Journal of Environmental Biotechnology（環境バイオテクノロジー学会誌）
Vol. 8, No. 1, 3–7, 2008

総

説（特集）

炭酸塩岩と微生物
Carbonate Rock and Microorganisms
幸村

基世，長沼

毅*

KISE YUKIMURA and TAKESHI NAGANUMA
広島大学大学院生物圏科学研究科 〒 739–8528 広島県東広島市鏡山 1–4–4* TEL: 0824–24–7986 FAX: 0824–22–7059* E-mail: takn@hiroshima-u.ac.jp
Graduate School of Biosphere Science, Hiroshima University, Kagamiyama,
Higashi-Hiroshima, Hiroshima 739–8528, Japan
キーワード：バクテリア，炭酸塩，炭素循環
Key words: bacteria, carbonate, carbon cycle
（原稿受付

1.

2008 年 5 月 12 日／原稿受理はじめに―炭酸塩を形成する微生物

微生物は地球上の炭素循環において，有機物の分解者，
もしくは生産者としての役割を担っている。大気中には
約 0.03％の二酸化炭素が含まれており，植物などの光合成生物が光のエネルギーを使って，二酸化炭素と水から，糖やタンパクなどの有機物を作り出す。作り出された有機物は，間接的あるいは直接的に，多くの生物の炭素源
やエネルギー源として利用される。取り込まれた有機物
は，生物の呼吸や代謝によって，二酸化炭素として再び大気へと放出される。微生物は，動植物の遺体や排泄物
由来の有機物を分解し，炭素を無機化する。また，微生
物のなかには分解者としてだけでなく，化学合成独立栄養微生物である硝酸菌や硫黄細菌のように，無機化合物の酸化で生じる化学エネルギーを用いて，有機物をつくる，つまり生産者としての役割を果たすものもいる。
このように，微生物が地球上の炭素循環において重要な役割を果たしていることはよく知られているが，微生
物は有機物を通した炭素循環ばかりでなく，炭酸塩などの鉱物形成を通じた炭素循環にも関与していることがわ
かっている。
炭酸塩からなる炭酸塩岩は全堆積岩の〜 20％をも占め，その質量は 1017 トンにもおよび，地球表層における二酸化炭素化学種の最大のプールとなっている14)。セ
メントの原料や土壌改良剤として利用される石灰石（CaCO3）が，炭酸塩としては最も有名だろう。原始大
気では液体の水になる水蒸気を除くと，二酸化炭素の量は 30 気圧下で 97％をも占めるほど大量であったが，現在の地球大気では 1 気圧下で 0.03％と大変小さい。この二酸化炭素量の大激減は二酸化炭素が炭酸塩として地中に固定され，大気中から除かれたことが大きな要因であると考えられている14)。

2008 年 5 月 20 日）

鉱物と聞くと，生物との関わりがないように感じる人も多いだろう。確かに鉱物は生物をつくらない。しかし生物は鉱物をつくる。炭酸塩も化学反応起源のものと，生物起源ものと 2 種類がある。陸上では火成岩，変成岩，
熱水脈にも産出するが，海洋中の炭酸塩はほとんどが，サンゴの骨格，ウミユリ・ウニなど棘皮動物の殻，円石
藻類のココリスなど，生物由来の炭酸塩であると言われている14)。これら生物由来の炭酸塩は長い年月をかけて海底に堆積し炭酸塩岩となる。この炭酸塩岩は，時には地殻変動により地上部へと露出することもある。
炭酸塩形成に関与する微生物としては，浮遊性の円石
藻類（ココリス）や有孔虫類などの真核生物，ストロマ
トライト形成性の原核生物（シアノバクテリア）の影響がよく謳われてきた24)。しかし，バクテリアも炭酸塩を形成することがわかっている。バクテリアはひとつひとつの細胞サイズこそ数 μm（1 μm は 1/1000 mm）と小さ
いが，土壌や海洋はもちろん，上空数十 km の成層圏29)
から地下数百 m の地下生物圏21) まで，膨大な数存在し，炭素重量に換算したバイオマスは，地球上の全生物のバイオマスで最大の規模を誇る植物に匹敵するとも言われている。そのバクテリアが，一部ではあるが炭酸塩鉱物形成に関与しているのならば，これらバクテリアの炭酸塩鉱物形成を通じた，炭素循環への寄与は非常に大きなものだと考えられるだろう。
2.

