PCR en tiempo real

Software CFX Maestro Dx SE
12014330
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12014348
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12016659
12016687
Revisión del manual: Mayo de 2022
Revisión del software: 2.3

Guía del usuario
Versión 2.3

Software CFX Maestro Dx, Security
EditionManual de usuario
Versión 2.3

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El departamento de asistencia técnica de Bio-Rad en Iberia abre de lunes a viernes, de 9:00 a 18:00 horas.
Teléfono: 91 490 65 80
Correo electrónico: cts-iberia@bio-rad.com
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técnica local o haga clic en el enlace Contact us (Contacto) en bio-rad.com.

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EvaGreen es una marca comercial de Biotium, Inc.
Todas las marcas comerciales utilizadas en este documento son propiedad de sus respectivos propietarios.
Copyright © 2022 por Bio-Rad Laboratories, Inc. Todos los derechos reservados.

Uso previsto

Uso previsto
El Sistema de PCR en tiempo real CFX Opus DxTM con Software CFX Maestro Dx, Security EditionTM
está diseñado para realizar PCR basadas en fluorescencia para detectar y cuantificar secuencias deácidos nucleicos. El sistema y el software están previstos para usarse como herramientas de diagnósticoin vitro por parte de técnicos de laboratorio cualificados. Los sistemas están concebidos para su uso con
pruebas de diagnóstico de ácido nucleico de terceros, fabricados y etiquetados con fines de diagnóstico.

Definiciones de símbolos

Fabricante

Número de lote

Usar antes dePara uso diagnóstico in vitro

Límite de temperatura

Número de catálogo

Consultar instrucciones de uso

Número de pruebas

Para usar con

Número de serie

Solo para uso con receta

Contiene látex

Manual de usuario | iii

Marcado CE - Regulación(EU) 2017/746 IVDR

Traducciones
Los documentos del producto se pueden proporcionar en otros idiomas en formato electrónico.

iv | Software CFX Maestro Dx SE

Historial de revisiones

Historial de revisiones
Documento

Fecha

Descripción del cambio

Manual de usuario delDiciembre deVer. A, versión inicial

Software CFX Maestro Dx,

2020

Security Edition, 2.0(ID de documento n.º10000135645)
Manual de usuario deMayo de 2022

n Actualizado para admitir CFX Opus Deepwell Dx

Software CFX Maestro Dx,

n Tabla de descripciones de símbolos actualizada

Security Edition, 2.3

n Se agregó una nota de ciberseguridad a la

(ID de documento n.ºintroducción

10000135645)

Manual de usuario | v

vi | Software CFX Maestro Dx SEÍndice
Uso previsto

iii

Definiciones de símbolosiii

Traducciones

iv

Historial de revisionesv

Seguridad y cumplimiento normativo

17

Etiquetas de advertencia de seguridad

17

Seguridad y cumplimiento normativo

19

Cumplimiento de seguridad

19

Compatibilidad electromagnética (EMC)

20

Notas y advertencias de EMC

21

Requisitos ambientales

22

Peligros

23

Peligros biológicos

23

Peligros químicos

25

Peligros relacionados con productos explosivos o inflamables

25

Peligros eléctricos

26

Transporte

26

Batería

26

Eliminación

26

Garantía

27

Capítulo 1 Introducción29

Principales características del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

31

Descubrir más

31

Capítulo 2 Instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

33

Requisitos del sistema

34

Instalar software CFX Maestro Dx SE

36

Detectar instrumentos conectados

37

Archivos del software

38

Manual de usuario | vii

ÍndiceCapítulo 3 Gestionar cuentas de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security
EditionIniciar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

39
40

Añadir usuarios de Microsoft Windows al ordenador del Software CFX Maestro Dx, Security Edition 42
Añadir y eliminar usuarios del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

44

Gestionar roles de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition46

Ver su rol y sus permisos

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition
Archivos protegidos

Capítulo 5 El espacio de trabajo

47

49
49

61

La ventana Home (Inicio)

62

El Startup Wizard (Asistente de inicio)

63

La ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)

64

La ventana del Plate Editor (Editor de placas)

65

La ventana Data Analysis (Análisis de datos)

66

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)
La ventana Home (inicio)

67
68

Comandos del menú File (Archivo)

69

Comandos del menú View (Ver)69

Comandos del menú User (Usuario)

70

Comandos del menú Run (Ejecución)

71

Comandos del menú Tools (Herramientas)

71

Comandos del menú Help (Ayuda)

72

Comandos de la barra de herramientas

73

El Startup Wizard (Asistente de inicio)

74

Barra de estado

74

Panel Detected Instruments (Instrumentos detectados)

75

Visualizar las propiedades de un instrumento

78

Antes de comenzar

80

Crear una mezcla maestra de reacción

80

Calibrar nuevos tintes

83

Establecer las preferencias de usuario

86

viii | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceCapítulo 7 Crear protocolos

105

Parámetros y rangos para los pasos del protocolo

106

Ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)

108

Comandos del menú File (Archivo)

109

Comando del menú Settings (Ajustes)

109

Comandos del menú Tools (Herramientas)

109

Comandos de la barra de herramientas

109

Controles de edición de protocolos

110

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

114

Abrir un nuevo archivo de protocolo en la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolo)

114

Abrir un protocolo existente en la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)

116

Configurar un nuevo protocolo

117

Adición de pasos a un protocolo

120

Insertar un paso de gradiente

121

Insertar un paso GOTO

122

Introducir un paso de curva de fusión

123

Añadir o eliminar un paso de lectura de placa

125

Cambiar las opciones de los pasos

125

Eliminar un paso

126

Copiar, exportar o imprimir un protocolo

126

Crear un protocolo con el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático)127

Utilizar la Ta Calculator (Calculadora de Ta)

129

Acerca de la calculadora de Ta

Capítulo 8 Preparar placas

129

135

Ventana del Plate Editor (Editor de placas)

136

Comandos del menú File (Archivo)

136

Comandos del menú Edit (Editar)

137

Comandos del menú Settings (Ajustes)

137

Comandos del menú Editing Tools (Herramientas de edición)

138

Comandos de la barra de herramientas

138

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placas

140

Abrir un archivo de placa nuevo en el editor de placas

140

Abrir una placa existente en el editor de placas

142

Configurar un nuevo archivo de placa

143

Manual de usuario | ixÍndice

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa

151

Asignar un objetivo a los pocillos

151

Asignar un nombre de muestra a los pocillos

154

Asignar grupos biológicos a pocillos

155

Asignar números de repeticiones técnicas a pocillos

158

Asignar una serie de dilución a los tipos de muestra estándar

159

Copiar el contenido del pocillo en otro pocillo

161

Añadir una nota a un pocillo

161

Borrar todo el contenido de los pocillos

162

Cambiar los ajustes del experimento

164

Crear grupos de pocillos

167

Cambiar los estilos de trazo

169

Ver, exportar e importar la placa en formato de hoja de cálculo

171

Crear una disposición de placa usando el asistente de configuración de placas

173

Utilizar el asistente de configuración de la placa

Capítulo 9 Ejecutar experimentos
La ventana Run Setup (Configuración de ejecución)
Acceso a la ventana Run Setup (Configuración de ejecución)

173

177
178
179

Pestaña Protocol (Protocolo)

180

Pestaña Plate (Placa)

183

Pestaña Start Run (Iniciar ejecución)

186

Ejecutar un experimento
Cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución)

187
189

Pestaña Run Status (Estado de ejecución)

189

Pestaña Real-time Status (Estado en tiempo real)

192

Pestaña Time Status (Estado de tiempo)

195

Realizar experimentos de PrimePCR

196

Transferir datos autónomos para análisis

198

Transferir datos por correo electrónico

198

Transferir datos desde Sistema de PCR en tiempo real CFX Opus Dxs

198

Transferir datos mediante el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

201

Transferir datos utilizando una unidad USB

201

Transferir datos mediante una unidad de red compartida utilizando los sistemas Sistema de
PCR en tiempo real CFX Opus Dx

202

x | Software CFX Maestro Dx SEÍndice

Crear un archivo de datos

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos
Ventana de análisis de datos

202

203
203

Barra de herramientas de análisis de datos

204

Barra de menús del análisis de datos

205

Detalles de la pestaña

210

Step Number Selector (Selector del número de paso)

210

Visualizar los grupos de pocillos en el análisis de datos

211

Cambiar el contenido de los pocillos después de una ejecución

211

Ajustes del análisis de datos

213

Ajustar el umbral

213

Ajustes de referencia

213

Modo de análisis

214

Ciclos a analizar

215

Selector de pocillos

216

Elementos del menú contextual del Well Selector (Selector de pocillos)

217

Excluir temporalmente los pocillos del análisis

218

Gráficos219

Herramientas de gráficos

219

Ampliar un área en el gráfico

227

Copiar gráficos en un archivo de Microsoft

227

Elementos comunes de menú contextual para gráficos

227

Hojas de cálculo
Elementos comunes de menú contextual de hojas de cálculo
Export (Exportar)

229
229
231

Exporting All Data Sheets (Exportar todas las hojas de datos)

231

Exportar archivos RDML

232

Crear un archivo de exportación personalizado

233

Exportar a una carpeta LIMS

235

Exportar datos con formato Seegene

235

Capítulo 11 Información del análisis de datos
Pestaña Quantification (Cuantificación)

237
238

Opciones de fluorocromo

238

Cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo)

239

Manual de usuario | xiÍndice

Opción Log Scale (Escala logarítmica)

240

Gráfico de curva normalizada

241

Opciones de menú Amplification Chart (Gráfico de amplificación)242

Hoja de cálculo de la pestaña Quantification (Cuantificación)

242

Pestaña Quantification Data (Datos de cuantificación)244

Hoja de cálculo de resultados

244

Hoja de cálculo de resultados de la curva normalizada

246

Hoja de cálculo de placas

247

Hoja de cálculo de RFU

248

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)
Ajustar los datos de la curva de fusión
Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)

249
251
252

Hoja de cálculo de picos de fusión252

Hoja de cálculo de placas

253

Hoja de cálculo de RFU

254

Hoja de cálculo -d(RFU)/dT

255

Pestaña de «End Point» (punto final)

256

Datos de resultados

257

Ajustar el análisis de datos de punto final

259

Hoja de cálculo de RFU para el análisis de punto final

259

Pestaña Allelic Discrimination (Discriminación alélica)

260

Ajuste de datos para discriminación alélica

261

Opciones de menú Chart (Diagrama)

262

Hoja de cálculo de discriminación alélica

262

Pestaña Custom Data View (Vista de datos personalizada)
Crear una vista de datos personalizada
Pestaña QC (Control de calidad)

264
265
266

Cambiar los criterios de QC (CC)267

Excluir los pocillos que no pasan el QC (Control de calidad)

267

Pestaña Run Information (Información de ejecución)

268

Informes de análisis de datos

269

Categorías de informes de análisis de datos

270

Crear un informe de análisis de datos

274

Crear informes de grupos de pocillos

276

xii | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceCapítulo 12 Análisis de expresión genética

277

Configuración de placa para el análisis de expresión genética

277

Configuración de placa orientada

278

Gráficos de expresión genética

279

Gráficos

281

Cambiar y anotar la vista de gráficos

283

Ajustar los datos de expresión genética

289

Ajustes del experimento

291

Opciones del menú contextual

293

Hoja de cálculo de datos

294

Opción de mostrar detalles

296

Clustergrama

299

Ajustes299

Opciones del menú contextual

299

Hoja de cálculo de datos

300

Diagrama de dispersión

301

Settings (Ajustes)

301

Opciones del menú contextual

301

Hoja de cálculo de datos

302

Hoja de cálculo de resultados

303

Estudio genético

304

Calibración durante la ejecución

304

Cuadro de diálogo del estudio genético

305

Pestaña de configuración del estudio

305

Preparar un estudio génico

306

Pestaña Study Analysis (Análisis del estudio)

307

Categorías de informe del estudio genético

308

Crear un informe del estudio genético

311

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

313

Eficiencia de la reacción

313

Cantidad relativa

313

Cantidad relativa cuando un control está seleccionado

314

Desviación estándar de cantidad relativa

314

Eficiencia corregida Cq (CqE)315

Manual de usuario | xiiiÍndice

Cq de eficiencia corregida media (MCqE)

315

Expresión normalizada

316

Expresión y cantidad relativa para grupos biológicos

317

Expresión normalizada cuando un control está seleccionado

317

Desviación estándar de la expresión normalizada

318

Expresión normalizada ajustada al nivel de expresión más alto de la escala

319

Expresión normalizada escalada al nivel de la expresión más bajo

319

Expresión normalizada escalada al nivel de la expresión media

319

Desviación estándar de la expresión normalizada escalada

321

Barras de error para desviación estándar(lg) y error estándar de la media(lg)322

Cambio doble

323

Fórmulas de valor corregido

324

Cálculo del intervalo de confianza para análisis de grupos biológicos

325

Cálculos del gráfico de cuadros y márgenes

325

Apéndice B Registros de auditoría

327

Visualizar registros de auditoría

327

Eventos auditables

329

Apéndice C Integración de LIMS
Crear archivos de datos compatibles con LIMS

333
333

Configurar las opciones de la carpeta LIMS y la exportación de datos

333

Crear un protocolo de LIMS

335

Crear un archivo LIMS

335

Iniciar una ejecución de LIMS

341

Exportar datos a un LIMS

342

Apéndice D Resolución de problemas del Software CFX Maestro Dx, Security
Edition343

Archivos y carpetas de la lista blanca del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

343

Registro de aplicación344

Recuperar archivos de registro de aplicaciones y firmware
Resolución de problemas

345
345

Corte del suministro eléctrico345

Transferir archivos al ordenador del CFX Maestro Dx SE

346

Instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition manualmente

346

Reinstalar los controladores347

xiv | Software CFX Maestro Dx SEÍndiceApéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

349

Software Notices

350

ZedGraph

350

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Apéndice F Referencias

350
350

363

Manual de usuario | xv

Índicexvi | Software CFX Maestro Dx SE

Seguridad y cumplimiento normativo
Los sistemas de PCR en tiempo real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx y CFX Opus Deepwell Dx (a losque se les conoce en esta guía como Sistema CFX Opus Dx) se calientan y enfrían rápidamente durante
el funcionamiento. Para un funcionamiento seguro del sistema de PCR en tiempo real, Bio-Rad
recomienda encarecidamente que siga las especificaciones de seguridad que se indican en esta seccióny en todo este manual.

Etiquetas de advertencia de seguridad
Etiquetas de advertencia publicadas en el sistema Sistema CFX Opus Dx y en este manual le advierten
sobre posibles lesiones o daños. La Tabla 1 define cada etiqueta de advertencia de seguridad.
Tabla 1. Advertencias generales de seguridad

Icono

Significado
Utilizar el sistema de Sistema CFX Opus Dx antes de leer este manual puede
constituir un peligro de lesión personal. El uso de este instrumento de una manera
no especificada en este manual o por Bio-Rad puede hacer que las funciones deprotección del instrumento se deterioren o deshabiliten.
No existen peligros biológicos o radiactivos asociados con el sistema Sistema CFX
Opus Dx Solo se deben tener en cuenta estos peligros cuando se introducen en elsistema mediante las muestras que se analizan. Al manipular muestras
biopeligrosas o radiactivas, siga las precauciones recomendadas y las directrices
específicas de su laboratorio y centro. Estas directrices deben incluir métodos delimpieza, supervisión y eliminación de los materiales peligrosos que estáutilizando.
Además, como se ha señalado anteriormente, existe un pequeño riesgo de
explosión o de expulsión de líquidos o vapores de los recipientes de muestra.
Cuando se trabaja con materiales peligrosos, el riesgo de lesiones por material
expulsado se ve agravado por el riesgo de que el material peligroso en sí pueda
dispersarse dentro y alrededor del instrumento. Los usuarios deben tomar las
precauciones adecuadas para tal situación.

Manual de usuario | 17

Seguridad y cumplimiento normativo

Tabla 1. Advertencias generales de seguridad, continuación

Icono

Significado
Los sistemas de Sistema CFX Opus Dx funcionan a temperaturas lo
suficientemente altas como para causar quemaduras graves. Permita siempre que
el bloque de muestras vuelva a la temperatura de la sala antes de abrir la tapa yeliminar las muestras. Incluso después de que el bloque de muestras se hayaenfriado, las áreas circundantes, así como la placa térmica, pueden permanecer
calientes durante bastante tiempo. En situaciones en las que no se dispone detiempo suficiente para permitir que el instrumento se enfríe, se recomienda el uso
de equipo de protección como guantes térmicos o «manoplas de cocina».
La seguridad y el rendimiento de cualquier sistema que incorpore un sistema
Sistema CFX Opus Dx es responsabilidad exclusiva del montador del sistema.

El sistema de Sistema CFX Opus Dx puede calentarse lo suficiente durante eltranscurso del funcionamiento normal como para hacer que los líquidos de lasmuestras hiervan o se evaporen, presurizando los recipientes de muestras. Existe
la posibilidad de que los recipientes de muestras fallen, provocando fugas,
pulverización de líquido o ruptura explosiva y expulsión de vapores o líquidos
dentro y alrededor del instrumento.
Los usuarios siempre deben utilizar el instrumento con la tapa cerrada o usar gafas
de seguridad, guantes térmicos y otro equipo de protección personal durante laoperación para evitar lesiones. Abrir el instrumento mientras las muestras aún
están calientes, como después de abortar una ejecución, puede hacer que losrecipientes presurizados goteen, rocíen o derramen líquido. Deje siempre que lasmuestras se enfríen antes de abrir la tapa.
Los usuarios nunca deben ejecutar una reacción con una tapa o sello que estéabierto, suelto, perforado o dañado de otra manera porque aumentará laprobabilidad de una ruptura o explosión peligrosa.
Los usuarios nunca deben ejecutar una reacción con reactivos volátiles que
puedan aumentar la probabilidad de una ruptura o explosión peligrosa.

18 | Software CFX Maestro Dx SE

Seguridad y cumplimiento normativo

Seguridad y cumplimiento normativo
Cumplimiento de seguridad
Los sistemas de Sistema CFX Opus Dx ha sido probado y cumple con todos los requisitos aplicables delas siguientes normas electromagnéticas y de seguridad:n

IEC 61010-1:2010 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio, Parte 1: requisitos generalesn

IEC 61010-2-010:2019 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-010: requisitos particulares para equipos de laboratorio para elcalentamiento de materialesnIEC 61010-2-081:2019 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-081: requisitos particulares para equipos de laboratorio automáticos ysemiautomáticos para análisis y otros propósitosnIEC 61010-2-101:2018 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-101: requisitos particulares para equipo médico de diagnóstico in vitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para
medición, control y uso en laboratorio - Parte 1: requisitos generalesn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para
medición, control y uso en laboratorio - Parte 2-010: requisitos particulares para equipos delaboratorio para el calentamiento de materialesn

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para
medición, control y uso en laboratorio - Parte 2-081: requisitos particulares para equipos delaboratorio automáticos y semiautomáticos para análisis y otros propósitosn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición,
control y uso en laboratorio - Parte 2-101: requisitos particulares para equipo médico de diagnósticoin vitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio - Parte 1: requisitos generalesn

EN 61010-2-010:2014 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-010: requisitos particulares para equipos de laboratorio para elcalentamiento de materiales

Manual de usuario | 19

Seguridad y cumplimiento normativon

EN 61010-2-081:2015 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-081: requisitos particulares para equipos de laboratorio automáticos ysemiautomáticos para análisis y otros propósitosn

EN 61010-2-101:2017 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-101: requisitos particulares para equipo médico de diagnóstico in vitro (IVD)n

UL 61010-1:2012 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio - Parte 1: requisitos generalesn

UL 61010-2-010:2019 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-010: requisitos particulares para equipos de laboratorio para elcalentamiento de materialesn

UL 61010-2-081:2019 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso
en laboratorio - Parte 2-081: requisitos particulares para equipos de laboratorio automáticos ysemiautomáticos para análisis y otros propósitosn

UL 61010-2-101:19 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio - Parte 2-101: requisitos particulares para equipo médico de diagnóstico in vitro (IVD)

Compatibilidad electromagnética (EMC)
Los sistemas de Sistema CFX Opus Dx ha sido probado y cumple con todos los requisitos aplicables delos siguientes estándares de compatibilidad electromagnética:n

IEC 61326-1:2012 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio (requisitos EMC) - Parte 1: requisitos generales Probado como dispositivo de Clase An

IEC 61326-2-6:2012 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio (requisitos de EMC) - Parte 2–6: requisitos particulares para equipo médico dediagnóstico in vitro (IVD)n

EN 61326-1:2013 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio (requisitos de EMC) - Parte 1: requisitos generales Probado como dispositivo de Clase An

EN 61326-2:-6:2013 Requisitos de seguridad para equipos eléctricos para medición, control y uso enlaboratorio (requisitos EMC) - Parte 2–6: requisitos particulares para equipo médico de diagnósticoin vitro (IVD)n

FCC, Parte 15, Subparte B, Secciones 15.107 y 15.109. Probado como dispositivo digital de Clase An

CAN ICES-003v6: 2019 Estándar de equipos que causan interferencias, equipos de tecnología de la
información (incluidos los aparatos digitales) - Límites y métodos de medición. Probado según loslímites de la Clase A

20 | Software CFX Maestro Dx SE

Seguridad y cumplimiento normativo

Notas y advertencias de EMC
nAdvertencia: Los cambios o modificaciones realizados en esta unidad, sin autorización expresa porparte de Bio-Rad, podrían invalidar la autorización del usuario para utilizar el equipo.

n

Nota: Se ha comprobado que este equipo cumple los límites de los dispositivos digitales de clase A
de acuerdo con la parte 15 de las reglas de la FCC. Estos límites están diseñados para ofrecer una
protección razonable contra interferencias perjudiciales cuando el equipo se utiliza en un entornocomercial. Este equipo genera, utiliza y puede irradiar energía de radiofrecuencia y, si no se instala yse utiliza de acuerdo con el manual de instrucciones, puede causar interferencias perjudiciales enlas comunicaciones por radio. La utilización de este equipo en una zona residencial puede causar
interferencias perjudiciales, en cuyo caso se requerirá que el usuario corrija la interferencia por sus
propios medios.

nNota relativa al cumplimiento de las directrices de la FCC: A pesar de que este instrumento se
ha probado y se ha demostrado que cumple con la Parte 15, Subparte B de las normas de la FCC
para un dispositivo digital de Clase A, tenga en cuenta que dicho cumplimiento es voluntario, dado
que el instrumento está clasificado como un «dispositivo exento» bajo 47 CFR 15.103(c), en relacióna las normas citadas de la FCC en vigor en el momento de fabricación.

nNota relativa a los cables: Este instrumento se ha probado para el cumplimiento de EMC usando
cables USB especialmente diseñados, que se suministran con el instrumento. Estos cables, o los
cables de sustitución autorizados por Bio-Rad, deben usarse con este instrumento para asegurar el
cumplimiento continuo de los límites de emisiones EMC.

Manual de usuario | 21

Seguridad y cumplimiento normativo

Requisitos ambientales
El Sistema CFX Opus Dx se han diseñado para funcionar de forma segura en las condiciones
ambientales que se enumeran en la siguiente tabla.
Tabla 2. Requisitos ambientales de Sistema de PCR en tiempo real CFX Opus Dx

Parámetro

Especificación

EntornoUso exclusivo en interiores

Altitud de funcionamiento

Hasta 2000 metros sobre el nivel del mar

Temperatura ambiente de la sala

15–31 °C*

Temperatura de transporte yde –20° a 60°C**

almacenamientode –4 a 140 °F

Humedad relativa

Del 20 % al 80 % (sin condensación)***Potencia de funcionamientode 100 a 240 VCA ± 10 %, 50/60–850 Hz,
850 W máx.

Fluctuación de tensión de alimentación de

±10 %

red
Uso de máxima potencia<850 vatios

Fusibles

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, rápido (ctd. 2)

Categoría de sobrevoltaje

II

Grado de contaminación2*Es posible que el funcionamiento del instrumento fuera de este rango de temperatura no cumpla conlas especificaciones de rendimiento. Una temperatura ambiente entre 5 y 40 °C se considera segura.
**Almacene y transporte el instrumento en su contenedor de envío para cumplir con estas condiciones
de temperatura.
***La operación del instrumento a 4 ⁰C debe limitarse a 18 horas en estas condiciones. Se pueden
mantener a 4⁰ C durante un máximo de 72 horas si la humedad es inferior al 60 % (sin condensación).

22 | Software CFX Maestro Dx SE

Peligros

Peligros
El Sistema CFX Opus Dx está diseñado para funcionar de manera segura cuando se usa de la manera
prescrita por el fabricante. Si el sistema o cualquiera de sus componentes asociados se utilizan de una
manera no especificada por el fabricante, la protección inherente que proporciona el instrumento puedeverse afectada. Bio-Rad no se hace responsable de ninguna lesión o daño causado por el uso de este
equipo de una manera no especificada, o por modificaciones en el instrumento no realizadas por Bio-Rad
o un agente autorizado. El servicio del Sistema CFX Opus Dx debe realizarlo solo personal del Bio-Rad
con formación.

Peligros biológicos
El de Sistema CFX Opus Dx es productos de laboratorio. No obstante, en caso de presencia de muestras
biopeligrosas, observe las pautas siguientes y cumpla todas las pautas locales específicas de su
laboratorio y de su localidad.
Nota: Durante el uso normal de este instrumento, no se consume ninguna sustancia biopeligrosa.

Precauciones generalesn

Utilice siempre bata de laboratorio, guantes de laboratorio y gafas de seguridad con protectores
laterales o gafas protectoras.

nMantenga las manos alejadas de la boca, la nariz y los ojos.

nProteja por completo cualquier corte o abrasión antes de trabajar con materiales potencialmente
infecciosos.

nLávese bien las manos con agua y jabón después de trabajar con cualquier material potencialmente
infeccioso antes de abandonar el laboratorio.

n

Si lleva reloj de pulsera o joyas, quíteselos antes de trabajar en el banco del laboratorio.

nConserve todo el material infeccioso o potencialmente infeccioso en recipientes irrompibles a prueba
de fugas.

n

Antes de salir del laboratorio, quítese la indumentaria protectora.

nCuando lleve puestos los guantes, no escriba, responda al teléfono, encienda un interruptor de luz ni
toque nada que otras personas puedan tocar sin guantes.

nCámbiese de guantes frecuentemente. Quítese los guantes inmediatamente cuando esténvisiblemente contaminados.

n

No exponga materiales que no puedan descontaminarse adecuadamente a materiales
potencialmente infecciosos.

Manual de usuario | 23

Seguridad y cumplimiento normativonTras finalizar una operación con un material biopeligroso, descontamine la zona de trabajo con un
desinfectante apropiado (por ejemplo, una dilución 1:10 de lejía doméstica).

24 | Software CFX Maestro Dx SE

Peligros

Descontaminación de la superficie¡ADVERTENCIA! Para evitar descargas eléctricas, apague siempre y desconecte el
instrumento antes de realizar los procedimientos de descontaminación.

Las siguientes áreas se pueden limpiar con cualquier bactericida, virucida o fungicida desinfectante degrado hospitalario:nTapa exterior y chasisnSuperficie interior del bloque de muestra y pocillos del bloque de muestranPanel de control y pantalla

Para preparar y aplicar el desinfectante, consulte las instrucciones proporcionadas por el fabricante delproducto. Enjuague siempre el bloque de muestras y los pocillos del bloque de muestras varias veces
con agua después de aplicar un desinfectante. Seque minuciosamente el bloque de muestras y lospocillos del bloque de muestras después de enjuagarlos con agua.
Importante: No utilice detergentes abrasivos o corrosivos o soluciones alcalinas fuertes. Estos
agentes pueden rallar las superficies y dañar el bloque de muestras y provocar una pérdida deprecisión del control térmico.

Eliminación de materiales biopeligrosos
Deseche los siguientes materiales potencialmente contaminados de acuerdo con las normativas locales,
regionales y nacionales para laboratorios.
nMuestras clínicas

nReactivosnRecipientes de reacción usados u otros consumibles usados que puedan estar contaminados

Peligros químicos
El de Sistema CFX Opus Dx n contiene materiales químicos potencialmente peligrosos.

Peligros relacionados con productos explosivos o inflamables
El de Sistema CFX Opus Dx no supone un peligro común relacionado con la inflamabilidad o explosión
cuando se usa de manera adecuada según lo especificado por Laboratorios de Bio-Rad.

Manual de usuario | 25

Seguridad y cumplimiento normativo

Peligros eléctricos
El de Sistema CFX Opus Dx nosupone un grado excepcional de peligro eléctrico para los operarios si se
instala y se utiliza adecuadamente sin modificaciones físicas y conectado a una toma de corriente con las
características adecuadas.

Transporte
Antes de mover o enviar el Sistema CFX Opus Dx, deben realizarse procedimientos dedescontaminación. Siempre mueva o envíe el sistema en un contenedor separado en el material deembalaje suministrado por Bio-Rad para proteger el sistema de cualquier daño.
Para obtener información sobre el transporte del sistema y solicitar el material de embalaje adecuado,
póngase en contacto con su oficina de Bio-Rad.

BateríaEl de Sistema CFX Opus Dx utiliza una pilas de botón de litio de 3 Vpilas para conservar la configuraciónde la hora en el caso de pérdida de energía de CA. Si la hora no se conserva al apagar la unidad, puede
ser indicativo de que las pilas se están quedando sin energía.
¡ADVERTENCIA! No intente cambiar las pilas. No son reparables por el usuario. En
cambio, póngase en contacto con la asistencia técnica de Bio-Rad para recibir ayuda.

Únicamente para el Estado de California, EE. UU.
nMaterial de perclorato: las baterías de litio contienen material de perclorato, por lo que puede sernecesario un manejo especial. Consulte www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Eliminación
El sistema de Sistema CFX Opus Dx contiene materiales eléctricos; estos se deben eliminar como
residuos no clasificados y se deben recoger por separado, de acuerdo con la Directiva de la Unión
Europea 2012/19/UE acerca de los residuos y el equipo electrónico — Directiva WEEE. Antes de laeliminación, póngase en contacto con su representante local de Bio-Rad para obtener instrucciones
específicas de su país.

26 | Software CFX Maestro Dx SE

Garantía

Garantía
El de Sistema CFX Opus Dx and sus accesorios asociados están cubiertos por la garantía de Bio-Rad
estándar. Póngase en contacto con su oficina de Bio-Rad local para obtener más información sobre lagarantía.

Manual de usuario | 27

Seguridad y cumplimiento normativo

28 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 1 Introducción
Los sistemas de amplificación por PCR de alto rendimiento de Bio-Rad cuentan con los últimos avances
tecnológicos, proporcionando una mayor precisión y reproducibilidad en la amplificación de ácidos
nucleicos para experimentos genómicos.
El Software CFX Maestro Dx, Security Edition de Bio-Rad es compatible con los siguientes instrumentos
y cuenta con archivos de ejecución optimizados para las evaluaciones de sonda y cebador PrimePCR de
Bio-Rad:n

CFX Sistema de PCR en tiempo real de Opus 96 Dx (indicado en este manual como el CFX Opus 96
Dx)n

CFX Sistema de PCR en tiempo real Opus 384 Dx (indicado en este manual como el CFX Opus 384
Dx)n

Sistema de PCR en tiempo real Opus Deepwell Dx de CFX (al que se hace referencia en esta guíacomo CFX Opus Deepwell Dx)

Manual de usuario | 29

Capítulo 1 Introducción

El uso del Software CFX Maestro Dx, Security Edition (indicado en este manual como el CFX Maestro DxSE) le permite interpretar datos complejos y elaborar poderosos estudios para el análisis genético. Con
solo unos pocos clics, puede configurar estudios y comprender su estudio de expresión genética con
herramientas como las pruebas de t, ANOVA unidireccional, análisis de controles de PrimePCR y laherramienta de selección de genes de referencia. Posteriormente, puede preparar sus resultados parapublicaciones y pósteres con la visualización de datos altamente personalizable y las herramientas deanotación del CFX Maestro Dx SE.
Nota: La visualización de algunas pantallas en CFX Maestro puede parecer diferente a lasrepresentadas en esta guía de usuario. La visualización en el software es correcta y la funcionalidad
es la misma.
Importante: La ciberseguridad es la protección de los activos en el ciberespacio frente a losciberataques. Por lo tanto, la ciberseguridad es la capacidad que tiene Bio-Rad para proteger a su
gente y para preservar la información, los sistemas y la reputación en el ciberespacio. El
ciberespacio es un mundo siempre activo y tecnológicamente interconectado; se compone depersonas, organizaciones, información y tecnología.
Es importante reaccionar rápidamente ante los problemas de ciberseguridad Si sospecha que puede
haber un problema de seguridad cibernética con respecto a su instrumento o que se ha infringido laseguridad cibernética en su sitio, póngase en contacto con su representante de Bio-Rad para obtenerasistencia técnica de inmediato.

30 | Software CFX Maestro Dx SE

Principales características del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Principales características del Software CFX Maestro Dx,
Security Edition
Con el CFX Maestro Dx SE puede hacer los siguiente:nAnalizar datos mediante gráficos de barras, clustergramas o diagramas de dispersión parainterpretar y comprender rápidamente los resultados.

nPersonalizar la representación de sus datos y exportar gráficos de alta resolución para publicar ogenerar informes.

nDeterminar la calidad del ARN y resolver problemas de experimentos con controles de análisis
PrimePCR.

n

Seleccionar el gen de referencia apropiado y analizar su estabilidad con la herramienta de selecciónde genes de referencia.

nRealizar análisis estadísticos, incluyendo ANOVA unidireccional, en análisis de expresión genética.

Este manual de usuario explica estas funciones y cómo usarlas.

Descubrir más
Después de instalar CFX Maestro Dx SE y configurar el instrumento de PCR de Bio-Rad asociado, puede
consultar esta guía además de los temas de ayuda detallada del menú Help (Ayuda) de CFX Maestro Dx
SE que aparece en cualquier pantalla.
Consejo: Haga clic en el logotipo de Bio-Rad en la esquina superior derecha de cualquier ventanadel CFX Maestro Dx SE para abrir la página web de Bio-Rad. Este portal incluye enlaces a notas
técnicas, manuales, vídeos, información de producto y soporte técnico. Este portal también
proporciona muchos recursos técnicos en una amplia variedad de métodos y solicitudes
relacionados con el PCR, el PCR en tiempo real y la expresión genética.

Manual de usuario | 31

Capítulo 1 Introducción

32 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 2 Instalar el Software CFX Maestro Dx,
Security Edition
Este capítulo explica cómo instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition. Para obtener
información sobre la configuración de instrumentos de PCR en tiempo real compatibles con Bio-Rad,
consulte el manual correspondiente.
CFX Maestro Dx SE es necesario para analizar datos de PCR en tiempo real de los sistemas de PCR entiempo real CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx y CFX Opus Deepwell Dx. También puede usar este
software para controlar estos sistemas en el modo controlado por software.
Los sistemas CFX Opus Dx se envían con un cable USB en la bolsa de accesorios. Utilice el cable USBpara conectar el ordenador en el que se ejecuta el CFX Maestro Dx SE al Sistema CFX Opus Dx.
Retire el material de embalaje y guárdelo para utilizarlo en el futuro. Si falta algún elemento o está en mal
estado, póngase en contacto con su oficina local de Bio-Rad.

Manual de usuario | 33

Capítulo 2 Instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Requisitos del sistema
En la Tabla 3 se enumeran los requisitos mínimos y recomendados del sistema para el ordenador en elque se utiliza el CFX Maestro Dx SE.
Tabla 3. Requisitos del ordenador para el CFX Maestro Dx SE

SistemaMínimoRecomendado

Sistema

Microsoft Windows 10 (solo 64

Microsoft Windows 10 (solo 64 bits),

operativobits), compilación 1511 ocompilación 1511 o posterior, con las últimas

posterior, con las últimas

actualizaciones de seguridad.

actualizaciones de seguridad.
Nota: Windows 11 también es compatible con Software CFX Maestro Dx, Security Edition.
Importante: El arranque seguro debe estar deshabilitado en los ordenadores en los que se ejecute el
CFX Maestro Dx SE. Los ordenadores en los que se ejecute CFX Maestro Dx SE deben configurarsede manera que no se reinicien automáticamente después de una actualización del sistema o deseguridad si hay una ejecución en curso. Consulte al administrador del sistema para obtener ayuda.
Puertos

2 puertos de alta velocidad USB

2 puertos de alta velocidad USB 2.0

2.0
Espacio de disco

128 GB

128 GB

2,4 GHz, doble núcleo

2,4 GHz, núcleo cuádruple

RAM

4 GB de RAM

8 GB de RAM

Resolución de1024 x 768 con modo de color

1280 x 1024 con modo de color verdaderopantallaverdadero

duro
Velocidad delprocesador

Lector de PDF

Lector de PDF de Adobe o el lector de PDF deWindows de una de las versiones compatibles
con Microsoft Office Suites:n 2016n 2019Localización

Microsoft Windows de 64 y 64

Microsoft Windows de 64 y 64 bits OS

bits OS compatible en inglés,compatible en inglés, chino y ruso

chino y ruso

34 | Software CFX Maestro Dx SE

Requisitos del sistema

Nota: Si desea procesar el software de control de automatización CFX en el mismo ordenador que el
CFX Maestro Dx SE, establezca la resolución de pantalla en 1280 x 1024 con el modo True Color.

Manual de usuario | 35

Capítulo 2 Instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Instalar software CFX Maestro Dx SE
Importante: Debe desconectar todos los instrumentos del ordenador del CFX Maestro Dx SE antes
de instalar o actualizar el software. No tiene que apagar el instrumento durante la instalación delsoftware. Asegúrese de que ha guardado todas las ejecuciones y de que no hay ningún experimento
en marcha.
Nota: Verifique que el Secure Boot (Arranque seguro) esté desactivado antes de comenzar elprocedimiento de instalación. Asegúrese de que el ordenador esté configurado de manera que no sereinicie automáticamente después de una actualización del sistema o de seguridad si hay una
ejecución en curso. Consulte al administrador del sistema para obtener ayuda.

Para instalar el software CFX Maestro Dx SE
1.

Si es necesario, desconecte todos los instrumentos del ordenador.
Localice y desconecte el cable USB del instrumento al ordenador del CFX Maestro Dx SE. El
extremo insertado en el Sistema CFX Opus Dx puede permanecer conectado.

2.

Inicie sesión en el ordenador del CFX Maestro Dx SE con privilegios de administrador.

3.

Inserte la unidad USB del software CFX Maestro Dx SE en el puerto USB del ordenador.

4.

En el explorador de Windows, abra la unidad USB del software CFX Maestro Dx SE.
La unidad USB contiene las notas de la versión y las siguientes carpetas:
n

CFX

n

Drivers (Controladores)nFirmwaren

Quick Start (Inicio rápido)
Junto con otros archivos, la carpeta de CFX contiene el instalador del software de CFX Maestro
Dx SE (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Abra la carpeta del CFX y haga doble clic en CFXMaestroDxSetup.exe para iniciar el instalador.

6.

Siga las instrucciones de instalación que aparecen en la pantalla.
Cuando se completa, el icono Bio-RadSoftware CFX Maestro Dx, Security Edition aparece en elescritorio del ordenador.
Consejo: El instalador de CFX Maestro instala automáticamente la guía de usuario de Software
CFX Maestro Dx, Security Edition. Para ubicar estas guías, vaya al menú Help (Ayuda) y
seleccione Open User Guides (Abrir guías de usuario).

7.

Al terminar la instalación, puede retirar con seguridad la unidad USB del software.

36 | Software CFX Maestro Dx SE

Instalar software CFX Maestro Dx SE

Detectar instrumentos conectados
Durante la instalación, el instalador del CFX Maestro Dx SE instala automáticamente los controladoresdel instrumento en el ordenador del CFX Maestro Dx SE. El CFX Maestro Dx SE detecta los instrumentos
conectados cuando inicia el software.

Para detectar instrumentos conectados
1.

Si todavía no lo ha hecho, inserte el extremo cuadrado (macho) del cable USB tipo B suministrado enel puerto USB tipo B ubicado en la parte trasera de la base del instrumento.

2.

Inserte el otro extremo (puerto) en un puerto USB del ordenador del CFX Maestro Dx SE.

3.

Si el instrumento no está ya en funcionamiento, pulse el botón de encendido en la parte trasera delinstrumento para encenderlo.

4.

Inicie el CFX Maestro Dx SE.

El software detecta automáticamente el instrumento conectado y muestra su nombre en el panel
Detected Instruments (Instrumentos detectados) en la ventana Home (Inicio).
Nota: Si el instrumento no aparece en el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados),
verifique que el cable USB está conectado correctamente. Para reinstalar los drivers, seleccione
Tools (Herramientas) > Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar drivers del instrumento) en laventana Home (Inicio) del CFX Maestro Dx SE.

Manual de usuario | 37

Capítulo 2 Instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Archivos del software
La Tabla 4 enumera los tipos de archivos de CFX Maestro Dx SE.
Tabla 4. tipos de archivos CFX Maestro Dx SE

Tipo de archivo

Extensión

DetallesProtocolo.prcl

Contiene los detalles de configuración del protocolo pararealizar una ejecución PCR.

Placa

.pltd

Contiene los detalles de configuración de la placa pararealizar una ejecución PCR.

Datos

.pcrd

Contiene los resultados de una ejecución del experimento
y el análisis de PCR.

Ejecución PrimePCR.csv

Contiene el protocolo y el esquema de placa para placas
PrimePCR.

Estudio genético

.mgxd

Contiene resultados de múltiples ejecuciones PCR yanálisis de expresión genética.

Archivo de datos.zpcr

previos autónomos
LIMS

Contiene lecturas de fluorescencia de funcionamiento
autónomo convertidas a un archivo de datos.

.plrn

Contiene información de protocolo y configuración deplaca requerida para realizar una ejecución compatible con
LIMS.

JSON

.json

Un archivo de solo lectura generado solo mediante lossistemas CFX Opus Dx; este archivo contiene los datos delarchivo de ejecución que aparecen en el panel de detallesdel File Browser (Explorador de archivos) cuando seselecciona un archivo de ejecución. Este archivo se genera
después de que se completa una ejecución. Se exporta
con el archivo .zpcr y se guarda con los archivos de datos
cuando la ubicación para guardar es una unidad USB ouna carpeta de red compartida.

38 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 3 Gestionar cuentas de usuario delSoftware CFX Maestro Dx, Security Edition
En el Software CFX Maestro Dx, Security Edition, los usuarios inician sesión con su nombre de usuario ycontraseña de Windows. A la persona que instala el CFX Maestro Dx SE se le asigna automáticamente elrol Administrator (Administrador) y puede crear y gestionar cuentas y roles de usuario. Todos los demás
usuarios deben tener asignada una cuenta de usuario para poder iniciar sesión y utilizar el software.
Importante: Cada usuario debe tener una cuenta de Windows y una contraseña en el ordenador del
CFX Maestro Dx SE antes de que se les pueda asignar una cuenta de usuario y un rol. Los usuarios
pueden ser miembros del grupo de usuarios de Windows o del grupo de administradores deWindows. Los miembros del grupo de usuarios de Windows solo pueden acceder a sus propios
archivos y carpetas del CFX Maestro Dx SE. Los miembros del grupo de administradores deWindows pueden acceder a los archivos y carpetas de todos los usuarios del ordenador.
En esta sección se explica cómo crear usuarios de Microsoft Windows para poder añadir esos usuarios al
CFX Maestro Dx SE. En esta sección también se explica cómo añadir usuarios del CFX Maestro Dx SE ygestionar los roles y los permisos de los usuarios.

Manual de usuario | 39

Capítulo 3 Gestionar cuentas de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Iniciar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition
Nota: Cada usuario debe iniciar sesión con su nombre de usuario y contraseña de Windows.

Para iniciar el CFX Maestro Dx SE
1.

En el escritorio del ordenador del CFX Maestro Dx SE, haga doble clic en el icono de acceso directodel CFX Maestro Dx SE para iniciar la aplicación.

2.

En el cuadro de diálogo Login (Iniciar sesión), escriba su contraseña de Windows y haga clic en OK(Aceptar).

El CFX Maestro Dx SE se abre en la ventana Home (Inicio). La barra de título muestra el nombre deusuario de Windows del usuario que ha iniciado sesión, y la barra de menú muestra una etiqueta
azul que indica que el software cumple con 21 CFR, Parte 11; por ejemplo:

40 | Software CFX Maestro Dx SE

Iniciar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Manual de usuario | 41

Capítulo 3 Gestionar cuentas de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Añadir usuarios de Microsoft Windows al ordenador delSoftware CFX Maestro Dx, Security Edition
Todos los usuarios deben iniciar sesión en el ordenador del CFX Maestro Dx SE con su nombre deusuario y contraseña de Windows. Para un seguimiento de auditoría preciso, las cuentas de usuario deWindows no se pueden añadir mediante el cuadro de diálogo Start (Inicio) > Settings (Configuración) >Accounts (Cuentas). Las cuentas de usuario de Windows deben añadirse a través de la consola
Computer Management (Administración de equipos).
Importante: Los cambios realizados en las propiedades del usuario de Windows (incluido el nombrede usuario y el nombre completo) después de haber creado el usuario del CFX Maestro Dx SE
invalidan el usuario del CFX Maestro Dx SE. Asegúrese de que la información sea correcta antes deguardar el usuario de Windows y crear el usuario del CFX Maestro Dx SE.
Consejo: Consulte la documentación de administración de Microsoft Windows y póngase en
contacto con el administrador del sistema de Windows para obtener más información antes de crear
cuentas de Windows.

Para añadir cuentas de usuario de Windows al ordenador del CFX Maestro Dx SE
1.

Inicie sesión en el ordenador del CFX Maestro Dx SE como miembro del grupo de administradoresde Windows.

2.

En el escritorio, haga clic con el botón derecho en My Computer (Este equipo) y seleccione Manage(Administrar) para abrir la consola Computer Management (Administración de equipos).

3.

En la consola Computer Management (Administración de equipos), expanda Local Users andGroups (Usuarios y grupos locales).

4.

Haga clic con el botón derecho en la carpeta Users (Usuarios) y seleccione New User (Nuevo
usuario) para abrir el cuadro de diálogo New User (Nuevo usuario).

42 | Software CFX Maestro Dx SE

Añadir usuarios de Microsoft Windows al ordenador del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

6.

En el cuadro de diálogo New User (Nuevo usuario), debe completar los siguientes campos:nUser name (Nombre de usuario)nFull name (Nombre completo)n

Password (Contraseña)nConfirm password (Confirmar contraseña)

Haga clic en Create (Crear).

Manual de usuario | 43

Capítulo 3 Gestionar cuentas de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Añadir y eliminar usuarios del Software CFX Maestro Dx,
Security Edition
Consejo: Solo los usuarios con el rol Administrator (Administrador) del CFX Maestro Dx SE pueden
crear y eliminar cuentas de usuario del CFX Maestro Dx SE. A la persona que instala el CFX Maestro
Dx SE se le asigna automáticamente el rol Administrator (Administrador). Esa persona puede
asignar el rol Administrator (Administrador) a otros usuarios.
Nota: En el CFX Maestro Dx SE, al menos un usuario debe tener asignado el rol Administrator(Administrador).

Para añadir cuentas de usuario del CFX Maestro Dx SE
1.

Compruebe que cada usuario concreto sea miembro del grupo de usuarios de Windows o del grupo
de administradores de Windows, y tenga una contraseña de Windows en el ordenador del
CFX Maestro Dx SE.

2.

Inicie el CFX Maestro Dx SE e inicie sesión como Administrator (Administrador).

3.

En la ventana Home (Inicio), seleccione User (Usuario) > User Administration (Administración deusuarios).

44 | Software CFX Maestro Dx SE

Añadir y eliminar usuarios del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Aparece el cuadro de diálogo User Administration (Administración de usuarios).

4.

En la sección Manage Users (Gestionar usuarios), proporcione la siguiente información para cadausuario:n

User name (Nombre de usuario): en el CFX Maestro Dx SE, este debe ser el nombre deusuario de inicio de sesión de Windows.

nFull name (Nombre completo); nombre completo del usuario.
Este nombre aparece en el campo Full User (Usuario completo) en el registro de auditoría. Este
nombre debe ser el mismo que se introdujo en el campo Full Name (Nombre completo) a la hora
de crear el usuario de Windows.

nRole (Rol): el rol que se asignará al usuario.
Nota: Puede seleccionar solo un rol en la lista desplegable. Consulte Gestionar roles deusuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition para obtener más información.

n

Domain (Dominio): el dominio de Windows desde el que el usuario accede al software.
Consulte al administrador del sistema de Windows para obtener más información.

Manual de usuario | 45

Capítulo 3 Gestionar cuentas de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

Haga clic en OK (Aceptar) y, a continuación, haga clic en Yes (Sí) para guardar los cambios y cerrar
el cuadro de diálogo User Administration (Administración de usuarios).

Para eliminar una cuenta de usuario del CFX Maestro Dx SE
1.

Inicie el CFX Maestro Dx SE e inicie sesión como Administrator (Administrador).

2.

En la ventana Home (Inicio), seleccione User (Usuario) > User Administration (Administración deusuarios) para abrir el cuadro de diálogo User Administration (Administración de usuarios).

3.

En el panel Manage Users (Administrar usuarios), seleccione Remove (Eliminar) para cada usuario
que desee eliminar.

4.

Haga clic en OK (Aceptar) y, a continuación, haga clic en Yes (Sí) para guardar los cambios y cerrar
el cuadro de diálogo User Administration (Administración de usuarios).

Gestionar roles de usuario del Software CFX Maestro Dx,
Security Edition
Importante: El CFX Maestro Dx SE requiere que al menos un usuario tenga asignado el rol deAdministrator (Administrador). Puede asignar este rol a más de un usuario.
El CFX Maestro Dx SE tiene cuatro roles de usuario. El usuario debe tener un rol asignado para poder
acceder al software. Aunque a los usuarios solo se les puede asignar un rol, puede cambiar el rol de unusuario en cualquier momento.
A excepción del rol Administrator (Administrador), puede cambiar los permisos asignados a cada rol.
Todos los usuarios a los que se les haya asignado un rol adquieren únicamente los permisos de ese rol.
De forma predeterminada, los derechos de cada rol son los siguientes:
nAdministrator (Administrador): este rol tiene todos los permisos; no se pueden cambiar estos
permisos.

nPrincipal (Principal): este rol tiene todos los permisos excepto el permiso para configurar el correo
electrónico.

nOperator (Operador): este rol tiene todos los permisos excepto para omitir ciclos y configurar elcorreo electrónico.

nGuest (Invitado): este rol solo puede leer archivos.

Al asignar roles en el CFX Maestro Dx SE, tenga en cuenta cuáles son los requisitos específicos de cadausuario. Por ejemplo, sin el permiso para guardar, los usuarios a los que se les haya asignado el rol
Guest (Invitado) no podrán firmar un archivo. Sin el permiso para configurar una cuenta de correo
electrónico, ninguno de los roles recibirá correo electrónico cuando se complete una ejecución.

46 | Software CFX Maestro Dx SE

Gestionar roles de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Para modificar los permisos de un rol
1.

Inicie el CFX Maestro Dx SE e inicie sesión como Administrator (Administrador).

2.

En la ventana Home (Inicio), seleccione User (Usuario) > User Administration (Administración deusuarios) para abrir el cuadro de diálogo User Administration (Administración de usuarios).

3.

En la sección Manage Rights (Gestionar derechos), para cada rol, deseleccione o seleccione lacasilla de verificación de permisos específicos según sea necesario.

4.

Haga clic en OK (Aceptar) y, a continuación, haga clic en Yes (Sí) para guardar los cambios y cerrar
el cuadro de diálogo User Administration (Administración de usuarios).

Ver su rol y sus permisos
Consejo: Los usuarios a los que se han asignado los roles Principal (Principal), Operator (Operador)o Guest (Invitado) solo pueden visualizar los ajustes, permisos y roles de su usuario. Los usuarios a
los que se les ha asignado el rol Administrator (Administrador) pueden ver todos los permisos y roles
de los usuarios.

Para ver el rol y los permisos de su usuario actualu

En la ventana Home (Inicio), seleccione User (Usuario) > User Administration (Administración deusuarios).

Póngase en contacto con su administrador del CFX Maestro Dx SE para modificar los ajustes, permisos yroles de los usuarios que aparecen en la ventana User Administration (Administración de usuarios).

Manual de usuario | 47

Capítulo 3 Gestionar cuentas de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

48 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx,
Security Edition
Importante: Software CFX Maestro Dx, Security Edition utiliza la autenticación de usuario deMicrosoft Windows para verificar el acceso a los archivos de datos CFX protegidos. Póngase en
contacto con su administrador de Windows para crear un entorno que cumpla con los requisitos de
21 CFR, Parte 11.
Utilizando el CFX Maestro Dx SE, los usuarios pueden:nFirmar archivos de datos y de estudios genéticos.

nProteger con contraseña los archivos de datos.

n

Ver e imprimir registros de auditoría.

En esta sección se explican estas características en detalle.

Archivos protegidos
De forma predeterminada, el CFX Maestro Dx SE guarda los archivos protegidos en la carpeta personaldel usuario que ha iniciado sesión, que se encuentra en
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
Puede guardar y editar archivos .pcrd en esa carpeta. Esta carpeta contiene enlaces a otras carpetas(por ejemplo, la carpeta de archivos de muestra) que contienen archivos de solo lectura. Sin embargo, un
administrador puede eliminar el contenido de esa carpeta.
Consejo: De forma alternativa, el administrador del sistema de Windows puede crear una carpeta
compartida y el administrador del CFX Maestro Dx SE puede programar el software para guardar
todos los archivos en esa carpeta.
En el CFX Maestro Dx SE, los archivos de placas, protocolos, datos y estudios genéticos se marcancomo protegidos a la hora de guardarse. Puede crear estos archivos en el software CFX Maestro o en el
CFX Maestro Dx SE. Después de guardarse en el CFX Maestro Dx SE, puede abrir estos archivosúnicamente en el CFX Maestro Dx SE.
El CFX Maestro Dx SE crea un registro de auditoría para todos los archivos de datos y estudios genéticos
protegidos (archivos .pcrd y .mgxd, respectivamente). El software registra toda la actividad auditable en

Manual de usuario | 49

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Editionel registro de auditoría del archivo. Para obtener más información, consulte Registros de auditoría en lapágina 327.

Firmar archivos protegidos
Después de guardar un archivo en el CFX Maestro Dx SE, los usuarios pueden añadir una firma
electrónica. Para firmar un archivo, el rol del usuario debe tener permiso para guardarlo. Por ejemplo, deforma predeterminada, el rol Guest (Invitado) no tiene permiso para guardar archivos y, por lo tanto, losusuarios que tengan asignado este rol no pueden firmar un archivo.
En el CFX Maestro Dx SE, los archivos firmados no están configurados como de solo lectura. Se pueden
revisar, modificar y firmar varias veces. Todos los cambios y firmas se registran en el registro de auditoríadel archivo. Puede firmar los siguientes tipos de archivos:n

Archivos de datos (.pcrd)nArchivos de estudios genéticos (.mgxd)

Nota: Los archivos deben guardarse antes de poder firmarlos. Si ha realizado recientemente una
ejecución en el CFX Maestro Dx SE, guarde primero el archivo de datos resultante.

