PCR em tempo real

Software CFX Maestro Dx SE
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Revisão do manual: Maio de 2022
Revisão do software: 2.3

Guia do usuárioVersão 2.3

CFX Maestro Dx Software, Security
Edition
Guia do usuárioVersão 2.3

Suporte técnico da Bio-Rad™
O departamento de suporte técnico da Bio-Rad no Brasil está aberto de segunda-feira a sexta-feira, das 7:00
às 18:00, horário de Brasília.
Telefone: 4004-0399 para capitais e regiões metropolitanas; 0800 880 0092 para demais regiões. Opção 1.
E-mail: suportecientifico@bio-rad.com (apenas para Brasil)
Para assistência técnica fora dos EUA e Canadá, entre em contato com o suporte técnico local ou clique nolink Contact us (Contato) em bio-rad.com.

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Indicação de uso

Indicação de uso
O Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx™ com CFX Maestro Dx Software, Security EditionTM
destina-se a realizar PCR baseado em fluorescência para detectar e quantificar sequências de ácidos
nucleicos. Os sistemas e softwares são destinados ao uso diagnóstico in vitro por técnicos de laboratório
treinados. Os sistemas destinam-se a ser utilizados com testes de ácido nucleico de diagnóstico deterceiros que tenham sido fabricados e rotulados para fins de diagnóstico.

Conjunto de símbolos

Fabricante

Número de lote

Usado por

Para uso em diagnóstico in vitro

Limite de temperatura

Número de catálogo

Consulte as instruções de uso

Número de testes

Para usar com

Número de série

Apenas para uso com receita

Contém látex

Guia do usuário | iii

Marcação CE - Regulação(UE) 2017/746 IVDR

Traduções
Os documentos do produto podem ser fornecidos em outros idiomas em mídia eletrônica.

iv | Software CFX Maestro Dx SE

Histórico de revisão

Histórico de revisão
Documento

Data

Descrição da alteração

Guia do usuário do

Dezembro deVer. A, versão inicial

CFX Maestro Dx Software,

2020

Security Edition, 2.0(Doc ID #10000135641)
Guia do usuário do
CFX Maestro Dx Software,

Maio de 2022

n Atualizado para oferecer suporte ao CFX Opus
Deepwell Dx

Security Edition, 2.3

n Tabela de conjunto de símbolos atualizada(Doc ID #10000135641)

n Adicionada nota de segurança cibernética àIntrodução

Guia do usuário | v

vi | Software CFX Maestro Dx SEÍndice
Indicação de uso

iii

Conjunto de símbolosiii

Traduções

iv

Histórico de revisão

v

Conformidade regulatória e de segurança

17

Etiquetas com aviso de segurança

17

Conformidade regulatória e de segurança

19

Conformidade de segurança

19

Compatibilidade eletromagnética (EMC)

20

Avisos e observações de EMC

21

Requisitos ambientais

22

Riscos23

Riscos biológicos

23

Riscos químicos

25

Riscos explosivos ou de inflamabilidade

25

Riscos elétricos

26

Transporte

26

Bateria

26

Descarte

26

Garantia

26

Capítulo 1 Introdução

27

Principais características do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

29

Mais informações

29

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

31

Requisitos de sistema

32

Como instalar o software CFX Maestro Dx SE

34

Detectar os instrumentos conectados

35

Arquivos de software

36

Guia do usuário | vii

ÍndiceCapítulo 3 Gerenciar contas de usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition37
Iniciar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

38

Adicionar usuários do Microsoft Windows ao computador do CFX Maestro Dx Software, Security
Edition40

Adicionar e remover usuários do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

42

Gerenciar as funções do usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

44

Visualizar sua função e permissões

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Arquivos seguros

Capítulo 5 O espaço de trabalho

45

47
47

57

A janela Home (Início)58

O Startup Wizard (Assistente de inicialização)59

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo)60

A janela Plate Editor (Editor de placa)

61

A janela Data Analysis (Análise de dados)62

Capítulo 6 A janela Home (Início)A janela Home (Início)63
64

Comandos do menu File (Arquivo)

65

Comandos do menu View (Exibir)

65

Comandos do menu User (Usuário)66

Comandos do menu Run (Executar)

67

Comandos do menu Tools (Ferramentas)

67

Comandos do menu Help (Ajuda)

68

Comandos da barra de ferramentas

69

O Startup Wizard (Assistente de inicialização)70

Barra de status

70

Painel Detected Instrument (Instrumentos detectados)

71

Visualizar as propriedades de um instrumento

74

Antes de começar

76

Criar uma mistura-mestre de reação

76

Calibrar novos corantes

78

Configurar as preferências do usuário

81

viii | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceCapítulo 7 Criar protocolos

99

Parâmetros e intervalos para etapas de protocolo

100

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)

102

Comandos do menu File (Arquivo)

103

Comandos do menu Settings (Configurações)103

Comandos do menu Tools (Ferramentas)

103

Comandos da barra de ferramentas

103

Controles de edição de protocolo

104

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

108

Abrir um novo arquivo de protocolo no Protocol Editor (editor de protocolo)

108

Abrir um protocolo existente no Protocol Editor (Editor de protocolo)

110

Configurar um novo protocolo

111

Adicionar etapas em um protocolo

113

Inserir uma etapa de gradiente

114

Inserir uma etapa GOTO (IR PARA)

115

Inserir uma etapa Melt Curve (Curva de fusão)116

Adicionar ou remover uma etapa de leitura de placa

118

Alterar opções de etapa

118

Excluir uma etapa

119

Copiar, exportar ou imprimir um protocolo

119

Criar um protocolo com o Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo)

120

Usar a Ta Calculator (Calculadora Ta)

122

Sobre a Ta Calculator (Calculadora Ta)

Capítulo 8 Preparar placas

122

127

Janela do Plate Editor (Editor de placa)

128

Comandos do menu File (Arquivo)

128

Comandos do menu Edit (Editar)

129

Comandos do menu Settings (Configurações)129

Editar os comandos do menu Tools (Ferramentas)

130

Comandos da barra de ferramentas

130

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

132

Abrir um novo arquivo de placa no Plate Editor (Editor de placa)

132

Abrir um arquivo de placa existente no Plate Editor (Editor de placa)

134

Configurar um novo arquivo de placa

135

Guia do usuário | ixÍndice

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa

143

Atribuir um alvo a poços

143

Atribuir um nome de amostra a poços

146

Atribuir grupos biológicos a poços

147

Atribuir números de réplicas técnicas a poços

149

Atribuir uma série de diluição a tipos de amostra padrão

151

Copiar o conteúdo de um poço para outro

152

Adicionar uma observação a um poço

153

Limpar todo o conteúdo dos poços

153

Alterar configurações do experimento

155

Criar grupos de poços

158

Alterar estilos de traço

160

Visualizar, exportar e importar a placa em formato de planilha

162

Criar um layout de placa usando o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração de placa)

164

Usar o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração de placa)

Capítulo 9 Executar experimentos
A janela Run Setup (Configuração de corrida)
Acessar a janela Run Setup (Configuração de corrida)

164

167
168
169

Guia Protocol (Protocolo)

170

Guia Plate (Placa)

173

Guia Start Run (Iniciar corrida)

176

Executar um experimento

177

Caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida)

179

Guia Run Status (Status de corrida)

179

Guia Real-time Status (Status em tempo real)

182

Guia Time Status (Status de tempo)

185

Realizar experimentos PrimePCR

186

Transferir dados autônomos para análise

188

Transferir dados por e-mail188

Transferir dados de um Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx

188

Transferir dados usando o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

190

Transferir dados usando uma unidade USB

190

Transferir dados usando uma unidade de rede compartilhada com o Sistema de PCR em tempo
real CFX Opus Dx
191

x | Software CFX Maestro Dx SEÍndice

Criar um arquivo de dados

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados
Janela Data Analysis (Análise de dados)

191

193
193

Barra de ferramentas de análise de dados

194

Barra de menu da Data Analysis (Análise de dados)

195

Detalhes das guias

199

Seletor de número de etapa

199

Visualizar grupos de poços na Data Analysis (Análise de dados)

200

Alterar conteúdos de poços após uma corrida

200

Configurações de análise de dados

202

Ajustar o limiar

202

Configurações de linha de base202

Modo de análise

203

Ciclos para análise

204

Seletor de poço

205

Itens de menu de clique com o botão direito do mouse do seletor de poço

206

Excluir temporariamente os poços da análise

207

Gráficos

208

Ferramentas de gráfico

208

Ampliar uma área no gráfico

216

Copiar gráficos para um arquivo da Microsoft

216

Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para gráficos

216

Planilhas
Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para planilhas
Exportar

218
218
220

Exportar todas as folhas de dados

220

Exportar arquivos RDML

221

Criar um arquivo de exportação personalizado

222

Exportar para uma pasta LIMS

224

Exportar dados formatados para o Seegene

224

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

225

Guia Quantification (Quantificação)226

Opções de fluoróforos

226

Caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço)

227

Guia do usuário | xiÍndiceOpção Log Scale (Escala logarítmica)

228

Gráfico de Curva padrão

229

Opções de menu do gráfico Amplification (Amplificação)230

Planilha da guia Quantification (Quantificação)230

Guia Quantification Data (Dados de quantificação)232

Planilha Results (Resultados)

232

Planilha Standard Curve Results (Resultados de curva padrão)234

Planilha Plate (Placa)

235

Planilha RFU

236

Guia Melt Curve (Curva de fusão)Ajustar os dados da curva de fusão
Guia Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)

237
239
240

Planilha Melt Peaks (Picos de fusão)240

Planilha Plate (Placa)

241

Planilha RFU

242

Planilha -d(RFU)/dT

243

Guia End-point

244

Dados de resultados

245

Ajustar a análise de dados de end-point

247

Planilha RFU para análise de end-point

247

Guia Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

248

Ajuste de dados para discriminação alélica

249

Opções de menu do gráfico

250

Planilha Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

250

Guia Custom Data View (Visualização de dados personalizada)
Criar uma visualização de dados personalizada
Guia QC (CQ)

252
253
254

Alterar os critérios de CQ

254

Excluir poços reprovados no CQ

255

Guia Run Information (Informações de corrida)

256

Relatórios de análise de dados

257

Categorias de relatórios de análise de dados

258

Criar um relatório de análise de dados

262

Criar relatórios de grupo de poços

264

xii | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceCapítulo 12 Análise de expressão gênica

265

Configuração de placa para análise de expressão gênica

265

Configuração de placa orientada

266

Gráficos de expressão gênica

267

Gráficos

268

Alterar e anotar a Chart View (Visualização de gráfico)

270

Ajustar os dados de expressão gênica

276

Configurações de experimento278Opções do menu de clique com o botão direito

280

Planilha de dados281Opção Show Details (Mostrar Detalhes)

283

Clustergrama

285

Configurações

285

Opções de menu de clique com o botão direito

285

Planilha de dados

286

Gráfico de dispersão

287

Configurações

287

Opções de menu de clique com o botão direito

287

Planilha de dados

288

Planilha Results (Resultados)

289

Estudo de genes

290

Calibração entre corridas

290

Caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes)

291

Guia Study Setup (Configuração de estudo)291

Preparar um estudo de genes

292

Guia Study Analysis (Análise de estudo)

293

Categorias de relatórios Gene Study (Estudo de genes)

294

Criar um relatório Gene Study (Estudo de genes)

297Apêndice A Cálculos de análise de dados

299

Eficiência da reação

299

Quantidade relativa

299

Quantidade relativa quando um controle é selecionado

300

Desvio padrão da quantidade relativa

300

Eficiência corrigida Cq (CqE)

301

Guia do usuário | xiiiÍndice

Cq de eficiência média corrigida (MCqE)

301

Expressão normalizada

302

Expressão e quantidade relativa para grupos biológicos

303

Expressão normalizada quando um controle for selecionado

303

Desvio padrão para a expressão normalizada

304

Expressão normalizada dimensionada para o nível mais alto de expressão

305

Expressão normalizada dimensionada para o nível mais baixo de expressão

305

Expressão normalizada dimensionada para o nível médio de expressão

305

Desvio padrão para a expressão normalizada dimensionada

307

Barras de erro para desvio padrão (lg) e erro padrão da média (lg)308

Alteração de dobra

309

Fórmulas de valor corrigidas

310

Cálculo do intervalo de confiança para análise de grupo biológico

311

Cálculos de gráficos Box-and-Whisker

311Apêndice B Trilhas de auditoria

313

Visualizar trilhas de auditoria

313

Eventos auditáveis

315Apêndice C Integração LIMS
Criar arquivos de dados compatíveis com o LIMS

319
319

Configurar a pasta e as opções de exportação de dados LIMS

319

Criar um protocolo LIMS

321

Criar um arquivo LIMS

321

Iniciar uma corrida LIMS

327

Exportar dados para um LIMS

328Apêndice D Solução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition

329

Adicionar arquivos e pastas do CFX Maestro Dx Software, Security Edition à lista de permissões 329
Log do aplicativo
Recupera arquivos de log de aplicativo e firmware

330
331

Solução de problemas

331

Falta de energia

331

Transferir arquivos para o computador do CFX Maestro Dx SE

332

Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition manualmente

332

Reinstalar os drivers

333

xiv | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceApêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

335

Software Notices

336

ZedGraph

336Standard Open License Text
LGPL-2.1

Apêndice F Referências

336
336

349

Guia do usuário | xv

Índicexvi | Software CFX Maestro Dx SE

Conformidade regulatória e de segurança
Os sistemas de PCR em tempo real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx e CFX Opus Deepwell Dx(conhecidos neste guia como Sistema CFX Opus Dx) aquecem e resfriam muito rapidamente durante a
operação. Para a operação segura do sistema de PCR em tempo real, a Bio-Rad recomenda seguir as
especificações de segurança listadas nesta seção e em todo este manual.

Etiquetas com aviso de segurança
Etiquetas de aviso colocadas no Sistema CFX Opus Dx e neste manual avisam sobre fontes deferimentos ou danos. A Tabela 1 define cada etiqueta com aviso de segurança.
Tabela 1. Avisos gerais de segurança

Ícone

Significado
Operar o Sistema CFX Opus Dx antes de ler este manual pode constituir um risco
de ferimento pessoal. O uso deste instrumento de uma maneira não especificada
neste manual ou pela Bio-Rad poderá fazer com que os recursos de proteção doinstrumento sejam prejudicados ou desativados.
Não há riscos biológicos ou radioativos associados ao sistema Sistema CFX Opus
Dx. Esses riscos só se tornam uma preocupação quando são introduzidos nosistema por meio das amostras que estão sendo testadas. Ao manusear amostras
com risco biológico ou radioativo, siga as precauções e diretrizes recomendadas
específicas para o seu laboratório e localização. Essas diretrizes devem incluir
métodos de limpeza, monitoramento e descarte para os materiais perigosos em
uso.
Além disso, conforme identificado acima, há um pequeno risco de explosão ou de
expulsão de líquidos ou vapores dos recipientes de amostra. Ao trabalhar com
materiais perigosos, o risco de ferimentos causados por material expelido éagravado pelo próprio risco de dispersão dos materiais perigosos dentro e ao
redor do instrumento. Os usuários devem tomar as precauções adequadas para
tal situação.

Guia do usuário | 17

Conformidade regulatória e de segurança

Tabela 1. Avisos gerais de segurança, continuação

Ícone

Significado
O Sistema CFX Opus Dx opera em temperaturas altas o suficiente para causar
queimaduras graves. Sempre permita que o bloco de amostra retorne àtemperatura ambiente antes de abrir a tampa e remover as amostras. Mesmo
depois de o bloco de amostra esfriar, as áreas circundantes, bem como a placa deaquecimento, podem permanecer quentes por algum tempo. Em situações ondenão há tempo suficiente para permitir que o instrumento esfrie, o uso deequipamentos de proteção, como luvas térmicas ou “luvas de forno”, érecomendado.
A segurança e o desempenho de qualquer sistema que incorpore um Sistema CFX
Opus Dx é de responsabilidade exclusiva do montador do sistema.

Durante a operação normal, o Sistema CFX Opus Dx pode ficar quente osuficiente para fazer com que os líquidos nas amostras fervam ou evaporem,
pressurizando os recipientes de amostra. Existe a possibilidade de falha dos
recipientes de amostra, levando a vazamentos, pulverização de fluido ou ruptura
explosiva e à dispersão de vapores ou líquidos dentro e ao redor do instrumento.
Os usuários devem sempre operar o instrumento com a tampa fechada ou usaróculos de proteção, luvas térmicas e outros equipamentos de proteção individual
durante a operação para evitar ferimentos. Abrir o instrumento enquanto as
amostras ainda estão quentes, como após cancelar uma corrida, pode fazer comque os recipientes pressurizados vazem, pulverizem ou jorrem líquido. Sempre
deixe as amostras esfriarem antes de abrir a tampa.
Os usuários nunca devem executar uma reação com uma tampa ou vedação que
esteja aberta, solta, perfurada ou danificada, pois isso aumenta a probabilidade deruptura ou explosão.
Os usuários nunca devem executar uma reação com reagentes voláteis que
possam aumentar a probabilidade de ruptura ou explosão.

18 | Software CFX Maestro Dx SE

Conformidade regulatória e de segurança

Conformidade regulatória e de segurança
Conformidade de segurança
Sistema CFX Opus Dx foi testado e considerado em conformidade com todos os requisitos aplicáveis dos
seguintes padrões eletromagnéticos e de segurança:n

IEC 61010-1:2010 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Parte 1: Requisitos geraisn

IEC 61010-2-010:2019 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição,controle e uso de laboratório — Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamentos delaboratório para aquecimento de materiaisn

IEC 61010-2-081:2019 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição,controle e uso de laboratório — Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos delaboratório automáticos e semiautomáticos para análise e outros finsn

IEC 61010-2-101:2018 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição,controle e uso de laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamentos médicos
para diagnóstico in vitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos paramedição, controle e uso de laboratório, Parte 1: Requisitos geraisn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos paramedição, controle e uso de laboratório, Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamentos delaboratório para aquecimento de materiaisn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos paramedição, controle e uso de laboratório, Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos delaboratório automáticos e semiautomáticos para análise e outros finsn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos paramedição, controle e uso de laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamentos
médicos para diagnóstico in vitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório, Parte 1: Requisitos gerais

Guia do usuário | 19

Conformidade regulatória e de segurançan

EN 61010-2-010:2014 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle
e uso de laboratório — Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório paraaquecimento de materiaisn

EN 61010-2-081:2015 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle
e uso de laboratório — Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório
automáticos e semiautomáticos para análise e outros finsn

EN 61010-2-101:2017 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle
e uso de laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamentos médicos paradiagnóstico in vitro (IVD)n

UL 61010-1:2012 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Parte 1: Requisitos geraisn

UL 61010-2-010:2019 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle
e uso de laboratório — Parte 2-010: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório paraaquecimento de materiaisn

UL 61010-2-081:2019 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle
e uso de laboratório — Parte 2-081: Requisitos particulares para equipamentos de laboratório
automáticos e semiautomáticos para análise e outros finsn

UL 61010-2-101:19 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Parte 2-101: Requisitos particulares para equipamentos médicos paradiagnóstico in vitro (IVD)

Compatibilidade eletromagnética (EMC)
Sistema CFX Opus Dx foi testado e considerado em conformidade com todos os requisitos aplicáveis dos
seguintes padrões eletromagnéticos:n

IEC 61326-1:2012 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Requisitos da EMC — Parte 1: Requisitos gerais. Testado como um dispositivo
de Classe An

IEC 61326-2-6:2012 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Requisitos da EMC — Parte 2–6: Requisitos particulares — Equipamentos
médicos para diagnóstico in vitro (IVD)

20 | Software CFX Maestro Dx SE

Conformidade regulatória e de segurançan

EN 61326-1:2013 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Requisitos da EMC — Parte 1: Requisitos gerais. Testado como um dispositivo
de Classe An

EN 61326-2:-6:2013 Requisitos de segurança para equipamentos elétricos para medição, controle e
uso de laboratório — Requisitos da EMC — Parte 2–6: Requisitos particulares — Equipamentos
médicos para diagnóstico in vitro (IVD)nParte 15, subparte B, seções 15.107 e 15.109 da FCC. Testado como um dispositivo digital Classe An

CAN ICES-003v6:2019 Norma de equipamentos causadores de interferência, equipamento detecnologia da informação (incluindo aparelho digital) — Limites e métodos de medição. Testado paraos limites da Classe A

Avisos e observações de EMC
n

Aviso: alterações ou modificações desta unidade que não sejam expressamente aprovadas pela
Bio-Rad podem anular a autoridade do usuário para operar o equipamento.

nObservação: este equipamento foi testado e está em conformidade com os limites para dispositivos
digitais de Classe A, conforme a parte 15 das regras da FCC. Esses limites foram estabelecidos para
oferecer proteção razoável contra interferência nociva quando o equipamento é operado em
ambiente comercial. O equipamento gera, usa e pode irradiar energia de radiofrequência e, se nãofor instalado e utilizado de acordo com o manual de instruções, pode causar interferência prejudicial
em comunicações via rádio. A operação deste equipamento em uma área residencial é provável decausar interferência nociva, caso no qual o usuário deverá corrigir a interferência por seus próprios
recursos.

nObservação sobre a conformidade FCC: embora este instrumento tenha sido testado e julgado
em conformidade com a parte 15, subparte B das Regras da FCC para um dispositivo digital deClasse A, observe que esta conformidade é voluntária, pois o instrumento se qualifica como um“dispositivo isento” sob 47 CFR 15.103(c), com relação aos regulamentos da FCC citados em vigor
no momento da fabricação.

nObservação relativa a cabos: este instrumento foi testado quanto à conformidade EMC usando
cabos USB especialmente projetados, que são fornecidos com o instrumento. Esses cabos, ou
substitutos autorizados pela Bio-Rad, devem ser usados com este instrumento para garantir aconformidade contínua com os limites de emissões EMC.

Guia do usuário | 21

Conformidade regulatória e de segurança

Requisitos ambientais
O Sistema CFX Opus Dx foram projetados para operação segura nas condições ambientais listadas natabela a seguir.
Tabela 2. Requisitos ambientais do Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx

Parâmetro

Especificação

Ambiente

Apenas para uso interno

Altitude operacional

Até 2.000 metros acima do nível do mar

Temperatura ambiente

15–31 °C*

Temperatura de transporte e–20° a 60°C**

armazenamento–4 a 140 °F

Umidade relativa

20–80% (sem condensação)***Potência operacional

100–240 VCA ±10%, 50/60 Hz, 850 W máx.

Flutuação da tensão de alimentação da rede±10%

elétrica
Uso máximo de alimentação

<850 watts

Fusíveis

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, fusão rápida (qtd. 2)

Categoria de sobretensão

II

Grau de poluição

2*A operação do instrumento fora dessa faixa de temperatura pode não atender às especificações dedesempenho. Uma temperatura ambiente entre 5 e 40 °C é considerada segura.
**Armazene e transporte o instrumento em sua embalagem de envio para cumprir essas condições detemperatura.
***A operação do instrumento a 4 °C deve ser limitada a 18 horas nessas condições. Podem serrealizadas esperas a 4 °C por até 72 horas se a umidade for inferior a 60% (sem condensação).

22 | Software CFX Maestro Dx SE

Riscos

RiscosO Sistema CFX Opus Dx foi projetado para operar com segurança quando usado da maneira prescrita
pelo fabricante. Se o sistema ou qualquer um de seus componentes associados for usado de maneiranão especificada pelo fabricante, a proteção inerente fornecida pelo instrumento poderá ser prejudicada.
A Bio-Rad não é responsável por qualquer lesão ou dano causado pelo uso deste equipamento dequalquer maneira não especificada, ou por modificações no instrumento não realizadas pela Bio-Rad ou
por um agente autorizado. Reparos no Sistema CFX Opus Dx devem ser realizados somente por pessoal
treinado pela Bio-Rad.

Riscos biológicos
O Sistema CFX Opus Dx é um produto de laboratório. Porém, se houver presença de materiais que
sejam potenciais riscos biológicos, siga as diretrizes abaixo e cumpra qualquer diretriz local específica
para seu laboratório e localidade:Observação: nenhuma substância de risco biológico é emitida durante operações normais deste
instrumento.

Precauções geraisnSempre use luvas de laboratório, jaleco e óculos de segurança com proteção lateral ou óculos deproteção.

nMantenha as mãos longe da boca, nariz e olhos.

nProteja completamente qualquer corte ou arranhão antes de trabalhar com materiais potencialmente
infecciosos.

nLave bem as mãos com água e sabão depois de trabalhar com qualquer material potencialmente
infeccioso antes de sair do laboratório.

nRetire relógios de pulso e joias antes de trabalhar na bancada.

nArmazene todos os materiais infecciosos ou potencialmente infecciosos em recipientes inquebráveis
à prova de vazamentos.

nAntes de sair do laboratório, remova os trajes de proteção.

nNão use as mãos com luvas para escrever, atender ao telefone, acender a luz ou tocar algo que
outras pessoas podem tocar sem luvas.

nTroque as luvas com frequência. Retire as luvas imediatamente quando estiverem visivelmentecontaminadas.

Guia do usuário | 23

Conformidade regulatória e de segurançanNão exponha materiais que não podem ser devidamente descontaminados a material
potencialmente infeccioso.

n

Ao concluir uma operação que envolva material que represente risco biológico, descontamine a áreade trabalho com um desinfetante apropriado (uma solução de alvejante doméstico 1:10, por
exemplo).

24 | Software CFX Maestro Dx SE

Riscos

Descontaminação de superfíciesAVISO! Para evitar choque elétrico, sempre desligue e desconecte o instrumento antes
de realizar os procedimentos de descontaminação.

As seguintes áreas podem ser limpas com qualquer desinfetante bactericida, virucida ou fungicida do
hospital:nTampa exterior e chassinSuperfície interna do bloco de amostra e poços do bloco de amostranPainel de controle e tela

Para preparar e aplicar o desinfetante, consulte as instruções fornecidas pelo fabricante do produto. Lavesempre os poços do bloco de amostra e o bloco de amostra várias vezes com água após aplicar um
desinfetante. Seque bem o bloco de amostra e os poços do bloco de amostra após enxaguar com água.
Importante: não use detergentes abrasivos ou corrosivos ou soluções alcalinas fortes. Esses
agentes podem arranhar superfícies e danificar o bloco de amostra, resultando em perda de controletérmico preciso.

Descarte de materiais que representam risco biológico
Descarte os seguintes materiais potencialmente contaminados de acordo com os regulamentos locais,regionais e nacionais de laboratório:nAmostras clínicas

nReagentes

nFrascos de reação usados ou outros consumíveis que podem estar contaminados

Riscos químicos
O Sistema CFX Opus Dx não contém materiais químicos potencialmente perigosos.

Riscos explosivos ou de inflamabilidade
O Sistema CFX Opus Dx apresenta riscos incomuns relacionados à inflamabilidade ou explosão quando
usado de maneira adequada conforme especificado pelos Laboratórios Bio-Rad.

Guia do usuário | 25

Conformidade regulatória e de segurança

Riscos elétricos
O Sistema CFX Opus Dx não representa nenhum risco elétrico incomum para os operadores se instalado
e operado corretamente sem modificação física e conectado a uma fonte de alimentação com
especificação correta.

Transporte
Antes de mover ou enviar o Sistema CFX Opus Dx, os procedimentos de descontaminação devem ser
executados. Sempre mova ou envie o sistema em contêineres separados no material de embalagem
fornecido pela Bio-Rad, que protegerá o sistema contra danos.
Para obter informações sobre como transportar o sistema e solicitar o material de embalagem adequado,
entre em contato com o escritório local da Bio-Rad.

Bateria
O Sistema CFX Opus Dx usa uma bateria para manter as configurações de hora em caso de perda deenergia CA. Se os dados de hora não permanecerem configurados após o desligamento da unidade, issopode indicar que as baterias estão ficando fracas.
AVISO! Não tente trocar as baterias. Elas não podem ser reparadas pelo usuário. Entreem contato com o suporte técnico da Bio-Rad para obter assistência.

Apenas para o Estado da Califórnia, EUAnMaterial de perclorato — As baterias de lítio contêm material de perclorato; manuseio especial podeser necessário. Consulte www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Descarte
O Sistema CFX Opus Dx contém materiais elétricos; eles não devem ser descartados como resíduos não
triados e ser coletados separadamente, de acordo com a Diretriz da União Europeia 2012/19/UE sobre
resíduos e equipamentos eletrônicos — Diretriz WEEE. Antes do descarte, entre em contato com o
representante local da Bio-Rad para obter instruções específicas do país.

Garantia
O Sistema CFX Opus Dx e acessórios associados estão cobertos pela garantia padrão da Bio-Rad. Entreem contato com o escritório local da Bio-Rad para obter detalhes sobre a garantia.

26 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 1 Introdução
Os sistemas de amplificação de PCR de alto desempenho da Bio-Rad apresentam os mais recentesavanços tecnológicos, proporcionando maior precisão e reprodutibilidade na amplificação de ácido
nucleico para experimentos genômicos.
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition da Bio-Rad é compatível com os seguintes instrumentos erecursos de arquivos de corrida otimizados para os testes de primers e sondas PrimePCR da Bio-Rad:nSistema de PCR em tempo real CFX Opus 96 Dx (conhecido neste guia como CFX Opus 96 Dx)nSistema de PCR em tempo real CFX Opus 384 Dx (conhecido neste guia como CFX Opus 384 Dx)nSistema de PCR em tempo real CFX Opus Deepwell Dx (conhecido neste guia como CFX Opus
Deepwell Dx)

Guia do usuário | 27

Capítulo 1 Introdução

Ao usar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition (conhecido neste guia como CFX Maestro Dx SE),é possível interpretar dados complexos e elaborar estudos poderosos para análise genética. Com
apenas alguns cliques, é possível configurar estudos e entender o seu estudo de expressão gênica com
ferramentas como testes t, ANOVA unidirecional, análise de controles PrimePCR e a ferramenta deseleção de genes de referência. Em seguida, é possível preparar os seus resultados para publicações epôsteres com as ferramentas de visualização e anotação de dados altamente personalizáveis do
CFX Maestro Dx SE.
Observação: algumas telas do CFX Maestro podem parecer diferentes daquelas representadas
neste guia do usuário. A exibição no software está correta e a funcionalidade é a mesma.
Importante: A cibersegurança visa a proteção de bens no ciberespaço contra ciberataques. Atravésda cibersegurança, a Bio-Rad protege o seu pessoal, a sua informação, os seus sistemas e a sua
reputação no ciberespaço. O ciberespaço é um mundo continuamente ligado e tecnologicamenteinterligado constituído por pessoas, organizações, informação e tecnologias.
A reação rápida é importante para a resolução de problemas de cibersegurança! Se suspeitar de um
potencial problema de cibersegurança relativa ao seu instrumento ou de uma violação da cibersegurança
no seu local, contacte imediatamente o seu representante da Bio-Rad para obter suporte técnico.

28 | Software CFX Maestro Dx SE

Principais características do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Principais características do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition
Com o CFX Maestro Dx SE, é possível realizar as seguintes operações:nAnalisar dados usando gráficos de barra, clustergramas ou gráficos de dispersão para interpretar ecompreender rapidamente seus resultados.

nPersonalizar sua representação de dados e exportar gráficos de alta resolução para publicação e
geração de relatórios.

nDeterminar a qualidade do RNA e solucionar problemas de experimentos com controles de análise
PrimePCR.

n

Selecionar o gene de referência apropriado e analisar sua estabilidade com a ferramenta Reference
Gene selection (Seleção de gene de referência).

nRealizar análise estatística, inclusive ANOVA unidirecional em análise de expressão gênica.

Este guia do usuário explica esses recursos e como usá-los.

Mais informações
Após instalar o CFX Maestro Dx SE e configurar o instrumentos de PCR Bio-Rad associado, você poderá
acessar este guia, bem como os tópicos de ajuda CFX Maestro Dx SE detalhados no menu Help (Ajuda)
em qualquer visualização.
Dica: clique no logotipo da Bio-Rad, no canto superior direito de qualquer janela do CFX Maestro Dx
SE para abrir o site da Bio-Rad. O site inclui links para notas técnicas, manuais, vídeos, informações
sobre produtos e suporte técnico. Também fornece muitos recursos técnicos em uma ampla
variedade de métodos e aplicações relacionados à PCR, PCR em tempo real e expressão gênica.

Guia do usuário | 29

Capítulo 1 Introdução

30 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software,
Security Edition
Este capítulo explica como instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition. Para obter mais
informações sobre como configurar os instrumentos de PCR em tempo real compatíveis da Bio-Rad,
consulte o guia apropriado.
O CFX Maestro Dx SE é necessário para analisar dados de PCR em tempo real dos sistemas de PCR em
tempo real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx e CFX Opus Deepwell Dx. Você também pode usar este
software para controlar esses sistemas no modo controlado por software.
Os sistemas CFX Opus Dx são fornecidos com um cabo USB na bolsa de acessórios. Use o cabo USB
para conectar o computador com o CFX Maestro Dx SE ao Sistema CFX Opus Dx.
Remova os materiais de embalagem e guarde-os para uso futuro. Se algum item estiver faltando ou
danificado, entre em contato com o escritório local da Bio-Rad.

Guia do usuário | 31

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Requisitos de sistema
A Tabela 3 lista os requisitos de sistema mínimos e recomendados para o computador executando o
CFX Maestro Dx SE.
Tabela 3. Requisitos de computador para o CFX Maestro Dx SE

SistemaMínimoRecomendado

Sistema

Microsoft Windows 10 (somente

Microsoft Windows 10 (somente 64 bits), build

operacional

64 bits), build 1511 ou posterior,

1511 ou posterior, com as atualizações decom as atualizações desegurança mais recentes.

segurança mais recentes.
Observação: o Windows 11 também oferece suporte ao CFX Maestro Dx Software, Security Edition.
Importante: a inicialização segura deve ser desativada nos computadores que executam o
CFX Maestro Dx SE. Os computadores que executam o CFX Maestro Dx SE devem ser configuradosde forma a não reiniciarem automaticamente após uma atualização de segurança ou do sistema se
uma corrida estiver em andamento. Consulte o administrador do sistema para obter assistência.
Portas2 portas USB 2.0 de alta

2 portas USB 2.0 de alta velocidade

velocidade
Espaço no disco

128 GB

128 GB

2,4 GHz, Dual Core2,4 GHz, Quad CoreRAM

4 GB RAM

8 GB RAM

Resolução da1024 x 768 com modo de cores

1280 x 1024 com modo cores verdadeirastelaverdadeiras

rígidoVelocidade doprocessador

Leitor PDF

Adobe PDF Reader ou Windows PDF Reader
de um dos pacotes do Microsoft Officesuportados:n 2016n 2019Localização

SO Microsoft Windows de 64 bits

SO Microsoft Windows de 64 bits suportado em

suportado em inglês, chinês einglês, chinês e russo

russo

32 | Software CFX Maestro Dx SE

Requisitos de sistema

Observação: se você planeja executar o software CFX Automation Control no mesmo computador
que o CFX Maestro Dx SE, configure a resolução de tela para 1280 x 1024 com modo de coresverdadeiras.

Guia do usuário | 33

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Como instalar o software CFX Maestro Dx SE
Importante: deve-se desconectar quaisquer instrumentos conectados do computador do
CFX Maestro Dx SE antes de instalar ou fazer upgrade do software. Não é necessário desligar oinstrumento durante a instalação do software. Certifique-se de ter salvo todas as corridas e de que
nenhum experimento esteja sendo executado.
Observação: verifique se a Secure Boot (Inicialização segura) está desativada antes de iniciar oprocedimento de instalação. Certifique-se de que o computador esteja configurado de forma que nãoreinicie automaticamente após uma atualização de segurança ou do sistema se uma corrida estiver
em andamento. Consulte o administrador do sistema para obter assistência.

Para instalar o software do CFX Maestro Dx SE
1.

Se necessário, desconecte todos os instrumentos conectados ao computador.
Localize e desconecte o cabo USB do instrumento no computador do CFX Maestro Dx SE. A
extremidade inserida no Sistema CFX Opus Dx pode permanecer no lugar.

2.

Efetue login no computador do CFX Maestro Dx SE com privilégios administrativos.

3.

Insira a unidade USB do software CFX Maestro Dx SE na porta USB do computador.

4.

No Windows Explorer, acesse e abra a unidade USB do software do CFX Maestro Dx SE.
A unidade USB contém as Release Notes (Notas de versão) e as seguintes pastas:
n

CFX

n

Driversn

Firmwaren

Quick Start
Junto com outros arquivos, a pasta CFX contém o instalador de software do CFX Maestro Dx
SE (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Abra a pasta CFX e clique duas vezes em CFXMaestroDxSetup.exe para iniciar o instalador.

6.

Siga as instruções de instalação na tela.
Quando a instalação é concluída, o ícone Bio-Rad CFX Maestro Dx Software, Security Edition é
exibido na área de trabalho do computador.
Dica: o instalador do CFX Maestro instala automaticamente o guia de usuário do CFX Maestro
Dx Software, Security Edition. Para localizar esses guias, navegue até o menu Help (Ajuda) e
selecione Open User Guides (Abrir guias do usuário).

7.

Após a conclusão da instalação, você pode ejetar com segurança a unidade USB do software.

34 | Software CFX Maestro Dx SE

Como instalar o software CFX Maestro Dx SE

Detectar os instrumentos conectados
Durante a instalação, o instalador do CFX Maestro Dx SE instala automaticamente os drivers do
instrumento no computador do CFX Maestro Dx SE. O CFX Maestro Dx SE detecta os instrumentos
conectados quando você inicia o software.

Para detectar instrumentos conectados
1.

Se isso não tiver sido feito, insira a extremidade quadrada (macho) do cabo USB tipo B fornecido na
porta USB tipo B localizada na parte da trás da base do instrumento.

2.

Insira a outra extremidade (porta) em uma porta USB no computador do CFX Maestro Dx SE.

3.

Se o instrumento ainda não estiver em corrida, pressione o interruptor liga/desliga do instrumentopara ligá-lo.

4.

Inicie o CFX Maestro Dx SE.

O software detecta automaticamente o instrumento conectado e exibe seu nome no painel Detected
Instruments (Instrumentos detectados) na janela Home (Início).
Observação: se o instrumento não aparecer no painel Detected Instruments (Instrumentos
detectados), verifique se o cabo USB está instalado corretamente. Para reinstalar os drivers, na
janela Home (Início) do CFX Maestro Dx SE selecione Tools (Ferramentas) > Reinstall Instrument
Drivers (Reinstalar drivers do instrumento).

Guia do usuário | 35

Capítulo 2 Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Arquivos de software
A Tabela 4 lista os tipos de arquivo do CFX Maestro Dx SE.
Tabela 4. Tipos de arquivo do CFX Maestro Dx SE

Tipo de arquivo

Extensão

Detalhes

Protocolo.prcl

Contém detalhes de configuração do protocolo para
executar uma corrida de PCR.

Placa

.pltd

Contém detalhes de configuração da placa para executar
uma corrida de PCR.

Dados

.pcrd

Contém os resultados de uma corrida de experimento eanálise de PCR.

Corrida PrimePCR.csv

Contém layout de protocolo e placa para placas PrimePCR.

Estudo de genes.mgxd

Contém resultados de múltiplas corridas de PCR e análises
de expressão gênica.

Arquivo de dados.zpcr

prévios autônomos
LIMS

Contém leituras de fluorescência da operação autônoma
que são convertidos em um arquivo de dados.

.plrn

Contém informações de configuração de placa e protocolo
requeridas para realizar uma corrida compatível com LIMS.

JSON

.json

Um arquivo somente leitura gerado apenas pelos sistemas
CFX Opus Dx. Contém os dados do arquivo de corrida que
aparecem no painel de detalhes no File Browser(Navegador de arquivos) quando um arquivo de corrida éselecionado. É gerado após a conclusão de uma corrida. É
exportado com o arquivo .zpcr e salvo com os arquivos dedados quando o Save Location (Local de salvamento) éuma unidade USB ou uma pasta de rede compartilhada.

36 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 3 Gerenciar contas de usuário do
CFX Maestro Dx Software, Security Edition
No CFX Maestro Dx Software, Security Edition, os usuários fazem login com seu nome de usuário esenha do Windows. A pessoa que instalou o CFX Maestro Dx SE recebe automaticamente a função
Administrator (Administrador) e pode criar e gerenciar contas e funções de usuários. Todos os outros
usuários devem ter uma conta de usuário atribuída para fazer o login e usar o software.
Importante: cada usuário deve ter uma conta e senha do Windows no computador do CFX Maestro
Dx SE antes de atribuir uma conta de usuário e função. Os usuários podem ser membros do grupo
Windows Users (Usuários do Windows) ou do grupo Windows Administrators (Administradores do
Windows). Os membros do grupo Windows Users (Usuários do Windows) podem acessar apenas
seus próprios arquivos e pastas do CFX Maestro Dx SE. Os membros do grupo Windows
Administrators (Administradores do Windows) podem acessar os arquivos e pastas de todos osusuários do computador.
Este capítulo explica como criar usuários do Microsoft Windows para adicioná-los ao CFX Maestro Dx
SE. Esta seção também explica como adicionar usuários do CFX Maestro Dx SE e gerenciar funções epermissões de usuário.

Guia do usuário | 37

Capítulo 3 Gerenciar contas de usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Iniciar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Observação: cada usuário deve fazer login com seu nome de usuário e senha do Windows.

Para iniciar o CFX Maestro Dx SE
1.

Na área de trabalho do computador do CFX Maestro Dx SE, clique duas vezes no ícone de atalho
CFX Maestro Dx SE para iniciar o aplicativo.

2.

Na caixa de diálogo Login, digite sua senha do Windows e clique em OK.

O CFX Maestro Dx SE é aberto na janela inicial. A barra de título exibe o nome de usuário do
Windows do usuário conectado, e a barra de menu exibe um adesivo azul indicando que o software
é compatível com a 21 CFR Parte 11, por exemplo:

38 | Software CFX Maestro Dx SE

Iniciar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Guia do usuário | 39

Capítulo 3 Gerenciar contas de usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Adicionar usuários do Microsoft Windows ao computador do
CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Todos os usuários devem fazer login no computador do CFX Maestro Dx SE com seu nome de usuário esenha do Windows. Para um rastreamento de auditoria preciso, as contas de usuário do Windows não
podem ser adicionadas por meio da caixa de diálogo Start (Iniciar) > Settings (Configurações) > Accounts(Contas). As contas de usuário do Windows devem ser adicionadas por meio do console degerenciamento do computador.
Importante: as alterações feitas nas propriedades do usuário do Windows (incluindo o nome deusuário e o nome completo) após a criação do usuário do CFX Maestro Dx SE associado invalida ousuário do CFX Maestro Dx SE. Certifique-se de que as informações estejam corretas antes desalvar o usuário do Windows e criar o usuário do CFX Maestro Dx SE associado.
Dica: revise a documentação de administração do Microsoft Windows e consulte o administrador dosistema Windows para obter mais informações antes de criar contas do Windows.

Para adicionar contas de usuário do Windows ao computador do CFX Maestro Dx SE
1.

Faça login no computador do CFX Maestro Dx SE como membro do grupo de administradores do
Windows.

2.

Na área de trabalho, clique com o botão direito em My Computer (Meu Computador) e selecione
Manage (Gerenciar) para abrir o console Computer Management (Gerenciamento do Computador).

3.

No Computer Management (Gerenciamento do Computador), expanda Local Users and Groups(Usuários e grupos locais).

4.

Clique com o botão direito na pasta Users (Usuários) e selecione New User (Novo usuário) para abrira caixa de diálogo Novo usuário (New User).

40 | Software CFX Maestro Dx SE

Adicionar usuários do Microsoft Windows ao computador do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

5.

6.

Na caixa de diálogo New User (Novo usuário), você deve preencher os seguintes campos:nUser name (Nome de usuário)nFull name (Nome completo)n

Password (Senha)nConfirm password (Confirme a senha)

Clique em Create (Criar).

Guia do usuário | 41

Capítulo 3 Gerenciar contas de usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Adicionar e remover usuários do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition
Dica: somente usuários com a função Administrator (Administrador) do CFX Maestro Dx SE podem
criar e remover contas de usuário do CFX Maestro Dx SE. A pessoa que instalou o CFX Maestro Dx
SE recebe automaticamente a função de administrador. Essa pessoa pode atribuir a função
Administrator (Administrador) a outros usuários.
Observação: no CFX Maestro Dx SE, pelo menos um usuário deve ser atribuído à função
Administrator (Administrador).

Para adicionar contas de usuário do CFX Maestro Dx SE
1.

Verifique se cada usuário pretendido é membro do grupo Windows Users (Usuários do Windows) ou
do grupo Windows Administrators (Administradores do Windows) e possui uma senha do Windows
no computador do CFX Maestro Dx SE.

2.

Inicie o CFX Maestro Dx SE e faça login como administrador.

3.

Na janela Home (Início), selecione User (Usuário) > User Administration (Administração deusuários).

42 | Software CFX Maestro Dx SE

Adicionar e remover usuários do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

A caixa de diálogo User Administration (Administração de usuários) aparece.

4.

Na seção Manage Users (Gerenciar usuários), forneça as seguintes informações para cada usuário:nUser name (Nome de usuário) — no CFX Maestro Dx SE , deve ser o nome que o usuário usa
para fazer login no Windows.

nFull name (Nome completo) — o nome completo do usuário.
Esse nome aparece no campo Full User (Usuário completo) na trilha de auditoria. Esse nome
deve ser idêntico ao nome inserido no campo Full Name (Nome completo) quando o usuário do
Windows foi criado.

nRole (Função) — a função a ser atribuída ao usuário.
Observação: você pode selecionar apenas uma função na lista suspensa. Consulte
Gerenciar as funções do usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition para obter
mais informações.

n

Domain (Domínio) — o domínio do Windows a partir do qual o usuário acessa o software.
Consulte o administrador do sistema Windows para obter mais informações.

Guia do usuário | 43

Capítulo 3 Gerenciar contas de usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo User
Administration (Administração de usuários).

Para remover uma conta de usuário do CFX Maestro Dx SE
1.

Inicie o CFX Maestro Dx SE e faça login como administrador.

2.

Na janela Home (Início), selecione User (Usuário) > User Administration (Administração de usuários)para abrir a caixa de diálogo User Administration (Administração de usuários).

3.

No painel Manage Users (Gerenciar usuários), selecione Remove (Remover) para cada usuário que
deseje remover.

4.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo User
Administration (Administração de usuários).

Gerenciar as funções do usuário do CFX Maestro Dx
Software, Security Edition
Importante: o CFX Maestro Dx SE requer que pelo menos um usuário seja atribuído à função
Administrator (Administrador). Você pode atribuir essa função a mais de um usuário.
O CFX Maestro Dx SE tem quatro funções de usuário. Cada usuário deve ter uma função atribuída paraacessar o software. Embora os usuários possam receber apenas uma função, você pode alterar a função
de um usuário a qualquer momento.
Exceto para a função Administrator (Administrador), você pode alterar as permissões atribuídas a cadafunção. Todos os usuários atribuídos a uma função herdam apenas as permissões dessa função.
Por padrão, os direitos para cada função são os seguintes:
nAdministrator (Administrador) — esta função tem todas as permissões; você não pode alterar essas
permissões.

nPrincipal — esta função tem todas as permissões, exceto para configurar o e-mail.

n

Operator (Operador) — esta função tem todas as permissões, exceto para pular ciclos e configurar oe-mail.

n

Guest (Convidado) — esta função só pode ler os arquivos.

Ao atribuir funções no CFX Maestro Dx SE, determine cuidadosamente os requisitos para cada usuário.
Por exemplo, sem permissão para salvar, os usuários atribuídos à função Guest (Convidado) não
poderão assinar um arquivo. Sem permissão para configurar uma conta de e-mail, nenhuma das funções
receberá e-mails quando uma corrida for concluída.

44 | Software CFX Maestro Dx SE

Gerenciar as funções do usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Para modificar as permissões para uma função
1.

Inicie o CFX Maestro Dx SE e faça login como administrador.

2.

Na janela Home (Início), selecione User (Usuário) > User Administration (Administração de usuários)para abrir a caixa de diálogo User Administration (Administração de usuários).

3.

Na seção Manage Rights (Gerenciar direitos), para cada função, desmarque ou marque a caixa deseleção de permissões específicas conforme necessário.

4.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo User
Administration (Administração de usuários).

Visualizar sua função e permissões
Dica: os usuários atribuídos às funções de usuário Principal, Operator (Operador) ou Guest(Convidado) podem visualizar apenas suas próprias configurações, permissões e funções deusuário. Os usuários atribuídos à função Administrator (Administrador) podem visualizar todas aspermissões e funções de usuário.

Para visualizar suas permissões e função de usuáriouNa janela Home (Início), selecione User (Usuário) > User Administration (Administração deusuários).

Entre em contato com o administrador do CFX Maestro Dx SE para modificar as configurações,permissões e funções de usuário listados na janela User Administration (Administração do usuário).

Guia do usuário | 45

Capítulo 3 Gerenciar contas de usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Edition

46 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software,
Security Edition
Importante: o CFX Maestro Dx Software, Security Edition usa a autenticação de usuário do
Microsoft Windows para verificar o acesso a arquivos de dados seguros do CFX. Entre em contato
com o administrador do Windows para criar um ambiente que atenda aos requisitos da 21 CFR Parte
11.
Usando o CFX Maestro Dx SE, os usuários podem:nAssinar dados de assinatura e arquivos de estudo de genes.

nProteger os arquivos de dados com senha.

nVisualizar e imprimir trilhas de auditoria.

Esta seção explica esses recursos em detalhes.

Arquivos seguros
Por padrão, o CFX Maestro Dx SE salva arquivos seguros na pasta pessoal do usuário conectado,
localizada em:
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCRVocê pode salvar e editar os arquivos .pcrd nessa pasta. Essa pasta contém links para outras pastas (porexemplo, a pasta de Sample Files [Arquivos de amostra]) que contêm arquivos somente leitura. No
entanto, apenas um administrador pode excluir o conteúdo dessa pasta.
Dica: como alternativa, o administrador do sistema Windows pode criar uma pasta compartilhada e
seu administrador do CFX Maestro Dx SE pode programar o software para salvar todos os arquivos
nessa pasta.
No CFX Maestro Dx SE, os arquivos de placa, protocolo, dados e estudo de genes são marcados comoseguros quando salvos. Você pode criar esses arquivos no software CFX Maestro ou no CFX Maestro Dx
SE. Depois de serem salvos no CFX Maestro Dx SE, você poderá abri-los apenas no CFX Maestro Dx
SE.
O CFX Maestro Dx SE cria uma trilha de auditoria para todos os arquivos de dados seguros e de estudode genes (arquivos .pcrd e .mgxd, respectivamente). O software registra todas as atividades auditáveis

Guia do usuário | 47

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software, Security Editionna trilha de auditoria do arquivo. Para obter mais informações, consulte Trilhas de auditoria na página
313.

Assinar arquivos seguros
Depois de salvar um arquivo no CFX Maestro Dx SE, os usuários podem adicionar uma assinatura
eletrônica. Para assinar um arquivo, a função do usuário deve ter permissão para salvar um arquivo. Por
exemplo, por padrão, a função Guest (Convidado) não tem permissão para salvar um arquivo e, portanto,
os usuários atribuídos a essa função não podem assinar um arquivo.
No CFX Maestro Dx SE, os arquivos assinados não são definidos como somente leitura. Eles podem serrevisados, modificados e assinados várias vezes. Todas as alterações e assinaturas são rastreadas na
trilha de auditoria do arquivo. Você pode assinar os seguintes tipos de arquivo:nArquivos de dados (.pcrd)nArquivos de estudo de genes (.mgxd)

Observação: os arquivos devem ser salvos antes de serem assinados. Se você realizou uma
corrida no CFX Maestro Dx SE, salve o arquivo de dados resultante primeiro.

Para assinar um arquivo
1.

Faça login no CFX Maestro Dx SE com suas credenciais de login do Windows.

