肉用牛売却所得の課税の特例措置について
平成 23 年 12 月 27 日付け 23 生畜第 2123 号農林水産省生産局長通知
一部改正

平成 26 年６月 30 日付け 26 生畜第 431 号農林水産省生産局長通知

一部改正

平成 28 年４月１日付け 27 生畜第 1907 号農林水産省生産局長通知

一部改正

平成 29 年 11 月６日付け 29 生畜第 753 号農林水産省生産局長通知

一部改正

平成 30 年４月２日付け 29 生畜第 1296 号農林水産省生産局長通知

一部改正

平成 30 年 12 月 25 日付け 30 生畜第 1212 号農林水産省生産局長通知

一部改正

令和元年９月 26 日付け元生畜第 790 号農林水産省生産局長通知

一部改正

令和２年４月１日付け元生畜第 2107 号農林水産省生産局長通知

一部改正

令和２年４月 28 日付け２生畜第 160 号農林水産省生産局長通知

一部改正

令和２年 12 月 25 日付け２生産第 1657 号農林水産省生産局長通知

一部改正

令和３年４月 14 日付け３生産第 124 号農林水産省生産局長通知

肉用牛売却所得の課税の特例措置（以下「本措置」という。）については、所得税法等の一部を改正する法律（令和２年法律第８号）及び地方税法等の一部を改正する法律（令和２年法律第５号）が令和２年４月１日から施行され、その適用期限を３年間延長することとされたところである。
また、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（令和２年政令第 121 号）が令和２年３月 31 日に公布され、新たに、令和２年６月 21 日以後に農林水産大臣の認定を受けた地方卸売市場において行う肉用牛の売却について、本措置を適用することとされたところである。
ついては、肉用牛売却所得に係る納税が適正に行われるよう、下記事項に御留意の上、関係団体等への周知及び指導をお願いする。

記
第１

本措置の適用が受けられる者
本措置の適用が受けられる者は、農業を営む個人及び農地所有適格法人とされている。前者における農業とは、所得税法（昭和 40 年法律第 33 号）第２条第１項第 35 号に規定している事業を指し、米、麦その他の穀物、野菜その他のほ場作物（飼料作物を含む。）、果樹等の栽培を行う事業又は養蚕に係る事業をいう。
また、後者の農地所有適格法人とは、農地法（昭和 27 年法律第 229 号）第２条第３項に規定する農地所有適格法人をいう。

第２

本措置の適用対象となる肉用牛の範囲等

１

本措置の適用対象となる肉用牛の範囲は、牛（種雄牛及び乳牛の雌のうち子牛の生産の用に供されたものを除く。）のうち、売却価額が 100 万円（牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法施行規則（平成 15 年農林水産省令第 72 号）第３条第２項第 11 号に掲げる交雑種に該当する場合には、80 万円。同項第８号から第 10 号までに掲げる種別に該当するホルスタイン種、ジャージー種又は乳用種の場合には、50 万円。以下「免税基準価額」という。）
未満で売却されたもの又は次に該当するもの（以下「登録牛」という。）とされている。
（１）（公社）全国和牛登録協会の登録規程に基づく高等登録牛（２）（一社）日本あか牛登録協会の登録規程に基づく高等登録牛（３）（一社）日本短角種登録協会の登録規程に基づく高等登録牛（４）（一社）北海道酪農畜産協会のアンガス・ヘレフォード種登録規程に基づく高等登録牛２

肉用牛の飼育期間が極端に短く、単なる肉用牛の移動を主体とした売却により生じた所得は、本措置の適用対象とならず、２カ月以上飼育した場合に本措置の適用対象となる。

３

肉用牛であっても、子取り用雌牛で繁殖用に供されていること等のため固定資産に該当するものは、減価償却資産となり、その売却代金は譲渡所得の扱いとなるため、本措置は適用されない。子牛の生産の用に供されたことの有無については、体型（盲乳の措置の有無等）又は家畜市場における上場区分等により確認を行うこととなる。

第３

売却の方法
本措置が適用されるのは、次の方法により売却した場合とされている。

（１）次の市場において売却した場合
ア

家畜取引法（昭和 31 年法律第 123 号）第２条第３項に規定する家畜市場
及び同法第 27 条に規定する臨時市場

イ

中央卸売市場ウ

租税特別措置法施行令（昭和 32 年政令第 43 号）第 17 条第２項第２号
及び第 39 条の 26 第２項第２号による、地方卸売市場のうち、農林水産大臣の認定を受けた認定市場

エ

租税特別措置法施行令（昭和 32 年政令第 43 号）第 17 条第２項第３号及び第 39 条の 26 第２項第３号による、条例に基づき食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設される市場のうち、農林水産大臣の認定を受けた認定市場

