大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

国立遺伝学研究所

National Institute of Genetics
国立大学法人 総合研究大学院大学

遺伝学専攻

Department of Genetics, SOKENDAI

2 01 9 要覧

2

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

3

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

4国立遺伝学研究所は、遺伝学の基礎とその応用に関する総合的研究を行い、学術研究の発展に寄与することを目的として設置された大学共同利用機関※です。
※大学共同利用機関は、個別の大学では整備や維持が困難な大型装置などを有し、全国の研究者との共同利用・共同研究を推進する研究機関です。

National Institute of Genetics (NIG) was established to carry out broad and comprehensive research in genetics. NIG contributes to the development of
academic research as one of the inter-university research institutes constituting the Research Organization of Information and Systems (ROIS).
5

6

所長あいさつ／ Message from the Director-GeneralMessage from the Director-General
遺伝学と「遺伝研の役割」

DNA の二重らせん構造の発見は、遺伝学を物理学や化The National Institute of Genetics (NIG) was es-

学も包含する自然科学全体の基礎となる学問にまで発展さ

tablished by the Ministry of Education in 1949, just 70

せました。さらには遺伝子組換え動植物の作成、DNA シー

years ago, for basic research in genetics, as well as its

ケンサー、そしてゲノム編集と急速な技術の発展・応用に

instruction and promotion. Its history has overlapped

伴い、遺伝学は人文・社会科学分野へも多大な影響を与えwith the explosive development of life science, and weる研究領域へと変貌を遂げつつあります。

have produced many outstanding scientific achieve-

国立遺伝学研究所は遺伝学に関する基礎的研究とその指導・促進を図ることを目的として 1949 年に文部省の研究所として発足し、本年、創立 70 周年を迎えました。その歴史は生命科学の爆発的な発展と重なり、分子進化の中立

ments including the neutral theory of molecular evolution, the discovery of the mRNA capping mechanism,and the identification of DNA replication origins, among
others.

説、mRNA のキャップ構造の発見、DNA 複製起点の同定

Since NIG was reorganized as an Inter-Universityなど、数々の 優 れた研 究 業 績を挙げ てきました。また

Research Institute in 1984, we have taken the role of1984 年には大学共同利用機関として学術コミュニティー全stimulating the entire academic community as a na-体の研究を促進する役割を担いつつ、1988 年には新たにtional core center for genetics. Additionally, NIG has

設置された総合研究大学院大学で生命科学研究科遺伝学

functioned as the Department of Genetics, SOKENDAI専攻を担当し、独自の大学院教育を行うようになりました。

(the Graduate University for Advanced Studies) offering

2004 年には大学共同利用機関法人 情報・システム研究

a unique postgraduate program since 1988.

機構の一員として法人化され、国立情報学研究所、国立極地研究所、統計数理研究所とともに「情報」と「システム」という視点から、人類の将来的な課題にも取り組んでおります。

Currently we have about 400 members working
in research, maintenance, education and supervision.
There are 34 internationally acclaimed groups in varied
fields ranging from bacteria to humans, from molecules

現在、遺伝研では約 400 人の様々な職種の人たちが遺伝学の先端的研究、遺伝資源の保存と利用、遺伝情報デー
タベースの整備と利用、遺伝学を基盤とした高度な教育と人材育成などに日々励んでおります。研究に関しては、大腸菌からイネ、マウス、ヒトに至る様々な生物を対象に、遺伝学に関する独創的な研究を推進し、世界的にも高く評価されています。研究基盤整備では、DNAデータバンク（DDBJ）、
実験生物系統の分与、先端ゲノミクス推進事業などによって学術コミュニティーに貢献しています。また教育・人材育
成では学生数に対する教員数の多さを活かした大学院教育を行うとともに、有望な若手研究者に新しい分野を開拓させるための将来を見据えた体制を構築しております。
研究所の果たすべき役割は、当該研究分野を発展させ、その成果を世界中の人々と分かち合い、得られた知識の社
会還元を目指して努力することにあります。生命科学には無数の謎が残されており、遺伝研は世界中の研究者たちとto populations, and from theory to experiments.
We also serve the scientific community in Japanand the world by providing research infrastructure, including the DNA database (DDBJ), bio-resources ofvarious experimental organisms, and advanced genomic services.
Our role is to promote our research fields, to share
our research achievements worldwide, and to introduce them to society. There are many wonders in life
science and NIG is dedicated to tackling such mysteries from the genetic point of view through collaboration with international researchers and driven by new
discoveries that will lead to improvements in humanwelfare. Your understanding and continued support ofour activities is cordially appreciated.

