ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究開発実施報告書 様式

研 究 開 発 実 施 報 告□概要
研究開発課題名

蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化

開発対象データベー
スの名称（URL）

日本蛋白質構造データバンク（PDBj）(https://pdbj.org)

研究代表者氏名

栗栖 源嗣

所属・役職

大阪大学 蛋白質研究所 教授□目次§1. 研究実施体制 ............................................................. 2§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等 ........... 3（1）データベース一覧 ............................................... 3（2）ツール等一覧 ...................................................... 3§3. 実施内容 .................................................................... 4（1）本年度の研究開発計画と達成目標 ...................... 4（2）進捗状況 ............................................................. 5§4. 成果発表等 ................................................................. 9（1）原著論文発表 ...................................................... 9① 論文数概要....................................................... 9② 論文詳細情報 ................................................... 9（2） その他の著作物（総説、書籍など） ............. 10（3） 国際学会および国内学会発表 ........................ 10① 概要 ............................................................... 10② 招待講演 ........................................................ 10③ 口頭講演 ........................................................ 10④
ポスター発表............................................... 10（4）知的財産権の出願 ............................................. 11（5）受賞・報道等 .................................................... 11§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）....................................................................................... 11
1. 進捗ミーティング .................................................. 11
2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリー
チ活動等 ..................................................................... 12§1. 研究実施体制
グループ名

研究代表者または主たる共同研究者
氏名

所属機関・役職名

栗栖グループ

栗栖 源嗣

大阪大学・教授

藤グループ

藤 博幸

関西学院大学・教授

清水グループ(2017.10-18.3)

清水 浩

大阪大学・教授

研究題目

PDBおよびBMRBアーカイブの構築および高度化・統合化
ASHビューアの開発
代謝工学へのPDBの適用§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等（1）データベース一覧【主なデータベース】
No.

名称

URL

別称・略称

1

Protein Data BankPDB Archivehttps://pdbj.org

1

Biological Magnetic Resonance Data BankeF-site

BMRB

http://bmrbdep.pdbj.org

同左

https://pdbj.org/promode-elastic/【その他のデータベース】
No.

2
3
4

名称

ProMode elastic

Molecule of the Month

別称・略称

同左

MoM

URL

https://pdbj.org/eF-site/
https://pdbj.org/mom/（2）ツール等一覧
No.

名称

1

EM Navigator

2
3
4

ASH

MolMil

ASH viewer

URL

別称・略称

同左
同左
同左
同左

https://pdbj.org/emnavi/

https://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/ash_service/https://pdbj.org/help/molmil
開発中のため非公開§3. 実施内容（1）本年度の研究開発計画と達成目標
1）国際組織 wwPDB メンバーとしての蛋白質構造（PDB）アーカイブの構築・データ検証・公開

・本研究開発では，wwPDB の欧米のメンバーと協力し，PDBj（PDB Japan）および PDBj-BMRB が厳しい品質管理を行いつつ，増加する一方の立体構造情報と NMR 実験情報に対応する．具体的には，アノテータ−の数を増やすことなく，世界標準のデータベースとして継続的にデータ構築し公開する．特に，電子顕微鏡による構造解析例が急増しており，NMR による構造解析例を凌駕するに至った．第１年次には，EM お
よび NMR により解析された構造データの品質を検証する手法を wwPDB の欧米メンバーと協力して確立することに重点を置いて対応する．

・PDB 全データの品質管理のための検証レポートの拡充とセマンティック化を進める．特に，検証レポートの構築法がほぼ確立している X 線結晶構造解析のデータを先行して行う．

2) 他のデータベースとの統合化および高度化

2-1) PDB データを用いた 3D 構造同士の構造アラインメント・サービス（ASH: Alignment of Structural Homologs）の高度化

本年度は、開発のベースとなるビューアの骨格部分を Java で開発する．まず，ビューアを系統樹表示

パネル，アラインメント表示パネル，情報抽出パネルの３つのパネルから構成される形で設計する．次に，メニューバーにファイル選択機能を持たせ，アラインメントファイル(FASTA 形式)と系統樹ファイル(Newick 形式)を入力できるようにする．読み込まれた分子系統樹の構文解析を行い，各ノードに末端ノードからの平均距離を持たせ，それに基づいて 10 個程度のクラスタを自動同定できるようにする．得られたクラス

