélectionner un fichier de plaque et cliquer sur Open (Ouvrir).
Le fichier de plaque d’exemple s’ouvre dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).

4.

Sélectionner File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) et enregistrer le fichier de plaque avec un
nouveau nom ou dans un nouveau dossier.

Pour ouvrir un fichier de plaque précédemment enregistré
1.

Dans la fenêtre d’accueil, effectuer l’une des opérations suivantes :nSélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > Plate (Plaque), accéder à la plaque de la cible et lasélectionner, puis cliquer sur Open.

n

Ouvrir le Startup Wizard (Assistant de démarrage) et effectuer l’une des opérations suivantes :oPour modifier un fichier de plaque existant, cliquer sur Select Existing (Sélectionner unfichier existant) et accéder au fichier de la cible.

o

Pour modifier le fichier de plaque affiché, cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection).

Le fichier de la cible s’ouvre dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).
2.

Sélectionner File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) et enregistrer le fichier de plaque avec un
nouveau nom ou dans un nouveau dossier.

142 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaqueConfiguration d’un nouveau fichier de plaqueConseil : Si le fichier de plaque comprend les paramètres requis (par exemple, en cas demodification d’un échantillon ou d’un fichier de plaque existant), il est possible d’ignorer cette section.
Passer à la section Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaque à la page 151.
Les nouveaux fichiers de plaque nécessitent les paramètres suivants :nDimensions de la plaquenType de plaquenMode de lecturen

Un fluorophoren

Un type d’échantillon

Sélection des dimensions et du type de plaqueImportant : Il convient de sélectionner les dimensions de la plaque pendant la configuration de laplaque. Les dimensions de la plaque ne pourront plus être modifiées pendant ou après une série.
Le logiciel applique les dimensions et le type de plaque à tous les puits pendant la série. Veiller à ce que
les dimensions de la plaque sélectionnées soient identiques à celles de la plaque qui sera utilisée dans lasérie.
Les systèmes CFX Opus Dx du Bio-Rad sont calibrés en usine pour de nombreuses combinaisons defluorophores et de plaques. La calibration est spécifique à l’appareil, au fluorophore et au type de plaque.
Vérifier que le fluorophore que l’on prévoit d’utiliser est calibré pour le type de plaque sélectionné.
Conseil : Pour calibrer une nouvelle combinaison de fluorophores et de types de plaques sur unappareil, sélectionner Tools (Outils) > Dye Calibration Wizard (Assistant de calibration desfluorophores). Pour obtenir des informations sur la calibration des fluorophores et des types deplaques, consulter la section Calibration de nouveaux fluorophores à la page 84.

Sélection du mode de lecture
Les systèmes CFX Opus 96 Dx et CFX Opus Deepwell Dx excitent et détectent les fluorophores dans
cinq canaux (plus FRET). Le système CFX Opus 384 Dx excite et détecte les fluorophores dans quatre
canaux (plus FRET). Tous les systèmes utilisent de multiples modes de balayage d’acquisition desdonnées pour recueillir les données de fluorescence durant une série.
CFX Maestro Dx SE comporte trois modes de lecture :n

All Channels (Tous les canaux)oBalaye les canaux 1 à 5 sur les systèmes CFX Opus 96 Dx et CFX Opus Deepwell DxoLit les canaux 1 à 4 sur les systèmes CFX Opus 384 Dx

Guide d’utilisation | 143

Chapitre 8 Préparation des plaquesnn

SYBR®/FAMo

Lit uniquement le canal 1oFournit une lecture rapide

FRETo

Lit uniquement le canal FREToFournit une lecture rapide

Sélection des fluorophores
Important : Avant de commencer la série, les systèmes CFX vérifient que les fluorophores spécifiés
dans la plaque sont calibrés sur cet appareil. Il est impossible d’analyser une plaque si elle comporte
des fluorophores qui n’ont pas été calibrés sur cet appareil.
L’utilisateur doit charger au moins un fluorophore sur la disposition de plaque avant la série. Il est possible
d’ajouter à ce moment autant de fluorophores que nécessaire, mais la plaque doit contenir au moins un
fluorophore. Les fluorophores sélectionnés apparaissent sous forme d’options pour les cibles dans leparamètre Target Names (Noms des cibles).
La boîte de dialogue Select Fluorophores (Sélectionner des fluorophores) est utilisée pour charger les
fluorophores (ou les fluorophores de la plaque) dans les contrôles de chargement du puits de la fenêtre
Plate Editor (Éditeur de plaque). Les fluorophores qui apparaissent dans la boîte de dialogue SelectFluorophores (Sélectionner des fluorophores) dépendent du mode de lecture sélectionné :nAll Channels (Tous les canaux)
Tous les fluorophores disponibles apparaissent.
Conseil : Il est possible d’ajouter autant de fluorophores que nécessaire, mais seul un
fluorophore par canal peut être chargé dans chaque puits.

nSYBR®/FAM
Seuls les fluorophores du canal 1 apparaissent.

n

FRET
Seuls les fluorophores du canal 6 apparaissent.
Conseil : Le fluorophore du canal 6 FRET n’apparaît que lorsque FRET est le mode de lecture
sélectionné. Il n’est pas disponible pour le mode de lecture All Channels (Tous les canaux).

Remarque : L’utilisateur ne peut pas ajouter directement de fluorophores dans la boîte de dialogue
Select Fluorophores (Sélectionner des fluorophores) ni les supprimer de cette dernière. Pour calibrer
de nouveaux fluorophores sur un appareil, utiliser le Dye Calibration Wizard (Assistant de calibration
des fluorophores). Au terme de la calibration, le nouveau fluorophore est automatiquement ajouté à

144 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaquecette liste. Pour de plus amples informations, consulter la section Calibration de nouveaux
fluorophores à la page 84.

Sélection des types d’échantillons
Important : L’utilisateur doit sélectionner au moins un type d’échantillon à attribuer aux puits de laplaque avant la série.
Le logiciel CFX Maestro Dx SE propose cinq types d’échantillons :nUnknown (Inconnu)nStandard (Étalon)n

NTC (contrôle sans matrice)n

Positive Control (Contrôle positif)n

Negative Control (Contrôle négatif)n

NRT (absence de transcriptase inverse)

L'utilisateur attribue les types d'échantillons aux puits de la plaque.

Configuration d'une nouvelle plaquePour configurer une nouvelle plaque1.

Ouvrir une nouvelle plaque dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).

2.

Pour définir les dimensions de la plaque, sélectionner Settings (Paramètres) > Plate Size
(Dimensions de la plaque) et sélectionner les dimensions de plaque appropriées dans le menu
déroulant.

3.

Pour définir le type de plaque, sélectionner Settings (Paramètres) > Plate Type (Type de plaque) etsélectionner soit BR White soit BR Clear dans le menu déroulant.

4.

Le cas échéant, à partir du menu Settings (Paramètres), il est possible de changer la convention
numérique et les unités d’affichage :nPour changer la convention numérique, sélectionner Settings > Number Convention(Convention numérique) et sélectionner Scientific Notation (Notation scientifique).
Conseil : La sélection par défaut est Scientific Notation (Notation scientifique). Dans ce
cas, la sélection de Scientific Notation (Notation scientifique) efface la valeur par défaut etdéfinit la convention numérique sur la forme standard.

nPour changer les unités d’affichage, sélectionner Settings (Paramètres) > Units (Unités) etsélectionner une nouvelle valeur d’unité.

Guide d’utilisation | 145

Chapitre 8 Préparation des plaques

5.

Pour définir le mode de lecture, sélectionner le mode de lecture approprié dans la liste déroulante
Scan Mode (Mode de lecture) de la barre d’outils de la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).

6.

Sélectionner les fluorophores requis pour la plaque :a.

Dans le volet droit, cliquer sur Select Fluorophores (Sélectionner des fluorophores).
La boîte de dialogue Select Fluorophores (Sélectionner des fluorophores) apparaît. Sont visibles
les fluorophores disponibles pour le type de mode de lecture sélectionné à l’Étape 5, parexemple :b.

Pour sélectionner un fluorophore, cocher sa case Selected (Sélectionné).
Conseil : Pour supprimer un fluorophore de la liste, décocher sa case Selected(Sélectionné).

c.

Pour modifier la couleur d’affichage du fluorophore, cliquer sur la zone Color (Couleur).
Remarque : La couleur sélectionnée représente le fluorophore à la fois dans la fenêtre
Plate Editor (Éditeur de plaque) et dans les graphiques Data Analysis (Analyse dedonnées).

146 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaque7.

d.

Dans la boîte de dialogue Color, sélectionner la couleur souhaitée ou cliquer sur Define Custom
Colors (Définir les couleurs personnalisées) et créer une nouvelle couleur pour représenter lefluorophore.

e.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et quitter la boîte de dialogue SelectFluorophores (Sélectionner des fluorophores).

Il faut sélectionner au moins un puits dans lequel charger un type d'échantillon. Par défaut, le puits
A1 est sélectionné.
Dans le volet de plaque, effectuer l’une des opérations suivantes :nPour charger plusieurs puits adjacents, cliquer sur un puits et le faire glisser vers le puits cible.

n

Pour charger plusieurs puits non adjacents, maintenir la touche Ctrl enfoncée et cliquer sur
chaque puits.

nPour charger une colonne entière avec le même type d’échantillon, cliquer sur le numéro de lacolonne.

nPour charger une ligne entière, cliquer sur le numéro de ligne correspondant.

nPour charger toute la plaque, cliquer dans le coin supérieur gauche de la plaque.

Par exemple :Guide d’utilisation | 147

Chapitre 8 Préparation des plaques

8.

Attribuer un type d'échantillon au puits ou aux puits sélectionnés à partir du menu déroulant Sample
Type (Type d'échantillon).

9.

Attribuer au moins un fluorophore à tous les puits qui contiennent un type d'échantillon. Il est possibled’attribuer plusieurs fluorophores à un puits ou un groupe de puits.
Remarque : Un seul fluorophore peut être attribué par canal. Il est impossible d’attribuer
plusieurs fluorophores du même canal au même puits.
Conseil : Il est possible d’associer une cible au fluorophore ou uniquement le fluorophore au
puits à ce stade et d’associer une cible au fluorophore une fois l’expérience réalisée.
nPour attribuer uniquement un fluorophore aux puits sélectionnés, dans la section Target Names(Noms des cibles) du volet droit, cocher la case Load (Charger) pour le fluorophore spécifique.

n

Pour associer une cible à un fluorophore, dans la section Target Names (Noms des cibles),sélectionner le nom d’une cible dans la liste déroulante pour le fluorophore spécifique. Le logiciel
coche automatiquement la case Load (Charger) correspondante.

10. Pour les puits contenant un type d'échantillon Standard (Étalon), une concentration doit êtrechargée. Chaque puits doit avoir une valeur de concentration différente. Par défaut, CFX Maestro Dx
SE charge une concentration de 1,00E+06 dans tous les puits ayant un type d'échantillon Standard(Étalon). Il est possible de modifier la valeur si nécessaire.
a.

Dans le volet de plaque, sélectionner un puits ou un groupe de puits Standard (Étalon).

b.

Dans la section Concentration, cliquer sur Load (Charger) pour charger la valeur sur le ou lespuits sélectionnés.

c.

(Facultatif) Pour charger une autre concentration, saisir la nouvelle valeur dans la zone de texte
Concentration puis appuyer sur Entrée.

d.

Exécuter cette étape pour tous les puits ayant le type d’échantillon Standard (Étalon).

148 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'un fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaqueConseil : Pour charger la même concentration dans tous les puits Standard (Étalon), veillerà ce que <All> (<Tous>) apparaisse dans la liste déroulante sous la valeur Concentration.
Pour charger la même valeur de concentration dans tous les puits ayant un fluorophore
spécifique, cliquer sur la liste déroulante et sélectionner le fluorophore.
11. Cliquer sur OK pour enregistrer la nouvelle plaque.

Guide d’utilisation | 149

Chapitre 8 Préparation des plaquesÉléments du menu contextuel pour l’outil Plate Editor (Éditeur de plaque)
Le Tableau 9 répertorie les éléments de menu disponibles dans l’outil Plate Editor (Éditeur de plaque)d’un simple clic avec le bouton droit sur n’importe quel puits dans l’outil. Ce menu apparaît également
dans l’outil Plate Spreadsheet View/Importer (Affichage sous forme de feuille de calcul/importation).
Tableau 9. Éléments de menu contextuel dans l’outil Plate Spreadsheet View/Importer(Affichage sous forme de feuille de calcul/importation)

Élément

Fonction

Copy (Copier)Copie la feuille de calcul dans son intégralité.

Copy as Image (Copier

Copie la feuille de travail en tant que fichier image.

en tant qu'image)Print (Imprimer)

Imprime la feuille de calcul.

Print Selection

Imprime uniquement les cellules sélectionnées.

(Imprimer la sélection)
Export to Excel

Exporte le fichier vers une feuille de calcul Excel.

(Exporter vers Excel)
Export to Csv (Exporter

Exporte le fichier au format de fichier .csv.

vers Csv)
Export to Xml (Exporter

Exporte le fichier au format de fichier .xml.

vers Xml)
Export to Html

Exporte le fichier au format de fichier .html.

(Exporter vers Html)
Find (Rechercher)

Recherche un texte spécifique.

Sort (Trier)Trie la feuille de calcul en sélectionnant jusqu'à trois colonnes dedonnées dans la fenêtre Sort (Trier).

150 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaqueAttribution de paramètres optionnels au fichier de plaqueUn fichier de plaque comporte des informations sur le contenu de chaque puits dans lequel un échantillon
est chargé pour une série. Au terme de la série, le logiciel CFX Maestro Dx SE lie le contenu du puits auxdonnées de fluorescence collectées au cours du protocole et applique l’analyse appropriée dans lafenêtre Data Analysis (Analyse de données).
CFX Maestro Dx SE permet d’attribuer des paramètres à chaque puits dans la plaque avant, pendant oumême après la réalisation d’expériences. Il est possible d’attribuer les paramètres à un fichier de plaques
existant ou nouveau. Ces paramètres comprennent :nTarget names (Noms de cibles) — la ou les cibles d’intérêt (gènes ou séquences) dans chaquepuits chargé.

nSample names (Noms d’échantillons) — l’identifiant ou la condition qui correspond à l’échantillon
dans chaque puits chargé, comme par exemple mouse1 (souris1), mouse2 (souris2) ou mouse3(souris3).

nBiological groups (Groupes biologiques) — l’identifiant ou la condition qui correspond à ungroupe de puits, par exemple 0Hr (0 h), 1Hr (1 h) ou 2Hr (2 h).
Conseil : Les noms de cibles, les noms d’échantillons et les groupes biologiques doivent êtreidentiques d’un puits à l’autre pour pouvoir comparer les données dans l’onglet Gene
Expression (Expression génétique) de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Chaquenom doit contenir la même mise en majuscules, la même ponctuation et le même espacement.
Par exemple, « Actine » n’est pas la même chose que « actine », « 2Hr » n’est pas la mêmechose que « 2 h » et « Mouse 1 » n’est pas la même chose que « mouse1 ». Pour garantir lacohérence de la dénomination, saisir les noms dans la section Libraries (Bibliothèques) dansUser (Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur) > Plate (Plaque), disponible dansla fenêtre d’accueil.

nTechnical replicates (Réplicats techniques) — chaque puits utilisé pour analyser la mêmecombinaison d’échantillons et de cibles ; à savoir, répéter les réactions qPCR.

n

Dilution series (Série de dilutions) — quantité permettant de modifier la concentration du typed’échantillon Standard (Étalon) à l’intérieur d’un groupe de réplicats pour générer les données de la
courbe d’étalonnage à analyser.

Attribution d’une cible aux puits
Conseil : l’utilisateur peut attribuer le même nom de cible à un seul puits ou à plusieurs. Il estégalement possible d’attribuer plusieurs cibles au même puits.

Guide d’utilisation | 151

Chapitre 8 Préparation des plaques

Important : L’effleurement de la touche OK après l’attribution d’une cible enregistre les modifications
et désactive l’option Undo (Annuler) dans la barre d’outils Plate Editor (Éditeur de plaque).
L'utilisateur doit appuyer sur la touche OK avec prudence.

Pour attribuer une cible à un puits ou à un groupe de puits
1.

Dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), vérifier qu’un type d’échantillon a bien été attribué
au puits ou au groupe de puits.
Consulter la section Sélection des types d’échantillons à la page 145 pour obtenir des informations
sur l'attribution des types d'échantillons aux puits.

2.

Dans le volet des plaques, sélectionner le puits ou le groupe de puits.
nPour afficher un seul puits, cliquer sur le puits.

nPour sélectionner plusieurs puits adjacents, cliquer sur un puits et le faire glisser vers le puits
cible.

nPour sélectionner plusieurs puits non adjacents, maintenir la touche Ctrl enfoncée et cliquer sur
chaque puits.

nPour sélectionner une colonne entière avec le même type d’échantillon, cliquer sur le numéro dela colonne.

nPour sélectionner une ligne entière, cliquer sur le numéro de ligne correspondant.

3.

Dans le volet de droite, sélectionner un nom dans la liste déroulante Target Name (Nom de cible)
pour chaque fluorophore sélectionné.

4.

Recommencer l’Étape 3 pour chaque puits ou groupe de puits auxquels une cible doit être attribuée.
Conseil : L’utilisateur peut attribuer le même nom de cible ou un nom différent pour chaquefluorophore sélectionné.

5.

Cliquer sur OK pour accepter les modifications et enregistrer la plaque.
Remarque : Si la plaque a été changée par inadvertance, cliquer sur Undo (Annuler) dans labarre d’outils Plate Editor (Éditeur de plaque) avant de cliquer sur OK pour accepter lesmodifications.

152 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaquePour supprimer un nom de cibleuPour supprimer un nom de cible du puits ou du groupe de puits sélectionné, décocher la case Load(Charger) correspondante.
Important : La suppression d’un nom de cible d’un puits supprime également son fluorophore
associé. Faire preuve de prudence lors de la suppression d'un nom de cible d'un puits.

Pour ajouter un nom de cible à la listeu

Pour ajouter un nom de cible à la liste déroulante, effectuer l’une des opérations suivantes :nSaisir un nom dans la liste déroulante Target Name (Nom de cible) et appuyer sur Entrée.
Conseil : Les noms de cibles ajoutés à une liste apparaissent dans toutes les autres listes
de cibles.

nCliquer sur le symbole + vert à droite de la liste déroulante, saisir un nom pour la cible et appuyer
sur Entrée.

nCliquer sur l’onglet User Preferences (Préférences utilisateur) dans la barre d’outils et ajouter lenom à la bibliothèque Target Names (Noms de cibles) de l’onglet Plate (Plaque).

Important : Les noms de cibles ajoutés dans la liste déroulante ne sont disponibles que pour laplaque en cours et uniquement si l’utilisateur attribue le nom à un puits et qu’il enregistre ladisposition de plaque. Si l'utilisateur n'attribue pas de nom à un puits et qu'il n'enregistre pas ladisposition de plaque, le nom n'est pas enregistré et ne sera pas disponible en vue d'une
utilisation ultérieure. Pour ajouter un nom de cible de manière permanente, il convient del'ajouter également à la bibliothèque Target Names (Noms de cibles) à l'aide de la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur). Les noms ajoutés à la bibliothèque sontdisponibles lorsque l’utilisateur ouvre à nouveau la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).
Consulter la section Définition des paramètres de plaque par défaut à la page 94 pour de plus
amples informations.

Pour supprimer un nom de cible de la liste
1.

Cliquer sur User Preferences (Préférences utilisateur) dans la barre d'outils.
La boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur) apparaît, affichant l'onglet Plate(Plaque).

2.

Dans la bibliothèque Target Names (Noms de cibles) de l'onglet Plate (Plaque), sélectionner le nomà supprimer et appuyer sur la touche Delete (Supprimer).

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et quitter la boîte de dialogue User Preferences(Préférences utilisateur).

Guide d’utilisation | 153

Chapitre 8 Préparation des plaques

Important : Les noms de cibles enregistrés avec un fichier de plaque ne peuvent pas êtresupprimés. Les noms personnalisés ajoutés à la liste déroulante Target Names (Noms decibles) qui ne sont pas utilisés et enregistrés avec la plaque sont automatiquement supprimés dela liste. Les noms supprimés de la bibliothèque Target Names (Noms de cibles) sontdéfinitivement supprimés du logiciel et ne sont plus disponibles pour les utilisateurs. L'utilisateur
doit supprimer les noms de cibles avec prudence.

Attribution d’un nom d’échantillon aux puits
Remarque : Pour attribuer un nom d’échantillon, au moins un fluorophore doit être attribué aux puits
sélectionnés. Si aucun fluorophore n’est attribué aux puits sélectionnés, la liste déroulante Sample
Names (Noms d’échantillons) est désactivée. Consulter la section Attribution d’une cible aux puits àla page 151 pour obtenir des informations sur l’attribution des fluorophores.
Conseil : L’utilisateur ne peut attribuer qu’un nom d’échantillon à chaque puits ou groupe de puits.

Pour attribuer un nom d'échantillon à un puits ou à un groupe de puits
1.

Dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), vérifier qu'un fluorophore a bien été attribué au puits
ou au groupe de puits.

2.

Dans le volet des plaques, sélectionner le puits ou le groupe de puits.

3.

Dans le volet de droite, sélectionner un nom dans la liste déroulante Sample Names (Nomsd’échantillons).
Le logiciel coche automatiquement la case Load (Charger) correspondante.

4.

Recommencer l’Étape 3 pour chaque puits ou groupe de puits auxquels un nom d'échantillon doitêtre attribué.

5.

Cliquer sur OK pour accepter les modifications et enregistrer la plaque.
Remarque : Si la plaque a été changée par inadvertance, cliquer sur Undo (Annuler) dans labarre d’outils Plate Editor (Éditeur de plaque) avant de cliquer sur OK pour accepter lesmodifications.

154 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaquePour supprimer un nom d’échantillonuPour supprimer un nom d’échantillon d’un puits ou d’un groupe de puits sélectionné, décocher lacase Load (Charger) correspondante.

Pour ajouter un nom d’échantillon à la listeu

Pour ajouter un nom d’échantillon à la liste déroulante, effectuer l’une des opérations suivantes :nSaisir un nom dans la liste déroulante Sample Names (Noms d’échantillons) et appuyer surEntrée.

nCliquer sur le symbole + vert à droite de la liste déroulante et saisir un nom pour l’échantillon.

nCliquer sur l’onglet User Preferences (Préférences utilisateur) dans la barre d’outils et ajouter lenom à la bibliothèque Sample Names (Noms d’échantillons) de l’onglet Plate (Plaque).

Important : Les noms d’échantillons ajoutés dans la liste déroulante ne sont disponibles que
pour la plaque en cours et uniquement si l’utilisateur attribue le nom à un puits et qu’il enregistre
la disposition de plaque. Si l'utilisateur n'attribue pas de nom à un puits et qu'il n'enregistre pas ladisposition de plaque, le nom n'est pas enregistré et ne sera pas disponible en vue d'une
utilisation ultérieure. Pour ajouter un nom d'échantillon de manière permanente, il convient del'ajouter également à la bibliothèque Sample Names (Noms d'échantillons) à l'aide de la boîte dedialogue User Preferences (Préférences utilisateur). Les noms ajoutés à la bibliothèque sontdisponibles lorsque l’utilisateur ouvre à nouveau la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).
Consulter la section Définition des paramètres de plaque par défaut à la page 94 pour de plus
amples informations.

Pour supprimer un nom d’échantillon de la liste
1.

Cliquer sur User Preferences (Préférences utilisateur) dans la barre d'outils.
La boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur) apparaît, affichant l'onglet Plate(Plaque).

2.

Dans la bibliothèque Sample Names (Noms d'échantillons) de l'onglet Plate (Plaque), sélectionner lenom à supprimer et appuyer sur la touche Delete (Supprimer).

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et quitter la boîte de dialogue User Preferences(Préférences utilisateur).
Important : Les noms d’échantillons enregistrés avec un fichier de plaque ne peuvent pas êtresupprimés. Les noms personnalisés ajoutés à la liste Sample Names (Noms d'échantillons) qui
ne sont pas utilisés et enregistrés avec la plaque sont automatiquement supprimés de la liste
déroulante. Les noms supprimés de la bibliothèque Sample Names (Noms d'échantillons) sontsupprimés du logiciel et ne sont plus disponibles pour les utilisateurs. L'utilisateur doit supprimer
les noms d'échantillons avec prudence.

Guide d’utilisation | 155

Chapitre 8 Préparation des plaques

Attribution des groupes biologiques aux puits
Remarque : Pour attribuer un groupe biologique, au moins un fluorophore doit être attribué aux puits
sélectionnés. L’attribution d’un fluorophore active la liste déroulante Biological Groups (Groupes
biologiques). Consulter la section Attribution d’une cible aux puits à la page 151 pour obtenir desinformations sur l’attribution des fluorophores.
Conseil : L’utilisateur peut attribuer un groupe biologique à chaque puits ou groupe de puits.

Pour attribuer un groupe biologique à chaque puits ou groupe de puits
1.

Dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), vérifier qu’un fluorophore a bien été attribué au puits
ou au groupe de puits.

2.

Dans le volet des plaques, sélectionner le puits ou le groupe de puits.

3.

Dans le volet droit, effectuer une sélection dans la liste déroulante Biological Group (Groupe
biologique).
CFX Maestro Dx SE coche automatiquement la case Load (Charger) correspondante.

4.

Recommencer l’Étape 3 pour chaque puits ou groupe de puits auxquels un groupe biologique doitêtre attribué.

5.

Cliquer sur OK pour accepter les modifications et enregistrer la plaque.
Remarque : Si la plaque a été changée par inadvertance, cliquer sur Undo (Annuler) dans labarre d’outils Plate Editor (Éditeur de plaque) avant de cliquer sur OK pour accepter lesmodifications.

Pour supprimer un groupe biologiqueu

Pour supprimer un groupe biologique du puits ou du groupe de puits sélectionné, décocher la case
Load (Charger) correspondante.

Pour ajouter un groupe biologique à la listeu

Pour ajouter un groupe biologique à la liste déroulante, effectuer l’une des opérations suivantes :156 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaquenSaisir un nom dans la zone déroulante Biological Group (Groupe biologique) et appuyer surEntrée.

nCliquer sur le symbole + vert à droite de la liste déroulante et saisir un nom pour le groupe
biologique.

n

Cliquer sur l’onglet User Preferences (Préférences utilisateur) dans la barre d’outils et ajouter lenom à la bibliothèque Biological Group Names (Noms de groupes biologiques) de l’onglet Plate(Plaque).

Important : Les noms de groupes biologiques ajoutés dans la liste déroulante ne sontdisponibles que pour la plaque en cours et uniquement si l’utilisateur attribue le nom à un puits etqu’il enregistre la disposition de plaque. Si l’utilisateur n’attribue pas de nom à un puits et qu’iln’enregistre pas la disposition de plaque, le nom n’est pas enregistré et ne sera pas disponible
en vue d’une utilisation ultérieure. Pour ajouter un nom de groupe biologique de manière
permanente, il convient de l’ajouter également à la bibliothèque Biological Group Names (Nomsde groupes biologiques) à l’aide de la boîte de dialogue User Preferences (Préférences
utilisateur). Les noms ajoutés à la bibliothèque sont disponibles lorsque l’utilisateur ouvre à
nouveau la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque). Consulter la section Définition desparamètres de plaque par défaut à la page 94 pour de plus amples informations.

Pour supprimer un nom de groupe biologique de la liste
1.

Cliquer sur User Preferences (Préférences utilisateur) dans la barre d'outils.
La boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur) apparaît, affichant l’onglet Plate(Plaque).

2.

Dans la bibliothèque Biological Group Names (Noms de groupes biologiques) de l’onglet Plate(Plaque), sélectionner le nom à supprimer et appuyer sur la touche Delete (Supprimer).

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et quitter la boîte de dialogue User Preferences(Préférences utilisateur).
Important : Les noms de groupes biologiques enregistrés avec un fichier de plaque ne peuventpas être supprimés. Les noms personnalisés ajoutés à la liste déroulante Biological Group
Names (Noms de groupes biologiques) qui ne sont pas utilisés et enregistrés avec la plaquesont automatiquement supprimés de la liste. Les noms supprimés de la bibliothèque BiologicalGroup Names (Noms de groupes biologiques) sont définitivement supprimés du logiciel et nesont plus disponibles pour les utilisateurs. L’utilisateur doit supprimer les noms biologiques avec
prudence.

Pour afficher tous les groupes biologiques sur la plaqueuCliquer sur Show Biological Groups (Afficher les groupes biologiques) pour afficher tous les groupes
biologiques sur la plaque.

Guide d’utilisation | 157

Chapitre 8 Préparation des plaques

Chaque groupe est identifié par une couleur spécifique et le bouton Show Biological Groups (Afficher
les groupes biologiques) passe à Hide Biological Groups (Masquer les groupes biologiques).
Cliquer sur Hide Biological Groups (Masquer les groupes biologiques) pour effacer la couleur dansles puits. De même, il est possible de cliquer sur n’importe quel puits dans la plaque pour masquerles groupes biologiques.

Attribution de nombres de réplicats techniques aux puits
Important : Pour attribuer des nombres de réplicats techniques, les puits sélectionnés doivent avoir
des contenus identiques. C’est-à-dire que les puits sélectionnés doivent avoir le même typed’échantillon et le même fluorophore. Le cas échéant, doivent leur avoir été attribués les mêmes
noms de cible et d’échantillon et le même groupe biologique. Si ces éléments ne sont pas identiques,
CFX Maestro Dx SE n’active pas cette option.

Pour attribuer des nombres de réplicats techniques à un groupe de puits
1.

Dans l'éditeur de plaque, veiller à ce que le contenu du groupe de puits soit identique.

2.

Dans le volet de plaque, sélectionner le groupe cible de puits.

3.

Pour attribuer le même nombre de réplicats à tous les puits sélectionnés, dans la section Replicate #(Nb de réplicats) du volet droit, saisir le nombre de réplicats puis cocher Load (Charger).

4.

(Facultatif) Pour appliquer une série de réplicats à un ensemble de puits sélectionnés :158 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaquea.

Cliquez sur Technical Replicates (Réplicats techniques). La zone Replicate # (Nb de réplicats)change pour afficher les options suivantes :nReplicate size (Taille du réplicat) — nombre représentant le nombre de puits danschaque groupe de réplicats

nStarting replicate # (Nb de départ des réplicats) — premier nombre dans la série deréplicats pour le groupe de réplicats sélectionné

Remarque : Par défaut, le nombre de départ affiché par CFX Maestro Dx SE est le dernier
nombre de réplicats techniques attribué dans la plaque, incrémenté d’une unité. Par
exemple, si le dernier nombre de réplicats techniques dans la plaque était cinq, le nombrede départ suivant sera six. Il est possible de remplacer le nombre de départ par n’importequel nombre qui ne soit pas déjà attribué.
n
b.

5.

Sens de chargement (Horizontal ou Vertical)

Cliquer sur Apply pour appliquer les paramètres à la série et revenir à l’affichage Replicate # (Nbde réplicats).

Cliquer sur OK pour accepter les modifications et enregistrer la plaque.
Remarque : Si la plaque a été changée par inadvertance, cliquer sur Undo (Annuler) dans labarre d’outils Plate Editor (Éditeur de plaque) avant de cliquer sur OK pour accepter lesmodifications.

Pour supprimer un puits d’une série de réplicatsuSélectionner le puits ou le groupe de puits à supprimer et décocher la case Load (Charger).
De même, il est possible de cliquer sur Clear Replicate # (Effacer le nb de réplicats) pour effacer lenombre de réplicats d'un puits ou d'un groupe de puits sélectionné.

Pour visualiser toutes les réplicats techniques sur la plaqueuCliquer sur Show (Afficher) pour visualiser tous les réplicats techniques sur la plaque.
Chaque groupe est identifié par une couleur spécifique et le bouton Show Technical Replicates(Afficher les réplicats techniques) est remplacé par Hide Technical Replicates (Masquer les réplicats

Guide d’utilisation | 159

Chapitre 8 Préparation des plaques

techniques).
Cliquer sur Hide Technical Replicates (Masquer les réplicats techniques) pour effacer la couleurdans les puits. De même, il est possible de cliquer sur n'importe quel puits de la plaque pour masquer
les réplicats techniques.

Attribution d'une série de dilutions aux types d'échantillonsétalons
Comme indiqué précédemment, tous les puits avec le type d'échantillon Standard (Étalon) doivent se voir
attribuer une valeur de concentration. Il est possible d’attribuer une série de dilutions à plusieurs puits
avec le type d’échantillon Standard (Étalon).
Remarque : Pour pouvoir attribuer une série de dilutions à un groupe de puits, les puits doivent êtreinclus dans une série de réplicats techniques. Consulter la section Attribution de nombres deréplicats techniques aux puits à la page 158 pour obtenir des informations sur l'ajout de puits à unesérie de réplicats.

Pour attribuer une série de dilutions à un groupe d’échantillons étalons
1.

Dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), veiller à ce que les conditions suivantes soient
respectées :n

Le type d’échantillon pour le groupe de puits est Standard (Étalon).

n

Tous les puits dans le groupe se voient attribuer au moins un fluorophore et ils contiennent tous
les mêmes fluorophores.

nTous les puits dans le groupe sont inclus dans la même série de réplicats techniques.
Remarque : Le logiciel CFX Maestro Dx SE active l’option Dilution Series (Série dedilutions) uniquement lorsque tous les puits sélectionnés répondent à ces critères.

2.

Dans le volet des plaques, sélectionner le groupe cible de puits.

3.

Dans la section Concentration du volet de droite, cliquer sur Dilution Series (Série de dilutions). La
section Concentration change pour afficher les options suivantes :160 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaquenStarting concentration (Concentration de départ) — valeur de concentration à laquelle lasérie démarrenReplicates from and to (Réplicats en provenance de et vers) — réplicats dans la sérieauxquels le facteur de dilution sera appliquénDilution factor (Facteur de dilution) — quantité permettant de modifier la concentration àl’intérieur de chaque groupe de réplicats

4.

Définir les valeurs pour les options ou accepter les valeurs par défaut.

5.

Par défaut, le facteur de dilution diminue la série de dilutions. Sélectionner Increasing (Augmenter)pour augmenter la série de dilutions.

6.

(Facultatif) Par défaut, le facteur de dilution s'applique à tous les fluorophores dans la série deréplicats. Si la série contient plusieurs fluorophores et que la dilution doit être appliquée à un seuld'entre eux, sélectionner ce dernier dans la liste déroulante.

7.

Cliquer sur Apply (Appliquer) pour appliquer la série de dilutions au groupe de puits et revenir àl'affichage Concentration.

8.

Cliquer sur OK pour accepter les modifications et enregistrer la plaque.

Copie du contenu d'un puits dans un autre puits
L'utilisateur peut copier le contenu d'un puits et le coller dans un seul puits ou dans plusieurs puits. Il peut
toutefois ne copier le contenu que d'un seul puits. Mais il est impossible de sélectionner plusieurs puits etde copier leur contenu.

