特集Ⅱ

特集Ⅱ

認定医療法人制度の利用における実
務上の留意点公認会計士：青木 裕太朗

目１

認定医療法人制度の概要 ⑴ 制度概要と適用による効果 ⑵

２

認定の流れと留意点 
認定要件と実務上の留意点 １

認定医療法人制度の概要⑴

制度概要と適用による効果

次
⑴

35
35
36
40

平成18年に持分なし医療法人が原則とさ⑵
３

認定要件の概要 40

運営に関する ８ 要件 

40
49

おわりに 

向のある法人が33.8％と、「意向なし」が「あり」を大幅に上回る結果となっており、移行に関する意向を高める施策が必要とされていたことによる＊ 1 。

れ、持分あり医療法人は経過措置型医療法

現行の認定医療法人制度（平成18年医療人と位置づけられたものの、平成25年 ３ 月

法改正附則10の ３ 等）は、持分あり医療法末時点で ８ 割超の医療法人が依然として持人が持分なし医療法人への移行をしようと

分あり医療法人であった。そのため、平成する際、その移行計画を作成し提出する等

26年に医療法が一部改正され、持分なし医の所定の要件を充たし、厚生労働大臣によ

療法人への移行を促進する目的で、いわゆる認定を受けることで、下記の税制優遇及る「認定医療法人」制度が創設された。こび融資の支援を受けることができるように

れは、平成23年 ４ 月に四病院団体協議会がするというものである。なお、移行先の持取りまとめた「医療法人の現状と課題に関分なし医療法人には社会医療法人、特定医するアンケート調査報告書」において、持療法人、基金拠出型医療法人、その他の持分あり医療法人から持分なし医療法人への分なし医療法人の ４ 類型が存在するが、本移行に関する意向がない法人が61.7％、意

稿では一般的な持分なし医療法人（その他＊1

品川芳宜・成清紘介編著『医療法人の法律・会計・税務』（大蔵財務協会2019年12月）20頁参照

野村資産承継本誌掲載記事、写真、イラストなどの無断転載を禁じます。また無断複写（コピー）は著作権法上での例外を除き、禁じられています。ケーススタディ等に登場する人物・団体は、実在の人物及び団体とは一切関係ありません。

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の持分なし医療法人）に移行する場合を前
図表 １

認定医療法人に対する具体的な支援の内容

支援の種類

税制措置

融資制度

提に解説を行うこととする。

内容①出 資者に対する相続税の猶予・免除（措 法70の ７ の12、70の ７ の13）

相続人が持分あり医療法人の持分を相続または遺贈により取得した場合には、相続人に対して相続税が課される。ただし、その医療法人が相続税の申告期限までに移行計画の認定を受けた
医療法人（認定医療法人）であるときは、その持分に対応する
相続税額については、移行計画の期間満了までその納税が猶予され、当該相続人が持分の全てを放棄した場合は、猶予税額が免除される。

②出 資者間のみなし
贈 与 税 の 猶 予・免除（措 法70の ７ の ９ 、70の ７ の10）

医療法人の出資者が持分を放棄したことにより、他の出資者の持分が増加した場合、贈与を受けたものとして他の出資者に贈与税が課される。ただし、その医療法人が持分の放棄の時点までに移行計画の認定を受けた医療法人（認定医療法人）である
ときは、その放棄により受けた経済的利益に対応する贈与税額については、移行計画の期間満了までその納税が猶予され、当該他の出資者が持分の全てを放棄した場合は、猶予税額が免除される。

③医 療法人に対するみなし贈与税の課
税の特例（措法70の ７ の14）

持分なし医療法人への移行に伴い、出資者が持分の放棄を行ったことで医療法人が経済的利益を受けた場合には、医療法人に対して贈与税が課される。
ただし、その法人が移行計画の認定を受けた医療法人（認定医療法人）であるときは、上述の贈与税は課税されない。

移行計画の認定を受けた医療法人において、持分の払戻が生じ、資金調達が必要となった場合には、独立行政法人福祉医療機構による資金の貸付（持分なし医療法人へ移行する医療施設等に係る経営安定化資金）を受けることができる。

図表 １ 中の税制措置①〜③によって、認法改正附則10の ４ ②、医療規59）に該当し

定医療法人が持分なし医療法人に移行するて認定が取り消された場合は、遡及して猶場合、出資者及び医療法人の贈与税・相続

予・免除された贈与税・相続税が課せられ税の課税負担をゼロにすることが可能となるリスクがある点などに留意する必要があることから、特に出資持分の承継に係る課る。

税負担を可能な限り軽減したい医療法人オーナーにとっては、有効な選択肢のひとつ⑵

認定の流れと留意点といえる。一方で、持分なし医療法人から移行計画の認定を受けてから持分なし医

持分あり医療法人への後戻りはできない点

療法人へ移行する場合の全体の流れは以下

や（医療規30の39）、移行計画の認定を受のとおりである。当制度の利用において検けてから持分なし医療法人に移行したあと討を要する主なタイミングは ３ つあり、①の一定期間経過後までの期間において医療厚生労働省による移行計画の認定を受け、法人の運営に一定の制限が課せられる点

認定医療法人に移行するタイミング、②都（平成18年医療法改正附則10の ３ ④四、医道府県による定款変更の認可を受け、持分療規57の ２ ）、一定の事由（平成18年医療なし医療法人に移行するタイミング、③持36 野村資産承継 2024 8月号
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認定医療法人制度の利用における実務上の留意点

