トランスクリプトームの全長解析

ロングリードシーケンサーを用いた遺伝子解析のIso-seq解析
対象生物

cDNA 合成に oligo dT を用いているので、polyA を持たない生物は Lib 調製できず解析不可となります。

１セル占有プラン
価格（税別）

納期

データ量

ハードルを下げます！

真核生物のみ700,000 円※1 サンプル分のライブラリー調製費用は上記に含まれています。複数サンプルご依頼の場合は、2 サンプル目以降からライブラリー調製費用 80,000 円 / サンプルが別途必要です。

コストを大幅ダウン

30営業日

2023 年登場の最新機種 Revio を早速導入しました。
Revio はランニングコストを抑えられるため、解析費用を下げることが可能になりました！

※3 セル以上の場合は要相談
これまでは、コスト的にも、DNA 量的にも高い壁を越えなければならなかった。

1 セルで 200 万リード程度（サンプルに依存するため、データ保証はできません）。
取得データ量は全遺伝子数の 20-50 倍が目安です。遺伝子数に応じて複数セルでのシーケンシングが必要になります。

もっと気軽にロングリードの解析を！
ショートリードでは見えなかった世界が見えてくる。

・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認
・オリゴdTプライマーでcDNA合成
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析（PacBio Sequel lle Iso-seq解析）

作業内容

ご提供サンプル・データ解析
リードの振り分けおよびIndex配列の除去を行った後、完全長リードのノイズを除去します。Iso-Seq3を用いて、フィルタリングした完全長リードをクラスタリングします。
その後、参照配列がある場合は、pbmm2を用いてクラスタリングしたhq.fastaを参照配列にマッピングを行います。Iso-Seq3を用いて、固有のアイソフォームに分類します。参照gtfもある場合は、SQANTI3を用いて、統合したアイソフォームをアノテーションします。

2023.10

トータル RNA 1 μg 以上 /1 セル（＞50 ng/ul、＞20 ul）※RNase-free water に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。

サービス開始！
！

以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。

納品物

ご依頼の流れ生物技研の解析サービス
・ゲノム解析 →本チラシ
・Iso-seq 解析 →本チラシ裏面
・ロングアンプリコン解析→別チラシ・メチル化解析 →ホームページ

・シーケンス生データ（fastq＆bam形式）
・クラスタリングの結果 (エクセルファイルとfasta形式)
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ

参照配列がなければ納品物はこの３点のみです

・固有のアイソフォームの分類データ(gﬀ形式など)
・Mappingの結果(bam形式)
・参照配列（fasta&fasta.fai形式）

参照配列があるが、参照gtfがなければ、上記３点に加え、この３点も納品します

・Annotation結果（エクセルファイル）
・参照遺伝子アノテーション（gtf形式）

参照配列とgtfともがあれば、上記6点に加え、この２点も納品します

微量 DNA 用のライブラリー調製（PCR あり）が標準です！

解析対象の目安 or プラン

原核生物

備考

価格（税別）▼ ご提供サンプル量の目安発現比較解析

細菌

細胞数 1×10^9程度、湿重量 20 mg程度

酵母

細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度

植物（葉）湿重量 50 mg程度、直径1.5cm

動物細胞

細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度

動物組織

湿重量 20 mg程度

▼保管温度
◇ 核酸保存液を添加する場合
核酸保存液を添加した後、一晩は冷蔵保管（4℃）
し、

パスウェイ解析

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）を利用したパスウェイ解析です。
発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます。
また、
Fisher検定による有意差検定を行います。

Gene Ontology（GO）解析

全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGOtermについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。発現
変動遺伝子の特徴的なGO termを推定することができます。

10 Mb 以下

納期120,000 円 / サンプル
4~7 サンプル
110,000 円 / サンプル
8 サンプル以上
100,000 円 / サンプル

原核生物のゲノム解析のみアセンブルまで含まれます※1

ゲノムサイズ

ゲノムサイズサン
20,000円/ プル

5営業日

真核生物

100 Mb 以下
ゲノムサイズ100-300 Mb
ゲノムサイズパターンって？

1パターン

例えば、A群・B群・C群があり、A群 VS B群とA群 VS
C群の発現比較解析をする場合は2パターン、総当たりで行う場合は3パターンとなります。

50,000円
追加1パターンごと+10,000円

1パターン

50,000円
追加1パターンごと+10,000円

50,000円｝

追加1パターンごと+10,000円-30,000円

1パターン

200 Mb

ご依頼の場合ご依頼の場合50 Mb 以下

翌日に冷凍保管（-20℃）。
◇ 核酸保存液を添加しない場合採取後すぐに-80℃保管。

iDEGES正規化（Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013）
後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。

価格（税別）
ご依頼の場合ゲノムサイズ

追加納期

QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。

RNA抽出

取得データ量1~3 サンプル

他にも主成分分析などの解析も可能です。弊社HPをご覧ください。

項目

PCR を行う微量 DNA 用のライブラリー調製方法が、生物技研のゲノム解析の標準になりました（2023 年 9 月より）。それまで微量 DNA 対応は有償のオプションでしたので、原核生物で 40,000 円、真核生物 50,000 円の追加費用が不要となり、実質的な大幅値下げです。
もちろん、PCR フリーの対応も可能です（追加料金不要、減額もありません）。

