PCR Real-Time

Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Revisi panduan: Mei 2022
Revisi perangkat lunak: 2.3

Panduan Pengguna
Versi 2.3

Perangkat Lunak CFX Maestro Dx,
Edisi Keamanan
Panduan Pengguna
Versi 2.3

Dukungan Teknis Bio-Rad™
Departemen Dukungan Teknis Bio-Rad di AS buka pada hari Senin sampai Jumat, pukul 05.00 hingga 17.00,
Waktu Pasifik.
Telepon: 1-800-424-6723, opsi 2
Email: Support@bio-rad.com (Khusus AS/Kanada)
Untuk bantuan teknis di luar AS dan Kanada, hubungi kantor dukungan teknis setempat atau klik tautan
Hubungi kami di bio-rad.com.

Pemberitahuan
Tidak ada bagian dari publikasi ini yang boleh diproduksi ulang atau ditransmisikan dalam bentuk apa pun
atau dengan cara apa pun, elektronik atau mekanis, termasuk fotokopi, rekaman, atau sistem penyimpananatau pengambilan informasi apa pun, tanpa izin tertulis dari Bio-Rad Laboratories, Inc..
Bio-Rad berhak untuk memodifikasi produk dan layanannya kapan saja. Panduan ini dapat berubah tanpa
pemberitahuan. Meskipun disiapkan untuk memastikan keakuratan, Bio-Rad tidak bertanggung jawab atas
kesalahan atau kelalaian, atau untuk kerusakan yang dihasilkan dari penerapan atau penggunaan informasi
ini.
BIO-RAD adalah merek dagang dari Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR adalah merek dagang dari Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen adalah merek dagang dari Biotium, Inc.
Semua merek dagang yang digunakan di sini adalah properti dari pemilik masing-masing.
Hak Cipta ©2022 olehBio-Rad Laboratories, Inc. Hak cipta dilindungi oleh undang-undang.

Penggunaan yang Dimaksudkan

Penggunaan yang Dimaksudkan
Sistem PCR Real-Time CFX Opus DxTM dengan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi KeamananTM
dimaksudkan untuk melakukan PCR berbasis fluoresensi untuk mendeteksi dan kuantitatif urutan asam
nukleat. Sistem dan perangkat lunak dimaksudkan untuk diagnostik in vitro yang dilakukan oleh teknisi
laboratorium terlatih. Sistem dimaksudkan untuk digunakan dengan tes asam nukleat diagnostik pihakketiga, yang telah diproduksi dan diberi label untuk tujuan diagnostik.

Leksikon Simbol

ProdusenNomor lot

Untuk Penggunaan Diagnostik In
Digunakan oleh

Vitro

Batas suhu

Nomor katalog

Konsultasikan instruksi penggunaan

Jumlah tes

Untuk digunakan dengan

Nomor seri

Hanya penggunaan yang ditujukan

Mengandung lateks

Panduan Pengguna | iii

Tanda CE - Regulasi(EU) 2017/746 IVDR

Terjemahan
Dokumen produk mungkin tersedia dalam bahasa tambahan pada media elektronik.

iv | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Riwayat Revisi

Riwayat Revisi
DokumenTanggalDeskripsi Perubahan

Perangkat Lunak CFX

Desember 2020

Ver A, Perilisan Awal

Mei 2022

n Diperbarui untuk mendukung CFX Opus Deepwell

Maestro Dx, Edisi Keamanan
Panduan Pengguna, 2.0(Doc ID #10000135622)
Perangkat Lunak CFX
Maestro Dx, Edisi Keamanan

Dx

Panduan Pengguna, 2.3

n Tabel Leksikon Simbol Diperbarui(Doc ID #10000135622)

n Menambahkan catatan keamanan siber ke
Pendahuluan

Panduan Pengguna | v

vi | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Daftar Isi
Penggunaan yang Dimaksudkaniii

Leksikon Simbol

iii

Terjemahan

iv

Riwayat Revisi

v

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan

17

Label Peringatan Keselamatan

17

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan

19

Kepatuhan Keselamatan

19

Kompatibilitas Elektromagnetik (EMC)

20

Catatan dan Peringatan EMC

21

Persyaratan Lingkungan

22

Bahaya23

Bahaya Hayati

23

Bahaya Kimia

25

Bahaya Zat Mudah Terbakar atau Meledak

25

Bahaya Listrik

26

Pengiriman

26

Baterai

26

Pembuangan

26

Garansi26

Bab 1 Pengantar

27

Fitur Utama Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

29

Mempelajari Selengkapnya

29

Bab 2 Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

31

Persyaratan Sistem

32

Menginstal Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

34

Mendeteksi Instrumen yang Terhubung
File Perangkat Lunak

35
36

Panduan Pengguna | vii

Daftar Isi

Bab 3 Mengelola Akun Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan 37
Memulai Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

38

Menambahkan Pengguna Microsoft Windows ke Komputer Perangkat Lunak CFX Maestro Dx,
Edisi Keamanan

40

Menambah dan Menghapus Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

42

Mengelola Peran Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

43

Melihat Peran dan Izin Anda

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

44

45

Secure File45

Bab 5 Ruang Kerja

55

Jendela Home (Beranda)

56

Startup Wizard (Wizard Penyalaan)57

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)

58

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)59

Jendela Data Analysis (Analisis Data)60

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

61

Jendela Home (Beranda)

62

Perintah Menu File

63

Perintah Menu View (Tampilan)

63

Perintah Menu User (Pengguna)

64

Perintah Menu Run (Pengoperasian)

65

Perintah Menu Tools (Peralatan)

65

Perintah Menu Help (Bantuan)

66

Perintah Toolbar

67

Startup Wizard (Wizard Penyalaan)

68

Status Bar (Bilah Status)

68

Panel Instrumen yang Terdeteksi

69

Menampilkan Properti suatu Instrumen

72

Sebelum Anda Memulai

73

Membuat Campuran Master Reaksi

73

Mengkalibrasi Pewarna Baru

75

Mengatur User Preferences (Preferensi Pengguna)79

viii | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Daftar Isi

Bab 7 Membuat Protokol

95

Parameter dan Rentang untuk Langkah Protokol

96

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)

98

Perintah Menu File

99

Perintah Menu Settings (Pengaturan)

99

Perintah Menu Tools (Peralatan)

99

Perintah Toolbar

99

Kontrol Pengedit Protokol

100

Membuat Protokol di Editor Protokol

104

Membuka File Protokol Baru di Protocol Editor (Editor Protokol)

104

Membuka Protokol yang Ada di Protocol Editor (Editor Protokol)

105

Menyiapkan Protokol Baru

107

Menambahkan Langkah ke Protokol

109

Menyisipkan Langkah Gradien

110

Menyisipkan Langkah GOTO

111

Menyisipkan Langkah Kurva Leleh

112

Menambah atau Menghapus Langkah Bacaan Pelat

114

Mengubah Step Options (Opsi Langkah)

114

Menghapus Langkah

115

Menyalin, Mengekspor, atau Mencetak Protokol

115

Membuat Protokol dengan Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis)

116

Menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta)

118

Tentang Kalkulator Ta

118

Bab 8 Menyiapkan Pelat

123

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)

124

Perintah Menu File

124

Perintah Menu Edit

125

Perintah Menu Settings (Pengaturan)

125

Perintah Menu Editing Tools (Peralatan Mengedit)

126

Perintah Toolbar

126

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)

128

Membuka File Pelat Baru di Plate Editor (Editor Pelat)

128

Membuka File Pelat yang Sudah Ada pada Plate Editor (Editor Pelat)

130

Mengatur File Pelat Baru

131

Panduan Pengguna | ix

Daftar Isi

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat

139

Menetapkan Target ke Lubang Kecil

139

Menetapkan Nama Sampel untuk Lubang Kecil

142

Menetapkan Kelompok Biologis ke Lubang-lubang Kecil

143

Menetapkan Nomor Replikasi Teknis ke Lubang Kecil

146

Menetapkan Seri Pengenceran ke Jenis Sampel Standar

147

Menyalin Isi Lubang Kecil ke Lubang Kecil Lain

149

Menambahkan Catatan ke Lubang Kecil

149

Mengosongkan Semua Konten dari Lubang Kecil

150

Mengubah Pengaturan Eksperimen

151

Membuat Kelompok Lubang Kecil

154

Mengubah Lacak Gaya156

Melihat, Mengekspor, dan Mengimpor Pelat dalam Format Spreadsheet

158

Membuat Layout Pelat Menggunakan Plate Setup Wizard (Wizard Penyiapan Pelat)

160

Menggunakan Plate Setup Wizard (Wizard Penyiapan Pelat)

Bab 9 Menjalankan Eksperimen
Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)Mengakses Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)

160

163
164
165

Tab Protocol (Protokol)

166

Tab Plate (Pelat)

169

Tab Start Run (Mulai Pengoperasian)172

Menjalankan Eksperimen
Kotak Dialog Run Details (Detail Pengoperasian)

173
175

Tab Run Status (Status Pengoperasian)175

Tab Real-time Status (Status Waktu Nyata)

178

Tab Time Status (Status Waktu)

181

Melakukan Eksperimen PrimePCR

182

Mentransfer Data Mandiri untuk Analisis

184

Mentransfer Data Melalui Email184

Mentransfer Data dari Sistem PCR Real-Time CFX Opus Dx

184

Mentransfer Data melalui Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

186

Mentransfer Data Menggunakan USB Drive

186

Mentransfer Data melalui Drive Jaringan Bersama Menggunakan Sistem PCR Real-Time CFX
Opus Dx
187

x | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Daftar Isi

Membuat File Data

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data
Jendela Analisis Data

187

189
189

Toolbar Analisis Data

190

Bilah Menu Analisis Data

191

Rincian Tab

195

Pemilih Nomor Langkah

195

Melihat Kelompok Lubang Kecil dalam Analisis Data

196

Mengubah Konten Lubang Kecil setelah Pengoperasian

196

Pengaturan Analisis Data

198

Menyesuaikan Ambang Batas

198

Pengaturan Batas Dasar

198

Analysis Mode (Mode Analisis)

199

Siklus untuk Analisis

200

Well Selector (Pemilih Lubang Kecil)

201

Item Menu Klik Kanan Well Selector (Pemilih Lubang Kecil)

202

Mengecualikan Sementara Lubang Kecil dari Analisis

203

Diagram204

Peralatan Diagram

204

Memperbesar Area dalam Diagram

212

Menyalin Diagram ke dalam File Microsoft

212

Item Menu Klik Kanan yang Umum untuk Diagram

212

Spreadsheet
Item Menu Klik Kanan yang Umum untuk Lembar Lajur
Export (Ekspor)

214
214
216

Mengekspor Semua Lembar Data

216

Mengekspor File RDML

217

Membuat File Ekspor Kustom

218

Mengekspor ke Folder LIMS

220

Mengekspor Data dengan Format Seegene220

Bab 11 Detail Analisis Data221

Tab Quantification (Kuantifikasi)

222

Opsi Fluorophore (Fluorofor)

222

Kotak Dialog Trace Styles (Lacak Gaya)

223

Panduan Pengguna | xi

Daftar Isi

Opsi Log Scale (Skala Log)

224

Diagram Kurva Standar

225

Opsi Menu Diagram Amplification (Amplifikasi)

226

Lembar Lajur Tab Quantification (Kuantifikasi)

226

Tab Quantification Data (Data Kuantifikasi)

228

Spreadsheet Hasil

228

Spreadsheet Standard Curve Results (Hasil Kurva Standar)

230

Spreadsheet Pelat

231

Spreadsheet RFU

232

Tab Melt Curve (Kurva Leleh)

233

Menyesuaikan Data Kurva Leleh235

Tab Melt Curve Data (Data Kurva Leleh)

236

Spreadsheet Melt Peaks (Puncak Leleh)

236

Spreadsheet Pelat

237

Spreadsheet RFU

238

Spreadsheet -d(RFU)/dT

239

Tab Titik Akhir

240

Data Hasil

241

Mengatur Titik Akhir Analisis Data

243

Lembar Lajur RFU untuk Analisis Titik Akhir

243

Tab Diskriminasi Alelik

244

Menyesuaikan Data untuk Diskriminasi Alelik

245

Opsi Menu Chart (Diagram)

246

Lembar Lajur Diskriminasi Alelik

246

Tab Tampilan Data Kustom
Membuat Tampilan Data Kustom
Tab QC

248
249
250

Mengubah Kriteria QC

251

Mengecualikan Lubang Kecil yang Gagal Pada Tahap QC

251

Tab Run Information (Informasi Pengoperasian)252

Laporan Analisis Data

253

Kategori Laporan Analisis Data

254

Membuat Laporan Analisis Data

257

Membuat Laporan Kelompok Lubang Kecil259

xii | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Daftar Isi

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

261

Penyiapan Pelat untuk Analisis Ekspresi Gen

261

Panduan Penyiapan Pelat

262

Diagram Gene Expression (Ekspresi Gen)

263

Pembuatan Grafik

264

Mengubah dan Menganotasi Tampilan Diagram

266

Menyesuaikan Data Ekspresi Gen

272

Pengaturan Eksperimen

274

Opsi Menu Klik Kanan

276

Lembar lajur Data

277

Opsi Show Details (Tampilkan Detail)279

Clustergram

282

Settings (Pengaturan)282

Opsi Menu Klik Kanan

282

Spreadsheet Data

282

Diagram Tebar

283

Settings (Pengaturan)283

Opsi Menu Klik Kanan

283

Spreadsheet Data

283

Lembar Lajur Hasil

285

Studi Gen

286

Kalibrasi Antar Pengoperasian

286

Kotak Dialog Studi Gen

287

Tab Study Setup (Penyiapan Studi)

287

Menyiapkan Studi Gen

288

Tab Analisis Studi

289

Kategori Laporan Studi Gen

290

Membuat Laporan Studi Gen

293

Lampiran A Perhitungan Analisis Data

295

Efisiensi Reaksi

295

Kuantitas Relatif

295

Kuantitas Relatif Saat Kontrol Dipilih

296

Deviasi Standar dari Kuantitas Relatif

296

Efisiensi Cq yang Dikoreksi (CqE)

297

Panduan Pengguna | xiii

Daftar Isi

Efisiensi Mean yang Dikoreksi Cq (MCqE)

297

Ekspresi Ternormalisasi

298

Kuantitas Relatif dan Ekspresi untuk Kelompok Biologis

299

Ekspresi Ternormalisasi Saat Kontrol Dipilih

299

Deviasi Standar untuk Ekspresi Ternormalisasi

300

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi Tertinggi

301

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi Terendah

301

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi Rata-rata

301

Deviasi Standar untuk Ekspresi Ternormalisasi yang Terukur

303

Error Bars (Bilah Eror) untuk Standar Deviasi (lg) dan Standar Kesalahan Mean (lg)304

Fold Change

305

Formula Nilai yang Dikoreksi

306

Perhitungan Selang Kepercayaan untuk Analisis Kelompok Biologis

307

Perhitungan Diagram Kotak Garis

307

Lampiran B Jejak Audit

309

Melihat Jejak Audit

309

Event yang Dapat Diaudit

311

Lampiran C Integrasi LIMS

315

Membuat File Data yang Kompatibel dengan LIMS

315

Mengatur Folder LIMS dan Opsi Data Export (Ekspor Data)

315

Membuat Protokol LIMS

317

Membuat File LIMS

317

Memulai Pengoperasian LIMS

322

Mengekspor Data ke LIMS

322

Lampiran D Pemecahan Masalah Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan325
Daftar putih File dan Folder Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

325

Application Log (Log Aplikasi)

326

Mengambil File Log Aplikasi dan Firmware
Pemecahan Masalah

327
327

Kegagalan Daya Listrik

327

Mentransfer File ke Komputer CFX Maestro Dx SE

328

Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan Secara manual

328

Menginstal Ulang Driver329

xiv | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Daftar Isi

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

331

Software Notices

332

ZedGraph

332

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Lampiran F Referensi

332
332

345

Panduan Pengguna | xv

Daftar Isi

xvi | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan
Sistem PCR CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx, dan CFX Opus Deepwell Dx Real-Time (dikenal dalampanduan ini sebagaiSistem CFX Opus Dx ) panas dingin sangat cepat selama operasi Untuk
pengoperasian sistem PCR waktu nyata yang aman,Bio-Rad sangat menganjurkan agar Anda mengikuti
spesifikasi keselamatan yang tercantum pada bagian ini dan pada keseluruhan manual ini.

Label Peringatan Keselamatan
Label peringatan yang dipasang di sistem Sistem CFX Opus Dx dan dalam manual ini memperingatkan
Anda tentang sumber cedera atau bahaya. Tabel 1 menentukan setiap label peringatan keselamatan.
Tabel 1 . Peringatan keamanan umum

Ikon

Arti
Mengoperasikan Sistem CFX Opus Dx sebelum membaca manual ini dapat
menimbulkan bahaya cedera pribadi. Penggunaan instrumen ini dengan cara yangtidak ditentukan dalam panduan ini atau oleh Bio-Rad dapat menyebabkan fitur
perlindungan instrumen menjadi lemah atau dinonaktifkan.
Tidak ada biohazards atau bahaya radioaktif yang terkait dengan Sistem CFX
Opus Dx itu sendiri. Bahaya tersebut hanya menjadi perhatian saat dimasukkan kesistem melalui sampel yang diuji. Saat menangani sampel bahan biologis yangberbahaya atau radioaktif, selalu patuhi pencegahan yang direkomendasikan dan
panduan spesifik untuk laboratorium dan lokasi Anda. Panduan tersebut harus
mencakup metode pembersihan, pemantauan, dan pembuangan bahan
berbahaya yang Anda gunakan.
Selain itu, seperti yang telah diidentifikasi di atas, terdapat risiko kecil ledakan,
atau keluarnya cairan atau uap dari wadah sampel. Saat bekerja dengan bahan
berbahaya, risiko cedera karena bahan yang keluar diperberat dengan risikobahwa bahan berbahaya tersebut dapat tersebar di dalam dan di sekitar
instrumen. Pengguna harus mengambil tindakan pencegahan yang tepat untuk
situasi semacam itu.

Panduan Pengguna | 17

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan

Tabel 1 . Peringatan keamanan umum, lanjutan

Ikon

Arti
Sistem CFX Opus Dx Sistem beroperasi pada suhu yang cukup tinggi untuk
menyebabkan luka bakar yang serius. Selalu luangkan waktu untuk membiarkanbalok sampel sampai kembali ke suhu ruang sebelum membuka penutup dan
mengambil sampel. Bahkan setelah blok sampel mendingin, area sekitarnya serta
pelat pemanas dapat tetap panas untuk beberapa waktu. Dalam situasi di manatidak ada cukup waktu untuk mendinginkan instrumen, penggunaan peralatan
pelindung seperti sarung tangan termal atau "sarung tangan oven" disarankan.
Keamanan dan kinerja sistem apa pun yang menggabungkan sistem Sistem CFX
Opus Dx sepenuhnya menjadi tanggung jawab perakit sistem.

Sistem CFX Opus Dx dapat menjadi cukup panas selama pengoperasian normal
dan menyebabkan cairan dalam sampel mendidih atau menguap, memberi
tekanan pada wadah sampel. Terdapat kemungkinan bahwa wadah sampel bisa
rusak, menyebabkan kebocoran, semburan cairan, atau ledakan dan
mengeluarkan uap atau cairan di dalam dan di sekitar instrumen.
Pengguna harus selalu mengoperasikan instrumen dengan penutup terpasang
atau memakai kacamata pengaman, sarung tangan termal, dan peralatan
pelindung diri lainnya selama pengoperasian untuk menghindari cedera. Membuka
instrumen saat sampel masih panas, seperti setelah membatalkan proses, dapat
menyebabkan wadah bertekanan bocor, menyemprot, atau menyemburkan
cairan. Selalu biarkan sampel menjadi dingin sebelum membuka penutup.
Pengguna tidak boleh menjalankan reaksi dengan penutup atau segel yangterbuka, longgar, tertusuk, atau rusak karena akan meningkatkan kemungkinanpecah atau ledakan yang berbahaya.
Pengguna tidak boleh menjalankan reaksi dengan reagen yang mudah menguapyang dapat meningkatkan kemungkinan pecah atau ledakan yang berbahaya.

18 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan
Kepatuhan Keselamatan
Sistem Sistem CFX Opus Dx diuji dan ditemukan sudah patuh dengan semua persyaratan standar
elektromagnetik dan keselamatan yang berlaku berikut ini:n

IEC 61010-1:2010 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — Bagian 1: Persyaratan umumn

IEC 61010-2-010:2019 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-010: Persyaratan khusus untuk peralatan laboratorium
untuk memanaskan bahannIEC 61010-2-081:2019 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-081: Persyaratan khusus untuk peralatan laboratorium
otomatis dan semi-otomatis untuk analisis dan tujuan lainn

IEC 61010-2-101:2018 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-101: Persyaratan khusus untuk peralatan medis
diagnostik in vitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk
pengukuran, kontrol, dan penggunaan laboratorium — Bagian 1: Persyaratan Umumn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk
pengukuran, kontrol, dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-010: Persyaratan khusus untuk
peralatan laboratorium untuk memanaskan bahann

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk
pengukuran, kontrol, dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-081: Persyaratan khusus untuk
peralatan laboratorium otomatis dan semi-otomatis untuk analisis dan tujuan lainn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran,kontrol, dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-101: Persyaratan khusus untuk peralatan medis
diagnostik in vitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — Bagian 1: Persyaratan umum

Panduan Pengguna | 19

Kepatuhan Peraturan dan KeselamatannEN 61010-2-010:2014 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-010: Persyaratan khusus untuk peralatan laboratorium
untuk memanaskan bahann

EN 61010-2-081:2015 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-081: Persyaratan khusus untuk peralatan laboratorium
otomatis dan semi-otomatis untuk analisis dan tujuan lainn

EN 61010-2-101:2017 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-101: Persyaratan khusus untuk peralatan medis
diagnostik in vitro (IVD)n

UL 61010-1:2012 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — Bagian 1: Persyaratan Umumn

UL 61010-2-010:2019 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-010: Persyaratan khusus untuk peralatan laboratorium
untuk memanaskan bahann

UL 61010-2-081:2019 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol,
dan penggunaan laboratorium — Bagian 2-081: Persyaratan khusus untuk peralatan laboratorium
otomatis dan semi-otomatis untuk analisis dan tujuan lainn

UL 61010-2-101:19 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — Bagian 2-101: Persyaratan khusus untuk peralatan medis diagnostik invitro (IVD)

Kompatibilitas Elektromagnetik (EMC)
Sistem CFX Opus Dx memenuhi semua persyaratan yang berlaku dari standar kompatibilitas
elektromagnetik berikut:n

IEC 61326-1:2012 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — persyaratan EMC — Bagian 1: Persyaratan umum. Diuji sebagai
perangkat Kelas A.

n

IEC 61326-2-6:2012 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — persyaratan EMC — Bagian 2–6: Persyaratan khusus – Peralatan
medis diagnostik in vitro (IVD)

20 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kepatuhan Peraturan dan KeselamatannEN 61326-1:2013 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — persyaratan EMC — Bagian 1: Persyaratan umum. Diuji sebagai
perangkat Kelas A.

n

EN 61326-2:-6:2013 Persyaratan keselamatan untuk peralatan listrik untuk pengukuran, kontrol, dan
penggunaan laboratorium — persyaratan EMC — Bagian 2–6: Persyaratan khusus – Peralatan
medis diagnostik in vitro (IVD)n

FCC Bagian 15, Subbagian B, Bagian 15.107 dan 15.109. Diuji sebagai perangkat digital Kelas A.

n

CAN ICES-003v6:2019 Standar peralatan penyebab gangguan, peralatan teknologi informasi(termasuk peralatan digital) — Batasan dan metode pengukuran. Diuji hingga batas Kelas A.

Catatan dan Peringatan EMC
nPeringatan: Perubahan atau modifikasi pada unit ini, yang tidak disetujui secara tersurat oleh
Bio-Rad, dapat membatalkan otoritas pengguna untuk mengoperasikan peralatan.

nCatatan: Peralatan ini telah diuji dan ditemukan mematuhi batas perangkat digital Kelas A, sesuai
dengan bagian 15 Aturan FCC. Batas tersebut ditujukan untuk menyediakan perlindungan yanglayak terhadap gangguan berbahaya saat peralatan dioperasikan di lingkungan komersial. Peralatan
ini menghasilkan, menggunakan, serta dapat memancarkan energi frekuensi radio dan, jika tidak
dipasang serta digunakan sesuai dengan buku petunjuk instruksi, dapat menyebabkan gangguan
berbahaya ke komunikasi radio. Pengoperasian peralatan ini di area permukiman mungkin dapat
menyebabkan gangguan berbahaya, yang membuat pengguna akan memerlukan penanganan yangtepat dengan biaya sendiri.

nCatatan terkait kepatuhan FCC: Meskipun instrumen ini telah diuji dan ditemukan mematuhi
Bagian 15, Subbagian B Aturan FCC untuk perangkat digital Kelas A, harap dicatat bahwa
kepatuhan ini bersifat sukarela, untuk instrumen yang memenuhi syarat sebagai “perangkat bebas”
menurut 47 CFR 15.103(c), selaras dengan regulasi FCC yang dikutip saat pembuatan peralatan.

nCatatan terkait kabel: Instrumen ini telah diuji kepatuhan EMC menggunakan kabel USB yangdirancang khusus, yang disertakan dengan instrumen. Kabel tersebut, atau penggantian resmi
Bio-Rad, harus digunakan dengan instrumen ini untuk memastikan kepatuhan berkelanjutan dengan
batas emisi EMC.

Panduan Pengguna | 21

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan

Persyaratan Lingkungan
Sistem CFX Opus Dx telah dirancang agar dapat dioperasikan dengan aman di bawah kondisi lingkunganyang tercantum dalam tabel berikut.
Tabel 2 . Sistem PCR Real-Time CFX Opus Dx persyaratan lingkungan

Parameter

Spesifikasi

Lingkungan

Hanya untuk penggunaan dalam ruangan

Ketinggian operasi

Sampai 2000 meter di atas permukaan laut

Suhu ruangan sekitar

15–31°C

Suhu transportasi dan penyimpanan–20° hingga 60°C**–4 hingga 140 °F

Kelembapan relatif

20% hingga 80% (tanpa kondensasi)***Daya operasi

100 hingga 240 VAC ±10%, 50/60 Hz, 850 W
Maks

Fluktuasi tegangan suplai listrik±10%

Penggunaan daya maksimum<850 watt

Sekring

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, pemutusan rangkaian
yang cepat (fast blow) (kuantitas 2)

Kategori Tegangan Berlebihan

II

Tingkat polusi

2*Mengoperasikan instrumen di luar kisaran suhu ini mungkin tidak memenuhi spesifikasi kinerja. Suhu
ruangan antara 5–40°C dianggap aman.
**Simpan dan angkut instrumen dalam wadah pengirimannya untuk memenuhi kondisi suhu ini.
***Pengoperasian instrumen pada suhu 4⁰C harus dibatasi hingga 18 jam pada kondisi ini. Tahan pada
4⁰C dapat dilakukan hingga 72 jam jika kelembaban kurang dari 60% (tanpa pengembunan).

22 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bahaya

BahayaSistem CFX Opus Dx adalah yang untuk beroperasi dengan aman bila digunakan dengan cara yangditentukan oleh pabrikan. Jika sistem atau salah satu komponen terkaitnya digunakan dengan cara yangtidak ditentukan oleh produsen, perlindungan bawaan yang diberikan oleh instrumen dapat terganggu.
Bio-Rad tidak bertanggung jawab atas cedera atau kerusakan apa pun yang disebabkan oleh
penggunaan peralatan ini dengan cara yang tidak ditentukan, atau dengan modifikasi pada instrumen
yang tidak dilakukan oleh Bio-Rad atau agen resmi. Layanan dari Sistem CFX Opus Dx harus dilakukan
hanya oleh Personil Bio-Rad yang terlatih .

Bahaya Hayati
Sistem CFX Opus Dx adalah produk Namun demikian, jika terdapat sampel yang berbahaya secara
hayati, ikuti pedoman berikut ini dan patuhi segala pedoman lokal yang berlaku di laboratorium dan lokasi
Anda.
Catatan: Tidak ada pemakaian zat yang berbahaya secara hayati selama pengoperasian normal
instrumen ini.

Tindakan Pencegahan Umumn

Selalu kenakan jas laboratorium, sarung tangan laboratorium, dan kacamata pengaman dengan
pelindung samping atau kacamata pelindung.

nJauhkan tangan Anda dari mulut, hidung, dan mata Anda.

n

Lindungi sepenuhnya potongan atau abrasi apa pun sebelum bekerja dengan bahan yangberpotensi menular.

nCuci tangan Anda secara menyeluruh dengan sabun dan air setelah bekerja dengan bahan yangberpotensi menular sebelum meninggalkan laboratorium.

n

Lepaskan jam tangan dan perhiasan sebelum bekerja di meja lab.

n

Simpan semua bahan yang menular atau berpotensi menular dalam wadah anti-bocor yang tidakbisa pecah.

nSebelum meninggalkan laboratorium, lepaskan pakaian pelindung.

nJangan menggunakan tangan yang masih menggunakan sarung tangan untuk menulis, menjawab
telepon, menyalakan sakelar lampu, atau menyentuh apa pun yang orang lain mungkin sentuh tanpa
sarung tangan.

nSering-seringlah mengganti sarung tangan. Segera lepaskan sarung tangan jika sarung tangantersebut terkontaminasi dengan jelas.

Panduan Pengguna | 23

Kepatuhan Peraturan dan KeselamatannJangan paparkan bahan yang tidak dapat didekontaminasi dengan baik ke bahan yang berpotensi
menular.

n

Setelah menyelesaikan operasi yang melibatkan bahan berbahaya hayati , lakukan dekontaminasi
area kerja dengan disinfektan yang sesuai (sebagai contoh, pengenceran 1:10 pemutih rumah
tangga).

24 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

BahayaDekontaminasi Permukaan
PERINGATAN! Untuk mencegah sengatan listrik, selalu matikan dan cabut daya
instrumen sebelum melakukan prosedur dekontaminasi.

Area berikut dapat dibersihkan dengan semua disinfektan fungisida, virusida, dan bakterisida grade
rumah sakit:nPenutup bagian luar dan chassisnPermukaan blok sampel bagian dalam dan lubang kecil blok sampelnPanel kontrol dan tampilan

Untuk mempersiapkan dan menyemprot disinfektan, lihat instruksi yang disediakan oleh produsen
produk. Selalu bilas blok sampel dan lubang kecil blok sampel beberapa kali dengan air setelah
menyemprotkan disinfektan. Keringkan blok sampel dan lubang kecil blok sampel secara menyeluruh
setelah dibilas dengan air.
Penting: Jangan gunakan detergen abrasif atau yang bersifat korosif atau larutan basa kuat.
Larutan atau deterjen tersebut dapat menggores permukaan dan merusak blok sampel,
menyebabkan hilangnya presisi kontrol panas.

Pembuangan Material Bahaya Hayati
Buang bahan yang berpotensi terkontaminasi berikut ini sesuai dengan peraturan laboratorium lokal,
regional, dan nasional:nSampel klinisnReagennBejana reaksi bekas atau barang habis pakai lain yang mungkin terkontaminasi

Bahaya Kimia
Sistem CFX Opus Dx Sistem tidak mengandung bahan kimia yang berpotensi berbahaya.

Bahaya Zat Mudah Terbakar atau Meledak
Sistem CFX Opus Dx sistem tidak menimbulkan bahaya yang tidak biasa terkait dengan mudah terbakar
atau meledak bila digunakan dengan cara yang benar sebagaimana ditentukan olehBio-Rad
Laboratorium.

Panduan Pengguna | 25

Kepatuhan Peraturan dan Keselamatan

Bahaya Listrik
Sistem CFX Opus Dx menimbulkan bahaya listrik yang tidak biasa bagi operator jika dipasang dan
dioperasikan dengan benar tanpa modifikasi fisik dan terhubung ke sumber daya dengan spesifikasi yangtepat.

Pengiriman
Sebelum memindahkan atau mengirim Sistem CFX Opus Dx , prosedur dekontaminasi harus dilakukan.
Selalu pindahkan atau kirimkan sistem dalam wadah terpisah di bahan kemasan Bio-Rad yangdisediakan, yang melindungi sistem dari kerusakan.
Untuk informasi mengenai pengangkutan sistem dan untuk meminta bahan kemasan yang sesuai,
hubungi kantor Bio-Rad setempat Anda.

Baterai
Sistem CFX Opus Dx menggunakan satu baterai sel koin logam litium 3 V untuk mempertahankan
pengaturan waktu jika daya AC mati. Jika waktu tidak berfungsi setelah unit dimatikan, ini mungkinmengindikasikan bahwa baterai melemah.
PERINGATAN! Jangan mencoba mengganti baterai. Mereka tidak dapat diservis oleh
pengguna. Sebaliknya, hubungi Dukungan Teknis Bio-Rad untuk bantuan.

Hanya untuk Negara Bagian California, ASnBahan perklorat — Baterai litium mengandung bahan perklorat, mungkin diperlukan penanganankhusus. Lihat www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Pembuangan
SistemSistem CFX Opus Dx berisi bahan-bahan listrik; bahan tersebut harus dibuang sebagai limbahyang tidak disortir dan harus dikumpulkan secara terpisah, menurut Arahan Uni Eropa 2012/19/EU
tentang limbah peralatan listrik dan elektronik — Arahan WEEE. Sebelum dibuang, hubungi perwakilan
Bio-Rad setempat Anda untuk instruksi yang spesifik di setiap negara.

Garansi
Sistem CFX Opus Dx aksesori terkaitnya dicakup oleh jaminan Bio-Rad standar. Hubungi kantor Bio-Rad
setempat untuk detail mengenai garansi.

26 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 1 Pengantar
Sistem amplifikasi PCR Bio-Rad yang berkinerja tinggi menampilkan kemajuan teknologi terkini,memberikan akurasi dan reprodusibilitas yang lebih besar dalam amplifikasi asam nukleat untuk
eksperimen genomik.
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan Bio-Rad kompatibel dengan instrumen-instrumen
berikut dan menampilkan pengoperasian file yang dioptimalkan untuk primer PrimePCR Bio-Rad dan uji
probe:nSistem PCR Real-Time Opus 96 Dx CFX (dalam panduan ini dikenal sebagai CFX Opus 96 Dx)nSistem PCR Real-Time Opus 384 Dx CFX (dalam panduan ini dikenal sebagai CFX Opus 384 Dx)n

CFX Sistem PCR Waktu Nyata Opus Deepwell Dx (dikenal dalam panduan ini sebagai CFX Opus
Deepwell Dx)

Panduan Pengguna | 27

Bab 1 Pengantar

Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan (dikenal dalam panduan ini sebagai
CFX Maestro Dx SE) Anda dapat menginterpretasikan data yang rumit dan membuat studi yang kuat
untuk analisis genetik. Hanya dengan beberapa klik, Anda dapat menyiapkan studi dan memahami studi
ekspresi gen Anda dengan peralatan seperti t-test, ANOVA satu arah, analisis kontrol PrimePCR, danalat pemilih gen referensi. Kemudian Anda dapat menyiapkan hasil untuk publikasi dan poster dengan
visualisasi data yang sangat mudah disesuaikan dan alat anotasi dari CFX Maestro Dx SE.
Catatan: Tampilan beberapa layar di CFX Maestro mungkin tampak berbeda dari yang ditampilkan
dalam panduan pengguna ini. Tampilan dalam perangkat lunak sudah benar, dan fungsinya sama.
Penting: Keamanan siber (cybersecurity) adalah tindakan melindungi aset di dunia maya dariserangan siber. Bio-Rad memiliki kemampuan melakukan keamanan siber untuk mengamankan
orang, informasi, sistem, dan reputasinya di dunia maya. Dunia maya adalah dunia yang selalu aktif
dan terhubung secara teknologi, yang di dalamnya terdapat orang, organisasi, informasi, dan
teknologi.
Penting untuk segera bereaksi cepat dalam masalah keamanan siber! Jika Anda menduga adanya
kemungkinan masalah keamanan siber pada instrumen Anda atau adanya pelanggaran keamanan siber
di situs Anda, hubungi perwakilan Bio-Rad untuk segera mendapatkan dukungan teknis.

28 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Fitur Utama Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Fitur Utama Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi
Keamanan
Dengan CFX Maestro Dx SE, Anda dapat melakukan hal berikut:nMenganalisis data menggunakan diagram batang, clustergram, atau diagram sebar untuk
menginterpretasikan dan memahami hasil Anda dengan lebih cepat.

nMenyesuaikan representasi data Anda dan mengekspor grafik beresolusi tinggi untuk pembuatan
laporan dan publikasi.

nMenentukan kualitas RNA dan eksperimen pemecahan masalah dengan kontrol analisis PrimePCR.

nMemilih gen referensi yang sesuai dan menganalisis stabilitasnya dengan alat penyeleksi Reference
Gene (Gen Referensi).

nMelakukan analisis statistik, termasuk ANOVA satu arah dalam analisis ekspresi gen.

Panduan pengguna ini menjelaskan fitur berikut dan cara menggunakannya.

Mempelajari Selengkapnya
Setelah menginstal CFX Maestro Dx SE dan mengatur Instrumen PCR Bio-Rad terkait, Anda dapat
mengakses panduan ini dan juga detailnya CFX Maestro Dx SE topik bantuan dari menu Bantuan dalamtampilan apa pun.
Tip: Klik logo Bio-Rad di ujung kanan atas jendela CFX Maestro Dx SE apa pun untuk membuka
situs web Bio-Rad. Situs ini menyertakan tautan ke catatan teknis, manual, video, informasi produk,
dan bantuan teknis. Situs ini juga menyediakan banyak sumber daya teknis dalam berbagai metodedan aplikasi yang berkaitan dengan PCR, PCR waktu nyata, dan ekspresi gen.

Panduan Pengguna | 29

Bab 1 Pengantar

30 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 2 Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro
Dx, Edisi Keamanan
Bab ini menjelaskan cara memasang perangkat lunak Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi
Keamanan. Untuk informasi tentang pengaturan instrumen PCR waktu nyata yang didukung Bio Rad,lihat panduan yang sesuai.
CFX Maestro Dx SE diperlukan untuk menganalisis data PCR waktu nyata dari sistem Real-Time CFX
Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx, dan CFX Opus Deepwell Dx. Anda juga dapat menggunakan perangkat
lunak ini untuk mengontrol sistem-sistem ini dalam mode yang dikendalikan perangkat lunak.
Sistem CFX Opus Dx dikirimkan dengan kabel USB di dalam tas Aksesori. Gunakan kabel USB untuk
menghubungkan komputer yang mengoperasikan CFX Maestro Dx SE ke Sistem CFX Opus Dx.
Lepas material pengepakan dan simpan untuk pemakaian pada masa mendatang. Jika item hilang atau
rusak, hubungi kantor Bio-Rad lokal Anda.

Panduan Pengguna | 31

Bab 2 Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Persyaratan Sistem
Tabel 3 mencantumkan persyaratan sistem minimum dan yang direkomendasikan untuk komputer yangmenjalankan CFX Maestro Dx SE.
Tabel 3 . Persyaratan komputer untuk CFX Maestro Dx SE

SistemMinimum

Direkomendasikan

Sistem Operasi

Microsoft Windows 10 (hanya 64-

Microsoft Windows 10 (hanya 64-bit), build 1511bit), build 1511 atau lebih baru,

atau lebih baru, dengan pembaruan keamanan

dengan pembaruan keamanan

terbaru.

terbaru.
Catatan: Windows 11 juga mendukung Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan.
Penting: Secure Boot harus dinonaktifkan pada komputer yang sedang menjalankan CFX Maestro Dx
SE. Komputer yang menjalankan CFX Maestro Dx SE harus dikonfigurasi sedemikian rupa sehingga
tidak secara otomatis memulai ulang setelah pembaruan sistem atau keamanan jika operasi sedang
berlangsung. Hubungi administrator sistem Anda untuk mendapatkan bantuan.
Port

2 USB 2.0 port berkecepatan

2 USB 2.0 port berkecepatan tinggi

tinggiRuang hard disk

128 GB

128 GB

Kecepatan

2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

RAM 4 GBRAM 8 GB

Resolusi layar

1024 x 768 dengan true-color

1280 x 1024 dengan true-color mode (modemode (mode warna sejati)

warna sejati)prosesor

Pembaca PDF

Adobe PDF Reader atau Windows PDF Reader
dari salah satu Microsoft Office Suite yang
didukung:
n 2016n 2019Lokalisasi

OS Microsoft Windows 64-bit

OS Microsoft Windows 64-bit yang mendukungyang mendukung dalam bahasa

dalam bahasa Inggris, Mandarin, dan Rusia

Inggris, Mandarin, dan Rusia

32 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Persyaratan Sistem

Catatan: Jika berencana menjalankan perangkat lunak CFX Automation Control di komputer yangsama dengan CFX Maestro Dx SE, atur resolusi layar menjadi 1280 x 1024 dengan true-color mode
(mode warna alami).

Panduan Pengguna | 33

Bab 2 Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Menginstal Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE
Penting: Anda harus memutuskan semua instrumen yang terhubung dari komputer CFX Maestro Dx
SE sebelum Anda memasang atau memutakhirkan perangkat lunak. Anda tidak perlu mematikan
instrumen selama pemasangan perangkat lunak. Pastikan Anda telah menyimpan semua
pengoperasian dan tidak ada eksperimen yang sedang berjalan.
Catatan: Pastikan Secure Boot dinonaktifkan sebelum memulai prosedur pemasangan. Pastikan
komputer telah dikonfigurasi sedemikian rupa sehingga tidak secara otomatis memulai ulang setelah
pembaruan sistem atau keamanan jika proses sedang berlangsung. Hubungi administrator sistem
Anda untuk mendapatkan bantuan.

Untuk memasang perangkat lunak CFX Maestro Dx SE
1.

Jika perlu, putuskan semua sambungan instrumen dari komputer.
Cari dan putuskan sambungan kabel USB instrumen pada komputer CFX Maestro Dx SE. Ujungyang dimasukkan dalam Sistem CFX Opus Dx boleh dibiarkan pada tempatnya.

2.

Masuk ke komputer CFX Maestro Dx SE dengan hak akses administratif.

3.

Masukkan drive USB perangkat lunak CFX Maestro Dx SE ke port USB komputer.

4.

Pada Windows Explorer, cari dan buka drive USB perangkat lunak CFX Maestro Dx SE.
Drive USB berisi Release Notes (Catatan Rilis) dan folder berikut:
n

CFX

n

Drivern

Firmwaren

Quick Start (Mulai Cepat)
Bersama dengan file lainnya, folder CFX berisi CFX Maestro Dx SE penginstal perangkat lunak(CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Buka folder CFX dan klik dua kali CFXMaestroDxSetup.exe untuk memulai pemasang.

6.

Ikuti petunjuk pemasangan di layar.
Setelah selesai, ikon Bio-Rad Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan muncul di desktop
komputer.
Tip: Pemasang CFX Maestro secara otomatis menginstal panduan pengguna Perangkat Lunak
CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan. Untuk menemukan panduan ini, navigasikan ke menu
Bantuan dan pilih Buka Panduan Pengguna.

7.

Setelah pemasangan selesai, Anda dapat mengeluarkan drive USB perangkat lunak dengan aman.

34 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menginstal Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mendeteksi Instrumen yang Terhubung
Selama pemasangan, pemasang CFX Maestro Dx SE secara otomatis memasang driver instrumen ke
komputer CFX Maestro Dx SE. CFX Maestro Dx SE mendeteksi instrumen yang terhubung saat Anda
memulai perangkat lunak.

Untuk mendeteksi instrumen yang terhubung
1.

Jika Anda belum melakukannya, masukkan ujung kotak (male) kabel USB Tipe B yang disediakan ke
port USB Tipe B yang berada di belakang instrumen.

2.

Masukkan ujung (port) lainnya ke port USB pada komputer CFX Maestro Dx SE.

3.

Jika instrumen belum menyala, tekan tombol power di belakang instrumen untuk menyalakannya.

4.

Mulai CFX Maestro Dx SE.

Perangkat lunak secara otomatis mendeteksi instrumen yang terdeteksi dan menampilkan namanya dipanel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi) pada jendela Home (Beranda).
Catatan: Jika instrumen tidak muncul di panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi),
pastikan bahwa kabel USB terpasang dengan benar. Untuk menginstal ulang driver, pada jendela
Home (Beranda) di CFX Maestro Dx SE pilih Tools (Peralatan) > Reinstall Instrument Drivers (Instal
Ulang Driver Instrumen).

Panduan Pengguna | 35

Bab 2 Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

File Perangkat Lunak
Tabel 4 berisi daftar tipe file CFX Maestro Dx SE.
Tabel 4 . CFX Maestro Dx SE jenis file

Jenis File

Ekstensi

DetailProtokol.prcl

Berisi detail pengaturan protokol untuk menjalankan PCR.

Pelat

.pltd

Berisi detail pengaturan pelat untuk melakukan PCR.

Data

.pcrd

Berisi hasil eksperimen yang dijalankan dan analisis PCR.

PrimePCR dijalankan.csv

Berisi tata letak protokol dan pelat untuk pelat PrimePCR.

Studi gen.mgxd

Berisi hasil beberapa PCR run dan analisis ekspresi gen.

File pradata mandiri.zpcr

Berisi pembacaan flouresens dari pengoperasian mandiri
yang dikonversi ke file data.

LIMS

.plrn

Berisi pengaturan pelat dan informasi protokol yangdiperlukan untuk melakukan pengoperasian yang
kompatibel dengan LIMS.

JSON

.json

File hanya-baca yang dibuat hanya oleh sistem CFX Opus
Dx, file ini berisi data file proses yang muncul di panel detaildi Browser File saat file proses dipilih. File ini dibuat setelahproses selesai. File tersebut diekspor dengan file .zpcr dan
disimpan dengan file data ketika Simpan Lokasi adalah
drive USB maupun folder jaringan bersama.

36 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 3 Mengelola Akun Pengguna Perangkat
Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan
Pada Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan, pengguna masuk dengan nama penggunadan sandi Windows mereka. Orang yang memasang CFX Maestro Dx SE secara otomatis memiliki peransebagai Administrator dan dapat membuat serta mengelola akun dan peran pengguna. Semua penggunalain harus diberi akun pengguna agar dapat masuk dan menggunakan perangkat lunak.
Penting: Setiap pengguna harus memiliki akun Windows dan kata sandi di CFX Maestro Dx SE
komputer sebelum Anda dapat memberikan akun dan peran pengguna. Pengguna dapat menjadi
anggota grup Windows Users (Pengguna Windows) atau grup Windows Administrator (Administrator
Windows). Anggota grup Windows Users (Pengguna Windows) hanya dapat mengakses file danfolder CFX Maestro Dx SE miliki mereka sendiri. Anggota grup Windows Administrator (Administrator
Windows) dapat mengakses file dan folder milik semua pengguna di komputer.
Bagian ini menjelaskan cara membuat pengguna Microsoft Windows agar dapat menambahkan
pengguna ke CFX Maestro Dx SE. Bagian ini juga menjelaskan cara menambahkan pengguna
CFX Maestro Dx SE dan mengelola peran dan izin pengguna.

Panduan Pengguna | 37

Bab 3 Mengelola Akun Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Memulai Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan
Catatan: Setiap pengguna harus masuk dengan nama pengguna dan kata sandi Windows mereka.

Untuk memulai CFX Maestro Dx SE
1.

Pada CFX Maestro Dx SE desktop komputer, klik ikon pintasan CFX Maestro Dx SE dua kali untuk
memulai aplikasi.

2.

Di kotak dialog Login, ketik kata sandi Windows Anda dan klik OK.

CFX Maestro Dx SE membuka ke jendela Home (Beranda). Bilah judul menampilkan nama
pengguna Windows dari pengguna yang masuk, dan bilah menu menampilkan stiker biru yangmengindikasikan bahwa perangkat lunak tersebut sesuai dengan 21 CFR Part 11, misalnya:

38 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Memulai Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Panduan Pengguna | 39

Bab 3 Mengelola Akun Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Menambahkan Pengguna Microsoft Windows ke Komputer
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan
Semua pengguna harus masuk ke komputer CFX Maestro Dx SE dengan nama pengguna dan kata sandi
Windows mereka. Untuk pelacakan audit yang akurat, akun pengguna Windows tidak dapat ditambahkan
melalui kotak dialog Start (Mulai) > Settings (Pengaturan) > Account (Akun). Akun pengguna Windows
harus ditambahkan melalui konsol Computer Management (Manajemen Komputer).
Penting: Perubahan yang dilakukan pada properti pengguna Windows (termasuk nama Pengguna
dan Nama Lengkap) setelah Anda membuat pengguna CFX Maestro Dx SE yang terkait akan
membatalkan pengguna CFX Maestro Dx SE. Pastikan informasinya benar sebelum menyimpan
pengguna Windows dan membuat pengguna CFX Maestro Dx SE yang terkait.
Tip: Tinjau dokumentasi Administrasi Microsoft Windows dan temui administrator sistem Windows
Anda untuk informasi lebih lanjut sebelum membuat akun Windows.

Untuk menambahkan akun pengguna Windows ke komputer CFX Maestro Dx SE
1.

Masuk ke komputer CFX Maestro Dx SE sebagai anggota grup Administrator Windows.

2.

Pada desktop, klik kanan My Computer (Komputer Saya) dan pilih Manage (Kelola) untuk membuka
konsol Computer Management (Manajemen Komputer).

3.

Pada konsol Computer Management (Manajemen Komputer), luaskan Local Users and Groups(Pengguna dan Grup Lokal).

4.

Klik kanan folder Users (Pengguna) dan pilih New User (Pengguna Baru) untuk membuka kotak
dialog New User (Pengguna Baru).

40 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menambahkan Pengguna Microsoft Windows ke Komputer Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

5.

6.

Di kotak dialog New User (Pengguna Baru), Anda harus melengkapi bidang berikut ini:n

User name (Nama pengguna)n

Full name (Nama lengkap)nPassword (Kata sandi)nConfirm Password (Konfirmasi Kata Sandi)

Klik Create (Buat)

Panduan Pengguna | 41

Bab 3 Mengelola Akun Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Menambah dan Menghapus Pengguna Perangkat Lunak CFX
Maestro Dx, Edisi Keamanan
Tip: Hanya pengguna dengan peran Administrator CFX Maestro Dx SE yang dapat membuat dan
menghapus akun pengguna CFX Maestro Dx SE. Orang yang memasang CFX Maestro Dx SE
secara otomatis memiliki peran Administrator. Orang tersebut dapat memberikan peran
Administrator kepada pengguna lain.
Catatan: Pada CFX Maestro Dx SE, setidaknya satu pengguna harus ditugaskan untuk peran
Administrator.

Untuk menambahkan akun pengguna CFX Maestro Dx SE
1.

Verifikasikan bahwa setiap pengguna yang dituju adalah anggota grup Pengguna Windows atau
grup Administrator Windows dan memiliki kata sandi Windows di komputer CFX Maestro Dx SE.

2.

Mulai CFX Maestro Dx SE dan masuk sebagai Administrator.

3.

Pada jendela Home (Beranda), pilih User (Pengguna) > User Administration (Administrasi
Pengguna).
Kotak dialog User Administration (Administrasi Pengguna) muncul.

42 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mengelola Peran Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

4.

Di bagian Manage Users (Kelola Pengguna), berikan informasi berikut untuk setiap pengguna:n

User Name (Nama pengguna) - dalam CFX Maestro Dx SE, ini harus merupakan namamasuk Windows pengguna tersebut.

nFull Name (Nama lengkap) - nama lengkap pengguna tersebut.
Nama ini muncul di bidang Full User (Pengguna Lengkap) pada jejak audit. Nama ini harus
sama dengan nama yang dimasukkan di bidang Full Name (Nama Lengkap) saat pengguna
Windows dibuat.

nRole (Peran) - peran yang akan diberikan kepada pengguna.
Catatan: Anda hanya dapat memilih satu peran dari daftar tarik turun. Lihat Mengelola
Peran Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan untuk informasi lebih
lanjut.

n

Domain - domain Windows tempat pengguna mengakses perangkat lunak tersebut.
Hubungi administrator sistem Windows Anda untuk informasi lebih lanjut.

5.

Klik OK dan kemudian klik Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan dan tutup kotak dialog User
Administration (Administrasi Pengguna).

Untuk menghapus akun pengguna CFX Maestro Dx SE
1.

Mulai CFX Maestro Dx SE dan masuk sebagai Administrator.

2.

Di jendela Home (Beranda), pilih User (Pengguna) > User Administration (Administrasi Pengguna)untuk membuka kotak dialog User Administration (Administrasi Pengguna).

3.

Pada panel Manage Users (Kelola Pengguna), pilih Remove (Hapus) untuk setiap pengguna yang
Anda ingin hapus.

4.

Klik OK dan kemudian klik Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan dan tutup kotak dialog User
Administration (Administrasi Pengguna).

Mengelola Peran Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx,
Edisi Keamanan
Penting: CFX Maestro Dx SE mensyaratkan bahwa setidaknya satu pengguna diberikan peran
Administrator. Anda dapat menugaskan peran ini kepada lebih dari satu pengguna.
CFX Maestro Dx SE memiliki empat peran pengguna. Setiap pengguna harus memiliki peran agar dapat
mengakses perangkat lunak. Meskipun pengguna hanya dapat memiliki satu peran, Anda dapat
mengubah peran pengguna kapan saja.

Panduan Pengguna | 43

Bab 3 Mengelola Akun Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Kecuali untuk peran Administrator, Anda dapat mengubah izin yang diberikan kepada setiap peran.
Semua pengguna yang diberi peran hanya memiliki izin untuk peran tersebut.
Secara default, hak untuk setiap peran adalah sebagai berikut:nAdministrator - peran ini memiliki semua izin; Anda tidak dapat mengubah izin-izin ini.

nPrinsipal - peran ini memiliki semua izin kecuali untuk menyiapkan email.

n

Operator - peran ini memiliki semua izin kecuali untuk melewati siklus dan mengatur email.

n

Guest (Tamu) - peran ini hanya dapat membaca file.

Saat menetapkan peran pada CFX Maestro Dx SE, tentukan persyaratan untuk setiap pengguna dengan
cermat. Misalnya, tanpa izin untuk menyimpan, pengguna yang memiliki peran Tamu tidak akan dapat
menandatangani file. Tanpa izin untuk mengatur akun email, tidak ada peran yang akan menerima email
saat proses selesai.

Untuk mengubah izin sebuah peran
1.

Mulai CFX Maestro Dx SE dan masuk sebagai Administrator.

2.

Di jendela Home (Beranda), pilih User (Pengguna) > User Administration (Administrasi Pengguna)untuk membuka kotak dialog User Administration (Administrasi Pengguna).

3.

Di bagian Manage Rights (Kelola Hak), kosongkan setiap peran atau pilih kotak centang untuk izin
tertentu yang diperlukan.

4.

Klik OK dan kemudian klik Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan dan tutup kotak dialog User
Administration (Administrasi Pengguna).

Melihat Peran dan Izin Anda
Tip: Pengguna yang diberi peran pengguna Principal (Kepala), Operator, atau Guest (Tamu) hanya
dapat melihat pengaturan, hak, dan peran pengguna mereka. Pengguna yang diberi peran
Administrator dapat melihat semua izin dan peran pengguna.

Untuk melihat peran dan hak pengguna Anda saat iniuDi jendela Home (Beranda), pilih User (Pengguna) > User Administration (Administrasi Pengguna).

Hubungi administrator CFX Maestro Dx SE Anda untuk memodifikasi pengaturan, hak, dan peran
pengguna yang terdaftar di jendela User Administration (Administrasi Pengguna).

44 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX
Maestro Dx, Edisi Keamanan
Penting: Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan menggunakan User Authentication(Autentikasi Pengguna) Microsoft Windows untuk memverifikasi akses ke file data CFX yang aman.
Hubungi administrator Windows Anda untuk membuat lingkungan yang sesuai dengan persyaratan
21 CFR Bagian 11.
Menggunakan CFX Maestro Dx SE, pengguna dapat:nMenandatangani data dan file studi gen.

n

Melindungi file data dengan kata sandi.

n

Melihat dan mencetak jejak audit.

Bagian ini menjelaskan fitur-fitur ini secara mendetail.

Secure File
Secara default, CFX Maestro Dx SE menyimpan secure file di folder pribadi pengguna yang masuk, yangterletak di
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Anda dapat menyimpan dan mengedit file .pcrd di folder tersebut. Folder ini berisi tautan ke folder lain(misalnya, Folder File Sampel) yang berisi file yang bersifat baca-saja. Namun, administrator dapat
menghapus konten folder tersebut.
Tip: Alternatifnya, administrator sistem Windows Anda dapat membuat folder bersama dan
administrator CFX Maestro Dx SE Anda dapat memprogram perangkat lunak untuk menyimpan
semua file di folder tersebut.
Di CFX Maestro Dx SE pelat, protokol, data, dan file studi gen ditandai sebagai aman saat disimpan.
Anda dapat membuat file ini di perangkat lunak CFX Maestro atau di CFX Maestro Dx SE. Setelah
disimpan di CFX Maestro Dx SE, Anda hanya dapat membuka file ini di CFX Maestro Dx SE.
CFX Maestro Dx SE membuat jejak audit untuk semua secure data dan file studi gen (masing-masing file.pcrd dan .mgxd). Perangkat lunak mencatat semua aktivitas yang dapat diaudit pada jejak audit file.
Untuk informasi lebih lanjut, lihat Jejak Audit pada halaman 309.

