ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究開発実施報告書 様式

研 究 開 発 実 施 報 告□概要
研究開発課題名疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合

開発対象データベー
スの名称（URL）

疾患ゲノム多層オーミクス機能注釈データベース（DBKERO）(https:// kero.hgc.jp/)

研究代表者氏名

菅野 純夫

所属・役職

東京医科歯科大学 難治疾患研究所 非常勤講師 (2020 年 3 月時点)

□目次
§1. 研究実施体制....................................................................................... 2§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等 ................. 3（1）データベース一覧 ................................................................... 3（2）ツール等一覧 ............................................................................. 3§3. 実施内容................................................................................................. 4（1）本年度の研究開発計画と達成目標 ................................ 4（2）進捗状況 ....................................................................................... 9§4. 成果発表等......................................................................................... 15（1）原著論文発表 .......................................................................... 15③口頭講演 ......................................................................... 15④

ポスター発表 ............................................................... 16（4）知的財産権の出願（国内の出願件数のみ公開）.................................................................................................................... 16（5）受賞・報道等.......................................................................... 16①受賞 ................................................................................... 16②

メディア報道 ............................................................... 16③

その他の成果発表 ..................................................... 16①論文数概要 .................................................................... 15②

論文詳細情報 ............................................................... 15§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）.......................................................................................................................... 17（2）

その他の著作物（総説、書籍など） ................... 15

1. 進捗ミーティング ...................................................................... 17（3）国際学会および国内学会発表 .................................. 15

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリー①

概要 ................................................................................... 15

チ活動等 ................................................................................................ 17②

招待講演 ......................................................................... 15§1. 研究実施体制

グループ名

菅野グループ（医科歯科）
菅野グルー プ （ 東大）
土原グループ
徳永グル
ープ
井ノ上グル
ープ

研究代表者または主たる共同研究者
氏名

所属機関・役職名

研究題目

菅野 純夫

東京医科歯科大学・非常勤講師

DBKERO開発の総括と計算機基盤の整備

菅野 純夫

東京大学・客員共同研
究員

DBKEROとツールの開発

土原 一哉

がんゲノム多層オーミクスDBの開発と運用。

徳永 勝士

国立がん研究センター・分野長
東京大学・教授

井ノ上 逸朗国立遺伝学研究所

ヒトゲノム多型・変異データベースの拡充。

ヒトゲノム多型・変異データベースの拡充。

§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等（1）データベース一覧【主なデータベース】
No.

名称

1

DBKERO：疾患ゲ
ノム多層オーミク
ス機能注釈データベース【その他のデータベース】

別称・略称
DBKERO

URL
http://kero.hgc.jp/

No.

名称

1

BEACON SCAN

なし

http://dbtss.hgc.jp/cgi-bin/ucscBeacon/query

2

DBKERO
RDF
viewer
DBKERORDF
sparql endpointなし

http://kero.hgc.jp/rdf/なし

http://kero.hgc.jp/rdfs/services/kero/sparql.htm

3URL

別称・略称

4
5
（2）ツール等一覧
No.

1
2
3

名称

別称・略称

URL

§3. 実施内容（1）本年度の研究開発計画と達成目標
・IHEC-CREST データ
第 2 年次で CREST-IHEC 日本チームは全データ産出が完了し、その NBDC JGA データベースへの登録も完了した。第 3 年次では本データベースにおいても、全公開データについて収載を完了する。またブラウザ等での動作確認および種々の最終確認を行う。今回の Update をもって CREST-IHEC 関連データ収載の最終成果とする。ただし IHEC の他国産出関連データについては IHEC データポータルについてリンクを整備することで継続的なUpdate を行う。各国担当者との連絡は維持し、新規のデータ統合について具体的な要請があった場合、その実務を担当する。
表 3-2 IHEC 最終確定データセット
チーム

