国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書及び同報告書に付する農林水産大臣の意見

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令和2年11月24日
農林水産省農林水産技術会議事務局
研究推進課

科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成２０年法律第６３号）
第２７条の３第２項の規定に基づき、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書を、農林水産大臣の意見を付して報告するものである。

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書及び同報告書に付する農林水産大臣の意見

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構令和元年度特定公募型
研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書・・・・・・・・・・・１

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構令和元年度特定公募型
研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書に付する農林水産大臣の意見・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・35

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショッ
ト型研究開発）に関する報告書

1

2

目

次

Ⅰ．令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

５

Ⅱ．参考資料・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・‚X ９

資料１ 革新的研究開発推進基金補助金交付要綱（令和２年２月４日元農会第 708 号農林水産事務
次官依命通知）資料２ 革新的研究開発推進基金補助金実施要綱（令和２年２月４日元農会第 707 号農林水産事務
次官依命通知）資料３ 革新的研究開発推進基金設置規程（令和２年２月 26 日 31 規程第 171 号）
資料４ 農業機械化促進業務勘定、基礎的研究業務勘定、特定公募型研究開発業務勘定及び民間研
究特例業務勘定における資金運用に関する規程（平成 17 年 1 月 1 日 16 規程第 80 号）

資料５

革新的研究開発推進基金の管理に関する要領（令和２年 3 月 12 日元生セ第1212001号）

資料６

参照条文等

3

4

Ⅰ．令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書

5令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）について
１．基金の概要
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「機構」という。）は、第４期中長期目標において、科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成２０年法律第６３号）第２７条の２第１項に規定する特定公募型研究開発業務として、総合科学技術・イノベーション会議が決定する目標の下、我が国発の破壊的イノベーションの創出を目指し、従来技術の延長にない、より大胆な発想に基づく挑戦的な研究開発（ムーンショット）を、機構の業務内容や目的に照らし推進すると定められたことを受け、令和２年３月３０日に、革新的研究開発推進基金補助金交付要綱（令和２年２月４日 元農会第 708 号農林水産事務次官依命通知）（資料１）に基づき５０億円の交付を受け、同日、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成 11 年法律第１９２号）第１７条の２の規定、革新的研究開発推進基金補助金実施要綱（令和２年２月４日元農会第 707 号農林水産事務次官依命通知）（資料２）及び革新的開発推進基金設置規程（令和２年２月 26 日 31
規程第 171 号）（資料３）に基づき、生物系特定産業技術研究支援センター（以下「生研支援センター」という。）に、その全額をもって基金を造成した。

２．基金の管理体制等
生研支援センターは、特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）（以下「業務」という。）を適切に執行するため、基金事業対応特別チームを設置し、体制・関係規程等の整備に着手
し、令和２年 4 月 1 日の新技術開発部戦略的研究開発課の発足に向けて、業務に必要な準備を行った。
基金の運用については、「農業機械化促進業務勘定、基礎的研究業務勘定、特定公募型研究開発業務勘定及び民間研究特例業務勘定における資金運用に関する規程」（平成１７年１月１日
１６規程第８０号）（資料４）を改定及び「革新的研究開発推進基金の管理に関する要領（令和２年３月 12 日 元生セ第 1212001 号）（資料５）を制定した。

３．業務に係る収入・支出及びその内訳（今後の見込みを含む。）（単位：百万円）
令和元年度
前年度末基金残高 （a）
収入
支出

令和２年度（見込み）
―

５,０００

５,０００

１００

運用収入

０

０

その他

―

―

５,０００

１００

事業費

―

１,０１２

管理費

―

８８

―

１,１００

―

―

５,０００

４,０００

（５,０００）（４,０００）

国からの資金交付額

合

合

計 （b）

計 （c）

国庫返納額 （ｄ）
当年度末基金残高（a+b-c-d）(うち国費相当額)

6４．基金事業の実施決定件数・実施決定額
令和元年度
実施決定件数 （単位：件）―

実施決定額 （単位：百万円）―

５．保有割合基金の年度末残高については、全て次年度以降の業務のために活用されることとなるため、令和元年度末時点での保有割合は「１」となる。
＜保有割合の算定根拠＞（令和元年度末基金残高） ÷ （令和２年度以降業務に必要となる額）

６．研究開発事業の目標に対する達成度
ムーンショット型研究開発制度においては、我が国発の破壊的イノベーションの創出を目指し、従来技術の延長にない、より大胆な発想に基づく挑戦的な研究開発（ムーンショット）を推進することとされている。この研究開発の推進に向けて、生研支援センターは適切な評価体制を構築した上でプロジェクトマネージャー（ＰＭ）を公募・選定し、選定後は PM の研究開発計画立案の支援、また研究開発実施期間中はＰＭ活動支援等、研究開発の支援を実施する。さらに、定期的な研究開発プログラムの進捗状況の把握に努めるとともに、中間評価・終了時評価を通じて、効果的な事業運営を実施していく。
令和元年度は、体制・関係規程等を整備するとともに、総合科学技術・イノベーション会議が決定したムーンショット目標及び農林水産省が策定した研究開発構想を踏まえてプログラムディレク
ター（ＰＤ）の公募を開始し、着実に事業運営を実施した。

7

8

Ⅱ． 参考資料910

(資料１）
革新的研究開発推進基金補助金交付要綱

令和２年２月４日

元農会第７０８号

農林水産事務次官依命通知

（通則）
第１

革新的研究開発推進基金補助金（以下「補助金」という。）の交付については、革新的研究開発推進基金補助金実施要綱（令和２年２月４日付け農会第７０７号農林水産事務次官依命通知。以下「実施要綱」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和30年法律第 1 7 9 号。以下「適正化法」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和30年政令第 2 5 5 号。以下「適正化法施行令」という。）及び農林畜水産業関係補助金等交付規則（昭和31年農林省
令第18号。以下「交付規則」という。）の定めによるほか、この要綱の定めるところ
による。