炭酸塩を形成するバクテリア

Boquet et al.（1973）は土壌から，210 株もの炭酸カルシウムを形成するバクテリアを分離し，土壌に生息す
るバクテリアにとって炭酸塩（炭酸カルシウム）形成は一般的な現象であると報告した3)。分離されたバクテリ
アは Bacillus subtilis，Pseudomonas aeruginosa，Staph-4幸村

ylococcus aureus など，どこにでもいる普通のバクテリアであった。炭酸塩を形成するバクテリアは，炭酸塩からなる鍾乳洞5) や，水田11)，塩湖25)，海岸堆積物19) など，
様々な環境からみつかっている（表 1）。
このように，自然界に存在する多くのバクテリアが，炭酸塩を形成することがわかっているが，何故これらのバクテリアが炭酸塩を細胞の内や外に形成するのかは，
一部のバクテリアを除き，よくわかっていない。その理由として，炭酸塩をはじめとしたバクテリアによる鉱物形成の多くが，代謝などの生物活動の結果，受動的に起こることが挙げられる17)。同じく生物による鉱物形成である，アサリやカキなどの軟体動物の殻（炭酸カルシウ
ム）や脊椎動物の骨や歯（リン酸カルシウム）の形成は，それらの生物体に計画されている，すなわち遺伝子に鉱物形成という仕事が組み込まれている。しかし，バクテ
リアによる鉱物形成は，磁性細菌のような一部の例を除いて，遺伝子に鉱物形成という仕事は組み込まれておらず，環境要因も大きく関係してくると考えられる。遺伝子に計画された鉱物形成を能動的な鉱物形成とするなら
ば，バクテリアによる鉱物形成の多くは受動的であると言えるだろう。
さらに，バクテリアによる炭酸塩形成とひと言でいっても，バクテリアの種により炭酸塩形成メカニズムが異なること6,8)，要因と考えられるものが複数あることなどが問題となり，バクテリアによる炭酸塩形成のメカニズ
ムは謎の部分が多い。それらを解明するために様々な培養実験が行われており，後に詳しく述べることにする。
3.

バクテリアが炭酸塩を形成するメカニズム

いくつかの種においては，完全にではないが，炭酸塩を形成するメカニズムがわかっている。例えば緑色硫黄
細菌・紅色硫黄細菌などの光合成細菌や藍菌（藍藻）は二酸化炭素を消費し，光合成を行うが，その際，環境水に含まれる重炭酸イオンを炭素源として使用すると，
OH– が生じ，pH が上昇する（1）。
HCO3– → CO2+OH–（1）
この OH– が更に重炭酸イオンと反応すると，炭酸イオンが生じる（2）。この時 , 環境水中にカルシウムイオ24)。
ンが存在すると，炭酸カルシウムが沈殿する（3）他

HCO3–+OH– → CO32–+H2O
（2）
2–
2+
（3）
CO3 +Ca ⇔ CaCO3
また，Bacillus sphaericus のような尿素分解菌は，尿素をアンモニアと炭酸に分解する（4），（5）。その際に炭酸イオンが生じ（6），環境水中にカルシウムイオンが存在した場合，炭酸カルシウムを沈殿させることが知られている（7），（8），（9）9,12)。
（4）CO(NH2)2+H2O → NH2COOH+NH3（5）
NH2COOH+H2O → NH3+H2CO3（6）
H2CO3 ⇔ HCO3–+H+（7）
2NH3+2H2O ⇔ 2NH4++2OH–
HCO3–+H++2NH4++2OH– ⇔ CO32–+2NH4++2H2O（8）（9）
CO32–+Ca2+ ⇔ CaCO3
タンパクやアミノ酸を分解することにより，アンモニ
アを生産するバクテリアも同じように，炭酸カルシウムを沈殿させることがある27)。
硫酸還元菌も以下の反応により，炭酸カルシウムを沈殿させることが報告されている23)（10），（11）。
（10）
SO42–+2CH2O → 2HCO3–+H2S（11）
Ca2++2HCO3– → CaCO3+H2O+CO2
しかし，炭酸塩を形成することが知られているバクテ
リアの中には，これらの反応にあてはまらないものも多い。何故それらのバクテリアが炭酸塩を形成するのか，
いくつか説が挙げられている。まず，バクテリアの細胞膜表面がマイナスに荷電しているため，という説がある26)。バクテリアの細胞膜表面はマイナスに荷電しており，プラス荷電を持つカルシウムイオンやマグネシウム
イオンが細胞膜に吸着し，これが炭酸塩の核になっている の で は， と い う の だ。 ま た， 環 境 中 の pH の 維 持や15)，浮力の調整・走向性1,10) に関与した機能なども想定されているが，どの説も決定的な証拠は得られていない。
4.