2.

Abra o arquivo de dados seguro ou o arquivo de estudo de genes que deseja assinar.

3.

Escolha File (Arquivo) > Sign (Assinar). A caixa de diálogo Electronic Signature (Assinatura
eletrônica) é exibida.

48 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Digite seu nome de usuário e senha do Windows e o motivo para assinar o arquivo.
O nome do usuário e o motivo da assinatura são incluídos na trilha de auditoria (para obter mais
informações, consulte Trilhas de auditoria na página 313).

5.

Clique em OK para enviar a assinatura e fechar a caixa de diálogo.

Modificar arquivos seguros
No CFX Maestro Dx SE, os usuários podem modificar arquivos seguros, incluindo dados assinados e não
assinados e arquivos de estudo de genes. O software solicita que você forneça um motivo para aalteração ao salvar um arquivo de dados seguro ou de estudo de genes modificado. As alterações são
rastreadas na trilha de auditoria do arquivo.
Dica: como o software não cria trilhas de auditoria para arquivos de placa ou de protocolo, não énecessário fornecer um motivo ao salvar as alterações nesses arquivos.

Para salvar um arquivo de dados ou de estudo de genes modificado
1.

Faça login no CFX Maestro Dx SE com suas credenciais de login do Windows.

2.

Abra e modifique um arquivo de dados seguro ou um arquivo de estudo de genes.
Dica: para obter uma lista de atividades auditáveis, consulte Eventos auditáveis na página 315.

Guia do usuário | 49

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

3.

Escolha File (Arquivo) > Save (Salvar). A caixa de diálogo Audit Trail Change Reason (Motivo daalteração na trilha de auditoria) é exibida.

Essa caixa de diálogo exibe as seguintes informações, que são capturadas no cabeçalho da trilha deauditoria do arquivo para cada evento de alteração:nDate (Data) — a data em que a mudança ocorreu.

nUser (Usuário) — o domínio do Windows e o nome do usuário conectado.

nComment (Comentário) — o último comentário salvo.

nSignature (Assinatura) — a assinatura eletrônica da última pessoa que assinou o arquivo.

n

Signature reason (Motivo da assinatura) — o motivo da assinatura.

nApplication (Aplicativo) — CFX Maestro Dx SE (aparece como BioRadCFXManager.exe, o queestá certo).

n

Application version (Versão do aplicativo) — a versão atual do CFX Maestro Dx SE.

nFull user (Usuário completo) — o nome completo do usuário conectado.
Observação: esse nome aparece na trilha de auditoria.

nMachine (Máquina) — o computador no qual está instalado.

50 | Software CFX Maestro Dx SE

A tabela de alterações exibe as alterações auditáveis que ocorreram como resultado da
modificação. Uma breve descrição do motivo da alteração também pode ser mostrado.
Dica: você pode adicionar ou editar as descrições na coluna Reason for Change (Motivo daalteração).
4.

Revise a lista de alterações. Forneça motivos detalhados, se necessário.

5.

Execute uma das seguintes opções:nClique em Save Changes (Salvar alterações) para salvar as alterações no arquivo, bem comoquaisquer alterações feitas na tabela e feche a caixa de diálogo.
As alterações no arquivo e os motivos das alterações aparecem na trilha de auditoria doarquivo.

n

Clique em Cancel Changes (Cancelar alterações) para reverter o arquivo ao estado anterior efechar a caixa de diálogo.
As alterações não são salvas no arquivo e a trilha de auditoria não é atualizada.

Guia do usuário | 51

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Proteger arquivos com senha
Como um nível adicional de segurança, o CFX Maestro Dx SE permite que os usuários definam senhas
em todos os arquivos seguros. Ao definir senhas em um arquivo seguro, considere as seguintes
condições:Condição

Ação

Nenhuma senha é necessária.

Todos os usuários podem abrir, modificar e salvar oarquivo seguro, com base em suas permissões.

O arquivo requer a senha deTodos os usuários podem abrir o arquivo seguro e ossalvamento.

usuários que conhecem a senha de salvamento podem
modificar e salvar o arquivo seguro.

O arquivo requer a senha deSomente os usuários que conhecem a senha deabertura.

abertura podem abrir, modificar e salvar o arquivo
seguro.

O arquivo requer as senhas de

Alguns usuários podem abrir o arquivo seguro e um

abertura e salvamento.

subgrupo desses usuários pode modificar e salvar oarquivo.

Dependendo da função do usuário, qualquer usuário pode executar o comando Save as (Salvar como)para criar um novo arquivo seguro com outro nome ou salvar um arquivo com o mesmo nome em outro
local, desde que uma das seguintes condições seja verdadeira:n

O arquivo seguro não seja protegido por senha.

n

O usuário possua a senha para abrir o arquivo.

Dica: o novo arquivo seja salvo sem proteção por senha. O arquivo original mantém suas senhas.
Dependendo da função, um usuário pode modificar e salvar o arquivo original, desde que uma das
seguintes condições seja verdadeira:n

O arquivo não seja protegido por senha.

n

O usuário possua as senhas para abrir e salvar o arquivo.

Observação: a função do usuário deve incluir o direito de salvar arquivos para definir senhas. Por
exemplo, usuários com a função Guest (Convidado) não podem salvar arquivos e, portanto, não
podem definir senhas em um arquivo.
Importante: somente os administradores do CFX Maestro Dx SE podem redefinir ou removersenhas.

52 | Software CFX Maestro Dx SE

Para proteger um arquivo com senha
1.

Faça login no CFX Maestro Dx SE com suas credenciais do Windows.

2.

Abra o arquivo seguro.

3.

Escolha File (Arquivo) > File Passwords (Senhas de arquivo). A caixa de diálogo File Passwords(Senhas de arquivos) é exibida.

4.

Digite as senhas nas caixas Save Password (Senha de salvamento) e Open Password (Senha deabertura).
Dica: por padrão, as senhas aparecem como asteriscos quando digitadas. Selecione Show
Password (Mostrar senha) para exibir a senha conforme você a digita.
Importante: as senhas diferenciam maiúsculas de minúsculas. O CFX Maestro Dx SE não
define limitações de senhas. Seguindo as melhores práticas, consulte o administrador dosistema para obter os requisitos de senha do local.

5.

Clique em Set Passwords (Definir senhas) para definir as senhas e fechar a caixa de diálogo.

6.

Escolha File (Arquivo) > Save (Salvar) para salvar as alterações no arquivo.

Guia do usuário | 53

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Para remover senhas
Importante: você deve ser um administrador do CFX Maestro Dx SE para remover senhas.
1.

Na caixa de diálogo Password Required (Senha obrigatória), clique em Remove Passwords(Remover senhas).

A caixa de diálogo de login do CFX Maestro Dx SE é exibida.

2.

Forneça o nome de usuário e a senha do Windows para o administrador do CFX Maestro Dx SE eclique em OK.
O arquivo de dados original é exibido.
Importante: você deve salvar o arquivo para remover as senhas.

3.

Escolha File (Arquivo) > Save (Salvar) para salvar as alterações no arquivo.

54 | Software CFX Maestro Dx SE

Para alterar senhas
Importante: somente os administradores do CFX Maestro Dx SE podem alterar as senhas.
1.

Abra o arquivo seguro.

2.

Escolha File (Arquivo) > File Passwords (Senhas de arquivo). A caixa de diálogo File Passwords(Senhas de arquivos) é exibida.

Dica: Save Password (Senha de salvamento), Open Password (Senha de abertura) e Show
Password (Mostrar senha) estão desativadas.
3.

Clique em Reset Passwords (Redefinir senhas).
A caixa de diálogo de login do CFX Maestro Dx SE é exibida.

Guia do usuário | 55

Capítulo 4 Usar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition

4.

Forneça o nome de usuário e a senha do Windows para o administrador do CFX Maestro Dx SE eclique em OK.
A caixa de diálogo File Passwords (Senhas de arquivos) é exibida.

5.

6.

Execute uma das seguintes opções:nPara redefinir a proteção por senha, digite uma nova senha na caixa de senha apropriada.

nPara remover a proteção por senha, desmarque as caixas de senha.

Clique em Set Passwords (Definir senhas) para salvar as alterações de senha e sair da caixa dediálogo.

56 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 5 O espaço de trabalho
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition fornece uma interface para a configuração de placas, odesenvolvimento de protocolos de PCR, a corrida destes nos instrumentos CFX Opus Dx Deepwell Dx ea análise de dados das corridas de PCR.
O CFX Maestro Dx SE apresenta cinco espaços de trabalho principais:nA janela Home (Início)n

O Startup Wizard (Assistente de inicialização)n

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo)n

A janela Plate Editor (Editor de placa)n

A janela Data Analysis (Análise de dados)

Cada espaço de trabalho é exibido e brevemente descrito neste capítulo.

Guia do usuário | 57

Capítulo 5 O espaço de trabalho

A janela Home (Início)O CFX Maestro Dx SE abre na janela Home (Início) e exibe o Startup Wizard (Assistente deinicialização), a partir do qual é possível configurar um experimento, realizar ou repetir uma corrida, ou
analisar uma corrida existente. Na janela Home (Início) também é possível visualizar registros deaplicativo e instrumento, criar e gerenciar usuários e acessar várias ferramentas úteis. Consulte Capítulo
6, A janela Home (Início) para obter mais informações.

58 | Software CFX Maestro Dx SE

O Startup Wizard (Assistente de inicialização)O Startup Wizard (Assistente de inicialização)Use o Startup Wizard (Assistente de inicialização) para configurar e executar rapidamente experimentos
definidos pelo usuário ou selecionar e executar um experimento PrimePCR. Também é possível usar
este assistente para repetir uma corrida ou analisar dados da corrida.

Guia do usuário | 59

Capítulo 5 O espaço de trabalho

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo)
No Protocolo Editor (Editor de protocolo) é possível criar, abrir, revisar e editar um protocolo. Também épossível modificar a temperatura da tampa para o protocolo aberto. A funcionalidade do Protocol Editor(Editor de protocolo) está detalhada no Capítulo 7, Criar protocolos.

60 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Plate Editor (Editor de placa)

A janela Plate Editor (Editor de placa)
Use o Plate Editor (Editor de placa) para criar, abrir, revisar e editar uma placa. A funcionalidade do Plate
Editor (Editor de placa) está detalhada no Capítulo 8, Preparar placas.

Guia do usuário | 61

Capítulo 5 O espaço de trabalho

A janela Data Analysis (Análise de dados)
Na janela Data Analysis (Análise de dados) é possível visualizar e comparar dados de corrida, executar
análises estatísticas, exportar dados e criar relatórios prontos para publicação. A funcionalidade deanálise de dados é detalhada no Capítulo 10, Visão geral da análise de dados e no Capítulo 11, Detalhes
da análise de dados.

62 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 6 A janela Home (Início)O CFX Maestro Dx Software, Security Edition fornece uma interface para desenvolver protocolos de
PCR, executando-os em sistemas CFX DX e analisando os dados de corridas de PCR.
Este capítulo apresenta o CFX Maestro Dx SE e descreve os recursos que podem ser acessados na
janela Home (Início).

Guia do usuário | 63

Capítulo 6 A janela Home (Início)A janela Home (Início)O CFX Maestro Dx SE abre na janela Home (Início) e exibe o Startup Wizard (Assistente deinicialização), a partir do qual é possível configurar uma corrida, realizar ou repetir uma corrida, ou
analisar uma corrida existente. Na janela Home (Início) também é possível visualizar registros deaplicativo e instrumento, criar e gerenciar usuários e acessar várias ferramentas úteis.

LEGENDA1.

A barra de título do software exibe o nome do software e o usuário com login feito.

2.

A barra de menus fornece acesso rápido aos comandos de menu File (Arquivo), View (Exibir),Users (Usuários), Run (Corrida), Tools (Ferramentas) e Help (Ajuda).

3.

Os comandos da barra de ferramentas dão acesso rápido às opções do menu.

4.

O painel da esquerda exibe os instrumentos conectados ao computador do CFX Maestro Dx
SE e oferece botões com os quais é possível operar a tampa e visualizar o status dos
instrumentos.

64 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)5.

O painel principal exibe a janela de trabalho. A janela de trabalho padrão na tela Home (Início)é o Startup Wizard (Assistente de inicialização).

6.

A barra de status exibe o nome dos instrumentos conectados e o usuário com login feito.

Comandos do menu File (Arquivo)
New (Novo) — abre uma caixa de diálogo na qual você pode optar por criar um novo protocolo, placa ou
estudo de genes.
Open (Abrir) — abre uma caixa de diálogo a partir da qual você pode optar por navegar e abrir um
protocolo existente, placa, arquivo de dados, estudo de genes, arquivo LIMS, executar a partir de um
instrumento independente (corrida independente) ou arquivo de corrida do PrimePCR.
Recent Data Files (Arquivos de dados recentes) — exibe uma lista de arquivos PCR abertos
recentemente.
Repeat a Run (Repetir uma corrida) — abre o Windows Explorer no local dos arquivos de PCR salvos,
nos quais você pode localizar uma corrida para repetir.
Exit (Sair) — fecha o CFX Maestro Dx SE.

Comandos do menu View (Exibir)
Application Log (Log do aplicativo) — exibe um log de uso do software desde a instalação inicial até odia atual.
Run Reports (Relatórios de corrida) — exibe uma lista de relatórios de corrida.
Startup Wizard (Assistente de inicialização) — exibe o Startup Wizard (Assistente de inicialização) no
painel principal.
Run Setup (Configuração de corrida) — exibe a janela Run Setup (Configuração de corrida) no painel
principal.
Instrument Summary (Resumo de instrumentos) — exibe a janela Instrument Summary (Resumo de
instrumentos) no painel principal.
Detected Instruments (Instrumentos detectados) — alterna entre exibir ou não os instrumentos
conectados no painel da esquerda. Por padrão, o software exibe instrumentos conectados no painel daesquerda.
Toolbar (Barra de ferramentas) — alterna entre exibir ou não a barra de ferramentas na parte superior datela. Por padrão, o software exibe a barra de ferramentas.

Guia do usuário | 65

Capítulo 6 A janela Home (Início)Status (Barra de status) — alterna entre exibir ou não a barra de status na parte inferior da tela. Porpadrão, o software exibe a barra de status.
Show (Mostrar) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível:n

Visualizar ou bloquear o log de status.

nAbrir e visualizar a pasta de dados do CFX Maestro Dx SE.

n

Abrir e visualizar a pasta de dados do usuário.

n

Abrir e visualizar a pasta de arquivos LIMS.

n

Abrir e visualizar a pasta do PrimePCR.

nVisualizar o histórico da corrida.

nVisualizar as propriedades de todos os instrumentos conectados.

Comandos do menu User (Usuário)Select User (Selecionar usuário) — abre a tela Login na qual é possível selecionar um usuário na lista
suspensa User Name (Nome do usuário) e efetuar login no aplicativo.
Change Password (Alterar senha) — abre a caixa de diálogo Change Password (Alterar senha), na qualos usuários podem alterar suas senhas.
Observação: esta opção está desativada para o CFX Maestro Dx SE. Os usuários devem alterar asenha do Windows para alterar a senha do CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Preferências do usuário) — abre a caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do usuário), na qual os usuários podem alterar as configurações padrão:n

Enviar e receber notificação por e-mail após a conclusão da corridanSalvar arquivos de dadosnCriar protocolos via Protocol Editor (Editor de protocolo) ou Protocol AutoWriter (Gravador
automático de protocolo)n

Criar placasnAnalisar dadosnExecutar a análise de expressão gênica

n

Determinar a qualidade dos dadosnExportar os dados de instrumento do CFX

66 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)User Administration (Administração do usuário) — abre a caixa de diálogo User Administration(Administração do usuário), na qual os administradores podem criar usuários, modificar permissões defunção e atribuir funções aos usuários.
Bio-Rad Service Login (Login de serviço da Bio-Rad) — apenas para uso do pessoal de serviço técnico
da Bio-Rad. Não selecione este comando.

Comandos do menu Run (Executar)
User-defined Run (Corrida definida pelo usuário) — abre a janela Run Setup (Configuração de corrida),na qual é possível definir um protocolo e placa definido pelo usuário e então executar um experimento de
PCR no instrumento selecionado.
PrimePCR Run (Corrida PrimePCR) — abre a janela Run Setup (Configuração de corrida) com o
protocolo PrimePCR padrão e o layout da placa carregado com base no instrumento selecionado.
End-Point Only Run (Corrida somente de end-point) — abre a janela Run Setup (Configuração decorrida) com o protocolo de end-point padrão e o layout da placa carregado com base no instrumento
selecionado.
Qualification Run (Corrida de qualificação) — abre a janela Run Setup (Configuração de corrida) com o
protocolo de qualificação padrão da Bio-Rad e o layout da placa carregado com base no instrumento
selecionado.

Comandos do menu Tools (Ferramentas)
Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) — abre a Master Mix Calculator (Calculadora demistura-mestre), na qual é possível criar uma mistura de reação e imprimir os cálculos.
Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo) — abre a caixa de diálogo Protocol AutoWriter(Gravador automático de protocolo), na qual é possível criar facilmente um novo protocolo.
Ta Calculator (Calculadora Ta) — abre a Ta Calculator (Calculadora Ta), na qual é possível calcularfacilmente a temperatura de anelamento dos primers.
Dye Calibration Wizard (Assistente de calibração de corante) — abre o Dye Calibration Wizard(Assistente de calibração de corante), no qual é possível calibrar um instrumento para um novo
fluoróforo.
Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar drivers de instrumentos) — reinstala os drivers que controlam
a comunicação com os sistemas de PCR em tempo real da Bio-Rad.
Zip Data and Log Files (Compactar dados e arquivos de registro) — abre uma caixa de diálogo na qualé possível selecionar arquivos para condensar e salvar em um arquivo compactado paraarmazenamento ou envio por e-mail.

Guia do usuário | 67

Capítulo 6 A janela Home (Início)Batch Analysis (Análise em lote) — abre a caixa de diálogo Batch Analysis (Análise em lote), na qual épossível definir parâmetros para analisar mais de um arquivo de dados por vez.
Options (Opções) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível:nDefinir suas configurações de servidor de e-mail.

n

Definir configurações de exportação para arquivos LIMS, Seegene e outros arquivos de dados.
Dica: você também pode selecionar a opção para iniciar automaticamente o Seegene
Viewer na exportação se optar por exportar seus dados no formato Seegene.

n

Alterar o idioma de exibição da interface do usuário (inglês, chinês, russo).
Importante: você deve reiniciar o CFX Maestro Dx SE para exibir o idioma selecionado.
Importante: o idioma do sistema operacional deve corresponder ao idioma que vocêdeseja exibir na interface do CFX Maestro Dx SE.

Comandos do menu Help (Ajuda)
Dica: o menu Help (Ajuda) fica disponível em todas as janelas do CFX Maestro Dx SE.
Contents (Índice) — exibe a guia Contents (Índice) no sistema de ajuda do CFX Maestro Dx SE.
Index (Índice remissivo) — exibe a guia Index (Índice remissivo) no sistema de ajuda do CFX Maestro Dx
SE.
Search (Busca) — exibe a guia Search (Busca) no sistema de ajuda do CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Abrir o Guia do usuário) — abre uma versão em PDF deste guia.
Additional Documentation (Documentação adicional) — fornece acesso ao Manual de operação dos
sistemas de PCR em tempo real CFX Opus Dx.
Release Notes (Notas de versão) — abre o documento Release Notes (Notas de versão) para a versão
instalada do CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Recursos de vídeo) — abre um site em que há recursos de vídeo da Bio-Rad, comovídeos instrutivos.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Website de aplicativos e tecnologias qPCR) — abreo website de aplicativos e tecnologias qPCR da Bio-Rad, no qual é possível saber mais sobre o PCR em
tempo real (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Website de reagentes qPCR) — abre o website da Bio-Rad de reagentes
PCR e qPCR, no qual é possível encomendar reagentes, supermixes, corantes e kits de PCR.

68 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)PCR Plastic Consumables Web Site (Website de consumíveis plásticos de qPCR) — abre o website
de consumíveis plásticos de qPCR da Bio-Rad, no qual é possível encomendar placas, selos de placas,
tubos e tampas e outros acessórios plásticos para PCR.
Software Web Site (Website do software) — abre o website de software de análise de PCR da Bio-Rad,
onde é possível encomendar versões atualizadas do CFX Maestro Dx SE da Bio-Rad.
About (Sobre) — exibe as informações de direitos autorais e versão do CFX Maestro Dx SE.

Comandos da barra de ferramentas— abre o Windows Explorer, no qual é possível navegar e abrir um arquivo de dados ou um
arquivo de estudo de genes.

— abre a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

— abre a janela Run Setup (Configuração de corrida).

— abre a janela Run Setup (Configuração de corrida) com o protocolo PrimePCR padrão e olayout da placa carregado com base no instrumento selecionado.

— abre o Startup Wizard (Assistente de inicialização).

Guia do usuário | 69

Capítulo 6 A janela Home (Início)O Startup Wizard (Assistente de inicialização)Quando o CFX Maestro Dx SE é iniciado, o painel de trabalho exibe o Startup Wizard (Assistente deinicialização). A partir da caixa de diálogo Startup Wizard (Assistente de inicialização), é possível:n

Selecionar um instrumento entre os instrumentos detectados e configurar uma corrida definida pelo
usuário ou PrimePCR.

n

Abrir e repetir uma corrida.

nAbrir um arquivo de dados para analisar resultados de uma única corrida ou um arquivo de estudo degenes para resultados de múltiplas corridas de expressão gênica.

Essas tarefas são explicadas em detalhes nos capítulos a seguir.

Barra de status
O lado esquerdo da barra de status na parte inferior da janela principal do software exibe o status atual
dos instrumentos detectados. O lado direito da barra de status exibe o nome do usuário atual e a data e
hora.

70 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)Painel Detected Instrument (Instrumentos detectados)
O painel Detected Instruments (Instrumentos detectados) exibe cada instrumento que está conectado ao
computador do CFX Maestro Dx SE. Como padrão, cada instrumento aparece como um ícone e o seu número
de série aparece como seu nome.
Neste painel, você pode:nVisualizar as propriedades e corantes calibrados para o instrumento selecionado.
Para obter mais informações sobre propriedades de instrumentos, consulte Visualizar as
propriedades de um instrumento na página 74.

nVisualizar o estado de um instrumento conectado.

nAbrir a tampa motorizada do instrumento selecionado.

nFechar a tampa motorizada do instrumento selecionado.

nVisualizar o estado de todos os instrumentos conectados.

Para visualizar o estado de um instrumento conectadou

No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados), selecione o instrumento alvo e executeuma das seguintes opções:nClique em View Status (Visualizar estado) na seção Selected Instrument (Instrumento
selecionado).

nClique com o botão direito e selecione View Status (Visualizar estado) no menu que aparecerá.

A caixa de diálogo Run Details (Detalhes da corrida) se abrirá, exibindo a guia Run Status (Estado
da corrida). O estado do instrumento selecionado aparecerá abaixo do painel de estado da corrida,
por exemplo:

Guia do usuário | 71

Capítulo 6 A janela Home (Início)Para abrir ou fechar a tampa de um instrumentou

No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados), selecione o instrumento alvo e executeuma das seguintes opções:nClique em Open Lid (Abrir tampa) ou Close Lid (Fechar tampa) na seção Selected Instrument(Instrumento selecionado).

nClique com o botão direito e selecione a ação apropriada no menu que aparecerá.

nA caixa de diálogo Run Details (Detalhes da corrida), selecione a guia Run Status (Estado dacorrida) e clique em Open Lid (Abrir tampa) ou Close Lid (Fechar tampa).

Para visualizar o estado de todos os instrumentos detectadosu

Execute uma das seguintes opções:n

Na seção All Instruments (Todos os instrumentos) no painel Detected Instruments(Instrumentos detectados), clique em View Summary (Visualizar resumo).

n

Na barra de menu, selecione View (Exibir) > Instrument Summary (Resumo de instrumentos).

A caixa de diálogo Instrument Summary (Resumo de instrumentos) é exibida:
Dica: se o sistema detectar apenas um instrumento conectado, a seção All Instruments (Todos
os instrumentos) não aparece no painel Detected Instruments (Instrumentos detectados). Paravisualizar o resumo de instrumentos para um único instrumento, selecione View (Exibir) >Instrument Summary (Resumo de instrumentos).

72 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)Controles da barra de ferramentas Instrument Summary (Resumo de
instrumentos)
A Tabela 5 lista os controles e as funções na barra de ferramentas Instrument Summary (Resumo de
instrumentos).
Tabela 5. Controles da barra de ferramentas Instrument Summary (Resumo de instrumentos)

BotãoNome do botão

FunçãoCreate a new Run (Criar

Cria uma corrida no bloco selecionado

nova corrida)

abrindo a janela Run Setup (Configuração
de corrida).

Stop (Parar)

Para a corrida atual nos blocos
selecionados.

Pause (Pausar)

Pausa a corrida atual nos blocos
selecionados.

Resume (Retomar)

Retoma a corrida nos blocos
selecionados.

Flash Block Indicator

Pisca o LED indicador na tampa dos(Piscar indicador do bloco)

blocos selecionados.

Open Lid (Abrir tampa)

Abre a tampa motorizada do bloco
selecionado.

Close Lid (Fechar tampa)

Fecha a tampa motorizada do bloco
selecionado.

Hide Selected Blocks

Oculta os blocos selecionados na lista(Ocultar blocos

Instrument Summary (Resumo deselecionados)

instrumentos).

Show All Blocks (Mostrar

Mostra os blocos selecionados na lista

todos os blocos)

Instrument Summary (Resumo de
instrumentos).

Guia do usuário | 73

Capítulo 6 A janela Home (Início)Botão

Nome do botão

FunçãoShow (Mostrar)

Seleciona quais blocos mostrar na lista.
Selecione uma das opções para mostrar
todos os blocos detectados, todos os
blocos ociosos, todos os bloco em
execução pelo usuário atual ou todos os
blocos em execução.

Visualizar as propriedades de um instrumento
No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados), é possível ver detalhes sobre um instrumento
selecionado, incluindo suas propriedades, o status do parafuso de transporte (apenas instrumentos CFX
Connect e CFX Touch) e uma lista de seus corantes calibrados (fluoróforos).

Visualizar as propriedades do instrumentou

No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados), clique com o botão direito do mouse no
instrumento alvo e selecione Properties (Propriedades) no menu que aparecer.

Guia Properties (Propriedades)
A guia Properties (Propriedades) lista detalhes técnicos sobre o instrumento selecionado incluindo omodelo, os números de série de seus componentes e as versões de firmware. O nome padrão doinstrumento (seu número de série) aparece em vários locais, incluindo no painel Detected Instruments(Instrumentos detectados) e na barra de cabeçalho da caixa de diálogo Instrument Properties(Propriedades do instrumento). É possível renomear o instrumento para poder identificá-lo com maisfacilidade.
Observação: você não pode alterar o nome do instrumento CFX Opus usando o CFX Maestro.

Guia Calibrated Dyes (Corantes calibrados)
A guia Calibrated Dyes (Corantes calibrados) exibe os fluoróforos e placas calibrados para o instrumento
selecionado.

74 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Home (Início)Para ver informações detalhadas sobre uma calibração, clique no botão Info (Informações) na coluna
Detail (Detalhe).

Guia do usuário | 75

Capítulo 6 A janela Home (Início)Antes de começar
Esta seção explica as tarefas que você pode precisar realizar antes de usar o CFX Maestro Dx SE,
incluindo, por exemplo:n

Criar uma mistura-mestre de reação.

nCalibrar novos corantes.

Criar uma mistura-mestre de reação
Usando a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) do CFX Maestro Dx SE, é possível
calcular facilmente o volume necessário de cada componente em sua mistura-mestre. É possível
imprimir a tabela de cálculos da mistura-mestre em sua impressora padrão e salvar os cálculos para cadaalvo para uso posterior.

Criar uma Reaction Master Mix (Mistura-mestre de reação) usando a Master Mix Calculator(Calculadora de mistura-mestre)
1.

Para abrir a Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre), faça uma das seguintes opções:n

Selecione Tools (Ferramentas) > Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

nClique em Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) na barra de ferramentas.

A Master Mix Calculator (Calculadora de mistura-mestre) aparece.

76 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

2.

Na seção Reaction (Reação), selecione o método de detecção:nSYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Sondas)

3.

Para criar um novo alvo, na seção Target (Alvo), clique em Create New (Criar novo). Um novo nomede alvo aparece na lista suspensa de alvos.

4.

(Opcional) Para alterar o nome de alvo padrão:a.

Destaque o nome do alvo na lista suspensa de alvos.

b.

Digite um novo nome de alvo na caixa Target (Alvo).

c.

Pressione a tecla Enter.

5.

Ajuste as concentrações inicial e final para os primers forward e reverse e quaisquer sondas.

6.

Na seção Master Mix Setup (Configuração da mistura-mestre), ajuste os valores comon

Number of reactions to run (Números de reações a executar)

Guia do usuário | 77

Capítulo 6 A janela Home (Início)nReaction volume per well (Volume de reação por poço)nTemplate volume per well (Volume de fita molde por poço)nSupermix concentration per well (Concentração de Supermix por poço)n

Excess reaction volume per well (Volume de reação em excesso por poço)

7.

(Opcional) Executar as etapas 2–6 para quantos alvos forem necessários.

8.

Na seção Choose Target to Calculate (Selecionar alvo para calcular), selecione o alvo para calcular.
Dica: é possível calcular apenas um, vários ou todos os alvos ao mesmo tempo.
Os volumes calculados dos componentes necessários para cada destino selecionado aparecem natabela de mistura-mestre.

9.

Clique em Set as Default (Configurar como padrão) para configurar a entrada de quantidades nasseções Target (Alvo) e Master Mix Setup (Configuração da mistura-mestre) como novos padrões.

10. Clique em OK para salvar os conteúdos da caixa de diálogo Master Mix Calculator (Calculadora deMistura-mestre).

Imprimir a tabela de cálculos da mistura-mestreuPara imprimir a tabela de cálculos da mistura-mestre, clique em Print (Imprimir).
A tabela de cálculos é impressa na sua impressora padrão.

Salvar a tabela de cálculos da mistura-mestre como um PDF
uMude sua impressora padrão para um driver PDF e clique em Print (Imprimir) na Master Mix
Calculator (Calculadora de mistura-mestre).

Para excluir alvosu

Selecione o alvo usando a lista de alvos suspensos e clique em (Remove) Remover.
Importante: remover um alvo da lista de alvos também o remove de qualquer cálculo demistura-mestre em que é usado. Tome cuidado ao excluir um alvo.

Calibrar novos corantes
Os sistemas CFX Opus 96 Dx e CFX Opus Deepwell Dx são calibrados de fábrica para fluoróforos
comumente usados em placas de poços brancos e transparentes. Os sistemas CFX Opus 384 Dx são
calibrados de fábrica apenas para fluoróforos comumente usados em placas de poços brancos. A Tabela 6
lista os fluoróforos e o canal para o qual cada instrumento está calibrado.

78 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Observação: Os sistemas CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx e CFX Opus Deepwell Dx também
incluem um canal dedicado à química FRET. Este canal não requer calibração para corantes
específicos.
Importante: se você realizar uma calibração definida pelo usuário de um corante que foi calibradode fábrica, o instrumento usará a calibração definida pelo usuário em vez da calibração de fábrica.
Tabela 6. Fluoróforos calibrados de fábrica, canais e instrumentos

Fluoróforos

Canal

Excitação, nm

Detecção, nm

Instrumento

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Sistemas CFX

Green I

Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx e
CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

Sistemas CFX

Fluor Gold 540,

Opus 96 Dx ,CFX

Cal Fluor Orange

Opus 384 Dx e

560

CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650

Sistemas CFX

CAL Fluor Red

Opus 96 Dx, CFX

610, TEX 615

Opus 384 Dx e
CFX Opus
Deepwell Dx

CY5, Quasar 670

4

620–650

675–690

Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx e
CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5

Somente sistemas
CFX Opus 96 Dx

Química FRET (não calibrada de fábrica)
Cor não calibradade fábrica

FRET

450–490560-580

Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx e
CFX Opus
Deepwell Dx

Guia do usuário | 79

Capítulo 6 A janela Home (Início)Para calibrar novos corantes nos sistemas CFX
1.

Na janela Home (Início), selecione um instrumento alvo no painel Detected Instruments(Instrumentos detectados).

2.

Selecione Tools (Ferramentas) > Calibration Wizard (Assistente de calibração) para abrir o Dye
Calibration wizard (Assistente de calibração de corante).

Fluoróforos que já tenham sido calibrados para o instrumento alvo aparecem na tabela Calibrated
Fluorophores (Fluoróforos calibrados).
3.

Na seção Calibrate New or Existing Fluorophores (Calibrar fluoróforos novos ou existentes),
selecione o fluoróforo que deseja calibrar na lista suspensa.
Se o nome do fluoróforo não estiver incluído na lista, digite seu nome na caixa de texto paraadicioná-lo à lista.
Importante: tome cuidado ao nomear fluoróforos com calibração personalizada. Se você criar
uma calibração de corante personalizada para um fluoróforo com o mesmo nome de um
fluoróforo calibrado de fábrica, o fluoróforo personalizado (não o fluoróforo calibrado de fábrica)será usado pelo instrumento durante as corridas.

4.

Selecione o tipo de placa para o fluoróforo.

80 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Se o tipo de placa não estiver incluído na lista, digite seu nome na caixa de texto para adicioná-lo àlista.
5.

Selecione um canal para o fluoróforo.

6.

Selecione uma coluna de placa para o fluoróforo.

7.

(Opcional) Digite uma cor para associar ao fluoróforo.

8.

Clique em Add to Plate (Adicionar à placa) para adicionar o fluoróforo.

9.

(Opcional) Repita as etapas 3–8 para adicionar cada fluoróforo que pretende calibrar para a placa.

10. Ao terminar de adicionar fluoróforos, clique em View Plate (Visualizar placa) para abrir a janela Pure
Dye Plate Display (Exibir placa de corante puro).
Use esta janela como guia para carregar corantes na placa.
11. Prepare uma placa de poços profundos ou com 96 ou 384 poços para a calibração dos poços:a.

Pipete a solução do corante em cada poço, seguindo o padrão mostrado em Pure Dye Plate
Display (Exibir placa de corante puro).

b.

Para cada fluoróforo, encha quatro poços com 50 µl (placa de poços profundos ou de 96 poços)
ou 30 µl (placa de 384 poços) da solução de corante 300 nM. Observe que pelo menos metadeda placa contenha poços vazios.

c.

Sele a placa usando o método de selagem que será usado em seu experimento.

12. Coloque a placa de calibração no bloco e feche a tampa.
13. No Dye Calibration wizard (Assistente de calibração de corante), clique em Calibrate (Calibrar) e
depois em OK para confirmar que a placa está no bloco.
14. Quando o CFX Maestro Dx Software, Security Edition concluir a corrida de calibração, uma caixa dediálogo aparecerá. Clique em Yes (Sim) para concluir a calibração e abrir o Dye Calibration Viewer(Visualização de calibração do corante).
15. Clique em OK para fechar a janela.

Configurar as preferências do usuário
Dica: não é necessário realizar estas tarefas para usar o CFX Maestro Dx SE. É possível ignorar
esta seção ou realizar estas tarefas a qualquer momento sem problemas.
No CFX Maestro Dx SE, cada usuário pode personalizar seu ambiente de trabalho. Por exemplo, nomenu Users (Usuários) > User Preferences (Preferências do usuário), é possível fazer o seguinte:nConfigurar notificações por e-mail de conclusão da corrida.

Guia do usuário | 81

Capítulo 6 A janela Home (Início)Observação: este recurso está disponível apenas para usuários cujas funções tenham esse
direito. Consulte Gerenciar as funções do usuário do CFX Maestro Dx Software, Security Editionna página 44 para obter mais informações.
n

Alterar as configurações padrão para:oO local no qual salvar os arquivos.

oOs arquivos de configuração da corrida.

oO prefixo de denominação do arquivo.

nConfigurar os parâmetros padrão para usar ao criar um novo protocolo e placa.

nDefinir os parâmetros padrão de análise de dados e expressão gênica.

nPersonalizar os parâmetros padrão de controle de qualidade.

nPersonalizar os parâmetros de exportação de dados.

No menu Tools (Ferramentas), é possível fazer o seguinte:n

Criar uma mistura-mestre.

n

Calibrar corantes para um instrumento específico.

Observação: a mistura-mestre e a calibração de corantes estão disponíveis para qualquer um que
faça login no software.
Esta seção explica como realizar essas tarefas.

Configurar a notificação por e-mailÉ possível conectar o CFX Maestro Dx SE ao seu servidor de e-mail de saída para enviar uma notificação
por e-mail da conclusão da corrida para uma lista de usuários. Também é possível optar por anexar um
arquivo de dados e um relatório de análise à lista de usuários. Para configurar a conexão entre o
CFX Maestro Dx SE e seu servidor SMTP, consulte Conectando o Security Edition a um servidor SMTP
na página 84.
Observação: a capacidade do usuário de acessar os recursos de configuração de e-mail dependeda função do usuário e das permissões atribuídas pelo administrador. Para obter detalhes sobre ogerenciamento de usuários e suas funções, consulte Gerenciar as funções do usuário do
CFX Maestro Dx Software, Security Edition na página 44.

82 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Configurar notificações por e-mail1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário) aparece exibindo a guia Email (Email).

Observação: você é informado se o sistema detectar que você não configurou um servidor
SMTP válido para o CFX Maestro Dx SE. Clique em Configure Outgoing Email (Configurar email de saída) para abrir a caixa de diálogo Options (Opções) e configurar o e-mail do servidor
SMTP. Para obter mais informações, consulte Conectando o Security Edition a um servidor
SMTP na página 84.
2.

Na caixa de texto To (Para), digite o endereço de e-mail de cada pessoa que planeja informar aconclusão da corrida. Todos os destinatários receberão um e-mail após a conclusão da corrida.
Observação: deve-se inserir cada endereço de e-mail em uma linha separada. Pressione Enterou Return (Voltar) após cada endereço.

3.

(Opcional) Na caixa de texto cc, digite o endereço de e-mail de qualquer destinatário para quem
pretende enviar uma cópia de cada notificação por e-mail.

4.

(Opcional) Por padrão, todos os destinatários recebem uma cópia do arquivo de dados como um
anexo. Desmarque esta caixa de seleção se não deseja anexar uma cópia do arquivo de dados.

5.

(Opcional) Selecione Attach Analysis Report (Anexar relatório de análise) para anexar um PDF do
relatório de análise ao e-mail.

6.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do usuário).

Observação: você pode configurar o sistema para enviar uma notificação por e-mail para seu
telefone celular, dependendo da sua operadora. Entre em contato com sua operadora de telefonia

Guia do usuário | 83

Capítulo 6 A janela Home (Início)celular para obter informações específicas sobre o endereço de e-mail do seu celular. Digite oendereço de e-mail do seu telefone (por exemplo, 5552221234@domínio_de_e-mail_da_
operadora) na caixa de texto To (Para) da tela User Preferences (Preferências do usuário).

Editar o endereço de e-mail de um destinatáriouModifique o endereço de e-mail conforme necessário e clique em OK.

Remover um e-mail de destinatário
1.

Selecione o destinatário do e-mail e pressione a tecla Delete (Excluir).

2.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

Conectando o Security Edition a um servidor SMTP
Importante: alguns provedores de serviços de webmail comerciais têm segurança de e-mailaprimorada. Caso você use uma dessas contas, você deve acionar a configuração Allow lesssecure apps (Permitir aplicativos menos seguros) em suas configurações de contas para permitirque o CFX Maestro Dx SE envie e-mail. Consulte as informações de segurança do seu fornecedor
de serviços de webmail para obter mais informações.
Se você estiver usando o servidor SMTP do Google Gmail ou do Microsoft Office 365 para enviar e-mails,
deverá ativar uma verificação de dois fatores e gerar uma "Senha do aplicativo" nas configurações dasua conta do Gmail ou Office365. Para autenticação na caixa de diálogo Email Setup (Configuração de email) do Maestro, copie e cole a “Senha do aplicativo” no campo Password (Senha) em vez da senha dee-mail normal.
É necessário estabelecer uma conexão entre o CFX Maestro Dx SE e o seu servidor de e-mail antes do
software poder enviar notificação por e-mail.

Para conectar o CFX Maestro Dx SE a um servidor de e-mail1.

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) e clique em Configure
Outgoing Email (Configurar e-mail enviado) na guia Email.

n

Selecione Tools (Ferramentas) > Options (Opções).

A caixa de diálogo Options (Opções) é exibida, mostrando a guia Email.

84 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar2.

Dê as seguintes informações da sua empresa:n

SMTP Server Name (Nome do Servidor SMTP) — o nome do servidor de envio de e-mail dasua empresa.

nPort (Porta) — o número da porta do seu servidor SMTP. Normalmente, é 25.

n

Use SSL (Usar SSL) — opção para Secure Sockets Layer (SSL). Alguns servidores SMTP
requerem esta configuração. Se isso não for requerido em sua empresa, desmarque esta caixa
de verificação.

n

Use Default “From” Address (Usar endereço “De” padrão) — o nome do servidor de e-mailem sua empresa. Alguns servidores SMTP exigem que todos os e-mails enviados tenham um
endereço “de” que seja de determinado domínio, por exemplo, nome@SuaEmpresa.com. Se
esse for o caso, desmarque esta caixa de verificação e dê um endereço de e-mail válido.

nAuthentication Required (Autenticação requerida) — se o seu local exigir autenticação daconta, verifique se esta caixa de verificação está marcada.

nUser Name (Nome de usuário) — o nome da conta autenticada. Isso é requerido apenas se
Authentication Required (Autenticação requerida) for selecionado.

Guia do usuário | 85

Capítulo 6 A janela Home (Início)n

Password (Senha) — a senha para a conta autenticada. Isso é requerido apenas se
Authentication Required (Autenticação requerida) for selecionado.

Importante: se você estiver usando o servidor SMTP do Google Gmail ou do Microsoft Office
365 para enviar e-mails, deverá ativar uma verificação de dois fatores, em seguida, e gerar uma"Senha do aplicativo" nas configurações da sua conta do Gmail ou Office365. Para autenticação
na caixa de diálogo Email Setup (Configuração de e-mail) do Maestro, copie e cole a “Senha do
aplicativo” no campo Password (Senha) do CFX Maestro Dx SE em vez da senha de e-mailnormal.
Para verificar se as configurações do servidor SMTP estão corretas, digite um endereço de e-mailválido na caixa de texto Test Email Address (Testar endereço de e-mail) e clique em Test Email(Testar e-mail).
Observação: alguns servidores SMTP não permitem anexos e outros permitem anexos
somente até um tamanho específico. Caso pretenda enviar por e-mail arquivos de dados e/ou
relatórios usando o CFX Maestro Dx SE, selecione Test Attachment (Testar anexo) e defina
Attachment Size (Tamanho do anexo) em MB como 5 megabytes (MB) ou mais.
3.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Alterar as configurações de arquivo padrão
Na guia Files (Arquivos), na caixa de diálogo User Preference (Preferências do usuário), é possível
alterar o seguinte:n

O local padrão para salvar os arquivos de CFX Maestro Dx SE.

n

Os arquivos padrão para executar a configuração.

n

Os parâmetros de nomenclatura de arquivos padrão.

Alterar as configurações de arquivo padrão
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia Files (Arquivos).

86 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

3.

Na seção Default Folder for File Creation (Pasta padrão para criação de arquivos), navegue e
selecione uma pasta padrão na qual deseja salvar novos arquivos. É possível selecionar um local
diferente para cada tipo de arquivo:nProtocol (Protocolo)n

Plate (Placa)nData File (Arquivo de dados)nGene Study (Estudo de genes)4.

Na seção File Selection for Run Setup (Seleção de arquivo para configuração de corrida), navegue e
selecione os arquivos de placa e protocolo de destino a serem exibidos quando você abrir a janela
Experiment Setup (Configuração de experimento).

5.

Na seção Data File (Arquivo de dados), defina o prefixo e/ou sufixo dos arquivos de dados. Para
qualquer parte, selecione um novo valor em sua lista suspensa. Você também pode fornecer valores
de prefixo e sufixo personalizados nas caixas de texto Prefix (Prefixo) e Suffix (Sufixo).
O CFX Maestro Dx SE exibe uma pré-visualização do nome do arquivo abaixo das caixas deseleção.

6.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Guia do usuário | 87

Capítulo 6 A janela Home (Início)Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

Configurar os parâmetros de protocolo padrão
Para configurar parâmetros padrão de protocolo para o Protocol Editor (Editor deprotocolo) e o Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo)
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia Protocol(Protocolo).

3.

Na seção Protocol Editor (Editor de protocolo), especifique valores para as seguintes configurações
que aparecem no Protocol Editor (Editor de protocolo):

4.

nSample volume (Volume da amostra) — o volume de cada amostra nos poços (em µl).

n

Lid Shutoff temperature (Temperatura de desligamento da tampa) — a temperatura em ºC naqual o aquecedor da tampa se desliga durante uma corrida.

Na seção Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo), especifique valores para as
seguintes configurações que aparecem no Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo):nAnnealing temperature (Temperatura de anelamento) — a temperatura em ºC paraexperimentos que usam polimerase de DNA iProof, polimerase de DNA iTaq ou outras
polimerases.

n

Amplicon length (Comprimento do Amplicon) — o comprimento do amplicon em bp.

88 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

5.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

Configurar os parâmetros de placa padrãoAs alterações feitas na guia Plate (Placa) estão disponíveis para todos os usuários do software. As
alterações feitas durante a instalação da placa estão disponíveis para os usuários depois que você salva
e fecha o arquivo da placa.
Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), é possível fazer o seguinte:nConfigurar os parâmetros de placa padrão.

n

Adicionar novos nomes de alvos, amostras e grupos biológicos em suas respectivas bibliotecas.

nExcluir nomes de alvos, amostras e grupos biológicos de suas respectivas bibliotecas.

Configurar os parâmetros de placa padrão
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia Plate (Placa).

Guia do usuário | 89

Capítulo 6 A janela Home (Início)3.

Especifique os valores para as configurações a seguir para um novo arquivo de placa. Esses valores
aparecem na janela Plate Editor (Editor de placa):nPlate type (Tipo de placa)nPlate size (Tamanho da placa)nUnits (Unidades) — a concentração do modelo inicial para poços que contêm padrões.
O CFX Maestro Dx SE usa essas unidades para criar uma curva padrão na guia Data Analysis
Quantification (Quantificação de análise de dados).

4.

nScientific notation (Notação científica) — quando selecionado, o CFX Maestro Dx SE exibe as
unidades de concentração em notação científica.

nScan mode (Modo de leitura) — o número ou tipo de canais a serem lidos durante uma corrida.

nFluorophores (Fluoróforos) — os fluoróforos padrão que aparecem nos controles decarregamento do poço do Plate Editor (Editor de placa).

n

Libraries (Bibliotecas) — os nomes de alvos, amostras e grupos biológicos que vocênormalmente usa em seus experimentos:oTarget names (Nomes de alvos) — os nomes dos genes e sequências alvo.

oSample names (Nomes de amostras) — os nomes das amostras de experimentos ou uma
característica identificadora das amostras (por exemplo, Camundongo1, Camundongo2,
Camundongo3).

oBiological group names (Nomes do grupo biológico) — os nomes para grupos deamostras semelhantes que tenham o mesmo status ou condições de tratamento (porexemplo, 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Para adicionar um novo alvo, amostra ou nome de grupo biológico
u

Na caixa da biblioteca apropriada, digite o nome do alvo, amostra ou grupo biológico e clique em OK.

Para excluir um nome de alvo, amostra ou grupo biológico
u

Na caixa de biblioteca apropriada, selecione o nome e pressione a tecla Delete e clique em OK.

Importante: nomes que sejam removidos da biblioteca Sample Names (Nomes de amostras) serão
removidos do software e deixarão de estar disponíveis para os usuários. Para restaurar os nomespadrão do CFX Maestro Dx SE, clique em Restore Defaults (Restaurar padrões). Clicar em Restore
Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário)redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações originais de fábrica.
Cuidado ao excluir nomes padrão do CFX Maestro Dx SE e ao clicar neste botão.

90 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Configurar os parâmetros de análise de dados padrão
Para configurar os parâmetros de análise de dados padrão
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia Data Analysis(análise de dados).

3.

Na seção Analysis Mode (Modo de análise), selecione o modo no qual analisar os dados(Fluorophore (Fluoróforo) ou Target (Alvo)).

4.

Na seção PCR Quantitation (Quantificação de PCR), defina os parâmetros padrão para as seguintesopções:nBaseline Setting (Configuração de linha de base) — o método de linha de base para o modo deanálise.

n

Cq Determination Mode (Modo de determinação de Cq) — o modo no qual os valores de Cqsão calculados para cada traço de fluorescência (regressão ou limiar individual).

nThreshold Calc. Mode (Modo de cálc. do limiar) — a quantidade do alvo do end-point.
O padrão é Auto (Automático). Ou seja, o software calcula automaticamente o alvo do endpoint. Para definir um limiar específico, desmarque a caixa de verificação Auto (Automático) e

Guia do usuário | 91

Capítulo 6 A janela Home (Início)digite sua quantidade do end-point, calculada em unidades de fluorescência relativas (ou RFU).
O valor máximo é 65000,00 RFUs. Os arquivos de dados para corridas subsequentes usarão
esta configuração de limiar.
n

Baseline Calc. Mode (Modo de cálc. de linha de base) — o valor da linha de base para todos ostraços.
O padrão é Auto (Automático). Ou seja, o software calcula automaticamente a linha de basepara todos os traços. Para definir um valor específico de linha de base, desmarque a caixa deverificação Auto (Automático) e insira os valores mínimo e máximo para o intervalo do ciclo (1 a9999). Os arquivos de dados para corridas subsequentes usarão este intervalo de ciclo.

n5.

Log View (Visualização de log) — determina como o software exibe os dados de amplificação:o

On (Ativado) — os dados de amplificação são exibidos em um gráfico semilogarítmico.

o

Off (Desativado) — (o padrão) os dados de amplificação são exibidos em um gráfico linear.

Na seção End-point, selecione o número de ciclos finais para calcular a média ao calcular os endpoints:n

PCR — o número de ciclos finais para a média para os dados de quantificação (o padrão é 5).

n

End Point Only run (Corrida de end-point) — o número de ciclos finais para a média para os
dados de end-point (o padrão é 2).

6.

Na seção Melt Curve (Curva de fusão), selecione o tipo de pico para detectar (positivo ou negativo).

7.

Na seção Well Selector (Seletor de poço), selecione como exibir os rótulos dos poços (por tipo deamostra, nome do alvo, ou nome da amostra).

8.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

92 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Configurar os parâmetros padrão do arquivo de dados de expressão gênica
Para configurar os parâmetros padrão de um novo arquivo de dados de expressão gênica
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia Gene Expression(Expressão gênica).

3.

Especifique os valores para as seguintes configurações:n

Relative to (Relativo a) — grava os dados da expressão gênica relativos a um controle(originado em 1) ou a zero:oZero — o software ignora o controle. Esse é o padrão quando nenhuma amostra decontrole é atribuída na janela Experiment Settings (Configurações de experimento).

oControl (Controle) — o software calcula os dados relativos à amostra de controle atribuída
na janela Experiment Setup (Configuração de experimento).

nX-axis (Eixo X) — representa graficamente a amostra ou o alvo no eixo x.

nY-axis (Eixo Y) — gráficos linear, log2 ou escala log10 no eixo y.

nScaling (Dimensionamento) — a opção de dimensionamento para o gráfico (a opção padrão é
sem escala):oHighest (Mais alto) — o software dimensiona o gráfico para o ponto de dados mais alto.

oLowest (Mais baixo) — o software dimensiona o gráfico para o ponto de dados mais baixo.

oUnscaled (Sem dimensionamento) — o software apresenta os dados sem
dimensionamento no gráfico.

nMode (Modo) — o modo de análise, quantidade relativa (∆Cq) ou expressão normalizada(∆∆Cq).

nError Bar (Barra de erro) — a variabilidade dos dados apresentada como desvio padrão (Std.
Dev.) (Desvio padrão) ou o erro padrão da média (Std. Error Mean) (Média de erro padrão).

nError Bar Multiplier (Multiplicador de barra de erro) — o multiplicador de desvio padrão usado
para representar graficamente as barras de erro (o padrão é 1).
É possível aumentar o multiplicador para 2 ou 3.

nSample Types to Exclude (Tipos de amostra para exclusão) — os tipos de amostra a serem
excluídos da análise.

