SOCIETY OF GENOME MICROBIOLOGY, JAPAN (NO. 8)#

2013年11月29日

日本ゲノム微生物学会
ニュースレター
ゲノムを合成する新技術「ドミノ倒し法」 板谷 光泰（慶応大学先端生命研）

ゲノムDNAは巨大高分子であるがゆえに溶液中では物理的に剪断されやすく、完全長の取扱いは極めて困難である。大腸菌ではクローンできるDNAのサイズに上限があり、ゲノムを丸ごとクローンすることが可能な宿主は枯草菌と酵母に限られる。われわれはDNA組み換え能力の高い枯草菌を用いて、実用的なゲノム再構築手法を開発した（Itaya et al., Nat. Methods 5, 41-43, 2008）。この方法では、対象とするゲノムを完全にカバーするドミ
ノ断片（両隣と約1割程度の長さの配列を重複させる）を作成し、あたかもドミノ倒しのように断片を次々と連結する。枯草菌では組み込まれたDNAは安定に保持される。
実際に、再構築されたDNAのみを回収する方法（Tsuge & Itaya. J. Bacteriol. 183, 5453‒5456, 2001）を適用
し、単離し精製したミトコンドリアゲノム（上段左：IVがミトコンドリア全長に相当）と葉緑体ゲノム部分（上段右：制限酵素 B: BamHI, P: PstI, S: SalIで処理した葉緑体全長DNA）の例を示す。【Mはサイズマーカー】
本法の必須要件は切れ目のないドミノ断片のセットを揃えることだけであり、どのようなゲノムの再構築にも適用できる。ドミノ断片のサイズも100 kbp 程度までは問題なく、枯草菌ゲノムに組み込めるDNAも数Mbpまでは実証されており汎用性は高い。合成生物学領域の研究において、この『ドミノ倒し法』は「合成」のための基盤技術であり、塩基配列の新規設計による合成ゲノム構築も夢ではない。

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い場合もあります。でも、必要があれば臆せずにお尋ねすることができるフランクな雰囲気も、もうひ

本学会の今後への期待と不安
庶務幹事・吉田

とつの大切な特徴でしょう。

健一

しかし、このまま自然発生的な学際的「ユニー（神戸大学大学院・農学研究科）

クさ」や「フランクさ」だけに甘えていてよいのかという不安もあります。その価値や有り難さを意識

日本ゲノム微生物学会
は、小笠原会長をトップとする第３期の役員体制で運営されて２年目となりました。私は第２期から引き続き庶務幹事の役目を務めさせて頂いております。
庶務幹事の役割は執行部業務を円滑進めるため、会長を補佐して学会の発展に貢献することです。本来が裏方ですので、通例はあまり表だって自らの意見を述べる機会はない役
回りだと思うのですが、今回思いがけずニュースレターに寄稿する機会を得ましたので、本学会に参加

し続けなければ、昨日の「ユニークさ」は今日の「あたりまえ」に変わります。この危惧を象徴する
かのように、本学会の発足当時はまだ珍しかった次世代シーケンサーも、その後の急速な性能向上とコスト低減によって、あっと言う間に「あたりまえ」になりつつあります。機器の機能のみならず解析手法や情報処理における技術的進歩、加えて国内外の研究資金の動向や大型プロジェクトの企画など、グ
ローバルな研究情勢の変化に取り残されないよう、学際的「ユニークさ」を利かして常に広くアンテナを伸ばすことが大切でしょう。「フランクさ」も「馴れ合い」に陥る危険性があります。学際的に実りある共同研究を育むためには、いつも新鮮な気持
ちで真摯に意見情報交換する姿勢が必要でしょう。

して以来、これまでに折りに触れて考えてきました

学際的な「ユニークさ」や「フランクさ」に特ことを思いつくままに述べさせていただきます。

徴づけられる本学会の環境を維持し、円滑な運営をお手伝いするのが執行部の務めだと思います。そし本学会は発足してからまだ年浅く、まさに発展て、本学会がますます有意義な情報交換の場とな途上の若い学会です。そもそも、ゲノム科学自体がり、微生物ゲノム科学を培う土壌として定着するよ

発展途上の研究分野ですので、従来から一般に学会

うにするためには、学会員からのご意見やご要望をというものに求められる「あるべき姿」にとらわれ吸い上げて迅速に行動に活かすことが何より大切だ

ず独自な発展の方向性を模索する途上にあると考えと思います。そのためにも、ご存知の役員（http://てもよいかと思います。そして、自然発生的に備わsgmj.bio.titech.ac.jp/index.php/Admin）のどなっている本学会の最大の特徴は、ゲノムという共通

たかに直接意見を述べていたくか、または執行部へのキーワードのもとに、様々な学問分野の垣根を越の連絡用メールアドレス（wwwadmin@sgmj.org）

えて、基礎から応用までの専門の異なる研究者が入にどしどし忌憚のないご意見をお寄せ頂きますようり混じる学際性にあると思います。特に、情報系と希望します。もとより、本学会は会員数が依然とし実験系の研究者が問題点を共有して議論できる場とて500名程度の比較的小規模な学会ですから、会員しては例のないユニークな存在です。前回の年会での声を学会運営に反映させやすく、会員各人が学会の発表を拝聴するにつけ、会員の皆さんの研究の切を通じて微生物ゲノム科学の発展に直接参加出来る