（交付の目的）
第２補助金は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「機構」という。）に、実施要綱に定める事業（以下「基金事業」という。）に必要な基金を造成することを目的とする。

（交付の対象及び補助率）
第３

農林水産大臣（以下「大臣」という。）は、機構が行う基金事業を実施するために必要な経費のうち補助金交付の対象として大臣が認める必要な経費（以下「補助対象経費」という。）について、予算の範囲内で補助金を交付する。

２

補助対象経費及び補助率は、別表に定めるところによる。

（申請手続）
第４交付規則第２条の大臣が別に定める申請書類に関する事項は、別記様式第１号による交付申請書のとおりとし、機構は、交付申請書正副２部に大臣が定める書類（以下「添付書類」という。）を添えて、提出しなければならない。

（交付申請書の提出期限）
第５交付規則第２条の大臣が別に定める交付申請書の提出期限は、大臣が別に通知する日までとする。

（交付決定の通知）
第６大臣は、第４の規定による交付申請書の提出があった場合は、審査の上、補助金を11

交付すべきものと認めたときは速やかに交付決定を行い、機構に対し補助金の交付決定の通知を行うものとする。
（申請の取下げ）第７

機構は、交付申請を取り下げようとするときは、交付決定の通知を受けた日から起算して15日以内にその旨を記載した書面を大臣に提出しなければならない。

（支払の請求）第８機構は、補助金の支払を受けようとするときは、別記様式第２号による支払請求書
正副２部を大臣及び官署支出官に提出しなければならない。

（計画変更、中止又は廃止の承認）
第９機構は、次の各号のいずれかに該当するときは、あらかじめ別記様式第３号による変更等承認申請書正副２部を大臣に提出し、その承認を受けなければならない。ただし、第10に規定する軽微な変更を除く。
(1) 基金事業の内容を変更しようとするとき。
(2) 基金事業を中止し、又は廃止しようとするとき。
(3) 機構の名称を変更しようとするとき。

２

大臣は、前項の承認をする場合において、必要に応じ交付決定の内容を変更し、又は条件を付することがある。

（軽微な変更）第10交付規則第３条第１号イ及びロの大臣が別に定める軽微な変更は、前項第１項(1)から(3)に掲げる変更以外の変更とする。
（実績報告）
第11交付規則第６条第１項の別に定める実績報告書は、別記様式第４号のとおりとし、機構は、基金造成を完了したときは、その日から１箇月を経過した日又は交付決定のあった年度の翌年度の４月10日のいずれか早い日までに、実績報告書正副２部を大臣に提出しなければならない。

（補助金の額の確定等）
第12

大臣は、第11の規定による報告を受けた場合には、実績報告書等の書類の審査及び必要に応じて現地調査等を行い、その報告に係る基金事業の実施結果が交付決定の内容及びこれに付した条件に適合すると認めたときは、交付すべき補助金の額を確定し、機構に通知するものとする。

２

大臣は、機構に交付すべき補助金の額を確定した場合において、既にその額を超える補助金が交付されているときは、その超える部分の補助金の返還を命ずるものとする。

３

前項の補助金の返還期限は、当該命令のなされた日から20日以内とし、期限内に納12付がない場合は、未納に係る金額に対して、その未納に係る期間に応じて年利10.95
パーセントの割合で計算した延滞金を徴するものとする。
（交付決定の取消等）
第13

大臣は、第９の１の(2)の規定による基金事業の中止又は廃止の申請があった場合

及び次に掲げる場合には、第６の交付決定の全部若しくは一部を取り消し、又は変更することができる。
(1) 機構が、法令、本要綱又は法令若しくは本要綱に基づく大臣の処分若しくは指示に違反した場合(2) 機構が、補助金を本事業以外の用途に使用した場合(3) 機構が、別紙記載の暴力団排除に関する誓約事項に違反した場合(4) 機構が、基金事業に関して、不正、事務手続の遅延その他不適当な行為をした場
合(5) 交付の決定後生じた事情の変更等により、基金事業の全部又は一部を継続する必要がなくなった場合
２

大臣は、前項の規定による取消しをした場合において、既に当該取消しに係る部分に対する補助金が交付されているときは、期限を付して当該補助金の全部又は一部の返還を命ずるものとする。

３

大臣は、１の(1)から(4)までの規定による取消しをした場合において、前項の返還を命ずるときは、その命令に係る補助金の受領の日から納付の日までの期間に応じて、年利10.95パーセントの割合で計算した加算金の納付を併せて命ずるものとする。

４２の規定による補助金の返還及び前項の加算金の納付については、第12の３の規定を準用する。

（基本的事項の公表）
第14機構は、基金の名称、基金の額、国費相当額、基金事業の概要及び基金事業の目標等を基金造成後速やかに公表しなければならない。
（契約等）
第15

機構は、基金事業を遂行するため、売買、請負その他の契約（契約金額100万円未満のものを除く。）をするに当たり、農林水産省から補助金交付等停止措置又は指名停止措置が講じられている事業者を契約の相手方としてはならない。ただし、基金事業の運営上、当該事業者でなければ補助事業の遂行が困難又は不適当である場合は、大臣の承認を受けて当該事業者を契約の相手方とすることができる。
２

大臣は、機構が前項本文の規定に違反して農林水産省からの補助金交付等停止措置
又は指名停止措置が講じられている事業者を契約の相手方としたことを知った場合は必要な措置を求めることができるものとし、機構は大臣から求めがあった場合はその求めに応じなければならない。

