GSD NovaType II SARS-CoV-2
RT-PCRRUO

FOR RESEARCH USE ONLY
Not for use in diagnostic procedures

English .......................................................................................................................................................................... 2
Deutsch ......................................................................................................................................................................... 8
Bibliography / Literatur / Bibliographie / Bibliografia / Bibliografía / Bibliografia .........................................................15
Abbreviations / Abkürzungen / Abréviations / Abbreviazioni / Abreviaciónes / Abreviaturas .....................................15
Symbols Key / Symbolschlüssel / Explication des Symboles / Legenda / Símbolos / Tabela de símbolos ...............16

Product Number:

PCOV6083T
PCOV6084T(1 x 96 Determinations)(4 x 96 Determinations)

ENGLISH
1. INTRODUCTION
End of 2019, a novel respiratory disease emerged in the city of Wuhan, Hubei Province of the People’s Republic of China, andsoon spread rapidly within the country and worldwide. The causative agent was identified as severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 (2019-nCoV), like the closely related SARS coronavirus (SARS-CoV), belongs to thegenus Betacoronavirus within the family of coronaviruses. The zoonotic reservoir of the virus appears to be bats.
Coronaviruses are enveloped, positive single‐stranded large RNA viruses that infect humans, but also a wide range of animals.
The common human coronaviruses NL63, 229E, OC43 and HKU1 are widespread especially throughout the winter months. They
are responsible for up to one third of all acute respiratory diseases, typically with mild symptoms (common cold). More than 80 %of the adult population have antibodies against human coronaviruses. The immunity from previous infections lasts only for a shortperiod of time. Therefore, reinfections with the same pathogen are possible just after one year.
SARS-CoV-2 is predominantly transmitted by droplet infection via coughing or sneezing and through close contact with infectedpatients. In theory, smear infection and infection through the conjunctiva of the eyes are also possible.
The incubation period is in the median 5–6 days (and up to 14 days maximum).
The clinical manifestations of SARS‐CoV‐2‐related COVID-19 disease include fever, cough, respiratory problems and fatigue. In
most patients the infection manifests with symptoms of a mild febrile illness with irregular lung infiltrates.
The initial clinical sign of COVID‐19 which allowed case detection was pneumonia. But it turned out that the course of the disease
is non-specific and varies widely, from asymptomatic courses to severe pneumonia with lung failure and death. However, basedon current knowledge, around 80 % of the illnesses are mild to moderate.
Although severe courses of the disease also occur in younger patients and people without previous illness, the following groupsof people have an increased risk of serious forms of the disease: elderly people (with a steadily increasing risk from around 50-60
years of age), smokers and people with certain diseases of the cardiovascular system or the lungs, patients with chronic liverdiseases, diabetes mellitus, cancer, or patients with a weakened immune system (e.g. due to immune deficiencies or by taking
drugs that suppress the immune system).
Treatment focuses on supportive measures depending on the severity of the clinical picture (e.g. oxygen administration, fluidbalance management, etc.) as well as the treatment of relevant underlying diseases. Various specific therapeutic approaches(directly antiviral effective, immunomodulatory effective) have been and are being investigated in studies during the course of the
SARS-CoV-2 pandemic.
The SARS-CoV-2 trimeric spike glycoprotein (S) is exposed on the surface of virions and mediates viral entry into host cells. The
S protein constitutes the primary target of all current leading vaccine candidates. This large, exposed protein is readily targetedby neutralizing antibodies, which indirectly creates selective pressure for the emergence of evasion mutations. The propensity for
S to mutate may limit its future use in serological assays and vaccines, as antibodies directed against the current variant may notbind emerging mutated epitopes.
While many countries are currently experiencing a decline in overall infections, most probably due to the impact of tightened nonpharmaceutical interventions, the introduction and increased spread of new SARS-CoV-2 variants first identified in the United
Kingdom (B.1.1.7), South Africa (B.1.351), and Brazil (P.1) has raised concerns.
B.1.1.7, also known as VOC 202012/01 (Nextstrain clade 20B, GISAID clade GR and PANGO lineage B.1.1.7), is defined bymultiple spike protein changes (deletion 69-70, deletion 144, amino acid change N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A,
D1118H) as well as by mutations in other genomic regions. In addition, genomically confirmed B.1.1.7 cases with an additional
mutation (E484K) have been reported. This mutation is also carried by the B.1.351 and P.1 variants.
Among others, epidemiological and contact tracing data suggest an increased reproductive number as well as easiertransmissibility for the B.1.1.7 variant. This may be due to higher receptor affinity through the N501Y polymorphism. According tocurrent knowledge, the spike protein is the most important target for the action of neutralizing antibodies. Polymorphisms in thisprotein could therefore affect the effectiveness of the response to vaccination. However, preliminary in vitro studies indicate thatthe licensed mRNA vaccines are also effective against lineage B.1.1.7 viruses.
The B.1.351 (20H/501Y.V2) variant, first identified in South Africa (Nextstrain clade 20C, GISAID clade GH, and PANGO lineage
B.1.351) is defined by multiple spike protein changes present in all viruses in the cluster (D80A, D215G, E484K, N501Y and
A701V), and more recently collected viruses have additional changes. Three of the changes (K417N, E484K, and N501Y) arelocated within the receptor-binding domain (RBD).
Increased transmissibility is also discussed for the B.1.351 variant; evidence suggests an increase in ACE2 (Angiotensinconverting enzyme 2) receptor affinity when the E484K and N501Y polymorphisms are combined. The K417N and E484K
polymorphisms decrease sensitivity to neutralizing antibodies, which may indicate reduced efficacy of the immune response after
infection and vaccination, respectively.
Variant P.1 (20J/501Y.V3, Nextstrain clade 20B, GISAID clade GR and PANGO lineage P.1), first reported by Japan in returning
travelers from Brazil, and then later in Brazil has 11 amino acid changes in the spike protein compared to its ancestral lineage
B.1.1.28, three of which are located in the receptor-binding domain. The full set of spike protein changes for the variant are L18F,
T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, H655Y, T1027I, and V1176F. The P.1 variant resembles the variant
described from South Africa in certain RBD key positions (K417, E484, N501). Therefore, increased transmissibility and reduced
efficacy of neutralizing antibodies are also discussed for this variant.

2Species
SARS-CoV-2(severe acuterespiratory syndrome
coronavirus 2)

DiseaseSymptoms e.g.

Transmission route

COVID-19

the course of the disease is unspecific,
diverse and varies greatly, fromasymptomatic courses to severe pneumonia
with lung failure and death

primary mode of transmission: droplet
infection;
smear infections and infections via theconjunctiva of the eyes aretheoretically possible

Infection or presence of pathogen may be identified by▪
Nucleic acid Amplification Techniques (NAT): e.g. RT-PCR▪
Serology:
detection of antibodies by e.g. ELISA

2. INTENDED USE (FOR RESEARCH USE ONLY!)
The GSD NovaType II SARS-CoV-2 is a research use only (RUO) real-time reverse transcription PCR (RT-PCR) assay designed
for the simultaneous qualitative detection and discrimination of the SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2) S gene variants wildtype, and mutations K417N, E484K and N501Y. Sample material should be genomic RNA
extracted from human upper respiratory (nasal wash/smear, nasopharyngeal wash/smear, oropharyngeal swab) specimen types
that have previously tested positive for SARS-CoV-2 RNA by diagnostic RT-PCR methods e.g. GSD NovaPrime® SARS-CoV2 (COVID-19). The GSD NovaType II SARS-CoV-2 is expressly not intended for diagnosis of SARS-CoV-2 infection and not for
use in diagnostic procedures. It is only designed to aid investigations related to the prevalence and frequency of virus variants.

