（健Ⅱ144F）
令和３年６月９日
都道府県医師会
感染症危機管理担当理事

殿

日本医師会感染症危機管理対策室長
釜萢

敏

新型コロナウイルス感染症の積極的疫学調査における検体提出等について

今般、感染症法に基づく標記に係る通知について、改正されましたので、ご連絡申し上げます。（改正前の通知については、令和３年６月８日付（健Ⅱ136F）をご参照ください）
本改正により、同通知に別紙２として、「L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の週報（要請）について」が追加されております。
また、令和３年６月１日付（健Ⅱ120F）にて、ご連絡いたしました、事務連絡「入国者健康確認センターと HER-SYS の情報連携による SARS-CoV-２陽性と判定された方の情報及び検体の提供について」についても、B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）
等の監視体制強化と変異株の名称変更を踏まえ、改正されましたので併せてご連絡いたします。
つきましては、貴会におかれましても本件についてご了知のうえ、郡市区医師会及び関係医療機関に対する周知方ご高配のほどよろしくお願い申し上げます。

健 感 発 0205 第 ４ 号
令 和 ３ 年 ２ 月 ５ 日
令和３年６月７日一部改正
都 道 府 県各 保 健 所 設 置 市
特別衛生主管部（局）長殿

区
厚生労働省健康局結核感染症課長
（

公

印

省

略

）

新型コロナウイルス感染症の積極的疫学調査における検体提出等について（要請）
平素より、新型コロナウイルス感染症対策に御尽力・御協力を賜り、誠にあ
りがとうございます。
これまで、感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成10 年法律第 114 号。以下「法」という。）第 15 条に基づく積極的疫学調査の一環として、多くの自治体の御協力の下、提出いただいた情報並びに検体のゲノ
ム情報による全国発生状況の把握等の対策を推進してまいりました。また、懸念される変異株（Variant of Concern:VOC）の症例についても、同条第 16 項の規定に基づき、管内の地方衛生研究所等に保管されている SARS-CoV-2 陽性と判定された方の情報及び検体を御提出いただいてまいりました。今般、懸念される変異株発生の早期探知を強化するため、自治体では、地方衛生研究所・民間検査機関・医療機関・大学等と連携し、L452R 変異株 PCR 検査及び可能な場合にはゲノム解析を実施して頂いているところです。
現在、国が委託した民間検査機関において、L452R 変異株 PCR 検査を実施しておりますが、今般、B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）等の監視体制を強化するため、管内の全陽性者数の約 40％分の検体（週）を目処に、L452R 変異株 PCR検査の実施を徹底することといたしました。
つきましては、貴自治体におかれては L452R 変異株 PCR 検査の実施及び L452R
変異株 PCR 検査等（可能な場合にはゲノム解析）の結果について、厚生労働省に報告をお願いいたします。
なお、変異株の名称については、WHO が一般的な呼称としてギリシャ・アルフ
ァベットを用いることとしたことを踏まえ、名称を変更しています。例えば、「B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）」は、従来、「インドで最初に検出された
1

変異株」と呼称していたものです。
つきましては、改めて全自治体に対して御協力を要請するとともに、別紙１を御確認の上、御協力いただきますようお願い申し上げます。
（主な改正箇所は太字下線）

別紙１参照
１．L452R 変異のある検体提出
２．L452R 変異のない検体提出
３. 検体送付に関する留意事項
４．民間検査機関等（自費検査を含む）への検体提出の要請
５．L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の週報（要請）
別紙２参照
L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の週報（要請）について

2

別紙１
１. L452R 変異のある検体の提出
1.1 提出データ
別添_様式を記載の上、1.4 の照会・送付先へ提出をお願いします。
なお、別添_様式の HER-SYS の ID 欄については、厚生労働省本省における事例の管理に必要となるため、記入の徹底をよろしくお願いいたします。（国立感染症研究所における管理の際は、削除の上、管理いたします。）
1.2

