名古屋大学情報連携基盤センター
共同利用システム速報

No. 50目

平成 18 年 5 月 26 日 発行

次

１．6 月 5 日（月）から hpc システムの/home ファイルの容量制限実施 ・・・・・・・・・・・・１
２．XPFortran 講習会の開催について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・２
３．MPI 講習会の開催について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・２
４．Mathematica 利用講習会の開催について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・３
５．MATLAB 利用講習会の開催について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・３
６．アプリケーション・パッケージ利用講習会の開催について・・・・・・・・・・・・・・・・４
７．分子軌道法計算プログラムGaussian03 利用講習会の開催について（再掲） ・・・・・・・・７
８．スーパーコンピュータの長時間ジョブの利用者へ 〜お願い〜（再掲）・・・・・・・・・・・８
９．hpc のバッチジョブ・キューp1024 のプロセス数の制限緩和について（再掲） ・・・・・・・９
10．平成１８年度利用者旅費について（再掲)・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・10

１．6 月 5 日（月）から hpc システムの/home ファイルの容量制限実施
既に速報で何度かお知らせしていますが、6 月 5 日（月）より、hpc システムの/home のファイルに対して、ユーザ単位での容量制限（ディスク・クォータ）を実施します。このファイルの容量制限の設定では、ハード制限、ソフト制限、猶予期間の３つのパラメータを指定します。それぞれのパラメータの値は、ソフト制限：50GB、ハード制限：100GB、猶予期間：1 週間とします。この設定により、以下のような状況になります。
/home のファイル使用量

状況

50GB 未満

従来どおり使用可能。

50GB 以上 100GB 未満

1 週間に亘り超過のメッセージをユーザに通知し、1 週（ソフト制限超過状態）間を超えた段階で書き出しは不可となります。

100GB 超え書き出し不可。

（ハード制限超過状態）

1

ファイルの使用量が 50GB 以上になった場合には、すみやかに高速大容量ファイルへコピーするか、不要なファイルの削除などの対処をお願いします。
このファイル容量制限の実施により、制限を超過した場合にターミナルソフトウェアによっては、ログインが出来なくなる場合があります。そのような場合には、ftp などで不要なファイルを消去してください。
ファイルの使用量などは、次に示す quota コマンドで確認できます。
hpc% quota ‑v
なお、高速大容量ファイルに対しては、従来どおりファイル容量の制限設定は、行いません。

２． XPFortran 講習会の開催について
XPFortran による並列プログラミングの初心者向けの講習会を下記の内容で開催します。受講の申込みは，センター４階事務受付（052-789-4355）で行います。
日時

平成１8 年６月２１日（水）１３時〜１６時３０分

場所

情報連携基盤センター４階演習室

対象

本センター利用有資格者及び学部学生

内容
１．並列プログラミングのキーワード
２．カーネルループの並列化
３．並列プログラミングコーディング例

定員

３０名

申込締切日

平成１８年６月１６日（金）ただし，定員になり次第締切ります。

申 込 先

本センター４階事務受付
電 話：052-789-4355

３．MPI 講習会の開催について
MPI ( Message-passing Interface ) による並列プログラミングの初心者向けの講習会を下記の内容で開催します。受講の申込みは，センター４階事務受付（052-789-4355）で行います。
日時

平成１８年６月２２日（木）１３時〜１６時３０分

場

所

情報連携基盤センター４階演習室

対象

本センター利用有資格者及び学部学生内

容
１．並列プログラミングのキーワード
２．カーネルループの並列化
３．基本コーディング
４．並列化における留意点

定員

３０名

2

申込締切日平成１８年６月１９日（月）ただし，定員になり次第締切ります。

申 込 先

本センター４階事務受付
電 話：052-789-4355

４． Mathematica 利用講習会の開催について
数式処理システムMathematica の初心者を対象とした講習会を、下記の内容で開催します。受講の申込みは，センター４階事務受付で行います。
日 時

平成１８年６月２７日（火）１３時〜１６時３０分

場 所

情報連携基盤センター１階端末室

対 象

本センター利用有資格者及び学部学生

内 容
・ Mathematica を利用する前に・ 数値計算／数の型
・ 数学関数・ 数値行列・ 方程式の解・ 数式処理・ グラフィックス
・ データのグラフ化（アニメーション）
・ プログラミング（関数定義／条件定義）
定 員

１５名

申込締切日

講習会開催日の４日前までです。ただし，定員になり次第締切ります。

申 込 先

本センター４階事務受付
電 話：052-789-4355
メール：koshu@itc.nagoya-u.ac.jp（電子メールで申し込む場合には所属，職名等の身分も明記してください。）

５． MATLAB 利用講習会の開催について
MATLAB（matrix laboratory）の初心者を対象とした講習会を、下記の内容で開催します。受講の申込みは，センター４階事務受付で行います。
日 時

