Analiza PCR w czasie rzeczywistym

Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Wersja instrukcji: Maj 2022
Wersja oprogramowania: 2.3

Podręcznik użytkownika
Wersja 2.3

Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja SecurityPodręcznik użytkownika
Wersja 2.3

Pomoc techniczna firmy Bio-Rad™
Dział pomocy technicznej firmy Bio-Rad w Stanach Zjednoczonych jest otwarty w dniach od poniedziałku dopiątku w godzinach od 5:00 do 17:00 czasu pacyficznego.
Numer telefonu: 1-800-424-6723, opcja 2
E-mail: Support@bio-rad.com (tylko dla Stanów Zjednoczonych/Kanady)W celu uzyskania pomocy technicznej klienci spoza Stanów Zjednoczonych i Kanady powinni skontaktowaćsię z lokalnym biurem wsparcia technicznego lub kliknąć link Contact us (Kontakt z nami) na stronie biorad.com.

Informacja prawna
Żadna część tej publikacji nie może być powielana ani przekazywana w żadnej postaci ani z wykorzystaniemżadnych środków, czy to elektronicznych czy mechanicznych, włączając fotokopie, nagrania i wszelkie
systemy przechowywania lub wyszukiwania informacji, bez pisemnej zgody firmy Bio-Rad Laboratories, Inc..
Firma Bio-Rad zastrzega sobie prawo do modyfikowania swoich produktów i usług w dowolnym czasie.
Niniejsza instrukcja może być zmieniona bez powiadomienia. Choć podczas opracowywania niniejszego
dokumentu starano się zachować dokładność, firma Bio-Rad nie przyjmuje odpowiedzialności za błędy czy
pominięcia ani za żadne szkody wynikające z zastosowania czy wykorzystania tych informacji.
BIO-RAD jest znakiem towarowym firmy Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR to znak towarowy firmy Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen to znak towarowy firmy Biotium, Inc.
Wszystkie użyte w tym dokumencie znaki towarowe są własnością ich odpowiednich właścicieli.
Prawa autorskie ©2022 należą do Bio-Rad Laboratories, Inc.. Wszelkie prawa zastrzeżone.

Przeznaczenie

Przeznaczenie
Aparat System CFX Opus Dx do analiz PCR w czasie rzeczywistymTM z produktem Oprogramowanie
CFX Maestro Dx, wersja SecurityTM jest przeznaczony do wykonywania fluorescencyjnego PCR w celu
wykrywania i ilościowego oznaczania sekwencji kwasów nukleinowych. System i oprogramowanie są
przeznaczone do stosowania w diagnostyce in vitro przez przeszkolonych techników laboratoryjnych. Te
systemy są przeznaczone do stosowania z diagnostycznymi testami kwasów nukleinowych
opracowanymi przez inne firmy, wyprodukowanymi i oznakowanymi dla celów diagnostycznych.

Leksykon symboli

ProducentNumer partii

Do użycia przez

Do zastosowań w diagnostyce in vitro

Limit temperatury

Numer katalogowy

Zapoznaj się z instrukcją
użytkowania

Liczba testów

Do użycia z

Numer seryjnyPodręcznik użytkownika | iii

Tylko na receptę

Zawiera lateks

Oznaczenie CE - Rozporządzenie(UE) 2017/746 IVDR

Tłumaczenia
Dokumenty produktów mogą być dostarczane w dodatkowych językach na nośnikach elektronicznych.

iv | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Historia zmianHistoria zmian
Dokument

Data

Opis zmiany

Oprogramowanie CFX

Grudzień 2020

Wersja A, wydanie wstępne

Maj 2022

n Zaktualizowana o obsługę systemów CFX Opus

Maestro Dx, wersja SecurityPodręcznik użytkownika, 2.0(Nr ID dokumentu
10000135637)
Oprogramowanie CFX
Maestro Dx, wersja Security

Deepwell DxPodręcznik użytkownika, 2.3

n Zaktualizowana Tabela leksykonu symboli(Nr ID dokumentu

n Dodano notatkę o cyberbezpieczeństwie we

10000135637)

wstępiePodręcznik użytkownika | v

vi | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Spis treści
Przeznaczenie

iii

Leksykon symboliiii

Tłumaczenia

iv

Historia zmianv

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

17

Etykiety ostrzegawcze

17

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

20

Zgodność z bezpieczeństwem

20

Zgodność elektromagnetyczna (EMC)

21

Ostrzeżenia i uwagi EMC

22

Wymagania dotyczące warunków otoczenia

23

Zagrożenia

24

Zagrożenia biologiczne

24

Zagrożenia chemiczne

26

Zagrożenia związane z wybuchem lub możliwością zapłonu

26

Zagrożenia elektryczne

27Transport

27

Akumulator

27

Utylizacja

27

Gwarancja

28

Rozdział 1 Wprowadzenie

29

Cechy główne produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

31Więcej informacji

31

Rozdział 2 Instalowanie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security 33
Wymagania systemowe

34

Instalacja oprogramowania CFX Maestro Dx SE

36

Wykrywanie podłączonych urządzeńPliki w oprogramowaniu

3839Podręcznik użytkownika | vii

Spis treści

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX
Maestro Dx, wersja Security

41

Uruchamianie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

42

Dodawanie użytkowników Microsoft Windows do Komputera z produktem Oprogramowanie CFX
Maestro Dx, wersja Security

44

Dodawanie i usuwanie użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security 46
Zarządzanie rolami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja SecurityWyświetlanie swojej roli i uprawnień

48
49

Rozdział 4 Korzystanie z produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security 51
Zabezpieczone pliki

51

Rozdział 5 Przestrzeń robocza

61

Okno Home (Strona główna)62

Kreator Startup Wizard (Kreator startowy)

63

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)

64

Okno Plate Editor (Edytor płytki)

65

Okno Data Analysis (Analiza danych)

66

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)67

Okno Home (Strona główna)68

Polecenia menu File (Plik)

69

Polecenia menu View (Widok)

69

Polecenia menu User (Użytkownik)

70

Polecenia menu Run (Analiza próbek)71

Polecenia menu Tools (Narzędzia)

71

Polecenia menu Help (Pomoc)

72

Polecenia na pasku narzędzi

73

Kreator Startup Wizard (Kreator startowy)

74

Pasek stanu

74

Panel Detected Instruments (Wykryte aparaty)

75

Przeglądanie właściwości aparatu

78

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

80

Tworzenie Master Mix-u do reakcji

80

Kalibrowanie nowych barwników

83

Ustawianie preferencji użytkownika

86viii | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Spis treści

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

105

Parametry i zakresy kroków protokołu

106

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)

108

Polecenia menu File (Plik)

109

Polecenie menu Settings (Ustawienia)

109

Polecenia menu Tools (Narzędzia)

109

Polecenia na pasku narzędzi

109

Elementy kontroli nad edycją protokołu

110

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

114

Otwieranie nowego pliku protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

114

Otwieranie istniejącego protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

116

Konfigurowanie nowego protokołu

117

Dodawanie etapów do protokołu

119

Wprowadzanie etapu gradientu

120

Wstawianie kroku GOTO

121

Wstawianie etapu krzywej topnienia

122

Dodawanie lub usuwanie etapu odczytu płytki

124

Zmiana opcji etapu

124

Usuwanie etapu

125

Kopiowanie, eksportowanie i drukowanie protokołu

125

Tworzenie protokołu za pomocą Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu)

126

Korzystanie z funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta)

128

Informacje o funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta)

128

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

135

Okno Plate Editor (Edytor płytki)

136

Polecenia menu File (Plik)

136

Polecenia menu Edit (Edycja)

137

Polecenia menu Settings (Ustawienia)

137

Polecenia menu Editing Tools (Narzędzia do edycji)

138

Polecenia na pasku narzędzi

138

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor płytki)

140

Otwieranie nowego pliku płytki w oknie Plate Editor (Edytor płytki)

140

Otwieranie istniejącego pliku płytki w oknie Plate Editor (Edytor płytki)

142

Konfigurowanie nowego pliku płytki

143

Podręcznik użytkownika | ix

Spis treści

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

151

Przypisywanie docelowego genu do studzienek

151

Przypisywanie nazwy próbki do studzienek

154

Przypisywanie grup biologicznych do studzienek

155

Przypisywanie numerów replikatów technicznych do studzienek

158

Przypisywanie serii rozcieńczeń do typów próbek Standard (Wzorzec)

159

Kopiowanie zawartości studzienki do innej studzienki

161

Dodawanie uwagi do studzienki

161

Usuwanie całej zawartości ze studzienek

162

Zmiana ustawień eksperymentu

163

Tworzenie grup studzienek

166

Zmiana stylów krzywej

168Wyświetlanie, eksportowanie i importowanie płytki w formacie arkusza kalkulacyjnego170

Tworzenie układu płytki za pomocą kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) dla płytki

172

Korzystanie z kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) dla płytki

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów
Okno Run Setup (Konfiguracja analizy)
Przechodzenie do okna Run Setup (Konfiguracja analizy próbek)

172

175
176
177

Zakładka Protocol (Protokół)

178

Zakładka Plate (Płytka)

181

Zakładka Start Run (Uruchom analizę próbek)184

Uruchamianie eksperymentu
Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek)

185
187

Zakładka Run Status (Stan analizy próbek)187

Zakładka Real-time Status (Stan w czasie rzeczywistym)

190

Zakładka Time Status (Stan czasu)

193

Wykonywanie eksperymentów PrimePCR

194

Przenoszenie danych z trybu autonomicznego na potrzeby analizy

196

Przenoszenie danych przez pocztę e-mail196

Przesyłanie danych z aparatu System CFX Opus Dx do analiz PCR w czasie rzeczywistym

196

Przesyłanie danych przez Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

199

Przenoszenie danych za pomocą dysku USB

199

Przesyłanie danych przez współdzielony dysk sieciowy przy użyciu produktu System CFX Opus
Dx do analiz PCR w czasie rzeczywistym
200

x | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Spis treści

Tworzenie pliku danych

200

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

203

Okno Data Analysis (Analiza danych)

203

Pasek narzędzi Data Analysis (Analiza danych)

204

Pasek menu Data Analysis (Analiza danych)

205

Szczegóły zakładek

210

Selektor numeru etapu

210

Przeglądanie grup studzienek w oknie Data Analysis (Analiza danych)

211

Zmiana zawartości studzienek po analizie próbek

211

Ustawienia analizy danych

213

Dostosowywanie progu

213

Ustawienia wartości bazowej

213

Analysis mode (Tryb analizy)

214

Cycles to Analyze (Cykle do przeanalizowania)

215

Well Selector (Selektor studzienek)

216

Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w selektorze studzienek 217
Tymczasowe wykluczanie studzienek z analizy

218

Wykresy219Narzędzia przeznaczone dla wykresu

219Powiększanie obszaru na wykresie

227

Kopiowanie wykresów do pliku w formacie Microsoft

227

Wspólne pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na wykresach 227
Arkusze kalkulacyjne

229

Wspólne pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w arkuszach
kalkulacyjnych
Eksport229
231

Eksportowanie wszystkich arkuszy danych

231

Eksportowanie plików RDML

232

Tworzenie niestandardowego eksportowanego pliku

233

Eksportowanie do folderu LIMS

235

Eksportowanie danych w formacie Seegene

235

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)
Zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe)
Opcje fluoroforu

237
238
238

Podręcznik użytkownika | xi

Spis treści

Okno dialogowe Trace Styles (Style krzywej)

239

Opcja Log Scale (Skala logarytmiczna)

240

Wykres krzywej wzorcowej

241

Opcje menu wykresu Amplification (Amplifikacja)

242

Arkusz kalkulacyjny w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe)

242

Zakładka Quantification Data (Dane oznaczenia ilościowego)

244

Arkusz kalkulacyjny Results (Wyniki)244

Arkusz kalkulacyjny Standard Curve Results (Wyniki krzywej wzorcowej)

246

Arkusz kalkulacyjny Plate (Płytka)

247

Arkusz kalkulacyjny RFU

248

Zakładka Melt Curve (Krzywa topnienia)
Dostosowywanie danych krzywej topnienia

249
251

Zakładka Melt Curve Data (Dane krzywej topnienia)

252

Arkusz kalkulacyjny Melt Peaks (Piki topnienia)

252

Arkusz kalkulacyjny Plate (Płytka)

253

Arkusz kalkulacyjny RFU

254

Arkusz kalkulacyjny -d(RFU)/dT255

Zakładka End Point (Punkt końcowy)

256

Dane dotyczące wyników

257

Dostosowanie analizy danych punktu końcowego

259

Arkusz kalkulacyjny RFU na potrzeby analizy punktu końcowego

259

Zakładka Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)

260

Dostosowywanie danych na potrzeby dyskryminacji allelicznej

261

Opcje menu Chart (Wykres)

262

Arkusz kalkulacyjny Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)

262

Zakładka Custom Data View (Niestandardowy widok danych)
Tworzenie niestandardowego widoku danych
Zakładka QC (Kontrola jakości)

264
265
266

Zmiana kryteriów QC (kontroli jakości)267

Wykluczanie studzienek, które nie przeszły kontroli jakości

267

Zakładka Run Information (Informacje o analizie próbek)268

Raporty z analizy danych

269

Kategorie raportu z analizy danych

270

Tworzenie raportu z analizy danych274

xii | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Spis treści

Tworzenie raportów dotyczących grupy studzienek

276

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

277

Konfiguracja płytki na potrzeby analizy ekspresji genu

277

Konfigurowanie płytki według instrukcji

278

Wykresy Gene Expression (Ekspresja genu)

279

Graphing (Wykresy)

281

Wprowadzanie zmian do widoku wykresu i dodawanie adnotacji do tego widoku

283

Dostosowywanie danych dotyczących ekspresji genu

289

Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu)

291

Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy

293

Arkusz kalkulacyjny z danymi

294

Opcja Show Details (Pokaż szczegóły)

296

Clustergram

299

Settings (Ustawienia)

299

Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy

299

Arkusz kalkulacyjny z danymi

300

Wykres rozrzutu

301

Settings (Ustawienia)

301

Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy

301

Arkusz kalkulacyjny z danymi

302

Arkusz kalkulacyjny Results (Wyniki)

303

Badanie genów

304

Kalibracja między analizami próbek

304

Okno dialogowe Gene Study (badanie genów)

305

Zakładka Study Setup (Konfiguracja badania)

305

Przygotowanie badania genów

306

Zakładka Study Analysis (Analiza badania)

307

Kategorie raportów Gene Study (Badanie genów)

308

Tworzenie raportu z badania genów

311Załącznik A Obliczenia w analizie danych

313

Wydajność reakcji

313

Relative Quantity (Ilość względna)313

Ilość względna przy wybranej kontroli

314

Odchylenie standardowe ilości względnej

314

Podręcznik użytkownika | xiii

Spis treści

Wartość Cq skorygowana względem wydajności (CqE)315

Cq po korekcie uwzględniającej wydajność średnią (MCqE)

315

Znormalizowana ekspresja

316

Ekspresja i ilość względna na potrzeby grup biologicznych

317

Znormalizowana wartość ekspresji po wybraniu kontroli

317

Odchylenie standardowe dla znormalizowanej wartości ekspresji

318

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana do najwyższego poziomu ekspresji

319

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana do najniższego poziomu ekspresji

319

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana do średniego poziomu ekspresji

319

Odchylenie standardowe dla przeskalowanej znormalizowanej wartości ekspresji

321

Słupki błędów dla odchylenia standardowego (lg) i błędu standardowego średniej (lg)322

Krotność zmiany ekspresji323

Wzory na wartości skorygowane

324

Obliczenia przedziału ufności na potrzeby analizy grup biologicznych

325

Obliczenia dla wykresu pudełkowego z wąsami

325

Załącznik B Ścieżki audytu

329Wyświetlanie ścieżek audytu

329

Zdarzenia podlegające audytowi

331Załącznik C Integracja z systemem LIMS

335

Tworzenie plików danych kompatybilnych z LIMS

335

Ustawianie folderu LIMS i opcji eksportu danych

335

Tworzenie protokołu LIMS

337

Tworzenie pliku systemu LIMS

337

Uruchamianie analizy LIMS

342

Eksportowanie danych do systemu LIMS

343

Załącznik D Rozwiązywanie problemów z produktem Oprogramowanie CFX Maestro
Dx, wersja Security
345
Umieszczanie plików i folderów produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security na
białej liście

345

Dziennik aplikacji

346

Pobieranie plików dziennika aplikacji i oprogramowania układowego
Rozwiązywanie problemów

347
347

Awaria zasilania

347

Przesyłanie plików do komputera CFX Maestro Dx SE

348

xiv | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Spis treści

Ręczna instalacja produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

348

Przeinstalowywanie sterowników

349Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

351

Software Notices

352

ZedGraph

352

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Załącznik F Piśmiennictwo

352
352

365

Podręcznik użytkownika | xv

Spis treści

xvi | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami
Systemy CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx i CFX Opus Deepwell Dx do analizy PCR w czasierzeczywistym (nazywane w tym podręczniku jako System CFX Opus Dx) nagrzewa się i ochładza bardzo
szybko podczas pracy. Aby zapewnić bezpieczne działanie systemu PCR w czasie rzeczywistym,
Bio-Rad stanowczo zaleca przestrzeganie specyfikacji bezpieczeństwa wymienionych w tej sekcji oraz w
całej instrukcji.

Etykiety ostrzegawcze
Etykiety ostrzegawcze umieszczone na System CFX Opus Dx w niniejszej instrukcji ostrzegają przedźródłami urazów lub szkód. Tabela 1 zawiera zdefiniowane wszystkie etykiety ostrzegawcze.

Podręcznik użytkownika | 17

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

Tabela 1. Ostrzeżenia ogólne dotyczące bezpieczeństwa

Ikona

Znaczenie
Obsługiwanie systemu System CFX Opus Dx przed przeczytaniem niniejszej
instrukcji może grozić obrażeniami ciała. Używanie tego aparatu w sposób
nieokreślony w niniejszej instrukcji lub przez firmę Bio-Rad może spowodować
osłabienie lub dezaktywację funkcji ochronnych aparatu.
Sam System CFX Opus Dx nie stwarza zagrożeń biologicznych ani
radioaktywnych. Zagrożenia te stają się problemem tylko wtedy, gdy zostaną
wprowadzone do systemu za pośrednictwem testowanych próbek. Podczas
obsługiwania próbek radioaktywnych lub stwarzających zagrożenie biologicznenależy przestrzegać zalecanych środków ostrożności i wytycznych
obowiązujących w danym laboratorium lub ośrodku. Wytyczne te powinny
obejmować metody czyszczenia, monitorowania i usuwania używanych
materiałów niebezpiecznych.
Ponadto, jak określono powyżej, istnieje niewielkie ryzyko wybuchu albo
wydostania się cieczy lub oparów z pojemników na próbkę. Podczas pracy z
materiałami niebezpiecznymi ryzyko obrażeń ciała spowodowanych przez
wydostający się materiał jest potęgowane przez ryzyko, że sam materiałniebezpieczny może zostać rozproszony wewnątrz i wokół urządzenia.
Użytkownicy powinni podjąć odpowiednie środki ostrożności na wypadekwystąpienia takiej sytuacji.
System CFX Opus Dx działajądziała w temperaturach wystarczająco wysokich,
aby spowodować poważne oparzenia. Przed otwarciem pokrywy i wyjęciem
próbek zawsze odczekać do czasu, gdy blok próbek powróci do temperatury
pokojowej. Nawet po ochłodzeniu bloku próbek otoczenie oraz płyta grzejna mogąpozostać gorące przez dłuższy czas. W sytuacjach, gdy nie ma wystarczającej
ilości czasu na ostygnięcie urządzenia, zaleca się stosowanie sprzętu ochronnego,takiego jak rękawice termiczne czy „kuchenne”.
Bezpieczeństwo i wydajność każdego systemu zawierającego System CFX Opus
Dx jest obowiązkiem osoby montującej system.

18 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Etykiety ostrzegawcze

Tabela 1. Ostrzeżenia ogólne dotyczące bezpieczeństwa, ciąg dalszy

Ikona

Znaczenie
Podczas normalnej pracy System CFX Opus Dx może nagrzać się do takiej
temperatury, że może spowodować wrzenie lub odparowywanie cieczy w
próbkach, zwiększając ciśnienie w pojemnikach na próbki. Istnieje możliwość, że
pojemniki na próbki mogą ulec uszkodzeniu; prowadząc do wycieków, rozprysku
płynu lub wybuchowego pęknięcia oraz wyrzucania oparów lub cieczy wewnątrz i
wokół urządzenia.
Użytkownicy powinni zawsze obsługiwać urządzenie z zamkniętą pokrywą lub
nosić okulary ochronne, rękawice termiczne i inny sprzęt ochrony osobistej, aby
uniknąć obrażeń. Otwarcie urządzenia, gdy próbki są jeszcze gorące, na przykład
po przerwaniu analizy, może spowodować wyciek lub rozpylenie cieczy z
pojemników pod ciśnieniem. Zawsze odczekaj na ostygnięcie próbek przed
otwarciem pokrywy.
Użytkownicy nie powinni nigdy uruchamiać reakcji z pokrywą lub uszczelką, która
jest otwarta, luźna, przebita lub w inny sposób uszkodzona, ponieważ zwiększa to
prawdopodobieństwo niebezpiecznego pęknięcia lub wybuchu.
Użytkownicy nigdy nie powinni uruchamiać reakcji z odczynnikami lotnymi, które
mogłyby zwiększyć prawdopodobieństwo niebezpiecznego pęknięcia lub
wybuchu.

Podręcznik użytkownika | 19

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami
Zgodność z bezpieczeństwem
System CFX Opus Dx został przetestowany i stwierdzono zgodność z odpowiednimi wymogaminastępujących norm bezpieczeństwa i zgodności elektromagnetycznej:nIEC 61010-1:2010 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów pomiarowych,
automatyki i urządzeń laboratoryjnych, część 1: Wymagania ogólnenIEC 61010-2-010:2019 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-010: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do nagrzewania materiałówn

IEC 61010-2-081:2019 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-081: Wymagania szczegółowe
dotyczące automatycznych i półautomatycznych urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do
analiz i innych zastosowań

n

IEC 61010-2-101:2018 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-101: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń medycznych do diagnozy in vitro (IVD)n

CAN/CSA-C22.2 nr. 61010-1-12:2018 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych
przyrządów pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych, część 1: Wymagania ogólnen

CAN/CSA-C22.2 nr. 61010-2-010:19 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych
przyrządów pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych, część 2-010: Wymaganiaszczegółowe dotyczące urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do nagrzewania materiałówn

CAN/CSA-C22.2 nr. 61010-2-081:19 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych
przyrządów pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych, część 2-081: Wymaganiaszczegółowe dotyczące automatycznych i półautomatycznych urządzeń laboratoryjnychprzeznaczonych do analiz i innych zastosowańn

CSA-C22.2 nr. 61010-2-101:19 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych, część 2-101: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń medycznych do diagnozy in vitro (IVD)n

EN 61010-1:2010 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów pomiarowych,
automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 1: Wymagania ogólne

20 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisamin

EN 61010-2-010:2014 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-010: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do nagrzewania materiałówn

EN 61010-2-081:2015 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-081: Wymagania szczegółowe
dotyczące automatycznych i półautomatycznych urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do
analiz i innych zastosowań

n

EN 61010-2-101:2017 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-101: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń medycznych do diagnozy in vitro (IVD)n

EN 61010-1:2012 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów pomiarowych,
automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 1: Wymagania ogólnen

EN 61010-2-010:2019 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-010: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do nagrzewania materiałówn

EN 61010-2-081:2019 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-081: Wymagania szczegółowe
dotyczące automatycznych i półautomatycznych urządzeń laboratoryjnych przeznaczonych do
analiz i innych zastosowańn

UL 61010-2-101:19 Wymagania bezpieczeństwa dotyczące elektrycznych przyrządów
pomiarowych, automatyki i urządzeń laboratoryjnych — część 2-101: Wymagania szczegółowe
dotyczące urządzeń medycznych do diagnozy in vitro (IVD)

Zgodność elektromagnetyczna (EMC)
System CFX Opus Dx został przetestowany i stwierdzono zgodność z odpowiednimi wymogaminastępujących norm zgodności elektromagnetycznej:nIEC 61326-1:2012 Elektryczne przyrządy pomiarowe, sterujące i laboratoryjne — wymagania EMC— część 1: Wymagania ogólne. Przetestowane jako urządzenie klasy A.

n

IEC 61326-2-6:2012 Elektryczne przyrządy pomiarowe, sterujące i laboratoryjne — wymagania EMC— część 2–6: Wymagania szczegółowe — urządzenia medyczne do diagnozy in vitro (IVD)Podręcznik użytkownika | 21

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisamin

EN 61326-1:2013 Elektryczne przyrządy pomiarowe, sterujące i laboratoryjne — wymagania EMC —część 1: Wymagania ogólne. Przetestowane jako urządzenie klasy A.

n

EN 61326-2–6:2013 Elektryczne przyrządy pomiarowe, sterujące i laboratoryjne — wymagania EMC— część 2–6: Wymagania szczegółowe — urządzenia medyczne do diagnozy in vitro (IVD)n

FCC część 15, podczęść B, sekcje 15.107 i 15.109. Przetestowane jako urządzenie cyfrowe klasy A.

n

CAN ICES-003v6: 2019 Standard dotyczący sprzętu powodującego zakłócenia, sprzętu IT (w tym
aparatury cyfrowej) — limity i metody pomiarowe. Przetestowano pod kątem ograniczeń klasy A.

Ostrzeżenia i uwagi EMC
nOstrzeżenie: Zmiany lub modyfikacje opisywanego urządzenia, które nie zostały jawnie
zatwierdzone przez firmę Bio-Rad, mogą spowodować unieważnienie upoważnienia użytkownika do
obsługi tego sprzętu.

n

Uwaga: Niniejsze urządzenie zostało przetestowane i odpowiada normom urządzenia cyfrowego
klasy A, zgodnie z częścią 15 przepisów FCC. Te ograniczenia mają na celu zapewnienie
odpowiedniej ochrony przed szkodliwymi zakłóceniami, gdy sprzęt będzie użytkowany w budynkachprzeznaczonych do celów komercyjnych. Niniejsze urządzenie wytwarza, wykorzystuje i możeemitować energię o częstotliwości radiowej oraz, jeśli nie zostanie zainstalowane poprawnie lubbędzie użytkowane niezgodnie z instrukcją obsługi, może powodować zakłócenia w łączności
radiowej. Eksploatacja tego sprzętu w budynkach mieszkalnych prawdopodobnie będzie
powodować szkodliwe zakłócenia, a w takim przypadku użytkownik będzie musiał wyeliminować tezakłócenia na własny wydatek.

nUwaga dotycząca zgodności z wymogami komisji FC: Opisywane urządzenie zostało
przetestowane i jest zgodne z normami dla urządzenia cyfrowego klasy A, zgodnie z częścią 15
przepisów FCC, podczęść B, jednak należy zauważyć, że ta zgodność jest dobrowolna, ponieważ
urządzenie podlega zwolnieniu zgodnie z przepisami 47 CFR 15.103(c) w odniesieniu docytowanych przepisów komisji FCC, które obowiązywały w czasie produkcji urządzenia.

n

Uwaga dotycząca kabli: To urządzenie przetestowano pod kątem zgodności elektromagnetycznej
przy użyciu specjalnie zaprojektowanych kabli USB, które są dostarczane wraz z urządzeniem. Te
kable lub autoryzowane przez Bio-Rad zamienniki, muszą być używane z tym urządzeniem, aby
zapewnić ciągłą zgodność z limitami emisji elektromagnetycznej.

22 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

Wymagania dotyczące warunków otoczeniaUrządzenie System CFX Opus Dx zaprojektowano pod kątem bezpiecznej eksploatacji w warunkachśrodowiskowych wymienionych w poniżej tabeli.
Tabela 2. Wymagania dotyczące warunków otoczenia System CFX Opus Dx do analiz
PCR w czasie rzeczywistym

Parametr

SpecyfikacjaŚrodowisko pracyWyłącznie do użytku wewnętrznego

Wysokość robocza n.p.m.

Do 2000 m n.p.m.

Temperatura otoczenia w pomieszczeniu

15–31°C*

Warunki transportu i przechowywania–20° do 60°C**–4 do 140°F

Wilgotność względna

20% do 80% (bez kondensacji)***Moc robocza

100 do 240 VAC ±10%, 50/60 Hz, 850 W
maks.

Wahania napięcia sieciowego±10%

Maksymalne zużycie energii< 850 W

Bezpieczniki

10 A, 250 V, 5 x 20 mm, bezpiecznik
bezzwłoczny (sztuk: 2)

Klasa ochrony przeciwprzepięciowej

II

Klasa ochrony przed zanieczyszczeniami

2*Eksploatacja urządzenia poza tym zakresem temperatur może nie spełniać specyfikacji wydajności.
Temperatura pokojowa pomiędzy 5-40°C jest uważana za bezpieczną.
**Instrument należy przechowywać i transportować w opakowaniu transportowym, aby spełnić tewarunki temperaturowe.
***Praca aparatu w temperaturze 4°C powinna być ograniczona do 18 godzin w tych warunkach.
Przechowywanie w temperaturze 4°C może trwać do 72 godzin, jeśli wilgotność jest mniejsza niż 60%(bez kondensacji).

Podręcznik użytkownika | 23

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

Zagrożenia
System CFX Opus Dx jest zaprojektowany do bezpiecznego działania, gdy jest używany w sposób
zalecany przez producenta. Jeśli system lub którykolwiek z powiązanych z nim komponentów jestużywany w sposób inny niż określony przez producenta, może to negatywne wpłynąć na ochronę
zapewnianą przez system. Firma Bio-Rad nie ponosi odpowiedzialności za jakiekolwiek obrażenia ciała
ani szkody spowodowane użytkowaniem tego sprzętu w jakikolwiek nieokreślony sposób ani za
modyfikacje urządzenia, których nie dokonała firma Bio-Rad lub autoryzowany jej agent. Serwis System
CFX Opus Dx może wykonywać jedynie przeszkolony personelBio-Rad .

Zagrożenia biologiczne
System CFX Opus Dx jest produktem laboratoryjnym. Jeśli jednak pojawią się próbki stanowiące
zagrożenie biologiczne, należy przestrzegać poniższych wytycznych i postępować zgodnie z wszelkimi
lokalnymi procedurami obowiązującymi w danym laboratorium lub ośrodku.
Uwaga: Podczas normalnej pracy tego urządzenia nie są wykorzystywane żadne substancje
stwarzające zagrożenie biologiczne.

Ogólne środki ostrożności
nPrzed rozpoczęciem pracy z systemem należy zawsze zakładać fartuch laboratoryjny, rękawicelaboratoryjne oraz okulary ochronne z osłonami bocznymi albo gogle.

nRęce należy trzymać z dala od ust, nosa i oczu.

nPrzed przystąpieniem do pracy z potencjalnie zakaźnymi materiałami należy w pełni zabezpieczyć
wszelkie skaleczenia lub obtarcia.

n

Po zakończeniu pracy z potencjalnie zakaźnym materiałem należy dokładnie umyć ręce wodą z
mydłem przed opuszczeniem laboratorium.

nPrzed rozpoczęciem pracy na stanowisku należy zdjąć zegarki i biżuterię.

n

Wszystkie zakaźne lub potencjalnie zakaźne materiały należy przechowywać w odpornych napęknięcia, szczelnych pojemnikach.

nPrzed opuszczeniem laboratorium należy zdjąć odzież ochronną.

n

W rękawiczkach nie należy pisać, odbierać telefonu, dotykać włączników światła ani dotykać
czegokolwiek, czego mogłyby dotknąć inne osoby bez rękawiczek.

nNależy często zmieniać rękawiczki. Rękawiczki należy natychmiast zmienić w przypadku
stwierdzenia ich widocznego zanieczyszczenia.

24 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zagrożenia

nMateriałów, których nie można odpowiednio odkazić, nie wolno wystawiać na działanie substancji
potencjalnie zakaźnych.

nPo zakończeniu czynności obejmujących materiały stwarzające zagrożenie biologiczne należy
odkazić obszar roboczy odpowiednim środkiem odkażającym (np. roztworem wybielacza do użytku
domowego w rozcieńczeniu 1:10).

Podręcznik użytkownika | 25

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisamiOdkażanie powierzchni
OSTRZEŻENIE! Aby uniknąć porażenia prądem elektrycznym, zawsze wyłączać
i odłączać aparat przed wykonywaniem procedur odkażania.

Poniższe obszary mogą być czyszczone dowolnym bakterio-, wiruso- lub grzybobójczym środkiem
dezynfekcyjnym przeznaczonym do stosowania w szpitalach:nzewnętrzna pokrywa i obudowa,nwewnętrzna powierzchnia bloku próbek i studzienki bloku próbeknpanel sterowania i wyświetlacz.

Aby przygotować i nanieść środek dezynfekcyjny, przeczytać instrukcję dostarczoną przez producenta
produktu. Po zastosowaniu środka dezynfekcyjnego zawsze kilkukrotnie przemyć wodą blok próbek
i studzienki bloku próbek. Po przemyciu wodą dokładnie wysuszyć blok próbek i studzienki bloku próbek.
Ważne: Nie stosować środków o właściwościach ściernych, żrących detergentów ani roztworów
o mocnym odczynie zasadowym. Takie środki mogą zarysować powierzchnie i uszkodzić blok
próbek, skutkując utratą precyzyjnej kontroli temperatur.

Utylizacja materiału stwarzającego zagrożenie biologiczneNastępujące potencjalnie skażone materiały należy utylizować zgodnie z lokalnymi, regionalnymi
i krajowymi przepisami dotyczącymi laboratoriów:n

próbki kliniczne,nodczynniki,nzużyte naczynia reakcyjne oraz inne materiały eksploatacyjne, które mogły ulec skażeniu.

Zagrożenia chemiczne
System CFX Opus Dx nie zawiera żadnych potencjalnie niebezpiecznych materiałów chemicznych.

Zagrożenia związane z wybuchem lub możliwością zapłonu
System CFX Opus Dx nie stanowi dla operatorów żadnego niestandardowego zagrożenia w zakresiemożliwości zapłonu lub wybuchu, pod warunkiem że jest eksploatowany w sposób odpowiedni określony
przez firmę Bio-Rad Laboratories.

26 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Transport

Zagrożenia elektryczne
System CFX Opus Dx nie stanowi dla operatorów żadnego niestandardowego zagrożenia elektrycznego,
pod warunkiem że zostanie prawidłowo zainstalowany i będzie poprawnie obsługiwany, co oznacza, że
nie można wprowadzać do systemu fizycznych modyfikacji. Ponadto system musi być podłączony doźródła zasilania o odpowiednich parametrach.

Transport
Przed przeniesieniem lub wysyłką System CFX Opus Dx, należy przeprowadzić procedury odkażania.
Zawsze przemieszczaj lub wysyłaj system w osobnych pojemnikach wraz z dostarczonymi przez firmę
Bio-Rad opakowaniami, które zabezpieczają sprzęt przed uszkodzeniem.
Aby uzyskać informacje na temat transportu systemu i poprosić o odpowiednie opakowania, skontaktuj
się z lokalnym biurem firmy Bio-Rad.

Akumulator
System CFX Opus Dx wykorzystuje jeden monetowy akumulator litowo-metalowy o mocy 3 V w celu
utrzymywania ustawień czasu w przypadku utraty zasilania sieciowego. Jeśli po wyłączeniu urządzenia
czas nie będzie zachowany, może to oznaczać, że zmniejszył się poziom naładowania baterii.
OSTRZEŻENIE! Nie należy podejmować prób wymiany baterii. Nie nadają się one do
serwisowania przez użytkownika. Zamiast tego skontaktuj się z działem wsparcia
technicznego firmy Bio-Rad w celu uzyskania pomocy.

Dotyczy wyłącznie Stanu Kalifornia w Stanach ZjednoczonychnNadchlorany — baterie litowe zawierają nadchlorany; mogą one wymagać specjalnej obsługi. Patrz
www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Utylizacja
System CFX Opus Dx zawiera materiały elektryczne, które nie powinny być wyrzucane jako odpady
niesortowane i muszą być zbierane osobno zgodnie z dyrektywą Unii Europejskiej 2012/19/UE w sprawiezużytego sprzętu elektrycznego i elektronicznego (dyrektywa WEEE). Przed wyrzuceniem skontaktowaćsię z lokalnym przedstawicielem firmy Bio-Rad w celu uzyskania instrukcji odpowiednich w danym kraju.

Podręcznik użytkownika | 27

Bezpieczeństwo i zgodność z przepisami

Gwarancja
System CFX Opus Dx i jego powiązane akcesoria podlegają standardowej gwarancji Bio-Rad. Szczegóły
gwarancji można uzyskać, kontaktując się z lokalnym biurem firmy Bio-Rad.

28 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 1 Wprowadzenie
Wysokowydajne systemy amplifikacji PCR firmy Bio-Rad zostały wyposażone w najnowocześniejsze
rozwiązania technologiczne zapewniające większą dokładność i powtarzalność amplifikacji kwasów
nukleinowych w badaniach genomowych.
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security firmy Bio-Rad jest kompatybilne z poniższymi
aparatami i zawiera pliki analiz zoptymalizowane dla primera PrimePCR firmy Bio-Rad oraz dla testów zużyciem sond:n

CFX System Opus 96 Dx Real-Time PCR (zwany w tym podręczniku CFX Opus 96 Dx)n

CFX System Opus 384 Dx Real-Time PCR (zwany w tym podręczniku CFX Opus 384 Dx)n

CFX System Opus Deepwell Dx Real-Time PCR (zwany w tym podręczniku CFX Opus Deepwell Dx)Podręcznik użytkownika | 29

Rozdział 1 Wprowadzenie

Za pomocą produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security (w niniejszym podręcznikuokreślanego jako CFX Maestro Dx SE) można interpretować złożone dane oraz przeprowadzaćzaawansowane analizy genetyczne. Wystarczy tylko kilka kliknięć, aby skonfigurować badania izrozumieć wyniki badań ekspresji genów dzięki narzędziom, takim jak testy t, jednoczynnikowa analiza
ANOVA, analizy kontroli PrimePCR oraz selektor genów referencyjnych. Następnie wyniki można
przygotować w celu publikacji i prezentacji, korzystając z wysoce modyfikowalnych narzędzi
oprogramowania CFX Maestro Dx SE do wizualizacji i adnotacji.
Uwaga: Niektóre ekrany w CFX Maestro mogą wyglądać inaczej niż te przedstawione w tym
podręczniku użytkownika. Wyświetlanie w oprogramowaniu jest prawidłowe, a funkcjonalność takasama.
Ważne: Cyberbezpieczeństwo to ochrona aktywów w cyberprzestrzeni przed cyberatakami.
Cyberbezpieczeństwo to zdolność firmy Bio-Rad do zabezpieczenia swoich ludzi, informacji,systemów i reputacji w cyberprzestrzeni. Cyberprzestrzeń to zawsze włączony, technologiczniepołączony świat; składa się z ludzi, organizacji, informacji i technologii.
Szybkie reagowanie jest ważne w przypadku problemów z cyberbezpieczeństwem! Jeśli podejrzewasz,
że w Twoim urządzeniu może występować problem związany z cyberbezpieczeństwem lub żecyberbezpieczeństwo zostało naruszone w Twoim zakładzie, natychmiast skontaktuj się z
przedstawicielem firmy Bio-Rad w celu uzyskania pomocy technicznej.

30 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Cechy główne produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Cechy główne produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security
Za pomocą oprogramowania CFX Maestro Dx SE można wykonywać następujące czynności:nAnalizować dane za pomocą wykresów słupkowych, clustergramów, wykresów rozrzutu w celu
szybkiej interpretacji i zrozumienia wyników.

n

Dostosowywać reprezentację danych i eksportować wysokiej rozdzielczości wykresy celem ich
publikacji i generowania raportów.

nOkreślać jakość RNA i rozwiązywać problemy z eksperymentami, korzystając z kontroli analizy
PrimePCR.

n

Wybierać odpowiednie geny referencyjne i analizować ich stabilność, korzystając z narzędzia
Reference Gene Selection Tool (Narzędzie wyboru genu referencyjnego).

n

Wykonywać analizy statystyczne obejmujące jednoczynnikową analizę ANOVA w ramach analizy
ekspresji genów.

W niniejszym podręczniku użytkownika omówiono te funkcje oraz sposób ich użycia.

Więcej informacji
Po zainstalowaniu CFX Maestro Dx SE i skonfigurowaniu powiązanego urządzenia do analizy PCR
Bio-Rad możesz uzyskać dostęp do tej instrukcji oraz do szczegółowych tematów pomocy CFX Maestro
Dx SE z poziomu menu Help (Pomoc) w każdym oknie.
Wskazówka: Kliknąć logo Bio-Rad w prawym górnym rogu dowolnego okna oprogramowania
CFX Maestro Dx SE, aby przejść na stronę internetową firmy Bio-Rad. Na tej stronie zamieszczonoodnośniki do uwag technicznych, instrukcji obsługi, filmów, informacji o produktach oraz zasobów
wsparcia technicznego. Znajdują się tam także liczne zasoby techniczne dotyczące różnorodnych
metod i zastosowań powiązanych z PCR, PCR w czasie rzeczywistym i ekspresją genu.

Podręcznik użytkownika | 31

Rozdział 1 Wprowadzenie

32 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 2 Instalowanie produktu
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja
Security
W tym rozdziale objaśniono sposób instalowania produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja
Security. Informacje o konfigurowaniu aparatów do PCR w czasie rzeczywistym obsługiwanych przez
Bio-Rad można znaleźć w odpowiedniej instrukcji.
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE jest wymagane do analizowania danych PCR w czasierzeczywistym z systemów CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx i CFX Opus Deepwell Dx Real-Time PCR.
Można też wykorzystać to oprogramowanie do kontrolowania tych systemów w trybie sterowanym przez
program.
Systemy CFX Opus Dx są dostarczane z kablem USB w torbie z akcesoriami. Użyć kabla USB, abypodłączyć komputer z uruchomionym CFX Maestro Dx SE do System CFX Opus Dx.
Usunąć materiały opakowaniowe i zachować je na przyszłość. Jeśli brakuje jakiegokolwiek elementu lubjeśli jakikolwiek element jest uszkodzony, skontaktować się z lokalnym biurem firmy Bio-Rad.

Podręcznik użytkownika | 33

Rozdział 2 Instalowanie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Wymagania systemowe
Tabela 3 przedstawia minimalne i zalecane wymagania systemowe dla komputera, na którym
uruchomione jest oprogramowanie CFX Maestro Dx SE.
Tabela 3. Wymagania dotyczące komputera, na którym działa oprogramowanie CFX Maestro Dx
SE

SystemMinimum

Zalecane

SystemMicrosoft Windows 10 (tylko 64-

Microsoft Windows 10 (tylko 64-bitowy),

operacyjny

bitowy), kompilacja 1511 lub

kompilacja 1511 lub nowsza, z najnowszymi

nowsza, z najnowszymi

aktualizacjami zabezpieczeń

aktualizacjami zabezpieczeń
Uwaga: Windows 11 obsługuje również Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security.
Ważne: Bezpieczny rozruch musi być wyłączony na komputerach z uruchomionym CFX Maestro Dx
SE. Komputery z uruchomionym CFX Maestro Dx SE powinny być skonfigurowane w taki sposób, aby
nie uruchamiały się ponownie automatycznie po aktualizacji systemu lub zabezpieczeń, jeśli trwa
analiza. Skontaktuj się z administratorem systemu, aby uzyskać pomoc.
Porty

2 szybkie porty USB 2.0

2 szybkie porty USB 2.0

Ilość miejsca na

128 GB

128 GB

2,4 GHz, dwurdzeniowy

2,4 GHz, czterordzeniowyPamięć RAM

4 GB pamięci RAM

8 GB pamięci RAM

Rozdzielczość

1024 x 768 z trybem True Color

1280 x 1024 z trybem True Colordysku
Szybkość
procesora

ekranuProgram do

Adobe PDF Reader lub Windows PDF Reader

odczytu plików

z jednego z obsługiwanych pakietów Microsoft

PDF

Office:n 2016n 2019Wersja językowa

Obsługiwane są wersje systemu

Obsługiwane są wersje systemu Microsoft

Microsoft Windows 64-bitowe w

Windows 64-bitowe w języku angielskim,języku angielskim, chińskim ichińskim i rosyjskim

rosyjskim

34 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wymagania systemowe

Uwaga: Jeśli planowane jest korzystanie z oprogramowania CFX Automation Control na tym samym
komputerze, na którym działa oprogramowanie CFX Maestro Dx SE, wówczas rozdzielczość ekranunależy ustawić na 1280 x 1024 z trybem True Color.

Podręcznik użytkownika | 35

Rozdział 2 Instalowanie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Instalacja oprogramowania CFX Maestro Dx SEWażne: Przed instalacją lub aktualizacją oprogramowania koniecznie odłączyć od komputera z
oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE wszelkie podłączone aparaty. Nie trzeba wyłączać aparatu
podczas instalacji oprogramowania. Upewnić się, że wszystkie analizy próbek są zapisane i że nie sąuruchomione żadne eksperymenty.
Uwaga: Przed rozpoczęciem procedury instalacji należy sprawdzić, czy włączona jest opcja Secure
Boot (Bezpieczny rozruch). Należy upewnić się, że komputer jest skonfigurowany w taki sposób, aby
nie uruchamiał się ponownie automatycznie po aktualizacji systemu lub zabezpieczeń, jeśli trwa
analiza. Skontaktuj się z administratorem systemu, aby uzyskać pomoc.

Aby zainstalować oprogramowanie CFX Maestro Dx SE
1.

W razie konieczności odłączyć od komputera wszelkie podłączone aparaty.
Zlokalizować i odłączyć kabel USB aparatu od komputera z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE.
Końcówka wprowadzona do System CFX Opus Dx może pozostać w gnieździe.

2.

Zalogować się do komputera z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE z uprawnieniami
administratora.

3.

Włożyć pamięć USB z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE do gniazda USB w komputerze.

4.

W Eksploratorze Windows przejść do pamięci USB oprogramowania CFX Maestro Dx SE i otworzyć
ją.
W pamięci USB zapisano informacje o wersji oraz foldery:
n

CFX

n

Drivers (Sterowniki),n

Firmware (Oprogramowanie układowe),n

Quick Start (Krótki przewodnik).
W folderze CFX oprócz innych plików znajduje się instalator programu CFX Maestro Dx SE(CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Otworzyć folder CFX i dwukrotnie kliknąć CFXMaestroDxSetup.exe, aby uruchomić instalator
oprogramowania.

6.

Postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi na ekranie.
Po zakończeniu, na pulpicie komputera pojawi się ikona Bio-Rad Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security.

36 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Instalacja oprogramowania CFX Maestro Dx SE

Wskazówka: Instalator CFX Maestro automatycznie instaluje podręcznik użytkownika
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security. Aby znaleźć te podręczniki, przejdź domenu Help (Pomoc) i wybierz opcję Open User Guides (Otwórz podręczniki użytkownika).
7.

Po zakończeniu instalacji można bezpiecznie wysunąć pamięć USB z oprogramowaniem.

Podręcznik użytkownika | 37

Rozdział 2 Instalowanie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Wykrywanie podłączonych urządzeń
Podczas instalacji instalator CFX Maestro Dx SE automatycznie instaluje sterowniki aparatu na
komputerze CFX Maestro Dx SE. CFX Maestro Dx SE wykrywa podłączone aparaty po uruchomieniu
oprogramowania.

Wykrywanie podłączonych aparatów
1.

Jeśli ta czynność nie została jeszcze wykonana, należy wprowadzić kwadratowy (męski) koniec
kabla USB typu B z zestawu do portu USB typu B, który znajduje się na tylnej ściance podstawy
aparatu.

2.

Drugi koniec kabla (port) wprowadź do portu USB na komputerze CFX Maestro Dx SE.

3.

Jeśli aparat nie jest jeszcze uruchomiony, nacisnąć przełącznik zasilania na aparacie, aby gouruchomić.

4.

Uruchomić oprogramowanie CFX Maestro Dx SE.

Oprogramowanie automatycznie wykryje podłączony aparat i wyświetli jego nazwę w panelu Detected
Instruments (Wykryte aparaty) w oknie Home (Strona główna).
Uwaga: Jeśli aparat nie jest widoczny w panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty), sprawdź,czy kabel USB jest poprawnie podłączony. Aby ponownie zainstalować sterowniki, w oknie Home
(Strona główna) oprogramowania CFX Maestro Dx SE należy wybrać opcje Tools(Narzędzia) > Reinstall Instrument Drivers (Przeinstaluj sterowniki aparatu).

38 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Pliki w oprogramowaniu

Pliki w oprogramowaniu
W sekcji Tabela 4 wyszczególniono typy plików, z jakich korzysta CFX Maestro Dx SE.
Tabela 4. Typy plików, z jakich korzysta CFX Maestro Dx SE

Typ pliku

Rozszerzenie

Szczegóły

Protokół.prcl

Zawiera szczegóły konfiguracji protokołu potrzebne dowykonania analizy PCR

Płytka.pltd

Zawiera szczegóły konfiguracji płytki potrzebne dowykonania analizy PCR

Dane

.pcrd

Zawiera wyniki eksperymentu i analizy PCR

Analiza PrimePCR.csv

Zawiera protokół i układ płytki na potrzeby płytek
PrimePCR

Badanie genów.mgxd

Zawiera wyniki wielu analiz PCR oraz analiz ekspresji
genu

Niezależne pliki.zpcr

z danymi wstępnymi
LIMS

Zawiera odczyty fluorescencji z niezależnego działania
systemu, które są przekształcane w plik danych.plrn

Zawiera konfigurację płytki i informacje o protokole
wymagane do przeprowadzenia analizy próbek
kompatybilnej z systemem LIMS

JSON

.json

Plik tylko do odczytu generowany wyłącznie przez
systemy CFX Opus Dx. Ten plik zawiera dane pliku
analizy, które pojawiają się w okienku szczegółów w
przeglądarce plików po wybraniu pliku analizy. Ten plikjest generowany po zakończeniu analizy. Jest
eksportowany wraz z plikiem .zpcr i zapisywany z
plikami danych, gdy lokalizacją zapisu jest dysk USB
lub współdzielony folder sieciowy.

Podręcznik użytkownika | 39

Rozdział 2 Instalowanie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

40 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników
produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security
W produkcie Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security, użytkownicy logują się za pomocą
swojej nazwy użytkownika i hasła Windows. Osoba, która zainstalowała CFX Maestro Dx SE ma
automatycznie przypisaną rolę Administratora i może tworzyć konta i role użytkowników oraz nimizarządzać. Wszyscy inni użytkownicy muszą mieć przypisane konto użytkownika, aby zalogować się i
korzystać z oprogramowania.
Ważne: Każdy użytkownik musi mieć konto systemu Windows i hasło na komputerze CFX Maestro
Dx SE, zanim będzie można przypisać konto użytkownika i rolę. Użytkownicy mogą być członkami
grupy Użytkownicy systemu Windows lub grupy Administratorzy systemu Windows. Członkowie
grupy Użytkownicy systemu Windows mają dostęp tylko do swoich CFX Maestro Dx SE plików ifolderów. Członkowie grupy Administratorzy systemu Windows mają dostęp do plików i folderów
wszystkich użytkowników na komputerze.
Ta część opisuje sposób tworzenia użytkowników Microsoft Windows, aby dodać tych użytkowników do
CFX Maestro Dx SE. W tej sekcji wyjaśniono również, jak dodawać użytkowników CFX Maestro Dx SE
oraz zarządzać rolami i uprawnieniami użytkowników.

Podręcznik użytkownika | 41

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Uruchamianie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security
Uwaga: Każdy użytkownik musi zalogować się przy użyciu swojej nazwy użytkownika i hasła
Windows.

Aby uruchomić system CFX Maestro Dx SE
1.

Na pulpicie komputera CFX Maestro Dx SE, kliknąć dwukrotnie ikonę skrótu CFX Maestro Dx SE,
aby uruchomić aplikację.

2.

W oknie dialogowym logowania wpisać hasło systemu Windows i kliknąć przycisk OK.

CFX Maestro Dx SE otwiera się w oknie Home (Strona główna). Pasek tytułu wyświetla nazwę
zalogowanego użytkownika Windows, a pasek menu wyświetla niebieską naklejkę wskazującą, że
oprogramowanie jest zgodne z 21 CFR część 11, na przykład:

42 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Uruchamianie produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja SecurityPodręcznik użytkownika | 43

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Dodawanie użytkowników Microsoft Windows do Komputera z
produktem Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security
Wszyscy użytkownicy muszą zalogować się do komputera CFX Maestro Dx SE za pomocą nazwyużytkownika i hasła systemu Windows. Aby zapewnić dokładne śledzenie audytu, konta użytkowników
systemu Windows nie mogą być dodawane za pośrednictwem okna dialogowego Start > Settings(Ustawienia) > Accounts (Konta). Konta użytkowników systemu Windows należy dodać za pomocą
konsoli zarządzania komputerem.
Ważne: Zmiany wprowadzone we właściwościach użytkownika systemu Windows (w tym nazwaużytkownika i pełna nazwa) po utworzeniu skojarzonego CFX Maestro Dx SE użytkownika
unieważnia użytkownika CFX Maestro Dx SE. Upewnij się, że informacje są poprawne przed
zapisaniem użytkownika Windows i utworzeniem skojarzonego użytkownika CFX Maestro Dx SE.
Wskazówka: Przejrzyj dokumentację administracji Microsoft Windows i skontaktuj się zadministratorem systemu Windows, aby uzyskać więcej informacji przed utworzeniem kont
Windows.

Aby dodać konta użytkowników systemu Windows do komputera CFX Maestro Dx SE
1.

Zaloguj się do komputera CFX Maestro Dx SE jako członek grupy administratorów systemu
Windows.

2.

Na pulpicie kliknij prawym przyciskiem myszy My Computer (Mój komputer) i wybierz Manage(Zarządzaj), aby otworzyć konsolę Computer Management (Zarządzanie komputerem).

3.

W konsoli Computer Management (Zarządzanie komputerem) rozwiń Users and Groups(Użytkownicy i grupy lokalne).

4.

Kliknij prawym przyciskiem myszy folder Users (Użytkownicy) i wybierz opcję New User (Nowyużytkownik), aby otworzyć okno dialogowe New User.

44 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Dodawanie użytkowników Microsoft Windows do Komputera z produktem Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja

5.

6.

W oknie dialogowym New User (Nowy użytkownik) należy wypełnić następujące pola:nUser name (Nazwa użytkownika)nFull name (Pełne imię i nazwisko)n

Password (Hasło)nConfirm password (Potwierdź hasło)

Kliknąć opcję Create (Utwórz).

Podręcznik użytkownika | 45

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Dodawanie i usuwanie użytkowników produktu
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security
Wskazówka: Tylko użytkownicy z rolą Administratora CFX Maestro Dx SE mogą tworzyć i usuwać
konta użytkowników w CFX Maestro Dx SE. Osoba, która zainstalowała CFX Maestro Dx SE ma
automatycznie przypisaną rolę Administratora. Ta osoba może przypisać rolę Administratora innymużytkownikom.
Uwaga: W CFX Maestro Dx SE, przynajmniej jeden użytkownik musi mieć przypisaną rolęadministratora.

Aby dodać konta użytkowników CFX Maestro Dx SE
1.

Należy sprawdzić, czy każdy zamierzony użytkownik jest członkiem grupy Użytkownicy systemu
Windows lub grupy Administratorzy systemu Windows i ma hasło systemu Windows na komputerze
CFX Maestro Dx SE.

2.

Należy uruchomić CFX Maestro Dx SE i zalogować się jako Administrator.

3.

W oknie Home (Strona główna) wybrać User (Użytkownik) > User Administration (Administrowanieużytkownikami).

46 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Dodawanie i usuwanie użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Zostanie wyświetlone okno dialogowe User Administration (Administrowanie użytkownikami).

4.

W sekcji Manage Users (Zarządzaj użytkownikami) należy podać następujące informacje dlakażdego użytkownika:nUser name (Nazwa użytkownika) - w CFX Maestro Dx SE, musi to być nazwa logowaniaużytkownika do systemu Windows.

nFull name (Imię i nazwisko) - imię i nazwisko użytkownika.
Imię i nazwisko pojawi się w polu Full User w ścieżce audytu. Musi być takie samo, jak dane
wprowadzone w polu Full Name (Pełna nazwa) podczas tworzenia użytkownika systemu
Windows.

nRole (Rola) – rola do przypisania użytkownikowi.
Uwaga: Można wybrać tylko jedną rolę z listy rozwijanej. Aby uzyskać więcej informacji,patrz Zarządzanie rolami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security.

n

Domain (Domena) - domena Windows, z której użytkownik uzyskuje dostęp dooprogramowania.
Aby uzyskać więcej informacji, należy skontaktować się z administratorem systemu Windows.

Podręcznik użytkownika | 47

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

5.

Kliknąć przycisk OK, a następnie kliknąć przycisk Yes (Tak), aby zapisać zmiany i zamknąć okno
dialogowe User Administration.

Aby usunąć konto użytkownika w systemie CFX Maestro Dx SE
1.

Należy uruchomić CFX Maestro Dx SE i zalogować się jako Administrator.

2.

W oknie Home (Strona główna), należy wybrać opcję User (Użytkownik)> User Administration(Administracja użytkownikami), aby otworzyć okno dialogowe User Administration.

3.

W okienku Manage Users (Zarządzanie użytkownikami) wybrać opcję Remove (Usuń) dla każdego
użytkownika, którego konto ma zostać usunięte.

4.

Kliknąć przycisk OK, a następnie kliknąć przycisk Yes (Tak), aby zapisać zmiany i zamknąć okno
dialogowe User Administration.

Zarządzanie rolami użytkowników produktu Oprogramowanie
CFX Maestro Dx, wersja SecurityWażne: CFX Maestro Dx SE wymaga, aby przynajmniej jeden użytkownik miał przypisaną rolęadministratora. Można przypisać tę rolę więcej niż jednemu użytkownikowi.
CFX Maestro Dx SE ma cztery role użytkownika. Każdy użytkownik musi mieć przypisaną rolę, abyuzyskać dostęp do oprogramowania. Chociaż użytkownikom można przypisać tylko jedną rolę, w
dowolnym momencie można zmienić rolę użytkownika.
Oprócz roli administratora można zmienić uprawnienia przypisane do każdej roli. Wszyscy użytkownicy,
którym przypisano rolę, dziedziczą tylko uprawnienia tej roli.
Domyślnie prawa dla każdej roli są następujące:n

Administrator - ta rola ma wszystkie uprawnienia; nie można zmienić tych uprawnień.

nPrincipal (Kierownik) - ta rola ma wszystkie uprawnienia z wyjątkiem konfiguracji poczty e-mail.

n

Operator - ta rola ma wszystkie uprawnienia poza pomijaniem cykli i konfigurowaniem poczty
elektronicznej.

nGuest (Gość) - ta rola może tylko odczytywać pliki.

Podczas przypisywania ról w CFX Maestro Dx SE, należy dokładnie określić wymagania dla każdego
użytkownika. Na przykład bez uprawnień do zapisywania użytkownicy, którym przypisano rolę gościa, niebędą mogli podpisać pliku. Bez uprawnień do konfiguracji konta e-mail żadna z ról nie otrzyma
wiadomości e-mail po zakończeniu analizy.

48 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zarządzanie rolami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Aby zmienić uprawnienia dla roli1.

Należy uruchomić CFX Maestro Dx SE i zalogować się jako Administrator.

2.

W oknie Home (Strona główna), należy wybrać opcję User (Użytkownik)> User Administration(Administracja użytkownikami), aby otworzyć okno dialogowe User Administration.

3.

W sekcji Manage Rights (Zarządzaj uprawnieniami) dla każdej roli należy wyczyścić lub zaznaczyć
pola wyboru określonych uprawnień, jeśli to konieczne.

4.

Kliknąć przycisk OK, a następnie kliknąć przycisk Yes (Tak), aby zapisać zmiany i zamknąć okno
dialogowe User Administration.

Wyświetlanie swojej roli i uprawnień
Wskazówka: Użytkownicy z przypisanymi rolami użytkowników Principal (Przełożony), Operator lub
Guest (Gość) mogą przeglądać tylko swoje ustawienia, prawa i role. Użytkownicy, którym przypisanorolę administratora, mogą wyświetlać wszystkie uprawnienia i role użytkowników.

Wyświetlenie swojej bieżącej roli użytkownika i uprawnień
u

W oknie Home (Strona główna) wybrać User (Użytkownik) > User Administration (Administrowanieużytkownikami).

W celu zmodyfikowania ustawień użytkownika, uprawnień i ról wymienionych w oknie User Administration(Administrowanie użytkownikami) skontaktować się ze swoim administratorem systemu CFX Maestro Dx
SE.

Podręcznik użytkownika | 49

Rozdział 3 Zarządzanie kontami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

50 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 4 Korzystanie z produktu
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja
SecurityWażne: Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security używa uwierzytelniania użytkowników
systemu Microsoft Windows do weryfikacji dostępu do zabezpieczonych plików danych CFX. Należy
skontaktować się z administratorem systemu Windows, aby utworzyć środowisko zgodne z
wymaganiami 21 CFR część 11.
Korzystając z CFX Maestro Dx SE, użytkownicy mogąn

Podpisywać dane i pliki badań genów.

nChronić pliki danych hasłem.

nPrzeglądać i drukować ścieżki audytu.

Niniejsza sekcja szczegółowo wyjaśnia te funkcje.

Zabezpieczone plikiDomyślnie, CFX Maestro Dx SE zapisuje zabezpieczone pliki w folderze osobistym zalogowanegoużytkownika, który znajduje się w
C:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCR
W tym folderze możesz zapisywać i edytować pliki .pcrd. Folder ten zawiera odnośniki do innych folderów(np. folderu Sample Files (Pliki przykładowe)), które zawierają pliki tylko do odczytu. Jednak administratormoże usunąć zawartość tego folderu.
Wskazówka: Alternatywnie, administrator systemu Windows może utworzyć folder współdzielony, aadministrator CFX Maestro Dx SE może ustawić program tak, aby zapisywał wszystkie pliki w tym
folderze.
W CFX Maestro Dx SE płytka, protokół, dane i pliki badań genów są oznaczone jako zabezpieczone
podczas ich zapisywania. Można tworzyć te pliki w programie CFX Maestro lub w CFX Maestro Dx SE. Po
ich zapisaniu w CFX Maestro Dx SE, można otwierać te pliki tylko w CFX Maestro Dx SE.