タ情報に基づき，粗視化された系統樹を系統樹表示パネルに，各クラスタに対応するアラインメントのコンセンサス配列を，アラインメント表示パネルに出力する．コンセンサス配列は，2019 年度導入予定の機能部位解析の手法の中の保存度の計算のいずれかをデフォルトとして，クラスタごとのサイトの保存度に基づく色分けの機能を持たせる．機能部位解析の導入は上記のように 2019 年度実施予定であるが，Kullback-Leibler 情報量や相対 von Neumann エントロピーを利用した手法の実装の検討は，本年度から実施する．また系統樹表示パネルに表示されている粗視化された系統樹の各ノードは，2018 年度開発のノードの圧縮・展開のために，マウスのクリックによるイベントを処理できるようにする．また，次年度実施予定の各クラスタに含まれるタンパク質の情報の要約のため，FASTA ファイルの注釈行の構文解析を行えるようにするが，それと並行して注釈行に頼らずに RDF 化されたデータベースから必要な情報を取得する方法(2020 年度実施予定)の検討も行う．

2-2) 各アミノ酸の蛋白質立体構造中における位置情報の自動アノテーションとその応用

蛋白質分子内コンタクトの情報をデータベース化し，既に運用されている PDBj Mine に統合・公開する計画で，続いて同様のことを分子間コンタクト（蛋白質間相互作用、蛋白質—リガンド間相互作用など）に対しても行う予定であった．しかし，開発担当者が本プロジェクト期間中に海外に異動することが決まり，蛋白質とリガンドに着目した統合化を選択して先に進める事とした。具体的には，（１）Chemical Compon
ent Dictionary (CC)、（２）Chemical Component Model (CC model)、（３）Biologically Interesting M
olecule Reference Dictionary (BIRD)との連携を図ることにした．

2-3) 統合化された NMR データベースおよび関連ツールの活用

NMR データベースの登録業務の自動化を図り，セキュリティおよびサーバ稼働状況の監視システムのプロトタイプを開発する．具体的には，現在，１件辺りの登録業務平均時間は 2〜3 時間であり，登録者との通信業務，更新作業はおおむね 2～3 時間を要している．これらを米国 BMRB（ウィスコンシン-マディソン大学）と協力して，作業時間として現在の〜75%になるよう簡略化・自動化する．

NMR 構造座標，実験データとの整合性に関する評価ツールを wwPDB との協力を通じて開発し，データの品質維持を客観評価可能な次世代技術について議論し，開発およびツールとしての公開を進める．

国内企業との連携により，BMRB データベースを活用した自動解析支援ツールの試用を行う．創薬研
究へ利用できるパイプラインの構築と実際に応用可能であることを示す．
3) データベースの利用促進・人材育成3-1) 利用者・研究者コミュニティとの連携および講習会等の開催

PDB の国内諮問委員会である大阪大学蛋白質研究所「蛋白質立体構造データベース専門部会」のメンバーに 2017 年度から企業研究者に入っていただき，企業からの要望等を集める．また wwPDB Foundation（米国内の NPO 法人）の枠組みによる企業と wwPDB との連携を継続する．学振１６９委員会に P

DBj を代表するメンバーとして加わり，企業ユーザの声を集める．

利用者・研究者向けのセミナーや講習会については，他のデータベースとも協力し，第１年次も All-in-one 講習会や学会年会中あるいは前後での利用講習会を実施する．

・これまでも参加してきたサイエンス・アゴラの活動等，一般社会人向けの生命科学におけるデータサイエンスの振興も積極的に実施する．
3-2) アノテータの育成・国際協力

新たなアノテータ候補を非常勤として雇用し育成を図る．アノテータの教育については，今後とも更新されていく OneDep 登録システムを活用した世界で同一の品質管理によるデータ登録を実施する必要があり，国際連携による教育を進める．具体的には，TV 会議による講習会と，米国 RCSB-PDB あるいは欧州
EBI-PDBe での合同講習会へ参加する．

（2）進捗状況
1）国際組織 wwPDB メンバーとしての蛋白質構造（PDB）アーカイブの構築・データ検証・公開
本研究課題の下で，PDBj および PDBj-BMRB が厳しい品質管理を行いつつ，wwPDB の欧米のメンバーと協力して，増加する一方の立体構造情報と NMR 実験情報に対応した．具体的には，平成 29 年度中に PDB データ 2976 件（内，X 線 2621 件，NMR117 件，電子顕微鏡 120 件 [参考：平成 28 年度は 3 手法合わせて 2387 件]），BMRB データ 107 件のデータセットを PDBjから新規公開した．wwPDB の欧米メンバーと協力して開発したデータ登録システム（OneDep システム）の高機