切磋琢磨し、あるいは協力しつつそれらの謎を解き、人類の幸福に貢献していきます。皆さまの一層のご理解とご支援をお願い申し上げます。

所長

HANAOKA, Fumio Director-General

花岡 文雄

所長あいさつ／ Message from the Director-General

7

Contents
目 次

06 所長あいさつ

Message from the Director-General

国立遺伝学研究所70周年

75 生物遺伝資源センター

Genetic Resource Center76 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

Platform for Advanced Genome Science

10 組織の変遷をたどる

77 共同研究・研究会

12 遺伝学の未来

82 国際交流

Evolution of Organization

Future of Genetics

NIG-JOINT (Joint Research and Research Meeting)International Activities

85 遺伝学電子博物館
19 概 要Outline24

遺伝研へのアクセス
Access to the Institute

遺伝研の研究活動

86 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

遺伝研データ93 運 営Management

27

研究活動
Research Activities

97 研究教育職員・研究員・学生

61

国際戦略アドバイザー／客員教授
International Strategic Advisor / Visiting Professor

101 管理部と技術課職員

63

産学連携・知的財産室
NIG INNOVATION

102 沿 革64 リサーチ・アドミニストレーター室
Office for Research Development

65 男女共同参画推進室

Office for Gender Equality

68 ライフサイエンス統合データベースセンター
Database Center for Life Science69 ゲノムデータ解析支援センター

Center for Genome Informatics

共同利用・共同研究

72 生命情報・DDBJセンター

Bioinformation and DDBJ Center

73 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム
NIG Supercomputer System

74 先端ゲノミクス推進センター

Advanced Genomics Center

8

Cyber Museum of Genetics

目次／ Contents

Research Staff and Students

Department of Administration and Technical Section

History104 2018年に発行された論文一覧
Publications in 2018

107 予算／科学研究費

Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research

108 バイオロジカルシンポジウム
Biological Symposia

110 表彰・受賞歴／知的財産権

Awards and Honors / Intellectual Property Rights

111 情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems

112 国立大学法人 総合研究大学院大学

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced
Studies)

2010

2011

2013

2015

2016

2018

2019
2005

2006

2007

2009

1997

1999

2000

2001

2004
2002

2003

1995

1996

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

1988

1989

1991

1992

1993

1968

1972

1974

1979

1981

1962

1964

1966

1952

1953

1954

1949

1994

1986

1984

1956

1967

1959

1961

国立遺伝学研究所創立70年 その組織の変遷をたどる
70 years of NIG Evolution of its Organization

改 組 Reorganization
発 足 Establishment

1984

1949

文部省の所轄機関から国立大学共同利用機関になった。10

研究部と１研究施設から成る組織を、５研究系、２研究センター、
実験圃場に改組し、技術課を設置した。部長・室長・研究員とい遺伝学に関する総合研究機関として設置した。目的は「基礎理論の確立によつて應用的諸問題の解決に正しい據点を與え、あわせて各方面における遺伝学研究の指導連絡及び促進をはかる（年報第1号より）」

Established as a national research institute for conducting integrated
research on Genetics, aiming to study principles of heredity thereby
providing the theoretical basis for solving applied problems. The institute
was also designed for the leadership in, as well as coordination andpromotion of genetical researches in Japan. (Annual Report #1)●1949年〜1983年に行われた組織改編
Expansions from 1949 to 1983
当初の3研究部（形質遺伝、細胞遺伝、生理遺伝）に順次、生化学
遺伝、応用遺伝、変異遺伝、人類遺伝、微生物遺伝、集団遺伝、分子遺伝の７研究部を加え、1969年には目標の10研究部に拡充した。
Started with 3 Departments (Morphological Genetics, Cytological
Genetics, Physiological Genetics). Was expanded to 10 departments by
1969 through adding 7 Departments (Biochemical Genetics, Applied
Genetics, Induced Mutation, Human Genetics, Microbial Genetics,
Population Genetics, Molecular Biology).

10

組織の変遷をたどる ／ Evolution of Organization

う肩書きが、教授・助教授・助手になった。

Reorganized as an Inter-University Research Institute to act as a
research hub for researchers of National Universities in Japan. Former 10
departments and 1 center were reorganized into 5 research
departments, 2 centers, and the Experimental Farm. Technical Section
was also added. Job titles were changed from Head of the Department,
Head of the Laboratory and Researcher, to Professor, Associate
Professor and Assistant Professor.

