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微生物有害情報データベース Microbial Risk Information
Database（M-RINDA）：アップデート2021

トーゴーの日シンポジウム○宮澤せいは１ 、藤田真澄１ 、山本美佳１ 、魚原文１ 、黄地祥子１ 、木村明音１ 、中田忍１ 、市川夏子１ 、川﨑浩子１ 、藤田信之2 、加藤愼一郎１
1. 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NITE-NBRC）、 2. 東京農業大学生命科学部分子微生物学科

微生物有害情報データベース

M-RINDAとは？
微生物の機能から法規制まで、微生物有害性に関わる情報の総合サイトです。
「M-RINDA」は、２つのデータベースで構成されています。
●微生物有害情報リスト
細菌/真菌の種（亜種）レベルの危険度分類（BSL）や法規制情報を一元化●MiFuP Safety
細菌のゲノム情報から毒素産生性などの有害性関連機能/遺伝子を推定相互参照
機能

微生物の安全性評価の事前調査（一次スクリーニング）用のツールとしての利用
２つのデータベース内の互いに関連する情報同士を対応づけ、両データベース間を相互に参照できる機能を追加しました。
Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2021 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター

微生物有害情報データベース M-RINDA

微生物有害性遺伝子情報データベース

微生物有害情報リスト

MiFuP Safety

https://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/list/

https://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/mifup_safety/◆細菌のゲノム配列から有害性に関わる遺伝子を検索し有害性機能を推定✓ ゲノム情報のみで容易にリスクの把握が可能◆散在する病原菌のリスク情報を一元化✓ 学名（異名を含む）で検索が可能✓ 分類体系の変更に対応し、最新の学名にて情報を提供✓ 定期的な更新により最新の情報を提供

対応するデータ
相互参照機能✓ 個人の知識や技術に依存せず、迅速に自動解析（実行時間約5分）

機能検索

MiFuP Safetyによる自動検索対応表
対応表
有害性情報をまとめて掲載

学名

推定結果

推定された
機能名

異名/旧名等

塩基/アミノ酸
配列を入力

血清型/株別の情報MiFuP Safetyにリンク

2021年7月更新

https://www.nite.go.jp/nbrc/mrinda/

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有害菌/有害機能
対応表

検出された
遺伝子領域

有害情報リストにリンク
2021年4月更新

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微生物有害情報リスト
真菌WEB版
年内公開予定

リストの種類と掲載情報

検索機能

WEB画面（細菌）

細菌(WEB/DL版) 真菌(DL版)

各リストに掲載している情報

細菌 魚介類
真菌
有害情報 病原菌 有害情報
リスト リスト リスト

リストのダウンロード

ページ内検索感染症法(特定病原体)

○

―

○

家畜伝染病予防法○―○

法規制 カルタヘナ法(実験分類)

○

―

○

外為法

○

―

○

植物防疫法

○

―

○

国立感染症研究所(BSL)

○

―

○

○

――

TRBA466リスクグループ*○――

TRBA460リスクグループ――○リストのダウンロード版

植物病原菌

○――

CSV形式

―

―○○

○

―

危険度 日本細菌学会(BSL)
分類

その他 住環境菌

魚介類病原菌＊DSMZが公開している原核生物の命名リスト（Prokaryotic Nomenclature
Up-to-date）の更新終了に伴い、ドイツのリスクグループの参照資料をドイツ連邦労働安全衛生研究所の公表するTRBA 466に変更

学名から検索各解説ページにリンク

検索対象リストを選択

最新学名行にジャンプ

細菌リスト

出典毎のリスクや各情報からの検索

Excel形式

魚介類病原菌リスト

真菌リスト

検索結果もダウンロード可能（細菌のみ）

カルタヘナ法包括確認制度－供与核酸判定指針「2.1 供与核酸の由来生物における判定基準」の参考文献に微生物有害情報リストが引用されています

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MiFuP Safety
MiFuP Safetyのしくみ

有害性機能推定のための定義

解析対象のゲノム配列を入力

自動検出システム

遺伝子定義（検出条件）>bacteriaA_contig0001
GGAAGACAGCTTTTTTTATTG...

