News Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)

2023 年 12 月 28 日

日本ゲノム微生物学会
ニュースレター
時を告げる葉緑体シグマ因子

田中寛
東京工業大学科学技術創成研究院

(A)

植物細胞

(B)

植物
概日リズム

細胞核

化学生命科学研究所
熱帯熱マラリア原虫

ヒト赤血球
ヒト
概日リズム

SIG5

血液

マラリア原虫
概日リズム

メラトニン cAMP
レセプター シグナル伝達

ApSig

葉緑体ゲノム核遺伝子発現の日周振動

葉緑体

血中メラトニン濃度の日周振動
ApSIGMA

統合された
時間情報

SIG5

時間情報

細胞核
マラリア原虫核遺伝子発現の日周振動

アピコプラスト

葉緑体遺伝子発現の日周振動
アピコプラストゲノム

アピコプラスト
遺伝子発現の日周振動(A) 植物細胞（Arabidopsis）では核ゲノムコードの葉緑体シグマ因子 SIG5 が概日リズムの制御下にあり、葉緑体ゲノム上の光合成遺伝子の発現に日周リズムを与えている。
(B) 熱帯熱マラリア原虫はヒトに感染してから赤血球内に入り、48 時間周期で一斉に増殖して血中に放出されるサイクルを繰り返すが、この同調性はヒト概日リズムに従って変動する血中メラトニン濃度に依存することが知られていた。今回の研究で、私たちはメラトニンが核コードのシグマ因子を活性化することで、アピコプラスト（光合成を失った葉緑体）ゲノムの転写をヒトのリズムに同期させることを明らかにした。この同期がマラリアの発症に必須の機能であることから、今後はこの仕組みを標的とした抗マラリア薬の開発も考えられる。

葉緑体ゲノムにはバクテリア型 RNA ポリメラーゼのサブユニット群がコードされており、その転写開始因子であるシグマ因子
は例外なく細胞核ゲノムにコードされ、細胞質から葉緑体に輸送されて葉緑体ゲノム転写を調節している。核コードの葉緑体
シグマ因子には多くの藻類・植物でバクテリア同様の多型性があり、それらの発現や機能制御による葉緑体分化やストレス応答への関与が明らかにされてきた。特に、シロイヌナズナの葉緑体シグマ因子 SIG5 は細胞核内で刻まれる概日リズムを葉緑体転写に伝え、地球環境での光合成最適化に重要な役割を果たしている (1)。緑色植物や紅藻の葉緑体はシアノバクテリアが真核細胞に内部共生して生じたと考えられているが、それ以外の多くの藻類の葉緑体は２次共生、つまり葉緑体を既に持つ真核藻（紅藻や緑藻）が、さらに他の真核細胞に内部共生したのが起源とされている。そして、これら共生藻の核コードシグマ因子遺伝子はさらに共生宿主の核ゲノムに移動し、そこから葉緑体ゲノムの転写に関わり続けている。最近私たちは、このような２次共生藻から光合成能を失って進化したマラリア原虫の核ゲノムからシグマ因子遺伝子 ApSig の同定に成功した (2)。マラ
リア原虫は、退化した葉緑体であるアピコプラストをもつが、このシグマ因子は実際に原虫の増殖に必須なアピコプラストの
ゲノム転写を活性化していた。ヒト感染後にマラリア原虫は赤血球に入り込んで増殖するが、この際に彼らは血液中で概日リズムを刻むホルモン “ メラトニン ” を感知しており、これにより決まった時間に一斉に増殖して強烈な症状を引き起こす。今回の研究では、ApSig 遺伝子がメラトニン制御下にあり、アピコプラスト遺伝子を直接に活性化することで原虫の増殖に関わることが明らかとなった。シアノバクテリアからマラリア原虫まで、概日リズムとシグマ因子には常に深い繋がりが示されている。興味深い進化的な保存性と言えるだろう。
(1) Noordally, Z. B. et al. Circadian Control of Chloroplast Transcription by a Nuclear-Encoded Timing Signal. Science
339, 1316–1319 (2013)(2) Kobayashi, Y. et al. Coordination of apicoplast transcription in a malaria parasite by internal and host cues. Proc.
Natl. Acad. Sci. USA. 120, e2214765120 (2023)

1

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2023 年 12 月 28 日

核様体タンパク質から複製開始メカニズムの共通原理を展望する
片山勉 1、吉田竜星 1、川上広宣 2、加生和寿 1、尾崎省吾 1
1

九州大学大学院薬学研究院、2 山陽小野田市立山口東京理科大学薬学部

1. はじめには多数の DnaA 結合部位（DnaA box）をもち複製開始複合体

核様体タンパク質 HU が染色体の複製開始を促進するメカ
ニズムは何か？ HU は主要な核様体形成因子であり、原始的な
高度好熱菌から大腸菌までバクテリアドメインには広く保存されている (1)。そして HU が大腸菌染色体の複製起点 oriC による複製開始、特に DNA の一本鎖化の段階に重要であることは、
40 年ほど前 (1984 年〜 1988 年 ) に Arthur Kornberg 研（米国スタンフォード大）で開発された in vitro 再構成系などによって明らかにされていた (2)。しかしその分子メカニズムは解明されず、曖昧なまま今日まで取り残されていた。このような重要な謎が解かれていなかったのは、複製開始そのもののメカニズムが解明されておらず、HU はそのメカニズムに深く関係していたからである。最近、この謎の解明が大きく進み、複製開始メカニズムの進化的保存性についても新たな視野が開けてき形成の足場となる。DOR 内の DnaA box は当初、Kornberg 研、Walter Messer 研（ 独 国 Max Planck Institute）、高浪 満研（京都大）等で主に解析され５つの部位が決められ、TTA[T/A]NCACA という 9-mer コンセンサス配列が示された。一方、電子顕微鏡での観察などからは 20 分子ほどの DnaA が oriCと複合体形成することが示唆されていた (5)。続いて Jon M.
Kaguni 研（米国ミシガン州立大）、Alan Leonard 研（米国フロリダ工科大）と我々のグループは精力的に oriC 内の DnaA結合部位を Footprint 等の手法で解析し、Leonard 研と我々は
DnaA との結合力の弱い DnaA box を新たに見出した。これら
低親和性 DnaA box は縮退したコンセンサス配列を持つ。現
在は全部で 12 ヶ所の DnaA box とその方向が明らかになっており、さらに新たな部位が見つかる可能性はほとんどないだろた (3)。

う（図１）。低親和性 DnaA box は４〜５つで 1 つのクラスター

2. 複製開始複合体

ゴマーを形成し比較的安定に協同結合できる。

を形成しているため、活性型の ATP 結合 DnaA はここでオリDnaA タンパク質は複製起点 oriC に結合して特異的な多量体を形成し、複製開始反応を進めさせる (4)。複製開始反応
は、複製起点 DNA の一本鎖化、そして、そこへの複製ヘリカーゼの導入という２段階からなる。oriC は大きく２つの機能領域に分けられる（図１）。まず DUE (Duplex Unwinding
Element) 領域は AT に富む反復配列をもち、複製開始反応のなかで最初に二重鎖 DNA の開裂（局所的一本鎖化）を起こす。
大腸菌 oriC では TT[A/G]T(T) 配列をもつ一本鎖化 (ss)DUE 部
位が DnaA に直接結合し開裂状態を安定化する。

