6より繋がりやすいRDFデータの構築に向けて〇⼭本 泰智１、藤澤 貴智2
1. 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）、2. 国⽴遺伝学研究所

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

Li

feSc

iences多くの⽣命科学分野のデータが知識グラフとして表現されている

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

Linked Data
• Use URIs as names for things
すべてのモノやコトにURIを⽤いて名前をつける• Use HTTP URIs so that people can look up those names
httpで始まるURIでネット経由のアクセスを可能に• When someone looks up a URI, provide useful information, using
the standards (RDF*, SPARQL)
RDFなどの標準仕様を⽤いて有益な情報を返す• Include links to other URIs. so that they can discover more things
関連外部データのURIを含めて情報を芋づる式に--- Tim Berners-Lee
http://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

LODの特徴l だれでもWeb上でデータを公開できる👍l 語彙を⾃由に選んでデータを表現できる
l だれでもデータに情報（注釈）を付加できる
l データの選択や加⼯の⾃由度が⾼いl お互いにデータを公開し、共有することで、これらの利便性が⾼まる
l Web上のデータは⽟⽯混交🙅

l 語彙がばらばらで同じ概念同⼠でも繋がらない
l 注釈の信頼性や⼀貫性は期待できないl どこに必要なデータがあるのか分かりにくい
l お互いにデータを公開し、共有するのは難しい

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

コンピューターを⽤いて散在するデジタルデータを効率良く⾒つけ効率よくデータを統合したい

果たして本当に繋がっているのか?
RDFデータ作成者の意図通りに作られているのか?
Dukesy68

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

実際に⾒つかった例• http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Label• http://www.w3.org/2000/01/rdfschema#label• http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#component• http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan/component• http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan#Saccharide• http://purl.jp/bio/12/glyco/glycan/saccharide• http://glycoinfo.org/dbid/imex/IM-14106• http://rdf.glycoinfo.org/dbid/imex/IM-14106

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

RDFデータキュレーション
DB

データベース

RDF

RDF化
検証と更新処理

SPARQL
問合せ処理

sheXerShExスキーマ編集
表記ゆれ確認

ShEx
スキーマ

クラスター

プレフィッ
クスリスト

クラス&プロパティリスト

⽂字列クラスタリング©2016 DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

データ

sheXer
RDF

sheXerShEx
スキーマ

https://github.com/DaniFdezAlvarez/shexer

https://shex.io/
トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

プレフィックス
URIの最後のスラッシュもしくは#以降を除去した部分
SELECT distinct ?pref_subj
WHERE {?subj ?prop ?obj .
bind(replace(str(?subj),"[/#][^/#]+$","") as ?pref_subj)}

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

クラスやプロパティ
SELECT distinct ?class
WHERE { [] a ?class . }SELECT distinct ?prop
WHERE { [] ?prop ?obj . }OpenRefine

プレフィックスリストやクラス名やプロパティ名のリストを、OpenRefineを⽤いてクラスタリング、表記ゆれをチェック
トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

ユースケース︓天然化合物データベースのRDF化• KNApSAcK Familyは、⽣物種を軸に整理された天然化合物データベースであり、⾷・健康・環境情報など多岐にわたる主に⽂献情報に基づいた⽣物機能情報を扱っている。

• 化合物、⽣物種、⽂献情報とデータ統合を実現し、植物や微⽣物データベースとの統合を⽬的として、我々はKNApSAcK FamilyをRDF化を実施した。

• KNApSAcK RDFに対して本研究で提案するRDFデータのキュレーションワークフローを適⽤した。

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

:KNApSAcKCoreRecord{rdf:type [<http://purl.jp/knapsack/resource#KNApSAcKCoreRecord>] ;# 100.0 %rdfs:seeAlso IRI ;# 100.0 %dc:hasPart IRI +;# 100.0 %# 100.0 % obj: @:CDXfile. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:SDfile. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000058. Cardinality: {1}<http://purl.jp/knapsack/resource#fid> xsd:string ;# 100.0 %<http://semanticscience.org/resource/CHEMINF_000200> IRI +;# 100.0 %# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000059. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000018. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:Start_substance. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000113. Cardinality: {1}foaf:homepage IRI ;# 100.0 %<http://semanticscience.org/resource/SIO_000008> IRI +;# 100.0 %# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000043. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000334. Cardinality: {1}# 100.0 % obj: @:CHEMINF_000042. Cardinality: {1}<http://semanticscience.org/resource/SIO_000255> IRI +;# 100.0 %# 72.04371622438232 % obj: IRI. Cardinality: {1}# 12.88350972910444 % obj: IRI. Cardinality: {2}# 100.0 % obj: @:KNApSAcKCoreAnnotation. Cardinality: +# 9.445950378977537 % obj: @:KNApSAcKMetaboliteActivityAnnotation. Cardinality: +dc:references IRI +;# 100.0 %# 65.57951622092922 % obj: IRI. Cardinality: {1}# 17.755831419741362 % obj: IRI. Cardinality: {2}# 6.762893005749408 % obj: IRI. Cardinality: {3}# 100.0 % obj: @:KNApSAcKReference. Cardinality: +# 100.0 % obj: @:Article. Cardinality: +rdfs:label xsd:string +;# 100.0 %# 94.51475336245446 % obj: xsd:string. Cardinality: {1}# 5.471434244375766 % obj: xsd:string. Cardinality: {2}<http://purl.org/dc/elements/1.1/identifier> xsd:string +;# 100.0 %# 94.51475336245446 % obj: xsd:string. Cardinality: {1}# 5.485246637545538 % obj: xsd:string. Cardinality: {2}rdf:type [<http://purl.jp/knapsack/resource#KNApSAcKMetaboliteActivityRecord>] ?;# 5.485246637545538 % obj: <http://purl.jp/knapsack/resource#KNApSAcKMetaboliteActivityRecord>. Cardinality: {1}<http://purl.jp/knapsack/resource#function> xsd:string *;# 5.485246637545538 % obj: xsd:string. Cardinality: +<http://semanticscience.org/resource/SIO_000225> @:KnapsackMetaboliteActivity *;# 5.485246637545538 % obj: @:KnapsackMetaboliteActivity. Cardinality: +<http://purl.jp/knapsack/resource#category> xsd:string *;# 5.485246637545538 % obj: xsd:string. Cardinality: +<http://purl.jp/knapsack/resource#targetsp> xsd:string *# 5.485246637545538 % obj: xsd:string. Cardinality: +skos:closeMatch IRI *# 89.67350955644953 % obj: IRI. Cardinality: +# 81.6450560265198 % obj: IRI. Cardinality: {1}# 7.669331307515669 % obj: IRI. Cardinality: {2}}トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

今後の予定・RDFデータキュレーション⽀援システム構築
検討項⽬
- UI
- 配布⽅法（Webサービス / デスクトップ）

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）

終
ご意⾒等おまちしています。
yy@dbcls.rois.ac.jp

トーゴーの⽇シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭本（DBCLS）・藤澤（国⽴遺伝学研究所）