医療機関等における税制の在り方に関する提言−消費税と認定医療法人の税制−

平成２６年（2014 年）９月５日

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
会 長

常 山

正 雄

〔医療機関等における税制の在り方に関する提言〕−消費税と認定医療法人の税制−
公益社団法人日本医業経営コンサルタント協会（以下「当協会」という。）は、
平成２２年、平成２４年と２回にわたって医療機関等における税制についての提言を行った。
当協会は、社会公共性を担っている医療機関等を経営面から支えることにより、より良い社会づくりに貢献することを目的として活動している。現在進められている社会保障制度の持続的安定を目指す国の政策が、一方では税制の仕組
みによって医療機関等の経営の脆弱化を招いていることを、当協会では我が国の制度的矛盾と深く憂慮しているところである。
平成２６年４月１日に消費税率が８％へ引き上げられたが、医療機関等における「控除対象外消費税」の問題は、まだ抜本的な解決には至っていない。
当協会としては、我が国の社会保障制度の安定化を図ることを目的とした消費税率の引き上げが、逆にその社会保障制度を支えている多くの医療機関等の経営収支の悪化を招いている現状を懸念するものである。
平成２７年１０月には消費税率の１０％への引き上げが予定されている情勢であること、今後さらに消費税率が上昇せざるを得ないということを想定すると、この「控除対象外消費税」の問題が、我が国の多数の医療機関等の経営に深刻かつ重大な影響を与えることを危惧せざるを得ない。そのような事態を回避
し、医療機関等の経営の安定化をはかるために、今回引き続き医療機関等の消費税について提言を行うものである。
また、平成２６年１０月１日から３年間の期間限定で「認定医療法人制度」がスタートする。この新制度は「持ち分あり医療法人」が「持ち分なし医療法人」に移行する際の税制優遇措置等の新設など評価できる面はあるものの、期間限定であり永続性のある制度として位置づけられていない。また相続税法第６６条によるみなし贈与税の規定等は旧来のままである。
当協会は、この新たな移行制度（「認定医療法人制度」）に関する相談窓口を厚生労働省から受託しており、「持ち分あり医療法人」から「持ち分なし医療法人」への移行が円滑に行えるように支援する立場にある。当協会としてこの「認定医療法人制度」を恒久的制度として拡充をはかるとともに、医療法人税制についての整備を強く要望するものである。

【消費税】
１．社会保険診療報酬等（公的な医療保障制度に係る療養、医療、施設療養又はこれらに類するものとしての資産の譲渡等、介護保険法の規定に基づく居宅介護サービス費の支給に係る居宅サービス及び施設介護サービス費の支給に係る施設サービス等）に対する消費税の非課税制度を課税制度に改めること。
２．医療機関等における「控除対象外消費税」解決のための抜本的な施策は、
消費税率１０％の間に措置すること。
【認定医療法人制度と医療法人税制】
１．認定医療法人制度について、厚生労働大臣が移行計画の認定をする期間を3 年間に限定するのではなく、恒久的な措置とすること。また、認定医療法
人が「持分のない医療法人」に移行する期限について、3 年を超えない範囲とされているところを 5 年を超えない範囲とすること。
２．平成 26 年度税制改正で創設された医業継続に係る相続税及び贈与税の納
税猶予・免除制度について、認定医療法人制度の恒久化に合わせて恒久的な措置とすること。
３．「持分のある医療法人」が「持分のない医療法人」に移行する際に相続税
法施行令第 33 条第 3 項の要件を満たさないときは、医療法人を個人とみなして贈与税の課税（相続税法第 66 条第 4 項）がされるが、その判定に際しては、医療法人の公益性及び非営利性を考慮したものとなるよう必要な措置を講ずること。
４．「持分のある医療法人」の出資評価について、類似業種比準価額方式の評価方法を配当の無い普通法人の株式評価と同じ方法（評価算式の分母を 5 とし、分子の配当要素は 0 とする評価）に改めること。また、純資産価額方式
については、医療法人の社員は各一個の議決権を有する（医療法第 48 条の 4
第 1 項）とされており、特定の出資社員が独占的な支配権を有することはできないため、支配割合 50％未満の同族株主同様に純資産価額の 80％評価とすること。

医療機関等における税制改正提言検討会

氏

名

当協会所属

委員名簿
（順不同・敬称略）

委員

事務所名・その他の所属等

座長松田 紘一郎資格認定審査会委員

委

員

向江 健治

副会長

総合メディカル㈱ 特別顧問

〃

梶原 優

副会長

医療法人 弘仁会 理事長

〃

杉田 圭三

副会長

〃

笹谷 俊道

〃

竹田 秀

〃

青木 惠一

資格認定審査会委員

〃

石井 孝宜

東京都支部

〃

船本 智睦

京都府支部

㈱グロスネット 代表取締役
税理士・公認会計士㈱CWM 総合経営研究所 代表取締役
税理士

理事

税理士法人中央総研 代表社員

調査研究・提言委員長

税理士

理事
資格認定審査会委員

一般財団法人竹田健康財団 理事長
税理士法人青木会計 代表社員
税理士
石井公認会計士事務所 所長
税理士・公認会計士
京都紫明税理士法人 社員税理士
税理士（問い合せ先）公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
事務局 事業第一課 TEL：03-5275-6996

