Vol. 15, No. 13 (2015)

日本蛋白質科学会ニュースレター

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」
第 13～15 回原稿配信のお知らせ
平成 27 年 8 月 18 日
今回は、第 13 回から第 15 回の原稿を配信いたします。
今回配信原稿
第 13 回

伊藤維昭先生

第 14 回

福山恵一先生

第 15 回

桑島邦博先生

配信済み原稿
第1回

石井信一先生

第2回

大村恒雄先生

第3回

福井俊郎先生

第4回

香川靖雄先生

第5回

岩永貞昭先生

第6回

高木俊夫先生

第7回

八木達彦先生

第8回

崎山文夫先生
崎山文夫先生「赤堀四郎先生 生誕 100 年に想う」（蛋白質核酸酵素より転載）

第9回

高橋健治先生

第 10 回

田隅三生先生

第 11 回

北川禎三先生

第 12 回

森川耿右先生

配信日と配信順序は未定ですが、現時点で下記の先生方に執筆をお願いしています。ご期待下さい。
坪井正道先生
阿久津秀雄先生
月原冨武先生
大島泰郎先生油谷克英先生日本蛋白質科学会 広報担当

内山 進、池口満徳

本文は PDF をご覧ください。
電子メール版ニュースレター発行〒562-8686 大阪府箕面市稲 4-1-2 千里インターナショナル内
日本蛋白質科学会事務局
Tel:072-729-4125, Fax: 072-729-4165

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編集：内山 進（大阪大学大学院工学研究科）

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

遺伝情報の産物という側面に注目して蛋白質を観る
伊 藤 維 昭 （いとう これあき）
文科系の学生などへの講義で蛋白質を扱うとき、「“蛋白質”などというものはありません、“人間”という人は存在しなくて、実際に存在するのは個々の皆さん一人一人であることと似ています」という言葉で始めることにしている。
「酵素は身体に大切だからサプリメントとして飲みましょう」という広告を見ると、これだけ科学技術が発展した時代に、
蛋白質（≅酵素）は何か？という根本理解が大衆レベルまでは普及していないことを不思議に思う。個々に見ると個性的で、全体で見ると多様・万能である蛋白質たちは、生物が自分の遺伝情報を設計図として、自分の細胞の中で作る・・と言うことくらいは、一般大衆全員が理解している社会になって欲しいものだ。文頭では、文科系と断ったが、実はバイオを謳う学部の２年生くらいでも、半分以上の学生の理解は身についたものになっていないのが現実で、「大腸菌に蛋白質が存在することを初めて知り、驚きました」という学生も希ではない。蛋白質科学会には、このあたりの初歩的な啓蒙活動もする――換言すると、日常用語と学術用語の乖離を少なくする――義務もあるのではないだろうか？

蛋白質の研究とは、生物がもっているそれぞれ過程がわからない実例としてわかりやすい。分泌蛋白の蛋白質自体の構造や機能を調べることであろう。

質が、細胞質から膜を越えて小胞体内腔（真核細胞

一方で、そのような蛋白質がどのような過程をへの場合）あるいはペリプラズム（原核細胞の場合）に移て作られるのかと言う問題は生命現象の一環とい行するために働くシグナル配列は、膜透過に伴ってう見方で蛋白質を捉えた場合の根源的な問である。

切り取られるため、最終的には存在せず、完成品を調言うまでもなく、蛋白質はセントラルドグマによべてもわかるはずがない。Sabatini-Blobel の仮説に続る遺伝情報発現の産物であり、生命活動を支える

いて、Milstein による「in vitro 合成した分泌型免疫グ

機能素子の主要なものであるが、我々が入手できロブリンには N 末端に余分な配列がついている」こと

る「完成品」を調べても、それができてくる過程がの発見[1]を経て、Günter Blobel（1990 年ノーベル賞

わかるわけではない。ここでは、上記のような問題受賞）のシグナル仮説[2]によって、蛋白質の局在化と意識を持ちつつ、私が幸運にも携わることができいうパラダイムが確立したのは 1970 年台前半であった蛋白質バイオジェネシスに関する以下の３つのた。シグナル配列を認識して前駆体蛋白質を膜に誘主題について、それらの経緯を簡単に辿ってみた

導する SRP(シグナル認識粒子)の発見は Blobel 研のい。(1)蛋白質の細胞内の居場所決定（局在化）にPeter Walter によって生化学の方法論でなされた。

おける新生蛋白質の膜を越えた移動（膜透過）や膜

一方で、大腸菌表層蛋白質にもシグナル配列がへの組込みを支える Sec トランスロコンと関連因存在することがわかり、蛋白質局在化は進化的に保子、(2)蛋白質へのジスルフィド架橋の導入を支え存された基幹的な過程であるという認識もなされ始める細胞の仕組み、（３）遺伝情報の翻訳過程自体がた。大腸菌遺伝学者である Jon Beckwith 達は、E-

蛋白質の機能発現と共役したダイナミックなプロ

galactosidase と寒天培地を武器に遺伝子融合という戦セスである可能性。

略（遺伝子操作の技術はまだ開発段階にある時代の話）によって、蛋白質分泌やジスルフィド結合形成（後Sec トランスロコンと関連因子

述）などの研究に参入した[3]。シグナル配列が実際に in vivo で蛋白質の分泌に必須であることが、遺伝

分泌タンパク質は、完成品を調べてもできてくる81シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

学的な証拠によって初めて示され、また、現在 Sec 因より開拓され子と呼ばれている膜透過で主役を演じる細胞装置のて い っ た [8,側の役者の同定が進んだ[4]。Blobel のシグナル仮説9]。一方、Sec論文に於いて、膜にはポリペプチド透過のための孔

トランスロコンが形成されるに違いないと議論されていたが、膜成分の研究では、に関しては Beckwith-Silhavy グループによる遺伝解

森博幸博士

析によっても解明し切れていなかった。私は SecY のを中心に塚同定によって、この問題に貢献することができた。故崎智也さん

野村眞康教授や梨本裕子博士との共同研究により、リや濡木理教

ボソーム蛋白質オペロンの中に蛋白質分泌に関与す

授などの構る膜蛋白質の遺伝子（secY と命名）が紛れ込んでいる

造生物学者

ことが判明したのである[5]。現在、ポリペプチド鎖透との共同研

過チャネル（トランスロコンとも呼ばれる）が３種類の膜究によって、構造に基づく理解が進んで行ったのはタンパク質（バクテリアでは SecY、E、G、真核細胞で研究者として無上の喜びであった。Sec トランスロコン

は Sec61D、E、J）から構成されることが確立しているの結晶構造は Rapoport らによって 2004 年に初めてが、SecY（Sec61D）はその主成分である。真核細胞の決定され[10]、我々の共同研究[11]も貢献して蛋白質

Sec 因 子 も Randyの膜透過と膜組込みの、構造に基づく理解が格段に

Schekman (2013 年進展した。Sec トランスロコンは、変性状態のポリペプ

度ノーベル賞受賞)

チド鎖を通すが、イオンの通過は許さないような狭いらによる遺伝学的手狭窄部位をもつ膜横断経路を形成する。このチャネ法により同定された

ルは静止状態では縦方向のゲートが閉じて透過障壁

も の で あ る [6] 。

機能が損なわれないようになっていることに加え、水Forward genetics は、

平方向に開くゲートも持つ。後者は、基質の疎水性部

生物現象に活躍す

位を脂質層に送り出すことにより、膜蛋白質の形成をる役者（すなわち蛋媒介する。トランスロコンは、翻訳装置あるいは ATP白質）自体を見つけによって駆動されるモーター因子（バクテリアの SecA）

Jon Beckwith 博士てくると言う重要なと 共 役 し て 、 co-translational な 、 あ る い は post-（2007 年、京都にて）役割を発揮したので

translational なポリペプチド透過を司る。加えて、バクある。

テリアでは、膜タンパク質 SecDF がプロトン駆動力をSec トランスロコンの模式図

私は、秋山芳展

使って膜透過を助けていることも上記の共同研究グル

博士たちと研究室

ープによって明らかにされた[12]。最近、塚崎—濡木を立ち上げて SecY

グループと千葉志信博士が協力して、膜蛋白質 YidCを中心とした研究をが透過孔によらず、膜内に親水性環境を作り出す新展開した 。疎水性

たな戦略によって蛋白質ドメインの膜横断を媒介するの強い SecY 蛋白質という発見もなされている[13]。

を同定すること自体

ジスルフィドの導入機構

も当時は大変だっ野村眞康博士（2007 年、京都にて）た[7]。SecY を手掛

ジスルフィド結合は、細胞質以外の細胞表層やかりに、膜における

小胞体内腔などに局在する蛋白質に見られ、遺伝

蛋白質品質管理の情報によって直接的には規定されない蛋白質内部研究が秋山博士に82

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回の残基間を結ぶ共有結合である。Anfinsen の古典わっていることが現在では明らかになっている的実験では、変性蛋白質は他の因子の助けを借り[20]。生物は細胞のエネルギー代謝系を動員して、ることなく、天然の構造に戻ることができ、ジスル

ジスルフィド結合導入酵素や架けかえ酵素のレドフィドによる架橋も自発的に起こることになってックス状態を制御しつつ、蛋白質におけるいた。しかし、Beckwith グループと我々のグルー「epigenetic な covalent connectivity」を最適

プの神谷重樹さんは独立に、大腸菌ペリプラズム化しているのである。

空間におけるジスルフィド結合の形成は、特異的

翻訳伸長の制御と合成途上鎖の働き

因子 DsbA による助けを借りて初めて効率よく起こることを、ジスルフィド結合形成不全変異株の単膜透過駆動因子 SecA は細胞の分泌活性が低下

離によって明らかにした[14, 15]。DsbA は基質にすると合成レベルが上昇する。この調節に secA 遺伝

供与するジスルフィドを持っているが、この活性子の上流 ORF が関与することが Beckwith 研究室か

部位システインペアを酸化状態に保つ膜タンパク

ら報告されていた。中戸川仁さんは、この ORF が翻

質 DsbB が Beckwith らによって見出された[16]。

訳伸長のアレストを起こすことを見出し、この蛋白質を一方、我々のグループの小林妙子さんは呼吸鎖成

SecM（分泌モニター）と名付けた。立ち止まったリボソ

分がジスルフィド結合形成に必要であることを示ームが mRNA の二次構造を変化させて secA の翻訳した[17]。さらに、稲葉謙次博士の研究によって、開始に必要な配列を露出させることにより、遊離のリ

DsbB がキノン分子から酸化力を受け取ってジスル

ボソームによる secA の翻訳が促進される[21]。翻訳伸

フィド結合を創生して DsbA に与える経路の反応機

長アレストは SecM がもつ特定のアミノ酸配列（アレス

構とその構造的基盤が解明された[18]。

ト配列）がリボソーム内部で新生鎖脱出トンネルや一方、誤ったジスルフィド結合は正しい組み合わpeptidyl transferase center に働きかけて自らの翻訳伸

せに架けかえられる必要がある。この架けかえを

長を一時停止させることによって起こる[22]。SecM 自行うのが、DsbA と同じくペリプラズム蛋白質であ身が Sec 膜透過装置の基質であるが、その完全長蛋

る DsbC である。DsbC は膜蛋白質 DsbD によって細白質（ペリプラズムに輸送される）には機能がなく、直胞質から還元力を受け取って、還元型に保たれる

ちに分解除去される。SecM は、その機能が専らリボソ

ことも Beckwith らによって解明された[19]。真核ームでの合成途上に発揮されるという珍しい蛋白質

細胞の小胞体内腔にも、概念的には類似しているなのである。翻訳アレストは SecM 合成途上鎖ががより複雑なジスルフィド結合導入システムが備大腸菌のジスルフィド結合導入装置の模式図

