令和 4 年度（2022）第二回日本生物多様性情報イニシアチブ運営委員会議事録

国立科学博物館 柿添
日時：令和 5 年 3 月 6 日（水） 13:00－15:00
場所：Zoom によるオンライン開催
参加者：松浦（委員長・途中参加）、伊藤（副委員長・報告事項の議長を担当）、岩島、大澤（途中退席・委任状あり）、大原、川本、神保、藤倉、細矢、松本、三橋の各委員
オブザーバー：
有田 正規

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所・教授

村岡 裕由

東海国立大学機構 岐阜大学 流域圏科学研究センター・教授

菅野 貴久

環境省 自然環境局 自然環境計画課 生物多様性センター 保全科

鈴木 智広

国立遺伝学研究所 NBRP 事務局・事務局長

高祖 歩美

国立遺伝学研究所 NBRP 広報室・広報室長

細野 隆史

海洋研究開発機構 地球情報科学技術センター 研究情報公開グループ 技術主任

木村 紀子

国立遺伝学研究所 系統情報研究室・学術支援技術専門員

中江 雅典

国立科学博物館 動物研究部 脊椎動物研究グループ・研究主幹

柿添 翔太郎 国立科学博物館 標本資料センター・支援研究員
戸津 久美子 国立環境研究所 生物多様性領域・高度技能専門員
渡辺 恭平

神奈川県立生命の星・地球博物館・主任学芸員

鈴木 崇宣

国立科学博物館 経営管理部 研究推進・管理課・副課長

欠席者：山野委員（委任状あり）
報告事項
1. 国立科学博物館（神保）1) サイエンスミュージアム・ネット（S-Net）についてデータ拡充を行い、「自然史標本情報検索システム」の参加機関数・データ件数は、115 館・約 691 万件となった（2023.2.16現在）。
2) 日本海洋生物多様性情報連携センター（J-OBIS）から提供を受けた海産生物データのGBIF 公開を維持し、現在のデータ件数は約 217 万件となった（2023.2.16 現在）。
3) 生物多様性条約 ABS に関する状況について、他分担機関等と連携して情報収集を行った。
4) 種名データに関して、国際的枠組みや種名標準形式に関する情報収集や普及を行った。
5) GBIF へのデータ公開ソフトウェア（IPT）を提供するサーバを維持した。
6) 東京大学総合文化研究科が公開していたデータベースシステムを引き継ぎ、再公開に必要なシステムの修正と公開のためのインフラ検討を実施した。
7) 第 40 回自然史標本情報の発信に関する研究会「標本データ準備と公開のためのノウハウ集」（2023 年 2 月 18 日、オンライン）を開催した。
8) 各機関の研究員・学芸員の情報把握を継続し、研究員・学芸員データベースの登録人数は
1

576 名となった（2023.2.16 現在）。
9) 2023 年 1 月 17 日に J-OBIS との情報交換会を実施した。
10) 2023 年 1 月時点の S-Net データをジャパンサーチへデータ提供し、現在のジャパンサーチからの公開件数は約 620 万件となった（2023.2.16 現在）。
11) 協力機関からの提供データをチェックするためのツールの性能向上を行った。
12) GBIF ワークショップ通算 17 回
「生物の種名目録を作り共有する」（2022 年 12 月 18 日、オンライン）を開催した。
13) S-Net ウェブサイトを通じて S-Net や JBIF の最新情報を紹介した。
14) GBIF Science Review 2021 の和訳版を作成している。
15) JBIF および S-Net パンフレットの更新作業を行っている。
16) GBIF／S-Net 関係のデータ編集作業・事務作業などをまとめた作業手順書（SOP）の更新を継続した。
2. 国立環境研究所（戸津（山野委員の代理））