Para firmar un archivo
1.

Inicie sesión en el CFX Maestro Dx SE con sus credenciales de inicio de sesión de Windows.

2.

Abra el archivo de datos protegido o el archivo de estudio genético protegido que va a firmar.

3.

Seleccione File (Archivo) > Sign (Firmar). Aparece el cuadro de diálogo Firma electrónica.

50 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Introduzca su nombre de usuario y contraseña de Windows, y el motivo de la firma del archivo.
El nombre de usuario y el motivo de la firma se incluyen en el registro de auditoría (para obtener más
información, consulte Registros de auditoría en la página 327).

5.

Haga clic en OK (Aceptar) para enviar la firma y cerrar el cuadro de diálogo.

Modificar archivos protegidos
En el CFX Maestro Dx SE, los usuarios pueden modificar archivos protegidos, incluidos datos y archivosde estudios genéticos firmados y no firmados. El software le solicita que proporcione un motivo de lamodificación a la hora de guardar datos o archivos de estudio genético protegidos que haya modificado.
Los cambios se registran en el registro de auditoría del archivo.
Consejo: Debido a que el software no crea registros de auditoría para archivos de placa o deprotocolo, no se le solicitará que proporcione un motivo a la hora de guardar los cambios en estos
archivos.

Para guardar datos o un archivo de estudio genético que se hayan modificado
1.

Inicie sesión en el CFX Maestro Dx SE con sus credenciales de inicio de sesión de Windows.

2.

Abra y modifique un archivo de datos protegido o un archivo de estudio genético.

Manual de usuario | 51

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Consejo: Para obtener una lista de actividades auditables, consulte Eventos auditables en lapágina 329.
3.

Seleccione File (Archivo) > Save (Guardar). Aparece el cuadro de diálogo Audit Trail Change
Reason (Motivo del cambio del registro de auditoría).

Este cuadro de diálogo muestra la siguiente información, que se captura en el encabezado delregistro de auditoría del archivo para cada evento de modificación:nDate (Fecha): la fecha en la que se ha realizado el cambio.

nUser (Usuario): el nombre de usuario y el dominio de Windows del usuario que ha iniciado
sesión.

nComment (Comentario): el último comentario guardado.

n

Signature (Firma): la firma electrónica de la última persona que ha firmado el archivo.

nSignature reason (Motivo de la firma): el motivo por el que se firma el archivo.

nApplication (Aplicación): CFX Maestro Dx SE (aparece como BioRadCFXManager.exe, lo que
es correcto).

nApplication version (Versión de la aplicación): la versión actual del CFX Maestro Dx SE.

52 | Software CFX Maestro Dx SE

nFull user (Usuario completo): el nombre del usuario que ha iniciado sesión.
Nota: Este nombre aparece en el registro de auditoría.

nMachine (Equipo): el ordenador en el que está instalado.

En la tabla de cambios aparecen los cambios auditables que se han llevado a cabo como resultado
de la modificación. También puede aparecer una breve descripción del motivo del cambio.
Consejo: Puede añadir o editar descripciones en la columna Reason for Change (Motivo delcambio).
4.

Revise la lista de cambios. Proporcione motivos detallados si es necesario.

5.

Realice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en Save Changes (Guardar cambios) para guardar los cambios en el archivo así comolos cambios que ha realizado en la tabla; se cerrará el cuadro de diálogo.
Los cambios en el archivo y los motivos de los cambios aparecen en el registro de auditoría delarchivo.

n

Haga clic en Cancel Changes (Cancelar cambios) para que el archivo vuelva a su estado
anterior; se cerrará el cuadro de diálogo.
Los cambios no se guardarán en el archivo y el registro de auditoría no se actualizará.

Manual de usuario | 53

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Protección con contraseña de archivos
Como nivel adicional de seguridad, el CFX Maestro Dx SE permite a los usuarios establecer contraseñas
para todos los archivos protegidos. Al configurar las contraseñas para un archivo protegido, tenga encuenta las siguientes condiciones:

Condición

AcciónNo se requiere contraseña.

Todos los usuarios pueden abrir, modificar y guardar elarchivo protegido según sus permisos.

El archivo solicita la contraseña

Todos los usuarios pueden abrir el archivo protegido ypara la opción Save (Guardar).

los usuarios que conocen la contraseña para la opción
Save (Guardar) pueden modificar y guardar el archivo
protegido.

El archivo requiere la contraseña

Solo los usuarios que conocen la contraseña para lapara la opción Open (Abrir).

opción Open (Abrir) pueden abrir, modificar y guardar elarchivo protegido.

El archivo requiere tanto la

Algunos usuarios pueden abrir el archivo protegido y uncontraseña para la opción Opensubgrupo de esos usuarios puede modificar y guardar el(Abrir) como la contraseña paraarchivo.

la opción Save (Guardar).

Dependiendo del rol del usuario, cualquier usuario puede utilizar la opción Save As (Guardar como) paracrear un nuevo archivo protegido con otro nombre o guardar un archivo con el mismo nombre en otra
ubicación, siempre que se cumpla una de las siguientes condiciones:n

El archivo protegido no está protegido por contraseña.

n

El usuario tiene la contraseña para abrir el archivo.

Consejo: El nuevo archivo se guarda sin protección por contraseña. El archivo original conserva sus
contraseñas.
Dependiendo del rol, un usuario puede modificar y guardar el archivo original siempre que se cumpla una
de las siguientes condiciones:n

El archivo no está protegido por contraseña.

n

El usuario tiene la contraseña para abrir el archivo y la contraseña para guardar el archivo.

Nota: El rol del usuario debe incluir el derecho a guardar archivos para poder establecer
contraseñas. Por ejemplo, los usuarios con el rol Guest (Invitado) no pueden guardar archivos y, porlo tanto, no pueden establecer contraseñas para un archivo.

54 | Software CFX Maestro Dx SE

Importante: Solamente los administradores del CFX Maestro Dx SE pueden restablecer o eliminar
contraseñas.

Manual de usuario | 55

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Para proteger un archivo con contraseña
1.

Inicie sesión en el CFX Maestro Dx SE con sus credenciales de Windows.

2.

Abra el archivo protegido.

3.

Seleccione File (Archivo) > File Passwords (Contraseñas del archivo). Aparece el cuadro de diálogo
File Passwords (Contraseñas del archivo).

4.

Introduzca las contraseñas en los cuadros Save Password (Contraseña para guardar) y Open
Password (Contraseña para abrir).
Consejo: De forma predeterminada, al escribir las contraseñas aparecen asteriscos.
Seleccione Show Password (Mostrar contraseña) para ver la contraseña a medida que laescribe.
Importante: Las contraseñas distinguen entre mayúsculas y minúsculas. El CFX Maestro Dx
SE no establece limitaciones en las contraseñas. Para conocer la mejor forma de proceder,póngase en contacto con el administrador del sistema para que le informe de los requisitos decontraseña de su centro.

5.

Haga clic en Set Passwords (Establecer contraseñas) para establecer las contraseñas y cerrar el
cuadro de diálogo.

6.

Seleccione File (Archivo) > Save (Guardar) para guardar los cambios en el archivo.

56 | Software CFX Maestro Dx SE

Para eliminar contraseñas
Importante: Debe ser administrador del CFX Maestro Dx SE para poder eliminar contraseñas.
1.

En el cuadro de diálogo Password Required (Contraseña requerida), haga clic en Remove
Passwords (Eliminar contraseñas).

Aparece el cuadro de diálogo Login (Inicio de sesión) del CFX Maestro Dx SE.

2.

Proporcione el nombre de usuario y la contraseña de Windows para el administrador del
CFX Maestro Dx SE y haga clic en OK (Aceptar).
Aparece el archivo de datos original.
Importante: Debe guardar el archivo para eliminar las contraseñas.

3.

Seleccione File (Archivo) > Save (Guardar) para guardar los cambios en el archivo.

Manual de usuario | 57

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Para cambiar contraseñas
Importante: Únicamente los administradores del CFX Maestro Dx SE pueden cambiar lascontraseñas.
1.

Abra el archivo protegido.

2.

Seleccione File (Archivo) > File Passwords (Contraseñas del archivo). Aparece el cuadro de diálogo
File Passwords (Contraseñas del archivo).

Consejo: Las opciones Save Password (Contraseña para guardar), Open Password(Contraseña para abrir) y Show Password (Mostrar contraseña) están desactivadas.
3.

Haga clic en Reset Passwords (Restablecer contraseñas).
Aparece el cuadro de diálogo Login (Inicio de sesión) del CFX Maestro Dx SE.

58 | Software CFX Maestro Dx SE

4.

Proporcione el nombre de usuario y la contraseña de Windows para el administrador del
CFX Maestro Dx SE y haga clic en OK (Aceptar).
Aparece el cuadro de diálogo File Passwords (Contraseñas del archivo).

5.

6.

Realice una de las siguientes acciones:n

Para restablecer la protección por contraseña, escriba una nueva contraseña en el cuadro de lacontraseña que corresponda.

nPara eliminar la protección por contraseña, desactive las casillas de las contraseñas.

Haga clic en Set Passwords (Establecer contraseñas) para guardar los cambios en las contraseñas
y salir del cuadro de diálogo.

Manual de usuario | 59

Capítulo 4 Usar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition

60 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 5 El espacio de trabajo
Software CFX Maestro Dx, Security Edition ofrece una interfaz para configurar placas, desarrollar
protocolos de PCR, ejecutarlos en instrumentos Opus Dx Deepwell Dx y analizar los datos deejecuciones de PCR.
El CFX Maestro Dx SE presenta cinco espacios de trabajo principales:n

La ventana Home (Inicio)n

El Startup Wizard (Asistente de inicio)n

La ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)n

La ventana del Plate Editor (Editor de placas)n

La ventana Data Analysis (Análisis de datos)

Cada espacio de trabajo se muestra y se describe brevemente en este capítulo.

Manual de usuario | 61

Capítulo 5 El espacio de trabajo

La ventana Home (Inicio)
El CFX Maestro Dx SE abre la ventana Home (Inicio) y muestra el Startup Wizard (Asistente de inicio),
desde el cual puede configurar un experimento, realizar o repetir una ejecución, o analizar una ejecución
existente. Desde la ventana Home (Inicio), también puede visualizar registros de aplicaciones oinstrumentos, crear y gestionar usuarios, y acceder a varias herramientas muy útiles. Para obtener más
información, consulte el Capítulo 6, La ventana Home (inicio)

62 | Software CFX Maestro Dx SE

El Startup Wizard (Asistente de inicio)

El Startup Wizard (Asistente de inicio)
Use el Startup Wizard (Asistente de inicio) para configurar y ejecutar rápidamente experimentos definidos
por el usuario o seleccionar y ejecutar un experimento de PrimePCR. También puede usar este asistentepara repetir una ejecución o analizar datos de una ejecución.

Manual de usuario | 63

Capítulo 5 El espacio de trabajo

La ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)
En el Protocol Editor (Editor de protocolos) puede crear, abrir, revisar y editar un protocolo. También
puede modificar la temperatura de la tapa para el protocolo abierto. Las funciones del Protocol Editor(Editor de protocolos) se detallan en el Capítulo 7, Crear protocolos.

64 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana del Plate Editor (Editor de placas)

La ventana del Plate Editor (Editor de placas)
En el Plate Editor (Editor de placas), puede crear, abrir, revisar y editar una placa. Las funciones del Plate
Editor (Editor de placas) se detallan en el Capítulo 8, Preparar placas.

Manual de usuario | 65

Capítulo 5 El espacio de trabajo

La ventana Data Analysis (Análisis de datos)
En la ventana Data Analysis (Análisis de datos) puede visualizar y comparar datos de ejecuciones,
realizar análisis estadísticos, exportar datos y crear informes listos para su publicación. Las funciones deData Analysis (Análisis de datos) se detallan en el Capítulo 10, Descripción general del análisis de datos
y el Capítulo 11, Información del análisis de datos.

66 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)
El Software CFX Maestro Dx, Security Edition proporciona una interfaz para desarrollar protocolos de
PCR, ejecutarlos en los sistemas CFX y analizar los datos de la ejecución de PCR.
Este capítulo presenta el CFX Maestro Dx SE y describe las funciones accesibles desde la ventana
Home (Inicio).

Manual de usuario | 67

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

La ventana Home (inicio)
El CFX Maestro Dx SE abre la ventana Home (inicio) y muestra el Startup Wizard (Asistente de inicio),
desde donde puede configurar una ejecución, realizar o repetir una ejecución o analizar una ejecución
existente. Desde la ventana Home (Inicio) también puede visualizar registros de aplicaciones oinstrumentos, crear y gestionar usuarios, y acceder a múltiples herramientas.

LEYENDA1.
2.

La barra de título del software muestra el nombre del software y el usuario conectado.
La barra de menú ofrece acceso rápido a los comandos File (Archivo), View (Ver), Users(Usuarios), Tools (Herramientas), Window (Ventana) y Help (Ayuda).

3.
4.

Los comandos de la barra de herramientas ofrecen acceso rápido a las opciones del menú.
El panel izquierdo muestra los instrumentos conectados al ordenador del CFX Maestro Dx SE
y proporciona botones desde los cuales puede operar la tapa y ver el estado de losinstrumentos.

68 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Home (inicio)

5.

El panel principal muestra la ventana activa. La ventana activa por defecto en la pantalla Home
(Inicio) es el Startup Wizard (Asistente de inicio).

6.

La barra de estado muestra los nombres de los instrumentos conectados y el usuario
conectado.

Comandos del menú File (Archivo)
New (Nuevo): abre un cuadro de diálogo en el que puede seleccionar si crear un nuevo protocolo, placa oestudio genético.
Open (Abrir): abre un cuadro de diálogo en el que pude optar por navegar hasta un protocolo, placa,archivo de datos, estudio genético o archivo LIMS, y abrirlo; o ejecutar desde un instrumento autónomo
(ejecución autónoma) o un archivo de ejecución PrimePCR.
Recent Data Files (Archivos de datos recientes): muestra una lista con los archivos de PCR abiertos
recientemente.
Repeat a Run (Repetir una ejecución): abre Windows Explorer en la ubicación de los archivos de PCR
guardados, donde puede localizar una serie para repetirla.
Exit (Salir): cierra el CFX Maestro Dx SE.

Comandos del menú View (Ver)
Application Log (Registro de la aplicación): muestra un registro de utilización del software desde el
momento de la instalación inicial al momento actual.
Run Reports (Informes de ejecuciones): muestra una lista de informes de ejecuciones.
Startup Wizard (Asistente de inicio): muestra el Startup Wizard (Asistente de inicio) en el panel principal.
Run Setup (Configuración de ejecución): muestra la ventana Run Setup (Configuración de ejecución) en
el panel principal.
Instrument Summary (Resumen del instrumento): muestra la ventana Instrument Summary (Resumendel instrumento) en el panel principal.
Detected Instruments (Instrumentos detectados): alterna entre mostrar y no mostrar los instrumentos
conectados en el panel izquierdo. De forma predeterminada, el software muestra los instrumentos
conectados en el panel izquierdo.
Barra de herramientas: alterna entre mostrar y no mostrar la barra de herramientas en la parte superior
de la pantalla. De forma predeterminada, el software muestra la barra de herramientas.

Manual de usuario | 69

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Barra de estado: alterna entre mostrar y no mostrar la barra de estado en la parte inferior de la pantalla.
De forma predeterminada, el software muestra la barra de estado.
Show (Mostrar): abre un cuadro de diálogo desde el que puede:nVisualizar o bloquear el registro Status (Estado).

n

Abrir y visualizar la carpeta de datos del CFX Maestro Dx SE.

n

Abrir y visualizar la carpeta de datos del usuario.

nAbrir y visualizar la carpeta del archivo LIMS.

n

Abrir y visualizar la carpeta de PrimePCR.

nVisualizar el historial de ejecuciones.

nVisualizar las propiedades de todos los instrumentos conectados.

Comandos del menú User (Usuario)
Select User (Seleccionar usuario): abre la pantalla Login (Inicio de sesión), donde puede seleccionar un
usuario de la lista desplegable e iniciar sesión en la aplicación.
Change Password (Cambiar contraseña): abre el cuadro de diálogo Change Password (Cambiar
contraseña), donde los usuarios pueden cambiar su contraseña .
Nota: Esta opción está deshabilitada para el CFX Maestro Dx SE. Los usuarios deben cambiar su
contraseña de Windows para cambiar su contraseña del CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Preferencias de usuario): abre el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias
de usuario), donde los usuarios pueden cambiar los ajustes predeterminados para:nEnviar y recibir notificaciones por correo electrónico al completarse la ejecución.

n

Guardar archivos de datos.

nCrear protocolos mediante el Protocol Editor (Editor de protocolos) o el Protocol AutoWriter(Escritor de protocolos automático).

nCrear placas.

nAnalizar datos.

nRealizar análisis de expresión genética.

n

Determinar la calidad de los datos.

nExportar datos de instrumentos del CFX.

70 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Home (inicio)

User Administration (Administración de usuarios): abre el cuadro de diálogo User Administration(Administración de usuarios), donde los administradores pueden crear usuarios, modificar los permisosde los distintos roles y asignar roles a los usuarios.
Bio-Rad Service Login (Inicio de sesión del servicio de Bio-Rad): solo para uso del personal del servicio
técnico del Bio-Rad. No seleccione este comando.

Comandos del menú Run (Ejecución)
User-defined Run (Ejecución definida por el usuario): abre la ventana Run Setup (Configuración deejecución), en la que puede configurar un protocolo definido por el usuario y una placa, y después
ejecutar un experimento de PCR en el instrumento seleccionado.
PrimePCR Run (Ejecución de PrimePCR): abre la pestaña Start Run (Iniciar ejecución) con el esquema
de placa y el protocolo de PrimePCR cargado en función del instrumento seleccionado.
End-Point Only Run (Ejecución de punto final únicamente): abre la pestaña Start Run (Iniciar ejecución)en la ventana Run Setup (Configuración de ejecución) con el protocolo y el esquema de placa de punto
final predeterminados cargados en función del instrumento seleccionado.
Qualification Run (Ejecución de cualificación): abre la pestaña Start Run (Iniciar ejecución) en laventana (Configuración de ejecución) con el protocolo de cualificación y el esquema de placa del Bio-Rad
predeterminados cargados para el instrumento seleccionado.

Comandos del menú Tools (Herramientas)
Master Mix Calculator (Calculadora de mezcla maestra): abre la Master Mix Calculator (Calculadora demezcla maestra), en la que puede crear una mezcla de reacción e imprimir los cálculos.
Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático): abre el cuadro de diálogo del Protocol
AutoWriter (Escritor de protocolos automático), en el que puede crear un nuevo protocolo fácilmente.
Ta Calculator (Calculadora de Ta): abre la Ta Calculator (Calculadora de Ta), con la que puede calcularfácilmente la temperatura de hidridación de los cebadores.
Dye Calibration Wizard (Asistente de calibración de tinte): abre el Dye Calibration Wizard (Asistente decalibración de tinte) en el que puede calibrar un instrumento para un nuevo fluorocromo.
Reinstall Instrument Drivers (Reinstalar controladores de instrumentos): reinstala los controladoresque controlan la comunicación con los sistemas de PCR en tiempo real del Bio-Rad.
Zip Data and Log Files (Datos comprimidos y archivos de registro): abre un cuadro de diálogo en el quepuede seleccionar archivos para reducirlos y guardarlos en un archivo comprimido con el fin dealmacenarlo o enviarlo por correo electrónico.

Manual de usuario | 71

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Batch Analysis (Análisis de lotes): abre el cuadro de diálogo Batch Analysis (Análisis de lotes), en el quepuede establecer los parámetros para analizar más de un archivo de datos cada vez.
Options (Opciones): abre un cuadro de diálogo en el que puede:nConfigurar los ajustes de su servidor de correo electrónico.

nConfigurar los ajustes de exportación para LIMS, Seegene y otros archivos de datos.
Consejo: También puede seleccionar la opción para iniciar automáticamente Seegene
Viewer (Visor de Seegene) al exportar si opta por exportar sus datos en formato Seegene.

nCambiar el idioma que muestra la interfaz de usuario (inglés, chino y ruso)
Importante: Debes reiniciar CFX Maestro Dx SE para mostrar el idioma seleccionado.
Importante: El idioma de su sistema operativo debe corresponder al idioma que desea
mostrar en la interfaz de CFX Maestro Dx SE.

Comandos del menú Help (Ayuda)
Consejo: El menú Help (Ayuda) está disponible en la barra de menú en todas las ventanas del
CFX Maestro Dx SE.
Contents (Contenido): muestra la pestaña Contents (Contenido) de Help (Ayuda) del sistema
CFX Maestro Dx SE.
Index (Índice): muestra la pestaña Index (Índice) de Help (Ayuda) del sistema CFX Maestro Dx SE.
Search (Buscar): muestra la pestaña Search (Buscar) de Help (Ayuda) del sistema CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Abrir la guía del usuario): abre un archivo PDF de esta guía.
Additional Documentation (Documentación adicional): proporciona acceso al Manual defuncionamiento de los sistemas de PCR en tiempo real CFX Opus Dx.
Release Notes (Notas de la versión): abre el documento Release Notes (Notas de la versión)
correspondiente a la versión instalada del CFX Maestro Dx SE.
Video Resources (Recursos de vídeo): abre un sitio web donde puede encontrar recursos de vídeo de
Bio-Rad, como vídeos de instrucciones.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Sitio web de aplicaciones y tecnologías de qPCR):
abre el sitio web de aplicaciones y tecnologías de qPCR de Bio-Rad, donde podrá conocer más sobre
PCR en tiempo real (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Sitio web de reactivos de PCR): abre el sitio web de reactivos de PCR y qPCR
de Bio-Rad desde el que puede realizar pedidos de reactivos de PCR, supermezclas, tintes y kits.

72 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Home (inicio)

PCR Plastic Consumables Web Site (Sitio web de consumibles de plástico de PCR): abre el sitio web
de consumibles de plástico de Bio-Rad desde el que puede realizar pedidos de placas de PCR, sellos deplacas, tubos y tapones, y otros accesorios de plástico.
Software Web Site (Sitio web de software): abre el sitio web del software de análisis de PCR de Bio-Rad
desde el que puede realizar pedidos de versiones actualizadas del CFX Maestro Dx SE de Bio-Rad.
About (Acerca de): muestra la información de la versión y el copyright del CFX Maestro Dx SE.

Comandos de la barra de herramientas: abre Windows Explorer, desde donde puede navegar y abrir un archivo de datos o un archivo deestudio genético.

: abre la Master Mix Calculator (Calculadora de mezclas maestras).

: abre la ventana Run Setup (Configuración de ejecución).

: abre la ventana Run Setup (Configuración de ejecución) con el protocolo PrimePCR
predeterminado y el esquema de placa cargados en función del instrumento seleccionado.

: abre el Startup Wizard (Asistente de inicio).

Manual de usuario | 73

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

El Startup Wizard (Asistente de inicio)
Cuando CFX Maestro Dx SE se inicia, el panel activo muestra el Startup Wizard (Asistente de inicio).
Desde el Startup Wizard (Asistente de inicio) puede:nSeleccionar un instrumento de entre los instrumentos detectados y configurar una ejecución
PrimePCR o definida por el usuario.

nAbrir y repetir una ejecución.

nAbrir un archivo de datos para analizar los resultados de una única ejecución o un archivo de estudio
genético para los resultados de ejecuciones de expresión de múltiples genes.

Estas acciones vienen explicadas detalladamente en los siguientes capítulos.

Barra de estado
La parte izquierda de la barra de estado en la parte inferior de la ventana principal del software muestra elestado actual de los instrumentos detectados. El lado derecho de la barra de estado muestra el nombredel usuario actual y la fecha y hora.

74 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Home (inicio)

Panel Detected Instruments (Instrumentos detectados)El panel Detected Instruments (Instrumentos detectados) muestra todos los instrumentos conectados alordenador CFX Maestro Dx SE. Por defecto, cada instrumento aparece como un icono, y por nombre aparece
su número de serie.
En este panel, puede:nVer las propiedades y los tintes calibrados para un instrumento seleccionado.
Para obtener información sobre las propiedades de los instrumentos, consulte Visualizar las
propiedades de un instrumento en la página 78.

n

Ver el estado de un instrumento conectado.

nAbrir la tapa motorizada del instrumento seleccionado.

nCerrar la tapa motorizada del instrumento seleccionado.

nVer el estado de todos los instrumentos conectados.

Para ver el estado de un instrumento conectadou

En el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados), seleccione el instrumento objetivo yrealice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en View Status (Ver estado) en el apartado Selected Instrument (Instrumento
seleccionado).

nHaga clic con el botón derecho del ratón y seleccione View Status (Ver estado) en el menú que
aparece.

El cuadro de diálogo Run Details (Detalles de la ejecución) aparece mostrando la pestaña Run
Status (Estado de la ejecución). El estado del instrumento seleccionado aparece debajo del panel deestado de la ejecución, por ejemplo:

Manual de usuario | 75

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Para abrir o cerrar la tapa de un instrumentou

En el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados), seleccione el instrumento objetivo yrealice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en Open Lid (Abrir tapa) o Close Lid (Cerrar tapa) en la sección Selected Instrument(Instrumento seleccionado).

nHaga clic con el botón derecho del ratón y seleccione la acción adecuada en el menú que
aparece.

nAbra el cuadro de diálogo Run Details (Detalles de la ejecución), seleccione la pestaña Run
Status (Estado de la ejecución) y haga clic en Open Lid (Abrir tapa) o Close Lid (Cerrar tapa).

Para ver el estado de todos los instrumentos detectadosuRealice una de las siguientes acciones:n

En el apartado All Instruments (Todos los instrumentos) del panel Detected Instruments(Instrumentos detectados), haga clic en View Summary (Ver resumen).

n

En la barra de menú, seleccione View (Ver) > Instrument Summary (Resumen del instrumento).

Aparece el cuadro de diálogo Instrument Summary (Resumen del instrumento).
Consejo: Si el sistema detecta únicamente un instrumento conectado, la sección All
Instruments (Todos los instrumentos) no aparece en el panel Detected Instruments(Instrumentos detectados). Para visualizar el resumen del instrumento para un solo instrumento,
seleccione View (Ver) > Instrument Summary (Resumen del instrumento).

76 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Home (inicio)

Controles de la barra de herramientas Instrument Summary (Resumen delinstrumento)
La Tabla 5 muestra los controles y funciones en la barra de herramientas Instrument Summary (Resumendel instrumento).
Tabla 5. Controles de la barra de herramientas Instrument Summary (Resumen del instrumento)

Botón

Nombre del botón

Función

Crear una nueva serie

Crea una serie en el bloque seleccionado
abriendo la ventana Run Setup(Configuración de la ejecución).

Parar

Detiene la serie actual en los bloques
seleccionados.

PausarPausa la serie actual en los bloques
seleccionados.

Continuar

Retoma la serie en los bloques
seleccionados.

Indicador flash de bloque

Ilumina el indicador LED en la tapa de losbloques seleccionados.

Abrir tapa

Abre la tapa motorizada del bloqueseleccionado.

Cerrar tapa

Cierra la tapa motorizada del bloqueseleccionado.

Ocultar bloques

Oculta los bloques seleccionados en la

seleccionados

lista Instrument Summary (Resumen delinstrumento).

Mostrar todos los bloques

Muestra los bloques seleccionados en lalista Instrument Summary (Resumen delinstrumento).

Manual de usuario | 77

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Botón

Nombre del botón

Función

Show (Mostrar)

Seleccione qué bloques mostrar en lalista. Seleccione una de las opciones
para mostrar todos los bloques
detectados, todos los bloques inactivos,
todos los bloques activos con el usuario
actual o todos los bloques en
funcionamiento

Visualizar las propiedades de un instrumento
Desde el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados), puede visualizar los detalles de un
instrumento seleccionado, incluidas sus propiedades, el estado de su tornillo de transporte (soloinstrumentos CFX Connect and CFX Touch) y una lista de sus tintes calibrados (fluorocromos).

Para visualizar las propiedades del instrumentou

En el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados), haga clic con el botón derecho delratón en el instrumento objetivo y seleccione Properties (Propiedades) en el menú que aparece.

Pestaña Properties (Propiedades)
La pestaña Properties (Propiedades) enumera los detalles técnicos acerca del instrumento seleccionado
incluyendo el modelo, los números de serie de sus componentes, y las versiones de firmware. El nombre
predeterminado del instrumento (su número de serie) aparece en muchas ubicaciones, incluyendo elpanel Detected Instruments (Instrumentos detectados) y en la barra de encabezado del cuadro dediálogo Instrument Properties (Propiedades del instrumento). Usted puede renombrar el instrumentopara identificarlos con más facilidad.
Nota: No puede cambiar el nombre del instrumento CFX Opus mediante CFX Maestro.

Pestaña Calibrated Dyes (Tintes calibrados)
La pestaña Calibrated Dyes (Tintes de calibración) muestra los fluorocromos calibrados y las placas parael instrumento seleccionado.

78 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Home (inicio)

Para ver más información sobre una calibración, haga clic en su botón Info (Información) en la columna
Detail (Detalle).

Manual de usuario | 79

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Antes de comenzar
En esta sección se explican las acciones que podría ser necesario llevar a cabo antes de usar el
CFX Maestro Dx SE. Aquí se incluyen las siguientes:
nCrear una mezcla maestra de reacción.

nCalibrar nuevos tintes

Crear una mezcla maestra de reacción
Utilizando la Master Mix Calculator (Calculadora de mezcla maestra) del CFX Maestro Dx SE, puedecalcular fácilmente el volumen requerido de cada componente en su mezcla maestra. Puede imprimir latabla de cálculo de mezcla maestra en su impresora predeterminada, y guardar los cálculos de cadaobjetivo para usarlos posteriormente.

Para crear una mezcla maestra de reacción utilizando la Master Mix Calculator (Calculadorade mezcla maestra)
1.

Para abrir la calculadora de mezcla maestra, realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione Tools (Herramientas) > Master Mix Calculator (Calculadora de mezcla maestra).

nHaga clic en Master Mix Calculator (Calculadora de mezcla maestra) en la barra deherramientas.

Aparece la Master Mix Calculator (Calculadora de mezcla maestra).

80 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

2.

En el apartado Reaction (Reacción), seleccione un método de detección:n

SYBR® Green/EvaGreen®

nSondas3.

Para crear un nuevo objetivo, en el apartado Target (Objetivo) haga clic en Create New (Crearnuevo). Aparece un nuevo nombre de objetivo en la lista desplegable de objetivos.

4.

(Opcional) Para cambiar el nombre objetivo predeterminado:

5.

a.

Resalte el nombre del objetivo en la lista desplegable de objetivos.

b.

Escriba un nuevo nombre de objetivo en el cuadro Target (Objetivo).

c.

Pulse la tecla Enter (Intro).

Ajuste las concentraciones iniciales y finales de los cebadores de avance y retroceso, y de cualquiersonda.

Manual de usuario | 81

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

6.

En el apartado Master Mix Setup (Configuración de mezcla maestra), ajuste los valores de:nNumber of reactions to run (Número de reacciones a ejecutar)nReaction volume per well (Volumen de reacción por pocillo)nTemplate volume per well (Volumen de plantilla por pocillo)nSupermix concentration per well (Concentración de supermezcla por pocillo)n

Excess reaction volume per well (Volumen excedente de reacciones por pocillo)

7.

(Opcional) Realice los pasos 2–6 en tantos objetivos como sea necesario.

8.

En el apartado Choose Target to Calculate (Seleccionar objetivo a calcular), seleccione el objetivo
que se vaya a calcular.
Consejo: Puede calcular solo uno, varios o todos los objetivos en el mismo momento.
Los volúmenes calculados de los componentes requeridos en cada objetivo seleccionado aparecenen la tabla de mezcla maestra.

9.

Haga clic en Set as Default (Establecer como predeterminado) para establecer la entrada decantidades en los apartados Target (Objetivo) y Master Mix Setup (Configuración de la mezcla
maestra) como nuevos valores predeterminados.

10. Haga clic en OK (Aceptar) para guardar el contenido del cuadro de diálogo Master Mix Calculator(Calculadora de mezcla maestra).

Para imprimir la tabla de cálculos de mezcla maestrauPara imprimir una tabla de cálculos de mezcla maestra, haga clic en Print (imprimir).
La tabla de cálculos se imprime en su impresora predeterminada.

Para guardar la tabla de cálculos de mezcla maestra como archivo PDF
uCambie su impresora predeterminada a un controlador de PDF y haga clic en Print (imprimir) en la
Master Mix Calculator (Calculadora de mezcla maestra).

Para borrar objetivosu

Seleccione el objetivo en la lista desplegable de objetivos y haga clic en Remove (Eliminar).
Importante: Al eliminar un objetivo de la lista de objetivos también se elimina de cualquiercálculo de mezcla maestra en el que se utilice. Tenga cuidado al eliminar un objetivo.

82 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Calibrar nuevos tintes
Los sistemas CFX Opus 96 Dx y CFX Opus Deepwell Dx vienen calibrados de fábrica para fluorocromos
utilizados normalmente en placas con pocillos blancos o pocillos transparentes. Los sistemas CFX Opus
384 Dx vienen calibrados de fábrica para fluorocromos utilizados normalmente en placas con pocillos
blancos únicamente. En la Tabla 6 se enumeran los fluorocromos y el canal para los que se calibra cadainstrumento.
Nota: Los sistemas CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx y CFX Opus Deepwell Dx también incluyen
un canal dedicado a química FRET. Este canal no requiere calibración para tintes específicos.
Importante: Si realiza una calibración definida por el usuario de un tinte que se calibró en fábrica, el
instrumento utiliza la calibración definida por el usuario en lugar de la calibración de fábrica.
Tabla 6. Fluorocromos, canales e instrumentos calibrados de fábrica

Fluorocromos
FAM, SYBR® Green

Canal

Excitación, nm

Detección, nm

Instrumento1

450–490515–530

Sistemas CFX

I

Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx y
CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL Fluor

2

515–535

560–580

Sistemas CFXGold 540, Cal Fluor

Opus 96 Dx, CFX

Orange 560

Opus 384 Dx y
CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650

Sistemas CFX

CAL Fluor Red 610,

Opus 96 Dx, CFX

TEX 615

Opus 384 Dx y
CFX Opus
Deepwell Dx

Cy5, Quasar 670

4

620–650

675–690

Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx y
CFX Opus
Deepwell Dx

Manual de usuario | 83

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Fluorocromos

Canal

Excitación, nm

Detección, nm

Instrumento

Quasar 705, Cy5.5

5

672–684705–730Únicamente
sistemas CFX
Opus 96 Dx

Química FRET (no calibrada de fábrica)
Color no calibrado

FRET

450–490de fábrica

560-580

Sistemas CFX
Opus 96 Dx, CFX
Opus 384 Dx y
CFX Opus
Deepwell Dx

Para calibrar nuevos tintes para sistemas CFX
1.

En la ventana Home (inicio), seleccione un instrumento objetivo en el panel de instrumentos
detectados.

2.

Seleccione Tools (Herramientas) > Calibration Wizard (Asistente de calibración) para abrir el Dye
Calibration Wizard (Asistente de calibración de tinte).

84 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Los fluorocromos ya calibrados para el instrumento objetivo aparecen en la tabla Calibrated
Fluorophores (Fluorocromos calibrados).
3.

En la sección Calibrar fluorocromos nuevos o existentes, seleccione el fluorocromo que desea
calibrar de la lista desplegable.
Si el nombre del fluorocromo no aparece en la lista, introduzca el nombre en el cuadro de texto paraañadirlo.
Importante: Preste atención al nombrar fluorocromos calibrados personalizados. Si crea una
calibración de tinte personalizada para un fluorocromo con el mismo nombre que unfluorocromo calibrado de fábrica, el fluorocromo personalizado (no el fluorocromo calibrado defábrica) será el que utilizará el instrumento durante las ejecuciones.

4.

Seleccione el tipo de placa para el fluorocromo.
Si el tipo de placa no está incluido en la lista, introduzca el nombre en el cuadro de texto paraañadirlo a la lista.

5.

Seleccione un canal para el fluorocromo.

6.

Seleccione una columna de la placa para el fluorocromo.

7.

(Opcional) Escriba un color para asociarlo con el fluorocromo.

8.

Haga clic en Add to Plate (Añadir a placa) para añadir el fluorocromo.

9.

(Opcional) Repita los pasos 38 para añadir cada fluorocromo que quiere calibrar para la placa.

10. Cuando termine de añadir los fluorocromos, haga clic en View Plate (Ver placa) para abrir la ventana
Pure Dye Plate Display (Visualización de la placa de tinte puro).
Use esta ventana como guía para cargar los tintes en la placa.
11. Prepare una placa de 96 o 384 pocillos para la calibración de los tintes:a.

Introduzca con una pipeta la disolución del tinte en cada pocillo, siguiendo el patrón que apareceen Pure Dye Plate Display (Visualización de la placa de tinte puro).

b.

Para cada fluorocromo, llene cuatro pocillos con 50 µl (placa de 96 pocillos o placa de pocillos
profundos) o 30 µl (placa de 384 pocillos) de disolución de tinte de 300 nM. Asegúrese de que almenos la mitad de la placa esté formada por pocillos vacíos.

c.

Selle la placa con el método de sellado que utilizará en el experimento.

12. Coloque la placa de calibración en el bloque y cierre la tapa.
13. En el asistente de calibración de tinte, haga clic en Calibrate (Calibrar) y después en OK (Aceptar)
para confirmar que la placa se encuentra en el bloque.

Manual de usuario | 85

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

14. Cuando el Software CFX Maestro Dx, Security Edition completa la serie de calibración, aparece uncuadro de diálogo. Haga clic en Yes (Sí) para terminar la calibración y abrir el Dye Calibration Viewer(Visualizador de calibración de tintes).
15. Haga clic en OK (Aceptar) para cerrar la ventana.

Establecer las preferencias de usuario
Consejo: No es necesario realizar estas acciones para utilizar el CFX Maestro Dx SE. Puedesaltarse este apartado tranquilamente o llevar a cabo las acciones aquí descritas en cualquier otro
momento.
En el CFX Maestro Dx SE, cada usuario puede personalizar su entorno de trabajo. Por ejemplo, en elmenú Users (Usuarios) > User Preferences (Preferencias de usuario), puede hacer lo siguiente:nConfigurar el envío de una notificación por correo electrónico al completar la ejecución.
Nota: Esta función está disponible solo para los usuarios a los que se les ha otorgado este
derecho. Consulte Gestionar roles de usuario del Software CFX Maestro Dx, Security Edition enla página 46 para obtener más información.

nCambiar los ajustes por defecto de:oLa ubicación donde guardar los archivos.

o

Los archivos de configuración de ejecuciones.

oEl prefijo de denominación de archivos.

nEstablecer los parámetros predeterminados para usar al crear un nuevo protocolo y placa.

nEstablecer los parámetros predeterminados de análisis de datos y expresión genética.

n

Personalizar los parámetros predeterminados de control de calidad.

nPersonalizar los parámetros de exportación de datos.

En el menú Tools (Herramientas), puede hacer lo siguiente:nCrear una mezcla maestra.

nCalibrar los tintes para un instrumento concreto.

Nota: La mezcla maestra y la calibración de tintes están disponibles para cualquiera que inicie
sesión en el software.
En esta sección se explica cómo realizar estas acciones.

86 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Configurar las notificaciones por correo electrónico
Puede conectar el CFX Maestro Dx SE a su servidor de correo electrónico saliente para enviar una
notificación por correo electrónico de finalización del procesamiento a una lista de usuarios. También
puede elegir adjuntar un archivo de datos y un informe de análisis a la lista de usuarios. Para configurar laconexión entre CFX Maestro Dx SE y su servidor SMTP, consulte Conectar Security Edition a un servidor
SMTP en la página 88.
Nota: La capacidad de un usuario de acceder a las funciones de configuración del correo electrónico
depende del rol del usuario y los permisos asignados por el administrador. Para obtener más
información acerca de gestionar usuarios y sus roles, consulte Gestionar roles de usuario delSoftware CFX Maestro Dx, Security Edition en la página 46.

Para configurar las notificaciones por correo electrónico
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).
Aparece el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario) que muestra la pestaña
Email (Correo electrónico).

Nota: Se le informa en caso de que el sistema detecte que no ha configurado un servidor válido
de SMTP para el CFX Maestro Dx SE. Haga clic en Configure Outgoing Email (Configurar
correo electrónico saliente) para abrir el cuadro de diálogo Options (Opciones) y configurar elservidor de correo electrónico SMTP. Para obtener más información, consulte Conectar
Security Edition a un servidor SMTP en la página 88.
2.

En el cuadro de texto To (Para), escriba la dirección de correo electrónico de cada persona a la que
desee informar de la finalización de la ejecución. Todos los destinatarios recibirán un mensaje decorreo electrónico una vez finalizada la ejecución.
Nota: Debe introducir cada dirección de correo electrónico en una línea separada. Pulse Enter(Intro) o Return (Volver) después de cada dirección.

Manual de usuario | 87

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

3.

(Opcional) En el cuadro de texto cc, escriba la dirección de correo electrónico de cada receptor alque desee enviar una copia de cada notificación por correo electrónico.

4.

(Opcional) De forma predeterminada, todos los destinatarios recibirán una copia del archivo de datos
como un adjunto. Deseleccione esta casilla si no desea adjuntar una copia del archivo de datos.

5.

(Opcional) Seleccione Attach Analysis Report (Adjuntar informe de análisis) para adjuntar un PDF
del informe de análisis al mensaje de correo electrónico.

6.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo User Preferences(Preferencias de usuario).

Nota: Es posible que pueda configurar el sistema para enviar una notificación por correo electrónico
a su teléfono móvil según su proveedor de servicios. Póngase en contacto con su proveedor deservicios de telefonía móvil para obtener información específica sobre la dirección de correo
electrónico del teléfono móvil. Especifique la dirección de correo electrónico de su teléfono (porejemplo, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) en el cuadro de texto To (Para) dela pantalla User Preferences (Preferencias del usuario).

Para editar la dirección de correo electrónico de un destinatariouModifique la dirección de correo electrónico según sea necesario y haga clic en OK (Aceptar).

Para eliminar un destinatario de correo electrónico
1.

Seleccione el destinatario de correo electrónico y pulse la tecla Delete (Eliminar).

2.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

Conectar Security Edition a un servidor SMTP
Importante: Algunos proveedores comerciales de servicios de correo electrónico han mejorado laseguridad del correo electrónico. Si utiliza estas cuentas, debe habilitar el ajuste Allow less secureapps (Permitir aplicaciones menos seguras) en la configuración de su cuenta para permitir que el
CFX Maestro Dx SE envíe correos electrónicos. Consulte los datos sobre seguridad
correspondientes su proveedor de servicios de correo electrónico para obtener más información.
Si está utilizando el servidor SMTP de Google Gmail o Microsoft Office 365 para enviar correos
electrónicos, debe habilitar una verificación de dos factores y generar una "contraseña de la aplicación"en la configuración de su cuenta de Gmail u Office 365. Para la autenticación en el cuadro de diálogo
Maestro Email Setup (Configuración de correo electrónico de Maestro), copie y pegue la "contraseña dela aplicación" en el campo Password (Contraseña) en lugar de la contraseña de correo electrónico
normal.

88 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Se debe establecer una conexión desde el CFX Maestro Dx SE a su servidor de correo electrónico antes
de que el software pueda enviar notificaciones por correo electrónico.

Para conectar el CFX Maestro Dx SE a un servidor de correo electrónico
1.

Realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione User (usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) y haga clic en
Configure Outgoing Email (Configurar correo electrónico saliente) en la pestaña Email (Correo
electrónico).

nSeleccione Tools (Herramientas) > Options (Opciones).

Aparece el cuadro de diálogo de Options (Opciones) mostrando la pestaña Email (Correo
electrónico).

2.

Proporcione la siguiente información relacionada con su empresa:n

SMTP Server Name (Nombre del servidor SMTP): el nombre del servidor de correo electrónico
saliente de su empresa.

nPort (Puerto): el número de puerto de su servidor SMTP. Normalmente es el 25.

n

Use SSL (Usar SSL): opción Secure Sockets Layer (SSL). Algunos servidores SMTP requieren
este ajuste. Si su empresa no lo requiere, desactive esta casilla.

n

Use Default “From” Address (Usar la dirección «De» predeterminada): el nombre del servidor
de correo electrónico de su empresa. Algunos servidores SMTP requieren que todos los correos
enviados tengan una dirección «De» de un dominio determinado. Por ejemplo,
nombre@empresa.com. Si ese es el caso, desactive esta casilla y proporcione una dirección
válida de correo electrónico.

Manual de usuario | 89

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)nAuthentication Required (Se requiere autenticación): si su sitio web requiere autenticación decuenta, compruebe que esta casilla está activada.

nUser Name (Nombre de usuario): el nombre de la cuenta autentificada. Esto es necesario solo
si se selecciona la casilla Authentication Required (Se requiere autenticación).

90 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzarnPassword (Contraseña): la contraseña para la cuenta autenticada. Esto es necesario solo si seselecciona la casilla Authentication Required (Se requiere autenticación).

Importante: Si está utilizando el servidor SMTP de Google Gmail o Microsoft Office 365 para
enviar correos electrónicos, debe habilitar una verificación de dos factores y, a continuación,
generar una "contraseña de la aplicación" en la configuración de su cuenta de Gmail u Office365. Para la autenticación en el cuadro de diálogo Maestro Email Setup (Configuración decorreo electrónico de Maestro), copie y pegue la "contraseña de la aplicación" en el campo
Password (Contraseña) de CFX Maestro Dx SE en lugar de la contraseña de correo electrónico
normal.
Para verificar que los ajustes del servidor SMTP son correctos, introduzca una dirección válida decorreo electrónico en el cuadro de texto Test Email Address (Probar dirección de correo electrónico)y haga clic en Test Email (Probar correo electrónico).
Nota: Algunos servidores SMTP no permiten archivos adjuntos y otros permiten archivos
adjuntos con un tamaño máximo específico. Si tiene la intención de enviar archivos de datos oinformes mediante el CFX Maestro Dx SE, seleccione Test Attachment (Probar adjunto) y
seleccione el Attachment Size (Tamaño del adjunto) en MB a 5 megabytes (MB) o más.
3.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Cambiar los ajustes predeterminados de los archivos
En la pestaña Files (Archivos) del cuadro de diálogo User Preference (Preferencias de usuario), puede
modificar lo siguiente:n

La ubicación predeterminada donde guardar los archivos del CFX Maestro Dx SE.

n

Los archivos predeterminados para la configuración de la ejecución.

nLos parámetros predeterminados de denominación de archivos.

Para cambiar los ajustes predeterminados de los archivos
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña Files(Archivos).

Manual de usuario | 91

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

3.

En el apartado Default Folder for File Creation (Carpeta predeterminada para crear archivos),
navegue y seleccione una carpeta predeterminada en la que quiera que se guarden los nuevos
archivos. Puede seleccionar una ubicación diferente para cada tipo de archivo:nProtocol (Protocolo)n

Plate (Placa)nData File (Archivo de datos)

nGene Study (Estudio genético)

4.

En el apartado File Selection for Run Setup (Selección de archivos para configuración de ejecución),
navegue y seleccione los archivos correspondientes de placa y de protocolo para que aparezcan
cuando abra la ventana Experiment Setup (Configuración del experimento).

5.

En el apartado Data File (Archivo de datos), defina el prefijo o sufijo para los archivos de datos. Para
cualquier parte, seleccione un nuevo valor de la lista desplegable. También puede introducir valores
personalizados para el prefijo y el sufijo en los cuadros de texto Prefix (Prefijo) y Suffix (Sufijo).
El CFX Maestro Dx SE muestra una vista previa del nombre del archivo debajo de los cuadros deselección.

6.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

92 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

Ajuste de los parámetros predeterminados del protocolo
Para establecer los parámetros predeterminados de protocolo para el Protocol Editor(Editor de protocolos) y el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático)
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña Protocol(protocolo).

3.

4.

En el apartado Protocol Editor (Editor de protocolos), especifique los valores para los siguientes
ajustes que aparecen en el Editor de protocolos:nSample volume (Volumen de muestra): el volumen de cada muestra en los pocillos (en µl).

n

Lid Shutoff temperature (Temperatura de apagado de la tapa): la temperatura en ºC a la cualel calentador de tapa se desconecta durante una ejecución.

En la sección Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático), especifique los valores paralos siguientes ajustes que aparecen en el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático):nAnnealing temperature (Temperatura de hidridación): la temperatura en ºC para experimentos
que utilizan polimerasa de ADN iProof, polimerasa de ADN iTaq u otras polimerasas.

n5.

Amplicon length (Longitud de amplicón): la longitud del amplicón en bp.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Manual de usuario | 93

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

Ajustar los parámetros de placa predeterminados
Los cambios que realiza en la pestaña Plate (Placa) están disponibles para todos los usuarios delsoftware. Los cambios que realiza durante la configuración de la placa están disponibles para losusuarios después de guardar y cerrar el archivo de la placa.
En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), puede realizar una de las siguientes
acciones:n

Ajustar los parámetros de placa predeterminados.

nAñadir nuevos nombres de objetivo, muestra, y grupo biológico para sus bibliotecas
correspondientes.

nEliminar nombres de objetivo, muestra, y grupo biológico de sus bibliotecas correspondientes.

Para ajustar los parámetros de placa predeterminados
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña Plate(Placa).

94 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

3.

Especifique los valores de los siguientes ajustes para un nuevo archivo de placa. Estos valores
aparecen en la ventana de Plate Editor (Editor de placas).
nPlate type (Tipo de placa)nPlate size (Tamaño de placa)nUnits (Unidades): la concentración de la plantilla inicial para los pocillos que contienen
estándares.
El CFX Maestro Dx SE usa estas unidades para crear una curva normalizada en la pestaña
Data Analysis Quantification (Cuantificación del análisis de datos).

n

Scientific notation (Anotación científica): cuando se selecciona, el CFX Maestro Dx SE
muestra las unidades de concentración en una anotación científica.

nScan mode (Modo de escaneo): el número o tipo de canales a escanear durante una ejecución.

nFluorophores (Fluorocromos): los fluorocromos predeterminados que aparecen en loscontroles de carga de pocillos del Plate Editor (Editor de placas).

Manual de usuario | 95

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)n4.

Libraries (Bibliotecas): los nombres de objetivo, muestra y grupo biológico que utiliza
normalmente en sus experimentos:oTarget names (Nombres de objetivo): los nombres de los genes y secuencias objetivo.

oSample names (Nombres de muestra): los nombres de las muestras de experimentos o
una característica identificadora para las muestras (por ejemplo, Ratón 1, Ratón 2, Ratón
3).

oBiological group names (Nombres de grupo biológico): los nombres de los grupos demuestras similares que tienen el mismo estado de tratamiento o condiciones (por ejemplo,
0Hr, 1Hr, 2Hr).

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Para añadir un nuevo nombre de objetivo, muestra o grupo biológico
u

En el cuadro correspondiente de la biblioteca, escriba el nombre del objetivo, muestra o grupo
biológico y haga clic en OK (Aceptar).

Para eliminar un objetivo, una muestra o un nombre de grupo biológico
u

En el cuadro correspondiente de la biblioteca, seleccione el nombre y pulse la tecla Delete(Eliminar); posteriormente, haga clic en OK (Aceptar).

Importante: Los nombres que elimine de la biblioteca se eliminan del software y dejan de estar
disponibles para los usuarios. Haga clic en Restore Defaults (Restaurar los valores
predeterminados) para restaurar los nombres predeterminados del CFX Maestro Dx SE. Al hacer clic
en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro de diálogo User Preferences(Preferencias de usuario) se restablecen todas las preferencias en todas las pestañas a los ajustes
originales de fábrica. Tenga cuidado al eliminar los nombres predeterminados del CFX Maestro Dx
SE y al hacer clic en este botón.

96 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Establecer parámetros de análisis de datos por defecto
Para establecer los parámetros de análisis de datos predeterminados
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña Data
Analysis (Análisis de datos).

3.

En el apartado Analysis Mode (Modo de análisis), seleccione el modo en que quiere analizar losdatos, Fluorophore (Fluorocromo) o Target (Objetivo).

4.

En el apartado PCR Quantitation (Cuantificación de PCR), establezca los parámetros
predeterminados para las siguientes opciones:n

Baseline Setting (Ajustes de referencia): el método de referencia del modo de análisis.

n

Cq Determination Mode (Modo de determinación de Cq): el modo mediante el que los valores
de Cq se calculan para cada traza de fluorescencia (regresión o umbral único).

nThreshold Calc. Mode (Modo de cálculo de umbral): la cantidad objetivo de punto final.
La opción por defecto es Auto (Automático). Es decir, el software calcula automáticamente el
objetivo final. Para fijar un umbral específico, desmarque la casilla Auto (Automático) e
introduzca su cantidad final, calculada en unidades de fluorescencia relativa (RFU). El valor

Manual de usuario | 97

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

máximo es de 65 000,00 RFU. Los archivos de datos para las ejecuciones posteriores usaránesta configuración de umbral.
nBaseline Calc. Mode (Modo de cálculo de referencia): el valor de referencia para todas las
trazas.
La opción por defecto es Auto (Automático). Es decir, el software calcula automáticamente labase de referencia para todas las trazas. Para fijar un valor específico de la base de referencia,
desmarque la casilla Auto (Automático) e introduzca un valor mínimo y máximo para el rango delciclo (1 a 9999). Los archivos de datos para las ejecuciones posteriores utilizarán este rango de
ciclo.

n5.

Log View (Ver registro): determina cómo el software muestra los datos de amplificación:oOn (Activado): los datos de amplificación se muestran en un gráfico semilogarítmico.

o

Off (Desactivado): (por defecto) los datos de amplificación se muestran en un gráfico lineal.

En el apartado End Point (Punto final), seleccione el número de ciclos finales de los que hacer lamedia al hacer los cálculos de punto final:n

PCR: el número de ciclos finales de los que hacer la media para los datos de cuantificación (elvalor predeterminado es 5).

n

End Point Only run (Ejecución de punto final únicamente): el número de ciclos finales de losque hacer la media para los datos de punto final (el valor predeterminado es 2).

6.

En el apartado Melt Curve (Curva de fusión), seleccione el tipo de pico a detectar (positivo onegativo).

7.

En el apartado Well Selector (Selector de pocillos), seleccione cómo mostrar las etiquetas de lospocillos (por tipo de muestra, nombre de la muestra o nombre del objetivo).

8.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

98 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Ajustar los parámetros predeterminados del archivo de datos de expresión
genética
Para establecer los parámetros predeterminados de un nuevo archivo de datos deexpresión genética
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña Gene
Expression (Expresión genética).

3.

