「植物オミックス情報および蛋白質構造情報」
２０年度 研究成果報告書

平成２１年５月

独立行政法人理化学研究所
豊田 哲郎

本報告書は、文部科学省の科学技術試験研究委託事業による委託業務として、独立行政法人理化学研究所が実施した平成２０年度「植物オミック
ス情報および蛋白質構造情報」の成果を取りまとめたものです。

１．

委託業務の目的
シロイヌナズナ由来のデータにおける、大量シークエンサーやタイリングアレイから生産された膨大なトランスクリプトームデータに対して、様々なバイオインフォマティクス解析や、他の植物由来データとの比較解析を行い、アノテーション情報を作成する。フェノームに対しては遺伝子変異体の表現型に関するアノテーション作業を行う。また、ストラクチュロー
ムについては種を限定せず、理研の RSGI がタンパク 3000 プロジェクト等で解明したタンパク質構造データおよび付随する実験データについて、キュレーションやアノテーション行
い、蛋白質の試料調製・結晶化・回折実験に関するデータ、変異導入蛋白質の結晶構造に関するデータ、重原子導入蛋白質の結晶構造に関するデータを利用価値を高めた形で提供する。
さらに、上記アノテーション作業に必要なシステムの開発と運用を行い、中核機関の方針に従って文部科学省の統合データベース事業に上記アノテーションデータおよびバイオリソースデータを提供する際に必要となるデータ変換を実施する。平成２２年度には統合データベースの一部として生命科学分野の幅広い研究者に役立つ体制を確立し、将来的に理研の他のデータベースも統合化してくためのモデルケースをつくる。

2.

平成２０年度の実施内容

２．１

実施計画

理研の公開データは膨大かつ多岐にわたる為、今回の統合化事業で一度にすべてを統合化することはできないが、今回、シロイヌナズナのオミックスデータとタンパク 3000 プロジェクトの成果データを統合化対象として代表的に選び、本事業への統合化を成功させることで、今後、理研の他のデータベース群を統合化していくためのモデルケースとしての流れを作る必要がある。よって本プロジェクトの意義は、オミックス情報のデータベース統合研究の最初のステップとして情報統合化のプロセスを確立し、植物を含む他分野の研究者が本プロジェクトの結果を参考にしながらオミックス情報を扱えるように基盤指針を提供し、データベース統合化への参加と貢献をより広範囲に広げていくことにある。本プロジェクト自体は、①シロイヌナズナオミックス情報
注釈、②高等動植物等由来蛋白質構造のアノテーション、③微生物由来蛋白質構造のキュレーシ
ョンとアノテーション、④アノテーションシステムの開発運用とデータ変換、の４つの大きなサブテーマに分割される。下記にサブテーマ毎の平成 20 年度の実施計画を示す。

①シロイヌナズナオミックス情報注釈
平成２０年度は、シロイヌナズナ由来のデータにおける、大量シークエンサーやタイリングアレイから生産された膨大なトランスクリプトームデータに対して、様々なバイオインフォマティクス解析を行い、アノテーション情報を作成する。フェノームに対しては遺伝子変異体の表現型に関するアノテーション作業を行う。
② 高等動植物等由来蛋白質構造のアノテーション
平成２０年度は、タンパク３０００プロジェクトで解明された高等動植物等由来の蛋白質構造データのアノテーション、およびそれに付随する実験データのキュレーションとアノテーションを行う。

③微生物由来蛋白質構造のアノテーション
平成２０年度は、蛋白質の試料調製・結晶化・回折実験に関するデータ、変異導入蛋白質の結晶1

構造に関するデータ、重原子導入蛋白質の結晶構造に関するータ、の各々について、理化学研究所の播磨研究所に存在する実験データのキュレーション及びアノテーション作業を進める。
④アノテーションシステムの開発運用とデータ変換
平成２０年度は、上記アノテーション作業に必要なシステムの運用を行い、中核機関に上記アノテーションデータ、バイオリソースデータおよび理化学研究所の他のデータを提供する際に必要となるデータ変換を実施する。