Pour copier le contenu d'un puits dans un autre puits
1.

Dans le volet des plaques, sélectionner le puits à copier.

2.

Cliquer avec le bouton droit sur le puits et sélectionner Copy Well (Copier le puits).

3.

Sélectionner le ou les puits dans lesquels coller le contenu :n

Pour sélectionner un seul puits, cliquer sur le puits.

Guide d’utilisation | 161

Chapitre 8 Préparation des plaques

4.

nPour sélectionner plusieurs puits adjacents, cliquer sur un puits et le faire glisser vers le puits
cible.

nPour sélectionner plusieurs puits non adjacents, maintenir la touche Ctrl enfoncée et cliquer sur
chaque puits.

Une fois les puits cibles sélectionnés, cliquer avec le bouton droit et sélectionner Paste Well (Coller lepuits).
CFX Maestro Dx SE colle le contenu du premier puits dans les puits sélectionnés.

Ajout d'une note à un puits
Il est possible d'ajouter une note descriptive à un puits. L'utilisateur peut afficher les notes associées à un
puits dans l'onglet Quantification de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).

Pour ajouter une note à un puits
1.

Dans le volet des plaques, sélectionner le ou les puits pour lesquels on prévoit d'ajouter une note.

2.

Dans la section View (Afficher) du volet inférieur, sélectionner Well Note (Note de puits).
La zone Well Note (Note de puits) apparaît dans le volet de droite.

3.

Saisir le contenu de la note dans la zone de texte et appuyer sur Entrée.
Le texte apparaît au bas des puits sélectionnés.
Conseil : Si une note a été créée auparavant pour un puits, il est possible de la sélectionner
dans la liste déroulante et de l’appliquer aux puits sélectionnés.

Élimination de tout le contenu des puits
Il est possible d'éliminer tout le contenu d'un puits individuel, d'un groupe de puits ou de la plaquecomplète. L’élimination du contenu des puits ne supprime pas les données de fluorescence recueillies
durant la lecture de plaque.
Important : Cela élimine de façon permanente le contenu du puits. Si l’utilisateur clique sur OK et
enregistre la plaque après l’élimination du contenu du puits, cette action ne peut être éliminée.
L’utilisateur doit éliminer le contenu des puits avec prudence.

Pour effacer tous les paramètres des puits
1.

Dans l’éditeur de plaque, sélectionner le puits ou le groupe de puits dans le volet de plaque :162 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Attribution de paramètres optionnels au fichier de plaque2.

nPour sélectionner un seul puits, cliquer sur le puits.

nPour sélectionner plusieurs puits adjacents, cliquer sur un puits et le faire glisser vers le puits
cible.

nPour sélectionner plusieurs puits non adjacents, maintenir la touche Ctrl enfoncée et cliquer sur
chaque puits.

nPour sélectionner une colonne entière avec le même type d’échantillon, cliquer sur le numéro dela colonne.

nPour sélectionner une ligne entière, cliquer sur le numéro de ligne correspondant.

Dans le volet droit, cliquer sur Clear Wells (Effacer les puits).
CFX Maestro Dx SE efface tous les paramètres des puits sélectionnés.

3.

Effectuez l’une des opérations suivantes :n

Si les puits ont été effacés par erreur, cliquer sur Undo (Annuler) dans la barre d’outils Plate
Editor (Éditeur de plaque) avant de cliquer sur OK pour accepter les modifications.
Important : Le fait de cliquer sur OK avant de cliquer sur Undo enregistre les modifications
et désactive l’option Undo dans la barre d’outils Plate Editor.

nCliquer sur OK pour accepter les modifications et enregistrer la plaque.

Guide d’utilisation | 163

Chapitre 8 Préparation des plaques

Modification des paramètres de l’expérience
Utiliser la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience) pour afficher ou modifier laliste des cibles, échantillons ou groupes biologiques ou pour définir le groupe d’échantillons d’analyse del’expression génétique à analyser si des groupes biologiques ont été attribués aux puits dans la plaque.
Dans la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience), l’onglet Targets (Cibles)
affiche une liste des noms de cibles pour chaque réaction de PCR, comme le gène cible ou les séquencesde gènes d’intérêt.
L’onglet Samples (Échantillons) et Biological Groups (Groupes biologiques) affiche une liste des nomsd’échantillons et de groupes biologiques qui indiquent la source de la cible, comme un échantillon prélevé
à 1 heure (1h) ou sur un individu spécifique (souris1).

Pour modifier les paramètres de la plaque à l'aide de la boîte de dialogue ExperimentSettings (Paramètres de l'expérience)
1.

Pour ouvrir la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience), effectuer l’unedes opérations suivantes :nDans le volet de droite de la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque), cliquer sur ExperimentSettings (Paramètres de l’expérience).

nDans l’onglet Gene Expression (Expression génétique) de la fenêtre Data Analysis (Analyse dedonnées), cliquer sur Experiment Settings (Paramètres de l’expérience).

La boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience) apparaît et affiche le contenu
de l’onglet Targets (Cibles).

164 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Modification des paramètres de l’expérience2.

Pour ajouter un nouveau nom de cible, d’échantillon ou de groupe biologique, saisir un nom dans lasection New Textbox (Nouvelle zone de texte) de l’onglet correspondant et cliquer sur Add (Ajouter).

3.

Pour supprimer un ou plusieurs noms de cibles, d’échantillons ou de groupes biologiques de la liste,cocher la case de l’élément dans l’onglet correspondant de la colonne Select to Remove(Sélectionner pour supprimer) et cliquer sur Remove checkeditem(s) (Supprimer l’élément ou les éléments cochés).

4.

Le logiciel CFX Maestro Dx SE exclut le type d’échantillon NTC (contrôle sans matrice) de l’analyse
de l’expression génétique.
Pour inclure les échantillons de type NTC, décocher la case correspondante dans la section Exclude
the following sample types (Exclure les types d’échantillons suivants). L’utilisateur peut déciderd’exclure les types d’échantillons suivants en cochant la case correspondante :5.

n

NRT (absence de transcriptase inverse)nNegative Control (Contrôle négatif)n

Positive Control (Contrôle positif)nStandard (Étalon)

Dans l’onglet Targets (Cibles) :a.

Pour sélectionner une cible comme référence pour l’analyse de données de l’expression
génétique, sélectionner cette dernière dans la colonne Reference (Référence).

b.

Pour masquer les paramètres de l’analyse qui seront appliqués dans l’onglet Gene Expression(Expression génétique) de la fenêtre Analysis Settings (Paramètres de l’analyse), décocher lacase Show Analysis Settings (Afficher les paramètres de l’analyse).
Le logiciel masque les colonnes suivantes :nColor (Couleur)nShow Chart (Afficher le graphique)nAuto Efficiency (Efficacité auto)nEfficiency (%) (Efficacité [%])c.

Pour changer la couleur de la cible représentée dans le graphique d’expression génétique,cliquer sur la cellule correspondante dans la colonne Color (Couleur), sélectionner une nouvellecouleur dans la boîte de dialogue Color (Couleur) qui apparaît puis cliquer sur OK.

d.

Pour afficher la cible dans la couleur sélectionnée dans le graphique d’expression génétique,cocher la case correspondante dans la colonne Show Chart (Afficher le graphique).

Guide d’utilisation | 165

Chapitre 8 Préparation des plaquese.

Par défaut, CFX Maestro Dx SE calcule automatiquement l’efficacité relative pour une cible si
ses données comportent une courbe d’étalonnage.
Pour utiliser une valeur d’efficacité déterminée auparavant, saisir la valeur dans la cellule
correspondante de la colonne Efficiency (%) (Efficacité [%]) et appuyer sur la touche Entrée.
CFX Maestro Dx SE décoche la case Auto Efficiency (Efficacité auto).

6.

7.

Dans l’onglet Samples (Échantillons) et Biological Groups (Groupes biologiques) :a.

Pour sélectionner un échantillon ou un groupe biologique en tant qu’échantillon de contrôle pourl’analyse de données de l’expression génétique, cocher la case correspondante dans la colonne
Control (Contrôle).

b.

Pour attribuer l’état de contrôle à un échantillon ou un groupe biologique pour une série, cocher
la case correspondante dans la colonne Control (Contrôle).

c.

Si ce n’est déjà fait, cliquer sur Show Analysis Settings (Afficher les paramètres de l’analyse)
pour afficher ou modifier les paramètres de l’analyse qui seront appliqués dans l’onglet Gene
Expression (Expression génétique). Le logiciel masque les colonnes Color (Couleur) et Show
Chart (Afficher le graphique).

Cliquer sur OK pour enregistrer les paramètres dans la boîte de dialogue Experiment Settings(Paramètres de l’expérience) et revenir à la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).

166 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création de groupes de puits

Création de groupes de puits
Les groupes de puits divisent une plaque individuelle en sous-ensembles de puits qui peuvent êtreanalysés indépendamment dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Une fois les groupes depuits configurés, sélectionner un puits dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) pour analyser
les données sous forme de groupe indépendant. Par exemple, configurer des groupes de puits pouranalyser plusieurs séries d’expériences dans une plaque ou pour analyser chaque groupe de puits avec
une courbe d’étalonnage différente.
Remarque : Le groupe de puits par défaut est All Wells (Tous les puits).

Pour créer des groupes de puits
1.

Pour ouvrir la boîte de dialogue Well Groups Manager (Gestionnaire des groupes de puits), effectuer
l’une des opérations suivantes :nDans la barre d’outils Plate Editor (Éditeur de plaque), cliquer sur Well Groups (Groupes depuits).

n

Dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données), cliquer sur Manage Well Groups (Gérer lesgroupes de puits).

La boîte de dialogue Well Groups Manager (Gestionnaire des groupes de puits) apparaît.

Guide d’utilisation | 167

Chapitre 8 Préparation des plaques

2.

Cliquer sur Add (Ajouter) pour créer un nouveau groupe. Le menu déroulant affiche Group 1(Groupe 1) comme nom de groupe pour le premier groupe.

3.

Sélectionner les puits pour le groupe de puits dans l'affichage de plaque en cliquant dessus et les en
faisant glisser dans le groupe de puits. Les puits sélectionnés apparaissent en bleu dans legestionnaire.

4.

(Facultatif) Pour modifier le nom du groupe, sélectionner son nom dans le menu déroulant et saisir unnouveau nom.

5.

(Facultatif) Pour supprimer un groupe de puits, sélectionner son nom dans la liste déroulante etcliquer sur Delete (Supprimer).

6.

Cliquer sur OK pour terminer et fermer la fenêtre ou cliquer sur Cancel (Annuler) pour fermer lafenêtre sans apporter de modifications.

Éléments de menu contextuel pour la boîte de dialogue Well Groups Manager(Gestionnaire des groupes de puits)
Le Tableau 10 répertorie les éléments de menu disponibles dans la boîte de dialogue Well Groups
Manager (Gestionnaire des groupes de puits) lorsque l’on appuie avec le bouton droit sur n’importe quelpuits.
Tableau 10. Éléments de menu contextuel dans la boîte de dialogue Plate Editor Well
Groups Manager (Gestionnaires des groupes de puits pour l’éditeur de plaque)Élément

Fonction

Copy (Copier)Copie le contenu du puits qui peut être copié dans un ou
d'autres puits.

Copy as Image (Copier en tant

Copie l'affichage du sélecteur de puits en tant qu'image.

qu'image)
Print (Imprimer)

Imprime l'affichage du sélecteur de puits.

Print Selection (Imprimer laImprime uniquement les cellules sélectionnées.

sélection)
Export to Excel (Exporter vers

Exporte les données vers une feuille de calcul Excel.

Excel)
Export to Csv (Exporter vers

Exporte les données dans un format de document séparé

Csv)

par une virgule.

168 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création de groupes de puits

Élément

Fonction

Export to Xml (Exporter vers

Exporte les données au format de document .xml.

Xml)
Export to Html (Exporter vers

Exporte les données au format de document .html.

Html)

Guide d’utilisation | 169

Chapitre 8 Préparation des plaques

Changement des styles de traces
Durant la configuration de la plaque et alors qu'une série est en cours, il est possible de modifier lacouleur et le style des traces d'amplification. Il est alors possible de facilement visualiser les traces dansla fenêtre d'état en temps réel à mesure que les données sont recueillies.

Pour changer les styles des traces
1.

Dans la barre d'outils Plate Editor (Éditeur de plaque), cliquer sur Trace Styles (Styles des traces).
La boîte de dialogue Trace Styles apparaît pour la plaque ouverte, par exemple :2.

Pour afficher les styles des traces selon un fluorophore spécifique, sélectionner celui-ci dans la liste
déroulante Fluorophores.

3.

Pour changer l’affichage des traces :a.

Sélectionner le type de trace dans la liste déroulante Wells (Puits).

b.

Cliquer sur sa couleur dans la colonne Color.

c.

Dans la boîte de dialogue Color (Couleur) qui s’affiche, choisir une autre couleur pour la trace
puis cliquer sur OK.
CFX Maestro Dx SE affiche le changement de couleur pour le type de puits dans la grille.

d.
4.

(Facultatif) Sélectionner un symbole pour la trace dans la liste déroulante Symbols (Symboles).

Pour changer rapidement le jeu de couleurs, cliquer sur le choix approprié dans la rubrique Color
Quick Set (Paramétrage rapide des couleurs).

170 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Changement des styles de traces

5.

Pour visualiser les étiquettes des puits dans la grille, sélectionner le type d'étiquette dans la rubrique
Well Labels (Étiquettes des puits).

6.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications ou sur Cancel (Annuler) pour les annuler.

Guide d’utilisation | 171

Chapitre 8 Préparation des plaques

Affichage, exportation et importation de la plaque sous forme
de feuille de calcul
L’outil Spreadsheet View/Importer (Affichage sous forme de feuille de calcul/importation) affiche lecontenu d’une plaque sous forme de feuille de calcul. La visionneuse offre l’option d’afficher, d’importer etd’exporter les données de puits comme décrit ci-dessous.

Utilisation de la visionneuse de feuilles de calcul pour exporter et importer desdonnées de plaqueÀ partir de la visionneuse de feuilles de calcul, vous pouvez exporter le nom de la cible, le nom del’échantillon, le nom du groupe biologique et les notes associées à un puits sous forme de modèle au
format délimité par des tabulations vers une application telle que Microsoft Excel. Vous pouvezégalement importer ces données à partir d’une application délimitée par des tabulations dans une plaqueprédéfinie, à partir d’un fichier d’informations d’expérience.

Pour utiliser l’outil Spreadsheet View/Importer (Affichage sous forme de feuille decalcul/importation)
1.

Créez et enregistrez un fichier de plaque (consultez Création d'un fichier de plaque à l'aide del'éditeur de plaque).

2.

Sur la barre d’outils du Plate Editor (Éditeur de plaque), cliquez sur l’onglet Spreadsheet
View/Importer (Affichage sous forme de feuille de calcul/importation) pour ouvrir la boîte de dialogue
Plate Spreadsheet View (Affichage de la plaque sous forme de feuille de calcul).

172 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Affichage, exportation et importation de la plaque sous forme de feuille de calcul

3.

(Facultatif) Cliquez sur les cases Show Biological Set Name (Afficher le nom de l’ensemble
biologique) et Show Well Note (Afficher la note associée au puits) pour afficher ces colonnes dans lavue de la feuille de calcul et dans le fichier exporté.

4.

Cliquez sur le bouton Export Template (Exporter le modèle) pour créer un modèle vide dans unfichier Excel (format .csv). Le fichier exporté présentera la même mise en page que votre plaque.
Conseil : Utilisez le nom du fichier de plaque lors de l’enregistrement de vos fichiers de plaqueafin d’identifier facilement le fichier.

5.

Remplissez les cellules du fichier Excel à l’aide du contenu de votre puits.
Remarque : Il est uniquement possible de modifier le contenu d’une cellule de colonne dont lenom est accompagné d’un astérisque (*) (*Target Name [Nom de la cible], *Sample Name [Nomde l’échantillon], *Biological Group Name [Nom du groupe biologique], *Well Note [Noteassociée au puits]).
Remarque : Vous ne pouvez pas ajouter de valeurs aux colonnes Standard Curve (Courbed’étalonnage) et Quantity (Quantité) dans le fichier Excel exporté. Pour modifier ces données,
revenez au Plate Editor (Éditeur de plaque) et sélectionnez Settings (Paramètres) > Units(Unités) dans la barre de menus. Une fois la série de la plaque terminée, les données de cesétalons apparaissent dans le graphique de courbe d’étalonnage de l’onglet Quantification dansla fenêtre Data Analysis (Analyse de données) avec les unités sélectionnées.

6.

Importez à nouveau le fichier Excel rempli dans le Plate Editor (Éditeur de plaque) en cliquant sur lebouton Import (Importer). Les données de plaque importées apparaissent dans la fenêtre Plate
Spreadsheet View (Affichage de la plaque sous forme de feuille de calcul).
Important : Si vous avez plusieurs fluorophores, vous devrez effectuer les étapes 3 à 5 pourchaque fluorophore à l’aide du menu déroulant Flours List (Liste des fluorophores) de la fenêtre
Plate Spreadsheet View (Affichage de la plaque sous forme de feuille de calcul).

7.

Cliquez sur le bouton OK. Les nouvelles données de plaque apparaissent maintenant dans la fenêtre
Plate Editor (Éditeur de plaque).

Conseil : Vous pouvez afficher les éléments de menu disponibles dans l’outil Spreadsheet
View/Importer (Affichage sous forme de feuille de calcul/importation) d’un simple clic avec le bouton
droit sur n’importe quel puits dans l’outil, ou sur n’importe quel en-tête de tableau de la fenêtre Plate
Spreadsheet View (Affichage de la plaque sous forme de feuille de calcul).

Guide d’utilisation | 173

Chapitre 8 Préparation des plaques

Création d'une disposition de plaque à l'aide du Plate Setup
Wizard (Assistant de configuration de plaque)Il est possible d’utiliser l’assistant de configuration pour saisir les informations relatives à la disposition deplaque indispensables à l’analyse de l’expression génétique normalisée, y compris :nNoms des ciblesnNoms des échantillonsnEmplacement des cibles et de l’échantillon sur la plaquenGène(s) de référencenÉchantillon de contrôle

L'assistant de configuration peut être utilisé avant, pendant ou après une série.

Utilisation de l'assistant de configuration de plaqueCette section explique comment créer une disposition de plaque à l'aide du Plate Setup Wizard (Assistantde configuration de plaque). Pour faciliter la visualisation du contenu de chaque puits dans la plaque,cliquer sur Zoom plate (Zoomer sur la plaque) dans la partie supérieure de l’assistant de configuration.
Important : Le fait de revenir à l’onglet Auto layout (Disposition auto) à partir de n’importe quel autre
onglet de l’assistant de configuration réinitialise la disposition de plaque. L’utilisateur doit
sélectionner cet onglet avec prudence.
Conseil : Il est possible de réinitialiser la disposition en sélectionnant Tools (Outils) > Clear Plate(Effacer la plaque) dans l’assistant de configuration.

Pour utiliser l’assistant de configuration de plaque1.

Ouvrir l’éditeur de plaque.

2.

Pour ouvrir le Setup Wizard (Assistant de configuration), effectuer l’une des opérations suivantes :nChoisir Editing Tools (Outils d’édition) > Setup Wizard (Assistant de configuration).

nCliquer sur l’assistant de configuration sur la barre de l’éditeur de plaque.

L'assistant de configuration apparaît, affichant l'onglet Auto layout (Disposition auto).

174 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création d'une disposition de plaque à l'aide du Plate Setup Wizard (Assistant de configuration de plaque)3.

Dans l’onglet Auto layout, procéder comme suit :a.

Cliquer sur un puits de la grille et le faire glisser horizontalement et vers le bas pour spécifier lazone de la plaque où il est prévu de charger l’échantillon.

b.

Saisir le nombre de cibles et d’échantillons à charger.
Conseil : Le nombre de cibles et d’échantillons doit être équivalent au nombre de cellulessélectionnées. Si les nombres saisis ne concordent pas avec la zone sélectionnée, modifier
les nombres ou la zone de sélection de la plaque. L’orientation des éléments sur la plaqueet leur groupement peuvent être spécifiés.

c.

(Facultatif) Changer l’orientation de la plaque. Par exemple, il est possible de définir les cibles
dans les colonnes et les échantillons dans les lignes ou de grouper par échantillons.

d.

Cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l’onglet Target names (Noms de cibles).

Remarque : Si la disposition de plaque n’est pas régulière, utiliser l’onglet Target names (Nomsde cibles) pour manuellement positionner les cibles ou l’onglet Sample names (Noms deséchantillons) pour manuellement positionner les échantillons sur la plaque. Cliquer et faireglisser pour sélectionner plusieurs puits.
4.

Dans l’onglet Target names, définir les noms des cibles pour les groupes de cibles :a.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nPour renommer les cibles par groupe, définir Select by (Sélectionner par) sur Target (Cible).

n

Pour renommer les cibles par puits, définir Select by (Sélectionner par) sur Well (Puits).

Guide d’utilisation | 175

Chapitre 8 Préparation des plaquesb.

Sélectionner un groupe de cibles ou un puits dans la grille et saisir un nom dans la liste
déroulante Target name (Nom de la cible).
Conseil : Appuyez sur la touche de tabulation pour sélectionner le groupe ou le puits
suivant vers la droite ou Entrée pour sélectionner le groupe ou le puits suivant en dessous.
Le cas échéant, sur les onglets Target name (Nom de la cible) et Sample name (Nom del’échantillon), maintenir la touche Ctrl enfoncée et cliquer sur un puits pour sélectionnerplusieurs puits qui ne sont pas adjacents.

c.

Cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l’onglet Sample names.

5.

Dans l'onglet Sample names, définir les noms des échantillons pour les groupes d'échantillons :6.

Cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l'onglet Reference targets (Cibles de référence).

7.

Dans l'onglet Reference targets, sélectionner une ou plusieurs cibles à utiliser comme références
pour l'expression génétique normalisée et cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l'onglet Control
sample (Échantillon de contrôle).

8.

Dans l'onglet Control sample, sélectionner un échantillon à utiliser commee contrôle pour les calculs
de l'expression génétique relative.

9.

Cliquer sur OK pour enregistrer la disposition de plaque et revenir à l’éditeur de plaque où il est
possible de définir les paramètres de plaque. Consulter Attribution de paramètres optionnels au
fichier de plaque à la page 151 pour plus d'informations.
Le cas échéant, cliquer sur Previous (Précédent) pour revenir à un onglet précédent pour effectuerd’éventuelles modifications.
Remarque : Le fait de revenir à l’onglet Auto layout (Disposition auto) réinitialise
automatiquement la plaque. L'utilisateur doit cliquer sur Previous (Précédent) avec prudence.

176 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 9 Réalisation d’expériences
Ce chapitre explique comment exécuter des tests personnalisés (définis par l’utilisateur) ou PrimePCR àl’aide du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition.
Le fichier de données d’une série comprend les informations sur le protocole et la plaque pour la série. Le
fichier contient aussi les données des analyses que CFX Maestro Dx SE réalise une fois la série
terminée.
CFX Maestro Dx SE facilite la configuration et la réalisation d’expériences définies par l’utilisateur ou
PrimePCR. La fenêtre Run Setup (Configuration de la série) guide l’utilisateur dans les étapes courantes
de la configuration d’une expérience et le conduit à la boîte de dialogue Start Run (Démarrer la série) àpartir de laquelle il démarre la série.

Guide d’utilisation | 177

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

La fenêtre Run Setup (Configuration de la série)La fenêtre Run Setup (Configuration de la série) fournit un accès rapide aux fichiers et paramètres
nécessaires pour préparer et réaliser une expérience. Lorsque l'on décide de réaliser une expérience
définie par l'utilisateur, la fenêtre Run Setup (Configuration de la série) s'ouvre, affichant l'onglet Protocol(Protocole). Lorsque l’on décide de réaliser une expérience PrimePCR, la fenêtre Run Setup(Configuration de la série) s’ouvre, affichant l’onglet Start Run (Démarrer la série).
Conseil : Consulter la section Réalisation d'expériences PrimePCR à la page 196 pour obtenir desinformations sur PrimePCR ; consulter la section Onglet Start Run (Démarrer la série) à la page 186
pour obtenir des informations sur l’onglet Start Run (Démarrer la série).

178 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

La fenêtre Run Setup (Configuration de la série)LÉGENDE1.

Les onglets guident l’utilisateur à travers les étapes de configuration et deréalisation d’une expérience :n Onglet Protocol (Protocole) — sélectionner un protocole existant pour l’exécuterou le modifier ou pour créer un nouveau protocole dans la fenêtre Protocol Editor(Éditeur de protocole).
n Onglet Plate (Plaque) — sélectionner une plaque existante pour l’exécuter ou lamodifier ou pour créer une nouvelle plaque dans la fenêtre Plate Editor (Éditeurde plaque).
n Onglet Start Run (Démarrer la série) — afficher les paramètres de l’expérience,sélectionner un ou plusieurs blocs et démarrer la série.

2.

La fenêtre principale affiche les options pour chaque onglet au fur et à mesure deleur application.

3.

Les boutons de navigation conduisent à l'onglet Start Run (Démarrer la série).

Accès à la fenêtre Run Setup (Configuration de la série)Pour accéder à la fenêtre Run Setupu

Effectuez l’une des opérations suivantes :nDans l’onglet Run Setup (Configuration de la série) de l’assistant de démarrage, cliquer sur
User-defined (Définie par l’utilisateur) ou PrimePCR.

nDans la fenêtre d’accueil, cliquer soit sur User-defined Run Setup (Configuration de la série
définie par l’utilisation) ou PrimePCR Run Setup (Configuration de la série PrimePCR) dans labarre d’outils.

nDans la fenêtre d’accueil, sélectionner soit Run (Série) > User-defined Run (Série définie parl’utilisateur) soit Run > PrimePCR Run (Série PrimePCR).

Guide d’utilisation | 179

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Onglet Protocol (Protocole)L'onglet Protocol (Protocole) affiche un aperçu du fichier de protocole que l'on prévoit d'exécuter. Un
fichier de protocole contient les instructions relatives aux étapes de température de l’appareil ainsi que lesoptions de l’appareil qui contrôlent la vitesse de la rampe, le volume d’échantillon et la température ducouvercle.

Par défaut, le logiciel affiche le protocole défini dans la section File Selection for Run Setup (Sélection defichier pour la configuration de la série) de l'onglet Files (Fichiers) dans la boîte de dialogue User
(Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur). Il est possible de modifier le protocole pardéfaut dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur). Consulter la section
Modification des paramètres de fichier par défaut à la page 91 pour de plus amples informations.
L’onglet Protocol (Protocole) permet den

Créer un nouveau protocole à exécuternSélectionner un protocole existant pour l’exécuter ou le modifier

Pour de plus amples informations sur la création et la modification des protocoles, consulter le Chapitre 7,
Création de protocoles.

180 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Protocol (Protocole)

Pour créer un nouveau protocole
1.

Dans l'onglet Protocol (Protocole), cliquer sur Create New (Créer nouveau).
La fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) apparaît.

2.

Utiliser la fenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole) pour créer un nouveau protocole.

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer le protocole et revenir à l'onglet Protocol (Protocole) dans Run Setup(Configuration de la série).

4.

Afficher les détails du protocole et effectuer l’une des opérations suivantes :n

Si les détails sont corrects, cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l’onglet Plate (Plaque).

n

Si les détails sont incorrects, cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection) pour revenir à lafenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole). Examiner le protocole, enregistrer lesmodifications puis cliquer sur Next (Suivant) dans l'onglet Protocol (Protocole) pour passer àl'onglet Plate (Plaque).

Pour sélectionner un protocole existant1.

Dans l’onglet Protocol (Protocole), effectuer l’une des opérations suivantes :nCliquer sur Select Existing (Sélectionner un protocole existant) et accéder à un protocole
existant.

nCliquer sur Express Load (Chargement exprès) et sélectionner un protocole dans la liste
déroulante des protocoles.
Conseil : Il est possible d’ajouter des protocoles à la liste déroulante Express Load(Chargement exprès) ou de les supprimer de cette dernière. Consulter la section Ajout et
suppression de protocoles à chargement express qui suit pour de plus amples informations.

2.

Afficher les détails du protocole et effectuer l’une des opérations suivantes :n

Si les détails sont corrects, cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l’onglet Plate (Plaque).

n

Si les détails sont incorrects, cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection) pour ouvrir lafenêtre Protocol Editor (Éditeur de protocole). Examiner le protocole, enregistrer lesmodifications puis cliquer sur Next (Suivant) dans l'onglet Protocol (Protocole) pour passer àl'onglet Plate (Plaque).

Ajout et suppression de protocoles à chargement express
Il est possible de modifier le contenu de la liste déroulante Express Load (Chargement express) qui
apparaît dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque). Les protocoles figurant dans cette liste sontenregistrés dans le dossier suivant :Guide d’utilisation | 181

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Pour modifier la liste Express Load (Chargement express) des protocoles
1.

Accéder au dossier Express Load (Chargement express) et l'ouvrir.

2.

Examiner les fichiers de protocoles (c.pcrl) dans le dossier.

3.

Effectuer l’une des opérations suivantes :nSupprimer les protocoles du dossier pour les retirer de la liste déroulante.

n

Copier les fichiers dans le dossier pour les ajouter à la liste déroulante.

182 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Plate (Plaque)Onglet Plate (Plaque)
Remarque : Si le protocole sélectionné dans l’onglet Protocol (Protocole) ne comporte pas d’étape
de lecture de plaque pour l’analyse de PCR en temps réel, l’onglet Plate (Plaque) est masqué. Pour
afficher l'onglet Plate (Plaque), ajouter au moins une lecture de plaque au protocole.
L’onglet Plate (Plaque) affiche un aperçu du fichier de plaque que l’on prévoit de charger. Dans une sériede PCR en temps réel, le fichier de plaque contient une description du contenu de chaque puits, y compris
ses fluorophores, le mode de balayage et le type de plaque. CFX Maestro Dx SE utilise ces descriptions
pour la collecte et l’analyse des données.

Par défaut, le logiciel affiche la plaque définie dans la section File Selection for Run Setup (Sélection defichier pour la configuration de la série) de l’onglet Files (Fichiers) dans la boîte de dialogue User
(Utilisateur) > User Preferences (Préférences utilisateur). Il est possible de modifier la plaque par défaut
dans la boîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur). Consulter la section Modification
des paramètres de fichier par défaut à la page 91 pour de plus amples informations.
L’onglet Plate (Plaque) permet den

Créer une nouvelle plaque à chargern

Sélectionner une plaque existante pour la charger ou la modifier

Guide d’utilisation | 183

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Pour de plus amples informations sur la création et la modification des plaques, consulter le Chapitre 8,
Préparation des plaques.

Pour créer une nouvelle plaque1.

Dans l'onglet Plate (Plaque), cliquer sur Create New (Créer nouvelle).
La fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) apparaît.

2.

Utiliser la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) pour créer une nouvelle plaque.

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer la plaque et revenir à l'onglet Plate (Plaque) dans Run Setup(Configuration de la série).

4.

Afficher les détails de la plaque et effectuer l’une des opérations suivantes :n

Si les détails sont corrects, cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l’onglet Start Run (Démarrer
la série).

n

Si les détails sont incorrects, cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection) pour revenir à lafenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque). Examiner le fichier de plaque, enregistrer lesmodifications puis cliquer sur Next (Suivant) dans l'onglet Plate (Plaque) pour passer à l'onglet
Start Run (Démarrer la série).

Pour sélectionner un fichier de plaque existant1.

Dans l’onglet Plate (Plaque), effectuer l’une des opérations suivantes :nCliquer sur Select Existing (Sélectionner un fichier existant) et accéder à un fichier de plaqueexistant.

nCliquer sur Express Load (Chargement express) et sélectionner un fichier de plaque dans la liste
déroulante.
Conseil : Il est possible d’ajouter des plaques à la liste déroulante Express Load(Chargement express) ou de les supprimer de cette dernière. Consulter la section Ajout et
suppression de fichiers de plaque à chargement express qui suit pour de plus amples
informations.

2.

Afficher les détails de la plaque et effectuer l’une des opérations suivantes :n

Si les détails sont corrects, cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l’onglet Start Run (Démarrer
la série).

n

Si les détails sont incorrects, cliquer sur Edit Selected (Modifier la sélection) pour ouvrir la fenêtre
Plate Editor (Éditeur de plaque). Examiner le fichier de plaque, enregistrer les modifications puis
cliquer sur Next (Suivant) pour passer à l'onglet Start Run (Démarrer la série).

184 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Plate (Plaque)

Ajout et suppression de fichiers de plaque à chargement express
Il est possible de modifier le contenu de la liste déroulante Express Load (Chargement express) qui
apparaît dans l'éditeur de plaque. Les plaques figurant dans cette liste sont enregistrées dans le dossier
suivant :c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Pour modifier la liste Express Load des fichiers de plaque1.

Accéder au dossier Express Load (Chargement express) et l'ouvrir.

2.

Examiner les fichiers de plaque (.pltd) dans le dossier.

3.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nSupprimer les fichiers de plaque du dossier pour les supprimer de la liste déroulante.

n

Copier les fichiers de plaque dans le dossier pour les ajouter à la liste déroulante.

Guide d’utilisation | 185

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Onglet Start Run (Démarrer la série)L’onglet Start Run (Démarrer la série) affiche des informations sur l’expérience à réaliser. Il affiche aussi
le bloc ou les blocs de l'appareil connecté sur lequel l'expérience sera effectuée.

Dans l’onglet Start Run (Démarrer la série), il est possible d’effectuer les opérations suivantes :nVisualiser les informations détaillées de la série, y compris le fichier de protocole sélectionné, lefichier de plaque et le mode de balayage.

n

Ajouter des notes sur la série.

n

Visualiser les détails sur tous les appareils connectés, y compris l’état en fonctionnement ou à l’arrêt,le volume d’échantillon en µl, la température de couvercle, le mode d’émulation et l’ID ou le codebarres le cas échéant.
Remarque : Il est possible d’ajouter les colonnes qui apparaissent dans le tableau Start Run on
Selected Blocks (Démarrer la série sur les blocs sélectionnés). Consulter Modification desdétails dans le tableau des blocs sélectionnés à la page 187 pour plus d’informations.

nSélectionner le ou les blocs sur lesquels procéder à l’expérience.

nOuvrir ou fermer le couvercle à distance de chaque appareil sélectionné.

186 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Start Run (Démarrer la série)n

Démarrer la série.

Modification des détails dans le tableau des blocs sélectionnés
Il est possible de modifier les colonnes qui apparaissent dans le tableau Start Run on Selected Block(s)(Démarrer la série sur le ou les blocs sélectionnés). Le tableau permet également de modifier les valeurspar défaut du volume d'échantillon et de la température du couvercle. Les modifications apportées auparamètre sont appliquées à la série qui doit être réalisée.

Pour ajouter des colonnes dans le tableau Start Run on Selected Blocks (Démarrer la série
sur le ou les blocs sélectionnés)uCliquer avec le bouton droit sur le tableau et sélectionner une option dans le menu qui apparaît.

