ПЦР в реальном времени

ПО CFX Maestro Dx SE
12014330
12014334
12014335
12014348
12014349
12016659
12016687
Версия руководства: Май 2022 г.
Версия ПО: 2.3

Руководство пользователя
Версия 2.3

ПО CFX Maestro Dx, Security EditionРуководство пользователя
Версия 2.3

Техническая поддержка Bio-Rad ™
Отдел технической поддержки Bio-Rad в США открыт с понедельника по пятницу с 5:00 до 17:00 потихоокеанскому времени.
Тел.: 1-800-424-6723, доп. 2
Электронная почта: Support@bio-rad.com (только США/Канада)Для получения технической поддержки за пределами США и Канады обратитесь в местную
техническую поддержку или щелкните ссылку Contact us (Связаться с нами) на сайте bio-rad.com.

Уведомление
Воспроизведение или передача всех частей данной публикации в любой форме и любыми
средствами, электронными или механическими, включая фотокопирование, запись, хранение
информации или информационно-поисковые системы в любом виде, без письменного разрешения BioRad Laboratories, Inc. запрещены.
Компания Bio-Rad оставляет за собой право в любое время вносить изменения в свои продукты иуслуги. Данное руководство может быть изменено без предварительного уведомления. Несмотря натщательную подготовку, компания Bio-Rad не несет никакой ответственности за ошибки или упущения,или за любой ущерб в результате применения или использования данной информации.
BIO-RAD является товарным знаком Bio-Rad Laboratories, Inc.
SYBR является товарным знаком Thermo Fisher Scientific Inc.
EvaGreen является торговой маркой компании Biotium, Inc.
Все используемые здесь товарные знаки являются собственностью их соответствующих владельцев.
© 2022 Bio-Rad Laboratories, Inc. Все права защищены.

Предусмотренное применение

Предусмотренное применение
Сист. ПЦР в реальном времени CFX Opus DxTM с ПО CFX Maestro Dx, Security EditionTM
предназначается для проведения ПЦР с флуоресцентной детекцией с целью обнаружения иколичественной оценки последовательности нуклеиновых кислот. Система и программное
обеспечение предназначены для использования подготовленным лабораторным персоналом вцелях проведения диагностики in vitro. Системы предназначены для использования вместе соснованными на нуклеиновых кислотах диагностическими тестами сторонних производителей,которые были изготовлены и маркированы для диагностических целей.

Словарь символов

Изготовитель

Номер партииДля диагностического применения
Срок годности

in vitroОграничение температуры

Номер по каталогу

Обратитесь к инструкции поэксплуатации

Количество тестовДля использования сСерийный номер

Руководство пользователя | iiiТолько по назначению врача

Содержит латекс

Маркировка CE — Регламент(ЕС) 2017/746 IVDRПереводы
Документация по продукту может быть предоставлена на дополнительных языках на электронных
носителях.

iv | ПО CFX Maestro Dx SEИстория версий

История версий
Документ

ДатаОписание изменения

Руководство пользователя

Декабрь 2020 г.

Версия A, первичное издание

Май 2022 г.

n Обновлено для поддержки систем CFX OpusПО CFX Maestro Dx,
Security Edition 2.0(Идентификационный
номер документа:10000152871)
Руководство пользователя
ПО CFX Maestro Dx,

Deepwell Dx

Security Edition 2.3

n Обновлена таблица словаря символов

(Идентификационный

n Во Введение добавлено примечание ономер документа:кибербезопасности.

10000152871)

Руководство пользователя | v

vi | ПО CFX Maestro Dx SEСодержание
Предусмотренное применение

iii

Словарь символов

iii

Переводы

iv

История версий

vСоответствие требованиям безопасности и нормативным документам

17Предупреждающие ярлыки о технике безопасности

17Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

20Соответствие требованиям в отношении безопасности

20Электромагнитная совместимость (ЭМС)

21Предупреждения и меры предосторожности по ЭМС22Требования к окружающей среде

23Опасные факторы

24Факторы биологической опасности

24Химическая опасность

26Опасность взрыва или воспламенения

26Опасность поражения электрическим током

27Транспортировка

27Аккумулятор

27Утилизация

27Гарантия

28Глава 1 Введение

29Основные особенности ПО CFX Maestro Dx, Security Edition31Дополнительные сведения

31Глава 2 Установка ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

33Системные требования

34Установка программного обеспечения CFX Maestro Dx SE

36Обнаружение подключенных приборов
Файлы программы

38
39

Руководство пользователя | vii

Содержание

Глава 3 Управление учетными записями пользователей ПО CFX Maestro Dx,
Security Edition

41Запуск ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

42Добавление пользователей Microsoft Windows на компьютер ПО CFX Maestro Dx, Security
Edition44Добавление и удаление пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

46

Управление ролями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

48

Просмотр собственной роли и правГлава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

49

51

Защищенные файлы

51Глава 5 Рабочая область

63Начальное окно64Мастер запуска

65Окно Редактор протокола

66Окно Редактор плашки

67Окно Анализ данных

68Глава 6 Начальное окно69Начальное окно70Опции меню Файл71Опции меню Вид71Опции меню Пользователь

72Опции меню Прогон

73Команды меню Tools (Инструменты)73Опции меню Справка

74Опции панели управления

75Мастер запуска

76Строка состояния

76Панель Обнаруженные приборы

77Просмотр свойств прибора

81Перед началом работы

82Создание основной реакционной смеси

82Калибровка для новых красителей

84Установка настроек пользователя

88

viii | ПО CFX Maestro Dx SEСодержание

Глава 7 Создание протоколов

109Параметры и диапазоны шагов протокола

110Окно Редактор протокола

112Опции меню Файл112Опции меню Настройки

113Команды меню Tools (Инструменты)113Опции панели управления

113Элементы управления для редактирования протокола

114

Создание протокола с помощью Редактора протокола

118

Открытие нового файла протокола в Редакторе протокола

118

Открытие существующего протокола в Редакторе протокола

120Настройка нового протокола

121Добавление шагов в протокол

123Вставка шага градиента

124Вставка шага перехода

125Вставка шага кривой плавления

125Добавление или удаление шага чтения плашки

127

Изменение параметров шага127

Удаление шага128Копирование, экспорт и печать протокола

128Создание протокола с помощью Мастера создания протокола

129Использование калькулятора температуры отжига

131Сведения о калькуляторе температуры отжига

131Глава 8 Подготовка плашек

137

Окно Редактор плашки

138Опции меню Файл139Опции меню Правка

139Опции меню Настройки

139Опции меню Инструмент редактирования

140Опции панели управления

140Создание файла плашки с использованием Редактора плашки

142Открытие нового файла плашки в Редакторе плашки

142Открытие существующего файла плашки в Редакторе плашки

144

Настройка нового файла плашки

145Руководство пользователя | ixСодержание

Назначение необязательных параметров файлу плашки

152

Назначение мишени лункам

152

Назначение имени пробы лункам

155Присвоение лункам биологических групп

156

Назначение номеров технических повторностей лункам

158Назначение серии разведений стандартным типам проб160

Копирование содержимого лунки в другую лунку

161Добавление примечания к лунке

162Очистка лунок от всего содержимого

162Изменение условий эксперимента

164Создание групп лунок

167

Изменение стилей линий

169Просмотр, экспорт и импорт плашки в формате электронной таблицы

171Создание схемы плашки с помощью Мастера установки плашки

173Использование Мастера установки плашки

Глава 9 Проведение экспериментов
Окно Создать прогон
Доступ к окну Создать прогон

173

177
178
179

Вкладка Протокол

180Вкладка Плашка

183

Вкладка Начать прогон

186

Проведение эксперимента

187Диалоговое окно Детали прогона

189

Вкладка Run Status (Статус прогона)189

Вкладка Состояние в реальном времени

192

Вкладка Время

195Проведение экспериментов PrimePCR

196

Передача данных автономного прогона для анализа

198Передача данных по электронной почте

198Передача данных из Сист. ПЦР в реальном времени CFX Opus Dx

198Передача данных через ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

200Перенос данных с помощью USB-накопителя

200Передача данных через общий сетевой диск с использованием Сист. ПЦР в реальном
времени CFX Opus Dx

201

x | ПО CFX Maestro Dx SEСодержание

Создание файла данных

201

Глава 10 Обзор анализа данных

203Окно Анализ данных

203Панель инструментов окна Анализ данных

204Строка меню окна Анализ данных

206

Подробное описание вкладок

211Селектор Step Number (Номер этапа)212

Просмотр групп лунок в окне Data Analysis (Анализ данных)212

Изменение содержимого лунки после прогона

212

Настройки анализа данных

214

Коррекция порога

214

Настройки базовой линии

214

Режим анализа

215

Циклы для анализа

216

Селектор лунок

217Пункты контекстного меню селектора лунок

218Временное исключение лунок из анализа

219

Диаграммы

220Инструменты диаграммы амплификации

220Увеличение области на диаграмме

228Копирование диаграмм в файл Microsoft

228Общие пункты контекстного меню для диаграмм

228Таблицы
Общие для электронных таблиц пункты контекстного менюЭкспорт

230
230
232

Экспорт всех листов данных

232

Экспорт файлов RDML

233

Создание пользовательского файла экспорта

234

Экспорт в папку LIMS

235

Экспорт данных в формате Seegene

235Глава 11 Сведения об анализе данных

237

Вкладка Quantification (Количественный анализ)238

Выбор флуорофора

239

Диалоговое окно Стили кривой графика

239

Руководство пользователя | xiСодержание

Опция Log Scale (Логарифмическая шкала)240

Standard Curve Chart (Диаграмма стандартной кривой)241Пункты меню диаграммы Амплификация

242

Таблица вкладки Quantification (Количественный анализ)242

Вкладка Quantification Data (Данные количественного анализа)244

Таблица Results (Результаты)244

Таблица Standard Curve Results (Результаты стандартной кривой)246Таблица Plate (Плашка)247

Таблица RFU (ОЕФ)

248Вкладка Melt Curve (Кривая плавления)249

Коррекция данных кривой плавления

251Вкладка Melt Curve Data (Данные кривой плавления)252

Таблица Melt Peaks (Пики плавления)252

Таблица Plate (Плашка)253

Таблица RFU (ОЕФ)

254Таблица -d(RFU)/dT

255Вкладка End Point (Конечная точка)256Данные результатов

257

Коррекция анализа данных конечной точки

258

Таблица ОЕФ для анализа в конечной точке

258

Вкладка Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)259

Корректировка данных аллельной дискриминации

260Пункты меню графика

261

Таблица Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)261

Вкладка Custom Data View (Пользовательский обзор данных)263

Создание пользовательского обзора данных
Вкладка QC (Контроль качества)

264
265

Изменение критериев контроля качества

266

Исключение лунок, которые не соответствуют контролю качества

266

Вкладка Run Information (Информация о прогоне)267

Отчеты по анализу данных

268

Категории отчетов по анализу данных

269

Создание отчета по анализу данных

273

Создание отчетов по группе лунок

275

xii | ПО CFX Maestro Dx SEСодержание

Глава 12 Анализ экспрессии генов

277

Настройка плашки для анализа экспрессии генов

277

Настройка плашки с подсказками

278

Графики Экспрессия гена279

Графики

281

Изменение и аннотирование представления диаграммы

283

Коррекция данных экспрессии генов

290Условия эксперимента

292

Пункты контекстного меню294

Таблица данных

295

Пункт Show Details (Показать детали)297

Кластерграмма

300Настройки

300Пункты контекстного меню300Таблица данных

301

График рассеяния

302

Настройки

302

Пункты контекстного меню302

Таблица данных

303Таблица Results (Результаты)304

Исследование генов

305Калибровка между прогонами

305Диалоговое окно Исследование гена306

Вкладка Study Setup (Настройка исследования)306

Подготовка исследования генов

307

Вкладка Study Analysis (Анализ эксперимента)308

Категории отчетов по исследованию генов

309

Создание отчета об исследовании генов

312Приложение A Вычисления анализа данных

313

Эффективность реакции

313

Относительное количество

313

Относительное количество в случае выбора контроля

314

Стандартное отклонение относительного количества

314

Cq скорректированной эффективности (CqE)315Руководство пользователя | xiiiСодержание

Среднее Cq скорректированной эффективности (MCqE)

315

Нормализованная экспрессия

316

Экспрессия и относительное количество для биологических групп

317

Нормализованная экспрессия в случае выбора контроля

317

Стандартное отклонение для нормализованной экспрессии

318

Нормализованная экспрессия, отмасштабированная до самого высокого уровня экспрессии 319
Нормализованная экспрессия, отмасштабированная до самого низкого уровня экспрессии 319
Нормализованная экспрессия, масштабированная по среднему уровню экспрессии

319

Стандартное отклонение для масштабированной нормализованной экспрессии

321Планки погрешности для стандартного отклонения(lg) и Стандартная ошибка среднего (lg) 322
Кратность изменения

323

Формулы скорректированных значений

324

Расчет доверительного интервала для анализа биологических групп

325

Расчеты для диаграммы «ящик с усами»326

Приложение B Контрольные журналы

329

Просмотр контрольных журналов

329

Подлежащие аудиту события

331Приложение C Интеграция с LIMS
Создание совместимых с LIMS файлов данных

335
335

Настройка папки LIMS и параметров экспорта данных

335

Создание протокола LIMS

337

Создание файла LIMS

337

Запуск прогона LIMS

342

Экспорт данных в LIMS

343

Приложение D Поиск и устранение неполадок ПО CFX Maestro Dx, Security
Edition345

Внесение файлов и папок ПО CFX Maestro Dx, Security Edition в белый список

345

Журнал приложений

346

Извлечение файлов журнала приложений и микропрограмм

347

Решение проблем

347

Сбой питания

347

Передача файлов на компьютер CFX Maestro Dx SE

348Установка ПО CFX Maestro Dx, Security Edition вручную

348

Переустановка драйверов

349

xiv | ПО CFX Maestro Dx SEСодержание

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

351

Software Notices

352

ZedGraph

352

Standard Open License Text
LGPL-2.1

Приложение F Литература

352
352

365

Руководство пользователя | xv

Содержание

xvi | ПО CFX Maestro Dx SEСоответствие требованиям безопасности инормативным документам
Системы ПЦР в реальном времени CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx и CFX Opus Deepwell Dx(называемые в данном руководстве Сист. CFX Opus Dx) очень быстро нагреваются и охлаждаютсяво время эксплуатации. Для безопасной эксплуатации системы ПЦР в реальном времени Bio-Radнастоятельно рекомендует соблюдать требования безопасности, приведенные в этом и других
разделах руководства.

Предупреждающие ярлыки о технике безопасности
Предупреждающие наклейки, размещенные на Сист. CFX Opus Dx , а также в данном руководстве,сообщают об источниках травм или повреждения. В Табл. 1 приведены определения для каждого
предупреждающего ярлыка о технике безопасности.

Руководство пользователя | 17Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

Табл. 1. Общие предупреждения о безопасности

Значок

Значение
Использование Сист. CFX Opus Dx до ознакомления с данным руководством
может представлять опасность для персонала. Использование данного
прибора таким образом, который не описан данном руководстве иликомпанией Bio-Rad, может привести к нарушению или отключению защитных
функций прибора.
С самой Сист. CFX Opus Dx не связано никаких биологических илирадиоактивных опасностей. Эти опасности возникают только в случае
введения в систему исследуемых проб. При работе с биологически опаснымиили радиоактивными материалами следуйте рекомендуемым мерам
предосторожности и правилам, специфическим для вашей лаборатории истраны. Эти правила должны включать в себя методы очистки, мониторинга иустранения опасных материалов, которые используются.
Кроме того, как обозначено выше, имеется небольшой риск взрыва иливыплескивания жидкостей или выхождения паров из пробирок с пробами.
При работе с опасными материалами риск повреждений от выброса
материала соединяется с риском, что сами по себе опасные материалы могут
диспергироваться в приборе и вокруг него. Пользователям следует
предпринимать соответствующие меры предосторожности с учетом такой
ситуации.
Сист. CFX Opus Dx работает при температурах, достаточно высоких, чтобы
вызвать серьезные ожоги. Перед выполнением действий с крышкой иизвлечением проб необходимо дождаться, когда блок проб остынет докомнатной температуры. Даже после охлаждения блока проб окружающие
области, а также пластина нагревателя могут оставаться горячими некоторое
время. В ситуациях, когда недостаточно времени, чтобы дать прибору
остыть, рекомендуется использовать защитные средства, например
термоперчатки или прихватки.
Ответственность за безопасность и производительность любой системы,включающей Сист. CFX Opus Dx , полностью лежит на сборщике системы.

18 | ПО CFX Maestro Dx SEПредупреждающие ярлыки о технике безопасности

Табл. 1. Общие предупреждения о безопасности, продолжение

Значок

Значение
Сист. CFX Opus Dx может нагреваться в процессе нормальной работы,вызывая кипение или испарение жидкостей в пробах, создавая давление вконтейнерах для проб. Существует возможность повреждения контейнера спробами, приводящего к протечкам, распылению жидкости или взрывному
разрушению и выбросу паров или жидкости в прибор и вокруг него.
Пользователям следует всегда работать с прибором с закрытой крышкой илииспользовать защитные очки, термоперчатки и другие средства
индивидуальной защиты во время работы, чтобы избежать травм. Открытие
прибора в то время, когда пробы еще остаются горячими, например после
прерывания прогона, может привести к протечкам, распылению или выбросу
жидкости из контейнеров под давлением. Всегда давайте пробам время
остыть, прежде чем открывать крышку.
Пользователям никогда не следует проводить реакцию при открытых,ослабленных, проколотых или иным образом поврежденных крышке илипленке на плашках, так как это увеличит вероятность опасного разрыва иливзрыва.
Пользователям никогда не следует проводить реакцию с летучими
реагентами, которые могут увеличить вероятность опасного разрыва иливзрыва.

Руководство пользователя | 19Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

Соответствие требованиям безопасности и нормативным
документам
Соответствие требованиям в отношении безопасности
Сист. CFX Opus Dx протестирована на соответствие всем применимым требованиям следующих
стандартов безопасности и электромагнитной совместимости:n

IEC 61010-1:2010 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 1. Общие требования

n

IEC 61010-2-010:2019 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-010. Частные требования к лабораторному
оборудованию по нагреву материалов

n

IEC 61010-2-081:2019 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-081. Частные требования к автоматическим иполуавтоматическим лабораторным приборам для анализа и других целей

n

IEC 61010-2-101:2018 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-101. Частные требования к медицинским изделиям длядиагностики in vitro (IVD).

n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-1-12:2018 Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 1. Общие требования

n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-010:19 Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 2-010. Частные требования к лабораторному
оборудованию по нагреву материалов

n

CAN/CSA-C22.2 NO. 61010-2-081:19 Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 2-081. Частные требования к автоматическими полуавтоматическим лабораторным приборам для анализа и других целейn

CSA-C22.2 NO. 61010-2-101:19 Безопасность электрических контрольно-измерительных
приборов и лабораторного оборудования. Часть 2-101. Частные требования к медицинским
изделиям для диагностики in vitro (IVD).

n

EN 61010-1:2010 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 1. Общие требования

20 | ПО CFX Maestro Dx SEСоответствие требованиям безопасности и нормативным документам

n

EN 61010-2-010:2014 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-010. Частные требования к лабораторному
оборудованию по нагреву материалов

n

EN 61010-2-081:2015 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-081. Частные требования к автоматическим иполуавтоматическим лабораторным приборам для анализа и других целей

n

EN 61010-2-101:2017 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-101. Частные требования к медицинским изделиям длядиагностики in vitro (IVD).

n

UL 61010-1:2012 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 1. Общие требованияn

UL 61010-2-010:2019 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-010. Частные требования к лабораторному
оборудованию по нагреву материаловn

UL 61010-2-081:2019 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-081. Частные требования к автоматическим иполуавтоматическим лабораторным приборам для анализа и других целейn

UL 61010-2-101:19 Безопасность электрических контрольно-измерительных приборов илабораторного оборудования. Часть 2-101. Частные требования к медицинским изделиям длядиагностики in vitro (IVD).

Электромагнитная совместимость (ЭМС)Сист. CFX Opus Dx протестирована на соответствие всем применимым требованиям следующих
стандартов электромагнитной совместимости:n

EN 61326-1:2012 Электрооборудование для измерения, управления и лабораторного
использования — Требования ЭМС — Часть 1. Общие требования. Тестировалось какустройство класса An

EN 61326-2-6:2012 Электрооборудование для измерения, управления и лабораторного
использования — Требования ЭМС — Часть 2–6. Частные требования к медицинским
изделиям для диагностики in vitro (IVD)Руководство пользователя | 21Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

n

EN 61326-1:2013 Электрооборудование для измерения, управления и лабораторного
использования — Требования ЭМС — Часть 1. Общие требования. Тестировалось какустройство класса An

EN 61326-2:-6:2013 Электрооборудование для измерения, управления и лабораторного
использования — Требования ЭМС — Часть 2–6. Частные требования к медицинским
изделиям для диагностики in vitro (IVD)n

FCC Часть 15, подчасть B, разделы 15.107 и 15.109. Тестировалось как цифровое устройство
класса An

CAN ICES-003v6:2019 Стандарт для оборудования, вызывающего помехи, оборудованию
информационных технологий (включая цифровые аппараты) — Пределы и методы
измерений. Тестировалось в соответствии с пределами класса AПредупреждения и меры предосторожности по ЭМСnПредупреждение. Изменения или модификации этой установки, не утвержденные в явном
виде Bio-Rad, могут аннулировать право пользователя на использование данного
оборудования.

nПримечание. Это оборудование прошло испытания и признано соответствующим пределамдля цифрового устройства класса A согласно части 15 Правил FCC. Эти пределы
разработаны для обеспечения разумной защиты от вредных помех, когда оборудование
работает в коммерческой обстановке. Если данное оборудование установлено иэксплуатируется с нарушением инструкций, оно генерирует, использует и может излучать
энергию в радиочастотном диапазоне, способную вызвать помехи радиосвязи. Эксплуатация
данного оборудования в жилых зонах может стать причиной недопустимых помех, которые
должны быть устранены пользователем за свой счет.

nПримечание относительно соответствия FCC. Хотя оборудование прошло испытания ипризнано соответствующим пределам для цифрового устройства класса A согласно части 15,подчасти B правил FCC для цифрового устройства класса A, обратите внимание, чтоподтверждение этого соответствия является добровольным, прибор квалифицируется как«освобожденное устройство» по 47 CFR 15.103(c), в отношении процитированных положений
FCC, действующих на момент производства.

nПримечание относительно кабелей. Этот прибор проходил испытания на соответствие
требованиям ЭМС с использованием специально разработанных кабелей USB, поставляемых
вместе с прибором. Эти кабели или одобренные Bio-Rad кабели для замены должны
использоваться с данным прибором для обеспечения дальнейшего соответствия пределам
излучения по ЭМС.

22 | ПО CFX Maestro Dx SEСоответствие требованиям безопасности и нормативным документам

Требования к окружающей среде
Сист. CFX Opus Dx разработаны для безопасной эксплуатации в условиях окружающей среды,перечисленных в следующей таблице.
Табл. 2. Требования к окружающей среде Сист. ПЦР в реальном времени
CFX Opus DxПараметр

Технические характеристики

Рабочая среда

Только внутри помещений

Рабочая высота

До 2000 метров над уровнем моряОкружающая температура в помещении

15–31 °C*Температура транспортировки и хранения

От –20 до 60 °C **–4 до 140 °FОтносительная влажность

От 20% до 80% (без конденсации)***Рабочая мощность

100–240 В перем. тока ±10%, 50/60 Гц, неболее 850 ВтКолебания напряжения в сети±10%Максимальное потребление

< 850 Втэлектроэнергии
Предохранители

10 А, 250 В, 5 x 20 мм,быстроперегорающие (кол-во: 2)Класс перенапряжения

IIСтепень загрязнения

2* Работа прибора за пределами этого диапазона температур может не соответствовать
техническим характеристикам. Безопасной считается комнатная температура от 5 до 40 °C.
** Храните и транспортируйте прибор в транспортной таре для соблюдения этих температурных
условий.
*** Эксплуатация прибора при 4 ⁰C должна быть ограничена 18 часами. Хранение прибора при
4 ⁰C может продолжаться до 72 часов, если влажность менее 60% (без конденсации).

Руководство пользователя | 23Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

Опасные факторы
Сист. CFX Opus Dx обеспечивает безопасную работу при использовании в соответствии спредписаниями производителя. Если система или любой из связанных с ней компонентов
используется способом, не указанным производителем, внутренняя защита, обеспечиваемая
прибором, может быть нарушена. Bio-Rad не несет ответственности за какие-либо травмы илиущерб, вызванные использованием этого оборудования каким-либо неуказанным образом илимодификациями прибора, выполненными кем-то, кроме уполномоченных Bio-Rad специалистовили агентов. Обслуживание Сист. CFX Opus Dx должно выполняться только персоналом,обученным компанией Bio-Rad .

Факторы биологической опасности
Сист. CFX Opus Dx является лабораторным продуктом. Однако при обращении с биологически
опасными пробами придерживайтесь излагаемых ниже мер предосторожности и указаний исоблюдайте местные правила, касающиеся вашей лаборатории и региона.
Примечание При нормальной работе прибора не выделяются никакие биологически опасные
вещества.

Общие меры предосторожности
nОбязательно используйте лабораторный халат, лабораторные перчатки и защитные очки сбоковыми щитками или закрытые защитные очки.

nНе касайтесь руками рта, носа и глаз.

nПолностью закройте любой порез или ссадину перед работой с потенциально инфекционным
материалом.

nТщательно мойте руки водой с мылом после работы с любым потенциально инфекционным
материалом перед выходом из лаборатории.

nСнимайте часы и украшения перед работой на рабочем месте.

nХраните весь инфекционный или потенциально инфекционный материал в небьющихся
защищенных от утечек сосудах.

nПеред выходом из лаборатории снимайте защитную одежду.

nНе пользуйтесь рукой в перчатке для совершения записей, ответа на телефонный звонок,включения света, не касайтесь ничего, чего могут касаться другие люди без перчаток.

nЧасто меняйте перчатки. Сразу снимайте перчатки, если визуальный осмотр покажет, что онизагрязнены.

24 | ПО CFX Maestro Dx SEОпасные факторыnНе допускайте соприкосновения материалов, надлежащее обеззараживание которых
невозможно, с потенциально инфекционным материалом.

nПо завершении работы с биологическим опасным материалом обеззараживайте рабочую
область соответствующим дезинфицирующим средством (например, раствор хозяйственного
отбеливателя 1:10).

Руководство пользователя | 25Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

Деконтаминация поверхностей
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ! Для предотвращения поражения электрическим током перед
выполнением процедур деконтаминации всегда выключайте прибор иотсоединяйте его кабель питания от источника питания.
Следующие области можно очищать любым бактерицидным, вирулицидным или фунгицидным
дезинфицирующим средством, пригодным для применения в лечебных учреждениях:nнаружную крышку и корпус;nвнутреннюю поверхность блока проб и лунки блока проб;nпанель управления и дисплей.

Для получения сведений о подготовке и нанесении дезинфицирующего средства см. инструкции
производителя этого средства. После применения дезинфицирующего средства несколько разпротрите реакционный блок и лунки и тщательно их высушите.
Важно! Не используйте абразивные моющие средства, вызывающие коррозию моющие
средства или крепкие щелочные растворы. Эти средства могут стать причиной царапин наповерхностях и повреждения блока проб, что приведет к нарушению точности управления
температурой.

Утилизация биологически опасных материалов
Утилизируйте в соответствии с местными, региональными и государственными лабораторными
нормативами следующие возможно загрязненные материалы:nклинические пробы;nреактивы;nиспользованные реакционные сосуды и другие расходные материалы, которые могут
подвергнуться загрязнению.

Химическая опасность
Сист. CFX Opus Dx не содержит потенциально опасных химических материалов.

Опасность взрыва или воспламенения
Сист. CFX Opus Dx не представляет особой опасности, связанной с воспламеняемостью иливзрывом, при правильном использовании в соответствии с указаниями Bio-Rad Laboratories.

26 | ПО CFX Maestro Dx SEТранспортировка

Опасность поражения электрическим током
Сист. CFX Opus Dx не представляет особой опасности, связанной с поражением электрическим
током, при условии установки и эксплуатации надлежащим образом, без физических модификацийи в случае подключения к источнику питания соответствующей спецификации.

Транспортировка
Перед перемещением или транспортировкой Сист. CFX Opus Dx необходимо выполнить
процедуры деконтаминации. Всегда перемещайте или отправляйте систему в отдельном
контейнере в прилагаемом Bio-Rad упаковочном материале, который защищает систему отповреждений.
Для получения информации о транспортировке системы и для запроса соответствующего
упаковочного материала обращайтесь в местное представительство Bio-Rad.

АккумуляторВ Сист. CFX Opus Dx используется одна литиево-металлическая батарейка для сохранения
настроек времени в случае отключения питания от сети переменного тока. Если настройки
времени сбиваются после выключения прибора, это может означать, что батарейки выходят изстроя.
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ! Не пытайтесь заменить элементы питания самостоятельно.
Они не предназначены для замены пользователем. Обратитесь в техническую
поддержку Bio-Rad за помощью.

Только для штата Калифорния, СШАnПерхлоратный материал — литиевые батареи содержат перхлоратный материал; может
потребоваться особое обращение. См. www.dtsc.ca.gov/hazardouswaste/perchlorate.

Утилизация
Сист. CFX Opus Dx содержит электрические компоненты; их утилизацию следует производить какутилизацию несортированных отходов и отдельно, согласно Директиве Европейского Союза
2012/19/EU об отходах электрического и электронного оборудования — Директиве WEEE. Перед
утилизацией обратитесь к местному представителю компании Bio-Rad за инструкциями дляконкретной страны.

Руководство пользователя | 27Соответствие требованиям безопасности и нормативным документам

ГарантияНа Сист. CFX Opus Dx и ее связанные принадлежности распространяется стандартная гарантия
Bio-Rad. Обратитесь в местное представительство Bio-Rad для получения подробной
информации о гарантии.

28 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 1 ВведениеВ высокоэффективных системах амплификации Bio-Rad используются последние
технологические достижения, обеспечивающие большую точность и воспроизводимость
амплификации нуклеиновых кислот для геномных экспериментов. Линейка продуктов
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition Bio-Rad совместимо с этими приборами и представляет
оптимизированные файлы прогона для тестов с праймерами и зондами PrimePCR Bio-Rad.
nСистема ПЦР в реальном времени CFX Opus 96 Dx (в этом руководстве обозначаемая как CFX
Opus 96 Dx)nСистема ПЦР в реальном времени CFX Opus 384 Dx (в этом руководстве обозначаемая как
CFX Opus 384 Dx)nСистема ПЦР в реальном времени CFX Opus Deepwell Dx (в этом руководстве обозначаемая
как CFX Opus Deepwell Dx)Руководство пользователя | 29Глава 1 Введение

Используя ПО CFX Maestro Dx, Security Edition (в этом руководстве — CFX Maestro Dx SE), выможете интерпретировать сложные данные и обрабатывать данные генетического анализа. Всего
несколькими щелками мыши вы можете выполнить настройки под конкретный эксперимент иполучить информацию по своему исследованию экспрессии гена с помощью таких инструментов,как t-критерии, однофакторный дисперсионный анализ, анализ контрольных проб PrimePCR ивыбор референсного гена. Затем вы можете подготовить полученные результаты для публикацийили широкоформатной печати с помощью настраиваемой визуализации данных и средств
аннотации CFX Maestro Dx SE.
Примечание Отображение некоторых экранов в CFX Maestro может отличаться отпредставленных в данном руководстве пользователя. Отображение в программном
обеспечении при этом не меняется, функциональность остается такой же.
Важно! Кибербезопасность заключается в защите ресурсов в киберпространстве откибератак. Кибербезопасность — это способность Bio-Rad обеспечить защиту своих
сотрудников, информации, систем и репутации в киберпространстве. Киберпространство —это постоянно подключенный к Интернету мир, отдельные части которого связаны друг сдругом с помощью технологий; он состоит из людей, организаций, информации и технологий.
При угрозах кибербезопасности очень важна быстрая реакция! Если вы полагаете, что угроза
кибербезопасности затронула ваш прибор или что на вашем месте эксплуатации произошло
нарушение кибербезопасности, незамедлительно обратитесь к представителю Bio-Rad дляполучения технической поддержки.

30 | ПО CFX Maestro Dx SEОсновные особенности ПО CFX Maestro Dx, Security EditionОсновные особенности ПО CFX Maestro Dx, Security
EditionС помощью CFX Maestro Dx SE можно выполнять следующие действия.
nАнализировать данные с использованием гистограмм, кластерграмм или диаграмм рассеяниядля быстрой интерпретации и изучения результатов.

nНастраивать представление данных и экспортировать графики в высоком разрешении дляпубликации и создания отчета.

nОпределять качество РНК и осуществлять поиск и устранение неисправностей вэкспериментах с контролем анализа PrimePCR.

nВыбирать подходящий референсный ген и анализировать его стабильность с помощью
инструмента выбора референсного гена.

nВыполнять статистический анализ, включая однофакторный дисперсионный анализ висследовании экспрессии гена.

В данном руководстве пользователя приведено разъяснение всех этих возможностей и методових использования.

Дополнительные сведения
После установки CFX Maestro Dx SE и настройки связанного с ПО термоциклера Bio-Rad выможете получить доступ к этому руководству, а также к подробным разделам справки CFX Maestro
Dx SE из меню «Справка» в любом виде.
Пояснение. Щелкните логотип Bio-Rad в верхнем правом углу любого окна CFX Maestro DxSE, чтобы открыть веб-сайт Bio-Rad. На этом веб-сайте содержатся ссылки на технические
заметки, руководства, видео, информация о продукте и осуществляется техническая
поддержка. Этот веб-сайт также содержит многие технические ресурсы по широкому
многообразию методов и приложений, связанных с ПЦР, ПЦР в реальном времени иэкспрессии генов.

Руководство пользователя | 31Глава 1 Введение

32 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 2 Установка ПО CFX Maestro Dx, Security
EditionВ этой главе объясняется, как устанавливать ПО CFX Maestro Dx, Security Edition. Информацию онастройке приборов для ПЦР в режиме реального времени, поддерживаемых Bio-Rad, см. всоответствующем руководстве.
CFX Maestro Dx SE требуется для анализа данных ПЦР в реальном времени с использованием
систем ПЦР в реальном времени CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx и CFX Opus Deepwell Dx. CFX
Maestro используется для управления этими системами в программно-управляемом режиме.
Системы CFX Opus Dx поставляются с USB-кабелем в сумке для принадлежностей. С помощью
USB-кабеля подключите компьютер CFX Maestro Dx SE к Сист. CFX Opus Dx.
Снимите все упаковочные материалы и сохраните их для дальнейшего использования. Есликакой-либо элемент отсутствует или поврежден, обратитесь в местное представительство
Bio-Rad.

Руководство пользователя | 33Глава 2 Установка ПО CFX Maestro Dx, Security EditionСистемные требованияВ Табл. 3 перечислены минимальные и рекомендуемые системные требования для компьютера,на котором запущено программное обеспечение CFX Maestro Dx SE.
Табл. 3. Системные требования для CFX Maestro Dx SEСистема

Минимальные

Рекомендуемые

Операционная

Microsoft Windows 10 (только

Microsoft Windows 10 (только 64-разрядная

система

64-разрядная версия), сборка

версия), сборка 1511 или новее, с

1511 или новее, с последними

последними обновлениями безопасности.

обновлениями безопасности.
Примечание Windows 11 также поддерживает ПО CFX Maestro Dx, Security Edition.
Важно! На компьютерах с CFX Maestro Dx SE необходимо отключить безопасную загрузку.
Компьютеры с CFX Maestro Dx SE должны быть настроены таким образом, чтобы они неперезагружались автоматически после обновления системы или безопасности, если этообновление устанавливается во время выполнения прогона. Обратитесь к системному
администратору за помощью.
Порты

2 высокоскоростных порта

2 высокоскоростных порта USB 2.0

USB 2.0Пространство на

128 ГБ

128 ГБ

2,4 ГГц, двухъядерный

2,4 ГГц, четырехъядерный

ОЗУ

4 ГБ ОЗУ

8 ГБ ОЗУ

Разрешение

1024 × 768 с режимом True

1280 × 1024 с режимом True Colorэкрана

Colorжестком диске
Скорость
процессора

Программа чтения

Adobe PDF Reader или Windows PDF Reader

PDF-файловиз любого из поддерживаемых пакетов
Microsoft Office:n 2016n 2019Локализация

Поддерживаемая 64-Поддерживаемая 64-разрядная ОСразрядная ОС Microsoft

Microsoft Windows на английском, китайском

Windows на английском,или русском языке

китайском или русском языке

34 | ПО CFX Maestro Dx SEСистемные требования

Примечание Если планируется использовать программу CFX Automation Control на том жекомпьютере, что и CFX Maestro Dx SE, установите разрешение экрана 1280 x 1024 с режимом
True Color.

Руководство пользователя | 35Глава 2 Установка ПО CFX Maestro Dx, Security EditionУстановка программного обеспечения CFX Maestro Dx SEВажно! Необходимо отключить все подключенные приборы от компьютера CFX Maestro Dx
SE перед установкой или обновлением программного обеспечения. Нет необходимости
выключать прибор во время установки программного обеспечения. Убедитесь, что всепрогоны сохранены и никакие эксперименты не проводятся.
Примечание Перед началом процедуры установки убедитесь, что безопасная загрузка
отключена. Убедитесь, что компьютер настроен таким образом, что он не перезагружается
автоматически после обновления системы или протоколов безопасности, если этообновление устанавливается во время выполнения прогона. Обратитесь к системному
администратору за помощью.

Для установки программного обеспечения CFX Maestro Dx SE
1.

Если требуется, отсоедините все подключенные приборы от компьютера.
Найдите и отсоедините кабель USB прибора на компьютере CFX Maestro Dx SE. Конец кабеля,вставленный в Сист. CFX Opus Dx, отсоединять необязательно.

2.

Выполните вход в компьютер CFX Maestro Dx SE с правами администратора.

3.

Вставьте диск USB с программным обеспечением CFX Maestro Dx SE в порт USB компьютера.

4.

В Проводнике Windows найдите и откройте USB-накопитель с ПО CFX Maestro Dx SE.
USB-накопитель содержит Примечания к выпуску и следующие папки:
n

CFX

n

Drivers (Драйверы)n

Firmware (Микропрограммное обеспечение)n

Quick Start (Краткое руководство)Помимо других файлов в папке CFX находится программа установки ПО CFX Maestro Dx
SE (CFXMaestroDxSetup.exe).

5.

Откройте папку CFX и дважды щелкните по файлу CFXMaestroDxSetup.exe, чтобы запустить
установщик.

6.

Следуйте инструкциям по установке на экране.
По завершении на рабочем столе компьютера добавится значок Bio-Rad ПО CFX Maestro Dx,
Security Edition.

36 | ПО CFX Maestro Dx SEУстановка программного обеспечения CFX Maestro Dx SEПояснение. Программа установки CFX Maestro автоматически загрузит руководство
пользователя ПО CFX Maestro Dx, Security Edition. Чтобы найти эти руководства,перейдите в меню «Справка» и выберите «Открыть руководства пользователя».
7.

После завершения установки можно безопасно извлечь диск USB с программным
обеспечением.

Руководство пользователя | 37Глава 2 Установка ПО CFX Maestro Dx, Security EditionОбнаружение подключенных приборовВо время установки программа установки CFX Maestro Dx SE автоматически устанавливает
драйверы прибора на компьютер CFX Maestro Dx SE. CFX Maestro Dx SE обнаруживает
подключенные инструменты при запуске программного обеспечения.

Чтобы обнаружить подключенные приборы, выполните следующие действия
1.

Если это еще не выполнено, вставьте квадратный (штекерный разъем) конец прилагаемого
USB-кабеля типа B в USB-порт типа B на задней стороне основания прибора.

2.

Вставьте другой конец (гнездовой) в порт USB на компьютере CFX Maestro Dx SE.

3.

Если прибор еще не работает, нажмите выключатель на приборе для его запуска.

4.

Запустите CFX Maestro Dx SE.

Программа автоматически обнаруживает подключенный прибор и отображает его имя на панели
Обнаруженные приборы в начальном окне.
Примечание Если прибор не появляется в панели Обнаруженные приборы, убедитесь, чтокабель USB подключен правильно. Чтобы повторно установить драйверы, в начальном окне в
CFX Maestro Dx SE выберите Сервис > Переустановка драйверов прибора.

38 | ПО CFX Maestro Dx SEФайлы программы

Файлы программыВ Табл. 4 перечислены типы файлов CFX Maestro Dx SE.
Табл. 4. Типы файлов CFX Maestro Dx SEТип файла

Расширение

Подробные сведения

Протокол

.prcl

Содержит сведения о настройке протокола длявыполнения прогона ПЦР.

Плашка

.pltdСодержит сведения о схеме плашки длявыполнения прогона ПЦР.

Данные

.pcrd

Содержит результаты прогона эксперимента ианализа ПЦР.

Прогон PrimePCR.csv

Содержит протокол и схему плашки для плашек
PrimePCR.

Исследование генов

.mgxdСодержит результаты нескольких прогонов ПЦР ианализ экспрессии гена.

Автономный файл.zpcr

предварительных

Содержит показания флуоресценции в автономном
режиме работы, преобразованные в файл данных.

данных
LIMS.plrnСодержит схему плашки и информацию протокола,требующиеся для выполнения прогона,совместимого с LIMS.

.JSON

.json

Предназначенный только для чтения файл,создаваемый только системами CFX Opus Dx ,который содержит данные файла прогона,отображающиеся на панели сведений в проводнике,когда выбран файл прогона. Этот файлгенерируется по завершении прогона. Онэкспортируется с файлом .zpcr и сохраняется сфайлами данных, когда местоположением длясохранения является либо USB-накопитель, либообщая сетевая папка.

Руководство пользователя | 39Глава 2 Установка ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

40 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 3 Управление учетными записями
пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security
EditionВ ПО CFX Maestro Dx, Security Edition пользователи выполняют вход, используя свои имяпользователя и пароль Windows. Пользователю, который выполнил установку CFX Maestro Dx SE,автоматически назначается роль администратора, и он может создавать и изменять учетные
записи и роли пользователей. Всем другим пользователям должна быть назначена учетная запись
пользователя, чтобы они могли выполнить вход в программное обеспечение и использовать его.
Важно! У каждого пользователя должна иметься учетная запись и пароль Windows накомпьютере CFX Maestro Dx SE, прежде чем ему можно будет назначить учетную запись ироль пользователя. Пользователи могут быть членами либо группы Пользователи Windows,либо группы Администраторы Windows. Члены группы Пользователи Windows получают
доступ только к собственным файлам и папкам CFX Maestro Dx SE. Члены группы
Администраторы Windows получают доступ к файлам и папкам всех пользователей накомпьютере.
В данном главе разъясняется порядок создания пользователей Microsoft Windows для ихдобавления в CFX Maestro Dx SE. В этом разделе также разъясняется, как добавлять
пользователей CFX Maestro Dx SE и управлять ролями и разрешениями пользователей.

Руководство пользователя | 41Глава 3 Управление учетными записями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЗапуск ПО CFX Maestro Dx, Security EditionПримечание Каждый пользователь должен выполнить вход в систему, введя имяпользователя и пароль Windows.

Чтобы запустить CFX Maestro Dx SE, выполните следующие действия
1.

Щелкните ярлык CFX Maestro Dx SE для запуска приложения на рабочем столе компьютера
CFX Maestro Dx SE.

2.

В диалоговом окне Вход введите пароль Windows и щелкните ОК.

CFX Maestro Dx SE открывает начальное окно. В строке заголовка отображается имяпользователя Windows, выполнившего вход в систему, а в строке меню отображается синяя
наклейка, указывающая, что программа соответствует требованиям 21 CFR часть 11,например:42 | ПО CFX Maestro Dx SEЗапуск ПО CFX Maestro Dx, Security EditionРуководство пользователя | 43Глава 3 Управление учетными записями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security EditionДобавление пользователей Microsoft Windows накомпьютер ПО CFX Maestro Dx, Security EditionКаждый пользователь должен выполнить вход в систему компьютера CFX Maestro Dx SE, введяимя пользователя и пароль Windows. Для корректного ведения контрольного журнала нельзя
добавлять учетные записи пользователей Windows через меню Пуск > Параметры > Учетные
записи. Учетные записи пользователей Windows необходимо добавлять через консоль
управления компьютером.
Важно! Изменения свойств пользователя Windows (включая «Имя пользователя» и «Полное
имя») после создания связанного пользователя CFX Maestro Dx SE делают
недействительным пользователя CFX Maestro Dx SE. Проверьте правильность информации,прежде чем сохранить пользователя Windows и приступить к созданию связанного
пользователя CFX Maestro Dx SE.
Пояснение. Ознакомьтесь с документацией по администрированию Microsoft Windows иобратитесь к своему системному администратору Windows, чтобы получить более подробную
информацию, прежде чем создавать учетные записи Windows.

Добавление учетных записей пользователей Windows на компьютер CFX Maestro Dx
SE1.

Выполните вход в компьютер CFX Maestro Dx SE в качестве члена группы Администратор
Windows.

2.

Щелкните правой кнопкой мыши значок «Мой компьютер» на рабочем столе и выберите
«Управление», чтобы открыть консоль управления компьютером.

3.

В консоли управления компьютером разверните вкладку «Локальные пользователи и группы».

4.

Щелкните правой кнопкой мыши папку «Пользователи» и выберите «Новый пользователь»,чтобы открыть диалоговое окно «Новый пользователь».

44 | ПО CFX Maestro Dx SEДобавление пользователей Microsoft Windows на компьютер ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

5.

6.

В диалоговом окне «Новый пользователь» необходимо заполнить следующие поля:nИмя пользователя

nПолное имяnПароль

nПодтверждение пароля

Щелкните «Создать».

Руководство пользователя | 45Глава 3 Управление учетными записями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security EditionДобавление и удаление пользователей ПО CFX Maestro
Dx, Security EditionПояснение. Только пользователи с ролью Администратора CFX Maestro Dx SE могут
создавать и удалять учетные записи пользователей CFX Maestro Dx SE. Пользователю,который выполнил установку CFX Maestro Dx SE, автоматически назначается рольадминистратора. Этот пользователь может назначать роль Администратора другим
пользователям.
Примечание В CFX Maestro Dx SE по меньшей мере у одного пользователя должна быть рольАдминистратор.

Чтобы добавить учетные записи пользователей CFX Maestro Dx SE, выполните
следующие действия
1.

Убедитесь, что каждый планируемый пользователь является членом либо группы
Пользователи Windows, либо группы Администраторы Windows и имеет пароль Windows накомпьютере CFX Maestro Dx SE.

2.

Запустите CFX Maestro Dx SE и войдите в систему как администратор.

3.

В начальном окне выберите Пользователь > Администрирование пользователей.

46 | ПО CFX Maestro Dx SEДобавление и удаление пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security EditionОткроется диалоговое окно «Администрирование пользователей».

4.

В разделе «Управление пользователями» предоставьте следующую информацию длякаждого пользователя.
nИмя пользователя — в CFX Maestro Dx SE оно должно соответствовать имени
пользователя для входа в Windows.

nПолное имя — полное имя пользователя.
Это имя отображается в поле «Полное имя» пользователя в контрольном журнале. Этоимя должно быть идентично имени, введенному в поле «Полное имя» при создании
пользователя Windows.

nРоль — роль, которую требуется назначить пользователю.
Примечание Можно выбрать только одну роль из раскрывающегося списка. Дляполучения дополнительной информации см. раздел Управление ролями
пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security Edition.

nДомен — домен Windows, из которого пользователь осуществляет доступ кпрограммному обеспечению.

Руководство пользователя | 47

Глава 3 Управление учетными записями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security EditionОбратитесь к своему системному администратору Windows, чтобы получить более
подробную информацию.
5.

Щелкните «ОК» и затем щелкните «Да», чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое
окно «Администрирование пользователей».

Чтобы удалить учетную запись пользователя CFX Maestro Dx SE, выполните
следующие действия
1.

Запустите CFX Maestro Dx SE и войдите в систему как администратор.

2.

В начальном окне выберите Пользователь > Администрирование пользователей, чтобы
открыть диалоговое окно «Администрирование пользователей».

3.

В панели Управление пользователями выберите «Удалить» для каждого пользователя,которого требуется удалить.

4.

Щелкните «ОК» и затем щелкните «Да», чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое
окно «Администрирование пользователей».

Управление ролями пользователей ПО CFX Maestro Dx,
Security EditionВажно! В CFX Maestro Dx SE требуется, чтобы по меньшей мере одному пользователю былаприсвоена роль Администратор. Вы можете назначить эту роль нескольким пользователям.
CFX Maestro Dx SE предлагает четыре роли пользователей. Каждому пользователю должна бытьназначена роль, чтобы он мог выполнить вход в программное обеспечение. Хотя пользователям
может быть назначена только одна роль, вы можете изменить роль пользователя в любое время.
Можно менять права, назначенные каждой роли, кроме роли Администратор. Все пользователи,которым назначена роль, получают только права этой роли.
По умолчанию каждая роль обладает следующими правами.
nАдминистратор — эта роль имеет все права; вы не можете изменить эти разрешения.

nПринципал — эта роль имеет все разрешения, кроме настройки электронной почты.

nОператор — эта роль имеет все права, кроме пропуска циклов и настройки электронной
почты.

nГость — у этой роли есть право только на чтение файлов.

При назначении ролей в CFX Maestro Dx SE тщательно определите требования для каждого
пользователя. Например, пользователи без права на сохранение, которым назначена роль Гость,48 | ПО CFX Maestro Dx SEУправление ролями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security Editionне смогут подписать файл. Без разрешения на создание учетной записи электронной почты ниодна из ролей не получит электронную почту после завершения запуска.

Чтобы изменить разрешения для роли1.

Запустите CFX Maestro Dx SE и войдите в систему как администратор.

2.

В начальном окне выберите Пользователь > Администрирование пользователей, чтобы
открыть диалоговое окно «Администрирование пользователей».

3.

В разделе «Управление правами» для каждой роли снимите или установите флажок возле
нужных разрешений.

4.

Щелкните ОК и затем щелкните Да, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окноАдминистрирование пользователей.

Просмотр собственной роли и правПояснение. Пользователи, которым назначены роли Принципал, Оператор или Гость, могут
просматривать только свои настройки пользователя, права и роли. Пользователи, которым
назначена роль администратора, могут просматривать права и роли всех пользователей.

Порядок просмотра собственной роли и прав пользователяuВ начальном окне выберите Пользователь > Администрирование пользователей.

Свяжитесь с администратором CFX Maestro Dx SE, чтобы изменить настройки, права и ролипользователей, перечисленные в окне «Администрирование пользователей».

Руководство пользователя | 49Глава 3 Управление учетными записями пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

50 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx,
Security EditionВажно! ПО CFX Maestro Dx, Security Edition использует проверку подлинности пользователей
Microsoft Windows для подтверждения доступа к защищенным файлам данных CFX.
Обратитесь к своему администратору Windows для создания среды, которая соответствует
требованиям 21 CFR, часть 11.
С помощью CFX Maestro Dx SE пользователи могут
nПодписывать данные и файлы исследования гена.

nЗащищать паролем файлы данных.

nПросматривать и распечатывать контрольные журналы.

Данный раздел приводит подробные инструкции по использованию этих возможностей.

Защищенные файлыПо умолчанию CFX Maestro Dx SE сохраняет защищенные файлы в личную папку выполнившего
вход пользователя, которая расположена по путиC:\Users\<username>\Documents\Bio-Rad\CFX_MDX\My qPCRВ этой папке можно сохранять и редактировать файлы .pcrd. Эта папка содержит ссылки на другие
папки (например, папку образцов файлов), содержащие файлы только для чтения. Однако
администратор может удалить содержимое этой папки.
Пояснение. Как вариант, ваш системный администратор Windows может создать общую
папку, и ваш администратор CFX Maestro Dx SE может запрограммировать программное
обеспечение сохранять все файлы в эту папку.
В CFX Maestro Dx SE файлы плашки, протокола, данных и исследования гена помечаются какзащищенные в момент сохранения. Можно создавать эти файлы в ПО CFX Maestro или в CFX
Maestro Dx SE. После того как они будут сохранены в CFX Maestro Dx SE, эти файлы можно
открыть только в CFX Maestro Dx SE
CFX Maestro Dx SE создает контрольный журнал для всех защищенных файлов данных и файлов
исследования гена (файлы .pcrd и .mgxd соответственно). Программное обеспечение записывает

Руководство пользователя | 51Глава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security Editionвсю подлежащую аудиту активность в контрольный журнал файла. Для получения
дополнительной информации см. раздел Контрольные журналы на стр. 329.

