文献検索／論文執筆支援サービスの活用法
ライフサイエンス統合データベースセンター
山本泰智@yayamamo

DBCLS 山本泰智

文献情報

文献イラスト © 2016 DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0

文献知識抽出https://dbcls.rois.ac.jp/services.html

PubMed最新情報

on June 26, 1997, a Capitol Hill Press
conference officially announced free MEDLINE
access via PubMed.

https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj16/mj16̲pm̲20.html

1,4001996
11,937,110
456,362

25
20

1,200
1,000
800

15
10
5

千

PubMed書誌情報件数推移

30

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Newsltr/aug97.html

合計件数
（左軸）

600
400
追加件数
（右軸）

0194519501955
1960
1965
1970
1975
1980
1985
1990
1995
2000
2005
201020152020

合計件数

1,600

200
0

年当たり発表件数

百万35

現状• 3000万件を超える文献情報（20/9/9時点で31,474,326
19/11/25時点で30,348,625）• 2019年発表分だけで1,392,400件（3815件/日）• 5200件を超える学術
FY2019FY2018FY2017FY2016FY2015FY2014FY2013

PubMed Searches

3.3 Billion

3.3 Billion

3.3 Billion

3.1 Billion

2.8 Billion

2.7 Billion

2.5 Billion

Web/Interactive

896 Million

831 Million

846 Million

853 Million

910 Million

900 Million

932 Million

Script/E-Utilities

2.2 Billion

2.5 Billion

2.5 Billion

2.2 Billion

1.9 Billion

1.8 Billion

1.6 Billion

https://www.nlm.nih.gov/bsd/medline̲pubmed̲production̲stats.html

Trending articlesのトレンド
1

234

5

6

7

8

9

⽉

5 10

⽉

5 11

⽉

5 12

⽉

5 13

⽉

5 14

⽉

5 15

⽉

5 16

⽉

5 17

⽉

5 18

5 19

⽇

⽇⽇⽇⽇⽇⽇

⽇

⽇

⽇

5 9

⽉

5 8

⽉
⽇
5 7

⽉
⽇
5 6

⽉⽇
5 5⽉
⽇
5 4

⽉
⽇
5 3

⽉
⽇
5 2⽉⽇
5 1

⽉⽇
4 19

⽉

4 20

⽉

4 21

⽉

4 22

⽉

4 23

⽉

4 24

⽉

4 25

⽉

4 26

⽉

4 27

⽉

4 28

⽉

4 294 30⽇⽇⽇⽇⽇⽇⽇⽇⽇⽇⽇⽇

⽉⽇
⽉10⽉

PubMed最新情報

2020年から大きく変化
2020年1月

現行版PubMedの試験運用

正式版のPubMed

従来版PubMed（10/31までは利用可能）
NCBI資料より ( https://go.usa.gov/xVcdT )新PubMedの目標• Modern cloud architecture• High-quality search• Fast• Reliable• Modern experience• Beloved
NCBI資料より ( https://go.usa.gov/xVcdT )https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=SARS-CoV-2

イラスト ©DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0

MeSHタームの活用

DBCLS 山本泰智

MeSH（Medical Subject Headings）
ターム• 概念階層関係を持つ統制語彙（語彙数は3万弱）で毎年更新される• MEDLINE収録の全文献に対しNational Library of Medicine(NLM) の専門スタッフおよび契約事業者がMeSHタームを用いた注釈付けを行う• 全員が生物医学関係の学士以上の学位を有す• PubMed検索時に利用することで効率良く目的の文献を見つけられる• MEDLINEの代表的な特徴• セマンティックウェブにおけるデータ表現、RDFによる配布も

2020新登場
300近く（ 1%）のMeSHタームが新たに追加される

Ambient Intelligence
Augmented Reality
Blockchain
Internet of Things
Internet-Based Intervention
Smart Glasses

削除されるターム群

2021年のMeSHは2020年10月頃に決定
現在はプレビュー版を閲覧できる

https://meshb-prev.nlm.nih.gov/searchhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/meshhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/?term=SARS-CoV-2

③④②
①

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/?term=coronavirus+infections

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?sort=date&term=%22Coronavirus+Infections%2Fdiagnosis%22%5BMajr%5D

MeSH on Demand

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

Europe PMC

https://europepmc.org/

https://beta.europepmc.org/Aboutキーワードが注釈付けされる

https://europepmc.org/article/PMC/PMC7471724

随時更新、オープン、フリー
文献で使われる略語を検索

inMeXes

文献で使われる英語表現を検索

引用情報の検索
文献中に登場する略語とその正式名称の組およびその付随情報を検索します。
生命科学系の文献に頻出する英語表現を、1文字の入力ごとに高速に再検索します。
ある論文が他の論文から引用されているとき、本文中ではどのような文脈で引用されているかについて、効率良く検索します。

Allie（アリー）https://allie.dbcls.jp/

danmachold生命科学分野の文献中には略語が多い• 研究者により自由に略語が生み出されている
発表文献数は増加中 (PubMedには2000報以上追加/日)• 多くの多義語・類義語が存在• 読み手に誤解と混乱を生じさせる

3000万件9万略語（出現頻度10以上）Year

http://tinyurl.com/allie-shortforms

2020生命科学系の略語を簡単に調べる方法はないか?

最新の略語と出典を含めて

💪Allieがお手伝いします!

Allie• 日本語訳があれば提示
reactive oxygen species / 活性酸素種, 反応性酸素生成物• よく使われる分野を提示、絞り込みも可能
Biochemistry / 生化学, 生物化学

• 出現文献情報を提示
ROS - (1980) Evidence for both oxygen and non-oxygen dependent
mechanisms of antibody sensitized target cell lysis by human monocytes.