り口の多様さに感銘を受けました。他の学会で、こと思われ、そのことも本学会の魅力のひとつであるのようなクロスオーバーを目にしたことはありませと考えます。今後とも本学会への積極的なご参画をん。実は正直言って専門外の議論にはついていけな

どうぞよろしくお願いいたします。

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ゲノム微生物学分野の研究動向�
ゲノム時代のワクワク感
有田 正規（国立遺伝学研究所：2013年11月1日異動）

単離できる微生物であれば安価にゲノムを読み取れる時代が到来した。ヒトゲノムを10万円以下でリシーケンスできるのも驚きだが、新奇の微生物ゲノ
ムを100万円以下で決定できるのはもっと驚きである。科研費特定領域「ゲノム支援」などの制度も整い、小額の研究費でも、個人でも、ゲノム計画を実行できるようになった。読み取られるゲノム配列量の増加率は、ムーアの法則とも呼ばれるCPU集積度の増加率をも上回っている。20年前にインフルエ
ンザ菌のゲノムが決まって以来、既に7,000近いバ
クテリアのゲノムが明らかになった。
ではこれらのゲノムを解読してバイオテクノロジー全盛の時代が来ているか、または近い将来に来るかというと、そうでもないように思う。大腸菌です
ら遺伝子の3割以上が機能不明であるし、ゲノム情報を駆使して感染症や難病が治ったという話も聞かない。いくらゲノムがわかっても組み換えのためのツールが無いとか、配列の微妙な違いによって機能が異なるとか、様々な問題点が残されている。モデル微生物の場合、代謝流量や遺伝子発現量の全ゲノ
ム・シミュレーションなども報告されているが、いずれも過去の実験結果に辻褄を合わせただけにすぎず、ちっとも役に立たない。いままでゲノムが生命の設計図だと言ってきた研究者たちが、設計図から何も作れないまま、これからはシステム生物学だとか合成生物学だと言うのは無責任だなぁと思わざるを得ない。
そういう筆者も自らの責任の一端は感じる。多くの研究者と同様に、ゲノム読み取りが生命の設計
図を解き明かすように錯覚していたのは事実である。21世紀は新時代の幕開けで、生命のメカニズム
もいずれ明らかにされると思い込むことが、時代の空気だったように思う。この10年程度でそのワク
ワク感は明らかに減少した。自分が年をとったからではないだろう。なぜなら今の若手研究者もゲノム情報にワクワクしているようには見えないからだ。
とりわけ次世代シーケンサーからの出力データは難題として扱われている。時代の雰囲気も以前に比べて見通しが暗くなった。ポスドク問題のせいか優秀
な若手は大企業に就職してしまう。また、ビッグサ
イエンスの時代に入って個性が光る研究をやりにくくなった。
現役の役割として、皆にもっとワクワクしてもらえる研究を心がける必要がある。無闇に大学院生の数を増やしても良い研究につながらないことは、大学院重点化から20年経ってよくわかった。研究の面白さのためには、重点化はむしろ逆効果だったかもしれない。教育を疎かにする大学院制度の内側で研究活動を高度に細分化させてしまったからだ。グローバル時代にそんな丁稚奉公に耐えられる優秀な人材はごく僅かであろう。ロンダリングした学歴を活かして就職をめざす人が多くなるのも当然だ。ではビッグデータ時代でもワクワクできる研究とは何だろうか。
生命の原則をさがす
ゲノム計画から我々が学んだのは、ゲノムは常に変化し続ける生命の一側面にすぎないのであって、基本設計図ではないという点である。ゲノムや遺伝子発現量だけでは生命を規定できないという事実