３

前２項のまでの規定は、基金事業の一部を第三者に請負わせ、又は委託し、若しくは共同して実施する体制が何重であっても同様に取り扱うものとし、機構は、必要な13

措置を講じるものとする。
（基金の額及び基金事業の実施状況報告）
第16

機構は、基金を廃止するまでの間、毎事業年度、基金の額（残高及び国費相当額）、基金事業に係る収入・支出及びその内訳（今後の見込みを含む。）、基金事業の実施決定件数・実施決定額、保有割合（「補助金等の交付により造成した基金等に関する基準」（平成18年８月15日閣議決定）中「３（３）基金の保有に関する基準」に示されている保有割合をいう。）、保有割合の算定根拠並びに基金事業の目標に対する達成度等について、翌年度の６月３０日までに大臣に報告しなければならない。

（使用見込みの低い基金の返納）
第17

機構は、基金の額が基金事業の実施状況その他の事情に照らして過大であると大臣が認めた場合又は大臣が定めた基金の廃止の時期が到来したことその他の事情により基金を廃止した場合は、速やかに、交付を受けた基金造成費補助金の全部又は一部に相当する金額を国に納付するものとする。
（財産の管理等）
第18

機構は、基金により取得し、又は効用の増加した財産（以下「取得財産等」という。）
については、基金事業の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、補助金交付の目的に従って、その効率的運用を図らなければならない。

２

取得財産等を処分することにより、収入があり、又はあると見込まれるときは、その収入の全部又は一部を国に納付させることがある。

（財産の処分の制限）
第19取得財産等のうち適正化法施行令第13条第４号の大臣が定める機械及び重要な器具は、１件当たりの取得価格又は効用の増加価格が50万円以上の機械及び器具とする。

２

取得財産等のうち適正化法施行令第13条第５号の大臣が定める財産は牛、馬、豚及
びめん羊とする。

３

適正化法第22条に定める財産の処分を制限する期間は、交付規則第５条に規定する処分制限期間（以下「処分制限期間」という。）とする。

４

機構は、処分制限期間中において、処分を制限された取得財産等を処分しようとするときは、あらかじめ大臣の承認を受けなければならない。

５

前項の承認については、第18の２の規定を準用する。

（区分経理等）第20

機構は、基金事業の経理について、基金事業以外の経理と明確に区分した上で、帳簿を整備し、常にその収支状況を明らかにしておくとともに、交付規則第３条第４号の規定に基づき、その支出内容の証拠書類又は証拠物を整備し、帳簿とともに毎年度分を整備保管し、基金事業の完了又は中止若しくは廃止した日の属する年度の翌年度から起算して５年間保管しておかなければならない。

14

２

機構は、取得財産等については、前項の規定にかかわらず、当該取得財産等の処分
制限期間中、前項の帳簿及び証拠書類又は証拠物に加え、別記様式第５号による財産管理台帳その他関係書類を整備保管しなければならない。

（是正のための措置）
第21

大臣は、基金の管理・運用及び基金事業が適切に実施されていないと認めるときは、是正のための措置を採るべきことを機構に命ずることができる。

（他用途使用の禁止）
第22

基金は、基金事業以外の用途に使用してはならない。

（情報の管理及び秘密保持）第23

機構は、基金事業の遂行に際し知り得た第三者の情報であって秘密である旨表示されたもの（以下「秘密情報」という。）については、当該情報を提供する者の指示に従い、又は特段の指示がないときは情報の性質に応じて、法令を遵守し適正な管理をするものとし、基金事業の目的又は提供された目的以外に利用してはならない。
なお、秘密情報（事業関係者の個人情報等を含むがこれに限定されない。）について
は、機密保持のために必要な措置を講ずるものとし、正当な理由なしに開示、公表、漏えいしてはならない。
２

前項にかかわらず、次の各号に該当する資料及び情報は秘密情報から除くものとする。
(1) 機構に開示された時点で、既に公知となっていたもの(2) 機構に開示された後で、機構の責めに帰すべき事由によらず公知となったもの(3) 機構に開示された時点で、既に機構が保有していたもの(4) 機構が、守秘義務を負うことなく第三者から正当に開示されたもの(5) 機構が、秘密情報によらずに独自に創作したもの

３

機構は、基金事業の一部を第三者（以下「履行補助者」という。）に行わせる場合には、履行補助者にも本条の定めを遵守させなければならない。機構又は履行補助者の役員又は従業員による情報漏えい行為も機構による違反行為とみなす。

４

本条の規定は基金事業の完了後（廃止の承認を受けた場合を含む。）も有効とする。

（暴力団排除に関する誓約）
第24

機構は、別紙記載の暴力団排除に関する誓約事項について補助金の交付申請前に確認しなければならず、交付申請書の提出をもってこれに同意したものとみなす。

（基金運営に関する監督・指導）
第25

大臣は、「補助金等の交付により造成した基金等に関する基準」（平成18年８月15日閣議決定）の３及び４に規定されている各基準に適合するよう指導監督を行うとともに、当該基準に従い必要な措置を講ずるものとする。

15

（その他）
第26

この要綱に定める事項については、必要が生じた場合に大臣が必要な変更を行うことができる。
附則

この要綱は、令和２年２月４日から施行（適用）する。

16

別表（第３、第10関係）

区

分

経

費

革新的研究開発推進基 ムーンショット型農林水産研究開金補助金

発事業及びこれに附帯する業務に
要する経費

17

補助率

定

額

別紙
暴力団排除に関する誓約事項
当法人は、補助金の交付の申請をするに当たって、また、基金事業の実施期間内及び完了後においては、下記のいずれにも該当しないことを誓約いたします。この誓約が虚偽であり、又はこの誓約に違反したことにより、当方が不利益を被ることとなっても、異議は一切申し立てません。
記（１）

