TSUBAME利用法 入門編(Linux基礎)

東京工業大学 学術国際情報センター

目次
•
•
•
•
•
•

TSUBAME4概要
Linuxの概要
ファイル操作各種コマンドプログラムの実行
利用環境

東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME4概要
•
•
•
•
•
•

TSUBAME4とは
機器詳細
商用アプリケーション
サービス内容計算ノードの利用
センターホームページの活用

東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME4とは• 2024年4月1日に東京工業大学学術国際情報センター(GSIC)に導入されたスーパーコンピュータ••••••倍精度総理論演算性能:66.8PFLOPS
半精度総理論演算性能:952PFLOPS
総主記憶容量:180TiB
総SSD容量:327TB
総HDD容量:44.2PB
200Gbps高速ネットワーク(システム内)

東京工業大学 学術国際情報センター

特徴• AI時代に即した演算性能とストレージ– 計66.8PFlops(倍精度)の演算性能 ・・・ TSUBAME3.0の5.5倍
NVIDIA H100 GPU 総計960枚
AI分野で注目されている、半精度なら952PFlops
計44PBの共有ストレージ容量
高速共有ストレージ(SSD)の追加• 様々な利用形態への対応– Webベースでも、これまで通りSSHでも– 4コアの資源タイプから高並列・マルチGPUジョブ向けまで• TSUBAME3などのソフトウェアはほぼそのまま稼働– x86_64 CPU + NVIDIA GPU + Linux OSという組み合わせ
東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME4システム概念図

東京工業大学 学術国際情報センター

機器詳細 (1)• 計算ノードHPE Cray XD665 240ノード
演算部名

CPU
コア数/スレッドメモリ
ノード構成（１台あたり）
GPU
SSD
インターコネクト

計算ノード

240台

AMD EPYC 9654 (2.4GHz) × 2CPU
96コア / 192スレッド × 2CPU
768GiB
NVIDIA H100 SXM5 94GB HBM2e × 4
1.92TB NVMe U.2 SSD
InfiniBand NDR200 200Gbps × 4

東京工業大学 学術国際情報センター

機器詳細 (2)• ストレージ
用途
高速ストレージ領域
Homeディレクトリ
大容量ストレージ領域
共有アプリケーション配備
ローカルスクラッチ領域

マウント

容量

ファイルシステム/gs/fs
/home

372TB

Lustre/gs/bs/apps/local

44.2PB

Lustre

各ノード1.92TB

xfs（SSD)• ソフトウェア– OS:RedHat Enterprise Linux Server 9.3– 商用アプリケーション/別ページ参照

東京工業大学 学術国際情報センター

商用アプリケーション一覧
ソフトウェア名

概要

ANSYS

解析ソフトウェア

ANSYS/Fluent

解析ソフトウェア

ANSYS/LS-DYNA

解析ソフトウェア

ABAQUS

解析ソフトウェア

ABACUS CAE

解析ソフトウェア

Gaussian

量子化学計算プログラム

GaussView

量子化学計算プログラム プリポストツール

AMBER

分子動力学計算プログラム

Materials Studio

化学シミュレーションソフトウェア(材料系)

Mathematica

数式処理ソフトウェア

COMSOL

解析ソフトウェア

Schrodinger

化学シミュレーションソフトウェア

MATLAB

数値計算ソフトウェア

Arm Forge

デバッガ

Intel oneAPI Compiler

コンパイラ

NVIDIA HPC SDK Compiler

コンパイラ

東京工業大学 学術国際情報センター

提供アプリケーションはmoduleコマ
ンドで環境のロード/パージが可能

Gaussian,デバッガおよびコンパイラ
以外は原則学内ユーザのみ利用可
能TSUBAME4.0のアプリケーション• 商用アプリケーションの利用に対するポイント課金あり• TSUBAMEポータルから各ユーザごとに申請が必要• ユーザの申請権限はグループ管理者が付与する

東京工業大学 学術国際情報センター

サービス内容• 計算ノード利用– 240ノードの計算ノードHPE Cray XD665を利用可能
計算ノード利用イメージは，別ページ参照• ストレージ利用– homeディレクトリ(制限 25GiB)：無償• 各自のホームディレクトリは，/home/［0-9］/アカウント名• システムの全マシンから，アクセス可能– 高速/大容量ストレージ領域(購入期間中は永続)：有償• Lustreファイルシステムで構成されるグループディスク領域• 高速はSSD,大容量はHDDで構成されている– スクラッチ領域(ジョブ利用中のみ)• ローカル/共有スクラッチ領域– SSDで構成されるローカルスクラッチ領域、ジョブが終わると消滅

東京工業大学 学術国際情報センター

有償サービスの範囲••••

計算ノードを使った計算(従量制の利用)
計算ノードの事前予約
定額制による月単位のノード確保(TSUBAME4で導入)
一部商用アプリケーションの利用(TSUBAME4で導入)– TSUBAME4内での利用 (月額制・ユーザ毎)– アプリケーション配布を受けて研究室内で利用 (年額制・研究室毎)• TSUBAMEの有償サービスを利用する場合、「TSUBAME4 ポイント」というものを
TSUBAME4ポータルで購入して、上記各サービスと交換
TSUBAME4ポイントの有効期限は年度内・繰り越し不可

東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME利用の流れ[受講者]は2まで終了済みという前提
円滑な利用のためにはTSUBAMEポイントが必要となります。

1. TSUBAMEアカウント取得
2. SSH鍵ペアの作成と公開鍵の登録(本講習はパスワード利用)
3. グループの作成[グループ管理者のみ]
4. グループの各種設定–
支払いコードの登録 [グループ管理者のみ]–
ポイント購入 [グループ管理者(サブを含む) 、権限付与された物]–
グループへのユーザを追加 [グループ管理者(サブを含む) 、権限付与された者]–
グループメンバへの権限付与 [グループ管理者(サブを含む)]–
グループディスクの設定 [グループ管理者、権限付与された者]–
予約設定 [グループ管理者(サブを含む) 、権限付与された者]–
アプリケーションの利用申請 [グループ管理者、権限付与された者]…上記は一例

5. 利用(ジョブ投入、OOD利用)
東京工業大学 学術国際情報センター

学内は基本的に
TSUBAMEポータルで実施

計算ノードの利用について• 大きく下記の2種類あります。
• 本講習はLinux講習のため前者の利用について主に紹介します。
– SSH接続をつかったCLIでの利用– Open onDemandを使ったWebブラウザ上での利用

