特定非営利活動法人

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター
学会ホームページ

http://www.jsbi.org/

C

O

巻頭言

N

T

E

1

N

第35号

E-mail:jimu@mail.jsbi.org

TS

リレー紹介：日本のバイオインフォマティクス研究室

21

特集「データの再現性・信頼性とその向上に向けた取り組み」
 2

学会からのお知らせ22

Oxford Journals-JSBi Prize受賞報告

8

学会議事録等

24

年会開催報告9

学会の現況

27

国際会議参加報告

10

編集後記

28

地域部会・公募研究会の活動報告

14

巻

頭

オープンイノベーションに向けたデータ共有とバイオイン
フォマティクスの発展

言一方ですべてのデータがそのように使いやすく整備されバイオインフォマティクスと一口に言っても、その研究内ているわけでなく、公開され容や応用範囲は幅広く計算機科学や数理科学をベースとするていてもライセンス形態が明

理論的な研究から、実験研究者との共同作業による生命現象

確ではなく再利用や再配布がの理解など様々である。その中で最も基盤となるものの一つ

可能か不明なものも残っていがデータである。ビッグデータ時代となり、ゲノムデータはる。また、データの意味解釈

もとより多様なオミクスデータが産出され、データベースもや他のデータベースとの突き整備されている。それらを利用した大規模データ解析の技術

合わせが依然困難な状況も多基盤としてもバイオインフォマティクスの重要性はますますく残されている。むしろ、そういう状況の方が多く残されて大きくなっている。

いると言ってもいいかもしれない。さらに公的資金によるサ

公的資金により産出する大規模データや論文執筆の基礎とポートを受けた研究であっても、分野によっては産出したなる研究データの多くは資金提供機関や出版社などの協力もデータを全く公開しないもの、コンソーシアムなどのグルーありオープンデータとして誰でも利用できるようにすること

プ内でのみ公開するものもある。

が基本になりつつある。また、リンクトデータなどの枠組み

このような状況の中で、データマネジメントプランの提出で提供されるデータも増えつつあり、データの意味解釈や他を申請時に義務付ける資金提供機関や研究データの整備を始のデータベースとの突き合わせを容易にし、よりデータを再めている大学も増えてきているが、実際にどのようにデータ

利用しやすくするための仕組みも整備されてきた。その結果、を管理すればよいか、すべて公開する必要があるか、公開すデータ管理者、データ科学者、アプリケーション開発者の生るにしてもどのような形で公開するべきかが分からないとい

産性が向上してきた。例えばUniProtではデータベース管理

う研究者も多い。自分が出したデータを他の研究者に使われコストの大幅削減につなげているし、著者が所属するデータたくない、他の研究者が興味を持つ訳がないという意識や、

ベースセンターではアプリケーション開発を容易にするミド産業に直接関わるデータを海外勢に使われると国益を損なう

ルウェアなどを提供している。

という考えもある。国の予算によるプロジェクトに企業が手No.35（April, 2019）1

弁当で参画することもあり、そこから産出されるデータの扱
いも状況を難しくしている。

いずれにせよ、データを生産する人、整備する人、利用する人の意識を合わせることが重要であり、資金提供機関や出これらの課題は、技術的解決が必要なものと研究者の意識版社も巻き込んださらなる制度整備が重要である。この問題

改革など社会的解決が必要なものが絡み合っているが、デーは10年以上前からずっと議論されてきていることでもあるとタ共有が重要なデータサイエンス、オープンサイエンスを推思うが、バイオインフォマティクスのさらなる発展のために進する上では、ともに解決しなければならない課題である。

も、データベース整備の一端を担うものとして、データに関前者に関してはバイオインフォマティクス研究としてもデー

わる様々なプレイヤーの橋渡し役の重要性と幅広い共有方法

タベースセンターなどを中心として進められている。後者にを検討する必要性を改めて感じている。

関してはデータを提供したくなるような制度面も含めて整備する必要があるかもしれない。例えば、プラットフォーマー

情報・システム研究機構などが集めている個人の購買履歴やウェブアクセス履歴など

データサイエンス共同利用基盤施設の情報を個人に帰属させつつ情報銀行などで流通させる動き

ライフサイエンス統合データベースセンターがあり、バイオの分野でも同様の広がりがあってもいいのか

五斗進もしれない。

特集「データの再現性・信頼性とその向上に向けた取り組み」“Reproducibility”をめぐる科学界の侃々諤々
河口 理紗（産業技術総合研究所 人工知能研究センター 機械学習研究チーム 日本学術振興会 特別研究員（PD））

2－－もしあなたが生まれたばかりの赤ん坊の頃に時間が巻改めて、再現性という言葉の意味を考えてみますと、英語

き戻ってしまったとしたら−−あなたは今と同じ人生を歩む

でこれに対応する単語は一つではなく、Reproducibility、でしょうか？もしあなたが例えば他の国の、まったく違う環

Replicability、Repeatabilityなどがあります。それぞれ一般

境に生まれていたら、果たしてそれは今のあなたと同一と言に再現性、反復可能性、繰り返し性などと訳され、達成の難えるでしょうか？

易度としてはRepeatability < Reproducibility < Replicability

この問いにおける「あなた」を「細胞」にそっくり入れ替として利用する傾向が高いように感じますが、実はこれらのえたとき、それは心理学の分野に端を発し現在生命科学の分

言 葉 の 定 義 は 未 だ 統 一 さ れ て い な い た め、 一 例 と し て野でも大きな問題となっている、研究の「再現性」を問うこ

Neuroinformaticsの記事[3]中で紹介されたテーブルを図1にとに他ならないのではないでしょうか。近年の科学研究にお示しました。簡易的ではありますが定義の多様性があること

いては、高度な技術による大規模な計測と解析技術の発展にと、特にコンピュータを用いた解析を要する分野では、実験より、目覚ましい進展が生まれる一方で、その複雑さによるに用いるソフトウェアと環境・データが同一かどうかの間で再現性の低下が深刻な問題となってきました。ある試算では大きな線引きが行われていることがわかります。

USの約半数の前臨床研究で、金額にして一年で280億ドルも各分野ごとにこれらの定義や表記方法に関する議論が必要の膨大な研究費が再現性のない研究に費やされているとの報な一方で、少なくともすべての再現性のレイヤーにおいて重告もあり[1]、今後の科学の発展の妨げにもなりかねない重大要となる、解析環境を管理、統一、自動化するための取り組

な課題となっています。

みがバイオインフォマティクスの分野で行われていることさらに再現性に関する研究者の実感は分野によっても大きは、多くの方がご存知のことと思います。例えばDockerやく異なり、特に細胞や生物を扱う生命科学の分野では、物理

Virtual Machineを利用した仮想化やクラウドなどを利用しや化学の分野と比較して研究者自身の自信が低い傾向が見らて環境を揃えること、そしてBioconda、Galaxy、Common

れます[2]。当然再現性の担保や再現実験にはコストがかかる

Workflow Languageといった、ソフトウェアのインストー

わけですが、これも分野によって異なることから、研究倫理

ルから実行結果までを規格化していくための様々な枠組みのの問題と同様に、生命科学の分野として満たすべき再現性の組み合わせなどが推奨されています[4]。このときにはコード基準を考える必要があります。

がオープンソースかどうかも重要になってきます。一般的なNo.35（April, 2019）

遺伝子発現の定量などでは、例えば日本製ではMaserや最近

り、個人個人でこの”Preproducibility” の問題を改善していではBioJupiesなど、データを与えるだけでユーザーの恣意

くことが、再現性問題を解決していくための、そして他者に性なしに結果の図の出力を自動的に行うパイプラインを利用も自身にも有用な科学への貢献の近道となるのでは、と期待することで、他のグループにとっても再現性の高い解析となしています。

ることが期待されます。この辺りの問題はぜひ実際に取り組

参考文献［1］Freedman LP., et al. “The Economics ofんでいる方に、また個別にいろいろと語っていただきたいと

Reproducibility in Preclinical Research “, PLOS Biol.

ころです。

（2015）.

最後に、再現性の向上に重要な点として、現状では実験を［2］

M.Baker. “1,500 scientists lift the lid on追試できるほど十分な記述が論文でなされていないという指reproducibility”, Nature News（2016）.

摘があります[5]。もし実験のプロトコルが料理のレシピであ［3］
 Plesser HE. “Reproducibility vs. Replicability: A

れば、小麦粉のメーカーの情報は不要でも焼く時間や温度のBrief History of a Confused Terminology”, Front. in

情報は必要とされますが、現状論文誌ではページ数の制限にNeuroinfo.（2018）.

よって情報すべてを記載することは難しくなっています。そ［4］Grüning B, et al. “Practical Computationalの 場 合 例 え ば 実 験 プ ロ ト コ ル の 共 有 で は、Protocol

Reproducibility in the Life Sciences”, Cell Systems

Exchangeやprotocols.ioといった外部システムを利用するこ（2018）.

とで、論文との紐付けを行うことができます。Starkは科学［5］Stark PB. “Before reproducibility must comeにおいては “TRUST ME” ではなく “SHOW ME” の精神でpreproducibility”, Nature.（2018）

明確な情報をもとに議論を行うべきということを強調しておゲノム科学研究とそのデータ解析の再現性
二階堂

愛（理研BDR・筑波大学院）

ゲノム科学、特にDNAシーケンスデータ解析は複雑であ然科学から逸脱する。

る。これは、多数のプログラムとデータベース（DB）を複

我々の研究室では、「複雑なワークフローによるデータ解

雑なワークフローとして組み合せて実行するためだ。しかも、析の再現性」を担保するために、DevOps技術を取り入れてそれらのプログラムとDBの多くは、他人が作ったものであいる。まず、各ソフトウェアのセットアップ手順が書き下さる。各プログラムやDBは更新され異なるバージョンが存在れたdockerfileやChef recipeを作成する。これらはgithubでする。プログラムは多くの実行パラメータを持ち、それによっ

ソースコードと同様に管理することで、バージョン履歴が管て解析結果が異なる。

理されている。またJenkinsによる継続的インテグレーショ

このような背景から、同じデータセットでもあっても、デーンにより、ソフトウェアの日々動作が確認される。これによタ解析結果を再現するが困難になりつつある。これに立ち向

りソフトウェアが実行可能な形で管理され、実行の再現性がかい解決せねば、ゲノム科学研究のデータ解析は、早晩、自担保される。コンテナ仮想化されたプログラムは、ユーザがNo.35（April, 2019）3

意識することなく、ラボ内のPCクラスタに通常のジョブとして、ジョブ管理システムで分散実行できる。

現在、ゲノム科学のトップジャーナルでは、supplement
dataとして動的レポート生成システムで出力されたレポート

今後の課題のひとつは、ワークフローの管理である。実際を添付することが多くなってきた。また解析ツールをコンテにどのようなパラメータで、どのような順序で実行したのか

ナ仮想イメージで配布する例も増えている。今後は、これらを管理せねば、解析結果の再現性を担保できない。現在、ワーを使いこなし、解析の再現性に心を配らなければ、論文とし