Podręcznik użytkownika | 51

Rozdział 4 Korzystanie z produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

CFX Maestro Dx SE tworzy ścieżkę audytu dla wszystkich zabezpieczonych plików danych i badań
genów (odpowiednio pliki .pcrd i .mgxd). Program rejestruje wszystkie czynności podlegające audytowi wścieżce audytu pliku. Aby uzyskać więcej informacji, zobacz Ścieżki audytu na stronie 329.

Podpisywanie zabezpieczonych plików
Po zapisaniu pliku w CFX Maestro Dx SE, użytkownicy mogą dodać podpis elektroniczny. Aby podpisać
plik, rola użytkownika musi mieć uprawnienia do zapisywania pliku. Na przykład domyślnie rola gościa nie
ma uprawnień do zapisywania pliku, dlatego użytkownicy, którym przypisano tę rolę, nie mogąpodpisywać pliku.
W CFX Maestro Dx SE, podpisane pliki nie są ustawione jako tylko do odczytu. Można je wielokrotnie
przeglądać, modyfikować i podpisywać. Wszystkie zmiany i podpisy są śledzone w ścieżce audytu pliku.
Można podpisywać następujące typy plików:nPliki danych (.pcrd)nPliki badań genów (.mgxd)

Uwaga: Pliki należy zapisać, zanim będzie można je podpisać. Jeśli ostatnio wykonano w
CFX Maestro Dx SE analizę, najpierw należy zapisać wynikowy plik danych.

Aby podpisać plik1.

Należy zalogować się do CFX Maestro Dx SE za pomocą danych uwierzytelniających logowania do
systemu Windows.

2.

Otworzyć zabezpieczony plik danych lub plik badania genów, który ma zostać podpisany.

3.

Wybrać polecenie File (Plik) > Sign (Podpisz). Pojawi się okno dialogowe Electronic Signature(Podpis elektroniczny).

52 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

4.

Wprowadzić nazwę użytkownika i hasło systemu Windows oraz powód podpisania pliku.
Nazwa użytkownika i powód podpisania są zawarte w ścieżce audytu (więcej informacji znajduje się
w sekcji Ścieżki audytu na stronie 329).

5.

Kliknąć OK, aby przesłać podpis i zamknąć okno dialogowe.

Modyfikowanie zabezpieczonych plików
W CFX Maestro Dx SE, użytkownicy mogą modyfikować zabezpieczone pliki, w tym podpisane i
niepodpisane dane oraz pliki badań genów. Oprogramowanie wyświetla monit o podanie przyczyny
zmiany, gdy zapisywane są zmodyfikowane bezpieczne dane lub plik badania genów. Zmiany sąśledzone w ścieżce audytu pliku.
Wskazówka: Ponieważ oprogramowanie nie tworzy ścieżek audytu dla plików płytek lub protokołów,
nie jest wyświetlany monit o podanie powodu podczas zapisywania zmian w tych plikach.

Aby zapisać zmodyfikowane dane lub plik badania genów
1.

Należy zalogować się do CFX Maestro Dx SE za pomocą danych uwierzytelniających logowania do
systemu Windows.

2.

Otworzyć i zmodyfikować zabezpieczony plik danych lub plik badania genów.

Podręcznik użytkownika | 53

Rozdział 4 Korzystanie z produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Wskazówka: Lista działań podlegających audytowi znajduje się w sekcji Zdarzenia podlegające
audytowi na stronie 331.
3.

Wybrać File (Plik) > Save (Zapisz). Zostanie wyświetlone okno dialogowe Audit Trail Change Reason(Przyczyna zmiany ścieżki audytu).

W tym oknie dialogowym są wyświetlane następujące informacje, które są przechwytywane w
nagłówku ścieżki audytu pliku dla każdego zdarzenia modyfikacji:nDate (Data) – data, w której nastąpiła zmiana.

nUser (Użytkownik) – domena Windows i nazwa zalogowanego użytkownika.

nComment (Komentarz) – ostatni zapisany komentarz.

n

Signature (Podpis) – podpis elektroniczny ostatniej osoby, która podpisała plik.

nSignature reason (Powód podpisu) – powód podpisu.

nApplication (Aplikacja) – CFX Maestro Dx SE (pojawia się jako BioRadCFXManager.exe, cojest poprawne).

nApplication version (Wersja aplikacji) – aktualna wersja CFX Maestro Dx SE .

n

Full user (Imię i nazwisko) – imię i nazwisko zalogowanego użytkownika.

54 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Uwaga: Te dane pojawiają się w ścieżce audytu.
nMachine (Maszyna) – komputer, na którym jest zainstalowany system.

W tabeli zmian są wyświetlane zmiany podlegające audytowi, które wystąpiły w wyniku modyfikacji.
Może również pojawić się krótki opis powodu zmiany.
Wskazówka: Można dodawać lub edytować opisy w kolumnie Reason For Change (Powód
zmiany).
4.

Przeglądaj listę zmian. W razie potrzeby należy podać szczegółowe powody.

5.

Wykonaj jedną z następujących czynności:nNależy kliknąć Save Changes (Zapisz zmiany), aby zapisać zmiany w pliku, a także wszelkie
zmiany wprowadzone w tabeli i zamknąć okno dialogowe.
Zmiany w pliku i przyczyny zmian pojawiają się w ścieżce audytu pliku.

nKliknąć Cancel Changes (Anuluj zmiany), aby przywrócić plik do poprzedniego stanu i zamknąć
okno dialogowe.
Zmiany nie zostaną zapisane w pliku, a ścieżka audytu nie zostanie zaktualizowana.

Podręcznik użytkownika | 55

Rozdział 4 Korzystanie z produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Ochrona hasłem plików
Jako dodatkowy poziom bezpieczeństwa, CFX Maestro Dx SE umożliwia użytkownikom ustawienie haseł
do wszystkich zabezpieczonych plików. Podczas ustawiania haseł do zabezpieczonych plików należy
wziąć pod uwagę następujące warunki:

Warunek

Działanie

No password is required (Hasło

Wszyscy użytkownicy mogą otwierać, modyfikować i

nie jest wymagane).

zapisywać zabezpieczony plik na podstawie swoich
uprawnień.

File requires the Save password

Wszyscy użytkownicy mogą otwierać zabezpieczony(Plik wymaga hasła zapisu).

plik, a użytkownicy znający hasło Zapisu mogąmodyfikować i zapisywać bezpieczny plik.

File requires the Open password

Tylko użytkownicy znający hasło Otwarcia mogą(Plik wymaga hasła Otwarcia).

otwierać, modyfikować i zapisywać bezpieczny plik.

File requires both the Open and

Niektórzy użytkownicy mogą otwierać zabezpieczony

Save passwords (Plik wymaga

plik, a podgrupa tych użytkowników może modyfikować izarówno hasła Otwarcia, jak izapisywać plik.

Zapisu).

W zależności od roli użytkownika, każdy użytkownik może wykonać akcję Save As (Zapisz jako), aby
utworzyć nowy zabezpieczony plik o innej nazwie lub zapisać plik o tej samej nazwie w innej lokalizacji, oile spełniony jest jeden z poniższych warunków:
nZabezpieczony plik nie jest chroniony hasłem.

nUżytkownik ma hasło do otwarcia pliku.

Wskazówka: Nowy plik jest zapisywany bez ochrony hasłem. Oryginalny plik zachowuje swoje
hasła.
W zależności od roli, użytkownik może zmodyfikować i zapisać oryginalny plik, o ile spełniony jest jeden zponiższych warunków:
nPlik nie jest chroniony hasłem.

nUżytkownik ma hasło do otwarcia i hasło do zapisania pliku.

Uwaga: Rola użytkownika musi obejmować prawo do zapisywania plików w celu ustawienia haseł.
Na przykład użytkownicy z rolą Gość nie mogą zapisywać plików i dlatego nie mogą ustawiać haseł
do pliku.
Ważne: Tylko administratorzy CFX Maestro Dx SE mogą resetować lub usuwać hasła.

56 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Aby zabezpieczyć plik hasłem
1.

Należy zalogować się do CFX Maestro Dx SE za pomocą danych uwierzytelniających systemu
Windows.

2.

Otworzyć zabezpieczony plik.

3.

Wybrać polecenie File (Plik) > File Passwords (Hasła do pliku). Zostanie wyświetlone okno
dialogowe File Passwords (Hasła pliku).

4.

Wprowadzić hasła w polach Save Password (Hasło Zapisu) i Open Password (Hasło Otwarcia).
Wskazówka: Domyślnie hasła podczas wpisywania są wyświetlane jako znaki gwiazdki.
Wybrać opcję Show Password (Pokaż hasło), aby wyświetlać hasło podczas wpisywania.
Ważne: W hasłach rozróżniane są duże i małe litery. CFX Maestro Dx SE nie nakłada
ograniczeń na hasła. Aby uzyskać najlepsze praktyki, należy skontaktować się zadministratorem systemu w sprawie wymagań dotyczących hasła w Twojej witrynie.

5.

Należy kliknąć Set Passwords (Ustaw hasła), aby ustawić hasła i zamknąć okno dialogowe.

6.

Wybrać polecenie File (Plik) > Save (Zapisz), aby zapisać zmiany w pliku.

Podręcznik użytkownika | 57

Rozdział 4 Korzystanie z produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Aby usunąć hasłaWażne: Musisz być administratorem CFX Maestro Dx SE, aby usuwać hasła.
1.

W oknie dialogowym Password Required (Wymagane hasło), należy kliknąć opcję Remove
Passwords (Usuń hasła).

Pojawi się okno dialogowe logowania do CFX Maestro Dx SE.

2.

Należy podać nazwę użytkownika i hasło systemu Windows dla administratora CFX Maestro Dx SE i
kliknąć OK.
Pojawi się oryginalny plik danych.
Ważne: Aby usunąć hasła należy zapisać plik.

3.

Wybrać polecenie File (Plik) > Save (Zapisz), aby zapisać zmiany w pliku.

58 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Aby zmienić hasłaWażne: Tylko administratorzy CFX Maestro Dx SE mogą zmieniać hasła.
1.

Otworzyć zabezpieczony plik.

2.

Wybrać polecenie File (Plik) > File Passwords (Hasła do pliku). Zostanie wyświetlone okno
dialogowe File Passwords (Hasła pliku).

Wskazówka: Opcje Save Password (Hasło Zapisu), Open Password (Hasło Otwarcia) i Show
Password (Pokaż hasło) są wyłączone.
3.

Kliknąć Reset Passwords (Resetuj hasła).
Pojawi się okno dialogowe logowania do CFX Maestro Dx SE.

Podręcznik użytkownika | 59

Rozdział 4 Korzystanie z produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

4.

Należy podać nazwę użytkownika i hasło systemu Windows dla administratora CFX Maestro Dx SE i
kliknąć OK.
Zostanie wyświetlone okno dialogowe File Passwords (Hasła pliku).

5.

6.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Aby zresetować ochronę hasłem, należy wpisać nowe hasło w odpowiednim polu hasła.

n

Aby usunąć ochronę hasłem, należy wyczyścić pole hasła.

Należy kliknąć opcję Set Passwords (Ustaw hasła), aby zapisać zmiany hasła i zamknąć okno
dialogowe.

60 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 5 Przestrzeń robocza
Produkt Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security zapewnia interfejs do konfigurowania płytek,
opracowywania protokołów PCR, uruchamiania ich w aparatach CFX Opus Dx Deewell Dx orazanalizowania danych z analiz PCR.
CFX Maestro Dx SE zawiera pięć głównych przestrzeni roboczych:nokno Home (Strona główna),nKreator Startup Wizard (Kreator startowy)nokno Protocol Editor (Edytor protokołu),nokno Plate Editor (Edytor płytki),nokno Data Analysis (Analiza danych).

W tym rozdziale pokazano i pokrótce opisano każdą z tych przestrzeni roboczych.

Podręcznik użytkownika | 61

Rozdział 5 Przestrzeń robocza

Okno Home (Strona główna)Po uruchomieniu oprogramowania CFX Maestro Dx SE otwiera się okno Home (Strona główna)i wyświetla się okno Startup Wizard (Kreator startowy), w którym można skonfigurować eksperyment,
wykonać lub powtórzyć analizę próbek oraz wykonać analizę danych dla istniejących wyników. W oknie
Home (Strona główna) można też przeglądać dzienniki aplikacji i aparatów, tworzyć użytkowników
i zarządzać nimi oraz przechodzić do wielu przydatnych narzędzi. Więcej informacji zamieszczono
w sekcji Rozdział 6, Okno Home (Strona główna).

62 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Kreator Startup Wizard (Kreator startowy)

Kreator Startup Wizard (Kreator startowy)
Za pomocą kreatora Startup Wizard (Kreator startowy) można szybko skonfigurować i uruchomić
eksperymenty zdefiniowane przez użytkownika albo wybrać i uruchomić eksperyment PrimePCR.
Korzystając z tego kreatora można również powtórzyć analizę lub przeanalizować dane z analizy.

Podręcznik użytkownika | 63

Rozdział 5 Przestrzeń robocza

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)
W oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) można tworzyć, otwierać, przeglądać i edytować protokół.
Można też zmodyfikować temperaturę pokrywy dla otwartego protokołu. Funkcja Protocol Editor (Edytor
protokołu) jest szczegółowo opisana w sekcji Rozdział 7, Tworzenie protokołów.

64 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Plate Editor (Edytor płytki)

Okno Plate Editor (Edytor płytki)
W oknie Plate Editor (Edytor płytki) można tworzyć płytki, a także otwierać je, przeglądać i edytować.
Funkcja Plate Editor (Edytor płytki) jest szczegółowo opisana w sekcji Rozdział 8, Przygotowywanie
płytek.

Podręcznik użytkownika | 65

Rozdział 5 Przestrzeń robocza

Okno Data Analysis (Analiza danych)
W oknie Data Analysis (Analiza danych) można wyświetlać i porównywać dane analiz, wykonywać
analizy statystyczne, eksportować dane oraz tworzyć raporty gotowe do publikacji. Funkcjonalność Data
Analysis (Analiza danych) jest szczegółowo opisana w sekcji Rozdział 10, Przegląd informacji o analizie
danych oraz w sekcji Rozdział 11, Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych).

66 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security zapewnia interfejs do opracowywania protokołów
PCR, uruchamiania ich w systemach Dx oraz obróbki danych z analiz PCR.
Niniejszy rozdział stanowi wstęp do produktu CFX Maestro Dx SE oraz opisuje funkcje dostępne z okna
Home (Strona główna).

Podręcznik użytkownika | 67

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Okno Home (Strona główna)Po uruchomieniu oprogramowania CFX Maestro Dx SE otwiera się okno Home (Strona główna)i wyświetla się okno Startup Wizard (Kreator startowy), w którym można skonfigurować analizę próbek,wykonać ją lub powtórzyć oraz wykonać analizę danych dla istniejących wyników. W oknie Home (Strona
główna) można też przeglądać dzienniki aplikacji i aparatów, tworzyć użytkowników i zarządzać nimi orazprzechodzić do wielu przydatnych narzędzi.

LEGENDA1.

Na pasku tytułu oprogramowania wyświetlana jest nazwa oprogramowania oraz zalogowanegoużytkownika.

2.

Pasek menu zapewnia szybki dostęp do poleceń menu File (Plik), View (Widok), Users(Użytkownicy), Run (Analiza próbek), Tools (Narzędzia), Window (Okno) i Help (Pomoc).

3.

Polecenia na pasku narzędzi zapewniają szybki dostęp do opcji menu.

68 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Strona główna)4.

W lewym panelu wyświetlane są aparaty podłączone do komputera z oprogramowaniem
CFX Maestro Dx SE oraz przyciski, za pomocą których można obsługiwać pokrywę
i przeglądać stan aparatów.

5.

W panelu głównym wyświetlane jest okno robocze. Domyślnym oknem roboczym na ekranieHome (Strona główna) jest kreator Startup Wizard (Kreator startowy).

6.

Na pasku stanu wyświetlane są nazwy podłączonych aparatów oraz zalogowanegoużytkownika.

Polecenia menu File (Plik)
New (Nowy) — otwarcie okna dialogowego, w którym można utworzyć nowy protokół, płytkę lub badanie
genów.
Open (Otwórz) — otwarcie okna dialogowego, w którym można przejść do istniejącego protokołu, płytki,
pliku danych, badania genów, pliku LIMS, analizy próbek z niezależnego aparatu (niezależnej analizy) lub
pliku analizy PrimePCR oraz otworzyć taki plik.
Recent Data Files (Ostatnie pliki danych) — wyświetlanie listy ostatnio otwieranych plików PCR.
Repeat a Run (Powtórz analizę próbek) — otwarcie Eksploratora Windows w miejscu zapisanych plików
PCR, gdzie można znaleźć analizę próbek do powtórzenia.
Exit (Wyjście) — zamknięcie oprogramowania CFX Maestro Dx SE.

Polecenia menu View (Widok)
Application Log (Dziennik aplikacji) — umożliwia wyświetlenie dziennika użycia oprogramowaniapocząwszy od dnia instalacji do dnia bieżącego.
Run Reports (Raporty z analiz próbek) — służy do wyświetlania listy raportów dotyczących analiz.
Startup Wizard (Kreator startowy) — umożliwia wyświetlenie kreatora Startup Wizard (Kreator startowy)
w oknie głównym.
Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) — umożliwia wyświetlenie okna Run Setup (Konfiguracja
analizy próbek) w panelu głównym.
Instrument Summary (Podsumowanie aparatu) — umożliwia wyświetlenie okna Instrument Summary(Podsumowanie aparatu) w panelu głównym.
Detected Instruments (Wykryte aparaty) — umożliwia naprzemienne włączanie i wyłączaniewyświetlania podłączonych aparatów w lewym panelu. Domyślnie w oprogramowaniu podłączone
aparaty są wyświetlane w lewym panelu.

Podręcznik użytkownika | 69

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Toolbar (Pasek narzędzi) — umożliwia naprzemienne włączanie i wyłączanie wyświetlania paskanarzędzi u góry ekranu. Domyślnie oprogramowanie wyświetla ten pasek narzędzi.
Status Bar (Pasek stanu) — umożliwia naprzemienne włączanie i wyłączanie wyświetlania paska stanu
u dołu ekranu. Domyślnie oprogramowanie wyświetla ten pasek stanu.
Show (Pokaż) — umożliwia otwarcie okna dialogowego, z którego można
nWyświetlać lub blokować dziennik stanu.

nOtwierać i wyświetlać folder danych oprogramowania CFX Maestro Dx SE.

n

Otwierać i wyświetlać folder danych użytkownika.

nOtwierać i wyświetlać folder pliku systemu LIMS.

n

Otwierać i wyświetlać folder PrimePCR.

nWyświetlać historię analiz.

nWyświetlać właściwości wszystkich podłączonych aparatów.

Polecenia menu User (Użytkownik)
Select User (Wybierz użytkownika) — otwarcie ekranu Login (Logowanie), na którym można wybraćużytkownika z listy rozwijanej User Name (Nazwa użytkownika) i zalogować się do aplikacji.
Change Password (Zmień hasło) — otwarcie okna dialogowego Change Password (Zmień hasło),
w którym użytkownicy mogą zmienić swoje hasło.
Uwaga: Ta opcja jest wyłączona dla CFX Maestro Dx SE. Użytkownicy muszą zmienić swoje hasło
do systemu Windows, aby zmienić swoje hasło do produktu CFX Maestro Dx SE.
User Preferences (Preferencje użytkownika) — otwarcie okna dialogowego User Preferences(Preferencje użytkownika), w którym użytkownicy mogą zmieniać domyślne ustawienia następujących
funkcji:nwysyłanie i otrzymywanie powiadomień pocztą e-mail po zakończeniu analizy próbek,nwysyłanie plików danych,ntworzenie protokołów za pomocą opcji Protocol Editor (Edytor protokołu) i Protocol AutoWriter(Automatyczny kreator protokołu),ntworzenie płytek,nanalizowanie danych,nprzeprowadzanie analizy ekspresji genu,nokreślanie jakości danych,

70 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Strona główna)neksportowanie danych aparatu CFX.

User Administration (Administrowanie użytkownikami) — otwarcie okna dialogowego User
Administration (Administrowanie użytkownikami), w którym administatorzy mogą tworzyć użytkowników,
modyfikować uprawnienia przypisane do ról i przypisywać role użytkownikom.
Bio-Rad Service Login (Logowanie serwisowe) — wyłącznie dla personelu działu wsparcia
technicznego firmy Bio-Rad. Nie wybierać tego polecenia.

Polecenia menu Run (Analiza próbek)User-defined Run (Analiza próbek definiowana przez użytkownika) — otwarcie okna Run Setup(Konfiguracja analizy próbek), w którym można skonfigurować protokół i płytkę definiowane przezużytkownika, a następnie uruchomić eksperyment PCR w wybranym aparacie.
PrimePCR Run (Analiza PrimePCR) — otwarcie zakładki Start Run (Uruchom analizę próbek) w oknie
Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z domyślnym protokołem i układem płytki PrimePCR
załadowanymi w oparciu o wybrany aparat.
End-Point Only Run (Analiza wyłącznie punktu końcowego) — otwarcie zakładki Start Run (Uruchom
analizę próbek) w oknie Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z domyślnym protokołem i układem
płytki dla punktu końcowego załadowanymi w oparciu o wybrany aparat.
Qualification Run (Analiza kwalifikacyjna) — otwarcie zakładki Start Run (Uruchom analizę próbek)w oknie Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z domyślnym protokołem kwalifikacji Bio-Rad i układem
płytki załadowanym zgodnie z wybranym aparatem.

Polecenia menu Tools (Narzędzia)
Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u) — służy do otwierania kalkulatora mieszaniny
głównej, w którym można utworzyć mieszaninę reakcyjną oraz wydrukować obliczenia.
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) — służy do otwierania okna dialogowego
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu), w którym można łatwo utworzyć nowy protokół.
Ta Calculator (Kalkulator Ta) — służy do otwierania kalkulatora Ta, w którym można łatwo obliczyć
temperaturę annealingu primerów.
Dye Calibration Wizard (Kreator kalibracji barwnika) — służy do otwierania kreatora Dye Calibration
Wizard (Kreator kalibracji barwnika), w którym można skalibrować aparat dla nowego fluoroforu.
Reinstall Instrument Drivers (Przeinstaluj sterowniki aparatu) — umożliwia ponowne zainstalowanie
sterowników, które kontrolują komunikację z systemami PCR w czasie rzeczywistym firmy Bio-Rad.

Podręcznik użytkownika | 71

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Zip Data and Log Files (Pakuj dane i pliki dzienników) — umożliwia otwarcie okna dialogowego, w
którym można wybrać pliki do spakowania i zapisania w pliku zip, który następnie można przekazać doarchiwizacji albo wysłać pocztą e-mail.
Batch Analysis (Analiza seryjna) — umożliwia otwarcie okna dialogowego Batch Analysis (Analiza
seryjna), w którym można skonfigurować parametry analizowania więcej niż jednego pliku danych
jednocześnie.
Options (Opcje) — otwiera okno dialogowe, w którym można:n

Konfigurować ustawienia serwera poczty e-mail.

n

Konfigurować ustawienia eksportu dla systemu LIMS, Seegene oraz innych plików danych.
Wskazówka: Można także wybrać opcję automatycznego uruchamiania przeglądarki
Seegene podczas eksportu, jeśli podjęta zostanie decyzja o wyeksportowaniu danych w
formacie Seegene.

nZmienić język, w którym wyświetlany jest interfejs użytkownika (angielski, chiński, rosyjski)Ważne: Aby wyświetlić wybrany język, należy ponownie uruchomić CFX Maestro Dx SE.
Ważne: Język systemu operacyjnego musi odpowiadać językowi, który ma być wyświetlany
w interfejsie CFX Maestro Dx SE.

Polecenia menu Help (Pomoc)
Wskazówka: Menu Help (Pomoc) jest dostępne na pasku menu we wszystkich oknach
oprogramowania CFX Maestro Dx SE.
Contents (Spis treści) — przedstawia zakładkę Contents (Spis treści) w systemie pomocy
oprogramowania CFX Maestro Dx SE.
Index (Indeks) — przedstawia zakładkę Index (Indeks) w systemie pomocy oprogramowania
CFX Maestro Dx SE.
Search (Wyszukaj) — przedstawia zakładkę Search (Szukaj) w systemie pomocy oprogramowania
CFX Maestro Dx SE.
Open User Guide (Otwórz podręcznik użytkownika) — otwiera plik PDF zawierający ten podręcznik.
Additional Documentation (Dodatkowa dokumentacja) – zapewnia dostęp do instrukcji obsługi
systemów CFX Opus Dx Real-Time PCR.
Release Notes (Uwagi do wydania) — otwiera dokument Release Notes (Uwagi do wydania) dotyczący
zainstalowanej wersji oprogramowania CFX Maestro Dx SE.

72 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Strona główna)Video Resources (Zasoby wideo) — umożliwia otwarcie strony WWW zawierającej zasoby wideo
Bio-Rad, na przykład filmy instruktażowe.
qPCR Applications and Technologies Web Site (Serwis WWW poświęcony zastosowaniom itechnologiom qPCR) — umożliwia otwarcie serwisu WWW firmy Bio-Rad poświęconego zastosowaniom itechnologiom qPCR, z którego można uzyskać informacje o PCR w czasie rzeczywistym (qPCR).
PCR Reagents Web Site (Serwis internetowy poświęcony odczynnikom PCR) — umożliwia przejście do
serwisu internetowego firmy Bio-Rad poświęconego odczynnikom PCR i qPCR, z którego można
zamawiać odczynniki PCR, mieszaniny główne, barwniki oraz zestawy.
PCR Plastic Consumables Web Site (Serwis internetowy poświęcony materiałom eksploatacyjnym z
tworzyw sztucznych do PCR) — umożliwia przejście do serwisu WWW firmy Bio-Rad poświęconego
materiałom eksploatacyjnym i elementom z tworzyw sztucznych, z którego można zamawiać płytki PCR,
folie adherentne do płytek, probówki i zatyczki, a także inne akcesoria z tworzyw sztucznych.
Software Web Site (Serwis internetowy poświęcony oprogramowaniu) — umożliwia przejście do serwisu
internetowego firmy Bio-Rad poświęconego oprogramowaniu do analiz PCR, z którego można zamawiać
zaktualizowane wersje oprogramowania CFX Maestro Dx SE firmy Bio-Rad.
About (Informacje o) — wyświetla informacje o prawach autorskich oraz o wersji oprogramowania
CFX Maestro Dx SE.

Polecenia na pasku narzędzi
— służy do otwierania Eksploratora Windows, w którym można przechodzić do plików danych iotwierać je, a także generować pliki badań.

— służy do otwierania kalkulatora Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u).

— umożliwia otwarcie okna Run Setup (Konfiguracja analizy).

— umożliwia otwarcie okna Run Setup (Konfiguracja analizy) z domyślnym protokołem PrimePCR
i układem płytki odpowiednim do wybranego aparatu.

— umożliwia otwarcie kreatora Startup Wizard (Kreator startowy).

Podręcznik użytkownika | 73

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Kreator Startup Wizard (Kreator startowy)
Gdy oprogramowanie CFX Maestro Dx SE uruchamia się, w panelu roboczym wyświetlany jest Startup
Wizard (Kreator startowy). W oknie Startup Wizard (Kreator startowy) można:n

wybrać aparat z listy wykrytych aparatów i skonfigurować analizę próbek definiowaną przezużytkownika lub analizę PrimePCR;notworzyć i powtórzyć analizę próbek;notworzyć plik danych, aby przeanalizować wyniki pojedynczej analizy próbek, lub plik badania
genów, aby uzyskać wyniki z wielu analiz ekspresji genu.

Te zadania są dokładniej objaśnione w poniższych rozdziałach.

Pasek stanu
Lewa strona paska stanu u dołu głównego okna oprogramowania przedstawia bieżący status wykrytych
aparatów. Po prawej stronie paska stanu wyświetlana jest nazwa bieżącego użytkownika, a także
godzina i data.

74 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Strona główna)Panel Detected Instruments (Wykryte aparaty)
W panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) wyświetlane są poszczególne aparaty podłączone do
komputera CFX Maestro Dx SE. Domyślnie każdy aparat jest widoczny jako ikona, a jego numer seryjny jako
jego nazwa.
W tym okienku można
nWyświetlić właściwości i skalibrowane barwniki dla wybranego aparatu.
Informacje na temat właściwości aparatu zawiera sekcja Przeglądanie właściwości aparatu nastronie 78.

nWyświetlić status podłączonego aparatu.

nOtworzyć automatyczną pokrywę w wybranych aparatach.

nZamknąć automatyczną pokrywę w wybranych aparatach.

nWyświetlić status wszystkich podłączonych aparatów.

Aby wyświetlić status podłączonego aparatuu

W panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) należy wybrać docelowy aparat i wykonać jedną
z następujących czynności:n

Kliknąć opcję View Status (Wyświetl status) w sekcji Selected Instrument (Wybrany aparat).

n

Kliknąć prawym przyciskiem myszy i w menu, które zostanie wyświetlone, wybrać opcję View
Status (Wyświetl status).

Pojawi się okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek) z wyświetloną zakładką Run
Status (Stan analizy próbek). Status wybranego aparatu będzie widoczny poniżej panelu stanu
analizy, na przykład:Podręcznik użytkownika | 75

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Aby otworzyć lub zamknąć pokrywę aparatuu

W panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) należy wybrać docelowy aparat i wykonać jedną
z następujących czynności:n

Kliknąć opcję Open Lid (Otwórz pokrywę) lub Close Lid (Zamknij pokrywę) w sekcji Selected
Instrument (Wybrany aparat).

n

Kliknąć prawym przyciskiem myszy i w menu, które zostanie wyświetlone, wybrać odpowiednie
działanie.

nOtworzyć okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek), wybrać zakładkę Run Status(Stan analizy próbek), a następnie kliknąć opcję Open Lid (Otwórz pokrywę) lub Close Lid(Zamknij pokrywę).

Aby wyświetlić status wszystkich wykrytych aparatówu

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

W sekcji All Instruments (Wszystkie aparaty) w panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty)
kliknąć opcję View Summary (Podsumowanie widoku).

nW pasku menu wybrać polecenia View (Widok) > Instrument Summary (Podsumowanie
aparatu).

Zostanie wyświetlone okno dialogowe Instrument Summary (Podsumowanie aparatu).
Wskazówka: Jeśli system wykryje tylko jeden podłączony aparat, wówczas sekcja All
Instruments (Wszystkie aparaty) nie będzie widoczna w panelu Detected Instruments (Wykryte
aparaty). Aby wyświetlić podsumowanie jednego aparatu, należy wybrać polecenia View
(Widok) > Instrument Summary (Podsumowanie aparatu).

76 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Strona główna)Elementy sterujące na pasku narzędzi Instrument Summary (Podsumowanie
aparatu)Tabela 5 przedstawia elementy sterujące i funkcje paska narzędzi Instrument Summary (Podsumowanie
aparatu).
Tabela 5. Elementy sterujące na pasku narzędzi Instrument Summary (Podsumowanie aparatu)

PrzyciskNazwa przycisku

Funkcja

Create a new Run (Utwórz

Tworzy analizę w wybranym blokunową analizę)poprzez otwarcie okna Run Setup(Konfiguracja analizy próbek).

Stop (Zatrzymaj)

Zatrzymuje bieżącą analizę w wybranych
blokach.

Pause (Wstrzymaj)

Wstrzymuje bieżącą analizę w wybranych
blokach.

Resume (Wznów)

Wznawia analizę w wybranych blokach.

Flash Block Indicator

Powoduje mignięcie diody LED na(Zamigaj wskaźnikiem

pokrywie wybranych bloków.

bloku)
Open Lid (Otwórz pokrywę)Otwiera automatyczną pokrywę
wybranych bloków.

Close Lid (Zamknij

Zamy automatyczną pokrywę wybranych

pokrywę)bloków.

Hide Selected Blocks

Ukrywa wybrane bloki na liście Instrument(Ukryj wybrane bloki)

Summary (Podsumowanie aparatu)

Show All Blocks (Pokaż

Wyświetla wybrane bloki na liście

wszystkie bloki)

Instrument Summary (Podsumowanie
aparatu)Podręcznik użytkownika | 77

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)PrzyciskNazwa przycisku

Funkcja

Show (Pokaż)Należy wybrać bloki, które pojawią się naliście. Należy wybrać jedną z opcji, abywyświetlić wszystkie wykryte bloki,
wszystkie bloki bezczynne, wszystkie
bloki wykorzystywane do analizy przezbieżącego użytkownika albo wszystkie
bloki, na których trwa analiza.

Przeglądanie właściwości aparatu
Za pomocą panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) można przeglądać szczegółowe informacjeo wybranym aparacie, w tym jego właściwości, stan śruby transportowej (tylko CFX Connect i CFX
Touch) i listę skalibrowanych barwników (fluoroforów).

Przeglądanie właściwości aparatuu

W panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) kliknąć prawym przyciskiem myszy docelowy
aparat i wybrać opcję Properties (Właściwości) w wyświetlonym wtedy menu.

Zakładka Properties (Właściwości)W zakładce Properties (Właściwości) wymienione są szczegóły techniczne wybranego aparatu, w tym
jego model, numery seryjne jego podzespołów oraz wersje oprogramowania układowego. Domyślna
nazwa aparatu (jego numer seryjny) jest wyświetlana w wielu miejscach, w tym w panelu Detected
Instruments (Wykryte aparaty) i na pasku nagłówka okna dialogowego Instrument Properties(Właściwości aparatu). Można zmienić nazwę aparatu, aby łatwiej go rozpoznawać.
Uwaga: Za pomocą oprogramowania CFX Maestro nie można zmienić nazwy aparatu CFX Opus.

Zakładka Calibrated Dyes (Barwniki skalibrowane)
W zakładce Calibrated Dyes (Barwniki skalibrowane) wyświetlane są skalibrowane fluorofory i płytki dla
wybranego aparatu.

78 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Home (Strona główna)Aby wyświetlić szczegółowe informacje o kalibracji, kliknąć jej przycisk Info w kolumnie Detail(Szczegóły).

Podręcznik użytkownika | 79Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania
z produktu
W tej sekcji opisano czynności, które mogą być konieczne do wykonania przed użyciem CFX Maestro Dx
SE. Są to:n

Tworzenie Master Mix-u do reakcjinKalibrowanie nowych barwników

Tworzenie Master Mix-u do reakcji
Za pomocą funkcji Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u) w programie CFX Maestro Dx SEmożna łatwo obliczyć wymaganą objętość każdego składnika dla Master Mix-u. Można wydrukować
tabelę obliczeń dla Master Mix-u w domyślnej drukarce oraz zapisać obliczenia dla każdego docelowego
genu do wykorzystania w przyszłości.

Utworzenie Master Mix-u do reakcji za pomocą Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master
Mix-u)
1.

Aby otworzyć Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u), wykonać jedną z następujących
czynności:n

Wybrać Tools (Narzędzia) > Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u).

nKliknąć Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u) na pasku narzędzi.

Zostanie wyświetlony Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master Mix-u).

80 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

2.

W części Reaction (Reakcja) wybrać metodę detekcji:n

SYBR® Green/EvaGreen®

nProbes (Sondy)3.

Aby utworzyć nowy gen docelowy, kliknąć Create New (Utwórz nowy) w części Target (Gendocelowy). Nowa nazwa genu docelowego pojawi się na liście rozwijanej genów docelowych.

4.

(Opcjonalnie) Aby zmienić domyślną nazwę genu docelowego:

5.

a.

Podświetlić nazwę genu docelowego na liście rozwijanej genów docelowych.

b.

Wpisać nową nazwę genu docelowego w polu Target (Gen docelowy).

c.

Nacisnąć klawisz Enter.

Dostosować Starting Concentration (Stężenie początkowe) i Final Concentration (Stężenie
końcowe) dla primerów wiodących i odwrotnych oraz wszelkich sond.

Podręcznik użytkownika | 81

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)6.

W części Master Mix Setup (Konfiguracja Master Mix-u) dostosować wartości dla:nliczby reakcji do uruchomienia,nobjętości reakcyjnej na studzienkę,nobjętości matrycy na studzienkę,nstężenia Supermix na studzienkę,nnadmiaru objętości reakcyjnej na studzienkę.

7.

(Opcjonalnie) Wykonać kroki 2–6 dla wszystkich koniecznych genów docelowych.

8.

W części Choose Target to Calculate (Wybierz gen docelowy do obliczenia) wybrać gen docelowy do
obliczenia.
Wskazówka: Można obliczać tylko jeden gen docelowy, kilka genów docelowych lub wszystkie
jednocześnie.
Obliczone objętości wymaganych składników dla każdego wybranego genu docelowego sąwyświetlane w tabeli Master Mix.

9.

Kliknąć Set as Default (Ustaw jako domyślne), aby ustawić ilości wprowadzone w częściach Target(Gen docelowy) i Master Mix Setup (Konfiguracja Master Mix-u) jako nowe wartości domyślne.

10. Kliknąć OK, aby zapisać zawartość pola dialogowego Master Mix Calculator (Kalkulator dla Master
Mix-u).

Wydruk tabeli obliczeń dla Master Mix-uu

Aby wydrukować tabelę obliczeń dla Master Mix-u, kliknąć Print (Drukuj).
Tabela obliczeń jest drukowana w drukarce domyślnej.

Zapisanie tabeli obliczeń dla Master Mix-u w pliku PDF
uZmienić domyślną drukarkę na sterownik PDF i kliknąć Print (Drukuj) w Master Mix Calculator(Kalkulator dla Master Mix-u)

Usunięcie genów docelowychu

Wybrać gen docelowy z listy rozwijanej genów docelowych i kliknąć Remove (Usuń).
Ważne: Usunięcie genu docelowego z listy genów docelowych powoduje usunięcie go z
wszelkich obliczeń dla Master Mix-u, w jakich jest on używany. Należy zachować ostrożność
podczas usuwania celu.

82 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Kalibrowanie nowych barwników
Systemy CFX Opus 96 Dx i CFX Opus Deepwell Dx są fabrycznie skalibrowane dla często stosowanych
fluoroforów w płytkach z białymi lub przezroczystymi studzienkami. Systemy The CFX Opus 384 Dx są
fabrycznie kalibrowane dla powszechnie stosowanych fluoroforów tylko w płytkach z białymi studzienkami.
Tabela 6 zawiera listę fluoroforów i kanałów, dla których skalibrowany jest każdy aparat.
Uwaga: Systemy CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx i CFX Opus Deepwell Dx posiadają również
kanał dedykowany dla chemii FRET. Ten kanał nie wymaga kalibrowania na potrzeby konkretnych
barwników.
Ważne: W przypadku przeprowadzenia zdefiniowanej przez użytkownika kalibracji barwnika, który
został skalibrowany fabrycznie, aparat zastosuje kalibrację zdefiniowaną przez użytkownika zamiast
kalibracji fabrycznej.
Tabela 6. Fabrycznie kalibrowane fluorofory, kanały i aparaty

Fluorofory

Kanał

Wzbudzenie, nm

Detekcja, nm

FAM, SYBR®

1

450–490515–530

Green IAparatSystemy CFX
Opus 96 Dx,
CFX Opus
384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL

2

515–535

560–580

Systemy CFX

Fluor Gold 540,

Opus 96 Dx,

Cal Fluor Orange

CFX Opus

560

384 Dx i
CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas

3560–590

610–650

Systemy CFXRed, CAL Fluor

Opus 96 Dx,

Red 610, TEX

CFX Opus

615

384 Dx i
CFX Opus
Deepwell DxPodręcznik użytkownika | 83Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Fluorofory
Cy5, Quasar 670

Kanał

Wzbudzenie, nm

Detekcja, nm

4

620–650

675–690

AparatSystemy CFX
Opus 96 Dx,
CFX Opus
384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

Quasar 705,5

672–684705–730

Cy5.5

Tylko systemy
CFX Opus 96
Dx

FRET Chemistry (nie kalibrowane fabrycznie)
Kolor

FRET

450–490560-580

Systemy CFX

skalibrowany

Opus 96 Dx,

niefabrycznie

CFX Opus
384 Dx i
CFX Opus
Deepwell Dx

84 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Kalibracja nowych barwników dla systemów CFX
1.

Wybrać docelowy aparat w panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) w oknie Home (Strona
główna).

2.

Wybrać opcje Tools (Narzędzia) > Calibration Wizard (Kreator kalibracji), aby otworzyć kreator Dye
Calibration wizard (Kreator kalibracji barwników).

Flurofory wcześniej skalibrowane dla docelowego aparatu są wyświetlane w tabeli Calibrated
Fluorophores (Fluorofory skalibrowane).
3.

Wybrać fluorofor do kalibracji z listy rozwijanej w części Calibrate New or Existing Fluorophores(Kalibruj nowe lub istniejące fluorofory).
Jeśli na liście nie ma nazwy fluoroforu, wpisać jego nazwę w polu tekstowym i dodać do listy.
Ważne: Należy zachować ostrożność podczas nazywania niestandardowych skalibrowanych
fluoroforów. W przypadku utworzenia niestandardowej kalibracji barwnika dla fluoroforu o takiej
samej nazwie jak fabrycznie skalibrowany fluorofor, niestandardowy fluorofor (a nie fabrycznieskalibrowany fluorofor) będzie używany przez urządzenie podczas analizy.

4.

Wybrać typ płytki (Plate type) dla fluoroforu.
Jeśli na liście nie ma typu płytki, wpisać nazwę w polu tekstowym i dodać do listy.

5.

Wybrać kanał (Channel) dla fluoroforu.

Podręcznik użytkownika | 85

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)6.

Wybrać kolumnę płytki (Plate column) dla fluoroforu.

7.

(Opcjonalnie) Określić kolor powiązany z fluoroforem.

8.

Aby dodać fluorofor, kliknąć Add to Plate (Dodaj do płytki).

9.

(Opcjonalnie) Powtórzyć kroki 3–8, aby dodać każdy fluorofor, który ma być skalibrowany dla danej
płytki.

10. Po zakończeniu dodawania fluoroforów kliknąć View Plate (Pokaż płytkę), aby otworzyć okno Pure
Dye Plate Display (Widok płytki z czystymi barwnikami).
Użyć tego okna jako instrukcji wprowadzania barwników do płytki.
11. Na potrzeby kalibracji barwników przygotować płytkę z 96, 384 lub głębokimi studzienkami:a.

Przenieść pipetą roztwór barwnika do każdej studzienki zgodnie z wzorcem pokazanym w oknie
Pure Dye Plate Display (Widok płytki z czystymi barwnikami).

b.

W przypadku każdego fluoroforu wypełnić cztery studzienki roztworem barwnika o stężeniu
300 nM w ilości 50 µl (płytka z 96 studzienkami lub głęboka) lub 30 µl (płytka z 384
studzienkami). Zadbać, by co najmniej połowa płytki zawierała studzienki stanowiące próbę
ślepą.

c.

Uszczelnić płytkę za pomocą metody uszczelniania, która będzie stosowana podczas
eksperymentu.

12. Umieścić płytkę kalibracyjną w bloku i zamknąć pokrywę.
13. W kreatorze Dye Calibration wizard (Kreator kalibracji barwników) kliknąć Calibrate (Kalibruj)
a następnie OK, aby potwierdzić, że płytka znajduje się w bloku.
14. Gdy Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security zakończy kalibrację, zostanie wyświetloneokno dialogowe. Kliknąć Yes (Tak), aby zakończyć kalibrację i otworzyć Dye Calibration Viewer(Przeglądarka kalibracji barwników).
15. Kliknąć OK, aby zamknąć okno.

Ustawianie preferencji użytkownika
Wskazówka: Wykonywanie tych czynności nie jest wymagane w celu korzystania z
oprogramowania CFX Maestro Dx SE. Tę sekcję można pominąć lub te czynności można wykonać w
dowolnym czasie.
W CFX Maestro Dx SE, każdy użytkownik może dostosować swoje środowisko pracy. Na przykład w
menu Users (Użytkownicy) > User Preferences (Preferencje użytkownika) można wykonać następujące
czynności:n

Skonfigurować powiadomienie e-mail z informacją o ukończeniu analizy.

86 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Uwaga: Ta funkcja jest dostępna tylko dla użytkowników, którym nadano to uprawnienie. Aby
uzyskać więcej informacji, patrz Zarządzanie rolami użytkowników produktu Oprogramowanie
CFX Maestro Dx, wersja Security na stronie 48.
nZmienić ustawienia domyślne dotyczące
oLokalizacji, w której zapisywane są plikioPlików konfiguracji analizyoPrzedrostka nazw plikównSkonfigurować parametry domyślne, które będą używane podczas tworzenia nowego protokołu ipłytki.

nSkonfigurować domyślne parametry dla analizy danych i ekspresji genów.

n

Dostosować domyślne protokoły kontroli jakości.

n

Dostosować parametry eksportu danych.

W menu Tools (Narzędzia) można wykonać następujące czynności:n

Utworzyć Master Mix.

n

Skalibrować barwniki dla konkretnego aparatu.

Uwaga: Kalibracja Master Mix-u i barwników są dostępne dla każdego, kto zaloguje się dooprogramowania.
W tym rozdziale szczegółowo objaśniono wykonywanie tych zadań.

Konfigurowanie powiadomień pocztą e-mailMożna podłączyć oprogramowanie CFX Maestro Dx SE do serwera poczty wychodzącej, aby wysyłać doużytkowników z listy powiadomienia e-mail o zakończeniu analizy próbek. Można też zdecydować
o załączeniu pliku danych i raportu z analizy dla użytkowników z listy. Instrukcję konfiguracji połączeniamiędzy oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE a serwerem SMTP zamieszczono w rozdzialePodłączanie wersji Security do serwera SMTP na stronie 89.
Uwaga: Możliwość dostępu do funkcji ustawień e-mail przez użytkownika zależy od jego rolii uprawnień nadanych przez administratora. Szczegóły zarządzania użytkownikami i ich rolami
przedstawiono w rozdziale Zarządzanie rolami użytkowników produktu Oprogramowanie CFX
Maestro Dx, wersja Security na stronie 48.

Podręcznik użytkownika | 87

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Ustawienie powiadomień pocztą e-mail1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika) z widoczną
zakładką Email.

Uwaga: Jeśli system wykryje, że nie skonfigurowano właściwego serwera SMTP na potrzeby
oprogramowania CFX Maestro Dx SE, zostanie wyświetlona odpowiednia informacja. Kliknąć
Configure Outgoing Email (Konfiguruj wychodzącą pocztę e-mail), aby otworzyć okno dialogowe
Options (Opcje) i skonfigurować serwer poczty e-mail SMTP. Więcej informacji można znaleźć
w rozdziale Podłączanie wersji Security do serwera SMTP na stronie 89.
2.

W polu tekstowym To (Do) wpisać adresy e-mail wszystkich osób, które mają być informowane
o zakończeniu analizy próbek. Wszyscy odbiorcy otrzymają wiadomość e-mail po zakończeniu
analizy próbek.
Uwaga: Każdy adres e-mail musi być wprowadzony w osobnej linii. Po wpisaniu każdego
adresu nacisnąć Enter lub Return.

3.

(Opcjonalnie) W polu cc (Do wiadomości) wpisać adresy e-mail wszystkich odbiorców, do których ma
być wysłana kopia każdego powiadomienia e-mail.

4.

(Opcjonalnie) Domyślnie wszyscy odbiorcy otrzymują w załączniku kopię pliku danych. Jeśli kopia
pliku danych ma nie być załączana, usunąć zaznaczenie pola wyboru Attach Data File (Załącz plik
danych).

5.

(Opcjonalnie) Zaznaczyć Attach Analysis Report (Załącz raport z analizy), aby załączyć dowiadomości e-mail plik PDF z raportem z analizy danych.

6.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe User Preferences (Preferencjeużytkownika).

88 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Uwaga: W zależności od operatora można skonfigurować system tak, by wysyłał powiadomienia
pocztą elektroniczną na telefon komórkowy. Aby uzyskać szczegółowe informacje na temat adresu
e-mail dla swojego telefonu komórkowego, należy skontaktować się z operatorem telefonii
komórkowej. Wprowadź adres e-mail swojego telefonu (na przykład 5552221234@domena_
operatora_telefonii_komorkowej.net) w polu tekstowym To (Do) na ekranie User Preferences(Preferencje użytkownika).

Edycja adresu e-mail odbiorcyuZmodyfikować adres e-mail zgodnie z potrzebami i kliknąć OK.

Usunięcie odbiorcy wiadomości e-mail1.

Wybrać odbiorcę wiadomości e-mail i nacisnąć klawisz Delete.

2.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich
zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

Podłączanie wersji Security do serwera SMTP
Ważne: Niektórzy komercyjni dostawcy usług poczty internetowej zwiększyli bezpieczeństwo poczty
e-mail. W przypadku korzystania z takiego konta należy włączyć ustawienie Allow less secureapps (Zezwalaj na mniej bezpieczne aplikacje) w ustawieniach konta, aby pozwolić programowi
CFX Maestro Dx SE na wysyłanie wiadomości e-mail. Więcej informacji można uzyskać z opisu
zabezpieczeń stosowanych przez dostawcę usług poczty internetowej.
Jeśli do wysyłania wiadomości e-mail używasz serwera SMTP Google Gmail lub Microsoft Office 365,
musisz włączyć weryfikację dwuskładnikową i wygenerować „Hasło aplikacji” w ustawieniach konta Gmail
lub Office365. W celu uwierzytelnienia w oknie dialogowym Maestro Email Setup skopiuj i wklej „Hasło
aplikacji” w polu Password (Hasło) zamiast zwykłego hasła e-mail.
Aby umożliwić programowi CFX Maestro Dx SE wysyłanie powiadomień e-mail, należy nawiązać
połączenie z tego programu do serwera poczty e-mail.

Aby nawiązać połączenie z programu CFX Maestro Dx SE do serwera poczty e-mail1.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Wybrać opcje User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika) i kliknąć opcję
Configure Outgoing Email (Konfiguruj wychodzącą pocztę e-mail) na zakładce Email (Poczta email).

n

Wybrać Tools (Narzędzia) > Options (Opcje).

Podręcznik użytkownika | 89

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Wyświetlone zostanie okno dialogowe Options (Opcje), w którym widoczna będzie zakładka Email(Poczta e-mail).

2.

Wprowadzić następujące informacje dotyczące firmy, która jest nabywcą systemu:n

SMTP Server Name (Nazwa serwera SMTP) — nazwa serwera poczty wychodzącej w firmie.

nPort (Port) — numer portu serwera SMTP. Zwykle jest to 25.

n

Use SSL (Używaj protokołu SSL) — opcja, która pozwala na stosowanie protokołu Secure
Sockets Layer (SSL). Niektóre serwery SMTP wymagają tego ustawienia. Jeśli to ustawienie nie
jest w firmie wymagane, wówczas należy usunąć zaznaczenie tego pola wyboru.

n

Use Default “From” Address (Używaj domyślnego adresu „Od”) — nazwa serwera poczty email w firmie. Niektóre serwery SMTP wymagają, aby wszystkie wysłane wiadomości e-mailmiały adres „Od” odpowiadający konkretnej domenie, na przykład nazwa@TwojaFirma.com.
Jeżeli tak jest, należy usunąć zaznaczenie tego pola wyboru i podać poprawny adres e-mail.

nAuthentication Required (Wymagane uwierzytelnianie) — jeśli w konkretnej placówce
wymagane jest uwierzytelnianie konta, wówczas należy upewnić się, że to pole wyboru jest
zaznaczone.

n

User Name (Nazwa użytkownika) — nazwa uwierzytelnionego konta. Ta nazwa jest wymagana
tylko wtedy, gdy zaznaczone jest pole Authentication Required (Wymagane uwierzytelnianie).

90 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktunPassword (Hasło) — hasło dla uwierzytelnionego konta. Ta nazwa jest wymagana tylko wtedy,
gdy zaznaczone jest pole Authentication Required (Wymagane uwierzytelnianie).

Ważne: Jeśli do wysyłania wiadomości e-mail używasz serwera SMTP Google Gmail lub
Microsoft Office 365, musisz włączyć weryfikację dwuskładnikową i wygenerować „Hasło
aplikacji” w ustawieniach konta Gmail lub Office365. W celu uwierzytelnienia w oknie
dialogowym Maestro Email Setup skopiuj i wklej „Hasło aplikacji” w polu Password (Hasło)
CFX Maestro Dx SE zamiast zwykłego hasła e-mail.
Aby sprawdzić, czy ustawienia serwera SMTP są poprawne, należy wprowadzić ważny adres e-maildo pola tekstowego Test Email Address (Testuj adres e-mail) i kliknąć opcję Test Email (Testowa
wiadomość e-mail).
Uwaga: Niektóre serwery SMTP nie zezwalają na przesyłanie załączników, a inne pozwalają nazałączniki, których rozmiar nie przekracza konkretnej wartości. Jeśli planowane jest wysyłanie
pocztą e-mail plików danych i/lub raportów za pomocą programu CFX Maestro Dx SE, wówczas
należy wybrać opcję Test Attachment (Testuj załącznik) i ustawić dla opcji Attachment Size in
MB (Rozmiar załącznika w MB) najmniej 5 megabajtów (MB).
3.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Zmiana ustawień pliku domyślnego
Na zakładce Files (Pliki) w oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) można zmienićnDomyślną lokalizację, w której zapisywane będą pliki oprogramowania CFX Maestro Dx SEnDomyślne pliki konfiguracji analizynDomyślne parametry nazewnictwa plików

Aby zmienić domyślne ustawienia plików
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę Files (Pliki).

Podręcznik użytkownika | 91

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)3.

W sekcji Default Folder for File Creation (Domyślny folder na tworzone pliki) należy przejść do folderu
i wybrać folder domyślny, w którym zapisywane będą nowe pliki. Można wybrać inną lokalizację dlakażdego typu pliku:nProtocol (Protokół)nPlate (Płytka)nData File (Plik danych)nGene study (Badanie genów)

4.

W sekcji File Selection for Run Setup (Wybór pliku dla konfiguracji analizy) przejść do protokołu iwybrać domyślny protokół oraz pliki płytek, które będą wyświetlane po otwarciu okna Experiment
Setup (Konfiguracja eksperymentu).

5.

W sekcji Data File (Plik danych) zdefiniować prefiks i/lub sufiks dla plików danych. Dla dowolnejczęści należy wybrać nową wartość z odpowiedniej listy rozwijanej. W polach tekstowych Prefix(Prefiks) i Suffix (Sufiks) można również podać niestandardową wartość prefiksu i sufiksu.
Poniżej pól wyboru w oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE pojawi się podgląd nazwy pliku.

6.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich

92 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

Ustawianie domyślnych parametrów protokołu
Ustawienie domyślnych parametrów protokołu na potrzeby funkcji Protocol Editor (Edytor
protokołu) i Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu)
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę Protocol(Protokół).

3.

W części Protocol Editor (Edytor protokołu) podać wartości dla poniższych ustawień, które sąwyświetlane w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu):

4.

5.

n

Sample volume (Objętość próbki) — objętość każdej próbki w studzienkach (w µl).

n

Lid Shutoff temperature (Temperatura odcięcia dla pokrywy) — temperatura (w °C), przyktórej element grzejny pokrywy wyłącza się podczas analizy próbek.

W części Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) podać wartości dla poniższych
ustawień, które są wyświetlane w oknie Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu):nAnnealing temperature (Temperatura annealingu) — temperatura (w °C) na potrzeby
eksperymentów wykorzystujących polimerazę DNA iProof, polimerazę DNA iTaq lub inne
polimerazy.

n

Amplicon length (Długość amplikonu) — długość amplikonu (w bp).

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Podręcznik użytkownika | 93

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich
zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

Ustawianie domyślnych parametrów płytki
Zmiany wprowadzane w zakładce Plate (Płytka) są dostępne dla wszystkich użytkowników
oprogramowania. Zmiany wprowadzane podczas konfigurowania płytki są dostępne dla użytkowników pozapisaniu i zamknięciu pliku płytki.
W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) można wykonać następujące
czynności:n

ustawić domyślne parametry płytki;ndodać nowe nazwy genów docelowych, próbek i grup biologicznych do odpowiednich bibliotek;nusunąć nazwy genów docelowych, próbek i grup biologicznych z odpowiednich bibliotek.

Ustawienie domyślnych parametrów płytki
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę Plate (Płytka).

94 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

3.

Określić wartości dla następujących ustawień w przypadku nowego pliku płytki. Te wartości sąwyświetlane w oknie Plate Editor (Edytor płytki):nPlate type (Typ płytki),nPlate size (Wielkość płytki),nUnits (Jednostki) — stężenie startowej matrycy dla studzienek zawierających wzorce.
CFX Maestro Dx SE wykorzystuje te jednostki do tworzenia krzywej wzorcowej w zakładce
Quantification (Oznaczenie ilościowe) w oknie Data Analysis (Analiza danych).

4.

nScientific notation (Notacja naukowa) — po wybraniu tej opcji oprogramowanie CFX Maestro
Dx SE wyświetla jednostki stężenia w notacji naukowej.

nScan mode (Tryb skanu) — liczba lub typ kanałów do przeskanowania podczas analizy
próbek.

nFluorophores (Fluorofory) — domyślne fluorofory wyświetlane w elementach kontroliładowania w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

n

Libraries (Biblioteki) — nazwy genów docelowych, próbek i grup biologicznych, które są
zazwyczaj stosowane w eksperymentach:oTarget names (Nazwy genów docelowych) — nazwy docelowych genów i sekwencji.

oSample names (Nazwy próbek) — nazwy próbek eksperymentalnych lub nazwyokreślające właściwości dla próbek (np. Mysz1, Mysz2, Mysz3).

oBiological group names (Nazwy grup biologicznych) — nazwy grup podobnych próbek,które mają taki sam stan lub warunki przetwarzania (np. 0Hr, 1Hr, 2Hr).

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Aby dodać nową nazwę genu docelowego, próbki lub grupy biologiczneju

W polu odpowiedniej biblioteki wpisać nazwę genu docelowego, próbki lub grupy biologicznej
i kliknąć OK.

Aby usunąć nazwę genu docelowego, próbki lub grupy biologiczneju

W polu odpowiedniej biblioteki wybrać nazwę, nacisnąć klawisz Delete i kliknąć OK.

Ważne: Nazwy, które są usuwane z biblioteki, są też usuwane z oprogramowania i nie są jużdostępne dla użytkowników. Aby przywrócić domyślne nazwy w oprogramowaniu CFX Maestro Dx
SE, kliknąć Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne). Kliknięcie opcji Restore Defaults(Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika)
powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich zakładkach do pierwotnych ustawień

Podręcznik użytkownika | 95

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)fabrycznych. Zachować ostrożność podczas usuwania domyślnych nazw CFX Maestro Dx SE
i klikania tego przycisku.

96 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Ustawianie domyślnych parametrów analizy danych
Aby ustawić domyślne parametry analizy danych
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę Data Analysis(Analiza danych).

3.

W sekcji Analysis Mode (Tryb analizy) wybrać tryb, w którym dane będą analizowane (Fluorophore(Fluorofor) lub Target (Gen docelowy)).

4.

W sekcji PCR Quantitation (Analiza ilościowa PCR) ustawić parametry domyślne dla następujących
opcji:
nBaseline Setting (Ustawienie wartości bazowej) — metoda bazowa dla trybu analizy.

n

Cq Determination Mode (Tryb wyznaczania Cq) — tryb, w którym wartości Cq są wyliczane dlakażdej krzywej fluorescencji (krzywa regresji lub z pojedynczą wartością progową).

n

Threshold Calc. Mode (Tryb obliczania progu) — ilość genu docelowego w punkcie końcowym.
Ustawieniem domyślnym jest Auto (Automatycznie). Oznacza to, że oprogramowanie
automatycznie oblicza wartość docelową dla punktu końcowego. W celu ustawienia konkretnej
wartości progowej należy usunąć zaznaczenie pola wyboru Auto (Automatycznie) i wprowadzićPodręcznik użytkownika | 97

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)ilość w punkcie końcowym, które musi być wyliczona we względnych jednostkach fluorescencji(RFU). Wartość maksymalna wynosi 65000,00 RFU. W plikach danych dla kolejnych analiz
stosowane będzie to ustawienie wartości progowej.
nBaseline Calc. Mode (Tryb obliczenia wartości bazowej) — wartość bazowa dla wszystkich
krzywych.
Ustawieniem domyślnym jest Auto (Automatycznie). Oznacza to, że oprogramowanie
automatycznie oblicza wartość bazową dla wszystkich krzywych. W celu ustawienia konkretnej
wartości bazowej należy usunąć zaznaczenie pola wyboru Auto (Automatycznie) i wprowadzić
wartości minimum oraz maksimum dla zakresu cyklu (od 1 do 9999). W plikach danych dla
kolejnych analiz stosowany będzie ten zakres cyklu.

n5.

Log View (Widok rejestracji) — określa sposób, w jaki oprogramowanie wyświetla dane
amplifikacji:o

On (Wł.) — dane amplifikacji są wyświetlane na wykresie półlogarytmicznym.

o

Off (Wył.) — (ustawienie domyślne) dane amplifikacji są wyświetlane na wykresie liniowym.

W sekcji End Point (Punkt końcowy) wybrać liczbę cykli końcowych do uśrednienia podczas
przeprowadzania obliczeń punktu końcowego:n

PCR — liczba cykli końcowych do uśrednienia dla danych analizy ilościowej (domyślnie 5).

n

End Point Only run (Analiza wyłącznie punktu końcowego) — liczba cykli końcowych douśrednienia dla danych punktu końcowego (domyślnie 2).

6.

W sekcji Melt Curve (Krzywa topnienia) wybrać typ piku do wykrycia (dodatni lub ujemny).

7.

W sekcji Well Selector (Selektor studzienek) wybrać sposób wyświetlania etykiet studzienek (wg typu
próbki, nazwy genu docelowego lub nazwy próbki).

8.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich
zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

98 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Ustawianie domyślnych parametrów pliku danych dotyczących ekspresji genu
Ustawienie domyślnych parametrów na potrzeby nowego pliku danych dotyczących
ekspresji genu
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę Gene
Expression (Ekspresja genu).

3.