Panduan Pengguna | 45

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Menandatangani Secure File
Setelah menyimpan file di CFX Maestro Dx SE, pengguna dapat menambahkan tanda tangan elektronik.
Untuk menandatangani file, peran pengguna harus memiliki izin untuk menyimpan file. Misalnya, secara
default peran Guest (Tamu) tidak memiliki izin untuk menyimpan file dan oleh karena itu, pengguna yang
memiliki peran ini tidak dapat menandatangani file.
Di CFX Maestro Dx SE, file bertanda tangan tidak diatur menjadi hanya baca. File-file ini dapat ditinjau,
diubah, dan ditandatangani beberapa kali. Semua perubahan dan tanda tangan dilacak di jejak audit file.
Anda dapat menandatangani jenis file berikut ini:nFile data (.pcrd)nFile studi gen (.mgxd)

Catatan: File harus disimpan sebelum dapat ditandatangani. Jika Anda baru saja melakukan
pengoperasian di CFX Maestro Dx SE, simpan file data yang dihasilkan terlebih dahulu.

Untuk menandatangani file1.

Masuk ke CFX Maestro Dx SE dengan kredensial masuk Windows Anda.

2.

Buka file secure data atau file studi gen untuk ditandatangani.

3.

Pilih File > Sign (Tanda Tangan). Kotak dialog Electronic Signature (Tanda Tangan Elektronik) akan
muncul.

46 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

4.

Masukkan nama pengguna dan kata sandi Windows Anda, serta alasan penandatanganan file.
Nama pengguna dan alasan penandatanganan disertakan dalam jejak audit (untuk informasi lebih
lanjut lihat Jejak Audit pada halaman 309).

5.

Klik OK untuk mengirim tanda tangan dan menutup kotak dialog.

Memodifikasi Secure File
Pada CFX Maestro Dx SE, pengguna dapat memodifikasi secure file, termasuk data dan file studi gen
yang ditandatangani dan tidak ditandatangani. Perangkat lunak ini meminta Anda memberikan alasan
untuk perubahan saat Anda menyimpan secure data atau file studi gen yang diubah. Perubahan tersebut
dilacak pada jejak audit file.
Tip: Karena perangkat lunak tidak membuat jejak audit untuk pelat atau file protokol, Anda tidak
akan diminta untuk memberikan alasan saat menyimpan perubahan untuk file-file ini.

Untuk menyimpan data atau file studi gen yang dimodifikasi
1.

Masuk ke CFX Maestro Dx SE dengan kredensial masuk Windows Anda.

2.

Buka dan ubah file secure data atau file studi gen.
Tip: Untuk daftar aktivitas yang dapat diaudit, lihat Event yang Dapat Diaudit pada halaman 311.

Panduan Pengguna | 47

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

3.

Pilih File > Save (Simpan). Kotak dialog Audit Trail Change Reason (Alasan Perubahan Jejak Audit)
akan muncul.

Kotak dialog ini menampilkan informasi berikut, yang ditangkap di header jejak audit file untuk setiap
event perubahan:nDate (Tanggal) - tanggal terjadinya perubahan.

nUser (Pengguna) - domain Windows dan nama pengguna dari pengguna yang masuk.

nComment (Komentar) - komentar terakhir yang disimpan.

nSignature (Tanda Tangan) - tanda tangan elektronik dari orang terakhir yang menandatangani
file.

n

Signature reason (Alasan tanda tangan) - alasan penandatanganan.

nApplication (Aplikasi) -CFX Maestro Dx SE (muncul sebagai BioRadCFXManager.exe, dan ini
benar).

nApplication version (Versi aplikasi) - versi saat ini dari CFX Maestro Dx SE.

nFull User (Pengguna penuh) - nama lengkap pengguna yang masuk.
Catatan: Nama ini muncul di jejak audit.

48 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

nMachine (Mesin) - komputer tempat pemasangan,

Tabel perubahan menampilkan perubahan yang dapat diaudit yang terjadi sebagai hasil darimodifikasi. Penjelasan singkat tentang alasan perubahan mungkin juga akan muncul.
Tip: Anda dapat menambahkan atau mengedit deskripsi di kolom Reason for Change (Alasan
Perubahan).
4.

Tinjau daftar perubahan. Berikan alasan mendetail jika diperlukan.

5.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Klik Save Changes (Simpan Perubahan) untuk menyimpan perubahan pada file serta semua
perubahan yang Anda buat pada tabel dan menutup kotak dialog.
Perubahan pada file dan alasan atas perubahan muncul di jejak audit file.

nKlik Cancel Changes (Batalkan Perubahan) untuk mengembalikan file ke keadaan sebelumnya
dan tutup kotak dialog.
Perubahan tidak disimpan dalam file dan jejak audit tidak diperbarui.

Panduan Pengguna | 49

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Kata Sandi Melindungi File
Sebagai tambahan tingkat keamanan,CFX Maestro Dx SE memungkinkan pengguna untuk mengatur
kata sandi pada semua secure file. Saat mengatur kata sandi pada secure file, pertimbangkan kondisi
berikut:

KondisiTindakan

Kata sandi tidak diperlukan.

Semua pengguna dapat membuka, memodifikasi, danmenyimpan file aman, berdasarkan izin mereka.

File membutuhkan kata sandi

Semua pengguna dapat membuka secure file, dan

Save (Simpan).

pengguna yang mengetahui kata sandi Simpan dapat
mengubah dan menyimpan secure file.

File membutuhkan kata sandi

Hanya pengguna yang mengetahui kata sandi Open

Open (Buka).

(Buka) yang dapat membuka, mengubah, danmenyimpan secure file.

File membutuhkan kata sandi

Beberapa pengguna dapat membuka secure file, danOpen (Buka) dan Save

subkelompok pengguna tersebut dapat mengubah serta(Simpan).

menyimpan file.

Bergantung pada peran pengguna, setiap pengguna dapat melakukan Save As (Simpan Sebagai) untuk
membuat secure file yang baru dengan nama lain atau menyimpan file dengan nama yang sama di lokasi
lain selama salah satu dari hal berikut ini benar:n

Secure file tidak dilindungi kata sandi.

nPengguna memiliki kata sandi untuk membuka file.

Tip: File baru disimpan tanpa perlindungan kata sandi. File asli menyimpan kata sandinya.
Bergantung pada perannya, pengguna dapat mengubah dan menyimpan file asli selama salah satu dariberikut ini benar:nFile tidak dilindungi kata sandi.

nPengguna memiliki kata sandi untuk membuka dan kata sandi untuk menyimpan file.

Catatan: Peran pengguna harus mencakup hak untuk menyimpan file agar dapat mengatur katasandi. Misalnya, pengguna dengan peran Guest (Tamu) tidak dapat menyimpan file dan oleh karena
itu tidak dapat mengatur kata sandi pada file.
Penting: Hanya administrator CFX Maestro Dx SE dapat mengatur ulang atau menghapus katasandi.

50 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Untuk melindungi file dengan kata sandi
1.

Masuk ke CFX Maestro Dx SE dengan kredensial Windows Anda.

2.

Buka secure file.

3.

Pilih File > File Passwords (Kata Sandi File). Kotak dialog File Passwords (Kata Sandi File) akan
muncul.

4.

Masukkan kata sandi di kotak Save Passwords (Kata Sandi Menyimpan) dan Open Passwords (Kata
Sandi Membuka).
Tip: Secara default, kata sandi muncul sebagai karakter bintang saat diketik. Pilih Show
Password (Tampilkan Kata Sandi) untuk menampilkan kata sandi saat Anda mengetiknya.
Penting: Kata sandi berupa huruf besar/kecil. CFX Maestro Dx SE tidak memberi batasan
mengenai kata sandi. Untuk praktik terbaik, temui administrator sistem Anda untuk mengetahui
persyaratan kata sandi pada situs Anda.

5.

Klik Atur Kata Sandi untuk mengatur kata sandi dan tutup kotak dialog.

6.

Pilih File > Save (Simpan) untuk menyimpan perubahan pada file.

Panduan Pengguna | 51

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Untuk menghapus kata sandi
Penting: Anda harus menjadi administrator CFX Maestro Dx SE untuk menghapus kata sandi.
1.

Pada kotak dialog Password Required (Diperlukan Kata Sandi), klik Remove Passwords (Hapus
Kata Sandi).

Kotak dialog Masuk CFX Maestro Dx SE akan muncul.

2.

Berikan nama pengguna dan kata sandi Windows untuk administrator CFX Maestro Dx SE dan klik
OK.
File data asli akan muncul.
Penting: Anda harus menyimpan file agar dapat menghapus kata sandi.

3.

Pilih File > Save (Simpan) untuk menyimpan perubahan pada file.

52 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Untuk mengubah kata sandi
Penting: Hanya administrator CFX Maestro Dx SE yang dapat mengubah kata sandi.
1.

Buka secure file.

2.

Pilih File > File Passwords (Kata Sandi File). Kotak dialog File Passwords (Kata Sandi File) akan
muncul.

Tip: Save Password (Kata Sandi Menyimpan), Open Password (Kata Sandi Membuka), danShow Password (Tampilkan Kata Sandi) telah dinonaktifkan.
3.

Klik Reset Passwords (Atur Ulang Kata Sandi).
Kotak dialog Masuk CFX Maestro Dx SE akan muncul.

Panduan Pengguna | 53

Bab 4 Menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

4.

Berikan nama pengguna dan kata sandi Windows untuk administrator CFX Maestro Dx SE dan klik
OK.
Kotak dialog File Passwords (Kata Sandi File) akan muncul.

5.

6.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Untuk mengatur ulang perlindungan kata sandi, ketik kata sandi baru di kotak kata sandi yangsesuai.

n

Untuk menghapus perlindungan kata sandi, kosongkan kotak kata sandi.

Klik Set Passwords (Atur Kata Sandi) untuk menyimpan perubahan kata sandi dan keluar dari kotak
dialog.

54 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 5 Ruang Kerja
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan menyediakan antarmuka untuk penyiapan pelat,mengembangkan protokol PCR, menjalankannya di instrumen CFX Opus Dx Deepwell Dx, danmenganalisis data dari pengoperasian PCR.
CFX Maestro Dx SE menampilkan lima ruang kerja utama:n

Jendela Home (Beranda)nStartup Wizard (Wizard Penyalaan)nJendela Protocol Editor (Editor Protokol)nJendela Plate Editor (Editor Pelat)nJendela Data Analysis (Analisis Data)

Setiap ruang kerja ditunjukkan dan dijelaskan secara singkat dalam bab ini.

Panduan Pengguna | 55

Bab 5 Ruang Kerja

Jendela Home (Beranda)
CFX Maestro Dx SE membuka jendela Home (Beranda) dan menampilkan Startup Wizard (Wizard
Penyiapan), tempat Anda dapat menyiapkan eksperimen, melakukan atau mengulangi pengoperasian,atau menganalisis pengoperasian yang ada. Dari jendela Home (Beranda), Anda juga dapat melihat log
aplikasi dan log instrumen, membuat dan mengelola pengguna, serta mengakses beberapa alat yangberguna. Untuk informasi selengkapnya, lihat Bab 6, Jendela Home (Beranda).

56 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Startup Wizard (Wizard Penyalaan)Startup Wizard (Wizard Penyalaan)
Gunakan Startup Wizard (Wizard Penyalaan) untuk mengatur dan menjalankan eksperimen yangditentukan pengguna dengan cepat atau memilih dan menjalankan eksperimen PrimePCR. Anda juga
dapat menggunakan wizard ini untuk mengulangi pengoperasian atau menganalisis data pengoperasian.

Panduan Pengguna | 57

Bab 5 Ruang Kerja

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)
Di Protocol Editor (Editor Protokol), Anda dapat membuat, membuka, meninjau, dan mengedit protokol.
Anda juga dapat memodifikasi suhu tutup untuk membuka protokol. Fungsionalitas Protocol Editor (Editor
Protokol) dijelaskan secara mendetail di Bab 7, Membuat Protokol.

58 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)
Di Plate Editor (Editor Pelat), Anda dapat membuat, membuka, meninjau, dan mengedit pelat.
Fungsionalitas Plate Editor (Editor Pelat) dijelaskan secara mendetail di Bab 8, Menyiapkan Pelat.

Panduan Pengguna | 59

Bab 5 Ruang Kerja

Jendela Data Analysis (Analisis Data)
Di jendela Data Analysis (Analisis Data), Anda dapat melihat dan membandingkan data pengoperasian,melakukan analisis statistik, dan membuat laporan yang siap dipublikasikan. Fungsi Analisis Datadijelaskan dalam Bab 10, Ikhtisar Analisis Data dan Bab 11, Detail Analisis Data.

60 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 6 Jendela Home (Beranda)
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan menyediakan antarmuka untuk mengembangkan
protokol PCR, menjalankannya pada instrumen sistem CFX Dx, dan menganalisis pengoperasian data
PCR.
Bab ini mengenalkan CFX Maestro Dx SE dan menjelaskan fitur yang dapat diakses dari jendela Home
(Beranda).

Panduan Pengguna | 61

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Jendela Home (Beranda)
CFX Maestro Dx SE membuka jendela Home (Beranda) dan menampilkan Startup Wizard (Wizard
Penyalaan), tempat Anda dapat mengatur pengoperasian, melakukan atau mengulangi pengoperasian,atau menganalisis pengoperasian yang ada. Dari jendela Home (Beranda), Anda juga dapat melihat log
aplikasi dan instrumen, membuat dan mengelola pengguna, dan mengakses beberapa alat yangberguna.

LEGENDA
1.
2.

Bilah nama perangkat lunak menampilkan nama lunak dan pengguna yang masuk.
Bilah menu memberikan akses cepat ke perintah menu File, View (Tampilan), Users(Pengguna), Run (Pengoperasian), Tools (Peralatan), Window (Jendela), dan Help (Bantuan).

3.
4.

Perintah toolbar memberikan akses cepat ke opsi menu.
Panel kiri menampilkan instrumen yang terhubung ke CFX Maestro Dx SE komputer dan
memberikan tombol tempat Anda dapat mengoperasikan tutup dan melihat status instrumen.

62 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Home (Beranda)

5.

Panel utama menampilkan jendela kerja. Jendela kerja default pada layar Home (Beranda)
adalah Startup Wizard (Wizard Penyalaan).

6.

Bilah status menampilkan nama instrumen yang terhubung dan pengguna yang masuk.

Perintah Menu File
Baru — membuka kotak dialog sebagai tempat Anda membuat protokol, pelat, atau studi gen baru.
Buka — membuka kotak dialog sebagai tempat Anda mencari dan membuka protokol, pelat, file data,
studi gen, file LIMS yang sudah ada, menjalankan dari instrumen tersendiri (pengoperasian tersendiri),
atau file pengoperasian PrimePCR™.
File Data Terbaru — menampilkan daftar file PCR yang belakangan ini dibuka.
Ulangi Pengoperasian — membuka Windows Explorer ke lokasi penyimpanan file PCR, tempat Andaakan mengatur pengoperasian untuk diulangi.
Keluar — menutup CFX Maestro Dx SE.

Perintah Menu View (Tampilan)
Application Log (Log Aplikasi) — menampilkan log penggunaan perangkat lunak dari pemasanganawal hingga hari ini.
Run Reports (Laporan Pengoperasian) — menampilkan daftar laporan pengoperasian.
Startup Wizard (Wizard Penyiapan) — menampilkan Startup Wizard (Wizard Penyiapan) di panel
utama.
Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) — menampilkan jendela Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian) di panel utama.
Instrument Summary (Ringkasan Instrumen) — menampilkan jendela Instrument Summary(Ringkasan Instrumen) di panel utama.
Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi) — tombol untuk menampilkan dan tidak
menampilkan instrumen yang terhubung di panel kiri. Secara default, perangkat lunak menampilkan
instrumen yang terhubung di panel kiri.
Toolbar (Bilah Alat) — tombol yang dapat menampilkan dan tidak menampilkan toolbar di bagian atas
layar. Secara default, perangkat lunak menampilkan toolbar.
Status Bar (Bilah Status) — tombol yang dapat menampilkan dan tidak menampilkan bilah status dibagian bawah layar. Secara default, perangkat lunak menampilkan bilah status.
Show (Tampilkan) — membuka kotak dialog tempat Anda dapat

Panduan Pengguna | 63

Bab 6 Jendela Home (Beranda)n

Melihat dan memblokir Status log (Log status).

nMembuka dan melihat folder data CFX Maestro Dx SE.

n

Membuka dan melihat folder data pengguna.

n

Membuka dan melihat folder data LIMS.

n

Membuka dan melihat folder data PrimePCR.

nMelihat riwayat pengoperasian.

n

Melihat properti semua instrumen yang terhubung.

Perintah Menu User (Pengguna)Select User (Pilih Pengguna) — membuka layar Login (Masuk) tempat Anda dapat memilih pengguna
dari daftar tarik turun User Name (Nama Pengguna) dan masuk ke aplikasi.
Change Password (Ubah Sandi) — membuka kotak dialog Change Password (Ubah Sandi), tempat
pengguna dapat mengubah kata sandi .
Catatan: Opsi ini dinonaktifkan untukCFX Maestro Dx SE. Pengguna harus mengubah kata sandi
Windows mereka untuk mengubah kata sandi CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Preferensi Pengguna) — membuka kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna), tempat pengguna dapat mengubah pengaturan default untuknMengirim dan menerima pemberitahuan email setelah pengoperasian selesainMenyimpan file datanMembuat protokol melalui Protocol Editor (Editor Protokol) atau Protocol AutoWriter (Penulis
Protokol Otomatis)nMembuat pelatnMenganalisis datan

Melakukan analisis ekspresi gennMenentukan kualitas datan

Mengekspor data instrumen CFX

User Administration (Administrasi Pengguna) — membuka kotak dialog User Administration(Administrasi Pengguna), tempat administrator dapat membuat pengguna, memodifikasi izin peran, danmenetapkan peran kepada pengguna.
Bio-Rad Service Login (Masuk Layanan) — hanya digunakan untuk staf layanan teknis Bio-Rad.
Jangan pilih perintah ini.

64 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Home (Beranda)

Perintah Menu Run (Pengoperasian)User-defined Run (Pengoperasian yang ditentukan Pengguna) — membuka jendela Run Setup(Pengaturan Pengoperasian), tempat Anda dapat mengatur protokol dan pelat yang ditentukan
pengguna, kemudian menjalankan eksperimen PCR pada instrumen yang dipilih.
PrimePCR Run (Pengoperasian PrimePCR) — membuka tab Pengoperasian di jendela Pengaturan
Pengoperasian dengan protokol PrimePCR default dan tata letak pelat yang dimuat berdasarkan
instrumen yang dipilih.
End-Point Only Run (Pengoperasian Khusus Titik Akhir) — membuka tab Start Run (Mulai
Pengoperasian) di jendela Run Setup (Pengaturan Pengoperasian) dengan protokol titik akhir default dan
tata letak pelat yang dimuat berdasarkan instrumen yang dipilih.
Qualification Run (Pengoperasian Kualifikasi) — membuka tab Start Run (Mulai Pengoperasian) dijendela Run Setup (Pengaturan Pengoperasian) dengan protokol kualifikasi Bio-Rad default dan tataletak pelat yang dimuat berdasarkan instrumen yang dipilih.

Perintah Menu Tools (Peralatan)
Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master) — membuka Master Mix Calculator (Kalkulator
Campuran Master), tempat Anda dapat membuat campuran reaksi dan mencetak perhitungan.
Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis) — membuka kotak dialog Protocol AutoWriter(Penulis Proatokol Otomatis), tempat Anda dapat membuat protokol baru dengan mudah.
Ta Calculator (Kalkulator Ta) — membuka Ta Calculator (Kalkulator Ta), tempat Anda dapat
menghitung suhu penganilan primer dengan mudah.
Dye Calibration Wizard (Wizard Kalibrasi Pewarna) — membuka Dye Calibration wizard (Wizard
Kalibrasi Pewarna), tempat Anda dapat mengkalibrasi instrumen untuk fluorofor baru.
Reinstall Instrument Drivers (Pasang Ulang Driver Instrumen) — memasang ulang driver yangmengendalikan komunikasi dengan sistem PCR waktu nyata Bio-Rad.
Zip Data (Data Zip) dan Log Files (File Log) — membuka kotak dialog tempat Anda memilih file untuk
diringkas dan disimpan menjadi file Zip untuk penyimpanan atau dikirim melalui email.
Batch Analysis (Analisis Batch) — membuka kotak dialog Batch Analysis (Analisis Batch), tempat
Anda dapat mengatur parameter untuk menganalisis lebih dari satu file data pada saat yang bersamaan.
Options (Opsi) — membuka kotak dialog tempat Anda dapatnMengonfigurasikan pengaturan server email Anda.

n

Mengonfigurasikan pengaturan ekspor untuk LIMS, Seegene, dan file data lainnya.

Panduan Pengguna | 65

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Tip: Anda juga dapat memilih opsi untuk secara otomatis memulai Seegene Viewer(Penampil Seegene) saat mengekspor jika Anda memilih untuk mengekspor data Anda
dalam format Seegene.
n

Ubah bahasa yang ditampilkan antarmuka pengguna (Inggris, Mandarin, Rusia)
Penting: Anda harus memulai ulang CFX Maestro Dx SE untuk menampilkan bahasa yangdipilih.
Penting: Bahasa sistem operasi Anda harus sesuai dengan bahasa yang ingin Anda
tampilkan di antarmuka CFX Maestro Dx SE.

Perintah Menu Help (Bantuan)
Tip: Menu Help (Bantuan) tersedia pada bilah menu di semua jendela CFX Maestro Dx SE.
Contents (Konten)— menampilkan tab Contents (Konten) dalam sistem Help (Bantuan) CFX Maestro
Dx SE.
Index (Indeks)— menampilkan tab Index (Indeks) di sistem Help (Bantuan) CFX Maestro Dx SE.
Search (Pencarian) — menampilkan tab Search (Pencarian) dalam sistem Help (Bantuan) CFX Maestro
Dx SE.
Open User Guide (Buka Panduan Pengguna)— membuka PDF panduan ini.
Additional Documentation (Dokumentasi Tambahan)— menyediakan akses ke Manual Operasi CFX
Opus Dx Real-Time PCR Systems.
Release Notes (Catatan Rilis) — membuka dokumen Release Notes (Catatan Rilis) untuk versi
CFX Maestro Dx SE yang terpasang.
Video Resources (Sumber Daya Video) — membuka situs web tempat sumber daya video Bio-Rad,seperti video petunjuk, dapat ditemukan di sana.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Situs Web Aplikasi dan Teknologi qPCR) —membuka situs web Aplikasi dan Teknologi qPCR Bio-Rad, tempat Anda dapat mempelajari lebih lanjut
tentang PCR waktu nyata (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Situs Web Reagen PCR) — membuka PCR dan qPCR situs web reagen
Bio-Rad, tempat Anda dapat memesan reagen PCR, supermix, pewarna, dan perlengkapan.
PCR Plastic Consumables Web Site (Situs Web Plastik PCR Habis Pakai) — membuka situs web
Plastik PCR Bio-Rad Habis Pakai, tempat Anda dapat memesan pelat PCR, segel pelat, tabung dan
penutup, serta aksesori plastik yang lainnya.
Software Web Site (Situs Web Perangkat Lunak) — membuka situs web Perangkat Lunak Analisis
PCR Bio-Rad, tempat Anda dapat memesan versi terbaru CFX Maestro Dx SE Bio-Rad.

66 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Home (Beranda)

About (Tentang) — menampilkan hak cipta CFX Maestro Dx SE dan informasi versi.

Perintah Toolbar— membuka Windows Explorer, tempat Anda dapat menavigasi dan membuka file data atau filestudi gen.

— membuka Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master).

— membuka jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian).

— membuka jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) dengan protokol dan tata letak pelat
PrimePCR default yang dimuat berdasarkan instrumen yang dipilih.

— membuka Startup Wizard (Wizard Penyalaan).

Panduan Pengguna | 67

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Startup Wizard (Wizard Penyalaan)
Saat CFX Maestro Dx SE dimulai, panel kerja menampilkan Startup Wizard (Wizard Penyalaan). Dari
Startup Wizard (Wizard Penyalaan), Anda dapatnPilih instrumen dari instrumen yang terdeteksi dan atur pengoperasian PrimePCR atau yangditentukan pengguna.

n

Membuka dan mengulangi pengoperasian.

nMembuka file data untuk menganalisis hasil dari pengoperasian tunggal atau file studi gen untuk
hasil dari beberapa pengoperasian ekspresi gen.

Tugas-tugas ini dijelaskan secara mendetail di bab selanjutnya.

Status Bar (Bilah Status)
Di sisi kiri bilah status di bagian bawah jendela perangkat lunak menampilkan status instrumen yangterdeteksi saat ini. Di sisi kanan bilah status menampilkan nama pengguna saat ini, serta tanggal dan
waktunya.

68 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Home (Beranda)

Panel Instrumen yang Terdeteksi
Panel Instrumen yang Terdeteksi menampilkan tiap instrumen yang terhubung ke komputer CFX Maestro Dx
SE. Secara default, tiap instrumen muncul sebagai ikon, dan nomor serinya muncul sebagai namanya.
Dari panel ini Anda dapat:nLihat properti dan pewarna yang dikalibrasikan pada instrumen yang dipilih.
Untuk mengetahui informasi tentang properti instrumen, lihat Menampilkan Properti suatu Instrumen
pada halaman 72.

nLihat status instrumen yang terhubung.

n

Buka penutup bermesin pada instrumen yang dipilih.

nTutup penutup bermesin pada instrumen yang dipilih.

nLihat status semua instrumen yang terhubung.

Untuk melihat status instrumen yang terhubunguPada panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi), pilih instrumen target dan lakukan
salah satu hal berikut ini:n

Klik Lihat Status di bagian Instrumen yang Dipilih.

n

Klik kanan dan pilih Lihat Status pada menu yang muncul.

Kotak dialog Run Details (Detail Pengoperasian) muncul dan menampilkan tab Run Status (Status
Pengoperasian). Status instrumen yang dipilih muncul di bawah panel status pengoperasian,misalnya:Panduan Pengguna | 69

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Untuk membuka atau menutup penutup instrumenuPada Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi), pilih instrumen target dan lakukan salahsatu hal berikut ini:n

Klik Open Lid (Buka Penutup) atau Close Lid (Pasang Penutup) di bagian Selected Instrument(Instrumen yang Dipilih).

n

Klik kanan dan pilih tindakan yang sesuai pada menu yang muncul.

nBuka kotak dialog Run Details (Detail Pengoperasian), pilih tab Run Status (Status
Pengoperasian), dan klik Open Lid (Buka Penutup) atau Close Lid (Pasang Penutup).

Untuk melihat status instrumen yang terdeteksiuLakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Di bagian All Instruments (Semua Instrumen), pada panel Detected Instruments (Instrumen
yang Terdeteksi), klik View Summary (Lihat Ringkasan).

n

Pada bilah menu, pilih View (Lihat) > Instrument Summary (Ringkasan Instrumen).

Kotak dialog Instrument Summary (Ringkasan Instrumen) akan muncul:
Tip: Jika sistem menemukan hanya ada satu instrumen yang terhubung, bagian Semua
Instrumen tidak akan muncul pada panel Instrumen yang Terdeteksi. Untuk menampilkan
ringkasan instrumen pada satu instrumen, pilih View (Tampilkan) > Instrument Summary(Ringkasan Instrumen).

70 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Home (Beranda)

Kontrol Toolbar Ringkasan Instrumen
Tabel 5 mencantumkan kontrol dan fungsi di toolbar Instrument Summary (Ringkasan Instrumen).
Tabel 5 . Kontrol Toolbar Ringkasan Instrumen

TombolNama Tombol

FungsiCreate a new Run (Buat

Membuat pemrosesan pada blok yang

Proses baru)

dipilih dengan membuka jendela Run
Setup (Penyiapan Pengoperasian).

Stop (Berhenti)

Menghentikan arus yang mengalir pada
blok yang dipilih.

Pause (Jeda)

Memberikan jeda pada arus yangmengalir pada blok yang dipilih.

Resume (Lanjutkan)

Melanjutkan pengoperasian pada blokyang dipilih.

Flash Block Indicator

Indikator LED menyala pada tutup blok

(Indikator Blok Flash)yang dipilih.

Open Lid (Buka Penutup)

Membuka penutup bermotor blok yangdipilih.

Close Lid (Tutup Penutup)

Menutup penutup bermotor blok yangdipilih.

Sembunyikan Blok yang

Menampilkan blok yang dipilih di daftar

Dipilih

Instrument Summary (Ringkasan
Instrumen)

Show All Blocks

Menampilkan blok yang dipilih di daftar(Tampilkan Semua Blok)

Instrument Summary (Ringkasan
Instrumen)

Show (Tampilkan)

Pilih blok mana yang ingin ditampilkan didaftar. Pilih salah satu opsi untuk
menampilkan semua blok yangterdeteksi, semua blok yang tidak
berjalan, semua blok yang berjalan
dengan pengguna saat ini, atau semua
blok yang sedang berjalan

Panduan Pengguna | 71

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Menampilkan Properti suatu Instrumen
Dari panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi), Anda dapat melihat detail mengenai
instrumen yang dipilih, termasuk properti, status sekrup pengiriman, (hanya instrumen CFX Connect dan
CFX Touch) dan daftar pewarna yang dikalibrasi (fluorofor).

Untuk melihat properti instrumenuPada panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi), klik kanan instrumen target dan pilih
Properties (Properti) di menu yang muncul.

Tab Properties (Properti)
Tab Properties (Properti) berisi daftar rincian teknis dari instrumen yang dipilih termasuk model, nomor
seri suku cadang, dan versi firmware. Nama default dari instrumen (nomor seri) muncul di banyak lokasi,
termasuk panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi) dan di bilah judul dari kotak dialog
Instrument Properties (Properti Instrumen). Anda dapat mengubah nama instrumen untuk memudahkan
identifikasi.
Catatan: Anda tidak dapat mengubah nama instrumen CFX Opus menggunakan CFX Maestro.

Tab Calibrated Dyes (Pewarna yang Dikalibrasi)
Tab Calibrated Dyes (Pewarna yang Dikalibrasi) menampilkan fluorofor dan pelat yang dikalibrasi untuk
instrumen yang dipilih.

Untuk melihat informasi selengkapnya tentang kalibrasi, klik tombol Info di kolom Detail.

72 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

Sebelum Anda Memulai
Bagian ini menjelaskan tugas yang mungkin perlu Anda lakukan sebelum menggunakan CFX Maestro Dx
SE. Ini termasuknMembuat Campuran Induk ReaksinMengkalibrasi Pewarna Baru

Membuat Campuran Master Reaksi
Menggunakan Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master) CFX Maestro Dx SE, Anda dapat
dengan mudah menghitung volume yang diperlukan dari tiap komponen pada campuran master Anda.
Anda dapat mencetak tabel perhitungan campuran master ke printer default Anda, dan menyimpan
perhitungan dari setiap target untuk penggunaan selanjutnya.

Membuat campuran master reaksi menggunakan Master Mix Calculator (Kalkulator
Campuran Master)1.

Untuk membuka Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master), lakukan satu hal berikut ini:nPilih Tools (Peralatan) > Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master).

n

Klik Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master) pada toolbar.

Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master) akan muncul.

Panduan Pengguna | 73

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

2.

Di bagian Reaction (Reaksi), pilih metode deteksi:n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes3.

Untuk membuat target baru, di bagian Target klik Create New (Buat Baru). Nama target baru akan
muncul daftar target tarik turun.

4.

(Opsional) Mengubah nama target default:a.

Sorot nama target di daftar target tarik turun.

b.

Ketik nama target yang baru di kotak Target.

c.

Tekan tombol Enter.

5.

Sesuaikan konsentrasi awal dan akhir untuk primer maju dan primer mundur serta probe apa pun.

6.

Di bagian Penyiapan Campuran Master, atur nilai untuknJumlah reaksi yang akan dioperasikan

74 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda MemulainVolume reaksi per lubang kecilnVolume templat per lubang kecilnKonsentrasi supermix per lubang kecilnKelebihan volme reaksi per lubang kecil

7.

(Opsional) Ikuti langkah 2–6 sebanyak jumlah target yang diperlukan.

8.

Di bagian Choose Target to Calculate (Pilih Target untuk Dihitung), pilih target yang akan dihitung.
Tip: Anda dapat hanya menghitung satu, beberapa, atau semua target sekaligus.
Volume yang dihitung dari komponen yang diperlukan untuk tiap target yang dipilih muncul padatabel campuran master.

9.

Klik Set as Default (Atur sebagai Default) untuk mengatur jumlah input pada Target (Target) dan
bagian Master Mix Setup (Penyiapan Campuran Master) sebagai opsi default baru.

10. Klik OK untuk menyimpan konten kotak dialog Master Mix Calculator (Kalkulator Campuran Master).

Untuk mencetak tabel perhitungan campuran masteru

Untuk mencetak tabel perhitungan master, klik Print (Cetak).
Tabel perhitungan dicetak ke printer default Anda.

Untuk menyimpan tabel perhitungan campuran master dalam bentuk PDF
uUbah printer default Anda menjadi driver PDF dan klik Print (Cetak) pada Master Mix Calculator(Kalkulator Campuran Master).

Untuk menghapus targetu

Pilih target menggunakan daftar target tarik turun dan klik Remove (Hapus).
Penting: Menghapus target dari daftar target akan menghapusnya juga dari perhitungan
campuran master yang digunakan. Berhati-hatilah saat menghapus target.

Mengkalibrasi Pewarna Baru
Sistem CFX Opus 96 Dx dan CFX Opus Deepwell Dx dikalibrasi dari pabrik untuk fluorofor yang umum
digunakan pada pelat lubang kecil putih dan lubang kecil bening. Sistem CFX Opus 384 Dx dikalibrasi oleh
pabrik untuk fluorofor yang umum digunakan hanya dalam pelat lubang kecil putih. Tabel 6 mencantumkan
fluorofor dan saluran untuk setiap instrumen yang dikalibrasi.

Panduan Pengguna | 75

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Catatan: Sistem CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx dan CFX Opus Deepwell Dx juga menyertakan
saluran yang didedikasikan untuk kimia FRET. Saluran ini tidak memerlukan kalibrasi untuk pewarna
tertentu.
Penting: Jika Anda melakukan kalibrasi yang ditentukan pengguna untuk pewarna yang dikalibrasi
oleh pabrik, instrumen akan menggunakan kalibrasi yang ditentukan pengguna, bukan kalibrasi
pabrik.
Tabel 6 . Fluorofor yang dikalibrasi secara manufaktur, saluran, serta instrumen

Fluorofor

SaluranEksitasi, nm

Deteksi, nm

Instrumen

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Sistem CFX

Green I

Opus 96 Dx,
CFX Opus 384
Dx, dan CFX
Opus Deepwell
Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

Sistem CFX

Fluor Gold

Opus 96 Dx,

540, Cal Fluor

CFX Opus 384

Orange 560

Dx, dan CFX
Opus Deepwell
Dx

ROX, Texas

3560–590

610–650

Sistem CFX

Red,

Opus 96 Dx,

CAL Fluor Red

CFX Opus 384

610, TEX 615

Dx, dan CFX
Opus DeepwellDx

Cy5, Quasar

4

620–650

675–690670

Sistem CFX
Opus 96 Dx,
CFX Opus 384
Dx, dan CFX
Opus Deepwell
Dx

Quasar 705,

5

Cy5.5

672–684705–730

Hanya sistem
CFX Opus 96
Dx saja

76 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

Fluorofor

SaluranEksitasi, nm

Deteksi, nm

Instrumen

Kimia FRET (Tidak Dikalibrasi Pabrik)
Warna yang

FRET

450–490560-580

Sistem CFX

tidak

Opus 96 Dx,

dikalibrasi dari

CFX Opus 384

pabrikDx, dan CFX
Opus Deepwell
Dx

Guna mengkalibrasi pewarna baru untuk sistem CFX
1.

Pada jendela Home (Beranda), pilih instrumen target di panel Detected Instruments (Instrumen yang
Terdeteksi).

2.

Pilih Tools (Peralatan) > Calibration Wizard (Wizard Kalibrasi) untuk membuka Dye Calibration
wizard (wizard Kalibrasi Pewarna).

Fluorofor yang sudah dikalibrasi untuk instrumen target muncul dalam tabel Calibrated Fluorophores(Fluorofor yang Dikalibrasi).
3.

Pada bagian Calibrate New or Existing Fluorophores (Kalibrasikan Fluorofor Baru atau yang Sudah
Ada), pilih fluorofor untuk dikalibrasi dari daftar tarik turun.

Panduan Pengguna | 77

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Jika nama fluorofor tidak disertakan dalam daftar, ketik namanya di dalam kotak teks untuk
menambahkan ke daftar.
Penting: Berhati-hatilah saat menamai fluorofor yang dikalibrasi secara kustom. Jika Anda
membuat kalibrasi pewarna kustom untuk fluorofor dengan nama yang sama dengan fluoroforyang dikalibrasi pabrik, fluorofor kustom (bukan fluorofor yang dikalibrasi oleh pabrik) akan
digunakan oleh instrumen selama proses berjalan.
4.

Pilih jenis pelat untuk fluorofor.
Jika jenis pelat tidak disertakan dalam daftar, ketikkan namanya dalam kotak teks untuk
menambahkannya ke daftar.

5.

Pilih saluran untuk fluorofor.

6.

Pilih kolom pelat untuk fluorofor.

7.

(Opsional) Ketik satu warna untuk diasosiasikan dengan fluorofor.

8.

Klik Add to Plate (Tambahkan ke Pelat) untuk menambahkan fluorofor.

9.

(Opsional) Ulangi langkah 3—8 untuk menambahkan setiap fluorofor yang ingin Anda kalibrasi untuk
pelat.

10. Ketika Anda selesai menambahkan fluorofor, klik View Plate (Lihat Pelat) untuk membuka jendela
Pure Dye Plate (Tampilan Pelat Pewarna Murni).
Gunakan jendela ini sebagai panduan untuk memasukkan pewarna ke pelat.
11. Siapkan pelat 96-, 284, atau pelat lubang kecil untuk kalibrasi pewarna:a.

Teteskan larutan pewarna ke setiap lubang kecil, mengikuti pola yang ditunjukkan pada Pure
Dye Plate Display (Tampilan Pelat Pewarna Murni).

b.

Untuk setiap fluorofor, isi empat lubang kecil dengan 50 µl (lubang kecil 86 atau pelat lubang
kecil dalam) atau 30 µl (pelat lubang kecil 384) larutan pewarna 300 nM. Perhatikan bahwa
setidaknya separuh pelat berisi lubang kecil yang kosong.

c.

Segel pelat dengan menggunakan metode penyegelan yang akan Anda gunakan dalameksperimen Anda.

12. Tempatkan pelat kalibrasi di blok dan tutupkan tutupnya.
13. Di wizard Dye Calibration (Kalibrasi Pewarna), klik Calibrate (Kalibrasikan), kemudian OK untuk
mengonfirmasi bahwa pelat berada di dalam blok.
14. Saat Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan menyelesaikan kalibrasi, sebuah kotak
dialog akan muncul. Klik Yes (Ya) untuk menyelesaikan kalibrasi dan buka Dye Calibration Viewer(Penampil Kalibrasi Pewarna).
15. Klik OK untuk menutup jendela.

78 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

Mengatur User Preferences (Preferensi Pengguna)
Tip: Tidak perlu melakukan tugas-tugas ini untuk menggunakan CFX Maestro Dx SE. Anda dapat
dengan aman melewati bagian ini atau melakukan tugas ini kapan pun.
Di CFX Maestro Dx SE, setiap pengguna dapat menyesuaikan lingkungan kerjanya. Sebagai contoh,
pada menu Users (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna), Anda dapat melakukan halhal berikut:nAtur pemberitahuan email untuk penyelesaian pengoperasian.
Catatan: Fitur ini hanya tersedia untuk pengguna yang perannya telah memiliki hak ini. Lihat
Mengelola Peran Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan pada halaman
43 untuk informasi lebih lanjut.

nMengubah pengaturan default untukoLokasi tempat Anda menyimpan fileoFile penyiapan pengoperasianoPrefiks penamaan filenAtur parameter default yang akan digunakan ketika membuat protokol dan pelat baru.

nAtur analisis data default dan parameter ekspresi gen.

n

Menyesuaikan parameter kontrol kualitas default.

nMenyesuaikan parameter ekspor data

Pada menu Tools (Peralatan), Anda dapat melakukan hal berikut:nMembuat campuran master.

nMengkalibrasi pewarna untuk instrumen tertentu.

Catatan: Campuran master dan kalibrasi pewarna tersedia untuk semua orang yang masuk keperangkat lunak.
Bagian ini menjelaskan cara melakukan tugas-tugas ini.

Mengatur Pemberitahuan EmailAnda dapat menyambungkan CFX Maestro Dx SE ke server email keluar Anda untuk mengirim
pemberitahuan email penyelesaian pengoperasian pada daftar pengguna. Anda dapat memilih untuk
melampirkan file data dan laporan analisis ke daftar pengguna. Untuk mengatur sambungan antara
CFX Maestro Dx SE dan server SMTP, lihat Menghubungkan Edisi Keamanan ke Server SMTP padahalaman 81.

Panduan Pengguna | 79Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Catatan: Kemampuan pengguna untuk mengakses fitur pengaturan email tergantung pada peran
pengguna dan izin yang diberikan oleh administrator. Untuk detail tentang mengelola pengguna dan
perannya, lihat Mengelola Peran Pengguna Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamananpada halaman 43.

Untuk mengatur pemberitahuan email
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).
Muncul kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna) yang menampilkan tab Email.

Catatan: Anda akan diberi tahu jika sistem mendeteksi bahwa Anda belum mengatur server
SMTP yang valid untuk CFX Maestro Dx SE. Klik Configure Outgoing Email (Konfigurasikan
Email Keluar) untuk membuka kotak dialog Options (Opsi) dan mengkonfigurasikan server email
SMTP. Untuk informasi lebih lanjut, lihat Menghubungkan Edisi Keamanan ke Server SMTP
pada halaman 81.
2.

Di dalam kotak teks To (Kepada), ketik alamat email setiap orang yang ingin Anda informasikan
mengenai penyelesaian pengoperasian. Semua penerima akan menerima email setelah
pengoperasian selesai.
Catatan: Anda harus memasukkan setiap alamat email dalam baris terpisah. Tekan Enter atau
Return setelah setiap alamat.

3.

(Opsional) Di dalam kotak teks cc, ketik alamat email setiap orang yang ingin Anda kirimkan salinan
untuk setiap pemberitahuan email.

4.

(Opsional) Secara default, semua penerima akan menerima satu salinan file data sebagai lampiran.
Kosongkan kotak centang jika Anda tidak ingin melampirkan salinan file data.

5.

(Opsional) Pilih Attach Analysis Report (Lampirkan Laporan Analisis) untuk melampirkan file PDF
dari laporan analisis pada email.

80 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

6.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan tutup kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna).

Catatan: Anda mungkin dapat mengonfigurasi sistem untuk mengirim pemberitahuan email keponsel Anda, tergantung pada penyedia layanan Anda. Hubungi penyedia layanan ponsel Anda
untuk informasi spesifik mengenai alamat email ponsel Anda. Masukkan alamat email ponsel Anda
(misalnya, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) di kotak teks Ke pada layar
Preferensi Pengguna.

Untuk mengedit alamat email penerimauUbah alamat email sesuai kebutuhan dan klik OK.

Untuk menghapus email penerima
1.

Pilih email penerima dan tekan tombol Delete (Hapus).

2.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

Menghubungkan Edisi Keamanan ke Server SMTP
Penting: Beberapa penyedia layanan email web komersial telah meningkatkan keamanan email.
Jika menggunakan akun-akun ini, Anda harus mengaktifkan pengaturan Allow less secure apps
(Izinkan aplikasi yang kurang aman) di pengaturan akun untuk mengizinkan CFX Maestro Dx SE
mengirim email. Lihat informasi keamanan penyedia layanan email web Anda untuk informasi lebih
lanjut.
Jika Anda menggunakan Google Gmail atau server SMTP Microsoft Office 365 untuk mengirim email,Anda harus mengaktifkan verifikasi 2 faktor dan membuat "Kata Sandi Aplikasi" di pengaturan akun
Gmail atau Office365 Anda. Untuk autentikasi dalam dialog Pengaturan Email Maestro, salin dan tempel"Kata Sandi Aplikasi" ke dalam bidang Kata Sandi alih-alih kata sandi email biasa.
Anda harus membuat jaringan dari CFX Maestro Dx SE ke server email Anda sebelum perangkat lunak
dapat mengirim email pemberitahuan.

Menghubungkan CFX Maestro Dx SE ke server email
1.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) dan klik Configure Outgoing
Email (Konfigurasi Email Keluar) pada tab Email.

nPilih Tools (Peralatan) > Options (Opsi).

Panduan Pengguna | 81

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Kotak dialog Options (Opsi) akan muncul menampilkan tab Email.

2.

Isi informasi tentang perusahaan Anda berikut ini:n

SMTP Server Name (Nama Server MTP) — nama server email keluar di perusahaan Anda.

n

Port — nomor port server SMTP Anda. Biasanya ini adalah 25.

n

Use SSL (Gunakan SSL) — opsi Secure Sockets Layer (SSL). Beberapa server SMTP
memerlukan pengaturan ini. Jika ini tidak diperlukan oleh perusahaan Anda, kosongi kotak ini.

nGunakan Default “From” Address (Alamat "Dari") — nama server email di perusahaan
Anda. Beberapa SMTP mewajibkan semua email yang dikirim memiliki alamat “dari” yangberasal dari domain tertentu, misalnya, nama@PerusahaanAnda.com. Lalu, kosongi kotak ini
dan berikan alamat email yang valid.

nAuthentication Required (Autentikasi Diperlukan) — jika situs Anda memerlukan autentikasi
akun, pastikan bahwa kotak centang ini dipilih.

nUser Name (Nama Pengguna)— nama akun yang diautentikasi. Ini hanya diperlukan jika
Authentication Required (Autentikasi Diperlukan) dipilih.

82 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda MemulainPassword (Kata Sandi) — kata sandi untuk akun yang diautentikasi. Ini hanya diperlukan jika
Authentication Required (Autentikasi Diperlukan) dipilih.

Penting: Jika Anda menggunakan Google Gmail atau server SMTP Microsoft Office 365 untuk
mengirim email, Anda harus mengaktifkan verifikasi 2 faktor dan membuat "Kata Sandi Aplikasi"
di pengaturan akun Gmail atau Office365 Anda. Untuk autentikasi dalam dialog Pengaturan
Maestro Email, salin dan tempel "Kata Sandi Aplikasi" ke dalam bidang Kata Sandi CFX Maestro
Dx SE alih-alih kata sandi email biasa.
Untuk memastikan bahwa pengaturan server SMTP sudah benar, masukkan alamat email yang valid
di kotak Test Email Address (Tes Alamat Email) dan klik Test Email (Tes Email).
Catatan: Beberapa server SMTP tidak mengizinkan lampiran dan ada beberapa server lainnyayang mengizinkan lampiran dengan ukuran tertentu. Jika Anda berencana untuk mengirimkan
email berisi data email dan/atau laporan menggunakan CFX Maestro Dx SE, pilih Test
Attachment (Tes Lampiran) dan atur Attachment Size (Ukuran Lampiran) dalam MB menjadi 5
megabytes (MB) atau lebih.
3.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Mengubah Default File Settings (Pengaturan File Default)
Pada tab File di kotak User Preferences (Preferensi Pengguna), Anda dapat mengubahnLokasi default untuk menyimpan file CFX Maestro Dx SE

nFile default untuk penyiapan pengoperasiannParameter penamaan file default

Untuk mengubah pengaturan file default
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Pada kotak User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab File.

Panduan Pengguna | 83

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

3.

Pada Folder Default untuk bagian Pembuatan File, cari dan pilih folder default tempat Anda ingin
menyimpan file baru. Anda dapat memilih lokasi yang berbeda untuk setiap jenis file:nProtokol

n

Pelat

n

File DatanStudi Gen

4.

Pada File Selection (Pemilihan File) untuk bagian Run Setup (Penyiapan Pengoperasian), cari danpilih protokol target dan file pelat agar muncul saat Anda membuka jendela Experiment Setup(Penyiapan Eksperimen).

5.

Pada bagian Data File (File Data), tentukan awalan dan/atau akhiran untuk file data. Untuk bagian
apa pun, pilih nilai baru dari daftar tarik turun. Anda juga dapat memberikan nilai sufiks dan prefiks
kustom di dalam kotak teks Sufiks dan Prefiks.
CFX Maestro Dx SE menampilkan pratinjau nama file di bawah kota pemilihan.

6.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

84 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

Mengatur Default Protocol Parameters (Parameter Protokol Default)
Untuk mengatur parameter protokol default untuk Protocol Editor (Editor Protokol) dan
Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis)
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Pada kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab Protocol (Protokol).

3.

Pada bagian Protocol Editor (Editor Protokol), tentukan nilai untuk pengaturan berikut yang muncul
pada Protocol Editor (Editor Protokol):

4.

5.

n

Sample volume (Volume sampel) — volume pada setiap sampel di dalam lubang kecil (dalamµl).

n

Lid Shutoff Temperature (Suhu Penutupan Tutup) — suhu dalam ºC yang menyebabkan
tutup pemanas mati ketika beroperasi.

Pada bagian Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis), tentukan nilai untuk pengaturan
berikut yang muncul pada Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis):nAnnealing temperature (Suhu Penganilan) — suhu dalam ºC untuk eksperimen yangmenggunakan polimerase iProof™ DNA, polimerase iTaq™ DNA, atau polimerase lainnya.

nAmplicon length (Panjang amplikon) — panjang amplikon dalam bp.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

Panduan Pengguna | 85

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Mengatur Parameter Pelat Default
Perubahan yang telah Anda buat di tab pelat yang tersedia untuk semua pengguna perangkat lunak.
Perubahan yang Anda buat selama pengaturan pelat tersedia untuk pengguna setelah Anda menyimpan
dan menutup file pelat.
Dalam kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna) Anda dapat melakukan hal berikut:nMengatur parameter pelat default.

nMenambahkan nama target, sampel, dan kelompok biologis baru ke pustaka masing-masing.

nMenghapus nama target, sampel, dan kelompok biologis dari pustaka masing-masing.

Untuk mengatur parameter pelat default
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Pada kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab Pelat.

86 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

3.

Tentukan nilai untuk pengaturan berikut untuk file pelat yang baru. Nilai-nilai tersebut akan muncul dijendela Plate Editor (Editor Pelat):n

Plate type (Jenis Pelat)nPlate Size (Ukuran Pelat)nUnit — konsentrasi templat awal untuk lubang-lubang kecil yang berisi standar.
CFX Maestro Dx SE menggunakan unit-unit ini untuk membuat kurva standar pada tab Data
Analysis Quantification (Kuantifikasi Analisis Data).

4.

nNotasi Ilmiah — ketika dipilih, CFX Maestro Dx SE menampilkan unit konsentrasi dalam notasi
ilmiah.

nMode Pindai — jumlah atau jenis saluran yang akan dipindai selama pengoperasian.

nFluorofor — fluorofor default yang muncul pada kontrol pemuatan lubang kecil Plate Editor(Editor Pelat).

n

Pustaka— nama target, sampel, dan kelompok biologis yang biasa Anda gunakan dalameksperimen Anda:oNama Target — nama-nama target gen dan urutannya.

oNama sampel — nama-nama sampel eksperimen atau karakteristik pengidentifikasi
sampel (misalnya, Tikus1, Tikus2, Tikus3).

oNama kelompok biologis — nama-nama untuk grup dari sampel serupa yang memiliki
status atau kondisi perlakuan yang sama (misalnya, 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Untuk menambahkan target, sampel, atau nama grup biologis baruuPada kotak pustaka yang sesuai, ketik nama untuk target, sampel, atau kelompok biologis dan klik
OK.

Untuk menghapus nama target, sampel, atau kelompok biologisuPada kotak pustaka yang sesuai, pilih nama atau tekan tombol Delete (Hapus) dan klik OK.

Penting: Nama yang Anda hapus dari penyimpanan akan terhapus dari perangkat lunak dan tidak
tersedia lagi untuk pengguna. Untuk kembali ke nama CFX Maestro Dx SE awal, klik Restore
Defaults (Kembalikan Default). Mengklik Restore Defaults (Kembalikan Default) di kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna) akan mengatur ulang semua preferensi pada semua tab ke
pengaturan pabrik. Hati-hati saat menghapus nama CFX Maestro Dx SE default dan ketika mengklik
tombol ini.

Panduan Pengguna | 87

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Mengatur Parameter Analisis Data Default
Untuk mengatur parameter Analisis Data default
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Di kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab Data Analysis (Analisis Data).

3.

Pada bagian Analysis Mode (Mode Analisis), pilih mode yang digunakan untuk menganalisis data
(Fluorophore (Fluorofor) atau Target).

4.

Pada bagian PCR Quantitation (Kuantitasi PCR), atur parameter default untuk opsi berikut:nBaseline Setting (Pengaturan Batas Dasar) — metode batas dasar untuk mode analisis.

n

Cq Determination Mode (Mode Determinasi Cq) — mode tempat nilai Cq dihitung untuk tiap
jejak fluoresens (baik regresi maupun satu ambang batas).

nPenghitungan Ambang Batas Mode — jumlah target titik akhir.
Default-nya adalah Auto (Otomatis). Sehingga perangkat lunak secara otomatis menghitung
target titik akhir. Untuk mengatur ambang batas tertentu, hapus centang Auto (Otomatis) dan
masukkan jumlah titik akhir, dihitung dalam unit fluoresens relatif (atau RFU). Nilai
maksimumnya adalah 65000.00 RFU. File data untuk pengoperasian berikut akanmenggunakan pengaturan ambang batas ini.

88 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda MemulainPenghitungan Baseline (Batas Dasar) Mode — nilai batas dasar untuk semua jejak.
Default-nya adalah Auto (Otomatis). Sehingga perangkat lunak secara otomatis menghitungbatas dasar untuk semua jejak. Untuk mengatur nilai batas dasar tertentu, hapus centang Auto
(Otomatis) dan masukkan nilai minimum dan maksimum untuk rentang siklus (1 sampai 9999).
File data untuk pengoperasian berikut akan menggunakan rentang siklus ini.

n5.

Log View (Tampilan Log) — menentukan cara perangkat lunak menampilkan data amplifikasi:o

On (Aktif) — data amplifikasi ditampilkan dalam grafik semilogaritmik.

o

Off (Nonaktif) — (default) data amplikasi ditampilkan dalam sebuah grafik linear.

Pada bagian End Point (Titik Akhir), pilih jumlah siklus akhir hingga rata-rata saat melakukan
penghitungan titik akhir:n

PCR — jumlah siklus akhir hingga rata-rata untuk data kuantifikasi (default-nya adalah 5).

n

End Point Only Run (Pengoperasian Khusus Titik Akhir) — jumlah siklus akhir hingga ratarata untuk data titik akhir (default-nya adalah 2).

6.

Pada bagian Melt Curve (Kurva Leleh), pilih jenis puncak untuk dideteksi (antara positif atau negatif).

7.

Di bagian Well Selector (Pemilih Lubang Kecil), pilih cara menampilkan label lubang kecil (menurut
jenis sampel, nama target, atau nama sampel).

8.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

Mengatur Parameter File Data Ekspresi Gen
Guna mengatur parameter default untuk file data ekspresi gen yang baru
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Pada kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab Gene Expression (Ekspresi
Gen).

3.

Tentukan nilai untuk pengaturan berikut:nRelative to (Relatif terhadap) — menggambarkan dengan grafik data ekspresi gen yang relatif
baik terhadap kontrol (berawal dari 1) atau nol:o

Zero (Nol) — Perangkat lunak yang mengabaikan kontrol. Ini adalah default ketika tidak
ada sampel kontrol yang ditetapkan di jendela Experiment Settings (Pengaturan

Panduan Pengguna | 89

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

Eksperimen).
oControl (Kontrol) — perangkat lunak menghitung data relatif ke sampel kontrol yangditetapkan di jendela Pengaturan Eksperimen.

n

X-axis (Sumbu X) — menggambarkan grafik sampel atau target pada sumbu x.

nY-axis (Sumbu Y) — menggambarkan grafik linear, skala log2, atau log10 pada sumbu y.

nScaling (Penskalaan) — Opsi penskalaan untuk grafik (opsi default tidak berskala):oHighest (Tertinggi) — perangkat lunak menskalakan grafik ke titik data tertinggi.

oLowest (Terendah) — perangkat lunak menskalakan grafik ke titik data terendah.

oUnscaled (Tidak Berskala)— perangkat lunak menyajikan data yang tidak berskala didalam grafik.

nMode — mode analisis, baik kuantitas relatif (∆Cq) maupun ekspresi yang dinormalisasi (∆∆Cq).

nError Bar (Bilah Kesalahan) — data variabilitas yang disajikan baik sebagai deviasi standar(Std. Dev.) atau standar kesalahan mean (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Pengali Bilah Kesalahan) — pengali deviasi standar digunakan untuk
menggambar grafik bilah kesalahan (default 1).
Anda dapat meningkatkan pengali menjadi 2 atau 3.

nSample Types to Exclude (Jenis Sampel untuk Dikecualikan) — jenis sampel yang tidak
disertakan dalam analisis.
Anda dapat memilih satu sampel atau lebih untuk dikecualikan dari analisis. Untuk menghapus
semua jenis sampel, kosongkan kotak centang dari semua yang telah dipilih.

4.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

Menyesuaikan Aturan Pengontrolan Kualitas
Di CFX Maestro Dx SE, Anda dapat menetapkan aturan kontrol kualitas, yang diterapkan ke data dijendela Data Analysis (Analisis Data). Perangkat lunak memvalidasi data menggunakan aturan yang
Anda tetapkan.
Catatan: Secara default, semua aturan kontrol kualitas telah diaktifkan.
Tip: Anda dapat dengan mudah mengecualikan lubang kecil yang gagal saat parameter QC darianalisis di modul QC di jendela Analisis Data.

90 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

Untuk menyesuaikan aturan pengontrolan kualitas
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Di kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab QC.