• 同じ文献で使われている他の略語 (共起略語) も提示
ROS -SOD, NO, NAC, ...

https://allie.dbcls.jp/short/exact/Any/SPF.html

https://allie.dbcls.jp/pair/SPF;sun+protection+factor.html

計算機を用いて自動的に抽出

prime editing RNA - pegRNA

約3000万件
reactive oxygen species
ROS
high-performance liquid chromatography
FTIR
superoxide dismutase
SOD
PubMedに含まれる全文献情報を対象に抽出

約2480万ペア(unique: 419万)
http://tinyurl.com/allie-paircount
http://tinyurl.com/allie-paircount-unique発展的な利用• ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能• 毎週更新• ftp://ftp.dbcls.jp/allie• APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能• SOAP / REST / SPARQL• http://data.allie.dbcls.jp/

https://allie.dbcls.jp/
略語のアリー

検索動画チュートリアル(統合TV)

http://togotv.dbcls.jp/20171025.html

AllieデータベースへのSPARQL検索結果例
研究分野がVirologyである文献中に出現する略語
頻度

略語

展開形

対訳

16202 HIV-1

human immunodeficiency
virus type 1

ヒト免疫不全ウイルス1型

7736 RT

reverse transcriptase

逆転写酵素7583 RSV

respiratory syncytial virus(呼吸器に感染するニューモウイルス) RSウイルス, 呼吸器合胞体ウイルス, 呼吸器多核体ウイルス

7485 HSV

herpes simplex virus単純ヘルペスウイルス, 単純疱疹ウイルス

6748 HSV-1

herpes simplex virus type 1 単純ヘルペスウイルス1型

6181 HA

hemagglutinin

ヘマグルチニン, 血球凝集素, 赤血球凝集素5346 HCMV

human cytomegalovirus

ヒトサイトメガロウイルス

5136 ORFs

open reading frames(DNA上でタンパク質をコードする範囲) 翻訳領域, オープンリーディングフレーム, 読み取り枠, 読み枠

4272 VZV

varicella-zoster virus

水痘・帯状疱疹ウイルス, 水痘帯状疱疹ウイルス

3448 WNVWest Nile virus(蚊が媒介して脳炎や感冒様症状を起こす病原ウイルス) ウエストナイルウイルス, West Nileウイルス,
西ナイルウイルス
http://tinyurl.com/allie-virology

UniProtとの連合検索例

https://tinyurl.com/UniProt-Allie-APP

https://tinyurl.com/Allie-APP

SPARQL Query created by @jervenbolleman

inMeXes (インメクセズ)

inMeXes
https://docman.dbcls.jp/im/

英作文中に出くわす悩み• is associated に続く前置詞は何だったっけ？
• リン酸化に対応する英単語、phosの続きは？
• associated with を修飾する副詞、文献でよく使われているものは？
• thermodynamic parameters には the が付くことが多い？
付いている場合の実際の文章は？

• unknownと同じような使われ方をするほかの単語は？

is associated ...

💪inMeXesがお手伝いします!

inMeXes• 高速
PubMedに含まれる全ての題目、要旨中の表現を高速に検索• 軽快
3文字以上入力すると、キーを叩く毎に検索結果を表示• 便利
結果は頻度順、気になる表現をクリックすると関連情報を表示

関連情報例: PubMedアブス
トラクト中の表現

https://tinyurl.com/highlyCorrelatedWith

同様の使われ方をする単語を調べる
例: unknownと同じ様に使われているほかの単語を調べる

https://tinyurl.com/unknownRelated

やや高度な使い方:
正規表現フィルタ

https://tinyurl.com/correlatedAdverb

発展的な利用• API (JSONP) による検索が可能• ご自身のブログやホームページに検索サービスを埋め込めます• API Keyなどの認証は不要• 詳細は https://docman.dbcls.jp/im/api.html

https://docman.dbcls.jp/im/
インメクセズ検索動画チュートリアル(統合TV)

https://togotv.dbcls.jp/20180126.html

Colil (コリル)

http://colil.dbcls.jp/

ある文献に関する第三者からの視点• ある文献について、当該文献の著者ではない研究者による評価はどうだろう?

• ある文献について、共によく引用されている文献はあるだ
ろうか?

• 引用したい文献について、特に英語での適切な記述例はないだろうか?

💪Colilがお手伝いします!

Colil(Comments on literature in literature)• 特定の論文について、その引用記述を検索します• 特定の論文について、他の論文から共に引用されている論文を表示します• 引用記述抽出対象はPMIDを持つPMC OA（Open Access）サブセットです(約245万件、PubMed全体の8.2%程、PMC OAサブセット全体の約85%)• 約1185万件のPMID付き文献がPMC OAサブセットから引用されています(PubMed全体の1/3強)• 現バージョンは2020年8月時点取得時のものです引用される論文A

論文Aの関連論文群

Colilは論文AのPubMed IDを入力として関連論文や引用文を出力する

論文Aを引用する論文から引用される論文群

イラスト © 2016 DBCLS
TogoTV / CC-BY-4.0

論文Aを引用する関連論文群

PubMed IDかPubMed検索
語を入力① PubMed ID
あるいは② PubMed検索語

http://colil.dbcls.jp/browse/papers/23193287/1/20/yearこの論文を引用している著者は、これらの論文も併せて引用しています。

http://colil.dbcls.jp/browse/papers/16904174/1/20/year発展的な使い方• ftpでデータベースのダウンロードが無料で可能• APIにより利用者の開発したプログラムから検索可能• REST / SPARQL• http://colil.dbcls.jp/

http://colil.dbcls.jp/
COLIL

検索

動画チュートリアル(統合TV)

http://togotv.dbcls.jp/20150207.html

Questions?
yy@dbcls.rois.ac.jp@yayamamo

DBCLS 山本泰智