Określić wartości dla następujących ustawień:n

Relative to (Względem) — dane ekspresji genu są przedstawiane na wykresie względem próbki
kontrolnej (z początkiem w punkcie 1) lub zera:oZero — oprogramowanie ignoruje próbkę kontrolną. Jest to ustawienie domyślne, gdy
w oknie Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) nie przypisano żadnej próbki
kontrolnej.

oControl (Kontrola) — oprogramowanie oblicza dane względem próbki kontrolnej
przypisanej w oknie Experiment Setup (Konfiguracja eksperymentu).

nX-axis (Oś X) — na osi X przedstawiana jest próbka (Sample) lub gen docelowy (Target).

nY-axis (Oś Y) — na osi Y stosowana jest skala liniowa (Linear), log2 lub log10.

nScaling (Skalowanie) — opcja skalowania wykresu (domyślną opcją jest Unscaled (Bezskalowania)):oHighest (Wartość najwyższa) — program skaluje wykres do najwyższego punktu danych.

oLowest (Wartość najniższa) — program skaluje wykres do najniższego punktu danych.

oUnscaled (Bez skalowania) — oprogramowanie prezentuje na wykresie nieprzeskalowane
dane.

n

Mode (Tryb) — tryb analizy danych: albo ilość względna (∆Cq), albo znormalizowana wartość
ekspresji (∆∆Cq).

nError Bar (Słupek błędu) — zmienność danych przedstawiana jako odchylenie standardowe(Std. Dev.) lub błąd standardowy średniej (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Mnożnik słupka błędu) — mnożnik odchylenia standardowego stosowany
do kreślenia słupków błędu (wartość domyślna: 1).
Można zwiększyć mnożnik do 2 lub 3.

Podręcznik użytkownika | 99

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)n

Sample Types to Exclude (Typy próbek do wykluczenia) — typy próbek, jakie mają być
wykluczone z analizy.
Można wybrać wykluczenie z analizy jednej lub większej liczby próbek. Aby wykluczyć wszystkie
typy próbek, wyczyścić pola wyboru wszelkich wybranych typów próbek.

4.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich
zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

Dostosowywanie zasad kontroli jakości
W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE można ustawić zasady kontroli jakości stosowane do danych
w oknie Data Analysis (Analiza danych). Program sprawdza dane w odniesieniu do skonfigurowanych
zasad.
Uwaga: Domyślnie włączone są wszystkie zasady kontroli jakości.
Wskazówka: Studzienki, które nie spełniły danego parametru QC (Kontrola jakości), mogą być
wykluczone z analizy w module QC (Kontrola jakości) w oknie Data Analysis (Analiza danych).

Dostosowanie zasad kontroli jakości
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę QC (Kontrolajakości).

100 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

Gdzie:

3.

4.

n

NTC — kontrola bez matrycy;n

NRT — kontrola bez materiału badanego przy odwrotnej transkrypcji;nEfficiency (Wydajność) — wydajność reakcji;n

Std Curve R^2 (R^2 dla krzywej wzorc.) — wartość R-kwadrat dla krzywej wzorcowej;nReplicate group Cq Std Dev (Odch. stand. Cq dla grup replikatów) — odchylenie standardowe
obliczane dla każdej grupy replikatów.

Dla każdej zasady QC (kontrola jakości) wykonać jedną z następujących czynności:n

Aby użyć wartości domyślnej, nie trzeba nic robić.

n

Aby zmienić jej wartość, kliknąć pole tekstowe Value (Wartość), wpisać nową wartość i nacisnąć
klawisz Enter.

n

Aby wyłączyć zasadę, usunąć zaznaczenie pola wyboru Use (Zastosuj).

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkichPodręcznik użytkownika | 101

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

Dostosowywanie parametrów eksportu danych
Dane z programu CFX Maestro Dx SE można eksportować w następujących formatach:nTekstowy (.txt),n

CSV (.csv),

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml),nHTML (.html).

Ważne: Abyś mógł eksportować dane do arkusza kalkulacyjnego Microsoft Excel, na Twoim
komputerze musi być zainstalowany program Microsoft Excel.
Możliwe jest określenie typu danych do wyeksportowania i dostosowanie eksportowanych danych.

Aby dostosować parametry eksportu danych
1.

Wybrać User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika), aby otworzyć okno
dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika).

2.

W oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika) wybrać zakładkę Custom Export(Eksport niestandardowy).

102 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Czynności do wykonania przed rozpoczęciem korzystania z produktu

3.

Z listy rozwijanej Export Format (Format eksportu) wybrać format, w którym dane zostaną
wyeksportowane.

4.

W sekcji Data to Export (Dane do eksportu) zaznaczyć lub usunąć zaznaczenie pól wyboru dla typu
danych przeznaczonego do eksportowania. Wybrane elementy pojawią się w polu listy Exported
Columns (Eksportowane kolumny).
Uwaga: Domyślnie informacje o analizie są zawarte w nagłówku. Jeśli informacje na temat
analizy nie mają być uwzględniane, należy usunąć zaznaczenie odpowiedniego pola wyboru.

5.

Kolejność wyświetlania wybranych elementów na wyjściu można zmienić.
W polu listy Exported Columns (Eksportowane kolumny) należy zaznaczyć element, a następnie
klikać przyciski ze strzałkami, aby przesuwać elementy w górę lub w dół listy.

6.

Opcjonalnie można zmienić na wyjściu nazwy kolumn wybranych elementów:a.

Kliknąć opcję Customize Column Names (Dostosuj nazwy kolumn).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Column Name Customizer (Narzędzie dostosowywania
nazw kolumn).

b.

Dla każdej domyślnej nazwy kolumny, która ma zostać zmieniona, należy wpisać nową nazwę w
odpowiednie pole Custom Name (Nazwa niestandardowa).

Podręcznik użytkownika | 103

Rozdział 6 Okno Home (Strona główna)c.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać zmiany i powrócić do zakładki Custom Export (Eksport
niestandardowy). Nowa nazwa pojawi się w nawiasach obok domyślnej nazwy kolumny w
polu listy Exported Columns (Eksportowane kolumny).

n

Aby usunąć zmiany i wrócić do zakładki Custom Export (Eksport niestandardowy), należy
kliknąć przycisk Cancel (Anuluj).

7.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe.

Ważne: Kliknięcie opcji Restore Defaults (Przywróć wartości domyślne) w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika) powoduje zresetowanie wszystkich preferencji na wszystkich
zakładkach do pierwotnych ustawień fabrycznych. Zachować ostrożność podczas klikania tego
przycisku.

104 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 7 Tworzenie protokołów
Protokół jest listą etapów wykonywanych w określonej kolejności. W produkcie Oprogramowanie CFX
Maestro Dx, wersja Security wszystkie etapy są powiązane z opcjami w aparacie, np. etapy zawierają
wytyczne dla aparatu dotyczące kontrolowania temperatury bloku i pokrywy, zastosowania różnicy
temperatury na przestrzeni bloku, wykonania odczytu płytki lub wykonania analizy krzywej topnienia.
Każda opcja jest określana dla różnych typów płytek i analiz próbek.
W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE dostępne są dwie opcje tworzenia protokołów: Protocol Editor(Edytor protokołów) oraz Protocol AutoWriter.
Protocol Editor (Edytor protokołu) udostępnia m.in. następujące funkcje:nstandardowe elementy kontroli nad protokołami w celu szybkiego tworzenia protokołów,nmożliwość szybkiego obliczenia gradientu dla wybranej liczby rzędów,nmożliwość szybkiego obliczenia czasu analizy próbek dla wybranego typu płytki,nmożliwość edytowania etapów protokołu,nmożliwość zapisywania protokołów do ponownego wykorzystania,nmożliwość wydrukowania protokołu w domyślnej drukarce.

Na podstawie parametrów podanych przez użytkownika Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator
protokołu) automatycznie generuje zindywidualizowany protokół PCR z etapami „hot start”, początkowej
denaturacji, annealingu i wydłużania. Następnie można przejrzeć graficzną prezentację sugerowanego
protokołu i wyedytować, uruchomić lub zapisać protokół.

Podręcznik użytkownika | 105

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Parametry i zakresy kroków protokołu
Skorzystaj z informacji, jakie zawiera Tabela 7, aby zmodyfikować domyślne ustawienia kroków w
protokole.

Kroki temperatury
Temperatura docelowa to wartość w zakresie 4–100°C, ustawiana co wartości dziesiętne stopnia.
System nagrzewa się do tej temperatury i utrzymuje ją przez określony czas (czas utrzymania).

Kroki gradientu
Zakres gradientu to różnica między dolną i górną temperaturą w kroku gradientu. Maksymalny
dopuszczalny zakres to 24°C. Temperatura dolna to wartość w zakresie 30–99°C, ustawiana co wartości
dziesiętne stopnia. Maksymalna temperatura górna wynosi 100°C. Termocykler nagrzewa się dodocelowego gradientu temperatury w całym bloku i utrzymuje ją przez określony czas utrzymywania.
Ważne: Urządzenie oblicza wartość gradientu. Po wprowadzeniu wartości w górnym i dolnym polu
kalkulatora gradientu oprogramowanie automatycznie oblicza i przypisuje temperatury do
pozostałych pól. Po wprowadzeniu temperatury w dowolnym polu między polem górnym i dolnymurządzenie automatycznie obliczy pozostałe pola. Nie ma możliwości ręcznego wprowadzania
wartości temperatury w każdym polu.

106 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Parametry i zakresy kroków protokołu

Tabela 7. Parametry i zakresy kroków protokołu

Parametr

ZakresOpis

Ramp raten W przypadku systemów

Instruuje termocykler, aby osiągnął

(Szybkość

CFX Opus 96 Dx:

docelową temperaturę z określoną

zmiany tempa)

0,1–5°C na s

szybkością w tym kroku.

n W przypadku systemów
CFX Opus 384 Dx:

Opcja dostępna tylko w przypadku kroków
temperatury.

0,1–2,5°C na s
n W przypadku systemów
CFX Opus Deepwell Dx:
0,1–2,5°C na s
Increment

Liczba od –10 do 10°C na cykl w

Instruuje termocykler, aby zmienił docelową

(Przyrost)

wartościach dziesiętnych stopnia

temperaturę kroku w każdym cyklu, gdzie
liczba dodatnia zwiększa temperaturę, aliczba ujemna ją zmniejsza.
Opcja dostępna tylko w przypadku kroków
temperatury.

Extend (Wydłuż)Czas od –60 do 60 sekund na cykl

Nakazuje termocyklerowi wydłużenie czasu
utrzymania przy każdym cyklu. Liczba
dodatnia wydłuża czas utrzymywania, aliczba ujemna go skraca.
Opcja dostępna dla kroków temperatury i
gradientu.

Beep (Sygnał(Brak parametrów)dźwiękowy)

Nakazuje termocyklerowi wydanie sygnałudźwiękowego w celu zasygnalizowania, żeosiągnął temperaturę docelową dla danego
etapu.
Opcja dostępna tylko w przypadku kroków
temperatury.

Plate read(Odczyt płytki)(Brak parametrów)

Nakazuje termocyklerowi dodanie odczytu
płytki do wybranego kroku.
Opcja dostępna dla kroków temperatury i
gradientu.

Podręcznik użytkownika | 107

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)
W oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) można tworzyć protokoły, a także otwierać, przeglądać
i edytować protokoły. Domyślnie w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) wyświetlany jest ogólny
protokół 2-etapowy analizy w czasie rzeczywistym przeznaczony dla płytki z 96 studzienkami.

LEGENDA1.

Pasek menu zapewnia szybki dostęp do poleceń menu File (Plik), Settings (Ustawienia) i Tools(Narzędzia).

2.

Pasek narzędzi zawiera szybki dostęp do opcji zapisu i drukowania protokołu. Umożliwia wybór
miejsca wprowadzenia etapu, konfigurowanie objętości próbki, a także sprawdzanie
szacowanego czasu pracy protokołu.

3.

W panelu głównym wyświetlana jest graficzna reprezentacja protokołu.

4.

W dolnym panelu widoczny jest konspekt protokołu.

5.

W lewym panelu wyświetlane są elementy sterowania protokołem, których użytkownik możeużywać w celu dostosowywania protokołu.

108 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)

Polecenia menu File (Plik)
Save (Zapisz) — zapisuje bieżący protokół.
Save As (Zapisz jako) — zapisuje bieżący protokół z nową nazwą lub w nowej lokalizacji.
File Passwords (Hasła do plików) — umożliwia użytkownikom ustawienie haseł do zapisywania iotwierania plików.
Wskazówka: Aby uzyskać więcej informacji, zobacz Ochrona hasłem plików na stronie 56.
Close (Zamknij) — zamyka okno Protocol Editor (Edytor protokołu).

Polecenie menu Settings (Ustawienia)
Lid Settings (Ustawienia pokrywy) — służy do otwierania okna dialogowego Lid Settings (Ustawienia
pokrywy), w którym można zmienić lub ustawić temperaturę pokrywy.

Polecenia menu Tools (Narzędzia)
Gradient Calculator (Kalkulator gradientu) — umożliwia otwarcie okna dialogowego, w którym można
wybrać typ bloku dla etapu gradientu. Domyślnie jest to 96 studzienek.
Run time Calculator (Kalkulator czasu analizy) — umożliwia otwarcie okna dialogowego, z którego
można wybrać typ płytki i tryb skanowania celem obliczenia szacunkowego czasu analizy w oknie Run
Setup (Konfiguracja analizy). Domyślnie jest to 96 studzienek, wszystkie kanały.

Polecenia na pasku narzędzi
— służy do drukowania pliku bieżącego protokołu.

— służy do drukowania wybranego okna.

— za pomocą tego polecenia można wybrać miejsce wstawienia etapówwzględem etapu, który jest wybrany aktualnie.

— za pomocą tego polecenia można wprowadzić objętość próbki w µl. Objętości
próbek różnią się w zależności od typu bloku:n

W przypadku bloku z 96 studzienkami dostępny jest zakres 0–50 µl.

Podręcznik użytkownika | 109

Rozdział 7 Tworzenie protokołówn

W przypadku bloku z 384 studzienkami dostępny jest zakres 0–30 µl.

n

W przypadku bloku z 96 studzienkami głębokimi dostępny jest zakres 0–125 µl.

— umożliwia wyświetlenie szacowanego czasu analizy na podstawie etapów
protokołu, zmian tempa oraz typu wybranego bloku.

— służy do wyświetlania pomocy dotyczącej protokołów.

Elementy kontroli nad edycją protokołu
Lewy panel okna Protocol Editor (Edytor protokołu) zawiera elementy sterujące, które służą do tworzenia
protokołów.
Każdy element sterujący zawiera zestaw parametrów, które reprezentują etap w protokole. Każdy
parametr można modyfikować, a poszczególne parametry można dodawać lub usuwać w celu
dostosowania protokołu. W niniejszej sekcji opisano opcje dostępne w każdym elemencie sterującym.
nInsert Step (Wstaw etap) — wstawia etap przed wybranym etapem lub
za nim. Wartości temperatury i czas wstrzymania można edytować wwyświetlaczu graficznym protokołu lub w konspekcie protokołu.

nInsert Gradient (Wstaw gradient) — umożliwia wstawienie etapu
gradientu w oparciu o typ bloku studzienki wybrany w kalkulatorze
gradientu. Zakres gradientu można edytować w panelu Gradient(Gradient), który pojawia się po wstawieniu etapu gradientu.

nInsert GOTO (Wstaw GOTO) — wstawia etap cyklu (pętli), który
informuje oprogramowanie o konieczności powtórzenia konkretnych
etapów przez określoną liczbę cykli. Powtarzanie rozpoczyna się pozakończeniu pierwszego cyklu. Można na przykład poinformować
oprogramowanie, aby wykonało 39 powtórzeń etapów 2–4. Po ostatnim powtórzeniu
oprogramowanie wykona etapy 2–4 łącznie 40 razy. Etap docelowy, do którego następuje powrót(GOTO), oraz liczbę cykli, można edytować w widoku graficznym lub w konspekcie protokołu.
nInsert Melt Curve (Wstaw krzywą topnienia) — wstawia etap odczytu krzywej topnienia.

nInsert Plate Read to Step (Wstaw odczyt płytki do etapu) — dodaje polecenie odczytu płytki do
wybranego etapu. Odczyt płytki mierzy ilość fluorescencji na koniec cyklu. Etap odczytu płytki jest
zwykle ostatnim etapem w pętli GOTO.
Wskazówka: Po dodaniu polecenia odczytu płytki do danego etapu i wybraniu tego etapu
przycisk zmieni się na Remove Plate Read (Usuń odczyt płytki).

110 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)nRemove Plate Read (Usuń odczyt płytki) — usuwa polecenie odczytu płytki z wybranego etapu.
Wskazówka: Po usunięcia polecenia odczytu płytki z etapu ten przycisk ulega zmianie na
przycisk Add Plate Read to Step (Dodaj odczyt płytki do etapu) w przypadku wybrania tego
konkretnego etapu.

n

Step Options (Opcje etapu) — powoduje otwarcie okna dialogowego Step Options (Opcje etapu) iwyświetlenie opcji dostępnych dla wybranego etapu. Więcej szczegółowych informacji na temat opcji
etapów zawiera sekcja Step Options (Opcje etapu) na stronie 112.
Wskazówka: Dostęp do opcji Step Options (Opcje etapu) można również uzyskać, klikając
prawym przyciskiem myszy etap w widoku graficznym.

nDelete Step (Usuń etap) — usuwa wybrany etap z protokołu.

Podręcznik użytkownika | 111

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Step Options (Opcje etapu)
Otworzyć okno dialogowe Step Options (Opcje kroku), aby przejrzeć opcje, które można dodawać do
etapu, usuwać z niego lub zmieniać.

nPlate Read (Odczyt płytki) — jeśli ta opcja jest zaznaczona, odczyt płytki jest dodawany do etapu.

nTemperature (Temperatura) — ustawienie docelowej temperatury dla wybranego etapu.

nGradient — ustawienie zakresu gradientu dla etapu; zakres wartości: 1–24°C.
Uwaga: Gradient działa przy najniższej temperaturze z przodu bloku (na tej ilustracji
w rzędzie H) i najwyższej temperaturze z tyłu bloku (na tej ilustracji w rzędzie A).

n

Increment (Przyrost) — wielkość, o jaką temperatura jest zwiększana (lub zmniejszana)
w wybranym etapie; ta wielkość jest dodawana do docelowej temperatury przy każdym cyklu. Zakres
wynosi ±0,1–10°C.
Uwaga: Aby zmniejszać temperaturę, wpisać znak minus (–) przed wartością liczbową (np. 5°C).

nRamp Rate (Szybkość zmiany) — szybkość zmiany w wybranym etapie; zakres zależy od wielkości
bloku.

nTime (Czas) — czas utrzymywania wybranego etapu.

112 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Protocol Editor (Edytor protokołu)nExtend (Wydłużenie) — czas (w sekundach) wydłużenia lub skrócenia wybranego etapu; ta opcja
jest dodawana do czasu utrzymywania w każdym cyklu; zakres wynosi ±1–60 s.

nBeep (Sygnał dźwiękowy) — po zaznaczeniu tej opcji podczas etapu rozlega się sygnał dźwiękowy.
Wskazówka: Jeśli zostanie wprowadzona liczba spoza zakresu dla danej opcji,
oprogramowanie zmieni ją na najbliższą wartość mieszczącą się w zakresie.

Podręcznik użytkownika | 113

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor
protokołu)
Za pomocą funkcji Protocol Editor (Edytor protokołu) można tworzyć niestandardowe pliki protokołów.
Można też edytować i zapisywać wcześniej zapisane pliki protokołów oraz przykładowe pliki protokołów,
z którymi dostarczane jest oprogramowanie CFX Maestro Dx SE.
Aby utworzyć nowy plik protokołu, wykonać następujące czynności:n

Otworzyć plik protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu).
Wskazówka: W oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) można otworzyć nowy lub istniejący
protokół.

nSkonfigurować nowy protokół.

n

Dodać do protokołu etapy z panelu elementów kontroli nad protokołem.

n

Edytować właściwości etapów.

nZapisać protokół.

Wskazówka: Informacje o zapisywaniu nowego protokołu na podstawie wcześniej zapisanego lub
przykładowego pliku protokołu zamieszczono w rozdziale Otwieranie istniejącego protokołu w oknie
Protocol Editor (Edytor protokołu) na stronie 116.

Otwieranie nowego pliku protokołu w oknie Protocol Editor(Edytor protokołu)
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE zapewnia wiele opcji otwierania nowego pliku protokołu:nZ menu File (Plik) w oknie Home (Strona główna)n

W oknie dialogowym Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) w oknie Home (Strona główna)n

W oknie dialogowym Kreator Startup Wizard (Kreator startowy) w oknie Home (Strona główna)Aby otworzyć nowy plik płytki z menu File (Plik)u

W oknie Home (Strona główna) wybrać File (Plik) > New (Nowy) > Protocol (Protokół).
Okno Protocol Editor (Edytor protokołu) zostanie otwarte i pojawi się w nim domyślny plik protokołu.
Wskazówka: Informacje o ustawianiu domyślnego protokołu zamieszczono w rozdziale Zmiana
ustawień pliku domyślnego na stronie 91.

114 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

Aby otworzyć nowy protokół z okna dialogowego Run Setup (Konfiguracja analizy próbek).
1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności w celu otworzenia okna
dialogowego Run Setup (Konfiguracja analizy próbek):n

Wybrać opcje Run (Analiza próbek) > User-defined Run (Analiza zdefiniowana przezużytkownika).

n

Kliknąć opcję User-Defined Run Setup (Konfiguracja analizy definiowanej przez użytkownika)
na pasku narzędzi.

Zostanie otwarte okno dialogowe Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z wyświetlonym plikiem
protokołu domyślnego.
2.

Kliknąć opcję Create New (Utwórz nowe).
Okno Protocol Editor (Edytor protokołu) zostanie otwarte i pojawi się w nim domyślny protokół analizy
w czasie rzeczywistym.

Aby otworzyć nowy plik protokołu z okna Home (Strona główna)1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności w celu otworzenia
kreatora Startup Wizard (Kreator startowy), jeśli nie jest on widoczny:n

Wybrać opcje View (Widok) > Startup Wizard (Kreator startowy).

nKliknąć opcję Startup Wizard (Kreator startowy) na pasku narzędzi.

2.

W razie potrzeby wybrać typ aparatu z listy rozwijanej.

3.

Kliknąć User-defined (Zdefiniowany przez użytkownika), aby ustawić typ analizy.
Zostanie otwarte okno dialogowe Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z wyświetlonym plikiem
protokołu domyślnego.

4.

Kliknąć opcję Create New (Utwórz nowe).
Okno Protocol Editor (Edytor protokołu) zostanie otwarte i pojawi się w nim domyślny protokół analizy
w czasie rzeczywistym.

Aby otworzyć nowy protokół z menu Run (Analiza)
1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności w celu otworzenia okna
dialogowego Run Setup (Konfiguracja analizy próbek):n

Wybrać opcje Run (Analiza próbek) > User-defined Run (Analiza zdefiniowana przezużytkownika).

n

Kliknąć opcję User-Defined Run Setup (Konfiguracja analizy definiowanej przez użytkownika)
na pasku narzędzi.

Podręcznik użytkownika | 115

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Zostanie otwarte okno dialogowe Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z wyświetlonym plikiem
protokołu domyślnego.
2.

Kliknąć opcję Create New (Utwórz nowe).
Okno Protocol Editor (Edytor protokołu) zostanie otwarte i pojawi się w nim domyślny protokół analizy
w czasie rzeczywistym.

Otwieranie istniejącego protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor
protokołu)
CFX Maestro Dx SE zapewnia przykładowe pliki protokołu, które można edytować i zapisywać jako
niestandardowe nowe protokoły. Można też utworzyć nowy protokół z istniejącego protokołu
niestandardowego.

Otwarcie przykładowego pliku protokołu
1.

W oknie Home (Strona główna) wybrać File (Plik) > Open (Otwórz) > Protocol (Protokół).
Domyślnie Eksplorator Windows otwiera lokalizację folderu plików Sample (Próbka) w
oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE.

2.

Otworzyć folder plików Sample (Próbka). Są tam następujące foldery:nConventionalProtocols (Protokoły konwencjonalne) — przykładowe pliki protokołu na
potrzeby tradycyjnej analizy PCR.

n

DataFiles (Pliki danych) — przykładowe pliki danych do wykorzystania w celu poznawania
funkcji programu CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration (Kalibracja topnienia) — przykładowe pliki protokołu do użytku
z oprogramowaniem Bio-RadPrecision Melt Analysis.

n

Plates (Płytki) — przykładowe pliki płytek.

n

RealTimeProtocols (Protokoły analizy w czasie rzeczywistym) — przykładowe pliki protokołu
na potrzeby analizy PCR w czasie rzeczywistym.

3.

Otworzyć folder protokołów odpowiedni do typu analizy próbek, jakie mają być wykonywane —ConventionalProtocols (Protokoły konwencjonalne) lub RealTimeProtocols (Protokoły analizy w
czasie rzeczywistym).

4.

Wybrać potrzebny protokół i kliknąć Open (Otwórz).
Przykładowy protokół zostanie otwarty w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu).

5.

Wybrać File (Plik) > Save As (Zapisz jako) i zapisać protokół z nową nazwą lub w nowym folderze.

116 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

Otwarcie istniejącego protokołu
1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności:n

Wybrać File (Plik) > Open (Otwórz) > Protocol (Protokół), przejść do docelowego protokołu,
wybrać go i kliknąć Open (Otwórz).

n

Otworzyć kreator Startup Wizard (Kreator startowy) i wykonać jedną z następujących czynności:oAby edytować wyświetlony protokół, kliknąć Edit Selected (Edytuj wybrany).

o

Aby edytować inny istniejący protokół, kliknąć Select Existing (Wybierz istniejący) i przejść
do docelowego pliku.

Protokół zostanie otwarty w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu).
2.

Wybrać File (Plik) > Save As (Zapisz jako) i zapisać protokół z nową nazwą lub w nowym folderze.

Konfigurowanie nowego protokołu
Wskazówka: Jeśli plik protokołu zawiera wymagane parametry (np. jeśli edytowany jest istniejący
plik płytki), można pominąć ten rozdział i przejść do rozdziału Dodawanie etapów do protokołu na
stronie 119.
Nowe pliki protokołu wymagają określenia następujących parametrów:nBlock type (Typ bloku)nScan mode for the chosen block type (Tryb skanowania dla wybranego typu bloku)n

Lid temperature (Temperatura pokrywy)nSample volume (Objętość próbki)Podręcznik użytkownika | 117

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Ustawianie typu bloku
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE automatycznie oblicza przyrosty temperatury dla etapów gradientu
na podstawie typu bloku.
Uwaga: Typ płytki skonfigurowany w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) musi być taki sam, jak
typ płytki w module reakcyjnym.

Aby ustawić typ blokuu

W oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) wybrać opcje Tools (Narzędzia) > Gradient Calculator(Kalkulator gradientu), a następnie wybrać odpowiedni typ płytki i tryb skanowania na wyświetlonejliście rozwijanej.

Wybór trybu skanowania dla wybranego typu bloku
W celu określenia czasu analizy dla protokołu należy wybrać typ bloku docelowego i tryb skanowania.

Aby wybrać typ bloku docelowego i tryb skanowaniau

W oknie Protocol Editor (Edytor protokołu) wybrać opcje Tools (Narzędzia) > Run time Calculator(Kalkulator czasu analizy), a następnie wybrać odpowiedni typ płytki i tryb skanowania nawyświetlonej liście rozwijanej.

Regulacja temperatury pokrywy
CFX Maestro Dx SE wyznacza domyślne temperatury pokrywy w następujący sposób:nAparaty z 96 studzienkami i studzienką głęboką — 105,0°CnAparaty z 384 studzienkami — 95,0°C.

Można zmienić domyślne ustawienia lub wyłączyć element grzejny pokrywy w zależności od wymagań
protokołu.

Ustawienie temperatury pokrywy
1.

W oknie Plate Editor (Edytor płytki) wybrać Settings (Ustawienia) > Lid Settings (Ustawienia
pokrywy).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Lid Settings (Ustawienia pokrywy).

2.

3.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

wybrać opcję User Defined (Zdefiniowane przez użytkownika) i wpisać wartość temperaturyw polu tekstowym;nwybrać opcję Turn Off Lid Heater (Wyłącz element grzejny pokrywy).

Kliknąć OK, aby zaakceptować zmiany i zamknąć okno dialogowe.

118 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

Ustawianie objętości próbki
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE domyślnie ustawia objętość próbki każdej studzienki na 25 µl.
Objętości próbek różnią się w zależności od typu bloku, np.:n0–50 µl w przypadku bloku z 96 studzienkami,n

0–30 µl w przypadku bloku z 384 studzienkami.

Aparat wykorzystuje jeden z dwóch trybów kontroli temperatury do określenia, czy próbka osiągnęła
docelową temperaturę w protokole:nCalculated mode (Tryb obliczony) — gdy objętość próbki jest ustawiona na wartość niezerową
odpowiednią dla bloku, aparat oblicza temperaturę próbki na podstawie jej objętości. Jest to tryb
standardowy.

nBlock mode (Tryb bloku) — gdy objętość próbki jest ustawiona na zero (0) µl, aparat rejestruje
temperaturę próbki jako równą zmierzonej temperaturze bloku.

Ustawienie objętości próbki dla danego blokuu

Wpisać poprawną wartość w polu tekstowym Sample Volume (Objętość próbki) na pasku narzędzi
w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

Wskazówka: Można zmienić domyślną objętość próbki w oknie dialogowym User Preferences(Preferencje użytkownika). Zob. rozdział Zmiana ustawień pliku domyślnego na stronie 91.

Dodawanie etapów do protokołu
Dodanie etapu do protokołu
1.

Otworzyć protokół w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu).

2.

Ustalić, gdzie wstawić nowy etap. Wybrać opcję Before (Przed) lub After (Po) z listy rozwijanej Step
(Etap) na pasku narzędzi.

3.

Na wykresie wybrać etap, przed lub po którym ma być wstawiony nowy etap.

4.

Kliknąć opcję Insert Step (Wstaw etap) w lewym panelu.

5.

Aby zmienić temperaturę lub czas utrzymywania, kliknąć wartość domyślną na wykresie lub w panelu
zarysu protokołu i wpisać nową wartość.

6.

(Opcjonalnie) Kliknąć Step Options (Opcje etapu) w lewym panelu, aby wyświetlić okno dialogowe
Step Options i zmodyfikować dostępne opcje dla wybranego etapu.

Podręcznik użytkownika | 119

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Wskazówka: Można przejść do okna dialogowego Step Options (Opcje etapu) z poziomu menuwyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w panelu wykresu lub w panelu zarysu
protokołu.
7.

Kliknąć OK, a następnie Yes (Tak), aby zapisać zmiany protokołu.
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Save As (Zapisz jako).

8.

W oknie dialogowym Save As (Zapisz jako) wpisać nazwę pliku z nowym protokołem i kliknąć Save
(Zapisz).

Wprowadzanie etapu gradientu
Aby wprowadzić etap gradientu
1.

Upewnić się, że rozmiar płytki dla gradientu jest taki sam, jak typ bloku aparatu — 96 studzienek, 384
studzienki lub głęboka studzienka.

2.

Jeśli jeszcze nie wykonano tej czynności, należy wybrać rozmiar płytki dla gradientu:
Wybrać opcje Tools (Narzędzia) > Gradient Calculator (Kalkulator gradientu), a następnie wybrać
odpowiedni typ płytki z listy rozwijanej.

3.

Na pasku narzędzi wybrać opcję Before (Przed) lub After (Po) z listy rozwijanej Insert Step (Wstaw
etap).

4.

Na panelu wykresu lub konspektu wybrać etap, przed lub po którym ma być wstawiony etap
gradientu.

5.

W panelu po lewej stronie kliknąć opcję Insert Gradient (Wstaw gradient). Nowy etap gradientu
zostanie podświetlony na wykresie i w panelu konspektu — na przykład:

120 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

Temperatura każdego wiersza w gradiencie pojawi się w tabeli Gradient (Gradient) w prawym
panelu.
6.

Aby edytować zakres temperatur gradientu, należy wykonać jedną z następujących czynności:n

Kliknąć temperaturę domyślną w wykresie lub panelu konspektu i wprowadzić nowątemperaturę.

n

Kliknąć polecenie Step Options (Opcje etapu), aby wprowadzić zakres gradientu w oknie Step
Options (Opcje etapu).

nZmienić wartość Range (Zakres) w tabeli Gradient (Gradient).

7.

Aby przeprowadzić edycję czasu wstrzymania, należy kliknąć domyślny czas w widoku graficznym
lub tekstowym, a następnie wprowadzić nowy czas.

8.

Kliknąć OK, a następnie Yes (Tak), aby zapisać zmiany.

Wstawianie kroku GOTO
Uwaga: Do zestawu GOTO można wprowadzić etap GOTO; nie można tworzyć zagnieżdżonychpętli GOTO.

Podręcznik użytkownika | 121

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Aby wprowadzić etap GOTO
1.

Wybrać opcję Before (Przed) lub After (Po) z listy rozwijanej Insert Step (Wstaw etap) na paskunarzędzi.

2.

Na wykresie wybrać etap, przed lub po którym ma być wstawiony etap GOTO.

3.

W panelu po lewej stronie kliknąć opcję Insert GOTO (Wstaw GOTO).

4.

Aby przeprowadzić edycję numeru etapu GOTO lub numeru powtórzeń GOTO, należy wybraćdomyślny numer na wykresie lub w panelu konspektu i wprowadzić nową wartość.

5.

Kliknąć OK, a następnie Yes (Tak), aby zapisać zmiany.

Wstawianie etapu krzywej topnienia
Wskazówka: Etapu krzywej topnienia nie można wprowadzić w pętli GOTO.
Uwaga: Etap krzywej topnienia obejmuje 30-sekundowe wstrzymanie na początku tego etapu, które
nie jest przedstawione w protokole.

Aby wprowadzić etap krzywej topnienia
1.

Wybrać opcję Before (Przed) lub After (Po) z listy rozwijanej Insert Step (Wstaw etap) na paskunarzędzi.

2.

Na wykresie wybrać etap, przed lub po którym ma być wstawiony etap krzywej topnienia.

122 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

3.

W panelu po lewej stronie kliknąć opcję Insert Melt Curve (Wstaw krzywą topnienia). Nowy etap
krzywej topnienia zostanie podświetlony na wykresie i w panelu konspektu — na przykład:

4.

Aby przeprowadzić edycję zakresu temperatury topnienia lub czasu przyrostu, należy wybraćdomyślny numer na wykresie lub w panelu konspektu i wprowadzić nową wartość.

5.

Kliknąć OK, a następnie Yes (Tak), aby zapisać zmiany.

Podręcznik użytkownika | 123

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Dodawanie lub usuwanie etapu odczytu płytki
Wskazówka: Po dodaniu polecenia odczytu płytki do danego etapu i wybraniu tego etapu przycisk
zmieni się na Remove Plate Read (Usuń odczyt płytki).

Dodanie odczytu płytki do etapu
1.

Wybrać opcję Before (Przed) lub After (Po) z listy rozwijanej Insert Step (Wstaw etap) na paskunarzędzi.

2.

Na wykresie wybrać etap, przed lub po którym ma być wstawiony etap odczytu płytki.

3.

Aby dodać odczyt płytki do wybranego etapu, kliknąć opcję Add Plate Read to Step (Dodaj odczyt
płytki do etapu) w lewym panelu.

4.

Kliknąć OK, a następnie Yes (Tak), aby zapisać zmiany.

Usunięcie odczytu płytki z etapuu

Na wykresie wybrać etap zawierający odczyt płytki i kliknąć opcję Remove Plate Read (Usuń odczyt
płytki) w lewym panelu.

Zmiana opcji etapu
Aby zmienić opcje dla wybranego etapu
1.

Wybrać etap docelowy w panelu wykresu lub konspektu.

2.

W lewym panelu kliknąć pozycję Step Options (Opcje kroku), aby otworzyć okno dialogowe Step
Options (Opcje kroku).
Alternatywnie kliknąć prawym przyciskiem myszy etap docelowy w dowolnym panelu i wybrać
polecenie Step Options (Opcje etapu) w menu, które się pojawi.

3.

Aby dodać, zmodyfikować lub usunąć opcje:nWprowadzić wartość do odpowiedniego pola tekstowego.

nPrzeprowadzić edycję wartości w odpowiednim polu tekstowym.

n

Zaznaczyć pole wyboru lub usunąć jego zaznaczenie.

4.

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe Step Options (Opcje etapu).

5.

Kliknąć przycisk OK, a następnie przycisk Yes (Tak), aby zapisać protokół.

124 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu)

Usuwanie etapuWażne: Tego działania nie można cofnąć. W przypadku usuwania etapów należy zachować
ostrożność i rozważyć ewentualne konsekwencje.

Aby usunąć etap w protokole
1.

Wybrać etap w panelu wykresu lub konspektu.

2.

W lewym panelu kliknąć opcję Delete Step (Usuń etap), aby usunąć wybrany etap.

3.

Kliknąć przycisk OK, a następnie przycisk Yes (Tak), aby zapisać protokół.

Kopiowanie, eksportowanie i drukowanie protokołu
Kopiowanie protokołuuKliknąć prawym przyciskiem myszy zarys protokołu i wybrać Copy Protocol (Kopiuj protokół).
Można wkleić zarys do pliku .txt, .xls, .doc lub .ppt.

Eksport protokołu
1.

Kliknąć prawym przyciskiem myszy zarys protokołu i wybrać Export Protocol (Eksportuj protokół).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Save As (Zapisz jako).

2.

(Opcjonalnie) W Eksploratorze Windows przejść do folderu, w którym na być zapisany plik protokołu.

3.

W polu File name (Nazwa pliku) wpisać nazwę eksportowanego pliku protokołu.

4.

Kliknąć Save (Zapisz).

Wydruk protokołuuKliknąć prawym przyciskiem myszy zarys protokołu i wybrać Print (Drukuj).
Można wydrukować zarys protokołu za pomocą drukarki domyślnej.

Podręcznik użytkownika | 125

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Tworzenie protokołu za pomocą Protocol AutoWriter(Automatyczny kreator protokołu)Ważne: Firma Bio-Rad nie gwarantuje, że uruchomienie protokołu utworzonego w Protocol
AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) zawsze zapewni produkt PCR.
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) w oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE
automatycznie generuje protokoły cykli na podstawie następujących parametrów wejściowych:nAmplicon length (Długość amplikonu) — oczekiwana długość produktu PCR.

n

Annealing temperature (Temperatura annealingu) — Ta reakcji dla stosowanych primerów.
Jeśli wartość Ta nie jest znana, można ją obliczyć automatycznie za pomocą kalkulatora Ta na
podstawie sekwencji konkretnych primerów.
Uwaga: Wartość Ta jest korygowana na podstawie informacji o temperaturze topnienia primera(Tm) uzyskiwanych w oparciu o wybrany enzym i szybkość protokołu.

nEnzyme type (Typ enzymu) — enzym polimeraza DNA (polimeraza DNA iTaq, iProof lub Other(Inny)).
Jeśli stosowany jest enzym inny niż polimeraza DNA iTaq lub iProof, można wprowadzić dodatkowe
informacje, w tym zakres gradientu, czas aktywacji w technice „hot start” (w sekundach) i czaskońcowego wydłużania (w sekundach).

n

Run speed (Szybkość analizy próbek) — szybkość reakcji (standardowa, szybka lub ultraszybka).
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) optymalizuje protokół w zależności od
wybranego ustawienia szybkości. Całkowity czas analizy próbek jest określany na podstawie liczby
etapów i cykli, czasu inkubacji w każdym etapie oraz czasu wymaganego do osiągnięcia
jednorodności w temperaturze docelowej.

Na podstawie parametrów wprowadzonych przez użytkownika oraz standardowych wytycznych
dotyczących PCR Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) automatycznie generuje
zindywidualizowany protokół PCR z etapami „hot start”, początkowej denaturacji, annealingu i wydłużania
Następnie można przejrzeć graficzną prezentację sugerowanego protokołu i wyedytować, uruchomić lub
zapisać protokół.

126 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie protokołu za pomocą Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu)

Utworzenie nowego protokołu za pomocą Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator
protokołu) w oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE
1.

W oknie Home (Strona główna) wybrać Tools (Narzędzia) > Protocol AutoWriter (Automatyczny
kreator protokołu).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu).

2.

W części Enter Target Values/Enzyme (Wprowadź docelowe wartości / enzym) wykonaćnastępujące czynności:n

Wpisać wartość Annealing Temperature (Ta) (Temperatura annealingu) dla primerów, o ile jest
znana.
Wskazówka: Więcej informacji przedstawiono w rozdziale Korzystanie z funkcji Ta
Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) na stronie 128.
Uwaga: Więcej informacji o obliczeniach stosowanych przez Ta Calculator (Kalkulator dla
temperatury annealingu Ta) można znaleźć w publikacji Breslauera i wsp. 1986.

n

Wpisać wartość Amplicon Length (Długość amplikonu) wyrażoną w parach zasad (bp).

nWybrać typ enzymu z listy opcji (polimeraza DNA iTaq, polimeraza DNA iProof lub Other (Inny)).
Wskazówka: Wybór typu enzymu Other (Inny) spowoduje uaktywnienie parametróww części Additional Parameters (Optional) (Dodatkowe parametry (Opcjonalne)).

Podręcznik użytkownika | 127

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

3.

Jeśli wybrano typ enzymu Other (Inny), można uzupełnić protokół o dowolne lub wszystkie
z następujących parametrów:n

Gradient range (Zakres gradientu),

ntemperatura Hot Start Activation (Aktywacja w technice „hot start”),nczas Final Extension (Końcowe wydłużanie).

4.

W części Type (Typ) przesunąć suwak w celu wybrania szybkości protokołu (Standard, Fast
(Szybka) lub Ultrafast (Ultraszybka)). CFX Maestro Dx SE dostosuje całkowity czas analizy próbek.

5.

Wybrać typ analizy PCR, jaka ma zostać przeprowadzona (domyślnie zaznaczona jest analiza Realtime PCR (PCR w czasie rzeczywistym)).
W przypadku PCR w czasie rzeczywistym CFX Maestro Dx SE dodaje etap odczytu płytki w celu
zebrania danych fluorescencyjnych.

6.

Przejrzeć protokół w części Preview (Podgląd). Można wprowadzić potrzebne zmiany.

7.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Kliknąć OK, aby zapisać nowy protokół. Zapisany protokół otwiera się w kreatorze Startup
Wizard (Kreator startowy). Kliknąć Edit Selected (Edytuj wybrany), aby wprowadzić wszelkie
potrzebne zmiany w protokole. Na przykład może być konieczna zmiana temperatury pokrywy
i objętości próbki.

n

Kliknąć Cancel (Anuluj), aby zamknąć okno bez zapisywania protokołu.

Korzystanie z funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla
temperatury annealingu Ta)Jeśli wartość temperatury annealingu dla primera nie jest znana, można użyć funkcji Ta Calculator(Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) do obliczenia tej wartości. Można użyć tej wartości w funkcji
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu) lub Protocol Editor (Edytor protokołu) w celu
utworzenia protokołu.

Informacje o funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury
annealingu Ta)
Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) oblicza wartość Tm dla każdego primera oraz
wartość Ta dla protokołu przy standardowej szybkości.
Wartość Ta dla protokołu jest wyznaczana na podstawie średnich wartości Tm primerów z zastosowaniemnastępujących zasad:

128 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Korzystanie z funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta)nJeżeli różnica między wartościami Tm primerów wynosi > 4°C, to Ta = (mniejsza z dwóch wartości Tmprimerów + 2) – 4°CnJeżeli różnica między wartościami Tm wynosi ≤ 4°C, to Ta = (średnia z wartości Tm primerów) – 4°C

Metoda zliczania par zasad
W przypadku każdego primera kalkulator Ta wykorzystuje metodę zliczania par zasad dla sekwencji
zawierających 14 par zasad (bp) lub mniej.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4)
gdzie w, x, y oraz z są liczbami odpowiednio zasad A, T, G oraz C w sekwencji.

Metoda najbliższego sąsiada
W przypadku sekwencji, których długość przekracza 14 par zasad, stosowana jest metoda najbliższegosąsiada. W metodzie najbliższego sąsiada obliczenia temperatury topnienia są oparte na relacjach
termodynamicznych między entropią (rząd lub miara losowości oligonukleotydów), entalpią (ciepło
uwalniana lub pochłaniane przez oligonukleotydy), energią swobodną i temperaturą.
∆H = ∆G + T* ∆S
gdzie:n∆H = wartość entalpii, cal/mol*Kn

T = temperatura w kelwinachn∆S = wartość entropii, cal/mol*Kn∆G = energia swobodna Gibbsa wyrażona w cal/mol*K

Zmiana w entropii i entalpii jest obliczana bezpośrednio poprzez sumowanie wartości dla pary
nukleotydów, które przedstawia Tabela 8 (Breslauer et al. 1986).
Relacja między energią swobodną a stężeniem składników reakcji i produktów w równowadze jestnastępująca:∆G = R*T*ln ((DNA * Primer)/(DNA + Primer))gdzie R jest stałą gazową (1,986 cal/mol*K).
Podstawienie G w obu równaniach i obliczenie T zwraca
T = ∆H/(∆S + R*Ln((DNA * Primer)/(DNA + Primer)))przy założenie, że stężenie DNA i kompleksu DNA-primer są równe.

Podręcznik użytkownika | 129

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Ustalono empirycznie, że zmiana energii swobodnej podczas przejścia DNA z formy jednoniciowej doformy B wynosi 5 kcal (3,4 kcal) (Sugimoto et al. 1996). Zakłada się, że jest to energia wymagana do
zainicjowania powstawania helisy. Na koniec korekta z uwzględnieniem soli umożliwia uzyskanierównania, z którego korzysta kalkulator Ta :T = (∆H – 5(kcal/K*mol))/(∆S + (R * ln(1/(primer)))) + 16.6 log10 (MolalnośćSoli)
Nie jest wymagana stała korekcyjna uwzględniająca stężenie soli, ponieważ różne parametry zostały
ustalone przy stężeniu 1 M NaCl, a log10 z 1 wynosi zero.
W obliczeniach termodynamicznych przyjęto założenie, że annealing ma miejsce przy pH 7,0. W
obliczeniach Tm obowiązuje założenie, że sekwencje nie są symetryczne i zawierają co najmniej jedną G
lub C.
W celu uzyskiwania rozsądnych wartości Tm sekwencja oligonukleotydów powinna mieć długość conajmniej 14 zasad. W przypadku sekwencji krótszych niż 14 zasad należy stosować metodę liczenia parzasad (patrz Tabela 8 poniżej).
Tabela 8. Stałe interakcji BreslaueraInterakcja

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3.1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

130 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Korzystanie z funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta)

Tabela 8. Stałe interakcji Breslauera, ciąg dalszyInterakcja

∆H

∆S

∆G

GT

CA

6,5

17,3

1,3

GC

CG

11,1

26,7

3.1

GG

CC

11

26,6

3.1

Podręcznik użytkownika | 131

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

Korzystanie z funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta)Użycie kalkulatora Ta
1.

Aby otworzyć Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta), wykonać jedną
z następujących czynności:nJeśli aktualnie otwarty jest Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu), kliknąć Ta
Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta).

n

W oknie Home (Strona główna) wybrać Tools (Narzędzia) > Ta Calculator (Kalkulator dla
temperatury annealingu Ta).

Zostanie wyświetlone okno dialogowe Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta).

2.

W polu tekstowym Forward Primer (Primer wiodący) wpisać lub wkleić sekwencję primerawiodącego.
Wskazówka: Sekwencję można też wprowadzić za pomocą przycisków A, T, G, C po lewej
stronie okna dialogowego.

3.

Wpisać lub wkleić sekwencję primera odwrotnego w polu tekstowym Reverse Primer (Primer
odwrotny).

4.

Kliknąć Calculate (Oblicz).

132 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Korzystanie z funkcji Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta)

Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) oblicza i wyświetla wartość Tm dla każdego
primera oraz średnie wartości Tm i Ta, np.:Jeśli wartości Tm primera różnią się od siebie o więcej niż 4°C, Protocol AutoWriter (Automatyczny
kreator protokołu) wykorzystuje niższą wartość Tm primera + 2°C jako podstawę do obliczenia
wartości Ta, którą można później modyfikować, zmieniając enzym i szybkość reakcji.
Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) generuje temperaturę annealingu dla
standardowej szybkości z polimerazą DNA iTaq. W przypadku używania innego enzymu ustawienie
szybkości powoduje automatyczne dostosowanie Ta.
5.

Wykonaj jedną z następujących czynności:nJeśli funkcja Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) została otwarta z okna
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu), kliknąć OK. Nastąpi powrót do okna
Protocol AutoWriter (Automatyczny kreator protokołu). Temperatura annealingu jest
modyfikowana automatycznie.

nJeśli funkcja Ta Calculator (Kalkulator dla temperatury annealingu Ta) została otwarta w menu
Tools (Narzędzia), odnotować obliczenia i kliknąć Cancel, aby zamknąć kalkulator.

Podręcznik użytkownika | 133

Rozdział 7 Tworzenie protokołów

134 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek
Plik płytki zawiera informacje o parametrach analizy, np. o trybie skanowania, fluoroforach izawartościach studzienek. Po analizie produkt Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security łączy
zawartości studzienek z danymi fluorescencji zgromadzonymi podczas analizy, a następnie wykonuje
odpowiednie analizy w oknie Data Analysis (Analiza danych). Na przykład studzienki załadowane
standardowymi typami próbek są używane do wygenerowania krzywej wzorcowej.
W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE dostępne są dwie opcje tworzenia płytek: Edytor Plate Editor(Edytor płytki) przeznaczony do analiz PCR w czasie rzeczywistym oraz kreator Setup Wizard (Kreator
konfiguracji) do stosowania w przypadku znormalizowanych analiz ekspresji genów.
Okno Plate Editor (Edytor płytki):n

Zawiera opcje standardowych fluoroforów i typów próbek do przypisania do studzienek płytek

nUmożliwia ustawienie referencyjnych sekwencji docelowych oraz próbek kontrolnych do analiz
ekspresji genównUmożliwia edycję konfiguracji płytki przed analizą, w jej trakcie oraz po analizienPozwala na zapisywanie plików płytek do ponownego wykorzystanianUmożliwia wydrukowanie pliku płytki na domyślnej drukarce

Kreator Setup Wizard (Kreator konfiguracji) prowadzi użytkownika przez proces tworzenia układu płytki
dla znormalizowanej analizy ekspresji genów. Z kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) można
korzystać przed analizą, w jej trakcie, a także po zakończeniu analizy.

Podręcznik użytkownika | 135

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Okno Plate Editor (Edytor płytki)
Obszar Plate Editor (Edytor płytki) służy do tworzenia niestandardowych płytek i modyfikowania
istniejących płytek.

LEGENDA1.

Pasek menu zapewnia szybki dostęp do poleceń menu File (Plik) i Settings (Ustawienia), atakże do opcji narzędzi edycji płytek.

2.

Pasek narzędzi zapewnia szybki dostęp do ważnych funkcji ładowania płytek.

3.

W panelu głównym wyświetlany jest układ płytki oraz pojawiają się opcje płytki w miarę ich
stosowania.

4.

W prawym panelu wyświetlane są opcje, których można użyć w celu dostosowania płytki.

5.

W dolnym panelu wyświetlany jest typ płytki oraz możliwy jest szybki dostęp do opcjiwyświetlania.

Polecenia menu File (Plik)
Save (Zapisz) — służy do zapisywania pliku danych próbki w lokalizacji określonej na zakładce File (Plik)w oknie dialogowym User Preferences (Preferencje użytkownika). Więcej informacji zawiera rozdział

136 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Plate Editor (Edytor płytki)

Zmiana ustawień pliku domyślnego na stronie 91. Ta pozycja menu jest dostępna tylko podczas
tworzenia nowego pliku płytki.
Save As (Zapisz jako) — umożliwia zapisanie otwartego pliku danych płytki pod podaną nazwą. Ta
pozycja menu jest dostępna tylko podczas tworzenia nowego pliku płytki.
File Passwords (Hasła do plików) — umożliwia użytkownikom ustawienie haseł do zapisywania iotwierania plików.
Extract Plate (Wyodrębnij płytkę) — otwiera okno dialogowe, w którym można zapisać/wyodrębnić plikpłytki (.pltd). Ta pozycja menu jest dostępna tylko podczas wyświetlania lub edycji istniejącego pliku
płytki.
Print (Drukuj) — umożliwia wydrukowanie otwartego pliku danych płytki.
Close (Zamknij) — zamyka obszar Plate Editor (Edytor płytki).

Polecenia menu Edit (Edycja)
Undo (Cofnij) — cofnięcie zmiany w pliku płytki (działa do punktu ostatniego zapisu pliku płytki).
Redo (Ponów) — odwrócenie ostatniego działania Undo (Cofnij) (działa do punktu ostatniego zapisu pliku
płytki).

Polecenia menu Settings (Ustawienia)
Plate Size (Wielkość płytki) — otwarcie okna dialogowego, w którym można wybrać wielkość płytki na
potrzeby konkretnej analizy próbek.
Uwaga: Wielkość płytki musi być taka sama, jak wielkość bloku w aparacie, w którym
wykonywana jest analiza.
Wybierz 96 studzienek dla:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell Dx

Wybierz 384 studzienek dla:n

CFX Opus 384Dx

Plate Type (Typ płytki) — możliwość wyboru typu studzienek w płytce, które utrzymują próbki: BR White(Białe) lub BR Clear (Przezroczyste). Aby zapewnić dokładność analizy danych, wybrany typ płytki musibyć taki sam, jak typ płytki stosowany w danej analizie próbek.
Uwaga: Nowe typy płytek muszą zostać skalibrowane. Więcej informacji przedstawiono
w rozdziale Kalibrowanie nowych barwników na stronie 83.

Podręcznik użytkownika | 137

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Number Convention (Konwencja liczb) — możliwość włączenia lub wyłączenia opcji wyświetlania
jednostek w notacji naukowej. Domyślnie jednostki są wyświetlane w notacji naukowej.
Units (Jednostki) — możliwość wyboru jednostek prezentowanych w arkuszach kalkulacyjnych podczas
wykonywania ilościowego oznaczenia próbek nieznanych w odniesieniu do krzywej wzorcowej.

Polecenia menu Editing Tools (Narzędzia do edycji)Setup Wizard (Kreator konfiguracji) — otwiera obszar Setup Wizard (Kreator konfiguracji), w którymmożna zdefiniować parametry układu i analizy dla bieżącej płytki. Z kreatora Setup Wizard (Kreator
konfiguracji) można korzystać przed analizą, w jej trakcie, a także po zakończeniu analizy.
Spreadsheet View/Importer (Podgląd/importer arkusza kalkulacyjnego) — otwiera okno dialogowe
View (Widok), w którym wyświetlany jest układ płytki jako szablon w formacie arkusza kalkulacyjnego. Za
pomocą tego okna dialogowego można wyeksportować lub zaimportować dane szablonu płytki w
formacie .csv.
Flip Plate (Odwróć płytkę) — odwraca zawartość płytki o 180o.

Polecenia na pasku narzędzi
Cofa zmianę w płytce. CFX Maestro Dx SE obsługuje do dziesięciu
operacji cofania
Odwraca ostatnią czynność Undo (Cofnij). CFX Maestro Dx SE obsługuje
do dziesięciu czynności ponawiania.
Zapisuje plik bieżącej płytki.

Wyświetla listę rozwijaną, z której można powiększyć lub zmniejszyć
widok płytki.
Wyświetla listę rozwijaną, z której można wybrać tryb skanowania
stanowiący dla aparatu instrukcję dotyczącą tego, z których kanałów
gromadzić dane fluorescencji podczas analizy.
Otwiera obszar Well Groups Manager (Menedżer grup studzienek), w
którym można tworzyć grupy studzienek dla bieżącej płytki.
Wyświetla okno dialogowe, w którym można wybrać kolory i symbole dla
krzywych amplifikacji.

138 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Plate Editor (Edytor płytki)

Otwiera okno dialogowe View (Widok), w którym wyświetlany jest układ
płytki jako szablon w formacie arkusza kalkulacyjnego. Za pomocą tegookna dialogowego można wyeksportować lub zaimportować dane
szablonu płytki w formacie .csv.
Otwiera obszar Setup Wizard (Kreator konfiguracji), w którym można
zdefiniować parametry układu i analizy dla bieżącej płytki. Z kreatora
Setup Wizard (Kreator konfiguracji) można korzystać przed analizą, w jej
trakcie, a także po zakończeniu analizy.
Otwiera zakładkę Plate (Płytka) w oknie dialogowym User Preferences(Preferencje użytkownika), na której można zdefiniować parametry
układu płytki, a także tworzyć i usuwać nazwy sekwencji docelowych,
próbek i grup biologicznych. Zmiany wprowadzane na zakładce Plate(Płytka) będą dostępne przy następnym otwarciu edytora Plate Editor(Edytor płytki).
Wyświetla kroki wymagane w celu skonfigurowania płytki i załadowania
studzienek.

Podręcznik użytkownika | 139

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor
płytki)Za pomocą funkcji Plate Editor (Edytor płytki) można tworzyć niestandardowe pliki płytek. Można też
edytować i zapisywać wcześniej zapisane pliki płytek oraz przykładowe pliki płytek dostarczane w
oprogramowaniu System CFX Opus Dx.
Aby utworzyć nowy plik płytki, należy wykonać następujące czynności:n

Otworzyć okno Plate Editor (Edytor płytki).

n

Wybrać typ płytki.
Uwaga: Typ płytki dla pliku płytki musi być taki sam, jak typ płytki w module reakcyjnym.

nWybrać tryb skanowania, który będzie używany w protokole.

n

Wybrać fluorofory, który będą używane w płytce.

n

Wybrać typ próbki, sekwencje docelowe oraz próbki.

n

W razie potrzeby wybrać replikaty techniczne.

nZapisać układ płytki.

Wskazówka: Informacje o zapisywaniu nowej płytki na podstawie wcześniej zapisanego lub
przykładowego pliku płytki zamieszczono w rozdziale Otwieranie istniejącego pliku płytki w oknie
Plate Editor (Edytor płytki) na stronie 142.

Otwieranie nowego pliku płytki w oknie Plate Editor (Edytor płytki)
CFX Maestro Dx SE zapewnia wiele opcji otwierania nowego pliku płytki:nz okna Home (Strona główna),nz okna dialogowego Startup Wizard (Kreator startowy),nz okna dialogowego Run Setup (Konfiguracja analizy próbek).

Otwarcie nowego pliku płytki z okna Home (Strona główna)u

Wybrać File (Plik) > New (Nowy) > Plate (Płytka).
Zostanie otwarte okno Plate Editor (Edytor płytki) z wyświetlonym domyślnym plikiem płytki dla
wybranego aparatu.
Wskazówka: Informacje o ustawianiu domyślnego pliku płytki zamieszczono w rozdziale
Zmiana ustawień pliku domyślnego na stronie 91.

140 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor płytki)

Otwarcie nowego pliku płytki z okna Startup Wizard (Kreator startowy).
1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności w celu otworzenia
kreatora Startup Wizard (Kreator startowy), jeśli nie jest on widoczny:n

Wybrać opcje View (Widok) > Startup Wizard (Kreator startowy).

nKliknąć opcję Startup Wizard (Kreator startowy) na pasku narzędzi.

2.

W razie potrzeby wybrać typ aparatu z listy rozwijanej.

3.

Aby utworzyć nową płytkę, kliknąć typ analizy User-defined (Zdefiniowany przez użytkownika).
Zostanie otwarte okno dialogowe Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z wyświetloną zakładką
Protocol (Protokół).

4.

Kliknąć zakładkę Plate (Płytka), a następnie opcję Create New (Utwórz nową).
Zostanie otwarte okno Plate Editor (Edytor płytki) z wyświetlonym domyślnym układem płytki dla
wybranego aparatu.

Otwarcie nowego pliku płytki z okna dialogowego Run Setup (Konfiguracja analizy próbek).
1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności w celu otworzenia okna
dialogowego Run Setup (Konfiguracja analizy próbek):n

Wybrać opcje Run (Analiza próbek) > User-defined Run (Analiza zdefiniowana przezużytkownika).

n

Kliknąć opcję User-Defined Run Setup (Konfiguracja analizy definiowanej przez użytkownika)
na pasku narzędzi.

Zostanie otwarte okno dialogowe Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) z zakładką Protocol(Protokół).
2.

Aby utworzyć nową płytkę, kliknąć zakładkę Plate (Płytka), a następnie opcję Create New (Utwórznową).
Zostanie otwarte okno Plate Editor (Edytor płytki) z wyświetlonym domyślnym układem płytki dla
wybranego aparatu.

Podręcznik użytkownika | 141

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Otwieranie istniejącego pliku płytki w oknie Plate Editor (Edytor
płytki)
CFX Maestro Dx SE zapewnia przykładowe pliki płytki, które można edytować i zapisywać jako nowąpłytkę. Można też utworzyć nowy plik płytki z wcześniej zapisanego pliku płytki.

Otwarcie przykładowego pliku płytki
1.

W oknie Home (Strona główna) wybrać File (Plik) > Open (Otwórz) > Plate (Płytka).
Program Eksplorator Windows otwiera lokalizację folderu plików Sample (Próbka) aparatu System
CFX Opus Dx.

2.

Otworzyć folder plików Sample (Próbka), a następnie folder Plates (Płytki).

3.

Wybierz plik płyty i kliknij Otwórz.
Przykładowy plik płytki zostanie otwarty w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

4.

Wybrać File (Plik) > Save As (Zapisz jako) i zapisać plik płytki z nową nazwą lub w nowym folderze.

Otwarcie wcześniej zapisanego pliku płytki
1.

W oknie Home (Strona główna) wykonać jedną z następujących czynności:n

Wybrać File (Plik) > Open (Otwórz) > Plate (Płytka), przejść do docelowej płytki, wybrać jąi kliknąć Open (Otwórz).

n

Otworzyć kreator Startup Wizard (Kreator startowy) i wykonać jedną z następujących czynności:oAby edytować istniejący plik płytki, kliknąć Select Existing (Wybierz istniejący) i przejść dodocelowego pliku.

oAby edytować wyświetlony plik płytki, kliknąć Edit Selected (Edytuj wybrany).

Docelowa płytka zostanie otwarta w oknie Plate Editor (Edytor płytki).
2.

Wybrać File (Plik) > Save As (Zapisz jako) i zapisać plik płytki z nową nazwą lub w nowym folderze.