Guia do usuário | 93

Capítulo 6 A janela Home (Início)É possível selecionar uma ou mais amostras para excluir da análise. Para excluir todos os tipos
de amostra, limpe as caixas de seleção de todos os tipos de amostra selecionados.
4.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

Personalizar regras de controle de qualidade
No CFX Maestro Dx SE, é possível definir regras de controle de qualidade, que são aplicadas aos dados
na janela Data Analysis (Análise de dados). O software valida os dados em relação à regras
configuradas.
Observação: por padrão, todas as regras de controle de qualidade estão ativadas.
Dica: você pode facilmente excluir poços que falham em um parâmetro de CQ da análise no módulo
CQ da janela Data Analysis (Análise de dados).

Personalizar as regras de controle de qualidade
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia QC (CQ).

94 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

Em que:3.

4.

n

NTC — controle sem fita molden

NRT — controle sem transcriptase reversanEfficiency (Eficiência) — eficiência da reaçãon

Std Curve R^2 (R^2 da curva padrão) — valor quadrado R para a curva padrão

n

Replicate group Cq Std Dev (Desvio padrão Cq do grupo de réplicas) — desvio padrão
calculado para cada grupo de réplicas

Para cada CQ, faça uma das seguintes opções:nPara usar o seu valor padrão, não faça nada.

nPara alterar seu valor, clique na caixa de texto Value (Valor), digite um novo valor e pressione atecla Enter.

nPara desabilitar a regra, desmarque a caixa de seleção Use (Usar).

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Guia do usuário | 95

Capítulo 6 A janela Home (Início)Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

Personalizar parâmetros de exportação de dados
É possível exportar os dados do CFX Maestro Dx SE nos seguintes formatos:nTexto (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Importante: seu computador deve ter o Microsoft Excel instalado para que você possa exportar
dados para uma planilha do Microsoft Excel.
É possível especificar o tipo de dados a serem exportados e customizar a saída dos dados exportados.

Para personalizar parâmetros de exportação de dados
1.

Selecione User (Usuário) > User Preferences (Preferências do usuário) para abrir a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências do usuário).

2.

Na caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário), selecione a guia Custom Export(Personalizar exportação).

96 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de começar

3.

Na lista suspensa Export Format (Formato da exportação), selecione um formato no qual exportar os
dados.

4.

Na seção Data to Export (Dados a exportar), selecione ou desmarque as caixas de verificação paraos tipos de dado a exportar. Os itens selecionados aparecem na caixa de listagem Exported
Columns (Colunas exportadas).
Observação: por padrão, as informações da corrida estão incluídas no cabeçalho. Desmarqueesta caixa de seleção se não desejar que essas informações da corrida sejam incluídas.

5.

É possível alterar a ordem de exibição da saída dos itens selecionados.
Na caixa de listagem Exported Columns (Colunas exportadas), destaque o item e em seguida cliquenos botões de seta à esquerda da lista para movê-lo para cima ou para baixo.

6.

Opcionalmente, é possível alterar os nomes da coluna da saída dos itens selecionados:a.

Clique em Customize Column Names (Personalizar nomes de colunas).
A caixa de diálogo Column Name Customizer (Personalizador de nome de colunas) aparece.

b.

Para cada nome padrão de coluna que deseje alterar, digite o novo nome em seu campo
Custom Name (Nome personalizado).

Guia do usuário | 97

Capítulo 6 A janela Home (Início)c.

Execute uma das seguintes opções:nClique em OK para salvar as alterações e voltar para a guia Custom Export (Personalizar
exportação). O novo nome aparece em parênteses ao lado da nome padrão da coluna na
caixa de listagem Exported Columns (Colunas exportadas).

nClique em Cancel (Cancelar) para desfazer as alterações e voltar para a guia Custom
Export (Personalizar exportação).

7.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

Importante: clicar em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário) redefine todas as preferências em todas as guias para as configurações
originais de fábrica. Cuidado ao clicar neste botão.

98 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 7 Criar protocolos
Um protocolo é um conjunto de etapas executadas em uma sequência específica. No CFX Maestro Dx
Software, Security Edition, todas as etapas estão associadas às opções do instrumento. Por exemplo, as
etapas instruem o instrumento a controlar a temperatura do bloco e da tampa, aplicar uma diferença detemperatura ao bloco, fazer uma leitura de placa ou executar uma análise da curva de fusão. Cada opção
é especificada para diferentes tipos de placa e corrida.
O CFX Maestro Dx SE fornece duas opções para criar protocolos: Protocol Editor (Editor de protocolo) e
Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo).
Os recursos do Protocol Editor (Editor de protocolo) incluem o seguinte:nControles de protocolo padrão para criar protocolos rapidamente.

nCapacidade de calcular rapidamente um gradiente para o número selecionado de linhas.

nCapacidade de calcular rapidamente o tempo de corrida para o tipo de placa selecionado.

nCapacidade de editar etapas do protocolo.

nCapacidade de salvar protocolos para reutilização.

nCapacidade de imprimir o protocolo para uma impressora padrão.

O Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo) gera automaticamente um protocolo de PCR
personalizado com etapas de início a quente, desnaturação inicial, anelamento e extensão, usando osparâmetros que você fornece. É possível então visualizar uma representação gráfica do protocolo
sugerido e editar, executar ou salvar o protocolo.

Guia do usuário | 99

Capítulo 7 Criar protocolosParâmetros e intervalos para etapas de protocolo
Use as informações da Tabela 7 para modificar as configurações padrão das etapas do protocolo.

Etapas de temperatura
A temperatura-alvo é um valor entre 4,0 e 100,0 °C, definido em décimos de grau. O sistema aquece até
essa temperatura e mantém esse valor pelo período de tempo especificado (o tempo de espera).

Etapas de gradiente
O intervalo do gradiente é a diferença entre as temperaturas inferior e superior em uma etapa degradiente. O intervalo máximo permitido é de 24 °C. A temperatura inferior é um valor entre 30,0 e
99,0 °C, definido em décimos de grau. A temperatura superior máxima é 100 °C. O termociclador aquece
até o gradiente de temperatura-alvo em todo o bloco e mantém essa temperatura pelo tempo de espera
especificado.
Importante: o instrumento calcula o valor do gradiente. Quando você insere um valor nos campos
superior e inferior da calculadora de gradiente, o software calcula e atribui automaticamente as
temperaturas aos campos restantes. Quando você insere uma temperatura em qualquer campo
entre os campos superior e inferior, o instrumento calcula automaticamente os campos restantes.
Não é possível inserir um valor de temperatura manualmente em cada campo.

100 | Software CFX Maestro Dx SE

Parâmetros e intervalos para etapas de protocolo

Tabela 7. Parâmetros e intervalos para etapas de protocolo

Parâmetro

Intervalo

Descrição

Ramp rate (Taxan Para os sistemas CFX Opus 96

Instrui o termociclador a aquecer até ade rampa)

Dx :temperatura-alvo na taxa especificada

0,1–5 °C por segundo

nessa etapa.

n Para os sistemas CFX Opus 384
Dx :Disponível apenas para etapas detemperatura.

0,1–2,5 °C por segundon Para os sistemas CFX Opus
Deepwell Dx:
0,1–2,5 °C por segundo
Increment

Um número de -10,0 a 10,0 °C por

Instrui o termociclador a alterar a(Incremento)

ciclo, em décimos de grau

temperatura-alvo de uma etapa a cada
ciclo, em que um número positivo aumenta
a temperatura e um número negativo
diminui a temperatura.
Disponível apenas para etapas detemperatura.

ExtendUm tempo de -60 a 60 segundos

Instrui o termociclador a estender o tempo(Estender)

por ciclo

de espera a cada ciclo. Um número positivo
aumenta o tempo de espera e um número
negativo diminui o tempo de espera.
Disponível para etapas de temperatura e
gradiente.

Beep (Sinal(Nenhum parâmetro)sonoro)Instrui o termociclador a emitir um sinal
sonoro para sinalizar que o termociclador
atingiu a temperatura desejada para essa
etapa.
Disponível apenas para etapas detemperatura.

Plate read
(Leitura da placa)(Nenhum parâmetro)

Instrui o termociclador a adicionar uma
leitura de placa à etapa selecionada.
Disponível para etapas de temperatura e
gradiente.

Guia do usuário | 101

Capítulo 7 Criar protocolos

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)
Use o Protocol Editor (Editor de protocolo) para criar, abrir, revisar e editar um protocolo. Por padrão, oProtocol Editor (Editor de protocolo) exibe um protocolo genérico de duas etapas em tempo real parauma placa de 96 poços.

LEGENDA1.

A barra de menus fornece acesso rápido aos comandos de menu File (Arquivo), Settings(Configurações) e Tools (Ferramentas).

2.

A barra de ferramentas fornece acesso rápido para salvar e imprimir o protocolo, determinaronde inserir uma etapa, definir o volume da amostra e visualizar o tempo estimado de corrida
do protocolo.

3.

O painel principal exibe uma representação gráfica do protocolo.

4.

O painel inferior exibe o esquema do protocolo.

5.

O painel esquerdo exibe os controles de protocolo que é possível adicionar para personalizar oprotocolo.

102 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)

Comandos do menu File (Arquivo)
Save (Salvar) — salva o protocolo atual.
Save As (Salvar como) — salva o protocolo atual com um novo nome ou em um novo local.
File Passwords (Senhas de arquivo) — permite que os usuários definam senhas para salvar e abrir os
arquivos.
Dica: para obter mais informações, consulte Proteger arquivos com senha na página 52.
Close (Fechar) — fecha o Protocol Editor (Editor de protocolo).

Comandos do menu Settings (Configurações)Lid Settings (Configurações da tampa) — abre a caixa de diálogo Lid Setting (Configuração da tampa)
na qual é possível alterar ou definir a temperatura da tampa.

Comandos do menu Tools (Ferramentas)
Gradient Calculator (Calculadora de gradiente) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível
selecionar o tipo de bloco para uma etapa de gradiente. O padrão é 96 poços.
Run time Calculator (Calculadora de tempo de corrida) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível
selecionar o tipo de placa e modo de leitura para calcular o tempo de corrida estimado na janela Run
Setup (Configuração de corrida). O padrão é 96 poços, todos os canais.

Comandos da barra de ferramentas— salva o arquivo de protocolo atual.

— imprime a janela selecionada.

— use este comando para selecionar onde inserir etapas com relação à etapa
atualmente selecionada.

— use este comando para inserir um volume de amostra em µl. Os volumes deamostra diferem dependendo do tipo de bloco:nPara um bloco de 96 poços, o intervalo é 0–50 µl.

Guia do usuário | 103

Capítulo 7 Criar protocolosnPara um bloco de 384 poços, o intervalo é 0–30 µl.

nPara um bloco de 96 poços fundos, o intervalo é 0–125 µl.

— exibe o tempo de corrida estimado com base nas etapas de protocolo, taxa
de elevação e o tipo de bloco selecionado.

— exibe informações de ajuda sobre protocolos.

Controles de edição de protocolo
O painel da esquerda da janela do Protocol Editor (Editor de protocolo) contém controles que podem ser
usados para criar protocolos.
Cada controle consiste em um conjunto de parâmetros que representam uma etapa no protocolo. É
possível modificar cada parâmetro e adicioná-los ou removê-los para customizar seu protocolo. Estaseção descreve as opções em cada controle.
nInsert Step (Inserir etapa) — insere uma etapa antes ou depois da etapa
selecionada. É possível editar os valores de temperatura e tempo deretenção na exibição gráfica do protocolo ou no traçado do protocolo.

n

Insert Gradient (Inserir gradiente) — insere uma etapa de gradiente
com base no tipo de bloco de poços selecionado na calculadora degradiente. É possível editar o intervalo do gradiente no painel Gradient(Gradiente) que aparece quando uma etapa de gradiente é inserida.

nInsert GOTO (Inserir IR PARA) — insere uma etapa cíclica (loop), que
informa ao software para repetir etapas específicas em sequência paraum número especificado de ciclos. As repetições começam depois doprimeiro ciclo ser concluído. Por exemplo, é possível informar o software
para executar 39 repetições das etapas 2–4. Depois da repetição final, o software terá realizado as
etapas 2–4 um total de 40 vezes. É possível editar a etapa de retorno (GOTO (IR PARA)) e o número
de ciclos na exibição gráfica do protocolo ou no traçado do protocolo.
n

Insert Melt Curve (Inserir curva de fusão) — insere uma etapa de leitura de curva de fusão.

104 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)n

Insert Plate Read to Step (Inserir leitura de placa na etapa) — adiciona um comando de leitura deplaca para a etapa selecionada. Uma leitura de placa mede a quantidade de fluorescência ao fim deum ciclo. A etapa de leitura de placa etapa geralmente é a última etapa em um loop GOTO (IRPARA).
Dica: depois de adicionar um comando de leitura de placa a uma etapa, o botão será mudado
para Remove Plate Read (Remover leitura de placa) ao selecionar a etapa.

nRemove Plate Read (Remover leitura de placa) — remove um comando de leitura de placa daetapa selecionada.
Dica: depois de remover um comando de leitura de placa de uma etapa, o botão será mudado
para Add Plate Read to Step (Adicionar leitura de placa à Etapa) ao selecionar a etapa.

n

Step Options (Opções de etapa) — abre a caixa de diálogo Step Options (Opções da etapa) e exibe
as opções disponíveis para a etapa selecionada. Consulte Opções de etapa na página 106 para
informações detalhadas sobre as opções da etapa.
Dica: também é possível acessar Step Options (Opções de etapa) clicando com o botão direito
do mouse na etapa na exibição gráfica.

nDelete Step (Excluir etapa) — exclui a etapa selecionada do protocolo.

Guia do usuário | 105

Capítulo 7 Criar protocolosOpções de etapa
Abra a caixa de diálogo Step Options (Opções de etapa) para exibir as opções que você pode adicionar,alterar ou remover de uma etapa.

nPlate Read (Leitura de placa) — quando selecionado, adiciona uma leitura de placa à etapa.

nTemperature (Temperatura) — configura a temperatura alvo para a etapa selecionada.

nGradient (Gradiente) — configura o intervalo do gradiente para a etapa; o intervalo é de 1 a 24° C.
Observação: um gradiente é executado com a temperatura mais baixa na frente do bloco(nesta imagem, linha H) e a temperatura mais alta na parte de trás do bloco (nesta imagem,
linha A).

n

Increment (Incremento) — a quantidade para aumentar (ou diminuir) a temperatura da etapa
selecionada; esse valor é adicionado à temperatura alvo em cada ciclo. O intervalo é de ± 0,1 a
10° C.
Observação: para diminuir a temperatura, digite um sinal de menos (-) antes do valor numérico
(por exemplo, -5° C).

n

Ramp Rate (Intervalo de rampa) — a taxa de rampa para a etapa selecionada; o intervalo depende
do tamanho do bloco.

nTime (Tempo) — o tempo de espera para a etapa selecionada.

106 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Protocol Editor (Editor de protocolo)n

Extend (Estender) — a quantidade de tempo (em segundos) para estender ou diminuir a etapa
selecionada; esta opção é adicionada ao tempo de espera em cada ciclo; o intervalo é de ±1 a 60
segundos.

n

Beep (Sinal sonoro) — quando selecionado, um sinal sonoro é emitido durante a etapa.
Dica: quando você insere um número que está fora do intervalo de opções, o software altera onúmero para a entrada mais próxima dentro do intervalo.

Guia do usuário | 107

Capítulo 7 Criar protocolos

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)
Usando o Protocol Editor (Editor de protocolo), é possível criar arquivos de protocolo personalizado.
Também é possível editar e salvar arquivos de protocolo salvos anteriormente ou arquivos de protocolo
de amostra enviados com o CFX Maestro Dx SE.
Para criar um novo arquivo de protocolo, faça o seguinte:nAbrir um arquivo de protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo).
Dica: é possível abrir um protocolo novo ou existente no Protocol Editor (Editor de protocolo).

n

Configurar o novo protocolo.

nAdicionar etapas ao protocolo a partir do painel de controles de protocolo.

n

Editar as propriedades das etapas.

n

Salvar o protocolo.

Dica: para criar um novo protocolo a partir de um salvo anteriormente ou de um modelo de arquivode protocolo, consulte Abrir um protocolo existente no Protocol Editor (Editor de protocolo) na página
110.

Abrir um novo arquivo de protocolo no Protocol Editor (editor deprotocolo)
O CFX Maestro Dx SE oferece várias opções para abrir um novo arquivo de protocolo:n

No menu File (Arquivo) na janela inicialn

Na caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida) na janela inicialn

Na caixa de diálogo do Startup Wizard (Assistente de inicialização) na janela inicial

Para abrir um novo arquivo de protocolo a partir do menu File (Arquivo)uNa janela Home (Início), selecione File (Arquivo) > New (Novo) > Protocol (Protocolo).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o layout da protocolo padrão.
Dica: para obter informações sobre como configurar o seu protocolo padrão, consulte Alterar as
configurações de arquivo padrão na página 86.

108 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Abrir um novo protocolo na caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida)
1.

Na janela Home (Início), execute uma das opções a seguir para abrir a caixa de diálogo Run Setup(Configuração de corrida):nSelecione Run (Executar) > User-defined Run (Corrida definida pelo usuário).

nClique em User-defined Run Setup (Configuração de corrida definida pelo usuário) na barra deferramentas.

A caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida) abre na guia Protocol (Protocolo) e exibe
seu arquivo de protocolo padrão.
2.

Clique em Create New (Criar novo).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o protocolo em tempo real padrão.

Abrir um novo arquivo de protocolo a partir do Startup Wizard (Assistente de inicialização)1.

Na janela Home (Início), execute uma das opções a seguir para abrir o Startup Wizard (Assistente deinicialização), se não estiver na visualização:n

Selecione View (Exibir) > Startup Wizard (Assistente de inicialização).

nClique em Startup Wizard (Assistente de inicialização) na barra de ferramentas.

2.

Se necessário, selecione o tipo de instrumento na lista suspensa.

3.

Clique em User-defined (Definido pelo usuário) como run type (tipo de corrida).
A caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida) abre na guia Protocol (Protocolo) e exibe oarquivo de protocolo padrão.

4.

Clique em Create New (Criar novo).
A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o protocolo em tempo real padrão.

Para abrir um novo protocolo a partir do menu Run (Executar)
1.

Na janela Home (Início), execute uma das opções a seguir para abrir a caixa de diálogo Run Setup(Configuração de corrida):nSelecione Run (Executar) > User-defined Run (Corrida definida pelo usuário).

nClique em User-defined Run Setup (Configuração de corrida definida pelo usuário) na barra deferramentas.

A caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida) abre na guia Protocol (Protocolo) e exibe
seu arquivo de protocolo padrão.
2.

Clique em Create New (Criar novo).

Guia do usuário | 109

Capítulo 7 Criar protocolos

A janela Protocol Editor (Editor de protocolo) abre exibindo o protocolo em tempo real padrão.

Abrir um protocolo existente no Protocol Editor (Editor deprotocolo)
O CFX Maestro Dx SE fornece arquivos de protocolo de amostra que é possível editar e salvar como
novos protocolos customizados. Também é possível criar um novo protocolo a partir de um protocolo
personalizado existente.

Abrir um arquivo de protocolo de amostra
1.

Na janela Home (Início), selecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > Protocol (Protocolo).
Por padrão, o Windows Explorer abre o local da pasta de arquivos Sample (Amostra) do
CFX Maestro Dx SE.

2.

Abra a pasta de arquivos Sample (Amostra). Você verá as seguintes pastas:n

ConventionalProtocols — contém exemplos de arquivos de protocolo para análise tradicionalde PCR.

n

DataFiles — contém exemplos de arquivos de dados que é possível usar para explorar osrecursos do CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration — contém exemplos de arquivos de protocolo para uso com a Precision Melt
Analysis (Análise de fusão de precisão) do software Bio-RadnPlates — contém exemplos de arquivos de placa.

n

RealTimeProtocols – contém exemplos de arquivos de protocolo para análise de PCR em
tempo real.

3.

Abra a pasta do protocolo para o tipo de corrida que você planeja executar, ConventionalProtocols
ou RealTimeProtocols.

4.

Selecione o protocolo de sua escolha e clique em Open (Abrir).
O arquivo da protocolo é aberto na janela Plate Editor (Editor de protocolo).

5.

Selecione File (Arquivo) > Save As (Salvar como) e salve o protocolo com um novo nome ou em uma
nova pasta.

Abrir um protocolo existente
1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > Protocol (Protocolo), navegue, selecione a protocolo
alvo e clique em Open (Abrir).

110 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)n

Abra o Startup Wizard (Assistente de inicialização) e execute uma das seguintes opções:oPara editar o protocolo exibido, clique em Edit Selected (Editar selecionado).

oPara editar outro protocolo existente, clique em Select Existing (Selecionar existente) e
navegue até o arquivo alvo.

O protocolo é aberto na janela Plate Editor (Editor de protocolo).
2.

Selecione File (Arquivo) > Save As (Salvar como) e salve o protocolo com um novo nome ou em uma
nova pasta.

Configurar um novo protocolo
Dica: se o arquivo de protocolo incluir os parâmetros necessários (por exemplo, se estiver editando
um arquivo de placa existente), poderá ignorar esta seção. Siga para Adicionar etapas em um
protocolo na página 113.
Novos arquivos de protocolo requerem os seguintes parâmetros:nTipo de bloconModo de leitura para o tipo de bloco selecionadonTemperatura da tampanVolume de amostras

Guia do usuário | 111

Capítulo 7 Criar protocolos

Configurar o tipo de bloco
O CFX Maestro Dx SE calcula automaticamente os incrementos de temperatura para etapas degradiente com base no tipo de bloco.
Observação: o tipo de placa definido no Protocol Editor (Editor de protocolo) deve ser o mesmo quea placa no módulo de reação.

Para configurar o tipo de blocou

Na janela do Protocol Editor (Editor de protocolo), selecione Tools (Ferramentas) > Gradiente
Calculator (Calculadora de gradiente) e escolha o tipo de placa apropriado na lista suspensa exibida.

Selecionar o modo de leitura para o tipo de bloco selecionado
Para determinar o tempo de corrida do protocolo, selecione o tipo de bloco alvo e o modo de leitura.

Selecionar o tipo de bloco e o modo de leiturau

Na janela do Protocol Editor (Editor de protocolo), selecione Tools (Ferramentas) > Calculator(Calculadora) de tempo de corrida e escolha o tipo de placa e o modo de leitura apropriados na lista
suspensa exibida.

Ajustar a temperatura da tampa
O CFX Maestro Dx SE define as temperaturas padrão da tampa conforme o seguinte:nInstrumentos de 96 poços e poços profundos — 105,0 °CnInstrumentos de 384 poços — 95,0 °C

É possível alterar as configurações padrão ou desligar o aquecedor da tampa conforme necessário parao protocolo.

Ajustar a temperatura da tampa
1.

Na janela Plate Editor (Editor de placa), selecione Settings (Configurações) > Lid Settings(Configurações da tampa).
A caixa de diálogo Lid Settings (Configurações da tampa) aparece.

2.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione User Defined (Definido pelo usuário) e insira um valor de temperatura na caixa detexto.

n

Selecione Turn Off Lid Heater (Desligar o aquecedor de tampa).

Clique em OK para aceitar as alterações e fechar a caixa de diálogo.

112 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Configurar o volume de amostra
Por padrão, o CFX Maestro Dx SE define o volume de amostra para cada poço para 25 µl. Os volumes deamostra diferem dependendo do tipo de bloco, por exemplo:n

0 a 50 µl para um bloco de 96 poçosn

0 a 30 µl para um bloco de 384 poços

O instrumento usa um dos dois modos de controle de temperatura para determinar quando a amostra
atinge a temperatura alvo em um protocolo:nCalculated mode (Modo calculado) — quando o volume da amostra é ajustado para um volume
diferente de zero apropriado para o bloco, o instrumento calcula a temperatura da amostra com baseno volume da amostra. Este é o modo padrão.

nBlock mode (Modo de bloco) — quando o volume da amostra é ajustado para zero (0) µl, o
instrumento registra a temperatura da amostra como a mesma que a temperatura medida no bloco.

Definir o volume de amostra para um bloco específico
u

Na janela do Plate Editor (Editor de placa), digite o valor correto na caixa de texto Sample Volume(Volume de amostra) na barra de ferramentas.

Dica: é possível alterar o volume de amostra padrão na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário). Consulte Alterar as configurações de arquivo padrão na página 86.

Adicionar etapas em um protocolo
Para adicionar etapas em um protocolo
1.

Abra o protocolo na janela Protocol Editor (Editor de protocolo).

2.

Determine onde inserir a nova etapa. Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After(Depois) na lista suspensa Step (Etapa).

3.

No gráfico, selecione a etapa anterior ou posterior à qual você planeja inserir a nova etapa.

4.

No painel esquerdo, clique em Insert Step (Inserir etapa).

5.

Para alterar a temperatura ou o tempo de espera, clique no valor padrão do gráfico ou no esboço doprotocolo e digite um novo valor.

6.

(Opcional) No painel esquerdo, clique em Step Options (Opções de etapa) para exibir a caixa dediálogo Step Options (Opções de etapa) e modifique as opções disponíveis para a etapa
selecionada.

Guia do usuário | 113

Capítulo 7 Criar protocolos

Dica: é possível acessar a caixa de diálogo Step Options (Opções de etapa) no menu de clique
com o botão direito no painel do gráfico ou no painel de esboço do protocolo.
7.

Clique em OK e, em seguida, clique em Yes (Sim) para salvar as alterações do protocolo.
A caixa de diálogo Save As (Salvar como) aparece.

8.

Na caixa de diálogo Save As (Salvar como), digite um nome para o novo arquivo de protocolo eclique em Save (Salvar).

Inserir uma etapa de gradiente
Inserir uma etapa de gradiente
1.

Verifique se o tamanho de placa para o gradiente é o mesmo do tipo de bloco do instrumento, 96
poços, 384 poços ou poços profundos.

2.

Se isso ainda não tiver sido feito, selecione o tamanho da placa para o gradiente:
Selecione Tools (Ferramentas) > Gradient Calculator (Calculadora de gradiente) e escolha o tipo depoço apropriado da lista suspensa.

3.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

4.

No painel de gráfico ou contorno, selecione a etapa antes ou depois da qual você planeja inserir a
etapa de gradiente.

5.

No painel esquerdo, clique em Insert Gradient (Inserir Gradiente). A nova etapa de gradiente édestacada no painel de gráfico e contorno, por exemplo:

114 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

A temperatura de cada linha do gradiente aparece na tabela Gradient (Gradiente) no painel dadireita.
6.

Para editar o intervalo de temperatura do gradiente, execute uma das seguintes opções:nClique na temperatura padrão no de painel gráfico ou contorno e insira uma nova temperatura.

nClique em Step Options (Opções de etapa) para inserir o intervalo de gradiente na janela Step
Options (Opções de etapa).

nAltere o valor de Range (Intervalo) na tabela Gradient (Gradiente).

7.

Para editar o tempo de retenção, clique no tempo padrão na visualização de gráfico ou texto e digite
um novo tempo.

8.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações.

Inserir uma etapa GOTO (IR PARA)
Observação: não é possível inserir uma etapa GOTO (IR PARA) dentro de um conjunto GOTO (IRPARA); não é possível criar loops GOTO (IR PARA) aninhados.

Guia do usuário | 115

Capítulo 7 Criar protocolos

Inserir uma etapa GOTO (IR PARA)
1.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

2.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual você planeja inserir a etapa GOTO (IR PARA).

3.

No painel esquerdo, clique em Insert GOTO (Inserir IR PARA).

4.

Para editar o número da etapa GOTO (IR PARA) ou o número de repetições GOTO (IR PARA),
selecione o número padrão no painel gráfico ou de contorno e insira um novo valor.

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações.

Inserir uma etapa Melt Curve (Curva de fusão)Dica: não é possível inserir uma etapa de curva de fusão dentro de um loop GOTO (IR PARA).
Observação: a etapa de curva de fusão inclui uma retenção de 30 s no início da etapa que não é
mostrada no protocolo.

Inserir uma etapa de curva de fusão
1.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

2.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual você planeja inserir a etapa de curva de fusão.

116 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)3.

No painel esquerdo, clique em Insert Melt Curve (Inserir curva de fusão). A nova etapa de curva defusão é destacada no painel de gráfico e contorno, por exemplo:

4.

Para editar o intervalo de temperatura ou tempo de incremento da fusão, selecione o número padrão
no painel gráfico ou de contorno e insira um novo valor.

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações.

Guia do usuário | 117

Capítulo 7 Criar protocolos

Adicionar ou remover uma etapa de leitura de placa
Dica: depois de adicionar um comando de leitura de placa a uma etapa, o botão será mudado para
Remove Plate Read (Remover leitura de placa) ao selecionar a etapa.

Para adicionar uma leitura de placa em uma etapa
1.

Na barra de ferramentas, selecione Before (Antes) ou After (Depois) na lista suspensa Insert Step
(Inserir etapa).

2.

No gráfico, selecione a etapa antes ou depois da qual você planeja inserir a etapa de leitura deplaca.

3.

No painel da esquerda pane, clique em Add Plate Read to Step (Adicionar leitura de placa à etapa)
para adicionar uma leitura de placa à etapa selecionada.

4.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar as alterações.

Para remover uma leitura de placa de uma etapau

No gráfico, selecione a etapa contendo a leitura de placa e clique em Remove Plate Read (Removerleitura de placa) no painel da esquerda.

Alterar opções de etapa
Alterar opções de etapa para uma etapa selecionada
1.

Selecione a etapa desejada no painel gráfico ou de contorno.

2.

No painel esquerdo, clique em Step Options (Opções de etapa) para abrir a caixa de diálogo Step
Options (Opções de etapa).
Como alternativa, clique com o botão direito do mouse na etapa desejada no painel e selecione Step
Options (Opções de etapa) no menu exibido.

3.

Para adicionar, modificar ou remover opções:n

Digite um valor na caixa de texto apropriada.

n

Edite um valor na caixa de texto específica.

n

Selecione ou desmarque uma caixa de seleção.

4.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo Step Options (Opções de etapa).

5.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar o protocolo.

118 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo)

Excluir uma etapa
Importante: não é possível desfazer esta função. Tome cuidado ao excluir etapas.

Para excluir uma etapa no protocolo
1.

Selecione a etapa no painel gráfico ou de contorno.

2.

No painel da esquerda, clique em Delete Step (Excluir etapa) para excluir a etapa selecionada.

3.

Clique em OK e em Yes (Sim) para salvar o protocolo.

Copiar, exportar ou imprimir um protocolo
Para copiar um protocolouClique com o botão direito do mouse no contorno do protocolo e selecione Copy Protocol (Copiar
protocolo).
É possível colar o contorno em um arquivo .txt, .xls, .doc ou .ppt.

Para exportar um protocolo
1.

Clique com o botão direito do mouse no contorno do protocolo e selecione Export Protocol (Exportar
protocolo).
A caixa de diálogo Save As (Salvar como) aparece.

2.

(Opcional) No Windows Explorer, navegue até uma pasta na qual salvar o arquivo do protocolo.

3.

Em File Name (Nome do arquivo), digite um nome para o arquivo de protocolo exportado.

4.

Clique em Save (Salvar).

Para imprimir um protocolouClique com o botão direito do mouse no contorno do protocolo e selecione Print (Imprimir).
É possível imprimir o contorno do protocolo em sua impressora padrão.

Guia do usuário | 119

Capítulo 7 Criar protocolos

Criar um protocolo com o Protocol AutoWriter (Gravador
automático de protocolo)
Importante: a Bio-Rad não garante que a corrida de um protocolo criado com o Protocol AutoWriter(Gravador automático de protocolo) sempre resultará em um produto PCR.
O Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo do CFX Maestro Dx SE gera automaticamente
protocolos de ciclagem com base nos seguintes parâmetros de entrada:nAmplicon length (Comprimento do Amplicon) — o comprimento esperado do produto PCRnAnnealing temperature (Temperatura de anelamento) — a reação Ta para os primers sendo
usadosSe o Ta for desconhecido, será possível usar a calculadora Ta para calculá-lo automaticamente com
base em sua sequência de primers.
Observação: a Ta é ajustado a partir da informação da temperatura de fusão do primer (Tm),que é baseada na enzima selecionada e na velocidade do protocolo.

n

Enzyme type (Tipo de enzima) — a enzima DNA polimerase (DNA polimerase iTaq, iProof ou outra)
Se você usar uma enzima diferente de DNA polimerase iTaq ou iProof, poderá inserir informações
adicionais, incluindo o intervalo de gradiente, o tempo de ativação de hot-start (em segundos) e o
tempo de extensão final (em segundos).

n

Run speed (Velocidade de corrida) — a velocidade da reação (standard (padrão), fast (rápida) ou
ultrafast (ultrarrápida))
O Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo) otimiza o protocolo, dependendo daconfiguração de velocidade selecionada. O tempo total de corrida é determinado pelo número deetapas e ciclos, o tempo de incubação em cada etapa e o tempo necessário para atingir a
uniformidade na temperatura desejada.

Usando parâmetros inseridos e diretrizes padrão de PCR, o Protocolo AutoWriter (Gravador automático
de protocolo) gera automaticamente um protocolo de PCR personalizado com etapas de início a quente,desnaturação inicial, anelamento e extensão. É possível então visualizar uma representação gráfica do
protocolo sugerido e editar, executar ou salvar o protocolo.

120 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um protocolo com o Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo)

Criar um novo protocolo usando o Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo)
do CFX Maestro Dx SE
1.

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Protocol AutoWriter (Gravador automático
de protocolo).
A caixa de diálogo Protocol AutoWriter (Gravador automático de protocolo) aparece.

2.

Na seção Enter Target Values/Enzyme (Inserir Valores/Enzimas de alvo), execute uma das
seguintes opções:n

Insira Annealing temperature (Temperatura de anelamento) (Ta) para os primers em uso, sesouber.
Dica: consulte Usar a Ta Calculator (Calculadora Ta) na página 122 para obter mais
informações.
Observação: para obter informações sobre os cálculos usados na Ta Calculator(Calculadora de Ta), consulte Breslauer et al. 1986.

n

Digite o comprimento do amplicon em pares de bases (bp).

nSelecione um tipo de enzima a partir da lista de opções iTaq DNA polymerase (DNA polimerase
iTaq), iProof DNA polymerase (DNA polimerase iProof) ou Other (Outra).
Dica: Se você selecionar Other (outro) como o tipo de enzima, os parâmetros na seção
Additional Parameters (Optional) (Parâmetros Adicionais (Opcional)) se tornarão ativos.

Guia do usuário | 121

Capítulo 7 Criar protocolos

3.

Se você selecionou Other (outro) como o tipo de enzima, será possível adicionar um ou todos osparâmetros a seguir ao protocolo:n

Gradient range (Intervalo do gradiente)n

Hot start activation temperature (Temperatura de ativação de partida a quente)nFinal extension time (Tempo de extensão final)

4.

Na seção Type (Tipo), mova a barra deslizante para selecionar uma velocidade de protocolo(Standard (Padrão), Fast (Rápida) ou Ultrafast (Ultrarrápida)). O CFX Maestro Dx SE ajusta o tempo
de corrida total.

5.

Selecione o tipo de PCR para corrida (Real-time PCR (PCR em tempo real) é o padrão).
Com o Real-time PCR (PCR em tempo real), o CFX Maestro Dx SE adiciona uma etapa de leitura deplaca para coletar dados de fluorescência.

6.

Na seção Preview (Visualização), revise o protocolo. É possível fazer alterações, conforme
necessário.

7.

Execute uma das seguintes opções:nClique em OK para salvar o novo protocolo. Depois de salvá-lo, o protocolo é aberto no Startup
Wizard (Assistente de inicialização). Clique em Edit Selected (Editar selecionado) para fazer
qualquer alteração no protocolo. Por exemplo, você pode precisar alterar a temperatura datampa e o volume da amostra.

nClique em Cancel (Cancelar) para fechar a janela sem salvar o protocolo.

Usar a Ta Calculator (Calculadora Ta)
Quando a temperatura de anelamento para o primer é desconhecida, é possível usar o Ta Calculator(Calculadora Ta) para calcular o valor. É possível usar o valor no Protocol AutoWriter (Gravador
automático de protocolo) ou no Protocol Editor (Editor de protocolo) para criar seu protocolo.

Sobre a Ta Calculator (Calculadora Ta)
A Ta Calculator (Calculadora Ta) calcula o valor Tm para cada primer, além do valor Ta para o protocolo
na velocidade padrão.
O Ta para o protocolo é baseado no primer médio de valores Tm com as seguintes regras aplicadas:n

Se a diferença entre os valores do primer Tm for >4 °C, o Ta = (menor dos dois valores do primer Tm+ 2) – 4 °Cn

Se a diferença entre os valores Tm for ≤4 °C, o Ta = (média dos valores do Tm) – 4 °C

122 | Software CFX Maestro Dx SE

Usar a Ta Calculator (Calculadora Ta)

Método de contagem de pares de bases
Para cada primer, a Ta Calculator (Calculadora Ta) usa o método de contagem de pares de bases parasequências de 14 pares de bases (pb) ou menos.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
em que w, x, y e z são os números das bases A, T, G e C na sequência, respectivamente.

Método de vizinho mais próximo
Para sequências mais longas do que 14 bp, o método de vizinho mais próximo é usado. No método devizinho mais próximo, os cálculos de temperatura de fusão são baseados na relação termodinâmica
entre entropia (ordem ou uma medida da aleatoriedade do oligonucleotídeo), entalpia (calor liberado ou
absorvido pelo oligonucleotídeo), energia livre e temperatura.
∆H = ∆G + T* ∆Sem que:n∆H = valor de entalpia, Cal/Mole*Kn

T = temperatura, Kelvinn∆S = valor de entropia, Cal/Mol*Kn∆G = energia livre de Gibbs em Cal/Mol*K

As mudanças na entropia e na entalpia são calculadas diretamente pela soma dos valores para os paresde nucleotídeos mostrados na Tabela 8 (Breslauer et al. 1986).
A relação entre a energia livre e a concentração dos reagentes e produtos em equilíbrio é dada por:
∆G = R*T*ln ((DNA * Primer)/(DNA + Primer))onde R é a constante do gás (1,986 Cal/Mol*K).
Substituir G nas duas equações e solucionar T resulta em
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Primer)/(DNA + Primer)))supondo que as concentrações de DNA e complexo DNA-primer sejam iguais.
Foi determinado empiricamente que há uma alteração de 5 kcal de energia livre (3,4 kcal) (Sugimoto etal. 1996) durante a transição de DNA de linhagem individual para o DNA da forma B. Isso épresumivelmente a energia de iniciação da hélice. Por fim, adicionar um ajuste salino dá a equação que acalculadora Ta usa:
T = (∆H - 5(KCal/K*Mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16,6 log10 (Molaridade do sal)

Guia do usuário | 123

Capítulo 7 Criar protocolosNão é necessária a constante de ajuste para a concentração do sal, uma vez que os vários parâmetros
foram determinados em 1 M NaCl e o log10 de 1 é zero.
Os cálculos termodinâmicos supõem que o anelamento ocorra no pH 7,0. Os cálculos de Tm supõem que
as sequências não sejam simétricas e contêm pelo menos um G ou C.
A sequência do oligonucleotídeo deve ter pelo menos 14 bases de comprimento para resultar em valores
de Tm razoáveis. Menos de 14 bases usam o método de contagem de pares de bases (consulte a Tabela
8 a seguir).
Tabela 8. Constantes de interação de Breslauer

Interação

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

124 | Software CFX Maestro Dx SE

Usar a Ta Calculator (Calculadora Ta)

Usar a Ta Calculator (Calculadora Ta)
Para usar a Ta Calculator (Calculadora Ta)
1.

Para abrir a Ta Calculator (Calculadora Ta), faça uma das seguintes opções:n

Se atualmente você estiver no gravador automático de protocolo, clique em Ta Calculator(Calculadora Ta).

n

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Ta Calculator (Calculadora Ta).

A caixa de diálogo Ta Calculator (Calculadora Ta) aparece.

2.

Na caixa de diálogo Forward Primer (Primer de avanço), digite ou cole a sequência de primer deavanço.
Dica: também é possível usar os botões A, T, G, C no lado esquerdo da caixa de diálogo para
inserir a sequência.

3.

Digite ou cole a sequência do primer reverso na caixa de texto Reverse Primer (Primer reverso).

4.

Clique em Calculate (Calcular).

Guia do usuário | 125

Capítulo 7 Criar protocolos

A Ta Calculator (Calculadora Ta) calcula e exibe o Tm de cada primer e os valores médios de Tm eTa, por exemplo:

Se os valores de primer Tm tiverem mais de 4 °C de distância, o Protocol AutoWriter (Gravador
automático de protocolo) usa o valor mais baixo de primer Ta + 2 °C como base para cálculo do valor
de Ta, que pode ser modificado ainda mais alterando a enzima e a velocidade de reação.
A Ta Calculator (Calculadora Ta) gera uma temperatura de anelamento para a velocidade padrão
com a polimerase de DNA iTaq. Ao usar uma enzima diferente, as configurações de velocidade
ajustam automaticamente o Ta.
5.

Execute uma das seguintes opções:n

Se a Ta Calculator (Calculadora Ta) tiver sido aberta pelo Protocol AutoWriter (Gravador
automático de protocolo), clique em OK. Você retornará ao Protocol AutoWriter (Gravador
automático de protocolo). A temperatura de anelamento é modificada automaticamente.

n

Se a Ta Calculator (Calculadora Ta) tiver sido aberta pelo menu Tools (Ferramentas), grave oscálculos e clique em Cancel (Cancelar) para fechar a calculadora.

126 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 8 Preparar placas
Um arquivo de placa contém informações sobre parâmetros de corrida, como modo de verificação,fluoróforos e conteúdo do poço. Após a corrida, o CFX Maestro Dx Software, Security Edition associa oconteúdo do poço aos dados de fluorescência coletados durante a corrida e aplica a análise apropriada
na janela Data Analysis (Análise de dados). Por exemplo, poços carregados com o tipo de amostrapadrão são usados para gerar uma curva padrão.
O CFX Maestro Dx SE oferece duas opções para criar placas: o Plate Editor (Editor de placa) para
corridas de PCR em tempo real e o Setup Wizard (Assistente de configuração) para análise de expressão
gênica normalizada.
O Plate Editor (Editor de placa) inclui os seguintes recursos:nFluoróforos padrão e tipos de amostras para atribuir a poços de placa.

nCapacidade de configurar alvo de referência e amostra de controle para análise de expressão
gênica.

nCapacidade de editar a configuração da placa antes, durante ou depois de uma corrida.

nCapacidade de salvar arquivos de placa para reutilização.

nCapacidade de imprimir o arquivo de placa em uma impressora padrão.

O Setup Wizard (Assistente de configuração) orienta você através da criação de um layout de placa paraanálise de expressão gênica normalizada. É possível usar o Setup Wizard (Assistente de configuração)antes, durante ou depois de uma corrida.

Guia do usuário | 127

Capítulo 8 Preparar placas

Janela do Plate Editor (Editor de placa)
Use o Plate Editor (Editor de placa) para criar placas personalizadas ou modificar placas existentes.

LEGENDA1.

A barra de menus fornece acesso rápido aos comandos do menu File (Arquivo) e Settings(Configurações), bem como às opções de ferramentas de edição de placas.

2.

A barra de ferramentas fornece acesso rápido a funções importantes de carregamento deplacas.

3.

O painel principal exibe o esboço da placa e as opções da placa à medida que são aplicadas.

4.

O painel direito exibe as opções usadas para customizar a sua placa.

5.

O painel inferior exibe o tipo de placa e fornece acesso rápido às opções de visualização.

Comandos do menu File (Arquivo)
Save (Salvar) — salva o arquivo de dados da placa no local especificado na guia File (Arquivo) na caixa
de diálogo User Preferences (Preferências do usuário). Consulte Alterar as configurações de arquivopadrão na página 86 para obter mais informações. Este item de menu está disponível somente ao criar
um novo arquivo de placa.

128 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela do Plate Editor (Editor de placa)

Save As (Salvar como) — salva o arquivo de dados de placa aberto com um novo nome fornecido pelo
usuário. Este item de menu está disponível somente ao criar um novo arquivo de placa.
File Passwords (Senhas de arquivo) — permite que os usuários definam senhas para salvar e abrir os
arquivos.
Extract Plate (Extrair placa) — abre uma caixa de diálogo na qual é possível extrair/salvar o arquivo deplaca (.pltd). Este item de menu está disponível somente ao visualizar ou editar um arquivo de placa
existente.
Print (Imprimir) — imprime o arquivo de dados de placa aberto.
Close (Fechar) — fecha o Plate Editor (Editor de placa).

Comandos do menu Edit (Editar)
Undo (Desfazer) — reverte uma alteração para um arquivo de placa até que a placa seja salva.
Redo (Refazer) — inverte a ação Undo (Desfazer) mais recente, a menos que o arquivo de placa tenhasido salvo.

Comandos do menu Settings (Configurações)Plate Size (Tamanho da placa) — abre uma caixa de diálogo a partir da qual é possível selecionar um
tamanho de placa para a corrida.
Observação: o tamanho da placa deve ser o mesmo que o tamanho do bloco no instrumento
no qual a corrida é executada.
Escolha 96 poços para:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Escolha 384 poços para:n

CFX Opus 384 Dx

Plate Type (Tipo de placa) — permite que você escolha o tipo de poços na placa que contém suas
amostras, BR White (BR branco) ou BR Clear (BR transparente). Para uma análise de dados precisa, otipo de placa selecionado deve ser o mesmo que o tipo de placa usado na corrida.
Observação: deve-se calibrar os novos tipos de placa. Consulte Calibrar novos corantes napágina 78 para obter mais informações.
Number Convention (Convenção de números) — permite que você selecione ou desmarque a opção
para exibir unidades em notação científica. O padrão é exibir unidades em notação científica.

Guia do usuário | 129

Capítulo 8 Preparar placas

Units (Unidades) — permite que você escolha as unidades a serem exibidas nas planilhas ao realizar aquantificação de incógnitas versus uma curva padrão.

Editar os comandos do menu Tools (Ferramentas)
Setup Wizard (Assistente de configuração) — abre o Setup Wizard (Assistente de configuração), no qualé possível definir o layout e os parâmetros de análise para a placa atual. É possível usar o Setup Wizard(Assistente de configuração) antes, durante ou depois de uma corrida ser concluída.
Spreadsheet View/Importer (Visualizar/importar planilha) — abre a caixa de diálogo View (Visualizar),que exibe o layout da placa como um modelo em formato de planilha. É possível usar esta caixa dediálogo para exportar ou importar dados de modelo de placa no formato .csv.
Flip Plate (Inverter placa) — inverte o conteúdo da placa em 180o.

Comandos da barra de ferramentas
Reverte uma alteração para uma placa. O CFX Maestro Dx SE permite
desfazer até dez ações
Reverte a ação Undo (Desfazer) mais recente. O CFX Maestro Dx SE
permite refazer até dez ações.
Salva o arquivo de placa atual.

Exibe uma lista suspensa da qual é possível aumentar ou reduzir amagnificação da visualização de placa.
Exibe uma lista suspensa a partir da qual é possível selecionar um modode varredura, que instrui o instrumento de quais canais coletar os dadosde fluorescência durante uma corrida.
Abre o Well Groups Manager (Gerenciador de grupos de poços), quepode ser usado para criar grupos de poços para a placa atual.
Exibe uma caixa de diálogo na qual é possível selecionar as cores e os
símbolos para os traçados de amplificação.
Abre a caixa de diálogo View (Exibir), que exibe o layout da placa como
um modelo em formato de planilha. É possível usar esta caixa de diálogo
para exportar ou importar dados de modelo de placa no formato .csv.
Abre o Setup Wizard (Assistente de configuração), no qual é possível
definir o layout e os parâmetros de análise para a placa atual. É possível
usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) antes, durante ou
depois de uma corrida.

130 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela do Plate Editor (Editor de placa)

Abre a guia Plate (Placa) na caixa de diálogo User Preferences(Preferências do usuário), onde é possível definir parâmetros de layoutde placa e criar ou excluir nomes de alvo, amostra e grupo biológico. As
alterações feitas na guia Plate (Placa) estarão disponíveis na próxima
vez que o Plate Editor (Editor de placa) for aberto.
Exibe as etapas necessárias para configurar uma placa e carregar ospoços.

Guia do usuário | 131

Capítulo 8 Preparar placas

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor deplaca)
Usando o Plate Editor (Editor de placa), é possível criar arquivos de placa personalizados. Também épossível editar e salvar arquivos de placas salvos anteriormente ou arquivos de placas de amostra
enviados com o Sistema CFX Opus Dx.
Para criar um novo arquivo de placa, faça o seguinte:nAbra um arquivo de placa no Plate Editor (Editor de placa).

nSelecione o tipo de placa.
Observação: o tipo de placa para o arquivo de placa deve ser o mesmo que a placa no módulo
de reação.

n

Selecione o modo de leitura para usar no protocolo.

n

Selecione os fluoróforos para usar na placa.

nSelecione o tipo de amostra, alvos e amostras.

n

Selecione as réplicas técnicas, se apropriado.

n

Salve o layout da placa.

Dica: para criar uma nova placa a partir de uma salva anteriormente ou de um modelo de arquivo deplaca, consulte Abrir um arquivo de placa existente no Plate Editor (Editor de placa) na página 134.

Abrir um novo arquivo de placa no Plate Editor (Editor de placa)
O CFX Maestro Dx SE oferece várias opções para abrir um novo arquivo de placa:n

A partir da janela Home (Início)n

A partir da caixa de diálogo Startup Wizard (Assistente de inicialização)n

A partir da caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida)

Para abrir um novo arquivo de placa a partir da janela Home (Início)u

Selecione File (Arquivo) > New (Novo) > Plate (Placa).
A janela Plate Editor (Editor de placa) abre exibindo a arquivo de placa padrão para o instrumento
selecionado.
Dica: para obter informações sobre como configurar o seu arquivo de placa padrão, consulte
Alterar as configurações de arquivo padrão na página 86.

132 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

Abrir um novo arquivo de placa a partir do Startup Wizard (Assistente de inicialização)1.

Na janela Home (Início), execute uma das opções a seguir para abrir o Startup Wizard (Assistente deinicialização), se não estiver na visualização:n

Selecione View (Exibir) > Startup Wizard (Assistente de inicialização).

nClique em Startup Wizard (Assistente de inicialização) na barra de ferramentas.

2.

Se necessário, selecione o tipo de instrumento na lista suspensa.

3.

Para criar uma nova placa, clique em User-defined (Definido pelo usuário) como o tipo de corrida.
A caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida) abre exibindo a guia Protocol (Protocolo).

4.

Clique na guia Plate (Placa) e em Create New (Criar novo).
A janela Plate Editor (Editor de placa) abre exibindo o layout da placa padrão para o instrumento
selecionado.

Abrir um novo arquivo de placa na caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida)
1.

Na janela Home (Início), execute uma das opções a seguir para abrir a caixa de diálogo Run Setup(Configuração de corrida):nSelecione Run (Executar) > User-defined Run (Corrida definida pelo usuário).

nClique em User-defined Run Setup (Configuração de corrida definida pelo usuário) na barra deferramentas.

A caixa de diálogo Run Setup (Configuração de corrida) abre na guia Protocol (Protocolo).
2.

