各研究項目今季からのPGDBjの構成についてかずさDNA研究所・磯部（１）ゲノム横断的関連情報表示サイトの開発かずさDNA研究所・平川（２） 種を超えたゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築大阪大学・中谷（３） カスタム型多型・ハプロタイプ検出システムの構築かずさDNA研究所・磯部（４） PGDBjコンテンツの更新かずさDNA研究所・平川今季からのPGDBjの構成についてかずさDNA研究所・磯部祥子現在のコンテンツVersion 1として当面運用http://pgdbj.jp/・NBRPリソース情報遺伝研, 理研BRC, 14 生物種（約150万件）・イチゴ、カーネーション他（かずさDNA研）6 生物種（約85万件）・カンキツDB (近畿大、果樹研)約900種分＋INSDC他配列・形質情報（約66万件）・65植物種のゲノム関連情報・文献約1,200報より収集したDNAマーカー（約26万件）QTL（約16,500件）今季から構築するDBVer2.0として構造を変えるGenomeGeneVariantデータを大幅追加DNA研（DB構築)阪大（類似性検索法）各植物種のDBを前面にだすMarkerVariant前期までのコンテンツカスタム型Variant検出システム＜育種向け＞分けなくても使いやすいユニバーサルデザイン高度な検索は＜Genome＞と統合Resource(cDNA clone）Resource=物理的に配布するコ
ンテンツとする＜Omicsデータ＞はGenome/GeneへGenome/Gene/Variant「(1)ゲノム横断的関連情報表示サイトの開発」統合DB（PGDBj)独立したDB間のデータをリンク構造が類似しているDB（かずさDNA研究所で構築）で基本構造を検討ゲノム配列、遺伝子、DNAマーカー
RNA-Seq配列多型・ハプロタイプ（NCBIのSRAから独自に検出）

リンクの整備「(2)種を超えたゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築」Genome/Gene/Variant
既存のDB～5年次統合DB（PGDBj)かずさDNA研外で構築された既存のDB上のデータとリンク（要交渉）

既存のDB論文公開・DDBJ等に登録のみでDBが構築されていないデータ

新規情報新規情報新規に公開されたデータ新規情報
既存のDB

リンクの整備「(2)種を超えたゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築」（１）ゲノム横断的関連情報表示サイトの開発かずさDNA研究所・平川英樹

（１）ゲノム横断的関連情報表示サイトの開発植物関連情報へのアクセスを容易にして幅広いユーザの利便性を高めるPGDBｊ（Plant Genome DataBase Japan; http://pgdbj.jp）
マーカーDB

ホモログDBこれまでにキュレーションした内容・DNAマーカー（６５種、約２６万件）・QTL（４５種、約１万４千件）

リソースDB・これまでにキュレーションしたDNAマーカー、QTL情報のゲノムブラウザ上への集約・今期に収集する情報のゲノムブラウザ上への集約ゲノムワイドな多型データ（GWAS、RAD-Seq、QTL-Seqなど）、LD、原因遺伝子・新規植物や変異体の全ゲノム構造情報を表示するシステムの構築・SRAデータのキュレーション、多型検出を行い、ユーザが利用しやすい形で提供

対象植物種かずさDNA研究所で解読した１１植物種科名学術名

アブラナ科マメ科和名

ゲノム配列R aphanus sativus

ダイコンLotus japonicus

ミヤコグサPseudomoleculePseudomoleculeScaffold第二期までに対象とした植物種のうちPseudomoleculeとして解読された２７植物種科名
マタタビ科学術名和名A ctinidia chinensisキウイフルーツA rabidopsis lyrataミヤマハタザオB rassica napusセイヨウアブラナB rassica oleracea

キャベツTrifoium subterraneum

サブクローバイネ科Zoysia japonicusシバPseudomoleculeバラ科Fragaria ×ananassaイチゴScaffoldB rassica rapa

ハクサイC apsella rubella

ルベラナズナC itrullus lanatusスイカC ucum is m eloメロンナス科
ヒルガオ科S olanum m elongenaナスScaffoldIpom oea trifidaサツマイモ野生種Scaffold