142 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor płytki)

Konfigurowanie nowego pliku płytki
Wskazówka: Jeśli plik płytki zawiera wymagane parametry (np. jeśli edytowany jest przykładowy lub
istniejący plik płytki), można pominąć ten rozdział i przejść do rozdziału Przypisywanie parametrów
opcjonalnych do pliku płytki na stronie 151.
Nowe pliki płytki wymagają określenia następujących parametrów:n

Plate size (Wielkość płytki),nPlate type (Typ płytki),n

Scan mode (Tryb skanowania),n

One fluorophore (dye) (Jeden fluorofor (barwnik)),n

One sample type (Jeden typ próbki).

Wybieranie wielkości i typu płytki
Ważne: Wielkość płytki musi zostać wybrana podczas konfigurowania płytki. Nie można zmienić
wielkości płytki podczas analizy próbek ani po jej zakończeniu.
Oprogramowanie stosuje wielkość i typ płytki do wszystkich studzienek podczas analizy próbek. Upewnićsię, że wybrana wielkość płytki jest taka sama, jak płytki, która będzie stosowana w analizie.
Systemy CFX Opus Dx w oprogramowaniu Bio-Rad są fabrycznie skalibrowane dla wielu kombinacji
barwników fluorescencyjnych i płytek. Kalibracja jest specyficzna dla aparatu, barwnika i typu płytki.
Upewnić się, że fluorofor, który ma być stosowany, jest skalibrowany dla wybieranego typu płytki.
Wskazówka: Aby skalibrować nową kombinację barwnika i typu płytki w danym aparacie, wybrać
Tools (Narzędzia) > Dye Calibration Wizard (Kreator kalibracji barwnika). Więcej informacjio kalibrowaniu barwników i typów płytek przedstawiono w rozdziale Kalibrowanie nowych barwników
na stronie 83.

Wybieranie trybu skanowania
Systemy CFX Opus 96 Dx i CFX Opus Deepwell Dx wzbudzają i wykrywają fluorofory w pięciu kanałach(plus FRET). System CFX Opus 384 Dx wzbudza i wykrywa fluorofory w czterech kanałach (plus FRET).
Wszystkie systemy wykorzystują wiele trybów skanowania z akwizycją danych celem gromadzenia
danych fluorescencji podczas analizy.
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE udostępnia trzy tryby skanowania:n

All Channels (Wszystkie kanały)oSkanuje kanały od 1 do 5 w systemach CFX Opus 96 Dx i CFX Opus Deepwell DxoSkanuje kanały od 1 do 4 w systemach CFX Opus 384 Dx

Podręcznik użytkownika | 143

Rozdział 8 Przygotowywanie płyteknn

SYBR®/FAMo

Skanuje tylko kanał 1oZapewnia szybkie skanowanie

FREToSkanuje tylko kanał FRETo

Zapewnia szybkie skanowanie

Wybieranie fluoroforówWażne: Przed rozpoczęciem analizy próbek, systemy CFX sprawdzają, czy fluorofory określone
w płytce są skalibrowane w danym aparacie. Nie można analizować płytki, jeśli zawiera ona
fluorofory nieskalibrowane w tym aparacie.
Przed rozpoczęciem analizy próbek trzeba załadować co najmniej jeden fluorofor na płytkę. Na tym
etapie można dodać tyle fluoroforów, ile jest konieczne, ale płytka musi zawierać co najmniej jeden
fluorofor. Wybrane fluorofory pojawiają się jako opcje dla genów docelowych w części Target Names(Nazwy genów docelowych).
Za pomocą okna dialogowego Select Fluorophores (Wybierz fluorofory) można załadować fluorofory (lubbarwniki płytek) do elementów kontroli ładowania studzienek w oknie Plate Editor (Edytor płytki).
Fluorofory wyświetlane w oknie dialogowym Select Fluorophores (Wybierz fluorofory) zależą od
wybranego trybu skanowania:n

All Channels (Wszystkie kanały)Wyświetlane są wszystkie dostępne fluorofory.
Wskazówka: Można dodać tyle fluoroforów, ile jest potrzebne, ale można załadować tylko jeden
fluorofor na kanał w każdej studzience.

n

SYBR®/FAMWyświetlane są tylko fluorofory z kanału 1.

n

FRETWyświetlany jest tylko fluorofor z kanału 6.
Wskazówka: Fluorofor FRET z kanału 6 jest wyświetlany jedynie, gdy wybrano tryb skanowania
FRET. Nie jest dostępny w trybie skanowania All Channels (Wszystkie kanały).

Uwaga: Nie można bezpośrednio dodawać fluoroforów do okna dialogowego Select Fluorophores(Wybierz fluorofory), ani usuwać ich bezpośrednio z tego okna. Nowe fluorofory w danym aparacie
trzeba skalibrować przy użyciu kreatora Dye Calibration Wizard (Kreator kalibracji barwnika). Po

144 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor płytki)

kalibracji nowy fluorofor jest automatycznie dodawany do tej listy. Więcej informacji przedstawiono
w rozdziale Kalibrowanie nowych barwników na stronie 83.

Wybieranie typów próbekWażne: Przed rozpoczęciem analizy próbek trzeba wybrać co najmniej jeden typ próbek, aby
przypisać go do studzienek na płytce.
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE oferuje pięć typów próbek:nUnknown (Nieznana)nStandard (Wzorzec)n

NTC (kontrola bez matrycy)nPositive Control (Kontrola dodatnia)nNegative Control (Kontrola ujemna)n

NRT (Bez materiału badanego przy odwrotnej transkrypcji)

Typy próbek można przypisać do studzienek na płytce.

Konfigurowanie nowej płytki
Konfiguracja nowej płytki
1.

Otworzyć nową płytkę w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

2.

Aby ustawić wielkość płytki, wybrać Settings (Ustawienia) > Plate Size (Wielkość płytki) i wybrać
odpowiednią wielkość płytki z menu rozwijanego.

3.

Aby ustawić typ płytki, wybrać Settings (Ustawienia) > Plate Type (Typ płytki) i wybrać opcję BR
White (Biała) lub BR Clear (Przezroczysta) z menu rozwijanego.

4.

Opcjonalnie w menu Settings (Ustawienia) można zmienić konwencję prezentowania liczb orazwyświetlane jednostki:n

Aby zmienić sposób prezentowania liczb, wybrać Settings (Ustawienia) > Number Convention(Konwencja liczb) i wybrać opcję (Notacja naukowa).
Wskazówka: Opcja Scientific Notation (Notacja naukowa) jest wybrana domyślnie. W tym
przypadku wybór opcji Scientific Notation (Notacja naukowa) powoduje wyczyszczenie
zaznaczenia opcji domyślnej i ustawia konwencję liczb na format standardowy.

nAby zmienić wyświetlane jednostki, wybrać Settings (Ustawienia) > Units (Jednostki) i wybraćnową wartość jednostek.

Podręcznik użytkownika | 145

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

5.

Aby ustawić tryb skanowania, wybrać odpowiedni tryb skanowania z listy rozwijanej Scan Mode
(Tryb skanowania) na pasku narzędzi w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

6.

Wybrać wymagane fluorofory dla płytki:a.

W prawym panelu kliknąć Select Fluorophores (Wybierz fluorofory).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Select Fluorophores (Wybierz fluorofory). Widoczne są
fluorofory dostępne dla typu trybu skanowania wybranego w sekcji Krok 5, np.:b.

Aby wybrać fluorofor, kliknąć jego pole wyboru Selected (Wybrany).
Wskazówka: Aby usunąć fluorofor z listy, usunąć zaznaczenie jego pola wyboru Selected(Wybrany).

c.

Aby zmienić wyświetlany kolor fluoroforu, kliknąć jego pole Color (Kolor).
Uwaga: Wybrany kolor będzie oznaczał dany fluorofor zarówno w oknie Plate Editor(Edytor płytki), jak i na wykresach Data Analysis (Analiza danych).

d.

W oknie dialogowym Color (Kolor) wybrać potrzebny kolor lub kliknąć Define Custom Colors(Definiuj kolory niestandardowe), aby utworzyć nowy kolor oznaczający dany fluorofor.

146 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor płytki)e.

7.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i wyjść z okna dialogowego Select Fluorophores (Wybierz
fluorofory).

Konieczne jest wybranie co najmniej jednej studzienki, do której ma być załadowany dany typ próbki.
Domyślnie wybrana jest studzienka A1.
W panelu płytki wykonać jedną z następujących czynności:n

Aby załadować wiele sąsiednich studzienek, kliknąć studzienkę i przeciągnąć ją do studzienki
docelowej.

n

Aby załadować wiele niesąsiadujących studzienek, nacisnąć klawisz Ctrl i klikać każdą
studzienkę.

n

Aby załadować całą kolumnę tym samym typem próbki, kliknąć numer kolumny.

nAby załadować cały rząd, kliknąć jego numer.

n

Aby załadować całą płytkę, kliknąć jej górny lewy róg.

Na przykład:Podręcznik użytkownika | 147

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

8.

Do wybranej studzienki (lub studzienek) przypisać typ próbki z menu rozwijanego Sample Type (Typ
próbki).

9.

Przypisać co najmniej jeden fluorofor do wszystkich studzienek zawierających dany typ próbki.
Można przypisać więcej niż jeden fluorofor do studzienki lub grupy studzienek.
Uwaga: Można przypisać tylko jeden fluorofor na kanał. Nie można przypisać więcej niż jednego
fluoroforu z tego samego kanału do tej samej studzienki.
Wskazówka: Można powiązać gen docelowy z fluoroforem lub można w tym momencie jedynie
przypisać fluorofor do studzienki, a gen docelowy powiązać z fluoroforem po wykonaniu
eksperymentu.
nAby jedynie przypisać fluorofor do wybranych studzienek, w części Target Names (Nazwy
genów docelowych) w prawym panelu zaznaczyć pole wyboru Load (Załaduj) dla określonego
fluoroforu.

n

Aby powiązać docelowy gen z fluoroforem, w części Target Names (Nazwy genów docelowych)
wybrać nazwę genu docelowego z listy rozwijanej dla określonego fluoroforu. Oprogramowanie
automatycznie zaznaczy jego pole wyboru Load (Załaduj).

10. W przypadku studzienek zawierających próbki typu Standard (Wzorzec) musi zostać załadowanestężenie. Każda studzienka może mieć inną wartość stężenia. Domyślnie oprogramowanie
CFX Maestro Dx SE załadowuje stężenie 1,00E+06 w przypadku wszystkich studzienek z typem
próbki Standard (Wzorzec). W razie potrzeby można zmienić tę wartość.
a.

W panelu płytki wybrać studzienkę lub grupę studzienek Standard (Wzorzec).

b.

W części Concentration (Stężenie) kliknąć Load (Załaduj), aby załadować wartość do wybranej
studzienki (lub studzienek).

c.

(Opcjonalnie) Aby załadować inne stężenie, wpisać nową wartość w polu tekstowym
Concentration (Stężenie) i nacisnąć Enter.

148 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor płytki)d.

Wykonać tę czynność dla wszystkich studzienek z typem próbki Standard (Wzorzec).
Wskazówka: Aby załadować takie samo stężenie do wszystkich studzienek Standard(Wzorzec), zapewnić, że na liście rozwijanej pod wartością Concentration (Stężenie)
widoczna jest opcja <All> (Wszystko). Aby załadować tę samą wartość stężenia do
wszystkich studzienek z danym fluoroforem, kliknąć listę rozwijaną i wybrać fluorofor.

11. Kliknąć OK, aby zapisać nową płytkę.

Podręcznik użytkownika | 149

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy
w narzędziu Plate Editor Tool
W sekcji Tabela 9 wyszczególniono pozycje menu dostępne w narzędziu Plate Editor, które pojawia się
po kliknięciu prawym przyciskiem myszy dowolnej studzienki w tym narzędziu. To menu pojawia się także
w widoku Spreadsheet View/Importer (Widok arkusza kalkulacyjnego/Importer).
Tabela 9. Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w
narzędziu Plate Spreadsheet View/Importer Tool (Podgląd/importer arkusza
kalkulacyjnego płytek)

Pozycja

Funkcja

Copy (Kopiuj)Służy do kopiowania całego arkusza kalkulacyjnego.

Copy as Image (KopiujUmożliwia skopiowanie arkusza kalkulacyjnego w postaci pliku

jako obraz)graficznego.

Print (Drukuj)Umożliwia wydrukowanie arkusza kalkulacyjnego.

Print Selection (Drukuj

Drukowanie tylko wybranych studzienek

wybór)
Export to ExcelUmożliwia eksport pliku do arkusza kalkulacyjnego Excel.

(Eksportuj do Excel)
Export to CSVUmożliwia eksport pliku do pliku .csv.

(Eksportuj do CSV)
Export to XmlUmożliwia eksport pliku do pliku .xml.

(Eksportuj do Xml)
Export to HtmlUmożliwia eksport pliku do pliku .html.

(Eksportuj do Html)
Find (Znajdź)Umożliwia wyszukanie konkretnego tekstu.

Sort (Sortuj)Umożliwia sortowanie arkusza kalkulacyjnego poprzez wybranie
trzech kolumn danych w oknie Sort (Sortuj).

150 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki
Plik płytki zawiera informacje dotyczące zawartości każdej studzienki, do której została załadowana
próbka przeznaczona do analizy. Po analizie CFX Maestro Dx SE łączy zawartości studzienek z danymi
fluorescencji zgromadzonymi podczas protokołu, a następnie wykonuje odpowiednie analizy w oknie
Data Analysis (Analiza danych).
W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE można przypisać parametry do poszczególnych studzienek na
płytce przed uruchomieniem eksperymentów, w czasie ich trwania, a także po ich wykonaniu. Parametrymożna przypisywać do istniejącego pliku próbki lub do nowego pliku próbki. Do tych parametrów należą
między innymi następujące:nNazwy sekwencji docelowych — sekwencja lub sekwencje stanowiące przedmiot zainteresowania(geny lub sekwencje) w każdej studzience, do której została załadowana próbka.

nNazwy próbek — identyfikator lub warunek, który odpowiada próbce w każdej studzience, do której
załadowano próbkę, na przykład mouse1, mouse2 lub mouse3.

nGrupy biologiczne — identyfikator lub warunek, który odpowiada grupie studzienek — na przykład
0Hr, 1Hr lub 2Hr.
Wskazówka: Nazwy sekwencji docelowych, nazwy próbek oraz grupy biologiczne muszą być
takie same między studzienkami, aby możliwe było porównywanie danych na zakładce Gene
Expression (Ekspresja genu) w oknie Data Analysis (Analiza danych). Każda nazwa musizawierać takie same litery, takie same znaki interpunkcyjne i takie same odstępy. Na przykład„Actin” to nie to samo, co „actin”, „2Hr” to nie to samo, co „2 hr”, a „Mouse 1” to nie to samo, co„mouse1”. Aby zapewnić spójność nazewnictwa, należy wprowadzać nazwy w sekcji Libraries(Biblioteki) w oknie User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika) > Plate(Płytka), dostępnym w oknie Home (Strona główna).

n

Replikaty techniczne — każda studzienka używana w celu analizowania tej samej kombinacji
próbki i sekwencji docelowej; czyli powtórzenie reakcji qPCR.

nSerie rozcieńczeń — stopień zmiany stężenia próbki standardowej w grupie replikatów wymagany
w celu utworzenia krzywej standardowej do analizy.

Przypisywanie docelowego genu do studzienek
Wskazówka: Do jednej lub wielu studzienek można przypisać tę samą nazwę sekwencji docelowej.
Do tej samej studzienki można również przypisać wiele sekwencji docelowych.
Ważne: Kliknięcie przycisku OK po przypisaniu sekwencji docelowych spowoduje zapisanie zmian iwyłączy opcję Undo (Cofnij) na pasku narzędzi w obszarze Plate Editor (Edytor płytki). Przed
kliknięciem przycisku OK należy rozważyć ewentualne konsekwencje.

Podręcznik użytkownika | 151

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Aby przypisać sekwencję docelową do studzienki lub grupy studzienek1.

W oknie Plate Editor (Edytor płytki) upewnić się, że dla studzienki lub grupy studzienek przypisanotyp próbki.
Informacje na temat przypisywania typów próbek do studzienek zawiera rozdział Wybieranie typów
próbek na stronie 145.

2.

W panelu płytki wybrać studzienkę lub grupę studzienek:nAby wybrać pojedynczą studzienkę, należy ją kliknąć.

n

Aby wybrać wiele sąsiednich studzienek, należy kliknąć studzienkę i przeciągnąć kursor do
studzienki docelowej.

n

Aby wybrać wiele niesąsiadujących studzienek, nacisnąć klawisz Ctrl i klikać każdą studzienkę.

n

Aby wybrać całą kolumnę z tym samym typem próbki, kliknąć numer kolumny.

n

Aby wybrać cały rząd, kliknąć jego numer.

3.

W prawym panelu wybrać nazwę z listy rozwijanej Target Name (Nazwa sekwencji docelowej) dla
poszczególnych wybranych fluoroforów.

4.

Powtórzyć Krok 3 dla każdej studzienki lub grupy studzienek, do których planowane jest przypisanie
sekwencji docelowej.
Wskazówka: Do każdego wybranego fluoroforu można przypisać tę samą nazwę lub różne
nazwy sekwencji docelowych.

5.

Kliknąć przycisk OK, aby zaakceptować zmiany i zapisać płytkę.
Uwaga: W razie omyłkowej zmiany płytki należy przed kliknięciem OK (co powoduje
zaakceptowanie zmian) kliknąć opcję Undo (Cofnij) na pasku narzędzi w oknie Plate Editor(Edytor płytki).

Aby usunąć nazwę sekwencji doceloweju

Aby usunąć nazwę sekwencji docelowej z wybranej studzienki albo grupy studzienek, należy usunąć
zaznaczenie pola wyboru Load (Ładuj) dla konkretnej studzienki.

152 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

Ważne: Usunięcie nazwy sekwencji docelowej ze studzienki powoduje również usunięcie
skojarzonego fluoroforu. W przypadku usuwania nazwy sekwencji docelowej ze studzienkinależy zachować ostrożność.

Aby dodać nazwę sekwencji docelowej do listyuAby dodać nazwę sekwencji docelowej do listy rozwijanej, należy wykonać jedną z poniższych
czynności:n

Wpisać nazwę do listy rozwijanej Target Name (Nazwa sekwencji docelowej) i nacisnąć klawisz
Enter.
Wskazówka: Nazwy sekwencji docelowych dodane do jednej listy będą widoczne we
wszystkich pozostałych listach sekwencji docelowych.

nKliknąć zielony symbol + po prawej stronie listy rozwijanej, wpisać nazwę dla sekwencji
docelowej i nacisnąć klawisz Enter.

nKliknąć opcję User Preferences (Preferencje użytkownika) na pasku narzędzi, a następnie
dodać nazwę do biblioteki Target Names (Nazwy sekwencji docelowych) na zakładce Plate(Płytka).

Ważne: Nazwy sekwencji docelowych dodane do listy rozwijanej są dostępne tylko dla bieżącej
płytki i tylko po przypisaniu nazwy do studzienki i zapisaniu układu płytki. Jeśli nazwa nie
zostanie przypisana do studzienki, a układ płytki nie zostanie zapisany, wówczas nazwa nie
zostanie zapisana i nie będzie dostępna w przyszłości. Aby nazwę sekwencji docelowej dodać
na stałe, należy ją również dodać do biblioteki Target Names (Nazwy sekwencji docelowych),korzystając z okna dialogowego User Preferences (Preferencje użytkownika). Nazwy dodane dobiblioteki będą dostępne po ponownym otwarciu okna Plate Editor (Edytor płytki). Więcej
informacji zawiera sekcja Ustawianie domyślnych parametrów płytki na stronie 94.

Aby usunąć nazwę sekwencji docelowej z listy
1.

Kliknąć opcję User Preferences (Preferencje użytkownika) na pasku narzędzi.
Pojawi się okno dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika) z wyświetloną zakładką
Plate (Płytka).

2.

W bibliotece Target Names (Nazwy sekwencji docelowych) należy wybrać nazwę do usunięcia i
nacisnąć klawisz Delete.

3.

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać zmiany i wyjść z okna dialogowego User Preferences (Preferencjeużytkownika).
Ważne: Nazwy sekwencji docelowych, które zostały zapisane z plikiem płytki, nie mogą być
usuwane. Nazwy niestandardowe dodane do listy rozwijanej Target Names (Nazwy sekwencji
docelowych), które nie są używane ani nie zostały zapisane z płytką, są automatycznie usuwanePodręcznik użytkownika | 153

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

z listy. Nazwy, które są usuwane z biblioteki Target Names (Nazwy sekwencji docelowych), sąteż trwale usuwane z oprogramowania i nie są już dostępne dla użytkowników. Przed
usunięciem nazw sekwencji docelowych należy rozważyć ewentualne konsekwencje takiego
działania.

Przypisywanie nazwy próbki do studzienek
Uwaga: W celu przypisania nazwy próbki należy przypisać do wybranych studzienek co najmniej
jeden fluorofor. Jeśli do wybranych studzienek nie zostanie przypisany fluorofor, lista rozwijana
Sample Names (Nazwy próbek) zostanie wyłączona. Informacje na temat przypisywania fluoroforów
zawiera sekcja Przypisywanie docelowego genu do studzienek na stronie 151.
Wskazówka: Do każdej studzienki lub grupy studzienek można przypisać tylko jedną nazwę próbki.

Aby przypisać nazwę próbki do studzienki lub grupy studzienek1.

W oknie Plate Editor (Edytor płytki) upewnić się, że do studzienki lub grupy studzienek przypisano
fluorofor.

2.

W panelu płytki wybrać studzienkę lub grupę studzienek.

3.

W panelu po prawej stronie wybrać nazwę na liście rozwijanej Sample Names (Nazwy próbek).
Oprogramowanie automatycznie zaznaczy jego pole wyboru Load (Załaduj).

4.

Powtórzyć Krok 3 dla każdej studzienki lub grupy studzienek, do których planowane jest przypisanie
nazwy próbki.

5.

Kliknąć przycisk OK, aby zaakceptować zmiany i zapisać płytkę.
Uwaga: W razie omyłkowej zmiany płytki należy przed kliknięciem OK (co powoduje
zaakceptowanie zmian) kliknąć opcję Undo (Cofnij) na pasku narzędzi w oknie Plate Editor(Edytor płytki).

Aby usunąć nazwę próbkiu

Aby usunąć nazwę próbki z wybranej studzienki albo grupy studzienek, należy usunąć zaznaczenie
pola wyboru Load (Ładuj) dla konkretnej studzienki.

154 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

Aby dodać nazwę próbki do listyuAby dodać nazwę próbki do listy rozwijanej, należy wykonać jedną z poniższych czynności:n

Wpisać nazwę do listy rozwijanej Sample Names (Nazwa próbki) i nacisnąć klawisz Enter.

nKliknąć zielony symbol + po prawej stronie listy rozwijanej i wpisać nazwę dla próbki.

n

Kliknąć opcję User Preferences (Preferencje użytkownika) na pasku narzędzi, a następnie
dodać nazwę do biblioteki Sample Names (Nazwy próbek) na zakładce Plate (Płytka).

Ważne: Nazwy próbek dodane do listy rozwijanej są dostępne tylko dla bieżącej płytki i tylko po
przypisaniu nazwy do studzienki i zapisaniu układu płytki. Jeśli nazwa nie zostanie przypisana
do studzienki, a układ płytki nie zostanie zapisany, wówczas nazwa nie zostanie zapisana i niebędzie dostępna w przyszłości. Aby nazwę próbki dodać na stałe, należy ją również dodać do
biblioteki Sample Names (Nazwy próbek), korzystając z okna dialogowego User Preferences(Preferencje użytkownika). Nazwy dodane do biblioteki będą dostępne po ponownym otwarciu
okna Plate Editor (Edytor płytki). Więcej informacji zawiera sekcja Ustawianie domyślnych
parametrów płytki na stronie 94.

Aby usunąć nazwę próbki z listy
1.

Kliknąć opcję User Preferences (Preferencje użytkownika) na pasku narzędzi.
Pojawi się okno dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika) z wyświetloną zakładką
Plate (Płytka).

2.

W bibliotece Sample Names (Nazwy próbek) należy wybrać nazwę do usunięcia i nacisnąć klawisz
Delete.

3.

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać zmiany i wyjść z okna dialogowego User Preferences (Preferencjeużytkownika).
Ważne: Nazwy próbek, które zostały zapisane z plikiem płytki, nie mogą być usuwane. Nazwy
niestandardowe dodane do listy Sample Names (Nazwy próbek), które nie są używane ani nie
zostały zapisane z płytką, są automatycznie usuwane z listy rozwijanej. Nazwy, które są
usuwane z biblioteki Sample Names (Nazwy próbek), są też usuwane z oprogramowania i nie sąjuż dostępne dla użytkowników. Przed usunięciem nazw próbek należy rozważyć ewentualne
konsekwencje takiego działania.

Przypisywanie grup biologicznych do studzienek
Uwaga: W celu przypisania grupy biologicznej należy przypisać do wybranych studzienek conajmniej jeden fluorofor. Przypisanie fluoroforu powoduje włączenie listy rozwijanej BiologicalGroups (Grupy biologiczne). Informacje na temat przypisywania fluoroforów zawiera sekcja
Przypisywanie docelowego genu do studzienek na stronie 151.

Podręcznik użytkownika | 155

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Wskazówka: Do każdej studzienki lub grupy studzienek można przypisać jedną grupę biologiczną.

Aby przypisać grupę biologiczną do studzienki lub grupy studzienek1.

W oknie Plate Editor (Edytor płytki) upewnić się, że do studzienki lub grupy studzienek przypisano
fluorofor.

2.

W panelu płytki wybrać studzienkę lub grupę studzienek.

3.

W prawym okienku, należy wybrać z listy rozwijanej Biological Group (Grupa biologiczna) .
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE automatycznie zaznaczy odpowiednie pole wyboru Load
(Załaduj).

4.

Powtórzyć Krok 3 dla każdej studzienki lub grupy studzienek, do których wymagane jest przypisanie
grupy biologicznej.

5.

Kliknąć przycisk OK, aby zaakceptować zmiany i zapisać płytkę.
Uwaga: W razie omyłkowej zmiany płytki należy przed kliknięciem OK (co powoduje
zaakceptowanie zmian) kliknąć opcję Undo (Cofnij) na pasku narzędzi w oknie Plate Editor(Edytor płytki).

Aby usunąć grupę biologiczną
u

Aby usunąć grupę biologiczną z wybranej studzienki lub grupy studzienek, należy usunąć
zaznaczenie odpowiedniego pola wyboru Load (Ładuj).

Aby dodać grupę biologiczną do listyuAby dodać grupę biologiczną do listy rozwijanej, należy wykonać jedną z następujących czynności:n

Wpisać nazwę do pola rozwijanego Biological Group (Grupa biologiczna) i nacisnąć klawisz
Enter.

n

Kliknąć zielony symbol + po prawej stronie listy rozwijanej i wpisać nazwę dla grupy biologicznej.

nKliknąć opcję User Preferences (Preferencje użytkownika) na pasku narzędzi, a następnie
dodać nazwę do biblioteki Biological Group Names (Nazwy grup biologicznych) na zakładce
Plate (Płytka).

156 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

Ważne: Nazwy grup biologicznych dodane do listy rozwijanej są dostępne tylko dla bieżącej
płytki i tylko po przypisaniu nazwy do studzienki i zapisaniu układu płytki. Jeśli nazwa nie
zostanie przypisana do studzienki, a układ płytki nie zostanie zapisany, wówczas nazwa nie
zostanie zapisana i nie będzie dostępna w przyszłości. Aby nazwę grupy biologicznej dodać na
stałe, należy ją również dodać do biblioteki Biological Group Names (Nazwy grup
biologicznych), korzystając z okna dialogowego User Preferences (Preferencje użytkownika).
Nazwy dodane do biblioteki będą dostępne po ponownym otwarciu okna Plate Editor (Edytor
płytki). Więcej informacji zawiera sekcja Ustawianie domyślnych parametrów płytki na stronie94.

Aby usunąć nazwę grupy biologicznej z listy
1.

Kliknąć opcję User Preferences (Preferencje użytkownika) na pasku narzędzi.
Pojawi się okno dialogowe User Preferences (Preferencje użytkownika) z wyświetloną zakładką
Plate (Płytka).

2.

W bibliotece Biological Group Names (Nazwy grup biologicznych) należy wybrać nazwę do usunięcia
i nacisnąć klawisz Delete.

3.

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać zmiany i wyjść z okna dialogowego User Preferences (Preferencjeużytkownika).
Ważne: Nazwy grup biologicznych, które zostały zapisane z plikiem płytki, nie mogą być
usuwane. Nazwy niestandardowe dodane do listy rozwijanej Biological Group Names (Nazwy
grup biologicznych), które nie są używane ani nie zostały zapisane z płytką, są automatycznie
usuwane z listy. Nazwy, które są usuwane z biblioteki Biological Group Names (Nazwy grup
biologicznych), są również trwale usuwane z oprogramowania i nie są już dostępne dlaużytkowników. Przed usunięciem nazw biologicznych należy rozważyć ewentualne
konsekwencje takiego działania.

Aby wyświetlać wszystkie grupy biologiczne na płytce
u

Aby wyświetlić wszystkie grupy biologiczne na płytce, należy kliknąć opcję Show Biological Groups(Pokaż grupy biologiczne).

Każda grupa zostanie oznaczona osobnym kolorem, a opcja Show Biological Groups (Pokaż grupy
biologiczne) zmieni się w opcję Hide Biological Groups (Ukryj grupy biologiczne).

Podręcznik użytkownika | 157

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Aby usunąć kolory ze studzienek, należy kliknąć opcję Hide Biological Groups (Ukryj grupy
biologiczne). Zamiast tego można kliknąć dowolną studzienkę na płytce, aby ukryć grupy
biologiczne.

Przypisywanie numerów replikatów technicznych do studzienek
Ważne: Aby możliwe było przypisanie numerów replikatów technicznych, wybrane studzienki muszą
mieć identyczną zawartość. Oznacza to, że wybrane studzienki muszą mieć ten sam typ próbki i ten
sam fluorofor. Jeśli ma to zastosowanie, muszą też mieć przypisane takie same nazwy docelowych
genów i nazwy próbek oraz taką samą grupę biologiczną. Jeśli te wartości nie są identyczne,
oprogramowanie CFX Maestro Dx SE nie włączy tej opcji.

Przypisanie numerów replikatów technicznych do grupy studzienek1.

W oknie Plate Editor (Edytor płytki) sprawdzić, czy studzienki w obrębie grupy mają identyczną
zawartość.

2.

W panelu płytki wybrać docelową grupę studzienek.

3.

Aby przypisać ten sam numer replikatu do wszystkich wybranych studzienek, wpisać numer replikatu
w polu w części Replicate # (Nr replikatu) w prawym panelu i zaznaczyć pole Load (Załaduj).

4.

(Opcjonalnie) Aby zastosować serię replikatów do zestawu wybranych studzienek:a.

Kliknąć opcję Technical Replicates (Replikaty techniczne). Część Replicate # (Nr replikatu)
zmieni się, wyświetlając następujące opcje:nReplicate size (Wielkość replikatu) — liczba określająca liczbę studzienek w każdej grupie
replikatów.

158 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

nStarting replicate # (Nr replikatu początkowego) — pierwszy numer w serii replikatów dla
wybranej grupy replikatów.

Uwaga: Domyślnie CFX Maestro Dx SE wyświetla numer początkowego replikatu jako
numer o jeden większy niż numer ostatniego replikatu technicznego przypisanego na
płytce. Na przykład jeśli numer ostatniego replikatu technicznego na płytce to pięć, tokolejny numer początkowy wynosi sześć. Początkowy numer można zmienić na dowolny
numer, który nie jest jeszcze przypisany.
n
b.

5.

Kolejność ładowania — Horizontal (W poziomie) lub Vertical (W pionie).

Kliknąć Apply (Zastosuj), aby zastosować parametry do serii i powrócić do okna Replicate # (Nrreplikatu).

Kliknąć przycisk OK, aby zaakceptować zmiany i zapisać płytkę.
Uwaga: W razie omyłkowej zmiany płytki należy przed kliknięciem OK (co powoduje
zaakceptowanie zmian) kliknąć opcję Undo (Cofnij) na pasku narzędzi w oknie Plate Editor(Edytor płytki).

Usunięcie studzienki z serii replikatówu

Wybrać studzienkę lub grupę studzienek do usunięcia i odznaczyć pole Load (Załaduj) przy opcji
Replicate # (Nr replikatu).
Zamiast tego można kliknąć Clear Replicate # (Usuń nr replikatu), aby usunąć numer replikatu dla
wybranej studzienki lub grupy studzienek.

Wyświetlenie wszystkich replikatów technicznych na płytce
uKliknąć Show Technical Replates (Pokaż replikaty techniczne), aby przeglądać wszystkie replikaty
techniczne na płytce.
Każda grupa jest oznaczona osobnym kolorem, a przycisk Show Technical Replicates zmienia się na
Hide Technical Replicates (Ukryj replikaty techniczne).
Kliknąć Hide Technical Replicates, aby usunąć oznaczenie barwne ze studzienek. Zamiast tegomożna kliknąć dowolną studzienkę na płytce, aby ukryć replikaty techniczne.

Przypisywanie serii rozcieńczeń do typów próbek Standard(Wzorzec)
Jak już stwierdzono wyżej, wszystkie studzienki z typem próbki Standard (Wzorzec) muszą mieć
przypisaną wartość stężenia. Można przypisać serie rozcieńczeń do wielu studzienek z typem próbki
Standard (Wzorzec).

Podręcznik użytkownika | 159

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Uwaga: W celu przypisania serii rozcieńczeń do grupy studzienek, studzienki muszą być ujęte
w serii replikatów technicznych. Informacje o dodawaniu studzienek do serii replikatów
zamieszczono w rozdziale Przypisywanie numerów replikatów technicznych do studzienek nastronie 158.

Przypisanie serii rozcieńczeń do grupy studzienek z próbkami Standard (Wzorzec)
1.

W oknie Plate Editor (Edytor płytki) sprawdzić, czy spełnione są następujące wymagania:n

Typ próbki dla grupy studzienek to Standard (Wzorzec).

n

Wszystkie studzienki w grupie mają przypisany co najmniej jeden fluorofor i wszystkie zawierają
te same fluorofory.

n

Wszystkie studzienki w grupie są ujęte w tej samej serii replikatów technicznych.
Uwaga: CFX Maestro Dx SE udostępnia opcję Dilution Series (Serie rozcieńczeń), jedynie
gdy wszystkie wybrane studzienki spełniają te kryteria.

2.

W panelu płytki wybrać docelową grupę studzienek.

3.

Kliknąć opcję Dilution Series (Serie rozcieńczeń) w części Concentration (Stężenie) w prawym
panelu. Część Concentration (Stężenie) zmieni się, wyświetlając następujące opcje:nStarting concentration (Stężenie początkowe) — wartość stężenia, od której rozpoczyna się
seria.

n

Replicates from and to (Replikaty od i do) — replikaty z serii, do których będzie stosowany
współczynnik rozcieńczenia.

nDilution factor (Współczynnik rozcieńczenia) — wielkość zmiany stężenia w obrębie każdej
grupy replikatów.

4.

Ustawić wartości w poszczególnych opcjach lub zaakceptować wartości domyślne.

5.

Domyślnie seria rozcieńczeń zmniejsza się stopniowo o współczynnik rozcieńczenia. Wybrać opcję
Increasing (Zwiększanie), aby zwiększać serie rozcieńczeń.

160 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przypisywanie parametrów opcjonalnych do pliku płytki

6.

(Opcjonalnie) Domyślnie współczynnik rozcieńczenia jest stosowany do wszystkich fluoroforów
w serii replikatów. Jeśli seria zawiera więcej niż jeden fluorofor a rozcieńczenie ma być stosowane do
pojedynczego fluoroforu, należy wybrać go z listy rozwijanej.

7.

Kliknąć Apply (Zastosuj), aby zastosować serie rozcieńczeń do grupy studzienek i powrócić do
widoku Concentration (Stężenie).

8.

Kliknąć przycisk OK, aby zaakceptować zmiany i zapisać płytkę.

Kopiowanie zawartości studzienki do innej studzienki
Zawartość studzienki można skopiować i wkleić do innej studzienki albo do wielu studzienek. Jednak
kopiowanie jest możliwe tylko z jednej studzienki. Nie można wybierać wielu studzienek, a następnie
kopiować ich zawartości.

Aby skopiować zawartość studzienki do innej studzienki
1.

W panelu płytki wybrać studzienkę, której zawartość zostanie skopiowana.

2.

Kliknąć prawym przyciskiem myszy studzienkę i wybrać opcję Copy Well (Kopiuj studzienkę).

3.

Wybrać studzienkę lub studzienki, do których zawartość zostanie wklejona:

4.

n

Aby wybrać pojedynczą studzienkę, kliknąć ją.

n

Aby wybrać wiele sąsiednich studzienek, należy kliknąć studzienkę i przeciągnąć kursor do
studzienki docelowej.

n

Aby wybrać wiele niesąsiadujących studzienek, nacisnąć klawisz Ctrl i klikać każdą studzienkę.

Po wybraniu studzienek docelowych kliknąć prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję Paste Well
(Wklej studzienkę).
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE skopiuje zawartość pierwszej studzienki do wybranych
studzienek.

Dodawanie uwagi do studzienki
Do studzienki można dodać uwagę opisową. Uwagi dotyczące studzienki można przejrzeć na zakładce
Quantification (Oznaczenie ilościowe) w oknie Data Analysis (Analiza danych).

Aby dodać uwagę do studzienki
1.

W panelu płytki wybrać studzienkę lub studzienki, do których planowane jest dodanie uwagi.

2.

W sekcji View (Widok) panelu dolnego wybrać opcję Well Note (Uwaga do studzienki).
Obszar Well Note (Uwaga do studzienki) zostanie wyświetlony w prawym panelu.

Podręcznik użytkownika | 161

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

3.

Wpisać zawartość uwagi do pola tekstowego i nacisnąć klawisz Enter.
Tekst pojawi się u dołu wybranych studzienek.
Wskazówka: Jeśli uwaga dotycząca studzienki została utworzona wcześniej, można ją wybrać
z listy rozwijanej i zastosować do wybranych studzienek.

Usuwanie całej zawartości ze studzienek
Można usunąć całą zawartość pojedynczej studzienki, grupy studzienek lub całej płytki. Takie
wyczyszczenie studzienek nie powoduje usunięcia danych fluorescencyjnych zebranych podczas
odczytu płytki.
Ważne: Wyczyszczenie studzienki powoduje trwałe usunięcie zawartości ze studzienki. Jeśli po
wyczyszczeniu studzienki zostanie kliknięty przycisk OK i płytka zostanie zapisana, nie można
będzie już cofnąć operacji czyszczenia. Zachować ostrożność podczas czyszczenia studzienek.

Usunięcie wszystkich ustawień ze studzienek
1.

2.

W panelu płytki w oknie Plate Editor (Edytor płytki) wybrać studzienkę lub grupę studzienek:nAby wybrać pojedynczą studzienkę, kliknąć ją.

n

Aby wybrać wiele sąsiednich studzienek, należy kliknąć studzienkę i przeciągnąć kursor do
studzienki docelowej.

n

Aby wybrać wiele niesąsiadujących studzienek, nacisnąć klawisz Ctrl i klikać każdą studzienkę.

n

Aby wybrać całą kolumnę z tym samym typem próbki, kliknąć numer kolumny.

n

Aby wybrać cały rząd, kliknąć jego numer.

W prawym panelu kliknąć Clear Wells (Czyść studzienki).
CFX Maestro Dx SE usuwa wszystkie ustawienia z wybranych studzienek.

3.

Wykonaj jedną z następujących czynności:nJeśli studzienki zostały wyczyszczone w wyniku błędu, to przed kliknięciem OK (co powoduje
zaakceptowanie zmian) kliknąć opcję Undo (Cofnij) na pasku narzędzi w oknie Plate Editor(Edytor płytki).
Ważne: Kliknięcie OK przed kliknięciem Undo (Cofnij) spowoduje zapisanie zmiani wyłączenie przycisku Undo na pasku narzędzi w oknie Plate Editor.

n

Kliknąć przycisk OK, aby zaakceptować zmiany i zapisać płytkę.

162 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zmiana ustawień eksperymentu

Zmiana ustawień eksperymentu
W oknie dialogowym Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) można przeglądać i zmieniać
wykaz sekwencji docelowych, próbek lub grup biologicznych, a także ustawiać grupy próbek do analizy
ekspresji genów, pod warunkiem że grupy biologiczne zostały przypisane do studzienek w płytce.
W oknie dialogowym Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) zakładka Targets (Sekwencje
docelowe) zawiera listę nazw sekwencji docelowych dla każdej reakcji PCR, na przykład geny docelowe
lub sekwencje genów będące przedmiotem zainteresowania.
Zakładka Samples (Próbki) i Biological Groups (Grupy biologiczne) zawiera listę nazw próbek i grup
biologicznych, które wskazują źródło sekwencji docelowej, na przykład próbka pobrana w czasie 1
godziny (1Hr) lub od konkretnego osobnika (mouse1)

Aby zmienić ustawienia płytki, korzystając z okna dialogowego Experiment Settings(Ustawienia eksperymentu)
1.

Aby otworzyć okno dialogowe Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu), należy wykonaćjedną z następujących czynności:n

W okienku po prawej stronie obszaru Plate Editor (Edytor płytki) kliknąć opcję ExperimentSettings (Ustawienia eksperymentu).

nW zakładce Gene Expression (Ekspresja genu) okna Data Analysis (Analiza danych) kliknąć
opcję Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu).

Zostanie wyświetlone okno dialogowe Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu), w którym
widoczna będzie zawartość zakładki Targets (Sekwencje docelowe).

Podręcznik użytkownika | 163

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

2.

W celu dodania nowej nazwy dla sekwencji docelowej, próbki lub grupy biologicznej, na
odpowiedniej zakładce należy wpisać nazwę w polu tekstowym New (Nowe), a następnie kliknąć
przycisk Add (Dodaj).

3.

Aby z listy usunąć nazwy co najmniej jednej sekwencji docelowej, próbki lub grupy biologicznej, na
odpowiedniej zakładce należy zaznaczyć pole wyboru konkretnego elementu w kolumnie Select toRemove (Zaznacz do usunięcia), a następnie kliknąć opcję Remove checkeditem(s) (Usuń wybrane elementy).

4.

Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE wyklucza próbki typu NTC (kontrola bez matrycy) z analizy
ekspresji genów.
W celu uwzględnienia typów próbek NTC należy usunąć pole wyboru konkretnego typu w sekcji
Exclude the following sample types (Wyklucz następujące typy próbek). Zaznaczając odpowiedniepola wyboru, można wykluczyć następujące typy próbek:5.

n

NRT (Bez materiału badanego przy odwrotnej transkrypcji)n

Negative Control (Kontrola ujemna)nPositive Control (Kontrola dodatnia)nStandard (Wzorzec)

Na zakładce Targets (Sekwencje docelowe):a.

W celu wybrania sekwencji docelowej jako referencyjnej na potrzeby analizy danych
dotyczących ekspresji genu należy zaznaczyć tę sekwencję w kolumnie Reference (Sekwencja
referencyjna).

b.

Aby na zakładce Gene Expression (Ekspresja genu) w oknie Analysis Settings (Ustawienia
analizy) ukryć ustawienia analizy, które zostaną zastosowane, należy usunąć zaznaczenie opcji
Show Analysis Settings (Pokaż ustawienia analizy).
W oprogramowaniu zostaną ukryte następujące kolumny:c.

nColor (Kolor)nShow Chart (Pokaż wykres)nAuto Efficiency (Automatyczna wydajność)n

Efficiency (%) (Wydajność (%))

W celu zmiany koloru sekwencji docelowej na wykresie Gene Expression (Ekspresja genu)należy kliknąć jej kolor w kolumnie Color (Kolor), wybrać nowy kolor w wyświetlonym oknie
dialogowym Color (Kolor) i kliknąć przycisk OK.

164 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zmiana ustawień eksperymentud.

Aby wyświetlać sekwencję docelową w wybranym kolorze na wykresie Gene Expression(Ekspresja genu), należy zaznaczyć jej pole wyboru w kolumnie Show Chart (Pokaż wykres).

e.

Domyślnie oprogramowanie CFX Maestro Dx SE automatycznie oblicza wydajność względną
dla sekwencji docelowej, jeśli jej dane zawierają krzywą wzorcową.
W celu użycia ustalonej wcześniej wartości wydajności należy wpisać wartość do komórki w
kolumnie Efficiency (%) (Wydajność) i nacisnąć klawisz Enter. Oprogramowanie CFX Maestro
Dx SE usunie zaznaczenie pola wyboru Auto Efficiency (Automatyczna wydajność).

6.

7.

W zakładce Samples (Próbki) i Biological Groups (Grupy biologiczne):a.

W celu wybrania próbki lub grupy biologicznej jako próbki kontrolnej do analizy danych ekspresji
genu należy zaznaczyć jej pole wyboru w kolumnie Control (Kontrola).

b.

Aby przypisać warunek kontroli do próbki lub grupy biologicznej dla analizy należy zaznaczyć
jego pole wyboru w kolumnie Control (Kontrola).

c.

Jeśli opcja Show Analysis Settings (Pokaż ustawienia analizy) nie jest jeszcze wybrana, należy
ją kliknąć, aby na zakładce Gene Expression (Ekspresja genu) wyświetlić lub zmienić parametry
analizy, które zostaną zastosowane. W oprogramowaniu zostaną ukryte kolumny Color (Kolor) i
Show Chart (Pokaż wykres).

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać parametry w oknie dialogowym Experiment Settings (Ustawienia
eksperymentu) i wrócić do okna Plate Editor (Edytor płytki).

Podręcznik użytkownika | 165

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Tworzenie grup studzienek
Grupy studzienek dzielą pojedynczą płytkę na podzbiory studzienek, które mogą być analizowanie
niezależnie w oknie Data Analysis (Analiza danych). Gdy grupy studzienek zostaną skonfigurowane,należy wybrać jedną w oknie Data Analysis (Analiza danych), aby przeanalizować dane jako niezależną
grupę. Na przykład należy skonfigurować grupy studzienek, aby przeanalizować wiele eksperymentów
wykonywanych na jednej płytce lub przeanalizować poszczególne grupy studzienek z użyciem innej
krzywej wzorcowej.
Uwaga: Domyślną grupą studzienek jest grupa All Wells (Wszystkie studzienki).

Aby utworzyć grupy studzienek
1.

Aby otworzyć obszar Well Groups Manager (Menedżer grup studzienek), należy wykonać jedną
z następujących czynności:n

Kliknąć opcję Well Groups (Grupy studzienek) na pasku narzędzi Plate Editor (Edytor płytki).

n

W oknie Data Analysis (Analiza danych) kliknąć opcję Well Groups Manager (Menedżer grupstudzienek).

Zostanie wyświetlone okno dialogowe Well Groups Manager (Menedżer grup studzienek).

2.

Kliknąć opcję Add (Dodaj), aby utworzyć nową grupę. W menu rozwijanym pojawi się nazwa Group 1(Grupa 1) dla pierwszej grupy.

166 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie grup studzienek

3.

Wybrać studzienki dla grupy studzienek w widoku płytki, klikając i przeciągając kursor przez grupę
studzienek. Wybrane studzienki pojawią się w menedżerze w kolorze niebieskim.

4.

(Opcjonalnie) Aby zmienić nazwę grupy, należy wybrać jej nazwę w menu rozwijanym i wpisać nowąnazwę.

5.

(Opcjonalnie) Aby usunąć grupę studzienek, należy wybrać jej nazwę na liście rozwijanej i kliknąć
opcję Delete (Usuń).

6.

Kliknąć przycisk OK, aby zakończyć i zamknąć okno, albo kliknąć przycisk Cancel (Anuluj), aby
zamknąć okno bez wprowadzania zmian.

Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w oknie
dialogowym Well Groups Manager (Menedżer grup studzienek)
W sekcji Tabela 10 wyszczególniono pozycje menu dostępne w oknie dialogowym Well Groups Manager(Menedżer grup studzienek) po kliknięciu prawym przyciskiem myszy dowolnej studzienki.
Tabela 10. Pozycje w menu wyświetlanym po kliknięciu prawym przyciskiem myszy
w oknie dialogowym Well Groups Manager (Menedżer grup studzienek) w oknie Plate
Editor (Edytor płytki)

Pozycja

Funkcja

Copy (Kopiuj)

Kopiowanie zawartości studzienki, którą następnie można
wkleić do innej studzienki (lub studzienek)

Copy as Image (Kopiuj jako

Kopiowanie widoku selektora studzienek jako obrazu

obraz)
Print (Drukuj)

Drukowanie widoku selektora studzienek

Print Selection (Drukuj wybór)

Drukowanie tylko wybranych studzienek

Export to Excel (Eksportuj do

Eksport danych do arkusza kalkulacyjnego Excel.

Excel)
Export to CSV (Eksportuj do

Eksport danych jako dokumentu rozdzielanego

CSV)

przecinkami

Export to Xml (Eksportuj do

Eksport danych jako dokumentu .xml.

Xml)
Export to Html (Eksportuj do

Eksport danych jako dokumentu .html

Html)

Podręcznik użytkownika | 167

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Zmiana stylów krzywej
Podczas konfigurowania płytki i w trakcie analizy próbek można modyfikować kolor i styl krzywych
amplifikacji. Następnie można łatwo przeglądać krzywe w oknie stanu w czasie rzeczywistym w miarę
zbierania danych.

Zmiana stylów krzywej
1.

Kliknąć Trace Styles (Style krzywej) na pasku narzędzi Plate Editor (Edytor płytki).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Trace Styles (Style krzywej) dla otwartej płytki, takie jak np.:2.

Aby wyświetlić style krzywej dla konkretnego fluoroforu, wybrać fluorofor z listy rozwijanej
Fluorophores (Fluorofory).

3.

Aby zmienić sposób wyświetlania krzywej:a.

Wybrać typ krzywej z listy rozwijanej Wells (Studzienki).

b.

Kliknąć jej kolor w kolumnie Color (Kolor).

c.

W wyświetlonym wtedy oknie dialogowym Color (Kolor) wybrać inny kolor dla krzywej i kliknąćOK.
CFX Maestro Dx SE wyświetla zmianę koloru dla typu studzienki w siatce.

d.
4.

(Opcjonalnie) Wybrać symbol dla krzywej z listy rozwijanej Symbols (Symbole).

Aby szybko zmienić zestaw barw, kliknąć odpowiednią opcję w części Color Quick Set (Szybki
zestaw kolorów).

168 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zmiana stylów krzywej

5.

Aby przeglądać etykiety studzienek w siatce, wybrać typ etykiety w części Well Labels (Etykiety
studzienek).

6.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany, lub Cancel (Anuluj), aby je anulować.

Podręcznik użytkownika | 169

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Wyświetlanie, eksportowanie i importowanie płytki w formacie
arkusza kalkulacyjnegoNarzędzie Spreadsheet View/Importer (Podgląd/importer arkusza kalkulacyjnego) wyświetla zawartość
płytki w formacie arkusza kalkulacyjnego. Przeglądarka udostępnia opcje przeglądania, importowania ieksportowania danych dotyczących studzienek, jak opisano poniżej.

Używanie narzędzia Spreadsheet Viewer do eksportowania i importowania danych
płytkiW przeglądarce arkuszy kalkulacyjnych można eksportować dane takie jak Target Name (Nazwa
sekwencji docelowej), Sample Name (Nazwa grupy), Biological Group Name (Nazwa grupy biologicznej) i
Well Notes (Uwagi dotyczące studzienki) jako szablon w formacie oddzielanym tabulatorami do aplikacji
takiej jak Microsoft Excel. Można też zaimportować dane z aplikacji oddzielanej tabulatorami do
predefiniowanej płytki z pliku z informacjami o eksperymencie.

Aby korzystać z narzędzia Spreadsheet View/Importer (Podgląd/importer arkusza
kalkulacyjnego)
1.

Utwórz i zapisz plik płytki (zobacz Tworzenie pliku płytki za pomocą edytora Plate Editor (Edytor
płytki)).

2.

Na pasku narzędzi w oknie Plate Editor (Edytor płytki) kliknąć zakładkę Spreadsheet View/Importer(Podgląd/importer arkusza kalkulacyjnego), aby otworzyć okno dialogowe Plate Spreadsheet View
(Podgląd/importer arkusza kalkulacyjnego).

170 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEWyświetlanie, eksportowanie i importowanie płytki w formacie arkusza kalkulacyjnego

3.

(Opcjonalnie) Kliknij pola wyboru Show Biological Set Name (Pokaż nazwę zestawu biologicznego) i
Show Well Note (Pokaż uwagi dotyczące studzienki), aby wyświetlić te kolumny w widoku arkusza
kalkulacyjnego i w wyeksportowanym pliku.

4.

Kliknij przycisk Export Template (Eksportuj szablon), aby utworzyć pusty szablon w pliku Excela(format .csv). Wyeksportowany plik będzie miał taki sam układ jak Twoja płytka.
Wskazówka: Podczas zapisywania plików płytek używaj nazwy pliku płytki, aby łatwo
zidentyfikować plik.

5.

Wypełnij komórki pliku Excel danymi ze studzienki.
Uwaga: Możliwe jest edytowanie tylko zawartości każdej komórki w każdej kolumnie, która obok
nazwy zawiera znak gwiazdki (*) (na przykład *Target Name (*Nazwa sekwencji docelowej),*Sample Name (Nazwa próbki), *Biological Group Name (Nazwa grupy biologicznej), *Well Note
(Uwagi dotyczące studzienki)).
Uwaga: W wyeksportowanym pliku Excel nie można dodawać wartości do kolumn Standard
Curve (Krzywa standardowa) i Quantity (Ilość). Aby zmodyfikować te dane, wróć do edytora
Plate Editor i wybierz Settings (Ustawienia) > Units (Jednostki) na pasku menu. Po zakończeniu
analizy płytki dane z tych wzorców pojawią się na wykresie krzywej wzorcowej na zakładce
Quantification (Oznaczenie ilościowe) w oknie Data Analysis (Analiza danych) z jednostkami
wybranymi przez użytkownika.

6.

Zaimportuj uzupełniony plik Excel z powrotem do edytora Plate Editor, klikając przycisk Import(Importuj). Zaimportowane dane płytki pojawią się w oknie Plate Spreadsheet View (Widok arkusza
kalkulacyjnego płytki).
Ważne: Jeśli masz wiele fluoroforów, będziesz musiał wykonać kroki 3-5 dla każdego fluoroforu,
korzystając z rozwijanego menu Flours List (Lista fluorów) w widoku Plate Spreadsheet (Arkusz
kalkulacyjny płytki).

7.

Kliknij przycisk OK. Dane nowej płytki pojawią się teraz w oknie Plate Editor.

Wskazówka: Możesz wyświetlić pozycje menu dostępne w narzędziu Spreadsheet View/Importer(Widok arkusza kalkulacyjnego/Importer) po kliknięciu prawym przyciskiem myszy dowolnej
studzienki w narzędziu lub dowolnego nagłówka tabeli w widoku Plate Spreadsheet (Arkusz
kalkulacyjny płytki).

Podręcznik użytkownika | 171

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

Tworzenie układu płytki za pomocą kreatora Setup Wizard(Kreator konfiguracji) dla płytki
Za pomocą kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) można wprowadzić między innymi następujące
informacje dotyczące układu płytki, które są wymagane na potrzeby znormalizowanej analizy ekspresji
genów:
nNazwy sekwencji docelowychnNazwy próbeknRozmieszczenie sekwencji docelowych i próbek na płytce

n

Geny referencyjnenPróbka kontrolna

Z kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) można korzystać przed analizą, w jej trakcie, a także pozakończeniu analizy.

Korzystanie z kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) dla
płytkiW tym rozdziale opisano sposób tworzenia układu płytki za pomocą kreatora Setup Wizard (Kreator
konfiguracji) dla płytki. Aby łatwiej przeglądać zawartość każdej studzienki w płytce, kliknąć Zoom plate(Przybliż płytkę) na górze okna Setup Wizard (Kreator konfiguracji).
Ważne: Powrót do zakładki Auto layout (Automatyczny układ) z jakiejkolwiek innej zakładki w oknie
Setup Wizard (Kreator konfiguracji) powoduje zresetowanie układu płytki. Zachować ostrożność
podczas wybierania tej zakładki.
Wskazówka: Można zresetować układ, wybierając Tools (Narzędzia) > Clear Plate (Wyczyść płytkę)w oknie Setup Wizard (Kreator konfiguracji).

Użycie kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) dla płytki
1.

Otworzyć Plate Editor (Edytor płytki).

2.

Aby otworzyć Setup Wizard (Kreator konfiguracji), należy wykonać jedną z następujących czynności:n

Wybrać Editing Tools (Narzędzia edycyjne) > Setup Wizard (Kreator konfiguracji).

n

Kliknąć Setup Wizard (Kreator konfiguracji) na pasku narzędzi Plate Editor (Edytor płytki).

Zostanie otworzone okno Setup Wizard (Kreator konfiguracji) z wyświetloną zakładką Auto layout(Automatyczny układ).

172 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie układu płytki za pomocą kreatora Setup Wizard (Kreator konfiguracji) dla płytki

3.

W zakładce Auto layout (Automatyczny układ) wykonać następujące czynności:a.

Kliknąć studzienkę w siatce i przeciągnąć w poprzek i w dół, aby wyznaczyć obszar na płytce,
w którym ma być załadowana próbka.

b.

Wpisać liczbę genów docelowych (Targets) i próbek (Samples) do załadowania.
Wskazówka: Liczba genów docelowych i próbek musi być równa liczbie wybranychkomórek. Jeśli wpisane liczby nie mieszczą się w wybranym obszarze, zmodyfikować liczby
lub obszar wyboru na płytce. Można określić orientację elementów na płytce i ich
grupowanie.

c.

(Opcjonalnie) Zmienić orientację płytki. Na przykład można ustawić geny docelowe
w kolumnach i próbki w rzędach, albo grupować według próbek.

d.

Kliknąć Next (Dalej), aby przejść do zakładki Target names (Nazwy genów docelowych).

Uwaga: Jeśli układ płytki nie ma regularnego wzorca, za pomocą zakładki Target names(Nazwy genów docelowych) można ręcznie ustawić pozycję genów docelowych, a za pomocą
zakładki Sample names (Nazwy próbek) ręcznie ustawić pozycję próbek na płytce. Kliknąć
i przeciągnąć, aby wybrać wiele studzienek.

Podręcznik użytkownika | 173

Rozdział 8 Przygotowywanie płytek

4.

W zakładce Target names (Nazwy genów docelowych) określić nazwy genów docelowych dla grup
genów docelowych:a.

b.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

W celu zmiany nazw genów docelowych według grupy, ustawić wartość Target (Gendocelowy) w opcji Select by (Wybierz według).

n

W celu zmiany nazw genów docelowych według studzienki, ustawić wartość Well
(Studzienka) w opcji Select by (Wybierz według).

Wybrać grupę genów docelowych lub studzienkę z siatki i wpisać nazwę na liście rozwijanej
Target name (Nazwa genu docelowego).
Wskazówka: Nacisnąć klawisz Tab, aby wybrać następną grupę lub studzienkę po prawej
stronie, lub klawisz Enter, aby wybrać następną grupę lub studzienkę poniżej. Zamiast tegomożna w zakładkach Target name (Nazwa genu docelowego) i Sample name (Nazwa
próbki) przytrzymać naciśnięty klawisz Ctrl i klikać studzienki, aby zaznaczyć wiele
studzienek, które nie sąsiadują ze sobą.

c.

Kliknąć Next (Dalej), aby przejść do zakładki Sample names (Nazwy próbek).

5.

W zakładce Sample names (Nazwy próbek) określić nazwy próbek dla grup próbek.

6.

Kliknąć Next (Dalej), aby przejść do zakładki Reference targets (Referencyjne geny docelowe).

7.

W zakładce Reference targets (Referencyjne geny docelowe) wybrać jeden lub większą liczbę
genów docelowych do użycia jako genów referencyjnych na potrzeby znormalizowanej ekspresji
genu. Następnie kliknąć Next (Dalej), aby przejść do zakładki Control sample (Próbka kontrolna).

8.

W zakładce Control sample (Próbka kontrolna) wybrać jedną próbkę do użycia jako kontroli na
potrzeby obliczeń względnej ekspresji genu.

9.

Kliknąć OK, aby zapisać układ płytki i powrócić do okna Plate Editor (Edytor płytki), w którym można
dalej definiować parametry płytki. Więcej informacji przedstawiono w rozdziale Przypisywanie
parametrów opcjonalnych do pliku płytki na stronie 151.
Zamiast tego można kliknąć Previous (Wstecz), aby powrócić do poprzedniej zakładki i wprowadzić
tam potrzebne zmiany.
Uwaga: Powrót do zakładki Auto layout (Automatyczny układ) powoduje automatyczne
zresetowanie płytki. Zachować ostrożność podczas klikania przycisku Previous (Poprzedni).

174 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów
W tym rozdziale objaśniono sposób uruchamiania eksperymentów niestandardowych (zdefiniowanych
przez użytkownika) oraz eksperymentów z testem PrimePCR z wykorzystaniem produktu
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security.
Plik danych analizy próbek zawiera informacje o protokole i płytce dla danej analizy. Ten plik zawiera teżdane z analiz danych, które oprogramowanie CFX Maestro Dx SE przeprowadza po zakończeniu analizy
próbek.
CFX Maestro Dx SE ułatwia konfigurowanie i uruchamianie eksperymentów definiowanych przezużytkownika oraz eksperymentów PrimePCR. Okno Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) prowadziużytkownika przez często stosowane etapy konfigurowania eksperymentu aż do okna dialogowego Start
Run (Uruchom analizę próbek), w którym uruchamiana jest analiza.

Podręcznik użytkownika | 175

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Okno Run Setup (Konfiguracja analizy)
Okno Run Setup (Konfiguracja analizy) zapewnia szybki dostęp do plików i ustawień wymaganych do
skonfigurowania i uruchomienia eksperymentu. W przypadku uruchomienia eksperymentu
zdefiniowanego przez użytkownika pojawia się okno Run Setup (Konfiguracja analizy), w którymwyświetlana jest zakładka Protocol (Protokół). W przypadku uruchomienia eksperymentu PrimePCR
pojawia się okno Run Setup (Konfiguracja analizy), w którym wyświetlana jest zakładka Start Run(Uruchom analizę próbek).
Wskazówka: Więcej informacji na temat eksperymentów PrimePCR zawiera sekcja Wykonywanie
eksperymentów PrimePCR na stronie 194; więcej informacji na temat zakładki Start Run (Uruchom
analizę próbek) zawiera sekcja Zakładka Start Run (Uruchom analizę próbek) na stronie 184.

