チュートリアル

リモートジョブ
プロジェクトモード向け
V11.6.4
2024年1月31日

株式会社クロスアビリティ

Copyright 2008-2024 X-Ability Co., Ltd.

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本書について•本書はWinmostar V11の使用例を示すチュートリアルです。

•初めてWinmostar V11をお使いになる方はビギナーズマニュアルを参照してください。

•各機能の詳細を調べたい方はユーザマニュアルを参照してください。

•

本書の内容の実習を希望される方は、講習会を受講ください。
– Winmostar導入講習会：基礎編チュートリアルの操作方法のみ紹介します。
– Winmostar基礎講習会：理論的な背景、結果の解釈の解説、基礎編チュートリアルの操作方法、基礎編以外のチュートリアルの一部の操作方法を紹介します。
– 個別講習会：ご希望に応じて講習内容を自由にカスタマイズして頂けます。

•

本書の内容通りに操作が進まない場合は、まずよくある質問を参照してください。

•よくある質問で解決しない場合は、情報の蓄積・管理のため、お問合せフォームに、不具合の再現方法とその時に生成されたファイルを添付しご連絡ください。

•本書の著作権は株式会社クロスアビリティが有します。株式会社クロスアビリティの許諾な
く、いかなる形態での内容のコピー、複製を禁じます。
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概要
•

本書ではプロジェクトモード向けのリモートジョブの実行方法のみを示します。分子・原子構造の作成方法、計算条件の設定方法、結果の解析方法についてはローカルジョブと変わらない
ため他のチュートリアルを参照してください。

•

ファイルモード向けのリモートジョブの実行方法はユーザマニュアルを参照してください。

ローカルジョブ

リモートジョブ

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I. 事前準備
1. リモートサーバにSSHで接続するために必要な以下の情報を確認してください。接続情報の入力時に必要です。
⚫ ホスト名またはIPアドレス⚫ ユーザ名⚫ パスワード⚫ その他必要に応じてSSHの各種設定
2. リモートサーバにSSHでログインし、ジョブスケジューラが動作していることを確認してください。
–

ジョブスケジューラのインストール方法はこちらで確認頂けます。

3. リモートサーバにSSHでログインし、対象のソルバがインストールされていることを確認してください。
–

ソルバのインストール方法はこちらで確認頂けます。

4. リモートサーバにSSHでログインし、ジョブスケジューラを用いて対象のソルバを使用できることを確認してください。テンプレートスクリプトの編集に必要です。

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II. プロファイルの選択
1. 各ソルバのチュートリアルの基礎編に倣い、計算したい分子・原子構造を作成し、使用したいソルバのワークフロー設定をクリックしWorkflow Setupウィンドウで計算条件を設定した後、OKをクリックしジョブの設定ウィンドウに進みます。
2. リモートマシンでジョブを実行にチェックを入れます。
3. すでにこれから使うリモートサーバ用のプロファイルがある場合はプロファイルでそれを選択しP. 10に進んでください。そうでない場合はプロファイルのConfigをクリックします。

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III.プロファイルの新規作成
1. Profile Nameでこれから使うリモートサーバの設定に最も近いものを選択してください。特に近いものがない場合は適当で構いません。
2. DuplicateをクリックしNew Profile Nameに適当な名前を入力しOKをクリックしてください。

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III.プロファイルの新規作成
1. ConnectionのHost Name（IPアドレス、ホスト名）、User Name（ユーザ名）、Password（パスワード）などに、接続したいリモートサーバの情報を入力します。
2. 入力後、Test Connectionをクリックし、SSH接続テストのみにチェックをいれOKをクリックします。数秒間テストが流れ、「テストが正常に終了しました」と表示されたら先に進みます。表示されなかった場合は、Connectionの入力内容を再度見直します。

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III.プロファイルの新規作成
1. QueueのQueue（ジョブスケジューラの種類）、Options（サブミットコマンドの引数）などに、接続したいリモートサーバの情報を入力します。なお、「%WM_NUM_PROC%」などのエイリアスを利用すると並列数などに関する設定を簡略化できます。（詳細はこちら）
2. 入力後、Test Connectionをクリックし、SSH接続とジョブスケジューラにチェックを入れます。ジョブスケジューラの最大最大待ち時間には、ジョブが実際にサブミットされ処理が完了するまでの適当な秒数を入力しOKをクリックします。しばらくテストが流れ、「テストが正常に終了しました。」と表示されたら先に進みます。表示されなかった場合は、Queueの入力内容を再度見直します。