分なし医療法人に移行後 ６ 年間である。

図表 ２

移行計画の認定から持分なし医療法人への移行までの流れ①※令和８年１２月３１日まで②※認定を受けた日から５年以内③※厚生労働省「「持分なし医療法人」への移行促進策（延長・拡充）のご案内について」 ４ 頁について筆者加筆①

認定医療法人に移行するタイミングでの留意点であり、また持分なし医療法人への移行にあたって認定医療法人制度を活用しな持分あり医療法人は現状、「経過措置
医療法人」として「当分の間」期限の定ければならないということでもない。
そのため、各医療法人の実態に応じて、めなく存続することとなっているため認定医療法人制度の適用が適切であるか（平成18年医療法改正附則10②、同10のどうかは慎重に検討する必要がある。具２）、持分なし医療法人への移行はあく

体的には、持分あり医療法人を継続したまでも医療法人の任意の選択によるもの

場合の承継負担の把握、将来のＭ＆Ａの

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可能性の検討、出資者全員の持分放棄に移行計画の認定を受け、認定医療法人

ついての意向の確認、後述の運営に関すとなった後は、移行計画に記載された期

る ８ 要件によって医療法人の運営に与え

限内 ＊ 5 に持分なし医療法人に移行する

る影響の度合い等を検討し、制度の適用必要がある（平成18年医療法改正附則10に経済合理性があるかどうかのシミュレの ３ ④三）。持分なし医療法人に移行すーション等を行うことが考えられる。特るためには、定款変更の認可を都道府県に、医療法人のＭ＆Ａにおいては、実務に申請し、その認可を受ける必要がある

上「持分譲渡＋社員の交代」という方法

が、当該定款変更以後は、持分あり医療が用いられることが一般的 だが、持法人への後戻りはできなくなるため、留分なし医療法人の場合は出資持分が存在意が必要である。なお、移行計画に記載

しないことから、そのような方法によるした期限内に持分なし医療法人への移行ことができず、必ずしもオーナーの希望が完了しないことは移行計画の認定の取する売却対価を得られない可能性がある

消事由にあたり、認定が取り消された法ため 、将来におけるＭ＆Ａの可能性

人は再度の認定を受けることができなくが高い場合は、認定医療法人制度の適用なるが（平成18年医療法改正附則10の ４

ひいては持分なし医療法人への移行につ③④）、それ以外には特段のペナルティ

いて、より慎重な検討を要する。

は存在しない。そのため、移行期限まで＊2＊3

なお、認定医療法人への移行期限は現の間に方針転換を行い、あえて期限まで

行制度上令和 ８ 年12月31日までとなってに持分なし医療法人に移行しない（持分おり、当該期限までに移行計画の認定をあり医療法人を継続する）といった選択受ける必要があることにも留意が必要で肢もあり得る。

あ る（平 成18年 医 療 法 改 正 附 則10の ３⑤） 。
②

持分なし医療法人に移行するタイミン
グでの留意点

また、持分なし医療法人への移行が完了するまでに以下の事由に該当した場合、＊4

厚生労働省に報告・申請を行う必要がある。

＊2

本誌別稿「医療法人のＭ＆Ａ」参照
持分なし医療法人のＭ＆Ａにおいては、売り手のオーナーは主に退職金をもって対価とすることが一般的であるため、買い手との交渉次第ではあるだろうが、法人の内部規程や税務上の損金算入限度額等により金額が制限される可能性がある。
＊4
申請期限ではないため、留意が必要である。なお、申請から認定までに要する平均的な期間は約 ２ 月程度とされている（厚生労働省医政局医療経営支援課 令和 ５ 年 ５ 月改訂「「持分なし医療法人」への移行に関する手引書 ～移行促進税制を中心として～」 ８ 頁）。
＊5
移行計画の当初認定日から起算して ５ 年以内であれば、移行計画の変更申請によって移行期限の延長が可能となるため、実質的には移行計画の認定日から起算して ５ 年後の日が移行期限となる。
＊3

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認定医療法人制度の利用における実務上の留意点

図表 ３
事

持分なし医療法人移行完了までの間の厚生労働省への報告・申請

由

内

容

移行計画の認定から １ 年を経過するごと（平成18年医療法改正附則10の ８ 、医療規60①）

持分なし医療法人への移行が完了するまでの間は、認定日から １ 年を経過するごとに、当該経過日から ３ か月以内に、厚生労働大臣に移行計画の進捗状
況を報告する必要がある。
※移行期限を最長（移行計画の認定日から ５ 年後）で設定した場合は、当該報告を ４ 回行うことになる。なお、 １ 年以内に移行を完了した場合、当報告は不要。

持分の処分が生じたとき（平成18年医療法改正附則10の ８ 、医 療 規60③④）

出資者による持分の処分（放棄、払戻等）があった場合には、その処分があった日から ３ か月以内に、厚生労働大臣にその内容を報告する必要がある。
なお実務上は、出資者全員の持分処分の効力発生日を「持分なし医療法人への移行に係る定款変更について○○県知事の認可のあった日」などとし、持分なし医療法人に移行するための定款変更の報告（後述）と同時に当該報告を行うことで、この段階（持分なし医療法人移行完了まで）での報告を省略することが効率的である。