Подписывание защищенных файлов
После сохранения файла в CFX Maestro Dx SE пользователи могут добавить электронную
подпись. Для подписывания файла требуется, чтобы роли пользователя было предоставлено
разрешение на сохранение файла. Например, по умолчанию роль «Гость» не имеет разрешенияна сохранение файла, соответственно, пользователи, которым назначена эта роль, подписать
файл не могут.
В CFX Maestro Dx SE подписанные файлы не становятся предназначенными только для чтения.
Их можно извлечь, изменить и подписать несколько раз. Все изменения и подписи записываются вконтрольном журнале файла. Можно подписывать следующие типы файлов:nфайлы данных (.pcrd);nфайлы исследования гена (.mgxd).

Примечание Файлы должны быть сохранены, прежде чем их можно будет подписать. Если вынедавно выполнили прогон в CFX Maestro Dx SE, сначала сохраните итоговый файл данных.

Чтобы подписать файл, выполните следующие действия.
1.

Войдите в CFX Maestro Dx SE с данными учетной записи Windows.

2.

Откройте защищенный файл данных или файл исследования гена для подписания.

3.

Выберите Файл > Подписать. Откроется диалоговое окно «Электронная подпись».

52 | ПО CFX Maestro Dx SE

4.

Введите свои имя пользователя и пароль Windows и причину подписания файла.
Имя пользователя и причина для подписания сохраняются в контрольном журнале (дляполучения подробной информации см. раздел Контрольные журналы на стр. 329).

5.

Нажмите ОК, чтобы отправить подпись и закрыть диалоговое окно.

Изменение защищенных файлов
В CFX Maestro Dx SE пользователи могут изменять защищенные файлы, включая подписанные ине подписанные файлы данных и исследования гена. Программное обеспечение предлагает
пользователю указать причину изменения, когда пользователь сохраняет измененный
защищенный файл или файл исследования гена. Изменения записываются в контрольном
журнале файла.
Пояснение. Так как программное обеспечение не создает контрольные журналы для файлов
плашки или протокола, пользователю не предлагается предоставить причину при сохранении
изменений, внесенных в эти файлы.

Руководство пользователя | 53Глава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЧтобы сохранить измененный файл данных или файл исследования гена, выполните
следующие действия
1.

Войдите в CFX Maestro Dx SE с данными учетной записи Windows.

2.

Откройте и измените защищенный файл данных или файл исследования гена.
Пояснение. Список действий, подлежащих аудиту, см. в разделе Подлежащие аудиту
события на стр. 331.

3.

Выберите Файл > Сохранить. Откроется диалоговое окно «Причина изменения дляконтрольного журнала».

Это диалоговое окно отображает следующую информацию, которая собирается в заголовке
контрольного журнала для каждого события изменения.
nДата — дата, в которую выполнено изменение.

nПользователь — домен Windows и имя вошедшего в систему пользователя.

nКомментарий — последний сохраненный комментарий.

nПодпись — электронная подпись последнего человека, который подписал файл.

nПричина для подписи — причина подписания.

54 | ПО CFX Maestro Dx SEnПриложение — CFX Maestro Dx SE (отображается как BioRadCFXManager.exe, чтоявляется правильным).

nВерсия приложения — текущая версия приложения CFX Maestro Dx SE.

nПолное имя пользователя — полное имя пользователя, выполнившего вход.
Примечание Это имя отображается в контрольном журнале.

nКомпьютер — компьютер, на котором установлено ПО.

Таблица изменений отображает подлежащие аудиту изменения, которые произошли врезультате изменения файла. Также может отображаться краткое описание причины
изменения.
Пояснение. Можно добавлять или редактировать описания в столбце Причина
изменения.
4.

Просмотрите список изменений. Приведите подробные причины, если требуется.

5.

Выполните одно из следующих действий.
nЩелкните «Сохранить изменения», чтобы сохранить изменения файла, а также всеизменения, внесенные в таблицу, и закройте диалоговое окно.
Изменения, внесенные в файл, и причины изменений появятся в контрольном журнале
файла.

nЩелкните «Отменить изменения», чтобы вернуть предыдущее состояние файла изакрыть диалоговое окно.
Изменения не сохраняются в файл, и контрольный журнал не обновляется.

Руководство пользователя | 55

Глава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЗащита паролемВ качестве дополнительного уровня безопасности, CFX Maestro Dx SE позволяет пользователям
установить пароли на все конфиденциальные файлы. При установке паролей наконфиденциальный файл, рассмотрите следующие условия:Условие

Действие

Пароль не требуетсяВсе пользователи могут открывать, менять исохранять конфиденциальный файл, при наличии
соответствующих разрешений.

Файл требует пароль дляВсе пользователи могут открывать

сохранения.

конфиденциальный файл, и те пользователи,которые знают пароль для сохранения, могут менятьи сохранять конфиденциальный файл.

Файл требует пароль дляТолько пользователи, которые знают пароль дляоткрытия.

открытия, могут открывать, менять и сохранять
конфиденциальный файл.

Файл требует пароли дляНекоторые пользователи могут открывать

открытия и для сохранения.

конфиденциальный файл, и подгруппа этихпользователей может менять и сохранять его.

В зависимости от роли пользователя, любой пользователь может использовать функцию
Сохранить как, чтобы создавать новый конфиденциальный файл под другим именем илисохранять файл с этим же именем в другом местоположении, пока выполняется какое-либо изследующих условий:nКонфиденциальный файл не защищен паролем.

nУ пользователя есть пароль на открытие файла.

Пояснение. Новый файл сохраняется без защиты паролем. Исходный файл сохраняет своипароли.
В зависимости от роли, пользователь может менять и сохранять исходный файл, покавыполняется какое-либо из следующих условий:nФайл не защищен паролем.

nУ пользователя есть пароль на открытие и пароль на сохранение файла.

56 | ПО CFX Maestro Dx SEПримечание Роль пользователя должна включать в себя право на сохранение файлов, чтобы
устанавливать пароли. Например, пользователи с ролью Гость не могут сохранять файлы, исоответственно, не могут устанавливать пароли на файл.
Важно! Только администраторы CFX Maestro Dx SE могут сбрасывать или удалять пароли.

Руководство пользователя | 57Глава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЧтобы защитить файл паролем
1.

Войдите в CFX Maestro Dx SE с учетными данными Windows.

2.

Откройте конфиденциальный файл.

3.

Выберите Файл > Пароли файлов. Откроется диалоговое окно Пароли файлов.

4.

Введите пароли в поля Пароль на сохранение и Пароль на открытие.
Пояснение. По умолчанию пароли при вводе отображаются звездочками. Выберите
Показывать пароль, чтобы пароль отображался при наборе.
Важно! Пароли чувствительны к регистру. CFX Maestro Dx SE не устанавливает
ограничений на пароли. Наилучшим способом будет обратиться к системному
администратору, чтобы узнать требования к паролям в вашем учреждении.

5.

Щелкните Установить пароли, чтобы установить пароли и закрыть диалоговое окно.

6.

Выберите Файл > Сохранить, чтобы сохранить изменения, внесенные в файл.

58 | ПО CFX Maestro Dx SEЧтобы удалить пароли
Важно! Необходимо быть администратором CFX Maestro Dx SE, чтобы удалить пароли.
1.

В диалоговом окне Требуется пароль щелкните Удалить пароли.

Откроется диалоговое окно входа в CFX Maestro Dx SE.

2.

Укажите имя пользователя Windows и пароль для администратора CFX Maestro Dx SE ищелкните ОК.
Появится исходный файл данных.
Важно! Необходимо сохранить файл, чтобы удалить пароли.

3.

Выберите Файл > Сохранить, чтобы сохранить изменения, внесенные в файл.

Руководство пользователя | 59Глава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЧтобы изменить пароли
Важно! Только администраторы CFX Maestro Dx SE могут изменять пароли.
1.

Откройте конфиденциальный файл.

2.

Выберите Файл > Пароли файлов. Откроется диалоговое окно Пароли файлов.

Пояснение. Пароль на сохранение, Пароль на открытие и Показать пароль отключены.
3.

Щелкните Сбросить пароли.
Откроется диалоговое окно входа в CFX Maestro Dx SE.

60 | ПО CFX Maestro Dx SE

4.

Укажите имя пользователя Windows и пароль для администратора CFX Maestro Dx SE ищелкните ОК.
Откроется диалоговое окно Пароли файлов.

5.

6.

Выполните одно из следующих действий.
nЧтобы заново установить защиту паролем, введите новый пароль в соответствующем
поле для пароля.

nЧтобы убрать защиту паролем, очистите поля для пароля.

Щелкните Установить пароли, чтобы сохранить изменение пароля и закрыть диалоговое окно.

Руководство пользователя | 61Глава 4 Использование ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

62 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 5 Рабочая область
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition предоставляет интерфейс для настройки плашек, разработки
протоколов ПЦР, выполнения их на приборах CFX Opus Dx Deepwell Dx, а также для анализа
данных прогонов ПЦР.
CFX Maestro Dx SE представляет пять основных рабочих областей.
nНачальное окноnМастер запуска

nОкно Редактор протокола

nОкно Редактор плашки

nОкно Анализ данныхВ настоящей главе приводится краткое описание каждой из этих рабочих областей.

Руководство пользователя | 63Глава 5 Рабочая область

Начальное окноCFX Maestro Dx SE открывает начальное окно и отображает Мастер запуска, из которого можно
настроить эксперимент, выполнить или повторить прогон или проанализировать существующий
прогон. Из начального окна также можно просматривать журналы приложения и приборов,создавать пользователей и управлять их настройками, открывать разные полезные инструменты.
Для получения дополнительных сведений см. Глава 6, Начальное окно.

64 | ПО CFX Maestro Dx SEМастер запуска

Мастер запуска
Используйте Мастер запуска для быстрого создания и проведения определяемых пользователем
экспериментов или для выбора и проведения эксперимента PrimePCR. Кроме того, этот мастер
можно использовать для повторения прогона или анализа данных прогона.

Руководство пользователя | 65Глава 5 Рабочая область

Окно Редактор протоколаВ Редакторе протокола можно создать, открыть, просмотреть и отредактировать протокол. Также
можно изменить температуру крышки для открытого протокола. Функциональные возможности
окна «Редактор протокола» подробно описаны в Глава 7, Создание протоколов.

66 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Редактор плашки

Окно Редактор плашкиВ Редакторе плашки можно создать, открыть, просмотреть и отредактировать плашку.
Функциональные возможности окна «Редактор плашки» подробно описаны в Глава 8, Подготовка
плашек.

Руководство пользователя | 67Глава 5 Рабочая область

Окно Анализ данныхВ окне Анализ данных можно просматривать и сравнивать данные прогонов, выполнять
статистический анализ, экспортировать данные и создавать готовые к публикации отчеты.
Функциональные возможности анализа данных подробно описаны в Глава 10, Обзор анализа
данных, и Глава 11, Сведения об анализе данных.

68 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 6 Начальное окноПО CFX Maestro Dx, Security Edition предоставляет интерфейс для разработки протоколов ПЦР, ихзапуска на приборах, поддерживающих систему CFX Dx , и анализа данных прогона ПЦР.
В этой главе описывается CFX Maestro Dx SE и функции, доступные из начального окна.

Руководство пользователя | 69Глава 6 Начальное окноНачальное окноCFX Maestro Dx SE открывает начальное окно и отображает Мастер запуска, из которого можно
запустить прогон, выполнить или повторить прогон или проанализировать существующий прогон.
Из начального окна также можно просматривать журналы приложения и приборов, создавать
пользователей и управлять их настройками, открывать разные полезные инструменты.

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Строка заголовка ПО отображает название программы и пользователя, выполнившего
вход.

2.

Строка меню обеспечивает быстрый доступ к опциям меню Файл, Вид, Пользователь,Прогон, Сервис, Windows и Справка.

3.

Опции панели инструментов предоставляют быстрый доступ к параметрам меню.

4.

На левой панели отображаются приборы, подключенные к компьютеру CFX Maestro DxSE, и находятся кнопки, с помощью которых можно управлять крышкой и просматривать
состояние приборов.

70 | ПО CFX Maestro Dx SEНачальное окно5.

В главной панели располагается рабочее окно. Рабочим окном по умолчанию наначальном экране является Мастер запуска.

6.

В строке состояния отображаются названия подключенных приборов и вошедший всистему пользователь.

Опции меню ФайлСоздать — открывает диалоговое окно, в котором можно выбрать создание протокола, плашки илиисследование генов.
Открыть — открывает диалоговое окно, в котором можно найти и открыть существующий
протокол, плашку, файл данных, исследование генов, файл LIMS, прогон с автономного прибора
(автономный прогон) или файл прогона PrimePCR.
Последние файлы данных — отображает список недавно открывавшихся файлов ПЦР.
Повторить прогон — открывает Проводник Windows на расположении сохраненных файлов ПЦР,в котором можно найти прогон для повторения.
Выход — закрывает CFX Maestro Dx SE.

Опции меню ВидЖурнал приложения — отображает журнал использования ПО от первой установки до текущего
момента.
Отчеты о прогонах — отображает перечень отчетов о прогонах.
Мастер запуска — отображает Мастер запуска в главной панели.
Новый прогон — отображает окно Создать прогон в главной панели.
Приборы — отображает окно Приборы в главной панели.
Обнаруженные приборы — отображает/отменяет отображение подключенных приборов в левой
панели. По умолчанию программное обеспечение отображает подключенные приборы в левой
панели.
Toolbar (Панель инструментов) — включает и выключает режим отображения панели
инструментов в верхней части экрана. По умолчанию программное обеспечение отображает
панель инструментов.
Status Bar (Строка состояния) — включает и выключает режим отображения строки состояния внижней части экрана. По умолчанию программное обеспечение отображает строку состояния.
Отобразить — открывает диалоговое окно, из которого можно выполнять следующие действия.

Руководство пользователя | 71Глава 6 Начальное окноnПросматривать или блокировать журнал состояний.

nОткрывать и просматривать папку данных CFX Maestro Dx SE.

nОткрывать и просматривать папку данных пользователя.

nОткрывать и просматривать папку файлов LIMS.

nОткрывать и просматривать папку PrimePCR.

nПросматривать статистику анализов.

nПросматривать свойства всех подключенных приборов.

Опции меню Пользователь
Выбрать пользователя — открывает экран входа в систему, с которого можно выбрать
пользователя из раскрывающегося списка Имя пользователя и войти в приложение.
Изменить пароль — открывает диалоговое окно Изменить пароль, в котором пользователь
может сменить пароль доступа к программному обеспечению .
Примечание Этот параметр отключен в CFX Maestro Dx SE. Пользователи должны изменить
свой пароль Windows, чтобы изменить свой пароль в CFX Maestro Dx SE.
Пользовательские настройки — открывает диалоговое окно Пользовательские настройки, вкотором пользователи могут изменять настройки по умолчанию для следующих действий.
nОтправка и получение уведомлений по электронной почте по завершении прогона

nСохранение файлов данных

nСоздание протоколов с помощью программ Редактор протокола или Мастер создания
протокола

nСоздание плашек

nАнализ данных

nВыполнение анализа экспрессии генаnОпределение качества данных

nЭкспорт данных прибора CFX

Администрирование пользователей — открывает диалоговое окно «Администрирование
пользователей», в котором администраторы могут создавать пользователей, изменять права
доступа для ролей и назначать роли пользователям.
Обслуживание Bio-Rad — только для персонала по техническому обслуживанию компании
Bio-Rad. Не выбирайте эту команду.

72 | ПО CFX Maestro Dx SEНачальное окноОпции меню Прогон
Прогон, определяемый пользователем — открывает окно «Создать прогон», в котором можно
задать параметры определяемого пользователем прогона или плашки и затем провести
эксперимент ПЦР на выбранных приборах.
Прогон PrimePCR — открывает вкладку Начать прогон в окне Создать прогон с протоколом
PrimePCR по умолчанию и схемой плашки, соответствующей выбранному прибору.
Прогон только в конечной точке — открывает вкладку Начать прогон в окне Создать прогон спрогоном только в конечной точке по умолчанию и схемой плашки, соответствующей выбранному
прибору.
Квалификационный прогон — открывает вкладку Начать прогон в окне Создать прогон спротоколом квалификации Bio-Rad по умолчанию и схемой плашки для выбранного прибора.

Команды меню Tools (Инструменты)Калькулятор основной смеси — открывает калькулятор основной смеси, с помощью которого
можно создавать реакционную смесь и распечатывать расчеты.
Мастер создания протокола — открывает диалоговое окно Мастер создания протокола, вкотором можно легко создать новый протокол.
Калькулятор Ta — открывает калькулятор Ta для расчета температуры отжига праймеров.
Мастер калибровки красителей — открывает мастер калибровки красителей для калибровки
прибора для нового флуорофора.
Переустановка драйверов прибора — переустанавливает драйверы, которые управляют
передачей данных систем ПЦР в реальном времени компании Bio-Rad.
Архивы данных и файлы журналов — открывает диалоговое окно, в котором можно выбрать идобавить файлы в архив для хранения или отправки по электронной почте.
Пакетный анализ — открывает диалоговое окно Пакетный анализ, в котором можно установить
параметры для анализа нескольких файлов данных сразу.
Параметры — открывает диалоговое окно, из которого можно выполнить следующие действия.
nОпределить настройки сервера электронной почты.

nОпределить настройки экспорта для файлов LIMS, Seegene и других файлов данных.
Пояснение. Вы также можете выбрать параметр автоматического запуска Seegene
Viewer при экспорте, если решите экспортировать свои данные в формате Seegene.

nИзменить язык интерфейса пользователя (английский, китайский, русский)Руководство пользователя | 73Глава 6 Начальное окноВажно! Для отображения выбранного языка необходимо перезапустить CFX Maestro
Dx SE.
Важно! Язык операционной системы должен соответствовать языку, который выхотите установить для интерфейса CFX Maestro Dx SE.

Опции меню Справка
Пояснение. Меню Справка доступно в строке меню всех окон CFX Maestro Dx SE.
Содержание — отображает вкладку Содержание в системе справки CFX Maestro Dx SE.
Указатель — отображает вкладку Указатель в системе справки CFX Maestro Dx SE.
Поиск — отображает вкладку «Поиск» в системе справки CFX Maestro Dx SE.
Открыть руководство пользователя — открывает PDF-файл этого руководства.
Дополнительная документация — обеспечивает доступ к Руководству по эксплуатации системПЦР в реальном времени CFX Opus Dx.
Примечания к выпуску — открывает документ «Примечания к выпуску» для установленной
версии CFX Maestro Dx SE.
Видеоресурсы — открывает веб-сайт с размещенными Bio-Rad видео, включая обучающие
видео.
Веб-сайт приложений и технологий кПЦР — открывает веб-сайт приложений и технологий
кПЦР Bio-Rad, на котором можно получить дополнительную информацию о ПЦР в реальном
времени (кПЦР).
Веб-сайт реагентов к ПЦР — открывает веб-сайт реагентов ПЦР и кПЦР Bio-Rad, на котором
можно заказать реагенты, смеси, красители и комплекты.
Веб-сайт расходных материалов и пластиковых принадлежностей к ПЦР — открывает вебсайт расходных материалов и пластиковых принадлежностей ПЦР Bio-Rad, на котором можно
заказать плашки, пленки для плашек, пробирки и крышки и другие пластиковые принадлежности.
Веб-сайт программного обеспечения — открывает веб-сайт программного обеспечения дляанализа ПЦР Bio-Rad, на котором можно заказать обновленные версии Bio-Rad CFX Maestro Dx SEО программе — отображает информацию об авторском праве и версии CFX Maestro Dx SE

74 | ПО CFX Maestro Dx SEНачальное окноОпции панели управления
— открывает Проводник Windows, в котором можно находить и открывать файл данных илифайл исследования гена.

— открывает Калькулятор основной смеси.

— открывает окно «Создать прогон».

— открывает окно «Создать прогон» с протоколом PrimePCR по умолчанию и схемой
плашки, соответствующей выбранному прибору.

— открывает Мастер запуска.

Руководство пользователя | 75Глава 6 Начальное окноМастер запускаПри запуске CFX Maestro Dx SE на рабочей панели открывается Мастер запуска. Из Мастера
запуска можно выполнить следующие действия.
nВыбрать прибор из списка обнаруженных приборов и ввести прогон пользовательской
настройки или прогон PrimePCR.

nОткрыть и повторить прогон.

nОткрыть файл данных для анализа результатов одного прогона или файл исследования генадля анализа результатов нескольких прогонов для определения экспрессии гена.

Эти задачи подробно объясняются в последующих главах.

Строка состоянияВ левой стороне строки состояния, расположенной у нижнего края главного окна программы,отображается текущее состояние обнаруженных приборов. В правой стороне строки состояния
отображается имя текущего пользователя, дата и время.

76 | ПО CFX Maestro Dx SEНачальное окноПанель Обнаруженные приборыНа панели Detected Instruments (Найденные приборы) отображаются все приборы, подключенные ккомпьютеру CFX Maestro Dx SE. По умолчанию каждый прибор отображается значком, в качестве имени
отображается серийный номер прибора.
На этой панели вы можете
nПросматривать свойства и калиброванные красители для выбранного прибора.
О свойствах приборов см. в разд. Просмотр свойств прибора на стр. 81.

nПросматривать состояние подключенного прибора.

nОткрывать механизированную крышку на выбранном приборе.

nЗакрывать механизированную крышку на выбранном приборе.

nПросматривать состояние всех подключенных приборов.

Для просмотра состояния подключенного прибораuВ панели Обнаруженные приборы выберите целевой прибор и выполните одно из следующих
действий:nЩелкните Просмотреть состояние в разделе Выбранный прибор.

nЩелкните правой клавишей мыши и выберите Просмотреть состояние в открывшемся
меню.

Отобразится диалоговое окно Детали прогона с открытой вкладкой Состояние прогона. Подпанелью состояния прогона отобразится состояние выбранного прибора, например:Руководство пользователя | 77Глава 6 Начальное окноДля открытия или закрытия крышки прибораuВ панели Обнаруженные приборы выберите целевой прибор и выполните одно из следующих
действий.
nЩелкните Открыть крышку или Закрыть крышку в разделе Выбранный прибор.

nЩелкните правой клавишей мыши и выберите соответствующее действие в открывшемся
меню.

n

Откройте диалоговое окно Детали прогона, выберите вкладку Состояние прогона ищелкните Открыть крышку или Закрыть крышку.

Для просмотра состояния всех обнаруженных приборовuВыполните одно из следующих действий.
nВ разделе Все приборы в панели Обнаруженные приборы щелкните Просмотреть сводку.

nВ строке меню выберите Вид > Приборы.

Открывается диалоговое окно «Приборы».

78 | ПО CFX Maestro Dx SEНачальное окноПояснение. Если система обнаруживает только один подключенный прибор, раздел Всеприборы не появляется в панели Обнаруженные приборы. Чтобы просмотреть сводку длятолько одного прибора, выберите Вид > Приборы.

Руководство пользователя | 79Глава 6 Начальное окноЭлементы панели управления окна ПриборыВ Табл. 5 перечисляются элементы управления панели инструментов Instrument Summary (Сводкапо прибору) и их функции.
Табл. 5. Элементы панели управления окна «Приборы»Кнопка

Название кнопки

Функция

Создать новый прогон

Создает прогон на выбранном блоке,открывая окно Создать прогон.

СтопОстановка текущего прогона навыбранных блоках.

ПаузаПриостановка текущего прогона навыбранных блоках.

Возобновить

Возобновление выполнения прогонана выбранных блоках.

Мигающий индикатор наМигание светодиодного индикатора наблокекрышках выбранных блоков.

Открыть крышку

Открывание механизированной
крышки выбранного блока.

Закрыть крышку

Закрывание механизированной
крышки выбранного блока.

Скрыть выбранные блоки

Скрытие выбранных блоков в списке
Instrument Summary (Сводка поприбору)Показать все блоки

Отображение выбранных блоков всписке Instrument Summary (Сводка поприбору)Показать

Выбор блоков, отображаемых всписке. Выберите один из вариантов,чтобы вывести на экран всеобнаруженные блоки; всебездействующие блоки; все блоки,работающие у текущего пользователя,или все работающие блоки.

80 | ПО CFX Maestro Dx SEНачальное окноПросмотр свойств прибораВ разделе Обнаруженные приборы можно просмотреть подробные сведения о выбранном
приборе, включая его свойства, состояние его транспортировочного винта (только для приборов
CFX Connect и CFX Touch) и список его калиброванных красителей (флуорофоров).

Для просмотра свойств прибораuВ панели Обнаруженные приборы щелкните правой клавишей мыши целевой прибор ивыберите Свойства в появившемся меню.

Вкладка СвойстваНа вкладке Свойства перечислены технические данные выбранного прибора, включая модель,серийные номера его компонентов и версии микропрограммного обеспечения. Имя прибора поумолчанию (его серийный номер) появляется во многих местах, включая панель Обнаруженные
приборы, и в строке заголовка диалогового окна Свойства прибора. Можно переименовать прибордля более простой его идентификации.
Примечание Невозможно изменить название прибора CFX Opus с помощью CFX Maestro.

Вкладка Калиброванные красителиВо вкладке «Калиброванные красители» показаны калиброванные флуорофоры и плашки длявыбранного прибора .
Чтобы просмотреть подробную информацию о калибровке, щелкните кнопку Информация встолбце Детали.

Руководство пользователя | 81Глава 6 Начальное окноПеред началом работыВ этом разделе разъясняются задачи, которые необходимо выполнить перед использованием
CFX Maestro Dx SE. Сюда входит следующее:nСоздание основной реакционной смеси

nКалибровка новых красителей

Создание основной реакционной смесиС помощью Калькулятора основной смеси CFX Maestro Dx SE вы можете легко рассчитать
требуемый объем каждого компонента основной смеси. Вы можете распечатать расчетную
таблицу основной смеси на принтере по умолчанию и сохранить расчеты для каждой мишени длядальнейшего использования.

Для создания основной реакционной смеси с помощью Калькулятора основной
смеси
1.

Чтобы открыть Калькулятор основной смеси, выполните одно из следующих действий.
nВыберите Сервис > Калькулятор основной смеси.

nНажмите Калькулятор основной смеси на панели инструментов.

Откроется Калькулятор основной смеси.

82 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

2.

В разделе «Реакция» выберите метод определения:nSYBR® Green/EvaGreen®

n

Зонды

3.

Чтобы создать новую мишень, в разделе Мишень нажмите Создать. В выпадающем списке
мишеней появится новое название мишени.

4.

(Необязательно) Чтобы изменить имя мишени по умолчанию:5.

a.

Выделите имя мишени в раскрывающемся списке мишеней.

b.

Введите новое имя мишени в поле Мишень.

c.

Нажмите клавишу Ввод.

Скорректируйте начальную и конечную концентрации для прямого и обратного праймеров изондов.

Руководство пользователя | 83Глава 6 Начальное окно6.

В разд. «Создание основной смеси» скорректируйте значения следующих параметров
nЧисло реакций на прогон

nОбъем реакции на лунку

nОбъем матрицы на лунку

nКонцентрация супермикса на лунку

nИзбыток объема реакции на лунку

7.

(Необязательно.) Выполните этапы 2–6 для необходимого количества мишеней.

8.

В разделе Выберите мишень для вычисления выберите мишень для вычисления.
Пояснение. Можно выполнять вычисления по одной, по нескольким или по всеммишеням одновременно.
Вычисленные объемы требуемых компонентов для каждой выбранной мишени появятся втаблице реакционной смеси.

9.

Нажмите кнопку Задать как значение по умолчанию для установки количеств ввода в разделах
Мишень и Создание основной смеси как новых значений по умолчанию.

10. Нажмите ОК, чтобы сохранить содержимое диалогового окна Калькулятор основной смеси.

Для печати таблицы расчетов основной смесиuДля печати таблицы расчетов основной смеси щелкните Печать.
Таблица вычислений будет распечатана на используемом по умолчанию принтере.

Для сохранения таблицы расчетов основной смеси в формате PDF
uИзмените принтер по умолчанию на драйвер PDF и щелкните Печать в Калькуляторе
основной смеси.

Для удаления мишенейuВыберите мишень с помощью раскрывающегося списка мишеней и щелкните Удалить.
Важно! При удалении мишени из списка мишеней она автоматически удаляется из всехрасчетов основных смесей, в которых используется. Будьте осторожны при удалении
мишени.

Калибровка для новых красителей
Системы CFX Opus 96 Dx и CFX Opus Deepwell Dx откалиброваны на заводе для обычно
используемых флуорофоров в плашках с белыми и прозрачными лунками. Системы CFX Opus 384

84 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

Dx откалиброваны на заводе-изготовителе для тех же флуорофоров только в плашках с белыми
лунками. В Табл. 6 представлен перечень флуорофоров, по которым откалиброван каждый прибор,с указанием канала.
Примечание CFX Opus 96 Dx, CFX Opus 384 Dx и CFX Opus Deepwell Dx также содержат
канал исключительно для FRET. Для этого канала не требуется калибровка определенных
красителей.
Важно! Если вы проводите определяемую пользователем калибровку красителя, которыйбыл откалиброван на заводе, прибор использует определяемую пользователем калибровку
вместо заводской.
Табл. 6. Флуорофоры, для которых имеются заводская калибровка, каналы и приборы

Флуорофоры
FAM, SYBR® Green IКаналВозбуждение, нмДетекция, нмПрибор

1

450–490515–530Системы
CFX Opus 96
Dx, CFX
Opus 384 Dx
и CFX Opus
Deepwell Dx

VIC, HEX, CAL Fluor

2

515–535

560–580Системы

Gold 540, Cal Fluor

CFX Opus 96

Orange 560

Dx, CFX
Opus 384 Dx
и CFX Opus
Deepwell DxROX, Texas Red,3

560–590

610–650Системы

CAL Fluor Red 610,

CFX Opus 96

TEX 615

Dx, CFX
Opus 384 Dx
и CFX Opus
Deepwell Dx

Cy5, Quasar 670

4

620–650

675–690Системы
CFX Opus 96
Dx, CFX
Opus 384 Dx
и CFX Opus
Deepwell DxРуководство пользователя | 85Глава 6 Начальное окноФлуорофоры

КаналВозбуждение, нмДетекция, нмПрибор

Quasar 705, Cy5.5

5

672–684705–730Только
системы
CFX Opus 96
Dx

FRET Chemistry (не откалиброван на заводе)Цвет, не

FRETоткалиброванный на(РПЭФ):

заводе

450–490560–580Системы
CFX Opus 96
Dx, CFX
Opus 384 Dx
и CFX Opus
Deepwell Dx

86 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работыДля калибровки новых красителей для систем CFX
1.

В начальном окне выберите целевой прибор в панели Обнаруженные приборы.

2.

Выберите Сервис > Мастер калибровки, чтобы открыть окно Калибровка красителей.

Флуорофоры, уже откалиброванные для целевого прибора, появятся в таблице
Калиброванные флуорофоры.
3.

В разд. «Калибровать новые или существующие флуорофоры» выберите израскрывающегося списка флуорофор, который требуется откалибровать.
Если в списке нет имени флуорофора, введите его имя в поле для добавления в список.
Важно! Соблюдайте осторожность при именовании пользовательских калиброванных
флуорофоров. Если вы создаете пользовательскую калибровку красителя дляфлуорофора с таким же именем, как у откалиброванного на заводе-изготовителе
флуорофора, именно пользовательский флуорофор (а не откалиброванный на заводеизготовителе) будет использоваться прибором во время прогонов.

4.

Выберите тип плашки для флуорофора.

Руководство пользователя | 87Глава 6 Начальное окноЕсли нужный тип плашки отсутствует в списке, введите его название в текстовое поле длядобавления в список.
5.

Выберите канал для флуорофора.

6.

Выберите столбец плашки для флуорофора.

7.

(Необязательно) Введите цвет для ассоциации с флуорофором.

8.

Для добавления флуорофора нажмите «Добавить к плашке».

9.

(Необязательно.) Повторите этапы 3–8 для добавления каждого флуорофора, применительнок которому требуется выполнить калибровку для плашки.

10. После добавления флуорофоров нажмите Просмотр плашки, чтобы открыть окноОтображение плашки с чистым красителем.
Руководствуйтесь содержимым этого окна при загрузке красителей в плашку.
11. Подготовьте 96- или 384- или глубоколуночную плашку для калибровки красителей:a.

Внесите пипеткой раствор красителя в каждую лунку в соответствии со схемой
Отображение плашки с чистым красителем.

b.

Для каждого флуорофора заполните 4 лунки по 50 мкл (для 96-луночной плашки) или 30
мкл (для 384-луночной плашки) раствора 300 наномоль/л красителя. Обратите внимание,что не менее половины лунок плашки остается пустой.

c.

Герметично закройте плашку, используя способ герметизации, который будет
применяться при выполнении эксперимента.

12. Поместите калибровочную плашку в блок и закройте крышку.
13. В Мастере калибровки красителей нажмите Калибровать и затем ОК, чтобы подтвердить
нахождение плашки в блоке.
14. Когда ПО CFX Maestro Dx, Security Edition завершит калибровочный прогон, появится
диалоговое окно. Нажмите Да, чтобы завершить калибровку и открыть окно Просмотр
калибровки красителя.
15. Для закрытия окна нажмите ОК.

Установка настроек пользователя
Пояснение. Эти задачи не являются обязательными для использования CFX Maestro Dx SE.
Можно без опасений пропустить этот раздел или выполнить эти задачи в любое время.
В CFX Maestro Dx SE каждый пользователь может настроить свою рабочую среду. Например, вменю Пользователи > Пользовательские настройки можно выполнять следующие действия.

88 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

nНастраивать уведомления по электронной почте о завершении прогона.
Примечание Эта функция доступна только пользователям, чья роль предоставляет этоправо. Для получения дополнительной информации см. раздел Управление ролями
пользователей ПО CFX Maestro Dx, Security Edition на стр. 48.

nИзменять настройки по умолчанию в отношенииoместоположения сохраненных файловoфайлов настройки параметров протоколов анализовoпрефиксов файлов

nЗадавать параметры по умолчанию для использования их при создании новых протокола иплашки.

nЗадавать параметры анализа данных и экспрессии гена по умолчанию;nНастраивать параметры контроля качества по умолчанию;nНастраивать параметры экспорта данныхВ меню Сервис можно выполнять следующие действия.
nСоздавать основную смесь.

nКалибровать красители для конкретного прибора.

Примечание Доступ к созданию основной реакционной смеси и калибровке красителей
предоставляется для любого пользователя, выполнившего вход в систему.
Данный раздел содержит подробные инструкции по выполнению этих задач.

Настройка уведомления по электронной почте
CFX Maestro Dx SE можно подключить к серверу исходящих сообщений для отправки уведомленияо завершении прогона пользователям из списка. Вы также можете прикрепить файл данных иотчет об анализе к списку пользователей. Сведения о настройке соединения между CFX Maestro
Dx SE и сервером SMTP см. в разделе Подключение Security Edition к SMTP-серверу на стр. 91.
Примечание Доступ пользователя к функциям настройки электронной почты определяется
ролью пользователя и правами, присвоенными ей администратором. Сведения обуправлении пользователями и их ролями см. в разделе Управление ролями пользователей
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition на стр. 48.

Руководство пользователя | 89Глава 6 Начальное окноДля настройки уведомлений по электронной почте
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».
Отобразится диалоговое окно Пользовательские настройки со вкладкой Электронная почта.

Примечание Вы будете проинформированы, если система обнаружит отсутствие
действительных настроек сервера SMTP для CFX Maestro Dx SE. Щелкните Настроить
исходящую электронную почту, чтобы открыть диалоговое окно Параметры и настроить
сервер SMTP для электронной почты. Для получения дополнительной информации см.
раздел Подключение Security Edition к SMTP-серверу на стр. 91.
2.

В тестовом поле Получатель: введите адрес электронной почты каждого сотрудника, которого
планируете информировать о завершении прогона. Все получатели будут получать
сообщения электронной почты по завершении прогона.
Примечание Электронные адреса следует вводить по одному на строку. После ввода
каждого адреса нажимайте клавишу Enter или Return.

3.

(Необязательно.) В текстовом поле «cc» (Копия) введите адрес электронной почты всехполучателей, которым необходимо отправлять копию каждого уведомления по электронной
почте.

4.

(Необязательно) По умолчанию все получатели получают копию файла данных как вложение.
Снимите этот флажок, если не хотите прикреплять копию файла данных.

5.

(Необязательно) Выберите Прикрепить файл отчета об анализе, чтобы прикрепить файл PDF
отчета об анализе к электронному сообщению.

90 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

6.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно Пользовательские
настройки.

Примечание Вы можете настроить систему для отправки уведомления по электронной почтена свой мобильный телефон, в зависимости от вашего поставщика услуг. Свяжитесь с вашим
оператором сотовой связи для получения конкретной информации об адресе электронной
почты вашего мобильного телефона. Введите адрес электронной почты своего телефона
(например, 5552221234@your_service_provider_EmailDomain.net) в текстовое поле «Кому» наэкране пользовательских настроек.

Для редактирования адреса электронной почты получателяuИзмените адрес электронной почты и щелкните ОК.

Чтобы удалить получателя электронной почты
1.

Выберите получателя электронной почты и нажмите клавишу Delete.

2.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Важно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Подключение Security Edition к SMTP-серверу
Важно! Некоторые коммерческие поставщики услуг электронной почты используют
повышенную безопасность электронной почты. При использовании этих провайдеров
необходимо в настройках учетной записи включить опцию Allow less secure apps(Разрешить использование менее защищенных приложений), чтобы программа CFX
Maestro Dx SE имела возможность отправлять электронную почту на такие адреса. См.
информацию по безопасности для вашего поставщика услуг электронной почты дляполучения дополнительной информации.
Если вы используете SMTP-сервер Google Gmail или Microsoft Office 365 для отправки электронной
почты, необходимо включить двухфакторную проверку подлинности и генерировать «Пароль
приложения» в настройках учетной записи Gmail или Office365. Для проверки подлинности вдиалоговом окне «Настройка электронной почты Maestro» скопируйте и вставьте «Пароль
приложения» в поле «Пароль» вместо обычного пароля электронной почты.
Для того чтобы программа CFX Maestro Dx SE могла отправлять уведомления по электронной
почте, необходимо установить соединение с используемым почтовым сервером.

Руководство пользователя | 91Глава 6 Начальное окноПорядок подключения CFX Maestro Dx SE к почтовому серверу
1.

Выполните одно из следующих действий.
nВыберите Пользователь > Пользовательские настройки и нажмите Настроить исходящую
электронную почту на вкладке Электронная почта.

nВыберите Сервис > Параметры.

Отобразится диалоговое окно Параметры со вкладкой Электронная почта.

2.

Предоставьте следующую информацию для своей компании.
nИмя сервера SMTP — имя сервера исходящей электронной почты в вашей компании.

nПорт — номер порта сервера SMTP. Обычно это номер 25.

nИспользовать SSL — выбор использования протокола SSL (Secure Sockets Layer). Длянекоторых серверов SMTP требуется данная настройка. Если ваша компания этого нетребует, снимите этот флажок.

nИспользовать адрес отправителя, заданный по умолчанию — имя сервера
электронной почты в вашей компании. Некоторые серверы SMTP требуют, чтобы всяотправляемая почта имела адрес отправителя, принадлежащий к определенному
домену, например, name@YourCompany.com. В таком случае снимите этот флажок ивведите действительный адрес электронной почты.

nТребуется проверка подлинности — если ваш сайт требует проверки подлинности
учетной записи, убедитесь, что этот флажок установлен.

92 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работыnИмя пользователя — имя учетной записи, проходящей проверку подлинности.
Требуется только в том случае, если выбран вариант Требуется проверка подлинности.

Руководство пользователя | 93Глава 6 Начальное окноnПароль — пароль для учетной записи, проходящей проверку подлинности. Требуется
только в том случае, если выбран вариант «Требуется проверка подлинности».

Важно! Если вы используете SMTP-сервер Google Gmail или Microsoft Office 365 дляотправки электронной почты, необходимо включить двухфакторную проверку
подлинности и генерировать «Пароль приложения» в настройках учетной записи Gmail
или Office365. Для проверки подлинности в диалоговом окне «Настройка электронной
почты Maestro» скопируйте и вставьте «Пароль приложения» в поле «Пароль» CFX
Maestro Dx SE вместо обычного пароля электронной почты.
Для проверки правильности настроек сервера SMTP введите действительный адрес
электронной почты в поле «Проверить адрес электронной почты» и нажмите «Проверить
электронную почту».
Примечание Ряд серверов SMTP не поддерживает вложения, другие вводят ограниченияна размер файлов. Если вы планируете отправлять по электронной почте файлы данныхи (или) отчеты CFX Maestro Dx SE, выберите параметр Test Attachment (Тестовое
вложение) и задайте для параметра Attachment Size in MB (Размер вложений в Мбайт)значение 5 мегабайт (Мбайт) или более.
3.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Изменение настроек файла по умолчаниюНа вкладке «Файлы» диалогового окна «Пользовательские настройки» можно изменить
следующие параметры.
nМесто сохранения файлов CFX Maestro Dx SE по умолчанию

nФайлы по умолчанию для настройки прогона

nПараметры именования файлов по умолчаниюДля изменения настроек файла по умолчанию
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Файлы.

94 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

3.

В разделе Папка по умолчанию для создания файлов найдите и выберите папку поумолчанию, в которую хотите сохранять новые файлы. Можно выбрать другое
местоположение для каждого из нижеперечисленных типов файлов.
nПротокол

nПлашка

nФайл данных

nИсследование генов

4.

В разделе Выбор файла для создания прогона найдите и выберите целевые файлы протоколаи плашки, которые будут появляться, когда вы открываете окно Создать эксперимент.

5.

В разделе Файл данных определите префикс и/или суффикс для файлов данных. Выберите ввыпадающем списке новое значение для любой части. Вы также можете задать
пользовательские значения префикса и суффикса в текстовых полях Префикс и Суффикс.
В CFX Maestro Dx SE под полями выбора отображается имя файла предварительного
просмотра.

6.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Руководство пользователя | 95Глава 6 Начальное окноВажно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Установка параметров по умолчанию для протоколов
Настроить параметры протокола по умолчанию для Редактора протокола и Мастера
создания протокола можно следующим образом
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Протокол.

3.

В разделе Редактор протокола укажите значения для следующих настроек, которые появятсяв Редакторе протокола.
nОбъем пробы — объем каждой пробы в лунках (в мкл).

nТемпература выключения крышки — температура в ºC, при которой нагреватель
крышки выключается во время прогона.

96 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

4.

5.

В разделе Мастер создания протокола укажите значения для следующих настроек, которые
появятся в Мастере создания протокола.
nТемпература отжига — температура в ºC для экспериментов, использующих ДНКполимеразу iProof, ДНК-полимеразу iTaq или другие полимеразы.

nДлина ампликона — длина ампликона в парах оснований.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Важно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Установка параметров плашки по умолчанию
Изменения, внесенные на вкладке Плашка, доступны для всех пользователей программного
обеспечения. Изменения, вносимые при настройке плашки, становятся доступными
пользователям после сохранения и закрытия файла плашки.
В диалоговом окне Пользовательские настройки можно выполнять следующие действия.
nЗадавать параметры плашки по умолчанию.

nДобавлять имена новых мишеней, проб и биологических групп в соответствующие
библиотеки.

nУдалять имена новых мишеней, проб и биологических групп из соответствующих библиотек.

Для задания параметров плашки по умолчанию.
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Плашка.

Руководство пользователя | 97Глава 6 Начальное окно3.

Укажите значения следующих параметров для нового файла плашки. Эти значения появятся вокне Редактор плашки.
nТ ип пла ш киn

Р а з ме р пла ш киnЕдиницы измерения — концентрация начальной матрицы для лунок, содержащих
стандарты.
CFX Maestro Dx SE использует эти единицы для создания стандартной кривой на вкладке
Data Analysis Quantification (Количественный анализ данных).

n

Scientific notation (Экспоненциальная запись): если выбран этот параметр, CFX
Maestro Dx SE использует экспоненциальную запись при выводе значений в единицах
концентрации.

nРежим сканирования — количество или тип каналов, сканируемых во время анализа.

nФлуорофоры — флуорофоры по умолчанию, которые будут отображены в Редакторе
плашки в разделе загрузки контролей в лунки.

98 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

n4.

Библиотеки — имена мишеней, проб и биологических групп мишеней и проб, которые выобычно используете в экспериментах:oИмена мишеней — имена последовательностей и генов мишеней.

oИмена проб — имена проб эксперимента или отличительная характеристика проб(например, Мышь1, Мышь2, Мышь3).

oИмена биологических групп — имена для групп или схожих проб, к которым
применяются одинаковые условия или способы обработки (например, 0ч, 1ч, 2ч).

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Чтобы добавить новое имя мишени, пробы или биологической группыuВ соответствующем поле библиотеки введите имя для мишени, пробы или биологической
группы и щелкните «ОК».

Чтобы удалить имя мишени, пробы или биологической группыuВ соответствующем поле библиотеки выберите имя, нажмите клавишу Delete, затем щелкните
ОК.

Важно! Имена, удаленные из библиотеки, удаляются из ПО и больше не доступны
пользователям. Чтобы восстановить имена CFX Maestro Dx SE по умолчанию, щелкните
Восстановить значения по умолчанию. Нажатие Восстановить значения по умолчанию вдиалоговом окне Пользовательские настройки производит сброс всех установок во всехвкладках к настройкам по умолчанию. Будьте внимательны при удалении названий CFX
Maestro Dx SE по умолчанию и при нажатии этой кнопки.

Руководство пользователя | 99Глава 6 Начальное окноУстановка параметров по умолчанию для анализа данныхДля задания параметров анализа данных по умолчанию
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Анализ данных.

3.

В разделе Режим анализа выберите режим, в котором следует анализировать данные
(Флуорофор или Мишень).

4.

В разделе Расчет ПЦР установите настройки по умолчанию для следующих параметров.
nНастройка базовой линии — способ определения базовой линии для режима анализа.

nРежим определения Cq — режим, в котором рассчитываются значения Cq для каждой
кривой флуоресценции (Регрессия или Единый пороговый уровень).

n

Threshold Calc. Mode (Режим расчета порога) — количество мишеней в конечной точке.
По умолчанию — Автоматическая установка. Это означает, что программа рассчитывает
мишень в конечной точке автоматически. Чтобы задать определенный пороговый предел,снимите флажок Автоматическая установка и введите ваше значение конечной точки, вотносительных единицах флуоресценции (RFU). Максимальное значение —100 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

65 000,00 ОЕФ. Настройки порогового значения будут использоваться файлами данныхдля последующих прогонов
nРежим расчета базовой линии — значение базовой линии для всех кривых.
По умолчанию — Автоматическая установка. Это означает, что программа автоматически
рассчитывает базовую линию для всех кривых. Чтобы задать определенную базовую
линию, снимите флажок Автоматическая установка и введите минимальное имаксимальное значения для диапазона циклов (от 1 до 9999). Настройки диапазона цикла
будут использоваться файлами данных для последующих прогонов.

n5.

Логарифмическое представление — определяет, как программа отображает данные
амплификации:oВключено — данные амплификации отображаются на полулогарифмическом
графике.

oВыключено — (по умолчанию) данные амплификации отображаются на линейном
графике.

В разделе Конечная точка укажите количество конечных циклов для усреднения при расчете
данных в конечной точке:nПрогон ПЦР — количество конечных циклов для усреднения для данных количественного
анализа (по умолчанию – 5).

nПрогон только в конечной точке — количество конечных циклов для усреднения
данных в конечной точке (по умолчанию – 2).

6.

В разделе Кривая плавления выберите тип выявляемого пика (Положительный илиОтрицательный).

7.

В разделе Селектор лунок выберите, как показывать метки лунок (типом пробы, именем
мишени или именем пробы).

8.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Важно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Руководство пользователя | 101Глава 6 Начальное окноНастройка параметров по умолчанию для файла данных экспрессии генов
Настроить параметры по умолчанию для нового файла данных экспрессии генов
можно следующим образом
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Экспрессия гена.

3.

Задайте значения для следующих настроек.
nОтносительно — графически представляет данные экспрессии генов в отношении иликонтроля (начиная с 1), или нуля:oНуля — программное обеспечение игнорирует контроль. Данная опция
устанавливается по умолчанию, если в окне Настройки эксперимента не назначена
контрольная проба.

oКонтроля — программное обеспечение рассчитывает данные относительно
контрольной пробы, назначенной в окне Создать эксперимент.

nОсь X — графическое представление пробы или мишени на оси Х.

nОсь Y — графическое представление по линейной, log2 или log10 шкале на оси Y.

nМасштабирование — опция масштабирования для графика (опция по умолчанию – безмасштабирования):oНаибольшее — программное обеспечение масштабирует график по наибольшей
точке данных.

oНаименьшее — программное обеспечение масштабирует график по наименьшей
точке данных.

oБез масштабирования — программное обеспечение представляет на графике
немасштабированные данные.

nРежим — режим анализа, либо относительное количество (∆Cq), либо нормализованная
экспрессия (∆∆Cq).

nПолоса ошибки — изменчивость данных, представленная как стандартное отклонение
(Std. Dev.) или стандартная ошибка среднего (Std. Error Mean).

nError Bar Multiplier (Множитель планки погрешности) — множитель стандартного
отклонения, используемый для графического изображения планок погрешностей (поумолчанию — 1).
Можно увеличить множитель до 2 или 3.

102 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

nТипы проб, которые следует исключить — типы проб, исключаемые из анализа.
Можно выбрать одну или несколько проб, которые будут исключены из анализа. Чтобы
исключить все типы проб, снимите все установленные флажки типов проб.

4.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Важно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Настройка правил контроля качества
В CFX Maestro Dx SE можно создавать правила контроля качества, применяемые к данным в окнеData Analysis (Анализ данных). Программное обеспечение подтверждает правильность данных наосновании заданных правил.
Примечание По умолчанию все правила контроля качества активированы.
Пояснение. Вы можете исключить из анализа лунки, не соответствующие параметру
контроля качества, в модуле контроля качества окна Анализ данных.

Для настройки правил контроля качества
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Контроль качества.

Руководство пользователя | 103Глава 6 Начальное окно

Где:

3.

4.

n

NTC — контроль без матрицы

n

NRT — контроль без ревертазы (обратной транскриптазы)nЭффективность — эффективность реакции

nСтандартная кривая R^2 — значение R квадрат для стандартной кривой

nСтандартное отклонение группы реплик Cq — стандартное отклонение, рассчитанноедля каждой группы репликДля каждого правила контроля качества выполните одно из следующих действий.
nЧтобы использовать значение по умолчанию, не делайте ничего.

nЧтобы изменить его значение, щелкните текстовое поле Значение, введите новое
значение и нажмите клавишу Ввод.

nЧтобы отключить правило, снимите для него флажок Использовать.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

104 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

Важно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Настройка параметров экспорта данных
Возможен экспорт данных CFX Maestro Dx SE в следующих форматах.
nТекст (.txt)n

CSV (.csv)

nExcel (.xls, .xlsx)n

XML (.xml)

nHTML (.html)

Важно! Чтобы экспортировать данные в таблицу Microsoft Excel, на вашем компьютере
должно быть установлено приложение Microsoft Excel.
Можно указать тип данных для экспорта и настроить вывод экспортируемых данных.

Для настройки параметров экспорта данных
1.

Выберите Пользователи > Пользовательские настройки, чтобы открыть диалоговое окно«Пользовательские настройки».

2.

В диалоговом окне Пользовательские настройки выберите вкладку Выборочный экспорт.

Руководство пользователя | 105Глава 6 Начальное окно3.

В раскрывающемся списке Формат экспорта выберите формат, в котором экспортировать
данные.

4.

В разделе Данные для экспорта установите или снимите флажки для типа данных дляэкспорта. Выбранные элементы появляются в поле со списком Экспортированные столбцы.
Примечание По умолчанию информация о прогоне добавляется в заголовок. Есливключение сведений о прогоне не требуется, уберите флажок из соответствующего поля.

5.