176 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Run Setup (Konfiguracja analizy)

LEGENDA
1.

Zakładki prowadzą użytkownika przez proces konfigurowania i wykonywania
eksperymentu:n Zakładka Protocol (Protokół) — umożliwia wybranie istniejącego protokołu douruchomienia lub edycji albo utworzenie nowego protokołu w obszarze Protocol
Editor (Edytor protokołów).
n Zakładka Plate (Płytka) — umożliwia wybranie istniejącej płytki doprzeanalizowania lub edycji albo utworzenie nowej płytki w obszarze Plate Editor(Edytor płytki).
n Zakładka Start Run (Uruchom analizę próbek) — umożliwia wyświetlanie
ustawień eksperymentów, wybór co najmniej jednego bloku aparatu, a także
rozpoczęcie analizy.

2.

W głównym oknie opcje dotyczące poszczególnych zakładek są wyświetlane wmiarę ich stosowania.

3.

Przyciski nawigacyjne prowadzą do zakładki Start Run (Uruchom analizę próbek).

Przechodzenie do okna Run Setup (Konfiguracja analizy próbek)Przejście do okna Run Setup (Konfiguracja analizy próbek)u

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

W zakładce Run setup (Konfiguracja analizy próbek) w oknie Startup Wizard (Kreator startowy)
kliknąć opcję User-defined (Definiowana przez użytkownika) lub PrimePCR.

n

W oknie Home (Strona główna) kliknąć opcję User-Defined Run Setup (Konfiguracja analizy
definiowanej przez użytkownika) lub PrimePCR Run Setup (Konfiguracja analizy PrimePCR) na
pasku narzędzi.

n

W oknie Home (Strona główna) wybrać opcję Run (Analiza próbek) > User-Defined Run (Analiza
definiowana przez użytkownika) lub Run (Analiza próbek) > PrimePCR Run (Analiza
PrimePCR).

Podręcznik użytkownika | 177

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Zakładka Protocol (Protokół)
Na zakładce Protocol (Protokół) wyświetlany jest podgląd pliku protokołu, który użytkownik zamierza
uruchomić. Plik protokołu zawiera instrukcje dotyczące etapów zmian temperatury w aparacie, a także
opcje aparatu, które kontrolują zmiany tempa, objętość próbek i temperaturę pokrywy.

Domyślnie oprogramowanie wyświetla protokół zdefiniowany w sekcji File Selection for Run Setup(Wybór pliku dla konfiguracji analizy) na zakładce Files (Pliki) w oknie dialogowym User (Użytkownik) >User Preferences (Preferencje użytkownika). Domyślny protokół można zmienić w oknie dialogowym
User Preferences (Preferencje użytkownika). Więcej informacji zawiera rozdział Zmiana ustawień plikudomyślnego na stronie 91.
W zakładce Protocol (Protokół) można
n

Utworzyć nowy protokół do uruchomienia.

n

Wybrać istniejący protokół do uruchomienia lub analizy.

Więcej informacji na temat tworzenia i modyfikowania protokołów zawiera Rozdział 7, Tworzenie
protokołów.

178 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Protocol (Protokół)

Aby utworzyć nowy protokół
1.

Na zakładce Protocol (Protokół) kliknąć opcję Create New (Utwórz nowe).
Zostanie wyświetlone okno Protocol Editor (Edytor protokołu).

2.

Utworzyć nowy protokół w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu).

3.

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać protokół i wrócić do zakładki Protocol (Protokół) w oknie Run Setup(Konfiguracja analizy próbek).

4.

Przejrzeć szczegóły protokołu i wykonać jedną z następujących czynności:nJeśli szczegóły są poprawne, kliknąć przycisk Next (Dalej), aby przejść do zakładki Plate(Płytka).

nJeśli szczegóły są niepoprawne, kliknąć opcję Edit Selected (Edytuj wybrany), aby wrócić dookna Protocol Editor (Edytor protokołu). Skorygować protokół, zapisać zmiany, a następnie
kliknąć przycisk Next (Dalej) na zakładce Protocol (Protokół), aby przejść do zakładki Plate(Płytka).

Aby wybrać istniejący protokół
1.

Na zakładce Protocol (Protokół) wykonać jedną z następujących czynności:n

Kliknąć opcję Select Existing (Wybierz istniejący) i przejść do istniejącego protokołu.

nKliknąć opcję Express Load (Ekspresowe ładowanie) i wybrać protokół z rozwijanej listy
protokołów.
Wskazówka: Protokoły można dodawać do listy rozwijanej Express Load (Ekspresoweładowanie), a także można je z niej usuwać. Więcej informacji zawiera poniższa sekcja
Dodawanie i usuwanie protokołów ekspresowego ładowania.

2.

Przejrzeć szczegóły protokołu i wykonać jedną z następujących czynności:nJeśli szczegóły są poprawne, kliknąć przycisk Next (Dalej), aby przejść do zakładki Plate(Płytka).

nJeśli szczegóły są niepoprawne, kliknąć opcję Edit Selected (Edytuj wybrany), aby otworzyć
okno Protocol Editor (Edytor protokołu). Skorygować protokół, zapisać zmiany, a następnie
kliknąć przycisk Next (Dalej) na zakładce Protocol (Protokół), aby przejść do zakładki Plate(Płytka).

Dodawanie i usuwanie protokołów ekspresowego ładowaniaMożna zmodyfikować zawartość listy rozwijanej Express Load (Ekspresowe ładowanie) wyświetlanej
w oknie Protocol Editor (Edytor protokołu). Protokoły z tej listy są zapisane w folderze:Podręcznik użytkownika | 179

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

Modyfikacja listy protokołów Express Load (Ekspresowe ładowanie)
1.

Przejść do folderu ExpressLoad (Ekspresowe ładowanie) i otworzyć go.

2.

Przejrzeć pliki protokołów (.pcrl) w tym folderze.

3.

Wykonać dowolną z następujących czynności:n

Skasować protokoły z folderu, aby je usunąć z listy rozwijanej.

nSkopiować protokoły do folderu, aby dodać je do listy rozwijanej.

180 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Plate (Płytka)

Zakładka Plate (Płytka)
Uwaga: Jeśli protokół wybrany na zakładce Protocol (Protokół) nie zawiera etapu odczytu płytki dla
analizy PCR w czasie rzeczywistym, wówczas zakładka Protocol (Protokół) będzie ukryta. Abywyświetlić zakładkę Plate (Płytka), należy dodać co najmniej jeden odczyt płytki do protokołu.
Na zakładce Plate (Płytka) wyświetlany jest podgląd pliku płytki, który użytkownik zamierza załadować. W
ramach analizy PCR w czasie rzeczywistym plik płytki zawiera opis zawartości każdej studzienki, coobejmuje jej fluorofory, tryb skanowania i typ płytki. CFX Maestro Dx SE wykorzystuje te opisy do
gromadzenia i analizy danych.

Domyślnie oprogramowanie wyświetla płytkę zdefiniowaną w sekcji File Selection for Run Setup (Wybór
pliku dla konfiguracji analizy) na zakładce Files (Pliki) w oknie dialogowym User (Użytkownik) > User
Preferences (Preferencje użytkownika). Domyślną próbkę można zmienić w oknie dialogowym User
Preferences (Preferencje użytkownika). Więcej informacji zawiera rozdział Zmiana ustawień plikudomyślnego na stronie 91.
W zakładce Plate (Płytka) można
n

Utworzyć nową płytkę do załadowanianWybrać istniejącą płytkę do załadowania lub edycjiPodręcznik użytkownika | 181

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentówWięcej informacji na temat tworzenia i modyfikowania płytek zawiera Rozdział 8, Przygotowywanie
płytek.

Aby utworzyć nową płytkę
1.

Na zakładce Plate (Płytka) kliknąć opcję Create New (Utwórz nowe).
Zostanie otwarte okno Plate Editor (Edytor płytki).

2.

Utworzyć nową płytkę w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

3.

Kliknąć przycisk OK, aby zapisać płytkę i wrócić do zakładki Plate (Płytka) w oknie Run Setup(Konfiguracja analizy próbek).

4.

Przejrzeć szczegóły płytki i wykonać jedną z następujących czynności:nJeśli szczegóły są poprawne, kliknąć przycisk Next (Dalej), aby przejść do zakładki Start Run(Uruchom analizę próbek).

nJeśli szczegóły są niepoprawne, kliknąć opcję Edit Selected (Edytuj wybrany), aby wrócić dookna Plate Editor (Edytor płytki). Skorygować plik płytki, zapisać zmiany, a następnie kliknąć
przycisk Next (Dalej) na zakładce Plate (Płytka), aby przejść do zakładki Start Run (Uruchom
analizę próbek).

Aby zapisać istniejący plik płytki
1.

Na zakładce Plate (Płytka) wykonać jedną z następujących czynności:n

Kliknąć opcję Select Existing (Wybierz istniejący) i przejść do istniejącego pliku płytki.

nKliknąć opcję Express Load (Ekspresowe ładowanie) i wybrać plik płytki z listy rozwijanej.
Wskazówka: Płytki można dodawać do listy rozwijanej Express Load (Ekspresoweładowanie), a także można je z niej usuwać. Więcej informacji zawiera poniższa sekcja
Dodawanie i usuwanie plików płytek z ekspresowym ładowaniem.

2.

Przejrzeć szczegóły płytki i wykonać jedną z następujących czynności:nJeśli szczegóły są poprawne, kliknąć przycisk Next (Dalej), aby przejść do zakładki Start Run(Uruchom analizę próbek).

nJeśli szczegóły są niepoprawne, kliknąć opcję Edit Selected (Edytuj wybrany), aby otworzyć okno
Plate Editor (Edytor płytki). Skorygować plik płytki, zapisać zmiany, a następnie kliknąć przycisk
Next (Dalej), aby przejść do zakładki Start Run (Uruchom analizę próbek).

Dodawanie i usuwanie plików płytek z ekspresowym ładowaniemMożna zmodyfikować zawartość listy rozwijanej Express Load (Ekspresowe ładowanie) wyświetlanej
w oknie Plate Editor (Edytor płytki). Płytki widoczne na tej liście są zapisane w folderze:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

182 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Plate (Płytka)

Aby zmodyfikować listę plików płytek z ekspresowym ładowaniem
1.

Przejść do folderu ExpressLoad (Ekspresowe ładowanie) i otworzyć go.

2.

Przejrzeć pliki płytek (.pltd) w tym folderze.

3.

Wykonaj jedną z następujących czynności:nUsunąć pliki płytek z folderu, aby je usunąć z listy rozwijanej.

nSkopiować pliki płytek do folderu, aby dodać je do listy rozwijanej.

Podręcznik użytkownika | 183

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Zakładka Start Run (Uruchom analizę próbek)W zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) wyświetlane są informacje o eksperymencie, który ma
być uruchomiony. W zakładce tej wyświetlany jest także podłączony blok (lub bloki) aparatu, w którymmożna uruchomić dany eksperyment.

W zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) można wykonać następujące czynności:nPrzeglądać szczegółowe informacje o analizie, w tym wybrany plik protokołu, plik płytki i tryb
skanowania.

n

Dodawać uwagi dotyczące analizy próbek.

nPrzeglądać szczegóły dotyczące wszystkich podłączonych aparatów, w tym ich stan uruchomienia(Running (działa) lub Idle (bezczynność)), objętość próbki w µl, temperaturę pokrywy, tryb emulacji
oraz ID lub kod kreskowy, o ile są dostępne.
Uwaga: W tabeli Selected Blocks (Wybrane bloki) można zmodyfikować kolumny wyświetlane
w oknie Start Run (Uruchom analizę próbek). Więcej informacji zamieszczono w rozdziale
Modyfikowanie szczegółów w tabeli Selected Blocks (Wybrane bloki) na stronie 185.

nWybrać blok lub bloki, w których ma być wykonana analiza próbek.

n

Zdalnie otworzyć lub zamknąć pokrywę każdego wybranego aparatu.

184 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Start Run (Uruchom analizę próbek)n

Uruchomić analizę próbek.

Modyfikowanie szczegółów w tabeli Selected Blocks (Wybrane bloki)
W tabeli Selected Block(s) (Wybrane bloki) można zmodyfikować kolumny wyświetlane w oknie Start Run(Uruchom analizę próbek). Dodatkowo w tabeli można zmodyfikować domyślną objętość próbki oraztemperaturę pokrywy. Zmiany ustawień są stosowane względem analizy przeznaczonej do wykonania.

Aby dodać kolumny do obszaru Start Run (Uruchom analizę próbek) w tabeli Selected
Blocks (Wybrane bloki)u

Kliknąć prawym przyciskiem tabelę i zaznaczyć opcję w menu, które zostanie wyświetlone.

Aby usunąć kolumny z obszaru Start Run (Uruchom analizę próbek) w tabeli Selected
Blocks (Wybrane bloki)u

Kliknąć prawym przyciskiem tabelę i usunąć zaznaczenie opcji w menu, które zostanie wyświetlone.

Aby przeprowadzić edycję objętości próbki lub temperatury pokrywy dla blokuu

Wybrać komórkę objętości próbki lub temperatury pokrywy dla bloku docelowego, a następnie
wprowadzić nową wartość do komórki.

Aby dodać identyfikator analizy lub kod kreskowy dla blokuu

Wybrać komórkę ID/Bar Code (Id./kod kreskowy) dla bloku docelowego i wpisać identyfikator lub
zeskanować blok za pomocą czytnika kodów kreskowych.

Uruchamianie eksperymentuWażne: Przed uruchomieniem eksperymentu upewnić się, że oprogramowanie antywirusowe
zainstalowane w komputerze nie rozpocznie skanowania podczas działania eksperymentu. Aby
uzyskać więcej informacji, zobacz Instalacja oprogramowania CFX Maestro Dx SE na stronie 36 i
skontaktuj się z administratorem systemu.

Uruchomienie eksperymentu
1.

W zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) zweryfikować szczegółowe informacje o płytce
i protokole w części Run Information (Informacje o analizie próbek).

2.

(Opcjonalnie) W polu tekstowym Notes (Uwagi) dodać uwagi dotyczące analizy próbek lub
eksperymentu.

3.

Zaznaczyć pole wyboru jednego lub większej liczby bloków, w których ma być wykonywana analiza
próbek.

Podręcznik użytkownika | 185

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Wskazówka: Aby uruchomić eksperyment we wszystkich blokach, wybrać Select All Blocks(Wybierz wszystkie bloki) pod tabelą Selected Blocks (Wybrane bloki).
4.

(Opcjonalnie) Kliknąć Flash Block Indicator (Migająca kontrolka bloku), aby zaświecić kontrolkę LED
w wybranych blokach aparatu.

5.

Wprowadzić do bloku płytki eksperymentalne:a.

Kliknąć Open Lid (Otwórz pokrywę). Otwierana jest automatyczna pokrywa każdego wybranego
bloku.

b.

Do każdego wybranego bloku wprowadzić płytkę do badania.

c.

Kliknąć Close Lid (Zamknij pokrywę).

Wskazówka: Na System CFX Opus Dx, należy nacisnąć Open Lid (Otwórz pokrywę) lub Close
Lid (Zamknij pokrywę) na ekranie Home (Strona główna).
6.

Kliknąć Open Lid (Otwórz pokrywę) i Close Lid (Zamknij pokrywę), aby otworzyć i zamknąć
automatyczną pokrywę każdego wybranego bloku aparatu.

7.

Przejrzeć szczegóły analizy próbek i wykonać jedną z następujących czynności:nJeśli szczegóły są poprawne, kliknąć Start Run (Uruchom analizę próbek).

nJeśli szczegóły nie są poprawne:opoprawić szczegóły w tabeli Selected Blocks (Wybrane bloki) i kliknąć Start Run (Uruchom
analizę próbek);opowrócić do właściwej tabeli i wprowadzić odpowiednie zmiany, zapisać zmiany i kliknąć
Next (Dalej), aby powrócić do zakładki Start Run (Uruchom analizę próbek) i uruchomić
analizę.

Rozpoczęcie nowej analizy próbek na podstawie wcześniejszej analizyu

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Wybrać File (Plik) > Repeat a Run (Powtórz analizę próbek) na pasku głównego menu
oprogramowania, przejść do pliku danych analizy, który ma być powtórzony i dwukrotnie gokliknąć.

n

Wybrać zakładkę Repeat Run (Powtórz analizę próbek) w kreatorze Startup Wizard (Kreator
startowy) i dwukrotnie kliknąć plik danych analizy dla analizy próbek, która ma być powtórzona.
Opcjonalnie w zakładce Repeat Run (Powtórz analizę próbek) można kliknąć Browse(Przeglądaj), przejść do pliku danych analizy, który ma być powtórzony i dwukrotnie go kliknąć.

186 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek)Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek)Po kliknięciu Start Run (Uruchom analizę próbek), CFX Maestro Dx SE przypomni użytkownikowi
o zapisaniu pliku danych (.pcrd), uruchomi analizę próbek i otworzy okno dialogowe Run Details(Szczegóły analizy próbek). Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek) zawiera trzy
zakładki stanu:n

Run Status (Stan analizy próbek) — w tej zakładce można przejrzeć bieżący stan protokołu,
otworzyć lub zamknąć pokrywę, wstrzymać analizę próbek, dodać powtórzenia, pominąć etapy
i zatrzymać analizę.

n

Real-time Status (Stan w czasie rzeczywistym) — w tej zakładce można przeglądać dane
fluorescencyjne dotyczące PCR w czasie rzeczywistym w miarę ich zbierania.

nTime Status (Stan czasu) — w tej zakładce można obserwować pełnoekranowy zegar odliczający
czas do końca protokołu.

Te zakładki są dokładniej objaśnione w poniższych rozdziałach.

Zakładka Run Status (Stan analizy próbek)Zakładka Run Status (Stan analizy próbek) przedstawia informacje na temat bieżącego statusu trwającej
analizy. W tym widoku można również kontrolować pokrywę i zmieniać trwającą analizę.

Podręcznik użytkownika | 187

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

LEGENDA
1.

Panel Run Status (Stan analizy próbek) — przedstawia postęp protokołu.

2.

Elementy sterujące w obszarze Run Status (Stan analizy próbek) — umożliwiają
obsługę aparatu lub przerwanie bieżącego protokołu.

3.

Panel Run Information (Informacje o analizie próbek) — przedstawia szczegóły
analizy.

Polecenia Run Status (Stan analizy próbek)Za pomocą poleceń z zakładki Run Status (Stan analizy próbek) można obsługiwać aparat albo zmienić
trwającą analizę.
Uwaga: Wprowadzanie zmian do protokołu w trakcie analizy, na przykład dodawanie powtórzeń, nie
zmienia pliku protokołu powiązanego z analizą. Takie działania są rejestrowane w obszarze Run Log(Dziennik analizy próbek).

— otwiera automatyczną pokrywę na zainstalowanych aparatach.
Ważne: Otwarcie pokrywy podczas analizy powoduje wstrzymanie analizy w trakcie bieżącego
etapu i może spowodować modyfikację danych. Polecenia Run Status (Stan analizy próbek) na
stronie 188.

— zamyka automatyczną pokrywę na zainstalowanych aparatach.

— powoduje dodanie większej ilości powtórzeń do bieżącego etapu GOTO w protokole. Ta opcja
jest dostępna tylko wtedy, gdy działa etap GOTO.
Uwaga: Można dodać dodatkowe powtórzenia w cyklu GOTO (Idź do), gdy protokół jest w toku.
Jednakże, CFX Maestro Dx SE rozpoznaje ostatnią zmianę liczby powtórzeń. Na przykład, jeśli
dodane zostanie 10 dodatkowych powtórzeń w cyklu GOTO (Idź do), oprogramowanie zmieni
całkowitą liczbę na n + 10. Jeśli następnie dodane zostanie kolejne pięć (5) powtórzeń w tym
samym cyklu, CFX Maestro zmieni całkowitą liczbę powtórzeń na n + 5. Pierwsza zmiana (10powtórzeń) jest ignorowana. Aby upewnić się, że oprogramowanie wykonuje docelową liczbę
powtórzeń, należy wprowadzić całkowitą liczbę (w tym przypadku 15 powtórzeń).

— powoduje pominięcie bieżącego etapu w protokole.

188 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek)Uwaga: W przypadku zainicjowania pomijania podczas kroku GOTO, system przeskoczy donastępnego cyklu w pętli GOTO. Jeśli ostatni cykl kroku GOTO był w toku w momencie
pominięcia, system przechodzi do następnego kroku.

— powoduje, że dioda LED na wybranym aparacie miga w celu zidentyfikowania wybranych
bloków.

— powoduje wstrzymanie protokołu.
Uwaga: To działanie jest rejestrowane w obszarze Run Log (Dziennik analizy próbek).

— powoduje wznowienie wstrzymanego protokołu.

— zatrzymuje analizę zanim zakończy się protokół.
Uwaga: Zatrzymanie analizy przed zakończeniem protokołu może spowodować modyfikację
danych.

Otwieranie pokrywy aparatu podczas analizy PCRJeśli podczas badania PCR zostanie otwarta pokrywa któregoś z aparatów, na wyświetlaczu
CFX Maestro Dx SE pojawi się następujące okno dialogowe potwierdzenia:

Gdy okno dialogowe jest wyświetlane, aparaty kontynuują pracę nad protokołem. Po naciśnięciu przycisku OK
analiza zostaje wstrzymana, a pokrywa aparatu odblokowuje się i otwiera. Przycisk Cancel (Anuluj) spowoduje
zamknięcie okna dialogowego i wznowienie analizy.

Podręcznik użytkownika | 189

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Zakładka Real-time Status (Stan w czasie rzeczywistym)
W zakładce Real-time Status (Stan w czasie rzeczywistym) wyświetlane są dane PCR w czasierzeczywistym zebrane w każdym cyklu podczas analizy próbek po pierwszych dwóch odczytach płytki.

LEGENDA
1.

Panel krzywych Amplification (Amplifikacja) — wyświetlanie danych o amplifikacji
w czasie rzeczywistym podczas analizy próbek.

2.

Identyfikator Well group (Grupa studzienek) — jeśli grupy studzienek zostałyokreślone w konfiguracji płytki, użytkownicy mogą wybrać daną grupę studzienek,
aby przeglądać jej krzywe, studzienki i informacje tabelaryczne.
Identyfikator Step number (Numer etapu) — jeśli w protokole dane są zbierane nawięcej niż jednym etapie (np. podczas amplifikacji i krzywej topnienia), użytkownicymogą wybrać konkretny etap i wyświetlić krzywe uzyskane na tym etapie.

3.

Panel selektora studzienek — wyświetlanie aktywnych, nieaktywnych i pustych
studzienek w płytce.

4.

Panel z tabelą konfiguracji płytki — wyświetlanie konfiguracji płytki w formacie
tabelarycznym.

190 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek)5.

Panel szczegółów analizy próbek — wyświetlanie stanu analizy próbek w czasierzeczywistym, co obejmuje:n bieżący etap,n bieżące powtórzenie,
n bieżącą temperaturę,n pozostały czas,
n temperaturę próbki,n temperaturę pokrywy.

6.

Plate Setup (Konfiguracja płytki) — otwarcie okna dialogowego Plate Setup(Konfiguracja płytki), w którym użytkownicy mogą modyfikować bieżącą
konfigurację płytki w trakcie trwania analizy próbek.

W zakładce Real-time Status (Stan w czasie rzeczywistym) można:nwyświetlać lub ukrywać krzywe w czasie rzeczywistym poprzez wybranie ich w panelu selektora
studzienek lub w tabeli konfiguracji płytki;nprzeglądać pojedyncze krzywe lub ich grupy poprzez wybranie ich z listy rozwijanej grup studzienek;nedytować płytkę lub zastąpić plik płytki;nzastosować plik PrimePCR do danej analizy próbek.

Wyświetlanie i ukrywanie krzywych kreślonych w czasie rzeczywistymDomyślnie wszystkie wypełnione studzienki są aktywne i wyświetlane w tabeli konfiguracji płytki. Aktywne
studzienki są wyświetlane w kolorze niebieskim w panelu selektora studzienek. W panelu selektora
studzienek ukryte studzienki są wyświetlane w kolorze jasnoszarym, a nieużywane — w kolorze
ciemnoszarym.
Można ukryć krzywe z aktywnych studzienek podczas analizy próbek. CFX Maestro Dx SE kontynuuje
zbieranie danych dla wszystkich studzienek; gdy studzienki zostaną ukryte, ich dane nie są wyświetlane
w tabeli konfiguracji płytki.

Ukrycie krzywych kreślonych w czasie rzeczywistymu

W panelu selektora studzienek kliknąć aktywne (niebieskie) studzienki, które mają być ukryte.

Wyświetlenie krzywych kreślonych w czasie rzeczywistymu

W panelu selektora studzienek kliknąć ukryte (jasnoszare) studzienki, które mają być wyświetlone.

Więcej informacji o selektorze studzienek zamieszczono w rozdziale Well Selector (Selektor studzienek)na stronie 216.

Podręcznik użytkownika | 191

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Edytowanie konfiguracji płytki
Aby edytować konfigurację płytki
uKliknąć opcję Plate Setup (Konfiguracja płytki) i wybrać opcję View/Edit Plate (Wyświetl/edytuj
płytkę).
Zostanie wyświetlone okno Plate Editor (Edytor płytki), w którym można edytować płytkę w trakcie
analizy. Więcej informacji na temat edycji płytek zawiera Rozdział 8, Przygotowywanie płytek.
Uwaga: Z okna Plate Editor (Edytor płytki) można również edytować style krzywych.
Wprowadzone zmiany będą widoczne na wykresie krzywej amplifikacji na zakładce Real-time
Status (Stan w czasie rzeczywistym).

Zastępowanie pliku płytki
Wskazówka: Możliwość zastąpienia pliku płytki jest szczególnie przydatna przy rozpoczynaniu
analizy próbek od pliku Quick Plate (Szybka płytka) z folderu ExpressLoad (Ekspresowe ładowanie).

Zastąpienie pliku płytki
uKliknąć Plate Setup (Konfiguracja płytki) i wybrać jedną z następujących opcji:n

Replace Plate file (Zastąp plik płytki) — wybór nowego pliku płytki z listy w oknie przeglądarki;n

Apply PrimePCR file (Zastosuj plik PrimePCR) — za pomocą wyszukiwarki Smart search(Inteligentne wyszukiwanie) wyszukać plik analizy próbek, z którego zostanie uzyskany układ
płytki, lub kliknąć Browse (Przeglądaj), aby znaleźć plik pobrany z witryny internetowej firmy BioRad, którego nie ma w folderze PrimePCR.

Uwaga: CFX Maestro Dx SE sprawdza tryb skanu i wielkość płytki dla pliku płytki. Muszą one
być takie same, jak ustawienia analizy próbek, z którymi uruchomiono analizę.

192 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno dialogowe Run Details (Szczegóły analizy próbek)Zakładka Time Status (Stan czasu)
Zakładka Time Status (Stan czasu) przedstawia czas pozostały do ukończenia bieżącej analizy.

Podręcznik użytkownika | 193

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Wykonywanie eksperymentów PrimePCR
W eksperymentach PrimePCR używane są oznaczenia szlaków przemian lub oznaczenia właściwe dla
choroby, które firma Bio-Rad zatwierdziła w badaniach „na mokro” i zoptymalizowała, a które są dostępne
w następujących formatach:nPanele wstępnie umieszczone na płytkach — płytki zawierające oznaczenia specyficzne dla szlaku
przemian biologicznych lub choroby; zawierają kontrole PrimePCR i geny referencyjne.

n

Płytki konfigurowane niestandardowo — płytki, które można skonfigurować w układzie
zdefiniowanym przez użytkownika z opcją wyboru oznaczeń dla sekwencji docelowych stanowiących
przedmiot zainteresowania, dla kontroli i referencji.

nPojedyncze oznaczenia — probówki zawierają zestawy pojedynczych primerów do użycia w
reakcjach w czasie rzeczywistym.

W celu skrócenia łącznego czasu analizy można usunąć z protokołu etap topnienia. Firma Bio-Rad
zdecydowanie odradza wprowadzanie jakichkolwiek modyfikacji do protokołu analizy PrimePCR.
Protokół domyślny to ten, który był używany na potrzeby walidacji oznaczenia. Jakiekolwiek odchylenie
od parametrów tego protokołu może wpłynąć na wyniki. Zmiany w protokole są rejestrowane na zakładce
Run Information (Informacja o analizie) wynikowego pliku danych i we wszelkich tworzonych raportach.

Aby uruchomić analizę PrimePCRu

Aby uruchomić analizę PrimePCR, należy wykonać dowolną z poniższych czynności:n

W kreatorze Startup Wizard (Kreator startowy) wybrać PrimePCR na zakładce Run setup(Konfiguracja analizy próbek), a następnie wybrać odpowiednią technikę (SYBR® lub sondę).

n

Wybrać analizę PrimePCR z listy Recent Runs (Ostatnie analizy) na zakładce Repeat run(Powtórz analizę) w kreatorze Startup Wizard (Kreator startowy).

nW oknie Home (Strona główna) wybrać opcje File (Plik) > Open (Otwórz) > PrimePCR Run(Analiza PrimePCR).

n

Przeciągnąć i upuścić plik analizy PrimePCR na okno Home (Strona główna).

Po wybraniu analizy PrimePCR zostanie otwarte okno Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) na
zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) z załadowanym domyślnym układem płytki PrimePCR
odpowiednio do wybranego aparatu.

Aby usunąć etap topnienia z protokołuuNa zakładce Protocol (Protokół) usunąć zaznaczenie pola wyboru obok opcji Include Melt Step
(Uwzględnij etap topnienia).

194 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykonywanie eksperymentów PrimePCR

Aby zaimportować informacje o sekwencjach docelowych dla płytek PrimePCR do układu
płytki1.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Na zakładce Real-time Status (Stan w czasie rzeczywistym) w oknie dialogowym Run Details(Szczegóły analizy próbek) wybrać opcje Plate Setup (Konfiguracja płytki) > Apply PrimePCR
File (Zastosuj plik PrimePCR).

n

W oknie Data Analysis (Analiza danych) wybrać opcje Plate Setup (Konfiguracja płytki) > Apply
PrimePCR File (Zastosuj plik PrimePCR).

2.

W oknie dialogowym pliku analizy PrimePCR kliknąć przycisk przeglądania, aby przejść doodpowiedniego pliku PrimePCR (.csv).

3.

Wybrać docelowy plik PrimePCR i kliknąć opcję Open (Otwórz).

Oprogramowanie System CFX Opus Dx zaimportuje wymagane informacje do układu płytki.

Podręcznik użytkownika | 195

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Przenoszenie danych z trybu autonomicznego na potrzeby
analizyWażne: Podczas przesyłania plików danych z produktu System CFX Opus Dx na CFX Maestro Dx
SE, przesyłane są wszystkie pliki zapisane w urządzeniu. W celu bezpiecznego przesłania danychnależy upewnić się, że dostępna jest wystarczająca ilość miejsca na dysku.
Po zakończeniu analizy oprogramowanie CFX Maestro Dx SE analizuje dane fluorescencji. Jeśli analiza
jest wykonywana w trybie autonomicznym i została zapisana na samym produkcie System CFX Opus Dx,
wówczas dane muszą zostać przeniesione do komputera z CFX Maestro Dx SE w celu ich
przeanalizowania.
Aparat System CFX Opus Dx może przechowywać do 100 analiz PCR w czasie rzeczywistym. Pozakończeniu analizy można przenieść pliki danych z trybu autonomicznego na komputer z
oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE za pośrednictwem poczty e-mail, dysku USB lub zapośrednictwem oprogramowania.
W niniejszym rozdziale wyjaśniono sposób przenoszenia plików danych z trybu autonomicznego do
komputera z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE.

Przenoszenie danych przez pocztę e-mailWysłanie pliku danych w wiadomości e-mail na koniec analizy próbek
1.

Skonfigurować powiadomienia pocztą e-mail dla danego aparatu.
Zobacz Konfigurowanie powiadomień pocztą e-mail na stronie 87 lub Podręcznik użytkownika
produktu System CFX Opus Dx do analiz PCR w czasie rzeczywistym.

2.

Podczas konfigurowania powiadomień pocztą e-mail koniecznie trzeba zaznaczyć pole Attach Data
File (Dołącz plik danych).
Dane analizy próbek są wysyłane e-mailem jako plik .pcrd.

Przesyłanie danych z aparatu System CFX Opus Dx do analiz PCRw czasie rzeczywistym
Korzystając z przeglądarki plików w aparacie System CFX Opus Dx, możesz przesyłać pliki danych dopodłączonego dysku USB lub udostępnionego folderu sieciowego. Możesz także przenieść pliki
protokołów CFX Maestro Dx SE z USB lub udostępnionego dysku sieciowego do folderu lub folderu
publicznego w urządzeniu System CFX Opus Dx i uruchomić je na urządzeniu System CFX Opus Dx.

196 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przenoszenie danych z trybu autonomicznego na potrzeby analizy

Wskazówka: W tej sekcji wyjaśniono przesyłanie danych. Aby uzyskać informacje o konfigurowaniupołączenia Ethernet , patrz dokument Instrukcja obsługi System CFX Opus Dx do analiz PCR w
czasie rzeczywistym, dostępny po kliknięciu w menu Help (Pomoc) CFX Maestro Dx SE.
1.

Na ekranie głównym urządzenia System CFX Opus Dx, dotknij opcji Files (Pliki), aby wyświetlić
ekran przeglądarki plików.

2.

Na ekranie przeglądarki plików przejdź do pliku, który chcesz skopiować, a następnie dotknij go, abywyświetlić okienko szczegółów pliku.

3.

W okienku szczegółów pliku dotknij przycisk Options (Opcje), a następnie Copy (Kopiuj).

Zostanie wyświetlone okno dialogowe Select Location (Wybierz lokalizację).
4.

W oknie dialogowym Select Location (Wybierz lokalizację) wykonaj jedną z następujących
czynności:nPrzejdź do istniejącego folderu.

nPrzejdź do lokalizacji, aby utworzyć folder, w którym chcesz zapisać plik, a następnie dotknij
opcji Create Folder (Utwórz folder)(5.

) w celu utworzenia nowego folderu w tej lokalizacji.

Dotknij opcji Select (Wybierz), aby skopiować plik do wybranej lokalizacji, lub opcji Cancel (Anuluj),
aby powrócić do ekranu przeglądarki plików.

Podręcznik użytkownika | 197

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Uwaga: Jeśli w wybranej lokalizacji istnieje już plik o podanej nazwie, pojawi się okno z
komunikatem. Dotknij przycisku Yes (Tak), aby zastąpić istniejący plik, lub przycisku No (Nie),
aby powrócić do ekranu przeglądarki plików.
Urządzenie System CFX Opus Dx wyświetli komunikat potwierdzający, gdy plik zostanie pomyślnie
skopiowany.

198 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przenoszenie danych z trybu autonomicznego na potrzeby analizy

Przesyłanie danych przez Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security
Aby przesłać dane przez CFX Maestro Dx SE
1.

W panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) w oknie Home (Strona główna) kliknąć prawym
przyciskiem myszy docelowy aparat i wybrać opcję Retrieve Data Files (Pobierz pliki danych).
W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE zostanie wyświetlone okno dialogowe Browse For Folder(Przeglądaj w poszukiwaniu folderu).

2.

W oknie dialogowym Browse For Folder (Przeglądaj w poszukiwaniu folderu) przejść do lokalizacji, w
której planowane jest zapisanie plików danych, i kliknąć przycisk OK.
Proces przesyłania utworzy folder o nazwie Real-Time Data w wybranej lokalizacji. Dane analizy
zostaną zapisane w folderze Real-Time Data jako osobne pliki .zpcr.

Przenoszenie danych za pomocą dysku USBJeśli do portu USB w aparacie zostanie podłączony dysk USB, po zakończeniu analizy plik danych
zostanie automatycznie zapisany w katalogu głównym tego dysku USB. Dodatkowo możliwe jest
odszukanie utworzonych wcześniej plików danych i zapisanie ich na podłączonym dysku USB.

Aby przesłać pliki danych na dysk USB w urządzeniu System CFX Opus DxuW oknie dialogowym Select Location (Wybierz lokalizację), należy nacisnąć USB i przejść do folderu
docelowego, do którego mają zostać skopiowane pliki, lub Cancel (Anuluj), aby powrócić do ekranu
przeglądarki plików.
Uwaga: Jeśli w wybranej lokalizacji istnieje już plik o podanej nazwie, pojawi się okno
dialogowe. Dotknij przycisku Yes (Tak), aby zastąpić istniejący plik, lub przycisku No (Nie), aby
powrócić do ekranu przeglądarki plików.

Urządzenie System CFX Opus Dx wyświetli komunikat potwierdzający, gdy plik zostanie pomyślnie
skopiowany.

Podręcznik użytkownika | 199

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

Przesyłanie danych przez współdzielony dysk sieciowy przyużyciu produktu System CFX Opus Dx do analiz PCR w czasierzeczywistym
Wskazówka: Dane do i z współdzielonego dysku sieciowego można przesyłać tylko zapośrednictwem produktu System CFX Opus Dx.
System CFX Opus Dx umożliwia łączenie się ze współdzielonym dyskiem sieciowym za pomocą sieci
Ethernet. Po pomyślnym połączeniu można przesyłać pliki danych do i z folderu na współdzielonym
dysku sieciowym.

Przesyłanie danych do i z współdzielonego dysku sieciowegou

W oknie dialogowym Select Location (Wybierz lokalizację), należy nacisnąć Network (Sieć) i przejść
do folderu docelowego, do którego mają zostać skopiowane pliki, lub Cancel (Anuluj), aby powrócić
do ekranu przeglądarki plików.
Uwaga: Jeśli w wybranej lokalizacji istnieje już plik o podanej nazwie, pojawi się okno
dialogowe. Dotknij przycisku Yes (Tak), aby zastąpić istniejący plik, lub przycisku No (Nie), aby
powrócić do ekranu przeglądarki plików.

Urządzenie System CFX Opus Dx wyświetli komunikat potwierdzający, gdy plik zostanie pomyślnie
skopiowany.

Tworzenie pliku danych
W celu przeanalizowania danych przesłanych z aparatu do komputera z oprogramowaniem CFX Maestro
Dx SE skompresowany plik danych (plik .zpcr) musi zostać przekształcony w plik danych (plik .pcrd).
CFX Maestro Dx SE konwertuje plik .zpcr na plik .pcrd, a następnie wybiera plik płytki, który ma ten sam
tryb skanowania i rozmiar płytki i stosuje go do pliku .pcrd.

Aby utworzyć plik danych z niezależnego pliku danych
1.

W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE wykonać jedną z następujących czynności:nOdszukać docelowy plik .zpcr i przeciągnąć go do okna Home (Strona główna) oprogramowania
CFX Maestro Dx SE.

n

Wybrać opcje File (Plik) > Open (Otwórz) > Stand-alone Run (Analiza niezależna), przejść dopliku i wybrać plik docelowy.

W oprogramowaniu CFX Maestro Dx SE zostanie wyświetlone okno dialogowe Save As (Zapiszjako).
2.

Przejść do folderu, w którym planowane jest zapisanie pliku .pcrd, i kliknąć opcję Save (Zapisz).

200 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Przenoszenie danych z trybu autonomicznego na potrzeby analizy

Po zapisaniu pliku .pcrd program CFX Maestro Dx SE otworzy okno Data Analysis (Analiza danych) iwyświetli dane wynikowe.

Podręcznik użytkownika | 201

Rozdział 9 Uruchamianie eksperymentów

202 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security automatycznie przetwarza dane o PCR w czasierzeczywistym na koniec każdej analizy próbek i otwiera okno Data Analysis (Analiza danych) w celuwyświetlenia tych danych (w pliku .pcrd).
nPrzeciągnąć plik danych (z rozszerzeniem .pcrd) na okno Home (Strona główna) i upuścić gon

Wybrać File (Plik) > Open (Otwórz) > Data File (Plik danych) w oknie Home (Strona główna)i wyszukać docelowy plik .pcrdnWybrać File (Plik) > Recent Data Files (Ostatnie pliki danych) w oknie Home (Strona główna), aby
wybrać plik z listy dziesięciu ostatnio otwieranych plików danychnOtworzyć zakładkę Analyze (Analizuj) w kreatorze Startup Wizard (Kreator startowy) i wybrać plik
z listy Recent Files (Ostatnie pliki) lub kliknąć Browse (Przeglądaj) w celu zlokalizowania pliku
danychOkno Data Analysis (Analiza danych)
W oknie Data Analysis (Analiza danych) wyświetlanych jest wiele zakładek, z których każda przedstawia
analizowane dane dla konkretnej metody analitycznej lub informacje specyficzne dla analizy próbek.
Zakładki są wyświetlane tylko wtedy, gdy dla danego typu analizy są dostępne dane zebrane w trakcie
analizy próbek.

Wskazówka: Aby wybrać zakładki do wyświetlenia, wybrać je z menu rozwijanego View (Widok)
w oknie Data Analysis (Analiza danych). Aby powrócić do pierwotnego układu zakładek, wybrać
Settings (Ustawienia) > Restore Default Window Layout (Przywróć domyślny układ okien).

Podręcznik użytkownika | 203

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Pasek narzędzi Data Analysis (Analiza danych)
Pasek narzędzi w oknie Data Analysis (Analiza danych) zapewnia szybki dostęp do ważnych funkcji
analizy danych.

Tabela 11 przedstawia funkcje przycisków, które znajdują się na pasku narzędzi.
Tabela 11. Pasek narzędzi w oknie Data Analysis (Analiza danych)

Przycisk

Nazwa

Funkcja

Plate Setup

View/Edit plate (Wyświetl/edytuj płytkę) –(Konfiguracja

otwiera obszar Plate Editor (Edytor płytki), w

płytki)którym można wyświetlać i edytować zawartość
studzienek.
Replace Plate file (Zastąp plik płytki) –umożliwia wybranie pliku płytki w celuzastąpienia układu płytki.
Apply PrimePCR file (Zastosuj plik PrimePCR) –umożliwia wybranie pliku analizy w celuzastąpienia układu płytki dla analizy PrimePCR.

Manage Well

Otwiera obszar Manage Well Groups

Groups(Zarządzaj grupami studzienek), w którym(Zarządzaniemożna tworzyć, edytować i usuwać grupy

grupamistudzienek.

studzienek)
Well Group (GrupaUmożliwia wybranie nazwy istniejącej grupy

studzienek)

studzienek z menu rozwijanego. Wyboremdomyślnym jest grupa All Wells (Wszystkie
studzienki). Ten przycisk pojawia się tylko
wtedy, gdy utworzone zostały grupy studzienek.

Analysis ModeUmożliwia analizowanie danych w trybie(Tryb analizy)

Fluorophore (Fluorofor) lub Target (Sekwencja
docelowa).

Help (Pomoc)Umożliwia otwarcie pomocy dla
oprogramowania, w której można uzyskać
pomoc online oraz cyfrową wersję niniejszegopodręcznika w formacie Acrobat PDF.

204 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analiza danych)

Pasek menu Data Analysis (Analiza danych)
Tabela 12 ukazuje pozycje w pasku menu w oknie Data Analysis (Analiza danych).
Tabela 12. Pozycje w pasku menu w oknie Data Analysis (Analiza danych)

Pozycjaw menuPolecenie

Funkcja

File (Plik)

Save (Zapisz)

Zapis pliku.

Save As (Zapisz jako)

Zapis pliku z nową nazwą.

File Passwords (Hasła do plików)Umożliwia użytkownikom ustawianie hasła dozapisywania i otwierania plików.

Sign (Podpisz)Umożliwia użytkownikom podpisywanie pliku
danych.

Repeat Run (Powtórz analizę)Uzyskanie protokołu i pliku płytki z bieżącej
analizy próbek w celu jej ponownego
wykonania.

Close (Zamknij)

Zamknięcie okna Data Analysis (Analiza
danych).

View (Widok)

Run Log (Dziennik analiz próbek).

Otwarcie okna Run Log (Dziennik analiz
próbek), w którym można przeglądać rejestr
analizy próbek dla bieżącego pliku danych.

Audit Trail (Ścieżka audytu)

Otwiera ścieżkę audytu dla pliku.

Quantification (OznaczenieWyświetlanie analizowanych danychilościowe), Melt Curve (Krzywa

w wybranych zakładkach w oknie Datatopnienia), Gene Expression

Analysis (Analiza danych). Musi być wybrana(Ekspresja genu), End Point (Punkt

co najmniej jedna zakładka.

końcowy), Custom Data View
(Niestandardowy widok danych),
QC (Kontrola jakości), Run
Information (Informacje o analizie
próbek)Podręcznik użytkownika | 205

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Tabela 12. Pozycje w pasku menu w oknie Data Analysis (Analiza danych), ciąg dalszy

Pozycjaw menuPolecenie

Funkcja

Settings

Cq Determination Mode (TrybUmożliwia wybranie trybu Regression(Ustawienia)

oznaczania Cq)(Regresja) lub Single Threshold (Pojedynczypróg) w celu ustalenia sposobu obliczania
wartości Cq dla każdej krzywej.

206 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analiza danych)

Tabela 12. Pozycje w pasku menu w oknie Data Analysis (Analiza danych), ciąg dalszy

Pozycjaw menuPolecenie

Funkcja

Baseline Setting (UstawienieUmożliwia wybranie metody Baseline

wartości bazowej)

Subtraction (Odejmowanie wartości bazowej)
dla wybranej grupy studzienek.

Analysis mode (Tryb analizy)

Pozwala wykonać analizę danych według
Fluorophore (fluoroforu) lub według Target(genu docelowego).

Cycles to Analyze (Cykle doUmożliwia wybranie cykli do analizy.

przeanalizowania)
Baseline Threshold (Próg bazowy)

Otwiera okno Baseline Threshold (Prógbazowy) w celu dostosowania wartości
bazowej lub progu.

Trace Styles (Style krzywej)

Otwarcie okna Trace Styles (Style krzywej).

Plate Setup (Konfiguracja płytki)

Otwarcie okna Plate Editor (Edytor płytki)
w celu przeglądania i edycji płytki; zastąpieniebieżącej płytki płytką z pliku płytek
zdefiniowanych przez użytkownika lub pliku
analizy PrimePCR.

Include All Excluded Wells (Włącz

Włączenie do analizy wszystkich

wszystkie wykluczone studzienki)

wykluczonych studzienek.

Mouse Highlighting (PodświetlanieWłączanie/wyłączanie równoczesnego

kursorem myszy)podświetlania danych kursorem myszy.
Wskazówka: Jeśli opcja Mouse
Highlighting (Podświetlanie kursorem
myszy) jest wyłączona, można czasowowłączyć podświetlanie, naciskając klawisz
Ctrl.

Restore Default Window Layout

Przywrócenie domyślnego ustawienia układu(Przywróć domyślny układ okien)

okien.

Podręcznik użytkownika | 207

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Tabela 12. Pozycje w pasku menu w oknie Data Analysis (Analiza danych), ciąg dalszy

Pozycjaw menuPolecenie

Funkcja

Export (Eksport)

Export All Data Sheets (EksportujUmożliwia wybór, czy wyeksportować

wszystkie arkusze danych)

wszystkie widoki arkusza kalkulacyjnego zkażdej zakładki do pliku .csv, .txt, Excel lub.xml.

Export RDML File (Eksportuj plikUmożliwia wybranie wersji 1.1 lub 1.0

RDML)

standardu RDML do wyeksportowania pliku.

Custom Export (Eksport

Otwarcie okna Custom Export (Eksport

niestandardowy)

niestandardowy), w którym można określić
pola do wyeksportowania oraz format pliku.

Export to LIMS Folder (Eksportuj

Otwarcie okna w celu zapisu danych

do folderu LIMS)w folderze LIMS we wstępnie określonym
formacie.

Manual Export (Eksport ręczny)

Otwarcie okna w celu określenia miejsca
zapisu danych ze wszystkich widoków arkuszy
kalkulacyjnych do plików Excel ze strukturą
specjalnie dostosowaną do użycia przez
Seegene, Inc. oraz Laboratoria Bio-Rad.
Wskazówka: Można także
automatycznie uruchomić przeglądarkę
Seegene Viewer podczas eksportu. Aby
uzyskać więcej informacji, patrz
Polecenia menu Tools (Narzędzia) na
stronie 71.

208 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analiza danych)

Tabela 12. Pozycje w pasku menu w oknie Data Analysis (Analiza danych), ciąg dalszy

Pozycjaw menuPolecenie

Funkcja

Tools

Reports (Raporty)

Otwarcie okna Report (Raport) dla bieżącego

(Narzędzia)

pliku danych.
Well Group Reports (Raporty

Otwarcie okna Well Group Reports (Raporty

dotyczące grupy studzienek)

dotyczące grupy studzienek) w celu
generowania raportów dla określonych grupstudzienek.

Import Fluorophore Calibration

Wybór pliku kalibracji do zastosowania do(Importuj kalibrację fluoroforu)bieżącego pliku danych.

qbase+Uruchomienie programu qbase+ v2.5 (o ile jest
zainstalowany) bezpośrednio z poziomubieżącego pliku .pcrd.

Generate LIMS PLRN file

Zapisuje plik danych jako plik .plrn w formacie(Wygeneruj plik LIMS PLRN)

LIMS.

Podręcznik użytkownika | 209

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Szczegóły zakładek
Na każdej zakładce w oknie Data Analysis (Analiza danych) wyświetlane są dane na wykresach iarkuszach kalkulacyjnych dla konkretnej metody analizy, a ponadto dostępny jest selektor studzienek,
który umożliwia wybranie danych do pokazania. Po otwarciu selektora w oknie Data Analysis (Analiza
danych) domyślnie pojawia się zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe). Za pomocą danych na
wykresie amplifikacji w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe) można określić odpowiednie
ustawienia analizy dla konkretnej analizy próbek.

Uwaga: Oprogramowanie łączy dane w panelach każdej zakładki w oknie Data Analysis (Analiza
danych). Na przykład wyróżnienie studzienki poprzez umieszczenie wskaźnika myszy nad tą
studzienką w selektorze studzienki powoduje wyróżnienie odpowiednich danych we wszystkich
innych panelach.

Selektor numeru etapu
Systemy CFX Opus Dx mogą zbierać dane fluorescencyjne na wielu etapach protokołu; oprogramowanie
przechowuje dane zebrane na każdym etapie niezależnie. CFX Maestro Dx SE wyświetla selektor Step
Number (Numeru kroku) poniżej wykresu krzywej wzorcowej w zakładce Quantification (Kwantyfikacja).
Jeśli protokół zawiera co najmniej jeden etap zbierania danych, CFX Maestro Dx SE wyświetla danez pierwszego etapu pozyskiwania.
Jeśli protokół zawiera więcej niż jeden etap zbierania danych, można wybrać inny etap z listy rozwijanej.
Na przykład:

210 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Okno Data Analysis (Analiza danych)

Po wybraniu etapu oprogramowanie zastosuje ten wybór do wszystkich danych prezentowanych w oknie
Data Analysis (Analiza danych).

Przeglądanie grup studzienek w oknie Data Analysis (Analiza
danych)Studzienki na płytce można pogrupować na podzbiory na potrzeby niezależnej analizy z wykorzystaniem
grup studzienek. Gdy tworzone są grupy studzienek, nazwy grup są wyświetlane na liście rozwijanej Well
Groups (Grupy studzienek) na pasku narzędzi w oknie Data Analysis (Analiza danych).
Jeśli utworzono grupy studzienek, oprogramowanie wyświetla domyślną grupę studzienek All Wells(Wszystkie studzienki) podczas otwierania okna Data Analysis (Analiza danych), wyświetlając dane ze
wszystkich studzienek z zawartością na wykresach i w arkuszach kalkulacyjnych. W selektorze
studzienek są tylko te studzienki z danej grupy studzienek, które mają załadowaną zawartość,a w obliczeniach w analizie danych są ujmowane tylko dane dla takich studzienek.
Wskazówka: Aby tworzyć, edytować i usuwać grupy studzienek, kliknąć Manage Well Groups(Zarządzaj grupami studzienek) na pasku narzędzi.
Uwaga: Jeśli nie utworzono żadnych grup studzienek, na pasku narzędzi nie jest wyświetlana lista
rozwijana Well Groups (Grupy studzienek).

Zmiana zawartości studzienek po analizie próbek
Podczas analizy danych zmiana sposobu wyświetlania danych poprzez zmianę zawartości studzienek
w oknie Plate Editor (Edytor płytki) nigdy nie powoduje zmiany danych o fluorescencji, które zostały
zebrane z każdej studzienki podczas analizy próbek. Po zebraniu danych o fluorescencji przez moduł niemożna usunąć tych danych, ale można zdecydować o usunięciu ich z puli danych wyświetlanych
i analizowanych.

Zmiana zawartości studzienek po analizie próbeku

W oknie Data Analysis (Analiza danych) kliknąć Plate Setup (Konfiguracja płytki) i wybrać jedną
z następujących opcji:nEdit/View Plate (Edytuj/pokaż płytkę) — otwarcie okna Plate Editor (Edytor płytki), w którymmożna ręcznie zmieniać układ.

nReplace Plate File (Zastąp plik płytki) — otwarcie przeglądarki Select Plate (Wybierz płytkę),w której można przejść do wcześniej zapisanego pliku płytki, który ma zastąpić bieżący układ
płytki.

Podręcznik użytkownika | 211

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danychnApply PrimePCR file (Zastosuj plik PrimePCR) — otwarcie okna dialogowego SelectPrimePCR file (Wybierz plik PrimePCR), w którym można przejść do pliku analizy PrimePCR
i zastosować go do układu płytki.

Wskazówka: Można dodawać i edytować informacje o zawartości studzienki przed analizą próbek,w jej trakcie oraz po zakończeniu analizy PCR. Przed analizą próbek koniecznie trzeba przypisać
tryb skanu i wielkość płytki. Tych parametrów nie można zmienić po przeprowadzeniu analizy
próbek.

212 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Ustawienia analizy danych

Ustawienia analizy danych
Dane na wykresie Amplification (Amplifikacja) w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe)
przedstawiają jednostkę względnej fluorescencji (RFU) dla każdej studzienki w każdym cyklu. Każda
krzywa na wykresie reprezentuje dane z pojedynczego fluoroforu w jednej studzience. Te dane sąużywane do wyznaczania wartości Cq dla każdej studzienki i dla każdego fluoroforu z osobna. Do
wyznaczania wartości Cq oprogramowanie wykorzystuje jeden z dwóch trybów:nRegression (Regresja) — stosuje model wielowymiarowej regresji nieliniowej do krzywych dla
indywidualnych studzienek, a następnie oblicza optymalną wartość Cq według tego modelu.

nSingle Threshold (Pojedynczy próg) — stosuje pojedynczą wartość progową do obliczania wartości
Cq na podstawie progowego punktu przecięcia pojedynczych krzywych fluorescencji.

Wybrać Settings (Ustawienia)> Cq Determination Mode (Tryb oznaczania Cq), aby wybrać tryb
oznaczania wartości Cq.

Dostosowywanie progu
W trybie Single Threshold (Pojedynczy próg) można dostosować próg dla fluoroforu poprzez kliknięcie
linii progu na wykresie Amplification (Amplifikacja) i przesunięcie kursora myszy w pionie. Można również
określić dokładny progowy punkt przecięcia dla wybranego fluoroforu.

Ustawienia wartości bazowej
Oprogramowanie automatycznie ustawia wartość bazową osobno dla każdej studzienki. Ustawienie
wartości bazowej określa metodę odejmowania wartości bazowej dla wszystkich krzywych fluorescencji.
W oprogramowaniu dostępne są trzy opcje odejmowania wartości bazowej:n

No Baseline Subtraction (Brak odejmowania wartości bazowej) — dane są wyświetlane jako
krzywe fluorescencji względnej. Niektóre analizy są niemożliwe w tym trybie i dlatego
oprogramowanie nie wyświetla zakładek Gene Expression (Ekspresja genu), End Point (Punktkońcowy) ani Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna).

nBaseline Subtracted (Odejmowanie wartości bazowej) — dane dla każdego fluoroforu w studziencesą wyświetlane jako krzywe, od których odejmowana jest wartość bazowa. Oprogramowanie musi
odejmować wartość bazową od danych, aby ustalić cykle oznaczenia ilościowego, utworzyć krzywe
wzorcowe oraz określić stężenie nieznanych próbek. W celu wygenerowania krzywej po odjęciu
wartości bazowej oprogramowanie dopasowuje najlepszą linię prostą przez fluorescencję
zarejestrowaną w każdej studzience podczas cykli z wartością bazową, a następnie odejmuje dane
najlepszego dopasowania od danych, od których odejmowane jest tło w każdym cyklu.

nBaseline Subtracted Curve Fit (Dopasowanie krzywej po odjęciu wartości bazowej) — dane sąwyświetlane jako krzywe po odjęciu wartości bazowej, a oprogramowanie wygładza tę krzywą,Podręcznik użytkownika | 213

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danychużywając filtra uśredniającego. Ten proces jest wykonywany w taki sposób, że każda wielkość Cq
pozostaje niezmienna.
Obok tych opcji można również wybrać opcję Apply Fluorescent Drift Correction (Zastosuj korektę dryfu
fluorescencji). W przypadku studzienek, z których wartości RFU wykazują nieprawidłowy dryf podczaspoczątkowych cykli analizy, oprogramowanie wyprowadza szacunkową wartość bazową z sąsiednich
studzienek, dla których pomyślnie wygenerowano poziomą wartość bazową.

Aby zmienić ustawienie odejmowania wartości bazoweju

Wybrać opcje Settings (Ustawienia) > Baseline Setting (Ustawienie wartości bazowej).

Analysis mode (Tryb analizy)
Dane mogą być grupowane i analizowane według fluoroforów lub nazw sekwencji docelowych. Gdy są
grupowane według fluoroforów, wówczas krzywe danych są wyświetlane według fluoroforów, co jest
wskazane w konfiguracji płytki dla danej analizy. Dane pojedynczych fluoroforów pojawiają się na wykresie
amplifikacji i krzywej wzorcowej (jeśli jest dostępna), pod warunkiem że odpowiednie pola wyboru są
zaznaczone w selektorze fluoroforów poniżej wykresu amplifikacji.

Gdy są grupowane według sekwencji docelowych, wówczas krzywe danych są wyświetlane według nazw
sekwencji docelowych wprowadzonych w konfiguracji płytki dla danej analizy.

Aby wybrać tryb analizy danychu

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Wybrać opcje Settings (Ustawienia) > Analysis Mode (Tryb analizy).

n

Wybrać tryb z menu rozwijanego Analysis Mode (Tryb analizy) na pasku narzędzi.

214 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Ustawienia analizy danych

Cycles to Analyze (Cykle do przeanalizowania)Można ograniczyć liczbę cykli do przeanalizowania. Można też analizować dane z określonego zestawu
cykli. Można przeanalizować maksymalnie 50 cykli.
Uwaga: Usuwanie cykli z początku analizy próbek może istotnie wpłynąć na ustalanie wartości
bazowych.

Ograniczenie analizy danych do konkretnego zakresu cykli
1.

Wybrać Settings (Ustawienia) > Cycles to Analyze (Cykle do przeanalizowania)
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Cycles to Analyze (Cykle do przeanalizowania).

2.

Wpisać wartości cyklu początkowego i końcowego i kliknąć OK.

Aby powrócić do cykli pierwotnie stosowanych w analizach, kliknąć Restore Defaults (Przywróć wartości
domyślne) w oknie dialogowym Cycles to Analyze (Cykle do przeanalizowania).

Podręcznik użytkownika | 215

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Well Selector (Selektor studzienek)
Za pomocą funkcji Well Selector (Selektor studzienek) można wyświetlać lub ukrywać dane studzienek
na wykresach i w arkuszach kalkulacyjnych w całym oknie Data Analysis (Analiza danych). W selektorze
studzienek można wybierać tylko studzienki, do których załadowano próbki. Oprogramowanie stosuje
w oknie Well Selector (Selektor studzienek) następujący kod barwny dla studzienek:nNiebieski oznacza wybrane studzienki. Dane z wybranych studzienek są wyświetlane w oknie Data
Analysis (Analiza danych).

nJasnoszary oznacza niewybrane studzienki. Dane z niewybranych studzienek nie są wyświetlane
w oknie Data Analysis (Analiza danych).

nCiemnoszary oznacza puste studzienki.

Wyświetlenie lub ukrycie danych studzieneku

W selektorze studzienek wykonać dowolną z następujących czynności:n

Aby ukryć jedną studzienkę, kliknąć ją. Aby wyświetlić tę studzienkę, kliknąć ją ponownie.

n

Aby ukryć wiele studzienek, przeciągnąć kursor przez studzienki, które mają być wybrane. Abywyświetlić te studzienki, ponownie przeciągnąć przez nie kursor.

nKliknąć lewy górny róg płytki, aby ukryć wszystkie studzienki. Kliknąć lewy górny róg ponownie,
aby wyświetlić wszystkie studzienki.

n

Kliknąć początek kolumny lub rzędu, aby ukryć odpowiednie studzienki. Kliknąć kolumnę lubrząd ponownie, aby wyświetlić te studzienki.

216 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Well Selector (Selektor studzienek)

Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem
myszy w selektorze studzienek
Tabela 13 ukazuje opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w widoku
selektora studzienek.
Tabela 13. Pozycje w menu wyświetlanym po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w widoku
selektorów studzienek

Pozycja

Funkcja

Well XX (Studzienka XX)Wyświetlenie tylko wybranej studzienki, usunięcie wybranej studzienki
z widoku, ustawienie koloru wybranej studzienki lub wykluczenie
wybranej studzienki z analizy danych.

Selected Wells (WybraneWyświetlenie tylko wybranych studzienek, usunięcie wybranych

studzienki) (kliknąć prawym

studzienek z widoku, ustawienie koloru wybranych studzienek lub

przyciskiem myszy

wykluczenie wybranych studzienek z analizy danych.

i przeciągnąć)Copy (Kopiuj)

Kopiowanie do schowka zawartości studzienki, w tym parametrów
Sample Type (Typ próbki) i opcjonalnie Replicate # (Nr replikatu).

Copy as Image (Kopiuj jako

Kopiowanie widoku selektora studzienek jako obrazu

obraz)
Print (Drukuj)

Drukowanie widoku selektora studzienek

Print Selection (Drukuj wybór)

Drukowanie bieżącego wyboru.

Export to Excel (Eksportuj do

Eksport danych do arkusza kalkulacyjnego Excel.

