日医総研ワーキングペーパー
認定医療法人制度に関する考察

No.4592021 年 7 月 27 日

日本医師会総合政策研究機構
堤 信 之
坂口一樹
原 祐 一

認定医療法人制度に関する考察
堤信之、坂口一樹（いずれも主任研究員）
原祐一(主席研究員)【キーワード】◆持分の定めのある医療法人、◆持分の定めのない医療法人、◆持分放棄、◆認定医療法人、◆同族経営、◆80%ルール、◆特別利益の供与、◆遊休財産、
◆役員報酬
【要

旨】

◆認定医療法人制度の活用を検討中の医療法人向けの参考情報をまとめることを目的に、同制度の実務に関わった経験豊富な複数の税理士への直接イ
ンタビューを実施した。これにより得られた情報を体系的に整理し、知見を抽出し、基本的な考え方を考察した。
◆持分放棄及び同制度活用の成立事例・不成立事例の紹介と、それぞれの適否判断のポイント、メリット・デメリットについて意見を聴取した。
◆紹介事例では、相続税対策に苦慮する場合が持分放棄に適し、その上で医療機関の存続を前提に考えるには同制度活用が有効であることが示された。
◆同制度を活用した持分なし医療法人への移行に関する課題として、持分放棄について財産権放棄による不利益や経営への影響力低下等を懸念する出資者からの合意の取り付け等や、同制度活用について、以下の留意点（同制
度の運営に関する要件等）を遵守できる体制づくり等が意見で挙げられた。
①「社会保険診療収入等が全収入金額の 80%超である」に抵触しないこと。
②法人関係者に特別利益を与えないこと。
③期末の遊休財産の額が事業費用の額を超えないこと。
④役員報酬等の上限（原則 3,600 万円）に関わる問題がないこと。
◆以上を踏まえ次の通り考察した。
・改正後の同制度により、医療法人が贈与税を支払うことなく、かつ同族経営をあきらめることなく、「持分なし医療法人」に移行する選択肢ができた。
・ただし、持分放棄するか、そして同制度活用を選択するか否かは、あくま
で個別に判断すべきである。判断のための検討手順は以下の通りである。
①「相続意思のある相続人」「相続人範囲」「想定される相続税」「相続人及び医療法人の支払い能力」を順次確認する。
②想定相続税額の引き下げ策を検討する。
③持分放棄を検討する。
④同制度を活用する場合の自院の問題点を把握する。
⑤同制度を活用する場合としない場合を比較検討する。
1

【目次】
はじめに ............................................................ 3
Ⅰ.インタビュー調査の概要 ........................................... 5
１．調査の目的 ...................................................... 5
２．対象 ............................................................ 5
３．方法と調査項目................................................... 5
Ⅱ.調査結果の総括 ................................................... 7
１．認定医療法人制度活用が意思決定された事例 ........................ 9
２．持分放棄及び認定医療法人制度活用に反対した事例 ................. 11
３．持分放棄及び認定医療法人制度活用の適否判断のポイントについての意見................... 15
４．持分放棄のメリット・デメリットについての意見 ................... 18
５．認定医療法人制度のメリット・デメリットについての意見 ........... 21
６．認定医療法人制度の問題点や改善点についての意見 ................. 23
７．認定医療法人制度（税制含む）に関する行政への要望についての意見 . 28
８．その他 ......................................................... 30
Ⅲ.考察 ............................................................ 32
１．認定医療法人制度の意義 ......................................... 32
２．認定医療法人制度の活用を検討するにあたっての基本的な考え方 ..... 33
謝辞 ............................................................... 37
参考資料〖2001 年小泉内閣構造改革以降～2006 年医療法改正までの流れ〗 38
参考資料・文献リスト ............................................... 40
資料〖税理士法人向けインタビューガイド〗 ........................... 42

2

はじめに
現在、
「持分1の定めのある医療法人」（以下、「持分あり医療法人」と称す）と「持分の定めのない医療法人」（以下、「持分なし医療法人」と称す）が併存して2いる が、「持分あり医療法人」には、出資持分保有者に相続が発生した時に、場合によっては当医療法人の存続を脅かしかねない税務上のリスクが内包されていることが指摘されている。
「持分なし医療法人」への移行（以下、「上記移行」と称す）は、その回避策の一つとなり得るものである。しかしながら、持分あり
医療法人が未だ全体の 6 割近くを占める実態にある3。
上記移行に際しての最大の問題点として、出資持分の放棄により受けた経済的利益について、原則として医療法人を個人とみなし、医療法人に対して贈与税が課されることが指摘されてきた。具体的には、一定の要件を満たす場合を除き、「持分あり医療法人」であった時の出資持分評価に応じて、上記移行時にその医療法人が贈与税を負担することとされている。この贈与税負担は高額になることが多く、贈与税負担と「持分あり医療法人」のまま存続し続けた場合の相続税等の負担を天秤にかけ移行判断が行われた結果が、これまで上記移行が全国的に進み切れなかった一番の要因であったと考えられた。
そこで日本医師会では、従来から、上記移行を検討する医療法人を支援する目的で、上記の阻害要因を解消する税制改正要望を行い、「認定医療法人制度」の実現及び同制度の改善に結び付けてきた経緯にある4。2017 年に改正された同制
度では、上記の医療法人に対する贈与税が非課税（ただし持分なし医療法人に移行後 6 年間は一定の要件を満たすことが必要）とされたので、上記問題点を解決する有力な手段となることが期待された。同制度は、2014 年 10 月から 3 年間の期間限定で設けられた後、一部改正を加え 3 年間延長5され、2020 年 9 月
末に一旦期限を迎えた後に休止されていたが、2021 年 5 月 28 日に改正医療法が施行され、再開（～2023 年 9 月末まで）となった6。

1

医療法人に出資した者が、当該医療法人の資産に対し、出資額に応じて有する財産権を持分という。
併存体制に関して、小泉内閣の構造改革論議以来の歴史的背景の概要は、巻末参考資料「2001 年小泉内閣構造改革以降～2006 年医療法改正までの流れ」参照のこと。
3 厚生労働省／種類別医療法人数の年次推移によれば、2021 年 3 月 31 日現在、「持分なし医療法人」（上記移行済のものと新設の合計）が医療法人総数に占める割合は 31.7%（17,848／56,303）であった。
4 日本医師会（2016）、厚生労働省（2017）。
5 厚生労働省（2018）。
「運営の適正性要件」を追加する一方で、「社員、理事等のうち、親族・特殊の関係があるものは 3 分の 1 以下」とされていた要件項目を削除する等の緩和策を実施した。
6 厚生労働省（2021）。
2

3

同制度の活用は、2017 年 10 月の制度改正後、特に 2020 年にはかなり浸透してきてはいるが、まだ大きくは伸びていない7。もしも、上記移行に取り組んで然るべき医療法人が、何らかの要因により移行の進まない状況にあるとすれば、その存続を脅かす不安材料が潜在しているとも考えられる。
日本医師会総合政策研究機構（以下、「日医総研」と称す）では 2020 年に上記の観点から、上記移行を済ませた 4 医療法人を選定して、当該法人の経営者へのインタビュー調査を実施した。具体的事例の検証を通じて上記移行が進まない要因の抽出と課題に関する考察を行い8、上記移行に際して「認定医療法人制度」の活用を検討した経緯があった事例に絡め、同制度についても触れ9、その動向を注視してきた。
今般、改正医療法が施行されたことを受けて、同制度に焦点を絞った追加調査を行うこととした10。本調査では、前回調査と手法を変え、上記移行のため同制度を申請・活用する医療法人に直接関与する税理士へのインタビューを実施した。

7

同制度の申請件数、認定件数は、厚生労働省によれば次の通りであった。
旧制度による認定（2014 年 10 月～2017 年 9 月末日）
：申請件数 87（32）件、認定件数 87（31）件
新制度による認定（2017 年 10 月～2021 年 3 月末日）
：申請件数 676（32）件、認定件数 617（31）件合計（2014 年 10 月～2021 年月末）
：申請件数 763（32）件、認定件数 704（31）件
括弧内件数は、特例認定（旧制度の認定を受けた後、新制度で再度認定）数。
8 原祐一、堤信之、坂口一樹ら。
9 同ワーキングペーパーでは、同制度を活用して上記移行した事例が含まれていなかったこともあり、同制度 8 要件のうち「法人関係者への特別の利益を与える行為」に関する解釈の曖昧さを上記移行の阻害要因として挙げるにとどめた。
10 調査開始時点では同制度は休止中であったが、近日中の再開を見越して順次調査を進めた経緯にある。

4

Ⅰ.インタビュー調査の概要
１．調査の目的
今回のインタビュー調査の目的は、認定医療法人制度の活用を検討中の医療法人にとって参考となる情報を取りまとめることである。
筆者らの意図は以下の通りである。
医療法人が認定医療法人制度を活用して持分なし医療法人へ移行する場合、税理士から実務面での支援を受けるケースが多い。したがって、同制度の実務に関わった経験豊富な税理士らに直接インタビューすることで、上記の目的に資する知見を詳細かつ深く把握できると考えられる。また、本稿で得られる知見は、医療法人に日頃から関わりのある税理士に同制度の実務経験が少ない場合、税理士にとっても有益な情報となる。そこで複数回のインタビューを行い、それらから得た情報を体系的に整理することで、同制度の活用を検討している医療法
人にとって一助となる知見を抽出することを企図した。