SecM 合成途上鎖はリボソームにブレーキをかける83

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

SecA-SecYEG による膜透過反応を受けると解除されえられている。（iv） 蛋白質機能は合成が完了してかる、逆に分泌装置の働きが低下したときにはアレストら発揮されるとは限らず、合成途上で働くポリペプチド

状態が長続きし、SecA の合成促進が持続して SecAが存在する。現在、多くの異なる生物種において、合濃度の上昇に至る。一般的なフィードバック機構は産成途上鎖のアミノ酸配列が原因となって翻訳停止を物の蓄積や枯渇などの end results に呼応するのだが、起こすタンパク質が発見されつつあり、これらはSecM は “monitoring substrate” として、システムのRegulatory nascent polypeptides とも呼ばれている。多活性自体を直接、リアルタイムに、モニターして、end

様なアミノ酸配列が、それぞれ個別の方式でリボソー

results が出現する前に根元のところを見張っている

ムと相互作用して、翻訳スピードを制御していることがのである。現在密接な共同研究を行っている千葉志明らかになりつつある[24]。

信博士は、枯草菌の MifM が YidC 膜挿入因子の翻って一般的に、リボソームにおけるポリペプチド

monitoring substrate として働くことを独立に発見した

鎖伸長スピードが一定でないことは、タンパク質が局[23]。

在化、フォールディング、修飾などの成熟過程を的確

SecM や MifM の研究結果は、いくつかの新たなに起こすために必要なのかもしれない。たとえば、フ概念をもたらした。(i) 翻訳伸長は一定のスピードで起ォールディングが co-translational に起こり得ることはこるわけではなく、極端な場合には一時停止を起こす

明らかであり、伸長速度にブレーキがかかるとフォーことがある。(ii)合成途上ポリペプチド鎖（“産物”）はリ

ルディングに必要な時間が確保できるかもしれない。

ボソームのトンネル部分や活性中心部分（“生産工タンパク質の構造形成やアセンブリーが効率よく起こ場”）と相互作用することがある。逆に言うと、リボソー

るために、翻訳伸長スピードが適切に制御されて変ムは、常に産物である合成途上ポリペプチドのアミノ

動することが寄与するという考えが成り立つ。逆に、翻酸配列を吟味している。この相互作用に応じてペプ

訳途上鎖がフォールディングを起こすと、物理力が発

チド転移反応の速度が制御される。(iii) 翻訳伸長速

生して伸長スピードが影響される可能性が SecM や度は、合成途上鎖の動態（SecMの場合なら、Sec膜透MifM の研究から考えられる。フォールディングとポリ過反応への参加）によって制御され得る（SecM の場

ペプチド伸長の間にポジティブフィードバックループ

合なら翻訳伸長アレストが解除される）。合成途上鎖が形成される可能性である。翻訳伸長の速度はコドンに働きかける物理力が新生鎖-リボソーム相互作用を使用などの mRNA 側の要因によっても影響されること変化させることがこの制御のきっかけになると現在考がわかっている。コドンの同義語変異がタンパク質構84

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

造・機能を変化させるという注目すべき報告[25]があり、structure"は今でも忘れられない。バクテリオファージ

フォールディングへの影響という文脈で捉えることがのプラークを観察するだけで、リニアーな遺伝物質が可能である。従来、合成途上鎖は研究対象として本

微細なユニットから構成されていることが組換えから格的に取りあげられることがなかったが、意識して新わかるが、機能単位はシス・トランス試験でわかるなど

生鎖の挙動を調べていくこと[26]が、今後重要になっの話、DNA と蛋白質の co-linearity の話など、新しいてくるものと考えている。以上のように、翻訳は機能発概念に触れる喜びを知った。ジャーナルクラブでは現に密接に関わるダイナミックなプロセスなのではな

λファージの調節など、謎解きのおもしろさとともに、いだろうか？翻訳伸長の真の姿を極めることにより、

ｃis-element, trans factor, loss / gain of function など

セントラルドグマによる遺伝情報の発現の理解に新たの分子遺伝学に特有の思考方法を学んだ。先輩が、な視点が導入されるものと考えられる。実際、翻訳伸

ロリーポップをなめながら先生に議論をふきかけてい長の全体像を鳥瞰する ribosome profiling という新たる光景にびっくりした。自由な雰囲気の中で、科学のな実験方法が盛んに用いられるようになり[27]、新生事実の前には人間の上下関係も一時棚上げにな

鎖をキーワードとする研究が世界的に興隆している。

る・・と言ったことを学ばせてもらうことができた。平賀

我が国においては、科研費の新学術領域として「新壮太先生が常に仮説を立てては、その証明に邁進し生鎖の生物学」が発足してこのような問題に意識的にていたことも研究者のあり方として印象的だった。由取り組むプロジェクトがスタートしている。

良先生を始めとした知の先端を行く先生達がいかに包容力豊かな知的環境をつくり出していたのか、今から思うと自分の幸運に感謝するのみである。石浜明研

エピローグ
遠藤会長から以下のコメントをいただいた。「伊藤究室で「もの」を扱う科学の重要性を学ぶ数年を過ご先生が，なぜ大腸菌の遺伝学というあまりにもオーソさせて頂いたことも自分のなかでは大きな位置を占めドックスな手法を使って，こんなにインパクトのあるパている。因みに、由良先生は現在でも現役科学者をラダイムシフトをいくつも引き起こせたのか，これはぜ

貫き、毎日ピペットやシャーレだけでなくハイテク機器

ひ若い人に知ってもらいたいことです」。ありがたく身も操っておられ、研究に対する情熱は衰えを知らない。

にあまるお言葉だが、そう言ったことが多少でもでき

由良研究室では、熱ショック応答の発見に出くわし、たとしても、意識的に目的とした事ではなく、単に分子シャペロンの概念に結びついていく過程をリア

日々を過ごしてきたというのが偽らざるところだ。よい

ルタイムに経験できた。一方で、自分自身は蛋白質

師、よい環境、よい共同研究者に恵まれたことに尽き

局在化や膜が関わる方向を模索する[28]という贅沢る。背景としては、現在よりはより強く生活の中に組みな経験ができたのである。Bill Wickner, Jon Beckwith

込まれていた自然に接するという無意識の経験の中という全く異なる研究室の文化を経験でき、彼らの人で、「生命力」がどこから生じるのだろうという素朴な疑脈の中に入ることができたのも、限りない幸運だった。

問が培われていたということはあったかもしれない。

さて、冒頭に記した「実は蛋白質などという具体的

理学部化学科の古色蒼然たる大学時代は、DNA もな単一の物質があるわけではなさそうだ」と言うことに

RNA も講義には出てこなかったが、京大ウイルス研に気づいたのは、大学受験勉強の中の何かの素材がきは、そう言った新しい学問があるらしいと風の噂に聞っかけだったと記憶している。これは私にとって目かいた。幸い理学研究科化学専攻からウイルス研に進ら鱗が落ちた経験だ。自分の中の思い込みや既成の学するルートがあった。ウイルス研には国際的雰囲気

概念が打ち破られることの喜びは、研究の原動力と言があり、卑近なことで言えば研究室に文房具や実験ってよいだろう。数回の「目から鱗が落ちる経験」をす

データを記録するヘッダーつきの用紙が備わっていることが、研究者人生の目的かも知れない。若い人にたり、テクニシャンの方が居られたりに驚いた。最初に示唆することがあるとすれば、現在与えられたことを聴講した、由良隆先生の大学院講義"Genetic fine

愚直にやり遂げることを基本としつつも、その前提になっている学界の仮説や先生の考え、あるいは自分

85

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

105, 633-645.

自身の思い込みなどを何とかひっくり返して、新しい
7.

概念に行き着きたいという姿勢が重要だろう。そのたAkiyama, Y. and Ito, K. (1985), The SecY Membrane

めには、複雑に見えることを、なるべく単純なことに還component of the bacterial protein export machinery -元して行く思考方法は重要である。一方で、科学はanalysis by new electrophoretic methods for integral

継承の学問であり、よほどの天才ででもない限りは、

membrane-proteins. EMBO J. 4, 3351-3356.
8.

文献情報の把握も必須である。そして自分がどのよう

Ito, K. and Akiyama, Y. (2005), Cellular functions,

な位置にいるのかを把握しつつ、「還元」だけではな

mechanism of action, and regulation of FtsH protease.

く、「総合」という方向も意識することができればよいの

Annu Rev Microbiol 59, 211-231.
9.

ではないだろうか。研究は、自分からの発信があってKroos, L. and Akiyama, Y. (2013), Biochemical and初めて有機的なサイクルの一部として世界の知識に

structural insights into intramembrane metalloprotease

組み込まれていく。そのために必要な英語の力は、

mechanisms. Biochim Biophys Acta 1828, 2873-2885.

好むと好まざると必須である。最後に変わり映えのな

10. ｖan den Berg, B., Clemons, W.M., Jr., Collinson, I.,

い助言になってしまったが、皆さん自分の持ち味を最Modis, Y., Hartmann, E., Harrison, S.C., and Rapoport,

大限に生かして、大小の発見を新概念の提出にまでT.A. (2004), X-ray structure of a protein-conducting

持って行くことを目指して頂きたい。

channel. Nature 427, 36-44.
11. Tsukazaki, T., Mori, H., Fukai, S., Ishitani, R., Mori, T.,
Dohmae, N., Perederina, A., Sugita, Y., Vassylyev, D.G.,
Ito, K., and Nureki, O. (2008), Conformational transitionof Sec machinery inferred from bacterial SecYE

文 献
1.

structures. Nature 455, 988-991.
12. Tsukazaki, T., Mori, H., Echizen, Y., Ishitani, R., Fukai,

Milstein, C., Brownlee, G.G., Harrison, T.M., andS., Tanaka, T., Perederina, A., Vassylyev, D.G., Kohno,

Mathews, M.B. (1972), A possible precursor ofT., Maturana, A.D., Ito, K., and Nureki, O. (2011),

immunoglobulin light chains. Nat New Biol 239, 117-

Structure and function of a membrane component SecDF

120.
2.

that enhances protein export. Nature 474, 235-238.

Blobel, G. and Dobberstein, B. (1975), Transfer of

13. Kumazaki, K., Chiba, S., Takemoto, M., Furukawa, A.,proteins across membranes. I. Presence of proteolytically

Nishiyama, K., Sugano, Y., Mori, T., Dohmae, N., Hirata,

processed and unprocessed nascent immunoglobulinK., Nakada-Nakura, Y., Maturana, A.D., Tanaka, Y.,

light chains on membrane-bound ribosomes of murine

Mori, H., Sugita, Y., Arisaka, F., Ito, K., Ishitani, R.,

myeloma. J Cell Biol 67, 835-851.
3.

Tsukazaki, T., and Nureki, O. (2014), Structural basis of

Beckwith, J. (2013), Fifty years fused to lac. Annu Rev

Sec-independent membrane protein insertion by YidC.

Microbiol 67, 1-19.
4.

Nature 509, 516-520.

Beckwith, J. (2013), The Sec-dependent pathway. Res

14. Bardwell, J.C., McGovern, K., and Beckwith, J. (1991),

Microbiol 164, 497-504.
5.

Identification of a protein required for disulfide bondIto, K., Wittekind, M., Nomura, M., Shiba, K., Yura, T.,

formation in vivo. Cell 67, 581-589.