オ

租税特別措置法施行令第 17 条第２項第４号及び第 39 条の 26 第２項第４号による、農業協同組合、農業協同組合連合会又は地方公共団体等により

食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設される市場のうち、農林水産大臣の認定を受けた認定市場（２）租税特別措置法施行令第 17 条第３項及び第 39 条の 26 第３項による、生産後１年未満のものを、肉用子牛生産安定等特別措置法（昭和 63 年法律第 98号）第６条第２項に規定する指定協会から同法第７条第２項に規定する生産者補給金交付業務に関する事務の委託を受けている農業協同組合又は農業協同組合連合会であって農林水産大臣が指定したものに委託して売却した場合。この場合の農林水産大臣の指定を受けた農業協同組合連合会については、その会員たる農業協同組合が個人又は農地所有適格法人を代理して当該農業協同組合連合会に委託した場合も本措置の対象となる。
第４１

課税の方法
個人の場合（所得税等）
確定申告において所定の手続を執ることにより、次の方法による課税を選択できる。ただし、本措置の課税の方法ではなく、通常の総合課税の適用を受けることも選択できるが、この場合、本措置の適用対象となる肉用牛に係る売却所得は免税とはならない。

（１）第３の方法により売却した肉用牛が全て免税対象飼育牛（登録牛又は免税基準価額未満で売却された肉用牛をいう。以下同じ。）であって、その売却した肉用牛の頭数の合計が 1,500 頭以内であるとき、その売却所得に対する所得税、道府県民税及び市町村民税（以下「所得税等」という。）は免税される。
（２）第３の方法により売却した肉用牛のうちに免税対象飼育牛に該当しないものが含まれているとき又は免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計が1,500 頭を超えるときは、次の額の合計額が所得税等の額になる。
ア

免税対象飼育牛に該当しない肉用牛の売却価額及び 1,500 頭を超える部分の免税対象飼育牛の売却価額の合計額に 6.5 パーセント（所得税５パーセント、道府県民税 0.6 パーセント、市町村民税 0.9 パーセント（ただし、平成 30 年度以後の年度分の道府県民税及び市町村民税については、当該納税義務者が地方自治法（昭和 22 年法律第 67 号）第 252 条の 19 第１項に規定する指定都市の区域内に住所を有する場合には、道府県民税 0.3 パーセント、市町村民税 1.2 パーセント））を乗じて得た額イ

第３の方法により売却した肉用牛に係る売却所得がないものとみなして計算した所得税等の額

２

農地所有適格法人の場合（法人税）（１）免税対象飼育牛の売却による利益の額（免税対象飼育牛の売却した日を含む事業年度において免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計が 1,500頭を超える場合には、1,500 頭を超える部分の売却による利益の額を除く。）

に相当する金額は、確定申告において所定の手続を執ることにより、その事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入される。
なお、免税対象飼育牛の売却による利益の額は、一頭ごとに計算するのではなく、売却した免税対象飼育牛全て（免税対象飼育牛の売却した日を含む事業年度において免税対象飼育牛に該当する肉用牛の頭数の合計が 1,500 頭を超える場合には選択した 1,500 頭全て。以下同じ。）に係る収益の額からその収益に係る原価の額とその売却に係る経費の額との合計額を控除した金額とされている。したがって、免税対象飼育牛全てのうちに、一頭ごとに計算すると損失が生じる免税対象飼育牛があったとしても、これを除外して免税対象飼育牛の売却による利益の額を計算することはできないことに留意する。
（２）事業年度が１年に満たない農地所有適格法人については、免税対象飼育牛の売却頭数要件については、（１）の 1,500 頭に当該事業年度の月数を乗じてこれを 12 で除して計算した頭数が適用される。
第５

本措置の適用期間等
今回の法改正で、所得税については令和５年分まで、法人税については令和６年３月 31 日までの期間内の日を含む事業年度まで、道府県民税及び市町村民税については令和６年度分まで適用期間が延長された。
第６１

売却証明書の様式等
第３の（１）の方法で売却した場合の売却証明書の様式は、別紙様式１による。

２

第３の（２）の方法で売却した場合の売却証明書の様式は、別紙様式２による。

３

食肉市場における肉用牛の売却は、枝肉の売却価額と当該肉用牛の原皮、内臓等のそれぞれの価額を合算して売却する場合と、枝肉価額には原皮、内臓等の価額が含まれたものとして枝肉を売却する場合との両者があるが、売却証明書の売却価額欄には、前者の場合は合算価額を記入することとする。

４

農林水産大臣の指定を受けた農業協同組合連合会に委託して生産後１年未満の肉用牛を売却する場合であって、その会員たる農林水産大臣の指定を受けていない農業協同組合が個人又は農地所有適格法人を代理して当該農業協同組合連合会に委託したときは、売却証明書の証明は当該農業協同組合連合会が行うこととなる。この場合にあっては、個人又は農地所有適格法人を代理した農業協同組合を明らかにすることが必要である。