Pour supprimer des colonnes dans le tableau Start Run on Selected Blocks (Démarrer lasérie sur le ou les blocs sélectionnés)uCliquer avec le bouton droit sur le tableau et effacer l’option dans le menu qui apparaît.

Pour modifier les valeurs du volume d’échantillon ou de la température du couvercle pourun blocu

Sélectionner la cellule du volume d’échantillon ou de la température du couvercle pour le bloc de lacible et saisir une nouvelle valeur dans la cellule.

Pour ajouter un identifiant de série ou un code-barres pour un blocu

Sélectionner la cellule ID/Bar Code (ID/code-barres) pour le bloc de la cible et saisir un identifiant oubalayer le bloc avec un lecteur de code-barres.

Réalisation d’une expérience
Important : Avant de réaliser une expérience, veiller à ce que le logiciel antivirus de l’ordinateur nelance pas une analyse durant la série. Voir Installation du logiciel CFX Maestro Dx SE à la page 36 etvotre administrateur système pour plus d’informations.

Pour réaliser une expérience
1.

Dans l'onglet Start Run (Démarrer la série), vérifier les détails de la plaque et du protocole dans lasection Run Information (Informations sur la série).

2.

(Facultatif) Ajouter des notes sur la série ou l'expérience dans la zone de texte Notes.

3.

Cocher la case d’un ou plusieurs blocs sur lesquels procéder à l’expérience.

Guide d’utilisation | 187

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Conseil : Pour procéder à l’expérience sur tous les blocs, cocher la case Select All Blocks(Sélectionner tous les blocs) située en dessous du tableau Selected Blocks (Blocs
sélectionnés).
4.

(Facultatif) Cliquer sur Flash Block Indicator (Clignotant du témoin de bloc) pour faire clignoter le voyant
sur les blocs sélectionnés de l'appareil.

5.

Insérer les plaques dans le bloc :a.

Cliquer sur Open Lid (Ouvrir le couvercle). Le couvercle motorisé de chaque bloc sélectionné
s’ouvre.

b.

Insérer une plaque expérimentale dans chaque bloc sélectionné.

c.

Cliquer sur Close Lid (Fermer le couvercle).

Conseil : Sur le Système CFX Opus Dx, appuyer sur Open Lid (Ouvrir le couvercle) ou Close
Lid (Fermer le couvercle) sur l’écran d’accueil.
6.

Cliquer sur Open Lid et Close Lid pour ouvrir et fermer le couvercle motorisé de chaque bloc
sélectionné de l’appareil.

7.

Afficher les détails de la série et effectuer l’une des opérations suivantes :n

Si les détails sont corrects, cliquer sur Start Run (Démarrer la série).

n

Si les détails sont incorrects :oCorriger les détails dans le tableau Selected Blocks (Blocs sélectionnés) puis cliquer sur
Start Run.

o

Revenir à l’onglet correct et procéder aux modifications appropriées, enregistrer lesmodifications puis cliquer sur Next (Suivant) pour revenir à l’onglet Start Run (Démarrer lasérie) et démarrer la série.

Pour démarrer une nouvelle série à partir d’une série précédenteuEffectuez l’une des opérations suivantes :nSélectionner File (Fichier) > Repeat a Run (Répéter une série) dans la barre de menu principale
du logiciel, accéder au fichier de données pour lequel la répétition est souhaitée et doublecliquer dessus.

nSélectionner l’onglet Repeat Run dans le Startup Wizard (Assistant de démarrage) puis doublecliquer sur le fichier de données de la série à répéter.
À titre facultatif, sur l'onglet Repeat Run, il est possible de cliquer sur Browse (Parcourir),d'accéder au fichier de données de la série à répéter et de cliquer dessus.

188 | Logiciel CFX Maestro Dx SEBoîte de dialogue Run Details (Détails de la série)Boîte de dialogue Run Details (Détails de la série)Lorsque l’utilisateur clique sur Start Run (Démarrer la série), CFX Maestro Dx SE l’invite à enregistrer lefichier de données (.pcrd), démarre la série et ouvre la boîte de dialogue Run Details (Détails de la série).
La boîte de dialogue Run Details (Détails de la série) comprend trois onglets d’état :n

Run Status (État de la série) — utiliser cet onglet pour visualiser l’état actuel du protocole, ouvrir ou
fermer le couvercle, mettre une série en pause, ajouter des répétitions, ignorer des étapes ou arrêter
la série.

n

Real-time Status (État en temps réel) — utiliser cet onglet pour visualiser les données defluorescence de la PCR en temps réel à mesure qu’elles sont recueillies.

nTime Status (État temporel) — utiliser cet onglet pour visualiser en plein écran un décompte pour leprotocole.

Ces onglets sont expliqués en détail dans les sections suivantes.

Onglet Run Status (État de la série)L'onglet Run Status (État de la série) affiche l'état actuel d'une série en cours. Il est également possiblede contrôler le couvercle et de modifier la série en cours à partir de cet affichage.

Guide d’utilisation | 189

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

LÉGENDE
1.

Volet Run Status (État de la série) — affiche la progression actuelle du protocole.

2.

Commandes Run Status (État de la série) — permettent à l'utilisateur d'utiliser
l'appareil ou d'interrompre le protocole en cours.

3.

Volet Run Information (Informations sur la série) — affiche les détails de la série.

Commandes de Run Status (État de la série)Utiliser les commandes de l’onglet Run Status soit pour faire fonctionner l’appareil à partir du logiciel soit
pour modifier une série qui est en cours.
Remarque : Les modifications apportées au protocole durant la série, comme l’ajout de répétitions,
ne change pas le fichier de protocole associé à la série. Ces actions sont consignées dans le journal
des séries.

— ouvre le couvercle motorisé sur certains appareils.
Important : L’ouverture du couvercle durant une série met celle-ci en pause durant l’étape encours et pourrait altérer les données. Commandes de Run Status (État de la série) à la page 190.

— ferme le couvercle motorisé sur certains appareils.

— ajoute davantage de répétitions dans l’étape de boucle GOTO en cours du protocole. Cette
option n’est disponible que lorsqu’une étape de boucle GOTO est en cours d’exécution.
Remarque : Vous pouvez ajouter des répétitions supplémentaires pendant un cycle GOTO
lorsque le protocole est en cours. Cependant, CFX Maestro Dx SE sait reconnaître lamodification la plus récente du nombre de répétitions. Par exemple, si vous ajoutez
10 répétitions supplémentaires pendant un cycle GOTO, le logiciel modifiera le nombre total qui
deviendra n + 10. Si vous ajoutez ensuite cinq (5) répétitions supplémentaires pendant le mêmecycle, CFX Maestro modifiera le nombre total de répétitions qui deviendra n + 5. Le premierchangement (10 répétitions) est ignoré. Pour vous assurer que le logiciel exécute le nombre
cible de répétitions, saisir le nombre total (dans ce cas, 15 répétitions).

— ignore l’étape actuelle dans le protocole.

190 | Logiciel CFX Maestro Dx SEBoîte de dialogue Run Details (Détails de la série)Remarque : Si vous demandez d’ignorer un cycle lors d’une étape GOTO, le système passe au
cycle suivant dans la boucle GOTO. Si le dernier cycle de l’étape GOTO était en cours au
moment de la demande d’ignorer le cycle, le système passe à l’étape suivante.

— fait clignoter le voyant sur l’appareil sélectionné pour identifier les blocs sélectionnés.

— met le protocole en pause.
Remarque : Cette action est consignée dans le journal des séries.

— reprend un protocole mis en pause.

— arrête la série avant la fin du protocole.
Remarque : L’arrêt d’une série avant la fin du protocole pourrait altérer les données.

Ouverture du couvercle de l’appareil pendant une série de PCR
Si le couvercle d’un appareil est ouvert pendant une série de PCR, CFX Maestro Dx SE affichera la boîte
de dialogue de confirmation suivante :Lors de l’apparition de la boîte de dialogue, les appareils continuent d’exécuter le protocole. Le bouton OK apour effet d’interrompre la série, et le couvercle de l’appareil se déverrouille et s’ouvre. Le bouton Cancel(Annuler) a pour effet de fermer la boîte de dialogue et de reprendre la série.

Guide d’utilisation | 191

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Onglet Real-time Status (État en temps réel)
L’onglet Real-time Status (État en temps réel) affiche les données de la PCR en temps réel recueillies
durant chaque cycle de la série après les deux premières lectures de plaque.

LÉGENDE
1.

Volet des courbes d’amplification — affiche les données d’amplification en temps
réel durant la série.

2.

Identifiant du groupe de puits — si des groupes de puits ont été identifiés dans laconfiguration de plaque, les utilisateurs peuvent sélectionner un groupe spécifiquepour en visualiser les courbes, les puits et les informations tabulaires.
Identifiant de numéro d'étape — si le protocole recueille des données lors deplusieurs étapes (par exemple durant l'amplification et la courbe de fusion), lesutilisateurs peuvent sélectionner une étape spécifique et visualiser les traces
recueillies à chaque étape.

3.

Volet du sélecteur de puits — affiche les puits actifs, inactifs et vides de la plaque.

4.

Volet du tableau de configuration de la plaque — affiche la configuration de laplaque au format tabulaire.

192 | Logiciel CFX Maestro Dx SEBoîte de dialogue Run Details (Détails de la série)5.

Volet des détails de la série — affiche l’état en temps réel de la série, y compris :n Étape en coursn Répétition en coursn Température actuellen Temps restantn Température de l’échantillonn Température de couvercle

6.

Plate Setup (Configuration de la plaque) — ouvre la boîte de dialogue Plate Setup
dans laquelle les utilisateurs peuvent modifier la configuration actuelle de la plaquedurant une série.

Dans l’onglet Real-time Status (État en temps réel), il est possible den

Afficher ou masquer les courbes en temps réel en les sélectionnant dans le volet de sélecteur depuits ou le tableau de configuration de la plaquenVisualiser des courbes uniques ou des groupes de courbes en les sélectionnant dans la liste
déroulante des groupes de puitsnModifier la plaque ou remplacer le fichier de plaquenAppliquer un fichier PrimePCR à la série.

Affichage ou masquage des courbes en temps réel
Par défaut, tous les puits remplis sont actifs et apparaissent dans le tableau de configuration de la plaque.
Les puits actifs apparaissent en bleu dans le volet de sélection des puits. Les puits masqués apparaissent
en gris clair et les puits inutilisés en gris foncé dans le volet de sélection des puits.
Il est possible de masquer les courbes des puits actifs durant la série. CFX Maestro Dx SE continue àrecueillir des données pour tous les puits ; lorsque des puits sont cachés, leurs données n’apparaissent
pas dans le tableau de configuration de la plaque.

Pour masquer des traces en temps réeluDans le volet de sélection des puits, cliquer sur les puits actifs (bleus) à masquer.

Pour afficher des traces en temps réeluDans le volet de sélection des puits, cliquer sur les puits masqués (gris clair) à afficher.

Pour plus d'informations sur le sélecteur de puits, consulter Sélecteur de puits à la page 216.

Guide d’utilisation | 193

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Modification d'une configuration de plaquePour modifier une configuration de plaqueuCliquer sur Plate Setup (Configuration de la plaque) puis sélectionner View/Edit Plate(Afficher/modifier la plaque).
Apparaît la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque) où il est possible de modifier la plaque lors que lasérie est en cours. Pour plus d’informations sur la modification des plaques, consulter le Chapitre 8,
Préparation des plaques.
Remarque : Les styles des courbes peuvent aussi être modifiés à partir de la fenêtre Plate
Editor (Éditeur de plaque). Les modifications apparaissent dans le graphique des tracesd'amplification de l'onglet Real-time Status (État en temps réel).

Remplacement d’un fichier de plaqueConseil : Le remplacement d’un fichier de plaque s’avère particulièrement utile si l’utilisateur lance
une série avec un fichier Quick Plate (Plaque rapide) dans le dossier Express Load (Chargement
exprès).

Pour remplacer un fichier de plaqueuCliquer sur Plate Setup (Configuration de la plaque) puis sélectionner l’une des options suivantes :nFichier Replace Plate (Remplacer la plaque) — sélectionner le nouveau fichier de plaque dansla liste de la fenêtre de navigationnApply PrimePCR file (Appliquer le fichier PrimePCR) — rechercher un fichier de série qui
permettra d’obtenir la disposition de plaque, soit à l’aide de Smart Search (Recherche
intelligente), soit en cliquant sur Browse (Parcourir) pour rechercher un fichier téléchargé depuis
le site web de Bio-Rad et qui ne se trouve pas dans le dossier PrimePCR

Remarque : CFX Maestro Dx SE vérifie le mode de lecture et les dimensions de la plaque pourle fichier de plaque. Ils doivent correspondre aux paramètres de la série avec lesquels la série aété lancée.

194 | Logiciel CFX Maestro Dx SEBoîte de dialogue Run Details (Détails de la série)Onglet Time Status (État temporel)L'onglet Time Status (État temporel) affiche le temps restant pour finaliser la série en cours.

Guide d’utilisation | 195

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Réalisation d'expériences PrimePCR
Les expériences PrimePCR utilisent des dosages spécifiques à des voies biologiques ou à la maladie que
Bio-Rad a validé et optimisé en laboratoire et sont disponibles dans les formats suivants :nPlaques prêtes à l’emploi — plaques contenant des dosages qui sont spécifiques à une voie
biologique ou à une maladie ; elles incluent les contrôles PrimePCR et les gènes de référence.

nPlaques personnalisables — plaques pouvant être configurées selon une disposition définie parl’utilisateur avec l’option de choisir des dosages pour les cibles d’intérêt, les contrôles et lesréférences.

n

Dosages individuels — tubes contenant des ensembles d’amorces individuels à utiliser dans lesréactions en temps réel.

Afin de réduire la durée d’exécution totale, il est possible de supprimer l’étape de courbe de fusion duprotocole. Bio-Rad recommande vivement de n'apporter aucune autre modification à un protocole de lasérie PrimePCR. Le protocole par défaut est celui ayant été utilisé pour la validation du dosage. Toutécart par rapport à cela peut avoir des répercussions sur les résultats. Les modifications apportées au
protocole sont notées dans l'onglet Run Information (Informations sur la série) du fichier de données quien résulte et dans les éventuels rapports créés.

Pour démarrer une série PrimePCRu

Pour démarrer une série PrimePCR, procéder de l’une des façons suivantes :nDans le Startup Wizard (Assistant de démarrage), sélectionner PrimePCR dans l’onglet Run
Setup (Configuration de la série) puis sélectionner la composition chimique (SYBR® ou sonde).

n

Sélectionner une série PrimePCR dans la liste Recent Runs (Séries récentes) de l’onglet
Repeat Run (Répéter la série) du Startup Wizard (Assistant de démarrage).

n

Sélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > PrimePCR Run File (Fichier de série PrimePCR)
dans la fenêtre d’accueil.

nGlisser-déposer un fichier de série PrimePCR sur la fenêtre d’accueil.

Une fois qu'une série PrimePCR a été sélectionnée, la fenêtre Run Setup (Configuration de la série)ouvre l'onglet Start Run (Démarrer la série) avec la disposition de plaque PrimePCR par défaut chargée
sur la base de l'appareil sélectionné.

Pour supprimer l’étape de courbe de fusion du protocoleu

Sur l’onglet Protocol (Protocole), décocher la case en regard de Include Melt Step (Inclure l’étape decourbe de fusion).

196 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Réalisation d'expériences PrimePCR

Pour importer les informations de la cible pour les plaques PrimePCR dans une dispositionde plaque1.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nDans l’onglet Real-time Status (État en temps réel) de la boîte de dialogue Run Details (Détailsde la série), sélectionner Plate Setup (Configuration de la plaque) > Apply PrimePCR File
(Appliquer le fichier PrimePCR).

nDans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données), sélectionner Plate Setup (Configuration dela plaque) > Apply PrimePCR File (Appliquer le fichier PrimePCR).

2.

Dans la boîte de dialogue PrimePCR Run File (Fichier de série PrimePCR), cliquer sur Browse(Parcourir) pour accéder au fichier PrimePCR approprié (.csv).

3.

Sélectionner le fichier PrimePCR de la cible puis cliquer sur Open (Ouvrir).

Le Système CFX Opus Dx importe les informations de la cible dans la disposition de la plaque.

Guide d’utilisation | 197

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Transfert de données autonomes à des fins d’analyse
Important : Lorsque vous transférez des fichiers de données du Système CFX Opus Dx vers
CFX Maestro Dx SE, tous les fichiers enregistrés sur le système sont transférés. Veiller à disposer desuffisamment d’espace disque pour le transfert.
Une fois la série achevée, CFX Maestro Dx SE analyse les données de fluorescence. Si la série est
réalisée en mode autonome et enregistrée sur le Système CFX Opus Dx, les données doivent êtretransférées sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE à des fins d’analyse.
Le Système CFX Opus Dx peut stocker jusqu’à 100 séries de PCR en temps réel. Une fois la série
achevée, l’utilisateur peut transférer les fichiers de données autonomes à l’ordinateur CFX Maestro Dx
SE par e-mail, sur une clé USB ou par le biais du logiciel.
Cette section explique les modalités de transfert des fichiers de données autonomes à l’ordinateur
CFX Maestro Dx SE.

Transfert des données par e-mailPour envoyer un fichier de données par e-mail à la fin d'une série
1.

Configurer les notifications par e-mail pour l’appareil.
Voir Configuration de la notification par e-mail à la page 87 ou le Manuel d’utilisation du Système de
PCR en temps réel CFX Opus Dx.

2.

Lors de la configuration des notifications par e-mail, s’assurer d’avoir coché la case Attach Data File
(Joindre le fichier de données).
Les données de la série sont envoyées par e-mail sous forme d'un fichier .pcrd.

Transfert de données depuis le Système de PCR en temps réel
CFX Opus Dx
La fonction File Browser (Navigateur de fichiers) du Système CFX Opus Dx vous permet de transférer
des fichiers de données vers une clé USB connectée ou vers un dossier réseau partagé. Vous pouvezégalement transférer des fichiers de protocole CFX Maestro Dx SE d’un lecteur USB ou d’un lecteur
réseau partagé vers votre dossier ou le dossier Public sur le Système CFX Opus Dx et les exécuter sur leSystème CFX Opus Dx.
Conseil : Cette section explique comment transférer des données. Pour plus d’informations sur laconfiguration de la connexion Ethernet, consultez le Manuel d’utilisation du Système de PCR entemps réel CFX Opus Dx disponible dans le menu Help (Aide) de CFX Maestro Dx SE.

198 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Transfert de données autonomes à des fins d’analyse1.

Sur l’écran d’accueil du Système CFX Opus Dx, appuyez sur Files (Fichiers) pour afficher l’écran FileBrowser (Navigateur de fichiers).

2.

Sur l’écran File Browser (Navigateur de fichiers), accédez au fichier que vous souhaitez copier, puis
appuyez sur le fichier pour afficher le volet de détails du fichier.

3.

Dans le volet des détails du fichier, appuyez sur Options, puis sur Copy (Copier).

La boîte de dialogue Select Location (Sélectionner un emplacement) s’affiche.
4.

Dans la boîte de dialogue Select Location (Sélectionner un emplacement), effectuez l’une desopérations suivantes :nAccédez à un dossier existant.

nAccédez à l’emplacement pour créer un dossier dans lequel enregistrer le fichier, puis appuyez
sur Create Folder (Créer un dossier)(5.

) pour créer un nouveau dossier à cet emplacement.

Appuyez sur Select (Sélectionner) pour copier le fichier à l’emplacement sélectionné ou sur Cancel(Annuler) pour revenir à l’écran File Browser (Navigateur de fichiers).
Remarque : Si un fichier portant le même nom existe à l’emplacement sélectionné, un message
s’affiche. Appuyez sur Yes (Oui) pour écraser le fichier existant ou sur No (Non) pour revenir àl’écran File Browser (Navigateur de fichiers).

Guide d’utilisation | 199

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Le Système CFX Opus Dx affiche un message de confirmation lorsque le fichier est copié avec
succès.

200 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Transfert de données autonomes à des fins d’analyse

Transfert de données via le Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition
Pour transférer des données via CFX Maestro Dx SE
1.

Dans le volet Detected Instruments (Appareils détectés) de la fenêtre d’accueil, cliquer avec lebouton droit sur l’appareil cible et sélectionner Retrieve Data Files (Récupérer les fichiers dedonnées).
CFX Maestro Dx SE affiche la boîte de dialogue Browse For Folder (Rechercher un dossier).

2.

Dans la boîte de dialogue Browse For Folder, accéder à l’emplacement où il est prévu d’enregistrer
les fichiers de données puis cliquer sur OK.
Le processus de transfert crée un dossier nommé Real-Time Data (Données en temps réel) àl'emplacement sélectionné. Les données de la série sont enregistrées dans le dossier Real-Time
Data (Données en temps réel) comme fichiers .zpcr séparés.

Transfert de données à l'aide d'une clé USB
L'insertion d'une clé USB dans le port correspondant situé sur l'appareil enregistre automatiquement lefichier de données dans le répertoire racine de la clé USB une fois la série achevée. Il est également
possible de localiser des fichiers de données précédemment enregistrés et de les enregistrer sur une clé
USB insérée.

Pour transférer des fichiers de données sur une clé USB sur le Système CFX Opus Dx
uDans la boîte de dialogue Select Location (Sélectionner l’emplacement), appuyer sur USB etaccéder au dossier cible dans lequel copier le fichier ou sur Cancel (Annuler) pour revenir à l’écran
File Browser (Navigateur de fichiers).
Remarque : Si un fichier portant le même nom existe à l’emplacement sélectionné, une boîte dedialogue s’affiche. Appuyez sur Yes (Oui) pour écraser le fichier existant ou sur No (Non) pourrevenir à l’écran File Browser (Navigateur de fichiers).

Le Système CFX Opus Dx affiche un message de confirmation lorsque le fichier est copié avec succès.

Guide d’utilisation | 201

Chapitre 9 Réalisation d’expériences

Transfert de données via un lecteur réseau partagé à l’aide duSystème de PCR en temps réel CFX Opus Dx
Conseil : Vous pouvez transférer des données vers et depuis un lecteur réseau partagé uniquement
via le Système CFX Opus Dx.
Le Système CFX Opus Dx vous permet de vous connecter à un lecteur réseau partagé via Ethernet. Unefois la connexion établie, vous pouvez transférer des fichiers de données vers et depuis un dossier sur lelecteur réseau partagé.

Pour transférer des données vers et depuis un lecteur réseau partagéuDans la boîte de dialogue Select Location (Sélectionner l’emplacement), appuyer sur Network(Réseau) et accéder au dossier cible dans lequel copier le fichier ou sur Cancel (Annuler) pourrevenir à l’écran File Browser (Navigateur de fichiers).
Remarque : Si un fichier portant le même nom existe à l’emplacement sélectionné, une boîte dedialogue s’affiche. Appuyez sur Yes (Oui) pour écraser le fichier existant ou sur No (Non) pourrevenir à l’écran File Browser (Navigateur de fichiers).

Le Système CFX Opus Dx affiche un message de confirmation lorsque le fichier est copié avec succès.

Création d’un fichier de données
Pour analyser les données transférées de l’appareil vers l’ordinateur CFX Maestro Dx SE, le fichier dedonnées compressé (fichier .zpcr) doit être converti en fichier de données (fichier .pcrd). CFX Maestro Dx
SE convertit le fichier .zpcr en fichier .pcrd, puis sélectionne un fichier de plaque utilisant le même modede balayage et la même taille de plaque et l’applique au fichier .pcrd.

Pour créer un fichier de données à partir d’un fichier de données autonome
1.

Dans CFX Maestro Dx SE, procéder de l’une des façons suivantes :nLocaliser le fichier .zpcr cible et le faire glisser sur la fenêtre d’accueil de CFX Maestro Dx SE.

n

Sélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > Stand-alone Run (Exécution autonome) puis
accéder au fichier cible et le sélectionner.

CFX Maestro Dx SE fait apparaître la boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous).
2.

Accéder au dossier dans lequel il est prévu d’enregistrer le fichier .pcrd puis cliquer sur Save
(Enregistrer).
Une fois le fichier .pcrd enregistré, CFX Maestro Dx SE ouvre la fenêtre Data Analysis (Analyse dedonnées) et affiche les données qui en résultent.

202 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse dedonnées
Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition traite automatiquement les données de la PCR en temps
réel à la fin de chaque série et ouvre la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) pour afficher ces
données (le fichier .pcrd).
nFaire glisser un fichier de données (extension .pcrd) sur la fenêtre d’accueil et le déposernSélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > Data File (Fichier de données) dans la fenêtre d’accueilet accéder au fichier .pcrd de la cible.

n

Sélectionner File (Fichier) > Recent Data Files (Fichiers de données récents) de la fenêtre d’accueil
pour faire une sélection dans une liste des dix fichiers de données ouverts le plus récemmentn

Choisir l’onglet Analyze (Analyser) dans l’assistant de démarrage puis sélectionner dans Recent
Files (Fichiers récents) ou cliquer sur Browse (Parcourir) pour localiser le fichier de donnéesFenêtre Data Analysis (Analyse de données)
La fenêtre Data Analysis (Analyse de données) comporte plusieurs onglets, chacun présentant lesdonnées analysées pour une méthode d'analyse spécifique ou des informations spécifiques à la série.
Les onglets n’apparaissent que si les données recueillies dans la série sont disponibles pour ce typed’analyse.

Conseil : Pour choisir les onglets à afficher, les sélectionner dans le menu View (Affichage)
déroulant de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Pour revenir à la disposition d'origine
des onglets, sélectionner Settings (Paramètres) > Restore Default Window Layout (Rétablir ladisposition par défaut de la fenêtre).

Guide d’utilisation | 203

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Barre d'outils Data Analysis (Analyse de données)
La barre d’outils de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) fournit un accès rapide à d’importantes
fonctions d’analyse de données.

Le Tableau 11 répertorie les fonctions des boutons dans la barre d’outils.
Tableau 11. Barre d’outils de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données)

BoutonNom

Fonction

Plate Setup

View/Edit plate (Afficher/modifier la plaque) —(Configuration de laouvre l’éditeur de plaque pour afficher etplaque)modifier le contenu des puits.
Replace Plate file (Remplacer le fichier deplaque) — sélectionne un fichier de plaque pourremplacer la disposition de plaque.
Apply PrimePCR file (Appliquer le fichierPrimePCR) — sélectionne un fichier de série
afin de remplacer la disposition de plaque pourune série PrimePCR.

Manage Well

Ouvre la fenêtre Well Groups Manager

Groups (Gérer les(Gestionnaire des groupes de puits) pour créer,groupes de puits)

modifier et supprimer des groupes de puits.

Well Group

Sélectionne un nom de groupe de puits existant(Groupe de puits)dans le menu déroulant. La sélection par défaut
est All Wells (Tous les puits). Ce bouton
apparaît uniquement lorsque des groupes depuits sont créés.

Analysis Mode

Analyse les données soit en mode Fluorophore,(Mode d'analyse)

soit en mode Target (Cible).

Help (Aide)

Ouvre la rubrique Help (Aide) du logiciel oùvous trouverez l’aide en ligne et une copie
numérique de ce manuel au format Acrobat
PDF.

204 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Data Analysis (Analyse de données)

Barre du menu Data Analysis (Analyse de données)
Le Tableau 12 répertorie les éléments de la barre de menu de la fenêtre Data Analysis (Analyse dedonnées).
Tableau 12. Éléments de la barre de menu de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données)Élément dumenu

Commande

Fonction

File (Fichier)

Save (Enregistrer)

Enregistre le fichier.

Save As (Enregistrer sous)

Enregistre le fichier sous un nouveau nom.

File Passwords (Mots de passe

Permet aux utilisateurs de définir des mots dedes fichiers)

passe d’enregistrement et d’ouverture defichiers.

Sign (Signer)

Permet aux utilisateurs de signer le fichier dedonnées.

Repeat Run (Répéter la série)Extrait le fichier de protocole et de plaque de lasérie en cours pour l’exécuter à nouveau.

Close (Fermer)

Ferme la fenêtre Data Analysis (Analyse dedonnées).

View (Affichage)

Run Log (Journal des séries)

Ouvre une fenêtre Run Log (Journal desséries) pour visualiser le journal des séries dufichier de données actuel.

Audit Trail (Piste d’audit)

Ouvre la piste d’audit du fichier.

Quantification, Melt Curve (Courbe

Affiche les données analysées dans lesde fusion), Gene Expression

onglets sélectionnés de la fenêtre Data

(Expression génique), End Point

Analysis (Analyse de données). Au moins un(Point final), Custom Data View

onglet doit être sélectionné.

(Affichage de données
personnalisé), QC (CQ), Run
Information (Informations sur lasérie)

Guide d’utilisation | 205

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Tableau 12. Éléments de la barre de menu de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données),suite

Élément dumenu

Commande

Fonction

Paramètres

Cq Determination Mode (Mode deVous permet de sélectionner le modedétermination de Cq)

Regression ou Single Threshold (Seuil unique)pour déterminer comment les valeurs Cq sontcalculées pour chaque courbe.

206 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Data Analysis (Analyse de données)

Tableau 12. Éléments de la barre de menu de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données),suite

Élément dumenu

Commande

Fonction

Baseline Setting (Paramètre de la

Vous permet de sélectionner la méthodeligne de base)Baseline Subtraction (Soustraction de la lignede base) pour les groupes de puits
sélectionnés.

Mode d'analyse

Vous permet d’analyser les données par
Fluorophore ou par Target (Cible).

Cycles à analyser

Vous permet de sélectionner les cycles à
analyser.

Baseline Threshold (Seuil deOuvre la fenêtre Baseline Threshold (Seuil deréférence)

référence) pour ajuster la valeur de référence
ou le seuil.

Trace Styles (Styles des traces)

Ouvre la fenêtre Trace Styles (Styles destraces).

Plate Setup (Configuration de laOuvre l'éditeur de plaque pour visualiser etplaque)modifier la plaque ou remplacer la plaqueactuelle par une plaque provenant d'un fichierdéfini par l'utilisateur ou d'un fichier PrimePCR.

Include All Excluded Wells (Inclure

Inclut tous les puits exclus dans l'analyse.

tous les puits exclus)
Mouse Highlighting (Mise en

Active ou désactive la mise en surbrillancesurbrillance avec la souris)simultanée des données avec le pointeur de lasouris.
Conseil : Si Mouse Highlighting (Mise en
surbrillance avec la souris) est désactivé,
appuyer sur la touche Ctrl pour activer
temporairement la mise en surbrillance.

Restore Default Window Layout

Rétablit la disposition des fenêtres à la valeur(Rétablir la disposition par défaut

par défaut.

de la fenêtre)Guide d’utilisation | 207

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Tableau 12. Éléments de la barre de menu de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données),suite

Élément dumenu

Commande

Fonction

Exportation

Exporter toutes les feuilles deVous permet de choisir d’exporter toutes lesdonnéesvues de feuille de calcul de chaque onglet vers
un fichier .csv, .txt. Fichier Excel ou .xml.

Export RDML File (Exporter leVous permet de sélectionner la version 1.1 ou

fichier RDML)

1.0 du fichier RDML dans laquelle exporter lefichier.

Custom Export (Exportation

Ouvre la fenêtre Custom Export (Exportation

personnalisée)personnalisée) dans laquelle les champs àexporter et le format de fichier peuvent êtrespécifiés.

Export to LIMS Folder (Exporter

Ouvre une fenêtre pour enregistrer dans levers un dossier LIMS)

dossier LIMS les données dans un format
prédéterminé.

Manual Export (Exportation

Ouvre une fenêtre pour identifier

manuelle)

l’emplacement d’enregistrement des donnéesde toutes les vues de tableur dans des fichiers
Excel structurés spécifiquement pour êtreutilisés par Seegene, Inc. et Bio-Rad
Laboratories.
Conseil : Vous pouvez également
démarrer automatiquement lavisionneuse Seegene une fois
l’exportation terminée. Pour plusd’informations, voir Commandes du menu
Tools (Outils) à la page 73.

208 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Data Analysis (Analyse de données)

Tableau 12. Éléments de la barre de menu de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données),suite

Élément dumenu

Commande

Fonction

Tools (Outils)

Reports (Rapports)

Ouvre le rapport pour ce fichier de données.

Well Group Reports (Rapports desOuvre la fenêtre Well Group Report (Rapport

groupes de puits)

des groupes de puits) pour générer desrapports pour des groupes de puits spécifiés.

Import Fluorophore Calibration

Sélectionner un fichier de calibration à(Importer l'étalonnage desappliquer au fichier de données en cours.

fluorophores)
qbase+

Lance directement qbase+ v2.5 à partir dufichier .pcrd actuel s’il est installé.

Générer un fichier PLRN LIMS

Enregistre le fichier de données sous forme defichier .plrn au format LIMS.

Guide d’utilisation | 209

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Onglet Details (Détails)
Chaque onglet de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) affiche les données dans desgraphiques et des tableurs pour une méthode d'analyse spécifique et inclut un sélecteur de puits poursélectionner les données à afficher. À l’ouverture, la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) affiche
par défaut l’onglet Quantification. Il est possible d’utiliser les données du graphique de quantification del’onglet Quantification pour déterminer les paramètres d’analyse appropriés pour la série.

Remarque : Le logiciel relie les données des volets de chaque onglet Data Analysis (Analyse dedonnées). Par exemple, la mise en surbrillance d'un puits en plaçant le pointeur de la souris sur lepuits dans le sélecteur de puits met en surbrillance les données dans tous les autres volets.

Sélecteur du numéro d’étape
Les systèmes CFX Opus Dx peuvent acquérir des données de fluorescence à plusieurs étapes duprotocole ; le logiciel maintient indépendamment les données acquises à chaque étape. CFX Maestro Dx
SE affiche le sélecteur du numéro d’étape sous le graphique Standard Curve (Courbe d’étalonnage) dansl’onglet Quantification. Lorsqu’un protocole contient au moins une étape de collecte de données,
CFX Maestro Dx SE affiche les données de la première étape de collecte.
Si le protocole contient plusieurs étapes de collecte, il est possible de sélectionner une autre étape àpartir de la liste déroulante. Par exemple :210 | Logiciel CFX Maestro Dx SEFenêtre Data Analysis (Analyse de données)

Lorsqu’une étape est sélectionnée, le logiciel applique cette sélection à toutes les données qui
apparaissent dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).

Visualisation des groupes de puits dans l'analyse de données
Les puits de la plaque peuvent être regroupés en sous-ensembles pour une analyse indépendante
utilisant des groupes de puits. Lorsque des groupes de puits sont créés, leurs noms apparaissent dans laliste déroulante Well Groups (Groupes de puits) de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) dans labarre d'outils.
Si des groupes de puits ont été créés, le logiciel affiche le groupe de puits par défaut All Wells (Tous les
puits) à l'ouverture de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données), affichant les données dans tous les
puits avec le contenu des graphiques et des tableurs. Seuls les puits de ce groupe chargés avec lecontenu apparaissent dans le sélecteur de puits, et seules les données de ces puits sont incluses dansles calculs de l’analyse de données.
Conseil : Pour créer, modifier et supprimer des groupes de puits, cliquer sur Manage Well Groups(Gérer les groupes de puits) dans la barre d’outils.
Remarque : Si aucun groupe de puits n’a été créé, la liste déroulante Well Groups (Groupes depuits) n’apparaît pas dans la barre d’outils.