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SOCIETY OF GENOME MICROBIOLOGY, JAPAN (NO.	 8)#を、我々は、環境、共生、エピゲノムなど様々なキーワードを用いて確認しようとしている。筆者はバイオインフォマティクスの立場でゲノム研究に関わってきた。インフォマティクスの役割とは生命の様々な側面から、原則と呼べるものを拾い上げる作業だと考えている。ここでいう原則とは、物理や化学法則のような100%厳密に成立するルールのことではない。ムーアの法則がCPU大規模化の大まかな傾向を示すように（実際、ムーア自身は法則という言葉を使っていなかった）、基本方針といった程度の意味である。例えば20種のアミノ酸がコドンで指定されることや真核生物がコントロールされた細胞周期を持つことは基本原則のように教えられている。しかし今では当たり前に感じられる内容も発見
当初は当たり前ではなかったはずだ。ありうる様々な生命現象の中から、どうして今の原則が成立したのか、どのような制約が働いているのか、そうした
事実を明らかにする研究をしたいと思っている。
もちろん、原則探しは今までも重要なテーマだった。しかしこれまで我々が調べてきた生物種はごくわずかである。ビッグデータ時代に入ってようや
く生命の全体像を見通せるようになった。例えば21番目のアミノ酸とも呼べるセレノシステインがアーキアからヒトまで使われることが初めからわかっていたら、今のコドン表に (Serだけでなく) Sec という記号を併記したかもしれない。シゾンがモデル生物に選ばれていたら、細胞周期の解説にはミトコ
ンドリアや葉緑体の複製周期についても書かれていたはずだ。これまで対象を細分化することでローカ
ル則に拘泥していた生物学を、ようやく原則に基づいて俯瞰できる時代になったのである。
ただし、そうした原則を見出すためにビッグデータの解析そのものはさして重要ではない。もちろんデータが多い方が役にはたつが、必須ではない。
ビッグデータに取り組み始めると量に圧倒され、特定のデータセットにかかりきりになってしまう。しかし、同じようなビッグデータは他にもたくさんあるだろうし、実験条件によっては内容が薄いものもあるだろう。だから１枚の写真を事細かに調べあげるよりは、多くの写真を眺める作業が大切になる。
例えば多くの研究施設が競って新型シーケンサーを購入しているが、シーケンス作業は出来る限り外注すると良い。自分でやってもコストと時間がかかるばかりで、特に優れた結果を出せるわけでもないだろう。

2013年11月29日

統計や数字とは違う生物学へ
バイオインフォマティクスは今、どんどん統計学寄りになっている。たくさんデータを集めて統計モデルを作り、それで機能や構造の予測ができるという論文ばかり目にする。統計学を最強の学問などと称する本がベストセラーになる時代なので仕方ない
かもしれない。しかし（主観的な意見ではあるが）統計に基づく生物学などちっとも面白くない。機械学習による予測とは既知データとの類似度を求めているだけだから、良くて二番煎じの結果にすぎない。原則を見出したい生物学の本質には何ら貢献しないのである。具体例で考えてみてほしい。遺伝子
領域予測に隠れマルコフモデルが使われ始めて以降、様々な機械学習の手法が生物学に応用されてきた。しかし、生命のメカニズムを明らかにするような本質的な貢献があっただろうか。メカニズムへの示唆など全く与えてくれない機械学習で予測だけはできますと言われて嬉しいだろうか。今後ビッグデータが利用できるようになればなるほど、この傾向ははっきりするだろう。誰もが簡単にデータを用意できる時代になるから、都合よく論文を書くのに統計学は便利である。しかしそれで生物学が進むことはない。
そのようなこともあって、バイオインフォマティ
クスという分野は大きな転換点にあるように思う。
これまではいい加減な予測で論文が書けたかもしれない。しかし今後は実地検証が必要になる。合成生
物学が進めば微生物を実際に作成することすら可能になる。その時代にインフォマティクスを生物学として認めてもらうには、予測率とか信頼度のような数字争いではなく、ドグマとか原則と呼ばれるような内容を提示できなくてはならないだろう。大変なことだとは思うが、それだけにチャレンジングでもある。少なくとも筆者は、そうした新しいインフォ
マティクスを目指すところにワクワク感を抱く。これは生物学全体についても言えることだろう。
オミックスや定量という時代になり、数字争いをする論文は増えている。正確で網羅的な計測はもちろん重要だが、生物学の面白さというのはそうした数字が示唆するドグマや原則を見出すところにある。実際に見ることで理解した気になるイメージン
グ研究が流行るのもそのためだろう。こう考えると、生物学は漸く学問としてまとまり始めた時期にある。本当はもっとワクワクしてよいのだろう。

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再分配ソフトから受益者負担ソフトへ

バイオソフト企業の立場から見た大学や公的機関の研究者が開発するソフトやデ

ゲノム微生物学の将来
大山ータベースは多くは税金という再分配された富によりその資金が賄われる。一方、商用ソフトは受益者彰負担である（ただし、広告収入経由の間接負担もよ（ インシリコバイオロジー株式会社）

くあるが・・・）。
公的資金で開発されるソフトやデータは再分配

地場「ゲノム情報」企業

目的を明確にする必要があるため、操作性よりはひゲノム情報企業を研究者の地場で育成すれば研究とつの卓越した機能を実現することに重点が置かれ者自身にとっても利点が多い。私は以前、当時定評る。しかし、その操作方法がソフトやデータ毎に異のあった海外ソフト（GCG Wisconsin Package）

なっている場合が多く、多種のソフトを異なる操作を輸入して、操作方法講習会などの少々の付加価値方法で利用せざるをえない利用者側のストレスは大を付けて販売していたことがある。講習会を通じてきくなる。単体ソフト由来の多種の解析機能を取り日本の利用者から改良への要望が多く寄せられたた込んだソフトウェアパッケージ化により操作性は補め、米国の開発元企業を定期的に訪問し、これらの強できる。インストールから始まり、データの管要望を伝えたが、ほとんどが採用されなかった。グ

