6/22/2023

タ ー ゲ ットサイズに応じたNGSカスタムパネル製品のご紹介
XGE N CU STOM H YB PAN E L, XGE N MRD PAN E L

I N T E G R A TE D D N A T E C H N OL OG IE S

For research use only. Not for use in diagnostic procedures. Unless otherwise agreed to in writing, IDT does notintend these products to be used in clinical applications and does not warrant their fitness or suitability for any
clinical diagnostic use. Purchaser is solely responsible for all decisions regarding the use of these products and any
associated regulatory or legal obligations.
The information in this presentation is confidential and proprietary. No part of the presentation may be used, reproduced
or distributed without the express written permission of Integrated DNA Technologies, Inc.

1

30 年以上にわたるライフサイエンス研究の世界的リーダー
アイオワ州コーラルビル（米国） | 本社
ルーヴェン（ベルギー） | 生産施設

ミシガン州（米国） | 研究開発・生産施設
イリノイ州（米国） | 業務管理拠点

ソウル（韓国） | 営業拠点

東京（日本） | 営業拠点
ノースカロライナ州（米国） | 生産施設

上海（中国） |営業拠点

カリフォルニア州（米国） | 研究開発・生産施設

シンガポール | 生産施設

シドニー（オーストラリア） | 営業拠点

従業員 1,500 名以上 | 顧客 130,000 人以上 | 1 日の注文数約 4,200 件
IDT CONFIDENTIAL

研究用途専用。診断用途には使用しないでください。

2216/22/2023

xGen MRD Hyb Panel
ARTIC, Midnight, SNAP Panels

IDTのこれまでの歩み

xGenTM Prism Library Prep Kit
xGenTM Exome Research Panel v2
NGS Discovery Pools
rhAmpSeqTM System
xGenTM Dual Index UMI Adapters
xGenTM Exome Panel
xGenTM LockdownTM Probes

Ultramer TM DNA oligos

xGenTM Blocking Oligos

Custom RNA
Custom DNA oligos
IDT founded

1987

1993

1995

2007

2012

2013

2014

Foundation Medicine

2017

2018

2019

2020

2021

Illumina partnership
McDonell Genome Institute
Align Program
SOPHiA GENETICS
partnership

Swift Biosciences
Acquisition

IDT CONFIDENTIAL For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

33H y b r i di z a t i o n C a p t u r e

4

IDT CONFIDENTIAL

442

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ハイブリダイゼーションキャプチャーのワークフロー>

55

ハイブリダイゼーションキャプチャー取り扱い製品•xGen Predesigned Hyb Panels

設計済みプローブパネル•xGen Custom Hyb Panels, MRD Panels

カスタム設計プローブパネル•xGen Hybridization Capture Core Reagents

周辺試薬

>

663

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webxGen Hybridization Capture Core Reagents
ハイブリダイゼーションキャプチャー周辺試薬•xGen Hybridization and Wash V2 Kit

各種buffer、Cot DNA、Streptavidin beadのセット•xGen Universal Blockers

アダプター配列をマスクするオリゴ•

xGen Library Amplification Primer Mix

濃縮後のライブラリをPCR増幅するプライマー
Cot DNA

Library Adapter

xGen Universal Blockers

xGen Hyb Panels
Streptavidin beadMagnet77webxGen Predesigned Hyb Panels
設計済みプローブパネル•

xGen Exome Hyb Panel

ヒト全エクソーム解析用パネル•

xGen AML Cancer Hyb PanelAML（急性骨髄性白血病）解析用パネル•

xGen Inherited Disease Hyb Panel

遺伝性疾患解析用パネル•

xGen Pan-Cancer Hyb Panel

がん解析用パネル•

xGen CNV Backbone Hyb Panel

ヒトゲノム全体のCNV解析用パネル•

xGen Human ID Hyb Panel

ヒトDNAサンプルの識別用パネル•

xGen Human mtDNA Hyb Panel

ヒトミトコンドリアDNA解析用パネル•

xGen SARS-CoV-2 Hyb Panel

SARS-CoV-2解析用パネル
8846/22/2023

xGEN MR D PA N EL
5 0 ‐ 2 0 0 0 p r o b e s で の デ ザ イ ン が 可 能 な カ ス タ ム パネ ル ( 6 k b - 2 4 0 k b )IDT CONFIDENTIAL
For researchuse only. Not for use in diagnostic procedures.