Changement du contenu des puits après une série
Durant l'analyse de données, le fait de modifier la façon dont les données sont affichées en changeant lecontenu des puits dans l'éditeur de plaque ne modifie jamais les données de fluorescence recueillies à
partir de chaque puits durant la série. Après le recueil des données de fluorescence par le module, ces
données ne peuvent pas être supprimées mais il est possible de choisir de les supprimer de l'affichage etde l'analyse.

Pour modifier le contenu des puits après une sérieuDans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données), cliquer sur Plate Setup (Configuration de laplaque) et sélectionner l’une des options suivantes :nEdit/View Plate (Modifier/afficher la plaque) — ouvre l’éditeur de plaque où il est possible deprocéder à des changements manuels de la disposition.

n

Replace Plate File (Remplacer le fichier de plaque) — ouvre le navigateur Select Plate(Sélectionner la plaque) où il est possible d’accéder à un fichier de plaque précédemment
enregistré par lequel remplacer la disposition de la plaque actuelle.

nApply PrimePCR file (Appliquer le fichier PrimePCR) — ouvre la boîte de dialogue SelectPrimePCR file (Sélectionner le fichier PrimePCR) où il est possible d’accéder à un fichier de lasérie PrimePCR et de l’appliquer à la disposition de la plaque.

Guide d’utilisation | 211

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Conseil : Il est possible d’ajouter ou de modifier des informations sur le contenu du puits avant unesérie, pendant une série ou après la fin d’une série PCR. Il faut définir le mode de balayage et lesdimensions de la plaque avant la série. Ces paramètres ne peuvent pas être modifiés après la série.

212 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Paramètres de l’analyse de données

Paramètres de l’analyse de données
Les données du graphique d’amplification dans l’onglet Quantification affichent l’unité de la fluorescence
relative (RFU) pour chaque puits, et ce, à chaque cycle. Chaque courbe dans le graphique représente lesdonnées issues d’un seul fluorophore dans un puits. Ces données sont utilisées pour déterminer lesvaleurs de Cq pour chaque puits et pour chaque fluorophore. Le logiciel utilise l’un des deux modes
suivants pour déterminer les valeurs de Cq :nRegression (Régression) — applique un modèle de régression non linéaire multivariable aux
courbes de puits individuelles et utilise ce modèle pour calculer une valeur de Cq optimale.

nSingle Threshold (Seuil unique) — utilise une valeur de seuil unique pour calculer la valeur de Cqbasée sur le point de franchissement du seuil des courbes de fluorescence individuelles.

Sélectionner Settings (Paramètres > Cq Determination Mode (Mode de détermination) pour choisir lemode de détermination du Cq.

Réglage du seuil
En mode Single Threshold (Seuil unique), il est possible de régler le seuil pour un fluorophore en cliquantsur la ligne de seuil dans le graphique Amplification et en déplaçant le pointeur de la souris verticalement.
De même, il est possible de spécifier un seuil de franchissement exact pour le fluorophore sélectionné.

Baseline Settings (Paramètres de la ligne de base)
Le logiciel définit automatiquement la ligne de base individuelle pour chaque puits. Le paramètre de laligne de base détermine la méthode de soustraction de la ligne de base pour l'ensemble des courbes defluorescence. Le logiciel fournit trois options de soustraction de la ligne de base :n

No Baseline Subtraction (Absence de soustraction de la ligne de base) — affiche les données
en tant que courbes de fluorescence relative. Ce mode (d’analyse) ne permettant pas la réalisationde certaines analyses, le logiciel n’affiche donc pas les onglets Gene Expression (Expression
génique), End point (Point final) et Allelic Discrimination (Discrimination allélique).

nBaseline Subtracted (Ligne de base soustraite) — affiche les données en tant que courbes
soustraites de la ligne de base pour chaque fluorophore dans un puits. Le logiciel doit soustraire lesdonnées de la ligne de base pour pouvoir déterminer les cycles de quantification, construire lescourbes d’étalonnage et définir la concentration des échantillons inconnus. Pour générer une courbe
soustraite de la ligne de base, le logiciel ajuste la meilleure ligne droite à la fluorescence enregistréede chaque puits pendant les cycles des valeurs de référence, puis soustrait les données d’adaptation
optimale des données soustraites du bruit de fond à chaque cycle.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Ajustement de la courbe soustraite de la ligne de base) —affiche les données en tant que courbes soustraites de la ligne de base, où le logiciel lisse la courbe

Guide d’utilisation | 213

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

soustraite de la ligne de base à l’aide d’un filtre spatial qui remplace la valeur centrale. Ce processus
est réalisé afin que chaque Cq reste invariant.
Outre ces options, il est également possible de sélectionner Apply Fluorescent Drift Correction (Appliquer
une correction à la dérive fluorescente). Pour les puits avec des valeurs RFU qui présentent une dérive
irrégulière pendant les premiers cycles d'une série, le logiciel extrait une valeur de référence estimée despuits adjacents pour lesquels une ligne de base horizontale avait été correctement générée.

Pour modifier le paramètre de soustraction de la ligne de baseu

Sélectionner Settings (Paramètres) > Baseline Setting (Paramètre de la ligne de base).

Mode d'analyse
Les données peuvent être regroupées et analysées soit par fluorophore, soit par nom de cible. Lorsqu'ellessont regroupées par fluorophore, les traces de données s'affichent par fluorophore, comme l'indique laconfiguration de la plaque pour cette série. Les données de chaque fluorophore apparaissent dans legraphique d'amplification et de courbe d'étalonnage (le cas échéant), lorsque les cases du sélecteur defluorophore correspondantes, situées sous le graphique d'amplification, sont cochées.

Lorsqu'elles sont regroupées par cible, les courbes de données s'affichent par le nom de cible saisi dansla configuration de la plaque pour cette série.

Pour choisir un mode d’analyse de donnéesuEffectuez l’une des opérations suivantes :nSélectionner Settings (Paramètres) > Analysis Mode (Mode d’analyse).

nChoisir un mode dans le menu déroulant Analysis Mode (Mode d’analyse) de la barre d’outils.

214 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Paramètres de l’analyse de données

Cycles à analyser
Il est possible de limiter le nombre de cycles à analyser. De même, il est possible d'analyser les donnéesà partir d'un ensemble de cycles spécifique. Le nombre maximum de cycles pouvant être analysés est 50.
Remarque : La suppression de cycles au début d’une série peut avoir des répercussions
importantes sur l’établissement de la valeur de référence.

Pour restreindre l’analyse des données à une plage spécifique de cycles
1.

Sélectionner Settings (Paramètres) > Cycles to Analyze (Cycles à analyser).
La boîte de dialogue Cycles to Analyze apparaît.

2.

Saisir les valeurs de cycle de début et de fin puis cliquer sur OK.

Cliquer sur la boîte de dialogue Restore Defaults in the Cycles to Analyze (Rétablir les valeurs par défaut
dans les cycles à analyser) pour revenir aux cycles initialement utilisés pour l'analyse.

Guide d’utilisation | 215

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Sélecteur de puits
Utiliser le sélecteur de puits pour afficher ou masquer les données de puits dans les tableaux ou lesfeuilles de calcul par le biais de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Seuls les puits danslesquels un échantillon a été chargé peuvent être sélectionnés dans le sélecteur de puits. Le logiciel
colore les puits dans le sélecteur de puits :nBleu — indique les puits sélectionnés. Les données provenant des puits sélectionnés apparaissent
dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).

n

Gris clair — indique les puits désélectionnés. Les données provenant des puits désélectionnésn’apparaissent pas dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).

n

Gris foncé — indique les puits vides.

Pour afficher ou masquer les données de puitsuDans le sélecteur de puits, effectuer l’une des opérations suivantes :nPour masquer un puits, cliquer sur le puits individuel. Pour afficher ce puits, cliquer à nouveau
sur le puits.

nPour masquer plusieurs puits, glisser sur les puits que l’on souhaite sélectionner. Pour afficher
ces puits, glisser à nouveau sur les puits.

nCliquer dans le coin supérieur gauche de la plaque pour masquer tous les puits. Cliquer ànouveau dans le coin supérieur gauche pour afficher tous les puits.

nCliquer sur le début d’une colonne ou d’une ligne pour masquer ces puits. Cliquer à nouveau surla colonne ou la ligne pour afficher les puits.

216 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Sélecteur de puits

Éléments du menu contextuel du sélecteur de puits
Le Tableau 13 répertorie les options contextuelles disponibles dans l’affichage Well Selector (Sélecteurde puits).
Tableau 13. Éléments de menu contextuel dans la vue des sélecteurs de puits

Élément

Fonction

Well XX (Puits XX)

N'affiche que ce puits, supprime ce puits de l'affichage, définit lacouleur pour ce puits ou exclut ce puits de l'analyse.

Selected Wells (Puits

N'affiche que ces puits, supprime ces puits de l'affichage, définit lasélectionnés) (cliquer avec lecouleur pour ces puits ou exclut ces puits de l'analyse.

bouton droit et faire glisser)
Copy (Copier)Copie le contenu du puits dans un presse-papiers, y compris Sample
Type (Type d'échantillon) et l'option Replicate # (Nb de réplicats).

Copy as Image (Copier en tant

Copie l'affichage du sélecteur de puits en tant qu'image.

qu'image)
Print (Imprimer)

Imprime l'affichage du sélecteur de puits.

Print Selection (Imprimer laImprime la sélection en cours.

sélection)
Export to Excel (Exporter vers

Exporte les données vers une feuille de calcul Excel.

Excel)
Export to Csv (Exporter vers

Exporte les données sous forme de document .csv.

Csv)
Export to Xml (Exporter vers

Exporte les données au format de document .xml.

Xml)
Well Labels (Étiquettes de puits)

Remplace les étiquettes de puits par Sample Type (Typed'échantillon), Target Name (Nom de cible) ou Sample Name (Nomd'échantillon).

Guide d’utilisation | 217

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Exclusion temporaire de puits de l'analyse
Pour exclure temporairement des puits de l'analyse de données
1.

Faire un clic droit sur le puits dans le sélecteur de puits, sur une trace de fluorescence ou sur un point
tracé sur la courbe d’étalonnage. Pour exclure plusieurs puits, faire un clic droit et faire glisser pourmettre en surbrillance plusieurs puits, traces ou points.

2.

À partir du menu contextuel, choisir l’option appropriée :nWell (Puits) > Exclude Well (Exclure le puits)nSelected Wells (Puits sélectionnés) > Exclude from Analysis (Exclure de l’analyse)nSelected Traces (Traces sélectionnées) > Exclude these wells from Analysis (Exclure ces puits
de l’analyse)

Le cas échéant, pour supprimer les puits de l’analyse de manière permanente, effacer le contenu despuits dans l’éditeur de plaque en cliquant sur le bouton Clear Wells (Effacer les puits).
Important : Il faut resaisir tout contenu de puits ayant été effacé.

Pour inclure un puits excluuFaire un clic droit sur le puits approprié dans le sélecteur de puits puis sélectionner Well > Include
Well in Analysis (Inclure le puits dans l’analyse).

218 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Graphiques

Graphiques
Chaque graphique dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) affiche les données avec une
représentation graphique différente et propose des options pour ajuster et exporter les données ou lesgraphiques.

Outils des graphiques
Le Tableau 14 reprend les options du menu contextuel disponibles dans la plupart des graphiques.
Tableau 14. Éléments du menu contextuel communs à la plupart des graphiques

Élément

Fonction

Copy (Copier)Copie le graphique dans un presse-papiers.

Save Image As... (Enregistrer

Enregistre le graphique comme un fichier image. Définir la résolution etl'image sous...)les dimensions de l'image puis sélectionner le type de fichier (PNG,
GIF, JPG, TIF ou BMP).

Page Setup... (Mise en page...)Sélectionne une mise en page pour l'impression.

Print... (Imprimer...)

Imprime le graphique.

Set Scale to Default (Rétablir

Affiche toutes les données dans le graphique en barres. Les barres del'échelle par défaut)défilement s’affichent s’il y a trop de points de données/d’échantillons à
afficher dans la zone du graphique.

Paramètres des graphiques

Ouvre la boîte de dialogue Chart Settings (Paramètres desgraphiques) dans laquelle il est possible de modifier les options
d’affichage du graphique, notamment :n Titres du graphique et des axes
n Police et dimensions du graphique et des axes
n Échelle des axes
n Position des légendes

Les outils des graphiques apparaissent également dans chaque graphique de la fenêtre Data Analysis(Analyse de données). Tous les graphiques affichent ces outils :Copy To Clipboard (Copier dans le presse-papiers) — copie le contenu de l’affichage graphique dansle presse-papiers.
Chart Settings (Paramètres des graphiques) — ouvre la boîte de dialogue Chart Settings (Paramètres
des graphiques) dans laquelle il est possible de modifier les options d’affichage du graphique.

Guide d’utilisation | 219

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Export (Exporter) — ouvre la boîte de dialogue Export Options (Options d’exportation) à partir delaquelle il est possible de modifier la résolution et les dimensions du graphique et d’enregistrer celui-ci à
un emplacement spécifié sous l’un des types de fichiers suivants :
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Outils des graphiques en barres
Outre les outils des graphiques, les graphiques en barres affichent les outils suivants :Sort (Trier) — trie les cibles et les échantillons par ordre alphabétique ou alphabétique inversé.
Color Settings (Paramètres de couleur) — ouvre la boîte de dialogue Color Settings (Paramètres decouleur) dans laquelle il est possible de changer la couleur des cibles et des échantillons.
Pour plus d’informations sur ces outils, consulter Modification et annotation de l’affichage du graphique àla page 282.

Outils des graphiques d'amplification
Outre les outils énumérés ci-dessus, les graphiques d’amplification affichent les outils suivants :Trace Styles (Styles des courbes) — ouvre la boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes) danslaquelle il est possible de modifier l’apparence des courbes dans le graphique d’amplification.
Baseline Threshold (Seuil de référence) — ouvre la boîte de dialogue Baseline Threshold (Seuil deréférence) dans laquelle il est possible de modifier la valeur de référence par défaut pour les puits
sélectionnés ou le seuil pour chaque courbe de fluorescence dans le graphique d’amplification.

Copie des données du graphique dans le presse-papiers
L'utilisateur peut copier le contenu de l'affichage du graphique et le coller dans n'importe quelleapplication qui accepte les fichiers d'image au format bitmap.

Pour copier les données du graphique dans le presse-papiers
1.

Dans les outils de graphique, sélectionnez l’icône Copy to Clipboard (Copier dans le presse-papiers).

2.

Ouvrir une application qui accepte les images bitmap, par exemple, Microsoft Word.

3.

Cliquer avec le bouton droit et sélectionner Paste (Coller) pour coller l'image bitmap du pressepapiers dans l'application.

220 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Graphiques

Modification des paramètres d'affichage du graphique
Utiliser la boîte de dialogue Chart Settings (Paramètres du graphique) pour modifier les titres, les polices
et les tailles, l’échelle des axes et l’emplacement de la légende pour le graphique affiché. Les
modifications apportées s'appliquent uniquement au graphique affiché et sont enregistrées avec cedernier.

Pour modifier les paramètres d'affichage du graphique
1.

Dans les outils du graphique, cliquer sur Chart Settings (Paramètres du graphique).
La boîte de dialogue Chart Settings (Paramètres du graphique) apparaît.

2.

3.

Sélectionner l’onglet Chart And Axes (Graphique et axes) pour :nSaisir un titre pour le graphique.

n

Saisir un nouveau titre pour l’axe des abscisses et mettre les étiquettes à l’angle.

nSaisir un nouveau titre pour l’axe des ordonnées.

Sélectionner l’onglet Fonts (Polices) pour modifier la police et la taille de police du graphique.
Conseil : Par défaut, la taille des caractères est automatiquement mise à l’échelle en réponse
aux modifications de dimensions du graphique. Sélectionner Changer Font Size (Modifier lataille de police) pour définir une taille de police statique pour chaque type d'étiquette.

4.

Sélectionner l’onglet Axes Scale (Échelle des axes) pour :nEffacer la mise à l’échelle automatique des axes des abscisses et des ordonnées et spécifier
des valeurs de mise à l’échelle minimales et maximales.

Guide d’utilisation | 221

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de donnéesn5.

Choisir d’afficher le quadrillage ou les graduations sur le graphique.

Sélectionner l’onglet Legend (Légende) pour :nChoisir de masquer la légende du graphique.

nModifier la position par défaut de la légende du graphique.

Remarque : Une fois placée à gauche ou à droite du graphique, la légende affiche uniquement
les dix premiers fluorophores dans le graphique.
6.

Cliquer sur Apply (Appliquer) à tout moment pour afficher les modifications apportées au paramètres
du graphique sans les enregistrer.

7.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir au graphique.

Exportation du graphique
Utiliser cette boîte de dialogue pour modifier la largeur, la hauteur et la résolution du graphique afin del’exporter vers l’un des formats de fichier suivants :
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Le graphique exporté peut alors être utilisé pour présenter les résultats dans des sessions d’affichage,des présentations Microsoft PowerPoint et des revues professionnelles.
Remarque : Prendre ce qui suit en compte lors de la modification des réglages :nnLimites maximum et minimum pour la largeur et la hauteuroÀ 72 dpi : 0,1 à 83 poucesoÀ 96 dpi : 0,1 à 62 poucesoÀ 150 dpi : 0,1 à 40 poucesoÀ 300 dpi : 0,1 à 20 poucesoÀ 600 dpi : 0,1 à 10 poucesoPour toutes les résolutions : 2 à 6 000 pixels

Le rapport hauteur/largeur repose sur la largeur.

Pour exporter le graphique1.

À partir des outils des graphiques, cliquer sur Export (Exporter).
La boîte de dialogue Export Preview (Aperçu de l'exportation) apparaît.

222 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Graphiques

2.

Modifier les paramètres de l'affichage comme souhaité.

3.

Cliquer sur Export (Exporter).

4.

Dans la boîte de dialogue Export, procéder comme suit :5.

a.

(Facultatif) Accéder au dossier dans lequel enregistrer le fichier du graphique.

b.

Saisir un nom pour le fichier et choisir un type de fichier dans la liste déroulante.

Cliquer sur Save (Enregistrer) pour enregistrer le fichier du graphique.

Modification des paramètres de seuil des valeurs de référence
En mode Single Threshold (Seuil unique), il est possible d'ajuster le seuil pour un fluorophore en cliquantsur la ligne de seuil dans le graphique Amplification et en déplaçant le pointeur de la souris verticalement.
De même, il est possible de spécifier un seuil de franchissement exact pour le fluorophore sélectionné.
Conseil : Il est possible de spécifier une plage de cycles pour déterminer la ligne de base de tous lesfichiers de données dans l’onglet Data Analysis (Analyse de données) dans User (Utilisateur) > User
Preferences (Préférences utilisateur).

Pour ajuster le cycle de référence de début et de fin pour chaque puits
1.

Dans l’onglet Quantification, sélectionner un seul fluorophore sous le graphique Amplification.

2.

Dans les outils du graphique, sélectionner Baseline Threshold (Seuil de référence).

Guide d’utilisation | 223

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

La boîte de dialogue Baseline Threshold (Seuil de référence) apparaît.
3.

4.

Dans la section Baseline Cycles (Cycles de référence), procéder de l’une des façons suivantes :nPour sélectionner un puits, cliquer sur le numéro de ligne correspondant.

nPour sélectionner plusieurs puits adjacents, cliquer sur le numéro de ligne du premier puits etfaire glisser la colonne jusqu’au dernier puits.

nPour sélectionner plusieurs puits non adjacents, maintenir la touche Ctrl enfoncée et cliquer sur
le numéro de ligne de chaque puits cible.

n

Pour sélectionner tous les puits, cliquer sur le coin supérieur gauche du tableau.

Ajuster les cycles Baseline Begin (Début de la ligne de base) et Baseline End (Fin de la ligne debase) pour tous les puits sélectionnés ou changer le numéro de cycle Begin (Début) et End (Fin) au
pied du tableur.
Conseil : Pour rétablir les dernières valeurs enregistrées des paramètres, cliquer sur Reset All
User Defined Values (Rétablir toutes les valeurs définies par l’utilisateur).

5.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir au tableau.

Pour spécifier une plage de cycles pour tous les fichiers de donnéesuDans la fenêtre d’accueil ou l’éditeur de plaque, sélectionner User (Utilisateur) > User Preferences(Préférences utilisateur) puis choisir l’onglet Data Analysis (Analyse de données).

Tri des données de cibles, d’échantillons et de groupes biologiques
Remarque : Cette option n’est disponible que sur les graphiques d’expression génique.
Par défaut, les listes Targets (cibles), Samples (Échantillons) et Biological Groups (Groupes biologiques)
apparaissent par ordre alphabétique. Utiliser la boîte de dialogue Sort (Trier) pour trier l’affichage en ordre
alphabétique inverse ou pour manuellement déplacer un terme vers une position différente dans la liste.

Pour trier les données de cibles, d’échantillons et de groupes biologiques
1.

À partir des outils des graphiques, cliquer sur Sort (Trier).
La boîte de dialogue Gene Expression Chart Sorting (Tri du graphique d’expression génique)apparaît.

224 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Graphiques

2.

Dans la boîte de dialogue, cliquer sur Z-A pour trier la liste en ordre alphabétique inverse.

3.

Pour manuellement déplacer un terme, le sélectionner et cliquer sur le bouton approprié entre lesgraphiques :4.

nCliquer sur la flèche vers le haut ou vers le bas pour déplacer le terme sélectionné d’une
position.

nCliquer sur la flèche vers le haut ou vers le bas avec une barre pour déplacer le termesélectionné vers le haut ou le bas de la liste.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir à l'onglet Gene Expression (Expression
génique).

Guide d’utilisation | 225

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Modification des paramètres de couleurs d’une cible et d’un échantillon
Remarque : Cette option n’est disponible que sur les graphiques d’expression génique.
Utiliser la boîte de dialogue Color Settings (Paramètres de couleurs) pour modifier la couleur d'une cible
ou d'un échantillon ou pour supprimer l'élément du graphique.

Pour modifier les paramètres de couleurs
1.

Dans les outils du graphique, sélectionner Color Settings (Paramètres de couleurs).
La boîte de dialogue Color Settings (Paramètres de couleurs) apparaît.

2.

Pour modifier la couleur d'affichage d'une cible ou d'un échantillon, cliquer sur sa couleur dans lacolonne Color (Couleur).

3.

Dans la boîte de dialogue Color (Couleur) qui apparaît, sélectionner une nouvelle couleur et cliquer
sur OK.

4.

Pour supprimer l’élément du graphique d’expression génique, décocher la case correspondante
dans la colonne Show Chart (Afficher le graphique).
Conseil : Pour effacer tous les éléments du graphique d’expression génique, décocher la caseShow Chart (Afficher le graphique) dans l’en-tête de colonne.

5.

(Facultatif) Par défaut, le graphique en barres se présente avec des couleurs de dégradé. Pour
afficher une couleur unie, sélectionner Use Solid Colors (Utiliser des couleurs unies).

6.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir à l'onglet Gene Expression (Expression
génique).

226 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Graphiques

Grossissement d'une zone du graphique
Pour grossir une zone du graphiqueuCliquer et glisser sur le graphique puis cliquer sur Zoom. Le logiciel redimensionne le graphique et lecentre sur la zone sélectionnée.
Remarque : Le graphique en barres ne nécessite pas de cliquer sur la commande Zoom qui
s’affiche.

Pour redimensionner le graphique en plein écran
u

Faire un clic droit dans le graphique puis sélectionner Set Scale to Default (Rétablir l’échelle pardéfaut).

Copie de graphiques dans un fichier Microsoft
Il est possible de copier des graphiques de données dans des documents Microsoft Word, Excel ou
PowerPoint. La résolution d’image correspond à celle de l’écran d’où l’image provient.

Pour copier des graphiques dans un fichier Microsoft
1.

Dans la fenêtre Data Analysis (Analyse des données), cliquez sur Copy To Clipboard (Copier dans lepresse-papiers) dans le coin supérieur droit du volet du graphique.

2.

Ouvrir un fichier Microsoft vierge et coller le contenu du presse-papiers.

Éléments courants du menu contextuel pour les graphiques
Le Tableau 15 répertorie les éléments de menu contextuel disponibles dans les graphiques. Certains deséléments sont présents pour l’ensemble des graphiques, notamment les éléments permettant de modifier
l’affichage des données ou de faciliter l’exportation des données d’un graphique.
Tableau 15. Éléments de menu contextuel pour les graphiques

Élément

Fonction

Copy (Copier)Copie le graphique dans le presse-papiers.

Save Image As

Enregistre l’image avec une taille, une résolution et un type de fichier spécifiques,(Enregistrer l’image

notamment PNG (par défaut), JPG et BMP.

sous)
Page Setup (Mise

Affiche les options de configuration d’impression.

en page)

Guide d’utilisation | 227

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Élément

Fonction

Print (Imprimer)

Imprime le graphique.

Set Scale to Default

Rétablit l'affichage par défaut du graphique après un grossissement.

(Rétablir l'échelle
par défaut)
Chart Options

Ouvre la fenêtre Chart Options (Options du graphique) pour modifier le graphique,(Options duy compris son titre, sélectionner les limites pour les axes des abscisses et desgraphique)ordonnées, et afficher le quadrillage les repères mineurs des axes.

Remarque : Les éléments de menu qui s’appliquent à des graphiques spécifiques sont décrits dansle Chapitre 11, Détails de l’analyse de données.

228 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Feuilles de calcul

Feuilles de calcul
Les feuilles de calcul reproduites dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) comportent desoptions qui permettent de trier et de transférer les données. Trier les colonnes en appliquant l’une de ces
méthodes :n

Cliquer sur une colonne et la faire glisser vers un nouvel emplacement dans le tableau sélectionné.

nCliquer sur l’en-tête de colonne pour trier les données dans l’ordre croissant ou décroissant.

Pour trier jusqu'à trois colonnes de données dans la fenêtre Sort (Trier)1.

Cliquer avec le bouton droit sur la feuille de calcul et sélectionner Sort (Trier).

2.

Dans la boîte de dialogue Sort (Trier), sélectionner le titre de la première colonne à trier. Trier lesdonnées dans l'ordre croissant ou décroissant.

3.

Sélectionner une deuxième ou troisième colonne à trier et choisir Ascending (Croissant) ou
Descending (Décroissant).

4.

Cliquer sur OK pour trier les données ou sur Cancel (Annuler) pour arrêter le tri.

Conseil : Mettre les données des graphiques et du sélecteur de puits associés en surbrillance en
passant le pointeur de la souris au-dessus d’une cellule. Cliquer dans une cellule pour copier et coller
son contenu dans un autre programme logiciel.

Éléments courants du menu contextuel pour les feuilles de calcul
Le Tableau 16 répertorie les éléments du menu contextuel disponibles sur n’importe quelle vue de lafeuille de calcul.
Tableau 16. Éléments du menu contextuel pour les feuilles de calcul

Élément

Fonction

Copy (Copier)Copie le contenu des puits sélectionnés vers un presse-papiers,
puis le colle dans une feuille de calcul telle qu'Excel.

Copy as Image (Copier en tant

Copie la vue de la feuille de calcul comme fichier image et le colle

qu'image)dans un fichier acceptant un fichier image, notamment les fichiers
texte, image ou de tableur.

Print (Imprimer)

Imprime la vue actuelle.

Print Selection (Imprimer laImprime la sélection en cours.

sélection)

Guide d’utilisation | 229

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Tableau 16. Éléments du menu contextuel pour les feuilles de calcul, suiteÉlément

Fonction

Export to Excel (Exporter vers

Exporte les données vers une feuille de calcul Excel.

Excel)
Export to Text (Exporter vers

Exporte les données vers un éditeur de texte.

texte)
Export to Csv (Exporter vers

Exporte les données dans un fichier .csv.

Csv)
Export to Xml (Exporter vers

Exporte les données vers un fichier .xml.

Xml)
Export to Html (Exporter vers

Exporte les données vers un fichier .html.

Html)
Find (Rechercher)

Recherche du texte.

Sort (Trier)Trie les données dans trois colonnes maximum.

Select Columns (Sélectionner

Sélectionne les colonnes qui apparaîtront dans la feuille de calcul.

des colonnes)

230 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Exportation

Exportation
CFX Maestro Dx SE fournit quatre options d’exportation dans le menu déroulant Export (Exporter) :nExporter toutes les feuilles de donnéesnExport RDML Files (Exporter les fichiers RDML)n

Custom Export (Exportation personnalisée)nExport to LIMS Folder (Exporter vers un dossier LIMS)nManual Export (Exportation manuelle)

Exportation de toutes les fiches de données
Il est possible d'exporter tous les affichages des feuilles de calcul de chaque onglet de CFX Maestro Dx
SE vers des fichiers distincts.

Pour exporter toutes les feuilles de donnéesuSélectionner Export (Exporter) > Export All Data Sheets (Exporter toutes les feuilles de données)puis sélectionner le type de fichier souhaité :n

CSV (*.csv)

nTexte (*.txt)nClasseur Excel (*.xlsx)
Les analyses exportées sont enregistrées dans plusieurs fichiers de classeur Excel avec un
onglet de feuille de calcul de données d’analyse par fichier. Lorsqu’une analyse comprend
plusieurs fluorophores, les données de chaque fluorophore sont exportées vers un onglet defeuille de calcul distinct.

nClasseur Excel - combiné (*.xlsx)
Les analyses exportées sont enregistrées dans un seul fichier de classeur Excel qui comprend
plusieurs onglets de feuille de calcul, un pour chaque ensemble de données d’analyse.

nExcel 97 - 2003 ( *.xls)
Important : Microsoft Excel doit être installé sur votre ordinateur pour que vous puissiez
exporter des données vers une feuille de calcul Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

Guide d’utilisation | 231

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

Exportation de fichiers RDML
RDML est une norme de données universelle structurée qui permet d'échanger des données de PCR
quantitative (PCRq). La norme de données est un fichier de texte au format Extensible Markup Language(.xml). Consulter la version internationale du site web de RDML Consortium (www.rdml.org) pour obtenir
des informations complémentaires sur le format d’échange de données RDML.
Important : Les fichiers RDML exportés comprennent des données d’analyse avec les paramètres
de ligne de base que vous appliquez dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Pour plusd’informations sur les paramètres de ligne de base, consultez Baseline Settings (Paramètres de laligne de base) à la page 213.
Remarque : Enregistrer le fichier RDML sous la version 1.1 en cas d’utilisation de la version 2.3 ou
supérieure du logiciel qbase+.

Pour exporter un fichier RDML
1.

Sélectionner Export (Exporter) > Export RDML Files (Exporter les fichiers RDML) et sélectionner
RDML v1.1 ou RDML v1.0 dans la liste qui se déroule.
La boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous) apparaît.

2.

Dans la boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous), spécifier un nom de fichier et l'emplacement
dans lequel le fichier RDML doit être enregistré.

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer le fichier d'exportation.

232 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Exportation

Création d'un fichier d'exportation personnaliséPour créer un fichier d’exportation personnalisé1.

Sélectionner Export (Exporter) > Custom Export (Exportation personnalisée). La boîte de dialogue
Custom Export (Exportation personnalisée) apparaît.

2.

Sélectionner le format d'exportation dans la liste déroulante qui apparaît.

3.

Cocher les cases correspondant aux éléments à exporter.

4.

(Facultatif) Cliquer sur Customize Column Names (Personnaliser les noms de colonne) pour modifier
les noms de colonne.

5.

Cliquer sur Export (Exporter). La boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous) apparaît.

Guide d’utilisation | 233

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

6.

Dans la boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous), spécifier un nom de fichier et l'emplacement
où le fichier exporté doit être enregistré.

7.

Cliquer sur OK pour enregistrer le fichier d'exportation.

234 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Exportation

Exportation vers un dossier LIMS
Il est possible d’exporter les données vers un format de fichier compatible LIMS. Pour plus d’informations
sur la création, la gestion et l’utilisation des fichiers LIMS, consulter l’Annexe C, Intégration au LIMS.

Pour exporter des données au format LIMS
1.

Sélectionner Export > Export to LIMS Folder (Exporter vers un dossier LIMS).
La boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous) apparaît.

2.

Dans la boîte de dialogue Save As (Enregistrer sous), spécifier un nom de fichier et l'emplacement
où le fichier exporté doit être enregistré.

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer le fichier d'exportation.

Exportation de données formatées pour Seegene
Il est possible d’exporter les données de tous les affichages des feuilles de calcul vers des fichiers Excel
structurés spécifiquement pour être utilisés par Seegene, Inc.
Conseil : Vous pouvez également démarrer automatiquement la visionneuse Seegene une fois
l’exportation terminée. Pour plus d’informations, voir Commandes du menu Tools (Outils) à la page73.

Pour exporter des données dans un format spécifique pour Seegene1.

Sélectionnez Export (Exporter) > Manual Export (Exportation manuelle).
La boîte de dialogue Browse For Folder (Rechercher un dossier) apparaît.

2.

Dans la boîte de dialogue Browse For Folder (Rechercher un dossier), spécifier un nom pourl’emplacement du dossier dans lequel les fichiers Excel (.xlsx) formatés pour Seegene et exportés
doivent être enregistrés.
Les analyses sont exportées dans plusieurs fichiers de classeur Excel avec un onglet de feuille decalcul de données d’analyse par fichier.

3.

Cliquer sur OK pour enregistrer les fichiers d’exportation.

Guide d’utilisation | 235

Chapitre 10 Présentation générale de l’analyse de données

236 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données
La fenêtre Data Analysis (Analyse des données) du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition comprend
plusieurs onglets où les données peuvent être visualisées. Ce chapitre explique ces onglets en détail.
Conseil : Il est possible de choisir les onglets à visualiser dans la fenêtre Data Analysis (Analyse dedonnées) du menu View (Affichage). La disposition personnalisée est enregistrée avec le fichier dedonnées.

Guide d’utilisation | 237

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet Quantification
Utiliser les données dans l'onglet Quantification pour définir les conditions d'analyse des données, ycompris les paramètres de la valeur de référence pour les puits individuels et les paramètres de seuil.
L’onglet Quantification présente les données dans l’un des quatre affichages suivants :nAmplification chart (Graphique d’amplification) — affiche les unités de la fluorescence relative (RFU)
pour chaque puits à chaque cycle. Chaque courbe dans le graphique représente les données issues
d’un seul fluorophore dans un puits.

nStandard curve (Courbe d’étalonnage) — apparaît uniquement si la série inclut des puits désignés entant qu’échantillon de type étalon (Std). La courbe d'étalonnage affiche le cycle seuil représenté enfonction du log de la quantité de départ. La légende affiche l’efficacité de la réaction (E) pour chaquefluorophore dans les puits contenant un échantillon de type étalon.

nWell selector (Sélecteur de puits) — sélectionne les puits avec les données de fluorescence que l’on
souhaite afficher.

n

Spreadsheet (Feuille de calcul) — affiche une feuille de calcul des données collectées dans les puits
sélectionnés.