当法人が、暴力団（暴力団員による不当な行為の防止等に関する法律（平成３年
法律第77号）第２条第２号に規定する暴力団をいう。以下同じ。）であるとき又は当法人の役員等（以下「役員等」という。）が、暴力団員（同法第２条第６号に規定する暴力団員をいう。以下同じ。）であるとき。

（２）

役員等が、自己、当法人若しくは第三者の不正の利益を図る目的又は第三者に損害を加える目的をもって、暴力団又は暴力団員を利用しているとき。

（３）

役員等が、暴力団又は暴力団員に対して、資金等を供給し、又は便宜を供与するなど直接的若しくは積極的に暴力団の維持、運営に協力し、若しくは関与している
とき。

（４）

役員等が、暴力団又は暴力団員であることを知りながらこれと社会的に非難されるべき関係を有しているとき。

18

（資料２）
革新的研究開発推進基金補助金実施要綱
令和２年２月４日 元農会第７０７号
農林水産事務次官依命通知
第１ 趣旨
世界各国で、困難な社会課題等を解決するための挑戦的な研究開発投資が拡大する中、我が国においても、Society5.0 や SDGs 実現の加速化に向けてイノベーションを促進することが極めて重要である。
このような中、農林水産分野においても、総合科学技術・イノベーション会議が決定する目標の下、従来技術の延長にない、より大胆な発想に基づく挑戦的な研究開発（以下「ムーンショット型農林水産研究開発事業」という。
）を安定的かつ効率的に実施するため、弾力的な支出が可能な基金を造成し、我が国発の破壊的イノベーションの創出に向けた取組を推進する。
第２ 事業の内容等
１ 国は、予算の範囲内において、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「機構」という。
）に対し、ムーンショット型農林水産研究開発事業及びこれに附帯する業務（以下「基金事業」という。）の実施に必要な経費について補助するものとする。
２

機構は、国からの補助金交付を受け、科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成 20 年法律第 63 号。以下「科技イノベ活性化法」という。）第 27 条の２第１項に基づき、同項に規定される特定公募型研究開発業務として基金事業を実施する
ため、革新的研究開発推進基金（以下「基金」という。
）を造成するとともに、当該基金を活用して、基金事業を実施する。
第３ 基金の管理等
機構は、生物系特定産業技術研究支援センター（以下「センター」という。
）に基金を設置することとし、センターが次の方法により基金を管理・運用するものとする。
（１）基金の管理については、資金の安全性と資金管理の透明性が確保される方法により行うものとし、基金の管理方法に関する具体的な内容について定め、事前に農林水産大臣（以下「大臣」という。
）の承認を得るものとする。
（２）機構は、科技イノベ活性化法第 27 条の２第３項に基づき、次の方法による場合を除
くほか、基金を運用してはならない。
ア

国債、地方債、政府保証債（その元本の償還及び利息の支払について政府が保証する債券をいう。
）その他大臣の指定する有価証券の取得

19

イ

銀行その他大臣の指定する金融機関への預金ウ

信託業務を営む金融機関への金銭信託で元本補填の契約があるもの（３）基金の運用によって生じた利子その他の収入金は、科技イノベ活性化法第 27 条の２第２項に基づき、当該基金に充てるものとする。なお、基金事業の実施に必要な事務に要する経費は別表によるものとする。
第４ 事業の実施等
１ 機構は、関係する規程等に基金事業の実施に必要な事項を定めるとともに、基金からの支払に当たっては、独立行政法人通則法（平成 11 年法律第 103 号）第 31 条に基づき、大臣に届け出る年度計画に定める予算の範囲内で、支払額、その明細及びその根拠を示す書類を整え、行うものとする。なお、大臣は、必要に応じて、機構に基金の残高等に関する資料の提出を求めることができるものとする。
２

機構は、基金事業の円滑な実施のため、センターに以下の対応を適切に行うための体制を整えなければならない。
（１）基金事業の公募及び説明会に係る業務（２）基金事業の事業者選定に係る業務（３）基金事業の契約、検査、支払手続及び進捗状況管理に係る業務（４）基金事業の広報に係る業務（５）基金事業の評価に係る業務（６）その他基金事業管理に係る業務
３ 機構が、本事業の実施に関して他者に損害を与えた場合、これに要する費用について
は、機構の故意・過失の度合いに応じて、基金から支払わないものとすることができる。
第５ 事業実施状況の報告
機構は、科技イノベ活性化法第 27 条の３第１項に基づき、毎事業年度、基金事業に関する報告書を作成し、当該事業年度の終了後６か月以内に大臣に提出しなければならない。
第６ 検査等１ 大臣は、基金の管理・運用及び基金事業の適正を期すために必要があると認めるときは、機構に対し報告を求め、又は国の職員に事業現場に立ち入り、帳簿書類その他の物
件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができるものとする。
２

大臣は、前項の検査等により、基金の管理、運用及び基金事業が適切に実施されていないと認めるときは、機構に対し、是正のための措置をとるべきことを命ずることができるものとする。