平成１８年６月２８日（水）１３時〜１６時３０分

場 所

情報連携基盤センター１階端末室

対 象

本センター利用有資格者及び学部学生

内 容
・ データの扱いの基本
・ 数値演算・ ファイルの入出力
・ プログラミング
3定 員

１５名

申込締切日講習会開催日の４日前までです。ただし，定員になり次第締切ります。

申 込 先

本センター４階事務受付
電 話：052-789-4355
メール：koshu@itc.nagoya-u.ac.jp（電子メールで申し込む場合には所属，職名等の身分も明記してください。）
６． アプリケーション・パッケージ利用講習会の開催についてスーパーコンピュータやアプリケーションサーバで利用可能なアプリケーション・パッケージの初心者向け講習会を、下記の内容で開催します。
今回講習を行うパッケージは、・ FUJITSU/α-FLOW : 汎用３次元流体解析プログラム
・ STAR-CD: 非構造格子・汎用熱流体解析プログラム

・ ANSYS ICEM CFD : 汎用メッシュ生成プログラム
・ CADfix: ＣＡＤデータの変換・検証・修正・簡易化プログラム

・ I-DEAS: ＣＡＤ，線形動的構造解析プログラム

・ LS-DYNA: 非線形動的構造解析プログラム

・ MOPAC: 分子軌道計算プログラム・ Materials Explorer : 分子動力学計算プログラムです。受講の申込は、センター4 階事務受付で行います。
場

所： 本センター１階端末室

対

象： 本センター利用有資格者および学部学生

定

員： １５名申込締切日： 各講習会開催日の４日前までです。ただし，定員になり次第締切ります。
申 込 先： 本センター４階事務受付
電 話：052-789-4355
メール：koshu@itc.nagoya-u.ac.jp（電子メールで申し込む場合には所属，職名等の身分も明記してください。
）＜各講習会内容と開催日時＞
１）MOPAC（分子軌道計算プログラム）利用講習会
日時： 平成１８年６月２９日（木）１０時〜１６時
内容：・ 計算化学入門および MOPAC2002 概要
・ 分子構造作成と分子特性計算および表示
・ 化学反応解析（１）SN2 反応
・ 化学反応解析（２）Diels‑Alder 反応4２）Materials Explorer（分子動力学計算プログラム）利用講習会
日時： 平成１８年６月３０日（金）１３時〜１６時３０分
内容：・ 分子動力学法の基礎と Materials Explorer の基本操作
・ 塩化カリウム結晶のシミュレーション演習
・ 酢酸水溶液のシミュレーション演習
３）STAR-CD （非構造格子・汎用熱流体解析プログラム）
・CADfix 利用講習会
日時： 平成１８年７月４日（火）１０時〜１６時
平成１８年７月５日（水）１０時〜１６時
内容：
・ STAR‑CD の概要と機能説明
・ STAR‑CD 実習（モデル生成，メッシュ生成，境界条件設定，解析実行，可視化）・ CADfix の概要と機能説明
・ CADfix の実習（CAD の自動修正，CAD のマニュアル修正，簡易化等）
４）ANSYS ICEM CFD（汎用メッシュ生成プログラム）
日時： 平成１８年７月６日（木）１０時〜１６時
平成１８年７月７日（金）１０時〜１６時
内容：
・ Tetra/Prism・Hexa メッシュ生成を対象とした機能説明
・ サーフェスデータからのメッシュ作成
・ チェック及び修正方法
・ ブロック分割手法について
・ O‑grid 使用方法
・ STAR‑CD へのデータトランスファー
５）FUJITSU/α-FLOW（汎用３次元流体解析プログラム）利用講習会
日時： 平成１８年７月１１日（火）１３時〜１６時３０分
内容：
・ FUJITSU/α‑FLOW の概要と機能説明
・ 演習Ⅰ「立方体障害物まわりの流れ」解析・ 演習Ⅱ「偏心二重円管内の自然対流」解析
６）LS-DYNA（非線形動的構造解析プログラム）利用講習会
日時： 平成１８年７月１２日（水）１０時〜１６時
内容：
・ LS‑DYNA3D の概要と機能説明
・ 実習（モデル生成，メッシュ生成，境界条件設定，解析実行，可視化）
5７）I-DEAS（CAD，線形構造解析プログラム）利用講習会
日時： 平成１８年７月１３日（木）１３時〜１６時
平成１８年７月１４日（金）１０時〜１６時
内容：
・ I‑DEAS の概要と機能説明・デモ・ 実習（モデル生成，メッシュ生成，境界条件設定，解析実行，可視化）＜パッケージ一口メモ＞
１）FUJITSU/α‑FLOW
構造格子を用いているため、熱流体解析，空力解析，燃焼解析などの広範な流体解析を容易に行うことができます。非圧縮性流体解析モジュール，圧縮性流体解析モジュール，自由表面流れ解析モジュー
ル，燃焼・化学反応流れ解析モジュールが利用できます。
２）STAR‑CD
非構造格子を用いているため複雑な形状に対応できます。ファン、ポンプ、タービンなどの移動境界問題への適応、固体との熱連成、粒子連成、二相流、自由表面、拡散、燃焼などの化学反応、非圧縮性及び圧縮性など多岐に渡る物理モデルを保有しており、様々な現象の解析が可能です。熱伝達係数や温度、圧力データを構造解析ソフトウェアへのデータ受け渡し機能などもあり、現在国内ナンバー１の導入実績を誇るソフトウェアです。
３）LS‑DYNA
LS‑DYNA は，衝突安全解析やプレス成形解析の分野で世界中で多くの人に利用されている解析プログ
ラムです。LS‑DYNA3D は，時間積分に陽解法を使用し，大変形・弾塑性・動的接触を含む数万要素を短時間で計算でき，また，構造解析だけでなく熱や流体との連成などの広範な分野に適用可能です。
４）I‑DEAS
I‑DEAS は３次元のソリッドモデルを中心に設計（ＣＡＤ），有限要素解析のためのメッシュ作成，境界条件設定，線形構造解析，結果の表示機能を持ち，CAE(Computer Aided Engineering) を統合的にサポートするシステムです。
５）ANSYS ICEM CFD
ANSYS ICEM CFD は、流体・構造・振動・衝突解析など CAE で必要なメッシュを生成するためのハイエンド統合メッシュジェネレータです。CAD のダイレクトインターフェイスをはじめとする形状のインポート，100 種類以上の解析コードへの出力インターフェイス，各種メッシュ生成，解析結果の可視化等の機能が利用できます。