アブラナ科ウリ科

ナデシコ科D ianthus caryophyllusカーネーションScaffoldタデ科Fagopyrum esculentumソバScaffoldC ucum is sativus

キュウリScaffoldC icer arietinum

ヒヨコマメScaffoldG lycine m axダイズM edicago truncatulaタルウマゴヤシTrifolium pratense

アカクローバ

フトモモ科E ucalyptus cam aldulensis ユーカリトウダイグサ科 Jatropha curcus

ジャトロファマメ科植物種は適宜追加するニンジンペチュニアヒマワリ
アズキキヌアアサガオイチジクマスタードレタスオオムギチャ
ホウレンソウTheobrom a cacaoカカオ

バショウ科M usa acum inataバナナゴマ科S esam um indicumゴマイネ科バラ科ナス科ブドウ科B rachypodium distachyon セイヨウヤマカモジS etaria italicaアワFragaria vescaエゾヘビイチゴM alus ×dom esticaリンゴP runus persicaモモC itrus sinensis

オレンジP opulus trichocarpaポプラC apsicum annuum

トウガラシS olanum lycopersicumトマトS olanum tuberosum

ジャガイモV itis viniferaヨーロッパブドウゲノムブラウザに掲載する情報収集されたゲノムワイド多型情報の掲載実験や文献などから収集した多型情報The Plant Journal,2013, 74, 174–183ゲノムワイド多型データNature, 2014,507, 371–375PLoS ONE, 7, e37135GWAS
RAD-Seq
QTL-SeqLD原因遺伝子（Fruit ripening、Softning、Anthocyanin biosynthesis、Volatilesなど）SRAデータから検出された多型情報・ 低ヘテロ接合性、高ヘテロ接合性、高次倍数体など多様VCFとタブ区切りファイルの提供（ユーザがホモ/ヘテロ判定を実施）・ SNPの遺伝子機能への影響に関する情報を提供（High impact：ナンセンス変異、非同義置換など、Moderate impact：変異）ミヤコグサ サブクローバ

キャベツスイカトマト新規サーバの構築＊新規サーバの構築・PGDBj（plantdb: RHEL5）・PGDBjテストサーバ（ライン社）・togodb（RHEL6）・togodb2（マーカーキュレーションシステム：RHEL6）・BLASTサーバ（RHEL6）・PGDBj（新サーバ： RHEL7）・PGDBjテストサーバ（新サーバかずさに設置）・togodb（RHEL6）・togodb2（マーカーキュレーションシステム：RHEL6）・BLASTサーバ（RHEL6）＊JBrowseのテストサーバの構築プラグインのインストールgwasviewer、multivariantviewer、myvariatntviewer、BlastView、FeatureSequence、fastloadermultivariantviewergwasviewer研究開発スケジュール～第３年次末収集した情報のゲノムブラウザへの集約DNAマーカー、QTL情報・第二期までに対象とした植物種３５種（Pseudomolecule）・かずさDNA研究所で解読した植物種１６種（Pseudomolecule：３種）・遺伝子、転写産物（RNA-Seq）など今期から収集する情報・ゲノムワイド多型データGWAS、RAD-Seq、QTL-Seq、LDなど・原因遺伝子など・SRAデータを用いた品種間多型gwasviewer新規植物や変異体の全ゲノム構造情報を表示するシステムの構築multivariantviewer～第５年次末・ 新規植物や変異体の全ゲノム構造情報を表示するシステムの実装Phytozome、Ensembl Plants、PlantGDB、plaBi（Pseudomolecule）・ ゲノム比較ツールの開発（ユーザが実行できる）ゲノム配列全体の比較（多型、転座）、品種の形質と遺伝子型、ゲノム構造との相関解析（２） 種を超えたゲノム情報統合のためのデータリンク基盤の構築大阪大学・中谷明弘

（3）カスタム型多型・ハプロタイプ検出システムの構築かずさDNA研究所・磯部祥子植物も個体ゲノム時代に本格的に突入
SNP検出ハプロタイプ検出既存のGUIベースのパイプライン・多検体処理（例：分離集団）に対応していない・GUI付きは利用できるリファレンスが限られている。
・植物ではあまり整備されていない(倍数性種への対応なし）ユーザーがリードデータを投げ込み多型（SNP、Indel、CNV、SV)を検出するシステムの構築（～３年次）ハプロタイプ検出システムの構築（～５年次）