提出検体

感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成 10 年法律第114 号。以下「法」という。）第 15 条第 16 項の規定に基づき、L452R 変異が確認された検体に係る検査を実施するため、管内の地方衛生研究所の確認及び「新型コロナウイルス核酸検出の保険適用に伴う行政検査の取扱いについて」（令和２年３月４日付け健感発 0304 第５号）に基づき、遺伝子検査で SARS-CoV-2 陽
性と判定された上で、L452R 変異株 PCR 検査（※１）で陽性と判定された検体（精製 RNA の残余液（20 µl 程度）または採取検体（※２））のご提出をお願
いいたします。
なお、感染経路が明らかな集団事例では、国立感染症研究所への全検体の提出の必要はなく、ウイルス核酸コピー数が比較的高い検体を選択して提出してください（※３）。また、地方衛生研究所や大学等で全ゲノム解析を行う自治体においては、速やかに GISAID に全ゲノム情報のご登録をお願いいたします。
その際、国立感染症研究所へ検体提出する必要はないものの、GISAID 登録の際には、都道府県名のご入力をお願いいたします（※４）。
また、本件は法第 15 条に基づく積極的疫学調査として実施するものであるた
め、検体の提出に当たっての患者本人の同意取得は不要です。
なお、L452R 変異株 PCR 検査では、L452R 変異をもつ B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）以外に、B.1.427/B.1.429 系統の変異株（イプシロン株）、C.36
系統等も検出されることにご留意ください。
※１

管内の全陽性者数の約 40％分の検体（週）を目処に、L452R 変異株 PCR検査の実施を徹底するようお願いいたします（※３）。可能な場合には、さらに抽出割合を上げて L452R 変異株検査を実施するようお願いいたします。
この場合、出来る限り管内全域の陽性検体を対象に L452R 変異株 PCR 検査を実施するよう、管内の政令市・中核市、民間検査機関、医療機関、大学等との連携をお願いいたします。
L452R 変異株 PCR 検査の陰性検体及び L452R 変異株 PCR 検査の結果、判定不能であった検体については、“２．L452R 変異のない検体提出”を参照し、3該当する検体であれば国立感染症研究所へ検体のご提出をお願いいたします。
ただし、感染拡大地域（ステージⅢ相当、15 人/10 万人/週以上1）であって、B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）の陽性割合が高い自治体（8 割程度）の場合には、自治体が感染拡大防止策に対応を重点化できるよう、抽出割合を自治体で判断する運用といたします（自治体の L452R 変異株 PCR 検査
は 40%程度を必須とはしません。国立感染症研究所から民間検査機関に委託
した L452R 変異株 PCR 検査は継続いたします）。
（「B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）」は、従来、「インドで最初に検出された変異株」と呼称していたものです。
）
なお、この条件に該当する自治体であっても、今後、B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）以外の、懸念される変異株について、変異株 PCR 検査が必要となった場合には、管内の全陽性者数の約 40％分の検体（週）を早期に収集できるよう、検体収集体制を維持するようお願いいたします。その際、地方衛生研究所・民間検査機関・医療機関・大学等との積極的な連携又は既に連携している自治体では維持・強化をお願いします。
※２

原則、精製 RNA の残余液としますが、残余が十分でない場合には採取検体も可能です。なお、検体が存在しない場合は、可能な範囲で検体の取得をお願いいたします。
※３

L452R 変異のある検体が全ゲノム解析により確定している者からの感染経路が明らか（例えば、同居している、同じ仕事場でいつも顔を合わせる、学校や保育園のクラス内での発生など）である場合は、L452R 変異株
PCR 検査及びゲノム解析の実施は不要です。一方、感染経路が明らかかど
うか判断できない場合は L452R 変異株 PCR 検査、ゲノム解析の実施が必要です。
※４

GISAID（Global Initiative on Sharing All Influenza Data）は、新型

コロナウイルス（SARS-CoV-2）ゲノムやインフルエンザウイルスの情報などに関するデータベースです。自治体において、大学等にゲノム解析や変異株
PCR 検査を要請する場合にも、別添_様式をご使用ください。その際、可能な
1「感染再拡大（リバウンド）防止に向けた指標と考え方に関する提言」（令和３年４月 15