Excel)
Export to CSV (Eksportuj do

Eksportuje dane jako dokument .csv.

CSV)
Export to Xml (Eksportuj do Xml)

Eksport danych jako dokumentu .xml.

Well Labels (Etykiety

Zmiana etykiet studzienek na Sample Type (Typ próbki), Target Namestudzienek)(Nazwa genu docelowego) lub Sample Name (Nazwa próbki).

Podręcznik użytkownika | 217

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Tymczasowe wykluczanie studzienek z analizy
Aby tymczasowo wykluczyć studzienki z analizy danych
1.

Kliknąć prawym przyciskiem myszy studzienkę w selektorze studzienek, na krzywej fluorescencji lub
na punkcie wykreślonym na krzywej wzorcowej. Aby wykluczyć wiele studzienek, należy kliknąć
prawym przyciskiem myszy i przeciągnąć kursor w celu wyróżnienia wielu studzienek, krzywych lub
punktów.

2.

Z menu dostępnego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy wybrać odpowiednią opcję:n

Well (Studzienka) > Exclude Well (Wyklucz studzienkę)n

Selected Wells (Wybrane studzienki) > Exclude from Analysis (Wyklucz z analizy)n

Selected Traces (Wybrane krzywe) > Exclude these wells from Analysis (Wyklucz te studzienki z
analizy)

W celu trwałego usunięcia studzienek z analizy należy wyczyścić zawartość tych studzienek w oknie
Plate Editor (Edytor płytki), klikając przycisk Clear Wells (Wyczyść studzienki).
Ważne: W przypadku studzienki, której zawartość została wyczyszczona, należy ponownie
wprowadzić zawartość.

Aby uwzględnić wykluczoną studzienkę
uKliknąć prawym przyciskiem myszy odpowiednią studzienkę w selektorze studzienek, a następnie
wybrać opcje Well (Studzienka) > Include in Analysis (Włącz do analizy).

218 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykresy

WykresyKażdy wykres w oknie Data Analysis (Analiza danych) prezentuje dane w różnych ujęciach graficznychi zawiera opcje dostosowywania i eksportowania danych lub grafiki z wykresem.

Narzędzia przeznaczone dla wykresu
Tabela 14 zawiera pozycje menu dostępnego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w większości
wykresów.
Tabela 14. Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w większości
wykresów

Pozycja

Funkcja

Copy (Kopiuj)Służy do kopiowania wykresu do schowka.

Save Image As... (Zapisz obraz

Zapisuje wykres w pliku obrazu. Należy ustawić rozdzielczość ijako...)

wymiary obrazu, a następnie wybrać typ pliku (PNG, GIF, JPG, TIF lub
BMP).

Page Setup... (KonfiguracjaUmożliwia wybór ustawień strony do drukowania.

strony...)Print... (Drukuj...)Służy do drukowania wykresu.

Set Scale to Default (Ustaw

Służy do pokazywania wszystkich danych na wykresie słupkowym.

skalę domyślną)Jeśli ilość punktów danych/próbek jest zbyt duża i nie można
wyświetlić wszystkich w ramce wykresu, wówczas widoczne są paski
przewijania.

Chart Settings (Ustawienia

Otwiera okno dialogowe Chart Settings (Ustawienia wykresu), w

wykresu)którym można zmienić między innymi następujące opcje wyświetlania
wykresu:n Tytuły wykresu i osi
n Styl i rozmiar czcionki wykresu oraz osi
n Skalę osi
n Położenie legendyNarzędzia przeznaczone dla wykresu pojawiają się również na każdym wykresie w oknie Data Analysis(Analiza danych). Wszystkie wykresy wyświetlają te narzędzia:
Copy to Clipboard (Kopiuj do schowka) — służy do skopiowania zawartości widoku wykresu doschowka.

Podręcznik użytkownika | 219

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Chart Settings (Ustawienia wykresu) — służy do otwierania okna dialogowego Chart Settings(Ustawienia wykresu), w którym można zmienić opcje wyświetlania wykresu.
Export (Eksportuj) — służy do otwierania okna dialogowego Export Options (Opcje eksportu), w którymmożna zmodyfikować rozdzielczość i rozmiar wykresu, a następnie zapisać wykres w podanej lokalizacji
jako plik jednego z poniższych typów:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Narzędzia przeznaczone dla wykresu słupkowego
Dla wykresów słupkowych, obok standardowych narzędzi dla wykresów, wyświetlane są następujące
narzędzia:
Sort (Sortuj) — służy do sortowania genów docelowych oraz próbek w kolejności alfabetycznej albo
odwróconej kolejności alfabetycznej.
Color Settings (Ustawienia koloru) — służy do otwierania okna dialogowego Color Settings (Ustawienia
koloru), w którym można zmienić kolory genów docelowych oraz próbek.
Więcej informacji na temat tych narzędzi przedstawiono w rozdziale Wprowadzanie zmian do widoku
wykresu i dodawanie adnotacji do tego widoku na stronie 283.

Narzędzia przeznaczone dla wykresu amplifikacji
Dla wykresów amplifikacji, obok standardowych narzędzi dla wykresów, wyświetlane są następujące
narzędzia:
Trace Styles (Style krzywej) — umożliwia otwarcie okna dialogowego Trace Styles (Style krzywej), w
którym można modyfikować wygląd krzywych na wykresie amplifikacji.
Baseline Threshold (Próg bazowy) — umożliwia otwarcie okna dialogowego Baseline Threshold (Prógbazowy), w którym można modyfikować domyślną wartość bazową dla wybranych studzienek albo
zmieniać wartość progową dla poszczególnych krzywych fluorescencji na wykresie amplifikacji.

Kopiowanie danych wykresu do schowkaMożna skopiować zawartość widoku wykresu i wkleić ją do dowolnego programu, który obsługuje
bitmapowe pliki graficzne.

Kopiowanie danych wykresu do schowka
1.

Z narzędzi wykresów wybrać ikonę Copy To Clipboard (Kopiuj do schowka).

2.

Otworzyć program obsługujący obrazy bitmapowe, np. Microsoft Word.

220 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykresy

3.

Kliknąć prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję Paste (Wklej), aby wkleić obraz bitmapowy ze
schowka do tego programu.

Zmiana ustawień wyświetlania wykresu
W celu zmiany tytułów, czcionek i rozmiarów, skali osi oraz położenia legendy na wyświetlanym wykresienależy skorzystać z okna dialogowego Chart Settings (Ustawienia wykresu). Wprowadzone zmiany
obowiązują tylko względem wyświetlanego wykresu i są zapisywane z tym wykresem.

Aby zmienić ustawienia wyświetlania wykresu
1.

Z obszaru narzędzi wykresu kliknąć opcję Chart Settings (Ustawienia wykresu).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Chart Settings (Ustawienia wykresu).

2.

3.

Wybrać zakładkę Chart And Axes (Wykres i osie), aby:n

Wpisać tytuł dla wykresu.

n

Wpisać nowy tytuł dla osi x oraz ustawić etykiety.

n

Wpisać nowy tytuł dla osi y.

Wybrać zakładkę Fonts (Czcionki), aby zmienić styl i rozmiar czcionki na wykresie.
Wskazówka: Domyślnie rozmiar czcionki jest automatycznie skalowany w miarę zmiany
rozmiaru wykresu. Aby ustawić statyczny rozmiar czcionki dla każdego typu etykiety, należy
wybrać opcję Change Font Size (Zmień rozmiar czcionki).

4.

Wybrać kartę Axes Scale (Skale osi), aby:nWyłączyć automatyczne skalowanie osi x i y oraz określić skalę minimum i maksimum.

Podręcznik użytkownika | 221

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danychn5.

Wybrać opcję wyświetlania linii siatki i znaczników na wykresie.

Wybrać kartę Legend (Legenda), aby:n

Wybrać ukrycie legendy.

nZmienić domyślne położenie legendy wykresu.

Uwaga: Jeśli legenda jest ustawiona po lewej lub prawej stronie wykresu, wówczas wyświetlane
są na niej informacje dotyczące tylko pierwszych dziesięciu fluoroforów z wykresu.
6.

Aby zobaczyć zmiany ustawień wykresu bez zapisywania zmian, należy w dowolnym momencie
wybrać opcję Apply (Zastosuj).

7.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i powrócić do wykresu.

Eksportowanie wykresu
W tym oknie dialogowym można zmodyfikować szerokość, wysokość i rozdzielczość wykresu w celu
wyeksportowania go do jednego z następujących formatów:
n

.bmp

n

.jpg

n

.png

Następnie można wykorzystać wyeksportowany wykres w celu przedstawienia swoich wyników
w sesjach posterowych, prezentacjach w programie Microsoft PowerPoint oraz w czasopismachbranżowych.
Uwaga: Przy modyfikowaniu ustawień uwzględnić następujące zasady:nnGraniczne maksymalne i minimalne szerokości i wysokości:oPrzy 72 dpi: 0,1–83 caleoPrzy 96 dpi: 0,1–62 caleoPrzy 150 dpi: 0,1–40 calioPrzy 300 dpi: 0,1–20 calioPrzy 600 dpi: 0,1–10 calioPrzy wszystkich rozdzielczościach: 2–6000 pikseli

Współczynnik proporcji bazuje na szerokości.

222 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykresy

Eksport wykresu
1.

Kliknąć Export (Eksport) w narzędziach wykresu.
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Export Preview (Podgląd eksportu).

2.

Zmodyfikować ustawienia wyświetlanych treści w zależności od wymagań.

3.

Kliknąć Export (Eksportuj).

4.

W oknie dialogowym Export (Eksport) wykonać następujące czynności:5.

a.

(Opcjonalnie) Przejść do folderu, w którym na być zapisany plik z wykresem.

b.

Wpisać nazwę pliku i wybrać typ pliku z listy rozwijanej.

Kliknąć Save (Zapisz), aby zapisać plik wykresu.

Modyfikacja ustawień progu bazowego
W trybie Single Threshold (Pojedynczy próg) można dostosować próg dla fluoroforu poprzez kliknięcie
linii progu na wykresie Amplification (Amplifikacja) i przesunięcie kursora myszy w pionie. Można również
określić dokładny progowy punkt przecięcia dla wybranego fluoroforu.
Wskazówka: W opcji User (Użytkownik) > User Preferences (Preferencje użytkownika) w zakładce
Data Analysis (Analiza danych) można określić zakres cyklu w celu wyznaczenia wartości bazowej
dla wszystkich plików danych.

Podręcznik użytkownika | 223

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Dostosowanie początkowego i końcowego bazowego cyklu dla każdej studzienki
1.

W zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe) wybrać pojedynczy fluorofor pod wykresem
Amplification (Amplifikacja).

2.

Z narzędzi wykresów wybrać Baseline Threshold (Próg bazowy).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Baseline Threshold (Próg bazowy).

3.

4.

W części Baseline Cycles (Cykle bazowe) wykonać jedną z następujących czynności:n

Aby wybrać jedną studzienkę, kliknąć numer jej rzędu.

n

Aby wybrać wiele sąsiednich studzienek, kliknąć numer rzędu pierwszej studzienki i przeciągnąć
kolumnę w dół do ostatniej studzienki.

n

Aby wybrać wiele niesąsiadujących studzienek, nacisnąć klawisz Ctrl i klikać numery rzędu
każdej docelowej studzienki.

n

Aby wybrać wszystkie studzienki, kliknąć lewy górny narożnik tabeli.

Dostosować cykl Baseline Begin (Bazowy początkowy) i cykl Baseline End (Bazowy końcowy) dla
wszystkich wybranych studzienek lub zmienić numer cyklu Begin (Początek) i End (Koniec) na dole
arkusza kalkulacyjnego.
Wskazówka: Aby przywrócić ostatnie zapisane wartości ustawień, kliknąć Reset All User
Defined Values (Resetuj wszystkie wartości definiowane przez użytkownika).

5.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i powrócić do wykresu.

Określenie zakresu cyklu dla wszystkich plików danychu

W oknie Home (Strona główna) lub Plate Editor (Edytor płytki) wybrać User (Użytkownik) > User
Preferences (Preferencje użytkownika) i wybrać zakładkę Data Analysis (Analiza danych).

Sortowanie danych genów docelowych, próbek i grup biologicznych
Uwaga: Ta opcja jest dostępna tylko na wykresach ekspresji genu.
Domyślnie listy Targets (Geny docelowe), Samples (Próbki) i Biological Groups (Grupy biologiczne) sąwyświetlane w porządku alfabetycznym. W oknie dialogowym Sort (Sortuj) można posortowaćwyświetlane pozycje w porządku odwrotnym do alfabetycznego lub można ręcznie przesunąć danąpozycję w inne miejsce na liście.

224 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykresy

Aby sortować dane genów docelowych, próbek i grup biologicznych
1.

Kliknąć Sort (Sortuj) w narzędziach wykresu.
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Gene Expression Chart Sorting (Sortowanie wykresu
ekspresji genu).

2.

W oknie dialogowym kliknąć Z-A, aby posortować listę w porządku odwrotnym do alfabetycznego.

3.

Aby ręcznie przesunąć daną pozycję, wybrać ją i kliknąć odpowiedni przycisk między tablicami:

4.

nKliknąć strzałkę w górę lub w dół, aby przesunąć wybraną pozycję o jedno miejsce.

nKliknąć strzałkę z kreską w górę lub w dół, aby przesunąć wybraną pozycję na górę lub na dół
listy.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i powrócić do zakładki Gene Expression (Ekspresja genu).

Podręcznik użytkownika | 225

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Zmiana ustawień kolorów genów docelowych i próbki
Uwaga: Ta opcja jest dostępna tylko na wykresach ekspresji genu.
W oknie dialogowym Color Settings (Ustawienia kolorów) można zmienić kolor dla genów docelowych lub
próbki, albo można usunąć wybrany element z wykresu.

Aby zmienić ustawienia kolorów
1.

W obszarze Chart Tools (Narzędzia obsługi wykresu) wybrać opcję Color Settings (Ustawienia
kolorów).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Color Settings (Ustawienia kolorów).

2.

Aby zmienić kolor wyświetlania genu docelowego lub próbki, należy kliknąć jego lub jej kolor
w kolumnie Color (Kolor).

3.

W wyświetlonym wtedy oknie dialogowym Color (Kolor) wybrać nowy kolor i kliknąć przycisk OK.

4.

Aby usunąć element z wykresu Gene Expression (Ekspresja genu), należy usunąć zaznaczenie pola
wyboru tego elementu w kolumnie Show Chart (Pokaż wykres).
Wskazówka: Aby usunąć wszystkie elementy z wykresu Gene Expression (Ekspresja genu),należy usunąć zaznaczenie pola wyboru Show Chart (Pokaż wykres) w nagłówku kolumny.

5.

(Opcjonalnie) Domyślnie wykres słupkowy jest wyświetlany z kolorem gradientowym. Aby wyświetlić
kolor pełny, należy wybrać opcję Use Solid Colors (Użyj kolorów pełnych).

6.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i powrócić do zakładki Gene Expression (Ekspresja genu).

226 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

WykresyPowiększanie obszaru na wykresie
Aby powiększyć obszar na wykresieu

Kliknąć i przeciągnąć kursor na wykresie, a następnie kliknąć opcję Zoom (Powiększenie).
Oprogramowanie zmieni rozmiar wykresu i ustawi wybrany obszar na środku.
Uwaga: W przypadku wykresu słupkowego nie trzeba klikać polecenia podręcznego Zoom
(Powiększenie).

Aby przywrócić pełny widok wykresuuKliknąć wykres prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję Set Scale to Default (Ustaw skalę
domyślną).

Kopiowanie wykresów do pliku w formacie Microsoft
Można kopiować wykresy z danymi do dokumentów w programach Microsoft Word, Excel i PowerPoint.
Rozdzielczość obrazu odpowiada rozdzielczości ekranu, z którego uzyskano ten obraz.

Kopiowanie wykresów do pliku w formacie Microsoft
1.

W oknie Data Analysis (Analiza danych) kliknąć Copy To Clipboard (Kopiuj do schowka) w prawym
górnym rogu panelu wykresów.

2.

Otworzyć pusty plik Microsoft i wkleić zawartość schowka.

Wspólne pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym
przyciskiem myszy na wykresach
Tabela 15 zawiera listę pozycji, które są dostępne w menu wyświetlanym po kliknięciu prawym
przyciskiem myszy na wykresach. Niektóre z tych elementów są obecne dla wszystkich wykresów, w tym
elementy umożliwiające zmianę sposobu wyświetlania danych lub łatwe eksportowanie danych z
wykresu.
Tabela 15. Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na wykresach

Pozycja

Funkcja

Copy (Kopiuj)Służy do kopiowania wykresu do schowka.

Save Image As

Zapisuje obraz z podanym rozmiarem, podaną rozdzielczością i jako obraz(Zapisz obraz jako)

wybranego typu, w tym PNG (domyślnie), JPG i BMP.

Podręcznik użytkownika | 227

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Pozycja

Funkcja

Page SetupWyświetla opcje konfiguracji drukowania.

(Konfiguracja
strony)Print (Drukuj)Służy do drukowania wykresu.

Set Scale to Default

Przywraca domyślny widok wykresu po jego powiększeniu.

(Ustaw skalę
domyślną)Chart OptionsSłuży do otwierania okna Chart Options (Opcje wykresu), w którym można

(Opcje wykresu)

wprowadzić zmiany względem wykresu — między innymi jego tytuł, ustawić limity
dla osi x i y, linie siatki, wyświetlić pomocnicze znaczniki na osiach.

Uwaga: Opcje menu dotyczące konkretnych wykresów zostały opisane w sekcji Rozdział 11,
Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych).

228 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Arkusze kalkulacyjne

Arkusze kalkulacyjne
Arkusze kalkulacyjne widoczne w obszarze Data Analysis (Analiza danych) zawierają opcje
przeznaczone do sortowania i przesyłania danych. Kolumny można sortować, korzystając z jednej znastępujących metod:n

Kliknąć kolumnę i przeciągnąć ją w nowe miejsce w wybranej tabeli.

n

Kliknąć nagłówek kolumny, aby posortować dane w kolejności rosnącej lub malejącej.

Aby posortować maksymalnie trzy kolumny danych w oknie Sort (Sortuj)
1.

Kliknąć prawym przyciskiem myszy w arkuszu kalkulacyjnym i wybrać opcję Sort (Sortuj).

2.

W oknie dialogowym Sort (Sortuj) wybrać tytuł pierwszej kolumny do sortowania. Posortować dane w
kolejności rosnącej lub malejącej.

3.

Wybrać drugą lub trzecią kolumnę do posortowania, a następnie wybrać opcję Ascending (Rosnąco)lub Descending (Malejąco).

4.

Kliknąć przycisk OK, aby posortować dane, lub kliknąć przycisk Cancel (Anuluj), aby zatrzymać
sortowanie.

Wskazówka: Następnie należy wyróżnić dane na powiązanych wykresach i w selektorze
studzienek, przytrzymując wskaźnik myszy nad komórką. Kliknąć w komórce, aby skopiować jej
zawartość i wkleić ją do innego programu.

Wspólne pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym
przyciskiem myszy w arkuszach kalkulacyjnych
Tabela 16 zawiera pozycje w menu wyświetlanym po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w widoku
dowolnego arkusza kalkulacyjnego.

Podręcznik użytkownika | 229

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Tabela 16. Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w arkuszach
kalkulacyjnych

Pozycja

Funkcja

Copy (Kopiuj)

Kopiowanie zawartości wybranych studzienek do schowka;następnie można wkleić zawartość do arkusza kalkulacyjnego
takiego jak Excel.

Copy as Image (Kopiuj jako

Kopiowanie widoku arkusza kalkulacyjnego jako pliku graficznego;obraz)

następnie można wkleić go do pliku obsługującego pliki graficzne,
takiego jak plik tekstowy, plik graficzny czy plik arkusza
kalkulacyjnego.

Print (Drukuj)

Drukowanie bieżącego widoku.

Print Selection (Drukuj wybór)

Drukowanie bieżącego wyboru.

Export to Excel (Eksportuj do

Eksport danych do arkusza kalkulacyjnego Excel.

Excel)
Export to Text (Eksportuj do

Eksport danych do edytora tekstu.

tekstu)Export to CSV (Eksportuj do

Eksportuje dane do pliku .csv.

CSV)
Export to Xml (Eksportuj do Xml)

Eksport danych do pliku .xml.

Export to Html (Eksportuj do

Eksport danych do pliku .html.

Html)
Find (Znajdź)Wyszukiwanie tekstu.

Sort (Sortuj)

Sortowanie danych w maksymalnie trzech kolumnach.

Select Columns (Wybierz

Wybór kolumn do wyświetlania w arkuszu kalkulacyjnym.

kolumny)

230 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Eksport

Eksport
CFX Maestro Dx SE zapewnia kilka opcji eksportu dostępnych w menu rozwijanym Export (Eksport):nExport All Data Sheets (Eksportuj wszystkie arkusze danych)nExport RDML Files (Eksportuj pliki RDML)n

Custom Export (Eksport niestandardowy)nExport to LIMS Folder (Eksportuj do folderu LIMS)nManual Export (Eksport ręczny)

Eksportowanie wszystkich arkuszy danychMożna wyeksportować wszystkie widoki arkuszy kalkulacyjnych z każdej zakładki CFX Maestro Dx SE do
osobnych plików.

Eksport wszystkich arkuszy danychu

Wybrać Export (Eksport) > Export All Data Sheets (Eksportuj wszystkie arkusze danych) i następnie
wybrać potrzebny typ pliku:n

CSV (*.csv)

ntekstowy (*.txt)

nExcel Workbook (*.xlsx)
Eksportowane analizy są zapisywane w wielu plikach skoroszytu programu Excel z jedną kartą
arkusza danych analizy na plik. Gdy analiza obejmuje wiele fluoroforów, dane z każdego
fluoroforu są eksportowane do osobnej karty arkusza.

n

Skoroszyt programu Excel - połączony (*.xlsx)
Eksportowane analizy są zapisywane w jednym pliku skoroszytu programu Excel, który zawiera
wiele kart arkusza, po jednej dla każdego zestawu danych do analizy.

n

Excel 97 - 2003 (*.xls)
Ważne: Abyś mógł eksportować dane do arkusza kalkulacyjnego Microsoft Excel, na
Twoim komputerze musi być zainstalowany program Microsoft Excel.

nXML (*.xml)

Podręcznik użytkownika | 231

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

Eksportowanie plików RDML
RDML to ustrukturyzowany, uniwersalny standard danych na potrzeby wymiany ilościowych danych PCR(qPCR). Standard danych jest plikiem tekstowym w formacie Extensible Markup Language (.xml)(Rozszerzalny język znaczników). Dodatkowe informacje o formacie wymiany danych RDML można
znaleźć na witrynie internetowej International RDML Consortium (www.rdml.org).
Ważne: Wyeksportowane pliki RDML zawierają dane analizy z ustawieniami linii bazowej, które
stosujesz w oknie Data Analysis (Analiza danych). Aby uzyskać więcej informacji na temat ustawień
wartość bazowej, patrz Ustawienia wartości bazowej na stronie 213.
Uwaga: Plik RDML należy zapisać w wersji 1.1 w przypadku korzystania z oprogramowania qbase+w wersji 2.3 lub nowszej.

Eksport pliku RDML
1.

Wybrać Export (Eksport) > Export RDML Files (Eksportuj pliki RDML), a następnie wybrać RDML
v1.1 lub RDML v1.0 z wyświetlonej wtedy listy.
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Save As (Zapisz jako).

2.

W oknie dialogowym Save As (Zapisz jako) wpisać nazwę pliku i wskazać miejsce, w którym ma byćzapisany plik RDML.

3.

Kliknąć OK, aby zapisać wyeksportowany plik.

232 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Eksport

Tworzenie niestandardowego eksportowanego pliku
Utworzenie niestandardowego eksportowanego pliku
1.

Wybrać Export (Eksport) > Custom Export (Eksport niestandardowy) Zostanie wyświetlone okno
dialogowe Custom Export (Eksport niestandardowy).

2.

Wybrać format eksportu z wyświetlonej listy rozwijanej.

3.

Zaznaczyć pola wyboru pozycji do wyeksportowania.

4.

(Opcjonalnie) Kliknąć Customize Column Names (Dostosuj nazwy kolumn), aby zmienić nazwy
kolumn.

5.

Kliknąć Export (Eksportuj). Zostanie wyświetlone okno dialogowe Save As (Zapisz jako).

Podręcznik użytkownika | 233

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

6.

W oknie dialogowym Save As (Zapisz jako) wpisać nazwę pliku i wskazać miejsce, w którym ma byćzapisany eksportowany plik.

7.

Kliknąć OK, aby zapisać wyeksportowany plik.

234 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Eksport

Eksportowanie do folderu LIMS
Dane można wyeksportować do formatu pliku zgodnego z systemem LIMS. Więcej informacji na temat
tworzenia i używania plików LIMS oraz zarządzania tymi plikami zawiera Załącznik C, Integracjaz systemem LIMS.

Aby wyeksportować dane w formacie LIMS
1.

Należy wybrać opcje Export (Eksport) > Export to LIMS Folder (Eksportuj do folderu LIMS).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Save As (Zapisz jako).

2.

W oknie dialogowym Save As (Zapisz jako) wpisać nazwę pliku i wskazać miejsce, w którym ma byćzapisany eksportowany plik.

3.

Kliknąć OK, aby zapisać wyeksportowany plik.

Eksportowanie danych w formacie SeegeneMożna wyeksportować dane ze wszystkich widoków arkuszy kalkulacyjnych do plików Excel ze strukturą
specjalnie dostosowaną do użycia przez Seegene, Inc.
Wskazówka: Można także automatycznie uruchomić przeglądarkę Seegene Viewer po zakończeniu
eksportu. Aby uzyskać więcej informacji, patrz Polecenia menu Tools (Narzędzia) na stronie 71.

Eksport danych w formacie Seegene
1.

Wybierz Export (Eksport) > Manual Export (Eksport ręczny).
Wyświetlone zostanie okno dialogowe Browse For Folder (Przeglądaj w poszukiwaniu folderu).

2.

W oknie dialogowym Browse For Folder (Przeglądaj w poszukiwaniu folderu) wskazać folder,w którym mają być zapisane wyeksportowane pliki Excel (.xlsx) w formacie Seegene.
Analizy są eksportowane w wielu plikach skoroszytu programu Excel z jedną kartą arkusza danych
analizy na plik.

3.

Kliknąć OK, aby zapisać wyeksportowane pliki.

Podręcznik użytkownika | 235

Rozdział 10 Przegląd informacji o analizie danych

236 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis(Analiza danych)
Okno Data Analysis (Analiza danych) w produkcie Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security
zawiera liczne zakładki, w których można przeglądać dane. W tym rozdziale szczegółowo opisano tezakładki.
Wskazówka: W menu View (Widok) można wybrać zakładki, które będą widoczne w oknie Data
Analysis (Analiza danych). Indywidualnie dostosowany układ jest zapisywany wraz z plikiem danych.

Podręcznik użytkownika | 237

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe)
Dane dostępne na zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe) można wykorzystać w celu
skonfigurowania warunków analizy danych, co obejmuje ustawienia wartości bazowej dla
poszczególnych studzienek oraz ustawienia wartości progowych. Zakładka Quantification (Oznaczenieilościowe) przedstawia dane w następujących czterech widokach:n

Amplification chart (Wykres amplifikacji) — przedstawia wartość RFU dla każdej studzienki zkażdego cyklu. Każda krzywa na wykresie reprezentuje dane z pojedynczego fluoroforu w jednej
studzience.

n

Krzywa wzorcowa — pojawia się tylko wtedy, gdy analiza obejmuje studzienki wyznaczone na
wzorzec typu próbki (Std.) Krzywa wzorcowa przedstawia cykl wartości progowych w funkcji
logarytmu ilości początkowej. Legenda wyświetla wydajność reakcji (E) dla każdego fluoroforu w
studzienkach z próbkami standardowymi.

nWell selector (Selektor studzienek) — umożliwia wybranie do wyświetlenia studzienek z danymi
fluorescencji.

nArkusz kalkulacyjny — wyświetla arkusz kalkulacyjny danych zebranych w wybranych studzienkach.

Opcje fluoroforu
Aby wyświetlić dane fluoroforu w wykresach i arkuszach kalkulacyjnych na zakładce Quantification(Oznaczenie ilościowe), należy wybrać fluorofor docelowy pod wykresem Amplification Chart (Wykres

238 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe)

amplifikacji). Aby ukryć dane fluoroforu w oknie analizy danych, należy usunąć zaznaczenie jego pola
wyboru.

Okno dialogowe Trace Styles (Style krzywej)
W oknie dialogowym Trace Styles (Style krzywej) można dostosować wygląd krzywych na wykresach
amplifikacji i krzywej topnienia w zakładkach Quantification (Oznaczenie ilościowe) i Melt Curve (Krzywa
topnienia). Zmiany można przeglądać w selektorze studzienek wyświetlanym w oknie dialogowym Trace
Styles (Style krzywej).

Dostosowanie stylów krzywej
1.

Wybrać tylko jeden fluorofor pod wykresem Amplification (Amplifikacja).

2.

Aby otworzyć okno dialogowe Trace Styles (Style krzywej), wykonać jedną z następujących
czynności:nkliknąć Trace Styles (Style krzywej) na wykresie Amplification (Amplifikacja),nwybrać Settings (Ustawienia) > Trace Styles (Style krzywej) na pasku menu Data Analysis(Analiza danych),nkliknąć krzywą prawym przyciskiem myszy i wybrać Trace Styles (Style krzywej).

Wyświetlane jest okno dialogowe Trace Styles (Style krzywej).

Podręcznik użytkownika | 239

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)3.

Wybrać konkretny zestaw studzienek w selektorze studzienek w dolnym panelu w oknie dialogowym
Trace Styles (Style krzywej). Zamiast tego można wybrać studzienki, które zawierają jeden typ
próbki, korzystając z menu rozwijanego w kolumnie Wells (Studzienki).

4.

Wykonać dowolne z następujących czynności:n

Aby wybrać kolor dla wybranych studzienek, kliknąć pole w kolumnie Color (Kolor).

n

Aby przypisać symbol do wybranych studzienek, wybrać symbol z listy rozwijanej Symbols(Symbole).

n

Aby szybko pokolorować studzienki według etykiet przycisków, kliknąć odpowiedni szybki
zestaw:noRandom by Well (Losowo wg studzienki),oRandom by Replicate (Losowo wg replikatu),o

Use Fluor Colors (Użyj kolorów fluoroforów),o

Use Target Colors (Użyj kolorów genów docelowych),o

Use Sample Colors (Użyj kolorów próbek).

Aby przypisać etykiety studzienek, wybrać Sample Type (Typ próbki), Target Name (Nazwa
genu docelowego), Sample Name (Nazwa próbki) lub Symbol.

Opcja Log Scale (Skala logarytmiczna)
Wybrać Log Scale (Skala logarytmiczna) pod wykresem Amplification (Amplifikacja), aby przeglądać
krzywe fluorescencji w skali półlogarytmicznej:

240 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe)

Wskazówka: W celu powiększenia dowolnego obszaru na wykresie, przeciągnąć kursor przez
obszar docelowy. Aby powrócić do widoku pełnego, kliknąć wykres prawym przyciskiem myszy
i wybrać opcję Set Scale to Default (Ustaw skalę domyślną).

Wykres krzywej wzorcowej
Oprogramowanie tworzy wykres Standard Curve (Krzywa wzorcowa) w zakładce Quantification(Oznaczenie ilościowe), jeśli dane obejmują typ próbki zdefiniowany jako Std (Wzorzec) dla co najmniej
jednego fluoroforu w danej analizie próbek.

Na wykresie Standard Curve (Krzywa wzorcowa) wyświetlane są następujące informacje:nNazwa każdej krzywej (fluoroforu lub genu docelowego).

n

Kolor każdego fluoroforu lub genu docelowego.

n

Wydajność reakcji (E). Za pomocą tej statystyki można zoptymalizować reakcję multipleksową
i wyrównać dane dla krzywej wzorcowej.
Uwaga: Wydajność reakcji wskazuje ilość genu docelowego produkowanego w każdym cyklu
z protokołu. Wydajność równa 100% oznacza, że każdy cykl powoduje podwojenie ilości genu
docelowego.

n

Współczynnik determinacji R2 (pisany jako R^2). Za pomocą tej statystyki można określić, na ile
poprawnie linia opisuje dane (zgodność dopasowania).

nSlope (Nachylenie)nPrzecięcie z osią Y.

Podręcznik użytkownika | 241

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Opcje menu wykresu Amplification (Amplifikacja)
Oprócz wspólnych pozycji menu dla wykresów wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy(zob. rozdział Wspólne pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na
wykresach na stronie 227) są też opcje menu dostępne tylko na wykresie Amplification (Amplifikacja). Są
one przedstawione w sekcji Tabela 17.
Tabela 17. Pozycje menu dla wykresu Amplification (Amplifikacja) wyświetlanego po kliknięciu
prawym i lewym przyciskiem myszy

Opcja menu

Funkcja

Well XX, Fluor TargetWyświetlenie tylko wybranej studzienki, usunięcie wybranej studzienki(Studzienka XX, fluorofor,z widoku, ustawienie koloru wybranej krzywej lub wykluczenie wybranej

gen docelowy)

studzienki z analizy danych.

Selected Traces (WybraneWyświetlenie tylko wybranych studzienek, usunięcie wybranych

krzywe)studzienek z widoku, ustawienie koloru wybranych krzywych lub
wykluczenie wybranych studzienek z analizy danych.

Show Threshold ValuesWyświetlenie wartości progowej dla każdej krzywej amplifikacji na(Pokaż wartości progowe)wykresie.

Trace Styles (Style

Otwarcie okna Trace Styles (Style krzywej) w celu zmiany stylów krzywej,

krzywej)

które są wyświetlane w zakładkach Quantification (Oznaczenie ilościowe)
i Melt Curve (Krzywa topnienia).

Baseline Thresholds (Progi

Otwarcie okna Baseline Thresholds (Progi bazowe) w celu zmianybazowe)wartości bazowych lub progowych dla każdego fluoroforu (zmiany sąwyświetlane na wykresie Amplification (Amplifikacja) w zakładce
Quantification (Oznaczenie ilościowe)).

Arkusz kalkulacyjny w zakładce Quantification (Oznaczenieilościowe)
Tabela 18 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym na zakładce Quantification (Oznaczenieilościowe).

242 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe)

Tabela 18. Zawartość arkusza kalkulacyjnego w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe)

Informacja

Opis

Well (Studzienka)

Pozycja studzienki w płytce.

Fluor (Fluorofor)

Wykryty fluorofor.

Targets (Sekwencje docelowe)

Nazwa sekwencji docelowej podana dla studzienek w oknie Plate
Editor (Edytor płytki).

Content (Zawartość)Połączenie typu próbki (wymagany) i numeru replikatu (opcjonalnie)
podanych w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

Sample (Próbka)Nazwa próbki załadowanej podana dla studzienek w oknie Plate Editor(Edytor płytki).

Cq

Cykl oznaczenia ilościowego dla poszczególnych krzywych.

Zmiana danych genu docelowego, zawartości i próbki
Dane w kolumnach Target (Sekwencja docelowa), Content (Zawartość) i Sample (Próbka) można
zmieniać, edytując plik próbki w edytorze Plate Editor (Edytor płytki) nawet po uruchomieniu
eksperymentu.

Aby zmienić dane w kolumnach Target (Sekwencja docelowa), Content (Zawartość) i
Sample (Próbka)uNależy kliknąć opcję Plate Setup (Konfiguracja płytki) i wybrać opcję View/Edit Plate (Wyświetl/edytuj
płytkę), aby otworzyć obszar Plate Editor (Edytor płytki).

Podręcznik użytkownika | 243

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka Quantification Data (Dane oznaczenia ilościowego)
W zakładce Quantification Data (Dane oznaczenia ilościowego) wyświetlane są dane oznaczeniailościowego zebrane dla każdej studzienki. CFX Maestro Dx SE wyświetla dane w czterech różnych
widokach arkusza kalkulacyjnego:nResults (Wyniki) — wyświetlanie arkusza kalkulacyjnego z danymi. Ten widok jest domyślny.

nStandard Curve Results (Wyniki krzywej wzorcowej) — wyświetlanie arkusza kalkulacyjnegoz danymi krzywej wzorcowej.

nPlate (Płytka) — wyświetlanie danych w każdej studzience w postaci mapy płytki.

n

RFU — wyświetlanie wielkości RFU w każdej studzience dla każdego cyklu.

Każdy z arkuszy kalkulacyjnych można wybrać z listy rozwijanej wyświetlonej pod zakładką Quantification
Data (Dane oznaczenia ilościowego).

Arkusz kalkulacyjny Results (Wyniki)
Arkusz kalkulacyjny Results (Wyniki) przedstawia dane dla poszczególnych studzienek w płytce.

Uwaga: Wszystkie obliczenia Std. Dev (Odchylenie standardowe) mają zastosowanie do grup
replikacji przypisanych w studzienkach w oknie Plate Editor (Edytor płytki). Te obliczenia powodują
uśrednienie wartości Cq dla każdej studzienki w grupie replikacji.
Tabela 19 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Results (Wyniki).

244 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Quantification Data (Dane oznaczenia ilościowego)

Tabela 19. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Results (Wyniki)

Informacja

Opis

Well (Studzienka)

Pozycja studzienki w płytce.

Fluor (Fluorofor)

Wykryty fluorofor.

Targets (Sekwencje docelowe)

Nazwy sekwencji docelowych dla amplifikacji (genu).

Content (Zawartość)Typ próbki i numer replikacji.

Sample (Próbka)Opis próbki.

Biological Set Name (Nazwa

Nazwa zestawu biologicznego.

zestawu biologicznego)
Cq

Cykl oznaczenia ilościowego.

Cq Mean (Średnia z Cq)Średnia z cyklu oznaczenia ilościowego dla grupy replikacji.

Cq Std. Dev (Odchylenie

Odchylenie standardowe z cyklu oznaczenia ilościowego dla grupy

standardowe Cq)

replikacji.

Starting Quantity (SQ) (Ilość

Oszacowanie początkowej ilości sekwencji docelowej.

początkowa)
Log Starting Quantity

Rejestr ilości początkowej.

(Rejestrowana ilość
początkowa)
SQ Mean (Średnia z ilości

Średnia z ilości początkowej.

początkowej)
SQ Std. Dev (Odchylenie

Odchylenie standardowe ilości początkowej z replikacji.

standardowe ilości początkowej)Podręcznik użytkownika | 245

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Arkusz kalkulacyjny Standard Curve Results (Wyniki krzywej
wzorcowej)
W arkuszu kalkulacyjnym Standard Curve Results (Wyniki krzywej wzorcowej) wyświetlane są obliczone
parametry krzywej wzorcowej.

Tabela 20 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Standard Curve Results (Wyniki krzywej
wzorcowej).
Tabela 20. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Standard Curve Results (Wyniki krzywej
wzorcowej)

Informacja

Opis

Fluor (lub Target (GenWykryty fluorofor (lub gen docelowy).

docelowy))
Efficiency % (% wydajności)Wydajność reakcji.

Slope (Nachylenie)

Nachylenie krzywej wzorcowej.

Y-intercept (Przecięcie z osią Y)

Punkt, w którym krzywa przecina oś Y.

R^2

Współczynnik determinacji.

246 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Quantification Data (Dane oznaczenia ilościowego)

Arkusz kalkulacyjny Plate (Płytka)
W arkuszu kalkulacyjnym Plate (Płytka) wyświetlana jest mapa płytek zawierająca dane dla jednego
fluoroforu w danym momencie.

Wyświetlenie danych dla konkretnego fluoroforuuKliknąć jego zakładkę na dole arkusza kalkulacyjnego.

Podręcznik użytkownika | 247

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Arkusz kalkulacyjny RFU
W arkuszu kalkulacyjnym RFU wyświetlane są odczyty względnych jednostek fluorescencji (RFU) dla
poszczególnych studzienek, zarejestrowane w cyklach analizy. Numer studzienki jest widoczny u górykażdej kolumny, a numer cyklu jest widoczny po lewej stronie każdego wiersza.

248 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Melt Curve (Krzywa topnienia)

Zakładka Melt Curve (Krzywa topnienia)
W przypadku barwników wiążących się z DNA i nierozszczepialnych sond hybrydyzacyjnych
fluorescencja jest najjaśniejsza, gdy dwie nici DNA ulegają annealingowi. W związku z tym w miarę
wzrostu temperatury w kierunku temperatury topnienia (Tm) fluorescencja zmniejsza się w stałym tempie(przy stałym nachyleniu charakterystyki). W punkcie Tm następuje dramatyczne zmniejszenie
fluorescencji przy zauważalnej zmianie nachylenia. Szybkość tej zmiany jest wyznaczana poprzez
przedstawienie na wykresie ujemnej pierwszej regresji fluorescencji w funkcji temperatury (-d(RFU)/dT).
Największa szybkość zmiany fluorescencji powoduje widoczne piki i odpowiada wartości Tm kompleksów
dwuniciowego DNA.
CFX Maestro Dx SE przedstawia na wykresie dane RFU zebrane podczas wykreślania krzywej topnienia
w funkcji temperatury. W celu analizowania danych o pikach topnienia oprogramowanie przypisujekażdemu pikowi temperaturę początku i końca, przesuwając słupek progu. Podstawa obszaru piku jest
wyznaczana przez pozycję słupka progu topnienia. Ważny pik musi mieć minimalną wysokość
w odniesieniu do odległości między słupkiem progu a wysokością najwyższego piku.
W zakładce Melt Curve (Krzywa topnienia) wyświetlana jest wartość Tm (temperatura topnienia)
amplifikowanych produktów PCR w czterech widokach:nMelt Curve (Krzywa topnienia) — wyświetlanie danych w czasie rzeczywistym dla każdego fluoroforu
jako wartości RFU w zależności od temperatury dla każdej studzienki.

nMelt Peak (Pik topnienia) — wyświetlanie ujemnej regresji danych RFU w zależności od temperatury
dla każdej studzienki.

n

Selektor studzienek — wyświetlanie studzienek w celu pokazywania lub ukrywania danych.

nArkusz kalkulacyjny pików — wyświetlanie danych zebranych w wybranej studzience.
Uwaga: W tym arkuszu kalkulacyjnym wyświetlane są maksymalnie dwa piki dla każdej krzywej.
Aby wyświetlić więcej pików, kliknąć zakładkę Melt Curve Data (Dane krzywej topnienia).

Podręcznik użytkownika | 249

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Tabela 21 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Melt Curve (Krzywa topnienia).
Tabela 21. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Melt Curve (Krzywa topnienia)

Informacja

Opis

Well (Studzienka)

Pozycja studzienki w płytce.

Fluor (Fluorofor)

Wykryty fluorofor.

ContentPołączenie typu próbki i numeru replikatu.

(Zawartość)Sample (Próbka)Nazwa próbki załadowanej w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

Melt Temp

Temperatura piku topnienia dla każdej studzienki.

(Temp. topnienia)

Uwaga: W tym arkuszu kalkulacyjnym wyświetlane są tylko dwa najwyższe piki.

250 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Melt Curve (Krzywa topnienia)

Dostosowywanie danych krzywej topnienia
Aby dostosować dane krzywej topnieniau

Wykonać dowolne z następujących czynności:n

Kliknąć i przeciągnąć paski wartości progowych na wykresie Melt Peak (Pik topnienia), aby
uwzględnić piki w analizie danych lub wykluczyć je z analizy.

n

W menu rozwijanym Peaks (Piki) wybrać opcję Positive (Dodatnie), aby wyświetlić dane arkusza
kalkulacyjnego dla pików powyżej linii Melt Threshold (Próg topnienia), albo wybrać opcję
Negative (Ujemne), aby wyświetlić dane arkusza kalkulacyjnego dla pików poniżej linii MeltThreshold (Próg topnienia).

nOtworzyć okno Trace Styles (Style krzywych), aby zmienić kolor krzywych na wykresach Melt
Curve (Krzywa topnienia) i Melt Peak (Pik topnienia).

n

Aby wyświetlić dane krzywej topnienia w innym etapie protokołu, należy wybrać liczbę w
selektorze Step Number (Numer etapu). Na liście widoczny jest więcej niż jeden etap, jeśli
protokół zawiera odczyty płytek w więcej niż jednym etapie krzywej topnienia.

n

Aby skupić się na podzbiorach danych, należy wybrać studzienki w selektorze studzienek.

nWybrać grupę studzienek, aby wyświetlić i przeanalizować podzbiór studzienek z płytki.
Poszczególne grupy studzienek można wybrać na podstawie nazw w menu rozwijanym Well
Group (Grupa studzienek) na pasku narzędzi.

Podręcznik użytkownika | 251

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka Melt Curve Data (Dane krzywej topnienia)
Zakładka Melt Curve Data (Dane krzywej topnienia) przedstawia dane z zakładki Melt Curve (Krzywa
topnienia) na wielu arkuszach kalkulacyjnych, które zawierają wszystkie piki topnienia dla każdej krzywej.
CFX Maestro Dx SE oferuje cztery opcje arkusza kalkulacyjnego, w których można przeglądać dane
krzywej topnienia:nMelt Peaks (Piki topnienia) — przedstawiają wszystkie dane, w tym wszystkie piki topnienia, dlakażdej krzywej. Ten widok jest domyślny.

nPlate (Płytka) — przedstawia widok danych i zawartości poszczególnych studzienek płytki.

n

RFU (Względne jednostki fluorescencji) — przedstawia wartości RFU dla każdej temperatury ikażdej studzienki.

n-d(RFU)/dT — przedstawia ujemną szybkość zmiany RFU w miarę zmian temperatury (T). Jest to
pierwszy wykres regresji dla każdej studzienki w płytce.

Każdy z arkuszy kalkulacyjnych można wybrać z listy rozwijanej wyświetlonej pod zakładką Melt Curve
Data (Dane krzywej topnienia).

Arkusz kalkulacyjny Melt Peaks (Piki topnienia)
Arkusz kalkulacyjny Melt Peaks (Piki topnienia) przedstawia wszystkie dane krzywych topnienia.

Tabela 22 na stronie 253 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Melt Peaks (Piki topnienia).

252 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Melt Curve Data (Dane krzywej topnienia)

Tabela 22. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Melt Peaks (Piki topnienia)

Informacja

Opis

Well (Studzienka)

Pozycja studzienki w płytce.

Fluor (Fluorofor)

Wykryty fluorofor.

Content (Zawartość)Typ próbki widoczny w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

Targets (Sekwencje docelowe)

Sekwencja docelowa do amplifikacji (gen).

Sample (Próbka)Nazwa próbki widoczna w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

Melt Temperature (Temperatura

Temperatura topnienia każdego produktu podana jako jeden pik

topnienia)(najwyższy) na wiersz w arkuszu kalkulacyjnym.

Peak Height (Wysokość piku)

Wysokość piku.

Begin Temperature (Temperatura

Temperatura na początku piku.

początkowa)
End Temperature (Temperatura

Temperatura na końcu piku.

końcowa)

Arkusz kalkulacyjny Plate (Płytka)
Arkusz kalkulacyjny Plate (Płytka) wyświetla dane krzywej topnienia w formacie płytki.

Uwaga: W celu dostosowania piku wywoływanego przez oprogramowanie należy wyregulować linię
progową na wykresie Melt Peak (Pik topnienia) na zakładce Melt Curve (Krzywa topnienia).
Tabela 23 na stronie 254 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Plate (Płytka).

Podręcznik użytkownika | 253

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Tabela 23. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Plate (Płytka)

Informacja

Opis

ContentPołączenie typu próbki (wymagany) i numeru replikatu (opcjonalnie).

(Zawartość)Sample (Próbka)Opis próbki.

Peak 1 (Pik 1)

Pierwszy pik topnienia (najwyższy).

Peak 2 (Pik 2)

Druga wartość szczytowa topnienia (dolna).

Arkusz kalkulacyjny RFU
W arkuszu kalkulacyjnym RFU wyświetlana jest fluorescencja dla każdej studzienki w każdym cyklu
pozyskana w trakcie krzywej topnienia.

Tabela 24 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym RFU.
Tabela 24. Zawartość arkusza kalkulacyjnego RFU

Informacja

Opis

Well number (A1, A2, A3, A4, A5) (Numer

Pozycja studzienki w płytce dla załadowanych

studzienki)

studzienek.

Temperature (Temperatura)

Temperatura topnienia amplifikowanego
docelowego genu przedstawiona na wykresie
w postaci jednej studzienki na rząd i wielu
studzienek dla wielu produktów w tej samej
studzience.

254 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Melt Curve Data (Dane krzywej topnienia)

Arkusz kalkulacyjny -d(RFU)/dT
W arkuszu kalkulacyjnym -d(RFU)/dT wyświetlana jest ujemna szybkość zmiany RFU w miarę zmian
temperatury (T).

Tabela 25 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym -d(RFU)/dT.
Tabela 25. Zawartość arkusza kalkulacyjnego -d(RFU)/dT

Informacja

Opis

Well number (A1, A2, A3, A4, A5) (Numer

Pozycja studzienki w płytce dla załadowanych studzienek.

studzienki)
Temperature -d(RFU)/dT (Temperatura)

Ujemna szybkość zmiany RFU w miarę zmian temperatury(T).

Podręcznik użytkownika | 255

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka End Point (Punkt końcowy)
Otworzyć zakładkę End Point (Punkt końcowy) w celu przeanalizowania końcowych względnych
jednostek fluorescencji (RFU) dla studzienek z próbkami. Oprogramowanie porównuje poziomy RFU dlastudzienek z nieznanymi próbkami z poziomami RFU dla studzienek z ujemną kontrolą i przypisuje
nieznanej próbce wskazanie dodatnie lub ujemne. Dodatnie próbki mają wartość RFU większą niżśrednia wartość RFU kontroli ujemnych plus wartość odcięcia.

W celu analizowania danych o punkcie końcowym płytka musi zawierać kontrole ujemne; w przeciwnym
razie oprogramowanie nie może przypisać wskazania.
n

Run a Quantification protocol (Uruchom protokół oznaczenia ilościowego) — konfigurowanie
protokołu standardowego. Po zakończeniu analizy próbek otworzyć okno Data Analysis (Analiza
danych), dostosować ustawienia analizy danych w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe)
i kliknąć zakładkę End Point (Punkt końcowy), aby wybrać cykl punktu końcowego.

n

Run an End Point Only protocol (Uruchom protokół wyłącznie punktu końcowego) — załadowanie
protokołu End Point Only (Tylko punkt końcowy) w zakładce Plate (Płytka) w oknie Run Setup(Konfiguracja analizy próbek); następnie należy wybrać lub utworzyć płytkę i rozpocząć analizę
próbek.

256 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka End Point (Punkt końcowy)

W zakładce End Point (Punkt końcowy) wyświetlane są średnie wartości RFU w celu określenia, czy
docelowy gen uległ amplifikacji wskutek ostatniego (końcowego) cyklu. Te dane pozwalają określić, czykonkretna docelowa sekwencja jest obecna (dodatnia) w próbce. Dodatnie geny docelowe mają wyższe
wartości RFU niż poziom odcięcia zdefiniowany przez użytkownika.
Wskazówka: Aby utworzyć protokół punktu końcowego, otworzyć zakładkę Protocol (Protokół)
w oknie Run Setup (Konfiguracja analizy próbek) i wybrać Run (Analiza próbek) > End Point Only
Run (Analiza wyłącznie punktu końcowego).
Gdy analiza próbek się zakończy, plik danych jest otwierany w zakładce End Point (Punkt końcowy), która
zawiera następujące części:n

Settings (Ustawienia) — zmiana ustawień analizy danych.

nResults (Wyniki) — wyświetlanie wyników bezpośrednio po dostosowaniu ustawień.

n

Well Selector (Selektor studzienek) — wybór studzienek z danymi dotyczącymi punktu końcowego,
jakie mają być pokazane.

n

RFU spreadsheet (Arkusz kalkulacyjny RFU) — wyświetlanie końcowych wartości RFU zebranych
w wybranych studzienkach.

Dane dotyczące wyników
Sekcja Results (Wyniki) przedstawia następujące dane:nLowest RFU value (Najniższa wartość RFU) — najniższa wartość we względnych jednostkachfluorescencjinHighest RFU value (Najwyższa wartość RFU) — najwyższa wartość we względnych jednostkachfluorescencjin

Negative Control Average (Średnia z kontroli ujemnej) — średnie względne jednostki fluorescencji
dla studzienek, które zawierają kontrole ujemnen

Cut Off Value (Wartość odcięcia) — obliczona poprzez dodanie tolerancji (wartość RFU (Względna
jednostka fluorescencji) lub Percentage of Range (Procent zakresu) podana w obszarze Settings(Ustawienia)) oraz średnia z kontroli ujemnych. Próbki z RFU, które są większe niż wartość odcięcia,będą nazywane „dodatnimi”. Aby dostosować wartość odcięcia, zmień RFU lub procent zakresu

Wartość Cut Off Value (Wartość odcięcia) jest obliczana za pomocą następującego wzoru:
Cut Off Value (Wartość odcięcia) = Negative Control Average (Średnia z kontroli ujemnej) +Tolerance (Tolerancja)
Tolerancję należy ustawić, korzystając z jednej z następujących metod:Podręcznik użytkownika | 257

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)n

RFUs (Względne jednostki fluorescencji) (domyślnie) — tę metodę należy wybrać, aby używać dlatolerancji bezwzględnej wartości RFU. Minimalna wartość tolerancji RFU wynosi 2. Maksimum jest
wartością bezwzględną najwyższej wartości RFU minus wartość bezwzględna najniższej wartości
RFU. Domyślną wartością tolerancji RFU jest 10% łącznego zakresu RFU.

n

Percent of Range (Procent zakresu) — tę metodę należy wybrać, aby w postaci tolerancji używać
procentu zakresu RFU. Minimalny procent zakresu wynosi 1%. Maksymalny procent zakresu wynosi
99%. Domyślny procent zakresu wynosi 10%.

258 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka End Point (Punkt końcowy)

Dostosowanie analizy danych punktu końcowego
Aby dostosować analizę danych punktu końcowegou

Wykonać dowolne z następujących czynności:n

Z listy rozwijanej wybrać fluorofor.

n

Wybrać wartość End Cycle to Average (Cykl końcowy do uśrednienia), aby ustawić liczbę cykli,z której zostanie obliczona średnia wartość RFU dla punktu końcowego.

n

Wybrać opcję RFU (Względna jednostka fluorescencji), aby wyświetlić dane we względnych
jednostkach fluorescencji.

nWybrać opcję Percentage of Range (Procent zakresu), aby wyświetlić dane jako procent
zakresu RFU.

n

Aby skupić się na podzbiorach danych, należy wybrać studzienki w selektorze studzienek.

nWybrać grupę studzienek, aby wyświetlić i przeanalizować podzbiór studzienek z płytki.
Poszczególne grupy studzienek można wybrać na podstawie nazw w menu rozwijanym Well
Group (Grupa studzienek) na pasku narzędzi.

Arkusz kalkulacyjny RFU na potrzeby analizy punktu końcowego
Tabela 26 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym RFU na zakładce End Point (Punktkońcowy).
Tabela 26. Zawartość arkusza kalkulacyjnego RFU End Point (Punkt końcowy RFU)

Informacja

Opis

Well (Studzienka)

Pozycja studzienki w płytce.

Fluor (Fluorofor)

Wykryty fluorofor.

Content (Zawartość)Połączenie typu próbki i numeru replikatu.

End RFU (RFU na koniec)

RFU w punkcie końcowym.

Call (Wskazanie)

Dodatnie lub ujemne, przy czym próbki dodatnie mają wartości RFU wyższeniż średnie RFU kontroli ujemnych plus wartość odcięcia.

Sample (Próbka)Nazwa próbki załadowanej w oknie Plate Editor (Edytor płytki).

Podręcznik użytkownika | 259

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)
Zakładka Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna) służy do przypisywania genotypów dostudzienek zawierających nieznane próbki. Dane dostępne w tej zakładce można wykorzystać w celu
rozpoznawania próbek o różnych genotypach, takich jak Allele 1 (Allel 1), Allele 2 (Allel 2), Heterozygote(Heterozygota), No Call (Brak wskazania) (brak amplifikacji) lub Undetermined (Nieokreślone).
Uwaga: Dane przeznaczone do dyskryminacji allelicznej muszą pochodzić z analiz multiplex z conajmniej dwoma fluoroforami. Każdy fluorofor identyfikuje jeden allel we wszystkich próbkach.

Analiza dyskryminacyjna alleli wymaga, aby studzienki zawierały co najmniej:nDwa fluorofory w każdej studziencen

Próbki NTC (kontrola bez matrycy) dla zoptymalizowanej analizy danych

Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE oferuje cztery opcje, które umożliwiają wyświetlanie danych
dyskryminacji allelicznej:nWykres Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna) — dane są wyświetlane w postaci jednostek
RFU dla allelu Allele 1 (Allel 1)/Allel 2 (Allel 2). Każdy punkt na wykresie reprezentuje dane z obu
fluoroforów w jednej studzience. Możliwe jest przełączanie współrzędnych kartezjańskich ibiegunowych — w tym celu należy zaznaczać lub usuwać zaznaczenie pola wyboru Polar
Coordinates (Współrzędne biegunowe). W przypadku współrzędnych biegunowych dane RFU dla

260 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)

allelu 1 są przedstawiane na osi x, a dane RFU dla allelu 2 na osi y. W przypadku współrzędnych
biegunowych kąt jest reprezentowany na osi x, a wartość RFU jest reprezentowana jako odległość
pomiędzy początkiem układu współrzędnych do RFU na osi y (mediana wszystkich próbek NTC).
n

Arkusz kalkulacyjny Well (Studzienka) — przedstawia dane dyskryminacji allelicznej zgromadzone zkażdej studzienki płytki.

nWell Selector (Selektor studzienek) — umożliwia wybieranie studzienek z danymi allelicznymi, jakiemają być pokazane.

nPanel Selected Fluorophores (Wybrane fluorofory) — umożliwia zmianę etykiet x i y na wykresie
Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna), zmianę cyklu przeznaczonego do analizy, a także
określenie, czy wyświetlana będzie mapa wskazań.

Dostosowywanie danych na potrzeby dyskryminacji allelicznej
Oprogramowanie automatycznie przypisuje genotyp do studzienek z nieznanymi próbkami na podstawie
pozycji próbek NTC oraz kąta i odległości punktów danych nieznanych od próbek NTC.

Dostosowanie danych dotyczących dyskryminacji alleliczneju

Wykonać dowolne z następujących czynności:n

Aby wyświetlić współrzędne biegunowe, zaznaczyć pole wyboru na wykresie Allelic
Discrimination (Dyskryminacja alleliczna).

n

Aby wyświetlić inny fluorofor, wybrać go z listy rozwijanej w panelu Selected Fluorophores(Wybrane fluorofory).

n

Aby zmienić wskazanie, przeciągnąć kursorem przez punkt (punkty) danych na wykresie Allelic
Discrimination (Dyskryminacja alleliczna) i wybrać opcję z listy Selected Wells (Wybranestudzienki):oAllele 1 (Allel 1),oAllele 2 (Allel 2),oHeterozygote (Heterozygota),oUndetermined (Nieokreślone),o

No Call (Brak wskazania),oAuto Call (Wskazanie automatyczne).

Wskazówka: Aby powrócić do wskazania domyślnego, wybrać opcję Auto Call (Wskazanie
automatyczne).

Podręcznik użytkownika | 261

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Opcje menu Chart (Wykres)
Obok opcji menu, które standardowo pojawiają się w menu dostępnych po kliknięciu prawym przyciskiem
myszy (patrz Wspólne pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na
wykresach na stronie 227), istnieją również opcje menu dostępne tylko w przypadku wykresu Allelic
Discrimination (Dyskryminacja alleliczna), które przedstawia Tabela 27.
Tabela 27. Opcje dostępne w menu pojawiającym się w po kliknięciu prawym i lewym
przyciskiem myszy na wykresie Allelic Discrimination Chart (Wykres dyskryminacji allelicznej)

Opcja menu

Funkcja

Zoom (Powiększenie)

Powoduje powiększenie wybranego obszaru na wykresie (poprzez
kliknięcie i przeciągnięcie kursora na wykresie).
Wskazówka: W celu przywrócenia poprzedniegopowiększenia i wyświetlenia wszystkich punktów danych należy
kliknąć prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję Set Scale to
Default (Ustaw skalę domyślną).

Well (Studzienka)

Dla wybranej studzienki dostępne są opcje, które umożliwiają:wyświetlenie tylko tej studzienki, usunięcie tej studzienki z widoku,
ustawienie koloru dla tego krzywej albo wykluczenie tej studzienki z
analizy.

Selected Wells (Wybrane

Dla wybranych studzienek (wybranych poprzez kliknięcie istudzienki)

przeciągnięcie kursora na wykresie) dostępne są opcje, któreumożliwiają: wyświetlenie tylko tych studzienek, usunięcie tych
studzienek z widoku, ustawienie koloru dla tych krzywych albo
wykluczenie tych studzienek z analizy.

Arkusz kalkulacyjny Allelic Discrimination (Dyskryminacja
alleliczna)
Tabela 28 zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Allelic Discrimination (Dyskryminacja
alleliczna).
Tabela 28. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)

Informacja

Opis

Well (Studzienka)

Pozycja studzienki w płytce.

Sample (Próbka)Opis nazwy próbki.

262 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)

Tabela 28. Zawartość arkusza kalkulacyjnego Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna),ciąg dalszy

Informacja

Opis

Call (Wskazanie)

Identyfikacja allelu, która obejmuje następujące informacje: Allele 1(Allel 1), Allele 2 (Allel 2), Heterozygote (Heterozygota), No Call (Brakwskazania) lub Undetermined (Nieokreślone).

Type (Typ)Auto (Automatyczny) lub Manual (Ręczny) — opisuje sposób
wykonania wskazania. Automatyczny oznacza, że wskazanie zostało
wybrane przez oprogramowanie. Ręczny oznacza, że wskazanie
zostało wybrane przez użytkownika.

RFU1

Liczba jednostek RFU (względna jednostka fluorescencji) dla allelu
Allele1.

RFU2

Liczba jednostek RFU (względna jednostka fluorescencji) dla allelu
Allele2.