移行計画の内容に変更が生じたとき（平成18年医療法改正附則10の ４ ①）

移行計画の変更（移行期限の延長など。なお、移行期限の延長を行う場合、変更後の移行の期限も、当初認定日から起算して ５ 年を超えないことが求められる。）を行う場合は、厚生労働大臣に対して申請を行い、変更後の移行計画について認定を受ける必要がある。

③

持分なし医療法人に移行後 ６ 年間の留意点を経過するまでの間は、以下の期間に係る運営状況の報告を厚生労働大臣に行う持分に係る定めを廃止し、残余財産の必要がある。

帰属先を国・地方公共団体等から選定す・認可日から ５ 年間を経過するまで……

る旨を新たに定めるための定款変更を行

１ 年を経過するごとに、当該経過日かい、当該定款変更について都道府県知事

ら ３ か月以内に報告による認可を受けることで、持分なし医・認可日から ５ 年間を経過し ６ 年を経過療法人に移行することができる（医療規するまでの間……認可日から ５ 年10か30の39①）。当該定款変更を行った場合月を経過するまでに報告

は、その認可日から ３ か月以内に厚生労働大臣にその内容を報告する必要がある

そして、定款変更認可日から ６ 年経過後

（平成18年医療法改正附則10の ８ 、医療に自動的に移行計画の認定が失効し（平成規60②）。なお前述のとおり当該報告と18年医療法改正附則10の ６ ）、運営につい併せて、出資者による持分処分の報告をて課せられていた制限からも解放されるた

実施することも可能である。

め、それらの制限に囚われない自由な事業

ま た、定 款 変 更 の 認 可 日 か ら ６ 年＊6＊6

運営を行うことが可能になると考えられる。

「 ６ 年」という期間制限は、贈与税についての更正、決定等の期間制限（相法36①）に依拠しているものと考えられる（前出＊ １ 品川・成清407頁参照）。

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２

認定要件と実務上の留意点⑴

認定要件の概要④ 遊休財産額が事業に係る費用の額を超えないこと。
⑤

法令に違反する事実等がないこと。

⑥ 社会保険診療等に係る収入金額が全移行計画の認定を受けるためには、以下

収入金額の80％を超えること。

の要件を全て満たす必要がある（平成18年⑦

医療法改正附則10の ３ ④）。

自費患者に対し請求する金額が、社
会保険診療報酬と同一の基準により計算されること。

① 移行計画が社員総会において議決さ⑧れたものであること。

医業収入が医業費用の150％以内であること。

② 移行計画が有効かつ適切なものであること。
③ 移行計画に記載された持分なし医療申請実務上は、上記の各要件に該当する

法人への移行期限が、移行計画の認定

旨を説明する書類（別添様式 ４ ）の作成がの日から起算して ５ 年を超えない範囲内のものであること。
④ その法人運営に関し、社員、理事、監事、使用人その他の医療法人の関係者に対し特別の利益を与えないものであること等の要件に適合するものであ

最も労力を要する部分であり、かつ内容としても法人ごとの実態に応じた検討を要す
るものと考えられることから、以下では各要件の詳細と実務上の留意点について解説を行う＊ 7 。

ること。

上記のうち④の要件（運営に関する要⑵

運営に関する ８ 要件

イ

医療法人の関係者に対し特別の利益を件）については、具体的に以下の ８ つが規

与えないこと定されており（医療規57の ２ ）、これらのその事業を行うに当たり、社員、理事、要件については認定を受ける時点だけでは監事、使用人その他の当該医療法人の関係なく、持分なし医療法人への移行後 ６ 年が者に対し特別の利益を与えないものである

経過するまでの間、充たし続ける必要があことが必要とされる（医療規57の ２ ①一る。

イ）。「医 療 法 人 の 関 係 者」や「特 別 の 利①

医療法人の関係者に対し特別の利益を与えないこと。

②

役員への報酬等について、不当に高益」については医療法上明確な定義はない
が、厚生労働省の申請書記載例＊ 8 において、
以下のように記載されている。

額なものとならないような支給の基準を定めていること。
③

株式会社その他の営利事業を営む者
等に対し、特別の利益を与えないこと。

＊7＊8

・医療法人の関係者
イ

当該医療法人の理事、監事、これらの者に準じ当該医療法人が任意に設置

なお、その他制度に関する要件や必要書類の内容については、厚生労働省のHP「持分の定めのない医療法人への移行計
画の認定申請について（認定医療法人）」の内容や添付されている各資料を参照されたい。
厚生労働省「申請書類一式の記載例」 ８ 頁 ９ 頁等参照

40 野村資産承継 2024 8月号
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認定医療法人制度の利用における実務上の留意点するもの又は使用人
ロ

れらの者から当該法人の事業目的の用出資者（持分の定めのない医療法人に供するとは認められない財産を取得に移行した後にあっては、従前の出資者で持分を放棄した者を含む）
ハ

当該医療法人の社員

ニ

イからハに掲げる者の配偶者及び三

すること。
ト

員等の地位にあることのみに基づき給与等を支払い、又は当該法人の他の従親等以内の親族
ホイからハに掲げる者と婚姻の届出をしていないが事実上婚姻関係と同様の業員に比し過大な給与等を支払うこと。
チ

いるもの
ト

立のための財産の提供に伴う債務の引イからハに掲げる者から受ける金銭
その他の財産によって生計を維持してホ又はヘに掲げる者の親族でこれらの者と生計を一にしているもの