1) 前任者の令和 4 年度末での退職予定を受け、令和 5 年度より 1 名のデータ整備担当技術者を採用することが確定した。
2) アセスデータのデータ収集を進めた。
3) JBON 第 1 回運営委員会（1/25）を開催し、規約、Web サイト、メーリングリスト等の運営方針を検討した。
4) 2023 年 3 月に開催される第 70 回日本生態学会大会自由集会「JBON 集会：生物多様性観測の未来」の準備を進めた。
5) 東京大学より引き継いだ JBOLI サイトのドメインの契約更新手続きを進め、JBOLI の再立ち上げに向けて議論した。
6) 約 3 万 6 千件のオカレンスデータを GBIF/OBIS へ登録した。令和 4 年度中に 7 件のデータセット（新規 3 件・更新 4 件）から成る、約 23 万 4 千件のオカレンスデータを GBIF に登録する見込み。
7) 気候変動適応広域協議会のデータに関して、所内適応センター及び環境省と協議し役割分担を検討した。
8) GBIF 登録補助ツールの開発を見据え、要件定義として、ユーザインターフェースの機能の検討、データ品質チェックリストの作成に着手した。
9) 国立環境研究所の生物多様性領域が実施している国内・国際情報セミナーのスライド（CBD 関連）を分担機関のメンバーへ共有した。
3. 国立遺伝学研究所（川本）1) 2022 年下半期は、サーバ・サービス障害による停止は無かった。
2) 標本・観察データ検索サーバの移行を検討している。
3) メタデータに登録されている連絡先に修正がないか確認を行い、2023 年 1 月に 2022 年度の定期連絡を行った。
24) NBRP のリソース 2 件について、データ公開支援を行っている。
5) 遺伝研 IPT を IPT2.6.3 に更新した。
6) JBIF サイトに新規資料を 1 件公開した。また、新着情報の更新を行った。
7) JBIF サイトで作業部会名簿を公開した。
8) JBIF サイトに関係機関のロゴを追加した。
9) Darwin Core 和訳版公開のためのページ案を作成し、テストサイトで共有した。
10) NBRP 情報センターチャンネル YouTube の運用を継続した。
11) GBIF サイトから公開されている、科博・遺伝研から登録されたデータセットのデータを利用した研究論文を RRC に約 150 件追加登録した。
（補足・質疑）・ 2022 年度にアメリカからのアクセスが増加し、特に 2023 年 1 月はマイクロソフト社からのアクセスが多く見られた。
（川本委員）
・ NBRP リソースですでに公開されているものはあるか。
（伊藤副委員長）
・ 理研のバイオリソースセンターのデータで一般微生物と植物、野生マウスが公開されているが、担当者への確認など精査が必要。
（川本委員）
・ 国環研の微細藻類や広島大学のキク科データなど NBRP のリソースからの野生種を含むデータの公開に引き続き取り組んでほしい。
（伊藤副委員長）
4. 全体および作業部会（神保）全体活動1) データ公開における生物多様性条約 ABS に関する課題（おもに DSI デジタル配列情報）に対応するため、関係する国際情勢の情報収集に努めた。
2) NBRP 第 4 期において、前担当機関であった東大にて構築・公開されていたデータリソース等の公開にむけた準備を引き続き進めた。
3) OBIS の日本ノードである日本海洋生物多様性情報連携センター（J-OBIS）との情報交換会を実施した。
4) 日本バーコードオブライフ・イニシアチブ（JBOLI）の再立ち上げに向けた方針の検討を行った。
5) 日本生態観測ネットワーク（JBON）の依頼を受け、連携体制について調整を行った。
6) NBRP 広報が主導する学会出展に協力し、第 45 回分子生物学会年会（2022 年 11 月 30日〜12 月 2 日、幕張）に出展して、ポスターや資料を掲示し現地での説明を行った。
7) 関係者による論文および口頭発表を通じ、分野の普及やデータ利用の紹介を行った。
作業部会
1) 作業部会構成員で分担して Darwin Core の和訳を進めており、翻訳案の取りまとめを進めている。
2) 分担機関とともに JBIF パンフレットの更新作業を進めた。
3) GBIF の次期戦略的枠組に関する情報収集を進めている。
3