Options des fluorophores
Pour afficher les données de fluorophores dans les graphiques et les feuilles de calcul de l’onglet
Quantification, sélectionner le ou les fluorophores des cibles sous le graphique d’amplification. Pour238 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Quantification

masquer les données de fluorophore dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données), décocher cettecase.

Boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes)
À l’aide de la boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes), il est possible d’ajuster l’apparence descourbes dans les graphiques d’amplification et de courbe de fusion des onglets Quantification et Melt
Curve (Courbe de fusion). Les modifications peuvent alors être prévisualisées dans le sélecteur de puits
qui apparaît dans la boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes).

Pour ajuster les styles des courbes
1.

Sélectionner un seul fluorophore dans le graphique d'amplification.

2.

Pour ouvrir la boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes), procéder l’une des façonssuivantes :nCliquer sur Trace Styles (Styles des courbes) dans le graphique d’amplification.

n

Sélectionner Settings (Paramètres) > Trace Styles (Styles des courbes) dans la barre du menu
Data Analysis (Analyse de données).

n

Faire un clic droit sur une trace puis sélectionner Trace Styles (Styles des courbes).

La boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes) apparaît.

Guide d’utilisation | 239

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

3.

Dans la boîte de dialogue Trace Styles (Styles des courbes), sélectionner un ensemble spécifique depuits dans le sélecteur de puits dans le volet inférieur. Le cas échéant, sélectionner les puits qui
contiennent un type d'échantillon dans le menu déroulant de la colonne Wells (Puits).

4.

Procéder de l’une des façons suivantes :nPour choisir une couleur pour les puits sélectionnés, cocher la case dans la colonne Color(Couleur).

n

Pour attribuer un symbole aux puits sélectionnés, le sélectionner dans la liste déroulante Symbol(Symbole).

nPour rapidement colorier les puits par étiquettes, cliquer sur le paramétrage rapide approprié :noRandom by Well (Aléatoire par puits)oRandom by Replicate (Aléatoire par réplicat)o

Use Fluor Colors (Utiliser les couleurs de la fluorescence)o

Use Target Colors (Utiliser les couleurs des cibles)o

Use Sample Colors (Utiliser les couleurs des échantillons)

Pour attribuer des étiquettes de puits, choisir Sample Type (Type d’échantillon), Target Name
(Nom de la cible), Sample Name (Nom de l’échantillon) ou Symbol (Symbole).

Option de l'échelle logarithmique
Sélectionner Log Scale (Échelle logarithmique) sous le graphique Amplification pour visualiser les traces
de fluorescence sur une échelle semi-logarithmique :240 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Quantification

Conseil : Pour grossir une zone du graphique, faire glisser le curseur sur la zone de la cible. Pourrevenir à l’affichage normal, faire un clic droit sur le graphique puis sélectionner Set Scale to Default(Rétablir l’échelle par défaut).

Graphique de courbe d'étalonnage
Le logiciel crée un graphique de courbe d'étalonnage dans l'onglet Quantification si les données incluent
des types d'échantillons définis comme Std pour au moins un fluorophore dans la série.

Le graphique de courbe d’étalonnage affiche les informations suivantes :n

Nom de chaque courbe (le fluorophore ou la cible).

nCouleur de chaque fluorophore ou cible.

n

Efficacité de la réaction (E). Utiliser cette donnée statistique pour optimiser une réaction multiplexe etégaliser les données pour une courbe d’étalonnage.
Remarque : L’efficacité de la réaction décrit la quantité de cible produite avec chaque cycle
dans le protocole. Une efficacité de 100 % indique le redoublement de la cible à chaque cycle.

nCoefficient de détermination, R2 (libellé R^2). Utiliser cette donnée statistique pour déterminercomment la ligne décrit correctement les données (qualité de l’ajustement).

n

Slope (Pente)n

Coordonnée à l’origine

Guide d’utilisation | 241

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Options du menu Amplification Chart (Graphique d’amplification)
Outre les options habituelles du menu contextuel pour les graphiques (consulter la section Éléments
courants du menu contextuel pour les graphiques à la page 227), le Tableau 17 répertorie les options demenu disponibles uniquement sur le graphique Amplification.
Tableau 17. Éléments des menus sur clic droit et clic gauche du graphique d’amplification

Option de menu

Fonction

Well XX, Fluor Target

N'affiche que ce puits, supprime ce puits de l'affichage, définit la couleur(Puits XX, cible fluor)

pour cette trace ou exclut ce puits de l'analyse.

Selected Traces (Traces

N'affiche que ces puits, supprime ces puits de l'affichage, définit lasélectionnées)couleur de ces traces ou exclut ces puits de l'analyse.

Show Threshold Values

Affiche la valeur de seuil pour chaque courbe d'amplification du(Afficher les valeurs degraphique.

seuil)
Trace Styles (Styles desOuvre la fenêtre Trace Styles (Styles des traces) pour changer les styles

traces)des traces qui apparaissent sur les onglets Quantification et Melt Curve(Courbe de fusion).

Baseline Thresholds

Ouvre la fenêtre Baseline Thresholds (Seuils de référence) pour modifier(Seuils de référence)la valeur de référence ou les seuils de chaque fluorophore (leschangements apparaissent dans le graphique d'amplification de l'onglet
Quantification).

Feuille de calcul de l’onglet Quantification
Le Tableau 18 définit les données affichées dans la feuille de calcul de l’onglet Quantification.
Tableau 18. Contenu de la feuille de calcul de l’onglet Quantification

Information

Description

Well (Puits)

Position du puits dans la plaque

Fluor

Fluorophore détecté

Target (Cible)

Nom de la cible chargé dans les puits de l'éditeur de plaqueContent (Contenu)

Une combinaison de Sample Type (obligatoire) et Replicate #(facultatif) chargés dans l'éditeur de plaque242 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Quantification

Information

Description

Sample (Échantillon)

Nom de l’échantillon chargé dans les puits de l’éditeur de plaque

Cq

Cycle de quantification pour chaque trace

Modification des données de cible, de contenu ou d'échantillon
Il est possible de modifier les données des colonnes Target (Cible), Content (Contenu) et Sample(Échantillon) en modifiant le fichier de plaque à l'aide de l'éditeur de plaque, même une fois l'expérience
effectuée.

Pour modifier les données dans les colonnes Content (Contenu), Target (Cible) et Sample(Échantillon)uCliquer sur Plate Setup (Configuration de la plaque) puis sélectionner View/Edit Plate(Afficher/modifier la plaque) pour ouvrir l’éditeur de plaque.

Guide d’utilisation | 243

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet Quantification Data (Données de quantification)
L’onglet Quantification Data (Données de quantification) affiche les données de quantification recueillies
dans chaque puits. CFX Maestro Dx SE affiche les données dans quatre vues de feuille de calcul
différentes :nResults (Résultats) — affiche une feuille de calcul des données. Il s’agit de l’affichage par défaut.

nStandard Curve Results (Résultats de la courbe de données) — affiche une feuille de calcul desdonnées de la courbe standard.

nPlate (Plaque) — affiche les données de chaque puits sous forme de carte de la plaque.

n

RFU — affiche les quantités RFU dans chaque puits pour chaque cycle.

Sélectionner chaque feuille de calcul dans la liste déroulante apparaissant en dessous de l'onglet
Quantification Data (Données de quantification).

Feuille de calcul des résultats
La feuille de calcul Results (Résultats) affiche les données pour chaque puits dans la plaque.

Remarque : Tous les calculs Std. Dev (écart-type) s’appliquent aux groupes de réplicats attribués
aux puits dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque). Les calculs établissent la moyenne de lavaleur Cq pour chaque puits dans le groupe de réplicats.
Le Tableau 19 définit les données présentées dans la feuille de calcul Results (Résultats).

244 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Quantification Data (Données de quantification)

Tableau 19. Contenu de la feuille de calcul des résultats

Information

Description

Well (Puits)

Position du puits dans la plaque

Fluor

Fluorophore détecté

Target (Cible)

Nom de la cible d'amplification (gène)

Content (Contenu)

Type d'échantillon et n° de réplicat

Sample (Échantillon)

Description de l'échantillon

Biological Set Name (Nom de

Nom de l’ensemble biologiquel'ensemble biologique)
Cq

Cycle de quantification

Cq Mean (Moyenne Cq)

Moyenne du cycle de quantification pour le groupe de réplicats

Cq Std. Dev (Écart-type Cq)

Écart-type du cycle de quantification pour le groupe de réplicats

Starting Quantity (SQ) (Quantité

Estimation de la quantité de départ de la ciblede départ [SQ])Log Starting Quantity (Log de la

Log de la quantité de départ

quantité de départ)
SQ Mean (Moyenne SQ)

Moyenne de la quantité de départ

SQ Std. Dev (Écart-type SQ)

Écart type de la quantité de départ dans les réplicats

Guide d’utilisation | 245

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Feuille de calcul des résultats de la courbe standard
La feuille de calcul des résultats de la courbe standard affiche les paramètres de la courbe standard
calculée.

Le Tableau 20 définit les données présentées dans la feuille de calcul des résultats de la courbe
standard.
Tableau 20. Contenu de la feuille de calcul des résultats de la courbe standard

Information

Description

Fluor (or Target) (ou Cible)

Fluorophore (ou cible) détecté(e)Efficiency % (Efficacité %)Efficacité de la réaction

Slope (Pente)Pente de la courbe d'étalonnage

Y-intercept (Coordonnée à

Point d'intersection entre la courbe et l'axe des ordonnéesl'origine)R^2

246 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Coefficient de détermination

Onglet Quantification Data (Données de quantification)

Feuille de calcul de la plaqueLa feuille de calcul de la plaque affiche une carte de données de la plaque pour un fluorophore à la fois.

Pour afficher les données associées à un fluorophore spécifiqueuCliquer sur l’onglet correspondant au bas de la feuille de calcul.

Guide d’utilisation | 247

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Feuille de calcul des RFU
La feuille de calcul des RFU présente les relevés des unités de la fluorescence relative (RFU) de chaquepuits acquis durant chaque cycle de la série. Le numéro de puits apparaît en haut de chaque colonne et lenuméro de cycle à gauche de chaque ligne.

248 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Melt Curve (Courbe de fusion)

Onglet Melt Curve (Courbe de fusion)
Concernant les colorants qui fixent l’ADN et les sondes d’hybridation non clivables, la fluorescence atteintsa pleine brillance lorsque l’hybridation des deux brins d’ADN a lieu. Par conséquent, à mesure que latempérature avoisine la température de fusion (Tm), la fluorescence diminue à une vitesse constante(pente constante). Une fois la Tm atteinte, la fluorescence enregistre une diminution considérable qui
entraîne un changement sensible au niveau de la pente. Le taux de ce changement est défini en traçant lapremière régression négative de la fluorescence au regard de la température (-d(RFU)/dT). Le plus grandchangement dans la fluorescence se traduit par des pics visibles et représente la Tm des complexes ADN
double brin.
CFX Maestro Dx SE crée un tracé des données de RFU collectées pendant une courbe de fusion en
fonction de la température. Pour analyser les données du pic de fusion, le logiciel attribue unetempérature de début et de fin à chaque pic en déplaçant la barre de seuil. La position de la barre de seuilde fusion permet de spécifier le plancher de la surface du pic. Pour être valide, un pic doit avoir une
hauteur minimale par rapport à la distance entre la barre de seuil et la hauteur du pic le plus élevé.
L’onglet Melt Curve (Courbe de fusion) présente la Tm (température de fusion) des produits de PCR
amplifiés dans quatre affichages :nMelt Curve (Courbe de fusion) — affiche les données en temps réel pour chaque fluorophore sous
forme de RFU en fonction de la température pour chaque puits.

nMelt Peak (Pic de fusion) — affiche la régression négative des données de la RFU en fonction de latempérature pour chaque puits.

nWell selector (Sélecteur de puits) — affiche les puits pour afficher ou masquer les données.

nPeak spreadsheet (Feuille de calcul du pic) — affiche les données collectées dans le puits
sélectionné.
Remarque : Cette feuille de calcul affiche jusqu’à deux pics par trace. Pour afficher davantage
de pics, cliquer sur l’onglet Melt Curve Data (Données de la courbe de fusion).

Guide d’utilisation | 249

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Le Tableau 21 définit les données présentées dans la feuille de calcul de la courbe de fusion.
Tableau 21. Contenu de la feuille de calcul de la courbe de fusion

Information

Description

Well (Puits)

Position du puits dans la plaque

Fluor

Fluorophore détecté

Content

Combinaison du type d'échantillon et du numéro de réplicat(Contenu)
SampleNom de l'échantillon chargé dans l'éditeur de plaque(Échantillon)
Melt Temp (Temp

Température du pic de fusion pour chaque puits

de fusion)

Remarque : Seuls les deux pics les plus élevés apparaissent dans cette feuillede calcul.

250 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Melt Curve (Courbe de fusion)

Ajustement des données de la courbe de fusion
Pour ajuster les données de la courbe de fusionuProcéder de l’une des façons suivantes :nCliquer sur les barres de seuil et les faire glisser dans le graphique du pic de fusion pour inclure
les pics dans l’analyse de données ou les en exclure.

n

Sélectionner Positive (Positif) dans le menu déroulant Peaks (Pics) pour afficher les données defeuille de calcul pour les pics au-dessus de la ligne de seuil de fusion ou sélectionner Negative(Négatif) pour visualiser les données pour les pics en dessous de la ligne.

nOuvrir la fenêtre Trace Styles (Styles des traces) pour changer la couleur des traces dans lesgraphiques de courbe de fusion et de pic de fusion.

n

Sélectionner un numéro dans le sélecteur Step Number (Numéro d’étape) pour afficher lesdonnées de la courbe de fusion à une autre étape du protocole. La liste comporte plus d’uneétape si le protocole comprend des lectures de plaque à plusieurs étapes de la courbe de fusion.

n

Sélectionner les puits dans le sélecteur de puits pour mettre l’accent sur les sous-ensembles dedonnées.

n

Sélectionner un groupe de puits pour visualiser et analyser un sous-ensemble des puits dans laplaque. Sélectionner chaque groupe de puits par son nom dans le menu déroulant Well Group(Groupe de puits) de la barre d'outils.

Guide d’utilisation | 251

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet Melt Curve Data (Données de la courbe de fusion)L’onglet Melt Curve Data (Données de la courbe de fusion) affiche les données de l’onglet Melt Curve(Courbe de fusion) dans plusieurs feuilles de calcul qui comprennent tous les pics de fusion pour chaquetrace. CFX Maestro Dx SE propose quatre options de feuille de calcul pour afficher les données de la
courbe de fusion :nMelt Peaks (Pics de fusion) — affiche toutes les données, y compris tous les pics de fusion, pourchaque trace. Il s’agit de l’affichage par défaut.

nPlate (Plaque) — affiche une vue des données et du contenu de chaque puits de la plaque.

n

RFU — affiche les quantités RFU à chaque température pour chaque puits.

n-d(RFU)/dT — affiche le taux de changement négatif de la RFU à mesure que la température (T)change. Il s'agit d'un premier tracé de la régression pour chaque puits de la plaque.

Sélectionner chaque feuille de calcul dans la liste déroulante apparaissant en dessous de l'onglet Melt
Curve Data.

Feuille de calcul des pics de fusion
La feuille de calcul Melt Peaks (Pics de fusion) affiche toutes les données de la courbe de fusion.

Le Tableau 22 à la page 253 définit les données apparaissant dans la feuille de calcul des pics de fusion.

252 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Melt Curve Data (Données de la courbe de fusion)

Tableau 22. Contenu de la feuille de calcul des pics de fusion

Information

Description

Well (Puits)

Position du puits dans la plaque

Fluor

Fluorophore détecté

Content (Contenu)

Type d'échantillon répertorié dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur deplaque)Target (Cible)

Cible d'amplification (gène)

Sample (Échantillon)

Nom de l'échantillon répertorié dans la fenêtre Plate Editor (Éditeurde plaque)

Melt Temperature (Température

Température de fusion de chaque produit, apparaissant comme unde fusion)pic (valeur la plus élevée) par ligne dans la feuille de calcul

Peak Height (Hauteur du pic)

Hauteur du pic

Begin Temperature (Température

Température au commencement du pic

de départ)
End Temperature (Température

Température à la fin du pic

finale)Feuille de calcul de la plaqueLa feuille de calcul de la plaque affiche les données de la courbe de fusion dans un format de plaque.

Remarque : Pour ajuster le pic considéré par le logiciel, ajuster la ligne de seuil dans le graphique du
pic de fusion sur l’onglet Melt Curve (Courbe de fusion).
Le Tableau 23 à la page 254 définit les données apparaissant dans la feuille de calcul de la plaque.

Guide d’utilisation | 253

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Tableau 23. Contenu de la feuille de calcul de la plaqueInformation

Description

Content

Combinaison de Sample Type (obligatoire) et Replicate # (Nb de réplicats)(Contenu)
SampleDescription de l'échantillon(Échantillon)
Peak 1 (Pic 1)

Premier pic de fusion (le plus élevé)

Peak 2 (Pic 2)

Deuxième pic de fusion (inférieur)

Feuille de calcul de la RFU
La feuille de calcul de la RFU affiche la fluorescence pour chaque puits à chaque cycle acquis pendant lacourbe de fusion.

Le Tableau 24 définit les données affichées dans la feuille de calcul de la RFU.
Tableau 24. Contenu de la feuille de calcul de la RFU

Information

Description

Well number (Numéro de puits) (A1, A2,

Position du puits dans la plaque pour les puits

A3, A4, A5)

chargés

Temperature (Température)

Température de fusion de la cible amplifiée,représentée sous forme d'un puits par ligne etde plusieurs puits pour différents produits dansle même puits

254 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Melt Curve Data (Données de la courbe de fusion)

Feuille de calcul -d(RFU)/dT
La feuille de calcul -d(RFU)/dT affiche le taux de changement négatif dans la RFU à mesure que latempérature (T) change.

Le Tableau 25 définit les données présentées dans la feuille de calcul -d(RFU)/dT
Tableau 25. Contenu de la feuille de calcul -d(RFU)/dT

Information

Description

Well number (Numéro de puits) (A1, A2,

Position du puits dans la plaque pour les puits chargés

A3, A4, A5)
Température -d(RFU)/dT

Taux négatif de changement dans la RFU à mesure que latempérature (T) change.

Guide d’utilisation | 255

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet End Point (Point final)
Ouvrir l'onglet End Point (Point final) pour analyser les RFU (unités de la fluorescence relative finales)
pour les puits d'échantillons. Le logiciel compare les taux de RFU de puits ayant des échantillons
inconnus aux taux de RFU de puits ayant des contrôles négatifs et « dénomine » le positif ou le négatifinconnu. Les échantillons positifs ont une valeur RFU supérieure à la valeur RFU moyenne des contrôles
négatifs plus la valeur de seuil.

Pour analyser les données du point final, la plaque doit contenir des contrôles négatifs ou le logiciel nepeut pas procéder à la dénomination.
nExécuter un protocole Quantification — configurer un protocole standard. Une fois la série terminée,ouvrir la fenêtre Data Analysis (Analyse de données), ajuster les paramètres d’analyse de données
dans l’onglet Quantification puis cliquer sur l’onglet End Point pour choisir un cycle de point final.

nExécuter un protocole End Point Only (Point final uniquement) — charger le protocole End Point Only
dans l’onglet Plate de la fenêtre Run Setup (Configuration de la série), sélectionner ou créer une
plaque puis démarrer la série.

L'onglet End Point (Point final) affiche les valeurs RFU moyennes pour déterminer si la cible a été
amplifiée par le dernier cycle (final). Utiliser ces données pour déterminer si une séquence de cibles

256 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet End Point (Point final)

spécifique est présente (positive) dans un échantillon. Les cibles positives ont des valeurs RFU
supérieures au niveau de seuil défini.
Conseil : Pour créer un protocole de point final, ouvrir l’onglet Protocol (fenêtre Run Setup) puissélectionner Run (Série) > End Point Only Run (Série de point final uniquement).
Une fois la série terminée, le fichier de données s’ouvre sur l’onglet End Point (Point final), qui comprend
les sections suivantes :nSettings (Paramètres) — ajuste les paramètres d’analyse de données.

nResults (Résultats) — affiche les résultats immédiatement après l’ajustement des paramètres.

nWell Selector (Sélecteur de puits) — sélectionne les puits avec les données de point final à afficher.

n

RFU spreadsheet (Tableur RFU) — affiche la RFU finale recueillie dans les puits sélectionnés.

Données de résultats
La section Results (Résultats) présente les données suivantes :nLowest RFU value (Valeur RFU la plus faible) — valeur RFU la plus faible dans les donnéesnHighest RFU value (Valeur RFU la plus élevée) — valeur RFU la plus élevée dans les données

nNegative Control Average (Moyenne pour contrôle négatif) — moyenne de la RFU pour les puits qui
contiennent des contrôles négatifsn

Cut Off Value (Valeur seuil) — calculée en ajoutant la tolérance (RFU ou Pourcentage de la plage
répertorié dans les paramètres) et la moyenne des contrôles négatifs. Les échantillons dont les RFU
sont supérieures à la valeur seuil seront définis comme « positifs ». Pour régler la valeur seuil,modifier le RFU ou le pourcentage de la plage

La valeur seuil est calculée à l’aide de la formule suivante :Valeur seuil = Moyenne pour contrôle négatif + Tolérance
Sélectionner une tolérance à l’aide de l’une de ces méthodes :n

RFU (par défaut) — sélectionner cette méthode pour utiliser une valeur RFU absolue pour latolérance. La valeur RFU minimum de tolérance est égale à 2. La valeur maximum correspond à lavaleur absolue de la valeur RFU la plus élevée moins la valeur absolue de la valeur RFU la plus
faible. La valeur RFU de tolérance par défaut est égale à 10 % de la plage RFU totale.

nPercent of Range (Pourcentage de la plage) — sélectionner cette méthode pour utiliser unpourcentage de la plage RFU pour la tolérance. Le pourcentage minimum de la plage est égal à 1 %.
Le pourcentage maximum de la plage est égal à 99 %. Le pourcentage de la plage par défaut est
égal à 10 %.

Guide d’utilisation | 257

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Ajustement de l'analyse de données du point final
Pour ajuster les données dans l’onglet End Point (Point final)u

Procéder de l’une des façons suivantes :nChoisir un fluorophore dans la liste déroulante.

n

Choisir une valeur End Cycle to Average (Cycle de fin pour la moyenne) pour définir le nombre
de cycles servant à calculer la RFU du point final moyenne.

n

Sélectionner RFU pour visualiser les données en unités de la fluorescence relative.

n

Sélectionner Percentage of Range pour visualiser les données comme pourcentage de la plage
RFU.

n

Sélectionner les puits dans le sélecteur de puits pour mettre l’accent sur les sous-ensembles dedonnées.

n

Sélectionner un groupe de puits pour visualiser et analyser un sous-ensemble des puits dans laplaque. Sélectionner chaque groupe de puits par son nom dans le menu déroulant Well Group(Groupe de puits) de la barre d'outils.

Feuille de calcul des RFU pour l’analyse de point final
Le Tableau 26 définit les données présentées dans la feuille de calcul RFU de l’onglet End Point (Point
final).
Tableau 26. Contenu de la feuille de calcul du point final de la RFU

Information

Description

Well (Puits)

Position du puits dans la plaque

Fluor

Fluorophore détecté

Content (Contenu)

Combinaison de Type d’échantillon et Nb de réplicats

End RFU (RFU finale)

RFU au cycle de point final

Call (Dénomination)

Positive ou négative, où les échantillons positifs ont une valeur RFU
supérieure à la valeur RFU moyenne des contrôles négatifs plus la valeur
seuil.

Sample (Échantillon)

Nom de l'échantillon chargé dans l'éditeur de plaque.

258 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique)Onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique)L'onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique) attribue les génotypes aux puits qui contiennent
des échantillons inconnus. Utiliser ces données pour identifier les échantillons qui comportent différentsgénotypes, y compris Allele 1 (Allèle 1), Allele 2 (Allèle 2), Heterozygote (Hétérozygote), No Call (Aucune
dénomination) (absence d’amplification) ou Undetermined (Indéterminé).
Remarque : Les données pour la discrimination allélique doivent provenir de séries multiplexes
contenant au moins deux fluorophores. Chaque fluorophore identifie un allèle dans l'ensemble deséchantillons.

L’analyse par discrimination allélique suppose que chaque puits contienne au minimum :nDeux fluorophores dans chaque puitsnDes échantillons NTC (contrôle sans matrice) pour optimiser l’analyse de données.

CFX Maestro Dx SE propose quatre options qui permettent d’afficher les données de discrimination
allélique :nGraphique Allelic Discrimination (Discrimination allélique) — affiche les données dans un graphique
RFU for Allele 1/Allele 2 (RFU pour l’allèle 1/allèle 2). Chaque point dans le graphique représente lesdonnées issues des deux fluorophores dans un puits. Il est possible de passer des coordonnées
cartésiennes aux coordonnées polaires en cochant et en décochant la case Polar Coordinates

Guide d’utilisation | 259

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données(Coordonnées polaires). Les coordonnées cartésiennes représentent la RFU pour l’allèle 1 sur l’axe
des abscisses et la RFU pour l’allèle 2 sur l’axe des ordonnées. Les coordonnées polaires
représentent l’angle sur l’axe des abscisses et l’origine et la RFU sur l’axe des ordonnées (médianede tous les NTC).
n

Feuille de calcul Well (Puits) — affiche les données de discrimination allélique collectées danschaque puits de la plaque.

nWell selector (Sélecteur de puits)— sélectionne les puits avec les données alléliques que l’on
souhaite afficher.

nPanel Selected Fluorophores (Fluorophores sélectionnés) — modifie les étiquettes des axes desabscisses et des ordonnées dans le graphique Allelic Discrimination (Discrimination allélique), lecycle à analyser et détermine si la carte des dénominations doit être affichée.

Ajustement des données pour la discrimination allélique
Le logiciel attribue automatiquement un génotype aux puits avec des échantillons inconnus sur la basedes positions des NTC et de l'angle et de la distance des points de données inconnus par rapport aux
NTC.

Pour ajuster les données de discrimination alléliqueu

Procéder de l’une des façons suivantes :nPour afficher les coordonnées polaires, cocher la case dans le graphique Allelic Discrimination(Discrimination allélique).

nPour visualiser un autre fluorophore, le choisir dans la liste déroulante du panneau SelectedFluorophores (Fluorophores sélectionnés).

n

Pour changer une dénomination, faire glisser le curseur sur le ou les points de données dans legraphique Allelic Discrimination et choisir une option dans la liste Selected Wells (Puits
sélectionnés) :o

Allele 1 (Allèle 1)oAllele 2 (Allèle 2)oHeterozygote (Hétérozygote)oUndetermined (Indéterminé)o

No Call (Aucune dénomination)oAuto Call (Dénomination auto)

260 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique)Conseil : Sélectionner Auto Call (Dénomination auto) pour revenir à la dénomination pardéfaut.

Guide d’utilisation | 261

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Options du menu Chart (Graphique)
Outre les options habituelles du menu contextuel pour les graphiques (consulter la section Éléments
courants du menu contextuel pour les graphiques à la page 227), le Tableau 27 répertorie les options demenu disponibles sur le graphique de discrimination allélique.
Tableau 27. Options de menu sur clic droit et clic gauche du graphique de discrimination allélique

Option de menu

Fonction

Zoom

Fait converger l’affichage du graphique sur la zone sélectionnée (encliquant et faisant glisser le curseur dans le graphique).
Conseil : Pour rétablir le zoom de manière à voir tous lespoints de données, faire un clic droit et sélectionner Set Scale
to Default (Rétablir l’échelle par défaut).

Well (Puits)

Pour le puits sélectionné, les options sont : n'afficher que ce puits,
supprimer ce puits de l'affichage, définir la couleur de cette trace ou
exclure ce puits de l'analyse.

Selected Wells (Puits

Pour les puits sélectionnés (sélectionnés en cliquant et faisantsélectionnés)glisser le curseur dans le graphique), les options sont : n'afficher que
ces puits, supprimer ces puits de l'affichage, définir la couleur de ces
traces ou exclure ces puits de l'analyse.

Feuille de calcul de la discrimination allélique
Le Tableau 28 définit les données qui figurent dans la feuille de calcul de la discrimination allélique.
Tableau 28. Contenu de la feuille de calcul de la discrimination allélique

Information

Description

Well (Puits)

Position du puits dans la plaqueSample (Échantillon)

Description du nom de l'échantillon

Call (Dénomination)

Identité de l'allèle, y compris Allele 1 (Allèle 1), Allele 2 (Allèle 2),
Heterozygote (Hétérozygote), No Call (Aucune dénomination) ou
Undetermined (Indéterminé)

262 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique)

Tableau 28. Contenu de la feuille de calcul de la discrimination allélique, suite

Information

Description

Type

Auto (Automatique) ou Manual (Manuel), décrit la manière dont ladénomination a été sélectionnée. Automatique indique que le logiciel asélectionné la dénomination. Manuel indique que l'utilisateur a choisi ladénomination.

RFU1

RFU pour l'allèle 1

RFU2

RFU pour l'allèle 2

Guide d’utilisation | 263

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet Custom Data View (Affichage de données
personnalisé)
L'onglet Custom Data View (Affichage de données personnalisé) affiche plusieurs volets dans un format
personnalisable.
La liste déroulante Load a Preset View (Charger un affichage prédéfini) offre une sélection de modèles deformats d'affichage. L'affichage par défaut qui se présente dépend du fichier en cours d'analyse. Par
exemple, si les données de l'option Melt Curve (Courbe de fusion) sont présentes, l'affichage par défaut
Amp+Melt (Amp+Fusion) apparaît.

264 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet Custom Data View (Affichage de données personnalisé)

Création d'un affichage de données personnaliséPour créer un affichage de données personnaliséuProcéder de l’une des façons suivantes :nSélectionner un autre affichage prédéfini dans la liste déroulante.

nSélectionner un autre affichage graphique dans la liste déroulante située dans la partie
supérieure de chaque volet.

nChanger le nombre de lignes et de colonnes dans l’onglet.

nChanger les dimensions de chaque volet. Faire glisser les barres à la périphérie de chaquevolet.

Cliquer sur Save as Preset (Enregistrer comme prédéfini) pour enregistrer l'affichage personnalisécomme un modèle prédéfini. Cliquer sur Manage Presets (Gérer les prédéfinis) pour supprimer,
renommer ou rétablir des affichages personnalisés existants.

Guide d’utilisation | 265

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet QC (CQ)
Utiliser l’onglet QC (CQ) pour procéder à une évaluation rapide de la qualité des données de la série en
se basant sur les règles définies dans l’onglet QC (CQ) dans la fenêtre User Preferences (Préférences
utilisateur) .
Le logiciel CFX Maestro Dx SE propose quatre options pour pouvoir afficher les données de CQ :nAmplification chart (Graphique d’amplification) — affiche la RFU pour chaque puits à chaquecycle. Chaque courbe dans le graphique représente les données issues d’un seul fluorophore dans
un puits.

n

QC rules table (Table de règles de CQ) — affiche les règles de CQ disponibles ainsi que lesparamètres qui définissent chacune des règles. Les règles de CQ appliquées sont indiquées par une
case à cocher.

n

Well selector (Sélecteur de puits) — sélectionne les puits avec les données de fluorescence à
afficher.

n

QC rule summary pane (Volet de résumé de la règle de CQ) — affiche la règle de CQ
sélectionnée et met en surbrillance les puits qui ne respectent pas la règle.

266 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Onglet QC (CQ)

Modification des critères de CQ
Pour modifier les critères de CQuCocher ou décocher la case Use (Utiliser) pour la règle à inclure dans le CQ ou à exclure.

Exclusion des puits qui ne passent pas le CQ
CFX Maestro Dx SE affiche les puits ne remplissant pas les critères de CQ dans la colonne Results(Résultats) du tableau des règles de CQ et dans le volet récapitulatif.

Pour exclure des puits qui ne passent pas le CQ
u

Sélectionner Exclude Wells (Exclure les puits) pour chaque puits à exclure.

Guide d’utilisation | 267

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Onglet Run Information (Informations sur la série)L'onglet Run Information (Informations sur la série) affiche le protocole et d'autres informations
concernant chaque série. Utiliser cet onglet pour effectuer les opérations suivantes :nAfficher le protocole.

n

Saisir ou modifier des notes concernant la série.

n

Saisir ou modifier l’ID ou le code-barres pour la série.

nAfficher les événements qui auraient pu survenir pendant la série. Utiliser ces messages pour mieux
résoudre les problèmes liés à une série.

Conseil : Cliquer avec le bouton droit sur le protocole pour le copier, l’exporter ou l’imprimer. Cliquer
avec le bouton droit sur les volets Notes, ID/Bar Code (ID/Code-barres) ou Other (Autre) pourannuler, couper, copier, coller, supprimer ou sélectionner le texte.

268 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Rapports de l’analyse de données

Rapports de l’analyse de données
La boîte de dialogue Report (Rapport) affiche des informations sur le fichier de données en cours dans lafenêtre Data Analysis (Analyse de données). Pour ouvrir un rapport, sélectionner Tools (Outils) > Reports(Rapports) ou cliquer sur Reports (Rapports) dans la barre d’outils.
La boîte de dialogue Report (Rapport) contient les sections suivantes :nMenu et barre d’outils — fournissent des options pour mettre en forme, enregistrer et imprimer lerapport ou le modèle.

nListe d’options (partie supérieure gauche de la boîte de dialogue) — fournit les options à afficher
dans le rapport.

nVolet d’options (partie inférieure gauche de la boîte de dialogue) — affiche les zones de texte où il est
possible de saisir des informations sur une option sélectionnée.

nVolet de prévisualisation (côté droit de la boîte de dialogue) — affiche un aperçu du rapport en cours.

