解析クイックガイド
ImageLab ソフトウェア Ver 6.0～

1.

解析画像の調節• 解析を始める前の画像調整方法について• 画像のコントラスト調整や、切抜き、回転、反転など

2.

定量解析(Volume Tools)• 囲ったエリアの定量化を行うシンプルな定量解析法

3.

定量解析(Lane and Bands解析)• レーンを設定し、バンドを自動検出/解析する方法• バンド定量、分子量算出、レーン間のノーマライズ補正にも対応

4.

レーン間のノーマライズ補正を行う場合

5.

蛍光検出を用いて複数の検出を行った場合• 複数の蛍光を用いマルチプレックス検出を行った場合の画像の取り扱い方法

6.

画像のExport方法

7.

撮影/ 解析条件の確認

8.

画像内への解析結果表示※より詳細な説明は、ImageLab ソフトウェアのHelpメニューよりImage Lab User Guideをご参照ください。

1 解析画像の調節: 解析を行う前に、解析を行い易いよう、画像の調節を行います。
1-1

1-1 解析を行いたい画像を表示させます。

1-2
1-3

Fileメニュー ＞ Openから解析したいファイルを選択します。
(本バージョンからscn形式以外の画像ファイルの読み込みもできるようになりました。)

1-4
1-5

1-2 複数枚のファイルを並べて表示する場合(Windowメニュー）
開いている画像を等間隔に自動整列し表示する場合
Tile: 開いている全画像を等間隔整列
Tile Horizontal: 開いてる全画像を上下に整列
Tile Vertical: 開いている画像を左右に整列
Cascade: 開いている画像のタイトルバーが見えるように積み重ねて表示

開いている画像のズーム設定やコントラストをそろえて表示する場合
Imitate Zoom: 選択されている画像と同じズーム率で他の画像が表示されます
Imitate Transform: 選択されている画像と同じコントラスト条件で他の画像が表示されます

1-3 表示画像の大きさの変更を行います（解析中いつでも実施することが可能です）。
① 各ボタンをクリックし、表示エリアを調節します。

Tips : その他、画像の大きさの調節方法
・指定範囲の画像拡大 ： Alt + 左クリック ドラッグ・拡大した画像の表示範囲の移動 : Alt + 右クリック ドラッグ・元の大きさに戻す場合 : 左ダブルクリック

1-4 画像のコントラストの調節を行います （解析中いつでも実施することが可能です）。
①

Image Transformボタンを押します。

②各バーを移動させ、画像のコントラストの調整を行います。
(定量的な数値結果への影響はありません)
High: この数値を下げると、弱いシグナルでも濃く見えます
Low: この数値を上げると、バックグラウンドがより薄く見えます
Gamma: この数値を上げると濃いものと薄いものの見た目の差が大きくなります
Invert Image display: イメージ表示のみを白黒反転表示 （データの正負は変わらず）します
Log histogram: ヒストグラムのY軸を対数に変換 します
重要 Highlight saturated pixels: チェックすると定量限界を超えたピクセルを赤く表示
Auto Scale:一番初めの状態に戻ります

1-5 画像の反転や、回転、切抜き、画像の重ね合わせを行います（解析中に行うことはできません）。
①

Image Toolsボタンを押し、各メニューから画像の調整を行います。
Flip
Horizontal: 左右反転します
Vertical: 上下反転します

Crop: 画像の解析必要部分の切り取ります（解析前に行うことを強く推奨）

Rotate90°Left: 左回転します
90°Right: 右回転します
Custom: 任意回転（表示される矢印で角度決定、右クリックRotateで確定します

Merge: 画像の重ね合わせます （同一サイズの画像が2枚必要）
化学発光検出画像と分子量スタンダードの画像等を重ね合わせて表示する場合に使用します(3-５ Tips参照)

Invert Data: データの正負の反転します2 定量解析(Volume Tools): 任意の場所を囲み数値化する場合
2-1

Volume Tools ボタンから定量したいエリア設定を行います。

2-2

③①
②
④
2-1

⑤
2-2

Analysis Tableボタンから結果の表示、Exportを行います。

① Volumesから使用する解析するエリアを指定するメニューを選択します。
Volumes
Rectangle: バンドを四角く囲います
Round: バンドを丸く囲います
Freehand: 任意のエリアの手書きで囲います
Lane: レーン全体を定量エリアとして囲います（エリアを曲げることも可能）①画面上部のAnalysis Tableボタンを押すと、解析結果のTableが画面下部に表示されます。
(Tableにはタブが3種類あり、Volume Tableを選択します)②Table上部の以下のボタンより表示内容や、解析結果のExport等を行うことができます。