税制の在り方に関する提言・参考資料

この参考資料は、平成 26 年（2014 年）９月５日公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会が会長名で明らかにした「医療機関等における税制の在り方に関する提言−消費税と認定医療法人の税制（以下「提言」という。）−」にかかるものである。

提言は、検討会委員の議論の結論を「なるべく解りやすく簡潔」に示したものであり、それに至る参考資料などをここに掲載した。

公益社団法人 日本医業経営コンサルタント協会
医療機関等における税制改正提言検討会

目次（ﾍﾟｰｼﾞ）第１納税猶予等にかかる税制改正要望…………………………………

１

厚生労働省・平成２６年度税制改正要望（一部）２

日医、四病協の税制改正要望

第２

消費税について………………

２………………………………………

３………………………………………………………

４

１

消費税の創設・増税の経過

２

控除対象外消費税の発生原因

３

平成２６年４月、３％増税補てん

４

当協会の過去２回の提言

５「控除対象外消費税」解消方法（列挙）第３２…………………………………………
………………………………………

４
４…………………………………

５……………………………………………

５…………………………

７…………………………………

９………………………………………………

９

認定医療法人、みなし贈与税課税１

改正された制度の概要

２

相続税の納税猶予、免除

３

医療法人の持分についての相続税の税額控除

４

贈与税の納税猶予制度……………………………………………

10……………………

11………………………………………………

12

当協会の提言に際し検討した内容等…………………………………

13

１

消費税について13

２

認定医療法人制度について第４………………………………………………………
…………………………………………

−1−

14

第１ 納税猶予等にかかる税制改正要望
１ 厚生労働省・平成２６年度税制改正要望（一部）(1) 社会保険診療報酬に係る非課税措置の存続〔事業税〕
社会保険診療の高い公共性に鑑み、社会保険診療報酬に係る事業税の非課税措置を存続する。
(2) 医療法人の社会保険診療以外部分に係る軽減措置の存続〔事業税〕
医療事業の安定性･継続性を高め、良質かつ適切な医療を効率的に提供する体制の確保に資する医療法人制度を支援するため、医療法人の社会保険診療以外の部分に係る事業税の軽減措置を存続する。
＜参考＞平成 25 年度税制改正大綱（平成 25 年１月 24 日 自由民主党・公明党）（抄）第三 検討事項（92 ページ）
事業税における社会保険診療報酬に係る実質的非課税措置及び医療法人に対する軽減税率については、税負担の公平性を図る観点や、地域医療の確保を図る観点から、そのあり方について検討する。

(3) 医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置の創設〔相続税、贈与税〕
地域住民に良質かつ適切な医療を安定的に提供する観点から、持分あり医療法人の出資者の死亡によって相続が発生する等により医業の継続に支障をきたすことのないよう、期限（最長３年間）を定めて持分なし医療法人への移行を進める医療法
人について、移行期間中の相続税・贈与税に係る納税を猶予し、また、移行後に猶予税額を免除する。
(4) 社会医療法人の認定取消時の一括課税の見直し〔法人税、法人住民税、事業税〕
救急やへき地医療の実績が要件である社会医療法人について、周辺環境の変化でその要件を満たさなくなり、認定が取り消された場合等に、認定取消のあった事業
年度にそれまでの収益全額を益金算入して一括課税するのではなく、複数年（例えば認定を受けていた年数）に分けて益金算入できる仕組みを創設する。
(5) 医療に係る消費税の課税のあり方の検討〔消費税、地方消費税〕
医療に係る消費税の課税のあり方について、消費税率が 10％に引き上げられることが予定される中、医療機関等の仕入れ税額の負担及び患者等の負担に十分に配慮し、医療関係者、保険者等の意見も踏まえ検討し、結論を得る。
＜参考＞平成２５年度税制改正大綱（平成 25 年１月 24 日 自由民主党・公明党）（抄）第三 検討事項（90 ページ）
医療に係る税制のあり方については、消費税率が 10％に引き上げられることが予定される
中、医療機関の仕入れ税額の負担及び患者等の負担に十分に配慮し、関係者の負担の公平性、透明性を確保しつつ適切な措置を講ずることができるよう、医療保険制度における手当のあり方の検討等と併せて、医療関係者、保険者等の意見も踏まえ、総合的に検討し、結論
を得る。