Guide d’utilisation | 269

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Catégories des rapports d’analyse de données
Le Tableau 29 répertorie toutes les options disponibles pour un rapport d’analyse de données, en fonction
du type de données dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).
Tableau 29. Catégories des rapports d’analyse de données dans la liste des options

Catégorie

OptionDescription

Header (En-tête)Titre, sous-titre et logo pour le rapport
Report Information (Informations

Date de la série, nom d'utilisateur, nom

sur le rapport)

du fichier de données, chemin du fichierde données et groupe de puits
sélectionné

Audit Information (Informations

Informations complémentaires requises

sur l'audit)

pour l'audit, y compris signatures

Notes

Notes sur le rapport de données

Run Information (Informations

Date de la série, nom d'utilisateur, nom

sur la série)du fichier de données, chemin du fichierConfiguration de la sériede données et groupe de puits
sélectionné
Protocol (Protocole)

Affichage au format texte des étapes etdes options du protocole

Plate Display (Affichage de la

Affichage sous forme de plaque desplaque)informations dans chaque puits de laplaqueQuantification
Analysis Settings (Paramètres

Numéro de l'étape de recueil desd'analyse)

données, mode d'analyse et méthode desoustraction de la valeur de référence

Amplification Chart (Graphique

Graphique d'amplification pour les séries

d'amplification)qui comprennent des données dequantification

270 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Rapports de l’analyse de données

Tableau 29. Catégories des rapports d’analyse de données dans la liste des options, suite

Catégorie

OptionDescription

Standard Curve Chart

Graphique de courbe d'étalonnage(Graphique de courbed'étalonnage)
Data (Données)

Tableur répertoriant les données dechaque puits

Expression génique — Graphique en barres
Analysis Settings (Paramètres

Mode d'analyse, données graphiques,d'analyse)

option de mise à l'échelle et erreur degraphique

Chart (Graphique)

Copie du graphique en barres

Target Names (Noms des cibles)

Graphique des noms de cibles

Sample Names (Noms desGraphique des noms d'échantillonséchantillons)
Data (Données)

Tableur répertoriant les données dechaque puits

Target Stability (Stabilité de laGraphique des valeurs de stabilité de lacible)

cible

Box and Whisker chart

Diagramme en boîte

(Diagramme en boîte)Dot Plot chart (Graphique parDot Plot chart (Graphique par points)

points)Gene Expression (Expression génique) — dendogramme et nuage de points
Analysis Settings (Paramètres

Paramètres pour chaque type ded'analyse)graphique

Chart (Graphique)

Copie du graphique

Data (Données)

Tableur répertoriant les données dechaque cible

Guide d’utilisation | 271

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Tableau 29. Catégories des rapports d’analyse de données dans la liste des options, suite

Catégorie

OptionDescription

Expression génique — Données ANOVAANOVA Settings (Paramètres

Seuil de la valeur-p utilisé dans l'analyse

ANOVA)ANOVA Results (Résultats

Tableau de résultats de l'ANOVA et de

ANOVA)

l'analyse post-hoc HSD de Tukey

Analysis Settings (Paramètres

Numéro d'étape de la fusion et réglage ded'analyse)

la barre de seuil

Melt Curve Chart (Graphique deGraphique de la courbe de fusion

Courbe de fusion

la courbe de fusion)
Melt Peak Chart (Graphique duGraphique du pic de fusion

pic de fusion)
Data (Données)

Tableur répertoriant les données dechaque puits

Discrimination allélique
Analysis Settings (Paramètres

Fluorophores, cycle et carte desd'analyse)

dénominations

Allelic Discrimination Chart

Copie du graphique de discrimination(Graphique de la discrimination

alléliqueallélique)
Data (Données)

Tableur répertoriant les données dechaque puits

Point final
Analysis Settings (Paramètres

Fluorophore, cycle de fin pour lad'analyse)

moyenne, mode, valeur RFU la plus
faible, valeur RFU la plus élevée et valeur
seuil

272 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Rapports de l’analyse de données

Tableau 29. Catégories des rapports d’analyse de données dans la liste des options, suite

Catégorie

OptionDescription

Data (Données)

Tableur répertoriant les données dechaque puits

Paramètres de CQ
Data (Données)

Tableur répertoriant les paramètres pourchaque règle de CQ

Guide d’utilisation | 273

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Création d’un rapport d’analyse de données
Il est possible d’enregistrer la mise en page du rapport comme modèle qui pourra être réutilisé pour desrapports similaires.

Pour créer un rapport d’analyse de données
1.

Apporter les derniers ajustements au contenu du puits, aux puits sélectionnés, aux graphiques et aux
feuilles de calcul dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) avant de créer le rapport.

2.

Sélectionner Tools (Outils) > Reports (Rapports) dans la barre de menu Data Analysis (Analyse dedonnées) pour ouvrir la boîte de dialogue Report (Rapport).

3.

Choisir les options que l’on souhaite inclure dans le rapport. Le rapport s'ouvre en affichant les
options sélectionnées par défaut. Cocher ou décocher les cases pour modifier des catégories
entières ou des options individuelles à l’intérieur d’une catégorie.
Le Tableau 29 à la page 270 répertorie les options disponibles à afficher.
Remarque : Les données qui figurent dans le rapport dépendent des sélections en cours àl’intérieur des onglets de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données). Par exemple, une sériede quantification peut ne pas contenir de courbe d’étalonnage, auquel cas ces données nefigureront pas dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) ou dans le rapport dedonnées.

4.

Modifier l'ordre des catégories et des éléments dans un rapport. Faire glisser les options vers laposition correspondante. Les éléments ne peuvent être réordonnés qu'à l'intérieur des catégories
auxquelles ils appartiennent.

5.

(Facultatif) Dans le volet Report Options (Options du rapport), saisir des informations pertinentes
pour l’option sélectionnée :nChoisir un sous-ensemble d’informations qui sera affiché dans le rapport.

nChoisir des paramètres spécifiques pour l’option sélectionnée.

nModifier le texte qui s’affichera pour l’option sélectionnée.

6.

Cliquer sur Update Report (Actualiser le rapport) pour actualiser le champ Report Preview (Aperçu
du rapport) avec les modifications éventuellement apportées.

7.

Imprimer ou enregistrer le rapport :a.

Cliquer sur le bouton Print Report (Imprimer le rapport) dans la barre d’outils pour imprimer lerapport en cours.

b.

Sélectionner File (Fichier) > Save (Enregistrer) pour enregistrer le rapport au format PDF (fichier
Adobe Acrobat Reader), MHT (document Microsoft) ou MHTML (document Microsoft).

274 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Rapports de l’analyse de données

8.

c.

Sélectionner un emplacement dans lequel enregistrer le fichier.

d.

Sélectionner File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) pour enregistrer le rapport avec un
nouveau nom ou dans un nouvel emplacement.

(Facultatif) Créer un modèle de rapport avec les informations souhaitées. Pour enregistrer lesparamètres du rapport en cours dans un modèle, sélectionner Template (Modèle) > Save
(Enregistrer) ou Save As (Enregistrer sous). Il suffira ensuite de charger le modèle de rapport laprochaine fois qu’un nouveau rapport sera créé.

Guide d’utilisation | 275

Chapitre 11 Détails de l’analyse de données

Création de rapports de groupes de puits
Pour créer un rapport de groupe de puits
1.

Sélectionner Tools (Outils) > Well Group Reports (Rapports de groupes de puits) dans la fenêtre
Data Analysis (Analyse de données).

2.

Dans la boîte de dialogue Well Group Reports (Rapports de groupes de puits), sélectionner lesgroupes de puits, les étapes d’amplification et les étapes de fusion à inclure dans le rapport.

3.

Accéder au chemin ou au dossier de destination dans lequel le rapport doit être enregistré.

4.

(Facultatif) Sélectionner Choose a Report Template (Choisir un modèle de rapport) et accéder au
dossier du fichier de modèle.

5.

(Facultatif) Sélectionner Open Destination Folder (Ouvrir le dossier de destination) pour ouvrir ledossier et afficher les rapports après leur production.

6.

Cliquer sur Create Reports (Créer des rapports).

276 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Chapitre 12 Analyse de l’expression géniqueAvec l’utilisation de contrôles rigoureusement qualifiés dans les réactions, il est possible d’utiliser leLogiciel CFX Maestro Dx, Security Edition pour procéder à une série d’expression génétique afin denormaliser les différences relatives dans une concentration cible parmi les échantillons. Généralement,
les niveaux d’expression pour un ou plusieurs gènes de référence servent à normaliser les niveaux
d’expression d’un gène d’intérêt. Les gènes de référence prennent en compte les différences dechargement ou d'autres variations représentées dans chaque échantillon et leurs niveaux d'expression
ne devraient pas être affectés dans le système biologique étudié.
Choisir l'onglet Gene Expression (Expression des gènes) dans la fenêtre Data Analysis (Analyse dedonnées) pour évaluer les différences relatives entre les réactions PCR dans deux puits ou plus. Par
exemple, il est possible d'évaluer les nombres relatifs de génomes viraux ou les nombres relatifs deséquences transfectées dans une réaction de PCR. L'application la plus fréquente pour l'analyse del'expression génétique est la comparaison de la concentration en ADNc dans plusieurs réactions afind'estimer les taux d'ARN messagers stables.
Le logiciel calcule le niveau d’expression relative d’une cible selon l’un de ces scénarios :nNiveau d’expression relative d’une cible (cible 1) par rapport à une autre (cible 2), par exemple,
quantité d’un gène par rapport à un autre dans le même traitement d’un échantillon.

nNiveau d’expression relatif d’une séquence cible dans un échantillon par rapport à la même cible
sous différents traitements d’échantillon ; par exemple, la quantité relative d’un gène par rapport à luimême dans différentes conditions temporelles, géographiques ou de développement.

Configuration de la plaque pour l'analyse de l'expression
génétique
Pour réaliser l’analyse de l’expression génétique, le contenu des puits doit comporter les éléments
suivants :nDeux cibles ou plus — les deux cibles qui représentent différents gènes amplifiés ou différentesséquences dans les échantillons.

n

Une ou plusieurs cibles de référence — une cible au moins doit être une cible de référence pourl’expression normalisée. Attribuer toutes les cibles de référence dans la fenêtre Experiment Settings(Paramètres de l’expérience) pour analyser les données en mode Normalized Expression

Guide d’utilisation | 277

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique(Expression normalisée) (ΔΔCq). Les séries qui ne contiennent pas de référence doivent êtreanalysées en utilisant le mode Relative Expression (Expression relative) (ΔCq).
nÉchantillons communs — les réactions doivent comporter des échantillons communs (deux requis au
minimum) pour afficher les données tracées dans l’onglet Gene Expression (Expression génétique).
Ces échantillons doivent représenter différents traitements ou pathologies pour chacune desséquences cibles. Attribuer un échantillon de contrôle (facultatif) dans la fenêtre Experiment Settings(Paramètres de l’expérience). Si aucun contrôle n'est sélectionné, le logiciel utilise le Cq le plus bas
en tant que contrôle.

Les critères pour la configuration de l’expression génétique dans la fenêtre Plate Editor (Éditeur deplaque) dépendent du fait que le contenu de la réaction soit une PCR uniplexe, avec un fluorophore dansles réactions, ou une PCR multiplexe, avec un ou plusieurs fluorophores dans les réactions.

Configuration de plaque guidée
Si la configuration de plaque d'un fichier de données ne contient pas les informations requises pourl'analyse et que l'onglet Gene Expression soit sélectionné, l'espace normalement occupé par legraphique en barres contiendra des instructions pour saisir ces informations. Pour l'expression génétiquenormalisée, procéder comme suit :1.

2.

Définir les noms de la cible et de l’échantillon de l’une des façons suivantes :nPlate Setup (Configuration de la plaque) — ouvre la fenêtre Plate Editor (Éditeur de plaque).

nReplace Plate File (Remplacer le fichier de plaque) — ouvre le navigateur Select Plate(Sélectionner la plaque) où il est possible d’accéder à un fichier de plaque précédemment
enregistré par lequel remplacer la disposition de la plaque actuelle.

nReplace PrimePCR File (Remplacer le fichier PrimePCR) — ouvre la boîte de dialogue SelectPrimePCR file (Sélectionner le fichier PrimePCR) où il est possible d’accéder à un fichier de lasérie PrimePCR et de l’appliquer à la disposition de la plaque.

Sélectionner un ou plusieurs gènes de référence et un échantillon de contrôle à l’aide de la boîte dedialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience).
Si la disposition de la plaque contient déjà les informations de cible et d'échantillon, seule ladeuxième étape est requise et mise en surbrillance en orange. Cette étape doit être effectuée avant
que l’analyse de l’expression génétique normalisée puisse survenir.
Remarque : Les données pour le nuage de points et le dendogramme ne s’affichent que si
toutes les exigences pour l’expression génétique normalisée énumérées sous Plate Setup(Configuration de la plaque) pour l’analyse de l’expression des gènes sont remplies.

278 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Graphiques d’expression des gènes

Graphiques d’expression des gènes
CFX Maestro Dx SE affiche les données d’expression des gènes dans de multiples vues. Le Tableau 30
répertorie les options graphiques disponibles dans le logiciel.
Tableau 30. Options graphiques de l’expression des gènes

BoutonNom

Fonction

Graphing (Représentation

Affiche les données d’expression génétiquegraphique)normalisée dans l’un des affichages suivants :n Bar chart (Graphique en barres) (par défaut)n Box and Whisker chart (Diagramme en boîte)n Dot Plot chart (Graphique par points)

Dendrogramme

Affiche les données d'expression normaliséeselon une hiérarchie reposant sur le degré desimilarité de l'expression pour les différentes
cibles et les différents échantillons.

Scatter Plot (Nuage de points)

Affiche l'expression normalisée des cibles pour
un contrôle versus un échantillon expérimental.

ANOVA

Affiche les résultats de l’ANOVA
unidirectionnelle sur les données del’expression génétique à l’aide des paquets R
suivants pour procéder à l’ANOVA etdéterminer les résultats de Tukey :n car (companion to applied regression)n lsmeans (moyennes des moindres carrés)

Outil de sélection des gènes de(Disponible sur l'onglet Study Analysis dans laréférencefenêtre Gene Study) Identifie les gènes deréférence testés et les classifie comme étant
Ideal (Idéal), Acceptable ou Unstable (Instable)
sur la base de leur stabilité.

Analyse des contrôles(Disponible sur l'onglet Study Analysis dans laPrimePCRfenêtre Gene Study) Affiche les résultats deséchantillons testés.

Guide d’utilisation | 279

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Représentation graphique

L’expression relative des cibles est présentée dans ces deux affichages :nGene Expression chart (Graphique d’expression génétique) — affiche les données de la PCR entemps réel sous l’une des formes suivantes :o

ΔΔCq — expression relative normalisée calculées à l’aide des échantillons de contrôle et des cibles deréférence.

o

ΔCq — quantité relative du gène cible dans un échantillon relatif à un échantillon de contrôle.

Consulter la section Modification et annotation de l’affichage du graphique à la page 282 pour de plus
amples informations sur l’affichage des données.
nSpreadsheet (Feuille de calcul) — affiche une feuille de calcul contenant les données d’expression
génétique.
Conseil : Cliquer avec le bouton droit sur n’importe quel(le) graphique ou feuille de calcul pourconnaître les options. Cliquer sur View/Edit Plate (Afficher/modifier la plaque) dans le menu
déroulant Plate Setup (Configuration de la plaque) pour ouvrir la fenêtre Plate Editor (Éditeur deplaque) et modifier le contenu du puits dans la plaque.
Conseil : Sélectionner Sort (Trier) dans le menu contextuel pour réorganiser l’ordre des nomsde cibles et d’échantillons dans le graphique.

280 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Expression génétique normalisée
Pour normaliser les données, utiliser le niveau d’expression mesuré d’un ou de plusieurs gènes deréférence en tant que facteur de normalisation. Les gènes de référence désignent des cibles qui ne sont
pas régulées dans le système biologique à l’étude, comme l’actine, la GAPDH ou la tubuline.

Pour configurer l’analyse de l’expression génétique normalisée (ΔΔCq)
1.

Ouvrir un fichier de données (extension . pcrd).

2.

Examiner les données dans l'onglet Quantification de la fenêtre Data Analysis (Analyse de données).
Ajuster les données, en modifiant par exemple le seuil et le mode d'analyse.

3.

Sélectionner l'onglet Gene Expression (Expression génétique).

4.

Dans l'onglet Gene Expression (Expression génétique), cliquer sur Experiment Settings (Paramètres
de l'expérience).

5.

Dans la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience), procéder comme suit :6.

a.

Choisir l’onglet Samples (Échantillons) et sélectionner un contrôle. Une fois le contrôle attribué, lelogiciel CFX Maestro Dx SE normalise les quantités relatives pour tous les gènes sur la quantité decontrôle, qui est définie sur 1.

b.

Cliquer sur l’onglet Target (Cible) et sélectionner les gènes de référence. L’analyse del’expression génétique nécessite une référence parmi les cibles dans les échantillons.

Sélectionner Normalized Expression (Expression normalisée) (ΔΔCq) si ce n’est déjà fait, puis
afficher les niveaux d’expression dans l’onglet Gene Expression (Expression génétique).
Remarque : Il est également possible d’utiliser l’assistant de configuration pour paramétrer ladisposition de plaque en vue de l’analyse de l’expression génétique.

Quantité relative
Par définition, les données de quantité relative (ΔCq) ne sont pas normalisées. Cette méthode sert àquantifier les échantillons qui ne comprennent aucun gène de référence (cible). Les chercheurs sontgénéralement certains de l’une des considérations suivantes lorsqu’ils configurent leur série :nChaque échantillon contient la même quantité d’ARN ou d’ADNc dans chaque puits.

nToute divergence dans la quantité d’échantillon biologique chargée sera normalisée après la série
selon une certaine méthode dans l’analyse de données en dehors du logiciel. Par exemple, unchercheur peut choisir de diviser la valeur de la quantité relative par le facteur de normalisation,éventuellement la masse de l’acide nucléique chargé pour chaque échantillon ou le nombre de cellulesà partir desquelles l’acide nucléique a été isolé.

Guide d’utilisation | 281

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Pour effectuer une analyse de la quantité relative (ΔCq)
uDans l’onglet Gene Expression (Expression des gènes), sélectionner Relative Quantity (ΔCq) dans laliste déroulante Mode du volet droit.
Conseil : Pour comparer les résultats aux données d’autres séries d’expression des gènes,ouvrir une nouvelle étude des gènes ou ajouter un fichier de données à une étude existante.

Modification et annotation de l’affichage du graphique
L’utilisation des commandes de menu de la barre d’outils des graphiques et les outils du graphiqued’analyse de données permet de modifier l’affichage du graphique, d’annoter chaque graphique et demodifier l’écran graphique. La barre d’outils des graphiques apparaît entre le graphique et la feuille decalcul de l’analyse de données au bas de l’écran.

Outils de la barre d’outils des graphiques
Conseil : Consulter Graphiques à la page 219 pour plus d’informations sur les outils qui
apparaissent à droite des graphiques d’analyse de données.
La barre d’outils sous les graphiques permet d’accéder rapidement aux outils d’annotation.

Le Tableau 31 répertorie les fonctions des boutons de la barre d’outils des graphiques.
Tableau 31. Barre d’outils des graphiques

BoutonNom

Fonction

Bar chart (Graphique en

Affiche l'expression relative des cibles.

barres)Box and Whisker chart

Affiche les données sous forme d’écarts interquartiles(Diagramme en boîte)(consulter Calculs dans un diagramme en boîte (Box and
Whisker) à la page 323 pour les détails du calcul).
Remarque : Disponible uniquement si Analyze Using(Analyser à l'aide de) est défini sur Biological Groups Only
(Groupes biologiques uniquement).

282 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Tableau 31. Barre d’outils des graphiques, suite

BoutonNom

Fonction

Dot Plot chart (Graphique

Affiche les points de données des échantillons individuels

par points)

pour chaque cible.
Remarque : Disponible uniquement si Analyze Using(Analyser à l'aide de) est défini sur Biological Groups Only
(Groupes biologiques uniquement).

Add Arrow (Ajouter une

Trace une flèche sur le graphique actif.

flèche)Add Circle (Ajouter unTrace un cercle sur le graphique actif.

cercle)Add Text (Ajouter duInsère une zone de texte sur le graphique actif dans lequeltexte)

il est possible d'ajouter du texte pour identifier leséléments intéressants.

Undo (Annuler)

Supprime la dernière annotation faite sur le graphique actif
ou y revient.

Redo (Rétablir)

Rétablit la dernière action d'annulation faite sur legraphique actif.

Clear all (Effacer tout)

Efface toutes les annotations sur le graphique actif.

Tri des données de cibles, d’échantillons et de groupes biologiques
Remarque : Cette option n’est disponible que sur les graphiques d’expression génique.
Par défaut, les listes Targets (cibles), Samples (Échantillons) et Biological Groups (Groupes biologiques)
apparaissent par ordre alphabétique. Utiliser la boîte de dialogue Sort (Trier) pour trier l’affichage en ordre
alphabétique inverse ou pour manuellement déplacer un terme vers une position différente dans la liste.

Pour trier les données de cibles, d’échantillons et de groupes biologiques
1.

À partir des outils des graphiques, cliquer sur Sort (Trier).
La boîte de dialogue Gene Expression Chart Sorting (Tri du graphique d’expression génique)apparaît.

Guide d’utilisation | 283

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique2.

Dans la boîte de dialogue, cliquer sur Z-A pour trier la liste en ordre alphabétique inverse.

3.

Pour manuellement déplacer un terme, le sélectionner et cliquer sur le bouton approprié entre lesgraphiques :4.

nCliquer sur la flèche vers le haut ou vers le bas pour déplacer le terme sélectionné d’une
position.

nCliquer sur la flèche vers le haut ou vers le bas avec une barre pour déplacer le termesélectionné vers le haut ou le bas de la liste.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir à l'onglet Gene Expression (Expression
génique).

284 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Modification des paramètres de couleurs d'une cible, d'un échantillon et d'ungroupe biologique
Utiliser la boîte de dialogue Color Settings (Paramètres de couleurs) pour modifier la couleur d’une cible,
d’un échantillon ou d’un groupe biologique ou pour supprimer l’élément du graphique.

Pour modifier les paramètres de couleurs d'une cible
1.

Dans le volet de droite de la boîte de dialogue Gene Expression (Expression génétique), vérifier que
Sample (Échantillon) apparaît dans la liste déroulante X-Axis (Axe des abscisses).

2.

Dans Chart Tools (Outils du graphique), sélectionner Color Settings (Paramètres de couleurs).
La boîte de dialogue Color Settings (Paramètres de couleurs) apparaît.

3.

Pour modifier la couleur d'affichage d'une cible, cliquer sur sa couleur dans la colonne Color(Couleur).

4.

Dans la boîte de dialogue Color (Couleur) qui apparaît, sélectionner une nouvelle couleur et cliquer
sur OK.

5.

Pour supprimer une cible du graphique d’expression génétique, décocher la case correspondante
dans la colonne Show Chart (Afficher le graphique).
Conseil : Pour effacer toutes les cibles, décocher Show Chart (Afficher le graphique) dans l’entête de colonne.

6.

(Facultatif) Par défaut, la barre se présente avec des couleurs unies. Pour afficher les barres avec
des couleurs de dégradé, décocher la case Use Solid Colors (Utiliser des couleurs unies).

7.

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et revenir à l'onglet Gene Expression (Expression
génétique).

Pour modifier les paramètres de couleurs d'un échantillon ou d'un groupe biologique
1.

Dans le volet de droite de la boîte de dialogue Gene Expression (Expression génétique), vérifier que
Target (Cible) apparaît dans la liste déroulante X-Axis (Axe des abscisses).

2.

Réaliser les étapes décrites au point Pour modifier les paramètres de couleurs d'une cible à la page285.

Modification de l'affichage du graphique
Pour modifier l'affichage du graphique en coursu

Sélectionner la commande de menu de la barre d'outils pour l'affichage de la cible.

Remarque : L'onglet Gene Expression (Expression génétique) qui s'ouvre affiche toujours lesdonnées dans l'affichage Bar Chart (Graphie en barres) par défaut.

Guide d’utilisation | 285

Chapitre 12 Analyse de l’expression géniqueExclusion des points de données aberrants
Dans le graphique par points, les valeurs aberrantes sont faciles à visualiser et à exclure de l'analyse.

Pour exclure des points de données aberrantsuDans le graphique par points, faire un clic droit sur la valeur aberrante de la cible puis sélectionner
Exclude Well from Analysis (Exclure le puits de l’analyse).

Le point est supprimé du graphique par points et le puits devient gris dans le sélecteur de puits de l'onglet
Quantification.

Pour inclure un point de données aberrant excluuDans l’onglet Quantification, faire un clic droit sur le puits dans le sélecteur de puits et sélectionner
Well > Include in Analysis (Inclure dans l’analyse).

Affichage des détails du point de données
Pour afficher les détails du point de donnéesuDans le diagramme en boîte et ou le graphique à points, placer le curseur sur un point de données
individuel.

Une info-bulle s'affiche, indiquant le nom de l'échantillon et son expression (quantité relative ou
expression normalisée selon le mode sélectionné).

Annotation des graphiques
Il est possible d'ajouter des flèches, des cercles et du texte à chaque vue du graphique en barres pourclairement communiquer les données. Les annotations sont enregistrées avec le graphique en barres etapparaissent dans le fichier exporté et imprimé. Cependant, les annotations faites sur la vue d'ungraphique en barres ne sont pas ajoutées aux vues d'autres graphiques.

Pour tracer une flèche ou un cercle sur le graphique
1.

Dans la barre d'outils du graphique en barres, cliquer sur l'outil spécifique.

2.

Cliquer dans le graphique en barres et faire glisser le curseur sur le graphique comme souhaité.

286 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Pour ajouter du texte au graphique
1.

Dans la barre d'outils du graphique en barres, cliquer sur Add Text (Ajouter du texte).

2.

Cliquer dans le graphique en barres. Une zone de texte apparaît à cet emplacement.

3.

Saisir le texte dans la zone de texte.

4.

Cliquer n’importe où dans le graphique pour sortir de la zone de texte.
Conseil : Appuyer sur Entrée pour ajouter plusieurs lignes dans la zone de texte.

Pour déplacer une annotation
1.

Pointer le curseur sur l'annotation. L'icône se transforme en une main pointant l'index et la bordurede l'annotation est mise en surbrillance.

2.

Cliquer sur l'annotation et la déplacer.

3.

Relâcher l'annotation pour valider sa position.

Pour annuler une annotationu

Cliquer sur Undo (Annuler).
L’annotation la plus récente est supprimée.
Conseil : Il est possible d’annuler les dix annotations les plus récentes, une par une.

Pour rétablir une annotationu

Cliquer sur Redo (Rétablir).
La dernière annotation supprimée réapparaît.
Conseil : Il est possible de rétablir les dix annotations les plus récentes, une par une.

Pour supprimer une annotationu

Faire un clic droit sur l’annotation et sélectionner Delete (Supprimer).

Guide d’utilisation | 287

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Ajustement des données d’expression des gènes
Après avoir sélectionné le mode d’analyse, expression normalisée (∆∆Cq) ou quantité relative (∆Cq),
régler les données qui s’affichent dans l’onglet Gene Expression (Expression génétique) en modifiant les
options de paramétrage à droite du graphique.
Conseil : L’utilisateur définit les options pour les données d’expression génétique par défaut dans laboîte de dialogue User Preferences (Préférences utilisateur) (consulter la section Définition desparamètres du fichier de données de l'expression génique par défaut à la page 99).

Représentation graphique des données
Définir la valeur de l'axe des ordonnées sur Linear scale (Échelle linéaire) pour activer les options dereprésentation graphique des données. Les options de représentation graphique des données permettent
de présenter les données dans le graphique avec l’une des options suivantes :nRelative to control (Relatives au contrôle) — représentation graphique des données avec l’axe mis àl’échelle de 0 à 1. Si un contrôle est attribué dans la série, sélectionner cette option pour afficher
rapidement la régulation positive et négative de la cible.

n

Relative to zero (Relatives à zéro) — représentation graphique des données avec l’origine à zéro.

Analyze Using (Analyser à l'aide de)Utiliser le menu déroulant pour sélectionner les modalités d'analyse et de traçage des données. Les
options sont :n

Samples Only (Échantillons uniquement) — les données sont analysées et tracées pour chaqueéchantillon.

nBiological Groups Only (Groupes biologiques uniquement) — les données sont analysées et tracéespour les groupes biologiques. L’expression qui s’affiche pour le groupe biologique correspond à lamoyenne géométrique des échantillons dans ce groupe.

nSample Biological Group (Groupe biologique de l’échantillon) — les données sont analysées ettracées pour chaque échantillon avec le groupe biologique ajouté après le nom de l’échantillon. Les
valeurs-p reproduites sont calculées en fonction du groupe biologique.

nBiological Group Sample (Échantillon du groupe biologique) — les données sont analysées ettracées pour chaque échantillon avec le groupe biologique ajouté avant le nom de l’échantillon. Les
valeurs-p reproduites sont calculées en fonction du groupe biologique.

Utiliser le menu déroulant pour sélectionner un échantillon qui sera utilisé pour normaliser la quantité
relative :288 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Annoter les valeurs-p et seuil de la valeur-p
Lorsque Annotate P-Values (Annoter les valeurs-p) est sélectionné, le logiciel affiche un astérisque (*) surle graphique en barres au-dessus d'une cible si sa valeur-p est inférieure au seuil sélectionné. Le logiciel
calcule automatiquement la valeur-p en comparant le niveau d'expression de l'échantillon au niveaud'expression de l'échantillon de contrôle sélectionné à l'aide du test-t standard. La plage de seuils de lavaleur-p est 0,000—1,000.

Options de l'axe des abscisses
Ces options permettent de sélectionner les données de l’axe des abscisses du graphique d’expression
des gènes :nTarget (Cible) — trace les noms des cibles sur l’axe des abscisses.

nSample (Échantillon) — trace les noms des échantillons sur l’axe des abscisses.

Options de l'axe des ordonnées
L’option de l’axe des ordonnées permet d’afficher le graphique d’expression génétique dans l’une de ces
trois échelles :nLinear (Linéaire) — sélectionner cette option pour afficher une échelle linéaire.
Conseil : La définition de l’axe des ordonnées sur Linear (Linéaire) active la liste déroulante
Graph Data (Représentation graphique des données) dans laquelle il est possible de donnerune représentation graphique des données relatives au contrôle ou relatives à zéro.

n

Log 2 — sélectionner cette option pour évaluer les échantillons dans une grande plage dynamique.

n

Log 10 — sélectionner cette option pour évaluer les échantillons dans une très grande plage
dynamique.

Options de mise à l’échelle
Sélectionnez Normalized Gene Expression (Expression génétique normalisée) (ΔΔCq) et définissez sur
None (Aucun) afin d’activer les options de mise à l’échelle dans le graphique de l’expression génétique.
Sélectionner l’une des options de mise à l’échelle suivantes pour calculer et présenter les données selon
les modalités qui conviennent le mieux à la conception de la série :nUnscaled (Non mise à l’échelle) — présente l’expression génétique normalisée non mise à l’échelle.

nHighest (Le plus haut) — met à l’échelle l’expression génétique normalisée pour chaque cible endivisant le niveau d’expression de chaque échantillon par le niveau d’expression le plus haut danstous les échantillons.
L’option de mise à l’échelle utilise la formule mise à l’échelle au plus haut.

Guide d’utilisation | 289

Chapitre 12 Analyse de l’expression géniquenLowest (Le plus bas) — met à l’échelle l’expression génétique normalisée pour chaque cible endivisant le niveau d’expression de chaque échantillon par le niveau d’expression le plus bas danstous les échantillons.
L’option de mise à l’échelle utilise la formule mise à l’échelle au plus bas.

n

Average (Moyenne) — met à l’échelle l’expression génétique normalisée pour chaque cible endivisant le niveau d’expression de chaque échantillon par la moyenne géométrique des niveaux
d’expression pour l’ensemble des échantillons.
L'option de mise à l'échelle utilise la formule mise à l'échelle à la moyenne.

Sélectionner une option pour le type de calculs d’erreurs (barres d’erreur) du graphique d’expression
génétique :Multiplicateur de barres d'erreur du graphique
Sélectionner un multiplicateur pour les barres d'erreur du graphique d'expression génétique. Sélectionnerl'un des nombres entiers suivants :n+/- 1 (par défaut)

n

2

n

3

Le type de multiplicateur change lors de la sélection de la barre d’erreur :nSEMs pour l’erreur type de la moyennen

Std Devs pour les écarts-types

Paramètres de l’expérience
Conseil : La boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience) est également
disponible dans l’éditeur de plaque. Pour de plus amples informations, consulter Modification desparamètres de l’expérience à la page 164.
Dans la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience), il est possible de visualiser
ou de modifier la liste des cibles, échantillons ou groupes biologiques, de sélectionner les gènes deréférence, de sélectionner des contrôles ou de définir le groupe d’analyse d’expression des gènes àanalyser si des groupes biologiques ont été ajoutés aux puits.

Pour ouvrir la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience)uDans l’onglet Graphing (Représentation graphique), cliquer sur Experiment Settings (Paramètres del’expérience) au pied du volet droit.

290 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Apparaît la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience), affichant l’onglet
Targets (Cibles).

Pour ajuster les paramètres Targets (Cibles)uDans l’onglet Targets (Cibles), procéder de l’une des façons suivantes :nPour sélectionner une cible comme référence pour l’analyse de données de l’expression
génétique, sélectionner son nom dans la colonne Reference (Référence).

n

Pour changer la couleur de la cible, cliquer sur sa cellule dans la colonne Color (Couleur) etchanger la couleur dans la boîte de dialogue Color (Couleur) qui apparaît.
Le changement de couleur apparaît dans les graphiques d’expression des gènes.

n

Pour utiliser une valeur d’efficacité précédemment déterminée, décocher la case de la cible
dans la colonne Auto Efficiency (Efficacité auto) et saisir un nombre pour le pourcentaged’efficacité d’une cible.
Le logiciel calcule l’efficacité relative pour une cible à l’aide de la fonction Auto Efficiency(Efficacité auto) si les données pour une cible incluent une courbe standard.

Pour ajuster les paramètres d’un échantillonuDans l’onglet Samples (Échantillons), procéder de l’une des façons suivantes :nPour sélectionner un échantillon comme contrôle pour l’analyse de données de l’expression
génétique, sélectionner son nom dans la colonne Control (Contrôle).

n

Pour changer la couleur du groupe d’échantillons, cliquer sur sa cellule dans la colonne Color(Couleur) et changer la couleur dans la boîte de dialogue Color (Couleur) qui apparaît.
Le changement de couleur apparaît dans les graphiques d’expression des gènes.

n

Pour afficher l’échantillon dans les graphiques d’expression des gènes, le sélectionner dans lacolonne Show Chart (Afficher le graphique).

nPour supprimer l’échantillon des graphiques d’expression des gènes, l’effacer dans la colonne
Show Chart (Afficher le graphique).
Conseil : Les données du groupe d’échantillons restent dans le tableau des résultats.

Pour exclure un type d’échantillon des calculs de l’analyseuCocher sa case au pied de la boîte de dialogue Experiment Settings (Paramètres de l’expérience).
Remarque : Cela exclut les contrôles et/ou les étalons de l’analyse de l’expression des gènes.

Guide d’utilisation | 291

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Options du menu contextuel
Faire un clic droit sur le graphique d’expression génétique pour sélectionner les éléments affichés dans leTableau 32.
Tableau 32. Éléments du menu contextuel de l’expression des gènes

Élément

Fonction

Copy (Copier)Copie le graphique dans un presse-papiers.

Save Image As (Enregistrer

Enregistre le graphique comme un fichier image. Définir la résolution etl'image sous)les dimensions de l'image puis sélectionner le type de fichier (PNG,
JPG, ou BMP).

Page Setup (Mise en page)

Sélectionne une mise en page pour l'impression.

Print (Imprimer)

Imprime le graphique.

Set Scale to Default (Rétablir

Show All (Tout afficher) affiche toutes les données dans le graphiquel'échelle par défaut)en barres. Scroll Bar (Barre de défilement) affiche une barre dedéfilement s’il y a trop d’échantillons à afficher dans la zone dugraphique tout en maintenant une largeur de barres minimum.