２．２

実施内容（成果）

下記に「植物オミックス情報および蛋白質構造情報」のサブテーマ毎に、平成２０年度成果実績を説明する。
業務の実績① シロイヌナズナオミックス情報注釈
平成２１年３月までにトランスクリプトーム４件(RAFL cDNA, Cassava cDNA, Tiling Array 2件)、フェノームの３件(RAPID, Activation, Fox Arabidopsis)、リソース２件(Ds Line, ActivationLine)のデータベースを、下記課題④にて運用中のアノテーションシステムに登録し、データを統合化して公開した。これにより、公開対象として計画に掲げたデータベースはすべて公開の運びとなったことになる。この中には完全長cDNAクローン245,946件、トランスポゾン・タグライン18,000
系統、4000遺伝子の変異体に関する表現型情報、完全長cDNA高発現型変異体1万系統の情報などが含まれる。今後のアノテーション作業の進捗に伴い、公開可能なレコード件数も増加していく見込みである。計画全体のうちほぼ3分の1にあたる作業が完了したといえる。
② 高等動植物等由来蛋白質構造のアノテーション
高等動植物タンパク質の試料調製に関わる発現検討実験 (無細胞タンパク質発現用発現系構築実験３万件、スモールスケール発現実験４万件) に基づいて X 線結晶構造解析のための大量調製実験 (大量合成および大量発現実験３千件、精製実験３千４百件) を行い、結晶化実験 (結晶化条件 80 万件、結晶観察 881 万件) へと進め、タンパク3000プロジェクトで解明されたタンパク質構造データのうち平成20年度は２万件の回折実験データを公開した。この２万件は、平成20年度成果目標である「高等動植物由来蛋白質構造データに付随する実験データ30件」についての回折実験の画像データ枚数であり、これにより平成20年度成果目標に達した。
③ 微生物由来蛋白質構造のキュレーションとアノテーション
平成 21 年 3 月までに、微生物由来蛋白質に関わる試料調製（発現プラスミド構築実験 1 万、培養実験 5 千、精製実験 3 千）
、結晶化実験データ（結晶化条件：90 万件、観察 1000 万件）並びに 200 件の回折実験データ（データセット数）を下記課題④にて運用中のアノテーションシステムに登録し公開した。また、変異導入蛋白質に関わる実験データ 150 件、重原子導入蛋白質に関2

わるデータ 500 件を下記課題④にて運用中のアノテーションシステムに登録し公開した。以上で平成 20 年度成果目標は全て達成した。
④ アノテーションシステムの開発運用とデータ変換
平成２１年３月までに、平成１９年度に導入した理研和光研究所をバックアップとする大容量ストレージを安定的に運用する為に、データ導入及び修正を内容とするシステム開発を行った。具体的には10テラバイトを超える播磨研のX線結晶構造解析データを順次システムに導入し、ミラーリング等で不具合が生じた部分を修正し、システムの安定的なバックアップ運用を行った。中核機関が設定したメタデータの仕様に従ったデータ変換結果として、アノテーションシステムに登録している成果データベースのメタデータを作成した。
（参考） 大規模データの安定的バックアップを可能とする大容量ストレージシステムの概要
横浜研究所と和光研究所にはそれぞれ約200TBの容量を持つストレージマシン群が備わっている。
毎週末に横浜研究所側ストレージに追加されたデータが和光研究所側ストレージに複製する機能を実装した。この機能により遠隔地間で大規模データのバックアップが実現され、データを損失させることなくシステムを連続して安定運用させることが可能となった。

２．３

成果の外部への発表

論文寄稿
業
務
コ
ード実
施
年
度

和誌
／
洋誌

論文タイトル

発表者名

発表誌名

巻号

ページ

20

洋誌

Arabidopsis
Transcriptome
Anaysis underDrought ,ColdHigh- Salinity
and ABA
Treatment
Conditions
using a TilingArray松井 章浩,
石田 順子,
諸澤 妙子,
望月 芳樹,
神沼 英里,
遠藤 高帆,
岡本 昌憲,
南原 英司,
中嶋 舞子,
川嶋 真貴
子, 佐藤将一, 金鍾明,
小林 紀郎,
豊田 哲郎,篠崎 一雄,
関 原明

Plant and Cell 49
Physiology

81135-1149 2008年7月

3掲載 メ年月 モ

20

和誌

mRNA の転写活性を示す ncRNA 遺伝子の網羅的な探索
Exautive searchof mRNA-likencRNA genes

花田 耕介,
川口 修治,
豊田 哲郎,
篠崎 一雄

日本化学会情報化学部会誌

26362-65

20

洋誌

Alterations oflysine
modifications
on histone H3
N-tail underdrought stressconditions in
Arabidopsis
thaliana

金 鍾明,
藤 泰子,
石田 順子,
諸澤 妙子,
川嶋 真貴子, 松井章浩, 豊田
哲郎,
KimuraHiroshi,
篠崎 一雄,
関 原明

Plant and Cell 49
Physiology

101580-1588 2008
年9月

20洋誌

Identificationof the candidate
genes regulated
by RNA-directed
DNA methylationin Arabidopsis.