6６）CADfix
CADfix は、CAD データを他の CAD/CAE ソフトウェアで確実に読み込めるように、不具合の修正や品質の向上を実行するツールです。CADfix では、必要に応じて CAE に不要な形状を検索・削除することができる形状簡易化機能を標準装備しており、これにより設計で作成された形状を CAE に最適な形状へ変換が可能です。
７）MOPAC
MOPAC は、様々な分子系に対する物性予測、構造解析のために最も広く利用されている半経験的分子軌道計算プログラムです。
８）Materials Explorer
Materials Explorer は、原子・分子の集合体や結晶構造をモデリングし，定温定圧下で分子動力学シミュレーションを行い，状態変数のグラフ表示，材料の 3 次元挙動表示，各種解析を行うことができます。また，バルクから表面・界面までを原子・分子レベルで取り扱うことができます。

７．分子軌道法計算プログラムGaussian03 利用講習会の開催について（再掲）
分子軌道法計算プログラムGaussian03 利用講習会を下記の内容で開催します。
受講の申込みは，センター４階事務受付（052‑789‑4355）で行います。
日時

平成１８年６月９日(金) １０時３０分〜１６時

場

所

情報連携基盤センター４階演習室

講師

岐阜大学地域科学部 和佐田 裕昭助教授
名古屋市立大学和佐田 祐子氏

岐阜大学地域科学部 橋本 智裕助手
内容

分子軌道法計算プログラムGaussian03 利用入門
多くの分子軌道法計算に用いられている Gaussian03 の利用方法に関する講習会です。はじめて分子軌道法計算プログラムを利用してみようと思うユーザ向けの講習会です。計算出力の処理・解析に関しても簡単な実習を行います。

対象

本センター利用有資格者および学部学生

定員

２０名

申込締切日

平成１８年６月５日(月) ただし，定員になり次第締切ります。

申 込 先

本センター４階事務受付
電 話：052‑789‑4355
メール：koshu@itc.nagoya‑u.ac.jp（電子メールで申し込む場合には所属，職名等の身分も明記してください。）

