遺伝性疾患と症状に対するデータベース開発の取り組み：SYMPHONIEの紹介	

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トーゴーの日シンポジウム2021	

大坪正史1) 、蓑島伸生2)�
1) 浜松医科大学・光尖端医学教育研究センター・光ゲノム医学研究室�
2) 光産業創成大学院大学・バイオフォトニクスデザイン分野�

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際ライセンス���©2021大坪正史（浜松医科大学）�

遺伝性疾患と症状に対するデータベース開発の取り組み �
1．�遺伝子疾患変異データベースMutationView
対象：�主に単一遺伝子疾患の原因遺伝子
データと表示：�各変異は症例単位で文献から収集し、頻度情報のヒストグラムとして遺伝子構造上に表現されている。
特記機能：�疾患名以外にも各症例が示す症状情報も収集し、変異の種類と症状の関連や、民族集団による変異出現頻度の差異などの情報を、リアルタイ
ムに分析・表示することを可能としている。
公開：�HTML5版であり、マルチデバイスからのアクセスが可能である。

2. 階層化データベースシステムSYMPHONIE
対象：�疾患の症状情報
データ：�疾患の症状情報を分類・階層化して、オントロジーを構築することで、(1) 症状及び患者のデータを使用した疾患の検索や絞り込みによる「診断支援機能」、(2) 各疾患の詳細情報および類縁疾患からの鑑別診断に有用な情報の「提示機能」を有する。
公開：現在は、システムの改訂をおこない公開を目指している。�
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MutationViewの主な機能と特徴：遺伝子へのアクセス�
A!

C!

B!

遺伝子数
疾患数
変異/多型データ (60543/3794)
文献数!463種!
!1008種!
!64,337件!
! 7,395報�

眼科関連 : 180 genes�(網膜色素変性、緑内障、角膜ジストロフィ)!
耳鼻科関連 : 59 genes (先天性聴覚障害)!
心臓疾患 : 34 genes (不整脈、心筋ミオパチー、心臓奇形)!
筋肉疾患 : 35 genes (DMD、福山型筋ジストロフィー)!
骨：47 genes (頭頂骨異形成症、毛髪鼻指節骨異形成症)!
脳･神経疾患 : 88 genes�(Parkinson病、Alzheimer病)!
癌 : 61 genes�(乳癌、網膜芽細胞腫)!
血液疾患 : 46 genes (慢性骨髄性白血病、シトルリン血症)!
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腎臓疾患 : 27 genes(Bartter症候群、尿細管性アシドーシス)!
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遺伝子構造と変異症例数の表示�
B!

A1!

C2!
A2!
C1!
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各遺伝子情報による絞り込み：Classify機能�
遺伝子の変異を、データ拡張情報（人種,	
 疾患,	
 発症時期,	
 症状など）で分類表示できる。また、データのフィルタリング（特定の群の変異を表示から除外する機能）にも用いることが出来る。加工評価表示機能。	
 統計機能１)	
 分類,	
 フィルタリング,	
 再計算	
 

２)	
 グループ化	 Licensed under a Creative Commons 表示4.0国
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例.	
 遺伝子内の変異による疾患の違い（FGFR3)	
 致死性骨異形成症や軟骨無形成症および軟骨低形成症のように、複数の疾患が同一の遺伝子（FGFR3）の異なる変異に起因する例。	
 Thanatophoric Dysplasia (致死性異形成症)�

�※通常周産期致死性�
・顕著な四肢短縮型小人症�
・湾曲した四肢（受話器様の大腿骨etc.）�
・鼻根部陥没を伴った比較的大きな頭�
Achondroplasia（軟骨形成不全）�
・狭い胸郭と呼吸困難��※通常非致死性�
2型：大腿骨彎曲が少なく、ｸﾛｰﾊﾞｰ形頭蓋を伴う�
・出生後1年の間に著明となる低身長�
・四肢短縮型小人症（軽度彎曲、上腕の短縮）�
・特有な顔貌と頭�・三尖手（trident hand）�
・頭蓋・脊柱・骨盤の特有なX線所見�

Hypochondroplasia（軟骨低形成症）�
�・症状発現が幼児期以降�
�・近位四肢短縮型小人症�
�・低身長と四肢変形がより軽度���（顔貌正常、三尖手(-)）�
�・重症から軽症まで連続的で多様�

変異と活性の関連:[TD TypeI] [ACH] [HCH] [TD Type II]	

�Mutation:
R248C G380R N540K
K650E	

FGFR3 activity (FGF(-)) : 117%
21%
(15%)
64%	

FGFR3 activity (FGF(+)): 108%
107%
(98%)
267%	

Hypochondroplasia	

Achondroplasia	

 Thanatophoric Dysplasia Type II	Thanatophoric Dysplasia Type I	Licensed under a Creative Commons 表示4.0国
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６つのカテゴリーの疾患付加情報を階層的に体系化して表示	

SYMPHONIEウィンドウ	

項目名

起動すると以下の３つのウィンドウが表示される。	

意味

Symptom

主訴となる症状

Anatomy疾患の関連する体の部位・臓器

Age Groups

疾患発症年齢Episode疾患に関連するエピソード

Physical Finding

身体所見

Laboratory Finding

検査所見

疾患を体系的な階層構造で表示	

このウィンドウの臓器や器官をスタート
として検索を開始することができる	

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SYMPHONIE構成�

人体図上の臓器・器官名からの主訴、検査法、所見、疾患の各項目の絞り込み�

・主訴、検査項目(結果)情報による疾患の確定	

・疾患の主訴、検査鑑別法、その他情報の便覧	

・(類型疾患の鑑別に有効な検査法・症状の検索)	

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オントロジーの構築：症状情報の階層化

クラスアノテーション：
付帯情報を定義する	

クラス一覧：
階層表示	

クラス制約条件：
クラスの必要条件や十分条
件を定義する	ClassやPropertyをマウス操作によって簡単に作成・編集することができる	
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際ライセンス���©2021大坪正史（浜松医科大学）�

Internet Address

MutationView
SYMPHONIE

http://mutationview.jp
未公開

研究助成	
1) 公開促進費（重点データベース）：H15〜19年度
2) 公開促進費（データベース）：H22〜27年度、
3)〃：H28〜30年度採択を継続
4)〃：R2〜3年度、採択（いずれもMutationViewについて）

システム開発：株式会社カイ	

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