器官

検体数

金井班

肝臓金井班

データセット数
BS-seqRNA-seq

ChIP-seq

合計

8884864

腸管1212127296

金井班

胃1614163363

白髭班

血管内皮

54050188238

佐々木班

子宮内膜

42423010818013276116449641

合計

・HGVDB についても、第 2 年次までに全データの移設が完了している。最終確定データは以下表 3-3 に示す通りである。第 3 年次にはこれらについて、全データが正しく表示、検索されるか最終確認を行う。また全データを収載したデータベースを公開して利用者の拡大に努める。
表 3-3 HGVDB 最終確定データセット
疾患名スティーブンジョンソンズ症候群アルツハイマー(study 1)
アルツハイマー(study 2)
気管支喘息
脳動脈瘤
子宮内膜症
胃がん
C 型肝炎(study 1)
C 型肝炎(study 2)
C 型肝炎(study 3)
高血圧
ナルコレプシー
パニック障害2 型糖尿病
情動脱力発作を伴うナルコレプシー患者
HLA-DQB1*06:02 陰性真性過眠症
日本人原発性胆汁性肝硬変

検体数
Case 数

Control 数

117397752565
288
696752
90
99691
964
752
940
194825752
190
18785752
222
170752
409
125
487

76752
389
167
752
1562
562
476

B 型肝炎ウイルスキャリア、および、健常対照者
B 型肝炎ウイルスキャリア、および、B 型肝炎ウイルス排除群
B 型肝炎ウイルス排除群、および、健常対照者
HLA 配列データ 1
HLA 配列データ 2
HLA 配列データ 3

1811811841851857101184・CREST-IHEC、HGVDB の全データ収載完了を受けて、データの提供の枠組みを整備する。データポータルを設置して、1 次データについては NBDC JGA データベースへのリンクを、加工データについては独自に整備したデータセットを配布する枠組みを構築する。全体として、データポータル画面あるいはブラウザ表示画面から、簡便に目的とするデータをカテゴリーごとに一括取得できるようなシステムを開発、実装するものである。開発イメージ
図を図 3-6 に示す。
図 3-6 DBKERO データポータルの構築イメージ

左図はデータの一括取得選択画面、右図はディレクトリ型ダウンロードサイトのイメージ
・東北メガバンクと、データ公開条件等についての付帯条件を整理し、本データベースへの収載を進めるべく実務者協議を継続する。
・TogoVar DB において公開された BioBank Japan GWAS データおよびその他の JGA より一般公開された日本人ゲノム多型データについて、ブラウザを構築し、DBKERO に収載する（図 3-7）。本データについては、該当する頻度情報について、本データベースでの 2 次利用が可能か、その利用条件について十分に協議したうえで進める。
図 3-7 統合 Var データの収載イメージ

・先進ゲノム支援において、その研究期間終了時に論文発表が完了し、配列データが JGA・SRA より一般公開になったものは下表に示す通りである。またゲノム支援関連会議において、その公開協力を要請した。昨年度までに開発されたデータベースの枠組みを通じて、これらマウス等のモデル生物種多層オーミクスデータについて、データ生産者と協議して、本データベースからの公開を行う。過去の実績から下表の多くの支援案件について、実際の公開が可能となると考えている。
表 3-4 ゲノム支援公開予定データ
提 供 者
課題名
（敬称略）
大 島 正 大腸がん自然転移・再発モデルの伸開発による悪性化進展機構の研究
田 村 智 単核貪食細胞系の分化における遺彦
伝子発現制御機構の包括的解明
線虫の ASJ 温度受容ニューロンおよ久原 篤
び味覚受容ニューロンでの様々な温度刺激を与えた際の RNA-seq
秋 光 信 エフェクターと宿主標的分子間相互
佳 , 山 本 作用を基軸としたサルモネラ感染分
友子
子機構の解明長鎖ノンコーディングＲＮＡによる自秋光信佳
然免疫応答制御機構の解明
小 野 寺 ホウレンソウにおける性決定遺伝子康之
コード候補領域の絞り込み
後 藤 由 神経幹細胞の分化運命を決める統季子
合的メカニズムの解明
鈴 木 絢 ナノポアシークエンサーによるがん子細胞の変異検出およびフェーズ情データ種
データ件数
類