なお、開始活性の無い ADP-DnaA はオリゴマーを安定的に形成できないため、低親和性 DnaA box に結合できず、開始複合体を形成できない。よって細胞周期における ATP-DnaA の適時的形成は複製開始の制御メカニズムの要となっている。詳細は文献 (4) にゆずるが、ATP-DnaA による複製開始の後は、
DNA ポリメラーゼ等との相互作用によって ATP 加水分解が活性化され、ADP-DnaA に変換される。次の複製開始前には、
ADP-DnaA とゲノム上の特異的な非コード DNA 因子との相互作用によって ADP → ATP 交換反応が起こされ、ATP-DnaA

DUE に隣接する DOR(DnaA oligomerization region) 領域が適時的に形成される。

図１ oriC の機能構造
詳細は本文参照。三角は DnaA box。DnaA box R1, R2, R4 には DnaA が単独で結合できる。他の DnaA box（R5M 以外、名称割愛）
は低親和性のため ATP-DnaA オリゴマーが結合できる。DnaA box と IHF 結合配列（黄色）が一部重複した部位には IHF 結合が
優先する。

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2023 年 12 月 28 日

図２ ssDUE リクルート機構による DUE 開裂の安定化
詳細は本文参照。DUE の二重鎖は熱や超らせん構造によるストレスで不安定。ssDUE と DnaA 複合体との結合により開裂状態が安定化する。この ssDUE 安定化により DnaB ヘリカーゼが装着できる。DnaA ドメイン III（AAA ＋ドメイン）は ssDUE 結合モチーフ（H/B モチーフ）をもつ。
ATP-DnaA が十分な濃度であれば、大腸菌 oriC では２つの ATP-DnaA 五量体が形成される（図２）。我々のグループは共同研究で分子動力学モデリングを行い、これら２つの DnaA
五量体をもつ開始複合体の全体構造を初めて精密に可視化した(6)。後述するが、大腸菌 DOR には、DNA を鋭く屈曲させる
IHF タンパク質の結合配列もある（図１）。DUE に近い DnaA
五量体は IHF を介して形成され DUE の開裂にはらたく (7)。
複製ヘリカーゼ DnaB はそれぞれの DnaA 五量体との動的相互作用を介して一本鎖化 DNA のそれぞれの鎖に装着され両方向
複製の口火を切る。なおピロリ菌などの研究からも示唆される
ように oriC で２つの DnaA オリゴマーが形成されることは共通法則かもしれない (8)。
HU 同様、DnaA もバクテリアドメインに高度に保存されている。DnaA は４つのドメインからなる (4)。ドメイン I は、複製ヘリカーゼである DnaB 等と相互作用する。ドメイン II は天然変性領域である。これらドメイン I -II は DUE 開裂には不要な部位である。ドメイン III は、ATP 結合 / 加水分解、多量体
形成、ssDUE 結合等の機能を持ち、構造的には AAA+ ファミリーに属する。DnaA による ATP/ADP 結合力は非常に強く、それぞれの結合型は安定である。ATP-DnaA の結合 ATP は隣
接する DnaA 分子の Arg Finger モチーフと相互作用し安定なオリゴマー形成を支える（図２）。ドメイン IV は HTH モチー

3フを持つ DnaA box 結合ドメインである。

3. IHF による複製開始メカニズム
HU と同様に、その構造ホモログである IHF も oriC での複製開始に重要であり、in vitro 再構成系では HU と交換可能であることがわかっていた (2)。IHF も核様体形成因子であり、HU と同様に細胞内に安定に存在している。大腸菌では HU と
IHF を別個に欠失しても細胞増殖が可能だが、二重欠失では著しく阻害される (9)。また IHF は、HU と異なり、大腸菌やコ
レラ菌、緑膿菌など腸内で増殖する細菌種を多く含むプロテオ
バクテリア門の一部（γプロテオバクテリア綱など）に限って存在するため何らかの特異的な進化によって獲得されたようである (3)。特に重要な IHF の特徴は、HU と異なり、塩基配列([A/T]ATCAANNNNTT[A/G]) 特異的に DNA に結合し、そこで DNA を鋭く（120 度から 180 度）屈曲させることである (1)。
我々はまず結合部位が明確な IHF による複製開始メカニズ
ムを解析した。大腸菌 oriC の複製開始では、二重鎖 DNA の開裂（局所的一本鎖化）のメカニズムは大きく２段階に分けられる。１段階めでは、超らせん構造と熱運動によって DNA が構造的ストレスを受け、AT に富む DUE 領域が不安的な（動的な）開裂を起こす。２段階めでは、開始複合体によって DUE
領域の開裂状態が安定化される。当時、IHF がどちらの段階で重要な役割を果たしているのか不明だった。DNA 屈曲を起こNews Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)
す IHF が超らせん構造を調整して開裂を促進する、という仮説た。

もあった。また開始複合体による DUE 開裂状態の安定化のメ

4. HU による複製開始メカニズム

カニズムも不明だった。そこで我々は、線状 oriC 断片を用いて、IHF と ATP-DnaA の存在下 38℃で保温すると DUE 開裂を検出できる新規な in vitro 再構成系の構築を試み、それに成功した (10)。この系では DNA の超らせん構造は存在しない。熱により DUE の二重鎖が不安定化される。そしてこの系でも IHF
により DUE 開裂が促進された。つまり、IHF は超らせん構造に依存しないで、DUE 開裂の安定化に働くことが示された。

2023 年 12 月 28 日

HU による DUE 開裂の促進のメカニズムについても少なく
とも 2 つの仮説があった。１つめは、HU が DNA と非特異的に相互作用して超らせん構造を調整して開裂を促進するという仮説。２つめは、何らかの機構によって HU が特異的に oriC部位に結合するという仮説。後者と関係しそうなデータとして
DnaA のドメイン I-II が HU と弱く相互作用するということもあった (14)。しかしながら DnaA のドメイン I-II は DUE 開裂