② 解析したいエリア(バンド)を囲みます。

主にTableに表示させる解析項目を選択するために使用します(解析項目: 下表参照)。

Tips : 指定したエリア枠はコピー&ペースト(ctrl+c/v)が可能です

Tableの配置の切り替えを行います。

③ 選択したエリアをダブルクリックし、情報を付加します(任意)。
Unknown: 未知のサンプルの場合に使用します。
Standard: 濃度が既知でスタンダードとして用いる場合に使用します。
Background: Background Subtraction Methodで、Global(④参照)を用いる際に使用します
Quantity: 濃度が既知のサンプルの場合、値を入力することができます
Custom Label: ラベルの名前を変更することが可能です
Reference Volume: その領域をレファレンスとして指定し、それ以外の定量エリアの相対比が自動計算されるようになります

解析結果をクリップボードにコピーします
CSV(コンマ区切り)ファイルで出力します。
Excel(またはNumbers)が起動してデータを表示します。

項目

Volumeツールを用いた解析項目 一覧
定義

No.

各エリアに割り当てられた独自の番号

Label

指定エリアの属性に応じて割り当てられたラベル U＝Unknown, B=Background, S＝Standard のいず
れかの接頭語＋通し番号

Type

バンドの属性（Unknown, Background, Standard）

Units: 表示単位の指定します
Regression Method: 検量線の作成方法の選択します
Force through origin: チェックすると近似線が原点を通過します

Volume積分値
指定エリア内の全てのシグナル強度の合計値

Adj. Vol.

補正後積分値
バックグラウンドを差し引いたシグナル合計値

Tips: Multichannel Image(5-1参照) は Volume Toolsによる絶対定量（Standardを指定した定量）に対応していません
Tips: 作成した検量線は画面上のStandard Curveより確認することが可能です

Mean Bkgd.

バックグラウンドの1ピクセルあたりの平均値

Abs. Quant.

絶対的な定量値
濃度スタンダードと回帰法に基づく、指定エリアの補正後積分値（Adj. Vol.）から算出された値④ バックグラウンドの指定を行います。
Local : バンドを囲ったその1ピクセル外側をバックグラウンドとしますGlobal : バックグラウンドとして自分で指定したエリアを 差し引きます(③でバックグラウンドと設定したエリアの値を用いて計算されます)⑤ スタンダードの設定を行います(任意)。

# of Pixels

相対的な定量値
リファレンスの補正後積分値（Adj. Vol.）を１とした値
指定エリア内のピクセル数

Min. Value

指定エリア内の最小強度（1ピクセルの強度）

Max. Value

指定エリア内の最大強度（1ピクセルの強度）

Mean Value

指定エリア内の強度の平均値（1ピクセルの強度）

Std. Dev.
Area

指定エリア内での全ピクセルの標準偏差指定エリア内の面積、単位はmm2

Rel. Quant.

３ 定量解析(Lane and Bands):
レーンを認識させバンドを検出、定量および分子量の算出をする場合
3-1

Lane and Bandsボタンから、Lane（枠）の設定を行います。

3-3①Lane Finderを使って、解析したいレーンを枠で囲います。
初めにAutomaticをクリックし、自動認識によりレーンを認識させます。うまく認識しない場合は、Manualでレーン数を入力し、枠を表示させます。

①②
④

3-1
3-2

Tips: Automaticでうまく認識しない場合、Crop機能(1-3参照)で余白を削除することでうまく認識する場合があります②表示させた枠を調節し、レーン全体の調整を行います。
Adjust Frame: レ-ンの端をつかんで、微調整
Resize Frame: レーンフレーム全体の大きさを修正③レーン毎に調節する場合には、②で選択したボタンを解除してから、調節したいレーンをクリックします。選択されたレーンのみが赤色に変わり、選択されたレーンのみ調節が可能になります。
Tips: アンカーを追加、除去したい場合 レーン内で 右クリック④必要に応じてレーンの追加削除を行います。
Add Lanes: レーンの追加
Delete Lanes: レーンの削除