理、各解析機能の実行、結果の表示、他の情報とのローバル企業だと思っていたが、世界中の利用者にリンク生成など、利用者環境を整備し、利用者の労販売実績をもつこの企業も地場米国からのニーズを力を最大限軽減するのがパッケージ化の利点であ優先する地場米国企業だったのである。

る。さらに、パッケージソフトは有償化しやすい利

上記の経験から、私の地場である日本の研究者点もある。こうして、操作性の異なる多数の再分配の要望を取り入れたバイオソフトを作りたくなっソフトに共通の利用者環境を与え、持続的に利用可

た。おりしも、小笠原先生から「GeneWorksのよ

能な受益者負担ソフトへの転換が可能となる。次にうな」クローニング解析パッケージソフトを作った

この実例を述べる。

らどうだろうかとの提案をいただいたのをきっかけしてゲノム解析ソフトウェアパッケージであるIMC研究者が開発したソフトやデータベースのパッケージングの開発に取り掛かり、インシリコバイオロジー株式

ISB社は商用ゲノム解析パッケージを独自開発提会社（以下、ISB社と呼ぶ）は地場ゲノム情報企業

供しているが、全部自前で揃えたいと考えているわのひとつとなった。以来、ISB社は地場の研究者のけではなく、むしろ研究者が開発した優れた単体ソ要望を最大限取り入れて、このソフトの改良を続け

フトをこのパッケージに組込み、ISB社のユーザイている。

ンターフェイス経由で提供するのを理想とする。東に、黒川さんの開発されたゲノムビューアを参考に

日本でもゲノム情報企業が増えて欲しいと願う。

京大学の野口さんが開発した de novo 遺伝子同定

そのためには、地場である日本の研究者の方々の支

ソフトであるMetaGeneAnnotatorの自動起動およ援が必要である。研究者の方々に、このような地場

び結果取り込み機能の組み込みによるIMCへの搭載企業をもつことが自分自身の利益となることをぜひがその手始めであり、最近では産業技術総合研究所

理解して支援いただきたいものである。日本ゲノムの清水さんが開発したSlideSortを応用した機能を微生物学会（以下、SGMJと呼ぶ）においても、年GTに搭載し、さらに現在は東京大学の有田さんが会などで日本のゲノム情報企業のセッションを設け開発したARMとのインターフェイスをゲノム設計用るなど、積極的かつ継続的に取り上げていただきたに構築している。

いと考えている。

これらの日本発の優れたソフトをISB社の商用解
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析パッケージに組み込むための権利関係のパッケー

ものを新たに開発する利点が少ないため独占的事業

ジング方法はいくつかある。ひとつは、そのソフトとなるケースが多い。この有償化では利用者が過去を当社解析パッケージにバンドルせず、ライセンスのデータについても対価の支払いを求められる可能

提 供 も 現 状 の ま ま とす る 方 法 （ 方 法 Ａ ） で、性がある。過去のデータの蓄積は公的資金で行われMetaGeneAnnotatorがその例である。二つ目は、たのであるから、有償化は新規のデータ追加や検索

そのソフトをISBパッケージにバンドルし、再配布方法の改良などのみを対象としてほしい。また、公する契約を開発者との間で締結する方法（方法Ｂ）

的資金が投入された時期のデータについては再配布

で、SlideSortが該当する。最後に、今後の保守をを自由とすべきであり、これに新規データや付加価条件に開発ソフトを完全に弊社パッケージに吸収値を付けて販売する新規参入を可能にすべきだと思し、開発者名とソフト名を当社パッケージ上にクレう。一方、大型のデータベースの間のニッチに存在ジットする方法（方法Ｃ）もある。方法Ａと方法Ｂしている小型のデータベースではその後の保守がでは、開発者自身が今後もそのソフトウェアの改良ときない場合が多い。このようなデータベースを解析

保守を担当することとなる。方法Ｃは当社が改良とパッケージに組込み、再配布を容易にする制度があ

保守を引き受ける。このようにして、優秀ではあるるとよい。

が一般にあまり利用されていないソフトを多くの利利用者の要望と実際の利用のミスマッチ

用者に提供する仕組みが形成される（図1）。
生物情報分野のデータベース開発は多くは公的なISB社のソフト利用者の方々から「IMCやGTに

プロジェクトとして開始され、現在は保守への公的

この機能を追加すれば、他の研究者も皆購入する。

資金の先細り感からか有償化されるものもある。デだから、早く実装すべきだ。」などとそそのかされータベース事業は解析ソフト事業と異なり、類似の続けて今年で10年となる。しかし、ISB社は未だに

図１：統合解析パッケージへの単体（再分配）ソフト組込方法
研究者が開発した再分配ソフトを統合ゲノム解析パッケージに組み込む３つの方法を示す。方法Ａ：パッケージとは全く独立したソフトであり、使用ライセンスの入手やダウンロード、インストールもパッケージとは別途行われる。方法Ｂ：パッケージに含まれ、インストールも同時に行われるが、ソフトとしては独立しているため、単体でも実行できる。方法Ｃ：ソフトはパッケージ内に組み込まれ、単体では実行できない。