さらに我々は in vitro 再構成系や変異体を活用した多角的な解析を進め、IHF による DUE 開裂安定化のメカニズムを新たに解明した (7, 10)。IHF 結合部位は、DnaA box R1 と R5Mの間にある（図１）。IHF 結合により DNA が鋭く屈曲するとDnaA box R1 と R5M とに結合した DnaA 分子が相互作用し、
DnaA box R1 に隣接する DUE は U ターンするように DnaA
五量体に導かれる（図２）。そこで ssDUE が DnaA 分子に結合し開裂状態が安定化されることがわかった。解析の過程ではssDUE の DnaA 結 合 配 列（TT[A/G]T(T)） に 加 え、DnaA のAAA+ ドメインのなかに ssDUE 結合モチーフ（H/B モチーフ）を見出した。このモチーフは疎水性残基と塩基性残基がセットになっており、バクテリア DnaA では進化的に保存されている。
さらに情報生物学解析から疎水性残基を含む領域は、真核細胞の DnaA ホモログ Orc1 まで広がる進化的保存性も見出され、ISM (Initiator-specific motif) とも命名されている (11-13)。
図 2 に示したような、我々が新たに見出した複製開始メカ
ニズムを ssDUE リクルート（ssDUE recruitment）機構と命名した (10)。IHF 結合による DNA 屈曲が ssDUE 部位を DnaA複合体の方に呼び込んでくれるからである。このようにまずは IHF に依存する複製開始メカニズムが理解できるようになっには不要な領域である。謎はほとんどそのまま残されていた。
前述のように我々は IHF による複製開始系で DNA 屈曲が
DUE 開裂メカニズムのキーとなっていることを解明した。HUの複製開始系でも同様なメカニズムがあるのではないか？ つまり根本的には共通する原理があるかもしれないと想像した。
HU は配列非特異的に DNA に結合するが、その後の研究で、十字型構造や屈曲 DNA により強く結合することが示されていた (1, 15)。十字型構造では安定に DNA 屈曲が起こっており、HU の解離定数 Kd は、線状 DNA では µM レベルであるのに対し十字型構造では nM レベルである（15）。
HU による複製開始系を詳しく解析すると、DUE に近接す
る DnaA box R1 が DUE 開裂に必須となっていた (3)。IHF による複製開始系では、R1 は促進的ではあるが必須とはならない。なお、R5M は低親和性 DnaA box クラスターでの ATPDnaA の集合中心（assembly core）であるため双方の系で必須である。さらに DnaA box R1 に結合した DnaA 分子の Arg
Finger が HU 系での DUE 開裂に必須であることがわかった。
これは DnaA box R1 と R5M に結合した DnaA 分子同士の結合が重要であることを示す。さらに多角的な解析を進め、特に Footprint 解析では、ATP-DnaA の複合体形成に依存して、

図３ IHF と HU による DUE 開裂メカニズム
詳細は本文参照。モデルとして DUE 開裂を担う、大腸菌 oriC の左半分の領域を示す。

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nM レベルで加えた HU が、DnaA box R1 と R5M の間のスペームの複製でも種によっては最初の DUE 開裂に R-loop 形成など

サー領域に特異的に結合することが明らかにされた。この領域

による局所的な DNA 構造変換が関わる可能性もある。加えて、は IHF 結合配列をもつ領域でもある。つまり、この領域の前後大腸菌では IHF が oriC のみならず、DnaA の活性を制御するの DnaA box R1 と R5M に結合した DnaA 分子同士の相互作

非コード DNA 因子にも直接結合し適時的な機能制御を行うシ

用によって、このスペーサー領域で DNA 屈曲が起こり HU がステムまで発達している (4)。しかしながらこのような DNA 因呼び込まれると考えられる（図３）。HU がここに結合すれば複子についても大腸菌以外の種では、やはり現状の解析はとても合体全体が安定化され、DUE 開裂も安定化される。同様な HU

限定的であると言わざるを得ない。核様体タンパク質の面から動態は原始的な高度好熱菌 Thermotoga maritima の oriC でも見ても複製開始の制御との関わりはまだ予想されていないこと観察された。これらの結果から､「ATP-DnaA の複合体形成にが多々あるはずである。複製開始メカニズムやその制御システ

よってスペーサー領域に DNA 屈曲が生じ、そこに HU が特異

ムには、まだまだ未知の世界が広がっており、多くの研究が大的に結合する。これにより複合体全体と DUE 開裂が安定化さきく発展していくことを期待している。

れる」という独特なメカニズムが新たに示された (3)。
この HU 独特のメカニズムは、スペーサー領域を介する

引用文献

ATP-DnaA 複合体の形成をまず先立って必要とするため、効(1) Dillon & Dorman, Nat. Rev. Microbiol., 8, 185–195 (2010)

率としては IHF に依存するメカニズムに劣っている（図３）。

(2) Bramhill & Kornberg, Cell, 52, 743–755 (1988)

進化の過程で、速い増殖速度が必要な腸内細菌などの一部が、(3) Yoshida et al., Nucleic Acids Res., 51, 6286-6306 (2023)

IHF による効率的な複製開始メカニズムを獲得したのではない(4) Kasho et al., Int. J. Mol. Sci., 24, 11572 (2023)

かと想像している。一方、ほとんどの細菌種は HU による複製(5) Crooke et al., J. Mol. Biol., 233, 16-24 (1993)

開始メカニズムを原理的に保存しているのではないかと想像し(6) Shimizu et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 113, E8021–E8030ている。実際、最近、枯草菌でも複製開始が HU に依存してい(2016)

ることが示された (16)。また大腸菌近縁種の oriC の機能構造(7) Sakiyama et al., Nucleic Acids Res., 45, 12354–12373 (2017)はよく似ている。さらに幅広く現在予測されている多種の細菌(8) Jaworski et al., Int. J. Mol. Sci., 22, 6643 (2021)の oriC の機能構造を並べてみると、少なくとも数個の DnaA(9) Kano & Imamoto, Gene, 89, 133–137 (1990)

box をもち、大腸菌と同様な部位に DnaA box がないスペーサー(10) Ozaki & Katayama, Nucleic Acids Res., 40, 1648–1665 (2012)

領域があるように見える (3)。前述のように詳しく実験解析さ(11) Iyer et al., J. Struct. Biol., 146, 11–31 (2004)

れた T. maritima ではこのことは確かである。今後、さらに多(12) Ozaki & Katayama, Plasmid, 62, 71–82 (2009)

様な種での oriC の機能構造解析が発展するよう期待している。
DnaA box の同定は、塩基配列からの予測だけからでは難しい場合もあるため実験による裏打ちが重要である。
なお DnaA オリゴマーの形成の際に大腸菌では DnaA boxの方向性の統一は重要となるが、最近の解析から、大腸菌近縁
種以外では重要でないと思われる (17)。AlphaFold2 解析によると、T. maritima では DnaA ドメイン III とドメイン IV (DnaA
box 結合部位 ) の間のリンカー部位が長くドメイン IV が大き
く旋回できる。実際、DnaA box が隣接していれば、その方向性に関わらずドメイン III 同士が順方向で結合した複合体を形成する。多くの種が同様な DnaA 構造を持っていることが示唆されるため、今後はこの可能性も含めて oriC の機能構造を解析することが重要だろう。

