令和元年度（2019）第二回 GBIF 日本ノード運営委員会議事録
国立科学博物館 細矢
日時：令和 2 年 3 月 17 日（火） 13:00－14:30
場所：国立科学博物館 地球館 3F 講義室
参加者：松浦（委員長）、川本、曽宮、星、細矢、矢後、山崎の各委員
オブザーバー：
藤井 元

日本医療研究開発機構 基盤研究事業部バイオバンク課 NBRP 事業担当・主幹

寺本 敏紀

文部科学省 研究振興局 ライフサイエンス課・生命科学研究係 係長

穂苅 由樹

文部科学省 研究振興局 ライフサイエンス課・生命科学研究係 係員

名取 久祐

文部科学省 研究振興局 ライフサイエンス課・生命科学研究係 研修生

柳谷 牧子

環境省 自然環境局自然環境計画課 生物多様性戦略推進室

田畑 早紀

環境省 自然環境局生物多様性センター 生態系監視科・技術専門員

倉島 治

国立大学法人東京大学大学院 総合文化研究科・特任研究員

倉田 正観

国立大学法人東京大学大学院 総合文化研究科

木村 紀子

国立遺伝学研究所 系統情報研究室・技術補佐員

内尾 優子

国立科学博物館 経営管理部 研究推進・管理課・係長

欠席者（委任状あり）：大原副委員長、伊藤委員、大澤委員、藤倉委員、三橋委員、山野委員
報告事項
1. 国立科学博物館（細矢）1) ワークショップ 21 世紀の生物多様性研究（通算第 13 回）「生物多様性情報の標準化と利便性」（2020 年 1 月 25 日、国立科学博物館 上野本館 日本館講堂）を開催した。
2) 第 34 回自然史標本データ整備事業による標本情報の発信に関する研究会「データ品質向上に向けてのテクニック」（2020 年 2 月 17 日、JT 生命誌研究館）を開催した。
3) サイエンスミュージアム・ネット（S-Net）についてデータ拡充を行い、「自然史標本情報検索システム」の参加機関数・データ件数は、103 機関・約 535 万件となった（2020.3.3.
現在）4) 各機関の研究員・学芸員の情報把握を継続し、研究員・学芸員データベースの登録人数は529 名となった（2020.3.3 現在）。
5) 広報・普及活動：東京都立新宿高校において、同校の教員ならびに高校生（生物部）に対しての S-Net 使用に関する普及活動（2/12）；第 27 回全国科学博物館連絡協議会にて「生物多様性情報の利用～世界の潮流と日本の現状～」と題する発表（2/14）；デジタルアーカイブ学会

公開セミナー

ミュージアムとジャパンサーチ～その可能性と課題～において「S-Net／GBIF の現状と、ジャパンサーチとの連携」の発表（2/20）；分子生物学会（12 月 2－6 日）における NBRP 展示。
6) JBIF のパンフレットについて GBIF ホームページの日本語対応や S-Net 新システムなどについて反映した更新を行い、配布した。
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7) S-Net/GBIF へのデータ提供の利便性を高めるため、データ提供者が利用するデータ変換ツールおよび S-Net 管理システムの改修を行った。
2. 東京大学（倉島（代理））1) 令和元年度希少野生植物の生息域外保全検討実施委託業務」に参画し、国内植物園のコレクション情報の収集および、それらの GBIF への発信のための調整。
「データベース研修会」（新宿御苑インフォメーションセンター）を開催（11/25–26）。他の参画機関（主に植物園）と連携してデータ収集をおこなうための基礎となる植物域外保全データベース開発を継続。
2) 日本産維管束植物のチェックリスト「Green List」（http://www.rdplants.org/gl/）の、WEB 検索システムのプロトタイプ（http://fagus.c.u-tokyo.ac.jp/gl/）の開発を進めた。
3) 環境省・生物多様性センター保有の観察情報の整備を継続。1,099,079 件（レッドリス
ト種 4,589 件）の植生調査データを取り込んだ。
4) JBOLI WEB サイトの更新、および JBOLI WEB サーバーマシン、OS、サーバーアプリケーションのメンテナンスを継続。ISSR（inter simple sequence repeat）領域を利用した種や品種のジェノタイピング技術を利用した種（品種）鑑定のための新たなDNA バーコードシステム開発を継続。次世代バーコードにおけるリファレンスデータ生成アプリケーションを、ウェブアプリケーション化した。
3. 国立遺伝学研究所（川本）1) サーバー管理運用状況：障害による停止無し。
2) 公開サービス管理運用状況：IPT2.3.5 から 2.4.0 に更新。
3) JBIF サイト維持。情報・数値を更新。
4) フォーマット適合テストのエラーに関する問い合わせに対応。
5) 検索システム改良：検索窓下に「検索のヒント」を追加し、検索をアシストできるように改修した。
6) RRC に GBIF サイトに載っている科博・ROIS の citation の情報を追加登録。
4. ワーキンググループ（細矢）1) 関連団体・プロジェクト等との交流：科博報告の 1）～3）、5）参照。
2) JBIF ポータルサイトを維持。GBIF サイトの和訳を継続。
3) GBIF 動向：①日本のステータスに関して、年末に外務省より「日本が脱退することによって問題があるか」との照会が各省にあり、文科省を通じて科博にも問い合わせがあった。
「脱退 withdrawal」は「オブザーバーobserver」の position となるのとは全く意味が違うので、その点の誤認を訂正。活動の妨げになるような大きな問題はないと予想。②2020
年 2 月にアジア地域代表選挙が行われ、細矢が代表に選出された（次点は中国 CAS の Xu
Zepping で、Deputy に就任）。③COVID-19 に伴うスケジュール変更のため、本年の各地の地域集会は延期が決定された（3/16）。BIFA に関連したリスケジュールについては、
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近日中に Steering Committee を開催する。

