PCR σε πραγματικό χρόνο

Λογισμικό CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687Αναθεώρηση εγχειριδίου: Μάιος 2022Έκδοση λογισμικού: 2.3

Οδηγός χρήσης για τοΈκδοση 2.3Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
EditionΕγχειρίδιο χρήσης
Έκδοση 2.3

Τεχνική υποστήριξη της Bio-Rad™
Το τμήμα τεχνικής υποστήριξης της Bio-Rad στις ΗΠΑ είναι ανοιχτό από Δευτέρα έως Παρασκευή, 5:00 π.μ.
έως 5:00 μ.μ., ώρα Ειρηνικού.
Τηλέφωνο: 1-800-424-6723, επιλογή 2
Email: Support@bio-rad.com (Μόνο ΗΠΑ/Καναδάς)Για τεχνική βοήθεια εκτός ΗΠΑ και Καναδά, επικοινωνήστε με το τοπικό γραφείο τεχνικής υποστήριξης ή κάντε
κλικ στον σύνδεσμο Contact us (Επικοινωνία) στη διεύθυνση bio-rad.com.

ΣημείωσηΑπαγορεύεται η αναπαραγωγή ή μετάδοση οποιουδήποτε τμήματος της παρούσας δημοσίευσης με
οποιαδήποτε μορφή ή με οποιονδήποτε τρόπο, ηλεκτρονικό ή μηχανικό, συμπεριλαμβανομένης τηςδημιουργίας φωτοαντίγραφων, της εγγραφής ή οποιουδήποτε συστήματος αποθήκευσης ή ανάκτησης
πληροφοριών, χωρίς τη γραπτή άδεια της Bio-Rad Laboratories, Inc.
Η Bio-Rad διατηρεί το δικαίωμα να τροποποιήσει τα προϊόντα και τις υπηρεσίες της ανά πάσα στιγμή. Τοπαρόν εγχειρίδιο μπορεί να αλλάξει χωρίς προειδοποίηση. Παρά την προετοιμασία για τη διασφάλιση τηςακρίβειας, η Bio-Rad δεν αναλαμβάνει καμία ευθύνη για τυχόν σφάλματα ή παραλείψεις ή για οποιαδήποτε
ζημιά που προκύπτει από την εφαρμογή ή τη χρήση αυτών των πληροφοριών.
Το BIO-RAD είναι εμπορικό σήμα της Bio-Rad Laboratories, Inc.
Το SYBR είναι εμπορικό σήμα της Thermo Fisher Scientific Inc.
Το EvaGreen είναι εμπορικό σήμα της Biotium, IncΌλα τα εμπορικά σήματα που χρησιμοποιούνται στο παρόν αποτελούν ιδιοκτησία του αντίστοιχου κατόχου
τους.
Copyright © 2022 από την Bio-Rad Laboratories, Inc. Με την επιφύλαξη κάθε νόμιμου δικαιώματος.

Προβλεπόμενη χρήση

Προβλεπόμενη χρήσηΤο Σύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus DxTM με Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
EditionTM προορίζεται για τη διενέργεια PCR φθορισμού για την ανίχνευση και τον ποσοτικό
προσδιορισμό ακολουθιών νουκλεϊνικών οξέων. Το σύστημα και το λογισμικό προορίζονται για in vitroδιαγνωστική χρήση από εκπαιδευμένους τεχνικούς εργαστηρίου. Τα συστήματα προορίζονται για χρήση
με διαγνωστικές δοκιμές νουκλεϊκών οξέων τρίτων, οι οποίες κατασκευάζονται και σημαίνονται γιαδιαγνωστικούς σκοπούς.

Λεξικό συμβόλων

Κατασκευαστής

Αριθμός παρτίδας

Χρήση έωςΓια διαγνωστική χρήση In VitroΌριο θερμοκρασίας

Αριθμός καταλόγου

Συμβουλευτείτε τις οδηγίες χρήσης

Αριθμός δοκιμών

Για χρήση μεΑριθμός σειράς

Οδηγός χρήσης | iiiΜόνο με συνταγογράφηση

Περιέχει λάτεξ

Σήμανση CE - Κανονισμός(ΕΕ) 2017/746 IVDR

Μεταφράσεις
Τα έγγραφα των προϊόντων μπορεί να παρέχονται σε πρόσθετες γλώσσες σε ηλεκτρονικά μέσα.

iv | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΙστορικό αναθεωρήσεων

Ιστορικό αναθεωρήσεων
ΈγγραφοΗμερομηνία

Περιγραφή αλλαγής

Εγχειρίδιο χρήσης για τοΔεκέμβριος 2020Έκδ. A, Αρχική έκδοση

Μάιος 2022n Ενημέρωση για υποστήριξη του συστήματοςΛογισμικό CFX Maestro Dx,
Security Edition, 2.0(Doc ID #10000135618)
Εγχειρίδιο χρήσης για τοΛογισμικό CFX Maestro Dx,

CFX Opus Deepwell Dx

Security Edition, 2.3

n Ενημερωμένος πίνακας λεξικού συμβόλων

(Doc ID #10000135618)

n Προστέθηκε σημείωση κυβερνοασφάλειας στηνΕισαγωγή

Οδηγός χρήσης | v

vi | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠίνακας περιεχομένων
Προβλεπόμενη χρήση

iii

Λεξικό συμβόλων

iii

Μεταφράσεις

iv

Ιστορικό αναθεωρήσεων

vΑσφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

17Προειδοποιητικές πινακίδες ασφάλειας

17Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

20Συμμόρφωση ασφάλειας

20Ηλεκτρομαγνητική συμβατότητα (EMC)21Προειδοποιήσεις και σημειώσεις EMC

22

Απαιτήσεις περιβάλλοντος

23Κίνδυνοι24Βιολογικοί κίνδυνοι

24Χημικοί κίνδυνοι

26Κίνδυνοι έκρηξης ή ευφλεκτότητας

26

Ηλεκτρικοί κίνδυνοι

27

Μεταφορά

27

Μπαταρία

27Απόρριψη

27Εγγύηση28Κεφάλαιο 1 Εισαγωγή

29Κύρια χαρακτηριστικά στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition31

Περισσότερες πληροφορίες

31Κεφάλαιο 2 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Εγκατάσταση33

Απαιτήσεις συστήματος

34Εγκατάσταση του λογισμικού CFX Maestro Dx SE

36Εντοπισμός συνδεδεμένων οργάνων
Αρχεία λογισμικού

38
39

Οδηγός χρήσης | vii

Πίνακας περιεχομένων

Κεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx,
Security Edition41Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Εκκίνηση

42Προσθήκη χρηστών των Microsoft Windows στον υπολογιστή με το Λογισμικό CFX Maestro Dx,
Security Edition44Προσθήκη και αφαίρεση χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition46Διαχείριση ρόλων χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition48

Προβολή του ρόλου και των δικαιωμάτων σαςΚεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση
Ασφαλή αρχεία

49

51
51

Κεφάλαιο 5 Ο χώρος εργασίας

63Το παράθυρο Home (Αρχικό)64Ο Οδηγός εκκίνησης (Startup Wizard)65Το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)66

Το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)67Το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)68Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)69Το παράθυρο Home (Αρχικό)70Εντολές μενού αρχείων

71Εντολές μενού προβολής

71Εντολές μενού χρήστη

72Εντολές μενού δοκιμής

73Εντολές μενού εργαλείων

73Εντολές μενού βοήθειας

74Εντολές γραμμής εργαλείων

75Ο Οδηγός εκκίνησης

77

Γραμμή κατάστασης

77Παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα)78Προβολή των ιδιοτήτων ενός οργάνου

81Πριν ξεκινήσετε

82Δημιουργία ενός κύριου μείγματος αντίδρασης

82

Βαθμονόμηση νέων χρωστικών

85Ρύθμιση προτιμήσεων χρήστη

88

viii | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠίνακας περιεχομένων

Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

109Παράμετροι και εύρη για βήματα πρωτοκόλλου

110Παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)112Εντολές μενού αρχείων

113Εντολή μενού ρυθμίσεων

113Εντολές μενού εργαλείων

113Εντολές γραμμής εργαλείων

113Στοιχεία ελέγχου επεξεργασίας πρωτοκόλλου

114Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)118Άνοιγμα νέου αρχείου πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)118Άνοιγμα υπάρχοντος πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)120Δημιουργία νέου πρωτοκόλλου

121Προσθήκη βημάτων σε ένα πρωτόκολλο

124

Εισαγωγή βήματος διαβάθμισης

125Εισαγωγή βήματος GOTO

126

Εισαγωγή βήματος καμπύλης τήξης

127Προσθήκη ή αφαίρεση ενός βήματος ανάγνωσης πλάκας

129

Αλλαγή επιλογών βημάτων

129Διαγραφή βήματος130Αντιγραφή, εξαγωγή ή εκτύπωση πρωτοκόλλου

130Δημιουργία πρωτοκόλλου με το Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου)131Χρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)133

Πληροφορίες για το Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών
Παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)

133

139
140

Εντολές μενού αρχείων

140Εντολές μενού επεξεργασίας

141Εντολές μενού ρυθμίσεων

141Εντολές μενού εργαλείων επεξεργασίας

142Εντολές γραμμής εργαλείων

142Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)144

Άνοιγμα νέου αρχείου πλάκας στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)144

Άνοιγμα υπάρχοντος αρχείου πλάκας στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)146Ρύθμιση νέου αρχείου πλάκας

147

Οδηγός χρήσης | ixΠίνακας περιεχομένων

Εκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

155Εκχώρηση στόχου σε βοθρία

155Εκχώρηση ενός ονόματος δείγματος στα βοθρία

158Εκχώρηση βιολογικών ομάδων σε βοθρία

160

Εκχώρηση αριθμών τεχνικών αντιγράφων σε βοθρία

162Εκχώρηση σειράς αραίωσης σε πρότυπα δείγματα164Αντιγραφή περιεχομένων βοθρίου σε άλλο βοθρίο

165

Προσθήκη σημείωσης σε ένα βοθρίο

166Εκκαθάριση όλων των περιεχομένων των βοθρίων

166

Αλλαγή ρυθμίσεων πειράματος

168Δημιουργία ομάδων βοθρίων

171

Αλλαγή στυλ ιχνών

173Προβολή, εξαγωγή και εισαγωγή της πλάκας σε μορφή υπολογιστικού φύλλου

175Δημιουργία διάταξης πλάκας με χρήση του Οδηγού ρύθμισης πλάκας

177Χρήση του Οδηγού ρύθμισης πλάκας

Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων
Το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)Πρόσβαση στο παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)

177

181
182
183

Καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο)

184Καρτέλα Plate (Πλάκα)187Καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής)190Εκτέλεση πειράματοςΠλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής)

191
193

Καρτέλα Run Status (Κατάσταση δοκιμής)193

Καρτέλα Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο)196

Καρτέλα Time Status (Κατάσταση χρόνου)199

Εκτέλεση πειραμάτων PrimePCR200

Μεταφορά αυτόνομων δεδομένων για ανάλυση

202

Μεταφορά δεδομένων μέσω email202Μεταφορά δεδομένων από Σύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus Dx202

Μεταφορά δεδομένων με το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition205

Μεταφορά δεδομένων με χρήση μονάδας USB205

Μεταφορά δεδομένων μέσω μιας κοινόχρηστης μονάδας δίσκου δικτύου με το Σύστημα PCR σεπραγματικό χρόνο CFX Opus Dx
206

x | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠίνακας περιεχομένων

Δημιουργία αρχείου δεδομένων

Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

206

209

Παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)209

Γραμμή εργαλείων ανάλυσης δεδομένων

210

Γραμμή μενού ανάλυσης δεδομένων

211

Λεπτομέρειες καρτέλας

217

Επιλογέας αριθμού βημάτων

218Προβολή ομάδων βοθρίων στην ανάλυση δεδομένων

218

Αλλαγή περιεχομένων βοθρίων μετά από δοκιμή

218Ρυθμίσεις ανάλυσης δεδομένων220Προσαρμογή του κατωφλίου

220Ρυθμίσεις γραμμής βάσης

220

Λειτουργία ανάλυσης

221

Κύκλοι προς ανάλυση

222

Επιλογέας βοθρίων

223

Στοιχεία μενού δεξιού κλικ επιλογέα βοθρίων

224Προσωρινή εξαίρεση βοθρίων από την ανάλυση

225

Διαγράμματα226

Εργαλεία διαγράμματος

226Μεγέθυνση μιας περιοχής στο διάγραμμα

234Αντιγραφή διαγραμμάτων σε αρχείο Microsoft

234Κοινά στοιχεία μενού δεξιού κλικ για διαγράμματα234Υπολογιστικά φύλλα
Κοινά στοιχεία μενού δεξιού κλικ για υπολογιστικά φύλλα
Export (Εξαγωγή)

236
236
238

Εξαγωγή όλων των φύλλων δεδομένων

238

Εξαγωγή αρχείων RDML239

Δημιουργία προσαρμοσμένου αρχείου εξαγωγής

240Εξαγωγή σε φάκελο LIMS242

Εξαγωγή δεδομένων με μορφή Seegene242Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

243Καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)244

Επιλογές φθοροφόρων

244

Πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους)245

Οδηγός χρήσης | xiΠίνακας περιεχομένων

Επιλογή Log Scale (Λογαριθμική κλίμακα)246Standard Curve Chart (Διάγραμμα πρότυπης καμπύλης)247

Επιλογές μενού διαγράμματος ενίσχυσης248

Υπολογιστικό φύλλο καρτέλας Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)248

Καρτέλα Quantification Data (Δεδομένα ποσοτικού προσδιορισμού)250

Υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα)250Υπολογιστικό φύλλο Standard Curve Results (Αποτελέσματα πρότυπης καμπύλης)252

Υπολογιστικό φύλλο Plate (Πλάκα)253

Υπολογιστικό φύλλο RFU

254

Καρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης)Προσαρμογή δεδομένων καμπύλης τήξης

255
257

Καρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα καμπύλης τήξης)258

Υπολογιστικό φύλλο Melt Peaks (Κορυφές τήξης)258

Υπολογιστικό φύλλο Plate (Πλάκα)259

Υπολογιστικό φύλλο RFU260

Υπολογιστικό φύλλο -d(RFU)/dT

261Καρτέλα End Point (Τελικό σημείο)262Δεδομένα αποτελεσμάτων

263

Προσαρμογή της ανάλυσης δεδομένων τελικού σημείου

265

Υπολογιστικό φύλλο RFU για ανάλυση τελικού σημείου

265Καρτέλα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων)266

Προσαρμογή δεδομένων για διάκριση αλληλομόρφων267

Επιλογές μενού διαγράμματος268Υπολογιστικό φύλλο διάκρισης αλληλομόρφων

268

Καρτέλα Custom Data View (Προσαρμοσμένη προβολή δεδομένων)Δημιουργία προσαρμοσμένης προβολής δεδομένων
Καρτέλα QC (ΠΕ)

270
271
272

Αλλαγή κριτηρίων ΠΕ

273Εξαίρεση βοθρίων με αποτυχημένο ΠΕ

273Καρτέλα Run Information (Πληροφορίες δοκιμής)274Αναφορές ανάλυσης δεδομένων

275

Κατηγορίες αναφορών ανάλυσης δεδομένων

276Δημιουργία αναφοράς ανάλυσης δεδομένων

280Δημιουργία αναφορών ομάδων βοθρίων

282

xii | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠίνακας περιεχομένων

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

283

Ρύθμιση πλάκας για ανάλυση έκφρασης γονιδίων

283

Καθοδηγούμενη ρύθμιση πλάκας

284

Διαγράμματα έκφρασης γονιδίων

285

Γράφημα287

Αλλαγή και σχολιασμός της προβολής διαγράμματος

289Προσαρμογή δεδομένων έκφρασης γονιδίων

295

Ρυθμίσεις πειράματος297Επιλογές μενού δεξιού κλικ299

Υπολογιστικό φύλλο Data (Δεδομένα)300

Επιλογή Show Details (Εμφάνιση λεπτομερειών)302

Διάγραμμα ομαδοποίησης

304

Ρυθμίσεις

304Επιλογές μενού δεξιού κλικ304

Υπολογιστικό φύλλο Data (Δεδομένα)305

Scatter Plot (Διάγραμμα διασποράς)306

Ρυθμίσεις306Επιλογές μενού δεξιού κλικ306

Υπολογιστικό φύλλο Data (Δεδομένα)307

Υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα)308Μελέτη γονιδίων

309

Βαθμονόμηση μεταξύ των δοκιμών

309

Πλαίσιο διαλόγου Gene Study (Μελέτη γονιδίων)310Καρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης)310

Προετοιμασία μελέτης γονιδίων

311

Καρτέλα Study Analysis (Ανάλυση μελέτης)312

Κατηγορίες αναφορών μελέτης γονιδίων

313

Δημιουργία αναφοράς μελέτης γονιδίων

316

Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

317

Απόδοση αντίδρασης

317

Σχετική ποσότητα

317

Σχετική ποσότητα όταν έχει επιλεγεί μάρτυρας

318Τυπική απόκλιση σχετικής ποσότητας

318

Διορθωμένη απόδοση Cq (CqE)319Οδηγός χρήσης | xiiiΠίνακας περιεχομένων

Μέσο Cq διορθωμένης απόδοσης (MCqE)319

Κανονικοποιημένη έκφραση320Έκφραση και σχετική ποσότητα για βιολογικές ομάδες

321Κανονικοποιημένη έκφραση όταν έχει επιλεγεί μάρτυρας

321Τυπική απόκλιση για την κανονικοποιημένη έκφραση

322Κανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα υψηλότερου επιπέδου έκφρασης

323

Κανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα χαμηλότερου επιπέδου έκφρασης

323

Κανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα μέσου επιπέδου έκφρασης

323

Τυπική απόκλιση για την υπό κλίμακα Κανονική Έκφραση325

Γραμμές σφάλματος για τυπική απόκλιση (lg) και τυπικό σφάλμα μέσου όρου (lg)326Διαφορική έκφραση

327Τύποι διορθωμένων τιμών

328

Υπολογισμός διαστήματος εμπιστοσύνης για ανάλυση βιολογικών ομάδων329

Υπολογισμοί διαγράμματος «κορμός και ουρές»329

Παράρτημα B Ίχνη ελέγχου

333Προβολή ιχνών ελέγχου

333Ελέγξιμα συμβάντα

335

Παράρτημα C Ενοποίηση LIMSΔημιουργία συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων

339
339

Ρύθμιση επιλογών φακέλου και εξαγωγής δεδομένων LIMS

339

Δημιουργία πρωτοκόλλου LIMS

341

Δημιουργία αρχείου LIMS

341

Έναρξη δοκιμής LIMS346

Εξαγωγή δεδομένων σε LIMS

347

Παράρτημα D Αντιμετώπιση προβλημάτων στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
Edition349
Συμπερίληψη αρχείων και φακέλων από το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition στονΛευκό κατάλογο

349

Αρχείο καταγραφής εφαρμογής

350Ανάκτηση αρχείων καταγραφής εφαρμογής και υλικολογισμικού
Αντιμετώπιση προβλημάτων

351
351

Διακοπή ρεύματος

351

Μεταφορά αρχείων στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE

352Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Μη αυτόματη εγκατάσταση

352

xiv | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠίνακας περιεχομένων

Επανεγκατάσταση των προγραμμάτων οδήγησηςΠαράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

353

355

Software Notices

356

ZedGraph

356

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Παράρτημα F Βιβλιογραφικές αναφορές

356
356

369

Οδηγός χρήσης | xv

Πίνακας περιεχομένων

xvi | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑσφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς
Τα συστήματα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx και CFX Opus Deepwell
Dx (που αναφέρονται σε αυτόν τον οδηγό ως Σύστημα CFX Opus Dx) θερμαίνονται και ψύχονται πολύγρήγορα κατά τη διάρκεια της λειτουργίας. Για την ασφαλή λειτουργία του συστήματος PCR σεπραγματικό χρόνο, η Bio-Rad συνιστά ιδιαίτερα να ακολουθείτε τις προδιαγραφές ασφαλείας πουαναφέρονται σε αυτήν την ενότητα και σε ολόκληρο το παρόν εγχειρίδιο.

Προειδοποιητικές πινακίδες ασφάλειαςΟι προειδοποιητικές πινακίδες πάνω στο Σύστημα CFX Opus Dx και στο παρόν εγχειρίδιο σάςπροειδοποιούν σχετικά με τις πηγές τραυματισμού ή βλάβης. Ο Πίνακας 1 ορίζει όλες τιςπροειδοποιητικές πινακίδες ασφάλειας.

Οδηγός χρήσης | 17Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

Πίνακας 1. Γενικές προειδοποιήσεις ασφάλειαςΕικονίδιο

ΣημασίαΑν θέσετε σε λειτουργία το Σύστημα CFX Opus Dx πριν διαβάσετε αυτό τοεγχειρίδιο, μπορεί να προκληθεί κίνδυνος προσωπικού τραυματισμού. Η χρήση
αυτού του οργάνου με τρόπο που δεν καθορίζεται στο παρόν εγχειρίδιο ή από την
Bio-Rad μπορεί να έχει ως αποτέλεσμα την εξασθένηση ή απενεργοποίηση τωνχαρακτηριστικών προστασίας του οργάνου.
Δεν υπάρχουν βιολογικοί κίνδυνοι ή κίνδυνοι ραδιενέργειας που να σχετίζονται μετο ίδιο το Σύστημα CFX Opus Dx. Αυτοί οι κίνδυνοι γίνονται ανησυχητικοί μόνοόταν εισάγονται στο σύστημα μέσω των δειγμάτων που εξετάζονται. Κατά τοχειρισμό δειγμάτων βιολογικής επικινδυνότητας ή ραδιενεργών δειγμάτων, τηρείτετις συνιστώμενες προφυλάξεις και οδηγίες ειδικά για το εργαστήριο και τηντοποθεσία σας. Αυτές οι οδηγίες πρέπει να περιλαμβάνουν μεθόδους καθαρισμού,παρακολούθησης και απόρριψης για τα επικίνδυνα υλικά που χρησιμοποιείτε.
Επιπλέον, όπως προσδιορίστηκε παραπάνω, υπάρχει μικρός κίνδυνος έκρηξης, ήέκλυσης υγρών ή ατμών από τα δοχεία δείγματος. Όταν εργάζεστε με επικίνδυνα
υλικά, ο κίνδυνος τραυματισμού από το διαφυγέν υλικό συνδυάζεται με τον κίνδυνονα διασκορπιστούν τα ίδια τα επικίνδυνα υλικά μέσα και γύρω από το όργανο. Οιχρήστες πρέπει να λαμβάνουν τις κατάλληλες προφυλάξεις για μια τέτοια
κατάσταση.
Το Σύστημα CFX Opus Dx λειτουργεί σε αρκετά υψηλές θερμοκρασίες, ικανές ναπροκαλέσουν σοβαρά εγκαύματα. Αφήνετε πάντα το μπλοκ δειγμάτων ναεπιστρέψει στη θερμοκρασία δωματίου πριν ανοίξετε το καπάκι και αφαιρέσετε ταδείγματα. Ακόμα και μετά την ψύξη του μπλοκ δειγμάτων, οι γύρω περιοχές καθώς
και η θερμαντική πλάκα μπορεί να παραμείνουν ζεστές για αρκετό χρονικό
διάστημα. Σε περιπτώσεις όπου δεν υπάρχει αρκετός χρόνος για να κρυώσει τοόργανο, συνιστάται η χρήση προστατευτικού εξοπλισμού όπως θερμικών γαντιών
ή "γαντιών φούρνου".
Η ασφάλεια και η απόδοση οποιουδήποτε συστήματος που περιλαμβάνει Σύστημα
CFX Opus Dx αποτελεί αποκλειστική ευθύνη του συναρμολογητή του συστήματος.

18 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠροειδοποιητικές πινακίδες ασφάλειαςΠίνακας 1. Γενικές προειδοποιήσεις ασφάλειας, συνέχεια

Εικονίδιο

ΣημασίαΤο Σύστημα CFX Opus Dx μπορεί να ζεσταθεί αρκετά κατά τη διάρκεια τηςκανονικής λειτουργίας του ώστε να προκαλέσει βρασμό ή εξάτμιση των υγρών σταδείγματα, συμπιέζοντας τους περιέκτες δειγμάτων. Υπάρχει η πιθανότητα αστοχίας
ενός ή περισσότερων περιεκτών δειγμάτων, με αποτέλεσμα διαρροές, ψεκασμό
υγρών ή εκρηκτική ρήξη και έκλυση ατμών ή υγρών μέσα και γύρω από το όργανο.
Οι χρήστες πρέπει πάντα να χειρίζονται το όργανο με το καπάκι κλειστό ή ναφορούν προστατευτικά γυαλιά, θερμικά γάντια και άλλο εξοπλισμό ατομικής
προστασίας κατά τη λειτουργία για την αποφυγή τυχόν τραυματισμού. Το άνοιγμα
του οργάνου ενώ τα δείγματα είναι ακόμα ζεστά, όπως μετά από διακοπή μιαςδοκιμής, μπορεί να επιτρέψει τη διαρροή, τον ψεκασμό ή την έκλυση υγρών απότους περιέκτες υπό πίεση. Αφήνετε πάντα τα δείγματα να κρυώσουν πριν ανοίξετετο καπάκι.
Οι χρήστες δεν πρέπει ποτέ να εκτελούν αντίδραση με καπάκι ή μεμβράνη
σφράγισης που έχει ανοίξει, χαλαρώσει, διατρυπηθεί ή υποστεί άλλη ζημιά, διότι
αυξάνεται η πιθανότητα επικίνδυνης ρήξης ή έκρηξης.
Οι χρήστες δεν πρέπει ποτέ να εκτελούν αντίδραση με πτητικά αντιδραστήρια πουθα μπορούσαν να αυξήσουν την πιθανότητα επικίνδυνης ρήξης ή έκρηξης.

Οδηγός χρήσης | 19Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς
Συμμόρφωση ασφάλειαςΤο Σύστημα CFX Opus Dx έχει δοκιμαστεί και διαπιστωθεί ότι συμμορφώνεται με όλες τις ισχύουσες
απαιτήσεις των ακόλουθων προτύπων ασφάλειας και ηλεκτρομαγνητικής συμβατότητας:n

IEC 61010-1:2010 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση, Μέρος 1: Γενικές απαιτήσεις

n

IEC 61010-2-010:2019 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-010: Ειδικές απαιτήσεις για εργαστηριακό εξοπλισμό για τηθέρμανση υλικών

n

IEC 61010-2-081:2019 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-081: Ειδικές απαιτήσεις για αυτόματο και ημιαυτόματο
εργαστηριακό εξοπλισμό για ανάλυση και άλλους σκοπούς

n

IEC 61010-2-101:2018 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-101: Ειδικές απαιτήσεις για ιατρικό εξοπλισμό διάγνωσης in vitro
(IVD)

n

CAN/CSA-C22.2 αριθ. 61010-1-12:2018 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό γιαμέτρηση, έλεγχο και εργαστηριακή χρήση, Μέρος 1: Γενικές απαιτήσεις

n

CAN/CSA-C22.2 αριθ. 61010-2-010:19 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση,έλεγχο και εργαστηριακή χρήση, Μέρος 2-010: Ειδικές απαιτήσεις για εργαστηριακό εξοπλισμό για τηθέρμανση υλικών

n

CAN/CSA-C22.2 αριθ. 61010-2-081:19 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση,έλεγχο και εργαστηριακή χρήση, Μέρος 2-081: Ειδικές απαιτήσεις για αυτόματο και ημιαυτόματο
εργαστηριακό εξοπλισμό για ανάλυση και άλλους σκοπούςn

CSA-C22.2 αριθ. 61010-2-101:19 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό μέτρησης, ελέγχου
και εργαστηριακής χρήσης — Μέρος 2-101: Ειδικές απαιτήσεις για ιατρικό εξοπλισμό διάγνωσης invitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση, Μέρος 1: Γενικές απαιτήσεις

20 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑσφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

n

EN 61010-2-010:2014 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-010: Ειδικές απαιτήσεις για εργαστηριακό εξοπλισμό για τηθέρμανση υλικών

n

EN 61010-2-081:2015 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-081: Ειδικές απαιτήσεις για αυτόματο και ημιαυτόματο
εργαστηριακό εξοπλισμό για ανάλυση και άλλους σκοπούς

n

EN 61010-2-101:2017 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-101: Ειδικές απαιτήσεις για ιατρικό εξοπλισμό διάγνωσης in vitro
(IVD)

n

UL 61010-1:2012 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 1: Γενικές απαιτήσειςn

UL 61010-2-010:2019 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-010: Ειδικές απαιτήσεις για εργαστηριακό εξοπλισμό για τηθέρμανση υλικώνn

UL 61010-2-081:2019 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-081: Ειδικές απαιτήσεις για αυτόματο και ημιαυτόματο
εργαστηριακό εξοπλισμό για ανάλυση και άλλους σκοπούςn

UL 61010-2-101:19 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό για μέτρηση, έλεγχο καιεργαστηριακή χρήση — Μέρος 2-101: Ειδικές απαιτήσεις για ιατρικό εξοπλισμό διάγνωσης in vitro(IVD)Ηλεκτρομαγνητική συμβατότητα (EMC)Το Σύστημα CFX Opus Dx έχει δοκιμαστεί και διαπιστωθεί ότι συμμορφώνεται με όλες τις ισχύουσες
απαιτήσεις των ακόλουθων προτύπων ηλεκτρομαγνητικής συμβατότητας:n

IEC 61326-1:2012 Απαιτήσεις ασφάλειας για ηλεκτρικό εξοπλισμό μέτρησης, ελέγχου καιεργαστηριακής χρήσης — Μέρος 1: Γενικές απαιτήσεις. Δοκιμάστηκε ως συσκευή κατηγορίας Αn

IEC 61326-2-6:2012 Ηλεκτρικός εξοπλισμός για μέτρηση, έλεγχο και εργαστηριακή χρήση —Απαιτήσεις EMC — Μέρος 2–6: Ειδικές απαιτήσεις — Ιατρικός εξοπλισμός διάγνωσης in vitro (IVD)n

EN 61326-1:2013 Ηλεκτρικός εξοπλισμός για μέτρηση, έλεγχο και εργαστηριακή χρήση —Απαιτήσεις EMC — Μέρος 1: Γενικές απαιτήσεις. Δοκιμάστηκε ως συσκευή κατηγορίας Αn

EN 61326-2: -6:2013 Ηλεκτρικός εξοπλισμός για μέτρηση, έλεγχο και εργαστηριακή χρήση —Απαιτήσεις EMC — Μέρος 2–6: Ειδικές απαιτήσεις — Ιατρικός εξοπλισμός διάγνωσης in vitro (IVD)Οδηγός χρήσης | 21Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

n

FCC Μέρος 15, Τμήμα Β, Ενότητες 15.107 και 15.109. Δοκιμάστηκε ως ψηφιακή συσκευή
κατηγορίας Αn

CAN ICES-003v6:2019 Τυπικός εξοπλισμός, εξοπλισμός τεχνολογίας πληροφοριών
(συμπεριλαμβανομένων των ψηφιακών συσκευών) που προκαλεί παρεμβολές — Όρια και μέθοδοι
μέτρησης. Δοκιμασμένο στα όρια της κατηγορίας ΑΠροειδοποιήσεις και σημειώσεις EMCnΠροειδοποίηση: Αλλαγές ή τροποποιήσεις σε αυτήν τη μονάδα, που δεν εγκρίνονται ρητά από την
Bio-Rad, θα μπορούσαν να ακυρώσουν την άδεια του χρήστη να χειρίζεται τον εξοπλισμό.

nΣημείωση: Αυτός ο εξοπλισμός έχει δοκιμαστεί και έχει βρεθεί ότι συμμορφώνεται με τα όρια για μιαψηφιακή συσκευή κατηγορίας Α, σύμφωνα με το μέρος 15 των κανόνων FCC. Αυτά τα όρια έχουν
σχεδιαστεί για να παρέχουν εύλογη προστασία από επιβλαβείς παρεμβολές όταν ο εξοπλισμός
λειτουργεί σε εμπορικό περιβάλλον. Αυτός ο εξοπλισμός παράγει, χρησιμοποιεί και μπορεί ναεκπέμψει ενέργεια ραδιοσυχνοτήτων και, εάν δεν εγκατασταθεί και χρησιμοποιηθεί σύμφωνα με τοεγχειρίδιο οδηγιών, μπορεί να προκαλέσει επιβλαβείς παρεμβολές στις ραδιοεπικοινωνίες. Ηλειτουργία αυτού του εξοπλισμού σε κατοικημένη περιοχή είναι πιθανό να προκαλέσει επιβλαβείς
παρεμβολές, οπότε ο χρήστης θα πρέπει να διορθώσει την παρεμβολή με δικά του έξοδα.

nΣημείωση σχετικά με τη συμμόρφωση της FCC: Παρόλο που αυτό το όργανο έχει δοκιμαστεί καιδιαπιστωθεί ότι συμμορφώνεται με το Μέρος 15, Υποενότητα Β των Κανόνων FCC για μια ψηφιακή
συσκευή Κλάσης Α, λάβετε υπόψη ότι αυτή η συμμόρφωση είναι εθελοντική, επειδή το όργανο
χαρακτηρίζεται ως «εξαιρούμενη συσκευή» σύμφωνα με το 47 CFR 15.103(c), όσον αφορά τουςαναφερόμενους κανονισμούς FCC που ισχύουν κατά τη στιγμή της κατασκευής.

nΣημείωση σχετικά με τα καλώδια: Αυτό το όργανο δοκιμάστηκε για συμμόρφωση με EMCχρησιμοποιώντας ειδικά σχεδιασμένα καλώδια USB, τα οποία παρέχονται με το όργανο. Με αυτό τοόργανο πρέπει να χρησιμοποιούνται αυτά τα καλώδια, ή εγκεκριμένα από την Bio-Rad καλώδια
αντικατάστασης, για να διασφαλίζεται η συνεχής συμμόρφωση με τα όρια εκπομπών EMC.

22 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑσφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

Απαιτήσεις περιβάλλοντοςΤο Σύστημα CFX Opus Dx έχει σχεδιαστεί για να λειτουργεί με ασφάλεια στις περιβαλλοντικές συνθήκες
που αναφέρονται στον παρακάτω πίνακα.
Πίνακας 2. Απαιτήσεις περιβάλλοντος για το Σύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX
Opus DxΠαράμετροςΠροδιαγραφές

Περιβάλλον

Μόνο για εσωτερική χρήση

Υψόμετρο λειτουργίας

Έως 2.000 μέτρα πάνω από τη στάθμη τηςθάλασσαςΘερμοκρασία περιβάλλοντος δωματίου

15–31 °C*Θερμοκρασία μεταφοράς και φύλαξης

–20 ° έως 60 °C**
–4 έως 140 °FΣχετική υγρασία

20% έως 80% (χωρίς συμπύκνωση)***Ισχύς λειτουργίας

100 έως 240 VAC ± 10%, 50/60 Hz, 850 W
Μέγ.

Διακύμανση τάσης παροχής δικτύου

±10%Μέγιστη κατανάλωση ισχύος

<850 WattΑσφάλειες

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, ταχείας τήξης (ποσ. 2)Κατηγορία υπέρτασης

IIΒαθμός ρύπανσης

2*Η λειτουργία του οργάνου εκτός αυτού του εύρους θερμοκρασίας ενδέχεται να μην πληροί τιςπροδιαγραφές απόδοσης. Μια θερμοκρασία δωματίου μεταξύ 5–40°C θεωρείται ασφαλής.
**Φυλάξτε και μεταφέρετε το όργανο στο κιβώτιο αποστολής του για να πληρούνται αυτές οιθερμοκρασιακές συνθήκες.
***Η λειτουργία του οργάνου στους 4 ⁰C θα πρέπει να περιορίζεται στις 18 ώρες σε αυτές τις συνθήκες.
Η παραμονή στους 4⁰C μπορεί να πραγματοποιηθεί για έως και 72 ώρες, εάν η υγρασία είναι μικρότερη
από 60% (χωρίς συμπύκνωση).

Οδηγός χρήσης | 23Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

ΚίνδυνοιΤο Σύστημα CFX Opus Dx είναι σχεδιασμένο ώστε να λειτουργεί με ασφάλεια κατά τη χρήση με τον τρόποπου καθορίζει ο κατασκευαστής. Εάν το σύστημα ή οποιοδήποτε από τα σχετικά εξαρτήματά τουχρησιμοποιείται με τρόπο που δεν καθορίζεται από τον κατασκευαστή, ενδέχεται να μειωθεί η εγγενής
προστασία που παρέχεται από το όργανο. Η Bio-Rad δεν ευθύνεται για τυχόν τραυματισμό ή ζημιά πουπροκαλείται από τη χρήση αυτού του εξοπλισμού με οποιονδήποτε συγκεκριμένο τρόπο ή απότροποποιήσεις στο όργανο που δεν εκτελούνται από την Bio-Rad ή από εξουσιοδοτημένο αντιπρόσωπο.
Το σέρβις στο Σύστημα CFX Opus Dx πρέπει να πραγματοποιείται μόνο από εκπαιδευμένο προσωπικό
της Bio-Rad .

Βιολογικοί κίνδυνοιΤο Σύστημα CFX Opus Dx είναι εργαστηριακό προϊόν. Ωστόσο, εάν υπάρχουν δείγματα βιολογικής
επικινδυνότητας, ακολουθήστε τις παρακάτω οδηγίες και συμμορφωθείτε με τις τοπικές οδηγίες που
αφορούν ειδικά το εργαστήριο και την τοποθεσία σας.
Σημείωση: Κατά την κανονική λειτουργία αυτού του οργάνου δεν εξάγονται ουσίες βιολογικής
επικινδυνότητας.

Γενικές προφυλάξειςnΝα φοράτε πάντα ποδιά εργαστηρίου, γάντια εργαστηρίου και προστατευτικά γυαλιά με πλαϊνές
ασπίδες ή γυαλιά-μάσκα.

nΚρατήστε τα χέρια σας μακριά από το στόμα, τη μύτη και τα μάτια σας.

nΠροστατέψτε πλήρως τυχόν αμυχή ή εκδορά προτού εργαστείτε με δυνητικά μολυσματικά υλικά.

nΠλύνετε καλά τα χέρια σας με σαπούνι και νερό αφού εργαστείτε με οποιοδήποτε πιθανώς
μολυσματικό υλικό πριν αποχωρήσετε από το εργαστήριο.

nΑφαιρέστε τα ρολόγια χειρός και τα κοσμήματα πριν εργαστείτε στον πάγκο εργασίας.

nΑποθηκεύστε όλο το μολυσματικό ή δυνητικά μολυσματικό υλικό σε άθραυστα στεγανά δοχεία.

nΠριν αποχωρήσετε από το εργαστήριο, αφαιρέστε τον προστατευτικό ρουχισμό σας.

nΜην χρησιμοποιείτε τα γάντια για να γράψετε, να απαντήσετε στο τηλέφωνο, να ενεργοποιήσετε ένανδιακόπτη φωτός ή να αγγίξετε οτιδήποτε μπορεί να αγγίξουν άλλα άτομα χωρίς γάντια.

nΑλλάζετε συχνά γάντια. Αφαιρέστε αμέσως τα γάντια όταν είναι εμφανώς μολυσμένα.

nΜην εκθέτετε υλικά που δεν μπορούν να απολυμανθούν σωστά σε δυνητικά μολυσματικό υλικό.

24 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚίνδυνοιnΜε την ολοκλήρωση μιας διαδικασίας που περιλαμβάνει υλικό βιολογικής επικινδυνότητας,απολυμάνετε την περιοχή εργασίας με κατάλληλο απολυμαντικό (για παράδειγμα, αραίωση 1:10λευκαντικού οικιακής χρήσης).

Οδηγός χρήσης | 25Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

Απολύμανση επιφανειών
ΠΡΟΕΙΔΟΠΟΙΗΣΗ! Για την αποφυγή ηλεκτροπληξίας, απενεργοποιείτε και αποσυνδέετε
πάντα το όργανο από την τροφοδοσία πριν από την εκτέλεση διαδικασιών
απολύμανσης.
Οι ακόλουθες περιοχές μπορούν να καθαριστούν με οποιοδήποτε βακτηριοκτόνο νοσοκομειακού
βαθμού, ιοκτόνο ή μυκητοκτόνο απολυμαντικό:nΕξωτερικό καπάκι και πλαίσιοnΕσωτερική επιφάνεια μπλοκ δειγμάτων και βοθρία μπλοκ δειγμάτων

nΠίνακας ελέγχου και οθόνη

Για να παρασκευάσετε και να εφαρμόσετε το διάλυμα απολυμαντικού, ανατρέξτε στις οδηγίες πουπαρέχονται από τον παρασκευαστή του προϊόντος. Ξεπλένετε πάντα το μπλοκ δειγμάτων και τα βοθρία
του μπλοκ δειγμάτων αρκετές φορές με νερό μετά την εφαρμογή απολυμαντικού. Στεγνώστε καλά τομπλοκ δειγμάτων και τα βοθρία του μπλοκ δειγμάτων αφού τα ξεπλύνετε με νερό.
Σημαντικό: Μη χρησιμοποιείτε λειαντικά ή διαβρωτικά απορρυπαντικά ή ισχυρά αλκαλικά
διαλύματα. Αυτοί οι παράγοντες μπορεί να προκαλέσουν χαρακιές στις επιφάνειες και ζημιά στομπλοκ δειγμάτων, με αποτέλεσμα τη μείωση της ακρίβειας του θερμικού ελέγχου.

Απόρριψη υλικών βιολογικής επικινδυνότητας
Απορρίψτε τα ακόλουθα δυνητικά μολυσμένα υλικά σύμφωνα με τους τοπικούς, περιφερειακούς καιεθνικούς κανονισμούς για τα εργαστήρια:nΚλινικά δείγματαnΑντιδραστήριαnΧρησιμοποιημένα δοχεία αντίδρασης ή άλλα αναλώσιμα που ενδέχεται να είναι μολυσμένα

Χημικοί κίνδυνοιΤο Σύστημα CFX Opus Dx δεν περιέχει δυνητικά επικίνδυνα χημικά υλικά.

Κίνδυνοι έκρηξης ή ευφλεκτότηταςΤο Σύστημα CFX Opus Dx δεν παρουσιάζει κανέναν ασυνήθιστο κίνδυνο σχετικό με ευφλεκτότητα ήέκρηξη όταν χρησιμοποιείται με τον κατάλληλο τρόπο όπως καθορίζεται από την Bio-Rad Laboratories.

26 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜεταφορά

Ηλεκτρικοί κίνδυνοιΤο Σύστημα CFX Opus Dx δεν παρουσιάζει κανένα ασυνήθιστο ηλεκτρικό κίνδυνο για τους χειριστές εάνεγκατασταθεί και λειτουργεί σωστά χωρίς να τροποποιηθεί και είναι συνδεδεμένο σε πηγή ισχύος με τιςκατάλληλες προδιαγραφές.

Μεταφορά
Πριν μετακινήσετε ή αποστείλετε το Σύστημα CFX Opus Dx, πρέπει να διενεργηθούν διαδικασίες
απολύμανσης. Μεταφέρετε ή αποστέλλετε πάντα το σύστημα σε ξεχωριστό δοχείο στα υλικά
συσκευασίας που παρέχονται από την Bio-Rad, που προφυλάσσουν το σύστημα από ζημιές.
Για πληροφορίες σχετικά με τη μεταφορά του συστήματος και για να ζητήσετε τα κατάλληλα υλικά
συσκευασίας, επικοινωνήστε με το τοπικό γραφείο της Bio-Rad.

ΜπαταρίαΤο Σύστημα CFX Opus Dx χρησιμοποιεί μία μπαταρία λιθίου-μετάλλου τύπου νομίσματος 3 Vπροκειμένου να διατηρεί τις ρυθμίσεις ώρας σε περίπτωση διακοπής της παροχής AC. Εάν η ώρααπορρυθμίζεται μετά την απενεργοποίηση της μονάδας, μπορεί να αποτελεί ένδειξη ότι οι μπαταρίες
εξασθενούν.
ΠΡΟΕΙΔΟΠΟΙΗΣΗ! Μην επιχειρήσετε να αλλάξετε τις μπαταρίες. Δεν επιδέχονται
σέρβις από τον χρήστη. Αντί για αυτό, επικοινωνήστε με την Τεχνική Υποστήριξη της
Bio-Rad για βοήθεια.

Μόνο για την Πολιτεία της Καλιφόρνια, ΗΠΑnΥπερχλωρικό συστατικό — Οι μπαταρίες λιθίου περιέχουν υπερχλωρικό συστατικό και μπορεί ναισχύει ειδικός χειρισμός. Βλ. www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

ΑπόρριψηΤο Σύστημα CFX Opus Dx περιέχει ηλεκτρικά υλικά. Δεν πρέπει να απορρίπτονται ως μη ταξινομημένα
απόβλητα και πρέπει να συλλέγονται χωριστά, σύμφωνα με την οδηγία 2012/19/ΕΕ της Ευρωπαϊκής
Ένωσης για τα απόβλητα ηλεκτρικού και ηλεκτρονικού εξοπλισμού — Οδηγία ΑΗΗΕ. Πριν από τηναπόρριψη, επικοινωνήστε με τον τοπικό σας αντιπρόσωπο της Bio-Rad για συγκεκριμένες οδηγίες
ανάλογα με τη χώρα σας.

Οδηγός χρήσης | 27Ασφάλεια και συμμόρφωση με τους κανονισμούς

ΕγγύησηΤο Σύστημα CFX Opus Dx και τα σχετικά παρελκόμενά του καλύπτονται από τυπική εγγύηση της
Bio-Rad. Επικοινωνήστε με το τοπικό γραφείο της Bio-Rad για τις λεπτομέρειες της εγγύησης.

28 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 1 Εισαγωγή
Τα συστήματα ενίσχυσης PCR υψηλής απόδοσης της Bio-Rad διαθέτουν τις τελευταίες τεχνολογικές
εξελίξεις, παρέχοντας μεγαλύτερη ακρίβεια και αναπαραγωγιμότητα στην ενίσχυση νουκλεϊκών οξέων γιαγονιδιωματικά πειράματα.
Το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition της Bio-Rad είναι συμβατό με τα ακόλουθα όργανα καιδιαθέτει βελτιστοποιημένα αρχεία δοκιμής για προσδιορισμούς εκκινητών και ανιχνευτών PrimePCR της
Bio-Rad:nΣύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus 96 Dx (γνωστό σε αυτό το εγχειρίδιο ως CFX Opus
96 Dx)nΣύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus 384 Dx (γνωστό σε αυτό το εγχειρίδιο ως CFX Opus
384 Dx)nΣύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus Deepwell Dx (γνωστό σε αυτό το εγχειρίδιο ως CFX
Opus Deepwell Dx)Οδηγός χρήσης | 29Κεφάλαιο 1 Εισαγωγή

Χρησιμοποιώντας το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition (γνωστό σε αυτό το εγχειρίδιο ως
CFX Maestro Dx SE) μπορείτε να ερμηνεύσετε πολύπλοκα δεδομένα και να δημιουργήσετε ισχυρές
μελέτες για γενετική ανάλυση. Με λίγα μόνο κλικ, μπορείτε να ρυθμίσετε μελέτες και να κατανοήσετε τημελέτη έκφρασης γονιδίων σας με εργαλεία όπως δοκιμασίες t, ANOVA μονής κατεύθυνσης, ανάλυση
μαρτύρων PrimePCR και το εργαλείο επιλογής γονιδίων αναφοράς. Στη συνέχεια, μπορείτε ναπροετοιμάσετε τα αποτελέσματά σας για δημοσιεύσεις και αφίσες με τα εξαιρετικά προσαρμόσιμα
εργαλεία οπτικοποίησης και σχολιασμού δεδομένων του CFX Maestro Dx SE.
Σημείωση: Η εμφάνιση ορισμένων οθονών στο CFX Maestro μπορεί να φαίνεται διαφορετική απότις οθόνες που παρουσιάζονται σε αυτό το εγχειρίδιο χρήσης. Η οθόνη στο λογισμικό είναι σωστή καιοι λειτουργίες ίδιες.
Σημαντικό: Κυβερνοασφάλεια είναι η προστασία των περιουσιακών στοιχείων στον κυβερνοχώροαπό κυβερνοεπιθέσεις. Η κυβερνοασφάλεια είναι η ικανότητα της Bio-Rad να προστατεύει τουςανθρώπους, τις πληροφορίες, τα συστήματα και τη φήμη της στον κυβερνοχώρο. Ο κυβερνοχώρος
είναι ο πάντα ενεργός, τεχνολογικά διασυνδεδεμένος κόσμος. Αποτελείται από ανθρώπους,οργανισμούς, πληροφορίες και τεχνολογία.
Η άμεση αντίδραση είναι σημαντική με τα ζητήματα κυβερνοασφάλειας! Εάν υποψιάζεστε ότι μπορεί ναυπάρχει ζήτημα κυβερνοασφάλειας σχετικά με το όργανό σας ή ότι έχει παραβιαστεί η κυβερνοασφάλεια
στον ιστότοπό σας, επικοινωνήστε αμέσως με τον αντιπρόσωπο της Bio-Rad για τεχνική υποστήριξη.

30 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚύρια χαρακτηριστικά στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΚύρια χαρακτηριστικά στο Λογισμικό CFX Maestro Dx,
Security EditionΜε το CFX Maestro Dx SE μπορείτε να κάνετε τα εξής:nΝα αναλύσετε τα δεδομένα χρησιμοποιώντας ραβδογράμματα, διαγράμματα ομαδοποίησης ήδιασποράς για γρήγορη ερμηνεία και κατανόηση των αποτελεσμάτων σας.

n

Να προσαρμόσετε την αναπαράσταση των δεδομένων σας και να εξαγάγετε γραφήματα υψηλής
ανάλυσης για δημοσίευση και δημιουργία αναφορών.

nΝα προσδιορίσετε την ποιότητα RNA και να αντιμετωπίσετε τα προβλήματα στα πειράματα μεμάρτυρες ανάλυσης PrimePCR.

nΝα επιλέξετε το κατάλληλο γονίδιο αναφοράς και να αναλύσετε τη σταθερότητά του με το εργαλείο
επιλογής γονιδίου αναφοράς.

nΝα πραγματοποιήσετε στατιστική ανάλυση συμπεριλαμβανομένης της ANOVA μονής κατεύθυνσης
στην ανάλυση έκφρασης γονιδίων.

Αυτό το εγχειρίδιο χρήσης εξηγεί αυτές τις δυνατότητες και τον τρόπο χρήσης τους.

Περισσότερες πληροφορίες
Αφού εγκαταστήσετε το CFX Maestro Dx SE και ρυθμίσετε το σχετικό όργανο PCR της Bio-Rad, μπορείτε
να αποκτήσετε πρόσβαση σε αυτό το εγχειρίδιο, καθώς και σε λεπτομερή θέματα της βοήθειας για το
CFX Maestro Dx SE από το μενού Help (Βοήθεια) σε οποιαδήποτε προβολή.
Υπόδειξη: Κάντε κλικ στο λογότυπο της Bio-Rad στην επάνω δεξιά γωνία οποιουδήποτε
παραθύρου του CFX Maestro Dx SE για να εμφανιστεί ο ιστότοπος της Bio-Rad. Αυτός ο ιστότοπος
περιλαμβάνει συνδέσμους προς τεχνικές σημειώσεις, εγχειρίδια, βίντεο, πληροφορίες προϊόντος καιτεχνική υποστήριξη. Αυτός ο ιστότοπος παρέχει επίσης πολλούς τεχνικούς πόρους για μια μεγάλη
ποικιλία μεθόδων και εφαρμογών που σχετίζονται με PCR, PCR σε πραγματικό χρόνο και έκφρασηγονιδίων.

Οδηγός χρήσης | 31Κεφάλαιο 1 Εισαγωγή

32 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 2 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
Edition - ΕγκατάστασηΑυτό το κεφάλαιο εξηγεί πώς να εγκαταστήσετε το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition. Γιαπληροφορίες σχετικά με τη ρύθμιση των υποστηριζόμενων οργάνων PCR σε πραγματικό χρόνο της BioRad, ανατρέξτε στο κατάλληλο εγχειρίδιο.
Το CFX Maestro Dx SE απαιτείται για την ανάλυση δεδομένων PCR σε πραγματικό χρόνο από τασυστήματα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx και CFX Opus Deepwell.
Μπορείτε επίσης να χρησιμοποιήσετε αυτό το λογισμικό για να ελέγξετε αυτά τα συστήματα σε λειτουργία
ελεγχόμενη από λογισμικό.
Τα συστήματα CFX Opus Dx αποστέλλονται με καλώδιο USB στην τσάντα αξεσουάρ. Χρησιμοποιήστε τοκαλώδιο USB για να συνδέσετε τον υπολογιστή όπου εκτελείται το CFX Maestro Dx SE με το Σύστημα
CFX Opus Dx.
Αφαιρέστε τα υλικά συσκευασίας και φυλάξτε τα για μελλοντική χρήση. Εάν κάποιο στοιχείο λείπει ή έχειυποστεί ζημιά, επικοινωνήστε με το τοπικό γραφείο της Bio-Rad.

Οδηγός χρήσης | 33Κεφάλαιο 2 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - ΕγκατάστασηΑπαιτήσεις συστήματοςΟ Πίνακας 3 παραθέτει τις ελάχιστες και συνιστώμενες απαιτήσεις συστήματος για τον υπολογιστή όπουεκτελείται το CFX Maestro Dx SE.
Πίνακας 3. Απαιτήσεις υπολογιστή για το CFX Maestro Dx SEΣύστημαΚατ' ελάχιστο

Συνιστάται

Λειτουργικό

Microsoft Windows 10 (μόνο 64

Microsoft Windows 10 (μόνο 64 bit), έκδ. buildσύστημαbit), έκδ. build 1511 ή

1511 ή μεταγενέστερη, με τις πιο πρόσφατες

μεταγενέστερη, με τις πιοενημερώσεις ασφαλείας.

πρόσφατες ενημερώσεις
ασφαλείας.
Σημείωση: Τα Windows 11 υποστηρίζουν επίσης το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition.
Σημαντικό: Η ασφαλής εκκίνηση πρέπει να είναι απενεργοποιημένη στους υπολογιστές όπουεκτελείται το CFX Maestro Dx SE. Οι υπολογιστές στους οποίους εκτελείται το CFX Maestro Dx SE θαπρέπει να έχουν διαμορφωθεί ώστε να μην γίνεται αυτόματη επανεκκίνησή τους μετά από ενημέρωση
συστήματος ή ασφαλείας, εάν υπάρχει δοκιμή σε εξέλιξη. Συμβουλευτείτε τον διαχειριστή τουσυστήματός σας για βοήθεια.
Θύρες2 θύρες USB 2.0 υψηλής

2 θύρες USB 2.0 υψηλής ταχύτητας

ταχύτητας
Χώρος στον

128 GB

128 GB

2,4 GHz, διπύρηνος

2,4 GHz, τετραπύρηνος

RAM

4 GB RAM

8 GB RAMΑνάλυση οθόνης

1024 x 768 με λειτουργία

1280 x 1024 με λειτουργία πραγματικού

πραγματικού χρώματοςχρώματος

σκληρό δίσκο
Ταχύτηταεπεξεργαστή

Αναγνώστης PDF

Adobe PDF Reader ή Windows PDF Readerαπό μία από τις υποστηριζόμενες οικογένειες
του Microsoft Office:n 2016n 201934 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑπαιτήσεις συστήματοςΠίνακας 3. Απαιτήσεις υπολογιστή για το CFX Maestro Dx SE, συνέχεια

ΣύστημαΚατ' ελάχιστο

Συνιστάται

Τοπική

Υποστηριζόμενο λειτουργικό

Υποστηριζόμενο λειτουργικό σύστημα

προσαρμογή

σύστημα Microsoft Windows 64

Microsoft Windows 64 bit στα Αγγλικά, Κινέζικα

bit στα Αγγλικά, Κινέζικα καικαι Ρωσικά

Ρωσικά

Σημείωση: Αν σκοπεύετε να εκτελέσετε λογισμικό ελέγχου αυτοματισμού CFX στον ίδιο υπολογιστή
με το CFX Maestro Dx SE, ορίστε την ανάλυση οθόνης σε 1280 x 1024 με λειτουργία πραγματικού
χρώματος.

Οδηγός χρήσης | 35Κεφάλαιο 2 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - ΕγκατάστασηΕγκατάσταση του λογισμικού CFX Maestro Dx SEΣημαντικό: Πρέπει να αποσυνδέσετε τυχόν συνδεδεμένα όργανα από τον υπολογιστή με το
CFX Maestro Dx SE πριν εγκαταστήσετε ή αναβαθμίσετε το λογισμικό. Δεν χρειάζεται νααπενεργοποιήσετε το όργανο κατά την εγκατάσταση του λογισμικού. Βεβαιωθείτε ότι έχετε
αποθηκεύσει όλες τις δοκιμές και ότι δεν εκτελούνται πειράματα.
Σημείωση: Βεβαιωθείτε ότι το Secure Boot (Ασφαλής εκκίνηση) είναι απενεργοποιημένο πρινξεκινήσετε τη διαδικασία εγκατάστασης. Βεβαιωθείτε ότι ο υπολογιστής έχει διαμορφωθεί έτσι ώστενα μην γίνεται αυτόματη επανεκκίνηση μετά από ενημέρωση συστήματος ή ασφαλείας εάν υπάρχει
δοκιμή σε εξέλιξη. Συμβουλευτείτε τον διαχειριστή του συστήματός σας για βοήθεια.

Για να εγκαταστήσετε το λογισμικό CFX Maestro Dx SE
1.

Εάν είναι απαραίτητο, αποσυνδέστε τυχόν συνδεδεμένα όργανα από τον υπολογιστή.
Εντοπίστε και αποσυνδέστε το καλώδιο USB του οργάνου στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx
SE. Το άκρο που έχει εισαχθεί στο Σύστημα CFX Opus Dx μπορεί να παραμείνει στη θέση του.

2.

Συνδεθείτε στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE με δικαιώματα διαχειριστή.

3.

Εισαγάγετε τη μονάδα USB του λογισμικού CFX Maestro Dx SE στη θύρα USB του υπολογιστή.

4.

Στην Εξερεύνηση των Windows, μεταβείτε στη μονάδα USB του λογισμικού CFX Maestro Dx SE καιανοίξτε την.
Η μονάδα USB περιέχει τις Σημειώσεις έκδοσης και τους ακόλουθους φακέλους:
n

CFX

n

Driversn

Firmwaren

Quick StartΜαζί με άλλα αρχεία, ο φάκελος CFX περιέχει το πρόγραμμα εγκατάστασης του λογισμικού
CFX Maestro Dx SE (CFXMaestroDxSetup.exe)

5.

Ανοίξτε τον φάκελο CFX και κάντε διπλό κλικ στο CFXMaestroDxSetup.exe για να εκκινήσετε τοπρόγραμμα εγκατάστασης.

6.

Ακολουθήστε τις οδηγίες εγκατάστασης στην οθόνη.
Όταν ολοκληρωθεί, εμφανίζεται το εικονίδιο για το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition της
Bio-Rad στην επιφάνεια εργασίας του υπολογιστή.

36 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕγκατάσταση του λογισμικού CFX Maestro Dx SEΥπόδειξη: Το πρόγραμμα εγκατάστασης CFX Maestro εγκαθιστά αυτόματα το εγχειρίδιο
χρήσης για το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition. Για να βρείτε αυτά τα εγχειρίδια,πλοηγηθείτε στο μενού Βοήθειας και επιλέξτε Open User Guides (Άνοιγμα εγχειριδίων χρήσης).
7.

Όταν ολοκληρωθεί η εγκατάσταση, μπορείτε να αφαιρέσετε με ασφάλεια τη μονάδα USB τουλογισμικού.

Οδηγός χρήσης | 37Κεφάλαιο 2 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - ΕγκατάστασηΕντοπισμός συνδεδεμένων οργάνων
Κατά την εγκατάσταση, το πρόγραμμα εγκατάστασης για το CFX Maestro Dx SE εγκαθιστά αυτόματα ταπρογράμματα οδήγησης του οργάνου στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE. Το CFX Maestro Dx
SE εντοπίζει τα συνδεδεμένα όργανα κατά την εκκίνηση του λογισμικού.

Για τον εντοπισμό των συνδεδεμένων οργάνων
1.

Εάν δεν το έχετε κάνει ακόμη, εισαγάγετε το τετράγωνο (αρσενικό) άκρο του παρεχόμενου καλωδίου
USB τύπου B στη θύρα USB τύπου B που βρίσκεται στο πίσω μέρος του οργάνου.

2.

Εισαγάγετε το άλλο άκρο (θύρας) σε μια θύρα USB στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE.

3.

Εάν το όργανο δεν λειτουργεί ήδη, πατήστε τον διακόπτη λειτουργίας στο πίσω μέρος του οργάνου
για να το ενεργοποιήσετε.

4.

Εκκινήστε το CFX Maestro Dx SE.

Το λογισμικό εντοπίζει αυτόματα το συνδεδεμένο όργανο και εμφανίζει το όνομά του στο παράθυρο
Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα) στο παράθυρο Home (Αρχικό).
Σημείωση: Εάν το όργανο δεν εμφανίζεται στο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα
όργανα), βεβαιωθείτε ότι το καλώδιο USB έχει εγκατασταθεί σωστά. Για να επανεγκαταστήσετε ταπρογράμματα οδήγησης, στο παράθυρο Home (Αρχικό) στο CFX Maestro Dx SE, επιλέξτε Tools(Εργαλεία) > Reinstall Instrument Drivers (Επανεγκατάσταση προγραμμάτων οδήγησης οργάνου).

38 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑρχεία λογισμικού

Αρχεία λογισμικούΟ Πίνακας 4 παραθέτει τους τύπους αρχείων στο CFX Maestro Dx SE.
Πίνακας 4. Τύποι αρχείων στο CFX Maestro Dx SEΤύπος αρχείου

ΕπέκτασηΛεπτομέρειες

Πρωτόκολλο

.prclΠεριέχει λεπτομέρειες ρύθμισης πρωτοκόλλου για τηνεκτέλεση μιας δοκιμής PCR.

Πλάκα

.pltd

Περιέχει λεπτομέρειες ρύθμισης πλάκας για εκτέλεση μιαςδοκιμής PCR.

Δεδομένα

.pcrd

Περιέχει τα αποτελέσματα μιας πειραματικής δοκιμής καιανάλυσης PCR.

Δοκιμή PrimePCR.csv

Περιέχει το πρωτόκολλο και τη διάταξη πλάκας για πλάκες
PrimePCR.

Μελέτη γονιδίων

.mgxdΠεριέχει αποτελέσματα πολλαπλών δοκιμών PCR καιαναλύσεων έκφρασης γονιδίων.

Αυτόνομο αρχείο προ-

.zpcr

δεδομένων
LIMSΠεριέχει μετρήσεις φθορισμού από αυτόνομη λειτουργία
που μετατρέπονται σε αρχείο δεδομένων.

.plrnΠεριέχει πληροφορίες ρύθμισης πλάκας και πρωτοκόλλου
που απαιτούνται για την εκτέλεση μιας συμβατής με LIMSδοκιμής.

JSON

.json

Ένα αρχείο μόνο για ανάγνωση που δημιουργήθηκε μόνοαπό συστήματα CFX Opus Dx, αυτό το αρχείο περιέχει ταδεδομένα του αρχείου δοκιμής που εμφανίζονται στοπαράθυρο λεπτομερειών στον περιηγητή αρχείων ότανεπιλέγεται ένα αρχείο δοκιμής. Αυτό το αρχείο
δημιουργείται μετά την ολοκλήρωση μιας δοκιμής. Εξάγεταιμε το αρχείο .zpcr και αποθηκεύεται με τα αρχεία
δεδομένων όταν η θέση αποθήκευσης είναι είτε μια μονάδα
USB είτε ένας κοινόχρηστος φάκελος δικτύου.

Οδηγός χρήσης | 39Κεφάλαιο 2 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Εγκατάσταση

40 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στοΛογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΣτο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition, οι χρήστες συνδέονται με το όνομα χρήστη και τονκωδικό πρόσβασης των Windows. Στο άτομο που εγκατέστησε το CFX Maestro Dx SE εκχωρείται
αυτόματα ο ρόλος του Διαχειριστή και το δικαίωμα δημιουργίας και διαχείρισης λογαριασμών και ρόλων
χρηστών. Σε όλους τους άλλους χρήστες πρέπει να εκχωρηθεί ένας λογαριασμός χρήστη ώστε ναμπορούν να συνδεθούν και να χρησιμοποιήσουν το λογισμικό.
Σημαντικό: Κάθε χρήστης πρέπει να διαθέτει λογαριασμό και κωδικό πρόσβασης στα Windowsστον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE, ώστε να μπορέσετε να εκχωρήσετε έναν λογαριασμό καιέναν ρόλο χρήστη. Οι χρήστες μπορούν να είναι μέλη είτε της ομάδας χρηστών των Windows είτε τηςομάδας διαχειριστών των Windows. Τα μέλη της ομάδας χρηστών των Windows έχουν πρόσβασημόνο στα δικά τους αρχεία και φακέλους CFX Maestro Dx SE. Τα μέλη της ομάδας διαχειριστών τωνWindows μπορούν να έχουν πρόσβαση στα αρχεία και τους φακέλους όλων των χρηστών στονυπολογιστή.
Σε αυτό το κεφάλαιο εξηγείται ο τρόπος δημιουργίας χρηστών στα Microsoft Windows για να είναι δυνατήη προσθήκη τους στο CFX Maestro Dx SE. Αυτή η ενότητα εξηγεί επίσης τον τρόπο προσθήκης χρηστώνστο CFX Maestro Dx SE και τον τρόπο διαχείρισης των ρόλων και των δικαιωμάτων τους.

Οδηγός χρήσης | 41Κεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition

Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Εκκίνηση
Σημείωση: Κάθε χρήστης πρέπει να συνδεθεί με το όνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης τωνWindows.

Για να εκκινήσετε το CFX Maestro Dx SE
1.

Στην επιφάνεια εργασίας του υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE, κάντε διπλό κλικ στο εικονίδιο
συντόμευσης για το CFX Maestro Dx SE για να εκκινήσετε την εφαρμογή.

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Login (Σύνδεση), πληκτρολογήστε τον κωδικό πρόσβασης των Windows καικάντε κλικ στο OK.

Το CFX Maestro Dx SE ανοίγει στο παράθυρο Home (Αρχικό). Η γραμμή τίτλου εμφανίζει το όνομα
χρήστη των Windows του συνδεδεμένου χρήστη και η γραμμή μενού εμφανίζει ένα μπλε
αυτοκόλλητο που υποδεικνύει ότι το λογισμικό είναι συμβατό με την οδηγία 21 CFR Μέρος 11, γιαπαράδειγμα:

42 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΛογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Εκκίνηση

Οδηγός χρήσης | 43Κεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΠροσθήκη χρηστών των Microsoft Windows στον υπολογιστή
με το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΌλοι οι χρήστες πρέπει να συνδέονται στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE χρησιμοποιώντας τοόνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης των Windows. Για ακριβή παρακολούθηση ελέγχου, οι
λογαριασμοί χρηστών των Windows δεν μπορούν να προστεθούν μέσω του πλαισίου διαλόγου Start(Έναρξη) > Settings (Ρυθμίσεις) > Accounts (Λογαριασμοί). Οι λογαριασμοί χρηστών των Windowsπρέπει να προστίθενται μέσω της κονσόλας διαχείρισης υπολογιστών.
Σημαντικό: Αν πραγματοποιηθούν αλλαγές στις ιδιότητες ενός χρήστη των Windows(συμπεριλαμβανομένου του ονόματος χρήστη και του πλήρους ονόματος) μετά τη δημιουργία τουαντίστοιχου χρήστη στο CFX Maestro Dx SE, ο χρήστης στο CFX Maestro Dx SE θα ακυρωθεί.
Βεβαιωθείτε ότι οι πληροφορίες είναι σωστές πριν από την αποθήκευση του χρήστη των Windowsκαι τη δημιουργία του αντίστοιχου χρήστη στο CFX Maestro Dx SE.
Υπόδειξη: Ανατρέξτε στην τεκμηρίωση της διαχείρισης των Microsoft Windows και δείτε τονδιαχειριστή συστήματος των Windows για περισσότερες πληροφορίες προτού δημιουργήσετε
λογαριασμούς στα Windows.

Για να προσθέσετε λογαριασμούς χρηστών των Windows στον υπολογιστή με το
CFX Maestro Dx SE
1.

Συνδεθείτε στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE ως μέλος της ομάδας Διαχειριστή τωνWindows.

2.

Στην επιφάνεια εργασίας, κάντε δεξί κλικ στο My Computer (Ο υπολογιστής μου) και επιλέξτε
Manage (Διαχείριση) για να ανοίξετε την κονσόλα Διαχείρισης υπολογιστή.

3.

Στην κονσόλα Διαχείρισης υπολογιστή, αναπτύξτε το Local Users and Groups (Τοπικοί χρήστες καιομάδες).

4.

Κάντε δεξί κλικ στον φάκελο Users (Χρήστες) και επιλέξτε New User (Νέος χρήστης) για να ανοίξετε
το πλαίσιο διαλόγου New User (Νέος χρήστης).

44 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠροσθήκη χρηστών των Microsoft Windows στον υπολογιστή με το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

6.

Στο πλαίσιο διαλόγου New User (Νέος χρήστης), πρέπει να συμπληρώσετε τα ακόλουθα πεδία:nUser name (Όνομα χρήστη)nFull name (Πλήρες όνομα)nPassword (Κωδικός πρόσβασης)

nConfirm password (Επιβεβαίωση κωδικού πρόσβασης)Κάντε κλικ στο Create (Δημιουργία).

Οδηγός χρήσης | 45Κεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΠροσθήκη και αφαίρεση χρηστών στο Λογισμικό CFX
Maestro Dx, Security EditionΥπόδειξη: Μόνο οι χρήστες με ρόλο Διαχειριστή στο CFX Maestro Dx SE μπορούν να δημιουργούν
και να καταργούν λογαριασμούς χρήστη στο CFX Maestro Dx SE. Στο άτομο που εγκατέστησε το
CFX Maestro Dx SE εκχωρείται αυτόματα ο ρόλος του Διαχειριστή. Αυτό το άτομο μπορεί ναεκχωρήσει το ρόλο του Διαχειριστή σε άλλους χρήστες.
Σημείωση: Στο CFX Maestro Dx SE, ο ρόλος του διαχειριστή πρέπει να εκχωρηθεί σε τουλάχιστονέναν χρήστη.

Για να προσθέσετε λογαριασμούς χρήστη στο CFX Maestro Dx SE
1.

Βεβαιωθείτε ότι κάθε προοριζόμενος χρήστης είναι μέλος είτε της ομάδας χρηστών των Windows είτετης ομάδας διαχειριστών των Windows και ότι έχει κωδικό πρόσβασης στα Windows στονυπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE.

2.

Εκκινήστε το CFX Maestro Dx SE και συνδεθείτε ως Διαχειριστής.

3.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε User (Χρήστης) > User Administration (Διαχείριση
χρηστών).

46 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠροσθήκη και αφαίρεση χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου User Administration (Διαχείριση χρηστών).

4.

Στην ενότητα Manage Users (Διαχείριση χρηστών), παρέχετε τις ακόλουθες πληροφορίες για κάθεχρήστη:nUser name (Όνομα χρήστη) — στο CFX Maestro Dx SE, αυτό το όνομα πρέπει να είναι τοόνομα χρήστη για τη σύνδεση στα Windows.

nFull name (Πλήρες όνομα) — το πλήρες όνομα του χρήστη.
Αυτό το όνομα εμφανίζεται στο πεδίο Full User (Πλήρης χρήστης) στο ίχνος ελέγχου. Αυτό τοόνομα πρέπει να είναι το ίδιο με το όνομα που έχει εισαχθεί στο πεδίο Full Name (Πλήρες όνομα)κατά τη δημιουργία του χρήστη των Windows.

nRole (Ρόλος) — ο ρόλος που θα εκχωρηθεί στον χρήστη.
Σημείωση: Μπορείτε να επιλέξετε μόνο έναν ρόλο από την αναπτυσσόμενη λίστα. Βλ.
Διαχείριση ρόλων χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition γιαπερισσότερες πληροφορίες.

n

Domain (Τομέας) — ο τομέας των Windows από τον οποίο ο χρήστης αποκτά πρόσβαση στολογισμικό.
Για περισσότερες πληροφορίες, δείτε τον διαχειριστή συστήματος των Windows.

Οδηγός χρήσης | 47

Κεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

Κάντε κλικ στο κουμπί OK και στη συνέχεια κάντε κλικ στο κουμπί Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις
αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου User Administration (Διαχείριση χρηστών).

Για να αφαιρέσετε έναν λογαριασμό χρήστη CFX Maestro Dx SE
1.

Εκκινήστε το CFX Maestro Dx SE και συνδεθείτε ως Διαχειριστής.

2.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε User (Χρήστης) > User Administration (Διαχείριση χρηστών)για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου User Administration (Διαχείριση χρηστών).

3.

Στο παράθυρο Manage Users (Διαχείριση χρηστών), επιλέξτε Remove (Κατάργηση) για κάθε χρήστηπου θέλετε να καταργήσετε.

4.

Κάντε κλικ στο κουμπί OK και στη συνέχεια κάντε κλικ στο κουμπί Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις
αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου User Administration (Διαχείριση χρηστών).

Διαχείριση ρόλων χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx,
Security EditionΣημαντικό: Το CFX Maestro Dx SE απαιτεί την εκχώρηση του ρόλου του Διαχειριστή σετουλάχιστον έναν χρήστη. Μπορείτε να εκχωρήσετε αυτόν τον ρόλο σε περισσότερους από ένανχρήστες.
Το CFX Maestro Dx SE έχει τέσσερις ρόλους χρήστη. Σε κάθε χρήστη πρέπει να εκχωρηθεί ένας ρόλος,για να έχει πρόσβαση στο λογισμικό. Παρόλο που στους χρήστες μπορεί να εκχωρηθεί μόνο ένας ρόλος,μπορείτε να αλλάξετε τον ρόλο ενός χρήστη ανά πάσα στιγμή.
Εκτός από το ρόλο του Διαχειριστή, μπορείτε να αλλάξετε τα δικαιώματα που έχουν εκχωρηθεί σε κάθερόλο. Όλοι οι χρήστες με εκχωρημένο ρόλο κληρονομούν μόνο τα δικαιώματα αυτού του ρόλου.
Από προεπιλογή, τα δικαιώματα για κάθε ρόλο είναι τα εξής:n

Administrator (Διαχειριστής) — αυτός ο ρόλος έχει όλα τα δικαιώματα και δεν μπορείτε να αλλάξετε
αυτά τα δικαιώματα.

nPrincipal (Κύριος) — αυτός ο ρόλος έχει όλα τα δικαιώματα εκτός από το δικαίωμα ρύθμισης email.

n

Operator (Χειριστής) — αυτός ο ρόλος έχει όλα τα δικαιώματα εκτός από τα δικαιώματα παράλειψης
κύκλων και ρύθμισης email.

n

Guest (Επισκέπτης) — αυτός ο ρόλος έχει μόνο το δικαίωμα ανάγνωσης αρχείων.

Κατά την εκχώρηση ρόλων στο CFX Maestro Dx SE, καθορίστε προσεκτικά τις απαιτήσεις για κάθεχρήστη. Για παράδειγμα, χωρίς το δικαίωμα αποθήκευσης, οι χρήστες με ρόλο επισκέπτη δεν θαμπορούν να υπογράψουν ένα αρχείο. Χωρίς το δικαίωμα δημιουργίας λογαριασμού email, κανένας απότους ρόλους δεν θα λαμβάνει email όταν ολοκληρώνεται μια δοκιμή.

48 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΔιαχείριση ρόλων χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΓια να τροποποιήσετε τα δικαιώματα για έναν ρόλο1.

Εκκινήστε το CFX Maestro Dx SE και συνδεθείτε ως Διαχειριστής.

2.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε User (Χρήστης) > User Administration (Διαχείριση χρηστών)για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου User Administration (Διαχείριση χρηστών).

3.

Στην ενότητα Manage Rights (Διαχείριση δικαιωμάτων), για κάθε ρόλο αποεπιλέξτε ή επιλέξτε τοπλαίσιο ελέγχου συγκεκριμένων δικαιωμάτων, όπως απαιτείται.

4.

Κάντε κλικ στο κουμπί OK και στη συνέχεια κάντε κλικ στο κουμπί Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις
αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου User Administration (Διαχείριση χρηστών).

Προβολή του ρόλου και των δικαιωμάτων σαςΥπόδειξη: Οι χρήστες στους οποίους έχουν εκχωρηθεί οι ρόλοι χρηστών Principal (Κύριος),Operator (Χειριστής) ή Guest (Επισκέπτης) μπορούν να προβάλλουν μόνο τις ρυθμίσεις, ταδικαιώματα και τους ρόλους χρήστη τους. Οι χρήστες στους οποίους έχει εκχωρηθεί ο ρόλος
Administrator (Διαχειριστής) μπορούν να προβάλλουν όλα τα δικαιώματα και τους ρόλους χρήστη.

Για να προβάλετε τον ρόλο και τα δικαιώματα του τρέχοντος χρήστηuΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε User (Χρήστης) > User Administration (Διαχείριση
χρηστών).

Επικοινωνήστε με τον διαχειριστή σας στο CFX Maestro Dx SE για να τροποποιήσετε τις ρυθμίσεις, ταδικαιώματα και τους ρόλους χρήστη που αναφέρονται στο παράθυρο User Administration (Διαχείριση
χρηστών).

Οδηγός χρήσης | 49Κεφάλαιο 3 Διαχείριση λογαριασμών χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition

50 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
Edition - Χρήση
Σημαντικό: Το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition χρησιμοποιεί τον έλεγχο ταυτότητας
χρήστη των Microsoft Windows για να επαληθεύσει την πρόσβαση στα ασφαλή αρχεία δεδομένων
CFX. Επικοινωνήστε με τον διαχειριστή των Windows σας για να δημιουργήσετε ένα περιβάλλον πουσυμμορφώνεται με τις απαιτήσεις της οδηγίας 21 CFR Μέρος 11.
Με το CFX Maestro Dx SE, οι χρήστες μπορούνnΝα υπογράφουν αρχεία δεδομένων και μελέτης γονιδίων.

nΝα προστατεύουν με κωδικό πρόσβασης αρχεία δεδομένων.

nΝα προβάλλουν και να εκτυπώνουν ίχνη ελέγχου.

Αυτή η ενότητα εξηγεί αυτές τις δυνατότητες λεπτομερώς.

Ασφαλή αρχείαΑπό προεπιλογή, το CFX Maestro Dx SE αποθηκεύει ασφαλή αρχεία στον προσωπικό φάκελο τουσυνδεδεμένου χρήστη, που βρίσκεται στοC:\Users\<όνομα χρήστη>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCRΜπορείτε να αποθηκεύσετε και να επεξεργαστείτε αρχεία .pcrd σε αυτόν τον φάκελο. Αυτός ο φάκελος
περιέχει συνδέσμους σε άλλους φακέλους (για παράδειγμα, στον φάκελο δειγμάτων αρχείων) πουπεριέχουν αρχεία που είναι μόνο για ανάγνωση. Ωστόσο, ο διαχειριστής μπορεί να διαγράψει ταπεριεχόμενα αυτού του φακέλου.
Υπόδειξη: Εναλλακτικά, ο διαχειριστής συστήματος των Windows μπορεί να δημιουργήσει ένανκοινόχρηστο φάκελο και ο διαχειριστής σας στο CFX Maestro Dx SE μπορεί να προγραμματίσει τολογισμικό για να αποθηκεύσει όλα τα αρχεία σε αυτόν το φάκελο.
Στο CFX Maestro Dx SE, τα αρχεία πλάκας, πρωτοκόλλου, δεδομένων και μελέτης γονιδίων
επισημαίνονται ως ασφαλή όταν αποθηκεύονται. Μπορείτε να δημιουργήσετε αυτά τα αρχεία στολογισμικό CFX Maestro ή CFX Maestro Dx SE. Αφού αποθηκευτούν στο CFX Maestro Dx SE, μπορείτε
να ανοίξετε αυτά τα αρχεία μόνο στο CFX Maestro Dx SE.

Οδηγός χρήσης | 51Κεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση

Το CFX Maestro Dx SE δημιουργεί ένα ίχνος ελέγχου για όλα τα ασφαλή αρχεία δεδομένων και μελέτης
γονιδίων (αρχεία .pcrd και .mgxd, αντίστοιχα). Το λογισμικό καταγράφει όλη την ελέγξιμη δραστηριότηταστο ίχνος ελέγχου του αρχείου. Για περισσότερες πληροφορίες, βλ. Ίχνη ελέγχου στη σελίδα 333.

