特定非営利活動法人

日本バイオインフォマティクス学会
ニュースレター第 39 号

学会ホームページ https://www.jsbi.org/
お問い合わせ jimu@mail.jsbi.org
C

O

巻頭言

N

T

E

1

N

T

S

地域部会・公募研究会活動報告

19

特集「バイオインフォマティクスと技術開発コミュニティ」
 2

リレー紹介：日本のバイオインフォマティクス研究室

23

Oxford Journals-JSBi Prize受賞報告

12

学会からのお知らせ

25

日本バイオインフォマティクス学会賞受賞報告

13

学会議事録等

25

年会開催報告14

学会の現況

28

国際会議参加報告

15

編集後記

30

巻

頭

言

身近にあるデータを愛でる
新型コロナウイルス感染症の広がりにともない、ここ1年

肪率や骨密度などまで測れてしほど、社会全体で生活スタイルが変わってきている部分があまう上にスマートフォンに転送ります。対人接触自体が危険因子となり得る状況下で、打ちできたりもします。そしてコロ

合わせや学会などがオンラインで開催される機会も増え、結ナ禍の最近では、例えば血中酸

果的に体を物理的に動かす機会が減っている方もかなり多い

素飽和度を測るパルスオキシのではないかと思います。

メータといったある種医療機器についても、需要に応じた商品

さて、本学会会員のみなさまは、日頃、各種実験データや展開もあり、自治体が自宅療養公開されたDBのデータを触っていらっしゃることかと思い患者に配布を始めるなど、個人ます。どのようなデータを対象に、どのような解析手法を用に付帯する各種バイタルデータを、個々人自身によって取得いてどのような関係性を見出すか、あるいは見たいことを見することが可能な状況になりつつあります。

るための新しい解析手法を見出すか、が研究のミソだと思いますが、せっかく “バイオ” インフォマティクスに携わってバイオインフォマティクスを、生命現象を情報科学の立場いるのですから、それらの本論とは別に、一番身近なバイオから捉える学問である、と考えると、上記に述べたような、対象である、自分自身に関するデータを触ってみるのも趣味

個人のライフ・スタイルについて、種々のデバイス経由で得（と実益）として面白いかもしれません。

られる各種「データ」は充分、研究の対象たり得るでしょう
し、それをたとえば一定期間継続してデータ取得し、継時変

ひと昔前に比べてウエアラブルデバイスが格段に普及し、化や環境要因等を合わせて関連解析して愛でることもまた一

例えば腕時計型のデバイスで、日常的に活動量や歩数、脈拍、興です。すると、例えばデバイスで取得されるデータの精度・

睡眠、はては今年の後半には血糖値まで計測できるなどとさ信頼性や、各メーカの叩き出すおそらく企業独自のアルゴリれる時代になってきています。また、体重計ひとつで、体脂ズム等によるデータの差異、果ては複数デバイスの出力デー
No.39（March, 2021）1

タの標準化、なども気になってきたり、さらに趣味が高じる

くいう私も経時変化の定量化のため、家族と人体実験、もとと個人データ計測沼、というものもでてくるかもしれません。

い各種バイタルデータの収集に勤しんでおります。体重どこ普段病院で検査した際に、各種検査の生データをください、

ろではなく各種生体特徴量が定量化されBluetoothでスマホと申し出ると、なかなか良い顔をされなかったりすることもに転送され、可視化・共有までされてしまう、ある意味SF

多い世の中ですが、それらのデータは誰のモノ？などと考えを超えた現状では、データとそれに触れるひとたちの「お作ると、自分で取得したデータはある意味心置きなく使える法」こそが、求められているのかもしれません。そして、つデータだったりもするわけです。

い解析したくなるみなさま、得られたデータと解析結果を見て、よしもう少しだけ体を動かそう、などといったフィードなどと書いていると、とあるSF作品に出てきたような、

バックもまた良し、ではないでしょうか。

知性を持った体重計を手なずける方法、という小ネタが思い

出され、デバイスのその方面の進化にも期待をもちつつ、か（東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門）

元池育子

JSBi News Letter

特集「バイオインフォマティクスと技術開発コミュニティ」
オンライン国際ハッカソンを成功させるために必要な10のこと、あるいはCOVID19 Virtual BioHackathonはどのようにして成立したのか
大田達郎（ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS））

ハッカソンのオンライン化

C OV I D 1 9 V i r t u a l B i o ­COVID19の感染拡大により、2020年は多くの人が行動の

Hackathon 2020（以 下vBH）

変化を強制された年であった。集会の開催が困難になったこのオーガナイザーを務めた際にとで、研究会やセミナーが全面的にオンライン化したことは、得た経験を振り返り、この問い

アカデミアにとって特に大きな変化であったと思う。

に答えることを試みる。

筆 者 が 所 属 す るDBCLSで は、BioHackathon（以 下BH）という合宿形式の国際会議を年に一度、10年以上に渡って開催している（http://biohackathon.org/）。BH では世界各

vBHの開催レポートはNBDC

国から集まった研究者や開発者が同じ会場に宿泊し、7日間

ブ ロ グ（https://biosciencedbc

に渡ってグループでの議論や開発を行う。特殊な会議の形態.jp/blog/20200525-01.html）において既に公開されている。

であるため、BHにはこれまでの開催経験を活かした様々なそのため会の内容の詳細はそちらに譲り、ここではまずオン

運営上の工夫がある 。筆者は8年ほど前から参加を続けてライン開催に用いたソフトウェアツールを示す。

［1］

2

使用ツールと開催規模おり、メールでのやりとりや国際ビデオ会議、発表が主体の会期中の参加者同士のチャットコミュニケーションには国際会議と比較して、人的ネットワークの構築の容易さや、Slack（https://slack.com/） を利用した。COVID19に関連

個々の参加者が抱える問題解決の効率の高さという点においする非営利・学術目的の会合であることをSlack社に伝え交て、BHは非常に有意義な会であると感じている。

渉したところ、
有償版を期間限定で無償提供してくださった。

しかし現状では従来型のBH、すなわち世界中の研究者を集メッセージの上限や通話人数の制限が解除され、大変感謝しめて合宿をするという形式は、その他の国際会議と同様に、ている。参加者全員が参加する進捗報告のセッションには、

COVID19感染拡大防止の観点から実現が非常に困難となって

Zoomのセミナー機能を利用した（https://zoom.us/）。オーいる。では国際会議がオンラインに移行したように、ハッカソ

ガナイザーの1名が有償アカウントを既に利用していたたンもオンライン化が可能なのだろうか。オンラインで開催すめ、人数制限などの影響は受けなかった。連絡や進捗報告のるハッカソンは、対面での開催と比較して、参加者が得られ

記 録 と 公 開 に は Google Slide（https://www.google.com/

るメリットをどこまで再現できるのか、あるいは異なるメリッ

slides/about/）の共同編集機能を利用し、プログラムやドトを生み出せるのか。ハッカソンの意義が対面でのコミュニキ ュ メ ン ト、 小 規 模 な デ ー タ の ス ト レ ー ジ に は GitHub

ケーションに基づいたものであるとすれば、これらは興味深

repository と GitHub wiki（http://github.com/）を利用しい問 い で ある。本 稿 では、筆 者 が オンライン ハッカソン

た。これら複数のツールを組み合わせて採用した背景には、No.39（March, 2021）

vBHがBHコミュニティの有志により企画されたもので、組間短縮を図るためだけでなく、他グループの様子を少しでも織的な予算がなかったという事情があった。しかしこれらの目にする機会を作るという意味で重要であった。

ツールは参加者の多くが既に使い慣れたものであったため混乱が少なく、サポートの必要が少なかったことは、結果的に利点となった。

行動規範
MLやSNSでのイベント情報の拡散によって参加希望者がvBHのSlackワークスペースに参加した人数は約550人で増えたことで、開催前にはMLで多くの議論が飛び交った。

あったが、期間中に3回行われた全体セッションの参加者はその際に、メールのやり取りを見たことで精神的にダメージ

平均して約100人ほどであった。おそらく、アナウンスに興を負ったと申し出た参加者があった。欧州各国では一斉に味を持ちSlackには参加したものの、プロジェクトへの加入

ロックダウンが始まっていた時期であり、多くの人にとってはしなかったという人が多かったのだろうと推測している。

先が見えず不安な状況であったため、このようなケースには

その原因は各々の自主性に任せるというBHの運営方法をオ

一層適切に対処する必要があった。そこでオーガナイザーをンラインでも踏襲した結果であると考えており、むしろオン

正式に組織し、Code of Conduct（行動規範、以下CoC）を

ラインでもアクティブに開発に貢献した参加者が全世界で定め、それに反した言動を目にした場合に相談を受ける窓口

100人以上いたということを嬉しく思っている。

を作ることで対応を行った。日本国内の学術集会でもCoCと相談窓口を作ることが徐々に一般的になっているが、対面と開催のアナウンスは会期3週間前にBHのMailing List（以下

比べて言葉足らずになりがちなオンラインであるからこそ

JSBi News Letter

会の進行

CoCなどの整備が重要であると感じた一件であった。

ML）で行い、同時にハッカソン中に実施するプロジェクトとリーダーを募集したところ、24のプロジェクト提案があった。

オンライン化によるメリットとデメリット

リーダーにはプロジェクトの概要と作業内容をGitHub上で公参加者として最もメリットを感じたのは、時差のおかげで開するよう求め、参加者には会期中に参加するプロジェクト

24時間常に誰かが作業を行う交代制を敷いてプロジェクトを事前に決めておくようアナウンスを行った。会期中の開発を進められたことだ。筆者が携わったプロジェクトではの進め方は各プロジェクトのリーダーに一任し、ハッカソン

COVID19関連のデータ解析ワークフローを各種ワークフ

初日の日曜と中間の水曜、最終日の土曜に計3回行ったセッ

ロー言語やフレームワークを用いて整備するという作業をションでの報告を求めた。セッションでは、事前に主催側で行っていた。このプロジェクトではメンバーが日本・欧州・

準備したテンプレートに沿ってスライドを作成してもらった。

米国東海岸・米国西海岸に散っていたため、それぞれが交代

テンプレートはスライド1枚、課題・実施事項・次の目標の3で作業し、多くの成果物が得られた。だがこれは裏を返せば点に絞って簡潔に書くことを求め、これによって必要以上に常に誰かが何かしらの問題を抱えるということであり、オーセッションに時間をかけないことを徹底した。これらのスラ

ガナイザーの気の休まる時はないということでもあった。

イドは今も公開されており、誰でも閲覧することができる

時差によるメリットは国際イベントならではであるが、オ（https://github.com/virtual-biohackathons/covid-19-

ンライン化によって参加に伴う移動がなくなったことは最も

bh20/wiki/Video-conference-meetings---Agenda-for-the-大きなメリットであった。参加者は渡航の時間と費用が不要

。
week）

になり、長距離移動による健康への弊害もない。ビザの制限

対面でのハッカソンと比較して最も大きな会期中の変化により移動自体ができないという心配も必要ない。7日間とは、異なるグループのメンバーとの交流の頻度であった。対

いう日程は通常の国際学会よりも長いため、それ故に物理的面であれば、朝昼晩の食事の席、コーヒースペース、夕食後に移動する必要がないことはハッカソンにとっても大きな利の交流会など、共にプロジェクトを進めるメンバー以外の参点となった。今回のvBHでも、普段はあまり見られない中東

加者と話をする場所や機会が多くある。そのような機会におやアフリカからの参加者が多かったことは、このメリットが互いの目的や課題を話す中で、思わぬヒントを得られたり協働いた結果であるように思う。また、普段の生活とリズムを力のきっかけができたりすることは多く、それがハッカソン

変えることなく参加でき、家族への負担、あるいは日々の習の醍醐味でもあるのだが、オンラインではプロジェクトごと

慣への影響を最小限にできることから、これまでより広い参にコミュニケーションのチャンネルが分かれているため、わ加者に門戸を開くことができたと考えている。多様な人材がざわざ出かけて行かない限り、他のプロジェクトで何が起き集うことでその意義を高める性質がハッカソンにあることかているかはほぼ分からない。これはハッカソンのオンライン

らも、初めての参加者が多かったことは1つの成果であった。

開催の最も大きなデメリットであろう。セッションでの発表

一方で、国際ハッカソンをオンライン化することによるデスライドを1つにまとめ、全員が同じファイルに共同編集でメリットは「小さなコミュニケーションの不在」によるもの

書き込むことは、スライド切り替えを排してセッションの時が大きい。ここでいう小さなコミュニケーションとは、挨拶、
No.39（March, 2021）3

ること。ユーザサポートのコストは規模と共にスケー

仕事に関係のない雑談、ちょっとした仕事の相談などを指し

ルし主催のリソースを削る。

ている。具体的な問題として、初対面の相手とのコミュニケー

2．進行は参加者の自主性に任せること。最低限の約束事

ションの難しさ、同じプロジェクトのメンバー以外の参加者と全員が集まる日程だけを予め決めておく。

との交流の少なさ、期間中のプロジェクトへのモチベーションの維持の難しさ、などが挙げられる。ハッカソンの目的が

3．プロジェクトリーダーは期間中の作業内容を事前に具参加者同士の深い交流や議論であることを考えると、コミュ体的に決めておくこと。対面とは異なり始まってから

ニケーションの質が下がることは致命的な問題だ。

目標を議論することは難しい。

オンラインでのコミュニケーションは対面でのコミュニ

4．進 捗報告は1つの共同編集スライドに集約すること。

ケーションと比較して、どの程度真意が伝わっているのか、でなければ他の参加者が何をしているか全くわからな

あるいは理解できているのかを測りかねる難しさがある。時い。

差により集まるタイミングの難しさもある。そのため、
チャッ

5．適切なCode of Conductを定めておくこと。CoCに反トや通話で積極的に発言し、貢献する意思があることを参加

した振る舞いを通報する窓口を設置し、通報があった

者個々人が表明する必要がある。また、発信内容が連絡や報場合の対応も決めておくこと。オンラインでは誤解が告ばかりになってしまうと、些細なことで話しかけたり相談起きやすい。
6．会議に関わる全ての情報をオープンにし、参加障壁をしたりするハードルが上がってしまうため、適度に雑談する

下げること。誰でも気軽に入れるオンラインのメリッ

JSBi News Letter

ことも実は重要である。

トを失ってはいけない。

整理すると、オンラインで開催するハッカソンのメリット
は参加障壁の低さ、デメリットはコミュニケーションの質と7．初参加の人や困っている人でも気軽に発言できる場所

頻度の低さとなる。ハッカソンにおけるコミュニティビルディ

と雰囲気を作ること。ユーモアを忘れないこと。

ングや、グループ間での議論や交流、情報共有という点では、

8．オンラインは対面の代替であると考えないこと。両者は補完的な関係にある。

オンラインでのハッカソンは対面でのハッカソンの代替とは

9．オーガナイザーが運営しつつプロジェクトにもコミッなり得ないだろう。しかし、既にビジョンや目標が共有でき

トしたければ、相応の消耗を覚悟すること。

ている場合には、期間内での生産性が高いオンラインでの10．関 わる全ての人をリスペクトして、ハッカソンを楽

ハッカソンは有益なコラボレーションの機会となるだろう。

しむこと。

オンラインと対面のハッカソンは補完的な関係にあるものと考え、対面のハッカソンでの質の高いコミュニケーションとこれからオンラインハッカソン、あるいは類似のオンライ深い議論によって構築されたコミュニティを維持し、継続的ンイベントを開催しようとする人の参考になれば幸いである。