東京工業大学 学術国際情報センター

計算ノード利用(SSH)• ログイン(SSH鍵認証のみ)– 研究室内PCなどより，sshコマンドを実行．
自動的にログインノードのいずれか(login1/login2)にログインされる．
※ログインノードでは計算、サーバ起動など負荷がかかる利用は禁止されており、制限にかかった場合は自動的に実行しているプログラムが停止されます。VS Code等サーバを起動するような高負荷なIDE
環境を利用している場合はログイン時に多くのプロセスを生成しログイン後に何もできない状態になったりします。

※ログインに使うSSH公開鍵をアップロードする必要がある「TSUBAME4.0ポータル利用説明書」参照
端末

login.t4.gsic.titech.ac.jp
login1login2
負荷分散によりloginノードのどちらかにログイン

東京工業大学 学術国際情報センター

計算ノード利用(SSH)
ジョブは240ノードある計算ノードのいずれかで実行されるユーザによるノード指定は基本的に出来ない• インタラクティブジョブ(小、中規模ジョブ)– ログインノードから，ジョブ投入用コマンドqrshを利用して実行$ qrsh -l資源タイプ-l 確保時間 -g TSUBAME4グループ– インタラクティブノード上で実行$ ./a.out• バッチジョブ(中、大規模ジョブ)– ログインノードから，ジョブ投入用コマンドqsubを利用して実行$ qsub -l 資源タイプ -l確保時間 -g TSUBAME4グループ job.sh

ノードは，いくつかの資源タイプに分かれている→資源タイプは，「利用の手引き」参照
東京工業大学 学術国際情報センター

計算ノード利用(Open onDemand)• https://ood.t4.gsic.titech.ac.jp/
intaractiveとついているappは学内無償(インタラクティブキューの制限)

利用にあたってはパスワードの登録とTSUBAMEに登録したメールが受け取れる環境が必要

詳細はOpen OnDemandの利用の手引きを参照
https://www.t4.gsic.titech.ac.jp/docs/ood/
東京工業大学 学術国際情報センター

Webページなどのご紹介• TSUBAME4計算サービス– https://www.t4.gsic.titech.ac.jp/
全ての案内はここから到達可能• TSUABME4ポータル– https://portal.t4.gsic.titech.ac.jp/
SSH鍵登録・TSUBAME4ポイントの購入など• X (旧Twitter)– @titech_Tsubame
速報的な情報の広報は計算サービスサイトのトップページとXにて行っております。
問い合わせはTSUBAME4計算サービスページ内、「お問い合わせ」のウェブフォームまで
過去の回答メールのアドレスに直接送信はご遠慮ください

東京工業大学 学術国際情報センター

Linuxの概要
•
•
•
•
•
•

Linuxの概略
ログイン
リモートログイン、ログアウトの仕組み
ターミナル
TSUBAMEへのログイン
ログアウト

東京工業大学 学術国際情報センター

Linuxの概略• LinuxはLinuxカーネルを利用したOS• Linuxはマルチタスク/マルチユーザーのOS– 複数のユーザーが同時に使える– 利用者が誰か、正当な利用者かどうか• 多様性の高いLinuxディストリビューション
– debian– slackware linux– SUSE Linux Enterprise Server (SLES)– Red Hat Enterprise Linux (RHEL)– CentOS…

東京工業大学 学術国際情報センター

ログイン• 利用者が誰か、利用者が正当な利用者であるかどうかの認識をする。
• Linuxにログインするときはログイン名とパスワードが必要となる。

______-000 へようこそ
ログイン名 : ______
パスワード : ______

必要事項を入力後に認証されて使用可能となる

東京工業大学 学術国際情報センター

リモートログイン• 遠隔地にあるホストを、現在のホストから使用する• コマンドとしては telnet，rlogin, ssh など• TSUBAMEではセキュリティの高い鍵認証sshを導入
Terminal

認証
作業[GSIC@t4support ~]$ ssh login.t4.gsic.titech.ac.jp -l GSIC -i ~/.ssh/id_ecdsa
Last login: Tue Oct 3 09:26:54 2017 from 131.112.3.100
GSIC@login1:~>
GSIC@login1:~> top
GSIC@login1:~> exit
接続終了
logoutConnection to login1.t4.gsic.titech.ac.jp closed.
[GSIC@t4support ~]$以降でてくるユーザ名のGSICやux00000は例です
実際は自分のTSUBAME4のアカウント名を利用して下さい
端末ではシェルによって異なりますが以下のような表記となります
ユーザ名@ホスト名：ディレクトリ

東京工業大学 学術国際情報センター

端末(ターミナル)• Linux利用時は標準的な端末(ターミナル)を使用します• 古くは汎用機などへ接続するためのハードウェアである端末装置のことを指したが、ソフトウェア化した仮想端末のこと• ターミナルはCLI（コマンドラインインタフェース ）のための環境を提供し、CLIでは処理の自動化が容易でネットワーク負荷も低く、自動補完・履歴確認、入出力の切り替えの容易さや先行入力が可能といった、なれたユーザにとっては多くの利点があります。
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$東京工業大学 学術国際情報センター

Windows用ターミナルからの利用• Cygwin/PuTTY/RLogin/MobaXterm/WSL…など様々なソフトウェアがあります。
• おすすめはRLogin/MobaXtermですがいろいろ試して気に入ったものをお使い下さい。
各ターミナルアプリケーションの利用方法についてはお問い合わせいただいてもお問い
合わせ窓口ではサポートできません。
個人環境となるため、出来ても助言程度となります。

参考:Windowsで利用できるSSHクライアントについて

東京工業大学 学術国際情報センター

Windows Powershellでの接続例• スタート＞検索窓にpowershellと入力しEnterを叩いてpowershellを起動する• SSHコマンドを実行する。(鍵ペアを作成していない場合は作成を行う)

PS C:¥Users¥GSIC> ssh ux00000@login.t4.gsic.titech.ac.jp----------------------------------------------------------------Last modified: Mon Apr 1 10:00:09 JST 2024

(The current TSUBAME 4.0 operational status)
https://www.t4.gsic.titech.ac.jp/
X(Twitter):@Titech_TSUBAME----------------------------------------------------------------Last login: Tue Apr 23 10:55:08 2024 from 10.29.2.11[ux00000@login1 ~]$東京工業大学 学術国際情報センター

Macからの利用• アプリケーション>ユーティリティ>ターミナル.app

GSIC― -bash ― 80x24~―basht4support :~ $ ssh GSIC@login.t4.gsic.titech.ac.jp

東京工業大学 学術国際情報センター

SSH鍵認証
公開鍵(Public)/秘密鍵(Private)のペアを利用した認証システム
公開鍵はid_{暗号化方式}.pub,秘密鍵はid_{暗号化方式}といったファイル名
暗号化方式は• メリット– 鍵を所有しているマシンからのみアクセスが可能=高セキュリティ• デメリット*秘密鍵は絶対に他人に公開しないようにしましょう。