−2−

２ 日医、四病協の税制改正要望
公益社団法人 日本医師会、および四病院団体協議会（一般社団法人 日本病院会、公益社団法人 全日本病院協会、一般社団法人 日本医療法人協会、公益社団法
人 日本精神科病院協会）は、平成 25 年９月、それぞれの会長名の連名で平成 26
年度税制改正要望を次のように公表（関連項目のみ、一部）した。
(1) 持分のある医療法人が持分のない医療法人に移行する際の移行税制の創設
持分のある医療法人が持分のない医療法人に円滑に移行できるように、医療法人のための移行税制を創設し、以下の措置を講じること。
① 移行時において､出資者にみなし配当課税を課さないこと。
② 医療法人に相続税法第 66 条第４項の規定の適用による贈与税を課さないこと。
−相続税･贈与税･所得税−(2) 相続税・贈与税の納税猶予制度の医療法人への拡充
持分のある社団医療法人に対して、中小企業の事業承継における相続税･贈与税の納税猶予制度と同様の制度を創設すること。
一相続税･贈与税(3) 持分のある医療法人が相続発生後５年内に持分のない医療法人に移行する場合の相続税・贈与税猶予制度の創設
持分のある社団医療法人の出資者に相続が発生した場合、当該医療法人が持分のない医療法人に移行する予定であるときは、当該出資者に係る相続税･贈与税の納税を５年間猶予し、期間内に持分のない社団に移行することを条件に猶予税額を免除する制度を創設すること。
−相続税･贈与税−(4) 社団医療法人の出資評価の見直し
財産評価基本通達における社団医療法人の出資の評価方法を見直し、営利企業の株式等の評価に比して著し<不利とならないよう改めること。
−相続税･贈与税−−3−

第２ 消費税について
１ 消費税の創設・増税の経過(1) 消費税制の創設の趣旨
消費税は、直接税（法人税、所得税、相続税など）に片寄っていた税制に間接税である消費税を導入することにより、直間比率の是正をするとともに、消費者に広く薄く負担してもらい、もって社保保障財源化しようという趣旨のもとに創設された。
(2) 増税改正等の経過
・1988 年（昭和 63 年）12 月 30 日
・1989 年（平成元年）４月１日

法律第 108 号

適用（1989 年（平成元年）４月１日

公布施行

税率３％

・1997 年（平成９年）４月１日

0.76％補てん）
税率２％アップ（５％）（1997 年（平成９年）４月１日

0.77％の補てん。計 1.53％）

・2003 年（平成 15 年）12 月３日

価格の「総額表示」義務化が公布（平成 16 年４月１日施行）

・2014 年（平成 26 年）４月１日

税率３％アップ（８％）

・2015 年（平成 27 年）10 月１日

税率２％アップ（10％）予定（注）①②

消費税率には、地方消費税も含む。
1989 年、1997 年、2014 年（平成 26 年）の増税は、全て診療報酬への補てん方式をとっている。

２ 控除対象外消費税の発生原因
控除対象外消費税は、医療行為が非課税取引とされ、消費者である患者（国民）に転嫁できないことにより生じている。
さらに、診療報酬による補てんという方式が充分でなく、事業者であるべき医療機関にその控除対象外消費税が負担させられており、税の基本である「課税の公平」が大きく犯されている。
これは、課税売上割合により乗じた課税仕入れで支出した（仮払）消費税のみを控除するしくみにより発生している。
2015 年（平成 27 年）10 月１日の２％増税に当り、課税取引に改めるなどの税制面での対応が必要と思われる。
−4−

３ 平成２６年４月、３％増税補てん(1) 診療報酬及び薬価改定等① 診療報酬本体
改定率＋0.73（＋0.63％）
各科改定率

②

薬価改定等
改定率
薬価改定
材料価格改定医科
歯科
調剤＋0.82％（＋0.71％）＋0.99％（＋0.87％）＋0.22％（＋0.18％）▲0.63％（＋0.73％）▲0.58％（＋0.64％）▲0.05％（＋0.09％）(2) 消費税率引上げに伴う診療報酬改定① 消費税引上げ対応分の満額確保
改定率＋1.36％
・ 消費税引上げによる医療機関・薬局の仕入れ負担増に対して、必要額（5600億円＝改定率 1.36％）を満額確保
・ 具体的には初診料・再診料、調剤基本料等の引上げにより、広く医療機関・薬局の経営安定に貢献② 消費税財源を活用した診療報酬本体への上乗せ
改定率＋0.1％②-1 保険料等の国民負担の増加を極力避けつつ、消費税財源を活用して、0.1％のプラス改定②-2 その際、急性期病床から受け皿病床へ円滑な移行を進めるため、経過期間（１年を予定）中の費用補てんを診療報酬本体に上乗せ。＋0.15％の改定率に相当※医科：歯科：調剤の配分比率は、１：１．１：0.3（消費税引上げ対応分を除く）

４ 当協会の過去２回の提言(1) 平成 22 年（2010 年）９月 22 日提言（結論のみ）
消費税の社会保障費目的税化による増税が議論されている中、我々・認定登録
医業経営コンサルタントは、この税目が医療機関に「損税」（一部に「益税」）が発生していることを指摘する。
我々の調査分析の結果、１年間（平成 20 年度想定）で医科診療所（総額・概算
推計、以下同じ）で、2,018 億円（１診療所・単純平均推計（99,545 診療所）、以下同じ 2,028 千円）、病院で 1,974 億円（１病院・単純平均推計（8,766 病院）、
22,523 千円）の「損税」負担を強いられている。
これを放置すれば、医療機関経営に「課税の不公平」による大きなダメージを与え、第三の理由による医療崩壊が起きることは必然であり、それを防ぐため次のことを提言する。
−5−