Penjelasan:

3.

n

NTC — no template control (tanpa kontrol templat)n

NRT — no reverse transcriptase control (tanpa kontrol transkriptase balik)nEfisiensi — efisiensi reaksin

Std Curve R^2 — nilai R kuadrat untuk kurva standarnReplikasi kelompok Cq Std Dev — deviasi standar yang dihitung untuk tiap kelompok
replikasi

Untuk tiap aturan QC, lakukan salah satu hal berikut ini:n

Untuk menggunakan nilai default-nya, jangan lakukan apa pun.

n

Untuk mengubah nilainya, klik kotak teks Value (Nilai), ketik nilai baru, dan tekan tombol Enter.

nUntuk menonaktifkan aturan, kosongkan kotak centang Use (Gunakan).

Panduan Pengguna | 91

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

4.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

Menyesuaikan Parameter Ekspor Data
Anda dapat mengekspor data CFX Maestro Dx SE dalam format berikut:n

Text (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Penting: Komputer Anda harus menginstal Microsoft Excel agar Anda dapat mengekspor data ke
spreadsheet Microsoft Excel.
Anda dapat menentukan jenis data untuk mengekspor dan menyesuaikan keluaran data yang diekspor.

Untuk menyesuaikan parameter ekspor data
1.

Pilih User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) untuk membuka kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna).

2.

Di kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna), pilih tab Custom Export (Ekspor Kustom).

92 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Sebelum Anda Memulai

3.

Pada daftar tarik turun Export Format (Format Ekspor), pilih format untuk mengekspor data.

4.

Di bagian Data to Export (Data untuk Diekspor), pilih atau kosongi kotak centang jenis data yangdiekspor. Item yang dipilih akan muncul di kotak daftar Kolom yang Diekspor.
Catatan: Secara default, informasi pengoperasian disertakan di dalam header. Kosongi kotak
centang ini jika Anda tidak ingin informasi pengoperasian disertakan.

5.

Anda dapat mengubah urutan tampilan keluaran item yang dipilih.
Di kotak daftar Exported Columns (Kolom yang Diekspor), sorot item dan klik tombol panah padabagian kiri daftar untuk menaikkan atau menurunkan.

6.

Secara opsional, Anda dapat mengubah nama kolom keluaran dari hal yang dipilih:a.

Click Customize Column Name (Kustomisasi Nama Kolom).
Kotak dialog Column Name Customizer (Pengkustomisasi Nama Kolom) akan muncul.

b.

Untuk tiap nama kolom default yang ingin Anda ubah, ketik nama baru di bidang Custom Name
(Nama Kustom).

c.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke tab Custom Export (Ekspor Kustom).
Nama baru akan muncul di dalam tanda kurung di sebelah nama kolom default pada kotak

Panduan Pengguna | 93

Bab 6 Jendela Home (Beranda)

daftar Kolom yang Diekspor.
n7.

Klik Cancel (Batal) untuk menghapus perubahan dan kembali ke tab Custom Export(Ekspor Kustom).

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan menutup kotak dialog.

Penting: Mengklik Restore Default (Kembalikan Default) di kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna) akan mengembalikan semua preferensi pada semua tab ke pengaturan
pabrik. Hati-hati saat mengklik tombol ini.

94 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 7 Membuat Protokol
Protokol adalah serangkaian langkah yang dijalankan dalam urutan tertentu. Di Perangkat Lunak CFX
Maestro Dx, Edisi Keamanan, semua langkah berkaitan dengan pilihan pada instrumen. Sebagai contoh,
langkah-langkah tersebut menginstruksikan instrumen untuk mengontrol suhu blok dan penutup,
menerapkan perbedaan suhu di seluruh blok, membaca pelat, atau melakukan analisis kurva leleh.
Setiap pilihan ditentukan untuk jenis pelat dan pengoperasian yang berbeda.
CFX Maestro Dx SE menyediakan dua pilihan untuk membuat protokol: Protocol Editor (Editor Protokol)
dan Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis).
Fitur Protocol Editor (Editor Protokol) meliputi hal-hal berikut:nKontrol protokol standar untuk membuat protokol dengan cepatnKemampuan untuk menghitung gradien dengan cepat untuk jumlah baris yang dipilihnKemampuan untuk menghitung waktu pengoperasian dengan cepat untuk jenis pelat yang dipilihnKemampuan untuk mengedit langkah-langkah protokolnKemampuan untuk menyimpan protokol untuk digunakan kembalinKemampuan untuk mencetak protokol ke printer default

Protocol AutoWriter (AutoWriter Protokol) secara otomatis menghasilkan protokol PCR yangdikostumisasi dengan hot start, denaturasi awal, pelunakan, dan langkah-langkah ekstensi
menggunakan parameter yang Anda berikan. Anda kemudian dapat melihat representasi grafis dariprotokol yang disarankan dan mengedit, menjalankan, atau menyimpan protokol tersebut.

Panduan Pengguna | 95

Bab 7 Membuat Protokol

Parameter dan Rentang untuk Langkah Protokol
Gunakan informasi dalam Tabel 7 untuk mengubah pengaturan default untuk langkah-langkah dalam
protokol Anda.

Langkah Suhu
Suhu target adalah nilai antara 4,0 dan 100,0°C, diatur dalam sepersepuluh derajat. Sistem akan naik kesuhu ini dan menahan nilai tersebut untuk jangka waktu tertentu (waktu tahan).

Langkah Gradien
Rentang gradien adalah perbedaan antara suhu bawah dan atas dalam langkah gradien. Rentang
maksimum yang diizinkan adalah 24°C. Suhu yang lebih rendah adalah nilai antara 30,0 dan 99,0°C,
diatur dalam sepersepuluh derajat. Suhu atas maksimum adalah 100°C. Thermal cycler naik ke gradiensuhu target di seluruh blok dan menahan suhu tersebut untuk waktu tahan yang ditentukan.
Penting: Instrumen menghitung nilai gradien. Saat Anda memasukkan nilai di bidang atas dan
bawah kalkulator gradien, perangkat lunak secara otomatis menghitung dan menetapkan suhu untuk
bidang yang tersisa. Saat Anda memasukkan suhu di bidang mana pun antara bidang atas dan
bawah, instrumen secara otomatis menghitung bidang yang tersisa. Anda tidak dapat memasukkan
nilai suhu secara manual di setiap bidang.
Tabel 7 . Parameter dan rentang untuk langkah protokol

Parameter

Rentang

Deskripsi

Laju ramp

n Untuk sistem CFX Opus 96 Dx :Menginstruksikan thermal cycler untuk naik

0,1–5°C per detik
n Untuk sistem CFX Opus 384 Dx :0,1–2,5°C per detik

ke suhu target pada laju yang ditentukan
dalam langkah tersebut.
Tersedia hanya untuk langkah suhu.

n Untuk sistem CFX Opus
Deepwell Dx :0,1–2,5 °C per detik
KenaikanAngka dari –10,0 hingga 10,0°C

Menginstruksikan thermal cycler untuk

per siklus dalam sepersepuluh

mengubah suhu target langkah dengan

derajatsetiap siklus, di mana bilangan positif
meningkatkan suhu dan bilangan negatif
menurunkan suhu.
Tersedia hanya untuk langkah suhu.

96 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Parameter dan Rentang untuk Langkah Protokol

Tabel 7 . Parameter dan rentang untuk langkah protokol, lanjutan

Parameter

Rentang

Deskripsi

Memperpanjang

Waktu dari –60 hingga 60 detik per

Menginstruksikan thermal cycler untuk

siklusmemperpanjang waktu tahan pada setiap
siklus. Bilangan positif meningkatkan
waktu penahanan dan bilangan negatifmengurangi waktu penahanan.
Tersedia untuk suhu dan langkah gradien.

Bip(Tidak ada parameter)

Menginstruksikan thermal cycler untuk
berbunyi bip untuk menandakan bahwa
thermal cycler telah mencapai suhu target
untuk langkah tersebut.
Tersedia hanya untuk langkah suhu.

Pembacaan pelat(Tidak ada parameter)

Menginstruksikan thermal cycler untuk
menambahkan pembacaan pelat ke
langkah yang dipilih.
Tersedia untuk suhu dan langkah gradien.

Panduan Pengguna | 97

Bab 7 Membuat Protokol

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)
Gunakan Protocol Editor (Editor Protokol) untuk membuat, membuka, meninjau, dan mengedit protokol.
Secara default, Protocol Editor (Editor Protokol) membuka tampilan protokol generik waktu nyata 2
langkah untuk pelat 96 lubang kecil.

LEGENDA
1.

Bilah menu menyediakan akses cepat ke perintah menu File, Settings (Pengaturan), dan Tools(Peralatan).

2.

Toolbar menyediakan akses cepat untuk menyimpan dan mencetak protokol, menentukan dimana tempat memasukkan langkah, menentukan volume sampel, dan melihat perkiraan waktu
pengoperasian protokol.

3.

Panel utama menampilkan representasi grafis protokol.

4.

Panel bawah menampilkan garis besar protokol.

5.

Panel kiri menampilkan kontrol protokol yang bisa Anda tambahkan untuk menyesuaikan
protokol.

98 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)

Perintah Menu File
Save (Simpan) — menyimpan protokol saat ini.
Save As (Simpan Sebagai) — menyimpan protokol saat ini dengan nama atau tempat yang baru.
File Password (Kata Sandi File) - memungkinkan pengguna untuk mengatur kata sandi untuk
menyimpan dan membuka file.
Tip: Untuk informasi lebih lanjut, lihat Kata Sandi Melindungi File pada halaman 50.
Close (Tutup) — menutup Protocol Editor (Editor Protokol).

Perintah Menu Settings (Pengaturan)
Lid Settings (Pengaturan Tutup) — membuka kotak dialog Lid Setting (Pengaturan Tutup) di mana Anda
dapat mengubah atau mengatur suhu tutup.

Perintah Menu Tools (Peralatan)
Gradient Calculator (Penghitung Gradien) — membuka kotak dialog tempat Anda dapat memilih jenis
blok untuk langkah gradien. Default-nya adalah 96 lubang kecil.
Run time Calculator (Penghitung Waktu Pengoperasian) — membuka kotak dialog tempat Anda dapat
memilih jenis pelat dan mode pemindaian untuk menghitung waktu pengoperasian yang diperkirakan dijendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian). Default-nya adalah 96 lubang kecil, semua saluran.

Perintah Toolbar— menyimpan file protokol saat ini.

— mencetak jendela yang dipilih.

— gunakan perintah ini untuk memilih tempat untuk menyisipkan langkah relatif
ke langkah yang dipilih saat ini.

— gunakan perintah ini untuk memasukkan volume sampel dalam µl. Volume
sampel berbeda tergantung pada jenis blok:n

Untuk blok dengan 96 lubang kecil, rentangnya adalah 0–50 µl.

Panduan Pengguna | 99

Bab 7 Membuat Protokoln

Untuk blok dengan 384 lubang kecil, rentangnya adalah 0–30 µl.

nUntuk blok dengan 96 lubang kecil dalam, rentangnya adalah 0–125 µl.

— menampilkan waktu pengoperasian yang diperkirakan berdasarkan padalangkah-langkah protokol, ramp rate, dan jenis blok yang dipilih.

— menampilkan informasi Help (Bantuan) tentang protokol.

Kontrol Pengedit Protokol
Panel sebelah kiri jendela Protocol Editor (Editor Protocol) mencakup kontrol yang dapat Anda gunakan
untuk membuat protokol.
Setiap kontrol terdiri dari kumpulan parameter yang mewakili langkah dalam protokol. Anda dapat
memodifikasi setiap parameter dan menambahkan atau menghapusnya guna menyesuaikan protokol.
Bagian ini menjelaskan pilihan pada setiap kontrol.
nInsert Step (Sisipkan Langkah) — menyisipkan langkah sebelum atausetelah langkah yang dipilih. Anda dapat mengedit suhu dan nilai waktu
tunggu dalam tampilan grafis protokol atau pada outline protokol.

nInsert Gradient (Sisipkan Gradien) — menyisipkan langkah gradien
berdasarkan pada jenis blok lubang kecil yang dipilih di penghitung
gradien. Anda dapat mengedit rentang gradien pada panel Gradient(Gradien) yang muncul saat langkah gradien disisipkan.

nInsert GOTO (Sisipkan GOTO) — menyisipkan langkah siklus(perulangan), yang menginformasikan kepada perangkat lunak untuk
mengulang langkah-langkah spesifik secara berurutan dalam jumlah
siklus yang ditentukan. Pengulangan dimulai setelah siklus pertama
selesai. Misalnya, Anda dapat menginformasikan perangkat lunak untuk melakukan 39 repetisi
langkah 2–4. Setelah pengulangan terakhir, perangkat lunak akan melakukan langkah 2–4 selama
40 kali. Anda dapat mengedit langkah return-to (kembali ke) (GOTO) dan jumlah siklus di tampilan
grafis atau pada outline protokol.
nInsert Melt Curve (Sisipkan Kurva Leleh) — menyisipkan langkah bacaan kurva leleh.

100 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)nInsert Plate Read to Step (Sisipkan Bacaan Pelat ke dalam Langkah) — menambahkan
perintah bacaan pelat ke dalam langkah yang dipilih. Bacaan pelat mengukur jumlah fluoresens padaakhir siklus. Langkah bacaan pelat ini biasanya langkah terakhir di perulangan GOTO.
Tip: Setelah Anda menambahkan perintah bacaan pelat ke langkah, tombol akan berubah
menjadi Remove Plate Read (Hapus Bacaan Pelat) saat Anda memilih langkah tersebut.

nRemove Plate Read (Hapus Bacaan Pelat) — menghapus perintah bacaan pelat dari langkahyang dipilih.
Tip: Setelah Anda menghapus perintah bacaan pelat dari langkah, tombol berubah menjadi Add
Plate Read to Step (Tambahkan Bacaan Pelat ke dalam Langkah) saat Anda memilih langkah.

n

Step Options (Opsi Langkah) — membuka kotak dialog Step Options (Opsi Langkah) dan
menampilkan pilihan yang tersedia untuk langkah yang dipilih. Lihat Step Options (Opsi Langkah)pada halaman 102 untuk informasi yang mendetail mengenai pilihan langkah.
Tip: Anda juga dapat mengakses Step Options (Opsi Langkah) dengan mengklik kanan langkahpada tampilan grafis.

nDelete Step (Hapus Langkah) — menghapus langkah yang dipilih dari protokol.

Panduan Pengguna | 101

Bab 7 Membuat Protokol

Step Options (Opsi Langkah)
Buka kotak dialog Step Options (Opsi Langkah) untuk melihat pilihan yang dapat Anda tambahkan, ubah,
atau hapus dari langkah.

nPlate Read (Bacaan Pelat) — saat dipilih, akan menambahkan bacaan pelat ke dalam langkah.

nTemperature (Suhu) — mengatur suhu target untuk langkah yang dipilih.

nGradient (Gradien) — mengatur rentang gradien untuk langkah; rentang tersebut berkisar 1–24°C.
Catatan: Gradien beroperasi dengan suhu terendah di depan blok (dalam gambar ini, baris H)
dan suhu tertinggi di belakang blok (dalam gambar ini, baris A).

n

Increment (Kenaikan) — jumlah suhu yang akan dinaikkan (atau dikurangi) pada langkah yangdipilih; jumlah nilai ini ditambahkan ke suhu target pada setiap siklus. Rentang tersebut berkisar±0,1–10°C.
Catatan: Untuk mengurangi suhu, ketik tanda kurang (–) sebelum nilai numerik (misalnya, –
5°C).

n

Ramp Rate — ramp rate untuk langkah yang dipilih, rentangnya bergantung pada ukuran blok.

nTime (Waktu) — waktu tunggu untuk langkah yang dipilih.

102 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Protocol Editor (Editor Protokol)nExtend (Perpanjang) — jumlah waktu (dalam detik) untuk memperpanjang atau mengurangi
langkah yang dipilih; pilihan ini ditambahkan ke waktu tunggu pada setiap siklus; rentang tersebut
berkisar 1–60 detik.

n

Beep (Bip) - saat dipilih, bip akan berbunyi selama menjalankan langkah.
Tip: Saat Anda memasukkan angka di luar pilihan rentang, perangkat lunak akan mengubah
angka menjadi angka yang terdekat dalam rentang.

Panduan Pengguna | 103

Bab 7 Membuat Protokol

Membuat Protokol di Editor Protokol
Dengan menggunakan Protocol Editor (Editor Protokol), Anda dapat membuat file protokol kustom. Anda
juga dapat mengedit dan menyimpan file protokol yang sebelumnya tersimpan atau file protokol sampel
yang dikirimkan dengan CFX Maestro Dx SE.
Untuk membuat file protokol baru, lakukan hal-hal berikut ini:n

Buka file protokol di Protocol Editor (Editor Protokol).
Tip: Anda dapat membuka protokol baru atau yang sudah ada di Protocol Editor (Editor
Protokol).

nAtur protokol baru.

nTambahkan langkah-langkah ke protokol dari panel protocol controls (kontrol protokol).

n

Edit properti langkah-langkah tersebut.

nSimpan protokol tersebut.

Tip: Untuk membuat protokol baru dari file protokol yang sebelumnya telah disimpan atau sampel,lihat Membuka Protokol yang Ada di Protocol Editor (Editor Protokol) pada halaman 105.

Membuka File Protokol Baru di Protocol Editor (Editor Protokol)
CFX Maestro Dx SE menawarkan beberapa pilihan untuk membuka file protokol baru:nDari menu File di jendela Home (Beranda)nDari kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) di jendela Home (Beranda)nDari kotak dialog Startup Wizard (Wizard Penyiapan) di jendela Home (Beranda)

Untuk membuka file protokol baru dari menu Fileu

Di jendela Home (Beranda), pilih File > New (Baru) > Protocol (Protokol).
Jendela Protocol Editor (Editor Protokol) terbuka, menampilkan file protokol default.
Tip: Untuk informasi tentang mengatur protokol default Anda, lihat Mengubah Default File
Settings (Pengaturan File Default) pada halaman 83.

Untuk membuka protokol baru dari kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)1.

Di jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini untuk membuka kotak dialog
Run Setup (Penyiapan Pengoperasian):n

Pilih Run (Pengoperasian) > User-defined Run (Pengoperasian yang Ditentukan Pengguna).

104 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol di Editor ProtokolnKlik User-defined Run Setup (Penyiapan Pengoperasian yang Ditentukan Pengguna) di toolbar.

Kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) terbuka ke tab Protocol (Protokol) dan
menampilkan file protokol default Anda.
2.

Klik Create New (Buat Baru).
Jendela Protocol Editor (Editor Protokol) akan terbuka, menampilkan protokol waktu nyata default.

Untuk membuka file protokol baru dari Startup Wizard (Wizard Penyalaan)
1.

Pada jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini untuk membuka Startup
Wizard (Wizard Penyalaan) jika tidak muncul di tampilan:nPilih View (Lihat) > Startup Wizard (Wizard Penyalaan).

n

Klik Startup Wizard (Wizard Penyalaan) pada toolbar.

2.

Jika perlu, pilih jenis instrumen dari daftar tarik turun.

3.

Klik User-defined (Ditentukan pengguna) sebagai jenis pengoperasian.
Kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) terbuka ke tab Protocol (Protokol) dan
menampilkan file protokol default.

4.

Klik Create New (Buat Baru).
Jendela Protocol Editor (Editor Protokol) akan terbuka, menampilkan protokol waktu nyata default.

Untuk membuka protokol baru dari menu Run (Pengoperasian)1.

Di jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini untuk membuka kotak dialog
Run Setup (Penyiapan Pengoperasian):n

Pilih Run (Pengoperasian) > User-defined Run (Pengoperasian yang Ditentukan Pengguna).

n

Klik User-defined Run Setup (Penyiapan Pengoperasian yang Ditentukan Pengguna) di toolbar.

Kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) terbuka ke tab Protocol (Protokol) dan
menampilkan file protokol default Anda.
2.

Klik Create New (Buat Baru).
Jendela Protocol Editor (Editor Protokol) terbuka, menampilkan protokol waktu nyata default.

Membuka Protokol yang Ada di Protocol Editor (Editor Protokol)
CFX Maestro Dx SE menyediakan file protokol sampel yang dapat Anda edit dan simpan sebagai
protokol baru kustom. Anda juga dapat membuat protokol baru dari protokol kustom yang sudah ada.

Panduan Pengguna | 105

Bab 7 Membuat Protokol

Untuk membuka file protokol sampel
1.

Di jendela Home (Beranda), pilih File > Open (Buka) > Protocol (Protokol).
Secara default, Windows Explorer membuka ke lokasi folder file Sample (Sampel) CFX Maestro Dx
SE.

2.

Buka folder Sample (Sampel). Anda akan melihat folder berikut:nConventionalProtocols (Protokol Konvensional) — terdiri dari contoh file protokol untuk
analisis PCR tradisional.

n

DataFiles (File Data) — terdiri dari contoh file data yang dapat Anda gunakan untuk
mengeksplorasi fitur CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration (Kalibrasi Leleh) — terdiri dari contoh file protokol untuk digunakan dengan
perangkat lunak Precision Melt Analysis Bio-Rad.

n

Plates (Pelat) — terdiri dari contoh file pelat.

n

RealTimeProtocols (Protokol Waktu Nyata) — terdiri dari contoh file protokol untuk analisis
PCR waktu nyata.

3.

Buka folder protokol untuk jenis pengoperasian yang ingin Anda lakukan, baik
ConventionalProtocols (Protokol Konvensional) maupun RealTimeProtocols (Protokol Waktu Nyata).

4.

Pilih pilihan protokol dan klik Open (Buka).
Protokol sampel terbuka di jendela Protocol Editor (Editor Protokol).

5.

Pilih File > Save As (Simpan Sebagai) dan simpan protokol dengan nama baru atau di folder baru.

Untuk membuka protokol yang ada
1.

Di jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPilih File > Open (Buka) > Protocol (Protokol), arahkan dan pilih protokol target, kemudian klik
Open (Buka).

n

Buka Startup Wizard (Wizard Penyalaan) dan lakukan salah satu hal berikut ini:o

Untuk mengedit protokol yang ditampilkan, klik Edit Selected (Edit yang Dipilih).

oUntuk mengedit protokol lainnya yang sudah ada, klik Select Existing (Pilih yang SudahAda) dan arahkan ke file target.

Protokol terbuka di jendela Protocol Editor (Editor Protokol).
2.

Pilih File > Save As (Simpan Sebagai) dan simpan protokol dengan nama baru atau di folder baru.

106 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol di Editor Protokol

Menyiapkan Protokol Baru
Tip: Jika file protokol Anda menyertakan parameter yang diperlukan (sebagai contoh, jika Anda
mengedit file pelat yang sudah ada), Anda dapat melewati bagian ini. Lanjutkan ke Menambahkan
Langkah ke Protokol pada halaman 109.
File protokol baru memerlukan parameter berikut:nJenis blokn

Scan mode (Mode pindai) untuk jenis blok yang dipilihnSuhu penutup

nVolume sampel

Panduan Pengguna | 107

Bab 7 Membuat Protokol

Mengatur Block Type (Jenis Blok)
CFX Maestro Dx SE secara otomatis akan menghitung kenaikan suhu untuk langkah-langkah gradien
berdasarkan jenis blok.
Catatan: Rangkaian jenis pelat dalam Protocol Editor (Editor Protokol) harus sama dengan pelat dimodul reaksi.

Untuk mengatur jenis bloku

Di jendela Protocol Editor (Editor Protokol), pilih Tools (Peralatan) > Gradient Calculator (Penghitung
Gradien) dan pilih jenis pelat yang sesuai di daftar tarik turun yang muncul.

Memilih Scan Mode (Mode Pindai) untuk Jenis Blok yang Dipilih
Untuk menentukan waktu berjalannya protokol, pilih jenis blok target dan Scan Mode (Mode Pindai).

Untuk memilih jenis blok dan mode pindaiu

Di jendela Protocol Editor (Editor Protokol), pilih Tools (Peralatan) > Run time Calculator (Penghitung
Waktu Pengoperasian) dan pilih jenis pelat yang sesuai dan scan mode (mode pindai) di daftar tarik
turun yang muncul.

Menyesuaikan Suhu Penutup
CFX Maestro Dx SE mengatur suhu default penutup sebagai berikut:nInstrumen lubang kecil 96 dan lubang kecil dalam — 105,0°C

ninstrumen 384 lubang kecil— 95,0°C

Anda dapat mengubah pengaturan default atau mematikan pemanas tutup sesuai kebutuhan protokol.

Untuk menyesuaikan suhu penutup
1.

Di jendela Plate Editor (Editor Pelat), pilih Settings (Pengaturan) > Lid Settings (Pengaturan
Penutup).
Muncul kotak dialog Lid Settings (Pengaturan Penutup).

2.

3.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPilih User Defined (Ditentukan Pengguna) dan masukkan nilai suhu di kotak teks.

nPilih Turn Off Lid Heater (Matikan Pemanas Tutup).

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menutup kotak dialog

108 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol di Editor Protokol

Mengatur Volume Sampel
Secara default, CFX Maestro Dx SE mengatur volume sampel untuk setiap lubang kecil ke 25 µl. Volume
sampel berbeda tergantung pada jenis blok, misalnya:n0–50 µl untuk blok dengan 96 lubang keciln0–30 µl untuk blok dengan 384 lubang kecil

Instrumen menggunakan satu dari dua mode kontrol temperatur untuk menentukan ketika sampel
mencapai target temperatur pada protokol:nCalculated mode (Mode terhitung) — ketika volume sampel diatur menjadi volume bukan nol yangsesuai dengan blok, instrumen akan menghitung suhu sampel berdasarkan pada volume sampel. Ini
adalah mode standar.

n

Block mode (Mode blok) — ketika volume sampel diatur menjadi nol (0) µl, instrumen mencatat
suhu sampel sama dengan suhu blok yang sudah diukur.

Untuk mengatur volume sampel untuk blok tertentuuPada jendela Plate Editor (Editor Pelat), ketik nilai yang tepat di kotak teks Sample Volume (Volume
Sampel) di toolbar.

Tip: Anda dapat mengubah sampel volume default di kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna). Lihat Mengubah Default File Settings (Pengaturan File Default) pada halaman 83.

Menambahkan Langkah ke Protokol
Untuk menambahkan langkah ke protokol
1.

Buka protokol di jendela Protocol Editor (Editor Protokol).

2.

Tentukan di mana untuk memasukkan langkah baru. Pada toolbar, pilih Before (Sebelum) atau After(Sesudah) dalam daftar tarik turun Step (Langkah).

3.

Pada grafik, pilih langkah sebelum atau sesudahnya yang Anda rencanakan untuk dimasukkan
langkah baru.

4.

Pada panel sebelah kiri, klik Insert Step (Sisipkan Langkah).

5.

Untuk mengubah suhu atau waktu tahan, klik nilai default pada grafik atau kerangka protokol dan
ketik nilai baru.

6.

(Opsional) Pada panel sebelah kiri, klik Step Options (Opsi Langkah) untuk menampilkan kotak
dialog Step Options (Opsi Langkah) dan mengubah pilihan yang tersedia untuk langkah yang dipilih.

Panduan Pengguna | 109

Bab 7 Membuat Protokol

Tip: Anda dapat mengakses kotak dialog Step Options (Opsi Langkah) pada menu klik kanan dipanel grafik atau panel outline protokol.
7.

Klik OK dan kemudian klik Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan ke protokol.
Kotak dialog Save As (Simpan Sebagai) akan muncul.

8.

Pada kotak dialog Save As (Simpan Sebagai), ketikkan nama untuk file protokol baru dan klik Save
(Simpan).

Menyisipkan Langkah Gradien
Untuk menyisipkan langkah gradien
1.

Pastikan ukuran pelat untuk gradien sama dengan jenis blok instrumen, 96 lubang kecil, 384 lubang
kecil, atau lubang kecil dalam.

2.

Jika Anda belum melakukannya, pilih ukuran pelat untuk gradien:
Pilih Tools (Peralatan) > Gradient Calculator (Penghitung Gradien) lalu pilih jenis lubang kecil yangsesuai dari daftar tarik turun.

3.

Pada toolbar, pilih Before (Sebelum) atau After (Sesudah) dari daftar tarik turun Insert Step (Sisipkan
Langkah).

4.

Pada grafik atau panel ringkasan, pilih langkah sebelum atau sesudah yang ingin Anda sisipkan
langkah gradien.

5.

Pada panel sebelah kiri, klik Insert Gradient (Sisipkan Graden). Langkah gradien yang baru disorot
dalam grafik dan panel ringkasan, misalnya:

110 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol di Editor Protokol

Suhu setiap baris pada gradien muncul dalam tabel Gradien di panel kanan.
6.

7.

Untuk mengedit rentang suhu gradien, lakukan salah satu hal berikut:nKlik suhu default di grafik atau panel outline lalu dan masukkan suhu yang baru.

nKlik Step Options (Opsi Langkah) untuk memasukkan rentang gradien di jendela Step Options(Opsi Langkah).

nUbah nilai Range (Rentang) dalam tabel Gradient (Gradien).

Untuk mengedit waktu tunggu, klik waktu default dalam grafik atau tampilan teks lalu masukkan
waktu yang baru.

8.

Klik OK lalu Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan.

Menyisipkan Langkah GOTO
Catatan: Anda tidak dapat menyisipkan langkah GOTO dalam set GOTO; Anda tidak dapat
membuat perulangan GOTO bersarang.

Panduan Pengguna | 111

Bab 7 Membuat Protokol

Untuk menyisipkan langkah GOTO
1.

Pada toolbar, pilih Before (Sebelum) atau After (Sesudah) dari daftar tarik turun Insert Step (Sisipkan
Langkah).

2.

Pada grafik, pilih langkah sebelum atau sesudah yang ingin Anda sisipkan ke langkah GOTO.

3.

Pada pane kiri, klik Sisipkan GOTO.

4.

Untuk mengedit jumlah langkah GOTO atau jumlah pengulangan GOTO, pilih jumlah default padagrafik atau panel ringkasan, kemudian masukkan nilai yang baru.

5.

Klik OK lalu Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan.

Menyisipkan Langkah Kurva Leleh
Tip: Anda tidak dapat menyisipkan langkah kurva leleh di dalam perulangan GOTO.
Catatan: Langkah kurva leleh menyertakan penahanan 30 detik di awal langkah yang tidak
ditampilkan dalam protokol.

Untuk menyisipkan langkah kurva leleh
1.

Pada toolbar, pilih Before (Sebelum) atau After (Sesudah) dari daftar tarik turun Insert Step (Sisipkan
Langkah).

2.

Pada grafik, pilih langkah sebelum atau sesudah yang ingin Anda sisipkan ke langkah kurva leleh.

112 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol di Editor Protokol

3.

Pada panel sebelah kiri, klik Insert Melt Curve (Sisipkan Kurva Leleh). Langkah kurva leleh baru
disorot dalam grafik dan panel kerangka, misalnya:

4.

Untuk mengedit rentang suhu leleh atau waktu penambahan, pilih nomor default pada grafik atau
panel kerangka dan masukkan nilai baru.

5.

Klik OK lalu Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan.

Panduan Pengguna | 113

Bab 7 Membuat Protokol

Menambah atau Menghapus Langkah Bacaan Pelat
Tip: Setelah Anda menambahkan perintah bacaan pelat ke langkah, tombol akan berubah menjadi
Remove Plate Read (Hapus Bacaan Pelat) saat Anda memilih langkah tersebut.

Untuk menambahkan bacaan pelat ke langkah
1.

Pada toolbar, pilih Before (Sebelum) atau After (Sesudah) dari daftar tarik turun Insert Step (Sisipkan
Langkah).

2.

Pada grafik, pilih langkah sebelum atau sesudahnya yang Anda rencanakan untuk disisipkan
langkah bacaan pelat.

3.

Pada panel sebelah kiri, klik Add Plate Read (Tambah Bacaan Pelat) ke Step (Langkah) untuk
menambahkan bacaan pelat ke langkah yang dipilih.

4.

Klik OK lalu Yes (Ya) untuk menyimpan perubahan.

Untuk menghapus bacaan pelat dari langkahuPada grafik, pilih langkah yang berisi bacaan pelat dan klik Remove Plate Read (Hapus Bacaan
Pelat) pada panel sebelah kiri.

Mengubah Step Options (Opsi Langkah)
Untuk mengubah opsi langkah pada langkah yang dipilih
1.

Pilih langkah target dalam grafik atau panel ringkasan.

2.

Pada panel kiri, klik Step Options (Opsi Langkah) untuk membuka kotak dialog Step Options (Opsi
Langkah).
Atau, klik kanan langkah target di salah satu panel dan pilih Step Options (Opsi Langkah) pada menuyang muncul.

3.

Untuk menambahkan, mengubah, atau menghapus opsi:nMasukkan nilai pada kotak teks yang sesuai.

n

Edit nilai pada kotak teks tertentu.

nPilih atau hapus kotak centang.

4.

Klik OK untuk menyimpan perubahan lalu tutup kotak dialog Step Options (Opsi Langkah).

5.

Klik OK lalu Yes (Ya) untuk menyimpan protokol.

114 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol di Editor Protokol

Menghapus LangkahPenting: Anda tidak dapat membatalkan fungsi ini. Hati-hati saat menghapus langkah.

Untuk menghapus langkah di protokol
1.

Pilih langkah di panel grafik atau outline.

2.

Di panel kiri, klik Delete Step (Hapus Langkah) untuk menghapus langkah yang dipilih.

3.

Klik OK lalu Yes (Ya) untuk menyimpan protokol.

Menyalin, Mengekspor, atau Mencetak Protokol
Untuk menyalin protokoluKlik kanan outline protokol dan pilih Copy Protocol (Salin Protokol).
Anda dapat menempel outline ke file .txt, .xls, .doc, atau .ppt.

Untuk mengekspor protokol
1.

Klik kanan outline protokol dan pilih Export Protocol (Ekspor Protokol).
Kotak dialog Save As (Simpan Sebagai) akan muncul.

2.

(Opsional) Di Windows Explorer, cari folder tempat menyimpan file protokol.

3.

Di File name (Nama file), ketikkan nama file protokol yang diekspor.

4.

Klik Save (Simpan).

Untuk mencetak protokoluKlik kanan outline protokol dan pilih Print (Cetak).
Anda dapat mencetak outline protokol ke printer default Anda.

Panduan Pengguna | 115

Bab 7 Membuat Protokol

Membuat Protokol dengan Protocol AutoWriter (Penulis
Protokol Otomatis)
Penting: Bio-Rad tidak menjamin bahwa menjalankan protokol yang dibuat dengan Protocol
AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis) akan selalu menghasilkan produk PCR.
Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis) CFX Maestro Dx SE secara otomatis menghasilkan
protokol yang berputar berdasarkan parameter masukan berikut ini:n

Amplicon length (Panjang amplikon) — panjang yang diharapkan dari produk PCRnAnnealing temperature (Temperatur penganilan) — Ta reaksi untuk primer yang digunakan
Jika Ta tidak diketahui, Anda dapat menggunakan kalkulator Ta untuk menghitungnya secaraotomatis berdasarkan urutan primer Anda.
Catatan: Ta disesuaikan dari informasi suhu pelelehan primer (Tm) yang berdasarkan padaenzim yang dipilih dan kecepatan protokol.

nEnzyme type (Jenis enzim) — enzim DNA polimerase (iTaq, DNA polimerase iProof, atau Lainnya)
Jika Anda menggunakan enzim selain DNA polimerase iTaq atau iProof, Anda dapat memasukkan
informasi tambahan, termasuk rentang gradien, waktu aktivasi awal panas (dalam detik), dan waktu
perpanjangan akhir (dalam detik).

n

Run speed (Kecepatan Pengoperasian) — kecepatan reaksi (standar, cepat, atau sangat cepat)
The Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis) mengoptimalkan protokol tergantung padapengaturan kecepatan yang dipilih. Total waktu pengoperasian ditentukan oleh jumlah langkah dan
siklus, waktu inkubasi pada setiap langkah, dan waktu yang dibutuhkan untuk mencapai
keseragaman pada suhu target.

Dengan menggunakan parameter yang Anda masukkan dan pedoman PCR standar, Protocol AutoWriter(Penulis Protokol Otomatis) secara otomatis menghasilkan protokol PCR yang dikustomisasi denganawal panas, denaturasi awal, anil, dan langkah-langkah lanjutan. Anda kemudian dapat melihat
representasi grafis dari protokol yang disarankan dan mengedit, menjalankan, atau menyimpan protokol
tersebut.

116 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Protokol dengan Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis)

Untuk membuat protokol baru dengan menggunakan AutoWriter Protocol (Penulis Protokol
Otomatis) CFX Maestro Dx SE
1.

Pada jendela Home (Beranda), pilih Tools (Peralatan) > Protocol AutoWriter (Penulis Protokol
Otomatis).
Kotak dialog AutoWriter Protocol (Penulis Protokol Otomatis) akan muncul.

2.

Pada bagian Enter Target Values/Enzyme (Masukkan Nilai/Enzim Target), lakukan hal-hal berikutini:nMasukkan suhu penganilan (Ta) untuk primer, jika diketahui.
Tip: Lihat Menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta) pada halaman 118 untuk informasi
lebih lanjut.
Catatan: Untuk informasi tentang perhitungan yang digunakan dalam Kalkulator Ta, lihat
Breslauer dkk. 1986.

n

Masukkan panjang amplikon dalam pasangan basa (bp).

nPilih jenis enzim dari daftar pilihan (DNA polimerase iTaq, DNA polimerase iProof, atau
Lainnya).
Tip: Jika Anda memilih Other (Lainnya) sebagai jenis enzim, parameter pada bagian
Additional Parameters (Parameter Tambahan) (Opsional) menjadi aktif.

Panduan Pengguna | 117

Bab 7 Membuat Protokol

3.

Jika Anda memilih Other (Lainnya) sebagai jenis enzim, Anda dapat menambahkan salah satu atau
semua parameter berikut ini ke protokol:nRentang gradiennSuhu aktivasi awal panasnWaktu perpanjangan akhir

4.

Pada bagian Type (Jenis), gerakkan bar geser untuk memilih kecepatan protokol (Standar, Cepat,
atau Sangat Cepat). CFX Maestro Dx SE menyesuaikan total waktu pengoperasian.

5.

Pilih jenis PCR yang ingin dilakukan (PCR Waktu Nyata adalah default).
Dengan PCR waktu nyata, CFX Maestro Dx SE menambahkan langkah bacaan pelat untuk
mengumpulkan data fluoresensi.

6.

Pada bagian Preview (Pratinjau), periksa protokolnya. Anda dapat melakukan perubahan sesuai
kebutuhan.

7.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Klik OK untuk menyimpan protokol baru. Setelah menyimpannya, protokol akan terbuka padaStartup Wizard (Wizard Penyalaan). Klik Edit Selected (Edit yang Dipilih) untuk membuat
perubahan pada protokol. Misalnya, Anda mungkin perlu mengubah suhu tutup dan volume
sampel.

n

Klik Cancel (Batal) untuk menutup jendela tanpa menyimpan protokol.

Menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta)
Saat suhu penganilan untuk primer tidak diketahui, Anda dapat menggunakan Ta Calculator (KalkulatorTa) untuk menghitung nilai tersebut. Anda dapat menggunakan nilai di Protocol AutoWriter (Penulis
Protokol Otomatis) atau membuat protokol sendiri di Protocol Editor (Editor Protokol).

Tentang Kalkulator Ta
Kalkulator Ta menghitung nilai Tm untuk setiap nilai primer serta nilai Ta untuk protokol pada kecepatan
standar.
Ta untuk protokol berdasarkan pada nilai rata-rata primer Tm dengan penerapan aturan berikut ini:nJika perbedaan antara nilai primer Tm adalah sebesar >4°C, Ta = (lebih rendah dari dua nilai primer
Tm + 2) – 4°CnJika perbedaan antara nilai Tm adalah sebesar ≤4°C, Ta = (rata-rata dari nilai primer Tm) – 4°C

118 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta)

Metode Penghitungan Pasangan Basa
Untuk setiap primer, Calculator Ta (Kalkulator Ta) menggunakan metode penghitungan pasangan basa
untuk urutan 14 pasangan basa (bp) atau lebih sedikit.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)w, x, y, dan z adalah nomor dari basa A, T, G, dan C dalam urutannya, secara berturut-turut.

Metode Tetangga Terdekat
Untuk rangkaian yang lebih panjang dari 14 bp, metode tetangga terdekat adalah metode yangdigunakan. Dalam metode tetangga terdekat, perhitungan suhu leleh berdasarkan pada hubungan
termodinamika antara entropi (urutan atau ukuran acak oligonukleotida), entalpi (panas yang dikeluarkan
atau diserap oleh oligonukleotida), energi bebas, dan suhu.
∆H = ∆G + T* ∆S
Penjelasan:n∆H = Nilai entalpi, Cal/Mole*K (Kal/Molar*K)n

T = suhu, Kelvinn∆S = Nilai entropi, Cal/Mole*K (Kal/Molar*K)n∆G = Energi bebas Gibbs dalam Cal/Mole*K (Kal/Molar*K)

Perubahan pada entropi dan entalpi secara langsung dihitung dengan menjumlahkan nilai untuk
pasangan nukleotida yang ditampilkan Tabel 8 (Breslauer dkk. 1986).
Hubungan antara energi bebas dan konsentrasi reaktan dan produk pada keseimbangan diberikan oleh:∆G = R*T*ln ((DNA * Primer)/(DNA + Primer))
R adalah konstan gas (1,986 Kal/Molar*K).
Mengganti G dalam dua persamaan dan menyelesaikan T akan menghasilkan
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Primer)/(DNA + Primer)))dengan mengasumsikan bahwa konsentrasi DNA dan kompleks DNA-primer adalah sama.
Hal ini ditentukan secara empiris bahwa ada perubahan energi bebas 5 kcal (3,4 kcal) (Sugimoto dkk.
1996) selama transisi dari DNA unting tunggal menjadi bentuk lazim B. Ini kiranya merupakan energi awal
heliks. Yang terakhir, menambahkan penyesuaian untuk garam memberikan persamaan yang digunakan
kalkulator Ta :T = (∆H – 5(KCal/K*Mole))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16,6 log10 (MolaritasGaram)

Panduan Pengguna | 119

Bab 7 Membuat Protokol

Tidak diperlukan penyesuaian yang konstan untuk konsentrasi garam, karena beragam parameter
ditentukan pada 1 M NaCl, dan log10 dari 1 adalah nol.
Perhitungan termodinamika mengasumsikan bahwa penganilan terjadi pada pH 7,0. Perhitungan Tm
mengasumsikan bahwa rangkaian tidak simetris dan berisi setidaknya satu G atau C.
Rangkaian oligonukleotida harus terdiri dari setidaknya 14 basa agar dapat memberikan nilai Tm yangmasuk akal. Jika kurang dari 14 basa, kita akan menggunakan metode perhitungan pasangan basa (lihat
Tabel 8 berikut).
Tabel 8 . Konstan interaksi Breslauer

Interaksi

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

120 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta)

Menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta)
Untuk menggunakan Ta Calculator (Kalkulator Ta)
1.

Untuk membuka Ta Calculator (Kalkulator Ta), lakukan salah satu hal berikut:nJika saat ini berada di Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis), klik Ta Calculator(Kalkulator Ta).

n

Di jendela Home (Beranda), pilih Tools (Peralatan) > Ta Calculator (Kalkulator Ta).

Kotak dialog Ta Calculator (Kalkulator Ta) akan muncul.

2.

Di kotak teks Forward Primer (Primer Maju), ketik atau tempel urutan primer maju.
Tip: Anda juga dapat menggunakan tombol A, T, G, C di sebelah kiri kotak dialog untuk
memasukkan urutan.

3.

Ketikkan atau tempel urutan primer mundur di kotak teks Reverse Primer (Primer Mundur).

4.

Klik Calculate (Hitung).

Panduan Pengguna | 121

Bab 7 Membuat Protokol

Ta Calculator (Kalkulator Ta) menghitung dan menampilkan Tm tiap primer dan rata-rata nilai Tm dan
Ta, misalnya:

Jika nilai primer Tm berbeda sejauh lebih dari 4°C, Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis)
menggunakan nilai primer Tm yang lebih rendah + 2°C sebagai dasar untuk menghitung nilai Ta ,yang selanjutnya dapat Anda modifikasi dengan mengubah enzim dan kecepatan reaksi.
Ta Calculator (Kalkulator Ta) menghasilkan suhu penganilan untuk kecepatan standar dengan
polimerase DNA iTaq. Saat menggunakan enzim yang berbeda, pengaturan kecepatan secaraotomatis menyesuaikan Ta.
5.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nJika membuka Ta Calculator (Kalkulator Ta) dari Protocol AutoWriter (Penulis Protokol
Otomatis), klik OK. Anda kembali ke Protocol AutoWriter (Penulis Protokol Otomatis). Suhu
penganilan dimodifikasi secara otomatis.

nJika membuka Ta Calculator (Kalkulator Ta) dari menu Tools (Peralatan), catat penghitungan
dan klik Cancel (Batal) untuk menutup kalkulator.

122 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 8 Menyiapkan Pelat
File pelat berisi informasi tentang parameter pengoperasian seperti scan mode (mode pindai),fluorophores (fluorofor), dan well contents (isi lubang kecil). Setelah eksperimen dilakukan, Perangkat
Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan akan menautkan isi lubang kecil ke data fluoresens yang
dikumpulkan selama protokol dan menerapkan analisis yang sesuai di jendela Data Analysis (Analisis
Data). Misalnya, lubang kecil yang berisi jenis sampel standar digunakan untuk membuat kurva standar.
CFX Maestro Dx SE menyediakan dua pilihan untuk membuat pelat: Plate Editor (Editor Plat) untuk PCR
waktu nyata berjalan dan Setup Wizard (Wizard Penyiapan) untuk analisis ekspresi gen ternormalisasi.
Plate Editor (Editor Pelat) menyertakan fitur berikut:nFluorofor standar dan jenis sampel untuk ditetapkan ke lubang kecil pelatnKemampuan untuk mengatur target referensi dan mengendalikan sampel untuk analisis ekspresigennKemampuan untuk mengedit penyiapan pelat sebelum, selama, atau setelah pengoperasiannKemampuan untuk menyimpan file pelat agar dapat digunakan kembalinKemampuan untuk mencetak file pelat ke printer default

Setup Wizard (Wizard Penyiapan) memandu Anda membuat layout pelat untuk analisis ekspresi gen
ternormaslisasi. Anda dapat menggunakan Setup Wizard (Wizard Penyiapan) sebelum, selama, atausetelah pengoperasian.

Panduan Pengguna | 123

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)
Plate Editor (Editor Pelat) digunakan untuk membuat pelat kustom atau memodifikasi pelat yang sudah
ada.

LEGENDA
1.

Bilah menu menyediakan akses cepat ke perintah menu File dan Settings (Pengaturan) serta
opsi alat pengeditan pelat.

2.

Toolbar menyediakan akses cepat ke fungsi pemuatan pelat yang penting.

3.

Panel utama menampilkan ringkasan pelat dan opsi pelat saat menerapkannya.

4.

Panel kanan menampilkan opsi yang dapat Anda gunakan untuk menyesuaikan pelat.

5.

Panel bawah menampilkan jenis pelat dan menyediakan akses cepat ke opsi melihat.

Perintah Menu File
Save (Simpan) — menyimpan file data pelat di lokasi khusus pada tab File dalam kota dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna). Lihat Mengubah Default File Settings (Pengaturan File Default) padahalaman 83 untuk informasi lebih lanjut. Item menu ini hanya tersedia saat membuat file pelat yang baru.
Save As (Simpan Sebagai) — menyimpan file data pelat dengan nama baru yang Anda berikan. Item
menu ini hanya tersedia saat membuat file pelat yang baru.

124 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)

File Password (Kata Sandi File) - memungkinkan pengguna untuk mengatur kata sandi untuk
menyimpan dan membuka file.
Extract Plate (Ekstrak Pelat) — membuka kotak dialog untuk mengekstrak/menyimpan (.pltd). Item
menu ini hanya tersedia saat melihat atau mengedit file pelat yang sudah ada.
Print (Cetak) — mencetak file data pelat yang dibuka.
Close (Tutup) — menutup Plate Editor (Editor Pelat).

Perintah Menu Edit
Undo (Urungkan) — mengembalikan perubahan pada pelat hingga file pelat disimpan.
Redo (Ulangi) — mengembalikan tindakan Undo (Urungkan) yang paling baru kecuali jika file pelat telah
disimpan.

Perintah Menu Settings (Pengaturan)Plate Size (Ukuran Pelat) — membuka kotak dialog untuk memilih ukuran pelat untuk pengoperasian.
Catatan: Ukuran pelat harus sama dengan ukuran blok pada instrumen tempat pengoperasiandilakukan.
Pilih lubang kecil 96 untuk:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Pilih lubang kecil 384 untuk:n

CFX Opus 384 Dx

Plate Type (Jenis Pelat) — memungkinkan Anda memilih jenis lubang kecil pada pelat yangmenampung sampel Anda, BR White (BR Putih) atau BR Clear (BR Jernih). Untuk analisis data yangakurat, jenis pelat yang dipilih harus sama dengan jenis pelat yang digunakan dalam pengoperasian.
Catatan: Anda harus mengkalibrasi jenis pelat baru. Lihat Mengkalibrasi Pewarna Baru padahalaman 75 untuk informasi lebih lanjut.
Number Convention (Konvensi Angka) — Memungkinkan Anda memilih atau menghapus pilihan
untuk menampilkan unit dalam notasi ilmiah. Pilihan default-nya adalah menampilkan unit dalam notasi
ilmiah.
Units (Satuan) — memungkinkan Anda memilih satuan untuk ditampilkan di spreadsheet saat
melakukan kuantifikasi yang tidak diketahui vs. kurva standar.

Panduan Pengguna | 125

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Perintah Menu Editing Tools (Peralatan Mengedit)
Setup Wizard (Wizard Pengaturan) — membuka Setup Wizard (Wizard Pengaturan), tempat Anda dapat
menentukan tata letak dan parameter analisis untuk pelat saat ini. Anda dapat menggunakan Setup
Wizard (Wizard Pengaturan) sebelum, selama, atau setelah pengoperasian.
Spreadsheet View/Importer (Tampilan Spreadsheet/Pengimpor) — membuka kotak dialog View
(Tampilan) yang menampilkan tata letak pelat sebagai template dalam format spreadsheet. Anda dapat
menggunakan kotak dialog untuk mengekspor atau mengimpor data templat pelat dalam format .csv.
Flip Plate (Balik Pelat) — membalik isi pelat 180o.

Perintah Toolbar
Mengembalikan perubahan ke pelat. CFX Maestro Dx SE mendukung
hingga sepuluh tindakan pembatalan
Membalikkan tindakan Undo (Urungkan) terbaru. CFX Maestro Dx SE
mendukung hingga sepuluh tindakan pengembalian.
Menyimpan file pelat saat ini.

Menampilkan daftar tarik turun tempat Anda dapat meningkatkan atau
mengurangi pembesaran tampilan pelat.
Menampilkan daftar tarik turun dari tempat Anda dapat memilih scanmode (mode pindai), yang menginstruksikan instrumen tempat saluran
mengumpulkan data fluoresens selama pengoperasian.
Membuka Well Groups Manager (Pengelola Kelompok Lubang Kecil),yang dapat Anda gunakan untuk membuat pengelompokkan lubang kecil
untuk pelat saat ini.
Menampilkan kotak dialog tempat Anda dapat memilih warna dan simbol
untuk jejak amplifikasi.
Membuka kotak dialog View (Tampilan), yang menampilkan susunan
pelat sebagai template dalam format spreadsheet. Anda dapat
menggunakan kotak dialog untuk mengekspor atau mengimpor data
template pelat dalam format .csv.
Membuka Setup Wizard, tempat Anda dapat menentukan layout dan
parameter analisis untuk pelat saat ini. Anda dapat menggunakan Setup
Wizard (Wizard Penyiapan) sebelum, selama, atau setelah
pengoperasian.

126 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Plate Editor (Editor Pelat)

Membuka tab Plate (Pelat) pada kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna), tempat Anda dapat menentukan parameterlayout pelat dan membuat atau menghapus target, sampel, dan nama
kelompok biologis. Perubahan yang Anda buat dalam tab Plate (Pelat)akan tersedia saat Anda membuka Plate Editor (Editor Pelat) kembali.
Menampilkan langkah-langkah yang diperlukan untuk menyiapkan pelat
dan mengisi lubang kecil.

Panduan Pengguna | 127

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)
Dengan menggunakan Plate Editor (Editor Pelat), Anda dapat membuat file pelat kustom. Anda juga
dapat mengedit dan menyimpan file pelat yang telah disimpan sebelumnya atau file pelat sampel yangdikirim dengan Sistem CFX Opus Dx.
Untuk membuat file pelat baru, lakukan hal berikut:nBuka file pelat baru di Plate Editor (Editor Pelat).

n

Pilih jenis pelat.
Catatan: Jenis pelat untuk file pelat harus sama dengan pelat dalam modul reaksi.

nPilih scan mode (mode pindai) untuk digunakan dalam protokol.

nPilih fluorophores (fluorofor) untuk digunakan dalam pelat.

nPilih sample type (jenis sampel), targets (target), dan samples (sampel).

n

Select technical replicates (replikasi teknis), jika memungkinkan.

nSimpan tata letak pelat.

Tip: Untuk membuat pelat baru dari file pelat yang sebelumnya telah disimpan atau file pelat sampel,lihat Membuka File Pelat yang Sudah Ada pada Plate Editor (Editor Pelat) pada halaman 130.

Membuka File Pelat Baru di Plate Editor (Editor Pelat)
CFX Maestro Dx SE menawarkan beberapa pilihan untuk membuka file pelat baru:nDari jendela Home (Beranda)nDari kotak dialog Startup Wizard (Wizard Penyalaan)n

Dari kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)

Untuk membuka file pelat baru dari jendela Home (Beranda)u

Pilih File > New (Baru) > Plate (Pelat).
Jendela Plate Editor (Editor Pelat) akan terbuka, menampilkan file pelat default untuk instrumen yangdipilih.
Tip: Untuk informasi tentang mengatur file pelat default Anda, lihat Mengubah Default File
Settings (Pengaturan File Default) pada halaman 83.

128 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)

Untuk membuka file pelat baru dari Startup Wizard (Wizard Penyiapan)
1.

Pada jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini untuk membuka Startup
Wizard (Wizard Penyalaan) jika tidak muncul di tampilan:nPilih View (Lihat) > Startup Wizard (Wizard Penyalaan).

n

Klik Startup Wizard (Wizard Penyalaan) pada toolbar.

2.

Jika perlu, pilih jenis instrumen dari daftar tarik turun.

3.

Untuk membuat pelat baru, klik User-defined (Yang ditentukan pengguna) sebagai jenis
pengoperasian.
Kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) menampilkan tab Protocol (Protokol).

4.

Klik tab Plate (Pelat) dan klik Create New (Buat Baru).
Jendela Plate Editor (Editor Pelat) terbuka, menampilkan layout pelat default untuk instrumen yangdipilih.

Untuk membuka file pelat baru dari kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)1.

Di jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini untuk membuka kotak dialog
Run Setup (Penyiapan Pengoperasian):n

Pilih Run (Pengoperasian) > User-defined Run (Pengoperasian yang Ditentukan Pengguna).

n

Klik User-defined Run Setup (Penyiapan Pengoperasian yang Ditentukan Pengguna) di toolbar.

Kotak dialog Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) membuka tab Protocol (Protokol).
2.

Untuk membuat pelat baru, klik tab Plate (Pelat) dan klik Create New (Buat Baru).
Jendela Plate Editor (Editor Pelat) terbuka, menampilkan layout pelat default untuk instrumen yangdipilih.

Panduan Pengguna | 129

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Membuka File Pelat yang Sudah Ada pada Plate Editor (Editor
Pelat)CFX Maestro Dx SE menyediakan file pelat sampel yang bisa Anda edit dan simpan sebagai pelat baru.
Anda juga dapat membuat file pelat baru dari file pelat yang sudah disimpan sebelumnya.

Untuk membuka file pelat sampel
1.

Di jendela Home (Beranda), pilih File > Open (Buka) > Plate (Pelat).
Windows Explorer membuka lokasi folder file Sample (Sampel) Sistem CFX Opus Dx.

2.

Buka folder file Sample (Sampel) kemudian buka folder (Plate) Pelat.

3.

Pilih file pelat dan klik Open (Buka).
File pelat sampel terbuka di jendela Plate Editor (Editor Pelat).

4.

Pilih File > Save As (Simpan Sebagai) dan simpan file pelat dengan nama baru atau di folder baru.

Untuk membuka file pelat yang sudah disimpan sebelumnya
1.

Di jendela Home (Beranda), lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPilih File > Open (Buka) > Plate (Pelat), arahkan dan pilih pelat target, kemudian klik Open(Buka).

n

Buka Startup Wizard (Wizard Penyalaan) dan lakukan salah satu hal berikut ini:o

Untuk mengedit file pelat yang sudah ada, klik Select Existing (Pilih Yang Ada) dan arahkan
ke file target.

o

Untuk mengedit file pelat yang ditampilkan, klik Edit Selected (Edit yang Dipilih).

Pelat target akan terbuka di jendela Plate Editor (Editor Pelat).
2.

Pilih File > Save As (Simpan Sebagai) dan simpan file pelat dengan nama baru atau di folder baru.