Acc#RNA-seq

36

DRA005647

ChIP-seq

2

PRJDB3411

RNA-seq

14

DRA004196

RNA-seq

20 + 18

DRA003692,
DRA003583

RNA-seq

12

DRA003694

RNA-seq2

DRA002981,
DRA006107

RNA-seq

6

GSE111916

RNA-seq

7

JGA00000000066

報解析手法の確立
久 場 敬 RNA 制御に基づいた心機能調節の司
分子機構解明と心不全治療応用
ナノポアシークエンサーによるがん鈴木 絢細胞の変異検出およびフェーズ情子報解析手法の確立
花成を制御するフィトクロムＢのシグ
松下智直
ナル伝達機構の解明
Regnase-1 の作用機構から探る自三野 享
然免疫応答における転写後調節の史解明
ナノポアシークエンサーによるがん鈴木 絢細胞の変異検出およびフェーズ情子
報解析手法の確立
藤 田 敏 in vitro enChIP 法の技術基盤の確次立およびゲノム機能解析への応用
藤 田 敏 in vitro enChIP 法の技術基盤の確次立およびゲノム機能解析への応用
ネギ属バイオリソースを用いたオミ
執行 正
クス統合解析のタマネギ育種への義
応用Regnase-1 の作用機構から探る自三野 享
然免疫応答における転写後調節の史解明

RNA-seq

6

GSE103629

WGS:2,WGS, TSS,
TSS:27,
Exome
Exome:23

DRA005894,
DRA005903
DRA005921.

TSS-seq

7

DRA005891

RNA-seq

4

DRA003215Ampliconseq

7

JGAS00000000065

ChIP-seq

7

DRA005236.

enChIPseq

4

DRA004361

RNA-seq30

DRA003209

RNA-seq

4

DRA006236

RNA:4,
ChIP:12,
RRBS:6

DRA004191,
DRA002605,
DRA002147,
DRA002148,
DRA002149,
DRA002150,
DRA002151,
DRA002152

17

DRA000858

4

DRA000864,DRA002612

遺伝子配列特異的エピジェネティ RNA-seq,
岩間 厚
ック制御によるマウス腹内側核の機 ChIP-seq,
志RRBS
能的性差形成遺伝子配列特異的エピジェネティ
岩間 厚
ック制御によるマウス腹内側核の機 ChIP-seq
志
能的性差形成転写産物の高精細プロファイリング
黒柳 秀による転写と転写後プロセシングの RNA-seq
人共役機構の解明

and・がん細胞における薬剤応答多層オーミクス摂動データ、シングルセルデータについて、論文発表が完了したものから公開を行う。
・申請者の研究室を始め、多くの研究室でロングリードシークエンスデータの産出が本格化している。これらのロングリードデータについて、申請者ら自身が産出したデータを模擬データセットに、ブラウザの開発・更新を行う。
実際、がんゲノム解析において、これまでの短鎖シークエンサーからは発見できなかったような構造多型が数多く見出されている。これらのロングリードデータの表示、検索には近年のグラフゲノム技術の活用が必須となる。関係者とも協議して、この観点から現在のブラウザについて抜本的な改変を行う必要がある。開発されるブラウザのイメージを以下に示す。
図 3-8 ロングリードブラウザの開発イメージ

予算額の縮小に対応して、当初計画について項目ごろに優先順位をつけて実施する。上位の項目を達成し、その成果について評価委員の確認を得た後に順次、次項目へと着手するものとする。

（2）進捗状況
・IHEC-CREST データ
第 2 年次に収載した CREST-IHEC 日本チームのデータをアップデートし、48 検体、171 データセットを追加した。
また、全データが正しく表示、検索されるかについて、ブラウザ等での動作確認および種々の最終確認を行った。
今回の Update をもって CREST-IHEC 関連データ収載の最終成果とする。ただし IHEC の他国産出関連データについては IHEC データポータルについてリンクを整備することで継続的な Update を行う。各国担当者との連絡は維持し、新規のデータ統合について具体的な要請があった場合、その実務を担当する。
表 4-1

