ROIS-DS

大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
データサイエンス共同利用基盤施設（ROIS-DS）〒190-0014 東京都立川市緑町10-3 データサイエンス棟

https://ds.rois.ac.jp/

本パンフレットに関するお問合せ先：042-512-9254

大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構（ROIS）〒105-0001 東京都港区虎ノ門4-3-13 ヒューリック神谷町ビル2階
TEL 03-6402-6200（代表） https://www.rois.ac.jp/
パンフレット201910

データサイエンス共同利用基盤施設について― 連携、協働、そして発展へ ―データ駆動型研究で研究者を支援する分野融合的な共同利用・共同研究拠点です。

データサイエンス共同利用基盤施設
施設長

藤山秋佐夫

データサイエンスの推進 拠点

データ共有・データ解析支援・人材育成の3つの活動で研究を支援

情報・システム研究機構「データサイエンス共同利用基盤施設（DS施設）」は、大規模データの高度な解析により科学や社会DS施設では、生命科学、環境、統計の課題を解決する「データサイエンス」
を全国規模で融合的に推進するための共同利用・共同研究拠点です。データサイエン

数理から人文・社会科学に至る広範ス（データ駆動型研究）を合い言葉に大学等との連携・協働を強化する目的で、2016年度に情報・システム研究機構によりな分野をカバーする6つの研究セン設置されました。2019年現在、
ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）、極域環境データサイエンスセンター

ターが、データサイエンスの基盤とな（PEDSC）、社会データ構造化センター（CSDS）、人文学オープンデータ共同

るデータ共有支援、データ解析支援、利用センター（CODH）、ゲノムデータ解析支援センター（CGI）、データ同化

人材育成を3本柱に研究・支援活動研究支援センター（CARA）の計６センターで構成され、大学等の研究力強を行っています。学術や社会のさまざ化に貢献しています。当施設が扱うデータは、ゲノムや遺伝子に関する大量

まな分野でコミュニティと連携しなの生命情報データや大気レーダデータ等による観測データから、古典籍やがら大学等の機能強化に施設全体と社会調査、公的ミクロデータまで極めて広範囲に及ぶため、情報・システムして取り組み、学術の発展と社会のイ研究機構を構成する4つの研究所─国立極地研究所、国立情報学研究

ノベーションに幅広く貢献してまいり所、統計数理研究所、国立遺伝学研究所─や、他の大学共同利用機関法ます。

人の研究所等と協力して活動しています。

データ同化研究支援センター
データサイエンス
人材の育成

データサイエンス棟（立川キャンパス）大学・研究コミュニティ
多くの研究領域におけるビッグデータの出現

アカデミック
ビッグデータ

データ共有支援事業・解析支援事業および共同利用・共同研究を必要としている大学等のすべての研究者

新たな研究分野の創出

公募型共同研究DS施設では、データサイエンスに関する公募型共同研究プログラム「ROIS-DS-JOINT」を実施しています。
このプログラムには、DS施設各セ開拓した知をコミュニティにフィードバック

地域共同利用・共同研究の推進により、ボトムアップ研究を支援

情報・システム研究機構⇒ 研究コミュニティハブ
データサイエンス
共同利用基盤施設

・データ共有支援・データ解析支援
・データサイエンス
人材の育成

ンターの研究者と研究リソースを活用して共同研究を行う「一般共同研究」

海外大学等と、各センターを中心に研究交流、講習会等を行う「共同研究集会」の2種13人類があり、2018年度にはそれぞれ30件、9件の計39件の課題を採択・実施（地方自治体等）

しました。
この公募型共同研究プログラムに限らずDS施設各センターでの11人

知の開拓
異分野融合
新領域創出
分野を越えた知識移転・汎化、異分野交流・新分野創成を実現

研究機関（民間含む）

15人

私立大学

19人

相談は随時受け付けており、全国の研究者の皆様に支援や共同利用・共同

国公立大学・高専

71人

研究の機会を広く提供できるよう努めています。DS施設の活動内容については、ホームページや研究コーディネーターの活動、シンポジウム等を通じてお知らせしています。
公募型一般共同研究

参加者所属機関内訳（2018年度）

公募型一般共同研究には、国公私立大学、研究機関（民間含む）、高等専門学校、地方自治体、海外の大学など計71機関、129名（当機構内を除く）が参加し、研究を推進しました。

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センター紹介センター紹介ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

社会データ構造化センター（CSDS）

本センターは、生命科学分野のオープンサイエンスを目指し、全国の大学、研究機関などが保有・生産する多様かつ急速に増加するデータベー構造化され、整備された社会データは、複雑な現代社会を解明し、地域環境、治安、経済を含むさまざまな課題解決に役立ちます。本センター