●1984年〜2003年に行われた組織改編
Expansions from 1984 to 2003
総合研究大学院大学の設立に生命科学研究科遺伝学専攻として参画した(1988)。研究センターを大幅に改組・拡充した。特に、共同利用の充実のために、生命情報研究センター (1995)、系統生物
研究センター (1997)、生物遺伝資源情報総合センター (1997)を設置した。研究系では、脳機能と初期発生の２研究部門を設置した(1998)。
Joined the Graduate University for Advanced Studies (SOKENDAI) as
the Department of Genetics, School of Life Science (1988). ResearchCenters were reorganized and significantly expanded in order to enhance
intellectual infrastructure and research collaborations; the Center for
Information Biology (1995), the Genetic Strains Research Center (1997)
and the Center for Genetic Resource Information (1997) were
established. Two new divisions were added to Research Departments:
the Division of Molecular and Developmental Biology and the Division ofBrain Function (1998).

組 織 改 編 Restructuring 2019
法 人 化 Integration into ROIS 2004

運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General

総合企画会議・機構本部連携調整会議

研究系

花岡文雄

アドバイザリーボード

HANAOKA, Fumio

Advisory Board

副所長

Vice-Director

Council for Strategy Planning・Council for intra-ROIS liaison and Coordination
Research Departments

仁木宏典

NIKI, Hironori

所長補佐

Assistant to the
Director-General

情報研究系 Department of Informatics

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

中村保一

NAKAMURA, Yasukazu

相賀裕美子
SAGA, Yumiko

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi

小出黒川

生命ネットワーク研究室

有田正規

ARITA, Masanori

P27

系統情報研究室

川本祥子

KAWAMOTO, Shoko

P28

ROSSANT, JanetHENIKOFF, Steven

ゲノム進化研究室

黒川

KUROKAWA, Ken

P29

PEICHEL, Katie

MIZUUCHI, Kiyoshi

NAKAMURA, Yasukazu

P30

FU, Yun-Xin

BERGER, Frederic

Biological Networks
Genetic Informatics
Genome Evolution

顕大量遺伝情報研究室

中村保一

遺伝子発現解析研究室

大久保公策 OKUBO, Kousaku

Genome Informatics

Gene-Expression Analysis

P31

ゲノム・進化研究系 Department of Genomics and Evolutionary Biology

国際戦略アドバイザー／客員教授 International Strategic Advisor / Visiting Professor

HENSCH, Takao K

生命情報・DDBJ センター Bioinformation and DDBJ Center明石

遺伝情報分析研究室

池尾一穂

人類遺伝研究室
生態遺伝学研究室

北野

KITANO, Jun

P35

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

集団遺伝研究室

斎藤成也

SAITOU, Naruya

P36

シーケンシング部門

植物遺伝研究室佐藤豊

SATO, Yutaka

P37

比較ゲノム解析研究室

豊田敦

TOYODA, Atsushi

P38

DNA Data Analysis
Human Genetics

Ecological Genetics

Population Genetics
Plant Genetics

Comparative Genomics

AKASHI, Hiroshi

P32

IKEO, Kazuho

P33

井ノ上逸朗 INOUE, Ituro

P34

裕

潤

脳機能研究室平田たつみ HIRATA, Tatsumi

P39

神経回路構築研究室

岩里琢治

IWASATO, Takuji

P40

Brain Function

Mammalian Neural Circuits

発生遺伝学研究室

川上浩一

KAWAKAMI, Koichi

P41

マウス開発研究室

小出

KOIDE, Tsuyoshi

P42

共生細胞進化研究室

宮城島進也 MIYAGISHIMA, Shin-ya

P43

微生物機能研究室

仁木宏典

P44

植物細胞遺伝研究室

野々村賢一 NONOMURA, Ken-ichi

P45

細胞制御研究室

小田祥久

P46

Molecular and Developmental Biology
Mouse Genomics Resource
Symbiosis and Cell Evolution
Microbial Physiology
Plant Cytogenetics