99

微 小 残 存 病 変 （ MRD） とは ?

•治療後に少数のがん細胞が残る場合、これを微小残存病変（MRD）と呼びます。

•

循環セルフリー DNA (cfDNA) で MRD を明らかにすること
で、高い精度で再発を予測できます。

•

MRD を示す ctDNA のごく一部を特定することには課題があります。

IDT CONFIDENTIAL
For researchuse only. Not for use in diagnostic procedures.

Healthy CellsMalignant Cells

MRD101056/22/2023

M R D 研 究で用い られる最 も一般 的なテクノ ロジー

Polymerase Chain
Reaction (PCR)

Next Generation Sequencing(NGS)

Flow Cytometry

IDT CONFIDENTIAL
For researchuse only. Not for use in diagnostic procedures.

1111

発見
with our xGen WGS Solution

調査with our xGen WES or other TargetedSolutions

IDT CONFIDENTIAL

追跡with our xGen MRD Solution

For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

12126

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xGen - NGS made for MRD research
サンプル標本ア ダプター &プ ライマー

ライブラリー調製

IDT CONFIDENTIAL

ライブラリー
調製

DNA抽出ライブ ラリー
ノー マライゼーション

シーケンス

データ解析

タ ー ゲットエンリッチメント

ブ ロッカー &ウォ ッシュキット

For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

1313

腫瘍情報を考慮した研究ワークフロー

カスタム MRD研究のワークフロー

SamplesTumor and Normal

Low-quality DNA

Extraction

Blood
Fresh Frozen Tissue

cfDNA
FFPE DNA

ctDNA

Library Prep

Library Prep

High-quality DNA

xGen DNA Library Prep EZ
xGen Adapters & Indexing Primers

Hybridization Capture
xGen Exome v2 Hyb Panel
xGen Custom or Predesigned Hyb Panel
xGen Hyb Reagents

Sequence & Analysis
IDT Align Program

xGen cfDNA & FFPEDNA Library Prep v2xGen Indexing Primers

Library PrepAmpliconSequencing*

xGen cfDNA & FFPE DNA
Library Prep v2
xGen Indexing Primers

Custom Enrichment
xGen MRD Hybridization Panel
xGen Hyb Reagents

Sequence & Analysis
IDT Align Program
UMI-based Analysis for Rare
Sequences

Design Services
Tumor Specific Panels for Tracking
Research Samples

IDT
CONFIDENTIAL
For
researchuse only. Not for use in diagnostic procedures.

*consult your IDT sales representative to learn more about IDT’s amplicon sequencing solutions14147

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xGenTM cfDNA & FFPE DNA Library Prepより高いコンバージョン率、複雑性、カバレッジを実現

Extraction

Library Prep

Hyb CaptureSequencing

IDT CONFIDENTIAL

16For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

16xGenTM Normalase Module
ワークフローの概要
主な特長
Normalase PCRPooling

Normalase I

Your PCR Master mix +Normalase Primers

Mastermix
G1+G2Mastermix
Y1+Y2+Y3

1 uL x n

5 uL each
Sta n d a rdPCR

15 min

5 uL

SPRI

30 Ceac hn libraries
Library amplific ation andconditioning to 12 nM

25 uL reaction
Enz y matic s elec tion of 4 nM frac tion

IDT CONFIDENTIAL
For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

Library Pool
5 uL x n•

マルチプレックスシーケンシングにおける均一なライブラリー濃度を実現するために、より少ない処理ステップでノーマライゼーションが可能•

多様な DNA および RNA ライブラリー調製
方法と互換性があり、よりバランスの取れたシーケンスデータの取得が可能•

シンプルでわずか45分間のプロトコル•

各サンプルのシーケンス量を均一化することでシーケンシングのコストを削減し、1 回のランあたりのサンプル量を増やし、予測可能なリード数の取得が可能Reduce

Normalase II

Library Pool

B10.2 uL x n

4nM
Library Pool

Enzymatic normalization to 4 nM

17178

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xGenTM Normalase Module
ライブラリーノーマライゼーション技術の進歩

Extraction
A.

qPCR v s Normalase

B.