Порядок отображения выбранных элементов на выходе можно поменять.
В поле со списком Экспортированные столбцы выделите элемент и передвигайте его вверхили вниз с помощью кнопок со стрелками слева от списка.

6.

При желании можно изменить имена столбцов для вывода выбранных элементов.
a.

Щелкните Дать название колонке.
Открывается диалоговое окно Настройка названий столбцов.

b.

Для каждого имени столбца по умолчанию введите новое имя в поле Пользовательское
имя.

106 | ПО CFX Maestro Dx SEПеред началом работы

c.

7.

Выполните одно из следующих действий.
nЩелкните ОК, чтобы сохранить изменения и вернуться на вкладку Выборочный
экспорт. Новое имя отображается в скобках рядом с именем столбца по умолчанию вполе со списком Экспортированные столбцы.

nНажмите ОК, чтобы удалить изменения и вернуться на вкладку Выборочный экспорт.

Нажмите ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно.

Важно! Нажатие Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Пользовательские
настройки производит сброс всех установок во всех вкладках к настройкам по умолчанию.
Будьте внимательны при нажатии этой кнопки.

Руководство пользователя | 107Глава 6 Начальное окно108 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 7 Создание протоколов
Протокол представляет собой набор шагов, которые выполняются в определенной
последовательности. В ПО CFX Maestro Dx, Security Edition все шаги связаны с параметрами
прибора. Например, шаги указывают прибору, как именно контролировать температуру блока икрышки, применять разницу температур по блоку, выполнять чтение плашки или анализ кривой
плавления. Каждый параметр указывается для разных типов плашки и прогона.
CFX Maestro Dx SE предлагает два варианта создания протоколов: Редактор протокола и Мастер
создания протокола.
Редактор протокола предлагает следующие возможности:nСтандартные элементы управления протоколом для быстрого создания протоколов

nВозможность быстро рассчитать градиент для выбранного количества строк

nВозможность быстро рассчитать время прогона для выбранного типа плашки

nВозможность редактирования шагов протокола

nВозможность сохранения протоколов для использования в будущем

nВозможность печатать протокол на принтере по умолчанию

Мастер создания протокола автоматически генерирует пользовательский протокол ПЦР с горячим
запуском, первоначальной денатурацией, отжигом и шагами удлинения с использованием
параметров, предоставленных пользователем. После этого можно просмотреть графическое
представление предлагаемого протокола и отредактировать, выполнить или сохранить протокол.

Руководство пользователя | 109Глава 7 Создание протоколов

Параметры и диапазоны шагов протокола
Используйте информацию в Табл. 7, чтобы изменить настройки по умолчанию для шагов в вашем
протоколе.

Шаги температуры
Целевая температура — это значение от 4,0 до 100,0 °С, установленное в десятых долях градуса.
Система наращивает температуру до этого значения и удерживает его в течение заданного
времени (время выдержки).

Шаги градиента
Диапазон градиента — это разница между нижней и верхней температурами в шаге градиента.
Максимально допустимый диапазон - 24 °С. Нижняя температура — это значение от 30,0 до
99,0 °С, установленное в десятых долях градуса. Максимальная верхняя температура 100 °С.
Термоциклер наращивает температуру до заданного градиента температуры по блоку иподдерживает ее в течение заданного времени выдержки.
Важно! Прибор рассчитывает значение градиента. Если ввести значения в верхнее и нижнее
поля калькулятора градиента, программное обеспечение автоматически рассчитает иназначит температуры для остальных полей. Если ввести температуру в любое поле между
верхним и нижним полями, прибор автоматически рассчитает оставшиеся поля.
Пользователю не требуется вручную вводить значение температуры в каждое поле.

110 | ПО CFX Maestro Dx SEПараметры и диапазоны шагов протокола

Табл. 7. Параметры и диапазоны шагов протокола

Параметр

Диапазон

Описание

Скорость

n Для систем CFX Opus 96 Dx:

Система дает указание

нагрева/охлаждения.

0,1–5 °C в секунду
n Для сист. CFX Opus 384 Dx :0,1–2,5 °С в секунду
n Для систем CFX Opus
Deepwell Dx:термоциклеру на данном этапе
постепенно увеличивать заданную
температуру с указанной скоростью.
Доступно только для шагов
температуры.

0,1–2,5 °C в секунду
Инкремент

Значение от –10,0 до 10,0 °С

Указывает термоциклеру изменятьза цикл в десятых долях

целевую температуру шага с каждым

градуса.

циклом, где положительное число
увеличивает температуру, аотрицательное число ее снижает.
Доступно только для шагов
температуры.

Удлинение

Время от –60 до 60 секунд заДает указание термоциклеру

цикл.

увеличивать время выдержки скаждым циклом. Положительное
число увеличивает время удержания,отрицательное уменьшает.
Доступно для шагов температуры иградиента.

Звуковой сигнал

(Без параметров)Дает указание термоциклеру
подавать звуковой сигнал,сигнализирующий о том, чтотермоциклер достиг температуры,заданной для этого шага.
Доступно только для шагов
температуры.

Чтение плашки

(Без параметров)Дает указание термоциклеру
добавить данные плашки квыбранному шагу.
Доступно для шагов температуры иградиента.

Руководство пользователя | 111Глава 7 Создание протоколов

Окно Редактор протокола
Используйте Редактор протокола, чтобы создавать, открывать, просматривать или редактировать
протокол. По умолчанию Редактор протокола отображает общий 2-шаговый протокол в реальном
времени для 96-луночной плашки.

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Строка меню обеспечивает быстрый доступ к опциям меню Файл, Настройки и Сервис.

2.

Панель инструментов предоставляет быстрый доступ к сохранению и печати протокола,определению места для вставки этапа, установке объема пробы и просмотру оценочного
времени выполнения протокола.

3.

На главной панели отображается графическое представление протокола.

4.

На нижней панели отображается схема протокола.

5.

На левой панели отображаются элементы управления протоколами, которые можно
добавлять для пользовательской настройки протокола.

Опции меню ФайлСохранить — сохраняет текущий протокол.
Сохранить как — сохраняет текущий протокол с другим именем или в другое местоположение.

112 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Редактор протокола

Файловые пароли — позволяет пользователям устанавливать пароли для сохранения иоткрытия файлов.
Пояснение. Для получения дополнительной информации см. раздел Защита паролем на стр.
56.
Закрыть — закрывает Редактор протокола.

Опции меню Настройки
Настройки крышки — открывает диалоговое окно Настройки крышки, в котором можно изменитьили задать температуру крышки.

Команды меню Tools (Инструменты)Gradient Calculator (Калькулятор градиента) — открывает диалоговое окно, в котором можно
выбирать тип блока для этапа градиента. По умолчанию — 96 лунок.
Калькулятор времени прогона — открывает диалоговое окно, в котором можно выбрать типплашки и режим сканирования для вычисления расчетного времени прогона в окне Создать
прогон. По умолчанию — 96 лунок, все каналы.

Опции панели управления
— сохраняет текущий файл протокола.

— распечатывает выбранное окно.

— эта команда используется для выбора места вставки шагов
относительно шага, выбранного в данный момент.

— эта команда используется для ввода объема пробы в мкл. Объем пробы
зависит от типа блока:n

Для 96-луночного блока диапазон составляет 0–50 мкл.

nДля 384-луночного блока диапазон составляет 0–30 мкл.

nДля блока на 96 глубоких лунок диапазон составляет 0–125 мкл.

Руководство пользователя | 113Глава 7 Создание протоколов

— отображает расчетную продолжительность цикла, вычисленную сучетом выбранных шагов протокола, скорости изменения и типа блока.

— отображает справочную информацию о протоколах.

Элементы управления для редактирования протокола
Левая панель окна Редактор протокола содержит элементы управления, которые можно
использовать для создания протоколов.
Каждый элемент управления состоит из набора параметров, которые представляют этап впротоколе. Можно изменить каждый параметр либо добавить или удалить их, чтобы настроить
свой протокол. В этом разделе описываются опции каждого элемента управления.
nВставить шаг — вставляет шаг до или после выбранного шага.
Можно редактировать значения температуры и времени задержкина графическом отображении протокола или в плане протокола.

nВставить градиент — вставляет шаг градиента на основании типавыбранного блока лунок в калькуляторе градиента. Можно
редактировать диапазон градиента в панели Градиент, которая
появляется при добавлении шага градиента.

nВставить переход — вставляет циклический шаг (петлю), который
инструктирует программное обеспечение повторять определенные
шаги последовательно в течение указанного количества циклов. Повторы начинаются после
завершения первого цикла. Например, можно сообщить программе, чтобы она выполнила 39повторов для этапов 2–4. После заключительного повтора программа 40 раз выполнит этапы
со 2 по 4. Можно отредактировать шаг перехода (GOTO) и количество циклов как награфическом отображении протокола, так и в плане протокола.
nВставить кривую плавления — вставляет шаг чтения кривой плавления.

nДобавить чтение плашки к шагу — добавляет команду чтения плашки к выбранному шагу.
Чтение плашки измеряет величину флуоресценции в конце цикла. Шаг чтения плашки обычно
является последним шагом петли перехода.
Пояснение. После добавления команды на чтение плашки к шагу кнопка меняется наУдалить чтение плашки, когда пользователь выбирает этот шаг.

nУдалить чтение плашки — удаляет команду чтения плашки из выбранного шага.
Пояснение. После удаления команды на чтение плашки из шага кнопка меняется наДобавить чтение плашки к шагу, когда пользователь выбирает этот шаг.

114 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Редактор протокола

nПараметры шага — открывает диалоговое окно Параметры шага и отображает параметры,доступные для выбранного шага. Подробная информация о параметрах шага представлена вразделе Параметры шага на стр. 116.
Пояснение. Также можно открыть Параметры шага, щелкнув шаг правой клавишей мышив графическом отображении.

nУдалить шаг — удаляет выбранный шаг из протокола.

Руководство пользователя | 115Глава 7 Создание протоколов

Параметры шагаОткройте диалоговое окно Параметры шага, чтобы просмотреть опции, которые можете добавить,изменить или удалить из шага.

nЧтение плашки — при выборе добавляет чтение плашки к шагу.

nТемпература — устанавливает целевую температуру для выбранного шага.

nГрадиент — устанавливает диапазон градиента для шага; диапазон составляет 1–24 °C.
Примечание Градиент выполняется с наименьшей температурой в передней части блока(на этом рисунке — строка H) и наибольшей температурой в задней части блока (на этомрисунке — строка A).

nИнкремент — величина повышения (или понижения) температуры на выбранном шаге; этозначение добавляется к целевой температуре с каждым циклом. Диапазон: ±0,1–10 °C.
Примечание Для снижения температуры введите знак минуса (–) перед численным
значением (например, –5 °C).

nСкорость нагрева/охлаждения — скорость для выбранного шага; диапазон зависит отразмера блока.

nВремя — время задержки для выбранного шага.

116 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Редактор протокола

nУдлинение — время (в секундах), на которое следует удлинить или укоротить выбранный
шаг; эта опция добавляется к времени задержки в каждом цикле; диапазон составляет ±1–60секунд.

nЗвуковой сигнал — если этот пункт выбран, по окончании каждого шага раздается звуковой
сигнал.
Пояснение. При введении числа, выходящего за пределы диапазона параметра,программное обеспечение меняет это число на ближайшее значение в пределах
диапазона.

Руководство пользователя | 117Глава 7 Создание протоколов

Создание протокола с помощью Редактора протоколаС помощью Редактора протокола можно создавать пользовательские файлы протокола. Также
можно редактировать и сохранять ранее сохраненные файлы протокола и примеры файлов
протокола, входящие в комплект поставки CFX Maestro Dx SE.
Чтобы создать новый файл протокола, выполните следующие действия.
nОткройте файл протокола в Редакторе протокола.
Пояснение. Можно открыть новый или существующий протокол в Редакторе протокола.

nНастройте новый протокол.

nДобавьте шаги в протокол с панели элементов управления протоколом.

nОтредактируйте свойства шагов.

nСохраните протокол.

Пояснение. Порядок создания нового протокола из ранее сохраненного файла или примера
файла протокола см. в разделе Открытие существующего протокола в Редакторе протоколана стр. 120.

Открытие нового файла протокола в Редакторе протокола
CFX Maestro Dx SE предлагает несколько вариантов открытия нового файла протокола:nИз меню «Файл» в главном окне.

nИз диалогового окна «Запуск установки» в главном окне.

nИз диалогового окна Мастера запуска в главном окнеЧтобы открыть новый файл протокола из меню «Файл»uВ главном окне выберите Файл > Открыть > Протокол.
Открывается окно Редактор протокола с файлом протокола по умолчанию.
Пояснение. Сведения о настройке протокола по умолчанию см. в разд. Изменение
настроек файла по умолчанию на стр. 94.

Чтобы открыть новый протокол из диалогового окна Создать прогон, выполните
следующие действия
1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий, чтобы открыть диалоговое окноСоздать прогон.
nВыберите Прогон > Прогон, определяемый пользователем.

118 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание протокола с помощью Редактора протокола

nЩелкните Настройка прогона, определяемого пользователем, в панели управления.

Отобразится диалоговое окно Создать прогон с открытой вкладкой Протокол с файлом
протокола по умолчанию.
2.

Щелкните Создать новый.
Открывается окно Редактор протокола с файлом протокола в реальном времени поумолчанию.

Чтобы открыть новый файл протокола из Мастера запуска, выполните следующие
действия
1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий, чтобы открыть Мастер запуска,если он не виден:nВыберите Вид > Мастер запуска.

nЩелкните Мастер запуска на панели управления.

2.

При необходимости выберите тип прибора в выпадающем списке.

3.

Щелкните Определяет пользователь как тип прогона.
Отобразится диалоговое окно Создать прогон с открытой вкладкой Протокол с файлом
протокола по умолчанию.

4.

Щелкните Создать новый.
Открывается окно Редактор протокола с файлом протокола в реальном времени поумолчанию.

Чтобы открыть новый протокол из меню «Прогон»1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий, чтобы открыть диалоговое окноСоздать прогон.
nВыберите Прогон > Прогон, определяемый пользователем.

nЩелкните Настройка прогона, определяемого пользователем, в панели управления.

Отобразится диалоговое окно Создать прогон с открытой вкладкой Протокол с файлом
протокола по умолчанию.
2.

Щелкните Создать новый.
Открывается окно Редактор протокола с файлом протокола в реальном времени поумолчанию.

Руководство пользователя | 119Глава 7 Создание протоколов

Открытие существующего протокола в Редакторе протокола
CFX Maestro Dx SE предоставляет образцы файлов протокола, которые можно редактировать исохранять как новые пользовательские протоколы. Также можно создать новый протокол изсуществующего пользовательского протокола.

Чтобы открыть пример файла протокола, выполните следующие действия
1.

В начальном окне выберите Файл > Открыть > Протокол.
По умолчанию Проводник Windows открывает расположение папки с примерами файлов CFX
Maestro Dx SE.

2.

Откройте папку примеров файлов. Вы увидите следующие папки:nConventionalProtocols — содержит примеры файлов протоколов для традиционного
анализа ПЦР.

n

DataFiles — содержит примеры файлов данных, которые можно использовать дляизучения функциональных возможностей CFX Maestro Dx SE.

n

MeltCalibration — содержит примеры файлов протокола для использования спрограммным обеспечением прецизионного анализа плавления Bio-Rad.

n

Plates — содержит примеры файлов плашки.

n

RealTimeProtocols — содержит примеры файлов протоколов для анализа ПЦР вреальном времени.

3.

Откройте папку протокола для того типа прогона, который планируете выполнить, либоConventionalProtocols, либо RealTimeProtocols.

4.

Выберите желаемый протокол и щелкните Открыть.
Пример протокола открывается в окне Редактор протокола.

5.

Выберите Файл > Сохранить как и сохраните протокол с новым именем или в новую папку.

Чтобы открыть существующий протокол, выполните следующие действия
1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий.
nВыберите Файл > Открыть > Протокол, откройте и выберите целевой протокол и щелкните
Открыть.

nОткройте Мастер запуска и выполните одно из следующих действий.
oЧтобы редактировать отображаемый протокол, щелкните Редактировать выбранный.

120 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание протокола с помощью Редактора протоколаoЧтобы редактировать другой существующий протокол, щелкните Выбрать
существующий и найдите целевой файл.

Протокол открывается в окне Редактор протокола.
2.

Выберите Файл > Сохранить как и сохраните протокол с новым именем или в новую папку.

Настройка нового протокола
Пояснение. Если ваш файл протокола включает необходимые параметры (например, есливы редактируете существующий файл плашки), то можно пропустить этот раздел. Переходитек разделу Добавление шагов в протокол на стр. 123.
Для новых файлов протокола требуются следующие параметры.
nТип блока

nРежим сканирования для выбранного типа блока

nТемпература крышки

nОбъем пробы

Руководство пользователя | 121Глава 7 Создание протоколов

Настройка типа блока
CFX Maestro Dx SE автоматически рассчитывает шаги прироста температуры для этапов
градиента в соответствии с типом блока.
Примечание Тип плашки, заданный в Редакторе протокола, должен соответствовать плашкев реакционном модуле.

Чтобы задать тип блока, выполните следующие действияuВ окне Редактор протокола выберите Сервис > Калькулятор градиента и выберите
соответствующий тип плашки в открывшемся раскрывающемся списке.

Выбор режима сканирования для выбранного типа блока
Чтобы определить время прогона протокола, выберите тип целевого блока и режим сканирования.

Чтобы выбрать тип блока и режим сканирования, выполните следующие действияuВ окне Редактор протокола выберите Сервис > Калькулятор времени прогона и выберите
соответствующий тип плашки и режим сканирования в открывшемся раскрывающемся списке.

Корректировка температуры крышки
CFX Maestro Dx SE устанавливает используемую по умолчанию температуру крышки следующим
образом:n96-луночные и глубоколуночные приборы - 105,0 °C

n384–луночные приборы — 95,0 °CМожно изменить настройки по умолчанию или выключить нагреватель крышки как необходимо дляпротокола.

Чтобы скорректировать температуру крышки, выполните следующие действия
1.

В окне Редактор плашки выберите Настройки > Настройки крышки.
Откроется диалоговое окно Настройки крышки.

2.

3.

Выполните одно из следующих действий.
nВыберите Определяет пользователь и введите значение температуры в текстовое поле.

nВыберите Выключить нагреватель крышки.

Нажмите ОК, чтобы принять изменения и закрыть диалоговое окно.

122 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание протокола с помощью Редактора протокола

Настройка объема пробыПо умолчанию CFX Maestro Dx SE устанавливает объем пробы для каждой лунки на 25 мкл. Объем
пробы зависит от типа блока, например:n0–50 мкл для блока с 96 лунками

n0–30 мкл для 384-луночного блока.

Прибор использует один из двух режимов управления температурой для определения момента,когда проба достигает целевой температуры, заданной протоколом.
nРассчитанный режим — режим, когда объем пробы задается как ненулевой объем,соответствующий блоку, а прибор рассчитывает температуру пробы на основании ее объема.
Это стандартный режим.

nРежим блока — когда объем пробы установлен равным нулю (0) мкл, прибор записывает
температуру пробы равной измеренной температуре блока.

Чтобы задать объем пробы для конкретного блокаuВ окне Редактор плашки введите правильное значение в текстовом поле Объем пробы напанели управления.

Пояснение. Можно изменить объем пробы по умолчанию в диалоговом окнеПользовательские настройки. См. раздел Изменение настроек файла по умолчанию на стр.
94.

Добавление шагов в протокол
Порядок добавления шага в протокол
1.

Откройте протокол в окне Редактор протокола.

2.

Определите, куда нужно вставить новый шаг. На панели управления выберите До или После враскрывающемся списке Шаг.

3.

На графике выберите шаг, до или после которого требуется вставить новый шаг.

4.

В левой панели щелкните Вставить шаг.

5.

Для изменения температуры или времени инкубации нажмите на значение по умолчанию награфике или схеме протокола и установите новое значение.

6.

(Необязательно) В левой панели щелкните Параметры шага, чтобы открыть диалоговое окноПараметры шага и изменить доступные параметры для выбранного шага.

Руководство пользователя | 123Глава 7 Создание протоколов

Пояснение. Диалоговое окно Параметры шага доступно из меню, открывающегося понажатию правой клавиши мыши, как на панели графика, так и на панели плана протокола.
7.

Щелкните ОК и затем щелкните Да, чтобы сохранить изменения протокола.
Откроется диалоговое окно Сохранить как.

8.

В диалоговом окне Сохранить как введите имя для нового файла протокола и щелкните
Сохранить.

Вставка шага градиента
Чтобы вставить шаг градиента, выполните следующие действия
1.

Убедитесь, что размер плашки для градиента соответствует типу блока прибора (96луночный, 384-луночный или глубоколуночный).

2.

Если это еще не сделано, выберите размер плашки для градиента:Выберите Сервис > Калькулятор градиента и выберите соответствующий тип лунки израскрывающегося списка.

3.

На панели управления выберите До или После в раскрывающемся списке Вставить шаг.

4.

На панели графика или схемы выберите шаг, до или после которого нужно вставить шагградиента.

5.

В левой панели щелкните Вставить градиент. Новый шаг градиента выделится на панели
графика и схемы.

124 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание протокола с помощью Редактора протокола

Температура каждой строки в градиенте отображается в таблице Градиент в правой панели.
6.

Чтобы изменить диапазон температуры градиента, выполните одно из следующих действий.
nЩелкните температуру по умолчанию на графике или панели плана и введите новую
температуру.

nЩелкните Параметры шага, чтобы ввести диапазон градиента в окне Параметры шага.

nИзмените значение Диапазон в таблице Градиент.

7.

Чтобы отредактировать время задержки, нажмите на температуру по умолчанию награфическом или текстовом представлении и введите новое время.

8.

Щелкните ОК и затем Да, чтобы сохранить изменения.

Вставка шага перехода
Примечание Нельзя вставить шаг перехода в шаг перехода; нельзя создавать вложенные
шаги перехода.

Чтобы вставить шаг перехода, выполните следующие действия
1.

На панели управления выберите До или После в раскрывающемся списке Вставить шаг.

2.

На графике выберите шаг, до или после которого требуется вставить шаг перехода.

3.

В левой панели щелкните Вставить переход.

4.

Чтобы изменить номер шага перехода или количество повторений перехода, выберите числопо умолчанию на графике или в плане и введите новое значение.

5.

Щелкните ОК и затем Да, чтобы сохранить изменения.

Вставка шага кривой плавления
Пояснение. Невозможно вставить шаг кривой плавления в петлю перехода.
Примечание Шаг кривой плавления включает задержку на 30 секунд в начале шага, непоказанную в протоколе.

Порядок вставки шага кривой плавления
1.

На панели управления выберите До или После в раскрывающемся списке Вставить шаг.

2.

На графике выберите шаг, до или после которого нужно вставить шаг кривой плавления.

Руководство пользователя | 125Глава 7 Создание протоколов

3.

В левой панели щелкните Вставить кривую плавления. Новый шаг кривой плавления
выделится на панели графика и схемы.

4.

Для редактирования диапазона температуры плавления или времени приращения выберите
номер по умолчанию на графике или выберите панель и введите новое значение.

5.

Щелкните ОК и затем Да, чтобы сохранить изменения.

126 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание протокола с помощью Редактора протокола

Добавление или удаление шага чтения плашки
Пояснение. После добавления команды на чтение плашки к шагу кнопка меняется на Удалить
чтение плашки, когда пользователь выбирает этот шаг.

Порядок добавления чтения плашки к шагу1.

На панели управления выберите До или После в раскрывающемся списке Вставить шаг.

2.

На графике выберите шаг, до или после которого требуется вставить шаг чтения плашки.

3.

В левой панели щелкните Добавить чтение плашки к шагу, чтобы добавить чтение плашки квыбранному шагу.

4.

Щелкните ОК и затем Да, чтобы сохранить изменения.

Чтобы удалить чтение плашки из шага, выполните следующие действияuНа графике выберите шаг, который содержит чтение плашки, и щелкните Удалить чтение
плашки в левой панели.

Изменение параметров шагаПорядок изменения параметров выбранного шага1.

Выберите нужный шаг на панели графика или схемы.

2.

В левой панели щелкните Параметры шага, чтобы открыть диалоговое окно Параметры шага.
Как вариант, щелкните правой клавишей мыши целевой шаг в любой панели и выберите
Параметры шага в открывшемся меню.

3.

Чтобы добавить, изменить или удалить параметры, выполните следующие действия.
nВведите значение в соответствующее текстовое поле.

nОтредактируйте значение в специальном текстовом поле.

nУстановите или снимите флажок.

4.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно Параметры шага.

5.

Щелкните ОК и затем Да, чтобы сохранить протокол

Руководство пользователя | 127Глава 7 Создание протоколов

Удаление шагаВажно! Отмена этой функции невозможна. Будьте внимательны при удалении шагов.

Порядок удаления шага из протокола
1.

Выберите шаг на панели графика или схемы.

2.

В левой панели щелкните Удалить шаг, чтобы удалить выбранный шаг.

3.

Щелкните ОК и затем Да, чтобы сохранить протокол

Копирование, экспорт и печать протокола
Чтобы копировать протокол, выполните следующие действияuЩелкните правой клавишей мыши план протокола и выберите Копировать протокол.
Содержимое буфера можно вставить в файл формата .txt, .xls, .doc или .ppt.

Порядок экспорта протокола
1.

Щелкните правой клавишей мыши план протокола и выберите Экспортировать протокол.
Откроется диалоговое окно Сохранить как.

2.

(Необязательно) В Проводнике Windows найдите папку, в которую требуется сохранить файлграфика.

3.

В Имя файла введите имя для экспортируемого файла протокола.

4.

Нажмите Save (Сохранить).

Чтобы распечатать протокол, выполните следующие действияuЩелкните правой клавишей мыши план протокола и выберите Печать.
Содержимое панели протокола можно распечатать на принтере, заданном по умолчанию.

128 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание протокола с помощью Мастера создания протокола

Создание протокола с помощью Мастера создания
протокола
Важно! Компания Bio-Rad не гарантирует, что выполнение протокола, созданного сиспользованием Мастера создания протокола, всегда будет приводить к образованию
продукта ПЦР.
Мастер создания протокола CFX Maestro Dx SE автоматически генерирует протоколы
термоциклирования на основании следующих вводных параметров.
nДлина ампликона — ожидаемая длина продукта ПЦРnТемпература отжига — реакция Ta для используемых праймеров
Если значение Ta неизвестно, можно использовать калькулятор Ta для автоматического
вычисления его на основании последовательностей ваших праймеров.
Примечание Ta корректируется по информации о температуре плавления праймера (Tm),которая основана на выбранном ферменте и скорости протокола.

nТип фермента — фермент ДНК-полимераза (ДНК-полимераза iTaq, iProof или Другой)Если вы используете другой фермент, не ДНК-полимеразу iTaq или iProof, то можете ввести
дополнительную информацию, включая диапазон градиента, время активации горячего
запуска (в секундах) и время окончательного удлинения (в секундах).

nСкорость прогона — скорость реакции (стандартно, быстро или очень быстро)Мастер создания протокола оптимизирует протокол в зависимости от выбранной настройки
скорости. Общее время прогона определяется количеством шагов и циклов, временем
инкубации на каждом шаге и временем, затрачиваемым на достижение однородности прицелевой температуре.

С использованием параметров, предоставленных пользователем, Мастер создания протокола
автоматически генерирует пользовательский протокол ПЦР с горячим запуском, первоначальной
денатурацией, отжигом и шагами удлинения. Затем можно просмотреть графическое
представление предложенного протокола и изменить, выполнить или сохранить протокол.

Руководство пользователя | 129Глава 7 Создание протоколов

Чтобы создать новый протокол с использованием Мастера создания протокола CFX
Maestro Dx SE, выполните следующие действия
1.

В начальном окне выберите Сервис > Мастер создания протокола.
Откроется диалоговое окно Мастер создания протокола.

2.

В разделе Введите значения мишени/фермента выполните следующие действия.
nУкажите температуру отжига (Ta) для праймеров, если она известна.
Пояснение. Для получения дополнительной информации см. разд. Использование
калькулятора температуры отжига на стр. 131.
Примечание Сведения о расчетах, используемых калькулятором температуры
отжига, см. в работе Breslauer et al. 1986.

nУкажите длину ампликона в парах оснований.

nВыберите тип фермента из списка возможных вариантов (ДНК-полимераза iTaq, ДНКполимераза iProof или Другой).
Пояснение. Если выбран тип фермента Другой (Other), становятся активными
параметры в разделе Дополнительные параметры (Additional Parameters)(необязательные).

130 | ПО CFX Maestro Dx SEИспользование калькулятора температуры отжига

3.

Если вы выбрали тип фермента Другой (Other), вы можете добавить в протокол любое число
следующих параметров:nДиапазон градиента

nТемпература активации горячего запуска

nВремя окончательного удлинения

4.

В разделе «Тип» переведите ползунок, чтобы выбрать скорость протокола (Стандартно,Быстро или Очень быстро). CFX Maestro Dx SE регулирует общее время выполнения прогона.

5.

Выберите тип ПЦР для выполнения (по умолчанию: ПЦР в реальном времени).
В случае ПЦР в режиме реального времени CFX Maestro Dx SE добавляет шаг чтения плашкидля сбора данных флуоресценции.

6.

В разделе Предварительный просмотр выполните предварительный просмотр протокола. Принеобходимости можно внести изменения.

7.

Выполните одно из следующих действий.
nЧтобы сохранить новый протокол, нажмите ОК. После сохранения протокол открываетсяв Мастере запуска. Щелкните Редактировать выбранный, чтобы внести изменения впротокол. Например, вам может потребоваться изменить температуру крышки и объем
пробы.

nЩелкните Отмена, чтобы закрыть окно без сохранения протокола.

Использование калькулятора температуры отжига
Когда температура отжига для праймера неизвестна, можно использовать Калькулятор Ta длявычисления этого значения. Можно использовать значение в Мастере создания протокола или вРедакторе протокола для создания собственного протокола.

Сведения о калькуляторе температуры отжига
Калькулятор Ta рассчитывает значение Tm для каждого праймера, а также значение Ta дляпротокола на стандартной скорости.
Ta для протокола основана на средних значениях праймера Tm с применением следующих правил:nЕсли разница между значениями Tm праймеров >4 °C, Ta = (меньшее из значений Tm двухпраймеров + 2) – 4 °CnЕсли разница между значениями Tm составляет ≤4 °C, Ta = (усредненное значение Tmпраймеров) – 4 °CРуководство пользователя | 131Глава 7 Создание протоколов

Метод подсчета пар основанийДля каждого праймера калькулятор Ta использует метод подсчета для последовательностей,равных 14 парам оснований или менее.
Tm = ((w*A + x*T) * 2) + ((y*G + z*C) * 4),
где w, x, y и z представляют собой количество оснований A, T, G и C в последовательности
соответственно.

Метод ближайшего соседаДля последовательностей длиннее 14 п. о. используется метод ближайшего соседа. В методе
ближайшего соседа вычисления температуры плавления основываются на термодинамической
взаимосвязи между энтропией (порядок или мера случайности олигонуклеотида), энтальпией
(тепло, высвобождаемое или поглощаемое олигонуклеотидом), свободной энергией итемпературой.
∆H = ∆G + T * ∆SГдеn∆H = значение энтальпии, кал/моль*Kn

T = температура, по Кельвину

n∆S = значение энтропии, кал/моль*Kn∆G = свободная энергия Гиббса в кал/моль*KИзменение энтропии и энтальпии непосредственно рассчитывают, складывая значения для парнуклеотидов, показанных в Табл. 8 (Breslauer et al. 1986).
Взаимосвязь между свободной энергией и концентрацией реагирующих веществ и продуктов вравновесии представлена формулой:∆G = R * T * Ln ((ДНК * праймер) / (ДНК + праймер))где R — газовая константа (1,986 кал/моль*K).
Вычитание G в двух уравнениях и решение для T даетT = ∆H / (∆S + R * Ln ((ДНК * праймер) / (ДНК + праймер))),с допущением, что концентрация ДНК и комплекса ДНК-праймер равны.
Эмпирически установлено, что при переходе ДНК из одноцепочечной формы в В-форму
свободная энергия меняется на 5 ккал (3,4 ккал) (Sugimoto et al. 1996). Предположительно, это132 | ПО CFX Maestro Dx SEИспользование калькулятора температуры отжига

энергия инициирования спирали. Наконец, добавление корректировки на соль дает уравнение,которое используется калькулятором Ta :T = (∆H – 5(ккал/K*моль))/(∆S + (R * ln(1/(праймер)))) + 16,6 log10 (молярность соли)Не требуется константы корректировки для концентрации соли, так как различные параметры
были определены при 1 M NaCl, и log10 для 1 равен нулю.
Термодинамические расчеты предполагают, что отжиг происходит при pH 7,0. Вычисления Tmпредполагают, что последовательности не являются симметричными и содержат по меньшей
мере один G или C.
Последовательность олигонуклеотида должна быть длиной не менее 14 пар оснований дляпредоставления целесообразных значений Tm. При длине менее 14 оснований используется
метод подсчета пар оснований (см. след. Табл. 8).
Табл. 8. Константы взаимодействий Бреслауэра

Взаимодействие

∆H

∆S

∆G

AA

TT

9,1

24

1,5

AT

TA

8,6

23,9

1,5

AC

TG

6,5

17,3

1,3

AG

TC

7,8

20,8

1,6

TA

AT

6

16,9

0,9

TT

AA

9,1

24

1,9

TC

AG

5,6

13,5

1,6

TG

AC

5,8

12,9

1,9

CA

GT

5,8

12,9

1,9

CT

GA

7,8

20,8

1,6

CC

GG

11

26,6

3,1

CG

GC

11,9

27,8

3,6

GA

CT

5,6

13,5

1,6

GT

CA

6,5

17,3

1,3

Руководство пользователя | 133Глава 7 Создание протоколов

Табл. 8. Константы взаимодействий Бреслауэра, продолжение

Взаимодействие

∆H

∆S

∆G

GC

CG

11,1

26,7

3,1

GG

CC

11

26,6

3,1

134 | ПО CFX Maestro Dx SEИспользование калькулятора температуры отжига

Использование калькулятора температуры отжига
Чтобы использовать калькулятор температуры отжига, выполните следующие
действия
1.

Чтобы открыть калькулятор температуры отжига, выполните одно из следующих действий.
nЕсли открыт Мастер создания протокола, щелкните Калькулятор Ta.

nВ начальном окне выберите Сервис > Калькулятор Ta.

Откроется диалоговое окно Калькулятор температуры отжига.

2.

В текстовом поле Прямой праймер введите или вставьте последовательность прямого
праймера.
Пояснение. Также можно использовать кнопки A, T, G, C с левой стороны диалогового
окна, чтобы ввести последовательность.

3.

Введите или вставьте последовательность обратного праймера в текстовом поле Обратный
праймер.

4.

Щелкните Рассчитать.

Руководство пользователя | 135Глава 7 Создание протоколов

Калькулятор Ta рассчитывает и отображает Tm каждого праймера и усредненные значения Tm
и Ta, например:Если значения Tm праймеров разделены более чем 4 °C, Мастер создания протокола
использует более низкое значение Tm праймеров + 2 °C как основу для расчета значения Ta,которую можно далее изменить путем изменения энзима и скорости реакции.
Калькулятор Ta генерирует температуру отжига для стандартной скорости с полимеразой ДНК
iTaq. При использовании другого энзима настройки скорости автоматически корректируют Ta.
5.

Выполните одно из следующих действий.
nЕсли Калькулятор Ta открыт из Мастера создания протокола, щелкните ОК. Снова
откроется Мастер создания протокола. Температура отжига будет изменена
автоматически.

nЕсли Калькулятор Ta открыт из меню Сервис, запишите расчеты и щелкните Отмена,чтобы закрыть калькулятор.

136 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 8 Подготовка плашек
Файл плашки содержит информацию о параметрах прогона, такую как режим сканирования,флуорофора и содержимое лунок. После прогона ПО CFX Maestro Dx, Security Edition связывает
содержимое лунок с данными флуоресценции, собранными во время прогона, и применяет
соответствующий анализ в окне «Анализ данных». Например, лунки, загруженные пробой
стандартного типа, используются для формирования стандартной кривой.
CFX Maestro Dx SE предлагает два варианта создания плашек: Редактор плашки для прогоновПЦР в реальном времени и Мастер настройки для анализа нормализованной экспрессии гена.
В Редакторе плашки содержатся следующие элементы:nСтандартные флуорофоры и типы проб для назначения лункам плашки

nВозможность задать референсную мишень и контрольную пробу для анализа экспрессии генаnВозможность редактировать схему плашки до прогона, во время прогона или после негоnВозможность сохранения файлов плашки для использования в будущем

nВозможность печатать файл плашки на принтере по умолчанию

Мастер настройки проводит пользователя через этапы создания схемы плашки для анализа
нормализованной экспрессии гена. Мастер установки можно использовать до, во время или после
прогона.

Руководство пользователя | 137Глава 8 Подготовка плашек

Окно Редактор плашки
Редактор плашки используется для создания пользовательских плашек или изменения
существующих плашек.

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Строка меню предоставляет быстрый доступ к опциям меню Файл и Настройки, а также кинструментам редактирования плашки.

2.

Панель инструментов предоставляет быстрый доступ к важным функциям загрузки
плашки.

3.

На основной панели отображаются применяемые схема и параметры плашки.

4.

На правой панели отображаются параметры, используемые для пользовательской
настройки плашки.

5.

На нижней панели отображается тип плашки и предоставляется быстрый доступ кпараметрам просмотра.

138 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Редактор плашки

Опции меню ФайлСохранить — сохраняет файл данных плашки в расположение, указанное на вкладке Файл вдиалоговом окне Пользовательские настройки. Для получения дополнительной информации см.
разд. Изменение настроек файла по умолчанию на стр. 94. Этот пункт меню доступен только присоздании нового файла плашки.
Save As (Сохранить как) — сохранение открытого файла данных плашки под указанным новым
именем. Этот пункт меню доступен только при создании нового файла плашки.
Пароли файлов - позволяет пользователям устанавливать пароли для сохранения и открытия
файлов.
Извлечь плашку — открывает диалоговое окно, в котором можно извлечь/сохранить файлплашки (.pltd). Этот пункт меню доступен только при просмотре или редактировании
существующего файла плашки.
Печать — печатает файл данных открытой плашки.
Закрыть — закрывает Редактор плашки.

Опции меню Правка
Отменить — отменяет изменение файла плашки, пока файл плашки не будет сохранен.
Повторить — отменяет последнее действие Отмена, пока файл плашки не будет сохранен.

Опции меню Настройки
Размер плашки — открывает диалоговое окно, из которого можно выбрать размер плашки дляпрогона.
Примечание Размер плашки должен соответствовать размеру блока прибора, накотором проводится прогон.
Выберите 96-луночную плашку для:n

CFX Opus 96 Dxn

CFX Opus Deepwell DxВыберите 384-луночную плашку для:n

CFX Opus 384Dx

Руководство пользователя | 139Глава 8 Подготовка плашекТип плашки — позволяет выбрать тип лунок на плашке с пробами, включая BR White (с белыми
лунками) и BR Clear (с прозрачными лунками). Для точного анализа данных необходимо, чтобы
выбранный тип плашки соответствовал типу плашки, используемой в прогоне.
Примечание Необходимо производить калибровку новых типов плашки. Для получения
дополнительной информации см. разд. Калибровка для новых красителей на стр. 84.
Числовое представление — позволяет сделать выбор или отмену выбора отображения единиц вэкспоненциальном представлении. По умолчанию единицы отображаются в экспоненциальном
представлении.
Units (Единицы измерения) — выбор единиц измерения для отображения в таблицах привыполнении количественного анализа неизвестных проб в сравнении со стандартной кривой.

Опции меню Инструмент редактирования
Мастер установки — открывает Мастер установки, в котором можно определить структуру ипараметры анализа для текущей плашки. Мастер установки можно использовать до, во время илипосле завершения прогона.
Просмотр табл. плашки/Средство импорта — открывает диалоговое окно Просмотр, в котором
отображается схема плашки как шаблон в формате табл. Можно использовать это диалоговое
окно для экспорта или импорта данных шаблона плашки в формате .csv.
Flip Plate (Перевернуть плашку) — переворачивает содержимое плашки на 180o.

Опции панели управления
Отменяет изменение применительно к плашке. CFX Maestro Dx SEподдерживает до десяти действий отмены
Отменяет последнее действие отмены. CFX Maestro Dx SEподдерживает до десяти действий повтора.
Сохраняет текущий файл плашки.
Отображает выпадающий список, в котором можно увеличить илиуменьшить увеличение представления плашки.
Отображает выпадающий список, в котором можно выбрать режим
сканирования, указывающий прибору, из каких каналов собирать
данные флуоресценции во время прогона.
Открывает Диспетчер групп лунок, который можно использовать,чтобы создавать группы лунок для текущей плашки.

140 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Редактор плашки

Отображает диалоговое окно, в котором можно выбирать цвета исимволы для кривых амплификации.
Открывает диалоговое окно Просмотр, в котором отображается
схема плашки как шаблон в формате таблицы. С помощью этого
диалогового окна можно экспортировать или импортировать данные
шаблона плашки в формате .csv.
Открывает Мастер установки, в котором можно определить
структуру и параметры анализа для текущей плашки. Мастер
установки можно использовать до, во время или после прогона.
Открывает вкладку Плашка в диалоговом окне Пользовательские
настройки, на которой можно определить параметры структуры
плашки и создать или удалить имена мишени, пробы ибиологической группы. Изменения, выполненные на вкладке
Плашка, доступны в следующий раз при открывании Редактора
плашки.
Отображает необходимые действия по настройке плашки и загрузке
лунок.

Руководство пользователя | 141Глава 8 Подготовка плашек

Создание файла плашки с использованием Редактора
плашкиС помощью Редактора плашки можно создавать пользовательские файлы плашки. Также можно
редактировать и сохранять ранее сохраненные файлы плашки или примеры файлов плашки,предоставляемые с Сист. CFX Opus Dx.
Чтобы создать новый файл плашки, выполните следующие действия.
nОткройте файл плашки в Редакторе плашки.

nВыберите тип плашки.
Примечание Тип плашки для файла плашки должен соответствовать плашке вреакционном модуле.

nВыберите режим сканирования, который будет использоваться в протоколе.

nВыберите флуорофоры, которые будут использоваться на плашке.

nВыберите тип пробы, мишени и пробы.

nВыберите технические повторности, если они выполнялись.

nСохраните схему плашки.

Пояснение. Порядок создания новой плашки из ранее сохраненного файла или примера
файла плашки см. в разд. Открытие существующего файла плашки в Редакторе плашки на
стр. 144.

Открытие нового файла плашки в Редакторе плашки
CFX Maestro Dx SE предлагает несколько вариантов открытия нового файла плашки:nИз начального окнаnИз диалогового окна Мастер запускаnИз диалогового окна Создать прогон

Чтобы открыть новый файл плашки из начального окна, выполните следующие
действияuВыберите Файл > Создать > Плашку.
Открывается окно Редактор плашки с отображением файла плашки по умолчанию длявыбранного прибора.

142 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание файла плашки с использованием Редактора плашки

Пояснение. Сведения о настройке плашки по умолчанию см. в разд. Изменение настроек
файла по умолчанию на стр. 94.

Чтобы открыть новый файл плашки из Мастера запуска, выполните следующие
действия
1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий, чтобы открыть Мастер запуска,если он не виден:nВыберите Вид > Мастер запуска.

nЩелкните Мастер запуска на панели управления.

2.

Если необходимо, выберите тип прибора из раскрывающегося списка.

3.

Чтобы создать новую плашку, щелкните Определяет пользователь как тип прогона.
Отобразится диалоговое окно Создать прогон с открытой вкладкой Протокол.

4.

Щелкните вкладку Плашка и щелкните Создать.
Открывается окно Редактор плашки с отображением схемы плашки по умолчанию длявыбранного прибора.

Чтобы открыть новый файл плашки из диалогового окна Создать прогон, выполните
следующие действия
1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий, чтобы открыть диалоговое окноСоздать прогон.
nВыберите Прогон > Прогон, определяемый пользователем.

nЩелкните Настройка прогона, определяемого пользователем, в панели управления.

Отобразится диалоговое окно Создать прогон с открытой вкладкой Протокол.
2.

Чтобы создать новую плашку, щелкните вкладку Плашка и щелкните Создать.
Открывается окно Редактор плашки с отображением схемы плашки по умолчанию длявыбранного прибора.

Руководство пользователя | 143Глава 8 Подготовка плашек

Открытие существующего файла плашки в Редакторе плашки
CFX Maestro Dx SE предоставляет образцы файлов плашки, которые можно редактировать исохранять как новую плашку. Можно также создать новый файл плашки из ранее сохраненного
файла плашки.

Чтобы открыть пример файла плашки, выполните следующие действия
1.

В начальном окне выберите Файл > Открыть > Плашку.
Проводник Windows открывает расположение папки с примерами файлов Сист. CFX Opus Dx.

2.

Откройте папку с примерами файлов, затем откройте папку Plates (Плашки).

3.

Выберите файл плашки и нажмите «Открыть».
Пример файла плашки открывается в окне Редактор плашки.

4.

Выберите Файл > Сохранить как и сохраните файл плашки с новым именем или в новую папку.

Чтобы открыть ранее сохраненный файл плашки, выполните следующие действия
1.

В начальном окне выполните одно из следующих действий.
nВыберите Файл > Открыть > Плашку, откройте и выберите целевую плашку и щелкните
Открыть.

nОткройте Мастер запуска и выполните одно из следующих действий.
oЧтобы редактировать существующий файл плашки, щелкните Выбрать
существующий и найдите целевой файл.

oЧтобы редактировать отображаемый файл плашки, щелкните Редактировать
выбранный.

Целевая плашка открывается в окне Редактор плашки.
2.

Выберите Файл > Сохранить как и сохраните файл плашки с новым именем или в новую папку.

144 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание файла плашки с использованием Редактора плашки

Настройка нового файла плашки
Пояснение. Если ваш файл плашки включает необходимые параметры (например, если выредактируете пример или существующий файл плашки), то можно пропустить этот раздел.
Перейдите к разделу Назначение необязательных параметров файлу плашки на стр. 152.
Для новых файлов плашки требуются следующие параметры.
nРазмер плашкиnТип плашки

nРежим сканирования

nОдин флуорофор (краситель)nОдин тип пробы

Выбор размера и типа плашки
Важно! Размер плашки необходимо выбрать во время создания плашки. В процессе прогонаили после него изменить размер плашки невозможно.
Программное обеспечение применяет размер и тип плашки ко всем лункам в ходе прогона.
Убедитесь, что размер плашки соответствует плашке, используемой в прогоне.
Системы Bio-Rad CFX Opus Dx откалиброваны на заводе для многих комбинаций флуоресцентных
красителей и плашек. Калибровка проводится индивидуально для каждого прибора, для каждогоиз красителей и типов плашек. Убедитесь, что флуорофор, который вы собираетесь использовать,откалиброван для выбранного типа плашки.
Пояснение. Для калибровки нового сочетание красителя и типа плашки на приборе выберите
Сервис > Мастер калибровки красителей. Для получения информации о калибровке
красителей и типов плашек см. разд. Калибровка для новых красителей на стр. 84.

Выбор режима сканирования
Системы CFX Opus 96 Dx и CFX Opus Deepwell Dx возбуждают и детектируют флуорофоры по пятиканалам (и FRET). Система CFX Opus 384 Dx возбуждает и детектирует флуорофоры по четырем
каналам (и FRET). Все системы используют несколько режимов сбора данных для сбора данных
флуоресценции во время прогона.
CFX Maestro Dx SE предлагает три режима сканирования.
n

All Channels (Все каналы):oСканирует каналы с 1 по 5 в системах CFX Opus 96 Dx и CFX Opus Deepwell DxoСканирует каналы с 1 по 4 в системах CFX Opus 384 Dx

Руководство пользователя | 145Глава 8 Подготовка плашекnn

SYBR®/FAMoСканирует только канал 1oОбеспечивает быстрое сканирование

FRET (РПЭФ):oСканирует только канал FREToОбеспечивает быстрое сканирование

Выбор флуорофоров
Важно! До начала прогона система CFX проверяет, были ли флуорофоры, указанные дляплашки, калиброваны на данном приборе. Если плашка содержит флуорофоры, неоткалиброванные для данного прибора, выполнить прогон плашки будет невозможно.
Необходимо загрузить по меньшей мере один флуорофор в схему плашки перед прогоном. Наданный момент можно добавить столько флуорофоров, сколько требуется, но плашка должна
содержать как минимум один флуорофор. Выбранные флуорофоры отображаются в качестве
параметров для мишеней в разделе Имена мишеней.
Диалоговое окно Выбрать флуорофоры используется для загрузки флуорофоров (или красителей
плашки) в элементы управления загрузкой в окне Редактор плашки. Флуорофоры, которые
отображаются в диалоговом окне Выбрать флуорофоры, зависят от выбранного режима
сканирования:n

All Channels (Все каналы):Отображаются все доступные флуорофоры.
Пояснение. Можно добавить столько флуорофоров, сколько требуется, но можно
загружать только по одному флуорофору на канал в каждую лунку.

nSYBR®/FAMОтображаются только флуорофоры канала 1.

n

FRET (РПЭФ):Отображается только флуорофор канала 6.
Пояснение. Флуорофор канала 6 FRET появляется только тогда, когда выбран режим
сканирования FRET. Он недоступен для режима сканирования Все каналы.

Примечание Можно добавлять или удалять флуорофоры непосредственно из диалогового
окна Выбрать флуорофоры. Необходимо выполнить калибровку новых флуорофоров наприборе, используя Мастер калибровки красителей. После калибровки новый флуорофор

146 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание файла плашки с использованием Редактора плашки

автоматически добавляется в этот список. Для получения дополнительной информации см.
разд. Калибровка для новых красителей на стр. 84.

Выбор типов пробы
Важно! Необходимо выбрать по меньшей мере один тип пробы для назначения лункам
плашки перед прогоном.
CFX Maestro Dx SE предлагает пять типов пробы:nUnknown (Неизвестный)nStandard (Стандартный)n

NTC (контроль без матрицы)n

Positive Control (Положительный контроль)nОтрицательный контрольn

NRT (без ревертазы (обратной транскриптазы))Пользователь назначает типы проб лункам плашки.

Настройка новой плашки
Порядок настройки новой плашки
1.

Откройте новую плашку в окне Редактор плашки.

2.

Чтобы настроить размер плашки, выберите Настройки > Размер плашки и выберите
соответствующий размер плашки из раскрывающегося меню.

3.

Чтобы настроить тип плашки, выберите Настройки > Тип плашки и выберите BR White (сбелыми лунками) или BR Clear (с прозрачными лунками) из раскрывающегося меню.

4.

При желании в меню Настройки можно изменить числовое представление и отображаемые
единицы.
nЧтобы изменить числовое представление, выберите Настройки > Числовое
представление и выберите Экспоненциальное представление.
Пояснение. Экспоненциальное представление выбрано по умолчанию. В данном
случае выбор Экспоненциального представления очищает значение по умолчанию ипереводит числовое представление в стандартную форму.

nЧтобы изменить отображаемые единицы, выберите Настройки > Единицы и выберите
новое значение для единиц.

Руководство пользователя | 147Глава 8 Подготовка плашек

5.

Чтобы настроить режим сканирования, выберите соответствующий режим сканирования израскрывающегося списка «Режим сканирования» в панели управления окна «Редактор
плашки».

6.

Выберите необходимые флуорофоры для плашки:a.

В правой панели щелкните Выбрать флуорофоры.
Откроется диалоговое окно Выбрать флуорофоры. Отобразятся флуорофоры, доступныедля режима сканирования, выбранного на Шаг 5.

b.

Чтобы выбрать флуорофор, щелкните его флажок Выбранные.
Пояснение. Чтобы удалить флуорофор из списка, снимите его флажок Выбранные.

c.

Чтобы изменить цвет отображения флуорофора, щелкните его поле Цвет.
Примечание Выбранный цвет представляет флуорофор как в окне Редактор плашки,так и на диаграммах Анализ данных.

d.

В диалоговом окне Цвет выберите желаемый цвет или щелкните Определить
пользовательские цвета и создайте новый цвет для представления флуорофора.

e.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно Флуорофоры.

148 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание файла плашки с использованием Редактора плашки

7.