日付け新型コロナウイルス感染症対策分科会資料）におけるステージⅢ「新規陽性者数」にかかる指標と同様のもの。
（https://www.cas.go.jp/jp/seisaku/ful/taisakusuisin/bunkakai/dai2/kansensaikakudaibo
ushi_shihyou_teigen.pdf）
4

限り HER-SYS ID を付記するようにしてください。
（留意事項） 国立感染症研究所から L452R 変異株 PCR 検査の委託を受けている民間検査機関において陽性が確認された場合には、当該機関から直接、都道府県に報告します。
1.3 提出時
L452R 変異株 PCR 検査の結果が出てから２週間以内の提出をお願いします。
1.4 照会・送付先
国立感染症研究所〒162-8640

変異検出 PCR 対応班

東京都新宿区戸山 1-23-1

N501YPCR@nih.go.jp
TEL: 03-5285-1111 （5604）

２． L452R 変異のない検体の提出
2.1

提出データ

別添_様式を記載の上、2.4 の照会・送付先へ提出をお願いします。
2.2

提出検体

法第 15 条第 16 項の規定に基づき、L452R 変異がない検体にかかる検査を実施するため、管内の地方衛生研究所の確認及び「新型コロナウイルス核酸検出の保険適用に伴う行政検査の取扱いについて」（令和２年３月４日付け健感発 0304
第５号）に基づき遺伝子検査で SARS-CoV-2 陽性（Ct 値が 30 より大きい及びCt 値のない場合は除外）と判定された精製 RNA の残余液（20 µl 程度）の提出をお願いいたします。
なお、対象者から改めて検体を採取する必要はなく、検査後の残りの RNA の一部のご提出をお願いいたします。
また、本件は、法第 15 条に基づく積極的疫学調査として実施するものである
ため、検体の提出に当たっての患者本人の同意取得は不要です。
2.3

提出時

検査の結果判明後２週間以内の提出をお願いします。
2.4

照会・送付先国立感染症研究所〒162-8640

変異検出 PCR 対応班

東京都新宿区戸山 1-23-1

5

N501YPCR@nih.go.jp
TEL: 03-5285-1111 （5604）

３

検体送付に関する留意事項
検体送付に際しては、「2019-nCoV （新型コロナウイルス）感染を疑う患者の検体採取・輸送マニュアル」（2021/03/19 更新版）を参考としてください。
本件の実施に必要となる費用については、「感染症予防事業費国庫負担（補助）金交付要綱」（平成 20 年 12 月 19 日付け厚生労働省発健第 1219002 号厚生労働事務次官通知の別添）における「感染症発生動向調査事業」により、本調査に係る経費（梱包資材等）を助成します。なお、検体輸送は着払いが可能です。
送付された情報については、感染症対策上、必要な情報について、厚生労働省等においてクラスター対策に活用するとともに、積極的疫学調査の一環として公表することを予定しております。今後の作業の目的として、個々の症例のみならず、全体的な分析に供する必要があるため、結果の還元については時間を要する場合がありますので御了承ください。
４．民間検査機関等（自費検査を含む）への検体提出の要請
4.1

提出検体

法第 15 条の規定に基づき、貴管内の下記 URL（https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/kenkou_iryou/covid1
9-jihikensa_00001.html）に掲載する民間検査機関等並びに行政検査を受託している医療機関等2に対して、遺伝子検査で SARS-CoV-2 陽性と判定された検体（精製 RNA の残余液（40 µl 程度）または採取検体）であって、貴自治体における体制等を勘案し、1.2 において貴自治体が L452R 変異株 PCR 検査を行うことが困難なものについて、HER-SYSID を添えて 4.5 に記載する問い合わせ先にご連絡の上、検体を提出するよう要請していただきますようお願いいたします。
なお、検体の送付を行う機関が、当該検体の HER-SYSID を保有していない場
合には、当該検体の送付前に、当該検体の HER-SYSID を保有する関係機関に当該 ID を確認した上で、送付いただくようお願いいたします（※１）。
本件は法第 15 条に基づく積極的疫学調査として実施するものであるため、検体の提出に当たっての患者本人の同意取得は不要です。
※１

