経営力向上計画に基づく中小企業事業再編投資損失準備金
概要・手引き
令和６年９月

中小企業庁 財務課

中小企業事業再編投資損失準備金 【制度の概要】⚫ 中小企業者のうち、令和９年３月31 日までに事業承継等事前調査（実施する予定のDD※の内容）に関する事項が記載された経営力向上計画の認定を受けたものが、株式取得によってM&Aを実施する場合に（取得価額10億円以下に限る）株式等の取得価額として計上する金額（取得価額、手数料等）の一定割合の金額を準備金として積み立てた時は、その事業年度において損金算入できる制度です。
※DD（デュー・デリジェンス）：M&Aを実施するにあたって、買手企業が売手企業に対して、財務や法務の状況について詳細に調査すること。
： 買手企業は、株式等の取得対価の70％以下の金額を準備金として積み立て⇒ 積立額を損金算入◆取崩要件該当時： 減損や株式売却等を行った場合は、準備金を取り崩す⇒ 取崩額を益金算入◆５年経過後： 措置期間後の５年間にかけて均等額で準備金を取り崩す⇒ 取崩額を益金算入◆M&A実施時均等取崩 20×5年間【益金算入】【損金算入】 積
立
100

据置期間後に取り崩し据置期間※（５年間）※簿外債務が発覚した等により、減損処理を行った場合や、取得した株式を売却した場合等には、準備金を取り崩し。

※本税制において、一定の表明保証保険契約を締結している場合は、対象外です。
具体的には、株式等の売買契約における売主表明事項（売主から表明された当該売主又は当該株式等を発行した法人の法務に関する事項、財務に関する事項、税務に関する事項、労務に関する事項その他の事項をいう。）につき正確でない、又は真実でない事実があり、当該売主表明事項と異なる事実が生じたことによつてその取得をした法人に損害が生じた場合に保険金を支払う定めのある保険（当該損害により支払われることとされている保険金の限度額が５億円を超えるものに限る。）を指します。 1

本税制の対象となる中小企業⚫ 本税制の活用に際しては、中小企業等経営強化法に基づく「経営力向上計画」の認定が必要となっており、当該計画については、「①特定事業者等」に該当する事業者のみ提出が可能となります。

⚫ その上で、税制の適用を受けるためには、租税特別措置法上の「②中小企業者」に該当する必要があります。

①②両方の要件を満たす必要あり①「特定事業者等」（中小企業等経営強化法）
・常時使用する従業員数が2,000人以下の法人または個人・協同組合等※②「中小企業者」（租税特別措置法）
・資本金の額又は出資金の額が１億円以下の法人・資本又は出資を有しない法人のうち常時使用する従業員数が1,000人以下の法人
ただし、大企業の子会社等に該当する場合は対象外となる等の要件がございます。詳しくは、「中小企業税制〈令和５年度版〉」の中小企業事業再編投資損失準備金のページをご確認ください。

※協同組合等に含まれる組合について、詳しくは、「経営力向上計画策定の手引き」の3ページをご参照ください。

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準備金の積立（中小企業事業再編投資損失準備金） 【要件等】
事業承継等事前調査とは• M&Aによる買手側が売手側に対して行う調査で、 法務、財務、税務等の観点から、引き継ぐ経営資源について損害が生ずるおそれがないか調査を行うもので、一般的にデュー・デリジェンス（DD）と呼ばれています。
• 認定にあたっては、十分な事前調査を実施する予定かどうか、「事業承継等事前調査チェックシート」を元に確認を行いますので、計画申請時にチェックシートについても提出ください。
行為類型
他の特定事業者等※１の株式等を取得するもの※2であって、事業の承継を伴う※3もの計画申請時にチェックシート（イメージ）

取崩要件

・経営力向上計画の認定を取り消された場合（全額）・取得した株式を売却等を行うことで所有しなくなった場合（全額または相当分）※１ 特定事業者等とは経営強化法上の特定事業者等
・株式を取得した法人が合併により合併法人に当該株式を移転（P２左図）を指します。
した場合（全額）※２ 事業譲渡や合併などは、準備金の積立については対象外です。 ・取得した株式を発行する法人が解散した場合（全額）※３ 「事業の承継を伴う」取組みであることが必要であり、実質的・取得した株式の帳簿価額を減額した場合（相当分）
事業の承継といえないものは除かれます。
・株式を取得した法人が解散した場合（全額）・株式を取得した法人が青色申告書の提出の承認を取り消され、＜対象外となるケースの具体例＞
又は取り止めた場合（全額）・同一の者に支配された法人間（グループ間）での事業の移転・支払限度額が5億円超の表明保証保険契約（※）を締結し・親族内での株式移転た場合（全額）※グループ内、親族内の考え方については、※表明保証保険契約の定義はP6を参照「中小企業事業再編投資損失準備金 Q&A」を参照。
・それ以外の場合において準備金を取り崩した場合（相当分）3•