Pre- v s. Post-Normalase

Library PrepHyb Capture

Sequencing

IDT CONFIDENTIAL

For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

1818

カ ス タ ム 研 究 ソ リ ュ ー シ ョ ン に お け る 新 し い スタ ン ダー ド
制限なく、スケーリング、簡素化、および時間の節約が可能
1パネルあたり最大 2,000 個のプローブのオーダーが可能

IDT CONFIDENTIAL
For researchuse only. Not for use in diagnostic procedures.

1注文ごとに最大 50 個の独自のパネル作成が可能

デザイン決定から最短5営業日でお届け

191996/22/2023

xGenTM Blocking Oligos & Wash V2 Kits
ブロッカーの使用によりオンターゲット率を向上

Extraction

Library Prep

Hyb Capture

Sequencing

IDT CONFIDENTIAL

For research use only. Not for use in diagnostic procedures.

2020

カスタムハイブリダイゼーション-新規サービス
xGen MRD Hybridization Panel
ProductComponent Id

Product Name

Component Name

List Price(JPY)351507xGen™ MRD Hyb Panel, 16 rxn

50 - 250 probe pricing
service61,300351508xGen™ MRD Hyb Panel, 16 rxn

251 - 500 probe pricing
service

98,000351509xGen™ MRD Hyb Panel, 16 rxn

501-1000 probe pricing
service

147,000

351510xGen™ MRD Hyb Panel, 16 rxn

1001 - 2000 probe pricing
service

244,900

IDT CONFIDENTIAL

2121106/22/2023

xGen C u stom H yb Pan el s
5 0 0 ‐ 5 0 0 0 0 p r o b e s で の デ ザ イ ン が 可 能 なカ ス タ ム パ ネ ル ( 6 0 k b - 6 M b )IDT CONFIDENTIAL
For researchuse only. Not for use in diagnostic procedures.

2222

web

xGen Custom Hyb Panels
カスタム設計プローブパネル•

合成後のサービスに応じて、4つの製品中から選択可能

FeatureCustom design
serv ice
Quality synthesis

xGen Custom Hyb
Panel—Accel

xGen Custom Hyb
Panel

xGen Custom Hyb
Panel—Production (Nofunctional testing)xGen Custom Hyb
Panel—Production✓✓✓✓✓✓✓✓NGS Functional TestReportQuality
documentation

Stock custom panelReaction sizes
Turnaround time

✓

✓✓✓✓

✓

✓

✓

16, 96, custom

16, 96, custom

16, 96, custom

16, 96, custom～2週間

通常～4週間Project dependent

Project dependent23

2311

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Custom Hyb Panel定価価格表 – 16 rxn
16 rxnxGen Custom Hy b Panel - xGen Custom Hy bPanel
Max # of Probes Accel
500
1,000
5,000

7,500
10,00025,00050,000xGen Custom Hy b Panel- Production NoxGen Custom Hy b Panel Production
Functional Test

¥290,000¥395,000¥527,200¥595,000¥350,000¥440,000¥580,000¥810,000¥585,000¥990,000¥1,398,100¥1,445,000¥655,000¥1,110,000¥1,530,000¥1,810,000¥700,000¥1,145,000¥1,810,000¥2,210,000¥1,750,000¥1,985,000¥4,520,000¥4,880,000¥3,500,000¥3,735,000¥9,045,000¥9,175,000

2424Custom Hyb Panel定価価格表 – 96 rxn
96 rxnMax # of xGen Custom Hy b
Probes Panel - Accel