１

国家・地方財政の歳出の無駄の見直し、削減の実施を前提に、諸外国並みに消費税率（付加価値税率）をアップすること。
２ 納税者番号によるインボイス方式を採用し、複数税率にすること。
３ 消費税そのものを、医療・福祉などの目的税とすること。
４ 医療機関を課税事業(者)に改めること。
消費税の逆進制を緩和するため複数税率による制度化は、当然必要であると思われるが、国民的合意のための経過期間をとり「課税の公平性」を基盤におくべきであり、そのことが医療機関の安定的・健全な発展と雇用の増大に寄与し、地域住民の「安心・安全」な健康社会をつくっていくものと確信している。
(2) 平成 24 年（2012 年）12 月 20 日提言（結論のみ）
１．社会保険診療報酬等（公的な医療保障制度に係る療養、医療、施設療養又はこれらに類するものとしての資産の譲渡等、介護保険法の規定に基づく居宅介護
サービス費の支給に係る居宅サービス及び施設介護サービス費の支給に係る施設サービス等）に対する消費税の非課税制度を課税制度に改めること。
２．速やかに医療等に係る消費税の課税の在り方を検討する場を政府税制調査会
等に設けること。
国民の福祉、社会保障は国民皆保険制度により守られており現物給付されている医療や介護はそのために公定価格により運営されている。この点が他の業種、事業、取引と大きく異なる点であり、控除対象外消費税等を診療報酬等によって手当しようとする根拠にされているが、この仕組みは今後予想される消費税の税率アップを前提とした場合、国民にとって極めてわかりづらいものとなっており、課税化
こそが透明で納得性の高い方策であると確信している。
（予想される医療機関への影響について）
前回の提言において、平成 19 年から平成 21 年の控除対象外消費税等の試算を行った。
診療所においては平均で 203 万円（35 万円〜400 万円）、病院においては平均で2,253 万円（数万円〜数億円）の控除対象外消費税等が発生していると指摘した。
消費税率が現在の５％から８％に引き上げされた場合、診療所では平均で 324 万円、病院では平均で 3,604 万円の控除対象外消費税等になる。10％に引き上げされた場合、診療所では平均で 406 万円、病院では平均で 4,505 万円の控除対象外消費税等になる。
このように８％、10％に引き上げされた場合、医業経営に大きな影響を与えるこ
とになる。

−6−

５ 「控除対象外消費税」解消方法検討（列挙）(1) 診療報酬を課税化・ゼロ税率を適用する方法
診療報酬を課税に改めることは、消費税の計算上仕入税額控除が可能となることから、何よりもシンプルな控除対象外消費税問題の解消方法である。オーストラリ
アで採用されている「診療報酬のゼロ税率化」こそが、患者負担に影響を与えず、かつ控除対象外消費税を完全に排除する方法であろう。
この方法が実現困難な理由
イ○
医療を「ゼロ税率化」するには、その他の非課税業種との調整が必要となる。
保険診療を行う医療機関においては、診療報酬が公定価格のために本来控除
対象外消費税を価格に転嫁することは許されないが、その他の非課税業種は控除対象外消費税を自己で価格に転嫁できるという点で確かに異なる。しかし、それでも他の非課税業種は医療機関と同様の「ゼロ税率化」を要望することとなるであろう。
ロ○
オーストラリアやイギリスなどを除き、多くの諸外国において医療は非課税とされており、ＥＵは否定的見解を示している。国際的適合性の観点からも、「ゼロ税率化」は実現困難と思う。
ハ課税制度に変更した場合、国は社会保障目的税化する考えを示していること○から、増加する医療費を賄うための財源が不足した場合の税率を引き上げる余地を残す必要があり、医療に係る消費税を課税取引に改めることに対する理解を国民に求めるのは難しいと思われる。
ニ○
課税制度に改めた場合、新たな納税資金が必要となり、この納税資金を計画的に準備する必要がある。
また、税率が０％から引き上げられた場合、患者負担分の消費税相当額が未収金として増大し回収等の事務負担が重くなる。現在でも消費税は滞納事業者が一番多い税目であることから、さらなる税金滞納者が増えその徴収に必要な税務執行コストが国として懸念される。
ホ○

一般的なサービス提供行為は、提供者が提供するサービスの対価を、その受益者が全額負担している。これに対して、医療ではサービス提供者から提供されるサービスの対価をその受益者が一部負担するという医療保険の仕組みのもとにある。医療費の財源は、患者の一部負担以外では、公助・共助・自助の３つの構造となっている。すなわち、医療サービスの提供は一般のサービスとは異なり、サービス提供者と受益者の関係性が１対１ではない。最終消費者である患者の負担は一部またはゼロである。公助は全額公費で、共助は患者負担を除くと社会保険料と税金が財源となっている。
消費税法上の課税要件では、たとえ社会保険診療報酬でも医療サービスとして役務の提供の授受があるのだから本来課税取引とされるが、そのうえで診療報酬を非課税取引としたのはあくまでも政策的配盧による取り決めである。このような特性を持つ診療報酬を課税にすると、非課税としてきた診療報酬に対する概念を根本的に覆すことになるという議論もありうる。
−7−

