令和３年４月９日

消費税制における手続規定の簡素化について－令和２年度諮問に対する答申－

日本税理士会連合会
税 制 審 議 会

税制審議会委員名簿

本答申の審議に参加した特別委員及び専門委員は次のとおりである。

〔 特 別 委 員 〕（会長） 金 子

宏

東京大学名誉教授（会 長 代 理） 中 里実

東京大学名誉教授、西村高等法務研究所理事

井 伊 重 之産経新聞社論説委員

井 上隆

日本経済団体連合会常務理事

及 川勝

全国中小企業団体中央会事務局長

川 北

力

損害保険料率算出機構副理事長、元国税庁長官

小 松浩

毎日新聞論説特別顧問

佐々木 達 也

読売新聞東京本社論説副委員長

佐 藤 英 明慶應義塾大学大学院法務研究科教授

杉 田 宗 久日本税理士会連合会副会長

鈴 木 正 徳日揮株式会社取締役執行役員、元中小企業庁長官

田 近 栄 治一橋大学名誉教授

田 中

同志社大学法学部教授

治

成 道 秀 雄成蹊大学名誉教授

廣 田全国商工会連合会政策推進部長実

伏 屋 和 彦

会計検査院顧問、元会計検査院長、元国税庁長官

細 溝 清 史日本取引所自主規制法人理事長、元金融庁長官

真 砂

弁護士、元財務事務次官

靖

弥 永 真 生

明治大学会計専門職研究科教授

山 内 清 行日本商工会議所産業政策第一部長

吉 村 典 久慶應義塾大学法学部教授〔 専 門 委 員 〕（専門委員長） 小 池 正 明

東京会（同副委員長） 上 西 左大信

近畿会

川 島雅

東京会

中 村 重 和東京地方会

近 藤 雅 人近畿会

黒 柳 龍 哉東海会

髙 橋 俊 行

千葉県会・日本税理士会連合会専務理事

平 井 貴 昭東京会・日本税理士会連合会調査研究部長

目次
はじめに ....................................................................................................................................... 1
Ⅰ 現行の消費税制における手続規定の問題点 ........................................................................... 1
１．届出書等の提出期限の問題点 ............................................................................................ 1
２．いわゆる「２年縛り」の問題点 ........................................................................................ 2３．仕入税額控除制度と手続規定の問題点 ............................................................................. 2Ⅱ 消費税制における手続規定の見直しの視点.......................................................................... 3
１．届出書等の提出時期のあり方 ............................................................................................ 3
２．非課税取引と仕入税額控除制度に係る手続規定のあり方 ................................................ 3
３．インボイス方式に係る手続規定のあり方.......................................................................... 4４．簡易課税制度に係る手続規定のあり方 ............................................................................. 6５．基準期間制度と事業者免税点制度に係る手続規定のあり方............................................. 6
おわりに ....................................................................................................................................... 7

はじめにわが国に消費税制度が導入されてから 30 年以上が経過したが、実務の観点からはさまざまな問題が生じており、とりわけ届出書等の提出を巡って多くのトラブルが絶えないのが現状である。この問題は、現行の消費税制が過度に複雑化していることに基因していると考えられる。
わが国の消費税は、商品等の取引段階で事業者に納税義務を負わせることとし、税の累積を排除するため前段階税額控除方式による付加価値税と位置付けることができる。
わが国に消費税制が導入された当初は、その仕組みになじみのなかった事業者の事務負担等に配慮し、広範囲の事業者に事業者免税点制度や簡易課税制度の適用を認めるなど、可能な限り事業者の負担を軽減する措置が講じられた。このため、消費税は分かりやすく簡素な税制であるとされていた。
しかしながら、その後はいわゆる益税問題や租税回避行為に対処するため、累次の改正が行われ、制度の仕組みが極めて複雑なものとなり、結果として制度の適用に関する手続規定も煩瑣なものとなった。わが国の基幹税となった消費税については、事業者の実務に配慮し、税負担のリスクが少なく、手続が容易であることが望ましいと考えられる。制度導入当初の理念に立ち返り簡素な制度となるよう再検討するとともに、リスクのない手続規定に見直す必要があるというのが当審議会の基本的な考え方である。
本答申は、総会を４回、専門委員会を５回開催し、検討した結果を取りまとめたものである。