クフロー言語やそのエンジンが乱立しているが、我々もて認められない時代が迫ってきており、必須のスキルとなる

CWLやLuigi, Nextflowなどをテストしている。もうひとつだろう。また解析再現性にばかり心を砕き属人的に解決しよの課題は、RやPythonなどで対話的に探索的にデータ解析すうとするではなく、テクノロジーを最大限に活用して解決する場合の再現性の担保である。これらはJupyter Notebook

ることで研究に集中できれば、研究生産性の向上に直結する

やR Markdownのような動的レポート生成システムを利用すだろう。

ることで解決しようと試みている。

データ解析を再現するために必要な情報を実行可能な形式で記述する
大田 達郎（情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター）

4

2015年に大きな話題となった心理学研究の実験結果の再現が行われる環境についての情報である。ソフトウェアが実行性に関する報告［1］以後、”Research reproducibility” は分野される計算機の情報、すなわちOS情報や、CPUやメモリ量を問わず、オープンサイエンスの文脈と共に頻繁に言及されなどのリソース情報、
ハードウェアの情報がこれに該当する。

ている。バイオインフォマティクス分野では、Sandveらによるバイオインフォマティクスに限らず、データ解析あるいは“Ten Simple Rules for Reproducible Computational

新規アルゴリズムの開発の過程は試行錯誤の連続である。こResearch”（2013）［2］や、Goble による ISMB/ECCB 2013

れらの作業と並行して、解析の再現性のために必要な情報をKeynote［3］においてデータ解析の再現性について議論され漏れなく記述することは容易ではない。さらに、複数のソフており、いずれもデータ解析で使用したデータとコードを再トウェアを組み合わせて利用する、すなわちワークフローを利用可能な形で公開することの重要性を指摘している。2019

構築して解析を行う場合には、ソフトウェア間の入出力の依年現在、一次データおよび使用したプログラムの公開と共有存関係も記述しなければならない。
そこで、データ解析やツーを行う研究プロジェクトは以前よりも増えているが、全てのル開発を効率化し、かつデータ解析の再現性を高めるために、

プロジェクトにおいてデータ解析が完全に再現できると言えデータ解析の情報を記述するためのフレームワークの開発、る状況ではない。その理由の1つとして、公開された情報が、利用が進んでいる。

完全に同一な手順でデータ解析を反復するために充分でない

まず挙げられるのが Docker［4］を始めとするコンテナ仮ことが挙げられる。そこで本稿では、データ解析の再現に必想化技術である。コンテナ仮想化によってソフトウェアを実要な情報と、それを記述するためのフレームワークについて

行環境ごとパッケージングすることで、ソフトウェアの可搬紹介する。

性が格段に向上した。また、Docker における Dockerfile の計算機を用いたデータ解析についての記述の対象は主に4仕組みを使うことにより、ソフトウェアの依存するパッケー

つある（図1）。1つ目は、処理を行う実体であるソフトウェ

ジおよびインストール手順を記述し、コンテナをビルドする

アである。ソフトウェアの名称やバージョンはもちろん、入ことができる。しかし、依存するパッケージのバージョンの手方法、ソースコードからビルドして利用する場合には、同違いなどの要因で、Dockerfileでも完全に同一のイメージを一のバイナリが得られるよう、ビルド環境の情報も含まれる

ビルドすることは保証されない。そのため、依存パッケージべきである。2つ目は、ソフトウェアの実行に際して与えらの情報を含めビルドを固定する GNU Guix のようなプロれる入力である。入力データファイルの他、実行時に与えらジェクトも開発が進んでいる。BioContainers［5］などのコれるパラメータなどの引数が挙げられる。公共のリファレン

ンテナイメージを共有するプロジェクトでは、頻繁に利用さスデータやデータベース、外部サービスのAPIなどに依存すれるソフトウェアが既にコンテナ化され、利用可能なこともる場合にはそれらの情報も記述する必要がある。3つ目は、多い。そのため、異なるプロジェクトによる共通のコンテナ

ソフトウェアの実行によって得られる出力の情報である。解イメージの利用も進んでいる。

析の再現性を評価するためには、解析結果のファイルも提供

また、データ解析の記述手法として、ワークフロー管理フ

されなければならない。また、処理の過程の同一性を評価す

レームワークの利用が挙げられる。複数のソフトウェアを組るためには実行ログも必要である。4つ目は、これらの解析み合わせたデータ解析ワークフローの構築、管理、実行を容No.35（April, 2019）

易にするため、多くのフレームワークが開発されている［6］。

ソフトウェアの可搬性が高まったとはいえ、GPUのような

これらは特に大規模な塩基配列データの解析を必要とする分

特殊なハードウェアに依存した実装を用いる解析の再現は環野において利用されることが多い。いずれのフレームワーク

境によっては不可能である。商用ソフトウェア・商用データにおいても、ソフトウェアの実行コマンドと入出力を指定す

ベースを用いた解析に至っては、第三者による実行が不可能

るツール定義と、ツールの入出力の依存関係を含むワークフとなる。そのため、データ解析手法の共有にあたっては、既ロー定義を記述することが一般的である。そのため、これらに述べた解析手順の記述だけでなく、記述された解析の手順を用いてソフトウェアの実行と入出力についての情報を記述が第三者によって実行されたとき、どの程度の厳密さで再現することにより、データ解析の情報を実行可能な形式で共有されることが期待されるか、を明示することが重要であるとすることができる。

考えられる。すなわち、解析手順に同一の入力を与えた際、ワークフロー管理フレームワークをワークフロー記述の生物学的な解釈が一致すれば再現したと言ってよいのか、あファイル形式によって2種類の型に分類される。1つはプログ

るいは出力ファイルのハッシュ値が一致することを求めるの

ラミング言語のように記述できるDSL型で、Nextflow［7］,か、を解析者は意識する必要がある。

Snakemake［8］, Workflow Description Language（WDL）［9］

本稿で取り上げたフレームワークは科学研究の透明性向上などがこれに該当する。もう1つはマークアップ言語のようだけでなく、エンジニアリングの生産性向上にも大きく寄与にツールやワークフローの定義をデータとして記述する構造する。例えば、コンテナ仮想化を導入することで、環境構築

化 デ ー タ 型 で、Galaxy［10］ や Common Workflow

で問題が起こらなくなる、依存関係を切り離すことでデバッ

Language（CWL）［11］がこれに該当する。DSL型は柔軟なグが容易になる、テストが楽になる、実装の配布が容易にな記述が可能な一方で、それぞれ独自の文法を習得する必要がる、など数多くのメリットがある。東大医科研、遺伝研、東あることから、人数が限られたグループ内でのワークフロー

工大など国内の大型計算機環境でもコンテナ利用のための整の共有と、生産性を向上することに長けている。一方の構造備が進められており、今後さらに利用が拡大されることが見

化データ型の記述形式では、複雑な処理の記述が難しくなる

込まれるため、まだ試したことのない方は是非試してみてほ傾向があるが、機械可読であり、他の形式とのインポート・

しい。筆者が Co-chair を務めるオープンソースコミュニティ

エクスポートの実装が容易である。そのため、構造化データ

Pitagora Network［15］では、コンテナやワークフロー管理型に分類される CWL は、複数のワークフロー実行エンジン

システムを始めとしたデータ解析のためのインフラ技術の情間でワークフローを共有するための記述形式として開発と利報共有、共同開発のための Meetup イベントを毎月都内で用が進んでいる。

開催している。また、より低レイヤーなハードウェア周辺のコンテナ仮想化とワークフロー管理フレームワークによっ

勉強会も都内または関西地区で定期的に開催されている。どて前述の4つの記述対象はおよそカバーされる。しかし、こちらも参加自由なので、興味のある方は twitter @iNut まで

れらのワークフローを実行する計算機環境の情報、すなわち連絡して頂けると幸いである。

ハードウェアの情報や実行に要した時間、要した計算機リ

Reference

ソース量についての記述が欠けている。そのため、筆者は

1 ．O p e n S c i e n c e C o l l a b o r a t i o n . “ E s t i m a t i n g t h e

CWLによって記述されたワークフローを対象に実行環境のreproducibility of psychological science.” Science

情報、消費リソース量などをワークフローの構造と共に記述

349.6251（2015）: aac4716.

するためのフレームワーク CWL-metrics を開発している［12］。

2 ．S andve, Geir Kjetil, et al. “Ten simple rules for

同じく CWL の実行ログを構造化して管理するプロジェクト

reproducible computational research.” PLoSCWLProv［13］と共に、ワークフローを再実行する際に必computational biology 9.10（2013）: e1003285.

要となる計算機環境の選択が容易になることが期待される。

3 ．Goble, Carole. “Results may vary: reproducibility, open

コンテナ仮想化技術とワークフロー管理フレームワークを

science and all that jazz.” Proceedings of the 3rd

組み合わせることで、異なる解析者による、異なる計算機環

International Conference on Linked Science-Volume

境におけるデータ解析の再現が現実的となった。しかし、そ1116. CEUR-WS. org, 2013.

れでも同一の入力から全く同一の出力結果が得られることが4 ．Merkel, Dirk. “Docker: lightweight linux containers for

期待できないケースがある。例えば、乱数を用いたアルゴリ

consistent development and deployment.” Linux

ズムを含むソフトウェアでは、シード値を固定しなければ異Journal 2014.239（2014）: 2.

なる結果が出力されるし、BLAST［14］のように外部デー

5 ．da Veiga Leprevost, Felipe, et al. “BioContainers: an

タベースに依存するソフトウェアの出力結果は、入力が同じ

open-source and community-driven framework for

でも問い合わせ先のデータベースのエントリが更新されるこ

software standardization.” Bioinformatics 33.16（2017）:とで出力結果は変化する。さらに、コンテナ仮想化によって2580-2582.
No.35（April, 2019）5

6 ．h ttps://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/wiki/Existing-Workflowsystems

11．Amstutz, P., et al. “Common workflow language, v1. 0.
figshare. 2016.”
12．Ohta, T., et al. “Accumulating computational resource

7 ．D i T o m m a s o , P a o l o , e t a l . “ N e x t f l o w e n a b l e s

usage of genomic data analysis workflow to optimize

reproducible computational workflows.” Naturecloud computing instance selection.” bioRxiv（2018）:

biotechnology 35.4（2017）:316.

456756.

8 ．Köster, Johannes, and Sven Rahmann. “Snakemake—a

13．K h a n , F . Z . , e t a l . “ C W L P r o v - I n t e r o p e r a b l escalable bioinformatics workflow engine.”

Retrospective Provenance capture and its challenges.”

Bioinformatics 28.19（2012）:2520-2522.

preparation. Zenodo preprint: https://doi. org/10.5281/

h ttps://software.broadinstitute.org/wdl/

zenodo 1215611（2018）.

9

10．Afgan, Enis, et al. “The Galaxy platform for accessible,

14．A ltschul, Stephen F., et al. “Basic local alignment

reproducible and collaborative biomedical analyses:

search tool.” Journal of molecular biology 215.3（1990）:

2018 update.” Nucleic acids research 46.W1（2018）:

403-410.

W537-W544.