図１．2017 年 wwPDB 運営諮問会議

能化を進めた結果，約 25％増のデータ登録件数に対応して，アノテーターの数を増やすことなく世界標準のデータベースを構築し公開した 1)．平成 29 年度中に wwPDB 運営諮問会議を米国 Rutgers 大学
において開催し，引き続き OneDep システムの高度化を進め登録システムの更なる効率化を進めていくこととした（図１）．
ここ数年，電子顕微鏡による構造解析例が急増しており，NMR による構造解析例を凌駕するに至っている．本年度期間中に，電子顕微鏡マップのデータベースである EMDB との連携が議論され，平成 30 年度中に wwPDB のメンバーの一員に正式に招聘されることを決定した．これにより，wwPDB の枠組みの下で，電子顕微鏡構造についても検証レポートを実効的に作成できる体制が整ったと言える．また，合わせ図２．検証レポートの SPARQL 検索の例て wwPDB に新しいメンバーを加える際のルールを明文化し，運用を開始することとした．

PDB 全データの品質管理のための検証レポートの拡充とセマンティック化を進めた．新たなオントロジー(wwPDB/OWL)を加え，RDF 版 wwPDB Validation Report (wwPDB/RDF-validation)の作成のためのスタイルシートを作成した．特に，検証レポートの構築法がほぼ確立している X 線結晶構造解析のデータ４）を先行して行い，プロトタイプでの確認を行った（図２）．

2) 他のデータベースとの統合化および高度化

2-1) PDB データを用いた 3D 構造同士の構造アラインメント・サービス（ASH: Alignment of Structural Homologs）の高度化「非公開部分（完成するまで公開しない）」

アラインメントに基づく相同なタンパク質の配列、構造の比較解析は、データの大量化のために困難になってきている。また、配列や構造情報に他のデータベースからの様々な情報をマッピングすることはデータの解釈やデータマイニングに重要な意味を持つが、多様なデータベースから必要な情報を抽出し配列と対応づける作業もまた困難になっている。本計画では、
アラインメントと分子系統樹を粗視化して表示し、そこに RDF 化された種々のデータベースから様々な情報を抽出し、それを上記の粗視化されたアラインメントや系統樹の上にマッピングすることでタンパク質の機能解析を支援するためのビューアを図３．ビューアの構成開発した．2017 年度は，(1)入力機能の上部にメニューバーがある。メニューバーは、ファイル選択メニ
ュー、配列解析メニュー、構造解析メニュー、Web メニューの４つのメニューから構成される。

実装、(2)クラスタ同定機能の作成、(3)表示部分の作成、(4)SPARQL 検索機能の作

成の４つを計画していたが，当初計画からの変更点を中心に以下に進捗を報告する．
まず、ASH ビューアのベースとなる骨格部分を Java で開発した．図３に ASH ビューアの起動画面を示す。本年度実施計画(1) 入力機能の実装について記す。2017 年のキックオフミーティングにおいて系統樹を構築できた方が良いとのご意見を岩崎渉委員からいただいたので, 計画を変更し neighbor-joining法でアラインメントから系統樹を構築できるようにした．そのため、本年度は Import Tree File の機能は実装していない。本年度実施計画(2) クラスタ同定機能の作成および(3) 表示部分の作成について記す。
いずれも系統樹の作成に伴うので合わせて記述する。自動同定によるクラスタは必ずしもユーザの目的と合致するものではないので，自動同定の方法の改良とともに、File メニューの Import Cluster File から読み込まれるユーザ設定のクラスタ情報を利用できる方向での開発を行っていく予定である。最後に，(4) S

PARQL 検索機能の開発結果について記す。Java で SPARQL を使うためのパッケージ Jena を使って、SPARQL 検索を行えるようにした。Web メニューは SPARQL と Scraping よりなるが、Scraping は今回実装していないので、SPARQL についてのみ記述する。Web のプルダウンメニューから SPARQL を選択すると、endpoint のテキストフィールドに endpoint を入力する。Select Input File をクリックするとファイルチューザのウィンドウが開くのでそこから SPARQL クエリが記述されたファイルを選択する。下段パネルに SPARQL クエリを直接入力することもできる。Select Output File は結果出力のファイルをファイルチューザから選択する機能を持たせる予定であったが、現在実装されておらず、結果は標準出力に出される。ビューアから SP