栗原 志夫,
松井 章浩,
川嶋 真貴
子, 神沼英里, 石田順子, 諸澤妙子,
望
月 芳樹,
小林 紀郎,
豊田 哲郎,
篠崎 一雄,
関 原明

Biochemicaland
BiophysicalResearch
Communications21

376 553-557

2008
年9月

20

洋誌

Quantitative
analysis ofheterogeneous
spatialdistribution of
Arabidopsis
leaf trichomes
using micro
X-ray computed
tomography

KaminumaE,
Yoshizumi
T, Wada T,
Matsui M,
Toyoda T.

The Plant
Journal

56

32008
年 11月

4470-482

2008
年9月

講演
業 実務 施コ 年ー 度
ド2020

国
内
／
国
際

講演タイトル

国
内

Different level ofgenetic
redundancy
throughout
duplicated genes
mong various
phenotypes in
Arabidopsis
thaliana

国内

発表者名

講演会名

発表 メ
年月 モ
日

花田 耕介, 黒森崇,

澤田 有司,
豊田

Society of Molecular

哲郎, 斉藤 和季,

Biology and Evolution

明賀 史純,

平井 優美, 篠崎

2008
年6月

一雄

植物 smallRNA デー 神沼 英里, 蒔田 由
タベースの構築と 布子, 川口 修治,統合化
平田 直彦,
松下 理研の植物オミックス 2008
さとみ, 松井 章浩, 統合データベースワー 年 6
諸澤 妙子, 栗原 志 クショップ夫,月

関 原明, 豊

田 哲郎
2020

国内

国
内

Integration ofOmics Databases
and Statistical
Interence on theSemantic Web
結晶スクリーニン
グ結果を活用した
機械学習による結晶化条件の予測モ
デルアレイ

蒔田 由布子, 小林紀郎, 豊田 哲郎

Data Integration in2008

The Life Scienses

年62008(DILS2008)月

堀 千重, 小西 史一,

赤坂 領吾,

行木 信一,
泰,秋山

横山 茂之,

情報処理学会第 13 回
バイオ情報学研究会

豊田 哲郎, 村山 和

2008
年6月

隆
20

国内

シロイヌナズナにおけるぜんゲノム
タイリングアレイを用いた RdDM 標的遺伝子の同定栗原 志夫, 松井 章
浩,

川嶋 真貴子,

諸澤 妙子, 石田 順子, 神沼 英里,

第 10 回日本 RNA 学会年

遠藤 高, 望月 芳会樹,

小林 紀郎,

篠崎 一雄,哲郎, 関 原明
5豊田2008
年7月

20国内

Arabidopsis
transcriptome
analysis underdrought,cold,high-salinity andabscisic acidtreatment
conditions using atiling array

松井 章浩, 石田 順子, 諸澤 妙子, 望
月 芳樹, 神沼 英里, 遠藤 高帆, 岡本 昌憲, 南原 英司, 中嶋 舞子,川嶋真貴子, 佐藤 将一,19th International

2008

Conference on

年7Arabidopsis Research 月

金 鍾明, 小林 紀郎, 豊田 哲郎, 篠崎 一雄, 関 原明

20

国
内

Whole-genometranscriptome
analysis in
Arabidopsis seeds
using tiling array

岡本 昌憲, 松井 章浩,

石田 順子,諸澤 妙子,

遠藤高帆, 望月 芳樹,19th International

2008

Conference on

年7豊田 哲郎, 南原 英 Arabidopsis Research 月司,篠崎 一雄,

関 原明
20

20

国内

国内

ゲノム設計学に必須となるセマンティックウェブ技術
タイリングアレイを用いた環境スト
レス応答に関する
トランスクリプトーム解析

分子計算研究会サマー

豊田 哲郎

セミナー

2008
年8月

関 原明, 松井 章
浩, 石田 順子, 諸澤 妙子, 金 鍾明,
栗原 志夫, 岡本 昌
憲,

中南 健太郎,

藤 泰子,

川嶋 真

日本進化学会第 10 回
大会ワークショップ

貴子, 田中 真帆,「ゲノム・トランスク

神沼 英里, 遠藤 高

リプトーム」

帆,

2008
年8月

望月 芳樹,

小林 紀郎,

花田耕介, 豊田 哲郎,
篠崎 一雄
20

国
際

Arranging
Biological
Resource
Information on the豊田
Semantic Web, An
Information
Platform Towards
Genome Design in哲郎