Miura, A., and Nashimoto, H. (1983), A Temperature-

15. Kamitani, S., Akiyama, Y., and Ito, K. (1992),

Sensitive Mutant of Escherichia- ｃoli Exhibiting Slow

Identification and characterization of an Escherichia coli

Processing of Exported Proteins. Cell 32, 789-797.
6.

gene required for the formation of correctly folded

Deshaies, R.J. and Schekman, R. (1987), A yeast mutant

alkaline phosphatase, a periplasmic enzyme. EMBO J.

defective at an early stage in import of secretory protein

11, 57-62.

precursors into the endoplasmic reticulum. J Cell Biol

16. Bardwell, J.C., Lee, J.O., Jander, G., Martin, N., Belin,86シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

D., and Beckwith, J. (1993), A pathway for disulfide

26. Ito, K., Chadani, Y., Nakamori, K., Chiba, S., Akiyama,bond formation in vivo. Proc Natl Acad Sci U S A 90,

Y., and Abo, T. (2011), Nascentome analysis uncovers

1038-1042.

futile protein synthesis in Escherichia coli. PLoS One 6,

17. Kobayashi, T., Kishigami, S., Sone, M., Inokuchi, H.,

e28413.

Mogi, T., and Ito, K. (1997), Respiratory chain is

27. Ingolia, N.T., Ghaemmaghami, S., Newman, J.R., andrequired to maintain oxidized states of the DsbA-DsbB

Weissman, J.S. (2009), Genome-wide analysis in vivo ofdisulfide bond formation system in aerobically growing

translation with nucleotide resolution using ribosome

Escherichia coli cells. Proc Natl Acad Sci U S A 94,

profiling. Science 324, 218-223.
28. Ito, K., Sato, T., and Yura, T. (1977), Synthesis

11857-11862.

and

18. Inaba, K., Murakami, S., Suzuki, M., Nakagawa, A.,assemblyofmembraneproteins

inEscherichia coli. Cell 11, 551-559

Yamashita, E., Okada, K., and Ito, K. (2006), Crystal
structure of the DsbB-DsbA complex reveals amechanism of disulfide bond generation. Cell 127, 789-

校正時追加： 翻訳伸長のスピードが、合成途上鎖に加わ801.

る物理力によって変化することが、光ピンセットを

19. Hatahet, F., Boyd, D., and Beckwith, J. (2014), Disulfide

使った一分子実験で証明され、in vivo ではリボソ

bond formation in prokaryotes: history, diversity andームから出た直後の合成途上鎖のフォールディン

design. Biochim Biophys Acta 1844, 1402-1414.

グの力によって、翻訳伸長速度のブレーキが解除

20. Sato, Y. and Inaba, K. (2012), Disulfide bond formation

されることも示された [29]。「翻訳とフォールディ

network in the three biological kingdoms, bacteria, fungi

ングは微妙なダンスを踊っている」とは、解説記事

and mammals. FEBS J. 279, 2262-2271.

の標題である [30]。遺伝情報の翻訳とタンパク質21. Nakatogawa, H. and Ito, K. (2001), Secretion monitor,の構造形成が双方向に影響し合うことが具体的にSecM, undergoes self-translation arrest in the cytosol.

示された意義は大きいと思い、追加させていただ

Mol Cell 7, 185-192.

いた。

22. Nakatogawa, H. and Ito, K. (2002), The ribosomal exit

29. Goldman, D.H., Kaiser, C.M., Milin, A., Righini,tunnel functions as a discriminating gate. Cell 108, 629-

M., Tinoco, I., Jr., and Bustamante, C. (2015),

636.

Ribosome. Mechanical force releases nascent
chain-mediated ribosome arrest in vitro and in

23. Chiba, S., Lamsa, A., and Pogliano, K. (2009), A

vivo. Science 348, 457-460.

ribosome-nascent chain sensor of membrane protein
biogenesis in Bacillus subtilis. EMBO J. 28, 3461-3475.

30. Puglisi, J.D. (2015), Protein synthesis. The

24. Ito, K. and Chiba, S. (2013), Arrest peptides: cis-acting

delicate dance of translation and folding.
Science 348, 399-400.

modulators of translation. Annu Rev Biochem 82, 171202.
25. Kimchi-Sarfaty, C., Oh, J.M., Kim, I.W., Sauna, Z.E.,
Calcagno, A.M., Ambudkar, S.V., and Gottesman, M.M.
(2007), A "silent" polymorphism in the MDR1 genechanges substrate specificity. Science 315, 525-528.

87

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第13回

伊藤維昭先生 ご略歴：
1943 年 静岡県に生まれる。
1966 年 京都大学理学部化学科卒業
1971 年 京都大学大学院理学研究科博士課程修了、理学博士
1971 年 京都大学助手（ウイルス研究所）
1978 年 カリフォルニア大学ロサンゼルス校研究員
1979 年 ハーバード大学医学部研究員
1980 年 京都大学助手（復職）1988 年 京都大学教授（ウイルス研究所）
2006 年 大阪大学招聘教授（蛋白質研究所）
2007 年 京都大学名誉教授
2007 年 近畿大学非常勤講師
2008 年 京都大学ウイルス研究所非常勤研究員
2009 年 京都産業大学工学部教授
2010 年 京都産業大学総合生命科学部教授
2014 年 京都産業大学シニアリサーチフェロー88

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第14回

タンパク質およびウイルスの結晶構造解析
福 山 恵 一 （ふくやま けいいち）
タンパク質結晶学が日本で黎明期であった 1970 年代の初め頃、私は X 線結晶解析をはじめた。以来 40 年
以上にわたって X 線解析を中心に研究を続けてきたが、この間に対象とする分子、解析方法や装置だけでな
く、X 線結晶解析をとりまく技術や研究分野は様変わりした。ここでは私が関与したタンパク質やウイルスの結晶解析を中心に、方法論を含めてその間にどのようなことがおこり、どのように考え方が変わってきたかを述べてみたい。

１.前期（1970年代〜1980年代）
私は40年以上X線結晶解析に携わってきたが、学生の頃（1970年代の初め頃）日本では対象が主に有機化合物で、タンパク質の結晶解析はまだ黎明期であった。ごく限られた研究室でタンパク質結晶に取り組んでおり、私が属した蛋白質研究所の研究室でさえ、有機化合物の結晶解析を同時並行で進めていた。世界的に見てもミオグロビンの結晶構造が初めて決定された10数年後で、この頃は代表的なタンパク質の結晶解析が幾つか進められて
図１. ４軸型回折計

いた。日本では、蛋白質研究所でシトクロムcに主力をそそいでおり、その他東京大学薬学部でリボを組み合わせた装置だと、１日で約3000個の回折

ヌクレアーゼ、名古屋大学理学部でインシュリン

強度が測定できた。蛋白質結晶の場合回折点の数の構造解析が進められていた。私が直接的にタンは多いので、また蛋白分子は柔軟であるので測定

パク質結晶を扱い始めたのは1970年代の中頃で、中にX線損傷を受けやすい。従って何個もの結晶を私が所属していた鳥取大学の研究室で植物型フェ使って、所定の分解能の回折データを揃えた。なお、

レドキシンをはじめたのがきっかけであった。こ蛋白質結晶は水を含んでおり、乾いて結晶が壊れの結晶解析をその後約５年間かけて一応完成させないようにキャピラリーに封入して測定した。また。その結果を発表する場が、蛋白質科学会の前身

た、X線の吸収が結晶の方位により違うので（植物の一つであるタンパク質構造討論会であり、また型フェレドキシンの場合薄い板状晶であったので、Nature誌であった1)。

同じ指数の回折点でも数倍見かけの回折強度が違

X線回折強度を測定し、それをフーリエ変換してって観測された）、吸収補正することは必須であっ電子密度にすることは今も昔も本質的に変わりがた。

ない。しかし回折強度を測定する方法や、電子密度

一方回折データを電子密度に変換する場合でも、を解釈して分子モデルを組み立てる方法は大きく

当時計算プログラムがなかったからプログラミン

変わった。この時期回折強度データを収集するにグすることから行った。電子密度が計算されると、は４軸型回折計が主流であった（図１）。（それまマジックペンで等高線を透明シートに写し、それでは回折写真を何枚も撮り、目視法で回折点の強を分子モデルと重ねて見た。その電子密度（等高線）

度を測っていた。）回折計と回転対陰極X線発生機

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シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第14回

このような背景にはシンクロトロン放射光の登場があり、日本ではPhoton Factoryが稼働しはじめた。これにより実験室のX線発生装置より桁違いに輝度の高いX線が使えるようになった。また、平行性のよいビームがえられ、X線の波長も自由に選べるようになった。その結果、分解能・精度の高い回
折データが得られるようになっただけでなく、タンパク質の分子量がそれまでよりずっと大きいものが視野に入った。もちろん測定に要する時間も大幅に短縮された。
（それまで何日もかかっていたものが、数時間で測定できるようになった。）さらに波長をかえて位相決定・構造決定することが現図２. リチャードボックス 斜めにあるのがハーフミラ
ー、その下が分子モデルで、奥が電子密度。

実となった。また、X線解析の適用を広げたものに、遺伝子操作がある。これにより極微量しか天然にと分子モデルをハーフミラーで重ねる道具がリチ存在しない蛋白質や、ミュータントタンパク質のXャードボックス（図２）2)である。このようにして線解析ができるようになった。

真鍮製の分子モデルを組み立て、その後各原子の座礁を読むのにもリチャードボックスを使った。

２.中期（1990年年代〜2000年頃まで）

このような一連の操作で、コンピューターにかけ

この時期になるとX線回折データを収集するにられるようになった。
植物型フェレドキシンより少し後に細菌型フェは放射光を利用するのが普通になった。放射光はレドキシンの解析をはじめた。ところがこの結晶強度が実験室のX線発生装置で発生するX線より桁の重原子同型置換体がどうしても得られず、この違いに強い。従ってX線損傷の少ない結晶でなけ

分子に含まれる鉄原子の異常分散を利用して位相れば測定できなかった。このことを解決したのが決定するという新しい方法に取り組んだ。８年余結晶のflash cooling（急速凍結）法である。こかけてこの結晶構造を決定し、1986年のタンパク

うするとX線損傷を格段に減らすだけでなく、高質構造討論会で口頭発表し、またJ. Mol. Biol.に

分解能解析ができるようになった。このため結晶発表した3)。この方法は今ではsingle anomalous

をキャピラリーに封入するのではなく、ループでdiffraction (SAD)法とよばれ、日常的に構造解析

結晶をすくって急速に凍らせた。このような結晶に適用されている。

を使うと、溶媒分子も多く同定でき、分解能も一

この時期タンパク質の構造・フォールディング

般に向上した。このようなことで、この時期からを決定することが大きな目標であった。1980年代

原子分解能（1.2 Å分解能以上）の解析が段々にの中頃タンパク質結晶の原子座標を精密化する計増えていった。

算プログラムが出回るようになり、解析精度は格

放射光を利用するようになって、回折強度を４段に向上した。具体的にはプログラムPROLSQが次軸型回折計で用いて一点ずつ測定する方式から、第に浸透し, R 値など定量的にX線解析結果を評価

振動写真で一挙に２次元ディテクターに記録するできるようになった。私の場合、精密化を取り入れ方式に変化した。日本では坂部カメラが開発さてタンパク質の結晶構造を決定し、この会で発表れ、またその頃登場したイメージングプレート

したものにフラボドキシンというFMNを含む酸化（IP）がX線フィルムに代わって使われ始めた。

還元タンパク質がある4)。

IPはX線フィルムよりダイナミックレンジが格段によく、また暗室操作も必要でなく、IPリーダー

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シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第14回で処理できる。この時期坂部カメラがPFにおける

Structure, Nature Structural and Biology, Acta

標準装置となった。実験室においても、４軸型回Crystallographica Section Dが相次いで創刊され折計に代わってIPを取り入れた装置に転換していた。日本ではタンパク質構造討論会、日本蛋白工学った。私の場合細菌型フェレドキシンの回折強度会、それにタンパク質立体構造の構築原理ワーク

を、分解能1.0 Å以上まで坂部カメラを使って再ショップなど複数の学会や研究集会が一緒になっ測定した。精密化した結果 R 値は約10 %まで下た。1998年に蛋白合同年会が長岡で開催され、３回がり、[4Fe-4S]クラスターのジオメトリーなどを続いた後蛋白質科学会が設立された。2001年にそ5)