・特別の利益供与
社員、理事、監事、使用人その他の医療法人の関係者に対して、以下の事例に該当する場合で、社会通念上不相当と認められる場合には、特別の利益供与は「有」

これらの者の債務に関して、保証、弁済、免除又は引受け（当該法人の設事情にある者
ヘ

これらの者に対して、当該法人の役受けを除く。）をすること。
リ

契約金額が少額なものを除き、入札等公正な方法によらないで、これらの者が行う物品の販売、工事請負、役務提供、物品の賃貸その他の事業に係る契約の相手方となること。

ヌ 事業の遂行により供与する利益を主として、又は不公正な方法で、これらの者に与えること。

まず、医療法人の関係者の範囲には法人とすること。

の使用人が含まれるなど、相当広範な規定

イであることに留意が必要である。実務上は、法人の所有する財産をこれらの者に居住、担保その他の私事に利用させること。

ロ

法人の余裕金をこれらの者の行う事業に運用していること。

ハ

法人の他の従業員に比し有利な条件
で、これらの者に金銭の貸付をするこ
と。

ニ

ホ

法人の所有する財産をこれらの者にでの不動産の賃貸借取引、役員や使用人に対する社宅の貸与、法人所有の社用車の利用、使用人に対する奨学金の貸与、医療法
人と関係者の間での金銭貸借などがよくある例として想起されるが、そのような取引について、医療法人に不利な条件での取引

無償又は著しく低い価額の対価で譲渡が行われている場合は、「特別の利益供与」

すること。

に該当する可能性が高いといえる。なお、

これらの者から金銭その他の財産を特別の利益供与の有無は原則として申請時過大な利息又は賃貸料で借り受けるこ点において判断されるため、申請時点までと。
ヘ

医療法人のオーナー一族と医療法人との間これらの者からその所有する財産を過大な対価で譲り受けること、又はこに該当する取引関係が解消・是正されていれば、認定要件に抵触することは通常な

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い＊9。

役員報酬規程や役員退職慰労金規程の整備

また、医療法人の関係者との取引関係にが必要となるが、「報酬等」には、使用人

ついては、特別の利益供与に該当しなくととしての給与、賞与等も含まれることから、も、別添様式 ４ において網羅的に報告する

役員が使用人としても給与や賞与等を受け必要があり、関連する証憑 について提出ている場合は、使用人に適用される給与規を求められることがある。求められた証憑程等の整備も必要となる＊11。

＊10

が存在しないような場合は、改めて整備を求められる可能性が高い。

また、「不当に高額」であるかどうかの判断について、明確な金額基準は存在せず、そのため、認定申請を行うかどうかの検一般的な医療法人や民間事業者の役員の報

討段階において、まずは医療法人の関係者

酬等・従業員の給与、当該医療法人の経理との取引を網羅的に把握したうえで、当該状況等を考慮して判断するものとされてい取引に係る各種規程や契約書等の整備状況

る＊12。実務上は、特定医療法人の報酬基準の確認、特別の利益供与に該当し得る取引である年間3,600万円が金額基準の目安とがあるかどうかの確認等をし、それらの取されており、これを超える報酬等を支給し引関係の解消・是正や規程・契約書等の整ている場合は、その妥当性についての説明

備に係るコストを把握することが、認定医や根拠資料を求められる可能性が高い＊13。

療法人制度の利用に経済合理性があるかど

なお、不当に高額であるかどうかは原則とうかの判断において重要であるといえる。

して「申請時点」において判断される。そロ

役員への報酬等について、不当に高額のため、従来は不当に高額な水準で報酬等なものとならないような支給の基準を定を支給していたが、申請時点までに役員報めていること酬規程等を改定し、当該改定後の規程が適理事及び監事（役員）に対する報酬等に用され、適切な水準まで報酬等の引き下げ

ついて、民間事業者の役員の報酬等及び従が行われている場合は、認定要件を充足す

業員の給与、当該医療法人の経理の状況そることができる＊14。

の他の事情を考慮して、不当に高額とならハ

株式会社その他の営利事業を営む者等ない支給基準を定めていることが必要とさに対し、特別の利益を与えないことれる（医療規57の ２ ①一ロ）。具体的にはその事業を行うに当たり、株式会社その

＊9
＊10

＊11
＊12
＊13

＊14

厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度Ｑ＆Ａ」 ４ 頁参照
例えば、不動産賃貸借であれば「不動産賃貸借契約書」「不動産鑑定評価書」、社宅の貸与であれば「社宅規程」「入居者との契約書」、奨学金であれば「奨学金規程」「奨学生との契約書」などの書類が想定される。
前出＊ ９ Ｑ＆Ａ10頁等参照
前出＊ ９ Ｑ＆Ａ ７ 頁
前出＊ ９ Ｑ＆Ａ ８ 頁。医療法人の役員としての一般的な業務に加え、更に報酬を支給することが妥当と考えられるような勤務実態があれば、一般的な役員報酬額を超えるような支給を行っていたとしても、不当に高額な報酬ではないと判断されることがある（例えば医師である理事が日常の通常業務に加え、更に夜間当直や休日当直などを恒常的に行っている
場合等）。このような場合は、以下のような内容について説明する必要がある。
・医師としての勤務実績（当直、オンコール対応、手術件数等）
・これまでの法人への貢献度や地域での活動
・医療法人の役職員全体の平均給与 等
前出＊ ９ Ｑ&A 8頁