6SEB Plant
Symposium/GARNet2008

2008
年9月

Arabidopsis
2020

国内国
際

植物形状 Template
Model を用いた
LucTag Line の時空間遺伝子発現定量解析神沼 英里,吉積 毅,

Small RNA
expression
profiling during
seed germinationin Arabidopsis
thaliana

Tatematsu Kiyoshi,

栗山 朋子,越 智子, 日本植物学会第 72 回
武藤 周,松井 南,豊 大会子,神沼 英里,

岡本 昌憲,

哲郎, 篠崎 一雄,
神谷 勇治, 関 原
明,

20

国
際

Genome-wide
suppression ofmRNA-likenoncoding RNAs by
NMD in Arabidopsis

豊田

南原 英司

年9月

田 哲郎

松井 章浩, 諸澤 妙2008

The 55th NIBB
Conference
Arabidopsis Workshop
2008 on Frontiers of
Plant Science in the2008
年9月

21st

栗原 志夫, 松井 章
浩,花田 耕介,

The 55th NIBB

川嶋 真貴子, 石田Conference順子, 諸澤 妙子,

Arabidopsis Workshop

田中 真帆, 望月 芳 2008 on Frontiers of樹,

松嶋 明宏,豊田 哲郎,篠崎Plant Science in the2008
年9月

21st一雄,関 原明
20

国内

タイリングアレイ、 関 原明, 松井 章
超高速シーケンス浩,
石田 順子,システムを用いた
諸澤 妙子, 金 鍾
植物の環境ストレ明, 栗原 志夫,ス応答における全岡本 昌憲, 中南 健
ゲノムトランスク
第 26 回日本植物細胞 2008
太郎, 藤 泰子, 川リプトーム解析
分子生物学会大会・シ 年 9嶋 真貴子,
田中
月
ンポジウム
真帆, 神沼 英里,
遠藤 高帆, 望月 芳樹,

小林 紀郎,

花田 耕介,豊田哲郎, 篠崎 一雄
2020

国
内

国

シロイヌナズナのサイレンジング因子 MOMI によるエピ
ジェネティックな制御を受ける内在性領域の網羅的検出Arranging

土生芳樹, 吉川学,栗原志夫, 松井章
浩,篠崎一雄,沼 寿隆,

豊田日本遺伝学会第 80 回大会

2008
年9月

哲郎, 関原明
蒔田 由布子, 吉田
7

SB4.0:

The forth2008

際

2020

国内

国
内

Biologocal有子,
石井
Resource
学, 小林 紀郎,
Information on the 豊田 哲郎
Semantic Web, An
Information
Platform Towords
Genome Design
Arabidopsis
理研におけるセマンティクウェブ技術の応用とライフサイエンス統合 DBへの貢献

International

年 10Conference on月

Synthetic Biology

第５回バイオインフォ 2008豊田マティクス学会オント 年 10哲郎

月

ロジー研究会

理研ライフ系 DB を繋ぐ総合データベースの進捗

理事長ファンドワーク
ショップ

理研ライフ

サイエンス系統合デー
豊田

タベースの整備と戦略

哲郎的研究の推進－チャ

ンス発見の情報テクノ

2008
年 10月

ロジー、大規模情報とその活用－
20

国内

A semantic
Web-based
database
integration
system as an
infrastructure ofbiomedical
informatics

神沼 英里,小林 紀夫,

蒔田由布子, 平田 直彦, 松下 さとみ, 吉田 有 CBI Annual meeting子, 望月 芳樹, 石井 学,

2008

梅津2008年 10月

亮, 松嶋 明宏,
豊田 哲郎

20

20

国
際

国
内

A transcriptome
analysis for
endogenous
targets ofMorpheus'
Molecule 1, an
epigenetic
regulator oftranscriptional
gene silencing in
Arabidopsis超高速シーケンサーによる植物