第７１

消費税及び地方消費税の取扱い
肉用牛の家畜市場及び卸売市場等におけるせり売り、入札又は相対取引については、買受人に対してそのせり売り、入札又は相対取引に係る価格を提示させ、その価格決定後に、これにその 10 パーセント（消費税の軽減税率の対象となる枝肉その他食用に供されるものにあっては、８パーセント。以下第８において同じ。）に相当する金額を上乗せしたものを取引が成立した価格とするよう指導しているので、本免税措置の適用対象肉用牛に該当するかどうかは、10パーセントに相当する金額を上乗せする前の売却価額（肉用牛の取引価格が一定の価格を下回る場合に交付される生産者補給金等の交付を受けているときは、当該補給金等の額を加算した後の金額。以下２において同じ。）が免税基準価額未満かどうかにより判定することとする。
２

租税特別措置法（昭和 32 年法律第 26 号）第 25 条第２項の規定による所得税の金額の計算に当たっては、10 パーセントに相当する金額を含む売却価額の合計額に 100 分の５を乗じて計算することとする。
ただし、消費税の課税事業者で税抜経理方式を選択しているものにあっては、10 パーセントに相当する金額を上乗せする前の売却価額の合計額に 100 分の５を乗じて計算することとする。この場合、消費税について簡易課税制度の適用を受けたこと等により、肉用牛を売却した日の属する消費税の課税期間の終了の時における仮受消費税等の金額から仮払消費税等の金額（控除対象外消費税等に相当する金額を除く。）を控除した金額が実際に納付すべき消費税等の額を上回るときは、その上回る部分の金額については、当該課税期間を含む年分の租税特別措置法第 25 条第２項第２号に定める総所得金額に含めることになる。

３

上記１及び２の取扱いに伴い、肉用牛に係る売却証明書の「売却価額」欄の記載に当たっては、10 パーセントに相当する金額を上乗せする前の売却価額を本書きするとともに、10 パーセントに相当する金額を外書きすることとする。

第８

適正な税務申告の確保
本措置については、肉用牛の売却価額及び売却頭数によって課税の方法が異なることから、適正に発行された売却証明書に基づき適正な税務申告を行うことが必要である。
このため、第３の売却の方法に規定する市場及び農業協同組合等の売却証明書の発行機関にあっては、牛トレーサビリティ制度に基づく牛個体識別台帳の活用等により、当該肉用牛の種別、生年月日等売却証明書記載事項に誤りがないよう留意するものとする。
また、個人及び農地所有適格法人にあっては、本措置の適用を受ける全ての肉用牛に係る売却証明書を確定申告書等に添付する必要があることから、売却証明書等の整理・保管を行い、税務申告に際して当該売却証明書の添付漏れがないよう留意するものとする。

附 則（令和３年４月 14 日付け３生産第１２４号）
１ この通知は、令和３年４月 14 日から施行します。
２ この通知による改正前の本通知に基づく運用については、なお従前の例によるものとします。
３ この通知の施行の際現にあるこの通知による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この通知による改正後の様式によるものとみなします。
４ この通知の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができます。

