科学技術・学術政策局、研究振興局及び研究開発局委託契約事務処理要領
新旧対照表
旧新（委託費の支払）
第 16
委託契約書第１７条に定める額の確定後の請求は、様式第１６の「精算払請求書」による。

（委託費の支払）第 16
委託契約書第１７条に定める額の確定後の請求は、様式第１６の「精算払請求書」による。
２
委託契約書第１８条第６項に定める適格返還請求書の記載事項
は、消費税法（昭和６３年法律第１０８号） による。
大項目・中項目一覧表（競争的研究費の場合）
その他
消費税相当額
消費税相当額（「人件費（通勤手当除く）」、「外国旅費・外国人等招へい旅費のうち支度料や国内分の旅費を除いた額」、「諸謝金」及び「保険料」の１０％に相当する額等、消費税に関して非（不）課税取引となる経費並びに、軽減税率対象品目が計上される場合に当該品目の消費税抜価格に標準税率を乗じて算出した額と当該品目の消費税込価格との差額分に係る経費）、インボイス影響額等を記載する。なお、消費税相当額については、消費税の免税事業者等については計上 し な い こ と 。 ま た 、 課 税 仕入分について還付を予定している経費については、見合い分を差し引いて計上すること。
※消費税相当額の算出に当たり、一円未満の端数があるときは切捨てること。

＜インボイス制度対応＞

大項目・中項目一覧表（競争的研究費の場合）
その他
消費税相当額
消費税相当額（「人件費（通勤手当除く）」、「外国旅費・外国人等招へい旅費のうち支度料や国内分の旅費を除いた額」、「諸謝金」及び「保険料」の１０％に相当する額等、消費税に関して非（不）課税取引となる経費並びに、軽減税率対象品目が計上される場合に当該品目の消費税抜価格に標準税率を乗じて算出した額と当該品目の消費税込価格との差額分に係る経費）等を記載する。なお、消費税相当額については、消費税の免税事業者等については計上 しないこと。また、課税仕入分について還付を予定している経費については、見合い分を差し引いて計上すること。
※消費税相当額の算出に当たり、一円未満の端数があるときは切捨てること。

大項目・中項目一覧表（競争的研究費以外の場合）
業務実施費
（略）
消耗品費
消費税相当額（「人件費（通勤手当除く）」、
国内旅費「外国旅費・外国人等招へい旅費のうち支度料
外国旅費や国内分の旅費を除いた額」、「諸謝金」及び外国人等招へい旅費「保険料」の１０％に相当する額等、消費税に諸謝金関して非（不）課税取引となる経費並びに、軽会議開催費

大項目・中項目一覧表（競争的研究費以外の場合）
業務実施費
（略）
消耗品費
消費税相当額（「人件費（通勤手当除く）」、
国内旅費「外国旅費・外国人等招へい旅費のうち支度料外国旅費や国内分の旅費を除いた額」、「諸謝金」及び外国人等招へい旅費「保険料」の１０％に相当する額等、消費税に諸謝金関して非（不）課税取引となる経費並びに、軽会議開催費

旧
通信運搬費
印刷製本費
借損料
雑役務費
電子計算機諸費
保険料
光熱水料
消費税相当額

新減税率対象品目が計上される場合に当該品目の消費税抜価格に標準税率を乗じて算出した額と当該品目の消費税込価格との差額分に係る経費）等を記載する。なお、消費税相当額については、消費税の免税事業者等については計上 しないこと。また、課税仕入分について還付を予定している経費については、見合い分を差し引いて計上すること。

通信運搬費
印刷製本費
借損料
雑役務費
電子計算機諸費
保険料
光熱水料
消費税相当額※公共交通機関を利用して移動する際の交通費について、切符購入など又はＩＣカードによる乗車で二重運賃が発生する場合は、その取扱いについて定めること。