審議事項（今後の活動計画）
1. 国立科学博物館（神保）1)引き続きサイエンスミュージアムネット（S-Net）のデータ拡充を行い、国際標準のフォーマットにて GBIF に提供するとともに、基盤整備に努める。また、画像データを含むオカレンスデータの公開までの課題確認と解決方法の検討を行う。

2)

種名データセット公開の試行作業を進めるともに、公開候補となるデータセットの選定や公開に向けた調整に努める。

3)

GBIF へのデータ公開ソフトウェア（IPT）を提供するサーバを維持・管理する。また、
第 4 期で東大が構築したデータリソースの再公開に向けた作業を進め、公開およびインフラ維持方針を検討する。

4)

標本情報発信に関する研究会（S-Net 研究会）を開催する。

5)

博物館ネットワークへの参加を募るとともに、自然史系博物館等の研究者人材データベースを維持・管理するとともに充実させる。

6)

GBIF や JBIF からのお知らせ・最新情報を博物館ネットワーク参加者に提供する。

7)

OBIS/J-OBIS やジャパンサーチとの連携を維持し、データ利用機会を増進させる。

8)

他機関・作業部会、必要に応じて関連する外部のコミュニティと連携し、写真や DNA データが付随する標本データ、および種名データを公開する際のデータ形式を検討する。

9)

生物多様性情報共有の国際状況の情報収集を進め、国内活動へのフィードバックに努める。

10) 21 世紀の生物多様性情報ワークショップ（GBIF ワークショップ）を年 1 回開催する。
11) JBIF および S-Net を紹介するパンフレットの更新をそれぞれ継続する。
12) 生物多様性情報の有用文書の和訳版を作成し、生物多様性情報分野の普及を図る。
13) S-Net データ提供機関および利用者向けのマニュアルをそれぞれ維持するとともに、必要に応じて更新を実施する。
14) JBIF の運営委員会および作業部会を管理し、円滑な業務実施に注力する。
15) S-Net の事務局機能を維持し、データ収集をはじめとした運営にあたる。
2. 国立環境研究所（戸津（山野委員の代理））

1)

令和 5 年度より新たに着任するデータ整備担当者への引継ぎを実施する。

2)

東京大学からのデータ引継ぎに関して基本的な引き継ぎは完了したため、今後データ整備にあたっての不明点の解消などフォローアップを着実に行う。

3)

データ収集を進めるとともに、新規受け入れについて対応する。

4)

市民参加型データの受入について課題を整理し、検討する。

5)

MOU 等を整備し、データの受け入れ体制を強化する。

6)

生態学関連 ML を通じて、体制を整備し、連携団体の募集に向けて調整を進める。

7)

JBOLI サイトの改修を進めるとともに、科博と協力してサイトや DNA バーコーディングに関する各種データベースの活用を検討する。
48)

オカレンスデータの収集・クリーニング・Darwin Core 準拠形式への変換を行う。

9)

ツール・ワークフローといった情報処理技術や、昆明・モントリオール生物多様性枠組を含む生物多様性関連の国内・国際情報を分担機関へ共有する。

（質疑）・ 生物多様性センター所有データに関して、生物多様性センターとの連携状況を教えてほしい。
（松浦委員長）・ 生物多様性センターとは打ち合わせを行って、データ公開に関する確認を行っている。
（戸津氏）
3. 国立遺伝学研究所（川本）1)

JBIF サーバ、IPT サーバ並びに Web サイト、検索システムの管理運用、コンテンツの作成、RRC による GBIF 関連文献の管理を実施する。

2)

国立科学博物館、国立環境研究所と連携し大学・研究機関が保有する生物の観察データの GBIF への登録を支援するとともに、NBRP で GBIF 登録可能なリソースのデータ登録を支援する。

3)

国立科学博物館、国立環境研究所と連携しバイオインフォ等国内研究者への GBIF デー
タ利活用促進を図る広報活動等を行う。

4. 全体および作業部会（神保）

全体活動
1)