130 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)

Mengatur File Pelat Baru
Tip: Jika file pelat Anda mencakup parameter yang diperlukan (misalnya, jika Anda mengedit sampel
atau file pelat yang sudah ada) Anda dapat melewati bagian ini. Lanjutkan ke Menetapkan Parameter
Opsional ke File Pelat pada halaman 139.
File pelat baru membutuhkan parameter berikut ini:n

Plate Size (Ukuran Pelat)nPlate type (Jenis Pelat)nScan mode (Mode pindai)nSatu fluorofor (pewarna)nSatu Jenis Sampel

Memilih Jenis dan Ukuran Pelat
Penting: Anda harus memilih ukuran pelat selama penyiapan pelat. Anda tidak dapat mengubahukuran pelat selama atau setelah pengoperasian.
Perangkat lunak menerapkan jenis dan ukuran pelat untuk semua lubang kecil selama pengoperasian.
Pastikan bahwa ukuran pelat yang dipilih sama dengan pelat yang akan Anda gunakan pada
pengoperasian.
Bio-RadSistem CFX Opus Dx dikalibrasi dari pabrik untuk banyak kombinasi pewarna fluoresen dan
pelat. Kalibrasi khusus untuk instrumen, pewarna, dan jenis pelat. Pastikan bahwa fluorofor yang ingin
Anda gunakan dikalibrasi untuk jenis pelat yang Anda pilih.
Tip: Untuk mengkalibrasi kombinasi pewarna dan jenis pelat yang baru pada instrumen, pilih Tools(Peralatan) > Calibration Wizard (Wizard Kalibrasi). Untuk informasi tentang mengkalibrasi pewarna
dan jenis pelat, lihat Mengkalibrasi Pewarna Baru pada halaman 75.

Memilih Scan Mode (Mode Pindai)
Sistem CFX Opus 96 Dx dan CFX Opus Deepwell Dx tereksitasi dan mendeteksi fluorofor dalam lima
saluran (ditambah FRET). Sistem CFX Opus 384 Dx tereksitasi dan mendeteksi fluorofor dalam empat
saluran (ditambah FRET). Semua sistem menggunakan beberapa mode pindai akuisisi data untuk
mengumpulkan data fluoresens selama pengoperasian.
CFX Maestro Dx SE menyediakan tiga scan mode (mode pindai):n

All Channels (Semua Saluran)oMemindai saluran 1 hingga 5 pada sistem CFX Opus 96 Dx dan CFX Opus Deepwell DxoMemindai saluran 1 hingga 4 pada sistem CFX Opus 384 Dx

Panduan Pengguna | 131

Bab 8 Menyiapkan Pelatnn

SYBR®/FAMoHanya memindai saluran 1oMenyediakan pindai cepat

FRETo

Hanya memindai saluran FRETo

Menyediakan pindai cepat

Memilih Fluorofor
Penting: Sebelum memulai pengoperasian, sistem CFX memverifikasi bahwa fluorofor yang Andatentukan di pelat telah dikalibrasi pada instrumen tersebut. Anda tidak dapat mengoperasikan pelat
jika di dalamnya terdapat fluorofor yang belum dikalibrasi pada instrumen tersebut.
Anda harus mengisi setidaknya satu fluorofor ke tata letak pelat sebelum pengoperasian. Anda dapat
menambah fluorofor sebanyak yang diperlukan pada saat ini, tetapi pelat harus berisi setidaknya satu
fluorofor. Fluorofor yang telah dipilih muncul sebagai pilihan untuk target di Target Names (Nama Target).
Anda dapat menggunakan kotak dialog Select Fluorophores (Pilih Fluorofor) untuk mengisi fluorofor (ataupewarna pelat) ke dalam kontrol lubang kecil Plate Editor (Editor Pelat). Fluorofor yang muncul di kotak
dialog Select Fluorophores (Pilih Fluorofor) tergantung pada Scan Mode (Mode Pindai) yang Anda pilih:n

All Channels (Semua Saluran)
Semua fluorofor yang tersedia akan muncul.
Tip: Anda dapat menambah fluorofor sebanyak yang diperlukan, tetapi Anda hanya dapat
memuat satu fluorofor per saluran di dalam setiap lubang kecil.

n

SYBR®/FAM
Hanya 1 saluran fluorofor yang akan muncul.

n

FRET
Hanya fluorofor saluran 6 yang akan muncul.
Tip: Fluorofor FRET saluran 6 muncul hanya ketika FRET telah dipilih di Scan Mode (ModePindai). Tidak tersedia untuk mode pindai All Channels (Semua Saluran).

Catatan: Anda tidak dapat secara langsung menambahkan fluorofor ke atau menghapusnya dari
kotak dialog Select Fluorophore (Pilih Fluorofor). Anda harus mengkalibrasikan fluorofor baru pada
instrumen menggunakan Dye Calibration Wizard (Wizard Kalibrasi Pewarna). Setelah kalibrasi,
fluorofor yang baru secara otomatis ditambahkan di daftar ini. Untuk informasi lebih lanjut, lihat
Mengkalibrasi Pewarna Baru pada halaman 75.

132 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)

Memilih Jenis Sampel
Penting: Anda harus memilih setidaknya satu jenis sampel untuk ditetapkan ke lubang kecil pelat
sebelum pengoperasian.
CFX Maestro Dx SE menawarkan lima jenis sampel:nUnknown (Tidak Diketahui)nStandard (Standar)n

NTC (tanpa kontrol template)nPositive Control (Kontrol Positif)n

Negative Control (Kontrol Negatif)n

NRT (no reverse transcriptase) (Tanpa Transkriptase Balik)Anda menetapkan jenis sampel ke lubang kecil pelat.

Mengatur Pelat Baru
Untuk mengatur pelat baru
1.

Buka pelat baru di jendela Plate Editor (Editor Pelat).

2.

Untuk mengatur ukuran pelat, pilih Settings (Pengaturan) > Plate Size (Ukuran Pelat) dan pilih
ukuran pelat yang sesuai dari menu tarik turun.

3.

Untuk mengatur jenis pelat, pilih Settings (Pengaturan) > Plate Type (Jenis Pelat) dan pilih BR White(BR Putih) atau BR Clear (BR Jernih) dari menu tarik turun.

4.

Secara opsional, dari menu Settings (Pengaturan), Anda dapat mengganti konvensi penomoran danunit tampilan:nUntuk mengganti konvensi penomoran, Settings (Pengaturan) > Number Convension (Konvensi
Penomoran) dan pilih Scientific Notation (Notasi Ilmiah).
Tip: Scientific Notation (Notasi Ilmiah) dipilih secara default. Dalam hal ini, memilih
Scientific Notation (Notasi Ilmiah) menghapus default dan mengatur konvensi penomoran
ke bentuk standar.

n
5.

Untuk mengubah unit tampilan, pilih Settings (Pengaturan) > Units (Unit) dan pilih nilai unit baru.

Untuk mengatur Scan Mode (Mode Pindai), pilih Scan Mode (Mode Pindai) yang sesuai dari tarik
turun daftar Scan Mode (Mode Pindai) di toolbar jendela Plate Editor (Editor Pelat).

Panduan Pengguna | 133

Bab 8 Menyiapkan Pelat

6.

Pilih fluorofor yang dibutuhkan untuk pelat:a.

Pada panel kanan, klik Select Fluorophores (Pilih Fluorofor).
Kotak dialog Select Fluorophores (Pilih Fluorofor) akan muncul. Anda akan melihat fluorofor
tersedia untuk jenis Scan Mode (Mode Pindai) yang Anda pilih di Langkah 5, misalnya:b.

Untuk memilih fluorofor, klik kotak centang Selected (Dipilih).
Tip: Untuk menghapus fluorofor dari daftar, kosongkan kotak centang Selected (Dipilih).

c.

Untuk mengubah warna tampilan fluorofor, klik di kotak Color (Warna).
Catatan: Warna yang Anda pilih mewakili fluorofor di kedua jendela Plate Editor (Editor
Pelat) dan diagram Data Analysis (Analisis Data).

d.

Pada kotak dialog Color (Warna), pilih warna yang Anda inginkan atau klik Define Custom Color(Tentukan Warna Kustom) dan buat warna baru untuk mewakili fluorofor.

e.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan keluar dari kotak dialog Select Fluorophores (Pilih
Fluorofor).

134 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)

7.

Anda harus memilih setidaknya satu lubang kecil untuk memuat jenis sampel. Secara default, lubang
kecil A1 dipilih.
Pada panel pelat, lakukan salah satu hal berikut ini:n

Untuk memilih beberapa lubang kecil yang berbatasan, klik lubang kecil dan seret ke target.

n

Untuk memuat beberapa lubang kecil yang tidak berdekatan, tahan tombol Control (Kontrol) dan
klik setiap lubang kecil.

nUntuk memuat seluruh kolom dengan jenis sampel yang sama, klik nomor kolom.

nUntuk memuat seluruh baris, klik nomor baris.

n

Untuk memuat seluruh pelat, klik bagian kiri atas dari pelat.

Misalnya:Panduan Pengguna | 135

Bab 8 Menyiapkan Pelat

8.

Tetapkan satu jenis sampel untuk lubang kecil yang terpilih atau lubang kecil dari menu tarik turun
Sample Type (Jenis Sampel).

9.

Tetapkan setidaknya satu fluorofor ke semua lubang kecil yang berisi satu jenis sampel. Anda dapat
menetapkan lebih dari satu fluorofor target ke satu lubang kecil dari kelompok lubang kecil.
Catatan: Anda hanya dapat menetapkan satu fluorofor per saluran. Anda tidak dapat
menetapkan lebih dari satu fluorofor dari saluran yang sama ke lubang kecil yang sama.
Tip: Anda dapat menghubungkan target dengan fluorofor atau Anda dapat menetapkan hanya
fluorofor ke lubang kecil pada saat ini dan menghubungkan target ke fluorofor setelah Anda
menjalankan eksperimen.
n

Untuk menetapkan hanya satu fluorofor ke lubang kecil yang dipilih, pada bagian Target Names(Nama Target) di panel sebelah kanan, pilih kotak centang Load (Muat) untuk fluorofor tertentu.

nUntuk menghubungkan target dengan fluorofor, di bagian Target Names (Nama Target), pilih
nama target dari daftar tarik turun untuk fluorofor tertentu. Perangkat lunak secara otomatis akan
memilih kotak centang Load (Muat).

10. Untuk lubang kecil yang berisi jenis sampel standar, Anda harus mengisi konsentrasinya. Setiap
lubang kecil dapat memiliki nilai konsentrasi yang berbeda. Secara default, CFX Maestro Dx SE
memuat konsentrasi 1.00E+06 ke semua lubang kecil dengan jenis sampel Standar. Anda dapat
mengubah nilainya jika dibutuhkan.
a.

Di panel pelat, pilih lubang kecil atau kelompok lubang kecil Standard (Standar).

b.

Di bagian Concentration (Konsentrasi), klik Load (Muat) untuk memuat nilai ke lubang kecil yangtelah dipilih.

c.

(Opsional) Untuk memuat konsentrasi yang lain, ketik nilai yang baru di dalam kotak teks
Concentration (Konsentrasi) dan tekan enter.

d.

Lakukan langkah ini untuk semua lubang kecil dengan jenis sampel Standard (Standar).

136 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor Pelat)

Tip: Untuk memuat konsentrasi yang sama ke semua lubang kecil Standard (Standar),pastikan bahwa <All> (Semua) muncul di daftar tarik turun di bawah nilai Concentration(Konsentrasi). Untuk memuat nilai konsentrasi yang sama ke semua lubang kecil dengan
fluorofor tertentu, klik daftar tarik turun dan pilih fluorofor.
11. Klik OK untuk menyimpan pelat baru.

Panduan Pengguna | 137

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Item Menu Klik Kanan untuk Alat Editor Pelat
Tabel 9 mencantumkan item menu yang tersedia pada alat Plate Editor (Editor Pelat) saat Anda mengklik
kanan pada lubang kecil mana pun pada alat. Menu ini juga muncul di Tampilan Spreadsheet/Importer.
Tabel 9 . Item menu klik kanan pada alat Plate Spreadsheet View/Importer (Tampilan
Lembar Lajur Pelar/Pengimpor)

Item

Fungsi

Copy (Salin)

Menyalin keseluruhan spreadsheet.

Copy as Image (Salin

Menyalin spreadsheet sebagai file gambar.

sebagai Gambar)
Print (Cetak)

Mencetak spreadsheet.

Print Selection (Cetak

Hanya mencetak sel yang dipilih.

yang Terpilih)
Export to Excel (Ekspor

Mengekspor file ke spreadsheet Excel.

ke Excel)
Export to CSV (Ekspor

Mengekspor file sebagai file .csv.

ke CSV)
Export to Xml (Ekspor

Mengekspor file sebagai file .xml.

ke Xml)Export to Html (Ekspor

Mengekspor file sebagai file .html.

ke Html)
Find (Cari)

Mencari teks tertentu.

Sort (Urutkan)

Mengurutkan spreadsheet dengan memilih hingga tiga kolom data
di jendela Sort (Urutkan).

138 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat
File pelat berisi informasi tentang isi dari setiap lubang kecil beserta sampel untuk pengoperasian.
Setelah eksperimen dilakukan, CFX Maestro Dx SE akan menautkan isi lubang kecil dengan data
fluoresens yang dikumpulkan selama protokol dan menerapkan analisis yang tepat di jendela Data
Analysis (Analisis Data).
Di CFX Maestro Dx SE, Anda dapat menetapkan parameter untuk setiap lubang kecil di pelat Anda
sebelum, selama, atau bahkan setelah Anda melakukan eksperimen. Anda dapat menetapkan parameterke file pelat yang sudah ada atau yang baru. Parameter ini meliputi:nNama target — target atau target perhatian (gen atau urutan) di setiap lubang kecil yang dimuat.

nNama sampel — pengidentifikasi atau kondisi yang sesuai dengan sampel di setiap lubang kecilyang telah diisi, seperti mouse1, mouse2, atau mouse3.

nKelompok biologis — pengidentifikasi atau kondisi yang sesuai dengan kelompok lubang kecil,seperti 0Hr, 1Hr, atau 2Hr.
Tip: Nama target, nama sampel, dan kelompok biologis harus sama antarlubang kecil untuk
membandingkan data dalam tab Gene Expression (Ekspresi Gen) di jendela Data Analysis(Analisis Data). Setiap nama harus memiliki huruf kapital, tanda baca, dan jarak yang sama.
Misalnya, "Aktin" tidak sama dengan "aktin", "2Hr" tidak sama dengan "2 hr", dan "Mouse 1"
tidak sama dengan "mouse1". Untuk memastikan konsistensi penamaan, masukkan nama dibagian Libraries (Pustaka) di User (Pengguna) > User Preferences (Preferensi Pengguna) >Plate (Pelat), yang tersedia di jendela Home (Beranda).

nReplikasi teknis — setiap lubang kecil yang digunakan untuk menganalisis kombinasi sampel dan
target yang sama; yaitu replikasi reaksi qPCR.

nPengenceran Berseri — jumlah untuk mengubah konsentrasi jenis sampel Standard (Standar)
dalam kelompok replikasi untuk membuat data kurva standar yang akan dianalisis.

Menetapkan Target ke Lubang Kecil
Tip: Anda dapat menetapkan nama target yang sama untuk satu atau beberapa lubang kecil. Anda
juga dapat menetapkan beberapa target untuk lubang kecil yang sama.
Penting: Mengklik OK setelah Anda menetapkan target akan menyimpan perubahan danmenonaktifkan Undo (Urungkan) pada toolbar Plate Editor (Editor Pelat). Hati-hati saat mengklik OK.

Panduan Pengguna | 139

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Untuk menetapkan target ke lubang kecil atau kelompok lubang kecil
1.

Di Plate Editor (Editor Pelat), pastikan bahwa jenis sampel telah ditetapkan untuk lubang kecil atau
kelompok lubang kecil.
Lihat Memilih Jenis Sampel pada halaman 133 untuk informasi tentang penetapan jenis sampel kelubang kecil.

2.

Di panel pelat, pilih lubang kecil atau kelompok lubang kecil:nUntuk memilih satu lubang kecil, klik pada lubang kecil tersebut.

nUntuk memilih beberapa lubang kecil yang berbatasan, klik sebuah lubang kecil dan seret kelubang kecil yang menjadi target.

n

Untuk memilih beberapa lubang kecil yang tidak berdekatan, tahan tombol Control (Kontrol) dan
klik setiap lubang kecil.

nUntuk memilih seluruh kolom dengan jenis sampel yang sama, klik nomor kolom.

nUntuk memilih seluruh baris, klik pada nomor baris.

3.

Di panel kanan, pilih nama dari daftar tarik turun Target Name (Nama Target) untuk setiap fluoroforyang dipilih.

4.

Ulangi Langkah 3 untuk setiap lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang harus ditetapkan
targetnya.
Tip: Anda dapat menetapkan nama yang sama atau berbeda untuk setiap fluorofor terpilih.

5.

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menyimpan pelat.
Catatan: Jika Anda membuat kesalahan saat mengubah pelat, klik Undo (Urungkan) pada
toolbar Plate Editor (Editor Pelat) sebelum mengklik OK untuk menyetujui perubahan.

Untuk menghapus nama targetu

Untuk menghapus nama target dari lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang dipilih, kosongkan
kotak centang Load (Muat).
Penting: Menghapus nama target dari lubang kecil serta menghapus fluorofor yang berkaitan.
Hati-hati saat menghapus nama target dari lubang kecil.

140 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat

Untuk menambahkan nama target ke daftaru

Untuk menambahkan nama target ke daftar tarik turun, lakukan salah satu dari berikut ini:n

Ketik nama dalam daftar tarik turun Target Names (Nama Target) dan tekan Enter.
Tip: Nama target yang Anda tambahkan ke satu daftar akan muncul di semua daftar target
lainnya.

n

Klik simbol + hijau di sebelah kanan daftar tarik turun, ketik nama untuk target dan tekan Enter.

nKlik User Preferences (Preferensi Pengguna) pada toolbar dan tambahkan nama ke pustaka
Target Names (Nama Target) di tab Plate (Pelat).

Penting: Nama target yang Anda tambahkan di daftar tarik turun hanya tersedia untuk pelat
saat ini, atau jika Anda menetapkan nama untuk lubang kecil dan menyimpan tata letak pelat
tersebut. Jika Anda tidak menetapkan nama untuk lubang kecil dan menyimpan tata letak
pelatnya, nama tersebut tidak akan tersimpan dan tidak tersedia untuk penggunaan pada masa
mendatang. Untuk menambahkan nama target secara permanen, serta menambahkannya kepustaka Target Names (Nama Target) menggunakan kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna). Nama yang Anda tambahkan ke pustaka akan tersedia setelah Anda membuka
kembali Plate Editor (Editor Pelat). Lihat Mengatur Parameter Pelat Default pada halaman 86
untuk informasi selengkapnya.

Untuk menghapus nama target dari daftar
1.

Klik User Preferences (Preferensi Pengguna) pada toolbar.
Kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna) akan muncul, lalu menampilkan tab Plate(Pelat).

2.

Di pustaka Target Names (Nama Target) di tab Plate (Pelat), pilih nama untuk menghapus dan tekan
tombol Delete (Hapus).

3.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan keluar dari kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna).
Penting: Anda tidak dapat menghapus nama target yang Anda simpan dengan file pelat. Namakustom yang Anda tambahkan ke daftar tarik turun Target Names (Nama Target) dan tidak Anda
gunakan serta simpan dengan pelat otomatis akan terhapus dari daftar. Nama yang Anda hapus
dari Target Names Library (Pustaka Nama Target) akan terhapus secara permanen dariperangkat lunak dan tidak lagi tersedia untuk pengguna. Hati-hati saat menghapus nama target.

Panduan Pengguna | 141

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Menetapkan Nama Sampel untuk Lubang Kecil
Catatan: Untuk menetapkan nama sampel, Anda harus menetapkan setidaknya satu fluorofor untuk
lubang kecil yang dipilih. Jika tidak ada fluorofor yang ditetapkan untuk lubang kecil yang dipilih,
daftar tarik turun Sample Names (Nama Sampel) tidak akan aktif. Lihat Menetapkan Target ke
Lubang Kecil pada halaman 139 untuk informasi tentang penetapan fluorofor.
Tip: Anda hanya dapat menetapkan satu nama sampel untuk setiap lubang kecil atau kelompok
lubang kecil.

Untuk menetapkan nama sampel untuk setiap lubang kecil atau kelompok lubang kecil.
1.

Di Plate Editor (Editor Pelat), pastikan bahwa telah ditetapkan fluorofor untuk lubang kecil atau
kelompok lubang kecil.

2.

Di panel plate (pelat), pilih lubang kecil atau kelompok lubang kecil.

3.

Di panel kanan, pilih nama dalam daftar tarik turun Sample Names (Nama Sampel).
Perangkat lunak secara otomatis akan memilih kotak centang Load (Muat).

4.

Ulangi Langkah 3 untuk setiap lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang akan Anda tetapkan
nama sampel padanya.

5.

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menyimpan pelat.
Catatan: Jika Anda membuat kesalahan saat mengubah pelat, klik Undo (Urungkan) pada
toolbar Plate Editor (Editor Pelat) sebelum mengklik OK untuk menyetujui perubahan.

Untuk menghapus nama sampelu

Untuk menghapus nama sampel dari lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang dipilih, hapus
centang pada kotak centang Load (Muat).

Untuk menambahkan nama sampel ke daftaru

Untuk menambahkan nama sampel ke daftar tarik turun, lakukan salah satu hal berikut ini:n

Ketik nama dalam daftar tarik turun Sample Names (Nama Sampel) dan tekan Enter.

nKlik simbol + hijau di sebelah kanan daftar tarik turun dan ketik nama untuk sampel.

142 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelatn

Klik User Preferences (Preferensi Pengguna) pada toolbar dan tambahkan nama ke pustaka
Sample Names (Nama Sampel) di tab Plate (Pelat).

Penting: Nama sampel yang Anda tambahkan dalam daftar tarik turun hanya tersedia untuk
pelat saat ini, dan hanya jika Anda menetapkan nama untuk lubang kecil dan menyimpan tataletak pelatnya. Jika Anda tidak menetapkan nama untuk lubang kecil dan menyimpan tata letak
pelatnya, nama tersebut tidak akan tersimpan dan tidak tersedia untuk penggunaan pada masa
mendatang. Untuk menambahkan nama sampel secara permanen, serta menambahkannya kepustaka Sample Names (Nama Sampel) menggunakan kotak dialog User Preferences(Preferensi Pengguna). Nama yang Anda tambahkan ke pustaka akan tersedia setelah Anda
membuka kembali Plate Editor (Editor Pelat). Lihat Mengatur Parameter Pelat Default padahalaman 86 untuk informasi selengkapnya.

Untuk menghapus nama sampel dari daftar
1.

Klik User Preferences (Preferensi Pengguna) pada toolbar.
Kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna) akan muncul, lalu menampilkan tab Plate(Pelat).

2.

Di bagian pustaka Sample Names (Nama Sampel) dalam tab Plate (Pelat), pilih nama yang akan
dihapus dan tekan tombol Delete (Hapus).

3.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan keluar dari kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna).
Penting: Anda tidak dapat menghapus nama sampel yang telah Anda simpan dengan file pelat.
Nama kustom yang Anda tambahkan ke daftar Sample Names (Nama Sampel) dan yang tidak
Anda gunakan serta simpan dengan pelat, otomatis akan terhapus dari daftar. Nama yang Anda
hapus dari Sample Names (Nama Sampel) akan terhapus dari perangkat lunak dan tidak
tersedia lagi untuk pengguna. Hati-hati saat menghapus nama sampel.

Menetapkan Kelompok Biologis ke Lubang-lubang Kecil
Catatan: Untuk menetapkan satu kelompok biologis, Anda harus menetapkan setidaknya satu
fluorofor untuk lubang kecil yang dipilih. Menetapkan fluorofor akan mengaktifkan daftar tarik turun
Biological Groups (Kelompok Biologis). Lihat Menetapkan Target ke Lubang Kecil pada halaman 139
untuk informasi tentang penetapan fluorofor.
Tip: Anda dapat menetapkan satu kelompok biologis ke setiap lubang kecil atau sekelompok lubang
kecil.

Panduan Pengguna | 143

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Untuk menetapkan satu kelompok biologis ke lubang kecil atau sekelompok lubang kecil
1.

Di Plate Editor (Editor Pelat), pastikan bahwa fluorofor telah ditetapkan untuk lubang kecil atau
kelompok lubang kecil tersebut.

2.

Di panel Plate (pelat), pilih lubang kecil atau kelompok lubang kecil.

3.

Di panel kanan, buat pilihan dari daftar turun bawah Biological Group (Kelompok Biologis) .
CFX Maestro Dx SE secara otomatis akan memilih kotak centang Load (Muat).

4.

Ulangi Langkah 3 untuk setiap lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang harus ditetapkan
kelompok biologisnya.

5.

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menyimpan pelat.
Catatan: Jika Anda membuat kesalahan saat mengubah pelat, klik Undo (Urungkan) pada
toolbar Plate Editor (Editor Pelat) sebelum mengklik OK untuk menyetujui perubahan.

Untuk menghapus kelompok biologisuUntuk menghapus kelompok biologis dari lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang dipilih, hapus
kotak centang Load (Muat).

Untuk menambahkan kelompok biologis ke dalam daftaru

Untuk menambahkan kelompok biologis ke daftar tarik turun, lakukan salah satu dari berikut ini:n

Ketik nama dalam kotak tarik turun Biological Group (Kelompok Biologis) dan tekan Enter.

nKlik simbol + hijau di sebelah kanan daftar tarik turun dan ketik nama untuk kelompok
biologisnya.

nKlik User Preferences (Preferensi Pengguna) pada toolbar dan tambahkan nama ke pustaka
Biological Group Names (Kelompok Nama Biologis) di tab Plate (Pelat).

Penting: Nama kelompok biologis yang Anda tambahkan dalam daftar tarik turun hanya
tersedia untuk pelat saat ini, atau hanya jika Anda menetapkan nama untuk lubang kecil dan
menyimpan tata letak pelatnya. Jika Anda tidak menetapkan nama untuk lubang kecil dan
menyimpan tata letak pelat, nama tersebut tidak akan tersimpan dan tidak tersedia untuk

144 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat

penggunaan pada masa mendatang. Untuk menambahkan nama kelompok biologis secara
permanen, tambahkan juga ke pustaka Biological Names (Nama Biologis) menggunakan kotak
dialog User Preferences (Preferensi Pengguna). Nama yang Anda tambahkan ke pustaka akantersedia setelah Anda membuka Plate Editor (Editor Pelat) kembali. Lihat Mengatur Parameter
Pelat Default pada halaman 86 untuk informasi lebih lanjut.

Untuk menghapus nama kelompok biologis dari daftar
1.

Klik User Preferences (Preferensi Pengguna) pada toolbar.
Kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna) akan muncul, lalu menampilkan tab Plate(Pelat).

2.

Di bagian pustaka Biological Names (Nama Biologis) dalam tab Plate (Pelat), pilih nama yang akan
dihapus dan tekan tombol Delete (Hapus).

3.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan keluar dari kotak dialog User Preferences (Preferensi
Pengguna).
Penting: Anda tidak dapat menghapus nama kelompok biologis yang Anda simpan dengan filepelat. Nama kustom yang Anda tambahkan ke daftar tarik turun Biological Group Names (Nama
Kelompok Biologis) dan yang tidak Anda gunakan serta disimpan dengan pelat, secara otomatis
akan terhapus dari daftar. Nama yang Anda hapus dari Biological Names Library (Pustaka
Nama Biologis) akan terhapus secara permanen dari perangkat lunak dan tidak tersedia lagi
untuk pengguna. Hati-hati saat menghapus nama biologis.

Untuk melihat semua kelompok biologis di pelatuKlik Show Biological Groups (Tampilkan Kelompok Biologis) untuk melihat semua kelompok biologis
di pelat.

Setiap kelompok diidentifikasi dengan warna tertentu dan tombol Show Biological Groups(Tampilkan Kelompok Biologis) berubah menjadi Hide Biological Groups (Sembunyikan Kelompok
Biologis).
Klik Hide Biological Groups (Sembunyikan Kelompok Biologis) untuk menghapus warna di lubang
kecil. Atau Anda dapat mengklik lubang kecil yang mana pun dalam pelat untuk menyembunyikan
kelompok biologis.

Panduan Pengguna | 145

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Menetapkan Nomor Replikasi Teknis ke Lubang Kecil
Penting: Untuk nomor replikasi teknis, lubang kecil yang dipilih harus memiliki isi yang sama persis.
Artinya, lubang kecil yang dipilih harus memiliki jenis sampel dan fluorofor yang sama. Jika sesuai,lubang kecil tersebut juga harus diberi nama target, nama sampel, serta set kelompok biologis yangsama. Jika hal-hal tersebut tidak sama, CFX Maestro Dx SE tidak mengaktifkan pilihan ini.

Untuk menetapkan nomor replikasi teknis ke kelompok lubang kecil
1.

Dalam Plate Editor (Editor Pelat), pastikan bahwa konten kelompok lubang kecil sama persis.

2.

Pada panel pelat, pilih kelompok lubang kecil yang menjadi target.

3.

Untuk menetapkan nomor replikasi yang sama ke semua lubang kecil yang dipilih, pada bagian
Replicate (Replikasi) # di panel sebelah kanan ketik nomor replikasi pada kotak dan pilih Load
(Muat).

4.

(Opsional) Untuk menerapkan seri replikasi ke satu set lubang kecil yang dipilih:a.

Klik Technical Replicates (Replikasi Teknis). Bagian Replicate (Replikasi) # berubah untuk
menampilkan pilihan berikut:nReplicate size (Ukuran Replikasi) — nomor yang mewakili jumlah lubang kecil padasetiap kelompok replikasinReplikasi Awal # — nomor pertama dalam seri replikasi untuk kelompok replikasi yangdipilih

Catatan: Secara default, CFX Maestro Dx SE menampilkan nomor replikasi awal sebagai
satu nomor yang lebih besar dari nomor replikasi teknis terakhir yang ditetapkan di pelat.

146 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat

Misalnya, jika nomor replikasi teknis terakhir pada pelat adalah lima, nomor awal berikutnya
adalah enam. Anda dapat mengubah nomor awal ke nomor berapa pun yang belum
ditetapkan.
n
b.

5.

Arah pemuatan (Horizontal atau Vertikal)

Klik Apply (Terapkan) untuk menerapkan parameter ke seri dan kembali ke tampilan Replicate(Replikasi) #.

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menyimpan pelat.
Catatan: Jika Anda membuat kesalahan saat mengubah pelat, klik Undo (Urungkan) pada
toolbar Plate Editor (Editor Pelat) sebelum mengklik OK untuk menyetujui perubahan.

Untuk menghapus lubang kecil dari seri replikauPilih lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang akan dihapus dan kosongkan kotak centang Load
(Muat) # Replicate (Replikasi).
Atau, Anda dapat mengklik Clear Replicate (Hapus Replikasi) # untuk menghapus nomor replikasi
dari lubang kecil atau kelompok lubang kecil yang dipilih.

Untuk melihat semua replikasi teknis pada pelatuKlik Show Technical Replicates (Tampilkan Replikasi Teknis) untuk melihat semua replikasi teknis
pada pelat.
Setiap kelompok dikenali dengan warna tertentu dan tombol Show Technical Replicates (Tampilkan
Replikasi Teknis) berubah menjadi Hide Technical Replicates (Sembunyikan Replikasi Teknis).
Klik Hide Technical Replicates (Sembunyikan Replikasi Teknis) untuk mengosongkan warna dalamlubang kecil. Atau, Anda dapat mengklik lubang kecil mana pun pada pelat untuk menyembunyikan
replikasi teknis.

Menetapkan Seri Pengenceran ke Jenis Sampel Standar
Sebagaimana yang disebutkan sebelumnya, semua lubang kecil dengan jenis sampel Standard(Standar) harus diberi nilai konsentrasi. Anda dapat menetapkan pengenceran berseri ke beberapa
lubang kecil dengan jenis sampel Standard (Standar).
Catatan: Untuk menetapkan pengenceran berseri ke kelompok lubang kecil, lubang kecil harus
disertakan dalam seri replikasi teknis. Lihat Menetapkan Nomor Replikasi Teknis ke Lubang Kecilpada halaman 146 untuk informasi tentang menambahkan lubang kecil ke seri ulangan.

Panduan Pengguna | 147

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Untuk menetapkan pengenceran berseri ke kelompok lubang kecil sampel Standard(Standar)1.

Pada Plate Editor (Editor Pelat), pastikan persyaratan berikut ini terpenuhi:nJenis sampel untuk kelompok lubang kecil adalah Standard (Standar).

nSemua lubang kecil dalam kelompok diberi setidaknya satu fluorofor dan semua lubang kecil
tersebut mengandung fluorofor yang sama.

n

Semua lubang kecil dalam kelompok termasuk dalam seri replikasi teknis yang sama.
Catatan: CFX Maestro Dx SE mengaktifkan opsi Dilution Series (Pengenceran Berseri)
hanya saat semua lubang kecil yang dipilih memenuhi kriteria-kriteria ini.

2.

Pada panel pelat, pilih kelompok lubang kecil target.

3.

Pada bagian Concentration (Konsentrasi) di panel sebelah kanan, klik Dilution Series (SeriPengenceran). Bagian Concentration (Konsentrasi) berubah untuk menampilkan pilihan berikut:nStarting concentration (Konsentrasi awal) — nilai konsentrasi permulaan serinReplicates from and to (Replikasi dari dan ke) — ulangan dalam seri untuk penerapan faktor
pengencerannDilution factor (Faktor pengenceran) — jumlah untuk mengubah konsentrasi dalam setiap
kelompok replikasi

4.

Atur nilai untuk opsi tersebut atau terima pengaturan default.

5.

Secara default, seri pengenceran berkurang karena faktor pengenceran. Pilih Increasing(Meningkatkan) untuk meningkatkan seri pengenceran.

6.

(Opsional) Secara default, faktor pengenceran berlaku untuk semua fluorofor dalam seri ulangan.
Jika seri Anda berisi lebih dari satu fluorofor dan Anda ingin menerapkan pengenceran ke satu
fluorofor, pilihlah dari daftar tarik turun.

148 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menetapkan Parameter Opsional ke File Pelat

7.

Klik Apply (Terapkan) untuk menerapkan seri pengenceran ke kelompok lubang kecil dan kembali ke
tampilan Concentration (Konsentrasi).

8.

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menyimpan pelat.

Menyalin Isi Lubang Kecil ke Lubang Kecil Lain
Anda dapat menyalin konten dari sebuah lubang kecil dan menempelkannya ke dalam satu lubang kecil
atau beberapa lubang kecil. Akan tetapi, Anda dapat menyalin konten dari hanya satu lubang kecil. Anda
tidak dapat memilih beberapa lubang kecil dan menyalin kontennya.

Untuk menyalin konten lubang kecil ke dalam lubang kecil lain
1.

Pada panel pelat, pilih lubang kecil yang akan disalin.

2.

Klik kanan lubang kecil dan pilih Copy Well (Salin Lubang Kecil).

3.

Pilih lubang kecil atau lubang-lubang kecil tempat isi akan ditempelkan:

4.

nUntuk memilih satu lubang kecil, klik pada lubang kecil tersebut.

nUntuk memilih beberapa lubang kecil yang berbatasan, klik sebuah lubang kecil dan seret kelubang kecil yang menjadi target.

n

Untuk memilih beberapa lubang kecil yang tidak berdekatan, tahan tombol Control (Kontrol) dan
klik setiap lubang kecil.

Dengan target lubang kecil yang dipilih, klik kanan dan pilih Paste Well (Tempelkan Lubang Kecil).
CFX Maestro Dx SE menempelkan konten dari lubang kecil pertama ke dalam lubang kecil yangdipilih.

Menambahkan Catatan ke Lubang Kecil
Anda dapat menambahkan catatan deskriptif ke suatu lubang kecil. Anda dapat melihat catatan lubang
kecil pada tab Quantification (Kuantifikasi) di jendela Data Analysis (Analisis Data).

Untuk menambahkan catatan ke lubang kecil
1.

Pada panel pelat, pilih lubang kecil atau lubang-lubang kecil yang Anda rencanakan untuk
ditambahkan catatan.

2.

Pada bagian View (Tampilan) di panel bawah, pilih Well Note (Catatan Lubang Kecil).
Area Well Note (Catatan Lubang Kecil) muncul pada panel sebelah kanan.

Panduan Pengguna | 149

Bab 8 Menyiapkan Pelat

3.

Ketik konten untuk catatan dalam kotak teks dan tekan Enter (Masukkan).
Teks akan muncul di bagian bawah lubang kecil yang dipilih.
Tip: Jika Anda membuat catatan lubang kecil sebelumnya, Anda dapat memilihnya dari daftar
tarik turun dan menerapkannya ke lubang kecil yang dipilih.

Mengosongkan Semua Konten dari Lubang Kecil
Anda dapat mengosongkan lubang kecil individual, beberapa lubang kecil, atau seluruh pelat semua
konten. Mengosongkan lubang kecil tidak akan menghapus data fluoresens yang dikumpulkan saat
pembacaan pelat.
Penting: Mengosongkan lubang kecil secara permanen akan menghapus isi pada lubang kecil. Jika
Anda mengklik OK dan menyimpan pelat setelah mengosongkan lubang kecil, Anda tidak dapat
membatalkan tindakan pengosongan. Hati-hati saat mengosongkan lubang kecil.

Untuk mengosongkan lubang kecil pada semua pengaturan
1.

2.

Di Plate Editor (Editor Pelat), pilih satu lubang kecil atau kelompok lubang kecil dalam panel pelat:nUntuk memilih satu lubang kecil, klik pada lubang kecil tersebut.

nUntuk memilih beberapa lubang kecil yang berbatasan, klik sebuah lubang kecil dan seret kelubang kecil yang menjadi target.

n

Untuk memilih beberapa lubang kecil yang tidak berdekatan, tahan tombol Control (Kontrol) dan
klik setiap lubang kecil.

nUntuk memilih seluruh kolom dengan jenis sampel yang sama, klik nomor kolom.

nUntuk memilih seluruh baris, klik pada nomor baris.

Pada panel kanan, klik Clear Wells (Kosongkan Lubang Kecil).
CFX Maestro Dx SE membersihkan lubang kecil yang dipilih dari semua pengaturan.

3.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nJika Anda mengosongkan lubang kecil karena kesalahan, Klik Undo (Urungkan) pada toolbar
Plate Editor (Editor Pelat) sebelum mengklik OK untuk menyetujui perubahan.
Penting: Mengklik OK sebelum mengklik Undo (Urungkan) akan menyimpan perubahan
dan menonaktifkan Undo (Urungkan) pada toolbar Plate Editor (Editor Pelat).

n

Klik OK untuk menyetujui perubahan dan menyimpan pelat.

150 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mengubah Pengaturan Eksperimen

Mengubah Pengaturan Eksperimen
Gunakan kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen) untuk melihat atau mengubah
daftar target, sampel, atau kelompok biologis, atau untuk menetapkan kelompok sampel analisis ekspresi
gen yang akan dianalisis jika Anda menetapkan kelompok biologis ke lubang kecil di pelat.
Di kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen), tab Targets (Target) menampilkan daftar
nama target untuk setiap reaksi PCR, seperti gen atau urutan gene of interest (gen target).
Tab Samples and Biological Groups (Sampel dan Kelompok Biologis) menampilkan daftar nama sampel
dan kelompok biologis yang menunjukkan sumber target, seperti sampel yang diambil selama 1 jam (1Hr)
atau dari individu tertentu (mouse1).

Untuk mengubah pengaturan pelat menggunakan kotak dialog Experiment Settings(Pengaturan Eksperimen)
1.

Untuk membuka kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen), lakukan salah satu hal
berikut ini:n

Di panel kanan di Plate Editor (Editor Pelat), klik Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).

n

Di tab Gene Expression (Ekspresi Gen) pada jendela Data Analysis (Analisis Data), klik
Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).

Kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen) yang menampilkan isi tab Targets(Target) akan muncul.

2.

Untuk menambahkan nama target, sampel, atau kelompok biologis baru, pada tab yang sesuai, ketik
nama dalam kotak teks New (Baru) dan klik Add (Tambah).

Panduan Pengguna | 151

Bab 8 Menyiapkan Pelat

3.

Untuk menghapus satu atau beberapa nama target, sampel, atau kelompok biologis dari daftar, padatab yang sesuai pilih kotak centang item di kolom Select to Remove (Pilih yang akan Dihapus) dan
klik Remove checked item (Hapus item yang dicentang).

4.

CFX Maestro Dx SE mengecualikan jenis sampel NTC (no template control) dari analisis ekspresi
gen.
Untuk menyertakan jenis sampel NTC, hapus kotak centang di bagian Exclude the following sample
types (Kecualikan jenis sampel berikut). Anda dapat memilih untuk mengecualikan jenis sampel
berikut dengan memilih kotak centang yang tepat:

5.

n

NRT (no reverse transcriptase) (Tanpa Transkriptase Balik)n

Negative Control (Kontrol Negatif)n

Positive Control (Kontrol Positif)nStandard (Standar)

Di tab Targets (Target):a.

Untuk memilih target sebagai referensi untuk analisis data ekspresi gen, pilih di kolom
Reference (Referensi).

b.

Untuk menyembunyikan pengaturan analisis yang akan diterapkan di tab Gene Expression(Ekspresi Gen) di jendela Analysis Settings (Pengaturan Analisis), kosongkan Show Analysis
Settings (Tampilkan Pengaturan Analisis).
Perangkat lunak akan menyembunyikan kolom berikut:nColor (Warna)nShow Chart (Tampilkan Diagram)nAuto Efficiency (Efisiensi Otomatis)nEfficiency (Efisiensi) (%)

c.

Untuk mengubah warna target sebagaimana yang digambarkan dalam diagram Gene
Expression (Ekspresi Gen), klik selnya di kolom Color (Warna), pilih warna baru di kotak dialog
Color (Warna) yang muncul, dan klik OK.

d.

Untuk menampilkan target dengan warna yang dipilih dalam diagram Gene Expression(Ekspresi Gen), pilih kotak centangnya di kolom Show Chart (Tampilkan Diagram).

e.

Secara default, CFX Maestro Dx SE secara otomatis akan menghitung efisiensi relatif untuk
target jika datanya menyertakan kurva standar.

152 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mengubah Pengaturan Eksperimen

Untuk menggunakan nilai efisiensi yang telah ditentukan, ketik nilai dalam sel di kolom Efficiency(%) (Efisiensi) dan tekan tombol Enter. CFX Maestro Dx SE akan mengosongkan kotak centang
Auto Efficiency (Efisiensi Otomatis).
6.

Di tab Samples and Biological Groups (Sampel dan Kelompok Biologis):a.

Untuk memilih sampel atau kelompok biologis sebagai sampel kontrol untuk analisis data
ekspresi gen, pilih kotak centang di kolom Control (Kontrol).

b.

Untuk menetapkan kondisi kontrol untuk sampel atau kelompok biologis untuk pengoperasian,klik kotak centang di kolom Control (Kontrol).

c.

Jika belum dipilih, klik Show Analysis Settings (Tampilkan Pengaturan Analisis) untuk melihat
atau mengubah parameter analisis yang akan diterapkan di tab Gene Expression (Ekspresi
Gen). Perangkat lunak akan menyembunyikan kolom Color (Warna) dan Show Chart(Tampilkan Diagram).

7.

Klik OK untuk menyimpan parameter dalam kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan
Eksperimen) dan kembali ke jendela Plate Editor (Editor Pelat).

Panduan Pengguna | 153

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Membuat Kelompok Lubang Kecil
Kelompok-kelompok lubang kecil membagi satu pelat ke dalam himpunan bagian lubang-lubang kecilyang dapat dianalisis secara terpisah pada jendela Data Analysis (Analisis Data). Setelah kelompokkelompok lubang kecil diatur, pilih satu pada jendela Data Analysis (Analisis Data) untuk menganalisis
data sebagai kelompok independen. Sebagai contoh, aturlah kelompok-kelompok lubang kecil untuk
menganalisis beberapa eksperimen yang dijalankan dalam satu pelat atau untuk menganalisis setiap
kelompok lubang kecil dengan kurva standar yang berbeda.
Catatan: Kelompok lubang kecil default adalah All Wells (Semua Lubang Kecil).

Untuk membuat kelompok lubang kecil
1.

Untuk membuka Well Groups Manager (Pengelola Kelompok Lubang Kecil), lakukan salah satu darihal-hal berikut ini:nPada toolbar Plate Editor (Editor Pelat), klik Well Groups (Kelompok Lubang Kecil).

nPada jendela Data Analysis (Analisis Data), klik Manage Well Groups (Kelola Kelompok Lubang
Kecil).

Kotak dialog Well Groups Manager (Pengelola Kelompok Lubang Kecil) muncul.

2.

Klik Add (Tambahkan) untuk membuat kelompok baru. Menu tarik turun menampilkan nama
kelompok sebagai Group (Kelompok) 1 untuk kelompok pertama.

154 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Kelompok Lubang Kecil

3.

Pilih lubang-lubang kecil untuk kelompok lubang kecil pada tampilan pelat dengan mengklik dan
menyeret di semua kelompok lubang kecil. Lubang kecil yang dipilih tampak biru pada Manager(Pengelola).

4.

(Opsional) Untuk mengubah nama kelompok, pilih namanya di menu tarik turun dan ketik nama baru.

5.

(Opsional) Untuk menghapus kelompok lubang kecil, pilih namanya di daftar tarik turun dan klik
Delete (Hapus).

6.

Klik OK untuk menyelesaikan dan menutup jendela, atau klik Cancel (Batal) untuk menutup jendela
tanpa melakukan perubahan.

Klik Kanan Item Menu untuk Kotak Menu Well Groups Manager (Pengelola
Kelompok Lubang Kecil)
Tabel 10 mencantumkan item menu yang tersedia di kotak dialog Well Groups Manager (Pengelola
Kelompok Lubang Kecil) saat Anda mengklik lubang kecil mana pun.
Tabel 10 . Klik kanan item menu di Plate Editor (Editor Pelat) kotak dialog Well
Groups Manager (Pengelola kelompok Lubang Kecil)

Item

Fungsi

Copy (Salin)

Menyalin konten lubang kecil, yang kemudian dapat
ditempel ke satu atau beberapa lubang kecil lainnya.

Copy as Image (Salin Sebagai

Menyalin well selector view (tampilan pemilih lubang kecil)

Gambar)sebagai gambar.

Print (Cetak)

Mencetak well selector view (tampilan pemilih lubang
kecil).

Print Selection (Cetak yang

Hanya mencetak sel yang dipilih.

Terpilih)
Export to Excel (Ekspor ke

Mengekspor data ke lembar lajur Excel.

Excel)
Export to CSV (Ekspor ke CSV)

Mengekspor data sebagai dokumen yang dipisahkan
dengan koma.

Export to Xml (Ekspor ke Xml)

Mengekspor data sebagai dokumen .xml.

Export to Html (Ekspor ke Html)

Mengekspor data sebagai dokumen .html.

Panduan Pengguna | 155

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Mengubah Lacak Gaya
Selama penyiapan pelat dan saat pengoperasian sedang berlangsung, Anda dapat memodifikasi warna
dan gaya pelacakan amplifikasi. Anda kemudian dapat dengan mudah melihat pelacakan pada jendela
status waktu nyata saat data sedang dikumpulkan.

Untuk mengubah lacak gaya
1.

Klik Trace Styles (Lacak Gaya) pada toolbar Plate Editor (Editor Pelat).
Kotak dialog Trace Styles (Lacak Gaya) muncul untuk pelat terbuka, misalnya:

2.

Untuk menampilkan lacak gaya oleh fluorofor tertentu, pilihlah dari tarik turun Fluorophores(Fluorofor).

3.

Untuk mengubah tampilan pelacakan:a.

Pilih jenis pelacakan dari daftar tarik turun Wells (Lubang Kecil).

b.

Klik warnanya pada kolom Color (Warna).

c.

Pada kotak dialog Color (Warna) yang muncul, pilih warna lain untuk pelacakan dan klik OK.
CFX Maestro Dx SEmenampilkan perubahan warna untuk tipe lubang di kisi.

d.

(Opsional) Pilih simbol untuk pelacakan dari daftar tarik turun Symbols (Simbol).

4.

Untuk mengubah set warna dengan cepat, klik pilihan yang sesuai di bagian Color Quick Set (Set
Cepat Warna).

5.

Untuk melihat label dengan baik di kisi, pilih jenis label di bagian Well Labels (Label Lubang Kecil).

156 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mengubah Lacak Gaya

6.

Klik OK untuk menyimpan perubahan atau Cancel (Batal) untuk membatalkan perubahan.

Panduan Pengguna | 157

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Melihat, Mengekspor, dan Mengimpor Pelat dalam Format
Spreadsheet
Alat Spreadsheet View (Tampilan Spreadsheet)/Importer (Pengimpor) menampilkan konten pelat dalam
format spreadsheet. Penampil menyediakan opsi untuk melihat, mengimpor, dan mengekspor data
lubang kecil seperti yang dijelaskan di bawah ini.

Menggunakan Penampil Spreadsheet untuk Mengekspor dan Mengimpor Data
Pelat
Dari penampil spreadsheet, Anda dapat mengekspor Nama Target, Nama Sampel, Nama Grup Biologis,
dan Catatan Sumur sebagai templat dalam format berbatas tab ke aplikasi seperti Microsoft Excel. Anda
juga dapat mengimpor data tersebut dari aplikasi berbatas tab ke pelat yang telah ditentukan sebelumnya
dari file informasi eksperimen.

Untuk menggunakan alat Spreadsheet View (Tampilan Spreadsheet)/Importer (Pengimpor)1.

Membuat dan menyimpan file pelat (lihat Membuat File Pelat Menggunakan Plate Editor (Editor
Pelat) ).

2.

Pada bilah alat Plate Editor (Editor Pelat), klik tab preadsheet View (Tampilan Spreadsheet)/Importer(Pengimpor) untuk membuka kotak dialog Plate Spreadsheet View (Tampilan Spreadsheet Pelat).

3.

(Opsional) Klik kotak Show Biological Set Name dan Show Well Note untuk menampilkan kolom
tersebut dalam Tampilan Spreadsheet dan dalam file yang diekspor.

158 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Melihat, Mengekspor, dan Mengimpor Pelat dalam Format Spreadsheet

4.

Klik tombol Ekspor Template untuk membuat template kosong dalam file Excel (format .csv). Fileyang diekspor akan menampilkan tata letak yang sama dengan pelat Anda.
Tip: Gunakan nama file pelat saat menyimpan file pelat Anda untuk mengidentifikasi file denganmudah.

5.

Isi sel file Excel dengan konten lubang kecil Anda.
Catatan: Anda hanya dapat mengedit konten sel mana pun di kolom yang memiliki tanda
bintang (*) di samping nama kolom (*Nama Target, *Nama Contoh, *Nama Grup Biologis,*Catatan Lubang Kecil).
Catatan: Anda tidak dapat menambahkan nilai ke Kurva Standar dan Kolom Kuantitas dalamfile Excel yang diekspor. Untuk mengubah data itu, kembali ke editor Plate dan pilih Settings >Units di menu bar. Setelah pengoperasian pelat selesai, data dari standar berikut muncul didiagram Standard Curve (Kurva Standar) pada tab Quantification (Kuantifikasi) di jendela Data
Analysis (Analisis Data) dengan unit yang Anda pilih.

6.

Impor file Excel yang telah diisi kembali ke Plate Editor dengan mengklik tombol Import. Data pelatyang diimpor muncul di jendela Plate Spreadsheet View.
Penting: Jika Anda memiliki beberapa fluorofor, Anda perlu melakukan langkah 3-5 untuk
setiap fluorofor menggunakan menu tarik-turun Daftar Tepung di Tampilan Lembar
Spreadsheet.

7.

Klik tombol OK. Data pelat baru sekarang muncul di jendela Editor Pelat.

Tip: Anda dapat melihat item menu yang tersedia di alat Tampilan Spreadsheet/Importer saat Anda
mengklik kanan pada sumur mana pun di alat atau pada header tabel mana pun dari tampilan Plate
Spreadsheet.

Panduan Pengguna | 159

Bab 8 Menyiapkan Pelat

Membuat Layout Pelat Menggunakan Plate Setup Wizard(Wizard Penyiapan Pelat)
Anda dapat menggunakan Setup Wizard (Wizard Penyiapan) untuk memasukkan informasi tata letak
pelat yang dibutuhkan untuk analisis ekspresi gen yang ternormalisasi, mencakup:nTarget Names (Nama Target)n

Sample Names (Nama Sampel)nLokasi target dan sampel pada pelatnReference gene(s) (Gen referensi)nControl Sample (Sampel Kontrol)

Anda dapat menggunakan Setup Wizard (Wizard Penyiapan) sebelum, selama, atau setelah
pengoperasian.

Menggunakan Plate Setup Wizard (Wizard Penyiapan Pelat)
Bagian ini menjelaskan bagaimana membuat tata letak pelat menggunakan Wizard pengaturan Pelat.
Untuk melihat isi setiap lubang kecil pada pelat dengan lebih mudah, klik Zoom plate (Perbesar pelat) dibagian atas Setup Wizard (Wizard Pengaturan).
Penting: Mengembalikan ke tab Auto Layout (tata letak Otomatis) saat berada di tab lain pada Setup
Wizard (Wizard Pengaturan) akan mengatur ulang tata letak pelat. Hati-hati saat memilih tab ini.
Tip: Anda dapat mengatur ulang tata letak dengan memilih Tools (Peralatan) > Clear Plate (Hapus
Pelat) pada Setup Wizard (Wizard Pengaturan).

Untuk menggunakan Setup Wizard (Wizard Pengaturan) pelat
1.

Buka Plate Editor (Editor Pelat).

2.

Untuk membuka Setup Wizard (Wizard Penyiapan), lakukan salah satu hal berikut:nPilih Editing Tools (Peralatan Mengedit) > Setup Wizard (Wizard Penyiapam).

n

Klik Setup Wizard (Wizard Pengaturan) pada toolbar Plate Editor (Editor Pelat).

Setup Wizard (Wizard Pengaturan) muncul menampilkan tab Auto layout (tata letak Otomatis).

160 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat Layout Pelat Menggunakan Plate Setup Wizard (Wizard Penyiapan Pelat)

3.

Pada tab Auto Layout (Tata Letak Otomatis), lakukan hal berikut:a.

Klik lubang kecil pada kisi-kisi dan seret melintang dan menurun untuk menentukan area di pelat
tempat Anda akan memuat sampel.

b.

Masukkan jumlah target dan sampel untuk dimuat.
Tip: Jumlah target dan sampel harus sebanding dengan jumlah sel yang dipilih. Jika jumlahyang dimasukkan tidak cukup di area yang dipilih, atur jumlah area pemilihan pelat.
Orientasi item pada pelat dan pengelompokannya dapat ditentukan.

c.

(Opsional) Mengubah orientasi pelat. Misalnya, Anda bisa menentukan target dalam kolom dansampel dalam baris, atau mengelompokkan berdasarkan sampel.

d.

Klik Next (Selanjutnya) untuk melanjutkan ke tab nama Target.

Catatan: Jika tata letak pelat Anda tidak memiliki pola reguler, gunakan tab nama Target untuk
memposisikan target Anda secara manual atau tab nama Sample (Sampel) untuk
memposisikan sampel Anda secara manual di pelat. Klik dan seret untuk memilih beberapa
lubang kecil.
4.

Pada tab nama Target, tentukan nama target untuk kelompok target:a.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Untuk mengganti nama target berdasarkan kelompok, atur Select by to Target (Pilih
Berdasarkan Target).

Panduan Pengguna | 161

Bab 8 Menyiapkan Pelatnb.

Untuk mengganti nama berdasarkan lubang kecil, pilih Select by to Well (Pilih Berdasarkan
Lubang Kecil).

Pilih kelompok target atau lubang kecil pada kisi dan ketik nama di daftar tarik turun nama
Target.
Tip: Tekan Tab untuk memilih kelompok atau lubang kecil selanjutnya di kanan atau Enter
untuk memilih kelompok atau lubang kecil di bawah. Atau, pada tab nama Target dan nama
Sample (Sampel), tahan tombol Control (Kontrol) dan klik lubang kecil untuk memilih
beberapa lubang kecil yang tidak berdekatan.

c.

Klik Next (Selanjutnya) untuk melanjutkan ke tab nama Sample (Sampel).

5.

Pada tab nama Sampel, tentukan nama sampel untuk kelompok sampel.

6.

Klik Next (Selanjutnya) untuk melanjutkan ke tab target Reference (Referensi).

7.

Pada tab Reference targets (target Referensi), pilih satu atau lebih target untuk digunakan sebagai
referensi untuk ekspresi gen yang dinormalkan dan klik Next (Selanjutnya) untuk melanjutkan ke tab
sampel Kontrol.

8.

Pada tab sampel Kontrol, pilih satu sampel untuk digunakan sebagai kontrol penghitungan ekspresi
gen relatif.

9.

Klik OK untuk menyimpan tata letak pelat dan kembali ke Plate Editor (Editor Pelat), tempat Anda
dapat menetapkan parameter pelat lebih jauh lagi. Lihat Menetapkan Parameter Opsional ke File
Pelat pada halaman 139 untuk informasi lebih lanjut.
Atau, klik Previous (Sebelumnya) untuk kembali ke tab sebelumnya untuk membuat perubahan.
Catatan: Kembali ke tab Auto Layout (Tata Letak Otomatis) akan secara otomatis mengaturulang pelat. Hati-hati saat mengklik Previous (Sebelumnya).

162 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 9 Menjalankan Eksperimen
Bab ini menjelaskan cara menjalankan eksperimen pengujian kustom (ditentukan pengguna) atau
PrimePCR menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan.
File data pengoperasian berisi informasi pelat dan protokol untuk pengoperasian. File juga berisi data darianalisis yang dilakukan CFX Maestro Dx SE setelah pengoperasian selesai.
Perangkat lunak CFX Maestro Dx SE memudahkan penyiapan dan pengoperasian eksperimen yangditentukan pengguna atau PrimePCR. Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) memandu Anda
melalui langkah-langkah dalam menyiapkan eksperimen, menuntun Anda untuk membuka kotak dialog
Start Run (Mulai Pengoperasian), tempat Anda memulai pengoperasian.