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認定医療法人制度の利用における実務上の留意点

他の営利事業を営む者又は特定の個人若し

いわゆるMS法人との取引が問題になるこ

くは団体の利益を図る活動を行う者（以下とが多く、よくある例としては、不動産賃「株式会社等」という。）に対し、寄附その貸借取引や医薬品や医療機器等の販売・賃他の特別の利益を与える行為を行わないこ

貸取引、病院内の売店経営、受付事務・医と（公益法人等に対する一定の寄附等を除療事務等の受託、院内の給食業務・清掃業

く）が必要とされる（医療規57の ２ ①一ハ）。

務の受託などの取引を医療法人との間で実

なお、「特定の個人若しくは団体の利益を施していることがあり、このような取引に図る活動を行う者」については、厚生労働

ついて、医療法人に不利な条件となってい＊15

省の申請書記載例 において、以下のようる場合は、特別の利益供与となる可能性がに記載されている。

高い。なお、前述イと同様、株式会社等との取引関係については、特別の利益供与に・特定の個人若しくは団体の利益を図る活動を行う者
イ

的に報告する必要があり、関連する証憑＊16

株式会社その他の営利事業を営む者に対して寄附その他の特別の利益を与える活動（公益法人等に対して当該公について提出を求められることがある。
加えて、MS法人が存する場合の留意点
としては、医療法人の役員と営利法人等の益法人等が行う公益目的の事業又は医役員については原則として兼務が認められ学若しくは医術又は公衆衛生に関するておらず＊17、認定申請に際して兼務関係が事業のために寄附その他の特別の利益存在する場合は、一定の場合（下記図表 ３を与えるものを除く。
）を行う個人又は団体
ロ該当しなくとも、別添様式 ４ において網羅

特定の者から継続的に若しくは反復して資産の譲渡、貸付け若しくは役務の提供を受ける者又は特定の者の行う会員等相互の支援、交流、連絡その他

参照）を除いて解消を求められるという点である。ほとんどの場合において、MS法
人は株式会社や有限会社等の営利法人の形態をとっていると考えられることから、基本的にはこのルールに則ることとなる。そ

その対象が会員等である活動に参加すのため、認定申請前の検討において、医療る者に共通する利益を図る活動を行う

法人の役員がMS法人の役員を兼務していことを主たる目的とする団体

る場合は、兼務関係を解消しなければならない可能性がある点や、関係解消した場合個人である「医療法人の関係者」と同様に法人運営等に与える影響について考慮すに、「株式会社等」についても、特別の利べきといえる。なお、兼務が認められる一

益を与えないこととされている。実務上は、定の場合とは、次のとおりである。

＊15
＊16

＊17

前出＊ ８ 記載例 ８ 頁等参照
例えば、不動産賃貸借に係る「不動産賃貸借契約書」「不動産鑑定評価書」、業務の受託に係る「業務委託契約書」などの書類が想定される。なお、審査にあたり、MS法人との取引がある場合、取引相手方の選定理由や、取引価額の決定方法についての説明を求めることがあり、取引の適正性を担保する観点からも、なるべく入札や同業他社との見積もりによる比較を実施するようにとの記載もある（前出＊ ９ Ｑ＆Ａ ７ 頁）。
平成 ５ 年 ２ 月 ３ 日付厚生省健康政策局総務課長・指導課長通知「医療機関の開設者の確認及び非営利性の確認について」

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図表 ３
No

１

２

医療法人の役員と営利法人等の役職員の兼務が認められる場合
利害関係

共通要件

個別要件

営利法人等から物品の購入・賃貸をしている又は役務提供を受けている場合①営利法人等の役職員が医療法人の役員（監事を除く）の過半数を兼務していないこと
営利法人等から不動産を賃借②医療機関の非営利性に影響している場合を与えないこと３

株式会社企業再生支援機構又は株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法に基づき支援を受ける場合であって、両機構等から事業の再生に関する専門家の派遣を受ける場合

４

取引金額が少額な場合

小規模なMS法人の場合は、上記のとおり兼務が認められる余地もあることから、

下記の全てを満たす必要あり①営利法人等の規模が小さく、役職員の変更が直ちには困難
であること②契約の内容が妥当であること③医療法人の理事長でないこと下記の全てを満たす必要あり①営利法人等の規模が小さく、役職員の変更が直ちには困難
であること②契約の内容が妥当であること①医療法人の理事長ではない
こと

─

─

小さい場合をいうものと解される。
ニ

遊休財産額が事業に係る費用の額を超医療法人の非営利性を害しないことや、契えないこと

約内容が妥当であること等について厚生労

毎会計年度の末日における遊休財産額は、働省に説明し、兼務関係を維持できるよう

直近に終了した会計年度の損益計算書の事に手続を進めていくことも選択肢のひとつ

業費用の額を超えないことが必要とされるである。なお、取引金額が少額な場合は制（医療規57の ２ ①一ニ）。

限なく兼務が認められるが、この「少額な「遊休財産額」とは、医療法人の本来業場合」について筆者の申請実務の経験から務及び附帯業務の用に現に供されておらず、いうと、例えば年間の取引金額が数万円かかつ、将来に渡ってそれらの業務の用に供ら数十万円に留まるなど、医療法人の非営される見込みのない財産の額として、以下