15．http://pitagora-network.org

図1：データ解析を再現するために記述する4つのコンポーネント

6No.35（April, 2019）つくるよ！ロボット実験センター！
神田

元紀（理化学研究所）

ロボット実験センターのプロトタイピングラボを作ることになりました。

や、試料・試薬・プラスチック消耗品などを品質管理するしくみの整備が必要です。ロボット系では、実験ロボット間のロボット実験センターは数百台から数千台の実験用ロボッ

試料を運搬するロボットの開発は当然のこととして、種類のトを一ヶ所に集めた施設。開設により生命科学実験のやり方

違うロボットを一度に動かすプロトコルの書き方も確立しなが大きく変わります。研究者は手元のPCでやりたい実験の

いといけない。情報系でいえば、全てのロボットや測定機械

プロトコルを作り、センターに送ります。送られたプロトコのデータをきちんと吸い上げるフローの整備や、実験プロト

ルは最も効率よく実験が遂行されるようロボットに自動で割コル・実験結果・ロボットのログ・カメラの映像などの関連り当てられ、実行されます。実験結果はインターネット経由

情報をうまく紐づける機構の開発といったところ。

で研究者の手元に戻る、と。わかる人には、生命科学実験版

研究や開発と関係なさそうなところにもやることはたくさのAWS、と言うと話が早いかも。大型機器を買う必要も手ん。物理的にどの位置にどのロボットやサンプルラックを置元で管理する必要もなくなります。そもそもラボに行かなくくのかを決める図面引きや、サンプルの搬入出のロジ整備、てもいいので、子育てや介護などのライフイベントと研究のコンセプトをきちんと伝える様々な素材の制作は避けられま

両立も今よりはカンタンに。さらに、再現性や研究不正といっせん。そうそう、たくさんの企業や研究機関が参画するため、た悩みから解放される可能性も。論文投稿の際にはセンター

知財管理も一工夫必要です。

に送ったプロトコル実物を添付することで、論文をダウン

いわゆる一般的な研究開発ではあまり触らない項目も多ロードした読者も全く同じプロトコルによる実験ができ、こく、さまざまな方々の専門をちょっとずつお借りしながら進れまで有効な防止策のなかった研究上のインチキを一掃するめています。プロトタイピングラボに興味がある！この部分

手助けになるでしょう。

なら手伝えるかも！などあればぜひぜひこっそり教えてくだ…という輝かしい未来は順調にいっても十数年は先になりさい。特にバイオインフォマティクスや人工知能分野で当たそう。その前段階として、まずはこの先のおよそ5年で、10り前にやられていることを再開発するのは避けたい。読者の台程度のロボット・分注機・解析機やそれらをつなぐ搬送用

みなさまと協働できれば、さらに面白い研究開発ができそう

ロボットをひとつの部屋にまとめたプロトタイピングラボをな予感もかなりしています。ともかく今はいろいろな人の意

整備します。プロトタイピングラボとはいえ、開発課題は山見を聞きたい段階。この文章を見た人と何かの縁ができる、のようにあります。ざっくり挙げてみても、例えば実験系のなんてことがあったら、控えめに言って最高です！

項目だと、どの実験ができてどの実験ができないのかの検証

No.35（April, 2019）7

Oxford Journals-JSBi Prize受賞報告岩崎

渉（東京大学大学院理学系研究科）

このたび、日本バイオインフォマティクス学会の若手研究8

るように感じています。

者賞にあたるOxford Journals – JSBi Prizeを、研究題目「生今年2019年は、平成の次の時代を迎えるとともに、JSBi設

物進化・生態のバイオインフォマティクス」にて受賞させて立20周年の年でもあります。この節目に、これまでの一連のいただきました。具体的な研究の内容については昨年の年会

流れを学会として振り返るとともに、バイオインフォマティで行われた授賞式で紹介させていただきましたので、ここでクスとはどのような学問なのか、バイオインフォマティクス

は所感を記したいと思います。

はどこへ向かうのか、改めて考え直すことも大事なことでは

今回は、平成最後の同賞の授与にあたることになりました。

ないか、と思っています。そしてその中で私個人としては、

そこで平成という時代を振り返ってみると、これはまさに「バ

生物学者が「できない」こと（あるいは「理解できない」こイオインフォマティクスの時代」でもあったのではないかとと）としてのバイオインフォマティクスを越えて、生物学者

思います。ヒトゲノムプロジェクトが開始されるとともに、が「想像できない」ビジョンをバイオインフォマティクスが第1回のGIWが東京の機械振興会館で開催されたのが平成のより強く示していかなければならないという意識を持ってい

はじめの出来事でした。1993年（平成5年）には国際会議ます。もちろん、生物学者が「できない」こととしてのバイ

ISMBが 始 ま り、1997年（平 成9年） に 国 際 情 報 生 物 学 会

オインフォマティクスには大きな重要性とニーズがあり、こISCBが設立されました。1999年（平成11年）にはJSBiが設立。

れは、多くの生物学のプロジェクトの一部でバイオインフォ

平成のちょうど真ん中の2003年（平成15年）に、ヒトゲノム

マティクスが必須の役割を果たしていることにもあらわれてのコンプリート配列の解読が発表されました。ポストゲノム

います。しかしながら一方で、膨大なデータこそが重要であ時代の期待感と緊張感の空気の中で、2005年（平成17年）にるという近年の情報技術発展のトレンドはデータを体系的に

454 Life Sciences社によりGS20シーケンサーが発売され、い取得していくことの重要性を改めて示唆しており、バイオイ

わゆるNGS時代が幕を開けました。そこからは、想像もしてンフォマティクスが先導的な役割を果たして行くことの必要いなかったようなデータの増大にバイオインフォマティクス

性も改めて浮かび上がってきているように思えます。そしてが “巻き込まれてきた” という印象も強いように思います。

そうした段階において、バイオインフォマティクスのための

平成最初の10年と中盤の10年はそれぞれ、バイオインフォマ

中心的なコミュニティ、すなわちJSBiの “ポスト平成” におティクスにとって青年期と壮年期にあたり、一方で平成最後

ける新たな存在意義も立ち上がってくるのだろうと思います。

の10年間は不惑に至るかと思えばそうではなく、ある意味で最後になりましたが、改めて推薦いただいた先生、選考委

また最初の10年のような状況に戻った時代だった、とも言え員会の先生方をはじめ、関係の先生方に深く感謝申し上げます。

No.35（April, 2019）2018年年会・第7回生命医薬情報学連合大会開催報告
幹事荒川和晴（慶應義塾大学先端生命科学研究所）

本年度の年会は9月19日から21日まで、山形県鶴岡市の荘子合成技術を用いた画期的スクリーニング手法及びその応用

銀タクト鶴岡及び鶴岡アートフォーラムにて開催されまし

研究についてご講演いただきました。いずれもヒトの医療をた。生命医薬情報学連合大会は 2012 年から、生命情報科学

含めたターゲットに、最先端の分子生物学・網羅的測定・超研究及び生命科学・医学、薬学研究の発展のために、日本バ

並列シーケンシングなどを活用していますが、そのデータ解

イオインフォマティクス学会、情報計算化学生物学会、日本

析だけでなく、実験計画にも情報科学が不可分な研究であり、オミックス医療学会の共催で開催されてきました。しかし、フロアからの議論も大変に盛り上がったのが印象的でした。

本年度は情報計算化学生物学会が協賛から外れ後援となり、連合大会として日本オミックス医療学会との連携にも力をまた鶴岡への空路でのアクセスが羽田のみの1日4便に限定さ

入れ、AIのゲノム・オミックス医療への展開を議論した合れるなど、地方での開催にあたっては少なからず不安な面が同シンポジウムや、シングルセル解析をテーマにした企画ありましたが、最終的に385名の方にご参加いただきおかげ

セッションをご提案いただきました。また、例年好評である

さまで盛会となりました。これはひとえに、プログラム委員

BoFセッションは6企画をJSBi会員よりご提案いただき、メをはじめとする運営に関わってくださった皆様、会のスポン

タゲノム、質量情報、医療情報などといった応用分野だけでサーとなってくださったさまざまな企業・団体の皆様、全面なく、コアな要素技術としてオープンなソフトウェアプラッ

的にバックアップをいただいた鶴岡市、そして鶴岡まで足をトフォームやゲノムグラフの応用について、そしてバイオイ

運んでくださった参加者皆様のおかげであります。この場をンフォマティクスへの情報科学からのインプットなど、おか借りて厚く御礼申し上げます。

げさまで全体的にバランスの良いプログラムとなりました。

21世紀に入り生命科学がデータ駆動型の科学へと変貌を続

今回慣例となってしまいがちな演題募集締切の延長を一切せける中で、バイオインフォマティクス、そしてバイオインフォ

ずに厳密に期限を適用させていただきましたが、一般演題とマティクス関連人材の需要や役割は高まり多様化しているもしては例年を大きく上回る37件の口頭発表演題の登録があのの、単体としてのバイオインフォマティクスそのもの位置

り、ここからプログラム委員の選考によって24件の演題を採づけは難しい側面があります。これは分子生物学が広がった

択させていただきました。また、ポスター演題として96件の流れにも似ていて、今や生態学や分類学などにおいてもPCR

応募があり、こちらも熱のこもった議論が展開されておりまや分子的アスペクトなしに研究が成り立たないほど分子生物した。最終的に、優秀口頭発表賞1件、優秀ポスター発表賞6

学は生命科学とほぼ同義にすらなりつつありますが、単体と件をプログラム委員による選考の上表彰いたしました。5件

して何かに応用するのでない分子生物学とは何か、という命のスポンサードセッション及び2件のランチョンセミナーも題が難解であることに類するでしょう。実際、現在情報学的最大で4会場のパラレルセッションとなる中で、各部屋でそ

アスペクトのない生命科学研究はほぼないほどにバイオイン

れぞれ十分な参加者がおり、また活発な議論があったことがフォマティクスは既に浸透している時代ですが、一方で日本印象的でした。ご協賛・演題後登録いただいた皆様方にあら分子生物学会は会員数1万人を超える巨大学会へと発展し、ためて御礼申し上げます。

日本バイオインフォマティクス学会の会員数は数百人で横ば最終日の公開企画としてバイオインフォマティクスの未来

いの状況かと思います。学会として何を重視していくか、どへの広がりを、学会の枠組みを超えて広く柔軟に議論するたのくらいの規模を狙うのか、はポリシーによるものであってめ、『攻殻機動隊S.A.C.』シリーズなど多くの大人気作品の決して優劣はありません。しかし、少なくとも本年会においアニメーション映画監督である神山健治監督をお招きいたしてはバイオインフォマティクスそのものよりも、バイオイン

ました。こちらは最後まで残っていただいた多くの参加者のフォマティクスが広がりゆきつつある生命科学の方に焦点を皆様に加え多数の市民の参加もあり、テクノロジーの未来にあてて企画しました。

ついて夢を広げる示唆に富む対談や議論が展開されました。

プレナリー講演では鶴岡の慶應義塾大学先端生命科学研究参加者にとっても、市民の皆様にとっても、バイオインフォ

所のコアテクノロジーであるメタボローム解析をはじめとす

マティクスの未来を展望する上で刺激的な企画になったのでるオミクス解析技術を用いた がんの代謝研究について曽我教はないかと思います。

授にお話いただきました。また、基調講演にはカリフォルニ

本大会では発展し続ける鶴岡市及び慶應義塾大学先端生命ア大学ロサンゼルス校のKosuri博士をお招きし、大規模遺伝科学研究所の最新状況をご覧いただく機会としても、昨年竣No.35（April, 2019）9

