京都大学生態学研究センター

業績目録

Publication List
Center for Ecological Research, Kyoto University

第 29 巻 （2019 年）
2020（令和 2）年 3 月
Volume 29（2019）
March，2020

京都大学

生態学研究センター・業績目録

第29巻

京都大学生態学研究センター〒520-2113 滋賀県大津市平野2丁目509-3
Tel : (077) 549-8200（代表）
Fax : (077) 549-8201
センター長

中野伸一

Center for Ecological Research,
Kyoto University
2-509-3 Hirano, Otsu, Shiga,
520-2113, Japan
Home page: http://www.ecology.kyoto-u.ac.jp

はじめに生態学研究センター・業績目録 第29巻をお届け致します。2019年度における生態学研究センターのスタ
ッフ、研究員、研修員、大学院生、研究生、および協力研究員の研究成果のリスト、ならびに共同利用・共同研究拠点としての活動状況の概要をまとめたものです。
生態学研究センター（以下、生態研）は「生態学の基礎研究の推進と生態学関連の国際共同研究の推進」
を目的に、1991年度に全国共同利用施設として設置されました。その後、2001年度からは第二期生態学研究センターとなり、2010年度には「共同利用・共同研究拠点」として文科省の認定を受け、2016年度からは文科省により同拠点の継続を認定されています。2018年度、我々の拠点は文科省による中間評価を受け、評価
結果「A」と高い評価を受けました。さらに、京都大学が生態研に対して課していた時限が2016年度より撤廃され、より自律的な運営を行っております。
生態研は、先端研究拠点事業、環境省地球環境研究推進費、CREST、最先端・次世代研究開発支援プログ
ラムなどの大型プロジェクトも進め、数多くの重要な研究成果を上げてきただけでなく、西太平洋アジア生
物多様性研究ネットワーク（DIWPA）活動を通じて国際的な生物多様性研究の促進にも貢献しています。さらに、理学研究科の大学院教育を通じた教育活動も行ってきました。
生態研は、生物間相互作用から生まれる多様性創出のメカニズム、群集構造の解明、さらに物質循環プロセスから生じる生態系サービスを保全するための理論を構築することを目指しています。私達は、このような研究が、生物多様性を保全する意義を明確にし、人間と自然の持続的な共生を達成するために必要不可欠なものと考えています。皆様におかれましては、今後ともご支援とご指導、ご鞭撻を賜りますよう、よろし
くお願い申し上げます。
2020年3月
京都大学生態学研究センター長 中野伸一

1

目

次

活動報告 .......................................................................................................................................................................... 3
プロジェクト ................................................................................................................................................................

8

著作リストの収録内容 ................................................................................................................................................ 14
A. Faculty

教員 ............................................................................................................................................................ 15

B. Graduate Students and Research Fellows
C. Collaborative Researchers
D. Affiliated Scientists

研究員・研修員 ・大学院生・研究生 ............................................ 23

連携教員・連携研究員 .............................................................................................. 26

協力研究員 ............................................................................................................................. 28

生態研セミナー ............................................................................................................................................................ 33
共同利用・共同研究拠点事業

共同研究b採択一覧 ............................................................................................ 36

調査船「はす」「ElodeaⅡ」運航及び利用実績表 ................................................................................................... 39

2

活動報告
生態学研究センターでは、2019年度に次のような共同利用事業およびセンター運営の活動を行いました。

１．プロジェクト
2019年度にセンターが行ったプロジェクトは53件であった（本号8-13ページ）。大型共同研究としては、連携機関である総合地球環境学研究所（地球研）との共同企画プロジェクト「生物多様性が駆動する栄養循環と流域
圏社会−生態システムの健全性」（研究代表者：奥田 昇）が進められた。これらのほか、科学研究費助成事業
による研究（43件）などが進められた。
２ ． DIWPA の 活 動
DIWPAは、ニュースレターNo.41を2019年8月に、No.42を2020年3月に、計二号を発行した。また、2019年8月28日から30日にかけてインドネシアのボゴールにて行われた The International Conference on Tropical
Limnology 2019 (Troplimno 2019)に先立って、8月27日にDIWPA International Field Biology Courseとしてワークショップを行った。インドネシア国内外より23名の研究者が参加し、盛況のうちに終えた。生態学研究セン
ターからは中野と宇野が指導者として出席した。さらに、11月11日に京都大学で行われたシンポジウム 「マクロ生物学百花繚乱〜世界一周」（Symposium of Integrative Biology II: World Tour）には、香港大学より研究員を招聘し、発表する機会を設けることができた。

３．協力研究員センターとしての研究活動をより推進するために、学内外の研究者に協力研究員を委嘱している（任期2年間）。2019年度は42名が任命されていた（センターニュースNo.144にリスト、No.145に追加リスト）。

４．研究会など公募型共同利用・共同研究拠点事業
京都大学生態学研究センターは、設立以来、生態学に関する共同研究を推進する全国共同利用施設として機能してきたが 、2010年度4月より、「生態学・生物多様性科学における共同利用・共同研究拠点」として新たに発足した。この拠点始動にともない、これまでの「共同利用事業」を「共同利用・共同研究拠点事業」と改めた。これは、生態学の基礎研究の推進と生態学関連の共同研究の推進を目的として、本センター以外の機関に所属する教員または研究者と本センターの教員とが協力して行う共同研究を公募するものである。公募
内容は、共同研究a、研究集会、ワークショップである。
センターでは2019年度に9件の共同研究a、2件の研究集会、3件のワークショップを行った。

共 同 研 究 a：1)

「大村湾における貧酸素水塊の発達とクラゲ類との関係の解明」
代表者：高巣裕之（長崎大学大学院・水産・環境科学総合研究科）（センターニュースNo.146に掲載予定）

2)「野外で生育する異質倍数体植物の遺伝子発現パターンと表現型のモデリング」
代表者：清水（稲継）理恵（Evolutionary and Ecological Genomics, Department of Evolutionary Biology andEnvironmental Studies, University of Zurich）（センターニュースNo.146に掲載予定）

3)「植物における環境応答の持続性の分子生物学的解析」
代表者：荒木希和子（立命館大学・生命科学部）（センターニュースNo.146に掲載予定）

4)「隣接森林流域間における渓流水硝酸態窒素濃度を規定する要因の比較」
代表者：勝山正則（京都府立大学大学院・生命環境科学研究科）（センターニュースNo.146に掲載予定）

3

5)「硝酸イオンの高精度同位体測定手法を用いた沿岸海域の生物生産・物質循環研究」
代表者：富永修（福井県立大学・海洋生物資源学部）（センターニュースNo.146に掲載予定）

6)「サイカチマメゾウムシのEST-SSRマーカーを利用した父性解析及び地域個体群遺伝組成の解明」
代表者：伊藤元己（東京大学大学院・総合文化研究科）（センターニュースNo.146に掲載予定）

7)「ナベクラザゼンソウを始めとするサトイモ科植物の送粉生態の解明」
代表者：髙野宏平（長野県環境保全研究所・自然環境部）（センターニュースNo.146に掲載予定）

8) 「Development of Acoustic Tomography for Continuous Monitoring of Cyanobacterial Blooms and Lake Currents.」
代表者： John C. Wells（立命館大学・理工学部）（センターニュースNo.146に掲載予定）

9)「The adaptive significance of circadian gating in naturally occurring plant populations」
代表者：Antony Dodd（Biological Sciences, Univrersity of Bristol）（センターニュースNo.146に掲載予定）

研究集会：
1)

「植物に対する環境ストレスの影響 ‒ 植物生態系の機能と生物多様性の保全を目指して -」（センターニュースNo.145に掲載）
代表者：伊豆田猛（東京農工大学大学院・農学研究院）
実施期日（場所）：2019年9月26日（京都大学理学部セミナーハウス）
講師：7名
参加者：11名

2)「第11回生物地球化学研究会2019年度研究発表会および有明海の生態系異変に関する現地講習会」（センターニュースNo.145に掲載）
代表者：高巣裕之（長崎大学大学院・水産・環境科学総合研究科）
実施期日（場所）：2019年12月7〜8日（長崎大学環境科学部および有明海周辺地域）
講師：1名
参加者： 31名

ワークショップ：
1)「脱窒菌同位体比測定法ワークショップ 2019」（センターニュースNo.145に掲載）
代表者：木庭啓介（京都大学

生態学研究センター）

実施期日（場所）：2019年5月20〜23日（京都大学

生態学研究センター）

スタッフ：5名
参加者：6名2)「若手研究者のための夏季観測プログラム in 琵琶湖 2019」（センターニュースNo.145に掲載）
代表者：中野伸一（京都大学

生態学研究センター）

4

実施期日（場所）：2019年8月7〜13日（京都大学

生態学研究センターおよび滋賀県近江八幡市沖島）

講師：4名
TA：2名
技術職員：2名
参加者：6名3)「安定同位体生態学ワークショップ 2019」（センターニュースNo.145に掲載）
代表者：木庭啓介（京都大学生態学研究センター）
実施期日（場所）：2019年9月1〜6日（京都大学

生態学研究センター）

スタッフ：7名
参加者：15名
見学者：6名５．シンポジウム等
2019年度には、1件の国際シンポジウムを行った。
「マクロ生物学百花繚乱Ⅱ 〜世界一周〜」
世話人：宇野裕美（京都大学生態学研究センター）
実施期日（場所）：2019年11月11日（京都大学百周年時計台記念館）
2019年11月12日（京都大学芦生研究林）のべ参加人数：240名

６．生態研セミナー
このセミナーは生態学研究センターの共通セミナーとして定期的に開催。2019年度には16回開催した。毎月1回（原則として第3金曜日）、通常毎回1名ないし2名に話題を提供していただいた。会場は生態学研究センターで行った。センター外から28名の講演者があった。参加人数は各回10名から30名、延べ253名であった（本号33-35ページ）。

７．オープンキャンパス、公開授業
生態学や生態学研究センターの研究を紹介するイベントとして、オープンキャンパス2020を3月27日に京都大学
東京オフィスで、3月31日に生態学研究センターで開催を予定していたが、東京会場は新型コロナウイルスの影
響により中止となった。生態学研究センターにおいてはビデオ会議システムを使用したネット配信を行なった。
また、理学研究科生物科学専攻と共同で行う予定だった生物系合同入試説明会も中止となった。
一般公開「学校で習わない生き物の不思議」を10月19日に生態研において行った（44名参加）。
他に、高校生および中学生対象の講義を7回行った（詳細はセンターニュースNo.146に掲載予定）。

８．ニュースレターの発行
センターの活動を全国の生態学に興味を持たれている方々に知っていただくため、ニュースレターを発行した。2019年度は第144号（7月31日）、第145号（1月31日）を発行した。現在、個人257件、機関275件、計532件に送付されている。ニュースレターでは、生態学研究センターの活動のみならず、広く生態学一般の情報を提供している。

5

９．共同利用施設の使用状況
1)

大 型 分 析 機 器 ：安定同位体関係では、2019年度は、2009年度導入の炭素・窒素同位体比オンライン自動分析装置（元素分析計）、酸素・水素同位体比オンライン自動分析装置（熱分解型元素分析計）、
GC/C（ガスクロ燃焼装置付き前処理装置）、LC/C（高速液体クロマトグラフ付き前処理装置）を装備
した安定同位体比質量分析計DELTA V Plus、2013年度導入のPreCon-GasBench II（自動濃縮装置付き気体導入インターフェイス）、元素分析計、GC/C を装備した安定同位体比質量分析計DELTA V Advantageの計2台がフル稼働していた。2019年度に おける利用日数はDELTA V Plus、DELTA V Advantageそれぞれ、
160日、141日であった。利用延べ人数は、それぞれ307人、277人で、このうち219人、181人が学内・学外からの共同利用・共同研究であった。
2019年度の「安定同位体生態学」に関する共同利用者及び共同研究者の所属機関・部局は、学内では理学研究科、農学研究科、フィールド科学教育研究センター、地球環境学堂、情報学研究科、学外では、
北海道大学、横浜国立大学、福井県立大学、滋賀県立大学、近畿大学、関西学院大学、滋賀県琵琶湖環
境科学研究センター、（地独）大阪府立環境農林水産総合研究所、やまねミュージアムなどであった。
2019年度も前年度に引き続き「安定同位体生態学ワークショップ」を開催した。本ワークショップは、安定同位体生態学に関する意見交換および初心者に対する講習を行うことで、共同利用・共同研究拠点としての機能を果たすことを目的としている。また、安定同位体メーリングリストを主催し、利用に関するスケジュール調整を行なうほか、研究情報の交換も行なっている。さらに、新しい利用者に情報提供するために、安定同位体生態学共同研究・安定同位体比質量分析計共同利用に関するホームページを設けて、情報発信を行なっている。ホームページアドレスは、http://www.ecology.kyoto-u.ac.jp/~cermass/ である。
分子解析関係の DNA 分析システムは、PCR、リアルタイム PCR（遺伝子発現定量装置）、DNA シーケ
ンサー、次世代シーケンサー、フローサイトメーターから構成されている。2019年度における、これらの機器の利用人数は57名で、うち5名が学外からの共同利用であった。あわせて延べ 1674人日の利用があった。

2)

シ ン バ イ オ ト ロ ン ：シンバイオトロンは、物理・化学・生物的複合環境を人為的に制御できる大型実験設備である。本施設は、魚類などの大型水生動物の相互作用も対象とした水域研究のためのモジュール、動植物の生物間相互作用を解析する陸域研究のためのモジュールから構成される。本年度は、共生微生物が媒介する生物間相互作用、植物間コミュニケーション、植物の匂い受容機構等に関する研究を実施した。今後もシンバイオトロンの稼動状況を高めるために、内外を問わず、広く共同利用・共同研究の促進を図っていきたい。

3)実 験 圃 場 お よ び 森 林 区 （ CER の 森 ） ・ 実 験 池 ：生態学研究センターには実験圃場（実験林園を含む）、
森林区（CER の森）、実験池があり、センターのメンバーだけでなく全国共同利用施設としてセンター外の研究者・学生にも利用されている。実験圃場、実験林園と実験池では操作実験等が、CER の森ではできるだけ自然のままの状態での生物観察が行われている。2019年度は、8件の共同利用を受け入れ、センター外の利用者は20名、のべ利用日数は10624人日であった（センター構成員の利用をのぞく）。

4)