東大からの引き継ぎを進め、公開を一次停止しているリソースの公開の再開を目指す。

2)

データ公開における ABS 関係の課題の把握と解決に努める。

3)

J-OBIS, JBON 等、関連団体との情報交換やさらなる連携を進める。

4)

NBRP 広報を中心とした学会への出展に協力する。

5)

論文および口頭発表を通じて本事業の普及に務める。

6)

国内外の関連分野（TDWG、次期生物多様性国家戦略、デジタルアーカイブ等）の動向について情報収集を行い、今後の JBIF の活動にフィードバックさせる。

作業部会
7)

GBIF の新しい戦略および活動方針を参考にして JBIF の活動方針を策定する。

8)

全体および各機関が実施する内容について、国内外の動向をフィードバックさせる。

9)

重要文書の和訳を進める。特に、Darwin Core 標準規格の和訳版の公開を目指す。

10) 新たなタイプのデータを中心とした公開における課題について引き続き検討する。
11) JBIF の活動の普及やデータ利活用の推進に努める。
12) 国際 GBIF との連絡体制を維持し、国際 GBIF ウェブポータル等の日本語化にも引き続き協力する。
13) 日本の活動の国際的なプレゼンスの向上を図る。

55. JBON との連携について（神保）日本生物多様性観測ネットワーク（JBON）が再始動することになり、JBON から JBIF に、JBON の連携機関となることへの依頼があった。連携の承認方法を検討し、日本生物多様性情報イニシアチブ運営委員会規程第 2 条に基づいて採決を行うことにした。JBON 関係者である村岡氏（委員としてのオブザーバー）に本件についての説明をお願いする（神保）。
JBON は「生態系・生物多様性観測主体間の連携の推進」、「生態系・生物多様性情報の公開と利活用の推進」、「国際貢献」の 3 点を役割としている。連携団体は JBON 規約第 10 条（本会の活動の遂行のため、関係省庁、学術団体等を連携団体とし、必要に応じて情報交換を行う。連携団体の名称はウェブページに掲載される）で定められている。JBIF にも連携団体に加わって欲しい（村岡氏）。
（補足・質疑）・ 連携時に JBIF に期待していることはなにか。
（細矢委員）
・ 保全に関わるような貴重な情報の公開方法の検討で協力を期待したい（村岡氏）・ 情報公開のインフラは何を想定しているのか。
（細矢委員）
・ 現在は未決定である。すでに存在する情報基盤を相互に閲覧できるような体制の整備を行いたい。市民向けにはプラットフォームの支援が必要であると認識している。持続可能性に関しての課題があるため連携団体と方法について協議を進めたい。
（村岡氏）
・ クリアリングハウスとして同様の機能を持つ環境省生物多様性センターとの役割分担や調整状況を教えてほしい。
（松浦委員長）・ 役割分担に関しては現在調整中である。
（村岡氏）
・ 連携団体として環境省が関係省庁として関与することが決まっている。生物多様性センター
は環境省のフォーカルポイント、普及活動、生態系観測、調査のキャパビルとしての機能や情報提供機関、アジア太平洋地域の事務局という立場での関与を考えている。
（松本委員）
・ JBON はインフラというよりも様々なデータの情報源が整理された情報ポータルという認識で良いか。
（松浦委員長）・ 情報の関係性や内容、新規の観測技術に関する情報を整えていくことになると考えている。連携団体を予定している文部科学省研究開発局環境エネルギー課と連携して地球観測に関する情報も提供したい。
（村岡氏）
・ アプリケーションカタログおよびツールボックスとしての機能を考えている。
（三橋委員）
質疑の後、JBIF が JBON の連携団体となることについて採決が行われ、連携団体となることが承認された。
その他

・ 話題提供として環境省生物多様性センターにおける生物多様性情報のオープンデータ化の推進に向けた取組についての紹介が行われた。
（松本委員）
以上
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