Adjust background: 3-3へ、Normalization: 4-1へ

3-2 バンドの検出を行います① BandsタブでDetect
Bandsをクリックします。

② Band Detectionウィンドウで検出条件を設定し、Detectボタンをクリックします。

③ Bandsボタンを用い検出されたバンドの修正します

Detection Settings
Low（推奨）: 濃いバンド中心の検出
High: 薄いバンドまで検出
Custom: 手動設定
Advanced: 上級設定 （取扱説明書参照）
Apply toAll Lanes: 検出対象は全レーン
Lane: 検出対象を番号で指定

Add: バンドの追加
Delete: バンドの削除
Adjust:定量化されている範囲を示す点線が表示。点線の位置の調整可能。
（上イメージ参照）※Lane Profileウィンドウ(3-3)からも定量範囲の調節が可能です

3-3 バックグラウンドの設定を行います（分子量の算出のみを行う場合には3-5へ移動してください）。
①Laneタブに切り替えAdjust
backgroundをクリック、もしくはLane ProfileボタンからLaneProfileウィンドウを表示させます。
Tips : Lane Proifileウィンドウ内でバンドの追加/削除する場合
ウィンドウ内でCtrl + 左クリック②Lane Profileウィンドウから目的バンドが検出されているか、バンドの定量範囲の確認を行い、必要に応じて調整します。

①

バンドの検出条件の変更が可能です(3-2 ②の画面が表示)

ピークトップに表示される数値情報の変更が可能です③Background SubtractionからDiskSizeを調節します。
Tips:
通常の場合10㎜以下が適切
V3の場合: 70mmが推奨④他のレーンも同様の条件にそろえたい場合にはApply to all Lanes
を押します。

③

緑色が検出されている範囲を示します④
バンドの検出範囲の調節する場合は、青線の位置を移動可能です3-4

Quantity Toolsからバンドの相対的比較、および検量線をもとにした定量を行います。:

相対的な比較を行う場合

3-6

検量線をもとにした絶対定量を行う場合

3-5①Absoluteタブ内のSelectボタンを押し、濃度を設定したいバンドをクリックします。
①Relativeタブ内のSelectボタンを押し、リファレンスとして設定したいバンドをクリックします。

②Band Quantityウィンドウが表示されるので、Quantityに数字を入力します。

②比較結果は、Report内のRel.
Quantに算出されます。
(3-6参照)③Unitsで単位を選択します。

3-5

3-4

④Regression内で検量線の近似線に用いる数式を選択します。

Tips : Multichannel Image(5-1)は Quantity Toolsによる相対定量、絶対定量に対応していません⑤定量結果は、Report内のAbs.
Quantに算出されます。

Tips: 作成した検量線は画面上のStandard Curveより確認することが可能です

Mw Analysis Toolsから分子量の算出を行います。
分子量の算出を行わない場合には、3-6へ移動してください。
Tips: 化学発光検出画像と有色分子量スタンダードを重ね合わせる場合①Standardsから使用したスタンダードを選択します。
Standards: Changeで使用する分子量スタンダードの選択します（新規作成も可能）②スタンダードを流したレーンの指定を行います。
Standard Lanes: 分子量スタンダードとして使用したレーンの数値を入力、または画像下端に表示される□にチェックを入れます③検量線の作成方法を選択します。
Regression: 検量線の作成方法の選択します
Tips: 作成した検量線は画面上のStandard Curve確認することが可能です

3-6

Analysis Tableから解析結果の表示、Exportを行います。

画面上部のAnalysis Tableボタンを押すと、解析結果が含まれるTableが画面下部に表示されます。
(Tableにはタブが3種類あり、Lane Band Tableを選択します。)
Table上部の以下のボタンより表示内容や、解析結果のExport等を行うことができます。

より①化学発光により検出された画像と有色分子量スタンダードの画像を開きます②ImageTools（1-3参照）内のMergeボタンを押します③Merge Imageウィンドウが表示され、OKを押します④Merge画像を用い、3-1からの手順に従って、分子量の算出を行います
注: Merge機能により合成された画像を用い、分子量算出以外の定量解析に使用することはできません
注: 画像のコントラストは、重ね合わせる前のコントラストが反映されます

Lane and Bandsツールを用いた解析項目 一覧
項目

定義

ChannelLane
Band No.

