源泉所得税の改正のあらまし
令和３年４月
国 税 庁所得税の源泉徴収事務につきましては、日頃から格別のご協力をいただき感謝しております。
令和３年度の税制改正により、源泉所得税関係について主に次のような改正が行われました
のでお知らせいたします。
（注）このパンフレットは、令和３年４月１日現在の法令に基づいて作成しています。

１

税務関係書類における押印義務の見直しが行われました。
税務署長等に提出する源泉所得税関係書類について、押印を要しないこととされました。

２

給与等、退職手当等又は公的年金等（以下「給与等」といいます。
）の支払を受ける者が、給与等の支払者に対し、次に掲げる申告書の書面による提出に代えてその申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行う場合の要件であるその給与等の支払者が受けるべき税務署長の承認を不要とするほか、これに伴う所要の措置が講じられました。
この改正は、令和３年４月１日以後に提出する申告書について適用されます。
⑴ 給与所得者の扶養控除等申告書⑵ 従たる給与についての扶養控除等申告書⑶ 給与所得者の配偶者控除等申告書⑷ 給与所得者の基礎控除申告書⑸ 給与所得者の保険料控除申告書⑹ 給与所得者の住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除申告書⑺ 所得金額調整控除申告書⑻ 退職所得の受給に関する申告書⑼ 公的年金等の受給者の扶養親族等申告書

３

退職所得課税について、次の見直しが行われました。
⑴

改正前の制度の概要
退職所得の金額は、その年中に支払を受ける退職手当等の収入金額から、その人の勤続年数に応じて計算した退職所得控除額を控除した残額の２分の１に相当する金額とすることとされています。
【退職所得の金額の計算方法】（収入金額－退職所得控除額）×１／２（注）＝退職所得の金額（注） 勤続年数５年以下の役員等の退職手当等（以下「特定役員退職手当等」といいます。）については、「２分の１課税」を適用しないこととされています。

⑵

改正の内容
イ 短期退職手当等に係る退職所得の金額については、次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める金額とされました。
（イ） その短期退職手当等の収入金額から退職所得控除額を控除した残額が 300 万円以下である場合
その残額の２分の１に相当する金額（ロ） 上記（イ）に掲げる場合以外の場合
150 万円とその短期退職手当等の収入金額から 300 万円に退職所得控除額を加算した金額を控除した残額との合計額−1−【短期退職手当等に係る退職所得の金額の計算方法】（イ）収入金額－退職所得控除額≦ 300 万円（ロ）収入金額－退職所得控除額＞ 300 万円（収入金額－退職所得控除額）×１／２＝退職所得の金額（※２）
150万円（※１）＋｛収入金額－（300万円＋退職所得控除額）｝＝退職所得の金額（※）
１ 300 万円以下の部分の退職所得の金額
２ 300 万円を超える部分の退職所得の金額

ロ 短期退職手当等とは、退職手当等のうち、退職手当等の支払をする者から短期勤続年数（勤続年数のうち、役員等以外の者としての勤続年数が５年以下であるものをいいます。）に対応する退職手当等として支払を受けるものであって、特定役員退職手当等に該当しないものをいいます。
ハ 上記イの見直しに伴い、退職手当等に係る源泉徴収税額の計算方法及び退職所得の受給に関する申告書の記載事項等について、所要の整備が行われました。
⑶ 適用関係
上記⑵イ及びロの改正は、令和４年分以後の所得税について適用され、上記⑵ハの改正は、令和４年１月１日以後に支払うべき退職手当等について適用されます。
〔設例〕 短期退職手当等に係る退職所得の金額の計算方法
勤続年数：５年
Ｈ 31.4.1

Ｒ 6.3.31

入社

退社
短期退職手当等の支給額：1,000万円【短期退職手当等に係る退職所得の金額の計算方法】
150万円 ＋｛ 1,000万円 －（300万円＋200万円）｝＝ 650万円②