琵琶湖調査船「はす」：高速調査船「はす」（全長12.5m、総トン数8.5トン、巡航速度20ノット）は、琵琶湖における調査・実習に関わる全国共同利用に広く活用されている。主な航海・観測機器として、
DGPS、レーダー、オートパイロット、魚群探知機、真風向風速計、流向流速計、ジャイロコンパス、
デジタル水温計、航法インターフェイス、ダビットウィンチ、アーマードケーブルを備え、CTD観測（SEB911、RINKO-Profiler）、採水、採泥、プランクトン・ベントス採集など、高度な陸水観測を含む様々な調査・研究に対応している。本調査船の運航および共同利用の窓口は、技術職員と研究員の2名が担当している。「はす」を用いて実施している定期観測の結果は、長期陸水モニタリング・データベースとしてセンターHPにおいて一般公開されており、琵琶湖研究の貴重な基礎資料として活用されている。2019年度は、琵琶湖の生態系や生物多様性に関する研究、および生物地球化学的な循環に関する研究のために利用され、総運航日数は58日、延べ乗船者数は231名、延べ共同利用者数は506名、延べ研究課題数は91件であった。（本号39-40ページ）。

6

１０．運営委員会・共同利用運営委員会の開催
2019年
11月7日

共同利用運営委員会（第26回）

2020年
3月24日

運営委員会（第72回）

3月24日

共同利用運営委員会（第27回）

7プロジェクト
2019年度の、総合地球環境学研究所との共同企画プロジェクトなどと、文部科学省科学研究費などによるプロジェクトをまとめました。研究者は代表者を筆頭とし、センタースタッフは下線で示し、センタースタッ
フ以外の研究分担者については省略してあります。

奥田 昇（総合地球環境学研究所）・谷内茂雄・陀安一郎（総合地球環境学研究所）・中野伸一・
酒井章子・石田厚他
生物多様性が駆動する栄養循環と流域圏社会−生態システムの健全性
2015-2019

総合地球環境学研究所

実践プロジェクト（プログラム2）（FR5）

陀安一郎（総合地球環境学研究所）・木庭啓介他
多元素同位体・分子レベル同位体手法による生態系トレーサビリティー技術の確立
2016-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

東谷篤志（東北大学）・工藤洋他
イネ冷害におけるエピジェネティックな制御機構の解明
2018-2022

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

山路恵子（筑波大学）・石田厚他
鉱山跡地の自生植物と土着微生物を利用した新しい緑化技術の構築
2019-2023

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

石田厚
タイ低地熱帯季節林の森林タイプの成立要因と降水量シフトによる森林機能への影響評価
2016-2020

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A）海外）

髙林純示
植物間コミュニケーション現象を利用した農業生産技術の基盤形成
2018-2021

日本学術振興会

科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

東樹宏和
先端技術の融合で解き明かす地下生態系のブラックボックス
2018-2021

日本学術振興会

科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

木庭啓介
多重同位体標識窒素化合物（MILNC）による超高精度窒素循環解析
2018-2021

日本学術振興会

科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A）
）

8

石田厚
世界自然遺産の小笠原の乾性低木林樹木の乾燥耐性の解明と温暖化影響下での森林保全
2018-2022

日本学術振興会

科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

工藤洋
季節応答におけるエピジェネティックヒストン修飾の機能
2019-2021

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（A））

鵜川信（鹿児島大学）・木庭啓介他
窒素安定同位体比の変化に基づく外生菌根菌から樹木への窒素供給機能の評価手法の開発
2016-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

吉田天士（京都大学）・中野伸一他
包括的ビローム解析に基づくウイルス海洋学の創生基盤
2017-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

中野伸一
湖沼深水層に卓越する微生物の世界
2019-2021

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

大串隆之
植物と昆虫の相互作用における進化―生態ダイナミクス
2016-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

金岡雅浩（名古屋大学）・工藤洋他
異種ゲノムの重複がもたらす植物の表現型可塑性を担う発生システムの構成的理解
2016-2019

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（B）特設分野）

酒井章子
花香が明らかにする二つの異なる送粉者への特殊化：「絞り込み型」と「新規獲得型」
2016-2020

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

堅田元喜（茨城大学）・福島慶太郎他
森林源流域から進行する窒素飽和メカニズムの解明と森林炭素蓄積能力への影響評価
2017-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

根岸淳二郎（北海道大学）・宇野裕美
河川と水辺環境保全のための地下生物指標による生態系健全度・回復力評価
2018-2020

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

9松井健二（山口大学）・髙林純示
植物「嗅覚（揮発性化合物を認識し生体シグナルへと変換する過程）」の解明
2019-2022

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

宮正樹（千葉県立中央博物館）・潮雅之
多地点・高頻度環境ＤＮＡ観測に基づく魚類群集構造の変動様式と形成・維持機構の解明
2019-2022

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

森茂太（山形大学）・石田厚
芽生え〜大木への成長を牽引する個体呼吸の根系/地上配分シフト
2019-2021

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B））

嶋田正和（東京大学）・中野伸一他
マメ毒に対するマメゾウムシ類の適応分化：解毒機構と乾燥種子利用の遺伝的多様性
2017-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B）海外）

安立美奈子・石田厚他
熱帯乾燥季節林の水分ストレスと火災が炭素循環に与える影響評価と森林再生への対策
2016-2020

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（基盤研究（B）海外）

坂田剛（北里大学）・石田厚他
植物のポリアミンは光合成を促進し乾燥ストレス適応に役立っているのか
2016-2019

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

仲島義貴
水田周辺の景観診断による圃場単位の虫害予測モデルとリスクマッピング法の開発
2017-2019

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

辻祥子
乾燥地で進化してきた樹木の強い光に対する防御機構と葉の形質との関連
2018-2020

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

程木義邦
湖沼で神経毒を生産するラン藻類のモニタリングと制御に向けたゲノム基盤研究
2018-2020

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

小澤理香
チョウ目昆虫が植物の防衛機構を回避するシステムの解明
2019-2021

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

10

山内淳
単細胞生物におけるプログラム細胞死の進化に関する数理生態学的研究
2019-2021

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

槻木玲美（松山大学）・本庄三恵他
琵琶湖におけるプランクトンとウイルスの過去 100 年にわたる相互作用解明への挑戦
2017-2019

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

上船雅義（名城大学）・髙林純示・小澤理香他
ゼニゴケの植食者に対する多様な防衛能とそのメカニズムに関する研究
2018-2020

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（基盤研究（C））

長谷あきら（京都大学）・工藤洋他
植物生理学と生態学の融合による野外光応答の実態解明と原理探究
2017-2019 日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（挑戦的研究（萌芽））伊藤佑
野外の生物における季節変化に対する染色体ダイナミクスの解析
2017-2019

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（挑戦的研究（萌芽））酒井章子
新たな送粉のコスト：送粉過程で花へ感染する微生物とその繁殖への影響
2019-2020

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（挑戦的研究（萌芽））木庭啓介
核酸安定同位体生態学の創成：遺伝情報と環境情報の統合へむけて
2017-2020

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（挑戦的研究（開拓））河合清定
木材解剖学的特性にもとづく熱帯樹木の乾燥適応機構の解明
2019-2020

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（研究活動スタート支援）大西雄二
微生物における核酸の炭素・窒素安定同位体比支配要因の解明
2019-2020

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（研究活動スタート支援）

福島慶太郎
森林における植物 - 土壌系内部循環と斜面水移動の統合モデルによる窒素流出機構の解明
2017-2019

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（若手研究（B）
）

11

辻かおる
生態系における雌雄差の重要性 - 寄主の雌雄差がもたらす波及効果を解き明かす
2019-2021

日本学術振興会

科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（若手研究）

伊藤佑
自然環境下のトランスポゾンの脱抑制現象の把握とエピジェネティックな修飾動態の解析
2017-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特別研究員奨励費）

樋口裕美子
植食性昆虫オトシブミによる葉の巻き上げ行動に着目した切れ込み葉の適応進化過程
2018-2019

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特別研究員奨励費）

湯本原樹
標高適応と季節的可塑性における葉の温度適応メカニズムの解明
2019-2021

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特別研究員奨励費）

岡野淳一
造巣性トビケラにおける巣材選択多型の維持メカニズムの解明
2019-2021

日本学術振興会 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特別研究員奨励費）

北山兼弘（京都大学）・宇野裕美他
窒素とリンの非対称性による多様な熱帯降雨林生態系の形成
2019-2023 日本学術振興会 科学研究費助成事業（学術研究助成基金助成金）（国際共同研究加速基金（国際共同研究強化（Ｂ）））
工藤洋
フィールド・エピジェネティクス：環境変動下での頑健性の基盤
2015-2020

科学技術振興機構

CREST

潮雅之
野外の生物群集ネットワークを利用した植物の動態予測
2016-2019

科学技術振興機構

さきがけ

東樹宏和
頑健な植物共生システムの設計に向けた「コア共生微生物」探索技術の開発
2016-2019

科学技術振興機構

さきがけ

宇野裕美
流域生態系における回遊性甲殻類の移動とその生態系機能の評価手法開発
2019

公益財団法人リバーフロント研究所

国交省（河川生態系ネットワーク保全手法調査検討業務）

12山下洋（京都大学フィールド科学教育研究センター）・中野伸一・谷内茂雄他
森里海連環再生プログラム-Link Again Program
2018-2022

公益財団法人日本財団と京都大学森里海教育研究ユニットの共同事業

その他、企業への学術指導2件、企業との共同研究4件が進められた。

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著作リストの収録内容
1． 第29巻著作リストには生態学研究センターの構成員（教員、研究員、研修員、大学院生、研究生）および連携教員、連携研究員、協力研究員が、2019年（2019年1月1日から2019年12月31日まで）に印刷物あるいは電子出版物として発表した著作を、原則として印刷物としての発表を優先して収録します。（当センターの業績目録を「年度」ではなく、「年」で区切るのは、英文の原著論文や本の場合、出版された「月」までは記載されず、発表された年度を判別することが困難なためです。）
ただし、業績目録作成時には発表年が確定していない印刷中（in press）のもの、あるいは印刷物としての発表年が2020年以降になるものでも、電子ジャーナルに2019年に掲載が確定しているものにつきましては、電子出版物としての発表を優先します。その場合、DOI（Digital Object Identifier：電子化された著作物につけられる識別コード）をつけて2019年の業績として収録することになります。（業績の早期掲載と収録漏れを防ぐためです。DOI により文献検索が可能です。）

2． 配列は、（A）教員（B）研究員・研修員・大学院生・研究生（C）連携教員・連携研究員（D）協力研究員のそれぞれについて、名前のアルファベット順です。教員については、著作の種別（「査読付き英文論文（総説含む）」、「その他出版物（著書・日本語論文・エッセイなど）」、「講演（学会発表・アウト
リーチ活動など）」）ごとに示しています。

3． 協力研究員については、著作リストに載せる・載せないは、各研究員の自由意志とし、「載せてもよい」と判断された方の、そして判断された著作だけを収録しています。
ご協力ありがとうございました。

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A. Faculty

教員

査読付き英文論文（総説含む）

HODOKI, Yoshikuni

程木義邦（特定准教授）

Ohbayashi K, Ishikawa N, Hodoki Y, Okada Y, Nakano S, Ito M, Shimada M (2019) Rapid development andcharacterization of EST-SSR markers for the honey locust seed beetle, Megabruchidius dorsalis (Coleoptera:
Bruchidae), using de novo transcriptome analysis based on next-generation sequencing. Applied Entomology andZoology. DOI: 10.1007/s13355-019-00605-5
Mukherjee, I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano S (2019) Widespread dominance of kinetoplastids
and unexpected presence of diplonemids in deep freshwater lakes. Frontiers in Microbiology. 16 October 2019 online
first. DOI: 10.3389/fmicb.2019.02375
Hodoki Y, Koitabashi T, Goda Y, Akatsuka T, Nakano S (2019) Long-term variation in abundance of the non-native
phytoplankton Micrasterias hardyi (Zygnematophyceae, Streptophyta) in Lake Biwa, Japan. Limnology. DOI:
10.1007/s10201-019-00595-x
Kataoka T, Ohbayashi K, Kobayashi Y, Takasu H, Nakano S, Kondo R, Hodoki Y (2020) Distribution of the Harmful
Bloom-Forming Cyanobacterium, Microcystis aeruginosa, in 88 Freshwater Environments across Japan. Microbes
and Environment. DOI: 10.1264/jsme2.ME19110.
Cai J, Hodoki Y, Ushio M, Nakano S (2020) Influence of potential grazers on picocyanobacterial abundance in Lake.
Inland waters. DOI: 10.1080/20442041.2020.1711682.

ISHIDA, Atsushi

石田 厚（教授）

Kono Y, Ishida A, Saiki S-T, Yoshimura K, Yazaki K, Kimura F, Dannoura M, Aikawa S (2019) Initial hydraulic failure
followed by late-stage carbon starvation leads to drought-induced death in the tree, Trema orientalis.
Communications Biology 2: 8
Okabe T, Ishida A, Yoshimura J (2019) The unified rule of phyllotaxis explaining both spiral and non-spiral arrangements.
Journal of the Royal Society Interface 16: 20180850
Epron D, Dannnoura M, Ishida A, Kosugi Y (2019) Estimation of phloem carbon translocation belowground at stand levelin a hinoki cypress stand. Tree Physiology 39: 320-330.
Phromma I, Pagdee A, Popradit A, Ishida A, Uttaranakorn S (2019) Protected area co-management and land use conflicts
adjust to Phu Kao-Phu Phan Kham National Park, Thailand. Journal of Sustainable Forestry 38: 486-507.
Harayama H, Kitao M, Agathokleous E, Ishida A (2019) Effects of major vein blockage and aquaporin inhibition on leaf
hydraulics and stomatal conductance. Proceeding of the Royal Society B 286: 20190799
Pulungan M, Suzuki S, Gavina MK, Tubay J, Ito H, Nii M, Ichinose G, Okabe T, Ishida A, Shiyomi M, Togashi T,
Yoshimura J, Morita S (2019) Grazing enhances species diversity in grassland communities. Scientific Reports 9:
11201

KOBA,Keisuke

木庭 啓介（教授）

Isobe K, Ise Y, Kato H, Oda T, Vincenot CE, Koba K, Tateno R, Senoo K, Ohte N (2019) Consequences of microbial
diversity in forest nitrogen cycling: diverse ammonifiers and specialized ammonia oxidizers. The ISME Journal DOI:
10.1038/s41396-019-0500-2
Zhu F, Dai L, Hobbie EA, Koba K, Liu X, Gurmesa GA, Huang S, Li S, Li Y, Han S, Fang Y (2019) Uptake Patterns of
Glycine, Ammonium, and Nitrate Differ Among Four Common Tree Species of Northeast China. Frontiers in Plant
Science 10: 799. DOI: 10.3389/fpls.2019.00799.
Shinoda K, Yano M, Yoh M, Yoshida M, Makabe A, Yamagata Y, Houlton BZ, Koba K (2019) Control of the Nitrogen
Isotope Composition of the Fungal Biomass: Evidence of Microbial Nitrogen Use Efficiency. Microbes andEnvironments 34(1): 5-12.

