シンボルマークは減数分裂第一中期の分裂像を図案化したもので，「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」（木原 均、1946）を表している。
Symbol mark of the Institute, which designs the metaphase
plate of the first meiotic division and symbolizes the remark by
Dr. Hitoshi Kihara (1946): “The history of the earth is recorded in
the layers of its crust; the history of all organisms is inscribed in
the chromosomes.”2

目次
Contents

04 所長あいさつ

73 運 営05 概 要76 研究教育職員・研究員・学生

08 遺伝研へのアクセス

80 管理部と技術課職員

09 遺伝研マップ

81 沿 革11 組 織83 予 算Message from the Director

OutlineAccess to the Institute

NIG Map

Organization□ 遺伝研の研究活動
12 研究活動

Research Activities

55 知的財産室

Intellectual Property Unit

56 共同利用事業センター

Intellectual Infrastructure Center

61 新領域融合研究センター

Transdisciplinary Research Integration Center

Management

Research Staff & Students

Staff of Administration Department and Technical Section

History

Budget83 科学研究費

Grant-in-Aid for Scientific Research

84 2012 年に発行された論文一覧
Publications in 2012

87 公募による共同研究

Collaborative Research

89 民間等との共同研究

Joint Research with the Private Sector

90 受託研究

Commissioned Research

90 研究開発施設共用等促進費補助金□ 研究を促進するための活動
62 研究を促進するための活動と行事

Activities and Events for Research Promotion

91 表彰・受賞歴

Awards・Honors

91 知的財産権

Intellectual Property Rights□ 遺伝研の活動
63 遺伝学電子博物館

92 情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems

Cyber Museum of Genetics

64 国際交流International Activities□ 遺伝研の教育
66 総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻

Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

72 遺伝研で研究しよう

Varied Program to Host Researchers

目次／Contents3遺伝学と「遺伝研の役割」
Genetics and the Role of Our Institute所長 桂

勲

KATSURA, Isao
Director-General

プロフィール
1973年

Profile東京大学大学院理学系研究科
博士課程修了1973

Ph.D., Graduate School of Science,
The University of Tokyo

1973－1976年 スイス国バーゼル大学 バイオセンター 助手

1973-1976 Wissenschaftlicher Assistent,
Biozentrum, University of Basel

1976－1988年 東京大学理学部 助手

1976-1988 Assistant Professor, Faculty of
Science, The University of Tokyo

1988－1991年 東京大学教養学部 助教授
1991－1996年 国立遺伝学研究所
遺伝情報研究センター教授

1996－2009年 同構造遺伝学研究センター 教授
2010－2012年 総合研究大学院大学 学長付教育アドバイザー
2012年

同学融合推進センター 特任教授

2012年12月より国立遺伝学研究所
研究分野

所長

分子生物学 行動分子遺伝学

1988-1991 Associate Professor, Collage ofArts and Sciences, The University ofTokyo
1991-1996 Professor, DNA Research Center,
National Institute of Genetics
1996-2009 Professor, Structural Biology
Center, National Institute of
Genetics
2010-2012 Educat ional A dv i sor t o the
President of SOKENDAI
2012

Project Professor,CPIS, SOKENDAI

Dec.2012- Director-General, National
Institute of Genetics
Research Field Molecular Biology, Molecular
Genetics of Animal Behavior

グレゴール・ヨハン・メンデルが修道院の庭でエンドウを交配し「遺伝Who could foresee the success of genetics when Gregor Johannの単位」を見つけたとき、誰が今日の遺伝学の隆盛を予見したでしょう

Mendel cultivated pea plants in a monastery garden and foundか。その後、遺伝学は20世紀を通して学問として進歩し続け、ついに生

the unit of inheritance? After this great event, genetics, namely, the

命の究極の秘密に到達しました。それは、「すべての生命活動は DNA の

study of inheritance and variation of biological organisms,

遺伝情報が基盤となる」、すなわち「いのちは、ことばに支えられていdeveloped continuously through the 20th century and uncovered

る」という秘密です。ここから遺伝学の全面的な展開が始まり、現在では生物学全体だけでなく医・薬・農・工など様々な応用科学にまで、遺伝学の果たす役割は広がっています。
国立遺伝学研究所（遺伝研）は、1949年に文部省の研究所として設立され、木村資生博士による分子進化の中立説をはじめ、数多くの研究業績を上げてきました。また、1984年には、大学共同利用機関として、学術
コミュニティー全体の研究を促進する役割を引き受け、1988年には、総合研究大学院大学の遺伝学専攻を受け持って、独自の大学院教育を行うようになりました。2004年に法人化されて、国立情報学研究所、国立極地研究所、統計数理研究所とともに大学共同利用機関法人 情報・
システム研究機構を構成し、情報とシステムという観点から未来の課
題にも取り組んでいます。
現在の遺伝研では、約500人の様々な職種の人達が働き、研究、研究基
盤整備、教育・人材育成という仕事をしています。研究では37のグルー
プが、大腸菌からヒトまで、分子レベルから生物集団レベルまで、理論
から実験まで、遺伝学に関わる幅広い分野で独創的な研究を行い、世界的 な 評 価 を 受 け て い ま す。研 究 基 盤 整 備 で は、DNA データ バ ン ク(DDBJ)、実験生物系統の分与、先端ゲノミクス事業などにより、学術コ

the ultimate secret of life: the activity of biological organisms isbased on the genetic information of DNA, or life is supported by asimple linear code, i.e., “words”. On this basis, genetics has now
expanded not only to all fields of basic biology but also to many
applied sciences.
The National Institute of Genetics was established at Mishima in
1949, and since has produced many outstanding scientificachievements including the neutral theory of molecular evolution
by Motoo Kimura. Continuing the tradition, we are conducting
research in many fields of genetics and related fields, ranging frombacteria to humans, from molecules to populations, and fromtheory to experiments. We consider this diversity of research isessential to the stimulating environment that fosters a community of
researchers.
We serve the scientific community in Japan and the world by
providing research infrastructure, including the DNA database(DDBJ), bio-resources of various experimental organisms, andミュニティーの研究に貢献しています。また、教育・人材育成では、学生

advanced genomic services. Science education is also a central

当りの教員数の多さを生かした大学院教育を行うとともに、有望な若part of our activity, and we provide graduate education as the

手研究者が新しい分野を開拓する新分野創造センターを拡充し、将来

Department of Genetics in the Graduate University for Advancedを見すえた体制作りも進めて来ました。

Studies (SOKENDAI). In addition, constant dialog with non-scientists

生物にはまだ多くの謎がありますが、遺伝情報という切り口から攻めis an important part of our mission.

ることにより着実な成果が期待できます。私たちは、先達の努力を引き継いで研究を進め、その成果を人類全体の財産とすることが仕事と考Genetic approaches remain critical for addressing key issues in the

えています。
また、世界の研究者だけでなく一般社会との対話を行いな

life sciences, and we will continue our commitment to excellence in

がら、この使命を果たしたいと考えています。
4

所長あいさつ／Message from the Director

research, service, and education.

概要
Outline

遺伝学の最先端研究
CUTTING-EDGE GENETICS RESEARCH
生命科学分野における中核研究機関として国際水準の先端的研究に取り組んでいる。
As a core institute of Genetics, NIG is acting foradvanced research in the field of Life Sciences.

共同利用
RESEARCH COLLABORATIONS

国際交流
INTERNATIONAL COLLABORATION

全国の研究者のために共同研究の機会を提供し、またそのための施設の利用に応ずる。

遺伝学の分野で国際的な学術交流を活発化するため、研究者の交流や国際シンポジウム等を開催する。

This institute offers collaborative research opportunities to researchers throughout Japan.

This institute strives to promote international scientificexchanges by sponsoring international symposia andthrough the exchange of researchers.

知的基盤整備事業
INTELLECTUAL INFRASTRUCTURE FOR LIFE SCIENCES

生命科学を支える中核拠点として、
バイオリソース事業、
DDBJ事業、DNAシーケンシング事業を行っている。
NIG performs Bioresources Center, DNA Data Bank ofJapan (DDBJ) and DNA Sequencing Center, as acore institute to build the intellectual infrastructurethat supports Life Sciences.

大学院教育
EDUCATION FOR GRADUATE STUDENTS
総合研究大学院大学生命科学研究科の遺伝学専攻を担当し、大学院学生の教育を行う。
また、その他の大学の大学院教育に協力する。
This institute enrolls graduate students as the Department of Genetics, School of Life Sciences, Graduate
University for Advanced Studies, and also participatesin the education of students from other universities.

国立極地研究所

極域科学専攻National Institute of Polar Research

国立情報学研究所

National Institute of Informatics

統計数理研究所

The Institute of Statistical Mathematics

Department of Polar Science

複合科学研究科

School of Multidisciplinary
Sciences

情報学専攻

Department of Informatics

統計科学専攻Department of Statistical Science

大学共同利用機関法人

情報・システム
研究機構
Inter-University ResearchInstitute Corporation

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

Research Organization ofInformation and Systems

生命科学研究科

遺伝学専攻
Department of Genetics
School of Life Science

新領域融合研究センター

Transdisciplinary Research Integration Center

ライフサイエンス
統合データベースセンター

国立大学法人

総合研究大学院大学の一部
A part of SOKENDAI

Database Center for Life Science

概要／Outline

5

生命科学を支える知的基盤整備事業の中核拠点としての活動
The intellectual infrastructure that supports life sciences□ Bioresources Project□ バイオリソース（生物遺伝資源）事業
学術研究用生物系統の開発、収集、提供を主体としたバイオリソース事業を展開し、全国の中核拠点とし機能している。文科省 NBRP の生物種
別の中核代表機関としても活動し、さらに情報センターとして大学等と連携してバイオリソースデータベースの構築と公開運用を進めている。

NIG serves as a center for developing, collecting, and distributing biological resources of various strains of experimental organisms for academic research. NIG also plays an important role as a central institutefor the National BioResource Project and functions as its information
center to promote development of biological resource databases incollaboration with universities and other organizations.

H24年度は1,145件の提供同意書(MTA)を締結
1,145 MTAs were processed ina period of April 2012 toMarch 2013.

2011年度から、先端ゲノミクス推進センターを中心に活動している。
これまでに、900検体を越える試料について最新のシーケンシング技術を駆使してゲノム情報を産出しており、学術分野における先端ゲノミ
クス推進の中核として事業を進めている。

生体認証による入室監理区域

キャピラリ型シーケンサ

次世代型シーケンサと計算サーバ

クローン釣りロボット

試料保存用超低温槽

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) は1987年に設立され学術論文や特許公報等を通じて公知にされる塩基配列データをすべて網羅し、世界の公共財として維持管理する国際学術事業を行っている。
この事業は過去25年間、
欧州のENA/EBIおよび米国のNCBIとの３者の協力体制で行われており、３者の間では受付後公開されるデータは毎日交換され、世界共通のデータベース『INSD 国際塩基配列データベース』がつくられる。
３者のどこで登録を受け

6

概要／Outline

NIG is top in the nation for technical know-how for completesequencing of multicellular organism genomes. NIG has conductedanalyses of genes and genomes of >44 species in collaboration withmany organizations (universities and research groups). NIG is a key
producer of genomic information.

DNA Sequencing Center at NIG□ DDBJ（日本 DNA データバンク）事業ても世界で同時に公開される。

The DB had 210,000 views per month on average ina period of Nov. 2011to Oct. 2012.

□ Advanced Genomics Project□ 先端ゲノミクス推進事業

DNAシーケンシングセンター

H24年度の NBRP DB への月平均利用者数は21万件□ DDBJ Project
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) was established in 1987 and joinedinternational data exchange and archiving scheme between NCBI
and ENA/EBI. This tripartite collaboration is called INSDC (International
Nucleotide Sequence Database Collaboration). DDBJ, as well as NCBI
and EBI, is serving as one of three data inlet and outlet to the "INSD".

生命科学分野における遺伝学の中核拠点としての先端研究活動
Cutting-edge research : a core institute for life sciences
国立遺伝学研究所は、生命科学分野における中核拠点として生命システムの個別メカニズムの解明、さらにはその全体像の解明を目指した国際水準の先端的研究に取り組んでいる。生命システムは遺伝情報と多様な生体物
質が階層性を持つことが特徴である。そのため、遺伝子・ゲノムから生命システム解明を目指し、「染色体・細胞」、「エピジェネティクス」、「発生・分化」、
「生殖」、
「行動」、
「脳科学」、「ゲノム・大量情報」、「進化・多様性」などのキーワードでイネ、
シロイヌナズナ、
マウス、
ゼブラフィッシュ、
ショウジョウバエ、線虫、酵母、大腸菌などのモデル生物やデータベースを用いた最先端の研究を行っている。

□ 最近の研究成果より

NIG is a core institute for advanced research in the field of Life Sciences
working to unlock the mysteries of biological systems and their individual
mechanisms. Biological systems are characterized by hierarchical structure of genetic information and various biological materials. Therefore, toexplore from genes and genomes to biological systems, we perform cutting edge research using rice, Arabidopsis, mice, zebrafish, fruit flies, nematode, E. coli and other model organisms, and various databases, withkeywords such as “chromosome/cell”, “epigenetics”, “development/differentiation”, "reproduction", “behavior”, “neuroscience”, “genomics andbioinformatics”, and “evolution and diversity”.

Research Highlights

脳の中の視覚世界をリアルタイムで可視化

Seeing the visual world in the brain in real time

私たちが目で見る世界は、網膜に映りさらに脳へとその情報が伝えられます。
視覚を司る脳の領域では、
視野全体に対応するように神経細胞が並んでおり、
これは
「視覚
地図」
と呼ばれます。
このような脳の構築様式はヒトや魚など視覚を持つ全ての動物に共通する特徴です。
私たちは、改良を加えて非常に高感度にしたカルシウムセンサー
GCaMPを用いることにより、ゼブラフィッシュ稚魚の餌となるゾウリムシが、稚魚の視界の中で泳ぎ回るときのThe visual world is first projected onto the retina,
and the visual information is further transmitted tothe brain. In this initial stage of visual processing,the visual world is mapped on the brain, which iscalled visuotopy. This is a common feature foundin the brains of all animals with eyes. In this study
we developed an improved version of GCaMP, acalcium sensor. Using this probe, we could visualize neuronal activity in a zebrafish larva duringvisual perception in prey capture behavior.

視覚地図上の神経活動を画像可視化することに成功しました。
今後、視覚から入る情報に基づいて動物が行動するとき、脳内の認知プロセスでどのような神経活動が生じているのかを明らかにしていく端緒になります。

細胞のなかで揺らぐクロマチン！

Real-Time Visualization of Neuronal Activity during Perception. (2013). Muto, A., Ohkura, M., Abe, G., Nakai, J.,
and Kawakami, K. Current Biology 23, 307-311.

ゾウリムシ（太矢印）を見ている稚魚の脳の神経細胞の活動（矢印）が GCaMP 蛍光シグナルとして観察された。
A swimming paramecium (thick arrowa) evoked
Ca2+ transients (thin arrows) in the neuropil and cellbodies of the left tectum of a larva.

Chromatin fluctuation in mammalian living cells

ヒトの場合、
全長２メートルにも及ぶゲノム DNA は
わずか数十ミクロンの細胞のなかに収められています。
まず、DNAの細い糸が「ヒストン」というタンパク
質に巻かれて「ヌクレオソーム」となります。
今回、総研大生の日原さえらさんと前島教授らは、生きた細胞の中でこのヌクレオソームがダイナミックに揺らいでいる（小刻みに動いている）
ことを見出しました
（図）
。
そして、
このヌクレオソームの
「揺らぎ」
のおか

Human genome DNA (around 2 m!) is organized
into a cell. The DNA is wrapped around histones,
forming a nucleosome fiber. Recently, NIG graduate student Saera Hihara and Prof. Maeshima et
al. observed the local nucleosome fluctuation inliving mammalian cells. Their finding shows that
this nucleosome fluctuation facilitates genome
DNA accessibility. They proposed that thenucleosome fluctuation is the basis for scanninggenome information in living cells.

げで、タンパク質が細胞の核や染色体の中をより自由に動き、DNA とアクセスしやすくなることがわかりました。
言い換えると、「揺らぎ」
が遺伝情報の検索を助けていることが明らかになったのです。

イネ栽培化起源地とプロセスの解明

In the cells, nucleosome fibers (Red balls and lines)a r e i r r e g u l a r l y f o l d e d. T h e n u c l e o s o m e s a r efluctuating. This nucleosome dynamics facilitates
chromatin accessibility. Chromatin fluctuation is thebasis for scanning genome information.

Origin and process of rice cultivation are revealed

次世代シークエンサーを用いた大規模遺伝解析で、イネ栽培化起源地と栽培化のプロセスを明らかにし、長年の論争に終止符を打ちました。アジア各地の野生イネ O. rufipogon と栽培イネ O. sativa 計
1529系統（ japonica, indica を含む）をゲノム解析
し、ゲノム全長の DNA 変異のパターンを用いて、全系統間の進化関係を明らかにしました。この結果、栽培化は、中国の珠江中流領域に生息していた野生イネ集団から選ばれた japonica イネに始まり、その後それらの系統に異なる野生イネが複数回交雑し、indica イネが作り出されたと考えられます。この研究には遺伝研が収集し、保存、公開している貴重な
野生イネ遺伝資源350系統も用いました。

Local Nucleosome Dynamics Facilitate Chromatin
Accessibility in Living Mammalian Cells. (2012). Hihara, S.,
Pack, C.G., Kaizu, K., Tani, T., Hanafusa, T., Nozaki, T.,
Takemoto, S., Yoshimi, T., Yokota, H., Imamoto, N., Sako,
Y., Kinjo, M., Takahashi, K., Nagai, T., and Maeshima, K.
Cell Reports 2, 1645-1656.

ヌクレオソーム線維（赤いボールと赤線）が細胞の中に不規則に収納されている。ヌクレオソームの揺らぎ（小刻みな動き）のおかげで、蛋白質（緑のボール）はより効率的に動ける。この結果、情報検索も効率化される。

The domestication origins and domestication processes of cultivated rice (Oryza sativa L.) ranks as
one of the most important developments in history. Here we generate genome sequences fromtotal of 1529 diverse accessions of the wild species
O. rufipogon and cultivated varieties to constructa map of rice genome variation. In-depth analyses of the genome-wide DNA patterns revealed
that O. sativa japonica rice was first domesticatedfrom a specific population of O. rufipogon at the
middle area of the Pearl River in southern China,
and that O. sativa indica rice was subsequently
developed from crosses between japonica riceand local wild accessions.
A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice. (2012). Huang, X*., Kurata, N*., Wei, X*., Wang,
Z-X*., et al. (* co-first authors). Nature 490, 497-501.

進化経過を説明する62の系統群の地理的位置。系統毎の色は、遺伝的距離を示す。
Geographic locations of 62 O. rufipogon accessions,whose phylogenetic positions during domestication
are indicated. Color index represents the average ofthe genetic distance of O. rufipogon accessions to all
cultivated rice accessions.

概要／Outline

7

遺伝研へのアクセス
Access to the Institute
遺伝研周辺地図

河

動車 路
貫自 道
伊豆縦 湾環状（ 東駿至沼津 IC

大場
川

文教宿舎

道

）

日本大学国際関係学部

NORTH

三島駅

至静岡

東海

n
Statiohima
JR Mis SOUTH

南口

伊豆

箱根

定

度
）

三島東海病院線

錦田中学校

国立遺伝学研究所

鉄道

National Institute of Genetics

至東京

谷田宿舎

や た

谷田

三島田町駅

Yata

三島警察署

錦田小学校

三島二日町駅

富士山

Mt.Fuji

国道1号
国 道 te1
Rou

至沼津

年

幹線

三嶋大社

市立公園
楽寿園
三島広小路駅

道本

道新

13 予
20 開通

北口

東海

（

三島塚原 IC

市民体育館

至箱根

号
136

京都市

遺伝研詳細地図
至箱根三島塚原IC

Kyoto City
NIG 国立遺伝学研究所

通用門

そば店

谷田
1号

国道
伊

豆

箱

根

鉄

道

三島二日町駅

三島市

銀行

スーパー
三島警察署 写真店
マーケット

コンビニエンスストア

羽田空港

Mishima City
静岡県
Shizuoka Prefecture

薬局

自動車販売店

遺伝研坂下
バス 亭 B

成田空港

Narita Airport
Haneda Airport

遺伝研前
前
バス亭
亭

弁当店
JA

名古屋市

Nagoya CityTokyo

Osaka City

遺伝研坂下
バス 亭 A
や た

大阪市

正門

東京都

錦田小学校

寝具店
谷田公民館

踏切

三島駅までのアクセス

三島駅から遺伝研までのアクセス

How to get to JR Mishima Station

Access from JR Mishima Station to NIG

羽田空港

品川駅

Haneda Airport

JR Mishima Station

京急 約20分

新幹線こだま 約50分

20min by Keikyu Line

50min by Shinkansen (Kodama)

成田空港

東京駅

Narita Airport

JR Tokyo Station
新幹線こだまJR約1時間
1hr by JR Narita Express

新大阪駅

JR Shin-Osaka
新幹線ひかり三島駅

JR Mishima Station

約 1 時間

1hr by Shinkansen (Kodama)

三島駅

JR Mishima Station

約 2 時間2hr by Shinkansen (Hikari)

8

三島駅

JR Shinagawa Station

遺伝研へのアクセス／ Access to the Institute

三島駅からの距離 約4km
About 4km from JR Mishima Station●

路線バス 約 20 分●

シャトルバス 約15 分 15min by the NIG Free Shuttle Bus●

タクシー 約 15 分

20min by Local Bus

15min by Taxi

遺伝研マップ
NIG Map

実験動物慰霊碑

テニスコート

展示室

Memorial Monument for
Experimental Animals

Tennis Court

Exhibition Room

K

W
M
H
V

G

C
B

R
J

U

A

X

S

D

正門

Main Entrance

Z
Q

A 本館

研究員宿泊施設

講堂

食堂

Guest House

Lecture Hall

Dining Room

J 第２研究実験棟

S 系統生物西附属棟

B 図書館

K 第２電子計算機棟

U ネズミ附属棟

Library

Computer Building II

Main Building

C 研究実験棟
Laboratory Building

D 講堂棟
Lecture Hall

G 構造遺伝学研究センター
Structural Biology Center

H RI 実験棟
Radioisotope Laboratory

Laboratory Building II

M 電子計算機棟
Computer Building I

Q 研究員宿泊施設
Guest House

R 系統生物研究センター
Genetic Strains Research Center

生物遺伝資源情報総合センター
Center for Genetic Resource Information

Genetic Strains Research Center West Building

研究所の敷地と建物
土地総面積

Mouse Breeding Building II

V 実験圃場管理施設
Administration Building for Experimental Farm

W 生命情報研究センター

Center for Information Biology

X 動物飼育実験棟
Animal Research Building

Z 職員宿舎
Official Residence

106,959㎡

Institute Facilities and Grounds

内訳

Details

研究所敷地95,080㎡

宿舎敷地

11,879㎡

Institute area

Residential area

建築面積15,860㎡

Building area

建物延面積

(Total floor space)

37,941㎡（2013 年 4 月 1 日現在）

遺伝研マップ／NIG Map

9研究系・研究センター等の概要
Outline of Departments, Research Centers and Experimental Farm
□ 分子遺伝研究系□ Department of Molecular Genetics

染色体構造の構築と機能、その統合性維持の機構に着目して分子遺伝学の方法で研究している。

□ Department of Cell Genetics□ 細胞遺伝研究系
細胞内で観察される遺伝現象を分子レベルで解明することを目指して、生細胞及び無細胞系を用いた研究を行っている。

□ 個体遺伝研究系

Fundamental genetic phenomena are being studied in living cells and incell-free systems to explain the phenomena observed at the cellular level inmolecular terms.

□ Department of Developmental Genetics

ヒドラ、
ショウジョウバエ、
ゼブラフィッシュ、
マウスなどのモデル生物を用い、発生や行動など動物のさまざまな生命現象における遺伝子や細胞の役割についての研究を行っている。

□ 集団遺伝研究系
生物進化の歴史とその機構を解明する目的で、実験的及び理論的手法を用いて、遺伝子やゲノムのレベルから集団のレベルまで幅広く研究している。

We study roles of genes and cells during various biological phenomena ofanimals including development and behavior by using model organisms,
hydra, Drosophila, zebrafish and mouse.

□ Department of Population Genetics

We are conducting experimental and theoretical studies on the history andmechanisms of organismal evolution from the gene and genome level to the
population level using various organisms, such as human, Drosophila and mouse.

□ Department of Integrated Genetics□ 総合遺伝研究系
ヒトの高次表現型のシステム医学、脊椎動物の神経回路形成機構、および植物のエピジェネティック制御に関しての総合的な研究を行っている。

□ 新分野創造センター

By integrating various approaches in genetics, we study systems medicine oncomplex human traits, neural network formation of vertebrates, and epigenetic controls of plants.

□ Center for Frontier Research

若手の優れた研究者が独立して研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新しい分野を開拓する研究を行う。
これにより、研究共同体の中で重要な役割を果たす人材を育成する。

□ 系統生物研究センター

The Center for Frontier Research provides promising young scientists withindependent positions and an opportunity of developing new frontiers ingenetics and related research fields. The Center thereby brings up scientists
who will play crucial roles in academic fields in the future.

□ Genetic Strains Research Center

独自に開発・収集したマウス、
ゼブラフィッシュ、
ショウジョウバエ、
イネ、
原核生物の実験系統など有用な生物遺伝資源に立脚して、特色のある先端的研究を推進している。

□ 構造遺伝学研究センター
分子から多細胞の各レベルで、遺伝学と構造生物学の境界領域で最先端の研究を行うとともに、生体内の構造を観察・解析する様々な手法を開発し、遺伝学に導入している。

This center promotes forefront researches of life science based upon uniquebioresources of mice, Zebra fishes, Drosophila, rice and microorganisms,
which are developed and collected by this center.

□ Structural Biology Center
This center was founded to perform the pioneering researches in the newarea between genetics and structural biology, and to develop new methods
and techniques for the area.

□ Center for Information Biology□ 生命情報研究センター
生命情報学の拠点として、情報処理技術を駆使して生命現象の解明を目指した発見研究と生命科学の推進の為の技術開発を行っている。

□ 実験圃場

Develop the technologies and resources to make the massive data available,
useful and meaningful for the domain. Also conducts some wet or dry
experiments for knowledge discovery.

□ Experimental Farm

遺伝研における研究と事業支援のための植物遺伝資源作成、管理、分譲及び関連研究を行っている。

The farm is responsible for plant resource generation, management, distribution and related studies to support research and service in the NIG.

□ Radioisotope Center□ 放射線・アイソトープセンター
放射線や放射性同位元素を、研究利用するための共同利用施設である。 Csを線源としたガンマー線照射装置を備えている。
137■ 生物遺伝資源センター
生命科学を先導する様々なバイオリソースを開発し、それらの維持と国内外の大学や研究機関への分譲を行っている。
関連情報は、
データベース化して世界中に公開している。
また、文部科学省のナショナルバイオリソースプロジェクトにも参加している。

■ 先端ゲノミクス推進センター
学術分野における超大規模ゲノム情報研究推進の中核として先端ゲノミクス研究を進めるとともに、次世代型ゲノム情報解析パイプラインの提供等による共同利用・共同研究を推進する。

■ DDBJセンター
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) は論文や特許を通じて公知にされる塩基配列
データを網羅し、
世界公共財として維持管理する国際学術事業を、
米国のNCBIおよび欧州のENA/EBIとの協力体制で行っている。
また、
遺伝研スーパーコンピューターの設計・維持管理を行い、解析ツールや環境を広く提供するとともに巨大データを扱
うための技術や機器の評価を行い生命情報系の研究に貢献できるように努めている。

■ 情報基盤ユニット
研究所全体に関わる所内ネットワークの管理や情報セキュリティ対応支援などを行う。
運営については電子計算機委員会の下に行う。

■ マウス研究支援ユニット
マウスを用いた研究のサポートを目的として、施設管理と共に、マウス供与・胚凍結・
マウスクリーニング・トランスジェニックマウス作製などを行う。

10

Molecular genetic studies on chromosomal structure and function andmaintenance of its integrity.

The Radioisotope Center has facilities for biochemical experiments using
radioactive tracers. Irradiation treatment of 137Cs is also available.

■ Genetic Resource Center
The center develops, preserves forefront bioresources of various organisms,
and distributes them to domestic and overseas universities and institutes. The
related information is open to the public through the databases. The center
participates actively in “National BioResource Project (NBRP)” of MEXT of
Japan.

■ Advanced Genomics Center
This Center is planned to conduct most advanced genomic researches andto provide resources based on new-generation sequencing pipeline to thecommunity.

■ DDBJ Center
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) is a member of the international nucleotide
sequence database collaboration, with ENA/EBI in Europe and NCBI in USA as
the two other members. INSDC is an international academic project to coverand to maintain sequence data as public domains that are open to publicthrough the papers and patents. Also, through hosting the NIG supercomputer for public research use, the center strives to contribute to studies for
information biology in respond to the data deluge.

■ IT Unit
Responsible for the maintenance of computer network and information
security issues relevant to whole institute. The IT Unit will be operated under thesupervision of the Computer Committee.

■ Mouse Research Supporting Unit
In order to facilitate mouse research in NIG, the unit provides live mice, andundertakes experiments such as embryo freezing, in vitro fertilization, mousecleaning, and transgenic production.

研究系・研究センター等の概要／Outline of Departments, Research Centers and Experimental Farm

組織
Organization
運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General桂

勲アドバイザリーボード

KATSURA, Isao

Advisory Board

総合企画室

副所長

Office of Strategy Planning and CoordinationVice-Director

分子遺伝研究系

Molecular Genetics

変異遺伝研究部門
Mutagenesis

分子機構研究室

Molecular Mechanisms

Genetic Strains Research Center

深川竜郎

FUKAGAWA, Tatsuo

P12

哺乳動物遺伝研究室

Mammalian Genetics

山尾文明

YAMAO, Fumiaki

清野浩明

SEINO, Hiroaki

発生工学研究室

Mammalian Development

P13

マウス開発研究室

Mouse Genomics Resource

小型魚類開発研究室

細胞遺伝研究系

Model Fish Genomics Resource

Department of Cell Genetics

細胞遺伝研究部門
Cytogenetics

微生物遺伝研究部門
Microbial Genetics

小林武彦

P15

荒木弘之

P16

KOBAYASHI, Takehiko
ARAKI, Hiroyuki

植物遺伝研究室
Plant Genetics

原核生物遺伝研究室
Microbial Genetics

無脊椎動物遺伝研究室
Invertebrate Genetics

個体遺伝研究系

Department of Developmental Genetics

発生遺伝研究部門

Developmental Genetics

系統情報研究室

広海

健

P18

Genetic Informatics

清水

裕

P19

Genome Biology

岩里琢治

P20

川上浩一

P21

HIROMI, Yasushi
SHIMIZU, Hiroshi

形質遺伝研究部門
Neurogenetics

初期発生研究部門

Molecular and Developmental Biology

IWASATO, Takuji
KAWAKAMI, Koichi

生物遺伝資源情報研究室

生体高分子研究室

Biological Macromolecules

細胞建築研究室

Cell Architecture

進化遺伝研究部門

Evolutionary Genetics

斎藤成也

P23

明石

P24

SAITOU, Naruya

裕AKASHI, Hiroshi

多細胞構築研究室

Multicellular Organization

超分子構造研究室

Biomolecular Structure

遺伝子回路研究室
Gene Network

総合遺伝研究系

Department of Integrated Genetics

人類遺伝研究部門
Human Genetics

育種遺伝研究部門

Agricultural Genetics

脳機能研究部門
Brain Function

P26

Center for Information Biology

角谷徹仁

P27

DNA Data Analysis

平田たつみ

P28

KAKUTANI, Tetsuji
HIRATA, Tatsumi

遺伝情報分析研究室

細胞質遺伝研究部門

生理遺伝研究部門

Theoretical Genetics

Genome Informatics

マルコ , ジョン F.

P14

Research and Development of
Biological Databases

シェラット , デヴィト

P17

ロスステイン , ロドニー

P17

エンゲルト,フローリアン

P22

ファーロング, アイリーン

P22

SHERRATT, DavidENGERT, Florian

フォン ヘーゼラー , アーント

P25

龍

漫遠

P25

佐々木裕之

P29

マーチエンセン , ロブ A.

P29

von HAESELER, Arndt
LONG, Manyuan

応用遺伝研究部門

Applied Genetics

SASAKI, Hiroyuki

MARTIENSSEN, Rob A.
Center for Frontier Research
Molecular Function

運動神経回路研究室
Motor Neural Circuit

共生細胞進化研究室

Symbiosis and Cell Evolution

生態遺伝学研究室

Ecological Genetics

中心体生物学研究室
Centrosome Biology

酒井則良

P38

倉田のり

P39

仁木宏典

P40

上田

P41

SAKAI, Noriyoshi
KURATA, Nori
NIKI, Hironori

龍UEDA, Ryu

山﨑由紀子

P42

小原雄治

P43

前島一博

P44

木村

暁

P45

澤

斉

P46

YAMAZAKI, Yukiko
KOHARA, Yuji

MAESHIMA, Kazuhiro
KIMURA, Akatsuki
SAWA, Hitoshi

白木原康雄

P47

鈴木えみ子

P48

五條堀 孝

P49

SHIRAKIHARA, Yasuo
SUZUKI, EmikoGOJOBORI, Takashi

データベース運用開発研究室
遺伝子発現解析研究室

Gene-Expression Analysis

比較ゲノム解析研究室

Comparative Genomics

中村保一

P50

高木利久

P51

大久保公策

P52

藤山秋佐夫

P53

NAKAMURA, Yasukazu
TAKAGI, Toshihisa
OKUBO, Kosaku
FUJIYAMA, Asao

豊田敦

TOYODA, Atsushi
実験圃場

Experimental Farm

野々村賢一

NONOMURA, Ken-ichi

放射線・アイソトープセンター（共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center ）生物遺伝資源センター

P56

先端ゲノミクス推進センター

P60

DDBJ センター

P58

Genetic Resource Center

鐘巻将人

P30

平田普三

P31

宮城島進也

P32

情報基盤ユニット

北野

潤

P33

マウス研究支援ユニット

北川大樹

P34

KANEMAKI, Masato
HIRATA, Hiromi
MIYAGISHIMA, Shin-ya
KITANO, Jun

KITAGAWA, Daiju

P54Radioisotope Center

Advanced Genomics Center

新分野創造センター

分子機能研究室

大量遺伝情報研究室

P14

EARNSHAW, William C.

FURLONG, Eileen
理論遺伝研究部門

P37

遺伝子機能研究室

アーンショウ, ウィリアム C.

ROTHSTEIN, Rodney
Physiological Genetics

剛

Gene Function

MARKO, John F.
Cytoplasmic Genetics

小出KOIDE, Tsuyoshi

池尾一穂

Adjunct Faculty

核酸化学研究部門

P36

IKEO, Kazuho

客員研究部門Nucleic Acid Chemistry

相賀裕美子

SAGA, Yumiko

生命情報研究センター

井ノ上逸朗
INOUE, Ituro

P35

構造遺伝学研究センター

Department of Population Genetics
Population Genetics

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

Structural Biology Center

集団遺伝研究系

集団遺伝研究部門

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

系統生物研究センター

Department of Molecular Genetics

分子遺伝研究部門

五條堀 孝

GOJOBORI, Takashi

DDBJ Center

支援センター

Support Center
IT Unit

Mouse Research Supporting Unit

知的財産室

Intellectual Property Unit

鈴木睦昭

P55

総務企画課

P80

SUZUKI, Mutsuaki

技術課

Technical Section

管理部

4 月 1 日現在
as of April 1.

Department of Administration

General Affairs and Project Section

財務課

Financial Affairs Section

組織／Organization 11

染色体構造と機能
Structure and function of chromosomes in vertebrate cells
生物が生命を維持するためには、
ほぼ決まった時間周期で染色体の複製と分配が正確に行われなければなりません。
私たちの研究室では、
特に染色体分配についての研究を行っています。
細胞周期の S 期で複製された染色体は、
M 期では両極から伸びた紡錘体(糸)に捉えられ、娘細胞へと分配されます。
この際、紡錘体 ( 糸 ) が結合する染色体の特殊構造はキネトコア ( 動原体 )と呼ばれ、キネトコアの形成されるゲノム領域はセントロメアと定義されています。
私たちは、
セントロメアが規定され、キネ
トコアが正常に構築されるための分子機構やキネトコアと紡錘体微小管結合に関わる分子機構の解明を目指しています。
人工キネトコアの作成● ネオセントロメアの作出● キネトコアタンパク質の細胞構造生命科学● マウス初期胚発生におけるキネトコアタンパク質の役割●

The kinetochore plays a fundamental role in accurate chromosome segregation during mitosis and meiosis in eukaryotes.
Although chromosome segregation errors cause genetic diseases including some cancers, the mechanisms of how kinetochores interact with microtubules of the spindle apparatus
during cell division are not fully understood. To understand themolecular mechanism of chromosome segregation, we arefocusing on kinetochores and are trying to address how kinetochores are specified and assembled on centromere chromatin. In addition, we are analyzing how kinetochores correctly attach to microtubules. We are using molecular
genetics, cell biology, biochemistry, structural biology, andgenome biology to clarify kinetochore structure and function.
Generation of artificial kinetochores
Experimental generation of neocentromeres in cultured cells● Cellular and structural molecular biology on kinetochore proteins● Functional roles of kinetochore proteins during mouse early
development●●

Department of Molecular Genetics

図 ― 細胞周期の模式図。細胞分裂中期に紡錘糸と結合する染色体の特殊 Figure - Illustration of cell-cycle. Kinetochore is a special structure that binds to spindle microtubules during mitosis.
構造がキネトコア ( 動原体 ) である。

分子遺伝研究部門

Publications

Division of Molecular Genetics

深 川 研 究 室 Fukagawa Group

Hori, T., Shang, W.H., Takeuchi, K., and Fukagawa, T. (2013). The CCAN
recruits CENP-A to the centromere and forms the structural core for kinetochore assembly. J Cell Biol. 200 , 45-60.

http://www.nig.ac.jp/labs/MolGene/index.html

Nishino, T., Takeuchi, K., Gascoigne, K.E., Suzuki, A., Hori, T., Oyama, T., Morikawa, K., Cheeseman, I.M.and Fukagawa, T. (2012). CENP-T-W-S-X Forms a
Unique Centromeric Chromatin Structure with a Histone-like Fold. Cell 148 ,487-501.

分子遺伝研究系

Hori, T., Amano, M., Suzuki, A., Backer, C., Welburn, J.P., Dong, Y., McEwen,
B.F., Shang, W.H., Suzuki, E., Okawa, K., Cheeseman, I.M., and Fukagawa, T.
(2008). CCAN makes multiple contacts with centromeric DNA to provide
distinct pathways to the outer kinetochore. Cell 135 , 1039-1052.

深川竜郎 教授

博（理）FUKAGAWA, Tatsuo
D. Sci., Professor

12

堀

哲也 助教

博（農）

HORI, Tetsuya
D. Agr., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

西野達哉 助教

博（医）NISHINO, Tatsuya
D. Med., Assistant Professor

ユビキチン・システムによる細胞周期制御機構
Regulatory mechanisms of cell cycle by ubiquitin system
蛋白質の機能はその合成、
翻訳後修飾に加えて分解によって制御されています。
ユビキチン・プロテアソーム・システムは細胞内の蛋
白質分解制御において重要な役割を担っています。
ここ10年の間にユビキチン・プロテアソーム・システムが多岐にわたる生命現象に密接に関わることが明らかになってきました。
私はユビキチン・
プロテアソーム・システムと細胞機能、
特に細胞周期制御との関係を遺伝学的解析の方法の確立した分裂酵母を用いて解析しています。
現在、ユビキチン転移酵素に焦点を当て、細胞分裂期の進行に重要な機能を持つユビキチン転移酵素を２つ同定し、その機能を解析しています。
解析の結果、分裂期にユビキチン化される標的蛋白質である分裂期サイクリンが2段階反応でポリユビキチン化される可能性を示す新しい知見が明らかになってきました。

Functions of many proteins are regulated by synthesis, post–translational modification and proteolysis. Ubiquitin/proteasome system is one of important systems for proteolysis.
Recently it is found that ubiquitin/proteasome system wasinvolved in many biological phenomena. I study the relationship between ubiquitin system and cellular mechanisms, especially cell cycle using fission yeast. Now I am focusing to two
ubiquitin-conjugating enzymes that are essential for mitotic
transition and studying ubiquitin system involved in mitotic
transition.
The projects that we are carrying are below.
● Analysis of the regulation mechanisms of cell cycle by ubiquitin system using fission yeast● Establishment of the methods for comprehensive elucidationof networks of ubiquitin system

現在、以下のプロジェクトを行っています。
● 分裂酵母を用いたユビキチン・システムによる細胞周期制
御機構の解析
● ユビキチン・ネットワークの網羅的解明の方法の確立

Publications

分子機構研究室

Seino, H., Kishi, T., Nishitani, H., and Yamao, F. (2003). Two ubiquitin-conjugating enzymes, UbcP1/Ubc4 and UbcP4/Ubc11, have distinct functions for
ubiquitination of mitotic cyclin.Mol. Cell. Biol.23 ,3497-3505.

清野研究室 Seino Group

Molecular Mechanism Laboratory

清野浩明 助教

分子遺伝研究系

http://www.nig.ac.jp/section/seino/seino-j.html

Department of Molecular Genetics

図 ― 2つのユビキチン転移酵素変異株において類似した細 Figure - Mutant strains of two ubiquitin-conjugating
胞分裂期の進行異常が見られる。
（矢印は典型的な分裂期の enzymes exhibit similar abnormality in mitotic transition. (Arrows indicate the typical cells exhibiting
異常を起こした細胞を示す）
abnormal mitosis.)博（理）SEINO, Hiroaki
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 13

分裂期染色体の機能と構造に関する研究

DNA の作り出す高次構造の物理学

Studies of mitotic chromosome structure and function

Physics of large-scale DNA organization「分裂期染色体やキネトコアを構成する構造タンパク質に実体は何であるか?」「、キネトコア集合のためにクロマチンのエピジェ
ティック制御がどのようにはたらいているのか?」「、染色体パッセンジャー複合体（CPC）
が細胞分裂をどのように制御しているのか ?」の3つの研究プロジェクトを行なっている。
1つ目の課題では、Juri Rappsilber との共同研究によって、プロテオミクスとバイオインフォマティクスを融合させ、新規染色体タンパク質の機能同定や、クローン化されていない100近いキネトコアタンパ
ク質の同定に成功している。
2つ目の課題では、
人工染色体
（HAC）
のキネトコア上のヒストン修飾を解析することでヒストンH3のK4のメチル化がキネトコア維持に重要であることを見いだした。
3つ目の課題では、
遺伝学手法を用いて CPC の解析を行い、INCENPがAuroraBカイネースの活性を制御して、この活性の向上が細胞分裂の進行に必須であることを明らかにした。

細胞内でのゲノム DNA の読み見出し、修復、複製、分配のプロセスは、DNAの高次構造レベルでの再構築が関与しており、力学的な見地からのみ完全に理解できると考えられる。
私たちのグループでは、
DNA−蛋白質の相互作用やDNAの折り畳み構造を、
ナノメートルレベル･ピコニュートンレベルでの微細操作によって物理的に調べている。
具体的には「磁気ピンセット」
技術を用いて、蛋白質による DNA の折り畳みを力学的応答によって調べたり、１個の染色体を細胞の超微細顕微手術により単離し、微小な力学測定をおこなっている。
主な研究対象は，染色体の高次構造や、染色体に必須なSMC蛋白質複合体の機能、ヌクレオソームのダイ
ナミクス、
トポイソメラーゼやリコンビナーゼの作用機序、蛋白質のDNAに対する結合解離の速度論的解析などである。

We study three questions: What are the structural proteins of the mitotic
chromosome and kinetochore? How does chromatin provide an epigenetic landscape permissive for kinetochore assembly? How does thechromosomal passenger complex (CPC) regulate mitosis? In collaboration with Juri Rappsilber we used a novel approach combining proteomics, microarray and bioinformatic analyses to group known andunknown chromosomal proteins into functional clusters. We correctlypredicted the functions of two novel chromosomal proteins and predicted based on an unbiased machine-learning analysis that nearly 100
novel kinetochore proteins remain to be cloned. Epigenetic engineeringof the kinetochore chromatin environment in a synthetic human artificial
chromosome (HAC) revealed that the histone modification H3K4me2 isessential for kinetochore maintenance. H3K4me2 probably provides achromatin ‘memory” promoting low-level transcription of the kinetochore. Lastly, genetic studies of the CPC revealed that INCENP can act
as a rheostat to control the levels of Aurora B kinase activity and that
increasing levels of this activity are required during mitotic progression.

