スーパーコンピュータ「京」でシミュレーションする生命科学～SCLS計算機システムへの期待～
理化学研究所
HPCI計算生命科学推進プログラム
企画調整グループ パブリックアウトリーチ担当
神内 衣里香（HPCI戦略プログラム 分野１）

内容
「京」
革新的ハイパフォーマンス・コンピューティン

グ・インフラ（HPCI）の構築
HPCI戦略プログラム
分野１

HPCIシステム利用研究課題公募

SCLS計算機システム（京互換機）

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内容
「京」
革新的ハイパフォーマンス・コンピューティン

グ・インフラ（HPCI）の構築
HPCI戦略プログラム
分野１

HPCIシステム利用研究課題公募

SCLS計算機システム（京互換機）

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京3

写真提供：富士通株式会社「京」の構造は？
システムラック（筐体：きょうたい）

８６４台

CPUをつなぐケーブルの総延長：約10004km

「京」のハードウェア構成

システム全体
計算ラック×864

計算ラック群
計算ラック×8
ディスクラック×2

計算ラック
システムボード×24
IOシステムボード×6

1京回/秒＝10ペタフロップス
1.27TB

システムボード
ノードノード×4
CPU×1ICC×1
メモリ×8

98.4兆回/秒
12TB
12.3兆回/秒
1.5TB

演算性能：1280億回/秒
メモリ容量：16GB

5120億回/秒
64GB

80,000個以上のCPU間を相互に接続するネットワーク
写真提供：富士通株式会社
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「京」の超並列計算を支える人々

Jun, 1993
Nov, 1993
Jun, 1994
Nov, 1994
Jun, 1995
Dec, 1995
Jun, 1996
Nov, 1996
Jun, 1997
Nov, 1997
Jun, 1998
Nov, 1998
Jun, 1999
Nov, 1999
Jun, 2000
Nov, 2000
Jun, 2001
Nov, 2001
Jun, 2002
Nov, 2002
Jun, 2003
Nov, 2003
Jun, 2004
Nov, 2004
Jun, 2005
Nov, 2005
Jun, 2006
Nov, 2006
Jun, 2007
Nov, 2007
Jun, 2008
Nov, 2008
Jun, 2009
Nov, 2009
Jun, 2010
Nov, 2010
Jun, 2011
Nov, 2011
Jun, 2012
Nov, 2012
Jun, 2013

スパコンの計算速度の向上

10PFlop/s

1TFlop/s

京, 理化学研究所/富士通

1PFlop/s

100TFlop/s

10TFlop/s#1#500

個人で所有するパソコンの性能

100GFlop/s

10GFlop/s

1GFlop/s

100MFlop/s

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内容
「京」
革新的ハイパフォーマンス・コンピューティン

グ・インフラ（HPCI）の構築
HPCI戦略プログラム
分野１

HPCIシステム利用研究課題公募

SCLS計算機システム（京互換機）

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HPCIの構築「京」を中核とするHPCIのイメージ図

文部科学省HPより

9HPCI戦略プログラム 5つの戦略分野予測する生命科学・ 医療および創薬基盤

予測医療と革新的創薬

血栓成長による血管閉塞シミュレーション

薬候補のタンパク質への結合シミュレーション

新物質・エネルギー創成

物質と宇宙の起源と構造

世界に先駆けた次世代デバイスを提唱

大質量星の超新星爆発の解明

原子レベルで精密計算超新星爆発の３次元シミュレーション

省エネ・高速動作

次世代ナノスケールデバイス「超高性能」、「超低消費電力」

爆発時の密度分布

次世代ものづくり

防災・減災に資する地球変動予測

設計プロセスの革新

集中豪雨や地震の予測

オリジナル形状

1.0 10 20 40 60

集中豪雨の再現実験

最適化形状

車体後部周りの超精緻解析
による最適形状の究明

新潟県中越地震による
強い揺れの広がり10

低空気抵
抗、低揺動車の開発

HPCI戦略プログラム 分野１の使命

社会◆研究成果の普及
◆人材育成

産業界
一般

医療従事者

◆研究開発
◆HPC計算機資源の効率的活用

HPCI
生命科学の研究者コミュニティ（医療、創薬含む）

他の戦略機関◆人的ネットワークの形成◆分野を超えた取り組みの推進

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SCLSって何？
SCLS？
 我々（分野1）の通称です！
 英語名：Computational Life Science and Application in Drug Discovery and MedicalDevelopment
長い！

 Supercomputational Life Science = SCLS(えすくるす)

