厚生連医誌

第31巻1号

38〜392022

Brief report

Change in variant of SARS-CoV-2（Severe Acute Respiratory
Syndrome Coronavirus 2）of COVID-19（Coronavirusdisease 2019）in our genetic laboratory fromApril 26th to August 31st in 2021.
Genetic laboratory, Nagaoka Central Hospital; Clinical laboratory physician and Pathologist

Toshihiko Ikarashi
Summary: We examined the change of a variant of concern（VOC）of SARS-CoV-2（coronavirus）by Reverse
Transcription Polymerase Chain Reaction （RTPCR）in 23 cases diagnosed COVID-19 in ourhospital laboratory from 2021/4/26 to 8/1. Thepredominant VOC changed sequentially from Wuhan
type, α type, β/γ types, and δ type, corresponding toour country change.
Key words: variant of SARS-CoV-2（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2）, COVID-19（Coronavirus disease 2019）, 2021
Material and method
VOC of coronavirus was studied in nasopharyngeal
samples of 23 cases diagnosed COVID-19 in our hospitallaboratory from 2021/4/26 to 8/31.
Measuring instrument was AriaMx Realtime PCRsystem（Agilent, As one, Osaka）, and VOC reagents consisted of the followings: 1. Takara Primer/Probe N501Y（SARS-CoV-2）（RC344A）for α, β, γ subtypes, 2. Takara
Primer/Probe E484K（SARS-CoV-2）（RC345A）for β, γsubtypes, 3. Takara Primer/Probe L452R（SARS-CoV-2）（RC346A）for δ subtype, And TaqMan probe for RT-PCR
was Takara SARS-CoV-2 Direct Detection RT-qPCR Kit（RC300A）for RT-qPCR（Takara Bio, Kusatsu）,

Acknowledgements
The advice and technical assistance of Takara Bio
and As one are gratefully acknowledged.
Postscript: On November 24th in 2021, the omicronmutant of SARS-CoV-2 has been identiﬁed in South Africa
and spread to Japan after December in 2021, forming thesixth wave of epidemic infection. From December 1st in
2021 to February 10th in 2022 at our laboratory, nasopharyngeal scraping samples of 11 cases positive for SARSCoV-2 PCR test were examined for the omicron mutantstrain. The identiﬁcation of omicron mutant was studies by
PCR analysis with two reagents from Takaraʼs omicron
mutation primer/probe G339D and E484A. the omicron
mutation was found in 10 cases（91％）, consisted of 8cases positive for both G339D and E484A, 1 case positive
for only G339D, and 1 case positive for only E484A. Onecase（9％）was the delta mutant strain, positive for L452R
reagent. The mutational change from the alpha/beta types
to the delta type has caused the fifth epidemic wave inJapan and, furthermore, the recent sixth wave may originate
from the omicron type.
References
1 ．NHK. New coronavirus. https://www3.nhk.or.jp/
news/special/coronavirus/entire/2 ．Takara SARS-CoV-2 Direct Detection Kit. https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?
unitid=U100009449

Results
Each variant was detected in our country at 3 or 6months after ﬁrst conﬁrmation in the world, overwhelmed
Wuhan type and preceding ones in turns.
Coronavirus subtype α became predominant in Apriland May, subtype β/γ in May and June, and, furthermore,subtype γ, in July and August. This change of the subtype
accorded with the domestic change.

和文抄

録

短報
2021年 4 月26日より 8 月31日までの当施設検査室依頼
PCR 検査に関して、新型コロナ感染症のウイルス亜型の変異に関する検討－ 38 －

Change in variant of SARS-CoV-2（Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) of COVID-19(Coronavirus disease 2019) in our genetic laboratory from April 26th to August 31th in 2021.

査室でコロナ感染陽性と診断された11症例の鼻咽頭擦過検体 PCR 検査により、オミクロン変異株を検討した。オミクロン変異株罹患の同定は、タカラ社のオミクロン変異 primer/probe G339D と E484A の試薬を使用した。オミクロン陽性例は10例（91％）で、 8 例がG339D と E484A 両方に陽性で、 1 例は G339D のみ陽性、 1 例は E484A のみ陽性であった。オミクロン陰性の 1 例はデルタ変異株（同社 L452R 変異試薬陽性）であった。前編第 5 波でデルタ株が優位に変遷したことを説明したが、直近第 6 波においてオミクロン株が優位であることが確認された。

長岡中央綜合病院、病理部；病理医
五十嵐俊彦2021/4/26より8/31までに JA 新潟県厚生連長岡中央
綜合病院遺伝子検査室に提出された鼻咽頭擦過検体による COVID-19 の SARS-CoV-2（coronavirus）by Reverse
Transcription Polymerase Chain Reaction（RT-PCR）遺伝
子診断陽性例23症例に関して、遺伝子変異型について検討した。変異の優位亜型は武漢型→ α 型→ β/γ 型→ δ型と変遷し、国内での流行に一致した。
追記：2021年11月24日に、南アフリカ共和国において確認されたコロナウイルスのオミクロン変異株が、2021年12月以降に日本に波及し、第 6 波の流行となった。2021年12月 1 日より2022年 2 月10までに、当院検キーワード：新型コロナウイルス、変異型、懸念される変異株、変異亜型の変遷、α 型、β/γ 型、δ 型、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応法

Fig 1. variant of corona virus（2021/4/26-8/31）
month/dayN501Y
α, β, γ

E484K
β, γ

L452R
δ

4/26
4/26
4/28

●

5/6

●

5/7

●

5/10

●

5/11

●

5/11
5/12

●

5/13

●

5/14
5/19

●

5/24

●

5/25

●

5/28

●

5/31

●

6/2
6/3

●

6/7

●

7/5

●

8/4

●

8/6

●

8/10

●

Fig 2. The change of epidemic phases and the variant of the coronavirus in Japanyear

2019

month

12epidemic phasevarint, prevalence ％in Tokyoα

2020
48I

II

2021
123

43％

III＋

δ－ 39 －

5661％

76％

83％

＋＋

30％

7IV8V

50％

90％