プレプリントが変える学術情報流通とオープンサイエンスの展望

林 和弘
文部科学省 科学技術・学術政策研究所
データ解析政策研究室長
AMED科学技術調査員
日本学術会議特任連携会員

2023年9月28日(金)UniBioPress シリーズ学術出版を学ぶ（ 28）－ 学術情報流通の未来

1As a digital transformer for Open Science
CONTRIBUTION
1990

1995

2000

2005

2010

2015

2020

• Organic
Syntheses

科学研究をしながら、紙からデジタル、デジタルからweb（インターネット）へのメディア変容について実際に手を動かす
Advocacy for Science
Council of Japan• Digital
Peer-Review
Tracking System••••

Online journals
XML Publishing
DOI and CrossRef
EJ-business• Open Access
2005• Advocacy for policy
makers••••••••

ORCIDaltmetrics
RDA Tokyo 2016
G7 OSWGOECD
Citizen ScienceBlockchain
Virtual Learned
Society• DeSci

DX for PTA

SGM, XML scholarly publishing

オープン化の潮流、論文からデータへの拡張
Citizen Science (NHK)Japan Open Science
SummitInternational
Contribution
For Open SciencePolicy
Scholarly communication onMetaverse

Blockchain
taskforce forChemistry

DX for Learned Society

科学のボーダーレス化（シチズンサイエンス）
DeSciやバーチャル学会の立ち上げをサポート

2
Decentralized Science
blockchain

From Bottom-up to Top-down
Chemical Society of Japan (1995-2012)

National Institute of Science and Technology Policy(2012-)
Open Science policy development

Journal Manager
EJ development (with my IT Skill)
OA implementation
ALPSP Board Member (2011)https://onlinelibrary.wiley.com/journal/24750328
https://www.cell.com/patterns/

GAP analysis
Translation
Consultation

http://progearthplanetsci.org/
Advisory Board Member
Consultation

Expert Member, Advisory Committee

https://iupac.org/

実際に電子ジャーナル開発と運営ならびにOA化を経験した研究者が、オープンサイエンス、研究データ共有の政策づくりに携わり、変容を駆動する•••

SPARC Japan、J-STAGE
XSPA(学術XML推進協議会）
科研費成果公開促進費改定

未来洞察

•
•
•

Japan Open Science Summit
RDUF(研究データ利活用推進協議会）
AMED情報分析課

概要■ プレプリントは査読付き原著論文の草稿であるが、研究成果公開メディアとして一定の独立した地位を他分野で確立しつつある。
■ プレプリントの利活用の是非は利用者の立場によって変わる。
■ プレプリントの進展は，学術雑誌と原著論文を中心とした研究者のエコシステムのあり方に一石を投じている。
■ プレプリントがもたらす研究および研究環境の変化に応じた対応が求められる。

4プレプリントとプレプリントサーバー■ プレプリント＝査読つきジャーナルに通る前の草稿原稿◆ プレプリントは査読済みでもなく、出版（Publish）されたものでもない◆ 紙の時代からあるプレプリントの共有（身内，共同研究者）■ プレプリントサーバー＝プレプリントを掲載するインターネット

サーバー（Web）◆ 1991年から30年あまりの歴史（物理）◆ “身内と共有”から“世界と共有”へ

2019年6月5日発足
米イエール大学、BioRxivを立ち上げたコー
ルドスプリングハーバー研究所にBMJ(British Medical Journal)が参画して始動
https://www.medrxiv.org/

5プレプリントサーバーの進展
従来の仕組みプレプリントサーバ(PS)の活用
一部の分野
あくまで“草稿”

研究者
論文投稿

研究者

投稿
プレプリント (論文、データ他)

論文投稿

サーバー
PS

出版者

出版者
査読による

質のコントロール
研究成果公開アクセス制限がある場合も査読による即時公開による質のコントロー
ル

先取権獲得

EJ
価格高騰
出版まで時間がかかる

読者EJ
オープンアクセス

研究成果公開従来の論文公表

読者先取権を確保しつつ、査読を経て学術ジャーナルでも公開
領域によってはプレプリントサーバがメインの公開先になるところも6急増するプレプリント（Biomedical）

Polka, J K., & Penfold, N C. Biomedical preprints per month, by source and as a fraction of total
literature (4.0). Zenodo. 10.5281/zenodo.3955154
7主なプレプリントサーバー