Especifique los valores de los siguientes ajustes:nRelative to (En relación con): los gráficos de los datos de expresión genética en relación con uncontrol (originado a 1) o con cero:oZero (Cero): el software ignora el control. Este es el valor predeterminado cuando no seasigna ninguna muestra de control en la ventana Experiment Settings (Ajustes delexperimento).

oControl (Control): el software calcula los datos en relación con la muestra de control
asignada en la ventana Experiment Setup (Configuración del experimento).

nX-axis (Eje X): coloca la muestra o el objetivo sobre el eje X en el gráfico.

nY-axis (Eje Y): coloca la escala lineal, de registro 2 o de registro 10 sobre el eje Y en el gráfico.

nScaling (Escalado): la opción de escalado del gráfico (la opción predeterminada es sin
escalado):oHighest (Superior): el software escala el gráfico al punto de datos superior.

oLowest (Inferior): el software escala el gráfico al punto de datos inferior.

o

Unscaled (No escalado): el software presenta los datos no escalados en el gráfico.

nMode (Modo): el modo de análisis, ya sea una cantidad relativa (∆Cq) o una expresión
normalizada (∆∆Cq).

nError Bar (Barra de error): la variabilidad de los datos presentada como la desviación estándar
(Std. Desv.) o el error estándar de la media (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Multiplicador de barras de error): el multiplicador de desviación estándar
utilizado para colocar las barras de error en el gráfico (el valor predeterminado es 1).
Puede aumentar el multiplicador a 2 o 3.

Manual de usuario | 99

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)nSample Types to Exclude (Tipos de muestras a excluir): los tipos de muestra a excluir delanálisis.
Puede seleccionar una o más muestras a excluir del análisis. Para excluir todos los tipos demuestra, deseleccione todas las casillas de cualquier tipo de muestra seleccionado.

4.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

Personalizar las normas de control de calidad
En el CFX Maestro Dx SE, usted puede establecer normas de control de calidad, que se aplican a losdatos de la ventana Data Analysis (Análisis de datos). El software valida los datos según las normas que
establezca.
Nota: De forma predeterminada, todas las normas de control de calidad están habilitadas.
Consejo: Puede excluir fácilmente los pocillos que fallan un parámetro de QC del análisis en el
módulo QC (Control de calidad) de la ventana Data Analysis (Análisis de datos).

Para personalizar las normas de control de calidad
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña QC(Control de calidad).

100 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

Donde:

3.

4.

n

NTC: sin control de plantilla.

n

NRT: sin control de transcriptasa inversa.

nEfficiency (Eficiencia): eficiencia de la reacción.

n

Std Curve R^2 (R^2 de curva normalizada): valor de R al cuadrado para la curva normalizada.

nReplicate group Cq Std Dev (Desv. estándar calculada para grupo de repetición): desviación
estándar calculada para cada grupo de repetición.

Para cada norma de QC (Control de calidad), realice una de las siguientes acciones:n

Para usar su valor predeterminado, no haga nada.

nPara cambiar su valor, haga clic en el cuadro de texto Value (valor) correspondiente, introduzca
un nuevo valor y pulse la tecla Enter (Intro).

nPara deshabilitar la regla, desmarque la casilla Use (Usar).

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Manual de usuario | 101

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

Personalizar los parámetros de exportación de datos
Puede exportar datos del CFX Maestro Dx SE en los siguientes formatos:nTexto (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Importante: Su ordenador debe tener Microsoft Excel instalado para poder exportar datos a una
hoja de cálculo de Microsoft Excel.
Puede especificar el tipo de datos a exportar y personalizar el resultado de los datos exportados.

Para personalizar los parámetros de exportación de datos
1.

Seleccione User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) para abrir el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario).

2.

En el cuadro de diálogo de User Preferences (Preferencias de usuario), seleccione la pestaña
Custom Export (Exportación personalizada).

102 | Software CFX Maestro Dx SE

Antes de comenzar

3.

En la lista desplegable Export Format (Formato de exportación), seleccione el formato deexportación de los datos.

4.

En el apartado Data to Export (Datos a exportar), marque o desmarque las casillas para el tipo dedatos a exportar. Los elementos seleccionados aparecen en el cuadro de lista Exported Columns(Columnas exportadas).
Nota: De forma predeterminada, la información de la ejecución se incluye en el
encabezamiento. Desmarque esta casilla si no quiere incluir la información de la serie.

5.

Puede modificar el orden de visualización de los elementos seleccionados en los resultados.
En el cuadro de lista Exported Columns (Columnas exportadas), destaque el elemento y haga clic en
los botones de flecha situados a la izquierda de la lista para desplazarlo hacia arriba o hacia abajo.

6.

De forma opcional, puede modificar los nombres de las columnas de resultados de los elementos
seleccionados:a.

Haga clic en Customize Column Names (Personalizar nombres de columnas).
Aparece el cuadro de diálogo Column Name Customizer (Personalizador de nombres decolumnas).

b.

Para cada nombre de columna predeterminado que quiera cambiar, escriba el nuevo nombre enel campo de Custom Name (Nombre personalizado) correspondiente.

Manual de usuario | 103

Capítulo 6 La ventana Home (inicio)c.

7.

Realice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y volver a la pestaña Custom Export(Exportación personalizada). El nuevo nombre aparece entre paréntesis junto al nombre
predeterminado en el cuadro de lista Exported Columns (Columnas exportadas).

nHaga clic en Cancel (Cancelar) para eliminar los cambios y volver a la pestaña Custom
Export (Exportación personalizada).

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Importante: Al hacer clic en Restore Defaults (Restaurar valores predeterminados) en el cuadro dediálogo User Preferences (Preferencias de usuario), se restablecen todas las preferencias en todaslas pestañas a los ajustes originales de fábrica. Tenga cuidado al hacer clic en este botón.

104 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 7 Crear protocolos
Un protocolo es un conjunto de pasos que se ejecutan en una secuencia específica. En el Software
CFX Maestro Dx, Security Edition, todos los pasos están asociados con opciones en el instrumento. Porejemplo, los pasos indican al instrumento que controle el bloque y la temperatura de la tapa, que aplique
una diferencia de temperatura en el bloque, que realice una lectura de placa o que realice un análisis dela curva de fusión. Cada opción se especifica para cada placa diferente y cada tipo de ejecución.
El CFX Maestro Dx SE proporciona dos opciones para crear protocolos: El Protocol Editor (Editor deprotocolos) y el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático).
Las funciones del Protocol Editor (Editor de protocolos) incluyen las siguientes:
nControles del protocolo estándar para crear protocolos rápidamentenCapacidad para calcular rápidamente un gradiente para el número seleccionado de filasnCapacidad para calcular rápidamente el tiempo de ejecución para el tipo de placa seleccionadonCapacidad para editar los pasos del protocolonCapacidad para guardar protocolos para volver a utilizarlosnCapacidad para imprimir el protocolo en una impresora predeterminada

El Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático) genera automáticamente un protocolo de PCR
personalizado con arranque en caliente, desnaturalización inicial, hidridación y pasos de extensión
utilizando los parámetros que usted proporcione. A continuación, puede visualizar una representación
gráfica del protocolo sugerido y editar, procesar o guardar el protocolo.

Manual de usuario | 105

Capítulo 7 Crear protocolos

Parámetros y rangos para los pasos del protocolo
Utilice la información de la Tabla 7 para modificar la configuración predeterminada de los pasos de su
protocolo.

Pasos de temperatura
La temperatura objetivo es un valor entre 4,0 y 100,0 °C, establecido en décimas de grado. El sistema
aumenta hasta esta temperatura y mantiene ese valor durante un período de tiempo específico (el tiempode espera).

Pasos de gradiente
El rango de gradiente es la diferencia entre las temperaturas superior e inferior en un paso de gradiente.
El rango máximo permitido es de 24 °C. La temperatura más baja es un valor entre 30,0 y 99,0 °C,
establecido en décimas de grado. La temperatura superior máxima es de 100 °C. El termociclador
mantiene el gradiente de temperatura objetivo en todo el bloque y mantiene esa temperatura durante untiempo de espera específico.
Importante: El instrumento calcula el valor del gradiente. Cuando introduce un valor en los campos
superior e inferior de la calculadora de gradiente, el software calcula y asigna automáticamente lastemperaturas para los campos restantes. Cuando introduce una temperatura en cualquier campo
entre el campo superior e inferior, el instrumento calcula automáticamente los campos restantes. No
puede introducir manualmente un valor de temperatura en cada campo.

106 | Software CFX Maestro Dx SE

Parámetros y rangos para los pasos del protocolo

Tabla 7. Parámetros y rangos para pasos de protocolo

Parámetro

Rango

Descripción

Ramp Raten Para los sistemas CFX Opus 96

Indica al termociclador que suba hasta la(Tasa deDx :temperatura objetivo a la velocidad

aumento)0,1–5 °C por segundo

especificada en ese paso.

n Para sistemas CFX Opus 384 Dx:

Disponible solo para pasos de temperatura.

0,1–2,5 °C por segundon Para sistemas CFX Opus
Deepwell Dx:
0,1–2,5 °C por segundo
Increment

Un número de –10,0 a 10,0 °C por

Indica al termociclador que cambie la(Incremento)

ciclo en décimas de grado

temperatura objetivo de un paso con cada
ciclo, donde un número positivo aumenta latemperatura y un número negativo
disminuye la temperatura.
Disponible solo para pasos de temperatura.

ExtendUn tiempo de –60 a 60 segundos

Indica al termociclador que extienda el(Extender)

por ciclo

tiempo de espera con cada ciclo. Un
número positivo aumenta el tiempo deespera y un número negativo lo reduce.
Disponible para pasos de temperatura ygradiente.

Beep (Pitido)(Sin parámetros)

Indica al termociclador que emita un pitido
para indicar que el termociclador haalcanzado la temperatura objetivo para ese
paso.
Disponible solo para pasos de temperatura.

Plate Read

(Sin parámetros)

Indica al termociclador que añada una(Lectura delectura de placa al paso seleccionado.

placa)

Disponible para pasos de temperatura ygradiente.

Manual de usuario | 107

Capítulo 7 Crear protocolos

Ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)
Utilice el Protocol Editor (Editor de protocolos) para crear, abrir, revisar y editar un protocolo. De forma
predeterminada, el Protocol Editor (Editor de protocolos) se abre mostrando un protocolo genérico entiempo real de dos pasos para una placa de 96 pocillos.

LEYENDA1.

La barra de menú proporciona un acceso rápido a los comandos del menú File (Archivo),
Settings (Ajustes) y Tools (Herramientas).

2.

La barra de herramientas proporciona un acceso rápido para guardar e imprimir el protocolo,
determinar dónde introducir un paso, establecer el volumen de la muestra y visualizar el tiempode ejecución del protocolo estimado.

3.

El panel principal muestra una representación gráfica del protocolo.

4.

El panel inferior muestra el esquema del protocolo.

5.

El panel de la izquierda muestra los controles del protocolo que puede añadir para personalizar
el protocolo.

108 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)

Comandos del menú File (Archivo)
Save (Guardar): guarda el protocolo actual.
Save As (Guardar como): guarda el protocolo actual con un nombre nuevo o en una nueva ubicación.
File Passwords (Contraseñas de archivo): permite a los usuarios configurar las contraseñas para
guardar y abrir archivos.
Consejo: Para obtener más información, consulte Protección con contraseña de archivos en lapágina 54.
Close (Cerrar): cierra el Protocol Editor (Editor del protocolo).

Comando del menú Settings (Ajustes)
Lid Settings (Ajustes de tapa): abre el cuadro de diálogo Lid Setting (Ajustes de tapa), desde el quepuede cambiar o configurar la temperatura de la tapa.

Comandos del menú Tools (Herramientas)
Gradient Calculator (Calculadora de gradiente): abre un cuadro de diálogo desde el que puede
seleccionar el tipo de bloque para un paso de gradiente. El bloque predeterminado es de 96 pocillos.
Run time Calculator (Calculadora de tiempo de ejecución): abre un cuadro de diálogo desde el quepuede seleccionar el tipo de placa y el modo de análisis para calcular el tiempo estimado de ejecución enla ventana Run Setup (Configuración de ejecución). El valor predeterminado es de 96 pocillos y todos loscanales.

Comandos de la barra de herramientas: guarda el archivo de protocolo actual.

: imprime la ventana seleccionada.

: utilice este comando para seleccionar dónde insertar los pasos relacionados
con el paso seleccionado actualmente.

: utilice este comando para introducir un volumen de muestra en µl. Los
volúmenes de las muestras varían dependiendo del tipo de bloque:

Manual de usuario | 109

Capítulo 7 Crear protocolosnPara un bloque de 96 pocillos, el intervalo es 0–50 µl.

nPara un bloque de 384 pocillos, el intervalo es 0–30 µl.

nPara un bloque de 96 pocillos profundos, el intervalo es 0–125 µl.

: presenta el tiempo de ejecución estimado basado en los pasos del protocolo,tasa de aumento y el tipo de bloque seleccionado.

: presenta información de ayuda sobre los protocolos.

Controles de edición de protocolos
El panel izquierdo de la ventana Protocol Editor (Editor de protocolos) incluye controles que puede usar
para crear protocolos.
Cada control consiste en un conjunto de parámetros que representan un paso en el protocolo. Puede
modificar cada parámetro y añadir o eliminar parámetros para personalizar su protocolo. Este apartado
describe las opciones en cada control.
nInsert Step (Insertar paso): inserta un paso antes o después del paso
seleccionado. Puede editar los valores de temperatura y tiempo deespera en la visualización gráfica o en el esquema del protocolo.

n

Insert Gradient (Insertar gradiente): inserta un paso de gradiente enbase al tipo de bloque de pocillos seleccionado en la calculadora degradientes. Puede editar el rango de gradiente en el panel Gradient(Gradiente) que aparece cuando se inserta un paso de gradiente.

nInsert GOTO (Insertar GOTO): inserta un paso de ciclado (bucle), que
informa al software para que repita pasos específicos en secuencia para
un número específico de ciclos. Las repeticiones empiezan después deque se complete el primer ciclo. Por ejemplo, puede informar al software
para que realice 39 repeticiones de los pasos 2–4. Después de la última repetición, el software habrá
realizado los pasos 2–4 un total de 40 veces. Puede editar el paso de vuelta (GOTO) y el número de
ciclos en la visualización de gráfico o en el esquema del protocolo.
n

Insert Melt Curve (Insertar curva de fusión): inserta un paso de lectura de la curva de fusión.

110 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)nInsert Plate Read to Step (Insertar lectura de placa al paso): añade un comando de lectura deplaca al paso seleccionado. Una lectura de placa mide la cantidad de fluorescencia al final de un
ciclo. El paso de lectura de placa generalmente es el último paso de un bucle GOTO.
Consejo: Después de añadir un comando de lectura de placa a un paso, el botón cambia aRemove Plate Read (Eliminar lectura de placa) cuando selecciona dicho paso.

nRemove Plate Read (Eliminar lectura de placa): elimina un comando de lectura de placa del paso
seleccionado.
Consejo: Después de eliminar un comando de lectura de placa de un paso, el botón cambia a
Add Plate Read to Step (Añadir lectura de placa al paso) cuando selecciona dicho paso.

n

Step Options (Opciones del paso): abre un cuadro de diálogo de Step Options (Opciones del paso)
y muestra las opciones disponibles para el paso seleccionado. Consulte Opciones del paso en lapágina 112 para obtener información más detallada sobre las opciones del paso.
Consejo: También puede acceder a Step Options (Opciones del paso) haciendo clic derecho
en el paso en la visualización de gráficos.

nDelete Step (Eliminar paso): elimina el paso seleccionado del protocolo.

Manual de usuario | 111

Capítulo 7 Crear protocolos

Opciones del paso
Abra el cuadro de diálogo Step Options (Opciones del paso) para visualizar las opciones que puedeañadir, cambiar o eliminar de un paso.

nPlate Read (Lectura de placa): cuando se selecciona, añade una lectura de placa al paso.

nTemperature (Temperatura): establece la temperatura objetivo para el paso seleccionado.

nGradient (Gradiente): establece el rango del gradiente para el paso; el rango es 1–24 °C.
Nota: Un gradiente se ejecuta con la temperatura más baja en la parte delantera del bloque (enesta imagen, la fila H) y la temperatura más alta en la parte trasera del bloque (en esta imagen,fila A).

n

Increment (Incremento): la cantidad a aumentar (o disminuir) la temperatura del paso seleccionado;
la cantidad de este valor se añade a la temperatura objetivo con cada ciclo. El rango es de ±0,1 a 10
°C.
Nota: Para disminuir la temperatura, escriba un signo de menos (–) antes del valor numérico
(por ejemplo, –5 °C).

n

Ramp Rate (Tasa de aumento): la tasa de aumento del paso seleccionado; la tasa depende deltamaño del bloque.

nTime (Tiempo): el tiempo de retención para el paso seleccionado.

112 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos)nExtend (Extender): la cantidad de tiempo (en segundos) para extender o disminuir el paso
seleccionado; esta opción se añade al tiempo de retención de cada ciclo; el rango es de ±1–60
segundos.

n

Beep (Bip): cuando se selecciona, suena un bip durante el paso.
Consejo: Cuando introduce un número que está fuera del rango de opción, el software cambia
el número a la entrada más cercana dentro del rango.

Manual de usuario | 113

Capítulo 7 Crear protocolos

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor deprotocolos)
Usando el Protocol Editor (Editor de protocolos), puede crear archivos de protocolo personalizados.
También puede editar y guardar archivos de protocolo guardados previamente o archivos de protocolo demuestra enviados con el CFX Maestro Dx SE.
Para crear un nuevo archivo de protocolo, realice una de las siguientes acciones:n

Abra un archivo de protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos).
Consejo: Puede abrir un protocolo nuevo o existente en el Protocol Editor (Editor deprotocolos).

n

Configure un nuevo protocolo.

nAñada pasos al protocolo en el panel de control de protocolos.

n

Edite las propiedades de los pasos.

n

Guarde el protocolo.

Consejo: Para crear un nuevo protocolo a partir de un archivo de protocolo guardado previamente ode muestra, consulte Abrir un protocolo existente en la ventana del Protocol Editor (Editor deprotocolos) en la página 116.

Abrir un nuevo archivo de protocolo en la ventana del Protocol
Editor (Editor de protocolo)
El CFX Maestro Dx SE ofrece múltiples opciones para abrir un nuevo archivo de protocolo:n

Desde el menú File (Archivo) en la ventana Home (Inicio)n

Desde el cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de la ejecución) en la ventana Home (Inicio)n

Desde el cuadro de diálogo del Startup Wizard (Asistente de inicio) en la ventana Home (Inicio)

Para abrir un nuevo archivo de protocolo desde la ventana Home (Inicio)u

En la ventana Home (Inicio), seleccione File (Archivo) > New (Nuevo) > Protocol (Protocolo).
Se abre la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos), mostrando el archivo de protocolo
predeterminado.
Consejo: Para obtener información sobre cómo configurar el protocolo predeterminado,
consulte Cambiar los ajustes predeterminados de los archivos en la página 91.

114 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

Para abrir un nuevo protocolo desde el cuadro de diálogo Run Setup (Configuración deejecución)
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones para abrir el cuadro de diálogoRun Setup (Configuración de la ejecución):nSeleccione Run (Ejecución) > User-defined Run (Ejecución definida por el usuario).

nHaga clic en User-defined Run Setup (Configuración de ejecución definida por el usuario) en labarra de herramientas.

El cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de ejecución) se abre en la pestaña Protocol(Protocolo) y muestra el archivo de protocolo predeterminado.
2.

Haga clic en Create New (Crear nuevo).
Se abre la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos), mostrando el protocolo en tiempo realpredeterminado.

Para abrir un nuevo archivo de protocolo desde el Startup Wizard (Asistente de inicio)
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones para abrir el Startup Wizard(Asistente de inicio) si no está ya visible:nSeleccione View (Ver) > Startup Wizard (Asistente de inicio).

nHaga clic en Startup Wizard (Asistente de inicio) en la barra de herramientas.

2.

Si es necesario, seleccione el tipo de instrumento en la lista desplegable.

3.

Haga clic en User-defined (Definido por el usuario) como el tipo de ejecución.
El cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de ejecución) se abre en la pestaña Protocol(Protocolo) y muestra el archivo de protocolo predeterminado.

4.

Haga clic en Create New (Crear nuevo).
Se abre la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos), mostrando el protocolo en tiempo realpredeterminado.

Para abrir un nuevo protocolo desde el menú Run (Ejecución)
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones para abrir el cuadro de diálogoRun Setup (Configuración de la ejecución):nSeleccione Run (Ejecución) > User-defined Run (Ejecución definida por el usuario).

nHaga clic en User-defined Run Setup (Configuración de ejecución definida por el usuario) en labarra de herramientas.

Manual de usuario | 115

Capítulo 7 Crear protocolos

El cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de ejecución) se abre en la pestaña Protocol(Protocolo) y muestra el archivo de protocolo predeterminado.
2.

Haga clic en Create New (Crear nuevo).
Se abre la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos), mostrando el protocolo en tiempo realpredeterminado.

Abrir un protocolo existente en la ventana del Protocol Editor(Editor de protocolos)
El CFX Maestro Dx SE proporciona archivos del protocolo de muestra que puede editar y guardar como
protocolos nuevos personalizados. Puede también crear un nuevo protocolo a partir de un protocolo
personalizado existente.

Para abrir un archivo de protocolo de muestra
1.

En la ventana Home (Inicio), seleccione File (Archivo) > Open (Abrir) > Protocol (Protocolo).
De forma predeterminada, el explorador de Windows abre la ubicación de la carpeta de archivos
Sample (Muestra) del CFX Maestro Dx SE.

2.

Abra la carpeta de archivos Sample (Muestra). Verá las siguientes carpetas:nConventionalProtocols (Protocolos convencionales): contiene archivos de protocolo deejemplo para el análisis de PCR tradicional.

n

DataFiles (Archivos de datos): contiene archivos de datos de ejemplo que puede utilizar para
explorar las funciones del CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration (Calibración de fusión): contiene archivos de protocolo de ejemplo para su uso
con el software Precision Melt Analysis (Análisis de fusión de precisión) del Bio-Rad.

n

Plates (Placas): contiene archivos de placa de ejemplo.

n

RealTimeProtocols (Protocolos en tiempo real): contiene archivos de protocolo de ejemplo
para el análisis de PCR en tiempo real.

3.

Abra la carpeta de protocolos para el tipo de ejecución que planea realizar; también puede abrir
ConventionalProtocols (Protocolos convencionales) o RealTimeProtocols (Protocolos en tiemporeal).

4.

Seleccione el protocolo de su elección y haga clic en Open (Abrir).
El protocolo de muestra se abre en la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos).

5.

Seleccione File (Archivo) > Save As (Guardar como) y guarde el protocolo con un nombre nuevo oen una nueva carpeta.

116 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

Para abrir un protocolo existente
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione File (Archivo) > Open (Abrir) > Protocol (Protocolo), navegue y seleccione el
protocolo objetivo, y haga clic en Open (Abrir).

nAbra el Startup Wizard (Asistente de inicio) y realice una de las siguientes acciones:oPara editar el protocolo mostrado, haga clic en Edit Selected (Editar seleccionado).

oPara editar un protocolo existente, haga clic en Select Existing (Seleccionar existente) y
navegue al archivo en cuestión.

El protocolo se abre en la ventana del Protocol Editor (Editor de protocolos).
2.

Seleccione File (Archivo) > Save As (Guardar como) y guarde el protocolo con un nombre nuevo oen una nueva carpeta.

Configurar un nuevo protocoloConsejo: Si su archivo de protocolo incluye los parámetros requeridos (por ejemplo, si está editando
un archivo de placa existente), puede saltarse este apartado. Vaya a Adición de pasos a unprotocolo en la página 120.
Los nuevos archivos de protocolo requieren los siguientes parámetros:nTipo de bloquenModo de análisis para el tipo de bloque elegidonTemperatura de la tapanVolumen de la muestra

Manual de usuario | 117

Capítulo 7 Crear protocolos

Establecer el tipo de bloque
El CFX Maestro Dx SE calcula automáticamente los aumentos de temperatura para los pasos delgradiente basándose en el tipo de bloque.
Nota: El tipo de placa establecido en el Protocol Editor (Editor de protocolos) debe ser el mismo quela placa en el módulo de reacción.

Para establecer el tipo de bloqueu

En la ventana Protocol Editor (Editor de protocolos), seleccione Tools (Herramientas) > GradientCalculator (Calculadora de gradiente) y seleccione el tipo de placa adecuado en la lista desplegable
que aparece.

Seleccionar el modo de análisis para el tipo de bloque seleccionado
Para determinar el tiempo de ejecución del protocolo, seleccione el tipo de bloque objetivo y el modo deanálisis.

Para seleccionar el tipo de bloque y el modo de análisisu

En la ventana Protocol Editor (Editor de protocolos), seleccione Tools (Herramientas) > Run time
Calculator (Calculadora de tiempo de ejecución) y seleccione el tipo de placa adecuado y el modo deanálisis en la lista desplegable.

Ajustar la temperatura de la tapa
El CFX Maestro Dx SE establece las temperaturas de la tapa predeterminadas de la siguiente manera:nInstrumentos de 96 pozos y pozos profundos: 105,0 °CnInstrumentos de 384 pocillos: 95,0 °C

Puede cambiar los ajustes predeterminados o apagar el calentador de la tapa según resulte necesariopara el protocolo.

Para ajustar la temperatura de la tapa
1.

En la ventana Plate Editor (Editor de placas), seleccione Settings (Ajustes) > Lid Settings (Ajustes detapa).
Aparece el cuadro de diálogo Lid Settings (Ajustes de tapa).

2.

Realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione User Defined (Definido por el usuario) e introduzca un valor de temperatura en el
cuadro de texto.

nSeleccione Turn Off Lid Heater (Apagar calentador de tapa).

118 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

3.

Haga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo.

Manual de usuario | 119

Capítulo 7 Crear protocolos

Establecer el volumen de la muestra
De forma predeterminada, el CFX Maestro Dx SE establece el volumen de la muestra para cada pocillo
en 25 µl. Los volúmenes de muestra varían dependiendo del tipo de bloque; por ejemplo:n0–50 µl para un bloque de 96 pocillosn0–30 µl para un bloque de 384 pocillos

El instrumento usa uno de dos modos de control de temperatura para determinar cuándo la muestra
alcanza la temperatura deseada en un protocolo:nCalculated mode (Modo calculado): cuando el volumen de la muestra se establece en un volumen
adecuado para el bloque, el instrumento calcula la temperatura de la muestra en base a su volumen.
Este es el modo estándar.

n

Block mode (Modo de bloque): cuando el volumen de la muestra se establece en cero (0) µl, el
instrumento registra la temperatura de la muestra como la misma que la temperatura del bloquemedido.

Para establecer el volumen de la muestra para un bloque específico
u

En la ventana Plate Editor (Editor de placas), introduzca el valor correcto en el cuadro de texto
Sample Volume (Volumen de la muestra) en la barra de herramientas.

Consejo: Puede cambiar el volumen de la muestra predeterminado en el cuadro de diálogo User
Preferences (Preferencias de usuario). Consulte Cambiar los ajustes predeterminados de losarchivos en la página 91.

Adición de pasos a un protocolo
Para añadir un paso a un protocolo
1.

Abra el protocolo en la ventana Protocol Editor (Editor de protocolos).

2.

Determine dónde desea insertar el nuevo paso. En la barra de herramientas, seleccione Before(Antes) o After (Después) en la lista desplegable Insert Step (Insertar paso).

3.

En el gráfico, seleccione el paso antes o después del que desea insertar el nuevo paso.

4.

En el panel izquierdo, haga clic en Insert Step (Insertar paso).

5.

Para cambiar la temperatura o el tiempo de espera, haga clic en el valor predeterminado del gráfico oen el esquema del protocolo y escriba un nuevo valor.

6.

(Opcional) En el panel izquierdo, haga clic en Step Options (Opciones del paso) para mostrar el
cuadro de diálogo Step Options (Opciones del paso) y modifique las opciones disponibles para elpaso seleccionado.

120 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

Consejo: Puede acceder al cuadro de diálogo Step Options (Opciones del paso) del menúcontextual en el panel del gráfico o en el panel del esquema del protocolo.
7.

Haga clic en OK (Aceptar) y, a continuación, en Yes (Sí) para guardar los cambios realizados en el
protocolo.
Aparece el cuadro de diálogo Save As (Guardar como).

8.

En el cuadro de diálogo Save As (Guardar como), escriba un nombre para el nuevo archivo deprotocolo y haga clic en Save (Guardar).

Insertar un paso de gradiente
Para insertar un paso de gradiente
1.

Verifique que el tamaño de la placa para el gradiente es el mismo que el tipo de bloque delinstrumento, 96 pocillos, 384 pocillos o pocillo profundo.

2.

Si todavía no lo ha hecho, seleccione el tamaño de placa para el gradiente:
Seleccione Tools (Herramientas) > Gradient Calculator (Calculadora de gradiente) y seleccione eltipo de pocillo adecuado en la lista desplegable.

3.

En la barra de herramientas, seleccione Before (Antes) o After (Después) en la lista desplegable
Insert Step (Insertar paso).

4.

En el gráfico o en el panel de esquema, seleccione el paso anterior o posterior al que va a insertar elnuevo paso de gradiente.

5.

En el panel izquierdo, haga clic en Insert Gradient (Insertar gradiente). El nuevo paso de gradiente
se destaca en el gráfico y el panel de esquema, por ejemplo:

Manual de usuario | 121

Capítulo 7 Crear protocolos

La temperatura de cada fila en el gradiente aparece en la tabla Gradient (Gradiente) en el panel
derecho.
6.

Para editar el rango de temperatura del gradiente, realice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en la temperatura predeterminada en el gráfico o panel de esquema e introduzca una
nueva temperatura.

nHaga clic en Step Options (Opciones del paso) para introducir el rango de gradiente en laventana Step Options (Opciones del paso).

n

Cambie el valor de Range (Rango) en la tabla Gradient (Gradiente).

7.

Para editar el tiempo de espera, haga clic en el tiempo por defecto en la vista de gráfico o de texto e
introduzca un tiempo nuevo.

8.

Haga clic en Ok (Aceptar) y a continuación en Yes (Sí) para guardar los cambios.

Insertar un paso GOTO
Nota: No puede insertar un paso GOTO dentro de un grupo GOTO; no puede crear bucles de GOTO
unos dentro de otros.

122 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

Para insertar un paso GOTO
1.

En la barra de herramientas, seleccione Before (Antes) o After (Después) de la lista desplegable
Insert Step (Insertar paso).

2.

En el gráfico, seleccione el paso antes o después del que desea insertar el paso GOTO.

3.

En el panel izquierdo, haga clic en Insert GOTO (Insertar GOTO).

4.

Para editar el número de paso GOTO o el número de repeticiones GOTO, seleccione el número por
defecto en el gráfico o panel del esquema e introduzca un nuevo valor.

5.

Haga clic en Ok (Aceptar) y a continuación en Yes (Sí) para guardar los cambios.

Introducir un paso de curva de fusión
Consejo: No puede introducir un paso de curva de fusión dentro de un bucle GOTO.
Nota: El paso de curva de fusión incluye una retención de 30 segundos al principio del paso que nose muestra en el protocolo.

Para introducir un paso de curva de fusión
1.

En la barra de herramientas, seleccione Before (Antes) o After (Después) de la lista desplegable
Insert Step (Insertar paso).

2.

En el gráfico, seleccione el paso anterior o posterior al que va insertar el paso de la curva de fusión.

Manual de usuario | 123

Capítulo 7 Crear protocolos

3.

En el panel izquierdo, haga clic en Insert Melt Curve (Insertar curva de fusión). El nuevo paso decurva de fusión aparece destacado en el gráfico y el panel del esquema, por ejemplo:

4.

Para editar el rango de temperatura de fusión o aumentar el tiempo, seleccione el número por
defecto en el gráfico o panel del esquema e introduzca un nuevo valor.

5.

Haga clic en Ok (Aceptar) y a continuación en Yes (Sí) para guardar los cambios.

124 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos)

Añadir o eliminar un paso de lectura de placa
Consejo: Después de añadir un comando de lectura de placa a un paso, el botón cambia a Remove
Plate Read (Eliminar lectura de placa) cuando selecciona dicho paso.

Para añadir una lectura de placa a un paso
1.

En la barra de herramientas, seleccione Before (Antes) o After (Después) de la lista desplegable
Insert Step (Insertar paso).

2.

En el gráfico, seleccione el paso antes o después del cual desea insertar el paso de lectura de placa.

3.

En el panel de la izquierda, haga clic en Add Plate Read to Step (Añadir lectura de placa al paso)para añadir una lectura de placa al paso seleccionado.

4.

Haga clic en Ok (Aceptar) y a continuación en Yes (Sí) para guardar los cambios.

Para eliminar una lectura de placa de un pasou

En el gráfico, seleccione el paso que contiene la lectura de placa y haga clic en Remove Plate Read
(Eliminar lectura de placa) en el panel de la izquierda.

Cambiar las opciones de los pasos
Para cambiar las opciones para un paso seleccionado
1.

Seleccione el paso seleccionado en el gráfico o el panel de esquema.

2.

En el panel izquierdo, haga clic en Step Options (Opciones del paso) para abrir el cuadro de diálogo
Step Options (Opciones del paso).
Si no, haga clic derecho en el paso objetivo en cualquier panel y seleccione Step Options (Opciones
del paso) en el menú que aparece.

3.

Para añadir, modificar o eliminar opciones:n

Introduzca un valor en el cuadro de texto adecuado.

n

Edite un valor en el cuadro de texto correspondiente.

nMarque o desmarque una casilla de verificación.

4.

Haga clic en Ok (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo Step Options(Opciones del paso).

5.

Haga clic en OK (Aceptar) y después en Yes (Sí) para guardar el protocolo.

Manual de usuario | 125

Capítulo 7 Crear protocolos

Eliminar un paso
Importante: No puede deshacer esta función. Tenga cuidado al eliminar pasos.

Para eliminar un paso en el protocolo
1.

Seleccione el paso en el panel del gráfico o esquema.

2.

En el panel de la izquierda, haga clic en Delete Step (Eliminar paso) para eliminar el paso
seleccionado.

3.

Haga clic en OK (Aceptar) y a continuación en Yes (Sí) para guardar el protocolo.

Copiar, exportar o imprimir un protocolo
Para copiar un protocolouHaga clic con el botón derecho sobre el esquema del protocolo y seleccione Copy Protocol (Copiar
protocolo).
Puede pegar el esquema en un archivo .txt, .xls, .doc o .ppt.

Para exportar un protocolo
1.

Haga clic con el botón derecho sobre el esquema del protocolo y seleccione Export Protocol(Exportar protocolo).
Aparece el cuadro de diálogo Save As (Guardar como).

2.

(Opcional) En Windows Explorer (Explorador de Windows), navegue hacia una carpeta en la que
guardar el archivo del protocolo.

3.

En File name (Nombre de archivo), escriba un nombre para el archivo del protocolo exportado.

4.

Haga clic en Save (Guardar).

Para imprimir un protocolouHaga clic con el botón derecho sobre el esquema del protocolo y seleccione Print (Imprimir).
Puede imprimir el esquema del protocolo en la impresora predeterminada.

126 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un protocolo con el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático)Crear un protocolo con el Protocol AutoWriter (Escritor deprotocolos automático)
Importante: Bio-Rad no garantiza que la ejecución de un protocolo creado con Protocol AutoWriter(Escritor de protocolos automático) siempre dará un producto de PCR.
El Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático) de CFX Maestro Dx SE automáticamente
genera protocolos cíclicos basados en los siguientes parámetros de entrada:nAmplicon lenght (Longitud de amplicón): la longitud estimada del producto de PCR.

n

Annealing temperature (Temperatura de hidridación): la Tade reacción de los cebadores utilizados.
Si se desconoce la Ta, puede utilizar la calculadora de Ta para calcularla automáticamentebasándose en las secuencias de cebadores.
Nota: La Ta se ajusta a partir de la información de la temperatura (Tm) de fusión de loscebadores, que se basa en la encima seleccionada y la velocidad del protocolo.

n

Enzyme type (Tipo de encima): la encima ADN-polimerasa (ADN-polimerasa de iTaq, iProof u otro).
Si utiliza una encima diferente a ADN-polimerasa de iTaq o iProof, puede introducir más información,
incluido el rango de gradiente, el tiempo de activación en caliente (en segundos) y el tiempo deextensión final (en segundos).

n

Run speed (Velocidad de ejecución): la velocidad de reacción (Standard (Estándar), Fast (Rápida) o
Ultrafast (Ultrarrápida)).
El Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático) optimiza el protocolo dependiendo de laconfiguración de velocidad seleccionada. El tiempo total de ejecución se determina por el número depasos y ciclos, el tiempo de incubación en cada paso y el tiempo que lleva alcanzar la uniformidad ala temperatura objetivo.

Utilizando los parámetros que ha introducido y las normas de PCR estándar, el Protocol AutoWriter(Escritor de protocolos automático) genera automáticamente un protocolo de PCR personalizado con
arranque en caliente, desnaturalización inicial, hidridación y pasos de extensión. Puede entonces
visualizar una representación gráfica del protocolo sugerido y editar, ejecutar o guardar el protocolo.

Manual de usuario | 127

Capítulo 7 Crear protocolos

Para crear un nuevo protocolo utilizando el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos
automático) del CFX Maestro Dx SE:
1.

En la ventana Home (Inicio), seleccione Tools (Herramientas) > Protocol AutoWriter (Escritor deprotocolos automático).
Aparece el cuadro de diálogo del Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático).

2.

En la sección Enter Target Values/Enzyme (Introducir valores objetivo/encima), haga lo siguiente:nIntroduzca la temperatura de hidridación (Ta) para los cebadores, si se conoce.
Consejo: Consulte Utilizar la Ta Calculator (Calculadora de Ta) en la página 129 paraobtener más información.
Nota: Para obtener más información acerca de los cálculos utilizados en la calculadora deTa, consulte Breslauer et al. 1986.

nIntroduzca la longitud de amplicón en pares de bases (bp).

nSeleccione un tipo de encima de la lista de opciones (iTaq DNA polymerase (ADN-polimerasade iTaq), iProof DNA polymerse (ADN-polimerasa de iProof) u Other (Otro)).
Consejo: Si selecciona Other (Otro) como el tipo de encima, los parámetros de la sección
Additional Parameters (Parámetros adicionales) (opcional) se activan.

128 | Software CFX Maestro Dx SE

Utilizar la Ta Calculator (Calculadora de Ta)

3.

Si ha seleccionado Other (Otro) como el tipo de encima, puede añadir cualquiera de los siguientes
parámetros, o todos, al protocolo:n

Gradient range (Rango de gradiente)n

Hot start activation temperature (Temperatura de activación en caliente)nFinal extension time (Tiempo de extensión final)

4.

En la sección Type (Tipo), mueva la barra de deslizamiento para seleccionar una velocidad deprotocolo (Standard (Estándar), Fast (Rápida) o Ultrafast (Ultrarrápida). El CFX Maestro Dx SE
ajusta el tiempo de ejecución total.

5.

Seleccione el tipo de PCR para ejecutar (el PCR en tiempo real es el predeterminado).
Con el PCR en tiempo real, el CFX Maestro Dx SE añade un paso de lectura de placa para recopilar
datos de fluorescencia.

6.

En el apartado Preview (Previsualizar), revise el protocolo. Puede realizar cambios según sea
necesario.

7.

Realice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar el protocolo nuevo. Después de guardarlo, el protocolo
se abre en el Startup Wizard (Asistente de inicio). Haga clic en Edit Selected (Editar
seleccionado) para realizar cambios en el protocolo. Por ejemplo, es posible que necesite
cambiar la temperatura de la tapa y el volumen de la muestra.

nHaga clic en Cancel (Cancelar) para cerrar la ventana sin guardar el protocolo.

Utilizar la Ta Calculator (Calculadora de Ta)
Cuando se desconoce la temperatura de hidridación del cebador, puede utilizar la Ta Calculator(Calculadora de Ta) para calcular el valor. Puede utilizar el valor del Protocol AutoWriter (Escritor deprotocolos automático) o del Protocol Editor (Editor de protocolos) para crear su protocolo.

Acerca de la calculadora de Ta
La calculadora de Ta calcula el valor de Tm para cada cebador, así como el valor de Ta para el protocolo ala velocidad estándar.
La calculadora de Ta del protocolo se basa en los valores Tm promedio del cebador aplicando lassiguientes reglas:n

Si la diferencia entre los valores de Tm del cebador es >4 °C, el valor de Ta = (el menor de los valores
de los dos valores de Tm del cebador +2) –4 °C

Manual de usuario | 129

Capítulo 7 Crear protocolosn

Si la diferencia entre los valores de Tm es de ≤4 °C, el valor de Ta = (la media de los valores de Tm
del cebador) –4 °C

Método de recuento de pares de basePara cada cebador, la calculadora de Ta usa el método de conteo de par de base para secuencias de 14pares de base (bp) o menos.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
donde «w», «x», «y» y «z» son los números de las bases A, T, G y C en la secuencia, respectivamente.

Método del vecino más próximo
Para secuencias de más de 14 bp de longitud, se utiliza el método del vecino más próximo. En el método
del vecino más próximo, los cálculos de la temperatura de fusión se basan en la relación termodinámica
entre entropía (orden o medida de la aleatoriedad del oligonucleótido), entalpía (calor liberado oabsorbido por el oligonucleótido), energía libre y temperatura.
∆H = ∆G + T* ∆S
donde:n∆H = Valor de entalpía, Cal/Mol*Kn

T = Temperatura, Kelvinn∆S = Valor de entropía, Cal/Mol*Kn∆G = Energía libre de Gibbs en Cal/Mol*K

El cambio en entropía y entalpía se calcula directamente sumando los valores para los pares denucleótidos que aparecen en la Tabla 8 (Breslauer et al. 1986).
La relación entre la energía libre y la concentración de reactivos y productos en equilibrio viene dada por:
∆G = R*T*ln ((ADN*Cebador)/(ADN + Cebador))donde R es la constante universal de los gases ideales (1,986 Cal/Mol*K).
Sustituyendo G en las dos ecuaciones y resolviendo la T da como resultado
T = ∆H/(∆S + R*Ln((ADN*Cebador)/(ADN + Cebador)))suponiendo que la concentración de ADN y ADN-cebador es la misma.
Se ha demostrado empíricamente que hay un cambio de 5 kcal de energía libre (3,4 kcal) (Sugimoto et al.
1996) durante la transición desde ADN monocatenario a ADN forma B. Se trata, posiblemente, deenergía de iniciación de la hélice. Finalmente, añadir un ajuste de sal proporciona la ecuación que usa lacalculadora de Ta :130 | Software CFX Maestro Dx SE

Utilizar la Ta Calculator (Calculadora de Ta)

T =(∆H – 5(KCal/K*Mol))/(∆S + (R * ln(1/(cebador)))) + 16,6 log10 (molaridad de la sal)
No se requiere una constante de ajuste para la concentración de la sal, dado que los diversos parámetros
se determinaron con NaCl 1 M y el log10 de 1 es cero.
Los cálculos termodinámicos suponen que la hidridación ocurre a pH 7.0. Los cálculos de Tm suponen
que las secuencias no son simétricas y contienen al menos una G o C.
La secuencia de oligonucleótido debería tener al menos 14 bases de longitud para ofrecer valores de Tm
razonables. Con menos de 14 bases se usa el método de recuento de par de bases (consulte la Tabla 8 acontinuación).
Tabla 8. Constantes de interacción de Breslauer

Interacción

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

Manual de usuario | 131

Capítulo 7 Crear protocolos

Utilizar la calculadora de Ta
Para utilizar la calculadora Ta
1.

Para abrir la calculadora Ta, realice una de las siguientes acciones:n

Si está actualmente en el Protocol AutoWriter (Escritor de protocolos automático), haga clic en
Ta Calculator (Calculadora de Ta).

n

En la ventana Home (Inicio), seleccione Tools (Herramientas) > Ta Calculator (Calculadora deTa).

Aparece el cuadro de texto Ta Calculator (Calculadora de Ta).

2.

En el cuadro de texto Forward Primer (Cebador directo), escriba o pegue la secuencia del cebador
directo.
Consejo: Puede utilizar los botones A, T, G y C a la izquierda del cuadro de diálogo para
introducir la secuencia.

3.

Escriba o pegue la secuencia del cebador indirecto en el cuadro de texto Reverse Primer (Cebador
indirecto).

4.

Haga clic en Calculate (Calcular).

132 | Software CFX Maestro Dx SE

Utilizar la Ta Calculator (Calculadora de Ta)

La Ta Calculator (Calculadora de Ta) calcula y muestra la Tm de cada cebador y los valores medios
de Tm y Ta;por ejemplo:

Si los valores de Tm de los cebadores distan en más de 4 °C, el Protocol AutoWriter (Escritor deprotocolos automático) utiliza el valor de Tm del cebador más bajo + 2 °C como base para calcular elvalor de Ta, que usted puede modificar posteriormente cambiando la enzima y la velocidad dereacción.
La calculadora de Ta genera una temperatura de hidridación para la velocidad estándar con
polimerasa de ADN iTaq. Al utilizar una enzima diferente, la configuración de velocidad ajusta
inmediatamente la Ta.
5.

Realice una de las siguientes acciones:n

Si ha abierto la Ta Calculator (Calculadora de Ta) desde el Protocol AutoWriter (Escritor deprotocolos automático), haga clic en OK (Aceptar). Para volver al Protocol AutoWriter (Escritor
de protocolos automático). La temperatura de hidridación se modifica automáticamente.

n

Si ha abierto la Ta Calculator (Calculadora de Ta) desde el menú Tools (Herramientas), registre
los cálculos y haga clic en Cancel (Cancelar) para cerrar la calculadora.

Manual de usuario | 133

Capítulo 7 Crear protocolos

134 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 8 Preparar placas
Un archivo de placa contiene información sobre parámetros de ejecución, como el modo de análisis, losfluorocromos y los contenidos de los pocillos. Después de la ejecución, el Software CFX Maestro Dx,
Security Edition vincula el contenido de los pocillos con los datos de fluorescencia recopilados durante laejecución y aplica el análisis adecuado en la ventana Data Analysis (Análisis de datos). Por ejemplo, lospocillos cargados con un tipo de muestra estándar se usan para generar una curva normalizada.
El CFX Maestro Dx SE proporciona dos opciones para crear placas: El Plate Editor (Editor de placas)para ejecuciones de PCR en tiempo real y el Setup Wizard (Asistente de configuración) para análisis deexpresión génica normalizada.
El Plate Editor (Editor de placas) incluye las siguientes funciones:n

Fluorocromos estándar y tipos de muestra para asignar a los pocillos de la placanCapacidad para establecer objetivos de referencia y muestras de control para el análisis deexpresión genética

nCapacidad para editar la configuración de la placa antes, durante o después de una ejecuciónnCapacidad para guardar archivos de placa para su reutilizaciónnCapacidad para imprimir el archivo de placa en una impresora por predeterminada

El Setup Wizard (Asistente de configuración) le guía para crear un esquema de placa para el análisis deexpresión genética normalizada. Puede usar el Setup Wizard (Asistente de configuración) antes, durante
o después de una ejecución.

Manual de usuario | 135

Capítulo 8 Preparar placas

Ventana del Plate Editor (Editor de placas)
Puede utilizar el Plate Editor (Editor de placas) para crear placas personalizadas o modificar placas
existentes.

LEYENDA1.

La barra de menú proporciona un acceso rápido a los comandos del menú File (Archivo) y
Settings (Ajustes), así como a las opciones de herramientas de edición de placas.

2.

La barra de herramientas proporciona un acceso rápido a funciones importantes de carga deplacas.

3.

El panel principal presenta el esquema de la placa y las opciones de la placa conforme lasaplica.

4.
5.

El panel derecho muestra las opciones que utiliza para personalizar su placa.
El panel inferior presenta el tipo de placa y proporciona un acceso rápido a la visualización delas opciones.

Comandos del menú File (Archivo)
Save (Guardar): guarda el archivo de datos de la placa en la ubicación especificada en la pestaña File
(Archivo) en el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario). Consulte Cambiar los

136 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana del Plate Editor (Editor de placas)

ajustes predeterminados de los archivos en la página 91 para obtener más información. Este elementodel menú solo está disponible al crear un nuevo archivo de placa.
Save As (Guardar como): guarda el archivo de datos de placa abierto con el nombre nuevo que
introduzca. Este elemento del menú solo está disponible al crear un nuevo archivo de placa.
File Passwords (Contraseñas de archivo): permite a los usuarios configurar las contraseñas para
guardar y abrir archivos.
Extract Plate (Extraer placa): abre un cuadro de diálogo en el que puede extraer/guardar el archivo deplaca (.pltd). Este elemento del menú solo está disponible al ver o editar un archivo de placa existente.
Print (Imprimir): imprime el archivo de datos de placa abierto.
Close (Cerrar): cierra el Plate Editor (Editor de placas).

Comandos del menú Edit (Editar)
Undo (Deshacer): revierte un cambio en un archivo de placa hasta que se guarda el archivo de la placa.
Redo (Rehacer): revierte la acción más reciente de Undo (Deshacer) salvo que el archivo de la placa sehaya guardado.

Comandos del menú Settings (Ajustes)
Plate Size (Tamaño de placa): abre un cuadro de diálogo desde el que puede seleccionar un tamaño deplaca para la ejecución.
Nota: El tamaño de la placa debe ser el mismo que el tamaño de bloque del instrumento en elque se realiza la ejecución.
Elija 96 pocillos para:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Elija 384 pocillos para:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Tipo de placa): le permite seleccionar el tipo de pocillo de la placa que alberga las muestras;
puede ser BR White (BR blanco) o BR Clear (BR claro). Para obtener un análisis de datos preciso, el tipo
de placa seleccionado debe ser el mismo que el tipo de placa utilizado en la ejecución.
Nota: Debe calibrar los tipos de placa nuevos. Consulte Calibrar nuevos tintes en la página 83
para obtener más información.

Manual de usuario | 137

Capítulo 8 Preparar placas

Number Convention (Convención de número): le permite seleccionar o deseleccionar la opción demostrar unidades en una anotación científica. El modo predeterminado es mostrar unidades en una
anotación científica.
Units (Unidades): le permite seleccionar las unidades a mostrar en las hojas de cálculo cuando realiza la
cuantificación de desconocidos frente a la curva normalizada.

Comandos del menú Editing Tools (Herramientas de edición)
Setup Wizard (Asistente de configuración): abre el Setup Wizard (Asistente de configuración), en el quepuede configurar los parámetros de esquema y análisis para la placa actual. Puede usar el Setup Wizard(Asistente de configuración) antes, durante o después de la finalización de una ejecución.
Spreadsheet View/Importer (Vista/Importador de hoja de cálculo): abre el cuadro de diálogo View (Ver),que muestra el esquema de la placa como una plantilla en formato de hoja de cálculo. Puede usar este
cuadro de diálogo para exportar o importar datos de plantillas de placa en formato .csv.
Flip Plate (Girar placa): gira los contenidos de la placa 180o.

Comandos de la barra de herramientas
Invierte un cambio realizado en una placa. El CFX Maestro Dx SE puede
deshacer hasta diez acciones.
Invierte la acción de Undo (Deshacer) más reciente. El CFX Maestro Dx
SE puede rehacer hasta diez acciones.
Guarda el archivo de placa actual.

Muestra una lista desplegable desde la que puede aumentar o disminuir
la ampliación de la vista de placa.
Muestra una lista desplegable desde la que puede seleccionar un modode análisis, que da instrucciones al instrumento sobre los canales desdelos que recopilar datos de fluorescencia durante una ejecución.
Abre el Well Groups Manager (Gestor de grupos de pocillos), que puede
usar para crear grupos de pocillos para la placa actual.
Muestra un cuadro de diálogo en el que puede elegir los colores ysímbolos para los trazos de amplificación.

138 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana del Plate Editor (Editor de placas)

Abre el cuadro de diálogo View (Ver), que muestra el esquema de placa
como una plantilla en formato de hoja de cálculo. Puede usar este cuadro
de diálogo para exportar o importar datos de plantillas de placa en
formato .csv.
Abre el Setup Wizard (Asistente de configuración), en el que puede
configurar la disposición y los parámetros de análisis para la placa actual.
Puede usar el Setup Wizard (Asistente de configuración) antes, durante o
después de una ejecución.
Abre la pestaña Plate (Placa) en el cuadro de diálogo User Preferences(Preferencias de usuario), donde puede definir los parámetros dedisposición de la placa y crear o eliminar nombres de objetivos, muestras
o grupos biológicos. Los cambios que realice en la pestaña Plate (Placa)
estarán disponibles la próxima vez que abra el Plate Editor (Editor deplacas).
Muestra los pasos necesarios para configurar una placa y cargar lospocillos.

Manual de usuario | 139

Capítulo 8 Preparar placas

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placas
Utilizando el Plate Editor (Editor de placas), puede crear archivos de placa personalizados. Puedetambién editar y guardar archivos de placas guardados anteriormente o archivos de placas de muestra
enviados con el Sistema CFX Opus Dx.
Para crear un nuevo archivo de placa, realice una de las siguientes acciones:n

Abra un archivo de placa en el Plate Editor (Editor de placas).

n

Seleccione el tipo de la placa.
Nota: El tipo de placa para el archivo de placa debe ser el mismo que la placa en el módulo dereacción.

nSeleccione el modo de análisis a utilizar en el protocolo.

n

Seleccione los fluorocromos a utilizar en la placa.

nSeleccione el tipo de muestra, los objetivos y las muestras.

n

Seleccione las repeticiones técnicas, si procede.

nGuarde el esquema de la placa.

Consejo: Para crear una nueva paca a partir de archivos de placas guardados anteriormente o dearchivos de placa de muestra, consulte Abrir una placa existente en el editor de placas en la página
142.

Abrir un archivo de placa nuevo en el editor de placas
El CFX Maestro Dx SE ofrece múltiples opciones para abrir un nuevo archivo de placa:n

Desde la ventana Home (Inicio)n

Desde el cuadro de diálogo del Startup Wizard (Asistente de inicio)n

Desde el cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de la ejecución)

Para abrir un nuevo archivo de placa desde la ventana Home (Inicio)u

Seleccione File (Archivo) > New (Nuevo) > Plate (Placa).
Se abre la ventana del Plate Editor (Editor de placas), mostrando el archivo de placa predeterminado
para el instrumento seleccionado.
Consejo: Para obtener información sobre cómo configurar el archivo de placa predeterminado,
consulte Cambiar los ajustes predeterminados de los archivos en la página 91.

140 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placas

Para abrir un nuevo archivo de placa desde el Startup Wizard (Asistente de inicio)
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones para abrir el Startup Wizard(Asistente de inicio) si no está ya visible:nSeleccione View (Ver) > Startup Wizard (Asistente de inicio).

nHaga clic en Startup Wizard (Asistente de inicio) en la barra de herramientas.

2.

Si es necesario, seleccione el tipo de instrumento en la lista desplegable.

3.

Para crear una nueva placa, haga clic en User-defined (Definido por el usuario) como tipo deejecución.
El cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de la ejecución) se abre mostrando la pestaña
Protocol (Protocolo).

4.

Haga clic en la pestaña Plate (Placa) y haga clic en Create New (Crear nueva).
La ventana Plate Editor (Editor de placas) se abre mostrando el esquema de placa predeterminado
para el instrumento seleccionado.

Para abrir un nuevo archivo de placa desde el cuadro Run Setup (Configuración de laejecución)
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones para abrir el cuadro de diálogoRun Setup (Configuración de la ejecución):nSeleccione Run (Ejecución) > User-defined Run (Ejecución definida por el usuario).

nHaga clic en User-defined Run Setup (Configuración de ejecución definida por el usuario) en labarra de herramientas.