ARQL 検索ができることを確認したが, RDF 化されたデータの利用に関しては NBDC の山口敦子特任准教授から,NBDC で開発されているアプリケーションを組み込むことを提案いただいており, 現在その方向で検討を開始している。そのため出力部分についてもそれに合わせて開発する予定である。
本年度の実施計画は neighbor joining 法の実装や NBDC の RDF 化されたデータの利用などの変更はあったが、ほぼ計画通り実施できた。

2-2) 各アミノ酸の蛋白質立体構造中における位置情報の自動アノテーションとその応用

wwPDB が整理・公開している（１）Chemical Component Dictionary (CC)、（２）Chemical Component

Model (CC model)、（３）Biologically Interesting Molecule Reference Dictionary (BIRD)を PDBjの基本データベースシステムである PDBj Mine (https://pdbj.org/mine) ３）に統合した。これにより（１）InChI key や SMILES などの化合物情報に基づいて PDB エントリーを検索できるようになり、（２）Cambridge Structural Database (CSD)の ID と PDB の化合物の対応がつけられ、（３）抗生物質など生物学的に重要な化合物の情報と PDB エントリーの対応が容易に検索できるようになった。

2-3) 統合化された NMR データベースおよび関連ツールの活用

NMR 実験データのパラメータは極めて豊富かつ複雑であり、それらを整理して効率よく WEB ページで公開する事はユーザーにとって大きな利益となる。PDBj-BMRB グループは既に開発した NMR-STAR フォーマットをそのデータ構造を既述するオントロジに相当する NMR-STAR dictionary に完全準拠させてXML 化を行いメタデータを含めた厳密な整合性の管理を自動化することを実現している。これにより実験
NMR データ公開サイトページでは様々なフォーマットに変換したダウンロードサービス 2)、JavaScript により視認性に優れた各登録エントリーに対する WEB ページの洗練化を行った。これら NMR 実験データベースの登録、アノテーション、管理、公開に関するツール群の開発は，データ処理に掛かる時間を大幅に削減する事に役立つと期待される．米国 BMRB（ウィスコンシン－マジソン大学）をはじめとする wwP

DB による国際協力関係において新ツール群の利用が推進され、特に NMR 実験データと登録された構造座標との整合性を評価するツールと解析ツールとデータベース間での相互交換を可能にする新しいフォーマット NEF コンバータツールの開発が公開フェーズに入り、平成２９年度中に初期バージョンが各 w

wPDB 拠点において実装された。

3) データベースの利用促進・人材育成3-1) 利用者・研究者コミュニティとの連携および講習会等の開催

PDBj の国内諮問委員会である大阪大学蛋白質研究所「蛋白質立体構造データベース専門部会」のメンバーに平成２９年度から帝人ファーマ（株）の上村みどり氏に加わって頂いた．平成 30 年 2 月 28 日に開催した専門部会において，企業研究者の立場からコメントを頂き，検証レポートの充実と更なる国際連携の重要性について助言を頂いた．また wwPDB Foundation（米国内の NPO 法人）の枠組みによる企業と wwPDB との連携を継続し，今年度は X 線装置メーカである（株）リガクに企業サポーターとして参画して頂くことになった．代表の栗栖が，学振１６９委員会に PDBj を代表するメンバーとして加わり，定例の委員会に出席して企業ユーザからの声を集めた．特に１６９委員会において，中性子線構造解析のデータについて検証レポートの不備が指摘された．該当する解析例は非常に少ないが，ｗｗPDB の枠組みの下で中性子線構造解析の検証レポートの今後の取り扱いについて議論を開始した．
利用者・研究者向けのセミナーや講習会については，DDBJ と協力し All-in-one 講習会を開催した．データ登録者の学術団体である日本結晶学会と日本蛋白質科学会の年会中に，ランチョンセミナーを開催し，データ登録への継続的な協力と，データ受付方針の変更点などを説明し理解していただいた．また，データ利用者の学術団体である日本生物物理学会と生命医薬情報学連合大会においてランチョンセミナーを開催し，利用者の声をアンケートの形で集めた．
大阪大学いちょう祭（4 月 30 日）とサイエンス・アゴ