成したばかりの荘銀タクト鶴岡（鶴岡市文化会館）をメイン

う良い効果もあったように思います。駅や空港での歓迎フ会場とし、鶴岡サイエンスパーク内で慶應義塾大学先端生命

ラッグから、懇親会に至るまで随所で鶴岡市にも全面的に本科学研究所に隣接し、奇しくも本大会初日がグランドオープ会のバックアップをいただきましたが、これをきっかけとしン日となった新ホテル スイデンテラスを推奨ホテルとしてて皆様の心に鶴岡が印象として残り、再来のきっかけになり設定させていただきました。新しい施設のため運営委員としましたら幸甚です。

ても勝手がわからず至らない点も多々あったかと思います

最後に、慶應義塾大学先端生命科学研究所のスタッフ・学が、鶴岡市の旧市街・文化的中心地での学会開催となり、こ生の皆様には多大な協力をいただきました。また、素晴らし

れが少しでも鶴岡市の魅力をご堪能いただくきっかけになっい発表をしてくださった招待講演の先生方をはじめ、すべてたことを願います。ホテルと会場が少し離れていたために送の発表者・スポンサーの皆様に、この場を借りて、重ねてお迎バスを運行し、皆様にはご不便もおかけいたしましたが、礼申し上げます。

結果的に毎朝最初のセッションから各会場が盛況になるとい国際会議参加報告
SMBE2018松波

雅俊（琉球大学医学研究科先進ゲノム検査医学講座）

Society of Molecular Biology and Evolution（SMBE）は、

10

えるシンポジウムと例年通り盛りだくさんでした。

Walter M. Fitch博士と根井正利博士によって創設され、分私自身は、分子進化学・ゲノム進化学で学位を取得したと子進化学の国際組織としてMolecular Biology and Evolution

いう経緯もあり、大学院生の頃はほぼ毎年参加していたので（MBE）, Genome Biology and Evolution（GBE）の2つの国

すが、研究員となってからはこの学会からは遠ざかっていま

際雑誌を発行しており、年一回の国際会議を開催しています。

したので、実に7年ぶりの参加となりました。この空白期間

本年度の国際会議（SMBE2018）は、木村資生博士による「中にNGSをはじめとする先端技術は目覚ましい発展を遂げ、そ立進化論」の提唱50周年を記念して、2018年7月8日から2018

れに伴い巨大になった学会には隔世の感がありました。私は、

年7月12日までの5日間の日程でパシフィコ横浜に於いて開催

今回の学会では最近論文になったシロアリのmicroRNAの進されました。例年、参加者が1,000人を超える非常に大きな化について発表しましたが、学会の主流は、モデル生物を中国際会議ですが、大会長である首都大の田村浩一郎教授の尽心とした大規模解析でした。特に、現代・古代を含めたヒト力もあり、盛況のうちに終了しました。内容に関しては、分ゲノム解析、さらにはその解析手法の開発に関する発表数が子進化学の大家であるWilliam F. Martin博士や、植物のエピ

飛躍的に増えている印象を受けました。新しいシークエン

ジェネティクス研究で著名な角谷徹仁博士（遺伝研・東大）

サーの登場により、ゲノム解読の低コスト化は現在進行形でなどによる連日のプレナリートーク、大学院生限定で優秀な進んでいます。また、技術の進展により、染色体レベルでの若手研究者に与えられるWalter Fitch awardの選考、30を超アセンブルも可能となってきています。したがって、この傾No.35（April, 2019）

向は今後も続き、同じような研究がヒト以外の非モデル生物

うです。

にも次々と適用されるだろうと予想しております。既に生物

来年度のSMBE2019は英国マンチェスターで開催する予定

学研究におけるバイオインフォマティクスの重要性は周知のです。多くのJSBi会員の参加を期待しております。最後にこ事実ですが、このように今後さらに配列データは爆発的に蓄のような執筆の機会をくださったニュースレター担当幹事の積される可能性が大きいので、まだまだ発展の余地はありそ

小寺正明博士にこの場を借りて厚く御礼申し上げます。

参加者に配られたバッグ

会場のパシフィコ横浜

ECCB2018
鎌田

真由美（京都大学大学院 医学研究科）

第 17 回 European Conference on Computational Biologyと“ELIXIR”というテーマTrackも併催されていました。

（ECCB）が2018年9月8日から12日までの4日間、ギリシャ“Applications”は企業や臨床、政府機関などにおけるバイのアテネで開催されました。ECCBは、バイオインフォマティ

オインフォ技術の応用に関して扱うもので、“ELIXR”は既

クス分野でのトップカンファレンスであるISMBに次ぐ欧州述のイニシアチブにおけるサービスと最新の成果を紹介するの大きなカンファレンスであり、本年度はELIXIRとの共同目的で設定されたものであり、ELIXIRの取り組みの中で開開催でした。ELIXIRは、ライフサイエンスに関わるデータ

発されたサービスや基盤システムに関する発表が行われていベースやソフトウェアツール、教育教材に至るまでのリソーました。

スを集約・公開し、欧州における生命科学情報基盤の構築・運用を図るイニシアチブです。

また、今回は617のポスターが採択されており、2日間に渡りポスターセッションが行われました。ポスター会場はメイ

会場となったStavros Niarchos Foundation Cultural Center

ンホールを取り囲む通路に設置されていたこともあり、ポス

は、アテネ中心部から南西に位置し、ギリシャ国立図書館・

ターセッションの時間は狭い通路をたくさんの人が行き来をオペラ劇場が併設された文化施設です。2017年7月にオープン

し、熱気にあふれていました。

したばかりのガラス張りの建物は、ポンピドゥー・センター

今回のECCBでは、9月9日からのメインプログラムに先立ち、や関西国際空港ターミナルビルの設計を行った、イタリアを8日にPre-meetingsという形で、13のTutorialsと8のWorkshops

代表する建築家レンゾ・ピアノ氏によるもので、開放感があり、が開催されていました。私はTutorial10の「Protein Function

とても心地のいい空間でした。

Prediction with Machine Learning and Interactive

ECCB2018での発表演題は大きく“Data”,“Genes”“Genome”,,

Analytics」のハンズオンに参加しましたが、EBIの方による“Proteins and Structural Biology”,“Systems”の5つのテー

UniProtでのアノテーションについての解説や各エントリにマに分類されていました。それらテーマにおいて、今回の付随するInterProアノテーションを特徴量として用いた機械

ECCBでは、Proceedings talks として280件の投稿のうち48件

学習による機能予測などを1日かけて行いました。少人数でが採択（17%）されており、それらに加えてすでにハイインパのハンズオンだったので、参加者からの質問も活発でした。

クトな雑誌に掲載されている研究について紹介するHighlights

ISMBにつぐトップカンファレンスということもあり、

trackが 24演題がありました。
また、
ECCB2018では、
上記の5テーマに加えて、“Applications”

1,000名を越す参加者が世界中から集まっていましたが、日本人の参加者はとても少なかった印象です。私は今回初めて
No.35（April, 2019）11

ECCBに参加しましたが、欧州の若手研究者の登竜門のよう開催されていますが、奇数年はISBMと共催されます。本年な印象で、ヨーロッパでの研究を考える若手研究者の方々に（2019年）はスイスのバーゼルにて、ISMB/ECCB2019としは良い場ではないかと思いました。ECCBは偶数年には単独て開催されますので、是非参加してみはいかがでしょうか。

GA4GH（Global Alliance for Genomics & Health）6th Plenary Meeting荻島

創一（東北大学 東北メディカル・メガバンク機構）

ス イ ス の バ ー ゼ ル で2018年10月3日 ～ 5日 に 開 催 さ れ た

Data Use Ontologyや認証基盤の開発に取り組んでいる。

GA4GH（Global Alliance for Genomics & Health）の6th Plenary

Genomic Knowledge Standards WSはゲノムの変異と疾患

Meetingに参加した。GA4GHは、71ケ国の500以上の機関がの関係についての知識の表現のため、ゲノムの知識表現のモ

参加する国際団体で、ゲノムデータと診療データの共有によ

デルの開発に取り組んでいる。各Work Steamに分かれての、り、ゲノム医療・医学の促進を目指す対話の場となっている。

実務者の作業部会も開かれ、活発な活動がなされた。

各国で進展するゲノム医療研究開発の縦軸研究のプロジェク

今年3月18日～21日には、AMEDの臨床ゲノム情報統合ト（Driver Projectとよぶ）を、技術的な横串（Work Stream

データベース整備事業（2次）の一環として、GA4GHからはとよぶ）でハーモナイゼーションすることが目指されており、各WSのコアメンバーを招聘し、国内からはゲノム医療研究

このPlenary Meetingでは430名以上が参加し、1年間の成果開発に関わるアカデミアの研究者や企業の開発者を招聘し、が発表され、今後の方向性について議論がなされた。発表は仙台で3日間にわかってシンポジウムとワークショップを開

ライブストリーミングされ、200名以上が視聴した。https://

催する。ゲノム医療研究開発にあたってのゲノムデータや診

www.ga4gh.org/event/ga4gh- 6th-plenary/ で発表スライド

療データの共有、ゲノムの知識表現について実務者で議論すや録画が公開されている。

る予定である。

Work Stream（以下、WS）は6つある。Clinical & Phenotypic
Data Capture WSは臨床・表現型データの電子的取得のため、
Human Phenotype Ontologyの開発とEHRの臨床データからのコーディングに取り組んでいる。Cloud WSはゲノムデー
タ や診療データの共有について、データサイズが非常に大きく、また、データが機微であるため、”bring the algorithm
to the data” を目指している。研究者がデータをダウンロー
ドして共有するのではなく、解析アルゴリズムを共有し、解析アルゴリズムをデータサイトに送り、解析結果を返却してもらう仕組みとして、Workflow Execution Serviceの開発に取り組んでいる。Data Use & Researcher Identities（DURI）
WSはデータの利用とアクセス制御における認証のため、

12

No.35（April, 2019）

GIW2018佐藤健吾（慶應義塾大学理工学部）

2018年12月3日から5日まで、中国雲南省昆明市の昆明理工

本会議では、10件の基調講演が行われました。基調講演の大学で開催されたGIW2018に参加してまいりましたので、数としてはいささか多い気がして、実際にこれはちょっとどご報告いたします。

うだろう？？？と思う講演も中にはあったりしました。しか今回で29回目を迎えたGIWは、JSBiとは大変縁が深い国際

し逆に、これだけの数があれば全てが期待ハズレということ会議です。今回はJSBiから直接のサポートはなかったようでもなかなかないので、資金面の不安がないのであればこれはすが、過去にはJSBi年会として開催されたり、JSBiが主催しこ れ で ア リ だ と 思 い ま し た。 日 本 か ら は、 理 研 のPieroて東京や横浜で開催した年もありました。

Carninci先生がFANTOMプロジェクトの話を中心に講演さ

今回、東大医科研の中井先生とともにプログラム委員長をれました。

拝命しました。と言いましても5人いる共同委員長のうちの口頭発表に対しては150件の投稿があり、うち70件が採択

一人として、方々に査読のお願いをして回ったり、査読が返っされました。これらの論文は、特別号として BMC Genomics,てこなかった論文を大急ぎで読んだりするのが主な役割でし