20

第７ 余剰金の返還等
１ 大臣は、第６に基づく検査等の結果、基金に余剰があると認めるときは、機構に対し、余剰金の返還を求めることができる。
２ 機構は、前項に基づく余剰金の返還請求を受けたときは、速やかに余剰金を国庫に返納しなければならない。なお、余剰金の計算に疑義がある場合は、別途大臣と協議を行うものとする。
第８ 基金の残額の扱い
機構は、基金事業の終了時において、基金に残余額がある場合は、これを国庫に返還す
るものとする。
第９ 基金管理の遂行が困難となった場合の報告
機構は、基金管理の遂行が困難となった場合においては、速やかに大臣に報告し、その指示を受けなければならない。
第 10 基金管理の終了または変更等
１ 大臣は、次に掲げる場合には、基金管理について終了または変更を命ずることができる。
（１）機構が、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和 30 年法律第 179号。以下「適正化法」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律
施行令（昭和 30 年政令第 255 号。以下「施行令」という。
）その他法令、革新的研究開発推進基金補助金交付要綱（令和２年２月４日付け農会７０８号農林水産事務
次官依命通知。以下「交付要綱」という。）若しくはこの実施要領又はこれらに基づく大臣の処分若しくは指示に違反した場合（２）機構が、基金を本実施要領に定める基金事業以外に使用した場合（３）機構が、基金の運用に関して不正、怠慢その他の不適切な行為をした場合（４）その他基金の全部又は一部を継続する必要がなくなった場合
２ 大臣は、（１）の終了又は変更を命じた場合について、期限を付して、基金から支出した金額に相当する金額について、基金に充当することを命ずることができるものとする。
３ （２）の期限内に基金が充当されない場合には、大臣は未納に係る額に対して、その未納に係る期間に応じて年利５．０パーセントの割合で計算した延滞金の基金への充当を併せて命ずるものとする。
４

機構は、基金管理の終了後において、機構が基金事業に係る経費を配分した対象者（以下「事業者」という。
）から基金への返還があった場合には、これを国庫に返還しなければならない。

21

第 11 その他
１

機構は、基金事業の適正かつ円滑な実施に重大な支障が生じ、又は生ずるおそれがあると認められる場合には、大臣に速やかに報告するとともに、その指示を受けなければならない。
２

機構は、本実施要綱に疑義が生じたとき、本実施要綱により難い事由が生じたとき

又は本実施要綱に記載のない細部については、大臣と速やかに協議し、その指示に従う
ものとする。
附則

この要綱は、令和２年２月４日から施行（適用）する。

22

別表
業務管理費の区分
区分

内容

業務管理費

人件費、謝金、旅費、会議費、借料、資材購入費、消耗品費、通信運搬費、資、広報費、料廃棄費、水道光熱費、システム運営費（維持・保守費、開発費含む）
印刷費（資料作成費含む）、雑役務費、外注費、委託費、租税公課、一般管理費、その他大臣が必要と認める経費

23

（資料３）
３ １ 規 程 第 １ ７ １ 号
令 和 ２ 年 ２ 月 ２ ６ 日

革新的研究開発推進基金設置規程

（目的）
第１条

この規程は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「農研機構」という。）が科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成２０年法
律第６３号。以下「イノベ活性化法」という。）第２７条の２第１項に規定する特定公募型研究開発業務に要する費用に充てるため国から交付される補助金により設ける基金に関し、必要な事項を定めることを目的とする。

（基金の設置）第２条

農研機構は、前条に規定する特定公募型研究開発業務として、我が国発の破壊的イノベーションの創出を目指し、従来技術の延長にない、より大胆な発想に基づく挑戦的な研究開発及びこれに附帯する業務を実施するため、生物系特定産業技術研究支援センター（以下「生研支援センター」という。）に革新的研究開発推進基金（以下単に「基金」という。）を設置するものとする。

（基金の管理）第３条

基金は、資金の安全性と資金管理の透明性が確保される方法により管理するものとし、生研支援センターが農業機械化促進業務勘定、基礎的研究業務勘定、特定公募型
研究開発業務勘定及び民間研究特例業務勘定における資金運用に関する規程（１６規程第８０号。以下「資金運用規程」という。）に定めるところにより行う。

（基金の運用）第４条

基金は、イノベ活性化法第２７条の２第３項の規定により読み替えて準用する独立行政法人通則法（平成１１年法律第１０３号）第４７条に規定する方法により運用するものとし、生研支援センターが資金運用規程に定めるところにより行う。

（雑則）
第５条

この規程及び資金運用規程に定めるもののほか、基金の管理及び運用に関し必要な事項については、生物系特定産業技術研究支援センター所長が別に定める。

附

則

この規程は、令和２年３月１０日から施行する。

24

（資料4）
１ ６ 規 程 第 ８ ０ 号
平 成 １ ７ 年 １ 月 １ 日

農業機械化促進業務勘定、基礎的研究業務勘定、特定公募型研究開発業務勘定
及び民間研究特例業務勘定における資金運用に関する規程

（目的）
第１条

この規程は、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「農研機構」という。）の農業機械化促進業務勘定（国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成１１年法律第１９２号。以下「研究機構法」という。）第１５条第２号に規定する業務に係る勘定をいう。以下同じ。）、基礎的研究業務勘定（同条第３号に規定する業務に係る勘定をいう。以下同じ。）及び民間研究特例業務勘定（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成２７年
法律第７０号）附則第６条第２項の規定により設ける特別の勘定をいう。以下同じ。）
における独立行政法人通則法（平成１１年法律第１０３号）第４７条の規定に基づく業
務上の余裕金の運用並びに特定公募型研究開発業務勘定（研究機構法第１５条第４号に規定する業務に係る勘定をいう。以下同じ。）における科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成２０年法律第６３号）第２７条の２第３項の規定に基づく基金の運用（以下「資金運用」という。）が適正かつ円滑に行われることを確保するため、資金運用委員会の設置及び業務並びに資金運用の基準その他資金運用に係る基本的事項を定めることを目的とする。

（運用資金）
第２条

運用する資金は、前条に規定する各勘定（以下「各勘定」という。）において農研機構が管理する資金であって、当面業務に投入する必要がないと認められる資金に限るものとする。