Υπογραφή ασφαλών αρχείων
Μετά την αποθήκευση ενός αρχείου στο CFX Maestro Dx SE, οι χρήστες μπορούν να προσθέσουν μιαηλεκτρονική υπογραφή. Για να μπορεί να υπογράψει ένα αρχείο, ο ρόλος του χρήστη πρέπει να έχει τοδικαίωμα αποθήκευσης ενός αρχείου. Για παράδειγμα, από προεπιλογή ο ρόλος του Επισκέπτη δεν έχειτο δικαίωμα αποθήκευσης ενός αρχείου και επομένως οι χρήστες με αυτόν τον ρόλο δεν μπορούν ναυπογράψουν ένα αρχείο.
Στο CFX Maestro Dx SE, τα υπογεγραμμένα αρχεία δεν ορίζονται σε μόνο για ανάγνωση. Μπορούν ναελεγχθούν, να τροποποιηθούν και να υπογραφούν πολλές φορές. Όλες οι αλλαγές και οι υπογραφές
καταγράφονται στο ίχνος ελέγχου του αρχείου. Μπορείτε να υπογράψετε τους ακόλουθους τύπους
αρχείων:nΑρχεία δεδομένων (.pcrd)nΑρχεία μελέτης γονιδίων (.mgxd)

Σημείωση: Τα αρχεία πρέπει πρώτα να αποθηκευτούν για να μπορείτε να τα υπογράψετε. Εάν έχετε
εκτελέσει πρόσφατα μια δοκιμή στο CFX Maestro Dx SE, αποθηκεύστε πρώτα το προκύπτον αρχείο
δεδομένων.

Για να υπογράψετε ένα αρχείο
1.

Συνδεθείτε στο CFX Maestro Dx SE με τα διαπιστευτήρια σύνδεσης των Windows.

2.

Ανοίξτε το ασφαλές αρχείο δεδομένων ή το αρχείο μελέτης γονιδίων για να το υπογράψετε.

3.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Sign (Υπογραφή). Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Electronic Signature(Ηλεκτρονική υπογραφή).

52 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

4.

Εισαγάγετε το όνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης των Windows και τον λόγο υπογραφής τουαρχείου.
Το όνομα χρήστη και ο λόγος για την υπογραφή περιλαμβάνονται στο ίχνος ελέγχου (γιαπερισσότερες πληροφορίες, βλ. Ίχνη ελέγχου στη σελίδα 333).

5.

Κάντε κλικ στο OK για να υποβάλετε την υπογραφή και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Τροποποίηση ασφαλών αρχείων
Στο CFX Maestro Dx SE, οι χρήστες μπορούν να τροποποιήσουν ασφαλή αρχεία,συμπεριλαμβανομένων υπογεγραμμένων και μη υπογεγραμμένων αρχείων δεδομένων και μελέτης
γονιδίων. Το λογισμικό σάς ζητά να παρέχετε έναν λόγο για την αλλαγή όταν αποθηκεύετε ένατροποποιημένο ασφαλές αρχείο δεδομένων ή μελέτης γονιδίων. Οι αλλαγές καταγράφονται στο ίχνος
ελέγχου του αρχείου.
Υπόδειξη: Επειδή το λογισμικό δεν δημιουργεί ίχνη ελέγχου για αρχεία πλάκας ή πρωτοκόλλου, δενσας ζητείται να παρέχετε έναν λόγο όταν αποθηκεύετε αλλαγές σε αυτά τα αρχεία.

Για να αποθηκεύσετε ένα τροποποιημένο αρχείο δεδομένων ή μελέτης γονιδίων
1.

Συνδεθείτε στο CFX Maestro Dx SE με τα διαπιστευτήρια σύνδεσης των Windows.

2.

Ανοίξτε και τροποποιήστε ένα ασφαλές αρχείο δεδομένων ή ένα ασφαλές αρχείο μελέτης γονιδίων.

Οδηγός χρήσης | 53Κεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση

Υπόδειξη: Για τον κατάλογο των ελέγξιμων δραστηριοτήτων, βλ. Ελέγξιμα συμβάντα στη σελίδα
335.
3.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save (Αποθήκευση). Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Audit Trail Change
Reason (Αιτία αλλαγής ίχνους ελέγχου).

Αυτό το πλαίσιο διαλόγου εμφανίζει τις ακόλουθες πληροφορίες, οι οποίες καταγράφονται στηνκεφαλίδα του ίχνους ελέγχου του αρχείου για κάθε συμβάν τροποποίησης:nDate (Ημερομηνία) — η ημερομηνία κατά την οποία πραγματοποιήθηκε η αλλαγή.

nUser (Χρήστης) — ο τομέας και το όνομα χρήστη των Windows του συνδεδεμένου χρήστη.

nComment (Σχόλιο) — το τελευταίο αποθηκευμένο σχόλιο.

n

Signature (Υπογραφή) — η ηλεκτρονική υπογραφή του τελευταίου ατόμου που υπέγραψε τοαρχείο.

n

Signature reason (Αιτία υπογραφής) — η αιτία για την υπογραφή.

nApplication (Εφαρμογή) — CFX Maestro Dx SE (εμφανίζεται ως BioRadCFXManager.exe, πουείναι σωστό).

nApplication version (Έκδοση εφαρμογής) — η τρέχουσα έκδοση για το CFX Maestro Dx SE.

54 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

nFull user (Πλήρης χρήστης) — το πλήρες όνομα του συνδεδεμένου χρήστη.
Σημείωση: Αυτό το όνομα εμφανίζεται στο ίχνος ελέγχου.

nMachine (Μηχάνημα) — ο υπολογιστής στον οποίο έχει εγκατασταθεί το λογισμικό.

Ο πίνακας αλλαγών εμφανίζει τις ελέγξιμες αλλαγές που πραγματοποιήθηκαν ως αποτέλεσμα τηςτροποποίησης. Μπορεί επίσης να εμφανιστεί μια σύντομη περιγραφή για τον λόγο της αλλαγής.
Υπόδειξη: Μπορείτε να προσθέσετε ή να επεξεργαστείτε περιγραφές στη στήλη Reason for
Change (Αιτία αλλαγής).
4.

Ελέγξτε τη λίστα με τις αλλαγές. Παρέχετε λεπτομερείς λόγους εάν είναι απαραίτητο.

5.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΚάντε κλικ στην επιλογή Save Changes (Αποθήκευση αλλαγών) για να αποθηκεύσετε τις
αλλαγές στο αρχείο, καθώς και τυχόν αλλαγές που κάνατε στον πίνακα και κλείστε το πλαίσιο
διαλόγου.
Οι αλλαγές στο αρχείο και οι λόγοι για τις αλλαγές εμφανίζονται στο ίχνος ελέγχου του αρχείου.

nΚάντε κλικ στο Cancel Changes (Ακύρωση αλλαγών) για να επαναφέρετε το αρχείο στηνπροηγούμενη κατάσταση και να κλείσετε το πλαίσιο διαλόγου.
Οι αλλαγές δεν αποθηκεύονται στο αρχείο και το ίχνος ελέγχου δεν ενημερώνεται.

Οδηγός χρήσης | 55

Κεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση

Προστασία με κωδικό πρόσβασης για αρχείαΩς πρόσθετο επίπεδο ασφάλειας, το CFX Maestro Dx SE επιτρέπει στους χρήστες να ορίζουν κωδικούς
πρόσβασης σε όλα τα ασφαλή αρχεία. Όταν ορίζετε κωδικούς πρόσβασης σε ένα ασφαλές αρχείο, λάβετε
υπόψη τις ακόλουθες συνθήκες:ΣυνθήκηΕνέργειαΔεν απαιτείται κωδικός

Όλοι οι χρήστες μπορούν να ανοίξουν, ναπρόσβασης.

τροποποιήσουν και να αποθηκεύσουν το ασφαλές
αρχείο, ανάλογα με τα δικαιώματά τους.

Το αρχείο απαιτεί τον κωδικό

Όλοι οι χρήστες μπορούν να ανοίξουν το ασφαλές

πρόσβασης αποθήκευσης.

αρχείο και οι χρήστες που γνωρίζουν τον κωδικό
πρόσβασης αποθήκευσης μπορούν να τροποποιήσουν
και να αποθηκεύσουν το ασφαλές αρχείο.

Το αρχείο απαιτεί τον κωδικό

Μόνο οι χρήστες που γνωρίζουν τον κωδικό πρόσβασηςπρόσβασης ανοίγματος.

ανοίγματος μπορούν να ανοίξουν, να τροποποιήσουν
και να αποθηκεύσουν το ασφαλές αρχείο.

Το αρχείο απαιτεί τόσο τονΟρισμένοι χρήστες μπορούν να ανοίξουν το ασφαλές

κωδικό πρόσβασης ανοίγματοςαρχείο και μια υποομάδα αυτών των χρηστών μπορεί ναόσο και τον κωδικό πρόσβασηςτροποποιήσει και να αποθηκεύσει το αρχείο.

αποθήκευσης.

Ανάλογα με τον ρόλο του χρήστη, οποιοσδήποτε χρήστης μπορεί να εκτελέσει Save As (Αποθήκευση ως)για να δημιουργήσει ένα νέο ασφαλές αρχείο με άλλο όνομα ή για να αποθηκεύσει ένα αρχείο με το ίδιοόνομα σε άλλη θέση, εφόσον ισχύει ένα από τα ακόλουθα:nΤο ασφαλές αρχείο δεν προστατεύεται με κωδικό πρόσβασης.

nΟ χρήστης έχει τον κωδικό πρόσβασης για να ανοίξει το αρχείο.

Υπόδειξη: Το νέο αρχείο αποθηκεύεται χωρίς προστασία με κωδικό πρόσβασης. Το αρχικό αρχείο
διατηρεί τους κωδικούς πρόσβασής του.
Ανάλογα με το ρόλο, ένας χρήστης μπορεί να τροποποιήσει και να αποθηκεύσει το αρχικό αρχείο,εφόσον ισχύει ένα από τα ακόλουθα:nΤο αρχείο δεν προστατεύεται με κωδικό πρόσβασης.

nΟ χρήστης έχει τον κωδικό πρόσβασης για το άνοιγμα και τον κωδικό πρόσβασης για τηναποθήκευση του αρχείου.

56 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΣημείωση: Ο ρόλος του χρήστη πρέπει να περιλαμβάνει το δικαίωμα αποθήκευσης αρχείων για ναορίσει κωδικούς πρόσβασης. Για παράδειγμα, οι χρήστες με το ρόλο Επισκέπτη δεν μπορούν νααποθηκεύσουν αρχεία και ως εκ τούτου δεν μπορούν να ορίσουν κωδικούς πρόσβασης σε ένααρχείο.
Σημαντικό: Μόνο οι διαχειριστές στο CFX Maestro Dx SE μπορούν να επαναφέρουν ή νακαταργούν κωδικούς πρόσβασης.

Οδηγός χρήσης | 57Κεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση

Για να προστατεύσετε με κωδικό πρόσβασης ένα αρχείο
1.

Συνδεθείτε στο CFX Maestro Dx SE με τα διαπιστευτήριά σας στα Windows.

2.

Ανοίξτε το ασφαλές αρχείο.

3.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείου). Εμφανίζεται το πλαίσιο
διαλόγου File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείου).

4.

Εισαγάγετε κωδικούς πρόσβασης στα πλαίσια Save Password (Κωδικός πρόσβασης αποθήκευσης)και Open Password (Κωδικός πρόσβασης ανοίγματος).
Υπόδειξη: Από προεπιλογή, οι κωδικοί πρόσβασης εμφανίζονται ως χαρακτήρες αστερίσκοι
κατά την πληκτρολόγηση. Επιλέξτε Show Password (Εμφάνιση κωδικού πρόσβασης) για ναεμφανιστεί ο κωδικός πρόσβασης καθώς τον πληκτρολογείτε.
Σημαντικό: Οι κωδικοί πρόσβασης έχουν συμφωνία πεζών-κεφαλαίων. Το CFX Maestro Dx SE
δεν θέτει περιορισμούς στους κωδικούς πρόσβασης. Για βέλτιστες πρακτικές, δείτε τονδιαχειριστή του συστήματός σας για τις απαιτήσεις κωδικού πρόσβασης στην εγκατάστασή σας.

5.

Κάντε κλικ στην επιλογή Set Passwords (Ορισμός κωδικών πρόσβασης) για να ορίσετε τουςκωδικούς πρόσβασης και να κλείσετε το πλαίσιο διαλόγου.

6.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save (Αποθήκευση) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές στο αρχείο.

58 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓια να καταργήσετε κωδικούς πρόσβασης
Σημαντικό: Πρέπει να είστε διαχειριστής στο CFX Maestro Dx SE για να μπορείτε να καταργήσετε
κωδικούς πρόσβασης.
1.

Στο πλαίσιο διαλόγου Password Required (Απαιτείται κωδικός πρόσβασης), κάντε κλικ στην επιλογή
Remove Passwords (Κατάργηση κωδικών πρόσβασης).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου σύνδεσης στο CFX Maestro Dx SE.

2.

Δώστε το όνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης των Windows για τον διαχειριστή στο
CFX Maestro Dx SE και κάντε κλικ στο OK.
Εμφανίζεται το αρχικό αρχείο δεδομένων.
Σημαντικό: Πρέπει να αποθηκεύσετε το αρχείο για να καταργήσετε τους κωδικούς πρόσβασης.

3.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save (Αποθήκευση) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές στο αρχείο.

Οδηγός χρήσης | 59Κεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση

Για να αλλάξετε κωδικούς πρόσβασης
Σημαντικό: Μόνο οι διαχειριστές στο CFX Maestro Dx SE μπορούν να αλλάξουν κωδικούς
πρόσβασης.
1.

Ανοίξτε το ασφαλές αρχείο.

2.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείου). Εμφανίζεται το πλαίσιο
διαλόγου File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείου).

Υπόδειξη: Οι επιλογές Save Password (Κωδικός πρόσβασης αποθήκευσης), Open Password(Κωδικός πρόσβασης ανοίγματος) και Show Password (Εμφάνιση κωδικού πρόσβασης) είναι
απενεργοποιημένες.
3.

Κάντε κλικ στο Reset Passwords (Επαναφορά κωδικών πρόσβασης).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου σύνδεσης στο CFX Maestro Dx SE.

60 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

4.

Δώστε το όνομα χρήστη και τον κωδικό πρόσβασης των Windows για τον διαχειριστή στο
CFX Maestro Dx SE και κάντε κλικ στο OK.
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείου).

5.

6.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΓια να επαναφέρετε την προστασία με κωδικό πρόσβασης, πληκτρολογήστε έναν νέο κωδικό
πρόσβασης στο κατάλληλο πλαίσιο κωδικού πρόσβασης.

nΓια να καταργήσετε την προστασία με κωδικό πρόσβασης, απαλείψτε τα πλαίσια κωδικού
πρόσβασης.

Κάντε κλικ στην επιλογή Set Passwords (Ορισμός κωδικών πρόσβασης) για να αποθηκεύσετε τις
αλλαγές κωδικού πρόσβασης και να κλείσετε το πλαίσιο διαλόγου.

Οδηγός χρήσης | 61Κεφάλαιο 4 Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Χρήση

62 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 5 Ο χώρος εργασίαςΤο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition παρέχει μια διεπαφή για τη ρύθμιση πλακών, τηνανάπτυξη πρωτοκόλλων PCR, την εκτέλεση τους σε όργανα CFX Opus Dx Deepwell Dx και την ανάλυση
δεδομένων από δοκιμές PCR.
Το CFX Maestro Dx SE διαθέτει τους εξής πέντε κύριους χώρους εργασίας:nΤο παράθυρο Home (Αρχικό)nΟ Οδηγός εκκίνησης (Startup Wizard)nΤο παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)nΤο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)nΤο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Κάθε χώρος εργασίας απεικονίζεται και περιγράφεται εν συντομία σε αυτό το κεφάλαιο.

Οδηγός χρήσης | 63Κεφάλαιο 5 Ο χώρος εργασίας

Το παράθυρο Home (Αρχικό)Το CFX Maestro Dx SE ανοίγει στο παράθυρο Home (Αρχικό) και εμφανίζει τον Οδηγό εκκίνησης, απότον οποίο μπορείτε να ρυθμίσετε ένα πείραμα, να εκτελέσετε ή να επαναλάβετε μια δοκιμή ή νααναλύσετε μια υπάρχουσα δοκιμή. Από το παράθυρο Home (Αρχικό), μπορείτε επίσης να προβάλετε
αρχεία καταγραφής εφαρμογών και οργάνων, να δημιουργήσετε και να διαχειριστείτε χρήστες και νααποκτήσετε πρόσβαση σε πολλά χρήσιμα εργαλεία. Για περισσότερες πληροφορίες, ανατρέξτε στοΚεφάλαιο 6, Το παράθυρο Home (Αρχικό).

64 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΟ Οδηγός εκκίνησης (Startup Wizard)Ο Οδηγός εκκίνησης (Startup Wizard)Χρησιμοποιήστε το Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης) για γρήγορη ρύθμιση και εκτέλεση πειραμάτωνπου καθορίζονται από τον χρήστη ή για να επιλέξετε και να εκτελέσετε ένα πείραμα PrimePCR. Μπορείτε
επίσης να χρησιμοποιήσετε αυτόν τον οδηγό για να επαναλάβετε μια δοκιμή ή για να αναλύσετε ταδεδομένα μιας δοκιμής.

Οδηγός χρήσης | 65Κεφάλαιο 5 Ο χώρος εργασίας

Το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου), μπορείτε να δημιουργήσετε, να ανοίξετε, να ελέγξετεκαι να επεξεργαστείτε ένα πρωτόκολλο. Μπορείτε επίσης να τροποποιήσετε τη θερμοκρασία τουκαπακιού για το ανοιχτό πρωτόκολλο. Η λειτουργικότητα του Protocol Editor (Επεξεργασία
πρωτοκόλλου) περιγράφεται αναλυτικά στο Κεφάλαιο 7, Δημιουργία πρωτοκόλλων.

66 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), μπορείτε να δημιουργήσετε, να ανοίξετε, να ελέγξετε και ναεπεξεργαστείτε μια πλάκα. Η λειτουργικότητα του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) περιγράφεταιαναλυτικά στο Κεφάλαιο 8, Προετοιμασία πλακών.

Οδηγός χρήσης | 67Κεφάλαιο 5 Ο χώρος εργασίας

Το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) μπορείτε να προβάλετε και να συγκρίνετε δεδομένα
δοκιμής, να πραγματοποιήσετε στατιστικές αναλύσεις, να εξαγάγετε δεδομένα και να δημιουργήσετε
αναφορές έτοιμες για δημοσίευση. Η λειτουργικότητα ανάλυσης δεδομένων περιγράφεται αναλυτικά στοΚεφάλαιο 10, Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων και στο Κεφάλαιο 11, Λεπτομέρειες ανάλυσης
δεδομένων.

68 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition παρέχει μια διεπαφή για την ανάπτυξη πρωτοκόλλων
PCR, την εκτέλεσή τους σε συστήματα CFX Dx και την ανάλυση των δεδομένων δοκιμής PCR.
Αυτό το κεφάλαιο παρουσιάζει το CFX Maestro Dx SE και εξηγεί τις δυνατότητες που είναι προσβάσιμεςαπό το αρχικό παράθυρο.

Οδηγός χρήσης | 69Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Το παράθυρο Home (Αρχικό)Το CFX Maestro Dx SE ανοίγει στο παράθυρο Home (Αρχικό) και εμφανίζει τον Οδηγό εκκίνησης, απότον οποίο μπορείτε να ρυθμίσετε μια δοκιμή, να εκτελέσετε ή να επαναλάβετε μια δοκιμή ή να αναλύσετε
μια υπάρχουσα δοκιμή. Από το παράθυρο Home (Αρχικό), μπορείτε επίσης να προβάλετε αρχεία
καταγραφής εφαρμογών και οργάνων, να δημιουργήσετε και να διαχειριστείτε χρήστες και να αποκτήσετε
πρόσβαση σε πολλά χρήσιμα εργαλεία.

ΥΠΌΜΝΗΜΑ1.

Η γραμμή τίτλου του λογισμικού εμφανίζει το όνομα του λογισμικού και τον συνδεδεμένο
χρήστη.

2.

Η γραμμή μενού παρέχει γρήγορη πρόσβαση στις εντολές μενού File (Αρχείο), View(Προβολή), Users (Χρήστες), Run (Δοκιμή), Tools (Εργαλεία), Window (Παράθυρο) και Help(Βοήθεια).

3.

Οι εντολές της γραμμής εργαλείων παρέχουν γρήγορη πρόσβαση στις επιλογές μενού.

70 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Home (Αρχικό)4.

Το αριστερό παράθυρο εμφανίζει τα όργανα που είναι συνδεδεμένα στον υπολογιστή με το
CFX Maestro Dx SE και παρέχει κουμπιά από τα οποία μπορείτε να χειριστείτε το καπάκι και ναδείτε την κατάσταση των οργάνων.

5.

Το κύριο παράθυρο εμφανίζει το παράθυρο εργασίας. Το προεπιλεγμένο παράθυρο εργασίας
στην Αρχική οθόνη είναι το Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης).

6.

Η γραμμή κατάστασης εμφανίζει τα ονόματα των συνδεδεμένων οργάνων και τουσυνδεδεμένου χρήστη.

Εντολές μενού αρχείων
New (Δημιουργία) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου από το οποίο μπορείτε να επιλέξετε να δημιουργήσετεένα νέο πρωτόκολλο, μια νέα πλάκα ή μια νέα μελέτη γονιδίων.
Open (Άνοιγμα) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου από το οποίο μπορείτε να επιλέξετε να πλοηγηθείτε σεκαι να ανοίξετε ένα υπάρχον πρωτόκολλο, πλάκα, αρχείο δεδομένων, μελέτη γονιδίων, αρχείο LIMS,δοκιμή από αυτόνομο όργανο (αυτόνομη δοκιμή) ή αρχείο δοκιμής PrimePCR.
Recent Data Files (Πρόσφατα αρχεία δεδομένων) — εμφανίζει μια λίστα των αρχείων PCR πουανοίχτηκαν πρόσφατα.
Repeat a Run (Επανάληψη δοκιμής) — ανοίγει την Εξερεύνηση των Windows στη θέση τωναποθηκευμένων αρχείων PCR, όπου μπορείτε να εντοπίσετε μια δοκιμή για επανάληψη.
Exit (Έξοδος) — κλείνει το CFX Maestro Dx SE.

Εντολές μενού προβολής
Application Log (Αρχείο καταγραφής εφαρμογής) — εμφανίζει ένα αρχείο καταγραφής της χρήσηςτου λογισμικού από την αρχική εγκατάσταση έως την τρέχουσα ημέρα.
Run Reports (Αναφορές δοκιμής) — εμφανίζει μια λίστα με τις αναφορές της δοκιμής.
Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης) — εμφανίζει τον Οδηγό εκκίνησης στο κύριο παράθυρο.
Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) — εμφανίζει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) στο κύριο
παράθυρο.
Instrument Summary (Σύνοψη οργάνου) — εμφανίζει το παράθυρο Instrument Summary (Σύνοψη
οργάνου) στο κύριο παράθυρο.
Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα) — εναλλαγή μεταξύ εμφάνισης και μη εμφάνισης τωνσυνδεδεμένων οργάνων στο αριστερό παράθυρο. Από προεπιλογή, το λογισμικό εμφανίζει τασυνδεδεμένα όργανα στο αριστερό παράθυρο.

Οδηγός χρήσης | 71Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Toolbar (Γραμμή εργαλείων) — εναλλαγή μεταξύ εμφάνισης και μη εμφάνισης της γραμμής εργαλείωνστο πάνω μέρος της οθόνης. Από προεπιλογή, το λογισμικό εμφανίζει τη γραμμή εργαλείων.
Status Bar (Γραμμή κατάστασης) — εναλλαγή μεταξύ εμφάνισης και μη εμφάνισης της γραμμής
κατάστασης στο κάτω μέρος της οθόνης. Από προεπιλογή, το λογισμικό εμφανίζει τη γραμμή
κατάστασης.
Show (Εμφάνιση) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου από το οποίο μπορείτεnΝα προβάλετε ή να αποκλείσετε το αρχείο καταγραφής κατάστασης.

nΝα ανοίξετε και να προβάλετε τον φάκελο δεδομένων στο CFX Maestro Dx SE.

nΝα ανοίξετε και να προβάλετε τον φάκελο δεδομένων του χρήστη.

nΝα ανοίξετε και να προβάλετε τον φάκελο αρχείων LIMS.

nΝα ανοίξετε και να προβάλετε τον φάκελο PrimePCR.

nΝα προβάλετε το ιστορικό της δοκιμής.

nΝα προβάλετε τις ιδιότητες όλων των συνδεδεμένων οργάνων.

Εντολές μενού χρήστη
Select User (Επιλογή χρήστη) — ανοίγει την οθόνη Login (Σύνδεση) στην οποία μπορείτε να επιλέξετε
έναν χρήστη από την αναπτυσσόμενη λίστα User Name (Όνομα χρήστη) και να συνδεθείτε στην
εφαρμογή.
Change Password (Αλλαγή κωδικού πρόσβασης) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Change Password(Αλλαγή κωδικού πρόσβασης), στο οποίο οι χρήστες μπορούν να αλλάξουν τον κωδικό πρόσβασής τους.
Σημείωση: Αυτή η επιλογή είναι απενεργοποιημένη για το CFX Maestro Dx SE. Οι χρήστες πρέπει
να αλλάξουν τον κωδικό πρόσβασής τους στα Windows για να αλλάξουν τον κωδικό πρόσβασής
τους στο CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου User Preferences(Προτιμήσεις χρήστη), στο οποίο οι χρήστες μπορούν να αλλάξουν τις προεπιλεγμένες ρυθμίσειςnΑποστολή και λήψη ειδοποίησης μέσω email μετά την ολοκλήρωση μιας δοκιμής

nΑποθήκευση αρχείων δεδομένων

nΔημιουργία πρωτοκόλλων μέσω του Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) ή τουProtocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου)nΔημιουργία πλακών

nΑνάλυση δεδομένων

72 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Home (Αρχικό)nΕκτέλεση ανάλυσης έκφρασης γονιδίωνnΠροσδιορισμός της ποιότητας των δεδομένωνnΕξαγωγή δεδομένων οργάνου CFX

User Administration (Διαχείριση χρηστών) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου User Administration(Διαχείριση χρηστών), στο οποίο οι διαχειριστές μπορούν να δημιουργήσουν χρήστες, νατροποποιήσουν δικαιώματα ρόλων και να εκχωρήσουν ρόλους σε χρήστες.
Bio-Rad Service Login (Σύνδεση σέρβις) — μόνο για χρήση από το προσωπικό τεχνικής
εξυπηρέτησης της Bio-Rad. Μην επιλέξετε αυτήν την εντολή.

Εντολές μενού δοκιμής
User-defined Run (Οριζόμενη από τον χρήστη δοκιμή) — ανοίγει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμισηδοκιμής), στο οποίο μπορείτε να ρυθμίσετε ένα οριζόμενο από τον χρήστη πρωτόκολλο και πλάκα και,στη συνέχεια, να εκτελέσετε ένα πείραμα PCR στο επιλεγμένο όργανο.
PrimePCR Run (Δοκιμή PrimePCR) — ανοίγει την καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) στο παράθυροRun Setup (Ρύθμιση δοκιμής) με το προεπιλεγμένο πρωτόκολλο PrimePCR και την προεπιλεγμένη
διάταξη πλάκας φορτωμένα με βάση το επιλεγμένο όργανο.
End-Point Only Run (Μόνο δοκιμή τελικών σημείων) — ανοίγει την καρτέλα Start Run (Έναρξηδοκιμής) στο παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) με το προεπιλεγμένο πρωτόκολλο τελικού σημείου
και την προεπιλεγμένη διάταξη πλάκας φορτωμένα με βάση το επιλεγμένο όργανο.
Qualification Run (Δοκιμή ποιοτικού προσδιορισμού) — ανοίγει την καρτέλα Start Run (Έναρξηδοκιμής) στο παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) με το προεπιλεγμένο πρωτόκολλο και διάταξη
πλάκας για τον ποιοτικό προσδιορισμό του Bio-Rad φορτωμένα για το επιλεγμένο όργανο.

Εντολές μενού εργαλείων
Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος) - ανοίγει το Master Mix Calculator(Υπολογιστής κύριου μείγματος), στο οποίο μπορείτε να δημιουργήσετε ένα μείγμα αντίδρασης και ναεκτυπώσετε τους υπολογισμούς.
Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Protocol
AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου), στο οποίο μπορείτε εύκολα να δημιουργήσετε ένα νέοπρωτόκολλο.
T a Calculator (Υπολογιστής Ta) — ανοίγει το T a Calculator (Υπολογιστής Ta), στο οποίο μπορείτε
εύκολα να υπολογίσετε τη θερμοκρασία ανόπτησης των εκκινητών.

Οδηγός χρήσης | 73Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Dye Calibration Wizard (Οδηγός βαθμονόμησης χρωστικών) — ανοίγει το Dye Calibration Wizard(Οδηγός βαθμονόμησης χρωστικών), στο οποίο μπορείτε να βαθμονομήσετε ένα όργανο για ένα νέοφθοροφόρο.
Reinstall Instrument Drivers (Επανεγκατάσταση προγραμμάτων οδήγησης οργάνου) —επανεγκαθιστά τα προγράμματα οδήγησης που ελέγχουν την επικοινωνία με τα συστήματα PCR σεπραγματικό χρόνο της Bio-Rad.
Zip Data and Log Files (Συμπίεση αρχείων δεδομένων και καταγραφής) — ανοίγει ένα πλαίσιο
διαλόγου στο οποίο μπορείτε να επιλέξετε αρχεία για συμπίεση και αποθήκευση σε ένα συμπιεσμένο
αρχείο για αποθήκευση ή αποστολή μέσω email.
Batch Analysis (Μαζική ανάλυση) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Batch Analysis (Μαζική ανάλυση),στο οποίο μπορείτε να ορίσετε παραμέτρους για την ανάλυση περισσότερων του ενός αρχείων
δεδομένων κάθε φορά.
Options (Επιλογές) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου στο οποίο μπορείτεnΝα διαμορφώσετε τις ρυθμίσεις του διακομιστή αλληλογραφίας σαςnΝα διαμορφώστε τις ρυθμίσεις εξαγωγής για LIMS, Seegene και άλλα αρχεία δεδομένων
Υπόδειξη: Μπορείτε επίσης να ορίσετε την επιλογή αυτόματης εκκίνησης του Seegene
Viewer (Προβολή Seegene) κατά την εξαγωγή, εάν επιλέξετε να εξαγάγετε τα δεδομένα σας
σε μορφή Seegene.

nΝα αλλάξετε τη γλώσσα που εμφανίζεται στο περιβάλλον εργασίας χρήστη (Αγγλικά, Κινεζικά,Ρωσικά)Σημαντικό: Πρέπει να επανεκκινήσετε το CFX Maestro Dx SE για να εμφανιστεί ηεπιλεγμένη γλώσσα.
Σημαντικό: Η γλώσσα του λειτουργικού σας συστήματος πρέπει να αντιστοιχεί στηγλώσσα που θέλετε να εμφανίζεται στο περιβάλλον εργασίας στο CFX Maestro Dx SE.

Εντολές μενού βοήθειας
Υπόδειξη: Το μενού Help (Βοήθεια) είναι διαθέσιμο στη γραμμή μενού σε όλα τα παράθυρα του
CFX Maestro Dx SE.
Contents (Περιεχόμενα) — εμφανίζει την καρτέλα Contents (Περιεχόμενα) στο σύστημα Βοήθειας του
CFX Maestro Dx SE.
Index (Ευρετήριο) — εμφανίζει την καρτέλα Index (Ευρετήριο) στο σύστημα Βοήθειας του CFX Maestro
Dx SE.

74 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Home (Αρχικό)Search (Αναζήτηση) — εμφανίζει την καρτέλα Search (Αναζήτηση) στο σύστημα Βοήθειας του
CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Άνοιγμα εγχειριδίου χρήσης) — ανοίγει το PDF του παρόντος εγχειριδίου.
Additional Documentation (Πρόσθετη τεκμηρίωση) — παρέχει πρόσβαση στο Εγχειρίδιο λειτουργίας
του Συστήματος PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus Dx.
Release Notes (Σημειώσεις έκδοσης) - ανοίγει το έγγραφο Release Notes (Σημειώσεις έκδοσης) γιατην εγκατεστημένη έκδοση του CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Πηγές βίντεο) — ανοίγει μια ιστοσελίδα όπου υπάρχουν πηγές βίντεο της Bio-Rad,όπως βίντεο με οδηγίες.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Ιστοσελίδα εφαρμογών και τεχνολογιών qPCR)— ανοίγει την ιστοσελίδα εφαρμογών και τεχνολογιών qPCR της Bio-Rad, από την οποία μπορείτε ναμάθετε περισσότερα για τη μέθοδο PCR σε πραγματικό χρόνο (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Ιστοσελίδα αντιδραστηρίων PCR) — ανοίγει την ιστοσελίδα
αντιδραστηρίων PCR και qPCR της Bio-Rad, από την οποία μπορείτε να παραγγείλετε αντιδραστήρια,μείγματα supermix, χρωστικές και κιτ PCR.
PCR Plastic Consumables Web Site (Ιστοσελίδα πλαστικών αναλώσιμων PCR) — ανοίγει τηνιστοσελίδα πλαστικών και αναλώσιμων PCR της Bio-Rad, από την οποία μπορείτε να παραγγείλετε
πλάκες, μεμβράνες σφράγισης πλακών, σωληνάρια και πώματα και άλλα πλαστικά εξαρτήματα για PCR.
Software Web Site (Ιστοσελίδα λογισμικού) — ανοίγει την ιστοσελίδα του λογισμικού ανάλυσης PCR
της Bio-Rad, από την οποία μπορείτε να παραγγείλετε ενημερωμένες εκδόσεις του CFX Maestro Dx SE
της Bio-Rad.
About (Σχετικά) — εμφανίζει τις πληροφορίες πνευματικών δικαιωμάτων και έκδοσης του CFX Maestro
Dx SE.

Εντολές γραμμής εργαλείων— ανοίγει την Εξερεύνηση των Windows, από όπου μπορείτε να πλοηγηθείτε και να ανοίξετε ένααρχείο δεδομένων ή ένα αρχείο μελέτης γονιδίων.

— ανοίγει το Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος).

— ανοίγει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής).

Οδηγός χρήσης | 75Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)— ανοίγει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) με το προεπιλεγμένο πρωτόκολλο καιδιάταξη πλάκας PrimePCR που έχουν φορτωθεί με βάση το επιλεγμένο όργανο.

— ανοίγει το Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης).

76 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Home (Αρχικό)Ο Οδηγός εκκίνησης
Όταν το CFX Maestro Dx SE ξεκινάει, το παράθυρο εργασίας εμφανίζει το Startup Wizard (Οδηγός
εκκίνησης). Από τον Οδηγό εκκίνησης μπορείτεnΝα επιλέξετε ένα όργανο από τα εντοπισμένα όργανα και να ρυθμίσετε μια οριζόμενη από τονχρήστη ή PrimePCR δοκιμήnΝα ανοίξετε και να επαναλάβετε μια δοκιμήnΝα ανοίξετε ένα αρχείο δεδομένων για να αναλύσετε τα αποτελέσματα από μία μεμονωμένη δοκιμή ήένα αρχείο μελέτης γονιδίων για αποτελέσματα από πολλαπλές δοκιμές έκφρασης γονιδίων

Αυτές οι εργασίες εξηγούνται λεπτομερώς στα κεφάλαια που ακολουθούν.

Γραμμή κατάστασης
Η αριστερή πλευρά της γραμμής κατάστασης στο κάτω μέρος του κύριου παραθύρου του λογισμικού
εμφανίζει την τρέχουσα κατάσταση των εντοπισμένων οργάνων. Στη δεξιά πλευρά της γραμμής
κατάστασης εμφανίζεται το όνομα του τρέχοντος χρήστη και η ημερομηνία και η ώρα.

Οδηγός χρήσης | 77Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα)
Το παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα) εμφανίζει κάθε όργανο που είναι συνδεδεμένο στονυπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE. Από προεπιλογή, κάθε όργανο εμφανίζεται ως εικονίδιο και ο αριθμός
σειράς του εμφανίζεται ως το όνομά του.
Από αυτό το παράθυρο μπορείτεnΝα προβάλετε τις ιδιότητες και τις βαθμονομημένες χρωστικές για το επιλεγμένο όργανοΓια πληροφορίες σχετικά με τις ιδιότητες του οργάνου, βλ. Προβολή των ιδιοτήτων ενός οργάνου στησελίδα 81.

nΝα προβάλετε την κατάσταση ενός συνδεδεμένου οργάνουnΝα ανοίξετε το μηχανοκίνητο καπάκι στο επιλεγμένο όργανοnΝα κλείσετε το μηχανοκίνητο καπάκι στο επιλεγμένο όργανοn

Να προβάλετε την κατάσταση όλων των συνδεδεμένων οργάνων

Για να προβάλετε την κατάσταση ενός συνδεδεμένου οργάνουuΣτο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), επιλέξτε το επιθυμητό όργανο και κάντε
ένα από τα εξής:nΚάντε κλικ στην επιλογή View Status (Προβολή κατάστασης) στην ενότητα Selected Instrument(Επιλεγμένο όργανο).

nΚάντε δεξί κλικ και επιλέξτε View Status (Προβολή κατάστασης) στο μενού που εμφανίζεται.

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής) που εμφανίζει την καρτέλα Run
Status (Κατάσταση δοκιμής). Η κατάσταση του επιλεγμένου οργάνου εμφανίζεται κάτω από τοπαράθυρο κατάστασης δοκιμής, για παράδειγμα:

78 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Home (Αρχικό)Για να ανοίξετε ή να κλείσετε το καπάκι ενός οργάνουuΣτο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), επιλέξτε το επιθυμητό όργανο και κάντε
ένα από τα εξής:nΚάντε κλικ στο Open Lid (Άνοιγμα καπακιού) ή στο Close Lid (Κλείσιμο καπακιού) στην ενότητα
Selected Instrument (Επιλεγμένο όργανο).

nΚάντε δεξί κλικ και επιλέξτε την κατάλληλη ενέργεια στο μενού που εμφανίζεται.

nΑνοίξτε το πλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής), επιλέξτε την καρτέλα Run
Status (Κατάσταση δοκιμής) και κάντε κλικ στην επιλογή Open Lid (Άνοιγμα καπακιού) ή Close
Lid (Κλείσιμο καπακιού).

Για να προβάλετε την κατάσταση όλων των εντοπισμένων οργάνωνuΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΣτην ενότητα All Instruments (Όλα τα όργανα) στο παράθυρο Detected Instruments(Εντοπισμένα όργανα), κάντε κλικ στην επιλογή View Summary (Προβολή σύνοψης).

nΣτη γραμμή μενού, επιλέξτε View (Προβολή) > Instrument Summary (Σύνοψη οργάνου).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Instrument Summary (Σύνοψη οργάνου).
Υπόδειξη: Εάν το σύστημα εντοπίσει μόνο ένα συνδεδεμένο όργανο, η ενότητα All Instruments(Όλα τα όργανα) δεν εμφανίζεται στο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα).
Για να προβάλετε τη σύνοψη οργάνων για ένα μόνο όργανο, επιλέξτε View (Προβολή) >Instrument Summary (Σύνοψη οργάνου).

Οδηγός χρήσης | 79Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Στοιχεία ελέγχου γραμμής εργαλείων σύνοψης οργάνουΟ Πίνακας 5 παραθέτει τα στοιχεία ελέγχου και τις λειτουργίες στη γραμμή εργαλείων Instrument
Summary (Σύνοψη οργάνου).
Πίνακας 5. Στοιχεία ελέγχου γραμμής εργαλείων Instrument Summary (Σύνοψη οργάνου)Κουμπί

Όνομα κουμπιού

ΛειτουργίαCreate a new RunΔημιουργεί μια δοκιμή στο επιλεγμένο

(Δημιουργία νέας δοκιμής)μπλοκ ανοίγοντας το παράθυρο Run
Setup (Ρύθμιση δοκιμής).

Stop (Διακοπή)Διακόπτει την τρέχουσα δοκιμή σεεπιλεγμένα μπλοκ.

Pause (Παύση)Διακόπτει προσωρινά την τρέχουσα
δοκιμή σε επιλεγμένα μπλοκ.

Resume (Συνέχιση)Συνεχίζει τη δοκιμή σε επιλεγμένα μπλοκ.

Flash Block IndicatorΑναβοσβήνει η ενδεικτική λυχνία στο(Αναλαμπή δείκτη μπλοκ)καπάκι των επιλεγμένων μπλοκ.

Open Lid (Άνοιγμα

Ανοίγει το μηχανοκίνητο καπάκι τουκαπακιού)επιλεγμένου μπλοκ.

Close Lid (Κλείσιμο

Κλείνει το μηχανοκίνητο καπάκι τουκαπακιού)επιλεγμένου μπλοκ.

Hide Selected BlocksΑπόκρυψη των επιλεγμένων μπλοκ στη(Απόκρυψη επιλεγμένων

λίστα Instrument Summary (Σύνοψη

μπλοκ)

οργάνου)Show All Blocks (Εμφάνιση

Εμφανίζει τα επιλεγμένα μπλοκ στη λίστα

όλων των μπλοκ)Instrument Summary (Σύνοψη οργάνου)Show (Εμφάνιση)Επιλέξτε ποια μπλοκ θα εμφανίζονται στηλίστα. Ορίστε μία από τις επιλογές για ναεμφανίσετε όλα τα εντοπισμένα μπλοκ,όλα τα αδρανή μπλοκ, όλα τα μπλοκ σταοποία ο τρέχων χρήστης εκτελεί δοκιμή ήόλα τα μπλοκ στα οποία εκτελείται δοκιμή

80 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Home (Αρχικό)Προβολή των ιδιοτήτων ενός οργάνουΑπό το παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), μπορείτε να προβάλετε τις λεπτομέρειες
για ένα επιλεγμένο όργανο, συμπεριλαμβανομένων των ιδιοτήτων του, της κατάστασης της βίδας
αποστολής του (μόνο στα όργανα CFX Connect και CFX Touch) και μιας λίστας με τις βαθμονομημένες
χρωστικές του (φθοροφόρα).

Για να προβάλετε τις ιδιότητες του οργάνουuΣτο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), κάντε δεξί κλικ στο επιθυμητό όργανοκαι επιλέξτε Properties (Ιδιότητες) στο μενού που εμφανίζεται.

Καρτέλα Properties (Ιδιότητες)Η καρτέλα Properties (Ιδιότητες) παραθέτει τεχνικές λεπτομέρειες σχετικά με το επιλεγμένο όργανο,συμπεριλαμβανομένου του μοντέλου, των αριθμών σειράς των εξαρτημάτων του και των εκδόσεων
υλικολογισμικού. Το προεπιλεγμένο όνομα του οργάνου (ο αριθμός σειράς του) εμφανίζεται σε πολλά
σημεία, συμπεριλαμβανομένου του παραθύρου Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα) και τηςγραμμής κεφαλίδας του πλαισίου διαλόγου Instrument Properties (Ιδιότητες οργάνου). Μπορείτε ναμετονομάσετε το όργανο για να το αναγνωρίζετε πιο εύκολα.
Σημείωση: Δεν μπορείτε να αλλάξετε το όνομα του οργάνου CFX Opus με το CFX Maestro.

Καρτέλα Calibrated Dyes (Βαθμονομημένες χρωστικές)Η καρτέλα Calibrated Dyes (Βαθμονομημένες χρωστικές) εμφανίζει τα βαθμονομημένα φθοροφόρα καιπλάκες για το επιλεγμένο όργανο.

Για να δείτε λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με μια βαθμονόμηση, κάντε κλικ στο κουμπί Info(Πληροφορίες) στη στήλη Detail (Λεπτομέρειες).

Οδηγός χρήσης | 81Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Πριν ξεκινήσετε
Αυτή η ενότητα εξηγεί τις εργασίες που ίσως χρειαστεί να πραγματοποιήσετε πριν χρησιμοποιήσετε το
CFX Maestro Dx SE. Περιλαμβάνει τα εξήςnΔημιουργία ενός κύριου μείγματος αντίδρασηςnΒαθμονόμηση νέων χρωστικών

Δημιουργία ενός κύριου μείγματος αντίδρασης
Με το εργαλείο Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος) στο CFX Maestro Dx SE, μπορείτε
να υπολογίζετε εύκολα τον απαιτούμενο όγκο κάθε συστατικού στο κύριο μείγμα σας. Μπορείτε ναεκτυπώσετε τον πίνακα υπολογισμού κύριου μείγματος στον προεπιλεγμένο εκτυπωτή σας και νααποθηκεύσετε τους υπολογισμούς για κάθε στόχο για μελλοντική χρήση.

Για να δημιουργήσετε ένα κύριο μείγμα αντίδρασης χρησιμοποιώντας το Master Mix
Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος)1.

Για να ανοίξετε το Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος), κάντε ένα από τα εξής:nΕπιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος).

nΚάντε κλικ στο Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος) στη γραμμή εργαλείων.

Εμφανίζεται το Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος).

82 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

2.

Στην ενότητα Reaction (Αντίδραση), επιλέξτε μια μέθοδο ανίχνευσης:nSYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Ανιχνευτές)3.

Για να δημιουργήσετε έναν νέο στόχο, στην ενότητα Target (Στόχος) κάντε κλικ στο Create New(Δημιουργία νέου). Ένα νέο όνομα στόχου εμφανίζεται στην αναπτυσσόμενη λίστα στόχων.

4.

(Προαιρετικό) Για να αλλάξετε το προεπιλεγμένο όνομα στόχου:5.

a.

Επισημάνετε το όνομα του στόχου στην αναπτυσσόμενη λίστα στόχων.

b.

Πληκτρολογήστε ένα νέο όνομα στόχου στο πλαίσιο Target (Στόχος).

c.

Πατήστε το πλήκτρο Enter.

Προσαρμόστε τις αρχικές και τελικές συγκεντρώσεις για τον εμπρόσθιο και ανάστροφο εκκινητή καιγια τυχόν ανιχνευτές.

Οδηγός χρήσης | 83Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)6.

Στην ενότητα Master Mix Setup (Ρύθμιση κύριου μείγματος), προσαρμόστε τις τιμές γιαnNumber of reactions to run (Αριθμός αντιδράσεων προς δοκιμή)nReaction volume per well (Όγκος αντίδρασης ανά βοθρίο)nTemplate volume per well (Όγκος μήτρας ανά βοθρίο)nSupermix concentration per well (Συγκέντρωση Supermix ανά βοθρίο)n

Excess reaction volume per well (Υπέρμετρος όγκος αντίδρασης ανά βοθρίο)7.

(Προαιρετικό) Εκτελέστε τα βήματα 2–6 για όσους στόχους απαιτείται.

8.

Στην ενότητα Choose Target to Calculate (Επιλογή στόχου για υπολογισμό), επιλέξτε τον στόχο γιαυπολογισμό.
Υπόδειξη: Μπορείτε να υπολογίσετε μόνο έναν ή περισσότερους ή όλους τους στόχους
ταυτόχρονα.
Οι υπολογισμένοι όγκοι των απαιτούμενων συστατικών για κάθε επιλεγμένο στόχο εμφανίζονταιστον πίνακα κύριου μείγματος.

9.

Κάντε κλικ στην επιλογή Set as Default (Ορισμός ως προεπιλογή) για να ορίσετε τις ποσότητες πουέχουν εισαχθεί στις ενότητες Target (Στόχος) και Master Mix Setup (Ρύθμιση κύριου μείγματος) ωςτις νέες προεπιλογές.

10. Κάντε κλικ στο κουμπί OK για να αποθηκεύσετε τα περιεχόμενα του πλαισίου διαλόγου Master Mix
Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος).

Για να εκτυπώσετε τον πίνακα υπολογισμών κύριου μείγματοςuΓια να εκτυπώσετε έναν πίνακα υπολογισμών κύριου μείγματος, κάντε κλικ στο Print (Εκτύπωση).
Ο πίνακας υπολογισμών εκτυπώνεται στον προεπιλεγμένο εκτυπωτή σας.

Για να αποθηκεύσετε τον πίνακα υπολογισμών κύριου μείγματος ως PDF
uΑλλάξτε τον προεπιλεγμένο εκτυπωτή σας σε πρόγραμμα οδήγησης PDF και κάντε κλικ στηνεπιλογή Print (Εκτύπωση) στο Master Mix Calculator (Υπολογιστής κύριου μείγματος).

Για να διαγράψετε στόχουςuΕπιλέξτε τον στόχο χρησιμοποιώντας την αναπτυσσόμενη λίστα στόχων και κάντε κλικ στην επιλογή
Remove (Κατάργηση).
Σημαντικό: Με την κατάργηση ενός στόχου από τη λίστα στόχων, ο στόχος καταργείται επίσηςαπό τους υπολογισμούς κύριου μείγματος στους οποίους έχει χρησιμοποιηθεί. Προσέξτε κατάτη διαγραφή ενός στόχου.

84 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

Βαθμονόμηση νέων χρωστικών
Τα συστήματα CFX Opus 96 Dx και CFX Opus Deepwell Dx είναι εργοστασιακά βαθμονομημένα για ταευρέως χρησιμοποιούμενα φθοροφόρα σε πλάκες με λευκά βοθρία και διαφανή βοθρία. Τα συστήματα
CFX Opus 384 Dx είναι εργοστασιακά βαθμονομημένα για τα ευρέως χρησιμοποιούμενα φθοροφόρα μόνοσε πλάκες με λευκά βοθρία. Ο Πίνακας 6 παραθέτει τα φθοροφόρα και το κανάλι για τα οποία έχειβαθμονομηθεί κάθε όργανο.
Σημείωση: Τα συστήματα CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx και CFX Opus Deepwell Dxπεριλαμβάνουν επίσης ένα κανάλι ειδικό για τη χημεία FRET. Αυτό το κανάλι δεν απαιτεί
βαθμονόμηση για συγκεκριμένες χρωστικές.
Σημαντικό: Εάν πραγματοποιήσετε οριζόμενη από τον χρήστη βαθμονόμηση μιας χρωστικής πουείχε βαθμονομηθεί από το εργοστάσιο, το όργανο χρησιμοποιεί τη βαθμονόμηση που καθορίζεταιαπό τον χρήστη αντί για την εργοστασιακή βαθμονόμηση.
Πίνακας 6. Εργοστασιακά βαθμονομημένα φθοροφόρα, κανάλια και όργαναΦθοροφόρα

Κανάλι

Διέγερση, nmΑνίχνευση, nmΌργανο

FAM, SYBR®

1

450–490515–530ΣυστήματαGreen I

CFX Opus 96
Dx, CFX Opus
384 Dx και
CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580Συστήματα

Fluor Gold 540,

CFX Opus 96

Cal Fluor Orange

Dx, CFX Opus

560

384 Dx και
CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650Συστήματα

CAL Fluor Red

CFX Opus 96

610, TEX 615

Dx, CFX Opus
384 Dx και
CFX Opus
Deepwell DxΟδηγός χρήσης | 85Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Φθοροφόρα

Κανάλι

Διέγερση, nmΑνίχνευση, nmΌργανο

Cy5, Quasar 670

4

620–650

675–690Συστήματα
CFX Opus 96
Dx, CFX Opus
384 Dx και
CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5Μόνο στασυστήματα
CFX Opus 96
DxΧημεία FRET (Χωρίς εργοστασιακή βαθμονόμηση)Χρώμα χωρίς

FRET

450–490560-580Συστήματαεργοστασιακή

CFX Opus 96βαθμονόμηση

Dx, CFX Opus
384 Dx και
CFX Opus
Deepwell Dx

86 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

Για βαθμονόμηση νέων χρωστικών για συστήματα CFX
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε ένα επιθυμητό όργανο στο παράθυρο Detected Instruments(Εντοπισμένα όργανα).

2.

Επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Calibration Wizard (Οδηγός βαθμονόμησης) για να ανοίξετε τον οδηγό
βαθμονόμησης χρωστικών.

Τα φθοροφόρα που έχουν ήδη βαθμονομηθεί για το επιθυμητό όργανο εμφανίζονται στον πίνακα
Calibrated Fluorophores (Βαθμονομημένα φθοροφόρα).
3.

Στην ενότητα Calibrate New or Existing Fluorophores (Βαθμονόμηση νέων ή υπαρχόντων
φθοροφόρων), επιλέξτε το φθοροφόρο για βαθμονόμηση από την αναπτυσσόμενη λίστα.
Εάν το όνομα του φθοροφόρου δεν περιλαμβάνεται στη λίστα, πληκτρολογήστε το όνομά του στοπλαίσιο κειμένου για να το προσθέσετε στη λίστα.
Σημαντικό: Προσέξτε όταν ονομάζετε προσαρμοσμένα βαθμονομημένα φθοροφόρα. Εάνδημιουργήσετε μια προσαρμοσμένη βαθμονόμηση χρωστικής για ένα φθοροφόρο με το ίδιοόνομα με ένα εργοστασιακά βαθμονομημένο φθοροφόρο, το προσαρμοσμένο φθοροφόρο (όχιτο εργοστασιακά βαθμονομημένο φθοροφόρο) θα είναι αυτό που θα χρησιμοποιείται από τοόργανο κατά τη διάρκεια των δοκιμών.

4.

Επιλέξτε τον τύπο πλάκας για το φθοροφόρο.

Οδηγός χρήσης | 87Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Εάν ο τύπος πλάκας δεν περιλαμβάνεται στη λίστα, πληκτρολογήστε το όνομα στο πλαίσιο κειμένου
για να το προσθέσετε στη λίστα.
5.

Επιλέξτε ένα κανάλι για το φθοροφόρο.

6.

Επιλέξτε μια στήλη πλάκας για το φθοροφόρο.

7.

(Προαιρετικό) Πληκτρολογήστε ένα χρώμα για συσχέτιση με το φθοροφόρο.

8.

Κάντε κλικ στην επιλογή Add to Plate (Προσθήκη στην πλάκα) για να προσθέσετε το φθοροφόρο.

9.

(Προαιρετικό) Επαναλάβετε τα βήματα 3–8 για να προσθέσετε κάθε φθοροφόρο που σκοπεύετε ναβαθμονομήσετε για την πλάκα.

10. Όταν ολοκληρώσετε την προσθήκη φθοροφόρων, κάντε κλικ στο View Plate (Προβολή πλάκας) γιανα ανοίξετε το παράθυρο Pure Dye Plate Display (Εμφάνιση πλάκας αμιγούς χρωστικής).
Χρησιμοποιήστε αυτό το παράθυρο ως οδηγό για την φόρτωση χρωστικών στην πλάκα.
11. Προετοιμάστε μια πλάκα 96, 384 ή βαθιών βοθρίων για βαθμονόμηση χρωστικής:a.

Διανείμετε με πιπέτα το διάλυμα χρωστικής σε κάθε βοθρίο, ακολουθώντας το μοτίβο πουυποδεικνύεται στο παράθυρο Pure Dye Plate Display (Εμφάνιση πλάκας αμιγούς χρωστικής).

b.

Για κάθε φθοροφόρο, γεμίστε τέσσερα βοθρία με 50 μl (πλάκα 96 βοθρίων ή βαθιών βοθρίων) ,30 μl (πλάκα 384 βοθρίων) διαλύματος χρωστικής 300 nM. Παρατηρήστε ότι τουλάχιστον η μισήπλάκα περιέχει κενά βοθρία.

c.

Εφαρμόστε μεμβράνη σφράγισης στην πλάκα χρησιμοποιώντας τη μέθοδο σφράγισης που θαχρησιμοποιήσετε στο πείραμά σας.

12. Τοποθετήστε την πλάκα βαθμονόμησης στο μπλοκ και κλείστε το καπάκι.
13. Στον οδηγό Dye Calibration (Βαθμονόμηση χρωστικής), κάντε κλικ στο Calibrate (Βαθμονόμηση) καιμετά στο OK για να επιβεβαιώσετε ότι η πλάκα βρίσκεται μέσα στο μπλοκ.
14. Όταν το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition ολοκληρώσει τη δοκιμή βαθμονόμησης, θαεμφανιστεί ένα πλαίσιο διαλόγου. Κάντε κλικ στο Yes (Ναι) για να ολοκληρώσετε τη βαθμονόμηση καινα ανοίξετε το Dye Calibration Viewer (Προβολή βαθμονόμησης χρωστικής).
15. Κάντε κλικ στο OK για να κλείσετε το παράθυρο.

Ρύθμιση προτιμήσεων χρήστη
Υπόδειξη: Δεν απαιτείται η εκτέλεση αυτών των εργασιών για να χρησιμοποιήσετε το CFX Maestro
Dx SE. Μπορείτε να παραλείψετε με ασφάλεια αυτήν την ενότητα ή να εκτελέσετε αυτές τις εργασίεςανά πάσα στιγμή.

88 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

Στο CFX Maestro Dx SE, κάθε χρήστης μπορεί να προσαρμόσει το περιβάλλον εργασίας του. Γιαπαράδειγμα, στο μενού Users (Χρήστες) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), μπορείτε να κάνετε
τα εξής:nΝα ρυθμίσετε τις ειδοποιήσεις μέσω email για την ολοκλήρωση μιας δοκιμής.
Σημείωση: Αυτή η δυνατότητα είναι διαθέσιμη μόνο σε χρήστες των οποίων ο ρόλος έχει αυτότο δικαίωμα. Ανατρέξτε στην ενότητα Διαχείριση ρόλων χρηστών στο Λογισμικό CFX Maestro
Dx, Security Edition στη σελίδα 48 για περισσότερες πληροφορίες.

nΝα αλλάξετε τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις γιαoΤη θέση αποθήκευσης των αρχείωνoΤα αρχεία ρύθμισης της δοκιμήςoΤο πρόθημα του ονόματος αρχείωνnΝα ορίσετε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους που θα χρησιμοποιούνται κατά τη δημιουργία ενόςνέου πρωτοκόλλου και πλάκας.

nΝα ορίσετε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους ανάλυσης δεδομένων και έκφρασης γονιδίων.

nΝα προσαρμόστε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους ποιοτικού ελέγχου.

nΝα προσαρμόσετε τις παραμέτρους εξαγωγής δεδομένων.

Στο μενού Tools (Εργαλεία), μπορείτε να κάνετε τα εξής:nΝα δημιουργήσετε ένα κύριο μείγμα.

nΝα βαθμονομήσετε χρωστικές για ένα συγκεκριμένο όργανο.

Σημείωση: Το κύριο μείγμα και η βαθμονόμηση χρωστικών είναι διαθέσιμα σε οποιονδήποτε
συνδέεται στο λογισμικό.
Αυτή η ενότητα εξηγεί πώς να διενεργείτε αυτές τις εργασίες.

Ρύθμιση ειδοποίησης μέσω emailΜπορείτε να συνδέσετε το CFX Maestro Dx SE με τον διακομιστή εξερχόμενης αλληλογραφίας σας για ναστείλετε ειδοποίηση μέσω email για την ολοκλήρωση μιας δοκιμής σε μια λίστα χρηστών. Μπορείτε
επίσης να επιλέξετε να επισυνάψετε ένα αρχείο δεδομένων και μια αναφορά ανάλυσης στη λίστα τωνχρηστών. Για να ρυθμίσετε τη σύνδεση ανάμεσα στο CFX Maestro Dx SE και τον διακομιστή SMTP σας,
βλ. Σύνδεση Security Edition με διακομιστή SMTP στη σελίδα 91.
Σημείωση: Η ικανότητα ενός χρήστη να έχει πρόσβαση στις λειτουργίες ρύθμισης email εξαρτάταιαπό το ρόλο του χρήστη και τα δικαιώματα που του έχουν εκχωρηθεί από τον διαχειριστή. ΓιαΟδηγός χρήσης | 89Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)λεπτομέρειες σχετικά με τη διαχείριση χρηστών και των ρόλων τους, βλ. Διαχείριση ρόλων χρηστώνστο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition στη σελίδα 48.

Για να ρυθμίσετε τις ειδοποιήσεις μέσω email1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) που εμφανίζει την καρτέλα
Email.

Σημείωση: Θα ενημερωθείτε εάν το σύστημα εντοπίσει ότι δεν έχετε ρυθμίσει έγκυρο
διακομιστή SMTP για το CFX Maestro Dx SE. Κάντε κλικ στην επιλογή Configure Outgoing
Email (Διαμόρφωση εξερχόμενης αλληλογραφίας) για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Options(Επιλογές) και να διαμορφώσετε τον διακομιστή αλληλογραφίας SMTP. Για περισσότερες
πληροφορίες, βλ. Σύνδεση Security Edition με διακομιστή SMTP στη σελίδα 91.
2.

Στο πλαίσιο κειμένου To (Προς), πληκτρολογήστε τη διεύθυνση email κάθε ατόμου που σκοπεύετε
να ενημερώσετε για την ολοκλήρωση της δοκιμής. Όλοι οι παραλήπτες θα λάβουν email μετά τηνολοκλήρωση της δοκιμής.
Σημείωση: Πρέπει να εισάγετε κάθε διεύθυνση email σε ξεχωριστή γραμμή. Πατάτε Enter ήReturn μετά από κάθε διεύθυνση.

3.

(Προαιρετικό) Στο πλαίσιο κειμένου cc, πληκτρολογήστε τη διεύθυνση email κάθε παραλήπτη στονοποίο σκοπεύετε να στείλετε ένα αντίγραφο κάθε ειδοποίησης μέσω email.

4.

(Προαιρετικό) Από προεπιλογή, όλοι οι παραλήπτες λαμβάνουν ένα αντίγραφο του αρχείου
δεδομένων ως συνημμένο. Αποεπιλέξτε αυτό το πλαίσιο ελέγχου εάν δεν θέλετε να επισυνάψετε ένααντίγραφο του αρχείου δεδομένων.

5.

(Προαιρετικό) Επιλέξτε Attach Analysis Report (Επισύναψη αναφοράς ανάλυσης) για ναεπισυνάψετε ένα PDF της αναφοράς ανάλυσης στο email.

90 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

6.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου User
Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

Σημείωση: Ενδέχεται να μπορείτε να διαμορφώσετε το σύστημα ώστε να αποστέλλει ειδοποίηση
μέσω email στο κινητό σας τηλέφωνο, ανάλογα με τον πάροχο υπηρεσιών σας. Επικοινωνήστε μετον πάροχο υπηρεσιών του κινητού σας τηλεφώνου για συγκεκριμένες πληροφορίες σχετικά με τηδιεύθυνση email για το κινητό σας τηλέφωνο. Εισαγάγετε τη διεύθυνση email του τηλεφώνου σας (γιαπαράδειγμα, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) στο πλαίσιο κειμένου To(Προς) της οθόνης User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

Για να επεξεργαστείτε τη διεύθυνση email του παραλήπτηuΤροποποιήστε τη διεύθυνση email όπως απαιτείται και κάντε κλικ στο OK.

Για να καταργήσετε έναν παραλήπτη email1.

Επιλέξτε τον παραλήπτη email και πατήστε το πλήκτρο Delete (Διαγραφή).

2.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σεόλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Σύνδεση Security Edition με διακομιστή SMTPΣημαντικό: Ορισμένοι πάροχοι εμπορικών υπηρεσιών ηλεκτρονικού ταχυδρομείου έχουν αυξημένη
ασφάλεια για την ηλεκτρονική αλληλογραφία. Εάν χρησιμοποιείτε αυτούς τους λογαριασμούς,πρέπει να ενεργοποιήσετε τη ρύθμιση Allow less secure apps (Να επιτρέπονται λιγότερο ασφαλείς
εφαρμογές) ώστε να επιτρέψετε στο CFX Maestro Dx SE την αποστολή email. Για περισσότερες
πληροφορίες, ανατρέξτε στις πληροφορίες ασφαλείας του παρόχου υπηρεσιών ηλεκτρονικού
ταχυδρομείου σας.
Αν χρησιμοποιείτε το Gmail της Google ή τον διακομιστή SMTP του Microsoft Office 365 για τηναποστολή email, πρέπει να ενεργοποιήσετε την επαλήθευση 2 παραγόντων και να δημιουργήσετε έναν"Κωδικό πρόσβασης εφαρμογής" στις ρυθμίσεις του λογαριασμού σας Gmail ή Office365. Για τον έλεγχο
ταυτότητας χρήστη στο παράθυρο διαλόγου Email Setup (Ρύθμιση email) του Maestro, πραγματοποιήστε
αντιγραφή και επικόλληση του “Κωδικού πρόσβασης εφαρμογής” στο πεδίο Password (Κωδικός
πρόσβασης) αντί για τον κανονικό κωδικό πρόσβασης email.
Θα πρέπει πρώτα να δημιουργήσετε μια σύνδεση από το CFX Maestro Dx SE στον διακομιστή email σαςγια να μπορεί το λογισμικό να αποστείλει ειδοποιήσεις μέσω email.

Οδηγός χρήσης | 91Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Για να συνδέσετε το CFX Maestro Dx SE με έναν διακομιστή email1.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕπιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) και κάντε κλικ στην επιλογή
Configure Outgoing Email (Διαμόρφωση εξερχόμενης αλληλογραφίας) στην καρτέλα Email.

nΕπιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Options (Επιλογές).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Options (Επιλογές) που εμφανίζει την καρτέλα Email.

2.

Δώστε τις ακόλουθες πληροφορίες για την εταιρεία σας:n

SMTP Server Name (Όνομα διακομιστή SMTP) — το όνομα του διακομιστή εξερχόμενης
αλληλογραφίας στην εταιρεία σας.

nPort (Θύρα) — ο αριθμός θύρας του διακομιστή SMTP σας. Αυτός ο αριθμός είναι συνήθως 25.

n

Use SSL (Χρήση SSL) — Επιλογή Secure Sockets Layer (SSL). Ορισμένοι διακομιστές SMTP
απαιτούν αυτήν τη ρύθμιση. Εάν δεν απαιτείται στην εταιρεία σας, αποεπιλέξτε αυτό το πλαίσιο
ελέγχου.

n

Use Default “From” Address (Χρήση προεπιλεγμένης διεύθυνσης «Από») — το όνομα
του διακομιστή αλληλογραφίας στην εταιρεία σας. Ορισμένοι διακομιστές SMTP απαιτούν όλατα απεσταλμένα μηνύματα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου να έχουν διεύθυνση "από" πουπροέρχεται από έναν συγκεκριμένο τομέα, για παράδειγμα, name@YourCompany.com. Σεαυτήν την περίπτωση, αποεπιλέξτε αυτό το πλαίσιο ελέγχου και δώστε μια έγκυρη διεύθυνση
email.

nAuthentication Required (Απαιτείται έλεγχος ταυτότητας) — εάν η εγκατάστασή σαςαπαιτεί έλεγχο ταυτότητας λογαριασμών, επιβεβαιώστε ότι είναι επιλεγμένο αυτό το πλαίσιο
ελέγχου.

92 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

nUser Name (Όνομα χρήστη) — το όνομα του πιστοποιημένου λογαριασμού. Αυτό απαιτείται
μόνο εάν έχει επιλεγεί η απαίτηση ελέγχου ταυτότητας.

Οδηγός χρήσης | 93Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)n

Password (Κωδικός πρόσβασης) — ο κωδικός πρόσβασης για τον πιστοποιημένο
λογαριασμό. Αυτό απαιτείται μόνο εάν έχει επιλεγεί η απαίτηση ελέγχου ταυτότητας.

Σημαντικό: Αν χρησιμοποιείτε το Gmail της Google ή τον διακομιστή SMTP του Microsoft Office
365 για την αποστολή email, πρέπει να ενεργοποιήσετε την επαλήθευση 2 παραγόντων και, στησυνέχεια, να δημιουργήσετε έναν “Κωδικό πρόσβασης εφαρμογής” στις ρυθμίσεις τουλογαριασμού σας Gmail ή Office365. Για τον έλεγχο ταυτότητας χρήστη στο παράθυρο διαλόγου
Email Setup (Ρύθμιση email) του Maestro, πραγματοποιήστε αντιγραφή και επικόλληση του“Κωδικού πρόσβασης εφαρμογής” στο πεδίο Password (Κωδικός πρόσβασης) στο
CFX Maestro Dx SE αντί για τον κανονικό κωδικό πρόσβασης email.
Για να επαληθεύσετε ότι οι ρυθμίσεις διακομιστή SMTP είναι σωστές, εισαγάγετε μια έγκυρη
διεύθυνση email στο πλαίσιο κειμένου Test Email Address (Δοκιμή διεύθυνσης email) και κάντε κλικστην επιλογή Test Email (Δοκιμή email).
Σημείωση: Ορισμένοι διακομιστές SMTP δεν επιτρέπουν συνημμένα και άλλοι επιτρέπουν
συνημμένα μόνο έως ένα συγκεκριμένο μέγεθος. Εάν σκοπεύετε να αποστέλλετε μέσω emailαρχεία δεδομένων ή/και αναφορές χρησιμοποιώντας το CFX Maestro Dx SE, επιλέξτε Test
Attachment (Δοκιμή συνημμένου) και ορίστε το μέγεθος συνημμένου σε MB σε τουλάχιστον 5
megabyte (MB).
3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Αλλαγή των προεπιλεγμένων ρυθμίσεων αρχείων
Στην καρτέλα Files (Αρχεία) στο πλαίσιο διαλόγου User Preference (Προτιμήσεις χρήστη), μπορείτε νααλλάξετε τα εξήςnΤην προεπιλεγμένη τοποθεσία για την αποθήκευση των αρχείων CFX Maestro Dx SEnΤα προεπιλεγμένα αρχεία για τη ρύθμιση της δοκιμής

nΤις προεπιλεγμένες παραμέτρους ονομασίας αρχείων

Για να αλλάξετε τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις αρχείων
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα Files (Αρχεία).

94 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

3.

Στην ενότητα Default Folder for File Creation (Προεπιλεγμένος φάκελος για δημιουργία αρχείων),μεταβείτε σε έναν προεπιλεγμένο φάκελο στον οποίο θέλετε να αποθηκεύσετε τα νέα αρχεία καιεπιλέξτε τον. Μπορείτε να επιλέξετε μια διαφορετική θέση για κάθε τύπο αρχείου:nΠρωτόκολλο

n

Πλάκα

n

Αρχείο δεδομένων

nΜελέτη γονιδίων

4.

Στην ενότητα File Selection for Run Setup (Επιλογή αρχείου για ρύθμιση δοκιμής), μεταβείτε στααρχεία πρωτοκόλλου και πλάκας που θέλετε να εμφανίζονται όταν ανοίγετε το παράθυρο Experiment
Setup (Ρύθμιση πειράματος) και επιλέξτε τα.

5.

Στην ενότητα Data File (Αρχείο δεδομένων), ορίστε το πρόθημα ή/και το επίθημα για τα αρχεία
δεδομένων. Για οποιοδήποτε μέρος, επιλέξτε μια νέα τιμή από την αναπτυσσόμενη λίστα. Μπορείτε
επίσης να παρέχετε προσαρμοσμένες τιμές προθήματος και επιθήματος στα πλαίσια κειμένου Prefix(Πρόθημα) και Suffix (Επίθημα).
Το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει μια προεπισκόπηση του ονόματος αρχείου κάτω από τα πλαίσια
επιλογής.

6.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Οδηγός χρήσης | 95Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σεόλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Ρύθμιση των προεπιλεγμένων παραμέτρων πρωτοκόλλου
Για να ορίσετε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους πρωτοκόλλου για τα Protocol Editor(Επεξεργασία πρωτοκόλλου) και Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου)
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα Protocol(Πρωτόκολλο).

3.

Στην ενότητα Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου), καθορίστε τιμές για τις ακόλουθες
ρυθμίσεις που εμφανίζονται στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου):

4.

nSample volume (Όγκος δείγματος) — ο όγκος κάθε δείγματος στα βοθρία (σε µl).

n

Lid Shutoff temperature (Θερμοκρασία απενεργοποίησης καπακιού) — η θερμοκρασία σεºC στην οποία απενεργοποιείται η θέρμανση του καπακιού κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής.

Στην ενότητα Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου), καθορίστε τιμές για τιςακόλουθες ρυθμίσεις που εμφανίζονται στο Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου):nAnnealing temperature (Θερμοκρασία ανόπτησης) — η θερμοκρασία σε ºC για πειράματαπου χρησιμοποιούν πολυμεράση iProof DNA, πολυμεράση iTaq DNA ή άλλες πολυμεράσες.

n

Amplicon length (Μήκος αμπλικονίου) — το μήκος του αμπλικονίου σε bp.

96 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

5.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σεόλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Ρύθμιση προεπιλεγμένων παραμέτρων πλάκας
Οι αλλαγές που κάνετε στην καρτέλα Plate (Πλάκα) είναι διαθέσιμες σε όλους τους χρήστες τουλογισμικού. Οι αλλαγές που κάνετε κατά τη ρύθμιση της πλάκας είναι διαθέσιμες στους χρήστες αφούαποθηκεύσετε και κλείσετε το αρχείο πλάκας.
Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), μπορείτε να κάνετε τα εξής:nΝα ορίσετε προεπιλεγμένες παραμέτρους για την πλάκα.

nΝα προσθέσετε νέα ονόματα στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας στις αντίστοιχες βιβλιοθήκες
τους.

n

Να διαγράψετε ονόματα στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας από τις αντίστοιχες βιβλιοθήκεςτους.

Για να ορίσετε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους πλάκας
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα Plate (Πλάκα).

Οδηγός χρήσης | 97Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)3.

Καθορίστε τιμές για τις ακόλουθες ρυθμίσεις για ένα νέο αρχείο πλάκας. Αυτές οι τιμές εμφανίζονταιστο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας):nPlate type (Τ ύπος πλάκας )n

Plate size (Μέγ εθος πλάκας )nUnits (Μονάδες) — η συγκέντρωση της αρχικής μήτρας για βοθρία που περιέχουν πρότυπα.
Το CFX Maestro Dx SE χρησιμοποιεί αυτές τις μονάδες για να δημιουργήσει μια τυπική καμπύλη
στην καρτέλα Data Analysis Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός ανάλυσης δεδομένων).

nScientific notation (Επιστημονική σημειογραφία) — όταν είναι επιλεγμένο, το CFX Maestro
Dx SE εμφανίζει τις μονάδες συγκέντρωσης σε επιστημονική σημειογραφία.

n

Scan mode (Λειτουργία σάρωσης) — ο αριθμός ή ο τύπος καναλιών για σάρωση κατά τηδιάρκεια μιας δοκιμής.

n

Fluorophores (Φθοροφόρα) — τα προεπιλεγμένα φθοροφόρα που εμφανίζονται στα στοιχεία
ελέγχου φόρτωσης βοθρίων της επεξεργασίας πλάκας.

98 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

n

4.

Libraries (Βιβλιοθήκες) — τα ονόματα στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας πουχρησιμοποιείτε συνήθως στα πειράματά σας:oTarget names (Ονόματα στόχων) — τα ονόματα των γονιδίων και των ακολουθιών
στόχων.

oSample names (Ονόματα δειγμάτων) — τα ονόματα των δειγμάτων του πειράματος ήενός χαρακτηριστικού ταυτοποίησης για τα δείγματα (για παράδειγμα, Mouse1, Mouse2,
Mouse3).

oBiological group names (Ονόματα βιολογικών ομάδων) — τα ονόματα για ομάδες
παρόμοιων δειγμάτων που έχουν την ίδια κατάσταση ή ίδιες συνθήκες επεξεργασίας (γιαπαράδειγμα, 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Για να προσθέσετε ένα νέο όνομα στόχου, δείγματος ή βιολογικής ομάδαςuΣτο κατάλληλο πλαίσιο βιβλιοθήκης, πληκτρολογήστε το όνομα για τον στόχο, το δείγμα ή τηβιολογική ομάδα και κάντε κλικ στο OK.

Για να διαγράψετε ένα όνομα στόχου, δείγματος ή βιολογικής ομάδαςuΣτο κατάλληλο πλαίσιο βιβλιοθήκης, επιλέξτε το όνομα και πατήστε το πλήκτρο Delete (Διαγραφή)και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο OK.

Σημαντικό: Τα ονόματα που καταργείτε από τη βιβλιοθήκη καταργούνται από το λογισμικό και δενείναι πλέον διαθέσιμα στους χρήστες. Για να επαναφέρετε τα προεπιλεγμένα ονόματα του
CFX Maestro Dx SE, κάντε κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών).
Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο διαλόγου
User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σε όλες τιςκαρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν διαγράφετε τα προεπιλεγμένα
ονόματα του CFX Maestro Dx SE και όταν κάνετε κλικ σε αυτό το κουμπί.

Οδηγός χρήσης | 99Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)Ορισμός προεπιλεγμένων παραμέτρων ανάλυσης δεδομένων
Για να ορίσετε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους ανάλυσης δεδομένων
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων).

3.

Στην ενότητα Analysis Mode (Λειτουργία ανάλυσης), επιλέξτε τον τρόπο με τον οποίο θα αναλύσετε
τα δεδομένα [είτε Fluorophore (Φθοροφόρο) είτε Target (Στόχος)].

4.

Στην ενότητα PCR Quantitation (Ποσοτική αξιολόγηση PCR), ορίστε τις προεπιλεγμένες
παραμέτρους για τις ακόλουθες επιλογές:nBaseline Setting (Ρύθμιση γραμμής βάσης) — η μέθοδος γραμμής βάσης για τη λειτουργία
ανάλυσης.

nCq Determination Mode (Λειτουργία προσδιορισμού Cq) — η λειτουργία στην οποία
υπολογίζονται οι τιμές Cq για κάθε ίχνος φθορισμού (είτε παλινδρόμηση είτε μεμονωμένο
κατώφλι).

100 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

n

Threshold Calc. Mode (Λειτουργία υπολογισμού κατωφλίου) — το ποσό στόχος τελικού
σημείου.
Η προεπιλογή είναι Auto (Αυτόματα). Δηλαδή, το λογισμικό υπολογίζει αυτόματα τον στόχο
τελικού σημείου. Για να ορίσετε ένα συγκεκριμένο κατώφλι, αποεπιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου
Auto (Αυτόματα) και εισαγάγετε το ποσό τελικού σημείου σας, που υπολογίζεται σε σχετικές
μονάδες φθορισμού (ή RFU). Η μέγιστη τιμή είναι 65.000,00 RFU. Τα αρχεία δεδομένων για τιςεπόμενες δοκιμές θα χρησιμοποιούν αυτήν τη ρύθμιση κατωφλίου.

nBaseline Calc. Mode (Λειτουργία υπολογισμού γραμμής βάσης) — η τιμή γραμμής βάσης γιαόλα τα ίχνη.
Η προεπιλογή είναι Auto (Αυτόματα). Δηλαδή, το λογισμικό υπολογίζει αυτόματα τη γραμμή
βάσης για όλα τα ίχνη. Για να ορίσετε μια συγκεκριμένη τιμή γραμμής βάσης, αποεπιλέξτε τοπλαίσιο ελέγχου Auto (Αυτόματα) και εισαγάγετε ελάχιστες και μέγιστες τιμές για το εύρος
κύκλου (1 έως 9999). Τα αρχεία δεδομένων για τις επόμενες δοκιμές θα χρησιμοποιούν αυτό τοεύρος κύκλου.

n5.

Log View (Προβολή καταγραφής) — καθορίζει τον τρόπο με τον οποίο το λογισμικό εμφανίζει
τα δεδομένα ενίσχυσης:o

On (Ενεργοποιημένο) — τα δεδομένα ενίσχυσης εμφανίζονται σε ένα ημιλογαριθμικό
γράφημα.

o

Off (Απενεργοποιημένο) — (η προεπιλογή) τα δεδομένα ενίσχυσης εμφανίζονται σεγραμμικό γράφημα.

Στην ενότητα End Point (Τελικό σημείο), επιλέξτε τον αριθμό των τελικών κύκλων που θαχρησιμοποιηθεί για τη μεσοτίμηση κατά τον υπολογισμό των τελικών σημείων:n

PCR - ο αριθμός των τελικών κύκλων για μεσοτίμηση για τα δεδομένα ποσοτικού
προσδιορισμού (η προεπιλογή είναι 5).

n

End Point Only run (Δοκιμή μόνο τελικών σημείων) — ο αριθμός των τελικών κύκλων γιαμεσοτίμηση για τα δεδομένα τελικού σημείου (η προεπιλογή είναι 2).

6.

Στην ενότητα Melt Curve (Καμπύλη τήξης), επιλέξτε τον τύπο κορυφής για ανίχνευση (είτε θετικός
είτε αρνητικός).

7.

Στην ενότητα Well Selector (Επιλογέας βοθρίων), επιλέξτε τον τρόπο εμφάνισης των ετικετών τωνβοθρίων (κατά τύπο δείγματος, όνομα στόχου ή όνομα δείγματος).