※公共交通機関を利用して移動する際の交通費について、切符購入など又はＩＣカードによる乗車で二重運賃が発生する場合は、その取扱いについて定めること。

※消費税相当額の算出に当たり、一円未満の端数があるときは切捨てること。

様式第１

減税率対象品目が計上される場合に当該品目の消費税抜価格に標準税率を乗じて算出した額と当該品目の消費税込価格との差額分に係る経費）、インボイス影響額等を記載する。なお、消費税相当額については、消費税の免税事業者等については計上 し な い こ と 。 ま た 、 課 税 仕入分について還付を予定している経費については、見合い分を差し引いて計上すること。

※消費税相当額の算出に当たり、一円未満の端数があるときは切捨てること。
様式第１

委託契約書（案）

委託契約書（案）（委託費の額）第３条
甲は、乙に対し、金○○○,○○○,○○○円の範囲内において委託費を負担するものとする。

（委託費の額）【契約の相手方が課税事業者の場合】
第３条
甲は、乙に対し、金○○○,○○○,○○○円（うち消費税額及び地方消費税額〇〇，〇〇〇，〇〇〇円・消費税率１０％）の範囲内において委託費を負担するものとする。
２
前項の消費税額及び地方消費税額は、消費税法（昭和６３年法律第１０８号）第２８条第１項及び第２９条並びに地方消費税法（昭和２５年法律第２２６号）第７２条の８２及び第７２条の８３の規定に基づき、算出した額である。
【契約の相手方が免税事業者等の場合】
第３条
甲は、乙に対し、金○○○,○○○,○○○円の範囲内において委託費を負担するものとする。

旧新（帳簿の記載等）
第９条
乙は、委託業務の経理状況を明らかにするため、業務計画書毎の帳簿を備え、支出額を大項目毎、中項目毎に区分して記載するとともに、その支出を証する書類を整理し、委託業務が完了又は第１０条第２項に規定する委託業務の廃止の承認を受けた日の属する甲の会計年度である４月１日から翌年３月３１日までの１年間（以下「会計年度」という。）の翌日から５年間保管し、甲の要求があるときは、甲の指定する期日までに提出しなければならない。

（帳簿の記載等）第９条
乙は、委託業務の経理状況を明らかにするため、業務計画書毎の帳簿を備え、支出額を大項目毎、中項目毎に区分して記載するとともに、その支出を証する書類を整理し、委託業務が完了又は第１０条第２項に規定する委託業務の廃止の承認を受けた日の属する甲の会計年度である４月１日から翌年３月３１日までの１年間（以下「会計年度」という。）の翌日から５年間保管し、甲の要求があるときは、甲の指定する期日までに提出しなければならない。なお、請求書等の保管についてはインボイス制度を踏まえ、適切に対応すること。

（略）

（略）

（委託費の支払）（委託費の支払）第１８条 甲は、前条による額の確定後、乙に委託費を支払うものとする。 第１８条 甲は、前条による額の確定後、乙に委託費を支払うものとする。
【エネルギー対策特別会計の場合】
６ 乙が適格請求書発行事業者である場合、前条第１項の通知を受けたときは、必要に応じて適格返還請求書を甲に提出しなければならない。
様式第２様式第２業務計画書
Ⅲ．委託費の経費の区分（競争的研究費の場合）【総括表】
その他（諸経費）
その他
消費税相当額

業務計画書
Ⅲ．委託費の経費の区分（競争的研究費の場合）【総括表】
その他（諸経費）（単位：円）※消費税対象額（単位：円）※消費税対象額＊免税事業者等取引額

非（不）課税経費

その他
消費税相当額（注１）インボイス影響
額-経過措置の適用：無（注２）インボイス影響
額-経過措置の適用：有【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○
その他（諸経費）
その他
消費税相当額（単位：円）※消費税対象額【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○
その他（諸経費）（単位：円）※消費税対象額＊免税事業者等取引額