短期退職手当等の収入金額①
退職所得控除額（40 万円×勤続年数５年）②＋③
退職所得の金額③２分の１課税適用

２分の１課税適用外

800万円
200万円短期退職手当等の収入金額
1,000万円

退職所得控除額
200万円（①）

300万円
退職所得の金額
150万円（※②）

退職所得の金額
500万円（※③）※②③＜参考：源泉徴収税額の計算＞

退職所得の金額
650万円
（②＋③）

300万円以下の部分
300万円を超える部分≪１円未満端数切捨て≫

×20％－427,500円−2−×102.1％＝890,822.5円⇒890,822円（源泉徴収税額）

４

住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に係る居住の用に供する期間等の特例措置が講じられました。
この改正は、特別特例取得等をした家屋を令和３年１月１日から令和４年 12 月 31 日までの間にその者の居住の用に供した場合について適用されます。
⑴ 住宅の取得等で特別特例取得（注）に該当するものをした個人が、その特別特例取得をした家屋を令和３年１月１日から令和４年 12 月 31 日までの間にその者の居住の用に供した
場合には、住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除及びその控除の控除期間の３年間延長の特例が適用できることとされました。
（注）「特別特例取得」とは、その対価の額又は費用の額に含まれる消費税等の税率が 10％である場合の住宅の取得等で、次に掲げる区分に応じそれぞれ次に定める期間内にその契約が締結されているものをいいます。
イ 居住用家屋の新築 令和２年 10 月１日から令和３年９月 30 日までの期間
ロ 居住用家屋で建築後使用されたことのないもの若しくは既存住宅の取得又はその者の居住の用に供する家屋の増改築等 令和２年 12 月１日から令和３年 11 月 30 日までの期間⑵ 上記⑴の住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の特例は、個人が取得等をした床面積が 40 ㎡以上 50 ㎡未満である住宅の用に供する家屋についても適用できることとされました。ただし、床面積が 40 ㎡以上 50 ㎡未満である住宅の用に供する家屋に係る上記⑴の住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の特例は、その者の 13 年間の控除期間のうち、その年分の所得税に係る合計所得金額が 1,000 万円を超える年については、適用されません。
※１ 上記⑴及び⑵について、その他の要件等は、現行の住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除と同様とされました。
２ 上記⑴及び⑵について、認定住宅の新築等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の特例及び東日本大震災の被災者等に係る住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除の控除額に係る特例についても同様の措置が講じられました。
５

所得者が源泉徴収義務者等に対して提出する次に掲げる書類について、書面による提出に代えて電磁的方法による提供を行うことができることとされました。この場合において、その電磁的方法による提供があったときは、その書類の提出があったものとみなされます。
この改正は、令和３年４月１日以後に行う電磁的方法による提供について適用されます。

【電磁的方法による提供が可能となった書類の一覧】⑴

障害者等に対する少額貯蓄非課税制度等に関する書類①（特別）非課税貯蓄申込書②（特別）非課税貯蓄申告書③（特別）非課税貯蓄限度額変更申告書④（特別）非課税貯蓄に関する資格喪失届出書⑤（特別）非課税貯蓄申込書を提出する者が告知をすべき事項を記載した帳簿の作成に係る申請書⑥（特別）非課税貯蓄申込書を提出する者が告知をすべき事項を記載した帳簿の記載事項の変更届出書⑦（特別）非課税貯蓄に関する異動申告書⑧（特別）非課税貯蓄廃止申告書⑨（特別）非課税貯蓄者死亡届出書⑩（特別）非課税貯蓄相続申込書⑵