スを一元的に利活用するための「データベース統合化」に関する研究開発を行っています。用語とその分類体系（オントロジー）や、データ記述

は、日本学術会議、総務省統計センターをはじめ、国内外の調査機関、研究機関等と連携し、社会データ管理プラットフォームの構築を目指し方式の標準化に基づいた連結化データである「Linked Data」の整備など、統合化に必要な技術開発に力を入れています。また、世界各国のています。具体的に日本人の国民性調査などの「社会調査データ」、オンサイトで利用できる「公的調査のミクロデータ」、人の社会行動をリアルデータベース開発機関からエキスパートを招き、バイオハッカソン*などの開発者会議を毎年開催し、統合化のための技術開発と標準化を国際タイムで表す「ソーシャルビッグデータ」の整備・向上に取り組み、データに基づく人文・社会科学と政策立案の進捗を支援しています。

的に主導しています。
（センター長：小原 雄治）

2018年度の主な成果：

センターの主な活動：
ウェブ上に分散しているデータベースを統合的に利用できる環境を実現するために、生命

日本人の意識に関する社会調査データや、科学データベースのResource Description Framework（RDF）化を推進しています。

アジア・太平洋価値観国際比較調査等を公2018年度にはその応用として日本人ゲノム配列の個人による違い（バリアント）とそれに開しています。

関係する疾患情報などを収集・整理したデータベース「TogoVar」を構築し、公開しまし政 府・地方自治 体の個票レベルの公的ミクた。

ロデータが 利 用できる「オンサイト室 」をDS施設内で運営しています。

統合的利用の実現には、国内外のデータベース関係者との連携が必要です。そのために共同開発作業を集中的に行う国際開発者会議「BioHackathon」を開催しています。11回目となる「BioHackathon 2018」には15か国・約130名が松江に参集しました。そのほか、国TogoVarトップページ

内版バイオハッカソン、SPARQLthon（毎月1回）、BLAH（Biomedical Linked Annota-センターが目指す「社会データ管理プラットフォーム」のインターフェースとして、CSDS

アジア・太平洋価値観国際比較調査ウェブサイトを公開しました。また、「第3回tion Hackathon）他を通じて、データベースの標準化を促進しています。

人間・社会データ構造化シンポジウム」を開催しました。

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社会データ管理プラットフォーム

極域環境データサイエンスセンター（PEDSC）

人文学オープンデータ共同利用センター（CODH）

本センターは、データに基づく新しい極域科学の創生と地球環境研究への貢献を目指しています。そのため南極域、北極域を対象とする調査・本センターは、人文学分野におけるデータのオープン化と共同利用に基づく研究・支援活動を推進するため、大規模に電子化されつつある日観測活動で取得された貴重なデータの公開と共同利用を進め、地球環境分野でのデータサイエンスの推進に貢献します。従来の調査・観測活本の文化、例えばくずし字で書かれた江戸時代の古典籍や活字印刷された明治以降の書籍などを対象に、情報学・統計学の最新技術を活用し動により多分野から多種多様な研究・観測データが得られていますが、データセットごとにデータベース化の程度と公開状況に差があるため、た自動テキスト化や内容分析などを行っています。
しかし人文学研究分野におけるデータサイエンスの発展に不可欠な、データのオープン化は様々なデータの所在情報、属性情報などのメタ情報（メタデータ）を統一的に整備しつつ、アーカイブ化とデータベース化を推進しています。

まだ十分に進んでいません。
そこで、世界の人文知を共有する情報基盤を構築するとともに、異分野の研究者、市民、企業等とコラボレーション（センター長：門倉 昭）しながら、オープン化の推進を図っています。
（センター長：北本 朝展）

2018年度の主な成果：

2018年度の主な成果：

北極 域データのアーカイブ・公「日本古典籍データセット」に『万葉集』な開用に広く利用されているADSどを追加して約3000点に拡大、「日本古典システムを、両極 域のデータを籍くずし字データセット」も約68万字に拡扱うA ADSシステムへと拡張す大しました。

るシステム開発を進め、南極域世界のミュージアムやライブラリで使われるの地 球 観 測 衛星データや 岩石

国際的画像配信方式「IIIF (International試料データなどのデータベース

Image Interoperability Framework) 」化と公開を進めました。

Curation Platform」の正式版が完成しま

大 気 分 野 の多種多様なデータ「IUGONET」を、容易に横断的に検索・解析できる、大学間連携プロジェク
ト「I U G O N E T」メタ デ ー タ
ベースシステムの機能強化と、国内の様々な研究観測プロジェクトとの連携を進めました。

くずし字の機械学習（AI）のための「KNISTデータセット」

を活用したキュレーションを展開する「IIIF

国内各 機 関が 所有 する超 高層40~7"0w'+!#%0)u]XW HD<5^O:/"0 ?.'+.
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国際開発者会議「BioHackathon 2018」集合写真 ＊JST NBDC（科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター）と共催

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く ず し 字 の 機 械 学 習（ A I ）の た め の「KNISTデータセット」、日中戦争期の広北極域データアーカイブ（ADS）