Ⅰ 現行の消費税制における手続規定の問題点
１．届出書等の提出期限の問題点
現行の消費税制は、課税事業者であるかどうかの判別や簡易課税制度の適用の有無を課税期間の開始の時に確定しておくという前提を置いているため、各種の制度の適用に関する届出は、その課税期間の開始前に行うこととされている。このため、事業者は、翌課税期間の事業内容を予測した上で届出書を提出せざるを得ないのであるが、その後に事業内容の状況が予測と異なることとなった場合には、予期しない税負担が生じるおそれがある。
消費税に関する届出書の提出の時期について、消費税法の規定では、「当該届出書を提出した日の属する課税期間の翌課税期間から適用する」とされているところであるが、この取扱いに関し、提出期限が定められている国税の申告書等については、その提出期限が日曜日や国民の祝日に関する法律に定める休日に当たるときは、これらの日の翌日をもってその期限とみなすこととしている。消費税の届出書にはこの提出期限の特例の1

規定が適用されないため、翌課税期間の初日の前日が日曜日等の休日に当たる場合には、届出書の提出の時期について事業者に錯誤が生じやすいという問題がある。
２．いわゆる「２年縛り」の問題点
免税事業者が課税事業者になることを選択した場合、課税事業者が簡易課税制度を選択した場合又は仕入税額控除額の計算方法について一括比例配分方式を選択した場合には、いずれも２年間継続して適用しなければならないこととされている。
これは、適宜に課税方式等の変更を認めると、事業者において恣意的な税負担の軽減が可能になるため、これを防止するためであると考えられるが、適宜に課税方式等の選択・変更ができないため、事業者の経営状況が変化した場合には、予期しない税負担が生じるとともに、本来納付すべき税額を超える額の負担が生じるおそれがある。
この問題に関し、新型コロナウイルス感染症緊急経済対策における税制（以下「コロナ特例税制」という。
）上の措置では、上記の２年縛りは解除されている。この特例措置
は、新型コロナウイルス感染症の拡大を基因として経済状況が変化し、又は事業者の経営内容が悪化した場合には、事業者の実態に即した課税方法等の適用を認めるものであり、事業者の負担を軽減し、安定的な事業の継続を支援する措置であると考えられる。
なお、この特例的措置が講じられたことで、消費税法の本法の規定との間で不整合が生じているが、特例措置の施行後、課税上の弊害が生じたという例はないようである。
３．仕入税額控除制度と手続規定の問題点
現行の消費税法における仕入税額控除額の計算は、いわゆる原則的方法とみなし仕入率による簡易課税制度のいずれかによることとされている。このうち原則的方法は、個別対応方式と一括比例配分方式のいずれかによるが、前者を原則とし、選択により後者によることができるとされている。個別対応方式と一括比例配分方式の選択についての届出等は要しないが、前述したとおり一括比例配分方式を選択した場合には、２年間継続して適用した後でなければ個別対応方式は適用できないとされている。また、簡易課税制度を選択した場合にも同様に２年間の継続適用を要するとされている。
届出等の手続上の問題の多くは、簡易課税制度に関して生じている。その選択の届出書又は選択の不適用の届出書の提出方法の誤りにより、資産の取得に係る消費税額の控除が適用されず（又は還付が受けられず）、過大な納付となる例は極めて多く、制度及びその手続には多くのリスクがあるのが実態である。
原則的な仕入税額控除額の計算方法について、個別対応方式による場合には、課税仕入れに係る消費税額を次の３つに区分する必要がある。
イ 課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額
ロ 非課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額