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KUDOH, Hiroshi

工藤 洋（教授）

Honjo MN, Kudoh H (2019) Arabidopsis halleri: A perennial model system for studying population differentiation andlocal adaptation. AoB PLANTS 11(6): Plz076. DOI: 10.1093/aobpla/plz076
Mandakova T, Zozomova-Lihova J, Kudoh H, Zhao Y, Lysak MA, Marhold K (2019) The story of promiscuous crucifers:
origin and genome evolution of an invasive species. Annals of Botany 124(2): 209-220. DOI: 10.1093/aob/mcz019.
Ito T, Nishio H, Tarutani Y, Emura N, Honjo MN, Toyoda A, Fujiyama A, Kakutani T, Kudoh H (2019) Seasonal stability
and dynamics of DNA methylation in plants in a natural environment. Genes 10: 544. DOI: 10.3390/genes10070544
Nagano AJ, Kawagoe T, Sugisaka J, Honjo MN, Iwayama K, Kudoh H (2019) Annual transcriptome dynamics in naturalenvironments reveals plant seasonal adaptation. Nature Plants 5: 74-83. DOI: 10.1038/s41477-018-0338-z
Kamitani M, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H (2019) A survey on plant viruses in natural Brassicaceae communities
using RNA-Seq. Microbial Ecology 78(1): 113-121. DOI: 10.1007/s00248-018-1271-4.
Panter P, Muranaka T, Cuitun-Coronado D, Graham C, Yochikawa A, Kudoh H, Dodd A (2019) Circadian regulation of
the plant transcriptome under natural conditions. Frontiers in Genetics 10: 1239. DOI: 10.3389/fgene.2019.01239.

NAKANO, Shin-ichi

中野 伸一（教授）

Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano S (2019) Widespread dominance of kinetoplastids
and unexpected presence of diplonemids in deep freshwater lakes. Frontiers in Microbiology 10: 2375. DOI:
10.3389/fmicb.2019.02375
Okazaki Y, Nishimura Y, Yoshida T, Ogata H, Nakano S (2019) Genome-resolved viral and cellular metagenomes
revealed potential key virus-host interactions in a deep freshwater lake. Environmental Microbiology 21: 4740-4754.
DOI: 10.1111/1462-2920.14816
Hodoki Y, Koitabashi T, Goda Y, Akatsuka T, Nakano S (2019) Long-term variation in abundance of the non-native
phytoplankton Micrasterias hardyi (Zygnematophyceae, Streptophyta) in Lake Biwa, Japan. Limnology. DOI:
10.1007/s10201-019-00595-x
Ohbayashi K, Ishikawa N, Hodoki Y, Okada Y, Nakano S, Ito M, Shimada M (2019) Rapid development andcharacterization of EST-SSR markers for the honey locust seed beetle, Megabruchidius dorsalis (Coleoptera:
Bruchidae), using de novo transcriptome analysis based on next-generation sequencing. Applied Entomology andZoology 54: 141-145. DOI: 10.1007%2Fs13355-019-00605-5
Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano S, Iwasaki W (2019) Metaepigenomic analysis reveals the unexplored
diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Nature Communications 10: 159.
DOI: 10.1038/s41467-018-08103-y.
Doi H, Chang K-H, Nakano S (2019) Trophic niche breadth of pond zooplankton species using stable isotope analysis andthe relationship with the abiotic and biotic factors. Royal Society Open Science 5: 180917. DOI:
10.1098/rsos.180917

SAKAI, Shoko

酒井 章子（准教授）

Ollerton J and 74 co-authors including Sakai S as 63rd (2019) The diversity and evolution of pollination systems in large
plant clades: Apocynaceae as a case study. Annals of Botany 123: 311-325. DOI: 10.1093/aob/mcy127.
Sakai S, Kitajima K (2019) Tropical phenology: Recent advances and perspectives. Ecological Research 34: 50-54.

TAKABAYASHI, Junji髙林 純示（教授）

Abe J, Uefune M, Yoneya K, Shiojiri K, Takabayashi J (2019) Synchronous occurrences of the diamondback moth
(Lepidoptera: Plutellidae) and its parasitoid wasp Cotesia vestalis (Hymenoptera: Braconidae) in greenhouses in asatoyama area. Environmental Entomology. DOI: 10.1093/ee/nvz140
Karban R, Takabayashi J (2019) Chewing and other cues induce grass spines that protect meristems. Arthropod-plant
Interactions 13: 541-550.
Takabayashi J, Shiojiri K (2019) Multifunctionality of herbivory-induced plant volatiles in chemical communication in
tritrophic interactions. Current Opinion in Insect Science 32: 110-117.

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Steven S, Uefune M, Ozawa R, Takabayashi J, Kainoh Y (2019) Oviposition experience of parasitoid wasps with nonhost
larvae affects their olfactory and contact-behavioral responses toward host-and nonhost-infested plants. Journal ofChemical Ecology 45: 402-409.

TOJU,Hirokazu

東樹 宏和（准教授）

Toju H, Tanaka Y (2019) Consortia of anti-nematode fungi and bacteria in the rhizosphere of soybean plants attacked byroot-knot nematodes. Royal Society Open Science 6: 181693
Toju H, Kurokawa H, Kenta T (2019) Factors influencing leaf- and root-associated communities of bacteria and fungi
across 33 plant orders in a grassland. Frontiers in Microbiology 10: 241
Sato H, Toju H (2019) Timing of evolutionary innovation: scenarios of evolutionary diversification in a species-rich fungal
clade, Boletales. New Phytologist 222: 924-1935.
Toju H, Okayasu K, Notaguchi M (2019) Leaf-associated microbiomes of grafted tomato plants. Scientific Reports 9:
1787

UNO, Hiromi

宇野 裕美（特定准教授）

Uno H (2019) Migratory life cycle of Ephemerella maculata (Traver 1934) (Ephemerellidae). Aquatic Insects 40: 123136.

YAMAUCHI,Atsushi

山内 淳（教授）

Yamauchi A, Yamagishi T, Booton R, Telschow A, Kudo G (2019) Theory of coevolution of cytoplasmic male-sterility,
nuclear restorer and selfing. Journal of Theoretical Biology 477: 96–107. DOI: 10.1016/j.jtbi.2019.06.011.
van Baalen M, Yamauchi A (2019) Competition for resources may reinforce the evolution of altruism in spatiallystructured populations. Mathematical Biosciences and Engineering 16: 3694-3717. DOI: 10.3934/mbe.2019183.

＜白眉プロジェクト教員＞
USHIO, Masayuki

潮 雅之（特定准教授-白眉-）

Ushio M, Osada Y, Kumagai T, Kume T, Pungga RS, Nakashizuka T, Itioka T, Sakai S (2019) Dynamic and synergistic
influences of air temperature and rainfall on general flowering in a Bornean lowland tropical forest. EcologicalResearch. DOI: 10.1111/1440-1703.12057
Tsuji S, Miya M, Ushio M, Sato H, Minamoto T, Yamanaka H (2019) Evaluating intraspecific genetic diversity using
environmental DNA and denoising approach: A case study using tank water. Environmental DNA. DOI:
10.1002/edn3.44
Ushio M (2019) Use of a filter cartridge combined with intra-cartridge bead-beating improved detection of microbial DNA
from water samples. Methods in Ecology and Evolution 10 (8): 1142-1156.
Nakagawa M, Ushio M, Kume T, Nakashizuka T (2019) Seasonal and long-term patterns in litterfall in a Bornean tropicalrainforest. Ecological Research 34 (1): 31–39.

その他出版物（著書・日本語論文・エッセイなど）

ISHIDA, Atsushi

石田 厚（教授）

柿嶋聡, 石田厚, 吉村仁 (2019) 熱帯雨林の多種共存と動物による確率的な種子散布. 植物科学の最前線 10: 39-48
石田厚 (2019) 小笠原樹木の水の使い方と乾燥による枯死. 森林科学 86: 37-44

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SAKAI, Shoko

酒井 章子（准教授）酒井章子 (2019) 熱帯林下に艶めくタッカの謎．KOSMOS 2019/Spring: 11.

TAKABAYASHI, Junji髙林 純示（教授）髙林純示 (2019) 葉のかおりを利用する植物の防衛戦略とその害虫管理への応用の可能性（特集 香りと農業：
スマートに向かって）. Plant defense strategeis using leaf volatiles and their possibility for pest management.
Aroma Research 20: 124-129 フレグランスジャーナル社

KOBA,Keisuke

木庭 啓介（教授）木庭啓介 (2019) システムとして森林生態系を捉える. 森林生態学. 石井弘明, 徳地直子, 榎木勉, 名波哲, 廣部宗（編）. 朝倉書店. 132-139. 東京. ISBN978-4-254-47054-3

YACHI, Shigeo

谷内 茂雄（准教授）

谷内茂雄 (2019) シリーズ公開講演会 第10回「すぐそこに潜む異世界ー虫と小鳥の奇妙な生態への招待ー」開
催報告. 京都大学生態学研究センターニュース 143: 4

講演（学会発表・アウトリーチ活動など）

ISHIDA, Atsushi○：招待講演石田 厚（教授）○石田厚. 「樹木の乾燥耐性と糖シンクの役割」. 「樹木の生態に対するシンクベースの生理的機序からの探
究：現象から解析まで」. 企画者 隅田明洋, 斎藤秀之（共同研究集会）. 2019 年 9 月 20 日. 北海道大学低温科学研究所.
○石田厚. 「地球温暖化に適応した小笠原の将来像」. 「地球温暖化やエネルギー問題について学べます」. 企
画者 東京都小笠原村, 東京都. 2019 年 12 月 26 日. 東京都小笠原村役場.
前田高尚, 石田厚, Samreong PANUTHAI. 「タイの混合落葉林における Dillenia parviflora Griff.の開花時期とその決定要因」. 2019 年 3 月 15-19 日. 第 66 回日本生態学会大会. 神戸国際会議場.
松山秦, 坂田剛, 岡義尭, 鈴木拓也, 安元剛, 関川清広, 石田厚. 「小笠原樹木の乾燥適応戦略に関連した葉肉 CO2
コンダクタンスとルビスコの種特性」. 2019 年 3 月 15-19 日. 第 66 回日本生態学会大会. 神戸国際会議場.
森茂太, 黒澤陽子, 王莫非, 山路恵子, 石田厚, 吉村謙一 「系統や環境を超えた個体根系/地上呼吸配分スケーリン
グの統一性」. 2019 年 3 月 20-22 日. 第 130 回日本森林学会大会. 朱鷺メッセ.
矢崎健一, 木村芙久, 佐橋憲生, 秋庭満輝, 張春花, 小嶋美紀子, 竹林裕美子, 榊原均, 才木真太郎, 石田厚, 丸山温,
太田祐子 「南根腐病は樹木の根系よりも葉の光合成機能にダメージを与える」. 2019 年 3 月 20-22 日. 第130 回日本森林学会大会. 朱鷺メッセ.

KOBA,Keisuke

木庭 啓介（教授）〇木庭啓介. 「大学・大学院における安定同位体関連教育の現状と今後：生態学・環境科学での事例報告」. 第56 回アイソトープ・放射線研究発表会. 日本アイソトープ協会. 2019 年 7 月 4 日. 東京大学.

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KUDOH, Hiroshi

工藤 洋（教授）

西尾治幾, 永野惇, Diana Buzas, 岩山幸治, 伊藤佑, 工藤洋. 「変動環境に対して頑健に季節応答するためのヒスト
ン修飾 H3K27me3 が介在するメカニズム」. 第５１回種生物学シンポジウム. 2019 年 12 月 6 日〜8 日. シーガイア コテージ・ヒムカ.
湯本原樹, 杉阪次郎, 村中智明, 本庄三恵, 工藤洋. 「常緑性草本ハクサンハタザオにおける葉寿命および寿命決定要因の季節変化」. 第５１回種生物学シンポジウム. 2019 年 12 月 6 日〜8 日. シーガイア コテージ・ヒ
ムカ.
村中智明, 本庄三恵, 工藤洋. 「自然条件下における遺伝子発現パターンの分類」. 第５１回種生物学シンポジウ
ム. 2019 年 12 月 6 日〜8 日. シーガイア コテージ・ヒムカ.
本庄三恵, 伊藤佑, 村中智明, 西尾治幾, 榮村奈緒子, 工藤洋. 「季節プライミングは存在するのか？：植物の前歴
環境がウイルス感染に与える効果」. 第５１回種生物学シンポジウム. 2019 年 12 月 6 日〜8 日. シーガイア
コテージ・ヒムカ.
〇工藤洋. 「自然条件下における遺伝子発現とその調節機構：環境変動下に対する植物の応答」. 地球環境・食
糧・資源のための植物バイオ第 160 委員会. 2019 年 11 月 29 日. 京都リサーチパーク.
Kudoh H, Sugisaka J, Muranaka T, Ito T, Nishio H, Honjo MN. "Molecular phenology : a long-term “in natura” study of aperennial Arabidopsis on the seasonality of gene expressions and epigenetic regulation". November 18-19, 2019.
Noyori Conference Hall. Nagoya University.
Honjo MN, Emura N, Kawagoe T, Sugisaka J, Kamitani M, Nagano AJ, Kudoh H. "Transcriptome analysis revealed aseasonality of plant-virus interaction during persisten infection in a natural environment". Frontiers in plant
environmental response research. November 18-19, 2019. Noyori Conference Hall. Nagoya University.
Muranaka T, Honjo MN, Kudoh H. "In natura gene expression pattern". Frontiers in plant environmental response
research. November 18-19, 2019. Noyori Conference Hall. Nagoya University.
〇Kudoh H. "Molecular phenology and altitudinal differentiation in plants". 第 21 回日本進化学会. 2019 年 8 月 7 日〜
10 日. 北海道大学札幌キャンパス.
神谷麻梨, 永野惇, 本庄三恵, 工藤洋. "Unravelling the virus diversity and host-virus interaction in wild plants using
RNA-Seq". 第 21 回日本進化学会. 2019 年 8 月 7 日〜10 日. 北海道大学札幌キャンパス.
本庄三恵, 伊藤佑, 村中智明, 西尾治幾, 榮村奈緒子, 工藤洋. "Effect of seasonal environments on plant defense
responses to a virus infection（季節的な前歴環境が植物のウイルス抵抗性に与える効果）". 第 21 回日本進化学会. 2019 年 8 月 7 日〜10 日. 北海道大学札幌キャンパス.
荒木希和子, 安藤葉生, 永野惇, 工藤洋, 久保幹. 「コンロンソウ地下茎における遺伝子発現パターンの季節変化」. 第 83 回大会日本植物学会. 2019 年 9 月 15 日〜17 日. 東北大学川内北キャンパス.
本庄三恵, 榮村奈緒子, 川越哲博, 杉阪次郎, 神谷麻梨, 永野惇, 工藤洋. 「長期感染における植物ウイルス-ホスト
間相互作用の季節性」. 第 83 回大会日本植物学会. 2019 年 9 月 15 日〜17 日. 東北大学川内北キャンパス.

