RAD-seq解析・GRAS-Di®解析・MIG-seq解析の比較
RAD-seq解析

MIG-seq解析

制限酵素

塩基解読する領域

制限酵素部位の間ランダム

単純反復配列（SSR）の間少ない（-1,000 SNPs）

多い（-100,000 SNPs）

適した解析名

集団解析

遺伝子地図作製やqtl解析、集団解析

必要DNA量多い（100ng以上）

DNAの品質少ない（15ng)

少ない（2-100ng）
低品質のDNAでも可

高品質のDNAが必要

費用

ジェノタイピングシーケンシング解析
塩基多型を検出し、得られたSNPマーカーを用いて、系統解析や連鎖地図作成、QTLマッピングを行います。
解析内容（目的や対象生物、サンプル数など）をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

PCR

ライブラリー作製様式

得られる多型の数

GRAS-Di®解析

安い

高い

GRAS-Di®
ＭＩＧ-seq解析
RAD-seq解析
Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct

A

ゲノム

RAD-seq・
GRAS-Di®・
MIG-seqは、ライブラリー作製の方法が異なります。

BA

制限酵素→

←RAD-seq
AB

2種類の制限酵素で消化各制限酵素の 出末端に合うアダプターを付加アダプター→←

Multiplexed ISSR by sequencing

DNA断片のサイズセレクション

Restriction Site Associated DNA Sequence←

PCRで増幅
DNA断片の両端に同じアダプターが付いているものはPCR効率が悪いのでその割合は大きく減少する

MIG-seq

GRAS-Di
Foward primer

GRAS-Di®とは？

Foward primer←ランダムプライマー

ゲノム←

Reverse primer

Reverse primer
Foward primer
インデックス配列

PCRで増幅(1stPCR）←

1stPCR産物→

インデックス配列
Reverse primer

PCRで増幅(2ndPCR）

ランダムプライマーを用いて PCR することにより、ゲノムの複数個所を増幅します。ゲノムワイドに増る解析結果は、アンプリコン増幅の再現性が高く、ジェノタイプデータの欠損が少ないのが特徴です。

インデックス配列
Reverse primer→

1stPCR産物

グラスディーアイと読み、トヨタ自動車株式会社が開発した技術です。
幅されたアンプリコンを次世代シーケンサーで解析した後、ジェノタイピング解析を行います。得られ←

PCRで増幅(1stPCR）

単純反復配列(SSR）→

ゲノム

Foward primer
インデックス配列技術による解析※GRAS-Di® はトヨタ自動車株式会社の登録商標です。

PCRで増幅(2ndPCR）

お問合せ・見積依頼・サンプル送付先

ご不明点はお気軽にお問合せください。

〒252-0154
神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333
dna@gikenbio.com〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334＜見積り依頼･お問合せ＞ dna@gikenbio.com

www.gikenbio.com

1. 解析の流れ※価格は税別GRAS-Di®

RAD-seq解析
ゲノムDNA※1 >10 ng/µl, >20 µl（お客様）サンプルと情報のご提供

技術による解析

ＭＩＧ-seq解析

ゲノムDNA※1 >15 ng/µl, >20 µl

ゲノムDNA※1 >1 ng/µl, >20 µl

2. 価格と納期

解析内容（目的や対象生物、サンプル数など）をお知らせください。最適なプランをご提案いたします。

●冷蔵便または冷凍便で（株）
生物技研へ送付ください。
8連チューブまたはプレートでお願いします。
●GRAS-Di解析の場合は、DNA濃度測定の際のブランク用に溶出バッファーを100 ul程度サンプルと一緒にご送付ください（難しければ、バッファーの情報の提供をお願いします）。
●サンプル送付時に、当社指定の依頼書（エクセル）をご提出ください。
依頼書はお見積り時に添付します。

ddRAD法を用いてライブラリーを作製します。使用する制限酵
素は、Msp Iと Eco RIの組み合わせですが、別の制限酵素からお選び頂くことも可能です。

ライブラリー作製

トヨタ自動車株式会社のプロトコールに従い、ライブラリーを作製します。
①と②の2通りの方法があります。

MGI社 DNBSEQ
150 bpペアエンド
1サンプルあたり100万リード程度

シーケンス解析① ※2② ※2・3

DNBSEQのアダプ
ター配列を付加したプライマーを用います。

イルミナ社のアダプター配列を付加したプライマーを用います。

MGI社 DNBSEQ
150 bpペアエンド
1サンプルあたり100万リード程度

GRAS-Di®解析ソフトウェア
による解析（10万円）

Suyama et al., 2021. と同様の方法を用いて、ライブラリーを作製します。

50,000円/8サンプル

ライブラリー調製※4

25,000円/8サンプル

シーケンス解析

12,000円/8サンプル

シーケンス解析

12,000円/8サンプル※シーケンス解析は48サンプルまでは一律72,000円※シーケンス解析は48サンプルまでは一律72,000円

データ解析

データ解析

上記参照

上記参照

48サンプル

150,000円
ライブラリー調製
シーケンス解析72,000円
ジェノタイピング解析＋系統解析 100,000円
計 322,000円（1サンプルあたり6,708円）