公社債等の利子等に関する書類①

公社債等の利子等の非課税申告書②

国外公社債等の利子等の源泉徴収不適用申告書③

金融機関が支払を受ける収益の分配に対する源泉徴収不適用に係る明細書④

公募株式等証券投資信託の受益権を買い取った金融商品取引業者等が支払を受ける収益の分配に係る源泉徴収不適用申告書

−3−

⑶

勤労者財産形成住宅（年金）貯蓄非課税制度に関する書類①

財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申込書②

財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書③

財産形成非課税住宅（年金）貯蓄限度額変更申告書④

財産形成非課税住宅（年金）貯蓄に関する異動申告書⑤

財産形成非課税住宅（年金）貯蓄の勤務先異動申告書⑥

転職者等の財産形成非課税住宅（年金）貯蓄継続適用申告書⑦

海外転勤者の財産形成非課税住宅（年金）貯蓄継続適用申告書⑧

海外転勤者の（特別）国内勤務申告書⑨

育児休業等をする者の財産形成非課税住宅（年金）貯蓄継続適用申告書⑩

育児休業等期間変更申告書⑪

財産形成非課税住宅（年金）貯蓄廃止申告書⑫

財産形成年金貯蓄の非課税適用確認申告書⑬

財産形成年金貯蓄者の退職等申告書⑭

一回に支払を受ける年金の額を記載した書面⑮

事業譲渡等に関する書類⑯

退職等に関する通知書⑰

財産形成年金貯蓄者の退職等申告書に記載した氏名等に変更があった場合の届出書（注）１ 提出者は、上記②及び③の申告書に記載すべき事項を電磁的方法により提供する場合には、これらの申告書の提出の際に経由すべき勤務先（その勤務先が委託勤務先である場合には、その委託に係る事務代行先）の長の最高限度額等を証する書類の提出に代えて、その書類に記載されるべき事項の電磁的方法による提供を行うことができることとされました。
２ 上記①から⑮までに掲げる書類に記載すべき事項の電磁的方法による提供は、給与所得者の扶養控除等申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行う場合と同様の要件を満たしていなければなりません。
３ 提出者が、上記①から⑭まで及び⑰に掲げる書類に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行う場合には、その者の氏名又は名称を明らかにする措置を講じなければなりません。

⑷

特定寄附信託の利子所得の非課税措置に関する書類①

特定寄附信託申告書②

特定寄附信託契約の契約書の写し③

特定寄附信託異動申告書⑸

特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例に関する書類
特定口座内保管上場株式等移管依頼書⑹

振替国債等の利子の課税の特例等に関する書類

イ

振替国債等の利子の課税の特例における次に掲げる書類①非課税適用申告書等②

組合等届出書等及び組合契約書等の写し③

適格外国仲介業者の承認申請書

ロ

振替社債等の利子等の課税の特例又は振替割引債の差益金額等の課税の特例における次に掲げる書類
上記イに掲げる書類②

適格口座管理機関の承認申請書

ハ①

民間国外債等の利子の課税の特例における非課税適用申告書（注） 上記イ③又はロ②に掲げる書類に記載すべき事項の電磁的方法により提供する場合には、その書類に係る添付書類の特定振替機関に対する書面による提出に代えて、その書類に記載すべき事項の電磁的方法による提供に併せて特定振替機関に対してその添付書類に記載されるべき事項をスキャナによる読み取り等により作成した電磁的記録（一定の解像度及び階調の要件を満たすものに限ります。）の提供を行うことができることとされました。

⑺

外国組合員に対する課税の特例に関する書類
特例適用申告書等−4−

⑻

外国金融機関等の店頭デリバティブ取引の証拠金に係る利子の課税の特例に関する書類
非課税適用申告書等⑼

外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例に関する書類
非課税適用申告書等⑽

租税条約に関する届出書等
条約届出書等（注）
１ 条約届出書等（社債、株式等の振替に関する法律の対象となる振替株式等の配当等に係る一定の条約届出書等を除きます。）の提出を行う者が、その条約届出書等に記載すべき事項の電磁的方法による提供を行う場合には、その者の氏名又は名称を明らかにする措置を講じなければなりません。
２ 条約届出書等に記載すべき事項の電磁的方法により提供する場合には、その条約届出書等に係る添付書類の源泉徴収義務者等に対する書面による提出に代えて、その条約届出書等に記載すべき事項の電磁的方法による提供に併せて源泉徴収義務者等に対してその添付書類に記載すべきものとされ、又は記載されている事項を記録した電磁的記録（その添付書類が居住者証明書等である場合には、スキャナによる読み取り等により作成した電磁的記録で一定の解像度及び階調の要件を満たすものに限ります。）の提供を行うことができることとされました。

※
６

税務署長等に対する電磁的方法による提供については、項目７をご覧ください。
次に掲げる書類について、書面による提出に代えて行う電磁的方法によるこれらの書類に記載すべき事項の提供の際に併せて行うこととされている住所等確認書類の提示又は特定署名用電子証明書等の送信を要しないこととされました。
この改正は、令和３年４月１日以後に行う電磁的方法による提供について適用されます。