バクテリアが形成する炭酸塩種

炭酸塩とひと言でいっても，様々な種類がある。例えば石灰石である炭酸カルシウム（CaCO3），研磨剤や滑り止めに使われる炭酸マグネシウム（MgCO3），菱鉄鉱であるシデライト（FeCO3）などが，その例である18)。

表 1．環境中から得られた炭酸塩形成菌
サンプリング場所

得られた炭酸塩形成菌

引用文献

海岸堆積物

Bacillus spp.
Pseudomonas spp.
Vibrio spp.
Bacillus subtilis
Pseudomonas aeruginosa
Staphylococcus aureus
Achromatium oxaliferum

McClallum and Guhathakurta 1970

土壌

水田
塩湖
鍾乳洞

Marinococcus albus
Marinococcus halophilus
Kocuria varians
Acinetobacter lwoﬃi
Bacillus macroides

Boquet et al. 1973

Head et al. 1996
Rivadeneyra et al. 1999
Cacchio et al. 2004

5

炭酸塩岩と微生物

更に炭酸カルシウム（CaCO3）の中にも，同じ化学式をもつが結晶構造の異なるカルサイト（方解石），アラゴ
ナイト（霰石），ヴァテライトなどがある（表 2）。地球上に存在する炭酸塩岩ほとんどはカルサイト，アラゴナ
イト，そしてマグネシウムが含まれる炭酸カルシウムであるドロマイト（CaMg(CO3)2）の 3 種で占められると言われている18)。環境中で無機的にどの炭酸塩種が形成されるのかは，塩分・温度・種々のイオン濃度などにより決定されることが明らかになっている14)。
バクテリアが形成する炭酸塩も，培地の塩分や培養温度7)，培地の状態が液体か固体か26)，また菌種の違い7,25)など，そのほか様々な要因により変化することがわかっている。
面白いことに，バクテリアが形成する炭酸塩種は，同じ環境条件で無機的に形成される炭酸塩種とは異なることがある。例えば Rivadeneyra et al.（2004）は芽胞を形成する中度好塩菌 Halobacillus trueperi を用いて，様々な塩分（Sea Salts 濃度（w/v））の固体培地と液体培地
でどのような炭酸塩種が形成されるかを調べた26)。結果，
Sea Salts の濃度が 2.5％の寒天培地ではカルサイト，
7.5％・15％・20％ ではマグネシウム含有カルサイトであるマグネシウムカルサイト（ドロマイトとは異なる）が形成された（H. trueperi のコロニーを図 1 に示す）。
Sea Salts は名前のとおり海水をモデルにした塩で，様々なミネラルを含んでいる。この各種ミネラルの濃度変化が形成される炭酸塩種に影響したと考えられるが，しかし地球化学解析コード PHREEQ22) で推測すると，この培養条件において無機的な炭酸塩形成による炭酸塩は，
カルサイトも形成されるが，ドロマイトが最も形成されやすく，アラゴナイトも形成できるはずであると示された。バクテリアによる炭酸塩形成には，環境要因だけでなく，やはりバクテリアの生物活動が関与しているのであろう。
しかし，この Halobacillus trueperi の増殖に最適な塩分（ た だ し NaCl 濃 度（w/v）） は 10 ％ で あ る が，Rivadeneyra et al.（2004）の実験で，最も炭酸塩形成が活発であったのは 2.5％であり，増殖曲線における定常期に炭酸塩形成が始まったことから，細胞増殖が活発であれば炭酸塩をより多く形成する，というわけでもないら

表 2．代表的な炭酸塩種とその化学式
炭酸塩種

化学式

CalciteAragonite
Verterite
Dolomite
Magnesite
Siderite
Rhodochrosite
Strontianite
Witherite
Monohydrocalcite
Ikaite

CaCO3
CaCO3
CaCO3
CaMg(CO3)2
MgCO3
FeCO3
MnCO3
SrCO3
BaCO3
CaCO3·H2O
CaCO3·6(H2O)

しい。
4.1.