（資金運用の基本原則）
第３条

資金運用に当たっては、運用方法の安全性、確実性及び有利性を確保しつつ、効率的な資金運用に努めるものとする。

（資金運用委員会の設置等）
第４条
２

農研機構に、資金運用委員会を置く。

資金運用委員会は、理事（種苗管理担当）を委員長とし、理事（総務担当）、理事（研究推進担当Ⅰ）、本部管理本部さいたま管理部長、農業技術革新工学研究センター
所長並びに生物系特定産業技術研究支援センター（以下「生研支援センター」という。）の所長及び総括研究開発監を委員とする。

３

資金運用委員会は、次に掲げる業務を行う。
一

この規程の改正及び廃止の検討

二

この規程に基づく基本的な資金運用の方針の承認
25

三

この規程に基づく資金運用の承認

四

各勘定ごとの年間の資金運用の実績及びリスク管理の点検

五第５条第２項及び第６条第２項に規定する承認

六

前各号に掲げる事項のほか、資金運用に関し委員長が必要と認める事項

４

資金運用委員会は、毎年度１回及び必要の都度、委員長が開催するものとする。

５

委員長は、資金運用委員会における審議の結果を、遅滞なく、理事長に報告するものとする。

６

資金運用委員会の庶務は、農業機械化促進業務勘定に係る事項に関しては本部管理本部さいたま管理部並びに基礎的研究業務勘定、特定公募型研究開発業務勘定及び民間研
究特例業務勘定に係る事項に関しては生研支援センター研究管理部において処理する。

（資金運用の基準）
第５条
一

資金運用は、次に掲げるところに従って実施しなければならない。
別記「運用方法別投資適格基準」に定める運用方法等別の投資適格基準に則っていること。
二

運用開始日以降の資金計画に基づき、運用する金額及びその運用期間を定め、財政投融資資金へ預託する場合を除き、複数の金融機関から複数の有価証券等の金融商品又は運用先候補（以下「金融商品等」という。）を提出させ、最終利回りが最も有利な金融商品等を選定すること。

２

前項各号の基準に適合しない資金運用は、その商品の性格その他の事由により資金運用委員会がやむを得ないと認めてあらかじめ承認したものでない限り、これを実施してはならない。

（運用商品の管理）
第６条

資金運用によって得た金融商品等については、原則としてその満期日又は償還期日まで保有するものとする。
２

資金運用を行っている金融商品等については、金融商品等の発行体及び運用先の金融機関に関する信用情報を収集するとともに、市場の動向、別記「運用方法別投資適格基準」に掲げる格付機関の長期債格付、短期銀行預金格付及び発行体格付の動向等に留意してその信用リスクを適切に判断し、必要に応じ、資金運用委員会の承認を得て途中解約又は売却等、運用の安全性、確実性を補完するための適時適切な措置を講ずるように努めなければならない。

附則（施行期日）
１

この規程は、平成１７年１月１日（以下「施行日」という。）から施行する。

（施行日前から資金運用を行っている商品への規定の準用）
２

第５条の規定は、施行日前から資金運用を行っている商品について準用する。

26

附

則 （ 平 成 18.4.1

規 程 第 80-1号 ）この規程は、平成１８年４月１日から施行する。

附

則 （ 平 成 27.4.1

27-3規 程 第 80-2号 ）この規程は、平成２７年４月１日から施行する。

附

則 （ 平 成 28.3.24

27-42規 程 第 80-3号 ）この規程は、平成２８年４月１日から施行する。

附

則 （ 平 成 30.4.1

30-7規 程 第 80-4号 ）この規程は、平成３０年４月１日から施行する。

附

則 （ 平 成 31.4.16

31-5規 程 第 80-5号 ）この規程は、平成３１年４月１６日から施行する。

附

則 （ 令 和 元 .12.9

31-6規 程 第 80-6号 ）この規程は、令和元年１２月９日から施行する。

附

則 （ 令 和 2.2.26

31-24規 程 第 80-7号 ）この規程は、令和２年３月１０日から施行する。

27

別記（第５条第１項第１号関係）

運

用

方

法

別

投

資

適

格

基

準

資金運用方法別の投資適格基準は、次表のとおりとする。ただし、格付については、原則として、次の５機関（以下「格付機関」という。）によるものとする。
（１）

スタンダード・アンド・プアーズ・レーティングス・グループ（Ｓ＆Ｐ）（２）

ム ー デ ィ ー ズ ・ イ ン ベ ス タ ー ズ ・ サ ー ビ ス ・ イ ン ク （ Ｍ oody’ s）（３）

フ ィ ッ チ ・ レ ー テ ィ ン グ ス ・ ジ ャ パ ン 株 式 会 社 （ Fitch）（４）

株式会社格付投資情報センター（Ｒ＆Ｉ）（５）

株式会社日本格付研究所（ＪＣＲ）

運

用

方

法

等

投

資

適

格

基

準

１

国債、地方債又は政府保証債

２

特別の法律により法人の発行する債券又は社債

長期債格付がＡ格（当該格付がない格付機関にあっては、これに相当する格付）以上であること。

３

外国政府、外国の地方公共団体、
国際機関及び外国の特別の法令により設立された外国法人の発行する債券であって、本邦において募集され、かつ、本邦通貨をもって表示されるもの

長期債格付がＡＡ格（当該格付がない格付機
関にあっては、これに相当する格付）以上であること。

４

財政融資資金への預託

特になし

特になし

５

銀行又は農林中央金庫への預金（大口定期預金及び譲渡性預金を含む。）

銀行又は農林中央金庫が長期債格付を取得している場合には、その格付のうち２社以上のものが Ａ 格（ 当 該格 付 がな い 格付 機 関に あ って は 、これに相当する格付）以上のものであること。