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開発者3名の零細バイオソフトウェア企業であり、軟に対応していくための、生涯教育・研修制度の整今となってはそれを提案した方々に再度訊ねても備こそが重要ではないかと考える。

「そんなこと言ったっけ。」とはねつけられそうで

従来、人類が必要とする化学品の生産は高温、ある。そこである時、ソフト利用者からのニーズを

高圧、強酸性・強塩基性下で、高エネルギー要求性

ウェブ上のフォーラムに投稿していただき、記録すの産業化が行われてきたが、これらは環境への負荷

ると同時に利用者間の議論を経てより正確なニーズが大きい。今後は常温、常圧、中性、低エネルギーにしたいと考えた。しかし、企業の提供するフォー

生産へのシフトが進むだろう。その鍵となるのが、ラムでは、利用者間の議論にはなかなか発展せず

有用物質のゲノム育種による生産技術の開発であに、当社技術者とのQ&Aに陥りがちになった。こる。ゲノム育種には、これまでのゲノム情報解析技のような利用者フォーラムは企業が運営するのでは術のすべてが必要となるだけでなく、おそらく多く

なく、学会等の公的な機関が運営する方がより議論の新規の情報技術開発が必要である。これらのゲノが活発になりやすいと思われる。SGMJでフォーラ

ム育種を実施する企業が必要とする人材は、量的にムを立ち上げてはいかがかと思う。また、年会でもも質的にも現状の人材供給能力をはるかに超えるも利用者と開発者との間で「こんな機能のソフトが欲のと予想される。企業内部で人材を確保するか、あしい」あるいはより一般的に「こんな製品が欲し

るいは受託解析供給企業等に外部委託するかの形態

い」というようなセッションを設けていただけるとの違いはあれ、これらを担う高度ゲノム情報技術者

面白いのではないかと考えている。

の養成が必須となる。先導的なプロジェクトで得られた技術や経験が、後続の営利事業にスムーズに引

ゲノム解析からゲノム設計へ： ゲノム情報人材需

き継がれるような仕組みや制度が必要であろう。

要のシフト

それと同時に、企業側での人材の受け入れ体制

1990年ごろからゲノム解析計画が始まり、ゲノの整備も必要である。今後は各企業でゲノム情報をム研究者からの要望をソフトウェアとして具体的に担当する人が少人数しかいないケースが多くなると設計する技術者が必要とされるようになった。次い思われる。このような企業内でのゲノム情報技術者

で、病原微生物ゲノムなどの解析が進められ、多くのキャリアパスの形成は困難で、ギルドのような横の微生物ゲノム配列が決めらるにつれて、高速ホモの連携が必要となる。この横の連携にSGMJをはじ

ロジー検索を主とする並列処理などの情報技術者がめとする学会が大きな役割を果たせそうである。

必要とされるようになり、さらに、1塩基変異株の「ＮＧＳ現場の会」はそのようなさきがけのひとつ

ゲノム解析に進み、DNAアレイ解析が主流となり、であろう。SGMJでも、企業のゲノム情報技術者を

統計解析人材への需要が高まってきた。このように積極的に取り込んでいただきたいものである。

ゲノム情報技術者に対するニーズは常に変化を続けてきている。現在は高速シーケンサの応用技術がさらに可能性を拡げている。飛躍的な高速化と低価格

あとがき化で微生物ゲノム情報が簡単に手に入るようになっ私自身は国家や国境に束縛されないコスモポリタンであることを理想と考えており、本稿では地理的な地場産業について述べたものの、将来は国境を超越した仮想的な地域を地場とする産業が面白いと思っている。

たが、反面、そのデータ解析は追いついていない。
解析アルゴリズム、使いやすい利用者環境、ゲノム
情報データベースなどに対処できる熟練情報技術者が不足していることが原因であろう。

略語
これらの要望に対応する人材を新卒からタイムリーに育成するのは不可能に近い。むしろ、一人の情報技術者が、生涯を通じてこれら需要の変化に柔ページ 7

GCG: Genetic Computing Group
IMC: in silico Molecular Cloning
GT: Genome Traveler

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大学院生として学会に参加して事だと気づきました。さらに、会議の最終日には予想もしなかったBest Poster Awardを受賞すること

外国での学会に参加してができ、忘れることができない初めての国際会議参加となりました。

山中 幸

さらに提唱した大腸菌の消化器系初期で機能す(法政大学大学院・工学研究科
生命機能学専攻・博士後期課程２年)

るゲノム発現ネットワークのモデルを確立するために実験と英語の勉強を重ね、第113回米国微生物学

私は、今年の6月に米国コロラド州デンバーで開会年会で発表する機会を得ました。米国微生物学会

催された第113回米国微生物学会年会に参加しましは100年以上の歴史のある学会であり、非常に多くた。幸運にも、大学院在学中に海外の学会で発表すの研究者が参加する大きな年会に驚くとともに、研る2回目の機会でした。