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ハ 課税売上げと非課税売上げに共通する課税仕入れに係る消費税額
現行の消費税法は、非課税取引の範囲を広く定めているため、課税仕入れに係る消費税額が上記のいずれに該当するかの判定は容易ではなく、正確な区分を行うことには相当の事務負担が伴う。このため、事業者の多くは一括比例配分方式を選択しているのであるが、同方式によると、個別対応方式による場合と比較して仕入税額控除額が少額になることが多い。したがって、個別対応方式の計算方法の簡素化を図る必要がある。

Ⅱ 消費税制における手続規定の見直しの視点
１．届出書等の提出時期のあり方
消費税の届出書の提出期限について、制度の適用課税期間の開始前に行う必要がある
こと及びその問題点は前述したとおりである。この点について、コロナ特例税制では、その適用に係る課税期間の中途においても提出することが可能であり、その提出の日の属する課税期間から適用できるとされている。この特例措置は、新型コロナウイルス感染症の拡大により事業者に予測できない経営状況が生じた場合にその事業者に税制上の不利益を負わせないためであると考えられる。わが国の中小事業者の多くは、平時においても不安定な経営環境の下で事業を行っており、常に予測できない経営状況が生じるリスクがある。
これらを勘案すれば、消費税の本法の規定を改め、コロナ特例税制の措置と同様の措置を恒久化することが適当であり、消費税に関する各種の届出書は、その制度の選択をする課税期間の末日まで提出できることとし、その提出した日の属する課税期間からその適用を認めることとすべきである。
２．非課税取引と仕入税額控除制度に係る手続規定のあり方
課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額は税額控除の対象になるが、非課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額は税額控除の対象にならないという消費税制の基本的な考え方からすれば、非課税取引の範囲が拡大するほど控除税額の計算が複雑化し、実務も煩瑣になる。
消費税の非課税取引は、大別して土地の譲渡・貸付けや利子・保険料など消費税の性格からみて課税することになじまないものと住宅家賃や社会保険診療報酬など社会政策的な配慮に基づくものがある。消費税制の簡素化を図るためには非課税取引の範囲を縮小することが適当であり、現行の非課税取引について、非課税とすることが適当かどうかを個々の項目ごとに再検討する必要がある。ただし、住宅家賃等の社会政策的な見地からの非課税取引は、低所得者又は社会的弱者に配慮したものであるため、仮に課税取引とする場合には、税制以外の政策による支援を検討する必要がある。

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仕入税額控除額の計算方法のうち個別対応方式については、前述したとおり、課税仕入れに係る消費税額を次の３つに区分する必要があり、また、課税仕入れに係る消費税額がいずれに該当するかの判定が容易ではないことも前述したとおりである。
イ 課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額
ロ 非課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額
ハ 課税売上げと非課税売上げに共通する課税仕入れに係る消費税額
個別対応方式を簡素化する方策としては、まず非課税取引の範囲を縮小することを検討する必要があるが、その上で、上記のロとハを統合し、課税仕入れに係る消費税額を次のように２分とし、イについては全額控除、ロについては一定額以下である場合には課税売上割合に対応する税額の控除を認めるなどの方法が考えられる。
イ 課税売上げに対応する課税仕入れに係る消費税額
ロ イ以外の課税仕入れに係る消費税額
個別対応方式を適用するに当たり実務上障害になりやすいのは、預貯金や貸付金の利子とこれらに対応する課税仕入れの取扱いである。金額の多寡はあるものの、ほぼ全ての事業者に預貯金の利子が生ずるが、預貯金を管理する経理や総務に関する部門が支出する光熱費等の管理費は課税売上げに対応する課税仕入れではなく、課税売上げと非課税売上げに共通する課税仕入れに区分して控除税額を計算する必要がある。しかしながら、このような区分計算は、実務上、極めて煩瑣である。このような問題を回避し、計算方法の簡便化を図るため、預貯金の利子そのものは非課税取引であるとしても、その額が課税売上げに比して少額である場合には、個別対応方式の計算における上記の区分上は、課税売上げに該当するものとして控除税額を計算できることとすべきである。
３．インボイス方式に係る手続規定のあり方
わが国では、消費税の仕入税額控除の適用要件について、消費税制度の導入当初からいわゆる帳簿方式を採用し、その後、帳簿及び請求書等保存方式とされ、また、令和元年 10 月からは区分記載請求書等保存方式に変更されたという経緯がある。
仕入税額控除の適用要件について、令和５年 10 月からは「適格請求書等保存方式」（いわゆるインボイス方式）を導入することとされている。
インボイス方式では、請求書等に課税資産の譲渡に係る資産や役務の内容のほか、その適用税率や税額を記載することとされている。このため、商品やサービスの価格への消費税の転嫁が確実なものとなり、同時に仕入税額控除の適正性が担保できるとされている。
実務上の問題は、登録を受けた適格請求書発行事業者でなければインボイスを発行することができないため、インボイス方式の導入当初の経過措置の適用期間を除き、免税4