この控除対象外消費税問題解消方法は、全体的な財源のバランスと時期を考慮しながら、５％程度の「軽減税率化」を図ったうえで、患者負担の増加分を「給付付税額控除」制度を恒久的に導入して対応すれば、解消方法の１つの選択肢とすることは可能であると思われる。

(2) 診療報酬は非課税取引を維持し、診療報酬で補てんする方法
診療報酬補てんの方法には、重要項目に上乗せ処理し診療報酬全体で数％のプラ
ス改定を図るマクロレベルな対応と、課税対象となるすべて（一部項目になっているが）の物・薬品・医材料などに対して消費税相当額だけ診療報酬に上乗せする対応がある。これは現在とられている方式であり、補てん不足のほか、次の２つのデメリットが指摘されている。
診療報酬の設定は改定時期の社会・経済情勢に左右されることから、プラス・マイナス改定が繰り返されることとなり、恒久的に継続されるものではない。さらに、過去のデータによれば、消費税の影響を受けやすい重要項目についても減点や削除が見られ、検証不能な状況にある。
ロ
診療報酬はもともと原価方式ではなく、「医療の質」の観点から評価され、○その時々の財政政策によって決定されるものである。したがって、消費税相当
額のコストアップを診療報酬に上乗せしても、費用に対応した収益の測定は困難である。診療報酬はその性質上消費税法の課税区分を意識した内容とはなっていない。さらに、ＤＰＣ点数に見られる包括化された項目内容では課税区分の判定は極めて難しい。
イ○(3) 診療報酬は非課税取引を維持し、控除対象外消費税を還付する方法
この方法は、カナダにおけるＰＳＢ（Public Service Body）リベートを参考にしているが、「公平性」「簡素性」「透明性」を兼ね備えており、我が国の一部に有力な控除対象外消費税解消方法であるという主張がある。
この方法は、仕入税額控除の適用を受ける事ができなかった控除対象外消費税について、「救済措置」として一定率の還付を受けられるというものである。したがって、法改正により社会保険診療報酬という公的保険の取扱いを変更することな
く、現行の非課税制度のままで控除対象外消費税負担額を部分的に等しく公平に還付可能になる。また、導入が比較的容易であり簡素化されている。そして、還付率
は、その時々の様々な社会情勢の変化の状況に応じて、厚生労働省の予算の範囲内で設定することが可能となるが、還付率の設定、還付対象業種の決定が困難であり、総医療費が増大するというデメリットがある。

−8−

第３ 認定医療法人、みなし贈与税課税
１ 改正された制度の概要(1) 平成 26 年の医療法改正
平成 26 年の医療法改正においては、平成 18 年の医療法改正後も持分なし医療法
人への移行が進んでいないことを踏まえ、持分なし医療法人への移行を促進することとし、「政府は、地域において必要とされる医療を確保するため、経過措置医療法人（＝持分あり医療法人）の新医療法人（＝持分なし医療法人）への移行が促進
されるよう必要な施策の推進に努めるものとする」旨を法定化するとともに、厚生労働大臣による移行計画の認定制度を創設し、一定の期間内（平成 26 年 10 月１日から３年間）に認定を受けた医療法人に対し各種の支援を行うこととしている。
具体的支援として、認定を受けた医療法人に対しては、本税制措置のほか、持分の払戻し請求があった場合にも医業継続に支障が出ないようにするための経営安定化資金を独立行政法人福祉医療機構が融資する制度、既存の移行マニュアルの活用といった支援をパッケージで講ずることとされている。
(2) 相続税の納税猶予の概要
この移行促進という政策に則って移行計画の認定を受け、移行に向けた調整を行っている中で相続が発生した場合には、被相続人は持分の移行計画期間内の放棄を予定していたにもかかわらず、その相続人とすれば当該持分に係る相続税の支払いが必要となり、納税資金確保のため、払戻し請求を行う可能性がありうる。
そのような事態が生じた場合には、移行計画の達成が困難になり、地域医療の安定性の確保も危うくなることから、払戻しリスクを除去することにより相続税が移行の達成の障害となることを防止し、関係者間の合意形成、持分の放棄までの時間を確保し、移行を円滑に進めることを可能とするため、移行計画の認定を受けて持分なし医療法人への移行を進めようとする経過措置医療法人を対象とした、相続税の納税猶予制度を創設することとされた。
こうした制度は、医療法上の移行計画認定スキームを前提として、持分なし医療法人に移行しようとする過程で偶然相続税負担が発生することに伴う払戻しによる経営資源の流出の回避につながるものといえる。また、移行計画の認定を受けるべく策定作業を進める中で相続が発生した場合にも同様の問題が生じるため、相続後
申告期限までに認定を受けた医療法人についても本制度の対象とされた。
ところで、相続以外の局面においても税負担が発生する場合がありうる。移行計
画の認定を受け、移行に向けて持分の放棄があった場合には、出資者全員が同時に放棄をすれば出資者間に贈与税の課税関係は生じないものの、経営に関心のない者などが移行計画期間中に先行的に持分を放棄した場合や出資額限度法人において出資額相当の払戻しがあった場合など、持分又は出資額を超える剰余金部分の放棄が順次生じる場合がある。このような場合には、放棄された持分が他の出資者に帰属することとなるが、その経済的利益の帰属は「みなし贈与」として贈与税の課税対象とされている。
−9−贈与税が課税されると、相続税が課される場合と同様に、移行計画期間内に持分放棄をする予定であるにもかかわらず納税資金の確保が必要となり、移行計画の達成が困難になるおそれがあることから、相続税の場合と同様に、経過措置医療法人を対象とした贈与税の納税猶予制度を創設することとされた。