Нужно выбрать как минимум одну лунку для загрузки типа проб. По умолчанию выбрана лунка
A1.
На панели плашки выполните одно из следующих действий.
nЧтобы загрузить несколько соседних лунок, щелкните лунку и проведите мышью, неотпуская клавишу мыши, до целевой лунки.

nЧтобы загрузить несколько не соседних лунок, нажмите клавишу Ctrl и щелкайте каждую
лунку по отдельности.

nЧтобы загрузить весь столбец одним типом пробы, щелкните номер столбца.

nЧтобы загрузить всю строку, щелкните номер строки.

nЧтобы загрузить всю плашку, щелкните верхний левый угол плашки.

Например:8.

Назначьте тип пробы выбранной лунке или лункам из раскрывающегося меню Тип пробы.

Руководство пользователя | 149Глава 8 Подготовка плашек

9.

Назначьте не менее одного флуорофора для всех лунок, содержащих пробы определенного
типа. Можно назначить более одного флуорофора в лунку или группу лунок.
Примечание Можно назначить всего один флуорофорор на канал. Нельзя назначить
более одного флуорофора из одного канала в одну и ту же лунку.
Пояснение. Можно связать мишень с флуорофором либо же назначить только
флуорофор в лунку на этот момент и ассоциировать мишень с флуорофором после
проведения эксперимента.
nЧтобы назначить только флуорофор в выбранные лунки, в разделе Имена мишеней вправой панели выберите флажок Загрузить для определенного флуорофора.

nЧтобы связать мишень с флуорофором, в разделе Имена мишеней выберите имя мишенииз раскрывающегося списка для конкретного флуорофора. Программное обеспечение
автоматически устанавливает флажок Загрузить для него.

10. Для лунок, содержащих тип пробы Стандарт, необходимо загрузить концентрацию. Каждая
лунка может иметь свое значение концентрации. По умолчанию, CFX Maestro Dx SE загружает
концентрацию 1,00E+06 во все лунки с типом пробы Стандарт. Если требуется, это значение
можно изменить.
a.

В панели плашки выберите лунку или группу лунок Стандарт.

b.

В разделе «Концентрация» щелкните «Загрузить», чтобы загрузить значение выбранной
лунки или нескольких лунок.

c.

(Необязательно) Чтобы загрузить другую концентрацию, введите новое значение втекстовое поле Концентрация и нажмите Ввод.

d.

Выполните этот шаг для всех лунок с типом пробы Стандарт.
Пояснение. Чтобы загрузить эту же концентрацию во все лунки Стандарт, убедитесь,что в раскрывающемся списке под значением Концентрация отображается <Все>.
Чтобы загрузить это же значение концентрации во все лунки с определенным
флуорофором, щелкните раскрывающийся список и выберите флуорофор.

11. Чтобы сохранить новую плашку, нажмите ОК.

150 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание файла плашки с использованием Редактора плашки

Пункты меню, вызываемые правой кнопкой мыши, для инструмента
редактора плашкиВ Табл. 9 перечислены пункты меню, доступные в инструменте «Редактор плашки» при щелчке
правой кнопкой мыши любой лунки. Это меню также появляется в окне просмотра/импорта
электронных таблиц.
Табл. 9. Пункты меню, открывающегося при щелчке правой кнопкой мыши, вокне «Просмотр/импорт табл. плашки»ПунктФункция

Copy (Копировать)Копирует всю таблицу.

Copy as Image

Копирует таблицу в виде файла изображения.

(Копировать какизображение)Print (Печать)Печать таблицы.

Print Selection (Печать

Печать только выделенных ячеек.

выделенного
фрагмента)Export to ExcelЭкспортирует файл в электронную таблицу Excel.

(Экспорт в Excel)
Export to CSVЭкспортирует файл как файл .csv.

(Экспорт в CSV)
Export to Xml (Экспорт

Экспортирует файл как файл .xml.

в XML)
Export to HtmlЭкспортирует файл как файл .html.

(Экспорт в HTML)
Find (Найти)Поиск конкретного текста.

Sort (Сортировать)Сортирует таблицу путем выбора до трех столбцов данных вокне Сортировка.

Руководство пользователя | 151Глава 8 Подготовка плашек

Назначение необязательных параметров файлу плашки
Файл плашки содержит информацию о содержимом каждой лунки, загруженной пробой дляпрогона. После прогона CFX Maestro Dx SE связывает содержимое лунок с данными
флуоресценции, собранными во время протокола, и применяет соответствующий анализ в окнеАнализ данных.
В CFX Maestro Dx SE можно назначить параметры каждой лунке на плашке до, во время и после
проведения экспериментов. Можно назначить параметры существующему файлу плашки илиновому файлу плашки. Эти параметры включают:nИмена мишеней — интересующая мишень или мишени (гены или последовательности) вкаждой загруженной лунке.

nИмена проб — идентификатор состояния, которое соответствует пробе в каждой загруженной
лунке, (например, мышь 1, мышь 2 или мышь 3).

nБиологические группы — идентификатор состояния, которое соответствует группе лунок,например 0 ч, 1 ч или 2 ч.
Пояснение. Для возможности сравнения данных на вкладке «Экспрессия гена» окна«Анализ данных» имена мишеней, имена проб и биологических групп должны бытьодинаковыми по всем лункам. Имена должны иметь одинаковые пунктуацию и количество
пробелов. Они также чувствительны к регистру. Например «Actin» отличается от «actin»,«2ч» отличается от «2 ч», а «Мышь 1» не то же самое, что «мышь1». Для обеспечения
последовательности в именовании вводите имена в разделе Библиотеки в Пользователь
> Пользовательские настройки > Плашка, доступном в начальном окне.

nТехническая повторность — каждая лунка, которая используется для анализа одной
комбинации пробы и мишени(-ей); то есть повторности реакций кПЦР.

nСерия разведений — насколько менять концентрацию типа пробы Стандарт в группе репликдля создания данных стандартной кривой для анализа.

Назначение мишени лункам
Пояснение. Можно назначить одно и то же имя мишени одной или нескольким лункам. Также
можно назначить несколько мишеней одной лунке.
Важно! При нажатии ОК после назначения мишени происходит сохранение изменений истановится невозможной отмена в панели управления Редактора плашки. Будьте осторожныпри нажатии ОК.

152 | ПО CFX Maestro Dx SEНазначение необязательных параметров файлу плашки

Порядок назначения мишени лунке или группе лунок
1.

В Редакторе плашки убедитесь, что лунке или группе лунок назначен тип пробы.
Сведения о назначении типов проб лункам см. в разделе Выбор типов пробы на стр. 147.

2.

В панели плашки выберите лунку или группу лунок.
nЧтобы выбрать одну лунку, щелкните ее.

nЧтобы выбрать несколько соседних лунок, щелкните лунку и проведите мышью, неотпуская клавишу мыши, до целевой лунки.

nЧтобы выбрать несколько не соседних лунок, нажмите клавишу Ctrl и щелкайте каждую
лунку по отдельности.

nЧтобы выбрать весь столбец с одним типом пробы, щелкните номер столбца.

nЧтобы выбрать всю строку, щелкните номер строки.

3.

В правой панели выберите имя из раскрывающегося списка «Имя мишени» для каждого
выбранного флуорофора.

4.

Повторите Шаг 3 для каждой лунки или группы лунок, которым нужно назначить мишень.
Пояснение. Можно назначить такое же или разные имена мишеней для каждого
выбранного флуорофора.

5.

Нажмите ОК, чтобы принять изменения и сохранить плашку.
Примечание Если плашка изменена ошибочно, щелкните Отмена в панели управления
Редактора плашки прежде, чем щелкните ОК, чтобы принять изменения.

Чтобы удалить имя мишени, выполните следующие действияuЧтобы удалить имя мишени из выбранной лунки или группы лунок, снимите ее флажок
Загрузить.
Важно! Удаление имени мишени из лунки также приводит к удалению связанного
флуорофора. Будьте внимательны при удалении названия мишени из лунки.

Руководство пользователя | 153Глава 8 Подготовка плашек

Чтобы добавить имя мишени в список, выполните следующие действияuЧтобы добавить имя мишени в раскрывающийся список, выполните одно из следующих
действий:nВведите имя в раскрывающийся список Имя мишени и нажмите клавишу ввода.
Пояснение. Названия мишеней, добавляемых в один список, появляются во всехостальных списках мишеней.

nНажмите зеленый символ «+» справа от выпадающего списка, введите название длямишени и нажмите клавишу Enter.

nЩелкните Пользовательские настройки на панели управления и добавьте имя вбиблиотеку имен мишеней на вкладке Плашка.

Важно! Названия мишеней, добавляемые в выпадающий список, доступны только длятекущей плашки и только в том случае, если название назначено лунке и схема плашки
сохранена. Если не назначить название лунке и сохранить схему плашки, название несохраняется и будет недоступно для дальнейшего использования. Чтобы навсегда
добавить имя мишени, также добавьте его в библиотеку Имена мишеней через
диалоговое окно Пользовательские настройки. Имена, добавленные в библиотеку,доступны после повторного открытия Редактора плашки. Для получения дополнительной
информации см. раздел Установка параметров плашки по умолчанию на стр. 97.

Порядок удаления названия мишени из списка
1.

Щелкните Пользовательские настройки на панели управления.
Отобразится диалоговое окно Пользовательские настройки со вкладкой Плашка.

2.

В библиотеке Имена мишеней на вкладке Плашка выберите имя для удаления и нажмите
кнопку Удалить.

3.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и выйти из диалогового окна Пользовательские
настройки.
Важно! Названия мишеней, сохраненные в файле плашки, невозможно удалить.
Пользовательские имена, добавленные в раскрывающийся список Имена мишеней,которые не использовались и не были сохранены с плашкой, автоматически удаляются изсписка. Имена, удаленные из библиотеки имен мишеней, безвозвратно удаляются из ПОи больше не доступны пользователям. Будьте внимательны при удалении названий
мишеней.

154 | ПО CFX Maestro Dx SEНазначение необязательных параметров файлу плашки

Назначение имени пробы лункам
Примечание Чтобы назначить имя пробы, необходимо назначить выбранным лункам поменьшей мере один флуорофор. Если выбранным лункам не назначен флуорофор,раскрывающийся список Имена проб будет отключен. Для получения дополнительной
информации о назначении флуорофоров см. разд. Назначение мишени лункам на стр. 152.
Пояснение. Можно назначить только одно имя пробы каждой лунке или группе лунок.

Порядок назначения названия пробы лунке или группе лунок
1.

В Редакторе плашки убедитесь, что лунке или группе лунок назначен флуорофор.

2.

В панели плашки выберите лунку или группу лунок.

3.

В правой панели выберите имя из раскрывающегося списка «Имена мишеней».
Программное обеспечение автоматически устанавливает флажок Загрузить для него.

4.

Повторите Шаг 3 для каждой лунки или группы лунок, которым нужно назначить название
пробы.

5.

Нажмите ОК, чтобы принять изменения и сохранить плашку.
Примечание Если плашка изменена ошибочно, щелкните Отмена в панели управления
Редактора плашки прежде, чем щелкните ОК, чтобы принять изменения.

Чтобы удалить имя пробы, выполните следующие действияuЧтобы удалить имя пробы из выбранной лунки или группы лунок, снимите ее флажок
Загрузить.

Чтобы добавить имя пробы в список, выполните следующие действияuЧтобы добавить имя пробы в раскрывающийся список, выполните одно из следующих
действий:nВведите имя в раскрывающийся список Имена проб и нажмите клавишу ввода.

nЩелкните зеленый символ + справа от раскрывающегося списка и введите имя дляпробы.

Руководство пользователя | 155Глава 8 Подготовка плашек

nЩелкните Пользовательские настройки на панели управления и добавьте имя вбиблиотеку имен проб на вкладке Плашка.

Важно! Названия проб, добавляемые в выпадающий список, доступны только длятекущей плашки и только в том случае, если название назначено лунке и схема плашки
сохранена. Если не назначить название лунке и сохранить схему плашки, название несохраняется и будет недоступно для дальнейшего использования. Чтобы навсегда
добавить имя пробы, также добавьте его в библиотеку Имена проб через диалоговое окноПользовательские настройки. Имена, добавленные в библиотеку, доступны после
повторного открытия Редактора плашки. Для получения дополнительной информации см.
раздел Установка параметров плашки по умолчанию на стр. 97.

Порядок удаления названия пробы из списка
1.

Щелкните Пользовательские настройки на панели управления.
Отобразится диалоговое окно Пользовательские настройки со вкладкой Плашка.

2.

В библиотеке Имена проб на вкладке Плашка выберите имя для удаления и нажмите кнопку
Удалить.

3.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и выйти из диалогового окна Пользовательские
настройки.
Важно! Имена проб, сохраненные с файлом плашки, не подлежат удалению.
Пользовательские имена, добавленные в список Имена проб, которые не использовалисьи не были сохранены с плашкой, автоматически удаляются из раскрывающегося списка.
Имена, удаленные из библиотеки имен проб, удаляются из ПО и больше не доступны
пользователям. Будьте внимательны при удалении названий проб.

Присвоение лункам биологических групп
Примечание Чтобы присвоить выбранным лункам биологическую группу, необходимо
назначить им по меньшей мере один флуорофор. Назначение флуорофора включает в себяраскрывающийся список «Биологические группы». Для получения дополнительной
информации о назначении флуорофоров см. разд. Назначение мишени лункам на стр. 152.
Пояснение. Можно присвоить только одну биологическую группу каждой лунке или группе
лунок.

Присвоение биологической группы лунке или группе лунок
1.

В Редакторе плашки убедитесь, что лунке или группе лунок назначен флуорофор.

2.

В панели плашки выберите лунку или группу лунок.

3.

В правой панели сделайте выбор из раскрывающегося списка «Биологическая группа».

156 | ПО CFX Maestro Dx SEНазначение необязательных параметров файлу плашки

CFX Maestro Dx SE автоматически устанавливает для нее флажок Загрузить.

4.

Повторите Шаг 3 для каждой лунки или группы лунок, которым нужно присвоить
биологическую группу.

5.

Нажмите ОК, чтобы принять изменения и сохранить плашку.
Примечание Если плашка изменена ошибочно, щелкните Отмена в панели управления
Редактора плашки прежде, чем щелкните ОК, чтобы принять изменения.

Чтобы удалить биологическую группуuЧтобы удалить биологическую группу с выбранной лунки или группы лунок, снимите флажок
«Загрузить».

Чтобы добавить биологическую группу в списокuЧтобы добавить биологическую группу в раскрывающийся список, выполните одно изследующих действий:nВведите имя в раскрывающееся поле Биологическая группа и нажмите клавишу ввода.

nЩелкните зеленый символ + справа от раскрывающегося списка и введите имя длябиологической группы.

nЩелкните «Пользовательские настройки» на панели управления и добавьте имя вбиблиотеку имен биологических групп на вкладке «Плашка».

Важно! Имена биологических групп, добавляемые в раскрывающийся список, доступны
только для текущей плашки и только если вы назначите имя лунке и сохраните схему
плашки. Если не назначить название лунке и сохранить схему плашки, название несохраняется и будет недоступно для дальнейшего использования. Чтобы навсегда
добавить имя биологической группы в список, также добавьте его в библиотеку «Имена
биологических групп» через диалоговое окно «Пользовательские настройки». Имена,добавленные в библиотеку, доступны после повторного открытия Редактора плашки. Дляполучения дополнительной информации см. разд. Установка параметров плашки поумолчанию на стр. 97.

Руководство пользователя | 157Глава 8 Подготовка плашек

Порядок удаления названия биологической группы из списка
1.

Щелкните Пользовательские настройки на панели управления.
Отобразится диалоговое окно Пользовательские настройки со вкладкой Плашка.

2.

В библиотеке «Имена биологических групп» на вкладке «Плашка» выберите имя для удаленияи нажмите кнопку «Удалить».

3.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и выйти из диалогового окна Пользовательские
настройки.
Важно! Имена биологических групп, сохраненные с файлом плашки, не подлежат
удалению. Пользовательские имена, добавленные в раскрывающийся список Имена
биологических групп, которые не использовались и не были сохранены с плашкой,автоматически удаляются из списка. Имена, удаленные из библиотеки именбиологических групп, безвозвратно удаляются из ПО и больше не доступны
пользователям. Будьте внимательны, удаляя имена биологических групп.

Просмотреть все биологические группы на плашкеuЩелкните Показать биологические группы для просмотра всех биологических групп наплашке.

Каждая группа обозначается отдельным цветом, и кнопка Показать биологические группы
меняется на кнопку Скрыть биологические группы.
Щелкните Скрыть биологические группы, чтобы убрать цвет лунок. Кроме того, чтобы скрыть
биологические группы, можно нажать на любую лунку на плашке.

Назначение номеров технических повторностей лункам
Важно! Для назначения номеров технических повторностей выбранные лунки должны иметь
одинаковое содержимое. Это значит, что выбранные лунки должны иметь одинаковые типпробы и флуорофор. Им также должны быть назначены одинаковые имена мишеней и проб иони должны относиться к одной биологической группе. Если эти параметры не одинаковы,CFX Maestro Dx SE не включит этот параметр.

158 | ПО CFX Maestro Dx SEНазначение необязательных параметров файлу плашки

Чтобы назначить номера технических повторностей группе лунок, выполните
следующие действия
1.

В Редакторе плашки убедитесь, что содержимое группы лунок одинаковое.

2.

На панели плашки выберите нужную группу лунок.

3.

Чтобы назначить один и тот же номер повторности всем выбранным лункам, в разделе
Повторность № в правой панели введите номер повторности в поле и выберите Загрузить.

4.

(Необязательно) Чтобы применить серию повторностей к набору выбранных лунок:a.

Щелкните «Технические повторности». Раздел Повторность № меняется, отображая
следующие опции:nРазмер повторности — число, представляющее число лунок в каждой группе
повторностей.

nНомер начальной повторности — первый номер в серии повторностей длявыбранной группы повторностей

Примечание По умолчанию CFX Maestro Dx SE отображает номер начальной
повторности больше последнего номера технической повторности, назначенного
плашке. Например, если номер последней технической повторности на плашке — 5,следующий номер начальной повторности — 6. Начальный номер можно заменить
любым еще не назначенным номером.
nb.

Направление загрузки (По горизонтали или По вертикали)Щелкните Применить, чтобы применить параметры к серии и вернуться к отображению
Повторность №.

Руководство пользователя | 159Глава 8 Подготовка плашек

5.

Нажмите ОК, чтобы принять изменения и сохранить плашку.
Примечание Если плашка изменена ошибочно, щелкните Отмена в панели управления
Редактора плашки прежде, чем щелкните ОК, чтобы принять изменения.

Чтобы удалить лунку из серии повторностей, выполните следующие действияuВыберите лунку или группу лунок для удаления и снимите флажок Загрузить повторность №....
Либо щелкните Очистить повторность №..., чтобы удалить номер повторности из выбранной
лунки или группы лунок.

Чтобы просмотреть все технические повторности на плашке, выполните следующие
действияuЩелкните Показать технические повторности для просмотра всех технических повторностейна плашке.
Каждая группа обозначается отдельным цветом, и кнопка Показать технические повторности
меняется на кнопку Скрыть технические повторности.
Щелкните Скрыть технические повторности, чтобы убрать цветовую маркировку лунок. Илиже, чтобы скрыть технические повторности, можно нажать на любую ячейку на плашке.

Назначение серии разведений стандартным типам пробКак было упомянуто ранее, всем лункам с типом пробы Standard (Стандартный) должно
назначаться значение концентрации. Можно назначить серию разведений нескольким лункам стипом пробы Стандарт.
Примечание Чтобы назначить серию разведений группе лунок, лунки должны быть включеныв серию технических повторностей. Для получения дополнительной информации одобавлении лунок в серию повторностей см. разд. Назначение номеров технических
повторностей лункам на стр. 158.

Для назначения серии разведений группе лунок с пробой Стандарт выполните
следующие действия
1.

В Редакторе плашки убедитесь в выполнении следующих требований.
nТип пробы для группы лунок — Стандарт.

nВсем лункам в группе назначен по меньшей мере один флуорофор, и все они содержат
одинаковые флуорофоры.

nВсе лунки в группе входят в одну и ту же серию технических повторностей.

160 | ПО CFX Maestro Dx SEНазначение необязательных параметров файлу плашки

Примечание CFX Maestro Dx SE включает опцию Серия разведений только тогда,когда все выбранные лунки соответствуют этим критериям.
2.

В панели плашки выберите целевую группу лунок.

3.

В разделе Концентрация в правой панели щелкните Серия разведений. Раздел Концентрация
меняется, отображая следующие параметры:nНачальная концентрация — значение концентрации, с которого начинается серия

nРеплики от и до — реплики в серии, к которым будет применен фактор разведения

nФактор разведения — величина изменения концентрации в каждой группе реплик

4.

Задайте значения для параметров или примите значения по умолчанию.

5.

По умолчанию концентрация в серии разведений уменьшается с применением коэффициента
разведения. Нажмите Increasing (Увеличение), чтобы серия разведений следовала сувеличением.

6.

(Необязательно.) По умолчанию коэффициент разведения применяется ко всемфлуорофорам в серии повторностей. Если серия содержит более одного флуорофора, аразведение нужно применить к одному флуорофору, выберите его в выпадающем списке.

7.

Щелкните Применить, чтобы применить серию разведений группе лунок и вернуться впредставление Концентрация.

8.

Нажмите ОК, чтобы принять изменения и сохранить плашку.

Копирование содержимого лунки в другую лунку
Содержимое лунки можно скопировать и вставить в одну лунку или несколько лунок. Учтите, чтоможно скопировать содержимое только одной лунки. Невозможно выбрать несколько лунок ископировать их содержимое.

Порядок копирования содержимого лунки в другую лунку
1.

На панели плашки выберите лунку, которую нужно скопировать.

2.

Щелкните лунку правой клавишей мыши и выберите Копировать лунку.

Руководство пользователя | 161Глава 8 Подготовка плашек

3.

Выберите одну или несколько лунок для вставки содержимого:nЧтобы выбрать одну лунку, щелкните ее.

nЧтобы выбрать несколько соседних лунок, щелкните лунку и проведите мышью, неотпуская клавишу мыши, до целевой лунки.

nЧтобы выбрать несколько не соседних лунок, нажмите клавишу Ctrl и щелкайте каждую
лунку по отдельности.

4.

Когда целевые лунки будут выбраны, щелкните правой клавишей мыши и выберите Вставить
лунку.
CFX Maestro Dx SE вставит содержимое первой лунки в выбранные лунки.

Добавление примечания к лункеК лунке можно добавить примечание с дополнительными сведениями. Можно просмотреть
примечания к лункам на вкладке Данные расчета окна Анализ данных.

Порядок добавления примечания к лунке
1.

На панели плашки выберите одну или несколько лунок, к которым нужно добавить
примечание.

2.

В разделе Вид в нижней панели выберите Примечания к лункам.
В правой панели открывается область Примечание к лунке.

3.

Наберите текст примечания в текстовом поле и нажмите клавишу Enter.
Текст появляется в нижней части выбранных лунок.
Пояснение. Если ранее было создано примечание к лунке, можно выбрать его израскрывающегося списка и применить к выбранным лункам.

Очистка лунок от всего содержимого
Очистить от всего содержимого можно отдельную лунку, группу лунок или всю плашку. Приочистке лунок не удаляются данные флуоресценции, собранные во время чтения плашки.

162 | ПО CFX Maestro Dx SEНазначение необязательных параметров файлу плашки

Важно! При очистке лунки полностью удаляется все содержимое из лунки. Если вы нажметеОК и сохраните плашку после очистки лунки, то не сможете отменить действие очистки.
Будьте осторожны при очистке лунок.

Порядок очистки лунок от всех настроек
1.

2.

В Редакторе плашки выберите лунку или группу лунок в панели плашки:nЧтобы выбрать одну лунку, щелкните ее.

nЧтобы выбрать несколько соседних лунок, щелкните лунку и проведите мышью, неотпуская клавишу мыши, до целевой лунки.

nЧтобы выбрать несколько не соседних лунок, нажмите клавишу Ctrl и щелкайте каждую
лунку по отдельности.

nЧтобы выбрать весь столбец с одним типом пробы, щелкните номер столбца.

nЧтобы выбрать всю строку, щелкните номер строки.

В правой панели щелкните Очистить лунки.
CFX Maestro Dx SE убирает все настройки для выбранных лунок.

3.

Выполните одно из следующих действий.
nЕсли лунки очищены ошибочно, щелкните Отмена в панели управления Редактора
плашки прежде, чем щелкните ОК, чтобы принять изменения.
Важно! При нажатии ОК до нажатия Отмена происходит сохранение изменений истановится невозможной отмена в панели управления Редактора плашки.

nНажмите ОК, чтобы принять изменения и сохранить плашку.

Руководство пользователя | 163Глава 8 Подготовка плашек

Изменение условий эксперимента
Используйте диалоговое окно Настройки эксперимента для просмотра или изменения списка
мишеней, проб или биологических групп или для настройки группы проб для анализа экспрессии
гена, если лункам плашки были назначены биологические группы.
В окне Настройки эксперимента вкладка Мишени отображает список имен мишеней для каждой
реакции ПЦР, например ген-мишень или интересующая последовательность генов.
Вкладка «Пробы и биологические группы» отображает список имен проб и биологических групп,которые указывают источник мишени, например, проба, взятая через 1 час (1 ч) или у конкретного
организма (мышь 1).

Порядок изменения настроек плашки с помощью диалогового окна ExperimentSettings (Условия эксперимента)1.

Чтобы открыть диалоговое окно Настройки эксперимента, выполните одно из следующих
действий.
nВ правой панели в Редакторе плашки щелкните Настройки эксперимента.

nНа вкладке Экспрессия гена в окне Анализ данных щелкните Настройки эксперимента.

Отобразится диалоговое окно Настройки эксперимента с отображением содержимого вкладки
Мишени.

164 | ПО CFX Maestro Dx SEИзменение условий эксперимента

2.

Для добавления нового имени мишени, пробы или биологической группы на соответствующей
вкладке введите имя в текстовом поле Новые и щелкните Добавить.

3.

Чтобы удалить одно или несколько имен мишени, пробы или биологической группы из спискана соответствующей вкладке выберите флажок элемента в столбце Выберите, чтобы удалитьи щелкните Удалить отмеченные
элементы.

4.

CFX Maestro Dx SE исключает тип пробы NTC (контроль без матрицы, б/м) из анализа
экспрессии гена.
Чтобы добавить типы пробы NTC (контроль без матрицы, б/м), снимите флажок для них вразделе Удалите следующие типы проб. Можно выбрать исключение следующих типов проб,установив соответствующий флажок:5.

n

NRT (без ревертазы (обратной транскриптазы))nОтрицательный контроль

n

Positive Control (Положительный контроль);nStandard (Стандартный).

На вкладке Мишени:a.

Чтобы выбрать мишень в качестве референсной для анализа экспрессии гена, выберитеее в столбце Ссылка.

b.

Чтобы скрыть настройки анализа, которые будут применять на вкладка Экспрессия гена вокне Настройки анализа, снимите флажок Показать настройки анализа.
Программа скрывает следующие столбцы:nColor (Цвет);nПоказать график

nAuto Efficiency (Автоэффективность);nЭффективность (%)

c.

Чтобы изменить цвет мишени, которым она отображается на графике Экспрессия гена,щелкните ее ячейку в столбце Цвет, выберите новый цвет в отобразившемся диалоговом
окне Цвет и щелкните ОК.

d.

Чтобы отобразить мишень выбранным цветом на графике Экспрессия гена, выберите еефлажок в столбце Показать график.

e.

По умолчанию CFX Maestro Dx SE автоматически рассчитывает относительную
эффективность для мишени, если ее данные включают стандартную кривую.

Руководство пользователя | 165Глава 8 Подготовка плашек

Чтобы использовать ранее определенной значение эффективности, введите значение вячейку в столбце Эффективность (%) и нажмите клавишу Ввод. CFX Maestro Dx SE уберет
флажок Автоэффективность.
6.

7.

На вкладке Мишени и Биологические группы:a.

Чтобы выбрать пробу или биологическую группу как контрольную пробу для анализа
экспрессии гена, выберите ее имя в столбце Контроль.

b.

Чтобы назначить контроль пробе или биологической группе для прогона, установите егофлажок в столбце Контроль.

c.

Если оно еще не выбрано, щелкните Показать настройки анализа для просмотра илиизменения параметров анализа, которые будут применяться на вкладке Экспрессия гена.
Программное обеспечение скрывает столбцы Цвет и Показать график.

Щелкните ОК, чтобы сохранить параметры в диалоговом окне Настройки эксперимента ивернуться в окно Редактор плашки.

166 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание групп лунок

Создание групп лунок
Группы лунок разделяют одну плашку на подмножества лунок, анализ которых может проводиться
независимо в окне Анализ данных. Если заданы группы лунок, выберите одну из них в окне Анализ
данных, чтобы провести анализ данных отдельно по этой группе. Например задайте группы лунокдля проведения анализа нескольких экспериментов, выполнявшихся на одной плашке, или дляанализа каждой группы лунок с разными стандартными кривыми.
Примечание Группой лунок по умолчанию является Все лунки.

Порядок создания групп лунок
1.

Чтобы открыть Диспетчер групп лунок, выполните одно из следующих действий.
nВ панели управления Редактора плашки щелкните Группы лунок.

nВ окне Анализ данных щелкните Управление группами лунок.

Открывается диалоговое окно Диспетчер групп лунок.

2.

Нажмите Добавить, чтобы создать группу. В раскрывающемся меню отобразится имя группы
Группа 1 для первой группы.

Руководство пользователя | 167Глава 8 Подготовка плашек

3.

Задайте лунки для группы лунок в области просмотра плашки, выбрав группу лунок щелчком
мыши и перетаскиванием курсора. Выбранные лунки будут отображаться синим цветом вДиспетчере.

4.

(Необязательно.) Чтобы переименовать группу, выберите ее название в выпадающем меню ивведите новое название.

5.

(Необязательно) Чтобы удалить группу лунок, выберите ее имя в раскрывающемся списке ищелкните Удалить.

6.

Нажмите ОК, чтобы завершить действия и закрыть окно, или нажмите Отмена, чтобы закрыть
окно без сохранения изменений.

Диалоговое окно Пункты меню, открывающееся при нажатии правой клавиши
мыши, для Диспетчера групп лунокВ Табл. 10 перечислены пункты контекстного меню, доступные в диалоговом окне «Диспетчер
групп лунок» при щелчке правой кнопкой мыши любой лунки.
Табл. 10. Щелкните правой кнопкой мыши пункты меню в диалоговом окне «Диспетчер групп лунок редактора плашки».

ПунктФункция

Copy (Копировать)Копирование содержимого лунок, которое затем можно
вставить в другую лунку или лунки.

Copy as Image (Копировать

Копирование селектора лунок в виде изображения.

как изображение)Print (Печать)Печать представления селектора лунок.

Print Selection (Печать

Печать только выделенных ячеек.

выделенного фрагмента)Export to Excel (Экспорт вЭкспортирует данные в электронную таблицу Excel.

Excel)
Export to CSV (Экспорт в CSV)Экспортирует данные в виде документа сразделителями-запятыми.

Export to Xml (Экспорт в XML)Экспортирует данные в виде документа XML.

Export to Html (Экспорт вЭкспортирует данные в виде документа HTML.

HTML)

168 | ПО CFX Maestro Dx SEИзменение стилей линий

Изменение стилей линийПри настройке плашки, а также во время выполнения прогона можно поменять цвет и стиль
отображения кривых амплификации. Это может упростить просмотр кривых в окне состояния врежиме реального времени по мере сбора данных.

Порядок изменения стилей линий
1.

Щелкните Стили кривой графика в панели управления Редактора плашки.
Откроется диалоговое окно Стили кривой графика для открытой плашки, например:2.

Для отображения стилей кривой графика по определенному флуорофору, выберите его израскрывающегося списка Флуорофоры.

3.

Чтобы изменить отображение кривой графика, выполните следующие действия
a.

Выберите тип кривой графика из раскрывающегося списка Лунки.

b.

Щелкните его цвет в столбце Цвет.

c.

Выберите новый цвет для кривой графика в отобразившемся диалоговом окне Цвет ищелкните ОК.
CFX Maestro Dx SEотображает изменение цвета для типа лунки в сетке.

d.

(Необязательно) Выберите символ для кривой графика из раскрывающегося списка
Символ.

Руководство пользователя | 169Глава 8 Подготовка плашек

4.

Чтобы быстро изменить набор цветов, сделайте соответствующий выбор в разделе Быстрый
набор цветов.

5.

Чтобы просмотреть метки лунок в сетке, выберите тип метки в разделе Метки лунок.

6.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения, или Отмена, чтобы отменить их.

170 | ПО CFX Maestro Dx SEПросмотр, экспорт и импорт плашки в формате электронной таблицы

Просмотр, экспорт и импорт плашки в формате
электронной таблицы
Просмотр таблицы плашки/Инструмент импорта отображает содержимое плашки в формате
таблицы. Инструмент просмотра позволяет просматривать, импортировать и экспортировать
данные о лунках, как описано ниже.

Использование программы просмотра электронных таблиц для экспорта иимпорта данных о плашкеИз программы просмотра таблиц имя мишени, имя пробы, имя биологической группы ипримечания к лункам можно экспортировать в виде шаблона в формате с разделителями
табуляцией в стороннее приложение (например, Microsoft Excel). Эти данные также можно
импортировать из приложения с табуляцией в данные выбранной плашки из файла данных
эксперимента.

Чтобы использовать Просмотр/Импорт таблицы, выполните следующие действия:1.

Создайте и сохраните файл плашки (см. Создание файла плашки с использованием
Редактора плашки).

2.

В панели управления Редактора плашки щелкните «Просмотр/Импорт таблицы», чтобы
открыть диалоговое окно «Просмотр таблицы плашки».

Руководство пользователя | 171Глава 8 Подготовка плашек

3.

(Необязательно) Щелкните поля «Показать название биологического набора» и «Показать
примечание к лунке», чтобы отобразить эти столбцы в виде электронной таблицы и вэкспортированном файле.

4.

Нажмите кнопку «Экспорт шаблона», чтобы создать пустой шаблон в файле Excel (в формате
.csv). Экспортированный файл будет иметь такую же структуру, что и файл вашей плашки.
Пояснение. Используйте имя файла плашки при сохранении файлов плашки, чтобы
легко найти нужный файл.

5.

Заполните ячейки файла Excel данными о содержимом лунки.
Примечание Содержимое редактируется только в ячейках, расположенных в столбцах,обозначенных звездочкой (*) около имени (*Имя мишени, *Имя пробы, *Имябиологической группы, *Примечание к лунке).
Примечание Добавлять значения в столбцы стандартной кривой и количества вэкспортированном файле Excel невозможно. Чтобы изменить эти данные, вернитесь вредактор плашки и выберите Настройки > Единицы измерения в строке меню. После
завершения прогона плашки данные по этим стандартам отображаются на графике
стандартной кривой вкладки Расчет в окне Анализ данных с выбранными единицами
измерения.

6.

Импортируйте заполненный файл Excel обратно в редактор плашки, нажав кнопку Импорт.
Импортированные данные о плашке появятся в окне просмотра электронной таблицы плашки.
Важно! Если у вас несколько флуорофоров, вам нужно будет повторить шаги 3-5 длякаждого флуорофора, используя раскрывающееся меню Список флуорофоров в окнепросмотра электронной таблицы плашки.

7.

Щелкните кнопку «ОК». Новые данные о плашке теперь отображаются в окне редактора
плашки.

Пояснение. Чтобы просмотреть элементы меню, доступные в инструменте
«Просмотр/Импорт таблицы», щелкните правой кнопкой мыши по любой лунке прибора илилюбому из заголовков таблицы в окне просмотра электронной таблицы плашки.

172 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание схемы плашки с помощью Мастера установки плашки

Создание схемы плашки с помощью Мастера установки
плашки
Можно использовать Мастер установки, чтобы ввести информацию о структуре плашки,необходимую для анализа нормализованной экспрессии гена, в том числе следующую
информацию.
nИмена мишеней

nИмена пробnРасположение мишеней и пробы на плашке

nРеференсные геныnКонтрольная проба

Мастер установки можно использовать до, во время или после прогона.

Использование Мастера установки плашкиВ этом разделе объясняется, как создать схему плашки, используя Мастер установки. Дляудобства просмотра содержимого каждой лунки на плашке щелкните Увеличить плашку в верхней
части Мастера установки.
Важно! Возвращение на вкладку Автосхема при нахождении на любой другой вкладке вМастере установки сбрасывает схему плашки. Будьте осторожны при выборе данной вкладки.
Пояснение. Можно сбросить схему, выбрав Сервис > Очистить плашку в Мастере установки.

Чтобы использовать Мастер установки, выполните следующие действия
1.

Откройте Редактор плашки.

2.

Чтобы открыть мастер установки, выполните одно из следующих действий:nВыберите Редактирование > Мастер установки.

nЩелкните Мастер установки в панели управления Редактора плашки.

Откроется Мастер установки с отображением вкладки Автосхема.

Руководство пользователя | 173Глава 8 Подготовка плашек

3.

На вкладке Автосхема выполните следующие действия.
a.

Щелкните лунку на сетке и проведите по горизонтали и вертикали, чтобы указать областьна плашке, в которую планируете загрузить пробу.

b.

Введите количество загружаемых мишеней и проб.
Пояснение. Количество мишеней и проб должно соответствовать количеству
выбранных ячеек. Если введенное количество не вписывается в выбранную область,измените это количество или выделенную область плашки. Можно указать
ориентацию элементов на плашке и их группировку.

c.

(Необязательно) Измените ориентацию плашки. Например, можно задать мишени встолбцах и пробы в рядах или группировать по пробам.

d.

Щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Имена мишеней.

Примечание Если для плашки нет постоянного шаблона, используйте вкладку Имена
мишеней, чтобы вручную разместить мишени, или вкладку Имена проб, чтобы вручную
разместить пробы на плашке. Щелкните и перетащите курсор для выбора нескольких
лунок.
4.

На вкладке Имена мишеней определите имена мишеней для групп мишеней.
a.

Выполните одно из следующих действий.
nЧтобы переименовать мишени по группам, установите для параметра Выбрать позначению Мишень.

174 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание схемы плашки с помощью Мастера установки плашки

nb.

Чтобы переименовать мишени по лункам, установите для параметра Выбрать позначению Лунка.

Выберите целевую группу или лунку на сетке и введите имя в раскрывающемся спискеИмя мишени.
Пояснение. Нажмите Tab, чтобы выбрать следующую группу или лунку справа илиВвод, чтобы выбрать следующую группу или лунку снизу. Как вариант, на вкладкахИмя мишени и Имя пробы удерживайте клавишу Ctrl и щелкайте лунки, чтобы
выбрать несколько не находящихся рядом лунок.

c.

Щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Имена проб.

5.

На вкладке Имена проб определите имена проб для групп проб.

6.

Щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Референсной мишени

7.

Во вкладке Референсные мишени выберите одну или несколько мишеней, чтобы
использовать их в качестве референсных для нормализованной экспрессии гена, и щелкните
Далее, чтобы перейти на вкладку Контрольная проба.

8.

Во вкладке Контрольная проба выберите одну пробу, которую следует использовать вкачестве контроля для расчетов относительной экспрессии гена.

9.

Щелкните ОК, чтобы сохранить структуру плашки и вернуться в Редактор плашки, в котором
можно далее определить параметры плашки. Дополнительную информацию см. в разделе
Назначение необязательных параметров файлу плашки на стр. 152.
Как вариант, щелкните Предыдущая, чтобы вернуться на предыдущую вкладку для внесения
изменений.
Примечание Возврат ко вкладке Автосхема автоматически сбрасывает плашку. Будьте
осторожны при нажатии Предыдущая.

Руководство пользователя | 175Глава 8 Подготовка плашек

176 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 9 Проведение экспериментовВ этой главе объясняется, как проводить пользовательские (определяемые пользователем)эксперименты или эксперименты с тестами PrimePCR с использованием ПО CFX Maestro Dx,
Security Edition.
Файл данных прогона содержит протокол и информацию о плашке для прогона. Файл также
содержит данные из анализов, которые CFX Maestro Dx SE выполняет после завершения прогона.
CFX Maestro Dx SE позволяет легко настроить и выполнить определяемые пользователем
эксперименты или эксперименты PrimePCR. Окно Создать прогон направляет по основным этапам
настройки эксперимента, приводя к диалоговому окну Начать прогон, из которого запускается
прогон.

Руководство пользователя | 177Глава 9 Проведение экспериментов

Окно Создать прогон
Окно Создать прогон обеспечивает быстрый доступ к файлам и настройкам, необходимым длясоздания и запуска эксперимента. Когда пользователь выбирает проведение эксперимента,определяемого пользователем, открывается окно Создать прогон с отображением вкладки
Протокол. Когда пользователь выбирает проведение эксперимента PrimePCR, открывается окноСоздать прогон с отображением вкладки Начать прогон.
Пояснение. Сведения о PrimePCR см. в разд. Проведение экспериментов PrimePCR на стр.
196; сведения о вкладке Start Run (Начать прогон) см. в разд. Вкладка Начать прогон на стр.
186.

178 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Создать прогон

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Вкладки направляют пользователя в процессе настройки и проведения
эксперимента.
n Вкладка Протокол — выберите, чтобы выбрать существующий протокол длязапуска или редактирования, или чтобы создать новый протокол в окнеРедактор протокола.
n Вкладка Плашка — выберите, чтобы выбрать существующую плашку длязапуска или редактирования, или чтобы создать новую плашку в Редакторе
плашки.
n Вкладка Начать прогон — просмотр настроек эксперимента, выбор одногоили нескольких блоков приборов и запуск прогона.

2.

В главном окне отображаются варианты для каждой выбираемой вкладки.

3.

Кнопки навигации приводят на вкладку Начать прогон.

Доступ к окну Создать прогонДля доступа к окну Создать прогонuВыполните одно из следующих действий.
nНа вкладке Создать прогон в Мастере запуска щелкните либо Определяет пользователь,либо PrimePCR.

nВ начальном окне щелкните либо Настройка прогона, определяемого пользователем,либо Настройка прогона PrimePCR.

nВ начальном окне выберите либо Прогон > Прогон, определяемый пользователем илиПрогон > прогон PrimePCR.

Руководство пользователя | 179Глава 9 Проведение экспериментов

Вкладка ПротоколНа вкладке Протокол отображается предварительный просмотр файла протокола, который
планируется выполнить. Файл протокола содержит инструкции по температурным шагам прибора,а также параметры, управляющие температурой крышки прибора, объемом пробы и скоростью
нагрева/охлаждения.

По умолчанию, программное обеспечение отображает протокол, определенный в разделе Выбор
файла для создания прогона на вкладке Файлы в диалоговом окне Пользователь >Пользовательские настройки. Можно изменить протокол по умолчанию в диалоговом окнеПользовательские настройки. Для получения дополнительной информации см. разд. Изменение
настроек файла по умолчанию на стр. 94.
На вкладке «Протокол» можно выполнить следующие действия:nСоздание нового протокола для прогона

nВыбор существующего протокола для выполнения или редактирования

Дополнительную информацию о создании и изменении протоколов см. в Глава 7, Создание
протоколов.

180 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Протокол

Чтобы создать новый протокол, выполните следующие действия
1.

На вкладке Протокол щелкните Создать.
Открывается Редактор протокола.

2.

Используйте Редактор протокола для создания нового протокола.

3.

Щелкните ОК, чтобы сохранить протокол и вернуться на вкладку Протокол в окне Создать
прогон.

4.

Просмотрите сведения о протоколе и выполните одно из следующих действий:nЕсли сведения корректные, щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Плашка.

nЕсли сведения некорректные, щелкните Редактировать выбранные, чтобы вернуться вокно Редактор протокола. Пересмотрите протокол, сохраните изменения и затем
щелкните Далее на вкладке Протокол, чтобы перейти на вкладку Плашка.

Порядок выбора существующего протокола
1.

На вкладке Протокол выполните одно из следующих действий.
nЩелкните Выбрать существующий и найдите существующий протокол.

nЩелкните Быстрая загрузка и выберите протокол из раскрывающегося списка
протоколов.
Пояснение. Можно добавлять протоколы или удалять их из раскрывающегося списка
Быстрая загрузка. Дополнительную информацию см. в следующем разделе
Добавление и удаление протоколов экспресс-загрузки.

2.

Просмотрите сведения о протоколе и выполните одно из следующих действий:nЕсли сведения корректные, щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Плашка.

nЕсли сведения некорректные, щелкните Редактировать выбранные, чтобы открыть
Редактор протокола. Пересмотрите протокол, сохраните изменения и затем щелкните
Далее на вкладке Протокол, чтобы перейти на вкладку Плашка.

Добавление и удаление протоколов экспресс-загрузки
Можно изменить содержимое раскрывающегося списка Быстрая загрузка, который отображается вРедакторе протокола. Протоколы в этом списке сохраняются в следующую папку:c:\Users\Public\Public Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\Руководство пользователя | 181Глава 9 Проведение экспериментов

Чтобы изменить список протоколов экспресс-загрузки, выполните следующие
действия
1.

Найдите и откройте папку ExpressLoad.

2.

Просмотрите файлы протокола (.pcrl) в этой папке.

3.

Выполните одно из следующих действий:nУдалите протоколы из папки, чтобы удалить их из раскрывающегося списка.

nСкопируйте протоколы в папку, чтобы добавить их в раскрывающийся список.

182 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Плашка

Вкладка Плашка
Примечание Если протокол, выбранный на вкладке Протокол, не содержит шаг чтения
плашки для анализа ПЦР в реальном времени, тогда вкладка Плашка скрыта. Чтобы
просмотреть вкладку Плашка, добавьте по меньшей мере одно чтение плашки в протокол.
На вкладке Плашка отображается предварительный просмотр файла плашки, которую
планируется загрузить. При выполнении ПЦР в реальном времени файл плашки содержит
описание содержимого каждой лунки, включая ее флуорофоры, режим сканирования и типплашки. CFX Maestro Dx SE использует эти описания для сбора и анализа данных.

По умолчанию, программное обеспечение отображает плашку, определенную в разделе Выбор
файла для создания прогона на вкладке Файлы в диалоговом окне Пользователь >Пользовательские настройки. Можно изменить плашку по умолчанию в диалоговом окнеПользовательские настройки. Для получения дополнительной информации см. разд. Изменение
настроек файла по умолчанию на стр. 94.
На вкладке «Плашка» можно выполнить следующие действия:nСоздание новой плашки для загрузки

nВыбор существующей плашки для загрузки или редактирования

Руководство пользователя | 183Глава 9 Проведение экспериментов

Дополнительную информацию о создании и редактировании плашек см. в Глава 8, Подготовка
плашек.

Чтобы создать новую плашку, выполните следующие действия
1.

На вкладке Плашка щелкните Создать.
Открывается Редактор плашки.

2.

Используйте Редактор плашки для создания новой плашки.

3.

Щелкните ОК, чтобы сохранить плашку и вернуться на вкладку Плашка в окне Создать прогон.

4.

Просмотрите сведения о плашке и выполните одно из следующих действий:nЕсли сведения корректные, щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Начать прогон.

nЕсли сведения некорректные, щелкните Редактировать выбранные, чтобы вернуться вРедактор плашки. Пересмотрите файл плашки, сохраните изменения и затем щелкните
Далее на вкладке Плашка, чтобы перейти на вкладку Начать прогон.

Порядок выбора существующего файла плашки
1.

На вкладке Плашка выполните одно из следующих действий.
nЩелкните Выбрать существующий и найдите существующий файл плашки.

nЩелкните Быстрая загрузка и выберите файл плашки из раскрывающегося списка.
Пояснение. Можно добавлять плашки или удалять их из раскрывающегося списка
Быстрая загрузка. Для получения дополнительной информации см. раздел
Добавление и удаление файлов плашки экспресс-загрузки.

2.

Просмотрите сведения о плашке и выполните одно из следующих действий:nЕсли сведения корректные, щелкните Далее, чтобы перейти на вкладку Начать прогон.

nЕсли сведения некорректные, щелкните Редактировать выбранные, чтобы открыть окноРедактор плашки. Пересмотрите файл плашки, сохраните изменения и затем щелкните
Далее, чтобы перейти на вкладку Начать прогон.

Добавление и удаление файлов плашки экспресс-загрузки
Можно изменить содержимое раскрывающегося списка Быстрая загрузка, который отображается вРедакторе плашки. Плашки, которые отображаются в этом списке, сохраняются в следующую
папку:
c:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx\Users\<user_name>\ExpressLoad\

184 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Плашка

Чтобы изменить список файлов плашки экспресс-загрузки, выполните следующие
действия
1.

Найдите и откройте папку ExpressLoad.

2.

Просмотрите файлы плашки (.pltd) в этой папке.

3.

Выполните одно из следующих действий.
nУдалите файлы плашки из папки, чтобы удалить их из раскрывающегося списка.

nСкопируйте файлы плашки в папку, чтобы добавить их в раскрывающийся список.

Руководство пользователя | 185Глава 9 Проведение экспериментов

Вкладка Начать прогон
Вкладка Начать прогон отображает информацию об эксперименте, который будет проведен. Наней также отображаются подключенный блок или блоки прибора, на которых можно выполнить
эксперимент.

На вкладке Начать прогон можно выполнять следующие действия.
nПросматривать подробную информацию о прогоне, включая выбранный файл протокола,файл плашки и режим сканирования.

nДобавлять примечания относительно прогона.

nПросматривать сведения обо всех подключенных приборах, включая их состояние прогона
(работает или бездействует), объем пробы в мкл, температуру крышки, режим эмуляции иидентификатор или штрихкод, если он доступен.
Примечание Можно изменить столбцы, которые отображаются в таблице Начать прогонна выбранных блоках. Дополнительные сведения см. в разд. Изменение сведений втаблице Выбранные блоки на стр. 187.

nВыбирать блок или блоки, на которых выполнять прогон.

186 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Начать прогон

nУдаленным образом открывать или закрывать крышку каждого выбранного прибора.

nНачинать прогон.

Изменение сведений в таблице Выбранные блоки
Можно изменить столбцы, которые отображаются в таблице Начать прогон на выбранном(-ых)блоке(-ах). Кроме того, в таблице можно изменять используемые по умолчанию значения объема
пробы и температуры крышки. Изменения настроек применяются к подготавливаемому прогону.

Чтобы добавить столбцы в таблицу Начать прогон на выбранных блоках, выполните
следующие действияuЩелкните таблицу правой клавишей мыши и выберите параметр в открывшемся меню.

Ч т обы уда лит ь с т олбцы из т а блицы Н а ча т ь прогон на выбра нных блока х, выполнит ес ле дующие де йс т вияuЩелкните таблицу правой клавишей мыши и удалите параметр в открывшемся меню.

Чтобы редактировать значения объема пробы или температуры крышки для блока,выполните следующие действияuВыберите ячейку объема пробы или температуры крышки для целевого блока и введите вячейку новое значение.

Чтобы добавить идентификатор прогона или штрихкод к блокуuВыберите ячейку Идентификатор/Штрихкод для целевого блока и введите идентификатор илиотсканируйте блок считывателем штрихкода.

Проведение эксперимента
Важно! Прежде чем проводить эксперимент, убедитесь, что антивирусное программное
обеспечение вашего компьютера не начнет сканирование во время прогона. См. разд.
Установка программного обеспечения CFX Maestro Dx SE на стр. 36, за дополнительной
информацией обратитесь к системному администратору. .

Чтобы провести эксперимент, выполните следующие действия
1.

На вкладке Начать прогон проверьте сведения о плашке и протоколе в разделе Информация опрогоне.

2.

(Необязательно.) Добавьте примечания о прогоне или эксперименте в текстовом поле Notes(Примечания).

3.

Установите флажок для одного или нескольких блоков, на которых выполнять прогон.

Руководство пользователя | 187Глава 9 Проведение экспериментов

Пояснение. Чтобы провести эксперимент на всех блоках, установите флажок Выбратьвсе блоки, расположенный под таблицей Выбранные блоки.
4.

(Необязательно) Щелкните Зажечь индикатор блока, чтобы зажечь светодиодный индикатор навыбранных блоках приборов.

5.

Вставьте плашки для эксперимента в блок:a.

Щелкните Открыть крышку. Механизированные крышки всех выбранных блоков
откроются.

b.

Вставьте экспериментальную плашку в каждый из выбранных блоков.

c.