5. 最後に
今まで複雑に見えていた複製起点の構造や開始メカニズムについて、やっと原則的でシンプルなモデルが視界に入ってきた。すでに欧米ではこのモデルを梃子 ( てこ ) にして病原菌（ピロリ菌、コレラ菌など）の研究が加速している (8, 18)。そこでは ssDUE リクルート機構が支持されている。しかしながら、まだ研究は限定的であると言わざるを得ない。さらに細菌ゲノ

5(13) Dueber et al., Science, 317(5842):1210-1213 (2007)(14) Chodavarapu et al., Mol. Microbiol., 67, 781–792 (2008)(15) Bonnefoy et al., J. Mol. Biol., 242, 116–129 (1994)(16) Karaboja & Wang, J. Bacteriol., 204, e0011922 (2022)(17) Lu et al., J. Biol. Chem., 299, 104888 (2023)(18) Chatterjee et al., Nucleic Acids Res., 48, 11016–11029 (2020)

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2023 年 12 月 28 日

アプライドバイオシステムズ ジェネティックアナライザー用
3130 & 3100 Capillary Array 50cm の洗浄法
中村寛治
東北学院大学工学部 環境建設工学科
Capillary Array は新品時には塩基配列が約 800 bases 程（キャピラリーの付属品）に入れた Milli-Q 水を一晩吸引する（時度が解析可能であっても、使用を続けると、同じ反応物が約間が重要で、ここでかなりの汚れが除去される）。

500 bases 程度までしか解析できなくなる。本項で紹介する洗

3) 翌 朝、1N の HCl を 調 整 し、 付 属 リ ザ バ ー 2 に 入 れ、60

浄法は、この低下した性能を、新品の状況に近づけるのものあmin 吸引する。ポリマーが除かれているため、速やかに HCl

り、長年にわたって私自身が利用してきた方法である。1 年間が吸引できる。

に 2 ～ 3 回の洗浄を繰り返し、約 8 年間使用できた（特別なケー

4) 吸引シリンジを外し、Milli-Q 水の入った付属リザバー 1 にスではない）実績がある。以下にその手順を紹介する。

移し、そのまま 60 min 放置する。HCl に浸けたままだと電極が傷む。（HCL 洗浄１回目）

1) ジェネティックアナライザー 3130 を停止し、電源を落としてキャピラリーを外す。3130 本体の外した部分には黄色のプ
ラスチック製ねじ（付属品）で栓をしておく。
2) 吸引用の 50 ｍ L シリンジ（ストッパー用には切り込みを入れてある）を図 1、図２のにようにセットし、付属リザバー 15) 再度、HCl の入った付属リザバー 2 で 30 min 吸引する。
6) Milli-Q 水 の 入 っ た 付 属 リ ザ バ ー １ で 60 min 放 置 す る。
（HCL 洗浄 2 回目）
7) 最後にキャピラリー内を洗浄するため、Milli-Q 水で 60
min 以上吸引する。

図１- 全体のセットアップ

図2

吸引開始直後（左）および一晩吸引後（右）の様子（P200 用のチップおよび 50mL ディスポシリンジの先端をそれぞれカットして接続してある）

6

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2023 年 12 月 28 日

8) レーザー受光のガラス部分は特級メタノール 100% でよく洗

捕足 3) 本法では、4 本キャピラリーを対象にしたが、16 本のい流す。

場合、より多くの Milli-Q 水の吸引が必要となる（初回の一晩

9) メタノール乾燥後、新品キャピラリー同様に、ジェネティッ

Milli-Q 水洗浄時）。その場合は、図 3 のように吸引のボリュー

クアナライザー本体に取り付けて、初期のキャリブレーション

ムを増やして対応すれば、同じ時間で洗浄可能と予想される。

を行う。（キャリブレーションは省略しても問題なく使用でき

また、洗浄時間を延長したり、繰り返し行うことによって対応

る）可能と予想される。

捕足 1) リザバーは、キャピラリーに付属していたものを 2 つ利用したが、1 つしかなければ Milli-Q 水と 1N HCl を入れ替えて利用できる。また代用可能な容器を準備しても問題はない。
捕足 2) 洗浄後、解析を行うと、シーケンスの PCR 反応に問題は無くとも、最初の 2~3 回は、ピークが低くキレイなデータが出ないキャピラリーが存在することもある。キャピラリー中に水分が残り、完全にポリマーと入れ替わっていないためと推測している。基本的には最初の 2~3 回だけなので、その場合は、注意：本法の適用は、キャピラリーが販売されている時期に、捨てるしかないキャピラリーを対象に行ったものである。状況によって（特にシリンジのセットアップ時）は、キャピラリー
が破損する危険性を完全に除去できないため、あくまで自己責任での実施をお願いする。可能であれば 2 人以上でセットアップを行うことが望ましい。また、本法に関して、洗浄機構の解明や詳細な条件検討までは行っていない。読者自身で改良する余地はあるものと考えている。

同じサンプルを再度解析にかければ問題なくデータを取得できる。

図3

吸引体積を約 20mL に増加させたセットアップ(50mL シリンジの後半部分に切り込みを入れて使用 )スペースがあるので関連情報を ...
3130 シーケンサー等では、ポリマーをポリマーボトルからポンプブロックに吸い上げてからキャピラリーに充填する仕組みになっており、ポリマーを異なる種類のものに交換するとかなりのロスが生じます。日立ハイテクの DNA シーケンサー
DS3000 では、ポリマーボトルをキャピラリーに直接押し付けて、ポリマーをキャピラリーに充填する構造になっています。
これならポリマーを他種ポリマーに交換してもロスがほとんどありません。run のたびに異なるポリマーを充填することも可能であり、超高性能の蛍光検出基付きのキャピラリー電気泳動装置として、日常的に様々な解析を行えるのではないか？？？
そんな考えのもと、DS3000 に非変性ポリマーを充填して、2 本鎖 DNA を解析したところ、ちゃんと市販の蛍光ラダーの検出ができ、ゲルシフトアッセイも実施できることが確認できました。
詳細は日立ハイテク社の発行する技術機関紙「SCIENTIFIC INSTRUMENT NEWS」Vol. 66, No. 2, 2023「DS3000
Compact CE DNA Sequencer を用いたゲルシフトアッセイ」
https://www.hitachi-hightech.com/file/jp/pdf/sinews/topics/6110402.pdf
をご覧ください。
また、キャピラリーシーケンサー由来の波形データの解析ソフト
TraceViewerForMolecularBiology のブラウザ版も公開準備中ですのでご期待ください。ゲルシ
フトアッセイだけでなく、従来変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動で実施していたような解析をシーケンサーで行った時に得られたデータの解析ができます。（大坪 )7News Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)