究の成果を発表することを楽しみに感じました。ポ
スター発表の当日、予想以上の多くの研究者が足を私の研究テーマは、大腸菌の酸耐性機構の解明

運んでくれ、定められた発表時間を超過して議論すです。動物の腸管で病原性を発揮する病原性大腸菌ることができました。また、学会参加後はペンシルなどの細菌は、腸管にたどり着く前に、消化器系でバニア州立大学の研究室を訪問し、研究について討

最も過酷な胃のpH2の強酸ストレスに晒されます。

論して頂く機会も得ました。さらに、幸いにも、共

この時に大腸菌で機能すると考えられている酸耐性

同研究を開始することができることにもなり、本当

機構は、胃をその住処とするピロリ菌とは異なってに有意義な米国訪問となりました。現在、これらのおり、大腸菌は強酸ストレスを一過的に捉え、その成果を学術論文に投稿する準備を進めています。

後にうまく腸管に定着する分子システムをもつと考私が初めて研究報告をしたのは、2011年の仙台

えられます。私はその仕組みをゲノム内の発現ネッでのゲノム微生物学ワークションプです。私自身もトワークとして理解することを目指しています。

やりきれない気持ちを持っていましたが、反面、お修士課程在籍中に、大腸菌のYdeO転写制御因子

酒を交しながら、多くの先生方に本気で研究議論をが複数のストレス応答転写制御因子遺伝子群と嫌気して頂いたことが今でも大きな励みとなっていま

呼吸鎖遺伝子群を同時に活性化することを発見します。これからも、ゲノム微生物学会など国内外の学した。この成果を初めて発表したのは、2011年9月

会で良い研究を発信できる研究者になれるよう、に東北大学で行われたゲノム微生物学会ワークショ

日々精進していきたいと思います。

ップでした。このワークショップは東日本大地震のために流会となった第５回日本ゲノム微生物学会年
会に代わるものとして開催された会であり、大変思い入れがある学会発表でした。その後、2012年6月に韓国の済州島で開催された第12回アジア転写会
議でも、ショートトークとポスターで報告しました
が、英語が苦手な私は非常に緊張しました。しかし、ポスター発表では多くの研究者が見に来てくれ、私の拙い英語での説明を熱心に聞いてくれました。この時英語の重要性を再確認したのはもちろんですが、実験結果をどのように解釈し、モデルに至るかの理論的思考がやはり研究にとっては極めて大ページ 8

韓国の学会でBest Poster Awardを受ける

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かを考えれば、まだまだバクテリアにしかできない

EMBO/EMBL Symposiumと研究、やらなければいけない研究が数多くあると思

訪問セミナーを体験してに、世界の微生物学研究の新しい流れを具体的な提います。このように、私にとって学生生活最後の年
言と共に再認識出来たことは、今後の研究活動を続大林 龍胆

ける上で大きな刺激になり、意欲を新たにすることが出来ました。一方で、ディスカッションを深める(東京農業大学大学院農学研究科
バイオサイエンス専攻・博士後期課程3年)

ためにも幅広い微生物分野での交流の場が必要だと改めて感じ、我が国にもすべての微生物学研究者が10月中旬にハイデルベルクで開催されたNew
Approaches and Concepts in Microbiologyとい一同に集うような学会があってもよいのではと考えさせられました。

うEMBO/EMBL Symposiumに参加しました。本稿

学会終了後には、私の指導教員である渡辺智助

では参加した中で私が感じたこと、驚いたことをま教が留学中のFreiburg大学を訪問し、Wolfgang R.

とめてみたいと思います。個人的な備忘録的な感じ

Hess教授の研究室でセミナーをする機会を頂きまになってしまうかもしれませんが、主として現在博した（写真）。私の発表内容は、多くのバクテリア

士後期課程在学中の皆様へ向けて、今後の参考にな

において必須なDNA複製因子をコードするdnaA遺れば幸いです。

伝子をラン藻において破壊したところ、自らのプラ本学会に参加して私が最も驚いたことは、発表

スミドをゲノムに挿入し、複製機構を代替するとい者のプレゼン能力の高さです。病原細菌から藻類まう新しいシステムを発見したことです。これはdnaAでと実験材料も研究分野も幅広く、それぞれの研究

遺伝子を持たない葉緑体の複製機構を進化的に説明者の方々のバックボーンも様々で、また研究内容も出来るかもしれないと、非常に高く評価して頂けま

Nature、Science誌のような一流誌に搭載された偉した。初めての英語でのプレゼンということもあ

大でかつ複雑なものが多いにもかかわらず、私にもり、非常に緊張して、正直、セミナー前は憂鬱でし

自然にストーリーを理解できるような話し方をする

たが、やってみればこれ以上ない経験だったと充実

ことに大きな衝撃を受けました。ちなみに私のヒア感で一杯になりました。もちろんその後のビールのリング能力は決して高くありませんが、それでも理

おいしさは格別で、心底ドイツに来て良かったと思解できることへの感動と衝撃もひとしおでした。

えた瞬間でした。本セミナーを通じて、研究的な考また、本学会に参加し、バクテリア研究の潜在察が広がったことは言うまでもないのですが、その的な可能性を再認識することができたのは大きな収他に一つ気付いたことがあります。それは如何に自穫でした。次世代シーケンサーの普及により、ゲノ分が現状に慣れてしまっていたか、ということでムレベルでの進化を追跡したり、また網羅的な発現す。国内での初めての学会発表もとても緊張したの解析など、これらの技術を駆使し次に何ができるのを覚えていますが、最近ではその緊張感も少し薄れてきています。初めの頃の新鮮な緊張感と、刺激的