Paramètres des graphiques

Ouvre la fenêtre Chart Settings (Paramètres des graphiques) pourajuster le graphique.

Sort (Trier)Trie l'ordre des échantillons ou des cibles qui apparaissent sur l'axe
des abscisses du graphique.

Use Corrected Std Devs (Utiliser

Calcule les barres d'erreur à l'aide de la formule de l'écart-type corrigé.

des écarts-types corrigés)
Use Solid Bar Colors (Utiliser

Affiche des barres pleines dans le graphique.

des couleurs de barres pleines)
X–Axis Labels (Étiquettes deAffiche les étiquettes de l'axe des abscisses horizontalement ou enl'axe des abscisses)

biais.

292 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Feuille de calcul des données
Le Tableau 33 définit les données affichées dans le tableau des données de l’expression génétique.
Remarque : Les valeurs figurant dans le tableau sont calculées en fonction du type de graphique etdes préférences sélectionnées dans le volet de droite.
Tableau 33. Description des informations contenues dans la feuille de calcul de l'onglet

Information

Description

Target (Cible)

Nom de la cible (gène amplifié) sélectionnée dans la fenêtre
Experiment Settings (Paramètres de l'expérience).

Biological Group (Groupe

Nom de l'échantillon et/ou du groupe biologique sélectionné dans la

biologique)fenêtre Experiment Settings (Paramètres de l'expérience).

Sample Biological Group(Groupe biologique del'échantillon)
Biological Group Sample(Échantillon du groupe
biologique)Contrôle

Nom du contrôle sélectionné dans la fenêtre Experiment Settings(Paramètres de l’expérience). Lorsque Analyze Using (Analyser à
l'aide de) est défini sur Samples Only (Échantillons uniquement), lecontrôle correspond à l'échantillon sélectionné dans la fenêtre
Experiment Settings (Paramètres de l'expérience). Lorsque les options
Biological Groups Only (Groupes biologiques uniquement), Sample
Biological Group (Groupe biologique de l’échantillon) ou BiologicalGroup Sample (Échantillon du groupe biologique) sont sélectionnées,le contrôle correspond au groupe biologique sélectionné dans lafenêtre Experiment Settings (Paramètres de l’expérience).

Relative Quantity or

Quantité relative (ΔCq) ou expression génétique normalisée (ΔΔCq)

Expression (Quantité relative ou

selon le mode sélectionné.

Expression)
Relative Quantity or Expression

Erreur type de la moyenne (SEM) ou écart-type (SD) de la quantité

SEM (or SD) (SEM ou [SD] de larelative ou de l’expression normalisée selon l’option sélectionnée.

quantité relative ou de

Disponible uniquement si Analyze Using (Analyser à l'aide de) est

l’expression)

défini sur Samples Only (Échantillons uniquement), Sample BiologicalGroup (Groupe biologique de l'échantillon) ou Biological Group
Sample (Échantillon du groupe biologique).

Guide d’utilisation | 293

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Information

Description

Corrected Relative Quantity or

Calcul de la valeur corrigée pour l’erreur type de la moyenne (SEM) ou

Expression SEM (or SD) (SEMl’écart-type (SD) de la quantité relative ou de l’expression normaliséeou [SD] de la quantité relative ou

selon l’option sélectionnée. Disponible uniquement si Analyze Usingde l’expression corrigée)(Analyser à l'aide de) est défini sur Samples Only (Échantillons
uniquement), Sample Biological Group (Groupe biologique del'échantillon) ou Biological Group Sample (Échantillon du groupe
biologique).

Mean Cq (Cq moyen)

Moyenne du cycle de quantification (cette valeur ne s'affiche pas si
Analyze Using (Analyser à l'aide de) est défini sur Biological Groups
Only (Groupes biologiques uniquement)..

Cq SEM (or SD) (SEM ou SD

Erreur type de la moyenne (SEM) ou écart-type (SD) du cycle deCq)quantification selon l'option sélectionnée (cette valeur ne s'affiche pas
si Analyze Using (Analyser à l'aide de) est défini sur Biological Groups
Only (Groupes biologiques uniquement).

294 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Option Show Details (Afficher les détails)
Le Tableau 34 définit les données affichées lorsque Show Details (Afficher les détails) est sélectionné
dans le menu contextuel de la feuille de calcul du graphique en barres.
Tableau 34. Informations dans la feuille de calcul du graphique en barres lorsque Show Details(Afficher les détails) est sélectionné

Information

Description

Data Set (Ensemble deDonnées de fluorescence issues d'un fluorophore dans le fichier dedonnées)données

Relative Quantity (Quantité

Quantité relative d'échantillons calculée

relative)
Relative Quantity SD (SDÉcart-type du calcul de la quantité relative

quantité relative)
Corrected Relative Quantity SD

Écart-type calculé de la quantité relative corrigée(SD quantité relative corrigée)
Relative Quantity SEM (SEM

Erreur type de la moyenne du calcul de la quantité relative

quantité relative)
Corrected Relative Quantity

Erreur type calculée de la moyenne de la quantité relative corrigée

SEM (SEM quantité relative
corrigée)Relative Quantity(lg) (Quantité

Log2 de la quantité relative utilisée à des fins d'analyse statistiquerelative[lg])SD RQ(lg)

Écart-type de la quantité relative (log2)

SEM Expression(lg)Erreur type de la moyenne de l'expression (log2)

Unscaled Expression

Expression calculée non mise à l'échelle(Expression non mise àl’échelle)
Unscaled Expression SD (SDÉcart-type calculé de l'expression non mise à l'échelle

expression non mise à l'échelle)
Corrected Unscaled Expression

Écart-type calculé de l'expression non mise à l'échelle corrigée

SD (SD expression non mise àl'échelle corrigée)

Guide d’utilisation | 295

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Tableau 34. Informations dans la feuille de calcul du graphique en barres lorsque Show Details(Afficher les détails) est sélectionné, suite

Information

Description

Unscaled Expression SEM

Erreur type calculée de la moyenne de l'expression non mise à(SEM expression non mise àl'échellel'échelle)
Corrected Unscaled Expression

Erreur type calculée de la moyenne de l'expression non mise à

SEM (SEM expression non misel'échelle corrigéeà l'échelle corrigée)
Unscaled Expression(lg)Log2 de l'expression non mise à l'échelle(Expression non mise à l’échelle[lg])
SD Unscaled Expression(lg) (SD

Écart-type de l'expression non mise à l'échelle (log2)

expression non mise à l’échelle[lg])
SEM Unscaled Expression(lg)Erreur type de la moyenne de l'expression non mise à l'échelle (log2)(SEM expression non mise àl’échelle[lg])Expression (Quantité relative ou

Expression génétique normalisée

expression)
Corrected Expression SD (SDÉcart-type calculé de l’expression non mise à l’échelle corrigée

expression corrigée)
Expression SEM (SEM

Erreur type de la moyenne de l’expression

expression)
Corrected Expression SEM

Erreur type calculée de la moyenne de l’expression corrigée(SEM expression corrigée)
Expression(lg)Log2 de l'expression (expression normalisée) utilisée à des finsd'analyse statistique

SD Expression(lg)Écart-type de l'expression (log2)

SEM Expression(lg)Erreur type de la moyenne de l'expression (log2)

Mean Cq (Cq moyen)

Moyenne du cycle de quantification

296 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Représentation graphique

Tableau 34. Informations dans la feuille de calcul du graphique en barres lorsque Show Details(Afficher les détails) est sélectionné, suite

Information

Description

Cq SD (SD Cq)

Écart-type du cycle de quantification

Cq SEM (SEM Cq)

Erreur type de la moyenne du cycle de quantification

Guide d’utilisation | 297

Chapitre 12 Analyse de l’expression géniqueDendrogramme
Le dendrogramme affiche les données selon un regroupement hiérarchique qui repose sur le degré desimilitude de l’expression pour différentes cibles et différents échantillons.
Remarque : L’utilisateur doit choisir une cible de référence pour afficher n’importe quel tracé dedonnées autre que l’expression relative pour les graphiques en barres.
L’image du dendrogramme décrit l’expression relative d’un échantillon ou d’une cible de la manière
suivante :nRégulation positive (rouge) — expression supérieuren

Régulation négative (vert ou bleu) — expression inférieurenAbsence de régulation (noir)nAbsence de valeur calculée (noir avec une croix blanche)

Moins les couleurs sont ombrées, plus l’écart dans l’expression relative est grand. Si aucune valeur de Cq
normalisée ne peut être calculée, le carré apparaîtra en noir avec une croix blanche.
Les bords extérieurs du tracé de données présentent un dendrogramme qui indique la hiérarchie deregroupement. Les cibles ou les échantillons qui présentent des schémas d'expression similaires seront
représentés avec des nœuds adjacents, par opposition à ceux qui présentent des schémas
dissemblables et qui seront plus distants.

Paramètres
Possibilité de définir les options suivantes :nCluster By (Regrouper par) — choix possibles : Targets (Cibles), Samples (Échantillons), Both (Lesdeux) ou None (Aucun).

nSize (Taille) — règle la taille de l’image et modifie le niveau de grossissement du graphique.

nSplit Out Replicates (Fractionner les réplicats) — affiche les valeurs pour les réplicats individuels.

Conseil : il est possible de modifier le jeu de couleurs par défaut pour le en le faisant passant de rouge/vert
à rouge/bleu ; pour ce faire, sélectionner l’option du menu contextuel dans de ces graphiques.

Options du menu contextuel
Les options du menu contextuel pour le dendrogramme sont identiques à celles pour le graphique enbarres. Consulter le Tableau 32 à la page 292 pour connaître les options disponibles. En outre, lasélection de Color Scheme (Jeu de couleurs) permet de modifier la couleur par défaut de l’expression
négative sur le graphique en la faisant passer de rouge/vert à rouge/bleu.

298 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Dendrogramme

Tableur de données
Le tableur affiche les valeurs pour la cible, l’échantillon et l’expression normalisée.

Guide d’utilisation | 299

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Nuage de points
Le nuage de points affiche l’expression normalisée des cibles pour un contrôle versus un échantillon
expérimental. Les lignes du graphique indiquent le seuil de fold-change. Les points de données entre les lignes
indiquent que la différence d’expression pour cette cible (gène) est négligeable entre les échantillons. Les points
de données en dehors des lignes dépassent le seuil de fold-change et peuvent présenter un intérêt.
La représentation graphique montre les changements suivants dans l’expression de la cible sur la base du
seuil de fold-change :nRégulation positive (cercle rouge) — expression relativement supérieuren

Régulation négative (cercle vert ou bleu) — expression relativement inférieuren

Pas de changement (cercle noir)

Cliquer sur l'une ou l'autre des lignes de seuil et la faire glisser pour ajuster la valeur de fold-change.

Paramètres
Possibilité de définir les options suivantes :nControl Sample (Échantillon de contrôle)nExperimental Sample (Échantillon expérimental)

nFold Change Threshold (Seuil de fold-change). À mesure que l’utilisateur augmente ou diminue lavaleur fold-change, les lignes de seuil se déplacent en conséquence sur le graphique.

Options du menu contextuel
Les options du menu contextuel pour le graphique en nuage sont identiques à celles pour le graphique enbarres. Consulter le Tableau 32 à la page 292 pour connaître les options disponibles. En outre,sélectionner Symbol pour remplacer le symbole de cercle par défaut utilisé sur le graphique par l’un dessymboles suivants :nTriangle

n

Croix

n

Carré

n

Diamant

300 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Nuage de points

Feuille de calcul des données
La feuille de calcul affiche les valeurs pour la cible et l’expression normalisée pour les échantillons decontrôle et expérimentaux. Elle indique également si les cibles font l’objet d’une régulation positive ou
négative par comparaison avec la régulation cible.

Guide d’utilisation | 301

Chapitre 12 Analyse de l’expression géniqueFeuille de calcul des résultats
La feuille de calcul Results (Résultats) résume les données de tous les graphiques. Le Tableau 35 définit
les données affichées dans le tableur Results (Résultats).
Tableau 35. Informations dans l’onglet Results

Information

Description

Target (Cible)

Nom de la cible (gène amplifié)

Sample (Échantillon)

Nom de l’échantillon

Mean Cq (Cq moyen)

Moyenne du cycle de quantification

Mean Efficiency Corrected Cq

Moyenne du cycle de quantification après ajustement pour l’efficacité(Cq corrigé de l'efficacité

d’une réaction de PCRmoyenne)Normalized Expression

Expression de la cible normalisée par rapport à une cible de référence(Expression normalisée)(ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Expression normalisée relative par rapport à un échantillon de(Expression normalisée relative)

contrôle ; également appelée fold-change

Regulation (Régulation)

Changement de l'expression par rapport à un échantillon de contrôle

Compared to Regulation

Régulation positive ou négative d'un échantillon expérimental sur laThreshold (Comparé au seuil debase du paramètre de seuilrégulation)

Remarque : Les données pour les réplicats ne se trouvent que dans les tableurs des onglets
d’analyse de données où Split Out Replicates (Fractionner les réplicats) a été sélectionné (à savoir
Clustergram). Il peut y avoir une divergence entre les données d’expression dans les tableursd’analyse de l’expression des gènes si None (Aucun) est sélectionné comme échantillon de contrôle
sur le graphique en barres.

302 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Étude des gènes

Étude des gènes
Créer une étude des gènes pour comparer les données de l'expression génétique issues d'une ou deplusieurs expériences sur un appareil de PCR en temps réel en réalisant un étalonnage inter-séries afin
de normaliser les expériences. Créer une étude des gènes en ajoutant des données provenant d'un ou deplusieurs fichiers de données (extension .pcrd) à l'étude des gènes. Le logiciel les regroupe en un seul
fichier (extension .mgxd).
Remarque : Le nombre maximum d’échantillons pouvant être analysés dans une étude des gènes
est limité par la taille de la mémoire vive et de la mémoire virtuelle de l’ordinateur.

Étalonnage inter-séries
L’étalonnage inter-séries est automatiquement tenté dans chaque étude des gènes pour chaque cycle
afin de normaliser les variations inter-séries entre les cibles dosées dans des séries de PCR en temps
réel distinctes (c’est-à-dire différents fichiers .pcrd générés à partir de différentes plaques).
Pour que le logiciel reconnaisse un échantillon comme étalon inter-séries, cet échantillon doit partager lesmêmes noms de cible, nom d’échantillon et, le cas échéant, nom d’ensemble biologique sur chaqueplaque comparée.
Remarque : Au moins un échantillon étalon inter-séries doit être présent dans l’étude des gènes
pour que l’étalonnage inter-séries puisse avoir lieu. Les cibles sans échantillons étalons inter-séries
appropriés seront traitées sans correction dans l'étude des gènes (non recommandé).
Les étalons inter-séries peuvent être appliqués de deux manières :n

Par cible — les différentes amorces de PCR peuvent présenter des efficacités différentes. Par
défaut, l’étalon inter-séries est appliqué à tous les puits de la même plaque ayant le même nom decible, par exemple le Cq généré avec le même dosage.

nIntégralité de l’étude — un étalon inter-séries est sélectionné par l’utilisateur et appliqué à l’intégralitéde l’étude des gènes.

Guide d’utilisation | 303

Chapitre 12 Analyse de l’expression géniqueBoîte de dialogue Gene Study (Étude des gènes)La boîte de dialogue Gene Study (Étude des gènes) comporte deux onglets :nOnglet Study Setup (Configuration de l’analyse) — gère les séries dans l’étude des gènes.
Important : L’ajout ou le retrait de fichiers de données dans une étude des gènes ne modifie
pas les données du fichier d’origine.

nOnglet Study Analysis (Analyse de l’étude) — affiche les données de l’expression génétique pour lesséries combinées.

Onglet Study Setup (Configuration de l’étude)
Le Tableau 36 définit les données présentées dans l’onglet Study Setup (Configuration de l’étude).
Tableau 36. Onglet Study Setup (Configuration de l’étude) dans la boîte de dialogue Gene
Study (Étude des gènes)Titre de la colonne

Description

File Name (Nom de fichier)Nom du fichier de données de la série (extension .pcrd)

File Folder (Dossier duRépertoire où le fichier de données est conservé pour chaque série

fichier)dans l'étude des gènes

Date Created (Date deDate à laquelle les données de la série ont été recueillies

création)

304 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Étude des gènesTableau 36. Onglet Study Setup (Configuration de l’étude) dans la boîte de dialogue Gene
Study (Étude des gènes), suite

Titre de la colonne

Description

Well Group Name (Nom du

Nom du groupe de puits sélectionné au moment de l’ajout du fichier àgroupe de puits)l’étude des gènes
Conseil : Pour analyser un groupe de puits dans l’étude desgènes, il faut sélectionner ce groupe dans la fenêtre Data Analysis(Analyse de données) avant d’importer le fichier de données dansl’étude.

Step (Étape)

Étape du protocole incluant la lecture de plaque pour recueillir lesdonnées de la PCR en temps réel

Run Type (Type de série)Série soit définie par l’utilisateur soit PrimePCR

Protocol Edited (Protocole

Si cette colonne est sélectionnée, indique que le protocole utilisé pourmodifié)

une série PrimePCR a été modifié

View Plate (Afficher laOuvre une carte de la plaque avec les données dans chacune desplaque)séries incluses dans l'étude des gènes

Préparation d'une étude des gènes
Pour préparer une étude des gènes
1.

Avant d’importer des données dans une étude des gènes, il convient d’effectuer les opérations
suivantes dans la fenêtre Data Analysis (Analyse de données) :nVérifier que les échantillons ayant le même contenu portent le même nom. Dans une étude desgènes, le logiciel suppose que les puits ayant le même nom de cible ou le même nomd’échantillon contiennent des échantillons identiques.

n

Régler la valeur de référence et le seuil (Cq) dans l’onglet Quantification pour optimiser lesdonnées dans chaque série.

n

Sélectionner le groupe de puits que l’on souhaite inclure dans l’étude des gènes.
Pour pouvoir afficher les données provenant d'un groupe de puits dans une étude de gènes, cegroupe doit être sélectionné avant d'importer le fichier de données.

L'onglet Study Setup (Configuration de l'étude) affiche une liste de toutes les séries dans l'étude desgènes.
2.

Dans la boîte de dialogue Gene Study (Étude des gènes), choisir l'onglet Study Setup (Configuration
de l'étude).

Guide d’utilisation | 305

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique3.

Cliquer sur Add Data Files (Ajouter des fichiers de données) pour sélectionner un fichier dans unefenêtre de navigation.
Conseil : Pour ajouter rapidement des séries à une étude des gènes, faire glisser les fichiers dedonnées (extension .pcrd) dans la boîte de dialogue Study Setup (Configuration de l’étude).

4.

Le logiciel CFX Maestro Dx SE réalise automatiquement l'analyse de l'étude des gènes à mesureque des fichiers de données sont ajoutés. Choisir l’onglet Study Analysis (Analyse de l’étude) pourafficher les résultats.

Pour supprimer des séries de l’étude des gènesu

Sélectionner un ou plusieurs fichiers dans la liste et cliquer sur Remove (Supprimer).

Pour ajouter des notes sur l’étude des gènesuSaisir les notes sur les fichiers et l’analyse dans la zone de texte Notes.

Onglet Study Analysis (Analyse de l'étude)
L'onglet Study Analysis (Analyse de l’étude) affiche toutes les données de toutes les séries de l'étude desgènes. Les options d’analyse de données de l’expression génétique sont identiques aux options pour unfichier de données unique, à l’exception ou aux exceptions suivantes :nPour les graphiques en barres, les valeurs d’étalonnage inter-séries (si elles sont calculées)apparaissent lorsque l’utilisateur clique sur Inter-run Calibration (Étalonnage inter-séries).
Remarque : Seuls les types d’échantillons suivants peuvent être utilisés comme étalon interséries :oUnknown (Inconnu)oStandard (Étalon)oPositive Control (Contrôle positif)

Les types d’échantillons Negative Control (Contrôle négatif), no template control (Absence decontrôle de la matrice) (NTC) et no reverse transcriptase control (Absence de contrôle de latranscriptase inverse) (NRT) ne peuvent pas être utilisés comme étalon inter-séries.
nL’outil Reference Gene Selection (Sélection des gènes de référence) identifie les gènes de référence
testés et les classifie comme étant Ideal (Idéal), Acceptable ou Unstable (Instable) sur la base de leurstabilité :oLes gènes de référence Ideal (Idéal) sont stables et représentent des variations minimales surles échantillons testés.

306 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Étude des gènesnoLes gènes de référence Acceptable ne sont pas idéalement stables et représentent une
variation modérée sur les échantillons testés. Utiliser ces gènes de référence dans l’analyse si
aucun gène de référence Ideal n’est présent.

oLes gènes de référence Unstable (Instable) représentent une variation excessive sur leséchantillons testés. Il est recommandé d’exclure ces gènes des analyses.

L’outil PrimePCR Analysis Controls (Analyse des contrôles PrimePCR) affiche dans un tableau lesrésultats des échantillons testés :oL’onglet Summary (Récapitulatif) affiche un résumé de tous les échantillons testés. Leséchantillons positifs à l'ensemble des dosages de contrôle apparaissent en vert. Leséchantillons négatifs à l’un ou plusieurs des dosages de contrôle apparaissent en jaune.

oL’onglet PCR affiche les résultats du dosage de contrôle de la PCR positif. Ce dosage détectel’inhibition ou les problèmes expérimentaux qui affectent l’expression des gènes.

oL’onglet RT affiche les résultats du dosage de contrôle de la transcription inverse. Ce dosage
procède à l’évaluation qualitative du déroulement de la transcription inverse (RT) et identifie leséchantillons où la RT est susceptible de compromettre l’expression des gènes.

oL’onglet gDNA affiche les résultats du dosage de contrôle de la contamination de l’ADN. Ce
dosage détermine si de l’ADN génomique (ADNg) est présent dans un échantillon à un taux qui
pourrait affecter les résultats de la qPCR.

oL’onglet RQ affiche les résultats des dosages de qualité de l’ARN (RQ1 et RQ2). Ces dosages
évaluent de manière qualitative si l'intégrité de l'ARN pourrait affecter l'expression des gènes demanière indésirable.

Catégories de rapports d'étude des gènes
Utiliser la boîte de dialogue Gene Study Report (Rapport d’étude des gènes) pour organiser les données
de l’étude des gènes dans un rapport. Le Tableau 37 répertorie l’ensemble des options disponibles pourun rapport d’étude des gènes.
Tableau 37. Catégories pour un rapport d’étude des gènes

Catégorie

OptionDescription

Header (En-tête)Titre, sous-titre et logo pour le rapport

Guide d’utilisation | 307

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Tableau 37. Catégories pour un rapport d’étude des gènes, suite

Catégorie

OptionDescription

Report Information

Date, nom d'utilisateur, nom du fichier de(Informations sur le rapport)

données, chemin du fichier de données et legroupe de puits sélectionné

Gene Study File List (Liste

Liste de tous les fichiers de données dans l'étude

du fichier dans l'étude desdes gènes

gènes)
Notes

Notes sur le rapport de données

Onglet Analysis (Analyse) : Graphique en barres
Analysis Settings

Liste des paramètres d'analyse sélectionnés(Paramètres d'analyse)
Chart (Graphique)

Graphique en barres de l'expression génétiqueaffichant les données

Target Names (Noms desListe des cibles dans l'étude des gènes

cibles)Sample Names (Noms desListe des échantillons dans l'étude des gèneséchantillons)
Data (Données)

Feuille de calcul affichant les données

Target Stability (Stabilité deDonnées de stabilité de la ciblela cible)Inter-run Calibration

Données d'étalonnage inter-séries

(Étalonnage inter-séries)
Box and Whisker chart

Diagramme en boîte de l'expression génétique(Diagramme en boîte)Dot-Plot Chart (Graphique

Graphique à points de l’expression génétiqueà points)

Onglet Analysis (Analyse) : Dendogramme et nuage de points
Analysis Settings(Paramètres d'analyse)

308 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Paramètres pour chaque type de graphiqueÉtude des gènesTableau 37. Catégories pour un rapport d’étude des gènes, suite

Catégorie

OptionDescription

Chart (Graphique)

Graphique en barres de l'expression génétiqueaffichant les données

Data (Données)

Tableur répertoriant les données de chaque cible

Onglet Analysis (Analyse) : Données
ANOVA
ANOVA Settings

Seuil de la valeur-p utilisé dans l'analyse(Paramètres ANOVA)ANOVA Results (Résultats

Tableau de résultats de l'ANOVA et de l'analyse

ANOVA)

post-hoc du test HSD de Tukey

Shapiro-Wilk Normality

Groupe biologique, comptage, valeur-p et toutes

Test (Test de normalité deles erreurs qui se produisent pour chaque cible

Shapiro-Wilk)dans l'analyse

ANOVA Errors (Erreurs

Erreurs identifiées durant les calculs de l'ANOVAANOVA)

Guide d’utilisation | 309

Chapitre 12 Analyse de l’expression génique

Création d'un rapport de l'étude des gènes
Pour créer un rapport de l'étude des gènes1.

Le cas échéant, ajuster les données et les graphiques du rapport d’étude des gènes avant de créer
un rapport.

2.

Sélectionner Tools (Outils) > Reports (Rapports) dans le menu Gene Study (Étude des gènes) pour
ouvrir la boîte de dialogue Report (Rapport).

3.

Choisir les options que l’on souhaite inclure dans le rapport. Le rapport s'ouvre en affichant les
options sélectionnées par défaut. Cocher ou décocher les cases pour modifier des catégories
entières ou des options individuelles à l’intérieur d’une catégorie.
La section Catégories de rapports d'étude des gènes à la page 307 répertorie les options disponibles
à afficher.

4.

Modifier l'ordre des catégories et des éléments dans un rapport. Faire glisser les options vers laposition requise. Les éléments ne peuvent être réordonnés qu'à l'intérieur des catégories auxquelles
ils appartiennent.

5.

Cliquer sur Update Report (Actualiser le rapport) pour actualiser le champ Report Preview (Aperçu
du rapport) avec les modifications éventuellement apportées.

6.

Imprimer ou enregistrer le rapport. Cliquer sur le bouton Print Report (Imprimer le rapport) dans labarre d’outils pour imprimer le rapport en cours. Sélectionner File (Fichier) > Save (Enregistrer) pourenregistrer le rapport au format PDF (fichier Adobe Acrobat Reader) et sélectionner un emplacement
pour l’enregistrement du fichier. Sélectionner File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) pourenregistrer le rapport avec un nouveau nom ou dans un nouvel emplacement.

7.

(Facultatif) Créer un modèle de rapport avec les informations souhaitées. Pour enregistrer lesparamètres du rapport en cours dans un modèle, sélectionner Template (Modèle) > Save
(Enregistrer) ou Save As (Enregistrer sous). Il suffira ensuite de charger le modèle de rapport laprochaine fois qu’un nouveau rapport sera créé.

310 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Annexe A Calculs de l’analyse de données
Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition calcule automatiquement les formules et affiche lesrésultats dans les onglets Data Analysis (Analyse de données). Cette annexe explique en détail comment
CFX Maestro Dx SE calcule les formules.

Efficacité d'une réaction
Certains éléments laissent à penser que l'utilisation d'une mesure exacte des efficacités pour chaque jeu
d'amorces et de sondes produira des résultats plus précis au cours de l'analyse des données del'expression génétique. La valeur d'efficacité par défaut utilisée dans les calculs de l'expression génétiqueest égale à 100 %. Pour évaluer l'efficacité d'une réaction, créer une courbe d'étalonnage en utilisant lesdilutions en série d'un échantillon représentatif sur une plage dynamique pertinente, puis enregistrerl'efficacité pour l'analyse de l'expression génétique suivante. Si la série comporte une courbed'étalonnage, le logiciel calcule alors automatiquement l'efficacité et l'affiche sous la courbe d'étalonnage(Standard Curve) de l'onglet Quantification lorsque la case Auto Efficiency (Efficacité auto) est cochéedans l'onglet Targets (Cibles) de la fenêtre Experiment Settings (Paramètres de l'expérience).
L'efficacité (E) dans les formules d'efficacité se réfère aux « efficacités » telles que décrites par Pfaffl(2001) and Vandesompele et al. (2002). Dans cet ouvrage, une efficacité de 2 (doublement parfait àchaque cycle) équivaut à une efficacité de 100 % dans ce logiciel. Il est possible de convertir les calculs
d’efficacité pour qu’ils deviennent ceux utilisés dans le logiciel à l’aide des relations mathématiquessuivantes :n

E = (% Efficacité * 0,01) + 1n% Efficacité = (E – 1) * 100

Quantité relative
La formule pour la quantité relative (ΔCq) de n’importe quel échantillon (GOI) est :Remarque : Cette formule sert à calculer la quantité relative lorsqu’il n’y a pas d’échantillon decontrôle défini.
Où :Guide d’utilisation | 311

Annexe A Calculs de l’analyse de donnéesnE = Efficacité du jeu d’amorces et de sondes. Cette efficacité est calculée avec la formule(% d’efficacité * 0,01) + 1, où 100 % d’efficacité = 2n

Cq (min) = Cq moyen pour l’échantillon avec le Cq moyen le plus bas pour le gène d’intérêtn

C q (sample) = Cq moyen pour l’échantillonn

GOI = Gène d’intérêt (une cible)

Quantité relative en cas de sélection d'un contrôle
Lorsqu’un échantillon de contrôle ou groupe biologique est attribué, la quantité relative (RQ) pour toutéchantillon qui présente un gène d’intérêt (GOI) est alors calculée à l’aide de cette formule :Où :n

E = Efficacité du jeu d’amorces et de sondes. Cette efficacité est calculée avec la formule(% d’efficacité * 0.01) + 1, où 100 % d’efficacité = 2nCq (contrôle) = Moyenne du Cq pour l’échantillon de contrôlenCq (échantillon) = Moyenne du Cq pour tous les échantillons avec un GOInGOI = Gène d’intérêt (une cible)

Écart-type de la quantité relative
Important : Ce calcul s’applique uniquement lorsque Analyze Using (Analyser à l’aide de) est défini
sur Samples Only (Échantillons uniquement), Sample Biological Group (Groupe biologique del’échantillon) ou Biological Group Sample (Échantillon du groupe biologique).
La formule pour l’écart-type de la quantité relative est

Où :n

SD quantité relative = Écart-type de la quantité relativen

SD CqGOI échantillon =Écart-type du Cq pour l’échantillon (GOI)n

Quantité relative = Quantité relative de l’échantillon

312 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Cq à l’efficacité corrigée (CqE)n

E = Efficacité du jeu d’amorces et de sondes. Cette efficacité est calculée avec la formule(% d’efficacité * 0.01) + 1, où 100 % d’efficacité = 2n

GOI = Gène d’intérêt (une cible)

Cq à l’efficacité corrigée (CqE)
La formule pour le Cq à l’efficacité corrigée est

Où :n

E = Efficacité

Cq à l’efficacité moyenne corrigée (MCqE)
La formule pour le Cq à l’efficacité moyenne corrigée estOù :nCqE = Cq à l’efficacité corrigéenn = Nombre de réplicats

Guide d’utilisation | 313

Annexe A Calculs de l’analyse de données

Expression normalisée
L'expression normalisée (ΔΔCq) est la quantité relative de la cible (gène) normalisée par rapport aux
quantités des cibles de référence (gènes ou séquences) dans le système biologique. Pour sélectionnerles cibles de référence, ouvrir la fenêtre Experiment Settings (Paramètres de l’expérience) puis cliquer
sur la colonne de référence pour chaque cible servant de gène de référence.
La formule pour l’expression normalisée, qui utilise le calcul de la quantité relative (RQ) calculée, estOù :n

RQ = Quantité relative d’un échantillonnRef = cible de référence dans une série incluant une ou plusieurs cibles de référence dans chaqueéchantillonn

GOI = Gène d’intérêt (une cible)

À condition que les cibles de référence ne changent pas leur niveau d'expression dans le système
biologique, le calcul de l'expression normalisée tiendra compte des différences ou des variations dechargement dans le nombre de cellules qui sont représentées dans chacun des échantillons.

314 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Expression normalisée lorsqu'un contrôle est sélectionné

Expression et quantité relative pour les groupes biologiques
Lorsque Analyze Using (Analyser à l'aide de) est défini sur Biological Groups Only (Groupes biologiques
uniquement), le logiciel affiche l'expression moyenne (expression normalisée ou quantité relative, en
fonction de la sélection de mode) des échantillons dans le groupe biologique. Étant donné quel'expression est généralement distribuée selon une loi log-normale, sa moyenne est établie à l'aide de lamoyenne géométrique :Où :nExp1, Exp2, Expn = quantité relative ou expression normalisée des échantillons dans le groupe
biologiquenn = nombre d’échantillons dans le groupe biologique

Expression normalisée lorsqu'un contrôle est sélectionné
Lorsqu'un échantillon de contrôle est sélectionné dans la fenêtre Experiment Settings (Paramètres del'expérience), le logiciel définit à 1 le niveau d'expression de l'échantillon de contrôle. Dans cette situation,
le logiciel normalise les quantités relatives de l'expression de toutes les cibles (gènes) à la quantité ducontrôle (une valeur de 1). Cette expression normalisée est équivalente à l’analyse de l’expression
normalisée non mise à l’échelle lorsqu’un contrôle est choisi.
Remarque : Cela est également connu sous le nom d’expression normalisée relative (RNE) et defold-change.