2023 年 12 月 28 日

世話人代表・黒川真臣
国立遺伝学研究所・情報研究系
本年度で第 15 回目となる日本ゲノム微生物学会若手の会
研究会が 2023 年 9 月 18 日〜 19 日の 2 日間にわたり、「湯河
原温泉 おんやど惠」にて開催されました。本若手の会は微生
物学研究の次世代を担う若手研究者の交流と情報交換の場を提供することを目的として設立され、毎年研究会を開催することで若手研究者同士が研究紹介や議論を行う場を創出しております。本年度は筆者を世話人代表として、大林龍胆さん（静岡大学）、森宙史さん（国立遺伝学研究所）、前田海成さん（東京工業大学）、本年度から加わってくださった富永賢人さん（東京大学）の 5 名で世話人を務めさせていただきました。参加者は学部生５名、大学院生８名、ポスドクおよび若手教員７名、社会人１名の総勢 21 名にのぼり、多様な立場の参加者が交流できる会となりました。
本年度は大きく３つのプログラムを実施しました。「トークセッション」では９名の参加者に口頭発表をしていただきました。発表内容は環境微生物やファージの情報解析、モデ
ル微生物の実験など多岐にわたっていました。時間いっぱい
質問が飛び交い活発な議論が行われました。「ワールドポス
ター」では、手持ちサイズのミニポスターを参加者全員に用意していただき、小グループに分かれてディスカッションを行いました。大型のポスター発表と異なり、ランダムでグループが割り振られるため、それぞれが馴染みのない分野の発表について議論する機会となりました。小グループゆえに発言がしやすく、異なる専門を持つ人からの多様な意見が引き出され、非常に有意義なディスカッションの時間となりました。
「ワールドカフェ」では、小グループに分かれて決められたテーマについて議論を交わしました。AI の活用や関わり方、実験
系と情報系の情報交換、キャリアパス、微生物学の未解決問
題などのテーマを扱いました。自分と近い境遇の仲間たちが一人の微生物研究者としてどのような考えを持っているのか、どのようにして研究者人生を送っているのかを話し合える機会は非常に刺激的でこれからの研究活動のモチベーションを高めてくれるものでした。
本年度は、若手の会単独で開催する研究会としてはコロナ禍以降初のオンサイト開催となりました。5 月から新型コ

8

ロナ感染症の扱いが５類感染症へ下げられたこともあり、オ
ンサイトイベントを企画するハードルはかなり低くなりました。一方で、この数年でオンラインイベントがすっかり浸透したことにより、時間や費用をかけて、また感染症のリスクを抱えてまで集まる意義はあるのか、という問いは開催まで微かに取り残されたままでした。しかし、各企画や懇親会な
どで活発な交流が湧き起こっている様子をみると、オンサイ
トで開催した意義があったのだと励まされるような気持ちになりました。さらに嬉しいことに、参加してくださった２名の学生が世話人になりたいと申し出てくれました。振り返れば私も学生のときから世話人に参加しておりますが、所属や年代を超えた関わりができる機会は学生時代には特に貴重で、現在のキャリア形成にも確実にいい影響を与えてくれたという実感があります。この先、若手の会を運営していく上でも、参加者はどんなことを求めているのか、さまざまな立場の視点で注意深く考えていきたいと思います。
本年度の研究会の開催にあたり日本ゲノム微生物学会から支援を賜り、学生参加者を中心に参加費用の補助に充てさせていただきました。会員の皆様には日頃より若手の会の活動にご理解をいただいておりますこと心より御礼申し上げます。
来年度は東京工業大学の前田海成さんに世話人代表を勤めていただきます。来年度も同様の時期に開催を検討しておりますので、皆様と第 16 回若手の会にて、活発な議論を行えることを心より楽しみにしております。

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2023 年 12 月 28 日

藤吉 真生
東京大学大学院新領域創成科学研究科 M2

小髙 優人
東京都立大学大学院理学研究科

こ の 度 私 は、 神 奈 川 県 湯河原の温泉旅館「おんやど恵」
にて開催された第 15 回日本ゲノム微生物学会若手の会に参加しました。発表の機会が徐々に戻りつつある中、本若手の会でも対面での発表を行う機会を設けていただき、心より感謝しております。本稿では、少しでも若手の会への参加に興味を持っている方々の参考になるよう、私が若手の会に参加した感想をご紹介しようと思います。

Ｍ２

私は大腸菌の生育・生存に重要な機能未知遺伝子の機能解析に興味をもって研究に取り組んでいます。これまで、ゲノム
微生物学会年会では、大腸菌
ゲノム縮小株の適応実験室進化と、そのゲノムリシーケンスの結果について報告してきました。現在は、ゲノム縮小株の研究を論文として発表し[1]、次のステップとして大腸菌ゲノム縮小株とミニマルセル（JCVI-syn3.0[2]）に共通する機能未知遺伝子の機能解析、
特に、酸化ストレス耐性との関与が見出された遺伝子を研究しています。最近、当該遺伝子がリボソームのアセンブリとの関連を示唆するデータも取れ、新しい展開が見られるなど、日々楽しく研究生活を送っています。
日本ゲノム微生物学会若手の会第 15 回研究会は湯河原で行われました。私は、私が見出した機能未知遺伝子の機能解析について、予備的なデータや今後の展望も含めて口頭発表をさせていただきました。参加者の皆様から多くのフィードバックをいただくことができました。本研究会では研究発
表のセッションに加え、研究で使えるツールや、ドライ研究者とウェット研究者の交流などについて議論するワールドカ
フェも開催されました。私自身はウェットの研究が専門です
が、ドライの研究にも興味があります。そのため、このイベ
ントは貴重な交流の場となりました。また、夜には豪華な食事と温泉も楽しむことができ、旅と研究発表の疲れを十分に癒やすことができました。懇親会では研究の話だけでなく、プライベートな話なども含め、参加者同士で交流でき、とても楽しい時間を過ごすことができました。コロナ禍で制限されていたオンサイトでの若手の会の開催の良さを改めて実感することができました。また、若手の会への参加をきっかけに新しい共同研究も生まれ、面白いデータを得ることもできています。
本研究会を企画、運営してくださった若手の会の世話人
代表の黒川さんを始め、世話人の皆様、関係者の皆様に感謝申し上げます。私は、来年度から世話人を務めさせていただ