事業者からの課税仕入れについては仕入税額控除ができなくなることである。このため、免税事業者が取引から排除されるのではないかという予測がある。また、取引から排除されないとしても、インボイスを発行できないために取引の相手方から不当な値下げ圧力がかかるのではないかという懸念もある。
免税事業者であっても、課税仕入れに係る消費税を負担しているため、その負担分を商品等の価格に転嫁しないと、事業者が自己負担することになる。このため、インボイス方式を採用してこなかったわが国では、消費税制の導入当初から免税事業者が課税資産の譲渡等に当たってその価格に消費税を転嫁することが容認されてきたという経緯がある。
この場合に、現に施行されている消費税の税率に相当する額の転嫁を行うことは、いわゆる益税の原因になると指摘されているが、どの程度の転嫁を行うかは、市場の需給事情を勘案した事業者の経営判断に基づく価格設定の問題である。
このような消費税導入当初からの経緯を勘案すれば、商品等の価格に一定額の消費税相当分が含まれていることは明らかであり、免税事業者からの課税仕入れについて仕入税額控除を適用している現行の制度は、中小事業者に配慮したものとして、必ずしも不適切な措置であるとはいえないと考えられる。
インボイス方式の導入に伴う上記のような問題に対処するため、免税事業者があえて課税事業者になることを選択し、適格請求書発行事業者として登録することが考えられるが、その場合には、インボイスの発行と消費税の申告・納税という新たな事務負担が生じることになる。近年では、働き方が多様化し、いわゆるフリーランスやギグワーカーと呼ばれる事業者が増加するとともに、給与所得者の副業も増加している。また、兼業農家やいわゆる一人親方と称される事業者も少なくない。これらの者の事業規模は極めて小規模であり、課税売上げも比較的少額であるため、事務を担当する従業員を雇用することも困難な場合がほとんどである。
わが国ではデジタル化社会が進行しており、そのことによって、インボイス方式の導入に伴う事務負担の増加に対応できるという意見があるが、小規模事業者を全体としてみれば、帳簿や請求書等を手書きで作成しているものが依然として少なくないのが実態であり、兼業農家や一人親方と呼ばれている事業者が高齢化している現状からみると、これらの者が近い将来においてデジタル化に対応できるとは考えられない。現在、各方面において中小事業者向けに操作が容易で低コストの会計・税務システムが開発されているが、全ての事業者に浸透し利活用されるまでには相当程度の時間を要すると考えられる。このようなわが国の小規模事業者の実態を考慮すれば、これらの事業者に一般の企業と同レベルの事務負担を課すことは、適当とはいえない。
これらを勘案すると、既に導入が確定しているインボイス方式については、一定の期5間その施行を延期することが適当であるが、予定どおり施行するのであれば、少なくとも小規模事業者の安定的な事業継続を保証し保護する必要がある。そのため、導入後の一定期間については、免税事業者からの仕入れであっても仕入税額控除を全額認めることとし、小規模事業者が取引から排除されるのではないかという懸念を解消すべきである。
４．簡易課税制度に係る手続規定のあり方
簡易課税制度は、中小事業者の事務負担に配慮したものであり、現行では基準期間の課税売上高が 5,000 万円以下の事業者に適用されている。その適用に際しては、適用を受けようとする課税期間の開始の日の前日までに同制度を選択する旨の届出書を提出する必要があるとともに、２年間の継続適用を要するとされていることは前述したとおりである。また、その取り止めをする場合にも、その課税期間の開始の前日までに制度の不適用届出書を提出する必要がある。
このような制度の仕組みとなっているため、同制度の選択に際しては、翌課税期間以後の事業内容や課税仕入れの状況を予測しなければならず、その予測と異なることとなった場合には、予期しなかった税負担が生じるおそれがある。
また、同制度の選択届出書を提出し又は選択不適用届出書の提出を失念すると、高額な資産を取得してもその取得に係る消費税額の控除が適用できないことになるが、こうした制度の仕組みは、事業者の機動的な設備投資の障害となっている。
簡易課税制度については、従来からみなし仕入れ率の水準によっては、いわゆる益税の問題が生じるという指摘がある。しかしながら、一方で、事業者の手続の錯誤を基因として、本来控除を受けられるべき資産の取得に係る消費税額の控除を受けられず、実質的に事業者の負担となっている例が少なくないことを重視する必要がある。
こうした問題に対処するため、同制度の選択届出書や不適用の届出書は、前述したコ
ロナ特例税制と同様に、課税期間中であっても提出できることとし、その提出した日の属する課税期間から、その届出の内容を適用することが望ましい。また、同時に、同制度の適用に関する２年縛りを廃止すべきである。
なお、簡易課税制度における仕入税額控除に関しては、２以上の事業を営む事業者の控除税額の計算方法の簡素化も図る必要がある。
５．基準期間制度と事業者免税点制度に係る手続規定のあり方
基準期間の課税売上高によって納税義務の判定及び簡易課税制度の適用の有無を判定することとしているのは、前述したとおり、課税期間の開始時においてその事業者の消費税の課税関係を確定しておくという趣旨であると考えられる。
しかしながら、中小事業者の売上高は、課税期間ごとに相当程度に変動することが多6く、基準期間の課税売上高をその事業者の規模等の判定の指標とすることは適切とは言いがたい。また、基準期間の課税売上高を判定のべースとしているため、その課税期間の課税売上高が多額であっても免税事業者となり、逆にその課税期間の課税売上高が少額であっても課税事業者になるという不合理な現象が生じている。
したがって、基準期間制度を廃止し、その課税期間の課税売上高によって、納税義務の判定や簡易課税制度の適用の有無を判定することが適当である。この点について、その課税期間の課税売上高で制度の適用の有無を判定することとした場合には、その課税期間が終了するまで納税義務者であるかどうかが判明せず、その課税期間の商品等の価格に消費税の転嫁をすべきかどうかが明らかにならず、その販売に支障が生じるのではないかという指摘がある。しかし、事業者は、消費税の申告と納税があるために転嫁をしているのではなく、市場の動向と経営判断によって取引価格を設定し、転嫁の可否を判断しているのが現状であり、課税期間開始時において消費税の申告と納税の有無が明らかでなくても経営上の支障はないと考えられる。また、課税期間の当初から簡易課税制度の適用関係が明らかになっていないと、仕入税額控除のための帳簿及び請求書等の整備ができないのではないかという指摘もあるが、事業者は、簡易課税制度の適用の有無に関わらず一定の帳憑や請求書等の整備をしており、また、関係書類の保存も行っている。したがって、事後的に簡易課税制度の適用関係が明らかになるとしても、実務的には支障が生ずることはない。
消費税の制度選択に関する届出書の事前の提出に関して問題が多いのは、簡易課税制
度と設備投資に係る税額控除との関係のほか、免税事業者が設備投資を行う場合も同様である。現行制度においては、免税事業者が設備等の高額な資産を取得し、その取得に係る消費税額の控除を受けるためには、その取得の日の属する課税期間の開始前に課税事業者の選択届出書を提出する必要があるが、事業者がこのような仕組みを正しく理解していないため、その届出書の提出を失念し、本来受けられるべき仕入税額控除が適用されず、過大な納付を行っている例は相当数に上ると考えられる。
こうした問題に対処するためにも基準期間制度を廃止するとともに、課税事業者になる旨の届出書や簡易課税制度の適用又は不適用に関する届出書は、課税期間の開始後においても可能とすることが適当である。