Panduan Pengguna | 163

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) memberikan akses cepat ke file dan pengaturan yang
dibutuhkan untuk menyiapkan dan menjalankan eksperimen. Saat memilih untuk menjalankan userdefined experiment (eksperimen yang ditentukan pengguna), jendela Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian) terbuka untuk menampilkan tab Protocol (Protokol). Saat memilih untuk menjalankan
eksperimen PrimePCR, jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) akan terbuka untuk
menampilkan tab Start Run (Mulai Pengoperasian).
Tip: Lihat Melakukan Eksperimen PrimePCR pada halaman 182 untuk informasi tentang PrimePCR;
lihat Tab Start Run (Mulai Pengoperasian) pada halaman 172 untuk informasi tentang tab Start Run(Mulai Pengoperasian).

164 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)

LEGENDA1.

Tab-tab berikut akan memandu Anda menyiapkan dan menjalankan eksperimen:n Tab Protocol (Protokol) — memilih protokol yang ada untuk dijalankan atau diedit,
atau untuk membuat protokol baru di Protocol Editor (Editor Protokol).
n Tab Plate (Pelat) — memilih pelat yang sudah ada untuk dijalankan atau diedit,
atau untuk membuat pelat baru di Plate Editor (Editor Pelat).
n Tab Start Run (Mulai Pengoperasian) — melihat pengaturan eksperimen,
memilih satu atau beberapa blok instrumen, dan memulai pengoperasian.

2.

Jendela utama menampilkan opsi untuk setiap tab saat Anda menerapkannya.

3.

Tombol navigasi memandu Anda ke tab Start Run (Mulai Pengoperasian).

Mengakses Jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)
Untuk mengakses jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)u

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Di tab Run setup (Penyiapan pengoperasian) dalam Startup Wizard (Wizard Penyiapan), klik
User-defined (Ditentukan pengguna) atau PrimePCR.

n

Di jendela Home (Beranda), klik User-defined Run Setup (Penyiapan Pengoperasian Ditentukan
Pengguna) atau PrimePCR Run Setup (Penyiapan Pelaksanaan oleh PrimePCR) pada toolbar.

n

Di jendela Home (Beranda), pilih Run (Pengoperasian) > User-defined Run (Pengoperasianyang ditentukan Pengguna) atau Run (Pengoperasian) > PrimePCR Run (PengoperasianPrimePCR).

Panduan Pengguna | 165

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Tab Protocol (Protokol)
Tab Protocol (Protokol) menampilkan pratinjau file protokol yang ingin Anda operasikan. File protokol
berisi instruksi untuk langkah suhu instrumen dan juga opsi instrumen yang mengontrol ramp-rate,
volume sampel, dan suhu penutup.

Secara default, perangkat lunak menampilkan protokol yang ditentukan di File Selection (Pemilihan File)untuk bagian Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) pada tab Files (File) dalam User (Pengguna) >kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna). Anda dapat mengubah protokol default di kotak
dialog User Preferences (Preferensi Pengguna). Lihat Mengubah Default File Settings (Pengaturan File
Default) pada halaman 83 untuk informasi lebih lanjut.
Pada tab Protocol (Protokol), Anda dapat:nMembuat protokol baru untuk dijalankannMemilih protokol yang sudah ada untuk dijalankan atau diedit.

Untuk informasi selengkapnya tentang membuat dan memodifikasi protokol, lihat Bab 7, Membuat
Protokol.

166 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Protocol (Protokol)

Untuk membuat protokol baru
1.

Pada tab Protocol (Protokol), klik Create New (Buat Baru).
Jendela Protocol Editor (Editor Protokol) akan muncul.

2.

Gunakan Protocol Editor (Editor Protokol) untuk membuat protokol baru.

3.

Klik OK untuk menyimpan protokol dan kembali ke tab Protocol (Protokol) di Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian).

4.

Lihat detail protokol dan lakukan salah satu hal berikut:nJika detailnya benar, klik Next (Selanjutnya) untuk meneruskan ke tab Plate (Pelat).

nJika detailnya salah, klik Edit Selected (Edit yang Dipilih) untuk kembali ke jendela Protocol
Editor (Editor Protokol). Perbaiki protokol, simpan perubahan, lalu klik Next (Selanjutnya) padatab Protocol (Protokol) untuk melanjutkan ke tab Plate (Pelat).

Untuk memilih protokol yang ada
1.

Pada tab Protocol (Protokol), lakukan salah satu hal berikut:nKlik Select Existing (Pilih yang Sudah Ada) dan navigasikan ke protokol yang ada.

nKlik Express Load (Muat Cepat) dan pilih protokol dari daftar tarik turun protokol.
Tip: Anda dapat menambahkan protokol ke atau menghapusnya dari daftar tarik turun
Express Load (Muat Cepat). Lihat Menambahkan dan Menghapus Express Load Protocols(Protokol Muat Cepat) yang diiringi dengan informasi lebih lanjut.

2.

Lihat detail protokol dan lakukan salah satu hal berikut:nJika detailnya benar, klik Next (Selanjutnya) untuk meneruskan ke tab Plate (Pelat).

nJika detailnya salah, klik Edit Selected (Edit yang Dipilih) untuk membuka jendela Protocol Editor(Editor Protokol). Perbaiki protokol, simpan perubahan, lalu klik Next (Selanjutnya) pada tab
Protocol (Protokol) untuk melanjutkan ke tab Plate (Pelat).

Menambahkan dan Menghapus Express Load Protocols (Protokol Muat Cepat)
Anda dapat memodifikasi konten daftar tarik turun Express Load (Muat Cepat) yang muncul di Protocol
Editor (Editor Protokol). Protokol dalam daftar ini disimpan dalam folder berikut:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Untuk memodifikasi daftar protokol Express Load (Muat Cepat)
1.

Akses dan buka folder ExpressLoad.

2.

Tinjau file protokol (.pcrl) di folder.

Panduan Pengguna | 167

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

3.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut:nHapus protokol dari folder untuk menghapusnya dari daftar tarik turun.

nSalin protokol ke folder untuk menambahkannya ke daftar tarik turun.

168 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Plate (Pelat)

Tab Plate (Pelat)
Catatan: Jika protokol yang dipilih pada tab Protocol (Protokol) tidak menyertakan langkah bacaan
pelat untuk analisis PCR waktu nyata, maka tab Plate (Pelat) disembunyikan. Untuk melihat tab Plate(Pelat), tambahkan setidaknya satu bacaan pelat ke protokol.
Tab Plate (Pelat) menampilkan pratinjau file pelat yang ingin Anda muat. Dalam menjalankan PCR waktu
nyata, file pelat berisi deskripsi konten setiap lubang kecil termasuk fluorofornya, mode pemindaian, danjenis pelatnya. CFX Maestro Dx SE menggunakan deskripsi ini untuk pengumpulan dan analisis data.

Secara default, perangkat lunak menampilkan pelat yang ditentukan di File Selection (Pemilihan File)untuk bagian Run Setup (Penyiapan Pengoperasian) pada tab Files (File) dalam User (Pengguna) >kotak dialog User Preferences (Preferensi Pengguna). Anda dapat mengubah pelat default di kotak
dialog User Preferences (Preferensi Pengguna). Lihat Mengubah Default File Settings (Pengaturan File
Default) pada halaman 83 untuk informasi lebih lanjut.
Pada tab Plate (Pelat), Anda dapat:nMembuat pelat baru untuk dimuat.

nMemilih pelat yang sudah ada untuk dimuat atau diedit.

Untuk informasi lebih lanjut tentang pembuatan dan pengubahan pelat, lihat Bab 8, Menyiapkan Pelat.

Panduan Pengguna | 169

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Untuk membuat pelat baru
1.

Pada tab Plate (Pelat), klik Create New (Buat Baru).
Plate Editor (Editor Pelat) akan muncul.

2.

Gunakan Plate Editor (Editor Pelat) untuk membuat pelat baru.

3.

Klik OK untuk menyimpan pelat dan kembali ke tab Plate (Pelat) di Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian).

4.

Lihat detail pelat dan lakukan salah satu dari hal-hal berikut:nJika detailnya sudah benar, klik Next (Selanjutnya) untuk meneruskan ke tab Start Run (Mulai
Pengoperasian).

n

Jika detailnya salah, klik Edit Selected (Edit yang Dipilih) untuk kembali ke Plate Editor (Editor
Pelat). Perbaiki file pelat, simpan perubahan, lalu klik Next (Selanjutnya) pada tab Plate (Pelat)
untuk melanjutkan ke tab Start Run (Mulai Pengoperasian).

Untuk memilih file pelat yang ada
1.

Pada tab Plate (Pelat), lakukan salah satu hal berikut:nKlik Select Existing (Pilih yang Sudah Ada) dan navigasikan ke file pelat yang ada.

nKlik Express Load (Muat Cepat) dan pilih file pelat dari daftar tarik turun.
Tip: Anda dapat menambahkan pelat ke atau menghapusnya dari daftar tarik turun Express
Load (Muat Cepat). Lihat Menambah dan Menghapus File Pelat Express Load yang diiringi
dengan informasi lebih lanjut.

2.

Lihat detail pelat dan lakukan salah satu dari hal-hal berikut:nJika detailnya sudah benar, klik Next (Selanjutnya) untuk meneruskan ke tab Start Run (Mulai
Pengoperasian).

n

Jika detailnya salah, klik Edit Selected (Edit yang Dipilih) untuk membuka jendela Plate Editor(Editor Pelat). Perbaiki file pelat, simpan perubahan, lalu klik Next (Selanjutnya) untuk melanjutkan
ke tab Start Run (Mulai Pengoperasian).

Menambah dan Menghapus File Pelat Express Load
Anda dapat memodifikasi isi daftar tarik turun Express Load yang muncul pada Plate Editor (Editor Pelat).
Pelat yang muncul di daftar ini disimpan dalam folder berikut:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\170 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Plate (Pelat)

Untuk memodifikasi daftar Express Load pada file pelat
1.

Akses dan buka folder ExpressLoad.

2.

Tinjau file pelat (.pltd) di folder.

3.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Hapus file pelat dari folder untuk menghapusnya dari daftar tarik turun.

nSalin file pelat ke folder untuk menambahkannya dalam daftar tarik turun.

Panduan Pengguna | 171

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Tab Start Run (Mulai Pengoperasian)Tab Start Run (Mulai Pengoperasian) menampilkan informasi tentang eksperimen yang akan dijalankan.
Ini juga menampilkan blok instrumen yang terhubung atau blok tempat Anda dapat menjalankan
eksperimen.

Pada tab Start Run (Mulai Pengoperasian), Anda dapat melakukan hal berikut:nLihat informasi pengoperasian yang mendetail, termasuk file protokol yang dipilih, file pelat, danmode pemindaian.

nTambahkan catatan tentang pengoperasian.

n

Lihat detail tentang semua instrumen yang terhubung, termasuk status pengoperasian mereka(berjalan atau diam), volume sampel dalam µl, suhu penutup, mode emulasi, dan ID atau kodebatang jika tersedia.
Catatan: Anda dapat mengubah kolom yang muncul di Start Run (Mulai Pengoperasian) padatabel Selected Blocks (Blok yang Dipilih). Lihat Memodifikasi Detail pada Tabel Selected Blocks(Blok yang Dipilih) pada halaman 173 untuk informasinya.

nPilih blok atau beberapa blok tempat melakukan pengoperasian.

nMembuka atau memasang penutup tiap instrumen yang dipilih dari jarak jauh.

172 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Start Run (Mulai Pengoperasian)nMulai pengoperasian.

Memodifikasi Detail pada Tabel Selected Blocks (Blok yang Dipilih)
Anda dapat memodifikasi kolom yang muncul pada Start Run (Mulai Pengoperasian) pada tabel Selected
Block(s) (Blok yang Dipilih) Anda juga dapat memodifikasi volume sampel default dan nilai suhu penutup
pada tabel. Perubahan pengaturan diterapkan pada pengoperasian yang akan dilakukan.

Untuk menambahkan kolom di Start Run (Mulai Pengoperasian) pada tabel Selected Blocks(Blok yang Dipilih)uKlik kanan tabel dan pilih opsi pada menu yang muncul.

Untuk menghapus kolom pada Start Run (Mulai Pengoperasian) pada tabel Selected Blocks(Blok yang Dipilih)uKlik kanan tabel dan hapus opsi pada menu yang muncul.

Untuk mengedit volume sampel atau nilai suhu penutup untuk bloku

Pilih volume sampel atau sel suhu penutup untuk blok target dan ketik nilai baru di dalam sel.

Untuk menambahkan ID pengoperasian atau kode batang untuk bloku

Pilih sel ID/Kode Batang untuk blok target dan ketik ID atau pindai blok dengan pembaca kodebatang.

Menjalankan Eksperimen
Penting: Sebelum menjalankan eksperimen, pastikan perangkat lunak antivirus komputer Anda
tidak akan memulai pemindaian selama pengoperasian. Lihat Menginstal Perangkat Lunak
CFX Maestro Dx SE pada halaman 34 dan temui administrator sistem Anda untuk informasi
selengkapnya.

Untuk menjalankan eksperimen
1.

Di tab Start Run (Mulai Pengoperasian), periksa rincian pelat dan protokol di bagian Run Information(Informasi Pengoperasian).

2.

(Opsional) Tambahkan catatan tentang pengoperasian atau eksperimen di kotak teks Notes(Catatan).

3.

Pilih kotak centang dari satu atau lebih blok untuk melakukan pengoperasian.
Tip: Untuk menjalankan eksperimen pada semua blok, pilih Select All Blocks (Pilih Semua Blok)yang terletak di bawah tabel Selected Blocks (Blok yang Dipilih).

Panduan Pengguna | 173

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

4.

(Opsional) Klik Flash Block Indicator (Indikator Blok Flash) untuk menyalakan LED indikator pada blok
instrumen yang dipilih.

5.

Masukkan pelat instrumen ke dalam blok:a.

Klik Open Lid (Buka Penutup). Penutup bermesin dari setiap blok yang dipilih terbuka.

b.

Masukkan pelat eksperimen ke dalam setiap blok yang dipilih.

c.

Klik Close Lid (Pasang Penutup).

Tip: Pada Sistem CFX Opus Dx, ketuk Open Lid (Buka Penutup) atau Close Lid (Pasang
Penutup) di layar Home (Beranda).
6.

Klik Open Lid (Buka Penutup) dan Close Lid (Pasang Penutup) untuk membuka dan menutup
penutup bermesin dari setiap blok instrumen yang dipilih.

7.

Lihat detail pengoperasian dan lakukan salah satu hal berikut:nJika detailnya benar, klik Start Run (Mulai Pengoperasian).

n

Jika detailnya salah:oPerbaiki detail di tabel Selected Blocks (Blok yang Dipilih) dan klik Start Run (Mulai
Pengoperasian).

oKembali ke tab yang benar dan buat perubahan yang sesuai, simpan perubahan, lalu klik
Next (Berikutnya) untuk kembali ke tab Start Run (Mulai Pengoperasian) dan memulai
pengoperasian.

Untuk memulai pengoperasian baru dari pengoperasian sebelumnyauLakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPilih File > Repeat a Run (Ulangi Pengoperasian) di bilah menu perangkat lunak utama; navigasi
ke dan klik dua kali pada file data pengoperasian yang ingin Anda ulang.

n

Pilih tab Repeat Run (Ulangi Pengoperasian) di Startup Wizard (Wizard Penyalaan) dan klik dua
kali pada file data pengoperasian dari pengoperasian yang ingin Anda ulang.
Secara opsional, di tab Repeat Run (Ulangi Pengoperasian) Anda dapat klik Browse (Telusuri)
dan navigasi ke dan klik dua kali pada data pengoperasian yang ingin Anda ulang.

174 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kotak Dialog Run Details (Detail Pengoperasian)

Kotak Dialog Run Details (Detail Pengoperasian)
Saat Anda klik Start Run (Mulai Pengoperasian), perangkat lunak CFX Maestro Dx SE meminta Anda
untuk menyimpan file data (.pcrd), memulai pengoperasian, dan membuka kotak dialog Run Details(Detail Pengoperasian). Kotak dialog Run Details (Detail Pengoperasian) terdiri dari tiga tab status:n

Run Status (Status Pengoperasian) — gunakan tab ini untuk melihat status protokol saat ini,membuka atau memasang penutup, menghentikan pengoperasian sementara, menambah
pengulangan, melewati langkah-langkah, atau menghentikan pengoperasian.

n

Real-time Status (Status Waktu Nyata) — gunakan tab ini untuk melihat data fluoresens PCR
waktu nyata saat mereka dikumpulkan.

nTime Status (Status Waktu) — gunakan tab ini untuk melihat penghitung waktu mundur dalamlayar penuh untuk protokol.

Tab-tab ini dijelaskan secara mendetail di bagian-bagian berikutnya.

Tab Run Status (Status Pengoperasian)Tab Run Status (Status Pengoperasian) menampilkan status pengoperasian yang sedang berjalan saat
ini. Pada tampilan ini, Anda juga dapat mengontrol penutup dan mengubah pengoperasian yang sedang
berlangsung.

Panduan Pengguna | 175

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

LEGENDA
1.

Panel Run Status (Status Pengoperasian) — menampilkan perkembangan protokol
saat ini.

2.

Run Status controls (Kontrol Status Pengoperasian) — memungkinkan Anda untuk
mengoperasikan instrumen atau untuk memutus protokol saat ini.

3.

Run Information pane (Panel Informasi Pengoperasian) — menampilkan detailpengoperasian.

Perintah Status Pengoperasian
Gunakan perintah pada tab Run Status (Status Pengoperasian) untuk mengoperasikan instrumen dariperangkat lunak atau mengubah pengoperasian yang sedang berlangsung.
Catatan: Membuat perubahan pada protokol selama pengoperasian, seperti menambahkan
pengulangan, tidak mengubah file protokol yang terkait dengan pengoperasian. Tindakan berikut
direkam di Run Log (Log Pengoperasian).

— membuka penutup bermesin pada instrumen yang dipilih.
Penting: Membuka penutup selama pengoperasian akan menghentikan langkah
pengoperasian sementara dan dapat mengubah data. Perintah Status Pengoperasian padahalaman 176.

— menutup penutup bermesin pada instrumen yang dipilih.

— menambahkan lebih banyak pengulangan ke langkah GOTO terkini di protokol. Opsi ini hanya
tersedia saat langkah GOTO dijalankan.
Catatan: Anda dapat menambahkan pengulangan tambahan saat berada dalam siklus GOTO
ketika protokol sedang berlangsung. Namun, CFX Maestro Dx SE mengenali perubahan terbaru
dalam jumlah pengulangan. Misalnya, jika Anda menambahkan 10 pengulangan tambahan saatdalam siklus GOTO, perangkat lunak akan mengubah jumlah total menjadi n + 10. Jika Anda
kemudian menambahkan lima (5) pengulangan tambahan saat dalam siklus yang sama, CFX
Maestro akan mengubah jumlah pengulangan menjadi n + 5. Perubahan pertama (10pengulangan) akan diabaikan. Untuk memastikan perangkat lunak melakukan jumlah
pengulangan target, masukkan jumlah total (dalam hal ini 15 pengulangan).

— melewatkan langkah saat ini di protokol.

176 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kotak Dialog Run Details (Detail Pengoperasian)Catatan: Jika Anda melakukan lompatan selama langkah GOTO, sistem melewatkan ke siklus
berikutnya dalam putaran GOTO. Jika siklus terakhir langkah GOTO sedang berlangsung saat
dilewatkan, sistem melewatkan ke langkah berikutnya.

— menyalakan LED pada instrumen yang dipilih untuk mengidentifikasi blok yang dipilih.

— menghentikan protokol sementara.
Catatan: Tindakan ini direkam di Run Log (Log Pengoperasian).

— melanjutkan protokol yang dijeda.

— menghentikan pengoperasian sebelum protokol berakhir.
Catatan: Menghentikan pengoperasian sebelum protokol berakhir dapat mengubah data Anda.

Membuka Tutup Instrumen Selama Pengoperasian PCR
Jika tutup instrumen apa pun dibuka selama PCR dijalankan, CFX Maestro Dx SE akan menampilkan
dialog konfirmasi berikut:

Saat dialog muncul, instrumen terus menjalankan protokol. Tombol OK menjeda pengoperasian dan tutup
instrumen terlepas dan terbuka. Tombol Batal menutup dialog dan melanjutkan proses.

Panduan Pengguna | 177

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Tab Real-time Status (Status Waktu Nyata)
Tab Real-time Status (Status Waktu Nyata) menampilkan data PCR waktu nyata yang dikumpulkan padasetiap siklus selama pengoperasian setelah dua bacaan pelat pertama.

LEGENDA
1.

Amplification trace pane (Panel jejak amplifikasi) — menampilkan data amplifikasi
waktu nyata selama pengoperasian.

2.

Well group identifier (Pengidentifikasi grup lubang kecil) — jika grup lubang kecil
diidentifikasi dalam pengaturan pelat, pengguna dapat memilih grup lubang kecil
tertentu untuk melihat informasi jejak, lubang kecil, dan tabelnya.
Step number identifier (Pengidentifikasi nomor langkah) — jika protokol
mengumpulkan data lebih dari satu langkah (sebagai contoh selama ampifikasi dan
kurva leleh), pengguna dapat memilih langkah tertentu dan melihat jejak yang
dikumpulkan di langkah tersebut.

3.

Well selector pane (Panel selektor lubang kecil) — menampilkan lubang kecil yangaktif, tidak aktif, dan kosong di pelat.

4.

Plate setup table pane (Panel tabel pengaturan pelat) — menampilkan pengaturan
pelat dalam format tabel.

178 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kotak Dialog Run Details (Detail Pengoperasian)5.

Panel Run details (detail pengoperasian) — menampilkan status waktu nyata daripengoperasian termasuk:n Current step (Langkah saat ini)n Current repeat (Pengulangan saat ini)n Current temperature (Suhu saat ini)n Time remaining (Waktu tersisa)n Sample temperature (Suhu sampel)n Suhu penutup

6.

Plate Setup (Pengaturan Pelat) — membuka kotak dialog Plate Setup (Pengaturan
Pelat), di mana pengguna dapat memodifikasi pengaturan pelat saat ini selama
pengoperasian.

Dalam tab Status Real-time (Status Waktu Nyata), Anda dapat:nMenunjukkan atau menyembunyikan jejak waktu nyata dengan memilihnya ke dalam panel pemilihlubang kecil atau tabel penyiapan pelat.

nLihat satu atau beberapa jejak dengan memilihnya dalam tarik turun kelompok lubang kecil.

nMengedit pelat atau mengganti file pelat.

n

Menerapkan file PrimePCR ke pengoperasian.

Menampilkan atau Menyembunyikan Jejak Waktu Nyata
Secara default, semua lubang kecil yang terisi aktif dan muncul di tabel penyiapan pelat. Lubang kecilyang aktif muncul di panel well selector (pemilih lubang kecil). Lubang kecil tersembunyi muncul dengan
warna abu-abu muda, dan lubang kecil yang tidak digunakan muncul dengan warna abu-abu gelap dipanel Well Selector (pemilih lubang kecil).
Anda dapat menyembunyikan jejak dari lubang kecil yang aktif selama pengoperasian. CFX Maestro Dx
SE terus mengumpulkan data untuk semua lubang kecil; bila Anda menyembunyikan lubang kecil,
datanya tidak muncul di tabel plate setup (penyiapan pelat).

Untuk menyembunyikan jejak waktu nyatauDi panel well selector (pemilih lubang kecil), klik lubang kecil (biru) yang aktif yang ingin Anda
sembunyikan.

Untuk menampilkan jejak waktu nyatauPada panel well selector (pemilih lubang kecil), klik lubang kecil tersembunyi (abu-abu muda) yang
ingin Anda tampilkan.

Panduan Pengguna | 179

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Untuk informasi lebh lanjut tentang pemilih lubang kecil, lihat Well Selector (Pemilih Lubang Kecil) padahalaman 201.

Mengedit Penyiapan Pelat
Untuk mengedit penyiapan pelatuKlip Plate Setup (Penyiapan Pelat) lalu pilih View/Edit Plate (Lihat/Edit Pelat).
Jendela Plate Editor (Editor Pelat) akan muncul, di sana Anda dapat mengedit pelat saat
pengoperasian berlangsung. Untuk informasi selengkapnya tentang mengedit pelat, lihat Bab 8,
Menyiapkan Pelat.
Catatan: Anda dapat mengedit gaya lacak dari jendela Plate Editor (Editor Pelat). Perubahan
muncul di plot jejak amplifikasi pada tab Real-time Status (Status Waktu Nyata).

Mengganti File Pelat
Tip: Mengganti file pelat sangat berguna jika Anda memulai pengoperasian dengan file Quick Plate(Pelat Cepat) di folder ExpressLoad.

Untuk mengganti file pelatuKlik Plate Setup (Penyiapan Pelat) dan kemudian pilih salah satu opsi berikut:nReplace Plate file (Ganti File Pelat) — pilih file pelat baru dari daftar di jendela browser(peramban)nApply PrimePCR file (Terapkan file PrimePCR) — cari file pengoperasian yang akan digunakan
untuk tata letak pelat menggunakan Smart search (pencarian Cerdas) atau klik Browse(Telusuri) untuk menemukan file yang Anda unduh dari situs Bio-Rad dan yang tidak terletak difolder PrimePCR

Catatan: CFX Maestro Dx SE memeriksa mode pemindaian dan ukuran pelat untuk file pelat. Ini
harus sama dengan pengaturan pengoperasian pada saat pengoperasian dimulai.

180 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Kotak Dialog Run Details (Detail Pengoperasian)Tab Time Status (Status Waktu)
Tab Time Status (Status Waktu) menampilkan waktu yang tersisa untuk menyelesaikan pengoperasiansaat ini.

Panduan Pengguna | 181

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Melakukan Eksperimen PrimePCR
Eksperimen PrimePCR menggunakan jalur atau uji penyakit tertentu yang telah divalidasi di lab basahdan dioptimalkan oleh Bio-Rad, dan tersedia dalam format berikut:nPanel prapelat — pelat yang terdiri dari pengujian yang spesifik untuk jalur biologis atau penyakit;
mereka mencakup kontrol PrimePCR dan gen referensinPelat yang dikonfigurasikan khusus — pelat yang bisa diatur dalam tata letak yang ditetapkan
pengguna dengan pilihan asai untuk target pengamatan, kontrol, dan referensinAsai individu — tabung yang berisi set primer individu untuk penggunaan dalam reaksi waktu nyata.

Untuk mengurangi waktu pengoperasian keseluruhan, Anda dapat menghilangkan langkah leleh dalam
protokol. Bio-Rad sangat menyarankan agar Anda tidak membuat modifikasi lain untuk protokol
pengoperasian PrimePCR. Protokol default adalah salah satu yang digunakan untuk uji validasi.
Penyimpangan apa pun dari hal ini dapat memengaruhi hasil. Perubahan protokol dicatat dalam tab Run
Information (Informasi Pengoperasian) dari file data yang dihasilkan dan dalam laporan apa pun yangdibuat.

Untuk menjalankan pengoperasian PrimePCRu

Untuk menjalankan pengoperasian PrimePCR, lakukan salah satu hal berikut ini:nPada Startup Wizard (Wizard Penyalaan), pilih PrimePCR pada tab Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian) kemudian pilih senyawa yang sesuai (SYBR® atau Probe).

nPilih pengoperasian PrimePCR dari daftar Recent Runs (Pengoperasian Terbaru) pada tab
Repeat Run (Ulangi Pengoperasian) di Startup Wizard (Wizard Penyalaan).

nPilih File > Open (Buka) > PrimePCR Run File (File Pengoperasian PrimePCR) pada jendela
Home (Beranda).

n

Seret dan letakkan file pengoperasian PrimePCR di jendela Home (Beranda).

Setelah Anda memilih pengoperasian PrimePCR, jendela Run Setup (Pengaturan Pengoperasian)terbuka di tab Start Run (Mulai Pengoperasian) dengan tata letak pelat PrimePCR default dimuat
berdasarkan instrumen yang dipilih.

Untuk menghapus langkah leleh di protokoluPada tab Protocol (Protokol), kosongkan kotak di sebelah Include Melt Step (Sertakan Langkah
Leleh).

182 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Melakukan Eksperimen PrimePCR

Untuk mengimpor informasi target untuk pelat PrimePCR ke layout pelat
1.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPada tab Real-time Status (Status Waktu Nyata) di kotak dialog Run Details (Detail
Pengoperasian), pilih Plate Setup (Penyiapan Pelat) > Apply PrimePCR File (Terapkan File
PrimePCR).

n

Pada kotak dialog Data Analysis (Analisis Data), pilih Plate Setup (Pengaturan Pelat) > Apply
PrimePCR File (Terapkan File PrimePCR).

2.

Pada kotak dialog file pengoperasian PrimePCR, klik Browse (Telusuri) untuk mengakses file
PrimePCR yang sesuai (.csv).

3.

Pilih file PrimePCR target dan klik Open (Buka).

Sistem CFX Opus Dx mengimpor informasi target ke tata letak pelat Anda.

Panduan Pengguna | 183

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Mentransfer Data Mandiri untuk Analisis
Penting: Saat Anda mentransfer file data dari Sistem CFX Opus Dx untuk CFX Maestro Dx SE,
semua file yang disimpan di sistem akan ditransfer. Pastikan Anda memiliki ruang disk yangmencukupi agar data dapat ditransfer dengan aman.
Saat proses selesai, CFX Maestro Dx SE menganalisis data flouresens. Jika proses dilakukan dalammode mandiri dan disimpan pada Sistem CFX Opus Dx itu sendiri, data perlu ditransfer ke komputer
CFX Maestro Dx SE untuk analisis.
Sistem CFX Opus Dx dapat menyimpan hingga 100 proses PCR waktu nyata. Setelah pengoperasianselesai, Anda dapat mentransfer file data mandiri ke komputer CFX Maestro Dx SE melalui email, USB
drive, atau melalui perangkat lunak itu sendiri.
Bagian ini menjelaskan cara mentransfer file data mandiri ke komputer CFX Maestro Dx SE.

Mentransfer Data Melalui Email
Untuk mengirim file data melalui email di akhir pengoperasian
1.

Atur pemberitahuan email untuk instrumen.
Lihat Mengatur Pemberitahuan Email pada halaman 79 atau Sistem PCR Real-Time CFX Opus Dx
Pengoperasian Instrumen.

2.

Saat Anda mengatur pemberitahuan email, pastikan Attach Data File (Lampirkan File Data) sudah
dipilih.
Data pengoperasian dikirim melalui email sebagai file .pcrd.

Mentransfer Data dari Sistem PCR Real-Time CFX Opus Dx
Dengan menggunakan fitur File Browser pada Sistem CFX Opus Dx, Anda dapat mentransfer file data ke
drive USB yang terpasang atau ke folder jaringan bersama. Anda juga dapat mentransfer file protokol
CFX Maestro Dx SE dari drive USB atau drive jaringan bersama ke folder Anda atau folder Publik di
Sistem CFX Opus Dx dan menjalankannya di Sistem CFX Opus Dx.
Tip: Bagian ini menjelaskan cara untuk mentransfer data. Untuk informasi tentang mengatur koneksi
Ethernet, lihat Sistem PCR Real-Time CFX Opus Dx Manual Operasi yang tersedia di CFX Maestro
Dx SE menu Help (Bantuan).
1.

Pada layar Home (Beranda) Sistem CFX Opus Dx, ketuk File untuk melihat layar File Browser.

2.

Pada layar File Browser, navigasikan ke file yang ingin Anda salin, lalu ketuk file untuk melihat panel
detail file.

3.

Di panel detail file, ketuk Opsi lalu ketuk Salin.

184 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mentransfer Data Mandiri untuk Analisis

Kotak dialog Pilih Lokasi muncul.
4.

Dalam kotak dialog Pilih Lokasi, lakukan salah satu hal berikut ini:nNavigasikan ke folder yang ada.

nNavigasikan ke lokasi untuk membuat folder tempat menyimpan file, lalu ketuk Buat Folder(

5.

) untuk membuat folder baru di lokasi tersebut.

Ketuk Pilih untuk menyalin file ke lokasi yang dipilih atau Batal untuk kembali ke layar Browser File.
Catatan: Jika file dengan nama yang sama ada di lokasi yang dipilih, kotak dialog akan muncul.
Ketuk Ya untuk menimpa file yang sudah ada atau Tidak untuk kembali ke layar File Browser.
Sistem CFX Opus Dx menampilkan pesan konfirmasi ketika file berhasil dihapus.

Panduan Pengguna | 185

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

Mentransfer Data melalui Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi
Keamanan
Untuk mentransfer data melalui CFX Maestro Dx SE
1.

Pada panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi) di jendela Home (Beranda), klik
kanan pada instrumen target dan pilih Retrieve Data Files (Ambil File Data).
CFX Maestro Dx SE menampilkan kotak dialog Browse For Folder (Telusuri Folder).

2.

Di kotak dialog Browse For Folder (Telusuri Folder), telusuri ke lokasi tempat Anda berencana
menyimpan file data dan klik OK.
Proses transfer membuat folder yang diberi label Real-Time Data (Data Waktu Nyata) di lokasi yangdipilih. Data pengoperasian disimpan ke folder Real-Time Data (Data Waktu Nyata) sebagai file .zpcr
yang terpisah.

Mentransfer Data Menggunakan USB Drive
Jika Anda memasukkan USB drive ke port USB di instrumen, file data secara otomatis disimpan ke root
directory USB drive saat pengoperasian selesai. Anda juga dapat melacak file data yang disimpan
sebelumnya dan menyimpannya ke USB drive yang terpasang.

Untuk mentransfer file data ke drive USB aktif pada Sistem CFX Opus DxuDi kotak dialog Select Location (Pilih Lokasi), ketuk USB dan arahkan ke folder target tempat
menyalin file atau Cancel (Batal) untuk kembali ke layar File Browser (Penelusuran File).
Catatan: Jika file dengan nama yang sama ada di lokasi yang dipilih, dialog muncul. Ketuk Yes(Ya) untuk menimpa file yang ada atau No (Tidak) untuk kembali ke layar File Browser(Penelusuran File).

Sistem CFX Opus Dx menampilkan pesan konfirmasi ketika file berhasil dihapus.

186 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Mentransfer Data Mandiri untuk Analisis

Mentransfer Data melalui Drive Jaringan Bersama Menggunakan
Sistem PCR Real-Time CFX Opus Dx
Tip: Anda dapat mentransfer data ke dan dari drive jaringan bersama hanya melalui Sistem CFX
Opus Dx.
Sistem CFX Opus Dx memungkinkan Anda untuk terhubung ke drive jaringan bersama menggunakan
Ethernet. Jika sambungan berhasil, Anda dapat mentransfer file data ke dan dari folder di drive jaringan
bersama.

Untuk mentransfer data ke dan dari drive jaringan bersamau

Di kotak dialog Select Location (Pilih Lokasi), ketuk Network (Jaringan) dan navigasikan ke folder
target yang akan digunakan untuk menyalin file atau Cancel (Batal) untuk kembali ke layar FileBrowser (Penelusuran File).
Catatan: Jika file dengan nama yang sama ada di lokasi yang dipilih, dialog muncul. Ketuk Yes(Ya) untuk menimpa file yang ada atau No (Tidak) untuk kembali ke layar File Browser(Penelusuran File).

Sistem CFX Opus Dx menampilkan pesan konfirmasi ketika file berhasil dihapus.

Membuat File Data
Untuk menganalisis data yang ditransfer dari instrumen ke komputer CFX Maestro Dx SE, file data yangsudah dikompres (file .zpcr) harus diubah menjadi file data (file .pcrd).CFX Maestro Dx SE mengonversi
file .zpcr menjadi file .pcrd dan kemudian memilih file pelat yang memiliki mode pemindaian dan ukuran
pelat yang sama dan menerapkannya ke file .pcrd.

Untuk membuat file data dari file data yang berdiri sendiri
1.

Pada CFX Maestro Dx SE lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:n

Temukan file (.zpcr) target dan seret ke jendela Home (Beranda) CFX Maestro Dx SE.

n

Pilih File > Open (Buka) > Stand-alone Run (Pengoperasian yang Berdiri Sendiri) dan
navigasikan ke file dan pilih file target.

CFX Maestro Dx SE menampilkan kotak dialog Save As (Simpan Sebagai).
2.

Navigasikan ke folder tempat Anda berencana untuk menyimpan file (.pcrd) dan klik Save (Simpan).
Setelah Anda menyimpan file (.pcrd), CFX Maestro Dx SE akan membuka jendela Data Analysis(Analisis Data) dan menampilkan data yang dihasilkan.

Panduan Pengguna | 187

Bab 9 Menjalankan Eksperimen

188 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan memproses data PCR waktu nyata secara otomatis
pada setiap akhir proses dan membuka jendela Data Analysis (Analisis Data) untuk menampilkan datadata tersebut (.pcrd).
nSeret file data (ekstensi *.pcrd) ke jendela Home (Beranda) dan lepaskannPilih File > Open (Buka) > Data File (File Data) di jendela Home (Beranda) dan telusuri ke file .pcrd
target.

n

Pilih File > Recent Data Files (File Data Terbaru) di jendela Home (Beranda) untuk memilih daridaftar sepuluh file data yang paling baru dibuka.

nPilih tab Analyze (Analisis) di Startup Wizard (Wizard Penyalaan) dan pilih dari Recent Files (FileTerbaru) atau klik Browse (Telusuri) untuk mencari file data.

Jendela Analisis Data
Jendela Data Analysis (Analisis Data) menampilkan banyak tab, masing-masing tab menunjukkan datayang dianalisis untuk metode analisis tertentu atau informasi pengoperasian tertentu. Tab hanya muncul
jika data yang dikumpulkan dalam pengoperasian tersedia untuk jenis analisis tersebut.

Tip: Untuk memilih tab yang akan ditampilkan, pilih tab tersebut dari menu tarik turun View (Lihat)pada jendela Data Analysis (Analisis Data). Untuk kembali ke tata letak tab awal, pilih Settings(Pengaturan) > Restore Default Window Layout (Kembalikan Tata Letak Jendela Default).

Panduan Pengguna | 189

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Toolbar Analisis Data
Toolbar di jendela Data Analysis (Analisis Data) menyediakan akses cepat ke fungsi analisis data yangpenting.

Tabel 11 mencatat fungsi tombol di toolbar.
Tabel 11 . Toolbar di jendela Data Analysis (Analisis Data)

TombolNama

Fungsi

Plate Setup

View/Edit plate (Lihat/Edit pelat) — membuka(Penyiapan Pelat)

Plate Editor (Editor Pelat) untuk melihat dan
mengedit isi lubang kecil.
Replace Plate (Ganti File Pelat) — memilih filepelat untuk mengganti tata letak pelat.
Apply PrimePCR file (Terapkan file PrimePCR)— memilih file pengoperasian untuk menggantitata letak pelat pada pengoperasian PrimePCR.

Manage Well

Membuka jendela Well Groups Manager

Groups (Kelola(Pengelola Kelompok Lubang Kecil) untuk

Kelompok Lubang

membuat, mengedit, dan menghapus grup

Kecil)

lubang kecil.

Well Group (Grup

Memilih nama grup lubang kecil yang sudah ada

Lubang Kecil)

di menu tarik turun. Pemilihan default adalah All
Wells (Semua Lubang Kecil). Tombol ini hanya
muncul jika kelompok lubang kecil dibuat.

Analysis Mode

Menganalisis data dalam mode Fluorofor atau

(Mode Analisis)

Target.

Help (Bantuan)

Membuka Help (Bantuan) perangkat lunak, disana Anda dapat menemukan bantuan daring
dan salinan digital dari manual ini dalam format
Acrobat PDF.

190 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Analisis Data

Bilah Menu Analisis Data
Tabel 12 mencantumkan item bilah menu di jendela Data Analysis (Analisis Data).
Tabel 12 . Item bilah menu jendela Data Analysis (Analisis Data)

Item Menu

PerintahFungsi

File (File)

Save (Simpan)

Menyimpan file.

Save As (Simpan Sebagai)

Menyimpan file dengan nama baru.

File Passwords (Kata Sandi File)Memungkinkan pengguna untuk mengatur
penyimpanan file dan membuka kata sandi.

Sign (Tanda Tangan)

Memungkinkan pengguna untuk
menandatangani file data.

Repeat Run (Ulangi

Mengekstrak protokol dan file pelat dariPengoperasian)

pengoperasian saat ini untuk mengulanginya.

Close (Tutup)

Menutup jendela Data Analysis (Analisis
Data).

View (Lihat)

Run Log (Log Pengoperasian)Membuka jendela Run Log (Log
Pengoperasian) untuk melihat log
pengoperasian dari file data saat ini.

Audit Trail (Jejak Audit)

Membuka jejak audit untuk file tersebut.

Quantification (Kuantifikasi), Melt

Menampilkan data yang dianalisis pada tab

Curve (Kurva Leleh), Geneyang dipilih di jendela Data Analysis (Analisis

Expression (Ekspresi Gen), End

Data). Setidaknya satu tab harus dipilih.

Point (Titik Akhir), Custom Data
View (Tampilan Data Kustom),
QC, Run Information (Informasi
Pengoperasian)Panduan Pengguna | 191

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Tabel 12 . Item bilah menu jendela Data Analysis (Analisis Data) , lanjutan

Item Menu

PerintahFungsi

Settings

Determination Mode (Mode

Pilih mode Regression (Regresi) atau Single(Pengaturan)

Determinasi) Cq

Threshold (Ambang Batas Tunggal) untuk
menentukan bagaimana nilai Cq dihitung untuk
setiap pelacakan.

192 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Analisis Data

Tabel 12 . Item bilah menu jendela Data Analysis (Analisis Data) , lanjutan

Item Menu

PerintahFungsiBaseline Setting (Pengaturan

Memungkinkan Anda memilih metode

Batas Dasar)

Baseline Subtraction (Pengurangan Baseline)
untuk grup lubang kecil yang dipilih.

Analysis Mode (Mode Analisis)

Memungkinkan Anda untuk menganalisis dataoleh Fluorophore (Fluorofor) atau dengan
Target.

Cycles to Analyze (Siklus untuk

Memungkinkan Anda memilih siklus yang akan

Analisis)

dianalisis.

Baseline Threshold (Ambang

Membuka jendela Baseline Threshold

Batas Garis Dasar)(Ambang Batas Dasar) untuk menyesuaikan
batas dasar atau ambang batas.

Trace Styles (Lacak Gaya)

Membuka jendela Trace Styles (Lacak Gaya).

Plate Setup (Penyiapan Pelat)

Membuka Plate Editor (Editor Pelat) untuk
melihat dan mengedit pelat; mengganti pelat
saat ini dengan satu dari file pelat yangditentukan pengguna atau file pengoperasianPrimePCR.

Include All Excluded Wells

Menyertakan semua lubang kecil yang

(Menyertakan Semua Lubang

dikecualikan dalam analisis.

Kecil yang Dikecualikan)
Mouse Highlighting (Penyorotan

Mengaktifkan atau menonaktifkan penyorotan

Mouse)

data secara bersamaan dengan penunjuk
mouse.
Tip: Jika Mouse Highlighting (Penyorotan
Mouse) dinonaktifkan, tekan tombol
Control (Kontrol) untuk mengaktifkan
penyorotan untuk sementara.

Mengembalikan Default Window

Mengembalikan pengaturan windows ke

Layout (Tata Letak Jendela

pengaturan default.

Default)

Panduan Pengguna | 193

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Tabel 12 . Item bilah menu jendela Data Analysis (Analisis Data) , lanjutan

Item Menu

PerintahFungsi

Export (Ekspor)

Export All Data Sheets (Ekspor

Memungkinkan Anda untuk memilih

semua lembar data)

mengekspor semua tampilan lembar lajur darisetiap tab ke .csv, .txt. Excel, atau file .xml.

Export RDML File (Ekspor FileMemungkinkan Anda untuk memilih RDML

RDML)

versi 1.1 atau 1.0 untuk mengekspor file.

Custom Export (Ekspor Kustom)Membuka jendela Custom Export (Ekspor
Kustom) di mana bidang yang akan diekspor
dan format file dapat ditentukan.

Export to LIMS Folder (Ekspor ke

Membuka jendela untuk menyimpan data

Folder LIMS)

dalam format yang telah ditentukan ke folder
LIMS.

Ekspor Manual

Membuka jendela untuk mengidentifikasi
lokasi untuk menyimpan data dari semua
tampilan lembar lajur ke file Excel yang
distruktur secara khusus untuk digunakan oleh
Seegene, Inc dan Bio-Rad Laboratories.
Tip: Anda juga dapat secara otomatis
memulai Seegene Viewer (Penampil
Seegene) saat mengekspor. Lihat
Perintah Menu Tools (Peralatan) padahalaman 65 untuk informasi lebih lanjut.

Tools (Peralatan)

Reports (Laporan)

Membuka Report (Laporan) untuk file data ini.

Well Group Reports (Laporan

Membuka jendela Well Group Report (Laporan

Kelompok Lubang Kecil)

Kelompok Lubang Kecil) guna menghasilkanlaporan untuk kelompok lubang kecil yangditentukan.

Import Fluorophore Calibration

Pilih file kalibrasi untuk diterapkan ke file data

(Impor Kalibrasi Fluorofor)

saat ini.

qbase+

Meluncurkan qbase+ v2.5 secara langsung
dari file .pcrd saat ini jika sudah terpasang.

Buat file LIMS PLRN

Menyimpan file data sebagai file .plrn dengan
format LIMS.

194 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Analisis Data

Rincian Tab
Tiap tab di jendela Data Analysis (Analisis Data) menampilkan data dalam bentuk diagram dan
spreadsheet untuk metode analisis tertentu dan mencantumkan pemilih lubang kecil untuk memilih datayang ingin Anda tampilkan. Saat terbuka, Data Analysis (Analisis Data) menampilkan tab Quantification(Kuantifikasi) secara default. Anda dapat menggunakan data diagram Amplification (Amplifikasi) di tab
Quantification (Kuantifikasi) untuk menentukan pengaturan analisis yang tepat untuk pengoperasian.

Catatan: Perangkat lunak menautkan data di panel setiap tab Data Analysis (Analisis Data).
Misalnya, sorot lubang kecil dengan meletakkan penunjuk mouse di atas lubang kecil pada pemilihlubang kecil lalu lihat data yang disorot pada semua panel lainnya.

Pemilih Nomor Langkah
Sistem CFX Opus Dx dapat memperoleh data fluoresens pada beberapa langkah protokol; perangkat
lunak menyimpan data yang diperoleh di setiap langkah secara independen.CFX Maestro Dx SE
menampilkan pemilih Step Number (Nomor Langkah) di bawah diagram Standard Curve (Kurva Standar)
pada tab Quantification (Kuantifikasi). Saat sebuah protokol berisi setidaknya satu langkah pengumpulandata, CFX Maestro Dx SE menampilkan data dari langkah pengumpulan pertama.
Jika protokol berisi lebih dari satu langkah pengumpulan, Anda dapat memilih langkah lain dari daftar tarik
turun. Misalnya:

Panduan Pengguna | 195

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Saat Anda memilih langkah, perangkat lunak menerapkan pilihan tersebut ke semua data yangditampilkan di jendela Data Analysis (Analisis Data).

Melihat Kelompok Lubang Kecil dalam Analisis Data
Lubang kecil pada pelat dapat dikelompokkan ke dalam himpunan bagian untuk analisis independen
dengan menggunakan kelompok-kelompok lubang kecil. Saat Anda membuat kelompok-kelompok
lubang kecil, nama-nama kelompoknya muncul di jendela Data Analysis (Analisis Data) dari daftar tarik
turun Kelompok Lubang Kecil pada toolbar.
Jika Anda membuat kelompok-kelompok lubang kecil, perangkat lunak menampilkan kelompok lubang
kecil default All Wells (Semua Lubang Kecil) saat Anda membuka jendela Data Analysis (Analisis Data),
menampilkan data pada semua lubang kecil dengan isi dalam diagram dan spreadsheet. Hanya lubang
kecil dalam kelompok lubang kecil yang dimuat dengan isi yang muncul pada pemilih lubang kecil, danhanya data untuk lubang-lubang kecil tersebut yang disertakan dalam perhitungan analisis data.
Tip: Untuk membuat, mengedit, dan menghapus kelompok lubang kecil, klik Manage Well Groups(Kelola Kelompok Lubang Kecil) pada toolbar.
Catatan: Jika Anda tidak membuat kelompok lubang kecil, daftar tarik turun Well Groups (Kelompok
Lubang Kecil) tidak akan muncul pada toolbar.

Mengubah Konten Lubang Kecil setelah PengoperasianSelama analisis data, mengubah cara bagaimana data ditampilkan dengan mengubah konten dari lubang
kecil pada Plate Editor (Editor Pelat) tidak pernah mengubah data fluoresensi yang dikumpulkan darisetiap lubang kecil selama proses. Setelah modul mengumpulkan data fluoresensi, Anda tidak dapat
menghapus data tersebut tetapi Anda dapat memilih untuk menghapus data dari tampilan dan analisis.

Untuk mengubah isi lubang kecil setelah pengoperasianu

Di jendela Data Analysis (Analisis Data), klik Plate Setup (Penyetelan Pelat) dan pilih salah satu opsi
berikut ini:nEdit/View Plate (Edit/Lihat Pelat) — membuka Plate Editor (Editor Pelat), tempat Anda dapat
membuat perubahan manual terhadap tata letak.

n

Replace Plate file (Ganti File Pelat) — membuka peramban Select Plate (Pilih Pelat), tempat
Anda dapat menavigasi ke file pelat yang disimpan sebelumnya untuk menggantikan tata letak
pelat saat ini.

n

Apply PrimePCR file (Terapkan file PrimePCR) — membuka kotak dialog Select PrimePCR
file (Pilih file PrimePCR), tempat Anda dapat menavigasi ke file pengoperasian PrimePCR™
dan menerapkannya ke tata letak pelat.

196 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Jendela Analisis Data

Tip: Anda dapat menambah atau mengedit informasi tentang isi lubang kecil sebelum
pengoperasian, selama pengoperasian, atau setelah pengoperasian PCR selesai. Anda harus
menetapkan mode pemindaian dan ukuran pelat sebelum menjalankannya. Parameter ini tidak
dapat berubah setelah dijalankan.

Panduan Pengguna | 197

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Pengaturan Analisis Data
Data diagram amplifikasi di tab Quantification (Kuantifikasi) menampilkan fluoresens relatif (RFU) untuk
tiap lubang kecil pada tiap siklus. Setiap jejak pada diagram mewakili data dari fluorofor tunggal dalamsatu lubang kecil. Data ini digunakan untuk menentukan nilai Cq untuk tiap lubang kecil per basis
fluorofor. Perangkat lunak ini menggunakan satu dari dua mode untuk menentukan nilai Cq:nRegression (Regresi) — menerapkan model regresi yang multivariabel dan nonlinier ke jejak
lubang kecil individual lalu menggunakan model ini untuk menghitung nilai optimal Cq.

nSingle Threshold (Ambang Batas Tunggal) — menggunakan nilai ambang batas tunggal untuk
menghitung nilai Cq berdasarkan pada titik persilangan ambang batas dari jejak fluoresens
individual.

Pilih Settings (Pengaturan) > Cq Determination Mode (Mode Determinasi) untuk memilih mode
determinasi Cq.

Menyesuaikan Ambang Batas
Dalam mode Single Threshold (Ambang Batas Tunggal), Anda dapat menyesuaikan ambang batas untuk
fluorofor dengan mengklik pada baris ambang batas dalam diagram Amplification (Amplifikasi) dan
menggerakkan penunjuk mouse secara vertikal. Atau, Anda dapat menentukan ambang batas silang
yang tepat untuk fluorofor yang dipilih.

Pengaturan Batas Dasar
Perangkat lunak secara otomatis mengatur batas dasar individual untuk tiap lubang kecil. Pengaturan
batas dasar menentukan metode pengurangan batas dasar untuk semua jejak fluorosens. Perangkat
lunak menyediakan tiga pilihan pengurangan batas dasar:n

No Baseline Subtraction (Tanpa Pengurangan Batas Dasar) — menampilkan data sesuai jejak
fluorosens relatif. Beberapa analisis tidak dapat dilakukan dalam mode analisis ini, sehingga
perangkat lunak tidak dapat menampilkan Gene Expression (Ekspresi Gen), End Point (Titik Akhir),dan tab Allelic Discrimination (Diskriminasi Alelik).

nBaseline Subtracted (Batas Dasar Dikurangi) — menampilkan data sebagai jejak batas akhiryang dikurangi untuk tiap fluorofor dalam lubang kecil. Perangkat lunak harus mengurangi batas
dasar data untuk menentukan siklus kuantifikasi, membentuk kurva standar, dan menentukan
konsentrasi sampel yang tidak diketahui. Untuk menghasilkan jejak batas dasar yang dikurangi,
perangkat lunak menyesuaikan garis lurus yang terbaik dengan menggunakan fluorosens yangtercatat di setiap lubang kecil selama siklus batas dasar lalu mengurangi data yang paling cocok dari
data latar belakang yang dikurangi pada setiap siklus.

198 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pengaturan Analisis DatanBaseline Subtracted Curve Fit (Penyesuaian Kurva Pengurangan Batas Dasar) —menampilkan data sebagai jejak pengurangan batas dasar dan perangkat lunak memperhalus kurva
pengurangan batas dasar menggunakan filter mean yang dipusatkan. Proses ini dilakukan agar tiap
Cq menjadi invarian.

Sebagai tambahan untuk opsi-opsi ini, Anda juga dapat memilih Apply Fluorescent Drift Correction(Terapkan Koreksi Drift Fluorosens). Untuk lubang kecil yang memiliki nilai RFU drift yang abnormal selama
beberapa siklus awal pengoperasian, perangkat lunak membuat turunan perkiraan batas dasar dari lubang
kecil berdekatan pada batas dasar horizontal yang berhasil dibuat.

Untuk mengubah pengaturan pengurangan batas dasaruPilih Settings (Pengaturan) > Baseline Setting (Pengaturan Batas Dasar).

Analysis Mode (Mode Analisis)
Data dapat dijadikan grup dan dianalisis dengan fluorofor atau nama target. Jika dikelompokkan menurut
fluorofor, jejak data ditampilkan dengan fluorofor sebagai yang ditunjukkan di penyiapan pelat untuk
pengoperasian tersebut. Data fluorofor individual muncul di diagram kurva standar dan amplifikasi (jikatersedia) bila kotak centang pemilih fluorofor yang tepat, berada di bawah diagram amplifikasi, dipilih.

Jika dikelompokkan menurut target, jejak data ditampilkan dengan nama target yang dimasukkan ke
penyiapan pelat untuk pengoperasian tersebut.

Untuk memilih mode analisis datau

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nPilih Settings (Pengaturan) > Analysis Mode (Mode Analisis).

n

Pilih mode dari menu tarik turun Analysis Mode (Mode Analisis) di toolbar.

Panduan Pengguna | 199

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Siklus untuk Analisis
Anda dapat membatasi jumlah siklus analisis. Anda juga dapat menganalisis data dari set khusus siklus.
Jumlah maksimum siklus yang dapat Anda analisis adalah 50.
Catatan: Menghapus siklus dari permulaan pengoperasian dapat berdampak signifikan padapemberian batas dasar.

Untuk membatasi analisis data menjadi rentang siklus tertentu
1.

Pilih Settings (Pengaturan) > Cycles to Analyze (Siklus untuk Analisis).
Kotak dialog Cycles to Analyze (Siklus untuk Analisis) akan muncul.

2.

Masukkan nilai siklus awal dan akhir lalu klik OK.

Klik Restore Defaults (Kembalikan Default) di kotak dialog Cycles to Analyze (Siklus untuk Analisis) untuk
kembali ke siklus awal yang digunakan untuk analisis.

200 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Well Selector (Pemilih Lubang Kecil)

Well Selector (Pemilih Lubang Kecil)
Gunakan Pemilih Lubang Kecil untuk menampilkan atau menyembunyikan data lubang kecil di diagram
atau spreadsheet di semua jendela Data Analysis (Analisis Data). Hanya lubang kecil yang berisi sampel
yang dapat dipilih di pemilih lubang kecil. Perangkat lunak mewarnai lubang kecil di Well Selector(Pemilih Lubang Kecil):nBlue (Biru) — mengindikasikan lubang kecil yang dipilih. Data dari lubang kecil yang dipilih muncul
di jendela Data Analysis (Analisis Data).

nLight gray (Abu-abu muda) — mengindikasikan lubang kecil yang tidak dipilih. Data dari lubang
kecil yang tidak dipilih tidak muncul di jendela Data Analysis (Analisis Data).

nDark gray (Abu-abu gelap) — mengindikasikan lubang kecil yang kosong.

Untuk menampilkan atau menyembunyikan data lubang kecilu

Di pemilih lubang kecil, lakukan salah satu dari hal berikut:nUntuk menyembunyikan satu lubang kecil, klik lubang kecil individual tersebut. Untukmenampilkan lubang kecil tersebut, klik lubang kecil kembali.

nUntuk menyembunyikan beberapa lubang kecil, seret lubang-lubang kecil yang ingin dipilih.
Untuk menampilkan lubang kecil tersebut, seret lubang kecil kembali.

nKlik ujung kiri atas pelat untuk menyembunyikan semua lubang kecil. Klik kembali ujung kiri atas
untuk menampilkan semua lubang kecil.

nKlik awal dari kolom atau baris untuk menyembunyikan lubang kecil tersebut. Klik kembali kolom
atau baris untuk menampilkan lubang kecil.

Panduan Pengguna | 201

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Item Menu Klik Kanan Well Selector (Pemilih Lubang Kecil)
Tabel 13 mencamtukan opsi klik kanan yang tersedia di well selector view (tampilan pemilih lubang kecil).
Tabel 13 . Klik kanan item menu di well selectors (pemilih lubang kecil)

Item

Fungsi

Well XX (Lubang kecil XX)

Hanya menampilkan lubang kecil ini, menghapus lubang kecil daritampilan, mengatur warna untuk lubang kecil, atau mengecualikan
lubang kecil dari analisis.