２ 相続税の納税猶予、免除(1) 創設された制度の概要
個人が経過措置医療法人の持分を有していた他の個人（以下「被相続人」という。）から相続又は遺贈によりその経過措置医療法人の持分を取得した場合において、その経過措置医療法人が相続税の申告期限において認定医療法人であるときは、その持分を取得した個人（以下「相続人等」という。）が相続税の申告書の提出により納付すべき相続税の額のうち、その持分の価額で相続税の申告書にこの特例の適用を受けようとする旨の記載があるものに係る納税猶予分の相続税額に相当する相続税については、相続税の申告期限までにその納税猶予分の相続税額に相当する担保を提供した場合に限り、認定移行計画に記載された移行期限まで、その納税が猶予される。
（注１）「認定医療法人」、「認定移行計画」及び「移行期限」「経過措置医療法人」とは、それぞれ前記してあるものと同じ意義である。
（注２）「納税猶予分の相続税額」とは、次の(2)②により計算した税額をいう。
（注３）この納税猶予制度においては、認定を受けることができる医療法人、適用を受けることができる相続人等に関する要件はありませんが、相続人等が被相続人の死亡の時から相続税の申告期限までの間に経過措置医療法人の持分に基づき出資額に応じた払戻しを受けた場合又はその持分の譲渡をした場合には、経営資源の流出につながり、医業経営の安定という政策目的と相容れないことから、この特例の適用を受けることはできない。また、後述の税額控除制度の適用を受ける場合には、この特例の適用はない。
(2) 税額の計算
納税猶予分の相続税額及び相続人等の納付税額の計算は以下のとおりである。
① 相続人等が相続又は遺贈により取得した医療法人の持分と持分以外の財産につき、通常の相続税額の計算を行い、その相続人等の相続税額を算出。
② 医療法人の持分を取得した相続人等以外の者の取得財産は不変とした上で、その相続人等がその医療法人の持分のみを相続したものとして相続税法第 13条から第 19 条まで並びに第 21 条の 15 第１項及び第２項の規定を適用して相続税額の計算を行い、その相続人等の相続税額を算出する。その金額がその相続人等に係る納税猶予分の相続税額となる。
③ 前記①の相続税額から前記②の納税猶予分の相続税額を控除した金額がその相続人等が相続税の申告期限までに納付すべき相続税額となる。
（注１）認定医療法人が２以上ある場合における納税猶予分の相続税額は、相続人等が被相続人から相続又は遺贈により取得した全ての認定医療法人の持−10−分の価額の合計額を当該相続人等に係る相続税の課税価格とみなして計算することとされている。
この場合、それぞれの認定医療法人ごとの納税猶予分の相続税額は、前記の納税猶予分の相続税額に、認定医療法人の異なるものごとの持分の価額が前記の全ての認定医療法人の持分の価額の合計額に占める割合を乗じて計算した金額となる。
納税猶予期限の確定、納付、免除などについては、それぞれの認定医療法人ごとの納税猶予分の相続税額について適用される。
（注２）納税猶予分の相続税額を計算する場合において、被相続人から相続又は遺贈により財産の取得をした者のうちに農地等についての相続税の納税猶予の適用を受ける者がいるときは、その財産の取得をした全ての者に係る相続税の課税価格は、農地等の価額について農業投資価格を基にした価額により計算される相続税の課税価格となる。
(3) 分割要件
相続税の申告期限までに相続又は遺贈により取得した経過措置医療法人の持分の全部又は一部が共同相続人又は包括受遺者によって分割されていない場合には、その分割されていない持分については、この特例の適用を受けることはできない。

３ 医療法人の持分についての相続税の税額控除(1) 創設された制度の概要
個人（以下「相続人等」という。）が経過措置医療法人の持分を有していた他の個人（以下「被相続人」という。）から相続又は遺贈によりその経過措置医療法人の持分を取得した場合において、その経過措置医療法人が相続の開始の時において認定医療法人（相続税の申告期限又は平成 26 年改正医療法施行日から起算して３年を経過する日のいずれか早い日までに厚生労働大臣の認定を受けた経過措置医療法人を含む。）であり、かつ、その持分を取得した相続人等が相続の開始の時から相続税の申告期限までの間に厚生労働大臣の認定を受けた経過措置医療法人の持分の全部又は一部を放棄したときは、その相続人等については、通常の計算による相続税額（持分及び持分以外の財産について相続税法第 15 条から第 20 条の２まで及び第 21 条の 15 第３項の規定により計算した金額）から放棄相当相続税額を控除した残額が、相続税の申告期限までに納付すべき相続税額となる。
（注１）平成 26 年改正医療法施行日とは、地域における医療及び介護の総合的な確保を推進するための関係法律の整備等に関する法律附則第１条第２号に掲げる規定の施行の日をいい、平成 26 年 10 月１日の予定である。
（注２）相続人等が相続の開始の時から相続税の申告期限までの間に認定医療法人の持分に基づき出資額に応じた払戻しを受けた場合又はその持分の譲渡をした場合には、経営資源の流出につながり、医業経営の安定という政策目的と相容れないことから、この特例の適用を受けることはできない。
（注３）厚生労働大臣の認定を受けた経過措置医療法人の持分の放棄は、厚生労働大臣が定める所定の様式による書類を医療法人に提出することによって行われる必要がある。
−11−

