MIPHA クイックマニュアル

目次

操作方法（概要）・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

1

画像の取り込み・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

2

着色しエリアを分ける・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

5

2D 画像の数値化による解析・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

9

3D 画像の画像化（AVIZO へ取り込み）・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

10操作方法 (概要)
1、 MIPHA_VB フォルダを C:\MIPHA_VB に保存し、MIPHA.exe を右クリックしショートカットの作成を行いショートカットをデスクトップに移動させる。
次に必要なソフト FIJI（画像処理）をダウンロードする。下記のアドレスの Downloads を開き顕微鏡のアイコンをクリックし C:\MIPHA_VB に保存。 （ http://imagej.net/Tnainable_Waka_Segmentaion ）※FIJI はアップデートしないで下さい。
ドングルを USB 端子に挿した状態（鍵となる）でショートカットをダブルクリックして MIPHA を起動する。

2、下準備として元画像のフォルダに画像以外のファイルや不要なフォルダが入っていないことを確認します。
変換可能なファイルでない場合は、変換可能なファイル形式に変える（tif, bmp は確認済 jpeg は不可）
用意する画像の全てのフォルダとファイル名を半角英数字にして下さい。
変換できない例

連続画像でない(末尾に番号がない)フォルダが含まれている

画像以外のファイルが含まれている違う画像が含まれている

StackReg という機能が実行出来ないというエラーが出ることがあります。
以下の 2 つの.jar が存在することを確認してください。
fiji-win64\Fiji.app\plugins\StackReg_-2.0.0.jar
fiji-win64\Fiji.app\plugins\TurboReg_-2.0.0.jar
存在しない場合、以下のサイトからダウンロードが可能です。
TurboReg は http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/turboreg/
StackReg は http://bigwww.epfl.ch/thevenaz/stackreg/1

画像の取り込み
1、左から３番めの画像処理のタブをクリックする。
下図のように入力し処理実行する。①～⑤

初回のみマクロは別添
テキストファイルを読込むか貼り付ける

こちらの数字と同じにする

こちらのマクロの数値と同じにする① 新規作成ボタンをクリック試料名を入れて作成ボタンをクリック（初回はコピーせずに作成ボタン）② 入力画像フォルダから処理したい画像の入っているフォルダを指定。
③ ボクセルサイズを入力する。
④ マクロの数字を参考に前処理後の Width を入力。
⑤ 出力したいフォルダ先を指定し、処理実行ボタンをクリック（最新バージョンでは自動作成される）。
2 、 FIJI と い う ロ ゴ が 現 れ 、 画 像 の 前 処 理 が 行 わ れ る （ 位 置 合 わ せ ・ コ ン ト ラ ス ト 修 正 ・ リ サ イ ズ ）バックグラウンドが起動する

2

前処理した画像が現れた

3、次の TWS というタブに移り下図の様に実行する。①～③

ー・
このアイコンを押すと保存先を指定するダイアログが表示される

保存先が空欄の場合、変換時に保存先を指定するダイアログが出る

3

4、①TWS に切り替える。
②Trainable Waka Segmentation 起動をクリック。
7、FIJI というロゴが現れ（実際は ImagJ が起動している）この瞬間に画像の識別が行われている

バックグラウンドが起動する
FIJI のマークが現れる

5、このような画面になったら新しく開いた画面を見やすいように拡大して以下の作業をする。

拡大する

4

着色しエリアを分ける
1、この画像の場合は黒の部分と白の部分があるのでそれぞれ色分けして記憶させる。
ここではまずは黒い部分から色分けをする。 ①～②
2. 次に白い部分を色分けをする ③～④②class1 をクリック
リストに追加される①黄色の線で色分けしたい部分を描画する

2、次に白い部分の色分けをする。 ①～②
この作業を繰り返すことで人工知能が予想を働かせるので、より良い二値価の結果を得ることができる。
（コントラストや奥行きや陰影など覚えていく） class を追加したい場合は create new class で増やせる。

④class2 をクリック
リストに追加される③黄色の線で色分けしたい部分を描画する

5

右画面は Settings ボタンで表示されるウインドウです

二 値 化 を 行 う 際 に 、 よ り良 い 結 果 を 得 る た め
Settings ボタンを押下し TWS(Trainable wekaSegmentation)を学習させますが、その際、全ての項目フィルタにチェックが入っていると、学習が複雑になり失敗する場合があります。Settins ボタンを押下して、Training featuresのチェックをいくつかオフにして試してみてください。

3、Train ｃlassifier をクリックすると STOP に変わるのでしばらく待機すると色分け結果が表示される。

プログレスバーが走る（数分かかる）
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4、結果に満足できない場合は再度同じ方法で色分け作業をする。
満足できる結果になったら Ｓａｖｅ classifier をクリックし classifier.model に名前を付けて保存。
（保存先ディレクトリは MIPHA_VB\Classifier に自動的に入る）※create result で色分けされた２値化の状態が確認できる。

手動で必ずこのフォルダに保存する

名前.model と名前を付ける

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classifier に保存作業をする意味は、次回同じ色分け作業をするときに model ファイルを呼び出すことで同じ結果を再現するＡＩを働かせるため。
（下図で囲ったドロップダウンリストから呼び出し Classify 実行ボタンをクリックすると、保存した model が呼び出されて同じ結果が画面窓に表示される。）※2 度目以降は Trainable Waka Segmentation 起動ボタンはクリックしなくても良い。
Waka Segmentation 起動は初回のみクリック。

色分け結果は result フォルダ内の名前をつけたフォルダ内の Output フォルダ内に自動保存される。
※手動で結果を保存したい時は結果の保存は、ImageJ（画面の後に隠れている場合が多い）をクリックし File→Save をすれば、任意の場所に保存できる。

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2D 画像の数値化による解析

1、指定する①TWS 全層一括と指定②出力先を指定③解析実行をクリック（その際必要であれば設定ボタンでチェックを入れる）
このように解析結果が現れた（面積・楕円の縦横比率・真円率）
面積

楕円の縦横比率

9真円率

3D 画像の数値化による解析 ①～③

起動する AVIZO と保存先のフォルダ指定
AVIZO のバージョン 9.1の場合はチェック外す
今回は２色に分けたので２にする

1、指定する① AVIZO のバージョン 9.1 の場合はチェック外す②起動する AVIZO と保存先のフォルダ指定③今回は２色に分けたので２を選択このように AVIZO にインポートされて立体画像が表示された10