精度よく決定することができた 。

の第一回の年会が大阪大学で開催された。この年

結晶解析計算をする方式もこの時期大きく変わ会の副題には「新世紀における蛋白質科学」

った。この時期大型コンピューターはワークステ（Protein Science in the 21st Century）とあり、ーションに移行し、少人数で共有するようになっ

文字どおり新しい学会の誕生であった。

た。こうなるとリチャードボックスで分子モデル
を物理的に組み立てるのではなく、グラフィクス

３.後期（2000年代〜現在）

で画面を見ながら処理するようになった。代表的なプログラムにFRODOがあり、これが年とともに2000年ごろ第３世代のシンクロトロン放射光施

段々使いやすく改良された。もちろん結晶学計算

設SPring-8が稼働し始めた。この施設を使って回に使う原子座標もモデルからすぐ変換でき、結果

折強度データを収集するに、ディテクターがIPかとしてモデルビルディングの場所は要らなくなっ

らCCDに変わった。IPだと読み取りに１〜２分かかた。また、構造を精密化する計算プログラムも分ったが、CCDだと数秒である。強いX線だと測定の律

子動力学（molecular dynamics）を取り入れた

速はIPの場合読み取り時間になってしまう。CCDのXPLOREが広がっていった。XPLOREの方がPROLSQに出現により、高輝度X線の特徴を生かした回折デー比べて収束半径が広いという特徴があり、次第にタ収集が可能となった。１枚のフレームの回折パよく使われるようになった。私がこの方式で解析

ターンはSPring-8のX線だと数秒で撮れるようにしたタンパク質にペルオキシダーゼがあり6)、研なった。前期では何週間もかかって１データセッ

究室で揃えたワークステーションで一連の計算を

トを揃えていたが、中期におけるPFでは３〜４時した。

間となり、それがSPrng-8では一時間もかからなくなった。

タンパク質だけでなくタバコネクロシスウイル
ス（TNV）の構造解析も回折データをPFで収集し、解析計算をするコンピューターも、主流はワー

ワークステーションで計算処理して構造決定をしクステーションからパソコンに移っていった。文た。ウイルスの場合タンパク質に比べて約二桁分

字通りコンピューターは各個人が持つようになり、子量が大きく、測定量も計算量も桁違いに多い。な

放射光施設でも装置をコントロールするコンピュ

お、我々はTNVの構造解析において、ウイルス粒子

ーターを除いてユーザーがパソコンを持ち込み、がもつ正20面体対称を利用して位相を求めるとい解析・評価しながら測定するようになった。
X線結晶解析をする方式・目的はさらに進化した。

う、従来の同型置換法や異常散乱法とは異なった方法で解析をした7)。新しい方法で構造決定したとその一つにタンパク質分子の構造変化を見るよういう点においてもTNVの解析は印象深い。

になった。結晶解析は原理的に静止構造・平均構造

1990年代にタンパク質の立体構造を決めるといしかえられないが、酵素の反応過程で短寿命分子

うことはX線解析の目標でなくなった。すなわち、種の構造をトラップして見るようになった。私のタンパク質の構造と機能や性質と関連づけられて行った事例ではγ-グルタミルトランスペプチダ

議論され、X線解析は構造生物学の一手段になった。

ーゼがある。ここでは液体窒素温度で酵素反応のジ ャ ー ナ ル に お い て は 、 1990 年 代 の 中 頃 に

中間体で止め、この構造をX線解析法でみた8)。

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シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第14回

図３. PDBの登録件数の推移 累計登録件数を緑色、各年の登録件数を赤色棒グラフで表している。

また、ヘムオキシゲナーゼでは反応生成物の一つ

人々が現在ではタンパク質結晶学に携わっている。

である一酸化炭素分子（ガス）の存在場所を、ヘリ

X線解析の結果である原子座標をおさめているデ

ウム温度で捉えた。これには酵素反応を起こす代

ータベースProtein Data Bank (PDB)は1970年代のわりに、ヘム鉄に一酸化炭素を結合させた結晶にはじめ約10件でスタートしたが、登録されている

レーザー光を照射し、光解離させてガスの行方を件数は1993年に1000件を超えた。それが2014年に9)追った 。このようなことに加えて、タンパク質分

10万件を超えた（図３）。また、蛋白質科学会の時子の固さ・柔らかさを視野に入れた研究も多くな

代では蛋白質・核酸複合体の解析例は普通になっった。私が行った例では、植物型フェレドキシンのたし、分子量も桁違いに大きくなった。私はアルフ

フレキシブルな領域（温度因子が大きい領域）は分ァルファモザイクウイルスの構造解析を1980年代

子種に共通しており、柔らかい領域が他の電子伝のはじめ放射光がない時代に手がけた12)。 一枚の達タンパク質と接触している領域に対応している

振動写真を撮るのに１日かかったが、近年では数10)ことを明らかにした 。機能の理解により迫ったと秒で、しかも精度は向上した。1980年代の中頃に始いえる。

まった膜蛋白質の構造解析13)も、今ではずいぶん多解析ソフトウエアは自動化が進み、ブラックボ

くなっている。最近ではSACLAを利用してフェムトックスとなった。分子モデルを作る場合もかなり秒の蛋白質構造が捉えられるようになった。

人間の手を経ずに出来るようにソフトウエアが開X線結晶解析はかってタンパク質の構造をみる11)発された。 結果、結晶学の専門家以外の多くの唯一の方法であったが、NMRや電子顕微鏡でも決定92

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第14回されている。中性子結晶解析も使われるようにな

文 献り、X線結晶解析では苦手であった水素原子の位置を決定することや、窒素と酸素の原子種も容易に

1) K. Fukuyama, et al., Nature 286, 522-524

区別できている。また、中性子解析をしてX線照射(1980)

によってクライオ温度でも構造が変化していたこ

2) F. M. Richards, J. Mol. Biol. 37, 225-230とがわかった14)。蛋白質科学会はこれら私の分野を(1968)

含め、タンパク質の科学を広くカバーする中心的

3) K. Fukuyama, et al., J. Mol. Biol. 199, 183-

学会になったといえる。

193 (1988)
4) K. Fukuyama, et al., J. Biol. Chem. 265,

タンパク質結晶学のものの考え方や取り組み方

15804-15812 (1990).

の約40年間の変遷の詳細については、“昭和と平成5) K. Fukuyama, et al., J. Mol. Biol. 315, 1155-の今昔物語−タンパク質結晶学の周辺−”15)という出

1166 (2002).

版本を参照していただきたい。

6) N. Kunishima, et al., J. Mol. Biol. 235, 331344 (1994).
7) Y. Oda, et al., J. Mol. Biol. 300, 153-169(2000).
8) T. Okada, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA
103, 6471-6476 (2006).
9) M. Sugishima, et al., J. Mol. Biol. 341, 7-13
(2004).
10) H. Kameda, et al., PLoS ONE 6, e21947 (2011).
11) M. Yao, et al., Acta Crystallogr. Sect. D 62,
189-196 (2006).
12) K. Fukuyama, et al., J. Mol. Biol. 167, 873894 (1983).
13) J. Deisenhofer, et al., Nature 318, 618-624(1985).
14) M. Unno, et al., J. Amer. Chem. Soc. 137,
5452-5460 (2015).
15) 昭和と平成の今昔物語 −タンパク質結晶学の周辺−、福山恵一、BookWay (2014).

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シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第14回

略 歴：1949 年 香川県に生まれる
1971 年 大阪大学理学部高分子学科 卒業
1973 年 岡山大学大学院理学研究科科学専攻修士課程
岡山大学大学院理学研究科化学専攻修士過程修了
1973 年 鳥取大学工学部工業化学科 助手（1980 年 5 月〜1982 年 4 月 米国パーデュー大学
生物科学部博士研究員）
1979 年 理学博士（大阪大学）
1987 年 大阪大学理学部生物学科 講師
1991 年

同助教授

1995 年

同教授（1996 年 4 月 大学院理学研究科•教授、2006 年 4 月 専攻•学科名が生物科学となる）
2013 年 定年退職 大阪大学名誉教授
2013 年 大阪大学大学院工学研究科応用化学専攻で
研究に従事

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シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

私の蛋白質研究と蛋白質科学会
桑 島 邦 博 （くわじま くにひろ）

１．蛋白質の変性研究た。

1970 年の春に、私は、北海道大学・理学部高分

1967 年に Tanford と同じ Duke 大学の K. Brew 等

子学科の 4 年生として、須貝新太郎教授の研究室

は、牛乳の乳漿蛋白質であるαラクトアルブミン（生体高分子学講座）に配属となった。その当時は、のアミノ酸配列が卵白リソーチームのものと非常分子論の立場に立った、球状蛋白質の可逆変性のによく似ていることを報告した。1970 年に公表さ物理化学的研究が盛んになりつつあった。1968 年

れた、αラクトアルブミンの全アミノ酸配列によに公表された、Duke 大学 Charles Tanford の有名なれば、123 個のアミノ酸残基中、実に 49 箇所でリ

総説 "Protein Denaturation" は [1]、研究室の 4 年生

ゾチームの配列と同一であり（同一性 40%） [7]、

ゼミの教材であった（今から思うと、いきなり、ず

それは、ヒト・ヘモグロビンのα鎖とβ鎖間の同一

いぶん専門的な総説を読まされたものである）。球性（43%）に匹敵する。この、αラクトアルブミン状蛋白質の可逆変性の研究は、1930 年代の M.L.

とリゾチーム間の高い相同性は、当時の蛋白質科

Anson 等の研究までさかのぼるが [2]、その後、W.

学の驚くべき発見であった。北大の須貝研究室も、

Kauzmann によって疎水結合の概念が導入され [3]、

この話で持ちきりであって、須貝教授と新田勝利

Tanford によって転移の定量的解析法が確立された助手（当時）が中心となって、αラクトアルブミン[1, 4]。1970 年代から 80 年代になると、X 線結晶解とリゾチームの変性反応の比較研究が始められて析による蛋白質の立体構造が次々と明らかにされ、いた。私は、学部 4 年の時に研究室に配属となり、蛋白質変性の物理化学的研究も、分子構造に基づ

このプロジェクトに加わることが出来たのは幸運

いた詳細な議論がなされるようになっていた。

であった。しかし、αラクトアルブミンの塩酸グア

Tanford 等の一連の研究で取り上げられた、卵白ニジンによる変性反応の解析結果は意外なものでリゾチームは、蛋白質変性研究の代表的なモデルあった。変性転移の解析から得られる、水中での安蛋白質であり、日本では、大阪大学・理学部の濱口定化自由エネルギーと転移の協同性のパラメータ浩三教授等の研究がよく知られていた [5]。丁度そは、いずれも、リゾチームに対して知られた値の半の頃は、1963 年に米国 NIH の R.E. Canfield とフラ分程度にしかならない。特に、後者のパラメータはンス・パリの J. Jollés 等が、それぞれ独立に、リゾ変性転移に伴う、蛋白質分子の平均露出度（average

チームのアミノ酸配列を決定し、1965 年に英国王

degree of exposure）の変化に対応しているので、上立科学研究所の D.C. Phillips 等が、その 2 Å 分解能の結果は、αラクトアルブミンの天然立体構造がのＸ線結晶構造解析による三次元立体構造を報告

リゾチームのものとはずいぶん異なるという、容した後であった [6]。リゾチームは、ミオグロビン

易には受け入れがたい結論を導くことになる。当やヘモグロビンに次いで立体構造の解かれた球状

時、私は、界面移動電気泳動法を用いて、αラクト

蛋白質であり、酵素蛋白質としては初めてであっアルブミンの酸変性を調べ、酸変性状態がコンパた。
Tanford 等のリゾチーム変性反応の解析結果は、クトな形状を持った不完全変性状態であることを転移が協同的であり、天然状態と変性状態のみの見つけていたので、上の矛盾は、αラクトアルブミ