に成果を出す「拡張」としてオンラインハッカソンを捉える
ことが、現状での最適な役割分担ではないかと考えている。

Reference
1．Garcia L, Antezana E, Garcia A, Bolton E, Jimenez R,

Ten simple rules to run a successful *virtual* BioHackathon

Prins P, et al.（2020）Ten simple rules to run a

まとめに代えて、以下vBHでの経験から得られた教訓を

successful BioHackathon. PLoS Comput Biol 16（5）:e1007808. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007808

PLOS恒例のTen Simple Rulesに倣って示す。
1．会議ツールは参加者の多くが慣れたものを組み合わせ

徒手空拳で飛び込んで ―BioHackathon 2020―土肥4栄祐（新潟大学

脳研究所）

コロナが世間を跋扈する2020年4月、私は臨床医から一念

然BH20.9のTogoWikiのホーム

発起し4年半の研究留学を過ごしたアメリカから、縁もゆか

ページに辿り着きました（どうりも無い新潟大学へ基礎研究者として帰国することを決めた

やって辿り着いたか全く覚えてところでした。同時に、今後は様々なデータがオープンにないません（笑））。経験も知識もるだろうと感じていたので、バイオインフォマティクスを学ない状況でしたが、内田樹先生

んで自分の研究に活かせる様になろう！と決めていました。

の著書「先生はえらい」
中にあっそうはいうものの、周りに詳しい人もおらず、自分で調べる

た、『シラバスの目次を読んで他無かったのですが、コツコツ調べる性分が幸いしてか、偶内容が想像できる授業はとる価

No.39（March, 2021）

値がない。よくわからない・未知のものとの遭遇にこそ学び

今回の参加で得られたものは…

の価値がある』という信条に共感するところがある、そんな

1：参加されている先生方が、シェアの精神で尽力されて私でしたので、“よく分からない、だからこそ”、と、参加を申し込みました。

いることに感激しました！
2：参 加中は、（実家の掃除を除いて）楽しい記憶しか御実家が広島なので、帰省も含めての参加になりましたが、座いません。皆さんが暖かく迎えて下さったことに大その実、知り合いゼロ、何をするかもよく分からないまま参感謝です！（ミーハーですが、坊農先生のサインを貰加でした。そうしましたら、高月さんを始め、皆さん非常にえたことや、TogoTVや研究で使うツールを作ってらっ

暖かく迎えて下さり、最初のプロジェクト提案では『先生のしゃる方々に会えたのは「あの人が！」と言った感じ

思いをぶつけたらイイんです！』との、妙に響く励ましにもで1人でテンション上げてました！）

背中を押して頂き、以前から興味があった、①生物種間での3：臨床医としては、データベース活用法や、ユーザー目線

遺伝子の獲得・消失と、生理的な機能の獲得・消失を、進化でのフィードバックは、意義がありそうですので、多様の流れを通した形で“見える化”出来るものを作りたい！②な臨床医の先生からのニーズを拾い上げてゆきたい！

患者―医療者間が、同じ3D人体モデルというプラットフォー

4：研究者としても、データベースやリソースを知らない

ムに、患者側からは自分の症状、医療者側からは病状説明、人が（私も含めて）沢山いるので、積極的に、知ってを書き込みコミュニケーションをとることで、情報収集からだけで提案させて頂きました。

自分でも作ってみたい！

さて実際何が起こったのかと申しますと…片山さん、川島といった、
パッションに溢れた素晴らしい先生方との出会い、さん、内藤さん、小野さん、岡別府さん、千葉さん、内藤さ

学び、モチベーション、そして、次につながる自分への課題

ん…と、ホントに皆さんから、非常に基本的なことから、提を頂きました。

案に近い既報や有用な研究・ツールなど、非常に暖かく教え

徒手空拳で参加させて頂きましたが、様々な生物・医療のて頂きました…のですがっ、「RDFって何ですか？」というデータをデータベース構築から使いやすい形まで継続的に工くらいの知識・経験がゼロ状態でしたので、今考えましても夫され、医療や研究に役立てて欲しいと尽力されている先生方『猫に小判』状態でした。

と接する機会を得ることが出来て、参加して心から良かったと

このBioHackathonがどういうものか、筆者が理解した範囲で述べますと…

思っております。超ビギナーながら、この会で頂いたモチベー
ションのお陰でコツコツと勉強を継続出来ております。最後に

1：元々継続中のプロジェクトなども普段はリモート環境

なりますが、この場を借りまして、体験記を書く機会を頂けまで開発しているものを、直接膝を付き合わせてディスした事、またBH20.9で暖かくお迎え頂いた先生方に厚く御礼

カッション→役割分担の上開発→ディスカッション→

申し上げます。本当に有り難うございました。まだ参加された開発、という形で、効率的な開発を期待するもの

事が無い方は、ちょっとでもバイオインフォマティクスやデー

2：若い先生がベテランの先生から学ぶ良い機会

タベースに興味がある様でしたら、DBCLSの提供されている

3：新しい提案の受け皿

サ ー ビ ス 一 覧（http://dbcls.rois.ac.jp/services.html） や、

4：普段会えない人との良質なコミュニケーションの場

TogoTV（https://togotv.dbcls.jp/）を見て頂き、一度参加さといった側面をもち機能するイベントでした。そのため皆さ

JSBi News Letter

病状説明までをシームレスに行えるツール、この二つを勢い貰う、活用法を考えるなどの活動をしたい！
5：ゆっくりでもコツコツ勉強して、役立つツールなどをれてみる事をお勧め致します。

んのプロジェクトのお力になれず、唯一役に立てたかもしれないのは、PubCaseFinderという稀少・遺伝性疾患を対象とした症候からの検索データベースを開発されている、藤原さん、張さんとのミーティングで、臨床医としてのユーザー
目線からのフィードバックをさせて頂き、また私の知己である臨床の先生方を後日ご紹介させて頂いたことなどでしょうか。私にとっては、どの様なプロジェクトが動いているのか？
データベース構築の現状や苦労話、専門の方々がどの様にお仕事をされているのか？また、提案した内容における技術的な問題点や、活用できそうなリソースを知る事が出来た点などなど、エキスパートの先生方に直接お会いしなければ聞く事が出来ないお話ばかりで、これ以上ない貴重な学びの機会となりました。
No.39（March, 2021）

5

統合データベースの実現を基盤技術開発で支援するSPARQLthon

JSBi News Letter片山俊明（DBCLS）

ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

自持ち寄った飲み物で仕事や組

では、毎月SPARQLthon（スパークルソン）という技術開発

織の枠を超えた人的交流を図っ

会議を開催しており、2021年1月で100回目を迎えました。

ていることなどが挙げられま

初回開催は2012年で、当初はJSTのバイオサイエンスデー

す。さまざまな研究機関のデー

タベースセンター（NBDC）が支援している「統合化推進プ

タベースを統合できる形で整備

ログラム」に関わるデータベース開発者が参集し、当時まだしていくため、ノウハウの共有

情報の限られていた「セマンティック・ウェブ」によるデーを進めながら、共通のオントロ

タ統合に必要とされる情報交換と技術開発を定期的に行うこジーや基盤となる技術開発を進とを目的にスタートしました。DBCLSとNBDCではデータ

め て い ま す。 初 期 に はベース統合とそのための技術開発をミッションとしています

TogoGenomeやMicorobeDB.jpといったゲノムデータベーが、2010年の国際開発者会議BioHackathonあたりから、スを共同開発するために、DDBJ/RefSeqおよびTaxonomy

データへのアクセスをAPIで連携するだけでは不十分で、統のオントロジーとRDFの設計を行い、情報の可視化モジュー

合的なデータ解析を実現するためにはデータベースの中身をルをウェブ上で相互運用するTogoStanzaシステムを考案し横断的に扱えるようにしなければならないことから、セマン

ました。この間に様々なデータベースシステム（トリプルス

ティック・ウェブ技術を採用することになりました。しかし、トア）の運用ノウハウを蓄積するとともに、安全かつ効率的

そのデータ表現方法であるRDFについての知見やオントロにエンドポイントを提供するためのSPARQL-proxy、検索をジーの標準化、検索言語SPARQLによるデータ運用とプログ

支 援 す る ウ ェ ブ イ ン タ ー フ ェ イ スSPARQL support/

ラム開発など、すべてが手探りの状態でした。そのため、国Endpoint browser、検索結果を再利用可能なAPIとして提内の様々なデータベースを運用している実務者、データ解析

供するSPARQList、検索結果をD3.jsでグラフィカルに可視を行っている研究者、アプリケーションを開発している業者

化するd3sparql.js、表形式のデータからデータベースを構などが分け隔てなく参集し、オープンに情報共有を行いなが築しRDF化するTogoDB、ウェブサービスでRDFを生成する

ら議論と開発を効率的に進める場が必要だったのです。毎年

TogoWS、RDBを元にSPARQLエンドポイントを提供するのBioHackathonとも連携しながら、UniProt、Ensembl、

D2RQ Mapper、複雑なグラフデータモデルを可視化し検索

NCBIやDDBJの国際塩基配列データベースなどと共同で座

クエリを生成するRDF-config、SPARQLエンドポイントを標とアノテーションのRDFにおける標準的な表現方法を策GraphQLでアクセス可能にするGraspなど、全ては書きき

定したり、立体構造データベースPDBのRDF化をPDBjが世れませんが多様な基盤ソフトウェアを開発し、その多くを界に先駆けて実現するといった過程を経て、国内外の主要な

GitHubなどからオープンソースで公開しています。また、生命科学データベースを統合的に利用できる環境が徐々に2015年 に はSPARQLthon参 加 者 有 志 で 日 本 語 に よ る 初 の

整ってきました。特にトランスクリプトーム、プロテオミク

SPARQL言語解説本を出版、現在はRDF化ガイドラインの制ス、糖鎖インフォマティクスなどオミックス分野での日本の定を経て、これまでにRDF化が完了したデータベースを集積

貢献は大きなものがあり、近年では京都大学とDBCLSの連するレポジトリNBDC RDFポータルの運用を進めています。

携によるMed2RDFプロジェクトなどを中心に医科学データベースにも幅広く対応が進んできています。

6

セマンティック・ウェブ技術は、WWWを考案したTim
Berners-Lee氏 が2000年 前 後 に 提 唱 しWorld Wide Web

SPARQLthonは主にDBCLSの会議室で毎月2日間にわたっ

Consortium（W3C）で標準化されているオープンな仕様で、て無料で開催しており、各回20〜40名程度の参加がありま

Web 3.0ともいわれています。今後どのように普及していくす。データベース統合およびその利活用に興味のある方であのか、もしくは新しい技術に置き換わっていくのかはまだ分れば、いつでも誰でも参加可能なオープンな会となっており、かりませんが、これまでの経験から感じるのは、データベー

これまでに約100の大学・研究所・企業などの組織から200スにおけるデータの管理方法に新しいパラダイムを示唆して名以上の方々に足を運んで頂いています。大きな特徴としてくれているということです。近年では世界的に、データベー

は、参加者の多様性もあって初心者からエキスパートまで自スのメタデータによる検索性（Findability）、データへの標

由な交流ができること、会議時間のほとんどが打ち合わせや準的な方法でのアクセス性（Accessibility）、データ形式やプログラム開発に没頭できる環境になっていること、および共通語彙およびリンク情報などの相互運用性

自由参加の夜の部では私のさばく魚の刺身などをツマミに各（Interoperability）、取得できるデータの再利用性

No.39（March, 2021）

ればよいといったパラダイムが広まれば、やみくもにデータ

記4項目の頭文字からなるFAIR原則に基づいた標準化が求めベースが増えたり統合的な利用のたびに前処理に時間をとら

ら れ る よ う に な っ て き ま し た。 な おFAIR原 則 はNBDCとれるといったことは減っていくかもしれません。一方で、現

DBCLSが主催した2015年のBioHackathonでの議論を経て状のセマンティック・ウェブ技術ではデータベースの効率の論 文 化 さ れ て い ま す（https://www.nature.com/articles/

問題や標準化までの手間が大きいのも事実です。IDおよび

sdata201618）。セマンティック・ウェブは、現状においてデータ形式やプロトコルなどの標準化におけるバイオイン

これらの要求を満たす標準技術です。データにはHTTP/

フォマティクスの歴史を振り返ると死屍累々でもあります。

HTTPSプロトコルでインターネット上のどこからでもアク

ただ、現状で使われている既存の技術にも課題は多く、今でセスできますし、SPARQL言語によるウェブAPIで柔軟な検もデータ共有のためのAPIの設計やデータ構造について国際索が可能です。そこで得られる情報にはグローバルかつユ的な枠組みで合意を得るためには、例えばGlobal Alliance

ニークなURIによるIDが付与され十分に細分化されているたfor Genomics and Health（GA4GH）のように多大な努力

め、IDの突合やパースといった前処理をせずともデータはが必要とされています。膨大で多様なデータをいかに整理し自然と連結されるだけでなく、多様な関連情報やその意味を

データ科学を推進していくかという点では、人類はまだその必要な部分に絞って抽出することができます。また、標準化端緒にいるのでしょう。将来においては、データを集約したのもう一つの恩恵として、特定のシステムに依存しないためり、最初からきれいなデータを生成するのは、人間ではなくベンダーロックインを避けることができるのもポイントでコンピュータやロボットが行うことになるのかも知れません

す。これらの点には、個性的なウェブページや痒いところにが、現状では統合されたデータの活用方法は人間が考えてい手が届かないAPIを非公開の関係データベースなどに載せたく必要がありますし、逆にいったん標準化されたデータがあ

ような、よくある既存のデータベースシステムでは想像しえ

ればよりよいスタンダードに移行するのも容易でしょう。こなかった自由度と拡張性があります。

れらを目的として、SPARQLthonはバイオインフォマティ

実際、セマンティック・ウェブのように、グラフ形式でデークス関連の会議としては異例の回数を重ねてきました。ここタを扱う仕組みはデータが複雑になるほど有用で、タンパク

最近はコロナ禍の影響でリモート開催となることも多いです

質に関する膨大な情報を収載するUniProtデータベースでが、今後も継続的に開催できればと考えています。次回以降

は、2006年からデータ管理をRDFで行ってきています。この 開 催 予 定 な ど はWikiペ ー ジ（http://wiki.lifesciencedb.