土生芳樹、吉川学、栗原志夫、松井章浩、篠崎一雄、沼寿隆、豊田哲郎、関原明

XIth France-Japan
Workshop on Plant

2008

Sciences 2008 on

年 10

Genome-wide Omics

月Analysis in Plant

神沼 英里,平田 直

第 31 回日本分子生物 2008

彦,学会、第 81 回日本生化 年 12

松下 さと
8

SmallRNA 解析のためのセマンティッ
クウェブ統合デー
タ構築と機能アノ
テーション

み, 蒔田 由布子,

学会大会合同大会 月

望月 芳樹, 小林 紀 BMB2008
郎,松井 章浩,

栗原 志夫,

諸澤妙子, 関 原明,
豊田 哲郎

20

国
内

セマンティックウ
ェブによるデータ公開化の推進

第 31 回日本分子生物学会、
第 81 回日本生化豊田 哲郎

学会大会合同大会
BMB2008

2020

国内国
内

Alterations oflysinemodifications on
histone H3 N-tailunder drought
stress conditions
in Arabidopsis

金 鍾明, 藤 泰子,

Genome-wide

栗原 志夫, 松井 章

suppression of浩,mRNA-like川嶋 真貴子, 石田

第 31 回日本分子生物

noncoding RNAs by順子, 諸澤 妙子,

学会、
第 81 回日本生化

nonsense-mediated田中 真帆, 望月 芳 学 会 大 会 合 同 大 会

mRNA decay in樹,

Arabidopsis

篠崎 一雄,

石田 順子, 諸澤 妙 第 31 回日本分子生物子,

第 81 回日本生化
川嶋 真貴子, 学会、

松井 章浩, 豊田 哲 学 会 大 会 合 同 大 会郎,Kimura Hiroshi, BMB2008

2008
年 12月

2008
年 12月

篠崎 一雄, 関 原明

花田 耕介,松嶋 明宏,BMB2008

2008
年 12月

豊田哲郎, 関 原明
20

国内

シロイヌナズナのサイレンシング因子 MOM1 によるエビ
ジェネティックな制御を受ける内在性領域の網羅的検出20

国内

土生 芳樹, 吉川学,沼 寿隆, 栗原 志夫,
章浩 ,松井篠崎 一雄,

豊田 哲郎, 関 原明

第 31 回日本分子生物学会、
第 81 回日本生化学会大会合同大会
BMB2008

2008
年 12月

超ペタフロップス級コンピュータに理研シンポジウム,超よるスーパーブレ

ペタフロップス級コン 2009

イン開発への挑戦

ピュータと実験生物学 年 2

豊田 哲郎と大規模データガの連携による生命現象 月

バナンスの実現への挑戦

9

20

国内

データベース、情報第 13 回理事長ファン

化学を利用した創ドワークショップ

薬研究「創薬研究基盤システムの構築の展開」－ラ豊田 哲郎

イフサイエンス研究か
ら創薬研究への展開と2009年2月

その研究システムの確
立ー
20

国内

有用生物資源を情第１４回理事長ファン

報資源から創造すドワークショップ「持るための設計学

続可能な社会を構築するための科学は何か」-

豊田 哲郎

環境・エネルギー・食糧分野の研究推進のた

2009
年3
月

めの未来予想図を描く
20

国内

多重タイリングア
レイデータに基づく遺伝子構造予測川口 修治, 花田 耕プログラム介、 関 原明, 松井 第 50 回日本植物生理

ARTADE2.0 を用いた 章浩,シロイヌナズナの豊田

篠崎 一雄, 学会年会
哲郎

2009
年3月

ゲノムワイド遺伝子発現解析
20

国内

シロイヌナズナのオミックス統合データベース

20

国
内

豊田 哲郎, 神沼 英 第 51 回日本植物生理
里学会年会

タイリングアレイ

関 原明, 松井 章

を用いた植物の環

浩,境応答に関する全金 鍾明, 岡本昌憲,

ゲノムトランスク

石田 順子, 諸澤リプトーム解析

妙子, 藤 泰子,

年3月

栗原 志夫,中南 健太郎, 川嶋

第 52 回日本植物生理

真貴子, 田中 真帆, 学会年会
南原 英司,神沼英里, 遠藤 高帆,望月 芳樹, 小林 紀郎,

2009

花田 耕介,

川口 修治,