8.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σεΟδηγός χρήσης | 101Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)όλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Ρύθμιση προεπιλεγμένων παραμέτρων αρχείων δεδομένων έκφρασης γονιδίων
Για να ορίσετε τις προεπιλεγμένες παραμέτρους για ένα νέο αρχείο δεδομένων έκφρασης
γονιδίων
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα Gene
Expression (Έκφραση γονιδίων).

3.

Καθορίστε τις τιμές για τις ακόλουθες ρυθμίσεις:
nRelative to (Σε σχέση με) — γράφημα των δεδομένων έκφρασης γονιδίων σε σχέση είτε μεέναν μάρτυρα (που προέρχεται από το 1) είτε με το μηδέν:oZero (Μηδέν) — το λογισμικό αγνοεί τον μάρτυρα. Αυτή είναι η προεπιλογή όταν δεν έχειεκχωρηθεί κανένα δείγμα μάρτυρα στο παράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις
πειράματος).

oControl (Μάρτυρας) — το λογισμικό υπολογίζει τα δεδομένα σε σχέση με το δείγμα
μάρτυρα που έχει εκχωρηθεί στο παράθυρο Experiment Setup (Ρύθμιση πειράματος).

n

X-axis (Άξονας Χ) — γράφημα του δείγματος ή του στόχου στον άξονα Χ.

nY-axis (Άξονας Υ) — γράφημα γραμμικής ή λογαριθμικής κλίμακας με βάση το 2 ή το 10 στονάξονα Y.

n

Scaling (Κλίμακα) — η επιλογή κλίμακας για το γράφημα (η προεπιλογή είναι χωρίς κλίμακα):oHighest (Υψηλότερη) — το λογισμικό σχεδιάζει το γράφημα στην κλίμακα του υψηλότερου
σημείου δεδομένων.

o

Lowest (Χαμηλότερη) — το λογισμικό σχεδιάζει το γράφημα στην κλίμακα τουχαμηλότερου σημείου δεδομένων.

oUnscaled (Χωρίς κλίμακα) — το λογισμικό παρουσιάζει τα δεδομένα χωρίς κλίμακα στογράφημα.

nMode (Λειτουργία) — η λειτουργία ανάλυσης, είτε σχετική ποσότητα (∆Cq) είτεκανονικοποιημένη έκφραση (∆∆Cq).

nError Bar (Γραμμή σφάλματος) — η μεταβλητότητα των δεδομένων αναπαρίσταται είτε απότην τυπική απόκλιση (Std. Dev.) είτε από το τυπικό σφάλμα του μέσου όρου (Std. Error Mean).

102 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

nError Bar Multiplier (Πολλαπλασιαστής γραμμής σφάλματος) — ο πολλαπλασιαστής
τυπικής απόκλισης που χρησιμοποιείται για τη γραφική παρουσίαση των γραμμών σφάλματος(η προεπιλογή είναι 1).
Μπορείτε να αυξήσετε τον πολλαπλασιαστή σε 2 ή 3.

n

Sample Types to Exclude (Τύποι δειγμάτων προς εξαίρεση) — οι τύποι δειγμάτων προςεξαίρεση από την ανάλυση.
Μπορείτε να επιλέξετε ένα ή περισσότερα δείγματα για εξαίρεση από την ανάλυση. Για ναεξαιρέσετε όλους τους τύπους δειγμάτων, αποεπιλέξτε τα πλαίσια ελέγχου των επιλεγμένων
τύπων δειγμάτων.

4.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σεόλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Προσαρμογή κανόνων ποιοτικού ελέγχου
Στο CFX Maestro Dx SE, μπορείτε να ορίσετε τους κανόνες ποιοτικού ελέγχου, οι οποίοι θα εφαρμόζονταιστα δεδομένα στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Το λογισμικό επικυρώνει τα δεδομένα
με βάση τους κανόνες που ορίζετε.
Σημείωση: Από προεπιλογή, είναι ενεργοποιημένοι όλοι οι κανόνες ποιοτικού ελέγχου.
Υπόδειξη: Μπορείτε εύκολα να εξαιρέσετε τα βοθρία που αποτυγχάνουν σε μια παράμετρο QC απότην ανάλυση στην ενότητα QC του παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

Για να προσαρμόσετε τους κανόνες ποιοτικού ελέγχου
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα QC (ΠΕ).

Οδηγός χρήσης | 103Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)

Όπου:

3.

4.

n

NTC — χωρίς έλεγχο μήτρας

n

NRT — χωρίς έλεγχο αντίστροφης μεταγραφάσης

n

Efficiency (Αποδοτικότητα) — αποδοτικότητα της αντίδρασηςn

Std Curve R^2 — τετραγωνική τιμή για την τυπική καμπύλη

n

Replicate group Cq Std Dev (Τυπική απόκλιση υπολογισμένη για ομάδες αντιγράφων —τυπική απόκλιση που υπολογίζεται για κάθε ομάδα αντιγράφων

Για κάθε κανόνα QC, κάντε ένα από τα εξής:nΓια να χρησιμοποιήσετε την προεπιλεγμένη τιμή, μην κάνετε τίποτα.

nΓια να αλλάξετε την τιμή, κάντε κλικ στο πλαίσιο κειμένου Value (Τιμή), πληκτρολογήστε μια νέατιμή και πατήστε το πλήκτρο Enter.

nΓια να απενεργοποιήσετε τον κανόνα, αποεπιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου Use (Χρήση).

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σε104 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

όλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Προσαρμογή παραμέτρων εξαγωγής δεδομένων
Μπορείτε να κάνετε εξαγωγή των δεδομένων του CFX Maestro Dx SE στις ακόλουθες μορφές:nΚείμενο (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Σημαντικό: Ο υπολογιστής σας πρέπει να έχει εγκατεστημένο το Microsoft Excel ώστε να μπορείτε
να εξάγετε δεδομένα σε ένα υπολογιστικό φύλλο του Microsoft Excel.
Μπορείτε να καθορίσετε τον τύπο των δεδομένων για εξαγωγή και να προσαρμόσετε την έξοδο τωνεξαγόμενων δεδομένων.

Για να προσαρμόσετε τις παραμέτρους εξαγωγής δεδομένων
1.

Επιλέξτε User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), επιλέξτε την καρτέλα Custom Export(Προσαρμογή εξαγωγής).

Οδηγός χρήσης | 105Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)3.

Στην αναπτυσσόμενη λίστα Export Format (Μορφή εξαγωγής), επιλέξτε μια μορφή για την εξαγωγή
των δεδομένων.

4.

Στην ενότητα Data to Export (Δεδομένα προς εξαγωγή), επιλέξτε ή καταργήστε τα πλαίσια ελέγχου
για τον τύπο δεδομένων προς εξαγωγή. Τα επιλεγμένα στοιχεία εμφανίζονται στο πλαίσιο λίστας
Exported Columns (Εξαγόμενες στήλες).
Σημείωση: Από προεπιλογή, οι πληροφορίες της δοκιμής περιλαμβάνονται στην κεφαλίδα.
Καταργήστε αυτό το πλαίσιο ελέγχου εάν δεν επιθυμείτε τη συμπερίληψη των πληροφοριών τηςδοκιμής.

5.

Μπορείτε να αλλάξετε τη σειρά εμφάνισης εξόδου των επιλεγμένων στοιχείων.
Στο πλαίσιο λίστας Exported Columns (Εξαγόμενες στήλες), επισημάνετε το στοιχείο και, στησυνέχεια, κάντε κλικ στα κουμπιά βέλους στα αριστερά της λίστας για να το μετακινήσετε προς ταπάνω ή κάτω.

6.

Προαιρετικά, μπορείτε να αλλάξετε τα ονόματα των στηλών εξόδου των επιλεγμένων στοιχείων:a.

Κάντε κλικ στην επιλογή Customize Column Names (Προσαρμογή ονομάτων στηλών).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Column Name Customizer (Εργαλείο προσαρμογής ονομάτων
στηλών).

106 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠριν ξεκινήσετε

7.

b.

Για κάθε προεπιλεγμένο όνομα στήλης που θέλετε να αλλάξετε, πληκτρολογήστε το νέο όνομαστο πεδίο Custom Name (Προσαρμοσμένο όνομα).

c.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΚάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στην καρτέλα Custom
Export (Προσαρμογή εξαγωγής). Το νέο όνομα εμφανίζεται μέσα σε παρενθέσεις δίπλα στοπροεπιλεγμένο όνομα στήλης στο πλαίσιο λίστας Exported Columns (Εξαγόμενες στήλες).

nΚάντε κλικ στο Cancel (Ακύρωση) για διαγραφή των αλλαγών και επιστροφή στην καρτέλα
Custom Export (Προσαρμογή εξαγωγής).

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου.

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) γίνεται επαναφορά όλων των προτιμήσεων σεόλες τις καρτέλες στις αρχικές εργοστασιακές τους ρυθμίσεις. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ σε αυτό τοκουμπί.

Οδηγός χρήσης | 107Κεφάλαιο 6 Το παράθυρο Home (Αρχικό)108 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλωνΈνα πρωτόκολλο είναι ένα σύνολο βημάτων που εκτελούνται σε μια συγκεκριμένη ακολουθία. ΣτοΛογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition, όλα τα βήματα σχετίζονται με επιλογές στο όργανο. Γιαπαράδειγμα, τα βήματα δίνουν οδηγίες στο όργανο να ελέγξει τη θερμοκρασία του μπλοκ και τουκαπακιού, να εφαρμόσει μια διαφορά θερμοκρασίας σε ολόκληρο το μπλοκ, να κάνει μια ανάγνωσηπλάκας ή να εκτελέσει μια ανάλυση καμπύλης τήξης. Κάθε επιλογή καθορίζεται για διαφορετικούς τύπους
πλάκας και δοκιμής.
Το CFX Maestro Dx SE παρέχει δύο επιλογές για τη δημιουργία πρωτοκόλλων: Protocol Editor(Επεξεργασία πρωτοκόλλου) και Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου).
Οι δυνατότητες του Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) περιλαμβάνουν τις εξής:nΤυπικά στοιχεία ελέγχου πρωτοκόλλου για γρήγορη δημιουργία πρωτοκόλλωνnΔυνατότητα γρήγορου υπολογισμού μιας διαβάθμισης για τον επιλεγμένο αριθμό γραμμώνnΔυνατότητα γρήγορου υπολογισμού του χρόνου δοκιμής για τον επιλεγμένο τύπο πλάκαςnΔυνατότητα επεξεργασίας βημάτων του πρωτοκόλλουnΔυνατότητα αποθήκευσης πρωτοκόλλων για επαναχρησιμοποίησηnΔυνατότητα εκτύπωσης του πρωτοκόλλου σε έναν προεπιλεγμένο εκτυπωτή

Το Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) δημιουργεί αυτόματα ένα προσαρμοσμένο
πρωτόκολλο PCR με βήματα θερμικής εκκίνησης, αρχικής αποδιάταξης, ανόπτησης και προέκτασης
χρησιμοποιώντας παραμέτρους που παρέχετε εσείς. Στη συνέχεια, μπορείτε να προβάλετε μια γραφική
αναπαράσταση του προτεινόμενου πρωτοκόλλου και να επεξεργαστείτε, να εκτελέσετε ή νααποθηκεύσετε το πρωτόκολλο.

Οδηγός χρήσης | 109Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Παράμετροι και εύρη για βήματα πρωτοκόλλου
Χρησιμοποιήστε τις πληροφορίες που περιλαμβάνει ο Πίνακας 7 για να τροποποιήσετε τιςπροεπιλεγμένες ρυθμίσεις για τα βήματα του πρωτοκόλλου σας.

Βήματα θερμοκρασίας
Η θερμοκρασία-στόχος είναι μια τιμή μεταξύ 4,0 και 100,0 °C, που ορίζεται σε δέκατα του βαθμού. Τοσύστημα διενεργεί κλιμακωτή άνοδο σε αυτήν τη θερμοκρασία και διατηρεί αυτήν την τιμή για ένακαθορισμένο χρονικό διάστημα (ο χρόνος παραμονής).

Βήματα διαβάθμισηςΤο εύρος διαβάθμισης είναι η διαφορά μεταξύ της κατώτερης και της ανώτερης θερμοκρασίας σε έναβήμα διαβάθμισης. Το μέγιστο επιτρεπόμενο εύρος είναι 24 °C. Η κατώτερη θερμοκρασία είναι μια τιμήμεταξύ 30,0 και 99,0 °C, που καθορίζεται στα δέκατα του βαθμού. Η μέγιστη ανώτερη θερμοκρασία είναι
100 °C. Ο θερμικός κυκλοποιητής διενεργεί κλιμακωτή άνοδο έως τη διαβάθμιση θερμοκρασίας-στόχο
κατά μήκος του μπλοκ και διατηρεί αυτήν τη θερμοκρασία για έναν καθορισμένο χρόνο παραμονής.
Σημαντικό: Το όργανο υπολογίζει την τιμή διαβάθμισης. Όταν εισάγετε μια τιμή στο επάνω και κάτωπεδίο του εργαλείου υπολογισμού διαβάθμισης, το λογισμικό υπολογίζει αυτόματα και εκχωρεί τιςθερμοκρασίες για τα υπόλοιπα πεδία. Όταν εισάγετε μια θερμοκρασία σε οποιοδήποτε πεδίο μεταξύ
του επάνω και του κάτω πεδίου, το όργανο υπολογίζει αυτόματα τα υπόλοιπα πεδία. Δεν μπορείτε ναεισαγάγετε μη αυτόματα μια τιμή θερμοκρασίας σε κάθε πεδίο.

110 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράμετροι και εύρη για βήματα πρωτοκόλλου

Πίνακας 7. Παράμετροι και εύρη για βήματα πρωτοκόλλου

ΠαράμετροςΕύροςΠεριγραφή

Ramp raten Για συστήματα CFX Opus 96 Dx:

Δίνει εντολή στον θερμικό κυκλοποιητή για0,1–5 °C ανά δευτερόλεπτοκλιμάκωση έως τη θερμοκρασία-στόχο μεn Για συστήματα CFX Opus 384τον καθορισμένο ρυθμό σε αυτό το βήμα.

(Ρυθμός
κλιμάκωσης)Dx:Διατίθεται μόνο σε βήματα θερμοκρασίας.

0,1–2,5 °C ανά δευτερόλεπτοn Για συστήματα CFX Opus
Deepwell Dx:
0,1–2,5°C ανά δευτερόλεπτοIncrementΈνας αριθμός από –10,0 έως 10,0Δίνει εντολή στον θερμικό κυκλοποιητή να(Προσαύξηση)°C ανά κύκλο σε δέκατα του βαθμού

αλλάξει τη θερμοκρασία-στόχο ενόςβήματος με κάθε κύκλο, όπου ένας θετικός
αριθμός αυξάνει τη θερμοκρασία και έναςαρνητικός αριθμός μειώνει τη θερμοκρασία.
Διατίθεται μόνο σε βήματα θερμοκρασίας.

ExtendΧρόνος από –60 έως 60Δίνει εντολή στον θερμικό κυκλοποιητή να(Παράταση)δευτερόλεπτα ανά κύκλο

παρατείνει τον χρόνο παραμονής με κάθεκύκλο. Ένας θετικός αριθμός αυξάνει τονχρόνο παραμονής και ένας αρνητικός
αριθμός μειώνει το χρόνο παραμονής.
Διατίθεται τόσο στα βήματα θερμοκρασίαςόσο και διαβάθμισης.

Beep (Τόνος)(Χωρίς παραμέτρους)Δίνει εντολή στον θερμικό κυκλοποιητή ναεκπέμψει έναν τόνο ώστε να υποδείξει ότι οθερμικός κυκλοποιητής έχει φτάσει τηθερμοκρασία-στόχο για αυτό το βήμα.
Διατίθεται μόνο σε βήματα θερμοκρασίας.

Plate read(Χωρίς παραμέτρους)Δίνει εντολή στον θερμικό κυκλοποιητή να(Ανάγνωση

προσθέσει μια ανάγνωση πλάκας στοπλάκας)επιλεγμένο βήμα.
Διατίθεται τόσο στα βήματα θερμοκρασίαςόσο και διαβάθμισης.

Οδηγός χρήσης | 111Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Χρησιμοποιήστε το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) για να δημιουργήσετε, ναανοίξετε, να ελέγξετε και να επεξεργαστείτε ένα πρωτόκολλο. Από προεπιλογή, το Protocol Editor(Επεξεργασία πρωτοκόλλου) εμφανίζει ένα γενικό πρωτόκολλο 2 βημάτων σε πραγματικό χρόνο για μιαπλάκα 96 βοθρίων.

ΥΠΌΜΝΗΜΑ1.

Η γραμμή μενού παρέχει γρήγορη πρόσβαση στις εντολές μενού File (Αρχείο), Settings(Ρυθμίσεις) και Tools (Εργαλεία).

2.

Η γραμμή εργαλείων παρέχει γρήγορη πρόσβαση για να αποθηκεύσετε και να εκτυπώσετε τοπρωτόκολλο, να προσδιορίσετε πού θα εισαγάγετε ένα βήμα, να ορίσετε τον όγκο τουδείγματος και να προβάλετε τον εκτιμώμενο χρόνο εκτέλεσης του πρωτοκόλλου.

3.

Το κύριο παράθυρο εμφανίζει μια γραφική αναπαράσταση του πρωτοκόλλου.

4.

Το κάτω παράθυρο εμφανίζει το περίγραμμα του πρωτοκόλλου.

5.

Το αριστερό παράθυρο εμφανίζει τα στοιχεία ελέγχου πρωτοκόλλου που μπορείτε ναπροσθέσετε για να προσαρμόσετε το πρωτόκολλο.

112 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Εντολές μενού αρχείων
Save (Αποθήκευση) — αποθηκεύει το τρέχον πρωτόκολλο.
Save As (Αποθήκευση ως) — αποθηκεύει το τρέχον πρωτόκολλο με νέο όνομα ή σε νέα θέση.
File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείων) — επιτρέπει στους χρήστες να ρυθμίζουν τουςκωδικούς πρόσβασης αποθήκευσης αρχείου και ανοίγματος αρχείου.
Υπόδειξη: Για περισσότερες πληροφορίες, βλ. Προστασία με κωδικό πρόσβασης για αρχεία στησελίδα 56.
Close (Κλείσιμο) — κλείνει το Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).

Εντολή μενού ρυθμίσεων
Lid Settings (Ρυθμίσεις καπακιού) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Lid Setting (Ρύθμιση καπακιού) στοοποίο μπορείτε να αλλάξετε ή να ρυθμίσετε τη θερμοκρασία του καπακιού.

Εντολές μενού εργαλείων
Gradient Calculator (Υπολογιστής διαβάθμισης) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου από το οποίο
μπορείτε να επιλέξετε τον τύπο μπλοκ για ένα βήμα διαβάθμισης. Η προεπιλογή είναι 96 βοθρίων.
Run time Calculator (Υπολογιστής χρόνου δοκιμής) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου από το οποίο
μπορείτε να επιλέξετε τον τύπο πλάκας και τη λειτουργία σάρωσης για να υπολογίσετε τον εκτιμώμενο
χρόνο δοκιμής στο παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής). Η προεπιλογή είναι 96 βοθρίων και όλα τακανάλια.

Εντολές γραμμής εργαλείων
— αποθηκεύει το τρέχον αρχείο πρωτοκόλλου.

— εκτυπώνει το επιλεγμένο παράθυρο.

— χρησιμοποιήστε αυτήν την εντολή για να επιλέξετε πού θα εισαγάγετε βήματα
σε σχέση με το τρέχον επιλεγμένο βήμα.

— χρησιμοποιήστε αυτήν την εντολή για να εισαγάγετε έναν όγκο δείγματος σεμl. Οι όγκοι των δειγμάτων διαφέρουν ανάλογα με τον τύπο του μπλοκ:Οδηγός χρήσης | 113Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

nΓια μπλοκ 96 βοθρίων, το εύρος είναι 0-50 μl.

nΓια μπλοκ 384 βοθρίων, το εύρος είναι 0-30 μl.

nΓια μπλοκ 96 βαθιών βοθρίων, το εύρος είναι 0–125 µl.

— εμφανίζει τον εκτιμώμενο χρόνο της δοκιμής με βάση τα βήματα τουπρωτοκόλλου, τον ρυθμό κλιμάκωσης και τον επιλεγμένο τύπο μπλοκ.

— εμφανίζει πληροφορίες Βοήθειας σχετικά με τα πρωτόκολλα.

Στοιχεία ελέγχου επεξεργασίας πρωτοκόλλου
Το αριστερό τμήμα του παραθύρου Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) περιλαμβάνει στοιχεία
ελέγχου που μπορείτε να χρησιμοποιήσετε για τη δημιουργία πρωτοκόλλων.
Κάθε στοιχείο ελέγχου αποτελείται από ένα σύνολο παραμέτρων που αντιπροσωπεύουν ένα βήμα στοπρωτόκολλο. Μπορείτε να τροποποιήσετε κάθε παράμετρο και να τις προσθέσετε ή να τις αφαιρέσετε γιανα προσαρμόσετε το πρωτόκολλό σας. Αυτή η ενότητα περιγράφει τις επιλογές σε κάθε στοιχείο ελέγχου.
nInsert Step (Εισαγωγή βήματος) — εισάγει ένα βήμα πριν ή μετά τοεπιλεγμένο βήμα. Μπορείτε να επεξεργαστείτε τις τιμές θερμοκρασίας καιτις τιμές χρόνου παραμονής είτε στην οθόνη γραφικών του πρωτοκόλλου
είτε στο περίγραμμα πρωτοκόλλου.

nInsert Gradient (Εισαγωγή διαβάθμισης) — εισάγει ένα βήμαδιαβάθμισης με βάση τον τύπο του μπλοκ βοθρίων που έχει επιλεγεί
στον υπολογιστή διαβάθμισης. Μπορείτε να επεξεργαστείτε το εύρος
διαβάθμισης στο παράθυρο Gradient (Διαβάθμιση) που εμφανίζεται ότανεισάγεται ένα βήμα διαβάθμισης.

nInsert GOTO (Εισαγωγή GOTO) — εισάγει ένα κυκλικό βήμα (βρόχου),που δίνει την πληροφορία στο λογισμικό να επαναλάβει συγκεκριμένα
διαδοχικά βήματα για έναν καθορισμένο αριθμό κύκλων. Οι επαναλήψεις ξεκινούν μετά τηνολοκλήρωση του πρώτου κύκλου. Για παράδειγμα, μπορείτε να δώσετε την πληροφορία στολογισμικό να εκτελεί 39 επαναλήψεις των βημάτων 2–4. Μετά την τελευταία επανάληψη, το λογισμικό
θα έχει εκτελέσει τα βήματα 2–4 40 φορές συνολικά. Μπορείτε να επεξεργαστείτε το βήμαεπιστροφής-σε (GOTO) και τον αριθμό κύκλων είτε στην οθόνη γραφικών είτε στο περίγραμμα
πρωτοκόλλου.
nInsert Melt Curve (Εισαγωγή καμπύλης τήξης) — εισάγει ένα βήμα ανάγνωσης καμπύλης τήξης.

114 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)nInsert Plate Read to Step (Εισαγωγή ανάγνωσης πλάκας στο βήμα) — προσθέτει μια εντολή
ανάγνωσης πλάκας στο επιλεγμένο βήμα. Η ανάγνωση πλάκας μετράει την ποσότητα φθορισμούστο τέλος ενός κύκλου. Το βήμα ανάγνωσης πλάκας είναι γενικά το τελευταίο βήμα σε έναν βρόχο
GOTO.
Υπόδειξη: Αφού προσθέσετε μια εντολή ανάγνωσης πλάκας σε ένα βήμα, το κουμπί αλλάζει σεRemove Plate Read (Κατάργηση ανάγνωσης πλάκας) όταν επιλέγετε το βήμα.

nRemove Plate Read (Κατάργηση ανάγνωσης πλάκας) — καταργεί μια εντολή ανάγνωσης
πλάκας από το επιλεγμένο βήμα.
Υπόδειξη: Αφού καταργήσετε μια εντολή ανάγνωσης πλάκας από ένα βήμα, το κουμπί αλλάζει
σε Add Plate Read (Προσθήκη ανάγνωσης πλάκας) όταν επιλέγετε το βήμα.

n

Step Options (Επιλογές βήματος) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Step Options (Επιλογές
βήματος) και εμφανίζει τις διαθέσιμες επιλογές για το επιλεγμένο βήμα. Βλ. Επιλογές βημάτων στησελίδα 116 για λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με τις επιλογές βήματος.
Υπόδειξη: Μπορείτε επίσης να αποκτήσετε πρόσβαση στο Step Options (Επιλογές βήματος)κάνοντας δεξί κλικ στο βήμα στην οθόνη γραφικών.

n

Delete Step (Διαγραφή βήματος) — διαγράφει το επιλεγμένο βήμα από το πρωτόκολλο.

Οδηγός χρήσης | 115Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Επιλογές βημάτων
Ανοίξτε το πλαίσιο διαλόγου Step Options (Επιλογές βημάτων) για να προβάλετε τις επιλογές πουμπορείτε να προσθέσετε, να αλλάξετε ή να καταργήσετε από ένα βήμα.

nPlate Read (Ανάγνωση πλάκας) — όταν επιλεγεί, προσθέτει μια ανάγνωση πλάκας στο βήμα.

nTemperature (Θερμοκρασία) — ορίζει τη θερμοκρασία στόχο για το επιλεγμένο βήμα.

n

Gradient (Διαβάθμιση) — ορίζει το εύρος διαβάθμισης για το βήμα. Το εύρος είναι 1–24 °C.
Σημείωση: Η διαβάθμιση εκτελείται με τη χαμηλότερη θερμοκρασία στο μπροστινό μέρος τουμπλοκ (σε αυτήν την εικόνα, γραμμή Η) και την υψηλότερη θερμοκρασία στο πίσω μέρος τουμπλοκ (σε αυτήν την εικόνα, γραμμή Α).

nIncrement (Προσαύξηση) — το μέγεθος κατά το οποίο πρέπει να αυξηθεί (ή να μειωθεί) ηθερμοκρασία του επιλεγμένου βήματος. Αυτή η τιμή προστίθεται στη θερμοκρασία στόχο με κάθεκύκλο. Το εύρος είναι ±0,1–10 °C.
Σημείωση: Για να μειώσετε τη θερμοκρασία, πληκτρολογήστε το σύμβολο μείον (–) πριν απότην αριθμητική τιμή (για παράδειγμα, –5 °C).

n

Ramp Rate (Ρυθμός κλιμάκωσης) — ο ρυθμός κλιμάκωσης για το επιλεγμένο βήμα. Το εύρος
εξαρτάται από το μέγεθος του μπλοκ.

nTime (Χρόνος) — ο χρόνος παραμονής για το επιλεγμένο βήμα.

116 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)nExtend (Παράταση) — το χρονικό διάστημα (σε δευτερόλεπτα) παράτασης ή συρρίκνωσης τουεπιλεγμένου βήματος. Αυτή η επιλογή προστίθεται στον χρόνο παραμονής σε κάθε κύκλο. Το εύρος
είναι ±1–60 δευτερόλεπτα.

nBeep (Τόνος) — όταν επιλεγεί, εκπέμπεται ένας τόνος κατά τη διάρκεια του βήματος.
Υπόδειξη: Όταν εισάγετε έναν αριθμό που βρίσκεται εκτός του εύρους της επιλογής, τολογισμικό αλλάζει τον αριθμό στην πλησιέστερη καταχώριση εντός του εύρους.

Οδηγός χρήσης | 117Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία
πρωτοκόλλου)Χρησιμοποιώντας το Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου), μπορείτε να δημιουργήσετε
προσαρμοσμένα αρχεία πρωτοκόλλου. Μπορείτε επίσης να επεξεργαστείτε και να αποθηκεύσετε αρχεία
πρωτοκόλλου που έχουν αποθηκευτεί στο παρελθόν ή δείγματα αρχείων πρωτοκόλλου που έχουν
αποσταλεί με το CFX Maestro Dx SE.
Για να δημιουργήσετε ένα νέο αρχείο πρωτοκόλλου, κάντε τα εξής:nΑνοίξτε ένα αρχείο πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).
Υπόδειξη: Μπορείτε να ανοίξετε ένα νέο ή ένα υπάρχον πρωτόκολλο στο Protocol Editor(Επεξεργασία πρωτοκόλλου).

nΡυθμίστε το νέο πρωτόκολλο.

nΠροσθέστε βήματα στο πρωτόκολλο από το παράθυρο στοιχείων ελέγχου πρωτοκόλλου.

nΕπεξεργαστείτε τις ιδιότητες των βημάτων.

nΑποθηκεύστε το πρωτόκολλο.

Υπόδειξη: Για να δημιουργήσετε ένα νέο πρωτόκολλο από ένα προηγούμενο αποθηκευμένο αρχείο
πρωτοκόλλου ή από ένα δείγμα αρχείου πρωτοκόλλου, ανατρέξτε στην ενότητα Άνοιγμα
υπάρχοντος πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) στη σελίδα 120.

Άνοιγμα νέου αρχείου πρωτοκόλλου στο Protocol Editor(Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Το CFX Maestro Dx SE προσφέρει πολλές επιλογές για να ανοίξετε ένα νέο αρχείο πρωτοκόλλου:nΑπό το μενού File (Αρχείο) στο παράθυρο Home (Αρχικό)nΑπό το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) στο παράθυρο Home (Αρχικό)nΑπό το πλαίσιο διαλόγου Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης) στο παράθυρο Home (Αρχικό)Για να ανοίξετε ένα νέο αρχείο πρωτοκόλλου από το μενού File (Αρχείο)uΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε File (Αρχείο) > New (Νέο) > Protocol (Πρωτόκολλο).
Ανοίγει το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) που εμφανίζει το προεπιλεγμένο
αρχείο πρωτοκόλλου.
Υπόδειξη: Για πληροφορείς σχετικά με τον ορισμό του προεπιλεγμένου σας πρωτοκόλλου, βλ.
Αλλαγή των προεπιλεγμένων ρυθμίσεων αρχείων στη σελίδα 94.

118 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Για να ανοίξετε ένα νέο πρωτόκολλο από το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμισηδοκιμής)1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα παρακάτω για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Run
Setup (Ρύθμιση δοκιμής):nΕπιλέξτε Run (Δοκιμή) > User-defined Run (Οριζόμενη από τον χρήστη δοκιμή).

nΚάντε κλικ στην επιλογή User-defined Run Setup (Οριζόμενη από τον χρήστη ρύθμιση δοκιμής)στη γραμμή εργαλείων.

Το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) ανοίγει στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) και
εμφανίζει το προεπιλεγμένο αρχείο πρωτοκόλλου.
2.

Κάντε κλικ στο Create New (Δημιουργία νέου).
Ανοίγει το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) που εμφανίζει το προεπιλεγμένο
πρωτόκολλο σε πραγματικό χρόνο.

Για να ανοίξετε ένα νέο αρχείο πρωτοκόλλου από τον Οδηγό εκκίνησης
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα παρακάτω για να ανοίξετε τον Οδηγό εκκίνησης,εάν δεν εμφανίζεται:nΕπιλέξτε View (Προβολή) > Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης).

nΚάντε κλικ στον Οδηγό εκκίνησης στη γραμμή εργαλείων.

2.

Εάν είναι απαραίτητο, επιλέξτε τον τύπο οργάνου από την αναπτυσσόμενη λίστα.

3.

Κάντε κλικ στην επιλογή User-defined (Οριζόμενη από τον χρήστη) ως τύπο δοκιμής.
Το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) ανοίγει στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) και
εμφανίζει το προεπιλεγμένο αρχείο πρωτοκόλλου.

4.

Κάντε κλικ στο Create New (Δημιουργία νέου).
Ανοίγει το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) που εμφανίζει το προεπιλεγμένο
πρωτόκολλο σε πραγματικό χρόνο.

Για να ανοίξετε ένα νέο πρωτόκολλο από το μενού Run (Δοκιμή)1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα παρακάτω για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Run
Setup (Ρύθμιση δοκιμής):nΕπιλέξτε Run (Δοκιμή) > User-defined Run (Οριζόμενη από τον χρήστη δοκιμή).

nΚάντε κλικ στην επιλογή User-defined Run Setup (Οριζόμενη από τον χρήστη ρύθμιση δοκιμής)στη γραμμή εργαλείων.

Οδηγός χρήσης | 119Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) ανοίγει στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) και
εμφανίζει το προεπιλεγμένο αρχείο πρωτοκόλλου.
2.

Κάντε κλικ στο Create New (Δημιουργία νέου).
Ανοίγει το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) που εμφανίζει το προεπιλεγμένο
πρωτόκολλο σε πραγματικό χρόνο.

Άνοιγμα υπάρχοντος πρωτοκόλλου στο Protocol Editor(Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Το CFX Maestro Dx SE παρέχει δείγματα αρχείων πρωτοκόλλου που μπορείτε να επεξεργαστείτε και νααποθηκεύσετε ως προσαρμοσμένα νέα πρωτόκολλα. Μπορείτε επίσης να δημιουργήσετε ένα νέοπρωτόκολλο από ένα υπάρχον προσαρμοσμένο πρωτόκολλο.

Για να ανοίξετε ένα δείγμα αρχείου πρωτοκόλλου
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > Protocol (Πρωτόκολλο).
Από προεπιλογή, η Εξερεύνηση των Windows ανοίγει στη θέση του φακέλου δειγμάτων αρχείων στο
CFX Maestro Dx SE.

2.

Ανοίξτε τον φάκελο Sample files (Δείγματα αρχείων). Βλέπετε τους ακόλουθους φακέλους:nConventionalProtocols — περιέχει παραδείγματα αρχείων πρωτοκόλλου για παραδοσιακή
ανάλυση PCR.

n

DataFiles — περιέχει παραδείγματα αρχείων δεδομένων που μπορείτε να χρησιμοποιήσετε γιανα εξερευνήσετε τα χαρακτηριστικά του CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration — περιέχει παραδείγματα αρχείων πρωτοκόλλου για χρήση με το λογισμικό
Precision Melt Analysis (Ανάλυση τήξης ακριβείας) της Bio-Rad.

n

Plates — περιέχει παραδείγματα αρχείων πλάκας.

n

RealTimeProtocols — περιέχει παραδείγματα αρχείων πρωτοκόλλου για ανάλυση PCR σεπραγματικό χρόνο.

3.

Ανοίξτε τον φάκελο πρωτοκόλλων για τον τύπο δοκιμής που σκοπεύετε να εκτελέσετε, είτεConventionalProtocols είτε RealTimeProtocols.

4.

Επιλέξτε το επιθυμητό πρωτόκολλο και κάντε κλικ στο Open (Άνοιγμα).
Το δείγμα πρωτοκόλλου ανοίγει στο παράθυρο του Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).

5.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save As (Αποθήκευση ως) και αποθηκεύστε το πρωτόκολλο με νέο όνομα ήσε νέο φάκελο.

120 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Για να ανοίξετε ένα υπάρχον πρωτόκολλο
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα εξής:nΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > Protocol (Πρωτόκολλο), πλοηγηθείτε στο επιθυμητό
πρωτόκολλο, επιλέξτε το και κάντε κλικ στο Open (Άνοιγμα).

nΑνοίξτε τον Οδηγό εκκίνησης και κάντε ένα από τα εξής:oΓια να επεξεργαστείτε το εμφανιζόμενο πρωτόκολλο, κάντε κλικ στην επιλογή Edit Selected(Επεξεργασία επιλεγμένου).

oΓια να επεξεργαστείτε ένα άλλο υπάρχον πρωτόκολλο, κάντε κλικ στο Select Existing(Επιλογή υπάρχοντος) και μεταβείτε στο επιθυμητό αρχείο.

Το πρωτόκολλο ανοίγει στο παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).
2.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save As (Αποθήκευση ως) και αποθηκεύστε το πρωτόκολλο με νέο όνομα ήσε νέο φάκελο.

Δημιουργία νέου πρωτοκόλλου
Υπόδειξη: Εάν το αρχείο πρωτοκόλλου περιλαμβάνει τις απαιτούμενες παραμέτρους (γιαπαράδειγμα, εάν επεξεργάζεστε ένα υπάρχον αρχείο πλάκας), μπορείτε να παραλείψετε αυτήν τηνενότητα. Προχωρήστε στην ενότητα Προσθήκη βημάτων σε ένα πρωτόκολλο στη σελίδα 124.
Τα νέα αρχεία πρωτοκόλλου απαιτούν τις ακόλουθες παραμέτρους:nΤύπος μπλοκnΛειτουργία σάρωσης για τον επιλεγμένο τύπο μπλοκnΘερμοκρασία καπακιού

nΌγκος δείγματοςΟδηγός χρήσης | 121Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Ρύθμιση του τύπου μπλοκΤο CFX Maestro Dx SE υπολογίζει αυτόματα τις προσαυξήσεις θερμοκρασίας για βήματα διαβάθμισης μεβάση τον τύπο μπλοκ.
Σημείωση: Ο τύπος πλάκας που έχει οριστεί στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)πρέπει να είναι ίδιος με τον τύπο πλάκας στη μονάδα αντίδρασης.

Για να ορίσετε τον τύπο μπλοκuΣτο παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου), επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > GradientCalculator (Υπολογιστής διαβάθμισης) και επιλέξτε τον κατάλληλο τύπο πλάκας στηναναπτυσσόμενη λίστα που εμφανίζεται.

Επιλογή της λειτουργίας σάρωσης για τον επιλεγμένο τύπο μπλοκΓια να προσδιορίσετε τον χρόνο δοκιμής του πρωτοκόλλου, επιλέξτε τον επιθυμητό τύπο μπλοκ και τηνεπιθυμητή λειτουργία σάρωσης.

Για να επιλέξετε τον τύπο μπλοκ και τη λειτουργία σάρωσηςuΣτο παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου), επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Run time
Calculator (Υπολογιστής χρόνου δοκιμής) και επιλέξτε τον κατάλληλο τύπο πλάκας και τηνκατάλληλη λειτουργία σάρωσης στην αναπτυσσόμενη λίστα που εμφανίζεται.

Ρύθμιση της θερμοκρασίας του καπακιού
Το CFX Maestro Dx SE ορίζει τις προεπιλεγμένες θερμοκρασίες καπακιού ως εξής:nΌργανα 96 βοθρίων και βαθιών βοθρίων — 105,0 °CnΌργανα 384 βοθρίων — 95,0 °CΜπορείτε να αλλάξετε τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις ή να απενεργοποιήσετε τη θέρμανση καπακιού,όπως απαιτείται για το πρωτόκολλο.

Για να ρυθμίσετε τη θερμοκρασία του καπακιού
1.

Στο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Lid Settings(Ρυθμίσεις καπακιού).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Lid Settings (Ρυθμίσεις καπακιού).

2.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕπιλέξτε User Defined (Οριζόμενη από τον χρήστη) και εισαγάγετε μια τιμή θερμοκρασίας στοπλαίσιο κειμένου.

nΕπιλέξτε Turn Off Lid Heater (Απενεργοποίηση θέρμανσης καπακιού).

122 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)

3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να κλείσετε το πλαίσιο διαλόγου.

Οδηγός χρήσης | 123Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Ρύθμιση του όγκου δείγματοςΑπό προεπιλογή, το CFX Maestro Dx SE ορίζει τον όγκο του δείγματος για κάθε βοθρίο στα 25 μl. Οιόγκοι των δειγμάτων διαφέρουν ανάλογα με τον τύπο του μπλοκ, για παράδειγμα:n0–50 µl για μπλοκ 96 βοθρίων

n0-30 μl για μπλοκ 384 βοθρίωνΤο όργανο χρησιμοποιεί μία από τις δύο διαθέσιμες λειτουργίες ελέγχου θερμοκρασίας για ναπροσδιορίσει πότε το δείγμα έχει φτάσει στη θερμοκρασία-στόχο σε ένα πρωτόκολλο:nCalculated mode (Λειτουργία υπολογισμού) — όταν ο όγκος δείγματος έχει ρυθμιστεί σε μημηδενικό όγκο κατάλληλο για το μπλοκ, το όργανο υπολογίζει τη θερμοκρασία του δείγματος με βάσητον όγκο του δείγματος. Αυτή είναι η τυπική λειτουργία.

nBlock mode (Λειτουργία μπλοκ) — όταν ο όγκος του δείγματος έχει οριστεί σε μηδέν (0) μl, τοόργανο καταγράφει τη θερμοκρασία του δείγματος ως ίδια με τη μετρούμενη θερμοκρασία του μπλοκ.

Για να ορίσετε τον όγκο δείγματος για ένα συγκεκριμένο μπλοκuΣτο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), πληκτρολογήστε τη σωστή τιμή στο πλαίσιο
κειμένου Sample Volume (Όγκος δείγματος) στη γραμμή εργαλείων.

Υπόδειξη: Μπορείτε να αλλάξετε τον προεπιλεγμένο όγκο δείγματος στο πλαίσιο διαλόγου User
Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Βλ. Αλλαγή των προεπιλεγμένων ρυθμίσεων αρχείων στη σελίδα
94.

Προσθήκη βημάτων σε ένα πρωτόκολλοΓια να προσθέσετε ένα βήμα σε ένα πρωτόκολλο
1.

Ανοίξτε το πρωτόκολλο στο παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).

2.

Προσδιορίστε πού θα εισαγάγετε το νέο βήμα. Στη γραμμή εργαλείων, επιλέξτε Before (Πριν) ή After(Μετά) στην αναπτυσσόμενη λίστα Step (Βήμα).

3.

Στο γράφημα, επιλέξτε το βήμα πριν ή μετά το οποίο σκοπεύετε να εισαγάγετε το νέο βήμα.

4.

Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στην επιλογή Insert Step (Εισαγωγή βήματος).

5.

Για να αλλάξετε τη θερμοκρασία ή το χρόνο παραμονής, κάντε κλικ στην προεπιλεγμένη τιμή στογράφημα ή στο περίγραμμα του πρωτοκόλλου και πληκτρολογήστε μια νέα τιμή.

6.

(Προαιρετικό) Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στο Step Options (Επιλογές βημάτων) για ναεμφανιστεί το πλαίσιο διαλόγου Step Options (Επιλογές βημάτων) και τροποποιήστε τις διαθέσιμες
επιλογές για το επιλεγμένο βήμα.

124 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Υπόδειξη: Μπορείτε να αποκτήσετε πρόσβαση στο πλαίσιο διαλόγου Step Options (Επιλογές
βημάτων) στο μενού δεξιού κλικ είτε στο παράθυρο γραφήματος είτε στο παράθυρο
περιγράμματος πρωτοκόλλου.
7.

Κάντε κλικ στο OK και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές στοπρωτόκολλο.
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως).

8.

Στο πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως), πληκτρολογήστε ένα όνομα για το νέο αρχείο
πρωτοκόλλου και κάντε κλικ στην επιλογή Save (Αποθήκευση).

Εισαγωγή βήματος διαβάθμισηςΓια να εισαγάγετε ένα βήμα διαβάθμισης
1.

Βεβαιωθείτε ότι το μέγεθος της πλάκας για τη διαβάθμιση είναι το ίδιο με τον τύπο μπλοκ τουοργάνου, 96 βοθρίων, 384 βοθρίων ή βαθιών βοθρίων.

2.

Εάν δεν το έχετε κάνει ακόμα, επιλέξτε το μέγεθος της πλάκας για τη διαβάθμιση:Επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Gradient Calculator (Υπολογιστής διαβάθμισης) και επιλέξτε τονκατάλληλο τύπο βοθρίου από την αναπτυσσόμενη λίστα.

3.

Στη γραμμή εργαλείων, επιλέξτε είτε Before (Πριν) είτε After (Μετά) από την αναπτυσσόμενη λίστα
Insert Step (Εισαγωγή βήματος).

4.

Στο παράθυρο γραφήματος ή περιγράμματος, επιλέξτε το βήμα πριν ή μετά το οποίο σχεδιάζετε ναεισαγάγετε το βήμα διαβάθμισης.

5.

Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στην επιλογή Insert Gradient (Εισαγωγή διαβάθμισης). Το νέοβήμα διαβάθμισης επισημαίνεται στο παράθυρο γραφήματος και περιγράμματος, για παράδειγμα:Οδηγός χρήσης | 125Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Η θερμοκρασία κάθε γραμμής στη διαβάθμιση εμφανίζεται στον πίνακα Gradient (Διαβάθμιση) στοδεξιό τμήμα του παραθύρου.
6.

Για να επεξεργαστείτε το εύρος θερμοκρασίας διαβάθμισης, κάντε ένα από τα εξής:nΚάντε κλικ στην προεπιλεγμένη θερμοκρασία στο παράθυρο γραφήματος ή περιγράμματος καιεισαγάγετε μια νέα θερμοκρασία.

nΚάντε κλικ στο Step Options (Επιλογές βημάτων) για να εισαγάγετε το εύρος διαβάθμισης στοπαράθυρο Step Options (Επιλογές βημάτων).

nΑλλάξτε την τιμή εύρους στον πίνακα διαβάθμισης.

7.

Για να επεξεργαστείτε τον χρόνο παραμονής, κάντε κλικ στον προεπιλεγμένο χρόνο στην προβολή
γραφικών ή κειμένου και εισαγάγετε έναν νέο χρόνο.

8.

Κάντε κλικ στο OK και μετά στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές.

Εισαγωγή βήματος GOTOΣημείωση: Δεν μπορείτε να εισαγάγετε ένα βήμα GOTO σε ένα σύνολο GOTO και δεν μπορείτε ναδημιουργήσετε ένθετους βρόχους GOTO.

126 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Για να εισαγάγετε ένα βήμα GOTO
1.

Στη γραμμή εργαλείων, επιλέξτε Before (Πριν) ή After (Μετά) από την αναπτυσσόμενη λίστα Insert
Step (Εισαγωγή βήματος).

2.

Στο γράφημα, επιλέξτε το βήμα πριν ή μετά το οποίο σκοπεύετε να εισαγάγετε το βήμα GOTO.

3.

Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στην επιλογή Insert GOTO (Εισαγωγή GOTO).

4.

Για να επεξεργαστείτε τον αριθμό βήματος GOTO ή τον αριθμό των επαναλήψεων GOTO, επιλέξτε
τον προεπιλεγμένο αριθμό στο γράφημα ή στο πλαίσιο περιγράμματος και εισαγάγετε μια νέα τιμή.

5.

Κάντε κλικ στο OK και μετά στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές.

Εισαγωγή βήματος καμπύλης τήξης
Υπόδειξη: Δεν μπορείτε να εισαγάγετε ένα βήμα καμπύλης τήξης μέσα σε ένα βρόχο GOTO.
Σημείωση: Το βήμα της καμπύλης τήξης περιλαμβάνει μια παραμονή 30 δευτερολέπτων στην αρχήτου βήματος που δεν εμφανίζεται στο πρωτόκολλο.

Για να εισαγάγετε ένα βήμα καμπύλης τήξης
1.

Στη γραμμή εργαλείων, επιλέξτε Before (Πριν) ή After (Μετά) από την αναπτυσσόμενη λίστα Insert
Step (Εισαγωγή βήματος).

2.

Στο γράφημα, επιλέξτε το βήμα πριν ή μετά το οποίο σχεδιάζετε να εισαγάγετε το βήμα της καμπύλης
τήξης.

Οδηγός χρήσης | 127Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

3.

Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στην επιλογή Insert Melt Curve (Εισαγωγή καμπύλης τήξης). Τονέο βήμα καμπύλης τήξης επισημαίνεται στο παράθυρο γραφήματος και περιγράμματος, γιαπαράδειγμα:4.

Για να επεξεργαστείτε το εύρος θερμοκρασίας τήξης ή τον χρόνο προσαύξησης, επιλέξτε τονπροεπιλεγμένο αριθμό στο παράθυρο γραφήματος ή περιγράμματος και εισαγάγετε μια νέα τιμή.

5.

Κάντε κλικ στο OK και μετά στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές.

128 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου)Προσθήκη ή αφαίρεση ενός βήματος ανάγνωσης πλάκας
Υπόδειξη: Αφού προσθέσετε μια εντολή ανάγνωσης πλάκας σε ένα βήμα, το κουμπί αλλάζει σεRemove Plate Read (Κατάργηση ανάγνωσης πλάκας) όταν επιλέγετε το βήμα.

Για να προσθέσετε μια ανάγνωση πλάκας σε ένα βήμα1.

Στη γραμμή εργαλείων, επιλέξτε Before (Πριν) ή After (Μετά) από την αναπτυσσόμενη λίστα Insert
Step (Εισαγωγή βήματος).

2.

Στο γράφημα, επιλέξτε το βήμα πριν ή μετά το οποίο σκοπεύετε να εισαγάγετε το βήμα ανάγνωσης
πλάκας.

3.

Στο αριστερό τμήμα του παραθύρου, κάντε κλικ στην επιλογή Add Plate Read to Step (Προσθήκη
ανάγνωσης πλάκας στο βήμα) για να προσθέσετε μια ανάγνωση πλάκας στο επιλεγμένο βήμα.

4.

Κάντε κλικ στο OK και μετά στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές.

Για να αφαιρέσετε μια ανάγνωση πλάκας από ένα βήμαuΣτο γράφημα, επιλέξτε το βήμα που περιέχει την ανάγνωση πλάκας και κάντε κλικ στην επιλογή
Remove Plate Read (Κατάργηση ανάγνωσης πλάκας) στο αριστερό παράθυρο.

Αλλαγή επιλογών βημάτων
Για να αλλάξετε τις επιλογές βήματος για ένα επιλεγμένο βήμα1.

Επιλέξτε το επιθυμητό βήμα στο γράφημα ή στο πλαίσιο περιγράμματος.

2.

Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στο Step Options (Επιλογές βημάτων) για να ανοίξετε το πλαίσιο
διαλόγου Step Options (Επιλογές βημάτων).
Εναλλακτικά, κάντε δεξί κλικ στο επιθυμητό βήμα σε οποιοδήποτε παράθυρο και επιλέξτε Step
Options (Επιλογές βημάτων) στο μενού που εμφανίζεται.

3.

Για προσθήκη, τροποποίηση ή κατάργηση επιλογών:nΕισαγάγετε μια τιμή στο κατάλληλο πλαίσιο κειμένου.

nΕπεξεργαστείτε μια τιμή στο συγκεκριμένο πλαίσιο κειμένου.

nΕπιλέξτε ή αποεπιλέξτε ένα πλαίσιο ελέγχου.

4.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου Step Options(Επιλογές βημάτων).

5.

Κάντε κλικ στο OK και μετά στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε το πρωτόκολλο.

Οδηγός χρήσης | 129Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Διαγραφή βήματοςΣημαντικό: Δεν μπορείτε να αναιρέσετε αυτήν τη λειτουργία. Προσέξτε κατά τη διαγραφή βημάτων.

Για να διαγράψετε ένα βήμα στο πρωτόκολλο
1.

Επιλέξτε το βήμα στο γράφημα ή στο πλαίσιο περιγράμματος.

2.

Στο αριστερό παράθυρο, κάντε κλικ στην επιλογή Delete Step (Διαγραφή βήματος) για ναδιαγράψετε το επιλεγμένο βήμα.

3.

Κάντε κλικ στο OK και μετά στο Yes (Ναι) για να αποθηκεύσετε το πρωτόκολλο.

Αντιγραφή, εξαγωγή ή εκτύπωση πρωτοκόλλου
Για να αντιγράψετε ένα πρωτόκολλο
uΚάντε δεξί κλικ στο περίγραμμα πρωτοκόλλου και επιλέξτε Copy Protocol (Αντιγραφή
πρωτοκόλλου).
Μπορείτε να επικολλήσετε το περίγραμμα σε ένα αρχείο .txt, .xls, .doc ή .ppt.

Για να εξαγάγετε ένα πρωτόκολλο
1.

Κάντε δεξί κλικ στο περίγραμμα πρωτοκόλλου και επιλέξτε Export Protocol (Εξαγωγή πρωτοκόλλου).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως).

2.

(Προαιρετικό) Στην Εξερεύνηση των Windows, μεταβείτε σε έναν φάκελο στον οποίο μπορείτε νααποθηκεύσετε το αρχείο πρωτοκόλλου.

3.

Στο File name (Όνομα αρχείου), πληκτρολογήστε ένα όνομα για το αρχείο πρωτοκόλλου που εξήχθη.

4.

Κάντε κλικ στο Save (Αποθήκευση).

Για να εκτυπώσετε ένα πρωτόκολλο
uΚάντε δεξί κλικ στο περίγραμμα πρωτοκόλλου και επιλέξτε Print (Εκτύπωση).
Μπορείτε να εκτυπώσετε το περίγραμμα πρωτοκόλλου στον προεπιλεγμένο εκτυπωτή σας.

130 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία πρωτοκόλλου με το Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου)Δημιουργία πρωτοκόλλου με το Protocol AutoWriter(Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου)Σημαντικό: Η Bio-Rad δεν εγγυάται ότι η εκτέλεση ενός πρωτοκόλλου που έχει δημιουργηθεί με τοProtocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) θα έχει πάντα ως αποτέλεσμα ένα προϊόνPCR.
Το Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) του CFX Maestro Dx SE δημιουργεί αυτόματα
πρωτόκολλα κυκλοποίησης με βάση τις ακόλουθες παραμέτρους εισόδου:n

Amplicon length (Μήκος αμπλικονίου) — το αναμενόμενο μήκος του προϊόντος PCR

nAnnealing temperature (Θερμοκρασία ανόπτησης) — η θερμοκρασία Ta της αντίδρασης για τουςεκκινητές που χρησιμοποιούνταιΕάν το Ta είναι άγνωστο, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον υπολογιστή Ta για να το υπολογίσετε
αυτόματα με βάση τις αλληλουχίες εκκινητών σας.
Σημείωση: Το Ta ρυθμίζεται από τις πληροφορίες θερμοκρασίας τήξης εκκινητή (Tm) πουβασίζονται στο επιλεγμένο ένζυμο και την ταχύτητα του πρωτοκόλλου.

nEnzyme type (Τύπος ενζύμου) — το ένζυμο πολυμεράσης DNA (πολυμεράση DNA iTaq, iProof ήάλλη)Εάν χρησιμοποιείτε ένα ένζυμο διαφορετικό από την πολυμεράση DNA iTaq ή iProof, μπορείτε ναεισαγάγετε πρόσθετες πληροφορίες, όπως το εύρος διαβάθμισης, τον χρόνο ενεργοποίησης τηςθερμικής εκκίνησης (σε δευτερόλεπτα) και τον τελικό χρόνο προέκτασης (σε δευτερόλεπτα).

nRun speed (Ταχύτητα δοκιμής) — η ταχύτητα της αντίδρασης (standard (τυπική), fast (γρήγορη) ήultrafast (πολύ γρήγορη))Το Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) βελτιστοποιεί το πρωτόκολλο ανάλογα με
την επιλεγμένη ρύθμιση ταχύτητας. Ο συνολικός χρόνος της δοκιμής καθορίζεται από τον αριθμό
βημάτων και κύκλων, τον χρόνο επώασης σε κάθε βήμα και τον χρόνο που απαιτείται για τηνεπίτευξη ομοιομορφίας στη θερμοκρασία στόχο.

Χρησιμοποιώντας παραμέτρους που εισάγετε και τυπικές οδηγίες PCR, το Protocol AutoWriter(Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) δημιουργεί αυτόματα ένα προσαρμοσμένο πρωτόκολλο PCR μεβήματα θερμικής εκκίνησης, αρχικής αποδιάταξης, ανόπτησης και προέκτασης. Στη συνέχεια, μπορείτε
να προβάλετε μια γραφική αναπαράσταση του προτεινόμενου πρωτοκόλλου και να επεξεργαστείτε, ναεκτελέσετε ή να αποθηκεύσετε το πρωτόκολλο.

Οδηγός χρήσης | 131Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Για να δημιουργήσετε ένα νέο πρωτόκολλο χρησιμοποιώντας το Protocol AutoWriter(Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) του CFX Maestro Dx SE
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξηπρωτοκόλλου).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου).

2.

Στην ενότητα Enter Target Values/Enzyme (Εισαγωγή τιμών στόχου/ενζύμου), κάντε τα εξής:nΕισαγάγετε τη θερμοκρασία ανόπτησης (Ta) για τους εκκινητές, εάν είναι γνωστή.
Υπόδειξη: Βλ. Χρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta) στη σελίδα 133 γιαπερισσότερες πληροφορίες.
Σημείωση: Για πληροφορίες σχετικά με τους υπολογισμούς που χρησιμοποιούνται στονυπολογιστή Ta, βλ. Breslauer et al. 1986.

nΕισαγάγετε το μήκος του αμπλικονίου σε ζεύγη βάσεων (bp).

nΕπιλέξτε έναν τύπο ενζύμου από τη λίστα επιλογών (πολυμεράση DNA iTaq, πολυμεράση DNA
iProof ή άλλη).
Υπόδειξη: Εάν επιλέξετε Other (Άλλο) ως τύπο ενζύμου, οι παράμετροι στην ενότητα
Additional Parameters (Optional) (Πρόσθετες παράμετροι (Προαιρετικές)) ενεργοποιούνται.

132 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΧρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)

3.

Εάν επιλέξατε Other (Άλλο) ως τύπο ενζύμου, μπορείτε να προσθέσετε οποιαδήποτε ή όλες τιςακόλουθες παραμέτρους στο πρωτόκολλο:nGradient range (Εύρος διαβάθμισης)n

Hot start activation temperature (Θερμοκρασία ενεργοποίησης θερμικής εκκίνησης)nFinal extension time (Τελικός χρόνος προέκτασης)

4.

Στην ενότητα Type (Τύπος), μετακινήστε το ρυθμιστικό για να επιλέξετε ταχύτητα πρωτοκόλλου
(Standard (Τυπική), Fast (Γρήγορη) ή Ultrafast (Πολύ γρήγορη)). Το CFX Maestro Dx SEπροσαρμόζει τον συνολικό χρόνο της δοκιμής.

5.

Επιλέξτε τον τύπο PCR που θα εκτελεστεί (η προεπιλογή είναι PCR σε πραγματικό χρόνο).
Στην PCR σε πραγματικό χρόνο, το CFX Maestro Dx SE προσθέτει ένα βήμα ανάγνωσης πλάκας γιατη συλλογή δεδομένων φθορισμού.

6.

Στην ενότητα Preview (Προεπισκόπηση), ελέγξτε το πρωτόκολλο. Μπορείτε να κάνετε τυχόν αλλαγές
που απαιτούνται.

7.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΚάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε το νέο πρωτόκολλο. Αφού το αποθηκεύσετε, τοπρωτόκολλο ανοίγει στον Οδηγό εκκίνησης. Κάντε κλικ στην επιλογή Edit Selected(Επεξεργασία επιλεγμένων) για να κάνετε οποιεσδήποτε αλλαγές στο πρωτόκολλο. Γιαπαράδειγμα, ίσως χρειαστεί να αλλάξετε τη θερμοκρασία καπακιού και τον όγκο δείγματος.

nΚάντε κλικ στο Cancel (Ακύρωση) για να κλείσετε το παράθυρο χωρίς να αποθηκεύσετε τοπρωτόκολλο.

Χρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)Όταν η θερμοκρασία ανόπτησης για τον εκκινητή είναι άγνωστη, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το Ta
Calculator (Υπολογιστής Ta) για να υπολογίσετε την τιμή. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε την τιμή στοProtocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου) ή στο Protocol Editor (Επεξεργασία
πρωτοκόλλου) για να δημιουργήσετε το πρωτόκολλό σας.

Πληροφορίες για το Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)Ο Υπολογιστής Ta υπολογίζει την τιμή Tm για κάθε εκκινητή, καθώς και την τιμή Τa για το πρωτόκολλο σετυπική ταχύτητα.
Η τιμή Ta για το πρωτόκολλο βασίζεται στις μέσες τιμές Tm του εκκινητή με εφαρμοσμένους τους εξήςκανόνες:Οδηγός χρήσης | 133Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλωνnΕάν η διαφορά μεταξύ των τιμών Tm του εκκινητή είναι > 4 °C, το Τa = (χαμηλότερη από τις δύο τιμέςΤm του εκκινητή + 2) – 4 °CnΕάν η διαφορά μεταξύ των τιμών Τm είναι ≤4 °C, το Τa = (μέσος όρος των τιμών Τm του εκκινητή) – 4°CΜέθοδος μέτρησης ζεύγους βάσεων
Για κάθε εκκινητή, ο υπολογιστής Ta χρησιμοποιεί τη μέθοδο μέτρησης ζεύγους βάσεων για αλληλουχίες
έως 14 ζευγών βάσεων (bp).
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)όπου w, x, y και z είναι οι αριθμοί των βάσεων A, T, G και C στην αλληλουχία, αντίστοιχα.

Μέθοδος κοντινότερου γείτονα
Για αλληλουχίες μεγαλύτερες από 14 bp, χρησιμοποιείται η μέθοδος κοντινότερου γείτονα. Στη μέθοδο
του κοντινότερου γείτονα, οι υπολογισμοί της θερμοκρασίας τήξης βασίζονται στη θερμοδυναμική σχέση
μεταξύ εντροπίας (σειρά ή μέτρο της τυχαιότητας του ολιγονουκλεοτιδίου), ενθαλπίας (η θερμότητα που
απελευθερώνεται ή απορροφάται από το ολιγονουκλεοτίδιο), ελεύθερης ενέργειας και θερμοκρασίας.
∆H = ∆G + T* ∆Sόπου:n∆H = Τιμή ενθαλπίας, Cal/Mole*Kn

T = θερμοκρασία, Kelvinn∆S = Τιμή εντροπίας, Cal/Mole*Kn∆G = Ελεύθερη ενέργεια Gibbs σε Cal/Mole*KΗ μεταβολή στην εντροπία και την ενθαλπία υπολογίζεται απευθείας αθροίζοντας τις τιμές για τα ζεύγη
νουκλεοτιδίων που υποδεικνύει ο Πίνακας 8 (Breslauer et al. 1986).
Η σχέση μεταξύ της ελεύθερης ενέργειας και της συγκέντρωσης αντιδραστηρίων και προϊόντων στηνισορροπία δίνεται από τον τύπο:∆G = R*T*ln ((DNA * Εκκινητής)/(DNA + Εκκινητής))όπου R είναι η σταθερά αερίου (1,986 Cal/Mole*K).
Η αντικατάσταση του G στις δύο εξισώσεις και η επίλυση ως προς Τ δίνει
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Εκκινητής)/(DNA + Εκκινητής)))υποθέτοντας ότι η συγκέντρωση του DNA και του συμπλόκου DNA-εκκινητή είναι ίση.

134 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΧρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)Έχει προσδιοριστεί εμπειρικά ότι η μεταβολή στην ελεύθερη ενέργεια είναι 5 kcal (3,4 kcal) (Sugimoto etal. 1996) κατά τη μετάβαση από μονόκλωνο DNA σε DNA μορφής Β. Αυτή είναι πιθανώς ενέργεια
έναρξης έλικας. Τέλος, η προσθήκη μιας ρύθμισης για τα άλατα δίνει την εξίσωση που χρησιμοποιεί οΥπολογιστής Ta :T = (∆H – 5(KCal/K*Mole))/(∆S + (R * ln(1/(εκκινητής)))) + 16,6 log10 (Μοριακότητα αλάτων)Δεν απαιτείται σταθερά ρύθμισης για τη συγκέντρωση αλάτων, καθώς οι διάφορες παράμετροιπροσδιορίστηκαν σε 1 Μ NaCl, και ο log10 του 1 είναι μηδέν.
Οι θερμοδυναμικοί υπολογισμοί υποθέτουν ότι η ανόπτηση συμβαίνει σε pH 7,0. Οι υπολογισμοί Tmυποθέτουν ότι οι αλληλουχίες δεν είναι συμμετρικές και περιέχουν τουλάχιστον ένα G ή C.
Η αλληλουχία ολιγονουκλεοτιδίων πρέπει να έχει μήκος τουλάχιστον 14 βάσεις για να δώσει λογικές τιμές
Tm. Με λιγότερες από 14 βάσεις χρησιμοποιείται η μέθοδος μέτρησης ζευγών βάσεων (βλ. Πίνακας 8παρακάτω).
Πίνακας 8. Σταθερές αλληλεπίδρασης Breslauer

Αλληλεπίδραση

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

Οδηγός χρήσης | 135Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλων

Πίνακας 8. Σταθερές αλληλεπίδρασης Breslauer, συνέχεια

Αλληλεπίδραση

∆H

∆S

∆G

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

136 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΧρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)Χρήση του Ta Calculator (Υπολογιστής Ta)Για να χρησιμοποιήσετε τον υπολογιστή Ta1.

Για να ανοίξετε τον υπολογιστή Ta, κάντε ένα από τα εξής:nΕάν βρίσκεστε αυτήν τη στιγμή στο Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξη πρωτοκόλλου),κάντε κλικ στο Ta Calculator (Υπολογιστής Ta).

nΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Ta Calculator (Υπολογιστής Ta).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Ta Calculator (Υπολογιστής Ta).

2.

Στο πλαίσιο κειμένου Forward Primer (Εμπρόσθιος εκκινητής), πληκτρολογήστε ή επικολλήστε τηναλληλουχία εμπρόσθιου εκκινητή.
Υπόδειξη: Μπορείτε επίσης να χρησιμοποιήσετε τα κουμπιά A, T, G, C στην αριστερή πλευρά
του πλαισίου διαλόγου για να εισαγάγετε την αλληλουχία.

3.

Πληκτρολογήστε ή επικολλήστε την αλληλουχία αντίστροφου εκκινητή στο πλαίσιο κειμένου Reverse
Primer (Αντίστροφος εκκινητής).

4.

Κάντε κλικ στην επιλογή Calculate (Υπολογισμός).

Οδηγός χρήσης | 137Κεφάλαιο 7 Δημιουργία πρωτοκόλλωνΟ υπολογιστής Ta υπολογίζει και εμφανίζει το Tm κάθε εκκινητή και τις μέσες τιμές Tm και Ta, γιαπαράδειγμα:Αν οι τιμές Tm των εκκινητών διαφέρουν περισσότερο από 4 °C, το Protocol AutoWriter (Αυτόματη
σύνταξη πρωτοκόλλου) χρησιμοποιεί τη χαμηλότερη τιμή Tm εκκινητή + 2 °C ως βάση για τονυπολογισμό της τιμής Ta, που μπορείτε να τροποποιήσετε περαιτέρω αλλάζοντας το ένζυμο και τηνταχύτητα αντίδρασης.
Ο υπολογιστής Ta παράγει μια θερμοκρασία ανόπτησης για μια τυπική ταχύτητα με την πολυμεράση
DNA iTaq. Όταν χρησιμοποιείτε διαφορετικό ένζυμο, οι ρυθμίσεις ταχύτητας προσαρμόζουν
αυτόματα το Ta.
5.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕάν ανοίξατε το Ta Calculator (Υπολογιστής Ta) από το Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξηπρωτοκόλλου), κάντε κλικ στο OK. Επιστρέφετε στο Protocol AutoWriter (Αυτόματη σύνταξηπρωτοκόλλου). Η θερμοκρασία ανόπτησης τροποποιείται αυτόματα.

nΕάν ανοίξατε το Ta Calculator (Υπολογιστής Ta) από το μενού Tools (Εργαλεία), καταγράψτε
τους υπολογισμούς και κάντε κλικ στο Cancel (Ακύρωση) για να κλείσετε τον υπολογιστή Ta.

138 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών
Ένα αρχείο πλάκας περιέχει πληροφορίες σχετικά με τις παραμέτρους της δοκιμής, όπως λειτουργία
σάρωσης, φθοροφόρα και περιεχόμενα βοθρίων. Μετά τη δοκιμή, το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
Edition συνδέει τα περιεχόμενα του βοθρίου με τα δεδομένα φθορισμού που συλλέχθηκαν κατά τηδιάρκεια της δοκιμής και εφαρμόζει την κατάλληλη ανάλυση στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων). Για παράδειγμα, τα βοθρία στα οποία έχει τοποθετηθεί πρότυπος τύπος δείγματοςχρησιμοποιούνται για τη δημιουργία μιας πρότυπης καμπύλης.
Το CFX Maestro Dx SE παρέχει δύο επιλογές για τη δημιουργία πλακών: Το Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας) για δοκιμές PCR σε πραγματικό χρόνο και το Setup Wizard (Οδηγός ρύθμισης) για ανάλυση
κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων.
Το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) περιλαμβάνει τις ακόλουθες δυνατότητες:nΠρότυπα φθοροφόρα και τύποι δειγμάτων για εκχώρηση σε βοθρία της πλάκας

nΙκανότητα καθορισμού στόχου αναφοράς και δείγματος μάρτυρα για ανάλυση έκφρασης γονιδίωνnΔυνατότητα επεξεργασίας ρύθμισης πλάκας πριν, κατά τη διάρκεια ή μετά από μια δοκιμήnΔυνατότητα αποθήκευσης αρχείων πλάκας για επαναχρησιμοποίησηnΔυνατότητα εκτύπωσης του αρχείου πλάκας σε έναν προεπιλεγμένο εκτυπωτή

Το Setup Wizard (Οδηγός ρύθμισης) σάς καθοδηγεί στη δημιουργία μιας διάταξης πλάκας για ανάλυση
κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον Οδηγό ρύθμισης πριν, κατά τηδιάρκεια ή μετά από μια δοκιμή.

Οδηγός χρήσης | 139Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) για να δημιουργήσετε
προσαρμοσμένες πλάκες ή για να τροποποιήσετε υπάρχουσες πλάκες.

ΥΠΌΜΝΗΜΑ1.

Η γραμμή μενού παρέχει γρήγορη πρόσβαση στις εντολές μενού αρχείων και ρυθμίσεων,καθώς και στις επιλογές εργαλείων επεξεργασίας πλακών.

2.

Η γραμμή εργαλείων παρέχει γρήγορη πρόσβαση σε σημαντικές λειτουργίες φόρτωσης
πλακών.

3.

Το κύριο παράθυρο εμφανίζει το περίγραμμα της πλάκας και τις επιλογές της πλάκας καθώς τιςεφαρμόζετε.

4.

Το δεξιό παράθυρο εμφανίζει τις επιλογές που χρησιμοποιείτε για να προσαρμόσετε την πλάκα
σας.

5.

Το κάτω τμήμα εμφανίζει τον τύπο πλάκας και παρέχει γρήγορη πρόσβαση στις επιλογές
προβολής.

Εντολές μενού αρχείων
Save (Αποθήκευση) — αποθηκεύει το αρχείο δεδομένων πλάκας στη θέση που καθορίζεται στηνκαρτέλα File (Αρχείο) στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Βλ. Αλλαγή των

140 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)προεπιλεγμένων ρυθμίσεων αρχείων στη σελίδα 94 για περισσότερες πληροφορίες. Αυτό το στοιχείο
μενού είναι διαθέσιμο μόνο κατά τη δημιουργία ενός νέου αρχείου πλάκας.
Save As (Αποθήκευση ως) — αποθηκεύει το αρχείο δεδομένων της ανοιχτής πλάκας με ένα νέο όνομα
που παρέχετε. Αυτό το στοιχείο μενού είναι διαθέσιμο μόνο κατά τη δημιουργία ενός νέου αρχείου
πλάκας.
File Passwords (Κωδικοί πρόσβασης αρχείων) — επιτρέπει στους χρήστες να ρυθμίζουν τουςκωδικούς πρόσβασης αποθήκευσης αρχείου και ανοίγματος αρχείου.
Extract Plate (Εξαγωγή πλάκας) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου στο οποίο μπορείτε ναεξαγάγετε/αποθηκεύσετε το αρχείο πλάκας (.pltd). Αυτό το στοιχείο μενού είναι διαθέσιμο μόνο κατά τηνπροβολή ή την επεξεργασία ενός υπάρχοντος αρχείου πλάκας.
Print (Εκτύπωση) — εκτυπώνει το αρχείο δεδομένων της ανοιχτής πλάκας.
Close (Κλείσιμο) — κλείνει το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

Εντολές μενού επεξεργασίας
Undo (Αναίρεση) — επαναφέρει μια αλλαγή σε ένα αρχείο πλάκας μέχρι να αποθηκευτεί το αρχείο
πλάκας.
Redo (Επανάληψη) — καταργεί την πιο πρόσφατη ενέργεια αναίρεσης εάν δεν έχει αποθηκευτεί τοαρχείο πλάκας.

Εντολές μενού ρυθμίσεων
Plate Size (Μέγεθος πλάκας) — ανοίγει ένα πλαίσιο διαλόγου από το οποίο μπορείτε να επιλέξετε έναμέγεθος πλάκας για τη δοκιμή.
Σημείωση: Το μέγεθος της πλάκας πρέπει να είναι το ίδιο με το μέγεθος του μπλοκ στο όργανοστο οποίο εκτελείται η μέτρηση.
Επιλέξτε 96 βοθρίων για:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell DxΕπιλέξτε 384 βοθρίων για:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Τύπος πλάκας) — σας επιτρέπει να επιλέξετε τον τύπο των βοθρίων στην πλάκα πουσυγκρατεί τα δείγματά σας, είτε BR White (BR λευκά) είτε BR Clear (BR διαφανή). Για ακριβή ανάλυση

Οδηγός χρήσης | 141Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

δεδομένων, ο επιλεγμένος τύπος πλάκας πρέπει να είναι ο ίδιος με τον τύπο πλάκας που χρησιμοποιείταιστη δοκιμή.
Σημείωση: Πρέπει να βαθμονομήσετε τους νέους τύπους πλακών. Βλ. Βαθμονόμηση νέωνχρωστικών στη σελίδα 85 για περισσότερες πληροφορίες.
Number Convention (Μορφή αριθμού) — σας επιτρέπει να επιλέξετε ή να αποεπιλέξετε την επιλογή
εμφάνισης των μονάδων σε επιστημονική σημειογραφία. Η προεπιλογή είναι η εμφάνιση των μονάδων σεεπιστημονική σημειογραφία.
Units (Μονάδες) — σας επιτρέπει να επιλέξετε τις μονάδες που θα εμφανίζονται στα υπολογιστικά
φύλλα κατά την εκτέλεση ποσοτικού προσδιορισμού αγνώστων δειγμάτων έναντι μιας πρότυπης
καμπύλης.

Εντολές μενού εργαλείων επεξεργασίας
Setup Wizard (Οδηγός ρύθμισης) — ανοίγει τον Οδηγό ρύθμισης, στον οποίο μπορείτε να ορίσετε
παραμέτρους διάταξης και ανάλυσης για την τρέχουσα πλάκα. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον Οδηγό
ρύθμισης πριν, κατά τη διάρκεια ή μετά την ολοκλήρωση μιας δοκιμής.
Spreadsheet View/Importer (Προβολή/Εισαγωγή υπολογιστικού φύλλου) — ανοίγει το πλαίσιο
διαλόγου View (Προβολή), το οποίο εμφανίζει τη διάταξη πλάκας ως πρότυπο σε μορφή υπολογιστικού
φύλλου. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε αυτό το πλαίσιο διαλόγου για εξαγωγή ή εισαγωγή δεδομένων
προτύπου πλάκας σε μορφή .csv.
Flip Plate (Αναστροφή πλάκας) — αναστρέφει τα περιεχόμενα της πλάκας κατά 180o.

Εντολές γραμμής εργαλείων
Επαναφέρει μια αλλαγή σε μια πλάκα. Το CFX Maestro Dx SE
υποστηρίζει έως και δέκα ενέργειες αναίρεσης
Καταργεί την πιο πρόσφατη ενέργεια αναίρεσης. Το CFX Maestro Dx SE
υποστηρίζει έως δέκα ενέργειες επανάληψης.
Αποθηκεύει το τρέχον αρχείο πλάκας.

Εμφανίζει μια αναπτυσσόμενη λίστα από την οποία μπορείτε να αυξήσετεή να μειώσετε τη μεγέθυνση της προβολής πλάκας.
Εμφανίζει μια αναπτυσσόμενη λίστα από την οποία μπορείτε να επιλέξετε
μια λειτουργία σάρωσης, η οποία ορίζει στο όργανο τα κανάλια από ταοποία θα συλλέξει δεδομένα φθορισμού κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής.

142 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Ανοίγει το Well Groups Manager (Διαχείριση ομάδων βοθρίων), το οποίο
μπορείτε να χρησιμοποιήσετε για να δημιουργήσετε ομάδες βοθρίων γιατην τρέχουσα πλάκα.
Εμφανίζει ένα πλαίσιο διαλόγου στο οποίο μπορείτε να επιλέξετε ταχρώματα και τα σύμβολα για τα ίχνη ενίσχυσης.
Ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου View (Προβολή), το οποίο εμφανίζει τηδιάταξη πλάκας ως πρότυπο σε μορφή υπολογιστικού φύλλου. Μπορείτε
να χρησιμοποιήσετε αυτό το πλαίσιο διαλόγου για εξαγωγή ή εισαγωγή
δεδομένων προτύπου πλάκας σε μορφή .csv.
Ανοίγει τον Οδηγό ρύθμισης, στον οποίο μπορείτε να ορίσετε τιςπαραμέτρους διάταξης και ανάλυσης για την τρέχουσα πλάκα. Μπορείτε
να χρησιμοποιήσετε τον Οδηγό ρύθμισης πριν, κατά τη διάρκεια ή μετάαπό μια δοκιμή.
Ανοίγει την καρτέλα Plate (Πλάκα) στο πλαίσιο διαλόγου User
Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), στο οποίο μπορείτε να ορίσετε
παραμέτρους διάταξης πλάκας και να δημιουργήσετε ή να διαγράψετε
ονόματα στόχων, δειγμάτων και βιολογικών ομάδων. Οι αλλαγές πουκάνετε στην καρτέλα Plate (Πλάκα) θα είναι διαθέσιμες την επόμενη φοράπου θα ανοίξετε το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).
Εμφανίζει τα απαραίτητα βήματα για τη ρύθμιση μιας πλάκας και τηφόρτωση των βοθρίων.

Οδηγός χρήσης | 143Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας)Χρησιμοποιώντας το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), μπορείτε να δημιουργήσετε προσαρμοσμένα
αρχεία πλακών. Μπορείτε επίσης να επεξεργαστείτε και να αποθηκεύσετε προηγούμενα αποθηκευμένα
αρχεία πλάκας ή δείγματα αρχείων πλάκας που αποστέλλονται με το Σύστημα CFX Opus Dx.
Για να δημιουργήσετε ένα νέο αρχείο πλάκας, κάντε τα εξής:nΑνοίξτε ένα αρχείο πλάκας στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

nΕπιλέξτε τον τύπο της πλάκας.
Σημείωση: Ο τύπος πλάκας για το αρχείο πλάκας πρέπει να είναι ίδιος με τον τύπο πλάκας στημονάδα αντίδρασης.

nΕπιλέξτε τη λειτουργία σάρωσης για χρήση στο πρωτόκολλο.

nΕπιλέξτε τα φθοροφόρα που θα χρησιμοποιηθούν στην πλάκα.

nΕπιλέξτε τον τύπο δείγματος, τους στόχους και τα δείγματα.

nΕπιλέξτε τεχνικά αντίγραφα, εάν χρειάζεται.

nΑποθηκεύστε τη διάταξη της πλάκας.

Υπόδειξη: Για να δημιουργήσετε μια νέα πλάκα από προηγούμενα αποθηκευμένα αρχεία πλάκας ήδείγματα αρχείων πλάκας, ανατρέξτε στην ενότητα Άνοιγμα υπάρχοντος αρχείου πλάκας στο Plate
Editor (Επεξεργασία πλάκας) στη σελίδα 146.

Άνοιγμα νέου αρχείου πλάκας στο Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας)Το CFX Maestro Dx SE προσφέρει πολλές επιλογές για το άνοιγμα ενός νέου αρχείου πλάκας:nΑπό το παράθυρο Home (Αρχικό)nΑπό το πλαίσιο διαλόγου Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης)nΑπό το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)Για να ανοίξετε ένα νέο αρχείο πλάκας από το παράθυρο Home (Αρχικό)uΕπιλέξτε File (Αρχείο) > New (Νέο) > Plate (Πλάκα).
Ανοίγει το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) που εμφανίζει το προεπιλεγμένο αρχείο
πλάκας για το επιλεγμένο όργανο.

144 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Υπόδειξη: Για πληροφορίες σχετικά με τη ρύθμιση του προεπιλεγμένου αρχείου πλάκας, βλ.
Αλλαγή των προεπιλεγμένων ρυθμίσεων αρχείων στη σελίδα 94.

Για να ανοίξετε ένα νέο αρχείο πλάκας από τον Οδηγό εκκίνησης
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα παρακάτω για να ανοίξετε τον Οδηγό εκκίνησης,εάν δεν εμφανίζεται:nΕπιλέξτε View (Προβολή) > Startup Wizard (Οδηγός εκκίνησης).

nΚάντε κλικ στον Οδηγό εκκίνησης στη γραμμή εργαλείων.

2.

Εάν είναι απαραίτητο, επιλέξτε τον τύπο οργάνου από την αναπτυσσόμενη λίστα.

