事 務 連 絡
令和３年９月１７日
各都道府県
財政担当課
市町村担当課
地方創生担当課

御中

新型コロナウイルス感染症対策担当課
内 閣 府 地 方 創 生 推 進 室
内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室

新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金の取扱いについて

新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金（以下「臨時交付金」という。）の協力要請推進枠について、まん延防止等重点措置地域（まん延防止等重点措置区域のうち新型インフルエンザ等特別措置法（平成 24 年法律第 31 号）第 31 条の６第１項に基づき都道府県知事が定める区域）等における協力金の取扱いを変更したこと等に伴い、新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金制度要綱（令和２年５月１日付通知。以下「制度要綱」という。）を改正するとともに、その運用について、下記のとおり定めたので、お知らせします。各地方公共団体におかれましては、関係部局間で十分連携の上、本事務連絡の記載事項に留意して運用されるようお願いします。
都道府県におかれましては、貴管内市町村へもこの旨周知されますようよろしくお願いします。
記１

国の補助事業等の地方負担分について（制度要綱別紙１の１関係）
令和３年８月 27 日付で令和３年度一般会計新型コロナウイルス感染症対策予備費（以下「８月 27 日付予備費」という。）の使用が閣議決定され、当該予備費により実施される後期高齢者医療給付費負担金等の地方負担額についても、臨時交付金における交付限度額の算定対象となる旨、「令和３年度一般会計新型コロナウイルス感染症対策予備費の使用に伴う地方負担への新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金の取扱いについて」（令和３年８月 27 日付事務連絡。以下「令和３年８月 27 日付事務連絡」という。）においてお知らせしたところです。
令和３年度に通知される国庫補助事業等の地方負担額を基礎として算定する分における交付限度額について、「令和３年度における新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金の取扱について」（令和３年４月１日付事務連絡）においてお知らせしているところですが、令和３年８月 27 日付事務連絡を踏まえ、交付限度額の算式は以下の通りとします。以下の算式中別表１及び別表２は、「令和２年度第３次補1

正予算の成立を踏まえた新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金の取扱について」（令和３年２月２日付事務連絡）のものから変更ありません。
国の令和２年度補正予算（第１号、特第１号、第２号又は特第２号）、令和２年度補正予算（第３号又は特第３号。感染拡大防止策に係る事業又はポストコロナに向けた経済構造の転換・好循環の実現に係る事業（専ら× 算定率投資的経費に充当される事業を除く。）に限る。）、令和元年度予備費第１弾・第２弾（地方公共団体の令和２年度予算に計上されたものに限る。）、令和２年度予備費（新型コロナウイルス感染症対策に係るものに限る。）
及び令和３年度予備費（新型コロナウイルス感染症対策に係るものに限る。）により実施する別表１及び別表２の国庫補助事業等の地方負担額の合計額※算定率
感染拡大防止策や医療提供体制の整備に関する別表１の事業・・・・1.0
雇用維持・継続事業や、経済活動の回復、強靱な経済構造の構築、ポストコロナに向けた経済構造の転換・好循環の実現に関する別表２の事業・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・0.8
なお、８月 27 日付予備費により増額措置された国庫補助事業等は、厚生労働省所管の精神障害者医療保護入院費補助金、精神障害者措置入院費負担金、後期高齢者医療給付費等負担金、国民健康保険療養給付費等負担金及び国民健康保険財政調整交付金です。
２

協力要請推進枠交付金分について（制度要綱別紙１の４関係）
令和３年９月９日付基本的対処方針の三の（３）８）及び９）において、「感染が下降傾向にある場合には、地域の感染状況等に応じ、都道府県知事の判断で、第三者認証制度の適用等の一定の要件（別途通知）を満たした店舗において 19 時半まで酒類を提供できることとする（また、第三者認証制度の実施の状況、地域の感染状況等を踏まえ、都道府県知事の判断によっては、21 時までの営業（酒類提供は 20 時まで）も可能とする。）なお、都道府県は、実効性ある第三者認証制度の普及と適用店舗拡大に努めること。」とされました。これに伴い「新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金における「協力要請推進枠」の取扱いの変更等についての補足等（規模別協力金等）」（令和３年９月９日付事務連絡）を通知したことを踏まえ、制度要綱を改正しました。
なお、９月 13 日以降のまん延防止等重点措置地域における要請内容、協力金及び第三者認証店の関係は、別紙の通りです。
＜関係資料一覧＞