の10年間での国際的な取り組みによって、国内外の主要な

jp/mw/SPARQLthon）に記載していますので、様々なデー

生命医科学データベースがあたかも一つのデータベースのよタを抱えている研究機関や、アプリケーション開発に携わる

うに扱えるようになってきました。もし今後、新しいデータ

技術者、生命医科学のデータ解析や機械学習をはじめとするは本質的にはグラフの拡張であり、多くの研究者は生成した情報科学に携わる研究者の皆さんにぜひご参加いただき、有

データをポイントをおさえて標準化し、あとは解析に集中す

意義な議論や開発に取り組めればと思っています。

JSBi News Letter（Reusability）が重視されており、データ公開に際して上パッケージングに特化したハッカソンBio “Pack” athonの紹介
露崎弘毅（理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム 基礎科学特別研究員）

バイオインフォマティクス研究において、データ解析の再

GitHubや、 各 言 語 が 管 理 し て い る リ ポ ジ ト リ（Rで は現性は重要なトピックである。誰しもが、他所のラボが開発

CRAN、Bioconductor、Pythonで はPyPI、conda-forge、したツールや、自分が過去に書いたコードが思い通りに動かbiocondaなど）に配置（デプロイ）し、そこで動作確認（テず苦労した経験があるだろう。このような問題を技術的に解スト）を行うことにより、再現性をチェックする。また、決しようとする試みとしては、仮想マシン、コンテナ技術、Dockerのように、“ある時点でのバージョンでツールが動く”

ワークフロー言語など様々であり、ここで紹介するパッケー

ことを保証する技術とは異なり、多くの場合、依存パッケー

ジもまた再現性に寄与するものである。

ジや、参照データベースの仕様変更に合わせて“動き続ける”

パッケージとは、端的に言うと関数やデータを集めたもの

ように、継続的にメンテナンスする活動が伴うことになる。

である。各プログラミング言語が独自に決めたルールに従い自分がツールを開発する立場になった場合、そのツールがディレクトリを切り、内部に自分が実装した関数（例：解析

どのような形態で、ユーザーに利用されるのかを考える必要

手法やデータベースへのアクセス関数）やデータ（例：実験がある。例えば、ユーザーにWebブラウザ上で対話的に結データ、参照データベース）を配置することで、それらを二果を閲覧して欲しい場合は、Webアプリケーションとして

次 利 用しや すい 形 にまとめる。開 発した パッケージは、実装することになる。また、そのWebアプリケーションに、
No.39（March, 2021）

7

コマンドライン上でアクセスしたい場合は、Web-APIも別募るようにしており、これまでに2、30人程度に参加してい途検討することになる。ツールの実行の仕方が、コマンド実

ただいている。2019年には理化学研究所の和光キャンパス、

行であれば、小規模ならDockerコンテナイメージ、大規模

2020年には鶴見キャンパスで合宿形式のハッカソンを行っならワークフロー言語で実装するのが良いだろう。

てきたが、コロナ禍の現在ではZoomベースのバーチャル開

これらと比較した際のパッケージとしてツールを公開する

催に切り替え、月1ペースでハッカソンを行っている。これ意義としては、データ解析の対話性が挙げられる。多くの実まで扱ったパッケージとしては、R、Python、Juliaパッケー

デ ー タ の 解 析 は、 探 索 的 デ ー タ 解 析（Explanatory Data

ジがあり、特に生命科学関連のRパッケージレポジトリであAnalysis、EDA）と呼ばれるものであり、まずはデータを可るBioconductorへ の 登 録 に 力 を 入 れ て お り、 こ れ ま で に視化して、データがどのような分布をしているのかよく確認

scTGIF （https://www.bioconductor.org/packages/

した後に、次にどの解析をするのか決める。このような対話

release/bioc/html/scTGIF.html）や、AHPathbankDbs的な操作では、ツールはパッケージにしておくことで、他の（https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/

パッケージと同時に使用できるため便利である。特に、可視html/AHPathbankDbs.html）といったBioconductorパッケー

化や既存のオミックス解析手法のパッケージが豊富なRやジの公開に成功している。

Pythonは、EDAに適した言語だと言える。

データ解析手法やデータベースのパッケージ化以外にも、
ハッカソンの内容は多岐に渡り、パッケージングに関する技

JSBi News Letter

Bio “Pack” athon発足の理由・目標・これまでの活動

術・理論（例：プログラミング、データサイエンス、バイオ

バイオインフォマティクス研究において、ツールの性能やインフォマティクス、パッケージング支援ツール）の最新動理論、ツールで得られた生物学的新規性などと比較すると、向のチェック、英語ドキュメントの日本語訳、動画（統合

ツールをどのように公開するかという議論は、あまり本質的TV）作成、教材（書籍）作成も行っている。Bioconductorは、ではないとされ、重要視されてこなかったと感じている。開かなりユーザー志向なコミュニティであり、ユーザビリティ、発者としても評価され無いことに時間や労力を割くことはでパッケージの相互運用性、メンテナンスの省力化等の観点かきないため、世の中には雑に書き捨てられた動かないコード

ら、時にコアチームから突然パッケージの仕様変更を指示さが溢れている。自分自身、そのような情報を得る機会は少なれる場合がある。このような情報も直ちにメンバー間で共有

く、例えば過去にBioconductorに開発したRパッケージを登され、余計な仕様変更の手間が事前に省けることもこの集ま録する際には、パッケージの登録や更新についての暗黙知りに参加するメリットである。

（例：コーディングスタイル、年2回のデータ更新義務）が多く、苦労した経験があった。そのため、パッケージングに関する情報共有や共同開発を行うハッカソンとして、Bio

Bio “Pack” athonの特色
Bio “Pack” athon発足当初は「それは他のハッカソンでや“P a c k ” a t h o n （ h t t p s : / / s i t e s . g o o g l e . c o m / v i e w /ればいいのでは」という否定的な意見もいただいた。そのたbiopackathon）を発足した。

め、ここでは他のハッカソンと比較した際の、Bio “Pack”

元々は2016年頃から、私が仲間内数名で小規模に行ってathonの特色を述べる。まず、パッケージングに特化した国

いたハッカソンであったが、2019年からは、広く参加者を内のハッカソンは、自分の知る限り存在しない。他のハッカ
ソンとは得意分野が異なるため、扱うトピックに合わせて、
Webやデータベース関連ならSPARQLthon、Dockerやワー
クフロー関連ならWorkflow Meetup、データ解析やパッケー
ジングならBio “Pack” athonという風に参加すれば良いと思う。また、バイオインフォマティクス業界で最大のハッカソンであるBioHackathonは、名前としては総称的であるが、実際はRDFデータベースの話しが多く、同じ問題意識を抱えている仲間に自分は出会えなかったのと、飲み会が激しい楽しい集まりではあるが、出不精な私個人としては、“もくもく会”の方が性に合っていたため、新たにハッカソンを企画した。
パッケージは、上記のようにEDAと密接に関係しているため、他のハッカソンと比較すると、参加メンバーはデータベー
スやインフラのエンジニア寄りの人よりも、実験生物学・デー
タ解析寄りの人の方が多い印象である。ただし扱うデータとしては、オミックス、画像、ネットワークなど多岐に渡って

8

No.39（March, 2021）

おり、あくまでそれらをどのようにパッケージ化し、公開、内の1トラックは標準中国語で行われた。ある標準中国語の更新していくかというところで、互いに情報共有を行っている。

チュートリアルには、中国語話者以外の参加者も含め100人

海外では自分が開発したRパッケージのアウトリーチ活動

超 の 来 場 者 が 訪 れ て お り、 こ の よ う な 実 験 的 試 み はとして、パッケージの内容をデザインした六角形のステッ

Bioconductor側からも注目されている。

カー（Hex Sticker）を配布する文化が根づきつつある。Hex
Stickerは、学会でのポスター、フライヤー、Tシャツのデザ

継続的ソフトウェア開発の評価について

イン、スライドや論文の図、名刺といった用途で利用される。

研究業界では、研究者の業績は論文の本数や、雑誌のイン

Bioconductor関連のパッケージは、BiocStickersレポジトリ

パクトファクター、研究者のh-indexなどで定量化されてい（https://github.com/Bioconductor/BiocStickers） に 集 める。そのため、再現性のあるツールを丁寧に作り込んで公開

られ、適切なオープンソースライセンスの下で、第三者も利するという作業は、そういった点数に直結はせず、研究者の用できるようにしている。Bio “Pack” athonでは、このHex

インセンティブになりづらい。一方、ユーザーの問題を解決

Stickerの作成にも力を入れており、独自に契約しているデザ

する、使いやすい、優れたツールを世の中に普及させるためイナーにステッカーのデザインや印刷を外注することで、参には、ツール開発自体にも評価が必要であると感じている。

加者独自のHex Sticker作成をサポートしている。

例えば、どれだけデバッグやテストを続けてきたか、どれだ
け外部からの問い合わせに丁寧に返してきたか、どれだけ関JSBi News Letter

連技術の変化に合わせて継続的に機能を改良・追加し続けたかといった観点からも、もっと多角的に評価されるべきであろう。このような問題提起はこれまでにもあり、2013年から2015年の間は、ライフサイエンス統合データベースセン
ターがオープンサイエンスアワード（https://ja.wikipedia.
org/wiki/オープン・サイエンス・アワード）という優れたツール開発者を表彰する取り組みが行われていた。
海外では、ツール開発者を評価・支援する取り組みとして、
Essential Open Source Software for Science （Chan
CC BY-NC-ND 4.0

BioconductorのコミュニティとしてのBio “Pack” athon

Zuckerberg Initiative）や、Code for Science and Society（CS&S）のVirtual Event Awardsが挙げられる。メキシコにはBio “Pack” athonと目標・方向性が類似したコミュニ

Bioconductorは、コミュニティ、科学、技術で3種の諮問

ティCDSB（https://comunidadbioinfo.github.io/）がある

委員会を設けている。Bio “Pack” athonの活動内容を知っが、彼らはCS&Sからのサポートを受けることが決定していたBioconductorはコミュニティ諮問委員会のボードメン

る。今後Bio “Pack” athonとしても、活動をより拡大し、バーとしてBio “Pack” athonのメンバーでもある西田孝三

そのような評価を得て、支援を受けられるようにしていこう

氏を選出しており、2021年度のBioconductorのアジア地区と考えている。

カンファレンス（BioC Asia）はBio “Pack” athonが運営していく予定である。
また、他言語対応についても、コミュニティ内で議論してメンバー募集我々の取り組みに興味が出てきた方は、是非Twitter（https://いる。これまでは、非英語話者が英語を習得して、英語話者

twitter.com/biopackathon）や、Slack（https://biopackathon.

とコミュニケーションを取るという形でしか国際連携はされslack.com）、 月 一 の ハ ッ カ ソ ン（https://biopackathon.

ず、逆方向、例えば英語話者が日本語を喋るパターンはほとconnpass.com）などでコンタクトしてほしい。現在バーチャル

んど見たことが無いが、よりフェアな、英語化以外の国際化

開催のハッカソンでは、前半を発表形式、後半をもくもく会とし「各自が好きな言語を使う」ということが、現の形として、ているので、情報収集のために前半の部分だけ参加するのでも在の技術水準でどのレベルまで可能なのか、我々は適宜調査

良いし、もしパッケージにしたい解析手法や、データがある人は、している。調査結果は、Bioconductorのドキュメントの翻相談していただければ、私や他のコアメンバーが対応する。草

訳活動、カンファレンスでのリアルタイム翻訳等に活用するの根的な活動ではあるが、このような地道な取り組みにより、予定である。

世の中に少しでもまともに動くツールが増えること、またツール

Bioconductorのコミュニティ諮問委員会も他言語化に前開発者が正当に評価されることを願っている。

向きな姿勢を示している。2020年度のBioC Asiaではチュー
トリアルセッションは並行して2トラック分設けられ、そのNo.39（March, 2021）

9

Pitagora Network＋Workflow Meetup西田丹生孝三（理化学研究所

石井

学（株式会社ゲノムアナリティクスジャパン）

智也（国立情報学研究所

大田生命機能科学研究センター）
クラウド基盤研究開発センター）

達郎（ライフサイエンス統合データベースセンター）

Pitagora NetworkとWorkflow Meetupの目的
Pitagora Network と Workflow Meetup は、今や研究者が独学するには手に負えないほどに膨れ上がったワークフ
ロー関連技術の学習をピアサポートで解決することを目的としたコミュニティである。本稿におけるワークフローという言葉の定義には、バイオインフォマティクスのプログラムの実行手順を想定していただきたい。ある程度バイオインフォ

JSBi News Letterマ テ ィ ク ス の 経 験 の あ る 読 者 は「Taverna（Oinn et al.
2004）やmyExperiment（Goble et al. 2010）といったワー
クフローに関するソフトウェアやウェブサイトを昔見かけたことがあるなあ（詳しくは知らないが）。」と思われたのではなかろうか。その通り、ワークフローの概念とその活用（共有）のためのツールは10年以上前から存在している。しかしその頃と比較して「今」はソフトウェア技術や計算環境が進歩し、ワークフロー関連技術も新たなものに変わっているのだ。
「今」のワークフロー関連技術を学ぶ意義
前述の「進歩」は大別すると「コンテナ、クラウド、ワー

3つ目のワークフロー記述言語とは「複数の計算ステップか

クフロー記述言語」の3つになる。ここで読者は「それらはらなるワークフローの実行をコンテナやクラウドの連携と共生命科学の “研究” ではない、学習コストが高すぎる、どのに一気通貫で行う」ことを支援するものである。ワークフロー

ように役立つかがわからない」と思われる方が多いかと思う。

の 新 し い 記 述 はGalaxy（Afgan et al. 2018）、Snakemake

しかしこれら「今」の技術の学習は「自分以外の人にワーク（Köster and Rahmann 2012）、Nextflow（Di Tommaso et

フローを実行してもらう必要がある」場合、必ずあなたの役

al. 2017）、Common Workflow Language（以下CWL）に立つ。具体的には、そのワークフローを「論文読者に使っ（Amstutz et al. 2016）で行うのが現在の主流となっている。

てもらう」「共同研究者に使ってもらう」「研究室を離れた後ワークフロー記述言語は、コンテナ（Singularity、Docker等）

も残ったメンバーに使ってもらう」場合などだ。なぜ前述のやクラウド（AWS、Azure、Google Cloud等）の違いを吸収

3つがそういった「再現性」を担保するかを1つずつ説明しし、それらが異なる環境でも同じワークフロー動作を実現すていこう。

る機能を持つ。またクラウドだけではなくローカルでも動作

1つ目のコンテナとは「ソフトウェアのセットアップがすし、ジョブスケジューラソフト（SGE、SLURM、PBS等）のべて完了した状態の計算機環境」のことだ。この技術を使い違いも吸収する。ワークフロー記述言語にはこのような環境こなすことができれば、読者もご経験されたであろう「セッ差異の吸収以外にも例外処理などのその場限りの手作業を排トアップ完了に至るまでの疲弊」が無くなり、コマンド一発除する仕組みがあり、ワークフローの再現性の改善に役立つ。

でそのセットアップ済み環境中での計算が可能となる。
2つ目のクラウドとは「大学・研究所外のインターネット

10

活動内容と特色

越しの計算機資源」のことである。前述のコンテナはソフト

Pitagora Network はウェット研究者、ドライ研究者の両ウェア中で実現される機能であり計算機資源（つまりサー方を対象としたワークフロー関連技術についての勉強会であバ）を提供するものではない。クラウドでコンテナを用いれる。 元 々 は デ ー タ 解 析 プ ラ ッ ト フ ォ ー ム と し て 有 名 なば、所属・所在地にかかわらず同じ計算機環境を複数人で共

Galaxy のユーザコミュニティ Pitagora Galaxy として発足

用することが可能となる。

し、Galaxy Community Japan ワークショップの開催など

No.39（March, 2021）

を行った。その後、Galaxy 以外のワークフロー技術などもワークスペースにご参加いただきたい。Pitagora Network、

話 題 と し て 取 り 扱 う こ と が 多 く な っ た た め、Pitagora

Workflow Meetup共に毎月1回のペースでバーチャルミート

Network と改称し、データ解析技術について学びたいウェッアップを行っている。我々が扱う対象は基本的に「インフラ」

ト研究者と、実用例を開発に活かしたいドライ研究者の交流であるため、その意義や効果は理解されにくい。しかし必ずの場として現在に至っている。主な活動としては月例の研究の再現性の向上に役立つ。こういった縁の下の力持ち的

Meetup イベントと Slack グループ上での情報交換である。

な役目を一人で背負い込んでしまっている方は、是非我々の後述する Workflow Meetup は、仮想化やクラウドなどのイ

コミュニティでお互いに助け合い、少しでもその荷を軽くしンフラ関連技術をより深く議論するためのコミュニティとしてほしい。

て Pitagora Network からスピンアウトしたものである。そのため両方のグループに参加している人も多い。その他の活Afgan, Enis, Dannon Baker, Bérénice Batut, Marius van

動実績としては、IIBMP（JSBi）などの国内学会でのセッ

den Beek, Dave Bouvier, Martin Cech, John Chilton,、
ション開催や、Galaxy Community Conference（GCC）

et al. 2018. “The Galaxy Platform for Accessible,

Bioinformatics Open Source Conference（BOSC）などのReproducible and Collaborative Biomedical

国際学会での発表、BioHackathon などのハッカソンイベン

Analyses: 2018 Update.” Nucleic Acids Research 46

トでのグループ開発などがある。

（W1）: W537–44.