例えば、民間検査機関が検体の HER-SYSID を保有していない場合であって、当該民間検査機関が提携医療機関として契約を締結している医療機関が当該検体の HER-SYSID を保有している場合には、当該民間検査機関が当該医療機関へ当該検体の HER-SYSID を確認するなど、当該検体に係る情報を共有する関係機関間で当該検体の HER-SYSID を確認するようお願いします。
2https://www.mhlw.go.jp/content/000678574.pdf
6また、当該民間検査機関においては、L452R 変異株 PCR 検査及びゲノム解析
結果の報告を受けた場合には、直ちに依頼元の医療機関等に情報提供を行うよ
うお願いいたします。
4.2 提出時
即時の提出をお願いします。
4.3

郵送に係る費用

検体輸送は着払いが可能です。
検体送付に際しては、「2019-nCoV （新型コロナウイルス）感染を疑う患者の検体採取・輸送マニュアル」（2021/03/19 更新版）3を参考としてください。
4.4

HER-SYS への入力について提出いただいた検体については、感染研から委託を受けた民間検査機関において N501Y 変異株 PCR 検査を行います。陽性の場合は、感染研においてゲノム解析を行います。検査及び解析結果については、法第 56 条の 39 の規定に基づき、当該受託機関から各都道府県にご連絡いたしますので、管轄保健所において結果を入力いただきますようお願いいたします。また、連絡を受けた各都道
府県は、迅速に管轄保健所にご連絡いただきますよう、お願いいたします。
なお、入力要領については、「新型コロナウイルス変異株流行国・地域に滞在歴がある入国者の方々の健康フォローアップ及び SARS-CoV-2 陽性と判定された方の情報及び検体送付の徹底について」（令和２年 12 月 23 日付け事務連絡（令和３年６月４日最終改正。））を参照いただくようお願いいたします。
4.5

問い合わせ先株式会社エスアールエル

新型コロナウイルス対策室

TEL：050-2000-4911 （平日のみ:10:00 -17:00）
５．L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の週報（要請）
新型コロナウイルス感染症に関する PCR 検査の検査件数等につきましては、「新型コロナウイルス感染症に関する検査数等の報告について（依頼）」（令和２年 10 月 30 日付け事務連絡。最終改正令和３年６月４日。）に基づき、変異株 PCR 検査実施件数等の報告をいただいておりました。
今般、B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）等の監視体制を強化する必要があ3

https://www.niid.go.jp/niid/images/pathol/pdf/2019-nCoV_210319.pdf
7

ることから、感染症法第 15 条に基づく積極的疫学調査として地方衛生研究所
等で実施した L452R 変異株 PCR 検査等及びゲノム解析について、別紙２を参照の上、毎週のご報告をお願いします。
（「新型コロナウイルス感染症に関する検査数等の報告について（依頼）」に基づく報告は不要となります。）
なお、L452R 変異株 PCR 検査件数等及びゲノム解析の結果について、HER-SYS
への入力を徹底してください。
（本システム入力は、HER-SYS 入力の代用にはな
りませんので、十分ご注意ください）。
※１

N501Y 変異株 PCR 検査数を報告する自治体は、L452R 変異株 PCR 検査の試薬の確保が十分でないなど事情がある場合に、例外的に、まず N501Y
変異株 PCR 検査を実施したうえで、N501Y 変異株 PCR 検査で陰性であることが判明した検体のみに、L452R 変異株 PCR 検査を実施する運用する場合に限ります。この場合、機械的な試算としての L452R 変異株 PCR 検査陽性率は「L452R 変異株 PCR 検査陽性件数/N501Y 変異株 PCR 検査の実施数」といたします。
その場合、別紙２のとおり、N501Y 変異株検査実施件数、判定不能件数等もご報告するようお願いします。
※２

