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NextSeq™ 550 シーケンスシステム
イルミナシーケンステクノロジーによる迅速で高い柔軟性と拡張性を誇るハイスループットのベンチトップ型シーケンサーで、トランスクリプトームとターゲットリシーケンスのアプリケーションが実施できます特長• 研究ニーズに合わせた高い柔軟性
幅広いアプリケーションをサポートし、リード長の選択と複数のデータ出力の設定が可能• 迅速なデータ取得
スピードが重視される研究のための迅速なデータ生成と、基礎研究の加速が可能• 傑出したデータ品質
実績ある Sequence by Synthesis（SBS）ケミストリー
により困難なホモポリマー領域でも高品質な結果を提供• タッチパネル操作と簡単なデータ解析
DNA からデータ出力までが自動化され、さらに合理化されたバイオインフォマティクスにより、データ解析をローカルか、クラウド上で選択して実施できる• 選択したイルミナ BeadChips のスキャンが可能
Infinium™ MethylationEPIC アレイで差次的メチル化
領域を決定したり、選択した CytoSNP アレイを用いた

コピー数バリアントの計測が可能

図 1：NextSeq 550 システム NextSeq 550 システムは、SBS ケミストリーとユーザーフレンドリーなワークフローで最新の技術に対応することにより、エクソーム、トランスクリプトーム、およびターゲットリシーケンスのさまざまなアプリケーションで高品質な結果を提供します。

ライブラリー調製

シーケンス

データ解析

共有

5.5 時間のハンズオン

10 分のハンズオン

5 分のハンズオン

安全なクラウドでの保管

9時間

はじめに
NextSeq 550 シーケンスシステムは、実績あるイルミナの次世代シーケンサー（NGS）に、高い相補性のあるマイクロアレイスキャンに加えた革新的なシステムで、ハイスループットのパワーをもたらします（図 1）。統合型のシーケンスおよびマイクロアレイスキャニングシステムは基礎研究室に効率よく適合し、複数の装置を導入する必要がありません。 DNA からデータまでのワークフローは迅速化および統合化されており、ターゲットパネル、エクソーム、トランスクリプトーム解析を迅速にわずか 1 ランで実施できます。また、必要に応じてロースループットまたはハイスループットを選択できる柔軟性も兼ね備えています。また、イルミナのサイエンティストがすべてのステップにわたってサポートを行い、研究者が新たに革新的な探索成果を得るためのお手伝いをします。

新たな探索を可能に
NextSeq 550 システムは、多様なアプリケーションと新たなテクノロジーに柔軟に対応し、サンプル量とカバレッジのニーズに応じたデータ出力設定が可能です。頑健で拡張性のあるシステムにより、幅広いハイスループットアプリケーションを、コスト効率よく日々の研究ツールとしてお使いいただけるようになりました。
今では、最も小規模の研究室でも幅広い NGS アプリケーションやマイクロアレイアプリケーションにアクセスでき、このような研究室の研究および研究目標を進めることができます。

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。

オンサイトまたはクラウド

15-18 <4
時間

時間 / サンプルあたり

即時

図 2：NextSeq 550 システムのシーケンスワークフロー NextSeq 550 システ
ムは、サンプル調製からデータ解析まで、簡単で統合されたワークフローを提供します。ワークフロー時間は実験およびアッセイタイプによって異なります。
こちらに記載している時間は mRNA 発現プロファイリング実験で 75 bp × 2 を想定しています。解析結果は発現差および選択的転写物の同定を含みます。

迅速で簡単なシーケンスワークフロー
NextSeq 550 システムはライブラリー 調 製からデータ解 析、レポート生成、およびデータ共有までが統合されたワークフローの一部です（図 2）。直感的なユーザーインターフェースとロードしてすぐにランが開始できるデザインにより、より少ないユーザートレーニングや装置セットアップ時間で、さまざまなシーケンスアプリケーションを行うことができます。 NextSeq 550 システムへのライブラリーのロードからセットアップまでは 10 分以内に完了します。他社のプラットフォームでは追加の特別な周辺機器が必要ですが、NextSeq 550 システムはクラスター形成とシーケンスを 1 台の装置に統合し、データ解析はオンサイトあるいはクラウドで行えるように設計されています。
ライブラリー調製後、ライブラリーを NextSeq 550 システムにロードしてセット後、シーケンスが自動的に素早く行われます。次世代シーケンサーのデータは、75 サイクルシーケンスランの場
合は 12 時間、そしてペアエンド 150 サイクルランの場合は 30時間以内に産出されます。 SBS ケミストリーおよびファイル形式変換を採用することにより、NextSeq 550 システムは確立されたプロトコール、ワークフロー、データセットそしてデータ解析ツールを網羅するエコシステムを提供します。