Нажмите Закрыть крышку.

Пояснение. В Сист. CFX Opus Dx нажмите «Открыть крышку» или «Закрыть крышку» наглавном экране.
6.

Нажмите Открыть крышку или Закрыть крышку, чтобы открыть и закрыть механизированную
крышку выбранных блоков приборов.

7.

Просмотрите сведения о прогоне и выполните одно из следующих действий.
nЕсли сведения корректные, щелкните Начать прогон.

nЕсли сведения некорректные:oисправьте сведения в таблице Выбранные блоки и щелкните Начать прогон;oВернитесь на вкладку корректировки и внесите соответствующие изменения, затем
щелкните Далее, чтобы вернуться на вкладку Начать прогон и начать прогон.

Чтобы начать новый прогон из предыдущего прогона, выполните следующие
действияuВыполните одно из следующих действий.
nВыберите Файл > Повторить прогон в основной строке меню программы; найдите идважды щелкните файл данных прогона, который требуется повторить.

nВыберите вкладку Повторить прогон в Мастере запуска и дважды щелкните файл данных
прогона, который требуется повторить.
Как вариант, на вкладке Повторить прогон можно щелкнуть Обзор; найдите и дважды
щелкните файл данных прогона, который требуется повторить.

188 | ПО CFX Maestro Dx SEДиалоговое окно Детали прогона

Диалоговое окно Детали прогона
Когда пользователь щелкает «Начать прогон», CFX Maestro Dx SE предлагает сохранить файлданных (.pcrd), начинает прогон и открывает диалоговое окно «Детали прогона». Диалоговое окно«Детали прогона» содержит три вкладки состояния:nСостояние прогона — используйте эту вкладку, чтобы просмотреть текущее состояние
протокола, открыть или закрыть крышку, приостановить прогон, добавить повторения,пропустить шаги или остановить прогон.

nСостояние в реальном времени — используйте эту вкладку, чтобы просматривать данные
флуоресценции ПЦР в реальном времени по мере их сбора.

nВремя — используйте эту вкладку, чтобы увидеть полноэкранный таймер с обратным
отсчетом времени выполнения протокола.

Эти вкладки подробно объясняются в последующих разделах.

Вкладка Run Status (Статус прогона)Вкладка Состояние прогона отображает текущее состояние выполняемого прогона. В этомпредставлении также можно управлять крышкой и изменять выполняемый прогон.

Руководство пользователя | 189Глава 9 Проведение экспериментов

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Панель Состояние прогона — отображает текущий этап выполнения
протокола.

2.

Элементы управления Состояние прогона— позволяют пользователю
управлять прибором или прерывать текущий протокол.

3.

Панель Информация о прогоне — отображает сведения о прогоне.

Опции Состояние прогона
Используйте опции на вкладке Состояние прогона для управления прибором из программного
обеспечения или для изменения выполняемого прогона.
Примечание Внесение изменений в протокол по время прогона, например, добавление
повторений, не меняет файл протокола, связанный с прогоном. Эти действия записываются вЖурнал прогона.

— открытие механизированной крышки на выбранных приборах.
Важно! Открытие крышки во время прогона приостанавливает прогон на текущем этапе иможет изменить данные. Опции Состояние прогона на стр. 190.

— закрывает механизированную крышку на выбранных приборах.

— добавляет повторения к текущему шагу перехода протокола. Эта опция активна только вовремя выполнения шага перехода.
Примечание Во время выполнения протокола можно добавить дополнительные повторыв цикле перехода. Однако CFX Maestro Dx SE распознает самое последнее изменение
количества повторов. Например, если вы добавите 10 дополнительных повторов в цикле
перехода, программа изменит общее количество на n + 10. Если вы затем добавите ещепять (5) повторов в том же цикле, CFX Maestro изменит общее количество повторов на n +5. Первое изменение (10 повторов) будет проигнорировано. Чтобы убедиться, чтопрограмма выполняет заданное количество повторов, введите общее количество (вданном случае 15 повторов).

— пропускает текущий шаг в протоколе.

190 | ПО CFX Maestro Dx SEДиалоговое окно Детали прогона

Примечание Если вы инициируете пропуск во время шага перехода, система переходит кследующему циклу в петле перехода. Если на момент пропуска выполнялся последний
цикл шага перехода, система переходит к следующему шагу.

— включает светодиод на выбранном приборе для определения выбранных блоков.

— приостанавливает протокол.
Примечание Это действие записывается в Журнал прогона.

— возобновляет приостановленный протокол.

— останавливает прогон до завершения протокола.
Примечание Остановка прогона до завершения протокола может оказать влияние наданные.

Открытие крышки прибора во время прогона ПЦРЕсли крышка любого прибора открыта во время выполнения ПЦР, в CFX Maestro Dx SEотобразится следующее диалоговое окно:Пока появляется диалоговое окно, приборы продолжают выполнять протокол. Кнопка «OK»
приостанавливает выполнение, крышка прибора разблокируется и открывается. Кнопка «Отмена»закрывает диалоговое окно и возобновляет выполнение прогона.

Руководство пользователя | 191Глава 9 Проведение экспериментов

Вкладка Состояние в реальном времениНа вкладке Состояние в реальном времени отображаются данные ПЦР в реальном времени,собранные на каждом цикле во время прогона после двух первых чтений плашки.

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Панель кривой графика амплификации — отображает данные амплификациив реальном времени во время прогона.

2.

Идентификатор группы лунок — если при настройке плашки заданы группы
лунок, пользователи могут выбрать конкретную группу лунок для просмотра ихлиний, лунок и табличной информации.
Идентификатор номера этапа — если в протоколе собраны данные более чемс одного этапа (например, во время амплификации и кривой плавления),пользователи могут выбрать конкретный этап и просмотреть линии,полученные на этом этапе.

3.

Панель селектора лунок — отображаются активные, неактивные и пустые
лунки в плашке.

4.

Панель таблицы настройки плашки — отображается настройка плашки втабличном формате.

192 | ПО CFX Maestro Dx SEДиалоговое окно Детали прогона

5.

Панель сведений о прогоне — отображает состояние прогона в реальном
времени, включая:n текущий шаг;n текущий повтор;n текущую температуру;n оставшееся время;n температуру пробы;n Температура крышки

6.

Схема плашки — открывает диалоговое окно Схема плашки, в котором
пользователи могут изменить текущую схему плашки во время прогона.

На вкладке «Состояние в реальном времени» можно выполнить следующие действия:nПоказать или скрыть кривые графиков в реальном времени, выбрав их на панели селектора
лунок или в таблице схемы плашки

nПросмотреть отдельные кривые или группы кривых графика, выбрав их в раскрывающемся
списке групп лунок

nРедактировать плашку или заменить файл плашки

nПрименить файл PrimePCR к прогону.

Показ или скрытие линий в режиме реального времениПо умолчанию все заполненные лунки активны и отображаются в таблице настройки плашки.
Активные лунки обозначаются на панели селектора лунок синим цветом. Скрытые лунки
отображаются светло-серым цветом, неиспользуемые лунки отображаются темно-серым цветом впанели селектора лунок.
Вы можете скрыть линии активных лунок во время прогона. CFX Maestro Dx SE продолжит сборданных по всем лункам; если скрыть лунки, их данные не будут отображаться в таблице настройки
плашки.

Чтобы скрыть кривые графиков в реальном времени, выполните следующие
действияuВ панели селектора лунок щелкните активные (синие) лунки, которые требуется скрыть.

Чтобы отобразить кривые графиков в реальном времени, выполните следующие
действияuВ панели селектора лунок щелкните скрытые (светло-серые) лунки, которые требуется
отобразить.

Руководство пользователя | 193Глава 9 Проведение экспериментов

Подробнее о селекторе лунок см. в разделе Селектор лунок на стр. 217.

Редактирование настройки плашки
Чтобы редактировать схему плашки, выполните следующие действияuЩелкните Схема плашки, затем выберите Просмотр/редактирование плашки.
Откроется окно Редактор плашки, в котором можно редактировать файл, пока выполняется
прогон. Подробнее о редактировании настроек плашек см. в Глава 8, Подготовка плашек.
Примечание Также можно редактировать стили кривой графика из окна Редактор
плашки. Изменения отображаются на кривой графика амплификации на вкладке
Состояние в реальном времени.

Замена файла плашки
Пояснение. Замена файла плашки особенно полезна, если прогон начат с использованием
файла заготовки плашки (Quick Plate) из папки ExpressLoad.

Чтобы заменить файл плашки, выполните следующие действияuЩелкните Схема плашки, затем выберите один из следующих вариантов.
nЗаменить файл плашки — выберите новый файл плашки из списка в окне проводника.

nПрименить файл PrimePCR — найдите файл прогона, из которого нужно получить схему
плашки, с помощью «умного поиска» или нажав кнопку Обзор и указав загруженный с вебсайта Bio-Rad файл, который не находится в папке PrimePCR.

Примечание CFX Maestro Dx SE проверяет режим сканирования и размер плашки дляфайла плашки. Они должны соответствовать настройкам прогона, с которыми запущен
прогон.

194 | ПО CFX Maestro Dx SEДиалоговое окно Детали прогона

Вкладка ВремяНа вкладке Время отображается время, оставшееся до завершения текущего прогона.

Руководство пользователя | 195Глава 9 Проведение экспериментов

Проведение экспериментов PrimePCRЭксперименты PrimePCR используют проверенные компанией Bio-Rad на практике тесты дляконкретной реакции или заболевания с оптимально подобранными параметрами. Тесты
предоставляются в следующих видах:nПанели с готовой плашкой — плашки, которые содержат тесты для выявления конкретной
биологической реакции или заболевания; они включают в себя контрольные пробы иреференсные гены PrimePCR.

nПлашки пользовательской конфигурации — плашки, которые могут быть подобраны поуказанной пользователем схеме с возможностью выбора анализов на интересующие мишени,контроля и ссылок.

nОтдельные анализы — пробирки со специальным набором праймеров для реакций вреальном времени.

Чтобы уменьшить общее время прогона, можно удалить шаг плавления из протокола. Bio-Radнастоятельно рекомендует не вносить других модификаций в протокол прогона PrimePCR.
Протокол по умолчанию — это протокол, который использовался для валидации анализа. Любые
отклонения от него могут влиять на результаты. Изменения в протоколе отмечаются на вкладке
Информация о прогоне полученного файла данных и во всех создаваемых отчетах.

Для запуска прогона PrimePCR выполните следующие действия.
uЧтобы запустить прогон PrimePCR, выполните одно из следующих действий.
nВ Мастере запуска выберите PrimePCR на вкладке «Создать прогон», затем выберите
соответствующее вещество (SYBR® или Probe).

nВыберите прогон PrimePCR из списка Последние прогоны на вкладке Повторить прогон
Мастера запуска.

nВ начальном окне выберите Файл > Открыть > Файл прогона PrimePCR.

nПеретащите файл прогона PrimePCR в начальное окно.

После выбора прогона PrimePCR открывается окно Создать прогон с открытой вкладкой Начать
прогон со схемой плашки PrimePCR по умолчанию, загруженной на основании выбранного
прибора.

Чтобы удалить шаг плавления из протокола, выполните следующие действияuНа вкладке Протокол снимите флажок рядом с Добавить шаг плавления.

196 | ПО CFX Maestro Dx SEПроведение экспериментов PrimePCRЧтобы импортировать информацию о мишени для плашек PrimePCR в схему плашки,выполните следующие действия
1.

Выполните одно из следующих действий.
nНа вкладке Состояние в реальном времени в диалоговом окне Детали прогона выберите
Схема плашки > Применить файл PrimePCR.

nВ окне Анализ данных выберите Схема плашки > Применить файл PrimePCR.

2.

В диалоговом окне файла прогона PrimePCR щелкните Обзор, чтобы найти соответствующий
файл PrimePCR (.csv).

3.

Выберите целевой файл PrimePCR и щелкните Открыть.

Сист. CFX Opus Dx импортирует информацию о мишени в структуру плашки.

Руководство пользователя | 197Глава 9 Проведение экспериментов

Передача данных автономного прогона для анализа
Важно! Когда вы переносите файлы данных из Сист. CFX Opus Dx в CFX Maestro Dx SE,переносятся все файлы, сохраненные в системе. Убедитесь в наличии достаточного
дискового пространства для безопасного переноса.
По завершении прогона CFX Maestro Dx SE анализирует данные флуоресценции. Если прогон
выполнен в автономном режиме и сохранен на саму Сист. CFX Opus Dx, данные требуется
передать на компьютер CFX Maestro Dx SE для анализа.
Сист. CFX Opus Dx может хранить до 100 прогонов ПЦР в реальном времени. После завершения
прогона можно передать автономные файлы данных на компьютер CFX Maestro Dx SE поэлектронной почте, через USB-накопитель или через саму программу.
В этом разделе объясняется, как передавать автономные файлы данных на компьютер CFX
Maestro Dx SE.

Передача данных по электронной почте
Порядок пересылки файла данных по электронной почте после прогона
1.

Настройте уведомления по электронной почте для прибора.
См. разд. Настройка уведомления по электронной почте на стр. 89 или руководство поэксплуатации Сист. ПЦР в реальном времени CFX Opus Dx .

2.

При настройке уведомлений по электронной почте убедитесь, что установлен флажок
Прикрепить файл данных.
Данные прогона отправляются по электронной почте в виде файла в формате .pcrd.

Передача данных из Сист. ПЦР в реальном времени CFX Opus
DxИспользуя функцию «Проводник» в Сист. CFX Opus Dx, можно переместить файлы данных наподсоединенный USB-накопитель или в общую сетевую папку. Вы также можете перенести CFX
Maestro Dx SE файл. протокола с USB-накопителя или общего сетевого диска в свою папку или вобщую папку Сист. CFX Opus Dx и запускать их на Сист. CFX Opus Dx.
Пояснение. В этом разделе объясняется, как передавать данные. Информацию о настройке
соединения Ethernet см. в руководстве по эксплуатации Сист. ПЦР в реальном времени
CFX Opus Dx, доступном в меню «Справка» CFX Maestro Dx SE.

198 | ПО CFX Maestro Dx SEПередача данных автономного прогона для анализа

1.

На главном экране Сист. CFX Opus Dx нажмите «Файлы», чтобы открыть окно «Проводник».

2.

На экране Проводник перейдите к файлу, который требуется скопировать, затем коснитесь
файла для просмотра панели сведений о файле.

3.

В панели сведений о файле коснитесь Параметры, затем коснитесь Копировать.

Откроется диалоговое окно Выбрать местоположение.
4.

В диалоговом окне Выбрать местоположение выполните одно из следующих действий.
nПерейдите в существующую папку.

nПерейдите к месту, где нужно создать папку, в которой нужно сохранить файл, затем
нажмите «Создать папку»(5.

), чтобы создать новую папку в этом месте.

Коснитесь Выбрать для копирования файла в выбранное местоположение или Отмена, чтобы
вернуться на экран Проводника.
Примечание Если в выбранном местоположении существует файл с тем же именем,появится диалоговое окно. Нажмите Да, чтобы перезаписать существующий файл, илиНет, чтобы вернуться на экран Проводника.
Сист. CFX Opus Dx покажет подтверждающее сообщение после успешного копирования
файла.

Руководство пользователя | 199Глава 9 Проведение экспериментов

Передача данных через ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЧтобы передать данные через CFX Maestro Dx SE, выполните следующие действия
1.

В панели Обнаруженные приборы в начальном окне щелкните правой клавишей мышицелевой прибор и выберите Получить файлы данных.
CFX Maestro Dx SE отобразит диалоговое окно Browse For Folder (Перейти к папке).

2.

В диалоговом окне Поиск папки перейдите в местоположение, в которое планируете
сохранять файлы данных и щелкните ОК.
В процессе переноса в выбранном месте будет создана папка с названием Real-Time Data.
Данные прогона сохраняются в папке Real-Time Data как отдельные файлы в формате .zpcr.

Перенос данных с помощью USB-накопителя
Если вставить USB-накопитель в USB-порт на приборе, то по завершении прогона файл данных
будет автоматически сохраняться в корневом каталоге USB-накопителя. Можно также найти ранее
сохраненные файлы данных и сохранить их на подключенном USB-накопителе.

Для переноса файлов данных на USB-накопитель Сист. CFX Opus Dx выполните
следующие действия:uВ диалоговом окне Выбрать местоположение коснитесь USB и перейдите в целевую папку, вкоторую следует копировать файл, или нажмите Отмена, чтобы вернуться на экран
Проводника.
Примечание Если в выбранном местоположении существует файл с тем же именем,отображается диалоговое окно. Коснитесь Да, чтобы перезаписать существующий файл,или Нет, чтобы вернуться на экран Проводника.

Сист. CFX Opus Dx выводит подтверждающее сообщение после успешного копирования файла.

200 | ПО CFX Maestro Dx SEПередача данных автономного прогона для анализа

Передача данных через общий сетевой диск сиспользованием Сист. ПЦР в реальном времени CFX Opus DxПояснение. Передавать данные на общий сетевой диск и с него можно только через Сист.
CFX Opus Dx.
Сист. CFX Opus Dxпозволяет подключать общий сетевой диск с использованием Ethernet. Приуспешном соединении можно передавать файлы данных в папку и из папки общего сетевого диска.

Чтобы передавать данные в папку и из папки общего сетевого диска, выполните
следующие действияuВ диалоговом окне Выбрать местоположение коснитесь Сеть и перейдите в целевую папку, вкоторую следует копировать файл, или нажмите Отмена, чтобы вернуться на экран
Проводника.
Примечание Если в выбранном местоположении существует файл с тем же именем,отображается диалоговое окно. Коснитесь Да, чтобы перезаписать существующий файл,или Нет, чтобы вернуться на экран Проводника.

Сист. CFX Opus Dx покажет подтверждающее сообщение после успешного копирования файла.

Создание файла данныхДля анализа данных, передаваемых с прибора на компьютер CFX Maestro Dx SE, файл сжатых
данных (файл .zpcr) должен быть преобразован в файл данных (файл .pcrd). CFX Maestro Dx SEпреобразует файл .zpcr в файл .pcrd, а затем выбирает файл плашки с таким же режимом
сканирования и размером плашки и применяет его к файлу .pcrd.

Чтобы создать файл данных из автономного файла данных
1.

Выполните одно из следующих действий в CFX Maestro Dx SE:nНайдите целевой файл .zpcr и перетащите его в начальное окно CFX Maestro Dx SE.

nВыберите Файл > Открыть > Автономный прогон, найдите и выберите целевой файл.

CFX Maestro Dx SE отображает диалоговое окно Сохранить как.
2.

Перейдите к папке, в которую планируете сохранить файл .pcrd, и щелкните Сохранить.
После сохранения файла .pcrd в CFX Maestro Dx SE откроется окно Data Analysis (Анализ
данных) с результатами.

Руководство пользователя | 201Глава 9 Проведение экспериментов

202 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 10 Обзор анализа данных
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition обрабатывает данные ПЦР в реальном времени
автоматически по завершении каждого прогона и открывает окно «Анализ данных» дляотображения этих данных (файл .pcrd).
nПеретащить файл данных (с расширением .pcrd) в начальное окно и отпустить его.

nВыбрать Файл > Открыть > Файл данных в начальном окне и найти целевой файл .pcrd.

nВыберите Файл > Недавно открытые файлы данных в начальном окне, чтобы выбрать изсписка десяти недавно открывавшихся файлов данных.

nВыбрать вкладку «Анализировать» в окне «Мастер запуска» и выбрать файл из недавно
открытых либо нажать кнопку «Обзор», чтобы найти файл данных.

Окно Анализ данныхВ окне Анализ данных отображается несколько вкладок, каждая вкладка содержит
проанализированные данные для определенного метода анализа или информацию по прогону.
Вкладки появляются только в том случае, если данные, полученные во время прогона, доступныдля этого типа анализа.

Пояснение. Чтобы выбрать, какие вкладки будут отображаться, выберите их враскрывающемся меню Вид окна Анализ данных. Чтобы вернуть исходное расположение
вкладок, выберите Настройки > Восстановить структуру окна по умолчанию.

Руководство пользователя | 203Глава 10 Обзор анализа данных

Панель инструментов окна Анализ данных
Панель инструментов окна Анализ данных обеспечивает быстрый доступ к важным функциям
анализа данных.

В Табл. 11 представлен перечень функций кнопок панели инструментов.
Табл. 11. Панель инструментов окна «Анализ данных»Кнопка

Название

Функция

Plate SetupФункция View/Edit(Настройка

(Просмотр/редактирование) дляплашки)плашки: открытие окна Plate Editor(Редактор плашки) для просмотра иредактирования данных осодержимом лунок.
Замена плашки: выбор файла
плашки для замены структуры
плашки.
Применение файла PrimePCR:выбор файла прогона для замены
структуры плашки для прогона
PrimePCR.

Manage WellОткрывает окно Диспетчер групп

Groupsлунок для создания, изменения и(Управление

удаления групп лунок.

группами лунок)Well GroupВыбор существующего названия

(Группа лунок)группы лунок в выпадающем меню.
По умолчанию выбран вариант Вселунки. Эта кнопка отображается,только если созданы группы лунок.

204 | ПО CFX Maestro Dx SE

Analysis ModeАнализирует данные в режиме

(Режим анализа)Флуорофор или в режиме Мишень.

Окно Анализ данных

Кнопка

Название

Функция

Help (Справка)Открывает справку попрограммному обеспечению, вкоторой вы можете найти онлайнсправку и цифровую копию этого
руководства в формате Acrobat
PDF.

Руководство пользователя | 205Глава 10 Обзор анализа данных

Строка меню окна Анализ данныхВ Табл. 12 перечислены элементы строки меню в окне Анализ данных.
Табл. 12. Элементы строки меню окна Анализ данных

Пункт менюКоманда

Функция

File (Файл)Save (Сохранить)Сохраняет файл.

Save As (Сохранить как)Сохраняет файл с новым именем.

Файловые пароли

Позволяет пользователям устанавливать
пароли для сохранения и открытия
файлов.

Подписать

Позволяет пользователям подписывать
файл данных.

Повторить прогон

Извлекает протокол и файл плашки изтекущего прогона для повторного
выполнения прогона

View (Просмотр)Close (Закрыть)Закрывает окно Анализ данных.

Run Log (Журнал прогона)Открывает окно Журнал прогона дляпросмотра журнала прогона текущего
файла данных.

Контрольный журнал

Открывает контрольный журнал дляфайла.

Quantification (Количественный

Отображает проанализированные данные

анализ), Melt Curve (Криваяна выбранных вкладках в окне Анализ

плавления), Gene Expressionданных. Необходимо выбрать не менее

(Экспрессия генов), End Pointодной вкладки.

(Конечная точка), Custom Data
View (Пользовательский обзор
данных), QC (Контроль
качества), Run Information(Информация о прогоне)206 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Анализ данных

Табл. 12. Элементы строки меню окна Анализ данных, продолжение

Пункт менюКоманда

Функция

Настройки

Режим определения Cq

Позволяет выбрать режим «Регрессия»или «Единый пороговый уровень» дляопределения, как будут вычисляться
значения Cq для каждой кривой.

Руководство пользователя | 207Глава 10 Обзор анализа данных

Табл. 12. Элементы строки меню окна Анализ данных, продолжение

Пункт менюКоманда

Функция

Baseline Setting (Настройка

Позволяет выбрать метод вычитания

базовой линии)базовой линии для выбранных групп
лунок.

Режим анализа

Выбор анализа данных по критерию
Fluorophore (Флуорофор) или Target(Мишень).

Циклы для анализа

Позволяет выбрать циклы для анализа.

Пороговый уровень базовой

Открывает окно «Пороговые уровни

линиибазовой линии» для корректировки
базовой линии или пороговых уровней.

Trace Styles (Стили линий)Открывает окно Стили кривой графика.

Plate Setup (Настройка плашки)Открывает окно Редактор плашки дляпросмотра и редактирования плашки,замены плашки на плашку из указанного
пользователем файла или из файла
прогона PrimePCR.

Include All Excluded Wells

Включает в анализ все исключенные

(Включить все исключенные

лунки.

лунки)
Mouse Highlighting (Выделение

Включает или выключает одновременное

мышью)

выделение данных при движении курсора
мышиПояснение. Если выделение мышью
отключено, нажатие клавиши Ctrlвременно включает выделение.

Restore Default Window LayoutВосстанавливает конфигурацию окон,(Восстановить вид исходного

установленную по умолчанию.

окна)208 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Анализ данных

Табл. 12. Элементы строки меню окна Анализ данных, продолжение

Пункт менюКоманда

Функция

Экспорт

Экспорт всех листов данных

Позволяет выбрать экспорт всего
отображаемого содержимого таблицы совсех вкладок в формат .csv или .txt. Excelили файл .xml.

Export RDML File (Экспорт

Позволяет выбрать версию 1.1 или 1.0файла RDML)

RDML для экспорта файла.

Custom ExportОткрывает окно Выборочный экспорт, в(Пользовательский экспорт)котором можно задать поля для экспортаи формат файла.

Export to LIMS Folder (Экспорт вОткрывает окно для сохранения данных впапку LIMS)

заранее определенном формате в папку
LIMSЭкспорт вручную

Открывает окно для определения
местоположения для сохранения данныхиз всех представлений таблиц в файлы
Excel, структурированные специально дляиспользования Seegene, Inc. и Bio-Rad
Laboratories.
Пояснение. После экспорта также
можно автоматически запустить
Seegene Viewer. Дополнительную
информацию см. в разд. Команды
меню Tools (Инструменты) на стр. 73
на стр. 1.

Руководство пользователя | 209Глава 10 Обзор анализа данных

Табл. 12. Элементы строки меню окна Анализ данных, продолжение

Пункт менюКоманда

Функция

Tools

Reports (Отчеты)Открывает отчет для текущего файла

(Инструменты)данных.
Well Group Reports (Отчеты дляОткрывает окно Отчет по группам лунок

групп лунок)для создания отчетов по указанным
группам лунок.

Import Fluorophore CalibrationВыбор файла калибровки, который будет

(Импорт калибровки поприменен к текущему файлу данных.

флуорофору)qbase+

Запускает программу qbase+ версии 2.5(если она установлена) с использованием
текущего файла .pcrd.

Создать файл LIMS PLRN

Сохраняет файл данных как файл .plrn вформате LIMS.

210 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Анализ данных

Подробное описание вкладок
Каждая вкладка в окне Анализ данных отображает данные в графиках и таблицах дляопределенного метода анализа и содержит селектор лунок для выбора данных, которые требуется
показать. Окно Анализ данных по умолчанию открывается на вкладке Расчет. Можно использовать
данные графика Амплификация на вкладке Расчет, чтобы определить подходящие настройки
анализа для прогона.

Примечание Программа связывает данные на панелях каждой вкладки окна Анализ данных.
Например, при выделении лунки путем наведения на нее курсора в селекторе лунок
выделяются также данные на всех остальных панелях.

Руководство пользователя | 211Глава 10 Обзор анализа данных

Селектор Step Number (Номер этапа)Системы CFX Opus Dx могут получать данные флуоресценции на нескольких этапах протокола;программное обеспечение независимо обрабатывает данные, полученные на каждом этапе. CFX
Maestro Dx SE отображает селектор номера шага под диаграммой стандартной кривой на вкладке
Количественный анализ. Когда протокол содержит как минимум один шаг сбора данных, CFX
Maestro Dx SE отображает данные из первого шага сбора данных.
Если протокол содержит более одного шага сбора данных, можно выбрать другой шаг израскрывающегося списка. Например:При выборе этапа программное обеспечение применяет этот выбор ко всем данным, которые
показаны в окне Data Analysis (Анализ данных).

Просмотр групп лунок в окне Data Analysis (Анализ данных)Лунки на плашке могут быть сгруппированы в подмножества для независимого анализа сиспользованием групп лунок. При создании групп лунок имена групп появляются в окне Анализ
данных в раскрывающемся списке Группы лунок на панели управления.
Если вы создали группы лунок, программное обеспечение отображает группу лунок по умолчаниюВсе лунки при открытии окна Анализ данных, отображая данные во всех не пустых лунках награфиках и в таблицах. Только лунки в группе лунок с загруженным содержимым отображаются вселекторе лунок, и данные только по этим лункам включаются в вычисления при анализе данных.
Пояснение. Для создания, изменения или удаления групп лунок щелкните Управление
группами лунок на панели управления.
Примечание Если вы не создали группы лунок, раскрывающийся список Группы лунок непоявляется на панели управления.

Изменение содержимого лунки после прогонаВо время анализа данных изменение способа отображения данных путем изменения содержания
лунок в Редакторе плашки никогда не меняет данные флуоресценции, собранные по каждой лункево время прогона. После того как модуль соберет данные флуоресценции, эти данные невозможно
удалить, но можно удалить данные из представления и анализа.

Порядок изменения содержимого лунок после прогонаuВ окне Анализ данных щелкните Схема плашки и выберите один из следующих вариантов:212 | ПО CFX Maestro Dx SEОкно Анализ данных

nПросмотр/редактирование плашки — открывает Редактор плашки для внесения
изменений в структуру вручную.

nЗаменить файл плашки — открывает проводник «Выбрать плашку», в котором можно
перейти к ранее сохраненному файлу плашки, и заменить этим файлом текущую схему
плашки.

nПрименить файл PrimePCR — открывает диалоговое окно Выбрать файл PrimePCR, вкотором можно перейти к ранее сохраненному файлу прогона PrimePCR и применить его ксхеме плашки.

Пояснение. Можно добавить или отредактировать информацию о содержимом лунки до, вовремя или после прогона ПЦР. Перед прогоном необходимо назначить режим сканирования иразмер плашки. Эти параметры невозможно изменить после прогона.

Руководство пользователя | 213Глава 10 Обзор анализа данных

Настройки анализа данных
Данные диаграммы «Амплификация» на вкладке «Расчет» отображают относительную
флуоресценцию (ОЕФ) для каждой лунки на каждом цикле. Каждая линия на графике
представляет данные по одному флуорофору в одной лунке. Эти данные используются дляопределения значений Cq для каждой лунки по каждому флуорофору. Программа использует одиниз следующих двух режимов определения значений Cq:nРегрессия — применяет модель нелинейной регрессии с несколькими переменными котдельным кривым лунок, а затем использует эту модель для вычисления оптимального
значения Cq.

nЕдиный пороговый уровень — использует значение единого порогового уровня длявычисления значения Cq на основании точки пересечения порогового уровня отдельными
кривыми флуоресценции.

Выберите Настройки > Режим определения Cq для выбора режима определения Cq.

Коррекция порогаВ режиме Единый пороговый уровень можно скорректировать пороговый уровень дляфлуорофора, щелкнув на линии порогового уровня на графике Амплификация и передвигая
курсор мыши в вертикальном направлении. В качестве альтернативного способа можно указать
точный порог пересечения для выбранного флуорофора.

Настройки базовой линии
Программное обеспечение автоматически устанавливает базовую линию отдельно для каждой
лунки. Настройка базовой линии определяет способ вычитания базовой линии для всех линий
флуоресценции. Программное обеспечение предлагает три варианта вычета базовой линии.
nБез вычета базовой линии — отображает данные как кривые относительной
флуоресценции. Некоторые способы анализа невозможны в этом режиме анализа, поэтому
программа не отображает вкладки Экспрессия гена, Конечная точка и Аллельная
дискриминация.

nС вычетом базовой линии — отображает данные как кривые с вычетом базовой линии длякаждого флуорофора в лунке. Программное обеспечение должно вычитать базовую линию изданных, чтобы определять циклы количественного анализа, строить стандартные кривые иопределять концентрацию неизвестных проб. Чтобы создать кривую с вычетом базовой
линии, программа прокладывает насколько возможно прямую линию через записанную
флуоресценцию каждой лунки во время циклов базовой линии, а затем вычитает наиболее
подошедшие данные из данных с вычетом фона на каждом цикле.

214 | ПО CFX Maestro Dx SEНастройки анализа данных

nПодбор кривой по точкам с вычетом базовой линии — отображает данные как кривые свычетом базовой линии и сглаживает кривую с вычетом базовой линии с использованием
фильтра центрированного среднего. Процесс происходит таким образом, что каждое
значение Cq остается без изменений.

В дополнение к этим опциям также можно выбрать Применить коррекцию смещения флуоресценции.
Для лунок, значения ОЕФ которых аномально смещаются в течение первых нескольких циклов
прогона, программное обеспечение извлекает ориентировочную базовую линию из смежных лунок,для которых была успешно создана горизонтальная базовая линия.

Чтобы изменить настройку вычета базовой линии, выполните следующие действияuВыберите Настройки > Настройка базовой линии.

Режим анализа
Данные можно группировать и анализировать по флуорофору или по названию мишени. Пригруппировке по флуорофору кривые данных отображаются по флуорофорам, как указано в области
настройки плашки для соответствующего цикла. Данные об отдельных флуорофорах отображаютсяна диаграмме амплификации и графике со стандартной кривой (если он доступен), если установлены
флажки в соответствующих полях выбора флуорофоров, расположенных под графиком
амплификации.

При группировке по мишени кривые данных отображаются по названию мишени согласно данным,введенным в области настройки плашки для соответствующего прогона.

Чтобы выбрать режим анализа данных, выполните следующие действияuВыполните одно из следующих действий.
nВыберите Настройки > Режим анализа.

nВыберите режим из раскрывающегося меню Режим анализа на панели управления.

Руководство пользователя | 215Глава 10 Обзор анализа данных

Циклы для анализа
Количество циклов для анализа можно ограничивать. Можно также анализировать данные изконкретного набора циклов. Максимальное количество циклов, которые можно проанализировать,составляет 50.
Примечание Удаление циклов из начала прогона может значительно повлиять на построение
базовой линии.

Чтобы ограничить анализ данных определенным диапазоном циклов, выполните
следующие действия
1.

Выберите Настройки > Циклы для анализа.
Открывается диалоговое окно Циклы для анализа.

2.

Введите значения начального и конечного циклов и щелкните ОК.

Щелкните Восстановить значения по умолчанию в диалоговом окне Циклы для анализа, чтобы
вернуться к циклам, исходно используемым для анализа.

216 | ПО CFX Maestro Dx SEСелектор лунок

Селектор лунок
Используйте Селектор лунок, чтобы отобразить или скрыть данные на графиках или вэлектронных таблицах во всем окне Анализ данных. В селекторе лунок можно выбирать только
лунки с загруженной пробой. Программное обеспечение раскрашивает лунки в Селекторе лунок:nСиний — указывает выбранные лунки. Данные из выбранных лунок появятся в окне Анализ
данных.

nСветло-серый — указывает невыбранные лунки. Данные из этих невыбранных лунок непоявятся в окне Анализ данных.

nТемно-серый — указывает пустые лунки.

Чтобы отобразить или скрыть данные лунок, выполните следующие действияuВ селекторе лунок выполните одно из следующих действий.
nЧтобы скрыть одну лунку, щелкните отдельную лунку. Чтобы отобразить эту лунку,щелкните ее снова.

nЧтобы скрыть несколько лунок, нажмите клавишу мыши, выделите лунки, которые
следует выбрать, и отпустите клавишу. Чтобы отобразить эти лунки, снова нажмите
клавишу мыши, выделите лунки и отпустите клавишу.

nЧтобы скрыть все лунки, щелкните по верхнему левому углу плашки. Щелкните верхний
левый угол плашки снова, чтобы отобразить все лунки.

Руководство пользователя | 217Глава 10 Обзор анализа данных

nЧтобы скрыть все лунки столбца или строки, щелкните по их номеру или букве. Чтобы
отобразить все лунки столбца или строки, щелкните по их номеру или букве еще раз.

Пункты контекстного меню селектора лунокВ Табл. 13 перечислены пункты контекстного меню, доступные для селектора лунок.
Табл. 13. Пункты меню, открывающегося при щелчке правой кнопкой мыши селекторов
лунок

Пункт

Функция

Well XX (Лунка XX)Отображение только этой лунки, удаление этой лунки изпредставления, установка цвета для этой лунки или исключение
этой лунки из анализа.

Выбранные лунки (нажать

Отображение только этих лунок, удаление этих лунок изправую клавишу мыши ипредставления, установка цвета для этих лунок или исключение

выделить перетаскиванием

этих лунок из анализа.

мыши)
Copy (Копировать)Копирование содержимого лунки в буфер обмена, включая
данные Sample Type (Тип пробы) и необязательную информацию
Replicate # (№ повторности).

Copy as Image (Копировать какКопирование селектора лунок в виде изображения.

изображение)Print (Печать)Печать представления селектора лунок.

Print Selection (Печать

Печать текущего выделенного фрагмента.

выделенного фрагмента)Export to Excel (Экспорт вЭкспортирует данные в электронную таблицу Excel.

Excel)
Export to CSV (Экспорт в CSV)Экспорт данных в виде документа CSV.

Export to Xml (Экспорт в XML)Экспорт данных в виде документа XML.

Well Labels (Метки лунки)Позволяет изменить метки лунок на Тип пробы, Имя мишени илиИмя пробы.

218 | ПО CFX Maestro Dx SEСелектор лунок

Временное исключение лунок из анализа
Порядок временного исключения лунок из анализа данных
1.

Щелкните правой клавишей мыши на селекторе лунок, кривой флуоресценции или точке настандартной кривой. Чтобы исключить несколько лунок, нажмите правую кнопку мыши иперетащите курсор, выделяя несколько лунок, линий или точек.

2.

В контекстном меню выберите подходящий параметр.
nЛунка > Исключить лунку

nВыбранные лунки > Исключить из анализа

nВыбранные кривые > Исключить эти лунки из анализаДля того чтобы окончательно удалить лунки из анализа, очистите содержимое лунок в окнеРедактор плашки, нажав кнопку Очистить лунки.
Важно! Если содержимое лунки было очищено, для включения в анализ его придется
вводить повторно.

Чтобы включить все исключенные лунки, выполните следующие действияuЩелкните правой клавишей мыши соответствующую лунку в селекторе лунок и выберите
Лунка > Включить лунку в анализ.

Руководство пользователя | 219

Глава 10 Обзор анализа данных

Диаграммы
Каждая диаграмма в окне Анализ данных отображает данные на различных графиках и содержит
параметры для корректировки и экспорта данных или графиков диаграмм.

Инструменты диаграммы амплификацииВ Табл. 14 перечислены пункты контекстного меню, доступные на большинстве диаграмм.
Табл. 14. Пункты контекстного меню, общие для большинства диаграмм

ПунктФункция

Copy (Копировать)Копирование диаграммы в буфер обмена.

Save Image As… (Сохранить

Сохранение изображения в виде файла изображения. Установите

изображение как...)разрешение и размеры изображения и затем выберите тип файла
(PNG, GIF, JPG, TIF или BMP).

Page Setup… (Настройка

Выбор настроек страницы для печати.

страницы...)Print… (Печать...)Печать диаграммы.

Set Scale to DefaultОтображение всех данных на гистограмме. Отображаются полосы

(Установить масштаб попрокрутки, если точек данных/слишком много, и они неумолчанию)помещаются в области графика.

Настройки графика

Открывает диалоговое окно «Настройки графика», в котором
можно изменить параметры отображения графика, в том числе
следующие:n Названия графика и осейn Шрифт и размер шрифта для графика и осейn Масштаб осейn Положение легенды

Инструменты графика появляются на каждом графике в окне «Анализ данных». На всех графиках
отображаются следующие инструменты:Копировать в буфер — копирует содержимое представления графика в буфер обмена.
Настройки графика — открывает диалоговое окно «Настройки графика», в котором можно
изменить параметры отображения графика.

220 | ПО CFX Maestro Dx SEДиаграммы

Экспорт — открывает диалоговое окно Параметры экспорта, из которого можно изменить
разрешение и размер графика и сохранить график в указанное местоположение как один изследующих типов файлов:
n

.bmp;

n

.jpg;

n

.png.

Инструменты гистограммыВ дополнение к инструментам графика, для гистограмм можно использовать следующие
инструменты.
Сортировка — сортирует мишени и пробы по алфавиту или в обратном порядке.
Настройки цвета — открывает диалоговое окно Настройки цвета, в котором можно изменить цветмишеней и проб.
Подробнее об этих инструментах см. в разделе Изменение и аннотирование представления
диаграммы на стр. 283.

Инструменты диаграммы амплификацииВ дополнение к перечисленным выше, графики амплификации отображают следующие
инструменты.
Стили кривой — открывает диалоговое окно Стили кривой, в котором можно изменить внешнийвид кривых на графике амплификации.
Пороговый уровень базовой линии — открывает окно Пороговый уровень базовой линии, вкотором можно изменить базовую линию по умолчанию для выбранных лунок или изменить
пороговый уровень для каждой кривой флуоресценции на графике амплификации.

Копирование данных графика в буфер обмена
Содержимое представления диаграммы можно копировать и вставлять в любое приложение,которое принимает файлы точечного рисунка.

Чтобы копировать данные графика в буфер обмена, выполните следующие действия
1.

В инструментах графика выберите значок «Копировать в буфер обмена».

2.

Откройте приложение, которое может использовать растровые изображения (например,Microsoft Word).

Руководство пользователя | 221Глава 10 Обзор анализа данных

3.

Щелкните правой клавишей и выберите Вставить, чтобы вставить растровое изображение избуфера обмена в приложение.

Изменение настроек отображения диаграммС помощью диалогового окна Настройки графика можно менять названия, шрифт и размер,масштаб осей и расположение условных обозначений отображаемого графика. Внесенные
изменения относятся только к отображаемой диаграмме и сохраняются вместе с ней.

Порядок изменения настроек отображения диаграммы
1.

В инструментах диаграммы нажмите Chart Settings (Настройки диаграммы).
Появится диалоговое окно Chart Settings (Настройки диаграммы).

2.

3.

Выберите вкладку Chart And Axes (Диаграмма и оси) для:nВвода названия диаграммы.

nВвода нового названия оси Х и угла наклона надписей.

nВвода нового названия оси Y.

На вкладке Шрифты можно настроить шрифт и размер шрифта графика.

222 | ПО CFX Maestro Dx SEДиаграммы

Пояснение. По умолчанию размер шрифта масштабируется при изменении размера
графика. Нажмите Change Font Size (Изменить размер шрифта) для задания постоянного
размера шрифта для каждого типа надписей.
4.

Выберите кладку Axes Scale (Масштаб осей) для:nочистить автоматическое масштабирование осей X и Y и указать минимальное имаксимальное значения масштабирования;n5.

Выберите для отображения линий сетки или меток шкалы на осях графика.

Выберите вкладку Legend (Условные обозначения) для:nСкрытия условных обозначений диаграммы.

nИзменения положения условных обозначений диаграммы по умолчанию.

Примечание Когда легенда располагается слева или справа от графика, она отображает
только первые десять флуорофоров на графике.
6.

Щелкните Apply (Применить) в любое время для просмотра изменений в настройках
диаграммы без сохранения изменений.

7.

Нажмите OK, чтобы сохранить изменения и вернуться на диаграмму.

Экспорт диаграммыС помощью этого диалогового окна можно менять ширину, высоту и разрешение графика для егоэкспорта в одном из следующих форматов файла:
n

.bmp;

n

.jpg;

n

.png.

Затем экспортированный график можно использовать для отображения результатов в стендовых
докладах, презентациях Microsoft PowerPoint и в профессиональных журналах.
Примечание При изменении настроек учитывайте следующие моменты.
nМаксимальная и минимальная ширина и высотаoПри 72 dpi: 0,1–83 дюймаoПри 96 dpi: 0,1–62 дюймаoПри 150 dpi: 0,1–40 дюймовoПри 300 dpi: 0,1–20 дюймовoПри 600 dpi: 0,1–10 дюймов

Руководство пользователя | 223Глава 10 Обзор анализа данныхonПри любом разрешении: 2–6000 пикселей

Соотношение сторон основывается на ширине.

Порядок экспорта диаграммы
1.

В инструментах диаграммы щелкните Export (Экспорт).
Появится диалоговое окно Export Preview (Предварительный просмотр перед экспортом).

2.

Измените настройки отображения требуемым образом.

3.

Нажмите Export (Экспорт).

4.

В диалоговом окне Экспорт выполните следующие действия.

5.

a.

(Необязательно) Найдите папку, в которую требуется сохранить файл графика.

b.

Введите имя для файла и выберите тип файла из раскрывающегося списка.

Щелкните Save (Сохранить) для сохранения файла диаграммы.

Изменение настроек порогового уровня базовой линииВ режиме Единый пороговый уровень можно скорректировать пороговый уровень дляфлуорофора, щелкнув на линии порогового уровня на графике Амплификация и передвигая
курсор мыши в вертикальном направлении. Как вариант, можно указать точный пороговый уровень
пересечения для выбранного флуорофора.
Пояснение. Можно указать диапазон циклов для определения базовой линии для всехфайлов данных на вкладке Анализ данных в Пользователь > Пользовательские настройки.

224 | ПО CFX Maestro Dx SEДиаграммы

Чтобы скорректировать начало и конец цикла базовой линии для каждой лунки,выполните следующие действия
1.

На вкладке Расчет выберите один флуорофор под графиком Амплификация.

2.

В инструментах диаграммы выберите «Пороговый уровень базовой линии».
Откроется диалоговое окно Пороговый уровень базовой линии.

3.

4.

В разделе Циклы базовой линии выполните одно из следующих действий.
nЧтобы выбрать одну лунку, щелкните ее номер строки.

nЧтобы выбрать несколько соседних лунок, щелкните номер строки первой лунки ипроведите вниз по столбцу до последней лунки.

nЧтобы выбрать несколько не соседних лунок, нажмите клавишу Ctrl и щелкайте номера
строк каждой лунки мишени.

nЧтобы выбрать все лунки, щелкните верхний левый угол таблицы.

Скорректируйте цикл Начало базовой линии и цикл Конец базовой линии для всех выбранных
лунок или измените номер цикла Начала и Конца в нижней части электронной таблицы.
Пояснение. Чтобы вернуть настройки к последним сохраненным значениям, щелкните
Сбросить все значения, установленные пользователем.

5.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и вернуться к графику.

Чтобы указать диапазон циклов для всех файлов данных, выполните следующие
действияuВ начальном окне или в окне Редактор плашки выберите Пользователь > Пользовательские
настройки и выберите вкладку Анализ данных.

Сортировка данных мишени, пробы и биологической группы
Примечание Эта функция доступна только на диаграммах экспрессии генов.
По умолчанию списки «Мишени», «Пробы» и «Биологические группы» отображаются валфавитном порядке. С помощью диалогового окна Сортировка можно выбрать отображение вобратном порядке или вручную переместить элемент в другую позицию в списке.

Для сортировки данных мишеней, проб и биологических групп выполните следующие
действия
1.

В разделе «Инструменты графика» щелкните «Сортировка».
Откроется диалоговое окно Сортировка графика вкладки Экспрессия гена.

Руководство пользователя | 225Глава 10 Обзор анализа данных

2.

В диалоговом окне щелкните Z-A для сортировки списка в обратном порядке.

3.

Чтобы вручную переместить элемент, выберите его и нажмите соответствующую кнопку
между диаграммами.

4.

nНажмите стрелку ВВЕРХ или стрелку ВНИЗ, чтобы переместить выбранный элемент наодну позицию.

nНажмите стрелку ВВЕРХ С ЧЕРТОЧКОЙ или стрелку ВНИЗ С ЧЕРТОЧКОЙ, чтобы
переместить выбранный элемент в верх или в низ списка.

Нажмите OK, чтобы сохранить изменения и вернуться на вкладку Gene Expression(Экспрессия генов).

226 | ПО CFX Maestro Dx SEДиаграммы

Изменение настроек цвета мишени и пробы
Примечание Эта функция доступна только на диаграммах экспрессии генов.
Для изменения цвета мишени или пробы либо для удаления их с графика используйте диалоговое
окно Color Settings (Настройки цвета).

Порядок изменения настроек цвета
1.

В инструментах диаграммы выберите Color Settings (Настройки цвета).
Появится диалоговое окно Color Settings (Настройки цвета).

2.

Чтобы изменить цвет отображения мишени или пробы, щелкните ее цвет в столбце Color(Цвет).

3.

В появившемся диалоговом окне Color (Цвет) выберите новый цвет и нажмите кнопку OK.

4.

Чтобы удалить элемент из графика экспрессии гена, снимите соответствующий флажок встолбце Графики.
Пояснение. Чтобы убрать все элементы с графика экспрессии гена, снимите флажок
Графики в заголовке столбца.

5.

(Необязательно.) По умолчанию цвет гистограммы отображается в градиентном виде. Дляотображения цвета в сплошном виде выберите Use Solid Colors (Использовать сплошные
цвета).

6.

Нажмите OK, чтобы сохранить изменения и вернуться на вкладку Gene Expression(Экспрессия генов).

Руководство пользователя | 227Глава 10 Обзор анализа данных

Увеличение области на диаграмме
Чтобы увеличить область графика, выполните следующие действияuНажмите клавишу мыши, выделите часть графика, затем щелкните «Масштаб». Программное
обеспечение изменит размер графика и отцентрирует его на выбранной области.
Примечание Для гистограммы не требуется нажатие всплывающей команды «Масштаб».

Чтобы вернуть график к полному представлению, выполните следующие действияuЩелкните на графике правой клавишей мыши и выберите Установить масштаб по умолчанию.

Копирование диаграмм в файл Microsoft
Можно копировать графики данных в документы Microsoft Word, Excel или PowerPoint. Разрешение
изображения соответствует разрешению экрана, с которого было получено изображение.

Чтобы копировать графики в файл Microsoft, выполните следующие действия
1.

В окне анализа данных нажмите «Копировать в буфер обмена» в верхнем правом углу панели
графика.

2.

Откройте пустой файл Microsoft и вставьте содержимое из буфера обмена.

Общие пункты контекстного меню для диаграммВ Табл. 15 перечислены пункты контекстного меню, которые доступны на диаграммах. Некоторыеиз элементов, включая элементы для изменения способа отображения данных или для простого
экспорта данных из графика, присутствуют во всех графиках.
Табл. 15. Пункты контекстного меню для диаграмм

ПунктФункция

CopyКопирование диаграммы в буфер обмена.

(Копировать)Сохранить

Сохраняет изображение с указанным размером, разрешением и типом файла,изображение каквключая PNG (по умолчанию), JPG и BMP.

Параметры

Отображает параметры настройки печати.

страницы
Print (Печать)Печать диаграммы.

228 | ПО CFX Maestro Dx SEДиаграммы

ПунктФункция

Set Scale toВозврат диаграммы к ее представлению по умолчанию после увеличения

Defaultдиаграммы.

(Установить
масштаб поумолчанию)Chart OptionsОткрывает окно «Параметры диаграммы» для изменения диаграммы, включая

(Параметры

изменение названия, выбор ограничений для осей X и Y, отображение линий

диаграммы)сетки и отображение вспомогательных меток на осях.

Примечание Пункты меню, которые применяются к конкретным диаграммам, описаны в Глава
11, Сведения об анализе данных.

Руководство пользователя | 229

Глава 10 Обзор анализа данных

Таблицы
Электронные таблицы, показываемые в окне Анализ данных, содержат параметры для сортировкии передачи данных. Сортируйте столбцы одним из следующих способов.
nЩелкните и перетащите столбец на новое место в выбранной таблице.

nЩелкните название столбца, чтобы сортировать данные по возрастанию или по убыванию.

Чтобы сортировать данные по трем столбцам в окне Сортировка, выполните
следующие действия.
1.

Щелкните правой клавишей мыши на таблице и выберите Сортировка.

2.

В диалоговом окне Сортировка выберите название первого столбца для сортировки.
Отсортируйте данные в порядке возрастания или в порядке убывания.

3.

Выберите второй или третий столбец, чтобы выполнить сортировку и выбрать Повозрастанию или По убыванию.

4.

Нажмите ОК для сортировки данных или Отмена для прекращения сортировки.

Пояснение. Выделите данные на соответствующих диаграммах и в селекторе лунок,удерживая указатель мыши на ячейке. Нажмите на ячейку, чтобы скопировать и вставить еесодержимое в другую программу.

Общие для электронных таблиц пункты контекстного менюВ Табл. 16 перечислены пункты контекстного меню, доступные на любом представлении таблицы.
Табл. 16. Пункты контекстного меню для табл.

ПунктФункция

Copy (Копировать)Копирование содержимого выбранных лунок в буфер обмена, азатем вставка содержимого в электронную таблицу (например,Excel).

