IPA Analysis Match
トミーデジタルバイオロジー

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Analysis MatchとはAnalysis MatchはIPAに機能を追加する有料オプションです
自身のIPA解析結果と類似、または相反する生物学的結果を持つ、他の解析結果を、自身の過去の解析結果や、公共データベース由来のヒトおよびマウスの疾患/がんなどに関する発現解析結果から自動的に探索し、比較解析ができるようになります
この比較解析は、Canonical Pathways, Upstream Regulators,Causal Networks, Diseases and Functions解析結果の共通パターンに基づいてマッチングされます
Analysis Matchを使用することでご自身のIPA解析結果と相関あるいは逆相関する他の解析結果を容易に探索することができます2

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Analysis Matchのデータベース
Analysis Matchに使用される解析は、SRA、GEO、Array Express、TCGA、LINCSなどにある310,000以上のヒトおよびマウスの疾患/がんなどに関する発現解析結果をQIAGENのOmicSoftチームが精査し再構築したものです2020年12月現在、80,000以上の解析結果が利用可能です TOMY Digital Biology Co., Ltd. All rights reserved.
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ナレッジとデータセットの統合イメージ

データセットをOmicSoft Landsに統合
OncoLand
DiseaseLand

キュレートされた
Findings

各データセットの解析
ご自身のデータとOmicsoftのデータとの比較

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Compare Analysisとの違い
IPAの基本機能にあるCompare Analysisでは手動で、最大20個までのご自身の任意の解析結果との比較が可能ですが…

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Analysis MatchではAnalysis Matchでは自動的に、過去の自身の解析結果のみならずOmicSoftデータベース内の解析結果が探索され、比較することが可能です>80,000 analyses

Analysis Matchで比較可能な対象
・ご自身のすべての解析結果
・OmicSoftが公共ソースからキュレートし、事前に解析を行った解析結果
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Analysis Matchのリスト表示
Analysis MatchはIPA解析結果タブの一番右側に表示されます
自身の解析結果と類似、または相反する生物学的結果を持つ、他の解析結果が自動的に探索、ランク付けされて表示されます

それぞれのカラムについては数値やキーワードによるフィルタリングが可能です7

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メタデータの評価
Evaluate Metadata機能を使用することで、90を超えるキュレートされたメタデータフィールドからメタデータを自動的に分析し、選択した解析に共通性があるかどうかを検出することができます8 TOMY Digital Biology Co., Ltd. All rights reserved.
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データセットの検索目的のデータセットを検索し、任意の解析結果を確認することや、最大20個を選択して比較解析をすることができます9 TOMY Digital Biology Co., Ltd. All rights reserved.
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Analysis Matchのヒートマップ表示
各行には解析結果間の比較に使用したEntity（Upstream Regulator,Diseases & Functions, Canonical Pathwayなど）が表示されます10

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Activity Plotについて
Activity Plot機能は、Analysis Matchライセンスに含まれています
Activity Plotでは、OmicSoftデータベース内のCanonical Pathways、
Upstream Regulators / Causal Network master regulators、
Diseases and Functionsなど、単一の解析結果を視覚化できます
この機能を使用することで、自分たちの実験で見つけ出した遺伝子やパスウェイが、他の実験ではどんな状態なのかを知ることができます
その他にも例えば、「どの治療法が上皮から間葉系への移行を阻害すると予測されるか？」「どのような疾患状態でILKシグナル伝達経路が活性化されるのか？」「どのがんにおいてSTAT3が上流制御因子として活性化されているか？」などの質問に答えることもできます11

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Activity Plotの起動方法
Activity Plotは検索タブによる検索結果から、またはCore Analysis結果のCanonical Pathways、Upstream Analysis、Diseases & Functionsのいずれかの結果から起動することができます12

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CONFIDENTIALIPA Land Explorerとの連携
IPA Land Explorerのライセンスをお持ちの方は、 “comparison ID” のリンクから、各データセットをボルケーノプロットで表示することができます13

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マニュアルのダウンロード
IPA日本語マニュアル
https://www.digital-biology.co.jp/datadownload/IPA
ユーザー名： IPA@IPA
パスワード： qhkjfea
英語版はご用意がございませんので、Helpメニュー → Help and Support もしくは、
http://qiagen.force.com/KnowledgeBase/KnowledgeIPAPageをご参照ください

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カスタマーサポート
トミーデジタルバイオロジー株式会社
tel： 03-6240-0451
e-mail： support@digital-biology.co.jp
担当： 田中・越後
対応時間： 平日9:00～17:30

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