BMC Systems Biology, BMC Medical Genomics, BMC

た の で、 昨 年1月 に 現 地 組 織 委 員 長 と し て 携 わ っ た

Bioinformatics, IEEE/ACM Transactions on Computational

APBC2018と比べると仕事量はだいぶ少なかったと思います。

Biology, Journal of Bioinformatics and Computational

大会長のYun Zheng先生（昆明理工大学）とJinyan Li先

Biologyに掲載されたり、Bioinformatics誌に推薦されました。

生（シドニー工科大学）によると、今回の参加者は160人をまた、併設ワークショップRecent progresses of non-coding

超えたそうですが、その大半は中国人でした。昆明市は日本

RNAs in biological and medical researchには6件の口頭発表からのアクセスがあまり良くないこともあり、日本からの参が採択されました。ポスターは19件の発表がありました。そ加者は20人弱と多くありませんでした。また、マラソンの高

れぞれのセッションでは非常に活発な議論が展開されていた地トレーニングに利用されるほどの高地（標高2,000mぐらように思います。

い）であるせいか、日本人参加者は体調を崩してしまった方が多かったように思います。
ご存知の通り、中国は著しく発展を遂げている途上にあり、昆明市も例外ではありませんでした。至る所が工事中で大き次回のGIW2019は、11月27日から29日の日程でオースト
ラリアのシドニーにおいてオーストラリアバイオインフォマ
ティクス学会（Australian Bioinformatics Society）年会と共同で開催されるとのことです。

なビルがいくつも建築中でした。他の中国の大都市と比べる

今回、共同プログラム委員長として論文の採択に関わりまと治安はだいぶ良い印象でしたが、唯一身の危険を感じたのした。この場を借りて、論文やポスターを投稿してくださっが、音もなく近づく電動スクーターでした。見かけたスクー

た方々、査読をしていただいたプログラム委員の方々に御礼ターの類の乗り物は全て電化されており、駆動音がほとんど

申し上げます。また、本会議を成功に導いた大会長をはじめ聞こえません。おそらく国策で電化を推進しているのだと思とする運営スタッフの皆様に感謝いたします。

われます。

No.35（April, 2019）13地域部会・公募研究会の活動報告
質量分析インフォマティクス研究会
担当世話人

早川

英介（沖縄科学技術大学院大学）
、守屋

ター）
、山本

勇樹（ライフサイエンス統合データベースセン

博之（ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ）、吉沢明康（京都大学）

質量分析はNGSと並ぶオミクス測定手段であると同時に、して両分野の交流と発展につながることを期待する。開催に

化学分析手段として犯罪捜査・美術品鑑定・宇宙探査まで広ご尽力いただいた橋本俊次先生をはじめ、環境化学討論会事

範に用いられているが、その情報学的な研究者は日本では少務局の皆様に深く感謝申し上げる。
（早川英介）ない。そこで本研究会は2016年の発足以来、JSBi非会員も参加できる・JSBi会員の世話人が予算使用の責任を負う

とい第2回ハッカソン（2018年7月15日～20日）

う方針の下、研究者の交流と情報交換を行っている（2019年

昨年度と同様、DBCLSによる国内版バイオハッカソン

1月10日現在、会員30名・メーリングリスト登録44名）。本年（BH）と共同で、徳島市の温泉旅館！にて開催した（学生2

度は年会BoF及び以下の4件を実施し、一部の講演録画を『統名に対する旅費助成も実施した）。初日は徳島大学先端酵素合TV』のコンテンツとしてYouTubeで公開した。開催報告

学研究所にてミニ・シンポジウムを行い、42名（全参加者のなども順次、研究会web（http://ms-bio.info/）で公開してい75%）が参加した。翌日からのハッカソンはBHと「目標はる。（吉沢明康）

異なるが会場・進行は共通」、参加者間の交流は「強く推奨」という形態で一体化して実施した。28名の参加者の成果は、第3回ワークショップ（2018年4月23日）

BH参加者39名と共同（合計67名）でオンライン公開している。

JST東京本部別館にて開催した第3回ワークショップには、開催にあたっては、加藤記念バイオサイエンス振興財団の学

様々な分野から73人の参加があった。ワークショップでは、会等開催助成及びデータサイエンス共同利用基盤施設の5つの依頼講演と5つの一般講演が行われ、グライコミクス、

ROIS-DS-JOINT助成（002RM2018）を取得した。また会場

プロテオミクス、リピドミクス等の多分野の質量分析を利用

費用は徳島大学先端酵素学研究所及びDBCLSにご負担いたするオミクス解析の講演を中心に、データリポジトリの開発

だいた。厚く御礼申し上げる。
（吉沢明康）やケモインフォマティクスを主題とした講演など多様な報告が成され、活発な議論が行われた。本会は当分野の意見交換の場として充分に機能しており、分野の発展に少なからず貢献していると考える。（守屋勇樹）

メタボロミクスソフトウェア講習会（2018年11月12日）
第1回講習会は、理化学研究所横浜キャンパスにて行ないました。会場の都合上、定員は100名としていましたが、事前参加登録の締め切り一ヶ月前には定員に達する程、大変盛

日本環境化学会との共催ワークショップ（2018年5月25日）

況でした。当日は、遺伝研・理研CSRSの有田正規先生によ第27回環境化学討論会の翌日に沖縄県市町村自治会館におる趣旨説明の後、理研CSRS・IMSの津川裕司先生より、いて、本会と日本環境化学会との共催によるワークショップ

MS-DIALを用いた親水性代謝物および脂質プロファイリンを開催した。当日も定員80名の会場がほぼ埋まるほどの参加

グのためのデータ解析と、MS-FINDERを用いた未知マスス者があり、注目度の高さが伺えた。8名の講演者により環境

ペクトル構造推定のハンズオン講習を行なって頂きました。

化学における最新の研究と現在の課題、そしてその解決につ続いてHMTの山本博之より多変量解析の講義を行なった後、ながり得る新技術の発表が行われた。講演後のパネルディス

遺伝研の櫻井望先生よりMetaboAnalystを用いたハンズオン

カッションでは、「どのようなインフォマティクスソリュー

での多変量解析の講習をして頂きました。最後に、今回ご参ションが求められているのか」「環境化学のブレイクスルー

加頂いた方々、当日お手伝いを頂いたスタッフの皆様には、に質量分析インフォマティクスがどう関われるか」等のテー

この場を借りて改めてお礼申し上げます。
（山本博之）

マで意見交換が行われた。このワークショップをきっかけと14

No.35（April, 2019）

盛況だったメタボロミクスソフトウェア講習会

国内版バイオハッカソンと共催の第2回ハッカソン
手前二つのデスクはプロテオームのグループの島、一つおいてメ
タボロームの島
それ以外にも所々に質量分析系の参加者がいる
一見、生真面目に見える風景だが…

死角では気楽にやっております

RinkaiHackathon2018 with DDBJing
川島

武士（臨海ハック研究会）

昨年に引き続き本年も、臨海ハック研究会が主体となって臨時に必要とされるだろうと予想されます。この研究会がその海実験所で行うバイオインフォマティクスのハンズオン講習会

ような協力関係の一助になれば良いとの想いから、利用言語

を、2018 年 6 月10日から13日の4日間、RinkaiHackathon2018

を英語にシフトさせました。その甲斐あってか、参加学生20with DDBJingと銘打って開催いたしました。本年はJSBiの名の内訳は、5カ国10組織からの参加とたいへんバラエティ

研究集会サポートの他に、DDBJのハンズオン講習会であるに富んでおり、
運営側にとっても刺激的な経験になりました。

DDBJingとも共済という形で行いました。昨年との大きなその内容には、初日に海洋研究の専門家達の講演で構成され違いは、告知文や申請受付サイトはもちろん期間中の利用言

たシンポジウム、翌日からは臨海実験所の立地を生かした瀬語も基本的に日英両言語としたことです。これによって、国戸内海の海水から得たeDNAをMitoFishパイプラインで解析

内にいる外国人留学生の方々の参加のハードルを下げることする一連のコースや、DDBJの登録システムに関する利用講を目指しました。臨海実験所を利用した研究は、今後は海流習会を盛り込みました。講師陣を含めると総勢37名による4によって接続されている近隣諸国の研究者たちとより一層緊

日間の合宿は、充実しており、参加学生には熱意をもって全密な協力関係を作っていくことが必要であり、その際はバイてのプログラムに取り組んでもえたと思います。最後になり

オインフォマティクス的な視点からのデータ等の標準化が同ましたが、研究会の場を提供していただき、またさまざまな
No.35（April, 2019）15

準備を手伝ってくださった、広島大学向島臨海実験所の田川准教授、同植木准教授、研究所構成員のすべての皆様にお礼を申し上げます。

写真1．合宿所に使った、広島大学大学院理学系研究科
付属臨海実験所（向島臨海実験所）

16

No.35（April, 2019）

写真2．総勢37名での集合写真

写真3．研究所の前の海で、環境DNA用の海水のサンプリング

写真4．DNAの調整

写真5．パソコンを用いてのバイオインフォマティクス解析の実習第21回創薬インフォマティクス研究会
市原

収（シュレーディンガー株式会社）2018年度は、創薬インフォマティクス研究会では、10月4

全くの私見ではあるが、以下に講演の概要、筆者の感じた日に品川インターシティー貸会議室を会場として「インテリこと、印象に残った点について記した。
（括弧内は講演者名）

ジェント・データサイエンスと創薬」と題し、第21回となる

1）（田部井）データ圧縮に関する最新技術についてお話し

研究講演会を開催した。当日は大学及び公立研究所の研究者いただいた。20億あるとも言われるバーチャル化合物をデーだけではなく、製薬・バイオテクとその関連企業などから、タベース化しVSに用いるというアイデアに興味がもたれる。

約70名の方々にお集まりをいただいた。幹事、座長は、市原

2）（椿）graph neural network（GNN）とconvolutional neural収（シュレーディンガー株式会社）が務めた。演題は以下のnetwork（CNN）を組み合わせた新しい化合物・タンパク相

とおりであった。

互作用予想のためのアプローチについてご紹介いただいた。

1）「大規模バーチャルスクリーニングのための圧縮情報処
理技術」（理化学研究所革新知能統合研究センター3）（池田）AIに良質なデータは必要か？モデルの有効性はど

田部井

う評価できるのだろうか？などについて問題提起した上で、靖生）、2）「深層学習を用いた化合物とタンパク質の相互作

データベース側からのAIの創薬利用についてお話をいただ

用予測」（産業技術総合研究所 人工知能研究センター

椿

いた。4）
（Robertson）
Schrödinger社での深層学習全般に関真史*/瀬々 潤/富井 健太郎/*は講演者）、3）「AI創薬におけする取り組みについてご紹介いただいた。特に、リガンドとる適切な学習データとは？ 〜深層学習とデータベース〜」

タンパク質の相互作用の自由エネルギー計算（FEP+）の結（慶應義塾大学薬学部、生命機能物理学講座

池田和由）
、4）

果を深層学習の手法を用いて処理することにより、汎用的な「Accelerating Drug Discovery with Advanced Computational