審議事項（来年度の活動計画）
1. 国立科学博物館（細矢）1)

自然史情報発信に関する研究会 ワークショップ（2020.6 ごろ）；GBIF ワークショップ（2020.12 予定）；自然史情報発信に関する研究会 ワークショップ（2021 年 1-2 月ごろ）を開催。

2)

リソースデータの国際標準対応と GBIF へのデータ提供 を継続。

3)

生物多様性情報関係者との連携の促進と GBIF 日本ノードの円滑な運営、生物多様性情報の利用・活用推進を図る。

2. 東京大学（倉島［代理］）1)

植物園が保有する植物株データを収集し、GBIF へ反映させるための基盤となるプロタ
イプデータベースを実際に試行植物園に利用してもらい、その園との連携のもと、植物株データの各園における既存管理手法とマッチしたデータ共有プロトコルや運勢体制の検討を継続する。

2)

種名チェックリストの作成・更新（YList を反映した GreenList の更新）を継続。

3)

環境省提供の観察・観測データの収集・電子化、データクリーニングと DarwinCore への変換。植物園からの域外保全植物株の管理データベース作成継続。

4)

次世代シーケンシング技術を用いた食用きのこ品種の品種鑑定プログラム（リファレン
スデータ生成プログラムおよび鑑定プログラム本体）を完成させる。

5)

上記 2）の GreenListWEB データベースシステムを核とした植物における種情報の収集・共有システムの開発を進める。まずは Flora of Japan のデータ項目取り込みを検討する。

3. 国立遺伝学研究所（川本）1)

既存のリソースデータベースを安全安定に継続運用し、利用者目線での改良改善、関連情報の）拡充、関連データベースとの連携などを強化して情報の高度化を図り、バイオリソースの利活用を促進する。

4. ワーキンググループ（細矢）1)

データ提供者・利用者のニーズにあった年 3 回のワークショップ、研究会を開催する。

2)

来年度のアジア地域会合：夏頃開催予定の Data mobilization workshop（BIFA 資金を利用した、能力開発集会）開催に協力する。

【質疑応答】
Q：レッドリストチェッカーは大変便利であるが、使い方についてはどこに示されているのか。
A：S-Net のホームページから公開しているが、データが最新化されていないので現時点では積極的に広報していない。環境省から最新のデータが提供されたので、これに基づいて最新化してから、各種の方法で広報したいと考えている。
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Q：植物園などで生育されている植物の生育地（ローカリティー）はどのようなものが適当か。
A：研修会では原産地を記すように指導している。
Q：次世代バーコードのデータはどのようなものになると予想されるのか。
A：従来型のバーコードと異なり、シークエンスのたびに違うデータが出てくる可能性がある。しかし、傾向は変わらない。大量のデータがでてくるので、どのように GBIF データと関連付けるのかが課題。
Q：レッドリストの学名や和名はリストを作成して公開できないか。本来はリストを公開するべきではないか。
A：和名・学名の対照リストについては、学会単位での公開が望ましいと考えられる。以前分類学会連合でリスト化に取り組んだ時には、進んだ生物群と混乱している生物群があり、結局リストを統合して公開することはできなかった。しかし、学会単位・生物群単位では可能と思われる。
実現に向けて、積極的に分類学会連合や自然史学会連合に呼びかける必要がある。グリーンリス
トはよい事例になる。
Q：GBIF の準正規会員とオブザーバーとの間では、会費を払わないのは同じだが、他に違いがあるのか。
A：準正規会員には様々な権利が保障されているのに対し、オブザーバーは、そのようなことはない。例えば、一つ一つの行動に許可を必要とする。データ出版を行う場合でも、新規のオブザーバーは既存のノードに対して承認（エンドース）を受ける必要がある。ただし、日本の場合、実績があるのでその必要はないと思われる。オブザーバーになると、「ノード」と名乗れなくなるという、ことはあるが、実質的な活動に制約が加えられることはないので、大きな差異は無いものと考えている。

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