The processes by which chromosomes are read, repaired, duplicated and segregated in cells involve large-scale physical reorganizations that can only be fully understood in terms of driving
forces and mechanical responses. Our group is focused on theuse of nanometer-scale position and piconewton-scale force
measurements to analyze the interactions of proteins with DNA
and to study large-scale chromosome folding. We use singlemolecule “magnetic tweezers” techniques to analyze folding
and processing of individual DNA molecules by proteins via studies of response of protein-DNA complexes to forces and supercoiling, and we also isolate individual chromosomes using cell
microsurgery for micromechanical experiments. Main directions
for our research include studies of large-scale chromosome
structure, functions of SMC protein complex, dynamics ofnucleosomes in chromatin, mechanisms of topoisomerases andrecombinases, and kinetic pathways for protein binding, unbinding, and target search on DNA.

図 ― 左：ヒト分裂期染色体の微細操作。Sun et al, Phys. Biol. (2011). 右：48.5kb のラムダ
DNA 分子に結合した細菌の染色体蛋白質である gfp-Fis を磁気粒子で引っ張っている。Graham
et al, Nucl. Acids Res. (2011).
図 ― 左：Random Forest 解析によって染色体タンパク質 (赤)と非染色体タンパク質が分離している。
右および下の円図 : 約50の機能未知のタンパク質の局在をGFP 融合タンパク質として発現させ解析した結果、90% 以上の確率で Random Forest 解析で得られた予想と一致した。
RandomForest 解析は、
Rappsilber 研究室の imi-Carlo Bukowski-Wills によって行われた。

Figure - Left: Micromanipulation of human metaphase chromosome. Sun et al, Phys.
Biol. (2011). Right: 48.5 kb -DNA molecule bound by gfp-Fis, a bacterial chromosome
protein, pulled by magnetic particle. Graham et al, Nucl. Acids Res. (2011).

Figure - Left: Random Forest (RF) machine learning analysis separates training sets of chromosomal (red) from non-chromosomal (green) proteins. Right: Fifty unknown proteins run
through the RF analysis were cloned and tagged with GFP. This analysis has an >90% ability
to separate chromosomal from non-chromosomal proteins as shown in the pie charts(Lower). Random forest analysis performed by Jimi-Carlo Bukowski-Wills in the Rappsilber lab.

核酸化学客員研究部門 Division of Nucleic Acid Chemistry

核酸化学客員研究部門

Earnshaw 研究室 Earnshaw group

Marko 研究室 Marko Group

Division of Nucleic Acid Chemistry

客員研究部門Adjunct Faculty

http://markolab.bmbcb.northwestern.edu/marko/

アーンショウ , ウィリアム C.

マルコ , ジョン F.

EARNSHAW, William C.
Visiting Professor (Principal Research Fellow of the Wellcome Trust, Professor of Chromosome Dynamics, The University of Edinburgh)

MARKO, John F.
Visiting Professor (Professor, Departments of Molecular Biosciences and Physics & Astronomy, Northwestern University, Evanston IL)

客員教授（ウエルカムトラスト主任研究者、エジンバラ大学教授）

14

研究活動／Research Activities

客員教授（米国ノースウェスタン大学教授）

若返りの分子生物学
Molecular Biology of Rejuvenation
生物は世代交代を繰り返しながら生命の連続性を維持しています。その過程で、それぞれの個体は老化し細胞のほとんどは死んでしまいますが、生殖細胞や幹細胞といった細胞を生み出す元となる細胞は生き延び、種の維持、個体の再生に働いています。当研究室ではこのような「死なない」細胞の維持機構
を、ゲノムに注目し研究しています。
ゲノムは生物のデザインを決める地球上でもっとも重要な「情報」です。しかし真核細胞のゲノムには時間とともに壊れてしまう領域が存在します。染色体の末端のテロメア配列やゲノムの約10% を占めるリボソーム RNA 反復遺伝子（rDNA）
はその代表例です。当研究室の最近の研究により「死なない」
細胞では、そのような「壊れやすい」領域が重点的に修復されて、細胞の「若返り」に貢献していることを発見しました。

●

Mechanisms to maintain the genome stability
Molecular mechanisms of cell regeneration

Figure - The Moment of Rejuvenation
The budding yeast divides asymmetrically. The daughter
cell (left, smaller) rejuvenates and immortalizes. While, themother cell (right, bigger) ages by cell division. The circles
on the mother are scars that are traces of budding.

Publications

細胞遺伝研究部門

Ide, S., Saka, K., and Kobayashi, T. (2013). Rtt109 prevents hyper-amplification of ribosomal RNA genes through histone modification in budding yeast.
PLoS GENET. 9 (4) : e 1003410

小林研究室 Kobayashi Group

Division of Cytogenetics

http://www.nig.ac.jp/labs/CytoGen/index.html

Ide, S., Miyazaki, T., Maki, H., and Kobayashi, T. (2010). Abundance of ribosomal RNA gene copies maintains genome integrity. Science 327 , 693-696.
Ganley, A.R.D., Ide, S., Saka, K., and Kobayashi, T. (2009). The effect of replication initiation on gene amplification in the rDNA and its relationship toaging. Molecular Cell 35 , 683-693.

小林武彦 教授理博

KOBAYASHI, Takehiko
D. Sc., Professor

飯田哲史 助教

博士（理学） 赤松由布子 助教 博士（理学）IIDA, Tetsushi
D. SC.,Assistant Professor

AKAMATSU, Yufuko
D. SC.,Assistant Professor

研究活動／Research Activities 15

Department of Cell Genetics

図 ― 若返りの瞬間
出芽酵母は分裂時に若返りを起こし、再生された娘細胞を生み出します（左下の小さい細胞）。一方母細胞（右上の大きい細胞）は分裂の度に老化が進み約20回の分裂後死んでしまいます。母細胞の丸い輪は娘細胞を生んだ痕で「スカー」と呼ばれています。

●

細胞遺伝研究系

主な研究テーマ● ゲノムの安定性維持機構● 細胞再生の分子機構

Organisms are alternating generations and maintaining their
species. During the period, though most cells age to die,some of them, such as germ line and stem cells, survive andmaintain their species and individuals (“long-life cells”). We
study how those cells “rejuvenate” and keep the integrity ofgenome.
Genome is the most important information on the earth thatd ete r m i n es th e d es i g n of l i fe. I n eu ka r yot i c ce l l s, th e
genome has several “fragile” sites that are especially unstable. The ribosomal RNA gene repeat (rDNA) is the biggest
one. The repeat occupies ~10% of yeast genome. Recently,
we found that in the “long life” cells the rDNA repeat is intensively repaired and the capability of cell division is recovered.

真核生物染色体の DNA 複製機構とその細胞周期による調節
Molecular mechanism of eukaryotic DNA replication in the cell cycle
真核生物の染色体 DNA は、細胞周期のＳ期に一度だけ正確に複製され、娘細胞に分配されます。この機構により、遺伝情報は親から子に過不足無く正確に伝わります。真核生物のDNA 複製は、染色体上に散在する複数の場所から開始し、その開始が細胞周期により厳密に制御されています。しかし、染色体 DNA 複製の開始がどのように行われ、どうしてＳ期のみに複製されるのか、その詳細はよく分かっていません。
本研究室ではこの問題に答えるため、出芽酵母を真核生物のモデル系として、染色体 DNA 複製機構とその制御の研究を行っています。
試験管内複製系を用いた複製開始機構の研究
染色体構造による複製開始制御機構の研究● 複製開始のタイミング制御の研究● 複製開始の細胞周期による制御機構の研究● 複製と細胞周期チェックポイントに関する研究●●

Eukaryotic chromosome DNA is replicated exactly only once
per cell cycle and segregated to daughter cells. This processensures cells to transmit accurate genomic information to theirprogeny. Eukaryotic DNA replication initiates from multiple sites,
called replication origins, scattered throughout chromosomes
and this initiation process is strictly regulated by the cell cycle.
However, molecular mechanism of DNA replication and its regulation in eukaryotic cell cycle have not been well elucidated.
To approach this subject, we have isolated novel replication
factors of budding yeast and analyzed their functions.
Study on molecular mechanism of the initiation of DNA replication using in vitro DNA replication system● Study on the chromosome structures affecting the initiation of
DNA replication.
● Study on regulation of the initiation timing of replication origins● Study on regulatory mechanism of the initiation of DNA replication by the cell cycle● Study on the relationship between DNA replication and the cell
cycle checkpoints●

Department of Cell Genetics

図 ― 出芽酵母の染色体DNA複製に関与するタンパク質の機 Figure - We have analyzed the proteins related to
能を、
遺伝学的・生化学的手法さらには原子間力顕微鏡などに chromosomal DNA replication of budding yeast using
genetics, biochemistry, atomic force microscopy andよる解析により明らかにしようとしている。
so on, to understand their functions.

微生物遺伝研究部門 Division of Microbial Genetics

Publications

荒 木 研 究 室 Araki Group

Tanaka, S., Nakano, R., Katou, Y., Shirahige, K., and Araki, H. (2011). Origin
association of Sld3, Sld7, and Cdc45 proteins is a key step for determination of origin-firing timing. Curr. Biol. 21 , 2055-2063.

http://www.nig.ac.jp/labs/MicGen/index.html

Tanaka, T., Umemori, T., Endo, S., Muramatsu, S., Kanemaki, M., Kamimura,Y., Obuse, C., and Arak i, H. (2 011). Sld7, an Sld3 - associated protein
required for efficient chromosomal DNA replication in budding yeast.
EMBO J. 30 , 2019–2030.

細胞遺伝研究系

Muramatsu, S., Hirai, K., Tak, Y-S., Kamimura, Y., and Araki, H. (2010). CDKdependent complex formation between replication proteins, Dpb11, Sld2,
Polε and GINS in budding yeast. Genes & Dev. 24 , 602-612.

荒木弘之 教授
ARAKI, Hiroyuki
D. Sc., Professor

16

理博

田中誠司 助教

博（理）TANAKA, Seiji
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

日詰光治 助教博（理）HIZUME, Kohji
D. Sc., Assistant Professor

バクテリア染色体の細胞内動態

DNA 損傷応答の動的変化と遺伝学的制御

Bacterial chromosome dynamics

Choreography and genetic control of the DNA damage
response

バクテリアの染色体構造の分子機構の理解を進め、DNA複製、
修
復、
組換さらに分配や細胞分裂とどのように関連しているか研究している。
高解像度の生細胞のイメージング法により、細胞内でのタンパク質や DNA の動きを検出し、生化学的な研究とも合わせて分子の機能を明らかにしてきた。
最近の研究では、DNA複製に伴う DNA 複製装置の染色体上での動きを明らかにしている。
またDNA複製装置内のタンパク質分子の化学量的関係を決定し複製時の回転率を決定することにも成功している。
また、切断されたDNAの組換え時の動きや染色体凝集因子であるMukBEF複合体の研究も行っている。

我々の研究室ではDNA損傷の認識とその修復のメカニズムの解明を目指しています。
この修復メカニズムは放射線被爆等によるダメージから、癌を引き起こす可能性がある DNA の改変が生じるのを防ぐ働きがあります。
DNA がダメージを受けると細胞内に修復に関わるタンパク質が「集合体」を形成します。
この集合体
はDNA複製や分配時に自然に生じる障害によっても形成されます。
我々はこの修復に関わるタンパク質「集合体」の動態について生細胞中で解析しています。

Our mission is to understand the molecular processes that determine chromosome organization in bacteria and how these
relate to DNA replication, repair and recombination, and tochromosome segregation and cell division. We use high-resolution live-cell imaging, alongside systems that allow us to rapidly
deplete or produce given proteins within living cells. Alongside invivo studies, we use in vitro biochemical and biophysical analyses that allow us to relate the biochemical activity of individual
molecular machines to their in vivo function.
Our recent work has shown that the DNA replication machinerytracks around the chromosome as replication proceeds, with initiation occurring wherever origins are placed in a cell. We havebeen able to determine the stoichiometry of the replisome components and to determine the turnover of these components as
replication proceeds. By introducing a site-specific double strand
break into DNA into one of two segregated sisters, we trace thesteps as the broken ends are processed by RecBCD and RecA
and the cut sister moves directionally to its intact sister, thereby
allowing completion of homologous recombination. Finally, we
are revealing the molecular mechanism by which the SMC complex, MukBEF, acts in chromosome segregation.

図 ― 図A DNAポリメレースIとDNAリガーゼのそれぞれ１分子の大腸菌細胞内での動きのトレース。
図B 相同組換えによるDNA 鎖切断の修復。
相同染色体遺伝子座（赤）, 相同対形成を行なっている
RecAタンパク質（緑）
図C 複製起点と会合して固定化しているMukBEF複合体(右と中央)、
自由に拡散している分子の動
きのトレース。
Figure - A. PALM tracks of single molecules of DNA polymerase 1 and ligase in live E. coli ,
diffusing rapidly before binding to a DNA lesion and subsequent release. - B. Doublestrand break repair by homologous recombination using SIM. Red; sister loci. Green; RecA
promoting sister pairing. - C. PALM imaging of immobile MukBEF complexes associatedwith the replication origin (centre and right) and rapidly-diffusing molecules (left).

細胞質遺伝客員研究部門

Division of Cytoplasmic Genetics

Sherratt 研究室 Sherratt GroupOur goal is to study of mechanisms underlying recognition &repair of DNA damage. These responses help control DNA rearrangements, which may occur after genomic insults from free
radicals, natural radiation or radiation administered to fightcancer. Unfortunately, radiation-induced rearrangements often
stimulate new neoplasias. The cellular response to induced DNA
damage is the localization of checkpoint, repair and recombination proteins to distinct foci. These foci also form spontaneously during DNA synthesis & segregation suggesting that cells
deal with DNA damage during normal cell cycles likely in an
attempt to repair replication errors and other natural insults tochromosomal DNA. We have been studying the formation anddisassembly of repair/recombination foci using Saccharomyces
cerevisiae using time-lapse microscopy of multi-labeled cellularcomponents in living cells.

図 ― DNA ダメージによる染色体の動態変化
赤と黄色の線は１５分間に染色体が動いた軌跡を示しています。(A) 染色体切断（ダメージ）な
し：染色体は核容積の3% 程度の小さな動きしか示しません。(B) １〜４個の DNA 切断が入ると染色体は核容積の11% を動き回るようになります。(C) 約２０個の DNA 切断が入ると染色体は核の中をまんべんなく広範囲に渡って動き回るようになります。このようにダメージを受けた染色体は組換え修復の「相手」探してはげしく動きまわるようになります。白線は1µm。
Figure - Dynamics of chromosome V loci as a function of the number of DSBs. Thelines indicate 2-D projections of the trajectories of the two loci during ~15 minutes.
(A) No DSBs: the loci are distant & explore only 3% of the nuclear volume. (B) 1 to 4
DSBs: mobility increases & each locus explores 11% of the nuclear volume. (C) 20
random γ-irradiation-induced DSBs: loci explore almost the entire nuclear volume& their trajectories overlap. The scale is 1µm.

細胞質遺伝客員研究部門

Division of Cytoplasmic Genetics

Rothstein 研究室 Rothstein Group
http://www.rothsteinlab.com/

シェラット , デヴィト

ロスステイン , ロドニー

SHERRATT, David
Visiting Professor (Professor, Oxford University)

ROTHSTEIN, Rodney
Visiting Professor (Professor, Columbia University Medical Center)客員教授（オックスフォード大学教授）

客員教授（コロンビア大学教授）

研究活動／Research Activities 17

客員研究部門Adjunct Faculty

http://www.bioch.ox.ac.uk
http://www2.bioch.ox.ac.uk/sherrattlab/

器官構築の発生遺伝学
Developmental genetics of organogenesis
個体発生は受精卵がゲノム情報をもとに複雑な生物個体へと自律的に変化していく高度に秩序立った過程です。
私たちはこの神秘的な現象の本質的理解に貢献すべく、
以下のような研究を行っています。 1. 神経系では神経細胞同士が長い突起を介して連結し、情報を交換しあっています。
私たちは神経細胞の突起が目には見えない「節」
により区画化されていることを明らかにしました（図A）。
この突起区画化が神経回路構築に果たす役割について調べています。 2. いくつかの器官には「幹細胞」と呼ばれる特別な細胞が存在し、寿命や損傷により失われた細胞に代わる新たな細胞を生み出して器官を維持しています。
私たちは生殖巣を例に、通常の細胞からこの特殊な細胞が確立される機構を解析しています（図B）。
3. 組織や器官の構築過程では、個々の細胞は内的要因や外部環境に起因した様々な力学的影響にさらされています
（図C）
。
これら
力学的作用が個体発生に及ぼす影響について研究しています。

Construction of an organ requires a number of cellular events,
such as proliferation, regional specification, and cell shapechange. We are analyzing how the genomic information
orchestrates these events, to discover new principles of organogenesis. 1. Cell-cell communication in the nervous system isachieved by long neurites. We discovered that neurites are
subdivided into distal and proximal compartments, each containing distinct membrane proteins (Figure A). We study how
such compartmentalization contributes to neural network formation. 2. Organ maintenance depends on “stem cells” that
supplies differentiating cells throughout animal life. We study
how stem cells are established during gonadogenesis of the
Drosophila ovary (Figure B). 3. During organogenesis individual
cells are continuously exposed to physical forces of intrinsic
and extrinsic origin (Figure C). We study how such forces
affect and contribute to animal development.

Department of Developmental Genetics

図 ― (A) 神経細胞。軸索が区画化されている。(B) 正常卵巣 Figure - (A) An isolated neuron in culture. The axonと幹細胞が形成されない突然変異体の卵巣。(C) 複眼の構 is subdivided into two compartments. (B) A normal
造（上）と力学モデルに基づいたシミュレーション結果（下）。 ova r y and a mutant ova r iole lack ing ger ml ine
stem cells. (C) The surface structure of the compound eye and its computer simulation.

発生遺伝研究部門

Publications

Division of Developmental Genetics

広 海 研 究 室 Hiromi Group

Matsuoka, S., Hiromi, Y., and Asaoka, M. (2013). Egfr signaling controls the sizeof the stem cell precursor pool in the Drosophila ovary . Mech. Dev. in press

http://www.nig.ac.jp/labs/DevGen/hiromi.html

Katsuki, T., Ailani, D., Hiramoto, M., and Hiromi, Y. (2009). Intra-axonal patterning: intrinsic compartmentalization of the axonal membrane in Drosophila neurons. Neuron 64 , 188-199.

個体遺伝研究系

Hiramoto, M., and Hiromi, Y. (2006). ROBO directs axon crossing of segmental boundaries by suppressing responsiveness to relocalized Netrin. Nature
Neuroscience 9 , 58-66.

広海

健 教授

HIROMI, Yasushi
D. Sc., Professor

18

理博

浅岡美穂 助教

博（理）ASAOKA, Miho
D. Sc., Assistant professor

研究活動／Research Activities

林

貴史 助教

博（理）

HAYASHI, Takashi
D. Sc., Assistant professor

ヒドラにおける自律神経系の同定
Identification of Autonomic Nervous System of Hydra
刺胞動物は神経系をもつもっとも原始的な生き物であるが、脳と呼べる部分はないと考えられている。
つまり、神経系の出現から脳の出現までにかなりの時間を要したというのが定説である。
我々は、ヒドラの行動解析（図１）
を通して、ヒドラにはすでに脳の構成要素の一つである自律神経系がそなわっている可能性を示唆する結果を得た。
自律神経系は生命の維持にとって重要であるが、
その機能のひとつが外界からのストレスの認知と、ストレスに対する応答である。
ヒドラにストレスを与えた場合にそれに応答する神経系の場所を同定する試みをおこなっているが、現時点で明らかになった場所はヒドラの足に近い柄部である。
柄部にはいくつかの種類の神経ペプチドが局在する（例、
図２）
ことが過去に報告されているが、その機能についてはよくわかっていない。
我々は、これらの神経ペプチドにはヒトでいうアドレナリンやアセチルコリンのようなはたらきをするものが含まれていると考え解析を始めている。

2

図 ― 図１ ヒドラの首振り運動 この運動をはじめとした
ヒドラの行動や、ストレスへの応答は柄部神経系によって制御されていることが最近明らかになった。
図２ ヒドラの柄部における神経ペプチド Hym-176 の局在（Yum et al., 1998 より引用）

Figure - Fig. 1 Wobbling movement of hydra. The
movement is affected by environmental stress and theprocess is regulated by nervous system in the peduncle of the animal.
Fig. 2 Localization of a neuropeptide Hym-176 in thelower peduncle (Yum et al., 1998).

Publications

発生遺伝研究部門

Kawaida, H., Ohba, K., Koutake, Y., Shimizu, H., Tachida, H., and Kobayakawa, Y. (2013). Symbiosis between hydra and chlorella: molecular phylogenetic analysis and experimental study provide insight into its origin andevolution. Mol. Phylogenet. Evol. 66, 906-914.

清水研究室 Shimizu Group

Division of Developmental Genetics

http://www.nig.ac.jp/labs/OntoGen/home.html

Takaku, Y., Shimizu, H., Takahashi, T., and Fujisawa, T. (2013). Subcellular
localization of the epitheliopeptide, Hym-301, in hydra. Cell Tissue Res. 351,
419-424.

清水裕 助教

個体遺伝研究系

Shimizu, H. (2012). Transplantation analysis of developmental mechanisms in
Hydra. Int. J. Dev. Biol. 56, 463-472.

Department of Developmental Genetics

1

Cnidaria is the most primitive phylum that has nervous system.
However, since no structure has been identified as the brain, it
is widely accepted that it took so many years for the nervous
system to develop brain structure and function. From extensive
behavioral analysis in hydra (Fig. 1), we obtained evidence
that hydra nervous system possesses a function of autonomic
nervous system (ANS). ANS plays crucial roles for homeostasis
and one of the functions of ANS is to perceive environmental
stress and to respond to the stress. We tried to identify the nervous system that shows stress response and found evidence
that the system is localized in the peduncle region. Former
studies identified neuropeptides that are localized in thepeduncle region (Fig. 2) although their functions remain
unknown. We hypothesize that the neuropeptides play comparable roles to epinephrine and Ach in human ANS and are
currently undertaking functional assays of the neuropeptides.

工博

SHIMIZU, Hiroshi
D. Eng., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 19

マウスを用いた神経回路発達の分子から個体までの統合的解析
Neuronal circuit development and function in the mouse brain
哺乳類の脳がもつ高度な情報処理能力の基盤となるのは，複雑でありながら精緻に構築された神経回路です。その発達と機能を、分子から動物個体まで統合的に理解することを目的に、最先端のマウス遺伝学に、in vivo イメージング（2光子励起顕微鏡）、子宮内胎仔脳電気穿孔法、行動解析、組織学など幅広
い技術を適用し解析をすすめています。

To understand development of complex yet sophisticatedneuronal circuits underlying higher brain function of mammals,
integrative studies which cover from molecules to whole animals are indispensable. By taking advantage of mouse
genetic and related technologies, we are studying mechanisms of development and function of mammalian neuronal
circuits.

主に、
以下の二つの相互に関連したテーマに取り組んでいます。

Specific Aims:
In the mouse somatosensory cortex, formation and refinementof neuronal circuits which connect the peripheral sensory
organ and cortex can be detected morphologically as "barrel" patterning. We are studying molecular mechanisms of barrel patterning as a model of activity-dependent circuit maturation by using mouse genetics and related technologies.
● We previously identified α-chimerin as a key signaling molecule in axon guidance of motor-circuits. We are currently
studying roles of α-chimerin in various aspects of neuronal
circuit development such as axon guidance, synapse formation and activity-dependent circuit refinement.
●

脳の正常な発達には、子どもの時期に外界から適切な刺激を受けることが重要です。
その仕組みの分子、細胞レベルでの解明に、マウス体性感覚野にみられる特徴的な組織学的構造である「バレル」
をモデルとして取り組んでいます。
● 我々は以前、
ミッフィー突然変異マウスの発見を契機とする一連の解析により、
αキメリンが運動系神経回路の形成において重要な役割を担うことを見つけました。
その後の解析で、αキメリンが（運動系に限定されない）
脳の発達や機能の幅広い局面
において重要な働きをすることが明らかになってきています。
●

Department of Developmental Genetics

図 ―（A）
マウス大脳皮質第4層切片のCO染色。
体性感覚地図（青線）のヒゲ対応領域(wp)に見える斑点が「バレル」。
1個のバレルは1本のヒゲからの入力のみを受ける。
（B）
大脳皮質特異的にCre 組換え酵素を発現するマウスの開発。
（C）
αキメリン変異マウス（ miffy ）は，運動系神経回路が左右混線しているため，両足をそろえて歩く。

形質遺伝研究部門

Division of Neurogenetics

岩 里 研 究 室 Iwasato Group
http://homepage3.nifty.com/iwasato/

Figure - (A)Barrels are visible in the whisker pad (wp) representation areaof the somatosensory cortex (blue line). A CO-stained tangential sectionof the cerebral cortex layer 4. Lower jaw (lj), forepaw (fp) and hind paw(hp) representation areas are shown.
(B)Cre-mediated cortex-specific gene manipulation.
(C)A hopping gait of α-chimerin mutant ( miffy ) mouse.

Publications
Iwasato, T., Inan, M., Kanki, H., Erzurumlu, R.S., Itohara, S., and Crair, M.C.
(2008). Cortical adenylyl cyclase 1 is required for thalamocortical synapse
maturation and aspects of layer IV barrel development. J. Neurosci. 28 ,5931-43.

個体遺伝研究系

Iwasato, T., Katoh, H., Nishimaru, H., Ishikawa, Y., Inoue, H., Saito, Y.M., Ando,R., Iwama, M., Takahashi, R., Negishi, M. and Itohara, S. (2007). Rac-GAP
α-chimerin regulates motor-circuit formation as a key mediator of ephrinB3/
EphA4 forward signaling. Cell 130 , 742-753.

20

岩里琢治 教授 理博

水野秀信 助教

IWASATO, Takuji
D. Sc. Professor

MIZUNO, Hidenobu
D. Sc. Assistant Professor

研究活動／Research Activities

博（理）Iwasato, T., Datwani, A., Wolf, A.M., Nishiyama, H., Taguchi, Y., Tonegawa,
S., Knöpfel, T., Erzurumlu, R.S. and Itohara, S. (2000). Cortex-restricted disruption of NMDAR1 impairs neuronal patterns in the barrel cortex. Nature 406 ,
726-731.

ゼブラフィッシュを用いた高次生命現象の遺伝学的解析
The genetic basis of development and behaviors in zebrafish
小型熱帯魚ゼブラフィッシュ（Danio rerio ）は、脊椎動物の発生・器官形成・行動等の高次生命現象を遺伝学的に研究するための優れたモデル動物です。
我々は、メダカ由来のTol2 因子が自律的トランスポゾンである
ことを明らかにし、
Tol2 を用いた効率の良いトランスジェニッ
クゼブラフィッシュ作製方法の開発に成功しました。
さらに、遺伝子トラップ法・エンハンサートラップ法・Gal4-UAS法の開発に世界に先駆けて成功してきました。
これらの方法により、特定の組織・細胞・器官で任意の遺伝子を自在に発現させ、組織・細胞・器官を可視化する、あるいは機能操作することを可能にしてきました。
我々はこれらの方法を駆使して、脊椎動物の行動・学習・記憶などを制御する神経回路、分子メカニズムを明らかにする研究に取り組んでいます。
中枢神経系の特定の神経回路の可視化、
それらの機能阻害と行動解析、神経活動のカルシウムイメージン
グなどの研究を精力的に行っています。

Zebrafish is an excellent model vertebrate because of highfecundity, rapid embryonic development, transparency at theembryonic and larval stages. We identified an autonomous
member from the medaka fish Tol2 transposable element, anddeveloped a highly efficient transgenesis method for the firsttime in zebrafish. Further, we successfully developed the genetrap and enhancer trap methods and the Gal4-UAS method.
By using these methods, we created a large number of transgenic fish that express the yeast Gal4 transcription activator in
specific cells, tissues and organs. These transgenic fish arevaluable resources for the studies of developmental biology
and neuroscience. We are applying these methods to study
functional neuronal circuits. Currently, we are analyzing thestructure and function of specific neuronal circuits that regulate locomotion, learning and memory. Also, we visualize neuronal activity during animal’s behaviors by calcium imaging to
identify functional neuronal circuits in the brain.

初期発生研究部門 Division of Molecular and Developmental Biology

Muto, A., Ohkura, M., Abe, G., Nakai, J., and Kawakami, K. (2013). Real-Time
Visualization of Neuronal Activity during Perception. Current Biology 23 ,307–311.

川上研究室 Kawakami Group

Muto, A., Ohkura, M., Kotani, T., Higashijima, S.-i., Nakai, J., and Kawakami,
K. (2011).Genetic visualization with an improved GCaMP calcium indicator
reveals spatiotemporal activation of the spinal motor neurons in zebrafish.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108 , 5425-5430

http://kawakami.lab.nig.ac.jp/

Asakawa, K., Suster, M.L., Mizusawa, K., Nagayoshi, S., Kotani, T., Urasaki, A.,
Kishimoto, Y., Hibi, M., and Kawakami, K. (2008). Genetic dissection of neuralcircuits by Tol2 transposon-mediated Gal4 gene and enhancer trapping inzebrafish. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105 , 1255-1260.

川上浩一 教授理博

KAWAKAMI, Koichi
D. Sc., Professor

浅川和秀 助教

博（理）ASAKAWA, Kazuhide
D. Sc., Assistant Professor

武藤

彩 助教

博（理）

MUTO, Akira
D.Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 21

個体遺伝研究系

Publications

Department of Developmental Genetics

図 ― 遺伝子トラップ・エンハンサートラップ法による細胞・ Figure - GFP expression in specific cells, tissues and組織・器官特異的 GFP 発現。
（ 左上）骨格，（ 右上）表皮上の organs by gene trapping and enhancer trapping.
(upper, left) skeleton, (upper, right) cells on the skin,細胞，（ 左下）血管，（ 右下）感覚神経。
(lower, left) blood vessels, (lower, right) sensory neurons.

行動を制御する神経回路研究

発生における転写調節ネットワーク

Neuronal circuits controlling innate behaviors

Transcriptional control during development

我々の研究室の目的は、ゼブラフィッシュ稚魚をモデルシステム
として、視覚によって誘起される行動を制御する神経回路を網羅的に同定し、
解析することです。
この目的のため、
我々は一連の視覚によって誘起される行動アッセイ系を構築し、定量的に各々の運動の構成成分を解析しています。
このアッセイ系において、我々は覚醒時の無傷な状態の稚魚の脳全体の神経活動を観察することができます。
さらに研究が進んだ目的は、行動に変化が生じたときに、どのような変化がその基盤となる神経活動に生じるかを明らかにすることです。

個体発生を駆動するのは、
時間・空間的に決まった複雑なパターン
でおこる遺伝子発現です。
遺伝子発現は、遺伝子のcis調節領域にシグナルや転写ネットワークが集約されることで開始されます。
エンハンサーの機能解明は多細胞生物の発生とその進化を理解するうえできわめて重要です。
私たちは、
ショウジョウバエをモデル系に使って、胚発生における
細胞運命の決定を司る転写の調節原理を明らかにすることを目指しています。
そのために、
エンハンサーの作用機構や転写因子の分布がクロマチン状態をどのように規定するかを研究し、遺伝子調節ネットワークが発生を制御する機構やネットワークに加えられた摂動が発生に与える異常を解析しています。
遺伝的手法に機能
ゲノミックスや数理生物学的手法を組み合わせ、転写や発生の進行を予言する事を可能にするモデルを作成しています。

The general goal of my laboratory at present and in the intermediate future is the development of the larval zebrafish as amodel system for the comprehensive identification and examination of neural circuits controlling visually induced behaviors.
To that end we have established and quantified a series of visually induced behaviors and we now analyze their individual
resulting motor components. Using these assays we can monitor
neuronal activity throughout the fish brain in an awake andintact preparation. An extended goal is the study of howchanges or variations in the behavior are reflected in changes
in the underlying neuronal activity.

図 ― 遺伝学的にコードされたカルシウムインディケーターを脳全体で発現するゼブラフィッ
シュ稚魚の顕微鏡画像。通常の蛍光顕微鏡画像の左半分に、二光子レーザー走査顕微鏡による画像を重ね合わせている。
Figure - Photomicrograph of a larval zebrafish that expresses a genetically encoded
calcium indicator in all neurons. A single plane, imaged in the same fish with a twophoton laser-scanning microscope, is superimposed on the left hemisphere.

Development is driven by complex patterns of gene expression
at precise times and spatial domains. Although a number of
mechanisms fine-tune expression states, it is initiated through the
integration of signalling and transcriptional networks converging
on cis-regulatory enhancer elements. Understanding how
enhancers function is therefore central to understanding metazoan development and evolutionary change.
The aim of our research is to understand the underlying regulatory principles of transcription driving cell fate decisions during
embryogenesis, using Drosophila as a model system. This
includes studies of the mechanism of enhancer function andthe interplay of transcription factors and chromatin state, as well
as studies of how gene regulatory networks control development and how network perturbations lead to specific phenotypes. To address this we integrate functional genomic, genetic
and computational approaches to make predictive models oftranscription and developmental progression.

図 ― A: エンハンサー上の転写因子の分布 , B: エンハンサー活性 (GFP レポーターの発現 ),C: ネットワーク活性
Figure - A: Enhancer occupancy by transcription factors, B: Enhancer activity (GFP
reporter expression), C: Network activity

生理遺伝客員研究部門 Division of Physiological Genetics

生理遺伝客員研究部門

Engert 研究室 Engert group

Furlong 研究室 Furlong Group

http://labs.mcb.harvard.edu/engert/

http://furlonglab.embl.de/

エンゲルト , フローリアン

ファーロング , アイリーン

ENGERT, Florian
Visiting Professor (Harvard University)

FURLONG, Eileen
Visiting Professor (Joint Head of Unit and Senior Scientist, EMBL)

客員研究部門Adjunct Faculty

Division of Physiological Genetics

客員教授（ハーバード大学）

22

研究活動／Research Activities

客員教授（EMBL ゲノム生物学ユニット長）

ゲノムレベルにおける生物進化
Evolution of organisms at genomic level
生物の進化をゲノムレベルでコンピュータ解析と実験の両面から研究しています。
特にヒトにいたる霊長類と哺乳類の進化に焦点をあてています。

We study evolution of organisms at the genomic levels
through computer analyses and wet experiments. We areparticularly interested in primate and mammalian evolution
toward human.

哺乳類や植物において進化的に保存された非コード領域の解析● 古代ＤＮＡ解析をふくめた、さまざまの人類集団の遺伝的近縁関係の推定● 高速で大規模な多重整列を行なうシステム MISHIMA の開発● 哺乳類個体遺伝子導入実験による転写調節領域進化の解析● その他：ABO 式およびRh式血液型遺伝子の進化、
重複遺伝子
の進化、
霊長類近縁種間での遺伝子流入●●

Analysis of genome evolution: We study lineage-specific evolutionary changes at different levels of organism groups, suchas vertebrates, mammals, primates, and human.
● DNA analysis of human populations: We study genetic affinities of modern humans with special reference to those in
Asia. We also proceed ancient DNA analysis.
● Development of nucleotide sequence analysis methods: We
developed new system MISHIMA which can multiply alignmany bacrterial genome-size sequences.
● Evolution of developmental regulation: We are studying evolution of cis- control elements by sequence analysis and genetransfer experiments of large scale genomic clones.
● Other themes: blood group gene evolution, duplicatedgene evolution, and analysis of introgression between
closely related primate species.

集団遺伝研究部門

Matsunami, M., and Saitou, N. (2013). Vertebrate paralogous conserved
non-coding sequences may be related to gene expressions in brain.
Genome Biol. Evol. 5 , 140-150.

斎藤研究室 Saitou Group

Japanese Archipelago Human Population Genetics Consortium [Jinam, T.,
Nishida, N., Hirai, M., Kawamura, S., Oota, H., Umetsu, K., Kimura, R., Ohashi,J., Tajima, A., Yamamoto, T., Tanabe, H., Mano, S., Suto, Y., Kaname, T., Naritomi, K., Yanagi, K., Niikawa, N., Omoto, K., Tokunaga, K., and Saitou, N.](2012). The history of human populations in the Japanese Archipelagoinferred from genome-wide SNP data with a special reference to the Ainu
and the Ryukyuan populations. J. Hum. Genet. 57 , 787-795.
Sumiyama, K. and Saitou, N. (2011). Loss-of–function mutation in a repressor
module of human-specifically activated enhancer HACNS1. Mol. Biol. Evol.
28 , 3005-3007.

Division of Population Genetics

http://www.saitou-naruya-laboratory.org

斎藤成也 教授

博（理）

SAITOU, Naruya
Ph. D., D. Sc., Professor

隅山健太 助教博（理）SUMIYAMA, Kenta
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 23

集団遺伝研究系

Publications

Department of Population Genetics

図 ― ゲノム規模 SNP データにもとづく日本列島３集団と Figure - Genetic affinity of three human populations inJapanese Ar chipelago and Chinese based on
中国人の遺伝的近縁関係。
genome-wide SNP data.

集団遺伝とゲノム進化
Population genetics and genome evolution
本研究室では、ゲノム進化のメカニズムを解明するために，理論と実験を組み合わせた研究を行っています。現在の研究
テーマは以下のようなものです。
サイレント座位とタンパク質との系統特異的な進化パターンの研究。
キイロショウジョウバエでの分子進化は、
弱い淘汰と非平衡状態が一般的特徴であると考えられます。
● 弱い力が変動する場合の進化過程のモデル化。
変異間の連鎖と適応度の相互作用を組み入れたコンピューターシミュレー
ションを用いて、
進化上の弱い淘汰を検出するための手法を開発しています。
● タンパク質の進化と生合成過程の研究。
タンパク質の構造は、細胞内での機能が自然選択によって最適化された結果であると考えられます。
また、
タンパク質の生合成効率に働く自然選択もタンパク質の大きさ、組成、進化速度などを決めていると考えられます。
われわれは，
遺伝子発現とタンパク質
進化パターンとの関連を研究することにより、代謝および翻訳の効率に関わる適応について研究しています。
●

Department of Population Genetics

図 ― A) バクテリアでの生合成にかかるエネルギーの割合。バクテリアの細胞では約75% のエネルギーがタンパク質合成に使われています (Neidhardt et al . 1990)。B) エネルギーコストに関わるタンパク質の進化。枯草菌のゲノムを見てみると、量の多いタンパ
ク質はコストの安いアミノ酸を使って合成されていることが分かります。

進化遺伝研究部門

Division of Evolutionary Genetics

明 石 研 究 室 Akashi Group
http://www.nig.ac.jp/labs/EvoGen/index.html

We combine theoretical and laboratory studies to study
mechanisms of genome evolution. Current interests include:
Studying lineage-specific patterns of silent and protein evolution. Both weak selection and departures from steadystate
appear to be prevalent features of molecular evolution in
Drosophila.
● Modeling evolutionary processes. We employ computer simulations of weak selection with genetic linkage and fitness
interactions among mutations to determine statistical methods to detect subtle forces in evolution.
● Identifying biosynthetic constraints in protein evolution. Natural selection is thought to act upon protein structures tooptimize their functions. Selection for efficient synthesis may
also be important to understand protein size, composition,and evolutionary rate;relationships between gene expression and protein evolution may reveal adaptation for metabolic and translational efficiency.
●

Figure - Metabolic economics and microbrial proteome
evolution.
A) Chemical energy allocations for biosynthesis of a bacterial cell. About 75% of the budget is used for protein synthesis. Based on data from E. coli (Neidhardt et al . 1990). B)
Protein adaptation for energetic efficiency. In Bacillus subtilis, abundant proteins employ less energetically costly
amino acids.

Publications
Akashi, H., Osada, N., and Ohta, T. (2012). Weak selection and protein evolution. Genetics 192 , 15-31.
Osada, N., and Akashi, H. (2012). Mitochondrial-Nuclear Interactions andAccelerated Compensatory Evolution: Evidence from the Primate Cytochrome c Oxidase Complex. Mol Biol Evol 29 , 337–346.

集団遺伝研究系

Akashi, H. (2003). Translational selection and yeast proteome evolution.
Genetics 164 , 1291-1303.

明石

裕 教授

AKASHI, Hiroshi
Ph. D. Professor

24

Ph. D.

長田直樹 助教

Ph. D.

OSADA, Naoki
Ph. D. Assistant Professor

研究活動／Research Activities

進化バイオインフォマティクス

新しい遺伝子の起源と進化

Evolutionary Bioinformatics

Origin and evolution of new genes

当研究室では、現在のゲノムを形作った進化的な力を研究しています。
● 系統推定のためのアルゴリズムやモデルを開発しています。
それらをもとにして、
平行・分散環境における効果的なプログラムを開発しています。
それらの応用として、
動物と菌類の進化史を研究しています。
● 最近になって、我々は系統樹に依存した塩基置換行列で進化過程を記述する配列進化の新しい観点を提唱しました。
この１ステップ突然変異行列は、モデルで使われている仮定の妥当性を検定したり、整列
中から他とは異なる進化をしている領域を検出したり、あるいは配列進化で通常用いられるマルコフモデルからの逸脱を与えるシミュ
レーションにも用いることができます。
● 私たちは、大量塩基配列データの解析にもとりかかっています。
これ
らのデータの質をコントロールしたり、これらのデータを解析するための効率的なアルゴリズムやデータ構造を開発しています。

私の研究目標は，
どうやって新しい機能を持った遺伝子が生まれてくるかを明らかにすることです．
われわれは分子，ゲノム，
集団の解析を通して，生まれて間もない「若い」
遺伝子を観察し，研究を行っています．
以下のようなことに興味があります。

My group studies the evolutionary forces that have shaped
contemporary genomes.
● We develop algorithms and models for phylogenetic inference. The development of such approaches is complemented by an efficient implementation using parallel anddistributed computation.
As an application of phylogenetic inference we are investigating the evolutionary history of animals andfungi.
● More recently, we have suggested a fresh view of sequence
evolution that describes the evolutionary process in terms oftree dependent substitution matrices. These so-called onestep mutation matrices can be used to test the validity ofmodel assumptions, to detect regions in an alignment, where
evolution deviates from the rest and also to a simulation toolthat introduces well controlled deviations from typical markov-models for sequence evolution.
● More recently, we started to work on the analysis of deep
sequencing data. We are interested in approaches to control
the quality of such data as well as in efficient algorithms anddata structures to analyze the data.