2

別紙
別表１
別表２
別添

９月 13 日からの要請・支援策について交付限度額の算定対象となる国庫補助事業（算定率 1.0）
交付限度額の算定対象となる国庫補助事業（算定率 0.8）
新型コロナウイルス感染症対応地方創生臨時交付金制度要綱（改正後）【照会先】⑴ 協力金について
内閣官房新型コロナウイルス感染症対策推進室
企画調整担当髙橋・徳永・藤代・岡田・矢部
西中・寺井・服部・鈴木・小林
直通
03（6257）3086⑵ 臨時交付金全般について
内閣府地方創生推進室
臨時交付金担当 畑・中山・上坂・大矢・須田・福田
直通
03（5501）1752

3

緊急事態
措置区域

見直し前

見直し後

（～9/12）（9/13～）

２０時までの時短要請・酒類禁止
協力金：４～１０万円／日等

同左

別紙

感染が下降傾向にある場合、【認証店】①２０時までの時短要請・酒類禁止（又は１９時半まで可）
２０時までの時短要請・酒類禁止（感染が下降傾向である場合、都道府県知事の判断
協力金：３～１０万円／日等により、認証店等（注１）は１９時まで酒類提供可）

重点措置
地域

協力金：３～１０万円／日等②２１時までの時短要請・酒提供可（２０時まで）
協力金：２．５～７．５万円／日等（注１） 「アクリル板等の設置（座席の間隔の確保）」、「手指消毒の徹底」、「食事中以外のマスク着用の推奨」、「換気の徹底」、「同一グループ等の入店は、原則4人以内とすること」の各項目（令和3年6月17日付事務連絡）を満たしている店舗

２１時までの時短要請
その他区域 協力金：２．５～７．５万円／日等※都道府県判
断で実施

ただし、第三者認証制度の実施の状況、地域の感染状況等を踏まえた知事の判断により、以下も選択可

２１時より遅い時短要請
協力金：２万円／日【非認証店】２０時までの時短要請・酒類禁止
協力金：３～１０万円／日等
２１時までの時短要請
同左
２１時より遅い時短要請
廃止

別表 １
別表１ (交付限度額の算定対象となる国庫補助事業（算定率１.０））
（い）

（ろ）

対象事業

対象事業を所管する大臣

子どものための教育・保育給付交付金

内閣総理大臣子ども・子育て支援交付金（放課後児童クラブ等におけるＩＣＴ化推進事業を除く）

内閣総理大臣都道府県警察費補助金

内閣総理大臣緊急消防援助隊設備整備費補助金

総務大臣

公立学校施設整備費負担金（公立特別支援学校施設整備費に限る）

文部科学大臣学校施設環境改善交付金（公立学校施設の衛生環境の改善及び安全で安心にスポーツができる体育館・ 文部科学大臣
武道場の施設整備に係るものに限る）義務教育費国庫負担金

文部科学大臣教育支援体制整備事業費補助金（補習等のための指導員等派遣事業（学力向上を目的とした学校教育活動の支 文部科学大臣
援及びスクール・サポート・スタッフの配置に限る）に限る）
教育支援体制整備事業費交付金（幼稚園の感染症対策支援に限る）

文部科学大臣学校保健特別対策事業費補助金（感染症対策のためのマスク等購入支援事業、特別支援学校スクールバス感染
文部科学大臣症対策支援事業、学校再開に伴う感染症対策・学習保障等に係る支援事業及び感染症対策等の学校教育活動継続支援事業に限る）
学校臨時休業対策費補助金

文部科学大臣私立高等学校等経常費助成費補助金（教育改革推進特別経費（教育の質の向上を図る学校推進経費（私立高等学校 文部科学大臣等への学校再開等支援に限る）に限る）に限る）
医療提供体制推進事業費補助金(看護師養成所等における実習補完事業に限る）

厚生労働大臣疾病予防対策事業費等補助金（マイナンバー情報連携体制整備事業及び新型コロナウイルス感染症の流行下 厚生労働大臣
における一定の高齢者等への検査助成事業に限る）
保健衛生施設等施設整備費補助金