El cuadro de diálogo Run Setup (Configuración de la ejecución) se abre en la pestaña Protocol(Protocolo).
2.

Para crear una nueva placa, haga clic en la pestaña Plate (Placa) y haga clic en Create New (Crearnueva).
La ventana Plate Editor (Editor de placas) se abre mostrando la disposición de placa predeterminada
para el instrumento seleccionado.

Manual de usuario | 141

Capítulo 8 Preparar placas

Abrir una placa existente en el editor de placas
El CFX Maestro Dx SE proporciona archivos de la placa de muestra que puede editar y guardar como
una nueva placa. También puede crear un nuevo archivo de placa de un archivo de placa guardado
anteriormente.

Para abrir un archivo de placa de muestras
1.

En la ventana Home (Inicio), seleccione File (Archivo) > Open (Abrir) > Plate (Placa).
El Explorador de Windows abre la ubicación de la carpeta de archivos de Sample (Muestra) del
Sistema CFX Opus Dx.

2.

Abra la carpeta de archivos Sample (Muestra) y, a continuación, abra la carpeta Plates (Placas).

3.

Seleccione un archivo de placa y haga clic en Open (Abrir).
El archivo de placa de muestra se abre en la ventana Plate Editor (Editor de placas).

4.

Seleccione File (Archivo) > Save As (Guardar como) y guarde el archivo de la placa con un nombre
nuevo o en una nueva carpeta.

Para abrir un archivo de placa guardado anteriormente
1.

En la ventana Home (Inicio), realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione File (Archivo) > Open (Abrir) > Plate (Placa), navegue y seleccione la placa que
desee; a continuación, haga clic en Open (Abrir).

nAbra el Startup Wizard (Asistente de inicio) y realice una de las siguientes acciones:oPara editar un archivo de placas existente, haga clic en Select Existing (Seleccionar
existente) y navegue al archivo que desee.

oPara editar el archivo de placa presentado, haga clic en Edit Selected (Editar
seleccionado).

La placa en particular se abre en la ventana del Plate Editor (Editor de placas).
2.

Seleccione File (Archivo) > Save As (Guardar como) y guarde el archivo de la placa con un nombre
nuevo o en una nueva carpeta.

142 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placas

Configurar un nuevo archivo de placa
Consejo: Si su archivo de placa incluye los parámetros requeridos (por ejemplo, si está editando
una muestra o un archivo de placa existente), puede saltarse esta sección. Vaya a Asignar
parámetros opcionales al archivo de placa en la página 151.
Los nuevos archivos de placa requieren los siguientes parámetros:nPlate size (Tamaño de placa)nPlate type (Tipo de placa)n

Scan mode (Modo de análisis)n

Un fluorocromo (tinte)n

Un tipo de muestra

Seleccionar el tamaño y el tipo de placa
Importante: Debe seleccionar un tamaño de placa durante la configuración de la placa. No puedecambiar el tamaño de la placa durante o después de una ejecución.
El software aplica el tamaño y el tipo de la placa a todos los pocillos durante la ejecución. Asegúrese deque el tamaño de placa seleccionado es el mismo que el de la placa que va a usar en la ejecución.
Los sistemas de CFX Opus Dx de Bio-Rad están calibrados de fábrica para muchas combinaciones deplacas y colorantes fluorescentes. La calibración es específica para el tipo de instrumento, tinte y placa.
Asegúrese de que el fluorocromo que va a usar está calibrado para el tipo de placa que ha seleccionado.
Consejo: Para calibrar una nueva combinación de tipo de tinte y placa en un instrumento,
seleccione Tools (Herramientas) > Calibration Wizard (Asistente de calibración). Para obtener más
información sobre calibrar tintes y tipos de placa, consulte Calibrar nuevos tintes en la página 83.

Seleccionar el modo de análisis
Los sistemas CFX Opus 96 Dx y CFX Opus Deepwell Dx excitan y detectan fluoróforos en cinco canales(más FRET). El sistema CFX Opus 384 Dx excita y detecta fluoróforos en cuatro canales (más FRET).
Todos los sistemas utilizan varios modos de análisis de adquisición de datos para recoger datos defluorescencia durante una ejecución.
El CFX Maestro Dx SE proporciona tres modos de análisis:n

All Channels (Todos los canales)oEscanea los canales del 1 al 5 en los sistemas CFX Opus 96 Dx y CFX Opus Deepwell Dx.

oAnaliza los canales del 1 al 4 en el sistema CFX Opus 384 Dx.

Manual de usuario | 143

Capítulo 8 Preparar placasnn

SYBR®/FAMoAnaliza solo el canal 1.

oProporciona un análisis rápido.

FREToAnaliza solo el canal FRET.

o

Proporciona un análisis rápido.

Seleccionar fluorocromos
Importante: Antes de empezar la ejecución, los sistemas CFX verifican que los fluorocromos que haespecificado en la placa están calibrados para ese instrumento. No puede ejecutar una serie en una
placa si incluye fluorocromos que no se han calibrado para ese instrumento.
Debe cargar al menos un fluorocromo en el esquema de la placa antes de la ejecución. Puede añadir
todos los fluorocromos que sean necesarios, pero como mínimo la placa debe contener uno. Los
fluorocromos seleccionados aparecen como opciones para objetivos en Target Names (Nombres deobjetivos).
Utilice el cuadro de diálogo Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos) para cargar fluorocromos (otintes de placa) en los controles de carga de pocillos del Plate Editor (Editor de placas) Los fluorocromos
que aparecen en el cuadro de diálogo Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos) dependen delmodo de análisis que seleccione:n

All Channels (Todos los canales)
Aparecen todos los fluorocromos disponibles.
Consejo: Puede añadir tantos fluorocromos como sea necesario, pero solo puede cargar un
fluorocromo por canal en cada pocillo.

n

SYBR®/FAM
Solo aparecen los fluorocromos del canal 1.

n

FRET
Solo aparece el fluorocromo del canal 6.
Consejo: El fluorocromo FRET del canal 6 solo aparece cuando se selecciona FRET comomodo de análisis. No está disponible para el modo de análisis All Channels (Todos los canales).

Nota: No puede añadir o eliminar fluorocromos directamente desde el cuadro de diálogo SelectFluorophore (Seleccionar fluorocromos). Debe calibrar los fluorocromos nuevos en un instrumento
mediante el Dye Calibration Wizard (Asistente de calibración de tinte). Después de la calibración, el

144 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placas

nuevo fluorocromo se añade automáticamente a la lista. Para obtener más información, consulte
Calibrar nuevos tintes en la página 83.

Seleccionar tipos de muestras
Importante: Debe seleccionar al menos un tipo de muestra para asignar a los pocillos de la placa
antes de la ejecución.
El CFX Maestro Dx SE ofrece cinco tipos de muestra:nUnknown (Desconocido)nStandard (Estándar)n

NTC (Sin control de plantilla)nPositive Control (Control positivo)n

Negative Control (Control negativo)n

NRT (Sin transcriptasa inversa)

Usted asigna los tipos de muestra a los pocillos de la placa.

Configurar una nueva placa
Para configurar una nueva placa
1.

Abra una nueva placa en la ventana Plate Editor (Editor de placa).

2.

Para establecer un tamaño de placa, seleccione Settings (Ajustes) > Plate Size (Tamaño de placa) y
seleccione el tamaño de placa adecuado en el menú desplegable.

3.

Para establecer un tipo de placa, seleccione Settings (Ajustes) > Plate Type (Tipo de placa) y
seleccione BR White (BR blanco) o BR Clear (BR claro) en el menú desplegable.

4.

Opcionalmente, puede cambiar la convención de número y las unidades de presentación en el menú
Settings (Ajustes):nPara cambiar la convención de número, seleccione Settings (Ajustes) > Number Convention(Convención de número) y seleccione Scientific Notation (Anotación científica).
Consejo: La anotación científica está seleccionada de forma predeterminada. En estecaso, seleccionar Scientific Notation (Anotación científica) deselecciona los valores
predeterminados y establece la convención de número al formato estándar.

nPara cambiar las unidades de presentación, seleccione Settings (Ajustes) > Units (Unidades) y
seleccione un nuevo valor para la unidad.

Manual de usuario | 145

Capítulo 8 Preparar placas

5.

Para establecer un modo de análisis, seleccione el modo de análisis adecuado en la lista
desplegable Scan Mode (Modo de análisis) en la barra de herramientas de la ventana del Plate
Editor (Editor de placas).

6.

Seleccione los fluorocromos requeridos para la placa:a.

En el panel derecho, haga clic en Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos).
Aparece el cuadro de diálogo Select Fluorophores (Seleccionar fluorocromos). Puede ver los
fluorocromos disponibles para el tipo de modo de análisis que ha seleccionado en el Paso 5, por
ejemplo:b.

Para seleccionar un fluorocromo, haga clic en la casilla Selected (Seleccionado).
Consejo: Para eliminar un fluorocromo de la lista, deseleccione la casilla Selected(Seleccionado).

c.

Para cambiar el color de presentación del fluorocromo, haga clic en el cuadro Colorcorrespondiente.
Nota: El color que ha seleccionado representa el fluorocromo en la ventana del Plate Editor(Editor de placas) y en los gráficos de la ventana Data Analysis (Análisis de datos).

146 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placas

7.

d.

En el cuadro de diálogo Color, seleccione el color que desee o haga clic en Define Custom
Colors (Definir colores personalizados) para crear un nuevo color con el que representar elfluorocromo.

e.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y salir del cuadro de diálogo SelectFluorophores (Seleccionar fluorocromos).

Debe seleccionar al menos un pocillo en el que cargar un tipo de muestra. De forma predeterminada,se selecciona el pocillo A1.
En el panel de la placa, realice una de las siguientes acciones:n

Para cargar varios pocillos adyacentes, haga clic en un pocillo y arrastre hasta el último pocillo a
seleccionar.

nPara cargar varios pocillos no adyacentes, mantenga pulsada la tecla Control y haga clic en
cada pocillo.

nPara cargar una columna entera con el mismo tipo de muestra, haga clic en el número de lacolumna.

n

Para cargar una fila entera, haga clic en su número de fila.

nPara cargar toda la placa, haga clic en la esquina superior izquierda de la placa.

Por ejemplo:

Manual de usuario | 147

Capítulo 8 Preparar placas

8.

Asigne un tipo de muestra al pocillo o pocillos seleccionados del menú desplegable Sample Type
(Tipo de muestra).

9.

Asigne al menos un fluorocromo para todos los pocillos que contienen un tipo de muestra. Puede
asignar más de un fluorocromo a un pocillo o a un grupo de pocillos.
Nota: Puede asignar solo un fluorocromo por canal. No puede asignar más de un fluorocromodel mismo canal al mismo pocillo.
Consejo: Puede asociar un objetivo con el fluorocromo o puede asignar solo el fluorocromo al
pocillo en este momento y asociar un objetivo al fluorocromo después de ejecutar elexperimento.
nPara asignar solo un fluorocromo a los pocillos seleccionados, en el apartado Target Names(Nombres de objetivos) del panel derecho, seleccione la casilla Load (Cargar) para elfluorocromo específico.

nPara asociar un objetivo con un fluorocromo, en el apartado Target Names (Nombres deobjetivos), seleccione un nombre objetivo de la lista desplegable para el fluorocromo específico.
El software selecciona automáticamente la casilla de verificación Load (Cargar)
correspondiente.

10. En el caso de los pocillos que contienen un tipo de muestra Standard (Estándar), debe cargar una
concentración. Cada pocillo puede tener un valor de concentración diferente. De forma
predeterminada, el CFX Maestro Dx SE carga una concentración de 1,00 E+ 06 en todos los pocillos
con un tipo de muestra Standard (Estándar). Puede modificar el valor en caso necesario.
a.

En el panel de la placa, seleccione el pocillo o grupo de pocillos Standard (Estándar).

b.

En el apartado Concentration (Concentración), haga clic en Load (Cargar) para cargar el valor
en el pocillo o pocillos seleccionados.

148 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear un archivo de placa utilizando el editor de placasc.

(Opcional) Para cargar otra concentración, escriba el nuevo valor en el cuadro de texto
Concentration (Concentración) y pulse Enter (Intro).

d.

Realice este paso en todos los pocillos con el tipo de muestra Standard (Estándar).
Consejo: Para cargar la misma concentración en todos los pocillos Standard (Estándar),
asegúrese de que aparece All (Todos) en la lista desplegable bajo el valor Concentration(Concentración). Para cargar el mismo valor de concentración en todos los pocillos con un
fluorocromo específico, haga clic en la lista desplegable y seleccione el fluorocromo.

11. Haga clic en OK (Aceptar) para guardar la placa nueva.

Manual de usuario | 149

Capítulo 8 Preparar placas

Elementos del menú contextual de la herramienta Plate Editor (Editor de placas)
En la Tabla 9 se muestran los elementos del menú disponibles en la herramienta Plate Editor (Editor deplacas) cuando hace clic con el botón derecho en cualquier pocillo en la herramienta. Este menú también
aparece en Spreadsheet View/Importer (Vista de hoja de cálculo/Importador).
Tabla 9. Elementos del menú contextual en la herramienta de vista/importador dehojas de cálculo de placas

Elemento

Función

Copy (Copiar)

Copia toda la hoja de cálculo.

Copy as Image (Copiar

Copia la hoja de cálculo como un archivo de imagen.

como imagen)Print (Imprimir)

Imprime la hoja de cálculo.

Print Selection

Imprime solamente las celdas seleccionadas.

(Imprimir selección)
Export to Excel

Exporta el archivo a una hoja de cálculo de Excel.

(Exportar a Excel)
Export to CSVExporta el archivo como archivo .csv.

(Exportar a CSV)
Export to Xml (Exportar

Exporta el archivo como archivo .xml.

a xml)
Export to Html

Exporta el archivo como archivo .html.

(Exportar a html)
Find (Buscar)

Busca texto específico.

Sort (Ordenar)

Ordena la hoja de cálculo seleccionando hasta tres columnas dedatos en la ventana Sort (Ordenar).

150 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa
Un archivo de placa contiene información sobre el contenido de cada pocillo cargado con una muestra
para una ejecución. Después de la ejecución, el CFX Maestro Dx SE vincula el contenido de los pocillos
con los datos de fluorescencia recopilados durante el protocolo y aplica el análisis adecuado en laventana de Data Analysis (Análisis de datos).
En el CFX Maestro Dx SE, puede asignar parámetros a cada pocillo de la placa antes, durante o incluso
después de llevar a cabo un experimento. Puede asignar los parámetros a un archivo de placa existenteo a uno nuevo. Estos parámetros incluyen:nTarget names (Nombres de objetivos): el nombre del objetivo o los objetivos de interés (genes osecuencias) en cada pocillo cargado.

nSample names (Nombres de muestras): el identificador o la condición que se corresponde con lamuestra en cada pocillo cargado, como ratón1, ratón2 o ratón3.

nBiological groups (Grupos biológicos): el identificador o condición que se corresponde con un
grupo de pocillos, como 0Hr, 1Hr o 2Hr.
Consejo: Los nombres de objetivos, nombres de muestras y grupos biológicos deben ser
iguales de un pocillo a otro para comparar los datos en la pestaña Gene Expression (Expresión
genética) de la ventana Data Analysis (Análisis de datos). Cada nombre debe mostrar las
mismas mayúsculas, puntuación y espaciado. Por ejemplo, "Actina" no es lo mismo que"actina", "2 Horas" no es lo mismo que "2 horas" y "Ratón 1" no es lo mismo que "ratón1". Paragarantizar la coherencia de los nombres, introduzca los nombres en la sección Libraries(Bibliotecas) en User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario) > Plate (Placa)
que aparece en la ventana Home (Inicio).

nTechnical replicates (Repeticiones técnicas): cada pocillo que se utiliza para analizar la misma
combinación de muestra y objetivo; es decir, para repetir reacciones de qPCR.

n

Dilution series (Serie de dilución): la cantidad para cambiar la concentración del tipo de muestra
Standard (Estándar) en un grupo de repeticiones para crear datos de curva normalizada paraanalizar.

Asignar un objetivo a los pocillos
Consejo: Puede asignar el mismo nombre de objetivo a uno o varios pocillos. También puede
asignar múltiples objetivos al mismo pocillo.
Importante: Al hacer clic en OK (Aceptar) después de asignar un objetivo se guardan los cambios yse desactiva la función Undo (Deshacer) en la barra de herramientas del Plate Editor (Editor deplacas). Tenga cuidado al hacer clic en OK (Aceptar).

Manual de usuario | 151

Capítulo 8 Preparar placas

Para asignar un objetivo a un pocillo o grupo de pocillos
1.

En el Plate Editor (Editor de placas), asegúrese de que el pocillo o el grupo de pocillos tienen un tipo
de muestra asignado.
Consulte Seleccionar tipos de muestras en la página 145 para obtener información sobre cómoasignar tipos de muestra a pocillos.

2.

En el panel de la placa, seleccione el pocillo o grupo de pocillos:nPara seleccionar un solo pocillo, haga clic en el pocillo.

nPara seleccionar varios pocillos adyacentes, haga clic en un pocillo y arrastre hasta el último
pocillo a seleccionar.

nPara seleccionar varios pocillos no adyacentes, mantenga pulsada la tecla Control y haga clicen cada pocillo.

nPara seleccionar una columna entera con el mismo tipo de muestra, haga clic en el número de lacolumna.

n

Para seleccionar una fila entera, haga clic en su número de fila.

3.

En el panel adecuado, seleccione un nombre de la lista desplegable Target Name (Nombre de
objetivo) para cada fluorocromo seleccionado.

4.

Repita Paso 3 para cada pocillo o grupo de pocillos a los que quiera asignar un objetivo.
Consejo: Puede asignar el mismo nombre de objetivo o uno distinto para cada fluorocromo
seleccionado.

5.

Haga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y guardar la placa.
Nota: Si ha cambiado la placa por error, haga clic en Undo (Deshacer) en la barra deherramientas del Plate Editor (Editor de placas) antes de hacer clic en OK (Aceptar) para
aceptar los cambios.

Para eliminar un nombre de objetivouPara eliminar un nombre de objetivo del pocillo o grupo de pocillos seleccionado, desmarque lacasilla de verificación Load (Cargar) correspondiente.

152 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa

Importante: Al eliminar un nombre de objetivo de un pocillo también se elimina el fluorocromo
asociado. Tenga cuidado al eliminar un nombre de objetivo de un pocillo.

Para añadir un nombre de objetivo a la listauPara añadir un nombre de objetivo a la lista desplegable, realice una de las siguientes acciones:n

Introduzca un nombre en la lista desplegable Target Name (Nombre de objetivo) y pulse Enter(Intro).
Consejo: Los nombres de objetivo que añada a una lista aparecen en el resto de listas deobjetivos.

nHaga clic en el símbolo + verde a la derecha de la lista desplegable, introduzca un nombre parael objetivo y pulse Enter (Intro).

nHaga clic en User Preferences (Preferencias de usuario) en la barra de herramientas y añada elnombre a la biblioteca Target Names (Nombres de objetivos) en la pestaña Plate (Placa).

Importante: Los nombres de objetivo que añada en la lista desplegable solo estarándisponibles para la placa actual, y solo si asigna el nombre a un pocillo y guarda el esquema deplaca. Si no asigna un nombre a un pocillo y guarda el esquema de placa, el nombre no se
guarda y no estará disponible para su uso en el futuro. Para añadir un nombre de objetivo deforma permanente, añádalo también a la biblioteca de Target Names (Nombres de objetivos)
mediante el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario). Los nombres que
añada a la biblioteca estarán disponibles cuando vuelva a abrir el Plate Editor (Editor de placas).
Consulte Ajustar los parámetros de placa predeterminados en la página 94 para obtener más
información.

Para eliminar un nombre de objetivo de la lista
1.

Haga clic en User Preferences (Preferencias de usuario) en la barra de herramientas.
Aparece el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), mostrando la pestaña
Plate (Placa).

2.

En la biblioteca Target Names (Nombres de objetivos) en la pestaña Plate (Placa), seleccione elnombre que quiere eliminar y pulse la tecla Delete (Eliminar).

3.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y salir del cuadro de diálogo User Preferences(Preferencias de usuario).
Importante: No puede eliminar nombres de objetivo que haya guardado con un archivo deplaca. Los nombres personalizados que añada a la lista desplegable Target Names (Nombres
de objetivos) y no use y guarde con la placa se eliminan automáticamente de la lista. Los
nombres que elimine de la biblioteca Target Names (Nombres de objetivos) se eliminan

Manual de usuario | 153

Capítulo 8 Preparar placas

permanentemente del software y ya no están disponibles para los usuarios. Tenga cuidado aleliminar nombres de objetivos.

Asignar un nombre de muestra a los pocillos
Nota: Para asignar un nombre de muestra, debe asignar como mínimo un fluorocromo a los pocillos
seleccionados. Si los pocillos seleccionados no tienen un fluorocromo asignado, la lista desplegable
Sample Names (Nombres de muestras) está desactivada. Consulte Asignar un objetivo a los pocillos
en la página 151 para obtener información sobre cómo asignar fluorocromos.
Consejo: Solo puede asignar un nombre de muestra a cada pocillo o grupo de pocillos.

Para asignar un nombre de muestra a un pocillo o grupo de pocillos
1.

En el Plate Editor (Editor de placas), asegúrese de que el pocillo o el grupo de pocillos tienen un
fluorocromo asignado.

2.

En el panel de la placa, seleccione el pocillo o grupo de pocillos.

3.

En el panel adecuado, seleccione un nombre en la lista desplegable Sample Names (Nombres demuestras).
El software selecciona automáticamente la casilla de verificación de Load (Carga) correspondiente.

4.

Repita Paso 3 para cada pocillo o grupo de pocillos a los que quiera asignar un nombre de muestra.

5.

Haga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y guardar la placa.
Nota: Si ha cambiado la placa por error, haga clic en Undo (Deshacer) en la barra deherramientas del Plate Editor (Editor de placas) antes de hacer clic en OK (Aceptar) para
aceptar los cambios.

Para eliminar un nombre de muestrauPara eliminar un nombre de muestra a un pocillo o grupo de pocillos, desmarque la casilla deverificación Load (Cargar) correspondiente.

Para añadir un nombre de muestra a la listauPara añadir un nombre de muestra a la lista desplegable, realice una de las siguientes acciones:

154 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placanIntroduzca un nombre en la lista desplegable Sample Names (Nombres de muestras) y pulse
Enter (Intro).

nHaga clic en el símbolo + verde a la derecha de la lista desplegable e introduzca un nombre parala muestra.

nHaga clic en User Preferences (Preferencias de usuario) en la barra de herramientas y añada elnombre a la biblioteca Sample Names (Nombres de muestras) en la pestaña Plate (Placa).

Importante: Los nombres de muestra que añada en la lista desplegable solo estarándisponibles para la placa actual, y solo si asigna el nombre a un pocillo y guarda el esquema deplaca. Si no asigna un nombre a un pocillo y guarda el esquema de placa, el nombre no se
guarda y no estará disponible para su uso en el futuro. Para añadir un nombre de muestra deforma permanente, añádalo también a la biblioteca de Sample Names (Nombres de muestras)
mediante el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario). Los nombres que
añada a la biblioteca estarán disponibles cuando vuelva a abrir el Plate Editor (Editor de placas).
Consulte Ajustar los parámetros de placa predeterminados en la página 94 para obtener más
información.

Para eliminar un nombre de muestra de la lista
1.

Haga clic en User Preferences (Preferencias de usuario) en la barra de herramientas.
Aparece el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), mostrando la pestaña
Plate (Placa).

2.

En la biblioteca de Sample Names (Nombres de muestras) en la pestaña Plate (Placa), seleccione elnombre que quiere borrar y pulse la tecla Delete (Eliminar).

3.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y salir del cuadro de diálogo User Preferences(Preferencias de usuario).
Importante: No puede eliminar nombres de muestra que haya guardado con un archivo deplaca. Los nombres personalizados que añada a la lista Sample Names (Nombres de muestras)
y no use y guarde con la placa se eliminan automáticamente de la lista desplegable. Los
nombres que elimine de la biblioteca Sample Names (Nombres de muestras) se eliminan delsoftware y ya no están disponibles para los usuarios. Tenga cuidado al eliminar nombres demuestras.

Asignar grupos biológicos a pocillos
Nota: Para asignar un grupo biológico, debe asignar a los pocillos seleccionados al menos un
fluorocromo. Al asignar un fluorocromo se habilita la lista desplegable Biological Groups (Grupos
biológicos). Consulte Asignar un objetivo a los pocillos en la página 151 para obtener información
acerca de la asignación de fluorocromos.

Manual de usuario | 155

Capítulo 8 Preparar placas

Consejo: Puede asignar un grupo biológico a cada pocillo o grupo de pocillos.

Para asignar un grupo biológico a un pocillo o grupo de pocillos
1.

En el Plate Editor (Editor de placas), asegúrese de que el pocillo o el grupo de pocillos tienen un
fluorocromo asignado.

2.

En el panel de la placa, seleccione el pocillo o grupo de pocillos.

3.

En el panel derecho, seleccione una opción de la lista desplegable Biological Group (Grupo
biológico).
El CFX Maestro Dx SE selecciona automáticamente su casilla de verificación Load (Cargar).

4.

Repita el Paso 3 para cada pocillo o grupo de pocillos a los que quiera asignar un grupo biológico.

5.

Haga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y guardar la placa.
Nota: Si ha cambiado la placa por error, haga clic en Undo (Deshacer) en la barra deherramientas del Plate Editor (Editor de placas) antes de hacer clic en OK (Aceptar) para
aceptar los cambios.

Para eliminar un grupo biológico
uPara eliminar un grupo biológico del pocillo o grupo de pocillos seleccionado, desmarque su casillade verificación Load (Cargar).

Para añadir un grupo biológico a la listauPara añadir un grupo biológico a la lista desplegable, realice una de las siguientes acciones:n

Escriba un nombre en la casilla desplegable Biological Group (Grupo biológico) y pulse Enter(Intro).

nHaga clic en el símbolo + verde a la derecha de la lista desplegable y escriba un nombre para elgrupo biológico.

nHaga clic en User Preferences (Preferencias de usuario) en la barra de herramientas y añada elnombre a la biblioteca Biological Group Names (Nombres de grupos biológicos) en la pestaña
Plate (placa).

156 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa

Importante: Los nombres de grupos biológicos que añada en la lista desplegable solo estarándisponibles para la placa actual, y solo si asigna el nombre a un pocillo y guarda el esquema deplaca. Si no asigna un nombre a un pocillo y guarda el esquema de placa, el nombre no se
guarda y no estará disponible para su uso en el futuro. Para añadir un nombre de grupo
biológico de forma permanente, añádalo también a la biblioteca Biological Group Names(Nombres de grupos biológicos) mediante el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias
de usuario). Los nombres que añada a la biblioteca estarán disponibles cuando vuelva a abrir elPlate Editor (Editor de placas). Consulte Ajustar los parámetros de placa predeterminados en lapágina 94 para obtener más información.

Para eliminar un nombre de grupo biológico de la lista
1.

Haga clic en User Preferences (Preferencias de usuario) en la barra de herramientas.
Aparece el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario), mostrando la pestaña
Plate (Placa).

2.

En la biblioteca Biological Group Names (Nombres de grupos biológicos) en la pestaña Plate(Placa), seleccione el nombre que quiere eliminar y pulse la tecla Delete (Eliminar).

3.

Haga clic en Ok (Aceptar) para guardar los cambios y salir del cuadro de diálogo User Preferences(Preferencias de usuario).
Importante: No puede eliminar nombres de grupos biológicos que haya guardado con unarchivo de placa. Los nombres personalizados que añada a la lista desplegable de nombres degrupos biológicos y no use y guarde con la placa se eliminan automáticamente de la lista. Los
nombres que elimine de la biblioteca Biological Group Names (Nombres de grupos biológicos)
se eliminan permanentemente del software y ya no están disponibles para los usuarios. Tenga
cuidado al eliminar nombres biológicos.

Para visualizar todos los grupos biológicos de la placauHaga clic en Show Biological Groups (Mostrar grupos biológicos) para ver todos los grupos
biológicos de la placa.

Cada grupo se identifica por un color específico y el botón de Show Biological Groups (Mostrar
grupos biológicos) cambia a Hide Biological Groups (Ocultar grupos biológicos).

Manual de usuario | 157

Capítulo 8 Preparar placas

Haga clic en Hide Biological Groups (Ocultar grupos biológicos) para desactivar el color en lospocillos. También puede hacer clic sobre cualquier pocillo de la placa para ocultar los grupos
biológicos.

Asignar números de repeticiones técnicas a pocillos
Importante: Para asignar números de repeticiones técnicas, los pocillos seleccionados deben tenercontenidos idénticos de pocillos. Es decir, los pocillos seleccionados deben tener el mismo tipo demuestra y fluorocromo. Si procede, también se les debe asignar los mismos nombres de objetivo y
muestra, y el mismo grupo biológico. Si no coinciden, el CFX Maestro Dx SE no permite esta opción.

Para asignar números de repeticiones técnicas a un grupo de pocillos
1.

En el Plate Editor (Editor de placas), asegúrese de que los contenidos del grupo de pocillos son
idénticos.

2.

En el panel de la placa, seleccione el grupo objetivo de pocillos.

3.

Para asignar el mismo número de repeticiones a todos los pocillos seleccionados, en la sección deReplicate # (N.º de repetición) en el panel derecho, escriba el número de repetición en el cuadro yseleccione Load (Cargar).

4.

(Opcional) Para aplicar una serie de repeticiones a un conjunto de pocillos seleccionados:a.

Haga clic en Technical Replicates (Repeticiones técnicas). La sección Replicate # (N.º derepetición) cambia para presentar las siguientes opciones:n

Replicate size (Tamaño de repetición): un número que representa el número de pocillos en
cada grupo de repeticiones.

158 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placanStarting replicate # (N.º inicial de repeticiones): el primer número en la serie derepeticiones para el grupo seleccionado de repeticiones.

Nota: De forma predeterminada, el CFX Maestro Dx SE muestra el número inicial derepeticiones como un número mayor al último número de repeticiones técnicas asignado enla placa. Por ejemplo, si la última repetición técnica de la placa es cinco, el siguiente
número inicial es el seis. Puede cambiar el número inicial a cualquier número que no sehaya asignado aún.
n
b.

5.

Loading direction (Dirección de la carga): Horizontal o Vertical.

Haga clic en Apply (Aplicar) para aplicar los parámetros a la serie y volver a la pantalla Replicate# (N.º de repetición).

Haga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y guardar la placa.
Nota: Si ha cambiado la placa por error, haga clic en Undo (Deshacer) en la barra deherramientas del Plate Editor (Editor de placas) antes de hacer clic en OK (Aceptar) para
aceptar los cambios.

Para quitar un pocillo de una serie de repeticionesu

Seleccione un pocillo o un grupo de pocillos que quiera quitar y desactive la casilla Replicate # Load
(Carga del n.º de repetición).
También puede hacer clic en Clear Replicate # (Borrar el n.º de repetición) para desactivar el número
de repeticiones de un pocillo o un grupo de pocillos seleccionados.

Para visualizar todas las repeticiones técnicas en la placauHaga clic en Show Technical Replicates (Mostrar repeticiones técnicas) para visualizar todas lasrepeticiones técnicas en la placa.
Cada grupo se identifica por un color específico y el botón Show Technical Replicates (Mostrar
repeticiones técnicas) cambia a Hide Technical Replicates (Ocultar repeticiones técnicas).
Haga clic en Hide Technical Replicates (Ocultar repeticiones técnicas) para desactivar el color en lospocillos. También puede hacer clic sobre cualquier pocillo de la placa para ocultar las repeticiones
técnicas.

Asignar una serie de dilución a los tipos de muestra estándar
Como se indicaba anteriormente, se debe establecer un valor de concentración para todos los pocillos
con el tipo de muestra estándar. Puede asignar una serie de dilución a varios pocillos con el tipo demuestra estándar.

Manual de usuario | 159

Capítulo 8 Preparar placas

Nota: Para asignar una serie de dilución a un grupo de pocillos, los pocillos se deben incluir en una
serie de repeticiones técnicas. Consulte Asignar números de repeticiones técnicas a pocillos en lapágina 158 para obtener más información acerca de cómo añadir pocillos a una serie derepeticiones.

Para asignar una serie de dilución a un grupo de pocillos de muestras estándar
1.

En el editor de placas, asegúrese de que se cumplen los siguientes requisitos:n

El tipo de muestra del grupo de pocillos es el tipo Standard (Estándar).

n

Al menos un fluorocromo se asigna a todos los pocillos del grupo y estos contienen los mismos
fluorocromos.

nTodos los pocillos del grupo están incluidos en la misma serie de repeticiones técnica.
Nota: El CFX Maestro Dx SE permite la opción Dilution Series (Serie de dilución) solo
cuando todos los pocillos seleccionados cumplen estos criterios.

2.

En el panel de la placa, seleccione el grupo de pocillos que desee.

3.

En la sección Concentration (Concentración) en el panel derecho, haga clic en Dilution Series (Serie
de dilución). La sección Concentración cambia para presentar las siguientes opciones:n

Starting concentration (Concentración inicial): el valor de concentración desde el que se inicia
la serie.

nReplicates from and to (Repeticiones desde y para): las repeticiones en la serie a las que seaplicará el factor de dilución.

nDilution factor (Factor de dilución): la cantidad a cambiar de la concentración dentro de cadagrupo de repeticiones.

4.

Configure los valores para las opciones o acepte los valores predeterminados.

5.

De forma predeterminada, la serie de dilución disminuye según el factor de dilución. Seleccione
Increasing (Aumentar) para aumentar la serie de dilución.

160 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa

6.

(Opcional) De forma predeterminada, el factor de dilución se aplica a todos los fluorocromos de laserie de repeticiones. Si su serie contiene más de un fluorocromo y desea aplicar la dilución a unsolo fluorocromo, selecciónelo en la lista desplegable.

7.

Haga clic en Apply (Aplicar) para aplicar la serie de dilución al grupo de pocillos y vuelva a la vista
Concentration (Concentración).

8.

Haga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y guardar la placa.

Copiar el contenido del pocillo en otro pocillo
Puede copiar el contenido de un pocillo y pegarlo en un pocillo individual o en varios pocillos. Sin
embargo, solo puede copiar el contenido de un único pocillo. No puede seleccionar varios pocillos y
copiar su contenido.

Para copiar el contenido del pocillo en otro pocillo
1.

En el panel de la placa, seleccione el pocillo a copiar.

2.

Haga clic con el botón derecho sobre el pocillo y seleccione Copy Well (Copiar pocillo).

3.

Seleccione el pocillo o los pocillos en los que desea pegar el contenido:nPara seleccionar un solo pocillo, haga clic en el pocillo.

nPara seleccionar varios pocillos adyacentes, haga clic en un pocillo y arrastre hasta el último
pocillo a seleccionar.

nPara seleccionar varios pocillos no adyacentes, mantenga pulsada la tecla Control y haga clicen cada pocillo.

4.

Una vez seleccionados los pocillos que desee, haga clic con el botón derecho y seleccione Paste
Well (Pegar pocillo).
El CFX Maestro Dx SE pega el contenido del primer pocillo en los pocillos seleccionados.

Añadir una nota a un pocillo
Puede añadir una nota descriptiva a un pocillo. Puede visualizar las notas del pocillo en la pestaña
Quantification (Cuantificación) de la ventana de Data Analysis (Análisis de datos).

Para añadir una nota a un pocillo
1.

En el panel de la placa, seleccione el pocillo o pocillos a los que desee añadir una nota.

2.

En la sección View (Ver) en el panel inferior, seleccione Well Note (Nota de pocillo).
El área de la nota del pocillo aparece en el panel derecho.

Manual de usuario | 161

Capítulo 8 Preparar placas

3.

Escriba el contenido de la nota en el cuadro de texto y pulse Enter (Intro).
El texto aparece en la parte inferior de los pocillos seleccionados.
Consejo: Si había creado una nota de pocillo anterior, puede seleccionarla en la lista
desplegable y aplicarla a los pocillos seleccionados.

Borrar todo el contenido de los pocillos
Puede borrar el contenido de un pocillo individual, un grupo de pocillos o la placa entera. Borrar lospocillos no borra los datos de fluorescencia recogidos durante la lectura de la placa.
Importante: Al borrar un pocillo se borra el contenido del pocillo de forma permanente. Si hace clicen OK (Aceptar) y guarda la placa después de borrar un pocillo, no podrá deshacer la acción deborrar. Tenga cuidado al borrar los pocillos.

Para borrar todos los ajustes de los pocillos
1.

2.

En el Plate Editor (Editor de placas), seleccione el pocillo o el grupo de pocillos en el panel de laplaca:nPara seleccionar un solo pocillo, haga clic en el pocillo.

nPara seleccionar varios pocillos adyacentes, haga clic en un pocillo y arrastre hasta el último
pocillo a seleccionar.

nPara seleccionar varios pocillos no adyacentes, mantenga pulsada la tecla Control y haga clicen cada pocillo.

nPara seleccionar una columna entera con el mismo tipo de muestra, haga clic en el número de lacolumna.

n

Para seleccionar una fila entera, haga clic en su número de fila.

En el panel derecho, haga clic en Clear Wells (Borrar pocillos).
El CFX Maestro Dx SE borrar todos los ajustes de los pocillos seleccionados.

3.

Realice una de las siguientes acciones:n

Si ha borrado los pocillos por error, haga clic en Undo (Deshacer) en la barra de herramientasdel Plate Editor (Editor de placas) antes de hacer clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios.

162 | Software CFX Maestro Dx SE

Asignar parámetros opcionales al archivo de placa

Importante: Al hacer clic en OK (Aceptar) antes de hacer clic en Undo (Deshacer) se
guardan los cambios y se desactiva la opción Undo (Deshacer) de la barra de herramientasdel Plate Editor (Editor de placas).
nHaga clic en OK (Aceptar) para aceptar los cambios y guardar la placa.

Manual de usuario | 163

Capítulo 8 Preparar placas

Cambiar los ajustes del experimento
Use el cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento) para visualizar o cambiar la lista
de objetivos, muestras o grupos biológicos, o para establecer el grupo de muestras de análisis deexpresión genética a analizar si ha asignado grupos biológicos a los pocillos de la placa.
En el cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento), la pestaña Targets (Objetivos)
muestra una lista de nombres de objetivos para cada reacción de PCR, como el gen objetivo o lassecuencias de genes de interés.
La pestaña Samples and Biological Groups (Muestras y grupos biológicos) muestra una lista de nombresde muestra y grupos biológicos que indica la fuente del objetivo, como por ejemplo una muestra recogidaa la Hora 1 (1H) o de un individuo en concreto (ratón1).

Para cambiar los ajustes de placa usando el cuadro de diálogo Experiment Settings(Ajustes del experimento)
1.

Para abrir el cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento), realice una de lassiguientes acciones:n

En el panel derecho del editor de placas, haga clic en Experiment Settings (Ajustes delexperimento).

n

En la pestaña Gene Expression (Expresión genética) de la ventana Data Analysis (Análisis dedatos), haga clic en Experiment Settings (Ajustes del experimento).

El cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento) aparece mostrando el contenido
de la pestaña Targets (Objetivos).

164 | Software CFX Maestro Dx SE

Cambiar los ajustes del experimento

2.

Para añadir un nuevo objetivo, muestra o grupo biológico, introduzca un nombre en el cuadro detexto New (Nuevo) de la pestaña que corresponda y haga clic en Add (Añadir).

3.

Para eliminar uno o más nombres de objetivo, muestra o grupo biológico de la lista, marque la casilladel elemento en la columna Select to Remove (Seleccionar para eliminar) de la pestaña que
corresponda y haga clic en Remove checkeditem(s) (Eliminar elemento(s) marcado(s)).

4.

El CFX Maestro Dx SE excluye el tipo de muestra NTC (Sin control de plantilla) del análisis deexpresión genética.
Para incluir tipos de muestra NTC, desmarque la casilla correspondiente en la sección Exclude thefollowing sample types (Excluir los siguientes tipos de muestra). Puede optar por excluir lossiguientes tipos de muestra marcando la casilla correspondiente:5.

n

NRT (Sin transcriptasa inversa)nNegative Control (Control negativo)nPositive Control (Control positivo)nStandard (Estándar)

En la pestaña Targets (Objetivos):a.

Para seleccionar un objetivo como la referencia para un análisis de datos de expresión genética,
selecciónelo en la columna Reference (Referencia).

b.

Para ocultar los ajustes de análisis que se aplicarán en la pestaña Gene Expression (Expresión
genética) en la ventana Analysis Settings (Ajustes de análisis), desmarque Show Analysis
Settings (Mostrar los ajustes de análisis).
El software oculta las siguientes columnas:
n

Color

n

Show Chart (Mostrar gráfico)nAuto Efficiency (Eficiencia automática)n

Eficiencia (%)

c.

Para cambiar el color del objetivo cuando aparece en el gráfico Gene Expression (Expresión
genética), haga clic en su celda de la columna Color, seleccione un nuevo color en el cuadro dediálogo Color que aparece y haga clic en OK (Aceptar).

d.

Para mostrar el objetivo en el color seleccionado en el gráfico Gene Expression (Expresión
genética), seleccione la casilla correspondiente en la columna Show Chart (Mostrar gráfico).

Manual de usuario | 165

Capítulo 8 Preparar placase.

De forma predeterminada, el CFX Maestro Dx SE calcula automáticamente la eficiencia relativa
para un objetivo si sus datos incluyen una curva normalizada .
Para usar un valor de eficiencia previamente determinado, introduzca el valor en su celda en lacolumna Efficiency (%) (Eficiencia (%)) y pulse la tecla Enter (Intro). El CFX Maestro Dx SE
desmarca la casilla de verificación Auto Efficiency (Eficiencia automática).

6.

En la pestaña Samples and Biological Groups (Muestras y grupos biológicos):a.

Para seleccionar una muestra o un grupo biológico como muestra de control para el análisis delos datos de expresión genética, seleccione la casilla correspondiente en la columna Control.

b.

Para asignar la condición de control a una muestra o grupo biológico para una ejecución, hagaclic en la casilla correspondiente en la columna Control.

c.

7.

Si no está ya seleccionada, haga clic en Show Analysis Settings (Mostrar ajustes de análisis)para ver o modificar los parámetros de análisis que se aplicarán en la pestaña Gene Expression(Expresión genética). El software oculta las columnas Color y Show Chart (Mostrar gráfico):Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los parámetros en el cuadro de diálogo Experiment Settings(Ajustes del experimento) y volver a la ventana del Plate Editor (Editor de placas).

166 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear grupos de pocillos

Crear grupos de pocillos
Los grupos de pocillos dividen una única placa en subconjuntos de pocillos que se pueden analizar deforma independiente en la ventana Data Analysis (Análisis de datos). Una vez se han configurado losgrupos de pocillos, seleccione uno de ellos en la ventana Data Analysis (Análisis de datos) para analizar
los datos como un grupo independiente. Por ejemplo, configure grupos de pocillos para analizar varios
experimentos ejecutados en una placa o para analizar cada grupo de pocillos con una curva normalizada
diferente.
Nota: El grupo de pocillos por defecto es All Wells (Todos los pocillos).

Para crear grupos de pocillos
1.

Para abrir el Well Groups Manager (Gestor de grupos de pocillos), realice una de las siguientes
acciones:n

En la barra de herramientas Plate Editor (Editor de placas), haga clic en Well Groups (Grupos depocillos).

n

En la ventana de Data Analysis (Análisis de datos), haga clic en Manage Well Groups(Gestionar grupos de pocillos).

Aparece el cuadro de diálogo Well Groups Manager (Gestor de grupos de pocillos).

Manual de usuario | 167

Capítulo 8 Preparar placas

2.

Haga clic en Add (Añadir) para crear un grupo nuevo. El menú desplegable muestra el nombre delgrupo como Group 1 (Grupo 1) para el primer grupo.

3.

Seleccione los pocillos para el grupo de pocillos en la vista de placa haciendo clic y arrastrando paraseleccionar el grupo de pocillos. Los pocillos seleccionados aparecen en azul en el gestor.

4.

(Opcional) Para cambiar el nombre del grupo, seleccione su nombre en el menú desplegable yescriba un nombre nuevo.

5.

(Opcional) Para eliminar un grupo de pocillos, seleccione su nombre de la lista desplegable y hagaclic en Delete (Eliminar).

6.

Haga clic en OK (Aceptar) para terminar y cerrar la ventana, o en Cancel (Cancelar) para cerrar laventana sin cambios.

Elementos del menú contextual del cuadro de diálogo del Well Groups Manager(Administrador de grupos de pocillos)
En la Tabla 10 se enumeran los elementos del menú disponibles en el cuadro de diálogo del Well Groups
Manager (Administrador de grupos de pocillos) cuando hace clic con el botón derecho en cualquierpocillo.
Tabla 10. Elementos del menú contextual en el cuadro de diálogo Well Groups Manager (Administrador de grupos de pocillos) del Plate Editor (Editor de placas)

Elemento

Función

Copy (Copiar)

Copia los contenidos de los pocillos, que se pueden pegar
en otro pocillo o pocillos.

Copy as Image (Copiar como

Copia la vista del selector de pocillos como una imagen.

imagen)Print (Imprimir)

Imprime la vista del selector de pocillos.

Print Selection (Imprimir

Imprime solamente las celdas seleccionadas.

selección)
Export to Excel (Exportar a

Exporta los datos a una hoja de cálculo de Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportar a CSV)

Exporta los datos como un documento separado por
comas.

Export to Xml (Exportar a Xml)

Exporta los datos como un documento .xml.

Export to Html (Exportar a Html)

Exporta los datos como un documento .html.

168 | Software CFX Maestro Dx SE

Cambiar los estilos de trazo

Cambiar los estilos de trazo
Durante la configuración de la placa y mientras una ejecución se encuentra en progreso, puede modificar
el color y el estilo de los trazos de amplificación. Puede ver con facilidad los trazos en la ventana deestado en tiempo real conforme se recogen los datos.

Para cambiar los estilos de trazo
1.

Haga clic en Trace Styles (Estilos de trazo) en la barra de herramientas del Plate Editor (Editor deplacas).
El cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo) aparece en la placa abierta, por ejemplo:

2.

Para presentar los estilos de trazo por un fluorocromo específico, selecciónelo en la lista desplegable
Fluorophores (Fluorocromos).

3.

Para cambiar la presentación de trazos:a.

Seleccione el tipo de trazo de la lista desplegable Wells (Pocillos).

b.

Haga clic en su color en la columna de Color.

c.

En el cuadro de diálogo de Color que aparece, seleccione otro color para el trazo y haga clic en
OK (Aceptar).
CFX Maestro Dx SE muestra el cambio de color para el tipo de pocillo en la cuadrícula.

d.

(Opcional) Seleccione un símbolo para el trazo en la lista desplegable Symbols (Símbolos).

Manual de usuario | 169

Capítulo 8 Preparar placas

4.

Para cambiar rápidamente el grupo de colores, haga clic en la selección adecuada de la sección
Color Quick Set (Ajuste rápido del color).

5.

Para visualizar las etiquetas de los pocillos en la cuadrícula, seleccione el tipo de etiqueta en lasección Well Labels (Etiquetas de pocillos).

6.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios o en Cancel (Cancelar) para cancelar loscambios.

170 | Software CFX Maestro Dx SE

Ver, exportar e importar la placa en formato de hoja de cálculo

Ver, exportar e importar la placa en formato de hoja de cálculo
La herramienta Spreadsheet View/Importer (Vista/importador de hoja de cálculo) presenta los contenidos
de una placa en formato de hoja de cálculo. El visor ofrece la opción de ver, importar y exportar datos depocillos como se describe a continuación.

Usar el visor de hojas de cálculo para exportar e importar datos de placas
Desde el visor de hojas de cálculo, puede exportar el nombre del objetivo, el nombre de la muestra, el
nombre del grupo biológico y las notas del pocillo como una plantilla en un formato delimitado por
tabulaciones a una aplicación como Microsoft Excel. También puede importar esos datos desde una
aplicación delimitada por tabulaciones a una placa predefinida desde un archivo de información delexperimento.

Para utilizar la herramienta Spreadsheet View/Importer (Vista/importador de hoja decálculo)1.

Cree y guarde un archivo de placa (consulte Crear un archivo de placa utilizando el editor deplacas)).

2.

En la barra de herramientas Plate Editor (Editor de placas), haga clic en la pestaña Spreadsheet
View/Importer (Vista/importador de hoja de cálculo) para abrir el cuadro de diálogo Plate
Spreadsheet View (Vista de hoja de cálculo de la placa).

3.

(Opcional) Haga clic en los cuadros Show Biological Set Name (Mostrar nombre del grupo biológico)y Show Well Note (Mostrar nota de pocillo) para mostrar esas columnas en la vista de hoja de cálculo
y en el archivo exportado.

Manual de usuario | 171

Capítulo 8 Preparar placas

4.

Haga clic en el botón Export Template (Exportar plantilla) para crear una plantilla vacía en un archivode Excel (formato .csv). El archivo exportado mostrará el mismo diseño que la placa.
Consejo: Utilice el nombre del archivo de placa cuando guarde los archivos de placa para
identificar fácilmente el archivo.

5.

Complete las celdas del archivo de Excel con el contenido del pozo.
Nota: Solo puede editar el contenido de cualquier celda en una columna que tenga un asterisco(*) junto al nombre de la columna *Target Name (Nombre de objetivo), *Sample Name (Nombre
de muestra), *Biological Group Name (Nombre de grupo biológico), *Well Note (Nota depocillo)).
Nota: No puede agregar valores a las columnas de cantidad y curva estándar en el archivo deExcel exportado. Para modificar esos datos, vuelva al editor de placas y seleccione Settings >Units (Configuración > Unidades) en la barra de menú. Una vez completada la ejecución de laplaca, los datos de estos estándares aparecen en el gráfico Standard Curve (Curva
normalizada) de la pestaña Quantification (Cuantificación) en la ventana Data Analysis (Análisis
de datos) con las unidades que seleccione.

6.

Importe el archivo de Excel completo de nuevo en el Plate Editor (Editor de placas) haciendo clic en
el botón Import (Importar). Los datos de placa importados aparecen en la ventana Plate Spreadsheet
View (Vista de hoja de cálculo de placa).
Importante: Si tiene varios fluoróforos, deberá realizar los pasos del 3 al 5 para cada fluoróforo
mediante el menú desplegable Flours List (Lista de harinas) en la Plate Spreadsheet View (Vistade hoja de cálculo de placa).

7.

Haga clic en el botón OK (Aceptar). Los datos de la nueva placa ahora aparecen en la ventana delPlate Editor (Editor de placas).

Consejo: Puede ver los elementos de menú disponibles en la herramienta Spreadsheet
View/Importe (Importador/vista de hoja de cálculo) cuando hace clic con el botón derecho en
cualquier pocillo de la herramienta o en cualquiera de los encabezados de tabla de la vista Plate
Spreadsheet (Hoja de cálculo de placa).

172 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear una disposición de placa usando el asistente de configuración de placas

Crear una disposición de placa usando el asistente deconfiguración de placas
Puede usar el Setup Wizard (Asistente de configuración) para introducir la información de esquema deplaca necesaria para el análisis de expresión genética normalizada, incluyendo:nNombres de los objetivosnNombres de las muestrasn

Ubicación de los objetivos y las muestras en la placanGen(es) de referencianMuestra de control

Puede usar el Setup Wizard (Asistente de configuración) antes, durante o después de una ejecución.

Utilizar el asistente de configuración de la placa
Este apartado explica cómo crear un esquema de placa utilizando el Setup Wizard (Asistente deconfiguración) de la placa. Para visualizar el contenido de cada pocillo en la placa con mayor facilidad,
haga clic en Zoom plate (Ampliar la placa) en la parte superior del Setup Wizard (Asistente deconfiguración).
Importante: Al volver a la pestaña Auto layout (Esquema automático) mientras se encuentra en
cualquier otra pestaña del Setup Wizard (Asistente de configuración) se reinicia el esquema de laplaca. Tenga cuidado cuando seleccione esta pestaña.
Consejo: Puede reiniciar el esquema seleccionando Tools (Herramientas) > Clear Plate (Borrar
placa) en el Setup Wizard (Asistente de configuración).

Para utilizar el Setup Wizard (Asistente de configuración) de la placa
1.

Abra el Plate Editor (Editor de placas).

2.

Para abrir el Setup Wizard (Asistente de configuración), realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione Editing Tools (Herramientas de edición) > Setup Wizard (Asistente deconfiguración).

nHaga clic en Setup Wizard (Asistente de configuración) en la barra de herramientas del Plate
Editor (Editor de placas).

El asistente de configuración aparece mostrando la pestaña Auto layout (Esquema automático).

Manual de usuario | 173

Capítulo 8 Preparar placas

3.

En la pestaña Auto layout (Esquema automático), haga lo siguiente:a.

Haga clic en un pocillo en la rejilla y arrástrelo para especificar el área de la placa en la quequiere cargar una muestra.

b.

Introduzca el número de objetivos y muestras a cargar.
Consejo: El número de objetivos y muestras debe ser igual al número de celdas
seleccionadas. Si los números introducidos no cuadran con el área seleccionada,
modifique los números o el área de selección de la placa. La orientación de los elementos
en la placa y su agrupación se puede especificar.

c.

(Opcional) Cambie la orientación de la placa. Por ejemplo, puede establecer objetivos encolumnas y muestras en filas, o agrupar por muestras.

d.

Haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Target names (Nombres deobjetivos).

Nota: Si el esquema de la placa no tiene un patrón regular, utilice la pestaña Target names(Nombres de objetivos) para colocar manualmente sus objetivos, o la pestaña Sample names(Nombres de muestras ) para colocar sus muestras en la placa. Haga clic y arrastre paraseleccionar varios pocillos.

174 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear una disposición de placa usando el asistente de configuración de placas

4.

En la pestaña Target names (Nombres de objetivos), defina los nombres de objetivos para losgrupos de objetivos:a.

b.

Realice una de las siguientes acciones:n

Para cambiar el nombre de los objetivos por grupo, configure Select by (Seleccionar por)como Target (Objetivo).

nPara cambiar el nombre de los objetivos por pocillo, configure Select by (Seleccionar por)como Well (Pocillo).

Seleccione un grupo de objetivos o un pocillo en la rejilla y escriba un nombre en la lista
desplegable Target name (Nombre de objetivo).
Consejo: Pulse Tab (Pestaña) para seleccionar el siguiente grupo o pocillo a la derecha oEnter (Intro) para seleccionar el siguiente grupo o pocillo a continuación. Asimismo, en las
pestañas Target name (Nombre de objetivo) y Sample name (Nombre de muestra),mantenga pulsada la tecla Control y haga clic en un pocillo para seleccionar varios pocillos
que no están adyacentes.

c.

Haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña de Sample names (Nombres demuestra).

5.

En la pestaña Sample names (Nombres de muestra), defina los nombres de muestra para los grupos
de muestras.

6.

Haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Reference targets (Objetivos dereferencia).

7.

En la pestaña Reference targets (Objetivos de referencia), seleccione uno o más objetivos para
utilizarlos como referencias de expresión genética normalizada y haga clic en Next (Siguiente) para
proceder con la pestaña Control sample (Muestra de control).

8.