NAKANO, Shin-ichi

中野 伸一（教授）〇Nakano S. "Microbial ecology in Lake Biwa with special reference to long-term changes in water quality" .
Symposium: International Symposium on Ecological Security in Reservoirs and the Water Source Areas. Organized
by Nanyang Normal University. August 3, 2019. Nanyang Normal University, China.
〇Nakano S, Chang K-H, Doi H, Hodoki Y, Ishii N, Kawabata Z, Kobayashi Y, Manage PM, Nishibe Y, Ohbayashi K,
Okuda N. "Planktonic processes and food web structure/dynamics in shallow ponds, with special reference tocyanobacterial bloom". Symposium: 2019 Society of Wetland Scientists-Asia Chapter and Korean Wetlands Society
Joint Meeting. Organized by Ramsar Regional Center-East Asia. August 20, 2019. Suncheon National University,
Suncheon, South Korea.
〇Nakano S, Hayakawa K, Hodoki Y, Okazaki Y, Mukherjee I, Thottathil SD, Takasu H, Fujinaga S. "Microbial ecology
in Lake Biwa with special reference to long-term changes in water quality". Symposium: International conference on
tropical limnology 2019. Organized by Research Center for Limnology, LIPI. August 29, 2019.
〇中野伸一． 「湖沼・海洋における微生物ループの生態学」． 企画者：金沢大学環日本海域環境研究センター（長尾誠也）． 2019 年 11 月 7 日． 金沢大学角間キャンパス自然科学系図書館棟 G1 階 G15 会議室

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SAKAI, Shoko

酒井 章子（准教授）○Sakai S. "Forty Years of Forests in Rural Villages Revealed by Land-cover Maps and Social Surveys in Borneo". Public
seminar “Politics, power and precarity in transformations of swidden social-ecological systems and climate change inSoutheast Asia” in Kyoto Climate Science Dialogue -Production Landscapes and SDGs. May 14, 2019. Kyoto, Japan,○Sakai S. "Different pathways for specialization under pollination dilemma". New Phytologist Symposium: Interaction
networks and trait evolution. July 1-4, 2019. Zürich, Switzerland.
○Sakai S, Choy YK, Kishimoto-Yamada K, Takano KT, Ichikawa M, Saizen I, Samejima H, Kato Y, Soda R, Ushio M,
Nakashizuka Y, Itioka T. "Forty years of forests in rural villages revealed by land-cover maps and social surveys in
Borneo". The 66th meeting of Ecological Society Japan. March 16, 2019. Kobe, Japan,

TAKABAYASHI, Junji髙林 純示（教授）鎌井恵美, 小澤理香, 松井健二, 髙林純示, 山岸健三, 上船雅義. 「ナミハダニの網作製の適応的意義
孵化向上効果ー」. 2019 年 3 月 26 日. 第 63 回日本応用動物昆虫学会大会. 筑波大学.

­網による飯坂真衣, 肥塚崇男, 小澤理香, 松井健二, 髙林純示, 山岸健三, 上船雅義. 「ゼニゴケがハスモンヨトウ幼虫の発育と摂食講堂に及ぼす影響」. 第 63 回日本応用動物昆虫学会大会. 筑波大学.
〇髙林純示. 「植物間の香りコミュニケーション：葉の表面のトゲの話と匂い受容体の話」. 2019 年 9 月 8 日.
第 7 回香樹研究会. 香老舗 松榮堂.
髙林純示. 「みどりの香りがとり持つ植物たちのコミュニケーション」. 2019 年 11 月 9 日. 第 11 回京都大学生
態学研究センターシリーズ公開講演会. キャンパスプラザ京都.
〇髙林純示. 「植物だって虫に食べられてるだけじゃないー植物と虫のコニュニケーション」. 2019 年 11 月
28 日. グルタチオンネットワーク年会＆シンポジウム. 高梁市図書館.
〇髙林純示. 「植物と昆虫のコミュニケーションを解読する」. 2019 年 12 月 1 日. 国際生物学賞シンポジウム.
国立科学博物館.
〇髙林純示. 「昆虫と植物との会話を解読する」. 2019 年 12 月 16 日. 第 6 回 REC BIZ-NET 研究会 植物の”香り”コミュニケーションと農業利用­近年深刻化する高温障害への対応事例を交えてー. 龍谷大学.

TOJU, Hirokazu

東樹 宏和（准教授）〇Hirokazu Toju. "Bird's-eye views of microbe-microbe interactions for managing ecosystems". The 1st International
Symposium on Chemical Communication (ISCC2019). January 10, 2019. Hitotsubashi-kodo, Tokyo, Japan.
〇東樹宏和. 「「コア微生物」で持続可能な農業を設計する」. 先端シーズフォーラム「気候変動時代を生きる」〜植物と微生物の共生による農業先端技術〜. 2019 年 1 月 29 日. グランフロント大阪.
〇東樹宏和. 「多様な植物内生菌の中からコア微生物を探す」. 植物バイオ第 160 委員会 第 5 期 第１０回研究会 ・意見交換会. 2019 年 3 月 7 日. メルパルク京都.
〇東樹宏和. 「生態系デザインに向けた動物・植物・真菌・細菌・その他いろいろネットワーク分析」. ネッ
トワークが切り拓く生態学の最前線. 日本生態学会第 66 回大会. 2019 年 3 月 19 日. 神戸国際会議場.
〇東樹宏和. 「微生物叢の設計と制御に向けた「コア微生物」探索」. サントリーグローバルイノベーション
センター株式会社. 2019 年 4 月 19 日. サントリーグローバルイノベーションセンター株式会社.
〇Hirokazu Toju. "Bird's-eye views of species interactions". The 10th International Seminar on Biodiversity and Evolution. June11, 2019. Science Seminar House, Kyoto University.
〇東樹宏和. 「複雑微生物叢の制御は可能か？」. 2019年度発酵と代謝研究会第１回勉強会. 2019年7月12日. 一般
財団法人バイオインダストリー協会.
〇東樹宏和. 「大規模ネットワーク分析による菌叢動態の解明と制御」. シンポジウム「植物微生物研究で共創する未来」. 第33回日本微生物生態学会. 2019年9月11日. 山梨大学.
〇東樹宏和. 「複雑微生物叢を設計・制御する；「コア微生物叢」の組み立て」. シンポジウム「次世代のバイオプロセスを拓く複合微生物系精密制御技術」. 第71回日本生物工学会. 2019年3月17日. 岡山大学.

20

〇東樹宏和. 「未利用の微生物機能と持続可能農業：コア微生物叢の設計」. 東京大学生物生産工学研究センター
シンポジウム「植物-微生物相互作用 -農業生産性の視点から-」. 2019年11月13日. 東京大学弥生講堂.
〇東樹宏和. 「微生物叢のビッグデータを農業に活かす」. 全国土壌改良資材協議会講演会. 2019年12月16日. 日本
教育会館.
〇Hirokazu Toju. "Core microbiomes for the future of sustainalbe Earth's ecosystems". Hakubi Autumn Camp 2019, Hakubi
Center for Advanced Research, Kyoto University. December 14, 2019. Kansai Seminar House.
東樹宏和. 「頑健な植物共生システムの設計に向けた「コア共生微生物」探索技術の開発」. JSTさきがけ第12回
さきがけ研究者交流会. 2019年1月26日. 科学技術振興機構東京本部別館.
東樹宏和. 「地球生態系を設計する」. 京都大学白眉センター離席者セミナー合宿. 2019年2月10日. 大津市雄琴．
東樹宏和. 「土から考える農業」. 第5回農学中手の会．2019年12月12日．大津市雄琴．
東樹宏和. 「生物間相互作用、生物多様性」. 京都大学生態学研究センター 特別講座生態学・生物多様性科学の基礎と応用 〜科学的に自然を知るために〜. 2019年1月17日. 京都大学東京オフィス.
東樹宏和. 「森のきのこや植物・虫たちの社会」. 京大ウィークス. 2019年10月19日. 京都大学生態学研究センター.

UNO, Hiromi

宇野 裕美（特定准教授）〇Uno H, Yui N, Mamiya W, Sakai R, Utsumi S, Kishida O, Kanno Y. "Rapidly Changing Mosaic of Aquatic andTerrestrial Resources in Floodplain during and after a Snowmelt". Symposium: If the Time is Right: Phenology
Match and Mismatches Across Ecosystems. Organized by S. Kelson, J. Simmons, S. Chandra, American Fisheries
Society & The Wildlife Society 2019 Joint Annual Conference. October 1, 2019. Reno-Sparks Convention Center,
USA.
〇 Uno H. "Spatially Mixed Adult Aquatic Insects from Various Stream Habitats Provide Prolonged Resource Subsidy to
Riparian Spiders and Enhance Their Growth". Symposium: Resource Tracking by Fish and Wildlife: Scientific
Progress and Management Implications. Organized by J. Armstrong, J. A. Merkle, W. Deacy, American Fisheries
Society & The Wildlife Society 2019 Joint Annual Conference. October 3, 2019. Reno-Sparks Convention Center,USA.
宇野裕美. 「川のいきものたちの社会」. 京大ウィークス. 2019年10月19日. 京都大学生態学研究センター.
宇野裕美. 「川辺の生き物たちの世界」. 京大探究講座. 2019年11月2日. 京都大学国際科学イノベーション棟.

YACHI, Shigeo

谷内 茂雄（准教授）〇Yachi S, Asano S, Ikeya T, Ishibashi H, Ishida T, Uehara Y, Wakita K, Okuda N. "Diversity of community
revitalization process and its relation with biodiversity in the Yasu-River sub-watershed". 2019 Japan-Korea Rural
Planning Seminar. October 19, 2019. Otsu.
Yachi S. "Introduction and organizer to Session 2: Local Level Community-based approach". Japan-Philippine Joint
Workshop. September 16, 2019. Kyoto.
Lambino RA, Yachi S. "Introduction and organizer to Session1: Adaptive Governance of Social-Ecological Systems".
RIHN 14th International Symposium: Fair Use of Multiple Resources in Cross-Scale Context. July 11, 2019. Kyoto.
谷内茂雄. 「生態系管理において時空間スケールのギャップはどのように解消できるか？」. 日本生態学会第66回全国大会 一般講演. 2019年3月19日. 神戸.

YAMAUCHI,Atsushi

山内 淳（教授）

山内淳, 池川雄亮, 大串隆之, 難波利幸. 「植物のバイオマスと誘導防御を通じた間接効果による植食者の共存と密度制御」. 第66回日本生態学会. 2019年3月. 神戸.
山内淳. 「単細胞生物のプログラム細胞死に関する理論モデル」. 第2回松江数理生物学・現象数理学ワークシ
ョップ. 2019年8月. 隠岐.
山内淳. 「単細胞生物のプログラム細胞死に関する理論モデル」. 第29回日本数理生物学会大会. 2019年9月. 東京.

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山内淳. 「生き物の数のシミュレーション体験」. 京大ウィークス. 2019年10月19日. 京都大学生態学研究センター.

＜白眉プロジェクト教員＞
USHIO, Masayuki

潮 雅之（特定准教授-白眉-）○潮雅之. 「環境DNA時系列データに基づいた生態群集ネットワークの再構築：生物多様性の決定機構に迫る」.
第42回日本分子生物学会 シンポジウム. 2019年12月3日. 福岡県博多市○潮雅之. 「微生物も利用した野外生物群集の動態制御に向けた新たな試み」. 発酵研究所寄付講座開設記念シン
ポジウム. 2019年11月22日. 京都大学
○潮雅之. 「森や海から自然の法則を見つけるための科学の方法」. 豊島岡女子学園中学・高等学校 大学分野別模
擬体験授業. 2019年11月20日. 東京◯潮雅之. 「網羅的モニタリングと時系列解析に基づいた野外生態系の動態制御」. 第35回個体群生態学会 公募シンポジウム. 2019年9月26日. 京都大学
◯潮雅之. 「野外生態系研究のための環境DNA分析: 技術的基礎と応用研究の事例」 第21回進化学会 夏の学校.
2019年8月7日. 北海道大学◯潮雅之. 「環境DNAが可能にする生態系の未来予測” 第33回人工知能学会」. 2019年6月4日. 朱鷺メッセ. 新潟市◯潮雅之 「同期した時系列データ間の｢見えない因果｣の新規検出法」. 新技術説明会. 2019年5月16日. 東京都市ヶ谷.
◯Ushio M. “Understanding dynamic interactions of microbes using quantitative time series under field conditions”. The 11th
Asian Symposium on Microbial Ecology. May 13, 2019. Taichung, Taiwan.
◯潮雅之 「環境DNAを利用した昆虫･微生物動態の把握およびイネ栽培への応用」. 第63回応用動物昆虫学会.
2019年3月26日. 筑波大学.
◯潮雅之 「網羅的生態時系列で明らかにする時間変動する農生態系相互作用ネットワーク」. 第66回日本生態学会 シンポジウム. 2019年3月19日. 筑波大学.