IHEC 最終確定データセット
チーム

器官

検体数

金井班

肝臓

金井班

データセット数
BS-seqRNA-seq

ChIP-seq

合計

8884864

腸管12121272

96

金井班

胃

1614163363

白髭班

血管内皮54(+21)

050(+50)

188(+43)

238(+93)

佐々木班

子宮内膜

42(+27)42(+29)30(+30)108(+19)

180(+78)

132(+48)76(+29)116(+80)449(+62)641(+171)

合計※金井班の胃については非公開※カッコ( )内は 3 年次追加分

・HGVDB についても、第 2 年次までに全データの移設が完了している。これらについて、全データが正しく表示、検索されるか最終確認を行った。また全データを収載したデータベースを公開して利用者の拡大に努めた。
・CREST-IHEC、HGVDB の全データ収載完了を受けて、データの提供の枠組みの整備を行った。データポータルを設置して、1 次データについては NBDC JGA データベースへのリンクを、加工データについては独自に整備したデータセットを配布する枠組みを構築し、ブラウザ表示画面から、簡便に目的とするデータをカテゴリーごとに一括取得ができるインターフェースを作成した。詳細は「・ダウンロードポータルサイトの作成」に記載した。
・東北メガバンクと、データ公開条件等についての付帯条件を整理し、本データベースへの収載を進めるべく実務者協議を継続している。
・TogoVar DB において公開された BioBank Japan GWAS データおよびその他の JGA より一般公開された日本人
ゲノム多型データについて、https://togovar.biosciencedbc.jp/public/release/current/ から頻度情報のデータをダウンロードし、DBKERO に収載した（図 4-2）。本データについては、該当する頻度情報について、本データベースでの 2 次利用が可能か、その利用条件について十分に協議が必要なため、現在は非公開としている。
図 4-2 統合 Var データの収載イメージ

・先進ゲノム支援（科研費新学術領域）において、その研究期間終了時に論文発表が完了し、配列データがJGA・SRA より一般公開になったものは下表に示す通りである。また先進ゲノム支援関連会議において、その公開協力を要請した。昨年度までに開発されたデータベースの枠組みを通じて、これらマウス等のモデル生物種多層オーミクスデータについて、データ生産者と協議して、本データベースからの公開を行った。表 4-3 の支援案件について、データ公開を行った( https://kero.hgc.jp/data_portal )。
表 4-3 先進ゲノム支援公開予定データ
提 供 者
課題名
（敬称略）
大 島 正 大腸がん自然転移・再発モデルの伸開発による悪性化進展機構の研究
田 村 智 単核貪食細胞系の分化における遺彦
伝子発現制御機構の包括的解明
線虫の ASJ 温度受容ニューロンおよ久原 篤
び味覚受容ニューロンでの様々な温度刺激を与えた際の RNA-seq
秋 光 信 エフェクターと宿主標的分子間相互
佳 , 山 本 作用を基軸としたサルモネラ感染分
友子
子機構の解明長鎖ノンコーディングＲＮＡによる自秋光信佳
然免疫応答制御機構の解明
小 野 寺 ホウレンソウにおける性決定遺伝子康之
コード候補領域の絞り込み
後 藤 由 神経幹細胞の分化運命を決める統季子
合的メカニズムの解明
鈴 木 絢 ナノポアシークエンサーによるがん子細胞の変異検出およびフェーズ情