２．対象
調査対象は、認定医療法人制度の活用に関わった経験豊富な税理士 9 名である。詳細は、下記図表に示す通りである。
n

備 考

対象者数

9

職位は役員・パートナークラスが 7 名、それ以外が 2 名

所属組織数

6

税理士法人または税理士事務所

３．方法と調査項目
調査方法は、半構造化面接法を採用した。事前に送付したインタビューガイド
に基づき、日医総研の研究員複数名が、対象者の所属組織ごとに１回ずつ、ウェブ面談によるインタビューを実施した。なお、実施にあたっては対象者の守秘義
務に十分に配慮したうえで、個別の聴取内容については発言者が特定されないようにする条件付とした。実施期間は、2020 年 12 月～2021 年 6 月である。
5

主要な調査項目は、以下の通りである。
① 当該医療法人が、持分放棄の意思決定にまで至ったプロセス（事実経過）。
② 持分放棄に至るまでに出た反対意見。
③ 当該医療法人が、持分放棄を決めたポイント、判断に迷ったポイント。
④ 認定医療法人制度の活用や持分の放棄によって得られた具体的なメリット。
⑤ 認定医療法人制度の活用や持分の放棄によって被った具体的なデメリット。
⑥ 認定医療法人制度について、問題点や改善の余地がある点。
⑦「持分なし医療法人」を前提とした今の法制度（税制含む）についての意見。

巻末資料に、本調査で使用したインタビューガイドを掲載している。

6

Ⅱ.調査結果の総括
調査対象者へのインタビューから得られた主な情報や意見、コメントを、筆者らにより以下の項目に整理し、・括弧（「」）内にゴシック体で掲載した11。また得られた情報等を、筆者らにより項目毎に概要としてまとめ、各項目の冒頭に、枠で囲い記載した。本章の目次は、以下 7～8 頁枠内の通りである。
１．認定医療法人制度活用が意思決定された事例（１） 相続対策を検討したが具体策が講じられていなかったケース
１）出資評価額の高騰化により相続対策に行き詰まっていた事例
２）将来の相続発生時における相続人による出資持分払戻請求に不安を抱いていた事例（２） 相続対策の必要性の認識がなく対策も講じられていなかったケース（３） 対策が検討されないまま相続が発生したケース
２．持分放棄及び認定医療法人制度活用に反対した事例（１） 持分放棄に反対したケース
１）将来の第三者承継を想定した懸念を抱いた事例
２）経営への影響力低下、責任感・モチベーション減退の不安を抱いた事例
３）一部の出資者からの出資持分の全額払い戻しを請求された事例（２）持分放棄は検討するが認定医療法人制度活用に反対したケース
１）認定医療法人制度の運営に関する「8 要件」遵守が困難な事例
２）役員報酬等を上限以内に収めることが困難な事例
３）出資評価を踏まえて単純放棄が選択された事例
４）相続発生までの時間が逼迫していた事例（３）出資者等からの反対があったケース
１）認定医療法人制度と関わりの薄い要因による反対事例
２）認定医療法人制度の運営に関する 8 要件に関わる要因による反対事例
３．持分放棄及び認定医療法人制度活用の適否判断のポイントについての意見（１） 持分放棄が適すると判断したポイント
１）法人に一定の内部留保があること
２）払戻請求へのリスクヘッジが重要視されていること
３）将来の医療法人分割が検討されていること
４）出資者や社員を特定でき利害関係者への粘り強い交渉ができること（２）認定医療法人制度活用が適すると判断したポイント
11

本稿に掲載した「インタビューで得られた情報、意見、コメント」には筆者らの考察は加えず、日本医師会の見解に関わらず取り上げた。また単独意見も取り上げた。さらに、相反する複数意見があった場合も、そのまま並列で掲載した。なお、文中(注)は、筆者らが追記した。
書式は、上記目次の表示のさらに下位分類に丸数字を用い、また相反する意見は a,b に分類し記載した。

7

（３）認定医療法人を申請しないと判断したポイント１）同制度の運営に関する 8 要件に抵触する可能性があること
２）役員報酬等の上限に関わる問題があること
３）贈与税支払いとの比較考量の結果によること
４．持分放棄のメリット・デメリットについての意見（１）持分放棄のメリット
１）直接の効果
２）派生効果（２）持分放棄のデメリット
１）財産権放棄による直接の不利益及び間接的な悪影響
２）交際費の税制上の取扱い
３）従業員退職金の取扱い
５．認定医療法人制度のメリット・デメリットについての意見（１）認定医療法人制度活用によるメリット
１）直接の効果
２）派生効果（２）認定医療法人制度活用によるデメリット
６．認定医療法人制度の問題点や改善点についての意見（１）同制度の運営に関する 8 要件について
１）「80%ルール」に抵触しないこと
２）法人関係者に特別利益を与えないこと
３）期末の遊休財産の額が事業費用の額を超えないこと（２）役員報酬等の上限について
１）個別事情により上限に収まらない場合があること
２）「持分なし医療法人」に対する取扱いとの整合性に欠けること
３）明文化されないルールの存在自体の問題
４）その他（３）相続発生時に同制度を申請する場合の相続税申告期限について（４）同制度に関わる税理士について
１）税理士全般の同制度に関する知見の底上げ
２）同制度を推進する専門家の育成
７．認定医療法人制度（税制含む）に関する行政への要望についての意見 ..............
（１）行政や医師会・病院団体の支援による同制度の医療関係者向け啓発活動（２）同制度の適用期間（３）認定医療法人の「理事長」要件の緩和（４）認定医療法人認可後の同法人に関するその他の取扱い
８．その他
8

１．認定医療法人制度活用が意思決定された事例（１）相続対策を検討したが具体策が講じられていなかったケース、（２）相続対策の検討もされておらず対策も講じられていなかったケース、（３）対策が講じられないうちに相続が発生したケースについて、それぞれ認定医療法人制度が活用された典型的な事例が挙げられた。
（１）相続対策を検討したが具体策が講じられていなかったケース
１）出資評価額が高騰している医療法人における持分放棄時の（医療法人への）贈与税対策となった事例、２）将来の相続発生時における相続人による出資持分
払戻請求への備えに対する解決策となった事例が挙げられた。
１）出資評価額の高騰化により相続対策に行き詰まっていた事例
・「『持分あり医療法人』時の出資持分評価に応じて、『持分なし医療法人』移行時にその医療法人が贈与税を負担することとされている。この贈与税負担と『持分あり医療法人』のまま存続し続けた場合の相続税等の負担を天秤にかけ移行判断が行われてきた。一方、『持分あり医療法人』が安定した経営を継続したことで出資持分の評価額の高騰を招く実態にある。この課題に対しては、これまで、役員退職時の退職金や病院、施設の建替えなどの設備投資、『暦年贈与』や『相続時精算課
税制度』12を利用した後継者への贈与、などの対策により出資金評価を減少させた
うえで持分なし医療法人に移行し、医療法人が贈与税を支払う手法を検討してきた。
しかし、そもそも出資評価額が高すぎると、対策後でもそれなりの贈与税負担を強いられることになるなど、明確な解決に至らなかった。これが、これまで持分なし医療法人への移行が全国的に進み切らなかった一番の要因であった。このような法人に対しては、2017 年改正の認定医療法人制度は渡りに舟となり、比較的意思決
定はスムーズに行われた。」
２）将来の相続発生時における相続人による出資持分払戻請求に不安を抱いていた事例「相続時精算課税制度」とは、生前贈与の際に用いられる課税制度で、最大 2,500 万円までが税額控除になる贈与税の特例措置。ただし相続時には贈与された分について相続税が課税される（税金支払いの先延ばし効果）。なお、この制度を利用すると暦年課税制度を利用できない。また 2,500 万円を超えた分に対しては 20％の税率で贈与税がかかることに留意が必要である。
129

・「医療法人経営の中心人物以外に相応の出資持分を所有する出資者がいる場合は、当該出資者が死亡し、相続人が出資持分の払戻請求権を行使すると、医療法人の経営が財務的に危機に瀕する可能性があり、医療法人経営の中心人物にとって将来のリスクが大きいため、事前の持分放棄のニーズが高く、認定医療法人制度活用の余地も大きくなる。」（２）相続対策の必要性の認識がなく対策も講じられていなかったケース
理事長等の経営者に対し、相続対策の必要性を伝えきれていなかったが、外部の専門家から当事者に直接提案し情報を伝えることで同制度活用となった事例が挙げられた。また、このような提案もされないままになっているケースが多くあるのではないかとの意見があった。
・「地元金融機関や、自社セミナーのフォローなど、法人内の関係者以外からの動機
付け、問題提起を受けての意思決定も数多くあった。これは、出資持分の問題を組
織内での合議制で進めていくことは、オーナー家の問題となる以上、自法人内での意思決定プロセスにおいてアプローチしにくい課題であるから。加えて、金融機関
や顧問税理士が問題提起すべきところ、従来からの力関係に照らし、言い切れていないケースがある。そのような場合に、地元メイン銀行の客観的な助言や、コン
サルティング会社からのご提案の形をとることは、議論を進めるうえで、一つの有力な手段になりうる。」
・「諸種の事情により、認定医療法人制度を検討する俎上にそもそも乗っていないケースが未だに多いのでないか、個別に検討する機会さえあれば、もっと同制度の活用事例が増えて然るべきではないか。」（３）対策が検討されないまま相続が発生したケース
相続対策が講じられる前に出資者が死亡し、限られた時間内に何らかの税務対策が必要になった事例が挙げられた。
・「出資額の大半を所有する出資者が急逝されてしまい、対策ができていなかったた
め、急遽認定医療法人を検討され意思決定されたケースがある。この場合、10 カ