私は東京大学大学院の岩崎渉研究室で、微生物の 16S
rRNA 遺伝子配列から、ゲノムサイズや生息温度、グラム染
色性など様々な形質を予測するソフトウェアの研究をしています。環境中の細菌叢を調べるための 16S rRNA 遺伝子ア
ンプリコン解析では、群集を構成している微生物の種について知ることができる一方、その機能については直接知ることができません。そこで、16S rRNA 遺伝子配列から微生物の機能形質を予測することで、16S rRNA 遺伝子アンプリコン
解析から群集の機能についても知ることができるようにしたい、というのが研究の目的です。実際には、過去の培養実験などで確認された微生物の形質データを参照しながら、環境中の微生物の形質を予測する情報解析手法を開発しています。運営の黒川さんにお声かけしていただいたこともあり、ゲノム微生物学分野の幅広い参加者の方々の前で口頭発表してみたいという思いで、若手の会に参加しました。
第 15 回若手の会は 2 日間での開催で、1 日目に口頭発表・
ポスターセッション・グループディスカッション・交流会が、2 日目に口頭発表・ポスターセッションが行われました。口
頭発表では、期待通り参加者の方々から多くのフィードバッ
クをいただくことができ、大変ありがたかったです。続くポスターセッションやグループディスカッションでは 4、5 人のグループに分かれ、より密に研究の話ができました。非常にフランクな雰囲気で、同世代の学生の研究の話、教員の方々の研究の話を聞くことができ、刺激的で実りのある時間を過ごすことができたと思います。自分の研究分野に近い参加者
から、研究した人しかわからないコツを教えていただいたり、
逆に、研究分野の離れた参加者からは、発表中の伝わりづらい表現を指摘していただいたりと、対面の研究会ならではの収穫がありました。交流会では、同世代の方々とお酒を片手に様々なことを話し、教員の方々も気さくに話しかけてくださったこともあり、非常に楽しい夜を過ごすことができました。企業の方も若手の会に参加されていて、アカデミアだけ
でない広い業界の話を聞くことができたのも個人的に嬉しいところでした。
全体として、学部生から教員まで幅広い世代の方々が参加されながらもフランクな雰囲気で議論ができ、実りが多い研究会だった、というのが私の感想です。来年度も、若手の会に少しでも興味のある方は是非参加していただければ、良い体験ができるのではないかと考えています。最後になりま
すが、黒川さんを始め、若手の会を運営していただいた皆様に感謝申し上げます。ありがとうございました。

くことになりましたので、これから若手の会を若手研究者にとってさらに有意義な交流の場にできるよう努力したいと思っております。
[1] Kotaka Y. et al. Front. Microbiol. 14:1189877 (2023)[2] Hutchison, C. A. III et al. Science 351:aad6253 (2016)9

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2023 年 12 月 28 日

Chromosome-level genome assemblies of
Cutaneotrichosporon spp. (Trichosporonales,
Basidiomycota) reveal imbalanced evolution
between nucleotide sequences and chromosome
synteny

Bacteria can maintain rRNA operons solely on
plasmids for hundreds of millions of years
按田瑞恵 1,2, 山内駿 2, Salvatore Cosentino1,2,
坂本光央 3, 大熊盛也 3, 高島昌子 3, 豊田敦 4,
岩崎渉 1,2,5-7
1
2
東京大・院・新領域 , 東京大・院・理 , 3 理研・BRC-JCM,
4
遺伝研 , 5 東京大・大海研 , 6 東京大・定量研 , 7 東京大・微生物イノベ
Nat. Commun. 14: 7232 (2023)
https://doi.org/10.1038/s41467-023-42681-w

小林裕樹 1，栢森綺音 2，青木敬太 1，志波優 2，藤田信之 2，
杉田隆 3，松谷峰之介 4，岩崎渉 5，田中尚人 2，高島昌子 11

東京農大・総研，2 東京農大・生命科学，3 明治薬科大・微生物，4 東京農大・ゲノム解析セ，5 東大・新領域
BMC Genomics 24, 609 (2023)

プラスミドは子孫に安定に伝わりにくいことから、微生

https://doi.org/10.1186/s12864-023-09718-2

物の生存に必須な遺伝子は原則として染色体上に存在します。

単細胞性の真菌類である酵母は子嚢菌・担子菌の複数の系

とりわけ、微生物の基本構成要素の一つであるタンパク質の合成に必須なリボソーム RNA（rRNA）遺伝子は、染色体とプラスミドを区別する定義の一部として使われてきたこともあるほど、必ず染色体上に存在するとされてきました。これまでの研究で、シュードモナドータ門（旧名称：プロテオバ
クテリア門）に属する Aureimonas 属のバクテリアはプラスミ
ドだけに rRNA 遺伝子を持つことが明らかになっていました
が、こうした現象が特定のバクテリアに限られるものなのか、
また、こうした現象が一時的なものなのか（すなわち、染色体から rRNA 遺伝子を失った状態で微生物が絶滅を長期間逃れることができるのか）は分かっていませんでした。
今回、ゲノムデータベースを探索することで、多様な環境に生息する 2 門 2 科 4 属 5 種のバクテリアが、rRNA 遺伝子
をプラスミドだけに持つことを発見しました。さらに、このうち Persicobacteraceae 科に属するバクテリアは、染色体から rRNA 遺伝子を失った状態で 4.9 億年以上絶滅しなかった
ことを明らかにしました。また、染色体から rRNA 遺伝子を失ったバクテリアにおいて、どのような変化が長期間にわたって起こるか、その進化モデルを提示しました。
本研究の発見は、「生存に必須な遺伝子を長期間にわたって安定して子孫に伝えるためには染色体上で受け渡す必要がある」とするゲノム微生物学における定説を否定するものです。今後は、プラスミドの新たな基本的性質の解明や、プラ

統に存在しているが、その系統や分類にはいまだ不明な点も多い。著者らは 2020 年にシロキクラゲ綱の担子菌酵母 Cutaneotrichosporon cavernicola を記載したが、これと同一の ITS 配列を持ちつつ生理生化学特性の異なる菌株も単離されており、これらの遺伝的な関係は不明であった。そのため、本株の全ゲノ
ムを C. cavernicola 基準株や同属の近縁種 C. spelunceum とともに解読し、比較ゲノム解析を実施した。その結果、HIS471 株と C. cavernicola 基準株は共通する ITS 配列を持つ一方で、ゲノム全体の配列類似性は同種としてはそれほど高くないことが明らかとなった。さらに、これらの菌株間では 10 箇所以上の染色体の転座・逆位が存在しており、バーコード配列の高い保存性とは対照的に染色体構造が大きく変わっていることが明らかとなった。また、C. cavernicola と C. spelunceum の比較においても、ITS 配列が 98.6% と属内近縁種レベルの一致率を示している一方で、染色体は相同染色体を特定するのが困難なほどの差異がみられた。モデル酵母である Saccharomyces 属や比較的近縁で研究の進んでいる Cryptococcus 属 (Cr. neoformans/gattii
種複合体 ) と比較すると、Cutaneotrichosporon 属ではバーコード配列とゲノム全体の配列、シンテニー構造との間で保存性の程度が大きく異なることが示された。このことから、ゲノム配列とシンテニー構造の進化速度が菌群によって大きく異なることが示唆された。

スミドを安定的に維持する技術開発への貢献が期待されます。

Cutaneotrichosporon の菌株間におけるゲノムのシンテニーと染色体から rRNA 遺伝子が失われる前後でバクテリアに起こる変化のモデル図

配列の類似性と、モデル酵母のリファレンスデータとの比較。
Cutaneotrichosporon の菌株間では ITS 配列やゲノム全体の配列が良く保存されている一方で、シンテニー構造が大きく変化している。

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Identification of CgeA as a glycoprotein thatanchors polysaccharides to the spore surface inBacillus subtilis