3.

Για να δημιουργήσετε μια νέα πλάκα, κάντε κλικ στην επιλογή User-defined (Οριζόμενη από τονχρήστη) ως τύπο δοκιμής.
Ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) που εμφανίζει την καρτέλα Protocol(Πρωτόκολλο).

4.

Κάντε κλικ στην καρτέλα Plate (Πλάκα) και κάντε κλικ στο Create New (Δημιουργία νέου).
Ανοίγει το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) που εμφανίζει την προεπιλεγμένη διάταξη
πλάκας για το επιλεγμένο όργανο.

Για να ανοίξετε ένα νέο αρχείο πλάκας από το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμισηδοκιμής)1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα παρακάτω για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Run
Setup (Ρύθμιση δοκιμής):nΕπιλέξτε Run (Δοκιμή) > User-defined Run (Οριζόμενη από τον χρήστη δοκιμή).

nΚάντε κλικ στην επιλογή User-defined Run Setup (Οριζόμενη από τον χρήστη ρύθμιση δοκιμής)στη γραμμή εργαλείων.

Ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο).
2.

Για να δημιουργήσετε μια νέα πλάκα, κάντε κλικ στην καρτέλα Plate (Πλάκα) και κάντε κλικ στοCreate New (Δημιουργία νέου).
Ανοίγει το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) που εμφανίζει την προεπιλεγμένη διάταξη
πλάκας για το επιλεγμένο όργανο.

Οδηγός χρήσης | 145Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Άνοιγμα υπάρχοντος αρχείου πλάκας στο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας)Το CFX Maestro Dx SE παρέχει δείγματα αρχείων πλάκας που μπορείτε να επεξεργαστείτε και νααποθηκεύσετε ως νέα πλάκα. Μπορείτε επίσης να δημιουργήσετε ένα νέο αρχείο πλάκας από έναπροηγουμένως αποθηκευμένο αρχείο πλάκας.

Για να ανοίξετε ένα δείγμα αρχείου πλάκας
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > Plate (Πλάκα).
Η Εξερεύνηση των Windows ανοίγει στη θέση του φακέλου δειγμάτων αρχείων στο Σύστημα CFX
Opus Dx.

2.

Ανοίξτε τον φάκελο δειγμάτων αρχείων και, στη συνέχεια, ανοίξτε τον φάκελο Plates (Πλάκες).

3.

Επιλέξτε ένα αρχείο πλάκας και κάντε κλικ στο Open (Άνοιγμα).
Το δείγμα αρχείου πλάκας ανοίγει στο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

4.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save As (Αποθήκευση ως) και αποθηκεύστε το αρχείο πλάκας με νέο όνομα
ή σε νέο φάκελο.

Για να ανοίξετε ένα προηγουμένως αποθηκευμένο αρχείο πλάκας
1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε ένα από τα εξής:nΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > Plate (Πλάκα), πλοηγηθείτε στην επιθυμητή πλάκα
και επιλέξτε την και κάντε κλικ στο Open (Άνοιγμα).

nΑνοίξτε τον Οδηγό εκκίνησης και κάντε ένα από τα εξής:oΓια να επεξεργαστείτε ένα υπάρχον αρχείο πλάκας, κάντε κλικ στην επιλογή Select Existing(Επιλογή υπάρχουσας πλάκας) και μεταβείτε στο επιθυμητό αρχείο.

oΓια να επεξεργαστείτε το εμφανιζόμενο αρχείο πλάκας, κάντε κλικ στην επιλογή Edit
Selected (Επεξεργασία επιλεγμένου).

Η επιθυμητή πλάκα ανοίγει στο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).
2.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save As (Αποθήκευση ως) και αποθηκεύστε το αρχείο πλάκας με νέο όνομα
ή σε νέο φάκελο.

146 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Ρύθμιση νέου αρχείου πλάκας
Υπόδειξη: Εάν το αρχείο πλάκας περιλαμβάνει τις απαιτούμενες παραμέτρους (για παράδειγμα, εάνεπεξεργάζεστε ένα δείγμα ή υπάρχον αρχείο πλάκας) μπορείτε να παραλείψετε αυτήν την ενότητα.
Προχωρήστε στην ενότητα Εκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας στη σελίδα
155.
Τα νέα αρχεία πλάκας απαιτούν τις ακόλουθες παραμέτρους:nPlate size (Μέγεθος πλάκας)nPlate type (Τύπος πλάκας)n

Scan mode (Λειτουργία σάρωσης)nΈνα φθοροφόρο (χρωστική)nΈνας τύπος δείγματοςΕπιλογή μεγέθους και τύπου πλάκας
Σημαντικό: Πρέπει να επιλέξετε ένα μέγεθος πλάκας κατά τη ρύθμιση της πλάκας. Δεν μπορείτε νααλλάξετε το μέγεθος της πλάκας κατά τη διάρκεια ή μετά από μια δοκιμή.
Το λογισμικό εφαρμόζει το μέγεθος και τον τύπο της πλάκας σε όλα τα βοθρία κατά τη διάρκεια τηςδοκιμής. Βεβαιωθείτε ότι το επιλεγμένο μέγεθος πλάκας είναι ίδιο με το μέγεθος πλάκας που θαχρησιμοποιήσετε στη δοκιμή.
Τα συστήματα CFX Opus Dx της Bio-Rad είναι εργοστασιακά βαθμονομημένα για πολλούς συνδυασμούς
χρωστικών φθορισμού και πλακών. Η βαθμονόμηση είναι συγκεκριμένη για το όργανο, τη χρωστική καιτον τύπο πλάκας. Βεβαιωθείτε ότι το φθοροφόρο που σκοπεύετε να χρησιμοποιήσετε είναι
βαθμονομημένο για τον τύπο πλάκας που επιλέγετε.
Υπόδειξη: Για να βαθμονομήσετε έναν νέο συνδυασμό χρωστικής και τύπου πλάκας σε ένα όργανο,επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Dye Calibration Wizard (Οδηγός βαθμονόμησης χρωστικής). Γιαπληροφορίες σχετικά με τη βαθμονόμηση των χρωστικών και τους τύπους πλακών, βλ.
Βαθμονόμηση νέων χρωστικών στη σελίδα 85.

Επιλογή λειτουργίας σάρωσης
Τα συστήματα CFX Opus 96 Dx και CFX Opus Deepwell Dx διεγείρουν και ανιχνεύουν φθοροφόρα σεπέντε κανάλια (συν FRET). Το σύστημα CFX Opus 384 Dx διεγείρει και ανιχνεύει φθοροφόρα σε τέσσερακανάλια (συν FRET). Όλα τα συστήματα χρησιμοποιούν πολλαπλές λειτουργίες σάρωσης λήψης
δεδομένων για τη συλλογή δεδομένων φθορισμού κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής.
Το CFX Maestro Dx SE παρέχει τρεις λειτουργίες σάρωσης:n

All Channels (Όλα τα κανάλια)Οδηγός χρήσης | 147Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

n

n

o

Σαρώνει τα κανάλια 1 έως 5 στα συστήματα CFX Opus 96 Dx και CFX Opus Deepwell DxoΣαρώνει τα κανάλια 1 έως 4 στα συστήματα CFX Opus 384 Dx

SYBR®/FAMoΣαρώνει μόνο το κανάλι 1oΠαρέχει γρήγορη σάρωση

FREToΣαρώνει μόνο το κανάλι FREToΠαρέχει γρήγορη σάρωση

Επιλογή φθοροφόρων
Σημαντικό: Πριν την έναρξη της δοκιμής, τα συστήματα CFX επαληθεύουν ότι τα φθοροφόρα πουκαθορίσατε στην πλάκα είναι βαθμονομημένα σε αυτό το όργανο. Δεν μπορείτε να εκτελέσετε δοκιμή
στην πλάκα εάν περιλαμβάνει φθοροφόρα που δεν έχουν βαθμονομηθεί σε αυτό το όργανο.
Πρέπει να τοποθετήσετε τουλάχιστον ένα φθοροφόρο στη διάταξη πλάκας πριν από τη δοκιμή. Μπορείτε
να προσθέσετε όσο το δυνατόν περισσότερα φθοροφόρα, αλλά η πλάκα πρέπει να περιέχει τουλάχιστονένα φθοροφόρο. Τα επιλεγμένα φθοροφόρα εμφανίζονται ως επιλογές για στόχους στα ονόματα στόχων.
Χρησιμοποιείτε το πλαίσιο διαλόγου Select Fluorophores (Επιλογή φθοροφόρων) για να φορτώσετε ταφθοροφόρα (ή τις χρωστικές πλάκας) στα στοιχεία ελέγχου φόρτωσης του Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας). Τα φθοροφόρα που εμφανίζονται στο πλαίσιο διαλόγου Select Fluorophores (Επιλογή
φθοροφόρων) εξαρτώνται από τη λειτουργία σάρωσης που επιλέγετε:n

All Channels (Όλα τα κανάλια)Εμφανίζονται όλα τα διαθέσιμα φθοροφόρα.
Υπόδειξη: Μπορείτε να προσθέσετε όσα φθοροφόρα χρειάζεται, αλλά μπορείτε να φορτώσετε
μόνο ένα φθοροφόρο ανά κανάλι σε κάθε βοθρίο.

nSYBR®/FAM
Εμφανίζονται μόνο τα φθοροφόρα στο κανάλι 1.

nFRET
Εμφανίζεται μόνο το φθοροφόρο στο κανάλι 6.
Υπόδειξη: Το φθοροφόρο FRET στο κανάλι 6 εμφανίζεται μόνο όταν το FRET είναι ηεπιλεγμένη λειτουργία σάρωσης. Δεν είναι διαθέσιμο για τη λειτουργία σάρωσης όλων τωνκαναλιών.

148 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Σημείωση: Δεν μπορείτε να προσθέσετε απευθείας φθοροφόρα ή να τα αφαιρέσετε από το πλαίσιο
διαλόγου Select Fluorophore (Επιλογή φθοροφόρου). Πρέπει να βαθμονομήσετε τα νέα φθοροφόρα
σε ένα όργανο χρησιμοποιώντας το Dye Calibration Wizard (Οδηγός βαθμονόμησης χρωστικών).
Μετά τη βαθμονόμηση, το νέο φθοροφόρο προστίθεται αυτόματα σε αυτήν τη λίστα. Γιαπερισσότερες πληροφορίες, βλ. Βαθμονόμηση νέων χρωστικών στη σελίδα 85.

Επιλογή τύπων δειγμάτων
Σημαντικό: Πρέπει να επιλέξετε τουλάχιστον έναν τύπο δείγματος για να τον εκχωρήσετε σταβοθρία της πλάκας πριν από τη δοκιμή.
Το CFX Maestro Dx SE προσφέρει πέντε τύπους δειγμάτων:nUnknown (Άγνωστο)nStandard (Πρότυπο)n

NTC (χωρίς έλεγχο μήτρας)n

Positive Control (Θετικός μάρτυρας)n

Negative Control (Αρνητικός μάρτυρας)n

NRT (χωρίς αντίστροφη μεταγραφάση)Εκχωρείτε τους τύπους δειγμάτων στα βοθρία της πλάκας.

Ρύθμιση νέας πλάκας
Για να ρυθμίσετε μια νέα πλάκα
1.

Ανοίξτε μια νέα πλάκα στο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

2.

Για να ορίσετε το μέγεθος της πλάκας, επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Plate Size (Μέγεθος πλάκας)και επιλέξτε το κατάλληλο μέγεθος πλάκας από το αναπτυσσόμενο μενού.

3.

Για να ορίσετε τον τύπο πλάκας, επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Plate Type (Τύπος πλάκας) καιεπιλέξτε BR White (BR λευκά) ή BR Clear (BR διαφανή) από το αναπτυσσόμενο μενού.

4.

Προαιρετικά, από το μενού Settings (Ρυθμίσεις) μπορείτε να αλλάξετε τη μορφή αριθμού και τιςμονάδες μέτρησης:nΓια να αλλάξετε τη μορφή αριθμού, επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Number Convention (Μορφή
αριθμού) και επιλέξτε Scientific Notation (Επιστημονική σημειογραφία).
Υπόδειξη: Η Επιστημονική σημειογραφία επιλέγεται από προεπιλογή. Σε αυτήν τηνπερίπτωση, με την επιλογή Scientific Notation (Επιστημονική σημειογραφία) διαγράφεται ηπροεπιλογή και η μορφή αριθμού ορίζεται σε πρότυπη μορφή.

Οδηγός χρήσης | 149Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακώνnΓια να αλλάξετε τις μονάδες μέτρησης, επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Units (Μονάδες) καιεπιλέξτε μια νέα τιμή μονάδας.

5.

Για να ορίσετε τη λειτουργία σάρωσης, επιλέξτε την κατάλληλη λειτουργία σάρωσης από τηναναπτυσσόμενη λίστα Scan Mode (Λειτουργία σάρωσης) στη γραμμή εργαλείων του παραθύρου
Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

6.

Επιλέξτε τα απαραίτητα φθοροφόρα για την πλάκα:a.

Στο δεξιό τμήμα του παραθύρου, κάντε κλικ στην επιλογή Select Fluorophores (Επιλογή
φθοροφόρων).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Select Fluorophores (Επιλογή φθοροφόρων). Βλέπετε ταδιαθέσιμα φθοροφόρα για τον τύπο της λειτουργίας σάρωσης που επιλέξατε στο Βήμα 5, γιαπαράδειγμα:b.

Για να επιλέξετε ένα φθοροφόρο, κάντε κλικ στο αντίστοιχο πλαίσιο ελέγχου Selected(Επιλεγμένο).
Υπόδειξη: Για να αφαιρέσετε ένα φθοροφόρο από τη λίστα, καταργήστε την επιλογή τουπλαισίου ελέγχου Selected (Επιλεγμένο).

c.

Για να αλλάξετε το χρώμα εμφάνισης του φθοροφόρου, κάντε κλικ στο πλαίσιο Color (Χρώμα).

150 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Σημείωση: Το χρώμα που επιλέγετε αντιπροσωπεύει το φθοροφόρο τόσο στο παράθυρο
Plate Editor (επεξεργασία πλάκας) όσο και στα διαγράμματα ανάλυσης δεδομένων.

7.

d.

Στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα), επιλέξτε το χρώμα που θέλετε ή κάντε κλικ στην επιλογή
Define Custom Colors (Ορισμός προσαρμοσμένων χρωμάτων) και δημιουργήστε ένα νέοχρώμα για να αντιπροσωπεύει το φθοροφόρο.

e.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και έξοδο από το πλαίσιο διαλόγου SelectFluorophores (Επιλογή φθοροφόρων).

Πρέπει να επιλέξετε τουλάχιστον ένα βοθρίο για να φορτώσετε έναν τύπο δείγματος. Απόπροεπιλογή, επιλέγεται το βοθρίο A1.
Στο παράθυρο πλάκας, κάντε ένα από τα εξής:nΓια να φορτώσετε πολλαπλά παρακείμενα πηγάδια, κάντε κλικ σε ένα βοθρίο και σύρετε στοβοθρίο προορισμού.

nΓια να φορτώσετε πολλαπλά μη παρακείμενα βοθρία, κρατήστε πατημένο το πλήκτρο Control
και κάντε κλικ σε κάθε βοθρίο.

nΓια να φορτώσετε μια ολόκληρη στήλη με τον ίδιο τύπο δείγματος, κάντε κλικ στον αριθμό τηςστήλης.

nΓια να φορτώσετε μια ολόκληρη γραμμή, κάντε κλικ στον αριθμό της γραμμής.

nΓια να φορτώσετε ολόκληρη την πλάκα, κάντε κλικ στην επάνω αριστερή γωνία της πλάκας.

Οδηγός χρήσης | 151Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Για παράδειγμα:8.

Εκχωρήστε έναν τύπο δείγματος στο επιλεγμένο βοθρίο ή βοθρία από το αναπτυσσόμενο μενού
Sample Type (Τύπος δείγματος).

9.

Εκχωρήστε τουλάχιστον ένα φθοροφόρο σε όλα τα βοθρία που περιέχουν τύπο δείγματος. Μπορείτε
να εκχωρήσετε περισσότερα από ένα φθοροφόρα σε ένα βοθρίο ή μια ομάδα βοθρίων.
Σημείωση: Μπορείτε να εκχωρήσετε μόνο ένα φθοροφόρο ανά κανάλι. Δεν μπορείτε ναεκχωρήσετε περισσότερα από ένα φθοροφόρα από το ίδιο κανάλι στο ίδιο βοθρίο.
Υπόδειξη: Μπορείτε να συσχετίσετε έναν στόχο με το φθοροφόρο ή μπορείτε να εκχωρήσετε
μόνο το φθοροφόρο στο βοθρίο αυτή τη στιγμή και να συσχετίσετε έναν στόχο με το φθοροφόρο
μετά την εκτέλεση του πειράματος.

152 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)nΓια να εκχωρήσετε μόνο ένα φθοροφόρο στα επιλεγμένα βοθρία, στην ενότητα Target Names(Ονόματα στόχων) στο δεξιό τμήμα του παραθύρου επιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου Load(Φόρτωση) για το συγκεκριμένο φθοροφόρο.

nΓια να συσχετίσετε έναν στόχο με ένα φθοροφόρο, στην ενότητα Target Names (Ονόματα
στόχων) επιλέξτε ένα όνομα στόχου από την αναπτυσσόμενη λίστα για το συγκεκριμένο
φθοροφόρο. Το λογισμικό επιλέγει αυτόματα το αντίστοιχο πλαίσιο ελέγχου Load (Φόρτωση).

10. Για τα βοθρία που περιέχουν πρότυπο τύπο δείγματος, πρέπει να φορτώσετε μια συγκέντρωση.
Κάθε βοθρίο μπορεί να έχει διαφορετική τιμή συγκέντρωσης. Από προεπιλογή, το CFX Maestro Dx
SE φορτώνει μια συγκέντρωση 1,00E+06 σε όλα τα βοθρία με πρότυπο τύπο δείγματος. Μπορείτε νααλλάξετε την τιμή εάν είναι απαραίτητο.
a.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε ένα πρότυπο βοθρίο ή ομάδα βοθρίων.

b.

Στην ενότητα Concentration (Συγκέντρωση), κάντε κλικ στο Load (Φόρτωση) για να φορτώσετε
την τιμή στο επιλεγμένο βοθρίο ή βοθρία.

c.

(Προαιρετικό) Για να φορτώσετε μια άλλη συγκέντρωση, πληκτρολογήστε τη νέα τιμή στοπλαίσιο κειμένου Concentration (Συγκέντρωση) και πατήστε Enter.

d.

Εκτελέστε αυτό το βήμα για όλα τα βοθρία με πρότυπο τύπο δείγματος.
Υπόδειξη: Για να φορτώσετε την ίδια συγκέντρωση σε όλα τα πρότυπα βοθρία,βεβαιωθείτε ότι το <All> (Όλα) εμφανίζεται στην αναπτυσσόμενη λίστα κάτω από την τιμήσυγκέντρωσης. Για να φορτώσετε την ίδια τιμή συγκέντρωσης σε όλα τα βοθρία με ένασυγκεκριμένο φθοροφόρο, κάντε κλικ στην αναπτυσσόμενη λίστα και επιλέξτε τοφθοροφόρο.

11. Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τη νέα πλάκα.

Οδηγός χρήσης | 153Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Στοιχεία μενού δεξιού κλικ για το εργαλείο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Ο Πίνακας 9 παραθέτει τα στοιχεία μενού που είναι διαθέσιμα στο εργαλείο Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας) όταν κάνετε δεξί κλικ σε οποιοδήποτε βοθρίο στο εργαλείο. Αυτό το μενού εμφανίζεται επίσηςστο Spreadsheet View/Importer (Προβολή/Εισαγωγή υπολογιστικού φύλλου).
Πίνακας 9. Κάντε δεξί κλικ στα στοιχεία μενού στο εργαλείο προβολής/εισαγωγής
υπολογιστικών φύλλων πλάκας

Στοιχείο

Λειτουργία

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει ολόκληρο το υπολογιστικό φύλλο.

Copy as ImageΑντιγράφει το υπολογιστικό φύλλο ως αρχείο εικόνας.

(Αντιγραφή ως εικόνα)Print (Εκτύπωση)Εκτυπώνει το υπολογιστικό φύλλο.

Print SelectionΕκτυπώνει μόνο τα επιλεγμένα κελιά.

(Εκτύπωση επιλογής)Export to ExcelΕξάγει το αρχείο σε ένα υπολογιστικό φύλλο Excel.

(Εξαγωγή στο Excel)
Export to CSVΕξάγει το αρχείο ως αρχείο .csv.

(Εξαγωγή σε CSV)
Export to Xml (Εξαγωγή

Εξάγει το αρχείο ως αρχείο .xml.

σε Xml)Export to HtmlΕξάγει το αρχείο ως αρχείο .html.

(Εξαγωγή σε Html)
Find (Εύρεση)Αναζητά συγκεκριμένο κείμενο.

Sort (Ταξινόμηση)Ταξινομεί το υπολογιστικό φύλλο επιλέγοντας έως και τρεις στήλες
δεδομένων στο παράθυρο Sort (Ταξινόμηση).

154 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

Εκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας
Ένα αρχείο πλάκας περιέχει πληροφορίες σχετικά με το περιεχόμενο κάθε βοθρίου με δείγμα για δοκιμή.
Μετά τη δοκιμή, το CFX Maestro Dx SE συνδέει τα περιεχόμενα των βοθρίων με τα δεδομένα φθορισμού
που συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια του πρωτοκόλλου και εφαρμόζει την κατάλληλη ανάλυση στοπαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).
Στο CFX Maestro Dx SE, μπορείτε να εκχωρήσετε παραμέτρους σε κάθε βοθρίο στην πλάκα σας πριν,κατά τη διάρκεια ή ακόμα και μετά την εκτέλεση των πειραμάτων. Μπορείτε να εκχωρήσετε τιςπαραμέτρους σε ένα υπάρχον αρχείο πλάκας ή σε ένα νέο αρχείο πλάκας. Αυτές οι παράμετροιπεριλαμβάνουν:nTarget names (Ονόματα στόχων) — ο στόχος ή οι στόχοι ενδιαφέροντος (γονίδια ή αλληλουχίες)σε κάθε φορτωμένο βοθρίο.

n

Sample names (Ονόματα δειγμάτων) — το αναγνωριστικό ή η συνθήκη που αντιστοιχεί στο δείγμα
σε κάθε φορτωμένο βοθρίο, όπως mouse1, mouse2 ή mouse3.

nBiological groups (Βιολογικές ομάδες) — το αναγνωριστικό ή η συνθήκη που αντιστοιχεί σε μιαομάδα βοθρίων, όπως 0Hr, 1Hr ή 2Hr.
Υπόδειξη: Τα ονόματα στόχων, τα ονόματα δειγμάτων και οι βιολογικές ομάδες πρέπει να είναι
τα ίδια μεταξύ των βοθρίων για να είναι δυνατή η σύγκριση των δεδομένων στην καρτέλα Gene
Expression (Έκφραση γονιδίων) του παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Κάθεόνομα πρέπει να περιέχει την ίδια χρήση κεφαλαίων γραμμάτων, ίδια σημεία στίξης και ίδιαδιαστήματα. Για παράδειγμα, το "Actin" δεν είναι το ίδιο με το "actin", το "2Hr" δεν είναι το ίδιο με
το "2 hr" και το "Mouse 1" δεν είναι το ίδιο με το "mouse1". Για να διασφαλίσετε τη συνοχή τωνονομάτων, εισαγάγετε τα ονόματα στην ενότητα Libraries (Βιβλιοθήκες) στο User (Χρήστης) >User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) > Plate (Πλάκα), που είναι διαθέσιμο στο παράθυρο
Home (Αρχικό).

nTechnical replicates (Τεχνικά αντίγραφα) - κάθε βοθρίο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση τουίδιου συνδυασμού δείγματος και στόχου, δηλαδή, επαναληπτικές αντιδράσεις qPCR.

n

Dilution series (Σειρά αραίωσης) — το μέγεθος κατά το οποίο πρέπει να αλλάξει ο τύπος
δείγματος Standard (Πρότυπο) εντός μιας ομάδας αντιγράφων για να δημιουργηθούν δεδομένα
πρότυπης καμπύλης για ανάλυση.

Εκχώρηση στόχου σε βοθρία
Υπόδειξη: Μπορείτε να εκχωρήσετε το ίδιο όνομα στόχου σε ένα ή πολλαπλά βοθρία. Μπορείτε
επίσης να ορίσετε πολλαπλούς στόχους στο ίδιο βοθρίο.

Οδηγός χρήσης | 155Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Σημαντικό: Κάνοντας κλικ στο OK μετά την εκχώρηση ενός στόχου, αποθηκεύονται οι αλλαγές καιαπενεργοποιείται η επιλογή Undo (Αναίρεση) στη γραμμή εργαλείων Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας). Προσέξτε όταν κάνετε κλικ στο OK.

Για να εκχωρήσετε έναν στόχο σε ένα βοθρίο ή μια ομάδα βοθρίων
1.

Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), βεβαιωθείτε ότι στο βοθρίο ή στην ομάδα βοθρίων έχειεκχωρηθεί ένας τύπος δείγματος.
Βλ. Επιλογή τύπων δειγμάτων στη σελίδα 149 για πληροφορίες σχετικά με την εκχώρηση τύπων
δειγμάτων σε βοθρία.

2.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε το βοθρίο ή την ομάδα βοθρίων:nΓια να επιλέξετε ένα μεμονωμένο βοθρίο, κάντε κλικ στο βοθρίο.

nΓια να επιλέξετε πολλά παρακείμενα βοθρία, κάντε κλικ σε ένα βοθρίο και σύρετε στο βοθρίο
στόχο.

nΓια να επιλέξετε πολλαπλά μη παρακείμενα βοθρία, κρατήστε πατημένο το πλήκτρο Control καικάντε κλικ σε κάθε βοθρίο.

nΓια να επιλέξετε μια ολόκληρη στήλη με τον ίδιο τύπο δείγματος, κάντε κλικ στον αριθμό τηςστήλης.

nΓια να επιλέξετε μια ολόκληρη γραμμή, κάντε κλικ στον αριθμό της γραμμής.

3.

Στο δεξιό τμήμα του παραθύρου, επιλέξτε ένα όνομα από την αναπτυσσόμενη λίστα Target Name(Όνομα στόχου) για κάθε επιλεγμένο φθοροφόρο.

4.

Επαναλάβετε το Βήμα 3 για κάθε βοθρίο ή ομάδα βοθρίων στα οποία πρέπει να εκχωρήσετε ένανστόχο.
Υπόδειξη: Μπορείτε να εκχωρήσετε το ίδιο ή διαφορετικό όνομα στόχου για κάθε επιλεγμένο
φθοροφόρο.

5.

Κάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να αποθηκεύσετε την πλάκα.
Σημείωση: Εάν αλλάξατε κατά λάθος την πλάκα, κάντε κλικ στην επιλογή Undo (Αναίρεση) στηγραμμή εργαλείων του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), προτού κάνετε κλικ στο OK για νααποδεχτείτε τις αλλαγές.

156 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

Για να καταργήσετε ένα όνομα στόχουuΓια να καταργήσετε ένα όνομα στόχου από το επιλεγμένο βοθρίο ή την επιλεγμένη ομάδα βοθρίων,καταργήστε την επιλογή του στο πλαίσιο ελέγχου Load (Φόρτωση).
Σημαντικό: Η κατάργηση ενός ονόματος στόχου από ένα βοθρίο καταργεί επίσης το σχετικό
φθοροφόρο. Προσέξτε όταν αφαιρείτε ένα όνομα στόχου από ένα βοθρίο.

Για να προσθέσετε ένα όνομα στόχου στη λίσταuΓια να προσθέσετε ένα όνομα στόχου στην αναπτυσσόμενη λίστα, κάντε ένα από τα εξής:nΠληκτρολογήστε ένα όνομα στην αναπτυσσόμενη λίστα Target Name (Όνομα στόχου) καιπατήστε Enter.
Υπόδειξη: Τα ονόματα στόχων που προσθέτετε σε μία λίστα εμφανίζονται σε όλες τις άλλες
λίστες στόχων.

nΚάντε κλικ στο πράσινο σύμβολο + στα δεξιά της αναπτυσσόμενης λίστας, πληκτρολογήστε έναόνομα για τον στόχο και πατήστε Enter.

nΚάντε κλικ στο User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) στη γραμμή εργαλείων και προσθέστε τοόνομα στη βιβλιοθήκη Target Names (Ονόματα στόχων) στην καρτέλα Plate (Πλάκα).

Σημαντικό: Τα ονόματα στόχων που προσθέτετε στην αναπτυσσόμενη λίστα είναι διαθέσιμα
μόνο για την τρέχουσα πλάκα και μόνο αν εκχωρήσετε το όνομα σε ένα βοθρίο καιαποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας. Εάν δεν εκχωρήσετε το όνομα σε ένα βοθρίο και δεναποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας, το όνομα δεν αποθηκεύεται και δεν είναι διαθέσιμο γιαμελλοντική χρήση. Για να προσθέσετε μόνιμα ένα όνομα στόχου, προσθέστε το επίσης στηβιβλιοθήκη Target Names (Ονόματα στόχων) χρησιμοποιώντας το πλαίσιο διαλόγου User
Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Τα ονόματα που προσθέτετε στη βιβλιοθήκη είναι διαθέσιμα
αφού ανοίξετε ξανά το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας). Βλ. Ρύθμιση προεπιλεγμένων
παραμέτρων πλάκας στη σελίδα 97 για περισσότερες πληροφορίες.

Για να διαγράψετε ένα όνομα στόχου από τη λίστα
1.

Κάντε κλικ στο User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) στη γραμμή εργαλείων.
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), εμφανίζοντας την καρτέλα
Plate (Πλάκα).

2.

Στη βιβλιοθήκη Target Names (Ονόματα στόχων) στην καρτέλα Plate (Πλάκα), επιλέξτε το όνομα γιαδιαγραφή και πατήστε το πλήκτρο Delete (Διαγραφή).

3.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση αλλαγών και έξοδο από το πλαίσιο διαλόγου User Preferences(Προτιμήσεις χρήστη).

Οδηγός χρήσης | 157Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Σημαντικό: Δεν μπορείτε να διαγράψετε τα ονόματα των στόχων που αποθηκεύσατε με ένααρχείο πλάκας. Τα προσαρμοσμένα ονόματα που προσθέτετε στην αναπτυσσόμενη λίστα
Target Names (Ονόματα στόχων) και δεν χρησιμοποιείτε ούτε αποθηκεύετε με την πλάκα
καταργούνται αυτόματα από τη λίστα. Τα ονόματα που διαγράφετε από τη βιβλιοθήκη Target
Names (Ονόματα στόχων) καταργούνται οριστικά από το λογισμικό και δεν είναι πλέον
διαθέσιμα στους χρήστες. Προσέξτε κατά τη διαγραφή ονομάτων στόχων.

Εκχώρηση ενός ονόματος δείγματος στα βοθρία
Σημείωση: Για να εκχωρήσετε ένα όνομα δείγματος, πρέπει να εκχωρήσετε στα επιλεγμένα βοθρία
τουλάχιστον ένα φθοροφόρο. Εάν στα επιλεγμένα βοθρία δεν έχει εκχωρηθεί φθοροφόρο, ηαναπτυσσόμενη λίστα Sample Names (Ονόματα δειγμάτων) είναι απενεργοποιημένη. Βλ.
Εκχώρηση στόχου σε βοθρία στη σελίδα 155 για πληροφορίες σχετικά με την εκχώρηση
φθοροφόρων.
Υπόδειξη: Μπορείτε να εκχωρήσετε μόνο ένα όνομα δείγματος σε κάθε βοθρίο ή ομάδα βοθρίων.

Για να εκχωρήσετε ένα όνομα δείγματος σε ένα βοθρίο ή μια ομάδα βοθρίων
1.

Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), βεβαιωθείτε ότι στο βοθρίο ή στην ομάδα βοθρίων έχειεκχωρηθεί ένα φθοροφόρο.

2.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε το βοθρίο ή την ομάδα βοθρίων.

3.

Στο δεξιό τμήμα του παραθύρου, επιλέξτε ένα όνομα στην αναπτυσσόμενη λίστα Sample Names(Ονόματα δειγμάτων).
Το λογισμικό επιλέγει αυτόματα το αντίστοιχο πλαίσιο ελέγχου Load (Φόρτωση).

4.

Επαναλάβετε το Βήμα 3 για κάθε βοθρίο ή ομάδα βοθρίων στο(-ην) οποίο(-α) πρέπει να εκχωρήσετεένα όνομα δείγματος.

5.

Κάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να αποθηκεύσετε την πλάκα.
Σημείωση: Εάν αλλάξατε κατά λάθος την πλάκα, κάντε κλικ στην επιλογή Undo (Αναίρεση) στηγραμμή εργαλείων του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), προτού κάνετε κλικ στο OK για νααποδεχτείτε τις αλλαγές.

158 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

Για να καταργήσετε ένα όνομα δείγματοςuΓια να καταργήσετε ένα όνομα δείγματος από ένα επιλεγμένο βοθρίο ή μια επιλεγμένη ομάδα
βοθρίων, καταργήστε την επιλογή του στο πλαίσιο ελέγχου Load (Φόρτωση).

Για να προσθέσετε ένα όνομα δείγματος στη λίσταuΓια να προσθέσετε ένα όνομα δείγματος στην αναπτυσσόμενη λίστα, κάντε ένα από τα εξής:nΠληκτρολογήστε ένα όνομα στην αναπτυσσόμενη λίστα Sample Names (Ονόματα δειγμάτων)και πατήστε Enter.

nΚάντε κλικ στο πράσινο σύμβολο + στα δεξιά της αναπτυσσόμενης λίστας και πληκτρολογήστεένα όνομα για το δείγμα.

nΚάντε κλικ στο User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) στη γραμμή εργαλείων και προσθέστε τοόνομα στη βιβλιοθήκη Sample Names (Ονόματα δειγμάτων) στην καρτέλα Plate (Πλάκα).

Σημαντικό: Τα ονόματα δειγμάτων που προσθέτετε στην αναπτυσσόμενη λίστα είναι διαθέσιμα
μόνο για την τρέχουσα πλάκα και μόνο αν εκχωρήσετε το όνομα σε ένα βοθρίο καιαποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας. Εάν δεν εκχωρήσετε το όνομα σε ένα βοθρίο και δεναποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας, το όνομα δεν αποθηκεύεται και δεν είναι διαθέσιμο γιαμελλοντική χρήση. Για να προσθέσετε οριστικά ένα όνομα δείγματος, προσθέστε το επίσης στηβιβλιοθήκη Sample Names (Ονόματα δειγμάτων) χρησιμοποιώντας το πλαίσιο διαλόγου User
Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Τα ονόματα που προσθέτετε στη βιβλιοθήκη είναι διαθέσιμα
αφού ανοίξετε ξανά το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας). Βλ. Ρύθμιση προεπιλεγμένων
παραμέτρων πλάκας στη σελίδα 97 για περισσότερες πληροφορίες.

Για να διαγράψετε ένα όνομα δείγματος από τη λίστα
1.

Κάντε κλικ στο User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) στη γραμμή εργαλείων.
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), εμφανίζοντας την καρτέλα
Plate (Πλάκα).

2.

Στη βιβλιοθήκη Sample Names (Ονόματα δειγμάτων) στην καρτέλα Plate (Πλάκα), επιλέξτε το όνομα
για διαγραφή και πατήστε το πλήκτρο Delete (Διαγραφή).

3.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση αλλαγών και έξοδο από το πλαίσιο διαλόγου User Preferences(Προτιμήσεις χρήστη).
Σημαντικό: Δεν μπορείτε να διαγράψετε ονόματα δειγμάτων που έχετε αποθηκεύσει με ένααρχείο πλάκας. Τα προσαρμοσμένα ονόματα που προσθέτετε στην αναπτυσσόμενη λίστα
Sample Names (Ονόματα δειγμάτων) και δεν χρησιμοποιείτε ούτε αποθηκεύετε με την πλάκα
καταργούνται αυτόματα από τη λίστα. Τα ονόματα που διαγράφετε από τη βιβλιοθήκη Sample
Names (Ονόματα δειγμάτων) καταργούνται από το λογισμικό και δεν είναι πλέον διαθέσιμα
στους χρήστες. Προσέξτε όταν διαγράφετε ονόματα δειγμάτων.

Οδηγός χρήσης | 159Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Εκχώρηση βιολογικών ομάδων σε βοθρία
Σημείωση: Για να εκχωρήσετε μια βιολογική ομάδα, πρέπει να εκχωρήσετε στα επιλεγμένα βοθρία
τουλάχιστον ένα φθοροφόρο. Η εκχώρηση φθοροφόρου ενεργοποιεί την αναπτυσσόμενη λίστα
Biological Groups (Βιολογικές ομάδες). Βλ. Εκχώρηση στόχου σε βοθρία στη σελίδα 155 γιαπληροφορίες σχετικά με την εκχώρηση φθοροφόρων.
Υπόδειξη: Μπορείτε να εκχωρήσετε μια βιολογική ομάδα σε κάθε βοθρίο ή ομάδα βοθρίων.

Για να εκχωρήσετε μια βιολογική ομάδα σε ένα βοθρίο ή μια ομάδα βοθρίων
1.

Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), βεβαιωθείτε ότι στο βοθρίο ή στην ομάδα βοθρίων έχειεκχωρηθεί ένα φθοροφόρο.

2.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε το βοθρίο ή την ομάδα βοθρίων.

3.

Στο δεξιό τμήμα του παραθύρου, κάντε μια επιλογή από την αναπτυσσόμενη λίστα Biological Group(Βιολογική ομάδα).
Το CFX Maestro Dx SE επιλέγει αυτόματα το πλαίσιο ελέγχου Load (Φόρτωση).

4.

Επαναλάβετε το Βήμα 3 για κάθε βοθρίο ή ομάδα βοθρίων στο(-ην) οποίο(-α) πρέπει να εκχωρήσετε
μια βιολογική ομάδα.

5.

Κάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να αποθηκεύσετε την πλάκα.
Σημείωση: Εάν αλλάξατε κατά λάθος την πλάκα, κάντε κλικ στην επιλογή Undo (Αναίρεση) στηγραμμή εργαλείων του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), προτού κάνετε κλικ στο OK για νααποδεχτείτε τις αλλαγές.

Για να καταργήσετε μια βιολογική ομάδαuΓια να καταργήσετε μια βιολογική ομάδα από το επιλεγμένο βοθρίο ή την επιλεγμένη ομάδα βοθρίων,καταργήστε την επιλογή της στο πλαίσιο ελέγχου Load (Φόρτωση).

Για να προσθέσετε μια βιολογική ομάδα στη λίσταuΓια να προσθέσετε μια βιολογική ομάδα στην αναπτυσσόμενη λίστα, κάντε ένα από τα εξής:160 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκαςnΠληκτρολογήστε ένα όνομα στο αναπτυσσόμενο πλαίσιο Biological Group (Βιολογική ομάδα)και πατήστε Enter.

nΚάντε κλικ στο πράσινο σύμβολο + στα δεξιά της αναπτυσσόμενης λίστας και πληκτρολογήστεένα όνομα για τη βιολογική ομάδα.

nΚάντε κλικ στο User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) στη γραμμή εργαλείων και προσθέστε τοόνομα στη βιβλιοθήκη Biological Group Names (Ονόματα βιολογικών ομάδων) στην καρτέλα
Plate (Πλάκα).

Σημαντικό: Τα ονόματα των βιολογικών ομάδων που προσθέτετε στην αναπτυσσόμενη λίστα
είναι διαθέσιμα μόνο για την τρέχουσα πλάκα και μόνο εάν εκχωρήσετε το όνομα σε ένα βοθρίο
και αποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας. Εάν δεν εκχωρήσετε το όνομα σε ένα βοθρίο και δεναποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας, το όνομα δεν αποθηκεύεται και δεν είναι διαθέσιμο γιαμελλοντική χρήση. Για να προσθέσετε μόνιμα ένα όνομα βιολογικής ομάδας, προσθέστε τοεπίσης στη βιβλιοθήκη Biological Group Names (Ονόματα βιολογικών ομάδων)χρησιμοποιώντας το πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Τα ονόματα
που προσθέτετε στη βιβλιοθήκη είναι διαθέσιμα αφού ανοίξετε ξανά το Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας). Βλ. Ρύθμιση προεπιλεγμένων παραμέτρων πλάκας στη σελίδα 97 γιαπερισσότερες πληροφορίες.

Για να διαγράψετε ένα όνομα βιολογικής ομάδας από τη λίστα
1.

Κάντε κλικ στο User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) στη γραμμή εργαλείων.
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη), εμφανίζοντας την καρτέλα
Plate (Πλάκα).

2.

Στη βιβλιοθήκη Biological Group Names (Ονόματα βιολογικών ομάδων) στην καρτέλα Plate (Πλάκα),επιλέξτε το όνομα για διαγραφή και πατήστε το πλήκτρο Delete (Διαγραφή).

3.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση αλλαγών και έξοδο από το πλαίσιο διαλόγου User Preferences(Προτιμήσεις χρήστη).
Σημαντικό: Δεν μπορείτε να διαγράψετε τα ονόματα των βιολογικών ομάδων πουαποθηκεύσατε με ένα αρχείο πλάκας. Τα προσαρμοσμένα ονόματα που προσθέτετε στηναναπτυσσόμενη λίστα Biological Group Names (Ονόματα βιολογικών ομάδων) και δενχρησιμοποιείτε και αποθηκεύετε με την πλάκα καταργούνται αυτόματα από τη λίστα. Τα ονόματαπου διαγράφετε από τη Βιβλιοθήκη Biological Group Names (Ονόματα βιολογικών ομάδων)καταργούνται οριστικά από το λογισμικό και δεν είναι πλέον διαθέσιμα στους χρήστες. Προσέξτε
όταν διαγράφετε ονόματα βιολογικών ομάδων.

Για να προβάλετε όλες τις βιολογικές ομάδες στην πλάκαuΚάντε κλικ στην επιλογή Show Biological Groups (Εμφάνιση βιολογικών ομάδων) για να προβάλετε
όλες τις βιολογικές ομάδες στην πλάκα.

Οδηγός χρήσης | 161Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Κάθε ομάδα αναγνωρίζεται από ένα συγκεκριμένο χρώμα και το κουμπί Show Biological Groups(Εμφάνιση βιολογικών ομάδων) αλλάζει σε Hide Biological Groups (Απόκρυψη βιολογικών ομάδων).
Κάντε κλικ στην επιλογή Hide Biological Groups (Απόκρυψη βιολογικών ομάδων) για να απαλείψετετο χρώμα στα βοθρία. Εναλλακτικά, μπορείτε να κάνετε κλικ σε οποιοδήποτε βοθρίο στην πλάκα γιανα αποκρύψετε βιολογικές ομάδες.

Εκχώρηση αριθμών τεχνικών αντιγράφων σε βοθρία
Σημαντικό: Για να εκχωρήσετε αριθμούς τεχνικών αντιγράφων, τα επιλεγμένα βοθρία πρέπει ναπεριέχουν πανομοιότυπα περιεχόμενα βοθρίων. Δηλαδή, τα επιλεγμένα βοθρία πρέπει να έχουν τονίδιο τύπο δείγματος και φθοροφόρο. Εάν είναι απαραίτητο, πρέπει επίσης να έχουν εκχωρημένους
τους ίδιους στόχους και ονόματα δειγμάτων και την ίδια βιολογική ομάδα. Εάν δεν είναι τα ίδια, το
CFX Maestro Dx SE δεν ενεργοποιεί αυτήν την επιλογή.

Για να εκχωρήσετε αριθμούς τεχνικών αντιγράφων σε μια ομάδα βοθρίων
1.

Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), βεβαιωθείτε ότι τα περιεχόμενα της ομάδας βοθρίων είναι
πανομοιότυπα.

2.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε την επιθυμητή ομάδα βοθρίων.

3.

Για να εκχωρήσετε τον ίδιο αριθμό αντιγράφου σε όλα τα επιλεγμένα βοθρία, στην ενότητα Replicate# (Αρ. αντιγράφου) στο δεξιό τμήμα παραθύρου πληκτρολογήστε τον αριθμό αντιγράφου στοπλαίσιο και επιλέξτε Load (Φόρτωση).

4.

(Προαιρετικό) Για να εφαρμόσετε μια σειρά αντιγράφων σε ένα σύνολο επιλεγμένων βοθρίων:162 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

a.

Κάντε κλικ στην επιλογή Technical Replicates (Τεχνικά αντίγραφα). Η ενότητα Replicate # (Αρ.
αντιγράφου) αλλάζει και εμφανίζει τις ακόλουθες επιλογές:n

Replicate size (Μέγεθος αντιγράφου) — ένας αριθμός που αντιπροσωπεύει τον αριθμό
των βοθρίων σε κάθε ομάδα αντιγράφων

nStarting replicate # (Αρχικός αρ. αντιγράφου) — ο πρώτος αριθμός στη σειρά
αντιγράφων για την επιλεγμένη ομάδα αντιγράφων

Σημείωση: Από προεπιλογή, το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει τον αρχικό αριθμό
αντιγράφου ως έναν αριθμό μεγαλύτερο από τον τελευταίο αριθμό τεχνικού αντιγράφου πουέχει εκχωρηθεί στην πλάκα. Για παράδειγμα, εάν ο τελευταίος αριθμός τεχνικού αντιγράφου
στην πλάκα είναι πέντε, ο επόμενος αρχικός αριθμός είναι έξι. Μπορείτε να αλλάξετε τοναρχικό αριθμό σε οποιονδήποτε αριθμό που δεν έχει ήδη εκχωρηθεί.
n
b.

5.

Κατεύθυνση φόρτωσης (Οριζόντια ή Κάθετη)Κάντε κλικ στο Apply (Εφαρμογή) για να εφαρμόσετε τις παραμέτρους στη σειρά και ναεπιστρέψετε στην οθόνη Replicate # (Αρ. αντιγράφου).

Κάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να αποθηκεύσετε την πλάκα.
Σημείωση: Εάν αλλάξατε κατά λάθος την πλάκα, κάντε κλικ στην επιλογή Undo (Αναίρεση) στηγραμμή εργαλείων του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), προτού κάνετε κλικ στο OK για νααποδεχτείτε τις αλλαγές.

Για να αφαιρέσετε ένα βοθρίο από μια σειρά αντιγράφωνuΕπιλέξτε το βοθρίο ή την ομάδα βοθρίων που θα αφαιρεθεί και αποεπιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου
Replicate # Load (Φόρτωση αρ. αντιγράφου).
Εναλλακτικά, μπορείτε να κάνετε κλικ στην επιλογή Clear Replicate # (Απαλοιφή αρ. αντιγράφου) γιανα διαγράψετε τον αριθμό αντιγράφου από ένα επιλεγμένο βοθρίο ή μια ομάδα βοθρίων.

Οδηγός χρήσης | 163Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Για να προβάλετε όλα τα τεχνικά αντίγραφα στην πλάκαuΚάντε κλικ στην επιλογή Show Technical Replicates (Εμφάνιση τεχνικών αντιγράφων) για ναπροβάλετε όλα τα τεχνικά αντίγραφα στην πλάκα.
Κάθε ομάδα αναγνωρίζεται από ένα συγκεκριμένο χρώμα και το κουμπί Show Technical Replicates(Εμφάνιση τεχνικών αντιγράφων) αλλάζει σε Hide Technical Replicates (Απόκρυψη τεχνικών
αντιγράφων).
Κάντε κλικ στην επιλογή Hide Technical Replicates (Απόκρυψη τεχνικών αντιγράφων) για να
απαλείψετε το χρώμα στα βοθρία. Εναλλακτικά, μπορείτε να κάνετε κλικ σε οποιοδήποτε βοθρίο
στην πλάκα για να αποκρύψετε τεχνικά αντίγραφα.

Εκχώρηση σειράς αραίωσης σε πρότυπα δείγματαΌπως αναφέρθηκε προηγουμένως, σε όλα τα βοθρία με πρότυπο τύπο δείγματος πρέπει να εκχωρηθεί
μια τιμή συγκέντρωσης. Μπορείτε να εκχωρήσετε μια σειρά αραίωσης σε πολλά βοθρία με τον τύποδείγματος Standard (Πρότυπο).
Σημείωση: Για να εκχωρήσετε μια σειρά αραίωσης σε μια ομάδα βοθρίων, τα βοθρία πρέπει ναπεριληφθούν σε μια σειρά τεχνικών αντιγράφων. Βλ. Εκχώρηση αριθμών τεχνικών αντιγράφων σεβοθρία στη σελίδα 162 για πληροφορίες σχετικά με την προσθήκη βοθρίων σε μια σειρά αντιγράφων.

Για να εκχωρήσετε μια σειρά αραίωσης σε μια ομάδα βοθρίων ενός πρότυπου δείγματος
1.

Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), βεβαιωθείτε ότι πληρούνται οι ακόλουθες απαιτήσεις:nΟ τύπος δείγματος για την ομάδα των βοθρίων είναι Standard (Πρότυπο).

nΣε όλα τα βοθρία της ομάδας εκχωρείται τουλάχιστον ένα φθοροφόρο και όλα περιέχουν τα ίδιαφθοροφόρα.

nΌλα τα βοθρία στην ομάδα περιλαμβάνονται στην ίδια σειρά τεχνικών αντιγράφων.
Σημείωση: Το CFX Maestro Dx SE ενεργοποιεί την επιλογή Dilution Series (Σειρά
αραίωσης) μόνο όταν όλα τα επιλεγμένα βοθρία πληρούν αυτά τα κριτήρια.

2.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε την επιθυμητή ομάδα βοθρίων.

3.

Στην ενότητα Concentration (Συγκέντρωση) στο δεξιό τμήμα του παραθύρου, κάντε κλικ στηνεπιλογή Dilution Series (Σειρά αραίωσης). Η ενότητα Concentration (Συγκέντρωση) αλλάζει καιεμφανίζει τις ακόλουθες επιλογές:164 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

nStarting concentration (Αρχική συγκέντρωση) — η τιμή συγκέντρωσης από την οποία
ξεκινάει η σειρά

n

Replicates from and to (Αντίγραφα από και έως) — τα αντίγραφα στη σειρά στην οποία θαεφαρμοστεί ο συντελεστής αραίωσης

nDilution factor (Συντελεστής αραίωσης) — το μέγεθος κατά το οποίο πρέπει να αλλάξει ησυγκέντρωση σε κάθε ομάδα αντιγράφων

4.

Ορίστε τις τιμές για τις επιλογές ή αποδεχτείτε τις προεπιλογές.

5.

Από προεπιλογή, η σειρά αραίωσης μειώνεται κατά τον συντελεστή αραίωσης. Επιλέξτε Increasing(Αύξηση) για αύξηση της σειράς αραίωσης.

6.

(Προαιρετικά) Από προεπιλογή, ο συντελεστής αραίωσης ισχύει για όλα τα φθοροφόρα της σειράς
αντιγράφων. Εάν η σειρά σας περιέχει περισσότερα από ένα φθοροφόρα και θέλετε να εφαρμόσετε
την αραίωση σε ένα μόνο φθοροφόρο, επιλέξτε το από την αναπτυσσόμενη λίστα.

7.

Κάντε κλικ στο Apply (Εφαρμογή) για να εφαρμόσετε τη σειρά αραίωσης στην ομάδα βοθρίων και ναεπιστρέψετε στην προβολή Concentration (Συγκέντρωση).

8.

Κάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να αποθηκεύσετε την πλάκα.

Αντιγραφή περιεχομένων βοθρίου σε άλλο βοθρίο
Μπορείτε να αντιγράψετε τα περιεχόμενα ενός βοθρίου και να τα επικολλήσετε σε ένα ή περισσότερα
βοθρία. Ωστόσο, μπορείτε να αντιγράψετε τα περιεχόμενα ενός μόνο βοθρίου. Δεν μπορείτε να επιλέξετε
πολλαπλά βοθρία και να αντιγράψετε τα περιεχόμενά τους.

Για να αντιγράψετε τα περιεχόμενα ενός βοθρίου σε ένα άλλο βοθρίο
1.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε το βοθρίο για αντιγραφή.

2.

Κάντε δεξί κλικ στο βοθρίο και επιλέξτε Copy Well (Αντιγραφή βοθρίου).

3.

Επιλέξτε το βοθρίο ή τα βοθρία στο(-α) οποίο(-α) θα επικολληθεί το περιεχόμενο:nΓια να επιλέξετε ένα μεμονωμένο βοθρίο, κάντε κλικ στο βοθρίο.

Οδηγός χρήσης | 165Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

4.

nΓια να επιλέξετε πολλά παρακείμενα βοθρία, κάντε κλικ σε ένα βοθρίο και σύρετε στο βοθρίο
στόχο.

nΓια να επιλέξετε πολλαπλά μη παρακείμενα βοθρία, κρατήστε πατημένο το πλήκτρο Control καικάντε κλικ σε κάθε βοθρίο.

Με επιλεγμένα τα βοθρία-στόχους, κάντε δεξί κλικ και επιλέξτε Paste (Επικόλληση).
Το CFX Maestro Dx SE επικολλάει τα περιεχόμενα του πρώτου βοθρίου στα επιλεγμένα βοθρία.

Προσθήκη σημείωσης σε ένα βοθρίο
Μπορείτε να προσθέσετε μια περιγραφική σημείωση σε ένα βοθρίο. Μπορείτε να προβάλετε τιςσημειώσεις βοθρίων στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός) στο παράθυρο Data
Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

Για να προσθέσετε μια σημείωση σε ένα βοθρίο
1.

Στο παράθυρο πλάκας, επιλέξτε το βοθρίο ή τα βοθρία στα οποία σκοπεύετε να προσθέσετε μιασημείωση.

2.

Στην ενότητα View (Προβολή) στο κάτω τμήμα του παραθύρου, επιλέξτε Well Note (Σημείωση
βοθρίου).
Η περιοχή Well Note (Σημείωση βοθρίου) εμφανίζεται στο δεξιό τμήμα του παραθύρου.

3.

Πληκτρολογήστε το περιεχόμενο για τη σημείωση στο πλαίσιο κειμένου και πατήστε Enter.
Το κείμενο εμφανίζεται στο κάτω μέρος των επιλεγμένων βοθρίων.
Υπόδειξη: Εάν είχατε δημιουργήσει μια προηγούμενη σημείωση βοθρίου, μπορείτε να τηνεπιλέξετε από την αναπτυσσόμενη λίστα και να την εφαρμόσετε στα επιλεγμένα βοθρία.

Εκκαθάριση όλων των περιεχομένων των βοθρίων
Μπορείτε να εκκαθαρίσετε όλα τα περιεχόμενα σε ένα μεμονωμένο βοθρίο, σε μια ομάδα βοθρίων ή σεολόκληρη την πλάκα. Με την εκκαθάριση των βοθρίων δεν διαγράφονται τα δεδομένα φθορισμού πουσυλλέχθηκαν κατά την ανάγνωση της πλάκας.
Σημαντικό: Με την εκκαθάριση ενός βοθρίου το περιεχόμενο αφαιρείται οριστικά από το βοθρίο. Εάνκάνετε κλικ στο OK και αποθηκεύσετε την πλάκα μετά την εκκαθάριση ενός βοθρίου, δεν θα μπορείτε
να αναιρέσετε την ενέργεια της εκκαθάρισης. Προσέξτε κατά την εκκαθάριση βοθρίων.

166 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας

Για εκκαθάριση όλων των ρυθμίσεων από βοθρία
1.

Στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), επιλέξτε το βοθρίο ή την ομάδα βοθρίων στο παράθυρο
πλάκας:nΓια να επιλέξετε ένα μεμονωμένο βοθρίο, κάντε κλικ στο βοθρίο.

nΓια να επιλέξετε πολλά παρακείμενα βοθρία, κάντε κλικ σε ένα βοθρίο και σύρετε στο βοθρίο
στόχο.

nΓια να επιλέξετε πολλαπλά μη παρακείμενα βοθρία, κρατήστε πατημένο το πλήκτρο Control καικάντε κλικ σε κάθε βοθρίο.

nΓια να επιλέξετε μια ολόκληρη στήλη με τον ίδιο τύπο δείγματος, κάντε κλικ στον αριθμό τηςστήλης.

n2.

Για να επιλέξετε μια ολόκληρη γραμμή, κάντε κλικ στον αριθμό της γραμμής.

Στο δεξιό τμήμα του παραθύρου, κάντε κλικ στην επιλογή Clear Wells (Εκκαθάριση βοθρίων).
Το CFX Maestro Dx SE εκκαθαρίζει όλες τις ρυθμίσεις από τα επιλεγμένα βοθρία.

3.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕάν εκκαθαρίσατε κατά λάθος τα βοθρία, κάντε κλικ στην επιλογή Undo (Αναίρεση) στη γραμμή
εργαλείων του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), προτού κάνετε κλικ στο OK για νααποδεχτείτε τις αλλαγές.
Σημαντικό: Αν κάνετε κλικ στο OK πριν κάνετε κλικ στο Undo (Αναίρεση), αποθηκεύονται οι
αλλαγές και απενεργοποιείται η επιλογή Undo (Αναίρεση) στη γραμμή εργαλείων Plate
Editor (Επεξεργασία πλάκας).

nΚάντε κλικ στο OK για να αποδεχτείτε τις αλλαγές και να αποθηκεύσετε την πλάκα.

Οδηγός χρήσης | 167Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

Αλλαγή ρυθμίσεων πειράματοςΧρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος) για να προβάλετε ή νααλλάξετε τη λίστα στόχων, δειγμάτων ή βιολογικών ομάδων ή για να ορίσετε την ομάδα δειγμάτων
ανάλυσης έκφρασης γονιδίων που θα αναλυθεί, εάν έχετε εκχωρήσει βιολογικές ομάδες σε βοθρία στηνπλάκα.
Στο πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος), η καρτέλα Targets (Στόχοι) εμφανίζει
μια λίστα ονομάτων στόχων για κάθε αντίδραση PCR, όπως το γονίδιο-στόχος ή οι αλληλουχίες γονιδίων
ενδιαφέροντος.
Η καρτέλα Samples and Biological Groups (Δείγματα και βιολογικές ομάδες) εμφανίζει μια λίστα με ταονόματα των δειγμάτων και των βιολογικών ομάδων που υποδεικνύουν την προέλευση του στόχου,όπως ένα δείγμα που λήφθηκε στη 1 ώρα (1Hr) ή από ένα συγκεκριμένο υποκείμενο (mouse1).

Για να αλλάξετε τις ρυθμίσεις πλάκας χρησιμοποιώντας το πλαίσιο διαλόγου ExperimentSettings (Ρυθμίσεις πειράματος)1.

Για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος), κάντε ένα από ταεξής:nΣτο δεξιό τμήμα του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), κάντε κλικ στην επιλογή ExperimentSettings (Ρυθμίσεις πειράματος).

nΣτην καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων), κάντε κλικ στο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος) που εμφανίζει ταπεριεχόμενα της καρτέλας Targets (Στόχοι).

168 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Αλλαγή ρυθμίσεων πειράματος2.

Για να προσθέσετε ένα νέο όνομα στόχου, δείγματος ή βιολογικής ομάδας, στην κατάλληλη καρτέλα
πληκτρολογήστε ένα όνομα στο πλαίσιο κειμένου New (Νέο) και κάντε κλικ στην επιλογή Add(Προσθήκη).

3.

Για να καταργήσετε ένα ή περισσότερα ονόματα στόχων, δειγμάτων ή βιολογικών ομάδων από τηλίστα, στην κατάλληλη καρτέλα επιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου του στοιχείου στη στήλη Select toRemove (Επιλογή για κατάργηση) και κάντε κλικ στην επιλογή Remove checkeditem(s) (Κατάργηση επιλεγμένων στοιχείων).

4.

Το CFX Maestro Dx SE εξαιρεί το δείγμα τύπου NTC (χωρίς έλεγχο μήτρας) από την ανάλυση
έκφρασης γονιδίων.
Για να συμπεριλάβετε τύπους δειγμάτων NTC, αποεπιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου του στην ενότητα
Exclude the following sample types (Εξαίρεση ακόλουθων τύπων δειγμάτων). Μπορείτε να επιλέξετε
να εξαιρέσετε τους ακόλουθους τύπους δειγμάτων επιλέγοντας το κατάλληλο πλαίσιο ελέγχου:5.

n

NRT (χωρίς αντίστροφη μεταγραφάση)n

Negative Control (Αρνητικός μάρτυρας)n

Positive Control (Θετικός μάρτυρας)nStandard (Πρότυπο)Στην καρτέλα Targets (Στόχοι):a.

Για να επιλέξετε έναν στόχο ως αναφορά για ανάλυση δεδομένων έκφρασης γονιδίων, επιλέξτε
τον στη στήλη Reference (Αναφορά).

b.

Για να αποκρύψετε τις ρυθμίσεις ανάλυσης που θα εφαρμοστούν στην καρτέλα Gene
Expression (Έκφραση γονιδίων) στο παράθυρο Analysis Settings (Ρυθμίσεις ανάλυσης),
αποεπιλέξτε την επιλογή Show Analysis Settings (Εμφάνιση ρυθμίσεων ανάλυσης).
Το λογισμικό αποκρύπτει τις ακόλουθες στήλες:nColor (Χρώμα)nShow Chart (Εμφάνιση διαγράμματος)

nAuto Efficiency (Αυτόματη απόδοση)nEfficiency (%) (Απόδοση %)c.

Για να αλλάξετε το χρώμα του στόχου όπως αναπαρίσταται γραφικά στο διάγραμμα Gene
Expression (Έκφραση γονιδίων), κάντε κλικ στο κελί του στη στήλη Color (Χρώμα), επιλέξτε ένανέο χρώμα στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα) που εμφανίζεται και κάντε κλικ στο OK.

d.

Για να εμφανιστεί ο στόχος με το επιλεγμένο χρώμα στο διάγραμμα Gene Expression (Έκφρασηγονιδίων), επιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου του στη στήλη Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος).

Οδηγός χρήσης | 169Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

e.

Από προεπιλογή, το CFX Maestro Dx SE υπολογίζει αυτόματα τη σχετική απόδοση για ένανστόχο, εάν τα δεδομένα του περιλαμβάνουν μια πρότυπη καμπύλη.
Για να χρησιμοποιήσετε μια τιμή απόδοσης που προσδιορίστηκε προηγουμένως,πληκτρολογήστε την τιμή στο κελί της στη στήλη Απόδοση (%) και πατήστε το πλήκτρο Enter. Το
CFX Maestro Dx SE αποεπιλέγει το πλαίσιο ελέγχου Auto Efficiency (Αυτόματη απόδοση).

6.

Στην καρτέλα Samples and Biological Groups (Δείγματα και βιολογικές ομάδες):a.

Για να επιλέξετε ένα δείγμα ή μια βιολογική ομάδα ως δείγμα μάρτυρα για ανάλυση δεδομένων
έκφρασης γονιδίων, επιλέξτε το αντίστοιχο πλαίσιο ελέγχου στη στήλη Control (Μάρτυρας).

b.

Για να εκχωρήσετε τη συνθήκη μάρτυρα σε ένα δείγμα ή μια βιολογική ομάδα για μια δοκιμή,κάντε κλικ στο αντίστοιχο πλαίσιο ελέγχου στη στήλη Control (Μάρτυρας).

c.

7.

Εάν δεν είναι ήδη επιλεγμένο, κάντε κλικ στην επιλογή Show Analysis Settings (Εμφάνιση
ρυθμίσεων ανάλυσης) για να προβάλετε ή να αλλάξετε παραμέτρους της ανάλυσης που θαεφαρμοστούν στην καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων). Το λογισμικό αποκρύπτει τιςστήλες Color (Χρώμα) και Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος).

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις παραμέτρους στο πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings(Ρυθμίσεις πειράματος) και να επιστρέψετε στο παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

170 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία ομάδων βοθρίων

Δημιουργία ομάδων βοθρίωνΟι ομάδες βοθρίων διαιρούν μία πλάκα σε υποσύνολα βοθρίων που μπορούν να αναλυθούν ανεξάρτηταστο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Μόλις δημιουργηθούν ομάδες βοθρίων, επιλέξτε μίαομάδα στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) για να αναλύσετε τα δεδομένα ως ανεξάρτητη
ομάδα. Για παράδειγμα, δημιουργήστε ομάδες βοθρίων για να αναλύσετε μια δοκιμή πολλαπλών
πειραμάτων σε μία πλάκα ή για να αναλύσετε κάθε ομάδα βοθρίων με διαφορετική πρότυπη καμπύλη.
Σημείωση: Η προεπιλεγμένη ομάδα βοθρίων είναι το All Wells (Όλα τα βοθρία).

Για να δημιουργήσετε ομάδες βοθρίων1.

Για να ανοίξετε το Well Groups Manager (Διαχείριση ομάδων βοθρίων), κάντε ένα από τα εξής:nΣτη γραμμή εργαλείων Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), κάντε κλικ στο Well Groups (Ομάδες
βοθρίων).

nΣτο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), κάντε κλικ στην επιλογή Manage Well
Groups (Διαχείριση ομάδων βοθρίων).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Well Groups Manager (Διαχείριση ομάδων βοθρίων).

2.

Κάντε κλικ στο Add (Προσθήκη) για να δημιουργήσετε μια νέα ομάδα. Το αναπτυσσόμενο μενού
εμφανίζει το όνομα της ομάδας ως Group 1 (Ομάδα 1) για την πρώτη ομάδα.

Οδηγός χρήσης | 171Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

3.

Επιλέξτε τα βοθρία για την ομάδα βοθρίων στην προβολή πλάκας κάνοντας κλικ και σύροντας τηνομάδα βοθρίων. Τα επιλεγμένα βοθρία εμφανίζονται μπλε στο παράθυρο Διαχείρισης.

4.

(Προαιρετικό) Για να αλλάξετε το όνομα της ομάδας, επιλέξτε το όνομά της στο αναπτυσσόμενο
μενού και πληκτρολογήστε ένα νέο όνομα.

5.

(Προαιρετικό) Για να διαγράψετε μια ομάδα βοθρίων, επιλέξτε το όνομά της στην αναπτυσσόμενη
λίστα και κάντε κλικ στην επιλογή Delete (Διαγραφή).

6.

Κάντε κλικ στο OK για να ολοκληρώσετε τη διαδικασία και να κλείσετε το παράθυρο ή κάντε κλικ στοCancel (Ακύρωση) για να κλείσετε το παράθυρο χωρίς να κάνετε αλλαγές.

Στοιχεία μενού δεξιού κλικ για το πλαίσιο διαλόγου Well Groups Manager(Διαχείριση ομάδων βοθρίων)Ο Πίνακας 10 παραθέτει τα στοιχεία μενού που είναι διαθέσιμα στο πλαίσιο διαλόγου Well Groups
Manager (Διαχείριση ομάδων βοθρίων) όταν κάνετε δεξί κλικ σε οποιοδήποτε βοθρίο.
Πίνακας 10. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ στο πλαίσιο διαλόγου Well Groups Manager(Διαχείριση ομάδων βοθρίων) του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Στοιχείο

Λειτουργία

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει τα περιεχόμενα του βοθρίου, τα οποία
μπορούν στη συνέχεια να επικολληθούν σε ένα άλλοβοθρίο ή βοθρία.

Copy as Image (Αντιγραφή ωςΑντιγράφει την προβολή του επιλογέα βοθρίων ως εικόνα.

εικόνα)Print (Εκτύπωση)Εκτυπώνει την προβολή του επιλογέα βοθρίων.

Print Selection (Εκτύπωση

Εκτυπώνει μόνο τα επιλεγμένα κελιά.

επιλογής)Export to Excel (Εξαγωγή στοΕξάγει τα δεδομένα σε ένα υπολογιστικό φύλλο Excel.

Excel)
Export to CSV (Εξαγωγή σεΕξάγει τα δεδομένα ως έγγραφο διαχωρισμένο με

CSV)κόμματα.

Export to Xml (Εξαγωγή σε Xml)

Εξάγει τα δεδομένα ως έγγραφο .xml.

Export to Html (Εξαγωγή σεΕξάγει τα δεδομένα ως έγγραφο .html.

Html)

172 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Αλλαγή στυλ ιχνών

Αλλαγή στυλ ιχνών
Κατά τη ρύθμιση της πλάκας και ενώ υπάρχει δοκιμή σε εξέλιξη, μπορείτε να τροποποιήσετε το χρώμα
και το στυλ των ιχνών ενίσχυσης. Στη συνέχεια, μπορείτε εύκολα να προβάλετε τα ίχνη στο παράθυρο
κατάστασης σε πραγματικό χρόνο καθώς συλλέγονται τα δεδομένα.

Για να αλλάξετε το στυλ ιχνών
1.

Κάντε κλικ στο Trace Styles (Στυλ ιχνών) στη γραμμή εργαλείων Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους) για την ανοιχτή πλάκα, για παράδειγμα:2.

Για να εμφανίσετε τα στυλ ιχνών κατά ένα συγκεκριμένο φθοροφόρο, επιλέξτε το από τοαναπτυσσόμενο μενού Fluorophores (Φθοροφόρα).

3.

Για να αλλάξετε την εμφάνιση ίχνους:a.

Επιλέξτε τον τύπο ίχνους από την αναπτυσσόμενη λίστα Wells (Βοθρία).

b.

Κάντε κλικ στο χρώμα του στη στήλη Color (Χρώμα).

c.

Στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα) που εμφανίζεται, επιλέξτε ένα άλλο χρώμα για το ίχνος καικάντε κλικ στο OK.
Το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει την αλλαγή χρώματος για τον τύπο βοθρίου στο πλέγμα.

d.

(Προαιρετικό) Επιλέξτε ένα σύμβολο για το ίχνος από την αναπτυσσόμενη λίστα Symbols(Σύμβολα).

Οδηγός χρήσης | 173Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

4.

Για να αλλάξετε γρήγορα το ορισμένο χρώμα, κάντε κλικ στην κατάλληλη επιλογή στην ενότητα Color
Quick Set (Χρώμα γρήγορης ρύθμισης).

5.

Για να προβάλετε τις ετικέτες βοθρίων στο πλέγμα, επιλέξτε τον τύπο ετικέτας στην ενότητα Well
Labels (Ετικέτες βοθρίων).

6.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές ή στο Cancel (Ακύρωση) για να ακυρώσετε τις
αλλαγές.

174 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠροβολή, εξαγωγή και εισαγωγή της πλάκας σε μορφή υπολογιστικού φύλλου

Προβολή, εξαγωγή και εισαγωγή της πλάκας σε μορφή
υπολογιστικού φύλλου
Το εργαλείο προβολής/εισαγωγής υπολογιστικών φύλλων εμφανίζει τα περιεχόμενα μιας πλάκας σεμορφή υπολογιστικού φύλλου. Το πρόγραμμα προβολής παρέχει επιλογή για προβολή, εισαγωγή καιεξαγωγή δεδομένων βοθρίου όπως περιγράφεται παρακάτω.

Χρήση του προγράμματος προβολής υπολογιστικών φύλλων για Εξαγωγή καιΕισαγωγή δεδομένων πλάκαςΑπό το πρόγραμμα προβολής υπολογιστικών φύλλων, μπορείτε να εξαγάγετε τα Target Name (Όνομα
στόχου), Sample Name (Όνομα δείγματος), Biological Group Name (Όνομα βιολογικής ομάδας) και Well
Notes (Σημειώσεις βοθρίων) ως πρότυπο σε μορφή οριοθέτησης στηλοθετών σε μια εφαρμογή, όπως τοMicrosoft Excel. Μπορείτε επίσης να εισαγάγετε αυτά τα δεδομένα από μια εφαρμογή με οριοθέτηση
στηλοθετών σε μια προκαθορισμένη πλάκα από ένα αρχείο πληροφοριών πειράματος.

Για να χρησιμοποιήσετε το εργαλείο προβολής/εισαγωγής υπολογιστικών φύλλων
1.

Δημιουργήστε και αποθηκεύστε ένα αρχείο πλάκας (βλ. Δημιουργία αρχείου πλάκας με χρήση τουPlate Editor (Επεξεργασία πλάκας)).

2.

Στη γραμμή εργαλείων Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), κάντε κλικ στην καρτέλα Spreadsheet
View/Importer (Προβολή/Εισαγωγή υπολογιστικού φύλλου) για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου
Plate Spreadsheet View (Προβολή υπολογιστικού φύλλου πλάκας).

Οδηγός χρήσης | 175Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών3.

(Προαιρετικό) Κάντε κλικ στα πλαίσια Show Biological Set Name (Εμφάνιση ονόματος βιολογικού
συνόλου) και Show Well Note (Εμφάνιση σημειώσεων βοθρίων) για να εμφανίσετε αυτές τις στήλες
στην προβολή υπολογιστικού φύλλου και στο εξαγμένο αρχείο.

4.

Κάντε κλικ στο κουμπί Export Template (Εξαγωγή προτύπου) για να δημιουργήσετε ένα κενόπρότυπο σε ένα αρχείο Excel (μορφή .csv). Το εξαγμένο αρχείο θα εμφανίζει την ίδια διάταξη με τηςπλάκας σας.
Υπόδειξη: Χρησιμοποιήστε το όνομα αρχείου πλάκας κατά την αποθήκευση των αρχείων
πλάκας για να αναγνωρίζετε εύκολα το αρχείο.

5.

Συμπληρώστε τα κελιά του αρχείου Excel με το περιεχόμενο των βοθρίων σας.
Σημείωση: Μπορείτε να επεξεργαστείτε τα περιεχόμενα οποιουδήποτε κελιού σε μια στήλη πουέχει αστερίσκο (*) δίπλα στο όνομα της στήλης (*Όνομα στόχου, *Όνομα δείγματος, *Όνομα
βιολογικής ομάδας, *Σημείωση βοθρίου).
Σημείωση: Δεν μπορείτε να προσθέσετε τιμές στις στήλες Standard Curve (Πρότυπη καμπύλη)και Quantity (Ποσότητα) στο εξαγμένο αρχείο Excel. Για να τροποποιήσετε αυτά τα δεδομένα,επιστρέψτε στην Επεξεργασία πλάκας και επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Units (Μονάδες) στηγραμμή μενού. Αφού ολοκληρωθεί η δοκιμή της πλάκας, τα δεδομένα από αυτά τα πρότυπα
εμφανίζονται στο διάγραμμα πρότυπης καμπύλης στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός) στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) με τις μονάδες πουεπιλέγετε.

6.

Εισαγάγετε το συμπληρωμένο αρχείο Excel πίσω στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) κάνοντας
κλικ στο κουμπί Import (Εισαγωγή). Τα εισαγμένα δεδομένα πλάκας εμφανίζονται στο παράθυρο
Plate Spreadsheet View (Προβολή υπολογιστικού φύλλου πλάκας).
Σημαντικό: Αν έχετε πολλαπλά φθοροφόρα, θα χρειαστεί να εκτελέσετε τα βήματα 3-5 για κάθεφθοροφόρο χρησιμοποιώντας το αναπτυσσόμενο μενού Flours List (Λίστα φθοροφόρων) στηνπροβολή υπολογιστικού φύλλου πλάκας.

7.

Κάντε κλικ στο κουμπί OK. Τα νέα δεδομένα πλάκας εμφανίζονται τώρα στο παράθυρο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας).

Υπόδειξη: Μπορείτε να προβάλετε τα στοιχεία μενού που είναι διαθέσιμα στο εργαλείο Spreadsheet
View/Importer (Προβολή/Εισαγωγή υπολογιστικών φύλλων) όταν κάνετε δεξί κλικ σε οποιοδήποτε
βοθρίο στο εργαλείο ή σε οποιαδήποτε κεφαλίδα του πίνακα της προβολής υπολογιστικού φύλλου
πλάκας.

176 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία διάταξης πλάκας με χρήση του Οδηγού ρύθμισης πλάκας

Δημιουργία διάταξης πλάκας με χρήση του Οδηγού ρύθμισης
πλάκας
Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον Οδηγό ρύθμισης για να εισαγάγετε τις πληροφορίες διάταξης πλάκας
που απαιτούνται για την κανονικοποιημένη ανάλυση έκφρασης γονιδίων, όπως:nTarget Names (Ονόματα στόχων)n

Sample Names (Ονόματα δειγμάτων)nΘέση των στόχων και του δείγματος στην πλάκα

nΓονίδιο(-α) αναφοράς

nΔείγμα μάρτυρα

Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τον Οδηγό ρύθμισης πριν, κατά τη διάρκεια ή μετά από μια δοκιμή.

Χρήση του Οδηγού ρύθμισης πλάκας
Αυτή η ενότητα εξηγεί πώς να δημιουργήσετε μια διάταξη πλάκας χρησιμοποιώντας τον Οδηγό ρύθμισης
πλάκας. Για να προβάλετε τα περιεχόμενα κάθε βοθρίου στην πλάκα ευκολότερα, κάντε κλικ στο Zoom
(Ζουμ) στο πάνω μέρος του Setup Wizard (Οδηγός ρύθμισης).
Σημαντικό: Με την επιστροφή σας στην καρτέλα Auto layout (Αυτόματη διάταξη) ενώ βρίσκεστε σεοποιαδήποτε άλλη καρτέλα στον Οδηγό ρύθμισης, η διάταξη πλάκας επαναφέρεται. Προσέξτε ότανεπιλέγετε αυτήν την καρτέλα.
Υπόδειξη: Μπορείτε να επαναφέρετε τη διάταξη επιλέγοντας Tools (Εργαλεία) > Clear Plate(Εκκαθάριση πλάκας) στον Οδηγό ρύθμισης.

Για να χρησιμοποιήσετε τον οδηγό ρύθμισης πλάκας
1.

Ανοίξτε το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

2.

Για να ανοίξετε τον Οδηγό ρύθμισης, κάντε ένα από τα εξής:nΕπιλέξτε Editing Tools (Εργαλεία επεξεργασίας) > Setup Wizard (Οδηγός ρύθμισης).

nΚάντε κλικ στο Setup Wizard (Οδηγός ρύθμισης) στη γραμμή εργαλείων Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας).

Ο Οδηγός ρύθμισης εμφανίζεται στην καρτέλα Auto layout (Αυτόματη διάταξη).

Οδηγός χρήσης | 177Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

3.

Στην καρτέλα Auto layout (Αυτόματη διάταξη), κάντε τα εξής:a.

Κάντε κλικ σε ένα βοθρίο στο πλέγμα και σύρετε προς τα πάνω και προς τα κάτω για νακαθορίσετε την περιοχή στην πλάκα στην οποία σκοπεύετε να φορτώσετε δείγμα.

b.

Εισαγάγετε τον αριθμό των στόχων και των δειγμάτων που θέλετε να φορτώσετε.
Υπόδειξη: Ο αριθμός των στόχων και των δειγμάτων πρέπει να ισούται με τον αριθμό τωνεπιλεγμένων κελιών. Εάν οι αριθμοί που έχουν εισαχθεί δεν ταιριάζουν στην επιλεγμένη
περιοχή, τροποποιήστε τους αριθμούς ή την περιοχή επιλογής πλάκας. Μπορεί νακαθοριστεί ο προσανατολισμός των στοιχείων στην πλάκα και η ομαδοποίησή τους.

c.

(Προαιρετικό) Αλλάξτε τον προσανατολισμό της πλάκας. Για παράδειγμα, μπορείτε να ορίσετε
στόχους σε στήλες και δείγματα σε γραμμές ή να κάνετε ομαδοποίηση κατά δείγματα.

d.

Κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στην καρτέλα Target Names (Ονόματα
στόχων).

Σημείωση: Εάν η διάταξη της πλάκας σας δεν έχει κανονικό μοτίβο, χρησιμοποιήστε τηνκαρτέλα Target Names (Ονόματα στόχων) για να τοποθετήσετε χειροκίνητα τους στόχους σας ήτην καρτέλα Sample Names (Ονόματα δειγμάτων) για να τοποθετήσετε μη αυτόματα τα δείγματά
σας στην πλάκα. Κάντε κλικ και σύρετε για να επιλέξετε πολλαπλά βοθρία.

178 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία διάταξης πλάκας με χρήση του Οδηγού ρύθμισης πλάκας

4.

Στην καρτέλα Target Names (Ονόματα στόχων), ορίστε ονόματα στόχων για τις ομάδες στόχους:a.

b.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΓια να μετονομάσετε στόχους κατά ομάδα, ορίστε το Select by (Επιλογή κατά) σε Target(Στόχος).

nΓια να μετονομάσετε στόχους κατά βοθρίο, ορίστε το Select by (Επιλογή κατά) σε Well(Βοθρίο).