10月13という限られた時間の中で、認定医療法人の認定を受けなければならないので、出資者の合意形成や、認定医療法人の運営に関する 8 つの要件（以下、運営に関する『8 要件』14という）の状況などがある程度整っていることが必要であるが、相続税の納税との比較となるため、比較的合意形成がとりやすい。」【運営に関する「8 要件」】① 法人関係者に特別利益を与えないこと② 役員報酬等の支給基準を定めていること③ 株式会社等に特別利益を与えないこと④ 期末の遊休財産額が事業費用の額を超えないこと⑤ 法令違反等の事実がないこと⑥ 社会保険診療収入等が全収入金額の 80%超であること⑦ 自費患者への請求金額が社会保険診療報酬と同一基準であること⑧ 診療収入が患者のために直接必要な経費（医師、看護師等の給与、投薬費等の医療の提供に要する費用等）の 150%の範囲内であること

２．持分放棄及び認定医療法人制度活用に反対した事例
以下の通り、（１）持分放棄に反対したケースと、（２）持分放棄は検討するが認定医療法人制度の活用に反対したケースに分類した。また持分放棄と認定医療法人制度活用に共通して、出資者からの反対があったケースを別枠（３）にまとめた。

13

相続税の申告書の提出期限において認定医療法人であることが、持分に係る相続税の納税猶予を受ける条件となっている。相続税の申告書は、相続税法第 27 条第 1 項により、相続の発生から 10 カ月以内に税務署に申告する必要がある。
14 厚生労働省（2018）。

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（１）持分放棄に反対したケース
１）将来の第三者承継を想定した懸念、２）持分放棄による経営への影響力低下
への不安、といった理由による反対のあった事例と、３）一部の出資者から出資
持分の全額払い戻しを請求され、合意できない結果、反対に至った事例が挙げられた。
１）将来の第三者承継を想定した懸念を抱いた事例
将来の第三者承継時に、①持分放棄していると不利になるとの不安や、②その際に取り得る選択肢が少なくなることに抵抗感を抱いた事例が挙げられた。
①第三者承継時に不利になるとの不安・「第三者承継時に不利になるとの不安がある。後継者が不在、または後継者に引き継ぐまでに相当な時間と不透明さが残るために第三者承継の可能性が少なくないと考えられている医療法人において、「持分なし」になると、将来発生する承継の際に現理事長が対価を取れないのではないかとの不安や、このため第三者承継、M&A に際しては難しい点があるのでないかとの不安を多く聞く。」②第三者承継時に取り得る選択肢の保持・「第三者承継時に取り得る選択肢を少しでも多く保持しておきたいとの意向がある。
M&A を行う際に出資の払い戻し、譲渡というスキームの選択肢を残しておきたいという考えは業界内ではまだ色濃く残っている。」
・「買い手が合併15などを考える場合、持分のある医療法人のほうが、選択肢が多くなる場合が考えられることも、持分放棄に反対する一因となっている。」
２）経営への影響力低下、責任感・モチベーション減退の不安を抱いた事例
・「医療法人の意思決定の仕組み16を理解したうえで、次のような考えを持つ理事長が一定程度存在する。
15

合併後に「持分あり医療法人」を維持するには、「持分あり医療法人」同士による吸収合併以外にない。
「持分なし医療法人」に移行すると、「持分あり」を維持したい医療法人との合併という選択肢が取れなくなる（事業譲渡は可能）。
16 医療法人は、出資者と社員が独立した立場となっており、出資の放棄は、医療法人の最高意思決定機関である社員総会への決議に対して何ら影響を与えるものではない。本稿 34 頁枠内図表参照のこと。

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① 出資金の払戻請求権を保持することこそが、医療法人のガバナンスをきかせる
うえで重要なポイントであり、財産権を放棄した議決権は、お金の裏付けのないものとなり、強制力を著しく損なう。
② 出資持分の放棄（出資持分のない医療法人への移行）は、医療法人経営への責任の回避や経営意欲の減退につながる。」
３）一部の出資者から出資持分の全額払い戻しを請求された事例
・「一部の出資者から出資持分の払戻請求権に基づく全額払い戻しを主張され、合意できなかったため、持分放棄ができなかった事例があった。」（２）持分放棄は検討するが認定医療法人制度活用に反対したケース
同制度活用に反対した事例として、１）同制度の運営に関する 8 要件の遵守が厳しかった事例、２）役員報酬等を上限以内に収めることが困難な事例、３）贈与税負担余力のあった事例、４）検討時間が不足した事例が挙げられた。
１）認定医療法人制度の運営に関する「8 要件」17遵守が困難な事例
・「次のような場合、同制度認可要件の遵守が困難であった。
① MS 法人18、個人との取引が大きく、解消又は是正することが難しい事例。
② 個人と医療法人間における不動産賃貸契約の賃料引き下げが難しい事例。
③ 認定医療法人制度の運営に関する 8 要件を 6 年間満たし続ける縛られた運営に拒否反応を示されたため、別の手法による出資金対策を行うことを意思決定した事例。」
２）役員報酬等を上限19以内に収めることが困難な事例
・「前の理事長が亡くなり、既に相続が発生し相続税の分割払いをしているため役員
脚注 14 に同じ。本稿 11 頁参照のこと。
メディカル・サービス法人の略称で、医療系のサービスを事業目的とする法人のことをいう。 MS 法
人は法律上の制度ではなく、法的には一般の「会社」であり、監督官庁の認可は要しないが、「病医院とMS 法人との取引が適正であるかどうか」には医療法等の観点から注意を要する。なお MS 法人との取引があると一概に認定医療法人制度認可要件上問題ありと言う訳ではなく、適正な範囲内で取引しているのであれば、問題ないと解されている。
19 役員報酬について、実務上、役員報酬に関して原則として「3,600 万円が上限」と取り扱われている。
詳細は、本稿 26～27 頁参照のこと。
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13

報酬を現実には減らせない事例があった。」
３）出資評価を踏まえて単純放棄が選択された事例
・「純資産評価額が著しく低く評価でき、認定医療法人制度によらずとも、相応の課税負担で持分なし医療法人への移行が可能であることが判明したため､同制度活用を見送った事例があった。」
・「認定医療法人制度の運営に関する 8 要件の遵守が困難とまではいわないが、その負担と、贈与税の金銭的負担を比較して、後者を選択される事例もあった。」
４）相続発生までの時間が逼迫していた事例
・「認定医療法人制度を利用する予定だったが、同制度が中断している間に、出資持分の大半を所有する理事長の健康状態が悪化したことから、同制度活用を検討す
る時間的余裕がないと判断し、活用反対とせざるを得なかった事例があった。」（３）出資者等からの反対があったケース
出資者等の反対により持分放棄の意思決定ができないケースとして、１）認定医療法人制度と関わりの薄い要因による反対を受けた事例と、２）同制度の運営に関する 8 要件に関わる要因による反対を受けた事例が挙げられた。
１）認定医療法人制度と関わりの薄い要因による反対事例
・「ステークホルダーや、関係者の反対により持分放棄の意思決定ができない事例がある。これについては立場によりいくつかに分類される。
① 出資する親族（兄弟間、親子間含む）内の人間関係がこじれて合意ができなかった事例。
② 出資持分の払戻請求権の全額払い戻しを主張され、合意できなかった事例。
③ 既に後継者に出資持分が移っており、少なくとも向こう 10 年くらいは次の相続が生じる可能性が低いと判断し、持分放棄が検討されなかった事例。
④ 現行の認定医療法人よりも将来もっと有利な制度を期待し、持分放棄を保留した事例。
⑤ 認定医療法人を活用する例が身近にないことを理由に意思決定しなかった事
例。地域性や地域医師会による差が大きい。医師同士の情報交換が盛んに行わ
14

れており、これが周りに影響している。
⑥ 顧問税理士が反対した事例。背景には相続や認定医療法人制度に関する知識を十分に持たない顧問税理士が意外に多い実態がある。」
２）認定医療法人制度の運営に関する 8 要件に関わる要因による反対事例
同制度の運営に関する 8 要件の一つである「法人関係者に特別利益を与えないこと」に該当する既得権益者から反対を受けた事例が挙げられた。
・「持分放棄に向けた認定医療法人制度の活用に対する反対意見は、『利益供与』に該当するような親族等への高額な役員報酬や関連事業者との取引で利益を得ている人たちから出ることがほとんどであった。認定医療法人制度自体は、適用したら税負担が減る医療法人にとっては良い制度なので、反対意見は制度活用によって既得権益が侵される人からしか出ない。つまり、反対するのは、ほぼ親族であると言ってよい。」