新しい遺伝子の発生段階における機能と表現型に与える影響
新しい遺伝子の相互作用に関する進化的な解析● ショウジョウバエ集団での遺伝子コピー数の多様性● 性染色体と性に関連する遺伝子の進化● 植物ゲノムの解析：草類での高いキメラ遺伝子の生成● 霊長類の脳で働く新しい遺伝子●●

My research focuses on how genes with novel functions originate. We integrate molecular, genomic and population analyses to study young genes because early processes of origination
are directly observable. Some topics of interest include:
The phenotypic effects and functions of new genes and theirroles in development.
● Evolutionary analysis of gene interactions with new genes.
● Copy number variation within Drosophila populations.
● Evolution of sex chromosomes and sex-related genes.
● Genes and genomes in plants: high origination rate of chimeric genes in the grass family.
● Evolution of novel brain genes in primates.
●

図 ― レトロ遺伝子，
減数分裂期性染色体不活化，哺乳類の性染色体の出現．
X 染色体上の遺伝子の常染色体へのレトロ転移（上）．
X 染色体上の親遺伝子と常染色体上のレトロ遺伝子の発現：減数分裂期性染色体不活化の前（spermatogonia）, 途中（spermatocytes），
後（spermatids）の状態

図 ― 左：３配列に対する１ステップ突然変異行列

右：木村の３変数モデル

Figure - One step mutation matrix (left) for a three taxa tree and the Kimura 3-parameter model (right)

理論遺伝客員研究部門

Division of Theoretical Genetics

von Haeseler 研究室 von Haeseler Group

Figure - Retrogenes, meiotic sex chromosome inactivation (Msci) and the emergenceof mammalian sex chromosomes. Retroposition of an X-linked parental gene to an
autosome (top). Expression of X-linked parental genes and their autosomal retrogene
copies before (spermatogonia), during (spermatocytes) and after (spermatids) theprocess of MSCI (bottom). From Kaessmann et al., Nat. Rev.Genet. 2009 10:19-31.

理論遺伝客員研究部門

Division of Theoretical Genetics

Long 研究室 Long Groupフォンヘーゼラー , アーント客員教授（ウイーン統合バイオインフォマティクスセンター・センター長）
von HAESELER, Arndt
Visiting Professor(Scientific Director of the Center for Integrative Bioinformatics Vienna)

龍客員研究部門Adjunct Faculty

http://longlab.uchicago.edu/?q=node/3

漫遠

客員教授（シカゴ大学教授）
LONG, Manyuan
Visiting Professor (Professor, University of Chicago)

研究活動／Research Activities 25

次世代シーケンサーを駆使したゲノム医学研究
Genomic medicine with next generation sequencing technology
本研究室では、次世代シーケンサーで得られる膨大な塩基配列情報を医学研究に活用し、ヒト疾患の理解、治療法の開発に寄与することを目指しています。疾患ゲノム研究は原因となっている遺伝子変異、多型を検出することを当初の目標として
いますが、病変組織における遺伝子発現プロファイル、ネット
ワーク解析を組み合わせることにより、疾患メカニズム理解につなげる研究も推進します。また多因子疾患における疾患
感受性遺伝子は進化的な意義を有することが多く、集団遺伝学的な検討も試みています。
全エクソンシーケンスによる希少遺伝性疾患遺伝子同定
脳動脈瘤感受性遺伝子同定と疾患メカニズム解明● HLA 遺伝子のハプロイドゲノム配列決定● 統計数理モデルによる高次表現型と遺伝型との関連●

Our research goal is to elucidate disease causalities and theirpatho-etiologies, and ultimately to develop therapeutic tool.
With the advent of next generation sequencing technologies,
it becomes very handy to identify causalities of monogenic
diseases as well as complex diseases. With the vast of
genomic information at hand, we will combine gene expression profiles of the responsible tissues together with clinicalinformation to understand the global picture of diseases.
Exome analyses of monogenic and complex diseases
Genetic susceptibility of intracranial aneurysms and its pathphysiology● Haploid seguencing of HLA genes● Mathmatical modeling of phenome-genome relationship●●●

Department of Integrated Genetics

図 ― 疾患メカニズムの解明にはゲノム配列だけでなく、遺伝子を含む全ての転写産物とそれらを制御する領域および因子を合わせて理解する必要があります。次世代シーケンサーを使ったこれらの解析により、疾患メカニズムを明らかにすることを目指しています。

人類遺伝研究部門

Division of Human Genetics

井 ノ 上 研 究 室 Inoue Group
http://humgen.lab.nig.ac.jp/

Figure - The the basic unit of heredity as disease causality
might well be the regulatory region and not only the gene.
The integrated functional properties based on a Next generation sequencer will open the way to understand the diseasemechanisms.

Publications
Yoshihara, K., Tsunoda, T., Shigemizu, D., et al.(2012). High-risk ovarian cancer based on 126-gene expression signature is uniquely characterized bydown-regulation of antigen presentation pathway. Clin Cancer Res 18 ,
1374-1385.
Rabbani, B., Mahdieh, N., Hosomichi, K., Nakaoka, H., and Inoue, I.(2012).
Next-generation sequencing: impact of exome sequencing in characterizing Mendelian disorders. J Hum Genet 57 , 621-632.

総合遺伝研究系

Nakaoka, H., Cui, T., Oka, A., et al.(2012). A systems genetic approach provides a bridge from discovered genetic variants to biological pathways inrheumatoid arthritis. PLoS One 6 , e25389.

井ノ上逸朗 教授
INOUE, Ituro
M. D., Professor

26

医博

細道一善 助教

博（農）HOSOMICHI, Kazuyoshi
D. Ag., Assistant Professor

研究活動／Research Activitiesエピジェネティクスの遺伝学
Genetics of epigenetics
細胞分裂後に継承される遺伝情報の実体は塩基配列です。
一方、塩基配列以外の形で、遺伝子の ON ／ OFF 情報が娘細胞に伝わる現象が多くの生物で観察されます。
このような「エピジェネティック」
な現象の実体は、DNA のメチル化などのクロマチンの修飾であることがわかってきています。
私達は、
シロイヌナ
ズナのゲノム DNA のメチル化を制御する因子の変異体を用いたアプローチで、ゲノム進化や個体発生におけるエピジェネ
ティックな制御の役割とその機構について研究しています。

To understand control and function of DNA methylation, weare taking genetic approaches using mutants of Arabidopsis.
An Arabidopsis protein DDM1 (decrease in DNA methylation) is
necessary for methylating transposons and repeats. On theother hand, IBM1 (increase in BONSAI methylation) is necessary for not methylating genes. In mutants of genes encoding
these proteins, several types of developmental abnormalities
were induced. Characterization of these abnormalities isrevealing impact of DNA methylation on genome evolution
and appropriate gene expression.

育種遺伝研究部門

Tsukahara, S., Kawabe, A., Kobayashi, A., Ito, T., Aizu, T., Shin-I, T., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., Tarutani, Y., and Kakutani, T. (2012). Centromere-targeted denovo integrations of an LTR retrotransposon of Arabidopsis lyrata. Genes Dev
26 , 705-713.

角谷研究室 Kakutani Group

Division of Agricultural Genetics

http://www.nig.ac.jp/labs/AgrGen/home-j.html

Inagaki, S., Miura-Kamio, A., Nakmura, Y., Lu, F., Cao, X., Kimura, H., Saze, H.,
and Kakutani, T. (2010). Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications within the Arabidopsis genome. EMBO J. 29 , 3496-3506
Tsukahara, S., Kobayashi, A., Kawabe, A., Mathieu, O., Miura, A., and Kakutani, T. (2009). Bursts of retrotransposition reproduced in Arabidopsis. Nature
303 , 423-426

角谷徹仁 教授
KAKUTANI, Tetsuji
D. Sc., Professor

理博

樽谷芳明 助教

博（農）

TARUTANI, Yoshiaki
D. Agr., Assistant Professor

稲垣宗一 助教

博（農）

INAGAKI, Soichi
D. Agr., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 27

総合遺伝研究系

Publications

Department of Integrated Genetics

図 ― シロイヌナズナの ibm1 突然変異による発生異常表現型は、 Figure - The ibm1 (increase in BONSAI methylation) mutation
H3K9メチル化酵素遺伝子 KYP や非 CpG メチル化酵素遺伝子 induces developmental defects, which are suppressed bymutation in the H3K9 methylase gene KYP or non-CG methCMT3 の突然変異で抑圧される。
ylase gene CMT3 . The results suggest that these phenotypes
are due to ectopic deposition of heterochromatin marks,
such as H3K9 methylation and non-CG methylation.

脊椎動物の神経回路形成
Vertebrate neural network formation
神経細胞の間につくられる神経回路が，行動や思考といった脳機能の基盤です。脳の正常な機能発現のためには，神経細胞が適切に生まれ，移動し，軸索を伸長して，標的細胞と正確な回路をつくることが必要です。これらを可能にする脳の設計図を解き明かすべく、当部門では次のようなテーマで研究しています。

Precise neuronal connections are the basis for the complex
brain function. Thus, a fully functional brain is constructed
through a series of carefully controlled developmental processes including neuronal differentiation, migration, axon outgrowth, and target recognition. We are exploring genetic
mechanisms governing the developmental processes in vertebrate nervous systems.
Central Olfactory Projection
Neuronal Migration● Axon Outgrowth and Pausing● Evolution of the neocortical layer structure●

嗅覚中枢神経回路の研究● 神経細胞移動の研究● 軸索伸長と停止反応の研究● 終脳新皮質層構造の進化的研究●●

Department of Integrated Genetics

図 ―（左上）哺乳類の大脳新皮質では、上層と下層の神経細胞が層状に配置 Figure - (Upper left) In the mammalian neocortex, deep and upper
されている。
（左下）哺乳類大脳新皮質の神経幹細胞はどの部位のものでも、ま layer neurons are horizontally aligned. (Lower left) Mammalian neural
ず下層神経細胞を、次いで下層細胞を生み出す。
（右上）ニワトリの大脳相同領 stem cells in any part of the neocortex produce both deep and
域では、上層と下層タイプの神経細胞は、外側と内側に離れて分布している。 upper layer neurons sequentially. (Upper right) In the chick brain,（右下）ニワトリ脳では、内側の幹細胞は下層細胞を、外側の幹細胞はもっぱら deep and upper layer neurons are separated in the medial and lateral domains, respectively. (Lower right) Chick neural stem cells in the
上層細胞を生み出す。この違いがニワトリ脳における細胞タイプの分布の偏medial domain produce deep layer neurons, whereas those in the
りを作り出す。しかしいくらニワトリの幹細胞であっても、脳からとりだして lateral domain preferentially produce upper layer neurons. However,
培養すると、哺乳類型の神経分化を行い始める。
once the stem cells are isolated from the brain and cultured, they
undergo the mammalian-type neurogenesis.

脳機能研究部門

Division of Brain Function

平 田 研 究 室 Hirata Group
http://www.nig.ac.jp/labs/Brain/new/j/hirata_lab_j/toppu.html

Publications
Suzuki, I. K., Kawasaki, T., Gojobori, T., and Hirata, T. (2012). The temporalsequence of the mammalian neocortical neurogenetic program drives
mediolateral pattern in the chick pallium. Dev Cell 22 , 863-870.
Hirata, T., Kumada, T., Kawasaki, T., Furukawa, T., Aiba, A., Conquet, F.,
Saga, Y., and Fukuda, A. (2012). Guidepost neurons for the lateral olfactory
tract: expression of metabotropic glutamate receptor 1 and Iinnervation by
glutamatergic olfactory bulb axons. Dev Neurobiol 72 , 1559-1576.

総合遺伝研究系

Sato, Y., Watanabe, N., Fukushima, N., Mita, S., and Hirata, T. (2011). Actinindependent behavior and membrane deformation exhibited by the fourtransmembrane protein M6a. PLoS One 6 , e26702. 1-13

平田たつみ 准教授 博（医） 川崎能彦 助教
HIRATA, Tatsumi
D. Med., Associate Professor

28

博（理）

KAWASAKI, Takahiko
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

哺乳類の発生におけるエピゲノム制御

小さいRNAによるヘテロクロマチンの継承と再プログラム

Epigenomic regulation of mammalian development

Inheritance and reprogramming of heterochromatinwith small RNA

受精卵から様々な細胞が分化し、長期間にわたって個々の細胞機能を発揮するには、DNA の塩基配列を変えることなく安定に遺伝子発現を調節するエピジェネティクスが重要です。
エピジェネ
ティクスは、メチル化やアセチル化などのクロマチン修飾に基づく制御であり、ひとつの細胞のもつクロマチン修飾の総体はエピゲノムと呼ばれます。
私たちは、
ゲノムインプリンティングをモデルとして、
哺乳類の発生に必須のエピゲノム制御の機構を研究しています。
エピゲノム制御の解明は、
iPS細胞の作製、がんなどの疾患の克服にも重要です。

エピジェネティックな情報が娘細胞に伝わる様式を調べるのに、植物や分裂酵母はすばらしい研究材料となる。これらの生物では、トランスポゾンの調節やヘテロクロマチンの抑制や遺伝子のインプリンティングなどのエピジェネティックな現象
が 知 ら れ て い る。私 達 は 分 裂 酵 母 Schizosaccharomyces
pombe や植物 Arabidopsis thaliana を用いてヘテロクロマチ
ン抑制と RNAi について調べている。植物では、RNAi が生殖細胞の運命決定やトランスポゾン調節に重要なことがわかった。
また分裂酵母では、DNA 複製や組換えを調節することで RNAiやレトロトランスポゾンが転写抑制を仲介する。これらの機構の共通点から、高等生物のエピジェネティックな継承におけるRNA の役割が説明されるかもしれない。

Epigenetics refers to the biological mechanism regulating heritable changes in gene expression that occurs during cellulardifferentiation without a change in the DNA sequence. Epigenetics is mediated by chemical modifications (such as methylation and acetylation) of chromatin and an entire set of theepigenetic modifications possessed by a particular cell type iscalled the epigenome. We study the mechanisms regulating
the mammalian epigenomes in development using the epigenetic phenomenon called genomic imprinting as a model. The
studies on the epigenomic regulation are important for generating iPS cells and for tackling many human diseases including
cancer.

図 ― ゲノムインプリンティングのサイクル。雌雄の配偶子で生じるクロマチン修飾の違い（インプリント）（青、赤）が、受精後の両親由来アリルへ伝達・維持され、片親性の遺伝子発現を起こす。一方、インプリントは始原生殖細胞で消去され、その後新たなインプリントが生じる。各段
階で DNA メチル化酵素などの関与が明らかになりつつある。

Plants and fission yeast provide excellent model organisms toinvestigate how epigenetic information is propagated todaughter cells, and possess a wealth of epigenetic phenomena
including transposon regulation, heterochromatic silencing, andgene imprinting. We are investigating heterochromatic silencing
and RNAi in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe andthe plant Arabidopsis thaliana. In plants we have found that
RNAi is important in determining germ cell fate as well as intransposon regulation, while in fission yeast, RNAi and retrotransposons mediate silencing by controlling DNA replication andrecombination. Parallels between these mechanisms may
account for the role of RNA in epigenetic inheritance in higherorganisms.

図 ― A.シロイヌナズナの花粉におけるヘテロクロマチン再プログラム。
染色体 DNA（青）は栄養細胞で脱凝集している。
精細胞の染色体は凝集し、特異的ヒストン（緑）を含む。
これらの変化は、それぞれの細胞での24塩基と21塩基の siRNA の蓄積を伴う。
図 ― B. 分裂酵母の RNAi 変異体におけるヘテロクロマチン修復。
相同組換え修復のため、
Rad52-YFP が S 基の dicer 変異体細胞に蓄積している。

Figure - The cycle of genomic imprinting. Differential modifications of chromatinestablished in male and female gametes (imprints) (blue and red) are maintained
and propagated as allelic differences in the embryo. Imprinting causes mono-allelicgene expression in somatic cells. By contrast, the imprints are erased in primordial
germ cells. Factors involved in imprinting are being clarified.

Figure - A. Heterochromatin reprogramming in Arabidopsis pollen.
Chromosomal DNA (blue) is decondensed in vegetative companion cells, but condensed and associated with specific replacement histones (green) in sperm cells. Thesechanges are associated with the accumulation of 24nt and 21nt siRNA in each cell type.

応用遺伝客員研究部門

応用遺伝客員研究部門

Division of Applied Genetics

Figure - B. Heterochromatin repair in RNAi mutants in fission yeast. Rad52-YFP fociaccumulate in S phase of dicer mutant cells due to homologous recombination repair.

Division of Applied Genetics

Martienssen 研究室 Martienssen Group

http://www.bioreg.kyushu-u.ac.jp/labo/epigenome/index.html

http://www.cdb.riken.jp/lsb/jpn/index.html

佐々木裕之

マーチエンセン , ロブ A.

SASAKI, Hiroyuki
Visiting Professor (Professor, Kyushu University)

MARTIENSSEN, Rob A.
Visiting Professor(Howard Hughes Medical Institute, Cold Spring Harbor Laboratory)

客員教授（九州大学教授）

客員教授（HHMI、コールドスプリングハーバー研究所教授）

研究活動／Research Activities 29

客員研究部門Adjunct Faculty

佐々木研究室 Sasaki group

DNAトランスアクションを理解するための新たな遺伝学
A new genetics for understanding of DNA transactions
当研究室では、新たな遺伝学的手法を利用することで動物細胞における新たな遺伝学を創生したいと思っています。
すでに、私たちは植物ホルモンオーキシンにより活性化される、
植物内のタンパク質分解メカニズムを動物細胞に移植することで、特定のタンパク質をオーキシン依存的に分解除去する方法を開発しました（AID 法）。
このように新たな手法を利用して、培養細胞の染色体 DNA がいかに維持されているのか、
特に S 期における DNA 複製と修復、組換えの関連性にを明らかにしようとしています。
DNA 二本鎖架橋修復に対する複製と組換えの関係性の理解● DNA 複製後に起きたDNA 切断損傷に対する修復機構の理解● 複製フォークと組換え修復の関係性の理解● AID 法の改良や他の発現制御法の開発● 動物細胞遺伝学を発展させるための、
新たな遺伝子改変法や変異細胞株作成法の開発●

We are aiming to generate a new genetics of vertebrate cellsby employing new technologies. By transplanting a plantspecific degradation pathway to other eukaryotic species, wehave already established an auxin-inducible degron (AID) system, with which the expression of a protein of interest can betimely controlled by addition of the plant hormone, auxin. We
would like to understand how chromosomes are stably maintained in vertebrate cells by using AID and other new genetic
technologies. In particular, we are currently studying thecrosstalk of DNA replication, repair, and recombination during
S phase.
Understanding the relationship between DNA replication
and recombination during DNA interstrand crosslink repair● Understanding the mechanism of DNA double-strand breakrepair after DNA replication● Understanding the relationship between replication fork andrecombination-dependent DNA repair● Improvement of AID and other gene expression control systems● Development of new gene engineering technologies formaking a new field of genetics●

Figure - Schematic illustration of the AID system.
図 ― オーキシン誘導デグロン（AID）法(A) 天然オーキシンとして知られるインドール酢酸（IAA）と合成オーキ (A) Structure of a natural auxin, indole-3-acetic acid (IAA), andシンとして知られるナフタレン酢酸（NAA）の構造。 (B) 植物内での a synthetic auxin, 1-naphthaleneacetic acid (NAA). (B) The
オーキシン反応。オーキシンによって誘導される遺伝子のプロモーター auxin degradation pathway in plants. AUX/IAA inhibitors bind to
上には転写因子 ARFs とその抑制因子 AUX/IAA が結合している。オー ARF transcriptional activators at the gene promoters controlled
by auxin. In the presence of auxin, AUX/IAAs are degraded
キシンは SCF E3ユビキチン化リガーゼの F-box 因子である TIR1を活
resulting activation of the genes. (C) Auxin binds to TIR1 which
性化することで、AUX/IAA をポリユビキチン化することで分解に導く。 in turn promotes the interaction between TIR1 and the aid(C) AID 法の原理。非植物細胞内で構成した SCFTIR1は標的因子に degron of the target protein. SCFTIR1 acts as an E3 ubiquitin
AUX/IAA（aid）を融合したものを、オーキシン依存的にポリユビキチン ligase to recruit an E2 ligase resulting poly-ubuquitylation of the化することでプロテアソームによる分解に導く。
aid degron. Finally, the target is degraded by the proteasome.

Center for Frontier Research

分子機能研究室

Molecular Function Laboratory

鐘 巻 研 究 室 Kanemaki Group
http://www.nig.ac.jp/labs/MolFunc/Molecular_Function_
HP/Home.html

Publications
Nishimura, K., Ishiai, M., Horikawa, K., Fukagawa, T., Takata, M., Takisawa, H.,
and Kanemaki, MT. (2012). Mcm8 and Mcm9 Form a Complex that Functions in Homologous Recombination Repair Induced by DNA Interstrand
Crosslinks. Molecular Cell, 47 , 511-522.
Watase, G., Takisawa, H., and Kanemaki, MT. (2012). Mcm10 Plays a Role in
Functioning of the Eukaryotic Replicative DNA Helicase, Cdc45-Mcm-GINS.
Current Biology, 22 , 343-349.

新分野創造センター

Nishimura, K., Fukagawa, T., Takisawa, H., Kakimoto, T., and Kanemaki, M.
(2009). An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in
non-plant cells. Nature Methods, 6 , 917-22.

鐘巻将人 准教授

博（理）KANEMAKI, Masato
D. Sc., Associate Professor

30

研究活動／Research Activities

脊椎動物の運動発達の分子基盤、発生期の活動依存的シナプス形成
Molecular basis of motor development and activity-dependent synapse formation

図 ―（Ａ , Ｂ）ゼブラフィッシュは受精後24時間では coiling と呼ばれるしっぽ振り運動を行うが、48時間までにこれが swimming に変わる。
（Ｃ , Ｄ）後脳に１対のみ存在するマウスナー細胞（片側だけ図示）の細胞表面には多数のグリシン作動性シナプスが形成される。これらのシナプスは活動依存的に形成されるが、その分子基盤は解明されていない。

Zebrafish is an excellent vertebrate model to study motor
development. First, all stages of development occur externallyand rapidly. Second, forward genetics can be applied to
identify genes that are essential for proper behaviors. Third, theembryos are transparent, which makes them amenable forlive imaging of morphology and neuronal activities. Finally,
electrophysiological activity of neurons can be recorded using
patch-clamp methods. We employ two approaches to study
motor neural circuits regulating locomotion and behavior. 1.
Characterization of zebrafish mutants showing motor deficits.
2. Molecular basis of activity-dependent formation of glycinergic synapse, which plays essential a role in motor system.

Figure - (A) A zebrafish embryo shows coiling movement
at 24 hours postfertilization (hpf). (B) By 48 hpf, the frequency of muscle contraction reaches over 30 Hz andthe simple behavior changes into swimming. (C) Mauthner cell is a huge, identifiable neuron in the hindbrain.
(D) Anti-GlyR labeling represents glycinergic synapses atthe surface of the Mauthner cell.

Publications

運動神経回路研究室

Hirata, H., Wen, H., Kawakami, Y., Naganawa, Y., Ogino, K., Yamada, K.,
Saint-Amant, L., Low, S. E., Cui, W. W., Zhou, W., Sprague, S. M., Asakawa, K.,
Muto, A., Kawakami, K., and Kuwada, J. Y. (2012). Connexin39.9 is necessary
for coordinated activation of slow-twitch muscle and normal behavior inzebrafish. J. Biol. Chem. 287 , 1080-1089.

平田研究室 Hirata Group

Motor Neural Circuit Laboratory

http://www.nig.ac.jp/labs/MotNeur/Nakano, Y., Fujita, M., Ogino, K., Saint-Amant, L., Kinoshita, T., Oda, Y., andHirata, H. (2010). Biogenesis of GPI-anchored proteins is essential for surface
expression of sodium channels in zebrafish Rohon-Beard neurons to respondto mechanosensory stimulation. Development 137 , 1689-1698.

平田普三 准教授

新分野創造センター

Ogino, K., Ramsden, S. L., Keib, N., Schwarz, G., Harvey, R. J., and Hirata, H.
(2011).Duplicated gephyrin genes showing distinct tissue distribution andalternative splicing patterns mediate Moco biosynthesis, glycine receptor
clustering and escape behavior in zebrafish. J. Biol. Chem. 286 , 806-817.

Center for Frontier Research動物とは動く生き物ですが、動物の動きは遺伝子や分子のレベルで、どのように規定されるのでしょう？私たちはゼブラ
フィッシュという熱帯魚を用いて、運動・行動の研究をしています。この小さな魚は成長が速く、単純な神経回路を用いて運動をするので、運動・行動の研究に適しているからです。
本研究室ではゼブラフィッシュの利点を最大限活かし、運動・行動に異常のある変異体の解析や、活動依存的シナプス形成の分子基盤解明を通して、脊椎動物に共通する運動原理を神経回路やシナプスのレベルで理解することを目指します。

博（理）HIRATA, Hiromi
D. Sc., Associate Professor

研究活動／Research Activities 31

細胞内共生による異種細胞の統合進化機構の解明
Evolutionary integration of two independent organisms by endosymbioses
真核細胞内のエネルギー変換器、ミトコンドリアと葉緑体は、バクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。
その他にも、真核細胞が別の細胞を取り込み新機能を獲得する例は広く存在します。
このような二種の細胞の世代を超えた持続的統合には、宿主細胞と共生細胞の協調増殖機構の確立が必須です。
私
たちは、
（１）
真核細胞による葉緑体とミトコンドリアの増殖制
御、（２）細胞の増殖と細胞内小器官によるエネルギー供給の調節、（３）
これらの機構の進化を理解することで、細胞内共生の基本原理の解明を目指しています。
真核細胞による葉緑体・ミトコンドリアの分裂・増殖制御
機構の解析● 細胞周期進行、
光合成・呼吸活性調節、活性酸素への対応の協調機構の解析● これらの機構の進化過程に関する解析●

Mitochondria and chloroplasts, energy-converting organelles
in eukaryotic cells, are relicts of ancient bacterial endosymbionts. In addition to these particular organelles, there are manyother endosymbiotic events which have integrated new functions into eukaryotic host cells. In order to maintain a permanent endosymbiotic relationship, a host cell and an endosymbiotic cell coordinate their proliferation. The major goal of ourstudy is to understand how organelle division is controlled byhost cells, how host cells proliferate depending on chemicalenergy that are supplied by organelles, and how these systems have evolved.
Analyses of regulatory mechanisms of chloroplast/mitochondrial proliferation by eukaryotic host cells● Analyses of coordinating mechanism of eukaryotic cell cycleand energy and oxidative stress which are produced by photosynthesis/respiration of chloroplasts and mitochondria● Understanding how these coordinating mechanisms have
evolved through the phagotrophic engulfment of preys,retention of endosymbionts and subsequent establishmentof endosymbiotic organelles●

Center for Frontier Research

図 ― 祖先のシアノバクテリア
（A）
と同様に、
葉緑体は分裂に Figure - Reminiscent of their cyanobacterial (A) ancesよって増殖する（B,単細胞の藻類；C,陸上植物の細胞）。
我々は、 tor, chloroplasts replicate by binary division (B, unicellu葉緑体分裂がその分裂面に形成される分裂装置（リング）の収 lar alga; C, land plant cells). Chloroplast division is per縮によって行われること（D）、
分裂装置がシアノバクテリア由 f or med b y the di v i sion r ing (D) which inv olv e s
来のFtsZと宿主細胞が加えたDynamin等から構成されている cyanobacterial FtsZ and eukaryotic dynamin (E).
ことを明らかにした（E）。

共生細胞進化研究室 Symbiosis and Cell Evolution Laboratory

Publications

宮 城 島 研 究 室 Miyagishima Group

Miyagishima, S., Suzuki, K., Okazaki, K., and Kabeya, Y. (2012). Expression of
the nucleus-encoded chloroplast division genes and proteins regulated by
the algal cell cycle. Mol Biol Evol 29 , 2957-2970.

http://www.nig.ac.jp/labs/SyCelEvo/Index_e.html

Miyagishima, S., Nakanishi, H., and Kabeya, Y. (2011). Structure, regulation,and evolution of the plastid division machinery. Int Rev Cell Mol Biol 291 ,
115-153.

新分野創造センター

Miyagishima, S. and Kabeya, Y. (2010). Chloroplast division: squeezing thephotosynthetic captive. Curr Opin Microbiol 13 , 738-746.

宮城島進也 特任准教授

博（理）

MIYAGISHIMA, Shin-ya
D. Sc., Project Associate Professor

32

研究活動／Research Activities適応放散の遺伝機構
Genetics of adaptive radiation
どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして多様な環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオやメダカを用いながら迫ります。表現型変化に関わる遺伝子は、実験モデル生物において多く同定されてきましたが、野外生物における種分化や適応進化の分子機構は多くが未解明です。また、原因対立遺伝子が野外集団内でどのように広まっていくのかについても多くが未解明です。これらを解明するために、フィールド調査から始まり、ゲノミックスや遺伝子工学、生態実験などを統合的に用います。

Our research goal is to understand the molecular mechanisms
underlying the evolution of biodiversity. Although many genes
important for animal development and behavior have been
identified in model organisms, little is known about the molecular mechanisms underlying naturally occurring phenotypicvariation important for adaptation and speciation in wild
populations. Furthermore, little is known about how newly
evolved alleles important for adaptation and speciation
spread within natural populations. To understand these ecological and genetic mechanisms, we mainly use stickleback
fishes as a model. Our research takes an integrative approachacross diverse disciplines.
Genetic basis of key traits that trigger adaptive radiation
Molecular mechanisms of hybrid abnormality● Molecular mechanisms underlying variation in phenotypic
plasticity● Genetic mechanisms of the evolution of sexually dimorphic traits●

適応放散を引き起こした鍵形質の分子基盤● 雑種異常の原因遺伝子の特定● 表現型可塑性変異の遺伝機構● 性的二型の進化遺伝機構●●

Publications

生態遺伝学研究室

Ishikawa, A., Takeuchi, N., Kusakabe, M., Kume, M., Mori, S., Takahashi, H.,
and Kitano, J. (2013). Speciation in ninespine sticklebacks: reproductive isolation and phenotypic divergence among cryptic species of Japaneseninespine stickleback. J Evol Biol in press

北野研究室 Kitano Group

Ecological Genetics Laboratory

http://www.nig.ac.jp/labs/EcoGene/

Yoshida, K., and Kitano, J. (2012). The contribution of female meiotic drive tothe evolution of neo-sex chromosomes. Evolution 66 , 3198-3208

北野 潤 特任准教授

新分野創造センター

Kitano, J., Ross, J. A., Mori, S., Kume, M., Jones, F. C., Chan, Y. F., Absher, D.
M., Grimwood, J., Schmutz, J., Myers, R. M., Kingsley, D. M., and Peichel, C. L.
(2009). A role for a neo-sex chromosome in stickleback speciation. Nature
461 , 1079-1083.

Center for Frontier Research

図 ― 地道なフィールド調査と飼育室内での実験によって、野外生物にみられ Figure - Our research takes an integrative approach across diverse disciる行動や生理や形態の変異を解析します。ついで、古典的な遺伝的手法や最新の plines. The first step is to conduct a detailed ecological survey of natural
ゲノミックス技術などを援用し、遺伝基盤や候補遺伝子を解明していきます。 variation among stickleback populations collected from diverse environまた、遺伝子操作法による分子機能解析に加え、ビオトープ池を用いたミクロ生 ments. Next, we use genetic and genomic tools to study the genetic architecture of ecologically important phenotypic traits and also identify candi態系での生態実験を用いて分子から生態までをつないでいきます。
date genes responsible for adaptation and speciation. Then, we use
transgenic and knockout approaches to study the detailed molecular andphysiological functions of these candidate genes in vivo. Furthermore, weplan to use semi-natural ponds to get insight into how different alleles
behave within natural populations.

博（医）

KITANO, Jun
D. Med., Project Associate Professor

研究活動／Research Activities 33

中心体の自己複製機構と生体内動態、そして起源の解明
The mechanisms of centrosome duplication and dynamics
進化上保存された細胞小器官である中心体は微小管ネットワー
ク形成、
ゲノム安定性維持を含む多様な生理現象を制御することで細胞がん化、遺伝病、不妊症を含む様々な疾患と密接に関与しています。
これらの現象を司る上で、細胞分裂時に中心体は一度だけ自己複製する必要がありますが、そのメカニズムに関しては未解明な部分が多く、生物学の最大の謎の一つとされています。
当研究室ではヒト培養細胞、マウス、線虫を材料とし、多彩な手法を融合することで中心体構築、複製、動態の基本原理を解明することを目指します。

The centrosome is a conserved organelle that serves as the
microtubule organizing center and regulates many biologicalprocesses. However, the mechanisms governing centrosome
duplication and the underlying structural principles remained
poorly understood and represent a long-lasting importantquestion in biology.
We mainly focus on understanding the mechanisms of centrosome biogenesis and dynamics by using the combination of
innovative and multi-disciplinary approaches. We are investigating the following specific aims by using human cells, mouse
and C. elegans as model systems.
Identification of new players for centrosome biogenesis
Analysis of centrosomal interactome● In vitro reconstitution and modeling of centrosome assembly● Centrosome dynamics and function in the context of development●

新規中心体構成因子の同定● 中心体複製の分子機構の解明● In vitro 再構成による中心体構築の構造学的モデリング● 発生過程における中心体動態及びその生理的意義の解明●●

Center for Frontier Research

図 ―（A）
細胞周期に依存した中心小体の構築。（B）
SAS-6
二量体がカートホイール構造の中心部分を形成し、９回対称性を規定する。（C）
SAS-6は中心小体複製に必要である。
ヒト培養細胞においてRNAi 法によりSAS-6を発現抑制すると
中心小体複製が阻害される。 Centrin: 中心小体マーカー。

Figure - (A) Cell cycle-dependent centriole formation. (B) SAS-6 homodimers dictate the universal
9-fold symmetry of centrioles. (C) HsSAS-6, humanSAS-6, is required for centriole formation in humancells. Centrin: centriole marker.

中心体生物学研究室 Centrosome Biology Laboratory

Publications

北 川 研 究 室 Kitagawa Group

Kitagawa, D., Vakonakis, I., Olieric, N., Hilbert, M., Keller, D., Olieric, V., Bortfeld, M., Erat, M.C., Flückiger, I., Gönczy, P. and Steinmetz, M.O. (2011).
Structural basis of the 9-fold symmetry of centrioles. Cell 144 , 364-375.

http://www.nig.ac.jp/labs/CentrBio/Centrosome_Laboratory_web_Site/Welcome.html

Kitagawa, D., Flückiger, I., Polanowska, J., Keller, D., Reboul, J. and Gönczy,
P. (2011). PP2A phosphatase acts upon SAS-5 to ensure centriole formationin C. elegans embryos. Dev Cell 20 , 550-562.

新分野創造センター

Kitagawa, D., Kohlmaier, G., Keller, D., Strnad, P., Balestra, F.R., Flückiger, I.,
and Gönczy, P. (2011). Spindle positioning in human cells relies on proper
centriole formation and on the microcephaly proteins CPAP and STIL. J. Cell
Sci. 124 , 3884-93.

北川大樹 特任准教授

博（薬）KITAGAWA, Daiju
D. Pha., Project Associate Professor

34

研究活動／Research Activities

マウス高次形質の統合的遺伝解析
Integrative genetics of mouse complex traits
当研究室では、マウス近交系統や突然変異体の表現型に着目した“順遺伝学”と遺伝子改変マウスを用いた“逆遺伝学”の両方法論を駆使して、形態形成やエネルギー代謝などの高次生
命現象を制御する遺伝メカニズムの統合的理解をめざしています。また、生物遺伝資源事業として、野生マウス由来系統を含めたゲノム多型情報や表現型情報の収集と整備を行うとともに、亜種間コンソミック系統など、マウス機能ゲノム学のためのバイオリソースの開発を進めています。個別研究課題は以下の通りです。
遺伝子発現制御の染色体ダイナミクス
シス制御因子を中心とした遺伝子発現制御システムの進化
発生学● マウスゲノム多型情報と表現型情報の収集とデータベース
構築● マウスコンソミック系統を利用した生殖隔離成立の遺伝メカニズム● マウスコンソミック系統を利用した形態
・代謝の遺伝制御システム●●

In order to understand genetic basis underlying complex traits,
such as morphology and energy metabolism, we are conducting genetic analyses based upon both of “Forward
Genetics” using existing mouse mutants and“Reverse Genetics” using genetically engineered mice. In parallel, we are also
compiling information of the genome diversity of inbred
mouse strains, and developing new inter-subspecific consomic
strains, in which every chromosome of a classical inbred strain
C57BL/6J is replaced by the counterpart of a wildmousederived
MSM/Ms strain. These bioresources are freely available forresearch community.
Current ongoing research projects are as follows:
Chromosomal dynamics for gene regulation
Evolution of cis -regulation systems of developmental genes● Data banking of genome diversity and phenotypes ofmouse strains● Genetic mechanism of reproductive isolation in mice
● Genetic dissection of complex traits by use of mouse consomic strains●●

Figure - Chromosome aberration and ventricular septal defect observed in
図 ― マウス変異Rim4 にみられる染色体異常と心室中隔欠損(A) ヒト４番染色体長腕 (HSA4) 4q32.3-34.1とマウス８番染色体 (MMU8) Rim4 mutant mouse.
8qB2-B3.1は、遺伝子の並びが良く保存されている。(B) Rim4/+ マウスの染色 (A) Mouse Chr8 (MMU) 8qB2–B3.1 is syntenic to human Chr4 (HSA4)体FISH 像。
６番染色体 (Chr6: 緑色 )、８番染色体 (Chr8: 赤色 )。
(C) 野生型Chr6。 4q32.3–34.1, and gene order are well conserved in the syntenic regions of(D) Rim4 Chr6 の拡大像。
矢印は挿入された8qB2-B3.1断片。
(E, F) 胸部 micro- the two species. (B) Dual-color whole chromosome FISH image of Chr6
(green color) and Chr8 (magenta color). Magnified images of Wild type
CT 像。
野生型 (E) にはみられない心室中隔欠損（点線丸）(F) が Rim4/Rim4 では
and Rim4/+ Chr6 are shown in insets, (C) and (D), respectively. Arrow in (B)
観察される。
and (D) indicates Chr8-derived insertion fragment. X-ray μ-CT images of

哺乳動物遺伝研究室

Tamura, M., Hosoya, M., Fujita, M., Iida, T., Amano, T., Maeno, A., Kataoka,
T., Otsuka, T., Tanaka, S., Sagai, T., Tomizawa, S., and Shiroishi, T. (2013).
Over-dosage of Hand2 causes limb and heart defects in human chromosomal disorder, partial trisomy distal 4q. Hum. Mol. Genet. in press

城石研究室 Shiroishi Group

Mammalian Genetics Laboratory

http://www.nig.ac.jp/labs/MamMalg/home-j.html

Kondrashov, N., Pusic, A., Stumpf, CR., Shimizu, K., Hsieh, AC., Xue, S., Ishijima, J., Shiroishi, T., and Barna, M. (2011). Ribosome-mediated specificity
in hox mRNA translation and vertebrate tissue patterning. Cell.145 , 383397.
Oka, A., Mita, A., Takada, Y., Koseki, H. and Shiroishi, T. (2010). Reproductive isolation in hybrid mice due to spermatogenesis defects at three meiotic stages. Genetics. 186 , 339-51.

城石俊彦 教授
SHIROISHI, Toshihiko
D. Sc., Professor

理博

高田豊行 助教

博（農）TAKADA, Toyoyuki
D. Ag., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 35

系統生物研究センター

Publications

Genetic Strains Research Center

E14.5 embryos of wild type (E) and Rim4/Rim4 mouse (F) are shown. Dotted
circle in (F) indicates ventricular septal defect.

マウス発生工学を用いた初期発生現象の解析
Developmental genetic studies using gene engineering technology in mice
本研究室では発生現象の解明を目指してマウスを用いた遺伝学的解析を行っています。
研究の戦略として発生工学的手法を用いています。
多くの遺伝子ノックアウトマウス、
蛍光タンパ
ク質ノックインマウスやトランスジェニックマウスを自ら作成し個体レベルで解析することにより、生体内における本来の遺伝子機能の解明を目指しています。
発生過程ではいろいろな遺伝子が時間的・空間的に正確な制御下で発現し、
機能を発揮
します。
そのような遺伝子発現調節機構を解明するためにもマウスを用いた個体レベルの解析は重要です。
研究課題は、We are interested in the mechanism of germ cell development, especially focusing on the function of RNA binding proteins, Nanos2 and Nanos3. Nanos2 is involved not only in themale germ cell fate specification, but also in the maintenanceof spermatogonial stem cells. We aim to elucidate targets of
Nanos2 and Nanos3 to understand the events associated with
the Nanos-mediated RNA regulation. We are also interested in
the molecular mechanism of heart formation and somite segmentation, which is derived from mesodermal cells. We haveshown that a transient expression of Mesp2 transcription factor
initiates somite segmentation via repressing the upstream signal Tbx6. We are focusing on the mechanism of this repression
mechanism.

生殖細胞の性分化に関わる分子機構
精子幹細胞システムの構築と制御● 生殖細胞の RNA 制御● 脊椎動物の分節性確立機構の解析● 心臓・血管系構築機構の解析●

Sexual differentiation of germ cells
Establishment of spermatogonial stem cells● RNA-mediated germ cell regulation● Somite segmentation● Heart morphogenesis●●●

Genetic Strains Research Center

図 ― A-B. 体節における Notch シグナルの活性を GFP レポーターで可視化した。Notch シグナルは体節の後方部でのみ活性化。C. 胎生期の雄生殖細胞（赤）における Nanos2タンパク質（緑）の局在。D. Nanos2を持続発現 ( 緑 ) すると、分化した精子細胞は失われ、幹細胞 ( マゼンタ )が増加する。生後６週の精細管。

発生工学研究室

Figure - (A-B) Notch signaling is activated only in the caudal
part of each somite. (C) Nanos2 proteins (green) are localized
in the P-bodies in cytoplasm of embryonic male germ cells(red). (D) A section of adult seminiferous tubule, in which
Nanos2 (green) expression is maintained in the spermatogonial
stem cell (magenta). Only stem cells remain, while sperm differentiation is suppressed.

Publications

Mammalian Development Laboratory

相 賀 研 究 室 Saga GroupWu, Q., Kanata, K., Saba, R., Deng, CX., Hamada, H., and Saga, Y. (2013).
Nodal/activin signaling promotes male germ cell fate and suppresses
female programming in somatic cells. Development 140 :291-300.

http://www.nig.ac.jp/labs/MamDev/home-j.html

Okubo, Y., Sugawara, T., Abe-Koduka, N., Kanno, J., Kimura, A., and Saga,
Y. (2012). Lfng regulates the synchronized oscillation of the mouse segmentation clock via trans-repression of Notch signalling. Nat Commun. 3 :1141

系統生物研究センター

Hasegawa, K., and Saga, Y. (2012). Retinoic acid signaling in Sertoli cells
regulates organization of the blood-testis barrier through cyclical changes ingene expression. Development 139 :4347-4355

相賀裕美子 教授
SAGA, YumikoD. Sc., Professor

36

理博

加藤

譲 助教

理博

KATO, Yuzuru
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

安島理恵子 助教理博

AJIMA, Rieko
D. Sc., Assistant Professor

野生由来マウスを用いた行動遺伝学
Behavioral genetics using wild-derived mouse strains
近年の遺伝学では個人差をもたらす遺伝的機構の解明が重要なテーマとなっています。私たちは行動の多様性を生み出す
メカニズムを明らかにするために、野生由来マウス系統を主な材料として行動遺伝学の研究を進めています。野生マウスをもとに樹立された近交系統は、野生に特徴的な行動に加えて、表現型の顕著な系統差を示します。このような行動の多様性に関わる遺伝子を同定し、その機能を分子レベル、細胞レベル、更には神経レベルで明らかにしてゆくことを目指しています。
野生由来マウス系統の行動パターン解析
自発活動性の遺伝解析● 不安様行動の遺伝解析● 社会行動・攻撃行動の遺伝解析● 過剰な攻撃行動に関わる神経メカニズムの解析●●

Understanding the genetic basis for individual differences incomplex traits is one of the most important issues in current
genetics. In order to clarify the mechanisms related to behavioral diversity, we are using a series of wild-derived mousestrains as well as standard laboratory strains. Wild-derived
strains originate from mice that naturally inhabit a particulararea, and they exhibit a prominent degree of wildness andphenotypic diversity among the strains. We are identifying
genes related to behavioral differences between the strains,
and are aiming to understand the role of these genes in themolecular, cellular, and neural mechanisms that underlie thisbehavioral diversity.
Comparative studies of behavioral patterns amongwild-derived strains● Genetic studies of home-cage activity● Genetic studies of anxiety-related behavior● Genetic studies of social/aggressive behavior● Neurobiological analysis of escalated aggression●

マウス開発研究室

Takahashi, A., Schilit, A.N., Kim, J., Debold, J.F., Koide, T., and Miczek, K.A.
(2012). Behavioral characterization of escalated aggression induced by
GABA(B) receptor activation in the dorsal raphe nucleus. Psychopharmacology 224 , 155-156.