チャンネルの名称
バンドのレーン番号
レーンごとに、各バンドに上から順につけられた番号
ユーザーが任意に入力したカスタムラベル名 （表中のBand Labelボックスをダブルクリックすると入力可能）

Band Label
Mol.Wt.(kDa)

主にTableに表示させる解析項目を選択するために使用します(解析項目 右表参照)。

Relative Front

Tableの配置の切り替えを行います。

Volume

解析結果をクリップボードにコピーAbs. Quant.

CSV(コンマ区切り)ファイルで出力します。

Rel. Quant.

Excel(またはNumbers)が起動してデータを表示します。

Band %

Adj. Volume

Lane %
Norm.Factor
Norm. Vol.

ユーザーが定義したスタンダードと回帰法に基づいて算出されたバンドの分子量または塩基数泳動の開始点から先端までに対するバンドの相対的な移動度で、0～1の数値で示される（Rf値）
検出したバンドのシグナル強度の合計値からバックグラウンドを差し引いた値積分値。 検出したバンドのシグナル強度の合計値
絶対的な定量値 濃度スタンダードと回帰法に基づいて、バンドの補正後積分値（Adj. Volume）から算出された値
相対的な定量値 リファレンスのバンドの補正後積分値（Adj.Volume）を１とした相対値
レーン中で検出された全バンドの積分合計値に対する各バンド積分値の百分率
レーン中の全てのシグナル積分値（バンドとして検出されていないシグナルも含む）に対する各バンド積分値の百分率
レーン間のバンドの強度を補正するための補正係数
Norm. Factor で補正した Adj. Volume

4 レーン間のノーマライズ補正を行う場合
4-1

Lane and Bandsボタンから、ノーマライズ用ファイルを作成します。

4-3

③

4-1
4-2
④②
①Normalization Channel: Add channel...を選択します。

①②Add Normalization ChannelウィンドウのBrowse...からノーマライズに使用する画像を選択し、Compatible Open Imagesにファイルを追加します。
③追加したファイル名をクリックし、Normalization Dataへクリックアンドドロップし、OKボタンを押します。
④Auto-Analysisウィンドウが自動的に開かれます。
Lane and Bands Toolを使ってバンド検出を行っていない場合は、OKを押し自動検出を行います。

4-2 バンドの検出、ノーマライズの条件設定を行います。
① 3-1に従って、Channel1およびChannel2のレーン(枠)の調整を行います。
Tips : Normalization Channelで指定したチャンネルでレーン(枠)の調整を行った後、Sync Norm. Lanes(□)をクリックすると、他のチャンネルにも変更が反映されます。
② 3-2、3-3に従って、Channel1およびChannel2のバンド検出、バックグランドの設定を行います。
③ ノーマライズ条件の設定を行います。
Normalization Channel : ノーマライズ用画像(ハウスキーピングまたは総タンパク質画像)を選択します。

③

Normalization Lane:
ノーマライズを行うにあたり基準とするレーンを選択します。

④④ Total lane proteinもしくはHousekeeping protein bandsを用いたノーマライズを行うかを選択します。

4-3 解析結果の表示、Exportを行います。
Analysis Tableより、解析結果が含まれるTableが画面下部に表示されます。
(Tableにはタブが3種類あり、Lane Statisticsを選択します)

Lane Statistics Tableの解析項目 一覧
表示定義

Channel

チャンネルの名称「Norm. Factor で補正したバンドの積分値は、Lane and Bands Tableタブから、Lane No.
Norm. Vol. を参照してください（3-6 へ）。」Table上部の以下のボタンより表示内容や、解析結果のExport等を行うことができます。

主にTableに表示させる解析項目を選択するために使用します(解析項目:右表参照)。
解析結果をクリップボードにコピーします。
CSV(コンマ区切り)ファイルで出力します。
Excel(またはNumbers)が起動してデータを表示します。

レーン番号
レーンごとの全ての検出バンドに関する Adj. Volume のAdj.Total Band Vol.
合計値
レーンごとの全ての検出バンドに関する Volume の合計
Total Band Vol.
値
レーンごとのバックグラウンドを差し引いた全てのシグナ
Adj.Total Lane Vol.
ル積分値
Total Lane Vol.
レーンごとの全てのシグナル積分値
Bkgd. Vol.