Para criar uma nova placa, clique na guia Plate (Placa) e clique em Create New (Criar novo).
A janela Plate Editor (Editor de placa) abre exibindo o layout da placa padrão para o instrumento
selecionado.

Guia do usuário | 133

Capítulo 8 Preparar placas

Abrir um arquivo de placa existente no Plate Editor (Editor deplaca)O CFX Maestro Dx SE fornece arquivos de placa de amostra que é possível editar e salvar como uma
nova placa. Também é possível criar um novo arquivo de placa a partir de um arquivo de placa salvo
anteriormente.

Abrir um arquivo de placa de amostra
1.

Na janela Home (Início), selecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > Plate (Placa).
O Windows Explorer abre o local da pasta de arquivos Sample (Amostra) do Sistema CFX Opus Dx.

2.

Abra a pasta de arquivos Sample (Amostra) e abra a pasta Plates (Placas).

3.

Selecione um arquivo de placa e clique em Open (Abrir).
O arquivo da placa de amostra é aberto na janela Plate Editor (Editor de placa).

4.

Selecione File (Arquivo) > Save As (Salvar como) e salve o arquivo de placa com um novo nome ou
em uma nova pasta.

Abrir um arquivo de placa de amostra previamente salvo
1.

Na janela Home (Início), execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > Plate (Placa), navegue, selecione a placa alvo e cliqueem Open (Abrir).

nAbra o Startup Wizard (Assistente de inicialização) e execute uma das seguintes opções:oPara editar um arquivo de placa existente, clique em Select Existing (Selecionar existente)e navegue até o arquivo alvo.

oPara editar o arquivo de placa exibido, clique em Edit Selected (Editar selecionado).

A placa alvo é aberta na janela Plate Editor (Editor de placa).
2.

Selecione File (Arquivo) > Save As (Salvar como) e salve o arquivo de placa com um novo nome ou
em uma nova pasta.

134 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

Configurar um novo arquivo de placa
Dica: se o arquivo da placa incluir os parâmetros necessários (por exemplo, se estiver editando uma
amostra ou um arquivo de placa existente), poderá ignorar esta seção. Continue com Atribuir
parâmetros opcionais a um arquivo de placa na página 143.
Novos arquivos de placa requerem os seguintes parâmetros:n

Tamanho da placanTipo de placanModo de leituran

Um fluoróforo (corante)n

Um tipo de amostra

Selecionar o tamanho e tipo de placa
Importante: é necessário selecionar um tamanho de placa durante a configuração de placa. Não é
possível alterar o tamanho da placa durante a corrida ou depois dela.
O software aplica o tamanho e tipo de placa a todos os poços durante a corrida. Certifique-se de que otamanho de placa selecionado seja o mesmo da placa que será usada na corrida.
Os sistemas CFX Opus Dx da Bio-Rad são calibrados de fábrica para muitas combinações de corantes e
placas fluorescentes. A calibração é específica para o instrumento, corante e tipo de placa. Certifique-sede que o fluoróforo que planeja usar esteja calibrado para o tipo de placa selecionado.
Dica: para calibrar uma nova combinação de corante e tipo de placa em um instrumento, selecione
Tools (Ferramentas) > Dye Calibration Wizard (Assistente de calibração de corante). Para obter
mais informações sobre calibração de corantes e tipos de placa, consulte Calibrar novos corantes napágina 78.

Selecionar o modo de leitura
Os sistemas CFX Opus 96 Dx e CFX Opus Deepwell Dx excitam e detectam fluoróforos em cinco canais(mais FRET). O sistema CFX Opus 384 Dx excita e detecta fluoróforos em quatro canais (mais FRET).
Todos os sistemas usam vários modos de leitura de aquisição de dados para coletar dados defluorescência durante uma corrida.
O CFX Maestro Dx SE fornece três modos de leitura:n

All Channels (Todos os canais)oLê os canais 1 a 5 nos sistemas CFX Opus 96 Dx e CFX Opus Deepwell DxoLê os canais 1 a 4 nos sistemas CFX Opus 384 Dx

Guia do usuário | 135

Capítulo 8 Preparar placasnn

SYBR®/FAMoLê apenas o canal 1oFornece uma leitura rápida

FREToLê apenas o canal FREToFornece uma leitura rápida

Selecionar fluoróforos
Importante: antes de iniciar a corrida, os sistemas CFX verificam se os fluoróforos especificados na
placa estão calibrados naquele instrumento. Não é possível correr uma placa se ela incluir
fluoróforos que não foram calibrados naquele instrumento.
Deve-se carregar pelo menos um fluoróforo no layout da placa antes da corrida. É possível adicionar
quantos fluoróforos forem necessários neste momento, mas a placa deve conter pelo menos um
fluoróforo. Os fluoróforos selecionados aparecem como opções para alvos em Target Names (Nomes dealvos).
Use a caixa de diálogo Select Fluorophores (Selecione fluoróforos) para carregar fluoróforos (oucorantes de placa) nos controles de carga de poços do Plate Editor (Editor de placa). Os fluoróforos que
aparecem na caixa de diálogo Select Fluorophores (Selecionar fluoróforos) dependem do modo deverificação selecionado:n

All Channels (Todos os canais)
Todos os fluoróforos disponíveis aparecem.
Dica: é possível adicionar quantos fluoróforos forem necessários, mas poderá carregar apenas
um fluoróforo por canal em cada poço.

n

SYBR®/FAM
Apenas fluoróforos do canal 1 aparecem.

n

FRET
Apenas o fluoróforo do canal 6 aparece.
Dica: o fluoróforo FRET do canal 6 aparece somente quando FRET é o modo de leitura
selecionado. Não está disponível para o modo de leitura All Channels (Todos os canais).

Observação: não é possível adicionar fluoróforos diretamente ou removê-los da caixa de diálogo
Select Fluorophore (Selecionar fluoróforo). Deve-se calibrar novos fluoróforos em um instrumento
usando o Dye Calibration Wizard (Assistente de calibração de corante). Após a calibração, o novo

136 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

fluoróforo será automaticamente adicionado a esta lista. Para obter mais informações, consulte
Calibrar novos corantes na página 78.

Selecionar tipos de amostra
Importante: deve-se carregar pelo menos um tipo de amostra para atribuir aos poços de placa
antes da corrida.
O CFX Maestro Dx SE oferece cinco tipos de amostra:nUnknown (Desconhecido)nStandard (Padrão)n

NTC (no template control (controle sem fita molde))n

Positive Control (Controle positivo)n

Negative Control (Controle negativo)n

NRT (no reverse transcriptase (sem transcriptase reversa))

Atribua os tipos de amostra aos poços de placa.

Configurar uma nova placa
Configurar uma nova placa
1.

Abra uma nova placa na janela Plate Editor (Editor de placa).

2.

Para definir o tamanho da placa, selecione Settings (Configurações) > Plate Size (Tamanho daplaca) e selecione o tamanho da placa apropriado no menu suspenso.

3.

Para configurar o tipo de placa, selecione Settings (Configurações) > Plate Type (Tipo de placa) e
selecione BR White (BR branco) ou BR Clear (BR transparente) no menu suspenso.

4.

Opcionalmente, no menu Settings (Configurações), é possível alterar a convenção de números e as
unidades de exibição:nPara alterar a convenção de números, selecione Settings (Configurações) > Number
Convention (Convenção de números) e selecione Scientific Notification (Notação científica).
Dica: Scientific Notation (Notação científica) está selecionada, por padrão. Neste caso,
selecionar Scientific Notation (Notação científica) desmarca o padrão e configura aconvenção de números como formato padrão.

nPara alterar as unidades de exibição, selecione Settings (Configurações) > Units (Unidades) eselecione um novo valor de unidade.

Guia do usuário | 137

Capítulo 8 Preparar placas

5.

Para configurar o modo de leitura do , selecione o modo de leitura apropriado na lista suspensa Scan
Mode (Modo de leitura) na barra de ferramentas da janela do Plate Editor (Editor de placa).

6.

Selecione os fluoróforos necessários para a placa:a.

No painel direito, clique em Select Fluorophores (Selecionar fluoróforos).
A caixa de diálogo Select Flourophores (Selecionar fluoróforos) aparece. Você verá osfluoróforos disponíveis para o tipo de modo de leitura selecionado na Etapa 5, por exemplo:b.

Para selecionar um fluoróforo, clique em sua caixa de verificação Selected (Selecionado).
Dica: para remover um fluoróforo da lista, desmarque a caixa de seleção Selected(Selecionado).

c.

Para alterar a cor de exibição do fluoróforo, clique em sua caixa Color (Cor).
Observação: a cor selecionada representa o fluoróforo na janela do Plate Editor (Editor deplaca) e nos gráficos Data Analysis (Análise de dados).

d.

Na caixa de diálogo Color (Cor), selecione a cor que deseja ou clique em Define Custom Colors(Definir cores personalizadas) e crie uma nova cor para representar o fluoróforo.

138 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)e.

7.

Clique em OK para salvar as alterações e sair da caixa de diálogo Select Fluorophores(Selecionar fluoróforos).

Deve-se selecionar ao menos um poço no qual carregar um tipo de amostra. Por padrão, o poço A1
está selecionado.
No painel de placa, execute uma das seguintes opções:nPara carregar vários poços adjacentes, clique em um poço e arraste para o poço alvo.

nPara carregar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control e clique emcada poço.

nPara carregar uma coluna inteira com o mesmo tipo de amostra, clique no número da coluna.

n

Para carregar uma linha inteira, clique no número da linha.

nPara carregar a placa inteira, clique no canto superior esquerdo da placa.

Por exemplo:

Guia do usuário | 139

Capítulo 8 Preparar placas

8.

Atribua um tipo de amostra ao poço ou poços selecionados no menu suspenso Sample Type (Tipode amostra).

9.

Atribua pelo menos um fluoróforo a todos os poços que contenham um tipo de amostra. É possível
atribuir mais de um fluoróforo para um poço ou grupo de poços.
Observação: é possível atribuir apenas um fluoróforo por canal. Não é possível atribuir mais deum fluoróforo do mesmo canal ao mesmo poço.
Dica: é possível associar um alvo ao fluoróforo ou atribuir apenas o fluoróforo ao poço neste
momento e associar um alvo ao fluoróforo depois de executar o experimento.
nPara atribuir apenas um fluoróforo aos poços selecionados, na seção Target names (Nomes dealvos) no painel direito, marque a caixa de seleção Load (Carregar) para o fluoróforo específico.

nPara associar um alvo a um fluoróforo, na seção Target names (Nomes de alvos), selecione um
nome de alvo na lista suspensa para o fluoróforo específico. O software marca
automaticamente sua caixa de seleção Load (Carregar).

10. Para poços contendo um tipo de amostra Standard (Padrão), deve-se carregar uma concentração.
Cada poço pode ter um valor de concentração diferente. Por padrão, o CFX Maestro Dx SE carrega
a concentração de 1.00E+06 para todos os poços com um tipo de amostra Standard (Padrão). É
possível alterar o valor, se necessário.
a.

No painel da placa, selecione o poço Standard (Padrão) ou o grupo de poços.

b.

Na seção Concentration (Concentração), clique em Load (Carregar) para carregar o valor parao(s) poço(s) selecionado(s).

c.

(Opcional) Para carregar outra concentração, digite o novo valor na caixa de texto
Concentration (Concentração) e pressione Enter.

d.

Execute esta etapa para todos os poços com tipo de amostra Standard (Padrão).

140 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor de placa)

Dica: para carregar a mesma concentração em todos os poços Standard (Padrão),verifique se <All> (Todos) aparece na lista suspensa abaixo do valor Concentration(Concentração). Para carregar o mesmo valor de concentração em todos os poços com um
fluoróforo específico, clique na lista suspensa e selecione o fluoróforo.
11. Clique em OK para salvar a nova placa.

Guia do usuário | 141

Capítulo 8 Preparar placas

Itens de menu de clique com o botão direito para a ferramenta Plate Editor (Editor
de placa)
A Tabela 9 lista os itens de menu disponíveis na ferramenta Plate Editor (Editor de placa) ao clicar com obotão direito em qualquer poço na ferramenta. Este menu também aparece em Spreadsheet
View/Importer (Visualizar/Importar planilhas).
Tabela 9. Itens de menu de clique com o botão direito do mouse na ferramenta
View/Importer (Visualizar/Importar) da planilha de placas

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia a planilha inteira.

Copy as Image (Copiar

Salva a planilha como um arquivo de imagem.

como imagem)
Print (Imprimir)

Imprime a planilha.

Print Selection

Imprime apenas as células selecionadas.

(Imprimir seleção)Export to Excel

Exporta o arquivo para uma planilha do Excel.

(Exportar para Excel)
Export to CSVExporta o arquivo como um arquivo .csv.

(Exportar para CSV)
Export to Xml (Exportar

Exporta o arquivo como um arquivo .xml.

para Xml)
Export to Html

Exporta o arquivo como um arquivo .html.

(Exportar para Html)
Find (Localizar)

Procura por texto específico.

Sort (Ordenar)

Ordena a planilha selecionando até três colunas de dados na
janela Sort (Ordenar).

142 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa
Um arquivo de placa contém informações sobre o conteúdo de cada poço carregado com amostra parauma corrida. Após a corrida, o CFX Maestro Dx SE associa o conteúdo do poço aos dados defluorescência coletados durante o protocolo e aplica a análise apropriada na janela Data Analysis(Análise de dados).
No CFX Maestro Dx SE, você pode atribuir parâmetros a cada poço em sua placa antes, durante ou
mesmo depois de executar experimentos. Você pode atribuir os parâmetros a um arquivo de placa
existente ou a um novo arquivo de placa. Esses parâmetros incluem:nTarget names (Nomes dos alvos) — o alvo ou os alvos de interesse (genes ou sequências) em cadapoço carregado.

nSample names (Nomes das amostras) — o identificador ou a condição que corresponde à amostra
em cada poço carregado, como camundongo1, camundongo2 ou camundongo3.

nBiological groups (Grupos biológicos) — o identificador ou a condição que corresponde a um
grupo de poços, como 0Hr, 1Hr, ou 2Hr.
Dica: os nomes de alvos, amostras e grupos biológicos devem ser os mesmos entre os poçospara comparar os dados na guia Gene Expression (Expressão gênica) na janela Data Analysis(Análise de dados). Cada nome deve usar maiúsculas/minúsculas, pontuação e espaçamentode modo idêntico. Por exemplo, "Actina" não é o mesmo que "actina", "2Hr" não é o mesmo que"2 hr" e "Camundongo 1" não é o mesmo que "camundongo1." Para garantir a consistência danomenclatura, insira os nomes na seção Libraries (Bibliotecas) em User (Usuário) > User
Preferences (Preferências do usuário) > Plate (Placa), disponível na janela inicial.

nTechnical replicates (Réplicas técnicas) — cada poço que é usado para analisar a mesma
combinação de amostra e alvo; ou seja, replicar reações de qPCR.

n

Dilution series (Série de diluição) — a quantidade para mudar a concentração do tipo de amostraPadrão dentro de um grupo de replicados para criar dados da curva padrão para analisar.

Atribuir um alvo a poços
Dica: é possível atribuir o mesmo nome de alvo a um único poço ou a múltiplos poços. Também épossível atribuir múltiplos alvos ao mesmo poço.
Importante: clicar em OK depois de atribuir um alvo salva as alterações e desativa Undo (Desfazer)
na barra de ferramentas Plate Editor (Editor de placa). Tome cuidado ao clicar em OK.

Guia do usuário | 143

Capítulo 8 Preparar placas

Para atribuir um alvo a um poço ou grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), certifique-se de que o poço ou o grupo de poços teve um tipo deamostra atribuído.
Consulte Selecionar tipos de amostra na página 137 para mais informações sobre atribuição de tipos
de amostra a poços.

2.

No painel da placa, selecione o poço ou o grupo de poços:nPara selecionar um único poço, clique no poço.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique em um poço e arraste para o poço alvo.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Ctrl) eclique em cada poço.

nPara selecionar uma coluna inteira com o mesmo tipo de amostra, clique no número da coluna.

n

Para selecionar uma linha inteira, clique em seu número de linha.

3.

No painel da direita, selecione um nome na lista suspensa Target Name (Nome do alvo) para cadafluoróforo selecionado.

4.

Repita a Etapa 3 para cada poço ou grupo de poços aos quais deve atribuir um alvo.
Dica: é possível atribuir o mesmo nome de alvo ou um diferente para cada fluoróforo
selecionado.

5.

Clique em OK para aceitar as alterações e salvar a placa.
Observação: se você alterou a placa com erro, clique em Undo (Desfazer) na barra deferramentas Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Para remover um nome de alvouPara remover um nome de alvo do poço ou grupo de poços selecionado, desmarque a caixa deverificação Load (Carregar).
Importante: remover um nome de alvo de um poço também remove seu fluoróforo associado.
Tome cuidado ao remover um nome de alvo de um poço.

144 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa

Para adicionar um nome de alvo à listauPara adicionar um nome de alvo à lista suspensa, faça um dos seguintes:
nDigite um nome na lista suspensa Target Name (Nome do alvo) e pressione Enter.
Dica: os nomes de alvos que você adicionar a uma lista aparecerão em todas as outras
listas de alvos.

nClique no símbolo + verde à direita da lista suspensa, digite um nome para o alvo e pressione
Enter.

nClique em User Preferences (Preferências do usuário) na barra de ferramentas e adicione onome à biblioteca Target Names (Nomes de alvos) na guia Plate (Placa).

Importante: os nomes de alvos que você adicionar na lista suspensa estão disponíveis
somente para a placa atual e apenas se você atribuir o nome a um poço e salvar o layout daplaca. Se você não atribuir o nome a um poço e salvar o layout da placa, o nome não será salvoe não estará disponível para uso futuro. Para adicionar permanentemente um nome de alvo,
adicione-o também à biblioteca Target Names (Nomes de alvos) usando a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências de usuários). Os nomes que você adicionar à biblioteca estarão
disponíveis quando você abrir o Plate Editor (Editor de placa) novamente. Consulte Configuraros parâmetros de placa padrão na página 89 para obter mais informações.

Para excluir um nome de alvo da lista
1.

Clique em User Preferences (Preferências do usuário) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário) aparece exibindo a guia Plate(Placa).

2.

Na biblioteca User Preferences (Preferências do usuário) na guia Plate (Placa), selecione o nome aexcluir e pressione a tecla Delete.

3.

Clique em OK para salvar as modificações e sair da caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do usuário).
Importante: não é possível excluir nomes de alvos que tenham sido salvos com um arquivo deplaca. Nomes personalizados que sejam adicionados à lista suspensa Target Names (Nomesde alvos) e não sejam usados e salvos com a placa serão removidos da lista automaticamente.
Nomes que sejam excluídos da biblioteca Target Names (Nomes de alvos) serão removidos dosoftware permanentemente e deixarão de estar disponíveis para os usuários. Tome cuidado ao
excluir nomes de alvos.

Guia do usuário | 145

Capítulo 8 Preparar placas

Atribuir um nome de amostra a poços
Observação: para atribuir um nome de amostra, é necessário atribuir aos poços selecionados aomenos um fluoróforo. Se os poços selecionados não forem atribuídos a um fluoróforo, a lista
suspensa Sample Names (Nomes de amostras) é desativada. Consulte Atribuir um alvo a poços napágina 143 para obter mais informações sobre atribuição de fluoróforos.
Dica: é possível atribuir apenas um nome de amostra a cada poço ou grupo de poços.

Para atribuir um nome de amostra a um poço ou grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), certifique-se de que o poço ou o grupo de poços teve um fluoróforo
atribuído.

2.

No painel da placa, selecione o poço ou o grupo de poços.

3.

No painel da direita, selecione um nome na lista suspensa Sample Names (Nomes de amostras).
O software marca automaticamente sua caixa de seleção Load (Carregar).

4.

Repita a Etapa 3 para cada poço ou grupo de poços aos quais deve atribuir um nome de amostra.

5.

Clique em OK para aceitar as alterações e salvar a placa.
Observação: se você alterou a placa com erro, clique em Undo (Desfazer) na barra deferramentas Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Para remover um nome de amostrauPara remover um nome de amostra do poço ou grupo de poços selecionado, desmarque a caixa deverificação Load (Carregar).

Para adicionar um nome de amostra à listauPara adicionar um nome de amostra à lista suspensa, faça um dos seguintes:
nDigite um nome na lista suspensa Sample names (Nomes de amostras) e pressione Enter.

nClique no símbolo + verde à direita da lista suspensa e digite um nome para a amostra.

146 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placanClique em User Preferences (Preferências do usuário) na barra de ferramentas e adicione onome à biblioteca Sample names (Nomes de amostras) na guia Plate (Placa).

Importante: os nomes de placas que você adicionar na lista suspensa estão disponíveis
somente para a placa atual e apenas se você atribuir o nome a um poço e salvar o layout daplaca. Se você não atribuir o nome a um poço e salvar o layout da placa, o nome não será salvoe não estará disponível para uso futuro. Para adicionar permanentemente um nome de amostra,adicione-o também à biblioteca Sample Names (Nomes de amostras) usando a caixa de diálogo
User Preferences (Preferências de usuários). Os nomes que você adicionar à biblioteca estarão
disponíveis quando você abrir o Plate Editor (Editor de placa) novamente. Consulte Configuraros parâmetros de placa padrão na página 89 para obter mais informações.

Para excluir um nome de amostra da lista
1.

Clique em User Preferences (Preferências do usuário) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário) aparece exibindo a guia Plate(Placa).

2.

Na biblioteca Sample Names (Nomes de amostras) na guia Plate (Placa), selecione o nome a excluir
e pressione a tecla Delete.

3.

Clique em OK para salvar as modificações e sair da caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do usuário).
Importante: não é possível excluir nomes de amostras que tenham sido salvos com um arquivode placa. Nomes personalizados que sejam adicionados à lista suspensa Sample Names(Nomes de amostras) e não sejam usados e salvos com a placa serão removidos da lista
automaticamente. Nomes que sejam excluídos da biblioteca Sample Names (Nomes deamostras) serão removidos do software e deixarão de estar disponíveis para os usuários. Tome
cuidado ao excluir nomes de amostras.

Atribuir grupos biológicos a poços
Observação: para atribuir um grupo biológico, é necessário atribuir aos poços selecionados aomenos um fluoróforo. Atribuir um fluoróforo aciona a lista suspensa Biological Groups (Grupos
biológicos). Consulte Atribuir um alvo a poços na página 143 para obter mais informações sobre
atribuição de fluoróforos.
Dica: é possível atribuir um grupo biológico a cada poço ou grupo de poços.

Para atribuir um grupo biológico a um poço ou grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), certifique-se de que o poço ou o grupo de poços teve um fluoróforo
atribuído.

2.

No painel da placa, selecione o poço ou o grupo de poços.

Guia do usuário | 147

Capítulo 8 Preparar placas

3.

No painel direito, faça uma seleção na lista suspensa Biological Group (Grupo biológico).
O CFX Maestro Dx SE seleciona automaticamente sua caixa de verificação Load (carregar).

4.

Repita a Etapa 3 para cada poço ou grupo de poços aos quais deve atribuir um grupo biológico.

5.

Clique em OK para aceitar as alterações e salvar a placa.
Observação: se você alterou a placa com erro, clique em Undo (Desfazer) na barra deferramentas Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Para remover um grupo biológico
uPara remover um grupo biológico do poço ou do grupo de poços selecionado, desmarque sua caixa
de seleção Load (Carregar).

Para adicionar um grupo biológico à listauPara adicionar um grupo biológico à lista suspensa, siga um destes procedimentos:
nDigite um nome na lista suspensa Biological Group (Grupo biológico) e pressione Enter.

nClique no símbolo + verde à direita da lista suspensa e digite um nome para o grupo biológico.

nClique em User Preferences (Preferências do usuário) na barra de ferramentas e adicione onome à biblioteca Biological Group Names (Nomes de grupos biológicos) na guia Plate (Placa).

Importante: os nomes de grupos biológicos que você adicionar à lista suspensa estão
disponíveis somente para a placa atual e apenas se você atribuir o nome a um poço e salvar olayout da placa. Se você não atribuir o nome a um poço e salvar o layout da placa, o nome não
será salvo e não estará disponível para uso futuro. Para adicionar permanentemente um nomede grupo biológico, adicione-o também à biblioteca Biological Group Names (Nomes de grupos
biológicos) usando a caixa de diálogo User Preferences (Preferências de usuários). Os nomesque você adicionar à biblioteca estarão disponíveis quando você abrir o Plate Editor (Editor deplaca) novamente. Consulte Configurar os parâmetros de placa padrão na página 89 para obter
mais informações.

148 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa

Para excluir um nome de grupo biológico da lista
1.

Clique em User Preferences (Preferências do usuário) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo User Preferences (Preferências do usuário) aparece exibindo a guia Plate(Placa).

2.

Na biblioteca Biological Group Names (Nomes de grupos biológicos) na guia Plate (Placa), selecioneo nome a excluir e pressione a tecla Delete.

3.

Clique em OK para salvar as modificações e sair da caixa de diálogo User Preferences (Preferências
do usuário).
Importante: não é possível excluir nomes de grupos biológicos que tenham sido salvos com um
arquivo de placa. Nomes personalizados que sejam adicionados à lista suspensa BiologicalGroup Names (Nomes de grupos biológicos) e não sejam usados e salvos com a placa serão
removidos da lista automaticamente. Nomes que sejam excluídos da biblioteca Biological Group
Names (Nomes de grupos biológicos) serão removidos do software e deixarão de estar
disponíveis para os usuários. Tome cuidado ao excluir nomes biológicos.

Para visualizar todos os grupos biológicos na placauClique em Show Biological Groups (Mostrar grupos biológicos) para visualizar todos os grupos
biológicos na placa.

Cada grupo é identificado por uma cor específica e o botão Show Biological Groups (Mostrar grupos
biológicos) é alterado para Hide Biological Groups (Ocultar réplicas técnicas).
Clique em Hide Biological Groups (Ocultar Grupos biológicos) para limpar a cor nos poços. Comoalternativa, você pode clicar em qualquer poço na placa para ocultar os grupos biológicos.

Atribuir números de réplicas técnicas a poços
Importante: para atribuir números de réplicas técnicas, os poços selecionados devem ter conteúdosde poço idênticos. Ou seja, os poços selecionados devem ter o mesmo tipo de amostra e fluoróforo.
Se apropriado, eles também devem receber os mesmos nomes de alvo e de amostra e o mesmo
grupo biológico. Se eles não forem os mesmos, CFX Maestro Dx SE não ativará esta opção.

Guia do usuário | 149

Capítulo 8 Preparar placas

Atribuir números de réplicas técnicas a um grupo de poços
1.

No Plate Editor (Editor de placa), assegure-se de que os conteúdos do grupo de poços são idênticos.

2.

No painel de placa, selecione o grupo alvo dos poços.

3.

Para atribuir o mesmo número de réplicas a todos os poços selecionados, na seção Replicate # (Nºde réplica) no painel direito, digite o número da réplica na caixa e selecione Load (Carregar).

4.

(Opcional) Para aplicar uma série replicada a um conjunto de poços selecionado:a.

Clique em Technical Replicates (Réplicas técnicas). A seção Replicate # (Nº de réplica) éalterada para exibir as seguintes opções:n

Replicate size (Tamanho da réplica) — um número que representa o número de poços em
cada grupo de réplicas.

nStarting replicate # (Nº inicial da réplica) — o primeiro número na série replicada para ogrupo selecionado de réplicas.

Observação: por padrão, o CFX Maestro Dx SE exibe o número inicial da réplica como um
número maior que o último número de réplicas técnicas designado na placa. Por exemplo,
se o último número de réplicas técnicas na placa for cinco, o próximo número inicial seráseis. Você pode alterar o número inicial para qualquer número que ainda não esteja
atribuído.
n
b.

5.

Direção de carregamento (horizontal e vertical)

Clique em Apply (Aplicar) para aplicar os parâmetros na série e volte para a exibição Replicate #(Nº de réplica).

Clique em OK para aceitar as alterações e salvar a placa.

150 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa

Observação: se você alterou a placa com erro, clique em Undo (Desfazer) na barra deferramentas Plate Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.

Remover um poço de uma série de réplicau

Selecione o poço ou grupo de poços a serem removidos e desmarque a caixa de seleção Replicate #Load (Carregar nº de réplica).
Alternativamente, você pode clicar em Clear Replicate # (Limpar nº de réplica) para limpar o número
de réplica de um poço ou grupo de poços selecionado.

Visualizar todas as réplicas técnicas na placauClique em Show Technical Replicates (Mostrar réplicas técnicas) para visualizar todas as réplicas
técnicas na placa.
Cada grupo é identificado por uma cor específica e o botão Show Technical Replicates (Mostrar
réplicas técnicas) é alterado para Hide Technical Replicates (Ocultar réplicas técnicas).
Clique em Hide Technical Replicates (Ocultar réplicas técnicas) para limpar a cor nos poços. Comoalternativa, você pode clicar em qualquer poço na placa para ocultar as réplicas técnicas.

Atribuir uma série de diluição a tipos de amostra padrão
Como mencionado anteriormente, todos os poços com o tipo de amostra Standard (Padrão) devem
receber um valor de concentração. Você pode atribuir uma série de diluição a vários poços com o tipo deamostra Standard (Padrão).
Observação: para atribuir uma série de diluição a um grupo de poços, os poços devem ser incluídos
em uma série de réplicas técnicas. Consulte Atribuir números de réplicas técnicas a poços na página
149 para obter mais informações sobre como adicionar poços a uma série de réplicas.

Atribuir uma série de diluição a um grupo de poços de amostra Standard (Padrão)1.

No Plate Editor (Editor de placa), assegure-se de que os requisitos a seguir sejam atendidos:n

O tipo de amostra do grupo de poços é Standard (Padrão).

nTodos os poços do grupo recebem pelo menos um fluoróforo e todos contêm os mesmos
fluoróforos.

nTodos os poços no grupo incluem a mesma série de réplicas técnicas.
Observação: o CFX Maestro Dx SE ativa a opção Dilution Series (Série de diluição)apenas quando todos os poços selecionados atenderem esses critérios.

2.

No painel de placa, selecione o grupo alvo dos poços.

Guia do usuário | 151

Capítulo 8 Preparar placas

3.

Na seção Concentration (Concentração) no painel direito, clique em Dilution Series (Série dediluição). A seção Concentration (Concentração) é alterada para exibir as seguintes opções:nStarting concentration (Início da concentração) — o valor de concentração a partir do qual asérie começanReplicates from and to (Réplicas de e para)— as réplicas da série à qual o fator de diluição
será aplicadonDilution factor (Fator de diluição) — o montante para alterar a concentração dentro de cadagrupo de réplica

4.

Defina os valores para as opções ou aceite os padrões.

5.

Por padrão, a série de diluição diminui pelo fator de diluição. Selecione Increasing (Aumento) paraaumentar a série de diluição.

6.

(Opcional) Por padrão, o fator de diluição aplica-se a todos os fluoróforos da série de réplica. Se sua
série contém mais de um fluoróforo e você deseja aplicar a diluição a um único fluoróforo, selecioneo na lista suspensa.

7.

Clique em Apply (Aplicar) para aplicar a série de diluição ao grupo de poços e retornar à visualização
Concentration (Concentração).

8.

Clique em OK para aceitar as alterações e salvar a placa.

Copiar o conteúdo de um poço para outro
É possível copiar o conteúdo de um poço e colá-lo em um único poço ou em vários poços. Entretanto,você pode copiar o conteúdo de um único poço apenas. Não é possível selecionar vários poços e copiar
seus conteúdos.

Copiar conteúdo do poços em outro poço1.

No painel de placa, selecione o poço a ser copiado.

2.

Clique com o botão direito do mouse no poço e selecione Copy Well (Copiar poço).

152 | Software CFX Maestro Dx SE

Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo de placa

3.

4.

Selecione o poço ou poços em que o conteúdo deve ser colado:nPara selecionar um único poço, clique no poço.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique em um poço e arraste para o poço alvo.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Ctrl) eclique em cada poço.

Com os poços alvos selecionados, clique com o botão direito do mouse e selecione Paste Well
(Colar poço).
O CFX Maestro Dx SE cola o conteúdo do primeiro poço nos poços selecionados.

Adicionar uma observação a um poço
É possível adicionar uma observação descritiva a um poço. É possível visualizar as observações de poçona guia Quantification (Quantificação) na janela Data Analysis (Análise de dados).

Adicionar uma observação em um poço1.

No painel de placa, selecione o poço ou poços para os quais planeja adicionar uma observação.

2.

Na seção View (Exibir) no painel inferior, selecione Well Note (Observação de poço).
A área Well Note (Observação de poço) aparece no painel direito.

3.

Digite o conteúdo da observação na caixa de texto e pressione Enter.
O texto aparece na parte inferior dos poços selecionados.
Dica: se você criou uma observação de poço anterior, poderá selecioná-la a partir da lista
suspensa e aplicá-la nos poços selecionados.

Limpar todo o conteúdo dos poçosVocê pode limpar um poço individual, um grupo de poços ou todo o conteúdo de toda a placa. A limpeza
dos poços não remove os dados de fluorescência coletados durante a leitura de placa.
Importante: limpar um poço remove permanentemente o conteúdo do poço. Se você clicar em OK esalvar a placa após limpar um poço, não poderá desfazer a ação de limpeza. Cuidado ao limpar
poços.

Guia do usuário | 153

Capítulo 8 Preparar placas

Limpar toda a configuração dos poços
1.

2.

No Plate Editor (Editor de placa), selecione o poço ou o grupo de poços no painel de placa:nPara selecionar um único poço, clique no poço.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique em um poço e arraste para o poço alvo.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, mantenha pressionada a tecla Control (Ctrl) eclique em cada poço.

nPara selecionar uma coluna inteira com o mesmo tipo de amostra, clique no número da coluna.

n

Para selecionar uma linha inteira, clique em seu número de linha.

No painel direito, clique em Clear Wells (Limpar poços).
O CFX Maestro Dx SE limpa toda a configuração dos poços selecionados.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Se você limpou os poços por engano, clique em Undo (Desfazer) na barra de ferramentas Plate
Editor (Editor de placa) antes de clicar em OK para aceitar as alterações.
Importante: clicar em OK antes de clicar em Undo (Desfazer) salva as alterações edesativa Undo (Desfazer) na barra de ferramentas Plate Editor (Editor de placa).

nClique em OK para aceitar as alterações e salvar a placa.

154 | Software CFX Maestro Dx SE

Alterar configurações do experimento

Alterar configurações do experimento
Use a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento) para visualizar ou alterar alista de alvos, amostras ou grupos biológicos, ou definir o grupo de amostras para análise de expressão
gênica para ser analisado se grupos biológicos tiverem sido atribuídos a poços na placa.
Na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento), a guia Targets (Alvos) exibe
uma lista de nomes de alvos para cada reação de PCR, como o gene alvo ou sequências de genes deinteresse.
A guia Samples and Biological Groups (Amostras e grupos biológicos) exibe uma lista de nomes deamostras e grupos biológicos que indica a origem do alvo, como uma amostra tirada a 1 hora (1Hr) ou deum indivíduo específico (camundongo1).

Alterar as configurações de placa usando a caixa de diálogo Experiment Settings(Configurações de experimento)
1.

Para abrir a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento), faça uma das
seguintes opções:n

No painel da direita no Plate Editor (Editor de placa), clique em Experiment Settings(Configurações de experimento).

n

Na guia Gene Expression (Expressão gênica) na janela Data Analysis (Análise de dados),clique em Experiment Settings (Configurações de experimento).

A caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento) aparece exibindo oconteúdo da guia Targets (Alvos).

Guia do usuário | 155

Capítulo 8 Preparar placas

2.

Para adicionar um novo nome de alvo, amostra ou grupo biológico, digite na respectiva guia um
nome na caixa de texto New (Novo) e clique em Add (Adicionar).

3.

Para remover um ou mais nomes de alvo, amostra ou grupo biológico da lista, selecione, na guia
apropriada, a caixa de seleção do item na coluna Select to Remove (Selecionar para remover) eclique em Remove (Remover) no(s) item(ns) marcado(s).

4.

O CFX Maestro Dx SE exclui o tipo de amostra NTC (no template control (controle sem fita molde))
da análise de expressão gênica.
Para incluir tipos de amostras NTC, desmarque sua caixa de verificação na seção Exclude thefollowing sample types (Excluir os seguintes tipos de amostra). É possível escolher excluir os
seguintes tipos de amostras selecionando a caixa de verificação apropriada:

5.

n

NRT (no reverse transcriptase (sem transcriptase reversa))n

Negative Control (Controle negativo)nPositive Control (Controle positivo)nStandard (Padrão)Na guia Targets (Alvos):a.

Para selecionar um alvo como referência para análise de dados de expressão gênica,
selecione-o na coluna Reference (Referência).

b.

Para ocultar configurações de análise que serão aplicadas, na guia Gene Expression(Expressão gênica) na janela Analysis Settings (Configurações De Análise), desmarque Show
Analysis Settings (Mostrar configurações de análise).
O software oculta as seguintes colunas:nColor (Cor)nShow Chart (Mostrar gráfico)nAuto Efficiency (Eficiência automática)n

Efficiency % (% de eficiência)c.

Para alterar a cor do alvo no gráfico Gene (Expressão gênica), clique em sua célula na coluna
Color (Cor), selecione uma nova cor na caixa de diálogo Color (Cor) exibida e clique em OK.

d.

Para exibir a amostra na cor selecionada no gráfico Gene Expression (Expressão gênica),
selecione sua caixa de verificação na coluna Show Chart (Mostrar gráfico).

e.

Por padrão, o CFX Maestro Dx SE calcula automaticamente a eficiência relativa de um alvo seseus dados incluírem uma curva padrão.

156 | Software CFX Maestro Dx SE

Alterar configurações do experimento

Para usar um valor de eficiência determinado previamente, digite o valor em sua célula na
coluna Efficiency (%) (% de eficiência) e pressione a tecla Enter. O CFX Maestro Dx SE
desmarca a caixa de seleção Auto Efficiency (Eficiência automática).
6.

7.

Na guia Samples and Biological Groups (Amostras e grupos biológicos):a.

Para selecionar uma amostra ou um grupo biológico como a amostra de controle para a análise
de dados de expressão gênica, selecione sua caixa de verificação na coluna Control (Controle).

b.

Para selecionar uma amostra ou um grupo biológico como a amostra de controle para a análise
de dados de expressão gênica, selecione sua caixa de verificação na coluna Control (Controle).

c.

Se já não estiver selecionada, clique em Show Analysis Settings (Mostrar configurações deanálise) para visualizar ou alterar parâmetros de análise que serão aplicados à guia Gene
Expression (Expressão gênica). O software oculta as colunas Color (Cor) e Show Chart(Mostrar gráfico).

Clique em OK para salvar os parâmetros na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações deexperimento) e voltar para a janela Plate Editor (Editor de placa).

Guia do usuário | 157

Capítulo 8 Preparar placas

Criar grupos de poços
Os grupos de poços dividem uma única placa em subconjuntos de poços que podem ser analisados
independentemente na janela Data Analysis (Análise de dados). Depois que os grupos de poçosestiverem configurados, selecione um deles na janela Data Analysis (Análise de dados) para analisar os
dados como um grupo independente. Por exemplo, configurar grupos de poços para analisar múltiplos
experimentos executados em uma placa ou para analisar cada grupo de poços com uma curva padrão
diferente.
Observação: o grupo de poços padrão é All Wells (Todos os poços).

Para criar grupos de poços
1.

Para abrir o Well Groups Manager (Gerenciador de grupos de poços), execute uma das seguintesopções:n

Na barra de ferramentas do Plate Editor (Editor de placa), clique em Well Groups (Grupos depoços).

n

Na janela Data Analysis (Análise de dados), clique em Manage Well Groups (Gerenciar gruposde poços).

A caixa de diálogo Well Groups Manager (Gerenciador de grupos de poços) aparecerá.

158 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar grupos de poços

2.

Clique em Add (Adicionar) para criar um novo grupo. O menu suspenso exibe o nome do grupo
como Group 1 (Grupo 1) para o primeiro grupo.

3.

Selecione os poços para o grupo de poços na visualização da placa clicando e arrastando com omouse pelo grupo de poços. Os poços selecionados aparecem em azul no Gerenciador.

4.

(Opcional) Para alterar o nome do grupo, selecione seu nome no menu suspenso e digite um novo
nome.

5.

(Opcional) Para excluir um grupo de poços, selecione seu nome na lista suspensa e clique em
Delete (Excluir).

6.

Clique em OK para concluir e fechar a janela, ou clique em Cancel (Cancelar) para fechar a janela
sem fazer alterações.

Caixa de diálogo Right-Click Menu Items for the Well Groups Manager (Itens demenu de clique com o botão direito para gerenciadores de grupos de poços)
A Tabela 10 lista os itens de menu disponível na caixa de diálogo Well Groups Manager (Gerenciador degrupos de poços) ao clicar com o botão direito em qualquer poço.
Tabela 10. Itens de menu de clique com o botão direito na caixa de diálogo Plate Editor Well Groups Manager (Gerenciador de grupos de poços do Editor de placa)

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o conteúdo do poço, que pode então ser colado em
outro poço ou poços.

Copy as Image (Copiar como

Copia a visualização do seletor de poço como uma

imagem)imagem.

Print (Imprimir)

Imprime a visualização do seletor de poço.

Print Selection (Imprimir

Imprime apenas as células selecionadas.

seleção)Export to Excel (Exportar para

Exporta os dados para uma planilha do Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportar para

Exporta os dados como um documento separado por

CSV)

vírgulas.

Export to Xml (Exportar para

Exporta os dados como um documento .xml.

Xml)
Export to Html (Exportar para

Exporta os dados como um documento .html.

Html)

Guia do usuário | 159

Capítulo 8 Preparar placas

Alterar estilos de traço
Durante a configuração de placa e enquanto uma corrida estiver em andamento, é possível modificar a
cor e o estilo dos traços de amplificação. É possível visualizar facilmente os traços na janela de status em
tempo real conforme os dados estão sendo coletados.

Para alterar estilos de traço
1.

Clique em Trace Styles (Estilos de traço) na barra de ferramentas do editor de placa.
A caixa de diálogo estilos de traço se abre para a placa aberta, por exemplo:

2.

Para visualizar os estilos de traço por um fluoróforo específico, selecione-o na lista suspensa
Fluorophores (Fluoróforos).

3.

Para alterar a exibição do traço:a.

Selecione o tipo de traço na lista suspensa Wells (Poços).

b.

Clique em sua cor na coluna Color (Cor).

c.

Na caixa de diálogo Color (Cor) que aparecerá, escolha outra cor para o traço e clique em OK.
O CFX Maestro Dx SE exibe a alteração de cor para o tipo de poço na grade.

d.
4.

(Opcional) Selecione um símbolo para o traço na lista suspensa Symbols (Símbolos).

Para alterar rapidamente o conjunto de cores, clique na escolha apropriada na seção Color Quick
Set (Definição de cor rápida).

160 | Software CFX Maestro Dx SE

Alterar estilos de traço

5.

Para visualizar os rótulos dos poços na grade, selecione o tipo de rótulo na seção Well Labels(Rótulos de poços).

6.

Clique em OK para salvar as alterações ou em Cancel (Cancelar) para cancelar as alterações.

Guia do usuário | 161

Capítulo 8 Preparar placas

Visualizar, exportar e importar a placa em formato de planilha
A ferramenta Spreadsheet View/Importer (Visualização/Importação de planilha) exibe o conteúdo de uma
placa no formato de planilha. O visualizador oferece a opção de visualizar, importar e exportar dados depoço conforme descrito abaixo.

Usar o visualizador de planilhas para exportar e importar dados de placas
No visualizador de planilhas, você pode exportar o Target Name (Nomes do alvo), Sample Name (Nomeda amostra), Biological Group Name (Nome do grupo biológico e Well Notes (Observações de poços)
como um modelo em um formato delimitado por tabulação para um aplicativo como o Microsoft Excel.
Você também pode importar esses dados de um aplicativo delimitado por tabulação para uma placa
predefinida de um arquivo de informações do experimento.

Usar a ferramenta Spreadsheet View/Importer (Visualização/Importação de planilha)
1.

Crie e salve um arquivo de placa (consulte Criar um arquivo de placa usando o Plate Editor (Editor
de placa)).

2.

Na barra de ferramentas do Plate Editor (Editor de placa), clique na guia Spreadsheet View/Importer(Visualização/Importação de planilha) para abrir a caixa de diálogo Plate Spreadsheet View
(Visualização da planilha de placas).

3.

(Opcional) Clique nas caixas Show Biological Set Name (Mostrar nome do conjunto biológico) e
Show Well Note (Mostrar observação do poço) para exibir essas colunas na Spreadsheet View
(Visualização de planilha) e no arquivo exportado.

162 | Software CFX Maestro Dx SE

Visualizar, exportar e importar a placa em formato de planilha

4.

Clique no botão Export Template (Exportar modelo) para criar um modelo em branco em um arquivo
Excel (formato .csv). O arquivo exportado exibirá o mesmo layout da placa.
Dica: use o nome de arquivo ao salvar seus arquivos de placa para facilitar a identificação.

5.

Preencha as células do arquivo do Excel com o conteúdo do poço.
Observação: é possível editar o conteúdo de qualquer célula em uma coluna que tenha um
asterisco (*) ao lado do nome (*Target Name [Nome do alvo], *Sample Name [Nome daamostra], *Biological Group Name [Nome do grupo biológico], *Well Note [Observação dopoço).
Observação: não é possível adicionar valores à Standard Curve (Curva padrão) e às Quantity
Columns (Colunas de quantidade) no arquivo Excel exportado. Para modificar esses dados,
retorne ao Plate Editor (Editor de placa) e selecione Settings (Configurações) > Units(Unidades) na barra de menu. Após a conclusão da corrida da placa, os dados desses padrões
aparecem no gráfico Standard Curve (Curva padrão) na guia Quantification (Quantificação) na
janela Data Analysis (Análise de dados) com as unidades selecionadas.

6.

Reimporte o arquivo Excel preenchido no Plate Editor (Editor de placa) clicando no botão Import(Importar). Os dados importados aparecerão na janela Plate Spreadsheet View (Visualização deplanilhas de placas).
Importante: se você tiver vários fluoróforos, precisará executar as etapas 3 a 5 para cadafluoróforo usando o menu suspenso Flours List (Lista de fluoróforos) na Plate Spreadsheet View
(Visualização de planilhas de placas).

7.

Clique no botão OK. Os novos dados da placa agora aparecem na janela do Plate Editor (Editor deplaca).

Dica: é possível visualizar os itens de menu disponíveis na ferramenta Spreadsheet View/Importer(Visualizar/Importar planilhas) ao clicar com o botão direito em qualquer poço na ferramenta ou em
qualquer um dos cabeçalhos de tabela na Plate Spreadsheet View (Visualização de planilhas deplacas).

Guia do usuário | 163

Capítulo 8 Preparar placas

Criar um layout de placa usando o Plate Setup Wizard(Assistente de configuração de placa)
É possível usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) para inserir as informações de layout deplaca necessárias para a análise de expressão gênica normalizada, incluindo:nNomes de alvosnNomes de amostrasnLocalização dos alvos e amostra na placanGene(s) de referência

nAmostra de controle

É possível usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) antes, durante ou depois de uma corrida.

Usar o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração de placa)
Esta seção explica como criar um layout de placa usando o Plate Setup Wizard (Assistente deconfiguração de placa). Para visualizar o conteúdo de cada poço na placa com mais facilidade, clique em
Zoom plate (Ampliar placa) na parte superior do Setup Wizard (Assistente de configuração).
Importante: retornar à guia Auto layout (Layout automático) enquanto estiver em qualquer outra
guia no Setup Wizard (Assistente de configuração) redefine o layout da placa. Cuidado ao selecionar
esta guia.
Dica: é possível reiniciar o layout selecionando Tools (Ferramentas) > Clear Plate (Limpar placa) no
Setup Wizard (Assistente de configuração).

Usar o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração de placa)
1.

Abra o Plate Editor (Editor de placa).

2.

Para abrir o assistente de configuração, siga um destes procedimentos:
nSelecione Editing Tools (Editar ferramentas) > Setup Wizard (Assistente de configuração).

nClique em Setup Wizard (Assistente de configuração) na barra de ferramentas Plate Editor(Editor de placa).

O Setup Wizard (Assistente de configuração) aparece exibindo a guia Auto layout (Layout
automático).

164 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar um layout de placa usando o Plate Setup Wizard (Assistente de configuração de placa)

3.

Na guia Auto layout (Layout automático), execute uma das seguintes opções:a.

Clique em um poço na grade e arraste para cima e para baixo para especificar a área na placana qual você planeja carregar a amostra.

b.

Digite o número de alvos e amostras para carregar.
Dica: o número de alvos e amostras deve ser igual ao número de células selecionadas. Se
os números inseridos não couberem na área selecionada, modifique os números ou a áreade seleção da placa. A orientação dos itens na placa e seu agrupamento podem ser
especificados.

c.

(Opcional) Altere a orientação da placa. Por exemplo, é possível definir metas em colunas eamostras em linhas ou agrupar por amostras.

d.

Clique em Next (Avançar) para continuar para a guia Target names (Nomes de alvos).

Observação: se o layout da placa não tiver um padrão regular, use a guia Target names(Nomes de alvos) para posicionar manualmente seus alvos ou a guia Samples names (Nomesde amostra) para posicionar manualmente suas amostras na placa. Clique e arraste paraselecionar vários poços.
4.

Na guia Target Names (Nomes de alvos), defina os nomes de alvos para os grupos de alvos:a.

Execute uma das seguintes opções:nPara renomear os alvos por grupo, configure Select by (Selecionar como) como Target(Alvo).

Guia do usuário | 165

Capítulo 8 Preparar placasnb.

Para renomear os alvos por poço, configure Select by (Selecionar por) como Well (Poço).

Selecione um grupo de alvos ou poços na grade e digite um nome na lista suspensa Target
name (Nome do alvo).
Dica: pressione Tab para selecionar o próximo grupo ou poço para a direita ou Enter paraselecionar o próximo grupo ou poço abaixo. Como alternativa, nas guias Target name
(Nome do alvo) e Sample Name (Nome da amostra), mantenha pressionada a tecla Control
e clique em um poço para selecionar vários poços que não são adjacentes.

c.

Clique em Next (Avançar) para continuar para a guia Sample Names (Nomes de amostra).

5.

Na guia Sample names (Nomes de amostra), defina os nomes de amostra para os grupos deamostra.

6.

Clique em Next (Avançar) para continuar para a guia Reference targets (Alvos de referência).

7.

Na guia Reference targets (Alvos de referência), selecione um ou mais destinos para usar como
referência para a expressão gênica normalizada e clique em Next (Avançar) para prosseguir para aguia Controle sample (Amostra de controle).

8.

Na guia Control sample (Amostra de controle), selecione uma amostra para usar como controle para
cálculos relativos de expressão gênica.

9.

Clique em OK para salvar o layout da placa e retornar ao Plate Editor (Editor de placa), no qual épossível definir os parâmetros da placa. Consulte Atribuir parâmetros opcionais a um arquivo deplaca na página 143 para obter mais informações.
Como alternativa, clique em Previous (Anterior) para retornar a uma guia anterior para fazer
alterações.
Observação: retornar para a guia Auto layout (Layout automático) redefine automaticamente a
placa. Cuidado ao clicar em Previous (Anterior).

166 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 9 Executar experimentos
Este capítulo explica como executar ensaios experimentais personalizados (definidos pelo usuário) ou do
PrimePCR usando o CFX Maestro Dx Software, Security Edition.
Um arquivo de dados de corrida contém as informações de protocolo e placa para a corrida. O arquivo
também contém os dados da análise que o CFX Maestro Dx SE executa depois da corrida ser concluída.
O CFX Maestro Dx SE facilita a configuração e a corrida de experimentos definidos pelo usuário ou do
PrimePCR. A janela Run Setup (Configuração de corrida) guia o usuário pelas etapas comuns deconfiguração de um experimento, conduzindo-o para a caixa de diálogo Start Run (Iniciar corrida), de
onde a corrida é iniciada.