フライブルグ大学での訪問セミナー

な討論を忘れてはいけないと思い直した会でもありました。
短期ではありましたが、今回の海外経験は、これからの研究へのモチベーションを新たにし、初心に帰るという意味では非常に良い機会だったと感じています。このような緊張感を常に追い求めていたら疲れてしまいそうですが、時には、ぬるま湯に浸かっていたのでは得られないものを、自分から積極
的に探し出してチャレンジしていこうという意欲を新たにした旅でした。

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第７回日本ゲノム微生物学会

若手の会研究会のご報告
世話人代表

今村

壮輔

（東京工業大学・資源化学研究所）
本年度の日本ゲノム微生物学会若手の会研究会
は、2013年９月19〜20日の二日間、静岡県の「ろうきん研修所富士センター」にて開催されました。
本研究会は、微生物学研究の次世代を担う若手研究者の交流と情報交換を目的として結成され、ゲノム研究をはじめ、様々な分野の微生物を扱う研究者が集まり、お互いの研究の背景、基盤技術、研究デー
タなどを紹介し、活発に議論し合うことで、実験手法や知識の向上や新たな研究者ネットワークの構築を行っています。
毎年９月に開催されている本研究会は、今年で７回目となりました。今回の研究会は、私（今村）を代表とし、相馬亜希子さん（千葉大学）、阿部貴志
さん（新潟大学）、島田友裕さん（東京工業大学）の４名の世話人で担当させて頂きました。今年の参加者は63名にのぼり、若手の会らしく、参加の半数が学生さんでした。今回からの新たな試みとして、一般発表は口頭発表に加えてポスター発表を設けました。その結果、一般発表演題数は42題（口頭24演題、ポスター18演題）となり、例年に比べて1.5倍近い発表が行われました。口頭発表での質疑応答は勿論のこと、ポスターセッションでも活発な議論が行われ、セッション時間が過ぎても議論が続いている光景が見られました。前述したように、本会の目的の一つは、深い議論を通じた知識の向上

会場におけるポスター発表と口頭発表への質疑風景

や、異なる視点での意見やコメントを基にした新規アイディアの創出です。その意味でも、例年行われている口頭発表に加えて、ポスター発表を取り入れたことは非常に意味のある結果となり、また、今後の若手の会の運営を行う上でも貴重な経験となりました。全体を通して内容は「ゲノム」と「微生物」
をキーワードにした様々な分野の研究に関する発表が行われ、参加者は異分野の研究に触れ、また、質疑応答や議論を通してそれらの研究を理解するよい機会になったことと思います。
招待講演は世話人４名からの推薦により、キッコーマン株式会社の伊藤孝太郎氏（現：野田産業科学研究所）による「ゲノム情報を活用したしょうゆ醸造に寄与する麹菌グルタミナーゼ遺伝子」と、鈴木治夫博士（山口大学）による「ゲノム塩基組成に基づいたプラスミドの宿主予測」の講演が行われました。伊藤氏には、麹菌（ Aspergillus

sojae）ゲノム上に存在する10個のグルタミナ

交流会は打ち解けた雰囲気で話が盛り上がりました。

ページ 10ーゼのうち、しょうゆ醸造に寄与する真のグルタミナーゼを明らかにした研究について紹介して頂きました。伊藤氏のように、企業で活躍されている研究者の方による講演は若手の会では初めてであり、普段聞く機会の少ない企業における研究への取り組み方や考え方など、学生さんのみならず、参加者全員にとって有益な講演となりました。また鈴SOCIETY OF GENOME MICROBIOLOGY, JAPAN (NO.	 8)#木博士には、完全ゲノム配列が解読された細菌の染色体とプラスミドの情報を基にした、プラスミドとその宿主との関係に関する研究紹介をして頂きました。更に同博士には、アメリカでの研究生活や研究
スタイルなどについてもお話して頂き、これから海外での研究を目指す学生さんにとって興味深い講演になったと思います。
そのほか今年は、招待講演に加えて「世話人企画」として、キッコーマン株式会社の藤田友紀博士に「キャリアプランを考える〜大学と企業での研究の違い〜」という題目で講演をお願い致しました。
企業とアカデミックでの研究経験をもつ藤田博士の講演では、博士取得後の進路の方向性は多岐であり、様々な可能性があることが紹介されました。特に印象に残っていることは「ロールモデルを探すのではなく、常に自分自身が最先端であれ」でした。
つまり、前例がないからとその可能性を閉ざすのではなく、自分の意思に基づき進を切り開いて行くことが重要であるということです。その他にも、いろ
いろな経験した方ならではの視点からのお話を聞くことができ、参加者の皆さんの心に響いたように見受けられ、この新たな試みである「世話人企画」も有意義なものになったと確信しております。
ランチョンセミナーは、イルミナ株式会社により「デスクトップ型次世代シーケンサー MiSeq 徹底
活用〜 全ゲノム解析、菌叢解析、メタゲノム解析〜」という題目で行われ、次世代シーケンサーを用いた最新の技術・情報に加えて、解析手法を学ぶよい機会を提供することができたと考えています。
一日目の夜には、恒例の交流会が行われ、各々の立場や専門分野に捉われずに、情報交換や今後の研2013年11月29日