おわりにわが国の国税収入の現状をみると、消費税の税収規模は所得税や法人税を上回っており、将来においても社会保障財源を調達するための基幹税として機能していくものと予測される。このような重要な税制については、一般消費者はもとより納税義務者である事業者に理解と納得が得られる制度であるとともに、申告・納税に関する事務も可能な限り負担の7少ないものであることが望ましい。
しかしながら、現行の消費税制は、およそ簡素な税制であるとは言いがたく、事業者に多大な事務負担を課しているのが実状である。近時においてこうした問題を一層増幅させたのが令和元年 10 月から導入された軽減税率制度である。同制度に対しては、導入前においても各方面から低所得者対策としては非効率であり、事業者に多大な事務負担が生じるという問題が指摘され、かつ、実務の現場においてそのことが強く懸念されていたにもかかわらず、その導入がされたことによって、事業者の懸念事項が顕在化しているのが現状である。
消費税制の導入以後の制度改正の沿革をみると、いわゆる「益税」に対する批判とその規制的な措置は数多く講じられてきたが、制度の複雑さを基因とした手続の錯誤から生じる多額の「損税」に対する救済的措置は講じられず、その実態はほとんど放置されてきたといえる。
本答申の冒頭で述べたとおり、消費税という重要な税制であるからこそ、事業者の実務に配慮し、かつ、手続上のリスクが少ない簡素な仕組みでなければならないというのが当審議会の基本的な考え方である。これを踏まえ、基準期間制度を廃止するとともに、課税事業者の選択や簡易課税制度等に関する届出は、その適用を受ける課税期間の開始後であっても可能とし、同時に２年縛りの廃止を提言するものである。
納税者の租税回避行為を防止し、公平な税制を構築するためには、ある程度まで制度が複雑化することは避けられないが、消費税制の複雑化に基因する事業者の事務負担の増加はほとんど限界に達していると考えられる。本答申で述べた制度や手続の簡素化が実現し、中小事業者の実情に配慮した簡素でリスクのない消費税制が構築されることを期待したい。