3. PRINCIPLE OF THE ASSAY
The qualitative determination of specific RNA is based on Real-Time reverse-transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR)
technology. The kit contains specific primers and probes labelled with fluorescent reporter and quencher dyes for amplificationand simultaneous detection of specific RNA sequences which represent specific SARS-CoV-2 S gene variants.
The gene of interest specific probes are labelled with the fluorophores HEXTM, FAMTM and ATTO647N (alternative to CY5TM)
thereby allowing parallel discrimination between S gene wildtype and mutations N501Y, E484K and K417N. The internal processcontrol Ribonuclease P (RNase P) is labelled with the fluorophore ATTO425. The human RNase P gene primer and probe set
serves as an internal positive control to monitor sample quality, RNA extraction, and for detection of inhibitors of the PCR reaction.
The GSD NovaType II SARS-CoV-2 RT-PCR has been validated for following real-time PCR platforms:▪
AriaMxTM (Agilent Technologies)▪
AriaDxTM (Agilent Technologies)

4. MATERIALS
4.1.

Reagents Provided
Cap

SymbolComponent

green

E-MIX

(reverse transcriptase, hot-start DNA polymerase, RNase inhibitor,
nucleotides, magnesium, stabilizers and buffer)

blue

PP│VARyellow

PP│IPC

red

PC

transparent

NFW

PCOV6083T (PCOV6084T)
Volume per
Number of
Vial [µL]Vials

RT-PCR Enzyme Mix
Primer-Probe-Mix(for discrimination of variants)

Primer-Probe-Mix(for detection of RNaseP)

Positive Control(plasmid DNA representing SARS-CoV-2 S gene variants)

Nuclease Free Water

550

1 (4)

215

1 (4)

110

1 (4)

150

1 (4)

500

1 (4)

4.2.

Materials and Equipment needed, but not provided▪
▪

Deionized nuclease-free and nucleic-acid free water
Real-Time PCR instrument, equipped with suitable set of optical cartridges (for already validated instruments refer to 3.
PRINCIPLE OF THE ASSAY; for dyes used refer to 7.2.)
Alternative Real-Time PCR instruments might also be appropriate. Their suitability for use with the
GSD NovaType II SARS-CoV-2 has to be validated by the user.
Appropriate Real-Time PCR consumables (e.g. disposable tubes, reaction plates, corresponding optical closing
materials)
Benchtop microcentrifuge
Centrifuge with a rotor for microtiter plates
Vortex mixer
Adjustable pipettes in relation to reaction setup
Disposable DNase/RNase free pipette tips with filters
Disposable powder-free gloves

▪
▪
▪
▪
▪
▪
▪

3

5. STABILITY AND STORAGE
The GSD NovaType II SARS-CoV-2 kit is shipped on dry ice and all components should arrive frozen.
▪
All components have to be stored between -30 °C and -15 °C immediately after arrival.
▪
Repeated freeze thaw cycles (more than two) of reagents should be avoided, since this might affect the performance of
the kit. Reagents should be frozen in aliquots if they are used intermittently.
▪
Keep unfrozen storage (e.g. storage on ice) as short as possible.
▪
Keep the E-MIX , the PP│VAR and the PP│IPC in the freezer, until you are ready to use it.
Protect the E-MIX , the PP│VAR and the PP│IPC from light.

▪

6. SAMPLE PREPARATION▪

Extracted RNA or total nucleic acid extracted from human respiratory specimen types (nasal lavage/smear,
nasopharyngeal lavage/smear, oropharyngeal swab, bronchoalveolar lavage) previously tested positive for SARS-CoV-2
RNA by RT-PCR methods e.g. GSD NovaPrime® SARS-CoV-2 (COVID-19) is the starting material for the
GSD NovaType II SARS-CoV-2.
The quality of the extracted RNA has a crucial effect on the performance of the entire RT-PCR test system. Make surethat the nucleic acid extraction method is compatible with Real-Time PCR technology.

▪

7. ASSAY PROCEDURE
7.1.

Reaction Setup▪

Please read the instructions for use carefully before performing the assay. Reliability of results depends on following
strictly the instructions for use.
Before use make sure that all samples and reagents are thawed completely, mixed by up and down pipetting or vortexing
and centrifuged briefly.
Important:
E-MIX is viscous. Briefly spin down the tube to ensure material has not lodged in the cap or side of
tube. Be sure to pipette and dispense carefully, and use pipette tips suitable for pipetting viscous liquids.
The use of NFW as no template control (NTC) is highly recommended.
Define the positions (wells) for samples and controls ( PC or NFW ) on the plate.
Depending on the RT-PCR instrument used and the available detection channels, RNase P can be used as an internal
process control.
Important: If the Real-Time PCR instrument is not equipped with an ATTO425 channel, RNase P amplification mustnot be performed, i.e. the reaction setup must be pipetted without the PP│IPC Primer-Probe-Mix, otherwise unspecificsignals may occur in the other detection channels.

▪
▪
▪
▪
▪

Reaction Setup
Component

Including amplification of RNase P(ATTO425 channel required)without amplification of RNase P

E-MIX

5 μL

5 μL

PP│VAR

2 µL

2 µL

PP│IPC

1 µL

-

NFW

-

1 µL

Sample or PC or NFW

12 μL

12 μL

Total Volume

20 μL

20 μL

▪
▪

Close the optical reaction plate with corresponding optical closing material.
Centrifuge the optical reaction plate in a centrifuge with a rotor for microtiter plates for 60 seconds at approximately
1000 x g (~ 3000 rpm).

7.2.

Programming the Real-Time PCR Instrument

Regarding setup and programming of the Real-Time PCR instrument, please use the manual of the respective instrument.
For detailed programming instructions regarding the use of the GSD NovaType II SARS-CoV-2 RT-PCR on specific Real-Time
PCR instruments please contact NovaTec Immundiagnostica GmbH.
RT-PCR Run Settings
Reaction Volume

20 μL

Passive Reference

None

4

Fluorescent Detectors / Fluorophores
Detection of the amplified viral nucleic acid fragment is performed in the detection channels FAMTM (S gene mutation N501Y),HEXTM (S gene N501 wildtype and mutation K417N) and CY5TM (S gene mutation E484K; fluorophore: ATTO647) with MGBEQ
Quencher.
Detection of the amplified internal process control RNase P is performed in the detection channel ATTO425 with BHQ1 Quencher.
Detection

Wildtype

K417N mutation-

B.1.1.7 (501Y.V1)

B.1.351 (501Y.V2)

P.1 (501Y.V.3)

-

HEXTM

CY5TM

E484K mutation

-

-

CY5TM

N501Y mutation

HEXTM (wildtype)

FAMTM

FAMTM

FAMTM

RNAseP*

ATTO425

ATTO425

ATTO425

ATTO425*
Detection of RNase P only possible if the cycler used is equipped with the appropriate detection channel (ATTO425) and
the PP│IPC Primer-Probe-Mix is added to the reaction setup.
Temperature Profile and Data Collection
No. of Cycles

Temperature

Time (min)Data Collection

1

50 °C

10:00

-

1

95 °C

03:00

-

95 °C

00:10

60 °C

00:30

Fluorescence measurement at
the end of every cycle

40

Before starting the test run, please check the settings for cycles, temperature and time.