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B. Graduate Students and Research Fellows
研究員・研修員・大学院生・研究生

出版物

AKATSUKA, Tetsuji

赤塚 徹志（研究員）

Hodoki Y, Koitabashi T, Goda Y, Akatsuka T, Nakano S (2019) Long-term variation in abundance of the non-native
phytoplankton Micrasterias hardyi (Zygnematophyceae, Streptophyta) in Lake Biwa, Japan. Limnology. DOI:
10.1007/s10201-019-00595-x

FUKUSHIMA, Keitaro

福島 慶太郎（研究員）

Sakaguchi S, Horie K, Ishikawa N, Nishio S, Worth JRP, Fukushima K, Yamasaki M, Ito M (2019) Maintenance of soil
ecotypes of Solidago virgaurea in close parapatry via divergent flowering time and selection against immigrants.
Journal of Ecology 107: 418-435. DOI: 10.1111/1365-2745.13034.
Yamamoto M, Liu D, Fukushima K, Yokoyama K (2020) The influence of freshwater from terrestrial sources on theconcentrations of iron in Kesennuma Bay, Japan, after the 2011 tsunami. Estuarine, Coastal and Shelf Science 233:
10640. DOI: 10.1016/j.ecss.2019.10640.
Nagasawa K, Setoguchi H, Maki M, Goto H, Fukushima K, Isagi Y, Suyama Y, Matsuo A, Tsunamoto Y, Sawa K,
Sakaguchi S (in press) Genetic consequences of plant edaphic specialization to solfatara fields; phylogenetic andpopulation genetic analysis of Carex angustisquama (Cyperaceae). Molecular Ecology DOI: 10.1111/mec.15324
久保田智大, 堅田元喜, 福島慶太郎, 黒田久雄 (2019) 牛舎からのアンモニア揮散が近傍のヒノキ樹木への窒素沈着に及ぼす影響. 大気環境学会誌 54: 43-54. DOI: 10.11298/taiki.54.43.
Fukushima K, Tokuchi N, Samejima H, Jason H, Kano Y (2020) Spatial variations in dissolved and particulate organiccarbon in the Kemena and Tatau Rivers, Sarawak. In: Anthropogenic Tropical Forests: Human–Nature Interfaces on
the Plantation Frontier. Ishikawa N, Soda R (eds.), Springer Nature: 217-233.
Tokuchi N, Samejima H, Jason H, Fukushima K (2020) Influence of herbicide use in oil palm plantations on stream waterchemistry in Sarawak. In: Anthropogenic Tropical Forests: Human–Nature Interfaces on the Plantation Frontier.
Ishikawa N, Soda R (eds.), Springer Nature: 209-216.

GODA, Yukiko

合田 幸子（技術職員）

Hodoki Y, Koitabashi T, Goda Y, Akatsuka T, Nakano S (2019) Long-term variation in abundance of the non-native
phytoplankton Micrasterias hardyi (Zygnematophyceae, Streptophyta) in Lake Biwa, Japan. Limnology. DOI:
10.1007/s10201-019-00595-x

HIGUCHI Yumiko

樋口 裕美子（大学院生）

Higuchi Y, Shimono Y, Tominaga T (2019) Reproductive biology and genetic population structure of two alien Lolium
species inhabiting the sandy coasts of Japan. Plant Species Biology 34: 61–69.
Higuchi Y, Kawakita A (2019) Leaf shape deters plant processing by an herbivorous weevil. Nature Plants 5: 959–964.
樋口裕美子 (2019) 葉の形とオトシブミの関係をさぐる. 小石川植物園後援会 ニュースレター 第 58 号

HONJO, Mie

本庄 三恵（研究員）

Honjo MN, Kudoh H (2019) Arabidopsis halleri: A perennial model system for studying population differentiation andlocal adaptation. AoB PLANTS 11(6): Plz076. DOI: 10.1093/aobpla/plz076.1

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Ito T, Nishio H, Tarutani Y, Emura N, Honjo MN, Toyoda A, Fujiyama A, Kakutani T, Kudoh H (2019) Seasonal stability
and dynamics of DNA methylation in plants in a natural environment. Genes 10: 544. DOI: 10.3390/genes10070544
Nagano AJ, Kawagoe T, Sugisaka J, Honjo MN, Iwayama K, Kudoh H (2019) Annual transcriptome dynamics in naturalenvironments reveals plant seasonal adaptation. Nature Plants 5: 74-83. DOI: 10.1038/s41477-018-0338-z.
Kamitani M, Nagano AJ, Honjo MN, Kudoh H (2019) A survey on plant viruses in natural Brassicaceae communities
using RNA-Seq. Microbial Ecology 78(1): 113-121. DOI: 10.1007/s00248-018-1271-4.
Tanigaki Y, Higashi T, Takayama K, Nagano AJ, Honjo MN, Tezuka A (2019) Simplification of circadian rhythm
measurement using species-independent time-indicated genes. Current Plant Biology 19: 100118. DOI:
10.1016/j.cpb.2019.100118.

ITO, Tasuku

伊藤 佑（研究員）

Ito T, Nishio H, Tarutani Y, Emura N, Honjo MN, Toyoda A, Fujiyama A, Kakutani T, Kudoh H (2019) Seasonal stability
and dynamics of DNA methylation in plants in a natural environment. Genes 10: 544. DOI: 10.3390/genes10070544

MURANAKA, Tomoaki

村中 智明（研究員）

Nomura N, Matsuno K, Muranaka T, Tomita J (2019) How does time flow in living systems? Retrocausal scaffolding andE-series time. Biosemiotics 12(2): 267-287. DOI: 10.1007/s12304-019-09363-x
Panter P, Muranaka T, Cuitun-Coronado D, Graham C, Yochikawa A, Kudoh H, Dodd A (2019) Circadian regulation of
the plant transcriptome under natural conditions. Frontiers in Genetics 10: 1239. DOI: 10.3389/fgene.2019.01239.
村中智明, 小山時隆 (2019) 植物個体内の単一細胞発光モニタリング. 発光イメージング実験ガイド 145-158, 羊土社.
村中智明 (2019) 時計・リズム・時間のあいだに漂って. 時間生物学 Vol.25 No.2 114-115.

NISHIO, Haruki

西尾 治幾（研究員）

Ito T, Nishio H, Tarutani Y, Emura N, Honjo MN, Toyoda A, Fujiyama A, Kakutani T, Kudoh H (2019) Seasonal stability
and dynamics of DNA methylation in plants in a natural environment. Genes 10: 544. DOI: 10.3390/genes10070544

ONISHI, Yuji

大西 雄二（研究員）

Onishi Y, Yamanaka T, Ozaki K-I, Nakayama R, Shimamura S, Itami R, Fukushima A, Miyamoto M, Fujiwara Y (2020)
Relationship between geochemical environments, nutritional resources, and faunal succession in whale-fallecosystems. Marine Ecology Progress Series 636: 35-46. DOI: 10.3354/meps13196

OZAWA,Rika

小澤 理香（研究員）

Steven S, Uefune M, Ozawa R, Takabayashi J, Kainoh Y (2019) Oviposition experience of parasitoid wasps with nonhost
larvae affects their olfactory and contact-behavioral responses toward host-and nonhost-infested plants. Journal ofChemical Ecology 45: 402-409
Hamachi A, Nisihara M, Saito S, Rim H, Takahashi H, Islam M, Uemura T, Ohnishi T, Ozawa R, Maffei ME, Arimura G(2019) Overexpression of geraniol synthase induces heat stress susceptibility in Nicotiana tabacum. Planta 249: 235249
Togashi K, Goto M, Rim H, Hattori S, Ozawa R, Arimura G (2019) Mint companion plants attract the predatory mite
Phytoseiulus persimilis. Scientific Reports 9: 1704
Rim H, Sekiguchi S, Ozawa R, Kainoh Y, Arimura G (2019) Diurnal rhythm of volatile emissions from damaged
Brachypodium distachyon affects the temporal preferences of tritrophic interactions. Journal of Plant Interacitons 14:
143-150
Iida J, Desaki Y, Hata K, Uemura T, Yasuno A, Islam M, Maffei ME, Ozawa R, Nakajima T, Galis I, Arimura G (2019)
Tetranins: new putative spider mite elicitors of host plant defense. New Phytologist 224: 875-885

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RIM, Hojun

林 鎬俊（研究員）

Rim H, Sekiguchi S, Ozawa R, Kainoh Y, Arimura G (2019) Diurnal rhythm of volatile emissions from damaged
Brachypodium distachyon affects the temporal preferences of tritrophic interactions. Journal of Plant Interacitons 14:
143-150SUGISAKA, Jiro

杉阪 次郎（研究員）

Nagano AJ, Kawagoe T, Sugisaka J, Honjo MN, Iwayama K, Kudoh H (2019) Annual transcriptome dynamics in naturalenvironments reveals plant seasonal adaptation. Nature Plants 5: 74-83. DOI: 10.1038/s41477-018-0338-z

TSUJI, Kaoru

辻 かおる（研究員）

Tsuji K, Hori M, Sota T (2019) Divergence process of Sophiodela tiger beetles (Coleoptera, Cicindelidae) in Japan
inferred from molecular phylogeny. Elytra, New Series. 9: 1-9.
辻かおる, 曽田貞滋, 堀道雄 (2019) ハンミョウ類の系統と進化：日本のハンミョウ類の来た道, 環境Eco選書『日本のハンミョウ』(堀道雄 編集). 北隆館, 東京.

YANO, Eizi

矢野 栄二（研究員）

Yano E (2019) Functions of banker plants for biological control of arthropod pests in protected culture. CAB Reviews 14(006): 1-6
Yano E, Nakauchi M, Watanabe T, Watanabe H, Hosaka S, Nishimori S, Miura S, Kandori I, Hinomoto N (2019) Life
history traits of Nesidiocoris tenuis on Bemisia tabaci and Thrips palmi. BioControl DOI: 10.1007/s10526-01909979-5.

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C. Collaborative Researchers
OKUDA, Noboru

連携教員・連携研究員

奥田 昇（連携教員）

Kondo Y, Miyata A, Ikeuchi U, Nakahara S, Nakashima K, Ōnishi H, Osawa T, Ota K, Sato K, Ushijima K, Baptista BV,
Kumazawa T, Hayashi K, Murayama Y, Okuda N, Nakanishi H (2019) Interlinking open science and communitybased participatory research for socio-environmental issues. Current Opinion in Environmental Sustainability 39: 5461. DOI: 10.1016/j.cosust.2019.07.001
Ohba S, Suzuki K, Sakai Y, Shibata J, Okuda N (2019) Effects of irrigation system alterations on the trophic position of athreatened top predator in rice-field ecosystems. Freshwater Biology 64 (10): 1737-1746. DOI: 10.1111/fwb.13365
Mendoza MU, Briones JCA, Itoh M, Padilla KSAR, Aguilar JI, Okuda N, Papa RDS (2019) Small maar lakes of Luzon
Island, Philippines: their limnological status and implications on the management of tropical lakes – a review.
Philippine Journal of Science 148 (3): 565-576
Ishida T, Uehara Y, Iwata T, Cid-Andres AP, Asano S, Ikeya T, Osaka K, Ide J, Privaldos OLA, De Jesus IBB, Peralta
EM, Triño EMC, Ko C-Y, Paytan A, Tayasu I, Okuda N (2019) Identification of phosphorus sources in a watershedusing a phosphate oxygen isoscape approach. Environmental Science & Technology 53(9): 4707-4716
Peralta EM, Belen AE, Buenaventura GR, Cantre FGG, Espiritu KGR, De Vera JNA, Perez CP, Tan AKV, De Jesus IBB,
Palomares P, Briones JCA, Ikeya T, Magbanua FS, Papa RDS, Okuda N (2019) Stream benthic macroinvertebrate
assemblages reveal the importance of a recently established freshwater protected area in a tropical watershed. Pacific
Science 73 (3): 305–320
Mendoza MU, Aguilar JI, Padilla KSAR, Itoh M, Okuda N, Papa RDS (2019) The biogeochemical cycling of methane(CH4) in lakes Calibato, Pandin and Yambo: Implications on the lakes’ carrying capacity. Transactions of the
National Academy of Science & Technology Philippines 41 (1): 139, ISSN 0115-8848
Peralta E, Magbanua FS, Briones JCA, Okuda N, Papa RDS (2019) Disentangling multiple stressors and highlighting theimportance of freshwater protected area in highly urbanized watersheds in the Philippines. Transactions of the
National Academy of Science & Technology Philippines 41 (1): 146, ISSN 0115-8848
Ko C-Y, Iwata T, Lee J-Y, Murakami A, Okano J, Ishikawa N, Sakai Y, Tayasu I, Itoh M, Song U, Togashi H, Nakano S,
Ohte N, Okuda N (2019) Assessing alpha and beta diversity of benthic macroinvertebrates and their environmental
drivers between watersheds with different levels of habitat transformation in Japan. Marine and Freshwater Research
61: 1–9. DOI: 10.1071/MF18031

TAYASU, Ichiro

陀安 一郎（連携教員）

Ko C-Y, Iwata T, Lee J-Y, Murakami A, Okano J, Ishikawa NF, Sakai Y, Tayasu I, Itoh M, Song U, Togashi H, Nakano S,
Ohte N, Okuda N (2019) Assessing alpha and beta diversities of benthic macroinvertebrates and their environmental
drivers between watersheds with different levels of habitat transformation in Japan. Marine and Freshwater Research
70: 504-512.
Tanaka HO, Haraguchi TF, Tayasu I, Hyodo F (2019) Stable and radio-isotopic signatures reveal how the feeding habitsof ants respond to natural secondary succession in a cool-temperate forest. Insectes sociaux 66: 37-46.
Matsubayashi J, Umezawa Y, Matsuyama M, Kawabe R, Mei W, Wan X, Shimomae A, Tayasu I (2019) Using segmental
isotope analysis of teleost fish vertebrae to estimate trophic discrimination factors of bone collagen. Limnology andOceanography: Methods 17: 87–96.
Sase H, Takahashi M, Matsuda K, Sato K, Tanikawa T, Yamashita N, Ohizumi T, Ishida T, Kamisako M, Kobayashi R,
Uchiyama S, Saito T, Morohashi M, Fukuhara H, Kaneko S, Inoue T, Yamada T, Takenaka C, Tayasu I, Nakano T,
Hakamata T, Ohta S (2019) Response of river water chemistry to changing atmospheric environment and sulfur
dynamics in a forested catchment in central Japan. Biogeochemistry 142: 357-374.
Matsubayashi J, Tayasu I (2019) Collagen turnover and isotopic records in cortical bone. Journal of Archaeological
Science 106: 37-44.
Ishida T, Uehara Y, Iwata T, Cid-Andres AP, Asano S, Ikeya T, Osaka K, Ide J, Privaldos OLA, De Jesus IBB, Peralta
EM, Triño EMC, Ko C-Y, Paytan A, Tayasu I, Okuda N (2019) Identification of phosphorus sources in a watershedusing a phosphate oxygen isoscape approach. Environmental Science and Technology 53: 4707-4716.