３．持分放棄及び認定医療法人制度活用の適否判断のポイントについての意見（１）持分放棄が適すると判断したポイントとして、１）法人に一定の内部留保があること、２）払戻請求へのリスクヘッジが重要視されていること、３）将来の医療法人分割が検討されていること、４）出資者や社員を特定でき利害関係者への粘り強い交渉ができること、が挙げられた。
（２）認定医療法人制度活用が適すると判断したポイントとして、相続対策に苦慮しているが医療機関を存続させたい思いのあること、が挙げられた。
（３）認定医療法人を申請しないと判断したポイントとして、１）同制度の運営に関する 8 要件に抵触する可能性があること、２）役員報酬等の上限に関わる問題があること、３）贈与税支払いとの比較考量の結果によること、が挙げられた。
（１）持分放棄が適すると判断したポイント
１）法人に一定の内部留保があること
同制度活用の判断目安について、a.一定の法人内部留保額を目安に適否判断す
るとの意見と、b.具体的な金額を提示することは困難との意見があった。
15

ａ．一定の法人内部留保額を実務上の目安として提示可能との意見
・「同制度活用の判断目安を経験則的に言えば、ざっくりと『法人の内部留保額が 3億円以上』を目安に置き（相続税率 3 割として、相続に際して約 1 億円以上の現金を用意する必要があると対応が難しくなる）、それ以上の規模の医療法人を対象として想定する。」
ｂ．上記 a に対して、提示困難との意見
・「同制度活用の判断目安を具体的な金額で示すことは、個別性が高いことに鑑みれば、困難ではないか。」
２）払戻請求へのリスクヘッジが重要視されていること
・「既に出資持分が暦年贈与や、相続を経て分散してしまっている場合、それぞれの出資者によって、医療法人に対する思いも経済環境も異なる。従って、単純に放棄に応じる方もいれば、額面での払い戻しを要求される方、時価での払い戻しを要求される方など様々な要求がなされる。このような場合で、既にオーナー家が経営から退かれている、または今後退くことになるに際し、出資持分の分散による払戻請
求権の行使のリスクをなくす目的で、出資持分の放棄を意思決定されるケースなどが典型である。弁護士も入れて整理するといったケースもある。」
３）将来の医療法人分割が検討されていること
・「将来的に医療法人の分割を見据えて持分なし医療法人にする（法制度上、医療法人の分割は持分なし法人しかできない）ので認定医療法人の活用を考えているというケースがあった。」
４）出資者や社員を特定でき利害関係者への粘り強い交渉ができること
・「実務上は、特に歴史のある医療法人等では、直接の利害関係者である出資者や社員を特定することからして大変なことがままある。持分が分散しているケースとしてよくあるのは、三代目以降の経営者で、先代までに複数の兄弟姉妹に持分が分散されているようなケースである。分散されて持分の保有者には、当然、医師ではなく医業経営とは関係のない人も含まれる。」
・「持分なし医療法人への移行までたどり着くためには、利害関係者への現医療法人16

側の誠意を持った対応と粘り強い対話が必要になる。」（２）認定医療法人制度の活用が適すると判断したポイント
相続対策に苦慮中の医療法人に、医療機関を存続させたい思いのあること、が挙げられた。
・「親族内承継や組織内の後継者に経営を託すにあたり、出資持分の評価額の高騰による承継時の相続税に加え、医療法人への贈与税の問題の回避を優先して意思決定されるケースは同制度活用に馴染む。」
・「医療法人の資産の含み益が膨らみ、相続税対策に困っているようなケースが持分放棄に適する典型である。相続の際の遺産が出資持分に偏っているようなケースがまさに該当する。そのうえで、『医療機関の存続』を前提として考える場合は、医療法人へのみなし贈与税問題回避のため認定医療法人制度を活用することが有効な手段になる。従って後継者がいることは大前提であるが、必ずしも後継者は身内に限らず、第三者の場合もある。」（３）認定医療法人を申請しないと判断したポイント１）同制度の運営に関する 8 要件に抵触する可能性があること
・「経営形態上『利益供与に該当する』場合があると指摘されるケース。」
・「『親族等への高額の給与支払いがある』ケース。」
２）役員報酬等の上限に関わる問題があること20
・「『役員報酬 3,600 万円超かつ超過する合理的理由を示せない』ケース。」
３）贈与税支払いとの比較考量の結果によること
・「認定医療法人制度について、医療法人に贈与税の支払余力があるのであれば、無理に同制度を活用しないで『贈与税を支払う』という選択肢もあり得る。持分放棄
20

役員報酬について、実務上、役員報酬に関して原則として「3,600 万円が上限」と取り扱われている。
詳細は、本稿 26～27 頁参照のこと。

17

についても、ひとえに『相続税を支払ってもよいか』という点が判断基準である。本来の目的に則れば、相続税が支払える資産規模であれば、無理に持分を放棄する必要はない。」

４．持分放棄のメリット・デメリットについての意見（１）持分放棄のメリット
持分放棄により享受できる直接的な効果だけでなく、派生効果として以下のものが挙げられた。
１）直接の効果
直接の効果として、①相続に伴う後継者への課税の軽減、②出資持分相続に関わるリスクの回避、③均等割の減少による地方税の軽減が挙げられた。
① 相続に伴う後継者への課税の軽減
・「『持分あり医療法人』では、出資持分を相続した後継者が医業経営を継続するにあたり、相続した出資持分について払戻請求権を行使しなければ、別途、相続税の納付に多額の現金が必要になる。この負担は、相続人には非常に重たいものとな
るが、出資者が予め出資持分を放棄することで回避できる。」② 出資持分相続に関わるリスクの回避
・「出資持分の保有者が複数の場合、将来、各持分保有者に相続が発生すると、さらに多数化、複雑化し、持分保有者間の争いが発生する可能性が高まる。出資者が予め持分を放棄することで、医療法人の経営を中心的に引き継ぐ者が負う不確実性や問題点を回避できる。」
・「相続人の出資持分払戻請求権の実行により医療法人の経営が危機に瀕する可能性を回避できる。」
・「出資持分払戻請求権を行使しない代わりに社員就任を要求された場合、社員の増員あるいは医療に疎い人が社員になることにより迅速な意思決定ができなくなる。
結果的に医療環境の変化に乗り遅れ経営の危機に瀕する可能性があるが、このような事態を回避できる。」
18

③ 均等割の減少による地方税の軽減
・「出資金を有しない法人の場合、法人住民税の均等割りは、各税率表の最低税率が適用される。その結果、中小規模の資本金の医療法人であったならば、持分放棄により法人住民税が安くなる場合がある。」
２）派生効果派生効果として、①ステークホルダーの整理等による相続リスクの低減、②家族
内対話による承継問題の認知、③金融機関に対する連帯保証解除が挙げられた。
① ステークホルダーの整理等による相続リスクの低減
・「相続人間で、将来の揉めごとが危惧されるケースがあり、持分放棄を機に、ステー
クホルダーが整理されることでそのようなリスクを予め回避できる。」② 家族内対話による承継問題の認知・「承継問題について、家族で話し合うきっかけとなる。」③ 金融機関に対する連帯保証解除
金融機関に対する連帯保証について、a.その解除につながる可能性を全面的に歓迎する意見と、b.個別事情によるとの中立的な意見があった。
ａ．肯定的な意見
・「金融機関に対して連帯保証解除を求める有力な材料となる。持分を放棄して第三者に継承する場合、連帯保証他の重い責務を背負う立場を第三者である勤務医に負わせるのは厳しいケースもあり、『保証』の引継ぎがネックとなりうるが、同族でなくなったことを以って、金融庁『経営者保証ガイドライン』に則った取扱いが金融機関に認められる可能性が高まる。ただし、持分なし医療法人への移行時に連帯保証を外す事例が増えつつあると思われるが、金融機関から積極的に解除に対応するわけではない点、留意が必要。」

19

ｂ．上記ａに対して中立的な意見
・「連帯保証を負う対価分として役員報酬に上乗せする事例もあるので、一律に連帯保証を解除することを是として論ずるのでなくケースバイケースである。」（２）持分放棄のデメリット
デメリットとして、１）財産権放棄による直接の不利益及び間接的な悪影響、２）
交際費の税制上の取扱い、３）従業員退職金の取扱いが挙げられた。
１）財産権放棄による直接の不利益及び間接的な悪影響
財産権放棄による直接の不利益に加え、将来の第三者承継を想定した懸念、経営への影響力低下、責任感・モチベーション減退の不安といった間接的な悪影響21が挙げられた。
・「財産権を放棄することによる不利益がある。」
２）交際費の税制上の取扱い
・「副次的に発生することとして、交際費の課税で不利な取扱いとなる可能性があることが挙げられる。すなわち、一定規模以上の「持分なし医療法人」は、交際費の損金算入に制限がかかる22。」
３）従業員退職金の取扱い
中小企業退職金共済（中退共）23からの脱退が必要になることを a.デメリットとして挙げる意見と、b.必ずしもそうでないとの意見があった。