６

信託業務を営む銀行若しくは信託会社への金銭信託又は貸付信託の受益証券受託者である銀行又は信託会社が長期債格付を取得している場合には、その格付のうち２社
以上のものがＡ格（当該格付がない格付機関にあっては、これに相当する格付）以上のものであって、かつ、元本補てん契約が付されているものであること（貸付信託の受益証券にあっては、 取 得価 格 が１ ０ ０円 以 下の も のに 限 る。 ） 。

28

（資料５）
元生セ第 1212001 号
令和２年３月１２日
革新的研究開発推進基金の管理に関する要領（目的）
第１条 この要領は、革新的研究開発推進基金設置規程（31 規程第 171 号。以下「設置規程」という。）第２条の規定に基づき、生物系特定産業技術研究支援センター（以下「生研支援センター」という。）に設置する革新的研究開発推進基金（以下「基金」という。）について、同規程第５条の規定に基づき、基金の管理に関し必要な事項について定めることを目的とする。
（通則）
第２条 基金の管理については、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和 30
年法律第 179 号）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和 30 年政令第 255 号）、農林畜水産業関係補助金等交付規則（昭和 31 年農林省令第 18 号）、革新的研究開発推進基金補助金実施要綱（令和２年２月４日付元農会第 707 号農林水産事務次官依命通知。以下「実施要綱」という。）、革新的研究開発推進基金補助金交付要綱（令和２年２月４日付元農会第 708 号農林水産事務次官依命通知。以下「交付要綱」という。）、設置規程、会計規程及び会計実施細則に定めるところによるほか、この要領の定めるところによる。
（基金の管理）第３条 生研支援センターは、基金の管理について、資金の安全性と資金管理の透明性が確保される方法により行うものとし、基金の管理方法に関する具体的な内容について定め、事前に農林水産大臣（以下「大臣」という。）の承認を得るものとする。
２

基金の運用によって生じた利子その他の収入金は、基金に充てるものとする。なお、実施要
綱中第２の２に規定する基金事業（以下「基金事業」という。）の実施に必要な事務に要する経費は別表によるものとする。
（基金の経理等）

第４条 生研支援センターは、基金からの支払に当たっては、独立行政法人通則法（平成 11 年
法律第 103 号）第 31 条に基づき、大臣に届け出る年度計画に定める予算の範囲内で、支払額、その明細及びその根拠を示す書類を整え、行うものとする。
２

生研支援センターは、基金事業の経理について、基金事業以外の経理と明確に区分した上で、会計規程第９条に規定する帳簿等を整備し、常にその収支状況を明らかにしておくとともに、同規程第 10 条に基づき、証拠書類又は証拠物を整備し、帳簿とともに毎年度分を整備保管し、基金事業の完了又は中止若しくは廃止した日の属する年度の翌年度から起算して５年間保管しておかなければならない。

29

（他用途使用の禁止）
第５条 基金は、基金事業以外の用途に使用してはならない。
（基本的事項の公表）
第６条 生研支援センターは、基金の名称、基金の額、国費相当額、基金事業の概要及び基金
事業の目標等を基金造成後速やかに公表しなければならない。
（報告）
第７条 生研支援センターは、基金を廃止するまでの間、毎事業年度、基金の額（残高及び国費相当額）、基金事業に係る収入・支出及びその内訳（今後の見込みを含む。）、基金事業の実施決定件数・実施決定額、保有割合（「補助金等の交付により造成した基金等に関する基準」（平成 18 年８月 15 日閣議決定）中「３（３）基金の保有に関する基準」に示されている保有割合をいう。）、保有割合の算定根拠並びに基金事業の目標に対する達成度等について、翌年度の６月３０日までに大臣に報告しなければならない。
２

生研支援センターは、基金管理の遂行が困難となった場合においては、速やかに大臣に報告し、その指示を受けなければならない。
（国庫納付）

第８条 生研支援センターは、実施要綱中第６に規定する検査等により、大臣が基金に余剰があると認める場合に、余剰金の返還請求を受けたときは、速やかに余剰金を国庫に返納しなけ
ればならない。なお、余剰金の計算に疑義がある場合は、別途大臣と協議を行うものとする。
２ 生研支援センターは、基金事業の終了時において、基金に残余額がある場合は、これを国庫に返還するものとする。
３ 生研支援センターは、基金管理の終了後において、生研支援センターが基金事業に係る経費を配分した対象者から基金への返還があった場合には、これを国庫に返還しなければならない。
４ 生研支援センターは、基金の額が基金事業の実施状況その他の事情に照らして過大であると大臣が認めた場合は、速やかに、交付を受けた補助金の全部又は一部に相当する金額を国庫に返還するものとする。
（財産の管理等）
第９条 生研支援センターは、基金により取得し、又は効用の増加した財産（以下「取得財産等」という。）については、基金事業の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、補助金交付の目的に従って、その効率的運用を図らなければならない。
２

生研支援センターは、取得財産等については、第４条第２項の規定にかかわらず、当該取得財産等の処分制限期間（交付要綱第 19 の３に規定する処分制限期間をいう。以下同じ。）
中、同項に規定する帳簿及び証拠書類又は証拠物に加え、財産管理台帳その他関係書類を整備保管しなければならない。

30

（財産の処分の制限）
第１０条 生研支援センターは、処分制限期間中において、交付要綱第 19 の 1 及び２に規定する処分を制限された取得財産等を処分しようとするときは、あらかじめ大臣の承認を受けなければならない。
附 則
この要領は、令和２年３月１２日から施行する。
別表
業務管理費の区分
区分

内容

業務管理費

人件費、謝金、旅費、会議費、借料、資材購入費、消耗品費、通信運搬費、資料廃棄費、水道光熱費、システム運営費（維持・保守費、開発費含む）、
広報費、印刷費（資料作成費含む）、雑役務費、外注費、委託費、租税公課、一般管理費、その他大臣が必要と認める経費