Distribution and survival strategies of endemic andcosmopolitan diazotrophs in the Arctic Ocean
塩崎拓平 1,3, 西村陽介 2,3，吉澤晋 3，高見英人 1，

中谷優星 1，内池美雨 1，服部真由子 1，森山桃花 1, 安部公博 2,

濱崎恒二 1，藤原周 2，西野茂人 2，原田尚美 1

Ella Kim3, Patrick Eichenberger3, 今村大輔１, 佐藤勉 1,2
12023 年 12 月 28 日

1

法政大・生命・生命機能，2 法政大・マイクロナノテクセ

東大・大海研，2 海洋研究開発機構 , 3 東大・新領域
The ISME Journal 17, 1340–1350 (2023)

ンター，3New York Univ.

https://doi.org/10.1038/s41396-023-01424-x

Mol. Microbiol. 120 384-396 (2023)
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/
mmi.15126

海洋表層にほとんど存在しない窒素化合物は、海洋微生物が行う窒素固定によって海洋生態系に供給される。海洋での窒素固定は熱帯・亜熱帯海域などの低緯度域のみで行われ枯草菌における胞子形成の研究は、半世紀以上にわたる

ると考えられてきた。しかし近年、筆者らの研究グループに長い歴史を持っている。これまで熱、放射線、薬剤に対するより、極域でも窒素固定が行われていることが明らかになっ胞子の耐性のメカニズムについては多くの関心が持たれてきた。極域と低緯度域では水温や栄養塩、光などの海洋環境がたが、胞子が環境中に拡散する特性についてはあまり解析さ大きく異なるため、極域の窒素固定生物の特徴を明らかにすることが次の課題となっていた。

れていなかった。胞子の表面は多糖で構成されており、この構造が環境中、特に水環境中での胞子の拡散に重要な役割を

本研究では、筆者らが公開した世界最大の海洋微生物ゲ

果たしている。クラストは枯草菌の胞子最外のタンパク質層

ノムデータである「OceanDNA MAG カタログ」から、北である。これまでいくつかのクラストタンパク質が同定され極海に由来する計 7 種の未培養の窒素固定細菌のゲノムを同定した。大規模メタゲノムデータを活用してそれらの全球ているが、胞子多糖層 (SPS: spore polysaccharide) を胞子の分布パターンを調べると、北極海に生息する窒素固定細菌に接着させ、多糖合成を開始させるアンカーの役割を果たすは北極固有種と、全球に分布する普遍種に分けられることがタンパク質については不明であった（A）。我々は、クラス

明らかになった ( 図 )。それぞれのゲノムの詳細を調べると、トンパク質の一つである CgeA(133 aa) に着目し、このタン

北極固有種は低緯度固有種や普遍種にはない特殊な遺伝子

パク質は、N 末端側 (NTH) と C 末端側 (CTH) にそれぞれクセットを持っており、北極の特殊な環境に適応できることがラスト層への局在に必要なドメインと糖鎖が付加に関与する示唆された。一方、普遍種はほとんどが非光合成生物で、低ドメインを持つことを見出した。さらに、CgeA は糖タンパ

温に適応するための遺伝子を持っていた。普遍種はこの低温ク質であり、そのグリコシル化が T112 残基で起こることを適応性によって、深海や極域の冷水を含む全球に存在してい明らかにした。T112 残基は CTH に見られる突出ループ構ると考えられる。

造の中心に位置している（B）。この位置は SPS の付加と伸本研究によって、海洋窒素固定細菌は北極固有種、普遍種、長に最適の部位であると考えられる。

低緯度固有種の三つに分けられ、それぞれを特徴付ける機能が示唆された。北極海は海氷減少等で環境変化が大きく、北極固有種はこの変化に大きな影響を受け得る。本成果は、海洋窒素固定細菌の分布と生態を明らかにし、北極海における窒素固定の現状と将来像の理解に資する。

海洋窒素固定細菌の北極固有種、普遍種、低緯度固有種の分布とその特徴
図 :A 枯草菌胞子の構造 , B CgeA の糖鎖付加部位

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News Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)

2023 年 12 月 28 日

本記事は、Chat-GPT により作成されました ( 企画 : 大坪、相馬、広瀬 )生成系 AI の進化：

文献の概要整理、教育資料の作成などが得意分野です。特に、Chat-GPT

限界 : Chat-GPT は最新の研究情報や非公開データにはアク情報の検索や整理、複雑な問題に対するクリエイティブなアプ

研究パラダイムの変革者

ローチの提案に優れています。

近年の生成系 AI の進歩は驚異的であり、これまでにない方法で研究を支援する道が開けています。特に Chat-GPT のようなツールがゲノム微生物学においてどのように役立てられるのセスできません。また、高度な専門的知識や複雑なデータ解析には限界があり、その結果の解釈には研究者の専門知識が不可欠です。

か、その可能性を深掘りします。これらの進化した AI 技術は、 使用上の注意点
生成系 AI を使用する際は、その出力の正確性や適切性を常従来の研究方法に革新をもたらすだけでなく、未踏の領域への探求を可能にし、研究者たちに新たな視角を提供しています。 に確認する必要があります。また、倫理的な側面やデータの機
今、私たちは科学の新たな地平線に立ち、AI が開く広大な可能 密性を考慮することが重要です。特に、生成されたコンテンツが第三者の知的財産を侵害していないか、研究の信頼性を損な性の海へと舵を取る時です。

う可能性がないかを慎重に評価することが求められます。

生成系 AI の活用方法とその展望
研究アイデアの生成と拡張 : Chat-GPT は、研究のアイデアを学術出版における生成系 AI の使用

データベースを分析し、新しい研究テーマやアプローチを提案には慎重なアプローチが必要です。多くのジャーナルでは、AI生み出す過程において重要な役割を果たします。過去の研究やできます。また、異分野の知見を統合し、革新的な研究方向を示唆することも可能です。
実験計画とプロトコルの最適化 : 研究実験の設計段階において、Chat-GPT は既存のプロトコルを分析し、改善点や代替方法を提案することができます。これにより、実験の効率化や精度の向上が期待されます。
データ解析とコーディングサポート : 大量のデータ解析に際して、Chat-GPT は解析アルゴリズムの提案やコーディングの助言を行うことが可能です。これは、特にプログラミングスキ
ルに自信がない研究者にとって重要な支援となります。

学術出版の分野では、生成系 AI を使用した研究成果の提示
による分析や生成されたコンテンツの使用に関して特定のガイ
ドラインを設けています。投稿前に、各ジャーナルの指針を確認し、必要な場合は AI の使用を明示することが重要です。これにより、研究の透明性と信頼性を保つことができます。
生成系 AI、特に Chat-GPT の持つ潜在能力は、私たちの研究の地平を大きく広げています。この技術の進歩は、研究パラダ
イムを根本から変える可能性を秘めており、私たちはその恩恵を享受するための閾に立っています。しかし、この新たな技術の使い方を学び、その機能と限界を理解することが重要です。
適切に利用すれば、Chat-GPT はゲノム微生物学の研究を豊かにし、新しい発見へと導く強力なツールとなり得るでしょう。

