資料

３−１

理研生命情報（公開）基盤研究部門

平成２０年４月３日
独立行政法人理化学研究所
豊田哲郎

copyright © RIKEN 2008 豊田哲郎

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バイオインフォマティクス ＝ 研究競争力の源泉以前の解析フロー現在の解析フロー

実験データ

実験データ

実験データ解析
新しい知見

論文発表してデータを公開

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新たな実験データの解析には既存公開データとの統合解析が不可欠になった

この統合解析能力こそ「研究競争力の源泉」である（理研の認識）

新しい知見

公開済みのデータが肥大化した① データ統合解析研究
未公開データ解析のための公開データの統合利用② データベース開発・統合化

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③今後の課題： 大規模データの半自動処理ラインが、最終的な付加価値を生み出すステップに不可欠
自動車産業

ライフサイエンス

ニーズ変化に即時対応可能な半自動的組立て生産ライン

ニーズ変化に即時対応可能な半自動的情報処理ライン本体が持つべき機能
研究競争力の源泉

大規模データの自動処理技術（ラボ内の自動処理ライン）↓
新規／既存データの統合解析↓
研究員の知的活動による論文生産（最終的な付加価値の生産）

研究者の移動リスク対策必須

外注化可能な機能
コストダウン競争

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個々の部品生産

個々のオミックスデータ生産

部品、パーツの生産は下請けの工場に発注

アウトソース化3

④ 将来トレンド： “情報資源”から“新しい生物資源”を創造（例、iPS細胞）
生命情報研究経済選択によるオミックス進化オミックスデータベース Omics-driven Evolution
ゲノム設計（人為的進化）
コンピュータオミックスデータ、目的機能を果たすためのゲノム配列データなど
最適遺伝子セットを選出
情報世界
合成ゲノミクス
生命の情報化
物質世界
オミックス研究

合成・物質化
自然選択による
ダーウィン進化copyright © RIKEN 2008 豊田哲郎

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RACの提言：バイオインフォマティクスとデータベース基盤の強化
バイオインフォマティクスの専門家を増員するとともに、簡単にアクセスできる理研全体の統合データベース、及び共通のデータスタンダード、データ公開方針を作り、理研のバイオインフォマティクスを強化すること。
Strengthen bioinformatics at RIKEN by recruiting more specialists
and by creating integrated, easily accessible RIKEN-wide
databases as well as common data standards, data release policies.

【野依イニシアティブ「世界的なブランド力のある理研」に向けて】◎公開データ資源における理研ブランドをインターネット上で確立◎理研の公開データが利用されれば、理研の論文の引用回数も増加◎正の連鎖： データ相互利用の強化 → データ解析能力の強化 → 研究競争力強化
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理研データのセマンティックウェブ化を推進
ｸｴﾘｰ

ｸｴﾘｰ

ｸｴﾘｰ

セマンティックウェブとしてアクセス

情報システム研究機構

通常アクセス

理研

各部署ウェブページ

生命情報基盤
検索結果
統合表示

マッシュアップ

生命情報基盤が運用コストを負担↓

検索要求
理研ハブDB

文科省統合データベース事業

アーカイブDB
ダウンロード機能
RDF/OWL形式
アップデートセマンティックウェブ化作業

リダイレクトＤＢ1←各部署が独自の活動として運用しているため、コストは各部署で負担

ＤＢ2

ＤＢ3

ＤＢ4

ＤＢ5

ＤＢ6・・

ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、ｲﾝﾃﾞｯｸｽによるﾃﾞｰﾀ編成
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DB画面挿入各部署で運営している
公開データベース群

ｵﾝﾄﾛｼﾞｰ、辞書、ｲﾝﾃﾞｯｸｽ

ｸｴﾘｰ

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セマンティックウェブ化された各種データベース
トランスポゾン挿入シロイヌナズナ変異体の表現型データベース

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代謝物データベース（KNApSAcK）

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数百種類のゲノムアノテーションの分散共有システム（多数の外部共同研究者ごとのアクセス制御）
生命情報基盤研究部門

Accumulated
Public Annotations

Internet
Server

各センターの研究室

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外部共同研究者

Intranet
Server

Intranet
ServerIntegrating
Unpublished Data

Integrating
Unpublished Data
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研究者ごとに統合データベース環境を提供

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公開データベースの費用対効果
今後5年間の見通し
３００超

１データベースあたりのシステム運用コスト

３００

利用価値
公開データベース数

２００

１００
約８０

平成１９年度copyright © RIKEN 2008 豊田哲郎

公開基盤システムへの移行によるコストダウン

平成２０年度

平成２１年度

平成２２年度

１０万円以下へ

平成２３年度

平成２４年度10

生命情報基盤部門からの貢献◎生命情報公開基盤の構築により、皆がシステム運用の負担から解放されることで、• 誰でも容易にデータ公開できる環境を実現する• コピーレフトでのデータベース共有を推奨する• 国際的なデータ連携における情報基盤を提供する• 国内外のデータベース統合化事業に協力する• アーカイブ化で公開データの永続性を保障する• データの帰属先（著作権やライセンス等）をきちんと示すことで提供者の利益を保護する◎目標：理研からのデータベース公開活動を５年間で３倍に増やす◎理研データベースのセマンティックウェブ化
膨大なデータの半自動解析フローを実現◎バイオインフォマティクス研究オミックスデータの統合解析（ウェットラボとの共同研究）

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理研横浜研究所の新組織【平成18～19年度】

次期中期計画【平成20～24年度】

所 長

所 長

（小川智也）（小川智也）

植物科学研究センター

植物科学研究センター（センター長：篠崎 一雄）（センター長：篠崎 一雄）

免疫･ｱﾚﾙｷﾞｰ科学総合研究センター

免疫･ｱﾚﾙｷﾞｰ科学総合研究センター（センター長：谷口 克）（センター長：谷口 克）

遺伝子多型研究センター（センター長：中村 祐輔）

ゲノム科学総合研究センター（センター長：榊 佳之）

感染症研究ﾈｯﾄﾜｰｸ支援センター（センター長：永井 美之）

発展的にバトンゾーンへ展開
発展的に再編

ゲノム医科学研究センター（センター長：中村 祐輔）

オミックス基盤研究領域（領域長：林崎 良英）

生命分子システム基盤研究領域（領域長：横山 茂之）

生命情報基盤研究部門（部門長：豊田 哲郎）

システム計算生物学研究

基幹研へ（ＦＲ＋中央研）

バイオリソース関連研究開発事業（ゲノム機能情報研究グループ）

筑波研へ

感染症研究ﾈｯﾄﾜｰｸ支援センター（センター長：永井 美之）

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