8日 連 ２ 第 968 号（ 業 １ 第 46 号 ）令和２年 12 月７日
税制審議会
会長 金 子宏様
日本税理士会連合会
会長 神 津 信 一諮問貴審議会に下記の事項を諮問します。
記

一、消費税制における手続規定の簡素化について（諮問の趣旨）平成元年４月にわが国に消費税が導入されて以来、すでに 30 年以上が経過しました。導入当初は、簡素な税制であるとされていた消費税制ですが、近年では、非課税取引や事業者免税点制度及び簡易課税制度を利用した租税回避スキームに対処するため、累次にわたって仕入税額控除制度の見直しが行われたことにより、制度の複雑化を招き、結果として納税者や税理士の事務負担が増加することとなりました。
わが国の社会保障財源を確保するための重要な基幹税となった消費税については、納税者の負担が少なく、円滑に執行できる仕組みが求められます。
現行の制度においては、非課税取引の範囲、仕入税額控除制度、基準期間制度、事業者免税点制度及び簡易課税制度が複雑化したため、これらに関する届出書等の提出に関して税務上のトラブルが生じているものと考えられます。
そこで、制度の簡素化と円滑な執行を図る観点から、非課税取引の範囲、仕入税額控除制度、基準期間制度、事業者免税点制度及び簡易課税制度のあり方について、とりわけこれらに関する届出書等の提出に関する手続規定の簡素化について検討していただきたく、貴審議会に諮問します。