利性を害するおそれがないほど取引規模がの計算方法により算出された金額をいう。

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特集Ⅱ

認定医療法人制度の利用における実務上の留意点

図表 ４

遊休財産の計算方法（別添様式 ４ より抜粋加工）

計算区分

内容・留意点Ａ

資産の総額

貸借対照表の総資産の金額である。

Ｂ

純資産の額

貸借対照表の純資産の金額である。

Ｃ 純資産の額の資産の総額に対する割合（Ｂ／Ａ×100）

小数点以下第 ２ 位を四捨五入する。

Ｄ 控除対象財産の帳簿価額（イからホまでの合計額）

イからホまでの項目については、現に、又は将来において業務の用に供される財産として、遊休財産額から控除される。

イ

本来業務の用に供する財産

本来業務とは、病院、医師もしくは歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設又は介護医療院の運営をいう（医療法39①）。

ロ

附帯業務の用に供する財産附帯業務とは、定款の定めに基づいて行う医療法42条各号の業務をいう＊18。

ハ イ及びロに掲げる業務を行う
ために保有する財産

建設仮勘定等の、現に事業の用に供されてはいないが、今後本来業務又は附帯業務の用に供されることが見込まれる財産である。

ニ

減価償却引当特定預金

本来業務又は附帯業務を行うための財産の取得又は改良に充てるために保有する資金として、一定の要件（後述）を満たすものをいう。

特定事業準備資金

将来の特定の事業（定款で定められた事業に限る）の実施のために特別に支出（引当金に係る支出及びニの資金を除く）する費用に係る支出に充てるために保有する資金として、一定の要件（後述）を満たすものをいう。

ホＥ

遊休財産額（（Ａ－Ｄ）×Ｃ）

Ｆの金額を超えないことが求められる。

Ｆ

事業費用の額本来業務に係る事業費用の額である。附帯業務に係る事業費用は含まれないため、留意が必要である。

4

4

4

4

減価償却引当特定預金と特定事業準備資金の要件は以下のとおりである 。
＊19・減価償却引当特定預金（既存施設の改修、建て替え等の資金）
以下の要件を満たすもの＊

減価償却費に対応する資産の取得又は改良に充てるための資金に限るものとし、減価償却累計額を上限とする。

＊

貸借対照表において次の科目をもっ経理されていること。
資産の部

減価償却引当特定預金（固定資産その他の資産に掲記）＊ 当該資金の目的である支出に充てる
場合を除くほか、取り崩すことができないものであること。ただし、正当な理由がないのに当該資金の目的である財産を取得せず、又は改良しない事実があった場合には、理事会及び社員総会の議決を経て、当該資金の額を取り崩さなければならないこと。

て掲記し、他の資金と明確に区分して

＊18

＊19

医療法42条各号では、医療関係者の要請又は再教育（一号）、医学又は歯学に関する研究所の設置（二号）、本来業務としての診療所以外の診療所の開設（三号）、疾病予防運動施設の設置（四号）、疾病予防温泉利用施設の設置（五号）、保健衛生に関する業務（六号）、社会福祉事業（七号）、有料老人ホームの設置（八号）が列挙されている。
前出＊ ８ 記載例32頁

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・特定事業準備資金（既存施設の改修等以のシミュレーションを行い、要件充足が厳外の新規事業に充てるための資金）

しい場合は、余裕資金による事業用資産の以下の要件を満たすもの＊

当該資金の目的である事業が、定款において定められていること。

＊

当該資金の額が合理的に算定されて当該資金の目的である事業ごとに、貸借対照表において次の科目をもって掲記し、他の資金と明確に区分して経理されていること。
資産の部○○事業特定預金（固定資産のその他の資産に掲記）
純資産の部○○事業積立金（利益剰余金のその他利益剰余金に掲記）＊

備資金の設定等によって、要件充足が可能になる余地があるかどうかの検討を行う必要がある。また遊休財産額の計算においては、本来業務の用に供する財産と附帯業務いること 。
＊20＊

購入、減価償却引当特定預金や特定事業準の用に供する財産を分けて把握する必要があるところ、貸借対照表の資産項目については、実態として、事業ごとの区分経理をしていない場合も多いことから、改めて事業ごとの資産の紐づきを確認しなければならない手間が生じる場合もある。そのため、特に多種類の事業を営んでいる医療法人の当該資金の目的である支出に充てる

場合は、事前に資産項目について区分経理場合を除くほか、取り崩すことができを行っているかどうかの確認をすべきであないものであること。ただし、正当な理由がないのに当該資金の目的である事業を行わない事実があった場合には、理事会及び社員総会の議決を経て、当該資金の額を取り崩さなければならな
いこと。

る。
ホ

法令に違反する事実等がないこと
法令違反、帳簿書類における仮装隠ぺい

その他公益に反する事実がないことが必要とされる（医療規57の ２ ①一ホ）。この要件については、申請日の属する会計年度及遊休財産額は、確定した決算に基づく貸び前会計年度について申請日の前日までの借対照表の金額に基づいて計算される。現間において該当する事実がないことが求め

預金、有価証券、貸付金、施設会員権、保られる＊21。「法令に違反する事実」とは、

険積立金、その他これに類する資産につい

例えば、医療に関する法律に基づき医療法ては業務の用に供する財産に含めることが人又はその理事長が罰金刑以上の刑事処分できないため、総資産に占めるこれらの資を受けた場合等が該当する＊22。なお、「帳産の比重が高い場合、要件の充足が困難で簿書類に取引の全部若しくは一部を隠蔽し、あることが想定される。