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表 1：複数アプリケーションに対応する最高の柔軟性
アプリケーション

高出力フローセル

中出力フローセル

サンプル数

時間

サンプル数

時間

4011 時間

1311 時間

1618 時間

515 時間3629 時間

1226 時間

1218 時間

315 時間3029 時間

1026 時間

遺伝子発現プロファイリング

1000 万リード以上
75 bp × 1
mRNA-Seq
2500 万リード以上
75 bp × 2
濃縮パネル

12 Mb 領域
95% 以上のターゲット領域を 20 × 以上でカバー
全エクソームシーケンス
平均カバレッジ 50 ×
小さな全ゲノムシーケンス

130 Mb ゲノム
30 × 以上でカバー
150 bp × 2

幅広いシーケンスアプリケーションをサポートする多様性と柔軟性
NextSeq 550 システムは最も優れた操作効率性を提供し、プロジェクトの規模やシーケンス出力に柔軟で最適なシーケンサーといえます。また NextSeq 550 システムは下記のような非常に定評あるシーケンスアプリケーションの解析も約 1 日で行えます。
本システムを用いて、1 ランあたり次のような幅広いサンプル数のシーケンスを行うことが可能です：• エクソーム、1 〜 12 サンプル

NovaSeq システム
あらゆる手法や多様な研究規模へ拡張可能な柔軟性を備えたシーケンサー• トランスクリプトーム、1 〜 16 サンプル
• ターゲットパネル、6 〜 96 サンプル• 遺伝子発現プロファイリング、12 〜 40 サンプル
NextSeq 550 システムの設定は簡易化されており、さまざまなスループットに対応できる拡張性があるため、ユーザーはどの研究プロジェクト規模でも容易に操作することができます。サンプ
ル数やカバレッジのニーズに応じて、研究者は 2 種類のフローセ
ル設定（高出力あるいは中出力）を選択でき、ロースループットからハイスループットまでシーケンスランごとの切り替えも容易に実施できます（表 1）。 NextSeq 550 システムはペアエンドシーケンスを可能にする統合的なサポートを提供し、150 bp × 2 までユーザーがリード長を設定することができます。このシステム
では、イルミナのライブラリー調製およびターゲット濃縮ソリューションのすべてをご利用いただくことができます。ライブラリーはすべてのイルミナシーケンサー製品群において互換性があるた
め、研究を拡張する時はより高いスループットの HiSeq™ およびNovaSeq™ システムを、フォローアップの研究には MiSeq™
システムをお使いいただくことが可能です（図 3）。

SBS ケミストリーによる傑出した精度
NextSeq 550 シーケンスシステムの中核となるのは、高い実績を誇り世界で最も広く使用されている次世代シーケンステクノロジーであるイルミナ SBS ケミストリーです 1。独自の可逆的ターミネーターによる手法は、数千万の DNA 断片を並列にシーケンスを行い、DNA 鎖に取り込まれる 1 塩基を検出します。

本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。

NextSeq 550 システム

MiSeq シリーズ

小規模ゲノム解析向けのスピード、簡便性と柔軟性を兼ね備えたデスクトップシーケンサー

ターゲットシーケンスと微生物ゲノム解析向けスピードと簡便性を兼ね備えたデスクトップシーケンサー

図 3：イルミナ NGS シーケンスシステムシリーズ イルミナの NGS システムは幅広いアプリケーション、サンプルのタイプ、およびシーケンス規模に合わせたソリューションを提供しています。柔軟性のあるスループットと簡単で効率化されたワークフローにより、各システムは高品質および高精度のデータを提供します。
データの比較や共有、解析は BaseSpace™ Sequence Hub でシームレスに行えます。

この手法により、繰り返し配列領域（ホモポリマー）に関連するエラーやコールミスが最小限に抑えられます。さらに、NextSeq
v2.5 Reagent Kit は最適化された v2.5 フローセルを使用します。
v2.5 フローセルは開始時の蛍光強度を維持することで、ランを行っている間の性能が改善します 2。 NextSeq v2.5 ケミストリーを用いることで、NextSeq 550 システムは幅広いカバレッジレベ
ルでヒトゲノム、ターゲットパネル、エクソーム、トランスクリプトー
ムデータを含む幅広い手法に対する傑出した精度を実現します。

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表 2：NextSeq 550 システムパフォーマンス項目
NextSeq 550 システムパフォーマンス項目 a
フローセル設定

