ゲノム解析
ショットガンメタゲノム解析
0.3 Gb
1 Gb
価格（税別）とデータ量

5 Gb
10 Gb
20 Gb
50 Gb

納期

作業内容

30,000 円 / サンプル
35,000 円 / サンプル
40,000 円 / サンプル
70,000 円 / サンプル
100,000 円 / サンプル
160,000 円 / サンプル

※いずれのデータ量でも、24サンプル以上で数量割引があります。

20営業日
・送付サンプルのDNA濃度測定（蛍光法による2本鎖DNAの定量）
・シーケンスライブラリー作製※1
・シーケンシング解析（DNBSEQ 150 bpペアエンド解析）
データ解析は含まれていません。
データ解析については裏面をご覧ください。

納品物

以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ（fastq形式）
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ※データ量が多い場合はHDD納品となり、HDD代として別途10,000円（税別）がかかります。
お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。
＜HDD納品となる目安＞
生データ納品の場合は200 Gb、データ解析ありの場合は100 Gb

抽出ゲノムDNA（ 濃度 4 ng/ul以上、総量 200 ng以上）※濃度が高い場合でも、液量 20 ul以上をお送りください。
※濃度は、蛍光法を用いた2本鎖DNAの定量結果を基準としています。

ご提供サンプル

260 nmの吸光度ベースで定量されている場合上記より高めの濃度（可能であれば、100 ng/ul以上）で送っていただく必要があります。
DNAの質はA260/280が1.8以上であることが望ましいです。

DNA濃度が基準値未満の場合は「微量DNA対応」のオプションを、PCRフリーでの調製をご希望の場合は※１をご覧ください。

ご依頼の流れまずは、お見積りをご依頼ください。
弊社HPにお見積り依頼フォームをご用意しています。

※1 標準ではPCR増幅して、ライブラリーを作製します。PCRフリーでの対応も可能ですが、抽出ゲノムDNAが多く必要になります。PCRフリーをご希望の場合は、お見積り依頼時にその旨をお知らせください。
また、抽出ゲノムDNAは、濃度 50 ng/ul以上、液量 40 ul以上をご提供ください。

こんな解析はできる？

Q1.ウイルスやファージの解析はできますか？
右記の通り、ゲノムの形状によります。

一本鎖DNA（ssDNA）：×
二本鎖DNA（dsDNA）：〇
一本鎖RNA（ssRNA）：〇
二本鎖RNA（dsRNA）：〇 ※環状化dsRNAは×

Q2.宿主由来のDNAが混入するサンプルのゲノム解析は可能ですか？
宿主の参照配列があれば、取得したリードから宿主のリードを除去後、アセンブルすることが可能です。
※データ解析はオプション（有償）です。

オプション（DNA抽出・微量DNA対応）
項目

備考

価格（税別）

追加納期

1~2サンプル

試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。

DNA抽出

微量DNA対応

ご提供いただくサンプル量の目安は、細胞数 1×10^9 〜 5×10^9程度、湿重量 20〜100 mg程度です。

微量DNA（1 ng/ul以上、20 ul以上）に対して、ライブラリー調製を行います。Nextera XT (イルミナ社)とコンバージョンプライマーを用いてライブラリー調製を行います。

＜見積り依頼･お問合せ・サンプル送付先＞〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334
dna@gikenbio.com

サン
10,000円/ プル
3~7サンプル※サンプル数に限らず一律価格

24,000円/ 式

5営業日

8サンプル~

サン
3,000円/ プルサン
10,000円/ プルなし

データ解析
項目

ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析
備考

価格（税別）

追加納期

1~11サンプル

アセンブル（オートアノテーション含む）

オートアノテーションは、prokkaを使用して得られた予測遺伝子配列とタンパク質配列、遺伝子の位置情報(gﬀ形式データ)をご提供します。

サン
30,000円/ プルサン
20,000円/ プル
24サンプル〜

10,000円/

原核生物向けゲノ ム 解 析

オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG̲IDやGO̲IDを対応させます。

アノテーション解析（二次代謝）

antiSMASHを使ってゲノム配列から二次代謝系遺伝子のアノテーションを行います。

アノテーション解析（抗生物質耐性）

AMRFinderPlusとResFinderを使ってゲノム配列から抗生物質耐性遺伝子のアノテーションを行います。

10,000円/ プル

ANI ※2(Average nucleotide identity)