Copy as Image (Копировать какКопирование представления таблицы в виде файла

изображение)изображения и вставка его в файл, который принимает файлизображения, такой как текстовый файл, файлы изображенияили таблицы.

Print (Печать)230 | ПО CFX Maestro Dx SEПечать текущего представления.

Таблицы

Табл. 16. Пункты контекстного меню для табл., продолжение

ПунктФункция

Print Selection (Печать

Печать текущего выделенного фрагмента.

выделенного фрагмента)Export to Excel (Экспорт вЭкспорт данных в электронную таблицу Excel.

Excel)
Export to Text (Экспорт вЭкспорт данных в текстовый редактор.

текстовый файл)Export to CSV (Экспорт в CSV)Экспорт данных в файл .csv.

Export to Xml (Экспорт в XML)Экспорт данных в файл XML.

Export to Html (Экспорт вЭкспорт данных в файл HTML.

HTML)
Find (Найти)Поиск текста.

Sort (Сортировать)Сортировка данных в до трех столбцах.

Select Columns (Выбрать

Выбор столбцов, которые будут отображаться в таблице.

столбцы)Руководство пользователя | 231Глава 10 Обзор анализа данных

Экспорт
CFX Maestro Dx SE предлагает несколько вариантов экспорта в раскрывающемся меню«Экспорт»:nЭкспорт всех листов данных

nExport RDML Files (Экспорт файлов RDML)n

Custom Export (Пользовательский экспорт)nExport to LIMS Folder (Экспорт в папку LIMS)nЭкспорт вручную

Экспорт всех листов данныхВсе табличные представления из каждой вкладки CFX Maestro Dx SE можно экспортировать вотдельные файлы.

Чтобы экспортировать все листы данных, выполните следующие действияuВыберите Экспорт > Экспорт всех листов данных, затем выберите нужный тип файла:n

CSV (*.csv)

nТекст (*.txt)nКнига Excel (* .xlsx)
Экспортированные анализы сохраняются в нескольких файлах книги Excel с одной
вкладкой таблицы данных анализа для каждого файла. Если анализ включает в себянесколько флуорофоров, данные каждого флуорофора экспортируются на отдельную
вкладку рабочего листа.

nКнига Excel - комбинированная (* .xlsx)
Экспортированные анализы сохраняются в одном файле книги Excel, который включает всебя несколько вкладок рабочего листа, по одной для каждого набора данных анализа.

n

Excel 97 – 2003 ( *.xls)
Важно! Чтобы экспортировать данные в таблицу Microsoft Excel, на вашем
компьютере должно быть установлено приложение Microsoft Excel.

n

Xml (*.xml)

232 | ПО CFX Maestro Dx SEЭкспорт

Экспорт файлов RDML
RDML — это структурированный и универсальный стандарт данных для обмена данными
количественной ПЦР (кПЦР). Этот стандарт данных представляет собой текстовый файл вформате расширяемого языка разметки (.xml). Дополнительную информацию о формате обмена
данными RDML см. на веб-сайте Международного консорциума по RDML (www.rdml.org).
Важно! Экспортированные файлы RDML включают в себя данные анализа с базовыми
параметрами, которые вы применяете в окне анализа данных. Для получения
дополнительной информации о базовых настройках см. Настройки базовой линии на стр. 214.
Примечание Если используется ПО qbase+ версии не менее 2.3, следует использовать
файлы RDML версии 1.1.

Чтобы экспортировать файл RDML, выполните следующие действия
1.

Выберите Export (Экспорт) > Export RDML Files (Экспорт файлов RDML) и в открывшемся
списке выберите RDML v1.1 или RDML v1.0.
Откроется диалоговое окно Сохранить как.

2.

В диалоговом окне Save As (Сохранить как) укажите имя файла и местоположение длясохранения файла RDML.

3.

Нажмите OK, чтобы сохранить экспортированный файл.

Руководство пользователя | 233Глава 10 Обзор анализа данных

Создание пользовательского файла экспортаДля создания файла выборочного экспорта
1.

Выберите Экспорт > Выборочный экспорт. Откроется диалоговое окно Выборочный экспорт.

2.

Выберите формат экспорта в появившемся выпадающем списке.

3.

Установите флажки для элементов, которые нужно экспортировать.

4.

(Необязательно) Чтобы изменить названия столбцов, щелкните Дать название колонке.

5.

Щелкните Экспорт. Откроется диалоговое окно Сохранить как.

6.

В диалоговом окне Сохранить как укажите имя файла и местоположение, в которое требуется
сохранить экспортированный файл.

7.

Чтобы сохранить файл экспорта, нажмите ОК.

234 | ПО CFX Maestro Dx SEЭкспорт

Экспорт в папку LIMS
Можно экспортировать данные в файл совместимого с LIMS формата. Для получения
дополнительной информации о создании файлов LIMS, об управлении этими файлами и о том, каких использовать, см. Приложение C, Интеграция с LIMS.

Чтобы экспортировать данные в формат LIMS, выполните следующие действия
1.

Выберите Экспорт > Экспорт в папку LIMS.
Откроется диалоговое окно Сохранить как.

2.

В диалоговом окне Сохранить как укажите имя файла и местоположение, в которое требуется
сохранить экспортированный файл.

3.

Чтобы сохранить файл экспорта, нажмите ОК.

Экспорт данных в формате SeegeneМожно экспортировать данные из всех таблиц в файлы Excel со структурой, предназначенной
специально для использования Seegene, Inc.
Пояснение. По завершении экспорта можно также автоматически запустить Seegene Viewer.
Дополнительную информацию см. в разделе Команды меню Tools (Инструменты) на стр. 73 настр. 1.

Порядок экспорта данных в специальный формат Seegene1.

Выберите Экспорт > Экспорт вручную.
Откроется диалоговое окно Поиск папки.

2.

В диалоговом окне Поиск папки укажите путь к папке, где нужно сохранить экспортированные
файлы Excel (.xlsx) в формате Seegene.
Анализы экспортируются в несколько файлов книги Excel с одной вкладкой таблицы данных
анализа для каждого файла.

3.

Нажмите OK, чтобы сохранить экспортированные файлы.

Руководство пользователя | 235Глава 10 Обзор анализа данных

236 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 11 Сведения об анализе данных
Окно анализа данных ПО CFX Maestro Dx, Security Edition состоит из нескольких вкладок дляпросмотра данных. В этой главе подробно описываются эти вкладки.
Пояснение. В меню Вид можно выбрать, какие вкладки отображать в окне Анализ данных.
Заданная пользователем структура сохраняется с файлом данных.

Руководство пользователя | 237

Глава 11 Сведения об анализе данных

Вкладка Quantification (Количественный анализ)Используйте данные на вкладке Расчет для задания условий анализа, включая настройки базовой
линии для отдельных лунок и настройки пороговых уровней. Вкладка Расчет отображает данные вследующих четырех представлениях:nГрафик амплификации — отображает относительные единицы флуоресценции (ОЕФ) длякаждой лунки на каждом цикле. Каждая линия на графике представляет данные по одному
флуорофору в одной лунке.

nСтандартная кривая — отображается только в том случае, если прогон содержит лунки, длякоторых определен тип пробы Стандарт (Стд). На стандартной кривой отображается
пороговый цикл на графике в зависимости от логарифма начального количества. Легенда
отображает Эффективность реакции (E) для каждого флуорофора в лунках с типом пробы
Стандарт.

nСелектор лунок — позволяет выбрать лунки с данными флуоресценции, которые требуется
показать.

nТаблица — отображает таблицу с данными, собранными на выбранных лунках

238 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Quantification (Количественный анализ)Выбор флуорофора
Чтобы отобразить данные по флуорофору на диаграммах и в таблицах вкладки «Расчет»,выберите целевой(-ые) флуорофор(-ы) под диаграммой «Амплификация». Чтобы скрыть данныепо флуорофору в окне анализа данных, снимите флажок для него.

Диалоговое окно Стили кривой графикаС помощью диалогового окна Стили кривой графика можно корректировать внешний вид кривыхна графиках амплификации и кривой плавления на вкладках Количественный анализ и Кривая
плавления. Доступен предварительный просмотр изменений в селекторе лунок, отображаемом вдиалоговом окне Стили кривой графика.

Порядок корректировки стиля линий
1.

Выберите только один флуорофор под графиком Амплификация.

2.

Чтобы открыть диалоговое окно Стили кривой графика, выполните одно из следующих
действий.
nЩелкните Стили кривой графика на диаграмме Амплификация.

nВыберите Настройки > Стили кривой графика в строке меню Анализ данных.

nЩелкните правой клавишей мыши на кривой и выберите Стили кривой графика.

Открывается диалоговое окно Стили кривой графика.

Руководство пользователя | 239

Глава 11 Сведения об анализе данных

3.

В диалоговом окне Стили кривой графика выберите определенный набор лунок в селекторе
лунок в нижней панели. Как вариант, можно выбрать лунки, которые содержат один тип пробы,в раскрывающемся меню в столбце Лунки

4.

Выполните любое из следующих действий.
nЧтобы выбрать цвет для выбранных лунок щелкните прямоугольник в столбце Цвет.

nЧтобы назначить символ выбранным лункам, выберите символ из раскрывающегося
списка Символ.

nЧтобы быстро раскрасить лунки по метке кнопки, щелкните подходящий быстрый набор:noСлучайные по лункамoСлучайные по репликамoИспользовать цвета флуорофоровoИспользовать цвета мишенейoИспользовать цвета пробЧтобы назначить метки лунок, выберите Тип пробы, Имя мишени, Имя пробы или Символ.

Опция Log Scale (Логарифмическая шкала)Выберите Логарифмическая шкала под графиком Амплификация, чтобы просмотреть кривые
флуоресценции на полулогарифмической шкале.

240 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Quantification (Количественный анализ)Пояснение. Чтобы увеличить любую область диаграммы, выделите ее мышью. Чтобы
вернуться к полному отображению, щелкните правой клавишей мыши и выберите
«Установить масштаб по умолчанию».

Standard Curve Chart (Диаграмма стандартной кривой)Программа создает график Стандартная кривая на вкладке Расчет, если данные содержат типыпроб, определенные как стандарт, как минимум для одного флуорофора в прогоне.

График Стандартная кривая отображает следующую информацию:nИмя каждой кривой (флуорофор или мишень).

nЦвет каждого флуорофора или мишени.

nЭффективность реакции (E). Используйте эту статистику для оптимизации мультиплексной
реакции и выравнивания данных для стандартной кривой.
Примечание Эффективность реакции описывает количество мишени, производимое скаждым циклом протокола. Эффективность 100% указывает, что с каждым циклом
мишень удваивается.

nКоэффициент определения, R2 (записывается как R^2). Используйте эту статистику дляопределения, насколько точно линия описывает данные (критерий согласия).

nКоэффициент угла наклона

nсвободный член уравнения регрессии

Руководство пользователя | 241Глава 11 Сведения об анализе данных

Пункты меню диаграммы АмплификацияВ дополнение к общим пунктам контекстного меню для диаграмм (см. Общие пункты контекстного
меню для диаграмм на стр. 228) в Табл. 17 перечислены пункты меню, доступные только надиаграмме Amplification (Амплификация).
Табл. 17. Пункты контекстного и обычного меню диаграммы Amplification (Амплификация)Пункт менюФункция

Well XX, Fluor TargetОтображение только этой лунки, удаление этой лунки из(Лунка XX,представления, установка цвета для этой линии или исключение

флуоресцентная

этой лунки из анализа.

мишень)Selected TracesОтображение только этих лунок, удаление этих лунок из(Выбранные линии)представления, установка цвета для этих линий или исключение
этих лунок из анализа.

Show Threshold ValuesОтображение порогового значения для каждой кривой

(Показывать пороговые

амплификации на диаграмме.

значения)Trace Styles (Стили

Открывает окно Стили кривой графика для изменения стилей кривой

линий)

графика, отображаемой на вкладках Количественный анализ иКривая плавления.

Baseline ThresholdsОткрывает окно Пороговый уровень базовой линии, чтобы изменить

(Пороги базовой линии)базовую линию или пороговый уровень каждого флуорофора
(изменения появляются на графике Амплификация на вкладке
Количественный анализ).

Таблица вкладки Quantification (Количественный анализ)В Табл. 18 приводится перечень данных, отображаемых в табл. на вклад. Quantification(Количественный анализ).

242 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Quantification (Количественный анализ)Табл. 18. Содержимое табл. на вклад. Quantification (Количественный анализ)Информация

Описание

Well (Лунка)Положение лунки на плашке.

Fluor (Флуорофор)Обнаруженный флуорофор.

Мишень

Название мишени, загруженное в лунки в Plate Editor (Редактор
плашки).

Content (Содержимое)Комбинация типа пробы (обязательный параметр) и номера
повторности (необязательный параметр), загруженная в Plate
Editor (Редактор плашки).

Sample (Проба)Название пробы, загруженной в лунки в Plate Editor (Редактор
плашки).

Cq

Пороговый циклИзменение данных мишени, содержимого или пробы
Данные в столбцах Target (Мишень), Content (Содержимое) и Sample (Проба) можно изменять
путем редактирования файла плашки с помощью окна Plate Editor (Редактор плашки) даже после
выполнения эксперимента.

Для изменения данных в столбцах Содержимое, Мишень и ПробаuНажмите Создание плашки и выберите Просмотр/редактирование плашки, чтобы открыть
Редактор плашки.

Руководство пользователя | 243Глава 11 Сведения об анализе данных

Вкладка Quantification Data (Данные количественного
анализа)На вкладке «Количественные данные» отображаются количественные данные, собранные вкаждой лунке. CFX Maestro Dx SE отображает данные в четырех различных табличных
представлениях:nРезультаты — таблица данных. Это представление по умолчанию.

nРезультаты стандартной кривой — таблица данных стандартной кривой.

nПлашка — данные в каждой лунке как схема плашки.

n

ОЕФ — количество ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) в каждой лунке длякаждого цикла.

Нужную таблицу можно выбрать из раскрывающегося списка, который отображается под вкладкой
Данные расчета.

Таблица Results (Результаты)Таблица Результаты отображает данные по всем лункам на плашке.

Примечание Все вычисления стандартного отклонения (SD) применяются к группам реплик,назначенным лункам в окне Редактор плашки. Вычисления усредняют значение Cq длякаждой лунки в группе реплик.
В Табл. 19 приводится перечень данных, отображаемых в табл. Results (Результаты).

244 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Quantification Data (Данные количественного анализа)Табл. 19. Содержимое табл. Results (Результаты)Информация

Описание

Well (Лунка)Положение лунки на плашке.

Fluor (Флуорофор)Детектированный флуорофор.

Target (Мишень)Название мишени амплификации (гена)Content (Содержимое)Тип пробы и № повторности

Sample (Проба)Описание пробы

Biological Set Name (Название

Название биологического сетабиологического сета)Cq

Пороговый циклСреднее Cq

Среднее значение порогового цикла для группы повторностей

Станд. откл. Cq C(t)Стандартное отклонение порогового цикла для группы
повторностей

Starting Quantity (SQ)Расчетное значение начального количества мишени

(Начальное количество)Log Starting QuantityДесятичный логарифм начального количества

(Логарифм начального
количества)SQ Mean (Среднее SQ)Среднее значение начального количества

Стандартное отклонение

Стандартное отклонение начального количества по всемначального количества (SQ)повторностям

Руководство пользователя | 245Глава 11 Сведения об анализе данных

Таблица Standard Curve Results (Результаты стандартной
кривой)Таблица Результаты стандартной кривой отображает вычисленные параметры стандартной
кривой.

В Табл. 20 приводится перечень данных, отображаемых в табл. Standard Curve Results(Результаты стандартной кривой).
Табл. 20. Содержимое табл. Standard Curve Results (Результаты стандартной кривой)Информация

Описание

Fluor (or Target) (Флуорофор

Детектированный флуорофор (или мишень)(или мишень))Efficiency % (Эффективность,Эффективность реакции

%)Slope (Коэффициент углаКоэффициент угла наклона стандартной кривой

наклона)Y-intercept (Свободный членТочка, в которой кривая пересекает ось Yуравнения регрессии)R^2

246 | ПО CFX Maestro Dx SEКоэффициент детерминации

Вкладка Quantification Data (Данные количественного анализа)Таблица Plate (Плашка)Таблица Плашка отображает карту плашки по данным для одного флуорофора за раз.

Для просмотра данных для определенного флуорофораuЩелкните его вкладку в нижней части таблицы.

Руководство пользователя | 247

Глава 11 Сведения об анализе данных

Таблица RFU (ОЕФ)Таблица ОЕФ отображает считывания относительных единиц флуоресценции ОЕФ для каждой
лунки, собранных на каждом цикле прогона. Номер лунки отображается над каждым столбцом, аномер цикла — слева от каждого ряда.

248 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Melt Curve (Кривая плавления)Вкладка Melt Curve (Кривая плавления)Для ДНК-связывающих красителей и нерасщепляемых зондов гибридизации флуоресценция
более яркая при отжиге двух цепочек ДНК. Поэтому по мере приближения температуры к точке
плавления (Tm) интенсивность флуоресценции понижается с постоянной скоростью (постоянный
наклон). При достижении температуры плавления Tm наблюдается резкое понижение
флуоресценции с заметным изменением наклона. Скорость данного изменения определяется
построением графика зависимости отрицательной регрессии флуоресценции от температуры (dОЕФ/dT). Наивысшая скорость изменения интенсивности флуоресценции демонстрируется
видимыми пиками и представляет температуру плавления комплексов Tm с двухцепочечной ДНК.
CFX Maestro Dx SE размещает на графике данные ОЕФ, собранные в момент построения кривой
плавления, в зависимости от температуры. Для анализа данных пика плавления программное
обеспечение назначает каждому пику начальную и конечную температуру, перемещая пороговую
линию. Нижняя планка площади пика задается положением пороговой линии. Допустимый пикдолжен иметь минимальную высоту относительно расстояния между пороговой линией и высотой
самого большого пика.
Вкладка Кривая плавления отображает Tm (температура плавления) амплифицированных
продуктов ПЦР в четырех представлениях:nMelt Curve (Кривая плавления). Отображение данных реального времени для каждого
флуорофора как относительные единицы флуоресценции (ОЕФ) на температуру каждой
лунки.

nMelt Peak (Пик плавления). Отображение отрицательной регрессии данных ОЕФ относительно
температуры для каждой лунки.

n

Well Selector (Селектор лунок). Выбор лунок для отображения или скрытия данных.

nPeak spreadsheet (Электронная таблица пиков). Отображение электронной таблицы данных,собранных в выбранных лунках.
Примечание Эта таблица отображает до двух пиков для каждой кривой. Чтобы
просмотреть больше пиков, щелкните вкладку Данные кривой плавления.

Руководство пользователя | 249

Глава 11 Сведения об анализе данныхВ Табл. 21 приводится перечень данных, которые отображаются в табл. «Кривая плавления».
Табл. 21. Содержимое табл. Melt Curve (Кривая плавления)Информация

Описание

Well (Лунка)Положение лунки на плашке.

Fluor (Флуорофор)Детектированный флуорофор

ContentКомбинация типа пробы и № повторности

(Содержимое)Sample (Проба)Название пробы, загруженной в Plate Editor (Редактор плашки)Melt TempТемпература пика плавления для каждой лунки

(Температура

Примечание В этой таблице отображаются только два самых высоких

плавления)пика.

250 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Melt Curve (Кривая плавления)Коррекция данных кривой плавленияДля корректировки данных кривой плавленияuВыполните любое из следующих действий.
nОтрегулируйте пороговый уровень на графике пиков плавления для включения илиисключения пиков в анализ/из анализа данных щелчком и «перетаскиванием».

nВыберите Positive (Положительный) в ниспадающем меню Peak Type (Тип пика) дляотображения данных для пиков выше пороговой линии температуры плавления иливыберите Negative (Отрицательный) для отображения данных для пиков ниже пороговой
линии температуры плавления.

nОткройте окно Trace Styles для изменения цвета данных на графиках кривой плавления ипика плавления.

nВыберите номер в селекторе количества этапов для отображения данных кривой
плавления на другом этапе протокола. Перечень отображает более одного этапа, еслипротокол включает прочтение планшета (значок «камера») на двух или более этапах
плавления.

nВыберите лунки в селекторе лунок, чтобы сосредоточить внимание на подмножестве
данных.

nВыберите группу лунок для просмотра и анализа подмножества лунок на плашке.
Выберите группу лунок по имени в раскрывающемся меню Группы лунок на панели
управления.

Руководство пользователя | 251Глава 11 Сведения об анализе данных

Вкладка Melt Curve Data (Данные кривой плавления)Вкладка «Данные кривой плавления» отображает данные из вкладки «Кривая плавления» внескольких электронных таблицах, которые включают в себя все пики плавления для каждой
кривой. CFX Maestro Dx SE предлагает четыре варианта электронных таблиц для просмотра
данных кривой плавления:nПики плавления — отображает все данные, включая все пики плавления, для каждой кривой.
Это представление по умолчанию.

nПлашка — отображает все данные и содержание каждой лунки на плашке.

n

ОЕФ — перечисляет количество ОЕФ (относительные единицы флуоресценции) при каждой
температуре для каждой лунки.

n-d(ОЕФ)/dT — отображает отрицательную скорость изменения ОЕФ при изменении
температуры (Т). Это первый график регрессии для каждой лунки в плашке.

Нужную таблицу можно выбрать из раскрывающегося списка, который отображается под вкладкой
Данные кривой плавления.

Таблица Melt Peaks (Пики плавления)Таблица Пики плавления отображает все данные кривой плавления.

В Табл. 22 на стр. 253 приводится перечень данных, отображаемых в табл. «Пики плавления».

252 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Melt Curve Data (Данные кривой плавления)Табл. 22. Содержание табл. «Пики плавления»Информация

Описание

Well (Лунка)Положение лунки на плашке.

Fluor (Флуорофор)Детектированный флуорофор

Content (Содержимое)Тип пробы, указанный в окне Редактор плашки

Target (Мишень)Имя амплифицируемой мишени (гена)Sample (Проба)Имя пробы, указанное в окне Редактор плашки

Melt Temperature (Температура

Температура плавления каждого продукта, указанная в видеплавления)одного пика (наивысшего) для каждой строки в таблице

Peak Height (Высота пика)Высота пикаBegin Temperature (Начальная

Температура в начале пикатемпература)End Temperature (Конечная

Температура в конце пикатемпература)Таблица Plate (Плашка)Таблица Плашка отображает данные кривой плавления в формате плашки.

Примечание Чтобы скорректировать пик, вызываемый программой, скорректируйте
пороговую линию на графике Пик плавления на вкладке Кривая плавления.
В Табл. 23 на стр. 254 приводится перечень данных, отображаемых в табл. «Плашка».

Руководство пользователя | 253Глава 11 Сведения об анализе данных

Табл. 23. Содержание табл. «Плашка»Информация

Описание

Содержимое

Комбинация типа пробы (обязательный параметр) и номера повторности
(необязательный параметр)ПробаОписание пробы

Peak 1 (Пик 1)Первый (самый высокий) пик плавления

Peak 2 (Пик 2)Второй пик плавления (низкий)Таблица RFU (ОЕФ)Таблица ОЕФ отображает данные флуоресценции для каждой лунки на каждом цикле, собранныена кривой плавления.

В Табл. 24 приводится перечень данных, отображаемых в табл. RFU (ОЕФ).
Табл. 24. Содержание табл. ОЕФИнформация

Описание

Well number (Номер лунки) (A1, A2, A3,Положение загруженных лунок в плашке

A4, A5)Temperature (Температура)Температура плавления амплифицируемой
мишени, нанесенная на график как одналунка на строку и несколько лунок длянескольких продуктов в одной и той же лунке

254 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Melt Curve Data (Данные кривой плавления)Таблица -d(RFU)/dTТаблица -d(ОЕФ)/dT отображает отрицательную скорость изменения ОЕФ при изменении
температуры (Т).

В Табл. 25 приводится перечень данных, отображаемых в таблице -d(RFU)/dT.
Табл. 25. Содержание табл. -d(ОЕФ)/dTИнформация

Описание

Well number (Номер лунки) (A1, A2, A3,Положение загруженных лунок в плашке

A4, A5)Temperature (Температура) -d(RFU)/dTОтрицательная скорость изменения ОЕФ при изменении
температуры (Т)Руководство пользователя | 255Глава 11 Сведения об анализе данных

Вкладка End Point (Конечная точка)Откройте вкладку Конечная точка для анализа окончательных относительных единиц
флуоресценции (ОЕФ) для лунок проб. Программа сравнивает уровни ОЕФ для лунок снеизвестными пробами с уровнями ОЕФ для лунок с отрицательными контролями и «называет»неизвестные пробы положительными или отрицательными. Положительные пробы имеют
значение ОЕФ больше среднего значения ОЕФ отрицательного контроля плюс значение
критической оптической плотности («уровня среза» (cutoff)).

Для анализа данных конечной точки плашка должна содержать отрицательный контроль, впротивном случае программное обеспечение не сможет произвести идентификацию.
nВыполните протокол расчета — задайте стандартный протокол. После выполнения прогона
откройте окно Анализ данных, скорректируйте настройки анализа на вкладке Количественный
анализ, затем щелкните вкладку Конечная точка для определения конечного цикла.

nВыполните протокол с прогоном только в конечной точке — загрузите протокол с прогоном
только в конечной точке на вкладку Плашка окна Создать прогон, выберите или создайте
плашку и выполните прогонНа вкладке Конечная точка отображаются средние значения ОЕФ для определения того, была либыла произведена амплификация мишени последним (конечным) циклом. Используйте этиданные, чтобы определить, присутствует ли (положительная) определенная целевая
последовательность в пробе. Положительные мишени имеют большие значения ОЕФ, чемзаданный уровень отсечения.
Пояснение. Чтобы создать протокол конечной точки, откройте вкладку «Протокол» (окно«Создать прогон») и выберите Прогон > Прогон только в конечной точке.

256 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка End Point (Конечная точка)По завершении прогона файл данных открывает вкладку Конечная точка, которая включает в себяследующие разделы:nНастройки — корректировка настроек анализа данных.

nРезультаты — отображает результаты непосредственно после корректировки настроек.

nСелектор лунок — позволяет выбрать лунки с данными конечной точки, которые требуется
показать.

nТаблица ОЕФ — отображает таблицу с конечными ОЕФ, собранными на выбранных лунках.

Данные результатов
Раздел Результаты отображает следующие данные:nНаименьшее значение ОЕФ — наименьшее значение ОЕФ в данных

nНаибольшее значение ОЕФ — наибольшее значение ОЕФ в данных

nСреднее отрицательного контроля — среднее значение ОЕФ для лунок, содержащий
отрицательный контроль

nЗначение отсечения — рассчитывается посредством добавления допуска (ОЕФ или процента
диапазона, приведенных в разделе Настройки) и среднего значения ОЕФ отрицательных
контролей. Пробы с ОЕФ более значения отсечения будут назваться «Положительными». Длякорректировки значения отсечения измените ОЕФ или процент диапазона.

Значение отсечения вычисляется по формуле:Пороговое значение = Среднее для отрицательных контролей + Допуск
Допуск задается одним из следующих способов.
nОЕФ (по умолчанию) — выберите этот способ для использования абсолютного значения ОЕФдля допуска. Минимальное значение устойчивости ОЕФ – 2. Максимальным значением
является модуль самого высокого уровня ОЕФ минус модуль самого низкого уровня ОЕФ.
Значение допуска для ОЕФ составляет 10% от общего диапазона ОЕФ.

nПроцент диапазона — выберите данный метод для использования диапазона ОЕФ впроцентах для допуска. Минимальный процент от диапазона: 1 %. Максимальный процент отдиапазона: 99 % Процент от диапазона по умолчанию: 10 %.

Руководство пользователя | 257

Глава 11 Сведения об анализе данных

Коррекция анализа данных конечной точкиДля корректировки данных на вкладке Конечная точкаuВыполните любое из следующих действий.
nВыберите флуорофор из раскрывающегося списка.

nВыберите значение Усреднить конечные циклы, чтобы задать количество циклов длявычисления среднего значения ОЕФ конечной точки

nВыберите ОЕФ для просмотра данных в относительных единицах флуоресценции.

nВыберите Процент диапазона для просмотра данных в процентах от диапазона ОЕФ.

nВыберите лунки в селекторе лунок для фокусирования на подмножестве данных.

nВыберите группу лунок для просмотра и анализа подгрупп лунок на плашке. Выберите
группу лунок по имени в раскрывающемся меню Группы лунок на панели управления.

Таблица ОЕФ для анализа в конечной точке
ВТабл. 26 приводится перечень данных, отображаемых в табл. RFU (ОЕФ) на вкладке «Конечная
точка».
Табл. 26. Содержание табл. «Конечная точка»Информация

Описание

Well (Лунка)Положение лунки на плашке.

Fluor (Флуорофор)Детектированный флуорофор

Content (Содержимое)Комбинация типа пробы и количества технических повторов пробы

End RFU (КонечныеОЕФ в конечном цикле

ОЕФ)Call (Определение)Положительная или отрицательная, где положительные пробы имеют
значение ОЕФ больше среднего значения ОЕФ отрицательного
контроля плюс значение отсечения.

Sample (Проба)258 | ПО CFX Maestro Dx SEИмя пробы, загруженное в Редактор плашки

Вкладка Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)Вкладка Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)Вкладка Аллельная дискриминация назначает генотипы лункам с неизвестными пробами.
Используйте эти данные для идентификации проб с различными генотипами, включая Аллель 1,Аллель 2, Гетерозиготу, Нет амплификации или Не определено.
Примечание Данные для дискриминации аллелей должны быть получены из многократных
экспериментов с использованием не менее двух флуорофоров. Каждый флуорофор
идентифицирует один аллель во всех пробах.

Анализ аллельной дискриминации требует следующего минимального содержимого лунки:nдва флуорофора в каждой лунке;nпробы без ДНК-мишени (NTC) для оптимизации анализа данных.

CFX Maestro Dx SE предлагает четыре варианта просмотра данных аллельной дискриминации:nГрафик аллельной дискриминации — отображает данные на графике ОЕФ для Аллеля
1/Аллеля 2. Каждая точка на графике представляет данные по обоим флуорофорам в одной
лунке. Переключать режим отображения координат с полярных на декартовы можно спомощью флажка Полярные координаты. Декартовы координаты представляют ОЕФ дляаллеля 1 на оси x и ОЕФ для аллеля 2 на оси y. В полярных координатах откладывается уголРуководство пользователя | 259

Глава 11 Сведения об анализе данныхпо оси x и расстояние между началом координат и ОЕФ по оси y (медиана всех контролей безматрицы).
nТаблица лунок — отображает таблицу с данными аллельной дискриминации, полученными накаждой лунке на плашке.

nСелектор лунок — позволяет выбрать лунки с данными аллелей, которые требуется показать.

nПанель Выбранные флуорофоры — позволяет изменять подписи осей x и y на графике
аллельной дискриминации, циклы для анализа и выбирать отображение карты сигналов.

Корректировка данных аллельной дискриминации
Программа автоматически назначает генотип лункам с неизвестными пробами на основании
положения контролей без матрицы, а также значений угла и расстояния до точек неизвестных
данных от контролей без матрицы.

Для корректировки данных аллельной дискриминацииuВыполните любое из следующих действий.
nДля отображения полярных координат установите флажок на графике Аллельная
дискриминация.

nЧтобы просмотреть другой флуорофор, выберите его из раскрывающегося списка напанели Выбранные флуорофоры.

nЧтобы изменить идентификацию пробы, нажмите клавишу мыши, выделите точку(-и)данных на графике Аллельная дискриминация и выберите вариант в списке Выбранные
лунки:oАллель 1oАллель 2oГетерозиготаoНеопределенныйoОтсутствуетoАвтоматическая идентификация

Пояснение. Выберите Автоматическая идентификация для определения
программным обеспечением (по умолчанию).

260 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)Пункты меню графикаВ дополнение к общим пунктам контекстного меню для графиков (см. Общие пункты контекстного
меню для диаграмм на стр. 228) в Табл. 27 перечислены пункты меню, доступные на графике
Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация).
Табл. 27. Пункты меню графика аллельной дискриминации, открывающиеся при нажатии
правой и левой клавиши мыши.

Пункт менюФункция

Zoom (Увеличить)Увеличивает выбранную область на графике (при нажатии
клавиши мыши и перетаскивания курсора на графике).
Пояснение. Для восстановления масштаба с целью
отображения всех точек данных щелкните правой
клавишей и выберите Установить масштаб по умолчанию.

Well (Лунка)Для выбранной лунки варианты следующие: отображение
только этой лунки, удаление этой лунки из представления,установка цвета для этой линии или исключение этой лунки изанализа.

Selected Wells (ВыбранныеДля выбранных лунок (выбранных щелчком и перетаскиванием

лунки)

мышью курсора на диаграмме) варианты следующие:отображение только этих лунок, удаление этих лунок изпредставления, установка цвета для этих линий илиисключение этих лунок из анализа.

Таблица Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)В Табл. 28 приводится перечень данных, отображаемых в таблице Allelic Discrimination (Аллельная
дискриминация).
Табл. 28. Содержание электронной табл. «Аллельная дискриминация»Информация

Описание

Well (Лунка)Положение лунки на плашке

Sample (Проба)Описание названия пробы

Руководство пользователя | 261

Глава 11 Сведения об анализе данных

Табл. 28. Содержание электронной табл. «Аллельная дискриминация», продолжение

Информация

Описание

Call (Определение)Идентификация аллели, включая автоматически установленные
значения Allele 1 (Аллель 1), Allele 2 (Аллель 2), Heterozygote(Гетерозигота), Undetermined (Не определено) или No Call (Нетсигнала).

Type (Тип)Авто (автоматический) или ручной: описывает способ
определения. Автоматический означает, что определение
выбрано программой. Ручной означает, что определение выбрано
пользователем.

RFU1 (ОЕФ 1)ОЕФ для Аллеля1

RFU2 (ОЕФ 2)ОЕФ для Аллеля2

262 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Custom Data View (Пользовательский обзор данных)Вкладка Custom Data View (Пользовательский обзор
данных)Вкладка Пользовательский просмотр данных одновременно отображает несколько панелей внастраиваемом формате.
Раскрывающийся список Загрузить предустановленный вид предлагает выбор шаблонов формата
отображения. Вариант обзора данных по умолчанию зависит от анализируемого файла.
Например, если присутствуют данные кривой плавления, отображается представление поумолчанию Ампл.+Плавление.

Руководство пользователя | 263

Глава 11 Сведения об анализе данных

Создание пользовательского обзора данныхДля создания пользовательского просмотра данныхuВыполните любое из следующих действий.
nвыберите альтернативное заданное представление из ниспадающего списка;nвыберите другой вид графика из раскрывающегося списка, расположенного в верхней
части каждой отдельной панели;nизмените количество строк и столбцов в таблице;nизмените размеры отдельных панелей; передвиньте границы каждой панели.

Щелкните Сохранить как предустановленный, чтобы сохранить настроенный шаблон какпредустановленный. Существующие заданные представления могут быть удалены,переименованы или возвращены к шаблонам по умолчанию с помощью опции Управление
заданными представлениями.

264 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка QC (Контроль качества)Вкладка QC (Контроль качества)Используйте вкладку Контроль качества, чтобы быстро оценить качество данных прогона наосновании правил, определенных на вклад. Контроль качества окна Пользовательские настройки.
CFX Maestro Dx SE предлагает четыре варианта просмотра данных контроля качества:nГрафик амплификации — отображает относительную флуоресценцию (ОЕФ) для каждой
лунки на каждом цикле. Каждая линия на графике представляет данные по одному
флуорофору в одной лунке.

nТаблица правил контроля качества — показывает доступные правила контроля качества инастройки, определяющие каждое правило. Применяемые правила контроля качества
обозначены галочкой.

nСелектор лунок — позволяет выбрать лунки с данными флуоресценции, которые требуется
показать.

nСводная панель правил контроля качества — показывает выбранное правило контроля
качества и выделяет лунки, которые не соответствуют правилу.

Руководство пользователя | 265Глава 11 Сведения об анализе данных

Изменение критериев контроля качестваДля изменения критериев контроля качестваuУстановите или снимите флажок Использовать рядом с определенным правилом, чтобы
добавить или исключить его из контроля качества.

Исключение лунок, которые не соответствуют контролю
качества
CFX Maestro Dx SE отображает лунки, не соответствующие критериям контроля качества, встолбце Результаты таблицы правил контроля качества и в сводной панели.

Для исключения лунок, которые не соответствуют контролю качестваuВыберите Исключить из анализа для каждой лунки, которую требуется исключить.

266 | ПО CFX Maestro Dx SEВкладка Run Information (Информация о прогоне)Вкладка Run Information (Информация о прогоне)Вкладка Информация о прогоне отображает протокол и другую информацию о каждом прогоне.
Используйте эту вкладку для выполнения следующих функций.
nПросмотр протокола.

nВвод или редактирование примечаний по прогону.

nВвод или редактирование идентификатора или штрихкода для прогона.

nПросмотр событий, которые могли возникнуть во время прогона. Используйте эти сообщенияпри поиске и устранении неисправностей в ходе прогона.

Пояснение. Щелкните протокол правой кнопкой мыши для его копирования, экспорта илипечати. Щелчок правой кнопкой мыши на панелях «Примечания», «Идентификатор/Штрихкод»и «Другое» позволяет отменить действие, вырезать, копировать, вставить, удалить иливыбрать текст.

Руководство пользователя | 267

Глава 11 Сведения об анализе данных

Отчеты по анализу данных
Диалоговое окно «Отчет» показывает информацию о текущем файле данных в окне «Анализ
данных». Чтобы открыть отчет, выберите Сервис > Отчеты или нажмите «Отчеты» на панели
управления.
Диалоговое окно «Отчет» состоит из следующих разделов:nМеню и панель управления — предлагают параметры для форматирования, сохранения ипечати отчета или шаблона

nСписок параметров (верхняя левая часть диалогового окна) — предлагает параметры дляотображения в отчете.

nПанель параметров (нижняя левая часть диалогового окна) — отображает текстовые поля, вкоторые можно ввести информацию о выбранном параметре.

nПанель предварительного просмотра (правая часть диалогового окна) — предварительный
просмотр текущего отчета.

268 | ПО CFX Maestro Dx SEОтчеты по анализу данных

Категории отчетов по анализу данныхВ Табл. 29 перечислены все пункты, доступные для отчета по анализу данных в зависимости оттипа данных в окне Data Analysis (Анализ данных).
Табл. 29. Категории отчетов по анализу данных в списке пунктов

Категория

ПунктОписание

Header (Верхний колонтитул)Заголовок, подзаголовок и логотип дляотчета
Report InformationДата прогона, имя пользователя, имя(Информация об отчете)файла данных, путь к файлу данных ивыбранная группа лунок

Audit Information (Информация

Вспомогательная информация,для аудита)требуемая для проведения аудита, втом числе подписи

Notes (Примечания)Примечания по отчету о данныхRun Setup (Настройка прогона)Run Information (Информация

Дата прогона, имя пользователя, имяо прогоне)файла данных, путь к файлу данных ивыбранная группа лунок

Protocol (Протокол)Текстовое представление этапов ипараметров протокола

Plate Display (Отображение

Представление плашки дляплашки)информации в каждой лунке плашки

Quantification (Количественный анализ)Analysis Settings (Настройки

Номер этапа сбора данных, режим

анализа)анализа и метод вычитания базовой
линииAmplification Chart (Диаграмма

Диаграмма амплификации дляамплификации)прогонов, которые содержат данные
количественного анализа

Руководство пользователя | 269

Глава 11 Сведения об анализе данных

Табл. 29. Категории отчетов по анализу данных в списке пунктов, продолжение

Категория

ПунктОписание

Standard Curve ChartДиаграмма стандартной кривой

(Диаграмма стандартной
кривой)Data (Данные)Таблица, в которой перечислены
данные всех лунок

Gene Expression — Bar Chart (Экспрессия генов — гистограмма)Analysis Settings (Настройки

Режим анализа, данные диаграммы,анализа)вариант масштабирования и ошибка
диаграммы

Chart (Диаграмма)Копия гистограммы

Target Names (Названия

Нанесение на график названий

мишеней)мишеней

Sample Names (Названия

Нанесение на график названий пробпроб)
Data (Данные)Таблица, в которой перечислены
данные всех лунок

Target Stability (Стабильность

График значений стабильности

мишени)мишеней

Box-and-Whisker ChartДиаграмма ящик с усами

(Диаграмма ящик с усами)Dot Plot Chart (Точечный

Точечный график

график)Экспрессия гена — кластерграмма и диаграмма рассеяния
Analysis Settings (Настройки

Настройки для каждого типаанализа)диаграммы

Chart (Диаграмма)Копия диаграммы

Data (Данные)Таблица, в которой перечислены
данные для каждой мишени

270 | ПО CFX Maestro Dx SEОтчеты по анализу данных

Табл. 29. Категории отчетов по анализу данных в списке пунктов, продолжение

Категория

ПунктОписание

Gene Expression — ANOVA Data (Экспрессия генов — данные дисперсионного анализа)ANOVA Settings (Настройки

Порог P-значения, используемый вдисперсионного анализа)анализеANOVA Results (Результаты

Таблица результатов дисперсионного

дисперсионного анализа)анализа и апостериорного анализа сосредневзвешенным Тьюки

Melt Curve (Кривая плавления)Analysis Settings (Настройки

Номер этапа плавления и настройка

анализа)планки порога

Melt Curve Chart (Диаграмма

Диаграмма кривой плавления

кривой плавления)График пиков плавления

Диаграмма пика плавления

Data (Данные)Таблица, в которой перечислены
данные всех лунок

Allelic Discrimination (Аллельная дискриминация)Analysis Settings (Настройки

Отображает флуорофоры, циклы ианализа)просмотр карты сигналов

Allelic Discrimination ChartКопия диаграммы аллельной

(Диаграмма аллельной

дискриминации

дискриминации)Data (Данные)Таблица, в которой перечислены
данные всех лунок

End Point (Конечная точка)Analysis Settings (Настройки

Флуорофор, усреднение конечных

анализа)циклов, режим, наименьшее значение
ОЕФ, наибольшее значение ОЕФ изначение отсечения

Руководство пользователя | 271Глава 11 Сведения об анализе данных

Табл. 29. Категории отчетов по анализу данных в списке пунктов, продолжение

Категория

ПунктОписание

Data (Данные)Таблица, в которой перечислены
данные всех лунок

QC Parameters(Параметры
контроля качества)Data (Данные)Таблица с перечислением параметровдля каждого правила контроля
качества

272 | ПО CFX Maestro Dx SEОтчеты по анализу данных

Создание отчета по анализу данных
Структуру отчета можно сохранить как шаблон, который затем можно будет использовать дляпохожих отчетов.

Для создания отчета по анализу данных
1.

Выполните окончательные корректировки содержимого лунок, выбранных лунок, графиков итаблиц в окне Анализ данных до создания отчета.

2.

Выберите Сервис > Отчеты в строке меню окна Анализ данных, чтобы открыть диалоговое
окно Отчет.

3.

Выберите параметры, которые требуется включить в отчет. Отчет откроется с параметрами,выбранными по умолчанию. Установите или снимите флажки для изменения целых категорийили отдельных параметров в категории.
В Табл. 29 на стр. 269 представлен перечень доступных параметров, которые могут
отображаться в отчете.
Примечание Данные, отображаемые в отчете, зависят от текущего выбора на вкладках
окна «Анализ данных». Например, расчетный прогон не может содержать стандартную
кривую, поэтому эти данные не отображаются в окне Анализ данных или в отчете поданным.

4.

Расположите категории и другие элементы отчета в нужном порядке. Перетащите параметрыв нужные места. Порядок элементов можно менять только внутри категорий, к которым онипринадлежат.

5.

(Необязательно) В панели Параметры отчета введите информацию, соответствующую
выбранному параметру.
nВыберите подмножество информации для отображения в отчете.

nВыберите специфические настройки для выбранного параметра.

nИзмените текст для отображения для выбранного параметра.

6.

Нажмите Обновить отчет, чтобы обновить панель предварительного просмотра отчета совсеми изменениями.

7.

Напечатайте или сохраните отчет:a.

Нажмите кнопку Печать отчета на панели управления, чтобы вывести на печать текущий
отчет.

b.

Выберите Файл > Сохранить, чтобы сохранить отчет в файле формате PDF (файл Acrobat
Reader), MHT (документ Microsoft) или MHTML (документ Microsoft) и выбрать

Руководство пользователя | 273Глава 11 Сведения об анализе данных

местоположение для хранения файла.

8.

c.

Выберите место для сохранения файла.

d.

Выберите Файл > Сохранить как, чтобы сохранить отчет с новым именем или в новое
местоположение.

(Необязательно.) Создайте шаблон отчета с нужной информацией. Чтобы сохранить текущие
настройки отчета в шаблоне, выберите Шаблон > Сохранить или Сохранить как. Загрузите
шаблон отчета в следующий раз, когда потребуется создать новый отчет.

274 | ПО CFX Maestro Dx SEОтчеты по анализу данных

Создание отчетов по группе лунокДля создания отчетов по группам лунок
1.

Выберите Инструменты > Отчеты по группам лунок в окне Анализ данных.

2.

В диалоговом окне Отчеты по группам лунок выберите группы лунок, шаги амплификации ишаги плавления для включения в отчет.

3.

Введите путь или перейдите в папку назначения, в которой нужно сохранить отчет.

4.

(Необязательно) Выберите Выбрать шаблон отчета и перейдите к папке файла шаблона.

5.

(Необязательно) Выберите Открыть папку назначения, чтобы открыть папку и просмотреть
отчеты после их создания.

6.

Щелкните Создать отчеты.

Руководство пользователя | 275Глава 11 Сведения об анализе данных

276 | ПО CFX Maestro Dx SEГлава 12 Анализ экспрессии генов
Посредством использования в реакциях контролей, прошедших жесткий отбор, вы можете
проводить анализ экспрессии генов с помощью ПО CFX Maestro Dx, Security Edition длянормализации относительных различий в концентрации мишени между пробами. Обычно уровни
экспрессии для одного или нескольких референсных генов используются для нормализации
уровней экспрессии интересующего гена. Референсные гены позволяют учесть различия впроцедуре загрузки и другие отличия проб друг от друга, их уровни экспрессии не должны
меняться в рамках исследуемой биологической системы.
Выберите вкладку Экспрессия гена в окне Анализ данных для оценки относительных различий
между реакциями ПЦР в двух или более лунках на плашке. Например, можно оценить
относительное число вирусных геномов или относительные числа трансфицированных
последовательностей в реакции ПЦР. Наиболее частым применением исследования экспрессии
гена является сравнение концентраций кДНК в более чем одной реакции для оценки уровня
стабильности мРНК.
Программа рассчитывает относительный уровень экспрессии мишени по одному из следующих
сценариев.
nОтносительный уровень экспрессии последовательности-мишени (Мишень 1) относительно
другой мишени (Мишень 2); например, количество одного гена относительно другого гена водних условиях обработки пробы.

nОтносительный уровень экспрессии одной последовательности-мишени в одной пробе присравнении с той же мишенью при другой обработке; например, относительное количество
одного гена относительно себя же при разных временных, географических условиях илиусловиях развития.

Настройка плашки для анализа экспрессии геновДля выполнения анализа экспрессии генов лунки должны содержатьnДве или более мишеней — эти две мишени представляют собой разные амплифицированные
гены или последовательности в ваших пробах

nОдна или несколько референсных мишеней — по крайней мере одна мишень должна
являться референсной мишенью для нормализованной экспрессии. Назначьте всереференсные мишени в окне Настройки эксперимента для анализа данных в режиме

Руководство пользователя | 277Глава 12 Анализ экспрессии генов

Нормализованная экспрессия (ΔΔCq). Прогоны, которые не содержат референса, необходимо
анализировать в режиме относительной экспрессии (ΔCq).
nОбщие пробы — для просмотра графических данных во вкладке Экспрессия гена реакции
должны содержать общие пробы (не менее двух). Эти пробы должны представлять различные
обработки или условия для каждой из исследуемых последовательностей мишеней. Задайте
контрольную пробу (необязательно) в окне Настройки эксперимента. Если контроль невыбран, программа использует наименьшее значение Cq как контроль.

Требования к заданию параметров плашки для исследования экспрессии генов в редакторе
плашки зависят от того, какая ПЦР будет проводиться – синглплексная ПЦР с одним
флуорофором или мультиплексная ПЦР с несколькими флуорофорами.

Настройка плашки с подсказками
Если схема плашки из файла данных не содержит необходимой для анализа информации, навкладке Экспрессия гена (если она выбрана) будет отображаться гистограмма с инструкциями повводу этой информации. Для нормализованной экспрессии генов выполните следующие шаги.
1.

2.

Определите имена Мишени и Пробы с помощью одного из следующих вариантов:nСоздание плашки — откроется окно Редактор плашки.

nЗаменить файл плашки —открывает обозреватель Выбрать плашку, в котором можно
перейти к ранее сохраненному файлу плашки, и заменить этим файлом текущую схему
плашки.

nЗаменить файл PrimePCR — открывает диалоговое окно Выбрать файл PrimePCR, вкотором можно перейти к ранее сохраненному файлу прогона PrimePCR и применить его ксхеме плашки.

Выберите одну или несколько референсных мишеней и контрольных проб, используя
диалоговое окно Настройки эксперимента.
Если схема плашки уже содержит информацию о мишени и пробе, требуется только второй
шаг, и он выделен оранжевым цветом. Анализ нормализованной экспрессии генов
невозможен без выполнения этого шага.
Примечание Данные диаграммы рассеяния и кластерграммы отображаются только в томслучае, если выполнены все требования анализа нормализованной экспрессии гена,перечисленные в разделе «Схема плашки» для анализа экспрессии гена.

278 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики Экспрессия генаГрафики Экспрессия генаCFX Maestro Dx SE отображает данные экспрессии гена в нескольких представлениях. В Табл. 30
перечислены варианты диаграмм, имеющиеся в программе.
Табл. 30. Варианты диаграмм экспрессии генов

Кнопка

Название

Функция

Построение графиков

Отображает данные нормализованной
экспрессии гена в одном из следующих
представлений.
n Гистограмма (по умолчанию)n Диаграмма типа «ящик с усами»n Точечный график

Кластерграмма

Отображение данных нормализованной
экспрессии в иерархическом порядке наоснове степени сходства экспрессии дляразличных мишеней и проб.

График рассеяния

Отображение нормализованной экспрессии
мишеней для контроля в сравнении сэкспериментальной пробой.

ANOVA (ДИСПЕРСИОННЫЙ

Отображает результаты однофакторного

АНАЛИЗ)дисперсионного анализа по данным
экспрессии гена с использованием
следующих пакетов R для выполнения
дисперсионного анализа и определения
результатов Тьюки:n Сопровождение прикладного
регрессионного анализа (Companion to
Applied Regression, car)n Среднеквадратичное среднее (lsmeans)Инструмент выбора

(Доступен на вкладке Анализ исследования

референсного генав окне Исследование гена) Идентифицирует
исследуемые референсные гены и относитих к категориям Идеальный, Приемлемыйили Нестабильный на основании ихстабильности.

Руководство пользователя | 279Глава 12 Анализ экспрессии генов

Табл. 30. Варианты диаграмм экспрессии генов, продолжение

Кнопка

Название

Функция

Анализ контрольных проб(Доступно на вкладке Study Analysis (Анализ

PrimePCRэксперимента) в окне Gene Study(Исследование генов)) Отображение
результатов исследованных проб.

280 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Графики

Относительная экспрессия мишеней отображается в двух представлениях.
nДиаграмма экспрессии генов — отображает данные ПЦР в режиме реального времени однимиз следующих способов.
o

ΔΔCq — относительная нормализованная экспрессия, рассчитанная с помощью контрольных проби референсных мишеней.

o

ΔCq — относительное количество целевого гена в пробе по отношению к контрольной
пробе.

Для получения дополнительной информации о просмотре данных см. Изменение ианнотирование представления диаграммы на стр. 283.
nТаблица — электронная таблица данных экспрессии гена.
Пояснение. Нажмите правой кнопкой мыши на любую диаграмму или таблицу дляоткрытия параметров. Чтобы открыть Редактор плашки для изменения содержимого
лунок плашки, в раскрывающемся меню Схема плашки выберите пункт
Просмотр/редактирование плашки.
Пояснение. Выберите Сортировка из раскрывающегося меню для изменения порядка
имен мишени и пробы на графике.