厚生労働大臣感染症予防事業費等負担金

厚生労働大臣

感染症医療費負担金

厚生労働大臣保育対策事業費補助金
厚生労働大臣（保育環境改善等事業のうち新型コロナウイルス感染症対策支援事業に限る）
児童福祉事業対策費等補助金（感染防止に配慮した児童虐待・DV等相談支援体制強化事業、児童の安全確認
厚生労働大臣等のための体制強化事業、新型コロナウイルスの感染拡大防止を図る事業及び児童養護施設等の感染防止対策のための相談・支援事業に限る）
児童保護医療費負担金

厚生労働大臣母子家庭等対策費補助金（感染防止に配慮したひとり親家庭等相談支援体制強化事業及びひとり親家庭
厚生労働大臣等生活向上事業（子どもの生活・学習支援事業のうち新型コロナウイルスの感染拡大防止対策を目的として実施するものに限る）に限る）
次世代育成支援対策施設整備交付金

厚生労働大臣母子保健衛生費補助金（新型コロナウイルス感染症の流行下における妊産婦総合対策事業（オンラインによる保健指導等及び育児等支援サービスのうち令和２年度第二次補正予算分に限る）、乳幼児健康診査個別実施支援事業、新型コロナウイルス感染症の 厚生労働大臣
流行下における妊産婦総合対策事業（令和２年度第三次補正予算分に限る）、
幼児健康診査個別実施支援事業及び産後ケア事業を行う施設における感染拡大防止対策事業に限る）
障害者総合支援事業費補助金（障害福祉サービス等の衛生管理体制確保支援等事業、障害福祉サービス等事業者に対するサービス継続支援事業、在宅障害者等に対する安否確認等支援事
業、特別支援学校等の臨時休業に伴う放課後等デイサービス支援事業、就労系
厚生労働大臣障害福祉サービス等の機能強化事業、新型コロナウイルス感染拡大に伴う地域活動支援センターや日中一時支援事業の受け入れ体制強化等、障害者就業・生活支援センター事業機能強化事業及び新型コロナウイルス感染拡大に伴う訪問入浴サービス等体制強化事業に限る）
社会福祉施設等施設整備費補助金（障害者支援施設等の多床室の個室化に要する改修事業及び障害者支援施設等 厚生労働大臣における個室化改修等支援事業に限る）
障害児入所給付費等負担金（特別支援学校等の臨時休業に伴う放課後等デイサービスへの支援等事業に限 厚生労働大臣
る）
精神保健対策費補助金（新型コロナウイルス感染症に対応した心のケア支援事業に限る）

厚生労働大臣

精神障害者医療保護入院費補助金

厚生労働大臣

精神障害者措置入院費負担金

厚生労働大臣医療扶助費等負担金

厚生労働大臣

介護保険事業費補助金（新型コロナウイルス感染症に係る介護サービス事業所等に対するサービス継 厚生労働大臣
続支援事業に限る）
障害児入所医療費等負担金

厚生労働大臣

障害者医療費負担金

厚生労働大臣後期高齢者医療給費等負担金（後期高齢者医療給費負担金及び高額医療費等負担金に限る）
国民健康保険療養給付費等負担金（保険基盤安定等負担金（高額医療費負担金に限る）に限る）
国民健康保険財政調整交付金（同交付金に対応する都道府県繰入金分に限る）