イオン濃度の影響前述したように，どの炭酸塩種が形成されるかには，
各種のイオン濃度が関わっている。イオン種の中でも，自然環境中での無機的な炭酸塩形成において，マグネシ
ウムイオンとカルシウムイオンのモル比（Mg2+/Ca2+ モル比）は特に重要な要因である。一般的にマグネシウム
濃度の上昇と共に，つまり Mg2+/Ca2+ モル比が大きくなるにつれ，カルサイトの形成は抑制されアルゴナイトの形成は増加する13)。しかし，バクテリアによる炭酸塩
形 成 で は， こ の 限 り で は な い。Sanchez-Roman etal.（2007） は， 培 地 に 酢 酸 マ グ ネ シ ウ ム 四 水 和 物（C4H6MgO4·4H2O） と， 酢 酸 カ ル シ ウ ム 一 水 和 物（C4H6CaO4·H2O） の 量 を 変 え て 加 え る こ と で 様 々 な
Mg2+/Ca2+ モル比をつくりだし，培養実験を行った27)。
その結果，Halomonas aquamarina などをはじめとしたグラム陰性の中度好塩菌 19 株は，酢酸マグネシウムを含まない培地でカルサイトを形成する一方，Mg2+/Ca2+
モル比が 1 以上（1.63，3.25，7.4，13.2）になっても，
アラゴナイトを形成せずにカルサイトとマグネシウムカ
ルサイト形成した。著者らは，その理由として細胞の膜ポンプは Ca2+ を細胞外に，Mg2+ を細胞内に運ぶため，結果として細胞の周りの Mg2+/Ca2+ モル比が低くなり，
カルサイトを形成したのでは，と述べている。
4.2.

その他の要因軟体動物の殻形成など，生体反応による炭酸カルシウ
ム鉱物の生成過程ではアスパラギン酸（L-Asp）やグルタミン酸（L-Glu）などの酸性アミノ酸が，その生成反応に関与することがよく知られている。酸性アミノ酸は，溶液中のカルシウムイオンと強く結合するカルボキシル基などの官能基をもつため，炭酸カルシウム鉱物の結晶核の生成とその後の結晶成長を促進すると考えられている。バクテリアによる炭酸塩形成でも，EPS（expolysaccharide）や L- アミノ酸（L-Asp, L-Glu）が，形成される炭酸塩の種類や形状に影響を与えることがわかっている4)。
また，炭酸塩の形成は，バクテリアの細胞膜表面がマイナスに荷電していることが原因である可能性がある，と述べたが，マイナスの荷電の程度がバクテリアの種によって異なるため，菌種による炭酸塩形成の違いが生じているとも推察されている26)。

図 1 ．酢酸カルシウム一水和物を加えた寒天培地（左）と通常の寒天培地（右）で培養した Halobacillus trueperi のコロ
ニーの様子．

6

幸村

5.

炭酸塩形成に関与する遺伝子

前述したとおり，バクテリアによる炭酸塩形成は受動的に起こるものだと考えられているため，炭酸塩形成を直接的にコントロールしている遺伝子は未だ見つかっていない。しかし，間接的に関与している遺伝子群は見つかっている。Barabesi et al.（2007）は European B. subtilis Functional Analysis Project によって得られた 1000 株
以上もの UV による遺伝子変異株を用い，炭酸塩形成に
関 与 す る 遺 伝 子 の 特 定 を 試 み た2)。 結 果，lcfA, ysiA,
ysiB, etfB, etfA という 5 つの遺伝子群が炭酸塩形成に関与していることを突き止めた。更にこの 5 つの遺伝子の中でも etfA（electron transfer flavoprotein alpha-subunit）という電子伝達フラボタンパク質をコードしている遺伝子が欠損している株は，炭酸塩を形成できず，この etfAという遺伝子が本質的な炭酸塩形成を司っているとわかった。この遺伝子群は脂肪酸の代謝に関与しており，炭酸塩形成と脂肪酸代謝には関係があるのでは，と著者らは推察している。
6.