Guia do usuário | 167

Capítulo 9 Executar experimentos

A janela Run Setup (Configuração de corrida)
A janela Run Setup (Configuração de corrida) oferece acesso rápido aos arquivos e às configurações
necessárias para configurar e executar um experimento. Ao escolher executar um experimento definido
pelo usuário, a janela Run Setup (Configuração de corrida) se abre exibindo a guia Protocol (Protocolo).
Ao escolher executar um experimento PrimePCR, a janela Run Setup (Configuração de corrida) se abre
exibindo a guia Start run (Iniciar corrida).
Dica: consulte Realizar experimentos PrimePCR na página 186 para obter mais informações sobreo PrimePCR; consulte Guia Start Run (Iniciar corrida) na página 176 para obter mais informações
sobre a guia Start Run (Iniciar corrida).

168 | Software CFX Maestro Dx SE

A janela Run Setup (Configuração de corrida)

LEGENDA1.

As guias orientam o usuário pela configuração e corrida de um experimento:n Guia Protocol (Protocolo) — seleciona um protocolo existente para executar ou
editar ou para criar um novo protocolo no Protocol Editor (Editor de protocolo).
n Guia Plate (Placa) — seleciona uma placa existente para executar ou editar ou
para criar um novo protocolo no Plate Editor (Editor de placa).
n Guia Start Run (Iniciar corrida) — visualiza as configurações de experimento,
seleciona um ou mais blocos de instrumentos e inicia a corrida.

2.

A janela principal exibe as opções para cada guia conforme elas são aplicadas.

3.

Os botões de navegação conduzem o usuário para a guia Start Run (Iniciar
corrida).

Acessar a janela Run Setup (Configuração de corrida)
Para acessar a janela Run Setup (Configuração de corrida)u

Execute uma das seguintes opções:n

Na guia Run setup (Configuração de corrida) do Startup Wizard (Assistente de inicialização),clique em User-defined (Definido pelo usuário) ou PrimePCR.

n

Na janela Home (Início), selecione User-defined Run Setup (Configuração de corrida definida
pelo usuário) ou PrimePCR Run Setup (Configuração de corrida PrimePCR) na barra deferramentas.

nNa janela Home (Início), selecione Run (Executar) > User-defined Run (Executar definido pelo
usuário) ou Run (Executar) > PrimePCR Run (Executar PrimePCR).

Guia do usuário | 169

Capítulo 9 Executar experimentos

Guia Protocol (Protocolo)
A guia Protocol (Protocolo) exibe uma pré-visualização do arquivo de protocolo que se pretende
executar. Um arquivo de protocolo contém as instruções para as etapas de temperatura do instrumento,
bem como as opções do instrumento que controlam a taxa de elevação, o volume da amostra e atemperatura da tampa.

Por padrão, o software exibe o protocolo definido na seção File Selection for Run Setup (Seleção dearquivo para configuração da corrida) na guia Files (Arquivos) na caixa de diálogo User (Usuário) > User
Preferences (Preferências do usuário). É possível alterar o protocolo padrão na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do usuário). Consulte Alterar as configurações de arquivo padrão na página
86 para obter mais informações.
Na guia Protocol (Protocolo), é possível:n

Criar um novo protocolo para a corridanSelecionar um protocolo existente para executar ou editar

Para obter mais informações sobre a criação e modificação de protocolos, consulte o Capítulo 7, Criar
protocolos.

170 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Protocol (Protocolo)

Para criar um novo protocolo
1.

Na guia Protocol (Protocolo), clique em Create New (Criar novo).
O Protocol Editor (Editor de protocolo) aparece.

2.

Use o Protocol Editor (Editor de protocolo) para criar um novo protocolo.

3.

Clique em OK para salvar o protocolo e voltar para a guia Protocol (Protocolo) em Run Setup(Configuração de corrida).

4.

Visualize os detalhes do protocolo e siga um destes procedimentos:
nSe os detalhes estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para a guia Plate(Placa).

n

Se os detalhes estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para voltar ao
Protocol Editor (Editor de protocolo). Revise o protocolo, salve as alterações e então clique em
Next (Próximo) na guia Protocol (Protocolo) para seguir à guia Plate (Placa).

Selecionar um protocolo existente
1.

Na guia Protocol (Protocolo), execute uma das seguintes opções:nClique em Select Existing (Selecionar existente) e navegue até um protocolo existente.

nClique em Express Load (Carga expressa) e selecione um protocolo da lista suspensa deprotocolos.
Dica: é possível adicionar ou remover protocolos da lista suspensa Express Load (Carga
expressa). Consulte Adicionar e remover protocolos de carga expressa, a seguir, para mais
informações.

2.

Visualize os detalhes do protocolo e siga um destes procedimentos:
nSe os detalhes estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para a guia Plate(Placa).

n

Se os detalhes estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para abrir ajanela do Protocol Editor (Editor de protocolo). Revise o protocolo, salve as alterações e então
clique em Next (Próximo) na guia Protocol (Protocolo) para seguir à guia Plate (Placa).

Adicionar e remover protocolos de carga expressa
É possível modificar os conteúdos da lista suspensa Express Load (Carga expressa) que aparece noProtocol Editor (Editor de protocolo). Os protocolos nesta lista estão salvos na seguinte pasta:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Guia do usuário | 171

Capítulo 9 Executar experimentos

Modificar a lista Express Load (Carga expressa) dos protocolos
1.

Navegue e abra a pasta ExpressLoad.

2.

Revise os arquivos de protocolo (.pcrl) na pasta.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Exclua os protocolos da pasta para removê-los da lista suspensa.

nCopie os protocolos para a pasta para adicioná-los à lista suspensa.

172 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Plate (Placa)

Guia Plate (Placa)
Observação: se o protocolo selecionado na guia Protocol (Protocolo) não incluir uma etapa deleitura de placa para a análise de PCR em tempo real, a guia Plate (Placa) fica oculta. Para visualizar
a guia Plate (Placa), adicione pelo menos uma leitura de placa ao protocolo.
A guia Plate (Placa) exibe uma pré-visualização do arquivo de placa que se pretende carregar. Em uma
corrida de PCR em tempo real, o arquivo de placa contém uma descrição do conteúdo de cada poço,
inclusive seus fluoróforos, o modo de varredura e o tipo de placa. O CFX Maestro Dx SE usa essas
descrições para coletar e analisar dados.

Por padrão, o software exibe a placa definida na seção File Selection for Run Setup (Seleção de arquivo
para configuração da corrida) na guia Files (Arquivos) na caixa de diálogo User (Usuário) > User
Preferences (Preferências do usuário). É possível alterar a placa padrão na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do usuário). Consulte Alterar as configurações de arquivo padrão na página
86 para obter mais informações.
Na guia Plate (Placa), é possível:n

Criar uma nova placa para carregarnSelecionar uma placa existente para carregar ou editar

Guia do usuário | 173

Capítulo 9 Executar experimentos

Para obter mais informações sobre a criação e modificação de placas, consulte o Capítulo 8, Preparar
placas.

Para criar uma nova placa
1.

Na guia Plate (Placa), clique em Create New (Criar novo).
O Plate Editor (Editor de placa) aparece.

2.

Use o Plate Editor (Editor de placa) para criar uma nova placa.

3.

Clique em OK para salvar a placa e voltar para a guia Plate (Placa) em Run Setup (Configuração decorrida).

4.

Visualize os detalhes da placa e siga um destes procedimentos:
nSe os detalhes estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para a guia Start Run(Iniciar corrida).

n

Se os detalhes estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para voltar ao
Plate Editor (Editor de placa). Revise o arquivo da placa, salve as alterações e então clique em
Next (Próximo) na guia Plate (Placa) para seguir à guia Start Run (Iniciar corrida).

Para selecionar um arquivo de placa existente
1.

Na guia Plate (Placa), execute uma das seguintes opções:nClique em Select Existing (Selecionar existente) e navegue até um arquivo de placa existente.

nClique em Express Load (Carga expressa) e selecione um arquivo de placa da lista suspensa.
Dica: é possível adicionar ou remover placas da lista suspensa Express Load (Carga
expressa). Consulte Adicionar e remover arquivos de placa de carga expressa, a seguir,para mais informações.

2.

Visualize os detalhes da placa e siga um destes procedimentos:
nSe os detalhes estiverem corretos, clique em Next (Próximo) para seguir para a guia Start Run(Iniciar corrida).

n

Se os detalhes estiverem incorretos, clique em Edit Selected (Editar selecionado) para abrir ajanela do Plate Editor (Editor de placa). Revise o arquivo da placa, salve as alterações e então
clique em Next (Próximo) para seguir à guia Start Run (Iniciar corrida).

Adicionar e remover arquivos de placa de carga expressa
É possível modificar o conteúdo da lista suspensa Express Load (Carga expressa) que aparece no Plate
Editor (Editor de placa). As placas que aparecem nesta lista são salvas na seguinte pasta:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\174 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Plate (Placa)

Modificar a lista Express Load (Carga expressa) dos arquivos de placa
1.

Navegue e abra a pasta ExpressLoad.

2.

Revise os arquivos de placa (.pltd) na pasta.

3.

Execute uma das seguintes opções:n

Exclua os arquivos de placa da pasta para removê-los da lista suspensa.

nCopie os arquivos de placa para a pasta para adicioná-los à lista suspensa.

Guia do usuário | 175

Capítulo 9 Executar experimentos

Guia Start Run (Iniciar corrida)
A guia Start Run (Iniciar corrida) exibe informações sobre o experimento a ser executado. Ela também
exibe o bloco ou blocos de instrumentos conectados nos quais é possível executar o experimento.

Na guia Start Run (Iniciar corrida), é possível fazer o seguinte:nVisualizar informações de corrida detalhadas, inclusive o arquivo de protocolo selecionado, arquivode placa e modo de leitura.

nAdicionar observações sobre a corrida.

nVisualizar detalhes sobre todos os instrumentos conectados, inclusive seu status de corrida (emoperação ou ocioso), volume da amostra em µl, temperatura da tampa, modo de emulação e ID ou
código de barra, se disponível.
Observação: é possível modificar as colunas que aparecem na tabela Start Run on Selected
Blocks (Iniciar corrida nos blocos selecionados). Consulte Modificar os detalhes na tabela
Selected Blocks (Blocos selecionados) na página 177 para obter mais informações.

n

Selecionar um ou mais blocos nos quais realizar a corrida.

nAbrir ou fechar remotamente a tampa de cada instrumento selecionado.

176 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Start Run (Iniciar corrida)n

Iniciar a corrida.

Modificar os detalhes na tabela Selected Blocks (Blocos selecionados)
É possível modificar as colunas que aparecem na tabela Start Run on Selected Block(s) (Iniciar corrida
no(s) bloco(s) selecionado(s)). Também é possível modificar os valores de volume de amostra padrão etemperatura da tampa na tabela. As alterações das configurações são aplicadas à corrida a serrealizada.

Para adicionar colunas na tabela Start Run on Selected Block(s) (Iniciar corrida no(s) bloco(s) selecionado(s))
uClique com o botão direito do mouse na tabela e selecione uma opção no menu exibido.

Para remover colunas na tabela Start Run on Selected Block(s) (Iniciar corrida no(s) bloco(s)selecionado(s))
uClique com o botão direito do mouse na tabela e desmarque a opção no menu exibido.

Para editar valores de volume de amostra volume ou temperatura da tampa para um blocou

Selecione a célula do volume da amostra ou temperatura da tampa para o bloco alvo e digite um
novo valor na célula.

Para adicionar uma ID de corrida ou um código de barra para um blocou

Selecione a célula de ID/código de barras para o bloco alvo e digite uma ID ou leia o bloco com um
leitor de código de barras.

Executar um experimento
Importante: antes de executar um experimento, verifique se o software antivírus do seu computador
não iniciará uma verificação durante a corrida. Consulte Como instalar o software CFX Maestro Dx
SE na página 34 e o administrador do sistema para obter mais informações.

Executar um experimento
1.

Na guia Star Run (Iniciar corrida), verifique os detalhes da placa e do protocolo na seção Run
Information (Informações de corrida).

2.

(Opcional) Adicione observações sobre a corrida ou experimento na caixa de texto Notes(Observações).

3.

Selecione a caixa de seleção de um ou mais blocos nos quais realizar a corrida.
Dica: para executar a experiência em todos os blocos, selecione Select All Blocks (Selecionar
todos os blocos) localizados abaixo da tabela Selected Blocks (Blocos selecionados).

Guia do usuário | 177

Capítulo 9 Executar experimentos

4.

(Opcional) Clique em Flash Block Indicator (Indicador Piscar bloco) para piscar o LED indicador nos
blocos de instrumentos selecionados.

5.

Insira as placas de experiência no bloco:a.

Clique em Open Lid (Abrir tampa). A tampa motorizada de cada bloco selecionado é aberta.

b.

Insira uma placa experimental em cada bloco selecionado.

c.

Clique em Close Lid (Fechar tampa).

Dica: no Sistema CFX Opus Dx, toque em Open Lid (Abrir tampa) ou Close Lid (Fechar tampa)
na tela inicial.
6.

Clique em Open Lid (Abrir tampa) e Close Lid (Fechar tampa) para abrir e fechar a tampa motorizada
de cada bloco de instrumentos selecionado.

7.

Visualize os detalhes da corrida e siga um destes procedimentos:
nSe os detalhes estiverem corretos, clique em Start Run (Iniciar corrida).

n

Se os detalhes estiverem incorretos:oCorrija os detalhes na tabela Selected Blocks (Blocos selecionados) e clique em Start Run(Iniciar corrida).

oRetorne à guia correta e faça as alterações apropriadas, salve as alterações e clique em
Next (Avançar) para retornar à guia Start Run (Iniciar corrida) e iniciar a corrida.

Iniciar uma nova corrida a partir de uma corrida anterioru

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Arquivo) > Repeat a Run (Repetir uma corrida) na barra de menu principal dosoftware; navegue e clique duas vezes no arquivo de dados de corrida que deseja repetir.

nSelecione a guia Repeat Run (Repetir corrida) no Startup Wizard (Assistente de inicialização) e
clique duas vezes no arquivo de dados de corrida da corrida que deseja repetir.
Opcionalmente, na guia Repeat Run (Repetir corrida), é possível clicar em Browse (Procurar) e
navegar e clicar duas vezes no arquivo de dados da corrida que deseja repetir.

178 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida)

Caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida)
Ao clicar em Start Run (Iniciar corrida), o CFX Maestro Dx SE solicita que você salve o arquivo de dados(.pcrd), inicie a corrida e abre a caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida). A caixa de diálogo
Run Details (Detalhes de corrida) contém três guias de status:n

Run Status (Status de corrida) — use esta guia para visualizar o status atual do protocolo, abrir ou
fechar a tampa, pausar uma corrida, adicionar repetições, ignorar etapas ou interromper a corrida.

nReal-time Status (Status em tempo real) — use esta guia para visualizar os dados de fluorescência
de PCR em tempo real à medida que são coletados.

nTime Status (Status de tempo) — use esta guia para exibir um cronômetro de contagem regressiva
em tela cheia para o protocolo.

Essas guias são explicadas em detalhes nas seções a seguir.

Guia Run Status (Status de corrida)
A guia Run Status (Status de corrida) exibe o status atual de uma corrida em andamento. Nesta
visualização também é possível controlar a tampa e alterar a corrida em andamento.

Guia do usuário | 179

Capítulo 9 Executar experimentos

LEGENDA
1.

Painel Run Status (Status de corrida) — exibe o progresso atual do protocolo.

2.

Controles do Run Status (Status de corrida) — permitem operar o instrumento ou
interromper o protocolo atual.

3.

Painel Run Information (Informações de corrida) — exibe os detalhes da corrida.

Comandos Run Status (Status de corrida)
Use os comandos na guia Run Status (Status de corrida) para operar o instrumento a partir do software
ou alterar uma corrida em andamento.
Observação: fazer alterações no protocolo durante a corrida, como adicionar repetições, não alterao arquivo de protocolo associado à corrida. Essas ações são registradas no Run Log (Log decorrida).

— abre a tampa motorizada nos instrumentos selecionados.
Importante: abrir a tampa durante uma corrida interrompe a corrida durante a etapa atual epode alterar os dados. Comandos Run Status (Status de corrida) na página 180.

— fecha a tampa motorizada nos instrumentos selecionados.

— adiciona mais repetições à etapa atual do GOTO (IR PARA) no protocolo. Esta opção está
disponível somente quando uma etapa GOTO (IR PARA) está sendo executada.
Observação: você pode adicionar mais repetições durante um ciclo GOTO (Ir para) quando oprotocolo está em andamento. No entanto, o CFX Maestro Dx SE reconhece a alteração mais
recente no número de repetições. Por exemplo, se você adicionar mais 10 repetições durante
um ciclo GOTO (Ir para), o software alterará o número total para n + 10. Se você adicionar maiscinco (5) repetições ao mesmo ciclo, o CFX Maestro alterará o número total de repetições paran + 5. A primeira alteração (10 repetições) será ignorada. Para garantir que o software execute onúmero desejado de repetições, insira o número total (neste caso, 15 repetições).

— ignora a etapa atual no protocolo.
Observação: se você pular uma etapa GOTO (Ir para), o sistema avançará para o próximo ciclono ciclo GOTO (Ir para). Se o último ciclo da etapa GOTO (Ir para) estiver em andamento ao
pular, o sistema avançará para a próxima etapa.

180 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida)— pisca o LED no instrumento selecionado para identificar os blocos selecionados.

— pausa o protocolo.
Observação: esta ação é registrada no Run Log (Log de corrida).

— retoma um protocolo pausado.

— interrompe a corrida antes que os protocolos terminem.
Observação: interromper uma corrida antes do término do protocolo pode alterar seus dados.

Abrir a tampa do instrumento durante uma corrida de PCR
Se a tampa de qualquer instrumento for aberta durante uma corrida de PCR, o CFX Maestro Dx SE
exibirá a seguinte caixa de diálogo de confirmação:Enquanto a caixa de diálogo permanecer aberta, os instrumentos continuarão a executar o protocolo. O botão
OK pausa a corrida e a tampa do instrumento abre. O botão Cancel (Cancelar) fecha a caixa de diálogo eretoma a corrida.

Guia do usuário | 181

Capítulo 9 Executar experimentos

Guia Real-time Status (Status em tempo real)
A guia Real-time Status (Status em tempo real) exibe dados de PCR em tempo real coletados em cada
ciclo durante a corrida após as duas primeiras leituras de placa.

LEGENDA
1.

Amplification trace pane (Painel de traço de amplificação)— exibe dados deamplificação em tempo real durante a corrida.

2.

Well group identifier (Identificador de grupo de poço) — se forem identificados
grupos bem na configuração da placa, os usuários podem selecionar um grupo depoços específico para visualizar seus traços, poços e informações tabulares.
Step number identifier (Identificador do número de etapa) — se o protocolo coletar
dados em mais de uma etapa (por exemplo, durante a amplificação e a curva defusão), os usuários poderão selecionar uma etapa específica e visualizar os
rastreamentos coletados nessa etapa.

3.

Well selector pane (Painel seletor de poço) — exibe os poços ativos, inativos evazios na placa.

4.

Plate setup table pane (Painel de tabela de configuração de placa) — exibe aconfiguração da placa no formato tabular.

182 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida)

5.

Run details pane (Painel de detalhes de corrida) — exibe o status em tempo real dacorrida, incluindo:n Current step (Etapa atual)n Current repeat (Repetição atual)n Current temperature (Temperatura atual)n Time remaining (Tempo restante)n Sample temperature (Temperatura da amostra)n Lid temperature (Temperatura da tampa)

6.

Plate Setup (Configuração de placa) — abre a caixa de diálogo Plate Setup(Configuração de placa), na qual os usuários podem modificar a configuração deplaca atual durante uma corrida.

Na guia Real-time Status (Status em tempo real), é possível:n

Mostrar ou ocultar os rastreios em tempo real selecionando-os no painel do seletor de poço ou natabela de configuração da placa.

nVisualizar um único traço ou grupos de traços, selecionando-os no menu suspenso do grupo depoços.

n

Editar a placa ou substituir o arquivo da placa.

nAplicar um arquivo PrimePCR à corrida.

Exibir ou ocultar traços em tempo real
Por padrão, todos os poços cheios são ativos e aparecem na tabela de configuração de placa. Os poçosativos aparecem em azul no painel de seletor de poço. Os poços ativos ocultos aparecem em cinza claro
e os poços sem uso aparecem em cinza escuro no painel de seletor de poço.
Você pode ocultar traços de poços ativos durante a corrida. O CFX Maestro Dx SE continua a coletar
dados para todos os poços; ao ocultar poços, seus dados não aparecem na tabela de configuração daplaca.

Para ocultar traços em tempo realu

No painel de seletor de poço, clique nos poços ativos (azuis) que deseja ocultar.

Para exibir traços em tempo realu

No painel de seletor de poço, clique nos poços ocultos (cinza claros) que deseja exibir.

Para mais informações sobre o selector de poço, consulte Seletor de poço na página 205.

Guia do usuário | 183

Capítulo 9 Executar experimentos

Editar uma configuração de placa
Editar uma configuração de placauClique em Plate Setup (Configuração de placa) e selecione View/Edit Plate (Visualizar/Editar placa).
A janela Plate Editor (Editor de placa) aparece, na qual é possível editar a placa enquanto uma
corrida está em andamento. Para obter mais informações sobre a edição de placas, consulte
Capítulo 8, Preparar placas.
Observação: também é possível editar os estilos de traço na janela Plate Editor (Editor deplaca). As alterações aparecem no gráfico de rastreio de amplificação na guia Real-time Status(Status em tempo real).

Substituir um arquivo de placa
Dica: substituir um arquivo de placa é especialmente útil se uma corrida for inicializada com um
arquivo Quick Plate (Placa rápida) na pasta ExpressLoad.

Substituir um arquivo de placauClique em Plate Setup (Configuração de placa) e selecione uma das seguintes opções:n

Replace Plater file (Substituir arquivo de placa) — selecione o novo arquivo de placa da lista na
janela do navegador.

n

Apply PrimePCR file (Aplicar arquivo PrimePCR) — procure um arquivo de corrida a partir doqual o layout da placa será obtido usando a pesquisa inteligente ou clique em Browse (Procurar)para encontrar um arquivo que tenha sido baixado do website da Bio-Rad e que não esteja
localizado na pasta PrimePCR.

Observação: o CFX Maestro Dx SE verifica o modo de leitura e o tamanho da placa do arquivode placa. Eles devem ser os mesmos que as configurações nas quais a corrida foi iniciada.

184 | Software CFX Maestro Dx SE

Caixa de diálogo Run Details (Detalhes de corrida)

Guia Time Status (Status de tempo)
A guia Time Status (Status de tempo) exibe o tempo restante para concluir a corrida atual.

Guia do usuário | 185

Capítulo 9 Executar experimentos

Realizar experimentos PrimePCR
Os experimentos PrimePCR usam ensaios específicos para percurso ou doença para os quais a Bio-Rad
foi validada e otimizada em laboratório úmido nos seguintes formatos:n

Preplated panels (Painéis com placa prévia) — placas contendo ensaios que sejam específicos paraum percurso biológico ou uma doença; elas incluem genes de controle e referência PrimePCR.

n

Custom configured plates (Placas personalizadas configuradas) — placas que podem serconfiguradas em um layout definido pelo usuário com a opção de selecionar ensaios para alvos deinteresse, controles e referências.

nIndividual assays (Ensaios individuais) — tubos contendo conjuntos de primer individuais para uso
em reações em tempo real.

Para reduzir o tempo geral da corrida, é possível remover a etapa de fusão no protocolo. A Bio-Rad
recomenda enfaticamente que você não faça nenhuma outra modificação a um protocolo de corrida
PrimePCR. O protocolo padrão é aquele que foi usado para validação do ensaio. Qualquer desvio com
relação a ele pode afetar os resultados. Alterações ao protocolo são anotadas na guia Run Information(Informações de corrida) do arquivo de dados resultante e em quaisquer relatórios que sejam criados.

Para iniciar uma corrida PrimePCRuPara iniciar uma corrida PrimePCR, faça qualquer um dos seguintes:
n

No Startup Wizard (Assistente de inicialização), selecione PrimePCR na guia Run setup(Configuração de corrida) e em seguida selecione a química apropriada (SYBR® ou Probe(Sonda)).

n

Selecione uma corrida do PrimePCR na lista Recent Runs (Corridas recentes) na guia Repeatrun (Repetir corrida) no Startup Wizard (Assistente de inicialização).

n

Selecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > PrimePCR Run File (Arquivo de corrida PrimePCR) na
janela Home (Início).

nArraste e solte um arquivo de corrida PrimePCR para a janela Home (Início).

Depois de selecionar uma corrida PrimePCR, a janela Run Setup (Configuração de corrida) se abre na
guia Start Run (Iniciar corrida) com o layout da placa PrimePCR padrão carregado com base no
instrumento selecionado.

Para remover a etapa de fusão no protocolou

Na guia Protocol (Protocolo), desmarque a caixa adjacente a Include Melt Step (Incluir etapa defusão).

186 | Software CFX Maestro Dx SE

Realizar experimentos PrimePCR

Para importar as informações do alvo para as placas do PrimePCR para um layout de placa
1.

Execute uma das seguintes opções:n

Na guia Real-time Status (Status em tempo real) na caixa de diálogo Run Details (Detalhes dacorrida), selecione Plate Setup (Plate Setup (Configuração de placa) > Apply PrimePCR File
(Aplicar arquivo PrimePCR).

n

Na janela Data Analysis (Análise de dados), selecione Plate Setup (Configuração de placa) >Apply PrimePCR File (Aplicar arquivo PrimePCR).

2.

Na caixa de diálogo PrimePCR run file (Arquivo de corrida PrimePCR), clique em Browse (Procurar)para navegar até o arquivo apropriado do PrimePCR (.csv).

3.

Selecione o arquivo PrimePCR de destino e clique em Open (Abrir).

O Sistema CFX Opus Dx importa as informações do arquivo de destino para o layout da sua placa.

Guia do usuário | 187

Capítulo 9 Executar experimentos

Transferir dados autônomos para análise
Importante: quando você transfere arquivos de dados do Sistema CFX Opus Dx para o
CFX Maestro Dx SE, todos os arquivos salvos no sistema são transferidos. Certifique-se de ter
espaço em disco suficiente para que os dados sejam transferidos com segurança.
Quando a corrida é concluída, o CFX Maestro Dx SE analisa os dados de fluorescência. Se a corrida forrealizada no modo autônomo e salva no próprio Sistema CFX Opus Dx, os dados precisarão sertransferidos para o computador do CFX Maestro Dx SE para análise.
O Sistema CFX Opus Dx pode armazenar até 100 corridas de PCR em tempo real. Depois da conclusão
da corrida, é possível transferir arquivos de dados autônomos para o computador do CFX Maestro Dx SE
por e-mail, unidade USB ou pelo próprio software.
Esta seção explica como transferir arquivos de dados autônomos para o computador do CFX Maestro Dx
SE.

Transferir dados por e-mailPara enviar um arquivo de dados por e-mail no fim de uma corrida.
1.

Configurar notificações por e-mail para o instrumento.
Consulte Configurar a notificação por e-mail na página 82 ou o Manual de operação do Sistema de
PCR em tempo real CFX Opus Dx.

2.

Ao configurar notificações por e-mail, certifique-se de que Attach Data File (Anexar arquivo dedados) esteja selecionado.
Os dados da corrida são enviados por e-mail como um arquivo .pcrd.

Transferir dados de um Sistema de PCR em tempo real CFX Opus
Dx
Usando o recurso File Browser (Navegador de arquivos) no Sistema CFX Opus Dx, você pode transferirarquivos de dados para uma unidade USB conectada ou para uma pasta de rede compartilhada. Vocêtambém pode transferir arquivos de protocolo do CFX Maestro Dx SE de uma unidade USB ou deunidade de rede compartilhada para a sua pasta ou a pasta Public (Pública) no Sistema CFX Opus Dx e
executá-los no Sistema CFX Opus Dx.
Dica: esta seção explica como transferir dados. Para obter informações sobre como configurar aconexão Ethernet, consulte o Manual de operação do Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx
disponível no menu Help (Ajuda) do CFX Maestro Dx SE.

188 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferir dados autônomos para análise

1.

Na tela inicial do Sistema CFX Opus Dx, toque em Files (Arquivos) para visualizar a tela File Browser(Navegador de arquivos).

2.

Na tela File Browser (Navegador de arquivos), navegue até o arquivo que deseja copiar e toque nelepara visualizar o painel de detalhes.

3.

No painel de detalhes do arquivo, toque em Options (Opções) e em Copy (Copiar).

A caixa de diálogo Select Location (Selecionar local) é exibida.
4.

Na caixa de diálogo Select Location (Selecionar local), siga um destes procedimentos:
nNavegue até uma pasta existente.

nNavegue até o local para criar uma pasta na qual salvar o arquivo e toque em Create Folder(Criar pasta) (5.

) para criar uma nova pasta nesse local.

Toque em Select (Selecionar) para copiar o arquivo para o local selecionado ou em Cancel(Cancelar) para retornar à tela File Browser (Navegador de arquivos).
Observação: se já existir um arquivo com esse nome no local selecionado, uma caixa demensagem será exibida. Toque em Yes (Sim) para substituir o arquivo existente ou em No(Não) para retornar à tela File Browser (Navegador de arquivos).
O Sistema CFX Opus Dx exibirá uma mensagem de confirmação quando o arquivo for copiado com
sucesso.

Guia do usuário | 189

Capítulo 9 Executar experimentos

Transferir dados usando o CFX Maestro Dx Software, Security
EditionPara transferir dados usando o CFX Maestro Dx SE
1.

No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados) na janela Home (Início), clique com obotão direito do mouse no instrumento alvo e selecione Retrieve Data Files (Recuperar arquivos dedados).
O CFX Maestro Dx SE exibe a caixa de diálogo Browse for Folder (Navegar para a pasta).

2.

Na caixa de diálogo Browse for Folder (Navegar para a pasta), navegue para o local no qual planeja
salvar os arquivos de dados e clique em OK.
O processo de transferência cria uma pasta chamada Real-Time Data no local selecionado. Os
dados da corrida são salvos na pasta Real-Time Data como arquivos .zpcr separados.

Transferir dados usando uma unidade USB
Se uma unidade USB for inserida na porta USB do instrumento, o arquivo de dados será salvo
automaticamente no diretório raiz da unidade USB quando a corrida estiver completa. Também épossível localizar arquivo de dados salvos anteriormente e salvá-los a uma unidade USB acoplada.

Para transferir arquivos de dados para uma unidade USB em um Sistema CFX Opus DxuNa caixa de diálogo Select Location (Selecionar local), toque em USB e navegue até a pasta dedestino na qual deseja copiar o arquivo, ou em Cancel (Cancelar) para retornar à tela File Browser(Navegador de arquivos).
Observação: se já existir um arquivo com esse nome no local selecionado, uma caixa dediálogo será exibida. Toque em Yes (Sim) para substituir o arquivo existente ou em No (Não)
para retornar à tela File Browser (Navegador de arquivos).

O Sistema CFX Opus Dx exibirá uma mensagem de confirmação quando o arquivo for copiado com
sucesso.

190 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferir dados autônomos para análise

Transferir dados usando uma unidade de rede compartilhada com
o Sistema de PCR em tempo real CFX Opus Dx
Dica: você pode transferir dados de e para uma unidade de rede compartilhada somente usando o
Sistema CFX Opus Dx.
O Sistema CFX Opus Dx permite se conectar a uma unidade de rede compartilhada usando Ethernet.
Com uma conexão bem-sucedida, você pode transferir arquivos de dados de e para uma pasta na
unidade de rede compartilhada.

Para transferir dados de e para uma unidade de rede compartilhadau

Na caixa de diálogo Select Location (Selecionar local), toque em Network (Rede) e navegue até apasta de destino na qual deseja copiar o arquivo, ou em Cancel (Cancelar) para retornar à tela FileBrowser (Navegador de arquivos).
Observação: se já existir um arquivo com esse nome no local selecionado, uma caixa dediálogo será exibida. Toque em Yes (Sim) para substituir o arquivo existente ou em No (Não)
para retornar à tela File Browser (Navegador de arquivos).

O Sistema CFX Opus Dx exibirá uma mensagem de confirmação quando o arquivo for copiado com
sucesso.

Criar um arquivo de dadosPara analisar os dados transferidos do instrumento para o computador do CFX Maestro Dx SE, o arquivode dados compactado (arquivo .zpcr) deve ser convertido em um arquivo de dados (arquivo .pcrd). O
CFX Maestro Dx SE converte o arquivo .zpcr em um arquivo .pcrd e seleciona um arquivo de placa quetenha o mesmo modo de leitura e tamanho de placa e o aplica ao arquivo .pcrd.

Criar um arquivo de dados a partir de um arquivo de dados independente
1.

No CFX Maestro Dx SE, faça uma das seguintes opções:n

Localize o arquivo .zpcr de alvo e arraste-o para a janela Home (Início) do CFX Maestro Dx SE.

n

Selecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > Stand-alone Run (Corrida independente), navegue e
selecione o arquivo alvo.

O CFX Maestro Dx SE exibe a caixa de diálogo Save As (Salvar como).
2.

Navegue até a pasta na qual você planeja salvar o arquivo .pcrd e clique em Save (Salvar).
Depois de salvar o arquivo .pcrd, o CFX Maestro Dx SE abre a janela Data Analysis (Análise dedados) e exibe os dados resultantes.

Guia do usuário | 191

Capítulo 9 Executar experimentos

192 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition processa dados de PCR em tempo real automaticamente
no final de cada corrida e abre a janela Data Analysis (Análise de dados) para exibir esses dados (oarquivo .pcrd).
nArraste um arquivo de dados (extensão .pcrd) na janela Home (Início) e solte-o.

nSelecione File (Arquivo) > Open (Abrir) > Data File (Arquivos de dados) na janela Home (Início) e
procure pelo arquivo .pcrd alvo.

nSelecione File (Arquivo) > Recent Data Files (Arquivos de dados recentes) na janela Home (Início)para selecionar a partir de uma lista dos dez arquivos de dados abertos recentemente.

n

Selecione a guia Analyze (Analisar) no Startup Wizard (Assistente de inicialização) e selecione apartir de Recent Files (Arquivos recentes) ou clique em Browse (Procurar) para localizar o arquivo dedados.

Janela Data Analysis (Análise de dados)
A janela Data Analysis (Análise de dados) exibe várias guias, cada uma com os dados analisados paraum método de análise ou específico ou uma informação específica da corrida. As guias aparecem
apenas se os dados coletados na corrida estiverem disponíveis para aquele tipo de análise.

Dica: para selecionar as guias a exibir, selecione-as do menu suspenso View (Visualizar) na janela
Data Analysis (Análise de dados). Para retornar ao layout original da guia, selecione Configurações)> Restore Default Window Layout (Restore Default Window Layout (Restaurar o layout da janelapadrão).

Guia do usuário | 193

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Barra de ferramentas de análise de dados
A barra de ferramentas na janela Data Analysis (Análise de dados) fornece acesso rápido a funções
importantes de análise de dados.

A Tabela 11 lista as funções dos botões na barra de ferramentas.
Tabela 11. Barra de ferramentas na janela Data Analysis (Análise de dados)

Botão

Nome

FunçãoPlate Setup

View/Edit plate (Visualizar/editar placa) — abre

(Configuração deo Plate Editor (Editor de placa) para visualizar e

placa)

editar o conteúdo dos poços.
Replace Plate (Substituir placa) — seleciona
um arquivo de placa para substituir o layout daplaca.
Apply PrimePCR file (Aplicar arquivo
PrimePCR) — seleciona um arquivo de corrida
para substituir o layout da placa para uma
corrida PrimePCR.

Manage Well

Abre a janela do Well Groups Manager

Groups (Gerenciar(Gerenciador de grupos de poços) para criar,

grupos de poços)

editar e excluir grupos de poços.

Well Group (Grupo

Seleciona um nome de grupo de poçosde poços)existente no menu suspenso. A seleção padrão
é All Wells (Todos os poços). Este botão
aparece somente quando grupos de poços são
criados.

Analysis Mode

Analisa os dados no modo de fluoróforo ou(Modo de análise)alvo.

Help (Ajuda)

Abre a seção de ajuda do software, na qualvocê pode encontrar a ajuda online e uma cópia
digital deste manual no formato Acrobat PDF.

194 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Barra de menu da Data Analysis (Análise de dados)
A Tabela 12 lista os itens da barra de menu na janela Data Analysis (Análise de dados).
Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados)

Item do menu

ComandoFunçãoFile (Arquivo)

Save (Salvar)

Salva o arquivo.

Save As (Salvar como)

Salva o arquivo com um novo nome.

File Passwords (Senhas dePermite que os usuários definam senhasarquivo)para salvar e abrir arquivos.

Sign (Assinar)

Permite que os usuários assinem o arquivode dados.

Repeat Run (Repetir corrida)

Extrai o protocolo e o arquivo de placa dacorrida atual para executá-lo novamente.

Close (Fechar)Fecha a janela Data Analysis (Análise dedados).

View (Exibir)

Run Log (Log de corrida)

Abre uma janela Run Log (Log de corrida)para visualizar o log de corrida do arquivo dedados atual.

Audit Trail (Trilha de auditoria)

Abre a trilha de auditoria para o arquivo.

Quantification (Quantificação),Exibe os dados analisados nas guias

Melt Curve (Curva de fusão),selecionadas na janela Data Analysis

Gene Expression (Expressão

(Análise de dados). Pelo menos uma guiagênica), End Point, Custom Data

deve ser selecionada.

View (Visualização de dados
personalizados), QC (CQ), Run
Information (Informações decorrida)Guia do usuário | 195

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

ComandoFunçãoSettings

Cq Determination Mode (Modo dePermite selecionar o modo Regression(Configurações)determinação de Cq)(Regressão) ou Single Threshold (Limiarúnico) para determinar como os valores Cq
são calculados para cada traço.

Baseline Setting (Configuração

Permite selecionar o método Baselinede linha de base)

Subtraction (Subtração de linha de base)para os grupos de poços selecionados.

Analysis Mode (Modo de análise)

Permite analisar os dados por Fluorophore(Fluoróforo) ou por Target (Alvo).

Cycles to Analyze (Ciclos para

Permite selecionar os ciclos a serem

análise)analisados.

Baseline Thresholds (Limiares deAbre a janela Baseline Threshold (Limiar delinha de base)linha de base) para ajustar a linha de baseou o limiar.

Trace Styles (Estilos de traço)

Abre a janela Trace Styles (Estilos de traço).

Plate Setup (Configuração deAbre o Plate Editor (Editor de placa) para

placa)

visualizar e editar a placa; substitua a placa
atual por uma de um arquivo de placa
definido pelo usuário ou de um arquivo decorrida do PrimePCR.

Include All Excluded Wells (Incluir

Inclui todos os poços excluídos na análise.

todos os poços excluídos)
Mouse Highlighting (Realce doAtiva ou desativa o realce simultâneo demouse)

dados com o ponteiro do mouse.
Dica: se o Mouse Highlighting (Realce
do mouse) estiver desativado,pressione a teca Control para ativar
temporariamente o realce.

Restore Default Window Layout

Restaura o layout das janelas para a(Restaurar o layout da janela

configuração padrão.

padrão)196 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

ComandoFunçãoExport (Exportar)

Export All Data Sheets (Exportar

Permite selecionar se deseja exportar todas

todas as folhas de dados)

as visualizações de planilha de cada guiapara um .csv, .txt. Excel ou arquivo .xml.

Export RDML File (Exportar

Permite selecionar a versão 1.1 ou 1.0 do

arquivo RDML).

RDML para exportar o arquivo.

Custom Export (Personalizar

Abre a janela Custom Export (Personalizar

exportação)exportação), na qual os campos a serem
exportados e o formato de arquivo podem
ser especificados.

Export to LIMS Folder (Exportar

Abre uma janela para salvar dados em umpara pasta LIMS)

formato predeterminado para a pasta LIMS.

Manual Export (Exportação

Abre uma janela para identificar o local para

manual)salvar dados de todas as visualizações deplanilhas em arquivos do Excel estruturados
especificamente para uso pela Seegene, Inc.
e Bio-Rad Laboratories.
Dica: você também pode iniciar
automaticamente o Seegene Viewer na
exportação. Consulte Comandos domenu Tools (Ferramentas) na página 67
para obter mais informações.

Guia do usuário | 197

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Tabela 12. Itens da barra de menu da janela Data Analysis (Análise de dados), continuação

Item do menu

ComandoFunçãoTools

Reports (Relatórios)

Abre o Report (Relatório) para este arquivo(Ferramentas)

de dados.
Well Group Reports (Relatórios

Abre uma janela Well Group Reportde grupo de poços)(Relatórios de grupo de poços) para gerar
relatórios para grupos de poçosespecificados.

Import Fluorophore Calibration

Selecione um arquivo de calibragem para

(Importar calibragem deaplicar ao arquivo de dados atual.

fluoróforo)
qbase+

Inicia o qbase+ v2.5 diretamente do arquivo.pcrd atual, se estiver instalado.

Generate LIMS PLRN file (Gerar

Salva o arquivo de dados como um arquivo

arquivo LIMS PLRN).plrn no formato LIMS.

198 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Detalhes das guias
Cada guia na janela Data Analysis (Análise de dados) exibe dados em gráficos e planilhas para um
método de análise específico e inclui um seletor de poço para selecionar os dados que você deseja
mostrar. Quando é aberta, a Data Analysis (Análise de dados) exibe a guia Quantification (Quantificação)por padrão. É possível usar os dados do gráfico Amplification (Amplificação) na guia Quantification(Quantificação) para determinar as configurações da análise de dados apropriadas para a corrida.

Observação: o software vincula os dados nos painéis de cada guia Data Analysis (Análise dedados). Por exemplo, destacar um poço colocando o ponteiro do mouse sobre o poço na
visualização do seletor de poço realça os dados em todos os outros painéis.

Seletor de número de etapa
Os sistemas CFX Opus Dx podem adquirir dados de fluorescência em várias etapas do protocolo; osoftware mantém os dados adquiridos em cada etapa de forma independente. O CFX Maestro Dx SE
exibe o seletor de número de etapa abaixo do gráfico de curva padrão na guia Quantification(Quantificação). Quando um protocolo contém pelo menos uma etapa de coleta de dados, o
CFX Maestro Dx SE exibe os dados da primeira etapa da coleta.
Se o protocolo contiver mais de uma etapa de coleta, você poderá selecionar outra etapa na lista
suspensa. Por exemplo:

Guia do usuário | 199

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Quando uma etapa é selecionada, o software aplica essa seleção a todos os dados mostrados na janela
Data Analysis (Análise de dados).

Visualizar grupos de poços na Data Analysis (Análise de dados)Poços na placa podem ser agrupados em subconjuntos para análise independente usando grupos depoços. Quando você cria grupos de poços, os nomes dos grupos aparecem na janela Data Analysis(Análise de dados), na lista suspensa Well Groups (Grupos de poços) na barra de ferramentas.
Se você criou grupos de poços, o software exibe o grupo de poços padrão All Wells (Todos os poços)quando a janela de Data Analysis (Análise de dados) é aberta, exibindo os dados em todos os poços com
conteúdo nos gráficos e planilhas. Somente os poços nesse grupo de poços carregados com conteúdo
aparecem no seletor de poço e somente os dados para esses poços são incluídos nos cálculos deanálise de dados.
Dica: para criar, editar e excluir todos os grupos, clique em Manage Well Groups (Gerenciar gruposde poços) na barra de ferramentas.
Observação: se você não criou grupos de poços, a lista suspensa Well Groups (Grupos de poços)não aparecerá na barra de ferramentas.

Alterar conteúdos de poços após uma corrida
Durante a análise de dados, alterar a forma como os dados são exibidos, alterando o conteúdo dos poçosno Plate Editor (Editor de placa), nunca altera os dados de fluorescência que foram coletados de cadapoço durante a corrida. Depois que o módulo coleta dados de fluorescência, não será possível excluir
esses dados, mas será possível optar por removê-los da exibição e da análise.

Alterar o conteúdo de poços após uma corridau

Na janela Data Analysis (Análise de dados), clique em Plate Setup (Configuração de placa) e
selecione uma das seguintes opções:n

Edit/View Plate (Editar/Visualizar placa) — abre o Plate Editor (Editor de placa), no qual épossível fazer alterações manuais no layout.

n

Replace Plate File (Substituir arquivo de placa) — abre o navegador Select Plate (Selecionar
placa), no qual é possível navegar para um arquivo de placa salvo anteriormente para substituiro layout atual da placa.

n

Apply PrimePCR file (Aplicar arquivo PrimePCR) — abre a caixa de diálogo Select PrimePCR
file (Selecionar arquivo PrimePCR), na qual é possível navegar para um arquivo de corrida
PrimePCR e aplicá-lo no layout da placa.

200 | Software CFX Maestro Dx SE

Janela Data Analysis (Análise de dados)

Dica: é possível adicionar ou editar informações sobre o conteúdo do poço antes de uma corrida,
durante uma corrida ou após a conclusão de uma corrida de PCR. Deve-se atribuir o modo de leiturae o tamanho da placa antes da corrida. Esses parâmetros não podem ser alterados após a corrida.

Guia do usuário | 201

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Configurações de análise de dados
Os dados do gráfico Amplification (Amplificação) na guia Quantification (Quantificação) exibe a unidadede fluorescência relativa (RFU) para cada poço em cada ciclo. Cada traço no gráfico representa dados deum único fluoróforo em um poço. Estes dados são usados para determinar os valores de Cq para cadapoço em uma base por fluoróforo. O software usa um ou dois modos para determinar os valores Cq:nRegression (Regressão) — aplica um modelo de regressão não linear multivariável a
rastreamentos de poços individuais e, em seguida, usa esse modelo para calcular o valor Cq.

nSingle Threshold (Limiar único) — usa um valor de limiar único para calcular o valor de Cq com
base no ponto de cruzamento de limiar de traços individuais de fluorescência.

Selecione Settings (Configurações) > Cq Determination Mode (Modo de determinação Cq) paraselecionar o modo de determinação Cq.

Ajustar o limiar
No modo Single Threshold (Limiar único), você pode ajustar o limite para um fluoróforo clicando na linha
de limite no gráfico Amplification (Amplificação) e movendo o ponteiro do mouse verticalmente.
Alternativamente, você pode especificar um limiar de cruzamento exato para o fluoróforo selecionado.

Configurações de linha de base
O software automaticamente define a linha de base individualmente para cada poço. A configuração delinha de base determina o método de subtração da linha de base para todos os traços de fluorescência. O
software oferece três opções de subtração de linha de base:n

No Baseline Subtraction (Nenhuma subtração de linha de base) — exibe os dados como traços defluorescência relativa. Algumas análises não são possíveis neste modo de análise e, portanto, osoftware não exibe as guias Gene Expression (Expressão gênica), End-point e Allelic Discrimination(Discriminação alélica).

nBaseline Subtracted (Linha de base subtraída) — exibe os dados como traços com linha de basesubtraída para cada fluoróforo em um poço. O software deve subtrair a linha de base dos dados para
determinar ciclos de quantificação, construir curvas padrão e determinar a concentração deamostras desconhecidas. Para gerar o traço com linha de base subtraída, o software enquadra amelhor linha reta pela fluorescência registrada de cada poço durante os ciclos de linha de base eentão subtrai os dados de melhor encaixe dos dados de fundo subtraídos a cada ciclo.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Encaixe de curva de linha de base subtraída) — exibe os dados
como traços de linha de base subtraída e o software suaviza a curva de linha de base subtraída
usando um filtro de média centralizada. Este processo é realizado para que cada Cq seja deixado
sem variante.

202 | Software CFX Maestro Dx SE

Configurações de análise de dados

Adicionalmente a essas opções, também é possível selecionar Apply Fluorescent Drift Correction (Aplicar
correção de derivação fluorescente). Para poços que tenham valores de RFU com derivação anormal
durante os ciclos iniciais de uma corrida, o software deriva uma linha de base estimada dos poçosadjacentes para os quais um linha de base horizontal tenha sido gerada com sucesso.

Para alterar a configuração de subtração de linha de baseu

Selecione Settings (Configurações) > Baseline Setting (Configuração de linha de base).

Modo de análise
Os dados podem ser agrupados e analisados por nome de fluoróforo ou de alvo. Quando agrupados por
fluoróforo, os traços de dados são exibidos por fluoróforo conforme indicado na configuração de placa paraessa corrida. Os dados do fluoróforo individual aparecem no gráfico de amplificação e curva padrão (sedisponível) quando as caixas de verificação de seleção de fluoróforo apropriadas, localizadas abaixo do
gráfico de amplificação, são selecionadas.

Quando agrupados por alvo, os traços de dados são exibidos por nome de alvo conforme inserido na
configuração de placa para essa corrida.

Para escolher um modo de análise de dadosu

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione Settings (Configurações) > Analysis Mode (Modo de análise).

n

Selecione um modo no menu suspenso Analysis Mode (Modo de análise) na barra deferramentas.

Guia do usuário | 203

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Ciclos para análise
É possível restringir o número de ciclos para análise. Também é possível analisar os dados de um
conjunto específico de ciclos. O número máximo de ciclos que é possível analisar é 50.
Observação: a remoção de ciclos do início de uma corrida pode ter um impacto significativo na linha
de base.

Restringir a análise de dados para um intervalo específico de ciclos
1.

Selecione Settings (Configurações) > Cycles to Analyze (Ciclos para análise).
A caixa de diálogo Cycles to Analyze (Ciclos para análise) aparece.

2.

Digite os valores dos ciclos inicial e final e clique em OK.

Clique em Restore Defaults (Restaurar padrões) na caixa de diálogo Cycles to Analyze (Ciclos paraanálise) para retornar aos ciclos usados originalmente para análise.

204 | Software CFX Maestro Dx SE

Seletor de poço

Seletor de poço
Use o Well Selector (Seletor de poço) para visualizar ou ocultar os dados do poço nos gráficos ouplanilhas na janela Data Analysis (Análise de dados). Somente poços carregados com amostra podem
ser selecionados no seletor de poço. O software aplica cores nos poços no seletor de poço:nAzul — indica poços selecionados. Os dados dos poços selecionados aparecem na janela Data
Analysis (Análise de dados).

nCinza claro — indica poços não selecionados. Os dados dos poços não selecionados não
aparecem na janela Data Analysis (Análise de dados).

nCinza escuro — indica poços vazios.

Para exibir ou ocultar dados de poçosu

No seletor de poços, execute uma das seguintes opções:nPara ocultar um poço, clique no poço individual. Para exibir aquele poço, clique nele
novamente.

nPara ocultar vários poços, arraste pelos poços que deseja selecionar. Para exibir esses poços,arraste pelos poços novamente.

nClique no canto esquerdo superior da placa para ocultar todos os poços. Clique no cantosuperior esquerdo novamente para exibir todos os poços.

nClique no início de uma coluna ou linha para ocultar esses poços. Clique na coluna ou linha
novamente para exibir os poços.

Guia do usuário | 205

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Itens de menu de clique com o botão direito do mouse do seletorde poçoA Tabela 13 lista as opções disponíveis ao clicar com o botão direito disponíveis na visualização doseletor de poço.
Tabela 13. Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para os seletores de poço

ItemFunçãoWell XX (Poço XX)

Exibe somente esse poço, remove-o da visualização, configura a cor
desse poço ou o exclui da análise.

Selected Wells (right-click andExibe apenas esses poços, remove-os da visualização, configura adrag) (Poços selecionados

cor desses poços ou os exclui da análise.

(clicar com o botão direito earrastar)
Copy (Copiar)

Copia o conteúdo do poço para uma área de transferência, inclusive
Sample Type (Tipo de amostra) e Replicate # (Réplica #) opcional.

Copy as Image (Copiar como

Copia a visualização do seletor de poço como uma imagem.

imagem)Print (Imprimir)

Imprime a visualização do seletor de poço.