二状態転移（転移領域で、天然状態と変性状態の二ンの塩酸グアニジン変性が、二状態転移ではなく、状態のみが存在する）で表されることを示してい酸変性状態のような中間状態を伴っているとすれ95

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

ば、説明できると考えた。しかし、この考えは、当アミノ酸配列が決まれば、一意的かつ見かけ上自初は研究室内でも余り受け入れられなかった。

発的に、天然構造に折り畳まれるというわけであ

大学院博士課程に進学後、1974 年頃より、αラる。この主張が展開された、1963 年の彼等の論文

クトアルブミンの塩酸グアニジン変性の中間体をのタイトルは、"The Genetic Control of Tertiary Protein

検出する研究に取りかかった。その当時、研究室のStructure"である [11]。しかし、熱力学仮説のみで

米山助教授が科研費で導入した、日本分光の J-20は蛋白質のフォールディング問題を解くことは出型円二色性（CD）分散計をお借りして、塩酸グア来ない。1968 年に、Levinthal は、蛋白質ポリペプ

ニジン変性をペプチド領域（222 nm）と芳香族領域

チド鎖の取り得る可能なコンフォメーションは超（270 nm と 296 nm）の CD を用いて追跡した。そ天文学的な数に及ぶので、天然の蛋白質はその内の結果、後に、モルテン・グロビュール状態としての極々一部を経験しながら巻き戻ることを示し知られることになった、αラクトアルブミンの変（Levinthal Paradox）、蛋白質にはそのアミノ酸配列性中間体の存在が明らかとなった [8]。したがって、によって規定されたフォールディング経路がある

この当時のわれわれの関心は、αラクトアルブミと主張した [13]。この Levinthal の主張が契機とな

ンとリゾチームとの間の変性挙動の違いが、どのり、蛋白質のフォールディング経路上にある、フォような分子機構により説明されるかにあったのでールディング中間体を実験的に検出し特徴付けるある。

研究が数多くなされるようになった。中間体の構

αラクトアルブミンの塩酸グアニジン変性の研造が明らかになれば、フォールディング分子機構

究結果は、J. Mol. Biol.誌に投稿し採択されたが [8]、が明らかになると考えられたのである。

その時の論文のエディターが Stanford 大の Buzz
(1) α ラクトアルブミンのフォールディングモデル

Baldwin であった。Buzz は、われわれの観測した変性中間体と蛋白質のフォールディング中間体とのこのような流れの中で、私は、前述の α ラクトア

関係を取り上げて、蛋白質のフォールディング問

ルブミンの中間体を伴う三状態変性の実験結果に題を論ずるべきだと指摘した。これが、私が蛋白質基づいて、この蛋白質のフォールディングモデルのフォールディング研究を始めることとなったきを提唱し、これが J. Mol. Biol.に掲載された [14]。

っかけである。

1977 年のことである。これは、私にとって、最も思い入れのある仕事の一つであり、私の博士の学

２．蛋白質のフォールディング中間体の探索

位論文となったものである。このモデルに対する1958 年に、J. Kendrew がＸ線結晶解析により、初評価は、いろいろあり、Stanford の Buzz Baldwin やめて、球状蛋白質（ミオグロビン）の原子構造を明

当時ソ連科学アカデミー蛋白質研究所の Oleg B.

らかとし [9]、F.H.C. Crick が分子生物学のセントラ

Ptitsyn は高く評価してくれた。一方、当時、英国

ルドグマを提唱すると [10]、蛋白質科学の分野にCambridge の Thomas E. Creighton は、その論文の中おいても、新たな研究の流れが生まれた。蛋白質ので私の上記の論文を引用し、以下のように評してこのような特異的な天然三次元構造は、いかにしいる [15]：Even if a third conformation state, other thanて、その一次元的なアミノ酸配列（＝遺伝情報）か

native and fully unfolded, were to be detected inら構築されるのかという問題、すなわち、蛋白質のequilibrium populations, its significance for the folding

フォールディング問題である。米国 NIH の C.B.

transition would not be obvious, as this can only be

Anfinsen は、そのよく知られた、リボヌクレアーゼ

deduced from kinetic studies. In spite of this, there is an

A の巻き戻り実験の結果に基づいて、蛋白質フォ

unfortunateールディングの熱力学仮説を提唱した [11, 12]。蛋

conformational state detected at intermediate denaturant

白質の天然三次元構造は溶媒を含めた全系の最小

concentrations to be considered to have intermediate

自由エネルギー構造であり、したがって、蛋白質はconformational properties and to be an intermediate on

96

tendencyforapresumptivethirdシリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

り、1982 年の 6 月のことと報告されている [16]。

the folding pathway. その当時は、蛋白質の二状態転移の概念は十分確立されたと考え、フォールディ

(2) ストップトフローCD

ング経路上に中間体が存在しても、熱力学的に安1980 年前後の、私の研究上、最大の関心事は、定な状態としては観測されないはずだと考える研

いかにして、α ラクトアルブミンの変性中間体がフ究者も多かった。
1978 年に、京都で、第 6 回国際生物物理学会がォールディング経路上にあるはずの、過渡的な速開催されたが、私のポスター発表の場所に Oleg

度論的中間体と同一であることを証明するかであPtitsyn が訪れてきて、いろいろ質問されたのを今った。理論的には、平衡中間体の検出に用いられたでも鮮明に覚えている。この京都の国際生物物理

CD スペクトルの高速時分割測定を行い、巻き戻り学会の後、幾つかのサテライトミーティングが開

反応の速度論的な中間体を検出すればよい。しか催され、幸い、私は二つのミーティングで発表するし、その当時、ペプチド領域の測定に用いる CD 装ことが出来た。一つは、その当時の上司であった須

置（日本分光 J-20 型）の時定数は 0.5 秒程度であ貝教授と名大・理の今井宣久先生がオーガナイズ

り、このような高速測定には向いていなかった。幸

された、「生体高分子系のダイナミクス」に関する

い、その当時、われわれは、ある意味偶然にも、α

シンポジウムであり、他の一つは、京大・化研の大ラクトアルブミンがカルシウム結合蛋白質であり、

井龍夫教授と、当時、九大・理の郷信広先生がオーカルシウムイオンのはずれたアポ状態では、巻きガナイズされた、「球状蛋白質の折れたたみの機構」

戻り速度が著しく減速することを見出していたに関するシンポジウムであった。これらのシンポ[17]。さらに、温度 4°C では、カルシウムのついたジウムでの発表は、私にとって、最初の英語での口ホロ状態でも、また相同蛋白質である卵白リゾチ

頭発表であった。シンポジウムで、Buzz Baldwin、ームでも、時定数 0.5 秒の装置で巻き戻り速度過程

Oleg Ptitsyn、Tom Creighton 等の研究者と知り合いを追跡可能であることが分かった。そこで、その当になれたことは、私にとって大変大きな収穫であ時、須貝研の大学院生であった、平岡芳樹君（現、った。

慶応大）や池口雅道君（現、創価大・教授）等と共

この当時、日本で、蛋白質フォールディングの研に、CD 装置による、α ラクトアルブミンとリゾチ

究に携わっていたグループは、私の知る限り、前出ームの巻き戻りの速度論的測定を行った [18, 19]。

の阪大・理の濱口浩三、京大・化研の大井龍夫、九

結果は予想通りであり、変性中間体は巻き戻りの大・理の郷信広に加え、広大・総合科学の内山敬康、

初期に形成される過渡的中間体と同一であった。

東大・理の和田昭允、東大・理の猪飼篤、早大・理

さらに、平衡論的には二状態変性を示すリゾチー

工・斎藤信彦などの先生方のグループがあったが、ムにおいても、巻き戻り反応の初期には、α ラクト

フォールディング研究はまだ黎明期であった。

アルブミンの中間体と同様の過渡的中間体が観測

1979 年に、広大の内山教授が、フォールディングされた。私は、このような中間体の存在が、球状蛋研究の振興を目的として、科研費・総合研究（A）

白質のフォールディングに普遍的な現象ではない「蛋白質の構造形成」を実施され、その班員に加えかと考えた。この考えは、Oleg Ptitsyn 等が主張して頂けたことは大変光栄であり、励みになったこていた、モルテン・グロビュール説とよく符合するとを記憶している。東大の和田先生とソ連の Oleg

ものであった。

Ptitsyn 等が、イタリアの国際会議のディスカッシ

その後、須貝研に、時定数が 1 ミリ秒以下の高速

ョンの中で、α ラクトアルブミンの変性中間体のよCD 装置（日本分光 J-500 型）が入り、われわれは、

うに、側鎖の規則構造はこわれているが、天然様二（株）ユニソクの長村俊彦社長の協力を得て、高速次構造を持ったコンパクトな状態を、球状蛋白質

CD 測定のためのストップトフロー装置を試作しに普遍的な中間構造状態であると考え、モルテン・た。この装置を使って、シトクロム c、β ラクトグ

グロビュール状態と名付けたのも丁度この頃であロブリン、パルブアルブミン、黄色ブドウ球菌（黄97シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

ブ菌）ヌクレアーゼ、ジヒドロ葉酸還元酵素など、法により、明らかにされている [20]。1980 年代

さまざまな球状蛋白質の巻き戻り反応を追跡し、終わりから 90 年代初めにかけて、このように中間

いずれも、反応初期に二次構造の回復した中間体の構造が次々と明らかにされてゆくことより、体が観測されることがわかった [20]。

最終的には、蛋白質のフォールディング問題も解けるのではないかと期待されたこともある。

(3) 水素交換標識法

しかし、話は、それほど簡単ではなかった。理

水素交換標識法は、蛋白質のフォールディン論・シミュレーション研究から、フォールディン

グ中間体を検出し特徴付ける大変優れた方法でグのファネル・モデルが提唱され [25]、実験的研ある。私は、1980 年夏より二年間、Stanford の究からも、中間体のない二状態フォールディング

Buzz Baldwin の研究室で、NIH 奨励研究員（博士する蛋白質の例が、次々、明らかとなった [26]。そ研究員）として、リボヌクレアーゼのフォールデのため、今まで、フォールディング中間体といわれィング機構に関わる研究に従事した。その頃、ていたものは、実は、間違ったフォールディングを

Buzz の研究室では、Franz X. Schmid や Peter S.