En la pestaña Control sample (Muestra de control), seleccione una muestra para utilizarla como un
control para cálculos de expresión genética relativos.

9.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar el esquema de la placa y volver al Plate Editor (Editor deplacas), en el que puede definir los parámetros de la placa. Consulte Asignar parámetros opcionales
al archivo de placa en la página 151 para obtener más información.
Asimismo, haga clic en Previous (Anterior) para volver a una pestaña anterior para realizar cambios.
Nota: Al volver a la pestaña Auto layout (Esquema automático) se reinicia automáticamente laplaca. Tenga cuidado al hacer clic en Previous (Anterior).

Manual de usuario | 175

Capítulo 8 Preparar placas

176 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 9 Ejecutar experimentos
Este capítulo explica cómo ejecutar experimentos de ensayo de PrimePCR o personalizados (definidos
por el usuario) mediante el Software CFX Maestro Dx, Security Edition.
Un archivo de datos de ejecución contiene el protocolo y la información de placa para la ejecución. El
archivo también contiene los datos de los análisis que el CFX Maestro Dx SE realiza una vez finalizada laejecución.
El CFX Maestro Dx SE facilita la configuración y la ejecución de experimentos PrimePCR o definidos por
el usuario. La ventana Run Setup (Configuración de ejecución) le guía por los pasos comunes para
configurar un experimento, hasta el cuadro de diálogo Start Run (Iniciar ejecución), desde el que se inicia
la ejecución.

Manual de usuario | 177

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

La ventana Run Setup (Configuración de ejecución)
La ventana Run Setup (Configuración de ejecución) ofrece acceso rápido a los archivos y ajustes
necesarios para configurar y ejecutar un experimento. Cuando elige ejecutar un experimento definido por
el usuario, la ventana Run Setup (Configuración de ejecución) se abre mostrando la pestaña Protocol(Protocolo). Cuando elige ejecutar un experimento de PrimePCR, la ventana Run Setup (Configuraciónde ejecución) se abre mostrando la pestaña Start Run (Iniciar ejecución).
Consejo: Consulte Realizar experimentos de PrimePCR en la página 196 para obtener información
sobre PrimePCR; consulte Pestaña Start Run (Iniciar ejecución) en la página 186 para obtener
información sobre la pestaña Start Run (Iniciar ejecución).

178 | Software CFX Maestro Dx SE

La ventana Run Setup (Configuración de ejecución)

LEYENDA1.

Las pestañas le guiarán para configurar y realizar un experimento:n Pestaña Protocol (Protocolo): seleccione un protocolo existente para ejecutar oeditar, o cree un nuevo protocolo en el Protocol Editor (Editor de protocolos).
n Pestaña Plate (Placa): seleccione una placa existente para ejecutar o editar, ocree una nueva placa en el Plate Editor (Editor de placas).
n Pestaña Start Run (Iniciar ejecución): visualice los ajustes del experimento,
seleccione uno o más bloques de instrumento e inicie la ejecución.

2.

La ventana principal muestra las opciones para cada pestaña a medida que lasaplica.

3.

Los botones de navegación le llevan a la pestaña Start Run (Iniciar ejecución).

Acceso a la ventana Run Setup (Configuración de ejecución)
Para acceder a la ventana Run Setup (Configuración de ejecución)u

Realice una de las siguientes acciones:n

En la pestaña Run Setup (Configuración de ejecución) del Startup Wizard (Asistente de inicio),
haga clic en User-defined (Definida por el usuario) o en PrimePCR.

n

En la ventana Home (Inicio), haga clic en User-defined Run Setup (Configuración de ejecución
definida por el usuario) o en PrimePCR Run Setup (Configuración de ejecución de PrimePCR)
en la barra de herramientas.

n

En la ventana Home (Inicio), seleccione Run (Ejecución) > User-defined Run (Ejecución
definida por el usuario) o Run (Ejecución) > PrimePCR Run (Ejecución de PrimePCR).

Manual de usuario | 179

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Pestaña Protocol (Protocolo)
La pestaña Protocol (Protocolo) muestra una vista previa del archivo de protocolo que va a ejecutar. Un
archivo de protocolo contiene las instrucciones para los pasos de temperatura del instrumento, así comolas opciones del instrumento que controlan la tasa de aumento, el volumen de la muestra y latemperatura de la tapa.

Por defecto, el software muestra el protocolo definido en el apartado File Selection for Run Setup(selección de archivos para configuración de serie) en la pestaña Files (archivos) en el cuadro de diálogo
User (usuario) > User Preferences (preferencias de usuario). Puede cambiar el protocolo predeterminado
en el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario). Consulte Cambiar los ajustes
predeterminados de los archivos en la página 91 para obtener más información.
En la pestaña Protocol (Protocolo), puede:nCrear un nuevo protocolo para ejecutarlonSeleccionar un protocolo existente para ejecutarlo o editarlo

Para obtener más información sobre la creación y modificación de protocolos, consulte el Capítulo 7,
Crear protocolos.

180 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Protocol (Protocolo)

Para crear un nuevo protocolo
1.

En la pestaña Protocol (Protocolo), haga clic en Create New (Crear nuevo).
Aparece el Protocol Editor (Editor de protocolos).

2.

Use el Protocol Editor (Editor de protocolos) para crear un nuevo protocolo.

3.

Haga clic en Ok (Aceptar) para guardar el protocolo y volver a la pestaña Protocol (Protocolo) en Run
Setup (Configuración de ejecución).

4.

Visualice los detalles del protocolo y realice una de las siguientes acciones:n

Si los detalles son correctos, haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Plate(Placa).

n

Si los detalles son incorrectos, haga clic en Edit Selected (Editar seleccionado) para volver a laventana del Protocol Editor (Editor de protocolos). Revise el protocolo, guarde los cambios ydespués haga clic en Next en la pestaña Protocol para proceder a la pestaña Plate.

Para seleccionar un protocolo existente
1.

En la pestaña Protocol (Protocolo), realice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en Select Existing (Seleccionar existente) y navegue hasta un protocolo existente.

nHaga clic en Express Load (Carga rápida) y seleccione un protocolo de la lista desplegable deprotocolos.
Consejo: Puede añadir protocolos o eliminarlos de la lista desplegable Express Load
(Carga rápida). Consulte Añadir y eliminar protocolos de carga rápida a continuación paraobtener más información.

2.

Visualice los detalles del protocolo y realice una de las siguientes acciones:n

Si los detalles son correctos, haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Plate(Placa).

n

Si los detalles son incorrectos, haga clic en Edit Selected (Editar seleccionado) para abrir elProtocol Editor (Editor de protocolos). Revise el protocolo, guarde los cambios y después hagaclic en Next (Siguiente) en la pestaña Protocol (Protocolo) para proceder con la pestaña Plate(Placa).

Añadir y eliminar protocolos de carga rápida
Puede modificar los contenidos de la lista desplegable Express Load (Carga rápida) que aparece en el
Protocol Editor (Editor de protocolos). Los protocolos de esta lista se guardan en la siguiente carpeta:
c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<nombre_usuario>\ExpressLoad\

Manual de usuario | 181

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Para modificar la lista Express Load (Carga rápida) de los protocolos
1.

Navegue y abra la carpeta Express Load (Carga rápida).

2.

Revise los archivos de protocolo (.pcrl) de la carpeta.

3.

Realice una de las siguientes acciones:nElimine los protocolos de la carpeta para eliminarlos de la lista desplegable.

n

Copie los protocolos en la carpeta para añadirlos a la lista desplegable.

182 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Plate (Placa)

Pestaña Plate (Placa)
Nota: Si el protocolo seleccionado en la pestaña Protocol (Protocolo) no incluye un paso de lecturade placa para el análisis de PCR en tiempo real, la pestaña Plate (Placa) estará oculta. Para ver lapestaña Plate (Placa), añada al menos una lectura de placa al protocolo.
La pestaña Plate (Placa) muestra una visualización previa del archivo de placa que va a cargar. En una
serie de PCR en tiempo real, el archivo de placa contiene una descripción del contenido de cada pocillo,
incluidos sus flurocromos, el modo de análisis y el tipo de placa. El CFX Maestro Dx SE utiliza estas
descripciones para la recopilación y el análisis de datos.

De forma predeterminada, el software muestra la placa definida en la sección File Selection for Run
Setup (Selección de archivos para configuración de la ejecución) en la pestaña Files (Archivos) del
cuadro de diálogo User (Usuario) > User Preferences (Preferencias de usuario). Puede cambiar la placa
predeterminada en el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario). Consulte Cambiar
los ajustes predeterminados de los archivos en la página 91 para obtener más información.
En la pestaña Plate (Placa), puede:nCrear una nueva placa para cargarla.

nSeleccionar una placa existente para cargarla o editarla.

Manual de usuario | 183

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Para obtener más información sobre la creación y modificación de placas, consulte el Capítulo 8,
Preparar placas.

Para crear una nueva placa
1.

En la pestaña Plate (Placa), haga clic en Create New (Crear nueva).
Aparece el Plate Editor (Editor de placas).

2.

Use el Plate Editor (Editor de placas) para crear una nueva placa.

3.

Haga clic en Ok (Aceptar) para guardar la placa y volver a la pestaña Plate (Placa) en Run Setup(Configuración de ejecución).

4.

Visualice los detalles de la placa y realice una de las siguientes acciones:n

Si los detalles son correctos, haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Start
Run (Iniciar ejecución).

n

Si los detalles son incorrectos, haga clic en Edit Selected (Editar seleccionado) para volver a laventana del Plate Editor (Editor de placas). Revise el archivo de placa, guarde los cambios ydespués haga clic en Next (Siguiente) en la pestaña Plate (Placa) para proceder a la pestaña
Start Run (Iniciar ejecución).

Para seleccionar un archivo de placa existente
1.

En la pestaña Plate (Placa), realice una de las siguientes acciones:n

Haga clic en Select Existing (Seleccionar existente) y navegue hasta un archivo de placa
existente.

nHaga clic en Express Load (Carga rápida) y seleccione un archivo de placa de la lista
desplegable.
Consejo: Puede añadir placas o eliminarlas de la lista desplegable Express Load (Carga
rápida). Consulte Añadir y eliminar archivos de placa de carga rápida a continuación para
más información.

2.

Visualice los detalles de la placa y realice una de las siguientes acciones:n

Si los detalles son correctos, haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Start
Run (Iniciar ejecución).

n

Si los detalles son incorrectos, haga clic en Edit Selected (Editar seleccionado) para abrir laventana del Plate Editor (Editor de placas). Revise el archivo de placa, guarde los cambios ydespués haga clic en Next (Siguiente) para proceder con la pestaña Start Run (Iniciar ejecución).

184 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Plate (Placa)

Añadir y eliminar archivos de placa de carga rápida
Puede modificar los contenidos de la lista desplegable Express Load (Carga rápida) que aparece en el
Plate Editor (Editor de placas). Las placas que aparecen en esta lista se guardan en la siguiente carpeta:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<nombre_usuario>\ExpressLoad\

Para modificar la lista Express Load (Carga rápida) de los archivos de la placa
1.

Navegue hasta la carpeta Express Load (Carga rápida) y ábrala.

2.

Revise los archivos de placa (.pltd) de la carpeta.

3.

Realice una de las siguientes acciones:nElimine los archivos de placa de la carpeta para eliminarlos de la lista desplegable.

n

Copie los archivos de placa de la carpeta para añadirlos a la lista desplegable.

Manual de usuario | 185

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Pestaña Start Run (Iniciar ejecución)
La pestaña Start Run (Iniciar ejecución) muestra información sobre el experimento a ejecutar. También
muestra el bloque o bloques del instrumento conectado en el que puede hacer un experimento.

En la pestaña Start Run (Iniciar ejecución) puede hacer lo siguiente:n

Ver información detallada sobre la ejecución, incluyendo el archivo de protocolo, el archivo de placa
y el modo de análisis seleccionados.

nAñadir notas sobre la ejecución.

n

Ver detalles sobre todos los instrumentos conectados, incluyendo su estado de ejecución (enfuncionamiento o en reposo), el volumen de las muestras en µl, la temperatura de las tapas, el modode emulación, así como el ID o código de barras, si están disponibles.
Nota: Puede modificar las columnas que aparecen en Start Run on Selected Blocks (Iniciar
ejecución en los bloques seleccionados). Consulte Modificar detalles en la tabla Selected
Blocks (Bloques seleccionados) en la página 187 para obtener información.

nSeleccione el bloque o bloques en los que realizar la ejecución.

nAbra o cierre de forma remota la tapa de cada instrumento seleccionado.

186 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Start Run (Iniciar ejecución)n

Inicie la ejecución.

Modificar detalles en la tabla Selected Blocks (Bloques seleccionados)
Puede modificar las columnas que aparecen en Start Run Selected Block(s) (Iniciar ejecución en los
bloques seleccionados). También puede modificar los valores predeterminados del volumen de lamuestra y la temperatura de la tapa en la tabla. Los cambios de configuración se aplican a la ejecución
que va a realizarse.

Para añadir columnas a la tabla Start Run on Selected Blocks (Iniciar ejecución en los
bloques seleccionados)uHaga clic con el botón derecho en la tabla y seleccione una opción del menú contextual.

Para eliminar columnas en la tabla Start Run on Selected Blocks (Iniciar ejecución en los
bloques seleccionados)uHaga clic con el botón derecho en la tabla y elimine la opción del menú contextual.

Para editar los valores de volumen de la muestra o temperatura de la tapa para un bloqueu

Seleccione la celda de volumen de la muestra o temperatura de la tapa para el bloque que desee e
introduzca un nuevo valor en la celda.

Para añadir un ID de ejecución o código de barras para un bloqueu

Seleccione la celda ID/Bar Code (ID/Código de barras) e introduzca un ID o escanee el bloque con
un lector de códigos de barras.

Ejecutar un experimento
Importante: Antes de ejecutar un experimento, asegúrese de que el software antivirus de su
ordenador no iniciará un análisis durante la ejecución. Consulte Instalar software CFX Maestro Dx
SE en la página 36 y póngase en contacto con su administrador del sistema para obtener más
información.

Para ejecutar un experimento
1.

En la pestaña Start Run (Iniciar ejecución), verifique los detalles de la placa y el protocolo en elapartado Run Information (Información de ejecución).

2.

(Opcional) Añada notas acerca del procesamiento o experimento en el cuadro de texto Notes(Notas).

3.

Seleccione el cuadro de texto de uno o más bloques en los que realizar la ejecución.

Manual de usuario | 187

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Consejo: Para procesar el experimento en todos los bloques, seleccione la opción Select All
Blocks (Seleccionar todos los bloques) situada debajo de la tabla Selected Blocks (Bloques
seleccionados).
4.

(Opcional) Haga clic en Flash Block Indicator (Indicador del bloque de destello) para hacer parpadear elindicador LED en los bloques de instrumento seleccionados.

5.

Introduzca las placas de los experimentos en el bloque:a.

Haga clic en Open Lid (Abrir tapa). La tapa monitorizada de cada bloque seleccionado se abre.

b.

Introduzca una placa de experimento en cada bloque seleccionado.

c.

Haga clic en Close Lid (Cerrar tapa).

Consejo: En el Sistema CFX Opus Dx, toque Open Lid (Abrir tapa) o Close Lid (Cerrar tapa) enla pantalla Home (Inicio).
6.

Haga clic en Open Lid (Abrir tapa) y Close Lid (Cerrar tapa) para abrir y cerrar la tapa monitorizada
de cada bloque de instrumentos seleccionado.

7.

Vea los detalles de la ejecución y realice una de las siguientes acciones:n

Si los detalles son correctos, haga clic en Start Run (Iniciar ejecución).

n

Si los detalles son incorrectos:oCorrija los detalles en la tabla Selected Blocks (Bloques seleccionados) y haga clic en Start
Run (Iniciar ejecución).

o

Vuelva a la pestaña correcta y realice los cambios adecuados, guarde los cambios ydespués haga clic en Next (Siguiente) para volver a la pestaña Start Run (Iniciar ejecución).

Para iniciar una nueva ejecución desde una ejecución anterioruRealice una de las siguientes acciones:n

Seleccione File (Archivo) > Repeat a Run (Repetir una ejecución) en la barra del menú principaldel software; navegue y haga doble clic en el archivo de datos de la ejecución que desee repetir.

nSeleccione la pestaña Repeat Run (Repetir ejecución) en el Startup Wizard (Asistente de inicio)
y haga doble clic en el archivo de datos de la ejecución que desee repetir.
Opcionalmente, en la pestaña Repeat Run (Repetir ejecución) puede hacer clic en Browse(Examinar); navegue y haga doble clic en el archivo de datos de la ejecución que desee repetir.

188 | Software CFX Maestro Dx SE

Cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución)

Cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución)
Cuando hace clic en Start Run (Iniciar ejecución), el CFX Maestro Dx SE le invita a guardar el archivo dedatos (.pcrd), inicia la ejecución y abre el cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución). El
cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución) incluye tres pestañas de estado:n

Run Status (Estado de ejecución): use esta pestaña para ver el estado actual del protocolo, abrir ocerrar la tapa, pausar una ejecución, añadir repeticiones o detener la ejecución.

nReal-time Status (Estado en tiempo real): use esta pestaña para ver los datos de fluorescencia de
PCR en tiempo real a medida que se recopilan.

nTime Status (Estado de tiempo): use esta pestaña para ver un cronómetro de cuenta atrás para el
protocolo.

Estas pestañas vienen explicadas en detalles en los siguientes apartados.

Pestaña Run Status (Estado de ejecución)
En la pestaña Run Status (Estado de ejecución) presenta el estado actual de una ejecución en curso.
Desde esta vista puede controlar la tapa y cambiar la ejecución en progreso.

Manual de usuario | 189

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

LEYENDA
1.
2.

Panel Run Status (Estado de ejecución): presenta el progreso actual del protocolo.
Controles de Run Status (Estado de ejecución): le permiten operar el instrumento ointerrumpir el protocolo actual.

3.

Panel Run Information (Información de ejecución): muestra detalles de la ejecución.

Comandos del estado de ejecución
Utilice los comandos en la pestaña Run Status (Estado de ejecución) para utilizar el instrumento desde el
software o cambiar una ejecución que se encuentre en curso.
Nota: Realizar cambios en el protocolo durante la ejecución, como añadir repeticiones, no cambia elarchivo del protocolo asociado con la ejecución. Estas acciones se registran en el Run Log (Registro
de ejecución).

: abre la tapa monitorizada en los instrumentos seleccionados.
Importante: Abrir la tapa durante una ejecución pausa la ejecución durante el paso actual ypuede alterar los datos. Comandos del estado de ejecución en la página 190.

: cierra la tapa monitorizada en los instrumentos seleccionados.

: añade más repeticiones al paso actual GOTO en el protocolo. Esta opción está disponible solo
cuando se está procesando un paso GOTO.
Nota: Puede agregar repeticiones adicionales mientras está en un ciclo GOTO (Ir a) cuando el
protocolo está en curso. No obstante, el CFX Maestro Dx SE reconoce el cambio más reciente
en el número de repeticiones. Por ejemplo, si agrega 10 repeticiones adicionales mientras estáen un ciclo GOTO (Ir a), el software cambiará el número total a n + 10. Si luego agrega cinco (5)repeticiones adicionales mientras está en el mismo ciclo, CFX Maestro cambiará el número total
de repeticiones a n + 5. Se ignora el primer cambio (10 repeticiones). Para asegurarse de que elsoftware realice el número de repeticiones que desea, introduzca el número total (en este caso,
15 repeticiones).

: omite el paso actual en el protocolo.

190 | Software CFX Maestro Dx SE

Cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución)

Nota: Si inicia un salto durante un paso GOTO, el sistema pasa al siguiente ciclo del bucle
GOTO. Si el último ciclo del paso GOTO estaba en curso en el momento del salto, el sistema
pasa al siguiente paso.

: hace parpadear el LED en el instrumento seleccionado para identificar los bloques seleccionados.

: pausa el protocolo.
Nota: Esta acción se registra en el Run Log (Registro de ejecución).

: reanuda un protocolo en pausa.

: detiene la ejecución antes de que finalice el protocolo.
Nota: Detener una ejecución antes de que finalice el protocolo puede alterar los datos.

Abrir la tapa del instrumento durante una ejecución de PCR
Si se abre la tapa de cualquier instrumento durante una ejecución de PCR, CFX Maestro Dx SE mostraráel siguiente diálogo de confirmación:

Mientras aparece el cuadro de diálogo, el instrumento continuará ejecutando el protocolo. El botón OK(Aceptar) detiene la ejecución y la tapa del instrumento se suelta y se abre. Con el botón Cancel (Cancelar) se
descarta el cuadro de diálogo y se reanuda la ejecución.

Manual de usuario | 191

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Pestaña Real-time Status (Estado en tiempo real)
La pestaña Real-time Status (Estado en tiempo real) presenta datos de PCR en tiempo real recogidos en
cada ciclo durante la ejecución después de las dos primeras lecturas de placa.

LEYENDA
1.

Panel de trazos de amplificación: presenta datos de amplificación en tiempo real
durante la ejecución.

2.

Identificador del grupo de pocillos: si los grupos de pocillos se identificaron en laconfiguración de placa, los usuarios pueden seleccionar un grupo de pocillos
específico para visualizar sus trazos, pocillos e información tabular.
Identificador del número de paso: si el protocolo recopila datos en más de un paso
(por ejemplo durante la amplificación y la curva de fusión), los usuarios pueden
seleccionar un paso específico y visualizar los trazos recogidos en ese paso.

3.

Panel del selector de pocillos: muestra los pocillos activos, inactivos y vacíos de laplaca.

4.

Panel de la tabla de configuración de placas: muestra la configuración de la placa
en formato tabular.

192 | Software CFX Maestro Dx SE

Cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución)

5.

Panel de detalles de ejecución: muestra el estado en tiempo real de la ejecución,
incluidos:n El paso actualn La repetición actualn La temperatura actual
n El tiempo restanten La temperatura de la muestran La temperatura de la tapa

6.

Configuración de placa: abre el cuadro de diálogo Plate Setup (Configuración deplaca), en la que los usuarios pueden modificar la configuración actual de la placa
durante un procesamiento.

En la pestaña Real-time Status (Estado en tiempo real) puede:nMostrar u ocultar trazos en tiempo real seleccionándolos en el panel del selector de pocillos o en latabla de configuración de placas.

n

Ver un solo trazo o grupos de trazos seleccionándolos en la lista desplegable de grupos de pocillos.

n

Editar la placa o sustituir el archivo de placa.

nAplicar un archivo de PrimePCR para la ejecución.

Mostrar u ocultar trazos en tiempo real
Por defecto, todos los pocillos rellenados están activos y aparecen en la tabla de configuración de placas.
Los pocillos activos aparecen en azul en el panel del selector de pocillos. Los pocillos ocultos aparecen
en gris claro, y los pocillos no utilizados aparecen en gris oscuro en el panel del selector de pocillos.
Puede ocultar los trazos de los pocillos activos durante la ejecución. El CFX Maestro Dx SE siguerecopilando datos para todos los pocillos; cuando se ocultan los pocillos, los datos correspondientes noaparecen en la tabla de configuración de placa.

Para ocultar trazos en tiempo realu

En el panel del selector de pocillos, haga clic en los pocillos activos (azul) que desee ocultar.

Para mostrar trazos en tiempo realu

En el panel selector de pocillos, haga clic en los pocillos ocultos (gris claro) que desee mostrar.

Para obtener más información acerca del selector de pocillos, consulte el Selector de pocillos en lapágina 216.

Manual de usuario | 193

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Editar una configuración de placa
Para editar una configuración de placauHaga clic en Plate Setup (Configuración de placa) y seleccione View/Edit Plate (Ver/Editar placa).
Aparece la ventana Plate Editor (Editor de placas), en la que puede editar la placa mientras laejecución está en proceso. Para obtener más información acerca de cómo editar placas, consulte el
Capítulo 8, Preparar placas.
Nota: También puede editar los estilos de trazo en la ventana del Plate Editor (Editor de placas).
Los cambios aparecen en el diagrama de trazo de amplificación en la pestaña Real-time Status(Estado en tiempo real).

Reemplazar un archivo de placa
Consejo: Reemplazar un archivo de placa es especialmente útil si inicia un procesamiento con unarchivo de placa rápida en la carpeta Express Load (Carga rápida).

Para reemplazar un archivo de placauHaga clic en Plate Setup (Configuración de placa) y seleccione una de las siguientes opciones:n

Replace Plate file (Sustituir archivo de placa): seleccione el nuevo archivo de placa de la lista en
la ventana del navegador.

n

Apply PrimePCR file (Aplicar archivo de PrimePCR): busque un archivo de ejecución desde elque se obtendrá el esquema de la placa utilizando la búsqueda inteligente o haga clic en Browse(Examinar) para encontrar un archivo que haya descargado desde la página web de Bio-Rad yque no esté ubicado en la carpeta de PrimePCR.

Nota: El CFX Maestro Dx SE comprueba la disponibilidad de un modo de análisis y un tamaño
de placa para el archivo de placa. Estos deben ser idénticos a los ajustes de ejecución con losque se inició la ejecución.

194 | Software CFX Maestro Dx SE

Cuadro de diálogo Run Details (Detalles de ejecución)

Pestaña Time Status (Estado de tiempo)
La pestaña Time Status (Estado de tiempo) muestra el tiempo que falta para que se complete laejecución actual.

Manual de usuario | 195

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Realizar experimentos de PrimePCR
Los experimentos de PrimePCR utilizan un proceso o evaluaciones específicos de la enfermedad que
Bio-Rad ha validado por laboratorio húmedo y optimizado, y están disponibles en los formatos siguientes:
nPaneles pre-plaquetados: las placas que contienen evaluaciones que son específicas de un proceso
biológico o de enfermedad; estas incluyen controles de Prime PCR y genes de referencia.

nPlacas configuradas personalizadas: las placas se pueden configurar en un esquema definido por el
usuario con la opción de seleccionar evaluaciones para objetivos de interés, controles y referencias.

nEvaluaciones individuales: tubos que contienen grupos de cebadores individuales para su uso en
reacciones en tiempo real.

Para reducir el tiempo de ejecución general, puede eliminar el paso de fusión en el protocolo. Bio-Rad
recomienda firmemente que no realice ninguna otra modificación en un protocolo de ejecución dePrimePCR. El protocolo predeterminado es el que se utilizó para la validación de la evaluación. Cualquierdesviación de este puede afectar a los resultados. Los cambios en el protocolo se anotan en la pestaña
Run Information (Información de ejecución) del archivo de datos resultante y en cualquier informe que se
cree.

Para iniciar una ejecución de PrimePCRuPara iniciar una ejecución de PrimePCR, realice cualquiera de las siguientes acciones:n

En el Startup Wizard (Asistente de inicio), seleccione PrimePCR en la pestaña de configuraciónde Run (Ejecución) y después seleccione la química adecuada (SYBR® o Probe (Sonda)).

nSeleccione una ejecución de PrimePCR en la lista Recent Runs (Ejecuciones recientes) de la
pestaña de Repeat run (Repetir ejecución) en el Startup Wizard (Asistente de inicio).

nSeleccione File (Archivo) > New (Nuevo) > PrimePCR Run File (Archivo de ejecución dePrimePCR) en la ventana Home (Inicio).

nArrastre y suelte un archivo de ejecución de PrimePCR en la ventana Home (Inicio).

Después de seleccionar un procesamiento de PrimePCR, la ventana Run Setup (Configuración deejecución) se abre en la pestaña Start Run (Iniciar ejecución) con el esquema de placa de PrimePCR
determinada cargado dependiendo del instrumento seleccionado.

Para eliminar el paso de fusión en el protocolo.
u

En la pestaña Protocol (Protocolo), deseleccione el cuadro que aparece junto a Include Melt Step
(Incluir paso de fusión)

196 | Software CFX Maestro Dx SE

Realizar experimentos de PrimePCR

Para importar la información que desee para las placas de PrimePCR en un esquema deplacas1.

2.

Realice una de las siguientes acciones:n

En la pestaña Real-time Status (Estado en tiempo real) en el cuadro de diálogo Run Details(Detalles de ejecución), seleccione Plate Setup (Configuración de placa) > Apply PrimePCR File
(Aplicar archivo de PrimePCR).

n

En la ventana Data Analysis (Análisis de datos), seleccione Plate Setup (Configuración deplaca) > Apply PrimePCR File (Aplicar archivo de PrimePCR).

En el cuadro de diálogo PrimePCR run file (Archivo de ejecución de PrimePCR), haga clic en Browse(Examinar) para ir al archivo correspondiente de PrimePCR (.csv).

3.

Seleccione el archivo de PrimePCR objetivo y haga clic en Open (Abrir).

El Sistema CFX Opus Dx importa la información objetivo en el esquema de placa.

Manual de usuario | 197

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Transferir datos autónomos para análisis
Importante: Cuando transfiere archivos de datos desde el Sistema CFX Opus Dx al CFX Maestro
Dx SE, se transfieren todos los archivos guardados en el sistema. Asegúrese de que tiene espacio
suficiente en el disco para transferir los datos de forma segura.
Cuando se completa la ejecución, el CFX Maestro Dx SE analiza los datos de fluorescencia. Si laejecución se realiza de modo autónomo y se guarda en el propio instrumento Sistema CFX Opus Dx, losdatos tendrán que transferirse al ordenador del CFX Maestro Dx SE para su análisis.
El Sistema CFX Opus Dx puede almacenar hasta 100 ejecuciones de PCR en tiempo real. Después deque termine la ejecución, puede transferir archivos de datos autónomos al ordenador del CFX Maestro
Dx SE mediante el correo electrónico, un dispositivo USB o el mismo software.
En este apartado se explica cómo transferir archivos de datos autónomos al ordenador del CFX Maestro
Dx SE.

Transferir datos por correo electrónico
Para enviar un archivo de datos por correo electrónico al terminar una ejecución1.

Configure notificaciones por correo electrónico para el instrumento.
Consulte Configurar las notificaciones por correo electrónico en la página 87 o el Manual defuncionamiento del Sistema de PCR en tiempo real CFX Opus Dx.

2.

Cuando configure notificaciones por correo electrónico, asegúrese de seleccionar Attach Data File
(Adjuntar archivo de datos).
Los datos de la ejecución se envían como un archivo .pcrd.

Transferir datos desde Sistema de PCR en tiempo real CFX Opus
Dxs
Mediante la función del File Browser (Explorador de archivos) del Sistema CFX Opus Dx, puede transferirarchivos de datos a una unidad USB conectada o a una carpeta de red compartida. También puedetransferir archivos de protocolo del CFX Maestro Dx SE desde una unidad USB o unidad de redcompartida a su carpeta o a la carpeta Public (Pública) del Sistema CFX Opus Dx y ejecutarlos en el
Sistema CFX Opus Dx.
Consejo: En esta sección se explica cómo transferir datos. Para obtener información sobre cómo
configurar la conexión mediante Ethernet, consulte el Manual de funcionamiento del Sistema de
PCR en tiempo real CFX Opus Dx disponible en el menú Help (Ayuda) del CFX Maestro Dx SE.

198 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferir datos autónomos para análisis

1.

En la pantalla Home (Inicio) del Sistema CFX Opus Dx, toque Files (Archivos) para ver la pantalla delFile Browser (Explorador de archivos).

2.

En la pantalla del File Browser (Explorador de archivos), vaya hasta el archivo que desea copiar y, a
continuación, toque el archivo para ver el panel de detalles del archivo.

3.

En el panel de detalles del archivo, toque Options (Opciones) y, a continuación, toque Copy (Copiar).

Aparece el cuadro de diálogo Select Location (Seleccionar ubicación).
4.

En el cuadro de diálogo Select Location (Seleccionar ubicación), realice una de las siguientes
acciones:n

Vaya a una carpeta existente.

n

Vaya hasta la ubicación para crear una carpeta en la que guardar el archivo; a continuación,
toque Create Folder (Crear carpeta)(5.

) para crear una nueva carpeta en esa ubicación.

Toque Select (Seleccionar) para copiar el archivo a la ubicación seleccionada o Cancel (Cancelar)para volver a la pantalla del File Browser (Explorador de archivos).
Nota: Si existe un archivo con el mismo nombre en la ubicación seleccionada, aparece unmensaje en un cuadro de diálogo. Toque Yes (Sí) para sobrescribir el archivo existente o No
(No) para volver a la pantalla del File Browser (Explorador de archivos).

Manual de usuario | 199

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

El Sistema CFX Opus Dx muestra un mensaje de confirmación cuando el archivo se copia
correctamente.

200 | Software CFX Maestro Dx SE

Transferir datos autónomos para análisis

Transferir datos mediante el Software CFX Maestro Dx, Security
EditionPara transferir datos mediante el CFX Maestro Dx SE
1.

En el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados) de la ventana Home (Inicio), haga clic
con el botón derecho en el instrumento que desee y seleccione Retrieve Data Files (Recuperararchivos de datos).
El CFX Maestro Dx SE muestra el cuadro de diálogo Browse For Folder (Examinar carpeta).

2.

En el cuadro de diálogo Browse For Folder (Examinar carpeta), busque la ubicación en la que quiere
guardar los archivos de datos y haga clic en OK (Aceptar).
El proceso de transferencia crea una carpeta denominada Real-Time Data (Datos en tiempo real) en
la ubicación seleccionada. Los datos de la serie se guardan en la carpeta Real-Time Data (Datos entiempo real) como archivos .zpcr separados.

Transferir datos utilizando una unidad USB
Si introduce una unidad USB en un puerto USB del instrumento, el archivo de datos se guarda
automáticamente en el directorio raíz de la unidad USB cuando se completa la ejecución. También puede
ubicar los archivos de datos guardados anteriormente y guardarlos en una unidad USB conectada.

Para transferir archivos de datos a una unidad USB en los sistemas Sistema CFX Opus Dxu

En el cuadro de diálogo Select Location (Seleccionar ubicación), toque USB y navegue hasta lacarpeta de destino en la que copiar el archivo, o toque Cancel (Cancelar) para volver a la pantalla delFile Browser (Explorador de archivos).
Nota: Si existe un archivo con el mismo nombre en la ubicación seleccionada, aparece uncuadro de diálogo. Toque Yes (Sí) para sobrescribir el archivo existente o No (No) para volver ala pantalla del File Browser (Explorador de archivos).

El Sistema CFX Opus Dx muestra un mensaje de confirmación cuando el archivo se copia
correctamente.

Manual de usuario | 201

Capítulo 9 Ejecutar experimentos

Transferir datos mediante una unidad de red compartida utilizando
los sistemas Sistema de PCR en tiempo real CFX Opus Dx
Consejo: Puede transferir datos hacia y desde una unidad de red compartida solo a través de lossistemas Sistema CFX Opus Dx.
Los sistemas Sistema CFX Opus Dx le permiten conectarse a una unidad de red compartida mediante
Ethernet. Mediante una conexión válida, puede transferir archivos de datos hacia y desde una carpeta dela unidad de red compartida.

Para transferir datos hacia y desde una unidad de red compartidau

En el cuadro de diálogo Select Location (Seleccionar ubicación), toque Network (Red) y navegue
hasta la carpeta de destino en la que copiar el archivo, o toque Cancel (Cancelar) para volver a lapantalla del File Browser (Explorador de archivos).
Nota: Si existe un archivo con el mismo nombre en la ubicación seleccionada, aparece uncuadro de diálogo. Toque Yes (Sí) para sobrescribir el archivo existente o No (No) para volver ala pantalla del File Browser (Explorador de archivos).

El Sistema CFX Opus Dx muestra un mensaje de confirmación cuando el archivo se copia
correctamente.

Crear un archivo de datos
Para analizar los datos transferidos del instrumento al ordenador del CFX Maestro Dx SE, el archivo dedatos comprimido (archivo .zpcr) debe convertirse en un archivo de datos (archivo .pcrd). El CFX Maestro
Dx SE convierte el archivo .zpcr en un archivo .pcrd y luego selecciona un archivo de placa que tiene elmismo modo de análisis y tamaño de placa, y lo aplica al archivo .pcrd.

Para crear un archivo de datos a partir de un archivo de datos independiente
1.

En el CFX Maestro Dx SE, realice una de las siguientes acciones:n

Localice el archivo .zpcr que desee y arrástrelo a la ventana Home (Inicio) del CFX Maestro Dx
SE.

n

Seleccione File (Archivo) > Open (Abrir) > Stand-alone Run (Ejecución independiente), navegue
hasta el archivo que desee y selecciónelo.

El CFX Maestro Dx SE muestra el cuadro de diálogo Save As (Guardar como).
2.

Navegue hasta la carpeta en la que quiera guardar el archivo .pcrd y haga clic en Save (Guardar).
Después de guardar el archivo .pcrd, el CFX Maestro Dx SE abre la ventana Data Analysis (Análisis
de datos) y muestra los datos resultantes.

202 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 10 Descripción general del análisis dedatos
El Software CFX Maestro Dx, Security Edition procesa datos de PCR en tiempo real automáticamente al
final de cada ejecución y abre la ventana Data Analysis (Análisis de datos) para mostrar estos datos (elarchivo .pcrd).
nArrastrar un archivo de datos (extensión .pcrd) a la ventana Home (Inicio) y soltarlo.

nSeleccionar File(Archivo) > Open (Abrir) > Data File (Archivo de datos) en la ventana Home (Inicio) ybuscar el archivo .pcrd.

nSeleccionar File (Archivo) > Recent Data Files (Archivos de datos recientes) en la ventana Home
(Inicio) para seleccionar de una lista de los diez archivos de datos abiertos más recientemente.

n

Seleccionar la pestaña Analyze (Analizar) en el Startup Wizard (Asistente de inicio) y seleccionar dela lista Recent Files (Archivos recientes), o hacer clic en Browse (Examinar) para localizar el archivode datos.

Ventana de análisis de datos
La ventana Data Analysis (Análisis de datos) muestra múltiples pestañas, y cada pestaña muestra losdatos analizados para un método de análisis específico o información específica de la serie. Las
pestañas aparecen solo si los datos recopilados en la ejecución están disponibles para ese tipo deanálisis.

Consejo: Para escoger las pestañas a mostrar, selecciónelas en el menú desplegable View (Ver) enla ventana Data Analysis (Análisis de datos). Para volver a la disposición original, seleccione
Settings (Ajustes) > Restore Default Window Layout (Restaurar el diseño predeterminado de laventana).

Manual de usuario | 203

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Barra de herramientas de análisis de datos
La barra de herramientas en la ventana Data Analysis (Análisis de datos) ofrece acceso rápido a
funciones importantes de análisis de datos.

En la Tabla 11 se enumeran las funciones de los botones de la barra de herramientas.
Tabla 11. Barra de herramientas de la ventana Data Analysis (Análisis de datos)

Botón

NombreFunción

Plate Setup

View/Edit plate (Ver/Editar placa): abre el Plate(Configuración de

Editor (Editor de placas) para ver y editar elplaca)

contenido de los pocillos.
Replace Plate (Sustituir placa): selecciona unarchivo de placa para sustituir el esquema de laplaca.
Apply PrimePCR File (Aplicar archivo
PrimePCR): selecciona un archivo de ejecución
para sustituir el esquema de la placa para una
serie PrimePCR.

Manage Well

Abre la ventana Well Groups Manager (Gestor

Groups (Gestionarde grupos de pocillos) para crear, editar y

grupos de pocillos)

borrar grupos de pocillos.

Well Group (Grupo

Selecciona el nombre de un grupo de pocillos

de pocillos)

existente del menú desplegable. La selección
predeterminada es All Wells (Todos lospocillos). Este botón solo aparece cuando se
crean grupos de pocillos.

Analysis Mode

Analiza los datos en modo Fluorophore(Modo de análisis)(Fluorocromo) o Target (Objetivo).

Help (Ayuda)

Abre la ventana Help (Ayuda) del software, enla que puede encontrar ayuda en línea y una
copia digital de este manual en formato Acrobat
PDF.

204 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana de análisis de datos

Barra de menús del análisis de datos
En la Tabla 12 se enumeran los elementos de la barra de menús en la ventana Data Analysis (Análisis dedatos).
Tabla 12. Elementos de la barra de menús en la ventana Data Analysis (Análisis de datos)

Elemento delmenú

ComandoFunción

File (Archivo)

Save (Guardar)

Guarda el archivo.

Save As (Guardar como)

Guarda el archivo con un nuevo nombre.

File Passwords (Contraseñas dePermite a los usuarios configurar lasarchivo)

contraseñas para guardar y abrir archivos.

Sign (Firmar)

Permite a los usuarios firmar el archivo dedatos.

Repeat Run (Repetir ejecución)

Extrae el archivo del protocolo y de la placade la ejecución actual para volver a realizar laejecución.

Close (Cerrar)

Cierra la ventana Data Analysis (Análisis dedatos).

View (Ver)Run Log (Registro de ejecución)

Abre una ventana Run Log (Registro deejecución) para visualizar el registro deejecución del archivo de datos actual.

Audit Trail (Registro de auditoría)

Abre el registro de auditoría del archivo.

Quantification (Cuantificación),

Muestra los datos analizados en las pestañas

Melt Curve (Curva de fusión),

seleccionadas en la ventana Data Analysis

Gene Expression (Expresión(Análisis de datos). Se debe seleccionar al

genética), End Point (Punto final),

menos una pestaña.

Custom Data View (Vista de datos
personalizada), QC (CC), Run
Information (Información de laejecución)

Manual de usuario | 205

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Tabla 12. Elementos de la barra de menús en la ventana Data Analysis (Análisis de datos), continuación

Elemento delmenú

ComandoFunción

Settings (Ajustes)

Cq Determination Mode (Modo deLe permite seleccionar el modo Regression

determinación de Cq)(Regresión) o el modo Single Threshold(Umbral único) para determinar cómo se
calculan los valores Cq para cada trazo.

206 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana de análisis de datos

Tabla 12. Elementos de la barra de menús en la ventana Data Analysis (Análisis de datos), continuación

Elemento delmenú

ComandoFunción

Baseline Setting (Ajustes deLe permite seleccionar el método dereferencia)

sustracción de referencia para los grupos depocillos seleccionados.

Analysis Mode (Modo de análisis)

Le permite analizar datos según elfluorocromo o el objetivo.

Cycles to Analyze (Ciclos a

Le permite seleccionar los ciclos a analizar.

analizar)
Umbral de referencia

Abre la ventana Baseline Threshold (Umbral
de referencia) para ajustar la referencia o elumbral.

Trace Styles (Estilos de trazo)

Abre la ventana Trace Styles (Estilos detrazos).

Plate Setup (Configuración deAbre el Plate Editor (Editor de placas) para

placa)

visualizar y editar la placa; y para sustituir laplaca actual por una de un archivo de placas
definido por el usuario o un archivo deprocesamiento PrimePCR.

Include All Excluded Wells (Incluir

Incluye todos los pocillos excluidos en el

todos los pocillos excluidos)

análisis.

Mouse Highlighting (Resaltado

Activa o desactiva el resaltado simultáneo dedel ratón)

datos con el puntero del ratón.
Consejo: Si Mouse Highlighting(Resaltado del ratón) se encuentra
apagado, presione la tecla Control para
activar temporalmente el resaltado.

Restore Default Window Layout

Restaura la disposición de las ventanas a la

(Restaurar el diseño

configuración predeterminada.

predeterminado de la ventana)

Manual de usuario | 207

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Tabla 12. Elementos de la barra de menús en la ventana Data Analysis (Análisis de datos), continuación

Elemento delmenú

ComandoFunción

Export (Exportar)

Export All Data Sheets (Exportar

Le permite seleccionar si desea exportar

todas las hojas de datos)

todas las vistas de la hoja de cálculo de cadapestaña a un archivo .csv, .txt., Excel o .xml.

Export RDML File (Exportar

Le permite seleccionar la versión 1.1 o 1.0 dearchivo RDML)

RDML para exportar el archivo.

Custom Export (Exportación

Abre la ventana de exportación

personalizada)

personalizada en la que los campos aexportar y el formato del archivo se pueden
especificar.

Export to LIMS Folder (Exportar a

Abra una ventana para guardar datos en unla carpeta LIMS)

formato predeterminado en la carpeta LIMS

Manual Export (Exportación

Abre una ventana para identificar la ubicación

manual)para guardar los datos de todas las vistas dehojas de cálculo de los archivos Excel
estructurados específicamente para su uso
por parte de Seegene, Inc. y Bio-Rad
Laboratories.
Consejo: También puede iniciar
automáticamente Seegene Viewer(Visor de Seegene) al exportar. Consulte
Comandos del menú Tools(Herramientas) en la página 71 paraobtener más información.

208 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana de análisis de datos

Tabla 12. Elementos de la barra de menús en la ventana Data Analysis (Análisis de datos), continuación

Elemento delmenú

ComandoFunción

Tools

Reports (Informes)

Abre el informe de este archivo de datos.

Well Group Reports (Informes delAbre la ventana del informe del grupo degrupo de pocillos)

pocillos para generar informes para los(Herramientas)

grupos de pocillos especificados.
Import Fluorophore Calibration

Seleccionar un archivo de calibración a(Importar calibración deaplicar al archivo de datos actual.

fluorocromo)
qbase+

Inicia qbase+ v2.5 directamente a partir delarchivo .pcrd actual si está instalado.

Generate LIMS PLRN file

Guarda el archivo de datos como un archivo(Generar archivo PLRN LIMS).plrn con formato LIMS.

Manual de usuario | 209

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Detalles de la pestaña
Cada pestaña de la ventana Data Analysis (Análisis de datos) muestra datos en gráficos y hojas decálculo de un método de análisis específico e incluye un selector de pocillos para seleccionar los datos
que desea mostrar. Cuando se abre, la ventana Data Analysis (Análisis de datos) muestra de forma
predeterminada la pestaña Quantification (Cuantificación). Puede utilizar los datos del gráfico
Amplification (Amplificación) en la pestaña Quantification (Cuantificación) para determinar los ajustes deanálisis adecuados para la ejecución.

Nota: El software vincula los datos en los paneles de cada pestaña de Data Analysis (Análisis dedatos). Por ejemplo, destacar un pocillo ubicando el puntero del ratón sobre el pocillo en elvisualizador del selector del pocillo destaca los datos en todos los demás paneles.

Step Number Selector (Selector del número de paso)
Los sistemas CFX Opus Dx pueden adquirir datos de fluorescencia en varios pasos de protocolo; elsoftware mantiene los datos adquiridos en cada paso de forma independiente. CFX Maestro Dx SE
muestra el Step Number Selector (Selector de número de paso) debajo del gráfico Standard Curve(Curva normalizada) en la pestaña Quantification (Cuantificación). Cuando un protocolo contiene comomínimo un paso de recogida de datos, el CFX Maestro Dx SE muestra los datos del primer paso derecogida.
Si el protocolo contiene más de un paso de recogida, puede seleccionar otro paso de la lista desplegable.
Por ejemplo:

210 | Software CFX Maestro Dx SE

Ventana de análisis de datos

Cuando selecciona un paso, el software aplica una selección a todos los datos que se muestran en laventana Data Analysis (Análisis de datos).

Visualizar los grupos de pocillos en el análisis de datos
Los pocillos en la placa se pueden agrupar en subgrupos para el análisis independiente utilizando gruposde pocillos. Cuando crea grupos de pocillos, sus nombres de grupo aparecen en la lista desplegable Well
Groups (Grupos de pocillos) de la ventana Data Analysis (Análisis de datos) en la barra de herramientas.
Si ha creado grupos de pocillos, el software muestra el grupo de pocillos predeterminado All Wells (Todoslos pocillos) cuando abre la ventana Data Analysis (Análisis de datos), mostrando los datos en todos lospocillos con contenido en los gráficos y hojas de cálculo. Solo los pocillos en ese grupo de pocillos
cargado con contenido aparecen en el selector de pocillos, y solo los datos de estos pocillos se incluyen
en los cálculos de análisis de datos.
Consejo: Para crear, editar, y eliminar grupos de pocillos, haga clic en Manage Well Groups(Gestionar grupos de pocillos) en la barra de herramientas.
Nota: Si no crea previamente grupos de pocillos, la lista desplegable Well Groups (Grupos depocillos) no aparece en la barra de herramientas.

Cambiar el contenido de los pocillos después de una ejecución
Durante el análisis de datos, al cambiar la manera en la que se muestran los datos cambiando elcontenido de los pocillos en el Plate Editor (Editor de placas) nunca se cambian los datos defluorescencia que se recogieron de cada pocillo durante la ejecución. Una vez el módulo recoge los datosde fluorescencia, no puede eliminar esos datos, pero puede decidir eliminar los datos de la vista y delanálisis.

Para cambiar el contenido de los pocillos después de una ejecuciónu

En la ventana Data Analysis (Análisis de datos), haga clic en Plate Setup (Configuración de placa) y
seleccione una de las siguientes opciones:n

Edit/View Plate (Editar/Ver placa): abre el Plate Editor (Editor de placas) en el que puede
realizar cambios manuales en el esquema.

nReplace Plate file (Sustituir archivo de placa): abre el explorador Select Plate (Seleccionar
placa), donde puede navegar hasta un archivo de placa guardado previamente para reemplazar
el esquema de placa actual.

nApply PrimePCR file (Aplicar archivo de PrimePCR): abre el cuadro de diálogo del archivo
Select PrimePCR (Seleccionar PrimePCR), en el que puede navegar a un archivo de ejecuciónde PrimePCR y aplicarlo al esquema de la placa.

Manual de usuario | 211

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Consejo: Puede añadir o editar información sobre el contenido del pocillo antes de una ejecución,
durante una ejecución o después de la finalización de una ejecución de PCR. Debe asignar un modode escaneo y un tamaño de placa antes de la ejecución. Estos parámetros no se pueden cambiar
después de la ejecución.

212 | Software CFX Maestro Dx SE

Ajustes del análisis de datos

Ajustes del análisis de datos
Los datos del gráfico Amplification (Amplificación) en la pestaña Quantification (Cuantificación) muestranla fluorescencia relativa (RFU) para cada pocillo en cada ciclo. Cada traza en el gráfico representa losdatos de un único fluorocromo en un pocillo. Estos datos se usan para determinar los valores de Cq paracada pocillo y por fluorocromo. El software usa uno de dos modos existentes para determinar los valores
de Cq:
nn

Regression (Regresión): aplica un modelo de regresión multivariable no lineal a trazas de pocillos
individuales y después usa este modelo para computar un valor óptimo de Cq.
Single Threshold (Umbral único): usa un valor de umbral único para calcular el valor de Cq en baseal punto de cruce del umbral de trazas de fluorescencia individuales.

Seleccione Settings (Ajustes) > Cq Determination Mode (Modo de determinación de Cq) para seleccionar
el modo de determinación de Cq.

Ajustar el umbral
En el modo de Single Threshold (Umbral único), puede ajustar el umbral de fluorocromo haciendo clic enla línea del umbral en el gráfico Amplification (Amplificación) y moviendo el puntero del ratón de manera
vertical. También puede especificar un umbral exacto de cruce para el fluorocromo seleccionado.

Ajustes de referencia
El software fija automáticamente una base de referencia para cada pocillo de forma individual. El ajustede referencia determina el método de sustracción de la referencia para todas las trazas de fluorescencia.
El software ofrece tres opciones de sustracción de la referencia:
n

No Baseline Subtraction (Sin sustracción de referencia): muestra los datos como trazas defluorescencia relativa. No se pueden realizar algunos análisis en este modo de análisis, por lo que elsoftware no muestra las pestañas Gene Expression (Expresión genética), End Point (Punto final) ni
Allelic Discrimination (Discriminación alélica).

nBaseline Subtracted (Referencia sustraída): muestra los datos como trazas con la referencia
sustraída para cada fluorocromo en un pocillo. El software debe sustraer la referencia de los datospara determinar los ciclos de cuantificación, construir curvas estándar y determinar la concentraciónde las muestras desconocidas. Para generar una traza con sustracción de referencia, el software
encaja la mejor línea recta posible a través de la fluorescencia registrada de cada pocillo durante losciclos de referencia y después sustrae los datos que mejor se ajustan de los datos sustraídos delfondo en cada ciclo.

Manual de usuario | 213

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datosnBaseline Subtracted Curve Fit (Ajuste de curva de referencia sustraída): muestra los datos comotrazas con la referencia sustraída y el software suaviza la curva con la referencia sustraída mediante
un filtro de media centrada. Este proceso se realiza para que cada Cq quede invariable.

Además de estas opciones, también puede seleccionar Apply Fluorescent Drift Correction (Aplicar
corrección a la desviación de la fluorescencia). Para pocillos con valores RFU con una desviación anormal,
el software deriva una referencia estimada de los pocillos adyacentes para los que no fue posible generar
una línea de referencia horizontal.

Para cambiar los ajustes de sustracción de la referenciauSeleccione Settings (Ajustes) > Baseline Setting (Ajustes de referencia).

Modo de análisis
Los datos se pueden agrupar y analizar por nombre de fluorocromo o de objetivo. Cuando se agrupan por
fluorocromo, los trazos de los datos se muestran por fluorocromo según lo indicado en la configuración deplaca de ese procesamiento. Los datos individuales de fluorocromo aparecen en el gráfico de amplificación
y curva normalizada (si está disponible) cuando se seleccionan las casillas adecuadas del selector defluorocromo, ubicadas bajo el gráfico de amplificación.

Cuando se agrupan por objetivo, los trazos de los datos se muestran por nombre de objetivo según lo
introducido en la configuración de placa de esa ejecución.

Para seleccionar un modo de análisis de datosuRealice una de las siguientes acciones:n

Seleccione Settings (Ajustes) > Analysis Mode (Modo de análisis).

214 | Software CFX Maestro Dx SE

Ajustes del análisis de datosnSeleccione un modo del menú desplegable Analysis Mode (Modo de análisis) en la barra deherramientas.

Ciclos a analizar
Puede restringir el número de ciclos a analizar. También puede analizar los datos de un conjunto de
ciclos determinado. El número máximo de ciclos que puede analizar es de 50.
Nota: Eliminar ciclos al principio de una serie puede tener un impacto significativo sobre la creaciónde líneas de referencia.

Para restringir el análisis de datos a un rango de ciclos determinado
1.

Seleccione Settings (Ajustes) > Cycles to Analyze (Ciclos a analizar).
Aparece el cuadro de diálogo Cycles to Analyze (Ciclos a analizar).

2.

Introduzca los valores correspondientes al ciclo de comienzo y de finalización y haga clic en OK(Aceptar).

Haga clic en Restore Defaults (Restaurar valores por defecto) en el cuadro de diálogo Cycles to Analyze(Ciclos a analizar) para volver a los ciclos utilizados originalmente para su análisis.

Manual de usuario | 215

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Selector de pocillos
Use el Well Selector (Selector de pocillos) para mostrar u ocultar los datos de pocillos en los gráficos uhojas de cálculo en la ventana Data Analysis (Análisis de datos). En el selector de pocillos, únicamente
pueden seleccionarse los pocillos con muestra. El software tiñe los pocillos en el Well Selector (Selector
de pocillos):nAzul: indica los pocillos seleccionados. Los datos de los pocillos seleccionados aparecen en laventana Data Analysis (Análisis de datos).

n

Gris claro: indica los pocillos no seleccionados. Los datos de pocillos no seleccionados no apareceen la ventana Data Analysis (Análisis de datos).

n

Gris oscuro: indica los pocillos vacíos.