Руководство пользователя | 281

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Нормализованная экспрессия геновДля нормализации данных используйте измеренный уровень экспрессии одного или нескольких
референсных генов как коэффициент нормализации. Референсные гены являются мишенями, нерегулируемыми в изучаемой биологической системе, например, актин, GAPDH или тубулин.

Для настройки анализа нормализованной экспрессии генов (ΔΔCq) выполните
следующие действия.
1.

Откройте файл данных (с расширением .pcrd).

2.

Просмотрите данные на вкладке Количественный анализ окна Анализ данных. Отрегулируйте
данные, например: измените порог или режим анализа.

3.

Выберите вкладку Экспрессия гена.

4.

На вкладке Экспрессия гена щелкните Настройки эксперимента.

5.

В диалоговом окне Настройки эксперимента выполните следующие действия.

6.

a.

Выберите вкладку Пробы и выберите контрольную пробу. Когда назначена контрольная проба,CFX Maestro Dx SE нормализует относительные количества для всех генов по контрольному
количеству, для которого задан уровень 1.

b.

Выберите вкладку Мишень и выберите референсные гены. Для анализа экспрессии генов
необходимо выбрать один референсный ген среди мишеней в анализируемых пробах.

Выберите режим Нормализованная экспрессия (ΔΔCq), если он еще не выбран, и просмотрите
уровни экспрессии на вкладке Экспрессия гена.
Примечание Для настройки схемы плашки для анализа нормализованной экспрессии
гена также можно использовать Мастер запуска.

Относительное количествоПо определению данные относительного количества (ΔCq) не нормализованы. Этот способ
используют для количественной оценки проб, которые не содержат никаких референсных генов
(мишеней). Как правило, при настройке прогона исследователи исходят из одного из следующих
соображений.
nКаждая проба содержит одинаковое количество РНК или кДНК в каждой лунке.

nПосле прогона любая вариация в количестве загруженной биологической пробы будет
нормализована некоторым способом при анализе данных вне программного обеспечения.
Например, исследователь может предпочесть разделить значение относительного количествана фактор нормализации, такой как масса нуклеиновых кислот, загруженных для каждой пробы,или количество клеток, из которых была выделена нуклеиновая кислота.

282 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Чтобы выполнить анализ относительного количества (ΔCq)
uНа вкладке Экспрессия гена выберите Относительное количество (ΔCq) из раскрывающегося
списка Режим в правой панели.
Пояснение. Для сравнения результатов с данными из других прогонов экспрессии гена,откройте новое исследование гена или добавьте файл данных к существующему
исследованию гена.

Изменение и аннотирование представления диаграммы
Используя параметры меню панели управления гистограммы и инструменты графика анализа
данных, можно изменить представление графика, снабдить каждый график аннотацией иизменить отображение графика. Панель управления графиками отображается между графиком итаблицей анализа данных в нижней части экрана.

Инструменты панели управления диаграммой
Пояснение. Информацию об инструментах для диаграммы, которые отображаются в правой
части диаграмм анализа данных см. в разд. Диаграммы на стр. 220.
Панель управления под диаграммами предлагает быстрый доступ к инструментам аннотирования.

В Табл. 31 представлен перечень функций кнопок панели инструментов для диаграмм.

Руководство пользователя | 283

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Табл. 31. Панель инструментов для диаграмм

Кнопка

Название

Функция

Bar chart (Гистограмма)Отображение относительной
экспрессии мишеней.

Диаграмма типа «ящик с усами»Отображение данных в видедиапазона квартилей (см.
подробную информацию орасчетах в разделе Расчеты длядиаграммы «ящик с усами» на стр.
326).
Примечание. Доступно только втом случае, если для параметра
Analyze Using (Анализ сиспользованием...) выбрано
значение Biological Groups Only(Только биологические группы).

Точечная диаграмма

Отображает отдельные точки
данных пробы для каждой
мишени.
Примечание. Доступно только втом случае, если для параметра
Analyze Using (Анализ сиспользованием...) выбрано
значение Biological Groups Only(Только биологические группы).

Добавить стрелку

Добавление стрелки к активной
диаграмме.

Add Circle (Добавить круг)Выделение области на активной
диаграмме.

Add Text (Добавить текст)Вставка в активную диаграмму
текстового поля, в которое можно
ввести текстовый комментарий кэлементам диаграммы,представляющим интерес.

284 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Табл. 31. Панель инструментов для диаграмм, продолжение

Кнопка

Название

Функция

Undo (Отменить)Удаление или восстановление
последней аннотации к активной
диаграмме.

Redo (Вернуть)Восстановление последнего
отмененного действия с активной
диаграммой.

Clear All (Очистить все)Удаление всех аннотаций кактивной диаграмме.

Сортировка данных мишени, пробы и биологической группы
Примечание Эта функция доступна только на диаграммах экспрессии генов.
По умолчанию списки «Мишени», «Пробы» и «Биологические группы» отображаются валфавитном порядке. С помощью диалогового окна Сортировка можно выбрать отображение вобратном порядке или вручную переместить элемент в другую позицию в списке.

Для сортировки данных мишеней, проб и биологических групп выполните следующие
действия
1.

В разделе «Инструменты графика» щелкните «Сортировка».
Откроется диалоговое окно Сортировка графика вкладки Экспрессия гена.

Руководство пользователя | 285Глава 12 Анализ экспрессии генов

2.

В диалоговом окне щелкните Z-A для сортировки списка в обратном порядке.

3.

Чтобы вручную переместить элемент, выберите его и нажмите соответствующую кнопку
между диаграммами.

4.

nНажмите стрелку ВВЕРХ или стрелку ВНИЗ, чтобы переместить выбранный элемент наодну позицию.

nНажмите стрелку ВВЕРХ С ЧЕРТОЧКОЙ или стрелку ВНИЗ С ЧЕРТОЧКОЙ, чтобы
переместить выбранный элемент в верх или в низ списка.

Нажмите OK, чтобы сохранить изменения и вернуться на вкладку Gene Expression(Экспрессия генов).

286 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Изменение настроек цвета мишени, пробы и биологической группы
Используйте диалоговое окно Настройки цвета, чтобы изменить цвет мишени, пробы илибиологической группы или удалить элемент с графика.

Порядок изменения настроек цвета мишени
1.

Проверьте, что на правой панели в диалоговом окне Gene Expression (Экспрессия генов)появилась проба в выпадающем списке X-Axis (Ось X).

2.

В инструментах диаграммы выберите Color Settings (Настройки цвета).
Появится диалоговое окно Color Settings (Настройки цвета).

3.

Чтобы изменить цвет отображения мишени, щелкните ее цвет в столбце Color (Цвет).

4.

В появившемся диалоговом окне Color (Цвет) выберите новый цвет и нажмите кнопку OK.

5.

Чтобы удалить мишень с графика экспрессии гена, снимите ее флажок в столбце Show Chart(Показать диаграмму).
Пояснение. Чтобы удалить все мишени, снимите флажок Show Chart (Показать
диаграмму) в заголовке столбца.

6.

(Необязательно.) По умолчанию столбики отображаются сплошными цветами. Чтобы цветстолбиков отображался в градиентном виде, снимите флажок в поле Use Solid Colors(Использовать сплошные цвета).

7.

Нажмите OK, чтобы сохранить изменения и вернуться на вкладку Gene Expression(Экспрессия генов).

Порядок изменения настроек цвета пробы или биологической группы
1.

Проверьте, что на правой панели в диалоговом окне Gene Expression (Экспрессия генов)появилась мишень в выпадающем списке X-Axis (Ось X).

2.

Выполните шаги из раздела Порядок изменения настроек цвета мишени на стр. 287.

Изменение представления диаграммы
Порядок изменения текущего представления диаграммы:uВыберите команду меню панели инструментов для нужного представления.

Примечание Вкладка Gene Expression (Экспрессия генов) по умолчанию всегда открываетсяс отображением данных в виде Bar Chart (Гистограмма).

Руководство пользователя | 287Глава 12 Анализ экспрессии генов

Исключение выбросовНа диаграмме Dot Plot (Точечный график) можно просматривать выбросы (резко отклоняющиеся
значения) и исключать их из анализа.

Порядок исключения выбросовuНа диаграмме Dot Plot (Точечный график) правой кнопкой мыши нажмите на нужный выброс ивыберите Exclude Well from Analysis (Исключить лунку из анализа).

Это точка данных будет удалена из диаграммы Dot Plot (Точечный график), а лунка в окне Well
Selector (Селектор лунок) на вкладке Quantification (Количественный анализ) изменит свой цвет насерый.

Порядок добавления исключенного выбросаuНа вкладке Quantification (Количественный анализ) правой кнопкой мыши нажмите на лунку вокне Well Selector (Селектор лунок) и выберите Well (Лунка) > Include in Analysis (Включить ванализ).

Просмотр подробной информации об элементе данныхДля просмотра подробной информации об элементе данных выполните следующие
действия.
uНа диаграмме типа «ящик с усами» или на точечной диаграмме остановите курсор наотдельной точке данных.

Отобразится всплывающая подсказка с названием пробы и ее значением экспрессии
(относительное количество либо нормализованная экспрессия в зависимости от выбранного
режима).

Аннотирование диаграмм
Пользователь может добавлять стрелки, выделять область и добавлять текст в любом видеотображения гистограммы для более наглядного представления данных. Аннотации сохраняются
вместе с гистограммой и отображаются в экспортированном и напечатанном файле. Однако

288 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

аннотации к одному виду представления диаграммы не добавляются к другим видам
представления диаграммы.

Порядок добавления стрелки или выделения области на диаграмме
1.

На панели инструментов гистограммы нажмите на соответствующий инструмент.

2.

Нажмите на гистограмму и перемещайте по ней курсор в нужное положение.

Порядок добавления текста к диаграмме
1.

На панели инструментов гистограммы нажмите Add Text (Добавить текст).

2.

Нажмите на гистограмму. В этом месте появится текстовое окно.

3.

Введите текст в текстовом окне.

4.

Нажмите на любое место на диаграмме, чтобы выйти из текстового окна.
Пояснение. Нажмите Ввод, чтобы добавить несколько строк в текстовое поле.

Порядок перемещения аннотации
1.

Наведите курсор на аннотацию. Значок курсора поменяется на изображение пальца, а также
выделится граница аннотации.

2.

Нажмите на аннотацию и перетащите ее в другое место.

3.

Отпустите аннотацию, чтобы закрепить ее на месте.

Порядок отмены ввода аннотацииuНажмите Undo (Отменить).
Будет удалена аннотация, добавленная последней.
Пояснение. Можно удалять аннотации по одной, до десяти последних аннотаций.

Чтобы отменить удаление аннотации, выполните следующие действияuЩелкните Повторить.
Последняя удаленная аннотация будет возвращена.
Пояснение. Можно отменять удаление аннотаций по одной, до десяти последних
аннотаций.

Порядок удаления аннотацииuНажмите правой кнопкой мыши на аннотацию и выберите Delete (Удалить).

Руководство пользователя | 289

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Коррекция данных экспрессии генов
Выбрав режим анализа (нормализованная экспрессия (∆∆Cq) или относительное количество(∆Cq)), скорректируйте данные, доступные для просмотра на вкладке Экспрессия гена, путем
изменения настроек параметров справа от графика.
Пояснение. Используемые по умолчанию параметры данных Gene Expression (Экспрессия генов)можно задать в диалоговом окне User Preferences (Настройки пользователя) (см. разд. Настройка
параметров по умолчанию для файла данных экспрессии генов на стр. 102).

Данные графика
Чтобы включить параметры данных графика, установите значение оси Y на шкалу Linear(Линейная). Параметры данных графика позволяют представлять данные на графике, используя
один из следующих вариантов:nОтносительно контроля — построение графика с масштабом осей от 0 до 1. Если в вашем
прогоне назначена контрольная проба, выберите этот вариант для быстрой визуализации
повышающей и понижающей регуляции мишени.

nОтносительно нуля — построение графика по данным с началом в нулевой точке.

Анализ с использованием...
Для выбора порядка анализа данных и построения их графиков используйте раскрывающееся
меню. Возможные варианты:n

Samples Only (Только пробы) — анализ данных и построение их графиков для каждой пробы.

nBiological Groups Only (Только биологические группы) — анализ данных и построение ихграфиков для каждой биологической группы. Экспрессия, отображаемая для биологической
группы, представляет собой среднее геометрическое для проб в этой группе.

n

Sample Biological Group (Биологическая группа пробы) — анализ данных и построение ихграфиков для каждой пробы с присоединением биологической группы после названия пробы.
Отображаемые P-Value (P-значения) вычисляют на основе биологической группы.

nBiological Group Sample (Проба биологической группы) — анализ данных и построение ихграфиков для каждой пробы с присоединением биологической группы перед названием
пробы. Отображаемые P-Value (P-значения) вычисляют на основе биологической группы.

Используйте раскрывающееся меню , чтобы выбрать пробу, которая будет использоваться длянормализации относительного количества:290 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Аннотирование P-Value и порога P-ValueПри выборе аннотирования P-Value программное обеспечение отображает звездочку (*) нагистограмме над мишенью, если P-Value ниже выбранного порога. Программное обеспечение
автоматически вычисляет значение P-Value путем сравнения уровня экспрессии пробы с уровнем
экспрессии выбранного контрольной пробы, используя стандартный критерий Стьюдента. Порог
P-Value может находиться в диапазоне от 0,000 до 1,000.

Параметры оси X
Параметры оси X позволяют выбрать данные оси Х графика Экспрессия гена:nМишень — отображает имена мишеней на оси x.

nПроба — отображает имена проб на оси x.

Параметры оси YПараметры оси Y позволяют использовать одну из трех шкал для графика экспрессии гена:nLinear (Линейная) — выберите этот вариант для отображения линейной шкалы.
Пояснение. Если выбрать значение Линейная для оси y, становится доступен
раскрывающийся список Данные графика, из которого можно выбрать построение
графика данных относительно контроля или относительно нуля.

n

Log 2 — выберите этот вариант для оценки проб по большему динамическому диапазону.

n

Log 10 — выберите этот вариант для оценки проб по очень большому динамическому
диапазону.

Варианты масштабирования
Выберите Нормализованная экспрессия гена (ΔΔCq) и задайте для значение Нет, чтобы
разрешить параметры масштабирования на графике экспрессии гена. Выберите один изследующих вариантов масштабирования для вычисления и отображения данных в удобном
формате.
nБез масштабирования — этот параметр представляет немасштабированную
нормализованную экспрессию гена.

nНаибольшее — нормализованная экспрессия гена для каждой мишени пересчитывается
следующим образом: уровень экспрессии каждой пробы делится на наибольшее значение
экспрессии во всех пробах.
В этом варианте масштабирования используется формула масштабирования по наивысшим
значениям.

Руководство пользователя | 291

Глава 12 Анализ экспрессии генов

nНаименьшее — нормализованная экспрессия гена для каждой мишени пересчитывается
следующим образом: уровень экспрессии каждой пробы делится на наименьшее значение
экспрессии во всех пробах.
В этом варианте масштабирования используется формула масштабирования по наименьшим
значениям.

nСреднее — масштабирование нормализованной экспрессии гена каждой мишени: уровень
экспрессии каждой пробы делится на среднее геометрическое уровня экспрессии во всехпробах.
В этом варианте масштабирования используется формула масштабирования по средним
значениям.

Выберите параметр для типа вычислений ошибки (полос ошибки) на графике Экспрессия гена:Множитель планки погрешности диаграммы
Выберите коэффициент для полос ошибки на графике Экспрессия гена. Выберите одно изследующих целых чисел:n+/– 1 (по умолчанию)

n

2

n

3

Тип коэффициента меняется при выборе пункта «Полоса ошибки»:nСтанд. ошибк. среднего — для стандартной ошибки среднего

nСтанд. откл. — для стандартного отклонения

Условия эксперимента
Пояснение. Это диалоговое окно также доступно в Редакторе плашки. Для получения
дополнительной информации см. разд. Изменение условий эксперимента на стр. 164.
В диалоговом окне «Настройки эксперимента» можно просмотреть или изменить список мишеней,проб или биологических групп, выбрать референсные гены или установить группу «Анализ
экспрессии гена» для анализа, если к лункам добавлены биологические группы.

Чтобы открыть диалоговое окно Настройки эксперимента, выполните следующие
действияuНа вкладке «Графики» щелкните «Настройки эксперимента» в нижней части правой панели.
Отобразится диалоговое окно Настройки эксперимента со вкладкой Мишени.

292 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Чтобы корректировать настройки мишеней, выполните следующие действияuНа вкладке Мишени выполните одно из следующих действий.
nЧтобы выбрать мишень или ссылку для анализа экспрессии гена, выберите ее имя встолбце Ссылка.

nЧтобы изменить цвет мишени, щелкните ее ячейку в столбце Цвет и измените цвет воткрывшемся диалоговом окне Цвет.
Изменение цвета отображается на графиках Экспрессия гена.

nЧтобы использовать ранее определенное значение эффективности, снимите флажок
мишени в столбце Автоэффективность и введите номер для процента эффективности
мишени.
Программа вычисляет относительную эффективность для мишени с помощью
Автоэффективности, если данные для мишени содержат стандартную кривую.

Чтобы скорректировать настройки пробы, выполните следующие действияuВо вкладке Мишени выполните одно из следующих действий.
nЧтобы выбрать пробу как контрольную пробу для анализа экспрессии гена, выберите ееимя в столбце Контроль.

nЧтобы изменить цвет пробы, щелкните ее ячейку в столбце Цвет и измените цвет воткрывшемся диалоговом окне Цвет.
Изменение цвета отображается на графиках Экспрессия гена.

nЧтобы отобразить пробу на графиках Экспрессия гена, выберите ее в столбце Показать
график.

nЧтобы удалить пробу с графиков Экспрессия гена, снимите ее флажок в столбце Показать
график.
Пояснение. Данные пробы останутся в таблице Результаты.

Чтобы исключить тип пробы из расчетов анализа, выполните следующие действияuВыберите флажок для него в нижней части диалогового окна Настройки эксперимента.
Примечание Это исключает контрольные пробы и/или стандарты из анализа экспрессии
гена.

Руководство пользователя | 293Глава 12 Анализ экспрессии генов

Пункты контекстного менюПравой кнопкой мыши нажмите на диаграмму экспрессии генов, чтобы выбрать пункты, указанныев Табл. 32.
Табл. 32. Пункты контекстного меню экспрессии генов

ПунктФункция

Copy (Копировать)Копирование диаграммы в буфер обмена.

Save Image As (Сохранить

Сохраняет график в графический файл. Установите разрешение иизображение как)размеры изображения и выберите тип файла (PNG, JPG, или
BMP).

Параметры страницы

Выбор настроек страницы для печати.

Print (Печать)Печать диаграммы.

Set Scale to DefaultПоказывает все данные на гистограмме. Полоса прокрутки

(Установить масштаб поотображает полосу прокрутки при большом количестве проб,умолчанию)сохраняя минимальную ширину столбцов на диаграмме.

Настройки диаграммы

Открывает окно Настройки графика для корректировки графика.

Sort (Сортировать)Сортировка порядка появления проб или мишеней на оси X
диаграммы.

Use Corrected Std Devs

Вычисление планок погрешности с помощью формулы

(Использовать исправленные

исправленных стандартных отклонений.

стандартные отклонения)Use Solid Bar ColorsОтображение сплошных цветов на диаграмме.

(Использовать сплошные
цвета столбиков)X–Axis Labels (Метки оси X)

294 | ПО CFX Maestro Dx SEОтображение меток оси X в горизонтальном или наклонном виде.

Графики

Таблица данныхВ Табл. 33 приводится перечень данных, отображаемых в табл. данных Gene Expression(Экспрессия генов).
Примечание Значения в таблице рассчитываются на основании типа графика ипредпочтений, выбранных в правой панели.
Табл. 33. Описание информации в таблице на вкладке

Информация

Описание

Target (Мишень)Имя мишени (амплифицированного гена), выбранное в окнеНастройки эксперимента.

Biological GroupИмя пробы и/или биологической группы, выбранное в окне(Биологическая группа)Настройки эксперимента.

Sample Biological Group(Биологическая группа пробы)Biological Group Sample (Проба
биологической группы)КонтрольИмя контроля, выбранное в окне Настройки эксперимента. Если всписке Анализировать с помощью выбран параметр Только
пробы, контрольным значением будет проба, выбранная в окнеНастройки эксперимента. Если выбрано Biological Groups Only(Только биологические группы), Sample Biological Group(Биологическая группа пробы) или Biological Group Sample (Проба
биологической группы), контроль представляет собой
биологическую группу, выбранную в окне Experiment Settings(Условия эксперимента).

Относительное количество

Относительное количество (ΔCq) или Нормализованная

илиэкспрессия гена (ΔΔCq), в зависимости от выбранного режима.

экспрессия

Руководство пользователя | 295Глава 12 Анализ экспрессии генов

Информация

Описание

Relative Quantity or ExpressionСтандартная ошибка среднего (SEM) или стандартное

SEM (or SD) (SEM (или SD)отклонение (SD) относительного количества илиотносительного количества

нормализованной экспрессии, в зависимости от выбранногоили экспрессии)варианта. Доступно только в том случае, если для параметра
Analyze Using (Анализ с использованием...) выбрано значение
Samples Only (Только пробы), Sample Biological Group(Биологическая группа пробы) или Biological Group Sample (Проба
биологической группы).

Corrected Quantity orРасчет скорректированного значения для SEM или SD

Expression SEM (or SD)относительного количества или нормализованной экспрессии, в(Скорректированная SEM (илизависимости от выбранного варианта. Доступно только в томSD) относительного

случае, если для параметра Analyze Using (Анализ сколичества или экспрессии)использованием...) выбрано значение Samples Only (Только
пробы), Sample Biological Group (Биологическая группа пробы)или Biological Group Sample (Проба биологической группы).

Mean Cq (Среднее Cq)

Среднее цикла расчета (не отображается, если в списке
Анализировать с помощью выбран параметр Только
биологические группы).

Cq SEM (or SD) (SEM (или SD)

SEM или SD цикла расчета (не отображается, если в списке

Cq)

Анализировать с помощью выбран параметр Только
биологические группы).

296 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Пункт Show Details (Показать детали)В Табл. 34 приводится перечень данных, отображаемых при выборе пункта Show Details (Показать
детали) в контекстном меню табл., сопровождающей гистограмму.
Табл. 34. Информация в электронной табл. гистограммы при выбранном флажке «Подробнее»Информация

Описание

Data Set (Набор данных)Данные о флуоресценции от одного флуорофора в файле данных

Relative QuantityРассчитанное относительное количество проб(Относительное количество)Relative Quantity SD (SDСтандартное отклонение расчета относительного количества

относительного количества)Corrected Relative Quantity SDРассчитанное стандартное отклонение скорректированного

(SD скорректированного

относительного количества

относительного количества)Relative Quantity SEM (SEMСтандартная ошибка среднего расчета относительного

относительного количества)количества

Corrected Relative QuantityРассчитанная стандартная ошибка среднего скорректированного

SEM (SEM

относительного количества

скорректированного
относительного количества)Относительное количество(lg)Log2 относительного количества, используемый длястатистического анализаSD RQ(lg)Стандартное отклонение относительного количества (log2)

SEM экспрессии(lg)Стандартная ошибка среднего экспрессии (log2)

Unscaled ExpressionРассчитанная немасштабированная экспрессия

(Немасштабированная
экспрессия)Unscaled Expression SD (SDРассчитанное стандартное отклонение немасштабированной

немасштабированной

экспрессии

экспрессии)Руководство пользователя | 297

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Табл. 34. Информация в электронной табл. гистограммы при выбранном флажке «Подробнее», продолжение

Информация

Описание

Corrected Unscaled ExpressionРассчитанное стандартное отклонение скорректированной

SD (SD скорректированной

немасштабированной экспрессии

немасштабированной
экспрессии)Unscaled Expression SEM (SEMРассчитанная стандартная ошибка среднего

немасштабированной

немасштабированной экспрессии

экспрессии)Corrected Unscaled ExpressionРассчитанная стандартная ошибка среднего скорректированной

SEM (SEM скорректированной

немасштабированной экспрессии

немасштабированной
экспрессии)Немасштабированная

Log2 немасштабированной экспрессии

экспрессия(lg)
SD Unscaled Expression(lg) (SDСтандартное отклонение немасштабированной экспрессии (log2)немасштабированной
экспрессии (lg))
SEM немасштабированной

Стандартная ошибка среднего немасштабированной экспрессии

экспрессии(lg)(log2)

Экспрессия

Нормализованная экспрессия генаCorrected Expression SD (SDВычисленное стандартное отклонение скорректированной

скорректированной

экспрессии

экспрессии)Expression SEM (SEMСтандартная ошибка среднего экспрессии

экспрессии)Corrected Expression SEMВычисленная стандартная ошибка скорректированной экспрессии

(SEM скорректированной
экспрессии)Экспрессия(lg)Log2 экспрессии (нормализованной экспрессии), используемыйдля статистического анализа

298 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафики

Табл. 34. Информация в электронной табл. гистограммы при выбранном флажке «Подробнее», продолжение

Информация

ОписаниеSD Expression(lg) (SDСтандартное отклонение экспрессии (log2)экспрессии (lg))
SEM экспрессии(lg)Стандартная ошибка среднего экспрессии (log2)

Mean Cq (Среднее Cq)

Среднее цикла расчета

Cq SD

Стандартное отклонение цикла расчета

Cq SEMСтандартная ошибка среднего цикла расчета

Руководство пользователя | 299

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Кластерграмма
График по кластерам отображает данные в иерархическом порядке на основании степени
схожести экспрессии различных мишеней и проб.
Примечание Для отображения любых графиков (кроме относительной экспрессии длягистограмм) необходимо выбрать референсную мишень.
Изображение кластерграммы показывает относительную экспрессию пробы или мишени
следующим образом:nположительная регуляция (красный цвет) — повышенная экспрессия;nотрицательная регуляция (синий цвет) — пониженная экспрессия;nотсутствие регуляции (черный цвет);nзначение не вычислено (черный цвет с белым значком X).

Чем светлее оттенок цвета, тем больше разница в относительной экспрессии. Если значение
нормализованной Cq не рассчитывается, прямоугольник будет черным с белой осью X.
Снаружи по краям графика данных находится дендрограмма, которая указывает иерархию
разбиения на кластеры. Мишени или пробы, которые обладают сходными профилями экспрессии,будут иметь соседние ветви, тогда как мишени или пробы с несходными профилями будут более
отдаленными.

Настройки
Можно устанавливать следующие параметры:nГруппировка — выберите Мишени, Пробы, Оба варианта или НетnРазмер — регулирует размер изображения и меняет степень увеличения диаграммы.

nРазделять реплики — отображает значения отдельных реплик.

Пояснение. Цветовую гамму можно переключить с красно-зеленой (по умолчанию) на красносинюю, выбрав соответствующий пункт раскрывающегося меню из этих графиков.

Пункты контекстного менюОпции меню, открывающегося по нажатию правой клавиши мыши, для графиков по кластерам
такие же, как для гистограммы. Доступные параметры см. в Табл. 32 на стр. 294. Кроме того,выберите Цветовая гамма, чтобы изменить понижающую регуляцию-экспрессию сКрасной/Зеленой по умолчанию на Красную/Синюю на графике.

300 | ПО CFX Maestro Dx SEКластерграмма

Таблица данныхВ электронной таблице отображаются значения для мишени, пробы и нормализованной
экспрессии.

Руководство пользователя | 301Глава 12 Анализ экспрессии генов

График рассеяния
Диаграмма рассеяния отображает нормализованную экспрессию мишеней для контроля относительно
исследуемой пробы. Линии на графике отображают порог кратного изменения. Точки данных между
линиями указывают, что разница в экспрессии этого (гена) мишени между пробами пренебрежимо мала.
Точки данных вне линий превосходят порог кратного изменения и могут представлять интерес дляизучения.
График отображает следующие изменения в экспрессии мишеней на основании кратности изменения
порога:nположительная регуляция (красный круг) — сравнительно повышенная экспрессия;nотрицательная регуляция (зеленый или синий круг) — сравнительно пониженная экспрессия;nотсутствие изменения (черный круг).

Щелкните кнопкой мыши на любой пороговой линии и перетащите ее для корректировки значения
порогового уровня кратного изменения.

Настройки
Можно устанавливать следующие параметры:nControl Sample (Контрольная проба)nExperimental Sample (Экспериментальная проба);nПорог кратности изменения. При увеличении или уменьшении значения порога кратности
изменения пороговые линии на графике перемещаются соответственно.

Пункты контекстного менюОпции меню, открывающегося по нажатию правой клавиши мыши, для диаграммы рассеяния,такие же, как для гистограммы. Доступные параметры см. в Табл. 32 на стр. 294. Кроме того,выберите Символ для изменения символа, используемого на графике, вместо кружка поумолчанию на один из следующих:nТреугольник

nКрестик

nКвадрат

nРомб

302 | ПО CFX Maestro Dx SEГрафик рассеяния

Таблица данныхВ этой таблице отображаются значения для мишени и нормализованная экспрессия дляконтрольных и экспериментальных проб. Она также указывает, выполнялась ли повышающая илипонижающая регуляция мишеней по сравнению с целевой регуляцией.

Руководство пользователя | 303Глава 12 Анализ экспрессии генов

Таблица Results (Результаты)Таблица результатов обобщает данные по всем графикам. В Табл. 35 приводится перечень
данных, отображаемых в табл. Results (Результаты).
Табл. 35. Информация на вклад. Results (Результаты)Информация

Описание

Target (Мишень)Название мишени (амплифицированного гена)Sample (Проба)Название пробыMean Cq (Среднее Cq)

Среднее цикла количественного анализа

Среднее Cq

Среднее цикла количественного анализа после коррекции сскорректированной

учетом эффективности реакции

эффективности
Нормализованная экспрессия

Экспрессия мишени, нормализованная относительно
референсной мишени (ΔΔCq)

Relative Normalized ExpressionЭкспрессия, нормализованная относительно контрольной пробы;(Относительная

называется также «кратным изменением»нормализованая экспрессия)Regulation (Регуляция)Изменение экспрессии относительно контрольной пробы

Compared to RegulationПоложительная или отрицательная регуляция

Threshold (В сравнении сэкспериментальной пробы на основе настройки порога

порогом регуляции)Примечание Данные реплик отображаются только в таблицах вкладок анализа данных, вкоторых выбран параметр Разделять реплики (например, График по кластерам). Если вкачестве контрольной пробы на гистограмме выбрано «нет», возможны расхождения между
данными экспрессии в таблицах анализа экспрессии гена.

304 | ПО CFX Maestro Dx SEИсследование генов

Исследование генов
Создайте исследование гена для сравнения данных экспрессии гена одного или нескольких
экспериментов ПЦР в реальном времени с помощью калибратора между прогонами длянормализации данных между экспериментами. Создавайте исследование генов путем добавления
данных из одного или более файлов данных (с расширением .pcrd) в исследование генов.
Программное обеспечение объединяет их в один файл (с расширением .mgxd).
Примечание Максимальное количество проб, которое можно проанализировать висследовании гена, ограничено объемом ОЗУ и виртуальной памяти компьютера.

Калибровка между прогонами
Попытка калибровки между прогонами автоматически проводится в каждом исследовании генадля каждой мишени для нормализации колебаний между прогонами между мишенями, анализ
которых проводится в отдельных прогонах ПЦР (то есть, в других файлах .pcrd, созданных наосновании других плашек).
Чтобы программное обеспечение распознавало пробу как калибратор между прогонами, у неедолжно быть такое же имя мишени, такое же имя пробы и, если используется, такое же имябиологического набора для всех сравниваемых плашек.
Примечание По крайней мере одна проба-калибратор между прогонами должна
присутствовать в исследовании гена, чтобы была произведена калибровка между прогонами.
В исследовании генов мишени без соответствующих проб-калибраторов между прогонами
будут обрабатываться без коррекции (не рекомендуется).
Калибраторы между прогонами можно применять двумя способами.
nДля мишени — у разных праймеров ПЦР может быть разная эффективность. По умолчанию
калибратор между прогонами применяется ко всем лункам одной плашки, у которых такое жеимя мишени, например, к значению Cq , полученному в том же анализе.

nВсе исследование — один калибратор между прогонами выбирается пользователем иприменяется ко всему исследованию гена.

Руководство пользователя | 305Глава 12 Анализ экспрессии генов

Диалоговое окно Исследование генаДиалоговое окно Исследование гена содержит две вкладки:nВкладка Создать исследование — управляет прогонами в исследовании гена.
Важно! Добавление файлов данных в исследование гена или удаление их из него неприводит к изменению данных в исходном файле.

nВкладка Анализ исследования — отображает данные экспрессии гена в сочетании прогонов.

Вкладка Study Setup (Настройка исследования)В Табл. 36 приводится перечень данных, отображаемых в табл. Study Setup (Настройка
исследования).
Табл. 36. Вклад. «Настройка исследования» в диалоговом окне «Исследование гена».

Заголовок столбца

Описание

File Name (Имя файла)Имя файла данных прогона (с расширением .pcrd)

File Folder (Папка файла)Директория, в которой находится файл данных для каждого
прогона в исследовании генов

Date Created (Датасоздания)306 | ПО CFX Maestro Dx SEДата получения данных прогона

Исследование генов

Табл. 36. Вклад. «Настройка исследования» в диалоговом окне «Исследование гена».,продолжение

Заголовок столбца

Описание

Well Group NameИмя группы лунок, выбранное при добавлении файла в(Название группы лунок)исследование генаПояснение. Чтобы в исследовании гена былипроанализированы данные одной группы лунок, эта группа
лунок должна быть выбрана в окне Анализ данных перед
импортом файла данных в исследование гена.

Step (Шаг)Шаг протокола, который включает считывание данных с плашкидля сбора данных ПЦР в реальном времени

Run Type (Тип прогона)Показывает тип прогона: определенный пользователем или
PrimePCR

Protocol Edited (Протокол

Если флажок установлен, это указывает на изменение протокола,редактировался)используемого для прогона PrimePCR

View Plate (Просмотр

Открытие карты плашки с данными каждого прогона, включенного

плашки)в исследование генов

Подготовка исследования генов
Порядок подготовки исследования генов
1.

Перед тем, как импортировать данные в исследование гена, выполните следующие действияв окне Анализ данных:nУбедитесь, что пробы с одинаковым содержанием имеют одинаковые имена. Висследовании гена программа предполагает, что лунки с одним именем мишени илипробы содержат одинаковые пробы.

nСкорректируйте базовую линию и пороговый уровень (Cq) на вкладке Расчет дляоптимизации данных каждого прогона.

nВыберите группу лунок, которую требуется включить в исследование гена.
Для того чтобы в исследовании генов отображались данные одной группы лунок, этагруппа должна быть выбрана до импорта файла данных.

Вкладка Создать исследование отображает список прогонов в исследовании гена.
2.

В диалоговом окне Исследование гена выберите вкладку Создать исследование.

3.

Щелкните Добавить файлы данных, чтобы выбрать файл в окне проводника.

Руководство пользователя | 307Глава 12 Анализ экспрессии генов

Пояснение. Чтобы быстро добавить прогоны в исследование гена, перетащите файлы
данных (с расширением .pcrd) в диалоговое окно Создать исследование.
4.

CFX Maestro Dx SE автоматически выполняет анализ, предусмотренный исследованием
генов, по мере добавления файлов данных. Выберите вкладку Анализ исследования, чтобы
просмотреть результаты.

Чтобы убрать прогоны из исследования гена, выполните следующие действияuВыберите один или несколько файлов в списке и нажмите Удалить.

Чтобы добавить примечания к исследованию гена, выполните следующие действияuВведите примечания о файлах и анализе в текстовое поле Примечания.

Вкладка Study Analysis (Анализ эксперимента)На вкладке Анализ исследования отображены данные всех прогонов в исследовании гена. Дляанализа экспрессии гена доступны те же параметры, что и для одного файла данных, заследующим исключением:nПри использовании гистограмм значения калибровки между прогонами (если онирассчитываются) отображаются по нажатию Калибровка между прогонами.
Примечание В качестве калибратора между прогонами можно использовать только
следующие типы проб:oUnknown (Неизвестный);oStandard (Стандартный).

oPositive Control (Положительный контроль);Пробы типов отрицательный контроль, контроль без матрицы (NTC) и контроль без обратной
транскриптазы (NRT) не могут использоваться в качестве калибратора между прогонами.
nИнструмент выбора референсных генов идентифицирует исследуемые референсные гены иотносит их к категориям Идеальный, Приемлемый или Нестабильный на основании ихстабильности.
oИдеальные референсные гены являются стабильными и дают минимальную вариацию
между исследуемыми пробами.

oПриемлемые референсные гены не являются идеально стабильными и дают среднюю
допустимую вариацию между исследуемыми пробами. Используйте эти гены в анализе,если отсутствуют идеальные референсные гены.

308 | ПО CFX Maestro Dx SEИсследование генов

onНестабильные референсные гены дают чрезмерную вариацию между исследуемыми
пробами. Рекомендуется исключать эти гены из анализа.

Инструмент контроля анализа PrimePCR отображает результаты исследуемых проб втаблице:oВкладка Сводка отображает сводку всех исследуемых проб. Пробы, которые прошли всеконтрольные анализы, отображаются зеленым цветом. Пробы, не прошедшие один илинесколько контрольных анализов, отображаются желтым цветом.

oВкладка ПЦР отображает результаты анализа положительного контроля ПЦР. Этотанализ обнаруживает подавление или проблемы эксперимента, которые влияют наэкспрессию гена.

oВкладка ОТ отображает результаты контрольного анализа обратной транскрипции. Этотанализ количественным образом оценивает характеристики обратной транскрипции (ОТ)и идентифицирует пробы, где характеристики ОТ могли негативно влиять на экспрессию
гена.

o

Вкладка гДНК отображает результаты контрольного анализа контаминации ДНК. Этотанализ определяет, имеется ли в пробе геномная ДНК (гДНК) на уровне, который может
оказать влияние на результаты кПЦР.

oВкладка КРНК отображает результаты анализов качества РНК (КРНК1 и КРНК2). Данные
анализы количественно оценивают, могла ли целостность РНК отрицательно сказатьсяна экспрессии генов.

Категории отчетов по исследованию генов
Используйте диалоговое окно Отчет исследования гена, чтобы собрать в отчет данные
исследования гена. В Табл. 37 перечислены все пункты, доступные для отчета по исследованию
генов.
Табл. 37. Категории для отчета по исследованию генов

Категория

ПунктОписание

Header (Верхний колонтитул)Заголовок, подзаголовок и логотип для отчета
Report Information

Дата, имя пользователя, имя файла данных,(Информация об отчете)путь к файлу данных и выбранная группа
лунокРуководство пользователя | 309

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Табл. 37. Категории для отчета по исследованию генов, продолжение

Категория

ПунктОписание

Gene Study File ListСписок всех файлов данных в исследовании

(Список файлов

геновисследования генов)Notes (Примечания)Примечания по отчету о данных

Анализ исследования: Гистограмма
Analysis SettingsСписок выбранных параметров анализа

(Настройки анализа)Chart (Диаграмма)Гистограмма экспрессии генов,отображающая данные

Target Names (Названия

Список всех мишеней в исследовании генов

мишеней)Sample Names (Названия

Список всех проб в исследовании генов

проб)
Data (Данные)Таблица с данными

Target StabilityДанные по стабильности мишени

(Стабильность мишени)Inter-run CalibrationДанные по калибровке между прогонами

(Калибровка между
прогонами)Box-and-Whisker ChartДиаграмма размаха экспрессии генов

(Диаграмма размаха)Dot-Plot Chart (Точечная

Точечная диаграмма экспрессия генов

диаграмма)Анализ исследования: график по кластерам и диаграмма рассеяния
Analysis SettingsНастройки для каждого типа диаграммы

(Настройки анализа)Chart (Диаграмма)Диаграмма экспрессии генов, отображающая
данные

310 | ПО CFX Maestro Dx SEИсследование генов

Табл. 37. Категории для отчета по исследованию генов, продолжение

Категория

ПунктОписание

Data (Данные)Таблица, в которой перечислены данные длякаждой мишени

Анализ исследования: Данные
дисперсионного анализаANOVA SettingsПорог P-значения, используемый в анализе

(Настройки
дисперсионного анализа)ANOVA ResultsТаблица результатов дисперсионного

(Результаты

анализа и апостериорного анализа содисперсионного анализа)средневзвешенным Тьюки

Shapiro-Wilk NormalityБиологическая группа, количество, P-value и

Test (Критерийвсе ошибки, которые имеют место для каждой

нормальности Шапиро —мишени в анализе

Уилка)ANOVA Errors (Ошибки

Ошибки, выявленные при вычислениях

дисперсионного анализа)дисперсионного анализа

Руководство пользователя | 311

Глава 12 Анализ экспрессии генов

Создание отчета об исследовании генов
Порядок создания отчета об исследовании генов
1.

При необходимости скорректируйте данные и графики исследования гена до создания отчета.

2.

Выберите Сервис > Отчеты в меню Исследование гена, чтобы открыть диалоговое окно Отчет.

3.

Выберите параметры, которые требуется включить в отчет. Отчет откроется с параметрами,выбранными по умолчанию. Установите или снимите флажки для изменения целых категорийили отдельных параметров в категории.
В разделе Категории отчетов по исследованию генов на стр. 309 представлен перечень
возможных параметров, которые могут отображаться в отчете.

4.

Измените порядок категорий и элементов в отчете. Перетащите параметры в нужные места.
Порядок элементов можно менять только внутри категорий, к которым они принадлежат.

5.

Нажмите Обновить отчет, чтобы обновить панель предварительного просмотра отчета совсеми изменениями.

6.

Напечатайте или сохраните отчет. Нажмите кнопку Печать отчета на панели управления,чтобы вывести на печать текущий отчет. Выберите Файл > Сохранить, чтобы сохранить отчетв файле формате PDF (файл Acrobat Reader) и выбрать местоположение для сохранения
файла. Выберите Файл > Сохранить как, чтобы сохранить отчет с новым именем или в новое
местоположение.

7.

(Необязательно.) Создайте шаблон отчета с нужной информацией. Чтобы сохранить текущие
настройки отчета в шаблоне, выберите Шаблон > Сохранить или Сохранить как. Загрузите
шаблон отчета в следующий раз, когда потребуется создать новый отчет.

312 | ПО CFX Maestro Dx SEПриложение A Вычисления анализа данных
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition автоматически вычисляет формулы и отображает результатына вкладках окна «Анализ данных». В этом приложении подробно объясняется, как CFX Maestro
Dx SE рассчитывает формулы.

Эффективность реакции
Факты свидетельствуют о том, что использование точного критерия эффективности для каждого
комплекта праймера и зонда позволяет получать более точные результаты при анализе данныхдля экспрессии генов. Значение эффективности по умолчанию, используемое при расчетах
экспрессии генов, составляет 100 %. Для оценки эффективности реакции постройте стандартную
кривую по серии разведений репрезентативной пробы в пределах соответствующего
динамического диапазона и затем зарегистрируйте эффективность для последующего анализа
экспрессии генов. Если прогон содержит стандартную кривую, программное обеспечение
автоматически производит расчет эффективности и отображает ее под стандартной кривой навкладке Количественный анализ, если установлен флажок Автоэффективность на вкладке
Мишени окна Настройки эксперимента.
Эффективность (E) в формулах эффективности соответствует понятию «показатели
эффективности», описанному в работах Pfaffl (2001) и Vandesompele et al. (2002). В этихпубликациях значение эффективности 2 (идеальное удвоение с каждым циклом) соответствует
показателю эффективности 100 % в данной программе. Пользователь может преобразовать своирасчеты эффективности к виду, используемому в программе, по следующим формулам.
n

E = (% эффективности * 0,01) + 1

n% эффективности = (E – 1) * 100Относительное количество
Относительное количество (ΔCq) для любой пробы (GOI) рассчитывается следующим образом:Руководство пользователя | 313

Приложение A Вычисления анализа данных

Примечание Данная формула используется для вычисления относительного количества,если контрольная проба не определена.
Где:nE = эффективность набора из праймера и зонда. Эта эффективность вычисляется поформуле
(% эффективности * 0,01) + 1, где 100% эффективности = 2nCq (мин) = Среднее значение Cq для пробы с наименьшим средним Cq для интересующего генаn

Cq (проба) = Среднее значение Cq для пробы

n

GOI = исследуемый ген (одна мишень)Относительное количество в случае выбора контроля
Когда назначена контрольная проба или биологическая группа, относительное количество (RQ)для любой пробы с интересующим геном (GOI) вычисляется по формуле:Где:nE = эффективность набора из праймера и зонда. Эта эффективность вычисляется поформуле
(% эффективности * 0,01) + 1, где 100% эффективности = 2nCq (control) = среднее значение Cq для контрольной пробыn

Cq (sample) = среднее Cq для любых проб с GOI;n

GOI = исследуемый ген (одна мишень)Стандартное отклонение относительного количества
Важно! Данное вычисление применимо только в том случае, если для параметра Analyze
Using (Анализ с использованием...) выбрано значение Samples Only (Только пробы), Sample
Biological Group (Биологическая группа пробы) или Biological Group Sample (Проба
биологической группы).
Стандартное отклонение относительного количества рассчитывается по следующей формуле:314 | ПО CFX Maestro Dx SE

Cq скорректированной эффективности (CqE)Где:n

SD Relative Quantity = стандартное отклонение относительного количества;n

SD CqGOI пробы = стандартное отклонение Cq для пробы (интересующего гена)n

Relative Quantity = относительное количество пробы;n

E = эффективность набора из праймера и зонда. Эта эффективность вычисляется поформуле
(% эффективности * 0,01) + 1, где 100% эффективности = 2n

GOI = исследуемый ген (одна мишень)Cq скорректированной эффективности (CqE)Формула для Cq скорректированной эффективности:Где:nE = Эффективность

Среднее Cq скорректированной эффективности (MCqE)Формула для среднего Cq скорректированной эффективности:Где:n

CqE = Cq скорректированной эффективности

nn = количество повторностей.

Руководство пользователя | 315Приложение A Вычисления анализа данных

Нормализованная экспрессия
Нормализованная экспрессия (ΔΔCq— это относительное количество мишени (гена),нормированное по количественным значениям для референсных мишеней (генов илипоследовательностей) в исследуемой биологической системе. Чтобы задать референсные
мишени, откройте окно Experiment Settings (Условия эксперимента) и проставьте галочку длякаждой мишени, которая будет служить референсным геном.
Расчет нормализованной экспрессии описывается следующей формулой, использующей
рассчитанное относительное количество (RQ):Где:n

RQ = относительное количество пробы;n

Ref = референс-мишень в эксперименте, включающем одну или несколько референсмишеней в каждой пробе;n

GOI = исследуемый ген (одна мишень)Если уровень экспрессии референсных мишеней в исследуемой биологической системе неменяется, то при расчете нормализованной экспрессии будут учтены различия между пробами,обусловленные особенностями их загрузки, а также количеством клеток в пробе.

316 | ПО CFX Maestro Dx SEНормализованная экспрессия в случае выбора контроля

Экспрессия и относительное количество для биологических
группЕсли для параметра Analyze Using (Анализ с использованием...) выбрано значение BiologicalGroups Only (Только биологические группы), программа отображает среднюю экспрессию
(нормализованную экспрессию или относительное количество в зависимости от выбора режима)проб в биологической группе. Поскольку экспрессия обычно распределена по логарифмически
нормальному закону, экспрессию усредняют с помощью геометрического среднего:Где:nExp1, Exp2, Expn = относительное количество или нормализованная экспрессия проб вбиологической группе;nn = количество проб в биологической группе.

Нормализованная экспрессия в случае выбора контроля
Если в окне Настройки эксперимента выбрать контрольную пробу, программа присваивает уровню
экспрессии контрольной пробы значение, равное 1. В этом случае программа нормирует
относительные количественные значения экспрессии всех мишеней (генов) по уровню контроля
(значение 1). Такая нормализованная экспрессия соответствует анализу немасштабированной
нормализованной экспрессии с выбранным контролем.
Примечание Данная нормализованная экспрессия известна также как «относительная
нормализованная экспрессия» RNE и «кратность изменения».

Руководство пользователя | 317

Приложение A Вычисления анализа данных

Стандартное отклонение для нормализованной
экспрессии
Повторное масштабирование значения нормализованной экспрессии сопровождается делением
среднеквадратического отклонения нормализованной экспрессии на значение нормализованной
экспрессии для отдельного самого высокого или самого низкого уровня экспрессии, в зависимостиот выбранной вами опции масштабирования. Стандартное отклонение (SD) коэффициента
нормализации рассчитывается по следующей формуле:Где:n

RQ = относительное количество пробы;n

SD = стандартное отклонение;n

NF = коэффициент нормализации;n

Ref = референсная мишень;nn = количество референсных мишеней;Если назначена контрольная проба, нет необходимости производить перемасштабирование постандартному отклонению, как показано следующей формулой:Где:nNE = нормализованная экспрессия;n

RQ = относительное количество пробы;n

SD = стандартное отклонение;n

GOI = исследуемый ген (одна мишень)318 | ПО CFX Maestro Dx SEНормализованная экспрессия, отмасштабированная до самого высокого уровня экспрессии

Нормализованная экспрессия, отмасштабированная досамого высокого уровня экспрессии
Когда прогон не включает в себя контроли, масштабируйте нормализованную экспрессию (NE) длякаждой мишени (гена) путем деления уровня экспрессии каждой пробы на самый высокий уровень
экспрессии во всех пробах. Программное обеспечение установит самый высокий уровень
экспрессии на значение «1» и произведет повторное масштабирование всех уровней экспрессии
проб. Самая высокая степень масштабирования рассчитывается по следующей формуле:Где:n

GOI = исследуемый ген (мишень);Нормализованная экспрессия, отмасштабированная досамого низкого уровня экспрессии
Если прогон не включает контроли, масштабируйте нормализованную экспрессию (NE) длякаждой мишени (гена), разделив уровень экспрессии каждой пробы на самый низкий уровень
экспрессии во всех пробах. Программное обеспечение установит самый низкий уровень
экспрессии на значение «1» и произведет повторное масштабирование всех уровней экспрессии
пробы. Самая низкая степень масштабирования рассчитывается по следующей формуле:Где:n

GOI = исследуемый ген (мишень);Нормализованная экспрессия, масштабированная посреднему уровню экспрессии
Если прогон не включает контроли, масштабируйте нормализованную экспрессию (NE) длякаждой мишени (гена) путем деления уровня экспрессии каждой пробы на среднее геометрическое
уровня экспрессии для всех проб. Программа устанавливает для среднего уровня экспрессии
значение 1 и перемасштабирует все уровни экспрессии для проб. Формула расчета усредненного
масштабирования:Руководство пользователя | 319

Приложение A Вычисления анализа данныхГде:n

GOI = исследуемый ген (мишень);n

GM = среднее геометрическое нормализованной экспрессии для всех проб320 | ПО CFX Maestro Dx SEСтандартное отклонение для масштабированной нормализованной экспрессии

Стандартное отклонение для масштабированной
нормализованной экспрессии
Повторное масштабирование значения масштабированной нормализованной экспрессии (NE)осуществляют путем деления стандартного отклонения (SD) нормализованной экспрессии назначение нормализованной экспрессии для самого высокого (MAX) или самого низкого (MIN)уровня экспрессии в зависимости от выбора варианта масштабирования.
Примечание Когда выбрана контрольная проба, нет необходимости использовать функцию
повторного масштабирования при расчете среднеквадратического отклонения.
Формула для вычисления:Где:nNE = нормализованная экспрессия;n

SD = стандартное отклонение;n

GOI = исследуемый ген (мишень);n

MAX = самый высокий уровень экспрессии;n

MIN = самый низкий уровень экспрессии.