図４．
サイエンスアゴラ 2017 での VR による PDB
データの可視化体験コーナー

ラ２０１７（11 月 24−26 日）に参加し（図４），一般社

会人向けの生命科学におけるデータサイエンスの振興のため，積極的な啓蒙活動を行った．

3-2) アノテータの育成・国際協力

新たなアノテータ候補を非常勤として雇用し育成したが，産休・育休のため新アノテータによる実際のデータキュレーションへの貢献は平成 30 年度以降となった．効率的なデータ登録のため頻繁に更新される

OneDep 登録システムを完全に使いこなすため，アノテータの能力維持は重要な課題である．国際協力

図５．OneDep のリーフレット（日本語版）

による世界で同一の品質管理によるデータ登録を担保するため，Skype を用いた OneDep アノテータ会議を定期的に実施し，国際連携によるアノテータ教育を進めた．Face-to-Face 会議も実施しており，2017

年 5 月に英国 EBI で，同年 11 月に米国 Rutgers 大学で OneDep 開発者会議を開催して， PDBj から１名のアノテータを派遣し今後の方向性と問題点を議論した．

OneDep 登録用サイトがより正しく利用されるように，日本語，韓国語，中国語（簡体字および繁体字）によるリーフレット（図５）を作成し，関連する国際会議（19th IUPAB Congress, 24th IUCr congress, 5th A

PPA conference）や国内学会（日本結晶学会）で配布して宣伝に務めた．

§4. 成果発表等（1）原著論文発表① 論文数概要

種別

発行済論文
未発行論文
(accepted, in press 等)②

国内外

国内（和文）
国際（欧文）
国内（和文）
国際（欧文）

論文詳細情報

件数

1件
5件
0件
0件

1. Young JY, Westbrook JD, Feng Z, Peisach E, Persikova I, Sala R, Sen S, Berrisford JM, Swami

nathan GJ, Oldfield TJ, Gutmanas A, Igarashi R, Armstrong DR, Baskaran K, Chen L, Chen M,Clark AR, Di Castanzo L, Dimitropoulos D, Gao G, Ghosh S, Gore S, Guranovic V, HendrickxPMS, Hudson BP, Ikegawa Y, Kengaku Y, Lawson CL, Liang Y, Mak L, Mukhopadhyay A, Narayanan B, Nishiyama K, Patwardhan A, Sahni G, Sanz-Garcı́a E, Sato J, Sekharan MR, Shao C,Smart OS, Tan L, van Ginkel G, Yang H, Zhuravleva MA, Markley JL, Nakamura H, Kurisu G,Kleywegt GJ, Velankar S, Berman HM, Burley SK. “Wolrdwide Protein Data Bank biocuration

supporting open access to high-quality 3D structural biology data”, Database (Oxford), Jan 1,2018 (DOI:10.1093/database/bay002.)

2. Schober D, Jacob D, Wilson M, Cruz JA, Marcu A, Grant JR, Moing A, Deborde C, de Figueire
do LF, Haug K, Rocca-Serra P, Easton J, Ebbels TMD, Hao J, Ludwig C, Gunther UL, Rosato
A, Klein MS, Lewis IA, Luchinat C, Jones AR, Grauslys A, Larralde M, Yokochi M, Kobayashi

N, Porzel A, Griffin JL, Viant MR, Wishart DS, Steinbeck C, Salek RM, Neumann S. “nmrML:A Community Supported Open Data Standard for the Description, Storage, and Exchange of

NMR Data”, Anal Chem. Vol.90, No.1, pp.649-656, 2017 (DOI: 10.1021/acs.analchem.7b02795.

Epub 2017 Dec 14.