– 作成/管理のコスト
公開鍵 id_OOOO.pub
鍵ペア

登録済み公開鍵
authorized_keys= id_OOOO.pub

事前の登録

乱数

サーバへの接続要求

秘密鍵 id_OOOO

暗号化乱数

複号化乱数
ハッシュ

認証

東京工業大学 学術国際情報センター

ハッシュ鍵の作成/登録• 鍵を作成しましょう(実習室では実施しないで下さい)
まず、端末を起動してください。
起動していたらターミナルを起動して以下のコマンドを打ってください。
参考 : https://www.t4.gsic.titech.ac.jp/docs/faq.ja/general/#keypair
GSIC― -bash ― 80x24~―basht4support :~ GSIC$ ssh-keygen -t ecdsa

東京工業大学 学術国際情報センター

鍵の登録ポータルに登録するので、以下のサイトにアクセスします。
• https://portal.t4.gsic.titech.ac.jp/ptl/user/sshPublicKey
以下のコマンドをターミナルで打ち、表示された内容をコピーし、追加ボタンをクリッ
クします。
GSIC― -bash ― 80x24~―basht4support :~ GSIC$ cat ~/.ssh/id_ecdsa.pub
ssh-ecdsa
AAAAAgtnvguirnfguiesvbguigrfguih345895r4huj9oienvgbrwfr3h
2-fnvgaeonvgmewdg90tjug0nwvg0rjhrvfjedrf2 GSIC@t4support

東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME4へのログイン• ログイン操作 → % や $ という記号を表示(ターミナル)• これをプロンプトと呼び、コマンドを入力できる状態• この状態からTSUBAMEを使うためにリモートログイン→ssh を使用
実習室ではTSUBAMEポータルに登録した「パスワード」を利用して下さい。
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ssh あなたのユーザ名@login.t4.gsic.titech.ac.jp –i 鍵ファイル名
Last login: Tue Oct 3 09:26:54 2017 from 131.112.3.100
GSIC@login1:~>
以下のようにしても同じ$ sshあなたのユーザ名@login.t4.gsic.titech.ac.jp

実際は自分のTSUBAME4のユーザ名を利用して下さい
ux00000など
東京工業大学 学術国際情報センター

実際にログイン操作を行います• アプリケーション>ユーティリティ>ターミナル.app
GSIC― -bash ― 80x24~―bash:~ ssh あなたのユーザ名@login.t4.gsic.titech.ac.jp
password :“あなたのユーザ名”@login1:~>

初回ログインの場合は以下の様なメッセージが出ますのでyesとタイプし、Enterキーを押してください。
The authenticity of host ‘login.t4.gsic.titech.ac.jp(131.112.3.51)’ can’t be established.
ECDSA key fingerprint is 2a:8e:23:45:c6:fe:3e:7c:10:45:ab:67:81:a2:44:85.
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
yes“あなたのユーザ名”@login1:~>

実習室ではパスワードログインとなりますので、ポータルに登録した「パスワード」を利用して下さい
ユーザはux00000のようなTSUBAMEログインノードのlogin1もしくはlogin2にログインできていればOKです

東京工業大学 学術国際情報センター

ログアウト• 操作を終了したい場合はログアウト操作• 現在作業しているマシンの確認– データの整理– 実行状態の確認• ログアウト操作– Ctrlキーと小文字のdを同時に入力(Ctrl-dと表現)– logoutコマンドを使用– exitコマンドを使用

東京工業大学 学術国際情報センター

Tips• 研究室や自宅から自分が利用するクライアントから接続する際は、KeepAliveなどの設定を適切に行なって下さい。
• 行わない場合はTSUBAMEとの通信が切断されます。
• クライアントによって作業が異なります。
– mac,cygwin,linuxでは以下のような設定を追記する
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ cat ~/.ssh/config
ServerAliveInterval 120
ServerAliveCountMax 30– sshコマンドに-o ServerAliveInterval=120をつけても良い
東京工業大学 学術国際情報センター

ファイル操作
•
•
•
•
•
•
•
•

ファイルシステム
ファイルの指定
ファイル指定に使用する記号
情報表示コマンドファイルを指定する特殊文字
ファイルのパーミッション
ファイル管理コマンド
マシン(OS)によるファイルの差異

東京工業大学 学術国際情報センター

ファイルシステム• 階層構造で表現• ディレクトリによるファイル管理• 一般ファイルと特殊ファイル/

directory_1

file_a：ディレクトリ
file_aFILE_A：ファイル

東京工業大学 学術国際情報センター

ファイルの指定• 階層構造のトップを / と表現し、”ルート”と呼ぶ• ファイルへのアクセス方法– 絶対指定 : ルート(/)からフルパス指定– 相対指定 : 自分の位置(ディレクトリ)からファイルが存在する位置を指定• ../ 一つ上の階層を表現• ./ 現在の階層を表現

GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ls /home/GSICDesktop[GSIC@t4support ~]$ ls ../GSICDesktop

東京工業大学 学術国際情報センター

ファイル指定に使用する記号• ホームディレクトリ
~• 一つ上のディレクトリ ../• 現在のディレクトリ
./GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ cd ..
[GSIC@t4support home]$ cd ~※カレントディレクトリ(現在位置)を表現する場合 . (ドット)を使用
東京工業大学 学術国際情報センター

情報表示コマンド• pwd (自分が今何処にいるのかを表示するコマンド)
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ pwd/home/GSIC• ls(欲しい情報に合わせてオプションを指定)
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ls
Desktop

東京工業大学 学術国際情報センター

ファイルを指定する特殊文字• ファイル名を指定するために特殊文字表現が利用可能。
メタキャラクタ
機能*
全ての文字列に対応?
1文字に対応【文字列】
文字列の中の1文字に対応【文字1-文字2】 文字1と2の間にある1文字に対応

使用例
ls *
ls ?
ls bc
ls b[a-c]d※メタキャラクタ
それ自体は意味を持たないが、他の文字と組み合わせることで全体で意味を持たせる働きを持つ記号のこと。メタ文字とも呼ぶ。
東京工業大学 学術国際情報センター

ファイルのパーミッション• ls –l コマンド(‐lオプション付き)で確認
GSIC@g3support2:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support hogehoge]$ ls -l
合計 0
drwxrwxr-x. 2 GSIC users 6 10月 3 15:35 hoge
-rw-rw-r--. 1 GSIC users 0 10月 3 15:35 hogedoc