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Igarashi S, Shibata M, Masaki T, Tayasu I, Ichie T (2019) Mass flowering of Fagus crenata does not depend on theamount of stored carbohydrates in trees. Trees 33(5): 1399–1408.
Nitzsche KN, Kato Y, Shin K-C, Tayasu I (2019) Magnesium isotopes reveal bedrock impacts on stream organisms.
Science of the Total Environment 688: 243-252.
Suetsugu K, Yamato M, Matsubayashi J, Tayasu I (2019) Comparative study of nutritional mode and mycorrhizal fungi ingreen and albino variants of Goodyera velutina, an orchid mainly utilizing saprotrophic rhizoctonia. Molecular
Ecology 28: 4290–4299.
Naoe S, Tayasu I, Sakai Y, Masaki T, Kobayashi K, Nakajima A, Sato Y, Yamazaki K, Kiyokawa H, Koike S (2019)
Downhill seed dispersal by temperate mammals: a potential threat to plant escape from global warming. Scientific
Reports 9: 14932.
Katsuta N, Matsumoto GI, Hase Y, Tayasu I, Haraguchi TF, Tani E, Shichi K, Murakami T, Naito S, Nakagawa M,
Hasegawa H, Kawakami S-i (2019) Siberian permafrost thawing accelerated at the Bølling/Allerød and Preboreal
warm periods during the last deglaciation. Geophysical Research Letters 46: 13961–13971.
藤吉麗，西村武司，加藤尊秋，陀安一郎 (2019)「同位体を用いた地下水調査に対する住民意識−山梨県忍野村のシンポジウム参加者を対象に」環境情報科学学術研究論文集 33: 133-138.
陀安一郎，申基澈 (2019)「同位体環境学と社会をつなぐ共同研究のプラットホームに」地球研ニュース78: 911.
後藤祐之介，小岩智宏，申基澈，陀安一郎「元素分析及びストロンチウム安定同位体比分析によるオクラの原
産地判別検査法の開発」食品関係等調査研究報告 43: 20-26.

27

D. Affiliated Scientists
ARIMURA, Gen-ichiro

協力研究員

有村 源一郎Miyamoto T, Uemura T, Nemoto K, Daito M, Nozawa A, Sawasaki T, Arimura G (2019) Tyrosine kinase-dependent
defense responses against herbivory in Arabidopsis. Frontiers in Plant Science 10: 776.
Uemura T, Arimura G (2019) Current opinions about herbivore-associated molecular patterns and plant intracellularsignaling. Plant Signaling & Behavior 14: e1633887.
Iida J, Desaki Y, Hata K, Uemura T, Yasuno A, Islam M, Maffei ME, Ozawa R, Nakajima T, Galis I, Arimura G (2019)
Tetranins: new putative spider mite elicitors of host plant defense. New Phytologist 224: 875-885.
Rim H, Sekiguchi S, Ozawa R, Kainoh Y, Arimura G (2019) Diurnal rhythm of volatile emissions from damaged
Brachypodium distachyon affects the temporal preferences of tritrophic interactions. Journal of Plant Interactions 14:
143-150.
Sukegawa S, Arimura G (2019) Two arrays of defense strategies of Brassicaceae plants that eavesdrop on mint volatiles.
Journal of Plant Interactions 14: 164-166.
Ali MRM, Uemura T, Ramadan A, Adachi K, Nemoto K, Nozawa A, Hoshino R, Abe H, Sawasaki T, Arimura G (2019)
The ring-type E3 ubiquitin ligase JUL1 targets the VQ-motif protein JAV1 to coordinate jasmonate signaling. Plant
Physiology 179: 1273-1284.
Togashi K, Goto M, Rim H, Hattori S, Ozawa R, Arimura G (2019) Mint companion plants attract the predatory mite
Phytoseiulus persimilis. Scientific Reports 9: 1704.
Hamachi A, Nisihara M, Saito S, Rim H, Takahashi H, Islam M, Uemura T, Ohnishi T, Ozawa R, Maffei ME, Arimura G(2019) Overexpression of geraniol synthase induces heat stress susceptibility in Nicotiana tabacum. Planta 249: 235249.
有村源一郎, 宮永正斗, 八須匡和（出版中）植物香気成分とテルペン誘導体の免疫活性化機能. Bio Industry
有村源一郎, 上村卓矢, 八代拓也 (2019) 植物アロマ成分を用いた有機栽培システムの開発とヒト健康増進効果への応用. 化学と生物 57: 428-432.
有村源一郎 (2019) ミントをコンパニオンプランツとして害虫防除に応用. Aroma Research 78: 130-131.
有村源一郎 (2019) 植物の匂い物質を利用した病虫害防除技術. バイオサイエンスとインダストリー 77: 240-241.
有村源一郎 (2019) 植物の匂いが織りなす生き物の相互作用. 青淵 4: 12-14.
有村源一郎 (2019) 生態系コミュニケーションを介した植物の防御応答. アグリバイオ 3: 360-364.
有村源一郎 (2019) 植物から放出される香りの機能と害虫防除への活用. Green Age 2: 4-6.

CID-ANDRES, Abigail Parcasio
Ishida T, Uehara Y, Iwata T, Cid-Andres AP, Asano S, Ikeya T, Osaka K, Ide J, Privaldos OLA, De Jesus IBB, Peralta
EM, Triño EMC, Ko C-Y, Paytan A, Tayasu I, Okuda N (2019) Identification of phosphorus sources in a watershedusing a phosphate oxygen isoscape approach. Environmental Science and Technology 53 (9): 4707-4716
Francisco N, Hugo B, San Jose J, Cid-Andres AP (2019) The Potential of EDTA–Modified Rice Husk Ash as Solid Phase
Extraction Resin in Seawater. Global Scientific Journal 7,1: 506-529
Dolores CAG, Macabinquil AM, Paulo AL, Felicita JM, Cid-Andres AP (2019) An abridged review on biosorption ofheavy metals using Aspergillus Niger as Sorbent Material. Global Scientific Journal 7(1): 179-204
Okuda N, Ide J, Ishida T, Cid-Andres AP, Osaka K, Iwata T, Hayashi T, Akashi M, Tayasu I, Paytan A (2019) An interwatershed comparison to explore factors affecting oxygen isotope ratios of phosphate in rivers. The Japanese Forest
Society Congress 130(0), 165
Pascua JAA, Prado AJA, Solis BRB, Cid-Andres AP, Cambiador CJB (2019) Trends in fabrication, data gathering,
validation, and application of molecular fluorometer and spectrofluorometer. Spectrochimica Acta Part A: Molecular
and Biomolecular Spectroscopy 220, 116837: 1-18

28

IMAI, Ichiro

今井 一郎

Miyashita Y, Hagiwara T, Imai I (2019) The existence of cyanobactericidal bacteria and growth-inhibiting bacteria onwater plants in Lake Ohnuma, Japan. Limnology 20: 39-53.
Inaba N, Nagai S, Kojima S, Sakami T, Takagi S, Imai I (2019) Dynamics of microbial communities of seagrass bed in
artificial Chattonella bloom. Harmful Algae 84: 139-150.
Umetsu S, Kanda M, Imai I, Sakai R, Fujita M (2019) Questiomycins, algicidal compounds produced by the marine
bacterium Alteromonas sp. D and their production cue. Molecules 2019, 24, 4522. DOI:10.3390/molecules24244522
今井一郎, 宮下洋平, 小林淳希, 大洞裕貴（2019）渡島大沼における富栄養化とアオコの発生，および環境に優しいアオコ対策の可能性. 地形 40: 77-91.
仲村康秀, 松岡數充, 今井一郎, 石井健一郎, 桑田晃, 河地正伸, 木元克典, 鈴木紀毅, 佐野雅美, Jose M Landeira, 宮本洋臣, 西川淳, 西田周平（2019）プランクトンの分類・生態研究，その現状と最新知見. 日本プランクト
ン学会報 66: 22-40.
今井一郎（2019）第18回国際有害有毒藻類会議（ナント2018）参加記. 日本プランクトン学会報 66: 43-45.
山口篤, 今井一郎, 平譯享, 松野孝平（2019）第3章 プランクトン・微生物関係（北海道大学水産学部練習船教科書編纂委員会編），pp.77-88，海文堂，東京.
今井一郎（2019）魚類と海藻の複合養殖による有害赤潮の発生予防の可能性.

月刊海洋 51 (5): 247-253.

今井一郎（2019）赤潮を引き起こすプランクトン. milsil（ミルシル）12 (4): 6-8.
今井一郎（2019）有毒プランクトンと貝毒の発生. milsil（ミルシル）12 (4): 8.

KAMEDA, Kayoko O.

亀田 佳代子藤井弘章, 亀田佳代子, 牧野厚史, 前迫ゆり (2019) 琵琶湖地域におけるサギ類・カワウをめぐる民俗―江戸時代
から現代までの鳥類利用の文化―. 山階鳥類学雑誌 51: 1-28.（査読有）藤井弘章, 亀田佳代子, 牧野厚史, 前迫ゆり (2018：2019 年に出版) 竹生島における山林資源の利用と保全−社寺林の歴史民俗学的考察−. 民俗文化（近畿大学民俗学研究所紀要） (30) : 33-71.

KAMITANI, Mari

神谷 麻梨

Kamitani M, Makoto K, Ayumi T, Nagano AJ (2019) Lasy-Seq: a high-throughput library preparation method for RNASeq and its application in the analysis of plant responses to fluctuating temperatures. Scientific Reports 9: 7091

MINAMOTO, Toshifumi

源 利文

Kakuda A, Doi H, Souma R, Nagano M, Minamoto T, Katano I (2019) Environmental DNA detection and quantificationof invasive red-eared sliders, Trachemy scripta elegans, in ponds and the influence of water quality. PeerJ 7: e8155.
Fornillos RJC, Sato MO, Tabios IKB, Sato M, Leonardo LR, Chigusa Y, Minamoto T, Kikuchi M, Legaspi ER, Fontanilla
IK (2019) Detection of Schistosoma japonicum and Oncomelania hupensis quadrasi environmental DNA and its
potential utility to schistosomiasis japonica surveillance in the Philippines. PLOS ONE 14: e0224617.
Uchii K, Doi H, Okahashi T, Katano I, Yamanaka H, Sakata MK, Minamoto T (2019) Comparison of inhibition resistanceamong PCR reagents for detection and quantification of environmental DNA. Environmental DNA 1(4): 359-367.
Calata FI, Caranguian C, Mendoza JE, Fornillos RJ, Tabios IK, Fontanilla IK, Leonardo L, Sunico L, Chigusa Y, Kikuchi
M, Sato MO, Minamoto T, Sato M, Baoanan Z (2019) Analysis of environmental DNA and edaphic factors for thedetection of the snail intermediate host Oncomelania hupensis quadrasi. Pathogens 8(4): 160.
Sakai Y, Kusakabe A, Tsuchida K, Tsuzuku Y, Okada S, Kitamura T, Tomita S, Mukai T, Tagami M, Takagi M, Yaoi Y,
Minamoto T (2019) Discovery of an unrecorded population of Yamato salamander (Hynobius vandenburghi) by GIS
and eDNA analysis. Environmental DNA 1: 281-289.
Horiuchi T, Masuda R, Murakami H, Yamamoto S, Minamoto T (2019) Biomass-dependent emission of environmental
DNA in jack mackerel Trachurus japonicus juveniles. Journal of Fish Biology 95: 979-981.

29

Matsuhashi, S., Minamoto, T., Doi, H. (2019) Seasonal change in environmental DNA concentration of a submerged
aquatic plant species. Freshwater Science 38: 654-660.
Jo T, Arimoto M, Murakami H, Masuda R, Minamoto T (2019) Particle size distribution of environmental DNA from thenuclei of marine fish. Environmental Science & Technology 53: 9947-9956.
Kano K, Kudo M, Yoshizawa G, Mizumachi E, Suga M, Akiya N, Ebina K, Goto T, Itoh M, Joh A, Maenami H,
Minamoto T, Mori M, Morimura Y, Motoki T, Nakayama A, Takanashi K (2019) How science, technology andinnovation can be placed in broader visions? -Public opinions from inclusive public engagement activities-. Journalof Science Communication 18: A02.
Wu Q, Kawano K, Ishikawa T, Sakata MK, Nakao R, Hiraiwa MK, Tsuji S, Yamanaka H, Minamoto T (2019) Habitat
selection and migration of the common shrimp, Palaemon paucidens in Lake Biwa, Japan – an eDNA-based study.
Environmental DNA 1: 54-63.
Sato Y, Mizuyama M, Sato M, Minamoto T, Kimura R, Toma C (2019) Environmental DNA metabarcoding to detect
pathogenic Leptospira and associated organisms in leptospirosis-endemic areas of Japan. Scientific Reports 9: 6575.
Wu Q, Takami Y, Minamoto T, Ishikawa T (2019) The life history with seasonal migration of the lacustrine shrimp
Palaemon paucidens in an ancient lake in Japan. Ecosphere 10(4): e02628.
Takahara T, Ikebuchi T, Doi H, Minamoto T (2019) Using environmental DNA to estimate the seasonal distribution andhabitat preferences of a Japanese basket clam in Lake Shinji, Japan. Estuarine, Coastal and Shelf Science 221: 15-20.
Itakura H, Wakiya R, Yamamoto S, Kaifu K, Sato T, Minamoto T (2019) Environmental DNA analysis reveals the spatial
distribution, abundance and biomass of Japanese eels at the river basin scale. Aquatic Conservation: Marine andFreshwater Ecosystems 29: 361-373.
Murakami H, Yoon S, Kasai A, Minamoto T, Yamamoto S, Sakata MK, Horiuchi T, Sawada H, Kondoh M, Yamashita Y,
Masuda R (2019) Dispersion and degradation of environmental DNA from caged fish in a marine environment.
Fisheries Science 85: 327-337.
Jo T, Murakami H,Yamamoto S, Masuda R, Minamoto T (2019) Effect of water temperature and fish biomass onenvironmental DNA shedding, degradation, and size distribution. Ecology and Evolution 9: 1135-1146.
Minamoto T, Hayami K, Sakata MK, Imamura A (2019) Real-time PCR assays for environmental DNA detection of threesalmonid fish in Hokkaido, Japan: application to winter surveys. Ecological Research 34: 237-242.
Takeuchi A, Watanabe S, Yamamoto S, Miller MJ, Fukuba T, Miwa T, Okino T, Minamoto T, Tsukamoto K (2019) First
attempt of an oceanic environmental DNA survey of the spawning ecology of the Japanese eel Anguilla japonica.
Marine Ecology Progress Series 609: 187-196.
赤塚真依子, 高山百合子, 伊藤一教, 渡辺謙太, 桑江朝比呂, 大澤亮介, 森本哲平, 源利文 (2019) 海草場を対象とした環境 DNA の季節変化・日変化・形態変化に関する基礎研究. 土木学会論文集 B2（海岸工学） 75(2):I_1075-I_1080.
高山百合子, 赤塚真依子, 伊藤一教, 源利文 (2019) 環境 DNA を活用した固着性水生生物モニタリング手法の成立性について. 土木学会論文集 B2（海岸工学） 75(2): I_1087-I_1092.
今村彰生, 速水花奈, 坂田雅之, 源利文 (2019) 河川横断構造物とニジマスが北海道のイワナ属の生息に与える影
響：環境 DNA 分析の結果をもとに. 保全生態学研究 24: 71-81.
源利文 (2019) 環境 DNA を用いた生物調査法の発展とその応用. 科学 89: 1029-1035.
源利文 (2019) 環境 DNA：水中の生物相を簡単に把握できるツール. 清流青湖 146: 10-11.
源利文 (2019) 環境 DNA 分析の概要と希少種の検出~水をくむだけで絶滅危惧種の分布がわかる. 化学と生物
57(3): 181-186.