3. Kinjo AR, Bekker GJ, Wako H, Endo S, Tsuchiya Y, Sato H, Nishi H, Kinoshita K, Suzuki H, Kawabata T, Yokochi M, Iwata T, Kobayashi N, Fujiwara T, Kurisu G, Nakamura H. “New toolsand functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj)”. Protein Science. Vol.
27, No.1, pp.95-102, 2018 (DOI:10.1002/pro.3273)

4. Gore S, Garcı́a ES, Hendrickx PMS, Gutmanas A, Westbrook JD, Yang H, Feng Z, Baskaran K,

Berrisford JM, Conroy M, Hudson BP, Ikegawa Y, Kobayashi N, Lawson CL, Mading S, Mak L,Mukhopadhyay A, Oldfield TJ, Patwardhan A, Peisach E, Sahni GS, Sekharan MR, Sen S, ShaoC, Smart OS, Ulrich EL, Yamashita R, Quesada M, Young JY, Nakamura H, Markley JL, Berman HM, Burley SK, Velankar S, Kleywegt GJ, “Validation of the Structures in the Protein DataBank”, Structure, Vol.25, pp.1916-27. 2017 (DOI: 10.1016/j.str.2017.10.009.)

5. Burley SK, Kurisu G, Markley JL, Nakamura H, Velankar S, Berman HM, Sali A, Schwede T, Trewhella J. PDB-Dev: a Prototype System for Depositing Integrativ/Hybrid Structural Models.
Structure, 2017, 25, 1317-1318, doi: 10.1016/j.str.2017.08.001.

（2） その他の著作物（総説、書籍など）
1.

小林直宏、生体系 NMR の解析ツール（機械学習と自動化）、日本核磁気共鳴学会誌、Vol.8、2017（3） 国際学会および国内学会発表
① 概要
種別

招待講演
口頭発表
ポスター発表

②

国内外

国内
国際
国内
国際
国内
国際

件数

０件
２件
１件
１件
４件
２件

招待講演

〈国際〉
1. Kurisu G, “Ligand representation and validation in the Protein Data Bank”, International Life
Science Integration Workshop, Tokyo, 2018/3/6

2. Kurisu G, “Small molecule ligand/drug representation and validation in the Protein Data Bank”, 24th International Union of Crystallography Congress, Hyderabad, 2017/8/22

③

口頭講演

〈国内〉
1. 栗栖源嗣，蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化，トーゴーの日シンポジウム 2017，2017/10/4〈国際〉
1. Kurisu G., “The Protein Data Bank Japan(PDBj): A Partner of the wwPDB Accepting Structure Depositions through One Dep Syste”，International Symposium on Establishment of Structu
ral Biology Network in Asia and Oceania, 新竹・台湾，2017/12/6-7,④

ポスター発表〈国内〉1. 栗栖源嗣，蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化，トーゴーの日シンポジウム 2017，2017/10/4-5

2. 小林直宏，PDBj-BMRB における統合化データベースの取り組み：高度な WEB 検索表示機能への応用，トーゴーの日シンポジウム 2017，2017/10/4-5

3. 藤 博幸、工藤高祐、山下鈴子 ASHViewer の開発、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂、2017/10/4-5

4. 鈴木博文，川端猛，栗栖源嗣，中村春木，クライオ EM マップ及び多階層構造を対象とした状類構造検索サービス「Omokage 検索」の改良，第 55 回日本生物物理学会，2017/9/19-21

〈国際〉
1.

Kobayashi N, Nagata T, Kojima C, Fujiwara T., "Highly automated NMR signal assignments u

2.

Kinjo AR, Bekker GJ, Suzuki H, Tsuchiya Y, Kawabata T, Ikegawa Y, Kurisu G, Nakamura H.

sing peak-noise recognition assisted by Deep Neural Networks", Gordon Research Conferenc
e，Sunday River USA，2017/6“Protein Data Bank Japan (PDBj): updated semantic web services and tools for large structures”, 19th IUPAB congress, Edinburgh，2017/7/16，（4）知的財産権の出願該当なし（5）受賞・報道等該当なし§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）
1. 進捗ミーティング年月日2017 年 4 月 1日～2018 年 3月 31 日（毎週開催）
2017 年４月 1 日～2018 年 3 月31 日（隔週開催）
2017 年 4 月 1日〜2018 年 3月 31 日（隔月開催）

名称PDBｊ開発者会議（非公開）
PDBｊ Primary Annotator’s meeting（非公開）
wwPDB PI ミーティング

場所

大阪大学蛋白質研究所構造解析研究棟４階セミナー室
大阪大学蛋白質研究所構造解析研究棟４階セミナー室
Skype

参加人数

目的・概要

10 人

研究進捗報告のためのミーテ
ィング

14 人

同上

4人

wwPDB を構成するデータベースの各 PI による方針決定会議

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ活動等年月日2017 年4 月 30 日
2017 年5 月 27 日
2017 年6 月 22 日
2017 年
9 月 21 日
2017 年
9 月 27 日