Podręcznik użytkownika | 263

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka Custom Data View (Niestandardowy widok danych)
W zakładce Custom Data View (Niestandardowy widok danych) równocześnie wyświetlanych jest wiele
paneli z możliwością modyfikowania ich układu.
Lista rozwijana Load a Preset View (Załaduj wstępnie ustawiony widok) zawiera wybór szablonów
formatu wyświetlania. Domyślny wyświetlany widok zależy od analizowanego pliku. Na przykład gdydostępne są dane Melt Curve (Krzywa topnienia), prezentowany jest domyślny widok Amp+Melt(Amplifikacja + topnienie).

264 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka Custom Data View (Niestandardowy widok danych)

Tworzenie niestandardowego widoku danych
Aby utworzyć niestandardowy widok danychu

Wykonać dowolne z następujących czynności:n

Z listy rozwijanej wybrać alternatywny widok wstępnie skonfigurowany.

n

Z listy rozwijanej, która znajduje się u góry każdego pojedynczego okienka, wybrać widok
innego wykresu.

nZmienić liczbę wierszy i kolumn w zakładce.

nZmienić wymiary konkretnego okienka. Przeciągnąć paski znajdujące się na krawędziach
poszczególnych okienek.

Następnie należy kliknąć opcję Save as Preset (Zapisz jako wstępnie skonfigurowany), co spowoduje
zapisanie niestandardowych ustawień w postaci szablonu. W celu usunięcia wstępnie skonfigurowanego
widoku, zmiany jego nazwy albo przywrócenia takiego widoku należy kliknąć opcję Manage Presets(Zarządzaj ustawieniami wstępnie skonfigurowanymi).

Podręcznik użytkownika | 265

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka QC (Kontrola jakości)Za pomocą zakładki QC (Kontrola jakości) można szybko ocenić jakość danych analizy na podstawie
reguł zdefiniowanych na zakładce QC (Kontrola jakości) w oknie User Preferences (Preferencjeużytkownika).
Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE oferuje cztery opcje, które umożliwiają wyświetlanie danych QC:
nAmplification chart (Wykres amplifikacji) — przedstawia wartość RFU dla każdej studzienki zkażdego cyklu. Każda krzywa na wykresie reprezentuje dane z pojedynczego fluoroforu w jednej
studzience.

n

QC rules table (Tabela zasad QC) — wyświetla dostępne reguły QC oraz ustawienia, które definiują
poszczególne reguły. Stosowane reguły QC są oznaczone znacznikiem wyboru.

nWell selector (Selektor studzienek) — umożliwia wybranie do wyświetlenia studzienek z danymi
fluorescencji.

n

QC rule summary panel (Panel podsumowania reguł QC)— wyświetla wybraną regułę QC orazwyróżnia studzienki, które nie spełniają tej reguły.

266 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zakładka QC (Kontrola jakości)Zmiana kryteriów QC (kontroli jakości)Aby zmienić kryteria kontroli jakości
u

Zaznaczyć lub usunąć zaznaczenie pola wyboru Use (Użyj) dla reguły, która ma zostać
uwzględniona w kontroli jakości lub z niej wykluczona.

Wykluczanie studzienek, które nie przeszły kontroli jakości
CFX Maestro Dx SE wyświetla studzienki, które nie spełniły kryteriów QC (Kontrola jakości), w kolumnie
Results (Wyniki) w tabeli zasad QC oraz w panelu podsumowania.

Wykluczenie studzienek, które nie spełniły kryteriów QC (Kontrola jakości)u

Zaznaczyć pole Exclude Wells (Wyklucz studzienki) dla każdej studzienki, która ma być wykluczona.

Podręcznik użytkownika | 267

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Zakładka Run Information (Informacje o analizie próbek)W zakładce Run Information (Informacje o analizie próbek) wyświetlany jest protokół i inne informacjeo każdej analizie próbek. Za pomocą tej zakładki można wykonać następujące czynności:nprzejrzeć protokół;nwpisać lub edytować uwagi o analizie próbek;nwpisać lub edytować identyfikator lub kod kreskowy dla analizy próbek;nprzeglądać zdarzenia, które mogły wystąpić podczas analizy; te zdarzenia mogą pomóc
w rozwiązaniu problemów z analizą próbek.

Wskazówka: Kliknąć prawym przyciskiem myszy opcję Protocol (Protokół), aby skopiować,
wyeksportować lub wydrukować protokół. Kliknąć prawym przyciskiem myszy w panelach Notes(Uwagi), ID/Bar Code (Identyfikator / kod kreskowy) lub Other (Inne), aby cofnąć, wyciąć, skopiować,
wkleić, usunąć lub wybrać tekst.

268 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Raporty z analizy danych

Raporty z analizy danych
W oknie dialogowym Report (Raport) wyświetlane są informacje o bieżącym pliku danych w oknie Data
Analysis (Analiza danych). Aby otworzyć raport, wybrać Tools (Narzędzia) > Reports (Raporty) lub
kliknąć Reports (Raporty) na pasku narzędzi.
Okno dialogowe Report (Raport) zawiera następujące sekcje:nMenu i pasek narzędzi — opcje pozwalające formatować, zapisywać i drukować raport lub szablon.

n

Lista opcji (lewa górna część okna dialogowego) — opcje do wyświetlenia w raporcie.

nPanel opcji (dolna lewa część okna dialogowego) — pola tekstowe, w których można wpisywać
informacje o wybranej opcji.

nPanel podglądu (prawa strona okna dialogowego) — podgląd bieżącego raportu.

Podręcznik użytkownika | 269

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Kategorie raportu z analizy danych
Tabela 29 zawiera wszystkie opcje dostępne na potrzeby raportu z analizy danych w zależności od typu
danych w oknie Data Analysis (Analiza danych).
Tabela 29. Kategorie raportu z analizy danych na liście opcji

Kategoria

Opcja

Opis

Nagłówek
Tytuł, podtytuł i logo dla raportu
Report Information (Informacje

Data analizy próbek, nazwa użytkownika,o raporcie)

nazwa pliku danych, ścieżka pliku danych
i wybrana grupa studzienek

Audit Information (Informacje

Dodatkowe informacje wymagane doo audycie)

audytowania, w tym podpisy

Notes (Uwagi)

Uwagi dotyczące raportu z danymi

Run Setup (Konfiguracja analizy próbek)Run Information (Informacje

Data analizy próbek, nazwa użytkownika,

o analizie próbek)nazwa pliku danych, ścieżka pliku danych
i wybrana grupa studzienek

Protocol (Protokół)

Tekstowa prezentacja etapów i opcji
protokołu

Plate Display (Wyświetlanie

Widok płytki z informacjami w każdej

próbek)studzience płytki

Quantification (Oznaczenie ilościowe)
Analysis Settings (Ustawienia

Liczba etapów zbierania danych, tryb

analizy)

analizy i sposób odejmowania wartości
bazowej

Amplification Chart (Wykres

Wykres amplifikacji dla analiz próbek

amplifikacji)

obejmujących dane o oznaczeniachilościowych

Wykres Standard Curve(Krzywa wzorcowa)

270 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykres krzywej wzorcowej

Raporty z analizy danych

Tabela 29. Kategorie raportu z analizy danych na liście opcji, ciąg dalszyKategoria

Opcja

Opis

Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi
danymi dla każdej studzienki

Gene Expression (Ekspresja genu) — Bar Chart (Wykres słupkowy)
Analysis Settings (Ustawienia

Tryb analizy, dane wykresu, opcja

analizy)skalowania i błąd wykresu

Chart (Wykres)

Kopia wykresu słupkowego

Target Names (Nazwy genów

Tabela nazw genów docelowych

docelowych)
Sample Names (Nazwy próbek)Tabela nazw próbek

Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi
danymi dla każdej studzienki

Target Stability (Stabilność genu

Tabela wartości stabilności genu

docelowego)

docelowego

Box-and-Whisker Chart (Wykres

Wykres pudełkowy z wąsami

pudełkowy z wąsami)
Dot Plot Chart (Wykres

Wykres punktowy

punktowy)

Gene Expression (Ekspresja genu) — Clustergram and Scatter Plot (Clustergram i wykres
rozrzutu)
Analysis Settings (Ustawienia

Ustawienia dla każdego typu wykresu

analizy)
Chart (Wykres)

Kopia wykresu

Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi
danymi dla każdego genu docelowego

Gene Expression (Ekspresja genu) — ANOVA Data (Dane ANOVA)ANOVA Settings (Ustawienia

Progowa wartość P stosowana w analizie

ANOVA)

Podręcznik użytkownika | 271

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Tabela 29. Kategorie raportu z analizy danych na liście opcji, ciąg dalszyKategoria

Opcja

Opis

ANOVA Results (Wyniki

Tabela wyników analizy ANOVA i analizy

ANOVA)

post-hoc HSD Tukey'a

Melt Curve (Krzywa topnienia)
Analysis Settings (Ustawienia

Liczba etapów topnienia i ustawienie

analizy)słupka progu

Wykres Melt Curve (Krzywa

Wykres krzywej topnienia

topnienia)
Melt Peak Chart (Wykres piku

Wykres piku topnienia

topnienia)
Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi
danymi dla każdej studzienki

Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)
Analysis Settings (Ustawienia

Fluorofory, cykl i mapa wskazań

analizy)
Allelic Discrimination Chart

Kopia wykresu dyskryminacji allelicznej(Wykres dyskryminacji
allelicznej)
Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi
danymi dla każdej studzienki

End Point (Punkt końcowy)
Analysis Settings (Ustawienia

Fluorofor, cykle końcowe do uśrednienia,

analizy)

tryb, najniższa wartość RFU, najwyższa
wartość RFU i wartość odcięcia

Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi
danymi dla każdej studzienki

QC Parameters(Parametry kontrolijakości)272 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Raporty z analizy danych

Tabela 29. Kategorie raportu z analizy danych na liście opcji, ciąg dalszyKategoria

Opcja

Opis

Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny wyszczególniający
parametry dla każdej zasady kontrolijakościPodręcznik użytkownika | 273

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Tworzenie raportu z analizy danychMożna zapisać układ raportu jako szablon, który może być ponownie użyty na potrzeby podobnychraportów.

Aby utworzyć raport z analizy danych
1.

Przed utworzeniem raportu ostatecznie dostosować zawartość studzienek, wybrane studzienki,
wykresy i arkusze kalkulacyjne w oknie Data Analysis (Analiza danych).

2.

Wybrać Tools (Narzędzia) > Reports (Raporty) na pasku menu Data Analysis (Analiza danych), aby
otworzyć okno dialogowe Report (Raport).

3.

Wybrać opcje, które mają zostać ujęte w raporcie. Raport zostanie otwarty z wybranymi opcjamidomyślnymi. Zaznaczyć lub usunąć zaznaczenie pola wyboru, aby zmienić całe kategorie lub
pojedyncze opcje w obrębie kategorii.
Dostępne opcje do wyświetlenia przedstawiono w sekcji Tabela 29 na stronie 270.
Uwaga: Dane prezentowane w raporcie zależą od aktualnych wyborów w zakładkach w oknie
Data Analysis (Analiza danych). Na przykład analiza próbek z oznaczeniem ilościowym możenie zawierać krzywej wzorcowej, przez co dane te nie pojawią się w oknie Data Analysis (Analiza
danych) ani w raporcie z danymi.

4.

Zmienić kolejność kategorii i pozycji w raporcie. Opcje można przeciągać do pozycji względnych.
Kolejność pozycji można zmieniać jedynie w obrębie kategorii, do których dane pozycje należą.

5.

(Opcjonalnie) W panelu Report Options (Opcje raportu) wpisać informacje właściwe dla wybranej
opcji:n

Wybrać podzbiór informacji do wyświetlenia w raporcie.

nWybrać konkretne ustawienia dla wybranej opcji.

nZmienić tekst do wyświetlenia dla wybranej opcji.

6.

Kliknąć opcję Update Report (Aktualizuj raport), aby zaktualizować Report Preview (Podgląd raportu)
z uwzględnieniem jakichkolwiek zmian.

7.

Wydrukować lub zapisać raport:a.

Aby wydrukować bieżący raport, kliknąć przycisk Print Report (Drukuj raport) na pasku narzędzi.

b.

Wybrać opcje File (Plik) > Save (Zapisz), aby zapisać raport w formacie PDF (plik programu
Adobe Acrobat Reader), MHT (dokument Microsoft) lub MHTML (dokument Microsoft).

c.

Wybrać lokalizację, w której ma zostać zapisany plik.

274 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Raporty z analizy danychd.

8.

Wybrać opcje File (Plik) > Save As (Zapisz jako), aby zapisać raport z nową nazwą lub w nowym
miejscu.

(Opcjonalnie) Utworzyć szablon raportu zawierający potrzebne informacje. Aby zapisać bieżące
ustawienia raportu w szablonie, wybrać opcje Template (Szablon) > Save (Zapisz) lub Save As(Zapisz jako). Następnie wczytać szablon raportu należy wczytać następnym razem przed
utworzeniem nowego raportu.

Podręcznik użytkownika | 275

Rozdział 11 Szczegóły okna Data Analysis (Analiza danych)

Tworzenie raportów dotyczących grupy studzienek
Utworzenie raportu dotyczącego grupy studzienek
1.

Wybrać Tools (Narzędzia) > Well Group Reports (Raporty dotyczące grupy studzienek) w oknie Data
Analysis (Analiza danych).

2.

W oknie dialogowym Well Group Reports (Raporty dotyczące grupy studzienek) wybrać grupy
studzienek, etapy amplifikacji i etapy topnienia do ujęcia w raporcie.

3.

Wpisać ścieżkę lub przejść do folderu docelowego, w którym ma być zapisany raport.

4.

(Opcjonalnie) Wybrać Choose a Report Template (Wybierz szablon raportu) i przejść do folderu
z plikami szablonów.

5.

(Opcjonalnie) Zaznaczyć Open Destination Folder (Otwórz folder docelowy), aby otworzyć folder
i przeglądać raporty po ich wygenerowaniu.

6.

Kliknąć Create Reports (Utwórz raporty).

276 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozdział 12 Analiza ekspresji genuDzięki zastosowaniu w reakcjach najbardziej rygorystycznych, kwalifikowanych próbek kontrolnychmożna wykorzystać Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security do przeprowadzania analizy
ekspresji genu w celu normalizacji względnych różnic stężenia docelowego genu między próbkami.
Zazwyczaj do normalizacji poziomów ekspresji genu będącego przedmiotem zainteresowania stosowane
są poziomy ekspresji jednego lub większej liczby genów referencyjnych. Geny referencyjne uwzględniają
różnice w ładowaniu próbek lub inną zmienność obecną w każdej próbce, a ich poziomy ekspresji nie
powinny się zmieniać pod wpływem badanego układu biologicznego.
Wybrać zakładkę Gene Expression (Ekspresja genu) w oknie Data Analysis (Analiza danych), aby ocenićwzględne różnice między reakcjami PCR w dwóch lub większej liczbie studzienek. Na przykład można
ocenić względne liczby genomów wirusowych lub względne liczby transfekowanych sekwencji w reakcji
PCR. Najczęstszym zastosowaniem badania ekspresji genu jest porównanie stężenia cDNA w więcej niżjednej reakcji w celu oszacowania poziomów informacyjnego RNA w stanie stacjonarnym.
Oprogramowanie oblicza względny poziom ekspresji docelowego genu w jednym z następujących
scenariuszy:nWzględny poziom ekspresji docelowej sekwencji (gen docelowy 1) względem innego celu (gendocelowy 2), np. ilość jednego genu względem innego genu przy takim samym traktowaniu próbki.

nWzględny poziom ekspresji jednej sekwencji docelowej w jednej próbce w porównaniu z tą samąsekwencją docelową przy różnej obróbce próbki; np. względna ilość jednego genu względem tegosamego genu w innych warunkach czasowych, geograficznych lub rozwojowych.

Konfiguracja płytki na potrzeby analizy ekspresji genu
Aby przeprowadzić analizę ekspresji genów, zawartość studzienki musi obejmować:n

Co najmniej dwie sekwencje docelowe — dwie sekwencje docelowe, które reprezentują różne geny
lub sekwencje poddane amplifikacji w badanych próbkach.

n

Co najmniej jedna referencyjna sekwencja docelowa — co najmniej jedna sekwencja docelowa musibyć referencyjną sekwencją docelową dla ekspresji znormalizowanej. Wszystkie referencyjne
sekwencje docelowe należy przypisać w oknie Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu), aby
przeanalizować dane w trybie ekspresji znormalizowanej (ΔΔCq). Dane z analiz próbek, które nie
obejmują referencji, muszą być analizowane w trybie ekspresji względnej (ΔCq).

Podręcznik użytkownika | 277

Rozdział 12 Analiza ekspresji genun

Próbki wspólne — reakcje muszą zawierać próbki wspólne (wymagane są co najmniej dwie), które
pozwolą na wyświetlenie danych na zakładce Gene Expression (Ekspresja genu). Te próbki powinny
reprezentować różne sposoby lub warunki obróbki dla poszczególnych sekwencji docelowych.
Przypisać próbkę kontrolną (opcjonalnie) w oknie Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu).
Jeśli nie wybrano żadnej kontroli, wówczas oprogramowanie używa najniższej Cq w postaci kontroli.

Wymagania konfiguracji obszaru Gene Expression (Ekspresja genu) w edytorze Plate Editor (Edytor
płytki) są zależne od tego, czy zawartość reakcji jest przeznaczona do oznaczenia PCR singleplex, w
którym w reakcjach stosowany jest jeden fluorofor, czy do oznaczenia PCR multiplex, w którym w
reakcjach stosowany jest więcej niż jeden fluorofor.

Konfigurowanie płytki według instrukcjiJeśli konfiguracja płytki w pliku danych nie zawiera informacji wymaganych w analizie danych i wybrana
zostanie zakładka Gene Expression (Ekspresja genu), miejsce, w którym typowo znajduje się wykres
słupkowy, będzie zawierać instrukcję wprowadzenia tych informacji. W przypadku znormalizowanej
ekspresji genu wykonać następujące czynności:1.

2.

Zdefiniować nazwy genu docelowego i próbki za pomocą dowolnej z następujących funkcji:nPlate Setup (Konfiguracja płytki) — otwarcie okna Plate Editor (Edytor płytki).

n

Replace Plate File (Zastąp plik płytki) — otwarcie przeglądarki Select Plate (Wybierz płytkę),w której można przejść do wcześniej zapisanego pliku płytki, który ma zastąpić bieżący układ
płytki.

n

Replace PrimePCR File (Zastąp plik PrimePCR) — otwarcie okna dialogowego SelectPrimePCR file (Wybierz plik PrimePCR), w którym można przejść do pliku analizy PrimePCR
i zastosować go do układu płytki.

Wybrać co najmniej jeden referencyjny gen docelowy oraz próbkę kontrolną za pomocą okna
dialogowego Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu).
Jeśli układ płytki zawiera już informacje o genie docelowym i próbce, wymagany jest tylko ten drugi
krok podświetlony wtedy na pomarańczowo. Ten etap musi być ukończony przed przeprowadzeniem
analizy znormalizowanej ekspresji genu.
Uwaga: Dane dotyczące wykresu rozrzutu i clustergramu są wyświetlane tylko wtedy, gdy
spełnione są wszystkie wymagania dotyczące znormalizowanej ekspresji genu wymienione
w rozdziale „Konfiguracja płytki na potrzeby analizy ekspresji genu”.

278 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykresy Gene Expression (Ekspresja genu)

Wykresy Gene Expression (Ekspresja genu)
CFX Maestro Dx SE wyświetla dane ekspresji genów w różnych widokach. Tabela 30 zawiera opcje
wykresów dostępne w oprogramowaniu.
Tabela 30. Opcje wykresu Gene Expression (Ekspresja genu)

Przycisk

Nazwa

Funkcja

Graphing (Wykresy)Umożliwia wyświetlenie danych
znormalizowanej ekspresji genów w jednym znastępujących widoków:
n Wykres słupkowy (domyślnie)
n Wykres pudełkowy z wąsami
n Wykres punktowy

ClustergramWyświetla dane znormalizowanej ekspresji w
hierarchii opartej na stopniu podobieństwa
ekspresji różnych sekwencji docelowych ipróbek.

Scatter Plot (Wykres rozrzutu)Wyświetla znormalizowaną wartość ekspresji
sekwencji docelowych dla próbki kontrolnej
w odniesieniu do próbki eksperymentalnej.

ANOVAWyświetla wyniki jednoczynnikowej analizy
ANOVA względem danych ekspresji genu zużyciem następujących pakietów R w celu
wykonania analizy ANOVA i ustalenia wyników
dla testu Tukey'a:n Companion to Applied Regression (car)(Wsparcie regresji stosowanej)
n Least-square means (lsmeans) (Metoda
najmniejszych kwadratów)

Reference Gene Selection Tool

(Dostępne na zakładce Study Analysis (Analiza(Narzędzie wyboru genu

badania) w oknie Gene Study (Badanie

referencyjnego)genów)). Rozpoznaje testowane geny
referencyjne i na podstawie stabilności genów
przydziela je do kategorii Ideal (Idealne),
Acceptable (Akceptowalne) lub Unstable(Niestabilne).

Podręcznik użytkownika | 279

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Tabela 30. Opcje wykresu Gene Expression (Ekspresja genu), ciąg dalszy

Przycisk

Nazwa

Funkcja

PrimePCR Controls Analysis(Dostępne na zakładce Study Analysis (Analiza(Analiza kontroli PrimePCR)

badania) w oknie Gene Study (Badanie
genów)). Wyświetla wyniki z przetestowanych
próbek.

280 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)

Graphing (Wykresy)Względna ekspresja genów docelowych jest prezentowana w następujących dwóch widokach:nWykres Gene Expression (Ekspresja genu) — przedstawia dane z analizy PCR w czasierzeczywistym w postaci jednej z następujących wartości:o

ΔΔCq — względna znormalizowana wartość ekspresji obliczona z użyciem próbek kontrolnych ireferencyjnych genów docelowych.

o

ΔCq — względna ilość genu docelowego w próbce w odniesieniu do próbki kontrolnej.

Więcej informacji o wyświetlaniu danych przedstawiono w rozdziale Wprowadzanie zmian do widoku
wykresu i dodawanie adnotacji do tego widoku na stronie 283.
n

Spreadsheet (Arkusz kalkulacyjny) — arkusz kalkulacyjny z danymi ekspresji genów.
Wskazówka: W celu wyświetlenia opcji należy kliknąć dowolny wykres lub arkusz kalkulacyjny
prawym przyciskiem myszy. Aby otworzyć obszar Plate Editor (Edytor płytki) i zmienić zawartość
płytki, należy wybrać opcję View/Edit Plate (Wyświetl/edytuj płytkę) z menu rozwijanego Plate
Setup (Konfiguracja płytki).
Wskazówka: Aby zmienić kolejność nazw próbek i genów docelowych na wykresie, należy
wybrać opcję Sort (Sortuj) z menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy.

Podręcznik użytkownika | 281

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Znormalizowana ekspresja genu
W celu normalizacji danych zastosować zmierzony poziom ekspresji jednego lub większej liczby genów
referencyjnych jako współczynnik normalizacji. Geny referencyjne są genami docelowymi, które nie
podlegają regulacji stopnia ekspresji w badanym układzie biologicznym, takimi genami są na przykład
aktyna, GAPDH czy tubulina.

Konfigurowanie analizy znormalizowanej ekspresji genu (ΔΔCq)
1.

Otworzyć plik danych (z rozszerzeniem .pcrd).

2.

Przejrzeć dane z zakładki Quantification (Oznaczenie ilościowe) w oknie Data Analysis (Analiza
danych). Dostosować dane, np. zmieniając próg i tryb analizy.

3.

Wybrać zakładkę Gene Expression (Ekspresja genu).

4.

W zakładce Gene Expression (Ekspresja genu) kliknąć Experiment Settings (Ustawienia
eksperymentu).

5.

W oknie dialogowym Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) wykonać następujące
czynności:6.

a.

Otworzyć zakładkę Samples (Próbki) i wybrać kontrolę. Po przypisaniu kontroli CFX Maestro Dx SE
normalizuje ilości względne dla wszystkich genów względem ilości kontrolnej, która jest ustawiona na
wartość 1.

b.

Otworzyć zakładkę Target (Gen docelowy) i wybrać geny referencyjne. Analiza ekspresji genu
wymaga jednego genu referencyjnego spośród genów docelowych w próbkach.

Jeśli nie wybrano jeszcze opcji Normalized Expression (ΔΔCq) (Znormalizowana wartość ekspresji),
wybrać ją. Następnie przejrzeć poziomy ekspresji w zakładce Gene Expression (Ekspresja genu).
Uwaga: Można też uruchomić funkcję Setup Wizard (Kreator konfiguracji) w celu
skonfigurowania układu płytki na potrzeby analizy znormalizowanej ekspresji genu.

Relative Quantity (Ilość względna)Z definicji dane dotyczące ilości względnej (ΔCq) nie są znormalizowane. Ta metoda jest stosowana doilościowego oznaczenia próbek, które nie zawierają żadnych genów referencyjnych (docelowych).
Zazwyczaj badacze podczas konfigurowania analizy próbek są pewni co do jednej z następujących
kwestii:nKażda próbka zawiera taką samą ilość RNA lub cDNA w każdej studzience.

nKażda wariancja ilości załadowanej próbki biologicznej zostanie znormalizowana po analizie próbek
z wykorzystaniem określonej metody analizy danych poza oprogramowaniem. Na przykład badaczmoże zdecydować się na podzielenie wartości ilości względnej przez współczynnik normalizacji,

282 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)możliwie masę kwasu nukleinowego załadowanego dla każdej próbki, lub liczbę komórek, z których
wyizolowano kwas nukleinowy.

Uruchomienie analizy Relative Quantity (ΔCq) (Ilość względna)u

Wybrać opcję Relative Quantity (ΔCq) (Ilość względna) z listy rozwijanej Mode (Tryb) na prawym
panelu w zakładce Gene Expression (Ekspresja genu).
Wskazówka: W celu porównania wyników z danymi z innych analiz ekspresji genu otworzyć
nowe badanie genów lub dodać plik danych do istniejącego badania genów.

Wprowadzanie zmian do widoku wykresu i dodawanie adnotacji dotego widoku
Za pomocą poleceń menu z paska narzędzi wykresu oraz za pomocą narzędzi do analizy wykresówmożna zmieniać widok wykresu, dodawać adnotacje do wykresu, a także zmieniać sposób wyświetlania
wykresu. Pasek narzędzi wykresu pojawia się między wykresem a arkuszem kalkulacyjnym analizy
danych u dołu ekranu.

Narzędzia na pasku narzędzi wykresu
Wskazówka: Informacje na temat narzędzi wykresu, które pojawiają się po prawej stronie wykresów
analiz danych, zawiera rozdział Wykresy na stronie 219.
Pasek narzędzi pod wykresami zapewnia szybki dostęp do narzędzi adnotacji.

Tabela 31 przedstawia funkcje przycisków, które znajdują się na pasku narzędzi wykresów.
Tabela 31. Pasek narzędzi wykresów

Przycisk

Nazwa

Funkcja

Bar chart (Wykres

Przedstawia względną ekspresję sekwencji docelowych.

słupkowy)
Box and Whisker chart

Przedstawia dane jako zakresy kwartyli (szczegółowe

(Wykres pudełkowy

informacje na temat obliczeń zawiera rozdział Obliczenia

z wąsami)

dla wykresu pudełkowego z wąsami na stronie 325).
Uwaga: Dostępny tylko wtedy, gdy dla opcji Analyze
Using (Analizuj przy użyciu) ustawiona jest wartość
Biological Groups Only (Tylko grupy biologiczne).

Podręcznik użytkownika | 283

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Tabela 31. Pasek narzędzi wykresów, ciąg dalszy

Przycisk

Nazwa

FunkcjaDot Plot chart (Wykres

Przedstawia dane w postaci osobnych punktów danych z

punktowy)

próbek dla każdej sekwencji docelowej.
Uwaga: Dostępny tylko wtedy, gdy dla opcji Analyze
Using (Analizuj przy użyciu) ustawiona jest wartość
Biological Groups Only (Tylko grupy biologiczne).

Add Arrow (DodajUmożliwia narysowanie strzałki na aktywnym wykresie.

strzałkę)Add Circle (Dodaj okrąg)Umożliwia narysowanie okręgu na aktywnym wykresie.

Add Text (Dodaj tekst)

Powoduje wstawienie pola tekstowego na aktywnym
wykresie, do którego można dodać tekst, aby
identyfikować interesujące elementy na wykresie.

Undo (Cofnij)

Powoduje usunięcie lub cofnięcie ostatniej czynności
wykonanej względem adnotacji na aktywnym wykresie.

Redo (Ponów)

Powoduje cofnięcie ostatniej czynności Undo (Cofnij)
wykonanej na aktywnym wykresie.

Clear All (Wyczyść

Umożliwia usunięcie wszystkich adnotacji z aktywnego

wszystko)wykresu.

Sortowanie danych genów docelowych, próbek i grup biologicznych
Uwaga: Ta opcja jest dostępna tylko na wykresach ekspresji genu.
Domyślnie listy Targets (Geny docelowe), Samples (Próbki) i Biological Groups (Grupy biologiczne) sąwyświetlane w porządku alfabetycznym. W oknie dialogowym Sort (Sortuj) można posortowaćwyświetlane pozycje w porządku odwrotnym do alfabetycznego lub można ręcznie przesunąć danąpozycję w inne miejsce na liście.

Aby sortować dane genów docelowych, próbek i grup biologicznych
1.

Kliknąć Sort (Sortuj) w narzędziach wykresu.
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Gene Expression Chart Sorting (Sortowanie wykresu
ekspresji genu).

284 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)2.

W oknie dialogowym kliknąć Z-A, aby posortować listę w porządku odwrotnym do alfabetycznego.

3.

Aby ręcznie przesunąć daną pozycję, wybrać ją i kliknąć odpowiedni przycisk między tablicami:

4.

nKliknąć strzałkę w górę lub w dół, aby przesunąć wybraną pozycję o jedno miejsce.

nKliknąć strzałkę z kreską w górę lub w dół, aby przesunąć wybraną pozycję na górę lub na dół
listy.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i powrócić do zakładki Gene Expression (Ekspresja genu).

Podręcznik użytkownika | 285

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Zmiana ustawień kolorów genów docelowych, próbki i grupy biologicznej
W oknie dialogowym Color Settings (Ustawienia kolorów) można zmienić kolor dla genów docelowych,
próbki i grupy biologicznej, albo można usunąć wybrany element z wykresu.

Aby zmienić ustawienia kolorów genów docelowych
1.

W prawym okienku w oknie dialogowym Gene Expression (Ekspresja genu) sprawdzić, czy pozycja
Sample (Próbka) jest widoczna na liście rozwijanej X-Axis (Oś X).

2.

W obszarze Chart Tools (Narzędzia obsługi wykresu) wybrać opcję Color Settings (Ustawienia
kolorów).
Zostanie wyświetlone okno dialogowe Color Settings (Ustawienia kolorów).

3.

Aby zmienić kolor wyświetlania genu docelowego, należy kliknąć jego kolor w kolumnie Color (Kolor).

4.

W wyświetlonym wtedy oknie dialogowym Color (Kolor) wybrać nowy kolor i kliknąć przycisk OK.

5.

Aby usunąć gen docelowy z wykresu Gene Expression (Ekspresja genu), należy usunąć
zaznaczenie pola wyboru tego genu w kolumnie Show Chart (Pokaż wykres).
Wskazówka: Aby usunąć wszystkie sekwencje docelowe, należy usunąć zaznaczenie pola
Show Chart (Pokaż wykres) w nagłówku kolumny.

6.

(Opcjonalnie) Domyślnie słupki są wyświetlane w kolorach pełnych. Aby wyświetlić słupki w kolorachgradientowych, należy usunąć zaznaczenie opcji Use Solid Colors (Użyj kolorów pełnych).

7.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i powrócić do zakładki Gene Expression (Ekspresja genu).

Aby zmienić ustawienia kolorów próbki lub grup biologicznej
1.

W prawym okienku w oknie dialogowym Gene Expression (Ekspresja genu) sprawdzić, czy pozycja
Targets (Geny docelowe) jest widoczna na liście rozwijanej X-Axis (Oś X).

2.

Wykonać czynności z sekcji Aby zmienić ustawienia kolorów genów docelowych na stronie 286.

Zmiana widoku wykresu
Aby zmienić bieżący widok wykresu:u

Z menu paska narzędzi wybrać polecenie docelowego widoku.

Uwaga: Zostanie otwarta zakładka Gene Expression (Ekspresja genu), na której dane będąwidoczne w domyślnym widoku Bar Chart (Wykres słupkowy).

286 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)

Wykluczanie izolowanych punktów danych
Na wykresie punktowym można łatwo przeglądać wartości izolowane i wykluczyć je z analizy.

Wykluczenie izolowanych punktów danychuKliknąć prawym przyciskiem myszy docelową wartość izolowaną na wykresie punktowym i wybraćopcję Exclude Well from Analysis (Wyklucz studzienkę z analizy).

Punkt danych jest usuwany z wykresu punktowego, a studzienka zmienia kolor na szary w części Well
Selector (Selektor studzienek) w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe).

Włączanie wykluczonego izolowanego punktu danychuKliknąć prawym przyciskiem myszy studzienkę w części Well Selector (Selektor studzienek)
w zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe) i wybrać opcje Well (Studzienka) > Include in
Analysis (Włącz do analizy).

Przeglądanie szczegółów punktów danychWyświetlenie szczegółów punktu danychu

Na wykresie pudełkowym z wąsami i wykresie punktowym wstrzymać kursor myszy na pojedynczym
punkcie danych.

Zostanie wyświetlona etykietka narzędzia zawierająca nazwę próbki i jej ekspresję (w zależności od
wybranego trybu jest to ilość względna lub znormalizowana wartość ekspresji).

Dodawanie adnotacji na wykresach
Aby wyraźnie przekazywać dane, w każdym widoku wykresu słupkowego można dodawać strzałki, koła
i tekst. Adnotacje są zapisywane wraz z wykresem słupkowym i są widoczne w eksportowanym
i drukowanym pliku. Jednak adnotacje dodane do jednego widoku wykresu nie są dodawane do innych
widoków.

Narysowanie strzałki lub koła na wykresie
1.

Na pasku narzędzi wykresu słupkowego kliknąć potrzebne narzędzie.

2.

Kliknąć w obrębie wykresu słupkowego i przeciągnąć kursor przez wykres zgodnie z potrzebami.

Podręcznik użytkownika | 287

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Dodanie tekstu do wykresu
1.

Na pasku narzędzi wykresu słupkowego kliknąć Add Text (Dodaj tekst).

2.

Kliknąć w obrębie wykresu słupkowego. W miejscu kliknięcia zostanie wyświetlone pole tekstowe.

3.

Wpisać tekst w polu tekstowym.

4.

Kliknąć w dowolnym miejscu wykresu, aby wyjść z pola tekstowego.
Wskazówka: Nacisnąć Enter, aby dodać kolejne wiersze w polu tekstowym.

Przeniesienie adnotacji
1.

Najechać kursorem na adnotację. Ikona zmieni się w palec, a obrzeże adnotacji zostaniepodświetlone.

2.

Kliknąć adnotację i przeciągnąć ją w inną pozycję.

3.

Zwolnić adnotację, aby przytwierdzić ją w danym miejscu.

Cofnięcie adnotacjiuKliknąć Undo (Cofnij).
Usuwana jest ostatnio dodana adnotacja.
Wskazówka: Można cofnąć dziesięć ostatnich adnotacji, jedną po drugiej.

Ponowne dodanie adnotacjiuKliknąć Redo (Ponów).
Zostanie przywrócona ostatnio usunięta adnotacja.
Wskazówka: Można przywrócić dziesięć ostatnich adnotacji, jedną po drugiej.

Usunięcie adnotacjiuKliknąć adnotację prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję Delete (Usuń).

288 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)

Dostosowywanie danych dotyczących ekspresji genu
Po wybraniu trybu analizy, znormalizowanej wartości ekspresji (∆∆Cq) lub ilości względnej (∆Cq), można
dostosować dane wyświetlane w zakładce Gene Expression (Ekspresja genu), zmieniając opcje ustawień
na prawo od wykresu.
Wskazówka: Domyślne opcje danych dotyczących ekspresji genu są ustawiane w oknie dialogowym
User Preferences (Preferencje użytkownika) — dalsze informacje na ten temat przedstawiono
w rozdziale Ustawianie domyślnych parametrów pliku danych dotyczących ekspresji genu na stronie 99.

Dane wykresu
Ustawić skalę liniową dla wartość osi y, aby włączyć opcje danych wykresu. Opcje danych wykresuumożliwiają przedstawianie danych na wykresie z wykorzystaniem jednej z następujących opcji:nRelative to control (Względem kontroli) — przedstawianie na wykresie danych z osią skalowaną od 0
do 1. Jeśli w danej analizie próbek przypisano kontrolę, wybrać tę opcję w celu szybkiej wizualizacjizwiększenia i zmniejszenia stopnia ekspresji genu docelowego.

nRelative to zero (Względem zera) — przedstawianie na wykresie danych z początkiem w punkcie
zero.

Analyze Using (Analizuj przy użyciu)
Za pomocą rozwijanego menu wybrać sposób analizowania danych i ich przedstawiania na wykresie.
Dostępne są następujące opcje:nSamples Only (Tylko próbki) — dane są analizowane i przedstawiane na wykresach dla każdej
z próbek z osobna.

n

Biological Groups Only (Tylko grupy biologiczne) — dane są analizowane i przedstawiane na
wykresach dla grup biologicznych. Wartość ekspresji wyświetlana dla grupy biologicznej stanowiśrednią geometryczną dla próbek z tej grupy.

nSample Biological Group (Próbka i grupa biologiczna) — dane są analizowane i przedstawiane na
wykresach dla każdej z próbek z osobna z dołączeniem grupy biologicznej po nazwie próbki.
Przedstawione wartości P są obliczane na podstawie grupy biologicznej.

nBiological Group Sample (Grupa biologiczna i próbka) — dane są analizowane i przedstawiane na
wykresach dla każdej z próbek z osobna z dołączeniem grupy biologicznej przed nazwą próbki.
Przedstawione wartości P są obliczane na podstawie grupy biologicznej.

Za pomocą menu rozwijanego (Próbka kontrolna) można wybrać próbkę, która zostanie użyta donormalizacji ilości względnej:Podręcznik użytkownika | 289

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Opcje Annotate P-Values (Oznacz wartości P) i P-Value Threshold (Progowa
wartość P)
Po wybraniu opcji Annotate P-Values (Oznacz wartości P) program wyświetla gwiazdkę (*) na wykresiesłupkowym nad docelowym genem, jeśli jego wartość P jest niższa niż wybrany próg. Programautomatycznie oblicza wartość P, porównując poziom ekspresji w próbce z poziomem ekspresji
w wybranej próbce kontrolnej z zastosowaniem standardowego testu t. Zakres progowych wartości P to
0,000–1,000.

Opcje osi X
Opcje dotyczące osi X pozwalają na wybranie danych wyświetlanych na osi X wykresu Gene Expression(Ekspresja genu):nTarget (Sekwencja docelowa) — umożliwia wyświetlanie nazw sekwencji docelowych na osi X.

nSample (Próbka) — umożliwia wyświetlanie nazw próbek na osi X.

Opcje osi Y
Opcje dotyczące osi Y pozwalają na wyświetlanie wykresu Gene Expression (Ekspresja genu) w jednej z
trzech skal:nLinear (Liniowa) — ta opcja umożliwia wyświetlanie skali liniowej.
Wskazówka: Ustawienie skali liniowej dla osi y powoduje włączenie listy rozwijanej Graph Data
(Dane wykresu), z której można wybrać dane wykresu względem kontroli lub zera.

n

Log 2 (Logarytm o podstawie 2) — ta opcja umożliwia ocenę próbek z dużego zakresu
dynamicznego.

n

Log 10 (Logarytm dziesiętny) — ta opcja umożliwia ocenę próbek z bardzo dużego zakresu
dynamicznego.

Opcje skalowania
Aby włączyć opcje skalowania na wykresie Gene Expression (Ekspresja genu), wybrać Normalized Gene
Expression (ΔΔCq) (Znormalizowana ekspresja genu) i ustawić wartość None (Brak) w opcji (Próbka
kontrolna) . Wybrać jedną z poniższych opcji skalowania, aby obliczać i prezentować dane w sposób
najlepiej dopasowany do schematu konkretnej analizy próbek:n

Unscaled (Bez skalowania) — prezentacja nieprzeskalowanej, znormalizowanej ekspresji genu.

nHighest (Wartość najwyższa) — skalowanie znormalizowanej ekspresji genu dla każdego genu
docelowego poprzez dzielenie poziomu ekspresji każdej próbki przez najwyższy poziom ekspresjispośród wszystkich próbek.
W tej opcji skalowania wykorzystywany jest wzór skalowania do wartości najwyższej.

290 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)nLowest (Wartość najniższa) — skalowanie znormalizowanej ekspresji genu dla każdego genu
docelowego poprzez dzielenie poziomu ekspresji każdej próbki przez najniższy poziom ekspresjispośród wszystkich próbek.
W tej opcji skalowania wykorzystywany jest wzór skalowania do wartości najniższej.

nAverage (Średnia) — skalowanie znormalizowanej ekspresji genu dla każdego genu docelowego
poprzez dzielenie poziomu ekspresji każdej próbki przez średnią geometryczną z poziomów
ekspresji dla wszystkich próbek.
W tej opcji skalowania wykorzystywany jest wzór skalowania do średniej.

Należy wybrać opcję typu obliczeń błędów (pasków błędów) na wykresie Gene Expression (Ekspresjagenu):

Mnożnik słupka błędu na wykresie
Wybrać mnożnik dla słupków błędów na wykresie Gene Expression (Ekspresja genu). Wybrać jedną znastępujących liczb całkowitych:n+/- 1 (domyślnie)

n

2

n

3

Typ mnożnika ulega zmianie po wybraniu paska błędu:n

SEM — błąd standardowy średniejn

Std Dev — odchylenia standardowe

Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu)
Wskazówka: To okno dialogowe jest też dostępne w oknie Plate Editor (Edytor płytki). Więcej
informacji przedstawiono w rozdziale Zmiana ustawień eksperymentu na stronie 163.
W oknie dialogowym Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) można przeglądać i zmieniać listę
genów docelowych, próbek lub grup biologicznych, wybierać geny referencyjne, wybierać kontrole oraz
ustawiać grupę Gene Expression Analysis (Analiza ekspresji genu) do analizowania, jeśli do studzienek
dodano grupy biologiczne.

Przejście do okna dialogowego Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu)uKliknąć opcję Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) na dole prawego panelu w zakładce
Graphing (Wykresy).

Podręcznik użytkownika | 291

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Zostanie wyświetlone okno dialogowe Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu) z otwartą
zakładką Targets (Geny docelowe).

Zmiana ustawień Targets (Geny docelowe)u

W zakładce Targets wykonać dowolne z następujących czynności:n

Aby wybrać gen docelowy jako referencyjny na potrzeby analizy danych dotyczących ekspresjigenu, wybrać jego nazwę w kolumnie Reference (Gen referencyjny).

n

Aby zmienić kolor genu docelowego, kliknąć jego komórkę w kolumnie Color (Kolor) i zmienić
kolor w wyświetlonym wtedy oknie dialogowym Color.
Zmiana koloru jest widoczna na wykresach Gene Expression (Ekspresja genu).

n

W celu użycia wcześniej określonej wartości wydajności, usunąć zaznaczenie pola wyboru dla
genu docelowego w kolumnie Auto Efficiency (Automatyczna wydajność) i wpisać liczbę
oznaczającą odsetek wydajności dla genu docelowego.
Program oblicza względną wydajność dla genu docelowego z użyciem opcji Auto Efficiency(Automatyczna wydajność), jeśli dane dla genu docelowego zawierają krzywą wzorcową.

Zmiana ustawień Sample (Próbka)u

W zakładce Samples (Próbki) wykonać dowolne z następujących czynności:n

Aby wybrać próbkę jako kontrolę na potrzeby analizy danych dotyczących ekspresji genu,
zaznaczyć nazwę tej próbki w kolumnie Control (Kontrola).

n

Aby zmienić kolor grupy próbek, kliknąć jej komórkę w kolumnie Color (Kolor) i zmienić kolorw wyświetlonym wtedy oknie dialogowym Color.
Zmiana koloru jest widoczna na wykresach Gene Expression (Ekspresja genu).

n

Aby wyświetlać próbkę na wykresach Gene Expression (Ekspresja genu), wybrać ją w kolumnieShow Chart (Pokaż wykres).

n

Aby usunąć próbkę z wykresów Gene Expression (Ekspresja genu), odznaczyć jej wybór
w kolumnie Show Chart (Pokaż wykres).
Wskazówka: Dane grupy próbek nadal są prezentowane w tabeli Results (Wyniki).

Wykluczenie typu próbki z obliczeń analizyuZaznaczyć jego pole wyboru na dole okna dialogowego Experiment Settings (Ustawienia
eksperymentu).
Uwaga: To wyklucza kontrole i/lub wzorce z analizy ekspresji genu.

292 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)

Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem
myszy
W celu wybrania pozycji przedstawionych w sekcji Tabela 32 należy kliknąć prawym przyciskiem myszyna wykresie ekspresji genu.
Tabela 32. Pozycje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na wykresie
ekspresji genu

Pozycja

Funkcja

Copy (Kopiuj)Służy do kopiowania wykresu do schowka.

Save Image As (Zapisz obraz

Zapisuje wykres w pliku obrazu. Należy ustawić rozdzielczość ijako)

wymiary obrazu, a następnie wybrać typ pliku (PNG, JPG, BMP).

Page Setup (KonfiguracjaUmożliwia wybór ustawień strony do drukowania.

strony)Print (Drukuj)Służy do drukowania wykresu.

Set Scale to Default (Ustaw

Opcja Show All (Pokaż wszystkie) służy do pokazywania wszystkichskalę domyślną)danych na wykresie słupkowym. Jeśli ilość próbek jest zbyt duża i niemożna wyświetlić wszystkich w ramce wykresu, wówczas wyświetlanyjest pasek przewijania.

Chart Settings (UstawieniaUmożliwia otwarcie okna Chart Settings (Opcje wykresu), w którym

wykresu)można dostosować wykres.

Sort (Sortuj)

Sortuje kolejność próbek lub sekwencji docelowych, które pojawiają
się na osi x wykresu.

Use Corrected Std Devs (UżyjOblicza słupki błędów za pomocą formuły skorygowanych odchyleń

skorygowanych odchyleń

standardowych.

standardowych)
Use Solid Bar Colors (Używaj

Powoduje wyświetlanie pełnych słupków na wykresie.

pełnych kolorów dla słupków)
X–Axis Labels (Etykiety osi X)Umożliwia wyświetlanie etykiet osi X w poziomie lub pod kątem.

Podręcznik użytkownika | 293

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Arkusz kalkulacyjny z danymi
Tabela 33 zawiera dane wyświetlane tabeli Gene Expression Data Table (Tabela danych dotyczących
ekspresji genu).
Uwaga: Wartości w tabeli są obliczane na podstawie typu wykresu oraz preferencji wybranych w
panelu po prawej stronie.
Tabela 33. Opis informacji zawartych w arkuszu kalkulacyjnym na zakładce

Informacja

Opis

Targets (Sekwencje docelowe)

Nazwa sekwencji docelowej (gen poddany amplifikacji) wybrana w
oknie Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu).

Biological Group (Grupa

Nazwa próbki i/lub grupy biologicznej wybrana w oknie Experimentbiologiczna)

Settings (Ustawienia eksperymentu).

Sample Biological Group (Grupa
biologiczna próbki)Biological Group Sample(Próbka z grupy biologicznej)
Control (Kontrola)

Nazwa kontroli wybranej w oknie Experiment Settings (Ustawienia
eksperymentu). Gdy dla opcji Analyze Using (Analizuj przy użyciu)
wybrane jest ustawienie Samples Only (Tylko próbki), wówczas
Control (Kontrola) jest próbką wybraną w oknie Experiment Settings(Ustawienia eksperymentu). Gdy wybrana jest opcja Biological Groups
Only (Tylko grupy biologiczne), Sample Biological Group (Grupa
biologiczna próbki) lub Biological Group Sample (Próbka z grupy
biologicznej), wówczas kontrola jest grupą biologiczną wybraną w
oknie Experiment Settings (Ustawienia eksperymentu).

Relative Quantity orIlość względna (ΔCq) lub znormalizowana ekspresja genów (ΔΔCq) w

Expression (Ilość względna lubzależności od wybranego trybu.

ekspresja)
Relative Quantity or ExpressionBłąd standardowy średniej (SEM) lub odchylenie standardowe (SD)SEM (or SD) (Błąd standardowyilości względnej lub ekspresji znormalizowanej — w zależności odśredniej (lub odchylenie

wybranej opcji. Dostępne, gdy dla opcji Analyze Using (Analizuj przystandardowe) ilości względnej

użyciu) ustawiona jest wartość Samples Only (Tylko próbki), Sample

lub ekspresji)

Biological Group (Grupa biologiczna próbki) lub Biological Group
Sample (Próbka z grupy biologicznej).

294 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)

Informacja

Opis

Corrected Relative Quantity or

Obliczenie wartości skorygowanej dla SEM lub SD ilości względnej lub

Expression SEM (or SD) (Błądekspresji znormalizowanej — w zależności od wybranej opcji.

standardowy średniej (lubDostępne, gdy dla opcji Analyze Using (Analizuj przy użyciu)

odchylenie standardowe)ustawiona jest wartość Samples Only (Tylko próbki), Sample

skorygowanej ilości względnej

Biological Group (Grupa biologiczna próbki) lub Biological Grouplub ekspresji)Sample (Próbka z grupy biologicznej).

Mean Cq (Średnia z cykluŚrednia z cyklu oznaczenia ilościowego (nie jest wyświetlana, gdy dla

oznaczenia ilościowego)

opcji Analyze Using (Analizuj przy użyciu) ustawiona jest wartość
Biological Groups Only (Tylko grupy biologiczne).

Cq SEM (lub SD) (BłądSEM lub SD cyklu oznaczenia ilościowego — w zależności odstandardowy średniej cyklu

wybranej opcji (nie jest wyświetlana, gdy dla opcji Analyze Using

oznaczenia ilościowego (lub(Analizuj przy użyciu) ustawiona jest wartość Biological Groups Only

odchylenie standardowe))(Tylko grupy biologiczne).

Podręcznik użytkownika | 295

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Opcja Show Details (Pokaż szczegóły)
Tabela 34 zawiera dane wyświetlane po wybraniu opcji Show Details (Pokaż szczegóły) z menudostępnego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na arkuszu kalkulacyjnym wykresu słupkowego.
Tabela 34. Informacje na arkuszu kalkulacyjnym wykresu słupkowego po wybraniu opcji Show
Details (Pokaż szczegóły)

Informacja

Opis

Data Set (Zestaw danych)

Dane fluorescencji z jednego fluoroforu w pliku danych.

Relative Quantity (Ilość

Obliczona ilość względna próbek.

względna)
Relative Quantity SD

Odchylenie standardowe obliczenia ilości względnej.

(Odchylenie standardowe ilości
względnej)
Corrected Relative Quantity SD

Obliczone odchylenie standardowe skorygowanej ilości względnej.

(Odchylenie standardowe
skorygowanej ilości względnej)
Relative Quantity SEM (BłądObliczony błąd standardowy średniej ilości względnej.

standardowy średniej ilości
względnej)
Corrected Relative Quantity

Obliczony błąd standardowy średniej skorygowanej ilości względnej.

SEM (Błąd standardowy średniej
skorygowanej ilości względnej)
Relative Quantity(lg) (Logarytm

Log2 ilości względnej, który jest używany na potrzeby analizilości względnej)

statystycznych.

SD RQ(lg)Odchylenie standardowe ilości względnej (log2).

SEM Expression(lg) (LogarytmBłąd standardowy średniej ekspresji (log2)błędu standardowego średniej
ekspresji)
Unscaled Expression (Ekspresja

Obliczona ekspresja bez skalowania.

bez skalowania)
Unscaled Expression SD

Obliczone odchylenie standardowe ekspresji bez skalowania.

(Odchylenie standardowe
ekspresji bez skalowania)

296 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Graphing (Wykresy)

Tabela 34. Informacje na arkuszu kalkulacyjnym wykresu słupkowego po wybraniu opcji Show
Details (Pokaż szczegóły), ciąg dalszy

Informacja

Opis

Corrected Unscaled Expression

Obliczone odchylenie standardowe skorygowanej ekspresji bez

SD (Odchylenie standardowe

skalowania.

skorygowanej ekspresji bez
skalowania)
Unscaled Expression SEM (BłądObliczony błąd standardowy średniej ekspresji bez skalowania.

standardowy średniej ekspresji
bez skalowania)
Corrected Unscaled Expression

Obliczony błąd standardowy średniej skorygowanej ekspresji bez

SEM (Błąd standardowy średniej

skalowania.

skorygowanej ekspresji bez
skalowania)
Unscaled Expression(lg)Log2 ekspresji bez skalowania.

(Logarytm ekspresji bez
skalowania)
SD Unscaled Expression(lg)Odchylenie standardowe ekspresji bez skalowania (log2).

(Logarytm błędu standardowego
ekspresji bez skalowania)
SEM Unscaled Expression(lg)Błąd standardowy średniej ekspresji bez skalowania (log2).

(Logarytm błędu standardowegośredniej ekspresji bez
skalowania)
ekspresja

Znormalizowana ekspresja genu

Corrected Expression SD

Obliczone odchylenie standardowe skorygowanej ekspresji.

(Odchylenie standardowe
ekspresji bez skalowania)
Expression SEM (BłądBłąd standardowy średniej ekspresji.

standardowy średniej ekspresji)
Corrected Expression SEM

Obliczony błąd standardowy średniej skorygowanej ekspresji.

(Błąd standardowy średniej
ekspresji skorygowanej)Podręcznik użytkownika | 297

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Tabela 34. Informacje na arkuszu kalkulacyjnym wykresu słupkowego po wybraniu opcji Show
Details (Pokaż szczegóły), ciąg dalszy

Informacja

OpisExpression(lg) (Logarytm

Log2 ekspresji (znormalizowanej), który jest używany na potrzeby

ekspresji)analiz statystycznych.

SD Expression(lg) (Logarytm

Odchylenie standardowe ekspresji (log2).

odchylenia standardowego
ekspresji)
SEM Expression(lg) (LogarytmBłąd standardowy średniej ekspresji (log2)błędu standardowego średniej
ekspresji)
Mean Cq (Średnia z cykluŚrednia z cyklu oznaczenia ilościowego

oznaczenia ilościowego)
Cq SD (Odchylenie standardowe

Odchylenie standardowe cyklu oznaczenia ilościowego

cyklu oznaczenia ilościowego)
Cq SEM (Błąd standardowyBłąd standardowy średniej cyklu oznaczenia ilościowegośredniej cyklu oznaczeniailościowego)

298 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Clustergram

Clustergram
Clustergram wyświetla dane w hierarchii opartej na stopniu podobieństwa ekspresji różnych genów
docelowych i próbek.
Uwaga: W celu wyświetlenia jakiegokolwiek wykresu danych innego niż ekspresja względna na
wykresie słupkowym należy wybrać referencyjny gen docelowy.
Clustergram przedstawia ekspresję względną próbki lub genu docelowego w następujący sposób:nUpregulation (Zwiększenie stopnia ekspresji) (kolor czerwony) — wyższa ekspresja.

n

Downregulation (Zmniejszenie stopnia ekspresji) (kolor zielony lub niebieski) — niższa ekspresja.

n

No regulation (Brak zmiany stopnia ekspresji) (kolor czarny).

n

No value calculated (Brak wartości obliczonej) (kolor czarny z białym znakiem X).

Im jaśniejszy jest odcień koloru, tym większa jest różnica ekspresji względnej. Jeśli nie można wyliczyćżadnej znormalizowanej wartości Cq, wówczas kwadrat będzie czarny z białym znakiem X.
Na zewnętrznych krawędziach wykresu danych znajduje się dendrogram, który wskazuje hierarchię
klastrów. Geny docelowe i próbki, które mają podobne wzorce ekspresji, będą widoczne nasąsiadujących gałęziach, a takie, których wzorce są niepodobne, będą znajdowały się dalej od siebie.

Settings (Ustawienia)Można ustawić następujące opcje:nCluster By (Łączenie w klastry wg) — do wyboru następujące opcje: Targets (Sekwencje docelowe),
Samples (Próbki), Both (Oba) lub None (Brak).

nSize (Rozmiar) — dostosowuje rozmiar obrazu i zmienia stopień powiększenia wykresu.

n

Split Out Replicates (Rozdziel według replikacji) — powoduje wyświetlenie wartości dla
poszczególnych replikacji.

Wskazówka: Można zmienić schemat kolorów z domyślnego czerwono-zielonego na czerwono-niebieski,
wybierając tę opcję w menu wyświetlanym po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w z tych wykresów.

Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem
myszy
Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w obszarze clustergramu są takie
same jak dla wykresu słupkowego. Dostępne opcje przedstawiono w sekcji Tabela 32 na stronie 293.
Dodatkowo należy wybrać opcję Color Scheme (Schemat kolorów), aby zmienić na wykresie schematPodręcznik użytkownika | 299

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

barwny zmniejszania stopnia ekspresji z domyślnego schematu czerwono-zielonego na czerwononiebieski.

Arkusz kalkulacyjny z danymi
W arkuszu kalkulacyjnym wyświetlane są wartości dla genu docelowego, próbki i znormalizowanej
wartości ekspresji.

300 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wykres rozrzutu

Wykres rozrzutu
Na wykresie rozrzutu wyświetlana jest znormalizowana wartość ekspresji genów docelowych dla próbki
kontrolnej w odniesieniu do próbki eksperymentalnej. Linie na wykresie wskazują próg krotności zmiany
ekspresji. Punkty danych między liniami wskazują, że różnica ekspresji między próbkami dla danego
docelowego genu jest pomijalna. Punkty danych poza liniami przekraczają próg krotności zmiany ekspresji
i mogą być przedmiotem zainteresowania.
Obraz na wykresie przedstawia następujące zmiany ekspresji genu docelowego na podstawie progu krotności
zmiany ekspresji:nUpregulation (Zwiększenie stopnia ekspresji) (czerwone kółko) — względnie większa ekspresja.

n

Downregulation (Zmniejszenie stopnia ekspresji) (zielone lub niebieskie kółko) — względnie
mniejsza ekspresja.

n

No change (Brak zmiany) (czarne kółko).

Kliknąć i przeciągnąć linię progu, aby dostosować wartość progu krotności zmiany ekspresji.

Settings (Ustawienia)Można ustawić następujące opcje:nControl Sample (Próbka kontrolna)nExperimental Sample (Próbka eksperymentalna).

n

Fold Change Threshold (Próg krotności zmiany ekspresji). Przy zwiększaniu lub zmniejszaniu
krotności zmiany ekspresji odpowiednio przesuwają się linie progowe na wykresie.

Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem
myszy
Opcje menu wyświetlanego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy w przypadku wykresu rozrzutu są
takie same jak dla wykresu słupkowego. Dostępne opcje przedstawiono w sekcji Tabela 32 na stronie
293. Dodatkowo można wybrać Symbol, aby zmienić symbol stosowany na wykresie z domyślnego kółkana jeden z następujących:ntrójkąt,nkrzyżyk,nkwadrat,nromb.

Podręcznik użytkownika | 301

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Arkusz kalkulacyjny z danymi
W arkuszu kalkulacyjnym wyświetlane są wartości dla genu docelowego oraz znormalizowana wartość
ekspresji dla próbek kontrolnych i eksperymentalnych. Wskazuje też, czy stopień ekspresji genów
docelowych jest zwiększony czy zmniejszony w porównaniu do stopnia ekspresji genu docelowego.

302 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Arkusz kalkulacyjny Results (Wyniki)

Arkusz kalkulacyjny Results (Wyniki)
Arkusz kalkulacyjny wyników zawiera podsumowanie danych ze wszystkich wykresów. Tabela 35
zawiera dane wyświetlane w arkuszu kalkulacyjnym Results (Wyniki).
Tabela 35. Informacje na zakładce Results (Wyniki)

Informacja

Opis

Targets (Sekwencje docelowe)

Nazwa sekwencji docelowej (gen poddany amplifikacji)Sample (Próbka)Nazwa próbki

Mean Cq (Średnia z cykluŚrednia z cyklu oznaczenia ilościowego

oznaczenia ilościowego)
Mean Efficiency Corrected CqŚrednia z cyklu oznaczenia ilościowego po korekcie uwzględniającej

(Cq po korekcie uwzględniającej

wydajność reakcji

wydajność średnią)Normalized Expression

Ekspresja sekwencji docelowej znormalizowana do referencyjnej(Znormalizowana wartość

sekwencji docelowej (ΔΔCq)

ekspresji)Relative Normalized Expression

Ekspresja względna znormalizowana do próbki kontrolnej; nazywana(Znormalizowana ekspresja

również krotnością zmianywzględna)
Regulation (Regulacja)

Zmiana ekspresji względem próbki kontrolnej

Compared to RegulationZwiększenie lub zmniejszenie stopnia ekspresji w próbce badanej w

Threshold (Porównanie dozależności od ustawienia progu

progu regulacji)

Uwaga: Dane dla replikatów znajdują się tylko w arkuszach kalkulacyjnych na zakładkach analiz
danych, w których wybrana została opcja Split Out Replicates (Rozdziel według replikacji) (czyli
Clustergram). W danych ekspresji w arkuszach kalkulacyjnych ekspresji genu może pojawić się
rozbieżność, jeśli jako próbka kontrolna na wykresie słupkowym zostanie wybrana opcja „none”(Brak).

Podręcznik użytkownika | 303

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Badanie genów
Badanie genów można utworzyć w celu porównania danych o ekspresji genu z jednego lub większej
liczby eksperymentów PCR w czasie rzeczywistym z zastosowaniem kalibratora do kalibracji między
analizami próbek w celu normalizacji między eksperymentami. Można utworzyć badanie genów, dodając
do badania genów dane z co najmniej jednego pliku danych (z rozszerzeniem .pcrd). Oprogramowanie
grupuje je w pojedynczy plik (z rozszerzeniem .mgxd).
Uwaga: Maksymalna liczba próbek, jakie można przeanalizować w badaniu genów, jest ograniczonaprzez wielkość pamięci RAM oraz pamięci wirtualnej komputera.