【住所等確認書類の提示又は特定署名用電子証明書等の送信が不要となった手続の一覧】⑴

特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例等に関する書類①

特定口座源泉徴収選択届出書②

源泉徴収選択口座内配当等受入開始届出書③

特定管理口座開設届出書④

特定口座への非課税口座内上場株式等移管依頼書⑤

特定口座への未成年者口座内上場株式等移管依頼書⑥

営業所の移管又は勘定の設定若しくは廃止に係る特定口座異動届出書⑦

源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書⑵

少額投資非課税制度（ＮＩＳＡ）に関する書類①

金融商品取引業者等変更届出書②

非課税口座廃止届出書③

特定口座以外の他の保管口座への非課税口座内上場株式等移管依頼書④

非課税口座内上場株式等移管依頼書⑤

未成年者口座非課税口座間移管依頼書⑥

特定累積投資上場株式等受入選択不適用届出書⑦

勘定の変更等に係る非課税口座異動届出書⑧

非課税口座移管依頼書⑶

未成年者少額投資非課税制度（ジュニアＮＩＳＡ）に関する書類①

未成年者口座廃止届出書②

未成年者口座内上場株式等移管依頼書③

特定口座以外の他の保管口座への未成年者口座内上場株式等移管依頼書④

未成年者口座移管依頼書

−5−

７

税務署長等に対する申請等のうち e-Tax によりその申請等に係る書面に記載すべき事項を入力して送信することができないものについて、書面による提出に代えて、スキャナにより読み取る方法等により作成した電磁的記録（いわゆる「イメージデータ」）を送信することにより行うことができることとされました。

８

少額投資非課税制度（ＮＩＳＡ）について、平成 29 年分の非課税管理勘定が設定されている非課税口座を令和３年４月１日において開設している居住者等で、同日前にその者の個人番号をその非課税口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に告知をしていないものは、同日から同年 12 月 31 日までの間は、その金融商品取引業者等の営業所の長に対し、非課税口座開設届出書の提出をすることができることとする等の措置が講じられました。

９

障害者等に対する少額貯蓄非課税制度等について、次の措置が講じられました。
⑴ 労働者災害補償保険法の複数事業労働者傷病年金を受けている者、複数事業労働者障害年金を受けている者及び複数事業労働者遺族年金を受けている遺族（妻に限ります。
）である者が障害者等に対する少額貯蓄非課税制度等の対象者に加えられました。
 この改正は、令和３年４月１日以後に提出する（特別）非課税貯蓄申告書について適用されます。
⑵（特別）非課税貯蓄申告書又は（特別）非課税貯蓄限度額変更申告書の提出をする者がその氏名等を金融機関の営業所等の長に告知をする場合において、これらの申告書へその告知をした事項につき確認した旨のその金融機関の営業所等の長の証印を要しないこととし、その告知をした事項につき確認を受けなければならないこととされました。
 この改正は、令和３年４月１日以後に提出するこれらの申告書について適用されます。
 なお、令和３年４月１日前においても、運用上、証印がなくとも改めて求めないこととしています。

10 勤労者財産形成住宅（年金）貯蓄非課税制度について、次の措置が講じられました。
この改正は、令和３年４月１日以後に提出する書類について適用されます。
⑴ 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書を提出した個人につき、その申告書に記載した勤務先（以下「前の勤務先」といいます。
）からその「前の勤務先」以外の勤務先（以下「他の勤務先」といいます。
）への異動があり、かつ、次に掲げる場合に該当する場合には、その個人による財産形成非課税住宅（年金）貯蓄の勤務先異動申告書の提出に代えて、その「他の勤務先」の長が、その勤務先異動申告書と同様の事項を記載した書類を、金融機関の営業所等を経由して所轄税務署長に提出することができることとされました。この場
合において、その個人は、その勤務先異動申告書を提出したものとみなされます。
イ その異動に係る「他の勤務先」が、「前の勤務先」に係る賃金の支払者の国内における事務所等である場合
ロ イに掲げる場合以外の場合であって、その異動が出向その他の「前の勤務先」の賃金の支払者に係る勤労者に該当しないこととなる異動を命じられたことによるもの又は「前の勤務先」の事業の譲渡によるものであるとき（その個人から財産形成住宅（年金）貯蓄に関する情報のその「他の勤務先」への提供依頼等があった場合に限ります。
）⑵ 財産形成非課税住宅（年金）貯蓄申告書を提出した個人につき、その申告書に記載した賃金の支払者等の名称又は所在地の変更があった場合その他一定の場合には、その個人による財産形成非課税住宅（年金）貯蓄に関する異動申告書の提出に代えて、その個人の勤務先の長が、その異動申告書と同様の事項を記載した書類を金融機関の営業所等を経由して所轄税務署長に提出することができるという現行の取扱いを法令に規定することとされました。

