GlyTouCan Partner

糖鎖データ連携のためのプログラム
⼭⽥⼀作1, 松原正陽1, 新町⼤輔2, ⻘⽊ポール信⾏2, ⽊下聖⼦2, 成松久3
1)野⼝研究所

2)創価⼤学 3)産業技術総合研究所 糖鎖技術研究グループ
トーゴーの⽇シンポジウム2016 〜統合データベース、実りの時へ〜@東京⼤学弥⽣講堂

要旨
糖鎖は分岐を含む複雑な化学構造であり、糖鎖研
究では単糖の種類や結合位置が不明などの曖昧さを含む構造も利⽤される。我々は糖鎖構造を明確にするため、新しい糖鎖構造表記法である
WURCS（PMID: 24897372）やGlyTouCan(国際糖鎖構造リポジトリ: https://glytoucan.org
PMID: 26476458）を開発してきた。GlyTouCan
は糖鎖構造に対してアクセッション番号を付与するとともに、糖鎖構造ハブとして様々なデータベースとの連携を進めている。このようなデータ

ポスター番号：３４
１０月６日（木）１３：４５〜１５：０５

⼀条ホール（東京都⽂京区）,２０１６年１０⽉５⽇（⽔）〜６⽇（⽊）

GlyTouCan partnerのコンセプト

ベース連携のためのデータはGlyTouCan Partnerから提供される。GlyTouCan Par tnerの⼀つである
G l y c o N A V I （ h t t p : / / g l y c o n a v i . o r g ） は、PDB（PMID: 14634627）やPubChem（PMID:26400175）などの化学構造とGlyTouCanの糖鎖構造を橋渡しするデータをWURCSを利⽤することで提供している。本発表ではGlyTouCan PartnerによるGlyTouCanの利活⽤と糖鎖データの統合化について紹介する。

GlyTouCan: poster#36

GlyTouCan Entry Page

Accession number
G00051MO

GlyTouCan partners provide glycan
structure related information

GlyTouCan PartnerGlyTouCan
h7ps://glytoucan.org

GlyTouCanは国際糖鎖構造リポジトリです。本リポジトリを利⽤することにより、ユーザーは任意の糖鎖構造に対してグローバルに⼀意のアクセッション番号を割り当てることができます。登録できる糖鎖構造は単糖組成から様々な曖昧さを含む糖鎖、完全に構造の明確な糖鎖です。

Accessionnumber

Lewis X
G00051MO

GlyTouCan Partner Program
GlyTouCan Partner Programは、パートナーの組織・団体のデータベースエ
ントリーとGlyTouCanのAccession
Numberとの関係を登録するシステム• Java Client, REST, SOAP
Licensed under a Creative Commons 表示2.1日本 license (c)2016 山田一作（公益財団法人野口研究所）

データベース連携のための処理フロー例
SPARQL Endpoint
GlyTouCan Client CLI (GTCC)

GlycoCTRES
1b: …

APIID
Query

What does GlyTouCan Partner provide?
LiteratureSpecies• PMID...
• Link to NCBI PubMed Entry• Taxon name
• Taxonomy ID…
Link to NCBI taxonomy

A#: Accession number
WURCS
WURCS=…

WURCS
WURCS=…

ID

A#CTFile
V2000
xyz…

TSV

IDs

ID AC# WURCS…

Chemical Components

••
•
•

BCSDB
GlycoEpitope
GlycomeDB
UniCarbKB...
Link to Partner Entry

A#IDs

Sugars

CTFileV2000
xyz…
…
> <ID>
G00051MO

CID&SID

RES
1b: …

A#A#PubChem CID
PubChem SID
PDBe, PDBj RCSB PDB
PDB chemical component...
Link to external DB Entry

WURCSTSVCSV

WFW
CTFileCTFileGlycoCT

WURCSFramework (WFW): poster#35

参考⽂献

CSV
TSV
SID,REGID,CID

CID&SID

mmCIF

GlycoCTA#

GlyTouCanEntry••••データ形式変換

mmCIF
Data_!GOF#_entry.id

External ID

External ID

ID

A#

謝辞
糖鎖構造情報について川嵜敏祐先⽣、Matthew Campbell先⽣、René Ranzinger先⽣のデータを利⽤させて頂き、奥⽥修⼆郎先⽣、Evan Balton先⽣、⾦城玲先⽣には貴重な助⾔とアドバイスを頂きました。⼼より感謝いたします。
本研究は、国⽴研究開発法⼈科学技術振興機構（JST）・バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）により実施されているライフサイエンスデータベース統合推進事業における「統合化推進プログラム」の助成により実施しました。

1. WURCS: the Web3 unique representaZon of carbohydrate structures, J Chem Inf Model. 2014 Jun 23;54(6):1558-66. PMID: 24897372 DOI: 10.1021/ci400571e
2. GlyTouCan 1.0--The internaZonal glycan structure repository, Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D1237-42.
PMID: 26476458 PMCID: PMC4702779 DOI: 10.1093/nar/gkv1041
3. CTﬁle formats (MDL MOL ﬁle), [h7p://accelrys.com/products/collaboraZve-science/biovia-draw/clile-nofee.html]
4. Announcing the worldwide Protein Data Bank, Nat Struct Biol. 2003 Dec;10(12):980. PMID: 14634627 DOI:
10.1038/nsb1203-980
5. PubChem Substance and Compound databases, Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D1202-13. PMID:26400175 PMCID: PMC4702940 DOI: 10.1093/nar/gkv951
6. The Fioh ACGG-DB MeeZng Report: Towards an InternaZonal Glycan Structure Repository, Glycobiology(2013) 23 (12): 1422-1424. DOI: 10.1093/glycob/cwt084
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