Guide d’utilisation | 315

Annexe A Calculs de l’analyse de données

Écart-type pour l'expression normalisée
La remise à l'échelle de la valeur de l'expression normalisée se fait en divisant l'écart-type de l'expression
normalisée par la valeur de l'expression normalisée pour les niveaux d'expression individuels le plus hautou le plus bas, selon l'option de mise à l'échelle choisie. La formule pour l’écart-type (SD) du facteur denormalisation est la suivante :Où :nRQ = Quantité relative d’un échantillonn

SD = Écart-typen

NF = Facteur de normalisationn

Ref = Cible de référencenn = Nombre de cibles de référence

Lorsqu’un échantillon de contrôle est attribué, il n’est pas nécessaire de réaliser cette fonction de remiseà l’échelle sur l’écart-type, comme l’indique la formule suivante :Où :nNE = Expression normaliséen

RQ = Quantité relative d’un échantillonn

SD = Écart-typen

GOI = Gène d’intérêt (une cible)

316 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Expression normalisée mise à l'échelle au niveau d'expression le plus haut

Expression normalisée mise à l'échelle au niveaud'expression le plus haut
Lorsque la série ne comporte pas de contrôles, mettre l'expression normalisée (NE) à l'échelle pourchaque cible (gène) en divisant le niveau d'expression de chaque échantillon par le niveau d'expression
le plus haut dans tous les échantillons. Le logiciel définit le niveau d'expression le plus haut à une valeurde 1 et remet à l'échelle tous les niveaux d'expression des échantillons. La formule pour la mise àl’échelle la plus haute est

Où :n

GOI = Gène d’intérêt (une cible)

Expression normalisée mise à l'échelle au niveaud'expression le plus bas
Lorsque la série ne comporte pas de contrôles, mettre l'expression normalisée (NE) à l'échelle pourchaque cible (gène) en divisant le niveau d'expression de chaque échantillon par le niveau d'expression
le plus bas dans tous les échantillons. Le logiciel définit le niveau d'expression le plus bas à une valeurde 1 et remet à l'échelle tous les niveaux d'expression des échantillons. La formule pour la mise àl’échelle la plus basse est

Où :n

GOI = Gène d’intérêt (une cible)

Expression normalisée mise à l'échelle au niveaud'expression moyen
Lorsque la série ne comporte pas de contrôles, mettre l'expression normalisée (NE) à l'échelle pourchaque cible (gène) en divisant le niveau d'expression de chaque échantillon par le niveau d'expression
moyen géométrique de tous les échantillons. Le logiciel définit le niveau d'expression moyen à une valeurde 1 et remet à l'échelle tous les niveaux d'expression des échantillons. La formule pour la mise àl’échelle moyenne est

Guide d’utilisation | 317

Annexe A Calculs de l’analyse de donnéesOù :nGOI = Gène d’intérêt (une cible)n

GM = moyenne géométrique de l’expression normalisée de tous les échantillons

318 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Écart-type pour l'expression normalisée mise à l'échelle

Écart-type pour l'expression normalisée mise à l'échelle
La remise à l’échelle de la valeur de l’expression normalisée mise à l’échelle (NE) se fait en divisantl’écart-type (SD) de l’expression normalisée par la valeur de l’expression normalisée pour les niveaux
d’expression le plus haut (MAX) ou le plus bas (MIN), selon l’option de mise à l’échelle choisie.
Remarque : Lorsqu’un échantillon de contrôle est attribué, il n’est pas nécessaire de réaliser cettefonction de remise à l’échelle sur l’écart-type.
Le calcul pour cette formule estOù :n

NE = Expression normaliséen

SD = Écart-typen

GOI = Gène d’intérêt (une cible)n

MAX = Niveau d’expression le plus hautn

MIN = Niveau d’expression le plus bas

Guide d’utilisation | 319

Annexe A Calculs de l’analyse de données

Barres d’erreur pour l’écart-type(lg) et l’erreur-type de lamoyenne (lg)Pour compléter l'utilisation des intervalles de confiance, il est possible d'afficher des barres d'erreur pourles groupes biologiques basées soit sur l'écart-type, soit sur l'erreur-type de la moyenne du log2 del'expression. Les barres d’erreur sont calculées comme suit :RQ Lower Error Bar (Barre d’erreur inférieure QR) = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) ou 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ Upper Error Bar (Barre d’erreur supérieure QR) = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) ou 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Où :n

RQ(lg) = log2 de la quantité relative pour le groupe biologiquen

SD RQ(lg) = écart-type de la quantité relative (log2)n

SEM RQ(lg) = erreur-type de la moyenne de la quantité relative (log2)

Exp. Lower Error Bar (Barre d’erreur inférieure Exp.) = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) ou 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. Upper Error Bar (Barre d'erreur supérieure Exp. = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) ou 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Où :nExp.(lg) = log2 de l’expression (expression normalisée) pour le groupe biologiquen

SD RQ(lg) = écart-type de l’expression (log2)n

SEM RQ(lg) = erreur-type de la moyenne de l’expression (log2)

320 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Fold-change

Fold-change
Le fold-change désigne une valeur de l’augmentation ou de la diminution dans l’expression d’une cible
pour un échantillon expérimental comparativement à un échantillon de contrôle ou groupe biologique quel’on détermine comme suit :Si Expression (expérimental) > Expression (contrôle) :Si Expression (expérimental) < Expression (contrôle) :Remarque : concernant la représentation graphique, l’expression se base, selon le modesélectionné, soit sur la quantité relative, soit sur l’expression normalisée (consulter la section
Représentation graphique à la page 280). Toutefois, pour le Scatter Plot (Nuage de points) et leClustergram (Dendogramme), le fold-change est systématiquement calculé à partir de l’expression
normalisée.

Guide d’utilisation | 321

Annexe A Calculs de l’analyse de données

Formules des valeurs corrigées
Important : Ces calculs s’appliquent uniquement lorsque Analyze Using (Analyser à l’aide de) est
défini sur Samples Only (Échantillons uniquement), Sample Biological Group (Groupe biologique del’échantillon) ou Biological Group Sample (Échantillon du groupe biologique).
Un écart entre les valeurs corrigées et les valeurs non corrigées n'est visible que si une courbed'étalonnage est créée dans le cadre d'une série de PCR en temps réel. Le logiciel utilise trois équations
pour déterminer la propagation de l’erreur :nErreur typen

Erreur type pour l’expression normaliséenErreur type pour le gène d’intérêt (cible) normalisé

La formule pour l’erreur type estOù :nn = Nombre de cibles de référence (gènes)n

SD = Écart-type

L’erreur type pour le facteur de normalisation dans la formule de l’expression normalisée estOù :nn = Nombre de cibles de référencenSE = Erreur typen

NF = Facteur de normalisationn

RQ = Quantité relative

L’erreur type pour la formule du gène d’intérêt (GOI) normalisé estOù :n

SE = Erreur type

322 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Calcul de l'intervalle de confiance pour l'analyse des groupes biologiquesn

GOI = Gène d’intérêt (une cible)n

NF = Facteur de normalisationnn = Nombre de cibles de référence

Calcul de l'intervalle de confiance pour l'analyse des groupes
biologiques
Lorsqu’une analyse des groupes biologiques est réalisée (Analyze Using [Analyser à l’aide de] étant
défini sur Biological Groups Only [Groupes biologiques uniquement]), les intervalles de confiance sontcalculés pour la quantité relative et l’expression normalisée relative.
Les intervalles de confiance sont calculés en échelle log sur la base de la distribution t à l'aide de laformule suivante :Où :n= expression moyenne des niveaux d’expression de l’échelle log des échantillons dans le groupe
biologiquenSD = écart-type des niveaux d’expression de l’échelle log des échantillons dans le groupe biologiquenn = nombre d’échantillons dans le groupe biologiquent = obtenu à partir de la distribution t sur la base des degrés de liberté et du niveau alpha
Remarque : Le niveau alpha peut être défini à l’aide du champ de seuil de la valeur-p dansl’onglet Graphing (Représentation graphique).

Une fois les intervalles de confiance calculés, ils sont convertis en échelle linéaire et présentés dans letableau de données de l'expression génétique et le graphique en barres dans l'onglet Graphing(Représentation graphique).

Calculs dans un diagramme en boîte (Box and Whisker)
Le diagramme en boîte affiche la distribution des valeurs de l’expression à l’intérieur d’un groupe
biologique en traçant les données sous forme de quartiles. Le 1er et le 3ème quartiles sont représentés
respectivement par les limites inférieures et supérieures du diagramme. La médiane prend la forme d’une
ligne pleine coupant le diagramme. Les lignes verticales ou « moustaches » représentent les valeurs

Guide d’utilisation | 323

Annexe A Calculs de l’analyse de données

minimum et maximum non extrêmes dans l’ensemble de données. Les valeurs extrêmes sont des valeurscomprises entre le 1er et le 3e quartile, plus 1,5 fois l’intervalle interquartile.
Remarque : Si le groupe biologique ne contient qu’un échantillon, ce dernier est représenté par unseul cercle, indiquant un point de données unique.
Le diagramme en boîte suivant indique la représentation de ces données.

LÉGENDE1.

Valeur extrême (outlier). Cette valeur extrême est > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Remarque : Placer le curseur au-dessus du cercle pour afficher une info-bulle qui indiquele nom de l’échantillon et les informations concernant la quantité relative ou l’expression
normalisée selon le mode de sélection.

2.

Délimitation de la valeur maximum non extrême

3.

Supérieur/3e quartile (Q3). 75 % des valeurs de l’expression sont inférieures à Q3.

4.

Médiane, ou valeur la plus centrale, des valeurs de l’expression hiérarchisée

5.

Inférieur/1er quartile (Q1). 25 % des valeurs de l’expression sont inférieures à Q1.

6.

Délimitation de la valeur minimum non extrême

7.

Valeur extrême (outlier). Cette valeur aberrante est < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

324 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Annexe B Pistes d’audit
Le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition crée des pistes d’audit pour les fichiers de données etd’études des gènes (fichiers .prcd et .mgxd respectivement). Toutes les modifications apportées ou lesactions effectuées sur les fichiers sécurisés de données et d’études des gènes sont capturées dans lapiste d’audit du fichier lorsque le fichier est enregistré. CFX Maestro Dx SE crée une piste d’audit distincte
pour chaque fichier.
Vous pouvez choisir File (Fichier) > Save As (Enregistrer sous) et enregistrer les fichiers sécurisés dedonnées et d’études des gènes signés ou non signés dans un autre dossier ou sous un autre nom. Le
nouveau fichier hérite de la piste d’audit du fichier d’origine. La piste d’audit du nouveau fichier comprendégalement l’activité Save As (Enregistrer sous). Les modifications ou les actions effectuées sur lenouveau fichier sont enregistrées dans sa propre piste d’audit. Le fichier d’origine conserve sa pisted’audit, sur laquelle une autre activité est capturée.
Événements auditables à la page 327 répertorie les événements auditables que le logiciel capture.

Affichage des pistes d’audit
Chaque piste d’audit affiche les informations suivantes :nDétails de l’en-tête d’auditoFile version (Version du fichier) — la version enregistrée du fichieroDate — la date de l’événement auditable actueloUser (Utilisateur) — le domaine Windows et le nom d’utilisateur de l’utilisateur connectéoComment (Commentaire) — le dernier commentaire enregistréoSignature — la signature électronique de la dernière personne qui a signé le fichieroSignature reason (Motif de la signature) — le motif de la signature.

oApplication — CFX Maestro Dx SEoApplication version (Version de l’application) — la version actuelle de CFX Maestro Dx SE

oFull user (Utilisateur complet) — le nom complet de l’utilisateur connecté.

oMachine — l’ordinateur sur lequel CFX Maestro Dx SE est installé

Guide d’utilisation | 325

Annexe B Pistes d’auditnAudit des détails de la modificationo

Object (Objet) — l’élément qui a été modifié (l’élément audité)o

Old value (Ancienne valeur) — la valeur précédenteo

New value (Nouvelle valeur) — la nouvelle valeuroDescription — la description de la modification

Pour afficher la piste d’audituDans le fichier de données ouvert ou d’étude des gènes, sélectionnez View (Affichage) > Audit Trail(Piste d’audit). La piste d’audit du fichier s’affiche.

Par défaut, les données sont triées par date et heure, et tous les événements apparaissent dans lavue développée. Vous pouvez filtrer la vue par nom d’utilisateur et objet, et réduire la vue développée
pour effectuer facilement un tri avec n’importe quel champ d’en-tête. Vous pouvez également afficher
la piste d’audit sous forme de rapport html.

Pour trier par nom d’utilisateuru

Sélectionner l’utilisateur cible dans la liste déroulante User Name (Nom d’utilisateur).

Pour trier par objetuSélectionner la cible dans la liste déroulante Object (Objet).

Pour masquer la description complète des événementsuCliquer sur Collapse All (Tout réduire).

326 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Événements auditables

Pour trier les données dans le tableau des détails des modificationsu

Cliquer sur le symbole en forme de losange dans l’en-tête de la colonne de données pour effectuer
un tri croissant (de A à Z, du plus petit nombre au plus grand ou du plus ancien au plus récent).

Pour imprimer la piste d’audit
1.

Cliquer sur Rapport HTML pour afficher la piste d’audit dans un navigateur Web.

2.

Dans la fenêtre de votre navigateur, effectuer l’une des opérations suivantes :nSélectionner File (Fichier) > Print (Imprimer).

nEffectuer un clic droit sur le rapport et sélectionner Print (Imprimer).

Événements auditables
CFX Maestro Dx SE capture les événements auditables suivants dans les fichiers de données et d’études
des gènes.

Événements auditables pendant l’exécutionnHeure de démarrage de la sérienModifications de la plaque temporelle de la sérienModifications du protocole temporel de la sérien

Heure de fin de la série

Événements auditables lors de la création d’un fichier de donnéesnFichier de données créénLectures interpolées de plaques ajoutées par le système

Événements auditables lors de l’enregistrement d’un fichier de donnéesnGénéraloName (Nom)oSignatureoConfiguration de la plaqueoAfficher les puitsoFluorophores analysésoModifications de la plaque

Guide d’utilisation | 327

Annexe B Pistes d’audit

n

n

n

n

n

o

Mode d’analyseoGroupe de puits actifs de PCR

Onglet QuantificationoÉtape activeoSettings (Paramètres) — Cq Determination mode (Mode de détermination C q)o

Settings (Paramètres) — Baseline Setting (Paramètre de la valeur de référence)o

Correction à la dérive appliquéeoSettings (Paramètres) — Cycles to Analyze (Cycles à analyser)oSettings (Paramètres) — Analysis Mode (Mode d’analyse)oSettings (Paramètres) — Baseline Threshold (Seuil de base)Onglet Melt Curve (Courbe de fusion)oÉtape activeoType de pic affichéoSeuil d’analyse du pic

Onglet End Point (Point final)oFluorophore actif/cibleoTerminer les cycles à la moyenneoMéthode de calcul de la toléranceoPourcentage de la gamme

Onglet Allelic Discrimination (Discrimination allélique)oFluorophore sur les axes des abscisses et des ordonnéesoSélectionner le nombre de cyclesoCarte des dénominations

Onglet Gene Expression (Expression génique) — All plots (Tous les tracés)oExperiment Settings (Paramètres de l’expérience) — Target reference (Référence cible)o

Experiment Settings (Paramètres de l’expérience) — Sample control (Contrôle des échantillons)oExperiment Settings (Paramètres de l’expérience) — Auto efficiency (Efficacité auto)

328 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Événements auditables

o
n

n

n

n

Onglet Gene Expression (Expression génique) — Graphing (Représentation graphique)oMode d’analyseoDonnées graphiquesoX-axis (Axe des abscisses)o

Axe des ordonnéesoOption de mise à l’échelleoBarre d’erreuroMultiplicateur de barres d’erreuroP-Value Threshold (Seuil de valeur-p)

Onglet Gene Expression (Expression génique) — Clustergram (Dendogramme)oCluster By (Regrouper par)oSplit out replicates (Fractionner les réplicats)

Onglet Gene Expression (Expression génique) — Scatter Plot (Nuage de points)oControl Biological Group (Groupe biologique de contrôle)oExperimental Biological Group (Groupe biologique expérimental)oFold Change Threshold (Seuil de fold-change)

Onglet Gene Expression (Expression génique) — ANOVAonnExperiment Settings (Paramètres de l’expérience) — Efficiency (Efficacité)

P-Value Threshold (Seuil de valeur-p)

Plate Setup (Configuration de la plaque — View/Edit Plate (Afficher/modifier la plaque)oSettings (Paramètres) — PlateType (Type de plaque)oSettings (Paramètres) — Units (Unités)oEditing Tools (Modifier les outils) — Flip Plate (Retourner la plaque)oWell groups (Groupes de puits)oFluorophores de plaquePlate Setup (Configuration de la plaque) — Replace Plate and Apply PrimePCR File (Remplacer laplaque et appliquer le fichier PrimePCR)oPlate Setup Import (Importation de la configuration de la plaque)

Guide d’utilisation | 329

Annexe B Pistes d’audit

Audit Changes for Gene Study Files (Audit des modifications pour les fichiersd’étude des gènes)GénéralnName (Nom)nOnglet Study Setup (Configuration de l’étude)on

Ajouter/supprimer des fichiers de données

Onglet Study Analysis (Analyse de l’étude)

330 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Annexe C Intégration au LIMS
Il est possible de configurer le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition pour l’utiliser avec un systèmede gestion de l’information en laboratoire (LIMS). Pour l’intégration au LIMS, CFX Maestro Dx SE exige
les informations de configuration de la plaque générées par la plateforme LIMS (un fichier LIMS, *.plrn),
un fichier de protocole créé à l’aide de CFX Maestro Dx SE (*.prcl), un emplacement d’exportation desdonnées défini et un format d’exportation défini.
Une fois la série terminée, CFX Maestro Dx SE génère un fichier de données (.pcrd) et l’enregistre dans
un dossier d’exportation de données défini. CFX Maestro Dx SE peut également créer un fichier dedonnées compatible avec le système LIMS au format .csv et l’enregistrer au même emplacement.

Création de fichiers de données compatibles avec le système
LIMS
Cette annexe explique comment configurer CFX Maestro Dx SE pour créer, enregistrer et exporter desfichiers de données compatibles avec le système LIMS.

Configuration du dossier LIMS et options d’exportation desdonnées
Par défaut, CFX Maestro Dx SE enregistre les protocoles, les fichiers et les fichiers d’exportation dedonnées du système LIMS dans ce dossier :C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
Il est possible de configurer CFX Maestro Dx SE de manière à ce qu’il enregistre les fichiers dans un autre
dossier et de modifier les options d’exportation pour les données du LIMS.

Pour configurer un dossier LIMS et les options d’exportation des données
1.

Dans la fenêtre d'accueil, sélectionner Tools (Outils) > Options.

2.

Dans la boîte de dialogue Options, sélectionner Data Export Settings (Paramètres d’exportation desdonnées).

Guide d’utilisation | 331

Annexe C Intégration au LIMS

3.

(Facultatif) Select Automatically export LIMS data at end of run (Sélectionner automatiquement
l'exportation des données du LIMS à la fin de la série)Le logiciel exportera automatiquement les données du LIMS après chaque série et les enregistrera à
l'emplacement spécifié.

4.

Pour modifier les options d’exportation par défaut pour les données du LIMS, cliquer sur Data Export
Settings (Paramètres d’exportation des données).
Important : Seules les données du LIMS exportées au format de fichier .csv peuvent êtreréimportées dans CFX Maestro Dx SE.

5.

Dans la boîte de dialogue LIMS Data Export Format Settings (Paramètres de format d’exportation
des données du LIMS), sélectionner les options d’exportation requises et cliquer sur OK.

6.

Dans la boîte de dialogue Options, accéder à un dossier par défaut pour l'enregistrement des fichiersde données du LIMS et le sélectionner. Il est possible de sélectionner un emplacement différent pourchaque type de fichier :nProtocol (Protocole)n

LIMS file (Fichier LIMS)

332 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création de fichiers de données compatibles avec le système LIMSn7.

Data export (Exportation des données)

Cliquer sur OK pour enregistrer les modifications et fermer la boîte de dialogue Options.

Création d’un protocole LIMS
Pour démarrer une série avec le système LIMS, créer un fichier de protocole (*.prcl) CFX Maestro Dx SE
et l’enregistrer dans l’emplacement du dossier de protocole LIMS prévu à cet effet.
Consulter le Chapitre 7, Création de protocoles pour de plus amples informations.

Création d'un fichier LIMS
Un fichier LIMS (*.plrn) comporte les détails de la configuration de la plaque et le nom de fichier duprotocole. Ce fichier est généré par votre LIMS interne. CFX Maestro Dx SE utilise le fichier LIMS pourcréer un fichier de plaque à utiliser avec un fichier de protocole.
CFX Maestro Dx SE fournit des fichiers de modèle d’importation de plaques qu’il est possible de modifier
pour créer des fichiers de plaque LIMS personnalisés.
Conseil : Cette tâche doit être effectuée par un spécialiste LIMS.

Pour créer un fichier LIMS
1.

Dans la fenêtre d'accueil, sélectionner View (Affichage) > Show (Afficher) > LIMS File Folder(Dossier du fichier LIMS).

2.

Ouvrir le dossier LIMS Templates (Modèles LIMS) et sélectionner un fichier .csv à importer dans le
LIMS interne.

3.

Modifier le fichier de modèle en remplissant les champs obligatoires énumérés dans le Tableau 38.

4.

Effectuez l’une des opérations suivantes :nPour enregistrer vos modifications pour une utilisation future, enregistrer le fichier sous forme defichier .csv.

nPour enregistrer vos modifications et utiliser le fichier immédiatement, enregistrer le fichier avec
l’extension .plrn.

nEnregistrer le modèle avec l’extension .plrn dans le dossier de fichiers LIMS.

Important : CFX Maestro Dx SE ne peut ouvrir que le fichier .plrn. Il faut enregistrer le fichier.csv en .plrn afin de démarrer le LIMS.

Guide d’utilisation | 333

Annexe C Intégration au LIMS

Tableau 38. Définition du contenu du fichier .csv du LIMS

ColonneLigne

Description

Contenu

Usage

A

1

En-tête de plaqueNe pas modifier

Prédéfini

A, B, C

2Champ/données/instruction

Ne pas modifier

PrédéfiniB

3

Version

Ne pas modifier

PrédéfiniB

4Dimensions de la plaqueNe pas modifier

PrédéfiniB

5Type de plaque

Saisir « BR White »,Obligatoire« BR Clear » ou tout
autre type de plaqueétalonnée
B

6Mode de lecture

Saisir « SYBR/FAM

Obligatoire

Only », « All
Channels » ou
« FRET »B

7

Unités

Saisir l'une desvaleurs suivantes :« Copy Number »,« Fold Dilution »,« Micromoles »,« Nanomoles »,« Picomoles »,« Femtomoles »,« Attomoles »,« Milligrams »,« Micrograms »,« Nanograms »,« Picograms »,« Femtograms »,« Attograms » ou
« Percent »334 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Obligatoire

Création de fichiers de données compatibles avec le système LIMS

Tableau 38. Définition du contenu du fichier .csv du LIMS, suite

ColonneB

Ligne

Description

Contenu

Usage

8

ID de la série

Saisir une brève

Facultatif

description ou un
code-barres identifiant
cette série(30 caractères
maximum, virgules
non autorisées)
B

9Notes liées à la série

Saisir la description de

Facultatifla série
B

10

Protocole de la série

Saisir le nom de fichierObligatoire

du protocole
exactement commerépertorié.
A

11

Fichier de données

Saisir le nom du fichier

Facultatifde données
A

12-15

A
A
B-G

À définir/vide

Ne pas modifier

Prédéfini16

Données de plaqueNe pas modifier

Prédéfini17-113

Position du puits

Ne pas modifier

PrédéfiniColorant can.1, colorantSaisir un nom deObligatoirecan.2, colorant can.3, colorantcolorant étalonné (parcan.4, colorant can.5, FRET

exemple, « FAM »)pour chaque canalutiliséH

Type d'échantillon

Saisir l'un des types

Obligatoired'échantillon suivants :« Unknown »,« Standard »,« Positive Control »,« Negative Control »,« NTC » ou « NRT »Guide d’utilisation | 335

Annexe C Intégration au LIMS

Tableau 38. Définition du contenu du fichier .csv du LIMS, suite

ColonneLigne

I

Description

Contenu

Usage

Nom de l'échantillon

Saisir le nom deFacultatifl'échantillon
J-O

P

Cible can.1, cible can.2, cible

Saisir le nom de lacan.3, cible can.4, cible can.5,

cible pour chaquecible FRET

canal utilisé

Nom de la collection

Saisir le nom deFacultatif

Facultatif

l’ensemble biologique
Q

Réplicat

Saisir un entier positif

Facultatifpour chaqueensemble de réplicats.
La valeur ne peut pasêtre égale à zéro.
R-W

Quantité can.1, quantité

Saisir les valeurs de

Obligatoirecan.2, quantité can.3, quantité

quantité pour

pour tous lescan.4, quantité can.5, quantité

n'importe quel étalon.

étalons

FRET

Saisir la concentration
sous forme décimale.

336 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création de fichiers de données compatibles avec le système LIMS

Tableau 38. Définition du contenu du fichier .csv du LIMS, suite

ColonneX

Ligne

Description

Contenu

Usage

Note relative au puits

Saisir une note sur leFacultatif

puits (20 caractères
maximum)
Remarque : Bienque les notes de
CFX Maestro Dx
SE soient limitéesà 20 caractères
dans Well Note
(Note relative aux
puits) via lelogiciel, le champ
Well Note (Noterelative aux puits)
peut contenir
jusqu’à
500 caractèress’il est inclus
dans un fichier.plrn importé.
Cependant,
CFX Maestro Dx
SE affichera
uniquement les
20 premiers
caractères. Le
fichier .pcrd
exportécontiendra tous
les caractères duchamp Well Note
(Note relative aux
puits), aucune
donnée n’est
perdue.

Guide d’utilisation | 337

Annexe C Intégration au LIMS

Tableau 38. Définition du contenu du fichier .csv du LIMS, suite

Colonne

Ligne

Y-AD

Description

Contenu

Usage

Couleur de puits can.1,

Saisir toute couleur deFacultatif

couleur de puits can.2,

style de trace définie

couleur de puits can.3,

par l'utilisateur souscouleur de puits can.4,

forme d'un entier

couleur de puits can.5,

32 bits (argb) au

couleur de puits FRET

format décimal

Démarrage d'une série LIMS
Pour démarrer une série LIMS
1.

Effectuer l’une des opérations suivantes pour ouvrir un fichier LIMS .plrn :nDans la fenêtre d’accueil, sélectionner View (Affichage) > Show (Afficher) > LIMS File Folder(Dossier de fichier LIMS) et ouvrir le fichier .plrn cible.

nDans la fenêtre d’accueil, sélectionner File (Fichier) > Open (Ouvrir) > LIMS File (Fichier LIMS)
et ouvrir le fichier .plrn cible.

Le fichier s’ouvre dans l’onglet Start Run (Démarrer la série) de l’assistant Run Setup (Configurationde la série). L'onglet Start Run (Démarrer la série) affiche des informations sur l'expérience àréaliser. Il affiche également le ou les blocs de l'appareil connectés sur lesquels l'expérience sera
effectuée.
2.

Dans l'onglet Start Run (Démarrer la série), sélectionner un appareil et cliquer sur Start Run(Démarrer la série).

338 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Création de fichiers de données compatibles avec le système LIMS

Exportation des données vers un LIMS
Une fois la série achevée, CFX Maestro Dx SE génère un fichier de données (.pcrd) et l’enregistre dansl’emplacement de dossier d’exportation des données défini.

Pour exporter un fichier de données vers un LIMSu

Ouvrir le fichier .pcrd et sélectionner Export (Exporter) > Export to LIMS Folder (Exporter vers undossier LIMS).

Conseil : Si l’utilisateur sélectionne Automatically Export Data after Run (Exporter automatiquement
les données après la série) dans LIMS Options (Options LIMS), CFX Maestro Dx SE crée un fichierde données compatible avec le LIMS au format .csv et l’enregistre dans le même dossier.

Guide d’utilisation | 339

Annexe C Intégration au LIMS

340 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Annexe D Résolution des problèmes avec le
Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
Cette annexe fournit des suggestions pour résoudre les problèmes que vous pourriez rencontrer lors dela mise à niveau ou de l’exécution du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition.

Mettre des fichiers et dossiers du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition en liste autorisée
Afin de se protéger contre les virus et les logiciels malveillants, votre service informatique peut avoir mis
en œuvre des mesures de sécurité logicielles très strictes. Ces mesures peuvent avoir un impact sur letemps de mise à niveau ou d’exécution de CFX Maestro Dx SE.
Pour améliorer les performances de CFX Maestro Dx SE, Bio-Rad recommande à votre service
informatique de mettre sur liste blanche les fichiers et dossiers suivants dans les paramètres du pare-feu
de votre logiciel antivirus installé sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE :DossiersnC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

FichiersnTous les fichiers .exe situés dans le dossier C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe et Rscript.exe (situés dans le dossier C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Guide d’utilisation | 341

Annexe D Résolution des problèmes avec le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

Journal des applications
Avant de commencer une nouvelle série, le système CFX Opus Dx lance un test d’autodiagnostic pourvérifier qu’il est conforme aux spécifications. Le logiciel consigne les résultats de ce test dans le fichier
Run Log (Log des séries) et Application Log (Log des applications). Si un problème est observé dans une
ou plusieurs expériences, ouvrir les journaux des séries et des applications pour découvrir quand leproblème a commencé.
CFX Maestro Dx SE Dx assure le suivi des informations sur l’état d’un appareil durant une série dans lejournal des applications. Utiliser ces logs pour suivre les événements qui surviennent sur les appareils etdans le logiciel et pour la résolution des problèmes.

Pour ouvrir les application logsuDans la fenêtre d’accueil, sélectionner View (Affichage) > Application Log (Journal des applications).

Pour afficher le journal des applications sous forme de fichier HTML, cliquer sur le bouton HTML
Report (Rapport HTML).

342 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Résolution des problèmes

Récupération des fichiers journaux d’application et demicrologiciel
Les journaux d’application et de micrologiciel contiennent des informations détaillant les actions
effectuées lors de l’utilisation du logiciel et les performances des séries. Ces journaux enregistrentégalement toutes les erreurs logicielles ou micrologicielles qui se produisent pendant le fonctionnement
du logiciel ou de l’appareil.

Pour accéder aux fichiers journaux d’application et de micrologiciel :1.

Dans le volet Detected Instruments (Appareils détectés), faites un clic droit sur l’appareil.

2.

Sélectionnez Retrieve Log Files (Récupérer les fichiers journaux).

3.

Dans la boîte de dialogue Browse for Folder (Rechercher un dossier), sélectionnez le dossier dedestination dans votre réseau ou un disque local sur lequel vous souhaitez enregistrer les fichiers
journaux.
Remarque : Le dossier s’intitule « Logs » (Journaux).

4.

Cliquez sur OK pour enregistrer les fichiers.
Important : L’enregistrement d’un fichier journal avec le même nom de fichier qu’un fichierjournal existant aura pour effet d’écraser le fichier journal existant.

Résolution des problèmes
Généralement, les problèmes de communication du logiciel et de l'appareil peuvent être résolus en
redémarrant l'ordinateur et le système. Veiller à enregistrer tout travail en cours avant le redémarrage.
Remarque : Vérifier que l’ordinateur dispose de suffisamment de RAM et d’espace disquedisponible. La RAM minimum est 4 Go et l'espace sur le disque dur minimum est 128 Go.

Coupure de courant
En cas de coupure de courant, l'appareil et l'ordinateur seront éteints. Si la coupure de courant est decourte durée, l'appareil reprendra l'exécution du protocole mais le journal des applications consignera lapanne de courant. En fonction du paramétrage de l’ordinateur et de la durée de la coupure de courant,l’appareil et le logiciel tentent de poursuivre l’exécution en fonction de l’étape du protocole :n

Si le protocole se trouve à une étape sans lecture de plaque, son exécution se poursuit dès lors quele courant est rétablit.

n

Si le protocole se trouve à une étape avec lecture de plaque, l’appareil attend que le logiciel
redémarre et rétablisse la communication pour recueillir les données. Dans cette situation, le

Guide d’utilisation | 343

Annexe D Résolution des problèmes avec le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition

protocole ne se poursuit que si le logiciel n'est pas arrêté par l'ordinateur. Lorsque l’ordinateur et lelogiciel redémarrent, le protocole continue.

Transfert de fichiers vers l’ordinateur de CFX Maestro Dx SE
Il est possible de transférer des fichiers de données et des fichiers logs qui se trouvent sur l’appareil vers
le disque dur d’un ordinateur CFX Maestro Dx SE.
Conseil : Tous les fichiers dans le dossier de données en temps réel sur la base de l’appareil sonttransférés sur l’ordinateur.
Remarque : À partir des appareils CFX Opus Dx, vous ne pouvez transférer que des fichiers logs.
Tous les fichiers logs de l’appareil sont transférés vers l’ordinateur.

Pour récupérer les fichiers de l’appareil
1.

Dans le volet Detected Instruments (Appareils détectés) de la fenêtre d’accueil, cliquer avec lebouton droit sur l’appareil cible et sélectionner Retrieve Log Files (Récupérer les fichiers logs).

2.

Choisir un emplacement de dossier pour enregistrer les fichiers récupérés.

3.

Cliquer sur OK.

Installation manuelle du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
Pour manuellement installer CFX Maestro Dx SE
1.

Si nécessaire, débrancher d’éventuels appareils connectés de l’ordinateur.
Localiser et débrancher le câble USB de l'appareil sur l'ordinateur CFX Maestro Dx SE. L’extrémité
insérée dans l’appareil peut rester en place.

2.

Ouvrir une session sur l’ordinateur CFX Maestro Dx SE avec privilèges d’administration.

3.

Insérer la clé USB de CFX Maestro Dx SE dans le port USB de l’ordinateur.

4.

Dans Windows Explorer, accéder à la clé USB de CFX Maestro Dx SE et l’ouvrir.

5.

Ouvrir le dossier CFX et double-cliquer sur CFXMaestroDxSetup.exe pour effectuer l’installation de
CFX Maestro Dx SE.

6.

Suivre les instructions à l’écran pour installer le logiciel.
Une fois l’installation terminée, l’écran de démarrage Bio-Rad du Logiciel CFX Maestro Dx,
Security Edition apparaît à l’écran et l’icône Bio-Rad du Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition
apparaît sur le bureau.

7.

Éjecter en toute sécurité la clé USB du logiciel et démarrer CFX Maestro Dx SE.

344 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Résolution des problèmes

Réinstallation des pilotes
Pour réinstaller les pilotes d’appareilsuDans la fenêtre d’accueil, sélectionner Tools (Outils) > Reinstall Instrument Drivers (Réinstaller lespilotes d’appareils).

Remarque : En cas de problèmes liés à la communication du logiciel avec un système en temps réelaprès la réinstallation des pilotes et la vérification de la connexion USB, contacter l’assistancetechnique de Bio-Rad.

Guide d’utilisation | 345

Annexe D Résolution des problèmes avec le Logiciel CFX Maestro Dx, Security Edition346 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices
for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Guide d’utilisation | 347

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

348 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Guide d’utilisation | 349

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

350 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Guide d’utilisation | 351

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

352 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andGuide d’utilisation | 353

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the354 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Guide d’utilisation | 355

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this356 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Guide d’utilisation | 357

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

358 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Guide d’utilisation | 359

Annexe E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

360 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Annexe F Références bibliographiques
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Sugimoto et al. 1996 Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

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Breslauer KJ et al. 1986 Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad Sci
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Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
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Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
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Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2e éd (New York : SAGE
Publications, Inc.).

Minpack Copyright Notice (1999) University of Chicago. Tous droits réservés
La redistribution et l'utilisation en formes source et binaire, avec ou sans modification, sont permises sousréserve que les conditions suivantes soient respectées :1.

Toute redistribution de code source doit être accompagnée de la mention de droit d'auteur
susmentionnée, de la présente liste de conditions et de l'avis de non-responsabilité suivant.

2.

Les redistributions en forme binaire doivent reproduire la mention de droit d'auteur susmentionnée, laprésente liste de conditions et l'avis de non-responsabilité suivant dans la documentation et/ou tout
autre matériel fourni avec la distribution.

3.

La documentation de l'utilisateur final incluse avec la redistribution, le cas échéant, doit comporterl'énoncé suivant :« Ce produit inclut un logiciel développé par l'Université de Chicago, en tant qu'opérateur d'Argonne
National Laboratory. »Guide d’utilisation | 361

Annexe F Références bibliographiques

362 | Logiciel CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3 boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, France
Tél. : +33 (0)1 47 95 60 00
Fax : +33 (0)1 47 41 91 33
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22-02390422

Sig 0122