Επιλέξτε μια ομάδα ή ένα βοθρίο στόχου στο πλέγμα και πληκτρολογήστε ένα όνομα στηναναπτυσσόμενη λίστα Target name (Όνομα στόχου).
Υπόδειξη: Πατήστε Tab (Στηλοθέτης) για να επιλέξετε την επόμενη ομάδα ή βοθρίο σταδεξιά ή Enter για να επιλέξετε την επόμενη ομάδα ή βοθρίο προς τα κάτω. Εναλλακτικά, στιςκαρτέλες Target name (Όνομα στόχου) και Sample name (Όνομα δείγματος), κρατήστε
πατημένο το πλήκτρο Control και κάντε κλικ σε ένα βοθρίο για να επιλέξετε πολλαπλά μηπαρακείμενα βοθρία.

c.

Κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στην καρτέλα Sample Names (Ονόματα
δειγμάτων).

5.

Στην καρτέλα Sample Names (Ονόματα δειγμάτων), ορίστε ονόματα δειγμάτων για τις ομάδες
δειγμάτων.

6.

Κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στην καρτέλα Reference targets (Στόχοι
αναφοράς).

7.

Στην καρτέλα Reference targets (Στόχοι αναφοράς), επιλέξτε έναν ή περισσότερους στόχους γιαχρήση ως αναφορές για κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων και κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) γιανα προχωρήσετε στην καρτέλα Control Sample (Δείγμα μάρτυρα).

8.

Στην καρτέλα Control Sample (Δείγμα μάρτυρα), επιλέξτε ένα δείγμα για να χρησιμοποιηθεί ωςμάρτυρας για υπολογισμούς σχετικής έκφρασης γονιδίων.

9.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τη διάταξη της πλάκας και να επιστρέψετε στο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας), όπου μπορείτε να καθορίσετε περαιτέρω τις παραμέτρους της πλάκας. Βλ.
Εκχώρηση προαιρετικών παραμέτρων στο αρχείο πλάκας στη σελίδα 155 για περισσότερες
πληροφορίες.
Εναλλακτικά, κάντε κλικ στο κουμπί Previous (Προηγούμενο) για να επιστρέψετε σε μιαπροηγούμενη καρτέλα και να κάνετε οποιεσδήποτε αλλαγές.
Σημείωση: Η επιστροφή στην καρτέλα Auto layout (Αυτόματη διάταξη) προκαλεί αυτόματη
επαναφορά της πλάκας. Προσέξτε όταν κάνετε κλικ στο Previous (Προηγούμενο).

Οδηγός χρήσης | 179Κεφάλαιο 8 Προετοιμασία πλακών

180 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων
Αυτό το κεφάλαιο εξηγεί τον τρόπο εκτέλεσης προσαρμοσμένων (οριζόμενων από τον χρήστη) ήPrimePCR πειραμάτων προσδιορισμού με το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition.
Ένα αρχείο δεδομένων δοκιμής περιέχει τις πληροφορίες πρωτοκόλλου και πλάκας για τη δοκιμή. Τοαρχείο περιέχει επίσης τα δεδομένα από τις αναλύσεις που εκτελεί το CFX Maestro Dx SE μετά τηνολοκλήρωση της δοκιμής.
Το CFX Maestro Dx SE διευκολύνει τη ρύθμιση και την εκτέλεση πειραμάτων οριζόμενων από τον χρήστη
ή PrimePCR. Το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) σας καθοδηγεί στα συνηθισμένα βήματα για τηρύθμιση ενός πειράματος, οδηγώντας σας στο πλαίσιο διαλόγου Start Run (Έναρξη δοκιμής), από τοοποίο εκκινείτε τη δοκιμή.

Οδηγός χρήσης | 181Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)Το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) παρέχει γρήγορη πρόσβαση στα αρχεία και τις ρυθμίσεις
που απαιτούνται για τη ρύθμιση και την εκτέλεση ενός πειράματος. Όταν επιλέγετε να εκτελέσετε έναπείραμα που καθορίζεται από τον χρήστη, ανοίγει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) που
εμφανίζει την καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο). Όταν επιλέγετε να εκτελέσετε ένα πείραμα PrimePCR,ανοίγει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) που εμφανίζει την καρτέλα Start run (Έναρξηδοκιμής).
Υπόδειξη: Βλ. Εκτέλεση πειραμάτων PrimePCR στη σελίδα 200 για πληροφορίες σχετικά με τοPrimePCR και βλ. Καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) στη σελίδα 190 για πληροφορίες σχετικά μετην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής).

182 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)ΥΠΌΜΝΗΜΑ1.

Οι καρτέλες σας καθοδηγούν στη ρύθμιση και την εκτέλεση ενός πειράματος:n Καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) — επιλέξτε ένα υπάρχον πρωτόκολλο γιαεκτέλεση ή επεξεργασία ή για να δημιουργήσετε ένα νέο πρωτόκολλο στοProtocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).
n Καρτέλα Plate (Πλάκα) — επιλέξτε μια υπάρχουσα πλάκα για εκτέλεση ήεπεξεργασία ή για να δημιουργήσετε μια νέα πλάκα στο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας).
n Καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) — προβάλετε τις ρυθμίσεις πειράματος,επιλέξτε ένα ή περισσότερα μπλοκ οργάνων και ξεκινήστε τη δοκιμή.

2.

Το κύριο παράθυρο εμφανίζει τις επιλογές για κάθε καρτέλα καθώς τις εφαρμόζετε.

3.

Τα κουμπιά πλοήγησης σας οδηγούν στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής).

Πρόσβαση στο παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)Για πρόσβαση στο παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)uΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΣτην καρτέλα Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) στον Οδηγό εκκίνησης, κάντε κλικ είτε στην επιλογή
User-defined (Οριζόμενη από τον χρήστη) είτε στην επιλογή PrimePCR.

nΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), κάντε κλικ είτε στην επιλογή User-defined Run Setup (Οριζόμενηαπό τον χρήστη ρύθμιση δοκιμής) είτε στην επιλογή PrimePCR Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής
PrimePCR) στη γραμμή εργαλείων.

nΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε είτε Run (Δοκιμή) > User-defined Run (Οριζόμενη απότον χρήστη δοκιμή) είτε Run (Δοκιμή) > PrimePCR Run (Δοκιμή PrimePCR).

Οδηγός χρήσης | 183Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο)Η καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) εμφανίζει μια προεπισκόπηση του αρχείου πρωτοκόλλου πουσκοπεύετε να εκτελέσετε. Ένα αρχείο πρωτοκόλλου περιέχει τις οδηγίες για τα βήματα θερμοκρασίας τουοργάνου, καθώς και τις επιλογές οργάνων που ελέγχουν το ρυθμό κλιμάκωσης, τον όγκο του δείγματοςκαι τη θερμοκρασία του καπακιού.

Από προεπιλογή, το λογισμικό εμφανίζει το πρωτόκολλο που έχει οριστεί στην ενότητα File Selection for
Run Setup (Επιλογή αρχείου για ρύθμιση δοκιμής) στην καρτέλα Files (Αρχεία) στο πλαίσιο διαλόγου
User (Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Μπορείτε να αλλάξετε το προεπιλεγμένο
πρωτόκολλο στο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Βλ. Αλλαγή τωνπροεπιλεγμένων ρυθμίσεων αρχείων στη σελίδα 94 για περισσότερες πληροφορίες.
Στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο), μπορείτεnΝα δημιουργήσετε ένα νέο πρωτόκολλο για εκτέλεσηnΝα επιλέξετε ένα υπάρχον πρωτόκολλο για εκτέλεση ή επεξεργασία

Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τη δημιουργία και την τροποποίηση πρωτοκόλλων, ανατρέξτεστο Κεφάλαιο 7, Δημιουργία πρωτοκόλλων.

184 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο)Για να δημιουργήσετε ένα νέο πρωτόκολλο
1.

Στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο), κάντε κλικ στο Create New (Δημιουργία νέου).
Εμφανίζεται το Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).

2.

Χρησιμοποιήστε το Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου) για να δημιουργήσετε ένα νέοπρωτόκολλο.

3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε το πρωτόκολλο και να επιστρέψετε στην καρτέλα Protocol(Πρωτόκολλο) στο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής).

4.

Προβάλετε τις λεπτομέρειες του πρωτοκόλλου και κάντε ένα από τα εξής:nΕάν οι λεπτομέρειες είναι σωστές, κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στηνκαρτέλα Plate (Πλάκα).

nΕάν οι λεπτομέρειες είναι λανθασμένες, κάντε κλικ στην επιλογή Edit Selected (Επεξεργασία
επιλεγμένου πρωτοκόλλου) για επιστροφή στο Protocol Editor (Επεξεργασία πρωτοκόλλου).
Αναθεωρήστε το πρωτόκολλο, αποθηκεύστε τις αλλαγές και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο Next(Επόμενο) στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) για να προχωρήσετε στην καρτέλα Plate(Πλάκα).

Για να επιλέξετε ένα υπάρχον πρωτόκολλο
1.

Στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο), κάντε ένα από τα εξής:nΚάντε κλικ στην επιλογή Select Existing (Επιλογή υπάρχοντος πρωτοκόλλου) και μεταβείτε σεένα υπάρχον πρωτόκολλο.

nΚάντε κλικ στο Express Load (Γρήγορη φόρτωση) και επιλέξτε ένα πρωτόκολλο από τηναναπτυσσόμενη λίστα πρωτοκόλλων.
Υπόδειξη: Μπορείτε να προσθέσετε πρωτόκολλα ή να τα καταργήσετε από τηναναπτυσσόμενη λίστα Express Load (Γρήγορη φόρτωση). Βλ. Προσθήκη και κατάργηση
πρωτοκόλλων γρήγορης φόρτωσης παρακάτω για περισσότερες πληροφορίες.

2.

Προβάλετε τις λεπτομέρειες του πρωτοκόλλου και κάντε ένα από τα εξής:nΕάν οι λεπτομέρειες είναι σωστές, κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στηνκαρτέλα Plate (Πλάκα).

nΕάν οι λεπτομέρειες είναι λανθασμένες, κάντε κλικ στην επιλογή Edit Selected (Επεξεργασία
επιλεγμένου πρωτοκόλλου) για να ανοίξετε το παράθυρο Protocol Editor (Επεξεργασία
πρωτοκόλλου). Αναθεωρήστε το πρωτόκολλο, αποθηκεύστε τις αλλαγές και, στη συνέχεια,κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) για να προχωρήσετε στηνκαρτέλα Plate (Πλάκα).

Οδηγός χρήσης | 185Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Προσθήκη και κατάργηση πρωτοκόλλων γρήγορης φόρτωσης
Μπορείτε να τροποποιήσετε τα περιεχόμενα της αναπτυσσόμενης λίστας Express Load (Γρήγορη
φόρτωση) που εμφανίζεται στο Protocol Editor (Επεξεργασία πλάκας). Τα πρωτόκολλα σε αυτήν τη λίστα
αποθηκεύονται στον ακόλουθο φάκελο:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\Για να τροποποιήσετε τη λίστα πρωτοκόλλων Express Load (Γρήγορη φόρτωση)1.

Μεταβείτε στον φάκελο ExpressLoad και ανοίξτε τον.

2.

Ελέγξτε τα αρχεία πρωτοκόλλου (.pcrl) στον φάκελο.

3.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΔιαγράψτε πρωτόκολλα από τον φάκελο για να τα καταργήσετε από την αναπτυσσόμενη λίστα.

nΑντιγράψτε πρωτόκολλα στον φάκελο για να τα προσθέσετε στην αναπτυσσόμενη λίστα.

186 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Plate (Πλάκα)Καρτέλα Plate (Πλάκα)Σημείωση: Εάν το πρωτόκολλο που έχει επιλεγεί στην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο) δενπεριλαμβάνει βήμα ανάγνωσης πλάκας για ανάλυση PCR σε πραγματικό χρόνο, η καρτέλα Plate(Πλάκα) είναι κρυφή. Για να προβάλετε την καρτέλα Plate (Πλάκα), προσθέστε τουλάχιστον μίαανάγνωση πλάκας στο πρωτόκολλο.
Η καρτέλα Plate (Πλάκα) εμφανίζει μια προεπισκόπηση του αρχείου πλάκας που σκοπεύετε ναφορτώσετε. Σε μια δοκιμή PCR σε πραγματικό χρόνο, το αρχείο πλάκας περιέχει μια περιγραφή τουπεριεχομένου κάθε βοθρίου, συμπεριλαμβανομένων των φθοροφόρων του, της λειτουργίας σάρωσης καιτου τύπου πλάκας. Το CFX Maestro Dx SE χρησιμοποιεί αυτές τις περιγραφές για συλλογή και ανάλυση
δεδομένων.

Από προεπιλογή, το λογισμικό εμφανίζει την πλάκα που έχει οριστεί στην ενότητα File Selection for Run
Setup (Επιλογή αρχείου για ρύθμιση δοκιμής) στην καρτέλα Files (Αρχεία) στο πλαίσιο διαλόγου User(Χρήστης) > User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Μπορείτε να αλλάξετε την προεπιλεγμένη πλάκαστο πλαίσιο διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη). Βλ. Αλλαγή των προεπιλεγμένων
ρυθμίσεων αρχείων στη σελίδα 94 για περισσότερες πληροφορίες.
Στην καρτέλα Plate (Πλάκα), μπορείτεnΝα δημιουργήσετε μια νέα πλάκα για φόρτωσηnΝα επιλέξετε μια υπάρχουσα πλάκα για φόρτωση ή επεξεργασία

Οδηγός χρήσης | 187Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τη δημιουργία και την τροποποίηση πλακών, ανατρέξτε στοΚεφάλαιο 8, Προετοιμασία πλακών.

Για να δημιουργήσετε μια νέα πλάκα
1.

Στην καρτέλα Plate (Πλάκα), κάντε κλικ στο Create New (Δημιουργία νέου).
Εμφανίζεται το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

2.

Χρησιμοποιήστε το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) για να δημιουργήσετε μια νέα πλάκα.

3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε την πλάκα και να επιστρέψετε στην καρτέλα Plate (Πλάκα)στο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής).

4.

Δείτε τις λεπτομέρειες της πλάκας και κάντε ένα από τα εξής:nΕάν οι λεπτομέρειες είναι σωστές, κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στηνκαρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής).

nΕάν οι λεπτομέρειες είναι λανθασμένες, κάντε κλικ στην επιλογή Edit Selected (Επεξεργασία
επιλεγμένου πρωτοκόλλου) για επιστροφή στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).
Αναθεωρήστε το αρχείο πλάκας, αποθηκεύστε τις αλλαγές και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στοNext (Επόμενο) στην καρτέλα Plate (Πλάκα) για να προχωρήσετε στην καρτέλα Start Run(Έναρξη δοκιμής).

Για να επιλέξετε ένα υπάρχον αρχείο πλάκας
1.

Στην καρτέλα Plate (Πλάκα), κάντε ένα από τα εξής:nΚάντε κλικ στην επιλογή Select Existing (Επιλογή υπάρχουσας πλάκας) και μεταβείτε σε έναυπάρχον αρχείο πλάκας.

nΚάντε κλικ στο Express Load (Γρήγορη φόρτωση) και επιλέξτε ένα αρχείο πλάκας από τηναναπτυσσόμενη λίστα.
Υπόδειξη: Μπορείτε να προσθέσετε πλάκες ή να τις αφαιρέσετε από την αναπτυσσόμενη
λίστα Express Load (Γρήγορη φόρτωση). Βλ. Προσθήκη και κατάργηση αρχείων πλάκας
γρήγορης φόρτωσης παρακάτω για περισσότερες πληροφορίες.

2.

Δείτε τις λεπτομέρειες της πλάκας και κάντε ένα από τα εξής:nΕάν οι λεπτομέρειες είναι σωστές, κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για να προχωρήσετε στηνκαρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής).

nΕάν οι λεπτομέρειες είναι λανθασμένες, κάντε κλικ στην επιλογή Edit Selected (Επεξεργασία
επιλεγμένου πρωτοκόλλου) για να ανοίξετε το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).
Αναθεωρήστε το αρχείο πλάκας, αποθηκεύστε τις αλλαγές και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο Next(Επόμενο) για να προχωρήσετε στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής).

188 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Plate (Πλάκα)Προσθήκη και κατάργηση αρχείων πλάκας γρήγορης φόρτωσης
Μπορείτε να τροποποιήσετε τα περιεχόμενα της αναπτυσσόμενης λίστας Express Load (Γρήγορη
φόρτωση) που εμφανίζεται στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας). Οι πλάκες που εμφανίζονται σε αυτήντη λίστα αποθηκεύονται στον ακόλουθο φάκελο:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\Για να τροποποιήσετε τη λίστα Express Load (Γρήγορη φόρτωση) των αρχείων πλάκας
1.

Μεταβείτε στον φάκελο ExpressLoad και ανοίξτε τον.

2.

Ελέγξτε τα αρχεία πλάκας (.pltd) στον φάκελο.

3.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΔιαγράψτε αρχεία πλάκας από τον φάκελο για να τα καταργήσετε από την αναπτυσσόμενη
λίστα.

nΑντιγράψτε αρχεία πλάκας στον φάκελο για να τα προσθέσετε στην αναπτυσσόμενη λίστα.

Οδηγός χρήσης | 189Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής)Η καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) εμφανίζει πληροφορίες σχετικά με το πείραμα που θα εκτελεστεί.
Εμφανίζει επίσης το συνδεδεμένο μπλοκ οργάνων ή τα μπλοκ στα οποία μπορείτε να εκτελέσετε τοπείραμα.

Στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) μπορείτε να κάνετε τα εξής:nΝα προβάλετε λεπτομερείς πληροφορίες δοκιμής, συμπεριλαμβανομένου του επιλεγμένου αρχείου
πρωτοκόλλου, του αρχείου πλάκας και της λειτουργίας σάρωσης.

nΝα προσθέσετε σημειώσεις σχετικά με τη δοκιμή.

nΝα προβάλετε λεπτομέρειες σχετικά με όλα τα συνδεδεμένα όργανα, συμπεριλαμβανομένης τηςκατάστασης λειτουργίας τους (σε λειτουργία ή σε αδράνεια), του όγκου δείγματος σε μl, τηςθερμοκρασίας καπακιού, της λειτουργίας εξομοίωσης και του αναγνωριστικού ή του γραμμωτού
κώδικα, εάν είναι διαθέσιμο.
Σημείωση: Μπορείτε να τροποποιήσετε τις στήλες που εμφανίζονται στον πίνακα Start Run on
Selected Blocks (Έναρξη δοκιμής σε επιλεγμένα μπλοκ). Βλ. Τροποποίηση λεπτομερειών στονπίνακα Selected Blocks (Επιλεγμένα μπλοκ) στη σελίδα 191 για πληροφορίες.

nΕπιλέξτε το μπλοκ ή τα μπλοκ στο(-α) οποίο(-α) θα εκτελέσετε τη δοκιμή.

190 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής)nΑνοίξτε ή κλείστε από απόσταση το καπάκι κάθε επιλεγμένου οργάνου.

nΕκκινήστε τη δοκιμή.

Τροποποίηση λεπτομερειών στον πίνακα Selected Blocks (Επιλεγμένα μπλοκ)Μπορείτε να τροποποιήσετε τις στήλες που εμφανίζονται στον πίνακα Start Run on Selected Block(s)(Έναρξη δοκιμής σε επιλεγμένα μπλοκ). Μπορείτε επίσης να τροποποιήσετε τον προεπιλεγμένο όγκοδείγματος και τις τιμές θερμοκρασίας καπακιού στον πίνακα. Οι αλλαγές ρύθμισης εφαρμόζονται στηδοκιμή που θα εκτελεστεί.

Για να προσθέσετε στήλες στον πίνακα Start Run on Selected Blocks (Έναρξη δοκιμής σεεπιλεγμένα μπλοκ)uΚάντε δεξί κλικ στον πίνακα και ορίστε μια επιλογή στο μενού που εμφανίζεται.

Γ ια να κατ αργ ήσετ ε στ ήλες στ ον πίνακα Start Run on Selected Blocks (Έ ναρξ η δοκιμής σεεπιλεγ μένα μπλοκ)uΚάντε δεξί κλικ στον πίνακα και διαγράψτε την επιλογή στο μενού που εμφανίζεται.

Για να επεξεργαστείτε τις τιμές όγκου δείγματος ή θερμοκρασίας καπακιού για ένα μπλοκuΕπιλέξτε το κελί όγκου δείγματος ή θερμοκρασίας καπακιού για το επιθυμητό μπλοκ καιπληκτρολογήστε μια νέα τιμή στο κελί.

Για να προσθέσετε ένα αναγνωριστικό ή έναν γραμμωτό κώδικα δοκιμής για ένα μπλοκuΕπιλέξτε το κελί ID/Bar Code (Αναγνωριστικό/Γραμμωτός κώδικας) για το επιθυμητό μπλοκ καιπληκτρολογήστε ένα Αναγνωριστικό ή σαρώστε το μπλοκ με έναν αναγνώστη γραμμωτού κώδικα.

Εκτέλεση πειράματοςΣημαντικό: Πριν εκτελέσετε ένα πείραμα, βεβαιωθείτε ότι το λογισμικό προστασίας από ιούς τουυπολογιστή σας δεν θα εκκινήσει σάρωση κατά τη διάρκεια της δοκιμής. Βλ. Εγκατάσταση τουλογισμικού CFX Maestro Dx SE στη σελίδα 36 και συμβουλευτείτε τον διαχειριστή του συστήματός
σας για περισσότερες πληροφορίες.

Για να εκτελέσετε ένα πείραμα
1.

Στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής), επαληθεύστε τις λεπτομέρειες για την πλάκα και τοπρωτόκολλο στην ενότητα Run Information (Πληροφορίες δοκιμής).

2.

(Προαιρετικό) Προσθέστε σημειώσεις σχετικά με τη δοκιμή ή το πείραμα στο πλαίσιο κειμένου Notes(Σημειώσεις).

3.

Επιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου ενός ή περισσότερων μπλοκ για να εκτελέσετε τη δοκιμή.

Οδηγός χρήσης | 191Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Υπόδειξη: Για να εκτελέσετε το πείραμα σε όλα τα μπλοκ, επιλέξτε Select All Blocks (Επιλογή
όλων των μπλοκ) που βρίσκεται κάτω από τον πίνακα Selected Blocks (Επιλεγμένα μπλοκ).
4.

(Προαιρετικό) Κάντε κλικ στο Flash Block Indicator (Αναλαμπή δείκτη μπλοκ) για να αναβοσβήνει ηενδεικτική λυχνία LED στα επιλεγμένα μπλοκ του οργάνου.

5.

Εισαγάγετε τις πλάκες πειράματος στο μπλοκ:a.

Κάντε κλικ στο Open Lid (Άνοιγμα καπακιού). Ανοίγει το μηχανοκίνητο καπάκι κάθε επιλεγμένου
μπλοκ.

b.

Εισαγάγετε μια πλάκα πειράματος σε κάθε επιλεγμένο μπλοκ.

c.

Κάντε κλικ στο Close Lid (Κλείσιμο καπακιού).

Υπόδειξη: Στο Σύστημα CFX Opus Dx, πατήστε Open Lid (Άνοιγμα καπακιού) ή Close Lid(Κλείσιμο καπακιού) στην Αρχική οθόνη.
6.

Κάντε κλικ στο Open Lid (Άνοιγμα καπακιού) και Close Lid (Κλείσιμο καπακιού) για να ανοίξετε και νακλείσετε το μηχανοκίνητο καπάκι κάθε επιλεγμένου μπλοκ του οργάνου.

7.

Δείτε τις λεπτομέρειες της δοκιμής και κάντε ένα από τα εξής:nΕάν οι λεπτομέρειες είναι σωστές, κάντε κλικ στο Start Run (Έναρξη δοκιμής).

nΕάν οι λεπτομέρειες είναι λανθασμένες:oΔιορθώστε τις λεπτομέρειες στον πίνακα Selected Blocks (Επιλεγμένα μπλοκ) και κάντε
κλικ στην επιλογή Start Run (Έναρξη δοκιμής).

oΕπιστρέψτε στη σωστή καρτέλα και πραγματοποιήστε τις κατάλληλες αλλαγές,αποθηκεύστε τις αλλαγές και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο Next (Επόμενο) για ναεπιστρέψετε στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) και εκκινήστε τη δοκιμή.

Για να ξεκινήσετε μια νέα δοκιμή από μια προηγούμενη δοκιμήuΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Repeat a Run (Επανάληψη δοκιμής) στην κύρια γραμμή μενού τουλογισμικού και, στη συνέχεια, πλοηγηθείτε και κάντε διπλό κλικ στο αρχείο δεδομένων δοκιμήςπου θέλετε να επαναλάβετε.

nΕπιλέξτε την καρτέλα Repeat Run (Επανάληψη δοκιμής) στον Οδηγό εκκίνησης και κάντε διπλό
κλικ στο αρχείο δεδομένων δοκιμής της δοκιμής που θέλετε να επαναλάβετε.
Προαιρετικά, στην καρτέλα Repeat Run (Επανάληψη δοκιμής) μπορείτε να κάνετε κλικ στηνεπιλογή Browse (Περιήγηση) και να πλοηγηθείτε και να κάνετε διπλό κλικ στο αρχείο δεδομένων
δοκιμής που θέλετε να επαναλάβετε.

192 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής)Πλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής)Όταν κάνετε κλικ στο Start Run (Έναρξη δοκιμής), το CFX Maestro Dx SE σας ζητά να αποθηκεύσετε τοαρχείο δεδομένων (.pcrd), εκκινεί τη δοκιμή και ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες
δοκιμής). Το πλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής) περιέχει τρεις καρτέλες κατάστασης:n

Run Status (Κατάσταση δοκιμής) — χρησιμοποιήστε αυτήν την καρτέλα για να δείτε την τρέχουσα
κατάσταση του πρωτοκόλλου, να ανοίξετε ή να κλείσετε το καπάκι, να διακόψετε τη δοκιμή, ναπροσθέσετε επαναλήψεις, να παραλείψετε βήματα ή να διακόψετε τη δοκιμή.

n

Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο) — χρησιμοποιήστε αυτήν την καρτέλα γιανα προβάλετε τα δεδομένα φθορισμού PCR σε πραγματικό χρόνο καθώς συλλέγονται.

nTime Status (Κατάσταση ώρας) — χρησιμοποιήστε αυτήν την καρτέλα για να προβάλετε έναχρονόμετρο αντίστροφης μέτρησης πλήρους οθόνης για το πρωτόκολλο.

Αυτές οι καρτέλες εξηγούνται λεπτομερώς στις ενότητες που ακολουθούν.

Καρτέλα Run Status (Κατάσταση δοκιμής)Η καρτέλα Run Status (Κατάσταση δοκιμής) εμφανίζει την τρέχουσα κατάσταση μιας δοκιμής σε εξέλιξη.
Σε αυτήν την προβολή μπορείτε επίσης να ελέγξετε το καπάκι και να αλλάξετε τη δοκιμή σε εξέλιξη.

Οδηγός χρήσης | 193Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

ΥΠΌΜΝΗΜΑ
1.

Παράθυρο Run Status (Κατάσταση δοκιμής) — εμφανίζει την τρέχουσα πρόοδο τουπρωτοκόλλου.

2.

Στοιχεία ελέγχου Run Status (Κατάσταση δοκιμής) — σας επιτρέπουν να χειρίζεστετο όργανο ή να διακόπτετε το τρέχον πρωτόκολλο.

3.

Παράθυρο Run Information (Πληροφορίες δοκιμής) — εμφανίζει τις λεπτομέρειεςτης δοκιμής.

Εντολές κατάστασης δοκιμής
Χρησιμοποιήστε τις εντολές στην καρτέλα Run Status (Κατάσταση δοκιμής) για να χειριστείτε το όργανοαπό το λογισμικό ή να αλλάξετε μια δοκιμή που βρίσκεται σε εξέλιξη.
Σημείωση: Η πραγματοποίηση αλλαγών στο πρωτόκολλο κατά τη διάρκεια της δοκιμής, όπως ηπροσθήκη επαναλήψεων, δεν αλλάζει το αρχείο πρωτοκόλλου που σχετίζεται με τη δοκιμή. Αυτές οιενέργειες καταγράφονται στο Run Log (Αρχείο καταγραφής δοκιμής).

— ανοίγει το μηχανοκίνητο καπάκι σε επιλεγμένα όργανα.
Σημαντικό: Το άνοιγμα του καπακιού κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής διακόπτει τη δοκιμή κατά τοτρέχον βήμα και ενδέχεται να τροποποιήσει τα δεδομένα. Εντολές κατάστασης δοκιμής στη σελίδα
194.

— κλείνει το μηχανοκίνητο καπάκι σε επιλεγμένα όργανα.

— προσθέτει περισσότερες επαναλήψεις στο τρέχον βήμα GOTO στο πρωτόκολλο. Αυτή ηεπιλογή είναι διαθέσιμη μόνο όταν εκτελείται ένα βήμα GOTO.
Σημείωση: Μπορείτε να προσθέσετε επιπλέον επαναλήψεις ενώ βρίσκεστε σε κύκλο GOTOόταν το πρωτόκολλο βρίσκεται σε εξέλιξη. Ωστόσο, το CFX Maestro Dx SE αναγνωρίζει την πιοπρόσφατη αλλαγή στον αριθμό των επαναλήψεων. Για παράδειγμα, εάν προσθέσετε 10επιπλέον επαναλήψεις ενώ βρίσκεστε σε κύκλο GOTO, το λογισμικό θα αλλάξει τον συνολικό
αριθμό σε n + 10. Εάν, στη συνέχεια, προσθέσετε πέντε (5) επιπλέον επαναλήψεις ενώβρίσκεστε στον ίδιο κύκλο, το CFX Maestro θα αλλάξει τον συνολικό αριθμό επαναλήψεων σε n+ 5. Η πρώτη αλλαγή (10 επαναλήψεις) αγνοείται. Για να βεβαιωθείτε ότι το λογισμικό εκτελεί τονεπιθυμητό αριθμό επαναλήψεων, εισαγάγετε τον συνολικό αριθμό (σε αυτήν την περίπτωση, 15επαναλήψεις).

194 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής)— παραλείπει το τρέχον βήμα στο πρωτόκολλο.
Σημείωση: Εάν ξεκινήσετε μια παράλειψη κατά τη διάρκεια ενός βήματος GOTO, το σύστημα
μεταβαίνει στον επόμενο κύκλο στον βρόχο GOTO. Εάν ο τελευταίος κύκλος του βήματος
GOTO ήταν σε εξέλιξη κατά τη στιγμή της παράλειψης, το σύστημα μεταβαίνει στο επόμενοβήμα.

— αναβοσβήνει το LED στο επιλεγμένο όργανο για να αναγνωρίσει τα επιλεγμένα μπλοκ.

— θέτει σε παύση το πρωτόκολλο.
Σημείωση: Αυτή η ενέργεια καταγράφεται στο Run Log (Αρχείο καταγραφής δοκιμής).

— συνεχίζει ένα πρωτόκολλο που είχε τεθεί σε παύση.

— διακόπτει τη δοκιμή πριν από το τέλος του πρωτοκόλλου.
Σημείωση: Η διακοπή μιας δοκιμής πριν από το τέλος του πρωτοκόλλου ενδέχεται να αλλάξει
τα δεδομένα σας.

Άνοιγμα του καπακιού του οργάνου κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής PCRΑν το καπάκι οποιουδήποτε οργάνου ανοίξει κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής PCR, το CFX Maestro Dx SE
θα εμφανίσει το παρακάτω πλαίσιο επιβεβαίωσης:Ενώ εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου, το όργανο συνεχίζει την εκτέλεση του πρωτοκόλλου. Το κουμπί OK θέτει
σε παύση τη δοκιμή και το καπάκι του οργάνου χαλαρώνει και ανοίγει. Το κουμπί Cancel (Άκυρο) εξαφανίζει τοπλαίσιο διαλόγου και συνεχίζει τη δοκιμή.

Οδηγός χρήσης | 195Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Καρτέλα Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο)Η καρτέλα Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο) εμφανίζει δεδομένα PCR σε πραγματικό
χρόνο που συλλέγονται σε κάθε κύκλο κατά τη διάρκεια της δοκιμής μετά τις δύο πρώτες αναγνώσεις
πλακών.

ΥΠΌΜΝΗΜΑ
1.

Παράθυρο ίχνους ενίσχυσης — εμφανίζει δεδομένα ενίσχυσης σε πραγματικό
χρόνο κατά τη διάρκεια της δοκιμής.

2.

Αναγνωριστικό ομάδας βοθρίων — εάν εντοπίστηκαν ομάδες βοθρίων στη ρύθμιση
πλάκας, οι χρήστες μπορούν να επιλέξουν μια συγκεκριμένη ομάδα βοθρίων για ναπροβάλουν τα ίχνη, τα βοθρία και τις πληροφορίες πίνακα.
Αναγνωριστικό αριθμού βημάτων — εάν το πρωτόκολλο συλλέγει δεδομένα σεπερισσότερα από ένα βήματα (για παράδειγμα κατά τη διάρκεια της ενίσχυσης καιτης καμπύλης τήξης), οι χρήστες μπορούν να επιλέξουν ένα συγκεκριμένο βήμα καινα προβάλουν τα ίχνη που συλλέγονται σε αυτό το βήμα.

3.

Πλαίσιο επιλογέα βοθρίων — εμφανίζει τα ενεργά, ανενεργά και κενά βοθρία στηνπλάκα.

4.

Παράθυρο πίνακα ρύθμισης πλάκας — εμφανίζει τη ρύθμιση πλάκας σε μορφή
πίνακα.

196 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής)5.

Παράθυρο λεπτομερειών δοκιμής — εμφανίζει την κατάσταση σε πραγματικό χρόνοτης δοκιμής, συμπεριλαμβανομένων των εξής:n Τρέχον βήμαn Τρέχουσα επανάληψη
n Τρέχουσα θερμοκρασία
n Χρόνος που απομένει
n Θερμοκρασία δείγματοςn Θερμοκρασία καπακιού

6.

Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Plate Setup (Ρύθμιση
πλάκας), στο οποίο οι χρήστες μπορούν να τροποποιήσουν την τρέχουσα ρύθμιση
πλάκας κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής.

Στην καρτέλα Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο) μπορείτεnΝα εμφανίσετε ή να αποκρύψετε ίχνη σε πραγματικό χρόνο επιλέγοντάς τα στο παράθυρο επιλογέα
βοθρίων ή στον πίνακα ρύθμισης πλάκαςnΝα προβάλετε μεμονωμένα ίχνη ή ομάδες ιχνών επιλέγοντάς τα στην αναπτυσσόμενη λίστα ομάδων
βοθρίωνn

Να επεξεργαστείτε την πλάκα ή να αντικαταστήσετε το αρχείο πλάκαςnΝα εφαρμόσετε ένα αρχείο PrimePCR στη δοκιμή.

Εμφάνιση ή απόκρυψη ιχνών σε πραγματικό χρόνοΑπό προεπιλογή, όλα τα γεμάτα βοθρία είναι ενεργά και εμφανίζονται στον πίνακα ρύθμισης πλάκας. Ταενεργά βοθρία εμφανίζονται μπλε στο παράθυρο επιλογέα βοθρίων. Τα κρυφά βοθρία εμφανίζονται μεανοιχτό γκρι χρώμα και τα αχρησιμοποίητα βοθρία εμφανίζονται με σκούρο γκρι χρώμα στο παράθυρο
επιλογέα βοθρίων.
Μπορείτε να αποκρύψετε ίχνη από ενεργά βοθρία κατά τη διάρκεια της δοκιμής. Το CFX Maestro Dx SEσυνεχίζει να συλλέγει δεδομένα για όλα τα βοθρία. Με την απόκρυψη των βοθρίων, τα δεδομένα τους δενεμφανίζονται στον πίνακα ρύθμισης πλάκας.

Για να αποκρύψετε ίχνη σε πραγματικό χρόνοuΣτο παράθυρο επιλογέα βοθρίου, κάντε κλικ στα ενεργά (μπλε) βοθρία που θέλετε να αποκρύψετε.

Για να εμφανίσετε ίχνη σε πραγματικό χρόνοuΣτο παράθυρο επιλογέα βοθρίων, κάντε κλικ στα κρυφά (ανοιχτό γκρι) βοθρία που θέλετε ναεμφανίσετε.

Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τον επιλογέα βοθρίων, βλ. Επιλογέας βοθρίων στη σελίδα 223.

Οδηγός χρήσης | 197Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Επεξεργασία ρύθμισης πλάκας
Για να επεξεργαστείτε μια ρύθμιση πλάκαςuΚάντε κλικ στην επιλογή Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας) και, στη συνέχεια, επιλέξτε View/Edit Plate(Προβολή/Επεξεργασία πλάκας).
Εμφανίζεται το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), στο οποίο μπορείτε να επεξεργαστείτε
την πλάκα ενώ η δοκιμή βρίσκεται σε εξέλιξη. Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τηνεπεξεργασία πλακών, ανατρέξτε στο Κεφάλαιο 8, Προετοιμασία πλακών.
Σημείωση: Μπορείτε επίσης να επεξεργαστείτε τα στυλ ίχνους από το παράθυρο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας). Οι αλλαγές εμφανίζονται στο διάγραμμα ίχνους ενίσχυσης στην καρτέλα
Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο).

Αντικατάσταση αρχείου πλάκας
Υπόδειξη: Η αντικατάσταση ενός αρχείου πλάκας είναι ιδιαίτερα χρήσιμη εάν εκκινήσετε μια δοκιμή
με ένα αρχείο Quick Plate (Γρήγορη πλάκα) στο φάκελο ExpressLoad.

Για να αντικαταστήσετε ένα αρχείο πλάκαςuΚάντε κλικ στο Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας) και, στη συνέχεια, επιλέξτε μία από τις ακόλουθες
επιλογές:n

Replace Plate file (Αντικατάσταση αρχείου πλάκας) — επιλέξτε το νέο αρχείο πλάκας από τηλίστα στο παράθυρο του περιηγητή

n

Apply PrimePCR file (Εφαρμογή αρχείου PrimePCR) — αναζητήστε ένα αρχείο δοκιμής από τοοποίο θα ληφθεί η διάταξη πλάκας χρησιμοποιώντας την Έξυπνη αναζήτηση ή κάντε κλικ στο
Browse (Περιήγηση) για να βρείτε ένα αρχείο που έχει ληφθεί από τον ιστότοπο της Bio-Rad καιτο οποίο δεν βρίσκεται στον φάκελο PrimePCRΣημείωση: Το CFX Maestro Dx SE ελέγχει τη λειτουργία σάρωσης και το μέγεθος της πλάκας
για το αρχείο πλάκας. Αυτές οι ρυθμίσεις πρέπει να είναι ίδιες με τις ρυθμίσεις δοκιμής με τιςοποίες ξεκίνησε η δοκιμή.

198 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠλαίσιο διαλόγου Run Details (Λεπτομέρειες δοκιμής)Καρτέλα Time Status (Κατάσταση χρόνου)Η καρτέλα Time Status (Κατάσταση χρόνου) εμφανίζει τον χρόνο που απομένει για την ολοκλήρωση τηςτρέχουσας δοκιμής.

Οδηγός χρήσης | 199Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Εκτέλεση πειραμάτων PrimePCRΤα πειράματα PrimePCR χρησιμοποιούν δοκιμές (βιολογικών/βιοχημικών) μονοπατιών ή σχετιζόμενες μεσυγκεκριμένη ασθένεια που η Bio-Rad έχει επικυρώσει και βελτιστοποιήσει σε πειραματικό εργαστήριο
(wet-lab) και είναι διαθέσιμες στις ακόλουθες μορφές:nΠροκατασκευασμένα πάνελ — πλάκες που περιέχουν δοκιμές που είναι ειδικές για μια βιολογική οδόή ασθένεια. Περιλαμβάνουν μάρτυρες PrimePCR και γονίδια αναφοράς.

nΠροσαρμοσμένες διαμορφωμένες πλάκες — πλάκες που μπορούν να ρυθμιστούν σε μια διάταξηπου καθορίζεται από τον χρήστη με την επιλογή προσδιορισμών για στόχους ενδιαφέροντος,μάρτυρες και αναφορές.

nΜεμονωμένοι προσδιορισμοί — σωλήνες που περιέχουν μεμονωμένα σετ εκκινητών για χρήση σεαντιδράσεις σε πραγματικό χρόνο.

Για να μειώσετε τον συνολικό χρόνο της δοκιμής, μπορείτε να καταργήσετε το βήμα τήξης στοπρωτόκολλο. Η Bio-Rad συνιστά ιδιαίτερα να μην κάνετε άλλες τροποποιήσεις σε πρωτόκολλο δοκιμής
PrimePCR. Το προεπιλεγμένο πρωτόκολλο είναι αυτό που χρησιμοποιήθηκε για την επικύρωση τηςανάλυσης. Οποιαδήποτε απόκλιση από αυτό μπορεί να επηρεάσει τα αποτελέσματα. Οι αλλαγές
πρωτοκόλλου σημειώνονται στην καρτέλα Run Information (Πληροφορίες δοκιμής) του προκύπτοντος
αρχείου δεδομένων και σε τυχόν αναφορές που δημιουργούνται.

Για να εκκινήσετε μια δοκιμή PrimePCRuΓια να εκκινήσετε μια δοκιμή PrimePCR, κάντε ένα από τα εξής:nΣτον Οδηγό εκκίνησης, επιλέξτε PrimePCR στην καρτέλα Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) και, στησυνέχεια, επιλέξτε την κατάλληλη χημεία (SYBR® ή Probe (Ανιχνευτής)).

nΕπιλέξτε μια δοκιμή PrimePCR από τη λίστα Recent Runs (Πρόσφατες δοκιμές) στην καρτέλα
Repeat Run (Επανάληψη δοκιμής) στον Οδηγό εκκίνησης.

nΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > PrimePCR Run File (Αρχείο δοκιμής PrimePCR) στοπαράθυρο Home (Αρχικό).

nΣύρετε και αποθέστε ένα αρχείο δοκιμής PrimePCR στο παράθυρο Home (Αρχικό).

Αφού επιλέξετε μια δοκιμή PrimePCR, ανοίγει το παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής) στην καρτέλα
Start Run (Έναρξη δοκιμής) με την προεπιλεγμένη διάταξη της πλάκας PrimePCR με βάση το επιλεγμένο
όργανο.

Για να αφαιρέσετε το βήμα τήξης στο πρωτόκολλοuΣτην καρτέλα Protocol (Πρωτόκολλο), αποεπιλέξτε το πλαίσιο δίπλα στην επιλογή Include Melt Step(Συμπερίληψη βήματος τήξης).

200 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκτέλεση πειραμάτων PrimePCRΓια να εισαγάγετε πληροφορίες στόχου για πλάκες PrimePCR σε μια διάταξη πλάκας
1.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΣτην καρτέλα Real-time Status (Κατάσταση σε πραγματικό χρόνο) στο πλαίσιο διαλόγου Run
Details (Λεπτομέρειες δοκιμής), επιλέξτε Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας) > Apply PrimePCR File(Εφαρμογή αρχείου PrimePCR).

nΣτο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), επιλέξτε Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας) >Apply PrimePCR File (Εφαρμογή αρχείου PrimePCR).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου PrimePCR run file (Αρχείο δοκιμής PrimePCR), κάντε κλικ στο Browse(Περιήγηση) για να μεταβείτε στο κατάλληλο αρχείο PrimePCR (.csv).

3.

Επιλέξτε το επιθυμητό αρχείο PrimePCR και κάντε κλικ στο Open (Άνοιγμα).

Το Σύστημα CFX Opus Dx εισάγει τις πληροφορίες στόχου στη διάταξη πλάκας σας.

Οδηγός χρήσης | 201Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Μεταφορά αυτόνομων δεδομένων για ανάλυση
Σημαντικό: Όταν μεταφέρετε αρχεία δεδομένων από το Σύστημα CFX Opus Dx στο CFX Maestro
Dx SE, μεταφέρονται όλα τα αρχεία που είναι αποθηκευμένα στο σύστημα. Βεβαιωθείτε ότι έχετε
αρκετό χώρο στον δίσκο για την ασφαλή μεταφορά των δεδομένων.
Όταν ολοκληρωθεί η δοκιμή, το CFX Maestro Dx SE αναλύει τα δεδομένα φθορισμού. Εάν η δοκιμή
εκτελεστεί σε αυτόνομη λειτουργία και τα δεδομένα αποθηκευτούν στο ίδιο το Σύστημα CFX Opus Dx,πρέπει να μεταφερθούν στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE για ανάλυση.
Το Σύστημα CFX Opus Dx μπορεί να αποθηκεύσει έως και 100 δοκιμές PCR σε πραγματικό χρόνο. Αφούολοκληρωθεί η δοκιμή, μπορείτε να μεταφέρετε αυτόνομα αρχεία δεδομένων στον υπολογιστή με το
CFX Maestro Dx SE μέσω email, μονάδας USB ή μέσω του ίδιου του λογισμικού.
Αυτή η ενότητα εξηγεί πώς να μεταφέρετε αυτόνομα αρχεία δεδομένων στον υπολογιστή με το
CFX Maestro Dx SE.

Μεταφορά δεδομένων μέσω emailΓια να αποστείλετε ένα αρχείο δεδομένων μέσω email στο τέλος μιας δοκιμής
1.

Ρυθμίστε τις ειδοποιήσεις μέσω email για το όργανο.
Βλ. Ρύθμιση ειδοποίησης μέσω email στη σελίδα 89 ή το Εγχειρίδιο λειτουργίας για το Σύστημα PCR
σε πραγματικό χρόνο CFX Opus Dx.

2.

Όταν ρυθμίζετε τις ειδοποιήσεις μέσω email, βεβαιωθείτε ότι είναι επιλεγμένο το Attach Data File(Επισύναψη αρχείου δεδομένων).
Τα δεδομένα της δοκιμής αποστέλλονται μέσω email ως αρχείο .pcrd.

Μεταφορά δεδομένων από Σύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο
CFX Opus DxΜέσω της δυνατότητας αναζήτησης αρχείων στο Σύστημα CFX Opus Dx, μπορείτε να μεταφέρετε αρχεία
δεδομένων σε μια συνδεδεμένη μονάδα USB ή σε έναν κοινόχρηστο φάκελο δικτύου. Μπορείτε επίσης ναμεταφέρετε αρχεία πρωτοκόλλου CFX Maestro Dx SE από μια μονάδα USB ή μια κοινόχρηστη μονάδα
δίσκου δικτύου στον φάκελό σας ή στον δημόσιο φάκελο στο Σύστημα CFX Opus Dx και να τα εκτελέσετεστο Σύστημα CFX Opus Dx.
Υπόδειξη: Αυτή η ενότητα εξηγεί τον τρόπο μεταφοράς δεδομένων. Για πληροφορίες σχετικά με τηρύθμιση της σύνδεσης Ethernet , ανατρέξτε στο Εγχειρίδιο λειτουργίας για το Σύστημα PCR σεπραγματικό χρόνο CFX Opus Dx που θα βρείτε στο μενού Help (Βοήθεια) του CFX Maestro Dx SE.

202 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜεταφορά αυτόνομων δεδομένων για ανάλυση

1.

Στην Αρχική οθόνη στο Σύστημα CFX Opus Dx, πατήστε Files (Αρχεία) για να προβάλετε την οθόνη
File Browser (Περιηγητής αρχείων).

2.

Στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων), μεταβείτε στο αρχείο που θέλετε να αντιγράψετε και,στη συνέχεια, πατήστε το αρχείο για να δείτε το παράθυρο λεπτομερειών αρχείου.

3.

Στο παράθυρο λεπτομερειών αρχείου, πατήστε Options (Επιλογές) και, στη συνέχεια, πατήστε Copy(Αντιγραφή).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Select Location (Επιλογή θέσης).
4.

Στο πλαίσιο διαλόγου Select Location (Επιλογή θέσης), κάντε ένα από τα εξής:nΜεταβείτε σε έναν υπάρχοντα φάκελο.

nΜεταβείτε στη θέση για τη δημιουργία του φακέλου στον οποίο θα αποθηκεύσετε το αρχείο καιμετά πατήστε Create Folder (Δημιουργία φακέλου)(5.

) για να δημιουργήσετε έναν νέο φάκελο σε αυτήν τη θέση.

Πατήστε Select (Επιλογή) για να αντιγράψετε το αρχείο στην επιλεγμένη θέση ή Cancel (Ακύρωση)για να επιστρέψετε στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων).
Σημείωση: Εάν υπάρχει αρχείο με το ίδιο όνομα στην επιλεγμένη θέση, εμφανίζεται ένα πλαίσιο
μηνύματος. Πατήστε Yes (Ναι) για να αντικαταστήσετε το υπάρχον αρχείο ή Νο (Όχι) για ναεπιστρέψετε στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων).

Οδηγός χρήσης | 203Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτωνΤο Σύστημα CFX Opus Dx εμφανίζει ένα μήνυμα επιβεβαίωσης όταν η αντιγραφή του αρχείου
ολοκληρώνεται με επιτυχία.

204 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜεταφορά αυτόνομων δεδομένων για ανάλυση

Μεταφορά δεδομένων με το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
EditionΓια να μεταφέρετε δεδομένα με το CFX Maestro Dx SE
1.

Στο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), κάντε δεξί κλικ στο επιθυμητό όργανοκαι επιλέξτε Retrieve Data Files (Ανάκτηση αρχείων δεδομένων).
Το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει το πλαίσιο διαλόγου Browse For Folder (Περιήγηση σε φάκελο).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Browse For Folder (Περιήγηση σε φάκελο), αναζητήστε τη θέση στην οποία
σκοπεύετε να αποθηκεύσετε τα αρχεία δεδομένων και κάντε κλικ στο OK.
Η διαδικασία μεταφοράς δημιουργεί έναν φάκελο με την ένδειξη Real-Time Data (Δεδομένα
πραγματικού χρόνου) στην επιλεγμένη θέση. Τα δεδομένα της δοκιμής αποθηκεύονται στον φάκελο
Real-Time Data (Δεδομένα πραγματικού χρόνου) ως ξεχωριστά αρχεία .zpcr.

Μεταφορά δεδομένων με χρήση μονάδας USBΕάν τοποθετήσετε μια μονάδα USB στη θύρα USB του οργάνου, το αρχείο δεδομένων αποθηκεύεται
αυτόματα στον κύριο (ιεραρχικά) φάκελο της μονάδας USB όταν ολοκληρωθεί η δοκιμή. Μπορείτε επίσης
να εντοπίσετε αρχεία δεδομένων που έχουν αποθηκευτεί στο παρελθόν και να τα αποθηκεύσετε σε μιασυνδεδεμένη μονάδα USB.

Για να μεταφέρετε αρχεία δεδομένων σε μια μονάδα USB στο Σύστημα CFX Opus DxuΣτο πλαίσιο διαλόγου Select Location (Επιλογή θέσης), πατήστε USB και μεταβείτε στον φάκελο
προορισμού στον οποίο θα αντιγράψετε το αρχείο ή πατήστε Cancel (Ακύρωση) για να επιστρέψετε
στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων).
Σημείωση: Εάν υπάρχει αρχείο με το ίδιο όνομα στην επιλεγμένη θέση, εμφανίζεται ένα πλαίσιο
διαλόγου. Πατήστε Yes (Ναι) για να αντικαταστήσετε το υπάρχον αρχείο ή Νο (Όχι) για ναεπιστρέψετε στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων).

Το Σύστημα CFX Opus Dx εμφανίζει ένα μήνυμα επιβεβαίωσης όταν η αντιγραφή του αρχείου
ολοκληρώνεται με επιτυχία.

Οδηγός χρήσης | 205Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

Μεταφορά δεδομένων μέσω μιας κοινόχρηστης μονάδας δίσκου
δικτύου με το Σύστημα PCR σε πραγματικό χρόνο CFX Opus DxΥπόδειξη: Μπορείτε να μεταφέρετε δεδομένα από και προς μια κοινόχρηστη μονάδα δίσκου δικτύου
μόνο με Σύστημα CFX Opus Dx.
Το Σύστημα CFX Opus Dx σας επιτρέπει να συνδεθείτε σε μια κοινόχρηστη μονάδα δίσκου δικτύου
χρησιμοποιώντας Ethernet. Με μια επιτυχή σύνδεση, μπορείτε να μεταφέρετε αρχεία δεδομένων από καιπρος έναν φάκελο στην κοινόχρηστη μονάδα δίσκου δικτύου.

Για να μεταφέρετε δεδομένα από και προς μια κοινόχρηστη μονάδα δίσκου δικτύουuΣτο πλαίσιο διαλόγου Select Location (Επιλογή θέσης), πατήστε Network (Δίκτυο) και μεταβείτε στονφάκελο προορισμού στον οποίο θα αντιγράψετε το αρχείο ή πατήστε Cancel (Ακύρωση) για ναεπιστρέψετε στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων).
Σημείωση: Εάν υπάρχει αρχείο με το ίδιο όνομα στην επιλεγμένη θέση, εμφανίζεται ένα πλαίσιο
διαλόγου. Πατήστε Yes (Ναι) για να αντικαταστήσετε το υπάρχον αρχείο ή Νο (Όχι) για ναεπιστρέψετε στην οθόνη File Browser (Περιηγητής αρχείων).

Το Σύστημα CFX Opus Dx εμφανίζει ένα μήνυμα επιβεβαίωσης όταν η αντιγραφή του αρχείου
ολοκληρώνεται με επιτυχία.

Δημιουργία αρχείου δεδομένων
Για την ανάλυση δεδομένων που μεταφέρονται από το όργανο στον υπολογιστή με το CFX Maestro DxSE, το συμπιεσμένο αρχείο δεδομένων (αρχείο .zpcr) πρέπει να μετατραπεί σε ένα αρχείο δεδομένων
(αρχείο .pcrd). Το CFX Maestro Dx SE μετατρέπει το αρχείο .zpcr σε αρχείο .pcrd και, στη συνέχεια,επιλέγει ένα αρχείο πλάκας που έχει την ίδια λειτουργία σάρωσης και μέγεθος πλάκας και το εφαρμόζειστο αρχείο .pcrd.

Για να δημιουργήσετε ένα αρχείο δεδομένων από ένα αυτόνομο αρχείο δεδομένων
1.

Στο CFX Maestro Dx SE κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕντοπίστε το επιθυμητό αρχείο .zpcr και σύρετέ το στο παράθυρο Home (Αρχικό) του
CFX Maestro Dx SE.

nΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > Stand-alone Run (Αυτόνομη δοκιμή), πλοηγηθείτεστο αρχείο και επιλέξτε το.

Το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει το πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως).
2.

Μεταβείτε στο φάκελο στον οποίο σκοπεύετε να αποθηκεύσετε το αρχείο .pcrd και κάντε κλικ στοSave (Αποθήκευση).

206 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜεταφορά αυτόνομων δεδομένων για ανάλυση

Αφού αποθηκεύσετε το αρχείο .pcrd, το CFX Maestro Dx SE ανοίγει το παράθυρο Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων) και εμφανίζει τα δεδομένα που προκύπτουν.

Οδηγός χρήσης | 207Κεφάλαιο 9 Εκτέλεση πειραμάτων

208 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένωνΤο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition επεξεργάζεται αυτόματα τα δεδομένα PCR σεπραγματικό χρόνο στο τέλος κάθε δοκιμής και ανοίγει το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)για να εμφανίσει αυτά τα δεδομένα (το αρχείο .pcrd).
nΣύρετε ένα αρχείο δεδομένων (επέκταση .pcrd) στο παράθυρο Home (Αρχικό) και αφήστε τοnΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > Data File (Αρχείο δεδομένων) στο παράθυρο Home(Αρχικό) και περιηγηθείτε στο επιθυμητό αρχείο .pcrdnΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Recent Data Files (Πρόσφατα αρχεία δεδομένων) στο παράθυρο Home(Αρχικό) για να επιλέξετε από μια λίστα με τα δέκα πιο πρόσφατα ανοιχτά αρχεία δεδομένων

nΕπιλέξτε την καρτέλα Analyze (Ανάλυση) στον Οδηγό εκκίνησης και επιλέξτε από τα Πρόσφατααρχεία ή κάντε κλικ στην επιλογή Browse (Αναζήτηση) για να εντοπίσετε το αρχείο δεδομένων

Παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) εμφανίζει πολλές καρτέλες και κάθε καρτέλα δείχνει
τα δεδομένα που αναλύθηκαν για μια συγκεκριμένη μέθοδο ανάλυσης ή πληροφορίες για τησυγκεκριμένη δοκιμή. Οι καρτέλες εμφανίζονται μόνο εάν τα δεδομένα που συλλέγονται στη δοκιμή είναι
διαθέσιμα για αυτόν τον τύπο ανάλυσης.

Υπόδειξη: Για να επιλέξετε τις καρτέλες που θα εμφανίζονται, επιλέξτε τες από το αναπτυσσόμενο
μενού View (Προβολή) στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Για να επιστρέψετε στηναρχική διάταξη της καρτέλας, επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Restore Default Window Layout(Επαναφορά προεπιλεγμένης διάταξης παραθύρων).

Οδηγός χρήσης | 209Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Γραμμή εργαλείων ανάλυσης δεδομένων
Η γραμμή εργαλείων στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) παρέχει γρήγορη πρόσβαση σε
σημαντικές λειτουργίες της ανάλυσης δεδομένων.

Ο Πίνακας 11 παραθέτει τις λειτουργίες των κουμπιών στη γραμμή εργαλείων.
Πίνακας 11. Γραμμή εργαλείων στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)ΚουμπίΌνομαΛειτουργία

Plate Setup

View/Edit plate (Προβολή/Επεξεργασία πλάκας)(Ρύθμιση πλάκας)— ανοίγει το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)για προβολή και επεξεργασία των περιεχομένων
των βοθρίων.
Replace Plate (Αντικατάσταση πλάκας) —επιλέγει ένα αρχείο πλάκας που θααντικαταστήσει τη διάταξη της πλάκας.
Apply PrimePCR file (Εφαρμογή αρχείου
PrimePCR) — επιλέγει ένα αρχείο δοκιμής γιααντικατάσταση της διάταξης πλάκας για μιαδοκιμή PrimePCR.

Manage WellΑνοίγει το παράθυρο του Well Groups Manager

Groups(Διαχείριση ομάδων βοθρίων) για δημιουργία,(Διαχείριση

επεξεργασία και διαγραφή ομάδων βοθρίων.

ομάδων βοθρίων)Well GroupΕπιλέγει ένα υπάρχον όνομα ομάδας βοθρίων

(Ομάδα βοθρίων)από το αναπτυσσόμενο μενού. Η προεπιλογή
είναι το All Wells (Όλα τα βοθρία). Αυτό τοκουμπί εμφανίζεται μόνο όταν δημιουργούνται
ομάδες βοθρίων.

Λειτουργία

Αναλύει τα δεδομένα σε λειτουργία Fluorophoreανάλυσης(Φθοροφόρο) ή Target (Στόχος).

Help (Βοήθεια)Ανοίγει τη Βοήθεια του λογισμικού από την οποία
μπορείτε να βρείτε ηλεκτρονική βοήθεια και έναψηφιακό αντίγραφο αυτού του εγχειριδίου σεμορφή Acrobat PDF.

210 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Γραμμή μενού ανάλυσης δεδομένωνΟ Πίνακας 12 παραθέτει τα στοιχεία της γραμμής μενού στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων).
Πίνακας 12. Στοιχεία γραμμής μενού παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)ΣτοιχείομενούΕντολή

Λειτουργία

File (Αρχείο)Save (Αποθήκευση)Αποθηκεύει το αρχείο.

Save As (Αποθήκευση ως)Αποθηκεύει το αρχείο με νέο όνομα.

File Passwords (Κωδικοί

Επιτρέπει στους χρήστες να ορίζουν τουςπρόσβασης αρχείου)κωδικούς πρόσβασης για την αποθήκευση καιτο άνοιγμα των αρχείων.

Sign (Υπογραφή)Επιτρέπει στους χρήστες να υπογράψουν τοαρχείο δεδομένων.

Repeat Run (Επανάληψη δοκιμής)Εξάγει το αρχείο πρωτοκόλλου και πλάκαςαπό την τρέχουσα δοκιμή για να το εκτελέσετε
ξανά.

Close (Κλείσιμο)Κλείνει το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων).

View (Προβολή)Run Log (Αρχείο καταγραφής

Ανοίγει ένα παράθυρο Run Log (Αρχείο

δοκιμής)καταγραφής δοκιμής) για να προβάλετε τοαρχείο καταγραφής δοκιμής του τρέχοντος
αρχείου δεδομένων.

Audit Trail (Ίχνος ελέγχου)Ανοίγει το ίχνος ελέγχου για το αρχείο.

Quantification (Ποσοτικός

Εμφανίζει τα δεδομένα που έχουν αναλυθεί σεπροσδιορισμός), Melt Curveεπιλεγμένες καρτέλες στο παράθυρο Data(Καμπύλη τήξης), Gene

Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Πρέπει ναExpression (Έκφραση γονιδίων),επιλεγεί τουλάχιστον μία καρτέλα.

End Point (Τελικό σημείο), Custom
Data View (Προσαρμοσμένη
προβολή δεδομένων), QC (ΠΕ),
Run Information (Πληροφορίες
δοκιμής)Οδηγός χρήσης | 211Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 12. Στοιχεία γραμμής μενού παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), συνέχεια

ΣτοιχείομενούΕντολή

Λειτουργία

Settings

Cq Determination Mode (ΤρόποςΣας δίνει τη δυνατότητα να επιλέξετε είτε τη(Ρυθμίσεις)προσδιορισμού Cq)λειτουργία Regression (Παλινδρόμηση) είτε τηλειτουργία Single Threshold (Μεμονωμένο
κατώφλι) για να προσδιορίσετε τον τρόπο
υπολογισμού των τιμών Cq για κάθε ίχνος.

212 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Πίνακας 12. Στοιχεία γραμμής μενού παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), συνέχεια

ΣτοιχείομενούΕντολή

Λειτουργία

Baseline Setting (ΡύθμισηΣας επιτρέπει να επιλέξετε τη μέθοδο

γραμμής βάσης)αφαίρεσης γραμμής βάσης για τις επιλεγμένες
ομάδες βοθρίων.

Οδηγός χρήσης | 213Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 12. Στοιχεία γραμμής μενού παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), συνέχεια

ΣτοιχείομενούΕντολή

Λειτουργία

Analysis Mode (Λειτουργία

Σας επιτρέπει να αναλύσετε τα δεδομένα κατάανάλυσης)

Fluorophore (Φθοροφόρο) ή κατά Target(Στόχος).

Cycles to Analyze (Κύκλοι προςΣας επιτρέπει να επιλέξετε τους κύκλους προςανάλυση)ανάλυση.

Baseline Threshold (Κατώφλι

Ανοίγει το παράθυρο Baseline Thresholdγραμμής βάσης)(Κατώφλι γραμμής βάσης) για ναπροσαρμόσετε τη γραμμή βάσης ή το κατώφλι.

Trace Styles (Στυλ ίχνους)Ανοίγει το παράθυρο Trace Styles (Στυλίχνους).

Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας)Ανοίγει το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)για προβολή και επεξεργασία της πλάκας.
Αντικαταστήστε την τρέχουσα πλάκα με μίαπλάκα από ένα καθορισμένο από τον χρήστη
αρχείο πλάκας ή ένα αρχείο δοκιμής
PrimePCR.

Include All Excluded Wells

Περιλαμβάνει όλα τα εξαιρούμενα βοθρία στην(Συμπερίληψη όλων τωνανάλυση.

εξαιρούμενων βοθρίων)
Mouse Highlighting (ΕπισήμανσηΕνεργοποιεί ή απενεργοποιεί την ταυτόχρονη

ποντικιού)επισήμανση των δεδομένων με τον δείκτη τουποντικιού.
Υπόδειξη: Εάν το Mouse Highlighting(Επισήμανση ποντικιού) είναι
απενεργοποιημένο, πατήστε το πλήκτρο
ελέγχου Control για να ενεργοποιήσετε
προσωρινά την επισήμανση.

Restore Default Window Layout

Επαναφέρει τη διάταξη των παραθύρων στην(Επαναφορά προεπιλεγμένης

προεπιλεγμένη ρύθμιση.

διάταξης παραθύρων)214 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Πίνακας 12. Στοιχεία γραμμής μενού παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), συνέχεια

ΣτοιχείομενούΕντολή

Λειτουργία

ExportExport All Data Sheets (ΕξαγωγήΣας δίνει τη δυνατότητα να επιλέξετε εάν θα(Εξαγωγή)όλων των φύλλων δεδομένων)εξαγάγετε όλες τις προβολές υπολογιστικών
φύλλων από κάθε καρτέλα σε ένα αρχείο .csv,.txt., Excel ή .xml.

Export RDML File (Εξαγωγή

Σας επιτρέπει να επιλέξετε είτε την έκδοση 1.1

αρχείου RDML)είτε την έκδοση 1.0 του RDML για την εξαγωγή
του αρχείου.

Custom Export (Προσαρμοσμένη

Ανοίγει το παράθυρο Custom Exportεξαγωγή)(Προσαρμοσμένη εξαγωγή) στο οποίο
μπορούν να καθοριστούν τα πεδία που θαεξαχθούν και η μορφή αρχείου.

Export to LIMS Folder (Εξαγωγή

Ανοίγει ένα παράθυρο για την αποθήκευση

στον φάκελο LIMS)των δεδομένων σε προκαθορισμένη μορφή
στον φάκελο LIMS.

Manual Export (Χειροκίνητη

Ανοίγει ένα παράθυρο για τον προσδιορισμό

εξαγωγή)της θέσης για την αποθήκευση των δεδομένωναπό όλες τις προβολές υπολογιστικών φύλλων
σε αρχεία Excel δομημένα ειδικά για χρήσηαπό τη Seegene, Inc και την Bio-Rad
Laboratories.
Υπόδειξη: Μπορείτε επίσης ναξεκινήσετε αυτόματα το Seegene Viewer(Προβολή Seegene) κατά την εξαγωγή.
Για περισσότερες πληροφορίες, βλ.
Εντολές μενού εργαλείων στη σελίδα 73.

Οδηγός χρήσης | 215Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 12. Στοιχεία γραμμής μενού παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), συνέχεια

ΣτοιχείομενούΕντολή

Λειτουργία

Tools (Εργαλεία)Reports (Αναφορές)Ανοίγει την αναφορά για αυτό το αρχείο
δεδομένων.

Well Group Reports (Αναφορές

Ανοίγει το παράθυρο Well Group Reportομάδων βοθρίων)(Αναφορά ομάδων βοθρίων) για τη δημιουργία
αναφορών για καθορισμένες ομάδες βοθρίων.

Import Fluorophore CalibrationΕπιλέξτε ένα αρχείο βαθμονόμησης για(Εισαγωγή βαθμονόμησης

εφαρμογή στο τρέχον αρχείο δεδομένων.

φθοροφόρου)qbase +

Εκκινεί το qbase+ v2.5 απευθείας από τοτρέχον αρχείο .pcrd εάν είναι εγκατεστημένο.

Generate LIMS PLRN fileΑποθηκεύει το αρχείο δεδομένων ως αρχείο

(Δημιουργία αρχείου LIMS PLRN).plrn με μορφή LIMS.

216 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)Λεπτομέρειες καρτέλας
Κάθε καρτέλα στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) εμφανίζει τα δεδομένα σεδιαγράμματα και υπολογιστικά φύλλα για μια συγκεκριμένη μέθοδο ανάλυσης και περιλαμβάνει ένανεπιλογέα βοθρίων για την επιλογή των δεδομένων που θέλετε να εμφανίζονται. Όταν ανοίξει, τοπαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) εμφανίζει την καρτέλα Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός) από προεπιλογή. Μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τα δεδομένα του διαγράμματοςενίσχυσης στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός) για να καθορίσετε τις κατάλληλεςρυθμίσεις ανάλυσης για τη δοκιμή.

Σημείωση: Το λογισμικό συνδέει τα δεδομένα στα παράθυρα κάθε καρτέλας Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων). Για παράδειγμα, η επισήμανση ενός βοθρίου με τοποθέτηση του δείκτη τουποντικιού πάνω στο βοθρίο στην προβολή επιλογής βοθρίων επισημαίνει τα δεδομένα σε όλα ταάλλα παράθυρα.

Οδηγός χρήσης | 217Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Επιλογέας αριθμού βημάτων
Τα συστήματα CFX Opus Dx μπορούν να λαμβάνουν δεδομένα φθορισμού σε πολλά βήματα
πρωτοκόλλου. Το λογισμικό διατηρεί τα δεδομένα που λήφθηκαν σε κάθε βήμα ανεξάρτητα. Το
CFX Maestro Dx SE εμφανίζει τον επιλογέα αριθμού βημάτων κάτω από το διάγραμμα πρότυπης
καμπύλης στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός). Όταν ένα πρωτόκολλο περιέχει
τουλάχιστον ένα βήμα συλλογής δεδομένων, το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει τα δεδομένα από τοπρώτο βήμα συλλογής.
Εάν το πρωτόκολλο περιέχει περισσότερα από ένα βήματα συλλογής, μπορείτε να επιλέξετε ένα άλλοβήμα από την αναπτυσσόμενη λίστα. Για παράδειγμα:Όταν επιλέγετε ένα βήμα, το λογισμικό εφαρμόζει αυτήν την επιλογή σε όλα τα δεδομένα πουεμφανίζονται στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

Προβολή ομάδων βοθρίων στην ανάλυση δεδομένων
Τα βοθρία στην πλάκα μπορούν να ομαδοποιηθούν σε υποσύνολα για ανεξάρτητη ανάλυση
χρησιμοποιώντας ομάδες βοθρίων. Όταν δημιουργείτε ομάδες βοθρίων, τα ονόματα των ομάδων τουςεμφανίζονται στην αναπτυσσόμενη λίστα Well Groups (Ομάδες βοθρίων) του παραθύρου Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων) στη γραμμή εργαλείων.
Εάν έχετε δημιουργήσει ομάδες βοθρίων, το λογισμικό εμφανίζει την προεπιλεγμένη ομάδα βοθρίων All
Wells (Όλα τα βοθρία) όταν ανοίγετε το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), εμφανίζοντας ταδεδομένα σε όλα τα βοθρία με περιεχόμενο στα διαγράμματα και στα υπολογιστικά φύλλα. Μόνο ταβοθρία σε αυτήν την ομάδα βοθρίων που είναι φορτωμένα με περιεχόμενο εμφανίζονται στον επιλογέα
βοθρίων και μόνο τα δεδομένα για αυτά τα βοθρία περιλαμβάνονται στους υπολογισμούς της ανάλυσης
δεδομένων.
Υπόδειξη: Για να δημιουργήσετε, να επεξεργαστείτε και να διαγράψετε ομάδες βοθρίων, κάντε κλικστην επιλογή Manage Well Groups (Διαχείριση ομάδων βοθρίων) στη γραμμή εργαλείων.
Σημείωση: Εάν δεν δημιουργήσατε ομάδες βοθρίων, η αναπτυσσόμενη λίστα Well Groups (Ομάδες
βοθρίων) δεν εμφανίζεται στη γραμμή εργαλείων.

Αλλαγή περιεχομένων βοθρίων μετά από δοκιμή
Κατά την ανάλυση δεδομένων, με την αλλαγή του τρόπου εμφάνισης των δεδομένων αλλάζοντας ταπεριεχόμενα των βοθρίων στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) δεν αλλάζουν ποτέ τα δεδομένα
φθορισμού που έχουν συλλεχθεί από κάθε βοθρίο κατά τη διάρκεια της δοκιμής. Αφού η μονάδα συλλέξει

218 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων)δεδομένα φθορισμού, δεν μπορείτε να διαγράψετε αυτά τα δεδομένα, αλλά μπορείτε να επιλέξετε νααφαιρέσετε δεδομένα από την προβολή και την ανάλυση.

Για να αλλάξετε το περιεχόμενο των βοθρίων μετά από μια δοκιμήuΣτο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), κάντε κλικ στην επιλογή Plate Setup (Ρύθμιση
πλάκας) και επιλέξτε μία από τις ακόλουθες επιλογές:n

Edit/View Plate (Επεξεργασία/προβολή πλάκας) — ανοίγει το Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας), στο οποίο μπορείτε να κάνετε χειροκίνητες αλλαγές στη διάταξη.

nReplace Plate file (Αντικατάσταση αρχείου πλάκας) — ανοίγει τον περιηγητή Select Plate(Επιλογή πλάκας), στο οποίο μπορείτε να πλοηγηθείτε σε ένα προηγουμένως αποθηκευμένο
αρχείο πλάκας με το οποίο μπορείτε να αντικαταστήσετε την τρέχουσα διάταξη πλάκας.

n

Apply PrimePCR file (Εφαρμογή αρχείου PrimePCR) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου SelectPrimePCR file (Επιλογή αρχείου PrimePCR), στο οποίο μπορείτε να πλοηγηθείτε σε ένα αρχείο
δοκιμής PrimePCR και να το εφαρμόσετε στη διάταξη της πλάκας.

Υπόδειξη: Μπορείτε να προσθέσετε ή να επεξεργαστείτε πληροφορίες σχετικά με τα περιεχόμενα
του βοθρίου πριν από μια δοκιμή, κατά τη διάρκεια μιας δοκιμής ή μετά την ολοκλήρωση μιαςδοκιμής PCR. Πρέπει να εκχωρήσετε τη λειτουργία σάρωσης και το μέγεθος της πλάκας πριν από τηδοκιμή. Αυτές οι παράμετροι δεν μπορούν να αλλάξουν μετά τη δοκιμή.

Οδηγός χρήσης | 219

Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Ρυθμίσεις ανάλυσης δεδομένων
Τα δεδομένα του διαγράμματος ενίσχυσης στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)δείχνουν τη σχετική μονάδα φθορισμού (RFU) για κάθε βοθρίο σε κάθε κύκλο. Κάθε ίχνος στο διάγραμμα
αντιπροσωπεύει τα δεδομένα από ένα μόνο φθοροφόρο σε ένα βοθρίο. Αυτά τα δεδομένα
χρησιμοποιούνται για τον προσδιορισμό των τιμών Cq για κάθε βοθρίο ανά φθοροφόρο. Το λογισμικό
χρησιμοποιεί μία από τις εξής δύο λειτουργίες για να προσδιορίσει τις τιμές Cq :nRegression (Παλινδρόμηση) — εφαρμόζει ένα μοντέλο πολλαπλών μεταβλητών, μη γραμμικής
παλινδρόμησης σε μεμονωμένα ίχνη βοθρίων και, στη συνέχεια, χρησιμοποιεί αυτό το μοντέλο γιατον υπολογισμό της βέλτιστης τιμής Cq.

nSingle Threshold (Μεμονωμένο κατώφλι) — χρησιμοποιεί μια μεμονωμένη τιμή κατωφλίου γιατον υπολογισμό της τιμής Cq με βάση το σημείο διέλευσης κατωφλίου μεμονωμένων ιχνών
φθορισμού.

Επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Cq Determination Mode (Λειτουργία προσδιορισμού Cq) για να επιλέξετε
λειτουργία προσδιορισμού Cq.

Προσαρμογή του κατωφλίουΣτη λειτουργία Single Threshold (Μονό κατώφλι), μπορείτε να προσαρμόσετε το κατώφλι για έναφθοροφόρο κάνοντας κλικ στη γραμμή κατωφλίου στο διάγραμμα ενίσχυσης και μετακινώντας τον δείκτη
του ποντικιού κάθετα. Εναλλακτικά, μπορείτε να καθορίσετε ένα ακριβές κατώφλι για το επιλεγμένο
φθοροφόρο.

Ρυθμίσεις γραμμής βάσηςΤο λογισμικό ορίζει αυτόματα τη γραμμή βάσης ξεχωριστά για κάθε βοθρίο. Η ρύθμιση γραμμής βάσης
καθορίζει τη μέθοδο αφαίρεσης της γραμμής βάσης για όλα τα ίχνη φθορισμού. Το λογισμικό παρέχει
τρεις επιλογές αφαίρεσης της γραμμής βάσης:n

No Baseline Subtraction (Χωρίς αφαίρεση γραμμής βάσης) — εμφανίζει τα δεδομένα ωςσχετικά ίχνη φθορισμού. Μέρος της ανάλυσης δεν είναι δυνατό σε αυτήν τη λειτουργία ανάλυσης καιεπομένως το λογισμικό δεν εμφανίζει τις καρτέλες Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), End Point(Τελικό σημείο) και Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων).

nBaseline Subtracted (Αφαίρεση γραμμής βάσης) — εμφανίζει τα δεδομένα ως ίχνη στα οποία
έχει αφαιρεθεί η γραμμή βάσης για κάθε φθοροφόρο σε ένα βοθρίο. Το λογισμικό πρέπει νααφαιρέσει τη γραμμή βάσης από τα δεδομένα για να προσδιορίσει τους κύκλους ποσοτικού
προσδιορισμού, να δημιουργήσει πρότυπες καμπύλες και να καθορίσει τη συγκέντρωση τωνάγνωστων δειγμάτων. Για τη δημιουργία ενός ίχνους στο οποίο έχει αφαιρεθεί η γραμμή βάσης, τολογισμικό ταιριάζει την καλύτερη ευθεία γραμμή στον καταγεγραμμένο φθορισμό κάθε βοθρίου κατά220 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΡυθμίσεις ανάλυσης δεδομένωντη διάρκεια των κύκλων γραμμής βάσης και, στη συνέχεια, αφαιρεί τα δεδομένα καλύτερης
προσαρμογής από τα δεδομένα που έχουν αφαιρεθεί στο υπόβαθρο σε κάθε κύκλο.
nBaseline Subtracted Curve Fit (Προσαρμογή καμπύλης με αφαίρεση γραμμής βάσης) —εμφανίζει τα δεδομένα ως ίχνη στα οποία έχει αφαιρεθεί η γραμμή βάσης και το λογισμικό εξομαλύνει
την καμπύλη από την οποία έχει αφαιρεθεί η γραμμή βάσης χρησιμοποιώντας ένα κεντραρισμένο
μέσο φίλτρο. Αυτή η διαδικασία εκτελείται έτσι ώστε κάθε Cq να παραμένει αμετάβλητο.

Εκτός από αυτές τις επιλογές, μπορείτε επίσης να επιλέξετε Apply Fluorescent Drift Correction (Εφαρμογή
διόρθωσης απόκλισης φθορισμού). Για βοθρία που έχουν ασυνήθιστα μεγάλη απόκλιση των τιμών RFU
κατά τους αρχικούς κύκλους μιας δοκιμής, το λογισμικό αντλεί μια εκτιμώμενη γραμμή βάσης από ταπαρακείμενα βοθρία για τα οποία έχει δημιουργηθεί επιτυχώς μια οριζόντια γραμμή βάσης.

Για να αλλάξετε τη ρύθμιση αφαίρεσης της γραμμής βάσηςuΕπιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Baseline Setting (Ρύθμιση γραμμής βάσης).

Λειτουργία ανάλυσης
Τα δεδομένα μπορούν να ομαδοποιηθούν και να αναλυθούν είτε με βάση το φθοροφόρο είτε με βάση τοόνομα-στόχο. Όταν ομαδοποιούνται ανά φθοροφόρο, τα ίχνη δεδομένων εμφανίζονται κατά φθοροφόρο
όπως υποδεικνύεται στη ρύθμιση πλάκας για αυτήν τη δοκιμή. Μεμονωμένα δεδομένα φθοροφόρου
εμφανίζονται στο διάγραμμα ενίσχυσης και πρότυπης καμπύλης (εάν υπάρχει) όταν επιλέγονται τακατάλληλα πλαίσια επιλογής φθοροφόρου, που βρίσκονται κάτω από το διάγραμμα ενίσχυσης.

Όταν ομαδοποιούνται κατά στόχο, τα ίχνη δεδομένων εμφανίζονται κατά όνομα στόχου όπως έχουν
εισαχθεί στη ρύθμιση πλάκας για αυτήν τη δοκιμή.

Οδηγός χρήσης | 221Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Για να επιλέξετε έναν τρόπο ανάλυσης δεδομένωνuΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕπιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Analysis Mode (Λειτουργία ανάλυσης).

nΕπιλέξτε μια λειτουργία από το αναπτυσσόμενο μενού Analysis Mode (Λειτουργία ανάλυσης)στη γραμμή εργαλείων.

Κύκλοι προς ανάλυση
Μπορείτε να περιορίσετε τον αριθμό των κύκλων προς ανάλυση. Μπορείτε επίσης να αναλύσετε
δεδομένα από ένα συγκεκριμένο σύνολο κύκλων. Ο μέγιστος αριθμός κύκλων που μπορείτε νααναλύσετε είναι 50.
Σημείωση: Η αφαίρεση κύκλων από την αρχή μιας δοκιμής μπορεί να έχει σημαντικό αντίκτυπο στονπροσδιορισμό της γραμμής βάσης.

Για να περιορίσετε την ανάλυση δεδομένων σε ένα συγκεκριμένο εύρος κύκλων
1.

Επιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Cycles to Analyze (Κύκλοι προς ανάλυση).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Cycles to Analyze (Κύκλοι προς ανάλυση).

2.