これからの炭酸塩形成微生物に関する研究

これまでに，様々な環境から炭酸塩形成菌が分離されてきた。そしてその炭酸塩形成メカニズムを明らかにするために，さまざまな培養実験が行われ，各種のイオン
濃度やアミノ酸などが炭酸塩形成に関与していることがわかった。しかし，そのメカニズムは未だ謎の部分が多
いままである。地球環境における，バクテリアによる炭酸塩形成を通じた炭素循環能力の評価をするためにも，
そのメカニズムを明らかにすることが必要だろう。メカ
ニズムが解明されれば，円石藻類が二酸化炭素の石灰化に利用されているように28)，バクテリアによる炭酸塩形
成も二酸化炭素の削減に利用されるかもしれない。
炭酸塩と微生物化石の関係も大変面白く，炭酸塩岩中に包埋された微生物化石が，微生物による炭酸塩岩生成のマーカーになることが報告され16)，これは地球上だけ
でなく，火星などの宇宙における微生物の存在を示す
マーカーともなり得るかもしれない20)。
また，近年，間接的にではあるが炭酸塩形成に関与する遺伝子がみつかったことから，今後この遺伝子をもとに，環境中からの核酸（DNA）による炭酸塩形成菌の検出や，定量 PCR による定量なども行われることも考
えられる。
文

献

1) Babenzien, H.-D. 1991. Achromatium oxaliferum and its ecological niche. Microbiol. Res. 146: 41–49.
2) Barabesi, C., A. Galizzi, G. Mastromei, M. Rossi, E. Tamburini,and B. Perito. 2007. Bacillus subtilis Gene Cluster Involvedin Calcium Carbonate Biomineralization. J. Bacteriol. 189:
228–235.
3) Boquet, E., A. Boronat, and A. Ramos-Cormenzana. 1973.
Production of calcite (calcium carbonate) crystals by soil bacteria
is a general phenomenon. Nature 246: 527–529.
4) Braissant, O., G. Cailleau, C. Dupraz, and E.P. Verrecchia.
2003. Bacterially induced mineralization of calcium carbonate
in terrestrial environments: the role of exopolysaccharides and他
amino acids. J. Sediment Res. 73: 485–490.
5) Cacchio, P., C. Ercole, G. Cappuccio, and A. Lepidi. 2003.
Calcium carbonate precipitation by bacterial strains isolated
from a limestone cave and from a loamy soil. Geomicrobiol. J.
20: 85–98.
6) Castanier, S., G. Le Metayer-Levrel, and J.-P. Perthuisot.
1999. Ca-carbonates precipitation and limestone genesis̶themicrobiologist point of view. Sediment Geol. 126: 9–23.
7) Ferrer, M., J. Quevedo-Sarmiento, M.A. Rivadeneyra, V. Bejar, R.
Delgado, and A. Ramos-Cormenzana. 1988. Calcium carbonate precipitation by two groups of moderately halophilic microorganisms at different temperatures and salt concentrations.
Curr. Microbiol. 17: 221–227.
8) Hammes, F., and W. Verstraete. 2002. Key roles of pH andcalcium metabolism in microbial carbonateprecipitation. Re/
Views Environ. Sci. Biotechnol. 1: 3–7.
9) Hammes, F., N. Boon, J.B. Villiers, W. Verstraete, and S.D.
Siciliano. 2003. Strain-Specific ureolytic microbial calcium
carbonate precipitation. Appl. Environ. Microbiol. 69:
4901–4909.
10) Head, I.M., N.D. Gray, R.W. Pickup, and J.G. Jones. 1995
The biogeocheminal role of Achromatium oxaliferm,
pp. 895–898. In J.O. Grimalt and C. Dorronsoro (eds.), Organic
geochemistry: developments and application to energy, climate,enviroment and human histry. Selected papers from the 17th
International Meeting on Organic Geochemistry, 4th–8th September 1995, AIGOA, Donostia-San-Sebastian, The BasqueCountry, Spain.
11) Head, I.M., N.D. Gray, K.J. Clarke, R.W. Pickup, and J.G.
Jones. 1996. The phylogenetic position and ultrastracture of
the uncultured bacterium Achromatium oxaliferum. Microbiology 142: 2341–2354.
12) Dick, J., W.D. Windt, B.D. Graef, H. Saveyn, P.V.D. Meeren,
N.D.B. Belie, and W. Verstraete. 2006. Bio-deposition of a
calcium carbonate layer on degraded limestone by Bacillus
species. Biodegradation 17: 357–367.
13) Kitano, Y., and D.W. Hood. 1962. Calcium carbonate crystals
formed from sea water by inorganic processes. J. Ocean Soc.
Jap. 18: 208–219.
14) 北野 康．1990．炭酸塩堆積物の地球化学 生物の生存環境の形成と発展．東海大学出版会．
15) La Riviere, J.W.M., and K. Schmidt. 1991. Morphologicallyconspicuous sulfur-oxidizing Eubacteria, pp. 3934–3947. In A.
Balows, H.G. Truper, M. Dworkin, W. Harder and K.H. Schleifer (eds.), The prokaryotes, 2nd ed., Fischer Verlag, New York.
16) Lith, Y.V., R. Warthmann, C. Vasconcelos, and J.A. Mckenzie.
2003. Microbial fossilization in carbonate sediments: a resultof the bacterial surface involvement in dolomite precipitation.
Sedimentol. 50: 237–245.
17) Lowenstam, H.A. 1981. Mineral formed by organisms. Science
211: 1126–1131.
18) Mackenzie, F.T., and A. Lerman. 2006. Carbon in the geobiosphere̶earth s outer shell̶, pp. 89–121. In N.H. Landman
and D.S. Jones (eds.), Springer.
19) McCallum, M.F., and K. Guhathakurta. 1970. The precipitation of calcium carbonate from seawater by bacteria isolated
from Bahama bank sediments. J. Appl. Bacteriol. 33: 649–655.
20) McKay, D.S., E.K. Gibson Jr., K.L. Thomas-Keprta, H. Vali,
C.R. Romanek, S.J. Clemett, X.D.F. Chillier, M.R. Maechling,
and R.N. Zare. 1996. Search for past life on Mars: possible
relic biogenic activity in Martian meteorite ALH84001. Science
273: 924–930.
21) 村上由記，岩月輝希，長沼 毅．2003．東濃地域における地下水化学と地下微生物の相互作用．J. Geography 112:
277–287.
22) Parkhust, D.L., and C.A.J. Appelo. 1999. User s guide to
PHREEQC (Ver. 2). A computer program for speciation, batch
reaction, one-dimensional transport, and inverse geochemical
calculations, pp. 99–4259. In Water-Resources Investigations