AIベースの自由エネルギー計算法に発展させるというアイ

Modeling and Deep Learning」（Schrödinger Inc

デアが興味深かった。

Learning研究グループ

MachineTimothy Robertson）

No.35（April, 2019）17

生命科学系フロンティアミーティング2018
浜口悠貴（東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻）
尾崎遼（筑波大学医学医療系生命医科学域）

生命科学系フロンティアミーティング 2018は、微生物という対象生物を軸とした「日本ゲノム微生物学会若手の会」、

招待講演からは、西田敬二教授（神戸大）にゲノム編集技

バイオインフォマティクスというアプローチを軸とした「生術や起業を通じた社会との向き合い方、谷内江望准教授（東命情報科学若手の会」、および光合成という現象を軸とした大）からは生命現象を記録するためのバイオテクノロジー開「日本光合成学会若手の会」の3団体により、2018年10月5〜

発の最前線、田中佑助教（京大）から光合成速度を切り口に7日に国立遺伝学研究所（静岡県三島市）にて合同開催されした作物学のフロンティアについて、それぞれご自身の研究ました。合宿形式・参加者全員発表形式の本会は、実験や計分野をどのように開拓されてきたかについてご講演いただき

算機的手法を専門とする研究者達を一同に集めることで、ました。また、招待講演者と3会の代表者によるパネルディ

wet/dryという垣根を意識させず、生命科学の新たな潮流や

スカッションでは「 面白い研究はどうやって考えつくか？」パラダイムを切り拓けるような地盤を築くことを目指すものといった普段なかなか話す機会のない話題についてざっくばであり、大会長の河野暢明（慶應大）からの「学会って楽し

らんな意見が次々飛び出し、会場を沸かせました。この話題いですか？ 目的はなんですか？ 互いの『武器』を知ることは続くグループディスカッションにも持ち込まれ、参加者間が大事じゃないですか？」という開会宣言で始まりました。

で活発な意見交換がなされました。

107名の参加者の7割近くが学生であり、さらに分野は再生

スポンサードセッションでは、AI分野をリードする株式

医療から農芸化学まで非常に多岐にわたるものでした。
また、会社Preferred Networks、腸内細菌叢解析事業を展開する

本研究会にJSBiからの助成をいただいたことで、バイオイン

株式会社サイキンソーおよび株式会社メタジェンに、事業内

フォマティクスに関わっていてもJSBiを知らなかったり主分

容の紹介に加えて、各企業での研究活動や今後の事業展開、野が異なる参加者にJSBiが知られることになりました（ス

さらには民間企業でのキャリアパス等に関する幅広い内容にタッフでこの記事の執筆者の一人である浜口も、本会がきっついてご講演頂きました。

かけでJSBiに入会しました）。

18

発な議論が交わされました。

研究会の最後には、参加者投票に基づき、最優秀発表賞の参加者による口頭発表やA3サイズの手持ちポスターを用薄井光生さん（東大修士二年）、ジェンスクリプトジャパン

いたディスカッション形式のポスター発表は、互いに異分野特別賞の菅波眞央（東北大博士二年）をはじめ、優秀な発表であるにもかかわらず、活発な質疑応答がなされました。特を行った参加者7名を表彰しました。こうした研究発表・顕に、通常の学会と異なり合宿形式だったこともあり、懇親会

彰の機会が生命情報科学を志す若手の一層の活躍の一助になにも手持ちポスターが持ち込まれて深夜まで参加者同士の活れば幸いです。

No.35（April, 2019）関西地域部会中川博之（住友化学株式会社バイオサイエンス研究所）

関西地域部会では、医療、医薬、診断、食品等の研究開発

重要性とその課題が改めて認識されました。

に役立つバイオインフォマティクス技術の普及と、教育・啓10月17日に開催した第25回バイオメディカル研究会では発、産官学マッチング、異分野融合によるイノベーション促「バイオテクノロジーの次世代技術」として、量子コンピュー進を目指して活動しております。

ティング、ゲノム編集、合成生物学を取り上げました。神戸

4月20日に開催の第24回バイオメディカル研究会では、「大大学大学院の田中成典先生には、難解な理論を分かり易く、学の基礎・臨床研究のあり方と応用への橋渡し」と題し、加えてライフサイエンスへの応用可能性をご講演いただきま100名近くの参加を得ました。自治医科大学学長の永井良三

した。
さらに、
（株）
デンソーの門脇正史先生に量子コンピュー先生には、大学教育の歴史的背景に始まり、ご自身の研究デー

ティングを、広島大学大学院の山本卓先生にゲノム編集研究

タ、人材育成経験とその思いまで、熱のこもった基調講演をの現状と可能性を、東京工業大学生命理工学院の相澤康則先行って頂きました。塩野義製薬（株）の澤田拓子先生、日本ベー

生に非翻訳領域の機能ゲノム研究を、毎日新聞東京本社の須リンガーインゲルハイム（株）の鈴木忍先生、東京工業大学の田桃子先生に米国の合成生物学の現状をご講演頂きました。

首藤一幸先生の各講演の後、徳島大学研究支援・産官学連携

次世代技術に興奮した一日となりました。

センターの織田聡先生と長浜バイオ大学の白井剛先生を加関西地域部会では、引き続いて異分野交流による人材育成・

え、大阪大学特別招聘教授の坂田恒昭先生をモデレーターと人的ネットワークの構築、イノベーション促進に貢献していして、パネルディスカッションを行いましたが、人材育成のきたいと思います。

九州地域部会西郷

浩人（九州大学システム情報科学研究院）、倉田博之（九州工業大学情報工学研究院）

2018年九州地域部会では、3件の研究セミナーを開催いた

4名から分子生物学やがんゲノムに関する講演が行われまししました。九州・山口地域の各県で、生命情報学研究におけた。12月17日（月）九州大学西新プラザにおいて一般演題のる分野横断的な発表の機会を作ることで、情報共有の場を提公募発表及び招待講演が行われました。慶応大学の佐藤健吾

供し研究者間の交流を広げていくことを目指しています。5

氏をお招きして、「機械学習を用いたRNA二次構造予測」の月25日（金）鹿児島大学工学部情報生体システム工学科にお講演をいただきました。3件目は12月21日（金）、九州大学西いて、古川龍彦氏（鹿児島大学）にご協力いただいて「生物新プラザにおいてヒューマノーム研究所社長の瀬々潤氏を招

医学・情報・システム工学の融合分野における交流の加速化」

待して「生命情報学の研究と産業連携」の講演をいただきまというタイトルの研究セミナーを開催しました。特別講演者

した。いずれの会においても近隣地域で研究していながら、として、門田幸二氏（東京大学大学院農学生命科学研究科）

研究討論・交流する機会の少ない研究者が集うことで、新たをお招きして「バイオインフォマティクス教育と研究～私のな研究交流ネットワークが広がっていくのを感じることがで経験談～」の講演をいただきました。他に鹿児島大学の先生きました。
No.35（April, 2019）19

生命システム理論研究会
森

智弥（京都大学iPS細胞研究所（現在：京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター））藤渕航（京都大学iPS細胞研究所）

生命システム理論研究会は平成29年12月15日に「AIを用トルで、機械学習で利用されている統計的概念と多重検定補

いた細胞システムの解明に向けて」と題した研究会を京都大

正の重要性をBonferroni法などの古典的な方法からLAMPと学iPS細胞研究所にて開催した（AMED再生医療実現拠点呼ばれる最新手法まで述べられた後、実際のバイオロジカル

ネットワークプログラム共催）。将来の生命科学分野においデータ及びビッグデータ解析に適用した事例をご紹介下さって、技術の進歩や実験の自動化による精密かつ大量のデータた。北野先生は「Nobel Turing Challenge: Grand Challenge

からAIは何を見い出すことができるのか、そして細胞シス

of AI and Systems Biology」というタイトルで、「ノーベル

テムの解明にどれだけ近づくことができるのかということを賞を取れるAI」を実現するために必要となる研究の自動化踏まえて、AI・機械学習の分野で先進的な研究を行なってや、北野先生らが開発されている統合解析プラットフォーム

おられる4名の先生方を招いてご講演頂いた。研究会の事前「GARUDA」についてご紹介下さった。GARUDAによって登録者数はおよそ30名であったが、当日参加者を合わせると多くの機械学習手法やデータベースをまとめて利用できるよ50名程度となり大変盛況であった。また、京都大学での開催

うになっており、これを用いたリウマチ患者の自動分類などであったにも関わらず関西圏以外の大学や企業からもご参加を例にその機能の一部をご説明下さった。そして井元先生は頂き、近年のAIへの注目度の高さを改めて伺い知ることが「Cancer Clinical Sequencing Enhanced with Artificial

できた。

Intelligence」というタイトルで、臨床シークエンスにおけ研究会では、Institute for Systems Biology（Seattle） のる人工知能技術の応用についてご講演下さった。既知のがん

Sui Huang先生、産業技術総合研究所人工知能研究センター

関連遺伝子を標的としたパネルシークエンスから全ゲノム解の瀬々潤先生、特定非営利活動法人システム・バイオロジー

析へとシフトする際にボトルネックとなっていた大量の出力研究機構の北野宏明先生、そして東京大学医科学研究所ヘルデータの解釈に対して人工知能技術がいかに有効であるかとスインテリジェンスセンターの井元清哉先生にご講演頂いいうことをIBM Watsonを適用した実例に基づいてご紹介さた。Sui Huang先生は「Cell Fate Decisions on the Epigenetic

れた後、臨床シークエンスの今後と残されている課題についLandscape: First Principles, Formalism and Fate Prediction」てご説明下さった。各講演中にも質疑応答の時間が設けられというタイトルで、細胞の運命決定がいかに制御されているていたが、最後に設けていたディスカッションのセッション

かを解明するために取り組まれてきたアプローチを理論的なではご講演頂いた先生方だけでなく聴講者の方も交えた自由立場からWaddington’s landscapeと数理モデルを関連させて討論形式で非常に活発な議論が行われ、予定していた時間をご紹介下さった後、AI・機械学習を用いて大量のデータか

やや超えてしまうほど盛況であった。

ら得られた結果と数理モデルなどによる理論解析から得られ最後に、本研究会の開催をサポートして下さった日本バイ

た結果を結び付けることの重要性について述べられた。瀬々オインフォマティクス学会とAMED再生医療実現拠点ネッ

先生は「Toward Understanding the Mechanism of Complex

トワークプログラムへ深く感謝の意を表する。

Phenotype with Big and Heterogeneous Data」というタイ

2017年度生命システム理論研究会の様子（京都大学iPS細胞研究所にて）

20

No.35（April, 2019）

リレー紹介：日本のバイオインフォマティクス研究室
奈良先端科学技術大学院大学 データ駆動型サイエンス創造センター システム微生物学研究室（森研究室）
武藤愛（奈良先端科学技術大学院大学 データ駆動型サイエンス創造センター 助教）

奈良先端科学技術大学院大学は奈良県生駒市にある、学部ています。大腸菌の接合機構を利用することで、網羅的な二を持たない大学院だけの大学です。元々は「情報科学」、「バ

重遺伝子欠失株を作製する系や、欠失株のゲノムDNAに人

イオサイエンス」及び「物質創成科学」の3つの研究科から成っ

工的な識別配列（20塩基のbar-code）を導入することで混合ていましたが、2018年度より先端科学技術研究科に統合され、培養時のpopulation dynamicsをNGSを使って検出できる系