L452R 及び N501Y 変異株 PCR 検査件数及びゲノム解析には、地方衛生研究所の他、自治体が委託した大学等（大学、大学院、大学共同利用機関
法人、国立研究開発法人）や医療機関等で行った検査または解析件数も含みます。
※３

国立感染症研究所が L452R 変異株 PCR 検査・ゲノム解析の実施を委託した民間検査機関等において行われた検査・解析結果であって、自治体等へ報告された検査件数・解析数は、本報告の対象には含まれません。
※４

L452R 変異株 PCR 検査では、L452R 変異をもつ B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）以外に、B.1.427/B.1.429 系統の変異株（イプシロン株）、
C.36 系統等も検出されることにご留意ください。
※５

今回の報告については、６月７日（月）から６月１３日（日）までのL452R 及び N501Y 変異株 PCR 検査及びゲノム解析結果の実績を、６月１５日（火）中にシステム上で入力いただきますようお願いします。
５月 31 日（月）から６月６日（日）までの検査結果の報告は従来通り、「新型コロナウイルス感染症に関する検査数等の報告について（依頼）」8（令和２年 10 月 30 日付け事務連絡。最終改正令和３年６月４日。）に基づき、６月８日（火）中の N501Y 変異株 PCR 検査の報告をお願いいたします。

【担当】
厚生労働省 新型コロナウイルス感染症対策推進本部
戦略班 岡、竹下TEL: 03-3595-3489

9

別紙２
L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の週報（要請）について
6.1 報告機関
地方衛生研究所及び保健所（保健所が設置・運営する「地域外来・検査セン
ター」及び「診療・検査医療機関（仮称）」を含む。）。
6.2 報告内容及び報告方法（１）検査実績等の入力期間
L452R 変異株 PCR 検査等、ゲノム検査の実施件数に関する事項については、
月曜日から日曜日までの実績を翌火曜日中に、下記（２）の URL に御入力ください（入力は各保健所又は地方衛生研究所等で行っても可）。
（２）検査件数等の入力先
A.L452R 変異株 PCR 検査等の報告の入力先
https://www.mhlw.go.jp/form/pub/mhlw01/202106_04_variant
B.ゲノム解析の報告の入力先
https://www.mhlw.go.jp/form/pub/mhlw01/202106_04_genome（誤って関係者以外が入力することのないよう、入力先 URL については関係者
以外に知らせないようにしてください。）（３）報告内容●自治体における変異株 PCR 検査実施件数・都道府県名・報告機関名・電話番号
・検査実施期間
１．変異株（L452R）PCR 検査件数
・L452R 検査実施件数
・L452R 陽性件数
・L452R 陰性件数10

入力フォーム・L452R 判定不能件数
２.修正報告欄
注）N501Y 変異株 PCR 検査数を報告する自治体は、L452R 変異株 PCR 検査の試薬の確保が十分でないなど事情がある場合に、例外的に、まず N501Y 変異株
PCR 検査を実施したうえで、N501Y 変異株 PCR 検査で陰性であることが判明した検体のみに、L452R 変異株 PCR 検査を実施する運用する場合に限ります。
３．N501Y 変異株 PCR 検査件数
・N501Y 検査実施件数（L452R 変異株 PCR 検査の前に N501Y 変異株 PCR 検査を実施した場合のみ入力ください。）
・N501Y 判定不能件数（L452R 変異株 PCR 検査の前に N501Y 変異株 PCR 検査を実施した場合のみ入力ください。）
４.修正報告欄※同一人について複数回検体を採取した場合であっても１として計上します。
●自治体におけるゲノム解析（調査）実施件数

入力フォーム・記入年月日・都道府県名・指定都市名
・保健所設置市・特別区
・電話番号
・調査期間
1.ゲノム解析の実施可能数
・大学、大学院、大学共同利用機関法人（国立遺伝学研究所等）、国立研究開発
法人（理化学研究所等）
・地方衛生研究所
・医療機関
2.ゲノム解析の実績
・大学、大学院、大学共同利用機関法人（国立遺伝学研究所等）、国立研究開発
法人（理化学研究所等）
・地方衛生研究所
・医療機関
3.修正報告欄