算インフラ情報全般のノウハウや最新情報の共有を行ってい

Chapman, John Chilton, Michael Heuer, Andrey

る。コンテナ技術についてはデファクトスタンダードの

Kartashov, et al. 2016. “Common Workflow

Dockerだけでなく、遺伝研スパコンなどで採用の実績があLanguage, v1.0.” figshare. https://doi.org/10.6084/

るSingularityについてもピアサポートを行っている。また

M9.FIGSHARE.3115156.V2.

ワークフローの記述言語や管理システムはバイオインフォマ

Di Tommaso, Paolo, Maria Chatzou, Evan W. Floden,

ティクス用のものだけでなく、機械学習用のもの（Jupyter

Pablo Prieto Barja, Emilio Palumbo, and CedricNotebookやMLOpsツール全般）に関しても取り扱っている。

Notredame. 2017. “Nextflow Enables Reproducible

CWLに関しては、このコミュニティからその詳細を知り、Computational Workflows.” Nature Biotechnology 35

CWL自体の開発にも貢献する開発者が複数現れている。そ（4）: 316–19.

のためCWLを使う上でわからないことがあればWorkflow

Goble, Carole A., Jiten Bhagat, Sergejs Aleksejevs, Don

Meetupで聞いていただくことですぐに解決するケースが多Cruickshank, Danius Michaelides, David Newman,

い。ピアサポートはSlackで行うだけでなく、Meetup中のハMark Borkum, et al. 2010. “myExperiment: A

ンズオン形式でも行っている。（先に述べたワークフロー記

Repository and Social Network for the Sharing of

述言語の特徴から、このハンズオンでは従来ネックとなる環

Bioinformatics Workflows.” Nucleic Acids Research

境構築や計算実行方法の共有に手間取ることが無い点を強調（suppl_2）: W677–82.
38

したい。）またCWLだけではなく、NextflowやSnakemake

K ö s t e r, J o h a n n e s , a n d S v e n R a h m a n n . 2 0 1 2 .

の ユ ー ザ ー も コ ミ ュ ニ テ ィ 中 に 存 在 し、 ウ ェ ブ サ イ ト“Snakemake--a Scalable Bioinformatics Workflow（https://workflow-meetup-jp.github.io） に は そ れ ら の ベ（19）: 2520–22.
Engine.” Bioinformatics 28

ストプラクティスを提供することを心がけた日本語の情報をまとめている。

JSBi News Letter

Workflow Meetupは、Pitagora Networkより広範囲な計

Amstutz, Peter, Michael R. Crusoe, Nebojša Tijanić, Brad

Oinn, Tom, Matthew Addis, Justin Ferris, Darren
Marvin, Martin Senger, Mark Greenwood, Tim
Carver, et al. 2004. “Taverna: A Tool for the

メンバー募集上 記 の 意 義 に 共 感 し て い た だ け る 方 に は 是 非https://Composition and Enactment of Bioinformatics（17）: 3045–54.
Workflows.” Bioinformatics 20

workflow-meetup-jp.github.ioを ご 参 照 の 上 我 々 のSlackNo.39（March, 2021）11

Oxford Journals-JSBi Prize受賞報告

JSBi News Letter

大上12

雅史（東京工業大学情報理工学院）

2020年度のOxford Journals – JSBi Prizeを受賞致しまし質 の ペ ア（複 合 体） を100 μ

た大上です。この度は栄誉ある賞を賜り、大変ありがとうご

秒計算するみたいな話になりま

ざ い ま す。 昨 年 の 第9回 生 命 医 薬 情 報 学 連 合 大 会す。これは専用計算機でも1ペ（IIBMP2020）で授賞式が行われ、受賞講演の機会を頂戴

アにつき数週間かかるハードなしました。新型コロナウイルス感染症拡大防止の観点から

計

Zoom Webinarによるオンライン開催となりましたが、幅広

116, 2019)で す の で、 そ う 簡

く多くの方に講演を聞いて頂ける機会となったことを有り難

単にはできません。ましてや、

く思っております（当日は230名ほどの方がアクセスされて未知のタンパク質間相互作用のいたかと思います）。Oxford Journals – JSBi Prizeは日本バ

スクリーニングのように計算手

イオインフォマティクス学会の若手研究者賞にあたります。

法を使いたい場合は、100万ペアぶんくらいの計算はサクっ

過 去 の 受 賞 者（https://www.jsbi.org/about/oxford-とできてほしいところです。とにかく速い計算であることがjournals-jsbi-bioinformatics-prize/）をご覧頂くと、まさに重要でした。

算 (Pan AC, et al. PNAS,

今第一線で我が国のバイオインフォマティクス分野を牽引さ計算を速くするためのアプローチは色々あります。速いア

れている方々がずらりと並んでおり、なんとなくその位置付

ルゴリズムを考える、真面目な計算を諦める、プログラムをけが把握できるかと思います。ここに名前を連ねるというこ

チューニングする、マルチコア向けの実装をする、スパコンとは、過去受賞された諸先輩方に並んで広くバイオインフォ

向けの並列化をする、などなど―これら全てに取り組んで、マティクス分野への貢献が期待されていることに他ならず、できたのがMEGADOCKというソフトウェアです。色々な幸その重責を実感しております。

運 が 重 な っ て、 ス パ コ ン「京」 の 全 ノ ー ド を 使 っ た

少し大上の自己紹介を致します。私は石川工業高等専門学

MEGADOCKの計算を行うことができましたし、また東工大校で電子情報工学を、東京工業大学で情報工学を学んだ、いのスパコンTSUBAMEがGPU搭載型（世界初）だったため、

わゆる情報系の人間です。高専のカリキュラムに生物がな

GPU並列化もほとんど前例がなかった頃でしたがGPU計算

かったこともあって生物学とは接点がまるで無かったのですの 研 究 に も 取 り 組 む こ と が で き ま し た（Ohue M, et al.

が、高専での卒業研究（2006年）でGolubらのマイクロア

Bioinformatics, 30, 2014）。

レ イ 解 析 に よ る 疾 病 分 類 の デ ー タ (Golub TR, et al.

スパコンの力もあり、2014年には1日あたり数百万ペアのScience, 286, 1999) を題材にした研究に取り組んだことがタンパク質間相互作用の予測が可能となります。新しい技術きっかけで、バイオインフォマティクスという学問に興味をを作ったら、今度はその技術による新しい発見や、技術の普持つようになりました。その後東工大に編入学し、やはり卒及にも興味を持つようになりました。2018年に発見した業研究でバイオインフォマティクスに取り組み、そのまま東DDX6とTROVE2のタンパク質間相互作用は、MEGADOCK

工大で学位を取得しました（2014年）。修士1年の頃に初めによる予測と実験の協働で得られた成果の代表例ですてJSBi年会（九州大学、2010年）で発表させて頂いたことは、（Kami D, et al. PLoS ONE, 13, 2018）。たくさんの計算（その後に諸先輩方にくっついて博多の街を訪れたことも含が可能であることを生かして、あらかじめ計算しておいた予

めて）今でもよく覚えています。

測結果のアーカイブも作りました（Hayashi T, et al. BMC

東工大在学中は、タンパク質間相互作用を予測するという。大きな計算環境はスパコンだけでな
Bioinform, 19, 2018）

研究に主に取り組んでいました（今も続けているテーマでくクラウドでも簡単に手にできる時代になり、環境に合わせす）。計算でタンパク質の予測をという文言からはアミノ酸てdocker/singularityコンテナを構築できるワークフローも配列を使った教師あり学習が想像されがちですが、機械学習開発し（Aoyama K, et al. SCFA2020）、より気軽に「網羅ベースの方法はどうしても似た配列のデータに予測結果が引的なタンパク質間相互作用予測」を行えるようになりました

き摺られてしまいます。だったらもうちょっと物理っぽい計（ A o y a m a K , e t a l . P D P TA ʼ 1 9 ; O h u e M , e t a l .

算をしたら良いじゃないかということで、私はタンパク質のPDPTA’ 20）。

立体構造情報を使うことに着目しました。ただし真面目に物9年前のJSBiニュースレター第25号（2012年9月）で、当理の計算をしようとすると、例えば分子動力学法でタンパク

時学生だった大上は「凄い生命情報科学研究を目指す」と言っ

No.39（March, 2021）

ていました。網羅的なタンパク質間相互作用予測の研究が凄

低分子や中分子によるタンパク質間相互作用の自在な制御がいかどうかはさておき、バイオインフォマティクスという学

できるんじゃないか、
できたら凄いんじゃないかと妄想して、問は生物学へ「こんなに凄いことができるんだ！」というこ実現する技術を作っていきたいと思っています。

とを提示し続ける必要があると思っています。10年後のバ最後になりますが、推薦頂いた東京工業大学の秋山泰先生、

イオインフォマティクスみたいな話はよく話題に上ります

選考委員の先生方、共同研究者の方々をはじめ、関係の皆様

が、情報科学に限らず実験技術の発展も凄まじく、10年後に深く感謝を申し上げます。また、本研究テーマは様々な研の姿は私には全然想像できません。ただ、スパコンは10年

究資金・制度の支援によって進められました。ここに感謝ので1000倍の性能になります。1000倍の計算機があったら何意を表し、受賞報告と致します。

ができるか、網羅的なタンパク質間相互作用予測を超えて、

中井

JSBi News Letter

日本バイオインフォマティクス学会賞受賞報告
謙太（東京大学医科学研究所）

このたび、日本バイオインフォマティクス学会で新しく創機に直面しましたが、近年は受設された学会賞をいただきました。紹介者を務めてくださっ験者数も着実に増加し（これにた五斗先生をはじめ、関係者の皆様方に深く感謝します。ちついては、長浜バイオ大の白井なみに受賞理由は「種々のゲノム配列情報解析、特にアミノ先生をはじめとする多数の先生

酸配列中の細胞内局在化シグナルの予測法開発」でした。

方のご努力の賜物ですが）、今

本学会賞は、JSBi へのこれまでの貢献をねぎらう意味もではJSBiの主要事業の一つとしあるようなので（誤解でしたらすみません）、まず私とJSBiて恥ずかしくないものに育ったとの関係についてご紹介させていただきます。私は本学会のといっても過言ではないでしょ初代会長である金久先生の研究室で学位を取得させていただう。今年度から始まる新方式

いたご縁もあり、本学会の立ち上げ時期から少々関わらせて（CBT）もぜひ軌道に乗ってほしいと願っています。

いただきました。学会初期の仕事としては、日本バイオイン

さて、肝心の研究についてですが、こちらももちろん多く

フォマティクス学会編「バイオインフォマティクス事典」（共の皆様方のお世話になってきました。受賞理由の主要なもの

立出版 2006）の編集作業が特に思い出に残っています。

である、
タンパク質の細胞内局在の予測研究についてですが、

2006–2007年度には会長も務めさせていただきましたが、これは私が金久研究室で大学院生をしていたときに始めたもそのときに東工大の秋山先生らがJBiC（バイオ産業情報化コのです。当時、cDNAから得られたアミノ酸配列データベー

ンソーシアム）で数年間行ってこられたバイオインフォマスが急速に成長しており、またいわゆる各種生物のゲノム計

ティクス技術者認定試験をJSBiで引き継ぎました。以来、画も開始されつつあったことなどを背景に、機能未知のアミ

JSBiとしては2007年度から2020年度に至るまで、途切れるノ酸配列から得られる情報に興味が持たれていました。いわことなく毎年試験を実施してきました（今年度は2021年2月

ゆるホモロジー検索が隆盛を極めており、その他には「やらに実施予定です）。その間、例えばほとんどの事務局作業をないよりはまし」と揶揄されていた二次構造予測くらいしか私の研究室でお引き受けしてきました。認定試験の意義に関

解析方法がなかったので、配列相同性によらない有用な情報

しては、学会内部でもかなり意見が割れて、何度も存続の危として、タンパク質の細胞内局在に目をつけました。実は修No.39（March, 2021）

13

JSBi News Letter

士のときに、アミノ酸配列の翻訳後修飾（N–グリコシル化

PSORTは 新 し く 生 ま れ 変 わ り ま し た（PSORT II / WoLFとリン酸化）の予測を試みたものの、それらの予測には、細PSORT）。現在、PSORT関連の主要論文3報が1000回以上

胞外に分泌されるか否かなどの、局所的なアミノ酸配列情報

引用されています。その後、私は同様のアプローチが、ゲノを超えた情報が必要であることを痛感したこともありましムDNAの転写制御領域の解釈に使えないかと考えて、研究た。また、当時、金久先生からエキスパートシステムについを続けています。こちらの方はまだそれほど注目される成果てご教示いただき、ある意味雑多な知識の集まりである、様々は上がっておりませんが、最近のシングルセルトランスクリ