Руководство пользователя | 321Приложение A Вычисления анализа данных

Планки погрешности для стандартного отклонения(lg) иСтандартная ошибка среднего (lg)В дополнение к использованию доверительных интервалов для биологических групп возможно
отображение планок погрешности на основе стандартного отклонения или стандартной ошибки
среднего log2 экспрессии. Планки погрешности рассчитываются следующим образом:Нижняя граница RQ = 2RQ(lg)-SD RQ(lg) или 2RQ(lg)-SEM RQ(lg)Верхняя граница RQ = 2RQ(lg)+SD RQ(lg) или 2RQ(lg)+SEM RQ(lg)Где:nRQ(lg) = log2 относительного количества для биологической группыn

SD RQ(lg) = стандартное отклонение относительного количества (log2)n

SEM RQ(lg) = стандартная ошибка среднего вычисления относительного количества (log2)Нижняя планка погрешности экспрессии = 2Exp.(lg) – SD Exp.(lg) или 2Exp.(lg) – SEM Exp.(lg). планка погрешности экспрессии = 2Exp.(lg) + SD Exp.(lg) или 2Exp.(lg) + SEM Exp.(lg)Где:nExp.(lg) = log2 экспрессии (нормализованной экспрессии) для биологической группыn

SD RQ(lg) = стандартное отклонение экспрессии (log2)n

SEM RQ(lg) = стандартная ошибка среднего экспрессии (log2)

322 | ПО CFX Maestro Dx SEКратность изменения

Кратность изменения
Кратность изменения — это мера увеличения или уменьшения экспрессии мишени исследуемой
пробы по сравнению с контрольной пробой или биологической группой. Определяется следующим
образом:Если Экспрессия (опытный) > Экспрессия (контрольный)Если Экспрессия (опытный) < Экспрессия (контрольный)Примечание Для вкладки построения графика экспрессия определяется либо поотносительному количеству, либо по нормализованной экспрессии в зависимости отвыбранного режима (см. разд. Графики на стр. 281). Однако для диаграммы рассеяния икластерграммы кратность изменения всегда рассчитывается на основании нормализованной
экспрессии.

Руководство пользователя | 323

Приложение A Вычисления анализа данных

Формулы скорректированных значений
Важно! Данные вычисления применимы только в том случае, если для параметра Analyze
Using (Анализ с использованием...) выбрано Samples Only (Только пробы), Sample BiologicalGroup (Биологическая группа пробы) или Biological Group Sample (Проба биологической
группы).
Разница между скорректированными значениями и нескорректированными значениями видна
только при создании стандартной кривой в рамках прогона ПЦР в режиме реального времени. Дляопределения вероятности распространения ошибки программное обеспечение использует триформулы:nстандартная ошибка;nстандартная ошибка для нормализованной экспрессии;nстандартная ошибка для нормализованного исследуемого гена (мишени).

Формула расчета стандартной ошибки:Где:nn = количество референсных мишеней (генов);n

SD = стандартное отклонение;Формула стандартной ошибки для коэффициента нормализации в нормализованной экспрессии:Где:nn = количество референсных мишеней;n

SE = стандартная ошибка;n

NF = коэффициент нормализации;n

RQ = относительное количество;Формула стандартной ошибки для нормализованного интересующего гена:Где:324 | ПО CFX Maestro Dx SEРасчет доверительного интервала для анализа биологических групп

n

SE = стандартная ошибка;n

GOI = исследуемый ген (одна мишень)n

NF = коэффициент нормализации;nn = количество референсных мишеней;Расчет доверительного интервала для анализа
биологических группПри проведении анализа биологических групп, т.е. если для параметра Analyze Using (Анализ сиспользованием...) выбрано значение Biological Groups Only (Только биологические группы),доверительные интервалы рассчитываются для относительного количества и относительной
нормализованной экспрессии.
Доверительные интервалы рассчитываются в логарифмическом масштабе на основе tраспределения по следующей формуле:Где:n= средняя экспрессия для уровней экспрессии в логарифмическом масштабе в пробах
биологической группы

n

SD = стандартное отклонение для уровней экспрессии в логарифмическом масштабе в пробах
биологической группы

nn = количество проб в биологической группе

nt = определяется исходя из t-распределения с учетом количества степеней свободы и уровня
значимости (альфа)Примечание Уровень значимости (альфа) можно задать с помощью поля порога Pзначения на вкладке Graphing (Построение графиков).

После расчета доверительных интервалов они преобразуются в линейный масштаб и включаютсяв таблицу данных экспрессии генов и гистограмму на вкладке Graphing (Построение графиков).

Руководство пользователя | 325Приложение A Вычисления анализа данных

Расчеты для диаграммы «ящик с усами»На диаграмме «ящик с усами» отображается распределение значений экспрессии в рамках
биологической группы. Данные представляются по квартилям. 1й и 3й квартили — это нижняя иверхняя границы «ящика», соответственно. Медиана обозначается сплошной линией, проходящей
через «ящик». «Усы» показывают наименьшее и наибольшее значения набора данных, неявляющиеся выбросами. Выбросы — это значения, превышающие 1й и 3й квартили на
1,5 межквартильной широты.
Примечание Если биологическая группа содержит только одну пробу, она обозначается
точкой, что говорит о наличии только одного элемента данных.
Диаграмма «ящик с усами», представленная ниже, показывает, как выглядят эти данные.

УСЛОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ
1.

Выброс. Значение этого выброса > Q3 + (1,5 x [Q3 - Q1]).
Примечание При наведении курсора на точку данных отображается всплывающая
подсказка с именем пробы и значением относительного количества либонормализованной экспрессии, в зависимости от выбранного режима.

2.

Верхняя граница области без выбросов

3.

Верхний/3-й квартиль (Q3). 75 % значений экспрессии меньше Q3.

326 | ПО CFX Maestro Dx SEРасчеты для диаграммы «ящик с усами»4.

Медианное, или центральное, значение среди значений экспрессии, расположенных вранговом порядке.

5.

Нижний/1-й квартиль (Q1). 25 % значений экспрессии меньше Q1.

6.

Нижняя граница области без выбросов

7.

Выброс. Значение этого выброса < Q1 - (1,5 x [Q3 - Q1]).

Руководство пользователя | 327

Приложение A Вычисления анализа данных

328 | ПО CFX Maestro Dx SEПриложение B Контрольные журналы
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition создает контрольные журналы для файлов данных и файлов
исследования гена (файлы .prcd и .mgxd соответственно). Любые изменения, внесенные взащищенные файлы данных и файлы исследования гена, и все действия, выполняемые с ними,сохраняются в контрольном журнале файла при сохранении файла. CFX Maestro Dx SE создает
отдельный контрольный журнал для каждого файла.
Вы можете выбрать Файл > Сохранить как и сохранить защищенные подписанные или неподписанные файлы данных и файлы исследования гена в другую папку или с другим именем.
Новый файл унаследует контрольный журнал от исходного файла. Контрольный журнал нового
файла также будет содержать действие «Сохранить как». Изменения, внесенные в новый файл,или действия с ним, сохраняются в собственном контрольном журнале. Исходный файл сохраняет
контрольный журнал, в котором записываются дальнейшие действия.
В разделе Подлежащие аудиту события на стр. 331 перечисляются подлежащие аудиту события,записываемые данным программным обеспечением.

Просмотр контрольных журналов
Каждый контрольный журнал отображает следующую информацию.
nСведения заголовка контрольного журналаoВерсия файла — сохраненная версия файлаoДата — дата текущего подлежащего аудиту событияoПользователь — домен Windows и имя вошедшего в систему пользователяoКомментарий — последний сохраненный комментарийoПодпись — электронная подпись последнего человека, который подписал файлoПричина для подписи — причина подписанияoПриложение — CFX Maestro Dx SEoВерсия приложения — текущая версия приложения CFX Maestro Dx SEoПолное имя пользователя — полное имя пользователя, выполнившего входoКомпьютер — компьютер, на котором установлено CFX Maestro Dx SEРуководство пользователя | 329

Приложение B Контрольные журналы

nКонтрольные сведения об измененияхoОбъект — элемент, который был изменен (элемент аудита)oПрежнее значение — предыдущее значениеoНовое значение — новое значениеoОписание — описание изменения

Чтобы просмотреть контрольный журнал, выполните следующие действияuВ открытом файле данных или файле исследования гена выберите Просмотреть >Контрольный журнал. Откроется контрольный журнал файла.

По умолчанию данные отсортированы по дате и времени, все события открываются вразвернутом виде. Можно фильтровать представление по имени пользователя и объекту, атакже сворачивать развернутое представление, чтобы легко сортировать по любому полюзаголовка. Также можно просматривать контрольный журнал как отчет html.

Чтобы сортировать по имени пользователя, выполните следующие действияuВыберите целевого пользователя из раскрывающегося списка Имя пользователя.

Чтобы сортировать по объекту, выполните следующие действияuВыберите цель из раскрывающегося списка Объект.

Чтобы скрыть полное описание событийuЩелкните Свернуть все.

330 | ПО CFX Maestro Dx SEПодлежащие аудиту события

Чтобы сортировать данные в таблице сведений об изменениях, выполните
следующие действияuЩелкните ромб в заголовке столбца данных, чтобы выполнить сортировку (от A до Z, отнаименьшего числа к наибольшему или от наиболее раннего до наиболее позднего).

Чтобы распечатать контрольный журнал, выполните следующие действия
1.

Щелкните Отчет HTML, чтобы открыть контрольный журнал в веб-браузере.

2.

В окне браузера выполните одно из следующих действий.
nВыберите Файл > Печать.

nЩелкните отчет правой клавишей мыши и выберите Печать.

Подлежащие аудиту события
CFX Maestro Dx SE захватывает следующие подлежащие аудиту события в файлах данных ифайлах исследования гена.

Подлежащие аудиту события во время прогона
nВремя начала прогона

nРедактирование плашки во время прогона

nРедактирование протокола во время прогона

nВремя окончания прогона

Подлежащие аудиту события при создании файла данных
nСоздан файл данных

nИнтерполированные считывания плашки добавлены системой

Подлежащие аудиту события при сохранении файла данных
n

Общее
o

НазваниеoПодписывание

oPlate Setup (Настройка плашки)oОтображение лунокoПроанализированные флуорофоры

Руководство пользователя | 331Приложение B Контрольные журналы

n

n

n

n

n

o

Редактирование плашкиoРежим анализаoАктивная группа лунок ПЦРВкладка Количественный анализoАктивный шагoНастройки — Режим определения CqoНастройки — Настройка базовой линииoПрименена коррекция смещенияoНастройки — Циклы для анализаoНастройки — Режим анализаoНастройки — Пороговый уровень базовой линии

Вкладка Кривая плавленияoАктивный шагoОтображение типа пикаoПороговый уровень анализа пикаВкладка «Конечная точка»oАктивный флуорофор/мишеньoКонечные циклы для усредненияoМетод расчета устойчивостиoПроцент диапазона

Вкладка «Аллельная дискриминация»oФлуорофор на оси X и YoВыбор номера циклаoПросмотр карты вызовов

Вкладка «Экспрессия гена» — Все диаграммыoНастройки эксперимента — Мишень-ссылкаoНастройки эксперимента — Контрольная проба

332 | ПО CFX Maestro Dx SEПодлежащие аудиту события

n

n

n

n

o

Настройки эксперимента — АвтоэффективностьoНастройки эксперимента — Эффективность

Настройки эксперимента — ГрафикиoРежим анализаoДанные графика

o

Ось X

o

Ось Y

o

Параметр масштабированияoПланка погрешностиoКоэффициент планки погрешностиoПорог P-значения

Вкладка «Экспрессия гена» — График по кластерамoОбъединить поoРазделять реплики

Вкладка «Экспрессия гена» — Диаграмма рассеянияoКонтрольная биологическая группаoЭкспериментальная биологическая группаoПорог кратности изменения

Вкладка «Экспрессия гена» — ANOVAonnПорог P-значения

Схема плашки — Просмотр/редактирование плашкиoНастройки — Тип плашкиoНастройки — ЕдиницыoСредства редактирования — Повернуть плашкуoГруппы лунокoФлуорофоры плашки

Схема плашки — Заменить плашку и Применить файл PrimePCRoИмпорт схемы плашки

Руководство пользователя | 333Приложение B Контрольные журналы

Аудит изменений файлов исследования генаОбщееnНазвание

nВкладка «Создать исследование»onДобавить/удалить файлы данных

Вкладка «Анализ исследования»334 | ПО CFX Maestro Dx SEПриложение C Интеграция с LIMS
ПО CFX Maestro Dx, Security Edition можно настроить на использование с Лабораторной системой
управления информацией (LIMS). Для интеграции LIMS программному обеспечению CFX Maestro
Dx SE требуется информация о схеме плашки, созданная платформой LIMS (файл LIMS, *.plrn),файл протокола, созданный с использованием CFX Maestro Dx SE (*.prcl), установленное
местоположение экспорта данных и установленный формат экспорта.
После завершения запуска CFX Maestro Dx SE создает файл данных (.pcrd) и сохраняет его вуказанном месте папки экспорта данных. CFX Maestro Dx SE может также создать совместимый с
LIMS файл данных в формате .csv и сохранить его в том же месте.

Создание совместимых с LIMS файлов данныхВ этом приложении объясняется, как настроить CFX Maestro Dx SE для создания, сохранения иэкспорта совместимых с LIMS файлов данных.

Настройка папки LIMS и параметров экспорта данныхПо умолчанию CFX Maestro Dx SE сохраняет протоколы LIMS, файлы и файлы экспорта данных впапку
C: \ Users \ Public \ Documents \ Bio-Rad \ CFX_Dx \ LIMS
Можно настроить сохранение файлов из CFX Maestro Dx SE в другую папку и изменить параметры
экспорта для данных LIMS.

Чтобы настроить папку LIMS и параметры экспорта данных
1.

В начальном окне выберите Сервис > Параметры.

2.

В диалоговом окне Параметры выберите Настройки экспорта данных.

Руководство пользователя | 335

Приложение C Интеграция с LIMS

3.

(Необязательно) Выберите Автоматически экспортировать данные LIMS в конце прогона.
Программа будет автоматически экспортировать данные LIMS после каждого прогона исохранять их в указанное местоположение.

4.

Чтобы изменить параметры экспорта по умолчанию для данных LIMS, щелкните Настройки
экспорта данных LIMS.
Важно! Только данные LIMS, экспортированные как файл .csv, можно импортировать
обратно в CFX Maestro Dx SE.

5.

В диалоговом окне Настройки формата экспорта данных LIMS выберите требуемые
параметры экспорта и щелкните ОК.

6.

В диалоговом окне Параметры откройте и выберите папку по умолчанию, в которую требуется
сохранять файлы данных LIMS. Можно выбрать другое местоположение для каждого изнижеперечисленных типов файлов.
nProtocol (Протокол);nФайл LIMSnЭкспорт данных

336 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание совместимых с LIMS файлов данных

7.

Щелкните ОК, чтобы сохранить изменения и закрыть диалоговое окно Параметры.

Создание протокола LIMS
Чтобы запустить прогон LIMS, создайте файл протокола CFX Maestro Dx SE (*.prcl) и сохраните егов специальное местоположение папки протоколов LIMS.
Для получения дополнительной информации см. Глава 7, Создание протоколов.

Создание файла LIMS
Файл LIMS (*.plrn) содержит сведения о схеме плашки и имя файла протокола. Этот файлсоздается вашей внутренней LIMS. CFX Maestro Dx SE использует файл LIMS для создания файла
плашки для использования с файлом протокола.
CFX Maestro Dx SE предоставляет файлы шаблона импорта плашки, которые можно
редактировать для создания пользовательских файлов плашки LIMS.
Пояснение. Эта задача должна выполняться специалистом LIMS.

Чтобы создать файл LIMS, выполните следующие действия
1.

В начальном окне выберите Вид > Показать > Папка файлов LIMS.

2.

Откройте папку LIMS Templates и выберите файл .csv для импорта во внутреннюю LIMS.

3.

Используя LIMS, отредактируйте шаблонный файл, заполнив обязательные поля,перечисленные в Табл. 38.

4.

Выполните одно из следующих действий.
nЧтобы сохранить изменения для использования в будущем, сохраните файл как файл
.csv.

n

Чтобы сохранить изменения и сразу же использовать файл, сохраните файл срасширением .plrn.

nСохраните шаблон с расширением имени файла .plrn в папку файлов LIMS.

Важно! CFX Maestro Dx SE может открывать только файл .plrn. Необходимо сохранить
файл .csv как .plrn, чтобы запустить прогон LIMS.

Руководство пользователя | 337

Приложение C Интеграция с LIMS

Табл. 38. Содержание файла .csv LIMS

Столбец

Строка

A

1Описание

Содержимое

Назначение

Заголовок плашкиНе редактировать

Предопределенны
й

A, B, C2

Поле/данные/инструкцНе редактировать

ия
B

3

Версия

Предопределенны
йНе редактировать

Предопределенны
йB

4Размер плашкиНе редактировать

Предопределенны
йB

5

Тип плашки

Введите «BR White»,Обязательный

«BR Clear» или другой
калиброванный типплашки.
B

6Режим сканирования

Введите «Только

ОбязательныйSYBR/FAM», «Всеканалы» или «FRET»
B

7Единицы

Введите один изследующих
вариантов: «число
копий», «кратразведения»,«микромоли»,«наномоли»,«пикомоли»,«фемтомоли»,«аттомоли»,«миллиграммы»,«микрограммы»,«нанограммы»,«пикограммы»,«фемтограммы»,«аттограммы» или«проценты»338 | ПО CFX Maestro Dx SEОбязательный

Создание совместимых с LIMS файлов данных

Табл. 38. Содержание файла .csv LIMS, продолжение

Столбец

Строка

B

8Описание

Содержимое

Назначение

Идентификатор

Введите краткое

Необязательный

прогона

описание илиштрихкод,идентифицирующие
данный прогон
(максимум 30символов, запятые
запрещены)B

9Примечание к прогону

Введите описание

Необязательный

прогона
B

10Протокол прогона

Введите имя файла

Обязательный

протокола в точности
так, как оно указано
A

11Файл данных

Введите имя файла

Необязательный

данных
A

12–15ПодлежитНе редактировать

Предопределенны

уточнению/пустой
A

16Данные плашки

йНе редактировать

Предопределенны
й

A

17–113Позиция лункиНе редактировать

Предопределенны
й

B–GКраситель Ch1,Введите однокраситель Ch2,название

Обязательный

краситель Ch3,откалиброванного

краситель Ch4,красителя (например,краситель Ch5, FRET

FAM) для каждого
используемого канала

Руководство пользователя | 339

Приложение C Интеграция с LIMS

Табл. 38. Содержание файла .csv LIMS, продолжение

Столбец

Строка

HОписание

Содержимое

НазначениеТип пробы

Введите один изОбязательный

следующих типов:Unknown(Неизвестный),Standard(Стандартный),Positive Control(Положительный
контроль), Negative
Control(Отрицательный
контроль), NTC или
NRTIНазвание пробы

Введите название

Необязательный

пробы
J-O

Мишень CH1, мишень

Введите название

CH2, мишень CH3,

мишени для каждого

мишень CH4, мишень

используемого канала

Необязательный

CH5, мишень FRETPИмя набора

Введите название

Необязательный

биологического сетаQ

Повторность

Введите

Необязательный

положительное целое
число для каждого
набора повторностей.
Значение не должно
быть нулевым
R–W

340 | ПО CFX Maestro Dx SEКоличество CH1,

Введите значения

Обязательный дляколичество CH2,количества длявсех стандартов

количество CH3,

любых стандартов.

количество CH4,

Введите

количество CH5,

концентрацию вколичество FRETдесятичной форме

Создание совместимых с LIMS файлов данных

Табл. 38. Содержание файла .csv LIMS, продолжение

Столбец
XСтрока

Описание

Содержимое

Назначение

Примечание к лунке

Введите примечание

Необязательныйк лунке (не более 20символов)Примечание
Хотя при вводе
примечаний клунке с помощью
программного
обеспечения CFX
Maestro Dx SEдействует
ограничение в 20символов - еслиполе примечанияк лунке включено
вимпортированный файл .plrn, ономожет быть до
500 символов
длиной. Однако
отображаться в
CFX Maestro Dx
SE будут только
первые 20символов.
Экспортированный файл .pcrd
будет содержатьвсе символы вполе Well Note(Примечание клунке), данные небудут потеряны.

Руководство пользователя | 341

Приложение C Интеграция с LIMS

Табл. 38. Содержание файла .csv LIMS, продолжение

Столбец

Строка

Y–ADОписание

Содержимое

Назначение

Цвет лунки Ch1, цветВведите любой

Необязательный

лунки Ch2, цвет лунки

определяемый

Ch3, цвет лунки Ch4,пользователем цветцвет лунки Ch5, цветстиля линии в 32-лунки FRETразрядном
целочисленном (argb)десятичном формате

Запуск прогона LIMS
Чтобы запустить прогон LIMS, выполните следующие действия
1.

Выполните одно из следующих действий, чтобы открыть файл LIMS .plrn:nВ начальном окне выберите Вид > Показать > Папка файлов LIMS и выберите целевой
файл .plrn.

nВ начальном окне выберите Файл > Открыть > Файл LIMS и откройте целевой файл .plrn.

Файл открывает на вкладке Создать прогон в мастере Настройки прогона. Вкладка Начать
прогон отображает информацию об эксперименте, который будет проведен. На ней также
отображаются подключенный блок или блоки прибора, на которых можно выполнить
эксперимент.
2.

На вкладке Начать прогон выберите прибор и щелкните Начать прогон.

342 | ПО CFX Maestro Dx SEСоздание совместимых с LIMS файлов данных

Экспорт данных в LIMSПо завершении прогона CFX Maestro Dx SE генерирует файл данных (.pcrd) и сохраняет его вопределенное местоположение папки для экспортируемых данных.

Чтобы экспортировать файл данных в LIMS, выполните следующие действияuОткройте файл .pcrd и выберите Экспорт > Экспорт в папку LIMS.

Пояснение. При выборе «Автоматически экспортировать данные после прогона» впараметрах LIMS, CFX Maestro Dx SE создает LIMS-совместимый файл данных в формате
.csv и сохраняет его в той же папке.

Руководство пользователя | 343

Приложение C Интеграция с LIMS

344 | ПО CFX Maestro Dx SEПриложение D Поиск и устранение неполадок
ПО CFX Maestro Dx, Security EditionВ этом приложении представлены рекомендации по устранению неполадок, которые могут
возникнуть при обновлении или запуске ПО CFX Maestro Dx, Security Edition.

Внесение файлов и папок ПО CFX Maestro Dx, Security
Edition в белый списокДля защиты от вирусов и вредоносных программ ваш ИТ-отдел мог принять очень жесткие мерыбезопасности программного обеспечения. Эти меры могут повлиять на время обновления илизапуска CFX Maestro Dx SE.
Чтобы повысить производительность CFX Maestro Dx SE, Bio-Rad рекомендует внести в белый
список следующие файлы и папки в настройках брандмауэра антивирусного программного
обеспечения, установленного на компьютере CFX Maestro Dx SE:

Папки
n

C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\ProgramData\Bio-Rad\CFX_MDx

n

C:\Users\Public\Documents\Bio-Rad\CFX_MDx

Файлы
n

Все файлы .exe, расположенные в папке C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDxnФайлы R.exe и Rscript.exe (находятся в папке C:\Program Files (x86)\Bio-Rad\CFX_MDx\ R\
R-3.3.1\bin)Руководство пользователя | 345Приложение D Поиск и устранение неполадок ПО CFX Maestro Dx, Security EditionЖурнал приложений
Перед запуском нового цикла система CFX Opus Dx инициирует тест самодиагностики, чтобы
убедиться, что все системы работают в соответствии со спецификациями. Программа записывает
результаты этой проверки в Run Log (Журнал прогонов) и файл Application Log (Журнал
приложений). В случае обнаружения проблемы в одном или более экспериментах откройте
журналы прогонов и приложений, чтобы выяснить, когда началась проблема.
CFX Maestro Dx SE Dx отслеживает состояние прибора во время прогона и записывает данные вЖурнал приложения. Используйте эти журналы для отслеживания событий, которые происходят вприборе и программном обеспечении, и для решения проблем.

Чтобы открыть Журнал приложения, выполните следующие действияuВ начальном окне выберите Вид > Журнал приложения.

Чтобы просмотреть журнал приложения в виде файла HTML, нажмите кнопку «Отчет вформате HTML».

346 | ПО CFX Maestro Dx SEРешение проблем

Извлечение файлов журнала приложений и микропрограмм
Журналы приложений и микропрограмм содержат подробную информацию о действиях,выполненных во время использования программного обеспечения, и производительности
прогонов. В этих журналах также регистрируются все ошибки программного обеспечения илимикропрограмм, возникающие во время работы программного обеспечения или прибора.

Чтобы получить доступ к файлам журнала приложений и прошивки:1.

На панели «Обнаруженные приборы» щелкните инструмент правой кнопкой мыши.

2.

Выберите «Извлечь файлы журнала».

3.

В диалоговом окне «Обзор папки» выберите сетевую папку или папку на локальном диске длясохранения файлов журнала.
Примечание Папка называется «Журналы».

4.

Щелкните «ОК», чтобы сохранить файлы.
Важно! Сохранение файла журнала с тем же именем, что и у существующего файла
журнала, перезапишет существующий файл журнала.

Решение проблемКак правило, проблемы обмена данными между программным обеспечением и прибором могут
быть решены путем перезапуска компьютера и системы. Перед перезапуском обязательно
сохраните любую текущую работу.
Примечание Убедитесь, что на компьютере достаточно оперативной памяти и свободного
дискового пространства. Минимальный объем ОЗУ — 4 ГБ, минимальное пространство надиске — 128 ГБ.

Сбой питанияВ случае сбоя питания прибор и компьютер выключаются. При кратковременном сбое питания
прибор возобновит выполнение протокола, но в журнале событий будет отмечен сбой питания. Взависимости от настроек компьютера и длительности отключения питания прибор и программа
попытаются продолжить прогон в зависимости от этапа протокола.
nЕсли выполняется шаг протокола, на котором не происходит чтение плашки, прибор
возобновляет выполнение протокола сразу же после подачи электропитания.

nЕсли выполняется шаг протокола, на котором происходит чтение плашки, прибор подождет
перезапуска программы и восстановления связи для сбора данных. В такой ситуации протокол

Руководство пользователя | 347

Приложение D Поиск и устранение неполадок ПО CFX Maestro Dx, Security Editionпродолжится только в том случае, если программное обеспечение не будет отключено
компьютером. После запуска компьютера и программного обеспечения продолжится
выполнение протокола.

Передача файлов на компьютер CFX Maestro Dx SEМожно передавать файлы данных и файлы журналов, расположенные на приборе, на жесткий
диск подключенного компьютера CFX Maestro Dx SE.
Пояснение. На компьютер из базы прибора передаются все файлы папки данных реального
времени.
Примечание С приборов CFX Opus Dx можно передать только файлы журналов. Все файлы
журналов на приборе передаются на компьютер.

Чтобы получить файлы от прибора, выполните следующие действия
1.

На панели «Обнаруженные приборы» в начальном окне щелкните правой клавишей мышицелевой прибор и выберите Извлечь файлы данных.

2.

Выберите местоположение папки для сохранения извлекаемых файлов.

3.

Щелкните «ОК».

Установка ПО CFX Maestro Dx, Security Edition вручную
Чтобы установить CFX Maestro Dx SE вручную, выполните следующие действия
1.

Если требуется, отсоедините все подключенные приборы от компьютера.
Найдите на компьютере CFX Maestro Dx SE USB-кабель прибора и отсоедините его. Конец,подключенный к прибору, может остаться на месте.

2.

Выполните вход в компьютер CFX Maestro Dx SE с правами администратора.

3.

Вставьте USB-накопитель с CFX Maestro Dx SE в порт USB компьютера.

4.

В Проводнике Windows найдите и откройте диск USB CFX Maestro Dx SE.

5.

Откройте папку CFX и дважды щелкните CFXMaestroDxSetup.exe для установки CFX Maestro
Dx SE.

6.

Выполните указания на экране для установки программного обеспечения.
По завершении на экране компьютера появится экран-заставка Bio-Rad ПО CFX Maestro Dx,
Security Edition, и на рабочем столе появится значок Bio-Rad ПО CFX Maestro Dx, Security
Edition.

348 | ПО CFX Maestro Dx SEРешение проблем

7.

безопасно извлеките USB-накопитель с программным обеспечением и запустите CFX Maestro
Dx SE.

Переустановка драйверов
Чтобы переустановить драйвера приборов, выполните следующие действияuВ начальном окне выберите Сервис > Переустановка драйверов приборов.

Примечание Если возникают проблемы связи программного обеспечения с системой
реального времени после переустановки драйвером и проверки USB-подключения,обратитесь в техническую поддержку Bio-Rad.

Руководство пользователя | 349

Приложение D Поиск и устранение неполадок ПО CFX Maestro Dx, Security Edition

350 | ПО CFX Maestro Dx SEПриложение E Bio-Rad Free and Open-Source
Notices for PCR ProductsThis document includes licensing information relating to free, open-source, and public-source softwareand data (together, the “MATERIALS”) included with or used to develop Bio-Rad products and services.
The terms of the applicable free, open-source, and public-source licenses (each an “OPEN LICENSE”)
govern Bio-Rad’s distribution and your use of the MATERIALS. Bio-Rad and the third-party authors,licensors, and distributors of the MATERIALS disclaim all warranties and liability arising from all use anddistribution of the MATERIALS. To the extent the OSS is provided under an agreement with Bio-Rad thatdiffers from the applicable OSS LICENSE, those terms are offered by Bio-Rad alone.
Bio-Rad has reproduced below copyright and other licensing notices appearing within the MATERIALS.
While Bio- Rad seeks to provide complete and accurate copyright and licensing information for all
MATERIALS, Bio-Rad does not represent or warrant that the following information is complete, correct, or
error-free. MATERIALS recipients are encouraged to (a) investigate the identified MATERIALS to confirm
the accuracy of the licensing information provided and (b) notify Bio-Rad of any inaccuracies or errors
found in this document so that Bio-Rad may update this document accordingly.
Certain OPEN LICENSES (such as the Affero General Public Licenses, Common Development andDistribution Licenses, Common Public License, Creative Commons Share-Alike License, Eclipse Public
License, Mozilla Public Licenses, GNU General Public Licenses, GNU Library/Lesser General Public
Licenses, and Open Data Commons Open Database License) require that the source materials be madeavailable to recipients or other requestors under the terms of the same OPEN LICENSE.
The corresponding open source software is available for download from the links in the section that
follows.

Руководство пользователя | 351

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

Software Notices
ZedGraph
Project homepage/download site:
https://sourceforge.net/projects/zedgraph/
Bio-Rad source code site:
https://github.com/bio-rad-lsg-open-source/ZedGraph-5.0.1
External source code site:
https://github.com/ZedGraph/ZedGraph
Project licensing notices:/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.
/sources/ZedGraph/LICENSE-LGPL.txt:
See LGPL-2.1 in the Standard OSS License Text appendix to this document.

Standard Open License Text
LGPL-2.1
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE
Version 2.1, February 1999
Copyright (C) 1991, 1999 Free Software Foundation, Inc. 59 Temple
Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA Everyone is permitted tocopy and distribute verbatim copies of this license document, butchanging it is not allowed.
[This is the first released version of the Lesser GPL. It also counts
as the successor of the GNU Library Public License, version 2, hence
the version number 2.1.]

352 | ПО CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

Preamble
The licenses for most software are designed to take away your freedom
to share and change it. By contrast, the GNU General Public Licenses
are intended to guarantee your freedom to share and change free
software--to make sure the software is free for all its users.
This license, the Lesser General Public License, applies to somespecially designated software packages--typically libraries--of theFree Software Foundation and other authors who decide to use it. You
can use it too, but we suggest you first think carefully about
whether this license or the ordinary General Public License is thebetter strategy to use in any particular case, based on the
explanations below.
When we speak of free software, we are referring to freedom of use,
not price. Our General Public Licenses are designed to make sure thatyou have the freedom to distribute copies of free software (andcharge for this service if you wish); that you receive source code or
can get it if you want it; that you can change the software and use
pieces of it in new free programs; and that you are informed that you
can do these things.
To protect your rights, we need to make restrictions that forbid
distributors to deny you these rights or to ask you to surrendertheserights.
These
restrictionstranslatetocertain
responsibilities for you if you distribute copies of the library or
if you modify it.
For example, if you distribute copies of the library, whether gratis
or for a fee, you must give the recipients all the rights that we
gave you. You must make sure that they, too, receive or can get thesource code. If you link other code with the library, you must
provide complete object files to the recipients, so that they canrelink them with the library after making changes to the library andrecompiling it. And you must show them these terms so they know theirrights.
We protect your rights with a two-step method: (1) we copyright thelibrary, and (2) we offer you this license, which gives you legal
permission to copy, distribute and/or modify the library.
To protect each distributor, we want to make it very clear that there
is no warranty for the free library. Also, if the library is modified
by someone else and passed on, the recipients should know that what
they have is not the original version, so that the original author'sРуководство пользователя | 353

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

reputation will not be affected by problems that might be introducedby others.
Finally, software patents pose a constant threat to the existence ofany free program. We wish to make sure that a company cannot
effectively restrict the users of a free program by obtaining a
restrictive license from a patent holder. Therefore, we insist thatany patent license obtained for a version of the library must be
consistent with the full freedom of use specified in this license.
Most GNU software, including some libraries, is covered by theordinary GNU General Public License. This license, the GNU Lesser
General Public License, applies to certain designated libraries, andis quite different from the ordinary General Public License. We use
this license for certain libraries in order to permit linking thoselibraries into non-free programs.
When a program is linked with a library, whether statically or usinga shared library, the combination of the two is legally speaking a
combined work, a derivative of the original library. The ordinary
General Public License therefore permits such linking only if theentire combination fits its criteria of freedom. The Lesser General
Public License permits more lax criteria for linking other code withthe library.
We call this license the "Lesser" General Public License because it
does Less to protect the user's freedom than the ordinary General
Public License. It also provides other free software developers Lessof an advantage over competing non-free programs. These disadvantages
are the reason we use the ordinary General Public License for many
libraries. However, the Lesser license provides advantages in certain
special circumstances.
For example, on rare occasions, there may be a special need toencourage the widest possible use of a certain library, so that it
becomes a de-facto standard. To achieve this, non-free programs mustbe allowed to use the library. A more frequent case is that a freelibrary does the same job as widely used non-free libraries. In thiscase, there is little to gain by limiting the free library to free
software only, so we use the Lesser General Public License.
In other cases, permission to use a particular library in non-freeprograms enables a greater number of people to use a large body offree software. For example, permission to use the GNU C Library innon- free programs enables many more people to use the whole GNU

354 | ПО CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating
system.
Although the Lesser General Public License is Less protective of theusers' freedom, it does ensure that the user of a program that is
linked with the Library has the freedom and the wherewithal to run
that program using a modified version of the Library.
The precise terms and conditions for copying, distribution andmodification follow. Pay close attention to the difference between a"work based on the library" and a "work that uses the library". The
former contains code derived from the library, whereas the lattermust be combined with the library in order to run.
GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSETERMS AND CONDITIONS FOR COPYING, DISTRIBUTION AND MODIFICATION
0. This License Agreement applies to any software library or otherprogram which contains a notice placed by the copyright holder orother authorized party saying it may be distributed under the termsof this Lesser General Public License (also called "this License").
Each licensee is addressed as "you".
A "library" means a collection of software functions and/or dataprepared so as to be conveniently linked with application programs(which use some of those functions and data) to form executables.
The "Library", below, refers to any such software library or work
which has been distributed under these terms. A "work based on the
Library" means either the Library or any derivative work undercopyright law: that is to say, a work containing the Library or a
portion of it, either verbatim or with modifications and/ortranslated straightforwardly into another language. (Hereinafter,translationisincluded
without
limitation
in
the
term
"modification".)"Source code" for a work means the preferred form of the work formaking modifications to it. For a library, complete source code means
all the source code for all modules it contains, plus any associatedinterface definition files, plus the scripts used to control
compilation and installation of the library.
Activities other than copying, distribution and modification are notcovered by this License; they are outside its scope. The act ofrunning a program using the Library is not restricted, and output

Руководство пользователя | 355

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

from such a program is covered only if its contents constitute a work
based on the Library (independent of the use of the Library in a tool
for writing it). Whether that is true depends on what the Library
does and what the program that uses the Library does.
1. You may copy and distribute verbatim copies of the Library's
complete source code as you receive it, in any medium, provided thatyou conspicuously and appropriately publish on each copy anappropriate copyright notice and disclaimer of warranty; keep intact
all the notices that refer to this License and to the absence of any
warranty; and distribute a copy of this License along with the
Library. You may charge a fee for the physical act of transferring a
copy, and you may at your option offer warranty protection in
exchange for a fee.
2. You may modify your copy or copies of the Library or any portionof it, thus forming a work based on the Library, and copy anddistribute such modifications or work under the terms of Section 1
above, provided that you also meet all of these conditions:a) The modified work must itself be a software library.
b) You must cause the files modified to carry prominent notices
stating that you changed the files and the date of any change.
c) You must cause the whole of the work to be licensed at no charge
to all third parties under the terms of this License.
d) If a facility in the modified Library refers to a function or atable of data to be supplied by an application program that uses thefacility, other than as an argument passed when the facility is
invoked, then you must make a good faith effort to ensure that, inthe event an application does not supply such function or table, thefacility still operates, and performs whatever part of its purpose
remains meaningful. (For example, a function in a library to computesquare roots has a purpose that is entirely well-defined independentof the application. Therefore, Subsection 2d requires that any
application-supplied function or table used by this function must be
optional: if the application does not supply it, the squareroot
function must still compute square roots.)
These requirements apply to the modified work as a whole. If
identifiable sections of that work are not derived from the Library,and can be reasonably considered independent and separate works inthemselves, then this License, and its terms, do not apply to thosesections when you distribute them as separate works. But when you

356 | ПО CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

distribute the same sections as part of a whole which is a work basedon the Library, the distribution of the whole must be on the terms ofthis License, whose permissions for other licensees extend to theentire whole, and thus to each and every part regardless of who wrote
it.
Thus, it is not the intent of this section to claim rights or contest
your rights to work written entirely by you; rather, the intent is to
exercise the right to control the distribution of derivative orcollective works based on the Library.
In addition, mere aggregation of another work not based on the
Library with the Library (or with a work based on the Library) on a
volume of a storage or distribution medium does not bring the otherwork under the scope of this License.
3. You may opt to apply the terms of the ordinary GNU General Public
License instead of this License to a given copy of the Library. To dothis, you must alter all the notices that refer to this License, sothat they refer to the ordinary GNU General Public License, version
2, instead of to this License. (If a newer version than version 2 ofthe ordinary GNU General Public License has appeared, then you canspecify that version instead if you wish.) Do not make any otherchange in these notices. Once this change is made in a given copy, it
is irreversible for that copy, so the ordinary GNU General Public
License applies to all subsequent copies and derivative works madefrom that copy. This option is useful when you wish to copy part ofthe code of the Library into a program that is not a library.
4. You may copy and distribute the Library (or a portion orderivative of it, under Section 2) in object code or executable form
under the terms of Sections 1 and 2 above provided that you accompany
it with the complete corresponding machine- readable source code,
which must be distributed under the terms of Sections 1 and 2 aboveon amediumcustomarily
usedforsoftwareinterchange.
If
distribution of object code is made by offering access to copy from adesignated place, then offering equivalent access to copy the sourcecode from the same place satisfies the requirement to distribute thesource code, even though third parties are not compelled to copy thesource along with the object code.
5. A program that contains no derivative of any portion of the
Library, but is designed to work with the Library by being compiled
or linked with it, is called a "work that uses the Library". Such awork, in isolation, is not a derivative work of the Library, andРуководство пользователя | 357

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

therefore falls outside the scope of this License. However, linking a"work that uses the Library" with the Library creates an executablethat is a derivative of the Library (because it contains portions of
the Library), rather than a "work that uses the library". The
executable is therefore covered by this License. Section 6 statesterms for distribution of such executables. When a "work that uses
the Library" uses material from a header file that is part of the
Library, the object code for the work may be a derivative work of the
Library even though the source code is not. Whether this is true isespecially significant if the work can be linked without the Library,or if the work is itself a library. The threshold for this to be true
is not precisely defined by law. If such an object file uses only
numerical parameters, data structure layouts and accessors, and small
macros and small inline functions (ten lines or less in length), thenthe use of the object file is unrestricted, regardless of whether it
is legally a derivative work. (Executables containing this object
code plus portions of the Library will still fall under Section 6.)
Otherwise, if the work is a derivative of the Library, you may
distribute the object code for the work under the terms of Section 6.
Any executables containing that work also fall under Section 6,
whether or not they are linked directly with the Library itself.
6. As an exception to the Sections above, you may also combine orlink a "work that uses the Library" with the Library to produce awork containing portions of the Library, and distribute that work
under terms of your choice, provided that the terms permit
modification of the work for the customer's own use and reverse
engineering for debugging such modifications. You must give prominent
notice with each copy of the work that the Library is used in it andthat the Library and its use are covered by this License. You must
supply a copy of this License. If the work during execution displays
copyright notices, you must include the copyright notice for the
Library among them, as well as a reference directing the user to the
copy of this License. Also, you must do one of these things:a) Accompany the work with the complete corresponding machinereadable source code for the Library including whatever changes wereused in the work (which must be distributed under Sections 1 and 2
above); and, if the work is an executable linked with the Library,with the complete machine-readable "work that uses the Library", asobject code and/or source code, so that the user can modify the
Library and then relink to produce a modified executable containing
the modified Library. (It is understood that the user who changes the358 | ПО CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

contents of definitions files in the Library will not necessarily beable to recompile the application to use the modified definitions.)b) Use a suitable shared library mechanism for linking with the
Library. A suitable mechanism is one that (1) uses at run time a copyof the library already present on the user's computer system, rather
than copying library functions into the executable, and (2) will
operate properly with a modified version of the library, if the user
installs one, as long as the modified version is interface-compatible
with the version that the work was made with.
c) Accompany the work with a written offer, valid for at least three
years, to give the same user the materials specified in Subsection
6a, above, for a charge no more than the cost of performing this
distribution.
d) If distribution of the work is made by offering access to copy
from a designated place, offer equivalent access to copy the above
specified materials from the same place.
e) Verify that the user has already received a copy
materials or that you have already sent this user a copy.

of

these

For an executable, the required form of the "work that uses the
Library" must include any data and utility programs needed for
reproducing the executable from it. However, as a special exception,
the materials to be distributed need not include anything that isnormally distributed (in either source or binary form) with the major
components (compiler, kernel, and so on) of the operating system on
which the executable runs, unless that component itself accompanies
the executable.
It may happen that this requirement contradicts the license
restrictions of other proprietary libraries that do not normallyaccompany the operating system. Such a contradiction means you cannot
use both them and the Library together in an executable that you
distribute.
7. You may place library facilities that are a work based on the
Library side-by-side in a single library together with other libraryfacilities not covered by this License, and distribute such a
combined library, provided that the separate distribution of the work
based on the Library and of the other library facilities is otherwise
permitted, and provided that you do these two things:Руководство пользователя | 359

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Productsa) Accompany the combined library with a copy of the same work basedon the Library, uncombined with any other library facilities. This
must be distributed under the terms of the Sections above.
b) Give prominent notice with the combined library of the fact thatpart of it is a work based on the Library, and explaining where tofind the accompanying uncombined form of the same work.
8. You may not copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library except as expressly provided under this License. Any attempt
otherwise to copy, modify, sublicense, link with, or distribute the
Library is void, and will automatically terminate your rights under
this License. However, parties who have received copies, or rights,
from you under this License will not have their licenses terminatedso long as such parties remain in full compliance.
9. You are not required to accept this License, since you have notsigned it. However, nothing else grants you permission to modify or
distribute the Library or its derivative works. These actions areprohibited by law if you do not accept this License. Therefore, bymodifying or distributing the Library (or any work based on the
Library), you indicate your acceptance of this License to do so, andall its terms and conditions for copying, distributing or modifying
the Library or works based on it.
10. Each time you redistribute the Library (or any work based on the
Library), the recipient automatically receives a license from theoriginal licensor to copy, distribute, link with or modify the
Library subject to these terms and conditions. You may not impose any
further restrictions on the recipients' exercise of the rights
granted herein. You are not responsible for enforcing compliance bythird parties with this License.
11. If, as a consequence of a court judgment or allegation of patent
infringement or for any other reason (not limited to patent issues),
conditions are imposed on you (whether by court order, agreement orotherwise) that contradict the conditions of this License, they do
not excuse you from the conditions of this License. If you cannot
distribute so as to satisfy simultaneously your obligations under
this License and any other pertinent obligations, then as aconsequence you may not distribute the Library at all. For example,
if a patent license would not permit royalty-free redistribution of
the Library by all those who receive copies directly or indirectly
through you, then the only way you could satisfy both it and this360 | ПО CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text

License would
Library.

betorefrainentirely

from

distribution

of

the

If any portion of this section is held invalid or unenforceable under
any particular circumstance, the balance of the section is intended
to apply, and the section as a whole is intended to apply in othercircumstances.
It is not the purpose of this section to induce you to infringe any
patents or other property right claims or to contest validity of any
such claims; this section has the sole purpose of protecting the
integrity of the free software distribution system which is
implemented by public license practices. Many people have madegenerous contributions to the wide range of software distributed
through that system in reliance on consistent application of thatsystem; it is up to the author/donor to decide if he or she iswilling to distribute software through any other system and alicensee cannot impose that choice. This section is intended to makethoroughly clear what is believed to be a consequence of the rest of
this License.
12. If the distribution and/or use of the Library is restricted incertain countries either by patents or by copyrighted interfaces, theoriginal copyright holder who places the Library under this License
may add an explicit geographical distribution limitation excluding
those countries, so that distribution is permitted only in or among
countries not thus excluded. In such case, this License incorporates
the limitation as if written in the body of this License.
13. The Free Software Foundation may publish revised and/or new
versions of the Lesser General Public License from time to time. Suchnew versions will be similar in spirit to the present version, but
may differ in detail to address new problems or concerns.
Each version is given a distinguishing version number. If the Libraryspecifies a version number of this License which applies to it and"any later version", you have the option of following the terms andconditions either of that version or of any later version publishedby the Free Software Foundation. If the Library does not specify alicense version number, you may choose any version ever published by
the Free Software Foundation.
14. If you wish to incorporate parts of the Library into other freeprograms whose distribution conditions are incompatible with these,
write to the author to ask for permission. For software which isРуководство пользователя | 361

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products

copyrighted by the Free Software Foundation, write to the Free
Software Foundation; we sometimes make exceptions for this. Ourdecision will be guided by the two goals of preserving the freestatus of all derivatives of our free software and of promoting thesharing and reuse of software generally.
NO WARRANTY
15. BECAUSE THE LIBRARY IS LICENSED FREE OF CHARGE, THERE IS NO
WARRANTY FOR THE LIBRARY, TO THE EXTENT PERMITTED BY APPLICABLE LAW.
EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT HOLDERS AND/OR
OTHER PARTIES PROVIDE THE LIBRARY "AS IS" WITHOUT WARRANTY OF ANY
KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULARPURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE
LIBRARY IS WITH YOU. SHOULD THE LIBRARY PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME
THE COST OF ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
16. IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO INWRITING WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MAY MODIFY
AND/OR REDISTRIBUTE THE LIBRARY AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOUFORDAMAGES,INCLUDING
ANY
GENERAL,
SPECIAL,
INCIDENTALORCONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE USE OR INABILITY TO USE THE
LIBRARY (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF DATA OR DATA BEING
RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD PARTIES OR A
FAILURE OF THE LIBRARY TO OPERATE WITH ANY OTHER MATERIALS), EVEN IF
SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
SUCH DAMAGES.
END OF TERMS AND CONDITIONS
How to Apply These Terms to Your New Libraries
If you develop a new library, and you want it to be of the greatest
possible use to the public, we recommend making it free software thateveryone can redistribute and change. You can do so by permitting
redistribution under these terms (or, alternatively, under the termsof the ordinary General Public License).
To apply these terms, attach the following notices to the library. It
is safest to attach them to the start of each source file to mosteffectively convey the exclusion of warranty; and each file shouldhave at least the "copyright" line and a pointer to where the fullnotice is found.

362 | ПО CFX Maestro Dx SE

Standard Open License Text<one line to give the library's name and a brief idea of what it
does.>
Copyright (C) <year> <name of author>
This library is free software; you can redistribute it and/or modify
it under the terms of the GNU Lesser General Public License as
published by the Free Software Foundation; either version 2.1 of theLicense, or (at your option) any later version. This library is
distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY
WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU Lesser General Public
License for more details.
You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
License along with this library; if not, write to the Free Software
Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307
USA
Also add information on how to contact you by electronic and paper
mail. You should also get your employer (if you work as a programmer)
or your school, if any, to sign a "copyright disclaimer" for the
library, if necessary. Here is a sample; alter the names:
Yoyodyne, Inc., hereby disclaims all copyright interest in thelibrary `Frob' (a library for tweaking knobs) written by James Random
Hacker.
<signature of Ty Coon>, 1 April 1990
Ty Coon, President of Vice
That's all there is to it!

Руководство пользователя | 363

Приложение E Bio-Rad Free and Open-Source Notices for PCR Products364 | ПО CFX Maestro Dx SEПриложение F Литература
1.

Sugimoto et al. (1996). Improved thermodynamic parameters and helix initiation factor to predictstability of DNA duplexes. Nucleic Acids Research 24, 4,501–4,505.

2.

Breslauer KJ et al. 1986). Predicting DNA duplex stability from the base sequence. Proc Nat Acad Sci
83, 3,746–3,750.

3.

Hellemans J et al. (2007). qBase relative quantification framework and software for management andautomated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biol 8, R19.

4.

Livak JL et al. (1995). Towards fully automated genome-wide polymorphism screening. Nature
Genetics 9, 341–342.

5.

Pfaffl MW (2001). A new mathematical model for relative quantification in real-time RT-PCR. Nucleic
Acids Research 29, 2,002–2,007.

6.

Vandesompele J et al. (2002). Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by
geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 3, 1–12.

7.

Fox J (2008). Applied Regression Analysis and Generalized Linear Models. 2nd ed (New York:SAGE Publications, Inc.).

У ве домле ние об а вт орс ком пра ве Minpack (1999) University of Chicago. В с е пра вас охра не ныПовторное распространение и использование в исходной и двоичной формах, с изменениями илибез них, разрешается при соблюдении следующих условий.
1.

При повторном распространении исходного кода должны сохраняться указанное вышеуведомление об авторских правах, этот список условий и следующий отказ отответственности.

2.

При повторном распространении в двоичном виде в документации и/или других материалах,поставляемых при распространении, должны воспроизводиться указанное вышеуведомление об авторских правах, этот список условий и следующий отказ отответственности.

3.

Документация конечного пользователя, включенная при повторном распространении (приналичии таковой), должна включать следующее подтверждение:Руководство пользователя | 365Приложение F Литература

«Этот продукт включает программное обеспечение, разработанное Чикагским университетом вкачестве оператора Аргоннской национальной лаборатории».

366 | ПО CFX Maestro Dx SE

Bio-Rad Laboratories, Inc.
4000 Alfred Nobel Drive
Hercules, CA 94547
Bio-Rad3, boulevard Raymond Poincaré
92430 Marnes-la-Coquette, Франция
Тел.: +33 (0)1 47 95 60 00
Факс: +33 (0)1 47 41 91 33
bio-rad.com

Bio-RadLaboratories, Inc.
Life ScienceGroup

10000152871 Ver A US/EG

Website bio-rad.com USA 1 800 424 6723 Australia 61 2 9914 2800 Austria 00 800 00 24 67 23 Belgium 00 800 00 24 67 23 Brazil 4003 0399
Canada 1 905 364 3435 China 86 21 6169 8500 Czech Republic 00 800 00 24 67 23 Denmark 00 800 00 24 67 23 Finland 00 800 00 24 67 23
France 00 800 00 24 67 23 Germany 00 800 00 24 67 23 Hong Kong 852 2789 3300 Hungary 00 800 00 24 67 23 India 91 124 4029300 Israel 0 3 9636050
Italy 00 800 00 24 67 23 Japan 81 3 6361 7000 Korea 82 2 3473 4460 Luxembourg 00 800 00 24 67 23 Mexico 52 555 488 7670
The Netherlands 00 800 00 24 67 23 New Zealand 64 9 415 2280 Norway 00 800 00 24 67 23 Poland 00 800 00 24 67 23 Portugal 00 800 00 24 67 23
Russian Federation 00 800 00 24 67 23 Singapore 65 6415 3188 South Africa 00 800 00 24 67 23 Spain 00 800 00 24 67 23 Sweden 00 800 00 24 67 23
Switzerland 00 800 00 24 67 23 Taiwan 886 2 2578 7189 Thailand 66 2 651 8311 United Arab Emirates 36 1 459 6150 United Kingdom 00 800 00 24 67 23
22-02390422

Sig 0122