Εισαγάγετε τις τιμές κύκλου αρχής και τέλους και κάντε κλικ στο OK.

Κάντε κλικ στην επιλογή Restore Defaults (Επαναφορά προεπιλογών) στο πλαίσιο διαλόγου Cycles toAnalyze (Κύκλοι προς ανάλυση) για να επιστρέψετε στους κύκλους που χρησιμοποιήθηκαν αρχικά γιατην ανάλυση.

222 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕπιλογέας βοθρίων

Επιλογέας βοθρίων
Χρησιμοποιήστε τον επιλογέα βοθρίων για να εμφανίσετε ή να αποκρύψετε τα δεδομένα βοθρίων σταδιαγράμματα ή στα υπολογιστικά φύλλα σε όλο το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Μόνοβοθρία φορτωμένα με δείγμα μπορούν να επιλεγούν στον επιλογέα βοθρίων. Το λογισμικό χρωματίζει ταβοθρία στον επιλογέα βοθρίων:nΜπλε — υποδεικνύει τα επιλεγμένα βοθρία. Τα δεδομένα από τα επιλεγμένα βοθρία εμφανίζονταιστο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

nΑνοιχτό γκρι — υποδεικνύει μη επιλεγμένα βοθρία. Τα δεδομένα από μη επιλεγμένα βοθρία δενεμφανίζονται στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

nΣκούρο γκρι — υποδεικνύει κενά βοθρία.

Για να εμφανίσετε ή να αποκρύψετε τα δεδομένα βοθρίωνuΣτον επιλογέα βοθρίων, κάντε οποιοδήποτε από τα εξής:nΓια να αποκρύψετε ένα βοθρίο, κάντε κλικ στο μεμονωμένο βοθρίο. Για να εμφανιστεί αυτό,κάντε ξανά κλικ στο βοθρίο.

nΓια να αποκρύψετε πολλαπλά βοθρία, σύρετε πάνω στα βοθρία που θέλετε να επιλέξετε. Για ναεμφανίσετε αυτά τα βοθρία, σύρετε ξανά πάνω στα βοθρία.

nΚάντε κλικ στην επάνω αριστερή γωνία της πλάκας για να αποκρύψετε όλα τα βοθρία. Κάντε
ξανά κλικ στην επάνω αριστερή γωνία για να εμφανίσετε όλα τα βοθρία.

nΚάντε κλικ στην αρχή μιας στήλης ή γραμμής για να αποκρύψετε αυτά τα βοθρία. Κάντε ξανάκλικ στη στήλη ή τη γραμμή για να εμφανίσετε τα βοθρία.

Οδηγός χρήσης | 223Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Στοιχεία μενού δεξιού κλικ επιλογέα βοθρίωνΟ Πίνακας 13 παραθέτει τις επιλογές δεξιού κλικ που είναι διαθέσιμες στην προβολή επιλογέα βοθρίων.
Πίνακας 13. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ στην προβολή επιλογέα βοθρίων

Στοιχείο

Λειτουργία

Well XX (Βοθρίο ΧΧ)Εμφανίζει μόνο αυτό το βοθρίο, αφαιρεί αυτό το βοθρίο από τηνπροβολή, ορίζει χρώμα για αυτό το βοθρίο ή αποκλείει αυτό το βοθρίοαπό την ανάλυση.

Selected Wells (Επιλεγμένα

Εμφανίζει μόνο αυτά τα βοθρία, αφαιρεί αυτά τα βοθρία από τηνβοθρία) (δεξί κλικ και μεταφορά)προβολή, ορίζει χρώμα για αυτά τα βοθρία ή εξαιρεί αυτά τα βοθρίααπό την ανάλυση.

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει το περιεχόμενο του βοθρίου σε ένα πρόχειρο,συμπεριλαμβανομένου του τύπου δείγματος και του προαιρετικού αρ.
αντιγράφου.

Copy as Image (Αντιγραφή ωςΑντιγράφει την προβολή του επιλογέα βοθρίων ως εικόνα.

εικόνα)Print (Εκτύπωση)Εκτυπώνει την προβολή του επιλογέα βοθρίων.

Print Selection (Εκτύπωση

Εκτυπώνει την τρέχουσα επιλογή.

επιλογής)Export to Excel (Εξαγωγή στοΕξάγει τα δεδομένα σε ένα υπολογιστικό φύλλο Excel.

Excel)
Export to CSV (Εξαγωγή σεΕξάγει τα δεδομένα ως έγγραφο .csv.

CSV)
Export to Xml (Εξαγωγή σε Xml)

Εξάγει τα δεδομένα ως έγγραφο .xml.

Well Labels (Ετικέτες βοθρίου)Αλλάζει τις ετικέτες του βοθρίου σε Sample Type (Τύπος δείγματος),Target Name (Όνομα στόχου) ή Sample Name (Όνομα δείγματος).

224 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕπιλογέας βοθρίων

Προσωρινή εξαίρεση βοθρίων από την ανάλυση
Για να εξαιρέσετε προσωρινά βοθρία από την ανάλυση δεδομένων
1.

Κάντε δεξί κλικ στο βοθρίο στον επιλογέα βοθρίων, σε ένα ίχνος φθορισμού ή σε ένα σημείο πουαπεικονίζεται στην πρότυπη καμπύλη. Για να εξαιρέσετε πολλά βοθρία, κάντε δεξί κλικ και σύρετε γιανα επισημάνετε πολλά βοθρία, ίχνη ή σημεία.

2.

Από το μενού δεξιού κλικ, ορίστε την κατάλληλη επιλογή:n

Well (Βοθρίο) > Exclude Well (Εξαίρεση βοθρίου)n

Selected Wells (Επιλεγμένα βοθρία) > Exclude from Analysis (Εξαίρεση από την ανάλυση)nSelected Traces (Επιλεγμένα ίχνη) > Exclude these wells from Analysis (Εξαίρεση αυτών τωνβοθρίων από την ανάλυση)Εναλλακτικά, για να αφαιρέσετε μόνιμα βοθρία από την ανάλυση, διαγράψτε τα περιεχόμενα από ταβοθρία στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) κάνοντας κλικ στο κουμπί Clear Wells (Εκκαθάριση
βοθρίων).
Σημαντικό: Πρέπει να εισαγάγετε ξανά οποιοδήποτε περιεχόμενο που έχει διαγραφεί.

Για να συμπεριλάβετε ένα εξαιρούμενο βοθρίοuΚάντε δεξί κλικ στο κατάλληλο βοθρίο στον επιλογέα βοθρίων και επιλέξτε Well (Βοθρίο) > Include
Well in Analysis (Συμπερίληψη βοθρίου στην ανάλυση).

Οδηγός χρήσης | 225Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

ΔιαγράμματαΚάθε διάγραμμα στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) εμφανίζει τα δεδομένα σεδιαφορετικό γράφημα και περιλαμβάνει επιλογές για προσαρμογή και εξαγωγή των δεδομένων ή τωνγραφημάτων του διαγράμματος.

Εργαλεία διαγράμματοςΟ Πίνακας 14 παραθέτει τις διαθέσιμες επιλογές δεξιού κλικ στα περισσότερα διαγράμματα.
Πίνακας 14. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ κοινά στα περισσότερα διαγράμματαΣτοιχείο

Λειτουργία

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει το διάγραμμα στο πρόχειρο.

Save Image As (ΑποθήκευσηΑποθηκεύει το διάγραμμα ως αρχείο εικόνας. Ορίστε την ανάλυση καιεικόνας ως)...

τις διαστάσεις της εικόνας και, στη συνέχεια, επιλέξτε τον τύπο αρχείου
(PNG, GIF, JPG, TIF ή BMP).

Page Setup (Ρύθμιση σελίδας)...

Επιλέγει μια ρύθμιση σελίδας για εκτύπωση.

Print (Εκτύπωση)...

Εκτυπώνει το διάγραμμα.

Set Scale to Default (Ορισμός

Εμφανίζει όλα τα δεδομένα στο ραβδόγραμμα. Οι γραμμές κύλισηςκλίμακας στην προεπιλογή)εμφανίζονται εάν υπάρχουν πάρα πολλά σημεία δεδομένων/δείγματαγια εμφάνιση στο πλαίσιο διαγράμματος.

Chart Settings (Ρυθμίσεις

Ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Chart Settings (Ρυθμίσεις διαγράμματος)διαγράμματος)στο οποίο μπορείτε να τροποποιήσετε τις επιλογές εμφάνισης τουδιαγράμματος, όπως:n Τίτλοι διαγράμματος και άξοναn Γραμματοσειρά και μέγεθος διαγράμματος και άξονα
n Κλίμακα άξονα
n Θέση υπομνήματος

Τα εργαλεία διαγράμματος εμφανίζονται επίσης σε κάθε διάγραμμα στο παράθυρο Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων). Σε όλα τα διαγράμματα εμφανίζονται αυτά τα εργαλεία:Copy to Clipboard (Αντιγραφή στο Πρόχειρο) — αντιγράφει τα περιεχόμενα της προβολής
διαγράμματος στο πρόχειρο.
Chart Settings (Ρυθμίσεις διαγράμματος) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Chart Settings (Ρυθμίσεις
διαγράμματος) στο οποίο μπορείτε να τροποποιήσετε τις επιλογές εμφάνισης του διαγράμματος.

226 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Διαγράμματα

Export (Εξαγωγή) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Export Options (Επιλογές εξαγωγής), από το οποίο
μπορείτε να τροποποιήσετε την ανάλυση και το μέγεθος του γραφήματος και να το αποθηκεύσετε σε μιακαθορισμένη θέση ως έναν από τους ακόλουθους τύπους αρχείων:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Εργαλεία ραβδογράμματοςΕκτός από τα εργαλεία διαγράμματος, τα ραβδογράμματα εμφανίζουν τα ακόλουθα εργαλεία:Sort (Ταξινόμηση) — ταξινομεί τους στόχους και τα δείγματα αλφαβητικά ή με αντίστροφη αλφαβητική
σειρά.
Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Color Settings (Ρυθμίσεις
χρώματος), στο οποίο μπορείτε να αλλάξετε το χρώμα των στόχων και των δειγμάτων.
Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με αυτά τα εργαλεία, βλ. Αλλαγή και σχολιασμός της προβολής
διαγράμματος στη σελίδα 289.

Εργαλεία διαγράμματος ενίσχυσης
Εκτός από αυτά που αναφέρονται παραπάνω, τα διαγράμματα ενίσχυσης εμφανίζουν τα ακόλουθαεργαλεία:Trace Styles (Στυλ ίχνους) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους), στο οποίο
μπορείτε να τροποποιήσετε την εμφάνιση των ιχνών στο διάγραμμα ενίσχυσης.
Baseline Threshold (Κατώφλι γραμμής βάσης) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου Baseline Threshold(Κατώφλι γραμμής βάσης), στο οποίο μπορείτε να τροποποιήσετε την προεπιλεγμένη γραμμή βάσης γιαεπιλεγμένα βοθρία ή να αλλάξετε το κατώφλι για κάθε καμπύλη φθορισμού στο διάγραμμα ενίσχυσης.

Αντιγραφή δεδομένων διαγράμματος στο Πρόχειρο
Μπορείτε να αντιγράψετε τα περιεχόμενα της προβολής γραφήματος και να τα επικολλήσετε σεοποιαδήποτε εφαρμογή που αποδέχεται αρχεία εικόνας bitmap.

Για να αντιγράψετε τα δεδομένα του διαγράμματος στο πρόχειρο
1.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, επιλέξτε το εικονίδιο Copy to Clipboard (Αντιγραφή στο Πρόχειρο).

2.

Ανοίξτε μια εφαρμογή που αποδέχεται εικόνες bitmap, για παράδειγμα το Microsoft Word.

3.

Κάντε δεξί κλικ και επιλέξτε Paste (Επικόλληση) για να επικολλήσετε την εικόνα bitmap από τοπρόχειρο στην εφαρμογή.

Οδηγός χρήσης | 227Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Αλλαγή των ρυθμίσεων εμφάνισης διαγράμματοςΧρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Chart Settings (Ρυθμίσεις διαγράμματος) για να αλλάξετε τουςτίτλους, τις γραμματοσειρές και τα μεγέθη, την κλίμακα του άξονα και τη θέση του υπομνήματος για τοεμφανιζόμενο διάγραμμα. Οι αλλαγές που κάνετε ισχύουν μόνο για το διάγραμμα που εμφανίζεται καιαποθηκεύονται με το διάγραμμα.

Για να αλλάξετε τις ρυθμίσεις εμφάνισης διαγράμματος
1.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, κάντε κλικ στο Chart Settings (Ρυθμίσεις διαγράμματος).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Chart Settings (Ρυθμίσεις διαγράμματος).

2.

3.

Επιλέξτε την καρτέλα Chart And Axes (Διάγραμμα και άξονες) για:n

Να πληκτρολογήσετε έναν τίτλο για το διάγραμμα.

n

Να πληκτρολογήσετε έναν νέο τίτλο για τον άξονα x και να προσδώσετε γωνία στις ετικέτες.

nΝα πληκτρολογήσετε έναν νέο τίτλο για τον άξονα y.

Επιλέξτε την καρτέλα Fonts (Γραμματοσειρές) για να αλλάξετε τη γραμματοσειρά του διαγράμματοςκαι το μέγεθος της γραμματοσειράς.
Υπόδειξη: Από προεπιλογή, η κλίμακα για το μέγεθος γραμματοσειράς προσαρμόζεται
αυτόματα καθώς μεταβάλλεται το μέγεθος του διαγράμματος. Επιλέξτε Change Font Size(Αλλαγή μεγέθους γραμματοσειράς) για να ορίσετε ένα στατικό μέγεθος γραμματοσειράς γιακάθε τύπο ετικέτας.

4.

Επιλέξτε την καρτέλα Axes Scale (Κλίμακα αξόνων) για:228 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Διαγράμματα5.

nΝα διαγράψετε την αυτόματη προσαρμογή κλίμακας των αξόνων x και y και να καθορίσετε τιςελάχιστες και μέγιστες τιμές κλίμακας.

nΝα επιλέξετε την εμφάνιση των γραμμών πλέγματος ή των σημαδιών επιλογής στο γράφημα.

Επιλέξτε την καρτέλα Legend (Υπόμνημα) για:n

Να επιλέξετε να αποκρύψετε το υπόμνημα του διαγράμματος.

nΝα αλλάξετε την προεπιλεγμένη θέση του υπομνήματος του διαγράμματος.

Σημείωση: Όταν το υπόμνημα τοποθετείται αριστερά ή δεξιά του διαγράμματος, εμφανίζει μόνοτα πρώτα δέκα φθοροφόρα στο διάγραμμα.
6.

Κάντε κλικ στο κουμπί Apply (Εφαρμογή) ανά πάσα στιγμή για να προβάλετε τις αλλαγές στηρύθμιση διαγράμματος χωρίς να αποθηκεύσετε τις αλλαγές.

7.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στο διάγραμμα.

Εξαγωγή του διαγράμματοςΧρησιμοποιήστε αυτό το πλαίσιο διαλόγου για να τροποποιήσετε το πλάτος, το ύψος και την ανάλυση τουγραφήματος για να το εξαγάγετε σε μία από τις ακόλουθες μορφές αρχείου:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Στη συνέχεια, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε το εξαχθέν γράφημα για να εμφανίσετε τα αποτελέσματά σας
σε αφίσες συνεδριακών χώρων, παρουσιάσεις του Microsoft PowerPoint και σε επαγγελματικά περιοδικά.
Σημείωση: Λάβετε υπόψη σας τα εξής όταν τροποποιείτε τις ρυθμίσεις:nnΜέγιστο και ελάχιστο όριο πλάτους και ύψουςoΣτα 72 dpi: 0,1–83 ίντσεςoΣτα 96 dpi: 0,1–62 ίντσεςoΣτα 150 dpi: 0,1–40 ίντσεςoΣτα 300 dpi: 0,1–20 ίντσεςoΣτα 600 dpi: 0,1-10 ίντσεςoΣε όλες τις αναλύσεις: 2–6.000 pixelΗ αναλογία διαστάσεων βασίζεται στο πλάτος.

Οδηγός χρήσης | 229

Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Για εξαγωγή του διαγράμματος
1.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, κάντε κλικ στην επιλογή Export (Εξαγωγή).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Export Preview (Προεπισκόπηση εξαγωγής).

2.

Τροποποιήστε τις ρυθμίσεις για την οθόνη όπως απαιτείται.

3.

Κάντε κλικ στο Export (Εξαγωγή).

4.

Στο πλαίσιο διαλόγου Export (Εξαγωγή), κάντε τα εξής:5.

a.

(Προαιρετικό) Πλοηγηθείτε σε έναν φάκελο στον οποίο θα αποθηκεύσετε το αρχείο
διαγράμματος.

b.

Πληκτρολογήστε ένα όνομα για το αρχείο και επιλέξτε έναν τύπο αρχείου από τηναναπτυσσόμενη λίστα.

Κάντε κλικ στην επιλογή Save (Αποθήκευση) για να αποθηκεύσετε το αρχείο διαγράμματος.

230 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

ΔιαγράμματαΤροποποίηση των ρυθμίσεων κατωφλίου γραμμής βάσηςΣτη λειτουργία Single Threshold (Μονό κατώφλι), μπορείτε να προσαρμόσετε το κατώφλι για έναφθοροφόρο κάνοντας κλικ στη γραμμή κατωφλίου στο διάγραμμα ενίσχυσης και μετακινώντας τον δείκτη
του ποντικιού κάθετα. Εναλλακτικά, μπορείτε να καθορίσετε ένα ακριβές κατώφλι για το επιλεγμένο
φθοροφόρο.
Υπόδειξη: Μπορείτε να καθορίσετε ένα εύρος κύκλου για να καθορίσετε τη γραμμή βάσης για όλα τααρχεία δεδομένων στην καρτέλα Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) στην ενότητα User (Χρήστης)> User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη).

Για να ρυθμίσετε τον κύκλο έναρξης και λήξης γραμμής βάσης για κάθε βοθρίο
1.

Στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός), επιλέξτε ένα μόνο φθοροφόρο κάτω απότο διάγραμμα ενίσχυσης.

2.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, επιλέξτε Baseline Threshold (Κατώφλι γραμμής βάσης).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Baseline Threshold (Κατώφλι γραμμής βάσης).

3.

4.

Στην ενότητα Baseline Cycles (Κύκλοι γραμμής βάσης), κάντε ένα από τα εξής:nΓια να επιλέξετε ένα βοθρίο, κάντε κλικ στον αριθμό της σειράς του.

nΓια να επιλέξετε πολλά παρακείμενα βοθρία, κάντε κλικ στον αριθμό γραμμής του πρώτου
βοθρίου και σύρετε προς τα κάτω τη στήλη στο τελικό βοθρίο.

nΓια να επιλέξετε πολλαπλά μη παρακείμενα βοθρία, πατήστε το πλήκτρο Control και κάντε κλικστον αριθμό γραμμής κάθε βοθρίου στόχου.

nΓια να επιλέξετε όλα τα βοθρία, κάντε κλικ στην επάνω αριστερή γωνία στον πίνακα.

Προσαρμόστε τον κύκλο Baseline Begin (Έναρξη γραμμής βάσης) και τον κύκλο Baseline End(Τέλος γραμμής βάσης) για όλα τα επιλεγμένα βοθρία ή αλλάξτε τον αριθμό κύκλου Begin and End(Αρχή και τέλος) στο κάτω μέρος του υπολογιστικού φύλλου.
Υπόδειξη: Για να επαναφέρετε τις ρυθμίσεις στις τελευταίες αποθηκευμένες τιμές, κάντε κλικστην επιλογή Reset All User Defined Values (Επαναφορά όλων των καθορισμένων από τονχρήστη τιμών).

5.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στο διάγραμμα.

Για να καθορίσετε ένα εύρος κύκλου για όλα τα αρχεία δεδομένωνuΣτο παράθυρο Home (Αρχικό) ή Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας), επιλέξτε User (Χρήστης) > User
Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) και επιλέξτε την καρτέλα Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

Οδηγός χρήσης | 231Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Ταξινόμηση δεδομένων στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας
Σημείωση: Αυτή η επιλογή είναι διαθέσιμη μόνο σε διαγράμματα έκφρασης γονιδίων.
Από προεπιλογή, οι λίστες Targets (Στόχοι), Samples (Δείγματα) και Biological Groups (Βιολογικές
ομάδες) εμφανίζονται με αλφαβητική σειρά. Χρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Sort (Ταξινόμηση) για
να ταξινομήσετε τα εμφανιζόμενα δεδομένα με αντίστροφη αλφαβητική σειρά ή για να μετακινήσετε μηαυτόματα έναν όρο σε διαφορετική θέση στη λίστα.

Για να ταξινομήσετε τα δεδομένα στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας
1.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, κάντε κλικ στην επιλογή Sort (Ταξινόμηση).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Gene Expression Chart Sorting (Ταξινόμηση διαγράμματοςέκφρασης γονιδίων).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου, κάντε κλικ στο Z-A για να ταξινομήσετε τη λίστα με αντίστροφη αλφαβητική
σειρά.

3.

Για να μετακινήσετε μη αυτόματα έναν όρο, επιλέξτε τον και κάντε κλικ στο κατάλληλο κουμπί μεταξύ
των διαγραμμάτων:4.

nΚάντε κλικ στο πάνω ή κάτω βέλος για να μετακινήσετε τον επιλεγμένο όρο κατά μία θέση.

nΚάντε κλικ στο πάνω ή κάτω βέλος για να μετακινήσετε τον επιλεγμένο όρο στο πάνω ή στοκάτω μέρος της λίστας.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στην καρτέλα Gene Expression(Έκφραση γονιδίων).

232 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Διαγράμματα

Αλλαγή των ρυθμίσεων χρώματος στόχου και δείγματοςΣημείωση: Αυτή η επιλογή είναι διαθέσιμη μόνο σε διαγράμματα έκφρασης γονιδίων.
Χρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος) για να αλλάξετε το χρώμα
ενός στόχου ή ενός δείγματος ή για να αφαιρέσετε το στοιχείο από το γράφημα.

Για να αλλάξετε τις ρυθμίσεις χρώματος
1.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, επιλέξτε Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος).

2.

Για να αλλάξετε το χρώμα εμφάνισης ενός στόχου ή δείγματος, κάντε κλικ στο αντίστοιχο χρώμα στηστήλη Color (Χρώμα).

3.

Στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα) που εμφανίζεται, επιλέξτε ένα νέο χρώμα και κάντε κλικ στο OK.

4.

Για να καταργήσετε το στοιχείο από το γράφημα έκφρασης γονιδίων, αποεπιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου
του στη στήλη Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος).
Υπόδειξη: Για να απαλείψετε όλα τα στοιχεία από το γράφημα έκφρασης γονιδίων, αποεπιλέξτε
το πλαίσιο ελέγχου Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος) στην επικεφαλίδα στήλης.

5.

(Προαιρετικό) Από προεπιλογή, το χρώμα του ραβδογράμματος εμφανίζεται σε μορφή διαβάθμισης.
Για να εμφανίσετε το χρώμα σε συμπαγή μορφή, επιλέξτε Use Solid Colors (Χρήση συμπαγών
χρωμάτων).

6.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στην καρτέλα Gene Expression(Έκφραση γονιδίων).

Οδηγός χρήσης | 233Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Μεγέθυνση μιας περιοχής στο διάγραμμα
Για να μεγεθύνετε μια περιοχή του διαγράμματοςuΚάντε κλικ και σύρετε το διάγραμμα και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στο κουμπί Zoom (Ζουμ). Τολογισμικό αλλάζει το μέγεθος του διαγράμματος και τον κεντράρει στην επιλεγμένη περιοχή.
Σημείωση: Το ραβδόγραμμα δεν απαιτεί να κάνετε κλικ στην αναδυόμενη εντολή Zoom (Ζουμ).

Για να επαναφέρετε το διάγραμμα σε πλήρη προβολήuΚάντε δεξί κλικ στο διάγραμμα και επιλέξτε Set Scale to Default (Ορισμός κλίμακας σε προεπιλογή).

Αντιγραφή διαγραμμάτων σε αρχείο Microsoft
Μπορείτε να αντιγράψετε τα διαγράμματα δεδομένων σε έγγραφα Microsoft Word, Excel ή PowerPoint. Ηανάλυση εικόνας αντιστοιχεί σε αυτήν της οθόνης από την οποία έχει ληφθεί η εικόνα.

Για να αντιγράψετε διαγράμματα σε ένα αρχείο της Microsoft
1.

Στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων), κάντε κλικ στην επιλογή Copy To Clipboard(Αντιγραφή στο πρόχειρο) στην επάνω δεξιά γωνία του παραθύρου του διαγράμματος.

2.

Ανοίξτε ένα κενό αρχείο Microsoft και επικολλήστε τα περιεχόμενα από το πρόχειρο.

Κοινά στοιχεία μενού δεξιού κλικ για διαγράμματαΟ Πίνακας 15 παραθέτει τα στοιχεία μενού δεξιού κλικ που είναι διαθέσιμα στα διαγράμματα. Ορισμένααπό τα στοιχεία υπάρχουν για όλα τα διαγράμματα, συμπεριλαμβανομένων των στοιχείων που αλλάζουν
τον τρόπο εμφάνισης των δεδομένων ή για την εύκολη εξαγωγή των δεδομένων από ένα διάγραμμα.
Πίνακας 15. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ στα στοιχεία μενού για τα διαγράμματαΣτοιχείο

Λειτουργία

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει το διάγραμμα στο πρόχειρο.

Save Image AsΑποθηκεύει την εικόνα σε καθορισμένο μέγεθος, ανάλυση και τύπο αρχείου

(Αποθήκευση

συμπεριλαμβανομένων των PNG (προεπιλογή), JPG και BMP.

εικόνας ως)
Page SetupΕμφανίζει τις επιλογές ρύθμισης εκτύπωσης.

(Ρύθμιση σελίδας)Print (Εκτύπωση)Εκτυπώνει το διάγραμμα.

234 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

ΔιαγράμματαΣτοιχείο

Λειτουργία

Set Scale to Default

Επαναφέρει το διάγραμμα στην προεπιλεγμένη του προβολή μετά τη μεγέθυνση(Ορισμός κλίμακαςτου διαγράμματος.

στην προεπιλογή)Chart OptionsΑνοίγει το παράθυρο Chart Options (Επιλογές διαγράμματος) για να αλλάξετε το(Επιλογές

διάγραμμα, συμπεριλαμβανομένου του τίτλου του, της επιλογής ορίων για τουςδιαγράμματος)άξονες x και y, της εμφάνισης γραμμών πλέγματος και της εμφάνισης μικρών
σημαδιών στους άξονες.

Σημείωση: Τα στοιχεία μενού που ισχύουν για συγκεκριμένα διαγράμματα περιγράφονται στοΚεφάλαιο 11, Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων.

Οδηγός χρήσης | 235Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Υπολογιστικά φύλλα
Τα υπολογιστικά φύλλα που εμφανίζονται στο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) περιλαμβάνουν
επιλογές ταξινόμησης και μεταφοράς δεδομένων. Ταξινομήστε τις στήλες με μία από αυτές τις μεθόδους:nΚάντε κλικ και σύρετε μια στήλη σε μια νέα θέση στον επιλεγμένο πίνακα.

nΚάντε κλικ στην επικεφαλίδα της στήλης για να ταξινομήσετε τα δεδομένα με αύξουσα ή φθίνουσα
σειρά.

Για να ταξινομήσετε έως και τρεις στήλες δεδομένων στο παράθυρο Sort (Ταξινόμηση)
1.

Κάντε δεξί κλικ στο υπολογιστικό φύλλο και επιλέξτε Sort (Ταξινόμηση).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Sort (Ταξινόμηση), επιλέξτε τον τίτλο της πρώτης στήλης για ταξινόμηση.
Ταξινομήστε τα δεδομένα με αύξουσα ή φθίνουσα σειρά.

3.

Επιλέξτε μια δεύτερη ή τρίτη στήλη για ταξινόμηση και επιλέξτε Ascending (Αύξουσα) ή Descending(Φθίνουσα).

4.

Κάντε κλικ στο OK για να ταξινομήσετε τα δεδομένα ή κάντε κλικ στο Cancel (Ακύρωση) για ναδιακόψετε την ταξινόμηση.

Υπόδειξη: Επισημάνετε τα δεδομένα στα συσχετισμένα διαγράμματα και στον επιλογέα βοθρίων
κρατώντας τον δείκτη του ποντικιού πάνω από ένα κελί. Κάντε κλικ σε ένα κελί για να αντιγράψετε καινα επικολλήσετε τα περιεχόμενά του σε ένα άλλο πρόγραμμα λογισμικού.

Κοινά στοιχεία μενού δεξιού κλικ για υπολογιστικά φύλλαΟ Πίνακας 16 παραθέτει τα στοιχεία μενού δεξιού κλικ που είναι διαθέσιμα σε οποιαδήποτε προβολή
υπολογιστικού φύλλου.
Πίνακας 16. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ για υπολογιστικά φύλλα

Στοιχείο

Λειτουργία

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει τα περιεχόμενα των επιλεγμένων βοθρίων σε έναπρόχειρο και, στη συνέχεια, επικολλάτε τα περιεχόμενα σε έναυπολογιστικό φύλλο όπως το Excel.

Copy as Image (Αντιγραφή ωςΑντιγράφει την προβολή υπολογιστικού φύλλου ως αρχείο εικόνας

εικόνα)και το επικολλά σε ένα αρχείο που δέχεται ένα αρχείο εικόνας, όπωςαρχεία κειμένου, εικόνας ή υπολογιστικού φύλλου.

Print (Εκτύπωση)236 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕκτυπώνει την τρέχουσα προβολή.

Υπολογιστικά φύλλα

Πίνακας 16. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ για υπολογιστικά φύλλα, συνέχεια

Στοιχείο

Λειτουργία

Print Selection (Εκτύπωση

Εκτυπώνει την τρέχουσα επιλογή.

επιλογής)Export to Excel (Εξαγωγή στοΕξάγει τα δεδομένα σε ένα υπολογιστικό φύλλο Excel.

Excel)
Export to Text (Εξαγωγή σεΕξάγει τα δεδομένα σε ένα πρόγραμμα επεξεργασίας κειμένου.

κείμενο)
Export to CSV (Εξαγωγή σεΕξάγει τα δεδομένα σε ένα αρχείο .csv.

CSV)
Export to Xml (Εξαγωγή σε Xml)

Εξάγει τα δεδομένα σε ένα αρχείο .xml.

Export to Html (Εξαγωγή σεΕξάγει τα δεδομένα σε ένα αρχείο .html.

Html)
Find (Εύρεση)Αναζητά κείμενο.

Sort (Ταξινόμηση)Ταξινομεί τα δεδομένα σε έως και τρεις στήλες.

Select Columns (Επιλογή

Επιλέγει τις στήλες που θα εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο.

στηλών)Οδηγός χρήσης | 237

Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Export (Εξαγωγή)Το CFX Maestro Dx SE παρέχει πολλές επιλογές εξαγωγής από το αναπτυσσόμενο μενού Export(Εξαγωγή):nExport All Data Sheets (Εξαγωγή όλων των φύλλων δεδομένων)nExport RDML Files (Εξαγωγή αρχείων RDML)n

Custom Export (Προσαρμοσμένη εξαγωγή)nExport to LIMS Folder (Εξαγωγή στον φάκελο LIMS)nManual Export (Χειροκίνητη εξαγωγή)Εξαγωγή όλων των φύλλων δεδομένων
Μπορείτε να εξαγάγετε όλες τις προβολές υπολογιστικών φύλλων από κάθε καρτέλα στο CFX Maestro
Dx SE σε μεμονωμένα αρχεία.

Για εξαγωγή όλων των φύλλων δεδομένωνuΕπιλέξτε Export (Εξαγωγή) > Export All Data Sheets (Εξαγωγή όλων των φύλλων δεδομένων) και,στη συνέχεια, επιλέξτε τον τύπο αρχείου που θέλετε:n

CSV (* .csv)

nΚείμενο (* .txt)nΒιβλίο εργασίας του Excel ( *.xlsx)Οι εξαγόμενες αναλύσεις αποθηκεύονται σε πολλά αρχεία του βιβλίου εργασίας του Excel με μίακαρτέλα φύλλου εργασίας δεδομένων ανάλυσης ανά αρχείο. Όταν μια ανάλυση περιλαμβάνει
πολλαπλά φθοροφόρα, τα δεδομένα από κάθε φθοροφόρο εξάγονται σε ξεχωριστή καρτέλα
φύλλου εργασίας.

nΒιβλίο εργασίας Excel - συνδυασμένο (*.xlsx)Οι εξαγόμενες αναλύσεις αποθηκεύονται σε ένα αρχείο εργασίας Excel που περιλαμβάνει
πολλές καρτέλες φύλλου εργασίας, μία για κάθε σύνολο δεδομένων ανάλυσης.

n

Excel 97 - 2003 ( *.xls)Σημαντικό: Ο υπολογιστής σας πρέπει να έχει εγκατεστημένο το Microsoft Excel ώστε ναμπορείτε να εξάγετε δεδομένα σε ένα υπολογιστικό φύλλο του Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

238 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Export (Εξαγωγή)Εξαγωγή αρχείων RDML
Το RDML είναι ένα δομημένο και καθολικό πρότυπο δεδομένων για την ανταλλαγή ποσοτικών
δεδομένων PCR (qPCR). Το πρότυπο δεδομένων είναι ένα αρχείο κειμένου σε μορφή Extensible Markup
Language (.xml). Ανατρέξτε στον ιστότοπο International RDML Consortium (www.rdml.org) για επιπλέον
πληροφορίες σχετικά με τη μορφή ανταλλαγής δεδομένων RDML.
Σημαντικό: Τα αρχεία RDML που έχουν εξαχθεί περιλαμβάνουν δεδομένα ανάλυσης με τιςρυθμίσεις γραμμής αναφοράς που εφαρμόζετε στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).
Για περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τις ρυθμίσεις γραμμής αναφοράς, βλ. Ρυθμίσεις γραμμής
βάσης στη σελίδα 220.
Σημείωση: Αποθηκεύστε το αρχείο RDML ως έκδοση 1.1 εάν χρησιμοποιείτε την έκδοση 2.3 ήνεότερη έκδοση του λογισμικού qbase+.

Για εξαγωγή ενός αρχείου RDML
1.

Επιλέξτε Export (Εξαγωγή) > Export RDML Files (Εξαγωγή αρχείων RDML) και επιλέξτε RDML v1.1
ή RDML v1.0 από τη λίστα που εμφανίζεται.
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως), καθορίστε ένα όνομα αρχείου και μια θέση για τηναποθήκευση του αρχείου RDML.

3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε το αρχείο εξαγωγής.

Οδηγός χρήσης | 239

Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Δημιουργία προσαρμοσμένου αρχείου εξαγωγής
Για να δημιουργήσετε ένα προσαρμοσμένο αρχείο εξαγωγής
1.

Επιλέξτε Export (Εξαγωγή) > Custom Export (Προσαρμοσμένη εξαγωγή). Εμφανίζεται το πλαίσιο
διαλόγου Custom Export (Προσαρμοσμένη εξαγωγή).

2.

Επιλέξτε τη μορφή εξαγωγής από την αναπτυσσόμενη λίστα που εμφανίζεται.

3.

Επιλέξτε τα πλαίσια ελέγχου για τα στοιχεία προς εξαγωγή.

4.

(Προαιρετικό) Κάντε κλικ στην επιλογή Customize Column Names (Προσαρμογή ονομάτων στηλών)για να αλλάξετε τα ονόματα των στηλών.

5.

Κάντε κλικ στο Export (Εξαγωγή). Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως).

240 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Export (Εξαγωγή)6.

Στο πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως), καθορίστε ένα όνομα αρχείου και μια θέση για τηναποθήκευση του εξαγόμενου αρχείου.

7.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε το αρχείο εξαγωγής.

Οδηγός χρήσης | 241Κεφάλαιο 10 Επισκόπηση Ανάλυσης δεδομένων

Εξαγωγή σε φάκελο LIMSΜπορείτε να εξαγάγετε δεδομένα σε μορφή αρχείου συμβατή με LIMS. Για περισσότερες πληροφορίες
σχετικά με τη δημιουργία, τη διαχείριση και τη χρήση των αρχείων LIMS, ανατρέξτε στο Παράρτημα C,Ενοποίηση LIMS.

Για εξαγωγή δεδομένων σε μορφή LIMS
1.

Επιλέξτε Export (Εξαγωγή) > Export to LIMS Folder (Εξαγωγή στον φάκελο LIMS).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Save As (Αποθήκευση ως), καθορίστε ένα όνομα αρχείου και μια θέση για τηναποθήκευση του εξαγόμενου αρχείου.

3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε το αρχείο εξαγωγής.

Εξαγωγή δεδομένων με μορφή SeegeneΜπορείτε να εξαγάγετε τα δεδομένα από όλες τις προβολές υπολογιστικών φύλλων σε αρχεία Excelδομημένα ειδικά για χρήση από τη Seegene, Inc.
Υπόδειξη: Μπορείτε επίσης να ξεκινήσετε αυτόματα το Seegene Viewer (Προβολή Seegene) ότανολοκληρωθεί η εξαγωγή. Για περισσότερες πληροφορίες, βλ. Εντολές μενού εργαλείων στη σελίδα
73.

Για εξαγωγή δεδομένων σε μορφή Seegene1.

Επιλέξτε Export (Εξαγωγή) > Manual Export (Χειροκίνητη εξαγωγή).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Browse For Folder (Αναζήτηση για φάκελο).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Browse For Folder (Αναζήτηση για φάκελο), καθορίστε μια θέση φακέλου στηνοποία θα αποθηκεύσετε τα εξαγόμενα αρχεία Seegene με μορφή Excel (.xlsx).
Οι αναλύσεις εξάγονται σε πολλά αρχεία βιβλίου εργασίας του Excel με μια καρτέλα φύλλου εργασίας
δεδομένων ανάλυσης ανά αρχείο.

3.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τα αρχεία εξαγωγής.

242 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων
Το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Editionπεριλαμβάνει πολλές καρτέλες από τις οποίες μπορείτε να προβάλετε δεδομένα. Αυτό το κεφάλαιο εξηγεί
λεπτομερώς αυτές τις καρτέλες.
Υπόδειξη: Μπορείτε να επιλέξετε ποιες καρτέλες θα προβάλετε στο παράθυρο Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων) χρησιμοποιώντας το μενού View (Προβολή). Η προσαρμοσμένη διάταξη
αποθηκεύεται με το αρχείο δεδομένων.

Οδηγός χρήσης | 243Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)Χρησιμοποιήστε τα δεδομένα στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός) για να ορίσετε τιςσυνθήκες ανάλυσης των δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων των ρυθμίσεων γραμμής βάσης γιαμεμονωμένα βοθρία και των ρυθμίσεων κατωφλίου. Η καρτέλα Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός) εμφανίζει δεδομένα σε αυτές τις τέσσερις προβολές:nΔιάγραμμα ενίσχυσης — εμφανίζει τις σχετικές μονάδες φθορισμού (RFU) για κάθε βοθρίο σε κάθεκύκλο. Κάθε ίχνος στο διάγραμμα αντιπροσωπεύει τα δεδομένα από ένα μόνο φθοροφόρο σε έναβοθρίο.

nΠρότυπη καμπύλη — εμφανίζεται μόνο εάν η δοκιμή περιλαμβάνει βοθρία που ορίζονται ωςπρότυπο τύπου δείγματος (Std). Η πρότυπη καμπύλη εμφανίζει τον κύκλο κατωφλίου πουσχεδιάζεται ως προς τον λογάριθμο της αρχικής ποσότητας. Το υπόμνημα εμφανίζει την απόδοση
αντίδρασης (E) για κάθε φθοροφόρο στα βοθρία με τυπικό τύπο δείγματος.

nΕπιλογέας βοθρίων — επιλέγει τα βοθρία με τα δεδομένα φθορισμού που θέλετε να εμφανίζονται.

nΥπολογιστικό φύλλο — εμφανίζει ένα υπολογιστικό φύλλο των δεδομένων που έχουν συλλεχθεί σταεπιλεγμένα βοθρία.

Επιλογές φθοροφόρων
Για να εμφανίσετε τα δεδομένα φθοροφόρου στα διαγράμματα και τα υπολογιστικά φύλλα της καρτέλας
Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός), επιλέξτε τα φθοροφόρα-στόχους κάτω από το διάγραμμα

244 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)ενίσχυσης. Για να αποκρύψετε τα δεδομένα φθοροφόρων στο παράθυρο ανάλυσης δεδομένων,καταργήστε την επιλογή του αντίστοιχου πλαισίου ελέγχου.

Πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους)Με το πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους), μπορείτε να προσαρμόσετε την εμφάνιση ιχνών σταδιαγράμματα ενίσχυσης και καμπύλης τήξης στις καρτέλες Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός) καιMelt Curve (Καμπύλη τήξης). Στη συνέχεια, μπορείτε να κάνετε προεπισκόπηση των αλλαγών στονεπιλογέα βοθρίων που εμφανίζεται στο πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους).

Για να προσαρμόσετε τα στυλ ίχνους
1.

Επιλέξτε μόνο ένα φθοροφόρο στο διάγραμμα ενίσχυσης.

2.

Για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους), κάντε ένα από τα εξής:nΚάντε κλικ στο Trace Styles (Στυλ ίχνους) στο διάγραμμα ενίσχυσης.

nΕπιλέξτε Settings (Ρυθμίσεις) > Trace Styles (Στυλ ίχνους) στη γραμμή μενού Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων).

nΚάντε δεξί κλικ σε ένα ίχνος και επιλέξτε Trace Styles (Στυλ ίχνους).

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους).

Οδηγός χρήσης | 245Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

3.

Στο πλαίσιο διαλόγου Trace Styles (Στυλ ίχνους), επιλέξτε ένα συγκεκριμένο σύνολο βοθρίων στονεπιλογέα βοθρίων στο κάτω παράθυρο. Εναλλακτικά, επιλέξτε τα βοθρία που περιέχουν έναν τύποδείγματος στο αναπτυσσόμενο μενού στη στήλη Wells (Βοθρία).

4.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΓια να επιλέξετε ένα χρώμα για τα επιλεγμένα βοθρία, κάντε κλικ στο πλαίσιο στη στήλη Color(Χρώμα).

nΓια να αντιστοιχίσετε ένα σύμβολο στα επιλεγμένα βοθρία, επιλέξτε ένα σύμβολο από τηναναπτυσσόμενη λίστα Symbol (Σύμβολο).

nΓια να χρωματίσετε γρήγορα τα βοθρία με βάση την ετικέτα του κουμπιού, κάντε κλικ στοκατάλληλο γρήγορο σύνολο:noRandom by Well (Τυχαία κατά βοθρίο)oRandom by Replicate (Τυχαία κατά αντίγραφο)oUse Fluor Colors (Χρήση χρωμάτων φθοροφόρων)o

Use Target Colors (Χρήση χρωμάτων στόχου)o

Use Sample Colors (Χρήση χρωμάτων δειγμάτων)Για να εκχωρήσετε ετικέτες βοθρίων, επιλέξτε Sample Type (Τύπος δείγματος), Target Name(Όνομα στόχου), Sample Name (Όνομα δείγματος) ή Symbol (Σύμβολο).

Επιλογή Log Scale (Λογαριθμική κλίμακα)Επιλέξτε Log Scale (Λογαριθμική κλίμακα) κάτω από το διάγραμμα ενίσχυσης για να προβάλετε τα ίχνηφθορισμού σε ημιλογαριθμική κλίμακα:246 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)Υπόδειξη: Για να μεγεθύνετε οποιαδήποτε περιοχή του διαγράμματος, σύρετε πάνω στηνεπιθυμητή περιοχή. Για να επιστρέψετε σε πλήρη προβολή, κάντε δεξί κλικ στο διάγραμμα καιεπιλέξτε Set Scale to Default (Ορισμός προεπιλεγμένης κλίμακας).

Standard Curve Chart (Διάγραμμα πρότυπης καμπύλης)Το λογισμικό δημιουργεί ένα διάγραμμα πρότυπης καμπύλης στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός), εάν τα δεδομένα περιλαμβάνουν τύπους δειγμάτων που ορίζονται ως Std (Πρότυπα) γιατουλάχιστον ένα φθοροφόρο στη δοκιμή.

Το διάγραμμα πρότυπης καμπύλης εμφανίζει τις ακόλουθες πληροφορίες:nΌνομα για κάθε καμπύλη (φθοροφόρο ή στόχος).

nΧρώμα κάθε φθοροφόρου ή στόχου.

nΑπόδοση αντίδρασης (Ε). Χρησιμοποιήστε αυτό το στατιστικό στοιχείο για να βελτιστοποιήσετε μιαπολλαπλή αντίδραση και να εξισώσετε τα δεδομένα για μια πρότυπη καμπύλη.
Σημείωση: Η απόδοση της αντίδρασης περιγράφει πόσος στόχος παράγεται με κάθε κύκλο στοπρωτόκολλο. Η απόδοση 100% σημαίνει ότι διπλασιάζετε τον στόχο σας με κάθε κύκλο.

nΣυντελεστής προσδιορισμού, R2 (γράφεται ως R^2). Χρησιμοποιήστε αυτό το στατιστικό στοιχείο γιανα προσδιορίσετε πόσο σωστά η γραμμή περιγράφει τα δεδομένα (επάρκεια εφαρμογής).

n

Slope (Κλίση)nY-intercept (Τομή Y)Οδηγός χρήσης | 247

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Επιλογές μενού διαγράμματος ενίσχυσης
Εκτός από τις κοινές επιλογές μενού δεξιού κλικ για τα διαγράμματα (βλ. Κοινά στοιχεία μενού δεξιού κλικγια διαγράμματα στη σελίδα 234 ), ο Πίνακας 17 παραθέτει τις επιλογές μενού που είναι διαθέσιμες στοδιάγραμμα ενίσχυσης.
Πίνακας 17. Στοιχεία μενού δεξιού και αριστερού κλικ διαγράμματος ενίσχυσης

Επιλογή μενού

Λειτουργία

Well XX (Βοθρίο ΧΧ), FluorΕμφανίζει μόνο αυτό το βοθρίο, αφαιρεί αυτό το βοθρίο από την προβολή,Target (Στόχος

ορίζει χρώμα για αυτό το ίχνος ή εξαιρεί αυτό το βοθρίο από την ανάλυση.

φθοροφόρου)Selected TracesΕμφανίζει μόνο αυτά τα βοθρία, αφαιρεί αυτά τα βοθρία από την(Επιλεγμένα ίχνη)προβολή, ορίζει χρώμα για αυτά τα ίχνη ή εξαιρεί αυτά τα βοθρία από τηνανάλυση.

Show Threshold ValuesΕμφανίζει την τιμή κατωφλίου για κάθε καμπύλη ενίσχυσης στο(Εμφάνιση τιμών

διάγραμμα.

κατωφλίου)Trace Styles (Στυλ ίχνους)Ανοίγει το παράθυρο Trace Styles (Στυλ ίχνους) για να αλλάξετε τα στυλίχνους που εμφανίζονται στις καρτέλες Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός) και Melt Curve (Καμπύλη τήξης).

Baseline ThresholdsΑνοίγει το παράθυρο Baseline Thresholds (Κατώφλια γραμμής βάσης)(Κατώφλια γραμμής

για να αλλάξετε τη γραμμή βάσης ή τα κατώφλια κάθε φθοροφόρου [οιβάσης)

αλλαγές εμφανίζονται στο διάγραμμα ενίσχυσης στην καρτέλα
Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)].

Υπολογιστικό φύλλο καρτέλας Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός)Ο Πίνακας 18 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο στην καρτέλα Quantification(Ποσοτικός προσδιορισμός).
Πίνακας 18. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου καρτέλας ποσοτικού προσδιορισμού

Πληροφορίες

Περιγραφή

Well (Βοθρίο)Θέση βοθρίου στην πλάκα

Fluor (Φθορ.)Εντοπίστηκε φθοροφόρο

248 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)Πληροφορίες

Περιγραφή

Target (Στόχος)Το όνομα του στόχου που έχει τοποθετηθεί στα βοθρία του Plate
Editor (Επεξεργασία πλάκας)Content (Περιεχόμενο)Ένας συνδυασμός του τύπου δείγματος (υποχρεωτικό) και του αρ.
αντιγράφου (προαιρετικό) που έχουν φορτωθεί στο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας)Sample (Δείγμα)Το όνομα δείγματος που είναι φορτωμένο στα βοθρία του Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας)Cq

Κύκλος ποσοτικού προσδιορισμού για κάθε ίχνος

Αλλαγή δεδομένων στόχου, περιεχομένου ή δείγματοςΜπορείτε να αλλάξετε τα δεδομένα στις στήλες Target (Στόχος), Content (Περιεχόμενο) και Sample(Δείγμα) μέσω επεξεργασίας του αρχείου πλάκας χρησιμοποιώντας το Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας) ακόμα και μετά την εκτέλεση του πειράματος.

Για να αλλάξετε τα δεδομένα στις στήλες Content (Περιεχόμενο), Target (Στόχος) καιSample (Δείγμα)uΚάντε κλικ στο Plate Setup (Ρύθμιση πλάκας) και επιλέξτε View/Edit Plate (Προβολή/Επεξεργασία
πλάκας) για να ανοίξετε το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

Οδηγός χρήσης | 249

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα Quantification Data (Δεδομένα ποσοτικού
προσδιορισμού)Η καρτέλα Quantification Data (Δεδομένα ποσοτικού προσδιορισμού) εμφανίζει τα δεδομένα ποσοτικού
προσδιορισμού που συλλέγονται σε κάθε βοθρίο. Το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει τα δεδομένα σετέσσερις διαφορετικές προβολές υπολογιστικού φύλλου:nResults (Αποτελέσματα) — εμφανίζει ένα υπολογιστικό φύλλο των δεδομένων. Αυτή είναι ηπροεπιλεγμένη προβολή.

nStandard Curve Results (Αποτελέσματα πρότυπης καμπύλης) — εμφανίζει ένα υπολογιστικό φύλλο
των δεδομένων της πρότυπης καμπύλης.

nPlate (Πλάκα) — εμφανίζει τα δεδομένα σε κάθε βοθρίο καθώς και έναν χάρτη πλάκας.

n

RFU — εμφανίζει τις ποσότητες RFU σε κάθε βοθρίο για κάθε κύκλο.

Επιλέξτε κάθε υπολογιστικό φύλλο από την αναπτυσσόμενη λίστα που εμφανίζεται κάτω από τηνκαρτέλα Quantification Data (Δεδομένα ποσοτικού προσδιορισμού).

Υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα)Το υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα) εμφανίζει τα δεδομένα για κάθε βοθρίο στην πλάκα.

Σημείωση: Όλοι οι υπολογισμοί Std. Dev (Τυπική απόκλιση) ισχύουν για τις ομάδες αντιγράφωνπου έχουν εκχωρηθεί στα βοθρία στο παράθυρο του Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας). Οιυπολογισμοί μεσοτιμούν την τιμή Cq για κάθε βοθρίο στην ομάδα αντιγράφων.
Ο Πίνακας 19 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα).

250 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Quantification Data (Δεδομένα ποσοτικού προσδιορισμού)Πίνακας 19. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου αποτελεσμάτων

Πληροφορίες

Περιγραφή

Well (Βοθρίο)Θέση βοθρίου στην πλάκα

Fluor (Φθορ.)Εντοπίστηκε φθοροφόρο

Target (Στόχος)Όνομα στόχου ενίσχυσης (γονίδιο)Content (Περιεχόμενο)Τύπος δείγματος και αρ. αντιγράφου

Sample (Δείγμα)Περιγραφή δείγματος

Biological Set Name (ΌνομαΤο όνομα του βιολογικού συνόλου

βιολογικού συνόλου)Cq

Κύκλος ποσοτικού προσδιορισμού

Cq Mean (Μέσο Cq)

Μέσος όρος του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού για την ομάδα
αντιγράφων

Cq Std. Dev (Τυπική απόκλισηΤυπική απόκλιση του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού για την ομάδα

Cq)αντιγράφων

Starting Quantity (SQ) (Αρχική

Εκτίμηση της αρχικής ποσότητας του στόχου

ποσότητα)
Log Starting Quantity

Καταγραφή της αρχικής ποσότητας

(Καταγραφή αρχικής
ποσότητας)SQ Mean (Μέσο SQ)Μέσος όρος της αρχικής ποσότητας

SQ Std. Dev (Τυπική απόκλισηΤυπική απόκλιση της αρχικής ποσότητας στα αντίγραφα

Cq)Οδηγός χρήσης | 251Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Υπολογιστικό φύλλο Standard Curve Results (Αποτελέσματαπρότυπης καμπύλης)Το υπολογιστικό φύλλο Standard Curve Results (Αποτελέσματα πρότυπης καμπύλης) εμφανίζει τιςυπολογιζόμενες παραμέτρους πρότυπης καμπύλης.

Ο Πίνακας 20 καθορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο αποτελεσμάτων
πρότυπης καμπύλης.
Πίνακας 20. Περιεχόμενα υπολογιστικού φύλλου αποτελεσμάτων πρότυπης καμπύλης

Πληροφορίες

Περιγραφή

Fluor (Φθορ.) [ή TargetΤο φθοροφόρο (ή ο στόχος) που έχει ανιχνευτεί

(Στόχος)]Efficiency % (Απόδοση %)Απόδοση της αντίδρασης

Slope (Κλίση)Κλίση της πρότυπης καμπύλης

Y-intercept (Τομή Y)Σημείο στο οποίο η καμπύλη τέμνει τον άξονα yR^2Συντελεστής προσδιορισμού

252 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Quantification Data (Δεδομένα ποσοτικού προσδιορισμού)Υπολογιστικό φύλλο Plate (Πλάκα)Το υπολογιστικό φύλλο Plate (Πλάκα) εμφανίζει έναν χάρτη των δεδομένων της πλάκας για έναφθοροφόρο κάθε φορά.

Για να προβάλετε τα δεδομένα για ένα συγκεκριμένο φθοροφόροuΚάντε κλικ στην αντίστοιχη καρτέλα στο κάτω μέρος του υπολογιστικού φύλλου.

Οδηγός χρήσης | 253Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Υπολογιστικό φύλλο RFU
Το υπολογιστικό φύλλο RFU εμφανίζει τις μετρήσεις των σχετικών μονάδων φθορισμού (RFU) για κάθεβοθρίο, που λαμβάνονται σε κάθε κύκλο της δοκιμής. Ο αριθμός βοθρίου εμφανίζεται στο πάνω μέρος
κάθε στήλης και ο αριθμός κύκλου εμφανίζεται στα αριστερά κάθε γραμμής.

254 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης)Καρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης)Για χρωστικές που παρεμβάλλονται στο DNA και μη διασπώμενους ανιχνευτές υβριδισμού, ο φθορισμός
είναι πιο έντονος κατά την ανόπτηση των δύο κλώνων του DNA. Επομένως, καθώς η θερμοκρασία
αυξάνεται προς τη θερμοκρασία τήξης (Tm), ο φθορισμός μειώνεται με σταθερό ρυθμό (σταθερή κλίση).
Στο Tm υπάρχει μια σημαντική μείωση του φθορισμού με μια αισθητή μεταβολή στην κλίση. Ο ρυθμός
αυτής της μεταβολής προσδιορίζεται με γραφική παράσταση της αρνητικής πρώτης παλινδρόμησης τουφθορισμού έναντι της θερμοκρασίας (-d(RFU)/dT). Ο μεγαλύτερος ρυθμός μεταβολής στον φθορισμό έχειως αποτέλεσμα ορατές κορυφές και αντιπροσωπεύει την Tm των συμπλόκων δίκλωνου DΝΑ.
Το CFX Maestro Dx SE σχεδιάζει τα δεδομένα RFU που έχουν συλλεχθεί κατά τη διάρκεια μιας καμπύλης
τήξης ως συνάρτηση της θερμοκρασίας. Για την ανάλυση των δεδομένων κορυφής τήξης, το λογισμικό
εκχωρεί μια θερμοκρασία αρχής και τέλους σε κάθε κορυφή, μετακινώντας τη γραμμή κατωφλίου. Τοκατώτατο όριο της περιοχής κορυφής καθορίζεται από τη θέση της γραμμής κατωφλίου τήξης. Μια έγκυρη
κορυφή πρέπει να έχει ένα ελάχιστο ύψος σε σχέση με την απόσταση μεταξύ της γραμμής κατωφλίου καιτου ύψους της υψηλότερης κορυφής.
Η καρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης) εμφανίζει το Tm (θερμοκρασία τήξης) των ενισχυμένων
προϊόντων PCR σε τέσσερις προβολές:nMelt Curve (Καμπύλη τήξης) — εμφανίζει τα δεδομένα σε πραγματικό χρόνο για κάθε φθοροφόρο ως
RFU ανά θερμοκρασία για κάθε βοθρίο.

nMelt Peak (Κορυφή τήξης) — εμφανίζει την αρνητική παλινδρόμηση των δεδομένων RFU ανάθερμοκρασία για κάθε βοθρίο.

nΕπιλογέας βοθρίων — εμφανίζει βοθρία για εμφάνιση ή απόκρυψη των δεδομένων.

nΥπολογιστικό φύλλο Peak (Κορυφή) — εμφανίζει τα δεδομένα που έχουν συλλεχθεί στο επιλεγμένο
βοθρίο.
Σημείωση: Αυτό το υπολογιστικό φύλλο εμφανίζει έως και δύο κορυφές για κάθε ίχνος. Για ναπροβάλετε περισσότερες κορυφές, κάντε κλικ στην καρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα
καμπύλης τήξης).

Οδηγός χρήσης | 255Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένωνΟ Πίνακας 21 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Melt Curve (Καμπύλη τήξης).
Πίνακας 21. Περιεχόμενα υπολογιστικού φύλλου καμπύλης τήξης

Πληροφορίες

Περιγραφή

Well (Βοθρίο)Θέση βοθρίου στην πλάκα

Fluor (Φθορ.)Εντοπίστηκε φθοροφόρο

ContentΈνας συνδυασμός τύπου δείγματος και αριθμού αντιγράφου

(Περιεχόμενο)
Sample (Δείγμα)Όνομα δείγματος που έχει φορτωθεί στο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας)Melt TempΗ θερμοκρασία της κορυφής τήξης για κάθε βοθρίο

(Θερμοκρασία

Σημείωση: Μόνο οι δύο υψηλότερες κορυφές εμφανίζονται σε αυτό τοτήξης)

υπολογιστικό φύλλο.

256 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης)Προσαρμογή δεδομένων καμπύλης τήξης
Για να προσαρμόσετε τα δεδομένα της καμπύλης τήξηςuΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΚάντε κλικ και σύρετε τις γραμμές κατωφλίου στο διάγραμμα Melt Peak (Κορυφή τήξης) για νασυμπεριλάβετε ή να εξαιρέσετε κορυφές στην/από την ανάλυση δεδομένων.

nΕπιλέξτε Positive (Θετικές) στο αναπτυσσόμενο μενού Peaks (Κορυφές) για να εμφανίσετε ταδεδομένα του υπολογιστικού φύλλου για τις κορυφές πάνω από τη γραμμή κατωφλίου τήξης ήεπιλέξτε Negative (Αρνητικές) για να δείτε τα δεδομένα του υπολογιστικού φύλλου για τιςκορυφές κάτω από τη γραμμή κατωφλίου τήξης.

nΑνοίξτε το παράθυρο Trace Styles (Στυλ ίχνους) για να αλλάξετε το χρώμα των ιχνών σταδιαγράμματα Melt Curve (Καμπύλη τήξης) και Melt Peak (Κορυφή τήξης).

nΕπιλέξτε έναν αριθμό στον επιλογέα αριθμού βημάτων για να προβάλετε τα δεδομένα τηςκαμπύλης τήξης σε ένα άλλο βήμα στο πρωτόκολλο. Η λίστα εμφανίζει περισσότερα του ενόςβήματα εάν το πρωτόκολλο περιλαμβάνει αναγνώσεις πλάκας σε περισσότερα του ενός βήματατης καμπύλης τήξης.

nΕπιλέξτε βοθρία στον επιλογέα βοθρίων για να εστιάσετε σε υποσύνολα των δεδομένων.

nΕπιλέξτε μια ομάδα βοθρίων για να προβάλετε και να αναλύσετε ένα υποσύνολο των βοθρίων
στην πλάκα. Επιλέξτε κάθε ομάδα βοθρίων με βάση το όνομα στο αναπτυσσόμενο μενού Well
Group (Ομάδα βοθρίων) στη γραμμή εργαλείων.

Οδηγός χρήσης | 257

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα καμπύλης τήξης)Η καρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα καμπύλης τήξης) εμφανίζει τα δεδομένα από την καρτέλα Melt
Curve (Καμπύλη τήξης) σε πολλά υπολογιστικά φύλλα που περιλαμβάνουν όλες τις κορυφές τήξης γιακάθε ίχνος. Το CFX Maestro Dx SE προσφέρει τέσσερις επιλογές υπολογιστικού φύλλου για την προβολή
των δεδομένων της καμπύλης τήξης:nMelt Peaks (Κορυφές τήξης) — εμφανίζει όλα τα δεδομένα, συμπεριλαμβανομένων όλων τωνκορυφών τήξης, για κάθε ίχνος. Αυτή είναι η προεπιλεγμένη προβολή.

nPlate (Πλάκα) — εμφανίζει μια προβολή των δεδομένων και των περιεχομένων κάθε βοθρίου στηνπλάκα.

n

RFU — εμφανίζει τις ποσότητες RFU σε κάθε θερμοκρασία για κάθε βοθρίο.

n-d (RFU)/dT — εμφανίζει τον αρνητικό ρυθμό μεταβολής του RFU καθώς μεταβάλλεται ηθερμοκρασία (T). Αυτό είναι ένα πρώτο διάγραμμα παλινδρόμησης για κάθε βοθρίο στην πλάκα.

Επιλέξτε κάθε υπολογιστικό φύλλο από την αναπτυσσόμενη λίστα που εμφανίζεται κάτω από τηνκαρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα καμπύλης τήξης).

Υπολογιστικό φύλλο Melt Peaks (Κορυφές τήξης)Το υπολογιστικό φύλλο Melt Peaks (Κορυφές τήξης) εμφανίζει όλα τα δεδομένα καμπύλης τήξης.

Ο Πίνακας 22 στη σελίδα 259 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Melt Peaks(Κορυφές τήξης).

258 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα καμπύλης τήξης)Πίνακας 22. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου κορυφών τήξης

Πληροφορίες

Περιγραφή

Well (Βοθρίο)Θέση βοθρίου στην πλάκα

Fluor (Φθορ.)Εντοπίστηκε φθοροφόρο

Content (Περιεχόμενο)Τύπος δείγματος που αναφέρεται στο παράθυρο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας)Target (Στόχος)Στόχος ενίσχυσης (γονίδιο)Sample (Δείγμα)Όνομα δείγματος που αναφέρεται στο παράθυρο Plate Editor(Επεξεργασία πλάκας)Melt Temperature (Θερμοκρασία

Θερμοκρασία τήξης κάθε προϊόντος, που αναφέρεται ως μία κορυφή

τήξης)(υψηλότερη τιμή) ανά γραμμή στο υπολογιστικό φύλλο

Peak Height (Ύψος κορυφής)Το ύψος της κορυφής

Begin Temperature (Θερμοκρασία

Θερμοκρασία στην αρχή της κορυφής

αρχής)End Temperature (Θερμοκρασία

Θερμοκρασία στο τέλος της κορυφής

τέλους)Υπολογιστικό φύλλο Plate (Πλάκα)Το υπολογιστικό φύλλο Plate (Πλάκα) εμφανίζει δεδομένα καμπύλης τήξης σε μορφή πλάκας.

Σημείωση: Για να προσαρμόσετε την κορυφή που καλεί το λογισμικό, προσαρμόστε τη γραμμή
κατωφλίου στο διάγραμμα Melt Peak (Κορυφή τήξης) στην καρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης).
Ο Πίνακας 23 στη σελίδα 260 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Plate(Πλάκα).

Οδηγός χρήσης | 259

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 23. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου πλάκας

Πληροφορίες

Περιγραφή

ContentΣυνδυασμός τύπου δείγματος (υποχρεωτικό) και αρ. αντιγράφου (προαιρετικό)(Περιεχόμενο)
Sample (Δείγμα)Περιγραφή δείγματος

Peak 1 (Κορυφή 1)Πρώτη κορυφή τήξης (υψηλότερη)

Peak 2 (Κορυφή 2)Δεύτερη κορυφή τήξης (χαμηλότερη)Υπολογιστικό φύλλο RFU
Το υπολογιστικό φύλλο RFU εμφανίζει τον φθορισμό για κάθε βοθρίο σε κάθε κύκλο και η τιμή τουλαμβάνεται κατά τη διάρκεια της καμπύλης τήξης.

Ο Πίνακας 24 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο RFU.
Πίνακας 24. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου RFU

Πληροφορίες

Περιγραφή

Αριθμός βοθρίου (A1, A2, A3, A4, A5)Θέση βοθρίου στην πλάκα για τα φορτωμένα
βοθρίαTemperature (Θερμοκρασία)Θερμοκρασία τήξης του ενισχυμένου στόχου,που σχεδιάζεται ως ένα βοθρίο ανά γραμμή καιως πολλαπλά βοθρία για πολλά προϊόντα στοίδιο βοθρίο

260 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Melt Curve Data (Δεδομένα καμπύλης τήξης)Υπολογιστικό φύλλο -d(RFU)/dTΤο υπολογιστικό φύλλο -d(RFU)/dT εμφανίζει τον αρνητικό ρυθμό μεταβολής του RFU καθώς
μεταβάλλεται η θερμοκρασία (T).

Ο Πίνακας 25 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο -d(RFU)/dT.
Πίνακας 25. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου -d(RFU)/dT

Πληροφορίες

Περιγραφή

Αριθμός βοθρίου (A1, A2, A3, A4, A5)Θέση βοθρίου στην πλάκα για τα φορτωμένα βοθρία

Θερμοκρασία -d(RFU)/dT

Αρνητικός ρυθμός μεταβολής στο RFU καθώς μεταβάλλεται ηθερμοκρασία (T)Οδηγός χρήσης | 261

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα End Point (Τελικό σημείο)Ανοίξτε την καρτέλα End Point (Τελικό σημείο) για να αναλύσετε τις τελικές σχετικές μονάδες φθορισμού
(RFU) για τα βοθρία δείγματος. Το λογισμικό συγκρίνει τα επίπεδα RFU για τα βοθρία με άγνωστα
δείγματα με τα επίπεδα RFU για τα βοθρία με αρνητικούς μάρτυρες και «καλεί» το άγνωστο δείγμα θετικό
ή αρνητικό. Τα θετικά δείγματα έχουν τιμή RFU μεγαλύτερη από τη μέση τιμή RFU των αρνητικών
μαρτύρων συν την τιμή αποκοπής.

Για την ανάλυση των δεδομένων τελικού σημείου, η πλάκα πρέπει να περιέχει αρνητικούς μάρτυρες,διαφορετικά το λογισμικό δεν μπορεί να «καλέσει» τα δείγματα.
nΠρωτόκολλο Run a Quantification (Δοκιμή ποσοτικού προσδιορισμού) — διαμορφώστε ένα τυπικό
πρωτόκολλο. Μετά την ολοκλήρωση της δοκιμής, ανοίξτε το παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων), προσαρμόστε τις ρυθμίσεις ανάλυσης δεδομένων στην καρτέλα Quantification(Ποσοτικός προσδιορισμός) και, στη συνέχεια, κάντε κλικ στην καρτέλα End Point (Τελικό σημείο) γιανα επιλέξετε έναν κύκλο τελικού σημείου.

nΠρωτόκολλο Run an End Point Only (Δοκιμή μόνο τελικού σημείου) — φορτώστε το πρωτόκολλο
End Point Only (Μόνο τελικό σημείο) στην καρτέλα Plate (Πλάκα) του παραθύρου Run Setup(Ρύθμιση δοκιμής), επιλέξτε ή δημιουργήστε μια πλάκα και εκκινήστε τη δοκιμή

262 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα End Point (Τελικό σημείο)Η καρτέλα End Point (Τελικό σημείο) εμφανίζει τις μέσες τιμές RFU για να προσδιορίσει εάν ο στόχος
ενισχύθηκε από τον τελευταίο (τελικό) κύκλο. Χρησιμοποιήστε αυτά τα δεδομένα για να προσδιορίσετεεάν υπάρχει συγκεκριμένη ακολουθία στόχου (θετική) σε ένα δείγμα. Οι θετικοί στόχοι έχουν υψηλότερες
τιμές RFU από το επίπεδο αποκοπής που ορίζετε.
Υπόδειξη: Για να δημιουργήσετε ένα πρωτόκολλο τελικού σημείου, ανοίξτε την καρτέλα Protocol(Πρωτόκολλο) [παράθυρο Run Setup (Ρύθμιση δοκιμής)] και επιλέξτε Run (Δοκιμή) > End Point Only
Run (Δοκιμή μόνο τελικού σημείου).
Όταν ολοκληρωθεί η δοκιμή, το αρχείο δεδομένων ανοίγει στην καρτέλα End Point (Τελικό σημείο), πουπεριλαμβάνει τις ακόλουθες ενότητες:n

Settings (Ρυθμίσεις) — προσαρμόζει τις ρυθμίσεις ανάλυσης δεδομένων.

nResults (Αποτελέσματα) — εμφανίζει τα αποτελέσματα αμέσως μετά την προσαρμογή τωνρυθμίσεων.

nWell Selector (Επιλογέας βοθρίων) — επιλέγει τα βοθρία με τα δεδομένα τελικού σημείου που θέλετε
να εμφανίσετε.

nΥπολογιστικό φύλλο RFU — εμφανίζει το τελικό RFU που έχει συλλεχθεί στα επιλεγμένα βοθρία.

Δεδομένα αποτελεσμάτωνΗ ενότητα Results (Αποτελέσματα) εμφανίζει τα ακόλουθα δεδομένα:n

Lowest RFU value (Χαμηλότερη τιμή RFU) — η χαμηλότερη τιμή RFU στα δεδομένα

nHighest RFU value (Υψηλότερη τιμή RFU) — η υψηλότερη τιμή RFU στα δεδομένα

n

Negative Control Average (Μέσος όρος αρνητικών μαρτύρων) — μέση τιμή RFU για τα βοθρία πουπεριέχουν αρνητικούς μάρτυρεςn

Cut Off Value (Τιμή αποκοπής) — υπολογίζεται προσθέτοντας την ανοχή (RFU ή Ποσοστό εύρους
που αναφέρεται στις Ρυθμίσεις) και τον μέσο όρο των αρνητικών μαρτύρων. Δείγματα με RFU πουείναι μεγαλύτερα από την τιμή αποκοπής θα ονομάζονται «Positive» (Θετικά). Για να ρυθμίσετε τηντιμή αποκοπής, αλλάξτε το RFU ή το Ποσοστό εύρουςΗ τιμή αποκοπής υπολογίζεται με αυτόν τον τύπο:Τιμή αποκοπής = Μ.Ο. αρνητικών μαρτύρων + Ανοχή
Επιλέξτε μια ανοχή με μία από αυτές τις μεθόδους:n

RFUs (προεπιλογή) — επιλέξτε αυτήν τη μέθοδο για να χρησιμοποιήσετε μια απόλυτη τιμή RFU γιατην ανοχή. Η ελάχιστη τιμή ανοχής RFU είναι 2. Το μέγιστο είναι η απόλυτη τιμή της υψηλότερης
τιμής RFU μείον την απόλυτη τιμή της χαμηλότερης τιμής RFU. Η προεπιλεγμένη τιμή ανοχής RFU
είναι 10% του συνολικού εύρους RFU.

Οδηγός χρήσης | 263

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

n

Percent of Range (Ποσοστό εύρους) — επιλέξτε αυτήν τη μέθοδο για να χρησιμοποιήσετε έναποσοστό του εύρους RFU για την ανοχή. Το ελάχιστο ποσοστό εύρους είναι 1%. Το μέγιστο
ποσοστό εύρους είναι 99%. Το προεπιλεγμένο ποσοστό εύρους είναι 10%.

264 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα End Point (Τελικό σημείο)Προσαρμογή της ανάλυσης δεδομένων τελικού σημείου
Για να προσαρμόσετε τα δεδομένα στην καρτέλα End Point (Τελικό σημείο)uΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕπιλέξτε ένα φθοροφόρο από την αναπτυσσόμενη λίστα.

nΕπιλέξτε μια τιμή End Cycle to Average (Τελικός κύκλος για μεσοτίμηση) για να ορίσετε τοναριθμό των κύκλων με τους οποίους θα υπολογίζεται η μέση τιμή RFU τελικού σημείου.

nΕπιλέξτε RFU για προβολή των δεδομένων σε σχετικές μονάδες φθορισμού.

nΕπιλέξτε Percentage of Range (Ποσοστό εύρους) για προβολή των δεδομένων ως ποσοστό τουεύρους RFU.

nΕπιλέξτε βοθρία στον επιλογέα βοθρίων για να εστιάσετε σε υποσύνολα των δεδομένων.

nΕπιλέξτε μια ομάδα βοθρίων για να προβάλετε και να αναλύσετε ένα υποσύνολο των βοθρίων
στην πλάκα. Επιλέξτε κάθε ομάδα βοθρίων με βάση το όνομα στο αναπτυσσόμενο μενού Well
Group (Ομάδα βοθρίων) στη γραμμή εργαλείων.

Υπολογιστικό φύλλο RFU για ανάλυση τελικού σημείουΟ Πίνακας 26 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο RFU στην καρτέλα End Point(Τελικό σημείο).
Πίνακας 26. Περιεχόμενα υπολογιστικού φύλλου τελικού σημείου RFU

Πληροφορίες

Περιγραφή

Well (Βοθρίο)Θέση βοθρίου στην πλάκα

Fluor (Φθορ.)Εντοπίστηκε φθοροφόρο

Content (Περιεχόμενο)Συνδυασμός τύπου δείγματος και του αρ. αντιγράφου

End RFU (Τελικό RFU)

RFU στον κύκλο τελικού σημείου

Call (Κλήση)Θετικό ή αρνητικό δείγμα, όπου τα θετικά δείγματα έχουν τιμή RFU
μεγαλύτερη από τη μέση τιμή RFU των αρνητικών μαρτύρων συν την τιμήαποκοπής

Sample (Δείγμα)Το όνομα δείγματος που είναι φορτωμένο στο Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας)Οδηγός χρήσης | 265Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων)Η καρτέλα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων) εκχωρεί γονότυπους στα βοθρία με άγνωστα
δείγματα. Χρησιμοποιήστε αυτά τα δεδομένα για να αναγνωρίσετε δείγματα με διαφορετικούς
γονότυπους, όπως Allele 1 (Αλληλόμορφο 1), Allele 2 (Αλληλόμορφο 2), Heterozygote (Ετεροζυγώτης),No Call (Χωρίς κλήση) (χωρίς ενίσχυση) ή Undetermined (Μη προσδιορισμένο).
Σημείωση: Τα δεδομένα για τη διάκριση αλληλομόρφων πρέπει να προέρχονται από πολλαπλές
δοκιμές με τουλάχιστον δύο φθοροφόρα. Κάθε φθοροφόρο αναγνωρίζει ένα αλληλόμορφο σε όλα ταδείγματα.

Η ανάλυση της διάκρισης αλληλομόρφων απαιτεί τα ακόλουθα ελάχιστα περιεχόμενα στα βοθρία:nΔύο φθοροφόρα σε κάθε βοθρίο

nΔείγματα NTC (χωρίς έλεγχο μήτρας) για βελτιστοποιημένη ανάλυση δεδομένων

Το CFX Maestro Dx SE προσφέρει τέσσερις επιλογές για την προβολή των δεδομένων διάκρισης
αλληλομόρφων:nΔιάγραμμα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων) — εμφανίζει τα δεδομένα σε έναγράφημα RFU για το Αλληλόμορφο 1/Αλληλόμορφο 2. Κάθε σημείο στο γράφημα αντιπροσωπεύει
δεδομένα και από τα δύο φθοροφόρα σε ένα βοθρίο. Μπορείτε να κάνετε εναλλαγή μεταξύ
καρτεσιανών και πολικών συντεταγμένων επιλέγοντας και αποεπιλέγοντας το πλαίσιο ελέγχου Polar

266 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων)

Coordinates (Πολικές συντεταγμένες). Οι Καρτεσιανές Συντεταγμένες αντιπροσωπεύουν RFU για τοΑλληλόμορφο 1 στον άξονα x και RFU για το Αλληλόμορφο 2 στον άξονα y. Οι Πολικές
Συντεταγμένες αντιπροσωπεύουν τη γωνία στον άξονα x και την απόσταση μεταξύ της αρχής και τουRFU στον άξονα y (διάμεσος όλων των NTC).
nΥπολογιστικό φύλλο Well (Βοθρίο) — εμφανίζει τα δεδομένα της διάκρισης αλληλομόρφων πουσυλλέγονται σε κάθε βοθρίο της πλάκας.

nΕπιλογέας βοθρίων — επιλέγει τα βοθρία με τα δεδομένα αλληλομόρφων που θέλετε ναεμφανίζονται.

nΠίνακας Selected Fluorophores (Επιλεγμένα φθοροφόρα) — αλλάζει τις ετικέτες των αξόνων x και yστο διάγραμμα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων), τον κύκλο προς ανάλυση και το εάνθα εμφανίζεται ο χάρτης κλήσης.

Προσαρμογή δεδομένων για διάκριση αλληλομόρφωνΤο λογισμικό εκχωρεί αυτόματα έναν γονότυπο στα βοθρία με άγνωστα δείγματα με βάση τις θέσεις τωνNTC και τη γωνία και την απόσταση των άγνωστων σημείων δεδομένων από τα NTC.

Για να προσαρμόσετε τα δεδομένα της διάκρισης αλληλομόρφωνuΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΓια να εμφανίσετε τις πολικές συντεταγμένες, επιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου στο διάγραμμα Allelic
Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων).

nΓια να προβάλετε ένα άλλο φθοροφόρο, επιλέξτε το από την αναπτυσσόμενη λίστα στον πίνακα
Selected Fluorophores (Επιλεγμένα φθοροφόρα).

nΓια να αλλάξετε μια κλήση, σύρετε τα σημεία δεδομένων στο διάγραμμα Allelic Discrimination(Διάκριση αλληλομόρφων) και ορίστε μια επιλογή στη λίστα Selected Wells (Επιλεγμένα
βοθρία):oAllele 1 (Αλληλόμορφο 1)oAllele 2 (Αλληλόμορφο 2)oHeterozygote (Ετεροζυγώτης)oUndetermined (Μη προσδιορισμένο)o

No Call (Χωρίς κλήση)oAuto Call (Αυτόματη κλήση)Υπόδειξη: Επιλέξτε Auto Call (Αυτόματη κλήση) για επαναφορά στην προεπιλεγμένη
κλήση.

Οδηγός χρήσης | 267

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Επιλογές μενού διαγράμματοςΕκτός από τις κοινές επιλογές μενού δεξιού κλικ για τα διαγράμματα (βλ. Κοινά στοιχεία μενού δεξιού κλικγια διαγράμματα στη σελίδα 234 ), ο Πίνακας 27 παραθέτει τις επιλογές μενού που είναι διαθέσιμες στοδιάγραμμα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων).
Πίνακας 27. Επιλογές δεξιού και αριστερού μενού διαγράμματος Allelic Discrimination(Διάκριση αλληλομόρφων)Επιλογή μενού

Λειτουργία

Zoom (Ζουμ)Εστιάζει την προβολή διαγράμματος στην επιλεγμένη περιοχή
(κάνοντας κλικ και σύροντας τον δρομέα στο διάγραμμα).
Υπόδειξη: Για να επαναφέρετε το ζουμ ώστε να εμφανίζονταιόλα τα σημεία δεδομένων, κάντε δεξί κλικ και επιλέξτε Set Scale
to Default (Ορισμός κλίμακας σε προεπιλογή).

Well (Βοθρίο)Για το επιλεγμένο βοθρίο, οι επιλογές είναι: εμφάνιση μόνο αυτού
του βοθρίου, αφαίρεση αυτού του βοθρίου από την προβολή,ορισμός χρώματος για αυτό το ίχνος ή εξαίρεση αυτού του βοθρίουαπό την ανάλυση.

Selected Wells (Επιλεγμένα

Για τα επιλεγμένα βοθρία (επιλέγονται κάνοντας κλικ και σύροντας

βοθρία)τον δρομέα στο διάγραμμα), οι επιλογές είναι: εμφάνιση μόνο αυτών
των βοθρίων, αφαίρεση αυτών των βοθρίων από την προβολή,ορισμός χρώματος για αυτά τα ίχνη ή εξαίρεση αυτών των βοθρίωναπό την ανάλυση.