8. RESULTS
Data analysis should be performed with the software of the used real-time PCR device according to manufacturer’s instructions.
Analysis settings:
Setting

Recommendation
Enter a value for the threshold so that the threshold is:ThresholdBaseline

8.1.

•
•
•

Above the background
Below the plateau and linear regions of the amplification curve
Within the exponential phase of the amplification curve

Select start and end cycle values so that the baseline ends before significant fluorescence is detected.

Interpretation of Results

Test run is valid only if RT-PCR run complete.
The GSD NovaType II SARS-CoV-2 test protocol dictates that the controls be analyzed before sample results.

8.1.1.

Controls

If kit control(s) fail, the test is invalid and needs to be repeated.
Sample data is analyzed and interpreted only after all the kit controls pass.
▪
▪
▪

NTC (no template control):must NOT have a detectable Ct in the S gene or RNase P reactions. If this control has adetectable Ct in any of the reaction wells, this indicates contamination of the PCR run and it is considered invalid andmust be repeated.
PC :Ct ≤ 38 for all S gene targets (HEXTM, FAMTM and Cy5TM)
Internal process control (RNase P): all human samples should exhibit Ct values Ct ≤ 38, thus indicating the presenceof the human RNase P gene.

Failure to detect RNase P in any specimens may indicate:▪
Improper extraction of nucleic acid from clinical materials resulting in loss of RNA and/or RNA degradation.
▪
(RT-) PCR inhibition.
▪
Absence of sufficient human cellular material due to poor collection or loss of specimen integrity.
▪
Improper assay set up and execution.
▪
Reagent or equipment malfunction.
If the RNase P assay does not produce a positive result for specimens, interpret as follows:▪
If S gene markers are positive even in the absence of a positive RNase P, the result should be considered valid. It is
possible that some samples may fail to exhibit RNase P growth curves due to low cell numbers in the original sample. A
negative RNase P signal does not preclude the presence of SARS-CoV-2 RNA in a specimen.
▪
If all S gene markers AND RNase P are negative for the specimen, the result should be considered invalid for the
specimen. If residual specimen is available, repeat the extraction procedure and repeat the test. If all markers remain
negative after re-test, report the results as invalid and a new specimen should be collected if possible.

58.1.2.

SamplesIf test run is valid interpretation of sample results is as follows:▪
Positive (POS): Ct ≤ 38▪
Negative (neg): Not detected (ND) or Ct > 38
SARS-CoV-2

Detection Channel

N501

wildtype

POS

neg

neg

ATTO425*(internal process control)
POS

N501Y

B.1.1.7 (501Y.V1)

neg

POS

neg

POS

K417N, E484K, N501Y

B.1.351 (501Y.V2)

POS

POS

POS

POS

E484K, N501Y

P.1 (501Y.V.3)

neg

POS

POS

POS

S geneVariant

HEXTM

FAMTM

CY5TM

* The RNase P gene is used as an internal process control because many copies of it exist in the human genome, and it isreadily detectable. RNase P is derived from the human cells that are present in every sample used. It is assumed that if humannucleic acids were extracted to detect the human gene RNase P, viral nucleic acids were also successfully extracted. The
RNase P target is also amplified as a quality control for the extraction method and to corroborate the absence of PCR-inhibitors
in the sample.
Discrimination of virus variants with respect to S gene codons 417, 484 and 501 is only possible for samples▪
that have already been pretested positive for the presence of SARS-CoV-2 RNA and▪
whose Ct value(s) in the corresponding S gene channel(s) is equal or below 38 (Ct ≤ 38)
Note on variant B.1.1.7:
1.
Other spike protein changes, e.g. deletion 69-70 do not affect the present RT-PCR, as these changes are located far fromthe detected amplicons.
2.
With the present setup, B.1.1.7 variants carrying an additional E484K mutation cannot be distinguished from the P.1 variant,as both show signals in the FAMTM and Cy5TM channels.

9. LIMITATIONS OF THE PROCEDURE
Very low amounts of starting material, e.g. weak positive samples (high Ct values in the previous diagnostic SARS-CoV-2 RTPCR), can result in GSD NovaType II SARS-CoV-2 test runs with negative signals. However, such results do not exclude thepresence of SARS-CoV-2 RNA.

10. TRADEMARKS AND DISCLAIMERS
Registered names, trademarks, etc. used in this document are to be considered protected by law even if not specifically marked
as such.

11. PRECAUTIONS AND WARNINGS
▪
▪
▪
▪
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FOR RESEARCH USE ONLY. Not for use in diagnostic procedures.
All human samples should be regarded and handled as potentially infectious.
Do not interchange reagents of different production lots.
No reagents of other manufacturers should be used along with reagents of this test kit.
Do not use reagents after expiry date stated on the label.
Wear disposable powder-free gloves, a laboratory coat and eye protection when handling specimens.
Always use DNase/RNase-free disposable reaction tubes and pipette tips with aerosol barriers.
Avoid microbial and nuclease (DNase/RNase) contamination of the specimen and the components of the kit.
In order to avoid contamination of working space with nucleic acids, reaction tubes/plates should not be opened after
amplification.
RT-PCR is highly sensitive to nucleic acid contamination. Therefore, positive / potentially positive material must be stored
separately from all other components of the kit.
Dedicate supplies and equipment to the separate working areas and do not move them from one area to another.
This assay must not be used on the specimen directly.
Prior to using this assay the nucleic acid has to be extracted with suitable extraction methods from the original specimen.
Since ethanol is a strong Real-Time PCR inhibitor, it is necessary to completely eliminate it prior to the elution of thenucleic acid during extraction. If using spin columns with washing buffers containing ethanol, it is highly recommended
to perform an additional centrifugation step of 10 min at approximately 17000 x g (~ 13000 rpm) before eluting the RNA.
For this additional centrifugation step, use a new collection tube.
The result of this RT-PCR kit may be influenced by potential mutations in the genome of the pathogen if they are locatedin the primer / probe binding region. Underestimation and/or failure to detect the pathogen may occur.
RT-PCR inhibitors may also elicit underestimation, false negative results or invalid runs. Therefore, only use nucleic acids
extraction kits, which remove RT-PCR inhibitors and which are dedicated for downstream RT-PCR processes.
The Real-Time PCR is only designed for qualified personnel who are familiar with good laboratory practice and trainedin RT-PCR.
For further internal quality control each laboratory should additionally use known samples.

611.1. Disposal Considerations
Residues of chemicals and preparations are generally considered as hazardous waste. The disposal of this kind of waste isregulated through national and regional laws and regulations. Contact your local authorities or waste management companies
which will give advice on how to dispose hazardous waste.