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HPCI戦略プログラム SCLSの使命

社会◆研究成果の普及
◆人材育成

産業界
一般

医療従事者

◆研究開発
◆HPC計算機資源の効率的活用

HPCI
生命科学の研究者コミュニティ（医療、創薬含む）

他の戦略機関◆人的ネットワークの形成◆分野を超えた取り組みの推進

研究開発（R&D）
R&Dチームによる最終目標達成を支援する。
教育とアウトリーチ活動を含め、多くの関係者との連携を強化する。
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SCLSの研究開発
課題１

細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション
代表：杉田 有治 理化学研究所

課題２

創薬応用シミュレーション
代表：藤谷 秀章 東京大学先端科学技術研究センター

課題３

予測医療に向けた階層統合シミュレーション
代表：高木 周 東京大学大学院工学系研究科

課題４

大規模生命データ解析
代表：宮野 悟 東京大学医科学研究所

14細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション「京」を用いた大規模計算で、細胞内環境をリアルに再現する
これまでの計算

細胞内分子ダイナミクス

Imai and Sugita, JCPB (2010).
1μ 秒の水中の計算により圧力変性と水分子の侵入の関係を解明

10ns dynamics of Aquaporin in a lipid bilayer.
(Hashido et al. Biophys. J (2007)

15

McGuffee and Elcock, PLoS Computational Biology(2010)
大腸菌の細胞質内分子混雑環境をモデリング

理化学研究所 杉田先生のご厚意による

内容
「京」
革新的ハイパフォーマンス・コンピューティン

グ・インフラ（HPCI）の構築
HPCI戦略プログラム
分野１

HPCIシステム利用研究課題公募

SCLS計算機システム（京互換機）

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HPCI利用公募
募集開始

9月2日（月）受付開始

10月1日（火）締め切り

10月31日（木）17時※電子申請

結果通知

平成26年2月初旬

利用開始

平成26年4月1日（火）課題募集説明会
 東京

9月20日（金）※HPCI連携拠点とTＶ会議接続予定
 神戸 9月26日（木）17「京」産業利用枠：新薬開発を加速する「京」インシリコ創薬基盤の構築

申請主体（事務局）： NPO法人バイオグリッドセンター関西研究代表 京都大学薬学研究科 奥野恭史
製薬企業（１１社）：
アスビオファーマ, エーザイ, 小野薬品工業, キッセイ薬品工業, 参天製薬, 塩野義製薬,大日本住友製薬, 田辺三菱製薬, 日本新薬, 科研製薬, 杏林製薬
IT企業（２社）： (株)京都コンステラ・テクノロジーズ, 三井情報(株)大学等： 京都大学大学院薬学研究科, (独)産業技術総合研究所, 理研HPCI計算生命科学推進プログラム• コンピュータ創薬の根本課題に挑戦• 製薬会社による現場利用に耐えうる計算フロー（計算精度と計算時間）の構築• 我が国のコンピュータ創薬の中心拠点形成

H24年度「京」利用研究課題 採択結果

 「京」の利用を希望しているユーザ

225 件

 提供可能な計算資源量＜要求計算資源量（6倍以上）

京互換機でチューニングしてから京を使いたいなぁ

京を使用したいのに使えない京（スパコン）を使用したいけれど、使う必要ある？

生命科学分野京で利用する前に試しに使いた
いよSCLS計算機システム（京互換機）
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内容
「京」
革新的ハイパフォーマンス・コンピューティン

グ・インフラ（HPCI）の構築
HPCI戦略プログラム
分野１

HPCIシステム利用研究課題公募
SCLS計算機システム（京互換機）

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SCLS計算機システム
SCLS計算機システム
CPUシステム
全体

「京」

名前

SPARC64 IXfx

SPARC64 VIIIfx

理論性能

211 GFLOPS (1.65GHz)

128 GFLOPS (2GHz)

コア数

16

8

ノード数

48

88,128

理論性能

10.1 TFLOPS

11.28 PFLOPS

ノード当たりのメモリ

32GB (全体 1.5TB)

16GB (全体1.5PB)

22

SCLS計算機システム導入現場

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SCLS計算機システムの公募概要（1） 利用目的 生命科学者に無料で提供し、計算生命科学を知って頂く
 HPCI、特に「京」への橋渡し役を果たす

 利用可能資源
 アカウント数:

研究課題の参加者1名あたり1アカウント
 ディスク容量: 研究課題につき2TB
 利用可能計算機使用量： １研究課題あたり200ノード・時間／月。1回のジョブの実行時間の上限は3時間。

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SCLS計算機システムの公募概要（2） 応募資格 民間、大学等研究機関の生命科学者、技術者

 公募期間 9月17日（火） 10月4日（金） 10月末ごろ
 11月1日

SCLS計算機システムの利用公募開始
締め切り
審査結果の連絡（予定）SCLS計算機システム使用開始（予定）http://www.kobe.rikenjp/stpr1-life/index.html

26

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