な局在化シグナルや膜タンパク質のトポロジー、アミノ酸組

プトーム情報などを活用して、新しい展開ができるのではな

成などの情報を総合的に活用する手段として、いわゆる知識

いかと期待しています。このような私の経験から、若い方々

ベースのアプローチが適しており、これはゲノム情報の解釈に一言申し上げるとすれば、私の研究が評価された主な要因を行なっていく上で重要な方法論になるのではと考えて、は、やはり当時タンパク質の細胞内局在予測という枠組み自PSORTという予測システムを作りました。そして、これを体がほとんどなかったことだと思います。すでに業界でホッ

当時急速に広がりつつあったインターネット上のウェブサー

トな問題を追うだけではなく、新しい問題を見つけて育ててバとして公開したこともあり、このシステムが世界的に認知いく姿勢こそが研究の醍醐味なのではないかと思います。

されることになりました。また、その後、UCバークレイで最後に、ここにお名前をあげられなかった多くの共同研究

最新のAI研究を学んでこられたPaul Horton博士（現在、台者や学生の皆さんにお世話になりました。ここであらためて

湾の国立成功大学）から、機械学習のことを教わり、その中お礼を申し上げるとともに、本学会のますますの発展を祈念

でもk-NN法が有効であることが彼の研究でわかったことで、します。

年会開催報告2020年日本バイオインフォマティクス学会年会・第9回生命医薬情報学連合大会 開催報告
大会長山西芳裕（九州工業大学大学院情報工学研究院）

本年度の年会は2020年9月1日から3日まで、オンライン

本会では「データ駆動型研究で開催されました。本大会は2012年から生命医薬情報学連が 切 り 開 く ヘ ル ス ケ ア：AI・合大会として開催されてきましたが、第9回目となる今回もビッグデータ時代の生命医薬情昨年に引き続き日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）

報学」をテーマに掲げました。

と日本オミックス医学会（旧日本オミックス医療学会）の2

学術研究や産学連携におけるバ学会合同大会として共催となりました。

イオインフォマティクスの重要

当初は福岡県北九州市の北九州国際会議場での開催を計画

性を考え、大学や研究機関だけしていましたが、新型コロナウィルスの感染拡大の影響で、でなく、民間企業や医療機関な開催形式をオンラインに急遽変更しました。JSBi年会のオン

ど、様々な立場の参加者が発表

ライン開催は初めての試みで、試行錯誤しながらの開催準備

および議論できる企画セッションを用意しました。「創薬となりました。前例がないので大会前は不安だらけでしたが、AI」「マルチオミクス」「未病・先制医療・健康長寿」「シン

最終的に1,050名の方にご参加いただき、過去最高の参加人

グルセル」「創薬現場」「ケモインフォマティクス」などのセッ数を記録するなど、大変盛況な会となりました。スポンサー

ションを設けて、各分野で活躍されている研究者にご登壇し企業として27社様にご支援いただきました。至らぬ点も多々ていただき、熱い議論が展開されました。また、有田正規先あったかと思いますが、なんとかやり遂げることができ、安生（国立遺伝学研究所）のご提案により、「データサイエンティ

堵しております。ひとえに大会実行組織をはじめとする運営

スト養成セッション」を開催し、生命情報・DDBJ センターに関わってくださった皆様、大会のスポンサーとなってくだの先生方のご支援で、初心者向けから実践者向けまで幅広い

さった企業・団体の皆様、そして参加者皆様のおかげです。

データ解析の講義をしていただき、多くの方に参加していた

JSBi理事長・理事・幹事の先生方にも多大なご協力をいただ

だくことができました。

きました。この場を借りて厚く御礼申し上げます。

14

No.39（March, 2021）

基調講演では、中山敬一先生（九州大学生体防御医学研究所）、萩原正敏先生（京都大学大学院医学研究科）、合原一幸

今回の優秀ポスター賞は参加者の投票で選ぶ形式にしたた先生（東京大学国際高等研究所、東京大学ニューロインテリ

め、同じ票数の人が並んで件数が多くなりました。ワーク

ジェンス国際研究機構）より、それぞれ生命科学、創薬科学、

ショップセッション（旧BoF）は7企画が選ばれ、代謝、若数理科学の最先端の研究についてご講演いただきました。中手研究者、質量分析、臨床検体、データ駆動型医療、バイオ

山先生からはプロテオミクスによるワールブルグ効果の謎のデータベース、スパコンなど幅広いトピックとなりました。

解明、萩原先生からはスプライシングに着目した創薬、合原

キャリアパスセッションでは、JSBiの賛助会員の企業を中心

先生からは未病・先制医療への数理モデルに関する最新の研に10社からご講演いただき、企業と研究者をつなげる機会

究成果をご紹介いただき、時間内に収まりきらないほど多くを作っていただきました。

の質問が参加者から出て、非常に活発な質疑応答の時間に本会の特別ゲストとして、参議院議員・内閣府大臣政務官（大会開催時）の今井絵理子先生に参加していただきました。

なったのが印象的でした。

政治家の先生の参加は、今回が初めてだったかもしれません。

日本メディカルAI学会との合同シンポジウムでは「医療今井先生、JSBi理事長の岩崎渉先生、大会長の私（山西）のAI」をテーマに、日本メディカルAI学会代表理事である浜3人での対談セッションを設け、科学技術政策のビジョン、

本隆二先生（国立がん研究センター研究所）に医療現場にお若手研究者・女性研究者の現状や課題などを議論しました。

けるAIの現状についてご講演いただくとともに、医療にお参加者からの質問やリクエストも受け付け、意見交換などもけるAI応用の課題について議論しました。日本オミックスできたので非常に有意義だったのではないかと思います。

医学会との合同シンポジウムでは「COVID-19とバイオイン

毎年恒例の一般公開シンポジウムでは、「健康で長生きす

フォマティクス」をテーマに、政府の新型コロナウイルス感るヒントを探そう！」というテーマで、科学的な視点から健染症対策分科会でもご活躍されている押谷仁先生（東北大学

康で長生きするための秘訣について議論しました。
アカデミッ

大学院医学系研究科）をお招きし、COVID-19の疫学解析か

クや企業の専門家に、一般の参加者にとっても理解しやすいら見えてきた課題についてご講演いただき、COVID-19に対ように噛み砕いてご説明いただきました。今井絵理子先生にするバイオインフォマティクスの取り組みについて議論しまも引き続きご登壇いただきました。非常にリラックスした雰した。

囲気の中、参加者全員が一体となって議論でき、健康分野の

例年通りの口頭発表・ハイライトトラック・ポスター発表

サイエンスを楽しむことができたのではないかと思います。

のセッションにも多数の応募をいただき、プログラム委員に

最後に、素晴らしい発表をしてくださった招待講演の先生

よる選考の上、口頭発表は15演題、ハイライトトラックは8方をはじめ、発表者、スポンサー、参加者の皆様に、この場

演題、ポスターセッションは77演題を採択し、発表していを借りて、重ねてお礼申し上げます。また、大会運営を支え

ただきました。最終的に最優秀口頭発表賞を1件、優秀口頭てくれた九州工業大学山西研究室のスタッフ・学生の皆様に

発表賞を2件、優秀ポスター賞を14件、表彰いたしました。

は、心より感謝いたします。

JSBi News Letter

他学会と連携した合同シンポジウムも開催いたしました。

国際会議参加報告
ISMB 2020
飯田

緑（九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系

第28回Conference on Intelligent Systems for Molecular

りました。質疑応答など初めてBiology（ISMB）が2020年7月13日から16日に開催されまの状況に戸惑うことはありましした。ISMBは毎年多くの国や地域から参加者が集まる、バ

たが、オンラインでの国際学会

イオインフォマティクス分野の最高峰の学会で、本年の参加

参加は、お財布にも家族にも優者数は約2,400名でした。これまでISMBは、現地開催を主

しい、たいへん実り多いものとな開催手法としてきましたが、今年はCOVID-19感染防止対なりました。開催地や大会の雰策のため、カナダ・モントリオールでの開催予定を変更し、囲気を伝える写真はありません

オンライン開催となりました。このため、私にとって、初のが、本稿ではオンライン開催さ

ISMBへの参加は、初めてのオンライン学会への参加ともなれたISMB2020の様子をお伝え

博士研究員）

No.39（March, 2021）

15

JSBi News Letter

したいと思います。

16

組みが紹介されました。

オンライン学会では、現地に必要がなく、特設サイトから

ISMBでは近年、Communities of Special Interest（COSI）

学会に参加することができました。福岡からモントリオールと呼ばれる共通の研究分野に関心がある研究者が集い、議論まで行く時間（最短でも22時間）を全て学会参加に費やせを深めるための枠組みが重要視されています。本大会では、

るのはオンライン学会ならではの利点だと思います。また、“Covid-19 Special Track” という新型コロナウイルス感染

現地開催の場合、1週間程度家を空けなくてはいけないため、症（COVID-19）に関する発表を集めたトラックが特別に設小さい子やペットのいる方が国際学会へ参加するときには、けられました。このトラックでは、近年注目されている、ネッ

家族やパートナーからの惜しみない協力が必要です。しかし、

トワークラベル伝播法というネットワーク生物学の手法を用オンライン開催された本学会では、通常の生活をしつつ、国いてCOVID-19の薬物標的を探索するという研究がJeffrey N.

際学会に参加することができました。このため、私自身も一Law氏（Virsinia Tech, USA）により紹介されていました。

歳の息子を連れて（置いて）海外に行かなくてすみ、家族へ

ま た、“Network Biology Communities of Special Interestの負担がかなり軽減されました。さらに、学会参加費は通常” のキーノートである、Albert-Laszlo Barabasi氏（NetBio）

より安く設定され、航空券やホテルの手配もする必要がな

からもヒトの分子相互作用ネットワークを用いてCOVID-19のかったので、通常の国際学会よりもかなり安く手軽に参加す

薬物標的を探索し、探索された標的をもとに臨床試験を計画ることができました。

しているという発表が7月の段階でされていました。これらの本大会では、口頭発表がzoomを通じて行われました。時差を考慮し、一部の講演についてはオンデマンド配信も実施

発表からは、創薬分野におけるネットワーク生物学の有用性がうかがえました。

されました。このため、現地開催では通常一度しか聞けない

本大会で私は、「NetBio」のCOSIにおいて「分子間相互作

口頭発表が、納得のいくまで何度でも視聴でき、発表内容だ

用ネットワークに基づいた病気の類似性から創薬標的や治療けではなく、わかりやすいスライドの作り方や話し方など細薬 を 探 索 す る」 と い う 内 容 で 口 頭 発 表 を 行 い ま し た

かな点まで勉強することができました。また、同じ時間帯に（Proceeding Track投 稿 数329報・ 採 択 率19.4 ％；Iida et

聞きたい発表が複数あるときも、どれかをライブで視聴し、al., Bioinformatics, 2020）。発表時間は20分間で、発表はあ

他の発表はオンデマンドで見られたため、オンサイトの学会

らかじめ録画しておいた動画が流れるため、音声が途切れた

よりも、より多くの興味ある発表を聞くことができました。

り、時間を超過しまったりという心配はありませんでした。質

ポスター発表は5分程度の短い動画とポスターのPDFをいつ

疑応答は視聴者が “Q and A” に書き込んだ質問を座長が読でも視聴できました。ポスター発表の質疑応答は、特設サイ

み上げる形で行われました。このため、音声が遠く聞き取り

トから、質問を書き込む形で行われました。このため、質問にくい、訛りが強く発音している単語がわからない、知らな者が質問してから、発表者が回答をするまでに時間がかかりい単語だといった、オンサイトでありがちなトラブルはありまましたが、これまでの質問とそれに対する答えが表示されるせんでした。一方で、“Q and A” 形式では発表者が質問に答ので、効率的に質疑応答ができました。また、コヒーブレイ

えたら終了なので、質問者の意図や反応がわからず、質問にクの代わりにslackのワークスペースが提供され、24時間い正確に答えられているのか、質問者が満足する答えだったの

つでも他の研究者と交流をはかることができました。

かはわかりません。質疑応答は、質問者の表情や反応をみな

本大会の基調講演は、最前線で活躍するElaine Mardis氏

がら行う方がより深いディスカッションになると感じました。

（The Ohio State University, USA）
、Xiaole Shirley Liu氏

初めてのオンライン開催のISMB2020は、遊び盛りの1歳（Dana-Farber Cancer Institute, USA）、Jian Peng 氏

児を寝かしつけ、眠い目を擦りながらの参加となりました。

（University of Illinois, USA）、Laxmi Parida 氏（Watson

質疑応答が難しい場面もありましたが、安く手軽に質の高い

Research Center, USA）、Steven L. Salzberg 氏（Johns

発表をたくさん聞くことができ、たいへん充実した国際学会

Hopkins University, USA）の5名の研究者によって行われ参加となりました。これを機に、開催形態の選択肢が広がり、ました。その一人であるLaxmi Parida氏の講演では、疾患より多くの研究者が活発に議論する場が提供されることを期

ゲノミクスやメタゲノミクスなどのゲノミクス分野の問題を待しています。最後になりましたが、本研究を進めるにあた

解決するために、一見全く関係がないと思われる学問分野でり、ご指導・ご協力いただきました山西芳裕教授と研究室のあるトポロジーや統計学的学習分野の手法を組み合わせるこ

皆様、そしてこのような貴重な経験を得られる機会を支えてとが役立つということについて、実例を交えつつ最新の取りくれた家族にこの場を借りて御礼申し上げます。

No.39（March, 2021）

EUSTM2020
田口善弘（中央大学理工学部物理学科教授）
ら ゆ る 分 野 のTranslational

ルコンファレンス）として開催された7th Annual Congress

Medicineの技術が総動員されof the European Society for Translational Medicine on

た 感 が あ り、 図 ら ず も

Covid-19（以下EUSTM2020）に招待講演者として参加したTranslational Medicineの分野

のでこの会議の内容、および、参加の経緯、会議の様子など

で今人類が全力を尽くしたら何について報告したい。この会議はAnnual Congress of theができるかの総覧の観を呈してEuropean Society for Translational Medicineと し て 毎 年

おり、非常に勉強になった。内開催されているものでテーマが決まっており、そのテーマに容も純粋な実験から僕のような沿った講演者を集めて開催するのが習いとなっている。

完全なドライの研究まで多岐に2020年の会議も当初はリアル国際会議として企画されてい渡っており、そこをCOVID-19という軸でまとめたことで総たが、コロナ禍の発生に伴って急遽オンライン開催に移行に花的になることが防がれておりよかった。さすがに5日間全なった。当時は元々リアルで企画された国際会議をどうバー

部参加はできなかったが、聞き逃した分は事後に視聴できる

チャル化するが手探りであったようだ。実際、3月と5月にので問題なかった。もう一つ特質すべきこととして、結局ア

僕が招待された、やはり、当初はリアル国際会議として企画

カデミアの参加者は無料で参加登録可能になり、内容を誰でされていたがコロナ禍の発生に伴って急遽オンライン化されも視聴できるようになったことだ。リアルで開催されていた