厚生労働大臣厚生労働大臣厚生労働大臣別表 ２
別表２ (交付限度額の算定対象となる国庫補助事業（算定率０.８））
（い）

（ろ）

対象事業

対象事業を所管する大臣

沖縄振興特定事業推進費補助金

内閣総理大臣地域女性活躍推進交付金

内閣総理大臣地方創生テレワーク推進交付金

内閣総理大臣子ども・子育て支援交付金（放課後児童クラブ等におけるＩＣＴ化推進事業に限る）

内閣総理大臣地域少子化対策重点推進交付金

内閣総理大臣

特定有人国境離島地域社会維持推進交付金

内閣総理大臣地域就職氷河期世代支援加速化交付金

内閣総理大臣地域子供の未来応援交付金

内閣総理大臣地方消費者行政強化交付金

内閣総理大臣無線システム普及支援事業費等補助金（高度無線環境整備推進事業に限る）

総務大臣

情報通信技術利活用事業費補助金（データ連携促進型スマートシティ推進事業に限る）

総務大臣

外国人受入環境整備交付金

法務大臣

教育支援体制整備事業費交付金（幼稚園のICT環境整備支援に限る）

文部科学大臣公立学校情報通信ネットワーク環境施設整備費補助金

文部科学大臣公立学校情報機器整備費補助金（学校からの遠隔学習機能の強化事業及びGIGAスクールサポーター配置支援事 文部科学大臣
業に限る）
私立高等学校等経常費助成費補助金（授業料減免事業等支援特別経費（家計急変世帯への授業料減免支援に限る） 文部科学大臣に限る）
地方スポーツ振興費補助金（スポーツによる地域活性化推進事業（地域スポーツコミッションの活動再開 文部科学大臣支援事業に限る）に限る）
文化芸術振興費補助金（文化施設の感染症防止対策事業、文化施設の感染拡大予防・活動支援環境整
文部科学大臣
備事業、劇場・音楽堂等の子供鑑賞体験支援事業及び文化資源活用推進事業に限る）
疾病予防対策事業費等補助金（健（検）診結果の利活用に向けた情報標準化整備事業に限る）

厚生労働大臣保育対策事業費補助金（保育士修学資金貸付等事業、保育所等改修費等支援事業及び保育所等業務効率化推進事業（保育所等におけるＩＣＴ化推進等事業）に限る）

厚生労働大臣

子育て支援対策臨時特例交付金（不妊に悩む方への特定治療支援事業に限る）

厚生労働大臣地域自殺対策強化交付金（地域自殺対策強化事業のうち新型コロナウイルス感染症に対応した対面相談 厚生労働大臣
事業、電話相談事業、SNS相談事業及び深夜電話相談強化事業に限る）
生活困窮者自立相談支援事業費等負担金
厚生労働大臣（住居確保給付金に限る）
生活困窮者就労準備支援事業費等補助金（自立相談支援機関等の強化事業、感染症拡大に伴う面接相談等体制強化事
業、居宅生活移行緊急支援事業及び介護福祉士修学資金等貸付事業に限る）

厚生労働大臣障害者総合支援事業費補助金（障害福祉サービスにおけるテレワーク等導入支援事業、障害福祉分野のICT 厚生労働大臣
導入モデル事業及び障害福祉分野のロボット等導入支援事業に限る）
介護保険事業費補助金（通いの場の活動自粛下における介護予防のための広報支援事業及び介護報酬厚生労働大臣
改定等に伴うシステム改修事業（市町村実施分（特定個人情報データ標準レイアウト改版分））に限る）
職業能力開発校設備整備費等補助金

厚生労働大臣新型コロナウイルス感染症セーフティネット強化交付金

厚生労働大臣

雇用開発支援事業費等補助金（地域活性化雇用創造プロジェクト（地域雇用再生コース）に限る）

厚生労働大臣児童福祉事業対策費等補助金（虐待防止のための情報共有システム構築事業、児童相談所等におけるＩＣＴ
厚生労働大臣化推進事業、児童養護施設等における業務負担軽減等のためのＩＣＴ化推進事
業及び児童養護施設退所者等に対する自立支援資金貸付事業に限る）
６次産業化市場規模拡大対策整備交付金（輸出先国の市場変化に対応した食品等の製造施設整備の緊急支援事業、大径農林水産大臣
原木加工施設整備緊急対策及びコメ・コメ加工品輸出拡大緊急対策整備事業に限る）
農業・食品産業強化対策整備交付金
農林水産大臣（国産農畜産物供給力強靱化対策に限る）
担い手育成・確保等対策地方公共団体事業費補助金（農業労働力確保緊急支援事業のうち農業機械等導入事業及び担い手確保・経 農林水産大臣
営強化支援事業費に限る）
国産農産物生産・供給体制強化対策地方公共団体事業費補助金（麦・大豆収益性・生産性向上プロジェクトのうち水田麦・大豆産地生産性向 農林水産大臣
上事業に限る）
中小企業経営支援等対策費補助金（地域企業再起支援事業費に限る）

経済産業大臣奄美群島振興交付金

国土交通大臣

小笠原諸島振興開発費補助金

国土交通大臣

訪日外国人旅行者周遊促進事業費補助金

国土交通大臣

訪日外国人旅行者受入環境整備緊急対策事業費補助金

国土交通大臣二酸化炭素排出抑制対策事業費等補助金（再エネの最大限の導入の計画づくり及び地域人材の育成を通じた持続可能で環境大臣
レジリエントな地域社会実現支援事業のうち官民連携で行う地域に裨益する再生可能エネルギーに関する事業の実施・運営体制を構築する事業に限る）