その他

非（不）課税経費

消費税相当額（注１）インボイス影響額-経過措置の適用：無旧新（注２）インボイス影響額-経過措置の適用：有

再委託先：□□□□
その他

その他（諸経費）
消費税相当額（単位：円）
再委託先：□□□□※消費税対象額

その他（諸経費）＊免税事業者等取引額

非（不）課税経費

その他
消費税相当額
再委託先：△△△△
その他

その他（諸経費）
消費税相当額（単位：円）※消費税対象額（単位：円）
再委託先：△△△△※消費税対象額
その他（諸経費）（注１）インボイス影響額-経過措置の適用：無（注２）インボイス影響額-経過措置の適用：有（単位：円）※消費税対象額＊免税事業者等取引額

非（不）課税経費

その他
消費税相当額

Ⅲ．委託費の経費の区分（競争的研究費以外の場合）
【総括表】
雑役務費
業務実施費
消費税相当額※消費税対象額

Ⅲ．委託費の経費の区分（競争的研究費以外の場合）
【総括表】
雑役務費

※消費税対象額＊免税事業者等取引額

非（不）課税経費

業務実施費
消費税相当額【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○
雑役務費
業務実施費
消費税相当額（注１）インボイス影響額-経過措置の適用：無（注２）インボイス影響額-経過措置の適用：有（単位：円）※消費税対象額【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○
雑役務費（注１）インボイス影響額-経過措置の適用：無（注２）インボイス影響額-経過措置の適用：有（単位：円）※消費税対象額＊免税事業者等取引額

非（不）課税経費

業務実施費
消費税相当額（注）業務計画書で該当ない項目については適宜削除すること。

（注１）インボイス影響額-経過措置の適用：無（注２）インボイス影響額-経過措置の適用：有（注１）インボイス影響額-経過措置の適用：無人件費的性質を有する諸謝金については人件費の費目・種別に計上します。
ここでは「費目：事業費」、「種別：諸謝金」に計上する諸謝金（税込）の「消費税相当額」について補足説明します。

個人への諸謝金は相手方が免税事業者であることが想定されます。個人への諸謝金については、経過措置適用対象の請求書が発行されない場合がありま旧新す。その場合はこの欄を使用します。
消費税相当額の計算方法（消費税率 10％の場合）：免税事業者への諸謝金
額×10/110×110/100＝免税事業者への諸謝金額×0.1
例：委託事業者が、適格請求書が発行されない個人への諸謝金
11,000 円（消費税 10％）を支払った場合、経費内訳には以下を計上します。
・諸謝金：11,000 円
・インボイス影響額-経過措置の適用：無：1,100 円＜計算の流れ＞①諸謝金から消費税額を算出。
11,000 円×10/110 ＝ 1,000 円②国と委託事業者間では業務経費の全体が課税対象となるため、①で算出した額にも「消費税額」を追加計上。
1,000 円×110/100 ＝ 1,100 円（注２）インボイス影響額-経過措置の適用：有免税事業者から経過措置適用対象の請求書を受けた場合、この欄を使用します。

インボイス制度施行後の3 年間は免税事業者等からの仕入について仕入税額相当額の80％、その後の3 年間は50％を仕入税額とみなして控除となる経過措置があります。

控除を受けられない部分については消費税相当額を計上する必要があります。
消費税相当額の計算方法（消費税率10％の場合）
令和5 年10 月1 日～令和 8 年9 月30 日：免税事業者との取引額×10/110×0.2×110/100＝免税事業者との取引額×0.02

令和8 年10 月1 日～令和11 年9 月30 日：免税事業者との取引額×10/110×0.5×110/100＝免税事業者との取引額×0.05
例：委託事業者が免税事業者と 110,000 円（税率 10％）の取引を行った場合、経費内訳には以下を計上します。
・雑役務費：110,000 円
・インボイス影響額-経過措置の適用：有：2,200 円＜計算の流れ＞①雑役務費から消費税額を算出。 110,000 円×10/110 ＝ 10,000 円②仕入税額相当額の 80％は経過措置により仕入税額とみなし控除。残額20％を計算。
10,000 円×0.2 ＝ 2,000 円③国と委託事業者間では業務経費の全体が課税対象となるため、②で算出した額にも「消費税額」を追加計上。