MORI, Toyohiko

森 豊彦

森豊彦, 宮武頼夫, 小田嶋成徳, 松尾秀行, 嶋田喜一（2019）京都自然系博物館誘致と旧学校舎の活用. 人と自然の共生ネット. 45pp.
森豊彦（2019）地域活性化のための自然系博物館誘致と旧学校舎等の活用. 京都自然系博物館誘致と旧学校舎の活用 22-27.
森豊彦, 横山真弓, 荒堀正生, 嶋田喜一（2019）野生動物の被害対策と共生. 53pp. 人と自然の共生ネット
森豊彦（2019）山陰海岸ジオパークにおけるユウスゲに対するニホンジカの採食圧. 野生動物の被害対策と共生: 44-5130

森豊彦, 大木香穂（2019）クモタケはキシノウエトタデグモと共進化の関係にあるか. 冬虫夏草 NO.39: 25-30

NOZAKI, Kentaro

野崎 健太郎

野崎健太郎, 白金晶子（2019）矢作川中流域における浮遊珪藻 Asterionella formosa Hassall と Fragilaria crotonensis Kitton の細胞数の季節変動．矢作川研究，23：13-27．
鳥居華帆, 野崎健太郎（2019）袋栽培とプランター栽培における(Solanum lycopersicum)およびピーマン(Capsicum annuum)の成長過程と収穫量の比較．椙山女学園大学教育学部紀要，12：243-258．
大川侑希子, 野崎健太郎（2019）絵本の記述を用いた調理の実践−体験型の食育活動を推進するために−．椙山女学園大学教育学部紀要，12：371-381．
河川生態系の調査・分析方法，井上幹生, 中村太士（編），3 章 河川生物群集のエネルギー源，3.1 付着藻類 p.173-206 を執筆（後藤直成・萱場祐一・野崎健太郎の共著），437 pp.，講談社，2019 年 9 月 30 日発行．

OHBAYASHI, Kako

大林 夏湖

Ohbayashi K, Ishikawa N, Hodoki Y, Okada Y, Nakano S, Ito M, Shimada M (2019) Rapid development andcharacterization of EST-SSR markers for the honey locust seed beetle, Megabruchidius dorsalis (Coleoptera:
Bruchidae), using de novo transcriptome analysis based on next-generation sequencing. Applied Entomology andZoology, 54: 141-145.
Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano S (2019) Widespread dominance of kinetoplastids
and unexpected presence of diplonemids in deep freshwater lakes. Front. Microbiol., Online first. DOI:
10.3389/fmicb.2019.02375
Kataoka T, Ohbayashi K, Kobayashi Y, Takasu H, Nakano S, Kondo R, Hodoki Y (in press) Distribution of the harmful
bloom-forming cyanobacterium, Microcystis aeruginosa, in 88 freshwater environments in Japan. Microbes &Environments.

OKAZAKI, Yusuke

岡﨑 友輔

Okazaki Y, Nishimura Y, Ogata H, Yoshida T, Nakano S (2019) Genome-resolved viral and cellular metagenomes
revealed potential key virus-host interactions in a deep freshwater lake. Environmental Microbiology 21: 4740-4754
Mukherjee I, Hodoki Y, Okazaki Y, Fujinaga S, Ohbayashi K, Nakano S (2019) Widespread dominance of kinetoplastids
and unexpected presence of diplonemids in deep freshwater lakes. Frontiers in Microbiology 10: 2375
Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano S, Iwasaki W (2019) Metaepigenomic analysis reveals the unexplored
diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Nature Communications 10: 159

OZAWA, Seiji

小沢 晴司

小沢晴司（ 2019）福島の土はとわに浄らか 〜原子力災害後の福島の方々の思いによりそうとは〜, 月刊知恩, 897 巻, 4-13 ページ小沢晴司（ 2019）震災後の東北太平洋沿岸の環境改変と地域のつながりの再生, 月刊海洋. 586: 449-452

SAKATA, Yuzu

坂田 ゆず

Kamikura M, Sakata Y (2019) Fauna of nocturnal moth species collected in a semi-natural grassland at Kanpu-zan innorthern Japan. Biodiversity Data Journal 7: e37968
Kalske A, Shiojiri K, Uesugi A, Morrell K, Sakata Y, Kessler A (2019) Insect herbivory selects for volatile-mediatedplant-plant communication. Current Biology 29: R873-R875

31

SAKIO, Hitoshi

崎尾 均

Kameoka S, Murai Y, Ohashi K, Sakio H, Abe H, Takahashi D, Nagasawa K, Setoguchi H (2019) Relationships among
Flower Color Polymorphism, Feeding by Visiting Insects, and Seed Production in Hepatica nobilis var.
japonica. Bull. Natl. Mus. Nat. Sci., Ser. B, 45(1): 17–27

SATO, Yasuhiro

佐藤 安弘

Sato Y, Yamamoto E, Shimizu KK, Nagano AJ (2019) Neighbor GWAS: incorporating neighbor genotypic identity into
genome-wide association studies of field herbivory on Arabidopsis thaliana. bioRxiv. DOI: 10.1101/845735
Sato Y, Tezuka A, Kashima M, Deguchi A, Shimizu-Inatsugi R, Yamazaki M, Shimizu KK, Nagano AJ (2019)
Transcriptional variation in glucosinolate biosynthetic genes and inducible responses to aphid herbivory on fieldgrown Arabidopsis thaliana. Frontiers in Genetics 10: 787.
Sato Y, Shimizu-Inatsugi R, Yamazaki M, Shimizu KK, Nagano AJ (2019) Plant trichomes and a single gene GLABRA1
contribute to insect community composition on field-grown Arabidopsis thaliana. BMC Plant Biology 19: 163.

TAKANO, Kohei Takenaka

髙野（竹中）宏平

Morimoto J, Nakagawa K, Takano KT, Aiba M, Oguro M, Furukawa Y, Mishima Y, Ogawa K, Ito R, Takemi T,
Nakamura F, Peterson CJ (2019) Comparison of vulnerability to catastrophic wind between Abies plantation forests
and natural mixed forests in northern Japan. Forestry 92: 436-443.
Shi T, Toda MJ, Takano KT, Yafuso M, Suwito A, Wong SY, Shang S-Q, Gao J-J (2019) A review of taxonomy andflower-breeding ecology of the Colocasiomyia toshiokai species group (Diptera: Drosophilidae), with description ofa new species from Indonesia. European Journal of Entomology 116: 341-361.
髙野（竹中）宏平，中尾勝洋，尾関雅章，堀田昌伸，浜田崇，須賀丈，大橋春香，平田晶子，石郷岡康史，松井哲哉 （2019）自治体の地域気候変動適応に向けた Velocity of Climate Change（VoCC）の解析．環境情
報科学論文集 33: 49-54
髙野（竹中）宏平，尾関雅章，佐藤光彦，三宅崇，片桐千仭（2019）長野県鍋倉山におけるナベクラザゼンソ
ウのサイズ構造と 2018 年の開花結実，被食率およびそれらの空間分布様式．長野県環境保全研究所研究
報告 15: 29-36.

32

生態研セミナースペシャル

2019 年 4 月 17 日（金）「Coevolutionary Vignettes of (Mostly) Mutualistic Interactions」
Allen Herre (Smithsonian Tropical Research Institute, Panama)

第 305 回

2019 年 4 月 19 日（金）「水域生態系の真菌類：多様性、時空間変動および生態系機能」
鏡味 麻衣子（横浜国立大学大学院環境情報研究院）「水域生態系における細菌の群集集合と炭素蓄積のフィードバック」
三木 健（龍谷大学理工学部）

第 306 回

2019 年 5 月 17 日（金）「“メタ”生態系解析のためのバイオインフォマティクス」
岩崎 渉（東京大学大学院理学系研究科）「有毒アオコ原因ラン藻とウイルスの相互作用」
森本 大地（京都大学大学院農学研究科）

スペシャル

2019 年 6 月 10 日（金）「Creating empirically-validated models of pelagic larval dispersal」
Michael Bode (Queensland University of Technology)「A new population statistic for comparative plant demography - Inter-stage flow matrix」
横溝 裕行（国立環境研究所）

第 307 回

2019 年 6 月 21 日（金）「画像定量における表現学習の利用と理解を通じた植物フェノタイピングへの挑戦」
戸田 陽介（名古屋大学トランスフォーマティブ生命分子研究所）「安定同位体を用いた生態学研究：今後にむけて」
木庭 啓介（京都大学生態学研究センター）

第 308 回

2019 年 7 月 19 日（金）「中型土壌動物の群集構造と様々な森林攪乱の関係」
長谷川 元洋（同志社大学理工学部）「土壌生態学からみた保全農業の設計」
金子 信博（福島大学食農学類）

33

スペシャル2019 年 8 月 2 日（金）「Combining machine learning and computer vision to address challenges in multi-scale plant
phenotyping for crop improvement」
Ji Zhou (Project leader, Earlham Institute (EI), Norwich Research Park (NRP), UK / Professor of Crop
Phenomics, Nanjing Agricultural University, China)
第 309 回

2019 年 9 月 20 日（金）「植物による病原菌・内生菌の認識と制御」
西條 雄介（奈良先端科学技術大学院大学先端科学技術研究科）「細胞から見る植物の１日」
小山 時隆（京都大学大学院理学研究科）

第 310 回

2019 年 10 月 18 日（金）

「侵入先で毒性を発揮するアズマヒキガエル〜国内外来種の脅威を探る〜」
岸田 治（北海道大学北方生物圏フィールド科学センター）「分子遺伝解析に基づく固有種を中心とした琵琶湖産魚類の起源と歴史」
田畑 諒一（滋賀県立琵琶湖博物館）

スペシャル

2019 年 10 月 21 日（月）「Functional response of competing residents and invaders to environmental variability」
Horst Malchow (Institute of Environmental Systems Research School of Mathematics / Computer
Science, Osnabruck University Barbarastr. 12, 49076 Osnabruck, Germany)「Spatiotemporal patterns in a predator-prey model with Holling type IV functional response」
Merlin C. Kohnke (Institute of Environmental Systems Research School of Mathematics / Computer
Science, Osnabruck University Barbarastr. 12, 49076 Osnabruck, Germany)

スペシャル

2019 年 10 月 24 日（木）「Bacalar lagoon microbialite reefs」
Luisa Isaura Falcón Alvarez (Universidad Nacional Autónoma de México)「The use of microalgae as a bioassessment tool in large-scale aquatic surveys within the United States」
Christine L. Weilhoefer (Visiting Associate Professor, Center for Ecological Research, Kyoto
University / University of Portland)

第 311 回

2019 年 11 月 15 日（金）「ポリアミン−CO2 を捕捉する生体物質〜 」
安元 剛（北里大学海洋生命科学部）「内生菌が関与する鉱山跡地・自生植物における金属耐性機構の解明 」
山路恵子（筑波大学生命環境系）

34

第 312 回

2019 年 12 月 20 日（金）「森里海連環にむけた社会連携の構築の試み 」
徳地直子（京都大学フィールド科学教育研究センター）「土壌微生物の窒素循環機能と環境応答 」
磯部一夫（東京大学大学院農学生命科学研究科）

第 313 回

2020 年 1 月 17 日（金）「哺乳類のゲノム機能はどのように獲得されたのか？―ゲノムインプリンティングとレトロトランスポゾン
由来の獲得遺伝子― 」
石野 史敏（東京医科歯科大学難治疾患研究所）「ゲノム内の寄生と共生：シロイヌナズナのトランスポゾンと配列特異的抗抑制系の進化 」
角谷徹仁（東京大学大学院理学系研究科）

第 314 回

2020 年 2 月 21 日（金）「数理的アプローチと実証的アプローチの融合による生態学現象の理解促進 」
立木佑弥（首都大学東京大学院理学研究科）「エネルギーで読み解く微生物相互作用と微生物代謝の進化 」
瀬戸繭美（奈良女子大学理学部）

スペシャル

2020 年 2 月 28 日（金）「Multi-scale crop phenomics for breeding resource use efficiency cereal crops between the UK andChina 」Ji Zhou (Head of Data Sciences, Cambridge Crop Science, UK; Professor of Crop Phenomics, Nanjing
Agricultural University, China)35共同利用・共同研究拠点事業 共同研究 b