Para mostrar u ocultar datos de pocillosu

En el Well Selector (Selector de pocillos), realice cualquiera de las siguientes acciones:n

Para ocultar un pocillo, haga clic en el pocillo en particular. Para mostrar ese pocillo, vuelva ahacer clic en él.

nPara ocultar varios pocillos, arrastre sobre los pocillos que quiere seleccionar. Para mostrar
esos pocillos, vuelva a arrastrar sobre los pocillos.

nHaga clic en la esquina superior izquierda de la placa para ocultar todos los pocillos. Vuelva ahacer clic en la esquina superior izquierda para mostrar todos los pocillos.

nHaga clic al principio de una fila o una columna para ocultar esos pocillos. Vuelva a hacer clic enla fila o columna para mostrar esos pocillos.

216 | Software CFX Maestro Dx SE

Selector de pocillos

Elementos del menú contextual del Well Selector (Selector depocillos)En la Tabla 13 se enumeran las opciones de menú contextual disponibles en la vista del selector depocillos.
Tabla 13. Elementos del menú contextual del selector de pocillos

Elemento

Función

Well XX (Pocillo XX)

Muestra solo este pocillo, suprime la vista de este pocillo, establece uncolor para este pocillo o excluye este pocillo del análisis.

Selected Wells (Pocillos

Muestra solo estos pocillos, suprime la vista de estos pocillos,

seleccionados) (hacer clic con elestablece un color para estos pocillos o excluye estos pocillos delbotón derecho y arrastrar)

análisis.

Copy (Copiar)

Copia el contenido del pocillo a un portapapeles, incluido el Sample
Type (Tipo de muestra) y el Replicate # (N.º de repeticiones) opcional.

Copy as Image (Copiar como

Copia la vista del selector de pocillos como una imagen.

imagen)Print (Imprimir)

Imprime la vista del selector de pocillos.

Print Selection (Imprimir

Imprime la selección actual.

selección)
Export to Excel (Exportar a

Exporta los datos a una hoja de cálculo de Excel.

Excel)
Export to CSV (Exportar a CSV)

Exporta los datos como un documento .csv.

Export to Xml (Exportar a Xml)

Exporta los datos como un documento .xml.

Well Labels (Etiquetas deCambia las etiquetas de pocillo a Sample Type (Tipo de muestra),pocillo)Target Name (Nombre objetivo) o Sample Name (Nombre demuestra).

Manual de usuario | 217

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Excluir temporalmente los pocillos del análisis
Para excluir los pocillos de los análisis de datos temporalmente
1.

Haga clic con el botón derecho en el selector de pocillos, en un trazo de fluorescencia o en un punto
trazado en la curva normalizada. Para excluir varios pocillos, haga clic con el botón derecho yarrastre para destacar varios pocillos, trazos o puntos.

2.

Del menú contextual, seleccione la opción adecuada.
nWell (Pocillo) > Exclude Well (Excluir pocillo)nSelected Wells (Pocillos seleccionados) > Exclude from Analysis (Excluir del análisis)n

Selected Traces (Trazos seleccionados) > Exclude these wells from Analysis (Excluir estos
pocillos del análisis)

Alternativamente, para eliminar permanentemente los pocillos del análisis, borre todo el contenido
de los pocillos en el Plate Editor (Editor de placas) haciendo clic en el botón Clear Wells (Borrar
pocillos).
Importante: Debe volver a introducir cualquier contenido de pocillo que se haya borrado.

Para incluir un pocillo excluidouHaga clic con el botón derecho sobre el pocillo correspondiente en Well Selector (Selector depocillos) y seleccione Well (Pocillo) > Include Well in Analysis (Incluir pocillo en el análisis).

218 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Gráficos
Cada gráfico en la ventana Data Analysis (Análisis de datos) muestra los datos en un gráfico distinto e
incluye opciones para ajustar y exportar los datos o los gráficos.

Herramientas de gráficos
En la Tabla 14 se enumeran las opciones de menú contextual disponibles en la mayoría de los gráficos.
Tabla 14. Elementos comunes de menú contextual de la mayoría de gráficosElemento

Función

Copy (Copiar)

Copia el gráfico a un portapapeles.

Save Image As... (Guardar

Guarda el gráfico como un archivo de imagen. Establezca la

imagen como)resolución y las dimensiones de la imagen y posteriormente
seleccione el tipo de archivo (PNG, GIF, JPG, TIF, o BMP).

Page Setup... (Configuración deSelecciona una configuración de página para imprimir.

la página)
Print... (Imprimir)

Imprime el gráfico.

Set Scale to Default (Establecer

Muestra todos los datos en el gráfico de barras. Deslice la pantalla deescala a valor predeterminado)

barras si hay demasiados puntos de datos/muestras para mostrar enel marco del gráfico.

Chart Settings (Ajustes delgráfico)Abre el cuadro de diálogo Chart Settings (Ajustes del gráfico) en el quepuede modificar las opciones de vista del gráfico:n Nombres de gráficos y ejesn Fuente y tamaño de gráficos y ejesn Escala de los ejesn Posición de la leyenda

Las herramientas del gráfico aparecen en cada gráfico en la ventana Data Analysis (Análisis de datos).
Todos los gráficos muestran estas herramientas:
Copy to Clipboard (Copiar al portapapeles): copia los contenidos de la vista del gráfico al portapapeles.
Chart Settings (Ajustes del gráfico): abre el cuadro de diálogo Chart Settings (Ajustes del gráfico) en elque puede modificar las opciones de visualización del gráfico.

Manual de usuario | 219

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Export (Exportar): abre el cuadro de diálogo Export Options (Opciones de exportación), desde el quepuede modificar la resolución y el tamaño del gráfico, y guardarlo en una ubicación específica como uno
de los siguientes tipos de archivo:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Herramientas del Bar Chart (Gráfico de barras)
Además de las herramientas de gráfico, los gráficos de barras muestran las siguientes herramientas:
Sort (Ordenar): ordena los objetivos y las muestras alfabéticamente o en orden alfabético inverso.
Color Settings (Ajustes de color): abre el cuadro de diálogo Color Settings (Ajustes de color), donde
puede cambiar el color de los objetivos y las muestras.
Para obtener más información sobre estas herramientas, consulte Cambiar y anotar la vista de gráficosen la página 283.

Herramientas del Amplification Chart (Gráfico de amplificación)
Además de las enumeradas anteriormente, los gráficos de amplificación muestran las siguientes
herramientas:
Trace Styles (Estilos de trazo): abre el cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo) en el que puede
modificar la apariencia de los trazos del gráfico de amplificación.
Baseline Threshold (Umbral de referencia): abre el cuadro de diálogo de Baseline Threshold (Umbral
de referencia) en el que puede modificar la referencia predeterminada de los pocillos seleccionados ocambiar el umbral de cada curva de fluorescencia del gráfico de amplificación.

Copiar datos de gráficos al portapapeles
Puede copiar el contenido del gráfico y pegarlo en cualquier aplicación que acepte archivos de imagen demapa de bits.

Para copiar datos de gráficos al portapapeles
1.

En las herramientas de gráficos, seleccione el icono Copy to Clipboard (Copiar al portapapeles).

2.

Abra una aplicación que acepte imágenes de mapa de bits, por ejemplo Microsoft Word.

3.

Haga clic derecho y seleccione Paste (Pegar) para pegar la imagen de mapa de bits delportapapeles a la aplicación.

220 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Cambiar los ajustes de visualización de gráficos
Use el cuadro de diálogo Chart Settings (Ajustes del gráfico) para cambiar los títulos, fuentes y tamaños,
la escala de los ejes y la ubicación de la leyenda del gráfico que se muestra. Los cambios que realice enel gráfico solo se guardan con el gráfico.

Para cambiar los ajustes de visualización de gráficos
1.

Desde las herramientas del gráfico, haga clic en Chart Settings (Ajustes de gráfico).
Aparece el cuadro de diálogo Chart Settings (Ajustes de gráfico).

2.

3.

Seleccione la pestaña Chart And Axes (Gráfico y ejes) para:nEscribir un título para el gráfico.

nEscribir un nuevo título para el eje X e inclinar las etiquetas.

nEscribir un nuevo título para el eje Y.

Seleccione la pestaña Fonts (Fuentes) para cambiar la fuente del gráfico, así como el tamaño dedicha fuente.
Consejo: De forma predeterminada, el tamaño de la fuente cambia automáticamente alcambiar el tamaño del gráfico. Seleccione Change Font Size (Cambiar tamaño de fuente) para
fijar un tamaño de fuente estático para cada tipo de etiqueta.

4.

Seleccione la pestaña Axes Scale (Escala de los ejes) para:nEliminar la función de autoescala de los ejes X e Y, y especificar los valores de escala máximo ymínimo.

Manual de usuario | 221

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datosn5.

Escoger si quiere que el gráfico muestre una cuadrícula o marcas de verificación.

Seleccione la pestaña Legend (Leyenda) para:n

Escoger si quiere ocultar la leyenda del gráfico.

nCambiar la posición predeterminada de la leyenda.

Nota: Cuando la leyenda está colocada a la izquierda o a la derecha del gráfico, solo muestra
los primeros diez fluorocromos del gráfico.
6.

Haga clic en Apply (Aplicar) en cualquier momento para ver los cambios en los ajustes del gráfico sin
guardar los cambios.

7.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y volver al gráfico.

Exportar el gráfico
Utilice este cuadro de diálogo para modificar la anchura, altura y la resolución del gráfico y exportarlo en
uno de los siguientes formatos de archivo:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Puede utilizar el gráfico exportado para presentar sus resultados en sesiones de pósteres,presentaciones de Microsoft PowerPoint y revistas profesionales.
Nota: Tenga en cuenta lo siguiente cuando modifique los ajustes:nnAnchura máxima y mínima, y límites de alturao

A 72 ppp: 0,1–83 pulgadaso

A 96 ppp: 0,1–62 pulgadaso

A 150 ppp: 0,1–40 pulgadaso

A 300 ppp: 0,1-20 pulgadaso

A 600 ppp: 0,1–10 pulgadaso

En todas las resoluciones: 2–6000 píxeles

La relación de aspecto se basa en la anchura.

Para exportar el gráfico
1.

Desde las herramientas del gráfico, haga clic en Export (Exportar).
Aparece el cuadro de diálogo Export Preview (Previsualización de exportación).

222 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

2.

Modifique los ajustes para la presentación según sea necesario.

3.

Haga clic en Export (Exportar).

4.

En el cuadro de diálogo de Export (Exportar), haga lo siguiente:

5.

a.

(Opcional) Vaya a una carpeta en la que guardar el archivo del gráfico.

b.

Escriba un nombre del archivo y seleccione un tipo de archivo de la lista desplegable.

Haga clic en Save (Guardar) para guardar el archivo del gráfico.

Modificar los ajustes del umbral de referencia
En el modo de Single Threshold (Umbral único), puede ajustar el umbral de fluorocromo haciendo clic enla línea del umbral en el gráfico Amplification (Amplificación) y moviendo el puntero del ratón de manera
vertical. También puede especificar un umbral exacto de cruce para el fluorocromo seleccionado.
Consejo: Puede especificar un rango de ciclo para determinar la referencia de todos los archivos dedatos en la pestaña Data Analysis (Análisis de datos) en User (Usuario) > User Preferences(Preferencias de usuario).

Para ajustar el ciclo de referencia de inicio y fin para cada pocillo
1.

En la pestaña Quantification (Cuantificación), seleccione un solo fluorocromo bajo el gráfico de
Amplification (Amplificación).

2.

En las herramientas de gráficos, seleccione Baseline Threshold (Umbral de referencia).

Manual de usuario | 223

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Aparece el cuadro de diálogo Baseline Threshold (Umbral de referencia).
3.

4.

En la sección Baseline Cycles (Ciclos de referencia), realice una de las siguientes acciones:n

Para seleccionar un pocillo, haga clic en su número de fila.

nPara seleccionar varios pocillos adyacentes, haga clic en el número de fila del primer pocillo yarrastre el cursor hacia abajo por la columna hasta el pocillo final.

nPara seleccionar varios pocillos no adyacentes, mantenga pulsada la tecla Control y haga clicen cada pocillo.

nPara seleccionar todos los pocillos, haga clic en la esquina superior izquierda de la tabla.

Ajuste las opciones Baseline Begin Cycle (Ciclo de inicio de referencia) y Baseline End Cycle (Ciclode final de referencia) de todos los pocillos seleccionados, o cambie el número de ciclo de inicio yfinal en la parte inferior de la hoja de cálculo.
Consejo: Para revertir los ajustes a los últimos valores guardados, haga clic en Reset All User
Defined Values (Restaurar todos los valores definidos por el usuario).

5.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y volver al gráfico.

Para especificar un rango de ciclo para todos los archivos de datosu

En la ventana Home (Inicio) o Plate Editor (Editor de placas), seleccione User (Usuario) > User
Preferences (Preferencias de usuario) y seleccione la pestaña Data Analysis (Análisis de datos).

Ordenar los datos de objetivo, muestra y grupo biológico
Nota: Esta opción está disponible únicamente en gráficos de expresión genética.
De forma predeterminada, las listas Targets (Objetivos), Samples (Muestras) y Biological Groups(Grupos biológicos) aparecen en orden alfabético. Use el cuadro de diálogo Sort (Ordenar) parapresentar la visualización en orden alfabético inverso o para mover un término manualmente a otra
posición en la lista.

Para ordenar los datos de objetivos, muestras y grupos biológicos
1.

En las herramientas del gráfico, haga clic en Export (Exportar).
Aparece el cuadro de diálogo Gene Expression Chart Sorting (Orden de gráfico de expresión
genética).

224 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

2.

En el cuadro de diálogo, haga clic en Z-A para clasificar la lista en orden alfabético inverso.

3.

Para desplazar un término de forma manual, selecciónelo y haga clic en el botón correspondiente
entre los gráficos:

4.

nHaga clic en la flecha hacia arriba o hacia abajo para desplazar el término seleccionado una
posición.

nHaga clic en la flecha de barra hacia arriba o hacia abajo para desplazar el término seleccionado
al primer o último puesto de la lista.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y volver a la pestaña Gene Expression(Expresión genética).

Manual de usuario | 225

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Cambiar los ajustes de color de los objetivos y las muestras
Nota: Esta opción está disponible únicamente en gráficos de expresión genética.
Use el cuadro de diálogo Color Settings (Ajustes de color) para cambiar el color de un objetivo o muestra,o para eliminar el elemento del gráfico.

Para cambiar los ajustes de color
1.

En las herramientas de gráfico, seleccione Color Settings (Ajustes de color).
Aparecerá el cuadro de diálogo Color Settings (Ajustes de color).

2.

Para cambiar el color en que aparecerá un objetivo o muestra, haga clic en su color en la columna
Color.

3.

En el cuadro de diálogo Color que aparece, seleccione un nuevo color y haga clic en OK (Aceptar).

4.

Para eliminar el elemento del gráfico de expresión genética, desmarque la casilla correspondiente
en la columna Show Chart (Mostrar gráfico).
Consejo: Para eliminar todos los elementos de un gráfico de expresión genética, desmarque lacasilla Show Chart (Mostrar gráfico) en el encabezado de la columna.

5.

(Opcional) Por defecto, el color del gráfico de barras aparece en forma de gradiente. Para mostrar elcolor de forma sólida, seleccione Use Solid Colors (Usar colores sólidos).

6.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y volver a la pestaña Gene Expression(Expresión genética).

226 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Ampliar un área en el gráfico
Para ampliar un área del gráficouHaga clic y arrastre a través del gráfico; después, haga clic en Zoom. El software cambia el tamañodel gráfico y lo centra en el área seleccionada.
Nota: El gráfico de barras no requiere que haga clic en el comando emergente Zoom.

Para volver a la vista completa del gráficouHaga clic con el botón derecho en el gráfico y seleccione Set Scale to Default (Establecer escala avalor predeterminado).

Copiar gráficos en un archivo de Microsoft
Puede copiar gráficos de datos a documentos de Microsoft Word, Excel o PowerPoint. La resolución de la
imagen se corresponde con la de la pantalla de la cual se obtuvo.

Para copiar gráficos en un archivo de Microsoft
1.

En la ventana Data Analysis (Análisis de datos), haga clic en Copy To Clipboard (Copiar al
portapapeles) en la esquina superior derecha del panel del gráfico.

2.

Abra un archivo en blanco de Microsoft y pegue el contenido del portapapeles.

Elementos comunes de menú contextual para gráficos
La Tabla 15 muestra los elementos del menú de clic derecho disponibles para gráficos. Algunos de loselementos están presentes para todos los gráficos, incluidos los elementos para cambiar la forma en que
se muestran los datos o para exportar fácilmente los datos de un gráfico.
Tabla 15. Elementos del menú contextual para gráficosElemento

Función

Copy (Copiar)

Copia el gráfico al portapapeles.

Save Image As (Guardar

Guarda la imagen con un tamaño, resolución y tipo de archivo específicos,

imagen como)

incluidos PNG (predeterminado), JPG y BMP.

Page Setup

Muestra las opciones de configuración de la impresión.

(Configuración depágina)Print (Imprimir)

Imprime el gráfico.

Manual de usuario | 227

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Elemento

Función

Set Scale to Default

Devuelve el gráfico a su vista por defecto después de haberlo magnificado.

(Establecer escala avalor predeterminado)
Chart Options (Opciones

Abre la ventana Chart Options (Opciones del gráfico) para modificar eldel gráfico)gráfico, incluido cambiar el título, seleccionar límites para los ejes X e Y, ymostrar líneas de cuadrícula y marcas menores en los ejes.

Nota: Los elementos del menú que se aplican a gráficos específicos se describen en el Capítulo 11,
Información del análisis de datos.

228 | Software CFX Maestro Dx SE

Hojas de cálculo

Hojas de cálculo
Las hojas de cálculo presentadas en el análisis de datos incluyen opciones para ordenar y transferir losdatos. Ordene las columnas mediante uno de los siguientes métodos:nHaga clic y arrastre una columna a una nueva ubicación en la tabla seleccionada.

nHaga clic en el encabezado de la columna para ordenar los datos en orden ascendente odescendente.

Para ordenar las tres columnas de datos en la ventana Sort (Ordenar)
1.

Haga clic con el botón derecho en la hoja de cálculo y seleccione Sort (Ordenar).

2.

En el cuadro de diálogo Sort (Ordenar), seleccione el primer título de columna a ordenar. Ordene losdatos en orden ascendente o descendente.

3.

Seleccione una segunda o tercera columna a ordenar y elija entre Ascending (Ascendente) o
Descending (Descendente).

4.

Haga clic en OK (Aceptar) para ordenar los datos o haga clic en Cancel (Cancelar) no ordenarlos.

Consejo: Destaque los datos de los gráficos asociados y el selector de pocillos manteniendo elpuntero del ratón sobre una celda. Haga clic en una celda para copiar y pegar su contenido en otro
programa de software.

Elementos comunes de menú contextual de hojas de cálculo
En la Tabla 16 se enumeran los elementos del menú contextual disponibles en cualquier vista de hoja decálculo.
Tabla 16. Elementos del menú contextual de hojas de cálculo

Elemento

Función

Copy (Copiar)

Copia los contenidos de los pocillos seleccionados al portapapeles
para posteriormente pegar los contenidos en una hoja de cálculo
como Excel.

Copy as Image (Copiar como

Copia la vista de la hoja de cálculo como un archivo de imagen y la

imagen)pega en un archivo que acepte un archivo de imagen, comoarchivos de texto, imágenes u hojas de cálculo.

Print (Imprimir)

Imprime la vista actual.

Manual de usuario | 229

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Tabla 16. Elementos del menú contextual de hojas de cálculo, continuación

Elemento

Función

Print Selection (Imprimir

Imprime la selección actual.

selección)
Export to Excel (Exportar a

Exporta los datos a una hoja de cálculo de Excel.

Excel)
Export to Text (Exportar texto)

Exporta los datos a un editor de texto.

Export to CSV (Exportar a CSV)

Exporta los datos a un archivo .csv.

Export to Xml (Exportar a Xml)

Exporta los datos a un archivo .xml.

Export to Html (Exportar a Html)

Exporta los datos a un archivo .html.

Find (Buscar)

Busca texto.

Sort (Ordenar)

Ordena los datos en hasta tres columnas.

Select Columns (Seleccionar

Selecciona las columnas que se mostrarán en la hoja de cálculo.

columnas)

230 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportar)

Export (Exportar)
El CFX Maestro Dx SE ofrece cuatro opciones de exportación en el menú desplegable Export (Exportar):n

Export All Data Sheets (Exportar todas las hojas de datos)nExport RDML Files (Exportar archivos RDML)n

Custom Export (Exportación personalizada)nExport to LIMS Folder (Exportar a la carpeta LIMS)nManual Export (Exportación manual)

Exporting All Data Sheets (Exportar todas las hojas de datos)
Puede exportar todas las vistas de hojas de cálculo de cada pestaña de CFX Maestro Dx SE en archivos
individuales.

Para exportar todas las hojas de datosu

Seleccione Export (Exportar) > Export All Data Sheets (Todas las hojas de datos) y, a continuación,
seleccione el tipo de archivo que desee:n

CSV (*.csv)

nTexto (*.txt)n

Libro de Excel (*.xlsx)
Los análisis exportados se guardan en varios archivos de libro de Excel con una pestaña dehoja cálculo de datos de análisis por archivo. Cuando un análisis incluye varios flurocromos, losdatos de cada fluorocromo se exportan a una pestaña de hoja de cálculo independiente.

n

Libro de Excel - combinado (*.xlsx)
Los análisis exportados se guardan en un solo archivo de libro de Excel que incluye varias
pestañas de la hoja de cálculo, una para cada conjunto de datos de análisis.

n

Excel 97 - 2003 (*.xls)
Importante: Su ordenador debe tener Microsoft Excel instalado para poder exportar datos
a una hoja de cálculo de Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

Manual de usuario | 231

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

Exportar archivos RDML
RDML es un estándar de datos universal y estructurado para intercambiar datos de PCR cuantitativa(qPCR). El estándar de datos es un archivo de texto con formato Extensible Markup Language (.xml).
Consulte la página web del Consorcio Internacional RDML (www.rdml.org) para obtener información
adicional sobre el formado de intercambio de datos RDML.
Importante: Los archivos RDML exportados incluyen datos de análisis con la configuración dereferencia que aplique en la ventana Data Analysis (Análisis de datos). Para obtener más
información sobre la configuración de referencia, consulte Ajustes de referencia en la página 213.
Nota: Guarde el archivo RDML como versión 1.1 si está usando la versión 2.3 o posterior delsoftware qbase+.

Para exportar un archivo RDML
1.

Seleccione Export (Exportar) > Export RDML Files (Exportar archivos RDML) y seleccione RDML
v1.1 o RDML v1.0 de la lista que aparece.
Aparece el cuadro de diálogo Save As (Guardar como).

2.

En el cuadro de diálogo Save As (Guardar como), especifique un nombre de archivo y la ubicación
en la que quiere guardar el archivo RDML.

3.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar el archivo exportado.

232 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportar)

Crear un archivo de exportación personalizado
Para crear un archivo de exportación personalizado
1.

Seleccione Export (Exportación) > Custom Export (Exportación personalizada). Aparece el cuadro
de diálogo Custom Export (Exportación personalizada).

2.

Seleccione el formato de exportación de la lista desplegable que aparece.

3.

Seleccione las casillas para los elementos que quiere exportar.

4.

(Opcional) Haga clic en Customize Column Names (Personalizar el nombre de las columnas) paracambiar el nombre de las columnas.

5.

Haga clic en Export (Exportar). Aparece el cuadro de diálogo Save As (Guardar como).

Manual de usuario | 233

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

6.

En el cuadro de diálogo Save As (Guardar como), especifique un nombre de archivo y una ubicación
en la que guardar el archivo exportado.

7.

Haga clic en OK (Aceptar) para exportar el archivo.

234 | Software CFX Maestro Dx SE

Export (Exportar)

Exportar a una carpeta LIMS
Puede exportar los datos a un formato del archivo compatible con LIMS. Para obtener más información
sobre crear, gestionar y utilizar archivos LIMS, consulte el Apéndice C, Integración de LIMS.

Para exportar los datos en formato LIMS
1.

Seleccione Export (Exportar) > Export to LIMS Folder (Exportar a la carpeta LIMS).
Aparece el cuadro de diálogo Save As (Guardar como).

2.

En el cuadro de diálogo Save As (Guardar como), especifique un nombre de archivo y una ubicación
en la que guardar el archivo exportado.

3.

Haga clic en OK (Aceptar) para exportar el archivo.

Exportar datos con formato Seegene
Puede exportar los datos de todas las vistas de hoja de cálculo a archivos Excel estructurados
específicamente para su uso por parte de Seegene, Inc.
Consejo: También puede iniciar automáticamente Seegene Viewer (Visor de Seegene) cuando secomplete la exportación. Consulte Comandos del menú Tools (Herramientas) en la página 71 paraobtener más información.

Para exportar los datos con formato Seegene
1.

Seleccione Export (Exportar) > Manual Export (Exportación manual).
Aparece el cuadro de diálogo Browse For Folder (Buscar carpeta).

2.

En el cuadro de diálogo Save As (Guardar como), especifique una ubicación de carpeta para
guardar los archivos Excel (.xlsx) con formato Seegene.
Los análisis se exportan en varios archivos de libro de Excel con una pestaña de hoja de cálculo dedatos de análisis por archivo.

3.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los archivos exportados.

Manual de usuario | 235

Capítulo 10 Descripción general del análisis de datos

236 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 11 Información del análisis de datos
La ventana Data Analysis (Análisis de datos) del Software CFX Maestro Dx, Security Edition consta devarias pestañas desde las que se pueden ver los datos. Este capítulo explica estas pestañas
detalladamente.
Consejo: Puede escoger qué pestañas ver en la ventana Data Analysis (Análisis de datos) usando
el menú View (Ver). La disposición personalizada se guarda con el archivo de datos.

Manual de usuario | 237

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña Quantification (Cuantificación)
Utilice los datos de la pestaña Quantification (Cuantificación) para establecer las condiciones del análisis
de datos, incluidos los ajustes de referencia de pocillos individuales y los ajustes del umbral. La pestaña
Quantification (Cuantificación) muestra datos en estas cuatro visualizaciones:n

Amplification Chart (Gráfico de amplificación): muestra las unidades de fluorescencia relativa (RFU)de cada pocillo en cada ciclo. Cada traza en el gráfico representa los datos de un único fluorocromo
en un pocillo.

nStandard Curve (Curva normalizada): aparece solo si la ejecución incluye pocillos designados comoestándar (Std) de tipo de muestra. La curva normalizada muestra el ciclo del umbral marcado frente
al registro de la cantidad inicial. La leyenda presenta la eficiencia (E) de reacción para cadafluorocromo en los pocillos con un tipo de muestra estándar.

n

Well Selector (Selector de pocillos): selecciona los pocillos con los datos de fluorescencia que desea
mostrar.

nSpreadsheet (Hoja de cálculo): presenta una hoja de cálculo de los datos recogidos en los pocillos
seleccionados.

Opciones de fluorocromo
Para mostrar los datos de fluorocromo en los gráficos y hojas de cálculo de la pestaña Quantification(Cuantificación), seleccione los fluorocromos objetivo en el Amplification Chart (Gráfico de amplificación).

238 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Quantification (Cuantificación)

Para ocultar los datos de fluorocromo en la ventana de análisis de datos, desmarque la casillacorrespondiente.

Cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo)
Utilizando el cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo), puede ajustar la apariencia de los trazos
en los gráficos de amplificación y de la curva de amplificación y fusión en las pestañas Quantification(Cuantificación) y Melt Curve (Curva de fusión). Puede entonces previsualizar los cambios en el selector
de pocillos que aparece en el cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo).

Para ajustar los estilos de trazo
1.

Seleccione un solo fluorocromo bajo el gráfico Amplification (Amplification).

2.

Para abrir el cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo), realice una de las siguientes
acciones:n

Haga clic en Trace Styles (Estilos de trazo) en el gráfico Amplification (Amplificación).

nSeleccione Settings (Ajustes) > Trace Styles (Estilos de trazo) en la barra de menú del Data
Analysis (Análisis de datos).

n

Haga clic con el botón derecho en un trazo y seleccione Trace Styles (Estilos de trazo).

Aparece el diálogo Trace Styles (Estilos de trazo).

Manual de usuario | 239

Capítulo 11 Información del análisis de datos

3.

En el cuadro de diálogo Trace Styles (Estilos de trazo), seleccione un grupo específico de pocillos enel selector de pocillos en el panel inferior. Alternativamente, seleccione los pocillos que contengan
un tipo de muestra en el menú desplegable de la columna Wells (Pocillos).

4.

Realice cualquiera de las siguientes acciones:n

Para seleccionar un color para los pocillos seleccionados, haga clic en el cuadro de la columna
Color.

nPara asignar un símbolo para los pocillos seleccionados, seleccione un símbolo desde la lista
desplegable Symbol (Símbolo).

nPara asignar rápidamente un color a los pocillos clasificados por etiqueta de botón, haga clic enel grupo rápido correspondiente:noRandom by Well (Al azar por pocillo)oRandom by Replicate (Al azar por repetición)o

Use Fluor Colors (Utilizar colores Fluor)o

Use Target Colors (Utilizar colores objetivo)o

Use Sample Colors (Utilizar colores de muestra)

Para asignar etiquetas de pocillo, seleccione Sample Type (Tipo de muestra), Target Name
(Nombre de objetivo), Sample Name (Nombre de muestra) o Symbol (Símbolo).

Opción Log Scale (Escala logarítmica)
Seleccione Log Scale (Escala logarítmica) bajo el Amplification Chart (Gráfico de amplificación) paravisualizar las trazas de fluorescencia en una escala semilogarítmica:

240 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Quantification (Cuantificación)

Consejo: Para ampliar cualquier área del gráfico, arrastre el cursor sobre el área objetivo. Para
volver a la vista completa, haga clic con el botón derecho del ratón en el gráfico y seleccione Set
Scale to Default (Establecer escala a valor predeterminado).

Gráfico de curva normalizada
El software crea un gráfico de curva normalizada en la pestaña Quantification (Cuantificación) si los datos
incluyen tipos de muestras definidos como Std (Estándar) durante al menos un fluorocromo en laejecución.

El gráfico Standard Curve (Curva normalizada) presenta la siguiente información:nNombre de cada curva (el fluorocromo u objetivo).

nColor de cada fluorocromo u objetivo.

nEficiencia (E) de la reacción. Utilice esta estadística para optimizar una reacción múltiple y ecualizar
los datos para una curva normalizada.
Nota: La eficiencia de reacción describe cuánto se produce su objetivo con cada ciclo en el
protocolo. Una eficiencia del 100 % indica que está duplicando su objetivo con cada ciclo.

n

Coeficiente de determinación, R2 (escrito como R^2). Utilice esta estadística para determinar locorrectamente que la línea describe los datos (bondad de ajuste).

nPendientenIntersección Y

Manual de usuario | 241

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Opciones de menú Amplification Chart (Gráfico de amplificación)
Además de las opciones normales del menú contextual para diagramas (consulte Elementos comunes
de menú contextual para gráficos en la página 227), se enumeran en la Tabla 17 las opciones de menú
disponibles solo en el Amplification Chart (Gráfico de amplificación).
Tabla 17. Elementos del menú contextual y del botón izquierdo del ratón del Amplification
Chart (Gráfico de amplificación)

Opción de menú

Función

Well XX, Fluor Target

Muestra solo este pocillo, suprime la vista de este pocillo, establece un(Pocillo XX, Objetivo decolor para este trazo, o excluye este pocillo del análisis.

fluorocromo)
Selected Traces (Trazos

Muestra solo estos pocillos, suprime la vista de estos pocillos, establece

seleccionados)

un color para estos trazos, o excluye estos pocillos del análisis.

Show Threshold Values

Presenta el valor el umbral para cada curva de amplificación del gráfico.

(Mostrar los valores delumbral)Trace Styles (Estilos deAbre la ventana Trace Styles (Estilos de trazo) para cambiar los estilos detrazo)

los trazos que aparecen en las pestañas Quantification (Cuantificación) y
Melt Curve (Curva de fusión).

Baseline Thresholds

Abre la ventana Baseline Thresholds (Umbrales de referencia) para

(Umbrales de referencia)

cambiar la referencia o los umbrales de cada fluorocromo (los cambios
aparecen en el gráfico Amplification (Amplificación) en la pestaña
Quantification (Cuantificación)).

Hoja de cálculo de la pestaña Quantification (Cuantificación)
En la Tabla 18 se definen los datos que se muestran en la pestaña Quantification (Cuantificación).
Tabla 18. Contenido de la hoja de cálculo de la pestaña Quantification (Cuantificación)

Información

Descripción

Well (Pocillo)

Posición del pocillo en la placa

Fluor (Fluorocromo)

Fluorocromo detectado

Target (Objetivo)

Nombre objetivo cargado en el editor de pocillos

242 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Quantification (Cuantificación)

Información

Descripción

Content (Contenido)

Una combinación del Sample Type (Tipo de muestra) (requerido) y el
Replicate # (N.º de repetición) (opcional) cargada en el Plate Editor(Editor de placas)

Sample (Muestra)

Nombre de muestra cargado en los pocillos del Plate Editor (Editor deplaca)

Cq

Ciclo de cuantificación para cada trazo

Cambiar los datos de objetivo, contenido o muestra
Puede cambiar los datos en las columnas Target (Objetivo), Content (Contenido) y Sample (Muestra)
editando el archivo de placa con el Plate Editor (Editor de placas) después de realizar el experimento.

Para cambiar los datos en las columnas Content (Contenido), Target (Objetivo) y Sample(Muestra)u

Haga clic en Plate Setup (Configuración de placa) y seleccione View/Edit Plate (Ver/editar placa)para abrir el Plate Editor (Editor de placas).

Manual de usuario | 243

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña Quantification Data (Datos de cuantificación)
La pestaña Quantification Data (Datos de cuantificación) muestra los datos de cuantificación recopiladosen cada pocillo. El CFX Maestro Dx SE muestra los datos en cuatro vistas de hoja de cálculo diferentes:
nResults (Resultados): muestra una hoja de cálculo con los datos. Esta es la vista predeterminada.

nStandard Curve Results (Resultados de curva normalizada): muestra una hoja de cálculo con losdatos de curva normalizada.

nPlate (Placa): muestra los datos en cada pocillo como un mapa de placas.

n

RFU: muestra las cantidades de RFU en cada pocillo para cada ciclo.

Seleccione cada hoja de cálculo de la lista desplegable que aparece debajo de la pestaña Quantification
Data (Datos de cuantificación).

Hoja de cálculo de resultados
La hoja de cálculo Results (Resultados) muestra los datos para cada pocillo de la placa.

Nota: Todos los cálculos Std. Dev. (Desviación estándar) son aplicables para los grupos derepeticiones asignados en los pocillos en la ventana Plate Editor (Editor de placas). Los cálculos se
sitúan en la media del valor de Cq de cada pocillo del grupo de repeticiones.
En la Tabla 19 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo Results (Resultados).

244 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Quantification Data (Datos de cuantificación)

Tabla 19. Contenido de la hoja de cálculo Results (Resultados)

Información

Descripción

Well (Pocillo)

Posición del pocillo en la placa

Fluor (Fluorocromo)

Fluorocromo detectado

Target (Objetivo)

Nombres objetivo de amplificación (genética)

Content (Contenido)

Tipo de muestra y n.º de repetición

Sample (Muestra)

Descripción de la muestra

Biological Set Name (Nombre

Nombre del grupo biológico

del grupo biológico)
Cq

Ciclo de cuantificación

Cq Mean (Media de Cq)

Media del ciclo de cuantificación del grupo de repeticiones

Cq Stad. Dev (Desviación

Desviación estándar del ciclo de cuantificación del grupo deestándar de Cq)

repeticiones

Starting Quantity (SQ) (Cantidad

Estimación de la cantidad inicial del objetivo

inicial)Log Starting Quantity (Cantidad

Registro de la cantidad inicial

inicial del registro)
SQ Mean (Media de la cantidad

Media de la cantidad inicial

inicial)
SQ Std. Dev (Desviación

Desviación estándar de la cantidad inicial en las repeticiones

estándar de la cantidad inicial)

Manual de usuario | 245

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Hoja de cálculo de resultados de la curva normalizada
La hoja de cálculo Standard Curve Results (Resultados de curva normalizada) muestra los parámetrosde curva normalizada calculados.

En la Tabla 20 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo de Standard Curve Results(Resultados de la curva normalizada).
Tabla 20. Contenido de la hoja de cálculo Standard Curve Results (Resultados de curva normalizada)

Información

Descripción

Fluor (Fluorocromo) o Target

Fluorocromo (u objetivo) detectado(Objetivo)
Efficiency % (% de eficiencia)

Eficiencia de la reacción

Slope (Pendiente)

Pendiente de la curva normalizada

Y-intercept (Intersección Y)

Punto en el que la curva intercepta el eje yR^2

Coeficiente de determinación

246 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Quantification Data (Datos de cuantificación)

Hoja de cálculo de placas
La hoja de cálculo de placas muestra un mapa de placas de los datos de un fluorocromo cada vez.

Para visualizar los datos de un fluorocromo específicouHaga clic en la pestaña correspondiente en la parte inferior de la hoja de cálculo.

Manual de usuario | 247

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Hoja de cálculo de RFU
La hoja de cálculo de RFU muestra las lecturas de unidades de fluorescencia relativa (RFU) para cadapocillo adquiridas en cada ciclo de la ejecución. El número de pocillo aparece en la parte superior de cadacolumna y el número de ciclo aparece a la izquierda de cada fila.

248 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)
Para tintes fijadores de ADN y sondas de hibridación no disociables, la fluorescencia es más brillante
cuando las dos cadenas de ADN se hidridan. Por tanto, a medida que la temperatura aumenta hacia latemperatura de fusión (Tm), la fluorescencia disminuye a ritmo constante (pendiente constante). Al
alcanzar la Tm, hay una reducción drástica de la fluorescencia con un cambio evidente en la pendiente. El
ritmo de este cambio viene determinado por el trazado de la primera regresión negativa de lafluorescencia en comparación con la temperatura (-d(RFU)/dT). La mayor velocidad de cambio de lafluorescencia tiene como resultado picos visibles y representa la Tm de los compuestos de ADN de doble
cadena.
El CFX Maestro Dx SE traza los datos de RFU recopilados durante una curva de fusión en función de latemperatura. Para analizar los datos de los picos de fusión, el software asigna una temperatura inicial y
final a cada pico moviendo la barra del umbral. El suelo del área del pico está especificado por la posición
de la barra del umbral de fusión. Un pico válido debe tener una altura relativa mínima entre la barra delumbral y la altura del pico más alto.
La pestaña Melt Curve (Curva de fusión) muestra la Tm (temperatura de fusión) de productos de PCR
amplificados en cuatro vistas:nMelt Curve (Curva de fusión): muestra los datos en tiempo real para cada fluorocromo como RFU portemperatura para cada pocillo.

nMelt Peak (Pico de fusión): muestra la regresión negativa de los datos de RFU por temperatura paracada pocillo.

n

Well selector (Selector de pocillos): muestra los pocillos para mostrar u ocultar los datos.

nPeak spreadsheet (Hoja de cálculo de picos): muestra los datos recopilados en el pocillo
seleccionado.
Nota: Esta hoja de cálculo muestra hasta dos picos para cada traza. Para ver más picos, hagaclic en la pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión).

Manual de usuario | 249

Capítulo 11 Información del análisis de datos

En la Tabla 21 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo Melt Curve (Curva de fusión).
Tabla 21. Contenido de la hoja de cálculo Melt Curve (Curva de fusión)Información

Descripción

Well (Pocillo)

Posición del pocillo en la placa

Fluor

Fluorocromo detectado(Fluorocromo)
Content

Una combinación del tipo de muestra y el n.º de repetición(Contenido)
Sample (Muestra)

Nombre de la muestra cargada en el editor de placas

Melt Temp

La temperatura del pico de fusión para cada pocillo(Temperatura de

Nota: En la hoja de cálculo solo aparecen los dos picos más altos.

fusión)250 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)

Ajustar los datos de la curva de fusión
Para ajustar los datos de Melt Curve (Curva de fusión)uRealice cualquiera de las siguientes acciones:n

Haga clic y arrastre las barras del umbral en el gráfico Melt Peak (Pico de fusión) para incluir oexcluir picos en el análisis de datos.

nSeleccione Positive (Positivo) en el menú desplegable Peaks (Picos) para mostrar los datos dela hoja de cálculo de los picos por encima de la línea de Melt Threshold (Umbral de fusión) o
seleccione Negative (Negativo) para visualizar los datos de la hoja de cálculo para los picos bajola línea de Melt Threshold (Umbral de fusión).

nAbra la ventana Trace Styles (Estilos de trazo) para cambiar el color de los trazos en los gráficos
Melt Curve (Curva de fusión) y Melt Peak (Pico de fusión).

nSeleccione un número en el selector Step Number (Número de paso) para visualizar los datosde Melt Curve (Curva de fusión) en otro paso del protocolo. La lista muestra más de un paso si elprotocolo incluye lecturas de placa en más de un paso de curva de fusión.

nSeleccione pocillos en el selector de pocillos para centrarse en los subgrupos de los datos.

nSeleccione un grupo de pocillos para visualizar y analizar un subgrupo de los pocillos en laplaca. Seleccione cada grupo de pocillos por nombre en el menú desplegable Well Group(Grupo de pocillos) en la barra de herramientas.

Manual de usuario | 251

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)La pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión) muestra los datos de la pestaña Melt Curve(Curva de fusión) en varias hojas de cálculo que incluyen todos los picos de fusión para cada trazo. El
CFX Maestro Dx SE ofrece cuatro opciones de hoja de cálculo para ver los datos de la curva de fusión:nMelt Peaks (Picos de fusión): presenta todos los datos, incluidos todos los picos de fusión, de cadatrazo. Esta es la vista predeterminada.

nPlate (Placa): presenta una visualización de los datos y contenidos de cada pocillo en la placa.

n

RFU: presenta las cantidades de RFU a cada temperatura para cada pocillo.

n-d(RFU)/dT: presenta la tasa de cambio negativa en RFU a medida que la temperatura (T) cambia.
Este es un primer gráfico de regresión para cada pocillo en la placa.

Seleccione una hoja de cálculo de la lista desplegable que aparece bajo la pestaña Melt Curve Data
(Datos de la curva de fusión).

Hoja de cálculo de picos de fusión
La hoja de cálculo Melt Peaks (Picos de fusión) muestra todos los datos de la curva de fusión.

En la Tabla 22 en la página 253 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo Melt Peaks(Picos de fusión).

252 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)

Tabla 22. Contenido de la hoja de cálculo Melt Peaks (Picos de fusión)Información

Descripción

Well (Pocillo)

Posición del pocillo en la placa

Fluor (Fluorocromo)

Fluorocromo detectado

Content (Contenido)

Tipo de muestra que aparece en la ventana del editor de placas

Target (Objetivo)

Objetivo (gen) de la amplificación

Sample (Muestra)

Nombre de la muestra que aparece en la ventana del editor deplacasMelt Temperature (Temperatura

La temperatura de fusión de cada producto, que aparece como un

de fusión)pico (más alta) por fila en la hoja de cálculo

Peak Height (Altura del pico)

La altura del pico

Begin Temperature (Temperatura

Temperatura al principio del picode inicio)
End Temperature (Temperatura

Temperatura al final del pico

final)

Hoja de cálculo de placas
La hoja de cálculo Plate (Placa) presenta los datos en la curva de fusión en un formato de placa.

Nota: Para ajustar el pico denominado por el software, ajuste la línea del umbral en el gráfico Melt
Peak (Pico de fusión) de la pestaña Melt Curve (Curva de fusión).
En la Tabla 23 en la página 254 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo Plate (Placa).

Manual de usuario | 253

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Tabla 23. Contenido de la hoja de cálculo Plate (Placa)

Información

Descripción

Content

Una combinación del Sample Type (Tipo de muestra) (requerido) y el Replicate #(Contenido)(N.º de repetición) (opcional)

Sample (Muestra)

Descripción de la muestra

Peak 1 (Pico 1)

Primer pico de fusión (más alto)

Peak 2 (Pico 2)

Segundo pico de fusión (inferior)

Hoja de cálculo de RFU
La hoja de cálculo de RFU muestra la fluorescencia para cada pocillo en cada ciclo adquirido durante lacurva de fusión.

En la Tabla 24 se definen los datos que se muestran en la hoja de cálculo de RFU.
Tabla 24. Contenido de la hoja de cálculo de RFU

Información

Descripción

Número de pocillo (A1, A2, A3, A4, A5)

Posición de pocillo en la placa para los pocillos
cargados

Temperature (Temperatura)

Temperatura de fusión del objetivo amplificado,
ilustrado como un pocillo por fila y múltiples
pocillos para múltiples productos en el mismo
pocillo

254 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Melt Curve Data (Datos de curva de fusión)

Hoja de cálculo -d(RFU)/dT
La hoja de cálculo -d(RFU)/dT muestra la tasa de cambio negativa en RFU a medida que la temperatura(T) cambia.

En la Tabla 25 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo -d(RFU)/dT.
Tabla 25. Contenido de la hoja de cálculo -d(RFU)/dT

Información

Descripción

Número de pocillo (A1, A2, A3, A4, A5)

Posición de pocillo en la placa para los pocillos cargados

Temperature -d(RFU)/dT (Temperatura -Tasa de cambio negativa en RFU a medida que lad(RFU)/dT)

temperatura (T) cambia

Manual de usuario | 255

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña de «End Point» (punto final)
Abra la pestaña «End Point» (punto final) para analizar las unidades de fluorescencia relativa finales(RFU) de los pocillos de las muestras. El software compara los niveles de RFU para los pocillos con
muestras desconocidas con los niveles de RFU para los pocillos con controles negativos y “denomina”
las desconocidas positivas o negativas. Las muestras positivas tienen un valor RFU que es mayor al
valor RFU medio de los controles negativos más el valor de corte.

Para analizar los datos del punto final, la placa debe contener controles negativos o el software no puede
realizar la llamada.
nEjecute un protocolo Quantification (Cuantificación): configure un protocolo estándar. Una vez
finalizada la ejecución, abra la ventana Data Analysis (Análisis de datos), establezca los ajustes delanálisis de datos en la pestaña Quantification (Cuantificación), y haga clic en la pestaña End Point(Punto final) para escoger un ciclo de punto final.

nEjecute un protocolo End Point Only (Solo el punto final): cargue el protocolo End Point Only (Solo elpunto final) en la pestaña Plate (Placa) de la ventana Run Setup (Configuración de ejecución),
seleccione o cree una placa, e inicie la ejecución.

256 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña de «End Point» (punto final)

La pestaña «End Point» (punto final) muestra los valores medios de RFU para determinar si el objetivo
fue amplificado por el último ciclo (final). Utilice estos datos para determinar si una secuencia objetivo
específica está presente (positiva) en una muestra. Los objetivos positivos tienen unos valores RFU
superiores al nivel de corte que usted define.
Consejo: Para crear un protocolo de punto final, abra la pestaña Protocol (Protocolo) (ventana Run
Setup (Configuración de ejecución)) y seleccione Run (Ejecución) > End Point Only Run (Ejecuciónde solo el punto final).
Cuando se completa una ejecución, el archivo de datos abre la pestaña End Point (Punto final), quecontiene los siguientes apartados:n

Settings (Ajustes): establece los ajustes del análisis de datos.

nResults (Resultados): presenta los resultados inmediatamente después de que establezca losajustes.

n

Well Selector (Selector de pocillos): selecciona los pocillos con los datos del punto final que desea
mostrar.

n

RFU spreadsheet (Hoja de cálculo de RFU): presenta el RFU final recogido en los pocillos
seleccionados.

Datos de resultados
La sección Results (Resultados) muestra los siguientes datos:nLowest RFU value (Valor de RFU más bajo): valor de RFU más bajo en los datos.

nHighest RFU value (Valor de RFU más alto): valor de RFU más alto en los datos.

n

Negative Control Average (Media de control negativo): RFU medio para los pocillos que contienen
controles negativos.

n

Cut Off Value (Valor de corte): calculado añadiendo tolerancia (RFU o Percentage of Range(Porcentaje de rango) que aparece en los ajustes) y la media de los controles negativos. Las
muestras con RFU superiores al valor de corte se denominarán Positive (Positiva). Para ajustar elvalor de corte, cambie el RFU o el Percentage of Range (Porcentaje de rango).

El valor de corte se calcula mediante la siguiente fórmula:
Valor de corte = media de control negativo + tolerancia
Seleccione una tolerancia mediante uno de estos métodos:n

RFU (predeterminado): seleccione este método para usar un valor RFU absoluto para la tolerancia.
El valor de tolerancia RFU mínimo es 2. El máximo es el valor absoluto del valor RFU más alto

Manual de usuario | 257

Capítulo 11 Información del análisis de datos

menos el valor absoluto del valor RFU más bajo. El valor de tolerancia RFU predeterminado es del
10 % del rango total de RFU.
n

Percent of Range (Porcentaje de rango): seleccione este método para usar el porcentaje del rango
de RFU para la tolerancia. El porcentaje de rango mínimo es del 1 %. El porcentaje de rango máximo
es del 99 %. El porcentaje de rango por defecto es del 10 %.

258 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña de «End Point» (punto final)

Ajustar el análisis de datos de punto final
Para ajustar los datos en la pestaña End Point (Punto final)uRealice cualquiera de las siguientes acciones:n

Seleccione un fluorocromo de la lista desplegable.

nSeleccione un valor para End Cycle to Average (Ciclo final para media) para establecer unnúmero de ciclos con el que calcular el RFU de punto final promedio.

nSeleccione RFU para visualizar los datos en unidades de fluorescencia relativa.

n

Seleccione Percentage of Range (Porcentaje de rango) para visualizar los datos como un
porcentaje del rango RFU.

n

Seleccione pocillos en el selector de pocillos para centrarse en los subgrupos de los datos.

nSeleccione un grupo de pocillos para visualizar y analizar un subgrupo de los pocillos en laplaca. Seleccione cada grupo de pocillos por nombre en el menú desplegable Well Group(Grupo de pocillos) en la barra de herramientas.

Hoja de cálculo de RFU para el análisis de punto final
En la Tabla 26 se define los datos que aparecen en la hoja de cálculo de RFU en la pestaña End Point(punto final).
Tabla 26. Contenido de la hoja de cálculo de RFU para el punto final

Información

Descripción

Well (Pocillo)

Posición del pocillo en la placa

Fluor (Fluorocromo)

Fluorocromo detectado

Content (Contenido)

Una combinación del tipo de muestra y el n.º de repeticiones

End RFU (RFU final)

RFU en el ciclo final

Call (Llamada)Positive (Positivo) o Negative (Negativo), donde las muestras positivas
tienen un valor de RFU mayor que la media de RFU de los controles
negativos más el valor de corte

Sample (Muestra)

Nombre de la muestra cargada en el editor de placas

Manual de usuario | 259

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña Allelic Discrimination (Discriminación alélica)
La pestaña Allelic Discrimination (Discriminación alélica) asigna genotipos a pocillos con muestras
desconocidas. Utilice estos datos para identificar muestras con diferentes genotipos, incluidos Allele 1(Alelo 1), Allele 2 (Alelo 2), Heterozygote (Heterocigoto), No Call (Sin llamada) (sin amplificación) o
Undetermined (Indeterminado).
Nota: Los datos de discriminación alélica deben provenir de ejecuciones múltiples con al menos dos
fluorocromos. Cada fluorocromo identifica un alelo en todas las muestras.

El análisis de discriminación alélica requiere los siguientes contenidos mínimos en los pocillos:n

Dos fluorocromos en cada pocillo.

n

Muestras NTC (sin control de plantilla) para análisis de datos optimizado.

El CFX Maestro Dx SE ofrece cuatro opciones de visualización de los datos de discriminación alélica:nDiagrama Allelic Discrimination (Discriminación alélica): muestra los datos en un gráfico de RFU
para el alelo 1/alelo 2. Cada punto en el gráfico representa datos de ambos fluorocromos en un
pocillo. Puede alternar entre coordenadas cartesianas y polares activando o desactivando la casilla
Polar Coordinates (Coordenadas polares). Las coordenadas cartesianas representan el RFU para elalelo 1 en el eje X y el RFU para el alelo 2 en el eje Y. Las coordenadas polares representan el

260 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Allelic Discrimination (Discriminación alélica)ángulo en el eje X y la distancia de RFU en el eje Y desde el origen (mediana de todos los tipos
NTC).
n

Hoja de cálculo de pocillos: muestra los datos de discriminación alélica recopilados en cada pocillo
de la placa.

nSelector de pocillos: selecciona los pocillos con los datos alélicos que desea mostrar.

nPanel Selected Fluorophores (Fluorocromos seleccionados): cambia las etiquetas de los ejes X e Y
en el diagrama Allelic Discrimination (Discriminación alélica), el ciclo que se va a analizar y si semuestra o no el mapa de llamadas.

Ajuste de datos para discriminación alélica
El software asigna automáticamente un genotipo a los pocillos con muestras desconocidas en función delas posiciones de los tipos NTC y del ángulo y la distancia de los puntos de datos desconocidos de lostipos NTC.

Para ajustar los datos de discriminación alélica
u

Realice cualquiera de las siguientes acciones:n

Para mostrar coordenadas polares, marque la casilla de verificación en el diagrama Allelic
Discrimination (Discriminación alélica).

nPara ver otro fluorocromo, selecciónelo en la lista desplegable del panel Selected Fluorophores(Fluorocromos seleccionados).

nPara cambiar una llamada, arrastre los puntos de datos en el diagrama Allelic Discrimination(Discriminación alélica) y seleccione una opción en la lista Selected Wells (Pocillos
seleccionados):oAllele 1 (Alelo 1)oAllele 2 (Alelo 2)oHeterozygote (Heterocigoto)oUndetermined (Indeterminado)o

No Call (Ninguna llamada)oAuto Call (Llamada automática)

Consejo: Seleccione Auto Call (Llamada automática) para volver a la llamadapredeterminada.

Manual de usuario | 261

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Opciones de menú Chart (Diagrama)
Además de las opciones de menú contextual para diagramas (consulte Elementos comunes de menúcontextual para gráficos en la página 227), se enumeran en la Tabla 27 las opciones de menú disponibles
en el diagrama Allelic Discrimination (Discriminación alélica).
Tabla 27. Opciones de menú contextual y de clic izquierdo del diagrama Allelic Discrimination(Discriminación alélica)

Opción de menú

Función

Zoom

Enfoca la visualización del diagrama en el área seleccionada(haciendo clic y arrastrando el cursor en el diagrama).
Consejo: Para restaurar el zoom y mostrar todos los puntos dedatos, haga clic con el botón derecho y seleccione Set Scale to
Default (Establecer escala a valor predeterminado).

Well (Pocillo)

En el caso del pocillo seleccionado, las opciones son mostrar solo
este pocillo, suprimir este pocillo de la vista, establecer un color para
esta traza o excluir este pocillo del análisis.

Selected Wells (Pocillos

En el caso de los pocillos seleccionados (haciendo clic y arrastrando

seleccionados)el cursor en el diagrama), las opciones son mostrar solo estos
pocillos, suprimir estos pocillos de la vista, establecer un color paraestas trazas o excluir estos pocillos del análisis.