又は仮装して記録若しくは記載をしている

認定申請前の検討段階においては、遊休

事実」については、国税通則法上の重加算

財産額が事業費用の額を超えないかどうか

税の賦課要件（通則法68①②③）と共通し＊20

必要な最低額に関する合理的な算定根拠について、「特定事業準備資金の明細の別紙」（任意の様式）を作成し、併せて提出する必要がある。根拠資料としては、建築会社等の見積書（可能なら複数）や、既存の施設の件築年や建築価格が分かる資料、当該事業に係る今後の計画等の提出が求められることがある。
＊21
前出＊ ９ Ｑ&A 11頁＊22
前出＊ ８ 記載例12頁

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特集Ⅱ

認定医療法人制度の利用における実務上の留意点ているため、法人税等について重加算税がヘ

社会保険診療等に係る収入金額が全収賦課された場合には、この要件に抵触する

入金額の80％を超えることことも考えられる。しかも、租税特別措置

社会保険診療報酬等による保険給付に係

法70条の ７ の10第 ８ 項には、税務署長による収入金額の合計金額が、全収入金額（損る厚生労働大臣等に対する事務処理の適正益計算書の本来業務及び附帯業務に係る事かつ確実に行うための通知制度が設けられ

業収益の合計額）の100分の80を超えるこているので、留意を要する 。

とが必要とされる（医療規57の ２ ①二イ）。

＊23

社会保険診療報酬等に含まれる収入区分は以下のとおりである。
図表 ５
No

社会保険診療報酬等に含まれる収入区分

収入区分

内

容

①

社会保険診療に係る収入租税特別措置法26条 ２ 項に規定する社会保険診療をいう。なお、新型コロナウイルス感染症緊急包括支援交付金その他の新型コロナ対応のために国又は地方公共団体が交付する補助金（固定資産の取得に係るものを除く）については、この区分に含めて記載する。また、労働者災害補償保険法に係る患者の診療報酬が社会保険診療報酬と同一の基準によっている場合又は当該診療報酬が少額（全収入金額のおおむね10％以下）の場合は、当区分に含めて記載する。

②

健康増進事業に係る収入

健康増進法 ４ 条に規定する健康増進事業のうち健康診査に係る収入金額をいう。

③

予防接種に係る収入

定期予防接種、臨時予防接種及び任意の予防接種のうち厚生労働大臣が定める予防接種＊24に係る収入金額をいう。

④

助産に係る収入助産（社会保険診療・健康増進事業に係るものを除く。）に係る収入金額（分娩 １ 件につき50万円を限度）をいう。

⑤

介護保険法の規定に基づく保険給付に係る収入

介護保険法の規定に基づく保険給付に係る収入をいう。

⑥

障害福祉サービス等に係る収入金額

障害者の日常生活及び社会生活を総合的に支援するための法律に基づく給付及び児童福祉法の規定に基づく給付に係る収入をいう。

当該要件によって、自由診療を主な業務にその細目を作成する必要がある＊25。ただとしている医療法人は要件の充足が困難とし、社会保険診療に係る収入のみで要件をなる。

充足できる場合、②〜⑥の収入については別添様式 ４ の作成上は、上記の各収入に「その他」として一括して記載することがついて医療施設ごと（病院、診療所、介護

でき、細目の作成についても省略すること

老人保健施設等）に区分して記載する必要ができる。

があり、②〜⑥の収入区分についてはさら
＊23
＊24
＊25

前出＊ １ 品川・成清406頁等参照
平成20年 ３ 月 ５ 日 厚生労働省告示第314号
前出＊ ８ 記載例13 ～ 19頁等参照

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ト

自費患者に対し請求する金額が、社会保険診療報酬と同一の基準により計算されることる料金表等を根拠資料として求めることがあります。」
平成20年厚生労働省告示第59号に基づき、自費患者に対し請求する金額が、社会保

現在の社会保険診療報酬に係る報酬は １ 点

険診療報酬と同一基準により計算されるこ

10円で計算されるため、自費患者についてとが必要である。なお、自費患者とは、社同水準以下の金額で請求をしていれば、通会保険診療又は労災保険診療に係る患者以常は問題がないと考えられる。なお、別添外の患者のことをいう（医療規57の ２ ①二様式 ４ の作成上、「自費患者に対する請求ロ）。

金額の計算方法に関する規程等」＊27が添付

どの程度の水準であれば「社会保険診療書類として必須になるため、未整備の場合と同一の基準」と判断されるかというと、は改めて規程等の整備が必要となる。

厚生労働省が公表しているＱ＆Ａには以下

チ

医業収入が医業費用の150％以内であのように記載されている 。

ること「自費患者に対して請求する金額について

医療診療により収入する金額が、医師、は、「診療報酬の算定方法」（平成20年厚生

看護師等の給与、医療の提供に要する費用

労働省告示第59号）や健康保険法の施行に等患者のために直接必要な経費の額に100関する諸通達の定めるところにより算定し分の150を乗じて得た額の範囲内であるこた額程度以下であることが求められていまとが必要とされる（医療規57の ２ ①二ハ）。