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８．スーパーコンピュータの長時間ジョブの利用者へ 〜お願い〜（再掲）
昨年 3 月にスーパーコンピュータが機種更新され、使用できる CPU 数、メモリ量などが大幅に増大し、ジョブの 1 件当たりの CPU 時間も飛躍的に伸びています。その一方で、システムがエラーを起こした場合には、実行中のジョブが被る影響は甚大になっています。現在、システム的なエラーが起こった場合、ジョブは最初から再実行されるようになっています。ジョブによっては、長時間走っていてあと数時間で終了というような場合もあります。再実行されれば、結果的には同じことなのですが、その時間が無駄になります。長時間ジョブの場合には、そこで費やされる時間はユーザにとっては見過ごせないものとなります。そこで、長時間ジョブの利用者の方には、ジョブがいつ停止してもそのジョブをある時点から再開できるように中間データを書き出すなどの工夫をし、再実行による時間の無駄を最小限に留めるようご協力をお願いします。このような処置をしてあるジョブを流す場合には、再実行を抑止するオプション ‐ nr を qsub コマンドのオペランドに指定してください。 ‑nr
オプションを指定して qsub したジョブについては、システム再開後ご自身でジョブの投入を忘れずに行ってください。なお、スーパーコンピュータ hpc では、月に一回システムの定期保守が行われています。この時の停止に際しても上記と同じようにジョブがキャンセルされ再実行されますので、下記に示すような対処をしておくと、保守日を気にせずにジョブを流すことができます。以下に Fortranプログラムの対処例を示します。
【Fortran プログラム例】
このプログラムでは、一番外側の DO ループ（以下のプログラムでは、DO 変数 loop のループ）を１回処理するのに数時間かかるので、１回処理するごとに中間結果を書き出しています。書き出し時に異常終了しても大丈夫なように書き出しファイルを２個用意し、交互に書き出しをしています。
integer*4 k(2)character * 20 fname(2)k(1)=11k(2)=12;**ループに入る前に中間データの読み出し
open(k(1),file=fname(1),status=’old’)read(k(1)) is1
open(k(2),file=fname(2),status=’old’)read(k(2)) is2
if (is1 > is2 ) thenista = is1 + 1
nn = 1else
ista = is2 + 1
nn = 2end ifread(k(nn)) xxx,yyy,zzz
close(k(1))
close(k(2))

8*;
do loop = ista, iend;
do l1 = lsta,lend;end do；** ループの最後で中間データの書き出し
nn = nn + 1
ik = mod(nn,2)
if(ik.eq.0) ik = 2
open(k(ik),file=fname(ik),status=’old’)
write(k(ik)) loop
write(k(ik)) xxx, yyy, zzz
close(k(ik))
end do;end
９．hpc のバッチジョブ・キューp1024 のプロセス数の制限緩和について（再掲）
5 月 1 日（月）より、hpc のバッチジョブのキューp1024 で実行できるプロセス数の最大を 512から 1584 に変更します。なお、使用する CPU 数が多い場合には、システムの混雑状況によっては実行待ちとなり、待ち時間が長くなる場合があります。ご了承ください。
ジョブ種別

キュー名

バッチジョブTSS

最大使用可能CPU 数

CPU 使用時間

ラージメモリ

経過時間

ユーザ
DTU

プロセススレッド

標準値

制限値

標準値

制限値

制限値

A8

8810 時間

10 時間

2GB

400GB

2 時間

利用不可

P8

8810 時間

無制限

2GB

400GB

336 時間

利用不可

P16

16

1610 時間

無制限

2GB

400GB

336 時間

利用可能

P64

64

64

200 時間

無制限

2GB

400GB

336 時間

利用可能

P128

128

128

200 時間

無制限

2GB

400GB

336 時間

利用可能

P256

256

64

200 時間無制限

2GB400GB

336 時間

利用可能

P1024

1584

64

200 時間

無制限

2GB

400GB

336 時間利用可能−128128

2 時間

無制限−128GB−

利用不可

注 1) CPU 使用時間は、各 CPU の合計です。
注 2) ラージメモリは、プロセスあたりの値です。
注 3）バッチジョブで使用可能な最大の CPU 数は、1584 です。
注４）バッチジョブで使用できる 128CPU のノードは、1 台です。
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10．平成１８年度利用者旅費について（再掲）
平成１８年度の利用者旅費による出張は、下記のように取り扱います。
１）期間

平成１８年４月１日 〜 平成１９年３月３１日

２）出張計画表
利用者旅費による出張の申請は、センター委員会の審議を経て承認するため、年度当初に出張理由・回数等を記入した年間計画（出張計画表）を提出する。
年度の途中で、出張の必要が生じた場合には、それ以降の計画を記して提出する。
３）出張申請書
出張計画表の提出により承認された場合は、旅行日の２週間前までに、本センターに利用者旅費申請書を提出する。
（出張計画表、利用者旅費申請書はセンターホームページよりＰＤＦにて印刷が可能です。
）
４）出張期間センター滞在を 3 日以内とし、必要な旅行日を加える。ただし、第４地区内の方は日帰りとする（原則として一人当たり５回／月以内）。
５）支給額（１）運 賃

普通車運賃。ただし、当該旅行キロ数に応じて所定の急行または特別急行料金を支給する。

（２）日当及び宿泊料

国立大学法人名古屋大学旅費規程・細則で規定する額を支給する。

６）その他（１）旅費の支給方法はすべて精算払いとする。
（２）科学研究費、受託研究費及び委任経理金による利用者に対しては、旅費を支給しない。

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