31

（資料６）

参 照 条 文 等
〇科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成 20 年法律第 63 号）（抄）（基金）
第 27 条の２

公募型研究開発に係る業務を行う研究開発法人のうち別表第二に掲げるもの（次条第一項において「資金配分機関」という。）は、独立行政法人通則法第一条第一項に規定する個別法（第三十四条の六第一項及び第四十八条第一項において単に「個別法」という。）の定めるところにより、特定公募型研究開発業務（公募型研究開発に係る業務であって次の各号のいずれにも該当するもの及びこれに附帯する業務をいう。）に要する費用に充てるための基金（以下単に「基金」という。）を設けることができる。
一

将来における我が国の経済社会の発展の基盤となる先端的な研究開発等又は革新的な技術の創出のための研究開発等に係る業務であって特に先進的で緊要なもの
二

複数年度にわたる業務であって、各年度の所要額をあらかじめ見込み難く、弾力的な支出が必要であることその他の特段の事情があり、あらかじめ当該複数年度にわたる財源を確保しておくことがその安定的かつ効率的な実施に必要であると認められるもの
２

基金の運用によって生じた利子その他の収入金は、当該基金に充てるものとする。

３

独立行政法人通則法第四十七条及び第六十七条（第七号に係る部分に限る。）の規定は、基金の運用について準用する。この場合において、同法第四十七条第三号中「金銭信託」とあるのは、「金銭信託で元本補塡の契約があるもの」と読み替えるものとする。
（国会への報告等）
第 27 条の 3

資金配分機関は、基金を設けたときは、毎事業年度、当該基金に係る業務に関する報告書を作成し、当該事業年度の終了後六月以内に主務大臣（独立行政法人通則法第六十八条に規定する主務大臣をいう。以下同じ。）に提出しなければならない。
２

主務大臣は、前項の報告書の提出を受けたときは、これに意見を付けて、国会に報告しなければならない。

○国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法（平成十一年法律第百九十二号）（抄）（基金の設置等）第 17 条の２

研究機構は、主務大臣が通則法第三十五条の四第一項に規定する中長期目標において第十四条第一項第五号に掲げる業務及びこれに附帯する業務のうち科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第二十七条の二第一項に規定する特定公募型研究開発業務として行うものに関する事項を定めた場合には、同項に規定する基金（次項において「基金」という。）を設け、次項の規定により交付を受けた補助金をもってこれに充てるものとする。
２ 政府は、予算の範囲内において、研究機構に対し、基金に充てる資金を補助することができる。

32

○国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構業務方法書（農林水産大臣認可 平成 13
年４月２日認可）（抄）（基礎的試験研究の実施）
第 19 条研究機構は、生物系特定産業技術の高度化を推進するために必要な研究機構法第14 条第１項第５号に掲げる生物系特定産業技術に関する基礎的な試験及び研究を、次条 及び別に定める基準に従って、他に委託して行うものとする。
そのうち、科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成 20 年法律第 63 号）
第 27 条の２第１項に規定する特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開 発）については、研究機構法第 17 条の２の規定により基金を設けて行うものとする。
○国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構中長期目標 （財務大臣、農林水産大臣
決定 令和２年２月 28 日）（抄）12 生物系特定産業技術に関する基礎的研究の推進
農林漁業、飲食料品製造業及びたばこ製造業等の成長産業化を図るため、「農林水産研
究基本計画」等、国が定めた研究戦略等に基づいて行う基礎的な研究開発を、大学、高等専
門学校、国立研究開発法人、民間企業等に委託することにより促進する。
特に、近年画期的な技術開発が進展している異分野の革新的技術の導入や、「『知』の集
積と活用の場」による技術革新を通じて、オープンイノベーションを推進し、基礎的な研究開発を推進する。
また、科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第 27 条の２第１項の規定に基づき、国から交付される補助金により基金を設け、同項に規定する特定公募型研究開発業務として、総合科学技術・イノベーション会議が決定する人々を魅了する野心的な目標（ムーンショット目標）を達成するために農林水産省が策定する「研究開発構想」に基づき、我が国発の破壊的イノベーションの創出を目指し、従来技術の延長にない、より大胆な発想に基づく挑戦的な研究開発（ムーンショット型研究開発）を推進する。
研究開発の推進に当たっては、恒常的に管理運営に当たる担当者を配置するとともに、外部の幅広い有識者を活用して研究機関の審査を行い、さらに、採択後は可能な限り定量的手法を用いた評価を実施し公表するなど、透明性を確保した体制を整備する。
また、関係府省や他分野の研究支援機関との連携強化、関連情報の収集、支援対象とする研究機関等に対するマネジメント機能の発揮等を通じ、研究開発の環境整備を推進する。

33

34

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書に付す
る農林水産大臣の意見

35

36

科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成 20 年法律第 63号）第 27 条の３第２項の規定に基づき、国立研究開発法人農業・食品産業技術
総合研究機構令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）に関する報告書に付する農林水産大臣の意見は次のとおりである。

農林水産大臣

令和元年度特定公募型研究開発業務（ムーンショット型研究開発）については、以下の点から、透明性・公正性に十分留意したものであり、適正であったと認められる。

１．国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構においては、総合科学技術・イノベーション会議が策定した方針に基づき、事業の効果的な運用を目指し、内閣府、農林水産省等との協議を行い、体制・規程の整備を行うなど、着実に業務を実施した。

２．基金の管理については、科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法
律（平成 20 年法律第 63 号）第 27 条の２第３項及び革新的研究開発推進基金
補助金実施要綱（令和２年２月４日元農会第 707 号農林水産事務次官依命通知）の関係規定に基づき、関連規程の整備を行い、資金の安全性と資金管理の透明性を確保し、適切な運用が図られた。

37