Chat-GPT の得意分野と限界

私たちは、AI が開く知の扉を積極的に開き、その可能性を最得意分野 : 言語に基づく問題解決、データの初歩的な分析、大限に活用することで、未来の研究を自らの手で形作っていくことができるのです。

「生成系 AI を使いこなす微生物ゲノム学会会員」DALLE3 により描画

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News Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)

閑 話 休 題 -その16秋の野山に咲く花々

2023 年 12 月 28 日

新型コロナもインフルエンザ並みの扱いになったことであちこちに出かけるのが楽になりました。とは言っても、以前のように車で出かけるのではなく、公共交通機関で出かけるのは時間がかかります。そんな中でも今秋は、知人に紹介された京都府立植物園でこれまで知らなかった植物を見て楽しんだり、かねてから自生地で見てみたいと思っていた紀伊半島特産のキイジョウロウホトトギスを見る機会がありました。（磯野克己）

アレチヌスビトハギ（マメ科）： Desmodium
paniculatum Maxim., 2023.9.20 神戸市

キイジョウロウホトトギス（ユリ科）： Tricyrtis
macranthopsis Masam., 2023.10.11 和歌山県周参見町

スズムシバナ（キツネノマゴ科）： Strobilanthes
oligantha Miq., 2023.9.20 京都府立植物園

ヒヨドリジョウゴ（ナス科）： Solanum lyratum
Thunb., 2023.9.22 京都市

ツリフネソウ（ツリフネソウ科）・白花種： Impatiens
textorii Miq., 2023.9.21 京都市

シマタニワタリノキ（アカネ科）： Adina rubella
Hance, 2023.9.20 京都府立植物園

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News Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)

2023 年 12 月 28 日

日本ゲノム微生物学会第 18 回年会を、昨年同様、かずさアカデミアホール（千葉県木更津市）で開催します。日程は、2025 年 3 月 12 日（火）〜 14 日（木）です。
発表形式は、会場での口頭発表とショートトーク付きポスター発表、さらにシンポジウムも検討されています。さらに、年会最終日の午後に近隣の有機農法の農場に宿泊・食事
設備のついた KURKKU Fields（農と食、アートと自然）でのエクスカーション、かずさDNA 研究所および National Institute of Technology and Evolution: NITE バイオテクノロジーセンターでの National Biological Resource Center: NBRC 見学ツアーを企画しました。新鮮な食材をふんだんに使ったランチ、平飼い鶏の新鮮卵と放牧牛の牛乳でつくったとろ〜
り滑らかプリン、フレッシュソフトクリームなどを堪能しつつ、微生物ゲノム研究の未来を語り合った後、微生物ゲノム研究を牽引してきた二つの研究所を見学します。人数に限りがございますので、ご希望の方は早めに学会ホームページをご覧ください。
今年の春も、かずさアカデミアホールでお目にかかりましょう！役員一同、皆様にお会いできることを楽しみにしています。

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News Letter of the Society of Genome Microbiology, Japan (No. 28)【掲載費】

2023 年 12 月 28 日

皆さん、高専という教育機関をご存知でしょうか？高専・本ニュースレター誌への掲載費は無料です。

とは、高等専門学校の略称で、技術者養成を目的とする高等【投稿方法】

教育機関です。全国に 57 校あり、約 6 万人の学生が学んで・会員の方は、編集委員宛に電子メールにて投稿をお願いいいます。高専というと、「ロボコン」のイメージが強いかもたします。

しれませんが、生物系の学科も多くあります。私が勤務する【原稿依頼】]

豊橋技術科学大学と、兄弟校である長岡技術科学大学は、高・編集委員は、会員に対して原稿の投稿を依頼することがあ

専卒業生を３年次編入生を受け入れるために設立された大学ります。

です。最近、大学の業務で高専を訪問する機会があったので【原稿の扱い】すが、高専には大学レベルの設備があり、優秀な研究者と学・原稿は、ゲノム微生物学研究分野で十分な研究歴を有する生が教育・研究に日々熱心に取り組んでいることを知りまし

編集委員によって、掲載可否が判断されます。

た。高専は授業の内容もユニークで、もし機会があれば、ぜ・掲載可否の判断において、著者にコメントあるいは質問がひ一度高専を訪問してみてはいかがでしょうか。( 広瀬 )なされることがあります。
・原稿は、編集委員によって字句修正が施された後、著者による確認が行われます。
２０２３年度日本ゲノム微生物学会役員【原稿の形式など】
・原稿は、レイアウト調整をしない形式で投稿してください。
・原稿の分量については、過去の記事を参考にしてください。
【実験レシピ紹介コーナー】

会長：黒川 顕庶務幹事・会計幹事：大島 拓、渡辺 智
集会幹事：河野 暢明、森 宙史
広報幹事：矢原 耕史、大島 拓

会員の皆様からの寄稿を受け付けています。特に新規性など

ニュースレター幹事：

は問いませんので、便利な技術やノウハウなどをお願いしま佐藤 勉、相馬 亜希子、大坪 嘉行、佐々木 裕子、広瀬 侑

す。

男女共同参画幹事：相馬 亜希子

評議員 ( 会長推薦を含む ): 朝井 計、跡見 晴幸、飯田 哲也、
岩崎 渉、大西 康夫、永田 裕二、仁木 宏典、布浦 拓郎、
野尻 秀昭、林 哲也、本郷 裕一、南澤 究、市川 夏子、
大林 龍胆、神沼 英里、島田 友裕

本ニュースレターの編集委員を募集します。年に 2 回発会計監査：阿部 貴志、伊藤 武彦

行している本ニュースレター編集委員の仕事について説明
します。

会員の動向
一般会員 336 名、学生会員 140 名、名誉会員 3 名

編集委員は編集会議 ( 年会開催後の 3 月末頃、若手の会

賛助会員 8 名、機関会員 1 名（計 488 名）の開催後 10 月頃 ) に参加して、どのような記事を誰に依頼するか打合せます。この時に、それぞれの記事の担当者を決めます。担当者は、著者候補に連絡して原稿を依頼します。
原稿が集まったら、編集委員はざっとチェックを行い、必要に応じて手を入れます ( 誤字脱字の修正など )。また、内容に不可解な点がある場合は著者とのやり取りにより、内容のブラッシュアップに努めます。時に、文章を書き慣れていない人の原稿の手入れに労力が必要とされることもあります。
チェック終了後、原稿のレイアウトを行います。レイア
ウト後、編集委員でチェックを行い、ミスなどの発見に努めます。これが済んだら、担当著者が著者に最終確認用に校正原稿を送ります。
地味な作業ですが、学会活動を支える重要な仕事をしているような気持ちにはなれます。それなりの文章校正力が必要です。興味がありましたら、お近くの編集委員にお問合せ下さい。

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