96サンプルライブラリー調製600,000円
シーケンス解析
144,000円
ジェノタイピング解析＋系統解析 100,000円
計 844,000円（1サンプルあたり8,791円）

ライブラリー調製
シーケンス解析
ジェノタイピング解析＋系統解析

価格例

25営業日※5300,000円
144,000円
100,000円
計 544,000円（1サンプルあたり5,666円）

2024.05
納期短縮

GRAS-Di：30営業日※5MIG-seq：25営業日※52024.05
納期短縮※4 ライブラリー調製のみのご依頼は承っておりません。
※5 500サンプルまでの納期です。500サンプル超の場合は追加納期がかかります。

3. 解析事例〇データ
解析

ジェノタイピング解析
（8万円）

〇

〇

〇

＋ 系統解析
（2万円）

〇

〇

〇

目的に合わせいずれかの解析を行います＋ structure解析
（2万円）

〇

〇

〇

＋ 遺伝的指数の算出
（2万円）

〇

〇

〇

連鎖地図作成（20万円）〇〇QTLマッピング（20万円）〇〇

事例-1）
GRAS-Di®技術による解析

事例-2）
植物の地域個体群を解析【GRAS-Di® 解析ソフトウェアを用いた結果】【系統解析】

弊社HP上でデモデータ（エクセル形式）をご覧いただけます。

※1※2

試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行うことも可能です（DNA抽出費用24,000円/8サンプル、納期5営業日追加）。
弊社の試験では、①と②で異なる部位が増幅されることがわかりました。継続的な解析の場合、以前と同一メーカーのアダプター配列を付加したプライマーを用いる方法を選択ください。
※3 ②は、リン酸化されたプライマーで2ndPCRを行った後、環状化させてDNBSEQでシーケンス解析します。
イルミナ社
シーケンサーでシーケンス解析した場合と同等の結果が得られることを検証済です。

GRAS-Di®解析ソフト
ウェアによる解析

GRAS-Di®解析ソフトウェアを用いて、アンプリコンごとのリード数やその配列、増幅断片のサイズ、遺伝子型などをExcelファイルで納品します。

ジェノタイピング解析

Stacksを用いてde novoアセンブルを行います。
アセンブルされたカタログ配列に対し、各サンプルをジェノタイプします。
レファレンスが利用できる場合は、レファレンスに対しジェノタイプします。

系統解析

RAxML（GTR+gamma）モデルを用いた最尤法により系統樹を作成します。

structure解析

structureを使用して、集団の遺伝的構成の違いを可視化します。

遺伝的指数の算出得られたSNPデータと指定のグループ分け情報を使用し、Stacksで集団内と集団間（総当たり）の遺伝的指数（ヘテロ接合度の観察値と期待値、塩基多様度、近交係数、固定指数）を算出します。

連鎖地図作成Bowtieを用いてレファレンスにリードをマップした後、samtoolsとbcftoolsを用いて、SNPを検出致します。
その後、vcftoolsを用いてSNPのフィルタリングを行います。
遺伝子型データをもとにJoinmapを使用して、連鎖地図を作成致します。

QTLマッピング

連鎖地図作成と同様の方法で遺伝子型を決定した後、R/qtlを用いてQTL領域を推定し、1,000回の並び替え検定で、5％有意水準を算出します。

事例-3）
各イネ品種の遺伝的構成の違い

事例-4）
各イネ品種の遺伝的指数【structure 解析】【遺伝的指数の算出】

構成比 [%]

データ解析の内容

ライブラリー調製※4300,000円
ライブラリー調製
シーケンス解析72,000円
ジェノタイピング解析＋系統解析 100,000円
計 472,000円（1サンプルあたり9,833円）

納期
MGI社 DNBSEQ
150 bpペアエンド
1サンプルあたり100万リード程度

技術にGRAS-Di®よる解析
・ＭＩＧ-seq解析

RAD-seq解析
価格

価格は税別

赤：北海道品種（ゆめぴりか、ななつぼしなど）の遺伝的構成
イネ品種

事例-5）
ある特徴的な性質をもった魚類の解析【連鎖地図作成】 【QTL マッピング】

よくあるご質問
Q1.シーケンス解析の生データも納品してもらえますか？

Q3.GRAS-Di®解析のデモデータはありますか？
弊社HPにご用意しています。
エクセルデータです。

F0↓ メダカの第？番染色体の一部と高い相同性がある

Aa×AA

連鎖群

はい。
fastq形式の配列データを納品しています。

Q2.推奨のDNA抽出キットはありますか？

Q4.3つの解析方法の違いは何ですか？

特にございません。
市販のDNA抽出キットであればどれをご使用いただいても問題ないと思います。

裏表紙に比較表をご用意しています。

弊社HP上でデモデータ（エクセル形式）をご覧いただけます。

F1

AA Aa Aa

F2

AA Aa Aa aa

♂

♀

変異体

お問合せ・見積依頼
サンプル送付先
株式会社生物技研〒252-0154
神奈川県相模原市緑区長竹657
tel: 042-780-8333
Email: dna@gikenbio.com