本稿 12～13 頁 2（1）参照のこと。
国税庁 No.5265 及び租税特別措置法施行令第 37 条の 4。
出資金 1 億円以下の「持分あり医療法人」であれば使えた交際費の「定額控除限度額」制度が、使えなくなる可能性がある。
「（総資産－総負債－当期利益）×60%」が 1 億円超の「持分なし医療法人」が該当する。
23 中退共とは、常用従業員数 100 人以下または資本金・出資金 5,000 万円以下の医療法人が利用できる
中退共法に基づき設けられた国の退職金制度で、独立行政法人勤労者退職金共済機構が運営。対象に該当しなくなった場合、一定の要件の下で、解約手当金相当額の範囲内の金額を特退共に引渡すことが可能。
21
22

20

ａ．デメリットとする意見
・「従業員が 100 人を超える場合、持分放棄により中退共からの脱退が必要になる。」
ｂ．上記ａに対する反対意見
・「持分放棄により中退共から脱退しても、特定退職金共済（特退共）24に移行させることができるので、手続きさえ踏めばデメリットは回避できる。」

５．認定医療法人制度のメリット・デメリットについての意見（１）認定医療法人制度活用によるメリット
同制度活用により享受できる直接の効果だけでなく、派生効果として以下のものが挙げられた。
１）直接の効果
直接的な効果として、医療法人への「みなし贈与税」の回避が挙げられた。
・「出資持分を放棄した場合の医療法人への『みなし贈与税』問題が、同制度の要件を充足すれば回避することができる。」
２）派生効果派生効果として、①同族経営の継続、②代替わりの促進、③将来的な医療法人分
割への備え、④内部統制の向上、⑤資金余力を活用した再投資への期待が挙げられた。
① 同族経営の継続

特退共とは、個人事業主または法人が、所得税法施行令第 73 条に定める特定退職金共済団体（商工会
議所、商工会、商工会連合会等）と退職金共済契約を締結し、加入事業主に替わって、特定退職金共済団
体から被共済者（従業員）に直接退職金等の給付を行う制度。商工会議所（商工会）の地区内に事業所を有する事業主（従業員数等の制限なし）が対象で、中退共に準じた税法上の取扱いが可能。
24

21

・「同族経営が継続できることにつながる。認定医療法人制度を利用せずに出資持分を放棄した場合、同族経営を排除して社会医療法人や特定医療法人（またはこれに準ずる場合25）にならないと、医療法人に贈与税が課税されてしまう。」② 代替わりの促進
・「承継へ期限（3 年）が設けられることで、見方によっては期限内の代替わりへの心
理的な後押しとなり、結果として促進されるとも言える。」③ 将来的な医療法人分割への備え
・「将来的（6 年経過後）に医療法人の分割が可能となる。診療科別に複数の医師が在籍している場合や歯科医がいる場合等が該当する。」④ 内部統制の向上
・「規程整備による暗黙知を整理するよい機会となる。MS 法人の整理、前例主義か
らの脱却も同様の効果が期待される。」⑤ 資金余力を活用した再投資への期待
・「税金を負担しなかった分、資金が捻出されたのと同じ効果があり、キャッシュに余力が残るので、後継者がその再投資により設備を充実することが期待できる。」（２）認定医療法人制度活用によるデメリット

相続税法施行令第 33 条第 3 項に照らし、社会医療法人や特定医療法人と同等の要件を満たしていると税務当局が判断すれば、同様の取扱いとなる。
【医療法人への贈与税が非課税となるための要件】
ｲ. 運営組織が適正であること
a. 一定の事項が定款等に定められていること（理事定数 6 人以上、監事定数 2 人以上ほか）
b. 事業運営及び役員等の選任等が定款等に基づき行われていること
c. その事業が社会的存在として認識される程度の規模を有していること（救急医療等確保事業に係る業務の実施ほか）
ﾛ. 役員等のうち親族割合 1/3 以下であること
ﾊ. 医療法人関係者に対する特別利益供与がないこと
ﾆ. 残余財産の帰属先が国、地方公共団体等であること
ﾎ. 法令違反等の事実がないこと
25

22

同制度活用により被ったデメリットとして、以下のものが挙げられた。
・「制度規定に従い、6 年間のモニタリング26を受けることになり、その間、認定医療法人制度の運営に関する 8 要件に抵触しないようにしなければならない。」
しかし、上記意見に対する反対意見もあった。
・「制度の本来趣旨に則り定められた要件（6 年間のモニタリング）の遵守について、それを単純に『デメリット』と称することには抵抗感がある。」

６．認定医療法人制度の問題点や改善点についての意見（１）認定医療法人制度の運営に関する 8 要件、（２）役員報酬等の上限、（３）相続発生時に同制度を申請する場合の相続税申告期限について、法制度あるいは行政上の取扱いの改善を求める意見があった。また（４）税理士の知見の底上げと専門家の育成、が意見として挙げられた。
（１）同制度の運営に関する 8 要件について同制度運営に関する 8 要件のうち、１）「80%ルール」に抵触しないこと、２）医療法人関係者への特別利益の供与のないこと、３）期末の遊休財産額が事業費用の額を超えないこと、の 3 つについて以下の通り意見が挙げられた。
１）「80%ルール」（社会保険診療収入等が全収入金額の 80%超であること）に抵触しないこと
同要件について、a.介護事業の占める割合の高い医療法人、産科や整形外科、健診等の自由診療の多い医療法人が本要件に抵触する可能性がある点を行政に改善を求めるべきとの意見と、b.同制度趣旨に則れば改善すべきケースは限られるとの中立的意見があった。
ａ．現行取扱いを改善すべきとの意見

26

厚生労働省（2018）。

23

・「介護事業を多く抱える医療法人は、社会保険診療が 80%を超えるのは難しい。有料老人ホームの家賃収入等が、業務としては付帯事業として認められているにもかかわらず、対象外なのは妥当性を欠くのでないか。本要件をもう少し緩和するか、
介護報酬の社会保険診療報酬に含まれる範囲の拡大が必要でないか。」
・「自費診療中心のところは、使いにくい制度設計である。産科医療や整形外科の交通事故診療（自由診療対応が多い）、健診・人間ドックなどの公的な性格の高い医療サービスを中心に行っている医療法人が、認定が取り難くなり、制度の恩恵（≒
税負担の軽減）を受け難くなっていることは問題だと考える。産科については 50 万円まで社会保険診療として認められるが、都会の産科医療はその範囲に収まらな
いことも多いだろう。」
・「医科以外では矯正歯科も特別の配慮が必要な場合に該当する。」
ｂ．上記ａに対して改善すべきケースは限定的との中立的意見
・「『80%ルール』の緩和を改善提案するにしても、美容整形などは制度の趣旨からして除外すべきかもしれない」、
・「『80%ルール』が問題になるのは、美容整形等の診療科に限られ、そのような分野
は、地域医療に不可欠な医療法人の存続支援という同制度趣旨に則り、どこまで救うかという問題と考えれば、さほど優先順位の高い問題ではない。」
２）法人関係者に特別利益を与えないこと＊
a.本要件への個別対応の難しさに鑑みて行政に基準のさらなる明確化や事例公表を積極的に求める意見と、b.そこまで求めるのには慎重な意見があった。
ａ．行政に基準のさらなる明確化や事例公表を積極的に求める意見
・「別荘や社用車、役員用の住宅、法人から役員への貸付が税務上はクリアしても、認定医療法人制度を活用するにあたっては特別の利益供与に該当し得ることが同制度を使う上でのボトルネックになっている印象がある。つまりは医療法人の非営利性の観点から、『配当類似行為』とみなされるリスクがある。」
・「何が『特別の利益供与』の要件に当たるのか、大変分かり難い制度となっている。
『特別の利益供与』に当たるポイントは基準が行政からの通知で例示されてはいる
ものの、実務上は様々な態様がありえるため、さらなる明確化や事例の公表があれば、現場の先生方の懸念も少しは減るのでないか。」

24

ｂ．上記ａに対して慎重な意見
・「何が『特別の利益供与』の要件に当たるのかの判断は、非常にケースごとの個別性が高いので、行政側としても対応しにくいというのは理解できる。」
・「実務的には、まったくの第三者から見積もりを取ったりして客観的に『特別の利益供与』にあたらないことを説明する等、やりようはある。」
・「現場の医師たちが特定医療法人と認定医療法人と区別がついていないケースは、多々あると思われる。特定医療法人の承認を受ける際に『特別の利益供与』の要件をクリアするためにいろいろ大変だった噂話を周りから聞いて、認定医療法人に対しても、特定医療法人ほど神経質にならなくてもよいのに、二の足を踏んでしまうといったケースが、あるのではないか。」（注）「特別の利益を与えないこと」＊
具体的な基準が、厚生労働省通知27の中で以下の通り明らかにされている。
・「特別の利益」となる行為
1. 医療法人の所有する財産をこれらの者（社員、理事、監事、使用人その他の当該医療法
人の関係者）に居住、担保その他の私事に利用させること。
2. 医療法人の余裕金をこれらの者の行う事業に運用していること。
3. 医療法人の他の従業員に比し有利な条件で、これらの者に金銭の貸付をすること。
4. 医療法人の所有する財産をこれらの者に無償又は著しく低い価額の対価で譲渡すること。
5. これらの者から金銭その他の財産を過大な利息又は賃貸料で借り受けること。
6. これらの者からその所有する財産を過大な対価で譲り受けること、または医療法人の事
業目的の用に供するとは認められない財産を取得すること。
7. これらの者に対して、医療法人の役員等の地位にあることのみに基づき給与等を支払い、または医療法人の他の従業員に比し過大な給与等を支払うこと。
8. これらの者の債務に関して、保証、弁済、免除または引受け（医療法人の設立のための財産の提供に伴う債務の引受けを除く）をすること。
9. 契約金額が少額なものを除き、入札等公正な方法によらないで、これらの者が行う物品の販売、工事請負、役務提供、物品の賃貸その他の事業に係る契約の相手方となること。
10.事業の遂行により供与する利益を主として、または不公正な方法で、これらの者に与えること。