データ種
データ件数
類

Acc#

RNA-seq36

DRA005647

ChIP-seq

2

PRJDB3411

RNA-seq

14

DRA004196

RNA-seq

20 + 18

DRA003692,
DRA003583

RNA-seq

12

DRA003694

RNA-seq

2DRA002981,
DRA006107

RNA-seq

6

GSE111916

RNA-seq

7

JGA00000000066

報解析手法の確立
久 場 敬 RNA 制御に基づいた心機能調節の司
分子機構解明と心不全治療応用
ナノポアシークエンサーによるがん
鈴木 絢細胞の変異検出およびフェーズ情子
報解析手法の確立
花成を制御するフィトクロムＢのシグ
松下智直
ナル伝達機構の解明
Regnase-1 の作用機構から探る自三野 享
然免疫応答における転写後調節の史解明
ナノポアシークエンサーによるがん
鈴木 絢細胞の変異検出およびフェーズ情子
報解析手法の確立
藤 田 敏 in vitro enChIP 法の技術基盤の確次立およびゲノム機能解析への応用
藤 田 敏 in vitro enChIP 法の技術基盤の確次立およびゲノム機能解析への応用
ネギ属バイオリソースを用いたオミ執行 正
クス統合解析のタマネギ育種への義
応用
Regnase-1 の作用機構から探る自三野 享
然免疫応答における転写後調節の史解明RNA-seq

6

GSE103629

WGS:2,WGS, TSS,
TSS:27,
Exome
Exome:23

DRA005894,
DRA005903
DRA005921.

TSS-seq

7

DRA005891

RNA-seq

4

DRA003215

Ampliconseq

7

JGAS00000000065

ChIP-seq

7

DRA005236.

enChIPseq

4

DRA004361

RNA-seq30

DRA003209

RNA-seq

4

DRA006236

RNA:4,
ChIP:12,
RRBS:6

DRA004191,
DRA002605,
DRA002147,
DRA002148,
DRA002149,
DRA002150,
DRA002151,
DRA002152

17

DRA000858

4

DRA000864,DRA002612

遺伝子配列特異的エピジェネティ RNA-seq,
岩間 厚
ック制御によるマウス腹内側核の機 ChIP-seq,志RRBS
能的性差形成遺伝子配列特異的エピジェネティ
岩間 厚ック制御によるマウス腹内側核の機 ChIP-seq
志
能的性差形成転写産物の高精細プロファイリング
黒柳 秀による転写と転写後プロセシングの RNA-seq
人共役機構の解明

and・がん細胞における薬剤応答多層オーミクス摂動データ、シングルセルデータについて、論文発表が完了したものから公開を行った。
・研究代表者らの研究室を始め、多くの研究室でロングリードシークエンスデータの産出が本格化している。これらのロングリードデータについて、研究代表者ら自身が産出したデータを模擬データセットに、ブラウザの開発・更新を行った。実際、がんゲノム解析において、これまでの短鎖シークエンサーからは発見できなかったような構造多型が数多く見出されている。これらのデータを可視化するブラウザの開発を行っている (図 4-3)。

図 4-3 ロングリードブラウザのイメージ(左ドットプロット、右 CIRCOS 風構造変異ビューワ)

予算額の縮小に対応して、当初計画について項目ごろに優先順位をつけて実施している。上位の項目を達成し、その成果について評価委員の確認を得た後に順次、次項目へと着手する。
・ ダウンロードポータルサイトの作成
DBKERO に収載されるデータの利活用を促進するために、データ取得の利便を図った。データポータルを作成し、簡便にかつ一括して Raw データを取得できる枠組みを構築した(https://kero.hgc.jp/tool/data_portal.html)(図 4-4)。
図 4-4 DBKERO データポータルサイト

目的のデータをデータマトリクスや、データカテゴリーのチェックボックスから絞り込み、リスト画面や Batch
download ボタンから搭載データをダウンロード可能とした。既に来年第 4 年次公開予定であった 2,227 件の投入は完了し、さらに、GWAS、薬剤摂動に関するデータを加え合計 2,573 件のデータをダウンロード可能とした。
次年度はさらに、先端ゲノム支援に関連する論文化されたデータ(現在のところ表 4-3 に示した 20 課題を予定)を公開し、データポータルからダウンロード可能になる予定である。
表 4-4 ダウンロードポータル搭載済みデータセット数
Assay type
ProjectTotalATAC-Seq