Cell Dynamics and Signaling

剛

NIKI, Hironori

ODA, Yoshihisa

発生工学研究室

相賀裕美子 SAGA, Yumiko

P47

小型魚類遺伝研究室

酒井則良

SAKAI, Noriyoshi

P48

多細胞構築研究室

澤SAWA, Hitoshi

P49

遺伝子回路研究室

鈴木えみ子

SUZUKI, Emiko

P50

哺乳動物遺伝研究室

高田豊行

TAKADA, Toyoyuki

P51

Mammalian Development
Model Fish Genetics

Multicellular Organization
Gene Network

Mammalian Genetics

斉

微生物遺伝研究室

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

P52

エピゲノム研究室

角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji

P53

分子細胞工学研究室

鐘巻将人

KANEMAKI, Masato

P54

細胞建築研究室

木村

KIMURA, Akatsuki

P55

ゲノムダイナミクス研究室

前島一博

MAESHIMA, Kazuhiro

P56

無脊椎動物遺伝研究室

齋藤都暁

SAITO, Kuniaki

P57

Microbial Genetics
Epigenomics

Molecular Cell Engineering
Cell Architecture

Genome Dynamics

Invertebrate Genetics

暁

久保KUBO, Fumi

P58

染色体生化学研究室

村山泰斗

MURAYAMA, Yasuto

P59

定量メカノバイオロジー研究室

島本勇太

SHIMAMOTO, Yuta

P60

Quantitative Mechanobiology

郁P74

Sequencing Division

データ解析部門
Data Analysis Division

P75

バイオリソース部門

Bioresource Management Division

植物育成・開発支援部門

Plant Resource Development Division

ゲノム変異マウス開発支援部門

Division for development of genetic-engineered mouse resource

バイオリソース情報部門
Bioresource Database Division

P66

支援センター Support Center

情報基盤ユニット
IT Unit

放射線・アイソトープ支援ユニット
Radioisotope Unit

動物飼育実験施設

Unit for Experimental Animal Care

P63

産学連携・知的財産室 NIG INNOVATION鈴木睦昭

SUZUKI, Mutsuaki

P64

来栖光彦

KURUSU, Mitsuhiko
男女共同参画推進室 Office for Gender Equality

P65

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi
管理部 Department of Administration

P101

総務企画課

General Affairs and Project Section
Financial Affairs Section

システム神経科学研究室
Chromosome Biochemistry

Database Division

財務課

新分野創造センター Center for Frontier Research
Systems Neuroscience

High Performance Computing Division

データベース部門

リサーチ・アドミニストレーター室 Office for Research Development

遺伝メカニズム研究系 Department of Chromosome ScienceP72

システム管理部門

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

遺伝形質研究系 Department of Gene Function and Phenomics

P61

共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center

進化遺伝研究室

Evolutionary Genetics

顕

KUROKAWA, Ken

剛

KOIDE, Tsuyoshi

技術課 Technical Section

P1012019 年 4 月 1 日現在 as of April 1, 2019

既存の研究系は、設置から約34年が経過した。この間の著しい生命科学の進展により、遺伝学を先導するに相応しい研究系の組織を再検討する時期に来ている。また、研究センターの多く

情報・システム研究機構の一員となることにより、複雑な問題を「情報とシステム」という立場から捉え、分野の枠を越えて融合的に研究。新分野の開拓を図った。

NIG became a member of the Research Organization of Informationand Systems by joining forces with three other research institutes,
National Institute of Informatics, The Institute of Statistical Mathematics,
and National Institute for Polar Research. This new alliance enabled NIG
to address complex problems from the viewpoints of “Information” and“System”, and to develop new fields through cross-disciplinary research
projects.

●2004年〜2018年に行われた組織改編
Expansions from 2004 to 2018
事 業 体 制 の 明 確 化を目 的 に、先 端 ゲノミクス 推 進 センター
(2011)、生物遺伝資源センター (2012)、DDBJセンター (2012)の3共同利用事業センターを設置した。
人材と分野を同時に育成するためのインキュベーションセンターとして新分野創造センターを設置 (2006) した。若手の優れた研究者
が研究室主宰者（テニュアトラック准教授）として研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新分野を開拓する研究をおこなう。

は、共同利用事業センターの設置や生命科学の進展に伴い設置
当初の目的が失われた。

そこで、大学共同利用機関の責務である、研究、共同利用事

業、人材育成をより効果的に推進するために再編することとした。これにより、これからの遺伝学を先導し、そのための研究基盤を提供する国立遺伝学研究所の組織体制を研究コミュニティに明示することが可能となる。
（「国立遺伝学研究所組織改編について」より抜粋）