炭酸塩岩と微生物
Report, US Geological Survey, Denver.
23) Peckmann, J., J. Paula, and V. Thiel. 1999. Bacterially mediatedformation of diagenetic aragonite and native sulfur in Zechstein carbonates (Upper Permian, Central Germany). Sedimentary Geology 126: 205–222.
24) Riding, R.E., and S.M. Awramik. 2000. Microbial sediments.
Springer, Berlin, Germany.
25) Rivadeneyra, M.A., G. Delgado, M. Soriano, A. Ramos-Cormenzana,and R. Delgado. 1999. Biomineralization of carbonates by
Marinococcus albus and Marinococcus halophilus isolated
from the Salar de Atacama (Chile). Curr. Microbiol. 39:
53–57.
26) Rivadeneyra, M.A., J. Parraga, R. Delgado, A. Ramos-Cor-7

menzana, and G. Delgado. 2004. Biomineralization of carbonates by Halobacillus trueperi in solid and liquid media withdifferent salinities. FEMS Microbiol. Ecol. 48: 39–46.
27) Sanchez-Roman, M., M.A. Rivadeneyra, C. Vasconcelos, and
J.A. McKenzie. 2007. Biomineralization of carbonate andphosphate by moderately halophilic bacteria. FEMS Microbiol.
Ecol. 61: 273–284.
28) 和田浩爾，小林巌雄編著．1996．海洋生物の石灰化と硬組
織．東海大出版会．
29) Wainwright, M., N.C. Wickramasinghe, J.V. Narlikar, and P.
Rajaratnam. 2003. Microorganisms cultured from stratospheric
air samples obtained at 41 km. FEMS Microbiol. Let. 218:
161–165.