−6−

11 割引債の差益金額に係る源泉徴収等の特例について、支払を受ける割引債の償還金につき所得税の納税義務者となる内国法人の範囲に、敷地分割組合が加えられました。
この改正は、マンションの管理の適正化の推進に関する法律及びマンションの建替え等の円滑化に関する法律の一部を改正する法律の施行の日以後に支払うべき割引債の償還金について適用されます。
12 特定寄附信託の利子所得の非課税措置について、特定寄附信託申告書、特定寄附信託契約の契約書の写し及び特定寄附信託異動申告書は、特定寄附信託の受託者の営業所等を経由して、その特定寄附信託の受託者の営業所等の所在地の所轄税務署長（改正前：その申告書の提出をする居住者の住所地の所轄税務署長）に提出しなければならないこととされました。
この改正は、令和３年４月 1 日以後に提出する申告書等について適用されます。
13 特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例について、居住者等の源泉徴収選択口座を開設している金融商品取引業者等は、その源泉徴収選択口座においてその年中に行われた対象譲渡等につき金融商品取引法の投資一任契約に係る一定の費用の金額がある場合には、その居住者等に対し、その費用の金額（その金額がその源泉徴収選択口座においてその年最後に行われた対象譲渡等に係る源泉徴収口座内通算所得金額を超える場合には、その超える部分の金額を控除した金額）の 15％相当額の所得税を還付しなければならないこととされました。
この改正は、令和４年１月１日以後に行われる対象譲渡等について適用されます。
14 外国組合員に対する課税の特例について、次の措置が講じられました。
⑴ 投資組合財産に対する持分割合は、特定組合契約（特例適用投資組合契約を直接に締結している組合に係る組合契約をいい、次に掲げる要件を満たすものに限ります。
）に係る組合財産として投資組合財産に対する持分を有する者（その特例適用投資組合契約を締結している外国組合員及びその外国組合員と特殊の関係のある者（以下「外国組合員等」といいます。
）を除きます。
）のその特定組合契約に係る組合財産に係る持分割合を除外して計算した割合とすることとされました。
イ その特定組合契約に係る組合財産に対するその外国組合員等（その特定組合契約を直接に締結している組合に係る組合契約に係る組合財産に対するその外国組合員等の持分割合が 25％以上である等の場合には、その組合契約に係る組合財産に対する持分を有する者（その外国組合員等を除きます。
）を含みます。
）の持分割合の合計が 25％未満であること。
ロ その特定組合契約に係る組合財産としてその投資組合財産に対する持分を有する者がその特例適用投資組合契約に基づいて行う事業に係る重要な業務の執行に関する行為を行わないこと。
 この改正は、非居住者が令和３年４月１日以後に有することとなるその非居住者に係る国内源泉所得又は外国法人が令和３年４月１日以後に支払を受けるべきその外国法人に係る国内源泉所得について適用されます。
⑵ 特例適用申告書及びその添付書類を５年ごとに提出しなければならないこととされました。
（注）
 令和３年４月１日前に提出された特例適用申告書は、令和３年４月１日において提出された特例適用申告書とみなされます。

−7−

15 外国金融機関等の店頭デリバティブ取引の証拠金に係る利子の課税の特例について、適用期限が令和６年３月３１日（改正前：令和３年３月３１日）まで延長されました。
16 外国金融機関等の債券現先取引等に係る利子の課税の特例について、特定外国法人が特定金融機関等との間で行う債券現先取引に係る利子の非課税措置の適用期限が令和５年３月３１日（改正前：令和３年３月３１日）まで延長されました。
17 スキャナ保存が行われた国税関係書類に係る電磁的記録に記録された事項に関し期限後納付等があった場合において、その税額の計算の基礎となるべき事実を隠蔽し、又は仮装していたところに基づきその期限後納付等をしていたときの重加算税の額については、通常課される重加算税の額にその期限後納付等に係る重加算税の額の計算の基礎となるべき税額（その電磁的記録に記録された事項に係る事実に基づく税額に限ります。
）の 100 分の 10 に相当する金額を加算した金額とされました。
この改正は、令和４年１月１日以後に法定納期限等が到来する国税について適用されます。

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【掲載場所】
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