３）期末の遊休財産（業務のために使用されておらず、引き続き使用されることが見込まれない財産）の額が事業費用の額を超えないこと

27

厚生労働省（2021）。

25

介護事業などの付帯費用が嵩んでいる医療法人や、現預金が積み上がっている
医療法人が、本要件に抵触する事がある点、改善を求める意見があった。
・「介護事業の占める割合の高いケースなどでは、付帯事業にかかる費用が嵩み、本要件に抵触するケースがある。遊休財産と事業費用の要件について、付帯事業（介護など）の事業費用も、ここでいう『事業費用』としてみなしてよいのではないか。」
・「遊休財産（事業の用に供していない財産）には現預金も含まれることから、歴史が古く、かつ建物設備をあまり修繕・更新していないような医療法人では、現預金が積み上がり、本要件に抵触するケースが意外に多くある。将来の設備投資に備え現預金を蓄えている場合も同様である。この点の制度改善が望まれる。」（２）役員報酬等の上限について
役員報酬について、実務上、役員報酬に関して原則として『3,600 万円が上限』と取り扱われている点に関して、1)個別事情により金額が収まらない場合があること、2)「持分なし医療法人」に対する取扱いとの整合性に欠けること、3) 明
文化されないルールの存在が問題であることから、改善を求める意見が多く寄せられた。
１）個別事情により上限に収まらない場合があること
・「役員報酬について明文規定はないが、実務上、役員報酬に関して原則として『3,600 万円が上限』と取り扱われている点が最大のネックになっている28。」
・「以下①～③の行政指導（厚生労働省）がある。
① 原則として「3,600 万円」を超えないこと。
② 3,600 万円超の場合は、どれだけ理事長が多く働いているかの合理的な説明が必要である。
③ 上記②の場合でも、『5,000 万円を上限』とすること。」
28

厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度のＱ＆Ａ」。
認定医療法人に関して役員報酬は「不当に高額なものとならないような支給基準を定めていること」が要件とされ、さらに支給基準は、「理事等の勤務形態に応じて定める必要があり、民間の役員報酬や従業員
給与、当該医療法人の経営状況等を考慮し、「不当に高額」であるかを判断するものとされているが、具体的な金額基準は明示されていない。しかし、医療法人に特有の「非営利性」に加え、認定医療法人にはとりわけ高い「公益性」が求められることから、特定医療法人に関して明文規定のある上限額「3,600 万円」が、行政の実務取扱上、準用されていると考えられる。

26

・「役員報酬 3,600 万円超が認められるかの判断において、『複数の医療施設を経営しているから』『病院以外にも介護施設も運営しているから』という理由付けは、なかなか厚労省は認めてくれない。むしろ『時間外もこれだけ労働している』『土日もこれだけ働いている』というような理由であると、認められるケースが多い。経営者としての報酬は認められないが、プレーヤーとしての報酬はある程度認められることがあると理解している。しかし、それにも上限がある。」
・「役員個人名義の施設敷地からの不動産所得等との合わせ技で、役員報酬を抑えるといった手法が一般的に用いられるが、そのような手立てが取れないケースもある。」
２）「持分なし医療法人」に対する取扱いとの整合性に欠けること・「2006 年（平成 19 年）医療法改正以降に設立された医療法人（＝持分なし）には役
員報酬の上限がない一方で、それ以前から存在する『持分あり医療法人』が同制度を活用して持分なし医療法人に移行する場合になると、『上限あり』と指導されることに整合性がなく、納得感がない。」
・「『持分なし医療法人』移行から 6 年経過後は、認定が失効する29ので、厚生労働省による役員報酬に関する指導もなくなると考えられる。」
３）明文化されないルールの存在自体の問題
・「そもそも明文化されていないルールが存在すること自体が問題である。ルールの透明性に欠けることが、同制度認定を受けた後、さらに厳しいことを言われないか、
例えば、どれだけ理事長が多く働いているかの合理的な説明がつく場合に例外的に『5,000 万円』の役員報酬が認められたとしても、後々に一切認めないと言われる可能性があるのでないかとの疑心暗鬼を生み、結果として同制度活用に踏み切れない個別事例もある。」
４）その他
・「見方を変えて、税収の確保という観点に立てば、役員個人の報酬に所得税を課す方が、一般的には多くの税収が見込まれるので、認定医療法人の役員報酬額を制
限しない方が合理的という考えも成り立つのではないか。認定医療法人制度運営
は厚生労働省、税務は税務当局と、目的の違いにより所轄も違うことは理解する

29

医療法附則（平成一八年六月二一日法律第八四号）第十条の六。

27

が、却ってわかりにくさを生じる結果になっているように思う。」
・「いっそ役員報酬の上限設定という指導方針を撤廃した方がよい。」（３）相続発生時に同制度を申請する場合の相続税申告期限について・「相続の発生後に認定医療法人制度を申請する場合には延長制度があるとよいと考える。出資持分の対策や、認定医療法人制度の十分な検討がされないうちに相続が発生した場合、相続税申告期限（10 カ月）内に要件を満たし認定を受けることは困難である。」（４）同制度に関わる税理士について
１）税理士全般の知見の底上げ、２）同制度を推進する専門家の育成、が意見として挙げられた。
１）税理士全般の同制度に関する知見の底上げ
・「顧問税理士が認定医療法人制度の対応ができるかどうか、あるいは医療機関が認定医療法人制度の情報を十分にキャッチできているかにより、この制度の活用が大きく左右されるのでないか。税理士全般の同制度に関する知見の底上げを図るため、顧問税理士に向けた正しい情報発信ができる体制づくりが必要と考える。」
２）同制度を推進する専門家の育成
・「『顧問税理士が対応できないから、認定医療法人を選択しない』ということを一部にでも発生させないため、公益社団法人医業経営コンサルタント協会認定の『医業経営コンサルタント』30のような同制度を推進する役割を担う専門家を育成することが必要ではないか。」

７．認定医療法人制度（税制含む）に関する行政への要望についての意見30

https://www.jahmc.or.jp/cgi-bin/about_consultant/taikei.html

28

（１）同制度の医療関係者向け啓発活動の提案、（２）同制度の適用期間、（３）
理事長要件緩和、（４）認定医療法人のその他取扱いについて、行政への要望が挙げられた。
（１）行政や医師会・病院団体の支援による同制度の医療関係者向け啓発活動
・「固定資産等の含み益はかつてほどなくなったかもしれないが、累計の利益の積み上げはその分大きくなっている可能性がある。にもかかわらず、どれくらいの相続税になるのか認識していない医師も未だに多い。このため、認定医療法人制度による対応が必要な方々に、制度がまだ十分に啓蒙できている状態ではない。」
・「認定医療法人制度自体への誤解がよくある。現場の医師は、特定医療法人や社会医療法人の要件との区別がついておらず、周りの友人知人の医師から話だけ聞いて、同族排除の要件があると誤解して制度活用に二の足を踏んでいるようなケースが散見される。」
・「持分なしにしても将来的に法人の売買の際には退職金の活用で対処可能である
のに、法人売買ができにくくなるのでないかという懸念を持つケースがある。」
・「厚生労働省とのタイアップセミナーや、地域金融機関との共催セミナーなどが開催されているが、制度の認識にはまだ時間がかかると考える。医師会や行政に対しては、認定医療法人制度の理解が進むような講演会や質疑応答の場のさらなる設
置をお願いしたい。」
・「今後、啓蒙活動をするに当たり、医師会や、医療法人協会などの業界団体と税理士の連携をもっと拡大できないか。」（２）同制度の適用期間
同制度が３年の時限立法によっていることに関し、a.適用期間を長期設定すべきとの意見と、b.恒久化には馴染まないとの意見があった。
ａ．適用期間の長期設定に肯定的な意見
・「承継問題を我が事として認識するためには、どうしても時期が先延ばしとなり、かつタイミングが限られてしまう。よって、認定医療法人制度を「3 年」区切りでなく恒久化または、向こう 10 年程度といった長期間の設定を視野に、もっとより長い目で計画的に相続のことを現場の経営者の人たちが考えてゆけるような制度とすることが望ましい。」
29

ｂ．上記ａに対して否定的な意見
・「恒久化やあまり長期間にすると、同制度の副次的メリットとして挙げられた『代替わりの促進効果』（期限が設けられることで、期限内の代替わりへの心理的な後押しとなる）が失われる。」
・「同制度の成り立ちに照らせば、『恒久化』には馴染まないのでないか。」（３）認定医療法人の「理事長」要件（＝医師に限る）の緩和
・「医療法人の理事長は、『一定の要件』31を満たさない限り、医師以外は理事長を担えないことになっている。認定医療法人制度を採用した医療法人は、ここで言う『一定の要件』に該当するものとし医師以外でも理事長を担えるようにして欲しい。」
・「同制度が社会に認められるものなのであれば、社会医療法人や特定医療法人と同等の扱いにして、選択肢を増やして然るべきではないか。財団法人や株式会社
が保有する医療施設の場合は、当該法人の長が非医師でも容認されていることとの平仄も合わないのでないか。」（４）認定医療法人認可後の同法人に関するその他の取扱い
認定医療法人について、社会医療法人へ移行した場合の『状況報告書』の提出に配慮を求める意見があった。
・「認定医療法人の認可後に社会医療法人へ移行した場合の『状況報告書』の提出を免除して欲しい。現在は、双方の制度が違うという理由でそれぞれに提出が求められ、無駄が生じている。」