ChIP-Seq

RNASeq

BSSeq

Resequence

ChromHM
MIHEC

0423

1055500Single cell

001,16300Nanopore

0000Cancer Cell
Line0216

53GWAS

00Drugperturbation

1060TSSSeq

CNVSV

GWAS

0000583000001,163

30000032678

272626260478

00000001414226

0000000332

Total

106

639

1,547

8181

27

26

2626142,573

・ RDF 化の完了と NBDC RDF ポータルへの完全移行
RDF 化について、肺腺癌 26 細胞種 ChIP-Seq ピーク情報の全データセットについて完了した。2019 年度までに設計が完了した RDF スキーマに則て、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータを成形し、NBDC が運用する RDFポータルを通じて公開を進めている。実験条件等についての詳細メタデータについても、RDF 化に向けて協議を進めている。関係者と協議し最終的に完成したトランスクリプトーム、エピゲノムのスキーマを図 4-5 に示す。第 4
年次は IHEC 日本担当分のデータの RDF 化を進める予定であるが、そのデータセット数を表 4-5 に示す。既に
ChIP-Seq ピーク情報の一部のデータ(肝臓及び腸管)についてはトリプルストアへの投入を開始している。
図 4-5 RNA-seq 発現量(左)及び、ChIP-seq ピーク情報(右)のスキーマ図§4. 成果発表等（1）原著論文発表① 論文数概要
種別

国内外

件数

国内（和文）

0件

国際（欧文）

1件

未発行論文

国内（和文）

0件(accepted, in press 等)

国際（欧文）

0件

発行済論文② 論文詳細情報
1. Suzuki A, Onodera K, Matsui K, Seki M, Esumi H, Soga T, Sugano S, Kohno T, Suzuki Y, Tsuchihara K,“Characterization of cancer omics and drug perturbations in panels of lung cancer cells.”, Scientific
Reports, vol. 9, No. 1, Article number: 19529, 2019 (DOI: 10.1038/s41598-019-55692-9).
（2） その他の著作物（総説、書籍など）
該当なし（3） 国際学会および国内学会発表
① 概要
種別

招待講演
口頭発表
ポスター発表

国内外

件数

国内

1件

国際

2件

国内

1件

国際

2件

国内

0件

国際

1件

② 招待講演〈国内〉
1. 鈴木穣、ゲノム解析技術の進展、共同利用・共同研究拠点「マルチオミックスによる遺伝子発現制御の先端的医学共同研究拠点」シンポジウム、横浜市立大学 福浦キャンパスヘボンホール、2020/2/13〈国際〉
1. Yutaka Suzuki, “Single Cell Analysis Reveals the Heterogeneity of Cancer Cells: Lessons from theAnalyses of Adult T Cell Leukemia and Lung Cancer Cells”, The 28th KOGO Annual Conference 2019,
Sejong Convention Center, Seoul, Korea, September 4-6, 2019
2. Yutaka Suzuki, "Identification and characterization of a new class of cancerous structural variations
using PromethION", Nanopore Tech Tour, Beijing, China, September 23, 2019
③ 口頭講演〈国内〉
1. 鈴木 絢子, Sereewattanawoot Sarun, 土原一哉, 鈴木穣「トランスクリプトームモジュールによるがんの新規層別化」（口頭発表+ポスター）第 42 回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡, 2019 年 12 月 3-6 日〈国際〉
1. Suzuki A, Sakamoto Y, Suzuki Y. “Characterization of complicated structural variants with local copynumber changes in lung cancer genomes using PromethION”. (selected flash talk + poster), Advancesin Genome Biology and Technology (AGBT) 2020 General Meeting. 米・Marco Islands, February, 2326, 2020
2. Suzuki A, Sakamoto Y, Suzuki Y. “Identification of a new class of structural aberrations in lung cancer
genomes using a long read sequencer”. (selected short talk), The 13th international Workshop on
Advanced Genomics (13AGW), 東京・学術総合センター 一橋講堂, June 26-27, 2019④ ポスター発表
〈国内〉
該当なし
〈国際〉
1. Yutaka Suzuki, “Integration of the Panel Sequencing and In-Depth Single Cell Analyses Reveals theClonal Evolution of Adult T Cell Leukemia Cells”, Advances in Genome Biology and Technology (AGBT)2020 General Meeting, 米・Marco Islands, February 23-26, 2020