モード サイズ 所有者 グループ 日付

名称• モードについて権限
r 読み込み権限w 書き込み権限
その他ユーザの権限 x 実行権限
- 権限なし所有グループの権限

drwxrwxr-x
ファイルの種類
d:ディレクトリ
l:リンク
所有ユーザの権限-: 通常ファイル

東京工業大学 学術国際情報センター

ファイル管理コマンド• ディレクトリの作成• ディレクトリの削除• ファイル属性の変更% mkdir aaa% rmdir aaa% chmod 755 aaa※ 755はオクテットまたはビット表現と呼び、所有者、グループ、その他のユーザーに対するアクセス権を表現する
0 – (権限なし)
1 x (実行可)
2 w (書き込み可)
3 1+2
4 r (読み込み可)
5 1+4
6 2+4
7 1+2+4(以下はマシン管理者の操作)• 所有者の変更• グループの変更% chown necapps aaa% chgrp procon aaa
東京工業大学 学術国際情報センター

マシン(OS)によるファイルの差異• テキストファイルの改行コード– Unix/linux– Macintosh– Win/Dos¥n LF(line feed)¥r CR(carrage return)¥r¥n CRLF• 文字コードは、日本語の表示コード– Unix/Linux/macOS UTF-8/EUC– Windows UTF-8/Shift-JIS• nkf コマンドにより変換(UTF-8に変換)
nkf –w abc.txt > abc_utf8.txt• 改行コードがWin/DosのままだとUnix/Linuxでは動きません
nkf コマンドによる変換(改行コード変換)
nkf -Lu abc_crlf.sh > abc_fl.sh
東京工業大学 学術国際情報センター

圧縮・解凍• 圧縮
gzip atom45.tar→ atom45.tar.gz
zip atom45.zip atom45→ atom45.ziptar czvf atom45.tgz atom45 → atom45.tgz
tar cjf smpl.tar.bz2 smpldir → smpl.tar.bz2
bzip2 sample.txt→ sample.txt.bz2• 解凍zcat atom45.tar.Z | tar -xvf tar jxf sample.tar.bz2
gzip -d atom45.tar.gz→ atom45.tar
unzip book2nd.zip
tar xzvf atom45.tgz
bzip2 -d sample.txt.bz2→ sample.txt

東京工業大学 学術国際情報センター

各種コマンド
•
•
•
•
•
•
•

よく使用するコマンド
コマンド操作
ファイル操作コマンド
alias(別名)の機能
エディタ
コマンドの結合コマンドとジョブ

東京工業大学 学術国際情報センター

よく使用するコマンド
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•

ssh
exit
mkdir
rmdir
chmod
chown
chgrp
nkf
cd
cp
mv
rm

•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•

pwd
ls
vi もしくはemacs
view
tail
cat ,more ,less
find
file
grep
diff ,sdiffman

東京工業大学 学術国際情報センター

コマンド操作••••

コマンドのみで実行
コマンドに引数(オプション)をつける
コマンドに引数(ファイル)を指定する
複数のコマンドを組み合わせる
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ls
Desktop[GSIC@t4support ~]$[GSIC@t4support ~]$ ls –ldrwxr-xr-x 2 GSIC users
512 Sep 13 10:15 Desktop[GSIC@t4support ~]$[GSIC@t4support ~]$ cal 10 2017
October 2017
Su Mo Tu We Th Fr Sa
1 2 3 4 5 6 7
8 9 10 11 12 13 14
15 16 17 18 19 20 21
22 23 24 25 26 27 28
29 30 31

東京工業大学 学術国際情報センター

ファイル操作コマンド• cd

GSIC@t4support:~change directoryの略
ディレクトリの移動

File

• cp
copyの略
ファイル、ディレクトリの複製• mv
moveの略
ファイル、ディレクトリの移動

Edit

View

Help

[GSIC@t4support hogehoge]$ ls
hoge hogedoc[GSIC@t4support hogehoge]$ cd hoge
[GSIC@t4support hoge]$ ls
cast dust host
[GSIC@t4support hoge]$ cp cast fast
[GSIC@t4support hoge]$ ls
cast dust fast host
[GSIC@t4support hoge]$ mv host test
[GSIC@t4support hoge]$ ls
cast dust fast test
[GSIC@t4support hoge]$ rm dust
[GSIC@t4support hoge]$ ls
cast fast test

• rm
removeの略
ファイル、ディレクトリの削除※cp,mv,rmは –i オプションで確認処理をする※一度消去したファイルの復活コマンドはありません。
東京工業大学 学術国際情報センター

注意事項
危険なコマンド例• $ rm -rf *大事なものが入っているディレクトリで叩いては駄目です* ← 全てを表す記号
スクリプト化した際には以下の記載にもご注意下さい
ホームディレクトリの中身が消え、ログインできなくなります• $ rm -rf ~東京工業大学 学術国際情報センター

alias(別名)の機能••••

よく使うコマンドやコマンド列に別名をつける。
別名もまた、コマンドとして利用できる。
別名を設定するコマンドを alias と呼ぶ。
別名定義を解除するコマンドを unalias という。
GSIC@t4support:~

File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ cat .bashrc# rm Opthion
alias rm='rm -i'※このように.bashrcに書いておくとミスによるファイルの喪失を防止できる。
例えば、rm a* とすると、aで始まるファイルだけを削除する。
間違って、rm a * のように間にスペースが入ると、aというファイルと全てのファイルを削除してしまう。 aliasを設定することで、-ｉオプションが利き、削除するか確認が来る。

東京工業大学 学術国際情報センター

viエディタ
Linuxマシンにはほぼインストールされているエディタ
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ vi hogedoc
~
~
~
~
~
“hogedoc” 0L,

全て

0C 0,0-1

待機モード時のキー入力

効果

待機モード時のキー入力

効果i または a

入力モードに変更

/

文字列検索

Esc

待機モードに変更

w

ワード単位で右移動

x

カーソル文字削除W

スペース単位+同上

dd

1行削除

b

ワード単位で左移動:wq

エディタを保存終了

B

スペース単位+同上

:q!

廃棄終了

Enter/Return

下の行の先頭文字に移動

u

一つ前に戻れるr

カーソル文字を置換

hjkl←↓↑→移動yy

行コピー

東京工業大学 学術国際情報センター

viewコマンド• viエディタと同じエディタ内コマンドが利用可能。
• 上書き禁止モードでエディタを開く。
• ファイルの中身を確認する場合に使用。
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ view hogedoc
~
~
~
~
~
“hogedoc” [readonly] 0L,

東京工業大学 学術国際情報センター

tailコマンド• ある出力の最後の一部分を標準出力に表示

GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ tail -5 /usr/share/doc/python-2.7.5/LICENSE
FITNESS, IN NO EVENT SHALL STICHTING MATHEMATISCH CENTRUM BE LIABLE
FOR ANY SPECIAL, INDIRECT OR CONSEQUENTIAL DAMAGES OR ANY DAMAGESWHATSOEVER RESULTING FROM LOSS OF USE, DATA OR PROFITS, WHETHER IN AN
ACTION OF CONTRACT, NEGLIGENCE OR OTHER TORTIOUS ACTION, ARISING OUT
OF OR IN CONNECTION WITH THE USE OR PERFORMANCE OF THIS SOFTWARE.