別紙様式１

売却証明書番号

肉用牛

売

売却者の氏名法人にあっては、名称、代表者氏名

却住証

明書

所
外売 却 年 月 日

年月日円円

売却価額※（注１）

市場の名称
市場の所在地売 却 し た 市 場

市場の種類
※（注２）

家畜市場、中央卸売市場、臨時市場、認定市場（免税の対象市場に該当することとなった年月日

年月日

黒毛和種、褐毛和種、日本短角種、無角和種
黒毛和種×褐毛和種、和牛間交雑種、肉専用種、交雑種

種
別※
（注２）

雌
雄別

ホルスタイン種、ジャージー種、乳用種（）

雄の別

売 却 し た 肉 用 牛
年月

雄、去勢、雌の雌

生 年 月 日）雄、去勢、雌子牛の生産の用に供されたことの有無※（注３）

日

個体識別番号
家畜改良増殖法に規定する登録※（注４）（登録証明書は別添）

登録の名称（番号）

（第号）

ＪＩＳ

Ｂ６

登録機関の名称
登録機関の所在地

上記のとおり売却されたことを証明します。
年

月日
市場の所在地
市場名代表者氏名
中央卸売市場、地方卸売市場にあっては、卸売人の氏名
用紙

（裏面）
この証明書は、租税特別措置法第２５条第１項第１号及び第６７条の３第１項第１号に規定する肉用牛の売却に係る場合のみ発行する。
（注１）「売却価額」欄には、せり売り、入札又は相対取引に係る価格のうち、消費税の軽減税率の対象となる枝肉その他食用に供されるもの（以下「枝肉等」という。）にあっては８パーセント、それ以外のものにあっては 10 パーセントに相当する金額を上乗せする前の金額の合計額を本書きし、当該８パーセント又は 10 パーセントに相当する金額の合計額を外書きする。
（注２）該当部分を○でかこむ。その他の場合は（）内に記入する。
（注３）ホルスタイン種、ジャージー種又は乳用種の雌の場合は、子牛の生産の用に供されたことの有無を確認し、該当部分を○でかこむ。
（注４）租税特別措置法施行令第１７条第１項及び第３９条の２６第１項の規定に基づき農林水産大臣が指定した登録に該当する肉用牛であって、売却価額（枝肉等にあっては８パーセント、それ以外のものにあっては 10 パーセントに相当する金額を上乗せする前の金額の合計額）が１００万円以上の場合にのみ記入する。
なお、その場合は、当該登録機関が発行する登録証明書の写しを添付のこと。

上記（注２）及び（注３）において、該当部分を○でかこむこととなっている欄について、該当するものを記入することにより発行する場合は、（注２）及び（注３）を以下のとおり書き換えること。
（注２）以下の欄については、該当するものいずれかをそれぞれの欄に記入する。その他の場合は（）内を記入の上、欄に記入する。
・「市場の種類」欄
家畜市場、中央卸売市場、臨時市場、認定市場、その他（）
・「種別」欄の上段
黒毛和種、褐毛和種、日本短角種、無角和種、黒毛和種×褐毛和種、和牛間交雑種、肉専用種、交雑種
・「種別」欄の下段
ホルスタイン種、ジャージー種、乳用種、その他（）
・「雌雄の別」欄
雄、去勢、雌（注３）ホルスタイン種、ジャージー種又は乳用種の雌の場合は、子牛の生産の用に供されたことの有無を確認し、「種別」欄の下段における「雌雄の別」欄に「子牛の生産の用に供されたこと有」又は「子牛の生産の用に供されたこと無」と記入する。

別紙様式２

売却証明書番号

肉用

子牛

売却者の氏名法人にあっては、名称、代表者氏名

売

却

住所

証

明書

外
売 却 年 月 日

年名委託をした農業協同組合又は農業協同組合連合会

所日円円

売却価額※（注１）

称
在地

指定年月日
※（注２）

年月日

黒毛和種、褐毛和種、日本短角種、無角和種
黒毛和種×褐毛和種、和牛間交雑種、肉専用種、交雑種

種
別

売却した肉用子牛

月

※
（注３）

雌
雄の別

雌
ホルスタイン種、ジャージー種、乳用種（）

雄の別

生 年 月 日年月雄、去勢、雌日

雄、去勢、雌子牛の生産の用に供されたことの有無※（注４）（売却時月齢月）

個体識別番号
名

代理した農業協同組合※（注５）

称所 在 地上記肉用子牛の売却につき委託を受け売却したことを証明します。
年月
受託者

日
農協（農協連）所在地
農協（農協連）名
代表者氏名

用紙

ＪＩＳ

Ｂ６

（裏面）
この証明書は、租税特別措置法第２５条第１項第２号及び第６７条の３第１項第２号に規定する肉用牛の売却に係る場合のみ発行する。
（注１）「売却価額」欄には、せり売り、入札又は相対取引に係る価格の 10 パーセントに相当する金額を上乗せする前の金額を本書きし、当該 10 パーセントに相当する金額を外書きする。
（注２）農林水産大臣が指定した年月日を記入する。
（注３）該当部分を○でかこむ。その他の場合は（）内に記入する。
（注４）ホルスタイン種、ジャージー種又は乳用種の雌の場合は、子牛の生産の用に供されたことの有無を確認し、該当部分を○でかこむ。
（注５）農業協同組合連合会が証明する場合で、その会員たる農業協同組合が、個人又は農地所有適格法人を代理した場合にのみ記入する。
上記（注３）及び（注４）において、該当部分を○でかこむこととなっている欄について、該当するものを記入することにより発行する場合は、（注３）及び（注４）を以下のとおり書き換えること。
（注３）以下の欄については、該当するものいずれかをそれぞれの欄に記入する。その他の場合は（）内を記入の上、欄に記入する。
・「種別」欄の上段
黒毛和種、褐毛和種、日本短角種、無角和種、黒毛和種×褐毛和種、和牛間交雑種、肉専用種、交雑種
・「種別」欄の下段
ホルスタイン種、ジャージー種、乳用種、その他（）
・「雌雄の別」欄
雄、去勢、雌（注４）ホルスタイン種、ジャージー種又は乳用種の雌の場合は、子牛の生産の用に供されたことの有無を確認し、「種別」欄の下段における「雌雄の別」欄に「子牛の生産の用に供されたこと有」又は「子牛の生産の用に供されたこと無」と記入する。