Hoja de cálculo de discriminación alélica
En la Tabla 28 se definen los datos que aparecen en la hoja de cálculo de discriminación alélica.
Tabla 28. Contenido de la hoja de cálculo de discriminación alélica

Información

Descripción

Well (Pocillo)

Posición del pocillo en la placa.

Sample (Muestra)

Descripción del nombre de la muestra.

Call (Llamada)

Identidad del alelo, incluidos el Allele 1 (Alelo 1), Allele 2 (Alelo 2),
Heterozygote (Heterocigoto), No Call (Sin llamada) o Undetermined(Indeterminado) automáticos.

262 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Allelic Discrimination (Discriminación alélica)

Tabla 28. Contenido de la hoja de cálculo de discriminación alélica, continuación

Información

Descripción

Tipo (Tipo)

Auto (Automático) o Manual, describe cómo se hizo la llamada.
Automático indica que el software seleccionó la llamada. Manual
indica que el usuario seleccionó la llamada.

RFU1

RFU1 para el alelo 1

RFU2

RFU2 para el alelo 2

Manual de usuario | 263

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña Custom Data View (Vista de datos personalizada)La pestaña Custom Data View (Vista de datos personalizada) se muestra simultáneamente en varios
paneles en un formato personalizable.
La lista desplegable Load a Preset View (Cargar vista predefinida) ofrece una selección de plantillas deformato de presentación. La vista predeterminada que se muestra depende del archivo que se estéanalizando. Por ejemplo, si se trata de los datos de una Melt Curve (Curva de fusión), aparece la vista
predeterminada Amp+Melt (Amplificación+Fusión).

264 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña Custom Data View (Vista de datos personalizada)

Crear una vista de datos personalizada
Para crear una vista de datos personalizadauRealice cualquiera de las siguientes acciones:n

Seleccione otra vista predefinida de la lista desplegable.

nSeleccione otra vista de diagrama de la lista desplegable ubicada en la parte superior de cadapanel individual.

nModifique el número de filas y de columnas en la pestaña.

nModifique las dimensiones del panel individual. Arrastre las barras que hay en el perímetro decada panel.

Haga clic en Save as Preset (Guardar como predefinida) para guardar la vista personalizada como una
plantilla predefinida. Haga clic en Manage Presets (Gestionar vistas predefinidas) para eliminar, cambiar
de nombre o restablecer vistas predefinidas existentes.

Manual de usuario | 265

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña QC (Control de calidad)
Utilice la pestaña QC (Control de calidad) para evaluar rápidamente la calidad de los datos de ejecución
basándose en las normas definidas en la pestaña QC (Control de calidad) de la ventana User
Preferences (Preferencias de usuario).
El CFX Maestro Dx SE ofrece cuatro opciones con las que visualizar los datos de QC (Control decalidad):n

Amplification chart (Gráfico de amplificación): muestra el RFU para cada pocillo en cada ciclo.
Cada traza del gráfico representa los datos de un único fluorocromo en un pocillo.

n

QC rules table (Tabla de normas de Control de calidad): muestra las normas de Control de calidad
disponibles y los ajustes que definen cada norma. Las normas de QC (Control de calidad) aplicadas
se indican mediante una marca de verificación.

nWell selector (Selector de pocillos): selecciona los pocillos con los datos de fluorescencia quedesea mostrar.

n

QC rule summary pane (Panel de resumen de normas de Control de calidad): muestra la norma de
QC (Control de calidad) y destaca los pocillos que no cumplen la norma.

266 | Software CFX Maestro Dx SE

Pestaña QC (Control de calidad)

Cambiar los criterios de QC (CC)Para cambiar los criterios de QC (Control de calidad)uSeleccione o deseleccione la casilla Use (Usar) para la norma a incluir o excluir del QC (Control decalidad).

Excluir los pocillos que no pasan el QC (Control de calidad)
El CFX Maestro Dx SE muestra los pocillos que no cumplen los criterios del QC (CC) en la columna
Results (Resultados) en la tabla de normas de QC (CC) y el panel de resumen.

Para excluir los pocillos que no cumplen los criterios del QC (Control de calidad)uSeleccione Exclude Wells (Excluir pocillos) para cada pocillo que desee excluir.

Manual de usuario | 267

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Pestaña Run Information (Información de ejecución)
La pestaña Run Information (Información de ejecución) muestra el protocolo y otra información sobrecada ejecución. Utilice esta pestaña para realizar una de las siguientes acciones:nVisualizar el protocolo.

nIntroducir o editar las notas acerca de la ejecución.

nIntroducir o editar el ID o el código de barras para la ejecución.

nVisualizar los eventos que se pudieron producir durante la ejecución. Utilizar estos mensajes para
ayudar a solucionar los problemas de una ejecución.

Consejo: Haga clic con el botón derecho en Protocol (Protocolo) para copiarlo, exportarlo o
imprimirlo. Haga clic con el botón derecho en los paneles Notes (Notas), ID/Bar Code (ID/código debarras) u Other (Otros) para deshacer, cortar, copiar, pegar, eliminar o seleccionar el texto.

268 | Software CFX Maestro Dx SE

Informes de análisis de datos

Informes de análisis de datos
El cuadro de diálogo Report (Informe) muestra información sobre el archivo de datos actual en la ventana
Data Analysis (Análisis de datos). Para abrir un informe, seleccione Tools (Herramientas) > Reports(Informes) o haga clic en Reports (Informes) en la barra de herramientas.
El cuadro de diálogo Report (Informe) contiene las siguientes secciones:n

Menú y barra de herramientas: proporciona opciones para formatear, guardar e imprimir el informe ola plantilla.

nLista de opciones (parte superior izquierda del cuadro de diálogo): proporciona opciones paravisualizar en el informe.

nPanel de opciones (parte inferior izquierda del cuadro de diálogo): muestra cuadros de texto en losque puede introducir información acerca de una opción seleccionada.

nPanel de previsualización (parte superior derecha del cuadro de diálogo): muestra una
previsualización del informe actual.

Manual de usuario | 269

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Categorías de informes de análisis de datos
La Tabla 29 enumera todas las opciones disponibles para un informe de análisis de datos, dependiendodel tipo de datos en la ventana Data Analysis (Análisis de datos).
Tabla 29. Categorías de informes de análisis de datos en la lista de opciones

Categoría

OpciónDescripción

Header (Encabezado)
Título, subtítulo y logotipo para el informe
Report Information (Información

Procesar fecha, nombre de usuario,del informe)

nombre del archivo de datos, ruta delarchivo de datos y grupo de pocillos
seleccionado

Audit Information (Información

Información adicional necesaria parade auditoría)autorías, incluyendo firmas

Notes (Notas)

Notas sobre el informe de datos

Run Setup (Configuración de la ejecución)
Run Information (Información deProcesar fecha, nombre de usuario,

ejecución)

nombre del archivo de datos, ruta delarchivo de datos y grupo de pocillos
seleccionado

Protocol (Protocolo)

Vista del texto de los pasos del protocolo
y las opciones

Plate Display (Visualización deVista de la información de la placa enla placa)cada pocillo de la placa

Quantification (Cuantificación)
Analysis Settings (Configuración

Número del paso de recogida de datos ydel análisis)

método de sustracción de referencia

Amplification Chart (Gráfico de

Gráfico de amplificación para

amplificación)

procesamientos que incluye datos decuantificación

270 | Software CFX Maestro Dx SE

Informes de análisis de datos

Tabla 29. Categorías de informes de análisis de datos en la lista de opciones, continuación

Categoría

OpciónDescripción

Standard Curve Chart (Gráfico

Gráfico de curva normalizada

de curva normalizada)
Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los datosde cada pocillo

Gene Expression (Expresión genética) — Bar Chart (Gráfico de barras)
Analysis Settings (Ajustes delModo de análisis, datos del gráfico,análisis)

opción de escalado y error del gráfico

Chart (Gráfico)

Copia del gráfico de barras

Target Names (Nombres deGráfico de nombres de objetivos

objetivo)
Sample Names (Nombres deGráfico de nombres de muestras

muestra)Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los datosde cada pocillo

Target Stability (Estabilidad deGráfico de los valores de estabilidad deobjetivo)

objetivo

Box-and-Whisker Chart (Gráfico

Gráfico de cuadros y márgenes

de cuadros y márgenes)
Dot Plot Chart (Gráfico de

Gráfico de puntos

puntos)Gene Expression (Expresión genética) — Clustergram (Clustergrama) y Scatter Plot
(Diagrama de dispersión).
Analysis Settings (Configuración

Ajustes para cada tipo de gráfico

del análisis)
Chart (Gráfico)

Copia del gráfico

Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los datosde cada objetivo

Manual de usuario | 271

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Tabla 29. Categorías de informes de análisis de datos en la lista de opciones, continuación

Categoría

OpciónDescripción

Gene Expression (Expresión genética) — ANOVA Data (Datos ANOVA)ANOVA Settings (Ajustes deUmbral del valor P utilizado en el análisis

ANOVA)ANOVA Results (Resultados de

Tabla de resultados del análisis post hoc

ANOVA)de ANOVA y de HSD de Tukey

Melt Curve (Curva de fusión)
Analysis Settings (Ajustes delNúmero de paso de fusión yanálisis)configuración de la barra del umbral

Melt Curve Chart (Gráfico de laGráfico de la curva de fusión

curva de fusión)
Melt Peak Chart (Gráfico del pico

Gráfico del pico de fusiónde fusión)
Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los datosde cada pocillo

Allelic Discrimitation (Discriminación alélica)
Analysis Settings (Configuración

Fluorocromos, ciclo y mapa de llamadasdel análisis)de visualización

Allelic Discrimination Chart

Copia del gráfico de discriminación(Gráfico de discriminación

alélicaalélica)
Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los datosde cada pocillo

End Point (Punto final)
Analysis Settings (Ajustes delFluorocromo, ciclos de fin de media,análisis)modo, valor de RFU inferior, valor RFU
superior y valor de corte

Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los datosde cada pocillo

272 | Software CFX Maestro Dx SE

Informes de análisis de datos

Tabla 29. Categorías de informes de análisis de datos en la lista de opciones, continuación

Categoría

OpciónDescripción

Data (Datos)

Hoja de cálculo que enumera los

QC Parameters(Parámetros de CC)

parámetros de cada norma de QC (CC)

Manual de usuario | 273

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Crear un informe de análisis de datos
Puede guardar el diseño de un informe como plantilla para volver a usarlo en informes similares.

Para crear un informe de análisis de datos
1.

Realice los ajustes finales en el contenido de los pocillos, los pocillos seleccionados, los gráficos ylas hojas de cálculo en la ventana Data Analysis (Análisis de datos) antes de crear el informe.

2.

Seleccione Tools (Herramientas) > Reports (Informes) en la barra del menú Data Analysis (Análisis
de datos) para abrir el cuadro de diálogo Report (Informe).

3.

Seleccione las opciones que desee incluir en el informe. El informe se abre con las opciones
predeterminadas seleccionadas. Seleccione o deseleccione las casillas de verificación para cambiar
todas las categorías u opciones individuales dentro de una categoría.
La Tabla 29 en la página 270 muestra las opciones disponibles que hay para mostrar.
Nota: Los datos que aparecen en el informe dependen de las selecciones actuales en las
pestañas de la ventana Data Analysis (Análisis de datos). Por ejemplo, una serie decuantificación puede no contener una curva normalizada, y por tanto esos datos no aparecen enla ventana Data Analysis (Análisis de datos) ni en el informe de datos.

4.

Cambie el orden de las categorías y elementos en un informe. Arrastre las opciones a su posición
relativa. Los elementos pueden reordenarse solo dentro de las categorías a las que pertenecen.

5.

(Opcional) En el panel Report Options (Opciones de informe), introduzca información relevante parala opción seleccionada:nSeleccione un subconjunto de información para mostrar en el informe.

nSeleccione ajustes específicos para la opción seleccionada.

nCambie el texto que se va a mostrar para la opción seleccionada.

6.

Haga clic en Update Report (Actualizar informe) para actualizar la Report Preview (Previsualizacióndel informe) con otros cambios.

7.

Imprima o guarde el informe.
a.

Haga clic en el botón Print Report (Imprimir informe) en la barra de herramientas para imprimir el
informe actual.

b.

Seleccione File (Archivo) > Save (Guardar) para guardar el informe en formato PDF (archivo deAdobe Acrobat Reader), MHT (documento de Microsoft) o MHTML (documento de Microsoft).

c.

Seleccione una ubicación en la que guardar el archivo.

274 | Software CFX Maestro Dx SE

Informes de análisis de datosd.

8.

Seleccione File (Archivo) > Save As (Guardar como) para guardar el informe con un nombre
nuevo o en una nueva ubicación.

(Opcional) Cree una plantilla de informe con la información que desee. Para guardar los ajustes delinforme actual en una plantilla, seleccione Template (Plantilla) > Save (Guardar) o Save As (Guardarcomo). Posteriormente, cargue la plantilla del informe la próxima vez que desee realizar un nuevo
informe.

Manual de usuario | 275

Capítulo 11 Información del análisis de datos

Crear informes de grupos de pocillos
Para crear un informe de grupo de pocillos
1.

Seleccione Tools (Herramientas) > Well Group Reports (Informes de grupo de pocillos) en laventana de Data Analysis (Análisis de datos).

2.

En el cuadro de diálogo Well Groups Reports (Informes de grupos de pocillos), seleccione los gruposde pocillos, pasos de amplificación y pasos de fusión que quiere incluir en el informe.

3.

Introduzca la ruta o navegue hasta la carpeta de destino en la que quiere guardar el informe.

4.

(Opcional) Seleccione Choose a Report Template (Elegir una plantilla de informe) y navegue hasta
la carpeta de la plantilla.

5.

(Opcional) Seleccione Open Destination Folder (Abrir carpeta de destino) y visualice los informes
después de generarlos.

6.

Haga clic en Create Reports (Crear informes).

276 | Software CFX Maestro Dx SE

Capítulo 12 Análisis de expresión genética
Con el uso de controles estrictamente cualificados en sus reacciones, puede utilizar el Software
CFX Maestro Dx, Security Edition para realizar una ejecución de expresión genética y normalizar las
diferencias relativas en una concentración objetivo entre las muestras. Normalmente, los niveles deexpresión de uno o más genes de referencia se utilizan para normalizar los niveles de expresión de un
gen de interés. Los genes de referencia tienen en cuenta las diferencias de carga u otras variaciones
representadas en cada muestra y sus niveles de expresión no deben verse afectados en el sistema
biológico que se estudia.
Seleccione la pestaña Gene Expression (Expresión genética) en la ventana Data Analysis (Análisis dedatos) para evaluar las diferencias relativas entre reacciones de PCR en dos o más pocillos. Por ejemplo,
puede evaluar números relativos de genomas víricos o números relativos de secuencias transfectadas
en una reacción de PCR. La aplicación más común del estudio de expresión genética es la comparaciónde la concentración de ADNc en más de una reacción para estimar los niveles de ARN mensajero deestado estable.
El software calcula el nivel de expresión relativa de un objetivo con uno de los siguientes escenarios:nEl nivel de expresión relativa de una secuencia objetivo (Target 1, Objetivo 1) relacionado con otro
objetivo (Target 2, Objetivo 2); por ejemplo, la cantidad de un gen en comparación con otro gen bajo
el mismo tratamiento de muestras.

nEl nivel de expresión relativa de una secuencia objetivo en una muestra comparada con el mismo
objetivo bajo diferente tratamiento de muestra; por ejemplo, la cantidad relativa de un gen encomparación a sí mismo en diferentes condiciones temporales, geográficas o de desarrollo.

Configuración de placa para el análisis de expresión genética
Para realizar análisis de expresión genética, el contenido de los pocillos debe incluir lo siguiente:n

Dos o más objetivos: los dos objetivos que representan genes amplificados o secuencias distintos ensus muestras.

n

Uno o más objetivos de referencia: al menos un objetivo debe ser un objetivo de referencia para una
expresión normalizada. Designe todos los objetivos de referencia en la ventana Experiment Settings(Ajustes del experimento) para analizar los datos en el modo Normalized Expression (Expresión
normalizada) (ΔΔCq). Las ejecuciones que no contienen una referencia deben analizarse con elmodo Relative Expression (Expresión relativa) (ΔCq).

Manual de usuario | 277

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

n

Muestras comunes: sus reacciones deben incluir muestras comunes (un mínimo de dos) paravisualizar los datos en gráfico en la pestaña Gene Expression (Expresión genética). Estas muestras
deberían representar tratamientos o condiciones distintos para cada una de sus secuencias objetivo.
Designe una muestra de control (opcional) en la ventana Experiment Settings (Ajustes delexperimento). Si no se selecciona un control, el software usa el Cq más bajo como control.

Los requisitos para la configuración de Gene Expression (Expresión genética) en el Plate Editor (Editor
de placas) dependen de si los contenidos de la reacción son singleplex PCR, con un fluorocromo en las
reacciones, o multiplex PCR, con más de un fluorocromo en las reacciones.

Configuración de placa orientada
Si la configuración de placa de un archivo de datos no contiene la información necesaria para el análisis yla pestaña Gene Expression (Expresión genética) está seleccionada, el espacio que normalmente ocupa
el gráfico de barras contendrá instrucciones para introducir dicha información. Para la expresión genética
normalizada, complete los siguientes pasos:
1.

2.

Defina los nombres de Target (Objetivo) y Sample (Muestra) usando cualquiera de los siguientes
métodos:n

Plate Setup (Configuración de placa): abre la ventana del Plate Editor (Editor de placas).

n

Replace Plate File (Sustituir archivo de placa): abre el explorador Select Plate (Seleccionar
placa), donde puede navegar hasta un archivo de placa guardado previamente para reemplazar
el esquema de placa actual.

nReplace PrimePCR File (Sustituir archivo PrimePCR): abre el cuadro de diálogo SelectPrimePCR file (Seleccionar archivo PrimePCR), donde podrá navegar hasta un archivo deejecución de PrimePCR y aplicarlo al esquema de placa.

Seleccione uno o más objetivos de referencia y una muestra de control usando el cuadro de diálogo
Experiment Settings (Ajustes del experimento).
Si la disposición de placa ya contiene información sobre el objetivo y la muestra, solo se requiere elsegundo paso, que se destaca en color naranja. Este paso debe completarse antes de que tenga
lugar el análisis de la expresión genética normalizada.
Nota: Los datos del diagrama de dispersión y el clustergrama se muestran solo si se cumplen
todos los requisitos para la expresión genética normalizada que aparecen en Plate Setup(Configuración de paca) para el Gene Expression Analysis (Análisis de expresión genética).

278 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos de expresión genética

Gráficos de expresión genética
El CFX Maestro Dx SE muestra los datos de expresión genética en distintas vistas. En la Tabla 30 seenumeran las opciones de gráficos disponibles en el software.
Tabla 30. Opciones de gráficos de expresión genética

Botón

NombreFunción

Graphing (Gráficos)

Muestra los datos de expresión genética en una
de las siguientes vistas:n Bar Chart (Gráfico de barras)(predeterminado)
n Box and whisker chart (Gráfico de cuadros ymárgenes)n Dot plot chart (Diagrama de puntos)

Clustergram (Clustergrama)

Muestra los datos de expresión normalizada en
una jerarquía basada en el grado de similitud dela expresión para diferentes objetivos ymuestras.

ScatterPlot (Diagrama deMuestra la expresión normalizada de objetivos

dispersión)para un control en comparación con una
muestra experimental.

ANOVA

Muestra los resultados de ANOVA
unidireccional en los datos de expresión
genética usando los siguientes paquetes R pararealizar ANOVA y determinar los resultados de
Tukey:n Complemento a la regresión aplicada (car)n Medias de mínimos cuadrados (lsmeans)

Herramienta de selección de(Disponible en la pestaña Study Analysis

genes de referencia(Análisis del estudio) en la ventana Gene Study(Estudio genético)) Identifica los genes dereferencia probados y los categoriza como Ideal(Ideal), Acceptable (Aceptable) o Unstable(Inestable) según su estabilidad.

Manual de usuario | 279

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Tabla 30. Opciones de gráficos de expresión genética, continuación

Botón

NombreFunción

Análisis de controles PrimePCR(Disponible en la pestaña Study Analysis(Análisis del estudio) en la ventana Gene Study(Estudio genético)) Muestra los resultados delas muestras probadas.

280 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Gráficos

La expresión relativa de los objetivos se presenta en estas dos vistas:n

Gene Expression Chart (Gráfico de expresión genética): muestra los datos de PCR en tiempo real
como uno de los siguientes:o

ΔΔCq: expresión normalizada relativa calculada mediante muestras de control y objetivos de referencia.

oΔCq: cantidad relativa del gen objetivo en una muestra en relación con una muestra de control.

Consulte Cambiar y anotar la vista de gráficos en la página 283 para obtener más información sobrela visualización de datos.
n

Spreadsheet (Hoja de cálculo): muestra una hoja de cálculo con los datos de expresión genética.
Consejo: Haga clic derecho en cualquier gráfico u hoja de cálculo para ver opciones.
Seleccione View/Edit Plate (Ver/Editar placa) en el menú desplegable Plate Setup(Configuración de placa) para abrir el Plate Editor (Editor de placas) y cambiar los contenidos delos pocillos en la placa.
Consejo: Seleccione Sort (Ordenar) en el menú de clic derecho para reorganizar el orden delos nombres de Target (Objetivo) y Sample (Muestra) del gráfico.

Manual de usuario | 281

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Expresión genética normalizada
Para normalizar los datos, utilice el nivel de expresión medido de uno o más genes de referencia como
factor de normalización. Los genes de referencia son objetivos que no están regulados en el sistema
biológico que se estudia, como actina, GAPDH o tubulina.

Para configurar un análisis de expresión genética normalizada (ΔΔCq)
1.

Abra un archivo de datos (extensión .pcrd).

2.

Revise los datos en la pestaña Quantification (Cuantificación) de la ventana Data Analysis (Análisis
de datos). Realice ajustes en los datos, como modificar el umbral y el modo de análisis.

3.

Seleccione la pestaña Gene Expression (Expresión genética).

4.

En la pestaña Gene Expression (Expresión genética), haga clic en Experiment Settings (Ajustes delexperimento).

5.

En el cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento), haga lo siguiente:

6.

a.

Seleccione la pestaña Samples (Muestras) y seleccione un control. Cuando se asigna un control, el
CFX Maestro Dx SE normaliza las cantidades relativas de todos los genes para la cantidad decontrol, que se fija en 1.

b.

Seleccione la pestaña Target (Objetivo) y seleccione los genes de referencia. El análisis deexpresión genética requiere de una referencia entre los objetivos de sus muestras.

Seleccione Normalized Expression (Expresión normalizada) (ΔΔCq) si no está ya seleccionada, yvea los niveles de expresión en la pestaña Gene Expression (Expresión genética).
Nota: También puede utilizar el Setup Wizard (Asistente de configuración) para configurar elesquema de la placa para el análisis de expresión genética normalizada.

Cantidad relativa
Por definición, los datos de cantidad relativa (ΔCq) no están normalizados. Este método se utiliza para
cuantificar las muestras que no incluyen ningún gen de referencia (objetivos). Normalmente, losinvestigadores confían en una de las siguientes consideraciones cuando establecen la ejecución:nCada muestra contiene la misma cantidad de ARN o ADNc en cada pocillo.

nCualquier variación en la cantidad de la muestra biológica cargada se normalizará después delprocesamiento mediante algún método de análisis de datos fuera del software. Por ejemplo, un
investigador puede decidir dividir el valor de la cantidad relativa entre el factor normalizador,
posiblemente la masa de ácido nucleico cargada para cada muestra, o el número de células desde lasque se aisló el ácido nucleico.

282 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Para ejecutar un análisis Relative Quantity Cantidad relativa) (ΔCq)
u

En la pestaña Gene Expression (Axpresión genética), seleccione Relative Quantity (Cantidad
relativa) (ΔCq) de la lista desplegable de Mode (Modo) en el panel derecho.
Consejo: Para comparar los resultados con los datos de otras ejecuciones de expresión
genética, abra un nuevo estudio genético o añada un archivo de datos a un estudio genético
existente.

Cambiar y anotar la vista de gráficos
Usando los comandos del menú de la barra de herramientas de gráficos y las herramientas de gráficosde análisis de datos, puede modificar la visualización del gráfico, anotar cada gráfico y cambiar ladisposición del gráfico. La barra de herramientas de gráficos aparece entre el gráfico y la hoja de cálculo
del análisis de datos en la parte inferior de la pantalla.

Herramientas de la barra de herramientas de gráficosConsejo: Consulte Gráficos en la página 219 para más información acerca de las herramientas degráfico que aparecen a la derecha de los gráficos de análisis de datos.
La barra de herramientas que aparece debajo de los gráficos proporciona un acceso rápido a lasherramientas de anotación.

En la Tabla 31 se enumeran las funciones de los botones de la barra de herramientas de gráficos.
Tabla 31. Barra de herramientas de gráficos

Botón

NombreFunción

Bar Chart (Gráfico deSe muestra la expresión relativa de los objetivos.

barras)Box and Whisker chart

Muestra los datos como rangos cuartiles (consulte(Gráfico de cuadros y

Cálculos del gráfico de cuadros y márgenes en la página

márgenes)

325 para obtener más información sobre los cálculos).
Nota: Solo está disponible si se configura Analyze Using(Analizar utilizando) como Biological Groups Only (Sologrupos biológicos).

Manual de usuario | 283

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Tabla 31. Barra de herramientas de gráficos, continuación

Botón

NombreFunción

Dot Plot chart (Gráfico deMuestra los puntos de datos individuales de la muestra

diagrama de puntos)

para cada objetivo.
Nota: Solo está disponible si se configura Analyze Using(Analizar utilizando) como Biological Groups Only (Sologrupos biológicos).

Add Arrow (Añadir

Dibuja una flecha en el gráfico activo.

flecha)Add Circle (Añadir

Dibuja un círculo en el gráfico activo.

círculo)
Add Text (Añadir texto)

Introduce un cuadro de texto en el gráfico activo en el quepuede añadir texto para identificar los elementos deinterés del gráfico.

Undo (Deshacer)

Elimina o revierte la última anotación realizada en el
gráfico activo.

Redo (Rehacer)

Revierte la última acción de deshacer realizada en el
gráfico activo.

Clear All (Borrar todo)

Elimina todas las anotaciones del gráfico activo.

Ordenar los datos de objetivo, muestra y grupo biológico
Nota: Esta opción está disponible únicamente en gráficos de expresión genética.
De forma predeterminada, las listas Targets (Objetivos), Samples (Muestras) y Biological Groups(Grupos biológicos) aparecen en orden alfabético. Use el cuadro de diálogo Sort (Ordenar) parapresentar la visualización en orden alfabético inverso o para mover un término manualmente a otra
posición en la lista.

Para ordenar los datos de objetivos, muestras y grupos biológicos
1.

En las herramientas del gráfico, haga clic en Export (Exportar).
Aparece el cuadro de diálogo Gene Expression Chart Sorting (Orden de gráfico de expresión
genética).

284 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

2.

En el cuadro de diálogo, haga clic en Z-A para clasificar la lista en orden alfabético inverso.

3.

Para desplazar un término de forma manual, selecciónelo y haga clic en el botón correspondiente
entre los gráficos:

4.

nHaga clic en la flecha hacia arriba o hacia abajo para desplazar el término seleccionado una
posición.

nHaga clic en la flecha de barra hacia arriba o hacia abajo para desplazar el término seleccionado
al primer o último puesto de la lista.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los cambios y volver a la pestaña Gene Expression(Expresión genética).

Manual de usuario | 285

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Cambiar los ajustes de color de objetivo, muestra y grupo biológico
Use el cuadro de diálogo Color Settings (Ajustes de color) para cambiar el color de un objetivo, muestra ogrupo biológico, o para eliminar el elemento del gráfico.

Para cambiar los ajustes de color del objetivo
1.

En el panel derecho del cuadro de diálogo Gene Expression (Expresión genética), verifique que
Sample (Muestra) aparece en el eje X de la lista desplegable.

2.

En Chart Tools (Herramientas de gráfico), seleccione Color Settings (Ajustes de color).
Aparecerá el cuadro de diálogo Color Settings (Ajustes de color).

3.

Para cambiar el color en que aparecerá un objetivo, haga clic en su color en la columna Color.

4.

En el cuadro de diálogo Color que aparece, seleccione un nuevo color y haga clic en OK (Aceptar).

5.

Para eliminar un objetivo del gráfico de expresión genética, desmarque su casilla en la columna
Show Chart (Mostrar gráfico).
Consejo: Para borrar todos los objetivos, desmarque Show Chart (Mostrar gráfico) en el
encabezado de la columna.

6.

(Opcional) Por defecto, las barras aparecen en colores sólidos. Para mostrar las barras en colores
degradados, desmarque Use Solid Colors (Usar colores sólidos).

7.

Haga clic en Ok (Aceptar) para guardar los cambios y volver a la pestaña Gene Expression(Expresión genética).

Para cambiar los ajustes de color de la muestra o el grupo biológico
1.

En el panel derecho, en el cuadro de diálogo Gene Expression (Expresión genética), verifique que
Target (Objetivo) aparece en el eje X de la lista desplegable.

2.

Lleve a cabo los pasos indicados en Para cambiar los ajustes de color del objetivo en la página 286.

Cambiar la visualización de gráficosPara cambiar la visualización de gráficos actual:u

Seleccione el comando del menú de barra de herramientas para la vista objetivo.

Nota: La pestaña Gene Expression (Expresión genética) siempre se abre mostrando los datos en lavista de gráfico de barras predeterminada.

286 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Excluir puntos de datos atípicos
En el gráfico Dot Plot (Diagrama de puntos), puede ver con facilidad y excluir datos atípicos de su
análisis.

Para excluir puntos de datos atípicosu

En el gráfico Dot Plot (Diagrama de puntos), haga clic con el botón derecho sobre el dato atípico
objetivo y seleccione Exclude Well from Analysis (Excluir el pocillo del análisis).

El punto de datos se elimina del gráfico Dot Plot (Diagrama de puntos) y el pocillo cambia a gris en el Well
Selector (Seleccionador de pocillo) en la pestaña Quantification (Cuantificación).

Para incluir un punto de datos atípicos excluido.
u

En la pestaña Quantification (Cuantificación), haga clic con el botón derecho sobre el pocillo en el
Well Selector (Selector de pocillos) y seleccione Well (Pocillo) > Include in Analysis (Incluir en el
análisis).

Visualización de detalles de los puntos de datos
Para visualizar detalles de los puntos de datosu

En el diagrama de cuadros y márgenes o en el diagrama de puntos, detenga el cursor sobre un
punto en concreto.

Aparecerá información, mostrando el nombre de la muestra y su expresión (cantidad relativa o expresión
normalizada, dependiendo del modo seleccionado).

Anotar gráficos
Puede añadir flechas, círculos y texto a cada vista de gráfico de barras para comunicar datos con
claridad. Las anotaciones se guardan con el gráfico de barras y aparecen en el archivo exportado e
impreso. No obstante, las anotaciones realizadas en una vista de gráfico no se añaden a otras vistas degráficos.

Para dibujar una flecha o un círculo en el gráfico
1.

En la barra de herramientas del gráfico, haga clic en la herramienta en concreto.

2.

Haga clic en el gráfico de barras y arrastre el cursor por el gráfico según sea necesario.

Manual de usuario | 287

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Para añadir texto al gráfico
1.

En la barra de herramientas del gráfico, haga clic en Add Text (Añadir texto).

2.

Haga clic en el gráfico de barras. Aparece un cuadro de texto en esa ubicación.

3.

Introduzca el texto en el cuadro de texto.

4.

Haga clic en cualquier parte del gráfico para salir del cuadro de texto.
Consejo: Pulse Enter (Intro) para añadir varias líneas al cuadro de texto.

Para mover una anotación
1.

Desplace su cursor por la anotación. El icono cambia a un dedo que señala y el borde de laanotación se destaca.

2.

Haga clic en la anotación y arrástrela a otra ubicación.

3.

Suelte la anotación para que se quede en ese lugar.

Para deshacer una anotaciónuHaga clic en Undo (Deshacer).
La anotación introducida más recientemente se elimina.
Consejo: Puede deshacer las diez anotaciones más recientes, una cada vez.

Para rehacer una anotaciónuHaga clic en Redo (Rehacer).
La anotación eliminada más recientemente vuelve a aparecer.
Consejo: Puede rehacer las diez anotaciones más recientes, una cada vez.

Para eliminar una anotaciónuHaga clic con el botón derecho sobre la anotación y seleccione Delete (Eliminar).

288 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Ajustar los datos de expresión genética
Después de seleccionar el modo de análisis [expresión normalizada (∆∆Cq) o cantidad relativa (∆Cq)],
ajuste los datos que ve en la pestaña Gene Expression (Expresión genética) cambiando las opciones deconfiguración a la derecha del gráfico.
Consejo: Establezca las opciones de datos de Gene Expression (Expresión genética) predeterminados
en el cuadro de diálogo User Preferences (Preferencias de usuario) (consulte Ajustar los parámetros
predeterminados del archivo de datos de expresión genética en la página 99).

Datos de gráfico
Establezca el valor del eje Y como Linear scale (Escala lineal) para habilitar las opciones de datos degráfico. Las opciones de datos de gráfico le permiten presentar los datos en el gráfico con una de estas
opciones:n

Relative to control (Relativos al control): ilustre los datos con el eje escalado de 0 a 1. Si asigna un
control a la ejecución, seleccione esta opción para visualizar rápidamente el incremento o ladisminución del objetivo.

nRelative to zero (Relativos a cero): ilustre los datos con el origen en cero.

Opción Analyze Using (Analizar utilizando)
Utilice el menú desplegable para seleccionar como se analizan y se trazan los datos. Las opciones son:nSamples Only (Solo muestras): los datos se analizan y se trazan basándose en las muestras.

nBiological Groups Only (Solo grupos biológicos): los datos se analizan y se trazan para grupos
biológicos. La expresión presentada para el grupo biológico es la media geométrica de las muestras
de ese grupo.

nSample Biological Group (Grupo biológico de muestras): los datos se analizan y se trazan
basándose en las muestras con el grupo biológico añadido después del nombre de la muestra. Los
valores P que se muestran están calculados basándose en el grupo biológico.

nBiological Group Sample (Muestra del grupo biológico): los datos se analizan y se trazan basándoseen las muestras con el grupo biológico añadido antes del nombre de la muestra. Los valores P que
se muestran se calculan basándose en el grupo biológico.

Utilice el menú desplegable para seleccionar una muestra que se utilizará para normalizar la Relative
Quantity (Cantidad relativa):

Manual de usuario | 289

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Anotar valores de P y umbral del valor de P
Cuando la opción Annotate P-Values (Anotar valores de P) está seleccionada, el software muestra un
asterisco (*) en el gráfico de barras encima de un objetivo si su valor de P está por debajo del umbral
seleccionado. El software calcula automáticamente el valor de P comparando el nivel de expresión de lamuestra con el nivel de expresión de la muestra de control seleccionada usando una prueba t estándar.
El rango del umbral del valor de P es 0,000—1,000.

Opciones del eje X
La opción del eje X le permite seleccionar los datos del eje X del gráfico Gene Expression (Expresión
genética):nTarget (Objetivo): coloca los nombres objetivo sobre el eje X del gráfico.

nSample (Muestra): coloca los nombres de muestra sobre el eje X del gráfico.

Opciones del eje Y
La opción del eje Y le permite mostrar el gráfico Gene Expression (Expresión genética) en una de lassiguientes tres escalas:nLinear (Lineal): seleccione esta opción para mostrar una escala lineal.
Consejo: Cuando se configura el eje Y como Linear (Lineal), se activa la lista desplegable
Graph Data (Poner datos en el gráfico), en la que puede optar por colocar en el gráfico datos
relacionados con el control o relacionados con cero.

n

Log 2: seleccione esta opción para evaluar las muestras de un rango dinámico amplio.

n

Log 10: seleccione esta opción para evaluar las muestras en un rango dinámico amplio.

Opciones de escala
Seleccione Normalized Gene Expression (Expresión genética normalizada) (ΔΔCq) y configure la opción
como None (Ninguno) para habilitar las opciones de escala del gráfico Gene Expression (Expresión
genética). Seleccione una de estas opciones de escala para calcular y presentar sus datos como mejor
convenga al diseño de la ejecución:nUnscaled (No escalado): presenta la expresión genética normalizada no escalada.

nHighest (Superior): escala la expresión genética normalizada de cada objetivo dividiendo el nivel deexpresión de cada muestra entre el nivel superior de expresión en todas las muestras.
Esta opción de escala utiliza la fórmula de escala al valor superior.

nLowest (Inferior): escala la expresión genética normalizada de cada objetivo dividiendo el nivel deexpresión de cada muestra entre el nivel inferior de expresión en todas las muestras.

290 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Esta opción de escala utiliza la fórmula de escala al valor inferior.
n

Average (Medio): escala la expresión genética normalizada de cada objetivo dividiendo el nivel deexpresión de cada muestra entre la media geométrica de los niveles de expresión en todas lasmuestras.
Esta opción de escala utiliza la fórmula de escala al valor medio.

Seleccione una opción para el tipo de cálculos de error (barras de error) en el gráfico Gene Expression(Expresión genética):

Multiplicador de barras de error del gráfico
Seleccione un multiplicador para las barras de error en el gráfico de «Gene Expression» (expresión
genética). Seleccione uno de estos números enteros:n+/- 1 (predeterminado)

n

2

n

3

El tipo de multiplicador cambia cuando selecciona el tipo de barra de error:n

SEM (EEM) para error estándar de la median

Std Devs (DE) para desviación estándar

Ajustes del experimento
Consejo: El cuadro de diálogo también está disponible en el Plate Editor (Editor de placas). Paraobtener más información, consulte Cambiar los ajustes del experimento en la página 164.
En el cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento), puede vero modificar la lista deobjetivos, muestras o grupos biológicos, seleccionar genes de referencia, seleccionar controles oconfigurar el grupo Gene Expression Analysis (Análisis de expresión genética) que se va a analizar si se
han añadido grupos biológicos a los pocillos.

Para abrir el cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento)u

En la pestaña Graphing (Gráficos), haga clic en Experiment Settings (Ajustes del experimento) en laparte inferior del panel derecho.
El cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes del experimento), aparece mostrando la pestaña
Targets (Objetivos).

Manual de usuario | 291

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Para establecer los ajustes de Targets (Objetivos)u

En la pestaña Targets (Objetivos), realice cualquiera de las siguientes acciones:n

Para seleccionar un objetivo como referencia para un análisis de datos de expresión genética,
seleccione su nombre en la columna Reference (Referencia).

nPara cambiar el color del objetivo, haga clic en su celda en la columna Color y cambie el color enel cuadro de diálogo de Color que aparece.
El cambio del color aparece en los gráficos Gene Expression (Expresión genética).

nPara utilizar un valor de eficiencia determinado anteriormente, deseleccione la casilla delobjetivo en la columna Auto Efficiency (Autoeficiencia) e introduzca un número para elporcentaje de eficiencia de un objetivo.
El software calcula la eficiencia relativa de un objetivo utilizando Auto Eficiency (Autoeficiencia)
si los datos de un objetivo incluyen una curva normalizada.

Para establecer los ajustes de Sample (Muestra)u

En la pestaña Samples (Muestras), realice cualquiera de las siguientes acciones:n

Para seleccionar una muestra como control para un análisis de datos de expresión genética,
seleccione su nombre en la columna Control.

nPara cambiar el color de la muestra, haga clic en su celda en la columna Color y cambie el color
en el cuadro de diálogo de Color que aparece.
El cambio del color aparece en los gráficos Gene Expression (Expresión genética).

nPara mostrar la muestra en los gráficos Gene Expression (Expresión genética), selecciónelo enla columna Show Chart (Mostrar gráfico).

n

Para eliminar la muestra de los gráficos de Gene Expression (Expresión genética), bórrelo de lacolumna Show Chart (Mostrar gráfico).
Consejo: Los datos de muestra permanecen en la tabla Results (Resultados).

Para excluir un tipo de muestra de los cálculos del análisisu

Seleccione su casilla en la parte inferior del cuadro de diálogo Experiment Settings (Ajustes delexperimento).
Nota: Esto excluye los controles o las normas del análisis de expresión genética.

292 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Opciones del menú contextual
Haga clic derecho en el gráfico de expresión genética para seleccionar los elementos que aparecen en la
Tabla 32.
Tabla 32. Elementos del menú contextual de expresión genética

Elemento

Función

Copy (Copiar)

Copia el gráfico a un portapapeles.

Save Image As (Guardar

Guarda el gráfico como un archivo de imagen. Establezca la

imagen como)resolución y las dimensiones de la imagen y posteriormente
seleccione el tipo de archivo (PNG, JPG, o BMP).

Page Setup (Configuración deSelecciona una configuración de página para imprimir.

página)Print (Imprimir)

Imprime el gráfico.

Set Scale to Default (Establecer

Show All (Mostrar todo) muestra todos los datos en el gráfico deescala a valor predeterminado)

barras. La barra de desplazamiento aparece si hay demasiadas
muestras para que aparezcan en el marco del gráfico conservando
una amplitud mínima de las barras.

Chart Settings (Ajustes delAbre la ventana Chart Settings (Ajustes del gráfico) para ajustar losgráfico)parámetros del gráfico.

Sort (Ordenar)

Clasifica el orden de las muestras u objetivos que aparecen en el eje X
del gráfico.

Use Corrected Std Devs (UsarCalcula las barras de error usando la fórmula de desviación estándar

desviaciones estándar

corregida.

corregidas)
Use Solid Bar Colors (Usar

Muestra colores sólidos en las barras del gráfico.

colores sólidos en las barras)
X-Axis Labels (Etiquetas del eje

Muestra las etiquetas del eje X horizontalmente o en ángulo.

X)

Manual de usuario | 293

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Hoja de cálculo de datos
En la Tabla 33 se definen los datos que se muestran en Gene Expression Data Table (Tabla de datos deexpresión genética).
Nota: Los valores en la tabla se calculan en base al tipo de gráfico y a las preferencias
seleccionadas en el panel de la derecha.
Tabla 33. Descripción de la información en la hoja de cálculo de la pestaña

Información

Descripción

Target (Objetivo)

Nombre del objetivo (gen amplificado) seleccionado en la ventana
Experiment Settings (Ajustes del experimento).

Biological Group (Grupo

Nombre de la muestra o grupo biológico seleccionado en la ventana

biológico)Experiment Settings.

Sample Biological Group (Grupo
biológico de muestra)
Biological Group Sample(Muestra de grupo biológico)Control

Nombre del control seleccionado en la ventana Experiment Settings(Ajustes del experimento). Cuando Analyze Using (analizar usando)
está configurado en Samples Only (solo muestras), Control es lamuestra seleccionada en la ventana Experiment Settings. Cuando
Biological Groups Only (Solo grupos biológicos), Sample BiologicalGroup (Grupo biológico de muestra) o Biological Group Sample(Muestra de grupo biológico) están seleccionados, control es el grupo
biológico seleccionado en la ventana Experiment Settings (Ajustes delexperimento).

Relative Quantity (Cantidad

Relative Quantity (Cantidad relativa) (ΔCq) o Normalized Gene

relativa) o

Expression (Expresión genética normalizada) (ΔΔCq), en función delExpression (Expresión)modo seleccionado.

Relative Quantity SEM (SEM deError estándar de la media (SEM) o desviación estándar (SD) de lacantidad relativa) o Expression

cantidad relativa o expresión normalizada, dependiendo de la opción

SEM (SEM de la expresión) (oseleccionada. Disponible solo si Analyze Using está fijado a Samples

SD)

Only, Sample Biological Group o Biological Group Sample.

294 | Software CFX Maestro Dx SE

Gráficos

Información

Descripción

Corrected Relative Quantity

Cálculo del valor corregido para SEM o SD de la cantidad relativa o laSEM (SEM de cantidad relativa

expresión normalizada, dependiendo de la opción seleccionada.

corregida) o Corrected

Disponible solo si Analyze Using (Analizar utilizando) está configurado

Expression SEM (SEM de lacomo Samples Only (Solo muestras), Sample Biological Group (Grupo

expresión corregida) (o SD)

biológico de muestras) o Biological Group Sample (Muestra de grupo
biológico).

Mean Cq (Cq medio)Media del ciclo de cuantificación (no aparece si Analyze Using(analizar usando) está fijado en Biological Groups Only (solo grupos
biológicos))

Cq SEM (SEM del Cq) (o SD)

SEM o SD del ciclo de cuantificación, dependiendo de la opción
seleccionada (no aparece si Analyze Using (analizar usando) está
fijado en Biological Groups Only (solo grupos biológicos)).

Manual de usuario | 295

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Opción de mostrar detalles
En la Tabla 34 se definen los datos que aparecen cuando la opción Show Details (Mostrar detalles) estáseleccionada en el menú contextual de la hoja de cálculo del gráfico de barras.
Tabla 34. Información en la hoja de cálculo del gráfico de barras con la opción Show Details(Mostrar detalles) seleccionada

Información

Descripción

Data Set (Conjunto de datos)

Datos de fluorescencia de un fluorocromo en el archivo de datos

Relative Quantity (Cantidad

Cantidad relativa calculada de muestras

relativa)
Relative Quantity SD (SD de laDesviación estándar del cálculo de la cantidad relativa

cantidad relativa)
Corrected Relative Quantity SD

Desviación estándar calculada de la cantidad relativa corregida(SD de la cantidad relativa
corregida)
Relative Quantity SEM (SEM deError estándar de la media (SEM) del cálculo de la cantidad relativa

la cantidad relativa)
Corrected Relative Quantity

Error estándar de la media calculado de la cantidad relativa corregida

SEM (SEM de la cantidad
relativa corregida)
Relative Quantity(lg) (Cantidad

Log2 de la cantidad relativa que se usa para el análisis estadísticorelativa(lg))
SD RQ(lg) (Desviación estándar

Desviación estándar de la cantidad relativa (log2)

de cantidad relativa(lg))
SEM Expression(lg) (SEM deError estándar de la media de la expresión (log2)

expresión(lg))
Unscaled Expression (Expresión

Expresión calculada sin escalarsin escalar)
Unscaled Expression SD (SD dela expresión sin escalar)

296 | Software CFX Maestro Dx SE

Desviación estándar calculada de la expresión sin escalarGráficos

Tabla 34. Información en la hoja de cálculo del gráfico de barras con la opción Show Details(Mostrar detalles) seleccionada, continuación

Información

Descripción

Corrected Unscaled Expression

Desviación estándar calculada de la expresión sin escalar corregida

SD (SD de la expresión sin
escalar corregida)
Unscaled Expression SEM

Error estándar calculado de la media de la expresión sin escalar(SEM de la expresión sin
escalar)
Corrected Unscaled Expression

Error estándar de la media calculado de la expresión sin escalar

SEM (SEM de la expresión sincorregidaescalar corregida)
Unscaled Expression(lg)Log2 de la expresión sin escalar(Expresión sin escalar(lg))
SD Unscaled Expression(lg) (SDDesviación estándar de la expresión sin escalar (log2)

de la expresión sin escalar(lg))
SEM Unscaled Expression(lg)Error estándar de la media de la expresión sin escalar (log2)(Expresión sin escalar SEM (lg))
Expression (Expressión)

Expresión genética normalizada

Corrected Expression SD (SDDesviación estándar calculada de la expresión sin escalar corregidade la expresión corregida)
Expression SEM (SEM de laError estándar de la media de la expresión

expresión)
Corrected Expression SEM

Error estándar de la media calculado de la expresión sin escalar(SEM de la expresión corregida)corregida

Expression(lg) (Expresión(lg))

Log2 de la expresión (expresión normalizada) que se usa para elanálisis estadístico

Expresión de SD (lg)Desviación estándar de la expresión (log2)

SEM Expression(lg) (SEM deError estándar de la media de la expresión (log2)

expresión(lg))
Mean Cq (Cq medio)Media del ciclo de cuantificación

Manual de usuario | 297

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Tabla 34. Información en la hoja de cálculo del gráfico de barras con la opción Show Details(Mostrar detalles) seleccionada, continuación

Información

Descripción

Cq SD (SD del Cq)

Desviación estándar del ciclo de cuantificación

Cq SEM (SEM del Cq)

Error estándar de la media del ciclo de cuantificación

298 | Software CFX Maestro Dx SE

Clustergrama

Clustergrama
El clustergrama muestra los datos en una jerarquía basada en el grado de similitud de la expresión paradistintos objetivos y muestras.
Nota: Debe escoger un objetivo de referencia para mostrar cualquiera de los diagramas que no seande expresión relativa para gráficos de barras.
La imagen del clustergrama representa la expresión relativa de una muestra u objetivo de la siguiente
manera:nRegulación ascendente (rojo): expresión superiornRegulación descendente (verde o azul): expresión inferiorn

Sin regulación (negro)n

Sin valor calculado (negro con una X blanca)

Cuanto más claro sea el tono del color, mayor será la diferencia de expresión relativa. Si no se puedecalcular un valor Cq normalizado, el cuadrado será negro con una X blanca.
En los bordes exteriores del diagrama hay un dendrograma, que indica la jerarquía de los clústeres. Los
objetivos y las muestras con patrones de expresión similares tendrán ramas adyacentes, mientras que
aquellos con patrones diferentes serán más distantes.

Ajustes
Puede establecer las siguientes opciones:n

Cluster By (Agrupar por): seleccione Targets (Objetivos), Samples (Muestras), Both (Ambos) o None
(Ninguno).

nSize (Tamaño): ajusta el tamaño de la imagen y cambia el grado de magnificación del gráfico.

nSplit Out Replicates (Repeticiones divididas): muestra valores para las repeticiones individuales.

Consejo: Puede cambiar el esquema de color para el del rojo/verde predeterminados a rojo/azul,
seleccionando esta opción del menú contextual en cualquiera de estos gráficos.

Opciones del menú contextual
Las opciones del menú contextual para el clustergrama son las mismas que para el gráfico de barras.
Consulte la Tabla 32 en la página 293 para más información sobre las opciones disponibles. Asimismo,
seleccione Color Scheme (Esquema de colores) para cambiar la expresión de regulación decreciente delrojo/verde predeterminados a rojo/azul en el gráfico.

Manual de usuario | 299

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Hoja de cálculo de datos
La hoja de cálculo muestra valores para el objetivo, la muestra y la expresión normalizada.

300 | Software CFX Maestro Dx SE

Diagrama de dispersión

Diagrama de dispersión
El diagrama de dispersión presenta la expresión normalizada de objetivos para un control en comparación con
una muestra de experimento. Las líneas en el diagrama indican el umbral de cambio doble. Los puntos de datos
entre las líneas indican que la diferencia en expresión de ese objetivo (gen) es negligible entre las muestras.
Los puntos de datos fuera de las líneas exceden el umbral de cambio doble y pueden ser de interés.
La imagen del diagrama muestra los siguientes cambios en la expresión objetivo basándose en el umbral delcambio doble:n

Regulación ascendente (círculo rojo): expresión relativamente superiornRegulación descendente (círculo verde o azul): expresión relativamente inferiorn

Sin cambio (círculo negro)

Haga clic y arrastre cualquier línea del umbral para ajustar el valor del umbral del cambio doble.

Settings (Ajustes)
Puede establecer las siguientes opciones:nControl Sample (Muestra de control)nExperimental Sample (Muestra experimental)

nFold Change Threshold (Umbral de cambio doble) Conforme aumenta o disminuye el valor delcambio doble, las líneas del umbral en el gráfico se mueven en consecuencia.

Opciones del menú contextual
Las opciones del menú contextual para el diagrama de dispersión son las mismas que las del gráfico debarras. Consulte la Tabla 32 en la página 293 para obtener más información acerca de las opciones
disponibles. Además, seleccione Symbol (Símbolo) para cambiar el símbolo utilizado en el diagrama (pordefecto, un círculo) a uno de los siguientes:nTriángulo

n

Cruz

n

Cuadradon

Rombo

Manual de usuario | 301

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Hoja de cálculo de datos
La hoja de cálculo muestra los valores de la expresión objetivo y normalizada para las muestras decontrol y experimentales. También indican si los objetivos tienen regulación ascendente o descendente
en comparación con la regulación objetivo.

302 | Software CFX Maestro Dx SE

Hoja de cálculo de resultados

Hoja de cálculo de resultados
La hoja de cálculo Results (Resultados) resume los datos de todos los gráficos. En la Tabla 35 se definen
los datos que se muestran en la hoja de cálculo Results (Resultados).
Tabla 35. Información de la pestaña Results (Resultados)

Información

Descripción

Target (Objetivo)

Nombre objetivo (gen amplificado)

Sample (Muestra)

Nombre de la muestra

Mean Cq (Cq medio)Media del ciclo de cuantificación

Mean Efficiency Corrected Cq

Media del ciclo de cuantificación después de ajustar la eficiencia de(Cq medio de eficiencia

reacción

corregida)
Expresión normalizada

Expresión objetivo normalizada para un objetivo de referencia (ΔΔCq)

Relative Normalized Expression

Expresión normalizada relativa a la muestra de control; también(Expresión relativa normalizada)

denominada Fold Change (Cambio doble)

Regulation (Regulación)

Cambio en la expresión relativa a la muestra de control

Compared to Regulation

Regulación ascendente o decreciente de una muestra experimental

Threshold (En comparación con

basada en la configuración del umbral

el umbral de regulación)

Nota: Los datos de repeticiones se encuentran solo en las hojas de cálculo de las pestañas deanálisis de datos en las que se ha seleccionado Split Out Replicates (Repeticiones divididas) (esdecir Clustergram (Clustergrama)). Puede haber una discrepancia entre los datos de expresión enlas hojas de cálculo del análisis de la expresión genética si selecciona None (Ninguna) en la muestra
de control en el gráfico de barras.

Manual de usuario | 303

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Estudio genético
Cree un estudio genético para comparar los datos de expresión genética de uno o más experimentos de
PCR a tiempo real utilizando un calibrador durante el procesamiento a normalizar entre los experimentos.
Cree un estudio genético añadiendo los datos de uno o más archivos de datos (extensión .pcrd) al
estudio genético. El software los agrupa en un solo archivo (extensión .mgxd).
Nota: El número máximo de muestras que puede analizar en un estudio genético está limitado por eltamaño de la memoria RAM y la memoria virtual del ordenador.

Calibración durante la ejecución
La calibración durante la ejecución se intenta en cada estudio genético para cada objetivo con el fin denormalizar las variaciones durante la ejecución entre los objetivos evaluados en ejecuciones
independientes de PCR en tiempo real (es decir, archivos .pcrd diferentes generados de diferentes
placas).
Para que el software reconozca una muestra como calibrador durante la ejecución, debe compartir elmismo nombre de objetivo, nombre de muestra y, si se utiliza, nombre del grupo biológico en cada placaque se compara.
Nota: Como mínimo debe haber presente un calibrador durante la ejecución en el estudio genético
para que se lleve a cabo la calibración durante la ejecución. Los objetivos sin muestras adecuadasde calibrador durante la ejecución se procesarán sin corrección en el estudio genético (norecomendado).
Los calibradores durante la ejecución se pueden aplicar de dos maneras:n

Per target (Por objetivo): los diferentes cebadores de PCR pueden tener eficiencias diferentes. De
forma predeterminada, se aplica el calibrador durante la ejecución a todos los pocillos en la misma
placa que tienen el mismo nombre del objetivo, por ejemplo el Cq generado con la misma evaluación.

nEntire study (Estudio completo): se selecciona un calibrador durante la ejecución por parte delusuario y se aplica a todo el estudio genético.