※計算結果を定期的にファイルに出力して、tailコマンドで進行状況をみる。
ただし、プログラムでのテキストの連続出力はしない
tailコマンドの連続発行はしない (マシン負荷が増大するため)
東京工業大学 学術国際情報センター

cat ,more ,lessコマンド• ファイルの内容を表示したい場合にcatを利用• サイズの大きいファイルをページ出力したい場合はmore,lessmore,lessはページ単位で停止するので、スペースキーでページ送りします。
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ more /usr/share/doc/python-2.7.5/LICENSE
A. HISTORY OF THE SOFTWARE==========================

Python was created in the early 1990s by Guido van Rossum at Stichting
Mathematisch Centrum (CWI, see http://www.cwi.nl) in the Netherlands
as a successor of a language called ABC. Guido remains Python's
principal author, although it includes many contributions from others.
In 1995, Guido continued his work on Python at the Corporation for
National Research Initiatives (CNRI, see http://www.cnri.reston.va.us)
in Reston, Virginia where he released several versions of the--続ける--(29%)

東京工業大学 学術国際情報センター

findコマンド• ファイルの存在する位置を知る→ ファイル名やファイル名の一部がわかっている場合→ 実行権のないディレクトリに関する検索は不可能• 類似コマンドとしてwhereisやwhichコマンド
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ find . -name hoge –print./hoge[GSIC@t4support ~]$ which python/usr/bin/python[GSIC@t4support ~]$ whereis python
python: /usr/bin/python /usr/bin/python3.4 /usr/bin/python3.4m/usr/bin/python2.7 /usr/bin/python2.7-config /usr/bin/python3.4-config/usr/bin/python3.4m-config /usr/lib/python3.4 /usr/lib/python2.7/usr/lib64/python3.4 /usr/lib64/python /usr/lib64/python2.7/usr/include/python3.4m /usr/include/python2.7 /usr/include/python/usr/share/man/man1/python.1.gz

東京工業大学 学術国際情報センター

fileコマンド• ファイルの型を調べる• 指定されたファイルの文字列を調べ内容を判断※判断ミスもあるので、全面的に信用しないこと
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ file hoge
hoge: directory[GSIC@t4support ~]$cd hoge
[GSIC@t4support hoge]$ file hogedoc
hogedoc: empty[GSIC@t4support hoge]$ file hogedoc2
hogedoc: ASCII text

東京工業大学 学術国際情報センター

grepコマンド• ファイル内の文字列検索• 標準出力(パイプ)からの文字列検索を行なう
viエディタやmoreコマンドなどの文字列検索を行なう前に実行すると便利
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support examples]$ grep mpi *.cconnectivity_c.c:#include <mpi.h>
hello_c.c:#include "mpi.h“[GSIC@t4support examples]$ grep mpi *.cconnectivity_c.c:#include <mpi.h>
connectivity_c.c:
MPI_Status status;(略)
hello_c.c:#include "mpi.h“
hello_c.c:char version[MPI_MAX_LIBRARY_VERSION_STRING];(略)[GSIC@t4support hoge]$ grep -i mpi *.c | more(略)東京工業大学 学術国際情報センター

diffコマンド
2つのファイルの違いを表示する
diff
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ diff hello_c.c hello_cxx.cc
18,20c18,20<
MPI_Init(&argc, &argv);<
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);<
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);-->
MPI::Init();>rank = MPI::COMM_WORLD.Get_rank();>
size = MPI::COMM_WORLD.Get_size();

sdiff
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ sdiff hello_c.c hello_cxx.cc
MPI_Init(&argc, &argv);
MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
MPI_Get_library_version(version, &len);|||

MPI::Init();rank = MPI::COMM_WORLD.Get_rank();
size = MPI::COMM_WORLD.Get_size();
MPI_Get_library_version(version, &len);

東京工業大学 学術国際情報センター

オンラインマニュアル• man コマンド名/ファイル名• man -k キーワード
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support examples]$ man ls
Man: find all matching manual pages (set MAN_POSIXLY_CORRECT to avoid this)* ls (1)ls (1p)Man: What manual page do you want?
Man:
NAME
ls - list directory contents
SYNOPSIS
ls [OPTION]... [FILE]...
DESCRIPTION
List information about the FILEs (the current directory by default). Sort
entries alphabetically if none of -cftuvSUX nor --sort is specified.
Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.

POSIX【Portable Operating System Interface for UNIX】
IEEEによって定められた、UNIXベースのOSが備えるべき最低限の仕様のセット。
(e-wordより抜粋)
東京工業大学 学術国際情報センター

コマンドの結合コマンドを結合させて、プログラムのように一括処理ができる• コマンドをパイプ( | )でつなぐ• コマンドの実行結果をファイルに書き出す• ファイルをコマンドに入力する

東京工業大学 学術国際情報センター

セミコロン• 複数のコマンドをセミコロンでつなぐ(グルーピング)• コマンド1の実行後に、コマンド2,コマンド3が順次実行されるGSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ uname;arch;hostnameLinuxx86_64t4support

東京工業大学 学術国際情報センター

パイプ• 例)catの標準出力をgrepに渡す
GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ cat /usr/mpi/gcc/openmpi-1.10.4/include/mpi.h | grep INDEX#define MPI_T_ERR_INVALID_INDEX57
MPI_COMBINER_INDEXED,MPI_COMBINER_HINDEXED_INTEGER,MPI_COMBINER_HINDEXED,MPI_COMBINER_INDEXED_BLOCK,MPI_COMBINER_HINDEXED_BLOCK

東京工業大学 学術国際情報センター

リダイレクション• > の例• >>の例lsの結果をls.txtとして作成
lsの結果をls.txtに追記

GSIC@t4support:~
File Edit
View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ls
Desktop hoge
[GSIC@t4support ~]$ ls > ls.txt[GSIC@t4support ~]$ cat ls.txt
Desktophoge[GSIC@t4support ~]$ ls >> ls.txt[GSIC@t4support ~]$ cat ls.txt
Desktop
hoge
Desktophoge
ls.txt東京工業大学 学術国際情報センター