10

豊田

2009
年3月

哲郎, 篠崎 一雄
20

国内

シロイヌナズナタ

松井 章浩, 石田 順

イリングアレイを子, 諸澤 妙子, 望

用いた乾燥・低温・ 月 芳樹,

神沼 英

塩ストレス・ABA 処 里, 遠藤 高帆,
理条件下での全ゲ

岡本 昌憲, 南原 英

ノムトランスクリ司,プトーム解析

嶋 真貴子,中嶋 舞子,川佐藤

第 53 回日本植物生理学会年会

2009
年3月

将一, 金 鍾明,小林 紀郎, 豊田 哲郎,篠崎 一雄,

関 原明
20

国内

植物ゲノム中に存在する oding
small open readingrames(sORF)の網羅的探索方

20

国内

花田 耕介, 松井 章
浩,

岡本 昌憲,

関 原明, 豊田 哲

第 54 回日本植物生理学会年会

物システムバイオ様々なゲノム情報を基豊田 哲郎にした植物進化の研究

ロジー
20

国内

国内

年3月

統合データベースワー 年 6

国島 直樹

月

クショップ
20

2009

理研の植物オミックス 2008

播磨研における進捗と今後の予定

年3月郎, 篠崎 一雄

数理的オミックス
統合解析による植2009

Summary of Protein
3000 Project in

理研シンポジウム

the Protein
Crystallography

高度好熱菌丸ごと一匹プ

国島 直樹

ロジェクト第 7 回連携

Research Group and研究会

the next

2008
年9月

perspective20

国内

微生物由来蛋白質理事長ファンドワーク

構造のアノテーシ

ショップ

ョン進捗

サイエンス系総合デー

国島 直樹

理研ライフ

タベースの整備と戦略的研究の推進－チャ2008
年 10月

ンス発見
20

国内

放射光科学総合研淺田 征彦, 水谷 尚 第 31 回日本分子生物 2008

究センターにおけ志, 菅原 道泰, 海
11学会、第 81 回日本生化 年 12

るタンパク質 X 線

老原 章郎, 新海 暁 学 会 大 会 合 同 大 会 月

結晶構造解析実験

男, 倉光 成紀, 国

データの公開島 直樹

BMB2008

プレス発表
業務コード

実施年度

発表タイトル

掲載新聞名

20

理研のデータベース 理化学研究所プレ 2009 年 3 月
31
構築基盤の公開基準 スリリースをセマンティックウ
ェブに統一

図 1：プレス発表文のスクリーンショット

12

掲載日

２．４

活動（運営委員会等の活動等）

本補完課題実施機関である理化学研究所が関係するシンポジウム／ワークショップ開催、運営委員会の開催状況として、下記に 10 件の活動実績を示す。運営委員会の活動実績として、理化学研究所と中核機関の間でデータ受渡に関する具体的な仕様が詰められた。
概要

開催日

ワ ー ク シ ョ 2008/5/2
ップ
ワ ー ク シ ョ 2008/6/25
ップ

活動内容

参加者（敬称略）

補完課題と中核機関 研究代表者：豊田
中核機関関係者：高木の活動紹介
補完課題の活動紹介 研究代表者：豊田「植物オミックス統 研究分担者：関, 松井, 有田, 櫻井,黒森, 花田, 蒔田, 神沼合ＤＢワークショッ
プ」

運営委員会

2008/8/1

ワ ー ク シ ョ 2008/10/2-3
ップ

補完課題と中核機関 研究代表者：豊田の連携体制の話し合 研究分担者：神沼
中核機関関係者：西川,川本,中村,八い塚,大野
委託費内容説明（理研 研究代表者：豊田理事長ファンドワー 研究分担者：小林、神沼
中核機関関係者：西川、坊農
クショップ）

運営委員会

2008/10/10

作業部会

研究分担者：神沼
中核機関関係者：高木, 大久保, 他

運営委員会

2008/10/24

補完課題と中核機関 研究代表者：豊田の連携体制の話し合 中核機関関係者：永井、西川、中村、八塚い運営委員会2009/1/29

平成 20 年度進捗報告

運営委員会

2009/2/26

研究代表者：豊田研究分担者：国島, 浅田, 神沼
中核機関関係者: 高木, 大久保,永井,西川, 田畑, 中村
研究代表者：豊田
理研補完課題「シロイヌナズナオミックス 研究分担者：神沼
中核機関関係者: 藤澤、岡本、中尾
情報注釈」のための打合せ