11※同一人について複数回検体を採取した場合であっても１として計上します。

12

別添【Q&A】新型コロナウイルス感染症の積極的疫学調査における検体提出等
目次
Q.１

民間の検査薬メーカーから試薬が出ているが L452R 変異株 PCR 検査に使っても差し支えないか。使用可能である場合、どの試薬を使えばいいか。 ........................................ 14
Q.２ L452R 及び N501Y 変異株 PCR 検査及びゲノム解析の結果について、入力主体はどこか。
.............................................................................................................................................. 14
Q.３ 管内に入国後 14 日以内に診断された患者が確認されたが、L452R 変異株 PCR 検査変
異株 PCR 検査を実施する必要があるのか。また、ゲノム解析のための国立感染症研究所への検体提出は必要あるか。 .................................................................................................. 14
Q.４ L452R 変異株 PCR 検査を実施する前に、N501Y 変異株 PCR 検査を実施しても差し支えないか。 ........................................................................................................................... 15
Q.5 本通知「５．L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の報告（要請）」の報告機関
は、地方衛生研究所または保健所に限られるか。 ............................................................ 16
Q.6 本通知「５．L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の報告（要請）」の報告は、いつから開始すれば良いか。 .............................................................................................. 16
Q.７ 本通知１．、２．において検体の提出時は検査結果判明後２週間以内と示されているが、即時の提出でも良いか。 .......................................................................................... 16

13

Q.１

民間の検査薬メーカーから試薬が出ているが L452R 変異株 PCR 検査に使っても差し支えないか。使用可能である場合、どの試薬を使えばいいか。
（答）〇 感染研のプロトコルに基づく方法に加えて、各自治体において、各メーカーが販売する L452R 変異（※）を確認できる検査試薬を用いても差し支えない。
〇 使用する場合には、各試薬等について、検査実施機関において正確な検査
結果が出るか検証を実施した上で、使用すること。
○

なお、L452R 変異株 PCR 検査では、L452R 変異をもつ B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）以外に、B.1.427/B.1.429 系統の変異株（イプシロン株）、
C.36 系統等も検出されることにご留意ください。

（※） 少なくとも L452R 変異が確認できるものであること。E484K 変異等は必須ではない。

Q.２

L452R 及び N501Y 変異株 PCR 検査及びゲノム解析の結果について、入力主

体はどこか。
（答）〇 都道府県、保健所設置市及び特別区が当該入力内容を把握できるよう関係
機関と連携のうえ、L452R 及び N501Y 変異株 PCR 検査及びゲノム解析の結果について、保健所以外において HER-SYS に入力いただいて差し支えありません。

Q.３

管内に入国後 14 日以内に診断された患者が確認されたが、L452R 変異株

PCR 検査変異株 PCR 検査を実施する必要があるのか。また、ゲノム解析のための国立感染症研究所への検体提出は必要あるか。
（答）○

原則、管内に入国後 14 日以内の入国者が SARS-CoV-2 陽性と判定された場
合には、L452R 変異株 PCR 検査の実施をお願いします。その場合、当該検査の結果に応じて、下記のいずれかの方法でゲノム解析の実施をお願いいたします。
【L452R 変異株 PCR 検査が「陽性」だった場合】
下記いずれかの対応をお願いします。
14

・

自治体において可能な場合にはゲノム解析を実施

・

本通知「１．L452R 変異のある検体提出」を参照の上、国立感染症研
究所へ検体を送付【L452R 変異株 PCR 検査が「陰性」だった場合】
下記いずれかの対応をお願いします。
・