小出研究室 Koide Group

Mouse Genomics Resource Laboratory (MGRL)

http://www.nig.ac.jp/labs/MGRL/index.html

Sugimoto, H., Okabe, S., Kato, M., Koshida, N., Shiroishi, T., Mogi, K., Kikusui,T., and Koide, T. (2011). A role for strain differences in waveforms of ultrasonic vocalizations during male–female interaction. PLoS ONE 6 : e22093.
Ishii, A., Koide, T., Takahashi, A., Shiroishi, T., Hettinger, T.P., Frank, M.E., Savoy,
L.D., Formaker, B.K., Yertutanol, S., Lionikas, A. and Blizard, D.A. (2011).
B6-MSM consomic mouse strains reveal multiple loci for genetic variation insucrose octaacetate aversion. Behavior Genetics 41 , 716-723.

小出剛 准教授 医博

KOIDE, Tsuyoshi
Ph. D., Associate Professor

高橋阿貴 助教博（理）TAKAHASHI, Aki
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 37

系統生物研究センター

Publications

Genetic Strains Research Center

図 ― 各種行動テスト：様々な行動テストを行うことで、
マウス Figure - Behavioral tests: In order to understand behavioralfeatures of mice, we conduct a variety of behavioral tests.
の性格・社会性・行動の特徴などを調べることが可能です。

ゼブラフィッシュの生殖細胞と近交系を用いた遺伝子改変
Genetic modification of germ cells and inbred lines in zebrafish
ゼブラフィッシュは、胚が透明で発生過程で働く遺伝子を容易に見いだすことができるため、優れた実験動物として発展してきています。
私たちは雄生殖細胞の培養系を確立し、この培養系による遺伝子改変技術の確立を進めています。
また、
私たちはゼブラフィッシュで初めての近交系を樹立しました。
この系
統を利用した量的形質の統計遺伝学的解析を進めると共に、変異導入系の検討など、樹立した系統を有効に利用するための基盤作りにも着手しています。
一方で、雄生殖細胞培養系は精子形成制御因子の解析にも優れています。
精子形成異常変異体と細胞培養系を用いて、脊椎動物に普遍的な精子形成制御因子の研究を同時に進めています。

Zebrafish have become a laboratory favorite because theirembryos are transparent: geneticists can easily observe geneeffects in the developing fish. We have developed techniques
to culture male germ cells, and focus on developing reliable
protocols for producing transgenic lines by the culture system.
Furthermore, we have established the first inbred strain inzebrafish by sib-pair mating. At the present, we are preparing
for the statistical genetic study of quantitative traits, and also
arranging the condition for inducing mutations in the strain
using a chemical. In addition, male germ cell culture systems
are useful also in analyzing the spermatogenesis. Using spermatogenic mutants recently identified in zebrafish and theculture system, we are working on the molecular mechanisms
to regulate spermatogenesis of vertebrates.
Establishment of genetic modification protocols in the malegerm cell culture● Generation of systems for forward and reverse genetic analyses using the inbred strain● Analyses of genes to regulate spermatogenesis with spermatogenic mutants●

雄生殖細胞培養系による遺伝子改変技術の確立● 近交系による順遺伝学的・逆遺伝学的解析基盤の確立● 精子形成異常変異体による精子形成制御因子の解析●

Genetic Strains Research Center

図 ― ゼブラフィッシュ精原幹細胞の培養。A, B. vas::efgp 精原細胞の培養3日目。C. 培養4日目で1回目の継代直後。矢印は精原細胞を示す。D. 培養10日目で２回目の継代直後。矢頭は精原細胞が鎖状につながったところを示す。E, F. 培養30日目。生殖細胞特異的な GFP が発現している。

Figure - Successful propagation and maintenance of zebrafish
spermatogonial stem cells in culture. A, B. Culture of vas::egfp
spermatogonia for 3 days. C. Spermatogonia (arrows) just after afirst replating on day 4. D. Spermatogonia (arrows) just after asecond replating on day 10. Arrowheads indicate chain-likestructures of spermatogonia. E, F. A clump of vas::egfp spermatogonia after culturing for one month that express GFP.

小型魚類開発研究室 Model Fish Genomics Resource Lab

Publications

酒 井 研 究 室 Sakai Group

Kawasaki, T., Saito, K., Sakai, C., Shinya, M., and Sakai, N. (2012). Production of zebrafish offspring from cultured spermatogonial stem cells. Genes
Cells 17, 316-325.

http://www.nig.ac.jp/labs/FishDev/index.html

Shinya, M.,and Sakai, N. (2011). Generation of highly homogeneous strainsof zebrafish through full sib-pair mating. G3 1, 377-386.

系統生物研究センター

Saito, K., Siegfried, K.R., Nusslein-Volhard, C., and Sakai, N. (2011). Isolationand cy togenetic cha racte r i zation of zeb raf i sh meiotic p rophase I
mutants. Dev. Dyn. 240 , 1779-1792.

酒井則良 准教授

学術博

SAKAI, Noriyoshi
Ph. D., Associate Professor

38

新屋みのり 助教

博（理）SHINYA, Minori
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

イネ属の種・ゲノム多様性および生殖隔離メカニズムの研究
Studies on genetic diversity of Oryza genomes/species and mechanisms in reproductive isolation
本研究室では、野生イネと栽培イネのゲノム多様性研究および比較ゲノム解析を進めています。次世代シークエンサーを用いた多数系統ゲノムの解析、および発現遺伝子解析と表現型との遺伝的相関解析を行い、種や形質の分化に関わる遺伝子を同定し、種の多様性や進化の仕組みを明らかにすることを目指しています。この中で、生殖的隔離の分子的メカニズ
ムの解明と、生殖発生過程における遺伝的プログラムの解明にも取り組んでいます。イネ遺伝資源事業として、突然変異系統の選抜、野生イネの特性解析などの研究、開発、分譲も行っています。
野生イネ遺伝的多様性、比較ゲノム、進化解析● 生殖的隔離に関わる遺伝因子の同定● イネ生殖発生過程の遺伝的プログラムの解明●

We are carrying out two major research subjects. One is analysis of genetic diversity of Oryza species in genome structure
and phenotype by sequencing and phenotyping of a large
number of strains. Genetic association studies are going todone to identify responsible genes for genome and phenotype differentiation. The other is analysis of genetic factors
playing roles in the reproductive isolation mechanism. This isperformed by combining with the analysis of genetic programs underlying the processes from gametogenesis toembryogenesis in rice. We are also responsible for managing,preservation, propagation, and distribution of rice genetic
resources of wild rice species collected in the NIG under the
NBRP.
Analysis of genetic diversity of wild species of rice for comparative genomics and speciation studies● Analysis of genetic factors working in the reproductive isolation mechanism for speciation● Dissection of genetic programs underlying in reproductive
development●

植物遺伝研究室

Huang, X., Kurata, N., Wei, X., Wang, ZX., Wang, A., Zhao, Q., Zhao, Y., Liu, K., Lu,
H., Li, W., Guo, Y., Lu, Y., Zhou, C., Fan, D., Weng, Q., Zhu, C., Huang, T., Zhang,L., Wang, Y., Feng, L., Furuumi, H., Kubo, T., Miyabayashi, T., Yuan, X., Xu, Q.,
Dong, G., Zhan, Q., Li, C., Fujiyama, A., Toyoda, A., Lu, T., Feng, Q., Qian, Q., Li,
J., and Han B. (2012). A map of rice genome variation reveals the origin of cultivated rice. Nature 490 , 497-501.

倉田研究室 Kurata Group

Plant Genetics Laboratory

http://www.nig.ac.jp/labs/PlantGen/japanese/home-j.html

Tsuda, K., Ito, Y., Sato, Y., and Kurata, N. (2011). Positive autoregulation of a
KNOX gene is essential for shoot apical meristem maintenance in rice. Plant
cell 23 : 4368-4381
Nonomura, K., Eiguchi, M., Nakano, M., Takashima, K., Komeda, N., Fukuchi, S.,
Miyazaki, S., Miyao, A., Hirochika, H., and Kurata, N. (2011). A novel RNA-recognition-motif protein is required for premeiotic G1/S-phase transition in rice
(Oryza sativa L.) PLos Genetics 7 , e1001265.

倉田のり 教授
KURATA, Nori
D. Ag., Professor

農博

久保貴彦 助教

農博

KUBO, Takahiko
D. Ag., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 39

系統生物研究センター

Publications

Genetic Strains Research Center

図 ― イネ栽培化の遺伝的、地理的起源地。
（a）446のO. rufipogon 系統と1083のO. sativa 系 Figure - Genetic and geographic origins of rice domestication. a, Phylogenetic
統の55の栽培化選抜圧領域における遺伝変異から算出した進化系統樹（b）
進化経過を説明 tree of 446 O . rufipogon accessions and 1,083 O. sativa varieties calculated
from SNPs in the 55 major domestication sweeps. b, Geographic locations of 62
する62の系統群の地理的位置。
系統毎の色は、遺伝的距離を示す（aにおける色と対比）
O . rufipogon accessions, whose phylogenetic positions during domestication
are indicated. Color index represents the average of the genetic distance of O .
rufipogon accessions to all cultivated rice accessions.

モデル単細胞を使った環境ストレスに対する細胞増殖の応答機構
Mechanism of bacteria and yeast cell proliferation in responses to environmental stress
単細胞微生物は、細胞増殖の基本メカニズムを解明する上で極めて有効なモデル生物です。
これまでに大腸菌とジャポニカス
分裂酵母で、
染色体やプラスミド DNA が動く仕組みや外部環
境因子に対する細胞のふるまいについて研究を進めています。
遺伝学的もしくは細胞生物学的手法を用いて、細胞内で起こる現象を観察しています。
蛍光タンパク質による DNA やタンパ
ク質のイメージングにより、細胞増殖の過程で新しい現象を発見してきました。
ジャポニカス分裂酵母は酵母と菌糸の2つの生活環があり、
環境に応じて転換する制御の機構について研究を始めています。

Bacteria and yeasts are good model organisms to understandthe fundamental mechanisms on cell proliferation. Our laboratory studies the mechanisms behind chromosome or plasmid
DNA dynamics in the cell or the mechanism underlies cell
shape formation. Genetic methods as well as cell-biologicalmethods were used to observe those intracellular events. We
have made several novel observations in cell proliferation
mechanism by using fluorescent-based protein or DNA imaging. Sz. japonicus is a dimorphic yeast, which transit from yeast
to hyphae in response to environmental stress. We study onmolecular mechanism of switching the transition andresponses of hyphal cell to light and temperature.
Molecular mechanism on segregation of chromosome andplasmid DNA in E. coli.
● Regulation of metabolic pathway of pantothenic acid in E.
coli cells.
● Morphogenesis of rod shaped E. coli cells.
● Genetic analysis on Sz. japonicus chromosomal and nuclear
envelope segregation.
● Hyphal induction and hyphal cell cycle in Sz. japonicus yeast.
●

大腸菌のプラスミド、染色体の分配機構● 大腸菌におけるアセチル化とパントテン酸合成経路の制御機構● 大腸菌の細胞形態の制御機構● ジャポニカス分裂酵母の染色体 • 核膜動態因子の解析● ジャポニカス分裂酵母の菌糸形成の誘導機構とその環境
ストレス応答●大腸菌バイオリソース http://www.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/top/top.jsp
枯草菌バイオリソース http://www.shigen.nig.ac.jp/bsub/

Genetic Strains Research Center

図 ― 分裂期核の3次元再構成
A）ジャポニカス分裂酵母細胞の多切片電子顕微鏡画像を再構成し、核膜（緑色）と核小体（赤色）、細胞膜（青色）を3次元的に表した。スケールバーは2µm。
B）再構成した核を横から見た図。核膜上には核膜孔の無数の穴が見られ、これらは両極に偏在した（マゼンタ）。 スケールバーは2µm。

Figure - 3D-reconstitution of mitotic nucleus in Sz.japonicusA) Multi-sectioned TEM images were reconstituted as a 3D-image of mitotic
Sz. japonicus nucleus. Nuclear envelope, nucleolus, and cell membrane
were represented by green, red, and blue, respectively. Scale bar: 2µm.
B) The side view of the mitotic nucleus. Nuclear pores (marked by magentadots) were localized at polar region on the nucleus. Scale bar: 2µm.

原核生物遺伝研究室 Microbial Genetics Laboratory

Publications

仁 木 研 究 室 Niki Group

Nozaki, S., Webb, M.E., and Niki, H. (2012). An activator for pyruvoyl-dependent l-aspartate alpha-decarboxylase is conserved in a small group of the
gamma-proteobacteria including Escherichia coli. MicrobiologyOpen 1 ,298-310.

http://www.nig.ac.jp/labs/MicroGen/

Aoki, K., Hayashi, H., Furuya, K., Sato, M., Takagi, T., Osumi, M., Kimura, A.,
and Niki, H. (2011). Breakage of the nuclear envelope by an extending
mitotic nucleus occurs during anaphase in Schizosaccharomyces japonicus.
Genes Cells 16 , 911-926.

系統生物研究センター

Furuya, K., and Niki, H. (2010). The DNA damage checkpoint regulates atransition between yeast and hyphal growth in Schizosaccharomyces
japonicus. Mol Cell Biol 30 , 2909-2917.

仁木宏典 教授
NIKI, Hironori
D. Med., Professor

40

博（医）

青木敬太 助教

博（生命）AOKI, Keita
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

RNAi 変異体を使ったゲノム機能の体系的解析
Comprehensive analyses of genome function in Drosophila
ショウジョウバエの遺伝子はおよそ1万5千個と推定され、その70%はヒト遺伝子と相同です。
これらの遺伝子を壊すと生体にどのような影響が現れるのか、お互いがどのように協働して生体の機能を担っているのか、
ヒト遺伝子の機能を知るためにもハエを使った包括的な遺伝学的解析が望まれています。
私たちはショウジョウバエの全遺伝子についての変異体を作製し、遺伝子の機能を網羅的に解析する系を作りました。
方法は RNAi です。 RNAi とは、
二本鎖 RNA が細胞内で配列特異的に遺伝子の機能を阻害する現象です。
ターゲットする遺伝子の断片を逆向き反復配列の形でベクターに組み込み、ハエの染色体に導入して形質転換ハエを作ります。
GAL4-UAS遺伝子強制発現法を利用して、狙った細胞や組織で二本鎖 RNA を細胞内で発現させ、
配列特異的に遺伝子の機能を阻害します。
このようにして構築した RNAi 変異体バンクは、個体レベルでの遺伝
子機能の理解や遺伝子間のネットワークを明らかにするための有用なツールであり、多くの共同研究が進められています。

Although the entire human genome sequence has been
determined, real functions of human genes are far from being
completely understood. Drosophila has a total of 15,000 genes
which is about half of the genes found in humans but a large
amount of these genes (approx. 70%) were discovered tohave similar functions and shows significant homology tohumans. We are planning to investigate the function of fly
genes comprehensively as a suitable model for studying thefunctional genomics of multicellular organisms.
The RNAi is one of the post-transcriptional gene silencing phenomena, in which double-stranded RNA produced within hostcells can effectively inhibit host gene expression in asequence-specific manner. By combining with GAL4-UAS
gene expression system, we can utilize the RNAi for knocking
down gene expression in a target cell or tissue at a specificdevelopmental stage. We are trying to construct inverted
repeat transgenes and to establish transgenic fly lines covering almost genes in Drosophila. This RNAi mutant fly library is
now providing us a fundamental tool for understanding genefunctions and genetic networks working in the fly individuals.

無脊椎動物遺伝研究室

De Graeve, F.M., Van de Bor, V., Ghiglione, C., Cerezo, D., Jouandin, P.,
Ueda, R., Shashidhara, L.S., and Noselli, S. (2012). Drosophila apc regulatesdelamination of invasive epithelial clusters. Dev Biol 368 , 76 – 85.

上田研究室 Ueda Group

Invertebrate Genetics Laboratory

http://www.nig.ac.jp/section/ueda/ueda-j.html

Yano, H., Yamamoto-Hino, M., Awano, W., Aoki-Kinoshita, KF., Tsuda-Sakurai,
K., Okano, H., and Goto, S. (2012). Identification of proteasome components required for apical localization of chaoptin using functional genomics.
J Neurogenet 26 , 53 – 63.
Kondo, S., and Perrimon, N. (2011). A genome-wide RNAi screen identifies
core components of the G2-M DNA damage checkpoint. Sci Signal 4 , rs1.

上田

龍 教授

UEDA, Ryu
D. Sc., Professor

理博

近藤

周 助教

理博

KONDO, Shu
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 41

系統生物研究センター

Publications

Genetic Strains Research Center

図 ― 誘導型RNAiを利用したハエ変異体バンクの作成。
ゲノムか Figure - Schematic representation of the inducible RNAi
ら推定される15,000の全遺伝子についてUAS- 逆向き反復配列 mutant library.
のベクターを構築し、それぞれを導入したハエのバンクをつくる。

遺伝資源情報の高度利用に関する研究
Sophisticated utilization of biological resource information
インターネットから入手できるデータ量は膨大ですが、かな
らずしも知識量の増加にはつながりません。意味のある情報の抽出には工夫が必要です。
「概念の構造化（＝オントロジー）」とは、実験系や材料、学問の背景などが異なるためそのまま
では同じ土俵で比較できない情報を、様々な概念レベルで整理して有効に利用しようという考え方です。
当研究室では遺伝資源情報の整理にこの方法を応用し、生物
種によってバラバラに記載されている情報を統合的かつ様々な視点から生物種横断的に利用できるようなシステムを開発しています。

It is important to have an intelligent data retrieval system toextract meaningful information from huge amount of data
through the internet. One of the solutions is to use ontology.
The term “ontology” means a structure of concepts. The use of
ontology enables data which were originally defined differently to be compatible on a conceptual level. By applying
various biological ontologies such as gene ontology, plant
ontology and disease ontology to biological resource databases, we have been developing an advanced retrieval system that allows users to conduct cross species search forexperimental resources.
Database construction of biological resources
Developing cross-species data retrieval system● Construction and utilization of biological ontologies● Gene annotation●●

実験研究用バイオリソースのデータベース構築
生物種横断的利用システムの開発● 生物系オントロジーの構築と利用● 遺伝子情報のアノテーション●●

Genetic Strains Research Center

図 ― ナショナルバイオリソースプロジェクト総合検索サイト（BRW)- Figure - National BioResource Project – Integrated BioResource
全リソース約630万件を , keyword, sequence, gene ontology, disease Database (BRW)The BRW provides access to a collection of 6.3 million records on
ontology, Reference などで検索することができる。
bioresources and supports summary browsing, keyword searching, and searching by DNA Sequences, gene ontology, disease
ontology, or references.

系統情報研究室

Genetic Informatics Laboratory

山 﨑 研 究 室 Yamazaki Group
http://www.shigen.nig.ac.jp

Publications
Laurel Cooper et al. (2013). The Plant Ontology as a Tool for Comparative
Plant Anatomy and Genomic Analyses. Plant and Cell Physiology, 54:2
Rice WRKY Working Group (2012). Nomenclature report on rice WRKY’s –Conflict regarding gene names and its solution. Rice. 5:3 Doi:10.1186/19398433-5-3系統生物研究センター

Yamazaki, Y. et al. (2010). NBRP databases: databases of biologicalresources in Japan . Nucleic Acid Res. 38 , D26-D32.

山﨑由紀子 准教授

理博

YAMAZAKI, Yukiko
D. Sc., Associate Professor

42

研究活動／Research Activities

線虫発生のゲノム生物学
Genome biology of C. elegans development「ゲノム情報から個体がどうやってできるのか？」そのメカニズム解明のために線虫 C.elegans を用いて研究を進めています。基盤的な情報を網羅的に得る作業と個別的な研究がバラ
ンスよく有機的に進むよう心がけています。基盤情報としては cDNA プロジェクトを出発点として全遺伝子の半分以上の
約14,000遺伝子の発現パターンを明らかにしてきました。さらに RNAi、抗体作成などによって機能解析を進め、「どの遺伝子が、いつ、どの細胞で、何をしているか」というゲノムの発現・機能マップデータベース NEXTDB http://nematode.lab.nig.
ac.jp/ に統合化しています。これらの情報を最大限活用した個別研究では、以下のテーマで進めています。
細胞運命決定に関わる母性遺伝子の mRNA 局在や翻訳制御
メカニズム● 遺伝子発現クラスタリング解析と遺伝子カスケードの解析● マイクロ RNA の機能解析● 細胞特異的発現調節領域の同定と発生の遺伝子制御機構● 近縁種の発生パターンと遺伝子発現パターンの比較解析●

We are performing a systematic analysis of expression andfunction of the genome of the nematode C.elegans, aiming
at understanding of the genetic program for development.
We have already identified 14,000 genes through EST project,and have analyzed their expression patterns by using of whole
mount in situ hybridization and their function by RNAi. All theinformation has been integrated in NEXTDB http://nematode.
lab.nig.ac.jp/. Based on the information, we are conducting
the following studies;
Mechanisms of localization and translational control ofmaternal mRNAs● Clustering analysis of gene expression patterns● Functional analysis of microRNAs● Systematic identification of regulatory elements of genes● Comparative genomics using closely related nematodes●

We are also organizing a supporting system for large-scale
genome analysis in the academic domain.

また、学術におけるゲノム分野の大規模解析支援体制構築を進めています。

生物遺伝資源情報研究室

Sumiyoshi, E., Takahashi, S., Obata, H., Sugimoto A., and Kohara, Y. (2011).
The beta-catenin HMP-2 functions downstream of Src in parallel with theWnt pathway in early embryogenesis of C. elegans. Developmental Biology
355 , 302-312.

小原研究室 Kohara Group

Genome Biology Laboratory

http://www.nig.ac.jp/labs/GenBiol/

Mangone, M., Manoharan, A., Thierry-Mieg, D., Thierry-Mieg, J., Han, T.,
Mackowiak, S., Mis, E., Zegar, C., Gutwein, M.R., Khivansara, V., Attie, O.,
Chen, K., Salehi-Ashtiani, K., Vidal, M., Harkins, T.T., Bouffard, P., Suzuki, Y.,
Sugano, S., Kohara, Y., Rajewsky, N., Piano, F., Gunsalus, K.C., and Kim, J.K.
(2010). The Landscape of C. elegans 3'UTRs. Science 329 , 432-435.
Andachi, Y.(2008). A novel biochemical method to identify target genes ofindividual microRNAs: Identification of a new Caenorhabditis elegans let-7
target. RNA, 14 , 2440-2451.

小原雄治 特任教授

理博

KOHARA, Yuji
D. Sc., Project Professor

安達佳樹 助教

理博

ANDACHI, Yoshiki
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 43

系統生物研究センター

Publications

Genetic Strains Research Center

図 ― 母性遺伝子 glp-1（Notch ホモログ）の pos-1，spn-4遺伝子による翻訳 Figure - Translational control of glp-1 gene (a Notch homologue)
調節。A）野生型胚，B）pos-1変異体，C）spn-4変異体の4細胞期胚の GLP-1 by pos-1 and spn-4 genes. 4-cell stage embryos of A) wild type, B)抗体による染色。野生型では全割球に mRNA が存在するが，前側割球 Aba， pos-1, C) spn-4 were immunostained using anti-GLP-1 antibody.
ABp の細胞膜のみに GLP-1タンパク質が見られる。変異体での発現パター
ンから pos-1と spn-4遺伝子が逆向きの翻訳制御をおこなっていることがわかる。

ゲノムクロマチンの折り畳み構造とダイナミクス
3D-organization and dynamics of human genome chromatin
本研究室では、「ヒトゲノム DNA が細胞のなかに、三次元的にどのように折り畳まれ、そしてどのようにゲノムが機能しているのか？」を研究している。
最近、細胞内のクロマチンがとても不規則な形で折り畳まれていることを発見した。
今後、
この知
見を、
遺伝子発現、
さらにはマウス細胞を用いた発生分化･エピ
ジェネティックスなど、幅広い研究につなげていく予定である。
X 線散乱解析、定量的ライブイメージング、
シミュレーション、
さらにはゲノムワイドな解析を組み合わせて、ユニークな研究を目指している。
定量的ライブセルイメージングを用いたクロマチンダイナ
ミクスの解析
● X 線散乱を用いたヒトクロマチンの高次構造解析● マウス細胞をつかった細胞分化におけるクロマチンの高次構造変化とエピジェネティックス● 高次構造によってゲノム DNA が放射線などから守られるメカニズムの解析●

図 ― クロマチン ( 赤いボールと赤線 ) が細胞の中に不規則に収納されている。クロマチンの揺らぎ ( 小刻みな動き ) のおかげで、タンパク質 ( 緑のボール ) はより自由に動ける。この結果、ターゲット（青ボール）へたどり着きやすくなる。

Structural Biology Center

生体高分子研究室

Biological Macromolecules Laboratory

前 島 研 究 室 Maeshima Group
http://www.nig.ac.jp/labs/MacroMol/index.html

Our research interest is to know how a long string of genomic
DNA is three-dimensionally organized in the cell, and how theorganized genome functions during cellular proliferation, differentiation, and development. We are using a novel combination of molecular cell biology and biophysics to elucidate
3D-organization and dynamics of human genome chromatin.
Recently, we found that the chromatin in mammalian cells is
irregularly folded without a 30-nm chromatin fiber. This kind of
irregular folding has a high dynamics (chromatin fluctuation),and leads to advantage of various genome functions.
Analysis of chromatin dynamics in nuclei and mitotic chromosomes by quantitative live-cell imaging.
● Structural study of nuclei and mitotic chromosomes by X-ray
scattering● Genome-wide study and epigenetics of higher-order chromatin change(s) during mouse cell differentiation● Analysis of how higher-order chromatin structure can protect
genome DNA from radiation damage●

Figure - In the cell, chromatin (red balls) is irregularly folded.
A chromatin fluctuation, driven by Brownian motion, facilitates chromatin accessibility and proteins (green ball) totarget a certain site (blue ball).

Publications
Hihara, S., Pack, C.G., Kaizu, K., Tani, T., Hanafusa, T., Nozaki, T., Takemoto,S., Yoshimi, T., Yokota, H., Imamoto, N., et al . (2012). Local nucleosome
dynamics facilitate chromatin accessibility in living Mammalian cells. Cell
Rep 2 , 1645-1656.

構造遺伝学研究センター

Nishino, Y., Eltsov, M., Joti, Y., Ito, K., Takata, H., Takahashi, Y., Hihara, S.,
Frangakis, A.S., Imamoto, N., Ishikawa, T., et al . (2012). Human mitotic
chromosomes consist predominantly of irregularly folded nucleosome
fibres without a 30-nm chromatin structure. EMBO J 31 , 1644-1653.
Maeshima, K., Hihara, S., and Eltsov, M. (2010). Chromatin structure: does
the 30-nm fibre exist in vivo? Curr Opin Cell Biol 22 , 291-297.

前島一博 教授

博士（医学） 平谷伊智朗 助教

MAESHIMA, Kazuhiro
D. Med., Professor

44

博（理）

HIRATANI, Ichiro
D. Sci., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

細胞建築学：細胞内空間のデザイン原理と力学的基盤の理解
Design principles and mechanical bases of the architecture of the cell
細胞をあらわす「Cell」という英単語には「小さな部屋」という意
味もあります。
私たちが部屋の内装を考えるように、細胞も核などの構造体を適切なサイズに調節し、適切な場所へと配置しています。
本研究室では細胞を空間的に組織化された建築物と捉え、「細胞内にどのようなデザイン原理が存在するのか」「、デザインを決定する力学的な基盤は何か」について研究をすすめています。
線虫C. elegans の初期胚を主な対象として、定量的な計測・コンピュータシミュレーションなども取り入れた研究をすすめています。
細胞内の核と紡錘体の配置や形づくりの解析● 染色体の動きと形づくりの解析● 細胞内流動の定量化と数理モデルの構築●

図 ―（A）研究に用いている線虫初期胚。
（ B）細胞分裂に伴う紡錘体伸長のシミュレーション。
（ C）細胞質流動の画像解析。
（ D）染色体ダイナミクスの解析。

The word “cell” means “a small room”, as well as the basic structural unit of living organisms. Just as we design the interior of ourroom, inside the living cell, intracellular structures are positioned
in the right place with the right size at the right time. Our group issearching for design principles in spatial organization of cellarchitecture, and analyzing mechanical bases underlying suchprinciples. We are using the nematode Caenorhabditis elegans
embryo as a model system. In addition to molecular biology andcell biology approaches, we exploit quantitative measurements
and computer simulation to investigate the physical bases of theconstruction of Cell Architecture.
Intracellular positioning and morphogenesis of the nucleus
and spindle● Dynamics and morphogenesis of the chromosomes● Quantitative measurement and modeling of cytoplasmic flow●

Figure - (A) Caenorhabditis elegans embryo. (B) Computer
simulation of spindle elongation during cell division. (C) Image
analysis of cytoplasmic flows. (D) Quantitative analysis ofchromosome dynamics.

Publications

細胞建築研究室

Kimura, K., and Kimura, A. (2012). Rab6 is required for the exocytosis of cortical
granules and the recruitment of separase to the granules during the oocyteto-embryo transition in Caenorhabditis elegans . J Cell Sci 125 , 5897-905.

木村研究室 Kimura Group
http://www.nig.ac.jp/labs/CelArchi/cell_archi_home.html

Structural Biology Center

木村

構造遺伝学研究センター

Cell Architecture Laboratory

Hayashi, H., Kimura, K., and Kimura, A. (2012). Localized accumulation of
tubulin during semi-open mitosis in the Caenorhabditis elegans embryo. Mol
Biol Cell 23 , 1688-1699.
Koyama, H., Umeda, T., Nakamura, K., Higuchi, T., and Kimura, A. (2012). A
high-resolution shape fitting and simulation demonstrated equatorial cellsurface softening during cytokinesis and its promotive role in cytokinesis.
PLoS ONE 7 , e31607

暁 准教授

博（理） 木村

KIMURA, Akatsuki
D. Sc., Associate Professor

健二 助教

博
（薬）

KIMURA, Kenji
D. Pha., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 45

線虫を用いた非対称細胞分裂機構の研究
Mechanisms of asymmetric division in C. elegans
多細胞生物体の構築には多種多様な細胞を秩序だって作り出す必要があります。一つの細胞が分裂して生じた二つの娘細胞が異なる運命（その後の分化、分裂などのふるまい）を持
つ非対称細胞分裂は細胞の多様性を生み出す基本的な機構です。 例えば幹細胞は非対称に分裂して幹細胞自身とより分化した細胞を作り出します。私たちは生きている状態で細胞の運命を観察することができる線虫をモデルとして用い
非対称分裂のメカニズムを研究しています。また数多くの非対称分裂がどのように協調され機能的な細胞集団を作り出すのか研究しています。
非対称分裂に関与する遺伝子の同定● 非対称分裂の制御機構の解明● 細胞極性が協調される機構の解明● 細胞浸潤の機構の解明●

Structural Biology Center

図 ― 非対称分裂中のβカテニンの非対称な局在 (A) 分
裂前の局在 (B) 分裂終期での局在 矢印は細胞の輪郭を示す。同様の局在は線虫のほとんどの細胞分裂時に観察される。

多細胞構築研究室

Multicellular Organization Laboratory

澤 研 究 室 Sawa Group
http://www.nig.ac.jp/section/sawa/sawa-j.html

Proper development of multicellular organisms requires organized production of a variety of cell types. Asymmetric cell
division that produces daughter cells with distinct cell fates is afundamental mechanism by which cellular diversity is produced. For example, a variety of stem cells undergo selfrenewing asymmetric divisions. The nematode C. elegans isbest-suited to study asymmetric division, because we can easily analyze cell lineages. By combining genetic and cell lineage analyses in C. elegans , we showed that asymmetries ofa number of cell divisions that occur during development arecontrolled by Wnt signaling. We will elucidate how asymmetries of divisions are coordinately regulated to produce functional tissues and organs.
Identification of genes involved in asymmetric cell division
Elucidation of mechanisms of asymmetric cell division● Elucidation of mechanisms that coordinate cell polarity● Elucidation of mechanisms of cell invasion●●

Figure - Asymmetric localization of β-catenin during an
asymmetric division. The localization before the division(A) and at telophase of division (B). Arrowheads indicate cell boundary. Similar localization can beobserved during most cell divisions in C. elegans.

Publications
Ihara, S., Hagedorn, E. J., Morrissey, M. A., Chi, Q., Motegi, F., Kramer, J. M., andSherwood, D. R. (2011). Basement membrane sliding and targeted adhesion
remodels tissue boundaries during uterine vulval attachment in C . elegans .
Nature Cell Biology 13 , 641-51
Sugioka, K., Mizumoto, K. and Sawa, H. (2011). Wnt regulates spindle asymmetry to generate asymmetric nuclear β-cateninin C . elegans . Cell 146 ,942-954

構造遺伝学研究センター

Yamamoto, Y., Takeshita, H. and Sawa, H. (2011). Multiple Wnts redundantly
control polarity orientation in Caenorhabditis elegans epithelial stem cells.
PLoS Genetics 7 , e1002308

澤

斉 教授

博士（医学）

SAWA, Hitoshi
D. Sci., Professor

46

伊原伸治 助教

博（理）IHARA, Shinji
D. Sci., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

X 線結晶解析を用いたタンパク質作用機序の解明
Mechanism-oriented protein structure determination by X-ray diffraction
構造生物学の立場から見て重要なタンパク質、その集合体（超分子）の立体構造を決定します。生命を支える様々な機構を
分子レベルで理解するためには、そこで働くタンパク質を中心とした分子の立体構造の知識が重要な役割を果たすからです。当研究室ではそのためにＸ線結晶回折法を用います。
これまで、それぞれが興味深い固有の作動機構を持つ、● ATP 合成関連蛋白● 転写因子、
翻訳関連因子● 耐塩性酵素など多岐に渡る分子の構造解析を行ってきました。 現在、
私たちはこれらの研究をまとめる段階にあります。

We have worked on protein structure determination using
X-ray diffraction techniques, in order to understand the working mechanism of the proteins that are broad in biological
function spectrum, but are each with the unique and interesting action mechanism. The proteins under current investigation include:● sub-complexes of F1-ATPase, ATP synthase,● transcription factors,● translation factors,and salt-tolerant glutaminase..
Some of those targets have exhibited extreme difficulties.
We are now making full efforts to summarize all those studies
mentioned above.

超分子構造研究室

Yoshimune, K., Shirakihara, Y., Wakayama, M., and Yumoto, I. (2010). Crystal
structure of salt-tolerant glutaminase from Micrococcus luteus K-3 in thepresence and absence of its product L-glutamate and its activator Tris.
FEBS. J. 277, 738-748.

白木原研究室 Shirakihara Group

Biomolecular Structure Laboratory

http://133.39.80.79/

Itou, H., Watanabe, N.,Yao, M., Shirakihara, Y., and Tanaka, I. (2010). Crystal
structures of the multidrug binding repressor Corynebacterium glutamicum
CgmR in complex with inducers and with an operator. J Mol Biol. 403, 174184.
Murakami, K., Stewart, M., Nozawa, K., Tomii, K., Kudou, N., Igarashi, N., Shirakihara, Y., Wakatsuki, S., Yasunaga, T., and Wakabayashi, T. (2008). Structural basis for tropomyosin overlap in thin (actin) filaments and the generation of a molecular swivel by troponin-T Proc. Natl. Acad. Sci. 105 , 7200 7205.

白木原康雄 准教授

理博

SHIRAKIHARA, Yasuo
D. Sc., Associate Professor

伊藤

啓 助教

博（理）

ITO, Hiroshi
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 47

構造遺伝学研究センター

Publications

Structural Biology Center

図 ― F1-ATPase α3β3γε複合体の結晶と三次元構造。β サブユニットは黄色、 Figure - Crystals and a schematic representation of structure of α3β3γεcomαオレンジ , γ青、ε赤で示す。新規の、ヌクレオチド結合状態と ε サブユニットの plex of F1-ATPase. Crystals were grown in absence of added nucleotide. In
the structure figure,β-subunits are shown in yellow, α-subunits red,γcyan and
コンホメーション、が特徴。
εmagenta. The structure shows a novel nucleotide occupancy and a novel
conformation of theε subunit

神経回路形成の分子・細胞メカニズム
Molecular and cellular mechanisms for neural network formation
私達の行動や思考は脳神経系において神経細胞が精妙な情報伝達回路を形成する事によって成り立っています。当研究室では神経回路の形成機構を、比較的単純な神経系を持ちな
がら多様な学習・記憶及び行動様式が知られているショウ
ジョウバエを用いて研究しています。分子遺伝学の手法と共焦点顕微鏡や電子顕微鏡による形態解析法を駆使し、以下の課題に取り組んでいます。
シナプス形成：シナプス結合の標的特異性やシナプス伝達の強度を制御している細胞表層蛋白質を遺伝子の異所発現実
験により同定し、詳細な機能解析を行っています。
● 神経層形成：局所神経回路形成の基盤となる神経層の形成機
構を、ショウジョウバエの学習・記憶中枢であるキノコ体を用いて解析しています。
● 神経細胞内シグナル伝達：複眼視細胞をモデル系として用い、細胞内シグナル伝達分子の細胞内配置や機能発現の遺伝子機構を解析しています。
●

Precise connectivity in neural networks is the basis for our
behavior and thought. We are studying genetic and cellularmechanisms underlying neural connectivity in Drosophilamelanogaster , which shows variety of learning/memory orother behaviors with a relatively simple nervous system. By
combination of molecular genetics and high-resolution imaging analysis, we are tackling following issues.
Synapse formation: We have identified cell-surface proteins
involved in the establishment of specific synaptic connectivity, by ectopic gene-expression screening. Their molecularfunctions are currently studied in detail.
● Neural lamina formation: Laminar structures are important for
the establishment of local neuronal circuits. We are studying
gene regulatory mechanism for lamina formation in mushroom bodies, a learning and memory center.
● Intracellular signal transduction: Using photoreceptor neurons in the compound eye, we are studying genetic mechanisms for the topological and functional regulation of thecomponents of intracellular signaling pathways.
●

図 ― ショウジョウバエ神経系の特異抗体による染色像。左図：幼 Figure - Drosophila nervous system stained with specific
虫の脳。キノコ体 ( 緑 )と視覚葉 ( 赤 ) が発達している。右図：運動神 antibodies. Left panel: Lar val brain. Mushroom bodies(green) and optic lobes (red) are highlighted. Right panel:
経終末 ( 緑 )。挿入図：シナプスの電子顕微鏡写真。
Motoneuron terminal (green). Inset: Electron micrograph ofa synapse.

Structural Biology Center

遺伝子回路研究室

Gene Network Laboratory

鈴 木 研 究 室 Suzuki Group
http://www.nig.ac.jp/labs/GenNetwk/kairo-hp/home/index.html

Publications
Kurusu, M., Katsuki, T., Zinn, K., and Suzuki, E. (2012). Developmental changes
in expression, subcellular distribution, and function of Drosophila N-cadherin,
guided by a cell-intrinsic program during neuronal differentiation. Dev Biol
366 , 204-217.
Suzuki, E., Masai, I., and Inoue, H. (2012). Phosphoinositide metabolism inDrosophila phototransduction: A Coffee break discussion leads to 30 yearsof history. J Neurogen 26 , 34-42.

構造遺伝学研究センター

Kurusu, M., Cording, A., Taniguchi, M., Menon, K., Suzuki, E., and Zinn, K.
(2008). A screen of cell-surface molecules identifies leucine-rich repeat proteins as key mediators of synaptic target selection. Neuron 59 , 972-985.

鈴木えみ子 准教授

博（医）SUZUKI, EmikoD. Med., Associate Professor

48

研究活動／Research Activities

ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学
Study for molecular evolution using genome sequence and gene expression
本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指して、動物や細菌、ウィルスを材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を行っています。近年は特に（1）次世代シーケンサーから得られた配列情報の解析手法のパイプライン開発、（2）中枢神経系や感覚器の進化に伴う遺伝子発現変化の解明に力を注いで研究を行っております。また、その他にも以下のような研究課題に精力的に取り組んでいます。

We have studied the evolutionary process for acquisition ofnovel phenotypic characters by comparative genomics andmolecular evolutionary approaches, using animals, bacteria,
and viruses. Particularly, we have recently focused more on (1)Developing pipelines for analyzing data from next-generation
sequencers and (2) Evolutionary dynamics of gene expression
profiles underling the evolution of central nervous system andsensory organs. In addition, we have tackled the following
projects.
Establishing cloud computing system for structural biology
and its sophistication● Elucidating Molecular bases of mutualism by using hydrae
and algae● Analysis of marine metagenomics● Molecular phylogenetic analysis of retroviruses● Unraveling the evolutionary mechanism of dosage compensation in Drosophila●

図 ― 2種の刺胞動物における paxB と six1/2 の発現。
（左）ミズクラゲ、（右）エダアシクラゲ、Ocelli：眼点。ミズクラゲはカップ眼、エダアシクラゲはレンズ眼を持つ。
pax6（paxB ）は動物全般において眼の形成を司るマスター遺伝子であるが、刺胞動物においては six1/2 がより眼の近傍に発現しており、眼形成において重要な役割を果たしている可能性がある。

Figure - Expression of eye patterning genes, paxB and six1/2 in two species ofjellyfishes. While pax6 is well known as a master control gene for eye formation, six1/2 is also expressed in the area adjacent to ocellus and possibly takes
a major role in the eye formation of these jellyfishes.

Publications

遺伝情報分析研究室

Nakamura, Y., Sasaki, N., Kobayashi, M., Ojima, N., Yasuike, M., Shigenobu,
Y., Satomi, M., Fukuma, Y., Shiwaku, K., Tshujimoto, A., Konayashi, T.,
Nakayama, I., Itoh, F., Nakajima, K., Sano, M., Wada, T., Kuhara, S., Inouye,K., Gojobori, T., and Ikeo, K. (2013). The first symbiont-free genome
sequence of marine red alga, Susabi-nori (Pyropia yezoensis ). PLOS ONE (Inpress)

五條堀研究室 Gojobori Group

Center for Information Biology●

Laboratory for DNA Data Analysis

http://www.nig.ac.jp/labs/DnaData/index.html

Hwang, J. S., Takaku, Y., Momose, T., Adamczyk, P., Ozbek, S., Ikeo, K., andGojobori, T. (2010). Nematogalectin, a nematocyst protein with GlyXY andgalectin domains, demonstrates nematocyte specific alternativesplicing in
Hydra. Proc Natl Acad Sci USA 107 , 18539-18544.
Nakagawa, S., Niimura, Y., Miura, K., and Gojobori, T. (2010). Dynamic evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. Proc Natl Acad Sci
USA 107 , 6382-6387.

五條堀

孝 教授

GOJOBORI, Takashi
D. Sc., Professor

理博

池尾一穂 准教授

理博

IKEO, Kazuho
D. Sc., Associate Professor

野澤昌文 助教

博士（理学）

NOZAWA, Masafumi
D.Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities 49

生命情報研究センター

構造生命科学データクラウドの構築と高度化
共生の分子基盤の解明～ヒドラと藻類を例に～● 海洋メタゲノム解析● レトロウィルスの分子系統解析● ショウジョウバエにおける遺伝子量補償の進化機構の解明●

生物研究の基盤データベースとしての DDBJ 事業の推進
Promotion of DDBJ as an infrastructure database for lifescience
高速シークエンサの技術革新と共に、塩基配列のデータベース
は大規模化が進んでいます。
これよりデータ処理が難しくなり、
配列注釈不足や特徴情報 の記載誤りも問題となっています。
中村研究室は、
日本DNAデータバンク (DDBJ) 業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取組みます。 特に、①次世代シークエンサ(NGS)の大量データ配列
解析、②クラウド型データ解析システム構築、③ゲノム配列注
釈の評価尺度研究を中心に、ゲノム配列のアノテーション・キュ
レーション処理の効率化を目指します。

Ultra high-throughput sequencing technologies allow biologists toobtain larger amounts of nucleotide sequence data. Reliabledatabase operation and high-quality annotation supply are
essential. As the core part of DNA Data Bank of Japan (DDBJ),
Nakamura laboratory attempts 1) to develop advanced database management systems, and 2) to improve quality of annotations in DDBJ databases. We have been constructing an automatic analytical system "DDBJ Read Annotation Pipeline" in NIG
supercomputers, and “TogoAnnotation” system as the integrated support tool for manual curations. Structural and functional annotations by automatic and manual processing areevaluated by using proposed statistical methods.

