RNA-seq解析
価格（税別）

納期
データ量

作業内容

納品物

ご提供サンプル

40,000 円 / サンプル
※サンプルが原核生物や Saccharomyces cerevisiae の場合、rRNA除去が必須です（20,000円/サンプル）※24サンプル以上で数量割引があります。

25営業日※データ解析不要（生データ納品）の場合は20営業日

2,000万リード/3 Gb（サンプルが原核生物の場合は1,000万リード/1.5 Gb)
・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認(注1)・オリゴdTでmRNAを精製、ランダムプライマーでcDNA合成
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析（DNBSEQ 150 bpペアエンド解析）(注2)・データ解析
Bowtie2/STAR ソフトウェアを用いて参照配列にマッピングいたします。
その後、featureCountsを用いてカウントを行った後、TPM正規化を行います。
※cufflinksを用いた解析も対応可能です。
※ヒト・マウス・ラット・イヌ・ニワトリ・アナウサギの場合は、リードカウントと正規化の代わりに、融合遺伝子の検出を行うことも可能です。
リードカウントと正規化も行う場合は、10,000円（税別）かかります。
以下のデータをDVDやUSB等の記録媒体に保存して納品します。
・報告書
・シーケンス生データ（fastq形式）
・マッピング（bam形式）とカウント結果（エクセルファイル）・参照配列（fasta形式）と遺伝子アノテーション（gﬀ形式）
・DDBJのデータベース登録に必要なデータ※データ量が多い場合は外付けHDD納品となり、HDD代として別途10,000円（税別）がかかります。
お手持ちのHDDを送付いただき、そちらに保存して納品することも可能です。
＜HDD納品となる目安＞
生データ納品の場合は200 Gb、データ解析ありの場合は100 Gb

トータルRNA1 ug以上 ( >50 ng/ul、>20 ul） ※ドライアイスを同梱し、冷凍便を使用して送付ください。
RNA濃度が基準値未満の場合は「微量RNA対応」のオプションをご覧ください。

ご依頼の流れまずは、お見積りをご依頼ください。
弊社HPにお見積り依頼フォームをご用意しています。

(注1)rRNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます（この場合のご請求は行いません）。
(注2)De novo transcriptome assembly解析の場合、解析方法が通常の解析とは異なります。

Q1.推奨のRNA抽出キットは？

生物技研のRNA-seq解析についてのギモン・シツモン

Q4.DNase処理は必要？

Q7.送付時の温度帯は？

特にございません。弊社ではQIAGEN社の ゲノムDNAの混入は望ましくないRNeasyシリーズを使用することが多いです。 ので、DNase処理をお勧めします。

● total RNA送付の場合冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。

Q5.納品後にデータ解析を追加で依頼できる？

● 生サンプル送付（弊社にRNA抽出もご依頼）の場合◇ RNAlaterなどの核酸保存液に浸しているサンプル
冷凍便を利用し、ドライアイスは同梱せずに送付してください（核酸保存液 は-20℃以下で凍結してしまうため）。
◇ -80℃で保管していたサンプル冷凍便を利用し、必ずドライアイスを同梱してください。

Q2.送付の際のバッファーは？
滅菌水のほか、Tris や TE 、抽出キットの溶出バッファーでも構いません。
但し、塩濃度が高いバッファーの場合、QCの電気泳動がうまくいかない可能性がありますので、避けてください。

ご依頼いただけます。データの保管期限は納品後3か月ですので、それ以降はデータ送付をお願いする場合がございます。

Q3.RIN値の目安は？

Q6.ウイルスの解析は可能？

バイオアナライザーのRIN値で7以上が目安です。
送付前にお客様側でも品質確認される際は、参考にしてください。

右記の通り、ゲノムの形状により解一本鎖DNA（ssDNA）：×析できるものとできないものがあり二本鎖DNA（dsDNA）：〇
ます。
また、①宿主由来のrRNAの混
一本鎖RNA（ssRNA）：〇
入があるか、②対象ウイルスのRNA
二本鎖RNA（dsRNA）：〇 ※環状化dsRNAは×にpolyAがあるかによって、ライブラリー調製方法が変わりますので、お見積り依頼時に①②の情報をお知らせください。