８．その他
認定医療法人の取消に関し、具体的な該当事例の情報は確認できなかった。

31

厚生労働省（2015）。

30

・「認定医療法人の取消は、自分の関わっているところでは発生していない。」
・「他の関係するところを含めても取消事例は聞いたことがない。」

31

Ⅲ.考察
認定医療法人制度に関して、インタビューにより得られた専門家の情報や知見を分析し、これに考察を加えた。同制度の活用を検討している医療法人にとっての一助となるよう、また、医療法人に日頃から関わりのある税理士に同制度の実務経験が少ない場合、税理士にも役立つように、同制度の意義を明らかにし、同制度の活用を検討するに際しての基本的な考え方を筆者らとして整理した32。
１．認定医療法人制度の意義
2014 年税制改正、医療法改正において認定医療法人制度が創設される以前は、「持分あり医療法人」の相続発生時の対応として、①「持分あり医療法人」のま
ま、相続人が相続税を支払って相続する、②「持分なし医療法人」に移行し、当該医療法人が贈与税を支払う、③同族経営をあきらめて、特定医療法人あるいは社会医療法人に移行する、④相続しない、の 4 つの選択肢しかなかった。
しかし日本医師会他の医療関係者からの働きかけ33により、認定医療法人制度が新たな選択肢として創設され、移行計画の認定を受けた医療法人において移行手続き中に出資者に相続が発生した場合、持分に係る相続税の猶予等が措置された。さらに、加えて 2017 年 10 月 1 日の同制度改正により、出資持分を放棄した場合の医療法人への贈与税が、改正後の要件を満たせば課されないこととされた。改正後の要件として運営に関する要件が新たに設けられたものの、そこに理事等の同族制限要件が入らなかった。これにより上記４つの選択肢に加え、医療法人が贈与税を支払うことなく、かつ同族経営をあきらめることなく、「持分なし医療法人」に移行する選択肢ができたことから、相続対策を熟慮していた「持分あり医療法人」の中から、同制度を積極的に申請する事例が出てきた経緯にある34。

32

本章では、インタビューで挙げられた情報や意見の中から、本稿の目的に照らし選別し取り上げた。認定医療法人制度の問題点や改善点についての意見や認定医療法人制度（税制含む）に関する行政への要望についての意見は、別の機会に参考として活用する。
33 令和 2 年度 日本医師会事業報告。
34 旧制度による認定（2014 年 10 月～2017 年 9 月末日）
：申請件数 87（32）件、認定件数 87（31）件
新制度による認定（2017 年 10 月～2021 年 3 月末日）
：申請件数 676（32）件、認定件数 617（31）件合計（2014 年 10 月～2021 年月末）
：申請件数 763（32）件、認定件数 704（31）件
括弧内件数は、特例認定（旧制度の認定を受けた後、新制度で再度認定）数。

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２．認定医療法人制度の活用を検討するにあたっての基本的な考え方
同制度は上記１の通り、「持分なし医療法人」への移行時の最大の問題である「出資持分を放棄した場合の医療法人へのみなし贈与税」を解決する効果的な
選択肢となる。他方で、同制度を活用するためには、「80%ルール」に抵触しないこと35、医療法人関係者への特別利益の供与のないこと36、期末の遊休財産額
が事業費用の額を超えないこと37、といった認定医療法人制度の運営上の要件に加え、役員報酬等の上限（原則として 3,600 万円以内）に関する取扱い38を遵守しなければならない。
持分放棄するか、そして同制度活用を選択するか否かは、あくまで個別に判断すべきである。例えば、「相続対策（将来の相続時に発生する相続税の支払能力や持分払戻請求を行使された場合のリスク）に苦慮しているが、医療機関の存続を前提にする医療法人」であっても、医療法人に贈与税の支払余力があるのであれば、同制度活用のメリット・デメリットを比較考量し、その結果によっては（同
制度を活用せず）贈与税を支払って持分なし医療法人に移行する、という選択肢もあり得ると考える。
そこで、将来に亘り医療機関の存続を前提とする医療法人が、何れの選択肢をとるべきか検討する際の基本的な考え方に関して、筆者らの見解を以下に示す。
（１）検討の手順
次の手順に従い、確認作業及び検討を進めていくことを推奨する。
１）現状の確認① 相続意思のある相続人の確認
医療法人を承継する意思のある相続人がいることを確認する。
② 相続人範囲の確認
現在の持分保有者及びその相続人が誰かを確認する。
社会保険診療収入等が全収入金額の 80%超であることをいう。本稿 23 頁参照のこと。
「特別の利益を与えないこと」の具体的な基準については、本稿 25 頁(注)参照のこと。
37 遊休財産とは、業務のために使用されておらず、引き続き使用されることが見込まれない財産をいう。
本稿 25～26 頁参照のこと。
38 本稿 26 頁参照。インタビューより以下①～③の行政指導（厚生労働省）があるとの情報を得ている。
① 原則として「3,600 万円」を超えないこと。
② 3,600 万円超の場合は、どれだけ理事長が多く働いているかの合理的な説明が必要である。
③ 上記②の場合でも、『5,000 万円を上限』とすること。
35
36

33

③ 想定される相続税の確認
相続発生時の相続税がどれくらいになるか確認する。
④ 支払能力の確認
相続時に発生する相続税の支払能力や持分払戻請求を行使された場合のリスクに備えるため、相続人及び医療法人の支払い能力を確認する。
特に、「社員でない出資者」から持分払戻請求が行使されるケースが想定されるため留意が必要である。
【「社員」、「役員（理事）」、「出資者」の区分】
持分あり医療法人では、所有と経営の分離が図られている。
・「社員」：医療法人の最高意思決定機関である社員総会の構成員であり、医療法人の運営上重要な事項についての議決権を有する。

・「役員(理事)」 ：社員総会により選任され、理事会の構成員として業務を執行する役割を担う。
・「社員と出資者」：出資と社員の地位が結びついている必要がなく、出資がなくとも社員に就任できる。
社員総会(最高意思決定機関)

社員

社員

社員

理事の選任・解任

出資者

理事会(業務執行機関)

理事

理事

理事
理事の互選

理事長

２）想定相続税額の引き下げ策の検討

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役員退職時の退職金、病院・施設の建替えなどの設備投資、「暦年贈与」等を利用した後継者への贈与等を講じることによる出資の評価引下げの可能性について検討する。
３）持分放棄の検討① 持分放棄する場合と、しない場合のメリット・デメリットを比較考量する39。
② 持分放棄のメリットが大きいと判断される場合、他の持分保有者に持分放棄の了解を得られるか検討する。
③ 上記②において、他の持分保有者に持分放棄の了解を得られず、持分の払い戻しを請求される可能性がある場合、その対処策を検討する。
４）認定医療法人制度を活用する場合の自院の問題点の把握① 自院の状況に照らし、同制度の運営に関する 8 要件40が遵守できるか検討する。特に、「80%ルール」41（社会保険診療収入等が全収入金額の 80%超であること）、「法人関係者に特別利益を与えないこと」42、「期末の遊休財産額（事業の用に供していない財産）が事業費用の額を超えないこと」43の 3 つが留意点である。
② 自院の状況に照らし、役員報酬の上限（原則として 3,600 万円以内）44に関する取扱いが遵守できるか検討する。
５）認定医療法人制度を活用する場合としない場合の比較検討
同制度を活用する場合と、しない場合（上記１①～③）のメリット・デメリッ
トを比較考量する。
（２）留意点何れの選択肢をとるべきか検討するには相応の時間が必要である。認定医療法人制度を活用するには、相続税申告期限（10 カ月）という限られた時間の中

本稿 4 章（18 頁以下）参照のこと。
脚注 14 に同じ。本稿 11 頁参照のこと。
41 脚注 35 に同じ。本稿 23 頁参照のこと。
42 脚注 36 に同じ。本稿 25 頁(注)参照のこと。
43 脚注 37 に同じ。本稿 25～26 頁参照のこと。
44 脚注 38 に同じ。本稿 26 頁参照のこと。
39
40

35

で、認定医療法人の認定を受けなければならない45ことも勘案すれば、相続対策に早期に着手することが重要である。
（３）医師会46や行政47の役割
医療法人が自院に適する選択肢を検討できるよう引き続き支援することが望まれる。