（4）知的財産権の出願該当なし（5）受賞・報道等① 受賞
該当なし② メディア報道
該当なし③ その他の成果発表
該当なし§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）
1. 進捗ミーティング2019 年 4
チーム内ミーティング
月 26
（非公開）
2019 年 5
チーム内ミーティング
月 29 日
（非公開）

東京大学柏キャンパス
東京大学柏キャンパス

4人
4人

進捗状況確認のためのミーティング
同上

東京大学柏キャンパス東京大学柏キャンパス
国際医療センター(外山)東京大学柏キャンパス
東京大学柏キャンパス

4人

同上

4人

同上

5人
4人

投入データのデータ処理等についての打ち合わせ
同上

4人

同上

2019 年 6
月 20 日2019 年 7月 26 日2019 年 8月1日
2019 年 8月 23 日2019 年 9月 25 日

チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング2019 年 10月2日2019 年
12 月 20 日

チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング

東京大学柏キャンパス
東京大学 柏キャンパス

4人

同上

3人

2020 年
1月8日

チーム内ミーティング

東京大学 柏キャンパス

3人

DBKERO の機能・ユーザインタフェース改良について打ち合わせ
DBKERO の機能・ユーザインタフェース改良について打ち合わせ2020 年 1
月 23 日、24 日

SPARQLthon88 にて
RDF 化に係わるスキーマ設計に関する打ち合わせRDF 化に係わるスキーマ設計に関する打ち合わ
せSPARQLthon89 にて
RDF 化に係わるスキーマ設計に関する打ち合わせDBCLS 柏ラボ

3人

ChIP-Seq ピーク情報の RDF化に関する打ち合わせ。スキーマの設計について

DBCLS 柏ラボ

3人

DBCLS 柏ラボ

3人

上記に加え、抗原・抗体の表現方法について意見の取り交
わし・ChIP-Seq ピーク情報の RDF
化に抗体・抗原についての表現方法について合意
・IHEC の RNA-Seq 結果のRDF 化について相談2020 年 2月 19 日2020 年 2月 20 日,
21 日

チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ活動等
年月日

名称

場所

2019 年 12月3日

第 42 回日本分子生物学会年会 フォーラム（チュートリアル企画）「生命科学のデー タベー ス活用法 2019」第 42 回日本分子生物学

福岡国際会
議場

30 人

目的：データベースの一般への利用と普及の促進
概要：DB の紹介

福岡国際会

30 人

目的：データベースの一般へ2019 年 12

参加人数

目的・概要

年月日

名称

月 3-6 日会年会 特別企画「使ってみようバイオデータベース―つながるデータ、広がる世界（BioDB）」

場所

議場

参加人数

目的・概要の利用と普及の促進
概要：DB の紹介

以上

別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

正式名称

別称・略称

ヒト疾患多層オーミク DBKERO
スデータベース

1

概要

本データベースはヒトゲノム多型・変異に生物学的機能注釈を与えるべく、ゲノム変異位置、近傍のエピゲノム（ヒストン修飾、DNAメチル化パターン）、トランスクリプトーム情報（発現量、スプライスパターン）をヒトゲノム情報に統合したものである。特に、培養細胞系あるいは生物種を超えてマウスをはじめとする動物モデル系から得られたオミクスデータに焦点を当てている。

URL

https://kero.hgc.jp/

公開日

2015/7/9

状態

分類

関連論文

Ayako Suzuki, Shin Kawano, Toutai
Mitsuyama, Mikita Suyama, YaeKanai, Katsuhiko Shirahige,Hiroyuki Sasaki, Katsushi
Tokunaga, Katsuya Tsuchihara,
Sumio Sugano, Kenta Nakai, Yutaka
データ Suzuki. ”DBTSS/DBKERO for
維持・発展
ベース等 integrated analysis oftranscriptional regulation.” NucleicAcids Res. 2018 (Database issue).