NBDC RDFポータル
ポスター番号川島 秀一1,

片山 俊明1,No. 12

畠中 秀樹2

1ライフサイエンス統合データベースセンター, データサイエンス共同利用基盤施設, ROIS
2バイオサイエンスデータベースセンター, JSTNBDC RDFポータル（https://integbio.jp/rdf/）の現状について報告する。2015年11月の運用開始時には、10データセット、60億トリプルのデータサイズであったが、2018年10月現在、21データセット、460億トリプルと、7.6倍以上のデータ量に成長しており、さらに複数のデータセットの登録も控えている。そのため単一のVirtuosoインスタンスで運用することができず、大きなデータセット（現状ではDDBJとKEROの2つ）については、別のインスタンスをたてて運用している。本年度より、SPARQLエンドポイントのフロントエンドに、ジョブスケジューリングや、キャッシュによる応答性能向上を行うために、SPARQLproxyを設置している。また、RDFポータルガイドラインも継続的に整備しており、最近では、文献の参照や単位付き値の記述方法などについて、全データセットについて見直しを行った。

システムおよびRDFデータセットの現状

ガイドライン：クロスリファレンスURIの見直し

2018年10月現在で、21のRDFデータ・セットが公開されており、総データサイズは460億

URIは、必ず特定のリソースを指すため、グローバルな識別子として機能するという利トリプル。また公開作業中のものが3つ控えている。RDFポータルでは、Virtuosoトリプル点があるが、一方、ウェブ上では、異なるURIが同じリソースを指すことがごく普通にストアを利用しているが、我々の経験上、200億トリプルを越えると必要な統計処理がである。例えば、表1は、これまでRDFポータルに登録されたデータ・セットで実際に使きない、ロードができない等の問題が発生しがちである。そのため、DDBJやKEROなどのわれていた6種類のPubMedのURIである。RDFデータがグラフとしてつながっていくた

大きなデータセットに対しては個別にVirtuosoインスタンスをたてて対応している。個々

めには、同じリソースに]は文字列として厳密に同じURIでなければならない。そこで、のURIは、http://integbio.jp/rdf/{データセット名}/sparql のように設定している。

これまで、ガイドラインでは、他のデータベースエントリーへ参照リンクを貼る場合、https://integbio.jp/rdf/identifiers.org のURIを用いることにしていた。ただUser interface

し、オフィシャルにRDFを提供しているデータベースの場合、リダイレクトサービスである identifiers.org

SPARQL queryのURIを用いて、RDFを記述している例は少ないとい

SPARQL queryう問題点があった。そこで、オフィシャルにRDFを提SPARQL-proxy

SPARQL-proxy

SPARQL-proxy

供しているデータベースに限っては、identifiers.orgのURIに加えて、本家のRDFで使われているURIを用いる

RDF store

RDF store

RDF store
https://integbio.jp/rdf/ddbj/sparql

https://integbio.jp/rdf/sparql

ことにガイドラインを修正した。表2に、そのようなURI一覧を掲載した。

https://integbio.jp/rdf/kero/sparql

ex:0001とex:0002は、ウェブ上RDFデータの検証自動化

ex:0001dcterms:references
http://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1234567

では同じリソースにリダイレクトされるが、URIとしては異なるので、RDFデータとしてはこの２つトリプルはつながらない。

ex:0002dcterms:references
https://www.ncbi.nlm.nih/pubmed/1234567

RDFポータルに掲載されているRDFデータセットはすべて、DBCLSデータベースRDF化ガイドラインに準拠しているかどうか、という観点から、レビューされている。その結果、

dcter
ms:reより意味的なレベルでの統合的なデータ利用が可能になっている。しかし、レビュー作業を総て人手で行っていることから、レビューに時間がかかり、また、網羅的にチェッ

feren
ces

ex:0001

URIs of PubMed articles
http://identiﬁers.org/pubmed/

identifiers.orgのURIを使うことをルール化することで、RDFト

ences:refer http://identifiers.org/pubmed/1234567
smr
dcte

http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

リプルがつながっていく

https://identiﬁers.org/pubmed/

ex:0002

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

クすることができないという問題があった。そのため、ガイドラインの中でも機械的にhttp://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

検証が可能な項目について、網羅的に検証を行うためのソフトウェア（Monban: https://

http://ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

同じUniProtエントリーを記述しgithub.com/dbcls/monban）を開発した。これにより、いくつかのガイドラインについてているが、identifiers.org で記述

表1 様々な PubMed URIしているために、UniProt RDFには、網羅的な検証が可能となっている。monbanにより検証される項目は、右に示したク

つながらないUniProt RDFの空間

ロスリンクされるべきURIの項目、主たるリソースにrdfs:label プロパティを用いてラベルを記載すること、dcterms:identifier を用いて、データセットローカルな識別子リテラルを

rdfs:seeAlso
ex:0001

http://identifiers.org/uniprot/A00001

http://purl.uniprot.org/uniprot/A00001記載すること、などがある。さらに、monbanには、aramashiというRDFデータ・セットの統計情報を調べるソフトウェアが含まれる。aramashiにより、トリプル数や、他のデータセットへのリンク数などを高速に計算することが可能になった。これらのデータは、RDFポータルの統計情報や、ネットワークの可視化などに用いられている。

RDF Dataset

A representative class of primary resources

Preﬁx of canonical URL

UniProt

core:Protein

http://purl.uniprot.org/uniprot/

Ensemblobo:SO̲0001217

http://rdf.ebi.ac.uk/resource/ensembl/

ChEMBL

cco:Substance

http://rdf.ebi.ac.uk/resource/chembl/molecule/

ExpressionAtlas

atlas:BaseLineExpressionValue

http://rdf.ebi.ac.uk/resource/expressionatlas/

atlas:DiﬀerentialExpressionRatio

http://rdf.ebi.ac.uk/resource/expressionatlas/

Reactome

biopax3:Pathway

http://identiﬁers.org/reactome/

BioModelssbmlrdf:SBMLModel

http://identiﬁers.org/biomodels.vocabulary#

BioSamples

biosd-terms:Sample

http://rdf.ebi.ac.uk/resource/biosamples/sample

PubChemcompoundhttp://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/compound/substance

http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/substance/

MESH

meshv:TopicalDescriptor

http://id.nlm.nih.gov/mesh/

wwPDB

PDBo:datablock

http://rdf.wwpdb.org/pdb/

表2 データベースクロスリンク先として、identifiers.org以外のURIを用いるべき、RDFおよびURI一覧

告知:今年もRDF講習会を開催します（2018/11/1 JST@市ヶ谷にて）
RDF ポータルのネットワークビュー。各データセットがどのように相互にリンクされている

詳細は、→http://wiki.lifesciencedb.jp/mw/RDF-Tutorial3

かを可視化している。アイコンは、RDFポータルに掲載されているデータセット、☆は、外部のデータベースを表している。

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