した状態、あるいは、アグリゲーションを見ていた

Kim 等が、トリチウム交換標識を用いて、リボヌのではないかと主張する研究者も現れた。この議

クレアーゼ A の巻き戻り中間体の検出に関する論は、現在もなお続いているが、最近は、実験的に成果を挙げていた [21]。Buzz は、これを、水素-観測された中間体の大半はフォールディング経路

重水素交換標識と二次元 NMR を用いて行えば、上のプロダクティブな中間体であったということ画期的な成果が得られると考えていた。しかし、で収まりつつある [27-29]。

当時は、まだ、蛋白質の二次元 NMR 測定の黎明(4) Ｘ線溶液散乱期であり、リボヌクレアーゼ A の NMR シグナ
ルの同定はなされていなかった。私は、リボヌク

Ｘ線溶液散乱法は、溶液中の蛋白質の形状、特にレアーゼ S の S ペプチド部分の水素-重水素交換

その広がりやコンパクトさを知ることが出来る有反応解析を、NMR を用いて行った [22]。

効な実験手段である。私は、木下一彦氏（理研）が1988 年に、
Jayant Udgaonkar と Buzz Baldwin が、代表をされた、1984–85 年度科研費・総合研究（A）

二次元 NMR（COSY）スペクトル中の各アミド「生命現象素過程の時間軸上への展開」などを通

プロトンのクロスピークを同定し、水素-重水素

して、当時、自治医大にいらした木原裕氏が、スト

交換パルス標識法を用いて、リボヌクレアーゼ A

ップトフローＸ線散乱による蛋白質構造転移の研の巻き戻り中間体の構造を明らかとした [23]。

究をしていることを知り、これがきっかけとなっこの論文が公表された Nature 誌の同じ号に、て、木原さんと共同研究を進めることとなった。しHeiner Roder と S. Walter Englander 等が、同様のかし、この共同研究が本格化したのは、私が東大・水素交換パルス標識二次元 NMR 法を用いて、シ

理・物理教室に移った 1992 年以降であり、特に、

トクロム c の巻き戻り中間体について報告して1993 年春から三年間実施された、ヒューマン・フ

いる [24]。水素交換パルス標識二次元 NMR 法

ロンティア・サイエンス・プログラム（HFSP）のは、フォールディング経路上に蓄積する中間体

プロジェクトの中においてであった。このプロジの構造を、アミノ酸残基レベルの分解能で、スナ

ェクトは、当時ロシア・蛋白研の Oleg Ptitsyn のグ

ップショットを取るように観測できる画期的な

ループ、米国・ニューヨーク大の Neville Kallenbach方法である。現在では、α ラクトアルブミンやリ等のグループと日本のグループ（桑島（東大）、木

ゾチームも含め、多くの球状蛋白質のフォール

原（自治医大）、雨宮（高エネ研）、木村（獨協医大）、

ディング中間体が、この方法、あるいは、マス・池口（創価大））と間の国際共同プロジェクトであスペクトル解析を利用した同様の水素交換標識った。プロジェクトのタイトルは、"Role of the
Molten Globule State in the Folding of Globular

98

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

Proteins"であり、フォールディング初期に形成され使ったものより、より高感度で時間分解能も優れるモルテン・グロビュール状態をストップトフロ

た、PILATUS ピクセル検出器が使われるようにな

ーＸ線散乱法によって解析することが一つの柱でったそうであり、今は昔の感がする。

あった。Ptitsyn グループから、Gennady Semisotnov

３．蛋白質工学の幕開けと蛋白質科学への展開

氏が、しばしば来日し、われわれと一緒に、つくばの高エネ研・放射光実験施設でＸ線散乱を用いた蛋白質フォールディングの共同実験が行われ、そ1980 年代後半になると、遺伝子組み換え技術をの成果が幾つかの論文として纏められた [30, 31]。

利用した、蛋白質工学が始まり、蛋白質研究の新たストップトフローＸ線散乱を用いた、蛋白質フォな潮流が生まれた。日本でも、第三セクター方式のールディングに関する共同研究は、HFSP プロジェ

蛋白工学研究所が 1986 年春に設立され、日本蛋白

クト終了後も続けられ、特に、東大・工に移られた工学会の設立は、私の記憶に間違いなければ、1988

雨宮慶幸氏のところの伊藤和輝さんと、私のとこ

年であ った。一方、 欧文学術 雑誌の Protein

ろで助手をしていた新井宗仁君（現、東大・総合文化）が中心となって、CCD を使った二次元Ｘ線検Engineering の創刊が 1986 年 10 月、Proteins の創刊が 1986 年 1 月、Protein Science の創刊が出器の実験を立ち上げた。この検出器を使って、α1992 年 1 月であり、学会 The Protein Society のラクトアルブミンの巻き戻りを追跡し、巻き戻り

最初のシンポジウムは 1985 年に米国の San Diegoの初期状態が分子サイズの面から見てもモルテで開催された。このように、次々と、蛋白質関連のン・グロビュールと同一であることが最終的に証新しい学術雑誌や組織が出来たのは、蛋白質工学

明された [32]。また、フォールディングの律速過程という、その当時の全く新しい技術と学問領域がが脱水和過程であることも明らかとなった。とこ

生まれたことによる。この頃、私は、北大・理の須ろで、最近は、二次元Ｘ線検出器としては、CCD を貝研の助手であったが、蛋白質工学を自分の研究

写真１ HFSP プロジェクトのミーティングで、東大・理・物理の桑島研を訪問された Oleg Ptitsyn 教
授等と。1995 年 12 月。左より Valentina Bychkova、桑島邦博、Oleg B. Ptitsyn、伊倉貞吉。

99

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回に取り入れるために、遺伝子組み換え技術の習得傾向にあるというのが、当時（1990 年頃）、私が抱が深刻な課題となっていた。何しろ、大腸菌の培養いていた印象だった。例えば、米国に比べ、日本のなど、何も経験のないことばかりであった。幸い、国立大学の、蛋白質研究の研究設備等の充実度に

1985 年春に、東大と筑波大に次いで、北大に遺伝おいても、その差がますます開きつつあったと思子実験施設が学内共同教育研究施設として設置さわれる。何がきっかけであったか憶えていないが、れた。私は、この施設で実施された遺伝子組み換え

このようなことを、当時、阪大・蛋白研にいらした

実験の講習会に参加し、遺伝子組み換え技術を習

油谷克英氏と何度か議論したことがある。油谷さ得することが出来た。

んが、1991 年に科研費・総合研究（B）「タンパク

1983 年に、David Shortle が、Gene 誌に黄ブ菌

質立体構造の構築原理を解明するための基礎研究」

ヌクレアーゼ遺伝子のクローニングと全塩基配列を実施して、当時、京大・理の郷信広教授を領域代決定の報告をした [33]。黄ブ菌ヌクレアーゼは、表とする、重点領域研究「タンパク質立体構造の構

NIH の Anfinsen と Taniuchi 等の研究で知られるよ

築原理」の領域申請と採択を目指すこととなり、私

うに、フォールディング研究のよいモデル蛋白質

がそのお手伝いをさせて頂くことになった。このである [12] 。そこで、私は、黄ブ菌 Foggi 株

総合研究（B）のメンバーは、油谷克英（代表者、（ATCC27735）を取り寄せ、遺伝子実験施設のベン

阪大・蛋白研）、郷信広（京大・理）、大島泰郎（東チの一部をお借りして、北大の学部 4 年生や修士

工大・生命理工）、阿久津秀雄（横浜国大・工）、月の学生と一緒に、ヌクレアーゼ遺伝子のクローニ

原冨武（徳島大・工）、桑島邦博（北大・理）の 6 名

ングと大腸菌による発現の実験に取り組んだ。こであった。総合研究（B）では、主にアンケートにの当時は、プラスミド調製のアルカリ SDS 法の溶よる学術調査「タンパク質の構造・物性・機能研究

液等も全て自分で作成し、変異導入のためのプラの現状と将来―何が問題で何をすべきか」を実施

イマーも、ファルマシア製の Gene Assembler といした。その後、総合研究（B）による準備研究をさう DNA 合成機で合成し、自分で精製して使用した。

らに行って、1995 年度より４年間、重点領域研究

今とは隔世の感がある。このとき作成したヌクレ「タンパク質立体構造の構築原理」（領域代表・郷アーゼ発現系は、その後、私の研究の一つの柱とな

信広（京大・理））が実施された。この重点領域研った [34]。皮肉なことに、David Shortle も、そ究が終了後も、領域に参加したメンバーにより、蛋の後、蛋白質のフォールディング研究に転向し、安白質立体構造構築原理研究会が作られ、この会が、定性や協同性の変化した、さまざまなヌクレアー

その後の蛋白質科学会の設立に向けた準備にも関ゼ変異体に関する研究で知られている [35]（あるわった。この当時の重点領域研究は、班員数と予算

いは、最初から、そのつもりで遺伝子クローニングの、いずれにおいても、現在の新学術領域研究の二したのかも知れない）。

倍以上はあった。文科省の予算がトップダウンのプロジェクトに大きく割かれるようになり、最近(1) 蛋白質科学の新たな展開

は、以前に比べ基礎研究への予算が縮小しているのである。

蛋白質工学の勃興は、蛋白質の物理化学的な研究にも革命的な変化をもたらすものであった。

上の重点領域研究の準備を進める中で、大変印象

1990 年頃の Stanford の Buzz Baldwin の研究室は、に残ったこととして、当時、名大・理にいらした野私がいた 1980 年当時と比べると、研究室人員など

口俊之氏が、Nature 誌の News and Views に掲載さの規模が倍以上に大きくなって、蛋白質研究の熱れた、Cyrus Chothia の「蛋白質ファミリー数（主意にあふれていた。一方、日本においては、蛋白質

鎖フォールドの数）はたかだか千種類のオーダー

工学の応用面への活用は熱心に議論されていたが、である」とする説を紹介し [36]、大議論になった

物理化学的な基礎研究は、以前に比べ、むしろ縮小ことがあった。郷さんが、それが本当なら、大変重要だといって興奮気味だったのを覚えている。そ100

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回の当時（1992 年）の PDB に登録された蛋白質立体

リオファージ T7 のプロモータ/T7 RNA ポリメラー構造の数は、まだ、数百のオーダーで、フォールド

ゼと T7 リゾチームを利用した発現系（pET システの数は百程度であった。現在、PDB に登録された蛋ム）を確立したことによって解決した [37]。私は、

白質立体構造の数は十万を超えたが、SCOP により1991 年夏に、当時、MIT にいた Peter Kim の研究定義されるフォールド数は、2008 年に 1393 になっ室を訪問したとき、この情報を入手し、早速、て以来、頭打ちとなって増えていない。Chothia のStudier からライセンスを頂いて、pET システムに予測は的中したのである。

よる発現系を用いることとした（現在、pET システ

蛋白質フォールディング研究にとっても蛋白質

ムは Novagen/Merck が販売している）。1992 年に、工学の手法はなくてはならないものとなったが、私は、北大より東大・理の物理教室に異動となり、ストップトフロー法等の実験では数 100 mg 以上の生物物理の研究室を主宰することとなった。当時、蛋白質試料を必要とするため、当初は、大腸菌によ研究室の助手であった伊倉貞吉君（現、東京医科歯る発現量が十分ではなかった。この問題は、1990 年

科大）と一緒に、黄ブ菌ヌクレアーゼの pET システに米国 Brookhaven の F.W. Studier 等が、バクテムによる発現系の構築を行った [38]。また、その

写真２ 第 24 回谷口国際シンポジウム集合写真。1999 年 3 月。
１列目左から、油谷克英、Terrence Oas, Zheng-yu Peng, James Hofrichter, Heiner Roder, Jayant Udgaonkar, 桑島邦博、
Valerie Daggett, Eugene Shakhnovich, Mrs. Shakhnovich。２列目左から、依田隆夫、新井宗仁、後藤祐児、片岡幹雄、郷通子、高橋卓也、Vincent Forge, 曽田邦嗣、赤坂一之、槇亙介。３列目左から、福田宏幸、中尾正治、伊野部智由、槇尾匡、
中村春木、巖倉正寛、池口満徳、杉田有治、星野大、寺田智樹。４列目左から、高田彰二、瀬川新一、高橋聡、田村厚夫、笹井理生、木寺詔紀、水谷泰久、岡本祐幸、池口雅道。

101

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

当時、東大・工にいらした、熊谷泉氏からヤギ α（NIH）、Terry Oas（Duke Univ.）、Zheng-yu Peng

ラクトアルブミンの遺伝子を譲り受け、α ラクト（Univ. Connecticut）、Heiner Roder（Fox Chase

アルブミンの pET システムによる発現系の構築もInst.）、Eugene Shakhnovich（Harvard Univ.）、行った。このようにして、桑島研究室における、蛋Jayant Udgaonkar（NCBS, India）の 7 名が招待講

白質工学に基づく研究の基盤が出来上がった。

演者として参加した。Hofrichter 氏以外は、私よ蛋白質フォールディング研究への蛋白質工学のりも若手であった。日本からも、30 代から 40 代の活用として、最も大きなインパクト与えたのは、英研究者を中心に参加頂き、全演題数は 33 題であっ国 Cambridge の Alan R. Fersht 等によって始めらた。写真２は、その時の集合写真であるが、当時若れた、Φ 値解析である。Φ 値解析により、フォー

