消費税等仕入控除税額報告の手引き

和歌山県 福祉保健部 福祉保健政策局
長寿社会課

目次
１．仕入税額控除とは・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・１

２．仕入控除税額の報告について・・・・・・・・・・・・・・・・・・３

３．仕入控除税額の報告と返還金について・・・・・・・・・・・・・・４

４．仕入控除税額の計算等について ・・・・・・・・・・・・・・・・・・６

１．仕入税額控除とは（１）消費税の仕組み
消費税は、商品・製品の販売やサービスの提供などの取引に対して広く公平に課税される税で、最終的に商品を消費し又はサービスの提供を受ける消費者が負担しますが、納税義務者である事業者が納めることになっています。
消費税は、生産、流通の各段階で二重、三重に税が課されることのないよう、課税売上げに係る消費税額から課税仕入れ等に係る消費税額を控除し、税が累積しない仕組みとなっています（仕入税額控除制度）。

出典：令和３年６月「消費税のあらまし」（国税庁）（２）仕入税額控除とは消費税の仕入税額控除は、仕入控除の対象とならない事業者（免税事業者等）でない限り、課税対象消費税（預かり消費税）から期間中に支払った消費税額（支払い消費税）を確定申告により控除できる制度です。
例えば、上図における「小売業者」の場合、預かり消費税（売上げに含まれる消費税）の１０,０００円から支払い消費税（仕入れに含まれる消費税）の７,０００円を控除した３,０００円が消費税の納付額となります。

消費税納付額（例）３,０００円

預かり消費税＝(売上げに含まれる消費税)（例）１０,０００円

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支払い消費税－(仕入れに含まれる消費税)（例）７,０００円

（３）補助事業完了後の仕入控除税額の報告及び補助金返還の義務
補助対象事業者が補助事業において支払った経費に含まれる消費税は、その全部又は一部が支払い消費税（仕入れに含まれる消費税）として控除されるため、当該消費税額について事業者は実質的に負担していないことになります。
そのため、補助金に係る消費税について仕入税額控除を受けたときは、その控除額に含まれる補助金額を県に返還しなければなりません。
以上から、補助金交付要綱では、補助事業完了後に「消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額」の報告を定めております。
報告された仕入控除税額（返還額）について、県で確認のうえ、後日、納入通知書を発行しますので、金融機関で納付してください。

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〇以下に、仕入控除税額の報告に関する簡単なフローチャートをお示しします。
ご自身の事業所がどれに該当するのか不明な場合、消費税の確定申告を行った税務署等にご相談ください。（なお、仕入控除税額が０円であっても必ず県へ報告する必要があります。）

消費税の確定申告義務がある

いいえ

仕入控除税額０円

はい
簡易課税方式で報告している

はい

仕入控除税額０円

いいえ
いいえ
公益法人等である

はい
はい

特定収入割合が５％を仕入控除税額０円

超える
いいえ
補助対象経費は人件費等のはい仕入控除税額０円非課税仕入れのみである
いいえ
はい

個別対応方式で、対象経費に係る消費税等を非課税売上のみに要するものとして申告している

いいえ
仕入控除税額（返還額）あり

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仕入控除税額０円

３．仕入控除税額の報告と返還金について補助金交付要綱では、交付の条件として補助事業完了後に、消費税及び地方消費税（以下「消費税等」という。）に係る仕入控除税額の報告を定めており、これを行わないと交付条件違反として、補助金の返還が生じる場合があります。
なお、仕入控除税額が 0 円でない（返還金が生じる）場合は、後日、県から納入通知書を発行しますので、事業者は、金融機関の窓口で納付してください。
（県からの納入通知書の送付を待たず、現金書留等で補助金を返還しないようお願いします。）〇県への報告書類について①