500
1,000
5,000
7,500
10,00025,00050,000xGen Custom
Hy b Panel

xGen Custom Hy b Panel Production No Functional Test

xGen Custom Hy b Panel Production¥875,000¥1,005,000¥1,355,100¥1,620,000¥1,165,000¥1,285,000¥1,985,000¥2,135,000¥1,750,000¥2,160,000¥2,805,000¥3,200,000¥2,190,000¥2,550,000¥3,280,000¥3,920,000¥2,390,000¥2,735,000¥3,350,000¥4,070,000¥2,915,000¥3,210,000¥4,665,000¥5,155,000¥3,790,000¥3,995,000¥9,335,000¥9,825,000

25

25

12

6/22/2023

Custom Hyb Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

注文

xGen™ Hyb Panel Design Toolサービスを利用してプローブデザインが必要になります。
※ 弊社の方でサポートさせていただきます。

26

XGEN™ HYB PANEL DESIGN TOOL
URL
https://sg.idtdna.com/site/order/designtool/index/XGENDESIGN

27

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カスタムパネルの設計に便利なツール
BED、FASTA、遺伝子記号、またはトランスクリプトの登録番号入力を選択

目的のゲノムを選択

さまざまなタイリング
オプションをカスタマ
イズ
さらなるカスタマイズが必要なパネル設計の場合 、NGS設計チームによる迅速で専門的なコンサルティングがご利用可能です。
研 究 用途専用。診断用途には使用しないでください。

28

28

再利用や再注文を簡単にするため、設計に名前を付けて保存

研 究 用途専用。診断用途には使用しないでください。

2929

14

6/22/2023

IDT独自のオフターゲットQCメソッドにより、設計したプローブのオフターゲットキャプチャーのリスクを検査

30

30

Custom Hyb Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

注文

xGen™ Hyb Panel Design Tool上で、見積もり・発注依頼ができますが、IDTジャパン経由で見積もり・代行発注もできます。

31

15

6/22/2023

MRD Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

テンプレート作成注文

1. プローブデザイン（既にプローブ配列をお持ちの場合）
所定のテンプレートにお客様ご自身でプローブ配列およびパネル名をご記入いただくのみ

32

MRD Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン
2.

テンプレート作
成注文

プローブデザイン（プローブ配列をお持ちで無い場合）
xGen™ Hyb Panel Design Toolサービス（Human）を利用してプローブデザインが必要※ 弊社の方でサポートさせていただきます。

33

16

6/22/2023

MRD Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

テンプレート作
成注文

1. テンプレート作成
テンプレート（xgen-mrd-hybridization-panel-ordering template）の入手
https://sg.idtdna.com/site/order/poolentry/index/xgen-mrd-hyb-panel-ordering-toolの下記からダウンロード

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MRD Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

テンプレート作
成注文

2. テンプレート作成
パネル名を記入

Probe sequenceを入力

35

17

6/22/2023

MRD Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

テンプレート作
成注文

2. テンプレート作成②顧客自身が行う（FASサポート）i) DesignProbes-XGEN.～.xlsxのSeqの配列部分をコピーiii)パネル名を記入してファイル保存ii) xgen-mrd-hybridization～.xlsxのProbe sequenceにペースト

36

MRD Panelの注文の流れ
プローブ
デザイン

テンプレート作
成注文

3. 注文
必要な情報を記入したテンプレートをメールでお送りください。
IDTジャパンで代行発注を行います。

3718

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ライブラリー調製試薬 取り扱い製品

DNAサンプル用

RNAサンプル用

メチル化シーケンス用•

xGen DNA EZ Library Prep Kit•

xGen DNA MC Library Prep Kit （超音波破砕機で断片化）•xGen cfDNA & FFPE DNA Kit•

xGen ssDNA & Low-Input DNA Library Preparation Kit•

xGen Broad-range RNA Library Prep Kit•

xGen RNA Library Prep Kit•xGen Methyl-Seq DNA Library Prep Kit（酵素法による断片化）

>

3838

THANK YOU3919