Kalibracja między analizami próbek
Próba wykonania kalibracji między analizami próbek jest podejmowana w każdym nowym badaniu genów
dla każdej sekwencji docelowej celem normalizacji zmienności między analizami, które mogą dotyczyć
sekwencji docelowych testowanych w osobnych analizach PCR w czasie rzeczywistym (oznacza to, że zróżnych płytek generowane są różne pliki .pcrd).
Aby oprogramowanie rozpoznało próbkę jako kalibrator między analizami próbek, taka próbka musi miećtaką samą nazwę sekwencji docelowej, nazwę próbki, a także — jeśli jest wykorzystywana — taką samąnazwę grupy biologicznej na każdej porównywanej płytce.
Uwaga: Jeśli w konkretnym badaniu genów wymagane jest wykonanie kalibracji między analizami
próbek, wówczas badanie powinno obejmować co najmniej jeden kalibrator między analizami
próbek. Sekwencje docelowe bez odpowiednich próbek będących kalibratorami między analizami
próbek będą przetwarzane bez korekt w badaniu genów (nie jest to zalecane).
Kalibratory między analizami próbek mogą być stosowane na dwa sposoby:nOsobno dla poszczególnych sekwencji docelowych — różne primery PCR mogą mieć różne
wydajności. Domyślnie kalibrator między analizami próbek jest stosowany do wszystkich studzienek
na jednej płytce, które mają tę samą nazwę sekwencji docelowej — na przykład Cq wygenerowane
przy użyciu tego samego oznaczenia.

n

Dla całego badania — jeden kalibrator między analizami próbek jest wybierany przez użytkownika istosowany do całego badania genów.

304 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Badanie genów

Okno dialogowe Gene Study (badanie genów)

Okno dialogowe Gene Study (badanie genów) zawiera dwie zakładki:n

Zakładka Study Setup (Konfiguracja badania) — zarządzanie analizami próbek w badaniu genów.
Ważne: Dodanie lub usunięcie plików danych w badaniu genów nie powoduje zmiany danych
w oryginalnym pliku.

nZakładka Study Analysis (Analiza badania) — wyświetlanie danych o ekspresji genu dla połączonych
analiz próbek.

Zakładka Study Setup (Konfiguracja badania)
Tabela 36 zawiera dane wyświetlane w zakładce Study Setup (Konfiguracja badania).
Tabela 36. Zakładka Study Setup (Konfiguracja badania) w oknie dialogowym Gene Study(Badania genów).

Tytuł kolumny

Opis

File Name (Nazwa pliku)

Nazwa pliku danych analizy (rozszerzenie .pcrd)

File Folder (Folder plików)

Katalog, w którym zapisany jest plik danych dla każdej analizy w
badaniu genów

Date Created (Data

Data utworzenia danych analizy

utworzenia)Podręcznik użytkownika | 305

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Tabela 36. Zakładka Study Setup (Konfiguracja badania) w oknie dialogowym Gene Study(Badania genów)., ciąg dalszy

Tytuł kolumny

OpisWell Group Name (Nazwa

Nazwa grupy studzienek, która została wybrana, gdy plik zostałgrupy studzienek)

dodany do badania genów
Wskazówka: Aby przeanalizować jedną grupę studzienek w
badaniu genów, należy wybrać tę grupę w oknie Data Analysis(Analiza danych) przed zaimportowaniem pliku danych dobadania genów.

Step (Etap)

Etap protokołu, który zawiera odczyt płytki w celu zgromadzenia
danych PCR w czasie rzeczywistym

Run Type (Typ analizy)

Typ zdefiniowany przez użytkownika lub analiza PrimePCR

Protocol Edited (Protokół po

Zaznaczenie tej opcji oznacza, że protokół używany na potrzeby

edycji)analizy PrimePCR został poddany edycji

View Plate (Wyświetl płytkę)Umożliwia otwarcie mapy płytki z danymi z poszczególnych analiz
uwzględnionych w obszarze Gene Study (Badania genów)

Przygotowanie badania genów
Aby przygotować badania genów
1.

Przed zaimportowaniem danych do badania genów należy wykonać następujące czynności w oknie
Data Analysis (Analiza danych):nNależy upewnić się, że próbki o takiej samej zawartości mają taką samą nazwę. W badaniu
genów oprogramowanie przyjmuje założenie, że studzienki o nazwach Target (Sekwencja
docelowa) lub Sample (Próbka) zawierają te same próbki.

n

W celu zoptymalizowania danych w każdej analizie należy dostosować wartość bazową iprogową (Cq) na zakładce Quantification (Oznaczenie ilościowe).

n

Wybrać grupę studzienek, które mają zostać uwzględnione w badaniu genów.
W celu wyświetlenia danych z jednej grupy studzienek w badaniu genów tę grupę należy wybrać
przed zaimportowaniem pliku danych.

Zakładka Study Setup (Konfiguracja badania) przedstawia listę wszystkich analiz w ramach badania
genów.
2.

W oknie dialogowym Gene Study (Badania genów) wybrać zakładkę Study Setup (Konfiguracjabadania).

306 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Badanie genów

3.

Kliknąć opcję Add Data Files (Dodaj pliki danych), aby wybrać plik z okna przeglądarki.
Wskazówka: Aby szybko dodać analizy do badania genów, należy przeciągnąć pliki danych(rozszerzenie .pcrd) do okna dialogowego Study Setup (Konfiguracja badania).

4.

Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE będzie automatycznie wykonywać analizę w ramach badania
genów w miarę jak użytkownik będzie dodawał pliki danych. Aby wyświetlić wyniki, należy wybrać
zakładkę Study Analysis (Analiza badania).

Aby usunąć analizy z badania genówu

Wybrać co najmniej jeden plik na liście i kliknąć opcję Remove (Usuń).

Aby dodać uwagi dotyczące badania genówu

Do pola tekstowego Notes (Uwagi) wprowadzić uwagi dotyczące plików i analizy.

Zakładka Study Analysis (Analiza badania)
Na zakładce Study Analysis (Analiza badania) widoczne są dane z wszystkich analiz wykonanych w
ramach badania genów. Opcje analizy ekspresji genu są takie same, jak te dla pojedynczego pliku
danych, ale z następującymi wyjątkami:nW przypadku wykresów słupkowych wartości kalibracji między analizami próbek pojawiają się (jeśli
są obliczane) po kliknięciu opcji Inter-run Calibration (Kalibracja między analizami próbek).
Uwaga: Jako kalibrator między analizami próbek mogą być używane tylko następujące typy
próbek:o

Unknown (Nieznana)oStandard (Wzorzec)oPositive Control (Kontrola dodatnia)

Próbki kontroli ujemnej, próbki NTC (kontrola bez matrycy) i NRT (kontrola bez materiału badanego
przy odwrotnej transkrypcji) nie mogą być używane jako kalibrator między analizami próbek.
nNarzędzie Reference Gene Selection (Wybór genu referencyjnego) identyfikuje testowane geny
referencyjne i na podstawie stabilności genów przydziela je do kategorii Ideal (Idealne), Acceptable(Akceptowalne) lub Unstable (Niestabilne).
o

Idealne geny referencyjne są stabilne i reprezentują minimalne zmienność w testowanych
próbkach.

oAkceptowalne geny referencyjne nie są idealnie stabilne i reprezentują umiarkowaną zmienność
w testowanych próbkach. Z takich genów referencyjnych należy korzystać, jeśli nie są dostępne
żadne idealne geny referencyjne.

Podręcznik użytkownika | 307

Rozdział 12 Analiza ekspresji genuonNiestabilne geny referencyjne charakteryzują się nadmierną zmiennością w testowanych
próbkach. Zalecane jest wykluczenie takich genów z analiz.

Narzędzie PrimePCR Analysis Controls (Kontrole Analizy PrimePCR) wyświetla wyniki testowanych
próbek w tabeli:o

Zakładka Summary (Podsumowanie) przedstawia podsumowanie wszystkich testowanych
próbek. Próbki, które pomyślnie przeszły wszystkie oznaczenia kontrolne, są widoczne w
kolorze zielonym. Próbki, w przypadku których co najmniej jedno oznaczenia kontrolne nie
zostało zaliczone, mają kolor żółty.

oNa zakładce PCR wyświetlane są wyniki dodatniego oznaczenia kontrolnego PCR. To
oznaczenie wykrywa inhibicję i potencjalne problemy, które mogą wpływać na ekspresję genu.

oNa zakładce RT wyświetlane są wyniki dodatniego oznaczenia kontrolnego z transkrypcją
odwrotną. To oznaczenie ilościowo ocenia działania RT i identyfikuje próbki, w których działanie
RT może zakłócić ekspresję genu.

oNa zakładce gDNA wyświetlane są wyniki oznaczenia kontrolnego pod kątem zanieczyszczenia
DNA. To oznaczenie sprawdza, czy genomowy DNA (gDNA) jest obecny w próbce w stężeniu,
które może wpłynąć na wyniki qPCR.

o

Na zakładce RQ wyświetlane są wyniki analizy jakości RNA (RQ1 i RQ2). Te zakładki
jakościowo oceniają, czy jakość RNA może niekorzystnie wpłynąć na ekspresję genu.

Kategorie raportów Gene Study (Badanie genów)
W oknie dialogowym Gene Study Report (Raport z badania genów) można uporządkować dane badania
genów, tworząc z nich raport. Tabela 37 zawiera wszystkie opcje dostępne na potrzeby raportu z badania
genów.
Tabela 37. Kategorie dla raportu z badania genów

Kategoria

Opcja

Opis

Nagłówek
Tytuł, podtytuł i logo dla raportu
Report Information

Data, nazwa użytkownika, nazwa pliku danych,(Informacje o raporcie)ścieżka pliku danych i wybrana grupa studzienek

Gene Study File List (Lista

Lista wszystkich plików danych w badaniu genów

plików do badania genów)
Notes (Uwagi)

308 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Uwagi dotyczące raportu z danymi

Badanie genów

Tabela 37. Kategorie dla raportu z badania genów, ciąg dalszyKategoria

Opcja

Opis

Study Analysis (Analiza badania): Wykres słupkowy
Analysis Settings

Lista wybranych parametrów analizy(Ustawienia analizy)
Chart (Wykres)

Wykres słupkowy Gene Expression (Ekspresjagenu) przedstawiający dane

Target Names (Nazwy

Lista sekwencji docelowych w badaniu genów

genów docelowych)
Sample Names (Nazwy

Lista próbek w badaniu genów

próbek)Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny, który przedstawia dane

Target Stability (Stabilność

Dane dotyczące stabilności sekwencji docelowej

genu docelowego)Inter-run Calibration

Dane kalibracji między analizami próbek(Kalibracja między
analizami próbek)Box-and-Whisker Chart

Wykres pudełkowy z wąsami przedstawiający

(Wykres pudełkowy

ekspresję genówz wąsami)
Dot-Plot Chart (Pokaż

Wykres punktowy przedstawiający ekspresję

punktowy)

genów

Study Analysis (Analiza badania): Clustergram i Scatter Plot (Wykres rozrzutu)
Analysis Settings

Ustawienia dla każdego typu wykresu(Ustawienia analizy)
Chart (Wykres)

Wykres Gene Expression (Ekspresja genu)
przedstawiający dane

Data (Dane)

Arkusz kalkulacyjny z wyszczególnionymi danymi
dla każdego genu docelowegoPodręcznik użytkownika | 309

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

Tabela 37. Kategorie dla raportu z badania genów, ciąg dalszyKategoria

Opcja

Opis

Study Analysis (Analiza badania): ANOVAData
ANOVA Settings

Progowa wartość P stosowana w analizie(Ustawienia ANOVA)ANOVA Results (Wyniki

Tabela wyników analizy ANOVA i analizy post-

ANOVA)

hoc HSD Tukey'a

Test normalności Shapiro-

Grupa biologiczna, liczba, wartość P i dowolne

Wilkabłędy występujące dla każdego genu
docelowego w analizie

ANOVA Errors (BłędyANOVA)

310 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEBłędy rozpoznane podczas obliczeń ANOVABadanie genów

Tworzenie raportu z badania genów
Aby utworzyć raport z badania genów
1.

Przed utworzeniem raportu z badania genów należy odpowiednio dostosować dane i wykresy.

2.

Wybrać opcje Tools (Narzędzia) > Reports (Raporty) w menu Gene Study (Badanie genów), aby
otworzyć okno dialogowe Report (Raport).

3.

Wybrać opcje, które mają zostać ujęte w raporcie. Raport zostanie otwarty z wybranymi opcjamidomyślnymi. Zaznaczyć lub usunąć zaznaczenie pola wyboru, aby zmienić całe kategorie lub
pojedyncze opcje w obrębie kategorii.
Opcje dostępne do wyświetlenia przedstawia sekcja Kategorie raportów Gene Study (Badanie
genów) na stronie 308.

4.

Zmienić kolejność kategorii i pozycji w raporcie. Opcje można przeciągać do pozycji wymaganych.
Kolejność pozycji można zmieniać jedynie w obrębie kategorii, do których dane pozycje należą.

5.

Kliknąć opcję Update Report (Aktualizuj raport), aby zaktualizować Report Preview (Podgląd raportu)
z uwzględnieniem jakichkolwiek zmian.

6.

Wydrukować lub zapisać raport. Aby wydrukować bieżący raport, kliknąć przycisk Print Report(Drukuj raport) na pasku narzędzi. Wybrać opcje File (Plik) > Save (Zapisz), aby zapisać raport
w formacie PDF (plik programu Adobe Acrobat Reader), i wybrać miejsce zapisu pliku. Wybrać opcje
File (Plik) > Save As (Zapisz jako), aby zapisać raport z nową nazwą lub w nowym miejscu.

7.

(Opcjonalnie) Utworzyć szablon raportu zawierający potrzebne informacje. Aby zapisać bieżące
ustawienia raportu w szablonie, wybrać opcje Template (Szablon) > Save (Zapisz) lub Save As(Zapisz jako). Następnie wczytać szablon raportu należy wczytać następnym razem przed
utworzeniem nowego raportu.

Podręcznik użytkownika | 311

Rozdział 12 Analiza ekspresji genu

312 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEZałącznik A Obliczenia w analizie danych
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security automatycznie oblicza wzory i wyświetla wyniki
w zakładkach okna Data Analysis (Analiza danych). W tym załączniku szczegółowo objaśniono sposób
obliczania wzorów przez CFX Maestro Dx SE.

Wydajność reakcji
Jak sugerują dowody, stosowanie odpowiedniej miary wydajności dla każdego zestawu primera i sondy
zapewnia dokładniejsze wyniki przy analizowaniu danych o ekspresji genu. Domyślna wartość
wydajności stosowana w obliczeniach ekspresji genu to 100%. Aby ocenić wydajność reakcji, należy
wygenerować krzywą wzorcową przy użyciu seryjnych rozcieńczeń reprezentatywnej próbki w całym
odpowiednim zakresie dynamiki i zarejestrować wydajność dla późniejszej analizy ekspresji genu. Jeśli
analiza próbek obejmuje krzywą wzorcową, oprogramowanie automatycznie wylicza wydajność
i wyświetla ją w części Standard Curve (Krzywa wzorcowa) w zakładce Quantification (Oznaczenieilościowe), jeśli w zakładce Targets (Geny docelowe) w oknie Experiment Settings (Ustawienia
eksperymentu) jest zaznaczona opcja Auto Efficiency (Automatyczna wydajność).
Wydajność (E) we wzorach na wydajność odnosi się do „wydajności” opisanych przez Pfaffla (2001) oraz
Vandesompelego i wsp. (2002). W tych publikacjach wydajność wynosząca 2 (idealne podwojenie przykażdym cyklu) odpowiada 100% wydajności w tym oprogramowaniu. Można przeliczyć obliczenia
wydajności na obliczenia stosowane w oprogramowaniu, stosując następującą zależność matematyczną:n

E = (% wydajności * 0,01) + 1n% wydajności = (E – 1) * 100

Relative Quantity (Ilość względna)Wzór na ilość względną (ΔCq) dla dowolnej próbki (GOI):

Uwaga: Ten wzór jest stosowany do obliczania ilości względnej, gdy nie zdefiniowano żadnej
kontrolnej próbki.
Gdzie:

Podręcznik użytkownika | 313

Załącznik A Obliczenia w analizie danychn

E = wydajność zestawu primera i sondy. Ta wydajność jest obliczana za pomocą wzoru(% wydajność * 0,01) + 1, gdzie 100% wydajności = 2nC q (min) = średnia wartość Cq dla próbki o najniższej średniej wartości Cq dla GOIn

Cq (sample) = średnia wartość Cq dla próbkin

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (jedna sekwencja docelowa)Ilość względna przy wybranej kontroli
Gdy przypisana jest kontrolna próbka lub grupa biologiczna, to ilość względna (RQ) dla dowolnej próbki
z genem będącym przedmiotem zainteresowania (GOI) jest obliczana ze wzoru:

Gdzie:n

E = wydajność zestawu primera i sondy. Ta wydajność jest obliczana za pomocą wzoru(% wydajność * 0,01) + 1, gdzie 100% wydajności = 2n

Cq (control) = średnia wartość Cq dla próbki kontrolnejnCq (sample) = średnia wartość Cq dla wszelkich próbek z GOInGOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (jedna sekwencja docelowa)

Odchylenie standardowe ilości względnej
Ważne: To obliczenie ma zastosowanie tylko wtedy, gdy dla opcji Analyze Using (Analizuj przyużyciu) wybrano wartość Samples Only (Tylko próbki), Sample Biological Group (Grupa biologiczna
próbki) lub Biological Group Sample (Próbka z grupy biologicznej).
Wzór na odchylenie standardowe obliczenia ilości względnej jest następujący:Gdzie:n

SD Relative Quantity = odchylenie standardowe ilości względnejn

SD CqGOI sample = odchylenie standardowe Cq dla próbki (GOI)n

Relative Quantity = ilość względna próbkin

E = wydajność zestawu primera i sondy. Ta wydajność jest obliczana za pomocą wzoru(% wydajność * 0,01) + 1, gdzie 100% wydajności = 2

314 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Wartość Cq skorygowana względem wydajności (CqE)n

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (jedna sekwencja docelowa)

Wartość Cq skorygowana względem wydajności (CqE)
Wzór na wartość Cq (CqE) skorygowaną względem wydajności:Gdzie:n

E = wydajność

Cq po korekcie uwzględniającej wydajność średnią (MCqE)
Wzór na Cq po korekcie z uwzględnieniem wydajności średniej

Gdzie:n

CqE = Cq po korekcie uwzględniającej wydajność

nn = liczba replikacjiPodręcznik użytkownika | 315Załącznik A Obliczenia w analizie danych

Znormalizowana ekspresja
Znormalizowana wartość ekspresji (ΔΔCq) to względna ilość docelowego genu znormalizowanawzględem ilości referencyjnych docelowych genów lub sekwencji w danym układzie biologicznym. Aby
wybrać referencyjne docelowe geny lub sekwencje, otworzyć okno Experiment Settings (Ustawienia
eksperymentu) i kliknąć kolumnę referencyjną dla każdego docelowego genu, który stanowi gen
referencyjny.
Wzór na znormalizowaną wartość ekspresji wykorzystujący obliczoną ilość względną (RQ):

Gdzie:n

RQ = ilość względna w próbcen

Ref = referencyjny gen docelowy w analizie próbek, która obejmuje co najmniej jeden referencyjny
gen docelowy w każdej próbcen

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (jedna sekwencja docelowa)

O ile referencyjne geny docelowe nie zmieniają swojego poziomu ekspresji w danym układzie
biologicznym, obliczenie znormalizowanej wartości ekspresji pozwoli poznać różnice w ładowaniu próbek
lub zróżnicowanie liczby komórek, które są reprezentowane w każdej z próbek.

316 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Znormalizowana wartość ekspresji po wybraniu kontroli

Ekspresja i ilość względna na potrzeby grup biologicznych
Gdy w opcji Analyze Using (Analizuj przy użyciu) wybrano pozycję Biological Groups Only (Tylko grupy
biologiczne), oprogramowanie wyświetla średnią ekspresję (znormalizowaną wartość ekspresji lub ilość
względną, w zależności od wybranego trybu) dla próbek w obrębie grupy biologicznej. Ponieważ
ekspresja ma zazwyczaj rozkład logarytmiczno-normalny, ekspresja jest uśredniana za pomocą średniej
geometrycznej:

Gdzie:
nExp1, Exp2, Expn = ilość względna lub znormalizowana wartość ekspresji dla próbek z grupy
biologicznejnn = liczba próbek w grupie biologicznej

Znormalizowana wartość ekspresji po wybraniu kontroli
Gdy w oknie Experiment Settings (Ustawienia ekspresji) zostanie wybrana próbka kontrolna,
oprogramowanie ustawi poziom ekspresji próbki kontrolnej na 1. W tej sytuacji oprogramowanie
znormalizuje ilości względne ekspresji wszystkich sekwencji docelowych (genów) do ilości kontroli(wartość 1). Znormalizowana ekspresja jest równoważna analizie znormalizowanej ekspresji bez
skalowania po wybraniu kontroli.
Uwaga: Jest to również określane jako względna znormalizowana ekspresja (RNE) lub krotność
zmiany.

Podręcznik użytkownika | 317

Załącznik A Obliczenia w analizie danych

Odchylenie standardowe dla znormalizowanej wartości
ekspresji
Znormalizowana wartość ekspresji jest przeskalowywana poprzez podzielenie odchylenia
standardowego znormalizowanej wartości ekspresji przez znormalizowaną wartość ekspresji dla
najwyższego lub najniższego poziomu ekspresji w zależności od wybranej opcji skalowania. Wzór naodchylenie standardowe (SD) współczynnika normalizacji:

Gdzie:n

RQ = ilość względna w próbcen

SD = odchylenie standardowen

NF = współczynnik normalizacjin

Ref = referencyjny gen docelowynn = liczba referencyjnych genów docelowych

Gdy przypisana jest próbka kontrolna, nie trzeba przeprowadzać tego przeskalowania dla odchylenia
standardowego, jak przedstawia następujący wzór:

Gdzie:nNE = znormalizowana wartość ekspresjin

RQ = ilość względna w próbcen

SD = odchylenie standardowen

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (jedna sekwencja docelowa)

318 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana do najwyższego poziomu ekspresji

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana do
najwyższego poziomu ekspresjiJeśli analiza próbek nie zawiera kontroli, należy przeskalować znormalizowaną wartość ekspresji (NE)dla każdego docelowego genu, dzieląc poziom ekspresji każdej próbki przez najwyższy poziom ekspresjispośród wszystkich próbek. Oprogramowanie ustawia wartość 1 dla najwyższego poziomu ekspresji
i przeskalowuje wszystkie poziomy ekspresji próbek. Wzór na skalowanie według najwyższego poziomu:

Gdzie:n

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (sekwencja docelowa)

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana do
najniższego poziomu ekspresjiJeśli analiza próbek nie zawiera kontroli, należy przeskalować znormalizowaną wartość ekspresji (NE)dla każdego docelowego genu, dzieląc poziom ekspresji każdej próbki przez najniższy poziom ekspresjispośród wszystkich próbek. Oprogramowanie ustawia wartość 1 dla najniższego poziomu ekspresji
i przeskalowuje wszystkie poziomy ekspresji próbek. Wzór na skalowanie według najniższego poziomu:

Gdzie:n

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (sekwencja docelowa)

Znormalizowana wartość ekspresji przeskalowana dośredniego poziomu ekspresjiJeśli analiza próbek nie zawiera kontroli, należy przeskalować znormalizowaną wartość ekspresji (NE)dla każdego docelowego genu, dzieląc poziom ekspresji każdej próbki przez średnią geometryczną
z poziomów ekspresji dla wszystkich próbek. Oprogramowanie ustawia wartość 1 dla średniego poziomu
ekspresji i przeskalowuje wszystkie poziomy ekspresji próbek. Wzór na skalowanie według średniej:

Gdzie:

Podręcznik użytkownika | 319

Załącznik A Obliczenia w analizie danychn

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (sekwencja docelowa)n

GM = średnia geometryczna znormalizowanej wartości ekspresji dla wszystkich próbek

320 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Odchylenie standardowe dla przeskalowanej znormalizowanej wartości ekspresji

Odchylenie standardowe dla przeskalowanej znormalizowanej
wartości ekspresji
Przeskalowanie znormalizowanej ekspresji (NE) odbywa się poprzez dzielenie odchylenia
standardowego (SD) znormalizowanej wartości ekspresji przez znormalizowaną wartość ekspresji dla
najwyższego (MAX) lub najniższego (MIN) poziomu ekspresji w zależności od wybranej opcji skalowania.
Uwaga: Gdy przypisana jest próbka kontrolna, nie trzeba przeprowadzać tego przeskalowania dlaodchylenia standardowego.
Wzór dla tego obliczenia jest następujący:Gdzie:nNE = znormalizowana wartość ekspresjin

SD = odchylenie standardowen

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (sekwencja docelowa)nMAX = najwyższy poziom ekspresjin

MIN = najniższy poziom ekspresjiPodręcznik użytkownika | 321Załącznik A Obliczenia w analizie danych

Słupki błędów dla odchylenia standardowego (lg) i błędu
standardowego średniej (lg)Poza stosowaniem przedziałów ufności dla grup biologicznych mogą być wyświetlane słupki błędów na
podstawie odchylenia standardowego lub błędu standardowego średniej z log2 ekspresji. Słupki błędów
są obliczane w następujący sposób:
Dolny słupek błędu RQ = 2RQ(lg) – SD RQ(lg) lub 2RQ(lg) – SEM RQ(lg)Górny słupek błędu RQ = 2RQ(lg) + SD RQ(lg) lub 2RQ(lg) + SEM RQ(lg)Gdzie:n

RQ(lg) = log2 ilości względnej dla grupy biologicznejn

SD RQ(lg) = odchylenie standardowe ilości względnej (log2)n

SEM RQ(lg) = błąd standardowy średniej ilości względnej (log2)

Dolny słupek błędu ekspresji = 2Eksp.(lg) – SD Eksp.(lg) lub 2Eksp.(lg) – SEM Eksp.(lg)Górny słupek błędu ekspresji = 2Eksp.(lg) + SD Eksp.(lg) lub 2Eksp.(lg) + SEM Eksp.(lg)Gdzie:
nEksp.(lg) = log2 ekspresji (znormalizowanej wartości ekspresji) dla grupy biologicznejn

SD RQ(lg) = odchylenie standardowe ekspresji (log2)n

SEM RQ(lg) = błąd standardowy średniej ekspresji (log2)

322 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Krotność zmiany ekspresji

Krotność zmiany ekspresji
Zmiana krotności ekspresji jest miarą zwiększenia lub zmniejszenia ekspresji genu docelowego dlaeksperymentalnej próbki lub grupy biologicznej w porównaniu z kontrolą. Miarę tę wyznacza sięw następujący sposób:Jeśli ekspresja (eksperymentalna) > ekspresja (kontrolna):Jeśli ekspresja (eksperymentalna) < ekspresja (kontrolna):

Uwaga: W przypadku zakładki Graphing (Wykresy), Expression (Ekspresja) bazuje na ilości
względnej lub na znormalizowanej wartości ekspresji, w zależności od wybranego trybu (zob.
Graphing (Wykresy) na stronie 281). Jednak w przypadku wykresu rozrzutu, i clustergramu, zmianę
krotności ekspresji zawsze wylicza się ze znormalizowanej wartości ekspresji.

Podręcznik użytkownika | 323

Załącznik A Obliczenia w analizie danych

Wzory na wartości skorygowaneWażne: Te obliczenia mają zastosowanie tylko wtedy, gdy dla opcji Analyze Using (Analizuj przyużyciu) wybrano wartość Samples Only (Tylko próbki), Sample Biological Group (Grupa biologiczna
próbki) lub Biological Group Sample (Próbka z grupy biologicznej).
Różnica między wartościami skorygowanymi a nieskorygowanymi jest widoczna tylko wtedy, gdy krzywa
wzorcowa została utworzona jako część analizy PCR w czasie rzeczywistym. W celu ustalenia propagacjibłędu oprogramowanie korzysta z trzech równań:nBłąd standardowynBłąd standardowy dla ekspresji znormalizowanejnBłąd standardowy dla znormalizowanego genu będącego przedmiotem zainteresowania (sekwencji
docelowej)

Wzór na błąd standardowy:

Gdzie:
nn = liczba referencyjnych sekwencji docelowych (genów)n

SD = odchylenie standardowe

Wzór na błąd standardowy współczynnika normalizacji w ekspresji znormalizowanej:

Gdzie:
nn = liczba referencyjnych genów docelowychnSE = Błąd standardowyn

NF = współczynnik normalizacjin

RQ = Ilość względna

Wzór na błąd standardowy dla znormalizowanego genu będącego przedmiotem zainteresowania (GOI)

Gdzie:

324 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Obliczenia przedziału ufności na potrzeby analizy grup biologicznychnSE = Błąd standardowyn

GOI = gen będący przedmiotem zainteresowania (jedna sekwencja docelowa)n

NF = współczynnik normalizacjinn = liczba referencyjnych genów docelowych

Obliczenia przedziału ufności na potrzeby analizy grup
biologicznych
Podczas analizy grup biologicznych (gdy w opcji Analyze Using (Analizuj przy użyciu) wybrano pozycję
Biological Groups Only (Tylko grupy biologiczne)) przedziały ufności są obliczane dla ilości względnej
i względnej znormalizowanej wartości ekspresji.
Przedziały ufności są obliczane w skali logarytmicznej na podstawie rozkładu t z użyciem wzoru:

Gdzie:n= średnia ekspresja z poziomów ekspresji próbek w grupie biologicznej wyrażonych w skalilogarytmicznejnSD = odchylenie standardowe poziomów ekspresji próbek w grupie biologicznej wyrażonych w skalilogarytmicznejnn = liczba próbek w grupie biologicznejnt = uzyskane z rozkładu t na podstawie stopni swobody i poziomu istotności alfa
Uwaga: Poziom istotności alfa można ustawić za pomocą pola progowej wartości P w zakładce
Graphing (Wykresy).

Po obliczeniu przedziałów ufności są one przeliczane na skalę liniową i przedstawiane w tabeli Gene
Expression Data Table (Tabela danych dotyczących ekspresji genu) i na wykresie słupkowym w zakładce
Graphing (Wykresy).

Obliczenia dla wykresu pudełkowego z wąsami
Wykres pudełkowy z wąsami przedstawia rozkład wartości ekspresji w grupie biologicznej, ponieważ
dane na tym wykresie są prezentowane jako kwartyle. Kwartyl 1 i 3 są reprezentowane odpowiednio
przez dolne i górne ograniczenia pudełka. Mediana jest wyświetlana jako linia ciągła przebiegająca przezPodręcznik użytkownika | 325Załącznik A Obliczenia w analizie danych

pudełko. Wąsy reprezentują minimalne i maksymalne wartości, które w zestawie danych nie są
wartościami odstającymi. Wartości odstające to takie, które przekraczają 1 i 3 kwartyl o wielokrotność 1,5
raza zakres międzykwartylowy.
Uwaga: Jeśli w grupie biologicznej istnieje tylko jedna próbka, jest ona pokazana jako pojedynczyokrąg, co oznacza pojedynczy punkt danych.
Poniższy wykres pudełkowy z wąsami demonstruje sposób prezentowania takich danych.

LEGENDA
1.

Wartość odstająca Ta wartość odstająca > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Uwaga: Umieścić kursor nad okręgiem, aby wyświetlić podpowiedź zawierającą nazwę
próbki i ilość względną lub ekspresję znormalizowaną — w zależności od tego, jaki model
jest wybrany.

2.

Wyznaczenie maksymalnej wartości, która nie jest wartością odstającą.

3.

Kwartyl górny/3 (Q3). 75% wartości ekspresji jest poniżej Q3.

4.

Mediana lub najbardziej środkowa wartość — wartości ekspresji uporządkowanych według
rankingu.

5.

Kwartyl dolny/1 (Q1). 25% wartości ekspresji jest poniżej Q1.

326 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Obliczenia dla wykresu pudełkowego z wąsami

6.

Wyznaczenie minimalnej wartości, która nie jest wartością odstającą.

7.

Wartość odstająca Ta wartość odstająca < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

Podręcznik użytkownika | 327

Załącznik A Obliczenia w analizie danych

328 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEZałącznik B Ścieżki audytu
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security tworzy ścieżki audytu dla plików danych i badań
genów (odpowiednio pliki .prcd i .mgxd). Wszelkie zmiany lub działania wykonane na zabezpieczonych
danych i plikach badań genów są rejestrowane w ścieżce audytu pliku, gdy plik jest zapisywany.
CFX Maestro Dx SE tworzy oddzielną ścieżkę audytu dla każdego pliku.
Można wybrać File (Plik) > Save as (Zapisz jako) i zapisać zabezpieczone podpisane lub niepodpisane
dane i pliki badań genów w innym folderze lub pod inną nazwą. Nowy plik dziedziczy ścieżkę audytu z
oryginalnego pliku. Ścieżka audytu dla nowego pliku obejmuje również działanie Save As (Zapisz jako).
Zmiany lub działania wykonane na nowym pliku są rejestrowane we własnej ścieżce audytu. Oryginalnyplik zachowuje swoją ścieżkę audytu, w której rejestrowane są dalsze działania.
Zdarzenia podlegające audytowi na stronie 331 zawiera listę zdarzeń podlegających audytowi, które
przechwytuje oprogramowanie.

Wyświetlanie ścieżek audytu
Każda ścieżka audytu zawiera poniższe informacje:nnSzczegóły nagłówka audytuoFile version (Wersja pliku) – zapisana wersja pliku.

oDate (Data) – data bieżącego zdarzenia podlegającego audytowi.

oUser (Użytkownik) - domena Windows i nazwa zalogowanego użytkownika.

oComment (Komentarz) - ostatni zapisany komentarz.

o

Signature (Podpis) - podpis elektroniczny ostatniej osoby, która podpisała plik.

oSignature reason (Powód podpisu) – powód podpisu.

oApplication (Aplikacja) – CFX Maestro Dx SE.

oApplication version (Wersja aplikacji) – aktualna wersja CFX Maestro Dx SE.

oFull user (Imię i nazwisko użytkownika) – imię i nazwisko zalogowanego użytkownika.

oMachine (Maszyna) – komputer, na którym jest zainstalowany system CFX Maestro Dx SE

Szczegóły zmian audytu

Podręcznik użytkownika | 329

Załącznik B Ścieżki audytuoObject (Obiekt) – pozycja, która została zmieniona (pozycja podlegająca audytowi).

oOld value (Stara wartość) – poprzednia wartość.

o

New value (Nowa wartość) – nowa wartość.

oDescription (Opis) – opis zmiany.

Aby wyświetlić ścieżkę audytuu

W otwartym pliku danych lub badania genów, należy wybrać polecenie View (Widok) > Audit Trail(Ścieżka audytu). Pojawi się ścieżka audytu pliku.

Domyślnie dane są sortowane według daty i godziny, a wszystkie zdarzenia są wyświetlane w
rozwiniętym widoku. Można filtrować widok według nazwy użytkownika i obiektu oraz zwijać
rozwinięty widok, aby łatwo sortować według dowolnego pola nagłówka. Można również wyświetlićścieżkę audytu jako raport html.

Aby posortować według nazwy użytkownikau

Wybrać docelowego użytkownika z listy rozwijanej User Name (Nazwa użytkownika).

Aby posortować według obiektuu

Wybrać docelowy obiekt z listy rozwijanej Object (Obiekt).

Aby ukryć pełne opisy zdarzeń
uKliknąć Collapse All (Zwiń wszystko).

330 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zdarzenia podlegające audytowi

Aby posortować dane w tabeli szczegółów zmianuKliknąć symbol rombu w nagłówku kolumny danych, aby przeprowadzić sortowanie rosnąco (od A do
Z, od najmniejszej do największej lub od najstarszej do najnowszej).

Aby wydrukować ścieżkę audytu
1.

Kliknąć HTML Report (Raport HTML), aby wyświetlić ścieżkę audytu w przeglądarce internetowej.

2.

W oknie przeglądarki wykonać jedną z poniższych czynności:n

Wybrać polecenie File (Plik) > Print (Drukuj).

n

Kliknąć na raport prawym przyciskiem myszy i wybrać opcję Print (Drukuj).

Zdarzenia podlegające audytowi
CFX Maestro Dx SE przechwytuje następujące zdarzenia podlegające audytowi w plikach danych i badań
genów.

Zdarzenia podlegające audytowi podczas analizynGodzina rozpoczęcia analizyn

Edycje płytki podczas analizyn

Edycje protokołu podczas analizynGodzina zakończenia analizy

Zdarzenia podlegające audytowi podczas tworzenia pliku danychnUtworzono plik danychnInterpolowane odczyty płytki dodane przez system

Zdarzenia podlegające audytowi, gdy plik danych jest zapisywanynOgólneoName (Nazwa)oSigning (Podpisywanie)oPlate Setup (Konfiguracja płytki)oDisplay Wells (Wyświetl studzienki)oAnalyzed fluorophores (Analizowane fluorofory)oPlate edits (Edycje płytek)Podręcznik użytkownika | 331Załącznik B Ścieżki audytu

n

n

n

n

n

o

Analysis mode (Tryb analizy)o

PCR Active Well Group (Aktywna grupa studzienek PCR)

Zakładka Quantification (Oznaczenie ilościowe)oAktywny krokoSettings (Ustawienia) — Cq Determination mode (Tryb oznaczania Cq)oSettings (Ustawienia) — Baseline Setting (Ustawienie wartości bazowej)oDrift correction applied (Zastosowano korektę dryfu)oSettings (Ustawienia) — Cycles to Analyze (Cykle do przeanalizowania)oSettings (Ustawienia) — Analysis Mode (Tryb analizy)oSettings (Ustawienia) — Baseline Threshold (Próg bazowy)

Zakładka Melt Curve (Krzywa topnienia)o

Aktywny krokoWyświetlany typ wartości szczytowejoPróg analizy wartości szczytowej

Zakładka End Point (Punkt końcowy)oAktywny fluorofor/sekwencja docelowaoCykle końcowe do średniejoMetoda obliczania tolerancjioProcent zakresu

Zakładka Allelic Discrimination (Dyskryminacja alleliczna)o

Fluorofor osi X i Y.

o

Wybierz numer cykluoZobacz mapę wskazań

Zakładka Gene Expression (Ekspresja genu) - All plots (Wszystkie wykresy)oExperiment Settings (Ustawienia eksperymentu) - Target reference (Odniesienie docelowe)oExperiment Settings (Ustawienia eksperymentu) - Sample control (Kontrola próbki)oExperiment Settings (Ustawienia eksperymentu) - Auto Efficiency (Automatyczna wydajność)332 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Zdarzenia podlegające audytowi

o
n

n

n

n

Zakładka Gene Expression (Ekspresja genu) - Graphing (Tworzenie wykresów)oAnalysis mode (Tryb analizy)oGraph data (Dane wykresu)oX-axis (Oś X)oY-axis (Oś Y)o

Scaling option (Opcje skalowania)oError bar (Pasek błędów)oError bar multiplier (Mnożnik słupka błędu)oP-value threshold (Próg wartości P)

Zakładka Gene Expression (Ekspresja genu) - Clustergramo

Cluster By (Łączenie w klastry wg)oPodziel replikacje

Zakładka Gene Expression (Ekspresja genu) - Scatter Plot (Wykres rozrzutu)oControl biological group (Kontrolna grupa biologiczna)oExperimental biological group (Eksperymentalna grupa biologiczna)o

Fold change threshold (Próg krotności zmiany ekspresji)

Zakładka Gene Expression (Ekspresja genu) - ANOVAonnExperiment Settings (Ustawienia eksperymentu) - Efficiency (Wydajność)P-value threshold (Próg wartości P)

Plate Setup (Konfiguracja płytki) - View/Edit Plate (Wyświetl / edytuj płytkę)o

Settings (Ustawienia) - PlateType (Typ płytki)oSettings (Ustawienia) - Units (Jednostki)oEditing Tools (Narzędzia do edycji) — Flip Plate (Odwróć płytkę)oWell groups (Grupy studzienek)oPlate fluorophores (Fluorofory płytek)

Plate Setup (Konfiguracja płytki) - Replace Plate and Apply PrimePCR File (Wymień płytkę i zastosuj
plik PrimePCR)oPlate Setup Import (Importuj konfigurację płytki)Podręcznik użytkownika | 333Załącznik B Ścieżki audytu

Zmiany w audycie dla plików badań genów
OgólnenName (Nazwa)

nZakładka Study Setup (Konfiguracja badania)on

Add/Remove data files (Dodaj/usuń pliki danych)

Zakładka Study Analysis (Analiza badania)

334 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEZałącznik C Integracja z systemem LIMS
Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security można skonfigurować do użytku z systememzarządzania informacjami laboratoryjnymi (Laboratory Information Management System — LIMS).
W celu zintegrowania się z systemem LIMS oprogramowanie CFX Maestro Dx SE wymaga informacjio konfiguracji płytki wygenerowanych przez platformę LIMS (tj. pliku LIMS, *.plrn), pliku protokołu (*.prcl)
utworzonego przez oprogramowanie CFX Maestro Dx SE, zdefiniowanej lokalizacji eksportu danych oraz
zdefiniowanego formatu eksportu.
Po zakończeniu analizy, CFX Maestro Dx SE generuje plik danych (.pcrd) i zapisuje go w określonej
lokalizacji folderu eksportu danych. CFX Maestro Dx SE może również utworzyć plik danych zgodny z
LIMS w formacie .csv i zapisać go w tej samej lokalizacji.

Tworzenie plików danych kompatybilnych z LIMS
W tym załączniku objaśniono sposób konfigurowania CFX Maestro Dx SE w celu tworzenia, zapisywania
i eksportowania plików danych kompatybilnych z LIMS.

Ustawianie folderu LIMS i opcji eksportu danychDomyślnie, CFX Maestro Dx SE zapisuje protokoły LIMS, pliki i pliki eksportu danych w tym folderze:
C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_Dx\LIMSMożna skonfigurować CFX Maestro Dx SE do zapisywania plików w innym folderze oraz można zmienić
opcje eksportu dotyczące danych LIMS.

Ustawienie folderu LIMS i opcji eksportu danych
1.

W oknie Home (Strona główna) wybrać Tools (Narzędzia) > Options (Opcje).

2.

W oknie dialogowym Options (Opcje) wybrać Data Export Settings (Ustawienia eksportu danych).

Podręcznik użytkownika | 335

Załącznik C Integracja z systemem LIMS

3.

(Opcjonalnie) Zaznaczyć Automatically export LIMS data at end of run (Automatycznie eksportuj
dane LIMS na koniec analizy próbek).
Oprogramowanie automatycznie wyeksportuje dane LIMS po każdej analizie próbek i zapisze je wewskazanej lokalizacji.

4.

Aby zmienić domyślne opcje eksportu danych LIMS, kliknąć LIMS Data Export Settings (Ustawienia
eksportu danych LIMS).
Ważne: Z powrotem do oprogramowania CFX Maestro Dx SE można zaimportować jedynie
dane LIMS wyeksportowane jako plik .csv.

5.

W oknie dialogowym LIMS Data Export Format Settings (Ustawienia formatu eksportu danych LIMS)
wybrać wymagane opcje eksportu i kliknąć OK.

6.

W oknie dialogowym Options (Opcje) przejść do domyślnego folderu, w którym mają być zapisywane
pliki danych LIMS, i wybrać go. Można wybrać inną lokalizację dla każdego typu pliku:nProtocol (Protokół)nLIMS file (Plik LIMS),n

Data export (Eksport danych).

336 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie plików danych kompatybilnych z LIMS

7.

Kliknąć OK, aby zapisać zmiany i zamknąć okno dialogowe Options (Opcje).

Tworzenie protokołu LIMS
Aby uruchomić analizę LIMS, utworzyć plik protokołu (*.prcl) oprogramowania CFX Maestro Dx SE
i zapisać go w folderze przeznaczonym na protokoły LIMS.
Więcej informacji zamieszczono w sekcji Rozdział 7, Tworzenie protokołów.

Tworzenie pliku systemu LIMS
Plik systemu LIMS (*.plrn) zawiera szczegóły konfiguracji płytki oraz nazwę pliku protokołu. Ten plik jest
generowany przez wewnętrzny system LIMS w placówce, w której działa system. Oprogramowanie
CFX Maestro Dx SE korzysta z tego pliku LIMS w celu utworzenia pliku płytki, który jest używany z plikiem
protokołu.
Program CFX Maestro Dx SE udostępnia pliki szablonu importu płytki, które można edytować celem
tworzenia niestandardowych plików płytek LIMS.
Wskazówka: To zadanie powinno być wykonywane przez specjalistę z zakresu systemu LIMS.

Aby utworzyć plik LIMS
1.

W oknie Home (Strona główna) wybrać opcje View (Widok) > Show (Pokaż) > LIMS File Folder(Folder plików LIMS).

2.

Otworzyć folder LIMS Templates (Szablony LIMS) i wybrać plik .csv, który zostanie zaimportowany
do wewnętrznego systemu LIMS w placówce, w której działa system.

3.

Przeprowadzić edycję pliku szablonu, wypełniając wymagane pola, których listę zawiera Tabela 38.

4.

Wykonaj jedną z następujących czynności:n

Aby zapisać zmiany do wykorzystania w przyszłości, należy zapisać plik jako plik .csv.

nAby zapisać zmiany i natychmiast użyć pliku, zapisz plik z rozszerzeniem .plrn.

nZapisać plik z rozszerzeniem nazwy .plrn w folderze LIMS File Folder (Folder plików LIMS).

Ważne: Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE może otworzyć tylko ten plik .plrn. W celu
uruchomienia analizy z użyciem systemu LIMS należy zapisać plik .csv jako plik .plrn.

Podręcznik użytkownika | 337

Załącznik C Integracja z systemem LIMS

Tabela 38. Definicja zawartości pliku .csv systemu LIMS

Kolumna

WierszA

1

Opis

Zawartość

Przeznaczenie

Nagłówek płytki

Nie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

A,B,C

2

Pole/dane/instrukcja

Nie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

B

3

WersjaNie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

B

4

Wielkość płytki

Nie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

B5

Typ płytki

Wprowadzić „BR

WymaganeWhite”, „BR Clear” lubinny skalibrowany typ
płytkiB

6

Tryb skanowania

Wprowadzić

Wymagane„SYBR/FAM Only:”, „All
Channels” lub „FRET”
B

7

Jednostki

Wprowadzić jedną znastępujących wartości:„copy number”, „folddilution”, „micromoles”,„nanomoles”,„picomoles”,„femtomoles”,„attomoles”,„milligrams”,„micrograms”,„nanograms”,„picograms”,„femtograms”,„attograms” lub„percent”

338 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

WymaganeTworzenie plików danych kompatybilnych z LIMS

Tabela 38. Definicja zawartości pliku .csv systemu LIMS, ciąg dalszy

Kolumna

WierszB

8

Opis

Zawartość

Przeznaczenie

Id. analizy

Wprowadzić krótki opis

Opcjonalne

lub kod kreskowy
identyfikujący analizę
(maksymalnie 30
znaków, przecinki są
niedozwolone)
B

B

9

10

Uwagi dotyczące

Wprowadzić opis

analizy

analizy

Protokół analizy

Wprowadzić nazwę

Opcjonalne

Wymaganepliku protokołu
dokładnie tak, jak jest
podanaA

11

Plik danych

Wprowadzić nazwę

Opcjonalne

pliku danych
A

12-15

TBD/Puste

Nie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

A

16

Dane płytki

Nie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

A

17-113

Pozycja studzienki

Nie edytowaćWstępnie
zdefiniowane

B-G

Barwnik dla kanału

Wprowadzić nazwę

Ch1, barwnik dlajednegokanału Ch2, barwnik

skalibrowanego

dla kanału Ch3,

barwnika (na przykład

barwnik dla kanału„FAM”) dla każdego

Ch4, barwnik dlaużywanego kanału

Wymaganekanału Ch5, FRETPodręcznik użytkownika | 339

Załącznik C Integracja z systemem LIMS

Tabela 38. Definicja zawartości pliku .csv systemu LIMS, ciąg dalszy

KolumnaH

WierszOpis

Zawartość

Przeznaczenie

Typ próbki

Wprowadzić jeden z

Wymaganenastępujących typów
próbek: „Unknown”,„Standard”, „Positive
Control”, „Negative
Control”, „NTC” lub„NRT”
I

Nazwa próbki

Wprowadzić nazwę

Opcjonalne

próbkiJ-O

Sekwencja docelowa

Wprowadzić nazwę

dla CH1, sekwencja

sekwencji docelowej dla

docelowa dla CH2,każdego używanego

sekwencja docelowa

kanałuOpcjonalne

dla CH3, sekwencja
docelowa dla CH4,
sekwencja docelowa
dla CH5, sekwencja
docelowa dla FRETP

Nazwa kolekcji

Wprowadzić nazwę

Opcjonalne

zestawu biologicznego
Q

ReplikatWprowadzić dodatnią

Opcjonalne

liczbę całkowitą dlakażdego zestawu
replikatów. Wartość niemoże być równa zero.
R-WIlość dla CH1, ilość dla

Wprowadzić wartości

Wymagane dla

CH2, ilość dla CH3,

ilości dla dowolnych

wszystkichilość dla CH4, ilość dla

wzorców. Wprowadzić

wzorców

CH5, ilość dla FRETstężenie w postaci
dziesiętnej.

340 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie plików danych kompatybilnych z LIMS

Tabela 38. Definicja zawartości pliku .csv systemu LIMS, ciąg dalszy

Kolumna
X

WierszOpis

Zawartość

Przeznaczenie

Uwaga dotycząca

Wprowadzić uwagę

Opcjonalne

studzienki

dotyczącą studzienki(maksymalnie 20
znaków)
Uwaga: Mimo że
CFX Maestro Dx
SE maograniczenie do 20
znaków przywprowadzaniu
uwag w Well Note
(Uwaga dotycząca
studzienki) za
pośrednictwem
oprogramowania,
pole Well Notemoże zawierać do
500 znaków, jeśli
jest zawarte w
zaimportowanym
pliku .plrn.
Jednakże,CFX Maestro Dx
SE wyświetli tylko
pierwszych 20
znaków.
Wyeksportowany
plik .pcrd będzie
zawierał wszystkie
znaki z pola Well
Note (Uwaga
dotycząca
studzienki), żadne
dane nie zostaną
utracone.

Podręcznik użytkownika | 341

Załącznik C Integracja z systemem LIMS

Tabela 38. Definicja zawartości pliku .csv systemu LIMS, ciąg dalszy

Kolumna

WierszY-AD

Opis

Zawartość

Przeznaczenie

Kolor studzienki dla

Wprowadzić dowolny

Opcjonalne

Ch1, kolor studzienki

kolor stylu krzywej

dla Ch2, kolor

zdefiniowanej przez

studzienki dla Ch3,użytkownika w formacie

kolor studzienki dladziesiętnym (argb) jako

Ch4, kolor studzienki

32-bitowa liczba

dla Ch5, kolor

całkowita

studzienki dla FRET

Uruchamianie analizy LIMS
Uruchomienie analizy LIMS
1.

Wykonać jedną z następujących czynności w celu otworzenia pliku LIMS (.plrn):n

W oknie Home (Strona główna) wybrać View (Widok) > Show (Pokaż) > LIMS File Folder (Folder
plików LIMS) i otworzyć docelowy plik .plrn.

nW oknie Home (Strona główna) wybrać File (Plik) > Open (Otwórz) > LIMS File (Plik LIMS)i otworzyć docelowy plik .plrn.

Plik jest otwierany w zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) w kreatorze Run Setup(Konfiguracja analizy próbek). W zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) wyświetlane są
informacje o eksperymencie, który ma być uruchomiony. W zakładce tej wyświetlany jest także
podłączony blok (lub bloki) aparatu, w którym można uruchomić dany eksperyment.
2.

W zakładce Start Run (Uruchom analizę próbek) wybrać aparat i kliknąć Start Run (Uruchom analizę
próbek).

342 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Tworzenie plików danych kompatybilnych z LIMS

Eksportowanie danych do systemu LIMS
Po zakończeniu analizy próbek, CFX Maestro Dx SE generuje plik danych (.pcrd) i zapisuje gow zdefiniowanej lokalizacji folderu eksportu danych.

Eksport pliku danych do systemu LIMSu

Otworzyć plik .pcrd i wybrać Export (Eksport) > Export to LIMS Folder (Eksportuj do folderu LIMS).

Wskazówka: Jeśli w części LIMS Options (Opcje LIMS) wybrano opcję Automatically Export Data
after Run (Automatycznie eksportuj dane po analizie próbek), CFX Maestro Dx SE tworzy plik
danych w formacie .csv kompatybilny z systemem LIMS i zapisuje go w tym samym folderze.

Podręcznik użytkownika | 343

Załącznik C Integracja z systemem LIMS

344 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEZałącznik D Rozwiązywanie problemów z
produktem Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security
Ten załącznik zawiera sugestie dotyczące rozwiązywania problemów, które mogą wystąpić podczas
aktualizacji lub uruchamiania produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security.

Umieszczanie plików i folderów produktu Oprogramowanie
CFX Maestro Dx, wersja Security na białej liście
W celu ochrony przed wirusami i złośliwym oprogramowaniem dział IT mógł wdrożyć bardzo
rygorystyczne zabezpieczenia oprogramowania. Te środki mogą mieć wpływ na czas potrzebny naaktualizację lub uruchomienie CFX Maestro Dx SE.
Aby poprawić wydajność CFX Maestro Dx SE, Bio-Rad zaleca, aby dział IT umieścił na białej liście
następujących pliki i foldery w ustawieniach zapory sieciowej oprogramowania antywirusowego
zainstalowanego na komputerze CFX Maestro Dx SE:

FolderynC:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Pliki
n

Wszystkie pliki .exe znajdujące się w folderze C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnR.exe i Rscript.exe (znajdujące się w folderze C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Podręcznik użytkownika | 345Załącznik D Rozwiązywanie problemów z produktem Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

Dziennik aplikacji
Przed rozpoczęciem nowego cyklu system CFX Opus Dx inicjuje autodiagnostyczny test w celu
sprawdzenia, czy działa zgodnie ze specyfikacjami. Oprogramowanie rejestruje wyniki tego testu w pliku
Run Log (Dziennik analiz próbek) oraz Application Log (Dziennik aplikacji). W razie stwierdzenia
problemów w jednym lub większej liczbie eksperymentów, otworzyć dzienniki analiz próbek i aplikacji,
aby stwierdzić, kiedy zaczął się problem.
CFX Maestro Dx SE Dx na bieżąco rejestruje informacje o stanie aparatu podczas analizy próbek
w Application Log (Dziennik aplikacji). Te dzienniki pozwalają śledzić zdarzenia występujące w aparatachi w oprogramowaniu oraz pomagają rozwiązywać problemy.

Otwarcie dziennika Application Log (Dziennik aplikacji)u

W oknie Home (Strona główna) wybrać View (Widok) > Application Log (Dziennik aplikacji).

Aby wyświetlić Dziennik Aplikacji jako plik HTML, kliknij przycisk HTML Report (Raport HTML).

346 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozwiązywanie problemów

Pobieranie plików dziennika aplikacji i oprogramowania
układowego
Dzienniki aplikacji i oprogramowania układowego zawierają informacje dotyczące czynności
wykonywanych podczas korzystania z oprogramowania i wykonywania zadań. W dziennikach tych
zapisywane są również wszelkie błędy oprogramowania lub oprogramowania układowego, którewystąpiły podczas działania oprogramowania lub aparatu.

Aby uzyskać dostęp do plików dziennika aplikacji i oprogramowania układowego:
1.

W panelu Detected Instruments (Wykryte Aparaty) kliknij prawym przyciskiem myszy na aparacie.

2.

Wybierz opcję Retrieve Log Files (Pobierz pliki dziennika).

3.

W oknie dialogowym Browse for Folder (Przeglądaj w poszukiwaniu folderu) wybierz folder docelowy
w sieci lub na dysku lokalnym, w którym chcesz zapisać pliki dziennika.
Uwaga: Folder nazywa się „Logs”.

4.

Kliknąć OK, aby zapisać pliki.
Ważne: Zapisanie pliku dziennika o tej samej nazwie, co istniejący plik dziennika, spowoduje
nadpisanie istniejącego pliku dziennika.

Rozwiązywanie problemów
Zwykle problemy z komunikacją między oprogramowaniem a aparatem można rozwiązać poprzez restart
komputera i systemu. Przed restartem należy upewnić się, że wyniki prac zostały zapisane.
Uwaga: Należy upewnić się, że ilość pamięci RAM i miejsca na dysku twardym jest wystarczająca.
Minimalna ilość pamięci RAM to 4 GB, a minimalna ilość miejsca na dysku twardym to 128 GB.

Awaria zasilania
W przypadku awarii zasilania aparat i komputer wyłączą się. Jeśli awaria zasilania jest krótka, aparat
powróci do uruchomionego protokołu, ale w Application Log (Dziennik aplikacji) zostanie odnotowana
awaria zasilania. W zależności od ustawień komputera i czasu trwania przerwy w zasilaniu aparati oprogramowanie próbują kontynuować pracę, przy czym zależy to od etapu protokołu:nJeśli protokół jest na etapie bez odczytu płytki, protokół jest kontynuowany, gdy tylko zostanie
przywrócone zasilanie aparatu.

nJeśli protokół jest na etapie z odczytem płytki, aparat czeka na ponowne uruchomienie
oprogramowania i przywrócenie komunikacji w celu zebrania danych. W takiej sytuacji protokół jestPodręcznik użytkownika | 347

Załącznik D Rozwiązywanie problemów z produktem Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

kontynuowany tylko wtedy, gdy oprogramowanie nie jest wyłączone przez komputer. Gdy komputeri oprogramowanie ponownie się uruchomią, protokół będzie kontynuowany.

Przesyłanie plików do komputera CFX Maestro Dx SEMożna przesyłać dane i pliki dziennika znajdujące się w aparacie na dysk twardy podłączonego
komputera CFX Maestro Dx SE.
Wskazówka: Wszystkie pliki w folderze danych czasu rzeczywistego w podstawie aparatu są
przesyłane na komputer.
Uwaga: Z aparatów CFX Opus Dx można przesyłać tylko pliki dziennika. Wszystkie pliki dziennika zaparatu są przesyłane do komputera.

Pobieranie plików z aparatu
1.

W panelu Detected Instruments (Wykryte aparaty) w oknie Home (Strona główna) kliknąć prawym
przyciskiem myszy docelowy aparat i wybrać Retrieve Log Files (Pobierz pliki dziennika).

2.

Wybrać lokalizację folderu w celu zapisania pobranych plików.

3.

Kliknąć OK.

Ręczna instalacja produktu Oprogramowanie CFX Maestro Dx,
wersja Security
Jak ręcznie zainstalować oprogramowanie CFX Maestro Dx SE
1.

W razie konieczności odłączyć od komputera wszelkie podłączone aparaty.
Zlokalizować i odłączyć kabel USB aparatu od komputera z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE.
Końcówka wprowadzona do aparatu może pozostać w gnieździe.

2.

Zalogować się do komputera z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE z uprawnieniami
administratora.

3.

Włożyć pamięć USB z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE do gniazda USB w komputerze.

4.

W Eksploratorze Windows przejść do pamięci USB z oprogramowaniem CFX Maestro Dx SE
i otworzyć ją.

5.

Otworzyć folder CFX i dwukrotnie kliknąć CFXMaestroDxSetup.exe, aby zainstalować
oprogramowanie CFX Maestro Dx SE.

6.

Postępować zgodnie z instrukcjami przedstawionymi na ekranie w celu zainstalowania
oprogramowania.

348 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Rozwiązywanie problemów

Po zakończeniu na ekranie komputera wyświetlany jest ekran powitalny Bio-Rad Oprogramowanie
CFX Maestro Dx, wersja Security, a na pulpicie pojawia się ikona Bio-Rad Oprogramowanie CFX
Maestro Dx, wersja Security.
7.

bezpiecznie wysunąć pamięć USB z oprogramowaniem i uruchomić CFX Maestro Dx SE.

Przeinstalowywanie sterowników
Przeinstalowanie sterowników aparatuu

W oknie Home (Strona główna) wybrać Tools (Narzędzia) > Reinstall Instrument Drivers (Przeinstaluj
sterowniki aparatu).

Uwaga: W razie problemów z oprogramowaniem komunikującym się z systemem czasu
rzeczywistego po przeinstalowaniu sterowników i sprawdzeniu połączenia USB skontaktować sięz działem wsparcia technicznego firmy Bio-Rad.

Podręcznik użytkownika | 349

Załącznik D Rozwiązywanie problemów z produktem Oprogramowanie CFX Maestro Dx, wersja Security

350 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEZałącznik E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Podręcznik użytkownika | 351

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

352 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author'sPodręcznik użytkownika | 353

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

354 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Podręcznik użytkownika | 355

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

356 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andPodręcznik użytkownika | 357

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the358 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:Podręcznik użytkownika | 359

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this360 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which isPodręcznik użytkownika | 361

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

362 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Podręcznik użytkownika | 363

Załącznik E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products364 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SEZałącznik F Piśmiennictwo
1.

Sugimoto i wsp. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4501–4505.

2.

Breslauer KJ i wsp. (1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad
Sci 83, 3746–3750.

3.

Hellemans J i wsp. (2007). qBase relative quantification framework and software for management
and automated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL i wsp. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2002–2007.

6.

Vandesompele J i wsp. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. Wydanie drugie (Nowy
Jork: SAGE Publications, Inc.).

Informacja o prawach autorskich Minpack (1999) University of Chicago. Wszelkie prawa
zastrzeżone
Redystrybucja i wykorzystanie w postaci źródłowej i binarnej, z modyfikacjami lub bez nich, są dozwolone
pod warunkiem spełnienia następujących warunków:
1.

Redystrubucje kodów źródłowych muszą zawierać powyższą informację o prawach autorskich,niniejszą listę warunków i poniższe wyłączenie odpowiedzialności.

2.

Redystrubucje w postaci binarnej muszą zawierać powyższą informację o prawach autorskich,niniejszą listę warunków i poniższe wyłączenie odpowiedzialności w dokumentacji i/lub innychmateriałach dostarczanych wraz z dystrybucją.

3.

Dokumentacja użytkownika końcowego dołączona do redystrybucji, o ile istnieje, musi zawieraćnastępujące stwierdzenie:„Niniejszy produkt zawiera oprogramowanie opracowane przez University of Chicago jako operatora
Argonne National Laboratory”.

Podręcznik użytkownika | 365Załącznik F Piśmiennictwo

366 | Oprogramowanie CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547
Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Francja
Tel.: +33 (0)1 47 95 60 00
Faks: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23

Life ScienceGroup

10000135637 Ver D

US/EG

22-02390422

Sig 0122