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III.プロファイルの新規作成
1. Remote Server Profilesウィンドウ右下のOKをクリックします。
2. ジョブの設定ウィンドウでプロファイルに先ほど作成したプロファイルが選択されていることを確認します。

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IV.テンプレートスクリプトの選択
1. すでにこれから使うリモートサーバ用のテンプレートスクリプトがある場合はテンプレートス
クリプトでそれを選択しP. 12に進みます。そうでない場合は、テンプレートスクリプトのNewをクリックし、Script nameに適当な名前を入力しOKをクリックします。なお、テンプレートスクリプトの中身はP. 8のQueueの種類に応じて変更する必要があるため、Queueを変更した場合は変更前に使用したテンプレートスクリプトを使用できません。
2. テキストエディタでテンプレートスクリプトが開いたら、「# Insert commands here」と「# Do not modify the followings」の間にソルバの起動に必要なコマンドを追記し保存します。すでにソルバにPATHが通っている場合は特に追加不要なことがあります。

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IV.テンプレートスクリプトの選択
1. Test Connectionをクリックし、SSH接続とジョブスケジューラと●●●（選択したソルバ名）にチェックを入れます。ジョブスケジューラの最大待ち時間には、ジョブが実際にサブミットされ処理が完了するまでの適当な秒数を入力しOKをクリックします。しばらくテストが流れ、「テストが正常に終了しました」と表示されたら先に進みます。表示されなかった場合は、P.10の設定内容を再度見直します。

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V. リモートサーバの状態確認
1. リモートサーバのキューの状態などの確認が不要な場合はP. 12に進みます。確認したい場合はControlをクリックします。
2. Control Remote Job/Serverウィンドウ中段のボタンで必要な操作を実行してください。
3. 実行後、Closeをクリックしてください。

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VI.ジョブの実行
1. 接続情報を確認しながら並列数を適宜変更し実行をクリックしてジョブを開始します。
2. 作業フォルダの状態は、正常に計算が進行した場合はNEW→SEND→PEND→RUN→END(Rem)（正常終了し出力ファイルがリモートにある）→RECV→END（正常終了し全出力ファイルがローカルに転送済み）と自動で変化します。
3. ソルバによっては最後にENDの代わりにEND(-)（正常終了しログ等一部ファイルのみローカルに転送済み）となります。その場合、必要に応じてアクションからReceive All Remote
Output Filesをクリックし全ての出力ファイルをローカルに転送します。
4. その後、ローカルジョブと同様に結果の可視化、解析を行います。

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ジョブ実行後エラーが発生した場合の対処作業フォルダの状態がABORT（異常終了）の場合、次の手順でエラー発生個所を推定します。
•

プロジェクト表示エリアで対象の作業フォルダにマウスカーソルを重ね、エラーメッセージを確認します。

•

対象の作業フォルダを右クリックし、Show Command for Job SubmissionとShow
Result of Job Submissionでジョブをサブミットしたときの状況を確認します。

•

対象の作業フォルダをクリックし、アクションでLog (Extracted)またはLogをクリックしログファイルの内容を確認します。

•

対象の作業フォルダを右クリックし、Open Remote stdoutまたはstderrからリモートサー
バで実行された際の標準出力・エラーを確認します。

•

対象の作業フォルダを右クリックし、Control Remote Job/Serverをクリックし、ls、tail、Get & Open...などでサーバの状態やサーバ上のファイルの状態を確認します。

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最後に•

各機能の詳細を調べたい方はユーザマニュアルを参照してください。

ユーザマニュアル

Winmostar 講習会の風景•

本書の内容の実習を希望される方は 、Winmostar導入講習会、Winmostar基礎講習会 、または個別講習会の受講をご検討ください。（詳細はP.2）•

本書の内容通りに操作が進まない場合は、まずよくある質問を参照してください。

•

よくある質問で解決しない場合は、情報の蓄積・管理のため、お問合せフォームに、不具合の再現方法とその時に生成されたファイルを添付しご連絡ください。
以上
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