シ ン ポ ジ ウ 2009/3/23

研究代表者：豊田研究分担者：神沼、蒔田
中核機関関係者: 藤澤、岡本、中尾
第 50 回日本植物生理 研究代表者：豊田ム

学会（名古屋大学）に 研究分担者：関、櫻井、松井

運営委員会

2009/3/10

同上て、「シロイヌナズナのオミックス統合データベース」
13

２．５

実施体制

アノテーション作業と中核機関へのデータ提供を円滑に行うために、理研ゲノム科学総合研究センターの豊田が責任者として全体のとりまとめを行い、下記アノテーション作業のインフラシステムの運用とデータ管理、および生成されたアノテーションデータの変換等の中間作業を主に担当する。トランスクリプトームについては理研植物科学研究センターの関・櫻井・花田がデータの解析に基づくアノテーションの作成を担当する。リソースについては理研バイオリソースセンターの深海がシロイヌナズナの保有リソース情報のデータ変換と提供を担当する。タンパク３０００のデータについては理研ゲノム科学総合研究センターの横山が責任者となり、中山、寺田が中心となって高等動植物等由来の蛋白質構造のアノテーシ
ョンとそれに付随する実験データのキュレーションを担当する。また微生物由来の蛋白質構造については理研放射光科学総合研究センターの国島が責任者となり、キュレーションは淺田が、アノテーションは国島・菅原が主に担当し、必要に応じて倉光・海老原が補助する。
また、プロジェクト全期間を通じて可能な限り新たなデータを追加することで、データベースのさらなる充実を図る。また、中核機関と連携して、データ変換ツールやインターフェース等を作成する。

平成 20 年度に於ける実施体制
研究項目

担当機関等

研究担当者

サブテーマ①（独）理化学研究所生命情報基盤研 ◎○豊田哲郎
シロイヌナズナオミックス情 究部門・部門長
報注釈（独）理化学研究所植物科学研究セ
関原明
ンター・チームリーダー（独）理化学研究所植物科学研究セ
櫻井哲也
ンター・ユニットリーダー（独）理化学研究所植物科学研究セ
花田耕介
ンター・研究員（独）理化学研究所植物科学研究センター・副グループディレクター
（独）理化学研究所植物科学研究センター・グループディレクター
（独）理化学研究所植物科学研究センター・研究員（独）理化学研究所バイオリソース
センター・室長

有田正規
松井南
黒森崇
深海薫

（独）理化学研究所生命情報基盤研
平田直彦
究部門・技師（独）理化学研究所生命情報基盤研
松下さとみ
究部門・リサーチアソシエート（独）理化学研究所生命情報基盤研
蒔田由布子
究部門・研究員

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（独）理化学研究所生命情報基盤研
神沼英里
究部門・研究員(独）理化学研究所生命分子システム○横山茂之
基盤研究領域・プロジェクトディレ
クター（独）理化学研究所生命分子システ
サブテーマ②
中山朋子
ム基盤研究領域・上級技師
高等動植物等由来蛋白質構造のアノテーション（独）理化学研究所生命分子システ
寺田貴帆
ム基盤研究領域・上級研究員（独）理化学研究所生命分子システ
吉良
ム基盤研究領域・特別研究員

聡(独）理化学研究所放射光科学総合研○国島究センター・グループ副ディレクタ
ー直樹(独）理化学研究所放射光科学総合研
菅原究センター・研究員

道泰(独）理化学研究所放射光科学総合研淺田究センター・リサーチアソシエイト

征彦

サブテーマ③(独）理化学研究所放射光科学総合研
微生物由来蛋白質構造のキュ
倉光 成紀
究センター・グループディレクター
レーションとアノテーション(独）理化学研究所放射光科学総合研
海老原 章郎究センター・チームリーダー(独）理化学研究所放射光科学総合研
新海究センター・チームリーダー

暁男(独）理化学研究所放射光科学総合研
水谷究センター・パートタイマー

尚志(独）理化学研究所放射光科学総合研
西村究センター・パートタイマー

友男

サブテーマ④（独）理化学研究所生命情報基盤研 ◎○豊田哲郎
アノテーションシステムの開 究部門・部門長
発運用とデータ変換（独）理化学研究所生命情報基盤研
小西史一
究部門・客員研究員（独）理化学研究所生命情報基盤研
小林紀郎
究部門・上級研究員（独）理化学研究所生命情報基盤研
吉田有子
究部門・技師（独）理化学研究所生命情報基盤研
望月芳樹
究部門・技師（独）理化学研究所生命情報基盤研
石井 学
究部門・テクニカルスタッフ

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