(1) DDBJ Pipeline http://p.ddbj.nig.ac.jp/(2) TogoAnnotation http://togo.annotation.jp/(3) DNAPod http://tga.nig.ac.jp/dnapod/(4) H2DB http://tga.nig.ac.jp/h2db/

Center for Information Biology

図 ― 大量研開発のツール群 : (1)NGS 配列解析システム「DDBJ Read Annota- Figure - A NGS data analytical system, “DDBJ Read Annotation
tion Pipeline(DDBJ Pipeline)」、(2) ソーシャル・ゲ ノ ム 注 釈 ツール「TogoAn- Pipeline(DDBJ Pipeline)”, (2) A social genome annotation tool “Togonotation」(3) DNA 多型注釈データベース「DNAPod」(4) 形質遺伝率及び関連 Annotation ”, (3) DNA Polymorphism Annotation Database “DNAPod”,(4) Trait heritability and trait-associated polymorphism database
多型データベース「H2DB」“H2DB”.

大量遺伝情報研究室 Genome Informatics Laboratory

Publications

中 村 研 究 室 Nakamura Group

Cochrane, G., Karsch-Mizrachi, I., and Nakamura, Y.; On behalf of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration. (2013). The International Nucleotide Sequence Database Collaboration. Nucleic Acids Res
41 (Database issue) , D21-4.

http://charles.genes.nig.ac.jp/

生命情報研究センター

Kaminuma, E., Fujisawa, T., Tanizawa, Y., Sakamoto, N., Kurata, N., Shimizu,T., and Nakamura, Y. (2013). H2DB: A Heritability Database across Multiple
Species by Annotating Trait-Associated Genomic Loci. Nucleic Acids Res 41(Database issue) , D880-4.

中村保一 教授

博士（理） 神沼英里 助教

NAKAMURA, Yasukazu
D. Sc., Professor

50

博士（工）

KAMINUMA, Eli
D. Eng., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

Kodama, Y., Mashima, J., Kaminuma, E., Gojobori, T., Ogasawara, O., Takagi, T., Okubo, K., and Nakamura, Y., (2012). The DNA Data Bank of Japanlaunches a new resource, the DDBJ Omics Archive of functional genomics
experiments. Nucleic Acids Research:40(Database issue): D38-42.

並列分散処理技術のゲノム情報処理への適用研究
Application study of parallel-distributed computing technology to genome data processing
遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したゲノム情報処理への並列分散コンピューティング技術、
広域分散処理技術の適用研究を行っています。
●

並列分散処理技術のゲノム情報処理への適用研究
急激に容量が増大する各種遺伝子情報解析データを処理する為の技術として、
ビッグデータをハンドリングする為の各種並列分散処理技術 (Hadoop、
分散 KeyValueStore 等 )の適用研究を行っています。
また、
従来大型計算機で処理していた各種
大規模DBデータを、
データ量の増大に対応が容易なコストパ
フォーマンスの高いクラスタ型並列計算機上で高速処理する為の研究を行っています。

We have been conducting application study of parallel-distributed computing technology and wide area distributed
computing technology to genome data processing.
●

Application study of parallel-distributed computing to
genome data processing
We conduct feasibility study for applying new parallel-distributed computing technology such as Hadoop and distributed key-value store to genome data processing. We conduct research to handle large genome data in parallelcluster computer which has elasticity for rapid data growthin bioinformatics.

http://www.nig.ac.jp/section/tt/tt-j.html

Center for Information Biology

高木利久 教授

生命情報研究センター

図 ― Hadoop を利用した分散データ処理のテスト Figure - Data processing tests using Hadoop distributed environment

Laboratory for Research and Devel-

Publications

データベース運用開発研究室 opment of Biological Databases

Kodama, Y., Mashima, J., Kaminuma, E., Gojobori, T., Ogasawara, O., Takagi, T., Okubo, K., and Nakamura, Y. (2012). The DNA Data Bank of Japanlaunches a new resource, the DDBJ Omics. Archive of functional genomics
experiments. Nucl. Acids Res. 40 : D38-D42.

高木研究室 Takagi Group

Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y.,
Okubo, K., and Takagi, T. (2013). DDBJ new system and service refactoring .
Nucl. Acids Res. 41 (D1): D25-D29.

工博

TAKAGI, Toshihisa
D. Eng., Professor

研究活動／Research Activities 51

ゲノムワイドな測定からの知識発見
Knowledge discovery through genome-wide measurements
1. データおよび知識の統合に関する研究
今世紀の科学は生命科学に限らず複雑な現象のデジタル観測に始まる発見科学です。
デジタル化された膨大な文献も一種のデータです。
データの多角的組み合わせによる発見のためにはデータを自在に組み合わせる統合が必要になります。
データ統合は研究室を超えて行われるため、統合には意味上、
形式上、社
会制度上の課題が存在します。
DDBJ および統合データベース
センターの運営に参加しながら、実際の統合に際して生じる問題に側面を限定せずに取り組み、その解決法や再利用可能な資源を作っています。
２．
遺伝子発現の進化モデルの構築
遺伝子発現の進化は形態進化と分子進化をつなぐための１つの鍵と考えられています。
ゲノムワイドな発現プロファイルの測定法の普及により、その進化的変化の研究が盛んとなりまし
たが観測結果の解釈についてはまちまちでした。
その理由は遺伝子発現進化の明確なモデルが存在せず、配列の分子進化のア
ナロジーを用いて解釈が行われていためと考えられます。
そこで我々はこれまでの観察を統一的に説明する遺伝子発現進化のモデルの構築を行っています。

1. Sharing and Integration of Data and Knowledge in Life Science
Science of 21 century is a discovery from digital observatory
data of complex phenomena. Digital literature is also one ofsuch data. For the fair competition of new knowledge from suchdata, data integration is inevitable. For data integration, we
have to overcome semantic, syntactic, and pragmatic problems in science data. Being Involved in data sharing center for
DNA sequence (DDBJ) and for literature and observatory data
(DBCLS), we engineer technologies and resources which is necessary for sharing and integration of knowledge and data.
2. Theoretical studies of gene expression evolution
Gene expression evolution has long been hypothesized to serve
as a bridge from molecular to phenotypic evolution. The adventof genome-wide gene expression profiling techniques haveprompted the studies of this field, but some conflicts have arisenin the interpretation of the observations. Those are caused by
the lack of definite theoretical models, and instead the use of
inadequate analogies of molecular evolution. Therefore, we areconstructing a theoretical model of gene expression evolution
which provides consistent explanations of the pattern in theobservations.

図 ― DNAデータベース(DDBJ/EMBL/GenBank) 総覧と検索 . Figure - DNA database (DDBJ/EMBL/GenBank) overview
DNA データベースを研究プロジェクト単位で閲覧・検索するこ and search. This enables that the DNA databases arebrowsed and searched in terms of research projects.
とができる。

Center for Information Biology

URL
http://lifesciencedb.jp/ddbj/
http://lifesciencedb.jp/cc/
http://lifesciencedb.jp/ag/

遺伝子発現解析研究室 Laboratory for Gene-Expression Analysis

Publications

大 久 保 研 究 室 Okubo Group

Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y.,
Okubo, K., and Takagi, T. (2013). DDBJ new system and service refactoring.
Nucleic Acids Res. 41(Database issue):D25-29.

http://www.nig.ac.jp/section/okubo/okubo-j.html

Kodama, Y., Mashima, J., Kaminuma, E., Gojobori, T., Ogasawara, O., Takagi, T., Okubo, K., and Nakamura, Y. (2012). The DNA Data Bank of Japanlaunches a new resource, the DDBJ Omics Archive of functional genomics
experiments. Nucleic Acids Res. 40(Database issue):D38-42.

生命情報研究センター

Ogasawara, O., and Okubo, K. (2009). On theoretical models of gene
expression evolution with random genetic drift and natural selection. PLoS
One. 4 , e7943.

大久保公策 教授
OKUBO, Kousaku
D. Med., Professor

52博（医） 小笠原

理 助教

博
（理）

OGASAWARA, Osamu
D. Sc., Assistant Professor

研究活動／Research Activities

大規模比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解
Comparative genomics through ultra-large scale sequencing
当研究室では、ヒトを含む霊長類から、生命研究上の重要生物種や極地などの極限環境に棲息する生物まで、ゲノム構造
多様性の徹底的な解読を通じて生命現象の原理原則を理解することを目標に研究活動を行っています。
当研究室は、先端ゲノミクス推進センターと協力して超並列
新型シークエンサとインフォマティクスをコアとする先端ゲノミクス研究を進めており、多くの外部研究機関との共同研究を積極的に進めています。
当面の課題として、以下のテーマに取り組んでいます。

The Comparative Genomics Laboratory was established in
April 2008 with the task to understand basic rules of biologicalsystems based on actively reading and analyzing various
genomes of interest using cutting-edge DNA sequencing andanalysis technology. Currently, we are analyzing personalized
genomes of primates in addition to the organisms those livingin the extreme environmental conditions. The figures in the left
column show examples of such activities.

ゲノムの特性と多様性の解明
共生や極限環境生物の多様性解析● 新型シーケンサに関わる微量解析などの技術開発●●

http://www.nig.ac.jp/section/fujiyama/fujiyama-j.html

Center for Information Biology

Figure - Left: FISH analysis of gorilla chromosomes using human chr-21 telomeric probe
Right: Water bear bearing eggs in its belly

藤山秋佐夫 教授

生命情報研究センター

図 ― 左：ヒト21番染色体テロメア領域との相同性を示すゴリラ染色体のFISH画像
右：地上最強の生物といわれるクマムシと卵Publications

比較ゲノム解析研究室

Shinzato, C., Shoguchi, E., Kawashima, T., Hamada, M., Hisata, K., Tanaka,
M., Fujie, M., Fujiwara, M., Koyanagi, R., Ikuta, T., Fujiyama, A., Miller, D.J.,
and Satoh, N. (2011). Using the Acropora digitifera genome to understandcoral responses to environmental change. Nature 476 , 320-323.

藤山研究室 Fujiyama Group

Comparative Genomics Laboratory

Huang, X., Kurata, N., Wei, X., Wang, Z.X., Wang, A., Zhao, Q., Zhao, Y., Liu,
K., Lu, H., Li, W., Guo, Y., Lu, Y., Zhou, C., Fan, D., Weng, Q., Zhu, C., Huang,
T., Zhang, L., Wang, Y., Feng, L., Furuumi, H., Kubo, T., Miyabayashi, T., Yuan,
X., Xu, Q., Dong, G., Zhan, Q., Li, C., Fujiyama, A., Toyoda, A., Lu, T., Feng, Q.,
Qian, Q., Li, J., and Han, B. (2012). A map of rice genome variation reveals
the origin of cultivated rice. Nature 490 , 497-501.
Hamaji, T., Smith, D.R., Noguchi, H., Toyoda, A., Suzuki, M., Kawai-Toyooka,
H., Fujiyama, A., Nishii, I., Marriage, T., Olson, Bradley J. S. C., and Nozaki, H.
(2013). Mitochondrial and Plastid Genomes of the Colonial Green Alga
Gonium pectorale Give Insights into the Origins of Organelle DNA Architecture within the Volvocales. PLoS One., in press.

FUJIYAMA, Asao
D. Sc., Professor理博

豊田敦 特任准教授理博

TOYODA, Atsushi
D. Sc., Project Associate Professor

研究活動／Research Activities 53

植物の生殖細胞発生過程の分子細胞遺伝学
Molecular cytogenetics of plant germ-cell development
減数分裂は、両親の遺伝子が組換えによりシャッフルされ、新しい遺伝子組み合わせをもつ染色体が創出される、正に遺伝の根幹を為す現象です。被子植物の減数分裂細胞は、花の各器官の形成が完了した直後に、雄蕊および雌蕊の原基内部で分化する生殖始原細胞が数回の体細胞分裂を経ることにより形成されます。私たちは主にイネの突然変異体を用いて、植物の生殖細胞がどのように分化し、維持されて減数分裂に至るのかについて、細胞レベルの観察や分子レベルの解析など幅広い手法を駆使して研究しています。
種子不稔を生じる突然変異の原因遺伝子の同定と機能解析● 生殖細胞発生
・減数分裂の進行に寄与する small RNA 経路の機能解析● 体細胞分裂から減数分裂への移行を制御するメカニズムの解析● 野生イネ系統の保存・提供と、遺伝学的・進化学的な生殖研究への利用●

Meiosis is a central event of genetic inheritance, since it generates a new gene combination different from that of parents
by homologous recombination. Meiocytes of angiosperm species are produced by several rounds of mitotic division of primordial germ cells, which differentiate at hypodermis ofanther (male) and pistil (female) primordia. How do plants differentiate and maintain germ cells subsequent to floral development, and how do they achieve meiosis? We aim to settle
these questions by means of various techniques from cytological observation to molecular level analyses, mainly using ricemutants.
Analyses of causal genes for seed-sterile mutation
Analyses of small RNA pathways promoting germ-cell development and meiosis● Studies on the mechanisms controlling transition from mitosis
to meiosis● Ex situ conservation and distribution of wild rice accessions,and the use of them for genetic and evolutionary researches
on reproductive events●●

図 ― 種子不稔を生じるイネ突然変異体を用いて、植物生殖細胞 Figure - We have performed functional analyses of geneticの初期発生および減数分裂を促進する遺伝的メカニズムの解析 mechanisms promoting early germ-cell development andmeiosis in plants, using seed-sterile mutants of rice.
を行っています。

実験圃場

Publications

Experimental Farm

野 々 村 研 究 室 N o n o m u ra G ro u p
http://www.nig.ac.jp/labs/ExpFarm/jweb/jtop/jlab.html

Nonomura, K.I., Eiguchi, M., Nakano, M., Takashima, K., Komeda, N., Fukuchi, S.,
Miyazaki, S., Miyao, A., Hirochika, H. and Kurata, N. (2011). A novel RNA-recognitionmotifprotein is required for premeiotic G1/S-phase transition in rice (Oryza sativa L. ). PLoS
Genet. 7 , e1001265 (PMID: 21253568).

Experimental Farm

Yamaki, S., Nagato ,Y., Kurata, N. and Nonomura, K.I. (2011). Ovule is a lateral organ
finally differentiated from the terminating floral meristem in rice. Dev. Biol. 351, 208-216.
Nonomura, K.I., Morohoshi, A., Nakano, M., Eiguchi, M., Miyao, A., Hirochika, H., andKurata, N. (2007). A germ cell-specific gene of ARGONAUTE family is essential for the progression of premeiotic mitosis and meiosis during sporogenesis in rice. Plant Cell 19 , 25832594.

野々村賢一 准教授

博（農）宮崎さおり 助教

博（農）

実験圃場

NONOMURA, Ken-ichi
MIYAZAKI, Saori
D. Ag., Associate Professor D.Agr., Assistant Professor

54

研究活動／Research Activities

研究成果の社会発信と成果を活かす方策を検討・実行
Communicate research findings at NIG with the outer world
●

●

知的財産室
研究成果を知財マネジメントの観点で取り扱い、また取り扱いに関する方策を検討・実行しています。特許の管理、活用、MTA およびライセンシングを実施しています。さらに、研究成果有体物や生物遺伝資源としての取り扱いを行うとともに、それらの適正な取り扱い方法についての相談対応を行っています。

● Intellectual property UnitIntellectual Property Unit manages the intangible and tangible products resulted from research activities of NIG scientists, including management of patent, licensing and MTA
from the viewpoint of effective utilization of basic life sciences for innovation. Furthermore, we provide consultation
for appropriate access and benefit sharing for genetic
resources.

広報室
広報室では研究所の研究成果をできるだけわかりやすい形
で社会や研究者コミュニティーに発信しています。具体的には、研究所ホームページでの研究成果発信のためのコンテンツ作成、要覧などの広報資料作成、公開講座などの広報
イベントを開催しています。

● Public relationship Unit
Public Relationship Unit is actively engaged in publicizing
the research results of NIG through our website contents,press releases, brochures, annual reports, open symposiums
and public events to enhance scientific communication
with citizen and society.

知的財産
IP

件 数
QUANTITY

特許登録（国内）
Patent registration (domestic)2

特許登録（海外）
Patent registration (Foreign country)

3

ライセンス契約
Licensing

2

MTA
Material Transfer Agreement

1,145

Invited Lecture

知的財産室 / 広報室 Intellectual Property Unit/Public Relationship Unit

< 招待講演 >http://www.nig.ac.jp/labs/IntProp
名古屋議定書と国内措置検討経過の報告 (2013.03)

日本知財学会10周年記念事業
心配（東京2013.02）-

特別シンポジウム 学術研究におけるABSの課題 - 二つの誤解と二つの鈴木睦昭 室長

薬博

知的財産室

徳島大学 ABSセミナー

Intellectual Property Unit

AUTM Asia 2013 Kyoto, Need for Lowering of International Barrier to Material Transfer (2013.03)

SUZUKI, Mutsuaki
D. Pharm., Director

研究活動／Research Activities 55

生物遺伝資源センター
Genetic Resource Center
生物遺伝資源センターでは、
大腸菌／枯草菌、
イネ、
マウス、
ショウジョ

The Genetic Resource Center (GRC) takes responsibility
for development, preservation and distribution of forefront bioresources of various organisms including E. coli/
学を先導する様々な有用実験生物系統を開発し、それらの安定維持
B. subtilis , Rice, Mouse, and Drosophila , Zebrafish, C. eleと国内外の大学や研究機関への分譲サービスを行っています。
これら
gans and Hydra. The above information is open to the
public through the following web sites. The GRC particiのバイオリソースに関する情報は、
関連する知識情報とともに下記公開サイトから世界中に発信しています。
また、大腸菌／枯草菌、
イネ、 pates actively in “National BioResource Project (NBRP)”
of MEXT for E. coli/ B. subtilis , Rice, Drosophila and Zebrafショウジョウバエ、
ゼブラフィッシュでは、
文部科学省のナショナルバ
ish as central or sub-central organization for each organイオリソースプロジェクト（NBRP）に参画し、各生物種の中核または
ism in the project. Furthermore, the GRC also contributes
サブ機関として活動しています。
さらに、
NBRPの情報センターとして、 to NBRP as the national center of bioresource information, taking responsibility for supporting development
国内のバイオリソース関連情報発信の中核として活動しています。
and management of the relevant databases.

遺伝研のマウス系統

遺伝研のヒドラ系統

遺伝研のゼブラフィッシュ 遺伝子・エンハンサートラップ系統

NIG Mouse Genetic Resources
www.shigen.nig.ac.jp/mouse/nig/

Hydra Genetic Resources
www.nig.ac.jp/labs/OntoGen/keitou.html

Zebrafish Gene trap & enhancer trap DB
kawakami.lab.nig.ac.jp/

マウス系統間 SNP 情報

ナショナルバイオリソースプロジェクト情報公開サイト

イネ総合データベース

NIG Mouse Genome Databasemolossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/

National BioResource Project HP
www.nbrp.jp

Integrated Rice Science Databasewww.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabaseV4/

日本のマウス系統

遺伝研のショウジョウバエ系統

遺伝研の大腸菌リソース

Japan Mouse/Rat Strain Resources Databasewww.shigen.nig.ac.jp/mouse/jmsr/

NIG Fly Stocks
www.shigen.nig.ac.jp/fly/nigfly/

NBRP E.coli Strainwww.shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/

ショウジョウバエ・体節形成蛋白質抗体

遺伝研の野生イネ系統データベース

Asian Distribution Center for Segmentation Antibodies
www.nig.ac.jp/labs/DevGen/segmentation/

NIG Wild Species of Rice; Strain Databasewww.shigen.nig.ac.jp/rice/oruzabaseV4/strain/wildCore/

共同利用事業センター

Intellectual Infrastructure Center

ウバエ、
ゼブラフィッシュ、線虫、ヒドラなどの生物種について、
生命科

56

研究活動／Research Activities

ナショナルバイオリソースプロジェクト
National BioResource Project (NBRP)□ ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）とはナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）
は、
動物、
植物、
微生
物、
細胞及び遺伝子材料等のバイオリソース（生物遺伝資源）を、国として戦略的に整備する文部科学省の国家プロジェクトです。
今世紀に入り、国が科学技術創造立国となることを標榜した「新世紀重点研究創生プラン」の一環として、
文部科学省のイニシアティブの下、2002年
度から5年間のプロジェクトとして開始されました。
2007年度からは第2期のプロジェクトが実施され、2012年度からは第3期のプロジェ
クトへと引き継がれています。
第1期、第2期のプロジェクトの遂行を通して、ほとんどのバイオリソースにおいて収集数、保存数及び提供数の目標が達成され質・量ともに充実してきました。
一部のバイオリ
ソースについては世界最高水準に達していると評価されています。
第3期ではバイオリソースの質・量・使い易さをさらに高めるとともに、
リ
ソースのゲノム配列情報の整備、胚や配偶子の凍結保存技術等の基盤技術の開発にも努め、日本のみならず世界の生命科学研究の発展の礎となるよう貢献してまいります。

□ 体制と運営
NBRPはライフサイエンス研究の知的基盤となるバイオリソースの整備を行うとともに、バイオリソースの付加価値を高め、さらにバイオリソースに係る情報の整備を達成するため、（1）
中核的拠点整備プロ

The National BioResource Project (NBRP) is a national project
designed and strategically established to secure biologicalgenetic resources (bioresources) such as animals, plants,
microorganisms, cells and genetic materials. NBRP started in
2002 as a project under “The Plan to Promote Priority
Researches in The New Century” following the initiative of the
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology(MEXT). The purpose and general outline of the NBRP is to promote the collection, preservation and provision of bioresources that support the intellectual basis of life sciences
research, and also includes developing analytical methods ofgenome information and preservation technology in order to
add higher value to the resources. An information center topublish information related to bioresources was also established. To achieve the aforementioned purpose, NBRP set up
four projects including: (1) a core facility upgrading program,(2) a genome information upgrading program, (3) a fundamental technology upgrading program and (4) an information center upgrading program, all of which are promoted
through coordination with each other. The mission of the secretariat of NBRP is the following subjects; arrangement to holdrelevant meetings, public relations activity, operational assistance to promote the project and international partnerships.

□ NBRP の活動

グラム、
（2）
ゲノム情報等整備プログラム、（3）
基盤技術整備プログラ
ム、（4）
情報センター整備プログラムの4つのプログラムを設け、各プ
ログラムが連携を図りつつ実施しています。
プロジェクトの運営は、
推進委員会の指導の下に各実施機関がそれぞれのプログラムに沿って事業を実施しています。
プロジェクトに参画している研究機関は、
全国大学20機関超、理化学研究所、
国立遺伝学研究所、
国立環境研究所、
基礎生物学研究所、生理学研究所、
かずさDNA 研究所、
農業生物資源
研究所、
産業技術総合研究所、
国立科学博物館等です。
また、本事業の推進にあたっては、
文部科学省やバイオリソースのユーザーコミュニ
ティーの指導や支援をいただいております。
NBRP 事務局は2009年
度に国立遺伝学研究所内に設置され、プロジェクトを総合的に推進するため、必要な事務局業務を行っています。 1)関係会議の開催実務□ NBRPのリソースと実施プログラム

http://www.nbrp.jp/office/佐藤

清 事務局長（農学博士）

SATO, Kiyoshi Dr. Agr., Director

研究活動／Research Activities 57

ナショナルバイオリソースプロジェクト

National BioResource Project (NBRP)

2)広報活動 3)プロジェクト推進のための支援業務 4)国際連携

DDBJ センター
DDBJ Center
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) は1987年に設立され学術論文

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) was established in 1987 andや特許公報等を通じて公知にされる塩基配列データをすべて網羅

joined international data exchange and archiving scheme

し、
世界の公共財として維持管理する国際学術事業を行っています。
この事業は過去25年間、欧州のENA/EBIおよび米国のNCBIとの３者の協力体制で行われており、３者の間では受付後公開されるデー
タは毎日交換され、世界共通のデータベース『INSD 国際塩基配列
データベース』がつくられます。
３者のどこで登録を受けても世界で同時に公開されます。
またDDBJ事業は所外委員会であるDNA データ研究利用委員会に加えてEBI,NCBI,DDBJがそれぞれ委嘱する外部委員会である国際諮問委員会によって監督されています( パネル A)。
DDBJの日々の事業は、受付査定・データ交換・データ更新・データ提供の４つの柱からなり教員の指導下で約10名ずつのエンジニアとアノテーターを中心に行われています。
DDBJへは毎年 3000～4000の研究グループがデータ登録し、件数では全 INSDの10% 強を占めています。 また日本・米国・欧州の特許庁の協力による特許配列の公開事業でも集積交換公開に国際塩基配列データベースが利用さ

called INSDC (International Nucleotide Sequence Database
Collaboration).
DDBJ, as well as NCBI and EBI, is serving as one of three data
inlet and outlet to the "INSD".
DDBJ is reviewed and advised by its own advisory board andalso by international advisory board to INSDC (panel A).
Daily operation of DDBJ is performed by 10 bio-annotators and
10 system engineers under staffs' supervision.
Every year, sequence data are submitted to DDBJ by almost
constant number of groups, 3,000~4000, for the last 10 years. It
always consists about 10% of INSD records.
Since 1993, sequences related to patent claims are also submitted to DDBJ by Japan Patent Office because INSD is used
as a framework of sequence data exchange among JPO,
USTPO and EPO. Recently, KIPO started to join this data sharing
though DDBJ with help of Korean Bioinformatics Institute.

れており、日本に加えて韓国特許庁由来のデータも韓国バイオイン

Researchers who use DDBJ to add their data in INSD have

フォマティック研究所(KOBIC)の協力でDDBJに登録されます。
(パ

been mostly Japanese (>90% of Japanese submit the data to

ネル B)。 DDBJ へ登録する研究者は国内の研究者が中心ですが、
アジア諸国や中近東の研究者も含まれます（パネル C）。
2007年には文部科学省統合データベースプロジェクトでDDBJに
生データアーカイブ (DRA)が設置され、2010年には理研から初の共同利用事業センター

Intellectual Infrastructure Center

日本人全ゲノムデータの登録を受けました（パネル D）。

58

between NCBI and ENA/EBI. This tripartite collaboration is

研究活動／Research Activities

DDBJ), but recently researchers in neighboring countries alsouses DDBJ to some extent.
In 2007, MEXT database integration project started raw
sequence data archive (DRA) to be maintained in DDBJ. In
2010, RIKEN team submitted the first Japanese personal
genome to DRA.

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム
NIG supercomputing system
計測技術の急速な発展により爆発的に増大している塩基配列デー

To overcome the difficulties of handling recent research data

タのデータベース化と検索、解析の為に、一方で節電要求に対応

deluge, we have installed a high performance, as well as low
electric power consumption, supercomputing system in Mar

する為に、当研究所では省電力で大容量データの高速解析が可能

2012. This system is going to be installed in two phases (2012

であり、かつ多様な解析需要を満たす最新鋭スーパーコンピューand 2014). The specifications of the current system installed this

タを2012年3月に導入しました。計算資源は2012年、2014年のyear are shown in Table 1.

2段階で導入されます。2012年3月に導入された計算機資源は下This supercomputing system is available to any researchers

表の通りです。

belonging to research organizations in Japan. So this system is

本スーパーコンピュータシステムは、当研究所の研究者のみなら

expected to play an important role in the development of life

ず、国内研究機関、企業の各研究者も利用審査の上利用可能となっsciences in Japan.

ており、日本国内の研究者から大きな期待を寄せられる国内有数のスーパーコンピュータシステムとなっています。

項 目
Items

機器仕様・用途概要
Specifications

2012年導入数量
Amount of hardware (2012)

1

Thin計算ノード
Thin node

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2600×2 16 Core

352 node（64 台に GPGPU 搭載）

2

Medium計算ノード
Medium node

Memory 2TByte CPU Xeon E7-4870 ×10 80 Core

2 node3

Fat計算ノード(Fat node)

Memory 10TB

1 node4

ディスク装置（省電力領域）
Electric power saving storage

バックアップ、アーカイブ用途
For archive or backup use.

5

ディスク装置（高速領域）
High performance storage

並列ファイルシステムLustreにより全計算ノードからの高速並列アクセスが可能なディスク領域。
ホーム／scratch領域に利用
Every computing node can access the high performancestorage via Lustre file system. This storage used ashome area or job scratch area

CPU Intel Xeon E7-8837 768 Core

2PByte2012年度 計算機システム概要 Table1: Computing system installed in 2012

NIG supercomputing system

表1

3PByte

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

システム全景（2012年度分）

計算ノードおよび計算ノード間相互接続ネットワーク（InfiniBand QDR）

研究活動／Research Activities 59

先端ゲノミクス推進センター
Advanced Genomics Center
国立遺伝学研究所は、学術コミュニティからの大規模ゲノム解析の要望に応え、
国内唯一のアカデミアDNAシークエンスセンターを運用してきました。
この間、
メダカゲノム、
ホヤゲノム、
原始紅藻ゲノムの構造決定や､各種の生物を対象としたcDNA解析など
多くの成果を上げています。
2011年10月に設立された先端ゲノミクス推進センターは、
コミュ
ニティーからの高度なゲノム解読の要請に対し、最新のゲノム解析
技術を基盤とした先端的ゲノム科学研究の共同利用・共同研究拠点として活動を進めています。

□ 先端ゲノミクス推進センターの活動
ゲノム情報解析パイプラインの開発と提供
所内外との連携による共同利用・共同研究の推進● 情報共有と情報セキュリティ体制の確立● 生命研究各分野への先端ゲノミクスの応用と支援● 先端ゲノミクス分野の人材育成●●□ 大学や他の研究機関と連携して、さまざまな生物種のゲノムや遺伝子の配列解析を行っています

NIG Advanced Genomics Center was established October 1st., 2011, with the aim to combine the latest genomics technology, i.e., next generation sequencing, forexample, and the genetic resources, that have been collected and constructed throughout the history of this institute, to create resources for new-generation genetics.
Since such resources should have links among biological(phenotypic) annotations, data from genetic as well as
genomic researches, this center will work closely withother laboratories of Genetic Strains Research Center,and research communities around the country. This center is also expected to become core facility for researchcommunities to provide latest technologies and tools of
the present-day genomics. To answer the expectations
and heavy demand of genome analyses from the universities and research communities, the target projects thatwill be conducted in this center will be chosen through
NIG’s Collaborative Research Program that is open to
researchers outside of NIG□ 共同研究・共同利用の流れ

共同利用事業センター

Intellectual Infrastructure Center□ 先端ゲノミクス推進センターは、
常に最先端の技術と情報をコミュニティに提供できるよう施設の整備を進めています。

60

研究活動／Research Activities

「遺伝機能システム学」プロジェクト「地球生命システム学」プロジェクト

Systems Biology of Genetic Function

Systematic Analysis for Global Environmental
Change and Life on Earth (SAGE)

遺伝機能システム学は、多元的遺伝情報を遺伝学、
情報学、
統計学に
より統合的に解析し、複雑な生命・遺伝現象の原理やメカニズムをシステムとして理解することを目的としています。
本プロジェクトでは、
国立遺伝学研究所や参画機関が保有する自然および誘発変異を豊富に包含した遺伝資源を軸に、大量ゲノム配列多型情報、遺伝子発現多型情報、
表現型多型や経時変化等の多次元・多様な遺伝因子の網羅的データを得ます。
国立情報学研究所の情報処理技術、
統計数理研究所の統計モデリング技術を駆使して、ゲノム機能と遺伝的ネットワークの抽出を行います。
生物が持つ複雑な遺伝子(ゲノム)機能を、
生物表
現型や行動パターン、
進化的変異などの高次連関システムとして読み解くことで、遺伝学、情報学、統計学を統合した生命現象の新たな解析の方法論の確立を目指します。

地球環境と生命活動の相互作用を調べることは、生物の進化や多様ら、
国立遺伝学研究所が中心となって生物のゲノム情報を解析し、
統
計数理研究所の統計解析技術と国立情報学研究所のデータベース技
術、
さらにプロジェクト参加大学が得意とする各専門分野のネットワー
ク研究により生物の時間的な変遷と環境適応システムの解明をめざします。
現在、我々は南極の微生物や線虫が低温で乾燥した環境に適応するためのメカニズムの解明に取り組んでいます。
The interaction between life and the surrounding environment
should have great impact on the evolution and diversity of life.
“Systematic Analysis for Global Environmental Change andLife on Earth (SAGE)” project integrates researches on geoscience, bioscience and informatics in order to understand thelife system on the earth. The Transdisdisciplinary Research Integration Center is responsible for SAGE project, collaboratingwith National Institute of Polar Research, the National Instituteof Genetics, the Institute of Statistical Mathematics and the
National Institute of Informatics, and several universities. We
are currently approaching functional analysis of adaptation
mechanisms to cold and dry environment, using microorganisms and nematodes isolated from Antactica.

図 ― [ 左 ] 南極の湖底で発見された「コケ坊主」生態系から分離された Pseudomonas 属
細菌、[ 右 ] 強力な乾燥耐性を持つ南極線虫 Plectus murrayi

Figure - Development of analytical systems for revealing functional genetics network.

Figure - [Left] Bacteria Pseudomonas sp. isolated from “Moss Pillar”, ecosystem on bottomof an Antarctic lake. [Right] Desiccation tolerant Antarctic nematode Plectus murrayi .

参画研究機関：国立遺伝学研究所、統計数理研究所、国立情報学研究所、東京大学、
東京工業大学、基礎生物学研究所、理化学研究所、慶応義塾大学、首都大学東京、
京都大学、九州大学、政策研究大学院大学、新潟大学、京都工業繊維大学、愛知工科大学、大阪府立大学

参加研究機関：国立極地研究所、国立遺伝学研究所、統計数理研究所、国立情報学研究所、北海道大学、筑波大学、千葉大学、東京工業大学、玉川大学、長浜バイオ大学、京都大学、京都府立大学、広島大学、海洋研究開発機構、東京大学、理化学研究所、新潟大学

遺伝研で研究しているメンバー

遺伝研で研究しているメンバー●

博士研究員 木曽
商
辰本
春島
後藤
程
和田

彩子
維昊
将司
嘉章
達彦
朝陽
浩則

●

特任研究員 堀内 陽子
松崎 肖子
望月 孝子

●

特任准教授 柳原 克彦
馬場 知哉

●

博士研究員 鹿児島 浩
増本 博司

Members at NIG●

Project Assoc. Prof. YANAGIHARA, Katsuhiko
BABA, Tomoya●

Postdoc KAGOSHIMA, HIroshi
MASUMOTO, Hiroshi

Members at NIG●

Postdoc KISO, Ayako
SHAHNG, Wei-Hao
TATSUMOTO, Shoji
HARUSHIMA, Yoshiaki
GOTO, Tatsuhiko
CHEN, Chaoyan
WADA, Hironori●

Project Researcher HORIUCHI, Yoko
MATSUZAKI, Ayuko
MOCHIZUKI, Takako

柳原克彦 特任准教授
YANAGIHARA, Katsuhiko
Project Associate Professor

馬場知哉 特任准教授
BABA, Tomoya
Project Associate Professor

研究活動／Research Activities 61

Transdisciplinary Research Integration Center

図 ― 多元的表現型と遺伝因子群のネットワーク解析システムの構築

データを融合し、
情報学的な解析を行うことが必要になります。
本プ
ロジェクトでは、
国立極地研究所が保有している極域の様々な試料か

新領域融合研究センター

Systems biology is a data-centric inter-disciplinary study ofgenetics, informatics, and statistics focusing on complex interactions in biological phenomena. This project aims to describe
multi-dimensional gene network systems that create biodiversity of organisms in gene expression, morphogenesis andbehavioral pattern. Production of massive sequence, gene
expression and phenotypic variation data of unique and rich
genetic resources at the National Institute of Genetics (NIG),
development of information technology at the National Institute of Informatics (NII), and of statistical modeling at the Institute of Statistical Mathematics (ISM) will be performed and be
combined together to understand complex functional genetics network.

性を知る上で非常に重要です。
そのためには、過去から現在までの地
球環境の変動の解析データと各時代に生存していた生物学的解析

研究を促進するための活動と行事
Activities and Events for Research Promotion
研究を促進するための活動 Activities for Research Promotion□ 内部交流セミナー□ NIG Colloquium

研究所内における研究成果を発表し、討論する会で、毎週金曜日に開かれます。教員による発表の他、D5プログレスレポー
トとして博士課程５年生の研究紹介の場としても利用されています。

□ バイオロジカルシンポジウム

Seminars are held by researchers every Friday to present
their research activities. They are not only by faculty
members but also by fifth year students as a part of their
D5 Progress Report.

□ Biological Symposium

先端の研究を行っている国内外の研究者を研究所に招き、講演討論を行います。幅広い分野の優れた講演が年間約90回行
われています。

Biological Symposia are presented featuring distinguishedspeakers from varied areas of biological sciences worldwide.

内部交流セミナー
NIG colloquium

バイオロジカルシンポジウム Sir John Sulston 講演
Biological Symposium Presented by Sir John Sulston

行 事 Events□ 研究所の一般公開□ Open House

科学技術週間における行事の一環として、
毎年４月上旬に各研究部門の展示や学術講演を行い、研究所の一部を一般に公開しています。

As one of the events for “Science and Technology Week”,
NIG opens to the public in early April every year. Visitors enjoy
our exhibits at each lab and special lectures as well as viewing varied types of cherry blossoms in the institute campus.

一般公開 2013年4月6日□ 公開講演会

Open House on April 6, 2013

□ Public Lecture

年1回、東京地区を中心に本研究所教員を講師として、一般を対象に遺伝学公開講演会を開催しています。

Once a year NIG presents a Public Lecture by faculty
members in the Tokyo area.

国立遺伝学研究所 2012年度の公開講演会●

開催日／2012年11月3日（土）●

会 場／秋葉原コンベンションホール
（東京都千代田区外神田）●

講演タイトル知っていますか？細胞の「中心体」 北川大樹 特任准教授
新しい種はどのように誕生するか～トゲウオの例～ 北野潤 特任准教授
たくさんのゲノム情報をみんなで共有するために 中村保一 教授

62

研究を促進するための活動と行事／ Activities and Events for Research Promotion

公開講演会 北川特任准教授講演
Public Lecture Presented by Dr. Kitagawa Daiju

遺伝学電子博物館
Cyber Museum of Genetics

http://www.nig.ac.jp/museum/

この博物館は、1999年に国立遺伝学研究所の創立50周年を記念して、遺伝学の研究の中身を、わかりやすく、
楽しく知っていただけるようにと企画して作ったものです。
2009年、創立60周年にあたり、構成を一新するとともに、時代の流れに則した内容を新たに付け加えました。
新聞やニュースなどで、
「遺伝子」
「
、DNA」
「
、ゲノム」
といった言葉が毎日のように流れています。
いまや、遺伝学の研究は専門家だけに任せておいてはいけない時代、沢山の方が理解して判断を迫られる時代となっているのです。
この「遺伝学電子博物館」
では、学生・学校の先生・ジャーナリストだけでなく、科学の研究に興味のある
多くの方々に向けて、遺伝学についての正確な情報を提供しています。
では、少しだけ中身を紹介しましょう。

□ 遺伝学の歴史 …… メンデルから現代まで
昔から「子は親に似る」ということわざがあるように、親子、兄弟は何となく顔や姿が似ていることは疑う余地がありません。遺伝現象の研究が近代科学として成立したのは、オーストリアの修道院の牧師であった Mendel が重要な遺伝の法則を発見したことから始まります。

□ 進化と遺伝 …… 生きものはどこから来たか
科学としての進化論は、
C. ダーウィンが1859年に種の起源を発表したことから始まりました。
ダーウィン
は遺伝の原理を知りませんでしたので、自然淘汰の機構について充分説明できず大変悩んだようです。
1968年、木村資生が提唱した中立説に始まり、分子レベルで進化を考えることが始まりました。

マルチメディア資料館：DNAの複製□ 分子遺伝学 …… DNA の視点から生命を考える
1953年、X 線を使って DNA の二重らせん構造が発見されました。そこには遺伝情報を正確に子孫に伝え、体のかたちを作り、生命活動を行う精巧な仕組みが秘められていました。近年活発なゲノムプロ
ジェクトについてもご紹介します。
生物種の遺伝学□ 生物種の遺伝学 …… いろんな生物のゲノム研究
ゲノムプロジェクトにより、生命現象の基本プログラムの詳細な姿を明らかにするための基礎となる「情報」が日々蓄積されています。それらは、ゲノムの構造と密接に関連した生物情報知識ベースとしてコンピュータ化され、バイオサイエンス研究の基盤情報として広く使われているのです。

□ マルチメディア資料館 生物・ザ・ムービー …… ムービーで見る分子の世界

ゲノムアニメ劇場

DNA が複製・転写・翻訳される様子が３ D のムービーになりました。RNA ポリメラーゼの専門家と蛋白質の立体構造の専門家が製作に参加し、分子生物学の正確な知見を踏まえて作られています。

□ クイズ遺伝学 ゲノムアニメ劇場 電脳紙芝居 …… 楽しく遺伝学を知ろう！
ゲノムって何？オーダーメイド医療って？研究者はどんな考え方をしているの？素朴な疑問にクイズやアニメで楽しみながら学べます。狙った遺伝子を破壊できるノックアウト技術を使ったマウスの研究の紹介アニメが新たに追加されました。
生物・ザ・ムービー

遺伝学電子博物館／ Cyber Museum of Genetics 63

国際交流International Activities□ インドIISER Puneとの国際連携
国立遺伝学研究所では、
国際交流活動の一環として国際共同研究の支援や国際シンポジウムなどを実施しています。
2012年は、イン
ド の IISER（ Indian Institute of Science Education andResearch）Pune との共同研究プロジェクト実施のため、同研究所より大学院生が2カ月間遺伝研に滞在しました。
Ratnaparkhi 研の大学院生 BHAGYASHREE KADUSKAR さんは「無脊椎動物遺伝研究室 上田研究室」
において『Enhancer-suppressor screen
for MADF-BESS domain protein CG9437（MADF-BESSドメインを持つ CG9437蛋白質の遺伝学的相互作用スクリーニング）』についての研究を行いました。
国立遺伝学研究所ホームページの「News&Topics」
で、本プロジェクトに参加されたBHAGYASHREE
KADUSKAR さんの感想文（英文）を読むことができます。

□ 国際シンポジウム

64□ International Collaboration : “NIG-IISER Collaboration”
To promote scientific interactions and exchanges worldwide,
NIG has been sponsoring collaboration projects and international symposia. We continued an ongoing collaboration program with IISER (Indian Institute of Science Education andResearch) Pune, by inviting a graduate student from Dr. Ratnaparkhi's lab for a 2-months collaboration project. PhD student
BHAGYASHREE KADUSKAR worked in the Ueda Lab (Invertebrate
Genetics Laboratory), under the project title "Enhancer-suppressor screen for MADF-BESS domain protein CG9437".
http://www.nig.ac.jp/english/topics/1032/1197.html□ NIG International Symposium

国立遺伝学研究所は、国際的な学術交流を推進することにより多様な分野の研究者との連携を強化し、遺伝学および共同研究の発展に資することを目的に、毎年国際シンポジウムを支援しています。
2012年度は、国際シンポジウム2012「The 8th 3R Symposium」を開催しました。

In order to contribute to advancing the frontiers of genetics, NIG
has been organizing and sponsoring international symposium
and promoting academic interactions among researchers fromdiverse backgrounds and disciplines.
This year, we supported an international symposium titled "The8th 3R Symposium", held in Hyogo, Japan.