(2) 放棄相当相続税額
放棄相当相続税額は、前記した納税猶予適用後に免除される税額と同様の税額となるが、具体的には次のとおりである。
① 相続人等が有している認定医療法人の持分の全てを放棄した場合には、その納税猶予分の相続税額と同様の方法により計算した金額となる。
② 認定医療法人が基金拠出型医療法人へ移行する場合において、相続人等が有しているその認定医療法人の持分の一部を放棄し、その残余の部分をその基金拠出
型医療法人の基金として拠出したときは、前記①の方法により計算した金額のうち、認定医療法人の持分の放棄がされた部分に相当する金額となる。
（注）放棄がされた部分に相当する金額は、次のとおり計算する。
前記①の方法により計算した金額×イロイ

認定医療法人の持分のうち放棄をした部分に対応する部分のその放棄の直前における金額
ロ 放棄の直前においてその相続人等が有していた認定医療法人の持分の価額に相当する金額に、(ｲ)に掲げる価額が(ｲ)と(ﾛ)の合計額に占める割合を乗じて計算した金額(ｲ) 相続又は遺贈により取得した持分の価額(ﾛ) (ｲ)の相続又は遺贈の直前において相続人等が有していた認定医療法人の持分の価額※ イの金額がロの金額を上回る場合には、前記①の方法により計算した金額となる。
(3) 申告手続
この特例の適用を受けようとする相続人等相続又は遺贈により取得した持分に係る相続税の期限内申告書に、その持分につきこの特例の適用を受けようとする旨を記載し、その持分の明細及び放棄相当相続税額の計算に関する明細その他一定の書類を添付する。

４ 贈与税の納税猶予制度(1) 概要認定医療法人の持分を有する個人（以下「贈与者」という。）がその持分の全部又は一部の放棄をしたことにより、その持分がその認定医療法人の持分を有する他の個人（以下「受贈者」という。）に帰属することとなり、その持分の増加という経済的利益について受贈者に対して贈与税が課される場合には、その放棄があった
日の属する年分の贈与税で贈与税の申告書の提出により納付すべきものの額のうち、その放棄により受けた経済的利益の価額でその贈与税の申告書にこの特例の適用を受けようとする旨の記載があるものに係る納税猶予分の贈与税額に相当する贈与税については、贈与税の申告期限までにその納税猶予分の贈与税額に相当する担保を提供した場合に限り、認定移行計画に記載された移行期限まで、納税が猶予さ
れる。
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（注１）「認定医療法人」とは、地域における医療及び介護の総合的な確保を推進するための関係法律の整備等に関する法律（平成 26 年法律第 83 号）附則第１条第 2 号に掲げる規定の施行の日（平成 26 年 10 月１日の予定）から起算
して３年を経過する日までの間に、持分なし医療法人に移行する計画を作成し、その計画について厚生労働大臣の認定を受けた医療法人をいう。
（注２）「認定移行計画」とは、持分なし医療法人に移行するための取組みの内容などが記載された計画で厚生労働大臣の認定を受けたものをいう。
（注３）「移行期限」とは、認定移行計画に記載された持分なし医療法人に移行す
る期限をいい、認定の日から３年以内とされている。
（注４）この納税猶予制度においては、認定を受けることができる医療法人、適用を受けることができる受贈者に関する要件はありませんが、受贈者が、贈与者による放棄の時から贈与税の申告期限までの間に認定医療法人の持分に基づき出資額に応じた払戻しを受けた場合又はその持分の譲渡をした場合には、経営資源の流出につながり、医業経営の安定という政策目的と相容れないことから、この特例の適用を受けることはできないこととされている。また、後述の税額控除制度の適用を受ける場合には、この特例の適用はない。
なお、この納税猶予制度の適用を受ける経済的利益については、相続時精算課税制度は適用できないこととされている。

第４ 当協会の提言に際し検討した内容等
１

消費税について

医療機関等の消費税については、納税者番号の適切な運用、低所得者への逆進性を緩和するため、一定の還付制度を創設して課税取引（事業者）に改めることを検討した。
当協会は、過去２回とも消費税の補てん不足は「税の問題」であり、税制改正によりこの方式に改めることを主張している。
検討にあたり、委員から「課税売上割合」の算定方式の変更によって解決を図る
ことも提案された。
・現行の課税売上割合
課税売上高（税抜）
課税売上割合＝
総売上高（税抜）
・課税売上割合（案）
課税売上高（税抜）＋薬剤・材料に係る診療報酬収益
課税売上割合＝
総売上高（税抜）−薬剤・材料以外の診療報酬収益（本体）分子：薬剤・材料は診療報酬で消費税を評価されているので課税売上とする
分母：非課税事業の売上が含まれるが診療報酬収益（本体）は不課税扱い
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２