アセンブル後の配列同士をアライメントし、類似度を計算します。比較する菌株が同種であるか確認するのに有効な解析です。

10,000円/解析

wgMLST※2(Whole genome multilocus
sequence typing)

アセンブル後の配列を使って、ゲノムワイドに遺伝子型の判定をします。

サン
70,000円/ プルサン
10,000円/ プル※別途アセンブル費用が必要

価格と納期はゲノムサイズによって変わります。

ゲノムサイズ1 Gb未満
ゲノムサイズ1 Gb以上なし

サン

※別途アセンブル費用が必要※別途アセンブル費用が必要

40,000円

なし

なし

11サンプル以上の場合、+2,000円/サンプル※別途アセンブル費用が必要

5営業日

サン
50,000円/ プル

5営業日

サン
プル

10営業日

100,000円/
要相談

要相談

真核生物向け1~11サンプル

サン
30,000円/ プル

5営業日

12〜23サンプル

アセンブル（ミトコンドリアゲノム）

サン
20,000円/ プル
24サンプル〜10,000円/
AUGUSTUSを用いた遺伝子予測

アセンブル配列から遺伝子領域を予測します。

RNA-seqを用いた遺伝子予測

サンプル送付時にtotal RNAも送付いただく必要があります。

SNP/Indel解析

SNPsと短いIndelを検出する解析です。GATKを用いて検出された変異部位をvcf形式で納品します。gﬀ形式(遺伝子位置情報)がある場合は、snpEﬀを用いて、vcfに対してアノテーションした結果も納品します。

New!

5営業日

10サンプルまで一律

ゲノムサイズ100 Mb未満

2024.05

10営業日

サン
プル

マニュアル
アノテーション

アセンブル（核ゲノム）

5営業日

12〜23サンプル

10営業日

サン
プル

サン
20,000円/ プル

5営業日

サン
40,000円/ プル

5営業日※別途アセンブル費用が必要

サン
20,000円/ プル

原核生物

5営業日

6サンプル以上の場合、真核生物
100,000円(（5サンプル分）+10,000円/追加サンプル

15営業日

ショット ガ ン メ タ ゲ ノ ム 解 析

生物群集構造の推定

phyloﬂashを用いてSSU rRNA配列から生物群集構造を推定します。

アセンブル・マッピング

SPAdes によるアセンブルを行い、Contigを提供します。
同時に、各配列にマップされたリード数を提供します。

アセンブル・マッピング・
遺伝子予測・機能解析

アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokkaによるオートアノテーションを行います。
KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います。

200,000円
9サンプル以上の場合、+25,000円/サンプル9-20ｻﾝﾌﾟﾙ：30営業日
21-40ｻﾝﾌﾟﾙ：40営業日
41ｻﾝﾌﾟﾙ〜：要相談

各サンプルに対して、分類されたKEGGカテゴリーに関連する遺伝子の割合を可視化します。
また、
機能pathwayの視点でサンプル間の違いを比較することができます。

10,000円

なし┗ KEGG pathway classiﬁcationchart

特定生物由来のリードの除去取得したリードから特定の生物のリードを除去します。
例1）
ヒト糞便サンプルから腸内細菌を解析する場合に、大量に含まれているヒト由来のリードを除去する。
例2）
植物サンプルから共生細菌を解析する場合に、大量に含まれている植物由来のリードを除去する。

サン
10,000円/ プル

8サンプルまで一律100,000円

5営業日
8サンプルまで

10営業日

9サンプル以上の場合、+12,500円/サンプル

9-20ｻﾝﾌﾟﾙ：15営業日
21-40ｻﾝﾌﾟﾙ：20営業日
41ｻﾝﾌﾟﾙ〜：要相談

8サンプルまで一律

20営業日

8サンプルまで一律8サンプルまで8サンプルまで50,000円

2営業日

9サンプル以上の場合、+6,250円/サンプル

9-20ｻﾝﾌﾟﾙ：3営業日
21-40ｻﾝﾌﾟﾙ：5営業日
41ｻﾝﾌﾟﾙ〜：要相談※2 データベースに登録されているゲノム配列を含めて解析することが可能です。
ご希望の場合は、配列のURLをお送りください。ANIは最大10配列までご指定可能です。wgMLSTはご指定配列数がサンプル数としてカウントされます。