達成目標達成目標（～第３年次末）①カスタム型多型検出システムの構築・ ユーザが取得したNGSデータをアップロードすることで多型を検出・ 参照配列はPGDBjに格納されたものからユーザが選択②ハプロタイプ検出システムの構築・ SNP表など多型データをアップロードすることでLDやハプロタイプブロックを検出、表示・ ハプロタイプ検出プログラムの評価、解析プログラムの開発も視野達成目標（～第５年次末）①システムで開発解析した結果をブラウザ上で確認する機能の開発・ 課題（１）で構築するゲノム横断的関連情報表示サイトとの連携・ 検出したLDやハプロタイプブロックからヘテロ系統に対してゲノム全体のハプロタイプを同定できるシステムの開発ハードウエアの整備＊新規回線の契約＊新規サーバの構築DELL PowerEdgeR430Xeon E5-2698 v4 2.2 GHz, 50 cache, 20C/40T× 232 GB RDIMM10 TB SATA × 4 (RAID01)カスタム型多型検出システムの構築①カスタム型多型検出システムの構築・ ユーザが取得したNGSデータをアップロードすることで多型を検出・ 参照配列はPGDBjに格納されたものからユーザが選択かずさ内部で使用しているSNP解析パイプラインの改変直列で処理するシステムの構築対象植物種・Pseudomolecules/PGDBjに格納SNP解析パイプライン（内部版）（4）PGDBjコンテンツの更新かずさDNA研究所・平川英樹

（４）PGDBjコンテンツの更新新しいデータを追加することで最新の情報を公開する従来マーカーDBDNAマーカー：６５種、約２６万件QTL：４５種、約１万４千件

ホモログDB緑色植物：４０種、約１１４万配列ラン藻：２１３種、約８０万配列

横断検索API
リソースDB横断検索（メタボローム）１５種
１５４万件６種、８５万２千件約９００個体のカンキツ在来種RDF: マーカーDB：約１４９万件KNapSAcK MassBaseリソースDB：約１３８万件ホモログDB：約１００１万件データの更新・追加、植物種の追加PGDBjコンテンツの更新の方針従来のコンテンツ・・・・新たなコンテンツDNAマーカー（６５種、約２６万件）QTL情報（４５種、約１万４千件）
リソースDB
ホモログDBゲノムワイド多型に関するデータ・ GWAS、RAD-Seq、QTL-Seq、LD・ SRAデータ新たな植物種（適宜実施）

・ RDF化・ オントロジーの採用（GO、TO、POなど）・
・・・他課題との横断検索

DB構成の変更ユーザーインターフェースの開発、利用マニュアルの整備キュレーションの自動化
更新の自動化PGDBjコンテンツの更新（実施内容）コンテンツの更新・ DNAマーカー、QTLについてマニュアルキュレーションを適宜に実施（２０１０年以降の文献を調査）・ ゲノムワイド多型に関する文献（GWAS、RAD-Seq、QTL-Seq、LDなど）・ リソース情報についても適宜に登録・ 植物種の追加（新たに解読された植物種（Pseudomolecule））

キュレーションの自動化・ センテンスキュレーションPubAnnotation/PubDictionariesPubTatorRESTful APIでコマンドラインで文章を抽出することが可能スクリプトの作成（辞書作成、オントロジー化）研究開発スケジュール達成目標（～第３年次末）コンテンツの更新・ DNAマーカー、バイオリソース関連についてマニュアルキュレーションを適宜に実施・ ユーザーインターフェースの開発、利用マニュアルの整備キュレーションの自動化・ センテンスキュレーションをローカルで実施するためのツール開発・ RDF化（PGDBjコンテンツ、新たなコンテンツ（植物種、ゲノムワイド解析など））DB構造の変更達成目標（～第５年次末）すべての植物種についてのコンテンツの更新・ キュレーション（DNAマーカー、QTL、ゲノムワイド多型）
・ RDF化・ オントロジーの整備
更新の自動化・ ゲノム情報の収集・ DBの運用・管理