認定医療法人制度等について(1) ポイント（列挙）① 移行期間内に他の出資者が持分のすべてを放棄した場合に限り贈与税が猶予される。
② 移行期間内に持分の定めのない医療法人に移行しなかった場合、認定の取消し等があった場合などは、贈与税（利子税付き）で納付することになる。
③ 移行計画（仮称）の認定制度の施行日以後のみなし贈与にかかる贈与税から適用される。
④ いずれにしても、非課税移行をする場合には「相続税、贈与税の負担が不当に減少する結果」とならないような、次の３点を遵守することが納税猶予に際し求められていると考える。
（Ａ）共通４基準（相続税法施行令第 33 条第３項）（Ｂ）適正な組織運営の基準（同・解釈通達）（Ｃ）個別基準（同・解釈通達）(2) 認定医療法人
平成 26 年 10 月１日から施行される経過措置医療法人の認定医療法人制度については、その認定期間３年を５年に改めることや次の事項についての意見がだされた。
① 出資持分の放棄に際し、その法人を個人とみなしたみなし贈与課税（相続税法第 66 条第４項）の適用除外（相続税法第 44 条第４条ほか）についての要件緩和等を求めたい。
イ○
収入に占める社会保険診療報酬が 80％以上であることの基準
介護保険業務の進展拡大により、この基準を「50％以上」まで引下げる、または介護保険事業の全てを社会保険診療報酬にふくめてもらいたい。
ロ
個別の基準（一定の事業規模）で、特定医療法人の基準を用いる場合、40 床○以上（救急告示診療所で 15 床以上）になっているが、病床数による規模の基準は廃止をお願いしたい。
社会医療法人の基準では、５疾病５事業に係る地域医療連携のできる医療機関として、都道府県の医療計画に掲載されていることが条件になっているが、「実施能力とやる気」のある医療機関（無床診療所であっても）は、全て掲載できるようにされたい。
②「相続税の納税猶予」の説明で誤解を与える文章の修正・補充説明について。
（原文の一部）
出資額限度法人において出資額相当の払戻しがあった場合など、持分又は出資額を超える剰余金部分の放棄が順次生じる場合がある。このような場合には、放棄された持分が他の出資者に帰属することとなるが、その経済的利益の帰属は「みなし贈与」として贈与税の課税対象とされている。
この文章は、誤解を与えかねない。
医政局指導課が示した「基金拠出型モデル定款例」附則に次の規定があり、資本金相当額の返還は通常的に実施している。
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附則
１ 本社団設立当初の役員は、次のとおりとする。（略）２ 本社団は、第３章の基金に係る規定について、都道府県知事の定款変更の認可を受けることを条件に、本社団の出資者に対して、その出資額を限度とした出資金の払戻しを行う。

・出資額限度法人から移行する場合に限り記載するものとする。

③

相続税の納税猶予、免除の（注３）の説明で誤解を与える文章の修正・補充説
明について（原文の一部）
この納税猶予制度においては、認定を受けることができる医療法人、適用を受けることができる相続人等に関する要件はありませんが、……
この文章は、非課税移行について誤解を与えかねない。
先に示したように、みなし贈与税の非課税移行については、「個別基準」次のいずれかを充足する必要があり、充足できない場合は課税移行となる。
イ
規模・機能
○
Ａ
○ 特定医療法人の基準 病院病床 40 床以上または救急診療所 15 床以上。
Ｂ
社会医療法人の基準 ５疾病５事業の連携医療機関として「地域医療計○画」に掲載。
ロ
収入のうち、社会保険診療報酬が 80％以上○(3) 医療法人の出資持分の評価（日医・四病協の要望に一部修正）
経過措置医療法人において、とくに問題となるのは、事業承継の際の課税問題である。
出資持分が存する以上、これが相続税の課税対象となるのは当然であるが、その際の課税評価が一般の営利企業より高額になる現行の評価方法を見直し、せめて営
利企業並みに改めていただきたい。
現行の国税庁財産評価基本通達は、出資評価について規定した 194-２において、評価方法として類似業種比準方式を掲げている。この方式は、市場性のない株式や出資持分について上場株式に準拠して評価することとし、利益、配当、資産の３要
素から評価額を算出する計算式が設定されている。その際、医療法人は配当が禁止されているため、営利企業の評価ではカウントされる配当要素が除外されている。
理論上これは一見正当のようだが、実際に適用すると、医療法人の出資評価額は無配当の営利企業よりも高額になる。（後出「取引相場のない株式と医療法人出資の評価方法の比較（現行）」参照）。
こうした現状は医療資源保護という政策的な観点から見て不適切であるばかりでなく、財産評価理論としても、出資の財産価値という点でマイナスに作用する配当禁止が反映されていないという課題を残す結果となっている。
そこで現行の評価方法を見直し、持分ある社団医療法人の出資評価は、取引相場のない株式で無配当のものと同様の方法を適用することを求める。
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具体的には、現行の計算式の分母を「４」から「５」とし、分子に置くべき配当
要素は「０」とするよう要望する。

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