12. ORDERING INFORMATION
Prod. No.:

PCOV6083T
PCOV6084T

GSD NovaType II SARS-CoV-2
GSD NovaType II SARS-CoV-2

7(1 x 96 Determinations)(4 x 96 Determinations)DEUTSCH
1. EINLEITUNG
Ende 2019 trat in der Stadt Wuhan, Provinz Hubei, Volksrepublik China, eine neuartige Atemwegserkrankung auf, die sich schonbald innerhalb des Landes und rasch weltweit ausbreitete. Als Erreger wurde das SARS-CoV-2 (“Schweres akutes
Atemwegssyndrom Coronavirus 2”) identifiziert. SARS-CoV-2 (2019-nCoV) gehört, wie das eng verwandte SARS-Coronavirus(SARS-CoV), zur Gattung der Betacoronaviren innerhalb der Familie der Coronaviren. Das zoonotische Reservoir des Virus sindvermutlich Fledermäuse.
Coronaviren sind große, von einer Lipidhülle umgebene RNA-Viren mit einzelsträngigem Plus-Strang-Genom, die den Menschen,aber auch eine Vielzahl von Tieren infizieren. Die bekannten humanen Coronaviren NL63, 229E, OC43 und HKU1 sind vor allemin den Wintermonaten weit verbreitet. Bis zu einem Drittel aller akuten Atemwegserkrankungen, typischerweise mit milden
Symptomen (Erkältung), werden durch diese Coronaviren verursacht. Bei mehr als 80 % der erwachsenen Bevölkerung lassensich Antikörper gegen humane Coronaviren nachweisen. Die Immunität gegenüber früheren Infektionen hält nur für eine kurze
Zeit an. Reinfektionen mit dem gleichen Erreger sind daher bereits nach einem Jahr möglich.
SARS-CoV-2 wird vorwiegend durch Tröpfcheninfektion über Husten oder Niesen und durch engen Kontakt mit infizierten
Personen übertragen. Theoretisch sind auch Schmierinfektionen und Infektionen über die Bindehaut der Augen möglich.
Die Inkubationszeit liegt im Median bei 5-6 Tagen (und maximal bei bis zu 14 Tagen).
Zu den klinischen Manifestationen der SARS-CoV-2-assoziierten COVID-19 Erkrankung zählen Fieber, Husten,
Atembeschwerden und Müdigkeit. Bei den meisten Patienten manifestiert sich die Infektion mit Symptomen einer leichten
fieberhaften Erkrankung mit irregulären Lungeninfiltraten.
Das ursprüngliche klinische Anzeichen von COVID-19, das eine Diagnose ermöglichte, war eine Lungenentzündung. Es stelltesich jedoch heraus, dass der Krankheitsverlauf unspezifisch ist und stark variiert: von asymptomatischen Verläufen bis hin zu
einer schweren Lungenentzündung mit Lungenversagen und Tod. Nach heutigem Kenntnisstand sind jedoch etwa 80 % der
Erkrankungen leicht bis moderat.
Obwohl schwere Krankheitsverläufe auch bei jüngeren Patienten und Menschen ohne Vorerkrankungen auftreten, haben
folgende Personengruppen ein erhöhtes Risiko für schwere Erkrankungsformen: ältere Menschen (mit einem stetig steigenden
Risiko ab etwa 50-60 Jahren), Raucher und Menschen mit bestimmten Erkrankungen des Herz-Kreislauf-Systems oder der
Lunge, Patienten mit chronischen Lebererkrankungen, Diabetes mellitus, Krebs oder Patienten mit einem geschwächten
Immunsystem (z.B. durch Immunschwäche oder durch die Einnahme von Medikamenten, die das Immunsystem unterdrücken).
Die Behandlung beschränkt sich auf unterstützende Maßnahmen in Abhängigkeit vom Schweregrad des Krankheitsbildes (z.B.
Sauerstoffgabe, Flüssigkeitsmanagement etc.) sowie auf die Behandlung relevanter Grunderkrankungen. Verschiedene
spezifische Therapieansätze (direkt antiviral, immunmodulatorisch wirksam) wurden und werden im Verlauf der SARS-CoV-2Pandemie im Rahmen von Studien untersucht.
Das trimere Spike-Glykoprotein (S) ist auf der Oberfläche der Virionen exponiert und vermittelt den Eintritt des Virus in die
Wirtszellen. Alle derzeit führenden Impfstoffkandidaten konzentrieren sich auf das Spike-Protein als Zielantigen. Dieses große,
exponierte Protein kann gut von neutralisierenden Antikörpern erkannt werden, was indirekt einen Selektionsdruck für das
Auftreten von Ausweichmutationen erzeugt. Die Tendenz S-Proteins zu mutieren, könnte seine künftige Verwendung inserologischen Tests und Impfstoffen einschränken, da Antikörper, die gegen die aktuelle Variante gerichtet sind, neu entstehendemutierte Epitope möglicherweise nicht binden.
Während in vielen Ländern derzeit ein Rückgang der Gesamtinfektionen zu verzeichnen ist, der höchstwahrscheinlich auf die
Auswirkungen verschärfter nicht-medikamentöser Maßnahmen zurückzuführen ist, hat die Entstehung und vermehrte
Ausbreitung neuer SARS-CoV-2-Varianten, die erstmals in Großbritannien (B.1.1.7), Südafrika (B.1.351) und Brasilien (P.1)
identifiziert wurden, Besorgnis ausgelöst.
B.1.1.7, auch bekannt als VOC 202012/01 (Nextstrain Klade 20B, GISAID Klade GR und PANGO Linie B.1.1.7), ist durch mehrere
Veränderungen im Spike-Protein (Deletion 69-70, Deletion 144, Aminosäureaustausch N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I,
S982A, D1118H) sowie durch Mutationen in anderen genomischen Regionen definiert. Darüber hinaus wurden genomisch
bestätigte B.1.1.7-Fälle mit einer zusätzlichen Mutation (E484K) berichtet. Die Varianten B.1.351 und P.1 tragen diese Mutation
ebenfalls.
Unter anderem epidemiologische und Kontaktnachverfolgungsdaten deuten auf eine erhöhte Reproduktionszahl sowie eineleichtere Übertragbarkeit der B.1.1.7-Variante hin. Dies könnte auf eine höhere Rezeptoraffinität durch den N501YPolymorphismus zurückzuführen sein. Nach derzeitigem Kenntnisstand ist das Spike-Protein das wichtigste Ziel für die Aktivität
neutralisierender Antikörper. Polymorphismen in diesem Protein könnten daher die Effektivität der Impfantwort beeinflussen.
Vorläufige In-vitro-Studien deuten jedoch darauf hin, dass die zugelassenen mRNA-Impfstoffe auch gegen Viren der Linie B.1.1.7
wirksam sind.
Variante B.1.351 (20H/501Y.V2), die zuerst in Südafrika identifiziert wurde (Nextstrain-Klade 20C, GISAID-Klade GH und
PANGO-Linie B.1.351), ist durch mehrere Spike-Protein-Veränderungen definiert, die in allen Viren des Clusters vorhanden sind
(D80A, D215G, E484K, N501Y und A701V), und kürzlich erfasste Viren weisen zusätzliche Veränderungen auf. Drei dieser
Veränderungen (K417N, E484K und N501Y) befinden sich innerhalb der Rezeptorbindungsdomäne (RBD).
Eine erhöhte Übertragbarkeit wird auch für die B.1.351-Variante diskutiert; es gibt Hinweise auf eine erhöhte ACE2 (Angiotensinconverting enzyme 2) -Rezeptoraffinität, wenn die Polymorphismen E484K und N501Y kombiniert vorliegen. Die Polymorphismen
K417N und E484K verringern die Empfindlichkeit gegenüber neutralisierenden Antikörpern, was auf eine verminderte Wirksamkeit
der Immunantwort nach einer Infektion bzw. Impfung hinweisen könnte.
Variante P.1 (20J/501Y.V3, Nextstrain-Klade 20B, GISAID-Klade GR und PANGO-Linie P.1), die zuerst in Japan bei
Reiserückkehrern aus Brasilien und dann später in Brasilien gemeldet wurde, weist im Vergleich zur Vorläuferlinie B.1.1.28 11
Aminosäureaustausche im Spike-Protein auf, von denen sich drei in der Rezeptor-Bindungsdomäne befinden. Der vollständige
Satz der Spike-Protein-Veränderungen für die Variante umfasst L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y,
8