た別の2つの国際会議はzoomのような双方向型のツールを

らこれだけの内容を無料で公開することなど無理だったろう

使って、オンラインオンリーのリアルタイム配信、または、

からいわゆるバーチャルコンファレンスの未来を感じさせる

現地でのリアル国際会議とリアルタイム配信のハイブリッド

国際会議だった。しかし、欠点がなかったわけではない。例として開催されていた。これに対し、EUSTM2020はまった

えば、一応、Linkedinで講演者と質疑応答をする機会があっ

く別の方法を採用した。事前に講演者から20分程度の動画

たのだがまったく盛り上がっていなかった。この点はその後を収集し、9時、10時、11時などの切りのよい時間帯に公開、に開催された国際会議で散見されたようにSlackやDiscord

その後は2週間程度の期間を切って自由に視聴可能という方と連携しておいて、講演後や講演中に参加者と講演者が質疑式をとった。当初、この方式を聞いたときには意味があるの応答できるようにしておいた方が良かった。また、いわゆるか、録画を一斉に公開して視聴すればいいのでは、と思った

ポスター発表ができにくくなってしまったのも問題だろう。

のだが、実際に参加してみてその印象は大きく変わった。ま国際会議のポスター発表は若手の国際会議参加の重要なデず、1時間ごとに20分の動画というペースは、5日間にわたビュー機会であるが、オンライン国際会議ではうまくポスる長丁場の研究会にはちょうど良かった。リアル国際会議のターをやる方法が無い。たんにポスターの画像をネットで公様に、2時間講演が続いて30分程度の休み、というペースで開しても誰も来ないし、実際、来訪者との質疑応答も無理では根気が続かなかっただろう。第2に、やはり主催者側でこある。この2点は今後改善が望まれるだろう。前者について

ういう順番で聞いて欲しいという意図がはっきりしていて、は上述の様にSlackやDiscordとの連携で解決の兆しが見え総論から各論へ、また、各論も似たものがまとまっているとているが後者についてはまだ解決策が見出されていないよういうことで非常にわかりやすかった。実はこの国際会議の招に思う。

待講演の依頼メールは僕がResearchgateに公開していたプ

なお、既に無料期間は終了しているが現在でもアカデミア

レプリント（2020年9月に査読雑誌に公開済み）を読んだ主の人は50ドル払えば全講演が視聴可能なようなので、興味あ催者から、Reserachgateのメッセージ機能を使って送られる方は今からでも登録して視聴してみてはいかがだろうか？

JSBi News Letter

2020年9月21日から25日にオンライン国際会議（バーチャてきたものでかなりいい加減な手作り感のある国際会議なのかと思っていた。が、以下に見るようにその内容は充実して

7th Annual Congress of the European Society for

いた。COVID-19に特化した国際会議ということでかなり狭Translational Medicine on Covid-19（EUSTM-2020）

い範囲のテーマを想定していたのだが、実際は逆であった。

21-25 September, 2020（Virtual Congress）https://

喫緊の課題であるコロナ禍の解決のためにそれこそありとあeustm-2020.heysummit.com/

No.39（March, 2021）

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Genome Informatics 2020

JSBi News Letter

河口18

理紗（コールドスプリングハーバー研究所

ポストドクトラルフェロー）

2020年はCOVID-19のパンデミックにより国内・国外のる人もおり、これからは動画配移動が制限され、国際学会にとって受難の年となったことは、信者のように自由度の高い動画

研究者の皆様には周知のことかと思います。私の所属するによる発表も珍しくなくなるか

コ ー ル ド ス プ リ ン グ ハ ー バ ー 研 究 所 で も、2020年3月 にもしれません。

ニューヨーク州で発表された緊急事態宣言以降、通年開催の

逆に運営の対応が難しそうに

ミーティングが延期およびバーチャル開催へと変更されまし

感じた点としては、複数の会議た。これを書いている今現在もバーチャルでミーティング開

システム間の連携が挙げられま

催が継続されており、中止されていた所内でのセミナーやサす。Genome Informaticsで はマーインターンなども内容を編成して再開されるなど、運営

発表者の参加するZoomの映像の尽力で少しずつ研究交流の機会が戻ってきているように感を外部委託の視聴覚システム上で生放送していたのですが、じます。しかしながら、ステイホームにより失われた体力をZoomに負荷がかかりづらい一方、個人間で視聴時間が異な

色々な意味で取り戻すにはまだまだ時間がかかりそうです

り質問のセッションで大きな時間差が生まれてしまいました。

（私はマスクしながらの階段昇降がキツイです）。

他にも、ライブQ&A以外ではウェブシステムとSlack上の両

そして、今回私が参加したGenome Informaticsは、私の方で質問が可能だったため、発表者が質問に気付かないとい所属するコールドスプリングハーバー研究所と、英国のウェ

うこともままありました。アジアの参加者から放送後アーカ

ルカム・サンガー研究所が持ち回りで毎年開催しているミー

イブの迅速なアップロードの要望がなされた際には、翌日かティングです。20周年という節目にあたる年でしたがサンらすぐに対応されるようになりましたので、このような不都ガー研究所主催で初のバーチャル開催となり、9月14-16日

合に関しては参加者一人一人が臆せず要望を伝えていくことの三日間で30名の口頭発表と200人強のポスター発表が行わで、これから少しずつ改善されていくのではないかと思います。

れました。これは聴講で参加していた2019年の発表数とほ以上がバーチャル会議での変更点でしたが、会議で取り扱ぼ同じですが、全体的に開催時間が短くなったことで口頭発われた研究は例年のように多岐に渡っており、特に論文（や表の半分以上がポスター発表に割り当てられていました。私

プレプリント）出版前後の最新の話を聴くことができる側面

は幸運なことに口頭発表の機会をいただき、Transcriptome

はある程度維持されていたように思います。キーノートではのセッションにてscATAC-seqデータのメタ解析について発EMBLの共同ディレクターであるEwan Birneyから、この20表してきました。

年間にわたるバイオインフォマティクスでのデータ蓄積と共

この会議で特徴的だったのは、事前に録画された口頭発表

有 の 発 展 に 関 す る ト ー ク が な さ れ ま し た。 彼 は 近 年

をZoom上で流したあと、セッションごとにライブでQ&A

COVID-19 Genomics UK Consortium（COG-UK）のプロ

セッションを行うといった点でした。これによりバーチャル

ジェクトマネージャーとしても活躍しており、英国における会議特有の問題である通信の不安定化によるトラブルが避け

SARS-Cov2の系統解析と、そこから得られたデータをスピーられ、さらに時間を超過する発表者がいなくなり（！）会議

ディーに世界中と共有する仕組みの重要性を強調していまし

進行もスムーズになる副次的な効果がありました。私が録画た。 ま た 各 セ ッ シ ョ ン で は、Christoph BockやSmitaをした際には、複数の時間帯から発表者に都合の良い枠を予Krishnaswamyなどによる一細胞解析のトークや、ゲノムア

約でき、各国の時差にも対応しやすかったのではないかと思

センブリ、メタゲノム、進化系統解析など異なるトピックかいます。一方で、Q&AセッションのZoom部屋で、録画さら演者がバランスよく選ばれており、各分野における最新のれた自身の発表を他の参加者と一緒に見るというのは、想像

状況を大まかに把握し、少し離れた領域の専門家からも多様を絶する居心地の悪さがあったのも事実です。まだ未熟であな質問を受ける機会として最適だったように思います。

ると言われればそれまでですが、これからは自分で見ても恥バーチャルな会議の運営は世界中で共通の課題となっていずかしくない発表をできるようになりたいものです…。またますが、ある会議では（おそらく参加費や物理的移動の制約

口頭発表以外にポスター発表のライトニングトークも事前録がなくなったことで）、学生や女性の参加者の増加につながっ画だったため、Webシステム上の各ポスターのページにもたとの報告もありました。しかし、未だにアジア・欧州・米

同じ動画が紐づけられており、内容の要約をざっと把握しや国間など離れた開催地の会議への参加は難しく、自宅で落ちすくなったのも個人的に便利な点でした。発表者の中には動着いて会議に参加する環境のない研究者にも依然として高い

画編集などを駆使して視覚的にわかりやすい動画を作っていハードルが存在しているように思います。一参加者である私No.39（March, 2021）

としては、このようなダイバーシティを増やす仕組みについり方と、次の20年後に果たしてどのような会議が行われてて、個人が模索する契機であると感じています。今年もまだいるか、予想会を開いて皆で議論（という名の飲み会）を交

まだ予断を許さぬ状況は続きそうですが、健康上のリスクをわしてみるのもまた一興かもしれません。

最小限にしつつサイエンスを活性化していくような会議のあ

地域部会・公募研究会活動報告
北海道地域部会報告と小さな野望のお話し
遠藤俊徳（北海道大学

大学院情報科学研究院・JSBi北海道地域部会長）

札幌は全国に先駆けてコロナ感染拡大の緊急事態が宣言さに選定され、数理・データサイれました。年度初頭は楽観的な見通しが裏切られ、大学ではエンス教育研究センターが設立ました。ほどなく全国にも感染拡大しましたが、北海道は全（現在、兼副学長）にご協力い国に先駆けて小康状態となり、このまま押さえ込めるのでは

ただき、全学生向けのオンライという期待もありました。年末にかけて再び状況が悪化してンのPythonプログラミング学習

いますが、実はデータ上の感染者数のピークは全国の状況よシステムを設計・導入することりもやはり少し前にあるように見えます。厳しめの警戒体制をにしました。Jupyter Notebook

JSBi News Letter

原則として前期の全ての講義をオンライン実施の方針になりされたので、長谷山センター長

継続していること、比較的早期に検査態勢が確立しているこやGoogle Colaboratoryも検討とから、感染者への隔離がうまく出来ているのかも知れません。

したものの、マンモス講義における採点の壁を乗り越えられこうした状況で、北海道地域部会としての単独の活動はあず、独自システムを一から構築する道を選んだのです。それ

まりできていないのですが、昨年に引き続き、札幌を中心とまでは超大量のTAによる人力採点が日常でしたが、あまりするBio×IT活性化プロジェクトSAPPORO BI LABとのコラの重労働にTA志願者が漸減してきており、プログラミング

ボレーションとしてBI基礎連続講座が1月12日から2月9日ま評価に投入することが難しくなっていたことも新システム構

でオンライン開催されます。URLはhttps://www.noastec.

築の大きな要因でした。新システムは、教材を自由に改変・

jp/web/news/details/post_245.htmlです。無料開催なので新規設計できるよう、コンテンツをMarkDownの拡張で記興味ある方は、覗いてみてください。Bio×IT活性化となっ述する形とし、開発を旧研究科の卒業生で情報学の非常勤講ているのは、バイオインフォマティクスが難しく実用性が低師経験者が所属する「株式会社 えにしテック」に依頼しまいという潜在的な認識のためでしょうか。平たく言えば、ITした。MarkDownの拡張部分は、ユーザプログラムの実行・にバイオが入ると途端にハードルが高くなり、収益化しにく評価に必要な文法です。やや苦心したのはセキュリティで、いという警戒感があるようです。分野としての興隆にはお金システムには個人情報となる学生の名前や学生番号を記録せも大事です。世界的に見ればバイオインフォマティクスは、ず、大学の情報システムとの間はトークンを介して接続する

生命科学の一部として多くの研究者が重要性を認め、またビ

ことで、情報漏洩しても個人特定できないよう備えた点です。

ジネスチャンスとしても認識されているところですが、国内システムと教材プロトタイプは、えにしテックのもつノウハ

で軌道に乗りにくいのは、お金の問題に加えバイオの知識とウと技術により、短期間に構築できました。その後、里村特コンピュータスキルの両立が難しいという苦手意識を持つ人

任助教と博士後期課程の藤原君の協力の下、教材内容の追加が多いというところと思います。実際、バイオインフォマティと調整を行いました。余談ですが、これを活かしたR学習コ

クス検定も易しくはないので、普及用として、実用を重視しンテンツもほぼ完成しています。

た敷居の低いものを用意しても良いのかも知れません。

その後、科目責任者はローテーションで交代しましたが、北大では文理併せて約2,600人の新入生がおり、「情報学」

令和元年度に15コマ中の3コマのみの実施で投入しました。

を全新入生の必修科目としてきましたが、長年カリキュラムは1コマ当たり最大200名程度の同時アクセスとなるので、通見直されていませんでした。2016年に科目責任者になったの

信障害が不安でしたが、通信量抑制の設計により障害なく実を機に、新しいデータサイエンスとAIに結びつく教育への改施できました。全新入生受講のため基礎的な内容に絞ったこ

革に着手しました。北大はこの年、数理データサイエンス拠点ともありますが、進捗や理解度に文理差は見られず、逆に発No.39（March, 2021）

19

JSBi News Letter

展課題の最後まで到達したのは文系の学生という状況でしています。さらに2020年11月のMaker fair Tokyo 2020でた。AI用のツールはパッケージ化されており、その利用にはウィルス検出にも使えるNINJA qPCRが約3万円の原価では理論の深い理解は必要ないので、入口に立つことのできた製作できると発表されました。必要な試薬も、蛍光色素と消多くの学生たちは、もっと先の未来へ進むことが可能になっ光剤を除けば安価なものです。機器の費用はもっと抑えるこ

たと思います。学生からの評価も高く、授業評価アンケートとが可能です。Raspberry PIやArduinoはシステムオンチッ

では「プログラミングは難しいという先入観が払拭できた」

プ（SoC）に、電源回路、クロック素子、外部接続用端子類、というコメントも多く見られました。苦手意識のない大量の動作確認用LEDを実装しただけの簡単な基板ですが、SoC自学生が生まれることで、生命科学分野へ進む人の中からも、体は安価（300円程度）で、プログラム書き込みすれば独立

ピペットを扱うようにプログラミングを使いこなせる人が増にも使用できます。ヒータ－・冷却器用電源には150W程度えるでしょう。その人数が一定数を超えると相乗効果も期待の安価（3,000円程度）なPC用パーツで事足り、マイクロコ

でき、新しい発見に結びつくはずです。まだ始まったばかり

ントローラへの電源供給に流用可能です。その他もカスタムですが、近い将来、学会や研究室にそうした人材が入ってくメイドだと高いですが、本来の材料や部品は安価で、大量生ることを期待しています。

産品を流用できれば費用は抑えられます。非接触体温計と同

これと別に、いま小さな野望をもっています。PCR検査体程度に収まれば、各家庭で日常的に検査できます。家族単位制はいまだ十分でないように思われますが、この解消につななら防護服も要らず、コンタミの問題も軽微です。家族全員がるものです。検査体制拡充が難しい要因には、高価な検査分を夜かければ朝には結果が見られ、スループットも十分で機器とそれによる高価な検査費、スループット、感染防止対す。
検温するように日常的に自分で検査できれば発見も早く、応の足枷があげられます。目指すのはこの同時解消です。ご早期受診によって効果的に感染拡大を抑えられるはずです。

存じの通りPCR装置は温度を上げ下げするだけの非常に単純分散化を実現するだけで、現状の問題の大半が解消するのでな装置で、Raspberry PIやArduinoと発熱器、冷却器を組みす。プライマーを替えれば、変異型にも今後の別種ウィルス