自治体において可能な場合にはゲノム解析を実施

・

本通知「１．L452R 変異のない検体提出」を参照の上、国立感染症研
究所へ検体を送付○

なお、本年５月より、HER-SYS 上の登録者が入国日から 28 日以内の入国者であるかどうかを確認できる検索機能が実装されました。つきましては「入国者健康確認センターと HER-SYS の情報連携による SARS-CoV-2 陽性と判定された方の情報及び検体の提供について」（令和３年５月７日付け厚生労働
省新型コロナウイルス感染症対策推進本部事務連絡。最終令和３年５月 28日。）をご参照の上、適宜ご活用ください。

○

また、新型コロナウイルス変異株流行国・地域に該当する入国者の方々に対する健康フォローアップについては「新型コロナウイルス変異株流行国・地域に滞在歴がある入国者の方々の健康フォローアップ及び SARS-CoV-2 陽
性と判定された方の情報及び検体送付の徹底について」（令和２年 12 月 23
日付け事務連絡（令和３年６月４日最終改正。））を参照の上対応ください。

○ 陽性が確認された場合には、当該機関から直接、都道府県に報告します。

Q.４

L452R 変異株 PCR 検査を実施する前に、N501Y 変異株 PCR 検査を実施しても差し支えないか。
（答）〇 原則として、L452R 変異株 PCR 検査のみの実施をお願いします。
SARS-CoV-2 陽性かどうかを判定するための検査、N501Y 変異株 PCR 検査、L452R
変異株検査の延べ３回検査を実施すると、その後のゲノム解析を行うための十分な量の検体を確保できない可能性があるためです。
〇 ただし、L452R 変異株 PCR 検査の試薬の確保が十分でないなど事情がある場合には、例外的に、まず N501Y 変異株 PCR 検査を実施したうえで、N501Y
変異株 PCR 検査で陰性であることが判明した検体のみに、L452R 変異株 PCR
15

検査を実施する運用を実施しても差し支えありません。この場合のみに、別添２をご参照の上、N501Y 変異株 PCR 検査の実施件数及び判定不能件数のご報告お願いいたします。この場合、機械的な試算としての L452R 変異株 PCR
検査陽性率は「L452R 変異株 PCR 検査の陽性検体数/N501Y 変異株 PCR 検査の実施数」といたします。

Q.5

本通知「５．L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の報告（要請）」の報告機関は、地方衛生研究所または保健所に限られるか。
（答）〇 都道府県、保健所設置市及び特別区が当該入力内容を把握できるよう関係
機関と連携のうえ、検査結果等について、地方衛生研究所及び保健所（保健所が設置・運営する「地域外来・検査センター」及び「診療・検査医療機関（仮称）」を含む。）以外においてシステム上に入力いただいて差し支えあり
ません。

Q.6

本通知「５．L452R 変異株 PCR 検査等・ゲノム解析結果の報告（要請）」の報告は、いつから開始すれば良いか。
（答）〇 今回の報告については、６月７日（月）から６月 13 日（日）までの L452R
及び N501Y 変異株 PCR 検査及びゲノム解析結果の実績を、６月１５日（火）中にシステム上で入力いただきますようお願いします。
〇 ５月 31 日（月）から６月６日（日）までの検査結果の報告は従来通り、「新型コロナウイルス感染症に関する検査数等の報告について（依頼）」（令和２
年 10 月 30 日付け事務連絡。最終改正令和３年６月４日。）に基づき、６月８日（火）中に N501Y 変異株 PCR 検査の報告をお願いいたします。

Q.７

本通知１．、２．において検体の提出時は検査結果判明後２週間以内と示されているが、即時の提出でも良いか。
（答）〇 L452R 変異株 PCR 検査で陽性と判定された検体を検出した場合であって、公衆衛生上必要と認められる場合については、即時のゲノム解析の実施をお願いします。その場合、自治体等でゲノム解析が可能である場合は自治体等において解析をお願いします。

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事 務 連 絡
令和３年５月７日（最 終改訂令和３年６月７ 日）
都 道 府 県
各保健所設置市
特別衛生主管部（局） 御中区
厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策推進本部