H655Y, T1027I und V1176F. Die Variante P.1 ähnelt der aus Südafrika beschriebenen Variante in bestimmten RBDSchlüsselpositionen (K417, E484, N501). Daher werden auch für diese Variante eine erhöhte Übertragbarkeit und eineverminderte Wirksamkeit neutralisierender Antikörper diskutiert.
Spezies
SARS-CoV-2(“Schweres akutes
Atemwegssyndrom
Coronavirus 2”)

Erkrankung

Symptome (z.B.)

COVID-19

Der Krankheitsverlauf ist unspezifisch, vielfältig
und variiert stark, von asymptomatischen
Verläufen bis hin zu schwerer Lungenentzündung
mit Lungenversagen und Tod

Nachweis des Erregers bzw. der Infektion durch:▪
Nukleinsäure-Amplifikations-Technik (NAT):▪
Serologie:

Infektionsweg
Primärer Übertragungsweg:
Tröpfcheninfektion;
Schmierinfektionen und
Infektionen über die Bindehaut derAugen sind theoretisch möglichz.B. RT-PCR
Nachweis von Antikörpern durch z.B. ELISA

2. VERWENDUNGSZWECK (NUR FÜR FORSCHUNGSZWECKE!)Die GSD NovaType II SARS-CoV-2 ist ein Real-Time Reverse-Transkriptions-Polymerase-Kettenreaktions-Assay (RT-PCR) nur
für Forschungszwecke (Research Use Only, RUO). Er wurde für den gleichzeitigen qualitativen Nachweis und die Unterscheidung
der SARS-CoV-2 („Schweres Akutes Atemwegssyndrom Coronavirus 2“) S-Gen-Varianten Wildtyp und die Mutationen K417N,
E484K und N501Y entwickelt. Als Probenmaterial sollte genomische RNA verwendet werden, die aus humanen respiratorischen
Proben (Nasenspülung/-abstrich, Nasopharyngealspülung/-abstrich, Oropharyngealabstrich) extrahiert wurde und die zuvor
mittels diagnostischer RT-PCR-Methoden, z.B. der GSD NovaPrime® SARS-CoV-2 (COVID-19) positiv auf SARS-CoV-2 RNA
getestet wurde. Die GSD NovaType II SARS-CoV-2 ist ausdrücklich nicht für die Diagnose einer SARS-CoV-2-Infektion und nicht
für den Einsatz in diagnostischen Verfahren vorgesehen. Sie soll lediglich Untersuchungen zur Prävalenz und Häufigkeit vonVirusvarianten unterstützen.

3. TESTPRINZIP
Die qualitative Bestimmung spezifischer RNA basiert auf der Real-Time Reverse-Transkriptions-Polymerase-KettenreaktionsTechnologie (RT-PCR). Der Kit enthält spezifische Primer und Sonden, die mit fluoreszierenden Reporter- und QuencherFarbstoffen zur Amplifikation und zum gleichzeitigen Nachweis spezifischer RNA-Sequenzen, die spezifische SARS-CoV-2
S Gen-Varianten repräsentieren, markiert sind.
Die für das jeweilige Gen spezifischen Sonden sind mit den Fluorophoren HEXTM, FAMTM und ATTO647N (Alternative zu CY5TM)
markiert und ermöglichen so die parallele Unterscheidung zwischen dem Wildtyp S Gen und den Mutationen N501Y, E484K und
K417N. Die interne Prozesskontrolle Ribonuclease P (RNAse P) ist mit dem Fluorophor ATTO425 markiert. Das Primer- undSonden-Set für das humane RNase P-Gen dient als interne Positivkontrolle zur Überwachung der Probenqualität, der RNAExtraktion und zum Nachweis von Inhibitoren der PCR-Reaktion.
Die GSD NovaType II SARS-CoV-2 RT-PCR wurde für folgende Real-Time PCR Plattformen validiert:▪
AriaMxTM (Agilent Technologies)▪
AriaDxTM (Agilent Technologies)

4. MATERIALIEN
4.1.

Mitgelieferte Reagenzien

DeckelSymbolKomponente

grün

E-MIX

(Reverse Transkriptase, Hot-Start DNA Polymerase, RnaseInhibitor, Nukleotide, Magnesium and Stabilistoren in Puffer)

blau

PP│VAR

gelb

PP│IPCrot

PC

transparent

NFW

PCOV6083T (PCOV6084T)
Volumen pro
AnzahlRöhrchen [µL]
Röhrchen

RT-PCR Enzym-Mix
Primer-Probe-Mix(zur Unterscheidung von Varianten)

Primer-Probe-Mix(zum Nachweis von RNaseP)

Positive Control(Plasmid-DNA, die SARS-CoV-2 S Gen-Varianten repräsentiert)

Nukleasefreies Wasser

550

1 (4)

215

1 (4)

110

1 (4)

150

1 (4)

500

1 (4)

4.2.

Erforderliche Materialien und Geräte, nicht mitgeliefert▪
▪

Entionisiertes Nuklease- und Nukleinsäure-freies Wasser
Real-Time PCR Gerät, ausgestattet mit geeigneter Kombination an Filtern (für bereits validierte Geräte siehe 3.
TESTPRINZIP; für verwendete Fluorophore siehe 7.2.)
Alternative Real-Time PCR Geräte sind möglicherweise ebenfalls geeignet; ihre Eignung für die Verwendung mit der
GSD NovaType II SARS-CoV-2 muss vom Anwender validiert werden.
Geeignete Real-Time PCR-Verbrauchsmaterialien (z.B. Plastikröhrchen für den einmaligen Gebrauch, Reaktionsplatten,
entsprechende optische Verschlussmaterialien)
Tisch-Mikrozentrifuge
Zentrifuge mit Rotor für Mikrotiterplatten

▪
▪
▪

9

▪
▪
▪
▪

Vortex-Mischer
Einstellbare Pipetten abhängig vom Reaktions-Setup
DNase/RNase-freie Einweg-Pipettenspitzen mit FilternPuderfreie Einweghandschuhe

5. STABILITÄT UND LAGERUNG
Der GSD NovaType II SARS-CoV-2 Kit wird auf Trockeneis versandt und alle Komponenten sollten in gefrorenem Zustandankommen.
▪
Alle Komponenten müssen unmittelbar nach Ankunft zwischen -30 °C und -15 °C gelagert werden.
▪
Wiederholte Einfrier-Auftauzyklen (mehr als zwei) der Reagenzien sollten vermieden werden, da dies die Leistung desKits beeinträchtigen könnte. Reagenzien sollten aliquotiert eingefroren werden, wenn sie in Abständen verwendet
werden.
▪
Lagerung in aufgetautem Zustand (z.B. Lagerung auf Eis) so kurz wie möglich halten.
▪
E-MIX , PP│VAR und PP│IPC bis zur Verwendung tiefgekühlt aufbewahren.
▪

E-MIX , PP│VAR und PP│IPC vor Licht schützen.