究・進路について、深夜まで活発かつ白熱した議論が行われていました。研究発表のみならず、交流会
で新たなネットワークの構築ができたのではないかと思っています。
若手の会研究会の運営にあたっては、日本ゲノム
微生物学会からの後援を頂いております。この場をおかりしまして、会員の皆様にお礼申し上げます。
また、世話人で独自に協賛企業を募った結果、今回は12社の企業から協賛を得ることができました。
これらのご支援により、昨年同様に費用（参加費、宿泊費、食費、交流費を含む）を社会人は9,000
円、学生は4,000円に抑えることができ、費用面でも若手研究者が参加しやすい会にすることができました。
今年も皆様のご指導・ご協力により有意義な会になりました。今後も「若手の会の使命」について熟慮し、「日本ゲノム微生物学会若手の会でのみできること」を実現していくために様々な改革を実行して行きたいと考えています。そのためには、先に紹介した「前例にとらわれない」ということが、重要かもしれません。来年度は、相馬さんを代表とし、鈴木治夫さん（山口大学）と広瀬侑さん（豊橋科学技術大学）ならびに阿部さんと今村の５名で世話人を務めさせて頂きます。今後とも、皆様のご支援・
ご鞭撻をどうぞよろしくお願い致します。来年度も今年度同様の時期・場所での開催を考えております。皆様と第８回若手の会研究会の会場で、活発な議論を行えることを楽しみにしております。
日本ゲノム微生物学会若手の会研究会・ホームページ（アドレスが変わりました）

http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/MicroWakate/

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SOCIETY OF GENOME MICROBIOLOGY, JAPAN (NO.	 8)#2013年11月29日

第8回日本ゲノム微生物学会年会
第8回日本ゲノム微生物学会年会は、2014年3月7日（金）13:00 〜 9日（日）17:00 の日程で、東京農業大学（東京都世田谷区桜丘： http://www.nodai.ac.jp/）で開催されます。奮ってご参加下さい。
ゲノム微生物学会は、我が国の微生物ゲノム研究を牽引してきた先駆者達によって設立され、ゲノム情報の解析
法と活用法の普遍化に大きな役割を果たしてきました。今やゲノム情報は、微生物学の出発点といっても過言ではないのではないでしょうか。しかし、拡大する情報量と、進歩する解析技術は、これからも多くの若い世代が参加し、本学会を牽引していく必要性を示唆しています。
今回は特別企画としてそれぞれ4名の演者からなるシンポジウムを2つ開催します。１つは、「ゲノム情報が異分
野をつなぐ」と題し、文字通りゲノム情報の活用が微生物学研究の範疇を超えてスケールの大きな話題を提供してこられた、海外で活躍する若手日本人研究者に講演をお願いしました。もう１つは、「ゲノムから探る醗酵・醸造」と題し、我が国の伝統的醗酵・醸造の分野にゲノム情報解析を取り入れ、醸造特性の解析と育種へ向けた興味深い挑戦についてお話し頂く予定です。
年会の詳細につきましては、専用のホームページを開設しましたのでご覧下さい（http://www.aeplan.co.jp/
sgmj2014/）。
第8回日本ゲノム微生物学会・年会長

吉川博文（東京農業大学応用生物科学部バイオサイエンス学科）

年会の主会場 →（百周年記念講堂）
実学主義の提唱者
横井 時敬・初代学長 ↓学会の現況
学会役員（敬称略）
会長： 小笠原直毅
庶務・会計幹事：吉田健一、大西康夫
集会幹事：久原哲、有田正規
広報幹事：中村保一、佐々木裕子、磯野克己 男女共同参画：有田正規、佐々木裕子
評議員（会長推薦を含む）：朝井計、跡見晴幸、石川淳、板谷光泰、漆原秀子、大島拓、河村富士夫、黒川顕、菅井基行、高見英人、田中寛、田畑哲之、戸邊亨、内藤真理子、永田裕二、仁木宏典、野尻秀昭、林哲也、吉川博文、北川正成
会計監査：藤田信之、和地正明

会員の動向
全会員数 416名（平成25年11月12日現在）
正会員 330名；学生会員 86名賛助会員 19 団体； 機関会員 2 団体
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