Υπολογιστικό φύλλο διάκρισης αλληλομόρφωνΟ Πίνακας 28 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Allelic Discrimination(Διάκριση αλληλομόρφων).
Πίνακας 28. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου Allelic Discrimination (Διάκριση
αλληλομόρφων)Πληροφορίες

Περιγραφή

Well (Βοθρίο)Θέση βοθρίου στην πλάκα

Sample (Δείγμα)Περιγραφή ονόματος δείγματος

268 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων)Πίνακας 28. Περιεχόμενο υπολογιστικού φύλλου Allelic Discrimination (Διάκριση
αλληλομόρφων), συνέχεια

Πληροφορίες

Περιγραφή

Call (Κλήση)Ταυτότητα του αλληλόμορφου, συμπεριλαμβανομένου του αυτόματουαλληλόμορφου 1, αλληλόμορφου 2, ετεροζυγώτη, χωρίς κλήση ή μηπροσδιορισμένου

Type (Τύπος)Auto (Automatic) (Αυτόματα) ή Manual (Χειροκίνητα), περιγράφει τοντρόπο πραγματοποίησης της κλήσης. Η επιλογή Automatic(Αυτόματα) υποδεικνύει ότι το λογισμικό επέλεξε την κλήση. Η επιλογή
Manual (Χειροκίνητα) υποδεικνύει ότι ο χρήστης επέλεξε την κλήσηRFU1

RFU για το Αλληλόμορφο 1

RFU2

RFU για το Αλληλόμορφο 2Οδηγός χρήσης | 269

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα Custom Data View (Προσαρμοσμένη προβολή
δεδομένων)Η καρτέλα Custom Data View (Προσαρμοσμένη προβολή δεδομένων) εμφανίζει ταυτόχρονα πολλά
παράθυρα σε προσαρμόσιμη μορφή.
Η αναπτυσσόμενη λίστα Load a Preset View (Φόρτωση προκαθορισμένης προβολής) προσφέρει μιαεπιλογή προτύπων μορφών εμφάνισης. Η προεπιλεγμένη προβολή που εμφανίζεται εξαρτάται από τοαρχείο που αναλύεται. Για παράδειγμα, εάν υπάρχουν δεδομένα καμπύλης τήξης, εμφανίζεται ηπροεπιλεγμένη προβολή Amp + Melt.

270 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα Custom Data View (Προσαρμοσμένη προβολή δεδομένων)Δημιουργία προσαρμοσμένης προβολής δεδομένων
Για να δημιουργήσετε μια προσαρμοσμένη προβολή δεδομένωνuΚάντε ένα από τα ακόλουθα:nΕπιλέξτε μια εναλλακτική προκαθορισμένη προβολή από την αναπτυσσόμενη λίστα.

nΕπιλέξτε μια άλλη προβολή διαγράμματος από την αναπτυσσόμενη λίστα που βρίσκεται στοπάνω μέρος κάθε μεμονωμένου παραθύρου.

nΑλλάξτε τον αριθμό των γραμμών και στηλών στην καρτέλα.

nΑλλάξτε μεμονωμένες διαστάσεις του παραθύρου. Σύρετε τις γραμμές στην περιφέρεια κάθεπαραθύρου.

Κάντε κλικ στο Save as Preset (Αποθήκευση ως προεπιλογή) για να αποθηκεύσετε το προσαρμοσμένοως προκαθορισμένο πρότυπο. Κάντε κλικ στην επιλογή Manage Presets (Διαχείριση προεπιλογών) γιανα διαγράψετε, να μετονομάσετε ή να επαναφέρετε υπάρχουσες προεπιλεγμένες προβολές.

Οδηγός χρήσης | 271Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα QC (ΠΕ)Χρησιμοποιήστε την καρτέλα QC (ΠΕ) για να αξιολογήσετε γρήγορα την ποιότητα των δεδομένων τηςδοκιμής με βάση τους κανόνες που ορίζονται στην καρτέλα QC (ΠΕ) του παραθύρου User Preferences(Προτιμήσεις χρήστη)Το CFX Maestro Dx SE προσφέρει τέσσερις επιλογές για την προβολή των δεδομένων QC (ΠΕ):
nAmplification chart (Διάγραμμα ενίσχυσης) — εμφανίζει το RFU για κάθε βοθρίο σε κάθε κύκλο.
Κάθε ίχνος στο διάγραμμα αντιπροσωπεύει δεδομένα από ένα μόνο φθοροφόρο σε ένα βοθρίο.

nΠίνακας κανόνων ΠΕ - εμφανίζει τους διαθέσιμους κανόνες QC (ΠΕ) και τις ρυθμίσεις πουκαθορίζουν κάθε κανόνα. Οι εφαρμοσμένοι κανόνες ΠΕ επισημαίνονται με ένα σημάδι επιλογής.

nΕπιλογέας βοθρίων — επιλέγει τα βοθρία με τα δεδομένα φθορισμού που θέλετε να προβάλετε.

nΠαράθυρο σύνοψης κανόνων ΠΕ — εμφανίζει τον επιλεγμένο κανόνα QC (ΠΕ) και επισημαίνει ταβοθρία που έχουν αποτύχει στον κανόνα.

272 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚαρτέλα QC (ΠΕ)

Αλλαγή κριτηρίων ΠΕΓια να αλλάξετε τα κριτήρια ΠΕuΕπιλέξτε ή αποεπιλέξτε το πλαίσιο ελέγχου Use (Χρήση) για τον κανόνα συμπερίληψης ή εξαίρεσηςαπό τον ποιοτικό έλεγχο (ΠΕ).

Εξαίρεση βοθρίων με αποτυχημένο ΠΕΤο CFX Maestro Dx SE εμφανίζει τα βοθρία που έχουν αποτύχει στα κριτήρια QC (ΠΕ) στη στήλη Results(Αποτελέσματα) στον πίνακα κανόνων ΠΕ και στο παράθυρο σύνοψης.

Για να εξαιρέσετε τα βοθρία που δεν πληρούν τα κριτήρια ΠΕuΕπιλέξτε Exclude Wells (Εξαίρεση βοθρίων) για κάθε βοθρίο που θέλετε να εξαιρέσετε.

Οδηγός χρήσης | 273Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Καρτέλα Run Information (Πληροφορίες δοκιμής)Η καρτέλα Run Information (Πληροφορίες δοκιμής) εμφανίζει το πρωτόκολλο και άλλες πληροφορίες
σχετικά με κάθε δοκιμή. Χρησιμοποιήστε αυτήν την καρτέλα για να κάνετε τα εξής:nΝα προβάλετε το πρωτόκολλο.

nΝα εισαγάγετε ή να επεξεργαστείτε σημειώσεις σχετικά με τη δοκιμή.

nΝα εισαγάγετε ή να επεξεργαστείτε το αναγνωριστικό ή τον γραμμωτό κώδικα για τη δοκιμή.

nΝα προβάλετε τυχόν συμβάντα που ενδέχεται να έχουν παρουσιαστεί κατά τη διάρκεια της δοκιμής.
Χρησιμοποιήστε αυτά τα μηνύματα ως βοήθεια κατά την αντιμετώπιση προβλημάτων μιας δοκιμής.

Υπόδειξη: Κάντε δεξί κλικ στην επιλογή Protocol (Πρωτόκολλο) για αντιγραφή, εξαγωγή ή εκτύπωσή
του. Κάντε δεξί κλικ στα παράθυρα Notes (Σημειώσεις), ID/Bar Code (Αναγνωριστικό/Γραμμωτός
κώδικας) ή Other (Άλλο) για αναίρεση, αποκοπή, αντιγραφή, επικόλληση, διαγραφή ή επιλογή τουκειμένου.

274 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑναφορές ανάλυσης δεδομένων

Αναφορές ανάλυσης δεδομένων
Το πλαίσιο διαλόγου Report (Αναφορά) εμφανίζει πληροφορίες σχετικά με το τρέχον αρχείο δεδομένωνστο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Για να επιλέξετε μια αναφορά, επιλέξτε Tools(Εργαλεία) > Reports (Αναφορές) ή κάντε κλικ στην επιλογή Reports (Αναφορές) στη γραμμή εργαλείων.
Το πλαίσιο διαλόγου Report (Αναφορά) περιέχει τις ακόλουθες ενότητες:nΜενού και γραμμή εργαλείων — παρέχει επιλογές για τη μορφοποίηση, αποθήκευση και εκτύπωση
της αναφοράς ή του προτύπου.

nΛίστα επιλογών (επάνω αριστερή πλευρά του πλαισίου διαλόγου) — παρέχει επιλογές για προβολή
στην αναφορά.

nΠαράθυρο επιλογών (κάτω αριστερή πλευρά του πλαισίου διαλόγου) — εμφανίζει πλαίσια κειμένου
στα οποία μπορείτε να εισαγάγετε πληροφορίες σχετικά με μια καθορισμένη επιλογή.

nΠαράθυρο προεπισκόπησης (δεξιά πλευρά του πλαισίου διαλόγου) — εμφανίζει μιαπροεπισκόπηση της τρέχουσας αναφοράς.

Οδηγός χρήσης | 275Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Κατηγορίες αναφορών ανάλυσης δεδομένωνO Πίνακας 29 παραθέτει όλες τις διαθέσιμες επιλογές για μια αναφορά ανάλυσης δεδομένων, ανάλογα μετον τύπο δεδομένων στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων).
Πίνακας 29. Κατηγορίες αναφοράς ανάλυσης δεδομένων στη λίστα επιλογών

Κατηγορία

Επιλογή

Περιγραφή

Header (Κεφαλίδα)Τίτλος, υπότιτλος και λογότυπο για τηναναφορά
Report InformationΗμερομηνία δοκιμής, όνομα χρήστη,(Πληροφορίες αναφοράς)όνομα αρχείου δεδομένων, διαδρομή
αρχείου δεδομένων και επιλεγμένη ομάδα
βοθρίων

Audit Information (Πληροφορίες

Απαιτούνται συμπληρωματικές

ελέγχου)πληροφορίες για τον έλεγχο,συμπεριλαμβανομένων των υπογραφών

Notes (Σημειώσεις)Σημειώσεις σχετικά με την αναφορά
δεδομένωνRun Setup (Ρύθμιση δοκιμής)Run Information (Πληροφορίες

Ημερομηνία δοκιμής, όνομα χρήστη,δοκιμής)όνομα αρχείου δεδομένων, διαδρομή
αρχείου δεδομένων και επιλεγμένη ομάδα
βοθρίωνProtocol (Πρωτόκολλο)Προβολή κειμένου για τα βήματα και τιςεπιλογές του πρωτοκόλλου

Plate Display (Εμφάνιση

Προβολή πλάκας με τις πληροφορίες σεπλάκας)κάθε βοθρίο της πλάκας

Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)Analysis Settings (Ρυθμίσεις

Αριθμός βήματος συλλογής δεδομένων,ανάλυσης)τρόπος ανάλυσης και μέθοδος αφαίρεσης
γραμμής βάσης

276 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑναφορές ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 29. Κατηγορίες αναφοράς ανάλυσης δεδομένων στη λίστα επιλογών, συνέχεια

Κατηγορία

Επιλογή

Περιγραφή

Amplification Chart (Διάγραμμα

Διάγραμμα ενίσχυσης για δοκιμές πουενίσχυσης)περιλαμβάνουν δεδομένα ποσοτικού
προσδιορισμού

Standard Curve ChartΔιάγραμμα πρότυπης καμπύλης

(Διάγραμμα πρότυπης
καμπύλης)
Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει ταδεδομένα σε κάθε βοθρίο

Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) - Bar Chart (Ραβδόγραμμα)
Analysis Settings (Ρυθμίσεις

Λειτουργία ανάλυσης, δεδομένα

ανάλυσης)διαγράμματος, επιλογή κλίμακας καισφάλμα διαγράμματος

Chart (Διάγραμμα)Αντίγραφο του ραβδογράμματος

Target Names (Ονόματα

Διάγραμμα ονομάτων στόχων

στόχων)Sample Names (Ονόματα

Διάγραμμα ονομάτων δειγμάτων

δειγμάτων)Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει ταδεδομένα σε κάθε βοθρίο

Target Stability (Σταθερότητα

Διάγραμμα των τιμών σταθερότητας

στόχου)στόχου

Box-and-Whisker ChartΔιάγραμμα «κορμός και ουρές»(Διάγραμμα «κορμός καιουρές»)Dot Plot Chart (Διάγραμμα

Διάγραμμα κουκκίδων

κουκκίδων)Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — Clustergram (Διάγραμμα ομαδοποίησης) καιScatter Plot (Διάγραμμα διασποράς)Οδηγός χρήσης | 277Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 29. Κατηγορίες αναφοράς ανάλυσης δεδομένων στη λίστα επιλογών, συνέχεια

Κατηγορία

Επιλογή

Περιγραφή

Analysis Settings (Ρυθμίσεις

Ρυθμίσεις για κάθε τύπο διαγράμματοςανάλυσης)
Chart (Διάγραμμα)Αντίγραφο του διαγράμματος

Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει ταδεδομένα σε κάθε στόχο

Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — ANOVA Data (Δεδομένα ANOVA)ANOVA Settings (Ρυθμίσεις

Κατώφλι τιμής P που χρησιμοποιείταιANOVA)στην ανάλυσηANOVA Results (ΑποτελέσματαΠίνακας αποτελεσμάτων από τηνANOVA)

ανάλυση ANOVA και την ανάλυση
συγκρίσεων ανά ζεύγη (post-hoc) HSDτου Tukey

Melt Curve (Καμπύλη τήξης)Analysis Settings (Ρυθμίσεις

Αριθμός βήματος τήξης και ρύθμιση

ανάλυσης)γραμμής κατωφλίου

Melt Curve Chart (Διάγραμμα

Διάγραμμα καμπύλης τήξης

καμπύλης τήξης)Melt Peak Chart (Διάγραμμα

Διάγραμμα κορυφής τήξης

κορυφής τήξης)Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει ταδεδομένα σε κάθε βοθρίο

Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων)
Analysis Settings (Ρυθμίσεις

Φθοροφόρα, κύκλος και προβολή χάρτη

ανάλυσης)κλήσεωνAllelic Discrimination ChartΑντίγραφο του διαγράμματος διάκρισης

(Διάγραμμα διάκρισης

αλληλομόρφων

αλληλομόρφων)278 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑναφορές ανάλυσης δεδομένων

Πίνακας 29. Κατηγορίες αναφοράς ανάλυσης δεδομένων στη λίστα επιλογών, συνέχεια

Κατηγορία

Επιλογή

Περιγραφή

Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει ταδεδομένα σε κάθε βοθρίο

End Point (Τελικό σημείο)Analysis Settings (Ρυθμίσεις

Φθοροφόρο, τελικοί κύκλοι γιαανάλυσης)

μεσοτίμηση, λειτουργία, χαμηλότερη τιμήRFU, υψηλότερη τιμή RFU και τιμήαποκοπής

Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει ταδεδομένα σε κάθε βοθρίο

QC Parameters(Παράμετροι ΠΕ)Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει τιςπαραμέτρους για κάθε κανόνα ΠΕΟδηγός χρήσης | 279Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Δημιουργία αναφοράς ανάλυσης δεδομένων
Μπορείτε να αποθηκεύσετε τη διάταξη αναφοράς ως πρότυπο, το οποίο μπορείτε να χρησιμοποιήσετε
ξανά για παρόμοιες αναφορές.

Για να δημιουργήσετε μια αναφορά ανάλυσης δεδομένων
1.

Πραγματοποιήστε τελικές προσαρμογές στα περιεχόμενα βοθρίου, στα επιλεγμένα βοθρία, σταδιαγράμματα και στα υπολογιστικά φύλλα στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) πρινδημιουργήσετε την αναφορά.

2.

Επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Reports (Αναφορές) στη γραμμή μενού Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων) για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Report (Αναφορά).

3.

Ορίστε τις επιλογές που θέλετε να συμπεριλάβετε στην αναφορά. Η αναφορά ανοίγει με ορισμένες τιςπροεπιλεγμένες επιλογές. Επιλέξτε ή αποεπιλέξτε τα πλαίσια ελέγχου για να αλλάξετε ολόκληρεςκατηγορίες ή μεμονωμένες επιλογές σε μια κατηγορία.
Ο Πίνακας 29 στη σελίδα 276 παραθέτει τις διαθέσιμες επιλογές για εμφάνιση.
Σημείωση: Τα δεδομένα που εμφανίζονται στην αναφορά εξαρτώνται από τις τρέχουσες
επιλογές στις καρτέλες του παραθύρου Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Για παράδειγμα,μια δοκιμή ποσοτικού προσδιορισμού ενδέχεται να μην περιέχει μια πρότυπη καμπύλη, και ωςεκ τούτου αυτά τα δεδομένα δεν εμφανίζονται στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων) ή στην αναφορά δεδομένων.

4.

Αλλάξτε τη σειρά των κατηγοριών και των στοιχείων σε μια αναφορά. Σύρετε τις επιλογές στη σχετική
θέση. Τα στοιχεία μπορούν να αναδιατάσσονται μόνο εντός των κατηγοριών στις οποίες ανήκουν.

5.

(Προαιρετικό) Στο παράθυρο Report Options (Επιλογές αναφοράς), εισαγάγετε πληροφορίες
σχετικές με την καθορισμένη επιλογή:nΕπιλέξτε ένα υποσύνολο πληροφοριών που θα εμφανίζονται στην αναφορά.

nΕπιλέξτε συγκεκριμένες ρυθμίσεις για την καθορισμένη επιλογή.

nΑλλάξτε το κείμενο που θα εμφανίζεται για την καθορισμένη επιλογή.

6.

Κάντε κλικ στο Update Report (Ενημέρωση αναφοράς) για να ενημερώσετε την προεπισκόπηση
αναφοράς με οποιεσδήποτε αλλαγές.

7.

Εκτυπώστε ή αποθηκεύστε την αναφορά:a.

Κάντε κλικ στο κουμπί Print Report (Εκτύπωση αναφοράς) στη γραμμή εργαλείων για ναεκτυπώσετε την τρέχουσα αναφορά.

b.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save (Αποθήκευση) για να αποθηκεύσετε την αναφορά σε μορφή
αρχείου PDF (Adobe Acrobat Reader), MHT (έγγραφο Microsoft) ή MHTML (έγγραφο

280 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑναφορές ανάλυσης δεδομένων

Microsoft).

8.

c.

Επιλέξτε μια θέση για να αποθηκεύσετε το αρχείο.

d.

Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save As (Αποθήκευση ως) για να αποθηκεύσετε την αναφορά με νέοόνομα ή σε νέα θέση.

(Προαιρετικό) Δημιουργήστε ένα πρότυπο αναφοράς με τις πληροφορίες που θέλετε. Για νααποθηκεύσετε τις τρέχουσες ρυθμίσεις αναφοράς σε ένα πρότυπο, επιλέξτε Template (Πρότυπο) >Save (Αποθήκευση) ή Save As (Αποθήκευση ως). Στη συνέχεια, φορτώστε το πρότυπο αναφοράς
την επόμενη φορά που θέλετε να δημιουργήσετε μια νέα αναφορά.

Οδηγός χρήσης | 281

Κεφάλαιο 11 Λεπτομέρειες ανάλυσης δεδομένων

Δημιουργία αναφορών ομάδων βοθρίων
Για να δημιουργήσετε μια αναφορά ομάδας βοθρίων
1.

Επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Well Group Reports (Αναφορές ομάδων βοθρίων) στο παράθυρο Data
Analysis (Ανάλυση δεδομένων).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Well Groups Reports (Αναφορές ομάδων βοθρίων), επιλέξτε τις ομάδες
βοθρίων, τα βήματα ενίσχυσης και τα βήματα τήξης που θα συμπεριληφθούν στην αναφορά.

3.

Εισαγάγετε τη διαδρομή ή μεταβείτε στον φάκελο προορισμού για την αποθήκευση της αναφοράς.

4.

(Προαιρετικό) Επιλέξτε Choose a Report Template (Επιλογή προτύπου αναφοράς) και μεταβείτε
στον φάκελο των αρχείων προτύπου.

5.

(Προαιρετικό) Επιλέξτε Open Destination Folder (Άνοιγμα φακέλου προορισμού) για να ανοίξετε τονφάκελο και να προβάλετε τις αναφορές μετά τη δημιουργία τους.

6.

Κάντε κλικ στην επιλογή Create Reports (Δημιουργία αναφορών).

282 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων
Με τη χρήση αυστηρά κατάλληλων μαρτύρων στις αντιδράσεις σας, μπορείτε να χρησιμοποιήσετε τοΛογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition για την εκτέλεση μιας δοκιμής έκφρασης γονιδίων για νακανονικοποιήσετε τις σχετικές διαφορές σε μια συγκέντρωση στόχο μεταξύ των δειγμάτων. Συνήθως,χρησιμοποιούνται επίπεδα έκφρασης για ένα ή περισσότερα γονίδια αναφοράς για την κανονικοποίηση
των επιπέδων έκφρασης ενός γονιδίου ενδιαφέροντος. Τα γονίδια αναφοράς λαμβάνουν υπόψη τιςδιαφορές φόρτωσης ή άλλες διακυμάνσεις που υπάρχουν σε κάθε δείγμα και τα επίπεδα έκφρασής τουςδεν πρέπει να επηρεάζονται στο βιολογικό σύστημα που μελετάται.
Επιλέξτε την καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) στο παράθυρο Data Analysis (Ανάλυση
δεδομένων) για να αξιολογήσετε τις σχετικές διαφορές μεταξύ των αντιδράσεων PCR σε δύο ήπερισσότερα βοθρία. Για παράδειγμα, μπορείτε να αξιολογήσετε σχετικούς αριθμούς γονιδιωμάτων ιών ήσχετικούς αριθμούς διαμολυσμένων αλληλουχιών σε μια αντίδραση PCR. Η πιο συνηθισμένη εφαρμογή
μελέτης έκφρασης γονιδίων είναι η σύγκριση της συγκέντρωσης cDNA σε περισσότερες από μίααντιδράσεις για την εκτίμηση των επιπέδων αγγελιοφόρου RNA σταθερής κατάστασης.
Το λογισμικό υπολογίζει το σχετικό επίπεδο έκφρασης ενός στόχου με ένα από αυτά τα σενάρια:nΣχετικό επίπεδο έκφρασης μιας αλληλουχίας στόχου (Στόχος 1) σε σχέση με έναν άλλο στόχο
(Στόχος 2). Για παράδειγμα, η ποσότητα ενός γονιδίου σε σχέση με ένα άλλο γονίδιο υπό την ίδιαεπεξεργασία δείγματος.

nΣχετικό επίπεδο έκφρασης μιας αλληλουχίας στόχου σε ένα δείγμα σε σύγκριση με τον ίδιο στόχουπό διαφορετική επεξεργασία δείγματος. Για παράδειγμα, η σχετική ποσότητα ενός γονιδίου σεσχέση με το ίδιο το γονίδιο υπό διαφορετικές χρονικές, γεωγραφικές ή αναπτυξιακές συνθήκες.

Ρύθμιση πλάκας για ανάλυση έκφρασης γονιδίων
Για την ανάλυση της έκφρασης γονιδίων, τα περιεχόμενα των βοθρίων πρέπει να περιλαμβάνουν ταακόλουθα:nΔύο ή περισσότερους στόχους — τους δύο στόχους που αντιπροσωπεύουν διαφορετικά ενισχυμένα
γονίδια ή ακολουθίες στα δείγματά σας.

nΈναν ή περισσότερους στόχους αναφοράς — τουλάχιστον ένας στόχος πρέπει να είναι στόχος
αναφοράς για κανονικοποιημένη έκφραση. Εκχωρήστε όλους τους στόχους αναφοράς στοπαράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος) για να αναλύσετε τα δεδομένα σε λειτουργία

Οδηγός χρήσης | 283

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Κανονικοποιημένης Έκφρασης (ΔΔCq). Οι δοκιμές που δεν περιέχουν γονίδιο αναφοράς πρέπει νααναλυθούν χρησιμοποιώντας τη λειτουργία σχετικής έκφρασης (ΔCq).
nΚοινά δείγματα — οι αντιδράσεις σας πρέπει να περιλαμβάνουν κοινά δείγματα (απαιτούνται
τουλάχιστον δύο) για να προβάλετε τη γραφική παράσταση των δεδομένων σας στην καρτέλα Gene
Expression (Έκφραση γονιδίων). Αυτά τα δείγματα θα πρέπει να αντιπροσωπεύουν διαφορετικές
θεραπείες ή παθήσεις για καθεμία από τις αλληλουχίες στόχου σας. Εκχωρήστε ένα δείγμα μάρτυρα
(προαιρετικό) στο παράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος). Εάν δεν έχει επιλεγεί
μάρτυρας, το λογισμικό χρησιμοποιεί το χαμηλότερο Cq ως μάρτυρα.

Οι απαιτήσεις για τη ρύθμιση Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) στο Plate Editor (Επεξεργαστής
πλάκας) εξαρτώνται από το εάν τα περιεχόμενα της αντίδρασης είναι μονής PCR, με ένα φθοροφόρο στιςαντιδράσεις, ή πολλαπλής PCR, με περισσότερα από ένα φθοροφόρα στις αντιδράσεις.

Καθοδηγούμενη ρύθμιση πλάκαςΕάν η ρύθμιση πλάκας ενός αρχείου δεδομένων δεν περιέχει τις πληροφορίες που απαιτούνται για τηνανάλυση και έχει επιλεγεί η καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), ο χώρος που συνήθως
καταλαμβάνεται από το ραβδόγραμμα θα περιέχει οδηγίες για την εισαγωγή αυτών των πληροφοριών.
Για κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων, εκτελέστε τα ακόλουθα βήματα:1.

Ορίστε ονόματα στόχου και δείγματος χρησιμοποιώντας οποιοδήποτε από τα ακόλουθα:nPlate Setup (Ρύθμιση πλάκας) — ανοίγει το παράθυρο Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας).

n

Replace Plate File (Αντικατάσταση αρχείου πλάκας) — ανοίγει τον περιηγητή Select Plate(Επιλογή πλάκας), στο οποίο μπορείτε να πλοηγηθείτε σε ένα προηγουμένως αποθηκευμένο
αρχείο πλάκας με το οποίο να αντικαταστήσετε την τρέχουσα διάταξη πλάκας.

n2.

Replace PrimePCR File (Αντικατάσταση αρχείου PrimePCR) — ανοίγει το πλαίσιο διαλόγου
Select PrimePCR file (Επιλογή αρχείου PrimePCR), στο οποίο μπορείτε να πλοηγηθείτε σε ένααρχείο δοκιμής PrimePCR και να το εφαρμόσετε στη διάταξη της πλάκας.

Επιλέξτε έναν ή περισσότερους στόχους αναφοράς και ένα δείγμα μάρτυρα χρησιμοποιώντας τοπλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος).
Εάν η διάταξη πλάκας περιέχει ήδη πληροφορίες στόχου και δείγματος, απαιτείται μόνο το δεύτερο
βήμα και επισημαίνεται με πορτοκαλί χρώμα. Αυτό το βήμα πρέπει να ολοκληρωθεί πριν από τηνανάλυση της κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων.
Σημείωση: Τα δεδομένα για το διάγραμμα διασποράς και το διάγραμμα ομαδοποίησης
εμφανίζονται μόνο εάν πληρούνται όλες οι απαιτήσεις για την κανονικοποιημένη έκφρασηγονιδίων που παρατίθενται στο Plate Setup for Gene Expression Analysis (Ρύθμιση πλάκας γιαανάλυση έκφρασης γονιδίων).

284 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Διαγράμματα έκφρασης γονιδίων

Διαγράμματα έκφρασης γονιδίων
Το CFX Maestro Dx SE εμφανίζει τα δεδομένα έκφρασης γονιδίων σε πολλαπλές προβολές. Ο Πίνακας
30 παραθέτει τις επιλογές διαγράμματος που είναι διαθέσιμες στο λογισμικό.
Πίνακας 30. Επιλογές διαγράμματος έκφρασης γονιδίων

ΚουμπίΌνομαΛειτουργία

ΓράφημαΕμφανίζει τα δεδομένα κανονικοποιημένης
έκφρασης γονιδίων σε μία από τις ακόλουθες
προβολές:n Bar chart (Ραβδόγραμμα) (η προεπιλογή)n Box and whisker chart (Διάγραμμα «κορμός
και ουρές»)n Dot Plot chart (Διάγραμμα κουκκίδων)Διάγραμμα ομαδοποίησης

Εμφανίζει τα δεδομένα κανονικοποιημένης
έκφρασης σε μια ιεραρχία βάσει του βαθμού
ομοιότητας της έκφρασης για διαφορετικούς
στόχους και δείγματα.

Scatter Plot (Διάγραμμα

Εμφανίζει την κανονικοποιημένη έκφρασηδιασποράς)στόχων για ένα δείγμα μάρτυρα σε σχέση με έναπειραματικό δείγμα.

ANOVA

Εμφανίζει τα αποτελέσματα μιας ANOVA μονής
κατεύθυνσης στα δεδομένα έκφρασης γονιδίων
χρησιμοποιώντας τα ακόλουθα πακέτα R γιατην εκτέλεση της μεθόδου ANOVA και τονπροσδιορισμό των αποτελεσμάτων κατά Tukey:
n Companion to Applied Regression (car)(Βοήθημα εφαρμοσμένης παλινδρόμησης)n Least-square means (lsmeans) (Μέθοδος
ελαχίστων τετραγώνων)Οδηγός χρήσης | 285Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Πίνακας 30. Επιλογές διαγράμματος έκφρασης γονιδίων, συνέχεια

ΚουμπίΌνομαΛειτουργία

Reference Gene Selection Tool(Διαθέσιμο στην καρτέλα Study Analysis(Εργαλείο επιλογής γονιδίων

(Ανάλυση μελέτης) στο παράθυρο Gene Studyαναφοράς)(Μελέτη γονιδίων)) Προσδιορίζει τα γονίδια
αναφοράς που εξετάστηκαν και τα ταξινομεί ως
Ideal (Ιδανικά), Acceptable (Αποδεκτά) ήUnstable (Ασταθή) ανάλογα με τη σταθερότητά
τους.

PrimePCR Controls Analysis(Διαθέσιμο στην καρτέλα Study Analysis(Ανάλυση μαρτύρων PrimePCR)(Ανάλυση μελέτης) στο παράθυρο Gene Study(Μελέτη γονιδίων)) Εμφανίζει τα αποτελέσματατων δειγμάτων που εξετάστηκαν.

286 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημαΓράφημαΗ σχετική έκφραση των στόχων παρουσιάζεται σε αυτές τις δύο προβολές:nGene Expression chart (Διάγραμμα έκφρασης γονιδίων) — εμφανίζει τα δεδομένα PCR σεπραγματικό χρόνο ως ένα από τα εξής:o

ΔΔCq — σχετική κανονικοποιημένη έκφραση που υπολογίζεται χρησιμοποιώντας δείγματα μάρτυρα καιστόχους αναφοράς.

o

ΔCq — σχετική ποσότητα του γονιδίου στόχου σε ένα δείγμα σε σχέση με ένα δείγμα μάρτυρα.

Βλ. Αλλαγή και σχολιασμός της προβολής διαγράμματος στη σελίδα 289 για περισσότερες
πληροφορίες σχετικά με την προβολή δεδομένων.
n

Spreadsheet (Υπολογιστικό φύλλο) — εμφανίζει ένα υπολογιστικό φύλλο των δεδομένων έκφρασης
γονιδίων.
Υπόδειξη: Κάντε δεξί κλικ σε οποιοδήποτε διάγραμμα ή υπολογιστικό φύλλο για επιλογές.
Επιλέξτε View/Edit Plate (Προβολή/Επεξεργασία πλάκας) από το αναπτυσσόμενο μενού Plate
Setup (Ρύθμιση πλάκας) για να ανοίξετε το Plate Editor (Επεξεργασία πλάκας) και να αλλάξετε
τα περιεχόμενα των βοθρίων στην πλάκα.
Υπόδειξη: Επιλέξτε Sort (Ταξινόμηση) από το μενού δεξιού κλικ για να αναδιατάξετε τη σειρά
των ονομάτων στόχου και δείγματος στο διάγραμμα.

Οδηγός χρήσης | 287Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων
Για να κανονικοποιήσετε τα δεδομένα, χρησιμοποιήστε το μετρούμενο επίπεδο έκφρασης ενός ήπερισσότερων γονιδίων αναφοράς ως συντελεστή κανονικοποίησης. Τα γονίδια αναφοράς είναι στόχοιπου δεν είναι ρυθμιζόμενοι στο βιολογικό σύστημα που μελετάται, όπως ακτίνη, GAPDH ή τουμπουλίνη.

Για να ρυθμίσετε μια ανάλυση κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων (ΔΔCq)
1.

Ανοίξτε ένα αρχείο δεδομένων (επέκταση .pcrd).

2.

Ελέγξτε τα δεδομένα στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός) του παραθύρου Data
Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Πραγματοποιήστε προσαρμογές στα δεδομένα, όπως αλλαγή τουκατωφλίου και της λειτουργίας ανάλυσης.

3.

Επιλέξτε την καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων).

4.

Στην καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), κάντε κλικ στο Experiment Settings (Ρυθμίσεις
πειράματος).

5.

Στο πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος), κάντε τα εξής:6.

a.

Επιλέξτε την καρτέλα Samples (Δείγματα) και επιλέξτε έναν μάρτυρα. Όταν εκχωρείται έναςμάρτυρας, το CFX Maestro Dx SE ομαλοποιεί τις σχετικές ποσότητες για όλα τα γονίδια στηνποσότητα του μάρτυρα, η οποία έχει οριστεί σε 1.

b.

Επιλέξτε την καρτέλα Target (Στόχος) και επιλέξτε γονίδια αναφοράς. Η ανάλυση έκφρασης
γονιδίων απαιτεί μία αναφορά μεταξύ των στόχων στα δείγματά σας.

Επιλέξτε Normalized Expression (Κανονικοποιημένη έκφραση) (ΔΔCq) εάν δεν είναι ήδη επιλεγμένο
και, στη συνέχεια, προβάλετε τα επίπεδα έκφρασης στην καρτέλα Gene Expression (Έκφρασηγονιδίων).
Σημείωση: Μπορείτε επίσης να χρησιμοποιήσετε τον Οδηγό ρύθμισης για να ρυθμίσετε τηδιάταξη της πλάκας για την ανάλυση της κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων.

Σχετική ποσότηταΕξ ορισμού, τα δεδομένα σχετικής ποσότητας (ΔCq ) δεν είναι κανονικοποιημένα. Αυτή η μέθοδος
χρησιμοποιείται για τον ποσοτικό προσδιορισμό δειγμάτων που δεν περιλαμβάνουν γονίδια αναφοράς
(στόχους). Συνήθως, οι ερευνητές είναι σίγουροι για μία από τις ακόλουθες εκτιμήσεις κατά τηνπροετοιμασία της δοκιμής τους:nΚάθε δείγμα περιέχει την ίδια ποσότητα RNA ή cDNA σε κάθε βοθρίο.

nΟποιαδήποτε διακύμανση στην ποσότητα του τοποθετημένου βιολογικού δείγματος θακανονικοποιηθεί μετά τη δοκιμή με κάποια μέθοδο στην ανάλυση δεδομένων εκτός του λογισμικού. Γιαπαράδειγμα, ένας ερευνητής μπορεί να επιλέξει να διαιρέσει τη σχετική τιμή ποσότητας με τον288 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημασυντελεστή κανονικοποίησης, πιθανώς με τη μάζα του νουκλεϊκού οξέος που υπάρχει σε κάθε δείγμα,ή τον αριθμό των κυττάρων από τα οποία απομονώθηκε το νουκλεϊκό οξύ.

Για να εκτελέσετε μια ανάλυση σχετικής ποσότητας (ΔCq)
uΣτην καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), επιλέξτε Relative Quantity (Σχετική ποσότητα)(ΔCq) από την αναπτυσσόμενη λίστα Mode (Λειτουργία) στο δεξιό παράθυρο.
Υπόδειξη: Για να συγκρίνετε τα αποτελέσματα με δεδομένα από άλλες δοκιμές έκφρασης
γονιδίων, ανοίξτε μια νέα μελέτη γονιδίων ή προσθέστε ένα αρχείο δεδομένων σε μιαυπάρχουσα μελέτη γονιδίων.

Αλλαγή και σχολιασμός της προβολής διαγράμματοςΧρησιμοποιώντας τις εντολές του μενού γραμμής εργαλείων διαγραμμάτων και τα εργαλεία διαγράμματος
της ανάλυσης δεδομένων, μπορείτε να αλλάξετε την προβολή διαγράμματος, να σχολιάσετε κάθεδιάγραμμα και να αλλάξετε την εμφάνιση διαγράμματος. Η γραμμή εργαλείων του διαγράμματος
εμφανίζεται μεταξύ του διαγράμματος και του υπολογιστικού φύλλου ανάλυσης δεδομένων στο κάτωμέρος της οθόνης.

Εργαλεία γραμμής εργαλείων διαγράμματοςΥπόδειξη: Βλ. Διαγράμματα στη σελίδα 226 για πληροφορίες σχετικά με τα εργαλεία διαγράμματοςπου εμφανίζονται στη δεξιά πλευρά των διαγραμμάτων ανάλυσης δεδομένων.
Η γραμμή εργαλείων κάτω από τα διαγράμματα παρέχει γρήγορη πρόσβαση στα εργαλεία σχολιασμού.

Ο Πίνακας 31 παραθέτει τις λειτουργίες των κουμπιών στη γραμμή εργαλείων διαγραμμάτων.

Οδηγός χρήσης | 289

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Πίνακας 31. Γραμμή εργαλείων διαγραμμάτων

ΚουμπίΌνομαΛειτουργία

Bar chart (Ραβδόγραμμα)Εμφανίζει τη σχετική έκφραση των στόχων.

Box-and-Whisker ChartΕμφανίζει δεδομένα ως εύρη τεταρτημορίων (βλ.

(Διάγραμμα «κορμός καιΥπολογισμοί διαγράμματος «κορμός και ουρές» στηουρές»)

σελίδα 329 για τις λεπτομέρειες υπολογισμού).
Σημείωση: Διαθέσιμο μόνο εάν το Analyze Using(Ανάλυση με) έχει οριστεί σε Biological Groups Only(Μόνο βιολογικές ομάδες).

Dot Plot ChartΕμφανίζει τα μεμονωμένα σημεία δεδομένων του(Διάγραμμα κουκκίδων)δείγματος για κάθε στόχο.
Σημείωση: Διαθέσιμο μόνο εάν το Analyze Using(Ανάλυση με) έχει οριστεί σε Biological Groups Only(Μόνο βιολογικές ομάδες).

Add Arrow (Προσθήκη

Σχεδιάζει ένα βέλος στο ενεργό διάγραμμα.

βέλους)Add Circle (Προσθήκη

Σχεδιάζει έναν κύκλο στο ενεργό διάγραμμα

κύκλου)Add Text (Προσθήκη

Εισάγει ένα πλαίσιο κειμένου στο ενεργό διάγραμμα, στοκειμένου)οποίο μπορείτε να προσθέσετε κείμενο για ναπροσδιορίσετε στοιχεία ενδιαφέροντος στο διάγραμμα.

Undo (Αναίρεση)Καταργεί ή επαναφέρει τον τελευταίο σχολιασμό πουπραγματοποιήθηκε στο ενεργό διάγραμμα.

Redo (Επανάληψη)Επαναφέρει την τελευταία ενέργεια αναίρεσης πουπραγματοποιήθηκε στο ενεργό διάγραμμα.

Clear All (Απαλοιφή

Διαγράφει όλους τους σχολιασμούς στο ενεργό

όλων)διάγραμμα.

Ταξινόμηση δεδομένων στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας
Σημείωση: Αυτή η επιλογή είναι διαθέσιμη μόνο σε διαγράμματα έκφρασης γονιδίων.
Από προεπιλογή, οι λίστες Targets (Στόχοι), Samples (Δείγματα) και Biological Groups (Βιολογικές
ομάδες) εμφανίζονται με αλφαβητική σειρά. Χρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Sort (Ταξινόμηση) για

290 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημα

να ταξινομήσετε τα εμφανιζόμενα δεδομένα με αντίστροφη αλφαβητική σειρά ή για να μετακινήσετε μηαυτόματα έναν όρο σε διαφορετική θέση στη λίστα.

Για να ταξινομήσετε τα δεδομένα στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας
1.

Από τα εργαλεία διαγράμματος, κάντε κλικ στην επιλογή Sort (Ταξινόμηση).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Gene Expression Chart Sorting (Ταξινόμηση διαγράμματοςέκφρασης γονιδίων).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου, κάντε κλικ στο Z-A για να ταξινομήσετε τη λίστα με αντίστροφη αλφαβητική
σειρά.

3.

Για να μετακινήσετε μη αυτόματα έναν όρο, επιλέξτε τον και κάντε κλικ στο κατάλληλο κουμπί μεταξύ
των διαγραμμάτων:4.

nΚάντε κλικ στο πάνω ή κάτω βέλος για να μετακινήσετε τον επιλεγμένο όρο κατά μία θέση.

nΚάντε κλικ στο πάνω ή κάτω βέλος για να μετακινήσετε τον επιλεγμένο όρο στο πάνω ή στοκάτω μέρος της λίστας.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στην καρτέλα Gene Expression(Έκφραση γονιδίων).

Οδηγός χρήσης | 291

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Αλλαγή των ρυθμίσεων χρώματος στόχου, δείγματος και βιολογικής ομάδας
Χρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος) για να αλλάξετε το χρώμα
ενός στόχου, ενός δείγματος ή μιας βιολογικής ομάδας ή για να καταργήσετε το στοιχείο από τοδιάγραμμα.

Για να αλλάξετε τις ρυθμίσεις χρώματος στόχου
1.

Στο δεξιό τμήμα του πλαισίου διαλόγου Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), βεβαιωθείτε ότι τοδείγμα εμφανίζεται στην αναπτυσσόμενη λίστα X-Axis (Άξονας Χ).

2.

Στα Εργαλεία διαγράμματος, επιλέξτε Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος).
Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Color Settings (Ρυθμίσεις χρώματος).

3.

Για να αλλάξετε το χρώμα εμφάνισης ενός στόχου, κάντε κλικ στο αντίστοιχο χρώμα στη στήλη Color(Χρώμα).

4.

Στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα) που εμφανίζεται, επιλέξτε ένα νέο χρώμα και κάντε κλικ στο OK.

5.

Για να αφαιρέσετε έναν στόχο από το γράφημα έκφρασης γονιδίων, καταργήστε την επιλογή του στηστήλη Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος).
Υπόδειξη: Για να διαγράψετε όλους τους στόχους, αποεπιλέξτε το Show Chart (Εμφάνιση
διαγράμματος) στην κεφαλή της στήλης.

6.

(Προαιρετικά) Από προεπιλογή, οι γραμμές εμφανίζονται με συμπαγή χρώματα. Για να εμφανίσετε
τις γραμμές με χρωματικές διαβαθμίσεις, αποεπιλέξτε το Use Solid Colors (Χρήση συμπαγών
χρωμάτων).

7.

Κάντε κλικ στο OK για αποθήκευση των αλλαγών και επιστροφή στην καρτέλα Gene Expression(Έκφραση γονιδίων).

Για να αλλάξετε τις ρυθμίσεις χρώματος δείγματος ή βιολογικής ομάδας
1.

Στο δεξιό τμήμα του πλαισίου διαλόγου Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), βεβαιωθείτε ότι οστόχος εμφανίζεται στην αναπτυσσόμενη λίστα X-Axis (Άξονας Χ).

2.

Εκτελέστε τα βήματα στην ενότητα Για να αλλάξετε τις ρυθμίσεις χρώματος στόχου στη σελίδα 292.

Αλλαγή της προβολής διαγράμματοςΓια να αλλάξετε την τρέχουσα προβολή διαγράμματοςuΕπιλέξτε την εντολή μενού της γραμμής εργαλείων για την επιθυμητή προβολή.

Σημείωση: Η καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) ανοίγει πάντα εμφανίζοντας ταδεδομένα στην προεπιλεγμένη προβολή ραβδογράμματος.

292 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημαΕξαίρεση έκτοπων σημείων δεδομένων
Στο διάγραμμα κουκκίδων, μπορείτε εύκολα να προβάλετε και να εξαιρέσετε έκτοπα σημεία από τηνανάλυσή σας.

Για να εξαιρέσετε έκτοπα σημεία δεδομένωνuΣτο διάγραμμα κουκκίδων, κάντε δεξί κλικ στον έκτοπο στόχο και επιλέξτε Exclude Well from
Analysis (Εξαίρεση βοθρίου από την ανάλυση).

Το σημείο δεδομένων αφαιρείται από το διάγραμμα κουκκίδων και το βοθρίο γίνεται γκρι στον επιλογέα
βοθρίων στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός).

Για να συμπεριλάβετε ένα εξαιρούμενο έκτοπο σημείο δεδομένωνuΣτην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός), κάντε δεξί κλικ στο βοθρίο στον επιλογέα
βοθρίων και επιλέξτε Well (Βοθρίο) > Include in Analysis (Συμπερίληψη στην ανάλυση).

Προβολή λεπτομερειών σημείων δεδομένων
Για να προβάλετε τις λεπτομέρειες σημείων δεδομένωνuΣτο διάγραμμα «κορμός και ουρές» και στο διάγραμμα κουκκίδων, σταματήστε τον δρομέα σαςπάνω σε ένα μεμονωμένο σημείο δεδομένων.

Εμφανίζεται μια επεξήγηση εργαλείου, που δείχνει το όνομα του δείγματος και την έκφρασή του (σχετική
ποσότητα ή κανονικοποιημένη έκφραση, ανάλογα με την επιλεγμένη λειτουργία).

Σχολιασμοί διαγραμμάτων
Μπορείτε να προσθέσετε βέλη, κύκλους και κείμενο σε κάθε προβολή ραβδογράμματος για σαφέστερη
παρουσίαση των δεδομένων. Οι σχολιασμοί αποθηκεύονται με το ραβδόγραμμα και εμφανίζονται στοεξαγόμενο και τυπωμένο αρχείο. Ωστόσο, οι σχολιασμοί που γίνονται σε μια προβολή διαγράμματος δενπροστίθενται στις άλλες προβολές διαγράμματος.

Για να σχεδιάσετε ένα βέλος ή έναν κύκλο στο διάγραμμα
1.

Στη γραμμή εργαλείων ραβδογράμματος, κάντε κλικ στο συγκεκριμένο εργαλείο.

2.

Κάντε κλικ στο ραβδόγραμμα και σύρετε τον δρομέα στο διάγραμμα, όπως απαιτείται.

Οδηγός χρήσης | 293Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Για να προσθέσετε κείμενο στο διάγραμμα
1.

Στη γραμμή εργαλείων του ραβδογράμματος, κάντε κλικ στην επιλογή Add Text (Προσθήκη
κειμένου).

2.

Κάντε κλικ στο ραβδόγραμμα. Ένα πλαίσιο κειμένου εμφανίζεται σε αυτήν τη θέση.

3.

Προσθέστε κείμενο στο πλαίσιο κειμένου.

4.

Κάντε κλικ οπουδήποτε στο διάγραμμα για έξοδο από το πλαίσιο κειμένου.
Υπόδειξη: Πατήστε Enter για να προσθέσετε πολλές γραμμές στο πλαίσιο κειμένου.

Για να μετακινήσετε έναν σχολιασμό
1.

Τοποθετήστε τον δρομέα σας πάνω από τον σχολιασμό. Το εικονίδιο αλλάζει σε δάχτυλο που δείχνει
και επισημαίνεται το περίγραμμα του σχολιασμού.

2.

Κάντε κλικ στο σχολιασμό και σύρετέ τον σε άλλη θέση.

3.

Αφήστε τον σχολιασμό για να παραμείνει στη θέση του.

Για να αναιρέσετε έναν σχολιασμόuΚάντε κλικ στην επιλογή Undo (Αναίρεση).
Ο σχολιασμός που προστέθηκε πρόσφατα αφαιρείται.
Υπόδειξη: Μπορείτε να αναιρέσετε τους δέκα πιο πρόσφατους σχολιασμούς, έναν κάθε φορά.

Για να επαναλάβετε έναν σχολιασμόuΚάντε κλικ στην επιλογή Redo (Επανάληψη).
Ο σχολιασμός που αφαιρέθηκε πρόσφατα επαναφέρεται.
Υπόδειξη: Μπορείτε να επαναλάβετε τους δέκα πιο πρόσφατους σχολιασμούς, έναν κάθεφορά.

Για να διαγράψετε έναν σχολιασμόuΚάντε δεξί κλικ στο σχολιασμό και επιλέξτε Delete (Διαγραφή).

294 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημα

Προσαρμογή δεδομένων έκφρασης γονιδίων
Αφού επιλέξετε τη λειτουργία ανάλυσης, την κανονικοποιημένη έκφραση (ΔΔCq) ή τη σχετική ποσότητα
(ΔCq), προσαρμόστε τα δεδομένα που προβάλλετε στην καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων)αλλάζοντας τις επιλογές ρυθμίσεων στα δεξιά του διαγράμματος.
Υπόδειξη: Μπορείτε να ορίσετε τις προεπιλεγμένες επιλογές δεδομένων έκφρασης γονιδίων στο πλαίσιο
διαλόγου User Preferences (Προτιμήσεις χρήστη) (βλ. Ρύθμιση προεπιλεγμένων παραμέτρων αρχείων
δεδομένων έκφρασης γονιδίων στη σελίδα 102)Δεδομένα γραφήματοςΟρίστε την τιμή του άξονα y σε Γραμμική κλίμακα για να ενεργοποιήσετε τις επιλογές δεδομένων
γραφήματος. Οι επιλογές δεδομένων γραφήματος σάς επιτρέπουν να παρουσιάζετε τα δεδομένα στογράφημα με μία από αυτές τις επιλογές:n

Relative to control (Σε σχέση με τον μάρτυρα) — το γράφημα των δεδομένων σχεδιάζεται με τονάξονα σε κλίμακα από το 0 έως 1. Εάν εκχωρήσετε έναν μάρτυρα στη δοκιμή σας, ορίστε αυτήν τηνεπιλογή για να οπτικοποιήσετε γρήγορα τη ρύθμιση προς τα πάνω ή προς τα κάτω του στόχου.

n

Relative to zero (Σε σχέση με το μηδέν) — το γράφημα των δεδομένων σχεδιάζεται με την αρχή στομηδέν.

Analyze Using (Ανάλυση με)Χρησιμοποιήστε το αναπτυσσόμενο μενού για να επιλέξετε πώς θα αναλύονται και θα σχεδιάζονται ταδεδομένα. Οι επιλογές είναι:n

Samples Only (Μόνο δείγματα) — τα δεδομένα αναλύονται και σχεδιάζονται ανά δείγμα.

nBiological Groups Only (Μόνο βιολογικές ομάδες) — τα δεδομένα αναλύονται και σχεδιάζονται γιαβιολογικές ομάδες. Η έκφραση που εμφανίζεται για τη βιολογική ομάδα είναι ο γεωμετρικός μέσος
όρος των δειγμάτων σε αυτήν την ομάδα.

n

Sample Biological Group (Δείγμα Βιολογικής Ομάδας) — τα δεδομένα αναλύονται και σχεδιάζονταιανά δείγμα με τη βιολογική ομάδα τοποθετημένη μετά το όνομα του δείγματος. Οι τιμές Ρ πουεμφανίζονται υπολογίζονται με βάση τη βιολογική ομάδα.

nBiological Group Sample (Δείγμα βιολογικής ομάδας) — τα δεδομένα αναλύονται και σχεδιάζονταιανά δείγμα με τη βιολογική ομάδα τοποθετημένη πριν από το όνομα του δείγματος. Οι τιμές Ρ πουεμφανίζονται υπολογίζονται με βάση τη βιολογική ομάδα.

Χρησιμοποιήστε το αναπτυσσόμενο μενού για να επιλέξετε ένα δείγμα που θα χρησιμοποιηθεί για τηνκανονικοποίηση της σχετικής ποσότητας:Οδηγός χρήσης | 295Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Σχολιασμός τιμών P και Κατώφλι τιμών PΌταν επιλέγεται το Annotate P-Values (Σχολιασμός τιμών P), το λογισμικό εμφανίζει έναν αστερίσκο (*)στο ραβδόγραμμα πάνω από έναν στόχο, εάν η τιμή P του είναι κάτω από το επιλεγμένο κατώφλι. Τολογισμικό υπολογίζει αυτόματα την τιμή P συγκρίνοντας το επίπεδο έκφρασης του δείγματος με τοεπίπεδο έκφρασης του επιλεγμένου δείγματος μάρτυρα χρησιμοποιώντας μια τυπική δοκιμή t. Το εύρος
για το κατώφλι των τιμών P είναι 0,000-1,000.

Επιλογές άξονα XΗ επιλογή άξονα Χ σάς επιτρέπει να επιλέξετε τα δεδομένα του άξονα x στο διάγραμμα έκφρασης
γονιδίων:nTarget (Στόχος) — τα ονόματα στόχου αναπαρίστανται γραφικά στον άξονα Χ.

nSample (Δείγμα) — τα ονόματα των δειγμάτων αναπαρίστανται γραφικά στον άξονα Χ.

Επιλογές άξονα ΥΗ επιλογή άξονα Υ σάς επιτρέπει να εμφανίζετε το διάγραμμα έκφρασης γονιδίων σε μία από αυτές τιςτρεις κλίμακες:
nLinear (Γραμμική) — ορίστε αυτήν την επιλογή για εμφάνιση γραμμικής κλίμακας.
Υπόδειξη: Η ρύθμιση του άξονα Y σε Linear (Γραμμική) ενεργοποιεί την αναπτυσσόμενη λίστα
Graph Data (Δεδομένα γραφήματος), από την οποία μπορείτε να επιλέξετε τη γραφική
αναπαράσταση των δεδομένων σε σχέση με τον μάρτυρα ή σε σχέση με το μηδέν.

n

Log 2 — ορίστε αυτήν την επιλογή για να αξιολογήσετε τα δείγματα σε ένα μεγάλο δυναμικό εύρος.

n

Log 10 — ορίστε αυτήν την επιλογή για να αξιολογήσετε τα δείγματα σε ένα πολύ μεγάλο δυναμικό
εύρος.

Επιλογές κλίμακαςΕπιλέξτε Normalized Gene Expression (Κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων) (ΔΔCq) και ορίστε το σεNone (Κανένα) για να ενεργοποιηθούν οι επιλογές κλίμακας στο διάγραμμα Gene Expression (Έκφρασηγονιδίων). Ορίστε μία από αυτές τις επιλογές κλίμακας για να υπολογίσετε και να παρουσιάσετε ταδεδομένα σας με τρόπο που ταιριάζει καλύτερα στον σχεδιασμό της δοκιμής σας:nUnscaled (Χωρίς κλίμακα) — παρουσιάζει την κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων χωρίς κλίμακα.

nHighest (Υψηλότερη) — προσαρμόζει την κλίμακα της κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων γιακάθε στόχο διαιρώντας το επίπεδο έκφρασης κάθε δείγματος με το υψηλότερο επίπεδο έκφρασης σεόλα τα δείγματα.
Αυτή η επιλογή κλίμακας χρησιμοποιεί τον τύπο προσαρμογής κλίμακας στην υψηλότερη τιμή.

296 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημαn

Lowest (Χαμηλότερη) — προσαρμόζει την κλίμακα της κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων γιακάθε στόχο διαιρώντας το επίπεδο έκφρασης κάθε δείγματος με το χαμηλότερο επίπεδο έκφρασης
σε όλα τα δείγματα.
Αυτή η επιλογή κλίμακας χρησιμοποιεί τον τύπο προσαρμογής κλίμακας στη χαμηλότερη τιμή.

n

Average (Μέσος όρος) — προσαρμόζει την κλίμακα της κανονικοποιημένης έκφρασης γονιδίων γιακάθε στόχο διαιρώντας το επίπεδο έκφρασης κάθε δείγματος με τον γεωμετρικό μέσο των επιπέδων
έκφρασης για όλα τα δείγματα.
Αυτή η επιλογή κλίμακας χρησιμοποιεί τον τύπο προσαρμογής κλίμακας στον μέσο όρο.

Ορίστε μια επιλογή για τον τύπο των υπολογισμών σφαλμάτων (γραμμές σφάλματος) στο διάγραμμα
Gene Expression (Έκφραση γονιδίων):Πολλαπλασιαστής γραμμών σφάλματος διαγράμματοςΕπιλέξτε έναν πολλαπλασιαστή για τις γραμμές σφάλματος στο διάγραμμα Gene Expression (Έκφρασηγονιδίων). Επιλέξτε έναν από αυτούς τους ακέραιους αριθμούς:n+/- 1 (προεπιλογή)

n

2

n

3

Ο τύπος του πολλαπλασιαστή αλλάζει όταν επιλέγετε τη γραμμή σφάλματος:nSEM για τυπικό σφάλμα του μέσου όρουn

Std Dev για τυπικές αποκλίσεις

Ρυθμίσεις πειράματοςΥπόδειξη: Αυτό το παράθυρο διαλόγου είναι επίσης διαθέσιμο στο Plate Editor (Επεξεργασία
πλάκας). Για περισσότερες πληροφορίες, βλ. Αλλαγή ρυθμίσεων πειράματος στη σελίδα 168.
Στο πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος), μπορείτε να προβάλετε ή να αλλάξετετη λίστα στόχων, δειγμάτων ή βιολογικών ομάδων, να επιλέξετε γονίδια αναφοράς, να επιλέξετε μάρτυρεςή να ορίσετε την ομάδα ανάλυσης έκφρασης γονιδίων που θα αναλυθεί εάν έχουν προστεθεί βιολογικές
ομάδες στα βοθρία.

Για να ανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος)uΣτην καρτέλα Graphing (Γράφημα), κάντε κλικ στην επιλογή Experiment Settings (Ρυθμίσεις
πειράματος) στο κάτω μέρος του δεξιού τμήματος.

Οδηγός χρήσης | 297

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Εμφανίζεται το πλαίσιο διαλόγου Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος) που εμφανίζει τηνκαρτέλα Targets (Στόχοι).

Για να προσαρμόσετε τις ρυθμίσεις στόχωνuΣτην καρτέλα Targets (Στόχοι), κάντε ένα από τα εξής:nΓια να επιλέξετε έναν στόχο ως αναφορά για την ανάλυση δεδομένων έκφρασης γονιδίων,επιλέξτε το όνομά του στη στήλη Reference (Αναφορά).

nΓια να αλλάξετε το χρώμα του στόχου, κάντε κλικ στο κελί του στη στήλη Color (Χρώμα) καιαλλάξτε το χρώμα στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα) που εμφανίζεται.
Η αλλαγή χρώματος εμφανίζεται στα διαγράμματα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων).

nΓια να χρησιμοποιήσετε μια τιμή απόδοσης που έχει καθοριστεί προηγουμένως, καταργήστε τηνεπιλογή του πλαισίου ελέγχου του στόχου στη στήλη Auto Efficiency (Αυτόματη απόδοση) καιεισαγάγετε έναν αριθμό για το ποσοστό απόδοσης ενός στόχου.
Το λογισμικό υπολογίζει τη σχετική απόδοση για έναν στόχο χρησιμοποιώντας το Auto
Efficiency (Αυτόματη απόδοση) εάν τα δεδομένα για έναν στόχο περιλαμβάνουν μια πρότυπη
καμπύλη.

Για να προσαρμόσετε τις ρυθμίσεις δείγματοςuΣτην καρτέλα Samples (Δείγματα), κάντε ένα από τα εξής:nΓια να επιλέξετε ένα δείγμα ως μάρτυρα για την ανάλυση δεδομένων έκφρασης γονιδίων,επιλέξτε το όνομά του στη στήλη Control (Μάρτυρας).

nΓια να αλλάξετε το χρώμα του δείγματος, κάντε κλικ στο αντίστοιχο κελί στη στήλη Color(Χρώμα) και αλλάξτε το χρώμα στο πλαίσιο διαλόγου Color (Χρώμα) που εμφανίζεται.
Η αλλαγή χρώματος εμφανίζεται στα διαγράμματα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων).

nΓια να εμφανίσετε το δείγμα στα διαγράμματα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων), επιλέξτε
το στη στήλη Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος).

nΓια να αφαιρέσετε το δείγμα από τα διαγράμματα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων),αποεπιλέξτε το στη στήλη Show Chart (Εμφάνιση διαγράμματος).
Υπόδειξη: Τα δεδομένα του δείγματος παραμένουν στον πίνακα αποτελεσμάτων.

Για να εξαιρέσετε έναν τύπο δείγματος από τους υπολογισμούς της ανάλυσηςuΕπιλέξτε το αντίστοιχο πλαίσιο ελέγχου στο κάτω μέρος του πλαισίου διαλόγου Experiment Settings(Ρυθμίσεις πειράματος).
Σημείωση: Αυτό εξαιρεί τους μάρτυρες ή/και τα πρότυπα από την ανάλυση έκφρασης γονιδίων.

298 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημαΕπιλογές μενού δεξιού κλικΚάντε δεξί κλικ στο διάγραμμα έκφρασης γονιδίων για να επιλέξετε τα στοιχεία που υποδεικνύει ο Πίνακας
32.
Πίνακας 32. Στοιχεία μενού δεξιού κλικ έκφρασης γονιδίων

Στοιχείο

Λειτουργία

Copy (Αντιγραφή)Αντιγράφει το διάγραμμα στο πρόχειρο.

Save Image As (ΑποθήκευσηΑποθηκεύει το διάγραμμα ως αρχείο εικόνας. Ορίστε την ανάλυση καιεικόνας ως)τις διαστάσεις της εικόνας και, στη συνέχεια, επιλέξτε τον τύπο αρχείου
(PNG, JPG, ή BMP).

Page Setup (Ρύθμιση σελίδας)Επιλέγει μια ρύθμιση σελίδας για εκτύπωση.

Print (Εκτύπωση)Εκτυπώνει το διάγραμμα.

Set Scale to Default (Ορισμός

Με το Show All (Εμφάνιση όλων) εμφανίζονται όλα τα δεδομένα στοκλίμακας στην προεπιλογή)ραβδόγραμμα. Η Γραμμή κύλισης (Scroll Bar) εμφανίζει μια γραμμή
κύλισης εάν υπάρχουν πάρα πολλά δείγματα για προβολή στο πλαίσιο
του διαγράμματος διατηρώντας παράλληλα ένα ελάχιστο πλάτος
γραμμής.

Chart Settings (Ρυθμίσεις

Ανοίγει το παράθυρο Chart Settings (Ρυθμίσεις διαγράμματος) για ναδιαγράμματος)προσαρμόσετε το γράφημα.

Sort (Ταξινόμηση)Ταξινομεί τη σειρά των δειγμάτων ή των στόχων που εμφανίζονταιστον άξονα Χ του διαγράμματος.

Use Corrected Std Devs (Χρήση

Υπολογίζει τις γραμμές σφάλματος χρησιμοποιώντας τον διορθωμένο

διορθωμένων τυπικών

τύπο τυπικής απόκλισης.

αποκλίσεων)
Use Solid Bar Colors (Χρήση

Εμφανίζει συμπαγείς γραμμές στο διάγραμμα.

συμπαγών χρωμάτων γραμμών)X–Axis Labels (Ετικέτες άξονα

Εμφανίζει τις ετικέτες του άξονα x οριζόντια ή υπό γωνία.

Χ)Οδηγός χρήσης | 299

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Υπολογιστικό φύλλο Data (Δεδομένα)Ο Πίνακας 33 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στον πίνακα δεδομένων έκφρασης γονιδίων.
Σημείωση: Οι τιμές στον πίνακα υπολογίζονται με βάση τον τύπο γραφήματος και τις προτιμήσειςπου επιλέγονται στο δεξιό τμήμα του παραθύρου.
Πίνακας 33. Περιγραφή των πληροφοριών στο υπολογιστικό φύλλο στην καρτέλα

Πληροφορίες

Περιγραφή

Target (Στόχος)Το όνομα του στόχου (ενισχυμένο γονίδιο) που έχει επιλεγεί στοπαράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος).

Biological Group (Βιολογική

Όνομα δείγματος ή/και βιολογικής ομάδας που έχει επιλεγεί στοομάδα)

παράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος).

Sample Biological Group(Βιολογική ομάδα δείγματος)
Biological Group Sample(Δείγμα βιολογικής ομάδας)Control (Μάρτυρας)Το όνομα του μάρτυρα που έχει επιλεγεί στο παράθυρο ExperimentSettings (Ρυθμίσεις πειράματος). Όταν το Analyze Using (Ανάλυση με)έχει οριστεί σε Samples Only (Μόνο δείγματα), το Control (Μάρτυρας)είναι το δείγμα που έχει επιλεγεί στο παράθυρο Experiment Settings(Ρυθμίσεις πειράματος). Όταν έχει επιλεγεί είτε το Biological Groups
Only (Μόνο βιολογικές ομάδες), Sample Biological Group (Βιολογική
ομάδα δείγματος) ή Biological Group Sample (Δείγμα βιολογικής
ομάδας), ο μάρτυρας είναι η βιολογική ομάδα που έχει επιλεγεί στοπαράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος).

Relative Quantity (Σχετική

Σχετική ποσότητα (ΔCq) ή Κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων

ποσότητα) ή(ΔΔCq ), ανάλογα με την επιλεγμένη λειτουργία.

Expression (Έκφραση)
Relative Quantity (Σχετική

Τυπικό σφάλμα του μέσου όρου (SEM) ή της τυπικής απόκλισης (SD)ποσότητα) ή Expression SEM

της σχετικής ποσότητας ή της κανονικοποιημένης έκφρασης, ανάλογα

(Έκφραση SEM) (ή SD)με την καθορισμένη επιλογή. Διαθέσιμο μόνο εάν έχει οριστεί ανάλυση
μόνο με δείγματα, με βιολογική ομάδα δείγματος ή με δείγμα
βιολογικής ομάδας.

300 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημαΠληροφορίες

Περιγραφή

Διορθωμένη σχετική ποσότητα ήΥπολογισμός διορθωμένης τιμής για SEM ή SD της σχετικής

έκφραση SEM (ή SD)ποσότητας ή της κανονικοποιημένης έκφρασης, ανάλογα με τηνκαθορισμένη επιλογή. Διαθέσιμο μόνο εάν έχει οριστεί ανάλυση μόνομε δείγματα, με βιολογική ομάδα δείγματος ή με δείγμα βιολογικής
ομάδας.

Mean Cq (Μέσο Cq)

Μέσος όρος του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού (δεν εμφανίζεταιεάν το Analyze Using (Ανάλυση με) έχει οριστεί σε Biological Groups
Only (Μόνο βιολογικές ομάδες)).

Cq SEM (ή SD)

SEM ή SD του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού, ανάλογα με τηνεπιλεγμένη επιλογή(δεν εμφανίζεται εάν το Analyze Using (Ανάλυση
με) έχει οριστεί σε Biological Groups Only (Μόνο βιολογικές ομάδες)).

Οδηγός χρήσης | 301Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Επιλογή Show Details (Εμφάνιση λεπτομερειών)Ο Πίνακας 34 καθορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται όταν επιλέγεται το Show Details (Εμφάνιση
λεπτομερειών) από το μενού δεξιού κλικ του υπολογιστικού φύλλου ραβδογράμματος.
Πίνακας 34. Πληροφορίες στο υπολογιστικό φύλλο ραβδογράμματος με επιλεγμένο το Show
Details (Εμφάνιση λεπτομερειών)Πληροφορίες

Περιγραφή

Data Set (Σύνολο δεδομένων)Δεδομένα φθορισμού από ένα φθοροφόρο στο αρχείο δεδομένων

Relative Quantity (Σχετική

Υπολογιζόμενη σχετική ποσότητα δειγμάτων

ποσότητα)
Relative Quantity SD (SDΤυπική απόκλιση του υπολογισμού σχετικής ποσότητας

σχετικής ποσότητας)Corrected Relative Quantity SDΥπολογιζόμενη τυπική απόκλιση της διορθωμένης σχετικής

(SD διορθωμένης σχετικής

ποσότητας

ποσότητας)Relative Quantity SEM (SEMΤυπικό σφάλμα του μέσου όρου του υπολογισμού σχετικής ποσότητας

σχετικής ποσότητας)Corrected Relative QuantityΥπολογισμένο τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της διορθωμένης

SEM (SEM διορθωμένης

σχετικής ποσότητας

σχετικής ποσότητας)Relative Quantity(lg) (Σχετική

Log2 της σχετικής ποσότητας που χρησιμοποιείται για στατιστική

ποσότητα(lg))ανάλυσηSD RQ(lg)Τυπική απόκλιση της σχετικής ποσότητας (log2)

SEM Expression(lg) (ΈκφρασηΤυπικό σφάλμα του μέσου όρου της έκφρασης (log2)

SEM(lg))Unscaled Expression (ΈκφρασηΥπολογισμένη έκφραση χωρίς κλίμακα

χωρίς κλίμακα)
Unscaled Expression SD (SDΥπολογιζόμενη τυπική απόκλιση της έκφρασης χωρίς κλίμακα

έκφρασης χωρίς κλίμακα)
Corrected Unscaled ExpressionΥπολογιζόμενη τυπική απόκλιση της διορθωμένης έκφρασης χωρίς

SD (SD διορθωμένης έκφρασης

κλίμακαχωρίς κλίμακα)

302 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΓράφημαΠίνακας 34. Πληροφορίες στο υπολογιστικό φύλλο ραβδογράμματος με επιλεγμένο το Show
Details (Εμφάνιση λεπτομερειών), συνέχεια

Πληροφορίες

Περιγραφή

Unscaled Expression SEMΥπολογιζόμενο τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της έκφρασης χωρίς

(SEM έκφρασης χωρίς κλίμακα)κλίμακαCorrected Unscaled ExpressionΥπολογιζόμενο τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της διορθωμένης

SEM (SEM διορθωμένης

έκφρασης χωρίς κλίμακα

έκφρασης χωρίς κλίμακα)
Unscaled Expression(lg)Log2 της έκφρασης χωρίς κλίμακα

(Έκφραση χωρίς κλίμακα(lg))
SD Unscaled Expression(lg) (SDΤυπική απόκλιση της έκφρασης χωρίς κλίμακα (log2)Έκφρασης χωρίς κλίμακα(lg))
SEM Unscaled Expression(lg)Τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της έκφρασης χωρίς κλίμακα (log2)(SEM Έκφρασης χωρίς κλίμακα
(lg))
Expression (Έκφραση)Κανονικοποιημένη έκφραση γονιδίων

Corrected Expression SD (SDΥπολογιζόμενη τυπική απόκλιση της διορθωμένης έκφρασης

διορθωμένης έκφρασης)
Expression SEM (SEMΤυπικό σφάλμα του μέσου όρου της έκφρασης

έκφρασης)
Corrected Expression SEMΥπολογισμένο τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της διορθωμένης

(SEM διορθωμένης έκφρασης)έκφρασης

Expression(lg) (Έκφραση(lg))

Log2 της έκφρασης (κανονικοποιημένη έκφραση) που χρησιμοποιείται
για στατιστική ανάλυσηSD Expression(lg) (SDΤυπική απόκλιση της έκφρασης (log2)έκφρασης(lg))
SEM Expression(lg) (ΈκφρασηΤυπικό σφάλμα του μέσου όρου της έκφρασης (log2)

SEM(lg))Mean Cq (Μέσο Cq)

Μέσος όρος του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού

Cq SD

Τυπική απόκλιση του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού.

Cq SEMΤυπικό σφάλμα του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού.

Οδηγός χρήσης | 303Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Διάγραμμα ομαδοποίησηςΤο διάγραμμα ομαδοποίησης εμφανίζει τα δεδομένα σε μια ιεραρχία βάσει του βαθμού ομοιότητας τηςέκφρασης για διαφορετικούς στόχους και δείγματα.
Σημείωση: Πρέπει να επιλέξετε έναν στόχο αναφοράς για να εμφανίσετε οποιαδήποτε από τιςγραφικές παραστάσεις δεδομένων εκτός από τη σχετική έκφραση για τα ραβδογράμματα.
Η εικόνα του διαγράμματος ομαδοποίησης απεικονίζει τη σχετική έκφραση ενός δείγματος ή ενός στόχου
ως εξής:nΡύθμιση προς τα πάνω (κόκκινο) — υψηλότερη έκφρασηnΡύθμιση προς τα κάτω (πράσινο ή μπλε) — χαμηλότερη έκφρασηnΧωρίς ρύθμιση (μαύρο)nΔεν υπολογίστηκε τιμή (μαύρο με λευκό X)

Όσο πιο ανοιχτή είναι η απόχρωση του χρώματος, τόσο μεγαλύτερη είναι η σχετική διαφορά έκφρασης.
Εάν δεν μπορεί να υπολογιστεί καμία κανονικοποιημένη τιμή Cq, το τετράγωνο θα είναι μαύρο με λευκό X.
Στις εξωτερικές άκρες της γραφικής παράστασης δεδομένων υπάρχει ένα δενδρόγραμμα, το οποίο
δείχνει την ιεραρχία ομαδοποίησης. Οι στόχοι ή τα δείγματα που έχουν παρόμοια μοτίβα έκφρασης θαέχουν παρακείμενους κλάδους, ενώ εκείνα με ανόμοια μοτίβα θα είναι πιο απομακρυσμένα.

ΡυθμίσειςΜπορείτε να ορίσετε τις ακόλουθες επιλογές:n

Cluster By (Ομαδοποίηση κατά) — επιλέξτε μεταξύ Targets (Στόχοι), Samples (Δείγματα), Both (Καιτα δύο) ή None (Κανένα).

nSize (Μέγεθος) — προσαρμόζει το μέγεθος της εικόνας και αλλάζει τον βαθμό της μεγέθυνσης τουδιαγράμματος.

nSplit Out Replicates (Διαχωρισμός αντιγράφων) — εμφανίζει τιμές για τα μεμονωμένα αντίγραφα.

Υπόδειξη: Μπορείτε να αλλάξετε τον συνδυασμό χρωμάτων από την προεπιλεγμένη ρύθμιση Red/Green(Κόκκινο/ Πράσινο) σε Red/Blue (Κόκκινο/μπλε) ορίζοντας αυτήν την επιλογή από το μενού δεξιού κλικ απόαυτά τα διαγράμματα.

Επιλογές μενού δεξιού κλικΟι επιλογές μενού δεξιού κλικ για το διάγραμμα ομαδοποίησης είναι ίδιες με αυτές για το ραβδόγραμμα. ΟΠίνακας 32 στη σελίδα 299 παραθέτει τις διαθέσιμες επιλογές. Επιπλέον, επιλέξτε Color Scheme(Συνδυασμός χρωμάτων) για να αλλάξετε την έκφραση της ρύθμισης προς τα κάτω από τηνπροεπιλεγμένη ρύθμιση Red/Green (Κόκκινο/πράσινο) σε Red/Blue (Κόκκινο/μπλε) στο διάγραμμα.

304 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΔιάγραμμα ομαδοποίησης

Υπολογιστικό φύλλο Data (Δεδομένα)Το υπολογιστικό φύλλο εμφανίζει τιμές για τον στόχο, το δείγμα και την κανονικοποιημένη έκφραση.

Οδηγός χρήσης | 305Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Scatter Plot (Διάγραμμα διασποράς)Το διάγραμμα διασποράς εμφανίζει την κανονικοποιημένη έκφραση στόχων για ένα δείγμα μάρτυρα σε σχέση
με ένα πειραματικό δείγμα. Οι γραμμές στο γράφημα υποδεικνύουν το κατώφλι διαφορικής έκφρασης. Τα σημεία
δεδομένων μεταξύ των γραμμών δείχνουν ότι η διαφορά στην έκφραση για αυτόν τον στόχο (γονίδιο) είναι
αμελητέα μεταξύ των δειγμάτων. Τα σημεία δεδομένων έξω από τις γραμμές υπερβαίνουν το κατώφλι
διαφορικής έκφρασης και ενδέχεται να είναι σημεία ενδιαφέροντος.
Η εικόνα του γραφήματος δείχνει τις ακόλουθες αλλαγές στην έκφραση στόχου με βάση το κατώφλι διαφορικής
έκφρασης:nΡύθμιση προς τα πάνω (κόκκινος κύκλος) — σχετικά υψηλότερη έκφρασηnΡύθμιση προς τα κάτω (πράσινος ή μπλε κύκλος) — σχετικά χαμηλότερη έκφρασηnΚαμία αλλαγή (μαύρος κύκλος)Κάντε κλικ και σύρετε οποιαδήποτε γραμμή κατωφλίου για να ρυθμίσετε την τιμή κατωφλίου διαφορικής
έκφρασης.

ΡυθμίσειςΜπορείτε να ορίσετε τις ακόλουθες επιλογές:nControl Sample (Δείγμα μάρτυρα)nExperimental Sample (Πειραματικό δείγμα)n

Fold Change Threshold (Κατώφλι διαφορικής έκφρασης). Καθώς αυξάνετε ή μειώνετε την τιμήδιαφορικής έκφρασης, οι γραμμές κατωφλίου στο γράφημα μετακινούνται ανάλογα.

Επιλογές μενού δεξιού κλικΟι επιλογές μενού δεξιού κλικ για το διάγραμμα διασποράς είναι ίδιες με αυτές για το ραβδόγραμμα. ΟΠίνακας 32 στη σελίδα 299 παραθέτει τις διαθέσιμες επιλογές. Επιπλέον, επιλέξτε Symbol (Σύμβολο) για
να αλλάξετε το σύμβολο που χρησιμοποιείται στο γράφημα από τον προεπιλεγμένο κύκλο σε ένα από ταακόλουθα:nΤρίγωνοnΣταυρός

nΤετράγωνοnΡόμβος

306 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Scatter Plot (Διάγραμμα διασποράς)Υπολογιστικό φύλλο Data (Δεδομένα)Το υπολογιστικό φύλλο εμφανίζει τις τιμές για τον στόχο και την κανονικοποιημένη έκφραση για δείγματαμάρτυρα και πειραματικά δείγματα. Δείχνει επίσης εάν οι στόχοι είναι αυξημένοι ή μειωμένοι σε σύγκριση
με τη ρύθμιση στόχο.

Οδηγός χρήσης | 307Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα)Το υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα) συνοψίζει τα δεδομένα από όλα τα διαγράμματα. ΟΠίνακας 35 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Results (Αποτελέσματα).
Πίνακας 35. Πληροφορίες στην καρτέλα Results (Αποτελέσματα)Πληροφορίες

Περιγραφή

Target (Στόχος)Όνομα στόχου (ενισχυμένο γονίδιο)Sample (Δείγμα)Όνομα δείγματος

Mean Cq (Μέσο Cq)

Μέσος όρος του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμούMean Efficiency Corrected CqΜέσος όρος του κύκλου ποσοτικού προσδιορισμού μετά την(Μέσο Cq διορθωμένης

προσαρμογή για την απόδοση της αντίδρασης

απόδοσης)
Normalized ExpressionΗ έκφραση στόχου κανονικοποιημένη ως προς έναν στόχο αναφοράς

(Κανονικοποιημένη έκφραση)(ΔΔCq)

Relative Normalized ExpressionΣχετική κανονικοποιημένη έκφραση ως προς ένα δείγμα μάρτυρα.

(Σχετική κανονικοποιημένη

Ονομάζεται επίσης Fold Change (Διαφορική έκφραση)έκφραση)Regulation (Ρύθμιση)Αλλαγή στην έκφραση σε σχέση με ένα δείγμα μάρτυρα

Compared to RegulationΡύθμιση προς τα πάνω ή κάτω ενός πειραματικού δείγματος με βάσηThreshold (Σε σύγκριση μετη ρύθμιση κατωφλίου

κατώφλι ρύθμισης)Σημείωση: Τα δεδομένα για τα αντίγραφα βρίσκονται μόνο στα υπολογιστικά φύλλα των καρτελών
ανάλυσης δεδομένων στις οποίες έχει επιλεγεί το Split Out Replicates (Διαχωρισμός αντιγράφων)(δηλαδή, Clustergram (Διάγραμμα ομαδοποίησης)). Ενδέχεται να υπάρχει ασυμφωνία μεταξύ τωνδεδομένων έκφρασης στα υπολογιστικά φύλλα ανάλυσης έκφρασης γονιδίων, εάν επιλέξετε None(Κανένα) ως δείγμα μάρτυρα στο ραβδόγραμμα.

308 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜελέτη γονιδίων

Μελέτη γονιδίων
Δημιουργήστε μια μελέτη γονιδίων για να συγκρίνετε δεδομένα έκφρασης γονιδίων από ένα ήπερισσότερα πειράματα PCR σε πραγματικό χρόνο χρησιμοποιώντας έναν βαθμονομητή μεταξύ τωνδοκιμών για κανονικοποίηση μεταξύ των πειραμάτων. Δημιουργήστε μια μελέτη γονιδίων προσθέτοντας
δεδομένα από ένα ή περισσότερα αρχεία δεδομένων (επέκταση .pcrd) στη μελέτη γονιδίων. Το λογισμικό
τα ομαδοποιεί σε ένα αρχείο (επέκταση .mgxd).
Σημείωση: Ο μέγιστος αριθμός δειγμάτων που μπορείτε να αναλύσετε σε μια μελέτη γονιδίων
περιορίζεται από το μέγεθος της μνήμης RAM και της εικονικής μνήμης του υπολογιστή.