旧

新2000 円×110/100 ＝ 2,200 円（注３）業務計画書で該当ない項目については適宜削除すること。
様式第５変更委託契約書※競争的研究費以外は、次表を用いること。
消費税相当額様式第５変更委託契約書※競争的研究費以外は、次表を用いること。
消費税相当額非（不)課税経費
インボイス影響額-経過措置の適用：無インボイス影響額-経過措置の適用：有様式第１２－２（競争的研究費以外の場合）
様式第１４－２（競争的研究費以外の場合）別紙 ロ
業務収支決算書
決算表【総括表】
消費税相当額
業務実施費
支出

様式第１２－２（競争的研究費以外の場合）
様式第１４－２（競争的研究費以外の場合）
別紙 ロ
業務収支決算書
決算表（単位：円） 【総括表】

支出【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○
消費税相当額
業務実施費
支出（単位：円）（単位：円）

業務実施費

消費税相当額

再受託先：□□□□（単位：円）
消費税相当額

業務実施費

消費税相当額

再受託先：△△△△
支出

業務実施費

非（不）課税経費
インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有（単位：円）
非（不）課税経費
インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有（単位：円）

消費税相当額

支出

再委託先：△△△△
業務実施費
支出

消費税相当額【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○

支出

再委託先：□□□□
業務実施費
支出

業務実施費

（単位：円）

非（不）課税経費
インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有（単位：円）
消費税相当額非（不）課税経費

旧新
インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有様式第１６

様式第１６
精算払請求書

精算払請求書（受託者）名称及び代表者名（受託者）名称及び代表者名
適格請求書発行事業者名
登録番号
うち消費税額（消費税率10％）（注）消費税額はインボイス制度に基づく消費税額を記載すること。
欄が不足する場合は追加すること。

様式第１７

様式第１７
概算払請求書概算払請求書（受託者）名称及び代表者名（受託者）名称及び代表者名
適格請求書発行事業者名
登録番号
うち消費税額（消費税率10％）（注）消費税額はインボイス制度に基づく消費税額を記載すること。
欄が不足する場合は追加すること。
様式第４３別紙 イ

様式第４３別紙 イ※競争的研究費の場合※競争的研究費の場合

不 正 額 内 訳
【総括表】
支出
その他

不 正 額 内 訳
（単位：円） 【総括表】（単位：円）

消費税相当額

支出

その他

非（不）課税経費
消費税相当額インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無旧新インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：有【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○
消費税相当額
支出
その他（単位：円）【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○

非（不）課税
経費

支出

再委託先：□□□□支出その他（単位：円）

その他

消費税相当額

再受託先：□□□□（単位：円）
消費税相当額非（不）課税
経費

その他

消費税相当額

再受託先：△△△△

別紙 イ（単位：円）

別紙

その他

消費税相当額※競争的研究費以外の場合

不 正 額 内 訳

不 正 額 内 訳
（単位：円） 【総括表】（単位：円）

消費税相当額非（不）課税経費

支出【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○

インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有イ※競争的研究費以外の場合

業務実施費

インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有非（不）課税経費

支出

【総括表】
支出

インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有（単位：円）

消費税相当額

支出

再委託先：△△△△
支出
その他（単位：円）

業務実施費

消費税相当額【（受託者（委託先））・再委託先別】（受託者（委託先））：○○○○（単位：円）
消費税相当額
業務実施費
支出

インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有（単位：円）
非（不）課税

旧支出

業務実施費

新消費税相当額

経費
インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有再受託先：□□□□
再委託先：□□□□
業務実施費
支出（単位：円）
非（不）課税経費（単位：円）
消費税相当額

支出

業務実施費

消費税相当額インボイス影響 額- 経 過 措置の適用：無インボイス影
響 額- 経 過 措置の適用：有