合わせれば、安価かつ簡便に制作できます。「でも実際は難にも対応できるので、応用範囲も無限に広がります。どなた

しいんでしょう？」そんなことはありません。温度制御のノか一緒にやりませんか？

ウハウも含めGPLv3でOpenPCRやNINJA PCRも公開され

関西地域部会中川

博之（住友化学株式会社バイオサイエンス研究所・JSBi関西地域部会長）

2020年の関西地域部会の活動は、研究会の新しい様式を模

この経験を踏まえ、2020年12月4日の第29回バイオメディカ

索し続けた一年でした。当初、4月10日に開催予定であった第ル研究会「Withコロナ時代の創薬」は、オンラインのみで開催

28回バイオメディカル研究会「医療経済と健康寿命のインフォしました（https://www.jsbi.org/news/workshops/20201204-

マティクス」は、参加登録も開始していましたが、COVID-19。登録105名に対し、瞬間最大聴講者数は70名でした。
kansai/）の感染拡大を受けて延期し、最終的に8月18日に開催しました

一般的なウイルス概論に始まり、新型コロナウイルスの構造・（https://www.jsbi.org/activity/event/jsbi-relation/detail--

性状、世界のワクチン開発の現状、Phylodynamics、in silico

id-121.html）。嬉しいことに、再登録開始から数日で登録上を含めた低分子創薬の取り組み等、多彩かつ深いサイエンスを限の100名に達しました。北海道から沖縄まで各地からご参加

堪能した日になりました。参加者アンケートの反応も、第28回

いただき、瞬間最大聴講者数は79名でした。医療情報を活用

より良かったような印象を持っています。許可を頂いた講演資するためのプラットフォーム構築、フレイルの概念浸透の重要料については、前述同様に公開しておりますので、ぜひご覧く性、食用天然物等のメタボロミクスを中心としたデータベース

ださい。

構築、医用ビッグデータの活用事例と人材育成等、盛り沢山のCOVID-19の感染は未だ終息する気配が見えず、当面は我内容でした。一部の講師・スタッフが会場に、残りの講師と聴慢の日が続きそうです。感染防止に努めつつも、時機に適う衆がオンラインというハイブリッド形式に挑戦しましたが、複テーマの研究会を企画・開催し、学会の活性化と異分野交流

雑さ故に音響の問題も発生した他、進行の不手際もあったもの

によるイノベーション促進に貢献できれば幸いです。なお、の、講演内容については非常に好評を得ました。講師の皆様の関西地域部会は、2021年4月より地域部会長を交代し、新体ご厚意により、講演資料は「公募研究会 2020年度 活動予定・

制で臨む予定です。乞うご期待！

活 動 記 録（https://www.jsbi.org/activity/record/2020/）」
で公開していますので、どうぞご覧ください。

20

No.39（March, 2021）

中国・四国地域部会
妹尾昌治（岡山大学大学院ヘルスシステム統合科学研究科・JSBi中国・四国地域部会長）

今回は、部会長交代の節目となりました。中国・四国地域

ナリシスから新しい研究の方向

部会の経緯については、前回にも書かせていただきましたが、を創造あるいは応用することが本部会は、2006年に始まりすでに15年が経過しようとして可能になってきています。最近

います。この間に9 回の「次世代バイオマーカー研究会」との論文でもメタアナリシスによ

4回の「次世代がんインフォマティクス研究会」を開催させる報告が増えてきています。こていただきました。研究会活動を通じた学会員のリクルート

れにはやはり蓄積されたデータとバイオインフォマティクスの広報という当初の役割が微力の量や質が重要で、今後ますまながらも果たせていれば幸いです。また、このように継続ですバイオインフォマティクスのきたことは、ひとえに学会の理事ならびに会員の皆様のご理必要性が増していくと考えられ

解とご支援の賜物と感謝いたします。

ます。これからの研究会には、このような点に期待したいとさて、本来であればメタアナリシスをテーマに研究会企画

思います。
次年度からは、森田瑞樹先生（岡山大学大学院ヘルスシス

多くの会合がオンラインへ移行し方策に追われることも多テム統合科学研究科教授）に部会長をお引き受けいただくこ

く、新しい企画立案が難しい1年でした。最近はデータの蓄とになります。先生のご紹介は次回、先生ご自身からいただ積も著しく、種々のデータベースの活用が容易になってきてけると思いますが、今後とも本部会へのご理解とご支援を賜いるのは周知の事実ですが、データベースを駆使したメタア

りたく、どうぞよろしくお願い申し上げます。

新型コロナウィルス影響下での沖縄地域部会の活動
部会長

池松真也（沖縄工業高等専門学校・JSBi沖縄地域部会長）

2020年のJSBi沖縄地域部会の活動を紹介させていただき

トを開催致しました。この中で「with コロナ時代」の中でバます。
2020年3月頃より沖縄も新型コロナウィルスの影響が出てイオインフォマティクスが活躍できることを伝えるパネルディ

きました。
沖縄で予定されていた学会が中止になったり、学校の卒業式が縮小されて実施されたりしました。

スカッションを企画し、本学会の岩崎渉会長にも東京会場より

そのような中で、沖縄地域部会では2019年度実施した沖リモートでご登壇いただきまし

縄県商工労働部ものづくり振興課の「健康・医療産業におけた。本来ならば岩崎会長にも沖る情報技術活用促進事業」を新たに再申請し採択されました

縄にお越しいただき、500名ほ沖縄高専を中心に、琉球大学・九州大学・鹿児島大学などとどの収容可能なホールで行う予定でしたが、当日は巨大な共同して事業を進めました。

ホールで無観客での実施となりました。この模様はYouTube

新型コロナウィルスの影響で、人材育成事業の座学講義は、すべてオンラインでの講義となりましたが、東京大学大学院

にて配信中です（画像2）。
最後に、沖縄における琉球大学や沖縄科学技術大学院大学

鈴木穣教授による特別講義をはじ（OIST）や企業との連携でバイオインフォマティクス人材め、10月3日から毎週土曜日に2時間ずつ、「生命科学分野」、

育成を続けている沖縄高専を2020年9月30日（水）に萩生「情報科学分野」、「バイオインフォマティクス分野」の講義

田文部科学大臣がご訪問されましたことをお伝え致します。

を合計8回実施致しました。2021年1月末よりＲを活用した大臣には、次世代シーケンサーを活用したバイオインフォマ

統計実習や「RNA-Seq」データ解析の実習をスタートさせティクス人材育成の活動状況や「バイオインフォマティクス

ます（画像1）。

技術者認定試験」の最年少合格者を輩出した実績などをご説

メディカル情報生命専攻

JSBi News Letter

を考えておりましたが、本年度はコロナウイルスの流行で、また、2020年11月22日（日）に全国政府重要政策広報展
開事業に沖縄高専が採択されていましたので、全国の小・中学生に向けて「沖縄高専で学ぶ生物×ICT」と題してイベン

明させていただき、実際に研究に取り組んでいる学生の状況をご視察いただきました（画像3）。
以上、新型コロナウィルスの影響下で思うように活動でき
No.39（March, 2021）21

ない1年でもありました。

サポートいただければと思います。どうぞ、よろしくお願い

2021年も、是非学会にご協力をお願いし、多くの皆様に致します。

JSBi News Letter

画像3

画像1

令和2年度

BI人材育成事業応募案内

画像2

22

No.39（March, 2021）

文科大臣へのBIを活用した学生研究の説明

政府広報事業新聞によるシンポジウム案内

質量分析インフォマティクス研究会
山本博之（ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社）に著名な先生方にご講演頂い

ショップ「質量分析とデータ科学で生命に迫る」を2020年8た。パネルディスカッションと月7日にオンラインで開催した。昨年度の参加者が63名だっ

意見交換会では、質量分析のたのに対し、今年度はオンライン開催の効果もあって3倍以ウェットな研究者の先生方か

上の202名の方に参加して頂いた。本ワークショップは当初、ら、質量分析データを扱うバイ

京都大学薬学部での現地開催を予定しており、当日の開会のオインフォマティシャンに求め

辞は、共同主催者として京都大学大学院薬学研究科長の加藤ることとして、質量分析データ

博章先生より、本ワークショップに対する期待のお言葉を頂の性質を良く理解した上で解析いた。講演は招待講演を5件、一般講演を5件、最後に招待することの重要性が指摘され講演者と参加者の交流のためのパネルディスカッションと意た。最後に、本ワークショップ招待講演の録画は、DBCLS

見交換会（懇親会）を行った。招待講演は、五斗進先生（ROISの小野浩雅氏の協力によりDDBJvideoとTogoTVで公開されDS ライフサイエンス統合データベースセンター）、蓮沼誠ている（本研究会のwebページからリンク済み）。また招待

久先生（神戸大学 先端バイオ工学研究センター）、三浦信明

講 演 の 内 容 紹 介 を 含 む 研 究 会 活 動 報 告 を、Journal of先生（新潟大学 大学院医歯学総合研究科）、福崎英一郎先生

Proteome Data and Methods誌 に “Japan Computational（大阪大学 大学院工学研究科）、石濱泰先生（京都大学 大

Mass Spectrometry Meeting 2020 Activity Report” と し学院薬学研究科）と、バイオインフォマティクス・メタボロて発表した（Yamamoto et al., JPDM, 2, Pages 5（2020））。

ミクス・プロテオミクス・グライコミクスの各分野で世界的JSBi News Letter

質量分析インフォマティクス研究会の第5回公開ワーク

リレー紹介：日本のバイオインフォマティクス研究室
九州大学 生体防御医学研究所 情報生物学分野（須山研究室）
菊竹

智恵（九州大学

生体防御医学研究所

情報生物学分野

助教）

九州大学生体防御医学研究所は福岡市東区の馬出キャンパ

その中の1つである情報生物

スにあります。馬出キャンパスは、大学病院と医歯薬看護系

学分野は、馬出キャンパスのの学部しかないためとても小さなキャンパスですが、福岡市

ウェストウィング7階という非の西の果てに引っ越した伊都キャンパスと違い、福岡空港か

常に見晴らしの良い場所にあり

ら地下鉄で15分程度の距離にある立地の良いキャンパスでます。須山幹太教授をはじめ、もあります。生体防御医学研究所は学部組織を持たない独立

助 教2名、 ス タ ッ フ2名、 学 生

研究所で、約20の研究分野（研究室）は「生体防御」をテー10名（博士課程2名、修士課程

マに、疾患、免疫、発生、オミクス等の研究を行っています。

3名、学部生3名、研究生2名）
No.39（March, 2021）

23

JSBi News Letterというなかなかの大所帯です。この他に、バイオインフォマ

べて行っています。輪読では英語の教科書を担当になっていティクスを学びたい方や自前のデータを解析したい方、高専る学生が読み、日本語に訳しながら内容を説明します。論文

生の受け入れも行っています。また、共同研究も積極的に行っ紹介では担当者が選んだ論文の説明を行い、内容についてています。2つの大部屋に助教、スタッフ、学生を2分割しディスカッションします。進捗報告ではこれまでに行った解て配置しているため、ひとりひとりのデスクスペースは非常

析や結果の説明を行い、今後の方針についてディスカッショにゆったりとしています。お昼ごはんは、休憩室（通称お茶ンします。これらのゼミでは、共有のgoogle docを議事録部屋）で教授を交えた全員でワイワイしながら食べます。まとして使っています。発表を聞きながらその場で意見やアドた、定期的にイベントを行っており、皆で作った鍋やカレーバイスを1人1つ以上書き込んで共有するようにしています。

を食べたり、研究室旅行に出かけたりして親睦を深めていま

このgoogle doc議事録により、集中して発表を聞くことがです。（※現在は新型コロナウイルスの感染拡大のため、残念

きるだけではなく、より深い議論ができるようになりました。

ながらほとんどのイベントが中止になってしまいました）

情報生物学分野では「様々な公共データを使って得た新し

情報生物学分野に来る学生のバックグラウンドは工学系、い知見を生物学的に解釈する」という研究方針のもと、解析

農学系、理学系、医学系と様々です。ほとんどの学生はドラ

結果が生物にとってどのような意義があるのかを明らかにす

イ解析の経験はなく、研究室に入って一から解析方法についることを目指しています。
「がん」「スプライシング」「系統て学びます。それでも、半年もすると慣れてきてガリガリと解析」の3つを研究の柱として、どんなことができるのか、コードが書けるようになります。私自身もウェットの研究室

どんなデータが使えるのか、どんな先行研究があるのか、ど出身で、この研究室に入ってから初めてドライ解析を学びまんな解析を行って何を明らかにするのか、についてディスした。はじめは苦労しましたが、ウェットの研究もわかるドカッションを繰り返しながら研究テーマの方向性を決めてい

ライ研究者として様々な場面でこれまでの経験が役に立つこきます。私自身は修士課程の頃に研究していたがんをテーマとが多いなと実感しています。

に腫瘍内不均一性について研究しています。変異の位置や種

情報生物学分野では、各自の知識の底上げを図るため、ゼ類、タイミングとがんの進化過程との関係について、統計学

ミに力を入れています。ゼミは3つあり、輪読（学生のみ参的な手法を用いて解析を行っています。研究室内では、染色加）、論文紹介（全員参加）、進捗報告（全員参加）を毎週す

体高次構造と遺伝子発現制御の関係、ラットの系統解析、新規エクソン活性化やスプライシング制御機構等に関する研究も進められています。多種多様な公共オミクスデータの中から、様々なデータを組み合わせて再解析するのは泥臭く地味な作業ですが、面白い結果が見つかった時のこの上ないワク
ワク感のために、皆で協力しながら試行錯誤する日々を送っています。
情報生物学分野で研究してみたい！、ドライ解析はやったことがないけどやってみたい！という方がいましたら、是非
一度ウェストウィング7階にどうぞ。学内外の共同研究や高専生のインターンも積極的に受け入れていますので興味がある方はお気軽にご連絡ください。

研究室の集合写真

居室（大部屋）の様子

24

No.39（March, 2021）

ゼミの様子

学会からのお知らせ
2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会開催概要
開催概要
日

程：2021年9月27日（月）〜9月29日（水）会

場：オンライン開催

大会ホームページ：https://www.jsbi.org/iibmp2021/
大会長：浜田道昭（早稲田大学理工学術院）

テーマ：次世代の生命科学・医薬学を切り拓くバイオインフォマティクス
主催：日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）
日本オミックス医学会

後

援：日本メディカルAI学会

JSBi News Letter

情報計算化学生物学会（CBI学会）
早稲田大学理工学術院

学会議事録等
特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 第23回理事会議事録日時

2020年8月31日（月）13：00〜17：00

場

所

オンライン（Zoomを利用）

出席者

h02-1 年会幹事 2020年度年会の準備状況について（山西岩崎渉理事長、五斗進副理事長、荻島創一理事・幹幹事）事、尾崎遼理事・幹事、木下賢吾理事・幹事、白井h02-2 年会幹事2021年会概要（浜田幹事）