報用写真データベースである「華北交通アーカイブ」など、新たなデータセット・アーカイブを公開しました。
日中戦争期の広報用写真
データベース「華北交通アーカイブ」

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センター紹介

研究支援／センターウェブサイト一覧

研究支援コーディネーション

ゲノムデータ解析支援センター（CGI）

当施設の研究コーディネーターが中心となり、学会等での広報活動、問合せ対応、共同研究のスタートアップ支援等を行っています。これまで生命はゲノムDNAに書き込まれた情報を基に形作られています。
そのため、ゲノムDNAに記録された情報の解読が生物学研究の出発点になっに生物学、医学、薬学、工学、農学、環境学、地球惑星科学、統計学、金ています。
しかし、最新の技術から得られるゲノム情報データは、例えばヒトゲノム全体が30億文字あるのに対して、ひとつが300文字程度の短融工学など、30以上の学会でのブース出展を通じ、幅広い研究分野のいものが数億本から成るデータセットとなっています。本センターは、ここから生物学、医学、環境学などさまざまな研究の発展につながる新たデータサイエンス推進を支援しています。

な知見を取り出すために、最先端のバイオインフォマティクス技術を開発・提供し、解析相談や共同研究を通じて研究者を支援します。
（センター長：野口 英樹）

2018年度の主な成果：

日本分子生物学会

日本人類遺伝学会

日本農芸化学会

日本進化学会

日本薬学会

日本生態学会

日本癌学会

日本生物工学会

日本地球惑星科学連合

日本アクチュアリー会

さまざまな生物種（動物、植物、菌類、原核生物を含む11種）を対象にした18件のゲノム研究課題について解析支援を実施しました。

日本保険・年金リスク学会、他

解析した各種生物種の情報を検索・閲覧するためのゲノムブラウザを作成しました。
ゲノム解析パイプラインの整備や、新規解析手法（遺伝子予測、反復配列検出など）の開発を行いました。

ハンズオン（体験的講習会）
統合データベース講習会（JST NBDC主催・DBCLS共催）、RDF講習会（DBCLS主催）、CODHチュートリアル（CODH主催）、データ同化ハンズオン（データ同化研究支援センター主催、写真参照）等の各種ハンズオンを随時開催しています。またデータ比較のプログラムを含んだ
IUGONET講習会（PEDSC主催）を、国内・海外で実施しています。

新規解析手法による真菌の遺伝子予測例。
未知ゲノムの特徴をあぶり出す

生物種の情報に簡単かつ視覚的にアクセスできるゲノムブラウザ

センターウェブサイトURL一覧

データ同化研究支援センター（CARA）
本センターでは、自然科学だけでなく、工学などの応用科学や社会科学等の広範囲にわたって、データとシミュレーションを統合する「データ同化」や、統計手法でシミュレーションを模倣する「エミュレータ」など、シミュレーションの可能性を広げる統計数理手法の研究開発を行っています。
また、学術・産業界でシミュレーションの活用に関する課題をお持ちの方々に対し、シミュレーションと統計数理を融合させる諸技術のノウハウ等を提供し、課題解決を支援します。
（センター長：上野 玄太）

2018年度の主な成果：

DBCLSウェブサイト
https://dbcls.rois.ac.jp/

PEDSCウェブサイト
http://pedsc.rois.ac.jp/

CSDSウェブサイト
http://csds.rois.ac.jp/

CODHウェブサイト
http://codh.rois.ac.jp/

CGIウェブサイト
https://genome-info.nig.ac.jp/

CARAウェブサイト
http://daweb.ism.ac.jp/cara/

大型ヘリカル装置（LHD：核融合科学研究所）の高温プラズマを対象とした、熱輸送シミュレーションモデルへのデータ同化手法の導入についての助言と技術指導を行いました。
都市経済モデルに基づいて都市の集積性を統計的に解析・推論するための方法について、助言と技術指導を行いました。
日本保険・年金リスク学会において、時系列解析の講義と持ち込みPC上でのデータ解析を体験する研修会「RパッケージKFASを用いた時系列解析ハンズオン」を開催しました。

学会にブース出展し、データ解析手法相談を実施
大型ヘリカル装置（LHD） 写真：核融合科学研究所提供

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DBCLSサービス一覧ページ

https://dbcls.rois.ac.jp/services.html

オンサイト解析室

http://ds.rois.ac.jp/center3_micro/

TogoVarhttps://togovar.biosciencedbc.jp/

公的統計ミクロデータ研究コンソーシアム

http://ds.rois.ac.jp/center3_micro/moc/

BioHackathonウェブサイト

http://www.biohackathon.org/

シーラカンスゲノムブラウザ

http://coelacanth.nig.ac.jp/

北極域データアーカイブ（ADS）

https://ads.nipr.ac.jp/

MetaGeneAnnotator（メタゲノムアノテーター）

http://metagene.nig.ac.jp/

IUGONET

http://www.iugonet.org/index.jsp?lang=ja

Platanus（ゲノムアセンブラ）

http://platanus.bio.titech.ac.jp/

極域データ一覧「学術データベース」

https://scidbase.nipr.ac.jp/

意識の国際比較調査

http://www.ism.ac.jp/~yoshino/

P3（Parallelized particle ﬁlter with Python
並列粒子フィルタ）http://daweb.ism.ac.jp/support/software/P-cubed/P-cubed.html

アジア・太平洋価値観国際比較調査

http://www.ism.ac.jp/~yoshino/ap2/index.html

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