分子系統解析の結果を元に、配列の類似度（BLASTのスコア等）や特異的ドメイン/モチーフの有無を、有害性遺伝子オーソログの検出条件として設定

遺伝子領域

1. 遺伝子領域の推定

分子系統解析
688
148

1000
1000

8277961000
284

2. アミノ酸配列に変換

全CDSs(アミノ酸)

1000

696
330

1000
513

1000

744
548517
523

1000

1000

1000
1000
994
281

3. 配列解析

BLASTP検索
プロファイル検索

Reference配列
ドメイン等のプロファイル

1000

852

536
1000

864
1000

750

684
1000
1000

1000
986
203

1000

538673

425
775

1000

有害性遺伝子を検索407545893494

遺伝子定義

949

605742

1000

1000

1000

1000

728

1000

1000
999

750

1000
820
1000

328

5. 機能推定遺伝子セットが揃っているかを検証
検索結果を出力『◯◯毒素産生能』

10001000980258

機能定義

閾値

有害性の発揮に必要な遺伝子の組み合わせ（遺伝子セット）の同時検出を、有害性機能の推定条件として設定
719

4. 遺伝子検索

このグループを検出する閾値
を条件に設定E n try
P ro te in n a m e s
E -va lu e S co re Id e n tity
O rg a n ism
L e n g th
P 0C 2E 9P erfringolysin O (T heta-toxin)0.(T0;hiol-act2,565;ivated 100.
cytol00%ysin) C lostridium perfringens (strai500
n 13 /T ype A )B 1V 197
T hiol-activated cytolysin
0.0;2,565; 100.00% C lostridium perfringens D st500
r.JG S 1721
Q 0P Y 07
T hiol-activated cytolysin
0.0;2,565; 100.00% C lostridium perfringens 500
B 1B K K 5
T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,561; 99.80% C lostridium perfringens C st500
r.JG S 1495
Q 0P Y 08
T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,561; 99.80% C lostridium perfringens 500
B 1B S 33
T hiol-activated cytolysin
0.0;2,560; 99.80% C lostridium perfringens E st500
r.JG S 1987
Q 0T U S 0
P erfringolysin O (T heta-toxin)0.(T0;hiol-act
2,560;
ivated cyt
99.ol80%ysin) C lostridium perfringens (strai500
n A T C C 13124 /D S M 756 /JC M 1290 /N C IM B 6
B 1R 7A 1
T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,558; 99.60% C lostridium perfringens B st500
r.A T C C 3626
A 1Z 1Z 9T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,558; 99.60% C lostridium perfringens 500
A 0A 174G S Q 8 T hiol-activated cytolysin
0.0;2,557; 99.60% C lostridium perfringens 500
A 0A 127E E J2 T hiol-activated cytolysin0.0;
2,539; 99.00% C lostridium perfringens 500
A 0A 133N B E 8 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,146; 87.50% C lostridium perfringens 525
A 0A 0C 1U F Z 3 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,012; 75.70% C lostridium argentinense C 509
D C 2741
A 0A 0J0T X T 9 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,008; 76.80% P aeniclostridium sordellii8483
500
A 0A 0A 8V U V 3 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,008; 76.80% P aeniclostridium sordellii(C500
lostridium sordellii)A 0A 1C 6G M 59 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,006; 77.60% uncultured C lostridium sp. 500
A 0A 0C 7I6I3 T hiol-activated cytolysin
0.0;
2,000; 76.40% P aeniclostridium sordellii(C500lostridium sordellii)
A 0A 037Z 823 T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,991; 74.50% C lostridium tetanom orphum507
D S M 665
T 4V P Q 8
T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,970; 74.50% P araclostridium biferm entans
499A T C C 638
A 0A 1X 2JK S 2 T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,969; 74.30% P araclostridium biferm entans
499(C lostridium biferm entans)
A 0A 1G 9M 4H 0 T hiol-activated cytolysin
0.0;
1,968; 72.90% R om boutsia lituseburensis 502
D S M 797