Print Selection (Imprimir

Imprime a seleção atual.

seleção)Export to Excel (Exportar para

Exporta os dados para uma planilha do Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportar para

Exporta os dados como um documento .csv.

CSV)
Export to Xml (Exportar para

Exporta os dados como um documento .xml.

Xml)
Well Labels (Rótulos de poço)

Altera os rótulos dos poços para Sample Type (Tipo de amostra),Target Name (Nome do alvo) ou Sample Name (Nome da amostra).

206 | Software CFX Maestro Dx SE

Seletor de poço

Excluir temporariamente os poços da análise
Excluir temporariamente os poços da análise de dados
1.

Clique com o botão direito do mouse no seletor de poço, em um traço de fluorescência ou em um
ponto plotado na curva padrão. Para excluir vários poços, clique com o botão direito do mouse earraste para destacar vários poços, traços ou pontos.

2.

A partir do menu de clique com botão direito do mouse, selecione a opção apropriada:nWell (Poço) > Exclude Well (Excluir poço)nSelected Wells (Poços selecionados) > Exclude from Analysis (Excluir da análise)nSelected Traces (Traços selecionados) > Exclude these wells from Analysis (Excluir esses
poços da análise)

Como alternativa, para remover permanentemente poços da análise, limpe o conteúdo dos poços no
Plate Editor (Editor de placas) clicando no botão Clear Wells (Limpar poços).
Importante: deve-se reinserir qualquer conteúdo de poço que estiver limpo.

Incluir um poço excluídouClique com o botão direito do mouse no poço apropriado no seletor de poço e selecione Well (Poço)> Include Well in Analysis (Incluir poço na análise).

Guia do usuário | 207

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Gráficos
Cada gráfico na janela Data Analysis (Análise de dados) exibe os dados em um gráfico diferente e incluiopções para ajustar e exportar os dados ou gráficos.

Ferramentas de gráficoA Tabela 14 lista as opções disponíveis ao clicar com o botão direito disponíveis na maioria dos gráficos.
Tabela 14. Itens de menu de clique com o botão direito do mouse comuns à maioria dos gráficos

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o gráfico na área de transferência.

Save Image As... (Salvar

Salva o gráfico como um arquivo de imagem. Configure a resolução eimagem como)

as dimensões da imagem e, em seguida, selecione o tipo de arquivo(PNG, GIF, JPG, TIF ou BMP).

Page Setup... (Configuração deSelecione uma configuração de página para impressão.

página)Print... (Imprimir)

Imprime o gráfico.

Set Scale to Default (Configurar

Mostra todos os dados no gráfico de barra. Exibe a barra de rolagem

escala como padrão)se houver muitos pontos de dados/amostras a serem exibidos noquadro do gráfico.

Chart Settings (Configurações
de gráfico)Abre a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações de gráfico), na
qual é possível modificar as opções de exibição do gráfico, incluindo:n Títulos de gráficos e eixos
n Fonte e tamanho de gráficos e eixos
n Escala do eixon Posição da legenda

As ferramentas aparecem em cada gráfico na janela Data Analysis (Análise de dados). Todos os gráficos
exibem estas ferramentas:
Copy to Clipboard (Copiar para área de transferência) — copia o conteúdo da visualização do gráfico
para a área de transferência.
Chart Settings (Configurações de gráfico) — abre a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações degráfico), na qual é possível modificar as opções de exibição do gráfico.

208 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Export (Exportar) — abre a caixa de diálogo Export Options (Opções de exportação), onde é possível
modificar a resolução e o tamanho do gráfico e salvá-lo em um local especificado como um dos seguintes
tipos de arquivo:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Ferramentas de gráficos de barras
Além das ferramentas de gráfico, os gráficos de barra exibem as seguintes ferramentas:
Sort (Ordenar) — ordena os alvos e amostras alfabeticamente ou em ordem alfabética inversa.
Color Settings (Configurações de cores) — abre a caixa de diálogo Color Settings (Configurações decores), na qual você pode alterar a cor dos alvos e amostras.
Para obter mais informações sobre essas ferramentas, consulte Alterar e anotar a Chart View
(Visualização de gráfico) na página 270.

Ferramentas de gráfico de amplificação
Além dos listados acima, os gráficos de amplificação exibem as seguintes ferramentas:
Trace Styles (Estilos de traço) — abre a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço)na qual vocêpode modificar a aparência dos traços no gráfico de amplificação.
Baseline Threshold (Limiar de base) — abre a caixa de diálogo Baseline Threshold (Limiar de base), na
qual você pode modificar a linha de base padrão para poços selecionados ou alterar o limite para cadacurva de fluorescência no gráfico de amplificação.

Copiar dados do gráfico para a área de transferência
É possível copiar o conteúdo de uma visualização de gráfico e colá-la em qualquer aplicativo que aceite
arquivos de imagem bitmap.

Para copiar dados do gráfico para a área de transferência
1.

Nas ferramentas de gráfico, selecione o ícone Copy to Clipboard (Copiar para a área detransferência).

2.

Abra um aplicativo que aceite imagens de bitmap, por exemplo o Microsoft Word.

3.

Clique o botão direito e selecione Paste (Colar) para colar a imagem de bitmap da área detransferência no aplicativo.

Guia do usuário | 209

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Alterar as configurações de exibição de gráfico
Use a caixa de diálogo Chart Settings (Configurações de gráfico) para alterar títulos, fontes e tamanhos,
escala do eixo e localização da legenda para o gráfico exibido. Alterações feitas se aplicarão somente ao
gráfico exibido e serão salvas com o gráfico.

Para alterar as configurações de exibição de gráfico
1.

Nas ferramentas de gráfico, clique em Chart Settings (Configurações de gráfico).
A caixa de diálogo Chart Settings (Configurações de gráfico) aparece.

2.

3.

Selecione a guia Chart And Axes (Gráfico e eixos) para:nDigitar um título para o gráfico.

nDigitar um novo título para o eixo x e aplique o ângulo dos rótulos.

nDigitar um novo título para o eixo y.

Selecione a guia Fonts (Fontes) para alterar a fonte e o tamanho da fonte do gráfico.
Dica: como padrão, o tamanho da fonte é alterado automaticamente conforme o tamanho do
gráfico muda. Selecione Change Font Size (Alterar tamanho da fonte) para definir um tamanho
de fonte estático para cada tipo de rótulo.

4.

Selecione a guia Axes Scale (Escala dos eixos) para:nDesmarcar a escala automática dos eixos x e y e especificar valores de escala mínimos emáximos.

n

Selecionar exibir linhas de grade ou marcas de verificação no gráfico.

210 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

5.

Selecione a guia Legend (Legenda) para:nEscolher ocultar a legenda do gráfico.

nAlterar a posição padrão da legenda do gráfico.

Observação: quando a legenda estiver posicionada à esquerda ou direita do gráfico, ele exibirá
somente os dez primeiros fluoróforos no gráfico.
6.

Clique em Apply (Aplicar) a qualquer momento para visualizar as alterações das configurações do
gráfico sem salvá-las.

7.

Clique em OK para salvar as alterações e voltar para o gráfico.

Exportar o gráfico
Use esta caixa de diálogo para modificar a largura, altura e resolução do gráfico para exportá-lo em um
dos seguintes formatos de arquivo:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Em seguida, você pode usar o gráfico exportado para exibir seus resultados em sessões de pôsteres,
apresentações do Microsoft PowerPoint e periódicos profissionais.
Observação: considere o seguinte ao modificar as configurações:nn

Limites máximos e mínimos de largura e alturao

Em 72 dpi: 0,1–83 pol.

o

Em 96 dpi: 0,1–62 pol.

o

Em 150 dpi: 0,1–40 pol.

o

Em 300 dpi: 0,1–20 pol.

o

Em 600 dpi: 0,1–10 pol.

o

Em todas as resoluções: 2–6.000 pixels

A proporção de aspecto é baseada na largura.

Para exportar o gráfico
1.

Nas ferramentas de gráfico, clique em Export (Exportar).
A caixa de diálogo Export Preview (Pré-visualização da exportação) aparece.

Guia do usuário | 211

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

2.

Modifique as configurações para a exibição conforme requerido.

3.

Clique em Export (Exportar).

4.

Na caixa de diálogo Export (Exportar), faça o seguinte:

5.

a.

(Opcional) Navegue até uma pasta na qual salvar o arquivo do relatório.

b.

Digite um nome para o arquivo e escolha um tipo de arquivo na lista suspensa.

Clique em Save (Salvar) para salvar o arquivo do gráfico.

Modificar as configurações de limiar de linha de base
No modo Single Threshold (Limiar único), você pode ajustar o limiar para um fluoróforo clicando na linha
de limiar no gráfico Amplification (Amplificação) e movendo o ponteiro do mouse verticalmente.
Alternativamente, você pode especificar um limiar de cruzamento exato para o fluoróforo selecionado.
Dica: você pode especificar um intervalo de ciclo para determinar a linha de base para todos osarquivos de dados na guia Data Analysis (Análise de dados) em User (Usuário) > User Preferences(Preferências do usuário).

Ajustar o ciclo inicial e final da linha de base para cada poço
1.

Na guia Quantification (Quantificação), selecione um único fluoróforo no gráfico Amplification(Amplificação).

2.

Nas ferramentas de gráfico, selecione Baseline Threshold (Limiares de linha de base).

212 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

A caixa de diálogo Baseline Threshold (Limiar de linha de base) aparece.
3.

4.

Na seção Baseline Cycles (Ciclos de linha de base), execute uma das seguintes opções:nPara selecionar um poço, clique no número da linha.

nPara selecionar vários poços adjacentes, clique no número da linha do primeiro poço e arraste acoluna até o poço final.

nPara selecionar vários poços não adjacentes, pressione a tecla Control (Ctrl) e clique no número
da linha de cada poço alvo.

nPara selecionar todos os poços, clique no canto superior esquerdo da tabela.

Ajuste os ciclos Baseline Begin (Início da linha de base) e Baseline End (Final da linha de base) para
todos os poços selecionados ou altere o número dos ciclos Baseline Begin (Início da linha de base) e
Baseline End (Final da linha de base) na parte inferior da planilha.
Dica: para reverter as configurações de volta para os últimos valores salvos, clique em Reset
All User Defined Values (Redefinir todos os valores definidos pelo usuário).

5.

Clique em OK para salvar as alterações e voltar para o gráfico.

Especificar um intervalo de ciclo para todos os arquivos de dadosu

Na janela Home (Início) ou Plate Editor (Editor de placa), selecione User (Usuário) > User
Preferences (Preferências do usuário) e selecione a guia Data Analysis (Análise de dados).

Ordenar dados de alvo, amostra e grupo biológico
Observação: esta opção está disponível apenas em gráficos de expressão gênica.
Por padrão, as listas de alvos, amostras e grupos biológicos são mostradas em ordem alfabética. Use a
caixa de diálogo Sort (Ordenar) para ordenar a exibição em ordem alfabética invertida ou para mover
manualmente um termo para uma posição diferente na lista.

Para ordenar dados de alvos, amostras e grupos biológicos1.

Nas ferramentas de gráfico, clique em Sort (Ordenar).
A caixa de diálogo Gene Expression Chart Sorting (Ordenar gráfico de expressão gênica) aparece.

Guia do usuário | 213

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

2.

Na caixa de diálogo, clique em Z-A para ordenar a lista em ordem alfabética invertida.

3.

Para mover um termo manualmente, selecione-o e clique no botão apropriado entre os gráficos:

4.

nClique na seta para cima ou para baixo para mover o termo selecionado em uma posição.

nClique na seta com barra para cima ou para baixo para mover o termo selecionado para o altoou para a parte de baixo da lista.

Clique em OK para salvar as alterações e voltar para a guia Gene Expression (Expressão gênica).

214 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Alterar configurações de cor de alvos e amostras
Observação: esta opção está disponível apenas em gráficos de expressão gênica.
Use a caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores) para alterar a cor de um alvo ou amostra,ou remover o item do gráfico.

Para alterar as configurações de cor
1.

Nas ferramentas de gráfico, selecione Color Settings (Configurações de cores).
A caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores) aparece.

2.

Para alterar a cor de exibição para um alvo ou amostra, clique em sua cor na coluna Color (Cor).

3.

Na caixa de diálogo Color (Cor) que aparecerá, escolha uma nova cor e clique em OK.

4.

Para remover o item do gráfico de expressão gênica, remova a seleção na coluna Show Chart(Mostrar gráfico).
Dica: para remover todos os itens do gráfico de expressão gênica, remova a seleção na coluna
Show Chart (Mostrar gráfico) no topo da coluna.

5.

(Opcional) Por padrão, a cor do gráfico de barras aparece em forma de gradiente. Para exibir a cor
em forma sólida, selecione Use Solid Colors (Usar cores sólidas).

6.

Clique em OK para salvar as alterações e voltar para a guia Gene Expression (Expressão gênica).

Guia do usuário | 215

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Ampliar uma área no gráfico
Para ampliar uma área do gráfico
u

Clique e arraste no gráfico e então clique em Zoom. O software redimensiona o gráfico e o centralizana área selecionada.
Observação: o gráfico de barras não exige clicar no comando Zoom no pop-up.

Para redefinir o gráfico para visualização completauClique com o botão direito do mouse no gráfico e selecione Set Scale to Default (Configurar escalacomo padrão).

Copiar gráficos para um arquivo da Microsoft
É possível copiar gráficos de dados para documentos do Microsoft Word, Excel ou PowerPoint. A
resolução da imagem corresponde à da tela na qual a imagem foi obtida.

Para copiar gráficos para um arquivo da Microsoft
1.

Na janela Data Analysis (Análise de dados), clique em Copy To Clipboard (Copiar para a área detransferência) no canto superior direito do painel do gráfico.

2.

Abra um arquivo da Microsoft em branco e cole o conteúdo da área de transferência.

Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para
gráficos
A Tabela 15 lista os itens do menu de clique com o botão direito que ficam disponíveis em gráficos.
Alguns dos itens estão presentes em todos os gráficos, incluindo itens para mudar o modo como os
dados são exibidos ou para exportar facilmente os dados de um gráfico.
Tabela 15. Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para os gráficos

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o gráfico para a área de transferência.

Save Image As

Salva a imagem no tamanho, na resolução e no tipo de arquivo especificados,(Salvar imagem

incluindo PNG (padrão), JPG e BMP.

como)

216 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

ItemFunçãoPage Setup

Exibe as opções de configuração de impressão.

(Configuração depágina)Print (Imprimir)

Imprime o gráfico.

Set Scale toRetorna o gráfico para sua visualização padrão depois de ampliá-lo.

Default (Configurar
escala comopadrão)Chart Options

Abre a janela Chart Options (Opções do gráfico) para alterar o gráfico, inclusive(Opções doalterar o título, selecionar limites para os eixos x e y, exibir linhas de grade e mostrar

gráfico)marcações menores nos eixos.

Observação: os itens de menu que se aplicam a gráficos específicos são descritos no Capítulo 11,
Detalhes da análise de dados.

Guia do usuário | 217

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Planilhas
As planilhas mostrados em Data Analysis (Análise de dados) incluem opções para ordenar e transferir os
dados. Ordene as colunas com um destes métodos:nClique e arraste uma coluna para uma nova localização na tabela selecionada.

nClique no cabeçalho da coluna para ordenar os dados em ordem crescente ou decrescente.

Para ordenar até três colunas de dados na janela Sort (Ordenar)
1.

Clique com o botão direito na planilha e selecione Sort (Ordenar).

2.

Na caixa de diálogo Sort (Ordenar), selecione o título da primeira coluna para ordenar. Ordene os
dados em ordem crescente ou decrescente.

3.

Selecione uma segunda ou terceira coluna para ordenar e selecione Ascending (Crescente) ou
Descending (Decrescente).

4.

Clique em OK para ordenar os dados ou clique em Cancel (Cancelar) para interromper a ordenação.

Dica: destaque os dados nos gráficos associados e no seletor de poço segurando o ponteiro domouse sobre uma célula. Clique em uma célula para copiar e colar seu conteúdo em outro programade software.

Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para
planilhas
A Tabela 16 lista os itens de menu do botão direito disponíveis em qualquer visualização de planilha.
Tabela 16. Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para planilhas

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o conteúdo dos poços selecionados para uma área detransferência e depois cola o conteúdo em uma planilha como do
Excel.

Copy as Image (Copiar como

Copia a visualização da planilha como um arquivo de imagem e aimagem)cola em um arquivo que aceita um arquivo de imagem, comoarquivos de texto, imagem ou planilha.

Print (Imprimir)

218 | Software CFX Maestro Dx SE

Imprime a visualização atual.

Planilhas

Tabela 16. Itens de menu de clique com o botão direito do mouse para planilhas, continuação

ItemFunçãoPrint Selection (Imprimir

Imprime a seleção atual.

seleção)Export to Excel (Exportar para

Exporta os dados para uma planilha do Excel.

Excel)
Export to Text (Exportar para

Exporta os dados para um editor de texto.

texto)
Export to CSV (Exportar para

Exporta os dados para um arquivo .csv.

CSV)
Export to Xml (Exportar para

Exporta os dados para um arquivo .xml.

Xml)
Export to Html (Exportar para

Exporta os dados para um arquivo .html.

Html)
Find (Localizar)

Procura o texto.

Sort (Ordenar)

Ordena os dados em até três colunas.

Select Columns (Selecionar

Seleciona as colunas que serão exibidas na planilha.

colunas)Guia do usuário | 219

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Exportar
O CFX Maestro Dx SE oferece várias opções de exportação no menu suspenso Export (Exportar):n

Export All Data Sheets (Exportar todas as folhas de dados)nExport RDML Files (Exportar arquivos RDML).

n

Custom Export (Personalizar exportação)nExport to LIMS Folder (Exportar para pasta LIMS)nManual Export (Exportação manual)

Exportar todas as folhas de dados
É possível exportar todas as visualizações de planilha de todas as guias do CFX Maestro Dx SE paraarquivos separados.

Para exportar todas as folhas de dadosuSelecione Export (Exportar) > Export All Data Sheets (Exportar todas as folhas de dados) e então
selecione o tipo de arquivo desejado:n

CSV (*.csv)

nTexto (*.txt)

nPasta de trabalho do Excel (*.xlsx)
As análises exportadas são salvas em vários arquivos de pasta de trabalho do Excel, com uma
guia de planilha de dados de análise por arquivo. Quando uma análise inclui vários fluoróforos,
os dados de cada fluoróforo são exportados em guias separadas na planilha.

nPasta de trabalho do Excel - combinado (*.xlsx)
As análises exportadas são salvas em um único arquivo de pasta de trabalho do Excel que inclui
várias guias de planilha, uma para cada conjunto de dados de análise.

nExcel 97 - 2003 (*.xls)
Importante: seu computador deve ter o Microsoft Excel instalado para que você possa
exportar dados para uma planilha do Microsoft Excel.

nXML (*.xml)

220 | Software CFX Maestro Dx SE

Exportar

Exportar arquivos RDML
O RDML é um padrão de dados estruturado e universal para intercâmbio de dados de PCR quantitativa(qPCR). O padrão dos dados é um arquivo de texto em formato Extensible Markup Language (.xml).
Consulte o website do International RDML Consortium (www.rdml.org) para informações adicionais
sobre o formato de intercâmbio de dados RDML.
Importante: os arquivos RDML exportados incluem dados de análise com as configurações de linha
de base aplicadas na janela Data Analysis (Análise de dados). Para obter mais informações sobre asconfigurações de linha de base, consulte Configurações de linha de base na página 202.
Observação: salve o arquivo RDML como versão 1.1 se você estiver usando a versão 2.3 ou
posterior do software qbase+.

Para exportar um arquivo RDML
1.

Selecione Export (Exportar) > Export RDML Files (Exportar arquivos RDML) e selecione RDML v1.1
ou RDML v1.0 na lista que aparecerá.
A caixa de diálogo Save As (Salvar como) aparece.

2.

Na caixa de diálogo Save As (Salvar como), especifique um nome do arquivo e localização na qualsalvar o arquivo RDML.

3.

Clique em OK para salvar o arquivo exportado.

Guia do usuário | 221

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Criar um arquivo de exportação personalizado
Para criar um arquivo de exportação personalizado
1.

Selecione Export (Exportar) > Custom Export (Exportação personalizada). A caixa de diálogo
Custom Export (Exportação personalizada) aparece.

2.

Selecione o formato de exportação na lista suspensa que aparece.

3.

Selecione as caixas de seleção para os itens a serem exportados.

4.

(Opcional) Clique em Customize Column (Customizar coluna) para alterar nomes de colunas.

5.

Clique em Export (Exportar). A caixa de diálogo Save As (Salvar como) aparece.

6.

Na caixa de diálogo Save As (Salvar como), especifique um nome do arquivo e localização na qualsalvar o arquivo exportado.

222 | Software CFX Maestro Dx SE

Exportar

7.

Clique em OK para salvar o arquivo exportado.

Guia do usuário | 223

Capítulo 10 Visão geral da análise de dados

Exportar para uma pasta LIMS
É possível exportar dados para um formato de arquivo compatível com LIMS. Para obter mais
informações sobre criação, gerenciamento e uso de arquivos LIMS, consulte o Apêndice C, Integração
LIMS.

Para exportar dados para o formato LIMS
1.

Selecione Export (Exportar) > Export to LIMS Folder (Exportar para pasta LIMS.
A caixa de diálogo Save As (Salvar como) aparece.

2.

Na caixa de diálogo Save As (Salvar como), especifique um nome do arquivo e localização na qualsalvar o arquivo exportado.

3.

Clique em OK para salvar o arquivo exportado.

Exportar dados formatados para o Seegene
É possível exportar os dados de todas as visualizações de planilhas em arquivos do Excel estruturados
especificamente para uso pela Seegene, Inc.
Dica: você também pode iniciar automaticamente o Seegene Viewer quando a exportação for
concluída. Consulte Comandos do menu Tools (Ferramentas) na página 67 para obter mais
informações.

Para exportar dados em um formato específico para o Seegene
1.

Selecione Export > Manual Export (Exportar > Exportação manual).
A caixa de diálogo Browse for Folder (Navegar para a pasta) é exibida.

2.

Na caixa de diálogo Browse for Folder (Navegar para a pasta), especifique um local de pasta no qualsalvar os arquivos exportados do Excel (.xlsx) formatados para o Seegene.
As análises são exportadas em vários arquivos de pasta de trabalho do Excel, com uma guia deplanilha de dados de análise por arquivo.

3.

Clique em OK para salvar os arquivos exportados.

224 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados
A janela Data Analysis (Análise de dados) do CFX Maestro Dx Software, Security Edition inclui várias
guias para visualizar os dados. Este capítulo explica essas guias em detalhe.
Dica: é possível selecionar quais guias visualizar na janela Data Analysis (Análise de dados) usandoo menu View (Exibir). O layout personalizado é salvo com o arquivo de dados.

Guia do usuário | 225

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia Quantification (Quantificação)Use os dados na guia Quantification (Quantificação) para configurar as condições de análise de dados,
incluindo as configurações de linha de base para poços individuais e as configurações de limiar. A guia
Quantification (Quantificação) exibe os dados nestas quatro visualizações:nGráfico Amplification (Amplificação) — exibe as unidades de fluorescência relativas (RFU) para cadapoço em cada ciclo. Cada traço no gráfico representa dados de um único fluoróforo em um poço.

nStandard curve (Curva padrão) — aparece apenas se a corrida incluir poços designados comopadrão de tipo de amostra (Std). A curva padrão exibe o ciclo de limiar plotado em relação ao log daquantidade inicial. A legenda exibe a Reaction Efficiency (Eficiência da reação) (E) para cadafluoróforo nos poços com um tipo de amostra Padrão.

n

Well selector (Seletor de poço) — seleciona os poços com os dados de fluorescência que deseja
exibir.

nSpreadsheet (Planilha) — exibe uma planilha dos dados coletados nos poços selecionados.

Opções de fluoróforos
Para exibir os dados do fluoróforo nos gráficos e planilhas da guia Quantification (Quantificação),selecione o(s) fluoróforo(s)-alvo abaixo do gráfico Amplification (Amplificação). Para ocultar os dados do
fluoróforo na janela de análise de dados, desmarque sua caixa de seleção.

226 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Quantification (Quantificação)Caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço)
Usando a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço), é possível ajustar os gráficos de amplificação e
curva de fusão nas guias Quantification (Quantificação) e Melt Curve (Curva de fusão). Em seguida, épossível pré-visualizar as alterações no seletor de poços que aparece na caixa de diálogo Trace Styles(Estilos de traço).

Para ajustar estilos de traço
1.

Selecione um único fluoróforo no gráfico Amplification (Amplificação).

2.

Para abrir a caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço), faça uma das seguintes opções:nClique em Trace Styles (Estilos de traço) no gráfico Amplification (Amplificação).

n

Selecione Settings (Configurações) > Trace Styles (Estilos de traço) na barra de menu Data
Analysis (Análise de dados).

nClique com o botão direito em um traço e selecione Trace Styles (Estilos de traço).

A caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço) aparecerá.

3.

Na caixa de diálogo Trace Styles (Estilos de traço), selecione um conjunto específico de poços no
seletor de poços no painel inferior. Como alternativa, selecione poços que contenham um tipo deamostra no menu suspenso na coluna Wells (Poços).

4.

Execute uma das seguintes opções:Guia do usuário | 227

Capítulo 11 Detalhes da análise de dadosnPara selecionar uma cor para os poços selecionados, clique na caixa na coluna Color (Cor).

nPara atribuir um símbolo aos poços selecionados, selecione um símbolo na lista suspensa
Symbols (Símbolos).

nPara colorir rapidamente os poços por rótulo do botão, clique no conjunto rápido apropriado:noRandom by Well (Aleatório por poço)oRandom by Replicate (Aleatório por Réplica)o

Use Fluor Colors (Usar cores de fluorescência)o

Use Target Colors (Usar cores de alvo)o

Use Sample Colors (Usar cores de amostra)

Para atribuir rótulos de poço, selecione Sample Type (Tipo de amostra), Target Name (Nome doalvo), Sample Name (Nome da amostra) ou Symbol (Símbolo).

Opção Log Scale (Escala logarítmica)
Selecione Log Scale (Escala logarítmica) abaixo do gráfico Amplification (Amplificação) para visualizar
os traços de fluorescência em uma escala semilogarítmica:

Dica: para ampliar qualquer área do gráfico, arraste a área alvo. Para retornar a uma exibição
completa, clique com o botão direito do mouse no gráfico e selecione Set Scale to Default(Configurar escala como padrão).

228 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Quantification (Quantificação)Gráfico de Curva padrão
O software cria um gráfico Standard Curve (Curva padrão) na guia Quantification (Quantificação) se os
dados incluírem tipos de amostra definidos como padrão para pelo menos um fluoróforo na corrida.

O gráfico Standard Curve (Curva padrão) exibe as seguintes informações:nNome de cada curva (o fluoróforo ou alvo).

n

Cor de cada fluoróforo ou alvo.

nEficiência da reação (E). Use essa estatística para otimizar uma reação multiplexada e equalizar os
dados para uma curva padrão.
Observação: a eficiência da reação descreve quanto do seu alvo está sendo produzido em
cada ciclo do protocolo. Uma eficiência de 100% indica que você está dobrando seu alvo emcada ciclo.

n

Coeficiente de determinação, R2 (escrito como R^2). Use esta estatística para determinar o quãocorretamente a linha descreve os dados (qualidade de ajuste).

nInclinação

nIntercepto y

Guia do usuário | 229

Capítulo 11 Detalhes da análise de dadosOpções de menu do gráfico Amplification (Amplificação)Além das opções comuns de menu do botão direito para gráficos (consulte Itens de menu de clique com
o botão direito do mouse para gráficos na página 216), a Tabela 17 lista as opções de menu disponíveis
apenas no gráfico Amplification (Amplificação).
Tabela 17. Itens de menu de clique com os botões direito e esquerdo do mouse para o gráfico
Amplification (Amplificação)Opções de menuFunçãoWell XX (Poço XX), Fluor

Exibe somente esse poço, remove poço desta visualização, configura a

Target (Alvo de fluoróf.)

cor desse traço ou exclui esse poço da análise.

Selected Traces (Traços

Exibe apenas esses poços, remove esses poços da visualização,selecionados)

configura a cor desses traços ou exclui esses poços da análise.

Show Threshold Values

Exibe o valor de limiar para cada curva de amplificação no gráfico.

(Mostrar valores de limiar)Trace Styles (Estilos deAbre a janela Trace Styles (Estilos de traço) para alterar estilos de traço

traço)

que aparecem nas guias Quantification (Quantificação) e Melt Curve(Curva de fusão).

Baseline Thresholds

Abre a janela Baseline Thresholds (Limiares de linha de base) para

(Limiares de linha de base)alterar a linha de base ou os limiares de cada fluoróforo (as alterações
aparecem no gráfico Amplification (Amplificação), na guia Quantification(Quantificação).

Planilha da guia Quantification (Quantificação)A Tabela 18 define os dados exibidos na planilha na guia Quantification (Quantificação).
Tabela 18. Conteúdo da planilha da guia Quantification (Quantificação)Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Fluoróf.)

Fluoróforo detectado

Target (Alvo)

Nome da amostra carregada nos poços do Plate Editor (Editor deplaca)

230 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Quantification (Quantificação)Informações

Descrição

Content (Conteúdo)

Uma combinação de Sample Type (Tipo de amostra) (requerido) e
Replicate # (Nº de réplica) (opcional) carregada no Plate Editor (Editor
de placa)

Sample (Amostra)

Nome da amostra carregada nos poços do Plate Editor (Editor deplaca)

Cq

Ciclo de quantificação para cada traço

Alterar dados de alvo, conteúdo ou amostra
É possível alterar os dados nas colunas Target (Alvo), Content (Conteúdo) e Sample (Amostra) editandoo arquivo de placa com o uso do editor de placa, mesmo depois de ter executado o experimento.

Para alterar os dados nas colunas Content (Conteúdo), Target (Alvo) e Sample (Amostra)u

Clique em Plate Setup (Configuração de placa) e selecione View/Edit Plate (Visualizar/Editar placa)para abrir o editor de placa.

Guia do usuário | 231

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia Quantification Data (Dados de quantificação)A guia Quantification Data (Dados de quantificação) exibe os dados de quantificação coletados em cadapoço. O CFX Maestro Dx SE exibe os dados em quatro visualizações de planilhas diferentes:
nResults (Resultados) — exibe uma planilha dos dados. Esta é a visualização padrão.

nStandard Curve Results (Resultados da curva padrão) — exibe uma planilha dos dados da curvapadrão.

nPlate (Placa) — exibe os dados em cada poço como um mapa da placa.

n

RFU — exibe as quantidades de RFU em cada poço para cada ciclo.

Selecione cada planilha na lista suspensa que aparece abaixo da guia Quantification Data (Dados dequantificação).

Planilha Results (Resultados)
A planilha Results (Resultados) exibe os dados de cada poço na placa.

Observação: todos os cálculos Std. Dev (Desvio padrão) aplicam-se aos grupos replicados
atribuídos nos poços na janela do Plate Editor (Editor de placa). A média de cálculos da valor Cq
para cada poço no grupo de réplicas.
A Tabela 19 define os dados que aparecem na planilha Results (Resultados).

232 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Quantification Data (Dados de quantificação)Tabela 19. Conteúdo da planilha Results (Resultados)

Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Fluoróf.)

Fluoróforo detectado

Target (Alvo)

Nome do alvo de amplificação (gene)Content (Conteúdo)

Tipo de amostra e Nº de réplicas

Sample (Amostra)

Descrição de amostra

Biological Set Name (Nome do

Nome do conjunto biológico

conjunto biológico)
Cq

Ciclo Quantification (Quantificação)Cq Mean (Cq médio)Média do ciclo de quantificação para o grupo de réplica

Cq Std. Dev (Desvio padrão de

Desvio padrão do ciclo de quantificação para o grupo de réplica

Cq)
Starting Quantity (Quantidade

Estimativa da quantidade inicial do alvo

inicial) (SQ)
Log Starting Quantity (Log

Log de quantidade inicial

quantidade inicial)
SQ Mean (SQ médio)Média da quantidade inicial

SQ Std. Dev (Desvio padrão

Desvio padrão da quantidade inicial nas réplicas

SQ)

Guia do usuário | 233

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Planilha Standard Curve Results (Resultados de curva padrão)A planilha Standard Curve Results (Resultados de curva padrão) exibe os parâmetros da curva padrão
calculada.

A Tabela 20 define os dados que aparecem na planilha Standard Curve Results (Resultados de curvapadrão).
Tabela 20. Conteúdo da planilha Standard Curve Results (Resultados de curva padrão)Informações

Descrição

Fluor (Fluoróf.) (ou Target

Fluoróforo (ou alvo) detectado(Alvo))
Efficiency % (% de eficiência)

Eficiência da reação

Slope (Inclinação)Inclinação da curva padrão

Y-intercept (Intercepto y)

Ponto no qual a curva intercepta o eixo yR^2

Coeficiente de determinação

234 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Quantification Data (Dados de quantificação)Planilha Plate (Placa)
A planilha Plate (Placa) exibe um mapa da placa dos dados para um fluoróforo por vez.

Para visualizar dados de um fluoróforo específico
u

Clique em sua guia na parte inferior da planilha.

Guia do usuário | 235

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Planilha RFU
A planilha de RFU exibe as leituras das relative fluorescence units (unidades de fluorescência relativa)(RFU) para cada poço adquirido em cada ciclo da corrida. O número do poço aparece no topo de cadacoluna e o número do ciclo aparece à esquerda de cada linha.

236 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Melt Curve (Curva de fusão)Guia Melt Curve (Curva de fusão)Para corantes de ligação ao DNA e sondas de hibridização não cliváveis, a fluorescência é mais brilhantequando as duas cadeias de DNA se ligam. Portanto, à medida que a temperatura aumenta para atemperatura de fusão (Tm), a fluorescência diminui a uma taxa constante (inclinação constante). No Tm
há uma redução dramática na fluorescência com uma mudança perceptível na inclinação. A taxa dessa
mudança é determinada pela plotagem da primeira regressão negativa de fluorescência versus
temperatura (-d(RFU)/dT). A maior taxa de alteração na fluorescência resulta em picos visíveis erepresenta o Tm dos complexos de DNA de cadeia dupla.
O CFX Maestro Dx SE plota os dados da RFU coletados durante uma curva de fusão em função datemperatura. Para analisar os dados do pico de fusão, o software atribui uma temperatura inicial e final acada pico movendo a barra limiar. O piso da área do pico é especificado pela posição da barra do limiar
de fusão. Um pico válido deve ter uma altura mínima em relação à distância entre a barra limiar e a altura
do pico mais alto.
A guia Melt Curve (Curva de fusão) exibe a temperatura Tm (temperatura de fusão) dos produtos de PCR
amplificados em quatro visualizações:nMelt Curve (Curva de fusão) — exibe os dados em tempo real de cada fluoróforo como RFUs portemperatura para cada poço.

nMelt Peak (Pico de fusão) — exibe a regressão negativa dos dados da RFU por temperatura paracada poço.

nWell selector (Seletor de poço) — exibe poços para mostrar ou ocultar os dados.

nPeak spreadsheet (Planilha de pico) — exibe os dados coletados no poço selecionado.
Observação: esta planilha exibe até dois picos para cada traço. Para ver mais picos, clique na
guia Melt Curve Data (Dados da curva de fusão).

Guia do usuário | 237

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

A Tabela 21 define os dados mostrados na planilha Melt Curve (Curva de fusão).
Tabela 21. Conteúdo da planilha Melt Curve (Curva de fusão)Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Fluoróf.)

Fluoróforo detectado

Content

Uma combinação de Sample Type (Tipo de amostra) e Replicate number (Nº de(Conteúdo)

réplica)

Sample (Amostra)

Nome da amostra carregada no Plate Editor (Editor de placa)

Melt Temp

A temperatura do pico de fusão para cada poço

(Temperatura deObservação: somente os dois picos mais altos aparecem nesta planilha.

fusão)

238 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Melt Curve (Curva de fusão)Ajustar os dados da curva de fusão
Ajustar os dados da curva de fusão
u

Execute uma das seguintes opções:nClique e arraste as barras de limiar no gráfico Melt Peak (Pico de fusão) para incluir ou excluir
picos na análise de dados.

n

Selecione Positive (Positivo) no menu suspenso Peaks (Picos) para mostrar os dados daplanilha para os picos acima da linha Melt Threshold (Limiar de fusão) ou selecione Negative(Negativo) para visualizar os dados da planilha para os picos abaixo da linha Melt Threshold(Limiar de fusão).

n

Abra a janela Trace Styles (Estilos de traço) para alterar a cor dos traços nos gráficos Melt
Curve (Curva de fusão) e Melt Peak (Pico de fusão).

n

Selecione um número no seletor Step Number (Número da etapa) para visualizar os dados daMelt Curve (Curva de fusão) em outra etapa do protocolo. A lista mostra mais de uma etapa se oprotocolo incluir leituras de placa em mais de uma etapa de curva de fusão.

n

Selecione poços no seletor de poço para se concentrar nos subconjuntos dos dados.

n

Selecione um grupo de poços para visualizar e analisar um subconjunto dos poços na placa.
Selecione cada grupo de poços por nome no menu suspenso Well Group (Grupo de poços) na
barra de ferramentas.

Guia do usuário | 239

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)A guia Melt Curve Data (Dados de curva de fusão) exibe os dados da guia Melt Curve (Curva de fusão)em várias planilhas que incluem todos os picos de fusão para cada traço. O CFX Maestro Dx SE oferece
quatro opções de planilha para visualizar os dados da curva de fusão:nMelt Peaks (Picos de fusão) — exibe todos os dados, inclusive todos os picos de fusão, para cadatraço. Esta é a visualização padrão.

nPlate (Placa) — exibe uma visualização dos dados e do conteúdo de cada poço na placa.

n

RFU — exibe as quantidades de RFU em cada temperatura para cada poço.

n-d(RFU)/dT — exibe a taxa de mudança negativa na RFU à medida que a temperatura (T) muda.
Este é um gráfico de primeira regressão de cada poço na placa.

Selecione cada planilha na lista suspensa que aparece abaixo da guia Melt Curve Data (Dados da curva
de fusão).

Planilha Melt Peaks (Picos de fusão)A planilha Melt Peaks (Picos de fusão) exibe todas os dados de curva de fusão.

A Tabela 22 na página 241 define os dados que aparecem na planilha Melt Peaks (Picos de fusão).

240 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)Tabela 22. Conteúdo da planilha Melt Peaks (Picos de fusão)Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Fluoróf.)

Fluoróforo detectado

Content (Conteúdo)

Tipo de amostra listada na janela Plate Editor (Editor de placa)

Target (Alvo)

Alvo de amplificação (gene)

Sample (Amostra)

Nome da amostra listada na janela Plate Editor (Editor de placa)

Melt Temperature (Temperatura

A temperatura de fusão de cada produto, listada como um pico (maisde fusão)alto) por linha na planilha

Peak Height (Altura do pico)

Altura do pico

Begin Temperature (Temperatura

Temperatura no início do picode início)End Temperature (Temperatura

Temperatura no final do pico

final)

Planilha Plate (Placa)
A planilha Plate (Placa) exibe dados da curva de fusão em um formato de placa.

Observação: para ajustar o pico que o software chama, ajuste a linha de limiar no gráfico Melt Peak
(Pico de fusão) na guia Melt Curve (Curva de fusão).
A Tabela 23 na página 242 define os dados que aparecem na planilha Plate (Placa).

Guia do usuário | 241

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Tabela 23. Conteúdo da planilha Plate (Placa)

Informações

Descrição

Content

Combinação de Sample Type (Tipo de amostra) (obrigatório) e Replicate # (Nº de(Conteúdo)

réplica) (opcional)

Sample (Amostra)

Descrição de amostra

Peak 1 (Pico 1)

Primeiro pico de fusão (mais alto)

Peak 2 (Pico 2)

Segundo pico de fusão (mais baixo)

Planilha RFU
A planilha de RFU exibe a fluorescência para cada poço em cada ciclo adquirido durante a curva defusão.

A Tabela 24 define os dados exibidos na planilha RFU.
Tabela 24. Conteúdo da planilha RFU

Informações

Descrição

Well number (Número do poço) (A1, A2,

Posição do poço na placa para os poços

A3, A4, A5)

carregados

Temperature (Temperatura)

Temperatura de fusão do alvo amplificado,
plotada como um poço por linha e múltiplos
poços para múltiplos produtos no mesmo poço

242 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Melt Curve Data (Dados da curva de fusão)Planilha -d(RFU)/dT
A planilha -d(RFU)/dT exibe a taxa de mudança negativa na RFU à medida que a temperatura (T) muda.

A Tabela 25 define os dados que aparecem na planilha -d(RFU)/dT.
Tabela 25. Conteúdo da planilha -d(RFU)/dT

Informações

Descrição

Well number (Número do poço) (A1, A2,

Posição do poço na placa para os poços carregados

A3, A4, A5)
Temperature -d(RFU)/dT (Temperatura -Taxa de variação negativa na RFU como alterações ded(RFU)/dT)

temperatura (T)Guia do usuário | 243

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia End-point
Abra a guia End-point para analisar as relative fluorescence units (unidades de fluorescência relativa)(RFUs) finais para os poços de amostra. O software compara os níveis de RFU para poços com amostras
desconhecidas para os níveis de RFU para poços com controles negativos e “chama” o desconhecido
positivo ou negativo. As amostras positivas têm um valor de RFU maior que o valor médio de RFU dos
controles negativos mais o valor de corte.

Para analisar os dados do end-point, a placa deve conter controles negativos ou o software não podefazer a chamada.
n

Executar um protocolo Quantification (Quantificação) — configurar um protocolo padrão. Após aconclusão da corrida, abra a janela Data Analysis (Análise de dados), ajuste as configurações deanálise de dados na guia Quantification (Quantificação) e, em seguida, clique na guia End-point paraselecionar um ciclo de end-point.

n

Executar um protocolo End Point Only (Apenas end-point) — carregue o protocolo End Point Only
(Apenas end-point) na guia Plate (Placa) da janela Run Setup (Configuração de corrida), selecioneou crie uma placa e inicie a corrida

244 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia End-point

A guia End-point exibe os valores de RFU para determinar se o alvo foi amplificado pelo último (final)
ciclo. Use esses dados para determinar se uma sequência de alvos específica está presente (positiva)
em uma amostra. Alvos positivos têm valores de RFU mais altos do que o nível de corte que você define.
Dica: para criar um protocolo de end-point, abra a guia Protocol (Protocolo) (janela Run Setup(Configuração de corrida) e selecione Run (Executar) > End Point Only Run (Apenas corrida de endpoint).
Quando a corrida for concluída, o arquivo de dados é aberto na guia End-point, na qual a compreende as
seguintes seções:n

Settings (Configurações) — ajusta as configurações de análise de dados.

nResults (Resultados)— exibe os resultados imediatamente depois de ajustar as configurações.

n

Well selector (Seletor de poço) — selecione os poços com os dados de end-point que você deseja
exibir.

n

RFU spreadsheet (Planilha RFU) — exibe a RFU final coletado nos poços selecionados.

Dados de resultados
A seção Results (Resultados) exibe os seguintes dados:nLowest RFU value (Valor de RFU mais baixo) — valor de RFU mais baixo nos dadosnHighest RFU value (Valor de RFU mais alto) — valor de RFU mais alto nos dadosn

Negative Control Average (Média do controle negativo) — RFU média para os poços que contêm
controles negativosn

Cut Off Value (Valor de corte) — calculado ao adicionar a tolerância (RFU ou porcentagem dointervalo listada em Settings (Configurações)) e a média dos controles negativos. Amostras com
RFUs maiores do que o valor de corte serão chamadas de "Positivas". Para ajustar o valor de corte,altere a RFU ou a porcentagem de intervalo

O Cut Off Value (Valor de corte) é calculado usando esta fórmula:
Cut Off Value (Valor de corte) = Negative Control Average (Média do controle negativo) +Tolerance (Tolerância)
Selecione uma tolerância por um destes métodos:n

RFUs (padrão) — selecione este método para usar um valor absoluto de RFU para a tolerância. O
valor mínimo de tolerância de RFU é 2. O máximo é o valor absoluto do mais alto valor de RFU
menos o valor absoluto do mais baixo valor de RFU. O valor padrão de tolerância de RFU é 10% dointervalo total de RFU.

Guia do usuário | 245

Capítulo 11 Detalhes da análise de dadosnPercent of Range (Porcentagem do intervalo) — selecione este método para usar uma porcentagem
do intervalo RFU para a tolerância. A porcentagem mínima do intervalo é 1%. A porcentagem
máxima do intervalo é 99%. A porcentagem padrão do intervalo é 10%.

246 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia End-point

Ajustar a análise de dados de end-point
Para ajustar os dados na guia End-pointu

Execute uma das seguintes opções:n

Selecione um fluoróforo na lista suspensa.

nSelecione um End Cycle (Ciclo final) para o valor de Average (Média) para definir o número de
ciclos com os quais calcular a média da RFU do end-point.

nSelecione RFUs para visualizar os dados nas unidades de fluorescência relativas.

nSelecione Percentage of Range (Porcentagem do intervalo) para visualizar os dados como uma
porcentagem do intervalo RFU.

n

Selecione poços no seletor de poço para se concentrar nos subconjuntos dos dados.

n

Selecione um grupo de poços para visualizar e analisar um subconjunto dos poços na placa.
Selecione cada grupo de poços por nome no menu suspenso Well Group (Grupo de poços) na
barra de ferramentas.

Planilha RFU para análise de end-pointA Tabela 26 define os dados que aparecem na planilha RFU na guia End-point
Tabela 26. Conteúdo da planilha End-point da RFU

Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Fluor (Fluoróf.)

Fluoróforo detectado

Content (Conteúdo)

Combinação de Sample Type (Tipo de amostra) e Replicate # (Nº de réplica)

End RFU (RFU final)

RFU no ciclo final

Call (Chamada)Positive (Positivo) ou Negative (Negativo), onde amostras positivas têm um
valor de RFU maior que a RFU média dos controles negativos mais o Cut Off
Value (Valor de corte)

Sample (Amostra)

Nome da amostra carregada no Plate Editor (Editor de placa)

Guia do usuário | 247

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia Allelic Discrimination (Discriminação alélica)
A guia Allelic Discrimination (Discriminação alélica) designa genótipos para poços com amostras
desconhecidas. Use esses dados para identificar amostras com diferentes genótipos, incluindo o Alelo 1,
Alelo 2, Heterozigoto, Sem Chamada (sem amplificação) ou Indeterminado.
Observação: os dados para discriminação alélica devem ser provenientes de corridas multiplex
com ao menos dois fluoróforos. Cada fluoróforo identifica um alelo em todas as amostras.

A análise de discriminação alélica exige o conteúdo de poço mínimo a seguir:n

Dois fluoróforos em cada poço.

n

Amostras NTC (controle sem fita molde) para análise de dados otimizada.

O CFX Maestro Dx SE oferece quatro opções na visualização dos dados de discriminação alélica:n

Allelic Discrimination chart (Gráfico de discriminação Alélica) — exibe os dados em um gráfico de
RFU para Alelo1/Alelo2. Cada ponto no gráfico representa dados de ambos fluoróforos em um poço.
Você pode alternar entre coordenadas cartesianas e polares selecionando e desmarcando a caixa
de seleção Polar Coordinates (Coordenadas polares). Cartesian Coordinates (Coordenadascartesianas) representam RFU para Alelo 1 no eixo X e RFU para Alelo 2 no eixo Y. Polar
Coordinates (Coordenadas polares) representam o ângulo no eixo X e a distância entre a origem e a
RFU no eixo Y (mediano de todos NTCs).

248 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Allelic Discrimination (Discriminação alélica)n

Well spreadsheet (Planilha de poço) — exibe os dados de discriminação alélica coletados em cadapoço da placa.

nWell selector (Seletor de poço) — selecione os poços com os dados alélicos que você deseja exibir.

nPainel Selected Fluorophores (Fluoróforos selecionados) — altera os rótulos dos eixos X e Y no
gráfico Allelic Discrimination (Discriminação alélica), o ciclo para análise e se deseja exibir o mapade chamadas.

Ajuste de dados para discriminação alélica
O software atribui automaticamente um genótipo aos poços com amostras desconhecidas com base nas
posições dos NTCs e o ângulo e distância dos pontos de dados desconhecidos dos NTCs.

Para ajustar os dados de discriminação alélica
u

Execute uma das seguintes opções:nPara visualizar coordenadas polares, selecione a caixa de verificação no gráfico de Allelic
Discrimination (Discriminação alélica).

nPara visualizar outro fluoróforo, selecione-o na lista suspensa no painel Selected Fluorophores(Fluoróforos selecionados).

nPara alterar uma chamada, arraste o mouse pelos pontos de dados no gráfico Discriminação
Alélica Chart e selecione uma opção na lista Selected Wells (Poços selecionados):oAllele 1 (Alelo 1)oAllele 2 (Alelo 2)oHeterozygote (Heterozigoto)oUndetermined (Não determinado)o

No Call (Sem chamada)oAuto Call (Chamada automática)

Dica: selecione Auto Call (Chamada automática) para reverter para a chamada padrão.

Guia do usuário | 249

Capítulo 11 Detalhes da análise de dadosOpções de menu do gráfico
Além das opções comuns de menu de clique com o botão direito para gráficos (consulte Itens de menu
de clique com o botão direito do mouse para gráficos na página 216), a Tabela 27 lista as opções demenu disponíveis no Allelic Discrimination chart (gráfico de Discriminação alélica).
Tabela 27. Opções do menu de clique com os botões direito e esquerdo do mouse para o gráfico Allelic Discrimination (Discriminação alélica)Opções de menuFunçãoZoom

Focaliza a visualização do gráfico na área selecionada (clicando earrastando o cursor no gráfico).
Dica: para restaurar o zoom para mostrar todos os pontos dedados, clique com o botão direito do mouse e selecione Set
Scale to Default (Definir escala como padrão).

Well (Poço)

Para o well (poço) selecionado, as opções são: display only this well
(exibir apenas este poço), remove this well from view (remover essepoço da visualização), set color for this trace (definir cor para essetraço) ou exclude the well from analysis (excluir esse poço daanálise).

Selected Wells (Poços

Para os poços selecionados (selecionados clicando e arrastando oselecionados)

cursor no gráfico), as opções são: display only these wells (exibir
somente esses poços), remove these wells from view (removeresses poços da vista), set color for these traces (definir a cor paraesses traços) ou exclude these wells from analysis (excluir esses
poços da análise).

Planilha Allelic Discrimination (Discriminação alélica)
A Tabela 28 define os dados que aparecem na planilha Allelic Discrimination (Discriminação alélica).
Tabela 28. Conteúdo da planilha Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

Informações

Descrição

Well (Poço)

Posição do poço na placa

Sample (Amostra)

Descrição do nome da amostra

250 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Allelic Discrimination (Discriminação alélica)

Tabela 28. Conteúdo da planilha Allelic Discrimination (Discriminação alélica), continuação

Informações

Descrição

Call (Chamada)

Identidade do alelo, inclusive Allele 1 (Alelo 1), Allele 2 (Alelo 2),
Heterozygote (Heterozigoto), No Call (Sem chamada) ou
Undetermined (Não determinado) automáticos

Type (Tipo)

Auto (Automático) ou Manual, descreve como a chamada foi feita.
Automático indica que o software selecionou a chamada. Manual
indica que o usuário selecionou a chamada.

RFU1

RFU para Allele1 (Alelo 1)

RFU2

RFU para Allele2 (Alelo 2)

Guia do usuário | 251

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia Custom Data View (Visualização de dados
personalizada)
A guia Custom Data View (Visualização de dados personalizada) exibe vários painéis simultaneamente
em um formato personalizável.
A lista suspensa Load a Preset View (Carregar uma visualização pré-definida) oferece uma seleção demodelos de formato de exibição. A visualização padrão exibida depende do arquivo sendo analisado. Por
exemplo, se houver dados de curva de fusão, a visualização padrão Amp+Melt (Ampliação + fusão)aparecerá.