手だった参加者の多くが、現在、蛋白質フォールデ

ルディング経路上の中間体のみならず、通常の方ィング研究の第一線で活躍している。

法では観測不可能な、遷移状態の立体構造をアミノ酸残基レベルの分解能で解き明かすことが出来(2) 蛋白質科学会の設立に向けてるようになった。Φ 値解析が最初に報告されたの重点領域研究「タンパク質立体構造の構築原理」

は、バルナーゼに対してであり、1989 年であったは 1999 年度で終了したが、この頃になると、ヒト・[39]。その後、いろいろな蛋白質に対して Φ 値解

ゲノム計画が完了を迎えつつあり、ポスト・ゲノム析を用いた実験的研究が行われ、現在では、60 種の重要な研究領域として、蛋白質科学がますます以上の球状蛋白質について、それらのフォールデ

注目されるようになった。日本には、その当時、日ィング遷移状態の立体構造が明らかとされている。

本蛋白工学会があったが、日本の蛋白質科学全体

1990 年代後半になると、水素交換標識法や Φ 値解を代表するような規模ではなかった。また、蛋白質

析法により実験的に解き明かされた、中間体や遷科学の分野では、1950 年頃より、年に一回の割合

移状態の立体構造を、分子動力学などの分子シミで、タンパク質構造討論会が実施されていた。このュレーションを用いて再現する試みも数多くなさ

討論会は、講演内容を投稿すると審査され、採択されるようになった。われわれも、ヤギ α ラクトアれたものだけが討論会で口頭発表出来るという厳

ルブミンの Φ 値解析を行い、横浜市立大の木寺詔しさがあり、纏まった話をじっくり聞けるという

紀教授と池口満徳氏との共同研究で、分子動力学良さもあった。しかし、タンパク質構造討論会は学による遷移状態の構造解析を行った [40]。

会組織ではなく、毎回、討論会当日の昼食時に、蛋1999 年の 3 月 3 日–7 日の 5 日間、その当時、上白質科学分野の主だったメンバーが集まって開催

総の木更津市に新設された、かずさアカデミアパ

される昼食会で、次年度の開催場所と世話人を決ークにて、第 24 回谷口国際シンポジウムが開催さめるという形で運営されていた。

れ、私がその世話人を務めさせて頂いた（写真２）。

そこで、日本における蛋白質科学の纏まった組

このシンポジウムは、生物物理学分野における最織を作ることを目指して、「蛋白質科学関係の学会

後の谷口国際シンポジウムとなり、シンポジウム

組織を検討する委員会」が設けられ、1998 年より、のタイトルは "Old and new views of protein

日本蛋白工学会とタンパク質構造討論会の合同年

folding"であった [41]。その頃は、蛋白質のフォ会が開催されるようになった。1998 年と 99 年に、ールディング研究が花咲いていた時期でもあり、それぞれ、長岡と横浜で蛋白合同年会が開かれ、Levinthal の主張に基づく「経路モデル（Old view）」

2000 年に三浦謹一郎先生（学習院大・理）が世話とエネルギー地形理論の基づく「ファネル・モデル

人となって、学習院創立 100 周年記念会館にて、蛋（New view）」との間で活発な議論がなされていた。

白合同年会・東京 2000 が開催された。この 2000 年

丁度このようなタイミングで、このシンポジウムの年会は、蛋白質立体構造構築原理研究会のワーを開催することができ、海外からは、Valerie

クショップとの合同ともなり、「第 51 回タンパク

Daggett（Univ. Washington）、James Hofrichter102

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

質構造討論会＋第 12 回日本蛋白工学会年会＋第 7

一方、日本側からは、三浦先生からのメッセージ

回タンパク質立体構造の構築原理ワークショップ」

をお渡しすると共に、2001 年の日本蛋白質科学会のように、三つのグループの合同年会であった。ど第 1 回年会実行委員会の方から、Dobson 会長を記のような経緯であったかはもう憶えていないが、念講演の講演者として招待したい旨の手紙が届け有坂文雄氏（東工大・生命理工）と私が、合同年会

られていた。

のプログラム作りで、三浦先生のお手伝いをさせ

なお、上の Dobson 会長のジョイント・ミーティて頂くこととなり、学習院の三浦先生のお部屋にングの提案に関しては、これ以前にも Protein

何度か集まったことがある。2000 年 6 月 7 日からSociety 側から提案があったが、Protein Society の財

10 日の 4 日間、合同年会が開催され、年会参加者

政事情がよくなかったこと、日本蛋白工学会が日は約 530 名であった。最後に、合同年会を実施した

本の蛋白質科学全体を必ずしも代表しているわけ

三グループは、2001 年に創立予定の日本蛋白質科

ではなかったこと等のために実現されていなかっ学会に合流することがアナウンスされ、新学会とた。

なる日本蛋白質科学会への参加呼びかけがなされ(3) 日本蛋白質科学会の設立とその後た。
以上のような経緯で 2000 年に入ってからは、「蛋

2001 年 4 月 1 日に日本蛋白質科学会が設立され、白質科学関係の学会組織を検討する委員会」が「新2001 年 6 月 1 日–3 日、大阪大学にて、月原冨武教

学会準備委員会」に切り替わり、三浦先生が委員会

授（阪大・蛋白研）を年会会長として、第１回日本の世話人を務められた。2000 年 8 月 5 日より 9 日

蛋白質科学会年会が開催された。予定されていた、

ま で 、 米 国 San Diego で 14th Protein Society

Chris Dobson 教授（Protein Society 会長）の記念講

Symposium が開かれ、有坂さんと私がポスター発

演はご家族の急病のため中止となったが、代わり表する予定であった。そこで、三浦先生とご相談のに、副会長の Nick Pace 教授（Texas A&M Univ.）が上、新学会が出来たときに、Protein Society とスム

Protein Society を代表して来日し、蛋白質立体構造

ースな関係が結ばれることを目的として、この機の安定性に関する記念講演を行った。4 月の学会発会に、Protein Society 執行部メンバーと有坂、桑島足以来、新学会準備委員会委員が学会理事を務めが会談を持つこととなり、2000 年 8 月 8 日

る仮執行部体制であったが、2001 年 8 月に日本蛋

Symposium 会場で、Chris Dobson（Protein Society 会

白質科学会会員による役員選挙が行われ、当時、プ長）、Bill DeGrado（Protein Society 次期会長）、Robertロテイオス研究所の三浦謹一郎先生が初代学会長

Newburgh（Protein Society 専属事務局長）、有坂、桑に選ばれた。

島の 5 名が会談を行った。Protein Society の Dobson

2000 年 8 月の Dobson 氏らとの会談で提案され会長からは、以下の 4 つの提案があった。(1) Protein

た、Protein Society 執行部メンバーとしては、選挙

Society 執行部メンバー（Council member）候補者をによって、当時、生物分子工学研究所の森川耿右氏

2 名推薦して欲しい。選挙により、その中から 1 名が選ばれた。この執行部メンバーは、その後も、日を選ぶ。(2) Protein Science 誌に日本から上限 5 名と本から 1 名継続的に選出されており、
森川氏の後、

して Editorial Advisory Board のメンバーを出して欲

私、桑島が 2004 年から 2007 年まで務め、その後、しい。(3) 次年の 15th Protein Society Symposium

阪大・蛋白研の後藤祐児教授に、次いで、同じく阪（Philadelphia）の招待講演者として、日本から 2 名

大・蛋白研の中村春木教授に、そして、現在は、東のスピーカーを推薦した欲しい。(4) 日本、極東ア

大・工の野地博行教授に引き継がれている。東アジジアの研究者達と Protein Society との間の国際的なア地区の蛋白質科学の国際的なジョイント・ミー

ジョイント・ミーティングの開催を提案するが、そティングも提案されていたが、これは、2004 年にの際、どのような形のものにするかは日本側の主実現した。当時、東京薬科大学の大島泰郎先生を会

体的な判断に任せる。

議会長として、第 1 回環太平洋蛋白質科学国際会

103シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

議（The 1st Pacific-Rim International Conference on

平洋地区からの委員で構成され、会期中の委員会

Protein Science（PRICPS））が、2004 年 4 月 14 日–

で、今後 4 年おきに PRICPS の会議を開催するこ

18 日の 5 日間、横浜の「みなとみらい」にあるパと、第 2 回の会議は 2008 年にオーストラリアで、シフィコ横浜にて開催された。この会議は、日本学

第 3 回は中国で開催されることが決められた。

術会議と日本蛋白質科学会の共催として、また、

第 2 回の PRICPS の国際会議は、2008 年 6 月 22

Protein Society からサポートを受ける形で開催され、

日–28 日にオーストラリアのケアンズ（Cairns）で

第 4 回日本蛋白質科学会年会を兼ねていた。国内

4th Asian and Oceanian Human Proteome Organisation

から 731 名、国外から 178 名の参加があり、演題

Congress とのジョイントという形で開催された。
第数は、ポスター発表 471 題、口頭発表 118 件（プレ2 回 PRICPS の会議会期中の委員会で、PRICPS のナリー講演 3 件を含む）であった。会議の諮問委員

名称を Asia Pacific Protein Association（APPA）に変会は、日本のみならず、米国、カナダ、オーストラ

更することが決められ、国際会議の開催頻度も 4 年

リア、中国、インド、韓国、台湾などのアジア環太毎ではなく 3 年毎に短縮された。阪大・蛋白研の後

写真３ International Conference on Dynamics and Regulation of the Stress Response の集合写真。1998
年 3 月、京都。最前列の左から 5 人目が、由良隆先生、6 人目が、永田和宏教授。前より 2 列目左から 2 人目が、現、蛋白質科学会会長の遠藤斗志也教授（名大・理）。最後列左から 3 人目が、第 5 回日本蛋白質科学会年会会長の三原勝芳教授（九大・医）で、後ろから 2 列目の右端が、第 8 回年会年会長の田中啓二氏（東京都臨床医学研）、左から 4 人目が、筆者、桑島である。

104

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

藤祐児教授が中心となって APPA の組織の取り纏

設立に関係する部分を中心に書かせて頂いた。既めが行われて、現在、日本に加えて、オーストラリに予定の長さを大幅に超過しているので、これ以ア、中国、台湾、インド、インドネシア、韓国、マ

外の部分については、極簡潔に纏め、最後に、蛋白レーシア、ニュージランド、フィリピン、シンガポ

質科学会への期待と要望を述べて本稿を終えたい。

ール、タイ、ベトナムの計 13 カ国/地域の組織がストレス蛋白質や分子シャペロンの構造と機能

APPA に参加している。第 3 回 APPA 国際会議はに関する研究は、蛋白質のフォールディング問題

2011 年 5 月 6 日–9 日に中国の上海で開催され、第を細胞レベル以上の生命現象と結びつける重要な

4 回 APPA 国際会議は 2014 年 5 月 17 日–20 日に韓研究分野を構成している。私は、大腸菌のシャペロ

国の済州で開催された。第 5 回の会議は 2017 年にニンを対象として、分子シャペロンの作用機構に

再び中国で開催される予定である。このように、関する研究も行ってきたが、東大・理に移った 1992

APPA は日本蛋白質科学会と密接な関係にあるた年以降は、研究全体の半分位を占めるようになり、め、APPA のオフィスは日本蛋白質科学会の下に置

この研究分野の幾つかの重点領域研究/特定領域研

かれることになっている。

究などにも加えて頂き、いろいろな方々から学ぶことが出来た。この分野は、日本でも大変活発な研究分野であり、研究者の多くが日本蛋白質科学会会員である。写真３は、1998 年に、当時、HSP 研

４．おわりに究所所長をされていた由良隆先生と京大・再生医

以上、私の蛋白質研究について、蛋白質科学会の写真 4 特定領域研究「水と生体分子」と特定領域研究「タンパク質の一生」の共同主催公開シンポジウムの一コマ。
2004 年 9 月、日本科学未来館。写真中の講演者は、水口峰之氏（富山医科薬科大）。

105

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

研の永田和宏教授がオーガナイズされた、2010 年春から 12 年春まで二年間、蛋白質科学会会

International Conference on Dynamics and Regulation of

長を務めさせて頂いたが、一つやり残したことは、

the Stress Response の集合写真である。その当時の学会年会発表の英文化である。現在、日本の大きなストレス蛋白質/分子シャペロン研究の主要なメン大学はどこも、国際競争力の強化を目指して、大学バーが一堂に会した。

自身の国際化や海外の大学との連携を一層進めな

特定領域研究「水と生体分子が織り成す生命現

くてはならない状況におかれている。今後、日本の象の化学」が 2003 年度から 07 年度まで 5 年間実大学の研究室における留学生の数や外国人研究員施された。これは、阪大・蛋白研の後藤祐児教授、の数は、ますます、増えて行くのであり、これらの分子研の平田文男教授、奈良先端大の片岡幹雄教

留学生や外国人研究員に対しても学会は開かれて授、京大・理の寺嶋正秀教授等のご協力を得て、私いなくてはならない。学会年会発表の英文化につが領域代表を務めさせて頂いた。この特定領域研

いて、今一度、真面目な検討を始めて頂きたいと思究の目標は、蛋白質などの生体分子の生物物理学

う次第である。

分野と水・水溶液の物理化学分野の研究の融合によって、新しい研究領域を作り上げることであった。この研究領域には、研究代表者、研究分担者、班友を含む全体を通して、約 180 名の研究者が参加し、その多くが蛋白質科学会の会員である。研究文 献

成 果 の 一 部 が "Water and Biomolecules—Physical1.