機能定義（推定条件）

1000

998

BLAST結果

0.05

sp|P32170|RHAA_ECOLI
sp|O05264|RHAA_BACSU
tr|F0YVV0|F0YVV0_9CLOT
tr|N9ZCF1|N9ZCF1_9CLOT
tr|D4LXW6|D4LXW6_9FIRM
tr|F7JD76|F7JD76_9FIRM
tr|A5KKM3|A5KKM3_9FIRM
tr|F3AXJ9|F3AXJ9_9FIRM
780
tr|B0N9L7|B0N9L7_EUBSP
tr|F5SL39|F5SL39_9BACL
tr|C6JHJ5|C6JHJ5_9FIRM
tr|A8RG82|A8RG82_9CLOT
tr|R0DE69|R0DE69_9CLOT
tr|H2J9K2|H2J9K2_9CLOT
tr|N6UE14|N6UE14_9RHIZ
759 tr|A9CH28|A9CH28_AGRT5tr|F5J831|F5J831_9RHIZ
506 tr|G6XUT9|G6XUT9_RHIRD
tr|M8B3J5|M8B3J5_RHIRD
945 tr|J0GUR9|J0GUR9_RHILV
845tr|K5DVN1|K5DVN1_RHILU
tr|N2ADA5|N2ADA5_9CLOT
tr|C0C0P1|C0C0P1_9CLOT
tr|B0NGC5|B0NGC5_EUBSP
tr|F7KP59|F7KP59_9FIRM
tr|H2JAW2|H2JAW2_9CLOT
tr|B8I944|B8I944_CLOCE
tr|G8QV10|G8QV10_SPHPG
tr|G8QSW3|G8QSW3_SPHPG
tr|F0RRH7|F0RRH7_SPHGB
sp|O50580|DT3E_PSECI
tr|B0NGC3|B0NGC3_EUBSP
tr|F7KP61|F7KP61_9FIRM
tr|G9YVF8|G9YVF8_9FIRM
tr|H1C8B9|H1C8B9_9FIRM
tr|D3AJP4|D3AJP4_9CLOT
tr|J0WYN5|J0WYN5_9CLOT
tr|J1H0W3|J1H0W3_9CLOT
tr|C0C310|C0C310_9CLOT
tr|B0PGH6|B0PGH6_9FIRM
tr|E5VR30|E5VR30_9FIRM
tr|B0MBJ8|B0MBJ8_9FIRM
tr|D8JCN9|D8JCN9_HALJB
tr|I1D005|I1D005_9PSEU
tr|F6FWM2|F6FWM2_ISOV2
tr|D7B7R0|D7B7R0_NOCDD
tr|F6FQM0|F6FQM0_ISOV2
tr|A3HUZ6|A3HUZ6_9BACT
tr|C6W4S8|C6W4S8_DYAFD
tr|I3IAY6|I3IAY6_9GAMM
tr|G0J6J4|G0J6J4_CYCMS
tr|A3HT29|A3HT29_9BACT
tr|K0W6N1|K0W6N1_9BACT
tr|M7YC72|M7YC72_9BACT
tr|K1M201|K1M201_9BACT
tr|K2C6B1|K2C6B1_9BACT
tr|G5HZV8|G5HZV8_9CLOT
tr|A8S4J7|A8S4J7_9CLOT
tr|H0QL71|H0QL71_ARTGO
tr|A1R5X8|A1R5X8_ARTAT
tr|J7LR16|J7LR16_9MICC
tr|A6U5W8|A6U5W8_SINMW
tr|J2KE76|J2KE76_9RHIZ
tr|I8TMF0|I8TMF0_RHILT
tr|Q0FST9|Q0FST9_9RHOB
tr|D0D8G1|D0D8G1_9RHOB
tr|L1K8E2|L1K8E2_9RHOB
tr|C1KKR1|C1KKR1_RHOSH
tr|D1AP51|D1AP51_SEBTE
tr|B0P2B9|B0P2B9_9CLOT
tr|D4MXC6|D4MXC6_9FIRM
tr|E5VLF2|E5VLF2_9FIRM
1000
tr|B0MBA3|B0MBA3_9FIRM
tr|E5VY38|E5VY38_9FIRM
tr|B0P019|B0P019_9CLOT
tr|D4MXK4|D4MXK4_9FIRM
tr|E5VM38|E5VM38_9FIRM
1000
tr|B0M9Y4|B0M9Y4_9FIRM
sp|A7ZAH3|IOLI_BACA2
sp|Q8X840|FRLC_ECO57
sp|P30147|HYI_ECOLI
sp|B5F3B3|ULAE_SALA4
sp|P39305|ULAE_ECOLI
sp|Q9RFM4|XYLA_STRLI
sp|P00944|XYLA_ECOLI
sp|E0TVS5|XYLA_BACPZ