ヒアドキュメント
• 標準入力からデータをコマンド(プログラム)へ渡す– ファイルからの入力
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ a.out < input.dat– 標準入力からの入力
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ a.out << EndOfFile
100
EndOfFile$

東京工業大学 学術国際情報センター

バックグラウンド実行• 実行時間の大きなコマンド(プログラム)• コマンド実行中に他の事をしたい→バックグラウンドジョブとして実行※フォアグラウンドでコマンドの実行は問題ない• コマンドの後ろに&をつけて実行
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ find . –name xinit –print &[1] 53254

東京工業大学 学術国際情報センター

プロセス• プロセスはOS上の処理の実行単位のこと– 下の例では3プロセス
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

ux00000@r6n2:~> top
PID USER
PR NI
VIRT
RES
SHR S
%CPU %MEM
TIME+ COMMAND
354797 hpe_use+ 20
0 49.897g 456836 408116 R 14.286 0.173
0:02.09 pmemd.cuda.MPI
354798 hpe_use+ 20
0 49.897g 453680 407172 R 14.286 0.172
0:02.08 pmemd.cuda.MPI
3207 hpe_use+ 20
0 425428 60592
1356 S 2.640 0.092 30:26.49 a.out

東京工業大学 学術国際情報センター

ジョブ• ジョブはコマンド/プログラムをまとめたシェルの実行単位のこと– コマンドをパイプなどでつなげた場合もジョブ– jobsコマンドで実行ジョブを確認できる

GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ sleep 30 &[1] 3423[GSIC@t4support ~]$ jobs[1]+ Runningsleep 30 &[GSIC@t4support ~]$東京工業大学 学術国際情報センター

練習• ここまでに出てきたコマンドを練習として使ってみましょう
シナリオ：研究室から以下の指示をされました。
グループディスクにおいているバッチスクリプトをディレクトリごとホームディレクトリにコピーして修正する。
cd
mkdir lesson
cd lesson
cp –r /gs/bs/soudan/UNIX/* .
cp sample.sh sample.txt
file sample.txt
vi sample.txt• iもしくはaキーを押し入力モードにし、どこかを適当に編集し,ESCキーを押し(待機状態)、:wqとタイプ(保存終了)してください。
diff sample.sh sample.txt
sdiff sample.sh sample.txt

東京工業大学 学術国際情報センター

解説cd
mkdir lesson
cd lesson
cp /gs/bs/soudan/UNIX/* .
cp sample.sh sample.txt
file sample.txt
vi sample.txt
diff sample.sh sample.txt
sdiff sample.sh sample.txt＃ホームに移動＃lessonディレクトリを作成＃lessonディレクトリに移動＃UNIX以下のファイルをコピー＃sample.shをsample.txtとしてcp#sample.txtの型を確認＃sample.txtの修正＃比較

東京工業大学 学術国際情報センター

プログラムの実行• moduleコマンドについて• バッチジョブ

東京工業大学 学術国際情報センター

moduleコマンドについて• 利用するソフトウェアに関係する環境設定を、前もってmoduleコマンドで行う– 例： $ module load intel

Intelコンパイラ• module load intel/2024.0.2のようにバージョン指定も可能– 例： $ module load gnuplot• 用意されているモジュール一覧： $ module avail• モジュールによって、依存モジュールが自動読込される– たとえば、openmpi/5.0.2-gccモジュールはintel-mpiモジュールに依存• よく使うmodule option
コマンドオプション効果

module avail

準備されている環境の確認

module load

環境の呼び出しmodule list

呼び出した環境の確認

module purge

呼び出した環境の破棄

東京工業大学 学術国際情報センター

バッチジョブ
• ジョブスケジューラにAGEが導入されており、計算資源を管理

qsub/qrsh
コマンド
ログインノード

管理ノード

東京工業大学 学術国際情報センター

計算ノード

計算ノード利用イメージ (コマンド)• ログイン(SSH鍵認証のみ)– 研究室内PCなどより，sshコマンドを実行．負荷分散を考慮し，自動的にログインノードのいずれかにログインされる．

「TSUBAME4.0ポータル利用説明書」参照
端末

login.t4.gsic.titech.ac.jp
login1login2
負荷分散によりloginノードのどちらかにログイン

東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME4 Open OnDemand• OODへログインしAppをLaunchすることでも計算ノードを利用できる。

東京工業大学 学術国際情報センター

計算ノード利用イメージ (2)
ジョブはqrsh/qsubコマンドで240ノードある計算ノードのいずれかで実行されるユーザによるノード指定は基本的に出来ない
インタラクティブ実行かバッチ実行(通常/予約)、T4ではOOD
インタラクティブ実行
qrshコマンドバッチ実行
qsubコマンド

予約実行
qsub/arshコマンド+arオプション

東京工業大学 学術国際情報センター

OODからAppを
Launch利用に際して• ユーザはプログラムを用意する• その実行に必要な計算機の規模・台数を考える• 「資源タイプ」の選択を行う。
– node_f (ノード一台まるごと)、node_q (1/4)、cpu_4 (4CPUコアだけ)…

• 資源タイプ・動かしたいプログラムの情報をもとに「ジョブスクリプト」ファイルを作る• qsubコマンドにより、ジョブの投入を行う• qsubなどのコマンドは、ログインノードやインタラクティブノードで実行可能• 結果が出るまで待つ

東京工業大学 学術国際情報センター

資源タイプの構成• 下記の資源タイプが存在し、SSH接続が可能なのはnode_fのみ• コマンドオプションとしては-lで資源タイプ名を指定する
資源タイプ

使用物理CPUコア数

メモリ (GB)

GPU 数

ローカルスクラッチ領域 (GB)node_f

192

768

4

1920

node_h

96

384

2

960

node_q

48

192

1

480

node_o

24

96

1/2

240

gpu_1

8

96

1

240

gpu_h

4

48

1/2

120

cpu_160

160

368

0

96

cpu_80

80

184

0

48

cpu_40

40

92

0

24

cpu_16

16

36.8

0

9.6

cpu_8

8

18.4

0

4.8

cpu_4

4

9.2

0

2.4

東京工業大学 学術国際情報センター

利用料金は「大きい」資源ほど高いので、必要十分な資源を選ぶのがおすすめ• MPIジョブ等では、node_f×4、cpu_16×10のように複数個の資源を利用可能– 異種混在は不可• なお「インタラクティブノード」
はnode_o相当を、複数ユーザで共有