すが、必ずしも全ての請求が １ 点10円でな「医療診療により収入する金額」は、損益

いといけないというわけでありません。例

計算書の本来業務に係る事業収益の金額でえば、自賠責保険の診療費の場合、多くのあり、「患者のために直接必要な経費の額」

地域で自賠責保険診療費算定基準（新基については、損益計算書の本来業務に係る準）に従い、『薬剤等「モノ」については事業費用の金額である＊28。つまり、当該要その単価を12円とし、その他の技術料につ件を充足しているかどうかの判断は本来業

いてはこれに20％を加算した額を上限とす

務においてのみ行うこととなり、附帯業務る』取扱いがされており、これは認定要件については対象外であるため、留意が必要

上妥当と認めています。また、分娩料や歯である。また、要件へと同様、別添様式 ４科のインプラント治療料等、診療報酬に類の作成上は、医療施設ごとに区分して記載似のものが定められていないものについてする必要がある。

＊26

は、「地域における標準的な料金として診

なお、当該要件及び前述の要件ニ（遊休

療報酬規程に定められた額を超えない額」

財産額要件）、へ（社会保険診療収入比率であることが求められており、医療法人の要件）についてはいずれも確定した決算に「診療報酬規程」の他、院内に掲示してい基づく数値を使用する要件となっており、

＊26
＊27
＊28

前出＊ ９ Ｑ&A 11頁
規程、事務内規の他、患者への院内掲示物等、請求金額の計算根拠がわかるもの
前出＊ ８ 記載例21頁等参照

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認定医療法人制度の利用における実務上の留意点

直近の決算数値でこれらの要件を満たすこ

療法人について制度の適用が見込まれる場とができない場合は、翌決算の確定まで認合は、少なくとも、これら決算数値を用い定を受けることができない。そのため、そる要件を直近の決算数値で充足できるかどの間に相続等が発生した場合は、期限までうかの検討は早期に行うべきであるといえに認定を受けられない可能性があることかる。

ら、特にオーナーが高齢である持分あり医
図表 ６

決算数値を使用する要件について※出典：厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度（認定医療法人制度）の概要

上記図表 ６ の例では、Ｘ １ 年 ３ 月期の決22頁より抜粋

きたい。

算数値で充足できない要件がある場合、翌制度の適用に際しては、申請前の準備が決算であるＸ ２ 年 ３ 月までに相続税の申告重要であるため、制度の適用可能性がある

期限（認定取得期限）が到来してしまうた

場合は、早めに検討を始めることが肝要でめ、持分に係る相続税についての納税の猶ある。

予・免除が受けられないこととなる。

３

最後に、本制度の適用状況と今後想定される可能性に触れておきたい。平成30年度

おわりにから令和 ３ 年度までの持分あり医療法人か本稿では、認定医療法人制度における実ら持分なし医療法人への移行法人数822件

務上の留意点について、筆者が重要と判断のうち、認定医療法人を利用した移行数はした項目について解説を行った。誌面の制608件に上り、約74％の法人が制度を活用

約上、手続や要件について網羅的に解説をしているというデータもあることから＊29、

行ったわけではないため、その他の詳細は実際に持分なし医療法人への移行を実行し厚生労働省のHP「持分の定めのない医療ようとする場合において、本制度は重要な法人への移行計画の認定申請について（認手法としての地位を確立しているといえる

定医療法人）」の内容を中心に確認して頂

だろう。

＊29

厚生労働省「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度（認定医療法人制度）の概要

15頁

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一方で、持分なし医療法人が原則となっ分承継においてより多くの選択肢を持てる

た平成19年 ４ 月 １ 日以降の推移をみてみる

よう、準備しておくことが重要と考えられと、平成20年 ３ 月31日現在における持分ある。

り医療法人数43,638に対して、令和 ５ 年 ３

以上

月31日現在における持分あり医療法人数36,844と、約84％の法人がいまだに持分あり医療法人を継続しているということにな青木り、必ずしも移行が円滑に進んでいるとはいえない＊30。

野村資産承継研究所
主任研究員

そのため、今後の状況次第では、さらに持分なし医療法人への移行を促進すべく、本制度について適用要件や手続の緩和が行われる可能性も考えられるし、あるいは持分あり医療法人の意義が再認識され、今後の税制改正に係る関係者の折衝次第で、現在よりは何らかの形で課税軽減の道が開かれる可能性もある＊31。いずれにせよ、持分あり医療法人についてはその出資に係る課
税リスク等にさらされていることは確かであるため、法人の個別の実態に応じて、持

＊30
＊31

裕太朗

（あおき・ゆうたろう）

 wCあらた有限責任監査法人等を経て、P現職。公認会計士◆現職 株 式会社野村資産承継研究所 主任研究員
◆共著 「社団・財団・信託を活用した資産・事業承継対策」（大蔵財務協会）　　　　「非上場企業の事業承継における株主構成
戦略 ～ M&A・従業員持株会等の活用」（大蔵財務協会）　　　　「税務・法務から見るコロナ禍の財産・資産評価と不動産賃貸業」（大蔵財務協会）　　　　「まんが×解説でわかる！入門資産承継対策」（ぎょうせい）　　　　「まんが×解説でわかる！入門事業承継対策」（ぎょうせい）◆経歴

厚生労働省「種類別医療法人数の年次推移」より
日本医師会からの諮問を受けた医業税制検討委員会の答申(令和 ６ 年 ５ 月24日付）では、認定医療法人制度における一部要件の廃止・緩和、持分あり医療法人を医療法の本則に戻すこと、持分あり医療法人の持分評価の見直し等が提言されている。

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