現在は上記3つの研究領域とその融合領域を含めた7つの教育など、興味深い系が多数開発され、データが蓄積されていまプログラムが設定されています。例えば「情報生命プログラす。計算機環境としては、本学総合情報基盤センターが提供

ム」または「データサイエンスプログラム」を選択した学生

する計算サーバーとバイオサイエンス領域の管理する解析

はバイオサイエンスと情報学の両方の科目を履修することがサーバーを利用することができます。当研究室では大腸菌のでき、分野横断的な専門性を身に付けられることが特長です。

様々な測定データのデータベースを構築し公開しており、将キャンパスは最寄りの駅までは徒歩30分、駅までを結ぶバス

来的には、Keio collectionを利用する世界中の研究者がデーは1時間に一本しか運行していないという、研究に没頭する

タを互いに参照し合えるよう、外部データも含めたデータ

のに極めて適した環境にあります。学生の多くはキャンパス

ベースとして公開することを目指しています。

内の寮に住んでおり、研究棟の窓の電気は深夜にもほとんど消えることがありません。

研究室には現在、研究室を主宰する森浩禎教授を含めた3
名のスタッフと、博士後期課程3名、修士課程6名の計12名の森研究室は開校時に設置されたため、本学では最も古い研学生が所属しています。学生の研究テーマは、新たなリソー

究室の一つということになります。大腸菌ゲノムプロジェク

ス作製や実験系の構築を行う実験班と、実験データのコン

トの完成を日本のグループと共に成し遂げ、「細胞とは何

ピュータ解析を行う解析班のどちらかに属することが多いでか？」という根源的な問いに答えることを目指して大腸菌をすが、バイオインフォマティクスと実験生物学の両方を習得

モデルとした研究を進めてきました。全遺伝子クローンや変できるよう、修士の学生には両方の実習を経験してもらって異株ライブラリーなどの構築を通し、OMICS研究を立ち上います。現在は所属する留学生はいませんが、毎年海外からげてきた歴史を持ち、現在もリソースの構築、観測システム

短期留学生を受け入れており、研究室に海外の研究者が滞在の開発、網羅的データの取得及び解析を継続的に行っていますることも多いことから研究室の公用語は英語です。月曜日

す。2006年に当研究室から発表された大腸菌の網羅的遺伝子の朝に開催しているJournal club及びProgress reportでは発欠失株ライブラリKeio collectionはこれまでに5千回以上引表も質疑応答も英語で行なっています。最初は英語でのコ用されており、世界中の研究者に利用されています。網羅的

ミュニケーションに苦労する学生も少なくありませんが、長な遺伝子欠失株ライブラリを用いた実験データの取得、それ期にわたり経験を積むことで英会話能力を伸ばして卒業してを用いた計算機による解析、検証のための実験系の開発及びいく学生がほとんどです。外部との共同研究や研究交流も盛

検証実験までの一連の流れを、研究室内で実行できる点が大んで、毎年3月には淡路島で共同研究者らと研究会を行なっきな特徴です。

ており、共同研究先の研究室の学生と交流する良い機会とKeio collectionには約3800の遺伝子欠失株（必須遺伝子をなっています。

除く全遺伝子）が含まれており、これらの植菌はロボット（図大腸菌は生物工学的扱いやすさだけではなく、その細胞内

1）が行ないます。植えられた菌の生育のモニタリングも自システムに関する知識蓄積が最も進んでいる点からも、細胞動化されており、インキュベーター内に設置された市販のス

全体の理解に最も近い生物だと考えています。興味を持ってキャナ（図2）が30分おきに寒天培地上のコロニーの画像をいただけましたら、ぜひ森研究室へ見学にお越し下さい。

取得し、画像解析によって生育を定量するシステムが稼働しNo.35（April, 2019）21図1：ハイスループット植菌ロボット

図2：コロニー生育モニタリングシステム

学会からのお知らせ
2019年日本バイオインフォマティクス学会年会・第8回生命医薬情報学連合大会
2019年日本バイオインフォマティクス学会年会・第8回生

開催概要

命医薬情報学連合大会を、日本バイオインフォマティクス学

日程2019年9月9日（月）〜11日（水）会（JSBi）、日本オミックス医療学会の共催で開催します。

会場

東京工業大学 大岡山キャンパス

会員の皆様には万障お繰り合わせのうえ、ご参加いただけま

大会長

山田拓司（東京工業大学生命理工学院）

すよう、お願い申し上げます。

テーマ

社会と融合する学問：生命医薬情報学

主

催

懇親会

22

No.35（April, 2019）日本バイオインフォマティクス学会（JSBi）
日本オミックス医療学会
2019年9月10日（火）バイオインフォマティクス技術者認定試験実施報告
内山郁夫（基礎生物学研究所）

平成30年度のバイオインフォマティクス技術者認定試験は優秀な成績で合格された方の中には将来有望な方が多く含ま

12月2日（日）に札幌、東京、名古屋、大阪、福岡、沖縄の6れていると思います。こうした若くて優秀な方が、バイオイ

会場で実施されました。受験者数（当日欠席者を含む）はンフォマティクスに目を向けるきっかけの一つにとして本認345名で、過去最高だった昨年度の250名を大幅に更新しまし

定試験が寄与するとすれば、これも大変すばらしいことです。

た。合格者も過去最高の154名、欠席者を除いた受験者に対

ただしそのためには、試験の合格者をバイオインフォマティ

する合格率は60.2%で、これはほぼ例年通りです。

クスのさらなる深みに引き込むための次のステップが重要に

受験者数は、平成27年に本試験の対策に使える学会認定教なると思います。これについては学会のワーキンググループ

科書「バイオインフォマティクス入門」（慶應義塾大学出版会）

等を通じて議論されているところと理解していますが、何とが刊行されてから200名を超えるようになり、以降順調に増かよい流れにつなげていけたらと思っています。

加を続けています。その背景には、NGS等の技術革新によっ

本認定試験も始まってから10年以上が経過し、過去問もずて大量の情報を扱うことが求められるようになった医学生物

いぶん蓄積してきました。過去の試験問題、およびその解答・学の分野において、必要に駆られてバイオインフォマティク

解説は、すべて認定試験のホームページ（https://www.jsbi.

スの勉強をはじめる方が増えており、そうした方がまず取り

org/nintei/）からダウンロードできます。バイオインフォ

組むべき目標の一つとして本認定試験ならびに認定教科書をマティクスの研究教育に携わっている学会員の皆様には、ぜ利用していただいているという側面があるのではないかと考ひ一度このページをご覧いただき、日頃の教育活動に活用でえられます。このことは、受験者に対するアンケートにおいきないかを検討していただけたらと思います。そして、適切ても、バイオインフォマティクスを主に利用しない社会人のなレベルの方に対しては、ぜひ受験を勧めていただけたらと方、および主に生物学をバックグラウンドとして持つ方の割思います。本認定試験についてのご意見等がありましたら、合がそれぞれ多くなっているという点に表れています。いず

学 会HPの 問 い 合 わ せ ペ ー ジ（https://www.jsbi.org/

れにしても、本認定試験がそうした社会的要請に応える形でsupport）から、もしくは認定試験事務局（nintei@mail.jsbi.

受験者数を増やし、その結果として学会の財政を支えるのにorg）宛てのメールでお送り下さい。

貢献するようになれば、学会の事業としても望ましい方向にいっているといえるかと思います。

最後になりましたが、本認定試験は、事務局の東京大学医科学研究所中井研究室の齊藤友紀さんの献身的なサポートに一方で、本認定試験はバイオインフォマティクスの研究者・支えられています。また、認定試験実行委員ならびに問題作

技術者を目指す（かもしれない）学生や若い研究者にも大い成協力者の先生方（お名前は2年後に公表されることになっに挑戦していただき、将来の本分野を牽引する人材の育成にています）には、初学者への教育的効果に配慮した良問を揃寄与することも期待されていると思います。この点で特筆すえるようにご尽力いただいています。このほか、試験当日のべきこととして、今年度の首席合格者は大学一年生の山内直監督を担当いただいた先生方など、多くの方々のご協力に寛さん（東京大学教養学部1年）という大変若い方でした。

よって本試験は成り立っています。この場を借りて厚く御礼

また、今年度は最年少合格者として、史上初めて中学生の方

申し上げます。

（広尾学園中学校3年）が合格されました。このほかにも、

No.35（April, 2019）23

学会議事録等
平成30年度臨時総会議事録
1日時

く可決決定した。

平成30年9月20日（木）16：45 〜 18:15
2場

【現行】

所

第52条この法人の公告は、この法人の掲示場に掲示すると山形県鶴岡市馬場町11番61号

ともに、官報に掲載して行う。

荘銀タクト鶴岡 大ホール
3 正会員総数

【変更後】
446名

第52条 この法人の公告は、この法人の掲示場に掲示する

出席した会員数153名

とともに、官報に掲載して行う。

内訳

本人出席

80名

ただし、法第28条の2第1項に規定する貸借対照表の公告に

委任状出席

62名

ついては、内閣府ＮＰＯ法人ポータルサイト（法人入力情書面による議決権行使

11名

報欄）に掲載して行う。

4 議事録署名人選任の経過

名誉会員の承認（江口至洋定款第26条により議長を理事長が務めることとなった。議議長により、名誉会員の承認について賛否を議場に諮った

長が定足数を確認し、定款第24条の定めに従い本臨時総会

ところ、出席した会員の議決権の過半数を持って異議なくが成立していることが説明された後、議長が清水厚志会員

可決決定した。

ならびに岩崎渉会員を議事録署名人に指名したところ、満名誉会員の承認（金久實

場異議なくこれを承認した。

議長により、名誉会員の承認について賛否を議場に諮った

5 議事の経過の概要及び議決の結果

ところ、出席した会員の議決権の過半数を持って異議なく

会員）

定款の改正（事務所・第2条）

可決決定した。

議長は、平成30年9月20日に主たる事務所の移転に伴う以名誉会員の承認（後藤修下の定款変更について議場に諮ったところ、出席した会員

議長により、名誉会員の承認について賛否を議場に諮ったの議決権の過半数を持って異議なく可決決定した。

ところ、出席した会員の議決権の過半数を持って異議なく

会員）

【現行】

可決決定した。

（事務所）

以上により議事が終了し、議長は18時15分閉会を宣言した。

第 2条この法人は、主たる事務所を 東京都千代田区飯田橋

上記の議決を明確にするために、議長および議事録署名人

三丁目11番15号 UEDAビル6階 株式会社クバプロ内に置く。

において次に記名押印する。

【変更後】

平成30年9月20日

第2条この法人は、主たる事務所を 東京都文京区 に置く。

24

会員）

特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会

定款の改正（公告の方法・第52条）



理

長

木

下

議長により、以下の定款の変更について賛否を議場に諮っ

議事録署名人岩崎たところ、出席した会員の議決権の過半数を持って異議な

議事録署名人清水No.35（April, 2019）

事

賢
厚

吾

印

渉

印

志

印

第19回理事会議事録日時

以上の説明を受け、全会一致で承認され、同日に開催され2018年9月20日（木）9：00-10：30

る臨時総会に諮ることが確認された。

場

第 2 号議案所
アートフォーラム会議室

ニュースレター規定の改定について（山形県鶴岡市馬場町13番3号）

木下理事長より別紙 1 のニュースレター規定の変更案に出席者ついて以下の説明が行われた。

木下理事長、岩崎副理事長・幹事、粕川理事、川島理事、【現行】

藤渕理事、元池理事、山田（拓）理事・幹事、浅井理事・（発行）

幹事、有田理事・幹事、大林理事・幹事、清水（厚）理事、第2条

清水（謙）理事・幹事、長野理事、松田理事・幹事

原則として年2回発行し、会員情報データベースに登録さ（表決書提出） 門
 田理事、川本理事、倉田理事、小寺理事・幹事、山口理事、遠藤理事


以上20名出席扱い

オブザーバ
白井幹事、八谷幹事、齋藤幹事、竹本幹事、五斗幹事、山西幹事、荒川幹事、山田（和）監事、事務局牛山議長
木下理事長（定款35条による）れた会員の住所に送付する。
【変更案】
第2条
原則として年2回発行する。
以上の説明を受け、全会一致で承認された。
（報告事項）
第1号
定款の改正について（公告の方法・第52条）