6. VORBEREITUNG DER PROBEN▪

▪

Extrahierte RNA oder Gesamtnukleinsäure aus humanen respiratorischen Proben (Nasenspülung/-abstrich,Nasopharyngealspülung/-abstrich, Oropharyngealabstrich, bronchoalveoläre Lavage), die zuvor mittels RT-PCRMethoden z.B. der GSD NovaPrime® SARS-CoV-2 (COVID-19) positiv auf SARS-CoV-2 RNA getestet wurde, ist das
Ausgangsmaterial für die GSD NovaType II SARS-CoV-2.
Die Qualität der extrahierten RNA hat einen entscheidenden Einfluss auf die Leistung des gesamten RT-PCRTestsystems. Stellen Sie sicher, dass die Nukleinsäureextraktionsmethode mit der Real-Time PCR-Technologie
kompatibel ist.

7. TESTDURCHFÜHRUNG
7.1.

Reaktions-Setup▪

Bitte lesen Sie die Gebrauchsanweisung vor der Durchführung des Assays sorgfältig durch. Die Zuverlässigkeit derErgebnisse hängt von der strikten Befolgung der Gebrauchsanweisung ab.
Stellen Sie vor Gebrauch sicher, dass alle Proben und Reagenzien vollständig aufgetaut, durch Auf- und Abpipettierenoder Vortexen gemischt und kurz zentrifugiert worden sind.
Wichtig: Der E-MIX ist zähflüssig. Zentrifugieren Sie das Röhrchen kurz ab, um sicherzustellen, dass sich kein Material
im Deckel oder an der Seite des Röhrchens abgesetzt hat. Achten Sie darauf, vorsichtig zu pipettieren und zu
dispensieren, und verwenden Sie Pipettenspitzen, die für das Pipettieren viskoser Flüssigkeiten geeignet sind.
Die Verwendung von NFW als „No Template Control“ (NTC) wird dringend empfohlen.
Definieren Sie die Positionen (Vertiefungen) für Proben und Kontrollen ( PC oder NFW ) auf der Platte.
Abhängig vom verwendeten Real-Time PCR Gerät und verfügbaren Detektionskanälen kann RNase P als interne
Prozesskontrolle verwendet werden.
Wichtig:
Falls das verwendete Real-Time PCR Gerät über keinen ATTO425 Kanal verfügt, darf die RNase P
Amplifikation nicht durchgeführt werden, d.h. das Reaktions-Setup muss ohne PP│IPC Primer-Probe-Mix pipettiert
werden, da sonst unspezifische Signale in den anderen Detektionskanälen auftreten können.

▪
▪

▪
▪
▪

Reaktions-Setup▪
▪

Komponente

einschließlich RNase P Amplifikation(ATTO425 Kanal erforderlich)ohne Amplifikation der RNase P

E-MIX

5 μL

5 μL

PP│VAR

2 µL

2 µL

PP│IPC

1 µL

-

NFW

-

1 µL

Probe oder PC oder NFW

12 μL

12 μL

Gesamtvolumen

20 μL

20 μL

Verschließen Sie die optische Reaktionsplatte mit dem entsprechenden optischen Verschlussmaterial.
Zentrifugieren Sie die optische Reaktionsplatte in einer Zentrifuge mit einem Rotor für Mikrotiterplatten für 60 Sekunden
bei etwa 1000 x g (~ 3000 U/min).

10

7.2.

Programmierung des Real-Time PCR-Geräts

Für die Konfiguration und Programmierung des Real-Time PCR-Geräts nehmen Sie bitte das jeweilige Handbuch zu Hilfe.
Für detaillierte Anweisungen zur Programmierung spezifischer Real-Time PCR-Geräte zur Verwendung der GSD NovaType II
SARS-CoV-2 RT-PCR, wenden Sie sich bitte an NovaTec Immundiagnostica GmbH.
Einstellungen RT-PCR Lauf
Reaktionsvolumen

20 μL

Passive Referenz

Keine

Fluoreszenz-Detektoren / Fluorophore
Die Detektion des amplifizierten viralen Nukleinsäurefragments erfolgt in den Detektionskanälen FAMTM (S Gen-Mutation N501Y),HEXTM (S-Gen N501 Wildtyp und Mutation K417N) und CY5TM (S Gen-Mutation E484K; Fluorophor: ATTO647) mit MGBEQ
Quencher.
Die Detektion der amplifizierten internen Prozesskontrolle RNase P erfolgt im Detektionskanal ATTO425 mit BHQ1 Quencher.
Detektion

Wildtyp

B.1.1.7 (501Y.V1)

B.1.351 (501Y.V2)

P.1 (501Y.V.3)

K417N Mutation

-

-

HEXTM

CY5TM

E484K Mutation

-

-

CY5TM

N501Y Mutation

HEXTM (wildtype)

FAMTM

FAMTM

FAMTM

RNAseP*

ATTO425

ATTO425

ATTO425

ATTO425*
Der Nachweis von RNase P ist nur möglich, wenn das verwendete Real-Time PCR Gerät mit dem entsprechenden
Detektionskanal (ATTO425) ausgestattet ist und der PP│IPC Primer-Probe-Mix dem Reaktions-Setup hinzugefügt wird.
Temperaturprofil und Datenerfassung
Anzahl Zyklen

Temperatur

Zeit (min)Datenerfassung

1

50 °C

10:00

-

1

95 °C

03:00

-

95 °C

00:10

60 °C

00:30

Fluoreszenzmessung am
Ende jedes Zyklus

40Überprüfen Sie bitte die Einstellungen für Zyklen, Temperatur und Zeit bevor Sie den Testlauf starten.

8. ERGEBNISSE
Die Datenanalyse sollte mit der Software des verwendeten Real-Time PCR-Gerätes gemäß den Anweisungen des Herstellers
durchgeführt werden.
Analyse-Einstellungen:Einstellung

Empfehlung
Geben Sie einen Wert für den Schwellenwert ein, so dass für den Schwellenwert gilt:

Schwellenwert

Basislinie

8.1.

• Oberhalb des Hintergrunds• Unterhalb des Plateaus und der linearen Bereiche der Amplifikationskurve• Innerhalb der exponentiellen Phase der Amplifikationskurve
Wählen Sie Start- und Endzykluswerte so, dass die Basislinie endet bevor eine signifikante Fluoreszenz
detektiert wird.

Interpretation der Ergebnisse

Der Testlauf ist nur gültig, wenn der RT-PCR Testlauf abgeschlossen ist.
Das GSD NovaType II SARS-CoV-2 Testprotokoll schreibt vor, dass die Kontrollen vor den Ergebnissen der Proben analysiert
werden müssen.