■会期 ： 2012年11月25日 ( 日 ) ～同28日 ( 水 )■場所 ： 兵庫県立 淡路夢舞台国際会議場

Dates: November 25 (Sun.) - 28 (Wed.), 2012
Venue: Awaji Yumebutai International Conference Center, Japan

国際交流／ International Activities□ 外国人研究者に対するサポート□ Support for International Researchers

遺伝研の国際的な研究環境を整備・発展させるために、国際化推進委員会が様々な活動を行っています。外国人研究員・留学生が言葉の壁を感じることなく研究に専念できるよう、国際化推進グループ（GIP）が来日前のビザ申請から、来日後の事務手続き、住居探しや三島エリアの生活情報の提供に至るまで、幅広いサポートを提供しています。日本語の無料レッスンも行っています。

NIG is committed to support international researchers so thatthey can dedicate themselves to research in a stimulating but
yet unfamiliar environment. New international NIG members will
receive assistance from the Group for Internationalization Promotion (GIP) with their initial move to Japan – and throughout
their stay at NIG / SOKENDAI. The support offered by GIP
includes help in visa applications, administrative procedures
upon relocation/employment, flat hunting and medical care.
GIP will also provide useful information of the area to enrich youracademic and personal life in Mishima. Free Japanese lessons
are offered to those who wish to learn Japanese language.
For more details, visit GIP web page: http://www.nig.ac.jp/jimu/
soken/GIP/index.html
Please feel free to contact us if you have any questions about
working/studying at NIG/ SOKENDAI.
GIP Help Desk Coordinator (General Affairs /Education Team):
MIURA, Chikako cmiura@nig.ac.jp
Chair of Internationalization Promotion Committee:
Professor AKASHI, Hiroshi hiakashi@nig.ac.jp

外国人研究者の受け入れ Hosting foreign scientists
遺伝研博士研究員 NIG Postdoc

JINAM, Timothy Joseph
Adrian Anak
博士研究員 Postdoc

王 子軒 WANG, Zi-Xuan
博士研究員 Postdoc

SHENTON, Matthew
Richard
博士研究員 Postdoc
慶範 LEE, KyungBum

李博士研究員 Postdoc

PERPELESCU, Marinela

氏名／研究課題／所属

Name / Subject title / Affiliation

HLA シーケンスによる疾患関連遺伝子同定および集団遺伝学的検討

人類遺伝研究部門
Division of Human Genetics

イネ属の多様性を生かすリソース基盤の構築

植物遺伝研究室
Plant Genetics Laboratory

イネ属の多様性および種間変異の調査解析

植物遺伝研究室
Plant Genetics Laboratory

DDBJ における塩基配列大量登録情報の受入対応と高水準化

DDBJ センター
DDBJ Center

染色体分配の機能異常の分子機構とその発がんにおける意義の解明

分子遺伝研究部門
Division of Molecular Genetics

Human MHC(HLA)revisited:sequencing of entire HLA region for new medical applications.
Development of resource basis for promoting diversity studies in genus Oryza.
Characterization of biodiversity and species variation in genus Oryza.

Reception and quality control of the massive submissions at DDBJ.

Molecular mechanism for chromosome mis-segregation and its implication in carcinogenesis.

GURUMURTHY, Aishwarya

Gene expression profile and regulation for understanding disease pathophysiology.

遺伝子発現プロファイル解析および制御検索による疾患病態の解明

人類遺伝研究部門
Division of Human Genetics

遺伝研博士研究員 NIG Postdoc
周
智 ZHOU, Zhi

マウス雄性生殖細胞特異的因子 Nanos2の標的 RNA の同定と機能解析

発生工学研究室
Mammalian Development Laboratory

博士研究員 Postdoc
泉 WU, Quan

マウス生殖細胞の性分化決定機構の解析

発生工学研究室
Mammalian Development Laboratory

博士研究員 Postdoc
華 LIU, Hua

イネの生殖細胞発生に関わるRNA 結合蛋白質の解析

実験圃場
Experimental Farm

博士研究員 Postdoc

ゲノム進化研究に有用なソフトウェアの開発

集団遺伝研究部門
Division of Population Genetics

博士研究員 Postdoc煜 FU, Yu

Study on transposition and trans-activation of a Mutator -like transposable element in Arabidopsis thaliana.

植物転移因子の転移と活性化の機構解析

育種遺伝研究部門
Division of Agricultural Genetics

特任研究員 Project Researcher吴劉KRYUKOV, Kirill

付

Identification of target genes of Nanos 2 in germ cell.

Study on the mechanism of sex determination of murine germ cells.
Analysis of RNA-binding proteins promoting germ-cell development in rice.

Development of softwares useful for studies of genome evolution.

国際交流／ International Activities 65

国立大学法人

総合研究大学院大学・生命科学研究科

遺 伝 学 専攻

Department of Genetics,
School of Life Science,

SOKENDAI
国立遺伝学研究所（遺伝研）
は、総合研究大学院大National Institute of Genetics (NIG) functions

学（SOKENDAI）
・生命科学研究科・遺伝学専攻とし

as the Department of Genetics, SOKENDAIて、大学院生の教育を行っています。
遺伝学を中核に多様な分野の研究が集積する優れた環境の元で、幅広い視野をもつ研究者を育成し、次世代の生
命科学研究に貢献したいと考えています。
5年一貫制博士課程と3年間の博士後期課程の2種類の課程があります。
5年一貫制課程の対象者は大
学卒業、
または、
それと同等の資格を有する方；博士後期課程の対象者は修士号取得者、
または、それと同等以上の学力があると認められた方です。
http://www.nig.ac.jp/jimu/soken/index-j.html(The Graduate University for Advanced Studies) and offers PhD programs in Genetics. Our
5-year program accepts those with a bachelor's degree or equivalent. Those with Master's
degree or similar qualifications are also eligible to apply to our 3-year program.
Our graduate programs provide interdisciplinary education with frequent seminars, journal
clubs, and workshops on scientific writing andpresentation. Highly qualified students canreceive financial aid.
For more information please visit the web siteof our graduate program.
http://www.nig.ac.jp/jimu/soken/index-e.html

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総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻
Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

遺伝研で学びませんか？
SOKENDAI・遺伝学専攻の特色□ 質の高い研究□ High quality research

遺伝研は国内外の研究者の共同利用を目的とした研究機関です。整備された DNA データベース、数多くの実験生物系統などの遺伝資源、最先端の共通機器等、生命科学の基礎研究を遂行するための環境が全て揃っています。ここでは、約40の研究グループがそれぞれのテーマに向かって自由に研究活動を展開し、得られた研究成果を世界へと発信しています。論文引用度や科学研究費の採択率がここ数年間常にトップクラスであることも、当研究所で行われている研究が国際的にみても高水準であることを裏付けています。質の高い研究に支えられた研究主導型の教育は、SOKENDAI・遺伝学専攻で学ぶ大きな利点です。

□ 充実した教育

United under the term "Genetics", graduate students at NIG
continue to expand the frontiers of life sciences in molecularand cell biology, development, neurosciences, evolution,
structural biology and bioinformatics. The quality of NIG
research is evident from the frequent citations of papers
published from the institute and the high funding rates for our
grant proposals. NIG houses tremendous resources for basic
research in life sciences, such as the well-established DNA
database (DDBJ), an extensive collection of natural valuable
and mutant strains of various model organisms, and state of theart research equipment.

□ Excellence in graduate education

遺伝研では、教授も准教授もそれぞれ独立の研究室を組織して研究を行っています。各研究室の構成員は10人前後と小規模ですので、教員と頻繁な密度の濃い議論が可能です。博士課程の大学院生１人あたりの教員数は2.08人であり、大学院大学ならではの非常に恵まれた研究教育環境であるといえます。教員１人あたりの学生数、学生１人の教育にかける経費などを総合した「教育の偏差値」は、全国の国立大学のなかでトップに位置しています。

大学院名

教育の偏差値

総合研究大学院大学

87.1

順
1

北海道大学

44.2

82

東北大学

44.6

77

東京大学

46.9

60

名古屋大学

45.8

66

Unlike most other Japanese universities that retain the "pyramid"
lab structure, professors and associate professors organize
independent research groups at NIG. Each group is small; atypical lab consists of fewer than ten people. Thus, the ratio of
faculty to students is extremely high, an average of 2.08faculty/
student. This enables the graduate students to have frequentand in-depth discussions with faculty-something not possible atinstitutions with an undergraduate program, which must accept
several students per faculty every year, not counting undergraduate
students!

位

京都大学

44.1

84

大阪大学

44.8

73

九州大学

44.7

74

文部科学省 科学技術政策研究所「国立大学法人の財務分析」（2008年１月）□ 多彩な授業と豊富なセミナー
遺伝学専攻では、生命科学をはじめとする様々な分野について基礎から最先端まで学べます。分子細胞生物学や発生生物学で は、
e-learning による基礎的知識の教授と議論が中心の授業を併設し、原著論文を批判的に読み、ディスカッションすることを通して「考える力」や「討論する力」を育てることを重視しています。

□ Diverse courses and frequent seminars
The Department of Genetics offers diverse courses aimed atproviding in-depth as well as basic knowledge on various ﬁeldsof life sciences. For example, in the course "Perspectives of
Frontiers", students can obtain credit by taking two short lecture
series that deal with fundamental principles at the boundary of
biology and another ﬁeld. Molecular and Cellular Biology andDevelopmntal Biology are offered in two forms: e-learning in

総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI 67

遺伝研で行われている授業だけでなく、遠隔講義システムを活用して他の専攻で実施されている幅広い分野の授業に参加することも可能です。総研大の講義リソースの中から自分の興味で授業を組み合わせて「自分の科目」を造ることもできます。 また、英語による口頭発表や論文作成など、成果発表のための実践的技術を身につけるための授業も行っています。
遺伝研では、多岐分野にわたるセミナーが頻繁に開催されています。
週1度の所内演者による内部交流セミナーに加えて、国内外の著名研究者を招いた Biological Symposium が年間約90回以上も開かれ、活発な論議が行われています。
セミナー 演者と大学院生との昼食会に参加すれば、
あこがれの研究者と実際に会って個人的に話をすることができます。

□ 複数教員による教育制度
遺伝学専攻は、「一人一人の大学院生を全教員で指導する」という理念のもとに大学院教育を行っています。もちろん各大学院生はそれぞれ一人の指導教員のもとでその研究グループに所属して研究を行いますが、それを補う形で、複数教員の指導によるユニークな「プログレスレポート制度」を実施しています。この制度は、「各々の学生が選んだ教員が小委員会を組織し、学生の相談にのったり助言をおこなう」というものです。５年一貫制博士課程１、３年次では、指導教員以外の教員１名との個人面談で研究計画の討論を行い、研究
テーマの設定について助言を得ることができます（生命科学プログ
レスⅠ、Ⅲ）。２、４年次には、それまでの研究内容のレポートを提出
し、指導教員以外の４人の教員からなる小委員会に対して口頭で発表を行います（生命科学プログレスⅡ、Ⅳ）。さらに５年次には、研究所全体での公開のセミナーを行い、聴衆や小委員会のメンバーと討論します（生命科学プログレスⅤ）。研究成果がまとまって学位論文を提出すると、多くの場合、プログレスレポート小委員会のメンバー

which you can learn basic consepts over the internet, andcourses that center on critical reading and discussion of the
primary literature. Courses on scientiﬁc presentation andscientiﬁc writing are also offered.
A large number of seminars covering various ﬁelds of life
sciences are held by NIG. About 90 "Biological Symposia"
featuring eminent scientists from all over the world are held
annually. In addition, members of NIG present their progress
during the past year at weekly "NIG Colloquia." These seminars
also include question and answer session with active discussions
in which students can learn how to discuss and debate various
scientiﬁc issues. Graduate students are invited to lunch withseminar speakers, where students have a chance to personally
talk with internationally renowned scientists. Almost all theseminars are given in English, and the graduate course lectures
are also given in English. Knowledge of Japanese is not requiredfor completing the graduate program and obtaining PhD
degree.

□ Team teaching
NIG has a policy that "all" faculty members should be involved in
the education of each student. As in other institutions, mostresearch activities of a student are done in a particular researchgroup, headed by a thesis advisor. However, each student in the
NIG graduate program elects four faculty members outside theirown research group as members of their "Progress Report
Committee." This committee meets with the student once per
year (or more often if requested by the student) and gives
advice on the student's thesis project. Every year students will
have opportunities to present their work in poster sessions or at
the NIG Colloquium, and have discussions with the committee,
as well as the audience. By providing a friendly and stimulating
environment to have in-depth discussions with researchers inother ﬁelds, this program helps students to broaden their views
and to ﬁnd breakthroughs when research is not going smoothly.
It also gives opportunity to prepare for presenting seminars atconferences.

に所外の委員を加えて審査委員会が組織されます。指導教員は審査委員会メンバーにはなれません。
これらの制度が、研究が行き詰まったときの助けになるのはもちろんですが、様々な分野の研究者の意見を聞く機会をもつことで、研究者としての視野を広げるのに役立っています。また、英語論文を書くための準備やプレゼンテーションの訓練という意味でも経験を積むことができます。
68

総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

□ 研究者間の活発な交流
遺伝研・遺伝学専攻は、研究者間の交流や議論が活発な事で有名です。各研究室が小規模なこともあり、研究室間の合同セミナーや、共同研究が活発に行われています。大学院生も、他の研究室に出入りして自分に必要な知識や実験手技を学んだりするなど、自由で積極的な交流を行っており、講座制にはない魅力となっています。研究所には、教員や大学院生以外にも、博士研究員、共同利用研究員、外国人招へい研究者等、様々な立場の研究者がいるので、いろいろなレベルでの交流が行われています。このような研究室間の垣根のな
い交流は、幅広い学際的視野をもつ研究者の育成のために、非常に良い環境であるといえるでしょう。

□ 生命科学リトリート

NIG is famous for active interactions and discussions among thein-house researchers. Because each research group is small,many groups have joint lab meetings with other labs, andcollaborations between groups are very common. Graduate
students also actively and freely visit other research groups toacquire new techniques and knowledge, which is another meritof small groups. NIG also hosts various types of researchers, suchas postdoctoral fellows, collaborative researchers and visiting
scientists from abroad. Interacting and networking withresearchers with diverse levels and backgrounds is an ideal way
for students to develop broad and balanced views as maturescientists.

□ Life science joint retreat

総研大の生命科学研究科は、遺伝研を基盤機関とする遺伝学専攻、岡崎の生理研、基生研を基盤機関とする生理科学専攻、基礎生物学専攻から成り立っています。これら３専攻に葉山の生命共生体進化学専攻を加えた4専攻合同の生命科学リトリートが年１回開催されています。

□ Close network of research groups

SOKENDAI houses the largest number of life science faculty inJapan. In addition to the Department of Genetics in Mishima,
the Okazaki area has two departments the Department of
Physiological Sciences and the Department of Basic Biology anda fourth department, the Department of Evolutionary Studies
and Biosystems, is located in Hayama. These four life science
departments hold a joint retreat every year for scientificinteractions.

総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI 69

学生に対する様々な支援活動

Various aids to students

大学院生としての生活は人生の中で決して「楽な」時期ではありません。一人前の研究者と同様に高いレベルの研究成果をあげること

NIG and the Department of Genetics conduct various activities
to support graduate students and enrich its graduate program.

を期待されているにもかかわらず、「指導を受けている」学生という身分であるため、仕事をするために授業料を支払わなければなりません。アメリカでは、大学院生の授業料は学部や指導教官が申請するグラントによって負担され、また学生には給与（stipend）が支給されるのが普通ですが、現在の日本の制度では大学院が学生に経済的な援助を与えるシステムは極めて限られています。このような制約の下でも、遺伝学専攻は、学生が「一人前の研究者に育つ」と言う目標を達成するために出来る限りの支援をしようとしています。

□ 経済的支援
遺伝学専攻では、大学院生をリサーチアシスタントに採用し、給与を支給しています。額は５年一貫制１、２年次が年額55万円、３年次以上が年額60万円です。また、日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します。
最近の実績では、希望者全員が奨学金給付を認められています。入
学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、半額免除又は徴収猶予が認められる制度があります。

□ Financial aid
Students accepted to the International Graduate Program at
NIG will be nominated as candidates to receive the scholarshipfrom the Japanese government (MEXT fellowship). Third year
students can also apply to a “Research Fellowship for Young
Scientists” grant sponsored by JSPS. Other ﬁnancial aids are alsoavailable.

□ Courses on scientific writing and presentation
Scientist must not only make new discoveries, but also
communicate new findings effectively to others. The ability topresent and discuss science in English is thus an essential skill thatmust be learned within your graduate career. The Departmentof Genetics offers many courses and workshops on scientificwriting and presentation, including a newly developed
curriculum: English for Scientists. For details please take a look at
the following URLs:
Scientific writing : http://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/sciwri/
Scientific presentation : http://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/EfS/□ 科学発表の授業
研究者にとっては、単に研究能力だけでなくその成果を外に発表する能力も大切です。特に英語で表現・議論する能力は国際的に活躍するためには是非身につけたい能力です。博士号取得までに「英語
で理解・表現・議論する力」を獲得できるよう、遺伝学専攻は外部講師による英語論文書き方講習会や独自カリキュラムによる科学プ
レゼンテーション授業など、様々な取り組みを行っています。詳細は以下の URL をご覧ください。
Scientific writing : http://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/sciwri/
Scientific presentation : http://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/EfS/□ 就職支援活動
遺伝学専攻では在学生や修了生を対象に、「求人情報のメーリング
リスト」を作成しています。個々の教員に寄せられるポスドクなどの求人情報が素早く入手できる便利な制度です。

□ 海外での学会参加の助成
研究成果をあげ、英会話能力を身につけたら次は国際学会での発表です。遺伝学普及会が若手研究者に対する海外渡航費の助成を行っており、申請が認められれば旅費の援助が受けられます。
国際共同研究活動や国際的研究能力育成のための長期間海外派遣
で研究や研修を行う制度もあります。

70□ Aid in finding a job
To help our graduates ﬁnd jobs after obtaining their degrees, NIG
collects recruitment information for positions such as postdocs
and assistant professors and informs the graduate students andalumni using a web page and a mailing list.

□ Travel funds
Once you have obtained interesting results and polished yourpresentation skills, it's time to show them off at international
meetings. Indeed, many NIG graduate students have been
selected to present their work as oral presentations at prestigious
international conferences. NIG students are eligible to apply toseveral travel funds to cover the costs of attending international
conferences.

総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

大学院進学を考えている方へ！ Prospective Students!
□ 学部学生のための遺伝研体験プログラム
遺伝研では学部学生のための「体験入学プログラム」を実施しています。１週間程度、遺伝研の宿泊施設に泊まり込み、実験、セミナー参加など、たくさんのプログラムで遺伝研の研究生活を実体験することができます。旅費・宿泊費は遺伝研から支給されます。

□ SOKENDAI・遺伝学専攻 DVD
遺伝学専攻では遺伝研の研究教育環境を広く知っていただくため、所内の様子、大学院生の活動、遺伝学専攻の教育方針や教員の研究内容について紹介した DVD を制作しました。
配布（無料）を希望される方は、
国立遺伝学研究所大学院担当（info-soken@nig.ac.jp）
までご連絡ください。

□ Undergraduate research internships at NIG
NIG offers a 10-week undergraduate research internship programfor international students who wish to gain experience in scientificlab work. Each intern will join ongoing research projects in a worldclass research group, and will be provided with latitude as well as
responsibility to conduct “real” research, i.e. something that noone in the world has done before. Interns also participate invarious Departmental activities, such as lectures for our graduate
students, journal clubs, and seminars by outstanding researchersin and out of NIG. Japanese lessons are also available. Stipend
will be provided to cover traveling and living expenses. If you
want to find out what it is like to do research, this is the best way
to spend a summer.

□ Promotional Video of the NIG Graduate Program
We have produced a DVD video to introduce the activities atthe Department of Genetics, SOKENDAI. The video includes an
overview of the graduate program and research activities at the
National Institute of Genetics. The DVD (in Japanese) can beobtained free of charge by contacting the general affairs
section (info-soken@nig.ac.jp).

総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI 71

□ 大学院進学を考えている人へ□ Graduate education at NIG

遺伝学専攻の大学院教育は、「自立した研究者」の育成を目指し

Educating future generations of scientists is central to the missionof NIG. Our undergraduate and graduate programs provide
many opportunities for students to gain scientific knowledge andexperimental techniques as well as professional skills. However,though less tanglible, we also believe that developing the “spirit
and attitude of research” is critical for young scientists. The
accomplishments of our students are perhaps the most importanttestament to the success of our research and education
programs. The figure below shows some NIG graduate students
and their first-authored work recently published in top scientificjournals.

ています。しかし、この目標は優れた研究環境や充実した指導体
制だけで達成できるわけではありません。大学院生が各自、何を研究したいのか目的意識をきちんと持ち、自ら積極的に行動することが必要です。遺伝学専攻に興味を持たれた方は、まずは興味をもつ研究室の教員に直接連絡を取ってみて下さい。下の表は遺伝学専攻生とその発表論文の一例です。

Publications by NIG Graduate Students
The temporal sequence of the mammalian neocortical neurogenetic program drives mediolateralpattern in the chick pallium.
Suzuki, K.I., Kawasaki T., Gojobori, T., and Hirata, T.
Developmental Cell 22, 863-870 (2012)

鈴木郁夫（2010.3 卒業）

Ikuo Suzuki (Graduated in March 2010)

遺伝研・総研大では、所内の人から意見をもらえる機会が多かった事、 I enjoyed my research in a multidisciplinary atmospherethanks to a lot of encouraging discussions with our colleagues
そして本当に自由に研究させてもらえた事に感謝しています。
in NIG/SOKENDAI.

Localized accumulation of tubulin during semi-open mitosis in the Caenorhabditis elegans embryo.
Hayashi, H., Kimura, K., and Kimura, A.
Mol. Biol. Cell 23, 1688-1699 (2012)

林華子（2011.3 卒業）

Hanako Hayashi (Graduated in March 2011)

生きている細胞の構造は一度作り上がっても、すぐに作り変えられる。 The character of cell appears to be unique aspect for our
それがいきものらしさの一つの特徴だと考えています。
その仕組みの分 organism. In living cells, cellular structure can build up andreshape with a rapid turnover. To know this molecular
子機構を知ろうと、
今は細胞内の構造形成に重要な細胞骨格に注目して mechanism, I'm focusing on regulation in dynamics of a
研究を進めています。
essential factor, cytoskeletal actin structure.

Local nucleosome dynamics facilitate chromatin accessibility in living mammalian cells.
Hihara, S., Pack, C.G., Kaizu, K., Tani, T., Hanafusa, T., Nozaki, T., Takemoto, S., Yoshimi, T., Yokota, H., Imamoto, N., Sako,
Y., Kinjo, M., Takahashi, K., Nagai, T., and Maeshima, K.
Cell Reports 2, 1645-1656 (2012)

日原さえら（2012.9 卒業）

Saera Hihara (Graduated in September 2012)

レベルの高い環境で、研究に熱く真剣になれる自分を感じることができました。

Thanks to the high-level environment of NIG, I could findmyself in devoting to my research passionately and sincerely.

遺伝研で研究しよう Varied program to host researchers
遺伝研は、他大学の大学院生の教育にも貢献しています。遺伝学またはこれに関連する学問分野を専攻している大学院生（修士・博士課程）
であれば、「特別共同利用研究員」として遺伝研で研究することが可能です。授業料などの費用はかかりません。そのほか、企業に所属しながら遺伝研で研究する「受託研究員」制度や、大学卒業の資格で遺伝研で研究する「遺伝研研究生」の制度もあります。
詳細はhttp://www.nig.ac.jp/welcome/howtowork-j.htmlをご覧ください。

72

NIG accepts students who belong to other graduate programs(master's course or doctor's course) and provides research
environment at the Institute. NIG also offers ample opportunity forpost-graduate education and international exchanges. In addition
to institutionally-founded posdoc positions (NIG postdoctral fellow;
http://www.nig.ac.jp/english/about/recruit.html), one can also
work at NIG through externally-funded postdoc grants (MEXT and
JSPS Programs) or grants to individual labratory. In addition, NIG
welcomes sabbatical stays of foreign faculty. Please contact yourproposed mentor/host/hostess for details on the programs.

総合研究大学院大学・生命科学研究科・遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

運 営
Management
運営会議

Advisory Committee

研究所の運営に関する重要事項その他共同研究計画に関する事項で、所長が必要と認めるものについて、所長の諮問に応じる。

The Advisory Committee gives advice to the Director-General on administrative affairs including joint research programs.
岩手看護短期大学副学長

西田栄介

京都大学大学院生命科学研究科教授

OGAWA, Tomoko

小川智子

Vice-Director, Iwate College of Nursing

NISHIDA, Eisuke

Professor, Graduate School of Biostudies, Kyoto University

SHINOZAKI, Kazuo

Director, Center for Sustainable Resource Science, RIKENKURODA, Sinya

Professor, Graduate School of Sciences, The University of Tokyo

篠崎一雄

独立行政法人理化学研究所環境資源科学研究センター長

関口睦夫

福岡歯科大学先端科学研究センター長

SEKIGUCHI, Mutsuo

Director, Advanced Science Research Center, Fukuoka Dental College

菅野純夫

東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

SUGANO, Sumio

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo

舘田英典

九州大学大学院理学研究院教授

TACHIDA, Hidenori

黒田真也

東京大学大学院理学系研究科教授

杉本亜砂子

東北大学大学院生命科学研究科教授

松崎文雄

独立行政法人理化学研究所 発生・再生科学総合研究センターグループディレクター

MATSUZAKI, Fumio

Group Director, Center for Developmental Biology, RIKEN

森川耿右（財）国際高等研究所チーフリサーチフェロー

SUGIMOTO, Asako

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

Professor, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University

MORIKAWA, Kousuke

Chief Research Fellow, International Institute for Advanced Studies（所外委員）

五條堀

孝

斎藤成也

副所長
Vice-Director

ARAKI, Hiroyuki

Vice-Director

KOBAYASHI, Takehiko

Head , Department of Cell Genetics

KAWAKAMI, Koichi

Head , Department of Developmental Genetics SHIROISHI, Toshihiko

副所長

小林武彦

細胞遺伝研究系研究主幹

川上浩一

個体遺伝研究系研究主幹

アドバイザリーボード

生命情報研究センター長

SAITOU, Naruya

Head , Department of Population Genetics OKUBO, Kousaku

Head , Center for Information Biology

KAKUTANI, Tetsuji

Head , Department of Integrated Genetics NIKI, Hironori

Head , Radioisotope Center

HIROMI, Yasushi

Head, Center for Frontier Research

角谷徹仁

荒木弘之

大久保公策

集団遺伝研究系研究主幹

GOJOBORI, Takashi

広海

総合遺伝研究系研究主幹

健

城石俊彦

仁木宏典
倉田のり

新分野創造センター長

生物遺伝資源センター長

KURATA, Nori

系統生物研究センター長

放射線・アイソトープセンター長

Head, Genetic Resource Center（所内委員）

Head , Genetic Strains Research Center

Advisory Board

研究所に係る重要事項について、所長又は運営会議の求めに応じ助言を行う。

The board members give advice to the Director-General and/or the Advisory Committee regarding the principles and policies of the institute.

岩槻邦男

東京大学名誉教授

Walter J. Gehring
Tim Hunt

IWATSUKI, Kunio

Emeritus Professor, The University of Tokyo

SAKAKI, Yoshiyuki

President, Toyohashi University of Technology

John Sulston

独立行政法人理化学研究所発生・再生科学総合研究センター長TAKEICHI, Masatoshi

Director, Center for Developmental Biology, RIKEN

Eric Wieschaus

榊佳之

豊橋技術科学大学長

竹市雅俊

総合企画室

Office of Strategy Planning and Coordination

各種個別委員会

所長の指揮の下、研究企画、評価、産学連携・広報の企画・調整を行うとともに、 委員会名Committee
機構本部総合企画室に対応する。
Under the Director-General’s supervision, the Office handles research plans, evaluation,
Industry-Academia partnerships, planning and coordinating public relations as well as
corresponds to Office of Strategy Planning and Coordination, ROIS.

研究企画担当Research Planning五條堀孝

新領域融合研究センター担当 仁木宏典

GOJOBORI, Takashi Transdisciplinary ResearchIntegration Center
倉田のり
KURATA, Nori

評価担当

NIKI, Hironori

上田龍

Evaluation
UEDA, Ryu
城石俊彦
SHIROISHI, Toshihiko 広報・知財担当
鈴木睦昭
Public Relations/Intellectual SUZUKI, Mutsuaki
荒木弘之
Property
ARAKI, Hiroyuki

運営会議共同利用委員会（委員長）Chair
角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji（所外委員）Non- NIG members

Professor, Department of Integrated Genetics

KAKUTANI, Tetsuji

五條堀孝

GOJOBORI, Takashi

斉SAWA,Hitoshi

予算委員会
Budget

施設整備委員会孝

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

小林武彦

Facility Management

KOBAYASHI, Takehiko

共通機器委員会

川上浩一

Common Equipment

KAWAKAMI, Koichi

電子計算機委員会

藤山秋佐夫

Computer

FUJIYAMA, Asao

図書委員会

澤

斉

龍

Recombinant Experiments UEDA, Ryu

動物実験委員会

城石俊彦

Animal Experiment

SHIROISHI , Toshihiko

防火・防災管理委員会 管理部長

Fire & Disaster Prevention General Manager

生物遺伝資源委員会

生物遺伝資源センター長

Genetic Resources

Head, Genetic
Resource Center

マウス小委員会
Mouse Bioresource

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

倉田のり

SAWA, Hitoshi

イネ小委員会

Seminar

NONOMURA, Kenichi

大腸菌小委員会

NIG Projects

KAKUTANI, Tetsuji

ハラスメント防止・対策委員会 副所長

広報委員会

仁木宏典

Publicity

NIKI, Hironori

セミナー委員会

野々村賢一

Rice Bioresource

角谷徹仁

E.Coli Bioresource
Harassment Prevention

KURATA, Nori

仁木宏典

NIKI, Hironori
Vice-Director

放射線安全委員会

荒木弘之

安全衛生委員会

Group Director, Center for Developmental Biology, RIKEN

荒木弘之

RI Safety

ARAKI, Hiroyuki

Safety & Health

ARAKI, Hiroyuki

知的財産委員会

DNAデータ研究利用委員会 高木利久
総合遺伝研究系教授
Professor, Department of Integrated Genetics

生命情報研究センター教授

Professor, Center for Information Biology

個体遺伝研究系教授

澤

GOJOBORI, Takashi

独立行政法人理化学研究所 発生・再生科学総合研究センターグループディレクター

広海

健

Future Planning前島一博

細胞遺伝研究系教授

HIROMI,Yasushi

五條堀

遺伝子組換え実験安全委員会 上田

MAESHIMA, Kazuhiro

小林武彦

KOBAYASHI, Takehiko

Chair

将来計画委員会

Intellectual Property

松崎文雄（所内委員）NIG members
角谷徹仁

委員長

Committee

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

九州大学大学院理学研究院教授

MATSUZAKI, Fumio

委員会名

ヒトゲノム・遺伝子解析 大久保公策
研究倫理審査委員会

舘田英典

TACHIDA, Hidenori

NIG Committees
Chair

事業委員会
総合遺伝研究系教授

Principal Scientist, Cancer Research UK, London ResearchInstitute
Chair, Institute for Science, Ethics and Innovation,
The University of Manchester
Professor, Princeton University

委員長

Library

Inter-University Collaboration Committee

Emeritus Professor, Biozentrum, University of Basel

Professor, Department of Cell Genetics
Professor, Department of Developmental Genetics

DNA Database Advisory TAKAGI, Toshihisa

Ethics of Human Genome OKUBO, Kosaku
Research

利益相反委員会
Conflict of Interests

所長

Director-General

遺伝学博物館委員会

斎藤成也

Museum of Genetics

SAITO, Naruya

国際化推進委員会

明石Internationalization

AKASHI, Hiroshi

裕

博士研究員選考委員会 小林武彦
PD Selection

KOBAYASHI, Takehiko

構造遺伝学研究センター教授

Professor, Structural Biology Center

運 営／Management 73

DNAデータ研究利用委員会
金城

玲

所外委員

大阪大学蛋白質研究所

DNA Database Advisory (Non - NIG members)

准教授

KINJO, Akira

Associate Professor, Institute for Protein Research, Osaka University

KUROKAWA, Ken

Professor,Tokyo Institute of Technology School and Graduate
School of Bioscience and Biotechnology

黒川顕

東京工業大学大学院

生命理工学研究科

教授

白木澤佳子

（独）科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター企画運営室 室長

長洲毅志

エーザイ株式会社

SHIROKIZAWA, Yoshiko

Director, Department of Planninng and management,NBDC Japan
Science and Technology Agency

理事・CSO 付担当部長

NAGASU, Takeshi

OFFICER, Special Associate to Chief Scientific Officer, Eisai Co., Ltd.

NAGAMURA, Yoshiaki

Director, Genome Resource Unit, Agrogenomics ResearchCenter, National Institute of Agrobiological Sciences

長村吉晃
服部正平

独立行政法人農業生物資源研究所農業生物先端ゲノム研究センター ゲノムリソースユニット ユニット長
東京大学大学院新領域創成科学研究科

教授

HATTORI, Masahira

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, University of Tokyo

FUJITA, Nobuyuki

Director-General for Genomics and Biosafety, Biological Resource
Center, National Institute of Technology and Evaluation

藤田信之

独立行政法人製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター 上席参事官

松岡 聡

東京工業大学学術国際情報センター

MATSUOKA, Satoshi

Professor,Tokyo Institute of Technology Global Scientific Information
and Computing Center

水島

教授

洋

国立保健医療科学院 研究情報支援研究センター 上席主任研究官

MIZUSHIMA, Hiroshi

Chief Senior Researcher,Center for Public Health Informatics,National
Institute of Public Health

宮野悟

MIYANO, Satoru

武藤香織
MUTO, Kaori

菅野純夫
SUGANO, Sumio

Sang-Hyuk Lee

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science,
University of Tokyo

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター准教授

Associate Professor, Human Genome Center, Institute of Medical
Science, University of Tokyo東京大学大学院新領域創成科学研究科

教授

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, University of Tokyo

Korean Bioinformation Center, Director

遺伝子組換え実験安全委員会 所外委員 Recombinant Experiments Committee (Non - NIG members)
秋山靖人

AKIYAMA, Yasuto

静岡県立静岡がんセンター研究所 免疫治療研究部 部長
Chief, Immunotherapy Division, Shizuoka Cancer Center Research Institute小田司

ODA, Tsukasa

日本大学法学部教授
Professor, School of Law, Nihon University

動物実験委員会 所外委員 Animal Experiments Committee (Non - NIG members)
塩尻信義

SHIOJIRI, Nobuyoshi

静岡大学理学部教授

Professor, Faculty of Science, Shizuoka University

生物遺伝資源委員会 所外委員
明石

良

阿部

純

Genetic Resources Committee (Non - NIG members)

宮崎大学農学部畜産草地科学科教授

AKASHI, Ryo

Professor, Department of Animal and Grassland Science, Miyazaki University

ABE, Jun

Professor, Research Faculty of Agriculture, Hokkaido University

ISA, Tadashi

Professor, National Institute for Physiological Sciences

伊佐

正

稲葉一男

北海道大学大学院農学研究院教授

自然科学研究機構生理学研究所教授
筑波大学下田臨海実験センター長

INABA, Kazuo

Director, Shimoda Marine Research Center, Tsukuba University

URUSHIHARA, Hideko

Professor, Graduate School of Life and Environmental Sciences, Tsukuba University

EZURA, Hiroshi

Professor, Graduate School of Life and Environmental Sciences, Tsukuba University

OKUMA, Moriya

General Manager, RIKEN BioResource Center

OGASAWARA, Naotake

President, Nara Institute of Science and Technology

漆原秀子
江面

浩

大熊盛也

筑波大学大学院生命環境科学研究科教授
筑波大学大学院生命環境科学研究科教授

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター室長

小笠原直毅

奈良先端科学技術大学院大学長

岡田清孝

自然科学研究機構基礎生物学研究所長

岡本仁

独立行政法人理化学研究所脳科学総合研究センター副センター長

小幡裕一

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター長加藤俊一

東海大学医学部教授

金子嘉信

大阪大学大学院工学研究科教授

河瀬眞琴

独立行政法人農業生物資源研究所遺伝資源センター長

OKADA, Kiyotaka
OKAMOTO, Hitoshi
OBATA, Yuichi
KATO, Shunichi
KANEKO, Yoshinobu

Director-General, National Institute for Basic Biology
Deputy Director, RIKEN Brain Science Institute
Director, RIKEN BioResource Center
Professor, School of Medicine, Tokai University
Professor, Graduate School of Engineering, Osaka University

KAWASE, Makoto

Director, Genetic Resources Center, National Institute of Agrobiological Sciences

河地正伸

独立行政法人国立環境研究所生物生態系環境研究センター生物資源保存研究推進室長

KAWACHI, Masanobu Head, Biodiversity Resource Conservation Section, Center for Environmental
Biology and Ecosystem Studies, National Institute for Environmental Studies

草場信

KUSABA, Makoto

庫本高志

広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設長
Director, Laboratory of Plant Chromosome and Gene Stock,
Graduate School of Science, Hiroshima University

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設准教授

高野敏行

TAKANO, Toshiyuki

中潟直己

NAKAGATA, Naomi

中桐昭

NAKAGIRI, Akira

中辻憲夫

NAKATSUJI, Norio

京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センター教授
Professor, Drosophila Genetic Resource Center, Kyoto Institute ofTechnology

熊本大学生命資源研究・支援センター教授

Professor, Institute of Resource Development and Analysis Center for
Animal Resources and Development, Kumamoto University

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター長

Director, Fungus/Mushroom Resource and Research Center,
Faculty of Agriculture, Tottori University

京都大学物質一細胞統合システム拠点長
Director General, Institute for Integrated Cell-Material Science, Kyoto University

中村太郎

大阪市立大学大学院理学研究科教授

中村幸夫

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター室長

那須田周平

京都大学大学院農学研究科助教

成瀬清

自然科学研究機構基礎生物学研究所准教授

西尾剛

NAKAMURA, Taro

Professor, Graduate School of Science, Osaka City University

NAKAMURA, Yukio

General Manager, RIKEN BioResource Center

NASUDA, Shuhei

Assitant Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

NARUSE, Kiyoshi

Associate Professor, National Institute for Basic Biology

NISHIO, Takeshi

Professor, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University

NITASAKA, Eiji

Lecturer, Graduate School of Science, Kyushu University

NITO, Nobumasa

Director, Regional Exchange Center, Faculty of Biology-Oriented
Science and Technology, Kinki University

仁田坂英二
仁藤伸昌
伴野

豊

BANNO, Yutaka

東北大学大学院農学研究科教授
九州大学大学院理学研究院講師
近畿大学生物理工学部地域交流センター長
九州大学大学院農学研究院准教授

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyushu University

平井啓久

京都大学霊長類研究所長

深海

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター室長

HIRAI, Hirohisa

薫

Director, Primate Research Institute, Kyoto University

FUKAMI, Kaoru

General Manager, RIKEN BioResource Center

FUKUDA, Hiroo

Professor, Graduate School of Science, University of Tokyo

福田裕穂
藤島政博

東京大学大学院理学系研究科教授
山口大学大学院理工学研究科教授

KURAMOTO, Takashi

Associate Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate
School of Medicine, Kyoto Universiry

FUJISHIMA, Masahiro

Professor, Graduate School of Science and Engineering, Yamaguchi University

小林正智

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター室長

MASUI, Tohru

General Manager, Department of Disease Bioresources Research,
National Institute of Biomedical Innovation

増井徹

独立行政法人医薬基盤研究所難病･疾患資源研究部長

KOBAYASHI, Masatomo

General Manager, RIKEN BioResource Center

SAKAIZUMI, Mitsuru

Professor, Faculty of Science, Niigata University

SATO, Kazuhiro

Professor, Barley and Wild Plant Resource Center, Research Institutefor Bioresources, Okayama University

MATSUURA, Keiichi

松田洋一

名古屋大学大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター長SUZUKI, KenichiroCounsellor, Biological Resource Center, National Institute of Technology and Evaluation

MATSUDA, Yoichi

住田正幸

広島大学大学院理学研究科附属両生類研究施設長

Director, Avian Bioscience Research Center, Graduate School of
Bioagricultural Sciences, Nagoya University

酒泉

満

佐藤和広

鈴木健一朗

SUMIDA, Masayuki
74

新潟大学理学部教授
岡山大学資源植物科学研究所附属大麦・野生植物資源研究センター教授
独立行政法人製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター参事官

Professor, Laboratory for Amphibian Biology, Graduate School of
Science, Hiroshima University

運 営／Management

松居靖久

東北大学加齢医学研究所附属医用細胞資源センター教授

MATSUI, Yasuhisa

Professor, Institute of Development, Aging and Cancer, Tohoku University

松浦啓一

独立行政法人国立科学博物館名誉研究員

三谷昌平
MITANI, Shohei

Honorary Fellow, National Museum of Nature and Science

東京女子医科大学医学部主任教授

Head Professor, School of Medicine, Tokyo Women’s Medica University

森郁恵

名古屋大学大学院理学研究科教授

MORI, Ikue

Professor, Graduate School of Science, Nagoya University

森脇和郎

独立行政法人理化学研究所筑波研究所特別顧問

MORIWAKI, Kazuo

所外委員

相澤慎一

独立行政法人理化学研究所神戸研究所発生・再生科学総合研究センターグループディレクターITO, Toshio

Director, Marmoset Research Department, Central Institute forExperimental Animals

公益財団法人実験動物中央研究所マーモセット研究部長
独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター長

OBATA, Yuichi

Director, BioResource Center, RIKEN Tsukuba Institute

KAI, Chieko

Director, Laboratory Animal Research Center, Institute of Medical
Science, University of Tokyo

甲斐知恵子
木南

東京大学医科学研究所附属実験動物研究施設長

凌新潟大学大学院医歯学総合研究科客員研究員

KOMINAMI, Ryo

Visiting Researcher, Graduate School of Medical and Dental
Sciences, Niigata University

重本隆一

自然科学研究機構生理学研究所教授

SHIGEMOTO, Ryuichi

Professor, National Institute for Physiological Sciences

SERIKAWA, Tadao

Researcher, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of
Medicine, Kyoto University

芹川忠夫

イネ小委員会

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設

所外委員

研究員

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

石川隆二

弘前大学農学生命科学部教授

ISHIKAWA, Ryuji

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya
University
Professor, Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki
University

江花薫子

独立行政法人農業生物資源研究所遺伝資源センター主任研究員

奥野員敏

筑波大学大学院生命環境科学研究科教授

EBANA, Kaworu
OKUNO, Kazutoshi

Chief Researcher, Genetic Resources Center, National Instituteof Agrobiological Sciences
Professor, Graduate School of Life and Environmental Sciences,
Tsukuba University

奥本裕

OKUMOTO, Yutaka

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

川崎努

近畿大学農学部バイオサイエンス学科教授

KAWASAKI, Tsutomu

京都大学大学院農学研究科教授

Professor, Faculty of Agriculture, Kinki University

北野英己

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

KITANO, Hidemi

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

大腸菌小委員会
饗場弘二

所外委員

Professor, Pharmaceutical Sciences, Suzuka University of Medical Science

AKIYAMA, Yoshinori

Professor, Institute for Virus Research, Kyoto University

秋山芳展

京都大学ウイルス研究所教授

板谷光泰

慶應義塾大学先端生命科学研究所教授

伊藤維昭

京都産業大学総合生命科学部教授

内海龍太郎

近畿大学農学部教授

ITO, Koreaki

松田潤一郎

独立行政法人医薬基盤研究所難病 ･ 疾患資源研究部研究リーダー

森脇和郎

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター特別顧問

MATSUDA, Junichiro

Special Adviser, BioResource Center,RIKEN Tsukuba Institute

YAGAMI, Kenichi

Professor, Faculty of Medicine, University of Tsukuba

YAMAMURA, Kenichi

Professor, Institute of Resource Development and Analysis,
Kumamoto University

八神健一

筑波大学医学医療系教授

山村研一

熊本大学生命資源研究・支援センター教授

吉木

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

淳

YOSHIKI, Atsushi

米川博通

YONEKAWA, Hiromichi

名古屋大学大学院生命農学研究科准教授

松岡信

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

安井秀Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

YASUI, Hideshi

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

横井修司

岩手大学農学部准教授

吉村

九州大学大学院農学研究院教授

Professor, Institute for Advanced Biosciences, Keio University
Professor, Faculty of Life Sciences, Kyoto Sangyo University

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Iwate University

YOSHIMURA, Atsushi

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyushu University

淳

佐藤

勉

SATO, Tsutomu

Professor, School of Marine and Technology, Tokai University

ODA, Tsukasa

黒澤健司

KUROSAWA, Kenji

Emeritus Professor, Nihon University

日本大学法学部教授
Professor, School of Law, Nihon University

神奈川県立こども医療センター部長
Director, KANAGAWA Children's Medical Center

利益相反委員会

所外委員

瀬戸

小樽商科大学ビジネススクール教授

篤SETO, Atsushi

所外委員

日本大学名誉教授

法政大学生命科学部教授

Professor, Faculty of Bioscience and Applied Chemistry, Hosei
University

立教大学理学部教授

SEKINE, Yasuhiko

Professor, College of Science, Rikkyo University

TANAKA, Kan

Professor, Interdisciplinary Graduate School of Science andEngineering, Tokyo Institute of Technology

田中寛

東京工業大学大学院総合理工学研究科教授

戸邉亨

大阪大学大学院医学系研究科保健学専攻教授

TOBE, Toru

東海大学海洋研究所専任教授

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会

司

九州大学大学院農学研究院准教授

YOKOI, Shuji

関根靖彦

九州大学大学院薬学研究院教授
KATAYAMA, Tsutomu Professor, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Kyushu University
法政大学生命科学部教授
川岸郁朗
Professor, Faculty of Bioscience and Applied Chemistry, Hosei University
KAWAGISHI, Ikuro

小田Unit Leader, Genome Resource Unit, Agrogenomics ResearchCenter,National Institute of Agrobiological Sciences

MATSUOKA, Makoto

矢口貴志

AOKI, Hisanao

Associate Professor, Graduate School of Bioagricultural
Sciences, School of Agricultural Sciences, Nagoya University

独立行政法人農業生物資源研究所農業生物先端ゲノム研究センターゲノムリソースユニット長

林

青木久尚

Associate Professor, Institute of Genetic Resources, Faculty ofAgriculture, Kyushu University

長村吉晃

NAGAMURA, Yoshiaki

奈良先端科学技術大学院大学長

勉

Visiting Researcher, Tokyo Metropolitan Institute of Medical
Science

土井一行

Doi, Kazuyuki

President, Graduate School of Information Science, Nara Instituteof Science and Technology

OGURA, Mitsuo

公益財団法人東京都医学総合研究所客員研究員

九州大学大学院農学研究院附属遺伝子資源開発研究センター准教授

OGASAWARA, Naotake

片山General Manager, Experimental Animal Division, BioResource
Center, RIKEN Tsukuba Institute

熊丸敏博

KUMAMARU, Toshihiro

Professor, Faculty of Agriculture, Kinki University

小倉光雄

Head, Department of Disease Bioresources Research, National
Institute of Biomedical Innovation

MORIWAKI, Kazuo

UTSUMI, Ryutaro

小笠原直毅

独立行政法人理化学研究所筑波研究所バイオリソースセンター室長

General Manager, RIKEN BioResource Center

E. Coli Bioresource Committee (Non- NIG members)

鈴鹿医療科学大学薬学部教授

AIBA, Hiroji

ITAYA, Mitsuhiro

Associate Professor, Management Unit, Medical Mycology ResearchCenter, Chiba University

Rice Bioresource Committee (Non- NIG members)

芦苅基行

ASHIKARI, Motoyuki

千葉大学 真菌医学研究センター バイオリソース管理室長

Mouse Bioresource Committee (Non- NIG members)Group Director, Center for Developmental Biology, RIKEN Kobe Institute

小幡裕一

淳

YOSHIKI, Atsushi

AIZAWA, Shinichi

伊藤豊志雄

YAGUCHI, Takashi

吉木Special Adviser, RIKEN Tsukuba Instituteマウス小委員会

矢口貴志

哲也

HAYASHI, Tetsuya
YAGUCHI, Takashi

吉川博文

YOSHIKAWA, Hirofumi

吉田健一

YOSHIDA, Kenichi

Professor, Division of Health Science, Graduate School of
Medicien, Osaka University

宮崎大学フロンティア科学実験総合センター長

Director, Frontier Science Research Center, Miyazaki University

千葉大学真菌医学研究センターバイオリソース管理室長
Unit Leader, Management unit, Medical Mycology ResearchCenter, Chiba University

東京農業大学応用生命科学部教授

Professor, Faculty of Applied Bio-Science, Tokyo University of Agriculture

神戸大学大学院農学研究科教授
Professor, Graduate School of Agricultural Science, Kobe University

Ethics of Human Genome Research Committee (Non- NIG members)
小林設郎

KOBAYASHI, Setsuro

静岡県立三島北高等学校教諭
Teacher, Mishima Kita High School

野口基子

静岡大学非常勤講師

渡邉妙子

公益財団法人佐野美術館館長

NOGUCHI, Motoko

WATANABE, Taeko

Part-time Lecturer, Shizuoka University
Curator, Sano Art Museum

Conflict of Interests Committee (Non-NIG members)Professor,Otaru University of Commerce

運 営／Management 75

研究教育職員・研究員・学生
Research Staff & Students
所

長

副所長
副所長

桂

勲

五條堀

孝

荒木弘之

Director-General

KATSURA, Isao

□ 発生遺伝研究部門

Vice-Director

GOJOBORI, Takashi

教

授

広海

Prof.