PacBio® Revio / Sequel lle
ゲノム解析の新価格

まずは弊社HPのお問合せフォームからお見積りをご依頼ください。

オプション（RNA抽出＆データ解析）

ゲノム解析に必要なDNA 量が 4 μg から200 ng に！

なし↓300 Mb-1Gb
1 セル占有プラン

※2

1 Gb

150,000 円 / サンプル

2 Gb

225,000 円 / サンプル

6 Gb

375,000

20 Gb

525,000 円 / サンプル※350 Gb 程度

35 営業日

ダウンロード（4 GB を超える場合は記録媒体に変更となります）

35 営業日円 / サンプル

800,000 円 / セル

納品形態

記録媒体

2 セルまで35 営業日※1 取得データ量 1 Gb 以上でも適用されます。
※2 取得データ量は、ゲノムサイズの 20 倍が目安です。ゲノムサイズに応じて複数セルでのシーケンシング解析が必要になります。
※3 Revio を導入したばかりのため、取得データ量の目安は変更になる可能性があります。最新情報は弊社 HP をご覧ください。
また、サンプルに依存するため、データ保証はできません。

セット割引〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334＜見積り依頼･お問合せ＞ dna@gikenbio.com

ショートリードを用いた従来法に比べ、コンティグの数は圧倒的に少なく、ギャップが生まれにくいです。そのため、完全長ゲノム DNA を目指す場合に非常に有効な手段です。原核生物の場合、ほぼ環状化できています。

HiFiリードを用いたゲノム解析

オプション（DNA抽出＆データ解析）
項目

・シーケンスライブラリー作製（Ultra-Lowのマニュアルに従いPCR増幅してライブラリー作製）・シーケンシング解析（PacBio Revio または Sequel lle を用いてHiFiリードを取得）
・アセンブル（オートアノテーション含む）※原核生物のゲノム解析の場合のみDNA抽出（ロングリード用）

PCR フリーのライブラリー調製も可能です。お見積り依頼時にその旨お知らせください。
・報告書

納品物

・シーケンス生データ（fastq形式）
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ・アセンブルおよびオートアノテーションデータ ※原核生物のゲノム解析の場合のみ納品形態はダウンロードまたは記録媒体です。
表紙の表をご参照ください。

1. DNA量PCR フリーのライブラリー調製をご希望の場合は、濃度 50 ng/ul 以上 、総量 4 ug 以上※複数セル占有でご依頼の場合は、1 セルごとに 上記の DNA 量が必要です。

2. DNAの品質受け入れ後の電気泳動装置（Fragment Analyzer）を用いた品質確認で GQN が 5 以上であること

原核生物のゲノム解析

濃度 5 ng/ul 以上 、総量 200 ng 以上＜お客様で事前に確認する場合＞ A260/230 は 2.0 以上、A260/280 は 1.8 以上であること。
また、電気泳動で 20 kb 以上にバンドが見えていることが望ましいです。

ご提供サンプル

3.バッファー

4.送付方法保管時と同じ温度帯（冷蔵または冷凍）でお送りください。
また、輸送中の大きな揺れによる物理的なせん断を避けるために、梱包の際はサンプルチューブを緩衝材で包んでご送付ください。

ご提供情報

長いリードを得るためには断片化されていないDNAが必要ってことらしい

真核生物のゲノム解析

ヌクレアーゼ活性を抑えて DNA 分解を抑えられる TE buﬀer がお勧めです。
TE buﬀer 以外を使用される場合は、吸光度による純度測定の際のブランク用に溶出バッファー 100 ul 程度をサンプルと一緒にご送付ください。

まずはお見積りをご依頼ください。弊社HPにお見積り依頼フォームをご用意しています。

PacBioのゲノム解析はショートリードでの解析とどう違う？

長い！
10 〜 15 kbp

断片化した二本鎖 DNA↑
アダプター

リードの精度がよい！
イルミナ社のショートリード以上
サブリードエラー

サブリード（アダプター配列を除いたもの）④サブリード間のコンセンサスをとる⑤平均品質値が 20 以上のリードをHiFi リードとする

繰り返し読んだ配列を比較・補正して出力される HiFi リードの精度が高い。イルミナ社のショートリード以上の精度なので、ロングリードのみでアセンブルが可能！リードが長くて精度がよいから、驚くほど短時間でアセンブルが完了します。

HiFi リード

HiFi は High Fidelity（高忠実度、高再現性）の略語だって

5営業日

5営業日

アノテーション解析（二次代謝）

antiSMASHを使ってゲノム配列から二次代謝系遺伝子のアノテーションを行います。

サン
10,000円/ プル

なし

アノテーション解析（抗生物質耐性）

AMRFinderPlusとResFinderを使ってゲノム配列から抗生物質耐性遺伝子のアノテーションを行います。

サン
10,000円/ プル

なし

ANI ※3(Average nucleotide identity)