Selected Wells (Lubang Kecil

Hanya menampilkan lubang kecil yang dipilih, menghapus lubang kecilyang Dipilih) (klik kanan dan

dair tampilan, mengatur warna untuk lubang kecil, atau mengecualikan

seret)

lubang kecil dari analisis.

Copy (Salin)

Menyalin konten lubang kecil ke papan klip, termasuk Sample Type
(Jenis Sampel) dan opsi Replicate (Replikasi) # opsional.

Copy as Image (Salin Sebagai

Menyalin well selector view (tampilan pemilih lubang kecil) sebagai

Gambar)gambar.

Print (Cetak)

Mencetak well selector view (tampilan pemilih lubang kecil).

Print Selection (Cetak yang

Mencetak pilihan saat ini.

Terpilih)
Export to Excel (Ekspor ke

Mengekspor data ke lembar lajur Excel.

Excel)
Export to CSV (Ekspor ke CSV)

Mengekspor data sebagai dokumen .csv.

Export to Xml (Ekspor ke Xml)

Mengekspor data sebagai dokumen .xml.

Well Labels (Label Lubang

Mengubah label lubang kecil menjadi Sample Type (Jenis Sampel),

Kecil)

Target Name (Nama Target), atau Sample Name (Nama Sampel).

202 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Well Selector (Pemilih Lubang Kecil)

Mengecualikan Sementara Lubang Kecil dari Analisis
Untuk mengecualikan lubang kecil dari analisis data secara sementara
1.

Klik kanan lubang kecil di well selector (pemilih lubang kecil), pada jejak fluoresens, atau pada titikyang diatur di kurva standar. Untuk mengecualikan beberapa lubang kecil, klik kanan dan seret untuk
menandai beberapa lubang kecil, jejak, atau titik.

2.

Dari menu klik kanan, pilih opsi yang sesuai:nWell (Lubang Kecil) > Exclude Well (Kecualikan Lubang Kecil)nSelected Wells (Lubang Kecil yang Dipilih) > Exclude from Analysis (Kecualikan dari Analisis)n

Selected Traces (Jejak yang Dipilih) > Exclude these wells from Analysis (Kecualikan lubang
kecil berikut dari Analisis)

Cara alternatif untuk menghapus lubang kecil secara permanen dari analisis adalah bersihkan isi
lubang kecil di Plate Editor (Editor Pelat) dengan mengklik tombol Clear Wells (Bersihkan Lubang
Kecil).
Penting: Anda harus memasukkan kembali semua isi lubang kecil yang ingin dihapus

Untuk menyertakan lubang kecil yang dikecualikanuKlik kanan lubang kecil yang sesuai di well selector (pemilih lubang kecil) dan pilih Well (Lubang
Kecil) > Include Well in Analysis (Sertakan Lubang Kecil ke dalam Analisis).

Panduan Pengguna | 203

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Diagram
Setiap diagram di jendela Data Analysis (Analisis Data) menampilkan data dalam grafik yang berbeda
dan menyertakan opsi untuk menyesuaikan dan mengekspor grafik data atau diagram.

Peralatan Diagram
Tabel 14 berisi daftar opsi klik kanan yang tersedia di sebagian besar diagram.
Tabel 14 . Item menu klik kanan yang umum di kebanyakan diagram

Item

Fungsi

Copy (Salin)

Menyalin diagram ke clipboard.

Save Image As (Simpan

Menyimpan diagram sebagai file gambar. Atur resolusi dan dimensi

Gambar Sebagai)

gambar lalu pilih jenis file (PNG, GIF, JPG, TIF, atau BMP).

Page Setup... (Penyiapan

Memilih penyiapan halaman untuk pencetakan.

Halaman...)Print... (Cetak...)Mencetak diagram.

Set Scale to Default (Atur Skala

Menampilkan semua data dalam diagram batang. Bilah gulir akan

ke Default)

muncul jika ada terlalu banyak poin/sampel data untuk ditampilkan
dalam bingkai diagram.

Chart Settings (Pengaturan

Membuka kotak dialog Chart Settings (Pengaturan Diagram), tempat

Diagram)Anda dapat mengubah pilihan tampilan diagram yang meliputi:n Judul diagram dan sumbu
n Font dan ukuran diagram dan sumbu
n Skala sumbun Posisi legenda

Peralatan diagram dalam setiap diagram juga akan muncul di jendela Data Analysis (Analisis Data).
Semua grafik menampilkan alat ini:
Copy to Clipboard (Salin ke Clipboard) — menyalin isi dari tampilan diagram ke clipboard.
Chart Settings (Pengaturan Diagram) — membuka kotak dialog Chart Settings (Pengaturan Diagram),
tempat Anda dapat mengubah pilihan tampilan diagram yang meliputi:
Export (Ekspor) — membuka kotak dialog Export Options (Opsi Ekspor), tempat Anda dapat mengubah
resolusi dan ukuran grafik, lalu menyimpannya ke lokasi tertentu dalam salah satu format berikut ini:n.bmp

204 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram

n

.jpg

n

.png

Peralatan Diagram Batang
Selain peralatan diagram, bilah diagram menampilkan peralatan berikut ini:
Sort (Urutkan) — urutkan target dan sampel sesuai abjad atau dalam urutan abjad terbalik.
Color Settings (Pengaturan Warna) — membuka kotak dialog Color Settings (Pengaturan Warna),tempat Anda dapat mengubah warna target dan sampel.
Untuk informasi lebih lanjut tentang peralatan ini, lihat Mengubah dan Menganotasi Tampilan Diagram
pada halaman 266.

Peralatan Diagram Amplifikasi
Selain yang tercantum di atas, diagram amplifikasi menampilkan alat-alat berikut ini:
Trace Styles (Lacak Gaya) — membuka kotak dialog Trace Styles (Lacak Gaya), tempat Anda dapat
memodifikasi tampilan pelacakan dalam diagram amplifikasi.
Baseline Threshold (Ambang Batas Dasar) — membuka kotak dialog Baseline Threshold (Ambang
Batas Dasar), tempat Anda dapat mengubah batas dasar default untuk lubang kecil yang dipilih atau
mengubah ambang batas untuk setiap kurva fluoresens dalam diagram amplifikasi.

Menyalin Data Diagram ke Clipboard
Anda dapat menyalin konten tampilan diagram dan menempelnya ke aplikasi apa pun yang mendukung
file gambar bitmap.

Untuk menyalin data diagram ke clipboard
1.

Dari peralatan diagram, pilih ikon Copy (Salin) ke ikon Clipboard.

2.

Buka aplikasi yang mendukung gambar bitmap, misalnya Microsoft Word.

3.

Klik kanan dan pilih Paste (Tempel) untuk menempel gambar bitmap dari clipboard ke aplikasi.

Mengubah Pengaturan Tampilan Diagram
Gunakan kotak dialog Chart Settings (Pengaturan Diagram) untuk mengubah judul, fon dan ukuran, skala
sumbu, serta lokasi legenda untuk diagram yang ditampilkan. Perubahan yang Anda buat hanya berlaku
untuk diagram yang ditampilkan dan tersimpan dengan diagram.

Panduan Pengguna | 205

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Untuk mengubah pengaturan tampilan diagram
1.

Dari peralatan diagram, klik Chart Settings (Pengaturan Diagram).
Kotak dialog Chart Settings (Pengaturan Diagram) muncul.

2.

3.

Pilih tab Chart And Axes (Diagram dan Sumbu) untuk:nKetik judul untuk diagram.

nMengetik judul baru untuk sumbu x dan mengarahkan label.

nMengetik judul baru untuk sumbu y.

Pilih tab Fonts (Fon) untuk mengubah fon dan ukuran fon diagram.
Tip: Secara default, ukuran fon akan diskalakan secara otomatis saat ukuran diagram berubah.
Pilih Change Font Size (Ubah Ukuran Fon) untuk mengatur ukuran fon statis untuk setiap jenis
label.

4.

5.

Pilih tab Axes Scale (Skala Sumbu) untuk:nMengosongkan penskalaan otomatis (autoscaling) sumbu x dan y serta menentukan nilai skala
minimum dan maksimum.

nMemilih untuk menampilkan garis kisi atau tanda centang pada grafik.

Pilih tab Legend (Legenda) untuk:nPilih untuk menyembunyikan legenda diagram.

nMengubah posisi default dari legenda diagram.

206 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram

Catatan: Saat legenda diposisikan di sebelah kiri atau kanan diagram, legenda hanya
menampilkan sepuluh fluorofor pertama dalam diagram.
6.

Klik Apply (Terapkan) kapan saja untuk melihat perubahan pengaturan diagram tanpa menyimpan
perubahan.

7.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke diagram.

Mengekspor Diagram
Gunakan kotak dialog ini untuk mengubah lebar, tinggi, dan resolusi grafik untuk diekspor ke dalam
format file berikut:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Kemudian Anda dapat menggunakan grafik yang diekspor untuk menampilkan hasil Anda pada sesi
poster, presentasi Microsoft PowerPoint, dan jurnal profesional.
Catatan: Pertimbangkan hal berikut saat mengubah pengaturan:nnBatas maksimum dan minimum dari lebar dan tinggioPada 72 dpi: 0,1–83 incioPada 96 dpi: 0,1–62 incioPada 150 dpi: 0,1–40 incioPada 300 dpi: 0,1–20 incioPada 600 dpi: 0,1–10 incioPada semua resolusi: 2–6.000 piksel

Rasio aspek berdasarkan lebar.

Untuk mengekspor diagram
1.

Dari peralatan diagram, klik Export (Ekspor).
Kotak dialog Export Preview (Pratinjau Ekspor) akan muncul.

Panduan Pengguna | 207

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

2.

Ubar pengaturan untuk tampilan sesuai kebutuhan.

3.

Klik Export (Ekspor).

4.

Pada kotak dialog Export (Ekspor), lakukan hal berikut:

5.

a.

(Opsional) Navigasikan ke folder tempat untuk menyimpan file diagram.

b.

Beri nama file lalu pilih jenis file dari daftar tarik turun.

Klik Save (Simpan) untuk menyimpan file diagram.

Mengubah Pengaturan Baseline Threshold (Ambang Batas Dasar)
Dalam mode Single Threshold (Ambang Batas Tunggal), Anda dapat menyesuaikan ambang batas untuk
fluorofor dengan mengklik pada baris ambang batas dalam diagram Amplification (Amplifikasi) dan
menggerakkan penunjuk mouse secara vertikal. Atau, Anda dapat menentukan ambang batas silang
yang tepat untuk fluorofor yang dipilih.
Tip: Anda dapat menetapkan rentang siklus untuk menentukan batas dasar semua file data dalamtab Data Analysis (Analisis Data) di User > User Preferences (Preferensi Pengguna).

Untuk menyesuaikan awal dan akhir siklus batas dasar setiap lubang kecil
1.

Di tab Quantification (Kuantifikasi), pilih fluorofor tunggal di bawah diagram Amplification(Amplifikasi).

2.

Dari peralatan diagram, pilih Baseline Threshold (Ambang Garis Dasar).

208 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram

Muncul kotak dialog Baseline Threshold (Ambang Batas Dasar).
3.

4.

Di bagian Baseline Cycles (Siklus Batas Dasar), lakukan salah satu dari berikut ini:n

Untuk memilih satu lubang kecil, klik nomor baris.

n

Untuk memilih lubang kecil yang berbatasan, klik nomor baris lubang kecil pertama dan seret
turun kolom ke lubang kecil akhir.

nUntuk memilih beberapa lubang kecil yang tidak berbatasan, tahan tombol Control (Kontrol) dan
klik nomor baris setiap lubang kecil target.

n

Untuk memilih semua lubang kecil, klik pojok kiri atas tabel.

Sesuaikan siklus Baseline Begin (Awal Batas Dasar) dan Baseline End (Akhir Batas Dasar) untuk
semua lubang kecil yang dipilih, atau ubah nomor siklus Begin and End (Awal dan Akhir) di bagian
bawah lembar lajur.
Tip: Untuk mengembalikan pengaturan ke nilai yang terakhir disimpan, klik Reset All User
Defined Values (Atur Ulang Semua Nilai yang Ditentukan Pengguna).

5.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke diagram.

Untuk menentukan rentang siklus semua file datauDi jendela Home (Beranda) atau Plate Editor (Editor Pelat), pilih User (Pengguna) > User
Administration (Administrasi Pengguna), dan pilih tab Data Analysis (Analisis Data).

Mengurutkan Data Target, Sampel, dan Kelompok Biologis
Catatan: Pilihan ini hanya tersedia pada diagram ekspresi gen.
Secara default, daftar Target, Sampel, dan Kelompok Biologis ditampilkan sesuai urutan alfabet.
Gunakan kotak dialog Sort (Urutkan) untuk mengurutkan tampilan dalam urutan alfabet terbalik atau
memindahkan istilah secara manual ke posisi lain dalam daftar.

Untuk mengurutkan data target, sampel, dan kelompok biologis
1.

Dari peralatan diagram, klik Sort (Urutkan).
Kotak dialog Gene Expression Chart Sorting (Pengurutan Diagram Ekspresi Gen) akan muncul.

Panduan Pengguna | 209

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data2.

Di kotak dialog tersebut, klik Z-A untuk mengurutkan daftar dalam urutan alfabet dari belakang.

3.

Untuk memindahkan istilah secara manual, pilih istilah tersebut dan klik tombol yang sesuai di antara
diagram:4.

n

Klik panah Up (Atas) atau Down (Bawah) untuk memindahkan istilah yang dipilih sejauh satu
posisi.

n

Klik panah Up (Atas) atau (Bawah) untuk memindahkan istilah yang dipilih ke posisi teratas atau
terbawah dalam daftar.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke tab Gene Expression (Ekspresi Gen).

210 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram

Mengubah Pengaturan Warna Target dan Sampel
Catatan: Pilihan ini hanya tersedia pada diagram ekspresi gen.
Gunakan kotak dialog Color Settings (Pengaturan Warna) untuk mengubah warna target atau sampel,
atau untuk menghapus item dari grafik.

Untuk mengubah pengaturan warna
1.

Dari peralatan diagram, pilih Color Settings (Pengaturan Warna).
Muncul kotak dialog Color Settings (Pengaturan Warna).

2.

Untuk mengubah warna tampilan untuk target atau sampel, klik warnanya pada kolom Color(Warna).

3.

Di kotak dialog Color (Warna) yang muncul, pilih warna baru dan klik OK.

4.

Untuk menghapus item dari grafik ekspresi gen, kosongkan kotak centang pada kolom Show Chart(Tampilkan Diagram).
Tip: Untuk mengosongkan semua item dari grafik ekspresi gen, kosongkan kotak centang Show
Chart (Tampilkan Diagram) pada kepala kolom.

5.

(Opsional) Secara default, warna diagram batang muncul dalam bentuk gradien. Untuk menampilkan
warna dalam bentuk padat, pilih Use Solid Colors (Gunakan Warna Padat).

6.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke tab Gene Expression (Ekspresi Gen).

Panduan Pengguna | 211

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Memperbesar Area dalam Diagram
Untuk memperbesar sebuah area pada diagramu

Klik dan seret ke area diagram lalu klik Zoom (Perbesar). Perangkat lunak akan mengatur ulang
ukuran diagram dan memusatkannya di area yang dipilih.
Catatan: *Bar Chart (Bilah Diagram) tidak mengharuskan Anda mengklik perintah pop-up Zoom
(Perbesar).

Untuk mengatur ulang diagram ke tampilan penuhuKlik kanan pada diagram dan pilih Set Scale to Default (Atur Skala ke Default).

Menyalin Diagram ke dalam File Microsoft
Anda dapat menyalin diagram data ke dalam dokumen Microsoft Word, Excel, atau PowerPoint. Resolusi
gambar sesuai dengan layar yang menjadi asal pengambilan gambar tersebut.

Untuk menyalin diagram ke dalam file Microsoft
1.

Di jendela Analisis Data, klik Copy To Clipboard (Salin Ke Clipboard) di sudut kanan atas panel
diagram.

2.

Buka file Microsoft kosong dan tempel konten dari clipboard.

Item Menu Klik Kanan yang Umum untuk Diagram
Tabel 15 berisi daftar item menu klik kanan yang tersedia di diagram. Beberapa item ada untuk semua
bagan, termasuk item untuk mengubah cara data ditampilkan atau untuk mengekspor data dari bagan
dengan mudah.
Tabel 15 . Item menu klik kanan untuk diagram

Item

Fungsi

Copy (Salin)

Menyalin diagram ke clipboard.

Save Image As

Menyimpan gambar pada ukuran, resolusi, dan jenis file tertentu termasuk PNG(Simpan Gambar(default), JPG, dan BMP.

Sebagai)
Page Setup

Menampilkan opsi penyiapan pencetakan.

(Penyiapan
Halaman)212 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram

Item

FungsiPrint (Cetak)

Mencetak diagram.

Set Scale to Default

Mengembalikan diagram ke tampilan default setelah diperbesar.

(Atur Skala ke
Default)
Chart Options (Opsi

Membuka jendela Chart Options (Opsi Diagram) untuk mengubah diagram,

Diagram)termasuk mengubah judul, memilih batas untuk sumbu x dan y, dan menampilkan
garis skala pembantu (grid lines), dan tanda strip kecil pada sumbu.

Catatan: Item menu yang berlaku untuk diagram tertentu dijelaskan di Bab 11, Detail Analisis Data.

Panduan Pengguna | 213

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Spreadsheet
Spreadsheet yang ditampilkan di Data Analysis (Analisis Data) mencakup opsi untuk mengurutkan dan
mentransfer data. Urutkan kolom dengan salah satu metode berikut:nKlik dan seret kolom ke lokasi baru dalam tabel yang dipilih.

n

Klik header kolom untuk mengurutkan data dari atas ke bawah atau dari bawah ke atas.

Untuk mengurutkan tiga kolom data di jendela Sort (Urutkan)
1.

Klik kanan spreadsheet dan pilih Sort (Urutkan).

2.

Di kotak dialog Sort (Urutkan), pilih judul kolom pertama untuk diurutkan. Urutkan data dari atas ke
bawah atau dari bawah ke atas.

3.

Pilih kolom kedua atau ketiga untuk mengurutkan dan pilih Ascending (Dari Atas ke Bawah)

4.

Klik OK untuk mengurutkan data atau klik Cancel (Batalkan) untuk berhenti mengurutkan.

Tip: Sorot data di diagram yang terkait dan pemilih lubang kecil dengan menahan kursor mouse
pada sel. Klik sel untuk menyalin dan menempel konten ke program perangkat lunak lain.

Item Menu Klik Kanan yang Umum untuk Lembar Lajur
Tabel 16 mencantumkan item menu klik kanan yang tersedia di semua tampilan lembar lajur.
Tabel 16 . Item menu klik kanan untuk lembar lajur

Item

Fungsi

Copy (Salin)

Menyalin konten lubang kecil yang dipilih ke papan klip, lalu tempel
konten ke spreadsheet seperti Excel.

Copy as Image (Salin Sebagai

Menyalin tampilan spreadsheet sebagai file gambar dan tempel ke

Gambar)file yang menerima file gambar, seperti teks, gambar, atau file
spreadsheet.

Print (Cetak)

Mencetak tampilan saat ini.

Print Selection (Cetak yang

Mencetak pilihan saat ini.

Terpilih)
Export to Excel (Ekspor ke

Mengekspor data ke spreadsheet Excel.

Excel)
Export to Text (Ekspor ke Teks)

Mengekspor data ke editor teks.

214 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Spreadsheet

Tabel 16 . Item menu klik kanan untuk lembar lajur , lanjutan

Item

Fungsi

Export to CSV (Ekspor ke CSV)

Mengekspor data ke file .csv.

Export to Xml (Ekspor ke Xml)

Mengekspor data ke file xml.

Export to Html (Ekspor ke Html)

Mengekspor data ke file .html.

Find (Cari)

Mencari teks.

Sort (Urutkan)

Mengurutkan data sampai tiga kolom.

Select Columns (Pilih Kolom)

Memilih kolom yang akan ditampilkan di spreadsheet.

Panduan Pengguna | 215

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Export (Ekspor)
CFX Maestro Dx SE menyediakan empat pilihan ekspor dari menu tarik turun Export (Ekspor):nExport All Data Sheets (Ekspor semua lembar data)n

Export RDML Files (Ekspor File RDML)n

Custom Export (Ekspor Kustom)n

Export to LIMS Folder (Ekspor ke Folder LIMS)n

Ekspor Manual

Mengekspor Semua Lembar Data
Anda dapat mengekspor semua tampilan spreadsheet dari setiap tab CFX Maestro Dx SE ke dalam fileindividu.

Untuk mengekspor semua lembar datau

Pilih Export (Ekspor) > Export All Data Sheets (Ekspor Semua Lembar Data) dan kemudian pilih jenis
file yang Anda inginkan:n

CSV (*.csv)

nTeks (*.txt)

nBuku Kerja Excel (* .xlsx)
Analisis yang diekspor disimpan dalam beberapa file Buku Kerja Excel dengan satu tab lembar
kerja data analisis per file. Saat analisis menyertakan beberapa fluorofor, data dari setiap
fluorofor diekspor ke tab lembar kerja terpisah.

n

Buku Kerja Excel - gabungan (*.xlsx)
Analisis yang diekspor disimpan di satu file Buku Kerja Excel yang mencakup beberapa tab
lembar kerja, satu untuk setiap kumpulan data analisis.

n

Excel 97 - 2003 (*.xls)
Penting: Komputer Anda harus menginstal Microsoft Excel agar Anda dapat mengekspor
data ke spreadsheet Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

216 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Export (Ekspor)

Mengekspor File RDML
RDML adalah standar data yang terstruktur dan universal untuk bertukar data PCR (qPCR) kuantitatif.
Standar data adalah file teks dalam format Extensible Markup Language (.xml). Rujuk ke situs
Konsorsium RDML Internasional (www.rdml.org) untuk informasi tambahan tentang format pertukaran
data RDML.
Penting: File RDML yang diekspor menyertakan data analisis dengan pengaturan dasar yang Anda
terapkan di jendela Analisis Data. Untuk informasi lebih lanjut mengenai pengaturan dasar, lihat
Pengaturan Batas Dasar pada halaman 198 .
Catatan: Simpan file RDML sebagai versi 1.1 jika Anda menggunakan perangkat lunak qbase+ versi
2.3 atau lebih tinggi.

Untuk mengekspor file RDML
1.

Pilih Export (Ekspor) > Ekspor File RDML dan pilih RDML v1.1 atau RDML v1.0 dari daftar yangmuncul.
Kotak dialog Save As (Simpan Sebagai) akan muncul.

2.

Pada kotak dialog Save As (Simpan Sebagai), tentukan nama file dan lokasi untuk menyimpan file
RDML.

3.

Klik OK untuk menyimpan file ekspor.

Panduan Pengguna | 217

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Membuat File Ekspor Kustom
Untuk membuat file ekspor kustom
1.

Pilih Export (Ekspor) > Custom Export (Ekspor Kustom). Kotak dialog Custom Export (Ekspor
Kustom) akan muncul.

2.

Pilih format ekspor dari daftar tarik turun yang muncul.

3.

Pilih kotak centang item yang ingin diekspor.

4.

(Opsional) Klik Customize Column Names (Sesuaikan Nama Kolom) untuk mengubah nama kolom.

5.

Klik Export (Ekspor). Kotak dialog Save As (Simpan Sebagai) akan muncul.

6.

Pada kotak dialog Save As (Simpan Sebagai), tentukan nama file dan lokasi untuk menyimpan fileyang akan diekspor.

218 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Export (Ekspor)

7.

Klik OK untuk menyimpan file ekspor.

Panduan Pengguna | 219

Bab 10 Ikhtisar Analisis Data

Mengekspor ke Folder LIMS
Anda dapat mengekspor data menjadi format file yang kompatibel untuk LIMS. Untuk informasi lebih
lanjut tentang membuat, mengelola, dan menggunakan file LIMS, lihat Lampiran C, Integrasi LIMS.

Untuk mengekspor data dalam format LIMS
1.

Pilih Export (Ekspor) > Ekspor ke LIMS Folder (Folder LIMS).
Kotak dialog Save As (Simpan Sebagai) akan muncul.

2.

Pada kotak dialog Save As (Simpan Sebagai), tentukan nama file dan lokasi untuk menyimpan fileyang akan diekspor.

3.

Klik OK untuk menyimpan file ekspor.

Mengekspor Data dengan Format Seegene
Anda dapat mengekspor data dari semua tampilan lembar lajur ke file Excel yang dibentuk khusus untuk
penggunaan oleh Seegene, Inc.
Tip: Anda juga dapat secara otomatis memulai Seegene Viewer (Penampil Seegene) saat ekspor
selesai. Lihat Perintah Menu Tools (Peralatan) pada halaman 65 untuk informasi lebih lanjut.

Untuk mengekspor data dalam format khusus Seegene
1.

Pilih Ekspor > Ekspor Manual.
Kotak dialog Browse For Folder (Telusuri Folder) akan muncul.

2.

Dalam kotak dialog Save As (Simpan Sebagai), tentukan lokasi folder untuk menyimpan file Excel
dengan format Seegene yang telah diekspor (.xlsx).
Analisis diekspor dalam beberapa file Buku Kerja Excel dengan satu tab lembar kerja data analisis
per file.

3.

Klik OK untuk menyimpan file ekspor.

220 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 11 Detail Analisis Data
Jendela Analisis Data Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan terdiri dari beberapa tab untuk
melihat data. Bab ini menjelaskan tab ini secara mendetail.
Tip: Anda dapat memilih tab yang ingin dilihat di jendela Data Analysis (Analisis Data) menggunakanmenu View (Lihat). Tata letak yang telah disesuaikan disimpan bersama dengan file data.

Panduan Pengguna | 221

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Quantification (Kuantifikasi)
Gunakan data di tab Quantification (Kuantifikasi) untuk mengatur kondisi analisis data, termasuk
pengaturan batas dasar untuk pengaturan ambang batas dan masing-masing lubang kecil. Tab
Quantification (Kuantifikasi) menampilkan data dalam empat tampilan berikut:nAmplification chart (Diagram amplifikasi) — menampilkan unit fluorofor relatif (RFU) untuk tiap
lubang kecil pada setiap siklus. Setiap jejak pada diagram mewakili data dari fluorofor tunggal dalamsatu lubang kecil.

nStandard curve (Kurva Standar) — hanya muncul jika pengoperasian menyertakan lubang kecil yangdirancang sebagai standar jenis sampel (Std). Kurva standar menampilkan siklus ambang batas
yang diplot melawan log kuantitas awal. Legenda menampilkan Reaction Efficiency (Efisiensi
Reaksi) (E) untuk setiap fluorofor di lubang kecil dengan jenis sampel Standar.

n

Well selector (Pemilih lubang kecil) — memilih lubang kecil dengan data fluorofor yang ingin Anda
tampilkan.

n

Spreadsheet (Lembar Lajur) — menampilkan lembar lajur data yang dikumpulkan di lubang kecilyang dipilih.

Opsi Fluorophore (Fluorofor)
Untuk menampilkan data fluorofor di lembar lajur dan diagram pada tab Quantification (Kuantifikasi), pilih
fluorofor target di bawah diagram Amplification (Amplifikasi). Untuk menyembunyikan data fluorofor di

222 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Quantification (Kuantifikasi)

jendela data analysis (analisis data), hapus centangnya.

Kotak Dialog Trace Styles (Lacak Gaya)
Menggunakan kotak dialog Trace Styles (Lacak Gaya), Anda dapat menyesuaikan tampilan jejak padadiagram amplifikasi dan kurva leleh dalam tab Quantification (Kuantifikasi) dan Melt Curve (Kurva Leleh).
Anda kemudian dapat melihat pratinjau perubahan dalam selektor lubang kecil yang muncul di kotak
dialog Trace Styles (Lacak Gaya).

Untuk menyesuaikan lacak gaya
1.

Hanya pilih satu fluorofor di bawah diagram Amplification (Amplifikasi).

2.

Untuk membuka kotak dialog Trace Styles (Lacak Gaya), lakukan salah satu hal berikut:nKlik Trace Styles (Lacak Gaya) dalam diagram Amplification (Amplifikasi).

n

Pilih Settings (Pengaturan) > Trace Styles (Lacak Gaya) dalam bilah menu Data Analysis(Analisis Data).

n

Klik kanan pada satu jejak dan pilih Trace Styles (Lacak Gaya).

Dialog Trace Styles (Lacak Gaya) muncul.

3.

Dalam kotak dialog Trace Styles (Lacak Gaya), pilih set lubang kecil tertentu dalam selektor lubang
kecil di panel bawah. Atau, pilih lubang kecil yang berisi satu jenis sampel dalam menu tarik turun di
kolom Wells (Lubang Kecil).

Panduan Pengguna | 223

Bab 11 Detail Analisis Data

4.

Lakukan hal-hal berikut ini:n

Untuk memilih warna untuk lubang kecil yang dipilih, klik kotak di kolom Color (Warna).

n

Untuk memberikan simbol ke lubang kecil yang dipilih, pilih simbol dari daftar tarik turun Symbol(Simbol).

n

Untuk mewarnai lubang kecil dengan cepat oleh label tombol, klik set cepat yang sesuai:noRandom by Well (Diacak berdasarkan Lubang Kecil)oRandom by Replicate (Diacak berdasarkan Replikasi)o

Use Fluor Colors (Gunakan Warna Fluor)o

Use Target Colors (Gunakan Warna Target)o

Use Sample Colors (Gunakan Warna Sampel)

Untuk melabeli lubang kecil, pilih antara Sample Type (Jenis Sampel), Target Name (NamaTarget), Sample Name (Nama Sampel), atau Symbol (Simbol).

Opsi Log Scale (Skala Log)
Pilih Log Scale (Skala Log) di bawah diagram Amplification (Amplifikasi) untuk melihat jejak fluoresens
dalam skala semilog:

Tip: Untuk memperbesar area diagram, seret melintasi area target. Untuk kembali ke tampilan
penuh, klik kanan pada diagram dan pilih Set Scale to Default (Atur ke Skala Default).

224 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Quantification (Kuantifikasi)

Diagram Kurva Standar
Perangkat lunak membuat diagram Kurva Standar di tab Quantification (Kuantifikasi) jika data
menyertakan jenis sampel yang ditentukan sebagai Std untuk setidaknya satu fluorofor pada
pengoperasian.

Diagram Kurva Standar menampilkan informasi berikut:nNama tiap kurva (fluorofor atau target).

nWarna tiap fluorofor atau target.

nEfisiensi reaksi (E). Gunakan statistik ini untuk mengoptimalkan multipleks reaksi dan gunamenyamakan data untuk kurva standar.
Catatan: Efisiensi reaksi menjelaskan seberapa banyak target diproduksi dengan tiap siklus diprotokol. Efisiensi 100% mengindikasikan bahwa Anda menggandakan target dengan tiap
siklus.

n

Koefisien determinasi, R2 (ditulis sebagai R^2). Gunakan statistik untuk menentukan bagaimana
batas menjelaskan data dengan benar (uji kesesuaian).

n

Kemiringann

Perpotongan y

Panduan Pengguna | 225

Bab 11 Detail Analisis Data

Opsi Menu Diagram Amplification (Amplifikasi)
Selain opsi menu umum klik kanan untuk diagram (lihat Item Menu Klik Kanan yang Umum untuk
Diagram pada halaman 212), Tabel 17 mencantumkan opsi menu yang hanya tersedia pada diagram
Amplification (Amplifikasi).
Tabel 17 . Item menu klik kanan dan kiri diagram amplifikasi

Opsi Menu

Fungsi

Well XX, Fluor Target

Hanya menampilkan lubang kecil ini, menghapus lubang kecil ini dari

(Lubang Kecil XX, Target

tampilan, mengatur warna untuk jejak ini, atau mengecualikan lubang

Fluor)

kecil ini dari analisis.

Selected Traces (Jejak

Hanya menampilkan lubang kecil ini, menghapus lubang kecil ini dariyang Dipilih)

tampilan, mengatur warna untuk jejak ini, atau mengecualikan lubang
kecil ini dari analisis.

Show Threshold Values

Menampilkan nilai ambang batas untuk setiap kurva amplifikasi pada

(Tunjukkan Nilai Ambang

diagram.

Batas)
Trace Styles (Lacak Gaya)

Membuka jendela Trace Styles (Lacak Gaya) untuk mengubah pelacakan
gaya yang muncul di tab Quantification (Kuantifikasi) dan Melt Curve(Kurva Leleh).

Baseline Thresholds

Membuka jendela Baseline Thresholds (Ambang Batas Garis Dasar)(Ambang Batas Garis

untuk mengubah garis dasar atau ambang batas setiap fluorofor

Dasar)(perubahan muncul pada diagram Amplifikasi dalam tab Quantification(Kuantifikasi)).

Lembar Lajur Tab Quantification (Kuantifikasi)
Tabel 18 menjelaskan data yang ditampilkan di lembar lajur dalam tab Quantification (Kuantifikasi).
Tabel 18 . Isi spreadsheet tab Quantification (Kuantifikasi)

Informasi

Deskripsi

Well (Lubang Kecil)

Posisi lubang kecil di pelat

Fluor

Fluorofor terdeteksiTargetNama target yang dimuat dalam lubang kecil Plate Editor (Editor Pelat)

226 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Quantification (Kuantifikasi)

Informasi

Deskripsi

Content (Konten)

Kombinasi Sample Type (Jenis Sampel) (wajib) dan Replicate(Replikat) # (opsional) yang dimuat dalam Plate Editor (Editor Pelat)

Sample (Sampel)

Nama Sampel yang dimuat dalam lubang kecil Plate Editor (Editor
Pelat)

Cq

Siklus kuantifikasi untuk setiap jejak

Mengubah Data Target, Konten, atau Sampel
Anda dapat mengubah data di kolom Target, Konten, dan Sampel dengan mengedit file pelat
menggunakan Editor Pelat bahkan setelah Anda melakukan percobaan.

Untuk mengubah data di kolom Isi, Target, SampeluKlik Plate Setup (Penyiapan Pelat) dan pilih View/Edit Plate (Lihat/Edit Pelat) untuk membuka Editor
Pelat.

Panduan Pengguna | 227

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Quantification Data (Data Kuantifikasi)
Tab Kuantifikasi Data menampilkan data kuantifikasi yang dikumpulkan di setiap lubang kecil.
CFX Maestro Dx SE menampilkan data dalam empat tampilan lembar lajur yang berbeda:nResults (Hasil) — menampilkan lembar lajur data. Berikut adalah tampilan default-nya.

nStandard Curve Results (Hasil Kurva Standar) — menampilkan lembar lajur data kurva standar.

n

Plate (Pelat) — menampilkan data dalam setiap lubang kecil sebagai peta pelat.

n

RFU — menampilkan kuantitas RFU dalam setiap lubang kecil untuk setiap siklus.

Pilih setiap spreadsheet dari daftar tarik turun yang muncul di bawah tab Quantification Data (Data
Kuantifikasi).

Spreadsheet Hasil
Lembar Lajur Results (Hasil) menampilkan data untuk setiap lubang kecil dalam pelat.

Catatan: Semua perhitungan Std. Dev (standar deviasi) berlaku untuk grup replikasi yang ditetapkan
dalam lubang kecil di jendela Plate Editor (Editor Pelat). Perhitungan rata-rata nilai Cq untuk setiap
lubang kecil dalam grup replikasi.
Tabel 19 menjelaskan data yang muncul dalam lembar lajur Results (Hasil).
Tabel 19 . Isi lembar lajur Results (Hasil)

Informasi

Deskripsi

Well (Lubang Kecil)

Posisi lubang kecil di pelat

Fluor

Fluorofor terdeteksi

228 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Quantification Data (Data Kuantifikasi)

Tabel 19 . Isi lembar lajur Results (Hasil) , lanjutan

Informasi

Deskripsi

TargetNama target amplifikasi (gen)Content (Konten)

Jenis Sampel dan Replikat #Sample (Sampel)

Deskripsi sampel

Biological Set Name (Nama Set

Nama set biologis

Biologis)
Cq

Siklus Quantification (Kuantifikasi)

Cq Mean (Rerata Cq)

Rerata siklus kuantifikasi untuk grup replikasi

Cq Std. Dev (Simpangan Baku

Simpangan baku siklus kuantifikasi untuk grup replikat

Cq)
Starting Quantity (Kuantitas

Perkiraan kuantitas awal target

Awal) (SQ)
Log Starting Quantity (Kuantitas

Log dari kuantitas awal

Awal Log)
SQ Mean (Rerata SQ)

Rerata kuantitas awal

SQ Std. Dev (Simpangan Baku

Simpangan baku kuantitas awal di seluruh replikat

SQ)

Panduan Pengguna | 229

Bab 11 Detail Analisis Data

Spreadsheet Standard Curve Results (Hasil Kurva Standar)
Lembar lajur Standard Curve Results (Hasil Kurva Standar) menampilkan parameter kurva standar yangsudah dihitung.

Tabel 20 menjelaskan data yang ditampilkan di lembar lajur Standard Curve Results (Hasil Kurva
Standar).
Tabel 20 . Isi spreadsheet Standard Curve Results (Hasil Kurva Standar)

Informasi

Deskripsi

Fluor (atau Target)

Fluorofor (atau Target) yang terdeteksi% Efisiensi

Efisiensi reaksi

Kemiringan

Kemiringan kurva standar

Perpotongan y

Titik tempat kurva memotong sumbu yR^2

Koefisien determinasi

230 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Quantification Data (Data Kuantifikasi)

Spreadsheet Pelat
Spreadsheet Pelat menampilkan peta pelat data untuk satu fluorofor pada suatu waktu.

Untuk melihat data fluorofor tertentuuKlik tabnya di bagian bawah lembar lajur.

Panduan Pengguna | 231

Bab 11 Detail Analisis Data

Spreadsheet RFU
Spreadsheet RFU menampilkan pembacaan unit fluoresens relatif (RFU) untuk setiap lubang kecil yangdiperoleh pada setiap siklus pengoperasian. Nomor lubang kecil muncul di bagian atas setiap kolom dannomor siklus muncul di sebelah kiri setiap baris.

232 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Melt Curve (Kurva Leleh)

Tab Melt Curve (Kurva Leleh)
Untuk pewarna yang mengikat DNA dan probe hibridisasi yang tidak bisa dipecahkan, fluoresens
berwarna paling terang saat dua untai DNA memanas. Oleh karena itu, saat suhu naik menuju suhu leleh(Tm), fluoresens menurun dengan laju konstan (kemiringan konstan). Pada Tm terdapat pengurangan
dramatis dalam fluoresens dengan perubahan kemiringan yang dapat terlihat dengan jelas. Laju
perubahan ini ditentukan dengan memetakan regresi pertama negatif dari fluoresens dibandingkan
dengan suhu (-d(RFU)/dT). Tingkat perubahan terbesar dalam fluoresens menghasilkan puncak yangterlihat dan mewakili Tm dari kompleks DNA beruntai ganda.
CFX Maestro Dx SE memetakan data RFU yang dikumpulkan selama kurva leleh sebagai fungsi suhu.
Untuk menganalisis data puncak leleh, perangkat lunak menetapkan suhu awal dan akhir untuk setiap
puncak dengan menggerakkan bilah ambang batas. Lantai dari area puncak ditentukan oleh posisi bilah
ambang batas leleh. Puncak yang valid harus memiliki ketinggian minimum relatif terhadap jarak antarabilah ambang batas dan ketinggian puncak tertinggi.
Tab Melt Curve (Kurva Leleh) menampilkan Tm (suhu leleh) dari produk PCR yang diperkuat dalam
empat tampilan:nMelt Curve (Kurva Leleh) — menampilkan data waktu nyata untuk setiap fluorofor sebagai RFU persuhu untuk setiap lubang kecil.

nMelt Peak (Puncak Leleh) — menampilkan regresi negatif dari data RFU per suhu untuk setiap
lubang kecil.

n

Well selector (Pemilih lubang kecil) — menampilkan lubang kecil yang ingin ditunjukkan atau
menyembunyikan data.

nPeak spreadsheet (Lembar lajur puncak) — menampilkan data yang dikumpulkan dalam lubang kecilyang dipilih.
Catatan: Lembar lajur ini menampilkan lebih dari dua puncak untuk setiap jejak. Untuk melihat
lebih banyak puncak, klik tab Melt Curve Data (Data Kurva Leleh).

Panduan Pengguna | 233

Bab 11 Detail Analisis Data

Tabel 21 menjelaskan data yang muncul dalam lembar lajur Melt Curve (Kurva Leleh).
Tabel 21 . Isi lembar lajur Melt Curve (Kurva Leleh)

Informasi

Deskripsi

Well (Lubang

Posisi lubang kecil di pelat

Kecil)
Fluor

Fluorofor terdeteksiContent (Konten)

Kombinasi jenis Sampel dan nomor Replikat

Sample (Sampel)

Nama sampel yang dimuat dalam Plate Editor (Editor Pelat)

Melt Temp (Suhu

Suhu puncak leleh untuk setiap lubang kecil

Leleh)

Catatan: Hanya dua puncak tertinggi yang muncul dalam lembar lajur ini.

234 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Melt Curve (Kurva Leleh)

Menyesuaikan Data Kurva Leleh
Untuk menyesuaikan data Kurva Lelehu

Lakukan hal-hal berikut ini:n

Klik dan seret bilah ambang batas di diagram Melt Peak (Puncak Leleh) untuk menyertakan atau
mengecualikan puncak dalam analisis data.

n

Pilih Positive (Positif) di menu tarik turun Peaks (Puncak) guna menunjukkan data lembar lajur
untuk puncak di atas garis Melt Threshold (Ambang Batas Leleh) atau pilih Negative (Negatif)
untuk melihat data lembar lajur untuk puncak di bawah garis Melt Threshold (Ambang Batas
Leleh).

n

Buka jendela Trace Styles (Lacak Gaya) untuk mengubah warna jejak di diagram Melt Curve(Kurva Leleh) dan Melt Peak (Puncak Leleh).

n

Pilih nomor di pemilih Step Number (Nomor Langkah) untuk melihat data Kurva Leleh di langkahlain dalam protokol. Daftar ini menunjukkan lebih dari satu langkah jika protokol menyertakan
bacaan pelat dalam lebih dari satu langkah kurva leleh.

nPilih lubang kecil di pemilih lubang kecil untuk berfokus pada himpunan bagian data.

n

Pilih grup lubang kecil untuk melihat dan menganalisis himpunan bagian lubang kecil dalampelat. Pilih setiap grup lubang kecil berdasarkan nama dalam menu tarik turun Well Group (Grup
Lubang Kecil) pada toolbar.

Panduan Pengguna | 235

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Melt Curve Data (Data Kurva Leleh)
Tab Melt Curve Data (Data Kurva Leleh) menampilkan data dari tab Melt Curve di beberapa lembar lajuryang menyertakan semua puncak leleh untuk setiap jejak.CFX Maestro Dx SE menawarkan empat
pilihan lembar lajur untuk melihat data kurva leleh:nMelt Peaks (Puncak Leleh) — menampilkan semua data, termasuk semua puncak leleh, untuk setiap
jejak. Berikut adalah tampilan default.

nPlate (Pelat) — menampilkan tampilan data dan isi setiap lubang kecil di pelat.

n

RFU — menampilkan kuantitas RFU pada setiap suhu untuk tiap lubang kecil.

n-d(RFU)/dT — menampilkan rasio perubahan negatif dalam RFU saat suhu (T) berubah. Ini adalah
petak regresi pertama untuk setiap lubang kecil di pelat.

Pilih setiap spreadsheet dari daftar tarik turun yang muncul di bawah tab Melt Curve Data (Data Kurva
Leleh).

Spreadsheet Melt Peaks (Puncak Leleh)
Lembar lajur Melt Peaks (Puncak Leleh) menampilkan semua data kurva leleh.

Tabel 22 pada halaman 237 menentukan data yang muncul di lembar lajur Melt Peaks (Puncak Leleh).

236 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Melt Curve Data (Data Kurva Leleh)

Tabel 22 . Isi lembar lajur Melt Peaks (Puncak Leleh)

Informasi

Deskripsi

Well (Lubang Kecil)

Posisi lubang kecil di pelat

Fluor

Fluorofor terdeteksiContent (Konten)

Jenis sampel terdaftar di jendela Editor Pelat

TargetTarget amplifikasi (gen)Sample (Sampel)

Nama sampel terdaftar di jendela Plate Editor (Editor Pelat)

Melt Temperature (Suhu Leleh)

Suhu leleh pada setiap produk, terdaftar sebagai satu puncak(tertinggi) per baris dalam lembar lajur

Peak Height (Ketinggian Puncak)

Ketinggian dari Puncak

Begin Temperature (Suhu Awal)

Suhu pada awal puncak

End Temperature (Suhu Akhir)

Suhu pada akhir puncak

Spreadsheet Pelat
Spreadsheet Pelat menampilkan data kurva leleh dalam format pelat.

Catatan: Untuk menyesuaikan puncak yang diperintahkan perangkat lunak, sesuaikan garis
ambang batas dalam diagram Melt Peak (Puncak Leleh) pada tab Melt Curve (Kurva Leleh).
Tabel 23 pada halaman 238 menetapkan data yang muncul di lembar lajur Pelat.

Panduan Pengguna | 237

Bab 11 Detail Analisis Data

Tabel 23 . Isi lembar lajur Pelat

Informasi

Deskripsi

Content (Isi)

Kombinasi Sample Type (Jenis Sampel) (wajib) dan Replicate (Replikasi) #(opsional)

Sample (Sampel)

Deskripsi sampel

Peak 1 (Puncak

Puncak leleh pertama (tertinggi)

1)
Peak 2 (Puncak

Puncak leleh kedua (lebih rendah)2)

Spreadsheet RFU
Spreadsheet RFU menampilkan fluoresens untuk setiap lubang kecil pada setiap siklus yang didapatkanselama kurva leleh.

Tabel 24 menjelaskan data yang ditampilkan pada spreadsheet RFU.
Tabel 24 . Isi lembar lajur RFU

Informasi

Deskripsi

Nomor lubang kecil (A1, A2, A3, A4, A5)

Posisi lubang kecil di pelat untuk lubang kecilyang bermuatan

Temperature (Suhu)

Suhu leleh pada target yang diperkuat, diplot
sebagai satu lubang kecil setiap baris danbeberapa lubang kecil untuk beberapa produkdalam lubang kecil yang sama

238 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Melt Curve Data (Data Kurva Leleh)

Spreadsheet -d(RFU)/dT
Spreadsheet -d(RFU)/dT menampilkan rasio perubahan negatif dalam RFU sebagai perubahan suhu (T).

Tabel 25 menetapkan data yang muncul di lembar lajur -d(RFU)/dT.
Tabel 25 . Isi lembar lajur -d(RFU)/dT

Informasi

Deskripsi

Nomor lubang kecil (A1, A2, A3, A4, A5)

Posisi lubang kecil di pelat untuk lubang kecil yangbermuatan

Suhu -d(RFU)/dT

Rasio perubahan negatif dalam RFU sebagai perubahansuhu (T)Panduan Pengguna | 239

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Titik Akhir
Buka tab End Point (Titik Akhir) untuk menganalisis unit fluoresensi relatif terakhir (RFUs) untuk sampel
lubang kecil. Perangkat lunak ini membandingkan tingkat RFU untuk lubang kecil dengan sampel yangtidak diketahui ke tingkat RFU untuk lubang kecil dengan kontrol negatif serta "memanggil" positif atau
negatif yang tidak diketahui. Sampel positif memiliki nilai RFU yang lebih besar daripada nilai rata-rata
RFU dari kontrol negatif yang ditambah dengan nilai potong (cut off).

Untuk menganalisis data titik akhir, pelat harus berisi kontrol negatif atau perangkat lunak tidak dapat
melakukan perintah.
nJalankan protokol Quantification (Kuantifikasi) — atur pada protokol standar. Setelah pengoperasianselesai, buka jendela Data Analysis (Analisis Data), sesuaikan pengaturan analisis data di tab
Quantification (Kuantifikasi), kemudian klik tab End Point (Titik Akhir) untuk memilih siklus titik akhir.

nJalankan protokol End Point Only (Hanya Titik Akhir) - muat protokol End Point Only (Hanya Titik
Akhir) di tab Plate (Pelat) pada jendela Run Setup (Penyiapan Pengoperasian), pilih atau buat pelat,
dan mulai pengoperasianTab End Point (Titik Akhir) menampilkan nilai rata-rata RFU untuk menentukan apakah target
diamplifikasi oleh siklus (akhir) terakhir. Gunakan data ini untuk menentukan apakah suatu urutan target

240 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Titik Akhir

yang spesifik hadir (positif) dalam sampel. Target positif memiliki nilai RFU yang lebih tinggi daripada
tingkat pemisahan yang Anda tetapkan.
Tip: Untuk membuat protokol titik akhir, buka tab Protocol (Protokol) (jendela Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian)) dan pilih Run (Jalankan) > End Point Only Run (Pengoperasian Khusus Titik Akhir).
Saat pengoperasian selesai, file data akan terbuka ke tab End Point (Titik Akhir), dan terdiri dari bagianbagian berikut ini:nSettings (Pengaturan) - menyesuaikan pengaturan analisis data.

nResults (Hasil) - menampilkan hasilnya segera setelah Anda menyesuaikan pengaturan.

nWell Selector (Pemilih Lubang Kecil) - memilih lubang kecil dengan data titik akhir yang ingin Anda
tampilkan.

n

RFU spreadsheet (lembar lajur RFU) — menampilkan RFU akhir yang dikumpulkan dalam lubang
kecil yang dipilih.

Data Hasil
Bagian Results (Hasil) menampilkan data berikut ini:n

Lowest RFU value (Nilai RFU paling rendah) — nilai RFU yang paling rendah dalam datanHighest RFU value (Nilai RFU paling tinggi) — nilai RFU yang paling tinggi dalam datan

Negative Control Average (Rata-rata Kontrol Negatif) — rata-rata RFU untuk lubang kecil yangmengandung kontrol negatifn

Cut Off Value (Pemisahan Nilai) — dihitung dengan menambahkan toleransi (RFU atau Percentageof Range (Persentase Rentang) yang terdaftar di Settings (Pengaturan)) dan rata-rata kontrol
negatif. Sampel dengan RFU yang lebih besar daripada nilai pemisahan akan disebut sebagai"Positif". Untuk menyesuaikan nilai pemisahan, ubah RFU atau Percentage of Range (Persentase
Rentang)

Cut Off Value (Nilai Pemisahan) dihitung menggunakan formula ini:
Cut Off Value (Nilai Pemisahan) = Negative Control Average (Rata-rata Kontrol Negatif) +Tolerance (Toleransi)
Pilih toleransi dengan salah satu metode berikut ini:n

RFU (default) — pilih metode ini untuk menggunakan nilai RFU absolut untuk toleransi. Nilai toleransi
RFU minimum adalah 2. Maksimum adalah nilai mutlak dari nilai RFU paling tinggi dikurangi nilai
mutlak nilai RFU paling rendah. Nilai toleransi RFU default adalah 10% dari total rentang RFU.

Panduan Pengguna | 241

Bab 11 Detail Analisis Datan

Percent of Range (Persen Rentang) — pilih metode ini untuk menggunakan persentase rentang RFU
untuk toleransi. Persen rentang minimum adalah 1%. Persen rentang maksimum adalah 99%.
Persen rentang default adalah 10%.

242 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Titik Akhir

Mengatur Titik Akhir Analisis Data
Untuk mengatur data di tab End Point (Titik Akhir)uLakukan hal-hal berikut ini:nPilih fluorofor dari daftar tarik turun.

nPilih nilai End Cycle to Average (Siklus Akhir hingga Rata-rata) untuk mengatur jumlah siklus
yang akan digunakan untuk menghitung rata-rata RFU titik akhir.

nPilih RFU untuk menampilkan data dalam unit fluorosens relatif.

nPilih Percentage of Range (Persentase Rentang) untuk melihat data dalam bentuk persentase
rentang RFU.

n

Pilih lubang kecil di pemilih lubang kecil untuk berfokus pada himpunan bagian data.

n

Pilih grup lubang kecil untuk melihat dan menganalisis himpunan bagian lubang kecil dalampelat. Pilih setiap grup lubang kecil berdasarkan nama dalam menu tarik turun Well Group (Grup
Lubang Kecil) pada toolbar.

Lembar Lajur RFU untuk Analisis Titik Akhir
Tabel 26 mendefinisikan data yang muncul dalam lembar lajur RFU pada tab End Point (Titik Akhir).
Tabel 26 . Isi lembar lajur Titik Akhir RFU

Informasi

Deskripsi

Well (Lubang Kecil)

Posisi lubang kecil di pelat

Fluor

Fluorofor terdeteksiContent (Isi)

Kombinasi jenis Sample (Sampel) dan Replicate (Replikasi) #End RFU (RFU Akhir)

RFU pada siklus titik akhir

Call (Perintah)

Positif atau Negatif, di mana sampel positif memiliki nilai RFU yang lebih
besar daripada rata-rata RFU dari kontrol negatif yang ditambah Cut Off
Value (Nilai Potong)

Sample (Sampel)

Sample Name (Nama Sampel) yang dimuat pada Plate Editor (Editor Pelat)

Panduan Pengguna | 243

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Diskriminasi Alelik
Tab Allelic Discrimination (Diskriminasi Alelik) menetapkan genotipe ke lubang kecil dengan sampel yangtidak diketahui. Gunakan data ini untuk mengidentifikasi sampel dengan genotipe yang berbeda,
termasuk Alel 1, Alel 2, Heterozigot, Tidak Ada Perintah (tidak ada amplifikasi), atau Belum Ditentukan.
Catatan: Data untuk diskriminasi alelik harus berasal dari pengoperasian multipleks dengan
setidaknya dua fluorofor. Setiap fluorofor mengidentifikasi satu alel dalam semua sampel.

Analisis diskriminasi alelik membutuhkan isi lubang kecil minimal seperti berikut ini:n

Dua fluorofor pada masing-masing lubang kecilnSampel NTC (tanpa kontrol templat) untuk analisis data yang dioptimalkan

CFX Maestro Dx SE menawarkan empat pilihan untuk melihat data diskriminasi alelik:nDiagram Diskriminasi Alelik — menampilkan data dalam grafik RFU untuk Alel 1/Alel 2. Setiap titik
dalam grafik mewakili data dari kedua fluorofor dalam satu lubang kecil. Anda dapat beralih antara
koordinat Cartesian (Kartesius) dan Polar (Kutub) dengan memilih dan menghapus kotak centang
Polar Coordinates (Koordinat Kutub). Cartesian Coordinates (Koordinat Kartesius) mewakili RFU
untuk Alel 1 pada sumbu x dan RFU untuk Alel 2 pada sumbu y. Polar Coordinates (Koordinat Kutub)
mewakili sudut pada sumbu x dan jarak antara asal dan RFU pada sumbu y (median dari semua
NTC).

244 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Diskriminasi AleliknSpreadsheet (lembar lajur) lubang kecil — menampilkan data diskriminasi alelik yang dikumpulkan
pada setiap lubang pelat.

nWell selector (Pemilih lubang kecil) — memilih lubang kecil dengan data alelik yang Anda ingin
tampilkan.

nPanel Selected Fluorophores (Fluorofor yang Dipilih) — mengubah label sumbu x dan sumbu ydalam diagram Allelic Discrimination (Diskriminasi Alelik), siklus untuk menganalisis, dan apakahakan menampilkan peta perintah.

Menyesuaikan Data untuk Diskriminasi Alelik
Perangkat lunak ini secara otomatis menentukan genotipe untuk lubang kecil dengan sampel yang tidak
diketahui yang berdasarkan pada posisi NTC serta sudut dan jarak titik data yang tidak diketahui dari
NTC.

Untuk menyesuaikan data diskriminasi alelikuLakukan hal-hal berikut ini:n

Untuk menampilkan koordinat kutub, pilih kotak centang pada diagram Allelic Discrimination(Diskriminasi Alelik).

n

Untuk melihat fluorofor lain, pilih dari daftar tarik turun pada panel Selected Fluorophores(Fluorofor yang Dipilih).

n

Untuk mengubah perintah, seret ke semua titik data pada diagram Allelic Discrimination(Diskriminasi Alelik) dan pilih opsi pada daftar Selected Wells (Lubang Kecil yang Dipilih):oAllele (Alel) 1oAllele (Alel) 2oHeterozygote (Heterozigot)oUndetermined (Tidak Ditentukan)o

No Call (Tidak Ada Perintah)oAuto Call (Perintah Otomatis)

Tip: Pilih Auto Call (Perintah Otomatis) untuk kembali ke perintah default.

Panduan Pengguna | 245

Bab 11 Detail Analisis Data

Opsi Menu Chart (Diagram)
Selain opsi menu klik kanan yang umum untuk diagram (lihat Item Menu Klik Kanan yang Umum untuk
Diagram pada halaman 212), Tabel 27 mencantumkan opsi menu yang tersedia pada diagram Allelic
Discrimination (Diskriminasi Alelik).
Tabel 27 . Opsi menu kanan dan kiri diagram Allelic Discrimination (Diskriminasi Alelik)

Opsi Menu

Fungsi

Zoom

Memfokuskan tampilan diagram ke area yang dipilih (dengan
mengklik dan menyeret kursor dalam diagram).
Tip: Untuk mengembalikan zoom untuk menampilkan semua
titik data, klik kanan, dan pilih Set Scale to Default (Atur Skalake Default).

Well (Lubang Kecil)

Untuk lubang kecil yang dipilih, opsinya adalah: hanya tampilkan
lubang kecil ini, hapus lubang kecil ini dari tampilan, atur warna
untuk jejak ini, atau kecualikan lubang kecil ini dari analisis.

Selected Wells (Lubang Kecil

Untuk lubang kecil yang dipilih (dipilih dengan mengklik danyang Dipilih)

menyeret kursor dalam diagram), opsinya adalah: hanya tampilkan
lubang kecil ini, hapus lubang kecil ini dari tampilan, atur warna
untuk jejak ini, atau kecualikan lubang kecil ini dari analisis.