252 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia Custom Data View (Visualização de dados personalizada)

Criar uma visualização de dados personalizada
Para criar uma visualização de dados personalizadauExecute uma das seguintes opções:n

Selecione uma visualização pré-definida alternativa na lista suspensa.

nSelecione outra visualização de gráfico na lista suspensa localizada no alto de cada painel
individual.

n

Altere o número de linhas e colunas na tabela.

n

Altere as dimensões do painel individual. Arraste as barras nas bordas de cada painel.

Clique em Save as Preset (Salvar como pré-definição) para salvar sua personalização como um modelo
pré-definido. Clique em Manage Presets (Gerenciar pré-definições) para excluir, renomear ou restaurar
visualizações pré-definidas existentes.

Guia do usuário | 253

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia QC (CQ)
Use a guia QC (CQ) para avaliar rapidamente a qualidade dos dados de corrida com base nas regras
definidas na guia QC (CQ) na janela User Preferences (Preferências do usuário).
O CFX Maestro Dx SE oferece quatro opções nas quais visualizar os dados de CQ:nGráfico Amplification (Amplificação) — exibe a RFU para cada poço, em cada ciclo. Cada traço no
gráfico representa dados de um único fluoróforo em um poço.

nTabela de regras de CQ — exibe as regras de CQ disponíveis e as configurações que definem
cada regra. As regras de CQ aplicadas são indicadas por uma marca de seleção.

n

Well selector (Seletor de poço) — seleciona os poços com os dados de fluorescência que deseja
exibir.

nPainel de resumo de regras de CQ — exibe a regra de CQ selecionada e destaca os poços que
falham na regra.

Alterar os critérios de CQ
Alterar os critérios de CQuSelecione ou desmarque a caixa de seleção Use (Usar) para que a regra inclua ou exclua do CQ.

254 | Software CFX Maestro Dx SE

Guia QC (CQ)

Excluir poços reprovados no CQO CFX Maestro Dx SE exibe poços que reprovam nos critérios de CQ na coluna Results (Resultados) databela de regras de CQ e no painel de resumo.

Excluir poços que reprovaram nos critérios de CQuSelecione Exclude Wells (Excluir poços) para cada poço a ser excluído.

Guia do usuário | 255

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Guia Run Information (Informações de corrida)
A guia Run Information (Informações de corrida) exibe o protocolo e outras informações sobre cadacorrida. Use esta guia para fazer uma das seguintes opções:n

Visualizar o protocolo.

n

Inserir ou editar observações sobre a corrida.

nInserir ou editar o ID ou código de barras para a corrida.

nVisualizar eventos que possam ter ocorrido durante a corrida. Use essas mensagens para ajudar aresolver o problema de uma corrida.

Dica: clicar com o botão direito do mouse em Protocol (Protocolo) para copiar, exportar ou imprimilo. Clique com o botão direito do mouse nos painéis Notes (Observações), ID/Bar Code (ID/Código
de barras) ou Other (Outro) para desfazer, cortar, copiar, colar, excluir ou selecionar o texto.

256 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de análise de dados

Relatórios de análise de dados
A caixa de diálogo Report (Relatório) exibe informações sobre o arquivo de dados atual na janela Data
Analysis (Análise de dados). Para abrir um relatório, selecione Tools (Ferramentas) > Reports(Relatórios) na barra de ferramentas.
A caixa de diálogo Report (Relatório) contém as seguintes seções:nMenu e barra de ferramentas — fornece opções para formatar, salvar e imprimir o relatório ou
modelo.

n

Options list (Lista de opções) (lado superior esquerdo da caixa de diálogo) — fornece opções para
exibir no relatório.

n

Options pane (Painel de opções) (lado inferior esquerdo da caixa de diálogo) — exibe caixas detexto nas quais você pode inserir informações sobre uma opção selecionada.

nPreview pane (Painel de visualização) (lado direito da caixa de diálogo) — exibe uma visualização
do relatório atual.

Guia do usuário | 257

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Categorias de relatórios de análise de dados
A Tabela 29 lista todas as opções disponíveis para um relatório de análise de dados, dependendo do tipo
de dados na janela Data Analysis (Análise de dados).
Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções

CategoriaOpçãoDescrição

Header (Cabeçalho)
Title (Título), subtitle (subtítulo) e logo
(logotipo) para o relatório
Report Information (Informações

Run date (Data da corrida), user namede relatório)(nome do usuário), data file name (nome
do arquivo de dados), data file path(caminho do arquivo de dados) e
selected well group (grupo de poçosselecionados)

Audit Information (Informações

Informações suplementares requeridas

sobre auditoria)

para auditoria, incluindo assinaturas

Notes (Observações)Observações sobre o relatório de dados

Run Setup (Configuração de corrida)
Run Information (Informações de

Run date (Data da corrida), user namecorrida)(nome do usuário), data file name (nome
do arquivo de dados), data file path(caminho do arquivo de dados) e
selected well group (grupo de poçosselecionados)

Protocol (Protocolo)

Visualização de texto das etapas eopções do protocolo

Plate Display (Exibição de placa)

Vista da placa da informação em cadapoço da placa

Quantification (Quantificação)258 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de análise de dados

Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Analysis Settings

Data collection step number (Número de(Configurações de análise)

etapa de coleta de dados), analysis
mode (modo de análise) e baseline
subtraction method (método desubtração de linha de base)

Amplification Chart (Gráfico de

Gráfico Amplification (Amplificação) para

amplificação)corridas que incluem dados dequantificação

Gráfico Standard Curve (Curva

Gráfico de curva padrão

padrão)Data (Dados)

Planilha listando os dados em cada poço

Gene Expression (Expressão Gênica) — Bar chart (Gráfico de barra)
Analysis Settings

Analysis mode (Modo de análise), chart(Configurações de análise)data (dados de gráfico), scaling option(opção de escala) e chart error (erro de
gráfico)Chart (Gráfico)Cópia do gráfico de barra

Target Names (Nomes de alvos)

Gráfico de nomes de alvos

Sample Names (Nomes deGráfico de nomes de amostras

amostras)
Data (Dados)

Planilha listando os dados em cada poço

Target Stability (Estabilidade

Gráfico dos valores de estabilidade alvo

alvo)
Box-and-Whisker Chart (Gráfico

Box-and-whisker chart (Gráfico box-and-Box-and-Whisker)

whisker)

Dot Plot Chart (Gráfico deDot plot chart (Gráfico de pontos)

Pontos)Gene Expression (Expressão gênica) — Clustergram (Clustergrama) e Scatter Plot (Gráfico
de dispersão)Guia do usuário | 259

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Analysis Settings

Configurações para cada tipo de gráfico

(Configurações de análise)
Chart (Gráfico)Cópia do gráfico

Data (Dados)

Planilha listando os dados em cada alvo

Gene Expression (Expressão gênica) — ANOVA Data (Dados ANOVA)ANOVA Settings (Configurações

P-value Threshold (Limiar de valor P)

ANOVA)

usado na análiseANOVA Results (Resultados

Tabela de resultados de ANOVA e

ANOVA)

análise Tukey's HSD post-hoc (post-hoc
de HSD de Tukey)

Melt Curve (Curva de fusão)Analysis Settings

Número da etapa de fusão e(Configurações de análise)

configuração da barra limiar

Melt Curve Chart (Gráfico deMelt curve chart (Gráfico de curva deCurva de Fusão)fusão)

Melt Peak Chart (Gráfico de Pico

Melt peak chart (Gráfico de pico dede fusão)fusão)

Data (Dados)

Planilha listando os dados em cada poço

Allelic Discrimination (Discriminação alélica)
Analysis Settings

Exibe os fluoróforos, o ciclo e a(Configurações de análise)

visualização de mapa de chamadas

Allelic Discrimination Chart

Cópia do gráfico Allelic Discrimination(Gráfico de discriminação

(Discriminação alélica)

alélica)
Data (Dados)

End-point

260 | Software CFX Maestro Dx SE

Planilha listando os dados em cada poço

Relatórios de análise de dados

Tabela 29. Categorias de relatórios de análise de dados na lista de opções, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Analysis Settings

Fluorophore (Fluoróforo), end cycles to(Configurações de análise)

average (ciclos finais para média), mode
(modo), lowest RFU value (valor RFU
mais baixo), highest RFU value (valor
RFU mais alto) e cut off value (valor decorte)

Data (Dados)

Planilha listando os dados em cada poço

Data (Dados)

Planilha listando os parâmetros para

QC Parameters(Parâmetros de CQ)

cada regra de CQ

Guia do usuário | 261

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Criar um relatório de análise de dados
É possível salvar o layout do relatório como um modelo, que pode ser usado novamente para relatórios
similares.

Para criar um relatório de análise de dados
1.

Faça ajustes finais ao conteúdo do poço, poços selecionados, gráficos e planilhas na janela Data
Analysis (Análise de dados) antes de criar o relatório.

2.

Selecione Tools (Ferramentas) > Reports (Relatórios) na barra de menu Data Analysis (Análise dedados) para abrir a caixa de diálogo Report (Relatório).

3.

Escolha as opções que você deseja incluir no relatório. O relatório é aberto com as opções padrão
selecionadas. Selecione ou desmarque as caixas de seleção para alterar categorias inteiras ouopções individuais dentro de uma categoria.
A Tabela 29 na página 258 lista as opções disponíveis para exibição.
Observação: os dados que aparecem no relatório dependem das seleções atuais nas guias dajanela Data Analysis (Análise de dados). Por exemplo, uma corrida de quantificação pode nãoconter uma curva padrão e, portanto, esses dados não aparecem na janela Data Analysis(Análise de dados) ou no relatório de dados.

4.

Alterar a ordem das categorias e itens em um relatório. Arraste as opções para a posição relativa. Os
itens podem ser reordenados apenas dentro das categorias às quais eles pertencem.

5.

(Opcional) No painel Report Options (Opções do relatório), insira informações relevantes para aopção selecionada:nEscolha um subconjunto de informações para visualizar no relatório.

n

Selecione as configurações específicas para a opção selecionada.

nAltere o texto a ser exibido para a opção selecionada.

6.

Clique em Update Report (Atualizar relatório) para atualizar a Report Preview (Visualização derelatório) com quaisquer alterações.

7.

Imprima ou salve o relatório:a.

Clique no botão Print Report (Imprimir relatório) na barra de ferramentas para imprimir orelatório atual.

b.

Selecione File (Arquivo) > Save (Salvar) para salvar o relatório no formato de arquivo PDF(arquivo Adobe Acrobat Reader) , MHT (documento da Microsoft) ou MHTML (documento da
Microsoft).

c.

Selecione um local para salvar o arquivo.

262 | Software CFX Maestro Dx SE

Relatórios de análise de dadosd.

8.

Selecione File (Arquivo) > Save As (Salvar como) para salvar o relatório com um novo nome ou
em um novo local.

(Opcional) Criar um modelo de relatório com as informações desejadas. Para salvar as
configurações atuais do relatório em um modelo, selecione Template (Modelo) > Save (Salvar) ou
Save As (Salvar como). Em seguida, carregue o modelo de relatório na próxima vez que você quiser
criar um novo relatório.

Guia do usuário | 263

Capítulo 11 Detalhes da análise de dados

Criar relatórios de grupo de poços
Criar Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços)
1.

Selecione Tools (Ferramentas) > Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços) na janela Data
Analysis (Análise de dados).

2.

Na caixa de diálogo Well Group Reports (Relatórios de grupo de poços), selecione os grupos depoços, etapas de amplificação e as etapas de fusão para incluir no relatório.

3.

Digite o caminho ou navegue até a pasta de alvo para salvar o relatório.

4.

(Opcional) Selecione Choose a Report Template (Selecionar um modelo de relatório) e navegue
para a pasta de arquivo de modelo.

5.

(Opcional) Selecione Open Destination Folder (Abrir pasta de destino) para abrir a pasta e exibir os
relatórios depois que eles forem gerados.

6.

Clique em Create Reports (Criar relatórios).

264 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 12 Análise de expressão gênica
Com o uso de controles altamente qualificados em suas reações, é possível usar o CFX Maestro Dx
Software, Security Edition para executar uma expressão gênica para normalizar as diferenças relativas
em uma concentração alvo entre as amostras. Tipicamente, níveis de expressão para um ou mais genes
de referência são usados para normalizar os níveis de expressão de um gene de interesse. Os genes dereferência levam em consideração as diferenças de volume ou outras variações representadas em cadaamostra e seus níveis de expressão não devem ser afetados no sistema biológico em estudo.
Selecione a guia Gene Expression (Expressão gênica) na janela Data Analysis (Análise de dados) paraavaliar as diferenças relativas entre as reações PCR em dois ou mais poços. Por exemplo, você podeavaliar números relativos de genomas virais ou números relativos de sequências transfectadas em umareação de PCR. A aplicação mais comum para o estudo da expressão gênica é a comparação daconcentração de cDNA em mais de uma reação para estimar os níveis de RNA mensageiro em estado
estacionário.
O software calcula o nível de expressão relativa de um alvo com um desses cenários:nNível de expressão relativa de uma sequência alvo (Alvo 1) em relação a outro alvo (Alvo 2); por
exemplo, a quantidade de um gene em relação a outro gene sob o mesmo tratamento de amostra.

nNível de expressão relativa de uma sequência alvo em uma amostra em comparação com o mesmo
alvo sob outro tratamento de amostra; por exemplo, a quantidade relativa de um gene em relação aele mesmo em diferentes condições temporais, geográficas ou de desenvolvimento.

Configuração de placa para análise de expressão gênica
Para realizar a análise de expressão gênica, o conteúdo dos poços deve incluir os seguintes:
nDois ou mais alvos — os dois alvos que representam diferentes genes amplificados ou sequências
em suas amostras.

n

Um ou mais alvos de referência — pelo menos um alvo deve ser um alvo de referência para
expressão normalizada. Atribua todos os alvos de referência na janela Experiment Settings(Configurações de experimento) para analisar os dados no modo de expressão normalizada (ΔΔCq).
Corridas que não contenham uma referência devem ser analisados usando o modo de expressão
relativa (ΔCq).

Guia do usuário | 265

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

nAmostras comuns — suas reações devem incluir amostras comuns (mínimo de duas requeridas)
para visualizar seus dados traçados na guia Gene Expression (Expressão gênica). Essas amostras
devem representar tratamentos ou condições diferentes para cada uma de suas sequências de alvo.
Atribua uma amostra de controle (opcional) na janela Experiment Settings (Configurações deexperimento). Se nenhum controle for selecionado, o software usará o Cq mais baixo como ocontrole.

Os requisitos para a configuração da expressão gênica no Plate Editor (Editor de placa) dependem doconteúdo da reação serem singleplex PCR, com um fluoróforo nas reações, ou multiplex PCR, com maisde um fluoróforo nas reações.

Configuração de placa orientada
Se a configuração de placa de um arquivo de dados de não contiver as informações requeridas para aanálise e a guia Gene Expression (Expressão gênica) estiver selecionada, o espaço normalmente
ocupado pelo gráfico de barras conterá instruções para inserir estas informações. Para a expressão
gênica normalizada, realize as seguintes etapas:
1.

2.

Defina os nomes de alvo e amostra fazendo qualquer dos seguintes:
n

Plate Setup (Configuração de placa) — abre a janela Plate Editor (Editor de placa).

nReplace Plate File (Substituir arquivo de placa) —abre o navegador Select Plate (Selecionar
placa), no qual é possível navegar para um arquivo de placa salvo anteriormente para substituiro layout atual da placa.

n

Replace PrimePCR file (Substituir arquivo PrimePCR) — abre a caixa de diálogo SelectPrimePCR file (Selecionar arquivo PrimePCR), no qual é possível navegar para um arquivo decorrida PrimePCR e aplicá-lo no layout da placa.

Selecione um ou mais alvos de referência e uma amostra de controle usando a caixa de diálogo
Experiment Settings (Configurações de experimento).
Se o layout da placa já contiver informações de alvo e amostra, somente a segunda etapa serárequerida e estará destacada em laranja. Esta etapa deve ser concluída antes que a análise da
expressão gênica normalizada possa ocorrer.
Observação: os dados para gráfico de dispersão e clustergrama são exibidos somente se
todos os requisitos para a expressão gênica normalizada listados em Plate Setup for Gene
Expression Analysis (Configuração de placa para análise de expressão gênica) forem
cumpridos.

266 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos de expressão gênica

Gráficos de expressão gênicaO CFX Maestro Dx SE exibe os dados de expressão gênica em várias visualizações. A Tabela 30 lista asopções de gráfico disponíveis no software.
Tabela 30. Opções do gráfico de expressão gênica

Botão

Nome

FunçãoGraphing (Gráficos)

Exibe dados de expressão gênica normalizada
em uma das seguintes visualizações:n Bar chart (Gráfico de barra) (padrão)n Gráficos Box-and-Whisker
n Dot plot chart (Gráfico de pontos)

Clustergram (Clustergrama)

Exibe os dados de expressão normalizada em
uma hierarquia com base no grau desimilaridade de expressão para diferentes alvos
e amostras.

Scatter Plot (Gráfico deExibe a expressão normalizada de alvos paradispersão)um controle versus uma amostra experimental.

ANOVA

Exibe os resultados da ANOVA unidirecionalnos dados da expressão gênica usando os
seguintes pacotes R para executar a ANOVA edeterminar os resultados de Tukey:
n Companion to Applied Regression(Acompanhante da regressão aplicada) (car)n Least-square means (Médias de mínimo
quadrado) (lsmeans)

Reference Gene Selection Tool

(Disponível na guia Study Analysis (Análise de(Ferramenta de seleção de geneestudo) na janela Gene Study (Estudo dede referência)

genes) Identifica os genes de referência
testados e os categoriza como Ideal,
Acceptable (Aceitável) ou Unstable (Instável)com base em sua estabilidade.

PrimePCR Controls Analysis(Disponível na guia Study Analysis (Análise de(Análise de controles PrimePCR)

estudo) na janela Gene Study (Estudo degenes) Exibe os resultados das amostras
testadas.

Guia do usuário | 267

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Gráficos

A expressão relativa de alvos é apresentada nestas duas visualizações:nGene Expression chart (Gráfico de expressão gênica) — exibe os dados em tempo real do PCR
como um dos seguintes:o

ΔΔCq — expressão normalizada relativa calculada usando amostras de controle e alvos de referência.

o

ΔCq — quantidade relativa do gene alvo em uma amostra relativa a uma amostra de controle.

Consulte Alterar e anotar a Chart View (Visualização de gráfico) na página 270 para obter mais
informações.
n

Spreadsheet (Planilha) — exibe uma planilha dos dados de expressão gênica.
Dica: clique com o botão direito em qualquer gráfico ou planilha para opções. Selecione
View/Edit Plate (Visualizar/editar placa) no menu suspenso Plate Setup (Configuração de placa)para abrir o Plate Editor (Editor de placa) e alterar o conteúdo do poço na placa.
Dica: selecione Sort (Ordenar) no menu ao clicar com o botão direito para reorganizar a ordem
de nomes de Alvo e Amostra no gráfico.

268 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Expressão gênica normalizada
Para normalizar os dados, use o nível de expressão medido de um ou mais genes de referência como um
fator de normalização. Os genes de referência são alvos que não são regulados no sistema biológico em
estudo, como actina, GAPDH ou tubulina.

Configurar a análise de expressão gênica normalizada (ΔΔCq)
1.

Abra um arquivo de dados (extensão .pcrd).

2.

Revise os dados na guia Quantification (Quantificação) na janela Data Analysis (Análise de dados).
Faça ajustes nos dados, como alterar a limiar e o modo de análise.

3.

Selecione a guia Gene Expression (Expressão gênica).

4.

Na guia Gene Expression (Expressão gênica), clique em Experiment Settings (Configurações deexperimento).

5.

Na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento), faça o seguinte:

6.

a.

Selecione a guia Samples (Amostras) e selecione um controle. Quando um controle é designado, o
CFX Maestro Dx SE normaliza as quantidades relativas de todos os genes para a quantidade decontrole, que é configurada como 1.

b.

Selecione a guia Target (Alvo) e selecione um controle. A análise de expressão gênica exige
uma referência entre os alvos em suas amostras.

Selecione Normalized Expression (Expressão normalizada) (ΔΔCq), se ainda não estiver
selecionado e, em seguida, exibir os níveis de expressão na guia Gene Expression (Expressão
gênica).
Observação: você também pode usar o Setup Wizard (Assistente de configuração) para
configurar o layout da placa para análise de expressão gênica normalizada.

Quantidade relativa
Por definição, os dados de quantidade relativa (ΔCq) não estão normalizados. Este método é usado paraquantificar amostras que não incluem genes de referência (alvos). Normalmente, os pesquisadoresconfiam em uma das seguintes considerações quando configuram sua corrida:nCada amostra contém a mesma quantidade de RNA ou cDNA em cada poço.

nQualquer variação na quantidade de amostra biológica carregada será normalizada após a corrida por
algum método na análise de dados fora do software. Por exemplo, um pesquisador pode optar por
dividir o valor da quantidade relativa pelo fator de normalização, possivelmente a massa de ácido
nucléico carregada para cada amostra ou o número de células das quais o ácido nucléico foi isolado.

Guia do usuário | 269

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Executar uma análise quantidade relativa (ΔCq)
u

Na guia Gene Expression (Expressão gênica), selecione Relative Quantity (Quantidade relativa)(ΔCq) da lista suspensa Mode (Modo) no painel direito.
Dica: para comparar os resultados com dados de outras corridas de expressão gênica, abra um
novo estudo de genes ou adicione um arquivo de dados a um estudo de genes existente.

Alterar e anotar a Chart View (Visualização de gráfico)Usando os comandos de menu e as ferramentas de análise de dados, você pode alterar a exibição do
gráfico, anotar cada gráfico e alterar a exibição do gráfico. A barra de ferramentas de gráficos apareceentre o gráfico e a planilha de análise de dados na parte inferior da tela.

Barra de ferramentas de gráfico
Dica: consulte Gráficos na página 208 para obter informações sobre as ferramentas de gráfico que
aparecem no lado direito dos gráficos de análise de dados.
A barra de ferramentas abaixo dos gráficos fornece acesso rápido às ferramentas de anotação.

A Tabela 31 lista as funções dos botões na barra de ferramentas dos gráficos.
Tabela 31. Barra de ferramentas de gráfico

Botão

Nome

FunçãoBar chart (Gráfico deExibe a expressão relativa dos destinos.

barras)Gráficos Box-and-Exibe os dados como intervalos de quartil (consulte

Whisker

Cálculos de gráficos Box-and-Whisker na página 311 para
obter os detalhes do cálculo).
Observação: Disponível somente se Analyze Using(Analisar usando) estiver definido como Biological Groups
Only (Apenas grupos biológicos).

Dot Plot chart (Gráfico deExibe os pontos de dados de amostra para cada alvo.

Pontos)Observação: Disponível somente se Analyze Using(Analisar usando) estiver definido como Biological Groups
Only (Apenas grupos biológicos).

270 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Tabela 31. Barra de ferramentas de gráfico, continuação

Botão

Nome

FunçãoAdd Arrow (Adicionar

Desenha uma seta no gráfico ativo.

seta)
Add Circle (Adicionar

Desenha um círculo no gráfico ativo

círculo)
Add Text (Adicionar

Insere uma caixa de texto no gráfico ativo, na qual vocêtexto)

pode adicionar texto para identificar itens de interesse no
gráfico.

Undo (Desfazer)

Remove ou reverte a última anotação realizada no gráfico
ativo.

Redo (Refazer)

Reverte a última ação Undo (Desfazer) executada no
gráfico ativo.

Clear All (Limpar todos)

Limpa todas as anotações no gráfico ativo.

Ordenar dados de alvo, amostra e grupo biológico
Observação: esta opção está disponível apenas em gráficos de expressão gênica.
Por padrão, as listas de alvos, amostras e grupos biológicos são mostradas em ordem alfabética. Use a
caixa de diálogo Sort (Ordenar) para ordenar a exibição em ordem alfabética invertida ou para mover
manualmente um termo para uma posição diferente na lista.

Para ordenar dados de alvos, amostras e grupos biológicos1.

Nas ferramentas de gráfico, clique em Sort (Ordenar).
A caixa de diálogo Gene Expression Chart Sorting (Ordenar gráfico de expressão gênica) aparece.

Guia do usuário | 271

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

2.

Na caixa de diálogo, clique em Z-A para ordenar a lista em ordem alfabética invertida.

3.

Para mover um termo manualmente, selecione-o e clique no botão apropriado entre os gráficos:

4.

nClique na seta para cima ou para baixo para mover o termo selecionado em uma posição.

nClique na seta com barra para cima ou para baixo para mover o termo selecionado para o altoou para a parte de baixo da lista.

Clique em OK para salvar as alterações e voltar para a guia Gene Expression (Expressão gênica).

272 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Alterar configurações de cor de alvo, amostra e grupo biológico
Use a caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores) para alterar a cor de um alvo, amostra ou
grupo biológico, ou remover o item do gráfico.

Para alterar as configurações de cor
1.

No painel da direita, na caixa de diálogo Gene Expression (Expressão gênica), verifique se Sample(Amostra) aparece na lista suspensa X-Axis (Eixo X).

2.

Em Chart Tools (Ferramentas de gráfico), selecione Color Settings (Color Settings (Configurações
de cores).
A caixa de diálogo Color Settings (Configurações de cores) aparece.

3.

Para alterar a cor de exibição para um alvo, clique em sua cor na coluna Color (Cor).

4.

Na caixa de diálogo Color (Cor) que aparecerá, escolha uma nova cor e clique em OK.

5.

Para remover um alvo dos gráfico de expressão gênica, remova a seleção na coluna Show Chart(Mostrar gráfico).
Dica: para limpar todos os alvos, desmarque Show Chart (Mostrar gráfico) no cabeçalho dacoluna.

6.

(Opcional) Por padrão, as barras aparecem em cores sólidas. Para exibir as barras em cores
gradientes, desmarque Use Solid Colors (Usar cores sólidas).

7.

Clique em OK para salvar as alterações e voltar para a guia Gene Expression (Expressão gênica).

Para alterar as configurações de cor de amostra ou grupo biológico
1.

No painel da direita, na caixa de diálogo Gene Expression (Expressão gênica), verifique se Target(Alvo) aparece na lista suspensa X-Axis (Eixo X).

2.

Execute as etapas em Para alterar as configurações de cor na página 273.

Alterar a Chart View (Visualização de gráfico)
Alterar a visualização de gráfico atualu

Selecione o comando do menu da barra de ferramentas para a visualização alvo.

Observação: A guia Gene Expression (Expressão gênica) sempre abre exibindo os dados na
visualização Bar Chart (Gráfico de barra).

Guia do usuário | 273

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Excluir pontos de dados discrepantes
No gráfico Dot Plot (Pontos), é possível visualizar e excluir facilmente os discrepantes de sua análise.

Para excluir pontos de dados discrepantesu

No gráfico Dot Plot (Pontos), clique com o botão direito no discrepante alvo e selecione Exclude Wellfrom Analysis (Excluir poço da análise).

O ponto de dados é removido do gráfico Dot Plot (Pontos) e o poço muda para a cor cinza em Well
Selector (Seletor de poços) na guia Quantification (Quantificação).

Para incluir um ponto de dados discrepante excluídou

Na guia Quantification (Quantificação), clique com o botão direito em Well Selector (Seletor de poçose selecione) Well (Poço) > Include in Analysis (Incluir na análise).

Visualizar detalhes do ponto de dadosPara visualizar detalhes do ponto de dadosu

No gráfico Box-and-Whisker ou no Dot Plot (Gráfico de pontos), pause seu em um ponto de dados
individual.

Uma dica de ferramenta aparece, mostrando o nome da amostra e sua expressão (quantidade relativa ou
expressão normalizada, dependendo da opção selecionada).

Anotar gráficos
É possível adicionar seta, círculos e texto a cada gráfico de barras para comunicar dados com clareza.
As anotações são salvas com o gráfico de barras e aparecem no arquivo exportado e impresso. Porém,
anotações feitas a uma visualização de gráfico não são adicionadas às outras visualizações de gráfico.

Para desenhar uma seta ou um círculo no gráfico
1.

Na barra de ferramentas do gráfico de barras, clique na ferramenta específica.

2.

Clique no gráfico de barras e arraste seu cursor pelo gráfico, conforme necessário.

274 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Para adicionar texto ao gráfico
1.

Na barra de ferramentas do gráfico de barras, clique em Add Text (Adicionar texto).

2.

Clique no gráfico de barras. Uma caixa de texto aparecerá nesse local.

3.

Adicione texto na caixa de texto.

4.

Clique em qualquer parte do gráfico para sair da caixa de texto.
Dica: pressione Enter para adicionar linhas múltiplas à caixa de texto.

Para mover uma anotação
1.

Passe seu cursor sobre a anotação. O ícone muda para um dedo apontando e a borda da anotação
é destacada.

2.

Clique na anotação e arraste-a para outra posição.

3.

Solte a anotação para garantir sua posição.

Para desfazer uma anotação
u

Clique em Undo (Desfazer).
A anotação adicionada mais recentemente é removida.
Dica: é possível desfazer as dez anotações mais recentes, uma por vez.

Para refazer uma anotação
u

Clique em Redo (Refazer).
A anotação removida mais recente retorna.
Dica: é possível refazer as dez anotações mais recentes, uma por vez.

Para excluir uma anotação
u

Clique com o botão direito na anotação e selecione Delete (Excluir).

Guia do usuário | 275

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Ajustar os dados de expressão gênica
Após selecionar seu modo de análise, a expressão normalizada (∆∆Cq) ou a quantidade relativa (∆Cq),
ajuste os dados que você vê na guia Gene Expression (Expressão gênica), alterando as opções deconfiguração à direita do gráfico.
Dica: as opções de dados padrão da expressão gênica são definidas na caixa de diálogo User
Preferences (Preferências do usuário) (consulte Configurar os parâmetros padrão do arquivo de dados
de expressão gênica na página 93).

Dados do gráfico
Define o valor do eixo y para a escala linear para permitir as opções dados do gráfico. As opções dedados do gráfico permitem que você apresente os dados no gráfico com uma destas opções:n

Relative to control (Relativos ao controle) — faz um gráfico dos dados com o eixo em escala de 0 a 1.
Se você atribuir um controle em sua corrida, selecione esta opção para visualizar rapidamente a
regulação positiva e a regulação negativa do alvo.

nRelative to zero (Relativos a zero) — faz um gráfico dos dados com origem no zero.

Analisar usando
Use o menu suspenso para selecionar como os dados são analisados e traçados. As opções são:n

Samples Only (Somente amostras) — os dados são analisados e traçados por amostra.

nBiological Groups Only (Somente grupos biológicos) — os dados são analisados e traçados por
grupos biológicos. A expressão exibida para o grupo biológico é a média geométrica das amostras
naquele grupo.

nSample Biological Group (Grupo biológico da amostra) — os dados são analisados e traçados poramostra com o grupo biológico aposto ao nome da amostra. Os valores de P são calculados com
base no grupo biológico.

nBiological Group Sample (Amostra de grupo biológico) — os dados são analisados e traçados poramostra com o grupo biológico antes do nome da amostra. Os valores de P são calculados com
base no grupo biológico.

Use o menu suspenso para selecionar uma amostra que será usada para normalizar a Relative Quantity(Quantidade relativa):

Annotate P-Values (Anotar Valores P) e P-Value Threshold (Limiar do Valor P)
Quando Annotate P-Values (Anotar Valores P) for selecionado, o software exibirá um asterisco (*) no
gráfico de barras acima de um alvo se seu valor P estiver abaixo do limiar selecionado. O software276 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

calcula automaticamente o valor P, comparando o nível de expressão da amostra com o nível deexpressão da amostra de controle selecionada, usando um teste t padrão. O intervalo limiar do valor P é
0,000—1,000.

Opções do eixo X
A opção do eixo x permite que você mostre os dados do eixo x do gráfico Gene Expression (Expressão
gênica):nTarget (Alvo) — faz um gráfico com os nomes dos alvos no eixo x.

nSample (Amostra) — faz um gráfico com os nomes das amostras no eixo x.

Opções de eixo Y
A opção do eixo y permite que você mostre o gráfico Gene Expression (Expressão gênica) em uma
destas três escalas:nLinear — selecione esta opção para mostrar uma escala linear
Dica: definir o eixo y como Linear ativa a lista suspensa Graph Data (Dados de gráfico), a partirda qual você pode optar por representar graficamente os dados relativos ao controle ou
relativos a zero.

n

Log 2 — selecione esta opção para avaliar amostras através de uma grande intervalo dinâmico.

n

Log 10 — selecione esta opção para avaliar amostras através de um enorme intervalo dinâmico.

Opções de dimensionamento
Selecione Normalized Gene Expression (Expressão gênica normalizada) (ΔΔCq) e defina como None
(Nenhum) para ativar as opções de dimensionamento no gráfico de expressão gênica. Selecione uma
dessas opções de escala para calcular e apresentar seus dados de um modo que melhor se enquadre ao
projeto de sua corrida:n

Unscaled (Sem escala) — apresenta a expressão gênica normalizada sem escala.

nHighest (Mais alta) — escala a expressão gênica normalizada para cada alvo, dividindo o nível deexpressão de cada amostra pelo nível de expressão mais alto em todas as amostras.
Esta opção de dimensionamento usa a fórmula escalada para a mais alta.

nLowest (Mais baixa) — escala a expressão gênica normalizada para cada alvo, dividindo o nível deexpressão de cada amostra pelo nível de expressão mais baixo em todas as amostras.
Esta opção de dimensionamento usa a fórmula escalada para a mais baixa.

Guia do usuário | 277

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

n

Average (Média) — escala a expressão gênica normalizada para cada alvo, dividindo o nível deexpressão de cada amostra pela média geométrica dos níveis de expressão de todas as amostras.
Esta opção de escala usa a fórmula escalada para a média.

Selecione uma opção para o tipo de cálculos de erro (barras de erro) no gráfico Gene Expression(Expressão gênica):

Multiplicador da barra de erro do gráfico
Selecione um multiplicador para as barras de erro no gráfico Gene Expression (Expressão gênica).
Selecione um desses inteiros:n+/- 1 (padrão)

n

2

n

3

O tipo de multiplicador muda ao selecionar a barra de erros:n

SEMs para erro padrão da médian

Std Devs (Desv. padrão) para desvios padrão.

Configurações de experimento
Dica: esta caixa de diálogo também está disponível no Plate Editor (Editor de placa). Para obter
mais informações, consulte a seção Alterar configurações do experimento na página 155.
Na caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento), é possível visualizar ou alterar
a lista de alvos, amostras ou grupos biológicos, selecionar os genes de referência, selecionar os
controles ou configurar o grupo Gene Expression Analysis (Análise de expressão gênica) para seranalisado se grupos biológicos foram adicionados nos poços.

Abrir a caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento)u

Na guia Graphing (Gráficos), clique em Experiment Settings (Configurações de experimento) na
parte inferior do painel direito.
A caixa de diálogo Experiment Settings (Configurações de experimento) aparece exibindo a guiaTargets (Alvos).

Ajustar as configurações Targets (Alvos)u

Na guia Targets (Alvos), execute uma das seguintes opções:nPara selecionar um alvo como referência para análise de dados de expressão gênica, selecione
seu nome na coluna Reference (Referência).

278 | Software CFX Maestro Dx SE

GráficosnPara alterar a cor do alvo, clique em sua célula na coluna Color (Cor) e altere a cor na caixa dediálogo Color (Cor) exibida.
A alteração de cor aparece nos gráficos Gene Expression (Expressão gênica).

nPara usar um valor de eficiência determinado anteriormente, limpe a caixa de seleção do alvona coluna Auto Efficiency (Eficiência automática) e insira um número para a porcentagem deeficiência de um alvo.
O software calcula a eficiência relativa de um alvo usando Auto Efficiency (Eficiência
automática), se os dados de um alvo incluírem uma curva padrão.

Ajustar as configurações Sample (Amostra)u

Na guia Samples (Amostras e grupos biológicos), execute uma das seguintes opções:nPara selecionar uma amostra como um controle para análise de dados de expressão gênica,
selecione seu nome na coluna Controle (Controle).

nPara alterar a cor da amostra, clique em sua célula na coluna Color (Cor) e altere a cor na caixa
de diálogo Color (Cor) exibida.
A alteração de cor aparece nos gráficos Gene Expression (Expressão gênica).

nPara exibir a amostra nos gráficos Gene Expression (Expressão gênica), selecione-o na coluna
Show Chart (Mostrar gráfico).

n

Para remover a amostra dos gráficos Gene Expression (Expressão gênica), remova a seleção
na coluna Show Chart (Mostrar gráfico).
Dica: os dados da amostra permanece na tabela Results (Resultados).

Para excluir um tipo de amostra dos cálculos de análiseuMarque sua caixa de seleção na parte inferior da caixa de diálogo Experiment Settings(Configurações de experimento).
Observação: isso exclui controles e/ou padrões da análise de expressão gênica.

Guia do usuário | 279

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Opções do menu de clique com o botão direito
Clique com o botão direito do mouse no gráfico de expressão gênica para selecionar os itens exibidos na
Tabela 32.
Tabela 32. Itens de expressão gênica do menu de clique com o botão direito

ItemFunçãoCopy (Copiar)

Copia o gráfico para a área de transferência

Save Image As (Salvar imagem

Salva o gráfico como um arquivo de imagem. Configure a resolução ecomo)

as dimensões da imagem e, em seguida, selecione o tipo de arquivo(PNG, JPG, ou BMP).

Page Setup (Configuração deSeleciona uma configuração de página para impressão.

página)Print (Imprimir)

Imprime o gráfico.

Set Scale to Default (ConfigurarShow All (Mostrar todos) exibe todos os dados no gráfico de barra.

escala como padrão)Scroll Bar (Barra de rolagem) exibe uma barra de rolagem se houver
muitas amostras a serem exibidas no quadro do gráfico, mantendo alargura mínima da barra.

Chart Settings (Configurações

Abre a janela Chart Settings (Configurações do gráfico) para ajustar ode gráfico)gráfico.

Sort (Ordenar)

Ordena a ordem de amostras ou alvos que aparecem no eixo X do
gráfico.

Use Corrected Std Devs (UsarCalcula as barras de erro usando a fórmula de desvio padrão

desvios padrão corrigidos)

corrigida.

Use Solid Bar Colors (UsarExibe as barras sólidas no gráfico.

cores sólidas na barra)
X–Axis Labels (Rótulos do eixo
X)

280 | Software CFX Maestro Dx SE

Exibe rótulos do eixo x na horizontal ou angular.

Gráficos

Planilha de dados
A Tabela 33 define os resultados exibidos na tabela de dados Gene Expression (Expressão gênica).
Observação: os valores na tabela são calculados com base no tipo de gráfico e preferências
selecionados no painel da direita.
Tabela 33. Descrição das informações na planilha da guia

Informações

Descrição

Target (Alvo)

Nome do alvo (gene amplificado) selecionado na janela ExperimentSettings (Configurações de experimento).

Biological Group (Grupo

Nome da amostra e/ou grupo biológico selecionado na janela

biológico)Experiment Settings (Configurações de experimento).

Sample Biological Group (Grupo
biológico da amostra)
Biological Group Sample(Amostra de grupo biológico)Control (Controle)

Nome do controle selecionado na janela Experiment Settings(Configurações de experimento). Quando Analyze Using (Analisar
usando) estiver definido como Samples Only (Somente amostras),
Control (Controle) é a amostra selecionada na janela ExperimentSettings (Configurações de experimento). Quando Biological Groups
Only (Apenas grupo biológico), Sample Biological Group (Grupo
biológico da amostra) ou Biological Group Sample (Amostra de grupo
biológico) for selecionado, o controle é o grupo biológico selecionado
na janela Experiment Settings (Configurações de experimento).

Relative Quantity (Quantidade

Relative Quantity (Quantidade relativa (ΔCq) ou Normalized Gene

relativa) ou

Expression (Expressão gênica normalizada (ΔΔCq), dependendo do

Expression (Expressão)modo selecionado.

Relative Quantity (Quantidade

Erro padrão da média (SEM) ou desvio padrão (SD) da quantidade

relativa) ou Expression SEM

relativa ou expressão normalizada, dependendo da opção

(SEM da expressão)selecionada. Disponível somente se Analyze Using (Analisar usando)
estiver definido como Samples Only (Somente amostra), Sample
Biological Group (Grupo biológico da amostra) ou Biological Group
Sample (Amostra de grupo biológico).

Guia do usuário | 281

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Informações

Descrição

Relative Quantity (Quantidade

Cálculo do valor corrigida para SEM ou SD da quantidade relativa ou

relativa) ou Expression SEM

expressão normalizada, dependendo da opção selecionada.

(SEM de expressão) corrigida

Disponível somente se Analyze Using (Analisar usando) estiver(ou SD)

definido como Samples Only (Somente amostra), Sample BiologicalGroup (Grupo biológico da amostra) ou Biological Group Sample(Amostra de grupo biológico).

Mean Cq (Cq médio)Média do ciclo de quantificação (não é exibida se Analyze Using(Analisar usando) estiver definido como Biological Groups Only
(Somente grupos biológicos)).

SEM (ou SD) de Cq

SEM ou SD do ciclo de quantificação, dependendo da opção
selecionada (não é exibido se Analyze Using (Analisar usando) for
definido como Biological Groups Only (Somente grupos biológicos)).

282 | Software CFX Maestro Dx SE

GráficosOpção Show Details (Mostrar Detalhes)
A Tabela 34 define os dados exibidos quando Show Details (Mostrar detalhes) é selecionado no menu ao
clicar com o botão direito da planilha do gráfico de barras.
Tabela 34. Informações na planilha do gráfico de barras com Show Details (Mostrar detalhes)
selecionado

Informações

Descrição

Data Set (Conjunto de dados)

Dados de fluorescência de um fluoróforo no arquivo de dados

Relative Quantity (Quantidade

Quantidade relativa calculada de amostras

relativa)
Relative Quantity SD (SD da

Desvio padrão do cálculo de quantidade relativa

quantidade relativa)
Corrected Relative Quantity SD

Desvio padrão calculado da quantidade relativa corrigida(SD da quantidade relativa
corrigida)
Relative Quantity SEM (SEM da

Erro padrão da média do cálculo da quantidade relativa

quantidade relativa)
Corrected Relative Quantity

Erro padrão calculado da média da quantidade relativa corrigida

SEM (SEM da quantidade
relativa corrigida)
Relative Quantity (Quantidade

Log2 da quantidade relativa que é usado para a análise estatística

relativa) (lg)SD RQ(lg)Desvio padrão da quantidade relativa (log2)

SEM Expression (Expressão

Erro padrão da média da expressão (log2)

SEM) (lg)Unscaled Expression

Expressão sem escala calculada(Expressão sem escala)Unscaled Expression SD (SD de

Desvio padrão calculado da expressão sem escala

expressão sem escala)Corrected Unscaled Expression

Desvio padrão calculado da expressão sem escala corrigida

SD (SD de expressão sem
escala corrigida)

Guia do usuário | 283

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Tabela 34. Informações na planilha do gráfico de barras com Show Details (Mostrar detalhes)
selecionado, continuação

Informações

Descrição

Unscaled Expression SEM

Erro padrão calculado da média da expressão sem escala(SEM de expressão sem escala)Corrected Unscaled Expression

Erro padrão calculado da média da expressão sem escala corrigida

SEM (SEM de expressão sem
escala corrigida)
Unscaled Expression

Log2 da expressão sem escala(Expressão sem escala) (lg)
SD Unscaled Expression (SD de

Desvio padrão da expressão sem escala (log2)

expressão sem escala)SEM Unscaled Expression

Erro padrão da média da expressão sem escala (log2)(SEM de expressão sem escala)Expression (Expressão)Expressão gênica normalizada

Corrected Expression SD (SDDesvio padrão calculado da expressão corrigida

de expressão corrigida)
Expression SEM (SEM deErro padrão da média da expressão

expressão)Corrected Expression SEM

Erro padrão calculado da média da expressão corrigida(SEM de expressão corrigida)
Expression (Expressão) (lg)Log2 da expressão (expressão normalizada) que é usado para aanálise estatística

SD Expression (Expressão SD)

Desvio padrão da expressão (log2)(lg)
SEM Expression (Expressão

Erro padrão da média da expressão (log2)

SEM) (lg)Mean Cq (Cq médio)Média do ciclo de quantificaçãoCq SD

Desvio padrão do ciclo de quantificação

Cq SEM

Erro padrão da média do ciclo de quantificação

284 | Software CFX Maestro Dx SE

Clustergrama

Clustergrama
O clustergrama exibe os dados em uma hierarquia com base no grau de similaridade de expressão paradiferentes alvos e amostras.
Observação: você deve escolher um alvo de referência para exibir qualquer um dos gráficos dedados que não sejam a expressão relativa para gráficos de barras.
A imagem do clustergrama representa a expressão relativa de uma amostra ou alvo da seguinte forma:nUpregulation (Regulação positiva) (vermelho) — maior expressão

n

Downregulation (Regulação negativa) (verde ou azul) — menor expressão

n

No regulation (Sem regulação) (preto)n

No value calculated (Sem valor calculado) (preto com um X branco)

Quanto mais claro o tom de cor, maior a diferença de expressão relativa. Se nenhum valor Cq
normalizado puder ser calculado, o quadrado ficará preto com um X branco.
Nas bordas externas do gráfico de dados há um dendrograma, que indica a hierarquia de agrupamento.
Alvos ou amostras que possuem padrões de expressão semelhantes terão ramificações adjacentes,
enquanto aqueles com padrões diferentes estarão mais distantes.

Configurações
É possível configurar as seguintes opções:n

Cluster By (Agrupar por)— selecione a partir de Targets (Alvos), Samples (Amostras), Both (Ambos)
ou None (Nenhum).

nSize (Tamanho) — ajusta o tamanho da imagem e altera o grau de ampliação do gráfico.

nSplit Out Replicates (Dividir réplicas) — exibe os valores para as réplicas individuais.

Dica: é possível alterar o esquema de cores para do padrão Red/Green (vermelho/verde) para Red/Blue(vermelho/azul), selecionando esta opção a partir do menu de clique com o botão direito em desses
gráficos.

Opções de menu de clique com o botão direito
As opções de menu de clique com botão direito do mouse para o clustergrama são as mesmas do gráfico
de barras. Consulte a Tabela 32 na página 280 para ver as opções disponíveis. Além disso, selecione
Color Scheme (Esquema de cores) para alterar a expressão de regulação para baixo do padrão
Red/Green (vermelho/verde) para Red/Blue (vermelho/azul) no gráfico.

Guia do usuário | 285

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Planilha de dados
A planilha exibe valores para o alvo, amostra e expressão normalizada.

286 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráfico de dispersão

Gráfico de dispersão
O gráfico de dispersão exibe a expressão normalizada de alvos para uma amostra de controle versus uma
amostra. As linhas no gráfico indicam o limiar de alteração de dobra. Os pontos de dados entre as linhas
indicam que a diferença na expressão para esse alvo (gene) é insignificante entre as amostras. Os pontos dedados fora das linhas excedem o limiar de alteração de dobra e podem ser interessantes.
A imagem de plotagem mostra as seguintes alterações na expressão de alvo com base no limiar de alteração
de dobra.
n

Upregulation (Regulação positiva) (círculo vermelho) — relativamente maior expressão

n

Downregulation (Regulação negativa) (círculo verde ou azul) — relativamente menor expressão

n

No change (Sem alteração) (círculo preto)

Clique e arraste a linha de limiar para ajustar o valor limiar de alteração de dobra.

Configurações
É possível configurar as seguintes opções:nControl Sample (Amostra de controle)n

Experimental Sample (Amostra experimental)

nFold Change Threshold (Limiar de alteração de dobra). À medida que você aumenta ou diminui ovalor de alteração de dobra, as linhas de limiar no gráfico se movem de acordo.

Opções de menu de clique com o botão direito
As opções de menu ao clicar com o botão direito do mouse para o gráfico de dispersão são as mesmas
que as do gráfico de barras. Consulte a Tabela 32 na página 280 para ver as opções disponíveis. Alémdisso, selecione Symbol (Símbolo) para alterar o símbolo usado no gráfico do círculo padrão para um dos
seguintes:nTriângulo

n

Cruz

n

QuadradonLosangoGuia do usuário | 287

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Planilha de dados
A planilha exibe valores para o alvo, amostra e expressão normalizada para controle e amostras deexperimentos. Ele também indica se os alvos estão com os índices altos ou baixos, em comparação com
a regulação do alvo.

288 | Software CFX Maestro Dx SE

Planilha Results (Resultados)

Planilha Results (Resultados)
A planilha Results (Resultados) resume os dados de todos os gráficos. A Tabela 35 define os resultados
exibidos na planilha Results (Resultados).
Tabela 35. Informações na guia Results (Resultados)

Informações

Descrição

Target (Alvo)

Nomes de alvo (gene amplificado)

Sample (Amostra)

Nome da amostra

Mean Cq (Cq médio)Média do ciclo de quantificaçãoMean Efficiency Corrected Cq

A média do ciclo de quantificação após o ajuste para a eficiência da(Eficiência média corrigida Cq)reaçãoNormalized Expression

Expressão normalizada para um alvo de referência (ΔΔCq)(Expressão normalizada)
Relative Normalized Expression

Expressão normalizada relativa a uma amostra de controle; também(Expressão normalizada

chamado de Fold Change (Alteração de dobra)

relativa)
Regulation (Regulação)Alteração na expressão normalizada relativa em uma amostra decontrole

Comparado ao Regulation

Regulação positiva ou negativa de uma amostra experimental com

Threshold (Limiar de regulação)base na configuração do limiar

Observação: os dados para replicações são encontrados apenas nas planilhas das guias deanálise de dados nas quais as Split Out Replicates (Réplicas da divisão) foram selecionadas (ouseja, Clustergram (Clustergrama)). Pode haver uma discrepância entre os dados de expressão nas
planilhas de análise de expressão gênica se você selecionar “none” (nenhum) como a amostra decontrole no gráfico de barras.

Guia do usuário | 289

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Estudo de genes
Crie um estudo de genes para comparar dados de expressão gênica de um ou mais experimentos de
PCR em tempo real usando um calibrador entre corridas para normalizar entre os experimentos. Crie um
estudo de genes adicionando dados de um ou mais arquivos de dados (extensão .pcrd) ao estudo degenes. O software agrupa-os em um único arquivo (extensão .mgxd).
Observação: o número máximo de amostras que você pode analisar em um estudo de genes élimitado pelo tamanho da memória RAM e da memória virtual do computador.

Calibração entre corridas
A calibração entre corridas é tentada automaticamente em cada estudo de genes para cada alvo, a fim
de normalizar as variações entre corridas entre os alvos analisados em testes separados de PCR em
tempo real (isto é, arquivos .pcrd diferentes gerados a partir de placas diferentes).
Para que o software reconheça uma amostra como um calibrador entre corridas, ele deve compartilhar omesmo nome de alvo, nome da amostra e, se usado, o nome do conjunto biológico em todas as placas
comparadas.
Observação: pelo menos uma amostra de calibrador entre corridas deve estar presente no estudode genes para que a calibração entre corridas ocorra. Alvos sem amostras de calibradores entre
corridas apropriados serão processados sem correção no estudo de genes (não recomendado).
Os calibradores entre corridas podem ser aplicados de duas maneiras:n

Per target (Por alvo) — diferentes iniciadores de PCR podem ter diferentes eficiências. Por padrão, ocalibrador entre corridas é aplicado a todos os poços na mesma placa que possuem o mesmo nomede alvo, por exemplo, o Cq gerado com o mesmo teste.

nEntire study (Estudo completo) — um calibrador entre corridas é selecionado pelo usuário e aplicado
a todo o estudo de genes.