HIROMI, Yasushi

助

教

浅岡美穂

Assist. Prof.

ASAOKA, Miho

助

教

林

Assist. Prof.

HAYASHI, Takashi

Vice-Director

ARAKI, Hiroyuki

健貴史

分子遺伝研究系 Department of Molecular Genetics□ 発生遺伝研究部門

研究主幹（兼） 深川竜郎助

□ 分子遺伝研究部門

Head

FUKAGAWA, Tatsuo

Division of Molecular Genetics

教

Division of Developmental Genetics

清水Division of Developmental Genetics
裕□ 形質遺伝研究部門

Assist. Prof.

SHIMIZU, Hiroshi

Division of Neurogenetics

教

授

深川竜郎

Prof.

FUKAGAWA, Tatsuo

哲也

授

岩里琢治

Prof.

IWASATO, Takuji

教

堀

教

助

Assist. Prof.

HORI, Tetsuya

助教

MIZUNO, Hidenobu

助

教

西野達哉

水野秀信

Assist. Prof.

Assist. Prof.

NISHINO, Tatsuya

香取将太

FURUTA, Maiko

JSPS Research
Fellow

KATORI, Shota

NIG Postdoc

日本学術振興会特別研究員
総研大 D5

IWATA, Ryohei

遺伝研博士研究員 古田満衣子
博士研究員

ぺルぺレスク, マリネラ Postdoc

博士研究員

Postdoc
KAGAWA, Naoko
香川尚子
D5 Student SOKENDAI TAKAGI, Keiji
高木恵次
ナグパル, ハルシュ D1 Student SOKENDAI NAGPAL, Harsh

総研大 D5
総研大 D1□ 分子機構研究室
助

教

PERPELESCU, Marinela

Molecular Mechanism Laboratory

清野浩明□ 核酸化学客員研究部門

Assist. Prof.

SEINO, Hiroaki

Division of Nucleic Acid Chemistry

岩田亮平

D5 Student SOKENDAI

総研大 D5鈴木亜友美

D5 SOKENDAI,SUZUKI, Ayumi
JSPS Research Fellow DC（学振特別研究員）

総研大 D5羅ブンジュウ

総研大 D1

中沢信吾

D5 SOKENDAI,
LUO, Wenshu
JSPS Research Fellow DC（学振特別研究員）□ 初期発生研究部門

Division of Molecular and Developmental Biology

教

授

川上浩一

Prof.

KAWAKAMI, Koichi

助

教

浅川和秀

Assist. Prof.

ASAKAWA, Kazuhide

助

教

武藤

Assist. Prof.

MUTO, Akira

NIG Postdoc

TANABE, Hideyuki

彩

客員教授

アーンショウ, ウィリアム C. Visiting Prof.

EARNSHAW, William C.

客員教授

マルコ , ジョン F. Visiting Prof.

遺伝研博士研究員 田辺英幸

MARKO, John F.

総研大 D5

細胞遺伝研究系 Department of Cell Genetics
研究主幹（兼） 小林武彦

Head

授

小林武彦

Prof.

KOBAYASHI, Takehiko

助教

Assist. Prof.

IIDA, Tetsushi

助

教

飯田哲史
赤松由布子
芹澤尚美

Assist. Prof.

AKAMATSU, Yufuko

Postdoc

SERIZAWA, Naomi

日本学術振興会特別研究員

佐々木真理子JSPS Research
Fellow

SASAKI, Mariko

総研大 D4

榮岩春奈
鵜之沢英理
高橋明大

D4 Student SOKENDAI HAEIWA, Haruna

総研大 D3D3 Student SOKENDAI UNOSAWA, Eri
D3 Student SOKENDAI TAKAHASHI, Akihiro□ 微生物遺伝研究部門 Division of Microbial Genetics
教

授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
総研大 D5

荒木弘之
田中誠司
日詰光治
田中尚美
矢倉 勝
牧野仁志穂

□ 細胞質遺伝客員研究部門

アイラニ, ディーパック D3 Student SOKENDAI AILANI, Deepak

総研大 D1

ミラー, スティーブン, アンドリュー D1 Student SOKENDAI MILLER, Steven Andrew

D4 Student SOKENDAI YOSHINO, Akiko

Division of Physiological Genetics

客員教授

エンゲルト,フローリアン Visiting Prof.

ENGERT, Florian

客員教授

ファーロング,アイリーン

FURLONG, Eileen

Visiting Prof.

集団遺伝研究系 Department of Population Genetics
研究主幹（兼） 斎藤成也

□ 集団遺伝研究部門

Head

SAITOU, Naruya

Division of Population Genetics

教

授

斎藤成也

Prof.

SAITOU, Naruya

助

教

隅山健太

Assist. Prof.

SUMIYAMA, Kenta

D5 Student SOKENDAI KANZAWA, Hideaki

ARAKI, Hiroyuki

総研大 D5

神澤秀明

Assist. Prof.

TANAKA, Seiji

総研大 D3

ヘッチアーラッチ, ナディーカ D3 Student SOKENDAI HETTIARACHCHI, Nadeeka

Assist. Prof.

HIZUME, Kohji

Postdoc

TANAKA, Yoshimi

総研大 D3

ババリンド,アイザック アデヤミ D3 Student SOKENDAI BABARINDE,Isaac Adeyemi

Postdoc

YAGURA, Masaru

D5 Student SOKENDAI MAKINO, Nishiho

Division of Cytoplasmic Genetics

シェラット, デヴィト Visiting Prof.

SHERRATT, David

客員教授

ロスステイン, ロドニー Visiting Prof.

ROTHSTEIN, Rodney

個体遺伝研究系 Department of Developmental Genetics

76

𠮷野彬子

総研大 D3

Prof.

客員教授

研究主幹（兼） 川上浩一

総研大 D4□ 生理遺伝客員研究部門

教

総研大 D3ラル, プラディープ D5 Student SOKENDAI LAL, Pradeep

KOBAYASHI, Takehiko□ 細胞遺伝研究部門 Division of Cytogenetics

博士研究員

D1 Student SOKENDAI NAKAZAWA, Shingo

Head

KAWAKAMI, Koichi

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff & Students□ 進化遺伝研究部門

Division of Evolutionary Genetics

教授

アカシ ヒロシProf.

AKASHI, Hiroshi

助

教

長田直樹

Assist. Prof.

OSADA, Naoki

総研大 D2

ミシュラ , ネハ D2 Student SOKENDAI MISHRA, Neha

遺伝研研究生伊藤史人□ 理論遺伝客員研究部門

Research Student

ITO, Fumito

Division of Theoretical Genetics

客員教授

フォン・ヘーゼラー,アーント Visiting Prof.

von HAESELER, Arndt

客員教授

龍

LONG, Manyuan

漫遠

Visiting Prof.

総合遺伝研究系 Department of Integrated Genetics
研究主幹（兼） 角谷徹仁

□ 人類遺伝研究部門
教

授

Head

Division of Human Genetics

井ノ上逸朗

Prof.

細道一善
遺伝研博士研究員 ジナム,ティモシー A. NIG Postdoc
助

KAKUTANI, Tetsuji

教

Assist. Prof.

INOUE, Ituro
HOSOMICHI, Kazuyoshi
JINAM, Timothy A.

博士研究員

中岡博史

Postdoc

NAKAOKA, Hirofumi

博士研究員

早野崇英
山田思郎

Postdoc

HAYANO, Takahide

博士研究員

Postdoc

YAMADA, Shirou

特任研究員

グルムルティー，アイシュワリャ Project Researcher GURUMURTHY, Aishwarya

総研大 D1

ロメロ , バネッサ D1 Student SOKENDAI ROMERO, Vanessa

総研大研究生オマル，ワリード フセイン Research Student, SOKENDAI OMER, Waleed Hussein□ 育種遺伝研究部門
教

授

助

教

助

教

Division of Agricultural Genetics

角谷徹仁
稲垣宗一
樽谷芳明

遺伝研博士研究員 藤

泰子

Prof.

KAKUTANI, Tetsuji

Assist. Prof.

INAGAKI, Soichi

Assist. Prof.

TARUTANI, Yoshiaki

NIG Postdoc

TO, Taiko

Postdoc

FU, Yu□ 生態遺伝学研究室

Ecological Genetics Laboratory

特任准教授

北野

博士研究員

吉田恒太

潤

Postdoc

YOSHIDA, Kohta

日本学術振興会特別研究員

石川麻乃

JSPS Research
Fellow

ISHIKAWA, Asano

日本学術振興会特別研究員

川尻舞子

JSPS Research
Fellow

KAWAJIRI, Maiko□ 中心体生物学研究室
特任准教授

Project Assoc. Prof. KITANO, Jun

Centrosome Biology Laboratory

北川大樹

遺伝研博士研究員 太田緑Project Assoc. Prof.

KITAGAWA, Daiju

NIG Postdoc

OTA, Midori

博士研究員

松浦利絵子

Postdoc

MATSUURA, Rieko

博士研究員

吉場聡子

Postdoc

YOSHIBA, Satoko

博士研究員

白土

Postdoc

SHIRATSUCHI, Gen

総研大 D1

グプタ, アクシャリ

D1 Student SOKENDAIGUPTA, Akshari玄

系統生物研究センター Genetic Strains Research Centerセンター長（兼） 城石俊彦

□ 哺乳動物遺伝研究室

Head

SHIROISHI, Toshihiko

Mammalian Genetics Laboratory

総研大 D4付 煜
保坂 碧

D4 Student SOKENDAI HOSAKA, Aoi

特別共同利用研究員（東京大学大学院）

教

授

城石俊彦

Prof.

伊藤

Special joint researcher ITO, Tasuku

助

教

高田豊行

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

NIG Postdoc

MOURI, Kousuke

博士研究員

佑

遺伝研博士研究員 毛利亘輔

□ 脳機能研究部門

Division of Brain Function

SHIROISHI, Toshihiko

博士研究員

嵯峨井知子

Postdoc

SAGAI, Tomoko

平田たつみ
川崎能彦

Assoc. Prof.

HIRATA, Tatsumi

博士研究員

天野孝紀

Postdoc

AMANO, Takanori

教

Assist. Prof.

KAWASAKI, Takahiko

博士研究員

日本学術振興会特別研究員片岡太郎

Postdoc

KATAOKA, Taro

毛利亮子

JSPS Research
Fellow

MOHRI, Akiko

准教授
助□ 応用遺伝客員研究部門
客員教授
客員教授

Mammalian Development Laboratory

教

授

相賀裕美子

Prof.

SAGA, Yumiko

SASAKI, Hiroyuki

助

教

加藤

Assist. Prof.

KATO,Yuzuru

MARTIENSSEN, Rob A.

助

教

安島理恵子

Assist. Prof.

AJIMA,Rieko

Division of Applied Genetics

Visiting Prof.
佐々木裕之
マーチエンセン,ロブ A Visiting Prof.

□ 発生工学研究室

譲

遺伝研博士研究員 周智

NIG Postdoc

ZHOU, Zhi

新分野創造センター Center for Frontier Research

博士研究員

吴

泉

Postdoc

WU, Quanセンター長（兼） 広海

総研大 D5小池紘子

D5 Student SOKENDAI KOIKE, Hiroko

総研大 D4坂口あかね

D4 Student SOKENDAI SAKAGUCHI, Akane

総研大 D4
総研大 D3

D4 Student SOKENDAI SAKURAI, Takayuki
櫻井隆順
プイ , ハン ピン D3 Student SOKENDAI PUI, Han Pin

特別共同利用研究員（東京大学大学院）

趙□ 分子機能研究室

健

Head

HIROMI, Yasushi

Molecular Function Laboratory

准教授

鐘巻将人

Assoc. Prof.

KANEMAKI, Masato

博士研究員

夏目豊彰

Postdoc

NATSUME, Toyoaki

日本学術振興会特別研究員

西村浩平

JSPS Research
FellowNISHIMURA. Kohei□ マウス開発研究室

研究員

渡瀬成治

Researcher

WATASE, George

准教授

小出

剛

Assoc. Prof.

KOIDE, Tsuyoshi

助

高橋阿貴

Assist. Prof.

TAKAHASHI, Aki

総研大 D5田邉

D5 Student SOKENDAI TANAVE, Akira

総研大 D1

松本悠貴□ 運動神経回路研究室

Motor Neural Circuit Laboratory

平田普三

Assoc. Prof.

HIRATA, Hiromi

遺伝研博士研究員 山田健太

NIG Postdoc

YAMADA, Kenta

Postdoc

OGINO, Kazutoyo

准教授
博士研究員

荻野一豊

□ 共生細胞進化研究室

Symbiosis and Cell Evolution Laboratory教薇Special joint researcher ZHAO, Wei

Mouse Genomics Resource Laboratory

彰

D1 Student SOKENDAI MATSUMOTO, Yuki

□ 小型魚類開発研究室 Model Fish Genomics Resource Laboratory
准教授

酒井則良

Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

助

教

新屋みのり

Assist. Prof.

SHINYA, Minori

博士研究員

河﨑敏広

Postdoc

KAWASAKI, Toshihiro

Project Assoc. Prof.

MIYAGISHIMA, Shin-ya

Postdoc

KABEYA, Yukihiro

Postdoc

SUMIYA, Nobuko

Postdoc

HIROOKA, Shunsuke

教

授

倉田のり

Prof.

KURATA, Nori

博士研究員

宮城島進也
壁谷如洋
墨谷暢子
廣岡俊亮
恵良厚子

Postdoc

ERA, Atsuko

日本学術振興会特別研究員助教

久保貴彦

Assist. Prof.

KUBO, Takahiko

藤原崇之

JSPS Research
Fellow

FUJIWARA, Takayuki

博士研究員

藤田雅丈

Postdoc

FUJITA, Masahiro

総研大 D2中村真心
宇塚明洋

D2 Student SOKENDAI NAKAMURA, Mami

博士研究員

シェントン, マシュー Postdoc

SHENTON, Matthew

D1 Student SOKENDAI UZUKA, Akihiro

博士研究員

王

WANG, Zi-Xuan

特任准教授
博士研究員
博士研究員
博士研究員

総研大 D1□ 植物遺伝研究室

Plant Genetics Laboratory

子軒

Postdoc

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff & Students 77

□ 原核生物遺伝研究室

Microbial Genetics Laboratory□ 遺伝子回路研究室

Gene Network Laboratory

教

授

仁木宏典

Prof.

NIKI, Hironori

准教授

鈴木えみ子

Assoc. Prof.

SUZUKI, Emiko

助

教

青木敬太

Assist. Prof.

AOKI, Keita

博士研究員

小林百合

Postdoc

KOBAYASHI, Yuri

NIG Postdoc

OKAMOTO, Sho

遺伝研博士研究員 岡本

尚

博士研究員

野崎晋五

Postdoc

NOZAKI, Shingo

博士研究員

矢野晃一

Postdoc

YANO, Koichi

生命情報研究センター Center for Information Biology

日本学術振興会特別研究員中井亮佑

JSPS Research
Fellow

NAKAI, Ryosuke

センター長（兼） 大久保公策□ 無脊椎動物遺伝研究室

Invertebrate Genetics Laboratory□ 遺伝情報分析研究室

教

授

上田

龍

Prof.

UEDA, Ryu

教

助

教

近藤

周

Assist. Prof.

KONDO, Shu

准教授助□ 系統情報研究室
准教授

Genetic Informatics Laboratory

山﨑由紀子

Assoc. Prof.

YAMAZAKI, Yukiko□ 生物遺伝資源情報研究室 Genome Biology Laboratory
特任教授

小原雄治

Project Prof.

KOHARA, Yuji

助教

安達佳樹

Assist. Prof.

ANDACHI, Yoshiki

特任研究員

平木秀明

Project Researcher HIRAKI, Hideaki

特任研究員

植田ゆみ子

Project Researcher UETA, Yumiko

博士研究員

金野宏之

Postdoc

KONNO, Hiroyuki

構造遺伝学研究センター Structural Biology Centerセンター長（兼） 荒木弘之

□ 生体高分子研究室

Head

ARAKI, Hiroyuki

Biological Macromolecules Laboratory

教

授

前島一博

Prof.

MAESHIMA, Kazuhiro

助

教

平谷伊智朗

Assist. Prof.

HIRATANI, Ichiro

特別共同利用研究員（慶応義塾大学大学院） 野崎（学振特別研究員）

慎

Special joint researcher,
NOZAKI, Tadasu
JSPS Research Fellow

総研大 D1

今井亮輔

D1 Student SOKENDAI

IMAI, Ryosuke

総研大 D1端保

D1 Student SOKENDAITAMBO, Mai

舞□ 細胞建築研究室

Cell Architecture Laboratory

准教授

木村

暁

Assoc. Prof.

KIMURA, Akatsuki

助教

木村健二

Assist. Prof.

KIMURA, Kenji□ 多細胞構築研究室

Multicellular Organization Laboratory

教

授

澤

斉

助

教

伊原伸治

遺伝研博士研究員 中山創平
博士研究員

宗

特任研究員

修平

Prof.

SAWA, Hitoshi

Assist. Prof.

IHARA, Shinji

NIG Postdoc

NAKAYAMA, Sohei

授

OKUBO, Kousaku

五條堀

Laboratory for DNA Data Analysis
孝

Prof.

GOJOBORI, Takashi

池尾一穂

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

教

野澤昌文

Assist. Prof.

NOZAWA, Masafumi

博士研究員

金城その子

Postdoc

KINJO, Sonoko

博士研究員

佐々木直文

Postdoc

SASAKI, Naobumi

博士研究員

森

Postdoc

MORI, Takahisa

特任研究員

隆久

村岡正文

Project Researcher

MURAOKA, Masafumi

日本学術振興会特別研究員吉田真明

JSPS Research
Fellow

YOSHIDA, Masa-aki

総研大 D4石川昌和

D4 Student SOKENDAI ISHIKAWA, Masakazu□ 大量遺伝情報研究室

Genome Informatics Laboratory

教

授

中村保一

Prof.

NAKAMURA, Yasukazu

助

教

神沼英里

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

博士研究員

長﨑英樹

Postdoc

NAGASAKI, Hideki

博士研究員

飯田直子

Postdoc

IIDA, Naoko

特任研究員

藤澤貴智

Project Researcher

FUJISAWA, Takatomo

研究員

谷澤靖洋

Researcher

TANIZAWA, Yasuhiro

研究員

坂本直子

Researcher

SAKAMOTO, Naoko□ データベース運用開発研究室 Laboratory for Reseach and Development of Biological Databases
授

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

博士研究員

鶴澤武士

Postdoc

TSURUSAWA, Takeshi

博士研究員

奥田喜弘

Postdoc

OKUDA, Yoshihiro教□ 遺伝子発現解析研究室

Laboratory for Gene-Expression Analysis

教

授

大久保公策

Prof.

OKUBO, Kousaku

助

教

小笠原

Assist. Prof.

OGASAWARA, Osamu

博士研究員

原

理

一夫

遺伝研博士研究員 鈴木郁美

Postdoc

SO, Shuhei

横尾成子

Project Researcher

YOKOO, Masako

総研大 D5吉田直樹

D5 Student SOKENDAI YOSHIDA, Naoki

教

総研大 D2

上村恭平

D2 Student SOKENDAI UEMURA, Kyohei

特任准教授

Postdoc

HARA, Kazuo

NIG Postdoc

SUZUKI, Ikumi□ 比較ゲノム解析研究室 Comparative Genomics Laboratory
授

藤山秋佐夫

Prof.

豊田

Project Assoc. Prof. TOYODA, Atsushi

敦

遺伝研博士研究員 福多賢太郎□ 超分子構造研究室 Biomolecular Structure Laboratory

Head

NIG Postdoc

FUJIYAMA, Asao

FUKUTA, Kentaro

特任研究員

清岡美穂

Project Researcher KIYOOKA, Miho

准教授

白木原康雄

Assoc. Prof.

SHIRAKIHARA, Yasuo

特任研究員

塚本ゆみ

Project Researcher TSUKAMOTO, Yumi

助

教

伊藤

Assist. Prof.

ITOH, Hiroshi

特任研究員

吉田

Project Researcher YOSHIDA, Satoru

78

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff & Students

啓悟実験圃場 Experimental Farm

教

授（兼）

大久保公策

Prof.

OKUBO, Kousaku

助

教（兼）

神沼英里

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

助

教（兼）

小笠原

圃場長（兼）

野々村賢一

Head

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

OGASAWARA, Osamu

准教授

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

博士研究員

李

慶範

Postdoc

LEE, KyungBum

助

宮崎さおり

Assist. Prof.

MIYAZAKI, Saori

博士研究員

劉

博士研究員

大城戸利久

Postdoc

OKIDO, Toshihisa

Postdoc

LIU, Hua

博士研究員

新濱 充

Postdoc

NIIHAMA, Mitsuru

博士研究員

小菅武英

Postdoc

KOSUGE, Takehide

日本学術振興会特別研究員小宮怜奈

JSPS Research
Fellow

博士研究員

KOMIYA, Reina

児玉悠一

Postdoc

KODAMA, Yuichi

総研大 D5

小野聖二郎

博士研究員

坂井勝呂

Postdoc

SAKAI, Katsunaga

D5 Student SOKENDAI ONO, Seijiro

博士研究員

真島

Postdoc

MASHIMA, Jun

特任研究員

青野英雄

Project Researcher AONO, Hideo

特任研究員

筒井波留

Project Researcher TSUTSUI, Haru

特任研究員

福田亜沙美

Project Researcher FUKUDA, Asami

教華

放射線・アイソトープセンター Radioisotope Centerセンター長（兼） 仁木宏典

Head

NIKI, Hironori

生物遺伝資源センター Genetic Resource Centerセンター長（兼） 倉田のり

Head

KURATA, Nori

理淳

情報基盤ユニット IT Unit
ユニット長（兼） 藤山秋佐夫

Head

FUJIYAMA, Asao

教

授（兼）

藤山秋佐夫

Prof.

FUJIYAMA, Asao

教

授（兼）

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

教

授（兼）

大久保公策

Prof.

OKUBO, Kousaku

教

授（兼）

城石俊彦

Prof.

SHIROISHI, Toshihiko

教

授（兼）

川上浩一

Prof.

KAWAKAMI, Koichi

教

授（兼）

上田 龍

Prof.

UEDA, Ryu

教

授（兼）

仁木宏典

Prof.

NIKI, Hironori

教

授（兼）

倉田のり

Prof.

KURATA, Nori

特任教授（兼） 小原雄治

Project Prof.

KOHARA, Yuji

准教授（兼）

酒井則良

Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

准教授（兼）

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

准教授（兼）

山﨑由紀子

Assoc. Prof.

YAMAZAKI, Yukiko

助

教（兼）

高田豊行

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

助

教（兼）

浅川和秀

Assist. Prof.

ASAKAWA, Kazuhide

特任准教授

柳原克彦

Project Assoc. Prof. YANAGIHARA, Katsuhiko

助

教（兼）

武藤

Assist. Prof.

MUTO, Akira

特任准教授

馬場知哉

Project Assoc. Prof. BABA, Tomoya

助

教（兼）

新屋みのり

Assist. Prof.

SHINYA, Minori

周維昊

Postdoc

SHANG, Wei-Hao

教（兼）

近藤

融合プロジェクト博士研究員 商助

Assist. Prof.

KONDO, Shu

助

教（兼）

清水

裕

Assist. Prof.

SHIMIZU, Hiroshi

融合プロジェクト博士研究員 程朝陽

Postdoc

CHEN, Chaoyan

助

教（兼）

青木敬太

Assist. Prof.

AOKI, Keita

融合プロジェクト博士研究員 木曽彩子

Postdoc

KISO, Ayako

助

教（兼）

久保貴彦

Assist. Prof.

KUBO, Takahiko

融合プロジェクト博士研究員 後藤達彦

Postdoc

GOTO, Tatsuhiko

助

教（兼）

宮崎さおり

Assist. Prof.

MIYAZAKI, Saori

融合プロジェクト博士研究員 春島嘉章

Postdoc

HARUSHIMA, Yoshiaki

融合プロジェクト博士研究員 辰本将司

Postdoc

TATSUMOTO, Shoji

融合プロジェクト博士研究員 鹿児島

Postdoc

KAGOSHIMA, Hiroshi

融合プロジェクト博士研究員 松本知高

Postdoc

MATSUMOTO, Tomotaka

融合プロジェクト博士研究員 和田浩則

Postdoc

WADA, Hironori

融合プロジェクト博士研究員 増本博司

Postdoc

MASUMOTO, Hiroshi

融合プロジェクト特任研究員 堀内陽子

Project Researcher

HORIUCHI, Youko

融合プロジェクト特任研究員 望月孝子

Project Researcher

MOCHIZUKI, Takako

融合プロジェクト特任研究員 松﨑肖子

Project Researcher

MATSUZAKI, Ayuko

彩

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Centerセンター長事務取扱 桂
教

授（兼）

勲

Head

藤山秋佐夫

KATSURA, Isao

マウス研究支援ユニット Mouse Research Supporting Unit
ユニット長（兼） 小出

剛

Head

新領域融合研究センター Transdisciplinary Research Integration Center□ 遺伝研で研究しているメンバー

浩

Prof.

FUJIYAMA, Asao

敦

Project Assoc. Prof.

TOYODA, Atsushi

特任准教授

野口英樹

Project Assoc. Prof.

NOGUCHI, Hideki

博士研究員

陳

Postdoc

CHEN, Wei

特任研究員

会津智幸

Project Researcher AIZU, Tomoyuki

特任研究員

石﨑比奈子

Project Researcher ISHIZAKI, Hinako

データ中心科学リサーチコモンズ

特任研究員

江島史緒

Project Researcher EJIMA, Fumiwo□ 遺伝研で研究しているメンバー

特任准教授（兼） 豊田

薇

DDBJ センター DDBJ Centerセンター長（兼） 高木利久

HeadTAKAGI, Toshihisa

教

授（兼）

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

教

授（兼）

中村保一

Prof.

NAKAMURA, Yasukazu

KOIDE, Tsuyoshi

Members at NIG

Members at NIG

博士研究員

二宮洋一郎

Postdoc

NINOMIYA,Youichiro

博士研究員

荒井律子

Postdoc

ARAI, Ritsuko

博士研究員

近藤

Postdoc

KONDO, Tomo

興知的財産室 Intellectual Property Unit
室

長

鈴木睦昭

Director

SUZUKI, Mutsuaki

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff & Students 79

管理部と技術課職員
Staff of Administration Department and Technical Section
所長

Director - General1

教授

Professors

22

准教授

Associate Professors

11

助教

Assistant Professors

36

客員教授

Adjunct Professors

10

小計

Subtotal

管理部

客員教授を除く
69（所長、
excluding Director - General and Adjunct Professors）

Administration Staffs

19

技術課

Technicians

合計

Total

13

客員教授を除く
101（所長、
excluding Director - General and Adjunct Professors）（ 2013年4月1日現在）

管理部 Department of Administration
管理部長

General Manager

井上明夫

INOUE, Akio

総務企画課 General Affairs Project Section
課長Manager

山﨑勝也

YAMASAKI, Katsuya

副課長

Deputy Manager

引地光夫

HIKICHI, Mitsuo□ 総務・教育チーム General Affairs / Education Team係長（兼）Subsection Chief

引地光夫

HIKICHI, Mitsuo□ 人事・労務チーム Personnel Team
係長

Subsection Chief□ 研究推進チーム
係長

渡邊

晃

WATANABE, Akira

Research Promotion Team

Subsection Chief

鈴木由美子

SUZUKI, Yumiko

TOMIZAWA, Hiroshi

財務課 Financial Affairs Section
課長Manager

冨澤

副課長

Deputy Manager

根木忠広

NEGI, Tadahiro

副課長

Deputy Manager

堀籠利宏

HORIGOME, Toshihiro

広□ 財務チーム Financial Affairs Team係長（兼）Subsection Chief

根木忠広

NEGI, Tadahiro

鈴木政敏

SUZUKI, Masatoshi

堀籠利宏

HORIGOME, Toshihiro□ 調達チーム Supplies Team
係長

Subsection Chief□ 施設チーム Facilities Team係長（兼）Subsection Chief

技術課 Technical Section
課長（兼）Manager

倉田のり

KURATA, Nori

課長補佐

Deputy Manager

谷田勝教

YATA, Katsunori

動物班 Animal Unit
第二技術係長Technical Group-II
Leader

水品洋一

MIZUSHINA, Yoichi

技術職員Technical Staff

矢野弘之

YANO, Hiroyuki

技術職員Technical Staff

木曾

KISO, Makoto

技術職員Technical Staff

前野哲輝

MAENO, Akiteru

技術職員

Technical Staff

吉岡裕輝

YOSHIOKA, Hiroki

技術職員

Technical Staff

山谷宣子

YAMATANI, Noriko

植物・微生物班 Plant-Microbial Unit

誠班長

Unit Leader

永口貢

EIGUCHI, Mitsugu

第一技術係長Technical Group-I
Leader

古海弘康

FURUUMI, Hiroyasu

第二技術係長Technical Group-II
Leader

宮林登志江

MIYABAYASHI, Toshie

坂本佐知子
坂 季美子

SAKAMOTO, Sachiko

谷田勝教
大石あかね

YATA, Katsunori

技術職員
技術職員

Technical Staff
Technical Staff

機器班 Mechanical Unit
班長（兼）
技術職員

80

Unit Leader
Technical Staff

SAKA, Kimiko

OISHI, Akane

管理部と技術課職員／ Staff of Administration Department and Technical Section

沿 革History
昭和24年 ６月１日

文部省所轄研究所として設置

1949

June 1

Education, Science, Sports and Culture. Started

庶務部及び３研究部で発足
８月10日
昭和28年 １月１日

小熊

捍

８月１日

research departments.

研究部を形質遺伝部，細胞遺伝部，生理遺1953

Aug. 10

Prof. Kan Oguma was elected the 1st Director.

Jan. 1Three research departments were reorganized as
the Departments of Morphological Genetics,

生化学遺伝部設置

昭和29年 ７月１日

応用遺伝部設置

昭和30年 ９月15日

変異遺伝部設置

10月１日

with an administrative department and three初代所長就任

伝部に改組

木原

均

第２代所長就任

Established under the jurisdiction of the Ministry ofCytological Genetics and Physiological Genetics.
Aug. 1

Department of Biochemical Genetics was

1954

July 1

Department of Applied Genetics was added.

1955

Sept. 15

Department of Induced Mutation was added.

Oct. 1

Prof. Hitoshi Kihara was elected the 2nd Director.
Department of Human Genetics was added.

added.

昭和35年 ４月30日

人類遺伝部設置

昭和37年 ４月１日

微生物遺伝部設置

1960

Apr. 30

昭和39年 ４月１日

集団遺伝部設置

1962

Apr. 1

Department of Microbial Genetics was added.

昭和44年 ４月１日

森脇大五郎

1964

Apr. 1

Department of Population Genetics was added.

1969

Apr. 1

Prof. Daigoro Moriwaki was elected the 3rd Director.

植物保存研究室設置

1974

Apr. 1

Plant Genetic Stock Laboratory was established.

田島彌太郎

1975

Mar. 1

Dr. Yataro Tajima was elected the 4th Director.

Oct. 1

Animal Section was added in the Genetic Stock1976

Oct. 1

Microbial Section was added in the Genetic

1983

Oct. 1

Dr. Ei Matsunaga was elected the 5th Director.

1984

Apr. 12

Reorganized as an inter-university research insti-

第３代所長就任，

分子遺伝部設置
昭和49年 ４月１日
昭和50年 ３月１日
10月１日

第４代所長就任

遺伝実験生物保存研究施設動物保存研究室
設置

昭和51年 10月１日

Department of Molecular Biology was added.

Center.

遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置

昭和58年 10月１日

松永英

第５代所長就任

昭和59年 ４月12日

大学共同利用機関に改組 遺伝実験生物保

Stock Center.

tute for joint use by universities. The DNA
Research Center (DNA Structure and Recombinant DNA Laboratories) and the Experimental

存研究センター（哺乳動物保存・無脊椎動

Farm were established. The Genetic Stock

物保存・植物保存・微生物保存・遺伝資源

Research Center was expanded into five labora-の５研究室），遺伝情報研究センター（構tories: the Genetic Resources Laboratory was造・組換えの２研究室），実験圃場設置
昭和60年 ４月１日

遺伝情報研究センターに合成・遺伝情報分
析の２研究室を設置

added and the Animal Section was divided into
the Mammalian and Invertebrate Laboratories.
1985

Apr. 1

The DNA Synthesis and DNA Data Analysis Laboratories were added in the DNA Research Center.

昭和62年 １月12日

日本 DNA データバンク稼働

1987

Jan. 12

The DNA Data Bank of Japan began its operations.

昭和63年 ４月８日

放射線・アイソトープセンター設置，遺伝1988

Apr. 8The Radio-isotope Center was established. The
Gene Library Laboratory was added in the DNA

情報研究センターにライブラリー研究室をResearch Center.

設置
10月１日

Oct. 1

総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学

was established. The Department of Genetics,
School of Life Science of the University began

専攻設置
平成元年 10月１日

富澤純一

平成５年

遺伝実験生物保存研究センターに発生工学

４月１日

第６代所長就任

accepting students.
1989

Oct. 1

Dr. Jun-ichi Tomizawa was elected the 6th Director.

1993

Apr. 1The Mammalian Development Laboratory was

1994

June 24

The Gene Function Research Laboratory was

1995

Apr. 1The Center for Information Biology was estab-

1996

May 11

The DNA Research Center was reorganized as

研究室を設置平成６年 ６月24日

遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室
を設置

平成７年

４月１日

平成８年 ５月11日

The Graduate University for Advanced Studies

生命情報研究センター設置
構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置，超分子機能・構造
制御・遺伝子回路の４研究室振替）added in the Genetic Stock Research Center.
added in the DNA Research Center.
lished.
the Structural Biology Center consisting of 5 laboratories (Biological Macromolecules, Molecular
Biomechanism, Multicellular Organization, Biomolecular Structure and Gene Network).
沿 革／History 81

平成９年

４月１日

系統生物研究センター設置

1997

Apr. 1

nized as the Genetic Strains Research Center（遺伝実験生物保存研究センターの改組）

consisting of 5 laboratories (Mammalian Genet-（マウス系統研究分野 哺乳動物遺伝研究室・ics, Mammalian Development, Plant Genetics,
Microbial Genetics and Invertebrate Genetics),

発生工学研究室，イネ系統研究分野植物遺and as the Center for Genetic Resource Infor-

伝研究室，大腸菌系統研究分野原核生物遺mation consisting of 2 laboratories (Genetic

伝研究室，無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の５研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統Informatics and Genetic Resources).
1998

Oct. 1

Dr. Yoshiki Hotta was elected the 7th Director.

Apr. 9The Division of Early Embryogenesis was addedin the Department of Developmental Genetics.

情報研究室振替，生物遺伝資源情報研究室

The Division of Brain Function was added in the
Department of Integrated Genetics.

設置）
平成10年

10月１日

堀田凱樹

第７代所長就任

４月９日

個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置，

2001

Apr. 1

４月１日

DNA Data Bank of Japan. The new center consists of 5 laboratories. The Laboratory of Molecular Classification of the former center was

生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情renamed as the Laboratory for Research and報研究センターの改組）（分子分類研究室振Development of Biological Databases in the
new center. The Laboratory for Gene-Expres-

替，データベース運用開発研究室設置，遺伝子発現解析研究室設置）
平成14年

４月１日

sion Analysis was added in the new center.
2002

Apr. 1

系統生物研究センターに遺伝子改変系統開

平成15年

４月１日

Laboratory, were added to the Genetic Strains
Research Center.
2003

Apr. 1

４月１日

The Molecular Mechanisms was added to themolecular Genetics. The Laboratry for Frontier

分子遺伝研究系に分子機構研究室，系統生物

Research was added to the Genetic Strains

研究センターに新分野創造研究室，生物遺伝

平成16年

Two laboratories, Mouse Genomics Resource
Laboratory and Model Fish Genomics Resource

発研究分野マウス開発研究室，小型魚類開発研究室を設置

The Center for Information Biology was reorganized as the Center for Information Biology and総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置
平成13年

The Genetic Stock Research Center was reorga-

Research Center. Two laboratories, Compara-

資源情報総合センターに比較ゲノム解析研究

tive Genomics Laboratory and Publicity and室，広報知財権研究室を設置

Intellectual Propery Unit, were added to the

大学共同利用機関法人情報・システム研究
機構国立遺伝学研究所設置

Center for Genetic Resource Information.
2004

Apr. 1

Reorganized as Research Organization of Information and Systems, Inter-University ResearchInstitute Corporation, together with three other

12月１日

小原雄治

第８代所長就任

平成17年

４月１日

知的財産室を設置

平成18年

４月１日

新分野創造センター設置

2005

Apr. 1Intellectual Property Unit was added.

（細胞系譜研究室，神経形態研究室，細胞2006

Apr. 1The Center for Frontier Research was estab-national institutes.
Dec. 1lished. The Laboratory for Cell Lineage, Neural

建築研究室設置）
平成23年
平成24年

10月１日
４月１日

Mor phogenesis and Cell Architecture was

先端ゲノミクス推進センター設置
研究センターの改組、共同利用事業センター（生物遺伝資源センター、DDBJ センター）、

added in the new center.
2011

Oct.1

Advanced Genomics Center was established.

2012

Apr.1

The Research Center was reorganized, The Intellectual Infrastructure Centers (The center for

支援センター（情報基盤ユニット）を設置
12月１日

桂 勲

Genetic Resource Center and DDBJ Center)and the Suppor t Centers (The IT Unit) were

第９代所長就任

established.
Dec. 182

沿 革／ History

Dr. Yuji Kohara was elected the 8th Director.

Dr. Isao Katsura was elected 9th Director.