Βαθμονόμηση μεταξύ των δοκιμών
Η βαθμονόμηση μεταξύ των δοκιμών επιχειρείται αυτόματα σε κάθε μελέτη γονιδίων για κάθε στόχο έτσιώστε να κανονικοποιηθούν οι διακυμάνσεις μεταξύ των δοκιμών ανάμεσα στους στόχους πουπροσδιορίζονται σε ξεχωριστές δοκιμές PCR σε πραγματικό χρόνο (δηλαδή, διαφορετικά αρχεία .pcrdπου δημιουργούνται από διαφορετικές πλάκες).
Προκειμένου το λογισμικό να αναγνωρίσει ένα δείγμα ως βαθμονομητή μεταξύ των δοκιμών, πρέπει ναέχει το ίδιο όνομα-στόχο, όνομα δείγματος και, εάν χρησιμοποιείται, ίδιο όνομα βιολογικής ομάδας σεκάθε πλάκα που συγκρίνεται.
Σημείωση: Στη μελέτη γονιδίων πρέπει να υπάρχει τουλάχιστον ένα δείγμα βαθμονομητή μεταξύ
των δοκιμών για να πραγματοποιηθεί βαθμονόμηση μεταξύ των δοκιμών. Οι στόχοι χωρίς
κατάλληλα δείγματα βαθμονομητή μεταξύ των δοκιμών θα υποβληθούν σε επεξεργασία χωρίς
διόρθωση στη μελέτη γονιδίων (δεν συνιστάται).
Οι βαθμονομητές μεταξύ των δοκιμών μπορούν να εφαρμοστούν με δύο τρόπους:nΑνά στόχο — διαφορετικοί εκκινητές PCR μπορούν να έχουν διαφορετικές αποδόσεις. Απόπροεπιλογή, ο βαθμονομητής μεταξύ των δοκιμών εφαρμόζεται σε όλα τα βοθρία στην ίδια πλάκαπου έχουν το ίδιο όνομα στόχου, για παράδειγμα το Cq που δημιουργήθηκε με τον ίδιοπροσδιορισμό.

nΟλόκληρη η μελέτη — επιλέγεται από τον χρήστη ένας βαθμονομητής μεταξύ των δοκιμών καιεφαρμόζεται σε ολόκληρη τη μελέτη γονιδίων.

Οδηγός χρήσης | 309

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Πλαίσιο διαλόγου Gene Study (Μελέτη γονιδίων)Το πλαίσιο διαλόγου Gene Study (Μελέτη γονιδίων) περιλαμβάνει δύο καρτέλες:nΚαρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης) — διαχειρίζεται τις δοκιμές στη μελέτη γονιδίων.
Σημαντικό: Η προσθήκη ή η αφαίρεση αρχείων δεδομένων σε μια μελέτη γονιδίων δεν αλλάζει
τα δεδομένα στο αρχικό αρχείο.

nΚαρτέλα Study Analysis (Ανάλυση μελέτης) — εμφανίζει τα δεδομένα έκφρασης γονιδίων για τιςσυνδυασμένες δοκιμές.

Καρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης)Ο Πίνακας 36 ορίζει τα δεδομένα που εμφανίζονται στο υπολογιστικό φύλλο Study Setup (Ρύθμιση
μελέτης).
Πίνακας 36. Καρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης) στο πλαίσιο διαλόγου Gene Study(Μελέτη γονιδίων)Τίτλος στήλης

Περιγραφή

File Name (Όνομα αρχείου)Όνομα του αρχείου δεδομένων δοκιμής (επέκταση .pcrd)

File Folder (Φάκελος

Κατάλογος που αποθηκεύει το αρχείο δεδομένων για κάθε δοκιμή στηαρχείων)μελέτη γονιδίων

310 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜελέτη γονιδίων

Πίνακας 36. Καρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης) στο πλαίσιο διαλόγου Gene Study(Μελέτη γονιδίων), συνέχεια

Τίτλος στήλης

Περιγραφή

Date Created (Ημερομηνία

Ημερομηνία συλλογής των δεδομένων της δοκιμής

δημιουργίας)Well Group Name (Όνομα

Όνομα της ομάδας βοθρίων που ήταν επιλεγμένο κατά την προσθήκη

ομάδας βοθρίων)του αρχείου στη μελέτη γονιδίων
Υπόδειξη: Για να αναλύσετε μία ομάδα βοθρίων στη μελέτη
γονιδίων, πρέπει να επιλέξετε αυτήν την ομάδα βοθρίων στοπαράθυρο Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων) πριν εισαγάγετε
το αρχείο δεδομένων στη μελέτη γονιδίων.

Step (Βήμα)Βήμα πρωτοκόλλου που περιλαμβάνει την ανάγνωση πλάκας για τησυλλογή δεδομένων PCR σε πραγματικό χρόνο

Run Type (Τύπος δοκιμής)Είτε οριζόμενη από τον χρήστη είτε δοκιμή PrimePCR

Protocol Edited

Εάν επιλεγεί, υποδεικνύει ότι το πρωτόκολλο που χρησιμοποιήθηκε

(Τροποποιημένο

για μια δοκιμή PrimePCR έχει τροποποιηθεί

πρωτόκολλο)
View Plate (Προβολή

Ανοίγει έναν χάρτη της πλάκας με τα δεδομένα σε κάθε μία από τιςπλάκας)δοκιμές που περιλαμβάνονται στη μελέτη γονιδίων

Προετοιμασία μελέτης γονιδίων
Για να προετοιμάσετε μια μελέτη γονιδίων
1.

Πριν εισαγάγετε δεδομένα σε μια μελέτη γονιδίων, κάντε τα εξής στο παράθυρο Data Analysis(Ανάλυση δεδομένων):nΒεβαιωθείτε ότι τα δείγματα που περιέχουν το ίδιο περιεχόμενο έχουν το ίδιο όνομα. Σε μιαμελέτη γονιδίων, το λογισμικό υποθέτει ότι τα βοθρία με το ίδιο όνομα στόχου ή δείγματοςπεριέχουν τα ίδια δείγματα.

nΡυθμίστε τη γραμμή βάσης και το κατώφλι (Cq) στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός
προσδιορισμός) για να βελτιστοποιήσετε τα δεδομένα σε κάθε δοκιμή.

nΕπιλέξτε την ομάδα βοθρίων που θέλετε να συμπεριλάβετε στη μελέτη γονιδίων.
Για να εμφανιστούν τα δεδομένα από μία ομάδα βοθρίων στη μελέτη γονιδίων, αυτή η ομάδα
πρέπει να επιλεγεί πριν από την εισαγωγή του αρχείου δεδομένων.

Οδηγός χρήσης | 311

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίωνΗ καρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης) εμφανίζει μια λίστα με όλες τις δοκιμές στη μελέτη
γονιδίων.
2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Gene Study (Μελέτη γονιδίων), επιλέξτε την καρτέλα Study Setup (Ρύθμιση
μελέτης).

3.

Κάντε κλικ στην επιλογή Add Data Files (Προσθήκη αρχείων δεδομένων) για να επιλέξετε ένα αρχείοαπό ένα παράθυρο περιηγητή.
Υπόδειξη: Για γρήγορη προσθήκη δοκιμών σε μια μελέτη γονιδίων, σύρετε τα αρχεία
δεδομένων (επέκταση .pcrd) στο πλαίσιο διαλόγου Study Setup (Ρύθμιση μελέτης).

4.

Το CFX Maestro Dx SE εκτελεί αυτόματα την ανάλυση μελέτης γονιδίων καθώς προσθέτετε αρχεία
δεδομένων. Επιλέξτε την καρτέλα Study Analysis (Ανάλυση μελέτης) για να προβάλετε τααποτελέσματα.

Για να καταργήσετε δοκιμές από τη μελέτη γονιδίωνuΕπιλέξτε ένα ή περισσότερα αρχεία στη λίστα και κάντε κλικ στην επιλογή Remove (Κατάργηση).

Για να προσθέσετε σημειώσεις σχετικά με τη μελέτη γονιδίωνuΕισαγάγετε σημειώσεις σχετικά με τα αρχεία και την ανάλυση στο πλαίσιο κειμένου Notes(Σημειώσεις).

Καρτέλα Study Analysis (Ανάλυση μελέτης)Η καρτέλα Study Analysis (Ανάλυση μελέτης) εμφανίζει τα δεδομένα από όλες τις δοκιμές στη μελέτη
γονιδίων. Οι επιλογές ανάλυσης δεδομένων έκφρασης γονιδίων είναι ίδιες με αυτές για ένα αρχείο
δεδομένων με τις ακόλουθες εξαιρέσεις:nΓια τα ραβδογράμματα, εμφανίζονται οι τιμές βαθμονόμησης μεταξύ των δοκιμών (εάν έχουν
υπολογιστεί) όταν κάνετε κλικ στην επιλογή Inter-run Calibration (Βαθμονόμηση μεταξύ τωνδοκιμών).
Σημείωση: Μόνο οι ακόλουθοι τύποι δειγμάτων μπορούν να χρησιμοποιηθούν ωςβαθμονομητές μεταξύ των δοκιμών:oUnknown (Άγνωστο)oΤυπικό

oPositive Control (Θετικός μάρτυρας)Οι τύποι δειγμάτων αρνητικού μάρτυρα, χωρίς έλεγχο μήτρας (NTC) και χωρίς έλεγχο αντίστροφης
μεταγραφάσης (NRT) δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως βαθμονομητές μεταξύ των δοκιμών.

312 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΜελέτη γονιδίωνnn

Το εργαλείο επιλογής γονιδίων αναφοράς προσδιορίζει τα γονίδια αναφοράς που εξετάστηκαν και ταταξινομεί ως Ideal (Ιδανικά), Acceptable (Αποδεκτά) ή Unstable (Ασταθή) ανάλογα με τησταθερότητά τους:oΤα ιδανικά γονίδια αναφοράς είναι σταθερά και αντιπροσωπεύουν ελάχιστες διακυμάνσεις
μεταξύ των δειγμάτων που εξετάστηκαν.

o

Τα αποδεκτά γονίδια αναφοράς δεν είναι ιδανικά σταθερά και αντιπροσωπεύουν μέτρια
διακύμανση μεταξύ των δειγμάτων που εξετάστηκαν. Χρησιμοποιήστε αυτά τα γονίδια
αναφοράς στην ανάλυση εάν δεν υπάρχουν ιδανικά γονίδια αναφοράς.

oΤα ασταθή γονίδια αναφοράς αντιπροσωπεύουν υπερβολική διακύμανση μεταξύ των δειγμάτωνπου εξετάστηκαν. Συνιστάται αυτά τα γονίδια να εξαιρούνται από τις αναλύσεις.

Το εργαλείο PrimePCR Analysis Controls (Μάρτυρες ανάλυσης PrimePCR) εμφανίζει τααποτελέσματα των δειγμάτων που εξετάστηκαν σε έναν πίνακα:oΗ καρτέλα Summary (Σύνοψη) εμφανίζει μια σύνοψη όλων των δειγμάτων που εξετάστηκαν. Ταδείγματα που ολοκλήρωσαν με επιτυχία όλους τους προσδιορισμούς μάρτυρα εμφανίζονται μεπράσινο χρώμα. Τα δείγματα που απέτυχαν σε έναν ή περισσότερους προσδιορισμούς
μάρτυρα εμφανίζονται με κίτρινο χρώμα.

oΗ καρτέλα PCR εμφανίζει τα αποτελέσματα του προσδιορισμού θετικού μάρτυρα PCR. Αυτός οπροσδιορισμός ανιχνεύει αναστολή ή πειραματικά προβλήματα που επηρεάζουν την έκφρασηγονιδίων.

oΗ καρτέλα RT εμφανίζει τα αποτελέσματα της ανάλυσης ελέγχου αντίστροφης μεταγραφής.
Αυτός ο προσδιορισμός αξιολογεί ποιοτικά την απόδοση RT και προσδιορίζει τα δείγματα όπουη απόδοση RT είναι πιθανό να αλλοιώσει την έκφραση γονιδίων.

oΗ καρτέλα gDNA εμφανίζει τα αποτελέσματα της ανάλυσης ελέγχου μόλυνσης DNA. Αυτή ηανάλυση προσδιορίζει εάν υπάρχει γονιδιωματικό DNA (gDNA) σε ένα δείγμα σε επίπεδο πουμπορεί να επηρεάσει τα αποτελέσματα της δοκιμής qPCR.

oΗ καρτέλα RQ εμφανίζει τα αποτελέσματα των ποιοτικών προσδιορισμών RNA (RQ1 και RQ2).
Αυτοί οι προσδιορισμοί αξιολογούν ποιοτικά εάν η ακεραιότητα του RNA μπορεί να επηρεάσει
αρνητικά την έκφραση γονιδίων.

Κατηγορίες αναφορών μελέτης γονιδίων
Χρησιμοποιήστε το πλαίσιο διαλόγου Gene Study Report (Αναφορά μελέτης γονιδίων) για νατακτοποιήσετε τα δεδομένα μελέτης γονιδίων σε μια αναφορά. Ο Πίνακας 37 παραθέτει όλες τιςδιαθέσιμες επιλογές για μια αναφορά μελέτης γονιδίων.

Οδηγός χρήσης | 313

Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Πίνακας 37. Κατηγορίες μιας αναφοράς μελέτης γονιδίων

Κατηγορία

Επιλογή

Περιγραφή

Header (Κεφαλίδα)Τίτλος, υπότιτλος και λογότυπο για την αναφορά
Report InformationΗμερομηνία, όνομα χρήστη, όνομα αρχείου

(Πληροφορίες αναφοράς)δεδομένων, διαδρομή αρχείου δεδομένων καιεπιλεγμένη ομάδα βοθρίων

Gene Study File List (Λίστα

Λίστα όλων των αρχείων δεδομένων στη μελέτη

αρχείων μελέτης γονιδίων)γονιδίων

Notes (Σημειώσεις)Σημειώσεις σχετικά με την αναφορά δεδομένων

Study Analysis (Ανάλυση μελέτης): Bar Chart (Ραβδόγραμμα)
Analysis SettingsΛίστα των επιλεγμένων παραμέτρων ανάλυσης

(Ρυθμίσεις ανάλυσης)Chart (Διάγραμμα)Ραβδόγραμμα έκφρασης γονιδίων πουαπεικονίζει τα δεδομένα

Target Names (Ονόματα

Κατάλογος στόχων στη μελέτη γονιδίων

στόχων)Sample Names (Ονόματα

Κατάλογος δειγμάτων στη μελέτη γονιδίων

δειγμάτων)Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που εμφανίζει τα δεδομένα

Target StabilityΔεδομένα σταθερότητας στόχου

(Σταθερότητα στόχου)Inter-run CalibrationΔεδομένα βαθμονόμησης μεταξύ των δοκιμών

(Βαθμονόμηση μεταξύ τωνδοκιμών)Box-and-Whisker ChartΔιάγραμμα έκφρασης γονιδίων «κορμός και(Διάγραμμα «κορμός καιουρές»

ουρές»)
Dot-Plot Chart (Διάγραμμα
κουκκίδων)314 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΔιάγραμμα κουκκίδων έκφρασης γονιδίων

Μελέτη γονιδίων

Πίνακας 37. Κατηγορίες μιας αναφοράς μελέτης γονιδίων, συνέχεια

Κατηγορία

Επιλογή

Περιγραφή

Study Analysis (Ανάλυση μελέτης): Clustergram (Διάγραμμα ομαδοποίησης) και Scatter
Plot (Διάγραμμα διασποράς)Analysis SettingsΡυθμίσεις για κάθε τύπο διαγράμματος(Ρυθμίσεις ανάλυσης)Chart (Διάγραμμα)Διάγραμμα έκφρασης γονιδίων που απεικονίζει
τα δεδομένα

Data (Δεδομένα)Υπολογιστικό φύλλο που περιέχει τα δεδομένα
σε κάθε στόχο

Study Analysis (Ανάλυση μελέτης): ANOVA
Data (Δεδομένα ANOVA)ANOVA SettingsΚατώφλι τιμής P που χρησιμοποιείται στην(Ρυθμίσεις ANOVA)ανάλυσηANOVA ResultsΠίνακας αποτελεσμάτων από την ανάλυση

(Αποτελέσματα ANOVA)ANOVA και την ανάλυση συγκρίσεων ανά ζεύγη
(post-hoc) HSD του Tukey

Shapiro-Wilk NormalityΒιολογική ομάδα, πλήθος, τιμή P και σφάλματα

Test (Δοκιμή κανονικότητας

που παρουσιάζονται για κάθε στόχο στην

Shapiro-Wilk)

ανάλυσηANOVA Errors (ΣφάλματαΣφάλματα που εντοπίστηκαν κατά τουςANOVA)

υπολογισμούς ANOVAΟδηγός χρήσης | 315Κεφάλαιο 12 Ανάλυση έκφρασης γονιδίων

Δημιουργία αναφοράς μελέτης γονιδίων
Για να δημιουργήσετε μια αναφορά μελέτης γονιδίων1.

Προσαρμόστε τα δεδομένα και τα διαγράμματα αναφοράς μελέτης γονιδίων, όπως απαιτείται,προτού δημιουργήσετε μια αναφορά.

2.

Επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Reports (Αναφορές) στο μενού Gene Study (Μελέτη γονιδίων) για ναανοίξετε το πλαίσιο διαλόγου Report (Αναφορά).

3.

Ορίστε τις επιλογές που θέλετε να συμπεριλάβετε στην αναφορά. Η αναφορά ανοίγει με ορισμένες τιςπροεπιλεγμένες επιλογές. Επιλέξτε ή αποεπιλέξτε τα πλαίσια ελέγχου για να αλλάξετε ολόκληρεςκατηγορίες ή μεμονωμένες επιλογές σε μια κατηγορία.
Στην ενότητα Κατηγορίες αναφορών μελέτης γονιδίων στη σελίδα 313 παρατίθενται οι διαθέσιμες
επιλογές για εμφάνιση.

4.

Αλλάξτε τη σειρά των κατηγοριών και των στοιχείων σε μια αναφορά. Σύρετε τις επιλογές στηνεπιθυμητή θέση. Τα στοιχεία μπορούν να αναδιατάσσονται μόνο εντός των κατηγοριών στις οποίες
ανήκουν.

5.

Κάντε κλικ στην επιλογή Update Report (Ενημέρωση αναφοράς) για να ενημερώσετε το Report
Preview (Προεπισκόπηση αναφοράς) με τις αλλαγές.

6.

Εκτυπώστε ή αποθηκεύστε την αναφορά. Κάντε κλικ στο κουμπί Print Report (Εκτύπωση αναφοράς)στη γραμμή εργαλείων για να εκτυπώσετε την τρέχουσα αναφορά. Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save(Αποθήκευση) για να αποθηκεύσετε την αναφορά σε μορφή αρχείου PDF (Adobe Acrobat Reader)και επιλέξτε μια θέση για την αποθήκευση του αρχείου. Επιλέξτε File (Αρχείο) > Save As(Αποθήκευση ως) για να αποθηκεύσετε την αναφορά με νέο όνομα ή σε νέα θέση.

7.

(Προαιρετικό) Δημιουργήστε ένα πρότυπο αναφοράς με τις πληροφορίες που θέλετε. Για νααποθηκεύσετε τις τρέχουσες ρυθμίσεις αναφοράς σε ένα πρότυπο, επιλέξτε Template (Πρότυπο) >Save (Αποθήκευση) ή Save As (Αποθήκευση ως). Στη συνέχεια, φορτώστε το πρότυπο αναφοράς
την επόμενη φορά που θέλετε να δημιουργήσετε μια νέα αναφορά.

316 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένωνΤο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition υπολογίζει αυτόματα τους τύπους και εμφανίζει τααποτελέσματα στις καρτέλες Data Analysis (Ανάλυση δεδομένων). Αυτό το παράρτημα εξηγεί
λεπτομερώς πώς το CFX Maestro Dx SE υπολογίζει τους τύπους.

Απόδοση αντίδρασης
Τα στοιχεία δείχνουν ότι η χρήση ενός ακριβούς μέτρου της απόδοσης για κάθε σετ εκκινητή και ανιχνευτή
θα σας δώσει πιο ακριβή αποτελέσματα κατά την ανάλυση δεδομένων έκφρασης γονιδίων. Ηπροεπιλεγμένη τιμή απόδοσης που χρησιμοποιείται στους υπολογισμούς έκφρασης γονιδίων είναι 100%.
Για να αξιολογήσετε την απόδοση της αντίδρασης, δημιουργήστε μια τυπική καμπύλη χρησιμοποιώντας
επαναληπτικές αραιώσεις ενός αντιπροσωπευτικού δείγματος σε ένα σχετικό δυναμικό εύρος και, στησυνέχεια, καταγράψτε την απόδοση για την επακόλουθη ανάλυση έκφρασης γονιδίων. Εάν η δοκιμή σαςπεριλαμβάνει τυπική καμπύλη, τότε το λογισμικό υπολογίζει αυτόματα την απόδοση και την εμφανίζει
κάτω από την Τυπική καμπύλη στην καρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός), όταν έχειεπιλεγεί το Auto Efficiency (Αυτόματη απόδοση) στην καρτέλα Targets (Στόχοι) στο παράθυρο
Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος).
Η απόδοση (Ε) στους τύπους απόδοσης αναφέρεται στις «αποδόσεις» όπως περιγράφεται από τουςPfaffl (2001) και Vandesompele et al. (2002). Σε αυτές τις δημοσιεύσεις, η τιμή απόδοσης 2 (τέλειοςδιπλασιασμός με κάθε κύκλο) ισοδυναμεί με απόδοση 100% σε αυτό το λογισμικό. Έχετε την επιλογή ναμετατρέψετε τους υπολογισμούς απόδοσής σας σε αυτούς που χρησιμοποιούνται στο λογισμικό
χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες μαθηματικές σχέσεις:n

E = (% Απόδοση * 0,01) + 1

n% Απόδοση = (E - 1) * 100Σχετική ποσότηταΟ τύπος σχετικής ποσότητας (ΔCq) για οποιοδήποτε δείγμα (GOI) είναι:Οδηγός χρήσης | 317

Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

Σημείωση: Αυτός ο τύπος χρησιμοποιείται για τον υπολογισμό της σχετικής ποσότητας όταν δενέχει καθοριστεί δείγμα μάρτυρα .
Όπου:nE = Απόδοση σετ εκκινητή και ανιχνευτή. Αυτή η απόδοση υπολογίζεται με τον τύπο(% Απόδοση * 0,01) + 1, όπου η απόδοση 100% = 2nC q (ελάχ.) = Μέσο Cq για το δείγμα με το χαμηλότερο μέσο Cq για GOInC q (δείγμα) = Μέσο C q για το δείγμα

n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (ένας στόχος)Σχετική ποσότητα όταν έχει επιλεγεί μάρτυρας
Όταν εκχωρείται ένα δείγμα μάρτυρα ή βιολογική ομάδα, τότε η σχετική ποσότητα (RQ) για οποιοδήποτε
δείγμα με γονίδιο ενδιαφέροντος (GOI) υπολογίζεται με αυτόν τον τύπο:

Όπου:
n

E = Απόδοση σετ εκκινητή και ανιχνευτή. Αυτή η απόδοση υπολογίζεται με τον τύπο(% Απόδοση * 0,01) + 1, όπου η απόδοση 100% = 2nCq (μάρτυρα) = Μέσο Cq για το δείγμα μάρτυραn

Cq (δείγμα) = Μέσο Cq για κάθε δείγμα με GOInGOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (ένας στόχος)Τυπική απόκλιση σχετικής ποσότητας
Σημαντικό: Αυτός ο υπολογισμός ισχύει μόνο όταν το Analyze Using (Ανάλυση με) έχει οριστεί σε
Samples Only (Μόνο δείγματα), Sample Biological Group (Βιολογική ομάδα δείγματος) ή BiologicalGroup Sample (Δείγμα βιολογικής ομάδας).
Ο τύπος για τυπική απόκλιση της σχετικής ποσότητας είναι

Όπου:
n

SD Σχετικής ποσότητας = τυπική απόκλιση της σχετικής ποσότητας

318 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΔιορθωμένη απόδοση Cq (CqE)n

SD CqGOI δείγματος = Τυπική απόκλιση του Cq για το δείγμα (GOI)nΣχετική ποσότητα = Σχετική ποσότητα δείγματοςnE = Απόδοση σετ εκκινητή και ανιχνευτή. Αυτή η απόδοση υπολογίζεται με τον τύπο(% Απόδοση * 0,01) + 1, όπου η απόδοση 100% = 2n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (ένας στόχος)Διορθωμένη απόδοση Cq (CqE)Ο τύπος για τη διορθωμένη απόδοση Cq είναι

Όπου:
n

Ε = Απόδοση

Μέσο Cq διορθωμένης απόδοσης (MCqE)Ο τύπος για το μέσο Cq διορθωμένης απόδοσης είναι

Όπου:
n

CqE = Cq διορθωμένης απόδοσης

nn = Αριθμός αντιγράφων

Οδηγός χρήσης | 319

Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

Κανονικοποιημένη έκφρασηΗ κανονικοποιημένη έκφραση (ΔΔCq) είναι η σχετική ποσότητα του στόχου σας (γονίδιο)κανονικοποιημένη ως προς τις ποσότητες των στόχων αναφοράς (γονίδια ή ακολουθίες) στο βιολογικό
σας σύστημα. Για να επιλέξετε στόχους αναφοράς, ανοίξτε το παράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις
πειράματος) και κάντε κλικ στη στήλη αναφοράς για κάθε στόχο που χρησιμεύει ως γονίδιο αναφοράς.
Ο τύπος για την κανονικοποιημένη έκφραση, ο οποίος χρησιμοποιεί τον υπολογισμό της σχετικής
υπολογιζόμενης ποσότητας (RQ), είναι

Όπου:
n

RQ = Σχετική ποσότητα δείγματοςnRef = Στόχος αναφοράς σε μια δοκιμή που περιλαμβάνει έναν ή περισσότερους στόχους αναφοράς
σε κάθε δείγμα

n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (ένας στόχος)Υπό την προϋπόθεση ότι οι στόχοι αναφοράς δεν αλλάζουν το επίπεδο έκφρασης στο βιολογικό σαςσύστημα, ο υπολογισμός της κανονικοποιημένης έκφρασης θα λαμβάνει υπόψη τις διαφορές φόρτωσης ήτις διακυμάνσεις στον αριθμό κυττάρων που αντιπροσωπεύονται σε καθένα από τα δείγματά σας.

320 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚανονικοποιημένη έκφραση όταν έχει επιλεγεί μάρτυρας

Έκφραση και σχετική ποσότητα για βιολογικές ομάδες
Όταν το Analyze Using (Ανάλυση με) έχει οριστεί σε Biological Groups Only (Μόνο βιολογικές ομάδες), τολογισμικό εμφανίζει τη μέση έκφραση (κανονικοποιημένη έκφραση ή σχετική ποσότητα, ανάλογα με τηνεπιλεγμένη λειτουργία) των δειγμάτων εντός της βιολογικής ομάδας. Επειδή η έκφραση έχει συνήθως
κανονική λογαριθμική κατανομή, η μεσοτίμηση της έκφρασης διενεργείται με χρήση του γεωμετρικού
μέσου:

Όπου:nExp1, Exp2, Expn = Σχετική ποσότητα ή κανονικοποιημένη έκφραση των δειγμάτων στη βιολογική
ομάδα

n

n = Αριθμός δειγμάτων στη βιολογική ομάδα

Κανονικοποιημένη έκφραση όταν έχει επιλεγεί μάρτυρας
Όταν επιλέγετε ένα δείγμα μάρτυρα στο παράθυρο Experiment Settings (Ρυθμίσεις πειράματος), τολογισμικό ορίζει το επίπεδο έκφρασης του δείγματος μάρτυρα σε 1. Σε αυτήν την περίπτωση, τολογισμικό κανονικοποιεί τις σχετικές ποσότητες όλης της έκφρασης στόχου (γονίδιο) ως προς τηνποσότητα του μάρτυρα (τιμή 1). Αυτή η κανονικοποιημένη έκφραση είναι ισοδύναμη με την ανάλυση
κανονικοποιημένης έκφρασης χωρίς κλίμακα όταν έχει επιλεγεί ένας μάρτυρας.
Σημείωση: Αυτό είναι επίσης γνωστό ως σχετική κανονικοποιημένη έκφραση (RNE) και διαφορική
έκφραση.

Οδηγός χρήσης | 321Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

Τυπική απόκλιση για την κανονικοποιημένη έκφραση
Ο επαναπροσδιορισμός της κλίμακας της κανονικοποιημένης τιμής έκφρασης επιτυγχάνεται διαιρώντας
την τυπική απόκλιση της κανονικοποιημένης έκφρασης με την κανονικοποιημένη τιμή έκφρασης για ταυψηλότερα ή χαμηλότερα μεμονωμένα επίπεδα έκφρασης, ανάλογα με την επιλογή κλίμακας. Ο τύπος
για την τυπική απόκλιση (SD) του συντελεστή κανονικοποίησης είναι

Όπου:
n

RQ = Σχετική ποσότητα δείγματοςnSD = Τυπική απόκλισηn

NF = Συντελεστής κανονικοποίησης

n

Ref = Στόχος αναφοράς

nn = Αριθμός στόχων αναφοράς

Όταν εκχωρείται ένα δείγμα μάρτυρα, δεν χρειάζεται να εκτελέσετε αυτήν τη λειτουργία
επαναπροσδιορισμού κλίμακας στην τυπική απόκλιση, όπως φαίνεται στον ακόλουθο τύπο:

Όπου:
n

NE = Κανονικοποιημένη έκφρασηnRQ = Σχετική ποσότητα δείγματοςnSD = Τυπική απόκλισηnGOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (ένας στόχος)322 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΚανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα υψηλότερου επιπέδου έκφρασης

Κανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα υψηλότερου
επιπέδου έκφρασης
Όταν η δοκιμή δεν περιλαμβάνει μάρτυρες, η κλίμακα της κανονικοποιημένης έκφρασης (NE) για κάθεστόχο (γονίδιο) προσδιορίζεται διαιρώντας το επίπεδο έκφρασης κάθε δείγματος με το υψηλότερο
επίπεδο έκφρασης όλων των δειγμάτων. Το λογισμικό ορίζει το υψηλότερο επίπεδο έκφρασης στην τιμή 1και επαναπροσδιορίζει την κλίμακα σε όλα τα επίπεδα έκφρασης δείγματος. Ο τύπος για την υψηλότερη
κλίμακα είναι

Όπου:
n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (στόχος)Κανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα χαμηλότερου
επιπέδου έκφρασης
Όταν η δοκιμή δεν περιλαμβάνει μάρτυρες, η κλίμακα της κανονικοποιημένης έκφρασης (NE) για κάθεστόχο (γονίδιο) προσδιορίζεται διαιρώντας το επίπεδο έκφρασης κάθε δείγματος με το χαμηλότερο
επίπεδο έκφρασης όλων των δειγμάτων. Το λογισμικό ορίζει το χαμηλότερο επίπεδο έκφρασης στην τιμή1 και επαναπροσδιορίζει την κλίμακα σε όλα τα επίπεδα έκφρασης δείγματος. Ο τύπος για τη χαμηλότερη
κλίμακα είναι

Όπου:
n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (στόχος)Κανονικοποιημένη έκφραση υπό κλίμακα μέσου επιπέδου
έκφρασηςΌταν η δοκιμή δεν περιλαμβάνει μάρτυρες, η κλίμακα της κανονικοποιημένης έκφρασης (NE) για κάθεστόχο (γονίδιο) προσδιορίζεται διαιρώντας το επίπεδο έκφρασης κάθε δείγματος με τον γεωμετρικό μέσοτου επιπέδου έκφρασης όλων των δειγμάτων. Το λογισμικό ορίζει το μέσο επίπεδο έκφρασης στην τιμή 1και επαναπροσδιορίζει την κλίμακα σε όλα τα επίπεδα έκφρασης δείγματος. Ο τύπος για μέση κλίμακα
είναιΟδηγός χρήσης | 323

Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

Όπου:
n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (στόχος)n

GM = Γεωμετρικός μέσος της κανονικοποιημένης έκφρασης για όλα τα δείγματα324 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΤυπική απόκλιση για την υπό κλίμακα Κανονική ΈκφρασηΤυπική απόκλιση για την υπό κλίμακα Κανονική Έκφραση
Ο επαναπροσδιορισμός της κλίμακας κανονικοποιημένης έκφρασης (ΝΕ) επιτυγχάνεται διαιρώντας τηντυπική απόκλιση (SD) της κανονικοποιημένης έκφρασης με την κανονικοποιημένη τιμή έκφρασης για τουψηλότερο (MAX) ή το χαμηλότερο (MIN) επίπεδο έκφρασης, ανάλογα με την επιλογή κλίμακας.
Σημείωση: Όταν εκχωρείται ένα δείγμα μάρτυρα, δεν χρειάζεται να εκτελέσετε αυτήν τη λειτουργία
επαναπροσδιορισμού κλίμακας στην τυπική απόκλιση.
Ο υπολογισμός για αυτόν τον τύπο είναι

Όπου:
n

NE = Κανονικοποιημένη έκφρασηnSD = Τυπική απόκλισηnGOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (στόχος)n

MAX = Υψηλότερο επίπεδο έκφρασης

n

MIN = Χαμηλότερο επίπεδο έκφρασης

Οδηγός χρήσης | 325Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

Γραμμές σφάλματος για τυπική απόκλιση (lg) και τυπικό
σφάλμα μέσου όρου (lg)Εκτός από τη χρήση των διαστημάτων εμπιστοσύνης, μπορεί να εμφανίζονται γραμμές σφάλματος για τιςβιολογικές ομάδες με βάση την τυπική απόκλιση ή το τυπικό σφάλμα του μέσου όρου του log2 τηςέκφρασης. Οι γραμμές σφάλματος υπολογίζονται ως εξής:Κάτω γραμμή σφάλματος RQ = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) ή 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)Άνω γραμμή σφάλματος RQ = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) ή 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Όπου:nRQ(lg) = log2 της σχετικής ποσότητας για τη βιολογική ομάδαn

SD RQ(lg) = τυπική απόκλιση της σχετικής ποσότητας (log2)n

SEM RQ(lg) = τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της σχετικής ποσότητας (log2)Κάτω γραμμή σφάλματος έκφρασης = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) ή 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Άνω γραμμή σφάλματος έκφρασης = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) ή 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Όπου:nExp.(lg) = log2 της έκφρασης (κανονικοποιημένη έκφραση) για τη βιολογική ομάδαn

SD RQ(lg) = τυπική απόκλιση της έκφρασης (log2)n

SEM RQ(lg) = τυπικό σφάλμα του μέσου όρου της έκφρασης (log2)

326 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Διαφορική έκφρασηΔιαφορική έκφρασηΗ διαφορική έκφραση είναι ένα μέτρο της αύξησης ή της μείωσης της έκφρασης ενός στόχου για έναπειραματικό δείγμα έναντι ενός δείγματος μάρτυρα ή μιας βιολογικής ομάδας και προσδιορίζεται ως εξής:Εάν Έκφραση (πειραμ.) > Έκφραση (μάρτυρα):Εάν Έκφραση (πειραμ.) < Έκφραση (μάρτυρα):Σημείωση: Για το Graphing (Γράφημα), η Έκφραση βασίζεται είτε στη σχετική ποσότητα είτε στηνκανονικοποιημένη έκφραση, ανάλογα με την επιλεγμένη λειτουργία (βλ. Γράφημα στη σελίδα 287).
Ωστόσο, για το διάγραμμα διασποράς και το διάγραμμα ομαδοποίησης, η διαφορική έκφρασηυπολογίζεται πάντα από την κανονικοποιημένη έκφραση.

Οδηγός χρήσης | 327

Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

Τύποι διορθωμένων τιμών
Σημαντικό: Αυτοί οι υπολογισμοί ισχύουν μόνο όταν το Analyze Using (Ανάλυση με) έχει οριστεί σε
Samples Only (Μόνο δείγματα), Sample Biological Group (Βιολογική ομάδα δείγματος) ή BiologicalGroup Sample (Δείγμα βιολογικής ομάδας).
Η διαφορά μεταξύ των διορθωμένων τιμών και των μη διορθωμένων τιμών εμφανίζεται μόνο εάνδημιουργηθεί μια τυπική καμπύλη ως μέρος της δοκιμής PCR σε πραγματικό χρόνο. Το λογισμικό
χρησιμοποιεί τρεις εξισώσεις για να προσδιορίσει τη διάδοση του σφάλματος:nΤυπικό σφάλμαnΤυπικό σφάλμα για κανονικοποιημένη έκφρασηnΤυπικό σφάλμα για το κανονικοποιημένο γονίδιο ενδιαφέροντος (στόχος)Ο τύπος για το τυπικό σφάλμα είναι

Όπου:
n

n = Αριθμός στόχων αναφοράς (γονίδια)n

SD = Τυπική απόκλισηΤο τυπικό σφάλμα για τον συντελεστή κανονικοποίησης στον τύπο κανονικοποιημένης έκφρασης είναι

Όπου:
n

n = Αριθμός στόχων αναφοράς

n

SE = Τυπικό σφάλμα

n

NF = Συντελεστής κανονικοποίησης

n

RQ = Σχετική ποσότηταΤο τυπικό σφάλμα για το κανονικοποιημένο γονίδιο ενδιαφέροντος (GOI) είναι

Όπου:
n

SE = Τυπικό σφάλμα

328 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΥπολογισμός διαστήματος εμπιστοσύνης για ανάλυση βιολογικών ομάδων

n

GOI = Γονίδιο ενδιαφέροντος (ένας στόχος)n

NF = Συντελεστής κανονικοποίησης

nn = Αριθμός στόχων αναφοράς

Υπολογισμός διαστήματος εμπιστοσύνης για ανάλυση
βιολογικών ομάδων
Κατά τη διεξαγωγή ανάλυσης βιολογικών ομάδων (Το Analyse Using (Ανάλυση με) έχει οριστεί σε
Biological Groups Only (Μόνο βιολογικές ομάδες)), τα διαστήματα εμπιστοσύνης υπολογίζονται για τησχετική ποσότητα και τη σχετική κανονικοποιημένη έκφραση.
Τα διαστήματα εμπιστοσύνης υπολογίζονται σε λογαριθμική κλίμακα με βάση την κατανομή tχρησιμοποιώντας τον ακόλουθο τύπο:

Όπου:
n

= Μέση έκφραση των επιπέδων έκφρασης λογαριθμικής κλίμακας των δειγμάτων στη βιολογική
ομάδα

n

SD = τυπική απόκλιση των επιπέδων έκφρασης λογαριθμικής κλίμακας των δειγμάτων στη βιολογική
ομάδα

n

n = αριθμός των δειγμάτων στη βιολογική ομάδα

nt = λαμβάνεται από την κατανομή t με βάση τους βαθμούς ελευθερίας και το επίπεδο άλφαΣημείωση: Το επίπεδο άλφα μπορεί να οριστεί χρησιμοποιώντας το πεδίο κατωφλίου τιμής Pστην καρτέλα Graphing (Γράφημα).

Μετά τον υπολογισμό των διαστημάτων εμπιστοσύνης, μετατρέπονται σε γραμμική κλίμακα καιπαρουσιάζονται στον πίνακα δεδομένων έκφρασης γονιδίων και στο ραβδόγραμμα στην καρτέλα
Graphing (Γράφημα).

Υπολογισμοί διαγράμματος «κορμός και ουρές»Το διάγραμμα «κορμός και ουρές» εμφανίζει την κατανομή των τιμών έκφρασης σε μια βιολογική ομάδα
αναπαριστώντας γραφικά τα δεδομένα ως τεταρτημόρια. Το 1ο και 3ο τεταρτημόριο αντιπροσωπεύονταιαπό το κάτω και άνω όριο του κορμού, αντίστοιχα. Η διάμεσος εμφανίζεται ως συμπαγής γραμμή στονκορμό. Οι ουρές αντιπροσωπεύουν τις ελάχιστες και τις μέγιστες μη έκτοπες τιμές στο σύνολο

Οδηγός χρήσης | 329

Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

δεδομένων. Οι ουρές είναι τιμές που υπερβαίνουν το 1ο και το 3ο τεταρτημόριο κατά 1,5 φορές το εύρος
μεταξύ των τεταρτημορίων.
Σημείωση: Εάν υπάρχει μόνο ένα δείγμα στη βιολογική ομάδα, εμφανίζεται ως ένας μοναδικός
κύκλος, υποδεικνύοντας ένα μόνο σημείο δεδομένων.
Το παρακάτω διάγραμμα «κορμός και ουρές» δείχνει τον τρόπο αναπαράστασης αυτών των δεδομένων.

ΥΠΌΜΝΗΜΑ
1.

Έκτοπο σημείο. Η τιμή αυτού του έκτοπου σημείου είναι > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Σημείωση: Τοποθετήστε τον δρομέα πάνω από τον κύκλο για να προβάλετε μιασυμβουλή εργαλείου που εμφανίζει το όνομα του δείγματος και τις πληροφορίες σχετικής
ποσότητας ή κανονικοποιημένης έκφρασης ανάλογα με την επιλεγμένη λειτουργία.

2.

Μέγιστη μη έκτοπη οριοθέτηση

3.

Ανώτερο σημείο/3ο τεταρτημόριο (Q3). Το 75% των τιμών έκφρασης είναι μικρότερο από το
Q3.

4.

Διάμεσος, ή τιμή που προσεγγίζει το μέσο, των τιμών έκφρασης κατά σειρά κατάταξης

5.

Κατώτερο σημείο/1ο τεταρτημόριο (Q1). Το 25% των τιμών έκφρασης είναι μικρότερο από το
Q1.

330 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΥπολογισμοί διαγράμματος «κορμός και ουρές»6.

Ελάχιστη μη έκτοπη οριοθέτηση

7.

Έκτοπο σημείο. Η τιμή αυτού του έκτοπου σημείου είναι <Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

Οδηγός χρήσης | 331Παράρτημα A Υπολογισμοί ανάλυσης δεδομένων

332 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράρτημα B Ίχνη ελέγχουΤο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition δημιουργεί ίχνη ελέγχου για αρχεία δεδομένων καιμελέτης γονιδίων (αρχεία .prcd και .mgxd αντίστοιχα). Τυχόν αλλαγές ή ενέργειες που πραγματοποιούνται
σε ασφαλή δεδομένα και αρχεία μελέτης γονιδίων καταγράφονται στο ίχνος ελέγχου του αρχείου κατά τηναποθήκευση του αρχείου. Το CFX Maestro Dx SE δημιουργεί ένα ξεχωριστό ίχνος ελέγχου για κάθεαρχείο.
Μπορείτε να επιλέξετε File (Αρχείο) > Save As (Αποθήκευση ως) και να αποθηκεύσετε ασφαλή
υπογεγραμμένα ή μη υπογεγραμμένα δεδομένα και αρχεία μελέτης γονιδίων σε άλλο φάκελο ή με άλλοόνομα. Το νέο αρχείο κληρονομεί το ίχνος ελέγχου από το αρχικό αρχείο. Το ίχνος ελέγχου για το νέοαρχείο περιλαμβάνει επίσης τη δραστηριότητα Αποθήκευση ως. Οι αλλαγές ή οι ενέργειες πουπραγματοποιούνται στο νέο αρχείο καταγράφονται στο αντίστοιχο ίχνος ελέγχου. Το αρχικό αρχείο
διατηρεί το ίχνος ελέγχου του, στο οποίο καταγράφεται η περαιτέρω δραστηριότητα.
Στην ενότητα Ελέγξιμα συμβάντα στη σελίδα 335 παρατίθενται τα ελέγξιμα συμβάντα που καταγράφει τολογισμικό.

Προβολή ιχνών ελέγχου
Κάθε ίχνος ελέγχου εμφανίζει τις ακόλουθες πληροφορίες:nΛεπτομέρεια κεφαλίδας ελέγχου
oFile version (Έκδοση αρχείου) — η αποθηκευμένη έκδοση του αρχείου

oDate (Ημερομηνία) — η ημερομηνία του τρέχοντος ελέγξιμου συμβάντος

oUser (Χρήστης) — ο τομέας και το όνομα χρήστη των Windows του συνδεδεμένου χρήστη

oComment (Σχόλιο) — το τελευταίο αποθηκευμένο σχόλιο

o

Signature (Υπογραφή) — η ηλεκτρονική υπογραφή του τελευταίου ατόμου που υπέγραψε τοαρχείο

o

Signature reason (Λόγος υπογραφής) — ο λόγος για την υπογραφή

oApplication (Εφαρμογή) — CFX Maestro Dx SEoApplication version (Έκδοση εφαρμογής) — η τρέχουσα έκδοση για το CFX Maestro Dx SE

oFull user (Πλήρης χρήστης) — το πλήρες όνομα του συνδεδεμένου χρήστη

Οδηγός χρήσης | 333Παράρτημα B Ίχνη ελέγχου

onMachine (Μηχάνημα) — ο υπολογιστής στον οποίο είναι εγκατεστημένο το CFX Maestro Dx SE

Λεπτομέρεια αλλαγής ελέγχου
o

Object (Αντικείμενο) — το αντικείμενο που άλλαξε (το ελεγμένο αντικείμενο)o

Old value (Παλιά τιμή) — η προηγούμενη τιμήo

New value (Νέα τιμή) — η νέα τιμήoDescription (Περιγραφή) — η περιγραφή της αλλαγής

Για να προβάλετε το ίχνος ελέγχουuΣτο ανοιχτό αρχείο δεδομένων ή μελέτης γονιδίων, επιλέξτε View (Προβολή) > Audit Trail (Ίχνος
ελέγχου). Εμφανίζεται το ίχνος ελέγχου του αρχείου.

Από προεπιλογή, τα δεδομένα ταξινομούνται κατά ημερομηνία και ώρα και όλα τα συμβάντα
εμφανίζονται στην αναπτυγμένη προβολή. Μπορείτε να φιλτράρετε την προβολή κατά όνομα χρήστη
και αντικείμενο και να συμπτύξετε την αναπτυγμένη προβολή για εύκολη ταξινόμηση κατάοποιοδήποτε πεδίο κεφαλίδας. Επίσης, μπορείτε να προβάλετε το ίχνος ελέγχου ως αναφορά html.

Για ταξινόμηση κατά όνομα χρήστηuΕπιλέξτε τον χρήστη-στόχο από την αναπτυσσόμενη λίστα User Name (Όνομα χρήστη).

Για ταξινόμηση κατά αντικείμενοuΕπιλέξτε τον στόχο από την αναπτυσσόμενη λίστα Object (Αντικείμενο).

Για απόκρυψη της πλήρους περιγραφής των συμβάντωνuΚάντε κλικ στο Collapse All (Σύμπτυξη όλων).

334 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕλέγξιμα συμβάντα

Για να ταξινομήσετε τα δεδομένα στον πίνακα λεπτομερειών αλλαγώνuΚάντε κλικ στο σύμβολο του διαμαντιού στην κεφαλίδα της στήλης δεδομένων για να εκτελέσετε μιαταξινόμηση κατά αύξουσα σειρά (Α έως Ω, μικρότερος αριθμός έως μεγαλύτερος ή νωρίτερα έως πιοπρόσφατα).

Για να εκτυπώσετε το ίχνος ελέγχου
1.

Κάντε κλικ στο HTML Report (Αναφορά HTML) για να εμφανιστεί το ίχνος ελέγχου σε ένα πρόγραμμα
περιήγησης στο web.

2.

Στο παράθυρο του προγράμματος περιήγησής σας, κάντε ένα από τα εξής:nΕπιλέξτε File (Αρχείο) > Print (Εκτύπωση).

nΚάντε δεξί κλικ στην αναφορά και επιλέξτε Print (Εκτύπωση).

Ελέγξιμα συμβάντα
Το CFX Maestro Dx SE καταγράφει τα ακόλουθα ελέγξιμα συμβάντα στα αρχεία δεδομένων και μελέτης
γονιδίων.

Ελέγξιμα συμβάντα κατά τη διάρκεια της δοκιμήςnΏρα έναρξης δοκιμήςnΤροποποιήσεις πλάκας (χρονική στιγμή τροποποίησης)nΤροποποιήσεις πρωτοκόλλου (χρονική στιγμή τροποποίησης)nΏρα λήξης δοκιμής

Ελέγξιμα συμβάντα κατά τη δημιουργία ενός αρχείου δεδομένων
nΔημιουργία του αρχείου δεδομένωνnΠαρεμβαλλόμενες αναγνώσεις πλάκας που προστέθηκαν από το σύστημαΕλέγξιμα συμβάντα κατά την αποθήκευση ενός αρχείου δεδομένωνnΓενικάoΌνομαoΥπογραφήoΔιάταξη πλάκαςoΕμφάνιση βοθρίωνoΦθοροφόρα που αναλύθηκαν

Οδηγός χρήσης | 335

Παράρτημα B Ίχνη ελέγχου

n

n

n

n

n

o

Τροποποιήσεις πλακώνoΤρόπος ανάλυσηςoΟμάδα ενεργών βοθρίων PCRΚαρτέλα Quantification (Ποσοτικός προσδιορισμός)oΕνεργό βήμαoΡυθμίσεις — Λειτουργία προσδιορισμού CqoΡυθμίσεις — Ρύθμιση γραμμής βάσηςoΕφαρμογή διόρθωσης απόκλισηςoΡυθμίσεις — Κύκλοι προς ανάλυσηoΡυθμίσεις — Λειτουργία ανάλυσηςoΡυθμίσεις — Κατώφλι γραμμής βάσης

Καρτέλα Melt Curve (Καμπύλη τήξης)oΕνεργό βήμαoΕμφάνιση τύπου κορυφήςoΜέγιστο κατώφλι ανάλυσης

Καρτέλα End Point (Τελικό σημείο)oΕνεργό φθοροφόρο/στόχοςoΤελικοί κύκλοι για μεσοτίμησηoΜέθοδος υπολογισμού ανοχήςoΠοσοστό εύρους

Καρτέλα Allelic Discrimination (Διάκριση αλληλομόρφων)oΦθοροφόρο άξονα Χ και ΥoΕπιλογή αριθμού κύκλουoΠροβολή χάρτη κλήσεων

Καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — Όλα τα γραφήματαoΡυθμίσεις πειράματος — Στόχος αναφοράςoΡυθμίσεις πειράματος — Έλεγχος δειγμάτων

336 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΕλέγξιμα συμβάντα

n

n

n

n

o

Ρυθμίσεις πειράματος — Αυτόματη αποδοτικότηταoΡυθμίσεις πειράματος — Αποδοτικότητα

Καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — Δημιουργία γραφήματοςoΤρόπος ανάλυσηςoΔεδομένα γραφήματοςoΆξονας ΧoΆξονας ΥoΕπιλογή κλίμακαςoΓραμμή σφαλμάτωνoΠολλαπλασιαστής γραμμής σφάλματοςoΚατώφλι τιμής PΚαρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — Διάγραμμα ομαδοποίησης (Clustergram)oΟμαδοποίηση κατάoΔιαχωρισμός αντιγράφων

Καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — Διάγραμμα διασποράςoΒιολογική ομάδα μάρτυραoΠειραματική βιολογική ομάδαoΚατώφλι διαφορικής έκφρασης

Καρτέλα Gene Expression (Έκφραση γονιδίων) — ANOVAonnΚατώφλι τιμής PΡύθμιση πλάκας — Προβολή/Επεξεργασία πλάκαςoΡυθμίσεις — Τύπος πλάκαςoΡυθμίσεις — ΜονάδεςoΕργαλεία επεξεργασίας — Αναστροφή πλάκαςoΟμάδες βοθρίωνoΦθοροφόρα πλακών

Ρύθμιση πλάκας — Αντικατάσταση πλάκας και εφαρμογή αρχείου PrimePCRoΕισαγωγή διάταξης πλακών

Οδηγός χρήσης | 337

Παράρτημα B Ίχνη ελέγχου

Αλλαγές ίχνους ελέγχου για αρχεία μελέτης γονιδίων
Γενικά
nName (Όνομα)nΚαρτέλα Study Setup (Ρύθμιση μελέτης)onΠροσθήκη/Κατάργηση αρχείων δεδομένων

Καρτέλα Study Analysis (Ανάλυση μελέτης)338 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράρτημα C Ενοποίηση LIMSΜπορείτε να διαμορφώσετε το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition για χρήση με έναεργαστηριακό σύστημα διαχείρισης πληροφοριών (LIMS). Για την ενοποίηση LIMS, το CFX Maestro Dx
SE απαιτεί πληροφορίες ρύθμισης πλάκας που έχουν δημιουργηθεί από την πλατφόρμα LIMS (ένααρχείο LIMS, *.plrn), ένα αρχείο πρωτοκόλλου που έχει δημιουργηθεί με το CFX Maestro Dx SE (*.prcl),μια καθορισμένη θέση για την εξαγωγή δεδομένων και μια καθορισμένη μορφή εξαγωγής.
Αφού ολοκληρωθεί η δοκιμή, το CFX Maestro Dx SE δημιουργεί ένα αρχείο δεδομένων (.pcrd) και τοαποθηκεύει σε μια καθορισμένη θέση φακέλου εξαγωγής δεδομένων. Το CFX Maestro Dx SE μπορεί
επίσης να δημιουργήσει ένα αρχείο δεδομένων συμβατό με LIMS σε μορφή .csv και να το αποθηκεύσει
στην ίδια θέση.

Δημιουργία συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων
Αυτό το παράρτημα εξηγεί πώς μπορείτε να ρυθμίσετε το CFX Maestro Dx SE για δημιουργία,αποθήκευση και εξαγωγή συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων.

Ρύθμιση επιλογών φακέλου και εξαγωγής δεδομένων LIMSΑπό προεπιλογή, το CFX Maestro Dx SE αποθηκεύει τα πρωτόκολλα, αρχεία και αρχεία εξαγωγής
δεδομένων LIMS σε αυτόν τον φάκελο:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMSΜπορείτε να διαμορφώσετε το CFX Maestro Dx SE ώστε να αποθηκεύει τα αρχεία σε άλλο φάκελο και νααλλάξετε τις επιλογές εξαγωγής για τα δεδομένα LIMS.

Για να ρυθμίσετε έναν φάκελο και τις επιλογές εξαγωγής δεδομένων LIMS1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Options (Επιλογές).

2.

Στο πλαίσιο διαλόγου Options (Επιλογές), επιλέξτε Data Export Settings (Ρυθμίσεις εξαγωγής
δεδομένων).

Οδηγός χρήσης | 339

Παράρτημα C Ενοποίηση LIMS3.

(Προαιρετικό) Επιλέξτε Automatically export LIMS data at end of run (Αυτόματη εξαγωγή δεδομένων
LIMS στο τέλος της δοκιμής).
Το λογισμικό θα εξάγει αυτόματα τα δεδομένα LIMS μετά από κάθε δοκιμή και θα τα αποθηκεύει στηνκαθορισμένη θέση.

4.

Για να αλλάξετε τις προεπιλεγμένες επιλογές εξαγωγής για τα δεδομένα LIMS, κάντε κλικ στο LIMS
Data Export Settings (Ρυθμίσεις εξαγωγής δεδομένων LIMS).
Σημαντικό: Μόνο δεδομένα LIMS που έχουν εξαχθεί ως αρχείο .csv μπορούν να εισαχθούν
ξανά στο CFX Maestro Dx SE.

5.

Στο πλαίσιο διαλόγου LIMS Data Export Format Settings (Ρυθμίσεις μορφής εξαγωγής δεδομένων
LIMS), ορίστε τις επιθυμητές επιλογές εξαγωγής και κάντε κλικ στο OK.

6.

Στο πλαίσιο διαλόγου Options (Επιλογές), μεταβείτε και επιλέξτε έναν προεπιλεγμένο φάκελο στονοποίο θέλετε να αποθηκεύσετε τα αρχεία δεδομένων LIMS. Μπορείτε να επιλέξετε μια διαφορετική
θέση για κάθε τύπο αρχείου:nΠρωτόκολλο

nLIMS file (Αρχείο LIMS)

340 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων

n7.

Data export (Εξαγωγή δεδομένων)Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές και κλείστε το πλαίσιο διαλόγου Options(Επιλογές).

Δημιουργία πρωτοκόλλου LIMSΓια να ξεκινήσετε μια δοκιμή LIMS, δημιουργήστε ένα αρχείο πρωτοκόλλου CFX Maestro Dx SE (*.prcl)και αποθηκεύστε το στην καθορισμένη θέση του φακέλου πρωτοκόλλου LIMS.
Ανατρέξτε στο Κεφάλαιο 7, Δημιουργία πρωτοκόλλων για περισσότερες πληροφορίες.

Δημιουργία αρχείου LIMS
Ένα αρχείο LIMS (*.plrn) περιέχει τις λεπτομέρειες ρύθμισης της πλάκας και το όνομα αρχείου τουπρωτοκόλλου. Αυτό το αρχείο δημιουργείται από το εσωτερικό σας LIMS. Το CFX Maestro Dx SEχρησιμοποιεί το αρχείο LIMS για να δημιουργήσει ένα αρχείο πλάκας για χρήση με ένα αρχείο
πρωτοκόλλου.
Το CFX Maestro Dx SE παρέχει αρχεία προτύπων εισαγωγής πλακών που μπορείτε να επεξεργαστείτε
για να δημιουργήσετε προσαρμοσμένα αρχεία πλάκας LIMS.
Υπόδειξη: Αυτή η εργασία πρέπει να εκτελεστεί από έναν ειδικό LIMS.

Για να δημιουργήσετε ένα αρχείο LIMS1.

Στο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε View (Προβολή) > Show (Εμφάνιση) > LIMS File Folder(Φάκελος αρχείων LIMS).

2.

Ανοίξτε τον φάκελο LIMS Templates (Πρότυπα LIMS) και επιλέξτε ένα αρχείο .csv για εισαγωγή στοεσωτερικό σας LIMS.

3.

Επεξεργαστείτε το αρχείο προτύπου συμπληρώνοντας τα απαιτούμενα πεδία που αναφέρει οΠίνακας 38.

4.

Κάντε ένα από τα ακόλουθα:nΓια να αποθηκεύσετε τις αλλαγές σας για μελλοντική χρήση, αποθηκεύστε το αρχείο ως αρχείο
.csv.

n

Για να αποθηκεύσετε τις αλλαγές σας και να χρησιμοποιήσετε το αρχείο αμέσως, αποθηκεύστε
το αρχείο με την επέκταση .plrn.

nΑποθηκεύστε το πρότυπο με την επέκταση ονόματος αρχείου .plrn στον φάκελο αρχείων LIMS.

Σημαντικό: Το CFX Maestro Dx SE μπορεί να ανοίξει μόνο το αρχείο .plrn. Για να ξεκινήσετε τηδοκιμή LIMS, πρέπει να αποθηκεύσετε το αρχείο .csv ως .plrn.

Οδηγός χρήσης | 341

Παράρτημα C Ενοποίηση LIMS

Πίνακας 38. Ορισμός των περιεχομένων του αρχείου LIMS .csv

ΣτήληΓραμμή

Περιγραφή

Περιεχόμενο

ΣκοπόςA1

Κεφαλίδα πλάκας

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

A,B,C

2

Πεδίο/Δεδομένα/Οδηγίες

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

B

3Έκδοση

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

B

4Μέγεθος πλάκας

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

B

5Τύπος πλάκας

Εισαγάγετε "BR White"Υποχρεωτικό

(BR λευκή), "BR Clear"(BR διαφανής) ή άλλοτύπο βαθμονομημένης
πλάκας
B

6Λειτουργία σάρωσης

Εισαγάγετε "SYBR/Υποχρεωτικό

FAM Only:," (ΜόνοSYBR/ FAM), "AllChannels" (Όλα τακανάλια) ή "FRET"
B

7ΜονάδεςΕισαγάγετε ένα από ταακόλουθα “copynumber” (αριθμός
αντιγράφων), “folddilution” (αραίωση
έκφρασης),“micromoles,”“nanomoles,”“picomoles,”“femtomoles,”“attomoles,”“milligrams,”“micrograms,”“nanograms,”“picograms,”“femtograms,”“attograms,” ή“percent” (ποσοστό)342 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Υποχρεωτικό

Δημιουργία συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων

Πίνακας 38. Ορισμός των περιεχομένων του αρχείου LIMS .csv, συνέχεια

ΣτήληΓραμμή

B8Περιγραφή

Περιεχόμενο

Σκοπός

Αναγνωριστικό δοκιμής

Εισαγάγετε μιαΠροαιρετικό

σύντομη περιγραφή ήέναν γραμμωτό
κώδικα που ναπροσδιορίζει αυτήν τηδοκιμή (μέγιστο 30
χαρακτήρες, δενεπιτρέπονται κόμματα)B9Σημειώσεις δοκιμής

Εισαγάγετε τηνΠροαιρετικό

περιγραφή τηςδοκιμής
B

10Πρωτόκολλο δοκιμής

Εισαγάγετε το όνομα

Υποχρεωτικό

αρχείου πρωτοκόλλου
ακριβώς όπωςαναφέρεται.
A11Φάκελος δεδομένων

Εισαγάγετε το όνομα

Προαιρετικό

του αρχείου
δεδομένων
A

12-15

A

16

A

17-113

B-G

TBD/Κενό

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

Δεδομένα πλάκας

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

Θέση βοθρίου

Μη επεξεργάσιμο

Προκαθορισμένος

Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3Εισαγάγετε ένα όνομα

Υποχρεωτικό

Dye, Ch4 Dye, Ch5 Dye,βαθμονομημένης

FRETχρωστικής (γιαπαράδειγμα, "FAM")για κάθε κανάλι πουχρησιμοποιείται

Οδηγός χρήσης | 343

Παράρτημα C Ενοποίηση LIMS

Πίνακας 38. Ορισμός των περιεχομένων του αρχείου LIMS .csv, συνέχεια

Στήλη
H

Γραμμή

Περιγραφή

Περιεχόμενο

Σκοπός

Τύπος δείγματοςΕισαγάγετε έναν απόΥποχρεωτικό

τους ακόλουθους
τύπους δειγμάτων:“Unknown” (Άγνωστο)“Standard” (Πρότυπο),“Positive Control”(Θετικός μάρτυρας),“Negative Control”(Αρνητικός μάρτυρας),“NTC” ή “NRT”
IΌνομα δείγματοςΕισαγάγετε το όνομα

Προαιρετικό

δείγματος
J-OPΣτόχος CH1, Στόχος CH2,Εισαγάγετε το όνομα

Στόχος CH3, Στόχος CH4,

στόχου για κάθεΣτόχος CH5, Στόχος

κανάλι πουFRETχρησιμοποιείται

Όνομα συλλογής

Εισαγάγετε το όνομα

Προαιρετικό

Προαιρετικό

της βιολογικής ομάδας
Q

ΑντίγραφοΕισαγάγετε έναν θετικό

Προαιρετικό

ακέραιο για κάθεομάδα αντιγράφων. Ητιμή δεν μπορεί ναείναι μηδέν.
R-W

CH1 Ποσότητα, CH2Εισαγάγετε τιμές

Απαιτείται για όλαΠοσότητα, CH3ποσότητας γιατα πρότυπα

Ποσότητα, CH4οποιαδήποτε

Ποσότητα, CH5πρότυπα. Εισαγάγετε

Ποσότητα, FRETτη συγκέντρωση σεΠοσότηταδεκαδική μορφή.

344 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων

Πίνακας 38. Ορισμός των περιεχομένων του αρχείου LIMS .csv, συνέχεια

Στήλη
X

Γραμμή

Περιγραφή

Περιεχόμενο

Σκοπός

Σημείωση βοθρίου

Εισαγάγετε μιαΠροαιρετικό

σημείωση βοθρίου (20χαρακτήρες τομέγιστο)Σημείωση:Παρόλο που το
CFX Maestro Dx
SE έχει όριο 20
χαρακτήρων κατάτην εισαγωγή
σημειώσεων στοWell Note(Σημείωση
βοθρίου) μέσωτου λογισμικού, τοπεδίο Well Note(Σημείωση
βοθρίου) μπορεί
να περιέχει έωςκαι 500χαρακτήρες, εάνπεριλαμβανόταν
σε έναεισαγόμενο
αρχείο .plrn.
Ωστόσο, το
CFX Maestro Dx
SE θα εμφανίσει
μόνο τους 20πρώτους
χαρακτήρες. Τοεξαγόμενο αρχείο
.pcrd θα περιέχει
όλους τουςχαρακτήρες στοπεδίο Well Note(Σημείωση

Οδηγός χρήσης | 345Παράρτημα C Ενοποίηση LIMS

Πίνακας 38. Ορισμός των περιεχομένων του αρχείου LIMS .csv, συνέχεια

ΣτήληΓραμμή

Περιγραφή

Περιεχόμενο

Σκοπός

βοθρίου). Δενχάνονταιδεδομένα.
Y-ADΧρώμα βοθρίου Ch1,Εισαγάγετε

Χρώμα βοθρίου Ch2,οποιοδήποτε

Χρώμα βοθρίου Ch3,οριζόμενο από τονΧρώμα βοθρίου Ch4,χρήστη χρώμα στυλΧρώμα βοθρίου Ch5,ίχνους σε δεκαδική

Χρώμα βοθρίου FRETμορφή ακέραιου 32 bitΠροαιρετικό

(argb)

Έναρξη δοκιμής LIMSΓια να ξεκινήσετε μια δοκιμή LIMS
1.

Κάντε ένα από τα παρακάτω για να ανοίξετε ένα αρχείο LIMS .plrn:nΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε View (Προβολή) > Show (Εμφάνιση) > LIMS File Folder(Φάκελος αρχείων LIMS) και ανοίξτε το επιθυμητό αρχείο .plrn.

nΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε File (Αρχείο) > Open (Άνοιγμα) > LIMS File (Αρχείο
LIMS) και επιλέξτε το επιθυμητό αρχείο .plrn.

Το αρχείο ανοίγει στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) στον οδηγό Run Setup (Ρύθμισηδοκιμής). Η καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής) εμφανίζει πληροφορίες σχετικά με το πείραμα πουθα εκτελεστεί. Εμφανίζει επίσης το συνδεδεμένο μπλοκ οργάνων ή τα μπλοκ στα οποία μπορείτε ναεκτελέσετε το πείραμα.
2.

Στην καρτέλα Start Run (Έναρξη δοκιμής), επιλέξτε ένα όργανο και κάντε κλικ στο Start Run (Έναρξηδοκιμής).

346 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Δημιουργία συμβατών με LIMS αρχείων δεδομένων

Εξαγωγή δεδομένων σε LIMS
Όταν ολοκληρωθεί η δοκιμή, το CFX Maestro Dx SE δημιουργεί ένα αρχείο δεδομένων (.pcrd) και τοαποθηκεύει στην καθορισμένη θέση του φακέλου εξαγωγής δεδομένων.

Για εξαγωγή του αρχείου δεδομένων σε ένα LIMSuΑνοίξτε το αρχείο .pcrd και επιλέξτε Export (Εξαγωγή) > Export to LIMS Folder (Εξαγωγή στονφάκελο LIMS).

Υπόδειξη: Εάν επιλέξετε Automatically Export Data after Run (Αυτόματη εξαγωγή δεδομένων μετάτη δοκιμή) στο LIMS Options (Επιλογές LIMS), το CFX Maestro Dx SE δημιουργεί ένα αρχείο
δεδομένων συμβατό με LIMS σε μορφή .csv και το αποθηκεύει στον ίδιο φάκελο.

Οδηγός χρήσης | 347

Παράρτημα C Ενοποίηση LIMS

348 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράρτημα D Αντιμετώπιση προβλημάτων στοΛογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΑυτό το παράρτημα παρέχει προτάσεις για την αντιμετώπιση προβλημάτων που ενδέχεται νααντιμετωπίσετε όταν αναβαθμίζετε ή εκτελείτε το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition.

Συμπερίληψη αρχείων και φακέλων από το Λογισμικό CFX
Maestro Dx, Security Edition στον Λευκό κατάλογο
Για την προστασία από ιούς και κακόβουλα προγράμματα, το τμήμα IT σας ενδέχεται να έχει εφαρμόσει
πολύ αυστηρά μέτρα ασφαλείας λογισμικού. Αυτά τα μέτρα ενδέχεται να επηρεάσουν τον χρόνο
αναβάθμισης ή εκτέλεσης για το CFX Maestro Dx SE.
Για τη βελτίωση της απόδοσης του CFX Maestro Dx SE, η Bio-Rad συνιστά το τμήμα ΙΤ σας να προσθέσει
στον λευκό κατάλογο τα ακόλουθα αρχεία και φακέλους στις ρυθμίσεις τείχους προστασίας στο λογισμικό
προστασίας από ιούς που είναι εγκατεστημένο στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE:ΦάκελοιnC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

ΑρχείαnΌλα τα αρχεία .exe που βρίσκονται στον φάκελο C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe και Rscript.exe (βρίσκονται στον φάκελο C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Οδηγός χρήσης | 349

Παράρτημα D Αντιμετώπιση προβλημάτων στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionΑρχείο καταγραφής εφαρμογής
Πριν την έναρξη μιας νέας δοκιμής, το σύστημα CFX Opus Dx ξεκινάει έναν αυτοδιαγνωστικό έλεγχο γιανα επιβεβαιώσει τη λειτουργία εντός των προδιαγραφών. Το λογισμικό καταγράφει τα αποτελέσματααυτού του ελέγχου στο αρχείο Run Log (Αρχείο καταγραφής δοκιμής) και στο Application Log (Αρχείο
καταγραφής εφαρμογής). Εάν παρατηρήσετε κάποιο πρόβλημα σε ένα ή περισσότερα πειράματα,ανοίξτε τα αρχεία καταγραφής δοκιμής και εφαρμογής για να μάθετε πότε παρουσιάστηκε το πρόβλημα.
Το CFX Maestro Dx SE Dx καταγράφει τις πληροφορίες σχετικά με την κατάσταση ενός οργάνου κατά τηδιάρκεια μιας δοκιμής στο Αρχείο καταγραφής εφαρμογής. Χρησιμοποιήστε αυτά τα αρχεία καταγραφής
για να παρακολουθείτε συμβάντα που συμβαίνουν σε όργανα και στο λογισμικό και για την αντιμετώπιση
προβλημάτων.

Για να ανοίξετε το αρχείο καταγραφής εφαρμογήςuΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε View (Προβολή) > Application Log (Αρχείο καταγραφής
εφαρμογής).

Για να προβάλετε το αρχείο καταγραφής εφαρμογής ως αρχείο HTML, κάντε κλικ στο κουμπί HTML
Report (Αναφορά HTML).

350 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑντιμετώπιση προβλημάτων

Ανάκτηση αρχείων καταγραφής εφαρμογής και υλικολογισμικού
Τα αρχεία καταγραφής εφαρμογής και υλικολογισμικού περιέχουν πληροφορίες που περιγράφουν
ενέργειες που διενεργούνται κατά τη χρήση του λογισμικού και την απόδοση των δοκιμών. Αυτά τα αρχεία
καταγραφής καταγράφουν επίσης τα σφάλματα λογισμικού και υλικολογισμικού που παρουσιάζονται
κατά τη λειτουργία του λογισμικού ή του οργάνου.

Για πρόσβαση στα αρχεία καταγραφής εφαρμογής και υλικολογισμικού:1.

Στο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), κάντε δεξί κλικ στο όργανο.

2.

Επιλέξτε Retrieve Log Files (Ανάκτηση αρχείων καταγραφής).

3.

Στο πλαίσιο διαλόγου Browse for Folder (Αναζήτηση φακέλου), επιλέξτε τον φάκελο προορισμού στοδίκτυό σας ή σε μια τοπική μονάδα δίσκου στην οποία θέλετε να αποθηκεύσετε τα αρχεία
καταγραφής.
Σημείωση: Ο φάκελος έχει τίτλο "Logs" (Αρχεία καταγραφής).

4.

Κάντε κλικ στο OK για να αποθηκεύσετε τα αρχεία.
Σημαντικό: Η αποθήκευση ενός αρχείου καταγραφής με το ίδιο όνομα αρχείου ως υπάρχον
αρχείο καταγραφής θα αντικαταστήσει το υπάρχον αρχείο καταγραφής.

Αντιμετώπιση προβλημάτων
Συνήθως, τα προβλήματα επικοινωνίας λογισμικού και οργάνων μπορούν να επιλυθούν με επανεκκίνηση
του υπολογιστή σας και του συστήματος. Φροντίστε να αποθηκεύσετε οποιαδήποτε εργασία βρίσκεται σεεξέλιξη πριν από την επανεκκίνηση.
Σημείωση: Βεβαιωθείτε ότι ο υπολογιστής σας διαθέτει επαρκή μνήμη RAM και ελεύθερο χώρο στονδίσκο. Η ελάχιστη μνήμη RAM είναι 4 GB και ο ελάχιστος χώρος στο σκληρό δίσκο είναι 128 GB.

Διακοπή ρεύματος
Σε περίπτωση διακοπής ρεύματος, το όργανο και ο υπολογιστής τίθενται εκτός λειτουργίας. Εάν ηδιακοπή ρεύματος είναι σύντομη, το όργανο θα συνεχίσει να εκτελεί ένα πρωτόκολλο, αλλά το Αρχείο
καταγραφής εφαρμογών θα σημειώσει τη διακοπή ρεύματος. Ανάλογα με τις ρυθμίσεις του υπολογιστή
και το χρονικό διάστημα απενεργοποίησης, το όργανο και το λογισμικό προσπαθούν να συνεχίσουν ναλειτουργούν ανάλογα με το βήμα του πρωτοκόλλου:nΕάν το πρωτόκολλο βρίσκεται σε ένα βήμα χωρίς ανάγνωση πλάκας, η εκτέλεση του πρωτοκόλλου
θα συνεχιστεί μόλις αποκατασταθεί η τροφοδοσία του οργάνου.

Οδηγός χρήσης | 351

Παράρτημα D Αντιμετώπιση προβλημάτων στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security EditionnΕάν το πρωτόκολλο βρίσκεται σε ένα βήμα με ανάγνωση πλάκας, το όργανο θα περιμένει τηνεπανεκκίνηση του λογισμικού και την αποκατάσταση της επικοινωνίας για τη συλλογή τωνδεδομένων. Σε αυτήν την περίπτωση, το πρωτόκολλο συνεχίζεται μόνο εάν η λειτουργία τουλογισμικού δεν τερματιστεί από τον υπολογιστή. Κατά την εκ νέου εκκίνηση του υπολογιστή και τουλογισμικού, το πρωτόκολλο θα συνεχιστεί.

Μεταφορά αρχείων στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE
Μπορείτε να μεταφέρετε αρχεία δεδομένων και καταγραφής που βρίσκονται στο όργανο στον σκληρό
δίσκο ενός συνδεδεμένου υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE.
Υπόδειξη: Όλα τα αρχεία στο φάκελο δεδομένων σε πραγματικό χρόνο στη βάση του οργάνου
μεταφέρονται στον υπολογιστή.
Σημείωση: Από τα όργανα CFX Opus Dx, μπορείτε να μεταφέρετε μόνο αρχεία καταγραφής. Όλα τααρχεία καταγραφής στο όργανο μεταφέρονται στον υπολογιστή.

Για να ανακτήσετε αρχεία από το όργανο1.

Στο παράθυρο Detected Instruments (Εντοπισμένα όργανα), κάντε δεξί κλικ στο επιθυμητό όργανοκαι επιλέξτε Retrieve Data Files (Ανάκτηση αρχείων δεδομένων).

2.

Επιλέξτε μια θέση φακέλου για να αποθηκεύσετε τα ανακτημένα αρχεία.

3.

Κάντε κλικ στο OK.

Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition - Μη αυτόματη
εγκατάστασηΓια να εγκαταστήσετε μη αυτόματα το CFX Maestro Dx SE
1.

Εάν είναι απαραίτητο, αποσυνδέστε τυχόν συνδεδεμένα όργανα από τον υπολογιστή.
Εντοπίστε και αποσυνδέστε το καλώδιο USB του οργάνου στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx
SE. Το άκρο που έχει εισαχθεί στο όργανο μπορεί να παραμείνει στη θέση του.

2.

Συνδεθείτε στον υπολογιστή με το CFX Maestro Dx SE με δικαιώματα διαχειριστή.

3.

Εισαγάγετε τη μονάδα USB του CFX Maestro Dx SE στη θύρα USB του υπολογιστή.

4.

Στην Εξερεύνηση των Windows, μεταβείτε στη μονάδα USB του CFX Maestro Dx SE και ανοίξτε την.

5.

Ανοίξτε τον φάκελο CFX και κάντε διπλό κλικ στο CFXMaestroDxSetup.exe για να εγκαταστήσετε το
CFX Maestro Dx SE.

6.

Ακολουθήστε τις οδηγίες που εμφανίζονται στην οθόνη για να εγκαταστήσετε το λογισμικό.

352 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΑντιμετώπιση προβλημάτων

Όταν ολοκληρωθεί η εγκατάσταση, η αρχική οθόνη για το Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security
Edition της Bio-Rad εμφανίζεται στην οθόνη του υπολογιστή και το εικονίδιο για το Λογισμικό CFX
Maestro Dx, Security Edition της Bio-Rad εμφανίζεται στην επιφάνεια εργασίας.
7.

Αφαιρέστε με ασφάλεια τη μονάδα USB του λογισμικού και εκκινήστε το CFX Maestro Dx SE.

Επανεγκατάσταση των προγραμμάτων οδήγησης
Για να επανεγκαταστήσετε τα προγράμματα οδήγησης του οργάνουuΣτο παράθυρο Home (Αρχικό), επιλέξτε Tools (Εργαλεία) > Reinstall Instrument Drivers(Επανεγκατάσταση προγραμμάτων οδήγησης οργάνου).

Σημείωση: Εάν έχετε προβλήματα με την επικοινωνία του λογισμικού με ένα σύστημα real-timeαφού έχετε επανεγκαταστήσει τα προγράμματα οδήγησης και έχετε ελέγξει τη σύνδεση USB,επικοινωνήστε με την Τεχνική υποστήριξη της Bio-Rad.

Οδηγός χρήσης | 353

Παράρτημα D Αντιμετώπιση προβλημάτων στο Λογισμικό CFX Maestro Dx, Security Edition354 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Οδηγός χρήσης | 355

Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

356 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author'sΟδηγός χρήσης | 357

Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU358 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Οδηγός χρήσης | 359

Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

360 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveonamediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andΟδηγός χρήσης | 361

Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the362 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:Οδηγός χρήσης | 363

Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this364 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which isΟδηγός χρήσης | 365Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

366 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Οδηγός χρήσης | 367

Παράρτημα E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products368 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SEΠαράρτημα F Βιβλιογραφικές αναφορές
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3,746–3,750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2,002–2,007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2nd ed (New York:SAGE Publications, Inc.).

Σ ημείωση περί πνευματ ικών δικαιωμάτ ων Minpack (1999) Π ανεπιστ ήμιο τ ου Σ ικάγ ο. Με τ ηνεπιφύλαξ η κάθε νόμιμου δικαιώματ ος .
Επιτρέπεται η αναδιανομή και χρήση σε πηγαία και δυαδική μορφή, με ή χωρίς τροποποίηση, υπό τονόρο ότι πληρούνται οι ακόλουθες προϋποθέσεις:1.

Οι αναδιανομές του πηγαίου κώδικα πρέπει να διατηρούν την παραπάνω σημείωση περίπνευματικών δικαιωμάτων, αυτή τη λίστα προϋποθέσεων και την ακόλουθη δήλωση αποποίησης
ευθύνης.

2.

Οι αναδιανομές σε δυαδική μορφή πρέπει να αναπαράγουν την παραπάνω σημείωση περίπνευματικών δικαιωμάτων, αυτή τη λίστα προϋποθέσεων και την ακόλουθη δήλωση αποποίησης
ευθύνης στην τεκμηρίωση ή/και σε άλλο υλικό που παρέχεται με τη διανομή.

3.

Η τεκμηρίωση του τελικού χρήστη που περιλαμβάνεται στην αναδιανομή, εάν υπάρχει, πρέπει ναπεριλαμβάνει την ακόλουθη αναγνώριση:Οδηγός χρήσης | 369

Παράρτημα F Βιβλιογραφικές αναφορές

«Αυτό το προϊόν περιλαμβάνει λογισμικό που αναπτύχθηκε από το Πανεπιστήμιο του Σικάγο, ωςΔιαχειριστής του Εθνικού Εργαστηρίου Argonne.»

370 | Λογισμικό CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, FranceΤηλ.: +33 (0)1 47 95 60 00
Φαξ: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135618 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122