290 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudo de genes

Caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes)

A caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes) inclui duas guias:nGuia Study Setup (Configuração de estudo) — gerencia as corridas no estudo de genes.
Importante: adicionar ou remover arquivos de dados em um estudo de genes não altera os
dados no arquivo original.

nGuia Study Analysis (Análise de estudo) — exibe os dados da expressão gênica para as corridas
combinadas.

Guia Study Setup (Configuração de estudo)
A Tabela 36 define os dados que aparecem na guia Study Setup (Configuração de estudo).
Tabela 36. Guia Study Setup (Configuração de estudo) na caixa de diálogo Gene Study(Estudo de genes)

Título da coluna

Descrição

File Name (Nome do

Nome do arquivo de dados de corrida (extensão .pcrd)

arquivo)
File Folder (Pasta de

Diretório que armazena o arquivo de dados para cada corrida no

arquivos)

estudo de genes

Guia do usuário | 291

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Tabela 36. Guia Study Setup (Configuração de estudo) na caixa de diálogo Gene Study(Estudo de genes), continuação

Título da coluna

Descrição

Date Created (Data deData em que os dados de corrida foram coletadoscriação)Well Group Name (Nome do

Nome do grupo de poços que foi selecionado quando o arquivo foi

grupo de poço)adicionado ao estudo de genes
Dica: para analisar um grupo de poços no estudo de genes, vocêdeve selecionar esse grupo de poços na janela Data Analysis(Análise de dados) antes de importar o arquivo de dados para oestudo de genes.

Step (Etapa)

Etapa do protocolo que inclui a leitura de placa para coletar dados de
PCR em tempo real

Run Type (Tipo de corrida)

Corrida definida pelo usuário ou PrimePCR

Protocol Edited (Protocolo

Se selecionado, indica que o protocolo usado para uma corrida deeditado)PrimePCR foi editado

View Plate (Visualizar

Abre um mapa de placa da placa com os dados em cada uma das

placa)

corridas incluídas no Gene Study (Estudo de genes)

Preparar um estudo de genes
Preparar um estudo de genes
1.

Antes de importar dados para um estudo de genes, faça uma das seguintes opções na janela Data
Analysis (Análise de dados):nVerifique se as amostras contendo o mesmo conteúdo têm o mesmo nome. Em um estudo degenes, o software supõe que poços com o mesmo nome de Alvo ou Amostra contenham asmesmas amostras.

n

Ajuste a linha de base e o limiar (Cq) na guia Quantification (Quantificação) para otimizar os
dados em cada corrida.

n

Selecione o grupo de poços que deseja incluir no estudo de genes.
Para exibir dados de um grupo de poços no estudo de genes, esse grupo deve ser selecionado
antes de importar o arquivo de dados.

A guia Study Setup (Configuração de estudo) exibe uma lista de todas as corridas no estudo degenes.

292 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudo de genes

2.

Na caixa de diálogo Gene Study (Estudo de genes), selecione a guia Study Setup (Configuração deestudo).

3.

Clique em Add Data Files (Adicionar arquivos de dados) para selecionar um arquivo de uma janela
do navegador.
Dica: para adicionar corridas rapidamente a um estudo de genes, arraste os arquivos de dados(com extensão .pcrd) na caixa de diálogo Study Setup (Configuração de estudo).

4.

O CFX Maestro Dx SE realiza automaticamente a análise do estudo de genes conforme arquivos dedados são adicionados. Selecione a guia Study Analysis (Análise de estudo) para visualizar os
resultados.

Para remover corridas do estudo de genesu

Selecione um ou mais arquivos na lista e clique em Remove (Remover).

Para adicionar observações sobre o estudo de genesuInsira observações sobre os arquivos e análise na caixa de texto Notes (Observações).

Guia Study Analysis (Análise de estudo)
A guia Study Analysis (Análise de estudo) exibe os dados de todas as corridas do estudo de genes. Asopções de análise de dados da expressão gênica são as mesmas que para um único arquivo de dados
com a seguinte exceções:nPara gráficos de barras, os valores de calibração entre corridas (se calculados) aparecem quandovocê clica Inter-run Calibration (Calibração entre corridas).
Observação: somente os seguintes tipos de amostra podem ser usados como um calibrador
entre corridas:oUnknown (Desconhecido)oStandard (Padrão)oPositive Control (Controle positivo)

Os tipos de amostra negative control (controle negativo), no template control (controle sem fita
molde) (NTC) e no reverse transcriptase control (sem controle de transcriptase reversa) (NRT) não
podem ser usados como um calibrador entre corridas.
n

A ferramenta Reference Gene Selection (Seleção de genes de referência) identifica os genes dereferência testados e os categoriza como Ideal, Acceptable (Aceitável) ou Unstable (Instável) com
base em sua estabilidade:

Guia do usuário | 293

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

no

Os genes de referência ideais são estáveis e representam variações mínimas entre as amostras
testadas.

oGenes de referência aceitáveis não são idealmente estáveis e representam variação moderada
entre as amostras testadas. Use esses genes de referência em análise se nenhum gene dereferência ideal estiver presente.

oGenes de referência instáveis representam variação excessiva entre as amostras testadas.
Recomenda-se que esses genes sejam excluídos das análises.

A ferramenta PrimePCR Analysis Controls (Controles de análise PrimePCR) exibe os resultados das
amostras testadas em uma tabela:o

A guia Summary (Resumo) exibe um resumo de todas as amostras testadas. As amostras que
passaram por todos os testes de controle aparecem em verde. As amostras que falharam em
um ou mais dos testes de controle aparecem em amarelo.

o

A guia PCR exibe os resultados do teste de controle PCR positivo. Este teste detecta a inibição
ou problemas experimentais que afetam a expressão gênica.

o

A guia RT exibe os resultados do teste de controle de transcrição reversa. Este ensaio avalia
qualitativamente o desempenho da RT e identifica amostras onde o desempenho da RT é
susceptível de comprometer a expressão gênica.

o

A guia gDNA exibe os resultados do teste de controle de contaminação de DNA. Este teste
determina se o genomic DNA (DNA genômico) (gDNA) está presente em uma amostra em umnível que pode afetar os resultados do qPCR.

o

A guia RQ exibe os resultados dos testes de qualidade de RNA (RQ1 e RQ2). Estes ensaios
avaliam qualitativamente se a integridade do RNA pode afetar adversamente a expressão
gênica.

Categorias de relatórios Gene Study (Estudo de genes)
Use a caixa de diálogo Gene Study Report (Relatório do estudo de genes) para organizar os dados do
estudo de genes em um relatório. A Tabela 37 lista todas as opções disponíveis para um relatório deestudo de genes.

294 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudo de genes

Tabela 37. Categorias para um relatório de estudo de genes

CategoriaOpçãoDescrição

Header (Cabeçalho)
Title (Título), subtitle (subtítulo) e logo (logotipo)
para o relatório
Report Information

Data, nome do usuário, nome do arquivo de(Informações de relatório)dados, caminho do arquivo de dados e o grupo
de poços selecionado

Gene Study File List (Lista

Lista de todos os arquivo de dados no estudo dede arquivos do estudo degenes

genes)
Notes (Observações)Observações sobre o relatório de dados

Study Analysis (Análise de estudo): Bar chart (Gráfico de barras)
Analysis Settings

Lista dos parâmetros de análise selecionados(Configurações de análise)
Chart (Gráfico)

Gráfico de barras da expressão gênica
mostrando os dados

Target Names (Nomes deLista de alvos no estudo de genes

alvos)
Sample Names (Nomes deLista de amostras no estudo de genes

amostras)
Data (Dados)

Planilha que exibe os dados

Target Stability

Dados de estabilidade do alvo

(Estabilidade alvo)
Inter-run Calibration

Dados de calibração entre corridas(Calibração entre corridas)
Gráfico Box-and-Whisker

Gráfico Box-and-Whisker da expressão gênica

Dot-Plot Chart (Gráfico de

Gráfico de pontos da expressão gênica

pontos)Guia do usuário | 295

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

Tabela 37. Categorias para um relatório de estudo de genes, continuação

CategoriaOpçãoDescrição

Study Analysis (Análise de estudo): Clustergram (Clustergrama) e Scatter Plot (Gráfico dedispersão)Analysis Settings

Configurações para cada tipo de gráfico

(Configurações de análise)
Chart (Gráfico)

Gráfico de expressão gênica mostrando os
dados

Data (Dados)

Planilha listando os dados em cada alvo

Study Analysis (Análise de estudo): DadosANOVAANOVA Settings

P-value Threshold (Limiar de valor P) usado na(Configurações ANOVA)

análiseANOVA Results

Tabela de resultados de ANOVA e análise

(Resultados ANOVA)

Tukey's HSD post-hoc (post-hoc de HSD de
Tukey)

Shapiro-Wilk Normality

Grupo biológico, contagem, valor P e quaisquer

Test (Teste de normalidade

erros que ocorram para cada alvo na análise

Shapiro-Wilk)
ANOVA Errors (Erros de

Erros identificados durante os cálculos de

ANOVA)ANOVA

296 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudo de genes

Criar um relatório Gene Study (Estudo de genes)
Criar um relatório Gene Study (Estudo de genes)
1.

Ajuste os dados e gráficos do relatório de estudo de genes, conforme necessário, antes de criar um
relatório.

2.

Selecione Tools (Ferramentas) > Reports (Relatórios) no menu Gene Study (Estudo de genes) para
abrir a caixa de diálogo Report (Relatórios).

3.

Escolha as opções que você deseja incluir no relatório. O relatório é aberto com as opções padrão
selecionadas. Selecione ou desmarque as caixas de seleção para alterar categorias inteiras ouopções individuais dentro de uma categoria.
A seção Categorias de relatórios Gene Study (Estudo de genes) na página 294 lista as opções
disponíveis para exibição.

4.

Alterar a ordem das categorias e itens em um relatório. Arraste as opções para a posição desejada.
Os itens podem ser reordenados apenas dentro das categorias às quais eles pertencem.

5.

Clique em Update Report (Atualizar relatório) para atualizar a Report Preview (Visualização derelatório) com quaisquer alterações.

6.

Imprimir ou salvar o relatório. Clique no botão Print Report (Imprimir relatório) na barra deferramentas para imprimir o relatório atual. Selecione File (Arquivo) > Save (Salvar) para salvar orelatório em formato de arquivo PDF (arquivo Adobe Acrobat Reader) e selecione um local parasalvar o arquivo. Selecione File (Arquivo) > Save As (Salvar como) para salvar o relatório com um
novo nome ou em um novo local.

7.

(Opcional) Criar um modelo de relatório com as informações desejadas. Para salvar as
configurações atuais do relatório em um modelo, selecione Template (Modelo) > Save (Salvar) ou
Save As (Salvar como). Em seguida, carregue o modelo de relatório na próxima vez que você quiser
criar um novo relatório.

Guia do usuário | 297

Capítulo 12 Análise de expressão gênica

298 | Software CFX Maestro Dx SEApêndice A Cálculos de análise de dados
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition calcula as fórmulas automaticamente e exibe os resultados
nas guias Data Analysis (Análise de dados). Este apêndice explica em detalhes como o CFX Maestro Dx
SE calcula as fórmulas.

Eficiência da reação
Evidências sugerem que o uso de uma medida precisa de eficiências para cada primer e sonda lhe dará
resultados mais precisos ao analisar dados de expressão gênica. O valor padrão de eficiência usado nos
cálculos de expressão gênica é 100%. Para avaliar a eficiência da reação, gerar uma curva padrão
usando diluições seriadas de uma amostra representativa em uma faixa dinâmica relevante e, em
seguida, registrar a eficiência para a análise de expressão gênica subsequente. Se a sua corrida incluir
uma curva padrão, então o software calcula automaticamente a eficiência e a exibe na Standard Curve(Curva padrão) na guia Quantification (Quantificação) quando Auto Efficiency (Eficiência automática) for
verificada na guia Targets (Alvos) na janela Experiment Settings (Configurações de experimento).
A efficiency (eficiência) (E) nas fórmulas de eficiência refere-se às “eficiências” descritas por Pfaffl (2001)
e Vandesompele et al. 2002. Nestas publicações, uma eficiência de 2 (duplicação perfeita em cada ciclo)
é equivalente a 100% de eficiência neste software. Você tem a opção de converter seus cálculos deeficiência para aqueles usados no software usando os seguintes relacionamentos matemáticos:n

E = (% de Eficiência * 0,01) + 1n% de Eficiência = (E – 1) * 100

Quantidade relativa
A fórmula para quantidade relativa (ΔCq) para qualquer amostra (GOI) é:

Observação: esta fórmula é usada para calcular Relative Quantity (Quantidade relativa) quandonão há amostra de controle definido.
Em que:Guia do usuário | 299

Apêndice A Cálculos de análise de dadosn

E = eficiência do primer e conjunto de sondas. Esta eficiência é calculada com a fórmula(% de eficiência * 0,01) + 1, em que 100% de eficiência = 2nC q (mín.) = Cq médio para a amostra com a menor média Cq para GOInC q (amostra) = Cq médio para a amostran

GOI = gene de interesse (um alvo)

Quantidade relativa quando um controle é selecionado
Quando uma amostra controle ou grupo biológico é atribuída, então a relative quantity (quantidade
relativa) (RQ) para qualquer amostra com um gene de interesse (GOI) é calculada com esta fórmula:

Em que:n

E = eficiência do primer e conjunto de sondas. Esta eficiência é calculada com a fórmula(% de eficiência * 0,01) + 1, em que 100% de eficiência = 2nCq (controle) = Average (Média) Cq para a amostra de controlen

Cq (amostra) = Cq médio para todas as amostras com um GOInGOI = gene de interesse (um alvo)

Desvio padrão da quantidade relativa
Importante: este cálculo é aplicável apenas quando Analyze Using (Analisar usando) estiverconfigurado como Samples Only (Apenas amostras), Sample Biological Group (Grupo biológico deamostra) ou Biological Group Sample (Amostra de grupo biológico).
A fórmula para o desvio padrão da quantidade relativa éEm que:nQuantidade relativa SD = desvio padrão da quantidade relativan

SD CqGOI mostra = desvio padrão do Cq para a amostra (GOI)n

Quantidade relativa = quantidade relativa da amostran

E = eficiência do primer e conjunto de sondas. Esta eficiência é calculada com a fórmula(% de eficiência * 0,01) + 1, em que 100% de eficiência = 2

300 | Software CFX Maestro Dx SE

Eficiência corrigida Cq (CqE)n

GOI = gene de interesse (um alvo)

Eficiência corrigida Cq (CqE)
A fórmula para eficiência corrigida Cq é

Em que:n

E = eficiência

Cq de eficiência média corrigida (MCqE)
A fórmula para Cq de eficiência média corrigida éEm que:n

CqE = Cq de eficiência média corrigidann = número de réplicas

Guia do usuário | 301Apêndice A Cálculos de análise de dados

Expressão normalizada
A expressão normalizada (ΔΔCq) é a quantidade relativa de seu alvo (gene) normalizada para as
quantidades dos alvos de referência (genes ou sequências) em seu sistema biológico. Para selecionar
alvos de referência, abra a janela Experiment Settings (Configurações de experimento) e clique na
coluna de referência para cada alvo que serve como um gene de referência.
A fórmula para expressão normalizada, que usa o cálculo da Quantidade relativa (RQ), éEm que:n

RQ = quantidade relativa da amostran

Ref = alvo de referência em uma corrida que inclua um ou mais alvos de referência em cada amostran

GOI = gene de interesse (um alvo)

Desde que os alvos de referência não alterem seu nível de expressão em seu sistema biológico, ocálculo da expressão normalizada será responsável pelas diferenças de carregamento ou variações nonúmero de células que são representadas em cada uma de suas amostras.

302 | Software CFX Maestro Dx SE

Expressão normalizada quando um controle for selecionado

Expressão e quantidade relativa para grupos biológicos
Quando Analyze Using (Analisar usando) estiver configurado como Biological Groups Only (Somente
grupos biológicos), o software exibe a expressão da média (expressão normalizada ou quantidade
relativa, dependendo da seleção de modo) das amostras dentro do grupo biológico. Como a expressão
tipicamente é distribuída normalmente por log, a expressão tem a média calculada usando a média
geométrica:

Em que:nExp1, Exp2, Expn = Quantidade relativa ou expressão normalizada das amostras no grupo biológico

nn = Número de amostras no grupo biológico

Expressão normalizada quando um controle for selecionado
Ao selecionar uma amostra de controle na janela Experiment Settings (Configurações de experimento), o
software define o nível de expressão da amostra de controle como 1. Nesta situação, o software
normaliza as quantidades relativas de toda a expressão do alvo (gênica) para a quantidade de controle(um valor igual a 1). Essa expressão normalizada é equivalente à análise da expressão normalizada fora
de escala quando um controle é escolhido.
Observação: isso também é conhecido como a expressão normalizada relativa (RNE) e alteração
de dobra.

Guia do usuário | 303Apêndice A Cálculos de análise de dados

Desvio padrão para a expressão normalizada
O redimensionamento do valor da expressão normalizada é realizado dividindo o desvio padrão daexpressão normalizada pelo valor da expressão normalizada para os níveis de expressão individual mais
altos ou mais baixos, dependendo da opção de dimensionamento escolhida. A fórmula para desviopadrão (SD) do fator de normalização é

Em que:n

RQ = quantidade relativa da amostran

SD = desvio padrão

n

NF = fator de normalização

n

Ref = alvo de referência

nn = número de alvos de referência

Quando uma amostra de controle é designada, você não precisa executar essa função deredimensionamento no desvio padrão, conforme mostrado na seguinte fórmula:

Em que:n

NE = expressão normalizadan

RQ = quantidade relativa da amostran

SD = desvio padrão

n

GOI = gene de interesse (um alvo)

304 | Software CFX Maestro Dx SE

Expressão normalizada dimensionada para o nível mais alto de expressão

Expressão normalizada dimensionada para o nível mais alto
de expressão
Quando a corrida não inclui controles, dimensione a expressão normalizada (NE) para cada alvo (gene)
dividindo o nível de expressão de cada amostra pelo nível mais alto de expressão de todas as amostras.
O software define o nível mais alto de expressão para um valor de 1 e redimensiona todos os níveis deexpressão de amostra. A fórmula para escala mais alta éEm que:n

GOI = gene de interesse (alvo)

Expressão normalizada dimensionada para o nível mais baixo
de expressão
Quando a corrida não inclui controles, dimensione a expressão normalizada (NE) para cada alvo (gene)
dividindo o nível de expressão de cada amostra pelo nível mais baixo de expressão de todas asamostras. O software define o nível mais baixo de expressão para um valor de 1 e redimensiona todos osníveis de expressão de amostra. A fórmula para escala mais baixa éEm que:n

GOI = gene de interesse (alvo)

Expressão normalizada dimensionada para o nível médio deexpressão
Quando a corrida não inclui controles, dimensione a normalized expression (expressão normalizada)(NE) para cada alvo (gene) dividindo o nível de expressão de cada amostra pelo nível médio geométrico
de expressão de todas as amostras. O software define o nível médio de expressão para um valor de 1 eredimensiona todos os níveis de expressão de amostra. A fórmula para escala média éEm que:Guia do usuário | 305Apêndice A Cálculos de análise de dadosn

GOI = gene de interesse (alvo)nGM = média geométrica da expressão normalizada para todas as amostras

306 | Software CFX Maestro Dx SE

Desvio padrão para a expressão normalizada dimensionada

Desvio padrão para a expressão normalizada dimensionada
O redimensionamento do valor da expressão normalizada (NE) dimensionada é realizado dividindo odesvio padrão (SD) da expressão normalizada pelo valor da expressão normalizada para os níveis deexpressão individual mais altos (MAX) ou mais baixos (MIN), dependendo da opção de dimensionamento
escolhida.
Observação: quando uma amostra de controle é designada, você não precisa executar essa função
de redimensionamento no desvio padrão.
O cálculo para esta fórmula éEm que:n

NE = expressão normalizadanSD = desvio padrão

n

GOI = gene de interesse (alvo)nMÁX = nível de expressão mais altonMÍN = nível de expressão mais baixo

Guia do usuário | 307Apêndice A Cálculos de análise de dados

Barras de erro para desvio padrão (lg) e erro padrão da média(lg)Além dos intervalos de confiança, as barras de erro podem ser exibidas para grupos biológicos com baseno desvio padrão ou no erro padrão da média de log2 da expressão. As barras de erro são calculadascomo segue:
RQ barra de erro inferior = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) ou 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)RQ barra de erro superior = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) ou 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Em que:nRQ(lg) = log2 da quantidade relativa para o grupo biológicon

SD RQ(lg) = desvio padrão da quantidade relativa (log2)n

SEM RQ(lg) = erro padrão da média da quantidade relativa (log2)

Exp. Barra de erro inferior = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) ou 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Exp. Barra de erro superior = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) ou 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Em que:nExp.(lg) = log2 da expressão (expressão normalizada) para o grupo biológicon

SD RQ(lg) = desvio padrão da expressão (log2)n

SEM RQ(lg) = erro padrão da média da expressão (log2)

308 | Software CFX Maestro Dx SE

Alteração de dobra

Alteração de dobra
A alteração de dobra é uma medida do aumento ou da redução na expressão de um alvo para uma
amostra experimental em comparação com uma de controle ou um grupo biológico e é determinada daseguinte forma:
Se Expressão (experimental) > Expressão (controle):

Se Expressão (experimental) < Expressão (controle):

Observação: para o gráfico, a Expressão é baseada na quantidade relativa ou expressão
normalizada, dependendo do modo selecionado (consulte Gráficos na página 268). Porém, para
gráfico de dispersão e clustergrama, a alteração de dobra sempre é calculada a partir da expressão
normalizada.

Guia do usuário | 309

Apêndice A Cálculos de análise de dados

Fórmulas de valor corrigidas
Importante: esses cálculos são aplicáveis apenas quando Analyze Using (Analisar usando) estiverconfigurado como Samples Only (Apenas amostras), Sample Biological Group (Grupo biológico deamostra) ou Biological Group Sample (Amostra de grupo biológico).
Uma diferença entre valores corrigidos e não corrigidos é vista somente se uma curva padrão for criada
como parte da corrida de PCR em tempo real. O software usa três equações para determinar a
propagação de erro:nErro padrão

nErro padrão para a expressão normalizadanErro padrão para o gene de interesse (alvo) normalizado

A fórmula para o erro padrão é

Em que:nn = número de alvos de referência (genes)n

SD = desvio padrão

O erro padrão para o fator de normalização na fórmula de expressão normalizada éEm que:nn = número de alvos de referência

n

SE = erro padrão

n

NF = fator de normalização

n

RQ = quantidade relativa

A fórmula para o erro padrão para o gene de interesse (GOI) normalizado é

Em que:n

SE = erro padrão

310 | Software CFX Maestro Dx SE

Cálculo do intervalo de confiança para análise de grupo biológico

n

GOI = gene de interesse (um alvo)n

NF = fator de normalização

nn = número de alvos de referência

Cálculo do intervalo de confiança para análise de grupo
biológicoAo conduzir a análise de grupos biológicos (Analyze Using (Analisar usando) é configurado como
Biological Groups Only (Apenas grupos biológicos), os intervalos de confiança são calculados para aquantidade relativa e a expressão normalizada relativa.
Os intervalos de confiança são calculados em escala de log com base na distribuição t usando a seguinte
fórmula:Em que:n= Expressão média dos níveis de expressão em escala logarítmica das amostras no grupo
biológicon

SD = Desvio padrão dos níveis de expressão em escala logarítmica das amostras no grupo biológico

nn = número de amostras no grupo biológico

nt = obtido a partir da distribuição t com base nos graus de liberdade e no nível alfa
Observação: o nível alfa pode ser definido usando o campo de P-value threshold (Limiar dovalor P) na guia Graphing (Gráficos).

Depois que os intervalos de confiança são calculados, eles são convertidos em escala linear eapresentados na Gene Expression Data Table (Tabela de dados de expressão gênica) e no gráfico debarras na guia Graphing (Gráficos).

Cálculos de gráficos Box-and-Whisker
O gráfico Box-and-Whisker exibe a distribuição dos valores de expressão dentro de um grupo biológico
traçando os dados como quartis. O 1º e o 3º quartis são representados pelos limites inferior e superior da
caixa, respectivamente. A média é exibida como uma linha sólida atravessando a caixa. Os whiskers
representam os valores mínimos e máximos que não sejam discrepantes no conjunto de dados. Os
discrepantes são valores que ultrapassam o 1º e o 3º quartis por 1,5 vez o intervalo entre os quartis.

Guia do usuário | 311

Apêndice A Cálculos de análise de dados

Observação: se houver apenas uma amostra no grupo biológico, ela será mostrada como um único
círculo, indicando um único ponto de dados.
O gráfico Box-and-Whisker a seguir demonstra como esses dados são representados.

LEGENDA1.

Discrepante. O valor deste discrepante é > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Observação: coloque o cursor sobre o círculo para visualizar uma dica de ferramenta que
exibe o nome da amostra e as informações da quantidade relativa ou da expressão
normalizada dependendo de qual modo é selecionado.

2.

Demarcação máxima não discrepante

3.

Quartil superior/3º (Q3). 75% dos valores de expressão são inferiores a Q3.

4.

A média, ou o valor mais central dos valores de expressão ordenados por classificação

5.

Quartil inferior/1º (Q1). 25% dos valores de expressão são inferiores a Q1.

6.

Demarcação mínima não discrepante

7.

Discrepante. O valor deste discrepante é < Q1 + (1,5 x [Q3 - Q1]).

312 | Software CFX Maestro Dx SEApêndice B Trilhas de auditoria
O CFX Maestro Dx Software, Security Edition cria trilhas de auditoria para arquivos de dados e estudos
genéticos (arquivos .prcd e .mgxd, respectivamente). Quaisquer alterações feitas ou ações executadas
em arquivos de dados seguros e de estudo de genes são capturados na trilha de auditoria quando oarquivo é salvo. O CFX Maestro Dx SE cria uma trilha de auditoria separada para cada arquivo.
Você pode escolher File (Arquivo) > Save As (Salvar como) e salvar arquivos de dados seguros e deestudo de genes assinados ou não assinados em outra pasta ou com outro nome. O novo arquivo herdaa trilha de auditoria do arquivo original. A trilha de auditoria do novo arquivo também inclui a atividade
Save As (Salvar como). Alterações ou ações executadas no novo arquivo são capturadas em sua própria
trilha de auditoria. O arquivo original mantém sua trilha de auditoria, na qual outras atividades são
capturadas.
A seção Eventos auditáveis na página 315 lista os eventos auditáveis que o software captura.

Visualizar trilhas de auditoria
Cada trilha de auditoria exibe as seguintes informações:nn

Detalhe do cabeçalho de auditoriaoFile version (Versão do arquivo) — a versão salva do arquivooDate (Data) — a data do evento auditável atualo

User (Usuário) — o domínio do Windows e o nome do usuário conectadooComment (Comentário) — o último comentário salvoo

Signature (Assinatura) — a assinatura eletrônica da última pessoa que assinou o arquivoo

Signature reason (Motivo da assinatura) — o motivo da assinaturaoApplication (Aplicativo) — CFX Maestro Dx SEoApplication version (Versão do aplicativo) — a versão atual do CFX Maestro Dx SE

oFull user (Usuário completo) — o nome completo do usuário conectadooMachine (Máquina) — o computador no qual o CFX Maestro Dx SE está instalado

Detalhe da mudança de auditoria

Guia do usuário | 313

Apêndice B Trilhas de auditoriaoObject (Objeto) — o item que foi alterado (o item auditado)o

Old value (Valor antigo) — o valor anterioro

New value (Novo valor) — o novo valoroDescription (Descrição) — a descrição da alteração

Para ver a trilha de auditoriauNo arquivo de dados ou de estudo de genes aberto, selecione View (Exibir) > Audit Trail (Trilha deauditoria). A trilha de auditoria do arquivo é exibida.

Por padrão, os dados são ordenados por data e hora, e todos os eventos aparecem na visualização
expandida. Você pode filtrar a exibição por nome de usuário e objeto e recolher a exibição expandida
para ordenar por qualquer campo de cabeçalho. Você também pode visualizar a trilha de auditoria
como um relatório html.

Para ordenar por nome de usuário
uSelecione o usuário de destino na lista suspensa User Name (Nome do usuário).

Para ordenar por objetou

Selecione o alvo na lista suspensa Object (Objeto).

Para ocultar a descrição completa dos eventosuClique em Collapse All (Recolher tudo).

314 | Software CFX Maestro Dx SE

Eventos auditáveis

Para ordenar dados na tabela de detalhes da alteração
u

Clique no símbolo de losango no cabeçalho da coluna de dados para executar uma classificação em
ordem crescente (A a Z, do menor ao maior número, ou do mais antigo ao mais recente).

Para imprimir a trilha de auditoria
1.

Clique em HTML Report (Relatório HTML) para exibir a trilha de auditoria em um navegador da web.

2.

Na janela do seu navegador, execute uma das seguintes opções:n

Selecione File (Arquivo) > Print (Imprimir).

nClique com o botão direito no relatório e selecione Print (Imprimir).

Eventos auditáveisO CFX Maestro Dx SE captura os eventos auditáveis a seguir em arquivos de dados e estudos genéticos.

Eventos auditáveis durante a corrida
nHora de início da corridanEdições de placa no tempo de corridanEdições de protocolo no tempo de corrida

nHora de término da corrida

Eventos auditáveis quando um arquivo de dados é criadonArquivo de dados criadonLeituras de placa interpoladas adicionadas pelo sistema

Eventos auditáveis quando um arquivo de dados é salvo
n

Geral
o

Name (Nome)oSigning (Assinatura)oPlate Setup (Configuração de placa)oDisplay Wells (Exibir poços)oAnalyzed fluorophores (Fluoróforos analisados)oPlate edits (Edições de placa)oAnalysis mode (Modo de análise)

Guia do usuário | 315Apêndice B Trilhas de auditoria

o
n

n

n

n

n

PCR Active Well Group (Grupo de poços de PCR ativos)

Guia Quantification (Quantificação)oActive step (Etapa ativa)oSettings (Configurações) — Cq Determination mode (Modo de determinação de Cq)oSettings (Configurações) — Baseline Setting (Configuração de linha de base)oDrift correction applied (Correção de derivação aplicada)oSettings (Configurações) — Cycles to Analyze (Ciclos para análise)oSettings (Configurações) — Analysis Mode (Modo de análise)oSettings (Configurações) — Baseline Threshold (Limiares de linha de base)

Guia Melt Curve (Curva de fusão)oActive step (Etapa ativa)oPeak type displayed (Tipo de pico exibido)oPeak analysis threshold (Limiar de análise de pico)

Guia End-pointoActive fluorophore/target (Fluoróforo ativo/alvo)o

End cycles to average (Ciclos finais para a média)oTolerance calculation method (Método de cálculo de tolerância)oPercentage of range (Porcentagem do intervalo)

Guia Allelic Discrimination (Discriminação alélica)o

X- and Y-axis fluorophore (Fluoróforo do eixo X e Y)o

Select cycle number (Selecionar número do ciclo)oView call map (Exibir mapa de chamadas)

Guia Gene Expression (Expressão gênica) — Todos os gráficosoExperiment Settings (Configurações de experimento) — Target reference (Referência de alvo)oExperiment Settings (Configurações de experimento) — Sample control (Controle de amostra)oExperiment Settings (Configurações de experimento) — Auto efficiency (Eficiência automática)oExperiment Settings (Configurações de experimento) — Efficiency (Eficiência)

316 | Software CFX Maestro Dx SE

Eventos auditáveis

n

n

n

n

Guia Gene Expression (Expressão gênica) — Graphing (Gráficos)oAnalysis mode (Modo de análise)oGraph data (Dados do gráfico)oX-axis (Eixo X)oY-axis (Eixo Y)oScaling option (Opções de dimensionamento)oError bar (Barra de erro)oError Bar Multiplier (Multiplicador da barra de erro)oP-value threshold (Limiar de Valor P)

Guia Gene Expression (Expressão gênica) — Clustergram (Clustergram)oCluster By (Agrupar por)oSplit out replicates (Dividir réplicas)

Guia Gene Expression (Expressão gênica) — Scatter Plot (Gráfico de dispersão)oControl biological group (Grupo biológico de controle)oExperimental biological group (Grupo biológico experimental)oFold change threshold (Limiar de alteração de dobra)

Guia Gene Expression (Expressão gênica) — ANOVAonnP-value threshold (Limiar de Valor P)

Plate Setup (Configuração de placa) — View/Edit Plate (Exibir/editar placa)oSettings (Configurações) — PlateTypeo

Settings (Configurações) — Units (Unidades)oEditing Tools (Ferramentas de edição) — Flip Plate (Inverter placa)oWell groups (Grupos de poços)oPlate fluorophores (Placas de fluoróforo)

Plate Setup (Configuração da placa) — Substitua a placa e aplique o arquivo PrimePCRoPlate Setup Import (Importação de configuração de placa)

Guia do usuário | 317

Apêndice B Trilhas de auditoria

Auditar alterações nos arquivos de estudo de genes
GeralnName (Nome)nGuia Study Setup (Configuração de estudo)onAdicionar/remover arquivos de dados

Guia Study Analysis (Análise de estudo)

318 | Software CFX Maestro Dx SEApêndice C Integração LIMS
Você pode configurar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition para uso com um sistema de
gerenciamento de informações de laboratório (LIMS). Para integração LIMS, o CFX Maestro Dx SE
requer informações de configuração da placa geradas pela plataforma LIMS (um arquivo LIMS, *.plrn),
um arquivo de protocolo criado usando o CFX Maestro Dx SE (* .prcl), um local de exportação de dados
definido e um formato de exportação definido.
Quando a corrida termina, o CFX Maestro Dx SE gera um arquivo de dados (.pcrd) e o salva na pasta deexportação de dados definida. O CFX Maestro Dx SE também pode criar um arquivo de dados
compatível com LIMS no formato .csv e salvá-lo no mesmo local.

Criar arquivos de dados compatíveis com o LIMS
Este apêndice explica como configurar o CFX Maestro Dx SE para criar, salvar e exportar arquivos dedados compatíveis com o LIMS.

Configurar a pasta e as opções de exportação de dados LIMS
Por padrão, o CFX Maestro Dx SE salva os protocolos LIMS, os arquivos e os arquivos de exportação dedados na seguinte pasta:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMSVocê pode configurar o CFX Maestro Dx SE para salvar os arquivos em outra pasta e alterar as opções
de exportação para os dados LIMS.

Configurar uma pasta e as opções de exportação de dados LIMS
1.

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Options (Opções).

2.

Na caixa de diálogo Options (Opções), selecione Data Export Settings (Configurações deexportação de dados).

Guia do usuário | 319

Apêndice C Integração LIMS

3.

(Opcional) Selecione Automatically export LIMS data (Exportar dados LIMS automaticamente) no
final da corrida.
O software exportará automaticamente os dados LIMS após cada corrida e salvará no local
especificado.

4.

Para alterar as opções de exportação padrão para os dados LIMS, clique em LIMS Data Export
Settings (Configurações de exportação de dados LIMS).
Importante: apenas os dados LIMS exportados como um arquivo .csv file podem ser
importados de volta para o CFX Maestro Dx SE.

5.

Na caixa de diálogo LIMS Data Export Format Settings (Configurações de formato de exportação dedados LIMS), selecione as opções de exportação necessárias e clique em OK.

6.

Na caixa de diálogo Options (Opções), navegue e selecione uma pasta padrão na qual deseja salvar
os arquivos de dados do LIMS. É possível selecionar um local diferente para cada tipo de arquivo:nProtocol (Protocolo)n

LIMS file (arquivo LIMS)n

Data export (Exportação de dados)

320 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar arquivos de dados compatíveis com o LIMS

7.

Clique em OK para salvar as alterações e fechar a caixa de diálogo Options (Opções).

Criar um protocolo LIMS
Para iniciar uma corrida do LIMS, crie um arquivo de protocolo (* .prcl) do CFX Maestro Dx SE e salve-o
no local da pasta do protocolo LIMS designado.
Consulte Capítulo 7, Criar protocolos para obter mais informações.

Criar um arquivo LIMS
Um arquivo LIMS (*.plrn) contém os detalhes da configuração da placa e o nome do arquivo do protocolo.
Este arquivo é gerado por seu LIMS interno. O CFX Maestro Dx SE usa o arquivo LIMS para criar um
arquivo de placa para usar com um arquivo de protocolo.
O CFX Maestro Dx SE fornece arquivos de modelo de importação de placa que você pode editar para
criar arquivos de placa LIMS personalizados.
Dica: esta tarefa deve ser executada por um especialista em LIMS.

Criar um arquivo LIMS
1.

Na janela Home (Início), selecione View (Exibir) > Show (Mostrar) > LIMS File Folder (Pasta dearquivos LIMS).

2.

Abra a pasta LIMS Templates (Modelos LIMS) e selecione um arquivo .csv para importar em seu
LIMS interno.

3.

Edite o arquivo de modelo preenchendo os campos requeridos listados na Tabela 38.

4.

Execute uma das seguintes opções:nPara salvar as alterações para uso futuro, salve o arquivo como um arquivo .csv.

nPara salvar as alterações e usar o arquivo imediatamente, salve o arquivo com a extensão .plrn.

nSalve o modelo com a extensão de nome de arquivo .plrn na pasta File LIMS (Arquivo LIMS).

Importante: o CFX Maestro Dx SE pode abrir apenas o arquivo .plrn. Você deve salvar oarquivo .csv como .plrn para iniciar a corrida do LIMS.

Guia do usuário | 321Apêndice C Integração LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do arquivo .csv LIMS

ColunaA

Linha
1

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Plate Header (Cabeçalho daNão editar

Predefinido

Não editar

Predefinido

placa)
A, B, C

2

Field/Data/Instruction(Campo/Dados/Instrução)B

3

Version (Versão)Não editar

Predefinido

B

4

Plate Size (Tamanho daNão editar

Predefinido

Inserir “BR White”

Requerido

placa)
B

5

Plate Type (Tipo de placa)(Branco BR), “BR
Clear” (TransparenteBR) ou outro tipo deplaca calibrada
B

6

Scan Mode (Modo de leitura)

Inserir “SYBR/FAM
Only” (Apenas
SYBR/FAM), “AllChannels” (Todos oscanais) ou “FRET”

322 | Software CFX Maestro Dx SE

Requerido

Criar arquivos de dados compatíveis com o LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do arquivo .csv LIMS, continuaçãoColunaB

Linha
7

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Units (Unidades)

Inserir um dos

Requerido

seguintes: “copynumber” (número dacópia), “fold dilution”(diluição de dobra),“micromoles,”“nanomoles,”“picomoles,”“femtomoles,”“attomoles,”“milligrams”(miligramas),“micrograms”(microgramas),“nanograms”(nanogramas),“picograms”(picogramas),“femtograms”(femtogramas),“attograms”(attogramas) ou“percent” (por cento)
B

8

Run ID (ID de corrida)

Digite uma breve

Opcional

descrição ou código
de barras
identificando esta
corrida (máximo de 30
caracteres, vírgulasnão permitidas)
B

9

Run Notes (Observações daInforme a descrição

corrida)da corrida

Opcional

Guia do usuário | 323

Apêndice C Integração LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do arquivo .csv LIMS, continuaçãoColunaB

Linha
10

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Run Protocol (Protocolo deInserir o nome do

Requerido

corrida)arquivo de protocolo
exatamente comolistado.

A

11

Data File (Arquivo de dados)

Inserir o nome do

Opcionalarquivo de dados
A

12-15

TBD/Empty (Vazio)

Não editar

Predefinido

A

16

Plate Data (Dados da placa)

Não editar

PredefinidoA

17-113Well Position (Posição deNão editar

Predefinido

Ch1 Dye, Ch2 Dye, Ch3 Dye,

Digitar um nome do

Requerido

Ch4 Dye, Ch5 Dye, FRET

corante calibrado (por(Corante Ch1, Corante Ch2,

exemplo, “FAM”) para

Corante Ch3, Corante Ch4,

cada canal sendo

Corante Ch5, FRET)

usado

Sample Type (Tipo deInserir um dos

amostra)seguintes tipos de

poço)
B-G

H

Requerido

amostra: “Unknown”(Desconhecido),“Standard” (Padrão),“Positive Control”(Controle positivo),“Negative Control”(Controle negativo),“NTC” ou “NRT”
I

J-O

Sample Name (Nome daInserir o nome daamostra)amostraCH1 Target, CH2 Target,

Inserir o nome do alvo

CH3 Target, CH4 Target,para cada canal

CH5 Target, FRET Target

usado

324 | Software CFX Maestro Dx SE

Opcional

Opcional

Criar arquivos de dados compatíveis com o LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do arquivo .csv LIMS, continuaçãoColunaP

Q

Linha

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Collection Name (Nome daInserir o nome do

Opcional

coleção)conjunto biológico

Replicate (Réplica)

Inserir um inteiro

Opcional

positivo para cadaconjunto de réplicas.
O valor não pode ser
zero.
R-W

CH1 Quantity, CH2 Quantity,

Inserir os valores deRequerido para

CH3 Quantity, CH4 Quantity,quantidade para

todos os

CH5 Quantity, FRET

qualquer padrão.

padrõesQuantity (Quantidade CH1,

Inserir a

Quantidade CH2,

concentração em

Quantidade CH3,

formato decimal.

Quantidade CH4,
Quantidade CH5,
Quantidade FRET)

Guia do usuário | 325Apêndice C Integração LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do arquivo .csv LIMS, continuaçãoColunaX

Linha

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Well Note (Observação deInserir a observação

Opcional

poço)

de poço (máximo de
20 caracteres)
Observação:embora o
CFX Maestro Dx
SE tenha um
limite de 20
caracteres ao
inserir
observações em
Well Note(Observação depoço) por meio
do software, ocampo Well Note
(Observação depoço) podeconter até 500
caracteres se
incluído em um
arquivo .plrn
importado. No
entanto, o
CFX Maestro Dx
SE exibirá
apenas os
primeiros 20
caracteres. O
arquivo .pcrd
exportado
conterá todos oscaracteres nocampo Well Note
(Observação depoço); nenhum
dado seráperdido.

326 | Software CFX Maestro Dx SE

Criar arquivos de dados compatíveis com o LIMS

Tabela 38. Definição do conteúdo do arquivo .csv LIMS, continuaçãoColunaY-AD

Linha

Descrição

Conteúdo

Finalidade

Ch1 Well Color, Ch2 Well

Inserir qualquer cor

Opcional

Color, Ch3 Well Color, Ch4de estilo de traço

Well Color, Ch5 Well Color,definida pelo usuário

FRET Well Color (Cor doem um formato

poço Ch1, Cor do poço Ch2,

decimal de inteiro deCor do poço Ch3, Cor do

32 bits (argb)

poço Ch4, Cor do poço Ch5,
Cor do poço FRET)

Iniciar uma corrida LIMS
Para iniciar uma corrida LIMS
1.

Execute uma das opções a seguir para abrir um arquivo .plrn do LIMS:n

Na janela Home (Início), selecione View (Exibir) > Show (Mostrar) > LIMS File Folder (Pasta dearquivos LIMS) e abra o arquivo .plrn alvo.

n

Na janela Home (Início), selecione View (Exibir) > Open (Abrir) > LIMS File (Arquivo LIMS) e
abra o arquivo .plrn alvo.

O arquivo abre na guia Run setup (Configuração de corrida) no Run Setup Wizard (Assistente deconfiguração de inicialização). A guia Start Run (Iniciar corrida) exibe informações sobre oexperimento a ser executado. Ela também exibe o bloco ou blocos de instrumentos conectados nos
quais é possível executar o experimento.
2.

Na guia Start Run (Iniciar corrida) selecione um instrumento e clique em Start Run (Iniciar corrida).

Guia do usuário | 327

Apêndice C Integração LIMS

Exportar dados para um LIMS
Após a conclusão da corrida, o CFX Maestro Dx SE gera um arquivo de dados (.pcrd) e o salva em um
local definido na pasta de exportação de dados.

Para exportar o arquivo de dados para um LIMS.
u

Abra o arquivo .pcrd e selecione Export (Exportar) > Export to LIMS Folder (Exportar para pasta
LIMS).

Dica: se você selecionar Automatically Export Data after Run (Exportar dados automaticamente
depois da corrida) em LIMS Options (Opções de LIMS), o CFX Maestro Dx SE cria um arquivo dedados compatível com o LIMS no formato .csv e o salva na mesma pasta.

328 | Software CFX Maestro Dx SEApêndice D Solução de problemas no
CFX Maestro Dx Software, Security Edition
Este apêndice fornece sugestões para solucionar os problemas que você pode encontrar durante a
atualização ou a corrida do CFX Maestro Dx Software, Security Edition.

Adicionar arquivos e pastas do CFX Maestro Dx Software,
Security Edition à lista de permissões
Para oferecer proteção contra vírus e malware, seu departamento de TI pode ter implementado medidas
de segurança de software muito rígidas. Essas medidas podem afetar o tempo de atualização ou decorrida do CFX Maestro Dx SE.
A fim de melhorar o desempenho do CFX Maestro Dx SE, a Bio-Rad recomenda que o seu departamento
de TI adicione os seguintes arquivos e pastas à lista de permissões nas configurações de Firewall dosoftware antivírus instalado no computador do CFX Maestro Dx SE:

PastasnC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Arquivosn

Todos os arquivos .exe localizados na pasta C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe e Rscript.exe (localizados na pasta C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Guia do usuário | 329

Apêndice D Solução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Log do aplicativo
Antes de iniciar uma nova corrida, o sistema CFX Opus Dx inicia um teste de autodiagnóstico paraverificar se está sendo executado dentro das especificações. O software registra os resultados desse
teste no arquivo do Run Log (Log de corrida) Application Log (Log do aplicativo). Se perceber um
problema em um ou mais experimentos, abra os logs de corrida e do aplicativo para descobrir quando oproblema foi iniciado.
O CFX Maestro Dx SE Dx rastreia informações sobre o estado de um instrumento durante uma corrida
no Application Log (Log do aplicativo). Use esses registros para rastrear eventos que ocorrem nos
instrumentos e no software e para solução de problemas.

Abrir o log do aplicativou

Na janela Home (Início), selecione View (Exibir) > Application Log (Log do aplicativo).

Para visualizar o log de aplicativo como um arquivo HTML, clique no botão HTML Report (Relatório
HTML).

330 | Software CFX Maestro Dx SE

Solução de problemas

Recupera arquivos de log de aplicativo e firmware
Os logs de aplicativo e firmware contêm informações que especificam as ações realizadas durante o uso
do software e o desempenho das corridas. Esses logs também registram quaisquer erros de software ou
firmware que ocorrem durante a operação do software ou do instrumento.

Para acessar os arquivos de log de aplicativo e firmware:1.

No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados), clique com o botão direito no
instrumento.

2.

Selecione Retrieve Log Files (Recuperar arquivos de log).

3.

Na caixa de diálogo Browse for Folder (Procurar pasta), selecione a pasta de destino em sua rede ou
unidade local na qual deseja salvar os arquivos de log.
Observação: a pasta é intitulada "Logs".

4.

Clique em OK para salvar os arquivos.
Importante: salvar um arquivo de log com o mesmo nome de um arquivo existente substituirá oarquivo de log existente.

Solução de problemas
Tipicamente, problemas de comunicação de software e instrumento podem ser resolvidos reiniciando
seu computador e o sistema. Certifique-se de salvar qualquer trabalho em andamento antes de reiniciar.
Observação: verifique se o seu computador tem RAM e espaço livre em disco suficientes. O mínimo
de RAM é 4 GB e o mínimo de espaço no disco rígido é 128 GB.

Falta de energia
No caso de falta de energia, o instrumento e o computador serão desligados. Se a falta de energia forcurta, o instrumento retomará a corrida de um protocolo, mas o log do aplicativo anotará a falta deenergia. Dependendo das configurações do computador e do tempo que a energia é desligada, oinstrumento e o software tentam continuar a corrida, dependendo da etapa do protocolo:n

Se o protocolo estiver em uma etapa sem leitura de placa, o protocolo continuará em execução
assim que o instrumento recuperar a energia.

n

Se o protocolo estiver em uma etapa com uma leitura de placa, o instrumento aguardará areinicialização do software e retomará a comunicação para coletar os dados. Nessa situação, oprotocolo continua apenas se o software não for desligado pelo computador. Quando o computadore o software são inicializados novamente, o protocolo continua.

Guia do usuário | 331Apêndice D Solução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition

Transferir arquivos para o computador do CFX Maestro Dx SEVocê pode transferir os dados e os arquivos de registro localizados no instrumento para o disco rígido deum computador CFX Maestro Dx SE conectado.
Dica: todos os arquivos na pasta de dados em tempo real da base do instrumento são transferidospara o computador.
Observação: nos instrumentos CFX Opus Dx, é possível transferir apenas arquivos de log. Todos
os arquivos de registro do instrumento são transferidos para o computador.

Para recuperar arquivos do instrumento1.

No painel Detected Instruments (Instrumentos detectados) na janela Home (Início), clique com obotão direito do mouse no instrumento alvo e selecione Retrieve Log Files (Recuperar arquivos deregistro).

2.

Escolha um local de pasta para salvar os arquivos recuperados.

3.

Clique em OK.

Instalar o CFX Maestro Dx Software, Security Edition manualmente
Instalar o CFX Maestro Dx SE manualmente
1.

Se necessário, desconecte todos os instrumentos conectados ao computador.
Localize e desconecte o cabo USB do instrumento no computador do CFX Maestro Dx SE. A
extremidade inserida no instrumento pode permanecer no lugar.

2.

Efetue login no computador do CFX Maestro Dx SE com privilégios administrativos.

3.

Insira a unidade USB do CFX Maestro Dx SE na porta USB do computador.

4.

No Windows Explorer, navegue para e abra a unidade USB do CFX Maestro Dx SE.

5.

Abra a pasta CFX e clique duas vezes em CFXMaestroDxSetup.exe para instalar o CFX Maestro Dx
SE.

6.

Siga as instruções na tela para instalar o software.
Depois de concluída, a tela de abertura do CFX Maestro Dx Software, Security Edition da Bio-Rad
aparece na tela do computador e o ícone do CFX Maestro Dx Software, Security Edition da Bio-Rad
aparece na área de trabalho.

7.

Ejete com segurança a unidade USB do software e inicie o CFX Maestro Dx SE.

332 | Software CFX Maestro Dx SE

Solução de problemas

Reinstalar os drivers
Para reinstalar os drivers do instrumentou

Na janela Home (Início), selecione Tools (Ferramentas) > Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar
drivers do instrumento).

Observação: se você tiver problemas de comunicação entre o software e um sistema em tempo real
depois de reinstalar os drivers e verificar a conexão USB, entre em contato com o suporte técnico da
Bio-Rad.

Guia do usuário | 333Apêndice D Solução de problemas no CFX Maestro Dx Software, Security Edition334 | Software CFX Maestro Dx SEApêndice E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Guia do usuário | 335

Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

336 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Guia do usuário | 337

Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

338 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Guia do usuário | 339

Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

340 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andGuia do usuário | 341

Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the342 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Guia do usuário | 343

Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this344 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
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14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which is

Guia do usuário | 345Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
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346 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Guia do usuário | 347

Apêndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products348 | Software CFX Maestro Dx SEApêndice F Referências
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4.501–4.505.

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Minpack Copyright Notice (1999) Universidade de Chicago. Todos os direitos reservados
Redistribuição e uso em formatos de fonte e binários, com ou sem modificações, são permitidos, desdeque as seguintes condições sejam cumpridas:
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2.

Redistribuições em formato binário devem reproduzir a notificação de direitos autorais acima, esta
lista de condições e o seguinte aviso na documentação e/ou outros materiais fornecidos com a
distribuição.

3.

A documentação para o usuário final incluída com a redistribuição, se houver, deve incluir o seguinte
reconhecimento:“Este produto inclui software desenvolvido pela Universidade de Chicago, como operadora do Argonne
National Laboratory.”

Guia do usuário | 349

Apêndice F Referências

350 | Software CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, France
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

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10000135641 Ver F

US/EG

22-02390422

Sig 0122