＜見積り依頼･お問合せ・サンプル送付先＞〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334
dna@gikenbio.com

オプション
項目

RNA-seq解析
備考

価格（税別）

追加納期

サン
20,000円/ プル

5営業日

QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。
▼ ご提供サンプル量の目安

RNA抽出

細菌

細胞数 1×10^9程度、湿重量 20 mg程度

酵母

細胞数 5×10^7程度、湿重量 25 mg程度

植物（葉）湿重量 50 mg程度、直径1.5cm

動物細胞

細胞数 1×10^7程度、湿重量 20 mg程度

動物組織

湿重量 20 mg程度

▼保管温度
◇ 核酸保存液を添加する場合
核酸保存液を添加した後、一晩は冷蔵保管（4℃）
し、翌日に冷凍保管（-20℃）。
◇ 核酸保存液を添加しない場合採取後すぐに-80℃保管。

rRNA除去siTOOL社のriboPOOL等を使用して、rRNAを除去します。

サン
20,000円/ プル

なし

微量RNA対応

微量RNA（>1 ng/ul、>20 ul）に対して、ライブラリー調製を行います。
真核生物のみ対応可能です。劣化したRNAではライブラリー調製ができません。

サン
20,000円/ プル

5営業日参照ゲノム配列あり

発現比較解析
参照ゲノム配列なし

iDEGES正規化（Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013）
後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。
De novo transcriptome assemblyで得られたContigに対しBowtieを用いてマッピングを行います。
その後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。

1パターン

50,000円

パターンって？

追加1パターンごと+10,000円

追加1パターンごと+2,000円

例えば、A群・B群・C群があり、A群 VS B群とA群 VS C群の発現比較解析をする場合は2パターン、総当たりで行う場合は3パターンとなります。

10,000円

なし

1パターン

10,000円

データ解 析Volcano プロット

発現比較解析結果の発現比とp値で作図します。

主成分分析（PCA)

遺伝子発現プロファイルの類似性を座標分布で示します。

相関図作成

遺伝子発現プロファイルの類似性を相関図で示します。

10,000円

ヒートマップ解析

遺伝子発現プロファイルを色で表現した可視化グラフを作成できます。

20,000円

パスウェイ解析

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）
を利用したパスウェイ解析です。
発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます。
また、Fisher検定による有意差検定を行います。

50,000円

Gene Ontology（GO） 全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGOtermについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。発現解析
変動遺伝子の特徴的なGO termを推定することができます。

De novo transcriptome
assembly

参照配列がない非モデル生物の遺伝子カタログ配列を、Trinityで構築します。

miRNA-seq解析サービス
8 サンプル以上〜60,000 円（税別）/ サンプル
※8 サンプル未満の場合、サンプル数に限らず480,000 円（税別）のご対応となります。
【納期】30営業日

参照ゲノム配列の情報がない生物（非モデル生物）でもRNA-seqのデータを利用することで参照配列を得ることができます。
RNAseq用ライブラリーを150bpペアエンドリードで解析します。
得られたリードをデノボアセンブルすることで発現遺伝子カタログを作成し、参照ゲノムの代わりとしてマッピングに使います。

※3サンプル以上で解析可

1パターン
追加1パターンごと+10,000円

1パターン50,000円
追加1パターンごと+10,000円｝

セットでお得1パターン

70,000円

追加パターンの料金はそれぞれ必要です。

100,000円/生物種【ご提供サンプル】トータルRNA1 ug以上 ( >50 ng/ul、>20 ul）【作業内容】
・送付サンプルの品質確認（注3）・ライブラリー調製（MGIEasy Small RNA Library Prep Kit 使用）
・シーケンシング解析（DNBSEQ-G400 50シングルエンド解析・3,000万リード保証）
・データ解析（配列長の分布図作成・リードカウント・マッピング）（注3）バイオアナライザーのRIN値で7.5以上、A260/280は1.8-2.0が目安です。送付前にお客様側でも品質確認される際は、参考にしてください。

RNA-seqデータを利用した発現遺伝子カタログの作成（発現比較解析用参照配列の作成）
ライブラリー調製＆DNBSEQ 150bpペアエンド解析
45,000円（3,000万リード保証）
De novo transcriptome assembly
100,000円
合計 145,000円【納期】25営業日（税別）