準備金の積立（中小企業事業再編投資損失準備金） 【申請の流れ】① M&Aの相手方が決まったタイミング（基本合意後等）で、経営力向上の内容に株式取得を含み、かつ事業承継等事前調査の内容を記載した経営力向上計画を策定し、主務大臣の認定を受けてください。申請時に、併せて「事業承継等事前調査チェックシート」を作成し、添付してください。
② 認定計画の内容に従って株式取得を実行した後、主務大臣に対して事業承継等を実施したこと及び事業承継等事前調査の内容について報告し、確認書の交付を受けてください。
③ 税法上の要件を満たす場合には、税務申告において準備金積立額について損金算入ができます。税務申告に際しては、①の申請書、①の認定書、②の確認書（いずれも写し）を添付してください。

フロー図

中小企業者

Ｍ＆Ａの基本合意後、最終合意前①経営力向上計画の申請・認定

主務大臣②M&Aの報告確認書の発行③税務申告

所轄の税務署

Ｍ＆Ａの最終合意後※既に株式譲渡を行っているM&Aについては、計画の申請はできません。
（本制度の対象となりません。）※事業承継等事前調査の実施は、計画の認定前後を問いません。ただし、最終合意前に事業承継等事前調査を終了する必要があります。（次ページ参照）

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中小企業事業再編投資損失準備金における計画認定に係る運用改善⚫ 中小企業のM＆Aの現場では、基本合意から最終合意までの期間をできる限り短くすることが求められます。
⚫ 実態を踏まえて、令和6年度税制改正において、経営力向上計画の認定手続における運用が改善されることとなりました。具体的には、経営力向上計画の認定前に事業承継等事前調査（デューデリジェンス（DD））を実施することが可能となりました。
運用改善前プロセス※１

運用改善後プロセス※１、２50日程度

約２ヶ月（70日程度）

7日程度 標準処理期間30日

終了

予定
策定

申請

DD

開始

基
本合意

20日程度

DDDD

申請

認定

DD予定
策定

（株最式終取合得意）

14日程度

標準処理期間30日

DD20日程度

DD

基
本合意

7日程度

平均34日

開始

終了

認定

（株最式終取合得意）

令和６年度税制改正の大綱（令和5年12月22日閣議決定）51頁抜粋
中小企業等経営強化法の経営力向上計画（事業承継等事前調査に関する事項の記載があるものに限る。）の認定手続について、その事業承継等に係る事業承継等事前調査が終了した後（最終合意前に限る。）においてもその経営力向上計画の認定ができることとする運用の改善を行う。
※１ 実際のプロセスの期間は個別の事案による。
※２ 認定後にDD終了、もしくは、認定後にDD開始でもかまわない。

5【参考】 中小企業事業再編投資損失準備金を活用する場合の申請一覧
標準処理期間30日

Ｍ＆Ａ
基本合
意

経認営定
力向
上計画

経申
営請
力向（上受計理画）

共通

準備金

Ｍ＆
Ａ
最終合
意

Ｍ＆Ａの報
告確発
認行書

事
業
年度
末税
務申
告準備金

・経営力向上計画の「6.経営力向上の内容」に、 ・M&Aの実施後速やかに、様式４を用いて、事業承継M&Aによりどのように経営力を高めるか記載する
等・事業承継等事前調査の・経営力向上計画の「10.事業承継等事前調査内容について報告。
に関する事項」に実施するDDの内容を記載し、・税務申告までに、主務大臣「事業承継等事前調査チェックシート」を添付から確認書を受領・税務申告時には、経営力向上計画の申請書の写し、認定書の写し及び確認書の写しを添付※必ずしも事業年度内である必要はない

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【参考】 不動産取得税の特例⚫ 経営力向上計画に基づき事業譲渡を実施する場合、土地・建物に係る不動産取得税の軽減措置を活用できます。
【適用期限：令和７年度末まで】

主務大臣＜不動産取得税の税率＞
通常税率

計画認定時の税率（事業譲渡の場合※2）

土地住宅

3.0％※12.5％(1/6減額相当)

住宅以外の家屋4.0%

3.3%(1/6減額相当)

認定
経営力向上計画

申請

A社

B社

X事業
土地建物

機械ほか

事業譲渡

X事業
土地建物

Y事業

機械ほか

※１令和9年3月31日まで、土地や住宅を取得した場合には3.0%に軽減されている。（住宅以外の建物を取得した場合は4.0%）※２ 合併・一定の会社分割の場合は非課税

土地・建物○不動産取得税 を軽減

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【参考】 不動産取得税の特例（申請の流れ）① M&Aの相手方が決まったタイミング（基本合意後等）で、経営力向上の内容に事業譲渡を含み、かつ後継者不在により事業継続が困難な中小企業からの事業承継等を含む経営力向上計画を策定し、主務大臣の認定を受ける。
→対象となる不動産が所在する都道府県を経由して主務大臣に提出する。

② 認定計画の内容に従って事業譲渡を実行した後不動産の取得に係る申告の際に、認定書の写しを添付。これにより、不動産取得税の軽減が適用される。

フロー図

中小企業

②M&Aの報告

主務大臣①経営力向上計画の認定④不動産取得申告①経営力向上計画の申請

都道府県8