予算／科学研究費
Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research
予 算 Budget
平成25年度(FY2013)(×1,000yen)

収入
区

分

運営費交付金Grants for Operating Corporation

補助金等収入Various Grants

雑収入

支出

金

区

額

2,810,612

Industry-Academia Collaboration and Donations

Expenditure分

金

教育研究経費補助金等

17,727

産学連携等研究経費及び寄附金事業費等

891,199

合計

4,122,026

Total

補助金等 9.8％

0LVFHOODQHRXV*UDQWV

9DULRXV*UDQWV

産学連携等研究経費
及び寄付金事業費等

産学連携等研究収入
及び寄付金収入等,QGXVWU\$FDGHPLD&ROODERUDWLRQDQG'RQDWLRQV

21.6％

研究種目

,QGXVWU\$FDGHPLD&ROODERUDWLRQDQG3URMHFWV

運営費交付金 68.2％

21.6％*UDQWVIRU2SHUDWLQJ
&RUSRUDWLRQ

教育研究経費 68.6％(GXFDWLRQDQG5HVHDUFK

Grant-in-Aid for Scientific Research(FY2012)(×1,000yen)
交付額／交付件数
Amount/the Number of Applications Granted

16,900 ／ 2

特定領域研究 For Scientific Research on Priority Area

新学術領域研究 For Scientific Research on Innovative Areas 1,389,100 ／ 25
基盤研究（S）For Scientific Research (S)93,100 ／ 3

基盤研究（A）For Scientific Research (A)46,100 ／ 5

基盤研究（B）For Scientific Research (B)32,300 ／ 7

基盤研究（C）For Scientific Research (C)9,400 ／ 9

挑戦的萌芽研究 For Challenging Exploratory Research

15,500 ／ 10

若手研究（S）For Young Scientists (S)12,000 ／ 1

若手研究（A）For Young Scientists (A)23,200 ／ 6

若手研究（B）For Young Scientists (B)25,600 ／ 17
0／0

研究活動スタート支援 For Research Activity Start-Up
研究成果公開促進費 For Publication of Scientific Research Results
特別研究員奨励費 For JSPS Fellows
合計 Total

891,199

Industry-Academia Collaboration and Projects

雑収入 0.4％

補助金等収入 9.8％

平成24年度

402,488

Grants4,122,026

Total

科学研究費

額

2,828,339

Education and Research

402,488

Miscellaneous

産学連携等研究収入及び寄附金収入等
合計

Revenue

6,100 ／ 1
10,300 ／ 12

特定領域研究 1.0％

若手研究（A）1.4％)RU6FLHQWLILF5HVHDUFKRQ3ULRULW\$UHD

挑戦的萌芽研究 0.9％

)RU<RXQJ6FLHQWLVWV $)RU&KDOOHQJLQJ([SORUDWRU\5HVHDUFK)RU<RXQJ6FLHQWLVWV %)RU<RXQJ6FLHQWLVWV 6)RU6FLHQWLILF5HVHDUFK %)RU-636)HOORZV)RU6FLHQWLILF5HVHDUFK $)RU6FLHQWLILF5HVHDUFK &)RU6FLHQWLILF5HVHDUFK 6)RU3XEOLFDWLRQRI6FLHQWLILF5HVHDUFK5HVXOWV

若手研究（B）1.5％
基盤研究（B）1.9％

基盤研究（A）2.7％
基盤研究（S）5.5％

若手研究（S）0.7％

特別研究員奨励費 0.6％
基盤研究（C）0.6％

研究成果公開促進費 0.4％

新学術領域研究)RU6FLHQWLILF5HVHDUFKRQ,QQRYDWLYH$UHDV

82.7％

1,679,600 ／ 98
（H25.3月末現在）

予算／科学研究費／Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research 83

2012年に発行された論文一覧
Publications in 2012
Journal Title

NumberCell

2Current Biology

3

Developmental Cell

1

Genes & Development

2

Molecular Cell

1Nature2

Adachi, T., Ishikawa, A., Mori, S., Makino, W., Kume, M., Kawata, M., and Kitano J. (2012). Shifts
in morphology and diet of non-native sticklebacks introduced into Japanese crater lakes.
Ecology and Evolution 2 , 1083 - 1098.
Anai, Y., Ochi, H., Watanabe, S., Nakagawa, S., Kawamura, M., Gojobori, T., and Nishigaki, K.
(2012). Infectious Endogenous Retroviruses in Cats and Emergence of Recombinant Viruses. J
Virol 86 , 8634 - 8644.
Anderson, C., Williams, V.C., Moyon, B., Daubas, P., Tajbakhsh, S., Buckingham, M.E., Shiroishi, T.,
Hughes, S.M., and Borycki, A.G. (2012). Sonic hedgehog acts cell-autonomously on muscle
precursor cells to generate limb muscle diversity. Genes Dev 26 , 2103 - 2117.
De Graeve, F.M., Van de Bor, V., Ghiglione, C., Cerezo, D., Jouandin, P., Ueda, R., Shashidhara,
L.S., and Noselli, S. (2012). Drosophila apc regulates delamination of invasive epithelial clusters.
Dev Biol 368 , 76 - 85.
Freeman, R., Ikuta, T., Wu, M., Koyanagi, R., Kawashima, T., Tagawa, K., Humphreys, T., Fang,
G.C., Fujiyama, A., Saiga, H., Lowe, C., Worley, K., Jenkins, J., Schmutz, J., Kirschner, M.,
Rokhsar, D., Satoh, N., and Gerhart, J. (2012). Identical genomic organization of two
hemichordate hox clusters. Curr Biol 22 , 2053 - 2058.
Freeman, S., Chrysostomou, E., Kawakami, K., Takahashi, Y., and Daudet, N. (2012). Tol2mediated gene transfer and in ovo electroporation of the otic placode: a powerful andversatile approach for investigating embryonic development and regeneration of the chicken
inner ear. Methods Mol Biol 916 , 127 - 139.
Fukagawa, T. (2012). Formation of a centromeric-specific chromatin structure. Epigenetics 7 ,672 - 675.
Fukui, H., Shiba, D., Asakawa, K., Kawakami, K., and Yokoyama, T. (2012). The ciliary protein
Nek8/Nphp9 acts downstream of Inv/Nphp2 during pronephros morphogenesis and left-rightestablishment in zebrafish. FEBS Lett 586 , 2273 - 2279.
Ganley, A.R., and Kobayashi, T. (2012). Monitoring the rate and dynamics of concerted
evolution in the ribosomal DNA repeats of Saccharomyces cerevisiae using experimental
evolution. Mol Biol Evol 28 , 2883 - 2891.

Huang, X., Kurata, N., Wei, X., Wang, Z.X., Wang, A., Zhao, Q., Zhao, Y., Liu, K., Lu, H., Li, W., Guo,
Y., Lu, Y., Zhou, C., Fan, D., Weng, Q., Zhu, C., Huang, T., Zhang, L., Wang, Y., Feng, L., Furuumi,
H., Kubo, T., Miyabayashi, T., Yuan, X., Xu, Q., Dong, G., Zhan, Q., Li, C., Fujiyama, A., Toyoda,
A., Lu, T., Feng, Q., Qian, Q., Li, J., and Han, B. (2012). A map of rice genome variation reveals
the origin of cultivated rice. Nature 490 , 497 - 501.
Igarashi, K., Kitajima, S., Aisaki, K., Tanemura, K., Taquahashi, Y., Moriyama, N., Ikeno, E.,
Matsuda, N., Saga, Y., Blumberg, B., and Kanno, J. (2012). Development of humanized steroid
and xenobiotic receptor mouse by homologous knock-in of the human steroid and xenobiotic
receptor ligand binding domain sequence. J Toxicol Sci 37 , 373 - 380.
Iida, T., Iida, N., Tsutsui, Y., Yamao, F., and Kobayashi, T. (2012). RNA interference regulates thecell cycle checkpoint through the RNA export factor, Ptr1, in fission yeast. Biochem Biophys Res
Commun 427 , 143 - 147.
Iijima-Ando, K., Sekiya, M., Maruko-Otake, A., Ohtake, Y., Suzuki, E., Lu, B., and Iijima, K.M.
(2012). Loss of Axonal Mitochondria Promotes Tau-Mediated Neurodegeneration and
Alzheimer's Disease-Related Tau Phosphorylation Via PAR-1. PLoS Genet 8 , e1002918.
Iwayanagi, T., Miyamoto, S., Konno, T., Mizutani, H., Hirai, T., Shigemoto, Y., Gojobori, T., andSugawara, H. (2012). TP Atlas: integration and dissemination of advances in Targeted Proteins
Research Program (TPRP)-structural biology project phase II in Japan. J Struc Func Genomics
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neo-sex chromosomes. Evolution 66 , 3198-3208.
Yoshida, Y., Miyagishima, S., Kuroiwa, H., and Kuroiwa, T. (2012). The plastid-dividing machinery:formation, constriction and fission. Curr Opin Plant Biol 15 , 714 - 721.

2012年に発行された論文一覧／Publications in 2012 85

共同研究・研究会
Collaborative Research
国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
国内外の研究者に共同利用の機会を提供するため、従前より研究所の研究教育職員と研究所以外の研究者による「共同研究」及び「研究会」を実施しています。
次頁に示すように、毎年多くの共同研究が行われており、2012年
度も計106件の共同研究と計13件の研究会を行い、着実な成果をあげています。

As the central institute to study various aspects of genetics, theNational Institute of Genetics (NIG) positively accepts collaborative
research between NIG and universities or other institutes. In order tooffer collaborative research opportunities to researchers, NIG has
been conducting “Collaborative Research” and “Research Meeting” between researchers inside and outside of NIG.
As shown in the next page, many collaborative researches are held
every year. In 2012, 106 Collaborative Researches and 13 Research
Meetings have been held and achieved excellent results.

共同研究 Collaborative Research「共同研究」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の研究者数名により、特定の研究課
題について共同して行う研究です。次の２種類に分けて募集を行っています。
「共同研究（A）」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

Based on the application from researchers outside NIG, NIG
researchers collaborate with them for conducting the researchon the subject of application. The following two categories are
solicited for Collaborative Research: [A] and [B]. In Collaborative
Research [A], travel and accommodation expenses are provided to visit NIG for conducting discussion and experiment. In
Co l l abo rat ive Resea rch [B], t rave l, acco m modati on andresearch expenses are provided.

環境ストレスにより活性化するトランスポゾンとゲノムの安定性 Analysis of Stress-induced Transposons and Genome Stability□ 北海道大学 大学院理学研究院
助教 伊藤 秀臣
環境の変化は生物の進化にとって受動的なものなのか、それとも能動的なものなのか。この疑問に対する一つの答えを得るためにシロイヌナズナを用いて高温ストレス活性型トランスポゾンの転移によるストレス耐性植物作出の可能性を検証しました。その結果、植物ホルモンである ABA ストレスに耐性を示す個体を同定することができました。また近縁種
における類似のトランスポゾンの存在様式を明らかにし、トランスポゾンが異なる環境で生息する種において進化過程□ Hokkaido University, Faculty of Science
Assistant Professor, Hidetaka Ito

Whether the environment has only a passive role in evolution
by selecting the fittest or it may have an active role in generating genetic diversity for selection? To answer the question, I
focused on a mobile element, transposon. We demonstrated that transposon generated stress-tolerant plants. We
also analyzed the organization and heat-induced activationof the transposon family among several species of Brassicaceae. Although most species of Brassicaceae have thetransposon sequences, some have completely lost the transposon during evolution.

で何らかの適応に関わっているかどうかを検証しました。その結果近縁種にも熱活性型トランスポゾンが保存されていることが明らかとなりました。
写真１ : ABA ストレス耐性を獲得したトランス
ポゾン転移集団と非耐性シロイヌナズナ
Transposon – activated population that
acquired ABA stress tolerance in Arabidopsis
thaliana.

研究会 Research Meetings「研究会」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の比較的少人数で実施する研究集会です。各研究会では、活発な討論が行われています。

86

共同研究・研究会／ Collaborative Research

Based on the application from researcher outside of NIG,
Research Meetings in small groups are held to exchange information. In each meeting, researchers actively discuss their subject.

平成24年度 公募による共同研究
Collaborative Research
国立遺伝学研究所は，遺伝学に関する総合研究の中核として，大学，他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
「共同研究Ａ」に採択されると，実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究Ｂ」では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

共同研究A
研究課題

研究代表者

1

オミクスと遺伝学による染色体機能複合体の解析

小布施力史

北海道大学大学院

2

染色体機能ドメインの構築原理と機能解析

胡桃坂仁志

早稲田大学

3 ニワトリのDT40細胞を用いたmRNA 品質管理と細胞内ストレス応答とのクロストーク機構の解析 榊
4

X 染色体不活性化とヒストンバリアント

5 クロマチン構造変換におけるヒストンバリアントH2A. Z アイソフォームの機能解析
6

合成有機化合物の酵母に対する薬理効果に関する研究

建二郎

佐渡

出芽酵母を用いたイネの POLA1 サブユニットの機能解析

理工学術院

東京女子医科大学

敬

九州大学

原田昌彦
矢倉達夫

医学部

生体防御医学研究所

東北大学大学院
関西学院大学

その細胞 上野良平
7 微細藻 Prototheca wickerhamii がもつキメラ rRNA 遺伝子群の組換え領域が、機能に与える影響
8

先端生命科学研究院

農学研究科
理工学部生命科学科

山梨県環境科学研究所 地域環境政策研究部
環境資源学研究室
千葉大学大学院 園芸学研究科

中村郁郎

9 Assembly of Pol epsilon holoenzyme in the conditions of overproduction of Iwona
wild type or mutant forms of noncatalytic Dpb2 subunit in S. cerevisiae .
Fijalkowska

Institute of Biochemistry and Biophysics
Polish Academy of Sciences

10 海産ヒドロ虫類のポリプ群体の重力受容機構の解明

並河

国立科学博物館

11 αキメリン変異マウスを用いた中枢パターン発生器の解析

西丸広史

筑波大学

12 クラスター型プロトカドヘリンによる皮質体性感覚野におけるバレル形成機構

八木健

大阪大学大学院

13 ゴールドシュミット文庫所蔵文献からみた遺伝学形成における他領域からの影響

溝口

元

立正大学

14 FRETバイオセンサーを発現するトランスジェニックマウスの作成

松田道行

京都大学大学院

生命科学研究科

15 遺伝的システムにおける適応の相互作用のモデリング間野修平

統計数理研究所

数理・推論研究系

16 Statistical models infer ancestral genomes

Ziheng Yang

University College London

17 Comparative genomics of Miscanthus (Poaceae), a biofuel crop

Tzen-Yuh Chiang National Cheng Kung University, Department of Life Sciences

18 次世代シーケンサを利用した、
パーソナルゲノム解析に基づくヒト遺伝性疾患の原因解明

要19 PlexinA2/A4 遺伝子改変マウスに見られる大脳皮質形成異常の解析

畠中由美子

自然科学研究機構生理学研究所 大脳神経回路論

20 棘皮動物ウミシダの外部形態と分子系統関係の再検討

近藤真理子

東京大学大学院 理学系研究科附属臨海実験所

21 転写共役因子 HRを介したエネルギー代謝制御の解析

田中成和

順天堂災害医学研究所

マウス肺腫瘍発生関連遺伝子のマッピング
22 日本産野生マウス由来のMSM 系統を用いた、

宮下信泉

香川大学 研究推進機構 総合生命科学研究センター

23 海馬における虚血耐性蛋白の同定

森

順天堂大学

24 網羅的マウス表現型解析方法とそのデータベースの標準化

若菜茂晴

理化学研究所25 心臓発生において Notch シグナル伝達を制御する新規因子の同定と機能解析

坂部正英

奈良県立医科大学 先端医学研究機構 循環器
システム医科学

26 社会的環境要因がマウスの行動に与える影響

下位香代子

静岡県立大学洋匡

医学医療系
生命機能研究科

社会福祉学部

琉球大学

健太郎

動物研究部

医学研究科

医学部

脳神経外科

バイオリソースセンター

環境科学研究所

27 雌マウスの情動の神経内分泌調節における遺伝的基盤の検討

富原一哉

鹿児島大学

法文学部

28 琵琶湖固有魚類における細胞株の樹立

高田達之

立命館大学

薬学部

29 魚類における環境適応能力に関する遺伝子の探索

中嶋正道

東北大学大学院

農学研究科

30 海産魚類の精原幹細胞培養技術開発

松山倫也

九州大学大学院

農学研究院

31 イネの種間交雑における胚乳崩壊現象の解析

木下

奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科

32 イネの栽培種、野生種を用いた、発育過程の分子遺伝学

長戸康郎

東京大学大学院

33 大腸菌の染色体複製と分配を制御する新規因子のリアルタイム細胞内動態解明

片山

九州大学

34 動的クロマチン制御のスナップショット解析

田上英明

名古屋市立大学大学院 システム自然科学研究科

35 分裂酵母接合型変換におけるドナー選択制御因子の検索

筒井康博

東京工業大学大学院

36 tmRNA による定常期の維持

中山秀喜

京都産業大学 総合生命科学部

37 DNA 相同組換えによる染色体構造維持の分子メカニズム

菱田

学習院大学 理学部生命科学科

38 チェックポイントタンパク質のフィードバック制御機構の分子遺伝解析

古谷寛治

京都大学 放射線生物研究センター

39 潰瘍性大腸炎の原因菌アドヘシンの構造遺伝子解析および分子系統解析齋藤忠夫

東北大学大学院 農学研究科

40 種特異的進化を遂げた遺伝子群の同定を目指した有袋類ゲノム配列情報の構築

黒木陽子

理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター

41 ハクサンハタザオとダイコンの次世代シークエンス解析

花田耕介

理化学研究所 植物科学研究センター哲勉

卓

農学生命科学研究科

薬学研究院
生命理工学研究科

42 原生動物ミドリゾウリムシに共生する共生藻の共生メカニズムの解明

細谷浩史

広島大学大学院 理学研究科生物科学専攻

43 アナナスショウジョウバエ単為生殖系統のゲノム解析

平井和之

杏林大学 医学部
共同研究・研究会／ Collaborative Research 87

44 脊椎小脳変性症SCA36におけるRNA foci形成機構の解明

土生敏行

京都大学

45 ゲノムDNAの折り畳み構造制御と生命機能

吉川祐子

立命館大学

放射線生物研究センター
総合理工学研究機構

46 線虫(C.elegans )を用いた放射性セシウム由来ガンマ線被爆に対する抗酸化剤による延命 木村芳滋
効果の研究

浜松医科大学医学部

47 シクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)と選択的阻害化合物カンナビジオール酸(CBDA)との結晶構造 荒牧弘範

第一薬科大学薬学部

48 4Åに代表される低分解能のX 線構造解析

近藤英昌

産業技術総合研究所

生物プロセス研究部門

49 膜蛋白質複合体結晶化のための膜調製方法の検討村上聡

東京工業大学大学院

生命理工学研究科

50 タンパク質複合体の構造解析手法の検討

安永卓生

九州工業大学大学院

情報工学研究院

51 ショウジョウバエの化学感覚情報処理に必須な神経経路の電子顕微鏡観察田中暢明

京都大学 生命科学系 キャリアパス形成ユニット

52 電子顕微鏡を用いたシナプスタンパク質 Dig の局在解析

浜京都産業大学53 キンギョの全ゲノム解析に基づいた分子進化的研究

小見山智義

東海大学

54 海洋プランクトン（カイアシ類）の進化機構の解明

茂里康

産業技術総合研究所

55 眼の形成における Apt の機能と進化に関する解析劉慶信

中国山東農業大学

56 現役とシニア世代専門家の共同作業による遺伝学関係データベースの高品質化

池村淑道

長浜バイオ大学

57 ゼブラフィッシュにおけるγ-グルタミルトランスペプチダーゼの機能解析

肥塚崇男

京都大学化学研究所

58 新規巨大タンパク質ミステリンの機能解析

森戸大介

京都産業大学59 Mcm8-9複合体とミスマッチ修復因子の相互作用が DNA 損傷修復に果たす機能の解析

高橋達郎

大阪大学

60 脊椎動物における組換え依存的複製再開機構の解明

橋本吉民

東京薬科大学61 多様な塩分環境へのトゲウオ科魚類の適応機構

日下部東京大学 大気海洋研究所 海洋生命科学部門

62 エゾサンショウウオ(Hynobius retardatus )の表現型可塑性に関するEco-genomics

西村欣也

北海道大学大学院

63 日本産トゲウオにおける適応放散の遺伝機構

森

岐阜経済大学64 メダカ属の性的二型多様化の遺伝機構

山平寿智

琉球大学

65 イネの葯で発現するヒストンH3遺伝子の解析

上田健治

秋田県立大学66 イネの生殖器官における転移因子の発現パターン解析

貴島祐治

北海道大学大学院

67 イネの発生を制御する遺伝的制御機構の解明

平野博之

東京大学大学院

理学系研究科
医学工学総合研究部

千尋

誠

誠一

総合生命科学部

医学部

医学科
健康工学研究部門
発育遺伝学研究室
バイオサイエンス学部
生体触媒化学研究領域

総合生命科学部

理学研究科
生命科学部
水産科学研究院

経済学部

熱帯生物圏研究センター
生物資源科学部

68 DNA 複製開始因子ー DNA 修復酵素複合体のX 線結晶構造解析

大山拓次

山梨大学大学院

黒川裕美子

東京工業大学70 エピジェネティックな遺伝子発現調節機構におけるrDNAの関与

沖昌也

福井大学大学院

71 三叉神経核における体部位マップ特異的 Creマウスの作成

宮田麻理子

東京女子医科大学

農学研究院

69 ユビキチン修飾によるDNA 相同組換え・組換え修復制御機構の研究

72 ヒレ形成過程におけるGal4トランスジェニックフィッシュを用いた長期間の細胞標識系の開発 阿部玄武およびその解析解剖学講座

情報生命博士教育院
工学研究科
医学部

Academia Sinica, Taiwan Institute of
Cellular and Organismic Biology

73 Identification of sensory organ specific expression patterns among zebrafish Alex Nechiporuk Oregon Health & Science University
enhancer and gene trap transgenic lines
74 Characterisation of gene expressions in the developing telencephalon of Danio Rerio Corinne Houart King's College London
75 A genetic screen for cancer susceptibility using zebrafish GAL4 transgenic lines Maria Caterina Mione Institute of Toxicology and Genetics,
Karlsruhe Institute of Technology
76 Identification and Characterization of novel regulators of liver growth

Wolfram Goessling Brigham and Women's Hospital, Harvard
Medical School, Harvard Stem Cell Institute77 ゼブラフィッシュの運動ニューロン発生におけるCLAC-P/type XXV collagenの機能解析 若林朋子

東京大学大学院

医学系研究科78 Evolution of the blood group and MHC genes in primates

Antoine BLANCHER University Toulouse 3 (Université Paul Sabatier)79 多因子疾患原因遺伝子の進化学的研究

太田博樹

北里大学

医学部

80 患者由来 iPS 細胞樹立とパーソナルゲノム解析による希少難病研究の基盤整備

佐藤健人

東海大学

医学部基礎医学系

81 アブラナ科植物の１塩基解像度でのメチローム解析

高山誠司

奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科

82 Molecular mechanisms of mechanosensation in somatosensory neurons and haircells Sean Eric Low

The Rockefeller University

83 ショウジョウバエの雑種における遺伝子発現解析

澤村京一

筑波大学

84 脂肪酸合成酵素阻害剤等を用いたがん予防に関する検討

折田

順天堂大学附属静岡病院

85 マウスの社会行動に関わる遺伝的要因の解析

淺田伸彦

岡山理科大学

理学部動物学科

86 前脳モノアミンレベル変調後のマウスの行動解析

上田秀一

獨協医科大学

解剖学 ( 組織 ) 教室

創

生命環境系
外科

87 メダカコンジェニック系統作出と次世代シークエンサー技術を利用した行動形質に影響を 竹内秀明
与える遺伝子座の絞り込み

東京大学大学院

88 有益微生物である乳酸菌新種株のゲノム配列解析

遠野雅徳

農業・食品産業技術総合研究機構 畜産草地研究所
家畜飼養技術研究領域

89 大量塩基配列のデータ解析系の高度化

平川英樹

かずさ DNA 研究所

90 オミックス情報データベースシステムの共同開発

矢野健太郎

明治大学

88

共同研究・研究会／ Collaborative Research

農学部

理学系研究科

植物ゲノム研究部

共同研究B
研究課題

研究代表者

1 大腸菌ＤＮＡポリメラーゼＶの活性化とＤＮＡ合成反応の原子間力顕微鏡による解析
2 環境ストレスにより活性化するトランスポゾンとゲノムの安定性
3 F1雑種と両親系統間でのエピゲノムの比較解析
4 軟口蓋発生におけるソニック・ヘッジホッグの役割
5 色素細胞の機能進化ー色素細胞は脈絡膜の構造や機能に寄与するか？
6 心臓形成における Wnt antagonist の機能
7 全ゲノム配列・トランスクリプトーム解析を利用した進化研究
8 次世代シーケンサーを用いた類人猿ゲノム計画
9 ヒトテロメア配列特異的な蛍光性ピロール・イミダゾールポリアミドの開発
10 中枢シナプスの神経活動依存的な増強に伴う構造的変化
11 酸素分圧変化により誘導される追いつき成長が個体の運動機能の発達に与える影響の解析
12 染色体接着ローダーCtf18-RFCとDNAポリメラーゼɛ間相互作用の出芽酵母での機能の解析
13 αキメリン欠損による神経回路形成異常と眼球運動制御への影響
14 ゼブラフィッシュの後脳血管ネットワークの形態形成
15 アフリカツメガエル卵無細胞複製系における配列特異的複製起点の構築
16 Analysis of the transcriptome of the CC-genome wild rice Oryza officinalis

千葉大学大学院 薬学研究院
唐田清伸
北海道大学大学院 理学研究院
伊藤秀臣
新潟大学大学院 自然科学研究科
藤本 龍
東京医科歯科大学 分子発生学分野
井関祥子
長浜バイオ大学 バイオサイエンス学部
山本博章
広島大学大学院 医歯薬学総合研究科
吉栖正生
京都大学大学院 理学研究科
阿形清和
京都大学 霊長類研究所
郷 康広
京都大学大学院 理学研究科
杉山 弘
東京工業大学大学院 生命理工学専攻
鈴木崇之
東京大学大学院 農学生命科学研究科
亀井宏泰
九州大学 理学研究院
釣本敏樹
東海大学 創造科学技術研究機構医学部門
加藤 明
東洋大学 生命科学部
藤田深里
大阪大学 理学研究科
久保田弓子
Benild G.de los Reyes University of Maine

研究会
研究課題

研究代表者

1 染色体ドメインの形成と機能発現機構
2 大脳皮質機能的神経回路の構築メカニズム
3 Evolutionary Genetics and Proteomics of Natural Resources in Asia
4 マウス Forward genetics の新潮流
5 日本 Notch 研究会 Ⅶ
6 イネ分子遺伝学の夢
7 単細胞システムの構築とその維持機構の研究
8 微生物細胞の構造と機能研究会
9 遺伝情報の安定性を支える分子メカニズム
10 人類集団の進化的起源と文化的分化要因～学習戦略による旧人と新人の交代劇に関連して～
11 比較ゲノム多様性研究における NGS 活用
12 Genomics,Proteomics, and Bioinformatics with the Asian Perspective

早稲田大学 理工学術院
胡桃坂仁志
京都大学大学院 理学研究科
田川義晃
Chang Hung Chou Ceng Kung University Department of Life Sciences
吉川欣亮
東京都医学総合研究所 ゲノム医科学研究分野
松野健治
大阪大学大学院 理学研究科
長戸康郎
東京大学大学院 農学生命科学研究科
秋山芳展
京都大学 ウイルス研究所
大津巌生
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
横井雅幸
学習院大学 理学部生命科学科
五條堀 孝
国立遺伝学研究所 遺伝情報分析研究室
五條堀 孝
国立遺伝学研究所 遺伝情報分析研究室
Hong Gil Nam
School of New Sciences, (Pohang University of Science and Technology)
風間智彦
東北大学大学院 農学研究科

13 オルガネラと生殖：細胞質における遺伝情報の次世代への伝達・分配

平成24年度 民間等との共同研究
Joint Research with the Private Sector
共同研究先

研 究 課 題（ 研 究 項 目 ）独立行政法人理化学研究所 形態異常を示す各種突然変異マウスの解析

研究代表者
哺乳動物遺伝研究室

契約期間
教授 城石俊彦

独立行政法人理化学研究所 哺乳類における染色体・クロマチンの構造・機能・進化の解明 比較ゲノム解析研究室 特任准教授 豊田 敦を目指した比較ゲノム解析

20.4.1～25.3.31

20.4.1～25.3.3122.1.1～

26.3.31

協和発酵キリン株式会社 トランスポゾンの哺乳動物細胞への応用に関する研究

初期発生研究部門

独立行政法人海洋研究開発機構 深海・地殻内環境のメタゲノム解析研究

比較ゲノム解析研究室 特任准教授 豊田 敦

22.4.1～

26.3.31

国立大学法人東京工業大学 新型シークエンサを利用した、新規ゲノム配列／転写産物 比較ゲノム解析研究室 特任准教授 豊田 敦
配列決定手法の開発に関する研究

22.10.1～

25.9.30

教授 五條堀 孝
准教授 池尾一穂

23.2.18～

25.3.31

独立行政法人理化学研究所 DeepCAGE法を用いたクララ/ 繊毛細胞の二者択一的分化過程 発生工学研究室の時系列的解析助教 森本 充23.2.1～

24.9.30

独立行政法人理化学研究所 次 世 代 シーク エ ン サ の 定 量 データ ベース DDBJ Omics 大量遺伝情報研究室
Archive(DOR)の登録補助ツール仕様構築

教授 中村保一23.9.1～25.3.31

独立行政法人理化学研究所 FANTOM5プロジェクトのための新データセットの作成

遺伝情報分析研究室

教授 川上浩一

独立行政法人理化学研究所 南米少数民族由来の細胞材料を用いた人類遺伝学的解析

集団遺伝研究部門

教授 齊藤成也

24.2.1～25.3.31

独立行政法人理化学研究所 非対称細胞分裂に関与する遺伝子の研究

多細胞構築研究室

教授 澤 斉23.10.1～

25.3.31

Genentech,inc

ゼブラフィッシュの系統を創出する研究

初期発生研究部門

教授 川上浩一

23.11.24 ～ 25.11.23

第一三共株式会社

ゼブラフィッシュ近郊系の創薬スクリーニングにおける 小型魚類開発研究室
有用性の評価助教 新屋みのり

25.2.1～

26.3.31

民間等との共同研究／ Joint Research with the Private Sector 89

平成24年度 受託研究
Commissioned Research
委託者

研 究 課 題（ 研 究 項 目 ）研究代表者

科学技術振興機構

機械刺激受容体と神経軸索組織の構築基盤

初期発生研究部門

科学技術振興機構

契約期間
JST さきがけ研究者
和田浩則

24.4.1～25.3.31

セントロメアを規定する新規エピジェネティックマーカー 分子遺伝研究部門の探索と同定助教 堀 哲也

24.4.1～

26.3.31

科学技術振興機構

Immortal DNA 機構解明への挑戦

細胞遺伝研究系

助教 飯田哲史

24.4.1～

26.3.31

科学技術振興機構

X 線顕微鏡を用いた細胞及び染色体の観察

生体高分子研究室

教授 前島一博

24.4.1～

27.3.31

科学技術振興機構

エピジェネティクス制御の多様性と進化

生態遺伝学研究室

特任准教授 北野 潤

24.4.1～

26.3.31

科学技術振興機構

グリシン作動性シナプスの活動依存的形成と臨界期の分子基盤

運動神経回路研究室 准教授 平田普三

24.4.1～

27.3.31

科学技術振興機構

三胚葉分化直前の条件的ヘテクロマチン形成の発生生物学的意義

生体高分子研究室

24.4.1～

27.3.31

科学技術振興機構

高いバイオマス生産能及び環境耐性能を持つ藻類の作出

共生細胞進化研究室 特任准教授 宮城島進也 24.4.1～

27.3.31

科学技術振興機構

メタゲノム解析による微生物叢の動態の把握及び環境評価 遺伝情報分析研究室 教授 五條堀 孝
技術の開発

24.4.1～

27.3.31

科学技術振興機構

微生物ゲノム基盤情報資源ならびにアノテーションリファ 大量遺伝情報研究室 教授 中村保一
レンスの整備と共用化

24.4.1～

26.3.31

科学技術振興機構

遺伝統計学的計算手法の開発

人類遺伝研究部門

教授 井ノ上逸朗

24.4.1～

26.3.31

農林水産省

メタゲノム解析による微生物相の把握及び環境評価技術の開発

遺伝情報分析研究室 教授 五條堀 孝

24.4.6～25.3.22

農林水産省

イネ生殖細胞分化関連遺伝子の単離と機能解析

実験圃場

准教授 野々村賢一

24.4.6～25.3.1

環境省

被災後の生物の遺伝的多様性の減少と絶滅リスク

生態遺伝学研究室

特任准教授 北野 潤

24.7.2～25.3.29

助教 堀 哲也

24.4.1～25.3.31

公益財団法人静岡県産業 がん化を促進するセントロメア機能異常を解析する実験系の 分子遺伝研究部門
開発と応用
振興財団

助教 平谷伊智朗

独立行政法人理化学研究所 メタゲノム・比較ゲノム解析研究

遺伝情報分析研究室 教授 五條堀 孝

24.4.1～25.3.31

独立行政法人日本学術振興会 食物の前減数分裂期に関する国際共同研究

実験圃場

24.4.1～

26.3.31

株式会社ブリヂストン

大量遺伝情報研究室 教授 中村保一

24.4.1～25.3.31

遺伝情報分析研究室

教授 五條堀 孝

24.4.5～25.3.31

人類遺伝研究部門

教授 井ノ上逸朗

24.4.5～25.3.31

パラゴムノキのゲノム解析

准教授 野々村賢一

革新的細胞解析研究プログラム（セルイノベーション）
文部科学省

データ解析拠点の構築と情報研究開発

オーダーメイド医療実現化プロジェクト
文部科学省

ゲノム全域関連解析による子宮内膜症感受性遺伝子の同定

平成24年度 科学技術人材育成費補助金
テニュアトラック普及・定着事業（若手研究者の自立的研究環境整備促進）
文部科学省

課題名

事業実施センター責任者

事業実施期間生命科学の新分野創造若手育成プログラム

新分野創造センター

センター長 広海 健

22.7.13～27.3.31

平成24年度 研究開発施設共用等促進費補助金
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）
研究課題

課題管理者

文部科学省

イネ属の多様性を生かすリソース基盤の構築

植物遺伝研究室

教授 倉田のり24.4.1

研究期間～

25.3.31

文部科学省

モデル原核生物（大腸菌・枯草菌）遺伝資源の整備と活用

原核生物遺伝研究室 教授 仁木宏典

24.4.1～25.3.31

文部科学省

ショウジョウバエ遺伝資源の総合的維持管理および提供

無脊椎動物遺伝研究室 教授 上田 龍

24.4.1～25.3.31

文部科学省

初期発生研究部門
ゼブラフィッシュの収集・保存および提供（トランスジェニックゼブラフィッシュ系統及び近交系ゼブラ
フィッシュの収集・保存及び提供）

教授 川上浩一

24.4.1～25.3.31

文部科学省

情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進

系統情報研究室

准教授 山﨑由紀子

24.4.1～25.3.31

文部科学省

NBRP に登録された300菌種の日和見病原体ゲノム解析（次世代シーケンサー（Ⅰllumina）を用いたゲノム解析）

比較ゲノム解析研究室 特任准教授 豊田 敦

24.6.1～25.3.31

文部科学省

ショウジョウバエ系統凍結保存法の開発

無脊椎動物遺伝研究室 教授 上田 龍

24.6.1～25.3.31

遺伝情報分析研究室

24.4.1～25.3.31

創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業
文部科学省
90

構造生命科学データクラウドの構築運用と高度化

受託研究／研究開発施設共用等促進費補助金／ Commissioned Research

教授 五條堀 孝

平成24年度 表彰・受賞歴Awards・Honors

氏名内容

平成24年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 科学技術賞「細胞内の遺伝子増幅機構及びその生理作用の研究」 細胞遺伝研究部門 教授 小林武彦
平成24年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞「脊椎動物の運動システム発達における分子基盤の研究」

運動神経回路研究室 准教授 平田普三

平成24年度科学技術分野の文部科学大臣表彰 若手科学者賞「細胞移動や浸潤における分子機構の研究」

多細胞構築研究室 助教 伊原伸治

第59回日本実験動物学会総会 若手優秀発表賞「日本産野生由来マウス系統 MSM における高い不安様行動の分子遺伝学的解析」

マウス開発研究室 大学院生 田邉 彰

日本蛋白質科学会 若手奨励賞「新規セントロメア特異的ヒストン様複合体 CENP-TWSXの構造機能解析」

分子遺伝研究部門 助教 西野達哉

第7回国際トゲウオ学会 最優秀口頭発表賞 ポスドク部門 第1位 “Genetic basis for variation in phenotypic
plasticity among stickleback populations”

生態遺伝学研究室 研究員 石川麻乃

FASEB Science Research Conferences: The Lung Epithelium in Health & Disease, Jo Rae WrightAward “Notch signaling regulates the spatial balance of lung epithelial cells”

発生工学研究室 助教 森本 充

第28回日本微生物生態学会大会 優秀ポスター賞「南極湖底に広がるコケ坊主生物圏の微生物が窒素サイクルに関与する可能性」

原核生物遺伝研究室 研究員 中井亮佑

第13回日本動物遺伝育種学会 学会長特別賞「マウスの従順性行動に関わる遺伝子座マッピングの試み」

マウス開発研究室 研究員 後藤達彦

Academia Europaea Member

遺伝情報分析研究室 教授 五條堀 孝

平成24年度日本生化学会奨励賞「細胞移動・浸潤過程を制御する分子の発見と解析」

多細胞構築研究室 助教 伊原伸治

第1回竹中奨励賞「基底膜の穴のサイズに破綻をきたした変異体の確立」

多細胞構築研究室 助教 伊原伸治

第２９回井上学術賞「遺伝子増幅の分子機構の全容解明と癌化や老化との関係性の発見」

細胞遺伝研究部門 教授 小林武彦

平成24年度 知的財産権
Intellectual Property Rights
国内出願2件モロコ細胞株、その製造方法及び用途

酒井則良

特願 2011-129549

真核細胞におけるタンパク質分解誘導方法

鐘巻将人

特願 2011-252147

鐘巻将人

特願 2011-511193

マルチウェルプレート

西村昭子

第 4764972 号

GsdmA 遺伝子の機能が抑制され、癌化関連遺伝子の機能が促進または抑制された非ヒト動物

城石俊彦

細胞内及び細胞間の微小空間計測用カンチレバーシステム

嶋本伸雄

第 4798454 号

コーティング基板の製造方法、前記方法により製造されるコーティング基板、
および、
その用途

嶋本伸雄

第 4904559 号

セントロメア局在タンパク遺伝子のノックアウト細胞

深川竜郎

堀 哲也

第 4820995 号

セントロメア局在タンパク遺伝子のコンディショナルノックアウト細胞

深川竜郎

堀 哲也

第 4787960 号

顕微鏡

徳永万喜洋 他

第 4766591 号

顕微鏡対物レンズ

徳永万喜洋

第 4748508 号

嶋本伸雄

US 8,080,412 B2

国内再出願1件
哺乳類細胞におけるタンパク質分解誘導方法

国内登録8件田村 勝

第 4742272 号

国外登録 1件
マルチウェルインキュベーション装置及びこれを用いた分析方法（米国）

表彰・受賞歴／知的財産権／ Awards・Honors / Intellectual Property Rights 91

大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構
Research Organization of Information and Systems
機構東京連絡所所在地機構所属研究所〒105-0001

国立極地研究所

東京都港区虎ノ門4-3-13
神谷町セントラルプレイス2階

National Institute of Polar Research〒190-8518 東京都立川市緑町10-3

TEL（ 03）6402-6200

TEL（ 042）512-0608

http://www.rois.ac.jp/

http://www.nipr.ac.jp/

機構長
President Genshiro Kitagawa

The Institute of Statistical Mathematics〒190-8562 東京都立川市緑町10-3

TEL（ 050）5533-8500
http://www.ism.ac.jp/

国立情報学研究所

国立遺伝学研究所

TEL（ 03）4212-2000

TEL（ 055）981-6707

National Institute of Informatics〒101-8430 東京都千代田区一ツ橋2-1-2

北川源四郎

統計数理研究所

http://www.nii.ac.jp/□ 機構の理念

National Institute of Genetics〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
http://www.nig.ac.jp/□ Philosophy and Concept

生命、
環境、
情報など、
21世紀の人間の変容に関わる重要課題の解
決には、従来の学問領域の枠にとらわれない研究への取り組みが必要となっています。
情報・システム研究機構は、４研究所が連携することにより、生
命、
地球、
環境、
社会などに関わる複雑な問題を情報とシステムという視点から総合的に捉え、実験・観測による多種・大量のデータの産生とそこからの情報の抽出、真理の発見、
データベースの構
築とその活用法の開発などの諸課題に関して、分野の枠を超えた融合的な研究を通して、新分野の開拓を図るものです。
また、その成果と新たな研究領域に対する研究基盤を広く共同利用に供することを目的としています。
さらに、複雑なシステムに関する情報学的研究の方法論、
データベースやネットワークの高度利用に関する研究開発と事業を通して、学術研究に関わる国内外の諸機関に対して、研究の機動的、効果的展開を支援するための情報基盤を提供することも大きな使命です。
このように、
情報・システム研究機構においては、各研究所が従来から進めてきた大学共同利用機関としての研究の充実発展に加え、これまでの研究所の枠を超えた先端的な融合研究を新たな構想の下に推進していこうとしています。

Science today is experiencing a revolution characterized by theremarkable progress in experimental as well as computing
technologies that enable us to produce and handle a large
amount of data. This is best exemplified in genome science, but
is also true in other fields such as earth, environmental and social
sciences. The Research Organization of Information and Systems(ROIS) is established to promote research activities of the interuniversity collaborative institutes by integrating their effort tocreate new paradigms along this current scientific trend. Each of
the four institutes has its own history and research activities, butthey are selected not because they are specialized in closely
related fields, but they complement each other for future
research development.
Through the interdisciplinary cooperation, we will be able tocreate new paradigms that conform to the current science
revolution. In order to explore the new vistas in ROIS, weorganized “Transdisciplinary Research Integration Center (TRIC)”
where collaborative and integrative research projects arepromoted. For the first term, we would like to place emphasis on
biological information, earth and environmental information andbasis of informatics and inference. We would like to expand ouractivities to other systems, in the future. By doing so, we hope togo far beyond the original discipline of each institute, and toenhance our role as inter-university collaborative research
institutes.

Organization
機構長選考会議監

3UHVLGHQW1RPLQDWLRQ&RPPLWWHH事$XGLWRUV

国立極地研究所
1DWLRQDO,QVWLWXWHRI3RODU5HVHDUFK

国立情報学研究所

経営協議会

役

員

会

%RDUGRI'LUHFWRUV

機

構

長

1DWLRQDO,QVWLWXWHRI,QIRUPDWLFV

0DQDJHPHQW&RXQFLO

教育研究評議会

3UHVLGHQW

理事

統計数理研究所
7KH,QVWLWXWHRI6WDWLVWLFDO0DWKHPDWLFV([HFXWLYH'LUHFWRUV

国立遺伝学研究所(GXFDWLRQDQG5HVHDUFK&RXQFLO

1DWLRQDO,QVWLWXWHRI*HQHWLFV研究所長議会&RQIHUHQFHRI
'LUHFWRUV*HQHUDO

新領域融合研究センター
7UDQVGLVFLSOLQDU\5HVHDUFK,QWHJUDWLRQ&HQWHU

ライフサイエンス統合データベースセンター'DWDEDVH&HQWHUIRU/LIH6FLHQFH
92

情報・システム研究機構／ Research Organization of Information and Systems

2013年5月 発行

MAY, 2013

大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

国立遺伝学研究所

Research Organization of Information and Systems
National Institute of Genetics

国立大学法人 総合研究大学院大学

生命科学研究科・遺伝学専攻

Department of Genetics, The Graduate University
for Advanced Studies (SOKENDAI)

要覧 2013年度

http://www.nig.ac.jp

国立遺伝学研究所管理部〒411-8540 静岡県三島市谷田1111

Yata 1111, Mishima, Shizuoka-ken 411-8540 JAPANTEL 055-981-6707

FAX 055-981-6715