迅速な成果公開・共有手段として分野ごとに徐々に浸透中
学術情報流通を変革する研究データより身近なメディアとして注目
小柴等, 林和弘, 伊藤裕子. COVID-19 / SARS-CoV-2 関連のプレプリントを用いた研究動向の試行的分析.
文部科学省科学技術・学術政策研究所, 2020, NISTEP DISCUSSION PAPER No. 186, 10p. https://doi.org/10.15108/dp186

8

MedRxiv■ プレプリントは、査読つきジャーナルを置き換えるものではなく、サービスを補完するもの◆ Webの特性を生かし、新しい知見の迅速な共有とフィードバックを得る◆ 先取権の確保◆ 査読者のScoop（抜け駆け）防止

2019年6月5日発足
米イエール大学、BioRxivを立ち上げたコー
ルドスプリングハーバー研究所にBMJ(British Medical Journal)が参画して始動
https://www.medrxiv.org/■ Caution: Preprints are preliminary reports of work that have not been

peer-reviewed. They should not be relied on to guide clinical practiceor health-related behavior and should not be reported in news media as
established information.

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キラーサービス：Direct Transfer
プレプリント登録からそのままジャーナル投稿へ
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■研究者
BMJ Open
Cells Tissues Organs
二度手間を防ぐ
投稿
Developmental Neuroscience
プレプリント (論文、データ他)
EMBO Molecular Medicine
サーバー
Endocrinology
Genetics in Medicine
PS
論文投稿
Human Heredity
出版者
Intervirology
査読による
JCO Clinical Cancer Informatics
即時公開による質のコントロー
JCO Precision Oncology
先取権獲得
ル
The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism
EJ
Journal of the Endocrine Society
オープン
研究成果公開Journal of Experimental Medicine
アクセス
従来の論文公Journal of Innate Immunity
表Life Science Alliance
Microbial Physiology
読者
PLOS Medicine
PLOS Neglected Tropical Diseases
PLOS One• 投稿者：1回の投稿作業で、プレプリントと査読付きジャーナル
StemJournalへの作業が完了
10• 出版社：ある程度のスクリーニングが済んだ原稿を査読できるプレプリントの入手状況（科学技術分野全般）■ 調査対象■ 科学技術専門家ネットワーク：1,671名■ 有効回答：1,173名（回答率70.2%）

プレプリントの入手経験 (全体)

■ 調査期間■ 2022年7月19日〜8月22日

20222020

年齢層別プレプリントの入手経験

世代交代による変容を示唆(n=1,104)
doi/10.15108/rm327

11プレプリントの入手状況（分野別）
分野別プレプリントの入手経験 （n=1,104）

入手：38.0％（2020）から大幅増
公開： 8.0％（2020）から大幅増
doi/10.15108/rm327

12分野別のプレプリントの展望
Q（自身に最も近い研究分野を選んだ後）その分野では、今後プレプリントの利用が進むと思われますか。

医学を含む多くの分野で進展を見込む割合が多い（n=1,104）

doi/10.15108/rm327

13プレプリントの活用は分野と言うよりトピック単位■ Global Challenge（世界的な社会課題）◆ COVID-19◆ ジカ熱◆ SARS
緊急対応としての共有■ Super Hot Topic（注目の高いトピック）◆ Deep Learning◆ 高温超伝導研究の進展が早すぎて査読が間に合わない（待てない）■ Super Novel Topic（新奇性が高いトピック）◆ 先進的過ぎると査読に通らない（時間がかかりすぎる）、査読者が居ない ポア
ンカレ予想，ABC予想■ Super Societal Impact（実用性の高いトピック）◆ 実用性が高いものを手早く共有 Google Page Rank
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プレプリントの利活用は立場で変わる■ 原著論文を書く研究者◆ 自身の専門における研究成果公開・共有および最新の情報収集の新しいツールとして無視はできない◆ 戦略的活用• 先取権の確保，共同研究者の募集，集合知の活用• 公開のタイミングの是非（プレプリントを出さない戦略もあり）■ 原著論文を読む研究者，専門家◆ 問われる見識（6割は査読に通るとして）◆ なぜ高エネルギー物理学でプレプリントが浸透したか■ その他の利用者◆ 原則として取り扱いは慎重に（玉石混交，撤回もあり）◆ 安易に広報（含むプレスリリース），シェアしない✔ リスクのとり方