2017 年
11 月 24-26 日
2017 年
11 月 24 日

２０１７年
12 月 6-9 日
2018 年2 月 20 日
2018 年3 月 27 日

名称

大阪大学いちょう祭
All-in-one 合同講習会
2017
第 17 回日本蛋白質科学会年会 PDBｊランチョンセミナー
第 55 回日本生物物理学会年会 PDBｊランチョンセミナー
第６回生命医薬情報学連合大会 PDBｊランチョン
セミナー
サイエンスアゴラ 2017
日本結晶学会 H29 年度
年会 PDBｊランチョンセミ
ナー
ConBio2017 データベース展示企画 ブース出展及びフォーラム講演
PDBj&BINDS 合同講習会
日本薬学会 PDBｊランチョンセミナー

場所

大阪大学蛋白質研究所
三島市文化会館
仙台国際センター

参加人数

60 人

目的・概要

45 人

100 人

一般向け蛋白質立体構造の展示および解説
学生及び研究者を対象としたPDBｊサービスの紹介
学会参加者に向けた PDBｊとサービスの紹介

熊本大学黒髪地区

100 人

学会参加者に向けた PDBｊとサービスの紹介

北海道大学

８０人

学会参加者に向けた PDBｊとサービスの紹介

テレコムセンター（東京都）
JMS アステールプラザ（広島市）
神戸国際展示場

750 人

子供、中高生を含む一般参加者に向けた蛋白質立体構
造の展示、解説等
学会参加者に向けた PDBｊとサービスの紹介

１００人

学会参加者に向けた PDBｊとサービスの紹介

大阪大学銀杏会館

40 人

金沢県立音楽堂

150 人

大学院生及び研究者を対象に PDBｊ及び BINDS の事業・サービス紹介と、ツールの活用方法の紹介
学会参加者に向けた PDBｊとサービスの紹介

80 人

以上

別紙 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

正式名称

別称・略称

概要

URL

公開日

状態

分類

関連論文

本紙論文リストの文
1 Protein Data BankPDB
Archive

Biological Magnetic
BMRB
2 Resonance DataBank
3 eF-site

同左

生体高分子の立体構造データベー
献番号§4-②-1
https://pdbj.or
データ
2002/4/1 維持・発展 ベース等
ス，wwPDBと協力して構築，RDF
gを開発，公開
生体高分子の化学シフト，緩和デー
タ，相互作用データ等のNMRの実験
データのデータバンク

本紙論文リストの文

http://bmrbde
データ 献番号§4-②-2
2011/4/1 維持・発展 ベース等
p.pdbj.org

本紙論文リストの文

蛋白質の分子表面の形状と物性（静電献番号§4-②-3
ポテンシャルと疎水性度）を機能部位 https://pdbj.or
データ
2002/3/1 維持・発展 ベース等
情報と結合したデータベース．維持・ g/eF-site/
更新のみ

本紙論文リストの文

4 ProMode elastic

5

Molecule of theMonth

6 EM Navigator
7 ASH
8 Molmil

同左

MoM

同左

同左

同左

二面角を変数とする基準振動解析プロ https://pdbj.or
献番号§4-②-3
グラムによって計算された蛋白質のダデータ
g/promode2003/4/1 維持・発展 ベース等
イナミクス・データベース．維持・更新
elastic/
のみ．

RCSB-PDBより毎月提供されている分子解説記事「Molecule of the Month」
を日本語に訳したもの．社会で話題と https://pdbj.or
データ
2008/4/1 維持・発展 ベース等なっている内容に関わる分子をPDBか g/mom/
ら選び，機能と構造に関して解説．維
持・更新のみ．
生体分子や生体組織の3次元電子顕微鏡データ(EMDB)閲覧用web site

https://pdbj.or
2007/5/1 維持・発展 ツール等
g/emnavi/

https://sysimm
PDBデータを基にした構造アラインメン .ifrec.osakaトu.ac.jp/ash_serv
ice/

維持・発展 ツール等

本紙論文リストの文

インターネット上のweb環境で稼働する https://pdbj.or
2014/9/1 維持・発展 ツール等 献番号§4-②-3
JavaScriptによる分子構造ビューア
g/help/molmil