586

372
1000
874

1000

1000

遺伝子セット(i) タンパク質が複合体を形成して有害性を発揮する場合(ii) 有害性を発揮するまでに複数の反応を経る場合

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MiFuP Safety
検索可能な有害性機能

細菌で報告されている、有害性機能に関わる遺伝子を文献情報、法令、既存のデータベース等から選定
細菌の産生する毒素に関連する機能（42種類）
・α毒素（黄色ブドウ球菌産生）
・コレラ毒素・志賀毒素
・ジフテリア毒素 など

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機能に必須な遺伝子群

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機能の解説

遺伝子組み合わせのパターン
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相互参照の方法（1）DB共通の対応表からデータを参照
微生物有害情報リスト

MiFuP Safety

有害菌/有害機能対応表
リストの各学名データにリンク

微生物有害情報リストの菌名とMiFuP Safetyの有害性機能の対応表

MiFuP Safeyの各データにリンク

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相互参照の方法（2）DB間で互いに対応付けされた個々のデータを参照
MiFuP Safety
検索結果機能に関する情報
機能情報
Diphtheria toxin(ジフテリア毒素)

検索

調査する
ゲノム配列を入力★ジフテリア毒素の産生菌はCorynebacterium属の3種
・C. diphtheriae
・C. pseudotuberculosis
・C. ulcerans★リスク情報は、
・国立感染症研究所：BSL2
・日本細菌学会：BSL2
・TRBAリスクグループ：2, T, V・カルタヘナ法：クラス2

機能：Diphtheria toxin
遺伝子：DTXが検出された解説(ジフテリア毒素)
ジフテリア毒素をもつ病原菌

微生物有害情報リスト
ジフテリア毒素をもつ病原菌のリスク情報★
★Corynebacterium
pseudotuberculosis は
家畜伝染病予防法の規制対象
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相互参照の方法（2）DB間で互いに対応付けされた個々のデータを参照
微生物有害情報リスト

MiFuP Safetyへのリンク●Bacillus anthracis
株型による３種類の分類

・34F2株、およびDavis株を除く

・Davis株: 弱毒株(炭疽菌毒素遺伝子をもたない）
・34F2株: ワクチン株(莢膜遺伝子をもたない）

MiFuP Safety
2種類の株が有する有害性機能はAnthrax toxin（炭疽菌毒素）（MiFuP Safety 2021年10月現在）
解説

各情報にリンク
機能情報

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M-RINDA『微生物有害情報リスト』および『MiFuP Safety』についてのご意見・ご要望をお待ちしております。

【お問い合わせ先】
独立行政法人 製品評価技術基盤機構
バイオテクノロジーセンター 計画課
バイオデジタル推進室
bio-it-safe@nite.go.jp

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