返還額が 0 円の場合

消費税の確定申告義務がない場合

仕入控除税額報告書
別紙資料

簡易課税方式で申告している場合

仕入控除税額報告書
別紙資料
確定申告書の写し

特定収入割合が５％を超えている場合

仕入控除税額報告書
別紙資料
確定申告書の写し
特定収入割合の計算過程が分かる書類
・補助対象経費は人件費等の非課税仕 仕入控除税額報告書入のみである場合
別紙資料
・個別対応方式で、対象経費に係る消 確定申告書の写し費税等を非課税売上のみに要するも 補助金の対象経費の内訳が分かる書類のとして申告している場合（様式任意）※

添付する確定申告書は、補助金の交付決定を受けた年度（令和３年度）のものを添付してください。

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②

返還額がある場合

個別対応方式の場合

仕入控除税額報告書
別紙計算書
確定申告書の写し
課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表の写し
仕入控除税額報告書
別紙計算書
確定申告書の写し
課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表の写し仕入控除税額報告書
別紙計算書
確定申告書の写し
課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表の写し

一括比例配分方式の場合

課税売上割合が 95％を超えている場合

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４．仕入控除税額の計算等について（１）仕入控除税額が 0 円の場合
次のような事業者は、原則、返還金は発生しません。
・消費税等の申告義務がない。
・簡易課税方式で申告している。
・公益法人等であり、特定収入割合が 5％を超えている。
・補助対象経費が人件費等の非課税仕入のみである。
・補助対象経費に係る消費税等を、個別対応方式において、「非課税売上のみに要するもの」として計上している。
※

仕入控除税額が 0 円の場合でも、必ず県への報告は必要です。

公益法人等とは？
地方公共団体の特別会計、一般財団法人、一般社団法人、学校法人、公益財団法人、公益社団法人、国民健康保険組合、国立大学法人、社会福祉法人、地方独立法人、独立行政法人、日本赤十字社等が該当します。
詳しくはインターネットなどで「消費税法別表第三」を御確認ください。

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（２）返還額が生じる場合（仕入控除税額が０円でない場合）「（１）仕入控除税額が 0 円の場合」以外の場合には、消費税等に係る仕入控除税額が発生しますので、次のとおり、計算の上、県に報告してください。
課税仕入に係る税率が２種類含まれる場合(補助金の対象となった物品等の消費税率が 8％のものと 10％のものが混在している場合)はそれぞれ分けて計算し、それらを足し上げてください。
① 課税売上割合が 95％以上かつ課税売上高が 5 億円以下の場合

＝返還額

課税仕入額

１０× 補助対象経費 × １１０

補助金額② ・課税売上割合が 95％未満の場合・課税売上割合が 95％以上かつ課税売上高が 5 億円を超える場合・一括比例配分方式を採用している場合

仕入控除税額（控除する消費税額）

補助対象経費のう
ち課税仕入等に係る消費税額

返還額

課税売上割合で按分＝控除できない消費税額

補助金額

課税仕入額

× 補助対象経費 ×

課税売上割合■ 個別対応方式を採用している場合

課税売上割合の計算方法

課税売上割合課税売上高（税抜き）＝総売上高（税抜き）※ 基本的に仕入控除税額を計算する場合は、端数処理は行いません。
7１０× １１０③ 個別対応方式を採用している場合

Ａ 課税売上のみに対応するもの
補助対象経費の仕入控除税額（控除する消費税額）

Ｂ ＡとＣに共通するもの(課税売上分)

うち課税仕入等に係る消費税額

Ｂ ＡとＣに共通するもの(非課税売上分)控除できない消費税額

Ｃ 非課税売上のみに対応するもの

Ｂの部分を課税売上割合で按分

返還額

Ａの返還額
(小数点以下切捨)

Ｂの返還額(小数点以下切捨)＝Ａの返還額＋課税売上のみＢの返還額＝補助金額

× 補助対象経費＝補助金額

× 補助対象経費 ×

共通するもの

１０× １１０

課税売上割合※ただし、各計算について、消費税の税務申告において補助金の使途を明確にしている場
合は、課税仕入れに使用した補助金のみが計算の対象となりますので、ご留意ください。

（小数点以下の処理について）
課税売上割合等、途中の計算処理については小数点以下を切り捨てたり、切り上げたりしないでください。返還額については、円未満を切り捨ててください。

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