入国者健康確認センターと HER-SYS の情報連携による SARS-CoV-2 陽性と判定された方の情報及び検体の提供について

新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システム（以下「HER-SYS」という。）の活用等については、平素より格別の御理解を賜り、厚く御礼申し上げます。
新型コロナウイルス感染症の水際対策強化の一環として、本年４月 16 日より、HERSYS と全ての国・地域からの入国者等の健康フォローアップを行う入国者健康確認センター（本年３月 18 日に「新型コロナウイルス感染症特定流行国滞在者健康確認センター」から改称。以下「センター」という。）の情報連携の仕組みが開始されており、さらに、本年５月 21 日には、HER-SYS 上の登録者が入国日から 28 日以内の入国者等であるかどうかを確認できる検索機能が実装されております。
先般、これらの機能を活用して各自治体にお願いしたい具体的な事項等を下記のとおり整理し、お示ししたところです。
今般、B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）※等の監視体制を強化するため、「新型
コロナウイルス変異株流行国・地域に滞在歴がある入国者等の方々の健康フォローア
ップ及び SARS-CoV-2 陽性と判定された方の情報及び検体送付の徹底について」（令和２年 12 月 23 日付け厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策推進本部事務連絡（令和３年６月４日最終改正））が発出されたことを受けて、本事務連絡を改定しております。
（※）変異株の名称については、WHO が一般的な呼称としてギリシャ・アルファベットを用いることとしたことを踏まえ、名称を変更しています。例えば、「B.1.617 系統の変異株（デルタ株等）」は、従来、「インドで最初に検出された変異株」と呼称していたものです。
貴職におかれては、下記について対応を改めて徹底いただくとともに、管内市町村、関係機関等への周知をお願いいたします。
（主な改正箇所は太字下線）

1

記

１．保健所において対応をお願いしたい陽性者の特定〇 我が国において変異した新型コロナウイルスによる感染拡大の防止のため、現在、本邦入国前 14 日以内に新型コロナウイルス変異株流行国・地域に滞在歴がある入国者等の方々の健康フォローアップの強化を図っております。
○

その一環として、４月 16 日以降、毎日定時に、センターから、入国後 28 日以
内の入国者等の情報が HER-SYS に対して提供されております。
これにより、センターから提供された入国者等の情報と、HER-SYS の発生届に登録された者（陽性者情報）が一致するかどうかを自動で判定することが可能となっており、その結果、両者が一者に特定された場合には、HER-SYS 上の「発生届タブ」のチェックボックスに☑が入ります。
また、５月 21 日より、センターから提供された入国者等の情報と HER-SYS の発生届に登録された者（陽性者情報）が一致する可能性があるものの、一者に特定されず、複数人が該当する可能性がある場合には、「候補者リスト」として表示されるようになっております。

２．変異株 PCR 検査等の実施と検体の提出○ １に該当する陽性者（センターから提供された入国者等の情報と HER-SYS の発生届に登録された者（陽性者情報）が一者に特定され、チェックボックスに☑が入っている者）であって、入国後 14 日以内に SARS-CoV-2 陽性と診断された患者については、地方衛生研究所等と連携して、L452R 変異株 PCR 検査を実施して下さい。また、自治体において可能な場合にはゲノム解析を実施いただき、可能でない場合には国立感染症研究所にゲノム解析のための検体提出をお願いします。
これらの L452R 変異株 PCR 検査等の実施に当たっては、新型コロナウイルス感染症の積極的疫学調査における検体提出等について（要請）」（令和３年２月５日
付け健感発 0205 第４号。令和３年６月４日最終改正。）をご参照いだきますようお願いいたします。
〇 なお、１の「候補者リスト」として表示される者に対しては、担当保健所におかれては、候補者本人へのヒアリング等を行い、できる限り入国者等を一者に特定できるように努めるとともに、一者に特定できた場合には、地方衛生研究所等と連携して、入国後 14 日以内に SARS-CoV-2 陽性と診断された患者については、
L452R 変異株 PCR 検査等を実施するようにして下さい。

（担当）厚生労働省新型コロナウイルス感染症対策推進本部 保健班
電話：０３（５２５３）１１１１（内線８９３７／８９２７）2