15プレプリントサーバーの活用＝問われるピアレビュー
従来の仕組みプレプリントサー
バー

研究者

研究者
登録

論文投稿

プレプリント
サーバー
PS

アクセス制限がある場合も論文投稿

ダイレクトトランスファー
による作業効率化

査読による即時公開による査読による質のコントロール

先取権獲得

質のコントロール

EJ
価格高騰
出版まで時間がかかる

読者

スクリーニング

出版者

出版者

研究成果公開最低限のオープン
アクセス

先行読者
読者市場による評価
研究成果としてよりメインストリーム

EJ
研究成果公開（業績の固定）読者
社会への波及産業展開16

問われる査読のあり方■ New England Journal of Medicine(NEJM)、Lancetという2大臨床医学誌でCOVID-19に関する論文が撤回◆ NEJMの方は、新型コロナと心血管疾患や薬剤との関係を検討した臨床研究◆ Lancetの方はクロロキン、ヒドロキシクロロキンという新型コロナに対する治療薬に関する観察研究■ これら2つの論文はいずれの論文もサージスフィア（Surgisphere）という社員わずか数名のデータ分析会社のデータによるもの．
■ 両論文の疑義を明らかにするためにデータの開示を求められたとこ
ろ、サージスフィア社はデータ開示を拒否■ 再検証は困難であるということで論文撤回
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20200606-00182086/

COVID-19の論文撤回を踏まえて• 論文の査読者の専門知識の基準を厳格化（データサイエンティストの導入）• すべての著者がデータの妥当性を保証• データ共有計画を詳細に記述させる•

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31958-9/fulltext

17

アクターの変化・付加と“出版”としてのプレプリント
従来の仕組み
研究費獲得
研究費の申請と助成（＋報告書）

研究者

Wellcome財団の試み(Wellcome Open Research:WOR)
研究費獲得

論文投稿

研究助成
機関

Wellcome
財団

報告書は求めるが論文等の研究成果公開手段は提供せず（次の研究費、昇進等に関わる）

研究成果公開出版者

学術雑誌の査読による質のコントロール

EJ
アクセス制限がある場合も研究者

研究費の申請と助成（＋報告書）

価格高騰
出版まで時間がかかる

投稿(論文、データ他)

WO
R

出版者
即時公開
査読のアウトソースによる質の保証

研究成果公開研究者に長く受け入れられている学術雑誌の存
在

EJ

オープン
アクセス

読者

読者

研究助成団体から研究費を獲得し出版者の学術雑誌から論文を出版

研究助成団体から研究費を獲得し研究助成団体のプラットフォームから論文、データ等をオープンに出版

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論文を書いたらとにかく出版
Open Research Central

■
■
■
■

F1000Research(筑波大学）
ウェルカムトラスト
ゲイツ財団
EUで導入検討の動きも■ 論文を書いたら，データと共にまずは公開（出版）■ 後から透明性の高い査読と，ユーザーコメント■ 改訂を加えてブラッシュアップ

https://openresearchcentral.org/
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却下のないジャーナル■ eLife

プレプリントとの境界があいまいに
https://elifesciences.org/inside-elife/54d63486/elife-s-new-model-changing-the-way-you-share-your-research
20プレプリントに依拠した研究の生態（情報系）◆

情報系で定性的に言われていたことをある程度定量的に裏打ち●●◆

原著論文ではなく，国際会議のプロシーディングスを重要視
プレプリントを参考に研究を進展させ，プレプリントを引用してプレプリントを共有（ Deep Learning)

COVID-19の前より，査読ジャーナルの問題は顕在化しており，分野依存ながら代替手段も存在していた（研究サイクルの速さにジャーナル査読が追いつかない）
原著論文になった割合（推定）

情報

物理

天文

プレプリントが引用されている回数（平均）情報

物理

astro-ph天文cond-mat

材料cs

情報

econ

計量経済

hep

高エネルギー物理math

数学

nlinシステム科学

nucl

核physics

物理

q-bio

生物

q-fin

金融

stat

統計

arXivが設定した153の小分野を独自に12分類

天文* NISTEP，Discussion Paper doi/10.15108/dp187

21遷移状態をどう切り抜けるか（楽しめるか）

Digital native

いまここ
Print-based
これまでの研究のエコシステムは依然重要• OA• プレプリント• 転換契約Research data,
network analysis

Paper, citation

Base chart: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Activation_energy.svg

Artifacts?
Blockchain?