リード長

アウトプット

ランタイム

データ品質

150 bp × 2

100 〜 120 Gb

29 時間

Q30 以上の塩基が75% 以上

75 bp × 2

50 〜 60 Gb

18 時間

Q30 以上の塩基が80% 以上

75 bp × 1

25 〜 30 Gb

11 時間

Q30 以上の塩基が80% 以上

150 bp × 2

32 〜 39 Gb

26 時間

Q30 以上の塩基が75% 以上

75 bp × 2

16 〜 19 Gb

15 時間

Q30 以上の塩基が80% 以上

高出力フローセル
最大 4 億シングルリード
最大 8 億ペアエンドリード

中出力フローセル
最大 1.3 億シングルリード
最大 2.6 億ペアエンドリード

必要なインプット量

TruSeq™ ライブラリー調製キット
使用時 100 ng 〜 1 µg

a. 時間は NextSeq 550 システム上で実施するクラスター形成、シーケンス、ベースコールを含みます。据付時の仕様は、イルミナ PhiX コントロールライブラリーを使い、サポート範囲内でのクラスター密度（129 〜 165 k/mm2 パスフィルタークラスター）を基にしています。実際のパフォーマンス項目は、サンプルの種類、クオリティ、そしてパスフィルタークラスターに依存します。 Q30 以上の塩基の割合は、そのラン全体の平均値です。

NextSeq 550 システムアレイスキャン項目
ビーズチップあたりスキャン時間

サンプルあたりスキャン時間

Infinium MethylationEPIC BeadChip

40 分

5分

Infinium CytoSNP-850K BeadChip

40 分

5分

HumanCytoSNP-12 BeadChip

40 分

3.3 分

Infinium HumanKaryomap-12 BeadChip

40 分

3.3 分

BeadChip

アレイスキャンによる傑出した柔軟性
NextSeq 550 システムは非常に補完性の高いテクノロジー * であるマイクロアレイスキャンをサポートすることによって傑出した柔軟性が実現します（表 2）。研究者は NextSeq 550 システムに搭載されたマイクロアレイスキャンによって、強力なテクノロジーにすぐにアクセスすることができます。マイクロアレイのス
キャンには、CytoSNP BeadChip を用いてコピー数バリアントを迅速に確認したり、Infinium MethylationEPIC BeadChip を用いてさまざまなメチル化領域を決定するためにコスト効率の良いオルトゴナル法を使用しています。 NextSeq 550 システムを使うことで、最先端の研究アプリケーションの幅を最大限に活用することができると同時に、装置導入のコストを抑えることができます。このシステムは遺伝性疾患、がんなどの幅広いアプリケーションをサポートしています。

合理化されたバイオインフォマティクス
NextSeq 550 シーケンスシステムにはさまざまなデータ解析オプションがあります。ベースコールおよびクオリティスコアは、装置に統合されたコンピューターで行います。シーケンスランデー
タは幅広いオープンソースや、イルミナデータのために開発された市販されたパイプラインを介して解析することができます。また、装置上または Local Run Manager を使って装置外で解析を実施することができます。 Local Run Manager はランセットアップから解析までのモジュールをつなげる性能を備えており、シーケンスランの作成および解析のための統合型ソリューションを提供します。幅広い手法のアレイが自動解析で利用でき、例えば、アンプリコン解析、DNA 濃縮解析、および GenerateFASTQ 解析などがあげられます。利用可能なモジュールの全リストはイルミナのサポートページでご覧になれます。クラウドベースソリュー
ション も イ ル ミ ナ の ゲノムコンピュー ティング 環 境 で あ る
BaseSpace™ Sequence Hub を経由して利用でき、データが即座に転送され、解析されて安全に保管することができます。
Sequence Hub 解析アプリには、アライメント、バリアント検出、アノテーション、可視化、および interpretation（解釈）などがあります。また、BaseSpace Sequence Hub はエクソームおよびトランスクリプトーム、全ゲノム、そして体細胞変異コール用のデータ解析アプリも搭載しています。業界標準のデータフォーマットを採用しているため、サードパーティの開発者らがさらなる下流データ解析のための商用ツールおよびオープンソースのツールを開発して、豊富なエコシステムを構築しています。
アレイベースの分子細胞遺伝学研究または体外受精（IVF）デー
タ から 得 ら れ た アレ イ と NGS の 統 合 デ ー タ に つ い て は、BlueFuse™ Multi ソフトウェアが包括的なデータ解析のためのフレームワークを提供します。このソフトウェアは、全ゲノム解析実験で産出されたデータを高機能な処理アルゴリズムと直感的な可視化フォーマットを使って管理、検索、表示します。 Infinium
MethylationEPIC BeadChip の デ ー タにつ い て は、Genome
Studio™ Methylation Module による解析がサポートされており、小規模研究のための差次的メチル化解析を実施することが可能です。大規模研究用に、ソフトウェアフレームワーク R 上で利用可能な無料の解析パッケージが多数提供されており、ノーマライゼーションやメチル化データの差次的解析を実施できます 3-4。