304 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudio genético

Cuadro de diálogo del estudio genético

El cuadro de diálogo Gene Study (Estudio genético) incluye dos pestañas:nPestaña Study Setup (Configuración del estudio): gestiona la ejecuciones del estudio genético.
Importante: Añadir o eliminar archivos de datos en un estudio genético no cambia los datos enel archivo original.

nPestaña Study Análisis (Análisis del estudio): presenta los datos de expresión genética de las
ejecuciones combinadas.

Pestaña de configuración del estudio
En la Tabla 36 se definen los datos que aparecen en la pestaña Study Setup (Configuración del estudio).
Tabla 36. Pestaña Study Setup (Configuración del estudio) en el cuadro de diálogo Gene
Study (Estudio genético)Título de la columna

Descripción

File Name (Nombre deNombre del archivo de datos de ejecución (extensión .pcrd)

archivo)
File Folder (Carpeta del

Directorio que almacena el archivo de datos para cada ejecución en elarchivo)

estudio genético

Manual de usuario | 305

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Tabla 36. Pestaña Study Setup (Configuración del estudio) en el cuadro de diálogo Gene
Study (Estudio genético), continuación

Título de la columna

Descripción

Date Created (Fecha deFecha en la que se recogieron los datos de ejecución

creación)
Well Group Name (Nombre

Nombre del grupo de pocillos que se seleccionó cuando se añadió eldel grupo de pocillos)

archivo al estudio genético
Consejo: Para analizar un grupo de pocillos en el estudio
genético, debe seleccionar ese grupo de pocillos en la ventana
Data Analysis (Análisis de datos) antes de importar el archivo dedatos al estudio genético.

Step (Paso)

Paso del protocolo que incluye la lectura de la placa para recoger
datos de PCR a tiempo real

Run Type (Tipo deDefinido por el usuario o ejecución de PrimePCR

ejecución)
Protocol Edited (Protocolo

Si se selecciona, indica que el protocolo utilizado para una ejecución

editado)de PrimePCR ha sido editado

View Plate (Ver placa)

Abre un mapa de placa de la placa con los datos en cada una de las
ejecuciones incluidas en el estudio genético

Preparar un estudio génico
Para preparar un estudio génico
1.

Antes de importar datos a un estudio génico, haga lo siguiente en la ventana Data Analysis (Análisis
de datos):nVerifique que las muestras con el mismo contenido tienen el mismo nombre. En un estudiogénico, el software asume que los pocillos con el mismo nombre de objetivo o de muestra
contienen la misma muestra.

n

Ajuste la referencia y el umbral (Cq) en la pestaña Quantification (Cuantificación) para optimizarlos datos en cada ejecución.

nSeleccione el grupo de pocillos que quiere incluir en el estudio genético.
Para mostrar los datos de un grupo de pocillos en el estudio genético, ese grupo debe estar
seleccionado antes de importar el archivo de datos.

306 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudio genético

La pestaña Study Setup (Configuración del estudio) muestra una lista de todas las ejecuciones delestudio genético.
2.

En el cuadro de diálogo Gene Study (Estudio genético), seleccione la pestaña Study Setup(Configuración del estudio).

3.

Haga clic en Add Data Files (Añadir archivos de datos) para seleccionar un archivo de la ventana delexplorador.
Consejo: Para añadir series rápidamente a un estudio génico, arrastre los archivos de datos(extensión .pcrd) al cuadro de diálogo Study Setup (Configuración de estudio).

4.

El CFX Maestro Dx SE realiza automáticamente el análisis del estudio genético a medida que añade
los archivos de datos. Seleccione la pestaña Study Analysis (Análisis del estudio) para ver los
resultados.

Para eliminar ejecuciones del estudio genético
u

Seleccione uno o más archivos de datos en la lista y haga clic en Remove (Eliminar).

Para añadir notas sobre el estudio genético
uIntroduzca notas sobre los archivos y análisis en el cuadro de texto Notes (Notas).

Pestaña Study Analysis (Análisis del estudio)
La pestaña Study Analysis (Análisis del estudio) presenta los datos de todas las ejecuciones del estudio
genético. Las opciones de análisis de datos de expresión genética son las mismas que las de un archivode datos individual con las siguientes excepciones:n

En el caso de los gráficos de barras, los valores de calibración durante el procesamiento (si se
calculan) aparecen cuando hace clic en Inter-run Calibration (calibración durante la ejecución).
Nota: Solo los siguientes tipos de muestra se pueden utilizar como calibrador durante laejecución:oUnknown (Desconocido)

o

Error

o

Positive Control (Control positivo)

Los tipos de muestra de control negativo, sin control de la plantilla (NTC) y sin control detranscriptasa inversa (NRT), no se pueden utilizar como calibrador durante la ejecución.
n

La herramienta de selección de genes de referencia identifica los genes de referencia analizados y
los categoriza como Ideal (Ideal), Acceptable (Aceptable) o Unstable (Inestable), según su
estabilidad.

Manual de usuario | 307

Capítulo 12 Análisis de expresión genéticano

Los genes de referencia ideales son estables y representan variaciones mínimas en las
muestras analizadas.

o

Los genes de referencia aceptables no son idealmente estables y representan una variación
moderada en las muestras analizadas. Utilice estos genes de referencia en el análisis si no hay
ningún gen de referencia ideal presente.

o

Los genes de referencia inestables representan una variación excesiva en las muestras
analizadas. Se recomienda que estos genes se excluyan de los análisis.

La herramienta de controles PrimePCR presenta los resultados de las muestras analizadas en una
tabla:oLa pestaña Summary (Resumen) presenta un resumen de todas las muestras analizadas. Las
muestras que pasaron todas las evaluaciones de control aparecen en verde. Las muestras que
suspendieron una o más evaluaciones de control aparecen en amarillo.

o

La pestaña PCR presenta los resultados de la evaluación de control positiva de PCR. Esta
evaluación detecta inhibición o problemas en el experimento que afectan a la expresión
genética.

o

La pestaña RT (Transcripción inversa) presenta los resultados de la evaluación de control detranscripción inversa. Esta evaluación valora cualitativamente el rendimiento de RT(Transcripción inversa) e identifica muestras en las que el rendimiento de RT (Transcripción
inversa) puede deteriorar la expresión genética.

o

La pestaña gDNA (ADNg) presenta los resultados de la evaluación de control de contaminaciónde ADN. Esta evaluación determina si el ADN genómico (ADNg) está presente en una muestra
a un nivel que puede afectar a los resultados de qPCR.

o

La pestaña RQ muestra los resultados de las evaluaciones de calidad de ARN (RQ1 y RQ2).
Estas evaluaciones valoran cualitativamente si la integridad de ARN puede afectar de forma
negativa a la expresión genética.

Categorías de informe del estudio genético
Use el cuadro de diálogo Gene Study Report (Informe del estudio genético) para organizar los datos delestudio genético en un informe. La Tabla 37 muestra todas las opciones disponibles para un informe deestudio genético.

308 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudio genético

Tabla 37. Categorías para un informe de estudio genético

Categoría

OpciónDescripción

Header (Encabezado)
Título, subtítulo y logotipo para el informe
Report Information

Fecha, nombre de usuario, nombre del archivo(Información del informe)de datos, ruta del archivo de datos y grupo depocillos seleccionados

Gene Study File List (Lista

Lista de todos los archivos de datos del estudiode archivos del estudio

genético

genético)Notes (Notas)

Notas sobre el informe de datos

Study Analysis (Análisis del estudio): Bar Chart (Gráfico de barras)
Analysis Settings (Ajustes

Lista de los parámetros de análisis

del análisis)

seleccionados

Chart (Gráfico)

Gráfico de barras de expresión genética
mostrando los datos

Target Names (Nombres

Lista de objetivos en el estudio genético

de objetivo)
Sample Names (Nombres

Lista de muestras en el estudio genético

de muestras)
Data (Datos)

Hoja de cálculo que muestra los datos

Target Stability (Estabilidad

Datos de estabilidad del objetivodel objetivo)
Inter-run Calibration

Datos de calibración durante la ejecución(Calibración durante laejecución)
Box-and-Whisker Chart

Gráfico de cuadros y márgenes de la expresión(Gráfico de cuadros ygenéticamárgenes)
Dot-Plot Chart (Diagrama

Diagrama de puntos de la expresión genética

de puntos)

Manual de usuario | 309

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

Tabla 37. Categorías para un informe de estudio genético, continuación

Categoría

OpciónDescripción

Study Analysis (Análisis del estudio): Clustergram (Clustergrama) y Scatter Plot (Diagramade dispersión)
Analysis Settings (Ajustes

Ajustes para cada tipo de gráfico

del análisis)
Chart (Gráfico)

Gráfico de expresión genética mostrando losdatos

Data (Datos)

Hoja de cálculo enumerando los datos en cadaobjetivo

Study Analysis (Análisis del estudio):
ANOVA Data (Datos ANOVA)ANOVA Settings (Ajustes

Umbral del valor de P usado en el análisis

ANOVA)ANOVA Results

Tabla de resultados de ANOVA y del análisis pos(Resultados ANOVA)

hoc de Tukey

Shapiro-Wilk Normality

Grupo biológico, recuento, valor de P y cualquier

Test (Test de normalidad

error que tenga lugar en el análisis para cadaShapiro-Wilk)

objetivo

ANOVA Errors (Errores

Errores identificados durante los cálculos de

ANOVA)ANOVA

310 | Software CFX Maestro Dx SE

Estudio genético

Crear un informe del estudio genético
Para crear un informe del estudio genético
1.

Ajuste los datos del informe y los gráficos del estudio genético según sea necesario antes de crear
un informe.

2.

Seleccione Tools (Herramientas) > Reports (Informes) en el menú Gene Study (Estudio genético)para abrir el cuadro de diálogo Report (Informe).

3.

Seleccione las opciones que desee incluir en el informe. El informe se abre con las opciones
predeterminadas seleccionadas. Seleccione o deseleccione las casillas de verificación para cambiar
todas las categorías u opciones individuales dentro de una categoría.
En Categorías de informe del estudio genético en la página 308 se enumeran las opciones
disponibles a mostrar.

4.

Cambie el orden de categorías y elementos en un informe. Arrastre las opciones hasta la posición
requerida. Los elementos se pueden volver a ordenar solo dentro de las categorías a las que
pertenecen.

5.

Haga clic en Update Report (Actualizar informe) para actualizar la previsualización del informe con
cualquier cambio realizado.

6.

Imprima o guarde el informe. Haga clic en el botón Print Report (Imprimir informe) en la barra deherramientas para imprimir el informe actual. Seleccione File (Archivo) > Save (Guardar) para
guardar el informe en formato de archivo PDF (archivo de Adobe Acrobat Reader) y seleccione una
ubicación en la que guardar el archivo. Seleccione File (Archivo) > Save As (Guardar como) para
guardar el informe con un nombre nuevo o en una nueva ubicación.

7.

(Opcional) Cree una plantilla de informe con la información que desee. Para guardar los ajustes delinforme actual en una plantilla, seleccione Template (Plantilla) > Save (Guardar) o Save As (Guardarcomo). Posteriormente, cargue la plantilla del informe la próxima vez que desee realizar un nuevo
informe.

Manual de usuario | 311

Capítulo 12 Análisis de expresión genética

312 | Software CFX Maestro Dx SE

Apéndice A Cálculos de análisis de datos
El Software CFX Maestro Dx, Security Edition calcula fórmulas automáticamente y muestra losresultados en las pestañas de Data Analysis (Análisis de datos). Este apéndice explica en detalle cómo el
CFX Maestro Dx SE calcula las fórmulas.

Eficiencia de la reacción
Las pruebas demuestran que utilizar una medición precisa de las eficiencias de cada cebador y grupo desondas le proporcionará resultados más precisos cuando analice datos de expresión genética. El valor
predeterminado de eficiencia utilizado en los cálculos de expresión genética es el 100 %. Para evaluar laeficiencia de reacción, genere una curva normalizada utilizando diluciones en serie de una muestra
representativa en un rango dinámico relevante y, a continuación, registre la eficiencia del análisis deexpresión genética posterior. Si su procesamiento incluye una curva normalizada, el software calcula
automáticamente la eficiencia y la muestra bajo la curva normalizada en la pestaña Quantification(Cuantificación) cuando se comprueba la Auto Efficiency (Autoeficiencia) en la pestaña Targets(Objetivos) en la ventana Experiment Settings (Ajustes del experimento).
La eficiencia (E) en las fórmulas de eficiencia se refiere a las “efficiencies” (eficiencias), según sedescribe en Pfaffl (2001) y Vandesompele et al. (2002). En estas publicaciones, una eficiencia de 2
(duplicación perfecta con cada ciclo) es equivalente a una eficiencia del 100 % en este software. Tiene laopción de convertir sus cálculos de eficiencia a los utilizados en el software, utilizando las siguientes
relaciones matemáticas:n

E = (% Eficiencia * 0,01) + 1n% Eficiencia = (E – 1) * 100

Cantidad relativa
La fórmula de la cantidad relativa (ΔCq) para cualquier muestra (GOI) es:

Nota: Esta fórmula se utiliza para calcular la cantidad relativa cuando no hay ninguna muestra decontrol definida.
Donde:

Manual de usuario | 313

Apéndice A Cálculos de análisis de datosn

E = Eficiencia del cebador y el grupo de sondas. Esta eficiencia se calcula con la fórmula(% de eficiencia * 0,01) + 1, donde 100 % de eficiencia = 2nC q (min) = Cq medio para la muestra con la media Cq más baja para GOInC q (muestra) = Cq medio para la muestran

GOI = Gen de interés (un objetivo)

Cantidad relativa cuando un control está seleccionado
Cuando se asigna una muestra o un grupo biológico de control, entonces la cantidad relativa (RQ) para
cualquier muestra con un gen de interés (GOI) se calcula con la siguiente fórmula:

Donde:n

E = Eficiencia del cebador y el grupo de sondas. Esta eficiencia se calcula con la fórmula(% eficiencia * 0.01) + 1, donde 100 % de eficiencia = 2nCq (control) = Cq promedio para la muestra de controln

Cq (muestra) = Cq medio para cualquier muestra con un gen de interés (GOI)n

GOI = Gen de interés (un objetivo)

Desviación estándar de cantidad relativa
Importante: Este cálculo solo es aplicable cuando se configura Analyze Using (Analizar utilizando)
como Samples Only (Solo muestras), Sample Biological Group (Grupo biológico de muestras) o
Biological Group Sample (Muestra del grupo biológico).
La fórmula de la desviación estándar de la cantidad relativa es:

Donde:n

SD de cantidad relativa = Desviación estándar de la cantidad relativan

SD CqGOI muestra = Desviación estándar del Cq de la muestra (GOI)n

Cantidad relativa = Cantidad relativa de la muestran

E = Eficiencia del cebador y el grupo de sondas. Esta eficiencia se calcula con la fórmula(% eficiencia * 0.01) + 1, donde 100 % de eficiencia = 2

314 | Software CFX Maestro Dx SE

Eficiencia corregida Cq (CqE)n

GOI = Gen de interés (un objetivo)

Eficiencia corregida Cq (CqE)
La fórmula de eficiencia corregida Cq es:

Donde:n

E = Eficiencia

Cq de eficiencia corregida media (MCqE)
La fórmula para Cq de eficiencia corregida media es:

Donde:n

CqE = Cq de eficiencia corregidann = número de repeticiones

Manual de usuario | 315

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

Expresión normalizada
Expresión normalizada (ΔΔCq) es la cantidad relativa de su objetivo (gen) normalizado a las cantidadesde los objetivos de referencia (genes o secuencias) en su sistema biológico. Para seleccionar losobjetivos de referencia, abra la ventana Experiment Settings (Ajustes del experimento) y haga clic en lacolumna de referencia para cada objetivo que sirva como gen de referencia.
La fórmula para la expresión normalizada, que utiliza el cálculo de cantidad relativa (RQ) calculada, es:

Donde:n

RQ = Cantidad relativa de una muestran

Ref = Objetivo de referencia en una ejecución que incluye uno o más objetivos de referencia de cadamuestran

GOI = Gen de interés (un objetivo)

En el supuesto caso de que los objetivos de referencia no cambien su nivel de expresión en su sistema
biológico, el cálculo de la expresión normalizada constituirá las diferencias de carga o variaciones en elnúmero de células que se representan en cada una de sus muestras.

316 | Software CFX Maestro Dx SE

Expresión normalizada cuando un control está seleccionado

Expresión y cantidad relativa para grupos biológicos
Cuando Analyze Using (Analizar utilizando) se configura como Biological Groups Only (Solo grupos
biológicos), el software muestra la expresión media (expresión normalizada o cantidad relativa,
dependiendo de la selección del modo) de las muestras dentro del grupo biológico. Dado que laexpresión tiene una distribución logarítmica normal, la media de la expresión se obtiene utilizando la
media geométrica:

Donde:
nExp1, Exp2, Expn = Cantidad relativa o expresión normalizada de las muestras en el grupo biológico

nn = Número de muestras en el grupo biológico

Expresión normalizada cuando un control está seleccionado
Cuando selecciona una muestra de control en la ventana Experiment Settings (Ajustes del experimento),
el software establece el nivel de expresión de la muestra de control en 1. En esta situación, el software
normaliza las cantidades relativas de todos los objetivos (genes) a la cantidad de control (un valor de 1).
La expresión normalizada es equivalente al análisis de la expresión normalizada sin escalar cuando seselecciona un control.
Nota: Esto también se conoce como expresión normalizada relativa (RNE) y cambio doble.

Manual de usuario | 317

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

Desviación estándar de la expresión normalizada
Reajustar el valor de la expresión normalizada se consigue dividiendo la desviación estándar de laexpresión normalizada entre el valor de la expresión normalizada para los niveles de expresión individual
más altos o más bajos, dependido de la opción de reajuste que seleccione. La fórmula de la desviación
estándar (DE) del factor de normalización es la siguiente:

Donde:n

RQ = Cantidad relativa de una muestran

SD = Desviación estándar

n

NF = Factor de normalizaciónn

Ref = Objetivo de referenciann = Número de objetivos de referencia

Cuando se asigna una muestra de control, no necesita realizar esta función de reajuste en la desviación
estándar, según se muestra en la siguiente fórmula:

Donde:nNE = Expresión normalizadan

RQ = Cantidad relativa de una muestran

SD = Desviación estándar

n

GOI = Gen de interés (un objetivo)

318 | Software CFX Maestro Dx SE

Expresión normalizada ajustada al nivel de expresión más alto de la escala

Expresión normalizada ajustada al nivel de expresión más
alto de la escala
Cuando el procesamiento no incluye controles, escale la expresión normalizada (NE) de cada objetivo(gen) dividiendo el nivel de expresión de cada muestra entre el nivel superior de expresión en todas lasmuestras. El software establece el nivel más alto de expresión a un valor de 1 y vuelve a ajustar la escalade todos los niveles de expresión de muestras. La fórmula para el ajuste de escala más alta es lasiguiente:

Donde:n

GOI = Gen de interés (objetivo)

Expresión normalizada escalada al nivel de la expresión más
bajo
Cuando la serie no incluye controles, escale la expresión normalizada (NE) para cada objetivo (gen)dividiendo el nivel de expresión de cada muestra por el nivel de expresión más bajo de todas lasmuestras. El software establece el nivel de expresión más bajo a un valor de 1 y vuelve a escalar losniveles de expresión de todas las muestras. La fórmula para el escalamiento más bajo es la siguiente:

Donde:n

GOI = Gen de interés (objetivo)

Expresión normalizada escalada al nivel de la expresión
media
Cuando la serie no incluye controles, escale la expresión normalizada (NE) para cada objetivo (gen)dividiendo el nivel de expresión de cada muestra por la media geométrica del nivel de expresión de todas
las muestras. El software establece el nivel de expresión promedio a un valor de 1 y vuelve a escalar losniveles de expresión de todas las muestras. La fórmula para el escalado de media es la siguiente:

Manual de usuario | 319

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

Donde:n

GOI = Gen de interés (objetivo)n

GM = media geométrica de la expresión normalizada para todas las muestras

320 | Software CFX Maestro Dx SE

Desviación estándar de la expresión normalizada escalada

Desviación estándar de la expresión normalizada escalada
Volver a escalar el valor de la expresión normalizada (NE) escalada se consigue dividiendo la desviación
estándar (DE) de la expresión normalizada entre el valor de la expresión normalizada para el nivel deexpresión más alto (MAX) o más bajo (MIN), dependido de la opción de escalado que seleccione.
Nota: Cuando se asigna una muestra de control, no necesita realizar esta función de volver aescalar en la desviación estándar.
El cálculo de esta fórmula es el siguiente:

Donde:nNE = Expresión normalizadanSD = Desviación estándar

n

GOI = Gen de interés (objetivo)n

MAX = Nivel de expresión más alton

MIN = Nivel de expresión más bajo

Manual de usuario | 321

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

Barras de error para desviación estándar(lg) y error estándar
de la media(lg)Además de su uso en intervalos de confianza, las barras de error pueden mostrarse para grupos
biológicos en base a la desviación estándar o error estándar de la media del log2 de la expresión. Las
barras de error se calculan de la siguiente manera:
Barra de error RQ inferior = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) o 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)Barra de error RQ superior = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) o 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)
Donde:n

RQ(lg) = log2 de la cantidad relativa para el grupo biológicon

SD RQ(lg) = desviación estándar de la cantidad relativa (log2)n

SEM RQ(lg) = error estándar de la media de la cantidad relativa (log2)

Barra de error inferior exp. = 2Exp.(lg)-SD Exp.(lg) o 2Exp.(lg)-SEM Exp.(lg)Barra de error superior exp. = 2Exp.(lg)+SD Exp.(lg) o 2Exp.(lg)+SEM Exp.(lg)Donde:
nExp.(lg) = log2 de la expresión (expresión normalizada) para el grupo biológicon

SD RQ(lg) = desviación estándar de la expresión (log2)n

SEM RQ(lg) = error estándar de la media de la expresión (log2)

322 | Software CFX Maestro Dx SE

Cambio doble

Cambio doble
El cambio doble es una medida del aumento o disminución en la expresión de un objetivo para una
muestra experimental en comparación con una muestra de control o con un grupo biológico, y se
determina de la siguiente manera:
Si expresión (experimental) > expresión (control):Si expresión (experimental) < expresión (control):

Nota: En Graphing (Gráficos), la expresión se basa o en la cantidad relativa o en la expresión
normalizada, dependiendo del modo seleccionado (consulte Gráficos en la página 281). Sin
embargo, para el Scatter Plot (Diagrama de dispersión) y el Clustergram (Clustergrama), el cambio
doble se calcula siempre a partir de la expresión normalizada.

Manual de usuario | 323

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

Fórmulas de valor corregido
Importante: Estos cálculos solo son aplicables cuando Analyze Using (Analizar utilizando) está
configurado como Samples Only (Solo muestras), Sample Biological Group (Grupo biológico demuestra) o Biological Group Sample (Muestra de grupo biológico).
Una diferencia entre valores corregidos y valores no corregidos se ve solo si se crea una curva
normalizada como parte de la ejecución de PCR en tiempo real. El software usa tres ecuaciones para
determinar la propagación del error:nStandard Error (Error estándar)nStandard Error for Normalized Expression (Error estándar para expresión normalizada)nStandard Error for the Normalized Gene of Interest (target) (Error estándar para el gen de interésnormalizado (objetivo))

La fórmula para el error estándar es la siguiente:

Donde:
nn = Número de objetivos de referencia (genes)n

SD = Desviación estándar

El error estándar para el factor de normalización en la fórmula de expresión normalizada es el siguiente:

Donde:
nn = Número de objetivos de referencianSE = Error estándar

n

NF = Factor de normalizaciónn

RQ = Cantidad relativa

El error estándar para la fórmula del gen de interés normalizado (GOI) es el siguiente:

Donde:nSE = Error estándar

324 | Software CFX Maestro Dx SE

Cálculo del intervalo de confianza para análisis de grupos biológicosn

GOI = Gen de interés (un objetivo)n

NF = Factor de normalizaciónnn = Número de objetivos de referencia

Cálculo del intervalo de confianza para análisis de grupos
biológicos
Al realizar un análisis de grupo biológico (Analyze Using (Analizar utilizando) está configurado como
Biological Groups Only (Solo grupos biológicos)), los intervalos de confianza de calculan para cantidad
relativa y expresión normalizada relativa.
Los intervalos de confianza se calculan en escala logarítmica en base a la distribución t usando lasiguiente fórmula:

Donde:n= Expresión media de los niveles de expresión en escala logarítmica de las muestras en el grupo
biológicon

SD = Desviación estándar de los niveles de expresión en escala logarítmica de las muestras en el
grupo biológico

nn = Número de muestras en el grupo biológico

nt = Se obtiene de la distribución t en base a los grados de libertad y el nivel alfa
Nota: El nivel alfa puede establecerse usando el campo del umbral del valor de P en la pestaña
Graphing (Gráficos).

Después de calcular los intervalos de confianza, estos se convierten a escala lineal y se presentan en latabla de datos de expresión genética y en el gráfico de barras de la pestaña Graphing (Gráficos).

Cálculos del gráfico de cuadros y márgenes
El gráfico de cuadros y márgenes muestra la distribución de los valores de expresión en un grupo
biológico trazando los datos en una gráfica como cuartiles. El primer y el tercer cuartil vienen
representados por el límite inferior y el límite superior del cuadro, respectivamente. La media se muestracomo una línea sólida a través del cuadro. Los márgenes representan los valores mínimo y máximo no

Manual de usuario | 325

Apéndice A Cálculos de análisis de datos

atípicos del conjunto de datos. Los valores atípicos son valores que exceden el primer cuartil y el tercer
cuartil por 1,5 veces el rango entre cuartiles.
Nota: Si solo hay una muestra en el grupo biológico, aparece como un único círculo, indicando unúnico punto de datos.
El siguiente gráfico de cuadros y márgenes ilustra cómo se representan estos datos.

LEYENDA
1.

Valor atípico. Este valor atípico es > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Nota: Coloque el cursor sobre el círculo para que aparezca información sobre el nombre
de muestra y la cantidad relativa o expresión normalizada, dependiendo del modo que sehaya seleccionado.

2.

Límite máximo no atípico

3.

Superior/tercer cuartil (Q3). El 75 % de los valores de expresión son menores que Q3.

4.

Media, o valor más cercano a la meda, de los valores de expresión clasificados por rango

5.

Inferior/primer cuartil (Q1). El 25 % de los valores de expresión son menores que Q1.

6.

Límite mínimo no atípico

7.

Valor atípico. Este valor atípico es < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

326 | Software CFX Maestro Dx SE

Apéndice B Registros de auditoría
El Software CFX Maestro Dx, Security Edition crea registros de auditoría de datos y archivos de estudios
genéticos (archivos .prcd y .mgxd respectivamente). Cualquier cambio o acción realizada en datos yarchivos de estudios genéticos protegidos queda registrada en el registro de auditoría del archivo cuando
este se guarda. El CFX Maestro Dx SE crea un registro de auditoría independiente para cada archivo.
Puede seleccionar File (Archivo) > Save As (Guardar como) y guardar datos y archivos de estudios
genéticos protegidos firmados o sin firmar en otra carpeta o con otro nombre. El nuevo archivo hereda elregistro de auditoría del archivo original. El registro de auditoría del nuevo archivo también incluye laactividad Save As (Guardar como). Los cambios o las acciones realizadas en el nuevo archivo se
registran en su propio registro de auditoría. El archivo original conserva su registro de auditoría, en el quese registra cualquier actividad que se realice posteriormente.
En Eventos auditables en la página 329 se indican los eventos auditables que registra el software.

Visualizar registros de auditoría
Cada registro de auditoría muestra la siguiente información:nDetalles del encabezado de auditoríaoFile version (Versión del archivo): la versión guardada del archivo.

oDate (Fecha): la fecha del evento auditable actualoUser (Usuario): el dominio de Windows y el nombre de usuario del usuario que ha iniciado
sesión.

oComment (Comentario): el último comentario guardado.

o

Signature (Firma): la firma electrónica de la última persona que firmó el archivo.

o

Signature reason (Motivo de la firma): el motivo de la firma.

oApplication (Aplicación): CFX Maestro Dx SE.

oApplication version (Versión de la aplicación): la versión actual de CFX Maestro Dx SE.

oFull user (Usuario completo): el nombre completo del usuario que ha iniciado sesión.

oMachine (Equipo): el ordenador en el que está instalado el CFX Maestro Dx SE.

Manual de usuario | 327

Apéndice B Registros de auditoríanDetalles del cambio de auditoríaoObject (Objeto): el elemento que se ha cambiado (el elemento auditado).

o

Old value (Valor anterior): el valor previo.

o

New value (Nuevo valor): el nuevo valor.

oDescription (Descripción): la descripción del cambio.

Para ver el registro de auditoríau

En los archivos de datos o de estudios genéticos abiertos, seleccione View (Ver) > Audit Trail(Registro de auditoría). Aparece el registro de auditoría del archivo.

De forma predeterminada, los datos se ordenan por fecha y hora, y todos los eventos aparecen en lavista expandida. Puede filtrar la vista por nombre de usuario y objeto, y contraer la vista expandida
para ordenar fácilmente por cualquier campo de encabezado. También puede ver el registro deauditoría como informe html.

Para ordenar por nombre de usuariouSeleccione el usuario que desee en la lista desplegable User Name (Nombre de usuario).

Para ordenar por objetou

Seleccione el objetivo en la lista desplegable Object (Objeto).

Para ocultar la descripción completa de los eventosuHaga clic en Collapse All (Contraer todo).

328 | Software CFX Maestro Dx SE

Eventos auditables

Para ordenar los datos en la tabla de detalles de cambiosuHaga clic en el símbolo de diamante del encabezado de la columna de datos para ordenar de forma
ascendente (de la A a la Z, del número más pequeño al más grande o el más antiguo al másreciente).

Para imprimir el registro de auditoría
1.

Haga clic en HTML Report (Informe HTML) para mostrar el registro de auditoría en un navegador
web.

2.

En la ventana del navegador, realice una de las siguientes acciones:n

Seleccione File (Archivo) > Print (Imprimir).

nHaga clic con el botón derecho en el informe y seleccione Print (Imprimir).

Eventos auditables
El CFX Maestro Dx SE registra los siguientes eventos auditables de datos y archivos de estudios
genéticos.

Eventos auditables durante una ejecuciónn

Run Start Time (Hora de inicio de ejecución)n

Modificaciones en Run Time Plate (Placa de tiempo de ejecución)n

Modificaciones en Run Time Protocol (Protocolo de tiempo de ejecución)n

Run End Time (Hora de finalización de ejecución)

Eventos auditables cuando se crea un archivo de datosnCreación de un archivo de datosnInterpolated Plate Reads (Lecturas de placa interpoladas) añadidas por el sistema

Eventos auditables cuando se guarda un archivo de datosnGeneraloName (Nombre)oSigning (Firma)oPlate Setup (Configuración de placa)oDisplay Wells (Mostrar pocillos)oAnalyzed fluorophores (Fluorocromos analizados)

Manual de usuario | 329

Apéndice B Registros de auditoría

n

n

n

n

n

o

Modificaciones en Plate (Placa)oModo Analysis (Análisis)o

PCR Active Well Group (Grupo de pocillos activos de PCR)

Pestaña Quantification (Cuantificación)oPaso activooSettings (Ajustes) — Modo Cq Determination (Determinación de Cq)oSettings (Ajustes) — Baseline Setting (Ajustes de referencia)oDrift correction applied (Corrección de desviación aplicada)oSettings (Ajustes) — Cycles to Analyze (Ciclos a analizar)oSettings (Ajustes) — Modo Analysis (Análisis)oSettings (Ajustes) — Baseline Threshold (Umbral de referencia)

Pestaña Melt Curve (Curva de fusión)oPaso activooPeak type displayed (Tipo de pico mostrado)oPeak analysis threshold (Umbral de análisis de pico)

Pestaña End Point (Punto final)oActive fluorophore/target (Fluorocromo/objetivo activo)o

End cycles to average (Ciclos finales para media)oTolerance calculation method (Método de cálculo de tolerancia)oPercentage of range (Porcentaje de rango)

Pestaña Allelic Discrimination (Discriminación alélica)o

X- and Y-axis fluorophore (Fluorocromo de los ejes X e Y)o

Select cycle number (Seleccionar número de ciclo)oView call map (Ver mapa de llamadas)

Pestaña Gene Expression (Expresión genética) — All plots (Todos los gráficos)oExperiment Settings (Ajustes del experimento) — Reference target (Objetivo de referencia)oExperiment Settings (Ajustes del experimento) — Control sample (Muestra de control)

330 | Software CFX Maestro Dx SE

Eventos auditables

n

n

n

n

o

Experiment Settings (Ajustes del experimento) — Auto efficiency (Eficiencia automática)oExperiment Settings (Ajustes del experimento) — Efficiency (Eficiencia)

Pestaña Gene Expression (Expresión genética) — Graphing (Gráfica)oModo Analysis (Análisis)oGraph data (Datos de gráfico)oX-axis (Eje X)oY-axis (Eje Y)oScaling option (Opción de escala)oError bar (Barra de error)oError bar multiplier (Multiplicador de barra de error)oP-value threshold (Umbral del valor de P)

Pestaña Gene Expression (Expresión genética) — Clustergram (Clustergrama)oCluster By (Agrupar por)oSplit out replicates (Repeticiones divididas)

Pestaña Gene Expression (Expresión genética) — Scatter Plot (Diagrama de dispersión)oControl biological group (Grupo biológico de control)oExperimental biological group (Grupo biológico experimental)oFold change threshold (Umbral de cambio doble)

Pestaña Gene Expression (Expresión genética) — ANOVAonP-value threshold (Umbral del valor de P)

Plate Setup (Configuración de placa) — View/Edit Plate (Ver/Editar placa)oSettings (Ajustes) — Plate Type (Tipo de placa)oSettings (Ajustes) — Units (Unidades)oEditing Tools (Herramientas de edición) — Flip Plate (Girar placa)oWell groups (Grupos de pocillos)oPlate fluorophores (Fluorocromos de placa)

Manual de usuario | 331

Apéndice B Registros de auditoríanPlate Setup (Configuración de placa) — Replace Plate File (Sustituir archivo de placa) y Apply
PrimePCR File (Aplicar archivo de PrimePCR)oPlate Setup Import (Importación de configuración de placa)

Cambios de auditoría para archivos de estudios genéticos
GeneralnName (Nombre)nPestaña Study Setup (Configuración del estudio)onAdd/Remove data files (Añadir/Eliminar archivos de datos)

Pestaña Study Analysis (Análisis del estudio)

332 | Software CFX Maestro Dx SE

Apéndice C Integración de LIMS
Puede configurar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition para su uso con un sistema de gestión deinformación de laboratorio (LIMS). Para la integración de LIMS, el CFX Maestro Dx SE requiere
información de configuración de la placa generada por la plataforma de LIMS (un archivo de LIMS, *.plrn),
un archivo de protocolo creado utilizando el CFX Maestro Dx SE (*.prcl), una ubicación de exportación dedatos definida y un formato de exportación definido.
Una vez finalizada la ejecución, el CFX Maestro Dx SE genera un archivo de datos (.pcrd) y lo guarda en
una ubicación de carpeta de exportación de datos definida. El CFX Maestro Dx SE también puede crear
un archivo de datos compatible con LIMS en formato .csv y guardarlo en la misma ubicación.

Crear archivos de datos compatibles con LIMS
Este apéndice explica cómo configurar el CFX Maestro Dx SE para crear, guardar y exportar archivos dedatos compatibles con LIMS.

Configurar las opciones de la carpeta LIMS y la exportación dedatos
De forma predeterminada, el CFX Maestro Dx SE guarda los protocolos, los archivos y los archivos deexportación de datos de LIMS en esta carpeta:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMS
Puede configurar el CFX Maestro Dx SE para guardar los archivos en otra carpeta, y puede modificar las
opciones de exportación para los datos de LIMS.

Para establecer una carpeta de LIMS y opciones de exportación de datos
1.

En la ventana Home (Inicio), seleccione Tools (Herramientas) > Options (Opciones).

2.

En el cuadro de diálogo Options (Opciones), seleccione Data Export Settings (Ajustes deexportación de datos).

Manual de usuario | 333

Apéndice C Integración de LIMS

3.

(Opcional) Seleccione Automatically export LIMS data at end of run (Exportar datos de LIMS
automáticamente al final de la ejecución).
El software exportará automáticamente los datos LIMS después de cada ejecución a la ubicación
especificada.

4.

Para cambiar las opciones de exportación de los datos de LIMS, haga clic en LIMS Data Export
Settings (Ajustes de exportación de datos LIMS).
Importante: Únicamente los datos de LIMS exportados a un archivo .csv pueden volver aimportarse al CFX Maestro Dx SE.

5.

En el cuadro de diálogo LIMS Data Export Format Settings (Ajustes de formato de exportación dedatos LIMS), seleccione las opciones de exportación requeridas y haga clic en OK (Aceptar).

6.

En el cuadro de diálogo Options (Opciones), explore y seleccione una carpeta por defecto en la quequiera guardar los archivos de datos de LIMS. Puede seleccionar una ubicación diferente para cadatipo de archivo:nProtocol (Protocolo)n

LIMS file (Archivo de LIMS)

334 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear archivos de datos compatibles con LIMSn7.

Data Export (Exportación de datos)

Haga clic en Ok (Aceptar) para guardar los cambios y cerrar el cuadro de diálogo Options(Opciones).

Crear un protocolo de LIMS
Para iniciar una ejecución de LIMS, cree un archivo de protocolo (*.prcl) del CFX Maestro Dx SE yguárdelo en la ubicación designada de la carpeta del protocolo de LIMS.
Consulte el Capítulo 7, Crear protocolos para obtener más información.

Crear un archivo LIMS
Un archivo LIMS (*.plrn) contiene los mismos detalles de configuración de placa y nombre de archivo delprotocolo. Este archivo se genera por su LIMS interno. El CFX Maestro Dx SE usa el archivo LIMS paracrear un archivo de placa y usarlo con un archivo de protocolo.
El CFX Maestro Dx SE proporciona archivos de plantilla de importación de placas que puede editar paracrear archivos de placas LIMS personalizados.
Consejo: Esta tarea la debe realizar un especialista en LIMS.

Para crear un archivo LIMS
1.

En la ventana Home (Inicio), seleccione View (Ver) > Show (Mostrar) > LIMS File Folder (Carpeta dearchivos LIMS).

2.

Abra la carpeta LIMS Templates (Plantillas de LIMS) y seleccione un archivo .csv para importarlo asu LIMS interno.

3.

Modifique el archivo de plantilla rellenando los campos requeridos enumerados en la Tabla 38.

4.

Realice una de las siguientes acciones:n

Para guardar los cambios y utilizarlos en el futuro, guarde el archivo como un archivo .csv.

nPara guardar los cambios y usar el archivo inmediatamente, guarde el archivo con la extensión.plrn.

n

Guarde la plantilla con la extensión de nombre de archivo .plrn en la carpeta LIMS File (Archivode LIMS).

Importante: El CFX Maestro Dx SE solo puede abrir el archivo .plrn. Debe guardar el archivo.csv como .plrn para iniciar la ejecución de LIMS.

Manual de usuario | 335

Apéndice C Integración de LIMS

Tabla 38. Definición de los contenidos del archivo de LIMS .csv

ColumnaA

Fila

Descripción

Contenido

Propósito

1

Plate Header

No editar

Predefinido

No editar

Predefinido(Encabezado deplacas)
A,B,C

2

Field (Campo)/Data(Datos)/Instruction(Instrucción)

B

3

Version (Versión)

No editar

Predefinido

B

4

Plate Size (Tamaño

No editar

Predefinido

Plate Type (Tipo deIntroduzca BR White (BRRequerido

placa)

blanco), BR Clear (BRde la placa)B5claro) u otro tipo de placa
calibrada
B

6

Scan Mode (Modo deIntroduzca SYBR/FAM

análisis)Only: (Solo SYBR/FAM:),

Requerido

All Channels (Todos loscanales) o FRETB

7

Units (Unidades)

Introduzca una de lassiguientes palabras: copy
number (copiar número),fold dilution (dilución degrado), micromoles,
nanomoles, picomoles,
femtomoles, attomoles,
milligrams (miligramos),
micrograms(microgramos),
nanograms (nanogramos),picograms (picogramos),
femtograms(femtogramos), attograms(attogramos) o percent(porcentaje)

336 | Software CFX Maestro Dx SE

Requerido

Crear archivos de datos compatibles con LIMS

Tabla 38. Definición de los contenidos del archivo de LIMS .csv, continuación

ColumnaB

Fila

Descripción

Contenido

Propósito

8

Run ID (ID deIntroduzca una

Opcional

ejecución)

descripción breve o código
de barras para identificar
esta ejecución (30caracteres máximo, no sepermite utilizar comas)

B

9

Run Notes (Notas deIntroduzca una

ejecución)

descripción de laOpcional

ejecución
B

10

Run Protocol

Introduzca el nombre del(Protocolo dearchivo del protocolo

ejecución)

exactamente como se

Requerido

enumera.
A

A

11

12-15

Data File (Archivo deIntroduzca el nombre deldatos)

archivo de datos

Opcional

TBD/Empty

No editar

Predefinido

No editar

Predefinido

No editar

Predefinido

Ch1 Dye (Tinte Ch1),Introduzca un nombre deRequerido

Ch2 Dye (Tinte Ch2),

tinte calibrado (porCh3 Dye (Tinte Ch3),

ejemplo, FAM) para cada

Ch4 Dye (Tinte Ch4),

canal (Ch) que se utiliza.

(TBD/Vacío)A

16

Plate Data (Datos deplaca)

A

17-113Well Position(Posición de pocillo)

B-G

Ch5 Dye (Tinte Ch5),FRET

Manual de usuario | 337

Apéndice C Integración de LIMS

Tabla 38. Definición de los contenidos del archivo de LIMS .csv, continuación

ColumnaFila

H

Descripción

Contenido

Propósito

Sample Type (Tipo deIntroduzca uno de losRequerido

muestra)siguientes tipos demuestras Unknown(Desconocido), Standard(Estándar), Positive
Control (Control positivo),
Negative Control (Control
negativo), NTC o NRT

I

J-O

Sample Name

Introduzca el nombre de la(Nombre de muestra)

muestraCH1 Target (Objetivo

Introduzca el nombre deCH1), CH2 Target

objetivo de cada canal(Objetivo CH2), CH3(CH) utilizado

Opcional

Opcional

Target (Objetivo CH3),
CH4 Target (Objetivo
CH4), CH5 Target(Objetivo CH5), FRET
Target (Objetivo
FRET)
P

Collection Name

Introduzca el nombre del(Nombre degrupo biológico

Opcional

recolección)
Q

Replicate (Repetición)

Introduzca un número
entero positivo para cadagrupo de repeticiones. El
valor no puede ser cero.

338 | Software CFX Maestro Dx SE

OpcionalCrear archivos de datos compatibles con LIMS

Tabla 38. Definición de los contenidos del archivo de LIMS .csv, continuación

Columna
R-W

Fila

Descripción

Contenido

Propósito

CH1 Quantity

Introduzca los valores deRequerido para

(Cantidad CH1), CH2cantidad para cualquiertodas lasQuantity (Cantidad

norma. Introduzca lanormasCH2), CH3 Quantity

concentración en forma(Cantidad CH3), CH4

decimal.

Quantity (Cantidad
CH4), CH5 Quantity(Cantidad CH5),
FRET Quantity(Cantidad FRET)

Manual de usuario | 339

Apéndice C Integración de LIMS

Tabla 38. Definición de los contenidos del archivo de LIMS .csv, continuación

Columna

Fila

X

Descripción

Contenido

Propósito

Well Note (Nota deIntroduzca una nota deOpcional

pocillo)pocillo (20 caracteresmáximo)Nota: A pesar de que
el CFX Maestro Dx
SE tiene un límite de
20 caracteres cuando
se introducen notas
en el campo Well
Note (Nota de pocillo)
mediante el software,el campo Well Note
(Nota de pocillo)
puede contar con
hasta 500 caracteressi se incluye en unarchivo .plrn
importado. No
obstante, el
CFX Maestro Dx SE
mostrará solo losprimeros 20
caracteres. El archivo.pcrd exportado
contendrá todos los
caracteres en elcampo Well Note
(Nota de pocillo); nose perderán datos.

340 | Software CFX Maestro Dx SE

Crear archivos de datos compatibles con LIMS

Tabla 38. Definición de los contenidos del archivo de LIMS .csv, continuación

Columna
Y-AD

Fila

Descripción

Contenido

Propósito

Ch1 Well Color (Color

Introduzca cualquier color

Opcional

de pocillo Ch1), Ch2

de estilo de trazo definido

Well Color (Color depor el usuario en un

pocillo Ch2), Ch3 Wellformato decimal deColor (Color de pocillo

número entero (argb) deCh3), Ch4 Well Color

32 bits.

(Color de pocillo Ch4),
Ch5 Well Color (Colorde pocillo Ch5), FRET
Well Color (Color depocillo FRET)

Iniciar una ejecución de LIMS
Para iniciar una ejecución de LIMS
1.

Realice una de las siguientes acciones para abrir un archivo de LIMS .plrn:n

En la ventana Home (Inicio), seleccione View (Ver) > Show (Mostrar) > LIMS File Folder(Carpeta de archivos de LIMS) y abra el archivo .plrn que desee.

n

En la ventana Home (Inicio), seleccione File (Archivo) > Open (Abrir) > LIMS File (Archivo deLIMS) y abra el archivo .plrn que desee.

El archivo se abre en la pestaña Start Run (Iniciar ejecución) en el asistente de configuración deejecuciones. La pestaña Start Run (Iniciar ejecución) muestra información sobre el experimento aejecutar. También muestra el bloque o bloques del instrumento conectado en el que puede hacer unexperimento.
2.

En la pestaña Start Run (Iniciar ejecución), seleccione un instrumento y haga clic en Start Run(Iniciar ejecución).

Manual de usuario | 341

Apéndice C Integración de LIMS

Exportar datos a un LIMS
Cuando se completa la ejecución, el CFX Maestro Dx SE se genera un archivo de datos (.pcrd) y que se
guarda en la ubicación de la carpeta de exportación de datos definida.

Para exportar el archivo de datos a un LIMSu

Abra el archivo .pcrd y seleccione Export (Exportar) > Export to LIMS (Exportar a la carpeta deLIMS).

Consejo: Si selecciona Automatically Export Data after Run in LIMS Options (Exportar datos
automáticamente después de procesar las opciones de LIMS), el CFX Maestro Dx SE crea unarchivo de datos compatible con LIMS en formato .csv y que se guarda en la misma carpeta.

342 | Software CFX Maestro Dx SE

Apéndice D Resolución de problemas del Software
CFX Maestro Dx, Security Edition
Este apéndice proporciona sugerencias para solucionar problemas que puede encontrar al actualizar oejecutar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition .

Archivos y carpetas de la lista blanca del Software
CFX Maestro Dx, Security Edition
Para protegerse contra virus y malware, su departamento de TI puede haber implementado medidas deseguridad de software muy estrictas. Estas medidas pueden afectar negativamente al tiempo deactualización o ejecución del CFX Maestro Dx SE.
Para mejorar el rendimiento del CFX Maestro Dx SE, Bio-Rad recomienda que su departamento de TI
incluya en la lista blanca los siguientes archivos y carpetas de ajustes del Firewall en el software antivirus
instalado en el ordenador del CFX Maestro Dx SE:

CarpetasnC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Archivosn

Todos los archivos .exe ubicados en la carpeta C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe y Rscript.exe (ubicados en la carpeta C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Manual de usuario | 343

Apéndice D Resolución de problemas del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

Registro de aplicación
Antes de empezar una nueva ejecución, el sistema CFX Opus Dx inicia una prueba de autodiagnósticopara comprobar que funcionan según las especificaciones. El software registra los resultados de esta
prueba en el archivo de registro de aplicación (Application Log) y el archivo de registro de ejecución (RunLog). Si detecta un problema en uno o más experimentos, abra los registros de aplicación y ejecución
para saber cuándo empezó el problema.
CFX Maestro Dx SE Dx rastrea información sobre el estado de un instrumento durante una ejecución enel Application Log (Registro de aplicación). Use estos registros para rastrear eventos que ocurren en losinstrumentos y en el software, y para solucionar problemas.

Para abrir el Application Log (Registro de aplicación)u

En la ventana Home (Inicio), seleccione View (Ver) > Application Log (Registro de aplicación).

Para ver el Application Log (Registro de la aplicación) como un archivo HTML, haga clic en el botón
HTML Report (Informe HTML).

344 | Software CFX Maestro Dx SE

Resolución de problemas

Recuperar archivos de registro de aplicaciones y firmware
Los registros de la aplicación y el firmware contienen información que detalla las acciones realizadas
durante el uso del software y el rendimiento de las ejecuciones. Estos registros también almacenan
cualquier error de software o firmware que se produzca durante el funcionamiento del software oinstrumento.

Para acceder a los archivos de registro de la aplicación y el firmware:
1.

En el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados), haga clic con el botón derecho en el
instrumento.

2.

Seleccione Retrieve Log Files (Recuperar archivos de registro).

3.

En el cuadro de diálogo Browse for Folder (Buscar carpeta), seleccione la carpeta de destino en su
red o una unidad local en la que desee guardar los archivos de registro.
Nota: La carpeta se titula Logs (Registros).

4.

Haga clic en OK (Aceptar) para guardar los archivos.
Importante: Si guarda un archivo de registro con el mismo nombre de archivo que un archivode registro existente, se sobrescribirá el archivo de registro existente.

Resolución de problemas
Normalmente, los problemas de comunicación del software y el instrumento se pueden resolver
reiniciando el ordenador y el sistema. Asegúrese de guardar cualquier trabajo en curso antes de reiniciar.
Nota: Verifique que su ordenador tiene suficiente memoria RAM y espacio libre en el disco duro. La
memoria RAM mínima es de 4 GB y el espacio de disco duro mínimo es de 128 GB.

Corte del suministro eléctrico
En un corte del suministro eléctrico, el instrumento y el ordenador se apagarán. Si el corte del suministro
eléctrico es breve, el instrumento continuará ejecutando un protocolo pero el registro de aplicaciones
anotará el corte del suministro eléctrico. Dependiendo de los ajustes del ordenador y el tiempo del cortedel suministro eléctrico, el instrumento y del software tratarán de continuar con la ejecución dependiendodel paso del protocolo:n

Si el protocolo está en un paso sin lector de placas, el protocolo continúa la ejecución en cuanto el
instrumento recupera el suministro eléctrico.

n

Si el protocolo está en un paso con un lector de placas, el instrumento espera a que el software se
reinicie y reanude la comunicación para recoger los datos. En esta situación, el protocolo continúa

Manual de usuario | 345

Apéndice D Resolución de problemas del Software CFX Maestro Dx, Security Edition

solo si el ordenador no cierra el software. Cuando el ordenador y el software se inician de nuevo, el
protocolo continúa.

Transferir archivos al ordenador del CFX Maestro Dx SE
Puede transferir datos y archivos de registro guardados en el instrumento al disco duro del ordenador del
CFX Maestro Dx SE conectado.
Consejo: Todos los archivos de la carpeta en tiempo real de la base del instrumento se transfieren
al ordenador.
Nota: Desde los instrumentos CFX Opus Dx, solo se pueden transferir archivos de registro. Todoslos archivos de registro del instrumento se transfieren al ordenador.

Para recuperar archivos del instrumento.
1.

En el panel Detected Instruments (Instrumentos detectados) de ventana de Home (Inicio), haga clic
con el botón derecho en el instrumento objetivo y seleccione Retrieve Log Files.

2.

Seleccione una ubicación de carpeta para guardar los archivos recuperados.

3.

Haga clic en OK (Aceptar).

Instalar el Software CFX Maestro Dx, Security Edition
manualmente
Para instalar el CFX Maestro Dx SE manualmente
1.

Si es necesario, desconecte todos los instrumentos del ordenador.
Localice y desconecte el cable USB del instrumento al ordenador del CFX Maestro Dx SE. El
extremo insertado en el instrumento puede permanecer conectado.

2.

Inicie sesión en el ordenador del CFX Maestro Dx SE con privilegios de administrador.

3.

Inserte la unidad USB del CFX Maestro Dx SE en el puerto USB del ordenador.

4.

En el navegador de Windows, abra la unidad USB del CFX Maestro Dx SE.

5.

Abra la carpeta CFX y haga doble clic en CFXMaestroDxSetup.exe para instalar el CFX Maestro Dx
SE.

6.

Siga las instrucciones de la pantalla para instalar el software.
Una vez finalizada, la pantalla de presentación del Software CFX Maestro Dx, Security Edition de
Bio-Rad aparece en la pantalla del ordenador y el icono del Software CFX Maestro Dx, Security
Edition de Bio-Rad aparece en el escritorio.

7.

Extraiga de forma segura la unidad USB del software e inicie el CFX Maestro Dx SE.

346 | Software CFX Maestro Dx SE

Resolución de problemas

Reinstalar los controladores
Para reinstalar los controladores del instrumentou

En la ventana Home (Inicio), seleccione Tools (Herramientas) > Reinstall Instrument Drivers(Reinstalar controladores del instrumento).

Nota: Si tiene problemas con el software a la hora de la comunicación con un sistema de PCR entiempo real después de reinstalar los controladores y comprobar la conexión USB, póngase en
contacto con el servicio técnico de Bio-Rad.

Manual de usuario | 347

Apéndice D Resolución de problemas del Software CFX Maestro Dx, Security Edition348 | Software CFX Maestro Dx SE

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Manual de usuario | 349

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

350 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author's

Manual de usuario | 351

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU352 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Manual de usuario | 353

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

354 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveonamediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andManual de usuario | 355

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the356 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:

Manual de usuario | 357

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
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through you, then the only way you could satisfy both it and this358 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

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Manual de usuario | 359

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
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360 | Software CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
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published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
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WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Manual de usuario | 361

Apéndice E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products362 | Software CFX Maestro Dx SE

Apéndice F Referencias
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

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Minpack Copyright Notice (1999) University of Chicago. Todos los derechos reservados.
La redistribución y el uso en forma fuente y/o binaria, con o sin modificaciones, están permitidos siempre
que se cumplan las siguientes condiciones:1.

Las redistribuciones de código fuente debe conservar el anterior aviso de copyright, esta lista decondiciones y el aviso legal que aparece a continuación.

2.

Las redistribuciones en forma binaria deben reproducir el anterior aviso de copyright, esta lista decondiciones y el aviso legal que aparece a continuación en la documentación o en otros materiales
que se proporcionen con la distribución.

3.

La documentación para el usuario final incluida con la redistribución, si existe, debe incluir elsiguiente reconocimiento:«Este producto incluye software desarrollado por la Universidad de Chicago, como operador delLaboratorio Nacional de Argonne».

Manual de usuario | 363

Apéndice F Referencias

364 | Software CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547

Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Francia
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Fax: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

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10000135645 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122