ロングリードシーケンサー

PacBio® Revio/Sequel lle を用いた遺伝子解析
HiFiリードを用いた種レベルで生物叢解析したい !

ロングアンプリコン解析

1 kb 〜 数 kb のアンプリコンを解析したい !

プラン

説明

16S rRNA V1-V9

16S rRNAのV1-V9領域（約1,500 bp）を解析します。

（原核生物が対象）

18S rRNA Long
2024.05 （真核生物が対象）

New!

取得リード数初期費用（税別）

解析費用（税別）

1~7サンプル
ご依頼の場合

18S rRNAのほぼ全長（約1,800 bp）を解析します。

30,000なし

リード程度

8~23サンプル
ご依頼の場合24サンプル以上
ご依頼の場合Fungi ITS Long
（真菌が対象）カスタムロング
アンプリコン

納期

40,000 円 / サンプル
30営業日
35,000 円 / サンプル

30,000 円 / サンプル

ITS1領域とITS2領域を含む
約1,600 bpを解析します。

多様な配列の解析を目的とし、任意の領域（1 kb〜数kbまで）を解析したい場合に適しています。
10 kb以上の場合はご相談ください。

●プライマー合成 *1

30,000リード程度

20,000 円 /プライマー●PCR 条件検討 *2サン
プル

プライマー
合成完了後、PCR 条件検討

70,000 円 /8~23サンプル
20営業日
60,000 円 / サンプル＋
24サンプル以上
解析
50,000 円 / サンプル
1~7サンプル
ご依頼の場合ご依頼の場合ご依頼の場合
100,000 円 /プライマー

30営業日*1 5ʼ 末端に Amino Modiﬁer C6 修飾プライマーを合成する必要があるため、プライマー合成費用が初期費用としてかかります。プライマー配列をご指定ください。プライマー設計からのご相談も承っています。
*2 ご指定のプライマー（NGS 用のタグは付加されていないプライマーで OK）で対象領域が増幅できることを確認済であり、PCR 反応条件の情報を提供いただける場合、PCR 条件検討費用は不要です。詳しくは裏面をご覧ください。

・送付DNAの品質確認（蛍光法による2本鎖DNAの定量と電気泳動による断片長の確認）・シーケンスライブラリー作製（PCR法でライブラリーを作製）
・シーケンシング解析（PacBio Revio または Sequel lle を用いてHiFiリードを取得）

作業内容

・データ解析（以下のデータベースを使用して系統解析します）
細菌16S rRNA：MIrROR, 18S rRNA：SILVA, Fungi ITS：UNITE, その他(virus等含む）：NCBI
データ解析は以下に変更可能です。
・データ解析不要
（-500円/サンプル）・カスタム多型解析（0円）：各配列のリード数をエクセル形式で納品します。
・変異点解析：裏面のオプションを参照ください。

抽出 DNA（濃度 1 ng/ul 以上 で液量 20 ul 以上、かつ 対象領域の長さ以上の DNA 断片が確認できていること）

ご提供サンプル

納品物

ご依頼の流れカスタムロングアンプリコンをご依頼の方
PCR 条件をご提供いただく場合・・・その PCR 条件で 2-3 回調製可能な DNA 量を送付ください。
PCR 条件検討をご依頼いただく場合・・多めに（可能であれば濃度 5 ng/ul 以上 で液量 40 ul 以上）ご送付ください。

・報告書
・シーケンス生データ（fastq形式）
・系統解析結果
・DDBJのデータベース登録に必要なデータダウンロード形式での納品となります。
データ量が4 GBを超える場合は記録媒体での納品に変更させていただきます。

まずは、お見積りをご依頼ください。弊社HPにお見積り依頼フォームをご用意しています。

〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334＜見積り依頼･お問合せ＞ dna@gikenbio.com

オプション（DNA抽出＆データ解析）
項目

備考

価格（税別）

追加納期

1~2サンプル

試料を送付いただき、弊社で DNA 抽出を行います。
ご提供いただくサンプル量の目安は、湿土壌の場合 200-500 mg程度、マウス糞便の場合 米粒 2-3 粒程度です。

DNA抽出

群間比較解析
※細菌16S/18S/真菌ITSのみ対応

LEfSe を用いて、比較する群間の違いと相関を示す微生物群の抽出やある現象の原因微生物の探索を行います。

10,000円/サンプル
3~7サンプル※サンプル数に限らず一律価格

24,000円/ 式

5営業日

8サンプル~3,000円/サンプル
30,000円/ 解析※グループ分けのパターンが複数ある場合は追加1パターンごと10,000円

なし

Qiime2 の diversity プラグインを用いて、レアファクション解析（chao1 や shannon など）と主座標分析（PCoA）を行います。

10,000円/解析なし

ベータ多様性は PERMANOVA で検定し、アルファ多様性はKruskal-Wallis で検定します。

20,000円/解析

なし

変異点解析

参照配列に対して変異箇所を同定します（vcf形式）。

5,000円/サンプル

なし┗ サンプル間の変異比較

各サンプルの変異箇所を統合して比較します。

10,000円/参照配列

なし

多様性解析
┗多様性解析の統計解析？

生物技研のロングアンプリコン解析についてのギモン・シツモン

Q1. PCR条件検討を自分で行う場合、注意すべきことはある？
A1. 平滑末端となるPCR酵素を使用してください。
PacBioでは平滑末端のPCR産物のみシーケンシング解析が可能です。
そのため、PCR条件検討の際も、平滑末端となるPCR酵素を使用してください。
＜平滑末端となるPCR酵素の例＞
・KAPA HiFi HS ReadyMix [日本ジェネティクス]
・TaKaRa Ex Premier DNA Polymerase [TaKaRa]
・KOD FX Neo [TOYOBO]
・Q5 High-Fidelity DNA Polymerase [NEB]
・Phusion Hot Start II DNA Polymerase [Thermo Fisher Scientiﬁc]

Taq は増幅しやすいけど、PacBio の解析では、ダメなんか…

※Taqポリメラーゼは、不適です。

Q2. PCR条件検討で増幅が確認できました。何を伝えればよい？
A2. 反応条件・反応組成・使用酵素をご連絡ください。

Q3. 1 kb未満のアンプリコンは解析依頼できない？
A3. サンプル数やシーケンシング解析の相乗りサンプルによりますので、ご相談ください。
シーケンシング解析時、短いリードほど多く読まれます。例えば、600 bpのアンプリコンと3 kbのアンプリコンを相乗りでシーケンシング解析すると、データ出力に極端なバラツキが出てしまいます。
そのため、通常受け入れ可能なアンプリコンサイズとして1 kb以上を目安とさせていただいております。
1 kb未満のアンプリコンでも、同程度の長さでサンプル数が集まれば、シーケンシング可能ですので、ご相談ください。