採択一覧

2019年度には、65件の共同研究 b が採択されました（申請順に掲載）。

申請者

土居 秀幸

野中 健一

野中 健一

松田 一彦

陀安 一郎

山口 保彦

小池 伸介

岡部 聡

所

属

兵庫県立大学大学院
研究科

シミュレーション学

准教授

北里大学
部門

北里生命科学研究所

研究推進

微生物資源研究センター

北里大学
部門

講師

北里生命科学研究所

研究推進

微生物資源研究センター

近畿大学大学院
学専攻

農学研究科

講師
応用生命化

教授

総合地球環境学研究所
ター

研

研究基盤国際セン教授

滋賀県琵琶湖環境科学研究センター
解析部門

東京農工大学大学院
北海道大学大学院
工学部門

農学研究院
工学研究院

関西学院大学教育学部

富永 修

福井県立大学

海洋生物資源学部

光永 靖

近畿大学

永田 貴丸

佐藤 安弘

高橋 純一

吉山 洋子

農学部

環境創生

教授
教授

准教授

リファインホールディングス株式会社
来創造研究室未研究員

滋賀県琵琶湖環境科学研究センター
解析部門

主任研究員

龍谷大学

食と農の総合研究所

総合

客員研究

員（JSTさきがけ専任）
京都産業大学大学院

生命科学研究科

准

教授

課

題

龍谷大学

農学部

植物生命科学科

実験

実習助手Ⅰ

担当
教員

環境DNAによる生物群集解析手法の開発

東樹

食虫植物由来真菌の分離・分類および機能解析

東樹

昆虫由来真菌の分離・分類および機能解析

東樹

生態三者系相互作用の駆動機構に関する研究

高林

安定同位体比分析を用いた生態学的研究の手法検討

木庭

アミノ酸組成と同位体比を用いた水圏有機物の動態解析

木庭

雑食性大型哺乳類における個体間の食性のバリエーションの解明

木庭Anammox細菌の窒素同位体分別に関する研究

木庭

ヤマネ科の食物連鎖の比較

木庭

沿岸域生態系の食物網と生産構造

木庭

在来魚と外来魚の食物網における相互関係

木庭

天然由来成分混合物による、藍藻類Microcystis属に対する抑制

中野

効果の検証

程木

生態系保全につながる物質循環のあり方に関する研究

中野

多検体オミクスによる混植系の構築と虫害制御

工藤

環境DNA解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定
および遺伝的多様性の調査

日本学術振興会
岡崎 友輔

准教授

教授

湊 秋作

松野 祥太

総合

研究員

究

中野

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査

中野

琵琶湖沖の微生物群集の時空間メタトランスクリプトーム解析

中野

セイタカアワダチソウの匂いによる血縁認識

高林

三酸素同位体組成を指標に用いた琵琶湖の物質循環速度定量化

中野

湖水-堆積物間のヒ素の分配

中野特別研究員（PD）

受入：産業技術総合研究所

生物プロセス

研究部門
塩尻 かおり龍谷大学

角皆 潤

名古屋大学大学院

板井 啓明

東京大学大学院・理学系研究科・准教授

山下 洋

秋山 諭

京都大学
ー

農学部

准教授
環境学研究科

教授

フィールド科学教育研究センタ

教授

地方独立行政法人大阪府立環境農林水産総
合研究所

水産研究部

研究員

〜季節および経年変動〜

河川・沿岸域生態系と食物構造の海域間比較

木庭

大阪湾における漁業資源と漁場環境に関する研究

木庭

36

申請者

久本 洋子

所

属

研

安定同位体トレーサーを用いたタケジェネット断片における資
源分配

農学部

中野 伸一

京都大学

生態学研究センター

大串 隆之

京都大学

名誉教授

尾坂 兼一

滋賀県立大学
近畿大学

環境管理学科

環境科学部

農学部

准教授
教授

助教

環境管理学科

博士研

究員
法学部

教授

早坂 大亮

近畿大学

農学部

環境管理学科

准教授

早坂 大亮

近畿大学

農学部

環境管理学科

准教授

京都大学大学院

人間・環境学研究科

三木 健

龍谷大学

理工学部・教授

中野 伸一

京都大学

生態学研究センター

中川 尚史
森章

教

教授

京都大学大学院工学研究科附属流域圏総合
環境質研究センター
京都大学大学院

理学研究科

横浜国立大学大学院
然環境専攻

教授

環境情報研究院

自

准教授

木庭

琵琶湖の生物多様性と環境要因の関係解明

中野

植物と昆虫の相互作用に関する日本-スウェーデン国際共同研究

高林

琵琶湖北湖における湖水中の窒素動態に関する研究

木庭

ジャコウアゲハ幼虫による食草の環状剥皮行動はなぜ起こるの生物間相互作用の解析

授

教員

中野

古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去100年にわたる

松山大学

担当

オオクチバスのゲノム連鎖地図作製のための交配実験

か？

槻木 玲美

清水 芳久

題

属演習林千葉演習林・助教
近畿大学

杉山 雅人

課

東京大学大学院・農学生命科学研究科・附

北川 忠生

橋本 洸哉

究

社会性が採餌能力を通じてアルゼンチンアリ・在来アリ類の薬
剤応答に与える影響の解明

中野

中野

木庭

農薬曝露が水田生物群集の捕食ー被食に及ぼす影響の解明

木庭

琵琶湖における化学成分の動態

中野

琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系

中野

機能の解明

程木

淡水域における微生物学的・ウィルス学的ゲノム多様性の解明

中野

湖沼の原生生物による細菌とウィルスの摂食中野

嵐山ニホンザル群における安定同位体分析による食性解析

木庭

降雨量操作下における草本植物群集の機能的組成の応答

木庭

末次 健司

神戸大学大学院

理学研究科

講師

菌従属栄養植物の菌根ネットワークの解明

東樹

豊原 治彦

京都大学大学院

農学研究科

准教授

琵琶湖に生息するカワニナ属貝類の分類と生態に関する研究宇野

アマモ（Zostera marina）への海底湧水の寄与

木庭

髙橋 徹

熊本保健科学大学

共通教育センター

藤巻 玲路

島根大学

奥田 昇

総合地球環境学研究所

研究部

片山 昇

小樽商科大学

商学部

准教授

上原 浩一

千葉大学

国際教養学部

教授

堀井 幸子

峯彰

小林 草平
岡田 直紀
早坂 大亮

教

授
生物資源学部

水産研究・教育機構

森林の下層植生・土壌管理による栄養塩循環システムへのイン

助教

パクト定量化准教授

海洋島（小笠原諸島）における植物と真菌類の共生ネットワー
クに関する研究西海区水産研究所

京都大学
ンター

生命科学部
防災研究所

地球環境学堂近畿大学

農学部

近畿大学大学院

害抵抗性の分子設計

水資源環境研究セ

准教授

准教授
農学研究科

東シナ海の窒素循環理解のための硝酸塩同位体比分析
植物-病原体-環境ネットワークの解明による気候変動対応型病

助教

研究員

京都大学

ルパターン解明
生態系プロセスに対する植物の遺伝子型と表現型可塑性の役割

資源海洋部海洋研究G 研究員
立命館大学

湖沼の炭素・窒素循環を駆動するメタン栄養食物網のグローバ

准教授

森林源頭部から琵琶湖までの栄養塩類の流程変化

木庭

中野

高林
東樹

木庭

工藤
木庭
宇野

環境ストレスに対する樹木の応答

木庭

ジャコウアゲハの環状剥皮行動を促す奇主植物の形質の探索

木庭

37

申請者

石川 俊之

廣部 宗

渡邊 未来

滋賀大学

所

属

教育学部

教授

岡山大学大学院学部）

国立環境研究所・地域
主任研究員

鹿児島大学

井鷺 裕司

橋本 洸哉

環境生命科学研究科（農環境研究センター

山本 智子

京都大学
ー

農学研究科

水産学部

准教授

教授

フィールド科学教育研究センタ

准教授

京都大学

農学研究科

近畿大学

農学部

博士研

地球環境科学研究院

准教授

笠井 亮秀

北海道大学

水産科学研究院

北海道大学

北方生物圏フィールド科学セ

教授

准教授

京都大学大学院

農学研究科

教授

北山 兼弘

京都大学大学院

農学研究科

教授

真常 仁志

京都大学大学院

地球環境学堂北山 兼弘

京都大学大学院

農学研究科

小田

信州大学

あゆみ

木庭

RNA-Seqを用いた常緑樹と落葉樹の比較トランスクリプトーム

工藤

マングローブ林における底生生物の食物連鎖に関する研究

木庭

学習負荷および環境エンリッチメント飼育されたマダイの脳の殺虫剤・殺菌剤の施用が土壌生物を介してダイズの生育に与え・農学部・助手

准教授
教授

工藤

工藤

中野

河床間隙域生物の食物網把握宇野

内湾域における物質循環・生態系の解明

木庭

窒素安定同位体比の変化に基づく森林植生の窒素利用特性の評
価

北島 薫

中野

大気中窒素酸化物の窒素安定同位体比の測定技術開発

る影響

北海道大学

教員

木庭

検証

環境管理学科担当

森林土壌の窒素無機化および窒素保持特性に関する研究

ゲノム情報に基づくテーラーメイド生物多様性保全策の構築と

教授

究員

ンター

題

比較トランスクリプトーム解析

根岸 淳二郎

福澤 加里部課

層の大規模詳細観測

国立研究開発法人

京都大学大学院究

全循環湖から部分循環湖への移行をはじめた琵琶湖における底教授

小野田 雄介益田 玲爾

研

マンリョウの葉、根、根圏土壌の微生物群集のメタ解析による比較
13Cパルスラベリング法を用いたタケの光合成同化産物の転流
様式の評価

木庭

東樹

木庭

ヨルダン死海地域の雨水灌漑における窒素と水の給源の同定

木庭

土壌微生物群集を介した植物-植物間相互作用の評価

東樹山岳地域における窒素同位体比を用いた樹木の窒素獲得様式の
解明

38

木庭

調査船｢はす｣「ElodeaⅡ」運航及び利用実績表（2019年度）

船：調査船職員
教：CER 教員

延べ運航日数：58 日

延べ乗船者数 ：231 名

延べ共同利用者数（非乗船者を含む）：
延べ研究課題数：
月日

時間

院：CER 大学院生等
研：CER 研究員
共：外部共同利 用者

506 名

セ：CER 構成員

91 件

研究課題・用務内容

乗船利用

2019

船

教

非乗船利用
院

研

共

セ

共

1

3

22

2

16

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査

43

8:01 〜 10:34 古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析

2

4

8

7:56 〜 10:52

古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析
定期観測

2

4

16

8:26 〜 14:41 三酸素同意体組成を指標に用いた琵琶湖の物質循環速度定量化

423

7:20 〜 10:23 大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長

植物プランクトン寄生するツボカビの検出と同定
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長

2

5

2

1
4

13

琵琶湖沖の微生物群集の時空間メタトランスクリプトーム解析

117

古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析

426

8:09 〜 11:34 環境DNA解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

5

8

古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析
8:05 〜 13:00 大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長
定期観測

2

5

13

7:58 〜 11:59 湖水−堆積物間のヒ素の分配 〜季節および経年変動〜

2

3

5

15

8:00 〜 10:41

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析
植物プランクトン寄生するツボカビの検出と同定
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長

2

1

5

19

琵琶湖の生物多様性と環境要因の関係解明（施設視察）

2

古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析

5
1

16

21

3

22

6

5

22

7:56 〜 11:01 古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長

528

8:09 〜 9:46 琵琶湖における化学成分の動態

2

2

6

5

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析
7:55 〜 11:34
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長
定期観測

2

1

6

6

7:56 〜 12:41 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

3

6

6

13

12:25 〜 14:20 操船練習 ※

2

6

19

淡水域における微生物学的・ウィルス学的ゲノム多様性の解明
8:32 〜 10:55 琵琶湖の原生生物による細菌とウィルスの摂食琵琶湖調査方法の講習

2

2

2

6

24

9:16 〜 12:10 湖水−堆積物間のヒ素の分配 〜季節および経年変動〜

2

1

7

7

3

8:03 〜 11:47

21

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系機能の解明
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長
定期観測

2

1

2

16

1

7

8

8:19 〜 14:34 三酸素同意体組成を指標に用いた琵琶湖の物質循環速度定量化

2

7

17

10:23 〜 11:46 CER 視察

2

2

4

7

24

8:27 〜 10:45

Development of Acoustic Tomography for Continuous Monitoring of Cyanobacterial Blooms and Lake
Currents ※

2

1

2

7

30

7:59 〜 10:58

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系機能の解明
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長
古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析

2

1

8

1

7:48 〜 12:00 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

3

8

2

7:55 〜 11:46 定期観測

2

8

8

8:55 〜 13:06 琵琶湖実習

2

8

20

9:49 〜 12:06 水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査

2

若手研究者のための夏季観測プログラム in 琵琶湖

39

1

1

1

5

3

4

22

12

13

3

1

28

6

3
1

6

月

日

時間

研究課題・用務内容

乗船利用

2019

船

教

非乗船利用
院

研

共

セ

共

8

21

8:51 〜 10:50 Development of Acoustic Tomography for Continuous Monitoring of Cyanobacterial Blooms and Lake

2

1

3

2

8

22

10:25 〜 13:00

Development of Acoustic Tomography for Continuous Monitoring of Cyanobacterial Blooms and Lake
Currents ※

2

1

2

3

8

27

8:31 〜 13:35 古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去 100 年にわたる微生物間の相互作用の解析

2

9

7

9

3

8:18 〜 10:02 琵琶湖における化学成分の動態

2

2

1

9

4

8:37 〜 14:24 全層循環湖から部分循環湖への移行をはじめた琵琶湖における底層の大規模詳細観測

2

9

5

10:34 〜 11:43 CER 視察

2

9

10

7:54 〜 12:11

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系機能の解明
琵琶湖沖の微生物群集の時空間メタトランスクリプトーム解析
定期観測

2

9

13

9:33 〜 10:43

Development of Acoustic Tomography for Continuous Monitoring of Cyanobacterial Blooms and Lake
Currents ※

2

1

9

20

8:26 〜 12:47 琵琶湖に生息するカワニナ属貝類の分類と生態に関する研究

2

1

9

26

8:24 〜 15:29 三酸素同意体組成を指標に用いた琵琶湖の物質循環速度定量化

2

10

1

8:20 〜 9:38

10

7

7:43 〜 12:03 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

2

7

10

8

7:26 〜 12:08 湖沼の炭素・窒素循環を駆動するメタン栄養食物網のグローバルパターン解明

2

5

1

10

17

7:34 〜 11:44

琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系機能の解明
電動リールでの採泥テスト
植物プランクトン寄生するツボカビの検出と同定
定期観測

2

10

21

7:50 〜 10:31

水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系機能の解明

2

11

5

7:47 〜 11:50 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

2

4

11

6

8:02 〜 10:23 水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査

2

1

6

11

7

7:56 〜 13:53 定期観測

2

11

21

9:23 〜 11:49 琵琶湖のプランクトン群集における生物多様性定量化と生態系機能の解明

2

5

11

25

8:02 〜 10:48 全層循環湖から部分循環湖への移行をはじめた琵琶湖における底層の大規模詳細観測

2

9

11

27

7:43 〜 15:41 全層循環湖から部分循環湖への移行をはじめた琵琶湖における底層の大規模詳細観測

2

9

12

4

7:57 〜 9:20 定期観測

2

12

9

8:00 〜 12:07 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

2

7

12

10

8:13 〜 9:48 琵琶湖における化学成分の動態

2

2

1

12

11

8:08 〜 11:26

2

2

5

Currents ※Development of Acoustic Tomography for Continuous Monitoring of Cyanobacterial Blooms and Lake
Currents ※水域生態系における浮遊性細菌類の特性調査
定期観測

2020

2

船

1

14

8:56 〜 11:26 定期観測

2

1

17

8:08 〜 11:26 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

2

1

22

13:22 〜 13:46 定期整備

2

2

4

11:00 〜 11:44 定期整備

2

2

7

8:17 〜 13:13 定期観測

2

2

12

7:47 〜 11:51 環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査

32

7:43 〜 11:47

環境 DNA 解析による琵琶湖に生息するナマズ属の生息密度推定および遺伝的多様性の調査
大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長

47:51 〜 10:51 定期観測3※

大型緑藻 Micrasterias hardyi の遺伝的多様性と季節消長

40

3

1

14

5
1

1

6

12

1

5

1

2

6

13

教

院

研

共

セ

共

1
2

7

2

2

7

2

2

7

2

6/13、7/24、8/21、8/22、9/13、10/1は「ElodeaⅡ」で調査

911