Lembar Lajur Diskriminasi Alelik
Tabel 28 menjelaskan data yang ditampilkan di Lembar Lajur Diskriminasi Alelik.
Tabel 28 . Isi Lembar Lajur Diskriminasi Alelik

Informasi

Deskripsi

Well (Lubang Kecil)

Posisi lubang kecil di pelat

Sample (Sampel)

Deskripsi nama sampel

Call (Perintah)

Identitas dari alel, meliputi Alel 1, Alel 2, Heterozigot, No Call (Tanpa
Perintah), atau Undetermined (Tidak Ditentukan) otomatis.

Type (Jenis)

Auto (Otomatis) atau Manual, menjelaskan bagaimana perintah
tersebut dibuat. Otomatis mengindikasikan bahwa perintah tersebut
dipilih oleh perangkat lunak. Manual berarti perintah tersebut dipilih
oleh pengguna.

246 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Diskriminasi Alelik

Tabel 28 . Isi Lembar Lajur Diskriminasi Alelik, lanjutan

Informasi

Deskripsi

RFU1

RFU untuk Allele1

RFU2

RFU untuk Allele2

Panduan Pengguna | 247

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Tampilan Data Kustom
Tab Custom Data View (Tampilan Data Kustom) secara bersamaan menampilkan beberapa panel dalam
format yang dapat disesuaikan.
Daftar tarik turun Load a Preset View (Muat Tampilan Prasetel) menawarkan pemilihan untuk templat
format tampilan. Tampilan default yang ditampilkan tergantung pada file yang sedang dianalisis.
Contohnya, jika data Melt Curve (Kurva Leleh) hadir, tampilan default Amp+Melt (Amplifikasi+Leleh)
muncul.

248 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab Tampilan Data Kustom

Membuat Tampilan Data Kustom
Untuk membuat tampilan data kustomuLakukan hal-hal berikut ini:nPilih tampilan preset alternatif dari daftar tarik turun.

nPilih tampilan diagram lain dari daftar tarik turun yang terletak pada bagian atas setiap panel
individual.

nUbah jumlah baris dan kolom pada tab.

n

Ubah dimensi panel individual. Seret bilah pada pinggiran setiap panel.

Klik Save as Preset (Simpan sebagai Prasetel) untuk menyimpan tampilan yang dikustomisasi sebagai
templat prasetel. Klik Manage Presets (Kelola Prasetel) untuk menghapus, mengganti nama, atau
mengembalikan tampilan prasetel yang sudah ada.

Panduan Pengguna | 249

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab QC
Gunakan tab QC untuk menilai kualitas data pengoperasian berdasarkan pada peraturan yang ditentukan
di tab QC pada tabel aturan.
CFX Maestro Dx SE menawarkan empat pilihan untuk melihat data QC:
nAmplification chart (Diagram amplifikasi) — menampilkan RFU untuk tiap lubang kecil padasetiap siklus. Setiap jejak pada diagram mewakili data dari fluorofor tunggal di dalam satu lubang
kecil.

n

QC rules table (Tabel peraturan QC) — menampilkan peraturan dan pengaturan QC yangmenentukan setiap peraturan. Peraturan QC yang berlaku diindikasikan dengan centang.

n

Well selector (Pemilih lubang kecil) — memilih lubang kecil dengan data fluorofor yang ingin Anda
tampilkan.

n

QC rule summary pane (Panel rangkuman peraturan QC) — menampilkan peraturan QC yangdipilih dan menyorot lubang kecil yang tidak sesuai dengan peraturan.

250 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Tab QC

Mengubah Kriteria QC
Untuk mengubah kriteria QC
uPilih atau kosongkan kotak centang Use (Gunakan) untuk menyertakan atau mengecualikan
peraturan dari QC.

Mengecualikan Lubang Kecil yang Gagal Pada Tahap QC
CFX Maestro Dx SE menampilkan lubang kecil yang gagal memenuhi kriteria QC pada kolom Results(Hasil) di tabel peraturan QC rules table dan di panel rangkuman.

Untuk mengecualikan lubang kecil yang gagal memenuhi kriteria QC
uPilih Exclude Wells (Kecualikan Lubang Kecil) untuk tiap lubang kecil yang ingin dikecualikan.

Panduan Pengguna | 251

Bab 11 Detail Analisis Data

Tab Run Information (Informasi Pengoperasian)Tab Run Information (Informasi Pengoperasian) menampilkan protokol dan informasi lainnya mengenai
masing-masing pengoperasian. Gunakan tab ini untuk melakukan hal berikut:nMelihat protokol.

nMenulis atau mengedit catatan tentang pengoperasian.

nMemasukkan atau mengedit ID atau kode batang untuk pengoperasian.

n

Melihat hal yang mungkin terjadi selama pengoperasian. Gunakan pesan berikut untuk membantu
pemecahan masalah pada pengoperasian.

Tip: Klik kanan Protocol (Protokol) untuk menyalin, mengekspor, atau mencetaknya. Klik kanan
panel Notes (Catatan), ID/Bar Code (Kode Batang/Identitas), atau Other (Lainnya) untuk
mengurungkan memotong, menyalin, menempel, menghapus, atau memilih teks.

252 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Laporan Analisis Data

Laporan Analisis Data
Kotak dialog Report (Laporan) menampilkan informasi tentang file data saat ini di jendela Data Analysis(Analisis Data). Untuk membuka laporan, pilih Tools (Peralatan) > Reports (Laporan) atau klik Reports(Laporan) pada toolbar.
Dialog Report (Laporan) mencakup bagian berikut:nMenu dan toolbar — menyediakan pilihan untuk memformat, menyimpan, dan mencetak laporanatau templat.

nDaftar opsi (pojok kiri atas kotak dialog) — menyediakan pilihan untuk menampilkan laporan.

nPanel opsi (pojok kiri bawah kotak dialog) — menampilkan kotak teks tempat Anda dapat
memasukkan informasi tentang opsi yang dipilih.

nPanel pratinjau (pojok kanan kotak dialog) — menampilkan pratinjau laporan saat ini.

Panduan Pengguna | 253

Bab 11 Detail Analisis Data

Kategori Laporan Analisis Data
Tabel 29 mencantumkan semua pilihan yang tersedia untuk laporan analisis data, tergantung pada jenis
data di jendela Data Analysis (Analisis Data).
Tabel 29 . Kategori laporan analisis data dalam daftar opsi

Kategori

Opsi

Deskripsi

HeaderJudul, subtitle, dan logo untuk laporan
Report Information (Informasi

Tanggal pengoperasian, nama

Laporan)pengguna, nama file data, jalur file data,
dan kelompok lubang kecil yang dipilih

Audit Information (Informasi

Informasi tambahan yang diperlukan

Audit)

untuk audit, termasuk tanda tangan

Notes (Catatan)

Catatan tentang laporan data

Run Setup (Penyiapan Pengoperasian)
Run Information (Informasi

Tanggal pengoperasian, namaPengoperasian)

pengguna, nama file data, jalur file data,
dan kelompok lubang kecil yang dipilih

Protocol (Protokol)

Tampilan teks langkah dan opsi protokol

Plate Display (Tampilan Pelat)

Tampilan pelat informasi di setiap lubang
kecil pada pelat

Quantification (Kuantifikasi)
Analysis Settings (Pengaturan

Nomor langkah pengumpulan data,

Analisis)mode analisis, dan metode pengurangan
batas dasar

Amplification Chart (Diagram

Diagram amplifikasi untuk proses yang

Amplifikasi)

mencakup data kuantifikasiStandard Curve Chart (Diagram

Diagram kurva standar

Kurva Standar)

254 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Laporan Analisis Data

Tabel 29 . Kategori laporan analisis data dalam daftar opsi, lanjutan

Kategori

Opsi

Deskripsi

Data

Spreadsheet mencantumkan data disetiap lubang kecil

Gene Expression (Ekspresi Gen) — Bar Chart (Diagram Batang)
Analysis Settings (Pengaturan

Mode analisis, data diagram, opsi skala,Analisis)dan diagram kesalahan

Chart (Diagram)

Salinan dari diagram batang

Target Names (Nama Target)

Diagram dari nama target

Sample Names (Nama Sampel)

Diagram dari nama sampel

Data

Spreadsheet mencantumkan data disetiap lubang kecil

Target Stability (Stabilitas

Diagram dari nilai stabilitas target

Target)Box-and-Whisker Chart

Diagram Kotak Garis(Diagram Kotak Garis)
Dot Plot Chart (Diagram Titik)

Dot plot chart (Diagram Titik)

Ekspresi Gen - Clustergram, dan Plot Sebar
Analysis Settings (Pengaturan

Pengaturan untuk tiap jenis diagram

Analisis)
Chart (Diagram)

Salinan diagram

Data

Spreadsheet mencatat data dalam setiap
targetGene Expression (Ekspresi Gen) — Data ANOVAANOVA Settings (Pengaturan

Ambang batas nilai P yang digunakan

ANOVA)

dalam analisis

ANOVA Results (Hasil ANOVA)

Tabel hasil dari ANOVA dan analisis
setelah HSD Tukey

Panduan Pengguna | 255

Bab 11 Detail Analisis Data

Tabel 29 . Kategori laporan analisis data dalam daftar opsi, lanjutan

Kategori

Opsi

Deskripsi

Analysis Settings (Pengaturan

Melelehkan nomor langkah dan

Analisis)

pengaturan bilah ambang batas

Melt Curve Chart (Diagram

Diagram kurva leleh

Melt Curve (Kurva Leleh)

Kurva Leleh)
Melt Peak Chart (DIagram

Diagram puncak leleh

Puncak Leleh)
Data

Spreadsheet mencantumkan data disetiap lubang kecil

Allelic Discrimination (Diskriminasi Alelik)Analysis Settings (Pengaturan

Menampilkan fluorofor, siklus, dan

Analisis)

menampilkan peta perintah

Allelic Discrimination Chart

Salinan diagram diskriminasi alelik(Diagram Diskriminasi Alelik)
Data

Spreadsheet mencantumkan data disetiap lubang kecil

End Point (Titik Akhir)Analysis Settings (Pengaturan

Fluorofor, siklus akhir ke rata-rata, mode,

Analisis)nilai RFU terendah, nilai RFU tertinggi,
dan nilai potong (cut off)

Data

Spreadsheet mencantumkan data disetiap lubang kecil

QC Parameters(Parameter QC)
Data

Spreadsheet mencantumkan parameter
untuk setiap aturan QC

256 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Laporan Analisis Data

Membuat Laporan Analisis Data
Anda dapat menyimpan tata letak laporan sebagai templat, yang dapat Anda gunakan lagi untuk laporanyang serupa.

Untuk membuat laporan analisis data
1.

Buat penyesuaian akhir untuk isi lubang kecil, lubang kecil yang dipilih, diagram, dan lembar lajur
pada jendela Data Analysis (Analisis Data) sebelum membuat laporan.

2.

Pilih Tools (Peralatan) > Reports (Laporan) di bilah menu Data Analysis (Analisis Data) untuk
membuka kotak dialog Report (Laporan).

3.

Pilih opsi yang ingin Anda sertakan dalam laporan. Laporan terbuka dengan opsi default yang dipilih.
Pilih atau kosongkan kotak centang untuk mengubah seluruh kategori atau opsi individu dalam satu
kategori.
Tabel 29 pada halaman 254 mencatumkan pilihan yang tersedia untuk ditampilkan.
Catatan: Data yang muncul di dalam laporan bergantung pada pilihan saat ini dalam tab dijendela Data Analysis (Analisis Data). Misalnya, proses kuantifikasi mungkin tidak berisi kurva
standar, dan oleh karena itu data tersebut tidak muncul di jendela Data Analysis (Analisis Data)
atau dalam laporan data.

4.

Ubah urutan kategori dan item dalam laporan. Seret opsi ke posisi relatif. Item dapat diurutkan ulang
hanya dalam kategori yang menjadi bagiannya.

5.

(Opsional) Di panel Report Options (Opsi Laporan), masukkan informasi yang relevan dengan opsi
yang dipilih:nPilih himpunan bagian informasi untuk ditampilkan dalam laporan.

nPilih pengaturan khusus untuk opsi yang dipilih.

nUbah teks untuk ditampilkan pada opsi yang dipilih.

6.

Klik Update Report (Perbarui Laporan) untuk memperbarui Report Preview (Pratinjau Laporan)
dengan perubahan apa pun.

7.

Cetak atau simpan laporan.
a.

Klik tombol Print Report (Laporan Cetak) di toolbar untuk mencetak laporan saat ini.

b.

Pilih File > Save (Simpan) untuk menyimpan laporan dalam format file PDF (file Adobe Acrobat
Reader), MHT (dokumen Microsoft), atau MHTML (dokumen Microsoft).

c.

Pilih lokasi untuk menyimpan file.

Panduan Pengguna | 257

Bab 11 Detail Analisis Datad.

8.

Pilih File > Save As (Simpan Sebagai) untuk menyimpan laporan dengan nama atau di lokasi
yang baru.

(Opsional) Membuat templat laporan dengan informasi yang Anda inginkan. Untuk menyimpan
pengaturan laporan saat ini, pilih Template (Templat) > Save (Simpan) atau Save As (Simpan
Sebagai). Lalu muat templat laporan saat Anda ingin membuat laporan baru di lain waktu.

258 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Laporan Analisis Data

Membuat Laporan Kelompok Lubang Kecil
Untuk membuat laporan kelompok lubang kecil
1.

Pilih Tools (Peralatan) > Well Group Reports (Laporan Kelompok Lubang Kecil) di jendela Data
Analysis (Analisis Data).

2.

Di kotak dialog Well Groups Reports (Laporan Kelompok Lubang Kecil), pilih kelompok lubang kecil,
langkah-langkah amplifikasi, dan langkah-langkah pelelehan untuk disertakankan di dalam laporan.

3.

Masukkan jalurnya atau cari ke folder destinasi tempat menyimpan laporan.

4.

(Opsional) Pilih Report Template (Templat Laporan) dan cari folder file templat.

5.

(Opsional) Pilih Open Destination Folder (Buka Folder Destinasi) untuk membuka folder dan melihat
laporan setelah dihasilkan.

6.

Klik Create Reports (Buat Laporan).

Panduan Pengguna | 259

Bab 11 Detail Analisis Data

260 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen
Dengan penggunaan kontrol yang memenuhi syarat yang kuat dalam reaksi Anda, Anda dapat
menggunakan Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan untuk melakukan operasi ekspresi
gen untuk menormalkan perbedaan relatif pada konsentrasi target di antara sampel-sampel. Biasanya,
tingkat ekspresi untuk satu atau beberapa gen referensi digunakan untuk menormalkan tingkat ekspresi
gene of interest (gen target). Gen referensi mempertimbangkan pemuatan perbedaan atau variasi lainnyayang ditunjukkan di tiap sampel dan level ekspresi level mereka yang sebaiknya tidak terpengaruh dalamsistem biologis yang sedang dipelajari.
Pilih tab Gene Expression (Ekspresi Gen) di jendela Data Analysis (Analisis Data) untuk mengevaluasi
perbedaan relatif antara reaksi PCR dalam dua atau beberapa lubang kecil. Misalnya, Anda dapat
mengevaluasi jumlah relatif genom virus ataur jumlah relatif urutan transfeksi di reaksi PCR. Penerapan
paling umum untuk studi ekspresi gen adalah perbandingan konsentrasi cDNA di lebih dari satu reaksi
untuk menaksir level kestablian kurir RNA.
Perangkat lunak memperhitungkan tingkat ekspresi relatif target dengan salah satu skenario berikut:nTingkat ekspresi relatif urutan target (Target 1) relatif terhadap target lainnya (Target 2), misalnya
jumlah satu gen relatif dengan gen lainnya yang mendapat perlakuan sampel yang sama.

nTingkat ekspresi relatif dari satu urutan target dalam satu sampel dibandingkan dengan target yangsama yang mendapat perlakuan sampel yang berbeda; misalnya, jumlah relatif satu gen relatifterhadap gen itu sendiri dengan kondisi temporal, geografis, atau perkembangan yang berbeda.

Penyiapan Pelat untuk Analisis Ekspresi Gen
Untuk melakukan analisis ekspresi gen, isi dari lubang kecil harus mencantumkan berikut ini:n

Dua target atau lebih — dua target yang mewakili gen berbeda yang diamplifikasi atau urutan dalamsampel Anda.

n

Satu target referensi atau lebih — setidaknya satu target harus menjadi target referensi untuk
ekspresi ternormalisasi. Tetapkan semua target referensi di jendela Experiment Settings(Pengaturan Eksperimen) untuk menganalisis data di mode Normalized Expression (Ekspresi
Ternormalisasi) (ΔΔCq). Pengoperasian yang tidak mengandung referensi harus dianalisis
menggunakan mode Relative Expression (Ekspresi Relatif) (ΔCq).

Panduan Pengguna | 261

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

nSampel umum — reaksi Anda harus mencantumkan sampel umum (diperlukan minimum dua) agar
data Anda dipetakan di tab Gene Expression (Ekspresi Gen). Sampel ini sebaiknya menunjukkan
perlakuan atau kondisi yang berbeda untuk tiap urutan target Anda. Tetapkan sampel kontrol(opsional) di jendela Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen). Jika tidak ada kontrol yangdipilih, perangkat lunak ini menggunakan Cq paling bawah sebagai kontrol.

Kebutuhan atas penyiapan Gene Expression (Ekspresi Gen) di Plate Editor (Editor Pelat) tergantungpada apakah kandungan reaksi adalah singleplex PCR, dengan satu fluorofor dalam reaksi, atau
multiplex PCR, dengan lebih dari satu fluorofor dalam reaksi.

Panduan Penyiapan Pelat
Jika penyiapan pelat file data tidak berisi informasi yang diperlukan untuk analisis dan tab Gene
Expression (Ekspresi Gen) dipilih, ruang yang biasanya ditempati oleh diagram batang akan berisi
instruksi untuk memasukkan informasi ini. Untuk ekspresi gen ternormalisasi, selesaikan langkahlangkah berikut ini:
1.

Tentukan nama Target dan nama Sampel dengan menggunakan hal-hal berikut ini:n

Plate Setup (Penyiapan Pelat) - membuka jendela Plate Editor (Editor Pelat).

n

Replace Plate File (Ganti File Pelat) — membuka peramban Select Plate (Pilih Pelat), tempat
Anda dapat menavigasi ke file pelat yang telah disimpan sebelumnya untuk menggantikan tataletak pelat saat ini.

n

Replace PrimePCR File (Ganti File PrimePCR) — membuka kotak dialog Select PrimePCR file
(Pilih file PrimePCR), tempat Anda dapat menavigasi ke file pengoperasian PrimePCR™ dan
menerapkannya ke tata letak pelat.

2.

Pilih satu atau lebih target referensi dan sampel kontrol dengan menggunakan kotak dialog
Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).
Jika tata letak pelat sudah berisi informasi target dan sampel, hanya langkah kedua yang diperlukan
dan disorot oranye. Langkah ini harus diselesaikan sebelum analisis ekspresi gen ternormalisasi
dapat dilakukan.
Catatan: Data untuk plot sebar dan clustergram akan ditampilkan jika seluruh persyaratan untuk
ekspresi gen ternormalisasi yang tercantum di bawah Plate Setup (Penyiapan Pelat) untuk
Gene Expression Analysis (Analisis Ekspresi Gen) telah terpenuhi.

262 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram Gene Expression (Ekspresi Gen)

Diagram Gene Expression (Ekspresi Gen)
CFX Maestro Dx SE menampilkan data ekspresi gen dalam berbagai tampilan. Tabel 30 mencantumkan
pilihan diagram yang tersedia dalam perangkat lunak.
Tabel 30 . Pilihan diagram ekspresi gen

TombolNama

FungsiPembuatan Grafik

Menampilkan data ekspresi gen ternormalisasi
dalam salah satu tampilan berikut ini:n Bar Chart (Diagram Batang) (default)n Box and whisker chart (Diagram Kotak Garis)n Dot plot chart (Diagram Titik)

Clustergram

Menampilkan data ekspresi ternormalisasi
dalam hierarki berdasarkan tingkat kemiripan
ekspresi untuk target dan sampel yangberbeda.

Scatter Plot (Diagram Tebar)

Menampilkan ekspresi ternormalisasi dari target
untuk sampel kontrol versus sampel
eksperimen.

ANOVA

Menampilkan hasil ANOVA satu arah pada data
ekspresi gen dengan menggunakan paket R
berikut ini untuk melakukan ANOVA dan
menentukan hasil Tukey:
n Companion to Applied Regression (car)n Least-square means (rerata kuadrat terkecil)(lsmeans)

Reference Gene Selection Tool

(Tersedia pada tab Study Analysis (Analisis(Alat Seleksi Gen Referensi)

Studi) dalam jendela Gene Study (Studi Gen))
Mengidentifikasi gen referensi yang diuji dan
mengkategorikannya dengan sifat Ideal, Dapat
Diterima, atau Tidak Stabil berdasarkan
stabilitasnya.

PrimePCR Controls Analysis(Tersedia pada tab Study Analysis (Analisis(Analisis Kontrol PrimePCR)

Studi) dalam jendela Gene Study (Studi Gen))
Menampilkan hasil sampel yang diuji.

Panduan Pengguna | 263

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Pembuatan Grafik

Ekspresi relatif dari target disajikan dalam dua tampilan ini:nDiagram Gene Expression (Ekspresi Gen) — menampilkan data PCR waktu nyata seperti salah satu
dari berikut ini:o

ΔΔCq — ekspresi ternormalisasi relatif yang dihitung menggunakan sampel kontrol dan target referensi.

o

ΔCq — kuantitas relatif dari gen target dalam sampel sehubungan dengan sampel kontrol.

Lihat Mengubah dan Menganotasi Tampilan Diagram pada halaman 266 untuk informasi
selengkapnya tentang melihat data.
n

Spreadsheet (lembar lajur) — menampilkan lembar lajur dari data ekspresi gen.
Tip: Klik kanan pada sembarang diagram atau lembar lajur untuk opsi. Pilih View/Edit Plate(Lihat/Edit Pelat) dari menu tarik turun Plate Setup (Penyiapan Pelat) untuk membuka Plate
Editor (Editor Pelat) dan mengubah isi lubang kecil dalam pelat.
Tip: Pilih Sort (Urutkan) dari menu klik kanan untuk menyusun ulang urutan nama Target dan
Sample (Sampel) dalam diagram.

264 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Ekspresi Gen Ternormalisasi
Untuk menormalisasikan data, gunakan tingkat ekspresi yang terukur dari satu atau lebih gen referensi
sebagai faktor normalisasi. Gen referensi adalah target yang tidak diatur dalam sistem biologi yangsedang dipelajari, seperti aktin, GAPDH, atau tubulin.

Untuk mengatur analisis ekspresi gen ternormalisasi (ΔΔCq)
1.

Buka file data (.pcrd).

2.

Periksa data di tab Quantification (Kuantifikasi) pada jendela Data Analysis (Analisis Data). Buat
penyesuaian untuk data, seperti mengubah ambang batas dan mode analisis.

3.

Pilih tab Gene Expression (Ekspresi Gen).

4.

Pada tab Gene Expression (Ekspresi Gen), klik Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).

5.

Pada kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen), lakukan hal-hal berikut ini:

6.

a.

Pilih tab Samples (Sampel) dan pilih kontrol. Saat kontrol ditetapkan, CFX Maestro Dx SE
menormalisasi kuantitas relatif untuk semua gen ke kuantitas kontrol, yang diatur ke 1.

b.

Pilih tab Target (Target) dan pilih gen referensi. Analisis ekspresi gen membutuhkan satu
referensi di antara target-target dalam sampel Anda.

Pilih Normalized Expression (Ekspresi Ternormalisasi) (ΔΔCq) jika belum dipilih, kemudian lihat
tingkat ekspresi pada tab Gene Expression (Ekspresi Gen).
Catatan: Anda juga dapat menggunakan Setup Wizard (Wizard Penyiapan) guna mengatur tataletak pelat untuk analisis ekspresi gen ternormalisasi.

Kuantitas Relatif
Menurut definisi, data kuantitas relatif (ΔCq) tidak dinormalisasi. Metode ini digunakan untuk
mengkuantisasi sampel yang tidak menyertakan gen referensi (target). Biasanya, para peneliti meyakini
salah satu pertimbangan berikut ini ketika mengatur penelitian mereka:n

Setiap sampel mengandung jumlah RNA atau cDNA yang sama di setiap lubang kecil.

n

Setiap perbedaan dalam jumlah sampel biologis yang dimuat akan dinormalisasi setelah
pengoperasian dengan beberapa metode dalam analisis data di luar perangkat lunak. Sebagai contoh,
seorang peneliti mungkin memilih untuk membagi nilai kuantitas relatif berdasarkan faktor normalisasi,
massa asam nukleat yang dimuat untuk setiap sampel, atau jumlah sel yang merupakan asal
terisolasinya asam nukleat.

Untuk menjalankan analisis Relative Quantity (Kuantitas Relatif) (ΔCq)
uPada tab Gene Expression (Ekspresi Gen), pilih Relative Quantity (Kuantitas Relatif) (ΔCq) daridaftar tarik turun Mode pada panel sebelah kanan.

Panduan Pengguna | 265

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Tip: Untuk membandingkan hasil dari data operasi ekspresi gen lainnya, buka studi gen baru
atau tambahkan file data ke studi gen yang sudah ada.

Mengubah dan Menganotasi Tampilan Diagram
Menggunakan menu perintah diagram klik kanan diagram dan peralatan diagram analisis data, Anda
dapat mengubah penampilan diagram, menganotasi setiap diagram, dan mengubah tampilan diagram.
Toolbar diagram akan muncul di antara diagram dan lembar lajur analisis data di bagian bawah layar.

Alat Toolbar Diagram
Tip: Lihat Diagram pada halaman 204 untuk informasi tentang peralatan diagram yang ditampilkan
di sebelah kanan diagram analisis data.
Toolbar di bawah diagram memberikan akses cepat ke peralatan anotasi.

Tabel 31 berisi daftar fungsi tombol-tombol dalam toolbar diagram.
Tabel 31 . Toolbar diagram

TombolNama

FungsiDiagram Batang

Menampilkan ekspresi relatif dari target.

Diagram Kotak Garis

Menampilkan data sebagai jangkauan kuartil (lihat
Perhitungan Diagram Kotak Garis pada halaman 307
untuk detail perhitungan).
Catatan: Hanya tersedia jika Analyze Using (Analisis
Menggunakan) diatur ke Biological Groups Only (Hanya
Kelompok Biologis).

Diagram titik

Menampilkan poin data sampel individual untuk setiap
target.
Catatan: Hanya tersedia jika Analyze Using (Analisis
Menggunakan) diatur ke Biological Groups Only (Hanya
Kelompok Biologis).

Add Arrow (Tambahkan
Panah)

266 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Menggambar panah pada diagram aktif.

Pembuatan Grafik

Tabel 31 . Toolbar diagram, lanjutan

TombolNama

Fungsi

Add Circle (Tambahkan

Menggambar lingkaran pada diagram aktif

Lingkaran)
Add Text (Tambahkan

Menyisipkan kotak teks pada diagram aktif, tempat Anda

Teks)

dapat menambahkan teks untuk mengidentifikasi item ofinterest (target) dalam diagram.

Undo (Urungkan)

Menghapus atau mengembalikan anotasi yang terakhir
dibuat pada diagram aktif.

Redo (Kembalikan)

Memulihkan aksi Undo (Urungkan) yang terakhir
dilakukan pada diagram aktif.

Clear All (Hapus Semua)

Menghapus semua anotasi pada diagram aktif.

Mengurutkan Data Target, Sampel, dan Kelompok Biologis
Catatan: Pilihan ini hanya tersedia pada diagram ekspresi gen.
Secara default, daftar Target, Sampel, dan Kelompok Biologis ditampilkan sesuai urutan alfabet.
Gunakan kotak dialog Sort (Urutkan) untuk mengurutkan tampilan dalam urutan alfabet terbalik atau
memindahkan istilah secara manual ke posisi lain dalam daftar.

Untuk mengurutkan data target, sampel, dan kelompok biologis
1.

Dari peralatan diagram, klik Sort (Urutkan).
Kotak dialog Gene Expression Chart Sorting (Pengurutan Diagram Ekspresi Gen) akan muncul.

2.

Di kotak dialog tersebut, klik Z-A untuk mengurutkan daftar dalam urutan alfabet dari belakang.

Panduan Pengguna | 267

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

3.

4.

Untuk memindahkan istilah secara manual, pilih istilah tersebut dan klik tombol yang sesuai di antara
diagram:n

Klik panah Up (Atas) atau Down (Bawah) untuk memindahkan istilah yang dipilih sejauh satu
posisi.

n

Klik panah Up (Atas) atau (Bawah) untuk memindahkan istilah yang dipilih ke posisi teratas atau
terbawah dalam daftar.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke tab Gene Expression (Ekspresi Gen).

268 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Mengubah Pengaturan Warna Target, Sampel, dan Kelompok Biologis
Gunakan kotak dialog Color Settings (Pengaturan Warna) untuk mengubah warna target, sampel,
kelompok biologis, atau menghapus item dari grafik.

Untuk mengubah pengaturan warna target
1.

Di panel kanan dalam kotak dialog Gene Expression (Ekspresi Gen), pastikan bahwa Sample(Sampel) ada dalam daftar tarik turun X-Axis (Sumbu X).

2.

Di Chart Tools (Peralatan Diagram), pilih Color Settings (Pengaturan Warna).
Muncul kotak dialog Color Settings (Pengaturan Warna).

3.

Untuk mengubah warna tampilan target, klik warnanya di kolom Color (Warna).

4.

Di kotak dialog Color (Warna) yang muncul, pilih warna baru dan klik OK.

5.

Untuk menghapus target dari grafik ekspresi gen, hapus kotak centang di kolom Show Chart(Tampilkan Diagram).
Tip: Untuk menghapus semua target, hapus Show Chart (Tampilkan Diagram) di judul kolom.

6.

(Opsional) Secara default, batang diagram akan ditampilkan dengan warna polos. Untukmenampilkan batang dengan warna gradien, hapus Use Solid Colors (Gunakan Warna Polos).

7.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan kembali ke tab Gene Expression (Ekspresi Gen).

Untuk mengubah pengaturan warna sampel atau kelompok biologis
1.

Di panel kanan pada kotak dialog Gene Expression (Ekspresi Gen), pastikan bahwa Target ada didalam daftar tarik turun X-Axis (Sumbu X).

2.

Lakukan langkah-langkah dalam Untuk mengubah pengaturan warna target pada halaman 269.

Mengubah Tampilan Diagram
Untuk mengubah tampilan diagram saat iniuPilih perintah menu toolbar untuk tampilan target.

Catatan: Tab Gene Expression (Ekspresi Gen) akan selalu terbuka menampilkan data dalamtampilan default Diagram Batang.

Panduan Pengguna | 269

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Mengecualikan Titik Data Pencilan
Dalam diagram Dot Plot (Titik), Anda dapat dengan mudah melihat dan mengecualikan pencilan darianalisis Anda.

Untuk mengecualikan titik data outlieruDalam diagram Dot Plot (Titik), klik kanan outlier target dan pilih Exclude Well from Analysis(Kecualikan Lubang Kecil dari Analisis).

Titik data dihapus dari diagram Dot Plot (Titik) dan lubang kecil berubah menjadi abu-abu pada Well
Selector (Pemilih Lubang Kecil) di tab Quantification (Kuantifikasi).

Untuk menyertakan titik data outlier yang dikecualikanuPada tab Quantification (Kuantifikasi), klik kanan lubang kecil pada Well Selector (Pemilih Lubang
Kecil) dan pilih Well (Lubang Kecil) > Include in Analysis (Sertakan dalam Analisis).

Melihat Detail Titik Data
Untuk melihat detail titik datauPada Diagram Kotak-Garis atau Diagram Titik, hentikan kursor Anda pada titik data individual.

Muncul tipsalat (tooltip) yang menunjukkan nama sampel dan ekspresinya (kuantitas relatif atau ekspresi
ternormalisasi, tergantung pada mode yang dipilih).

Memberi Anotasi Diagram
Anda dapat menambahkan panah, lingkaran, dan teks ke setiap tampilan diagram batang untuk
menyampaikan data dengan jelas. Anotasi akan tersimpan bersama diagram batang dan muncul di fileyang diekspor dan dicetak. Namun, anotasi yang dibuat di satu tampilan diagram tidak akan ditambahkan
ke tampilan diagram lain.

Untuk menggambar panah atau lingkaran pada diagram1.

Di toolbar diagram batang, klik alat yang diinginkan.

2.

Klik diagram batang dan seret kursor Anda ke diagram sesuai kebutuhan.

270 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Untuk menambahkan teks ke diagram1.

Di toolbar diagram, klik Add Text (Tambahkan Teks).

2.

Klik pada diagram batang. Akan muncul kotak teks di lokasi tersebut.

3.

Tambahkan teks di dalam kotak teks.

4.

Klik di sembarang tempat pada diagram untuk keluar dari kotak teks.
Tip: Tekan Enter untuk menambahkan beberapa baris ke kotak teks.

Untuk memindahkan anotasi
1.

Arahkan kursor ke anotasi. Ikon akan berubah menjadi jari telunjuk dan batas tepi anotasi disorot.

2.

Klik anotasi dan seret ke posisi lain.

3.

Lepaskan anotasi untuk menempatkan posisinya.

Untuk mengurungkan anotasiuKlik Undo (Urungkan).
Anotasi yang terakhir ditambahkan akan dihapus.
Tip: Anda dapat membatalkan sepuluh anotasi terakhir, secara bersamaan.

Untuk mengembalikan anotasi yang diurungkanuKlik Redo (Kembalikan).
Anotasi yang terakhir dihapus akan kembali.
Tip: Anda dapat mengembalikan sepuluh anotasi terakhir, secara bersamaan.

Untuk menghapus anotasiuKlik kanan pada anotasi dan pilih Delete (Hapus).

Panduan Pengguna | 271

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Menyesuaikan Data Ekspresi Gen
Setelah memilih mode analisis Anda — ekspresi yang dinormalisasi (∆∆Cq) atau kuantitas relatif (∆Cq),
menyesuaikan data yang Anda lihat di tab Gene Expression (Ekspresi Gen) dengan mengubah opsi
pengaturan di sebelah kanan diagram.
Tip: Anda mengatur opsi data Gene Expression (Ekspresi Gen) default dalam kotak dialog User
Preferences (Preferensi Pengguna) (lihat Mengatur Parameter File Data Ekspresi Gen pada halaman
89).

Data Grafik
Atur nilai sumbu y ke skala Linear untuk mengaktifkan opsi data grafik. Opsi data grafik memungkinkan
Anda untuk menyajikan data dalam grafik dengan salah satu opsi ini:n

Relative to control (Relatif ke kontrol) — membuat grafik data dengan sumbu yang diberi skala dari 0
hingga 1. Jika Anda menetapkan kontrol dalam pengoperasian Anda, pilih opsi ini untuk
memvisualisasikan regulasi atas dan regulasi bawah dari target dengan cepat.

nRelative to zero (Relatif ke nol) — membuat grafik data dengan awal di nol.

Analisis Menggunakan
Gunakan menu tarik turun untuk memilih bagaimana data dianalisis dan diplot. Pilihannya adalah:nSamples Only (Hanya Sampel) — data dianalisis dan diplot berdasarkan tiap basis sampel.

nBiological Groups Only (Hanya Kelompok Biologis) — data dianalisis dan diplot untuk kelompok
biologis. Ekspresi yang ditampilkan untuk kelompok biologis adalah rerata geometrik dari sampel
dalam kelompok tersebut.

nSample Biological Group (Kelompok Biologis Sampel) — data dianalisis dan diatur berdasarkan tiap
sampel dengan kelompok biologis yang ditambahkan setelah nama sampel. Nilai P yang ditampilkan
dihitung berdasarkan kelompok biologis.

nBiological Group Sample (Sampel Kelompok Biologis) — data dianalisis dan diatur berdasarkan tiap
sampel dengan kelompok biologis yang ditambahkan sebelum nama sampel. Nilai P yangditampilkan dihitung berdasarkan kelompok biologis.

Gunakan menu tarik-turun untuk memilih sampel yang akan digunakan untuk menormalkan Kuantitas
Relatif:

Memberi Anotasi Nilai P dan Ambang Batas Nilai P
Saat Annotate P-Values (Memberi Anotasi Nilai P) dipilih, perangkat lunak akan menampilkan tanda
asterisk (*) pada diagram batang di atas target jika nilai P berada di bawah ambang batas yang dipilih.

272 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Perangkat lunak otomatis akan menghitung Nilal P dengan membandingkan tingkat ekspresi sampel
dengan tingkat ekspresi sampel kontrol yang dipilih menggunakan standar t-test. Kisaran ambang batas
nilai P yaitu 0,000—1,000.

Opsi X-Axis (Sumbu X)
Pilihan sumbu x memungkinkan Anda untuk memilih data sumbu x dari diagram Gene Expression(Ekspresi Gen):nTarget — membuat grafik nama target pada sumbu x.

nSample (Sampel) — membuat grafik nama sampel pada sumbu x.

Opsi Y-Axis (Sumbu Y)
Opsi sumbu y memungkinkan Anda untuk menampilkan diagram Ekspresi Gen dalam salah satu dari tigaskala ini:nLinear — pilih opsi ini untuk menampilkan skala yang linear.
Tip: Mengatur sumbu y menjadi Linear akan mengaktifkan daftar tarik turun Graph Data (Data
Grafik), tempat Anda dapat memilih untuk membuat data grafik yang relatif dengan kontrol ataunol.

n

Log 2 — pilih opsi ini untuk mengevaluasi sampel dalam jangkauan besar yang dinamis.

n

Log 10 — pilih sampel ini untuk mengevaluasi sampel dalam jangkauan sangat besar yang dinamis.

Opsi Penskalaan
Pilih Ekspresi Gen Ternormalisasi (ΔΔCq) dan atur ke None untuk mengaktifkan Opsi Skala dalam
diagram Ekspresi Gen. Pilih salah satu dari opsi penskalaan ini untuk menghitung dan menyajikan data
Anda dengan cara yang paling sesuai dengan desain operasi Anda:n

Unscaled (Tidak berskala) — menampilkan ekspresi gen ternormalisasi yang tidak berskala.

nHighest (Tertinggi) — menskalakan ekspresi gen ternormalisasi untuk setiap target dengan membagi
tingkat ekspresi dari setiap sampel menurut tingkatan tertinggi ekspresi di semua sampel.
Opsi skala ini menggunakan rumus scaled-to-highest (diskalakan ke yang tertinggi).

n

Lowest (Terendah) — menskalakan ekspresi gen ternormalisasi untuk setiap target dengan
membagi tingkat ekspresi dari setiap sampel menurut tingkatan terendah ekspresi di semua sampel.
Opsi skala ini menggunakan rumus scaled-to-lowest (diskalakan ke yang terendah).

Panduan Pengguna | 273

Bab 12 Analisis Ekspresi Genn

Average (Rata-rata) — menskalakan ekspresi gen ternormalisasi untuk setiap target dengan
membagi tingkat ekspresi dari setiap sampel menurut mean geometris tingkat ekspresi untuk semua
sampel.
Opsi skala ini menggunakan rumus scaled-to-average (diskalakan ke rata-rata).

Pilih opsi untuk jenis perhitungan kesalahan (error bars) dalam diagram Ekspresi Gen:

Pengali Bilah Kesalahan Diagram
Pilih pengali untuk bilah kesalahan dalam bagan Ekspresi Gen. Pilih salah satu bilangan bulat ini:n+/- 1 (default)

n

2

n

3

Jenis perubahan pengali saat Anda memilih bilah kesalahan:n

SEM untuk standard error of the mean (standar kesalahan mean)n

Std Devs untuk standard deviations (standar deviasi)

Pengaturan Eksperimen
Tip: Kotak dialog ini juga tersedia pada Plate Editor (Editor Pelat). Untuk informasi lebih lanjut, lihat
Mengubah Pengaturan Eksperimen pada halaman 151.
Dalam kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen), Anda dapat melihat atau mengubah
daftar target, sampel, atau kelompok biologis memilih gen referensi, memilih kontrol, atau mengatur
kelompok Gene Expression Analysis (Analisis Ekspresi Gen) untuk dianalisis jika kelompok biologis telah
ditambahkan ke lubang kecil.

Untuk membuka kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen)u

Pada tab Graphing (Pembuatan Grafik, klik Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen) di bagian
bawah panel kanan.
Muncul kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen) yang menampilkan tab Targets(Target).

Untuk menyesuaikan pengaturan Targets (Target).
u

Di tab Targets (Target), lakukan hal-hal berikut ini:n

Untuk memilih target sebagai referensi untuk analisis data ekspresi gen, pilih namanya di kolom
Reference (Referensi).

274 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan GrafiknUntuk mengubah warna target, klik selnya di kolom Color (Warna) dan ubah warna di kotak
dialog Color (Warna) yang muncul.
Perubahan warna muncul pada diagram Gene Expression (Ekspresi Gen).

n

Untuk menggunakan nilai efisiensi yang ditentukan sebelumnya, kosongkan kotak centang
target di kolom Auto Efficiency (Efisiensi Otomatis) dan masukkan angka untuk persentase
efisiensi target.
Perangkat lunak menghitung efisiensi relatif untuk target dengan menggunakan Auto Efficiency(Efisiensi Otomatis) jika data untuk target mencakup kurva standar.

Untuk menyesuaikan pengaturanuPada tab Samples (Sampel dan Kelompok Biologis), lakukan hal-hal berikut ini:n

Untuk memilih sampel sebagai kontrol untuk analisis data ekspresi gen, pilih namanya di kolom
Control (Kontrol).

n

Untuk mengubah warna sampel, klik selnya di kolom Color (Warna) dan ubah warna di kotak
dialog Color (Warna) yang muncul.
Perubahan warna muncul pada diagram Gene Expression (Ekspresi Gen).

n

Untuk menampilkan sampel dalam diagram Gene Expression (Ekspresi Gen), pilihlah di kolom
Show Chart (Tampilkan Diagram).

n

Untuk menghapus sampel dari diagram Gene Expression (Ekspresi Gen), kosongkan di kolom
Show Chart (Tampilkan Diagram).
Tip: Data sampel tetap ada di tabel Results (Hasil).

Untuk mengecualikan tipe sampel dari penghitungan analisisuPilih kotak centangnya di bagian bawah kotak dialog Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).
Catatan: Hal ini mengecualikan kontrol dan/atau standar dari analisis ekspresi gen.

Panduan Pengguna | 275

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Opsi Menu Klik Kanan
Klik kanan pada diagram ekspresi gen untuk memilih item yang ditampilkan dalam Tabel 32.
Tabel 32 . Item menu klik kanan ekspresi gen

Item

Fungsi

Copy (Salin)

Menyalin diagram ke clipboard.

Save Image As (Simpan

Menyimpan diagram sebagai file gambar. Atur resolusi dan dimensi

Gambar Sebagai)

gambar lalu pilih jenis file (PNG, JPG, atau BMP).

Page Setup (Penyiapan

Memilih penyiapan halaman untuk pencetakan.

Halaman)Print (Cetak)

Mencetak diagram.

Set Scale to Default (Atur SkalaShow All (Tampilkan Semua) menampilkan semua data dalamke Default)

diagram batang. Scroll bar (Bilah gulir) menampilkan bilah gulir jika
ada terlalu banyak sampel untuk ditampilkan dalam bingkai diagram
sambil tetap mempertahankan lebar bilah minimum.

Chart Settings (Pengaturan

Membuka jendela Chart Settings (Pengaturan diagram) untuk

Diagram)menyesuaikan grafik.

Sort (Urutkan)

Mengurutkan urutan sampel atau target yang ditampilkan di sumbu x
dari diagram.

Use Corrected Std Devs

Menghitung error bar menggunakan rumus standar deviasi yang

(Gunakan Standar Deviasi yangdikoreksi.

Dikoreksi)
Use Solid Bar Colors (Gunakan

Menampilkan batang polos dalam diagram.

Warna Batang Polos)
X–Axis Labels (Label Sumbu X)

Menampilkan label sumbu x secara horizontal atau bersudut.

276 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Lembar lajur Data
Tabel 33 menjelaskan data yang ditampilkan dalam Gene Expression Data Table (Tabel Data Ekspresi
Gen).
Catatan: Nilai dalam tabel dihitung berdasarkan jenis grafik dan preferensi yang dipilih di panel
kanan.
Tabel 33 . Deskripsi Informasi di spreadsheet pada tab

Informasi

Deskripsi

TargetNama target (gen yang diamplifikasi) yang dipilih di jendela
Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).

Biological Group (Kelompok

Nama sampel dan/atau kelompok biologis yang dipilih di jendela

Biologis)

Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).

Sample Biological Group(Kelompok Biologis Sampel)
Biological Group Sample(Sampel Kelompok Biologis)
Control (Kontrol)

Nama kontrol yang dipilih di jendela Experiment Settings (Pengaturan
Eksperimen). Jika Analyze Using (Analisis Menggunakan) diatur ke
Samples Only (Hanya Sampel), Control adalah sampel yang dipilih dijendela Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen). Saat
Biological Groups Only (Hanya Kelompok Biologis), Sample BiologicalGroup (Kelompok Biologis Sampel), atau Biological Group Sample(Sampel Kelompok Biologis) dipilih, Control (Kontrol) adalah kelompok
biologis yang dipilih di jendela Experiment Settings (Pengaturan
Eksperimen).

Relative Quantity (Kuantitas

Relative Quantity (Kuantitas Relatif) (ΔCq) atau Normalized Gene

Relatif) atau Expression

Expression (Ekspresi Gen Ternormalisasi) (ΔΔCq), tergantung pada

(Ekspresi)

mode yang dipilih.

Relative Quantity (Kuantitas

Standar kesalahan mean (SEM) atau standar deviasi (SD) dari

Relatif) atau Expression

kuantitas relatif atau ekspresi ternormalisasi, tergantung pada opsi

(Ekspresi) SEM (atau SD)yang dipilih. Hanya tersedia jika Analyze Using (Analisis
Menggunakan) diatur ke Samples Only (Hanya Sampel), Sample
Biological Group (Kelompok Biologis Sampel), atau Biological Group
Sample (Sampel Kelompok Biologis).

Panduan Pengguna | 277

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Informasi

Deskripsi

Corrected Relative Quantity

Perhitungan nilai yang dikoreksi untuk SEM atau SD dari kuantitas(Kuantitas Relatif yangrelatif atau ekspresi ternormalisasi, tergantung pada opsi yang dipilih.

Dikoreksi) atau Corrected

Hanya tersedia jika Analyze Using (Analisis Menggunakan) diatur ke

Expression (Ekspresi yang

Samples Only (Hanya Sampel), Sample Biological Group (Kelompok

Dikoreksi) SEM (atau SD)

Biologis Sampel), atau Biological Group Sample (Sampel Kelompok
Biologis).

Mean (Rerata) Cq

Mean siklus kuantifikasi (tidak ditampilkan jika Analyze Using/Analisis
Menggunakan diatur ke Biological Groups Only/Kelompok Biologis
Saja).

Cq SEM (atau SD)

SEM atau SD siklus kuantifikasi, tergantung pada opsi yang dipilih(tidak ditampilkan jika Analyze Using/Analisis Menggunakan diatur ke
Biological Groups Only/Kelompok Biologis Saja).

278 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Opsi Show Details (Tampilkan Detail)Tabel 34 menjelaskan data yang ditampilkan saat Show Details (Tampilkan Detail) dipilih dari menu klik
kanan lembar lajur diagram batang.
Tabel 34 . informasi di lembar lajur diagram batang dengan memilih Show Details (Tampilkan
Detail)Informasi

Deskripsi

Data Set (Set Data)

Data fluorosens dari satu fluorofor di file data

Relative Quantity (Kuantitas

Kuantitas relative sampel yang dihitung

Relatif)
Relative Quantity SD (SDStandar deviasi perhitungan kuantitas relatif

Kuantitas Relatif)
Corrected Relative Quantity SD

Hasil perhitungan standar deviasi kuantitas relatif yang dikoreksi(SD Kuantitas Relatif yang
Dikoreksi)
Relative Quantity SEM (SEM

Standar kesalahan mean dari perhitungan kuantitas relatif

Kuantitas Relatif)
Corrected Relative Quantity

Hasil perhitungan standar kesalahan mean kuantitas relatif yang

SEM (SEM Kuantitas Relatif

dikoreksiyang Dikoreksi)
Relative Quantity (Kuantitas

Log2 kuantitas relatif yang digunakan untuk analisis statistik

Relatif)(lg)
SD RQ(lg)Standar deviasi kuantitas relatif (log2)

SEM Expression (Ekspresi

Standar kesalahan mean dari ekspresi (log2)

SEM)(lg)
Unscaled Expression (Ekspresi

Hasil perhitungan ekspresi yang tidak berskala

Tidak Berskala)
Unscaled Expression SD

Hasil perhitungan standar deviasi ekspresi yang tidak berskala(Standar Deviasi Ekspresi Tidak
Berskala)

Panduan Pengguna | 279

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Tabel 34 . informasi di lembar lajur diagram batang dengan memilih Show Details (Tampilkan
Detail), lanjutan

Informasi

Deskripsi

Corrected Unscaled Expression

Hasil perhitungan standar deviasi ekspresi tidak berskala yang

SD (Standar Deviasi Ekspresi

dikoreksi

Tidak Berskala yang Dikoreksi)
Unscaled Expression SEM

Hasil perhitungan standar kesalahan mean ekspresi tidak berskala(SEM Ekspresi Tidak Berskala)Corrected Unscaled Expression

Hasil perhitungan standar kesalahan mean ekspresi tidak berskala

SEM (SEM Ekspresi Tidakyang dikoreksi

Berskala yang Dikoreksi)
Unscaled Expression( (Ekspresi

Log2 ekspresi yang tidak berskala

Tidak Berskala)(lg)
SD Unscaled Expression

Standar deviasi ekspresi yang tidak berskala (log2)(Ekspresi SD Tidak Berskala)(lg)
SEM Unscaled Expression

Standar kesalahan mean ekspresi yang tidak berskala (log2)(Ekspresi SEM Tidak Berskala)(lg)
Expression (Ekspresi)

Ekspresi gen ternormalisasi

Corrected Expression SD (SDHasil perhitungan standar deviasi dari ekspresi yang dikoreksi

Ekspresi yang Dikoreksi)
Expression SEM (SEM

Standar kesalahan mean dari ekspresi

Ekspresi)
Corrected Expression SEM

Hasil perhitungan standar kesalahan mean dari ekspresi yang

(SEM Ekspresi yang Dikoreksi)

dikoreksi

Expression (Ekspresi)(lg)

Log2 ekspresi (ekspresi ternormalisasi) yang digunakan untuk analisis
statistik

SD Expression (Ekspresi)(lg)Standar deviasi ekspresi (log2)

SEM Expression (Ekspresi

Standar kesalahan mean dari ekspresi (log2)

SEM)(lg)
Mean (Rerata) Cq

Rerata siklus kuantifikasi.

280 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pembuatan Grafik

Tabel 34 . informasi di lembar lajur diagram batang dengan memilih Show Details (Tampilkan
Detail), lanjutan

Informasi

Deskripsi

SD Cq

Standar deviasi dari siklus kuantifikasi.

SEM CqStandar kesalahan mean dari siklus kuantifikasi.

Panduan Pengguna | 281

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Clustergram
Clustergram menampilkan data secara hierarki sesuai dengan sudut kemiripan ekspresi untuk target dan
sampel.
Catatan: Anda harus memilih target referensi untuk menampilkan data plot yang mana pun selain
ekspresi relatif pada diagram batang.
Gambar clustergram mengilustrasikan ekspresi relatif dari sampel atau target sebagai berikut:nUpregulation (Regulasi atas) (merah) — ekspresi yang lebih tinggin

Downregulation (Regulasi bawah) (hijau atau biru) — ekspresi yang lebih rendahnTanpa Regulasi (hitam)n

Tidak ada nilai yang dihitung (hitam dengan X warna putih)

Semakin terang warnanya, semakin besar pula perbedaan ekspresi relatif. Jika tidak ada nilai Cq
dinormalkan yang dapat dihitung, kotak akan berwarna hitam dengan X putih.
Pada tepi terluar petak data adalah dendrogram, yang mengindikasikan hierarki klusterisasi. Target atausampel yang memiliki pola ekspresi yang mirip akan memiliki cabang yang berdekatan dan pola yangtidak mirip akan memiliki cabang yang berjauhan.

Settings (Pengaturan)Anda dapat mengatur opsi berikut:n

Cluster By — pilih dari Target, Samples (Sampel), Both (Keduanya), atau None (Tidak sama sekali).

nSize (Ukuran) — sesuaikan ukuran gambar dan ubah derajat pembesaran diagram.

nSplit Out Replicates (Pisahkan Replikasi) — menampilkan nilai untuk replikasi individual.

Tip: Anda dapat mengubah skema warna untuk dari default Red/Green (Merah/Hijau) menjadi Red/Blue(Merah/Biru) dengan memilih opsi ini dari menu klik kanan di dari diagram ini.

Opsi Menu Klik Kanan
Opsi menu klik kanan untuk clustergram sama dengan yang ada pada diagram batang. Lihat Tabel 32
pada halaman 276 untuk opsi yang tersedia. Sebagai tambahan, pilih Color Scheme (Skema Warna)
untuk mengubah ekspresi regulasi bawah dari default Red/Green (Merah/Hijau) menjadi Red/Blue(Merah/Biru) pada diagram.

Spreadsheet Data
Lembar lajur menampilkan nilai untuk target, sampel, dan ekspresi ternormalisasi.

282 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Diagram Tebar

Diagram Tebar
Diagram sebar menampilkan ekspresi target yang ternormalisasi sebagai kontrol versus sampel eksperimen.
Garis pada diagram mengindikasikan ambang batas fold change. Titik data di antara garis menunjukkan bahwa
perbedaan dalam ekspresi untuk target (gen) tersebut dapat diabaikan. Titik data di luar garis melebihi ambang
batas fold change dan mungkin perlu diperhatikan.
Gambar diagram menunjukkan perubahan dalam target berikut berdasarkan ambang batasnUpregulation (Peningkatan Regulasi) (lingkaran merah) — ekspresi yang relatif lebih tinggin

Downregulation (Penurunan Regulasi) (lingkaran hijau atau biru) — ekspresi yang relatif lebih
rendahn

No change (Tidak ada perubahan) (lingkaran hitam)

Klik dan seret garis ambang batas untuk menyesuaikan nilai ambang batas fold change.

Settings (Pengaturan)Anda dapat mengatur pilihan berikut:nControl Sample (Sampel Kontrol)nExperimental Sample (Sampel Eksperimental)

nFold Change Threshold (Ambang Batas Fold Change) Saat Anda meningkatkan atau menurunkan
nilai fold change, garis ambang batas di plot bergerak untuk menyesuaikannya.

Opsi Menu Klik Kanan
Opsi menu klik kanan untuk diagram sebar sama dengan yang digunakan pada diagram batang. Lihat
Tabel 32 pada halaman 276 untuk opsi yang tersedia. Selain itu, pilih Symbol (Simbol) untuk mengubahsimbol yang digunakan pada plot dari lingkaran default menjadi salah satu simbol berikut:nTriangle (Segitiga)n

Cross (Salib)nSquare (Kotak)nDiamond (Berlian)

Spreadsheet Data
Lembar lajur menampilkan nilai untuk target dan ekspresi ternormalisasi untuk pengendalian dan sampel
eksperimental. Lembar lajur juga mengindikasikan apakah target mengalami peningkatan atau

Panduan Pengguna | 283

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

penurunan regulasi jika dibandingkan dengan regulasi target.

284 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lembar Lajur Hasil

Lembar Lajur Hasil
Lembar Lajur Hasil merangkum data dari semua diagram. Tabel 35 mendefinisikan data yang ditampilkan
dalam lembar lajur Results (Hasil).
Tabel 35 . Informasi di tab Results (Hasil)

Informasi

Deskripsi

TargetNama target (gen yang diamplifikasi)

Sample (Sampel)

Nama sampel

Mean (Rerata) Cq

Rerata siklus kuantifikasi

Mean Efficiency Corrected

Rerata siklus kuantifikasi setelah disesuaikan untuk efisiensi reaksi(Efisiensi Rerata yang Dikoreksi)Cq
Ekspresi Ternormalisasi

Target ekspresi ternormalisasi ke target referensi (ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Ekspresi ternormalisasi yang relatif terhadap sampel kontrol; juga

(Ekspresi Ternormalisasi yangdisebut Fold Change (Perubahan Lipat)

Relatif)
Regulation (Peraturan)

Perubahan dalam ekspresi yang relatif terhadap sampel kontrol

Compared to Regulation

Regulasi atas atau bawah dari sampel eksperimen berdasarkan

Threshold (Dibandingkan

pengaturan ambang batas

dengan Ambang Batas
Regulasi)Catatan: Data untuk replikasi hanya ditemukan di lembar lajur pada tab analisis data, di tempat
pemilihan Split Out Replicates (Replikasi Terpisah) (yaitu, Clustergram). Mungkin ada
ketidaksesuaian antara data ekspresi dalam lembar lajur analisis ekspresi gen jika Anda memilih“none” ("tidak ada") sebagai sampel kontrol pada bilah diagram.

Panduan Pengguna | 285

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Studi Gen
Buat studi gen untuk membandingkan data ekspresi gen dari satu atau lebih eksperimen PCR waktu
nyata dengan menggunakan kalibrator antar-pengoperasian untuk menormalisasi antara eksperimeneksperimen. Buat studi gen dengan menambahkan data dari satu atau lebih file data (.pcrd) ke studi gen.
Perangkat lunak mengelompokkannya ke dalam satu file (.mgxd).
Catatan: Jumlah maksimum sampel yang dapat Anda analisis dalam studi gen dibatasi oleh ukuran
RAM komputer dan memori virtual.