8.1.1.

Kontrollen

Wenn die Kit-Kontrolle(n) versagen, ist der Test ungültig und muss wiederholt werden.
Daten von Proben dürfen erst dann analysiert und interpretiert werden, wenn alle Kit-Kontrollen valide Ergebnisse zeigen.
▪
▪
▪

NTC (no template control):darf KEINEN nachweisbaren Ct in den S Gen- oder RNase P-Reaktionen aufweisen.
Wenn diese Kontrolle in einer der Vertiefungen einen nachweisbaren Ct-Wert aufweist, deutet dies auf eine
Kontamination des PCR-Laufs hin und er wird als invalide und muss wiederholt werden.
PC :Ct ≤ 38 für alle S Gen Targets (HEXTM, FAMTM and Cy5TM)
Interne Prozesskontrolle (RNase P):
alle humanen Proben sollten Ct Werte Ct ≤ 38 aufweisen, was auf das
Vorhandensein des humanen RNase P Gens hinweist.

11Ein Fehlschlagen des RNase P Nachweises in einer Probe kann ein Hinweis sein auf:
▪
▪
▪
▪
▪

Unsachgemäße Nukleinsäure-Extraktion, was zu Verlust von RNA und/oder RNA Degradation führt.
Fehlen von ausreichend humanem Zellmaterial aufgrund falscher Entnahme oder Verlust der Probenintegrität.
(RT-) PCR-Inhibition.
Unsachgemäßes Reaktions-Setup und Ausführung.
Fehlfunktion von Reagenzien oder Geräten.

Wenn die RNase P Reaktion kein positives Ergebnis für die Proben liefert, muss wie folgt interpretiert werden:▪

▪

8.1.2.

Wenn die S Gen-Marker auch bei fehlendem positivem RNase P positiv sind, sollte das Ergebnis als valide angesehen
werden. Es ist möglich, dass einige Proben aufgrund geringer Zellzahlen in der Originalprobe keine RNase PAmplifikation aufweisen. Ein negatives RNase P-Signal schließt das Vorhandensein von SARS-CoV-2 RNA in einer
Probe nicht aus.
Wenn alle S Gen Marker UND RNase P für die Probe negativ sind, sollte das Ergebnis für die Probe als invalide bewertet
werden. Wenn eine Restprobe vorhanden ist, sollten das Extraktionsverfahren und der Test wiederholt werden. Wennalle Marker nach dem erneuten Test negativ bleiben, ist das Ergebnis als invalide zu bewerten und es sollte nach
Möglichkeit eine neue Probe entnommen werden.

ProbenWenn der Testlauf gültig ist, werden die Probenergebnisse wie folgt interpretiert:▪
Positiv (POS):
Ct ≤ 38▪
Negativ (neg):nicht detektiert (ND) oder Ct > 38
SARS-CoV-2

Detection Channel

N501

Wildtyp

POS

neg

neg

ATTO425*(interne Prozesskontrolle)
POS

N501Y

B.1.1.7 (501Y.V1)

neg

POS

neg

POS

K417N, E484K, N501Y B.1.351 (501Y.V2)

POS

POS

POS

POS

E484K, N501Y

neg

POS

POS

POS

S Gen

Variante

P.1 (501Y.V.3)

HEXTM

FAMTM

CY5TM

*
Das RNase P-Gen wird als interne Prozesskontrolle verwendet, da viele Kopien davon im menschlichen Genomvorhanden sind und es leicht nachweisbar ist. Die RNase P stammt aus den menschlichen Zellen, die in jeder verwendeten Probevorhanden sind. Wenn menschliche Nukleinsäuren zum Nachweis des humanen Gens RNase P extrahiert wurden, wird davon
ausgegangen, dass auch die viralen Nukleinsäuren erfolgreich extrahiert wurden.
Das RNase P Target wird auch als Qualitätskontrolle für die Extraktionsmethode und zur Bestätigung der Abwesenheit von PCRInhibitoren in der Probe amplifiziert.
Die Unterscheidung von Virusvarianten im Hinblick auf die S Gen-Codons 417, 484 und 501 ist nur möglich für Proben,▪
die bereits positiv auf das Vorhandensein von SARS-CoV-2 RNA getestet wurden und▪
deren Ct-Wert(e) in dem/den entsprechenden S Gen-Kanal/Kanälen gleich oder kleiner 38 (Ct ≤ 38) ist/sind.
Hinweis zu Variante B.1.1.7:
1.
Andere Veränderungen im Spike-Protein, z.B. Deletion 69-70, haben keinen Einfluss auf die vorliegende RT-PCR, da diese
Veränderungen weit von den detektierten Targets entfernt liegen.
2.
Mit dem vorliegenden Setup können B.1.1.7-Varianten, die eine zusätzliche E484K-Mutation tragen, nicht von der P.1Variante unterschieden werden, da beide Signale in den Kanälen FAMTM und Cy5TM zeigen.

9. GRENZEN DES VERFAHRENS
Sehr geringe Mengen an Ausgangsmaterial, z.B. schwach positive Proben (hohe Ct-Werte in der vorangegangenen
diagnostischen SARS-CoV-2 RT-PCR), können zu GSD NovaType II SARS-CoV-2 Testläufen mit negativen Signalen führen.
Solche Ergebnisse schließen jedoch das Vorhandensein von SARS-CoV-2 RNA nicht aus.

10. MARKENZEICHEN UND HAFTUNGSAUSSCHLÜSSE
Die in diesem Dokument verwendeten eingetragenen Namen, Markenzeichen usw. sind als gesetzlich geschützt zu betrachten,
auch wenn sie nicht ausdrücklich als solche gekennzeichnet sind.

11. SICHERHEITSMASSNAHMEN UND WARNHINWEISE
▪
▪
▪
▪
▪
▪
▪
▪
▪

NUR FÜR FORSCHUNGSZWECKE. Nicht zur Verwendung in diagnostischen Verfahren.
Alle Proben humanen Ursprungs sollten als potenziell infektiös betrachtet und behandelt werden.
Reagenzien verschiedener Produktionschargen nicht untereinander austauschen.
Keine Reagenzien anderer Hersteller zusammen mit den Reagenzien dieses Testkits verwenden.
Reagenzien nach dem auf dem Etikett angegebenem Verfallsdatum nicht mehr verwenden.
Beim Umgang mit Proben puderfreie Einweghandschuhe, einen Laborkittel und einen Augenschutz tragen.
Verwenden Sie immer DNase/RNase-freie Einwegreaktionsgefäße und Pipettenspitzen mit Aerosolbarrieren.
Vermeiden Sie eine mikrobielle und Nuklease- (DNase/RNase) Kontamination der Probe und der Kit-Komponenten.
Um eine Kontamination des Arbeitsbereichs mit Nukleinsäuren zu vermeiden, dürfen Reaktionsgefäße/Platten nach der
Amplifikation nicht geöffnet werden.
12