計算ノード利用の制限事項• 制限事項の詳細は各種制限値一覧をご確認ください– 1ジョブの利用可能時間• 最大24時間(予約は条件により1週間程度利用可能)– 1ユーザあたり同時実行可能なスロット数(CPUコア数)• 一人あたり6144(週末12288)スロット– 1ジョブあたりの最大並列度• 64並列実装上の理由により64並列としているが、6144スロットの制限があるためnode_fでは32並列が最大となることに注意– 1ユーザあたり同時実行可能なジョブ数• 一人あたり最大30(週末100)ジョブ
東京工業大学 学術国際情報センター

プログラムの実行（シェルの作成）• バッチで実行するためのジョブスクリプトの作成
詳細はTSUBAME4.0利用の手引きを参照#!/bin/bash#$ -cwd#$ -N test_job#$ -l cpu_4=1#$ -l h_rt=0:10:0<-シェバン、スクリプトのインタプリタ指定<-カレントドライブで実行するためのバッチジョブスケジューラー用オプション<-ジョブ名を指定<-資源タイプを指定、s_core（1cpu）を１つ<-計算ノードを確保する時間を指定、10分

echo "this host is" `hostname` "."東京工業大学 学術国際情報センター

プログラムの実行（バッチ実行）• qsub -l 資源名 -l 確保時間 -g グループ ジョブスクリプト
詳細はTSUBAME4.0利用の手引きを参照

GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[ux00000@login1 ~]$ qsub –g グループ sample.sh#お試し実行の場合は10分、2ノード以内であることを確認し、-gオプション無しで実行する[ux00000@login1 ~]$ qsub sample.sh#資源タイプnode_fでインタラクティブ実行した場合[ux00000@login1 ~]$ qrsh –g GSIC –l node_f=1 –l h_rt=8:0:0

東京工業大学 学術国際情報センター

バッチキューの確認• ジョブが投入されていることを確認
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

ux00000@login1:~> qstat
job-ID
prior
name
user
state submit/start atqueue
jclass slots ja-task-ID---------------------------------------------------------------------------------------------------93501
0.55500 PDF
ux00000r
10/04/2017 07:39:58 all.q@r2i4n65693578
0.55500 QRLOGIN
ux00000r
10/04/2017 11:39:58 all.q@r6n2
28• ジョブを消去
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

ux00000@login1:~> qdel 93578
ux00000@login1:~> qstat
ux00000@login1:~>

東京工業大学 学術国際情報センター

プログラムの実行サイズ• 実行時のメモリサイズの調べ方• ※topの場合は確認次第qキーを押してtopを停止する。
GSIC@t4support:~

File

Edit

View

Help

ux00000@r6n2:~> ps aux
USER
PID %CPU %MEM
VSZ
RSS
TTY
STAT STARTTIME COMMAND
ux00000
354797 13.2 0.1 52321684 490304 pts/1 Rl
13:19
0:02 pmemd.cuda.MPI
ux00000
354798 13.2 0.1 52321348 487148 pts/1 Rl
13:19
0:02 pmemd.cuda.MPI
ux00000@r6n2:~> top
PID USER
PR NI
VIRT
RES
SHR S
%CPU %MEM
354797 hpe_use+ 20
0 49.897g 456836 408116 R 14.286 0.173
354798 hpe_use+ 20
0 49.897g 453680 407172 R 14.286 0.172

TIME+ COMMAND
0:02.09 pmemd.cuda.MPI
0:02.08 pmemd.cuda.MPI

東京工業大学 学術国際情報センター

プログラムの強制終了• 実行中のジョブのプロセス番号の確認
例. psコマンドによる確認/ Topコマンドによる確認
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

ux00000@r6n2:~> ps aux | grep ux00000
354797 13.2 0.1 52321684 490304 pts/1 Rl
354798 13.2 0.1 52321348 487148 pts/1 Rl
ux00000@r6n2:~> top
354797 hpe_use+ 20354798 hpe_use+ 20

13:19
13:19

0:02 pmemd.cuda.MPI -O -i input -p top -o test
0:02 pmemd.cuda.MPI -O -i input -p top -o test

0 49.897g 456836 408116 R 14.286 0.173
0 49.897g 453680 407172 R 14.286 0.172

0:02.09 pmemd.cuda.MPI
0:02.08 pmemd.cuda.MPI• Kill コマンドの実行
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

ux00000@r6n2:~> kill 354797 354798# 上記コマンドで消えない場合
ux00000@r6n2:~> kill -9 354797 354798

東京工業大学 学術国際情報センター

処理情報収集コマンド(1)• ログインしているユーザーを表示(whoコマンド)• ログインユーザーの状態を表示(wコマンド)
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[ux00000@t4support ~]$ who
GSIC
pts/5
2017-09-06 10:52 (:1)
GSIC
pts/6
2017-09-06 11:22 (:1)
TEST
pts/2
2017-09-07 10:05 (192.168.111.63)
GSICUSE pts/7
2017-10-03 12:30 (:2)
GSICUSE pts/3
2017-10-04 12:37 (192.168.111.63)[ux00000@t4support ~]$ w
12:39:20 up 51 days, 3:29, 12 users, load average: 1.00, 1.01, 1.00
USER
TTY
FROM
LOGIN@IDLE
JCPU
PCPU WHAT
GSIC
pts/5
:1
0611月10 ?xdm? 22days 22.80s gdm-session-worker
GSIC
pts/6
:1
0611月10 41days 0.25s 10:00 /usr/libexec/
TEST
pts/2
192.168.111.63
06 9月17 4days 1.26s 1.26s -bash
GSICUSE pts/7:2
火12 24:09m 0.05s 0.05s bash
GSICUSE pts/3
192.168.111.62
12:37 0.00s 0.04s 0.00s w

東京工業大学 学術国際情報センター

処理情報収集コマンド(2)• 実行jobを表示(topコマンド)
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ top
Tasks: 784 total,
1 running, 781 sleeping,
2 stopped,
0 zombie%Cpu(s): 0.1 us, 0.1 sy, 0.0 ni, 99.9 id, 0.0 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 st
KiB Mem: 26377451+total, 14203016 used, 24957150+free,
3352 buffers
KiB Swap:
0 total,0 used,0 free. 10473748 cached Mem
PID USER
PR NI
VIRT
RES
SHR S
%CPU %MEM
TIME+ COMMAND
225488 root20
0 371260 20796
4816 S 2.990 0.008 118:58.30 nv-hostengine
1111 root20
0 110076 66204 61604 S 0.332 0.025
0:19.26 systemd-journal• 実行jobを表示(psコマンド)
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ps aux[GSIC@t4support ~]$ ps aux | grep
ps aux | grep 1111
root
1111 0.0 0.0 110076 66224 ?
GSIC
352412 0.0 0.0 10240 1640 pts/0