本稿 11 頁脚注 13 参照のこと。併せて本稿 14 頁Ⅱ2(2)4)に掲載の「相続発生までの時間が逼迫していたため同制度の活用を見送らざるを得なかった事例」を参照のこと。
46 日本医師会、地域医師会での会員向け経営セミナーといった啓発活動の他、各病院団体（一般社団法人日本医療法人協会、公益社団法人日本精神科病院協会、一般社団法人日本病院会、公益社団法人全日本病院協会）でもそれぞれの会員向けの経営セミナーが適宜開催されている。
令和 2 年度 日本医師会事業報告。日本医師会では従前からの取組として、「医療機関経営セミナー」を継続的に実施（2020 年度は、大分、山形、山口、佐賀、千葉、福島、宮崎で開催）。会員医師やその医療機関経理担当者等を対象に、都道府県医師会（主催者）、日本医師会、TKC 医業・会計システム研究会の3 者により、医療機関経営に係る税制・税務について理解を深める目的で実施され、経営全般に係る広い分野に亘りテーマを設定する中で、認定医療法人制度も取り上げられている。
47 行政の取組事例は次の通り。厚生労働省委託事業「医療法人に関する制度等についてのセミナー」。受
託業者により、医療法人関係者、行政機関、各種団体、企業、金融機関を対象に、改正医療法における「持分なし医療法人」への移行や医療従事者の働き方改革について周知・解説することを目的に、全国の主要都市で実施された。
2018 年度（19 都市開催）; https://www.mhlw.go.jp/stf/iryouhouzin-seminar.html
2019 年度（14 都市開催）; https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_07679.html
45

36

謝辞
本調査研究の遂行にあたり、ご多忙の中にもかかわらず、快くインタビューに応じてくださった 税理士法人青木会計 代表社員・税理士 青木惠一 様、
川原経営グループ 代表・税理士・公認会計士 川原丈貴様、同・法務企画部
部長 山川光成様、鈴木克己税理士事務所 税理士 鈴木克己様、税理士法人
ＴＡＣＨＩＢＡＮＡ 代表 立花洋介様、日本経営グループ／日本経営ウィル
税理士法人／NKGR コンサルティング株式会社 社員税理士 大坪洋一様、同・取締役 渡井紳一郎様、税理士法人山田＆パートナーズ 税理士 上田峰久様（以上、所属 50 音順に掲載）に、この場を借りて深謝申し上げます。
なお、言うまでもなく本文中のすべての文責は筆者らに帰するものです。

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参考資料〖2001 年小泉内閣構造改革以降～2006 年医療法改正までの流れ〗48

年月2001 年 4 月
6月

出来事
小泉内閣誕生。
経済財政諮問会議（経済財政政策に関し、内閣総理大臣のリーダー
シップを十分に発揮することを目的に内閣府に設置）での議論に基づき、「今後の経済財政運営及び経済社会の構造改革に関する基本方針（いわゆる「骨太の方針」）」を閣議決定。
90 年代のわが国経済の回復力低下と財政バランスの急速な悪化を踏まえ、わが国の構造改革を広範に実施する内容。「改革なくして成長なし」「聖域なき改革」がキーワード。

2002 年「改革と展望」においては、小泉内閣が目指す経済社会の姿と、それを実現するための構造改革を中心とした中期的な経済財政運営についての明確な将来展望と持続可能な財政への道筋を示し、6 月には「基本方針 2002」を決定した。経済と財政の改善傾向をさらに確実なものとし、国民が将来を安心できる確固とした経済社会を構築するために、わが国経済の活性化に向けた経済活性化戦略、税制改革を含む具体的戦略の実施に踏み切った。
医療分野においても、医療費総額の伸びの抑制が謳われ、株式会社による医療機関経営も、同会議の検討事項となった。

2003 年

厚生労働省において、経済財政諮問会議の基本方針等を踏まえ、医療機関､特に民間病院経営の近代化・効率化を図る観点から、医療法
人制度をはじめとする医業経営の今後の在り方について幅広く検討する目的で、「これからの医業経営の在り方に関する検討会」が開催された。
「非営利性・公益性の徹底」、「効率性の向上」、「透明性の確保」、「安
定した経営の実現」が提言された。

2005 年

厚生労働省において、上記「これからの医業経営の在り方に関する検討会」に引き続いて、「医業経営の非営利性等に関する検討会」が開催された。
株式会社の医業参入阻止を目的として医業分野に参入する法人の「非営利性」と「公益性」を求める趣旨で、「1950（昭和 25）年の48

筆者らにより作成。

38

医療法人制度創設以来、医療法人は『剰余金を配当してはならない』という民間非営利法人であり、今後ともその考え方は維持」しつつ、「公益性の高い医療サービスを担う医療法人内部のガバナンスの強化と情報開示の徹底を通じ、医療法人自らが地域に積極的に地域社会に貢献できる法人制度を新たに創設する」ことが謳われた。
2006 年

医療法改正。
医療法人の「非営利性」と「公益性」を明言したうえで、「持分なし
医療法人」を原則とすることとされた結果、2007（平成 19）年 4 月
1 日以降、新たに設立される医療法人は「持分なし医療法人」だけとなった。併せて、それ以前から存在する医療法人には、経過措置
として、「当分の間」、「持分あり医療法人」として存続できることとされた49。

49

厚生労働省（2006）。

39参考資料・文献リスト●厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度のＱ＆Ａ」。
https://www.jahmc.or.jp/cgi-bin/about_consultant/taikei.html●厚生労働省（2006）「医政発第 0330010 号；良質な医療を提供する体制の確立を図るための医療法等の一部を改正する法律の一部の施行について」（平成
19 年 3 月 30 日）。
https://www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=00tb3561&dataType=1&page●厚生労働省（2015）「最終改正・医政発 0325 第 3 号：医療法人制度の改正及び都道府県医療審議会について（厚生労働省医政局長通知）」（平成 28 年 3 月
25 日）。
https://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-10800000Iseikyoku/0000099049.pdf●厚生労働省（2017）医政支発 0929 第 1 号「持分の定めのない医療法人への移行に関する計画の認定制度について」（平成 29 年 9 月 29 日）。
https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/000515778.pdf●厚生労働省（2018）「持分の定めのない医療法人への移行認定制度の概要」（平成 30 年 2 月 9 日）。
https://www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-10800000Iseikyoku/0000106957_14.pdf●厚生労働省（2021）「医政支発 0929 第 1 号：持分の定めのない医療法人への移行に関する計画の認定制度について・医政局医療経営支援課長通知（平成 29
年 9 月 29 日）；最終改正・医政支発 0528 第 2 号」
（令和 3 年 5 月 28 日）。
https://www.mhlw.go.jp/content/10800000/000786120.pdf●国税庁 No.5265「交際費等の範囲と損金不算入額の計算」。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5265.htm

40

●日本医師会（2016）日医発第 1052 号(年税 71)「平成 29 年度税制改正について」（平成 28 年 12 月 28 日）。
http://dl.med.or.jp/dl-med/doctor/report/zeisei/2016nen_71.pdf●日本医師会（2021）「令和 2 年度 日本医師会事業報告」。
https://www.med.or.jp/dl-med/jma/gyozai/r02houkoku.pdf●原祐一、堤信之、坂口一樹、石尾勝（2020）日医総研ワーキングペーパー
No.446「持分の定めのない医療法人への移行に関する課題の考察（移行済医療法人へのインタビュー調査）」（2020 年 6 月）。
https://www.jmari.med.or.jp/download/WP446.pdf

41

資料〖税理士法人向けインタビューガイド〗＜Ⅰ．認定医療法人制度を活用して、持分なし医療法人に移行した医療法人＞
1.当該医療法人が、持分放棄の意思決定にまで至ったプロセス（事実経過）について、できるだけ詳しく教えてください。
2.持分放棄に至るまでに出た反対意見（どの立場の方から、どのような意見が出たのか、その理由）について、教えてください。
3.当該医療法人が、持分放棄を決めたポイント、判断に迷ったポイントについて教えてください。
4.認定医療法人制度の活用や持分の放棄によって得られた具体的なメリットについて教えてください。
5.認定医療法人制度の活用や持分の放棄によって被った具体的なデメリットがあれば、教えてください。
6.認定医療法人制度について、税の専門家から見て、問題点や改善の余地があるとお考えですか？ ご意見をお聞かせください。
7.「持分なし医療法人」を前提とした今の法制度（税制含む）について、民間医療機関の円
滑な医業承継という観点から、ご意見をお聞かせください。
＜Ⅱ．認定医療法人制度の活用を検討したが、結果として活用しなかった医療法人について（同制度を活用せず持分なし医療法人に移行した医療法人、および持分なし医療法人に移行しなかった医療法人）＞
1.当該医療法人の検討プロセス（事実経過）について、できるだけ詳しく教えてください。
2.持分放棄への反対意見（どの立場の方から、どのような意見が出たのか、その理由）について、教えてください。
3.当該医療法人が、認定医療法人制度を活用するかの判断に迷ったポイントについて教えてください。また、持分なしに移行した場合は持分放棄を決めたポイント、判断に迷ったポ
イントについて教えてください。
4.持分なしに移行した場合は、持分の放棄によって得られた具体的なメリットについて教
えてください。
5.持分なしに移行した場合は、持分の放棄によって被った具体的なデメリットがあれば、教えてください。
6.認定医療法人制度について、税の専門家から見て、問題点や改善の余地があるとお考えですか？ ご意見をお聞かせください。
7.「持分なし医療法人」を前提とした今の法制度（税制含む）について、民間医療機関の円
滑な医業承継という観点から、ご意見をお聞かせください。
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