新しいパラダイム（次世代）にどう繋ぐかも意識• 研究データ• 定量評価• 研究DX新たなオープン化（知の開放）に基づく社会制度と、方針と運用の再デザイン（新しい秩序）
大量印刷と物流が支えてきた科学と社会Webが支える
科学と社会

Human Readable

Machine Readable

Past DesignOpenClose
SecretChubin(1985 過去から引き続く社会制度に応じた)対応方針、運用

情報爆発による知の開放

Future Design

触媒としての政策
http://commons.wikimedia.org/wiki/Fil
e:Activation_energy_ja.svg

ICTは進展したが、著作権や知財を含む法律、社会制度の骨格は旧来のまま

Open
Close
Secret
これからの社会制度に応じた EC,
対応方針、運用 OECDの狙い

新オープン・クローズ戦略• 科学・知財を取り巻く（人の行動原理を中心とした）本質は同じだが、情23報基盤の変革に応じた再デザインと新しい秩序形成

5. まとめ■ プレプリントは査読付き原著論文の草稿であるが、研究成果公開メディアとして一定の独立した地位を（医学系でも）確立しつつある。
◆ 特にホットトピックの研究者間の共有に関しては、事実上不可欠◆ 原著論文とは違うメディアとしての役割の可能性が出てきた■ プレプリントの利活用の是非は利用者の立場によって変わる。
◆ 研究者の情報収集と発信においては自身の専門性のもと積極的かつ戦略的にプレプリントを活用◆ 非専門の読者としてはリスクを踏まえて慎重に取り扱うべきものである◆ 研究者コミュニティ（学会）としての見識、啓発が求められる■ プレプリントの進展は，学術雑誌と原著論文を中心とした研究者のエコシステ
ムのあり方に一石を投じ、オープンサイエンスパラダイムに向けた変容を促している。
◆ （短期的）査読、雑誌のあり方◆ （長期的）研究、知識形成のあり方

24

（以降参考資料）

25

MedRxiv誕生までの経緯■ 1969年インゲルフィンガー・ルール（Ingelfinger Rule）◆ その内容が既に投稿されていたり、どこか別の場所で報告されていたりした場合は、原稿の受け取りを拒否する■ 1999年E-Biomed by H. Varmusが理論物理学のプレプリントサーバーを真似る形で医学版arXivを提唱するも頓挫◆ 内容を理解できる人が限られる理論物理学とは異なり，健康や生命に直接的にかかわり多くの人が興味を持つ
医学医療分野の懸念◆ これを機にPMC（査読済み論文のポータル）創立、PLoS
ジャーナル（Gold OAジャーナル）創刊へ■ 2003年arXivが定量生物学の論文を受付→2013年BioRxivの誕生と急進→2017年MedRxivを提唱→2019年に始動
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医学系学会としてのプレプリントサーバー■ プレプリントをジャーナルとしてどう扱うか◆ 投稿規定等の修正◆ 若手研究者へのアピールは必要か■ 査読付ジャーナルの編集・運用戦略への影響◆ ダイレクトトランスファーへの対応（水引きは必要）◆ プレプリントから良い論文を“青田買い”することになるか？
• レビュー論文候補を早めに見つけるのは今からでもできる■ プレプリントの利用に関する啓発活動◆ 特に社会向けにどこまで説明を尽くすか27

プレプリントによって見える研究活動の新しい“景色”■ 原著論文，被引用数を使わずに研究動向の把握（ネットワーク分析）が可能に* NISTEP，Discussion Paper http://doi.org/10.15108/dp186
28

COVID-19プレプリプリントの分布：トピック別
各論文を内容の近さで配置し，16のグループに分けて内容を分析

1514

アウトブレイク

感染モデル

国別比較

感染拡大 1

マスク・人工呼吸器

WHO登録の原著論文解析では見えづらい領域

2
4 治療薬探索

検出・検査
ゲノム解析

ワクチン開発38

化学者の貢献5

物理学者の貢献16

中心としての医学
患者病状

11

感染機構

10
生物科学者の貢献

患者
6 治療効果

13 健康・不安社会・経済・政策
情報・データ分析

肺画像診断

79
社会科学者の貢献

12注）原著論文，被引用数による解析を代替するものではなく、付加的なものとして使い分ける* NISTEP，Discussion Paper http://doi.org/10.15108/dp186

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プレプリントサーバの種類とCOVID-19トピック
感染拡大

患者治療効果

ゲノム解析

治療薬探索

情報・データ分析

社会・経済・政策

国別比較 ワクチン開発

検出・検査

■

肺画像診断

感染機構

マスク・人工呼吸器

健康・不安

アウトブレイク

患者病状

感染モデル

他分野のプレプリントによる迅速な研究成果共有と社会課題解決◆

研究データも共有

プレプリントによる先取権の確保→“プレプリント文化の進展の可能性“■■

ただし、質保証の仕組みが必要（既存の時間がかかる査読形式ではない形で）* NISTEP，Discussion Paper http://doi.org/10.15108/dp186

30