Ss
S+

Sep28
12:29

0:19 /usr/lib/systemd/systemd-journald
0:00 grep --color=auto 1111

東京工業大学 学術国際情報センター

利用環境
• シェル

東京工業大学 学術国際情報センター

シェル• コマンドを実行する事が出来る環境をシェルと呼ぶ• 環境は、ユーザの好みに合わせて変更できる• TSUBAME4でサポートしている(chsh可能な)シェルは以下のとおり– /bin/bash– /bin/tcsh– /bin/zsh• 下記のようにフルパスで変更したいシェルを指定してください– $ chsh /bin/tcsh
変更の反映は5分程度かかります東京工業大学 学術国際情報センター

環境• デフォルトのログインシェルはbash(chshで変更可能)• 起動時に確認する設定ファイルの順番/etc /profileおよび/etc /bashrc~/.bash_profile~/.bash_login(~/.bash_profileがなければ)• 対話ログインは、~/.bashrcが読み込まれる• 個人設定ファイル~/.bashrcの編集• PATH="/usr/games:$PATH“• export PATH

•
•
•
•

編集後に有効にするには再ログインか source .bashrcとする
aliasもここに書いておくとよい。
変更する場合は、良く確認してから更新してください
また、新しいターミナルで必ず確認してください
東京工業大学 学術国際情報センター

変数• シェル変数– プロセス内でのみ有効な変数• 環境変数– プロセス内に限らず子プロセスにも渡る変数

東京工業大学 学術国際情報センター

HISTSIZEシェル変数• History機能– 今までに使用していたコマンド履歴を決められた数だけ保存。
– コマンド実行時に有効に再利用できるようにする。
– 保存したいコマンド履歴の数は、任意の数を選べる。
– コマンド履歴は、この機能を有効にしてから保持。

• 設定例– $ export HISTSIZE=600 ⇒ コマンド履歴サイズを600にする– $ history 3 ⇒ ヒストリリストを3件表示する
534 cd535 ls536 history 3

東京工業大学 学術国際情報センター

PATH変数• コマンド等の検索場所を設定• 独自に作成したコマンド、プログラム等の保存場所を指定
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support Program]$ ls
a.out[GSIC@t4support Program]$ a.out
If 'a.out' is not a typo you can use command-not-found to lookup the package that
contains it, like this:cnf a.out[GSIC@t4support Program]$ PATH=$PATH:.
[GSIC@t4support Program]$ a.out
14digit@M_PI=3.14159265358979[GSIC@t4support Program]$※ .bashrc 等に記述しておけば毎回有効になる
東京工業大学 学術国際情報センター

ファイル転送• ネットワークで接続されたシステムをホストと呼ぶ。
• このホスト間では、簡単に他のホストのファイルをコピーできる。
• この機能を使用するためのコマンド– ftp,rcp,rsync,sftp,scp• 本学ではrsync,sftp,scpを導入

東京工業大学 学術国際情報センター

rsync/sftp/scpコマンドの例
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

#rsync[GSIC@t4support ~]$ rsync -av --progress -e "ssh -i .ssh/id_ecdsa -l ux00000"
login.t4.gsic.titech.ac.jp:/gs/bs/soudan/UNIX/testfile ./receiving incremental file list
testfile
990 100% 966.80kB/s
0:00:00 (xfer#1, to-check=0/1)
sent 42 bytes received 1078 bytes
total size is 990 speedup is 0.88
[GSIC@t4support ~]$2240.00 bytes/sec#sftp[GSIC@t4support ~]$ sftp -i ~/.ssh/id_ecdsa ux00000@login.t4.gsic.titech.ac.jp
Connected to login.t4.gsic.titech.ac.jp.
sftp> get /gs/bs/soudan/UNIX/testfile
Fetching /gs/bs/soudan/UNIX/testfile to testfile/gs/hbs/soudan/UNIX/testfile
sftp> exit
#scp
[GSIC@t4support ~]$ scp -i ~/.ssh/id_ecdsa
ux00000@login.t4.gsic.titech.ac.jp:/gs/bs/soudan/UNIX/testfile .
testfile

東京工業大学 学術国際情報センター

sshコマンドの例• ログイン名を指定してのログインGSIC→GSCIUSER00
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[GSIC@t4support ~]$ ssh login.t4.gsic.titech.ac.jp -l ux00000 -i ~/.ssh/id_ecdsa
Last login: Tue Oct 3 09:26:54 2017 from 131.112.3.100
ux00000@login1:~>
ux00000@login1:~> top
ux00000@login1:~> exit

• 使用マシンのアカウントのログイン名がTSUBAMEと同じ場合のログインではユーザ名を省略可
ux00000→ ux00000
GSIC@t4support:~
File

Edit

View

Help

[ux00000@t4support ~]$ ssh login.t4.gsic.titech.ac.jp -i ~/.ssh/id_ecdsa
Last login: Tue Oct 4 09:26:54 2017 from 131.112.3.100
ux00000@login1:~>
ux00000@login1:~> top
ux00000@login1:~> exit

東京工業大学 学術国際情報センター

X-Window (X)システムの特徴••••

Linuxをはじめ多くのOSで使用
GUIアプリケーションを構築
X、X11などの別名あり
ハードウェアに依存しない– Linux標準装備– Windows用のソフトも多数• MobaXterm• PuTTy・Teraterm・RLogin + VcXsrv/X-ming• Cygwin– MacintoshはXQuartzが別途必要

東京工業大学 学術国際情報センター

クライアント/サーバ• Xアプリケーションの動作→ クライアントプログラム、サーバプログラム• Xプロトコルという独自の通信手順→ クライアント/サーバ間のデータのやり取り• サーバ側（表示される側）
どのシステムからの表示要求を許すかを定義％ xhost +クライアントホスト名• クライアント側（表示させる側）
DISPLAY環境変数を指定％ export DISPLAY=サーバホスト名

東京工業大学 学術国際情報センター

TSUBAME上でXを利用する• 以下の手順にてXが利用可能です。
ユーザ環境によってはXがうまく動かない場合がありますのでその場合はOODの利用を検討することも可能です。
– qrshオプションで実行する方法$ qrsh –g TSUBAME4グループ -l cpu_4=1,h_rt=確保時間– 別ターミナルを利用する方法(node_fのみ)$ qrsh -l node_f=1 -l 確保時間 -g TSUBAME4グループ
確保時間はhh:mm:ss表記でも秒表記でもOK(24:00:00 や 600 )
例:qrsh -l node_f=1,h_rt=600 -g tga-hogehoge
ユーザ名＠割り当てられた計算ノード*別ターミナルを立ち上げてもOK
ssh login.t4.gsic.titech.ac.jp -YC
ssh 割り当てられた計算ノード -YC
東京工業大学 学術国際情報センター