* Infinium MethylationEPIC、CytoSNP-850K、HumanCytoSNP-12、および HumanKaryomap-12 DNA BeadChip のマイクロアレイスキャンをサポートしています。
本製品の使用目的は研究に限定されます。診断での使用はできません。

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まとめ

NextSeq 550 システム仕様

NextSeq 550 システムは、NGS およびマイクロアレイスキャンを全世界のラボで日常的な研究ツールとしてご利用いただける革新的な装置です。最新の SBS ケミストリーを採用し、高い柔軟性を誇る NextSeq 550 システムが備えるユーザーフレンドリーな操作および DNA からデータを得るまでの効率化されたワークフローにより、研究者は最も定評のあるハイスループットなアプリケーションを 1 日以内で実施することができます。本システムの 2 種類のフローセルおよび試薬の組み合わせにより、必要に応じてロースループットなアプリケーションにも対応でき、研究者はさまざまなプロジェクト規模およびプロジェクトのニーズに応じて柔軟に運用できます。

パラメーター

仕様

装置の構成

RFIDトラッキング機能付きの試薬消耗品装置コントロール

メモリー：96 GB RAM

CPU：Intel Xeon E5-2448L 1.8 GHz CPU × 2
コンピューターハードドライブ：750 GB（内蔵）a

オペレーティングシステム：Windows 10

embedded standard
温度：19℃から 25℃（22℃ ± 3℃）
湿度：20% 〜 80%、結露なきこと
オペレーティング環境

高度：2000 m（6500 ft）以下
空気質：汚染度評価 II
換気：最大 2048 BTU/ 時 @600 W
屋内で使用のこと

製品情報

発光ダイオード（LED）

システム名

カタログ番号

NextSeq 550 システム

SY-415-1002

試薬キット名カタログ番号

520 nm、650 nm；レーザーダイオード 780 nm、
クラス IIIb幅 × 奥行 × 高さ：53.3 cm × 63.5 cm × 58.4 cm

寸法

重量：83 kg
梱包重量：151.5 kg

100–120 VAC 15 A
220–240 VAC 10 A

所要電源

NextSeq 500 Mid-Output v2.5 Kit（150 Cycles）

20024904

無線自動識別装置

周波数：13.56 MHz

NextSeq 500 Mid-Output v2.5 Kit（300 Cycles）

20024905（RFID）

電源：供給電流 120 mA、RF 出力 200 mW

NextSeq 500 High-Output v2.5 Kit （75 Cycles）

20024906

NextSeq 500 High-Output v2.5 Kit（150 Cycles）

20024907

製品安全性および準拠

NextSeq 500 High-Output v2.5 Kit（300 Cycles）

20024908

NRTL 認証 IEC
61010-1 CE マーク取得
FCC/IC 認証

TGa NextSeq 500/550 Mid-Output Kit v2.5（150 Cycles）

20024909

TG NextSeq 500/550 Mid-Output Kit v2.5（300 Cycles）

20024910

TG NextSeq 500/550 High-Output Kit v2.5 （75 Cycles）

20024911

a. コンピューターの仕様は定期的に更新されます。最新の構成についてはお問い合わせください。

TG NextSeq 500/550 High-Output Kit v2.5（150 Cycles） 20024912
TG NextSeq 500/550 High-Output Kit v2.5（300 Cycles） 20024913
a. TG というラベルの付いた消耗品には、再検証の頻度を減らすことを意図した機能が備わっています。これらの消耗品はサプライ契約の下でのみ入手することができ、今後将来の注文予定を報告する必要があります。詳細については、弊社の担当者にお問い合わせください。

参考文献
1. 社内資料 Illumina, Inc. 2015.
2. 社内資料 Illumina, Inc. 2018.
3. Morris TJ, Butcher LM, Feber A, et al. ChAMP: 450K chip analysis
methylation pipeline. Bioinformatics. 2014;30(3):428-430.
4. Assenov Y, Muller F, Lutsik P, et al. Comprehensive analysis of DNA
methylation with RnBeads. Nat Methods. 2015;11(11):1138-1140.

イルミナ株式会社

販売店〒108-0014 東京都港区芝 5-36-7 三田ベルジュビル 22 階
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すべての商標および登録商標は、Illumina, Inc または各所有者に帰属します。
商標および登録商標の詳細は jp.illumina.com/company/legal.html をご覧ください。

予告なしに仕様および希望販売価格を変更する場合があります。

Pub. No. 770-2013-053-F-JPN 08JAN2020