レーンごとのバックグラウンドの積分値

Norm. Factor

レーン間のバンドの強度を補正するための補正係数

5. 蛍光検出を用いて複数ターゲットを検出した場合
5-1 最大3種類の蛍光波長で撮影した画像を1つのファイル(Multichannel Image)として保存します(既にバイオ・ラッドのImagerによりMulti Channel modeにより複数波長による連続撮影をしている場合はこの操作は不要です)。

5-1

③①②

MultichannelImageファイル① 各蛍光波長で撮影したファイルを開きます(File＞Open)。
② File>Create Multichannel Image...を選択し、Create Multichannel imageウィンドウを開きます。
③ Compatible Open Images内のファイルを選択し、New Multichannel Imageへクリックアンドドロップします。
④ OKボタンを押すとMultichannel Imageファイルが作成されます。
⑤ 作成されたファイルを用い、定量解析(Volume ToolsやLane and Bands Tools)を行うことが可能です。
Tips: 本方法で撮影後に作成されたMultichannel Imageファイルは、分子量算出を行うことはできません。(バイオ・ラッドの撮影装置を使って、Multichannel撮影した画像は分子量算出を行うことができます
Tips: Multichannel ImageはVolume Toolsによる絶対定量（Standardを指定した定量）に対応していません
Tips: Multichannel ImageはQuantity Toolsによる相対定量、絶対定量に対応していません

5-2 Multichannel Imageファイルの見方

①②

③④

⑤

⑥

① 3枚の画像のバンドに疑似色を付け、重ね合わせた画像がMultichannel Image(左上)として表示されます。
② Multichannel Imageで表示されるチャンネルを選択可能です。
重ね合わせ画像の、RGBカラー／白黒表示の切り替えも可能です。
③-⑤ 画面に表示するチャンネルを選択可能です。
⑥ 画像のレイアウトの変更が可能です。
Grid View: 格子状に表示（デフォルト）します
Vertical View: 垂直（横）に並べます
Horizontal View: 水平（縦）に並べます
Single View: 選択した画像のみ表示します6. 画像のExport方法:
ImageLabソフトウェアでは様々な形式で画像データのExportが可能です
6-1
6-2

6-1 論文やプレゼンテーション用にExportする場合①上部メニュー File >Exportより、Export for Publicationを選択します。
②Export for PublicationウィンドウからExportする画像条件の設定を行います。

6-3
8-1

7-1

Publishing Source
Entire Image:
画像上に表示されているレーン、バンド、テキスト情報が付加されて出力されます
Current Views:
画像のみが出力されます
Publication Resolution(dpi)指定されたdpiで出力されます

6-3 画面表示されている画像をExportする場合③設定が終了したらExportボタンを押し、ファイルの保存場所、ファイル形式を選択し保存します。
Tips: 保存可能なファイル形式 .tif .bmp .png .jpg
6-2 別のソフトウェア等を用いて解析するための画像をExportする場合①上部メニュー File >Exportより、Export for Analysisを選択し、場所を指定して保存します。

①Screenshotボタンを押し、Screenshotウィンドウを開き、画像をコピーまたはファイルとして保存します。

Tips: 16bitのTIFFフォーマットで精度を保持した画像を出力します
Tips: 閲覧には16bitのTIFFファイルに対応したプログラムが必要です

７. 撮影/ 解析条件の確認
7-1

8. 画像内への解析結果表示

ボタンからImage Infoウィンドウを開きます。

8-1

ボタンからDisplay Gel Optionsウィンドウを開きます。

①①Image Detailsタブより
撮影機種名
露光時間
ビニング設定撮影日等の撮影条件の確認が可能です。

例えばLane And Bandsで解析した分子量値を画面に表示させたり、相対定量値を表示させたりすることが可能です。

②Analysis Settingsタブより解析条件の確認が可能です。
③Notesボタンでは、コメントを残したり、Lane解析をしている場合にはサンプル名を入れることが可能です。

バイオ・ラッド ラボラトリーズ株式会社〒140-0002 東京都品川区東品川2-2-24
天王洲セントラルタワー20F
Tel: 03-6361-7000 Fax: 03-5463-8480①解析結果をどのように画像内に表示させるかを選択することが可能です。

②全ての解析結果を非表示にする場合には、Show/Hideボタンを押します。

②

製品の学術的なお問い合わせは
Tel : 03-6404-0331 Fax: 03-6404-0334
Mail : life_ps_jp@bio-rad.com
M11275L 1706a