剛理事・幹事、竹本和広理事、田村武幸理事、元池h03-1 2020年度（中間）貸借対照表（大林幹事）

育子理事、藤渕航理事、山西芳裕理事・幹事、大上h03-2 2020年度（中間）活動計算書（大林幹事）

雅史理事・幹事、大林武理事・幹事、鎌田真由美理

h03-3 2020年度（中間）活動計算書（予算対比）（大林幹事）

事、木下聖子理事、清水謙多郎理事・幹事、遠里由

h03-4 2020年度（中間）財産目録（大林幹事）

佳子理事、長井陽子理事、松田秀雄理事、武藤愛理

h03-5 2020年度（中間）財産目録-期末対比（大林幹事）

事・幹事

h05-1 研究会幹事 2019年 公募研究会アンケート（岩崎幹事）（表決書提出）なし


以上20名出席扱い

オブザーバ 松井求監事、遠藤俊徳地域部会長、中川博之地域部会長、倉田博之地域部会長、池松真也地域
部会長、浜田道昭幹事、笠原浩太幹事、齋藤裕
幹事、奥田修二郎幹事、事務局牛山絵美子
議（報告事項参照資料）

長

岩崎理事長（定款35条による）

h05-2 研究会幹事 2020年 公募研究会アンケート（岩崎幹事）h07 ダイバーシティ幹事 JSBi diversity report Aug2020（武藤幹事）
h10 渉外幹事報告（浜田幹事）
h11-1 連携幹事報告資料（荻島幹事）

配布資料

h11-2 連携幹事連携状況表（荻島幹事）（審議事項参照資料）

h12-1 広報幹事 幹事報告（齋藤幹事）

s01 日 本バイオインフォマティクス 学会賞・OJP選考規定の変更について（大上理事・幹事）
s02 名誉会員の推薦について（岩崎理事長）

h12-2 広報幹事 バイオインフォマティクス教育機関一覧（齋藤幹事）
h12-3 広 報幹事 JSBi HPリニューアルについて（事務局
No.39（March, 2021）25

より）（齋藤幹事）
h12-4 広報幹事JSBi HPデザイン案、サイトマップ案（齋藤幹事）

Prize 選考規定
【現行】

h17 総務報告資料（事務局）（受賞者の特典と義務）

h18-1 会長報告 メール審議議事録（期間2020.03-08） 9条 この賞の受賞者には賞状、副賞として賞金三万円、第（岩崎理事長）

当該年度の翌年のBioinformatics 誌無料購読の特典、当

h18-2 会長報告 JSBiの現況（岩崎理事長）

該年度の翌年度の年会費免除の特典が与えられる。

h24 沖縄地域部会 活動報告資料（池松地域部会長）

第10条 この賞の受賞者は当該年度の年会におけるこの賞（公募研究会報告資料）の授賞式に出席する義務を有するとともに、受賞講演を依公募01 2019-06 尾崎先生 RNAフロンティアミーティング

頼された場合にはそれを受諾する義務を有する。

公募02 2019-03 中川先生 第27回バイオメディカル研究会（その他）（関西地域部会）
公募04 2019a-12 平岡先生 生命情報科学若手の会第11回
研究会
公募05 2019a-13 山本先生 第2回メタボロミクスソフト

JSBi News Letter

Oxford Journals-Japanese Society for Bioinformatics

ウェア講習会
公募06 2019a-11 倉田先生 九州地域部会セミナー

 11条 第9条の賞金および Bioinformatics 誌無料購読の第特典は Oxford University Pressからの寄付金及び無償で提供されるサービスに基づきこの法人が運営する。
【変更後】（受賞者の特典と義務）
第 9条 この賞の受賞者には賞状、副賞として賞金三万円、当該年度の翌年のBioinformatics 誌無料購読の特典、当岩崎理事長、五斗副理事長より第23回理事会開催にあたっ

該年度の翌年度の年会費免除の特典が与えられる。

て挨拶があり、議事録署名人として尾崎理事、五斗副理事長

第10条 この賞の受賞者は、この賞の授賞式への出席ならが指名され、満場一致で承認された。

びに受賞講演を依頼された場合には、それらを受諾する義

議案

（その他）

〈審議事項〉

 11条 第9条の賞金および Bioinformatics 誌無料購読の第第一号議案 日 本バイオインフォマティクス 学会賞・OJP

特典は Oxford University Pressからの寄付金及び無償で務を有する。

の選考規定の変更について提供されるサービスに基づきこの法人が運営する。

大 上理事・幹事より別紙s01を基に「日本バイオインフォ

第12条 その他、本規定で対応できない事項については理

マティクス学会賞選考規程」ならびに「Oxford Journals-

事長が定める。

Japanese Society for Bioinformatics Prize 選考規定」に以上の説明を受け、慎重に審議した結果、出席した理事のついて、その年の年会が開催できない可能性などを考慮し議決権の過半数を持って異議なく可決された。

た変更をしたい旨が説明された。

第二号議案

名誉会員の推薦について

日本バイオインフォマティクス学会賞選考規程

岩 崎理事長より名誉会員推薦に関する覚書に基づき別紙【現行】

s02を基に新規名誉会員として高木利久会員・宮野悟会員

第 9条 この賞の受賞者は当該年度の年会におけるこの賞のを理事会として推薦したい旨が説明された。慎重に審議し授賞式に出席する義務を有するとともに、受賞講演を依頼た結果、満場一致で可決され、2021年3月の総会に議案とされた場合にはそれを受諾する義務を有する。

して付議することが承認された。

【変更後】（受賞者の義務）〈報告事項〉

 9条 この賞の受賞者は、この賞の授賞式への出席ならび第【各幹事、会長、総務からの報告】に受賞講演を依頼された場合には、それらを受諾する義務

1 会長補佐（木下賢吾理事・幹事、清水理事・幹事）

を有する。
（その他）

特に報告事項は無かった。
2 年会（五斗副理事長・幹事、山西理事・幹事、浜田幹事）第10条 その他、本規定で対応できない事項については理

山 西理事・幹事より別紙h02-1、2に基づき、年会の報告

事長が定める。

があった。特に、初のオンライン開催で、通常の参加者、以上の説明を受け、慎重に審議した結果、出席した理事の招待講演者、一般公開の参加者、データ養成入門の参加者

議決権の過半数を持って異議なく可決された。

を含め、事前参加登録者数が約1000名となったことが報
告された。

26

No.39（March, 2021）

浜 田幹事より次回の年会は2021年9月27日（月）〜29日

12 広報（齋藤幹事）（水）に早稲田大学国際会議場井深大記念ホール（東京都齋藤幹事より、別紙12-1〜4に基づき、新たなホームペー

新宿区）にて開催予定であることが報告された。

ジを作成するために見積もり等行っていることについて報告があった。

3 会計（大林理事・幹事、笠原幹事）
大 林理事・幹事より、別紙h03-1〜5に基づき、会計に関13 人材育成（有田幹事、白井理事・幹事）
特に報告はなかった。

する報告が行われた。
4 認定試験（白井理事・幹事）

14 活性化（奥田幹事）
 西理事・幹事より奥田幹事への引き継ぎについて報告が山

白井理事・幹事より、今年度の認定試験の開催形態をCBTあった。

試験に移行すること、試験日が2021年2月1日（月）〜14
日（日）になることが報告された。

15 個別化医療推進（木下賢吾理事・幹事）
 下理事・幹事より、新型コロナウイルスの影響により、
木

5 研究会（岩崎理事長・幹事）
岩 崎理事長・幹事より、別紙h05-1、2に基づき、研究会

個別化医療推進に関する会議開催が遅れていることが報告の報告があった。新型コロナウイルスに感染症により延期された。

になった研究会は、持ち越しはせず、来年度の公募研究会

16 Genome Informatics（岩崎理事長・幹事）
特に報告はなかった。

募集時に改めて応募してもらうことが確認された。
尾 崎理事・幹事より、ニュースレター第38号を発行した

岩崎理事長より別紙h17に基づき、会員数等の基本情報にこと、ニュースレターおよびロゴのデザインをリニューア

ついて報告があった。特に、13年ぶりに会員数が650名をルしたこと、デザインはウチダヒロコ氏に依頼したことが超えたことが報告された。

報告された。また、現在、JSBi Bioinformatics Review発

18 会長（岩崎理事長）

行に向けて準備を進めていること、執筆者の積極的な推薦

岩崎理事長より、別紙h18に基づき、学会の現況についての依頼等の報告があった。

報告があった。特に日本バイオインフォマティクス学会賞の名称を英訳すると、既存のOxford Journals-Japanese

7 ダイバーシティー推進（武藤理事・幹事）武藤理事・幹事より、別紙h07に基づき、男女共同参画にSociety for Bioinformatics Prize（OJP）と名称が被って関するダイバーシティー推進の報告があった。男女共同参

紛らわしい点について確認があり、すぐに名称を変えるべ

画学協会連絡会の提言・要望書およびアンケートワーキン

きではないが留意するべき点として報告された。

ググループへの学会としての関与について意見交換を行【地域部会長からの報告】

い、後日メールにて審議することとなった。

19 北海道地域部会（遠藤地域部会長）
特に報告はなかった。

8 ISCB（岩崎理事長・幹事）
岩崎理事長・幹事より、ISCB Board of Directorsとして320 東北地域部会（木下地域部会長）
特に報告はなかった。

年間務めることになったことが報告された。またアジアとして大規模な国際会議「Asian Superconference 2023（仮21 関西地域部会（中川地域部会長）
中川地域部会長より、8月18日（火）に開催された第28回称）」を2023年に開催予定であることが報告された。

バイオメディカル研究会「医療経済と健康寿命のインフォ

9 若手（大上理事・幹事）
 上理事・幹事より、Oxford Journals-Japanese Society
大マティクス」についての報告があった。学会としてZoom

for Bioinformatics Prizeの受賞者について報告があり、ライセンスを保持してはどうかと提案があり、今後の開催推薦の協力について改めて依頼があった。また、岩崎理事

状況により判断することとなった。

長より日本バイオインフォマティクス学会賞受賞者につい22 中国・四国地域部会（妹尾地域部会長）
特に報告はなかった。

て報告があった。
10 渉外（浜田幹事）

23 九州地域部会（倉田地域部会長）
特に報告はなかった。

浜田幹事より、別紙h10に基づき、賛助会員の特典利用状
況や、ホームページのバナー広告利用状況についての報告

24 沖縄地域部会（池松地域部会長）
池松地域部会長より、別紙h24に基づき、沖縄県のバイオがあった。

インフォマティクス人材育成プログラムにバイオインフォ

11 連携（荻島理事・幹事）
荻島理事・幹事より、別紙11-1、2に基づき、他学会・研マティクス技術者認定試験の活用を進めていることが報告

究会との連携について報告があった。また、連携幹事の引された。

継ぎ資料を作成中であることが報告された。

JSBi News Letter

6 ニュースレター（尾崎理事・幹事、松本幹事）

17 総務報告以上
No.39（March, 2021）27

以上により議事が終了し、議長は17時00分閉会を宣言した。
上記の議決を明確にするために、議長および議事録署名人
において次に記名押印する。

特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会


理

長

岩

崎

渉

印



議事録署名人

事

尾

崎

遼

印



議事録署名人五斗進印

2020年8月31日

学会の現況
有効会員数（2021年1月現在）正会員：551名

JSBi News Letter

特定非営利活動法人
会
副

会

長
長

地域部会長

理

事

監

事

岩崎
五斗

2020年度役員一覧

渉 （東京大学大学院理学系研究科）
進 （情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター）

遠藤 俊徳 （北海道大学大学院情報科学研究科）
木下 賢吾 （東北大学大学院情報科学研究科）
中川 博之 （住友化学株式会社）
妹尾 昌治 （岡山大学大学院自然科学研究科）
倉田 博之 （九州工業大学大学院情報工学研究院）
池松 真也 （沖縄工業高等専門学校生物資源工学科）
荻島 創一 （東北大学東北メディカル・メガバンク機構） 尾崎
遼 （筑波大学医学医療系生命医科学域）
木下 賢吾 （東北大学大学院情報科学研究科）
五斗
進 （情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター）
白井
剛 （長浜バイオ大学コンピュータバイオサイエンス学科） 竹本 和広 （九州工業大学大学院情報工学研究院）
田村 武幸 （京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 元池 育子 （東北大学東北メディカルメガバンク機構）
藤渕
航 （京都大学iPS細胞研究所）
山西 芳裕 （九州工業大学大学院情報工学研究院）
岩崎
渉 （東京大学大学院理学系研究科）
大上 雅史 （東京工業大学情報理工学院）
大林
武 （東北大学情報科学研究科）
鎌田真由美 （京都大学大学院医学研究科）
木下 聖子 （創価大学理工学部糖鎖生命システム融合センター） 佐藤 健吾 （慶應義塾大学理工学部）
清水謙多郎 （東京大学大学院農学生命科学研究科）
遠里由佳子 （立命館大学情報理工学部）
長井 陽子 （Varinos株式会社 取締役、CTO）
松田 秀雄 （大阪大学大学院情報科学研究科）
武藤
愛 （奈良先端科学技術大学院大学データ駆動型サイエンス創造センター）
渋谷 哲朗 （東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター） 松井
求 （東京大学大学院理学系研究科）

賛助会員一覧

•株式会社日立製作所•株式会社富士通九州システムズ•エーザイ株式会社•国立研究開発法人科学技術振興機構•カクタス・コミュニケーションズ株式会社•株式会社 クリムゾン インタラクティブジャパン•塩野義製薬株式会社•住友化学株式会社•タカラバイオ株式会社•田辺三菱製薬株式会社•中外製薬株式会社•株式会社ナベ インターナショナル•一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム•有限会社パスウェイソリューションズ•三井情報株式会社

No.39（March, 2021）

賛助会員：15社 名誉会員：3名

日本バイオインフォマティクス学会（2021年1月現在、賛助会員口数および五十音順）

28

学生会員：144名

JSBi News Letter

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第39号
発 行 日

2021年3月30日

発 行 者

特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会（理事長編尾崎遼・松本拡高（学会幹事）、牛山絵美子（学会事務局）

集

デザイン

ウチダヒロコ組

勝美印刷株式会社

版

IIIustrated and designed by Hiroko Uchida.

岩崎渉）

No.39（March, 2021）

29

JSBi News Letter

編集後記
今回の特集は「バイオインフォマティクスと技術開発コミュニティ」です。バイオインフォマティクスにおいてツールや情報解析基盤の開発・標準化は極めて重要であり、その中で技術開発コミュニティがどのような役割を果たしているかについて、実際に様々なコミュニティにおいて運営者や参加者として関わる方々に執筆いただきました。本特集を通じて技術開発コミュニティへの理解や参画が進めば望外の喜びです。

コロナ禍の下、国際会議参加報告の3点が全てオンライン開催の会議に関するものであるのも今の時期ならではかと思います。今後も対面での集会が難しい状況が続くと思われる今、これらの記事の内容がオンラインでの集会のノウハウや、オンライン集会が広まったからこそ実現可能になる共同研究・開発につながれば僥倖です。
2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2021）は2021年

9月27日〜29日にオンライン開催となります。IIBMP2021では企画委員を担当しており、幅広い分野の様々な企画を検討しています。皆さんの参加・投稿をお待ちしております！

30

No.39（March, 2021）（尾崎・松本）