アセンブル後の配列同士をアライメントし、類似度を計算します。比較する菌株が同種であるか確認するのに有効な解析です。

10,000円/解析

なし

wgMLST※3(Whole genome multilocus
sequence typing)

アセンブル後の配列を使って、ゲノムワイドに遺伝子型の判定をします。

アセンブル

対象生物が真菌はIPA、それ以外の真核生物はHiFiasmによるアセンブルを行います。
その後、BUSCOを使ってeukaryotaをモデルにアセンブルされたゲノムデータの完全性を確認します。

AUGUSTUSを用いた
遺伝子予測

アセンブル配列から遺伝子領域を予測し、アノテーションを行います。

RNA-seqを用いた遺伝子予測

サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要があります。

サン
40,000円/ プル

SNP/InDel解析

SNPsと短いIndelを検出する解析です。DeepVriantを用いて検出された変異部位をvcf形式で納品します。gﬀ形式(遺伝子位置情報)がある場合は、snpEﬀを用いて、vcfに対してアノテーションした結果も納品します。

サン
20,000円/ プル

構造変異(Structural variant)解析

挿入や欠失、逆位、重複、転座を検出する解析です。
pbsvを用いて構造多型を検出したvcf形式で納品します。

サン
20,000円/ プル

ヒトタンデムリピート解析

HiFiリードとタンデムリピートジェノタイピングツール（TRGT）を用い、vcfとその情報をまとめた表を納品します。
＊現在、ヒトゲノムの参照配列hg38のみ対応で、Y染色体の同定には対応してしません。
ご依頼する際にサンプルの性別情報をご提供ください（標準は女性として解析を行います）。

サン
20,000円/ プル
5営業日

10サンプルまで一律40,000円
11サンプル以上の場合、+2,000円/サンプル

サン
30,000円/ プルサン
20,000円/ プル※別途アセンブル費用が必要

5営業日

5営業日
5営業日
5営業日

5営業日
※総取得データ量が15Gb超の場合は、15Gbあたり+5営業日

特定生物由来のリードの除去取得したリードから特定の生物のリードを除去します。
例1）
ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する
例2）
植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する
Flye によるアセンブルを行い、MAG (Metagenome-assembledgenome)を提供します。
同時に、各配列にマップされたリード数を提供します。

8サンプルまで一律8サンプルまで

アセンブル・マッピング

100,000円

10営業日

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円

9-20ｻﾝﾌﾟﾙ：15営業日
21-40ｻﾝﾌﾟﾙ：20営業日
41ｻﾝﾌﾟﾙ〜：要相談

アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka（ソフトウェア）によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います。

8サンプルまで一律8サンプルまで

アセンブル・マッピング・
遺伝子予測・機能解析

200,000円

20営業日

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円

9-20ｻﾝﾌﾟﾙ：30営業日
21-40ｻﾝﾌﾟﾙ：40営業日
41ｻﾝﾌﾟﾙ〜：要相談

10,000円

なし┗ KEGG pathway classiﬁcationchart
ccs リードサン
30,000円/ プルサン
70,000円/ プル

最終的に 10-15 kb のリードが得られます。
ショートリードシーケンサーの場合の解析長は最長 500 bp 程度なので、桁違いに長い！

SMRTbell③ 環状構造になった SMRTbell のDNA 配列をシーケンシングで複数回読む

New!

●菌体の場合ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数 5×10^9 以上、湿重量 100 mg 以上です。ただし、菌種によっては DNA 抽出
効率が悪いものもありますので、多めに送付していただくのがよいです。また、死菌が増えてくると DNA が断片化されてしまいますので、死菌の少ない対数増殖期に集菌をお願いします。
菌体ペレットを -80℃保管後、ドライアイスを同梱して、冷凍便でお送りください。
●菌体以外の場合菌体と同様、多めにご送付ください。採取後速やかに -80℃保管後、ドライアイスを同梱して、冷凍便でお送り下さい。

オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG̲IDやGO̲IDを対応させます。

2024.05

ショット ガ ン メ タ ゲ ノ ム 解 析② アダプターを付加する←センス鎖← アンチセンス鎖

追加納期

マニュアル
アノテーション

ライブラリー調製とシーケンシング解析の流れ① DNA を 10 〜 15 kb に断片化する価格（税別）

Genomic-tip（QIAGEN）等の長鎖 DNA 用抽出キット
を用いて、DNA 抽出を行います。

・送付DNAの品質確認（蛍光法による2本鎖DNAの定量・吸光度によるDNAの定量・純度測定・電気泳動）

作業内容

備考

各サンプルに対して、分類されたKEGGカテゴリーに関連する遺伝子の割合を可視化します。
また、
機能pathwayの視点でサンプル間の違いを比較することができます。

8サンプルまで一律8サンプルまで50,000円

2営業日

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+6,250円

9-20ｻﾝﾌﾟﾙ：3営業日
21-40ｻﾝﾌﾟﾙ：5営業日
41ｻﾝﾌﾟﾙ〜：要相談※3 データベースに登録されているゲノム配列を含めて解析することが可能です。
ご希望の場合は、配列のURLをお送りください。ANIは最大10配列までご指定可能です。wgMLSTはご指定配列数がサンプル数としてカウントされます。