配布資料

岩崎副理事長・幹事より別紙2について、すでにメール審・定款の改正について（事務所・第2条）、ニュースレター規議で承認されている本議案を同日に開催される臨時総会に定の改定について……別紙1
・定款の改正について（公告の方法・第52条）、名誉会員の推薦について……別紙2

諮ることが報告された。
第2号
名誉会員の推薦について

・庶務報告……別紙3、別紙4、別紙5

岩崎副理事長・幹事より別紙2について、すでにメール審・若手（竹本幹事）……別紙6・男女共同参画（油谷幹事）……

議で承認されている本議案を同日に開催される臨時総会に別紙7・ISCB（岩崎幹事）……別紙8
・平成29年度財産目録（大林幹事）……別紙9・公募研究会・地域部会開催報告……別紙1〜15

諮ることが報告された。
第3号
庶務報告岩崎副理事長・幹事より、別紙3を基に事務局報告が行わ

議事録署名人として岩崎副理事長、清水理事が指名され、れた。また、木下理事長より後藤会員からの寄付金の補足

満場一致で承認された。

説明があり、それに対し、有田幹事より、寄付金は一般会

議木下理事長より第19回理事会開催にあたって挨拶があり、案計に加えるのではなく、寄付者の名前を冠するフェロー（審議事項）

シップを作成するのはどうかという提案があった。木下理第 1 号議案

事長より、今回寄付金をいただいた後藤会員に了承を得ら

定款の改正について（事務所・第2条）

れ次第運用するとの提案があり、全会一致で承認された。

木下理事長より、別紙 1を基に定款について以下の通りに

岩崎副理事長・幹事より、別紙4を基に事務局の年間スケ

改正したい旨が説明された。

ジュールの説明が行われた。

【現行】

岩崎副理事長・幹事より、別紙5を基に事務局で洗い出し（事務所）

た検討事項の説明が行われた。
名誉会員への対応について、第2条

木下理事長よりJSBi年会は無料招待とすることや、年会に

この法人は、主たる事務所を 東京都千代田区飯田橋三丁よって講演依頼を行うことについて提案があり、全会一致

目11番15号 UEDAビル6階 株式会社クバプロ内 に置く。

で承認された。

【変更案】

第4号

第2条

年会長報告

この法人は、主たる事務所を東京都文京区に置く。

荒川幹事より、今年度の年会の現状報告があった。特に、No.35（April, 2019）25

年会口座の引き継ぎに関する課題が報告された。

若手（竹本幹事）第5号

竹 本 幹 事 よ り 別 紙6に 基 づ き、 岩 崎 渉 会 員 が2018年 度

各担当幹事からの報告

Oxford Journals-JSBi Prize受賞者として選ばれたことが、活性化（山西幹事）報告された。木下理事長より、応募者数を増やすため、各

賛助会員関連の規定について、山西幹事がたたき台を作成

先生の声がけが必要であるとコメントがあった。また、年することになった。また、有田理事・幹事より、賛助会員

会のプログラム集への誤記について、載せないという手段のメリットについて、賛助会員と学生会員が双方向で交流があることも検討したほうがいいと提案があった。

できるような企画（キャリアセッション）を年会で行うと連携（荻島幹事）

いう提案があった。調整が必要なため、詳細については引
き続きMLなどで検討することが了承された。

学会連携について、議論が行われた。
渉外（松田幹事）

年会（荒川幹事・五斗幹事）

松田理事・幹事より、来年度の年会ではキャリアセッショ

五斗幹事より、年会において日本バイオインフォマティク
ス学会の年会であることを明示する必要があるということンの企画を検討したいとの報告があった。
研究会（有田幹事）が報告された。CBI学会（情報計算化学生物学会）は都内

有 田理事・幹事より、別紙5の研究会の項目に基づき、説開催の際は共催への意欲を示したこと、日本オミックス医明があった。研究会に関するルールはJSBi ウェブページヘ

療学会は今後も意欲的に共催していく意向とのことが報告掲載することとし、記載してほしい内容は事務局に各役員された。また、五斗幹事より、引き継ぎ課題はまとめ次第、より指示をすることとなった。また経費が発生する研究会

山田（拓）理事・幹事に引き継ぐ予定であることが報告さ（公募研究会・国際会議援助等）は原則として公募研究会れた。

の枠組みで検討してもらい、事務局の判断で特別性がある

次年度年会（山田幹事）とする際には会長に判断してもらう流れで進めてほしいと山田（拓）理事・幹事より、来年の年会は東京工業大学大川島理事より、提案があった。有田理事・幹事から、公募

岡山キャンパスで開催すること、および、開催日程、スポ研究会の場合、原則主催を日本バイオインフォマティクス

ンサー選定、委員会調整等を行い、決まり次第連絡する旨

学会と明記すること、予算配分が微妙な場合は共催にするの報告があった。

など相談する必要があるとの提案があった。2023年開催予有田理事・幹事より、オミックス医療学会（荻島幹事）、

定の生物物理学会主催の国際会議にJSBiからいくらか支援

メディカルAI学会に早めに話をして、連合大会として一できれば望ましいが、共催にするかどうかなど大きな会な緒にできるか打診した方が良いとの提案があった。

ので担当者を決めてやった方が良いとの意見があり、詳細

広報（八谷幹事・齋藤幹事）
八谷幹事より、ホームページについての概要の説明があり、については引き続きMLなどで検討することが了承された。
男女共同参画（油谷幹事）

英語のページについては必要なページを齋藤幹事がリスト

油谷幹事は欠席のため、別紙7を参加者で確認した。また、アップし、まとめ次第MLにて報告する旨の報告があった。

長野理事より、男女共同参画の会合は年に3-4回開催され、またバナー広告についてはリアクションが良くないため、負担があるとの意見があった。

各役員にフォローを取ってもらう体制にしたいとの依頼が

ISCB（岩崎幹事）あった。

岩崎副理事長・幹事より、別紙8に基づきISCBの活動の概

ニュースレター（小寺幹事）
小寺理事・幹事は欠席のため、岩崎副理事長・幹事が代わ

会計（大林幹事）りに報告した。

大林理事・幹事より、別紙9に基づいて会計の概要につい木下理事長より、ニュースレターをプログラム集へ綴じ込て報告があった。消費税の対応については、10月中に税理むかどうかについては年会長の裁量で決めてもらうよう提士に相談することが報告された。

案があった。
認定試験（白井幹事）

以上
この議事録が正確であることを証します。

白 井幹事より震災地の補助（受験費用4,800円を1,000円と平成30年9月20日

する）について、現在は関西のみだが、北海道の震災地の特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会

補助の追加も提案された。それに対し、慎重な審議の結果、



理

長

木

下

すでに入金してしまった返金対象者についても考慮する必

議事録署名人岩

要があることを勘案し、白井幹事の判断で決めるというこ

議事録署名人清とで全会一致で承認された。

26

要について報告された。

No.35（April, 2019）

事

賢

吾

印

崎

渉

印

水

謙多郎

印

学会の現況
有効会員数（2019年4月現在）正会員：405名

特定非営利活動法人会
副会

日本バイオインフォマティクス学会

岩崎

渉 （東京大学大学院理学系研究科）

長

五斗

進 （情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター）

事

遠藤 俊徳 （北海道大学大学院情報科学研究科）

木下

賢吾 （東北大学大学院情報科学研究科）

中川博之 （住友化学株式会社）妹尾

昌治 （岡山大学大学院自然科学研究科）

倉田博之 （九州工業大学大学院情報工学研究院）

池松

真也 （沖縄工業高等専門学校生物資源工学科）

浅井潔 （東京大学大学院新領域創成科学研究科）

有田

正規 （国立遺伝学研究所）

岩崎

渉 （東京大学大学院理学系研究科）

遠藤

俊徳 （北海道大学大学院情報科学研究科）

大林

武 （東北大学情報科学研究科）

清水 厚志 （岩手医科大学いわて東北メディカル・メガバンク機構）

清水謙多郎 （東京大学大学院農学生命科学研究科）

長野 希美 （産業技術総合研究所人工知能研究センター）

松田

秀雄 （大阪大学大学院情報科学研究科）

宮本

荻島

創一 （東北大学東北メディカル・メガバンク機構） 尾崎

遼 （筑波大学医学医療系生命医科学域）

木下

賢吾 （東北大学大学院情報科学研究科）

進 （情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター）

白井

監

事

賛助会員：15社 名誉会員：3名

2019年度役員一覧

長

地域部会長

理

学生会員：63名

五斗

剛 （長浜バイオ大学コンピュータバイオサイエンス学科） 竹本

真理 （Oxford Nanopore Technologies 社）

和広 （九州工業大学大学院情報工学研究院）

田村 武幸 （京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター） 元池育子 （東北大学東北メディカルメガバンク機構）

藤渕

芳裕 （九州工業大学大学院情報工学研究院）

山田

航 （京都大学iPS細胞研究所）
和範 （東北大学大学院情報科学研究科）

山西渋谷 哲朗 （東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター）

賛助会員一覧
（2019年4月現在）• 株式会社日立製作所• 日本SGI株式会社• 株式会社富士通九州システムズ

• 塩野義製薬株式会社• 田辺三菱製薬株式会社• 三井情報株式会社• エーザイ株式会社• タカラバイオ株式会社• 中外製薬株式会社• 国立研究開発法人科学技術振興機構• 一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム• 株式会社ナベ インターナショナル• 有限会社パスウェイソリューションズ• 公益財団法人沖縄科学技術振興センター• 株式会社クリムゾン インタラクティブ・ジャパン

No.35（April, 2019）

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編

集

後

記

再現性・信頼性などのテーマはウェット・ドライ関わらずサイエンスにとって非常に重要なテーマだと思っておりましたので、今回の特集記事として諸先生方にお願いして執筆していただきました。今回のニュースレターは私自身もスケジューリングがうまく回らず、事務局の牛山様や勝美印刷の朝倉様には大変ご迷惑をおかけしまして、大変申し訳ございませんでした。今後のニュースレターのスケ
ジューリングも再現性・信頼性を高めて今後も頑張っていきたいと思います。

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No.35（April, 2019）（小寺正明）