Kalibrasi Antar PengoperasianKalibrasi antar pengoperasian akan dicoba secara otomatis pada setiap studi gen untuk setiap target
guna menormalisasi variasi antar pengoperasian antara target-target yang ditentukan dalam proses PCR
waktu nyata terpisah (yaitu, file .pcrd berbeda yang dihasilkan dari pelat yang berbeda).
Agar perangkat lunak mengenali sampel sebagai kalibrator antar-pengoperasian, perangkat lunak
tersebut harus memiliki nama target, nama sampel, dan, jika digunakan, nama set biologis yang samapada setiap pelat yang sedang dibandingkan.
Catatan: Setidaknya satu sampel kalibrator antar pengoperasian harus ada dalam studi gen agar
terjadi kalibrasi antar pengoperasian. Target tanpa sampel kalibrasi antar-pengoperasian yangsesuai akan diproses tanpa koreksi dalam studi gen (tidak disarankan).
Kalibrator antar-pengoperasian dapat diterapkan dengan dua cara:n

Per target — primer PCR yang berbeda dapat memiliki efisiensi yang berbeda Secara default,
kalibrator antar pengoperasian diterapkan ke semua lubang kecil pada pelat yang sama yang
memiliki nama target yang sama, misalnya Cq yang dihasilkan dengan asai yang sama.

nSeluruh studi — satu kalibrator antar pengoperasian dipilih oleh pengguna dan diterapkan ke seluruh
studi gen.

286 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Studi Gen

Kotak Dialog Studi Gen

Kotak dialog Gene Study (Studi Gen) mencakup dua tab:n

Tab Study Setup (Penyiapan Studi) — mengelola jalannya studi gen.
Penting: Menambah atau menghapus file data dalam studi gen tidak mengubah data dalam file
asli.

n

Tab Study Analysis (Analisis Penelitian) — menampilkan data ekspresi gen untuk proses gabungan.

Tab Study Setup (Penyiapan Studi)
Tabel 36 menjelaskan data yang muncul di tab Study Setup (Studi Penyiapan).
Tabel 36 . Tab Study Setup (Penyiapan Studi) dalam kotak dialog Gene Study (Studi Gen)

Judul Kolom

Deskripsi

File Name (Nama File)

Nama file data yang dioperasikan (ekstensi .pcrd)

File Folder (Folder File)

Direktori yang menyimpan file data untuk setiap operasi dalam studi
gen

Date Created (Tanggal

Tanggal data operasi dikumpulkan

Dibuat)Panduan Pengguna | 287

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Tabel 36 . Tab Study Setup (Penyiapan Studi) dalam kotak dialog Gene Study (Studi Gen),
lanjutan

Judul Kolom

Deskripsi

Well Group Name (NamaNama kelompok lubang kecil yang dipilih saat file ditambahkan ke

Kelompok Lubang Kecil)

studi gen
Tip: Untuk menganalisis lubang kecil dalam studi gen, Anda
harus memilih lubang kecil dalam jendela Data Analyis (Analisis
Data) sebelum mengimpor file data ke studi gen.

Step (Langkah)

Langkah protokol yang mencakup bacaan pelat untuk mengumpulkan
data PCR waktu nyata.

Run Type (Jenis

Antara ditentukan oleh pengguna atau PrimePCR™

Pengoperasian)Protokol Edited (Protokol

Jika dipilih, menunjukkan bahwa protokol yang digunakan untuk

telah Diedit)

pengoperasian PrimePCR telah diedit.

View Plate (Lihat Pelat)

Membuka peta pelat dari pelat dengan data di setiap pengoperasianyang termasuk dalam Studi Gen.

Menyiapkan Studi Gen
Untuk menyiapkan studi gen
1.

Sebelum mengimpor data ke dalam studi gen, lakukan hal-hal berikut di jendela Data Analysis(Analisis Data):nVerifikasi bahwa sampel yang berisi isi yang sama memiliki nama yang sama. Dalam studi gen,perangkat lunak mengasumsikan bahwa lubang kecil dengan nama Target atau nama Sample(Sampel) yang sama berisi sampel yang sama.

nSesuaikan batas dasar dan ambang batas (Cq) pada tab Quantification (Kuantifikasi) untuk
mengoptimalkan data di setiap pengoperasian.

n

Pilih kelompok lubang kecil yang Anda ingin sertakan dalam studi gen.
Untuk menunjukkan data dari satu kelompok lubang kecil dalam studi gen, kelompok itu harus
dipilih sebelum mengimpor file data.

Tab Study Setup (Penyiapan Studi) menampilkan daftar semua pengoperasian dalam studi gen.
2.

Dalam kotak dialog Gene Study (Studi Gen), pilih tab Study Setup (Penyiapan Studi).

3.

Klik Add Data Files (Tambah File Data) untuk memilih file dari jendela peramban.

288 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Studi Gen

Tip: Untuk menambah cepat pengoperasian ke studi gen, seret file data (ekstensi .pcrd) ke
dalam kotak dialog Study Setup (Penyiapan Studi).
4.

CFX Maestro Dx SE secara otomatis melakukan analisis studi gen ketika Anda menambahkan filedata. Pilih tab Study Analysis (Analisis Studi) untuk melihat hasilnya.

Untuk menghapus pengoperasian dari studi genuPilih satu file atau lebih dalam daftar dan klik Remove (Hapus).

Untuk menambahkan catatan tentang studi genu

Masukkan catatan tentang file dan analisis di kotak teks Notes (Catatan).

Tab Analisis Studi
Tab Study Analysis (Analisis Studi) menampilkan data dari semua pengoperasian di studi gen. Pilihan
analisis data ekspresi gen sama dengan file data tunggal dengan pengecualian berikut:nUntuk diagram batang, nilai kalibrasi antar pengoperasian (jika dihitung) akan muncul jika Anda
mengklik Inter-run Calibration (Kalibrasi Antar Pengoperasian).
Catatan: Hanya jenis sampel berikut ini yang dapat digunakan sebagai kalibrator antar
pengoperasian:oUnknown (Tidak Diketahui)oStandard (Standar)oPositive Control (Kontrol Positif)

Jenis sampel kontrol negatif, kontrol templat kosong (NTC), dan tanpa kontrol transkriptase balik(NRT) tidak dapat digunakan sebagai kalibrator antar pengoperasian.
nnAlat Reference Gene Selection (Pemilihan Gen Referensi) mengidentifikasi gen referensi yang telah
diuji dan mengategorikannya sebagai Ideal, Acceptable (Dapat Diterima), atau Unstable (Tidak
Stabil) berdasarkan stabilitasnya:oGen referensi yang ideal bersifat stabil dan menunjukkan variasi yang rendah dari seluruh
sampel yang diuji.

o

Gen referensi Acceptable (dapat diterima) tidak benar-benar stabil dan menunjukkan variasi
moderat pada seluruh sampel yang diuji. Gunakan gen referensi ini pada analisis jika tidak ada
gen referensi yang Ideal.

oGen referensi Unstable (tidak stabil) menunjukkan variasi berlebihan pada seluruh sampel yangdiuji. Gen ini disarankan untuk dikecualikan dari analisis.

Alat PrimePCR Controls (Kontrol PrimePCR) menampilkan hasil sampel yang diuji dalam tabel:

Panduan Pengguna | 289

Bab 12 Analisis Ekspresi Geno

Tab Summary (Ringkasan) menampilkan ringkasan semua sampel yang telah diuji. Sampel
yang berhasil melewati asai kontrol akan berwarna hijau. Sampel yang gagal melewati satu ataulebih banyak asai kontrol akan berwarna kuning.

o

Tab PCR menampilkan hasil asai kontrol PCR positif. Asai ini mendeteksi inhibisi atau masalaheksperimental yang memengaruhi ekspresi gen.

o

Tab RT menampilkan hasil asai kontrol transkripsi balik. Secara kualitatif, asai ini mengevaluasi
kinerja RT dan mengidentifikasi sampel saat kinerja RT mungkin dapat mengancam ekspresigen.

oTab gDNA menampilkan hasil asai kontrol kontaminasi DNA. Asai ini menentukan apakah
genomik DNA (gDNA) ada di sampel dengan tingkat yang mungkin memengaruhi hasil qPCR.

o

Tab RQ menampilkan hasil asai kualitas RNA (RQ1 dan RQ2). Asai ini secara kualitatis
menaksir apakah integritas RNA mungkin berpengaruh secara negatif pada ekspresi gen.

Kategori Laporan Studi Gen
Gunakan kotak dialog Gene Study Report (Laporan Studi Gen) untuk mengatur data studi gen menjadi
laporan. Tabel 37 mencantumkan semua opsi yang tersedia untuk laporan studi gen.
Tabel 37 . Kategori untuk laporan Gene Study (Studi Gen)

Kategori

Opsi

Deskripsi

HeaderJudul, subtitle, dan logo untuk laporan
Report Information

Tanggal, nama pengguna, nama file data, alur file

(Informasi Laporan)data, dan grup lubang kecil yang dipilih

Gene Study File List (Daftar

Daftar semua file data di Gene Study (Studi Gen)

File Studi Gen)
Notes (Catatan)

Catatan tentang laporan data

Tab Study Analysis (Analisis Studi) Bar Chart (Diagram Batang)
Analysis Settings

Daftar paramete analisis yang dipilih(Pengaturan Analisis)
Chart (Diagram)

Diagram batang Gene Expression (EkspresiGen) menampilkan data

290 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Studi Gen

Tabel 37 . Kategori untuk laporan Gene Study (Studi Gen), lanjutan

Kategori

Opsi

Deskripsi

Target Names (NamaDaftar target di Gene Study (Studi Gen)

Target)Sample Names (NamaDaftar sampel di Gene Study (Studi Gen)

Sampel)Data

Spreadsheet yang menunjukkan data

Target Stability (Stabilitas

Data stabilitas target

Target)Inter-run Calibration

Data kalibrasi pengoperasian dalam(Kalibrasi antarpengoperasian)Box-and-Whisker Chart

Diagram Kotak Garis Gene Expression (Ekspresi(Diagram Kotak Garis)

Gen)

Dot-Plot Chart (Diagram

Diagram titik Gene Expression (Ekspresi Gen)

Titik)Tab Study Analysis (Analisis Studi) Clustergram dan Scatter Plot (Diagram Sebar)
Analysis Settings

Pengaturan untuk tiap jenis diagram(Pengaturan Analisis)
Chart (Diagram)

Diagram Gene Expression (Ekspresi Gen)
menampilkan data

Data

Lembar lajur mencatat data dalam setiap target

Tab Study Analysis (Analisis Studi) ANOVAData
ANOVA Settings

Ambang batas nilai P yang digunakan dalam(Pengaturan ANOVA)

analisis

ANOVA Results (Hasil

Tabel hasil dari ANOVA dan analisis setelah HSD

ANOVA)

Tukey

Shapiro-Wilk Normality

Kelompok biologis, hitungan, Nilai P, dan

Test (Uji Normalitas

kesalahan lainnya yang terjadi pada tiap target

Shapiro-Wilk)

dalam analisis

Panduan Pengguna | 291

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

Tabel 37 . Kategori untuk laporan Gene Study (Studi Gen), lanjutan

Kategori

Opsi

Deskripsi

ANOVA Errors (Kesalahan

Eror yang diidentifikasi selama perhitungan

ANOVA)

ANOVA

292 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Studi Gen

Membuat Laporan Studi Gen
Untuk membuat laporan studi gen
1.

Atur data dan diagram laporan studi gen yang diperlukan sebelum membuat laporan.

2.

Pilih Tools (Peralatan) > Reports (Laporan) di menu Gene Study (Studi Gen) untuk membuka kotak
dialog Report (Laporan).

3.

Pilih opsi yang ingin Anda sertakan dalam laporan. Laporan terbuka dengan opsi default yang dipilih.
Pilih atau kosongkan kotak centang untuk mengubah seluruh kategori atau opsi individual dalamsuatu kategori.
Kategori Laporan Studi Gen pada halaman 290 mencatat semua opsi yang tersedia untuk
ditampilkan.

4.

Ubah urutan kategori dan item dalam laporan. Seret opsi ke posisi yang diperlukan. Item dapat
diurutkan ulang hanya dalam kategori yang menjadi bagiannya.

5.

Klik Update Report (Perbarui Laporan) untuk memperbarui Report Preview (Pratinjau Laporan)
dengan perubahan apa pun.

6.

Cetak atau simpan laporan. Klik tombol Print Report (Laporan Cetak) di toolbar untuk mencetak
laporan saat ini. Pilih File (File) > Save (Simpan) untuk menyimpan laporan dalam format file PDF(file Adobe Acrobat Reader) dan pilih lokasi untuk menyimpan file. Pilih File (File) > Save As (Simpan
Sebagai) untuk menyimpan laporan dengan nama atau lokasi yang baru.

7.

(Opsional) Membuat templat laporan dengan informasi yang Anda inginkan. Untuk menyimpan
pengaturan laporan saat ini, pilih Template (Templat) > Save (Simpan) atau Save As (Simpan
Sebagai). Lalu muat templat laporan saat Anda ingin membuat laporan baru di lain waktu.

Panduan Pengguna | 293

Bab 12 Analisis Ekspresi Gen

294 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lampiran A Perhitungan Analisis Data
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan menghitung formula secara otomatis dan
menampilkan hasilnya di tab Data Analysis (Analisis Data). Lampiran ini menjelaskan cara CFX Maestro
Dx SE menghitung formula secara mendetail.

Efisiensi Reaksi
Bukti menyarankan bahwa menggunakan ukuran yang tepat pada efisiensi untuk tiap set primer danprobe akan memberikan hasil yang lebih akurat sat menganalisis data ekspresi gen. Nilai default efisiensi
yang digunakan di perhitungan ekspresi gen adalah 100%. Untuk mengevaluasi efisiensi reaksi, buat
kurva standar menggunakan pengenceran bersambung sampel representatif di seluruh ukuran dinamisyang relevan, lalu catat efisiensi untuk analisis ekspresi gen berikutnya. Jika pengoperasian Anda
mencantumkan kurva standar, perangkat lunak akan otomatis menghitung efisiensi dan menampilkannya
di Standard Curve (Kurva Standar) pada tab Quantification (Kuantifikasi) saat Auto Efficiency (Efisiensi
Otomatis) dicentang di tab Targets (Target) di jendela Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen).
Efisiensi (E) di formula efisiensi merujuk pada “efficiencies (efisiensi)” yang dijelaskan oleh Pfaffl (2001)
dan Vandesompele et al. (2002). Dalam publikasinya, sebuah efisiensi 2 (pengandaan sempurna dengan
setiap siklus) setara dengan 100% efisiensi pada perangkat lunak ini. Anda memiliki pilihan untuk
mengonversi penghitungan efisiensi Anda menjadi penghitungan yang digunakan di perangkat lunak
dengan hubungan matematika berikut ini:n

E = (% Efisiensi * 0,01) + 1n% Efisiensi = (E – 1) * 100

Kuantitas Relatif
Rumus untuk kuantitas relatif (ΔCq) untuk sampel apa pun (GOI) adalah:Catatan: Formula ini digunakan untuk menghitung Relative Quantity (Kuantitas Relatif) saat tidak
ada sampel kontrol yang ditentukan.
Penjelasan:

Panduan Pengguna | 295

Lampiran A Perhitungan Analisis Datan

E = Efisiensi set primer dan probe. Efisiensi ini dihitung dengan rumus(% Efisiensi * 0,01) + 1, efisiensi 100% = 2nC q (min) = Rata-rata Cq untuk Sample (Sampel) dengan rata-rata Cq paling rendah untuk GOInC q (sampel) = Rata-rata Cq untuk Sample (Sampel)n

GOI = Gene of interest (Gen target) (target tunggal)

Kuantitas Relatif Saat Kontrol Dipilih
Saat sampel kontrol atau kelompok biologis ditetapkan, maka kuantitas relatif (RQ) untuk setiap sampel
dengan gene of interest (GOI) dihitung dengan rumus ini:

Penjelasan:n

E = Efisiensi set primer dan probe. Efisiensi ini dihitung dengan rumus(% Efisiensi * 0,01) + 1, efisiensi 100% = 2nCq (kontrol) = Rata-rata Cq untuk sampel kontrolnCq (sampel) = Rata-rata Cq untuk setiap sampel dengan GOInGOI = Gene of interest (Gen target) (target tunggal)

Deviasi Standar dari Kuantitas Relatif
Penting: Perhitungan ini hanya berlaku saat Analyze Using (Analisis Menggunakan) diatur ke
Samples Only (Hanya Sampel), Sample Biological Group (Kelompok Biologis Sampel), atau
Biological Group Sample (Sampel Kelompok Biologis).
Rumus untuk standar deviasi dari kuantitas relatif adalah

Penjelasan:n

SD Relative Quantity (Kuantitas Relatif) = standar deviasi dari kuantitas relatifnSampel SD CqGOI = Standar deviasi dari Cq untuk sampel (GOI)n

Relative Quantity (Kuantitas Relatif) = standar deviasi dari sampeln

E = Efisiensi set primer dan probe. Efisiensi ini dihitung dengan rumus(% Efisiensi * 0,01) + 1, efisiensi 100% = 2

296 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Efisiensi Cq yang Dikoreksi (CqE)n

GOI = Gene of interest (Gen target) (target tunggal)

Efisiensi Cq yang Dikoreksi (CqE)
Rumus untuk efisiensi Cq yang dikoreksi adalah

Penjelasan:n

E = Efisiensi

Efisiensi Mean yang Dikoreksi Cq (MCqE)
Formula untuk efisiensi mean yang dikoreksi Cq adalah

Penjelasan:n

CqE = Efisiensi yang dikoreksi Cqnn = Jumlah replikasi

Panduan Pengguna | 297

Lampiran A Perhitungan Analisis Data

Ekspresi Ternormalisasi
Ekspresi ternormalisasi (ΔΔCq) adalah kuantitas relatif dari target (gen) Anda yang dinormalisasi ke
kuantitas target referensi (gen atau urutan) dalam sistem biologis Anda. Untuk memilih target referensi,
buka jendela Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen) dan klik kolom referensi untuk setiap targetyang berfungsi sebagai gen referensi.
Rumus untuk ekspresi ternormalisasi, yang menggunakan perhitungan Relative Quantity (Kuantitas
Relatif) (RQ) yang telah dihitung, adalah

Penjelasan:n

RQ = Relative quantity (Kuantitas relatif) dari sampeln

Ref = Target referensi dalam suatu pengoperasian yang mencakup satu atau lebih target referensi
dalam setiap sampeln

GOI = Gene of interest (Gen target) (target tunggal)

Asalkan target referensi tidak mengubah tingkat ekspresinya dalam sistem biologis Anda, perhitunganekspresi ternormalisasi akan memperhitungkan pembebanan perbedaan atau variasi dalam jumlah selyang terwakili dalam setiap sampel Anda.

298 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Ekspresi Ternormalisasi Saat Kontrol Dipilih

Kuantitas Relatif dan Ekspresi untuk Kelompok Biologis
Jika Analyze Using (Analisis Menggunakan) diatur ke Biological Groups Only (Hanya Kelompok Biologis),perangkat lunak akan menampilkan ekspresi rata-rata (ekspresi ternormalisasi atau kuantitas relatif,
tergantung mode yang dipilih) sampel dalam grup biologis. Karena ekspresi biasanya disebarkan secara
log normal, ekspresi rata-rata diperoleh menggunakan mean geometrik:

Penjelasan:nExp1, Exp2, Expn = Kuantitas relatif atau ekspresi ternormalisasi dari sampel di kelompok biologisnn = Jumlah sampel di kelompok biologis

Ekspresi Ternormalisasi Saat Kontrol Dipilih
Saat Anda memilih sampel kontrol di jendela Experiment Settings (Pengaturan Eksperimen), perangkat
lunak menetapkan tingkat ekspresi sampel kontrol ke 1. Dalam situasi ini, perangkat lunak menormalisasi
kuantitas relatif dari semua ekspresi (gen) target ke kuantitas kontrol (nilai 1). Ekspresi ternormalisasi ini
setara dengan analisis ekspresi ternormalisasi tak berskala saat kontrol dipilih.
Catatan: Hal ini juga dikenal sebagai ekspresi ternormalisasi relatif (RNE) dan fold change.

Panduan Pengguna | 299

Lampiran A Perhitungan Analisis Data

Deviasi Standar untuk Ekspresi Ternormalisasi
Penskalaan ulang nilai ekspresi ternormalisasi dicapai dengan membagi simpangan baku dari ekspresi
ternormalisasi dengan nilai ekspresi ternormalisasi untuk tingkat ekspresi individu tertinggi atau terendah,
tergantung pada opsi penskalaan yang Anda pilih. Rumus untuk standar deviasi (SD) dari faktor
normalisasi adalah

Penjelasan:n

RQ = Relative quantity (Kuantitas relatif) dari sampelnSD = Standard deviation (standar deviasi)n

NF = Normalization factor (Faktor normalisasi)n

Ref = Reference Target (Target referensi)nn = Jumlah target referensi

Saat sampel kontrol ditetapkan, Anda tidak perlu melakukan fungsi penskalaan ulang ini pada standar
deviasi, seperti yang ditunjukkan dalam rumus berikut ini:

Penjelasan:n

NE = Normalized Expression (Ekspresi ternormalisasi)n

RQ = Relative quantity (Kuantitas relatif) dari sampelnSD = Standard deviation (standar deviasi)n

GOI = Gene of interest (Gen target) (target tunggal)

300 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi Tertinggi

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi
Tertinggi
Jika pengoperasian tidak menyertakan kontrol, ukur ekspresi ternormalisasi (NE) untuk tiap target (gen)dengan membagi level ekspresi tiap sampel dengan level tertinggi ekspresi di semua sampel. Perangkat
lunak mengatur level tertinggi ekspresi menjadi nilai 1 dan mengukur kembali semua level ekspresisampel. Formula untuk penskalaan tertinggi adalah

Penjelasan:n

GOI = Gene of interest (target)

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi
Terendah
Saat pengoperasian tidak menyertakan kontrol, ukur ekspresi ternormalisasi (NE) untuk setiap target(gen) dengan membagi tingkat ekspresi setiap sampel dengan tingkat ekspresi terendah di semua
sampel. Perangkat lunak menetapkan tingkat ekspresi terendah ke nilai 1 dan mengukur ulang semua
tingkat ekspresi sampel. Rumus untuk penskalaan terendah adalah

Penjelasan:n

GOI = Gene of interest (target)

Ekspresi Ternormalisasi yang Diukur ke Tingkat Ekspresi
Rata-rata
Saat pengoperasian tidak menyertakan kontrol, ukur ekspresi ternormalisasi (NE) untuk setiap target(gen) dengan membagi tingkat ekspresi setiap sampel dengan tingkat rerata geometrik dari ekspresisemua sampel. Perangkat lunak menyetel tingkat rata-rata ekspresi ke nilai 1 dan mengukur ulang semua
tingkat ekspresi sampel. Rumus untuk penskalaan rata-rata adalah

Penjelasan:n

GOI = Gene of interest (target)

Panduan Pengguna | 301

Lampiran A Perhitungan Analisis Datan

GM = Rerata geometrik dari ekspresi ternormalisasi untuk semua sampel

302 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Deviasi Standar untuk Ekspresi Ternormalisasi yang Terukur

Deviasi Standar untuk Ekspresi Ternormalisasi yang Terukur
Menskalakan ulang nilai ekspresi ternormalisasi (NE) berskala dilakukan dengan membagi standar
deviasi (SD) dari ekspresi ternormalisasi dengan nilai ekspresi ternormalisasi untuk tingkat ekspresi
tertinggi (MAX) atau terendah (MIN), tergantung pada opsi penskalaan yang Anda pilih.
Catatan: Saat sampel kontrol ditetapkan, Anda tidak perlu melakukan fungsi penskalaan ulang ini
pada standar deviasi.
Perhitungan untuk rumus ini adalah

Penjelasan:n

NE = Normalized Expression (Ekspresi ternormalisasi)nSD = Standard deviation (standar deviasi)n

GOI = Gene of interest (target)n

MAX = Tingkat ekspresi tertinggin

MIN = Tingkat ekspresi terendah

Panduan Pengguna | 303

Lampiran A Perhitungan Analisis Data

Error Bars (Bilah Eror) untuk Standar Deviasi (lg) dan Standar
Kesalahan Mean (lg)Selain penggunaan selang kepercayaan, bilah eror dapat ditampilkan untuk kelompok biologis
berdasarkan simpangan baku atau eror standar dari rarata log2 dari ekspresi. Bilah kesalahan dihitungsebagai berikut:
RQ Lower Error Bar (Bilah Eror Bawah RQ) = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) atau 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ Upper Error Bar (Bilah Eror Atas RQ) = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) atau 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Penjelasan:n

RQ(lg = log2 dari kuantitas relatif untuk kelompok biologisn

SD RQ(lg) = standar deviasi dari kuantitas relatif (log2)n

SEM RQ(lg) = kesalahan standar rata-rata kuantitas relatif (log2)

Exp. Lower Error Bar (Bilah Eror Bawah) = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) atau 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. Bilah Eror Atas = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) atau 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Penjelasan:nExp.(lg) = log2 dari ekspresi (ekspresi ternormalisasi) untuk kelompok biologisn

SD RQ(lg) = standar deviasi dari ekspresi (log2)n

SEM RQ(lg) = kesalahan standar dari rata-rata ekspresi (log2)

304 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Fold Change

Fold Change
Fold Change adalah ukuran peningkatan atau penurunan ekspresi target untuk sampel eksperimen
dibandingkan dengan kontrol atau kelompok biologis dan ditentukan sebagai berikut:
Jika Expression (Ekspresi) (eksperimental) >Expression (Ekspresi) (kontrol):Jika Ekspresi (eksperimen) < Ekspresi (kontrol):Catatan: Untuk Graphing (Pembuatan Grafik) Expression (Ekspresi) berdasarkan pada kuantitas
relatif atau ekspresi ternormalisasi, tergantung pada mode yang dipilih (lihat Pembuatan Grafik padahalaman 264). Akan tetapi, untuk fold change Scatter Plot (Plot Sebar) dan Clustergram selalu
dihitung dari ekspresi ternormalisasi.

Panduan Pengguna | 305

Lampiran A Perhitungan Analisis Data

Formula Nilai yang Dikoreksi
Penting: Perhitungan ini hanya berlaku jika Analyze Using (Analisis Menggunakan) diatur dengan
Samples Only (Sampel Saja), Sample Biological Group (Kelompok Biologis Sampel), atau BiologicalGroup Sample (Sampel Kelompok Biologis).
Perbedaan antara nilai yang dikoreksi dan tidak dikoreksi hanya dapat dilihat jika lengkung standar dibuat
sebagai bagian dari pengoperasian PCR waktu nyata. Perangkat lunak ini menggunakan tiga persamaan
untuk menentukan propagasi kesalahan:nStandard Error (Kesalahan Standar)nStandard Error (Kesalahan Standar) untuk Normalized Expression (Ekspresi Ternormalisasi)nStandard Error (Kesalahan Standar) untuk Normalized Gene of Interest (Gen Target Ternormalisasi)(target)Rumus untuk kesalahan standar adalah

Penjelasan:nn = Jumlah target referensi (gen)nSD = Standard deviation (standar deviasi)

Rumus kesalahan standar untuk faktor normalisasi di formula ekspresi ternormalisasi adalah

Penjelasan:nn = Jumlah target referensinSE = Standard error (Kesalahan Standar)n

NF = Normalization factor (Faktor normalisasi)n

RQ = Relative quantity (Kuantitas relatif)

Rumus kesalahan standar untuk gene of interest (GOI) (gen target) ternormalisasi adalah

Penjelasan:n

SE = Standard error (Kesalahan Standar)306 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Perhitungan Selang Kepercayaan untuk Analisis Kelompok Biologisn

GOI = Gene of interest (Gen target) (target tunggal)n

NF = Normalization factor (Faktor normalisasi)nn = Jumlah target referensi

Perhitungan Selang Kepercayaan untuk Analisis Kelompok
Biologis
Ketika melakukan analisis kelompok biologis (Analyze Using (Analisis Menggunakan) diatur ke BiologicalGroups Only (Hanya Kelompok Biologis)), selang kepercayaan dihitung untuk kuantitas relatif dan
ekspresi ternormalisasi yang relatif.
Selang kepercayaan dihitung dalam skala log berdasarkan t-distribusi dengan menggunakan rumus
berikut ini:

Penjelasan:n= Ekspresi rerata dari tingkat ekspresi skala log dari sampel dalam kelompok biologisnSD = standar deviasi dari tingkat ekspresi skala log dari sampel dalam kelompok biologisnn = jumlah sampel dalam kelompok biologisnt = diperoleh dari distribusi-t berdasarkan derajat kebebasan dan tingkat alfa
Catatan: Tingkat alfa dapat diatur dengan menggunakan bidang ambang batas nilai P pada tab
Graphing (Pembuatan Grafik).

Setelah selang kepercayaan dihitung, interval tersebut dikonversi ke skala linier dan disajikan dalam
Gene Expression Data Table (Tabel Data Ekspresi Gen) dan diagram batang pada tab Graphing(Pembuatan Grafik).

Perhitungan Diagram Kotak Garis
Diagram Kotak Garis menampilkan persebaran nilai ekspresi dalam kelompok biologis dengan mengatur
data sebagai nilai kuartil. Kuartil pertama dan ketiga ditunjukkan dengan lompatan naik dan turun dari
kotak, secara berturut-turut . Median ditampilkan sebagai garis panjang yang melintasi kotak. Titik
menunjukkan nilai non-outlier minimum dan maksimum di set data. Outlier adalah nilai yang melebihi
kuartil pertama danketiga sebesar 1,5 kali jarak antar-kuartil.

Panduan Pengguna | 307

Lampiran A Perhitungan Analisis Data

Catatan: Jika hanya ada satu sampel dalam kelompok biologis, sampel akan ditunjukkan sebagai
lingkaran tunggal, yang mengindikasikan poin data tunggal.
Diagram Kotak Garis berikut ini menunjukkan cara data ini direpresentasikan.

LEGENDA
1.

Outlier. Nilai outlier ini adalah > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Catatan: Letakkan kursor di atas lingkaran untuk melihat tooltip yang menampilkan nama
sampel dan kuantitas relatif atau informasi ekspresi ternormalisasi bergantung pada modeyang dipilih.

2.

Demarkasi non-outlier maksimum

3.

Kuartil atas/ketiga (Q3). 75% dari nilai ekspresi kurang dari Q3.

4.

Median, atau nilai paling tengah, nilai ekspresi berdasarkan peringkat

5.

Kuartil bawah/pertama (Q1). 25% dari nilai ekspresi kurang dari Q1.

6.

Demarkasi non-outlier minimum

7.

Outlier. Nilai outlier ini adalah < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

308 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lampiran B Jejak Audit
Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan membuat jejak audit untuk file studi data dan gen(masing-masing file .prcd dan .mgxd). Setiap perubahan yang dilakukan atau tindakan yang dilakukan
pada file secure data dan studi gen diambil pada jejak audit file saat file disimpan. CFX Maestro Dx SE
membuat jejak audit terpisah untuk setiap file.
Anda dapat memilih File > Save As (Simpan Sebagai) dan menyimpan data yang ditandatangani atau
tidak ditandatangani dan file studi gen ke folder lain atau dengan nama lain. File baru mewarisi jejak audit
dari file aslinya. Jejak audit untuk file baru juga menyertakan aktivitas Save As (Simpan Sebagai).
Perubahan atau tindakan yang dilakukan pada file baru diambil pada jejak auditnya sendiri. File asli
mempertahankan jejak auditnya, dari sana aktivitas selanjutnya diambil.
Event yang Dapat Diaudit pada halaman 311 mencantumkan event yang dapat diaudit yang ditangkap
oleh perangkat lunak.

Melihat Jejak Audit
Setiap jejak audit menampilkan informasi berikut:n

Detail header auditoFile Version (Versi file) - versi file yang disimpanoDate (Tanggal) - tanggal event yang dapat diaudit saat inioUser (Pengguna) - domain Windows dan nama pengguna dari pengguna yang masukoComment (Komentar) - komentar terakhir yang disimpanoSignature (Tanda tangan) - tanda tangan elektronik dari orang terakhir yang menandatanganifileoSignature Reason (Alasan tanda tangan) - alasan atas penandatangananoApplication (Aplikasi) - CFX Maestro Dx SEoApplication Version (Versi aplikasi) - versi saat ini dari CFX Maestro Dx SE

oFull User (Pengguna Penuh) - nama lengkap dari pengguna yang masukoMachine (Mesin) - komputer tempat CFX Maestro Dx SE terpasang

Panduan Pengguna | 309

Lampiran B Jejak Auditn

Detail perubahan auditoObject (Objek) - hal yang diubah (hal yang diaudit)o

Old value (Nilai lama) - nilai sebelumnyao

New Value (Nilai baru) - nilai yang baruoDescription (Deskripsi) - deskripsi perubahan

Untuk melihat jejak audituPada data terbuka atau file studi gen, pilih View (Lihat) > Audit Trail (Jejak Audit). Jejak audit file akan
muncul.

Secara default, data diurutkan berdasarkan tanggal dan waktu, dan semua event muncul dalamtampilan yang diperluas. Anda dapat memfilter tampilan berdasarkan nama pengguna dan objek,
dan menciutkan tampilan yang diperluas untuk mengurutkan berdasarkan bidang header apa pun
dengan mudah. Anda juga dapat melihat jejak audit sebagai laporan html.

Untuk mengurutkan berdasarkan nama penggunau

Pilih pengguna target dari daftar tarik turun User Name (Nama Pengguna).

Untuk mengurutkan berdasarkan objekuPilih target dari daftar tarik turun objek.

Untuk menyembunyikan deskripsi event yang lengkapuKlik Collapse All (Ciutkan Semua).

310 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Event yang Dapat Diaudit

Untuk mengurutkan data di tabel detail perubahanuKlik simbol berlian di header kolom data untuk melakukan pengurutan naik (A ke Z, angka terkecil keterbesar, atau paling awal hingga terbaru).

Untuk mencetak jejak audit
1.

Klik Laporan HTML untuk menampilkan jejak audit di peramban web.

2.

Di jendela peramban Anda, lakukan salah satu hal berikut:nPilih File > Print (Cetak).

n

Klik kanan pada laporan dan pilih Print (Cetak).

Event yang Dapat Diaudit
CFX Maestro Dx SE menangkap event yang dapat diaudit berikut ini dalam file studi data dan gen.

Event yang dapat diaudit selama menjalankann

Run Start Time (Waktu Mulai Pengoperasian)nPengeditan Run Time Plate (Waktu Pengoperasian Pelat)nPengeditan Run Time Protocol (Waktu Pengoperasian Protokol)n

Run End Time (Waktu Pengoperasian Berakhir)

Event yang dapat diaudit ketika file data dibuatnFile data yang dibuatnInterpolated Plate Reads yang ditambahkan oleh sistem

Event yang dapat diaudit ketika file data disimpan
n

Umum
o

Nama

o

Signing (Menandatangani)oPlate Setup (Pengaturan Pelat)oDisplay Wells (Tampilan Lubang-lubang Kecil)oFluorofor yang dianalisisoPengeditan PelatoMode Analisis

Panduan Pengguna | 311

Lampiran B Jejak Audit

o
n

n

n

n

n

PCR Active Well Group (Kelompok Lubang Kecil PCR)

Tab Quantification (Kuantifikasi)oLangkah aktifoSettings (Pengaturan) - Cq Mode determinasioSettings (Pengaturan) - Baseline Setting (Pengaturan Batas Dasar)o

Koreksi drift diterapkanoSettings (Pengaturan) - Cycles to Analyze (Siklus untuk Analisis)oSettings (Pengaturan) - Analysis Mode (Mode Analisis)oSettings (Pengaturan) - Baseline Threshold (Ambang Batas Dasar)

Tab Melt Curve (Kurva Leleh)oLangkah aktifoJenis puncak yang ditampilkanoAmbang batas analisis puncak

Tab Titik AkhiroFluorofor/target aktifoAkhiri siklus menjadi rata-rataoMetode perhitungan toleransioPersentase rentang

Tab Diskriminasi AlelikoFluorofor sumbu X dan Y.

oPilih nomor siklusoLihat peta perintah

Tab Ekspresi Gen - Semua plotoExperiment Settings (Pengaturan Eksperimen) - Referensi targetoExperiment Settings (Pengaturan Eksperimen) - Kontrol sampeloExperiment Settings (Pengaturan Eksperimen) - Efisiensi otomatisoExperiment Settings (Pengaturan Eksperimen) - Efisiensi

312 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Event yang Dapat Diaudit

n

n

n

n

Tab Gene Expression (Ekspresi Gen) - Pembuatan GrafikoMode AnalisisoData GrafikoSumbu XoSumbu Yo

Pilihan Scaling (Penskalaan)oBar kesalahanoPengali Bar KesalahanoAmbang batas Nilai P

Tab Gene Expression (Ekspresi Gen) - Clustergramo

Kluster MenurutoPisahkan replikasi

Tab Gene Expression (Ekspresi Gen) - Diagram sebaroKelompok Biologis KontroloKelompok Biologis EksperimentaloAmbang Batas Nilai Ekspresi

Tab Gene Expression (Ekspresi Gen) - ANOVAonn

Ambang batas Nilai P

Plate Setup (Pengaturan Pelat) - View/Edit Plate (Lihat/Edit Pelat)oSettings (Pengaturan) - Jenis PelatoSettings (Pengaturan) - UnitoAlat Pengeditan - Flip Plateo

Kelompok Lubang KeciloPelat fluorofor

Plate Setup (Pengaturan Pelat) - Ganti Pelat dan Terapkan File PrimePCRo

Impor Pengaturan Pelat

Panduan Pengguna | 313

Lampiran B Jejak Audit

Perubahan Audit untuk File Studi Gen
Umum
n

Nama

n

Tab Pengaturan StudionTambah/Hapus file data

Tab Analisis Studi

314 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lampiran C Integrasi LIMS
Anda dapat mengkonfigurasi Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan untuk digunakan
dengan sistem manajemen informasi laboratorium (LIMS). Untuk intergrasi LIMS, CFX Maestro Dx SE
memerlukan informasi penyiapan pelat yang dihasilkan oleh platform LIMS (file LIMS, *.plrn), sebuah file
protokol yang dibuat menggunakan CFX Maestro Dx SE (*.prcl), lokasi ekspor data yang telah ditentukan,
dan format ekspor yang telah ditentukan.
Setelah proses selesai, CFX Maestro Dx SE menghasilkan file data (.pcrd) dan menyimpannya ke lokasi
folder ekspor data yang ditentukan. CFX Maestro Dx SE juga dapat membuat file data yang kompatibel
dengan LIMS dalam format .csv dan menyimpannya ke lokasi yang sama.

Membuat File Data yang Kompatibel dengan LIMS
Lampiran ini menjelaskan cara menyiapkan perangkat lunak CFX Maestro Dx SE untuk membuat,
menyimpan, dan mengekspor file data yang kompatibel dengan LIMS.

Mengatur Folder LIMS dan Opsi Data Export (Ekspor Data)
Secara default, CFX Maestro Dx SE menyimpan protokol LIMS, file, dan file ekspor data ke folder ini:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
Anda dapat mengkonfigurasikan CFX Maestro Dx SE untuk menyimpan file ke folder lain, dan dapat
mengganti opsi ekspor untuk data LIMS.

Untuk mengatur folder LIMS dan opsi ekspor data
1.

Pada jendela Home (Beranda), Pilih Tools (Peralatan) > Options (Opsi).

2.

Di kotak dialog Options (Opsi), pilih Data Export Settings (Pengaturan Ekspor Data).

Panduan Pengguna | 315

Lampiran C Integrasi LIMS

3.

(Opsional) Pilih Automatically export LIMS data (ekspor data LIMS Otomatis) pada akhir
pengoperasian.
Perangkat lunak akan secara otomatis mengekspor data LIMS setelah setiap pengoperasian danmenyimpannya ke lokasi yang diinginkan.

4.

Untuk mengganti opsi ekspor default untuk data LIMS, klik LIMS Data Export Settings (Pengaturan
Ekspor Data LIMS).
Penting: Hanya data LIMS yang diekspor sebagai file .csv yang dapat diimpor kembali ke
CFX Maestro Dx SE.

5.

Dalam kotak dialog LIMS Data Export Format Settings (Pengaturan Format Ekspor Data LIMS), pilih
opsi ekspor yang diperlukan dan klik OK.

6.

Dalam kotak dialog Options (Opsi), navigasikan dan pilih folder default tempat Anda ingin
menyimpan file data LIMS. Anda dapat memilih lokasi yang berbeda untuk setiap jenis file:nProtokolnFile LIMSn

Ekspor Data

316 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Data yang Kompatibel dengan LIMS

7.

Klik OK untuk menyimpan perubahan dan tutup kotak dialog Options (Opsi).

Membuat Protokol LIMS
Untuk memulai pengaktifan LIMS, buat file protokol CFX Maestro Dx SE (*.prcl) dan simpan pada lokasi
folder protokol LIMS yang telah ditentukan.
Lihat Bab 7, Membuat Protokol untuk informasi lebih lanjut.

Membuat File LIMS
File LIMS (*.plrn) berisi detail penyiapan pelat dan nama file protokol. File ini dibuat oleh LIMS internal
Anda. CFX Maestro Dx SE menggunakan file LIMS untuk membuat sebuah file pelat untuk digunakan
dengan file protokol.
CFX Maestro Dx SE menyediakan file templat impor pelat yang dapat Anda edit untuk membuat file pelat
LIMS kustom.
Tip: Sebaiknya tugas ini dilakukan oleh orang yang ahli dalam LIMS.

Untuk membuat file LIMS
1.

Di jendela Home (Beranda), pilih View (Tampilan) > Show (Tampilkan) > LIMS File Folder (Folder
File LIMS).

2.

Buka folder LIMS Templates (Templat LIMS) dan pilih file .csv untuk diimpor ke LIMS internal Anda.

3.

Edit file templat dengan mengisi bidang yang wajib diisi pada Tabel 38.

4.

Lakukan salah satu dari hal-hal berikut ini:nGuna menyimpan perubahan Anda untuk digunakan pada masa mendatang, simpan filesebagai file .csv.

nUntuk menyimpan perubahan Anda dan segera menggunakan file, simpan file dengan ekstensi.plrn.

n

Simpan templat dengan ekstensi nama file .plrn ke folder LIMS File (File LIMS).

Penting: CFX Maestro Dx SE hanya dapat membuka file .plrn. Anda harus menyimpan file .csv
sebagai .plrn untuk mulai menjalankan LIMS.

Panduan Pengguna | 317

Lampiran C Integrasi LIMS

Tabel 38 . Definisi konten file .csv LIMS

Kolom
A

Baris
1

Deskripsi

KontenTujuanPlate Header (Judul Pelat)

Jangan editTelahditentukan

A,B,C

2

Field/Data/Instruction

Jangan edit

(Bidang/Data/Instruksi)
B

3

Version (Versi)Telahditentukan

Jangan editTelahditentukan

B

4

Plate Size (Ukuran Pelat)

Jangan editTelahditentukan

B

5

Plate Type (Jenis Pelat)

Masukkan “BR White,”

Harus diisi“BR Clear,” atau jenis
pelat yang telah
dikalibrasi lainnya
B

6

Scan Mode (Mode Pindai)

Masukkan “SYBR/FAM

Harus diisi

Only:,” “All Channels,”
atau “FRET”
B

7

Units (Unit)

Masukkan salah satu
dari berikut “copynumber,” “fold dilution,”“micromoles,”“nanomoles,”“picomoles,”“femtomoles,”“attomoles,” “milligrams,”“micrograms,”“nanograms,”“picograms,”“femtograms,”“attograms,” atau
“percent”

318 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Harus diisi

Membuat File Data yang Kompatibel dengan LIMS

Tabel 38 . Definisi konten file .csv LIMS, lanjutan

Kolom
B

Baris
8

Deskripsi

KontenTujuanRun ID (ID Pengoperasian)

Masukkan deskripsi

Opsional

pendek atau bar kodeyang mengidentifikasi
pengoperasian ini(maksimal 30 karakter,tidak boleh ada koma)
B

B

9

10

Run Notes (Jalankan

Masukkan deskripsi

Catatan)pengoperasian

Run Protocol (Jalankan

Masukkan nama file

Protokol)

protokol sama persis

Opsional

Harus diisi

dengan yang tercantum.
A

11

Data File (File Data)

Masukkan nama file data

Opsional

A

12-15

TBD/Empty (Akan

Jangan editTelahditentukan/Kosong)A

16

Plate Data (Data Pelat)

ditentukan
Jangan editTelahditentukanA

17-113Well Position (Posisi

Jangan edit

Lubang Kecil)
B-G

Telah
ditentukan

Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3

Masukkan satu nama zat

Dye, Ch4 Dye, Ch5 Dye,warna yang telah

FRETdikalibrasi (misalnya,

Harus diisi“FAM”) untup tiap
saluran yang digunakan
H

Sample Type (Jenis

Masukkan salah satu

Sampel)jenis sampel berikut ini

Harus diisi“Unknown,” “Standard,”“Positive Control,”“Negative Control,”“NTC,” atau “NRT”
I

Sample Name (NamaMasukkan nama sampel

Opsional

Sampel)Panduan Pengguna | 319

Lampiran C Integrasi LIMS

Tabel 38 . Definisi konten file .csv LIMS, lanjutan

Kolom
J-O

P

Q

Baris

Deskripsi

KontenTujuanCH1 Target, CH2 Target,

Masukkan nama target

Opsional

CH3 Target, CH4 Target,

untuk tiap saluran yang

CH5 Target, FRET Target

digunakan

Collection Name (NamaMasukkan nama set

Koleksi)biologis

Replicate (Replikasi)

Masukkan bilangan bulat

Opsional

Opsional

positif untuk setiap set
replika. Nilai tidak boleh
nol.
R-W

CH1 Quantity, CH2

Masukkan nilai kuantitas

Diperlukan

Quantity, CH3 Quantity,

untuk standar apa pun.

untuk semua

CH4 Quantity, CH5

Masukkan konsentrasi

standar

Quantity, FRET Quantity

dalam format desimal.

320 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Data yang Kompatibel dengan LIMS

Tabel 38 . Definisi konten file .csv LIMS, lanjutan

Kolom
X

Baris

Deskripsi

KontenTujuanWell Note (Catatan Lubang

Masukkan catatan

Opsional

Kecil)

lubang kecil (maksimal
20 karakter)
Catatan: Meskipun
CFX Maestro Dx SE
memiliki batas 20
karakter saatmemasukkan
catatan di Well Note
(Catatan Lubang
Kecil) melaluiperangkat lunak,bidang Well Note
(Catatan Lubang
Kecil) dapat berisi
hingga 500 karakter
jika disertakan
dalam file .plrn yang
diimpor. Namun,
CFX Maestro Dx SE
hanya akan
menampilkan 20
karakter pertama.
File .pcrd yangdiekspor akan berisi
semua karakter dibidang Well Note
(Catatan Lubang
Kecil), tidak ada
data yang hilang.

Y-AD

Ch1 Well Color, Ch2 Well

Masukkan warna ragam

Color, Ch3 Well Color, Ch4

jejak yang ditentukan

Well Color, Ch5 Well Color,

pengguna apa pun

FRET Well Colordalam format desimal

Opsionalbilangan bulat 32 bit(argb)

Panduan Pengguna | 321

Lampiran C Integrasi LIMS

Memulai Pengoperasian LIMS
Untuk memulai pengoperasian LIMS
1.

Lakukan salah satu hal berikut ini untuk membuka file .plrn LIMS:n

Di jendela Home (Beranda), pilih View (Lihat) > Show (Tampilkan) > LIMS File Folder (Folder
File LIMS) dan buka file .plrn target.

n

Di jendela Home (Beranda), pilih File > Open (Buka) > LIMS File dan buka file .plrn target.

File akan terbuka di tab Start Run (Mulai Pengoperasian) di wizard Run Setup (Penyiapan
Pengoperasian). Tab Start Run (Mulai Pengoperasian) menampilkan informasi tentang eksperimenyang akan dijalankan. Ini juga menampilkan blok instrumen yang terhubung atau blok tempat Anda
dapat menjalankan eksperimen.
2.

Di tab Start Run (Mulai Pengoperasian), pilih instrumen dan klik Start Run (Mulai Pengoperasian).

Mengekspor Data ke LIMS
Jika pengoperasian telah selesai, CFX Maestro Dx SE menghasilkan data file (.pcrd) lalu menyimpannya
ke lokasi folder ekspor data yang ditentukan.

Untuk mengekspor file data ke LIMSu

Buka file .pcrd dan pilih Export (Ekspor) > Export to LIMS Folder (Ekspor ke Folder LIMS).

322 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Membuat File Data yang Kompatibel dengan LIMS

Tip: Jika Anda memilih Automatically Export Data after Run (Ekspor Data secara Otomatis setelahPengoperasian) di LIMS Options (Opsi LIMS), CFX Maestro Dx SE akan membuat file data yang
kompatibel dengan LIMS dalam format .csv lalu menyimpannya di dalam folder yang sama.

Panduan Pengguna | 323

Lampiran C Integrasi LIMS

324 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lampiran D Pemecahan Masalah Perangkat
Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan
Apendiks ini memberikan saran untuk memecahkan masalah yang mungkin Anda temui saat
meningkatkan atau menjalankanPerangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan.

Daftar putih File dan Folder Perangkat Lunak CFX Maestro Dx,
Edisi Keamanan
Untuk melindungi dari virus dan malware, departemen IT Anda mungkin telah menerapkan langkahlangkah keamanan perangkat lunak yang sangat ketat. Tindakan ini dapat memengaruhi waktu untuk
meningkatkan atau menjalankan CFX Maestro Dx SE.
Untuk meningkatkan kinerja CFX Maestro Dx SE, Bio-Rad menyarankan agar departemen IT Anda
memasukkan file dan folder berikut ini ke dalam daftar putih pada pengaturan Firewall di perangkat lunak
antivirus yang terpasang di komputer CFX Maestro Dx SE:

FoldernC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Filen

Semua file .exe terletak di folder C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe dan Rscript.exe (terletak di folder C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\R\R-3.3.1\bin)Panduan Pengguna | 325

Lampiran D Pemecahan Masalah Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

Application Log (Log Aplikasi)
Sebelum memulai proses baru, sistem CFX Opus Dx memulai uji diagnostik mandiri untuk memverifikasi
bahwa sistem berjalan sesuai spesifikasi. Perangkat lunak mencatat hasil pengujian ini di file Application
Log (Log Aplikasi) dan Run Log (Log Pengoperasian). Jika Anda menyadari adanya masalah pada satu
atau beberapa eksperimen, buka run (pengoperasian) dan application logs (log aplikasi) untuk mencaritahu sejak kapan masalah dimulai.
CFX Maestro Dx SE Dx melacak informasi tentang status instrumen selama pengoperasian diApplication Log (Log Aplikasi). Gunakan log berikut untuk melacak kejadian yang terjadi pada instrumen
dan perangkat lunak, dan untuk pemecahan masalah.

Untuk membuka Application Log (Log aplikasi)uDi jendela Home (Beranda), pilih View (Lihat) > Application Log (Log Aplikasi).

Untuk melihat Log Aplikasi sebagai file HTML, klik tombol Laporan HTML.

326 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pemecahan Masalah

Mengambil File Log Aplikasi dan Firmware
Log aplikasi dan firmware berisi informasi yang merinci tindakan yang dilakukan selama penggunaan
perangkat lunak dan kinerja proses. Log ini juga merekam kesalahan perangkat lunak atau firmware yangterjadi selama pengoperasian perangkat lunak atau instrumen.

Untuk mengakses file log aplikasi dan firmware:1.

Di panel Instrumen Terdeteksi, klik kanan pada instrumen.

2.

Pilih Ambil File Log.

3.

Dalam dialog Telusuri Folder, pilih folder tujuan di jaringan Anda atau drive lokal tempat Anda ingin
menyimpan file log.
Catatan: Folder tersebut berjudul "Log."

4.

Klik OK untuk menyimpan file.
Penting: Menyimpan file log dengan nama file yang sama dengan file log yang ada akanmenimpa file log yang ada.

Pemecahan Masalah
Pada umumnya, masalah software dan komunikasi instrumen dapat diatasi dengan menyalakan ulang
komputer dan sistem. Pastikan untuk menyimpan pekerjaan yang sedang dikerjakan sebelum
menyalakan ulang.
Catatan: Verifikasi bahwa komputer memiliki RAM dan ruang disk yang cukup. RAM minimal adalah
4 GB dan ruang hard disk minimal adalah 128 GB.

Kegagalan Daya Listrik
Saat kegagalan daya listrik, instrumen dan komputer akan mati. Jika kegagalan daya listrik hanya
sebentar, instrumen akan melanjutkan pengoperasian protokol namun Application Log (Log Aplikasi)
akan menandai adanya kegagalan daya listrik. Tergantung pada pengaturan komputer dan durasi
matinya daya listrik, usaha instrumen dan perangkat lunak melanjutkan pengoperasian bergantung padalangkah protokol:nJika protokol berada dalam langkah tanpa bacaan pelat, protokol akan melanjutkan pengoperasiansegera setelah instrumen sudah menyala.

nJika protokol berada dalam langkah dengan bacaan pelat, instrumen akan menunggu perangkat
lunak memulai ulang dan melanjutkan komunikasi untuk mengumpulkan data. Dalam situasi ini,

Panduan Pengguna | 327

Lampiran D Pemecahan Masalah Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

protokol hanya akan melanjutkan jika perangkat lunak tidak dimatikan oleh komputer. Saat komputerdan perangkat lunak memulai kembali, protokol akan melanjutkan tugasnya.

Mentransfer File ke Komputer CFX Maestro Dx SE
Anda dapat mentransfer data dan file log yang terletak di instrumen ke hard drive yang terpasang padakomputer CFX Maestro Dx SE.
Tip: Semua file di folder data waktu nyata pada dasar instrumen ditransfer ke komputer.
Catatan: Dari instrumen CFX Opus Dx, Anda hanya dapat mentransfer file log. Semua file log pada
instrumen ditransfer ke komputer.

Untuk mengambil file dari instrumen
1.

Di panel Detected Instruments (Instrumen yang Terdeteksi) pada jendela Home (Beranda), klik
kanan instrumen target dan pilih Retrieve Log Files (Ambil File Log).

2.

Pilih lokasi folder untuk menyimpan file yang diambil.

3.

Klik OK.

Memasang Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan
Secara manual
Untuk memasang CFX Maestro Dx SE secara manual
1.

Jika perlu, putuskan semua sambungan instrumen dari komputer.
Cari dan putuskan sambungan kabel USB instrumen pada komputer CFX Maestro Dx SE. Ujungyang dimasukkan dalam instrumen boleh dibiarkan pada tempatnya.

2.

Masuk ke komputer CFX Maestro Dx SE dengan hak akses administratif.

3.

Masukkan drive USB CFX Maestro Dx SE ke port USB komputer.

4.

Pada Windows Explorer, cari dan buka drive USB CFX Maestro Dx SE.

5.

Buka folder CFX dan klik dua kali CFXMaestroDxSetup.exe untuk memasang CFX Maestro Dx SE.

6.

Ikuti petunjuk di layar untuk memasang perangkat lunak.
Setelah selesai, splash screen (layar splash) Bio-Rad Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi
Keamanan akan muncul pada layar komputer dan ikon Bio-Rad Perangkat Lunak CFX Maestro Dx,
Edisi Keamanan muncul pada desktop.

7.

, keluarkan drive USB perangkat lunak Dengan aman dan mulai CFX Maestro Dx SE.

328 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Pemecahan Masalah

Menginstal Ulang Driver
Untuk memasang ulang driver instrumenu

Di jendela Home (Beranda), pilih Tools (Peralatan) > Reinstall Instrument Drivers (Pasang Ulang
Driver Instrumen).

Catatan: Jika Anda memiliki masalah dengan perangkat lunak yang berkomunikasi dengan sistem
waktu nyata setelah Anda memasang ulang driver dan memeriksa koneksi USB, hubungi Dukungan
Teknis Bio-Rad.

Panduan Pengguna | 329

Lampiran D Pemecahan Masalah Perangkat Lunak CFX Maestro Dx, Edisi Keamanan

330 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Panduan Pengguna | 331

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

332 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Panduan Pengguna | 333

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

334 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Panduan Pengguna | 335

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

336 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveonamediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andPanduan Pengguna | 337

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the338 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Panduan Pengguna | 339

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this340 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Panduan Pengguna | 341

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

342 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Panduan Pengguna | 343

Lampiran E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products344 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Lampiran F Referensi
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

2.

Breslauer KJ et al. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3,746–3,750.

3.

Hellemans dkk. (2007), qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2,002–2,007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. Edisi ke-2 (New York:SAGE Publications, Inc.).

Minpack Copyright Notice (1999) University of Chicago. Hak cipta dilindungi undang-undang.
Redistribusi dan penggunaan dalam bentuk sumber dan biner, dengan atau tanpa modifikasi, diizinkan
apabila persyaratan berikut dipenuhi:
1.

Redistribusi kode sumber harus mempertahankan pernyataan hak cipta di atas, daftar ketentuan ini,
dan penyangkalan berikut.

2.

Redistribusi dalam bentuk biner harus menyalin pernyataan hak cipta di atas, daftar ketentuan ini,
dan penyangkalan berikut dalam dokumentasi dan/atau material lain yang diberikan bersama
distribusi.

3.

Dokumentasi pengguna akhir yang disertakan dengan redistribusi, jika ada, harus menyertakan
pernyataan resmi berikut:"Produk ini mencakup perangkat lunak yang dikembangkan oleh University of Chicago, sebagai Operator
Argonne National Laboratory."

Panduan Pengguna | 345

Lampiran F Referensi

346 | Perangkat Lunak CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Prancis
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135622 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122