Tanford, C. (1968) Adv. Protein Chem. 23, 121-282.（レビュー）Chemistry of Life Phenomena" と 題す る本と して2.

Springer 社から出版されている [42]。この特定領域

Anson, M.L. (1945) Adv. Protein Chem. 2, 361-386.（レビュー）

研究の二年目、2004 年 9 月に、吉田賢右教授（東3.

工大・資源研）が領域代表の特定領域研究「タンパKauzmann, W. (1959) Adv. Protein Chem. 14, 1-63.（レビュー）

ク質の一生」との共同主催公開シンポジウムを日4.

本科学未来館で開催した。参加者数は 177 名であTanford, C. (1970) Adv. Protein Chem. 24, 1-95.（レビュー）った。写真４はその時のスナップ写真である。

5.

私は、2007 年 1 月に岡崎統合バイオサイエンス

浜口浩三 (1976) 蛋白質機能の分子論 東京大学出版
会 東京（改訂版が 1990 年に学会事務センターよりセンター/分子科学研究所に異動となった。分子研も、現在では、35 位ある研究グループの内 3 割近出版されている）.（書籍）
6.

Blake, C.C., Koenig, D.F., Mair, G.A., North, A.C., Phillips,

くが、何らかの形で、蛋白質などの生体分子に関わD.C. and Sarma, V.R. (1965) Nature 206, 757-761.（オリる研究を行っている。分子研では、920 MHz の超高ジナル論文）

磁場 NMR 装置や超高感度熱分析装置などを用い7.

た新しい研究を幾つか実施することが出来た [43-Brew, K., Castellino, F.J., Vanaman, T.C. and Hill, R.L.
(1970) J. Biol. Chem. 245, 4570-4582.（オリジナル論文）

8.

45]。

(1976) J. Mol. Biol. 106, 359-373.（オリジナル論文）

蛋白質科学会は、蛋白質というモノを軸として、
9.

物理、化学から、分子生物学、生物工学、農学、薬Kuwajima, K., Nitta, K., Yoneyama, M. and Sugai, S.
Kendrew, J.C., Bodo, G., Dintzis, H.M., Parrish, R.G.,

学、医学に至るまでの幅広い分野の研究者が集まWyckoff, H. and Phillips, D.C. (1958) Nature 181, 662-666.

ることの出来る、非常なヘテロな研究者集団であ（オリジナル論文）
10. Crick, F.H.C. (1958) Symp. Soc. Exp. Biol. 12, 138-163.

ることが大きな特徴である。このような研究者集（レビュー）

団のヘテロさを維持し、異分野の研究者との間の

11. Epstain, C.J., Goldberger, R.F. and Anfinsen, C.B. (1963)

研究交流を進められることが、今後とも蛋白質科

Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 28, 439-449.（オリ学会の発展にとって重要であると考える。私は、

106

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

Y. and Kuwajima, K. (1998) J. Mol. Biol. 275, 149-162.（オジナル論文）
12. Anfinsen, C.B. and Scheraga, H.A. (1975) Adv. Protein

リジナル論文）Chem. 29, 205-300.（レビュー）

32. Arai, M., Ito, K., Inobe, T., Nakao, M., Maki, K., Kamagata,

13. Levinthal, C. (1968) J. Chimie Physique 65, 44-45.（オリK., Kihara, H., Amemiya, Y. and Kuwajima, K. (2002) J.
Mol. Biol. 321, 121-132.（オリジナル論文）

ジナル論文）
14. Kuwajima, K. (1977) J. Mol. Biol. 114, 241-258.（オリジ33. Shortle, D. (1983) Gene 22, 181-189.（オリジナル論文）
34. Kuwajima, K., Okayama, N., Yamamoto, K., Ishihara, T.

ナル論文）
15. Creighton, T.E. (1979) J. Mol. Biol. 129, 235-264.（オリジand Sugai, S. (1991) FEBS Lett. 290, 135-138.（オリジナ

ナル論文）

ル論文）

16. Ohgushi, M. and Wada, A. (1983) FEBS Lett. 164, 21-24.

35. Shortle, D. (2002) Adv. Protein Chem. 62, 1-23.（レビュ（オリジナル論文）

ー）

17. Hiraoka, Y., Segawa, T., Kuwajima, K., Sugai, S. and

36. Chothia, C. (1992) Nature 357, 543-544.（オリジナル論

Murai, N. (1980) Biochem. Biophys. Res. Commun. 95,

文）

1098-1104.（オリジナル論文）

37. Studier, F.W., Rosenberg, A.H., Dunn, J.J. and Dubendorff,

18. Kuwajima, K., Hiraoka, Y., Ikeguchi, M. and Sugai, S.

J.W. (1990) Methods Enzymol. 185, 60-89.（レビュー）(1985) Biochemistry 24, 874-881.（オリジナル論文）

38. Ikura, T., Tsurupa, G.P. and Kuwajima, K. (1997)

19. Ikeguchi, M., Kuwajima, K., Mitani, M. and Sugai, S.

Biochemistry 36, 6529-6538.（オリジナル論文）(1986) Biochemistry 25, 6965-6972.（オリジナル論文）
20. Arai, M. and Kuwajima, K. (2000) Adv. Protein Chem. 53,

39. Matouschek, A., Kellis, J.T., Serrano, L. and Fersht, A.R.
(1989) Nature 340, 122-126.（オリジナル論文）

209-282.（レビュー）

40. Oroguchi, T., Ikeguchi, M., Ota, M., Kuwajima, K. and

21. Kim, P.S. and Baldwin, R.L. (1982) Annu. Rev. Biochem.

Kidera, A. (2007) J. Mol. Biol. 371, 1354-1364.（オリジナ

51, 459-489.（レビュー）

ル論文）

22. Kuwajima, K. and Baldwin, R.L. (1983) J. Mol. Biol. 169,

41. Kuwajima, K. and Arai, M. eds. (1999) Old and New Views

299-323.（オリジナル論文）

of Protein Folding, 318 pages, Elsevier, Amsterdam.（書籍）

23. Udgaonkar, J.B. and Baldwin, R.L. (1988) Nature 335, 694-

42. Kuwajima, K., Goto, Y., Hirata, F., Kataoka, M. and699.（オリジナル論文）

Terazima, M., eds. (2009) Water and Biomolecules—

24. Roder, H., Elove, G.A. and Englander, S.W. (1988) Nature

Physical Chemistry of Life Phenomena, 307 pages,

335, 700-704.（オリジナル論文）

Springer-Verlag, Berlin Heiderberg.（書籍）

25. Bryngelson, J.D., Onuchic, J.N., Socci, N.D. and Wolynes,

43. Chandak, M.S., Nakamura, T., Makabe, K., Takenaka, T.,

P.G. (1995) Proteins 21, 167-195.（レビュー）

Mukaiyama, A., Chaudhuri, T.K., Kato, K. and Kuwajima,

26. Jackson, S.E. (1998) Fold. Des. 3, R81-R91.（レビュー）

K. (2013) J. Mol. Biol. 425, 2541-2560.（オリジナル論文）

27. Kamagata, K., Arai, M. and Kuwajima, K. (2004) J. Mol.

44. Nakamura, T., Aizawa, T., Kariya, R., Okada, S., Demura,

Biol. 339, 951-965.（オリジナル論文）

M., Kawano, K., Makabe, K. and Kuwajima, K. (2013) J.

28. Okabe, T., Tsukamoto, S., Fujiwara, K., Shibayama, N. andBiol. Chem. 288, 14408-14416.（オリジナル論文）

Ikeguchi, M. (2014) Biochemistry 53, 3858-3866.（オリジ

45. Goyal, M., Chaudhuri, T.K. and Kuwajima, K. (2014) PLoS
One 9, e115877.（オリジナル論文）

ナル論文）
29. Englander, S.W. and Mayne, L. (2014) Proc. Natl. Acad.
Sci. U. S. A. 111, 15873-15880.（レビュー）
30. Semisotnov, G.V., Kihara, H., Kotova, N.V., Kimura, K.,
Amemiya, Y., Wakabayashi, K., Serdyuk, I.N., Timchenko,
A.A., Chiba, K., Nikaido, K., Ikura, T. and Kuwajima, K.
(1996) J. Mol. Biol. 262, 559-574.（オリジナル論文）
31. Arai, M., Ikura, T., Semisotnov, G.V., Kihara, H., Amemiya,107

シリーズ「わが国の蛋白質科学研究発展の歴史」第15回

桑島邦博先生ご略歴
1948 年 北海道に生まれる。
1971 年 北海道大学理学部高分子学科卒業
1973 年 北海道大学大学院理学研究科高分子学専攻修士課程修了
1974 年 同博士課程進学
1975 年 同博士課程退学
1975 年 北海道大学理学部高分子学科・教務職員
1979 年 理学博士（北海道大学・論文博士）
この間、1980 年 8 月～1982 年 8 月 米国 NIH 奨励研
究員として、スタンフォード大学生化学科（Robert
L. Baldwin 教授）にて研究に従事。
1983 年 北海道大学理学部高分子学科・助手
1992 年 東京大学理学部物理学科（1993 年 4 月より、
東京大学大学院理学系研究科物理学専攻）・助教授
1999 年 東京大学大学院理学系研究科物理学専攻・教授
2007 年 自然科学研究機構岡崎統合バイオサイエンスセンター（分子科学研究所兼務）・教授
2013 年 自然科学研究機構岡崎統合バイオサイエンスセンター/分子科学研究所 定年退職
2013 年 4 月～2015 年 3 月 総合研究大学院大学学融合推進センター・特任教授
2013 年 4 月～現在 韓国高等研究院（Korea Institutefor Advanced Study）
・KIAS スカラー
2013 年 4 月～現在 東京理科大学基礎工学部生物工学科・非常勤講師
2013 年 東京大学名誉教授
2013 年 分子科学研究所名誉教授
2013 年 総合研究大学院大学名誉教授
この間、2007 年 4 月～2013 年 3 月 総合研究大学院大学物理科学研究科機能分子科学専攻・教授。
2008 年 4 月～2010 年 3 月 総合研究大学院大学物理科学研究科長
2010 年 4 月～2012 年 3 月 日本蛋白質科学会会長

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