▪
▪
▪
▪

▪

▪

▪

▪
▪

Die RT-PCR ist hochempfindlich gegenüber Nukleinsäurekontaminationen. Daher muss positives/potenziell positives
Material getrennt von allen anderen Komponenten des Kits gelagert werden.
Belassen Sie Verbrauchsmaterial und Ausstattung in den eindeutig zugewiesenen, getrennten Arbeitsbereichen.
Dieser Assay darf nicht direkt mit der Patientenprobe verwendet werden.
Vor der Verwendung dieses Assays muss die Nukleinsäure mit geeigneten Extraktionsmethoden aus der Originalprobe
extrahiert werden. Beachten Sie hierzu unbedingt die Angaben in der Gebrauchsanleitung des Extraktionskits v.a. in
Bezug auf unterschiedliche Probenmaterialien!
Da Ethanol ein starker Inhibitor der Real-Time PCR ist, muss es vor der Elution der Nukleinsäure während der Extraktion
vollständig eliminiert werden. Bei Verwendung von Spin Columns mit Waschpuffern, die Ethanol enthalten, wird
dringend empfohlen, vor der Elution der RNA einen zusätzlichen Zentrifugationsschritt von 10 min bei ca. 17000 x g(~ 13000 U/min) durchzuführen. Für diesen zusätzlichen Zentrifugationsschritt ist ein neues Sammelröhrchen zu
verwenden.
Das Ergebnis dieses RT-PCR-Kits kann durch potenzielle Mutationen im Genom des Erregers beeinflusst werden, wenndiese in der Primer-/Sondenbindungsregion liegen. Dies kann zu einer Fehleinschätzung führen und/oder den
Erregernachweises erschweren.
RT-PCR-Inhibitoren können eine zu niedrige Bewertung, falsch negative Ergebnisse oder ungültige Testläufe
hervorrufen. Verwenden Sie daher nur Nukleinsäure-Extraktionskits, die RT-PCR-Inhibitoren entfernen und die fürnachgeschaltete RT-PCR-Prozesse bestimmt sind.
Die Real-Time PCR ist nur für qualifiziertes Personal bestimmt, das mit der guten Laborpraxis vertraut und in RT-PCR
geschult ist.
Zur weiteren internen Qualitätskontrolle sollte jedes Labor zusätzlich bekannte Proben verwenden.

11.1. Entsorgungshinweise
Chemikalien und Zubereitungen sind in der Regel Sonderabfälle. Deren Beseitigung unterliegt den nationalen abfallrechtlichen
Gesetzen und Verordnungen. Die zuständige Behörde informiert über die Entsorgung von Sonderabfällen.

12. BESTELLINFORMATIONEN
Produktnummer:

PCOV6083T
PCOV6084T

GSD NovaType II SARS-CoV-2
GSD NovaType II SARS-CoV-2

13(1 x 96 Bestimmungen)(4 x 96 Bestimmungen)

14

BIBLIOGRAPHY / LITERATUR / BIBLIOGRAPHIE / BIBLIOGRAFIA / BIBLIOGRAFÍA /BIBLIOGRAFIA
European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 - increased circulation of variants of concern and vaccine
rollout in the EU/EEA, 14th update – 15 February 2021. ECDC: Stockholm; 2021.
Robert Koch-Institut (2021): RKI - Coronavirus SARS-CoV-2 - SARS-CoV-2: Virologische Basisdaten sowie Virusvarianten.
Available online at https://www.rki.de/DE/Content/InfAZ/N/Neuartiges_Coronavirus/Virologische_Basisdaten.html, updated on
2/23/2021, checked on 3/16/2021.
Volz, Erik; Mishra, Swapnil; Chand, Meera; Barrett, Jeffrey C.; Johnson, Robert; Geidelberg, Lily et al. (2021): Transmission of
SARS-CoV-2 Lineage B.1.1.7 in England: Insights from linking epidemiological and genetic data. In medRxiv,
2020.12.30.20249034. DOI: 10.1101/2020.12.30.20249034.

ABBREVIATIONS / ABKÜRZUNGEN / ABRÉVIATIONS / ABBREVIAZIONI / ABREVIACIÓNES /ABREVIATURAS
NAT

Nucleic acid Amplification Techniques

NTC

No Template Control

15

SYMBOLS KEY / SYMBOLSCHLÜSSEL / EXPLICATION DES SYMBOLES / LEGENDA /SIMBOLOS / TABELA DE SIMBOLOS
Manufactured by / Hergestellt von / Fabriqué par / Prodotto da / Fabricado por / Fabricado por

RUO

FOR RESEARCH USE ONLY. Not for use in diagnostic procedures. / NUR FÜR
FORSCHUNGSZWECKE. Nicht zur Verwendung in diagnostischen Verfahren. /UNIQUEMENT POUR LA RECHERCHE. Ne pas utiliser dans les procédures de diagnostic. /SOLO DI RICERCA. Non per l'uso in procedure diagnostiche. / PARA USO EXCLUSIVO ENINVESTIGACIÓN. No debe utilizarse en procedimientos de diagnóstico. / ESCLUSIVAMENTEPARA A INVESTIGAÇÃO. Não para uso em procedimentos de diagnóstico.

LOT

Lot Number / Chargenbezeichnung / Numéro de lot / Lotto / Número de lote / Número de lote
Expiration Date / Verfallsdatum / Date de péremption / Scadenza / Fecha de caducidad / Datade Validade
Storage Temperature / Lagertemperatur / Température de conservation / Temperatura diconservazione / Temperatura de almacenamiento / Temperatura de Armazenamento
Protect from Light / Vor Licht schützen / Protéger de la Lumière / Proteggere dalla Luce /Proteger de la Luz / Proteger da Luz

REF

E-MIX
PP│VAR
PP│IPC
NFW
PC

Product Number / Produktnummer / Numéro de produit / Numero del prodotto / Número delproducto / Número do produto
Consult Instructions for Use / Arbeitsanleitung beachten / Consulter la notice d’utilisation /Consultare le istruzioni per l’uso / Consulte las Instrucciones de Uso / Consultar as Instruções
de Utilização
RT-PCR Enzyme Mix / RT-PCR Enzym-Mix / RT-PCR Mix d'Enzymes / RT-PCR Mix diEnzima / Mescla de Enzimas RT-PCR / Mistura Enzimática RT-PCR
Primer-Probe-Mix(for discrimination of variants / zur Unterscheidung von Varianten / pour la discrimination des variants /per discriminare le varianti / para discriminar variantes / para discriminação de variantes)

Primer-Probe-Mix(for detection of RNase P / zum Nachweis von RNase P / pour la détection de RNase P / per ilrilevamento di RNase P / Para la detección de la RNase P / para detecção do RNase P)

Nuclease free water / Nukleasefreies Wasser / Eau sans nuclease / Acqua priva di nucleosi /Agua libre de nucleasas / Água isenta de Nuclease
Positive Control / Positivkontrolle / Contrôle positif / Controllo positivo / Control positivo /Controle positivo
Contains sufficient for “n” tests / Ausreichend für “n” Tests / Contenu suffisant pour “n” tests /Contenuto sufficiente per “n” saggi / Contenido suficiente para ”n” tests / Conteúdo suficientepara “n” testes

NovaTec Immundiagnostica GmbH
Waldstraße 23 A6
63128 Dietzenbach, Germany
Tel.:
Email:
Internet:+49 (0) 6074-48760
info@NovaTec-ID.com
www.NovaTec-ID.com

Fax:+49 (0) 6074-487629
PCOV608x_RUO_rev01_20210330

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