Life science research has experienced an enormous development
during the 34 years after the current research departments were
established. Owing to this development, as well as the establishmentof three research infrastructure centers, many of the research centers
have lost the original missions they possessed at their conception.
Now is the time to reconsider the organization of the institute, so that
NIG can continue to play a leading role in the research on genetics.
NIG has decided to restructure its organization in order to better
carry out the mission as an inter-university research institute:
excellence in research, service to the research community, andfostering researchers of the next generation. This will allow NIG topresent its functional structure to the research community, in leading
frontiers in genetics and providing its research infrastructure. (Excerpt
from “The Reorganization of National Institute of Genetics”)

Three intellectual infrastructure centers were established to increase
the visibility and functionality of research infrastructure: the Advanced
Genomic Center (2011), the Genetic Resource Center (2012) and the
DDBJ Center (2012).
The Center for Frontier Research (2006) was made as an incubation
center to simultaneously develop two elements: human resources andnew research fields. Promising young scientists conduct research as
principal investigator (tenure-track associate professor) to explore newfrontiers in genetics and related areas, taking advantage of NIG’s
research infrastructure and various support systems.

組織の変遷をたどる／ Evolution of Organization11

これからの遺 伝 学へ向けて、
過 去 20 年を顧みる。
Toward the Future of Genetics -Reflextion on the Past 20 Years
1949年、文部省所轄研究所として三島の地に設置された国立遺伝学研究所（遺伝研）。当初は「遺伝に関する学理の総合研究」を柱にスタートし、その後、分子生物学の興隆という大きな潮流の中で、伝統的な遺伝学からゲノム解析が不可欠な時代への流れとともに理論研究と実験研究が相携えて発展してきました。このような変化は、研究者自身にとっても方法論的な大転換を迫られるものであり、また一方では遺伝学の拠点として、社会に対して「ゲノム」の知識や理解を広めるというミッションも担ってきました。遺伝研創立70年という節目に寄せて、1997年から昨年までに在任した3人の所長が集まり、激動の時代を振り返りつつ、これからの遺伝学へ向けて議論を交わしました。
The National Institute of Genetics (NIG) was established in Mishima in 1949 as a research institute for“comprehensive research on principles of heredity”, under the jurisdiction of the Ministry of Education. The
subsequent rise of molecular biology allowed for cooperative development of theoretical and experimental
research at NIG, during the global shift from traditional genetics to genome analysis. Such developments inbiological research have driven researchers to substantially expand their methodologies, and NIG has been
supporting the entire scientific community as a hub for genetic research. NIG also shoulders the mission ofdisseminating the knowledge of genetics. On the milestone of the 70th anniversary of NIG, Yoshiki Hotta, Yuji
Kohara, and Isao Katsura, three former Directors-General who held offices from 1997 to 2018, gathered toreflect on dramatic changes of years past and discuss the future of genetics.

桂 勲

Isao Katsura
12

遺伝学の未来／ Future of Genetics

小原 雄治

堀田 凱樹

Yuji Kohara

Yoshiki Hotta

Principles of genetics apply to allbranches of life sciences

すべての生命科学は遺伝学につながっている
堀田：僕は医学部で教育を受け、特に脳に興味を持ってきましたが、当時の医学部では遺伝学は教わりませんでした。しかし遺伝学の根本にはメンデルの法則があり、生物学全体から見てもこれほどユニバー

サルな法則は他に見当たらない。遺伝学からいろんなものを見ていくというのは生命科学全体が見通せて面白いなと、学生時代に非常に印象に残ったことを覚えています。

桂：遺伝学は、20世紀のはじめに「Heredity（遺伝）」と「Variation（変異）」の学問と定義されました。この時代の「変異」とは、同種の生物の個体間にみられる形質の相違のことで、遺伝学には、「世界にはなぜ様々なヒトがいるのか」などの問題が含まれていました。そのうちに進化が分かってくると、実は遺伝学というのは、生命科学にとって基本原理となる学問である──つまりゲノムが変わっていくのが進化であり、ゲノムから生き物ができてくるのが発生であり、その一番重要なところを遺伝情報が押さえている。そこを見なければ進化も発生も全部分からない──ということになったのです。しかし、その割には、どうも華やかさがないというか（笑）、その重要性がなかなかわかってもらえないんです。

たとえばテントウムシの斑紋がいくつあるとか、トンボの翅はどう発生するかというなら、面白さがわかりやすいんだけれども、遺伝学はそういった現象全体の基本原理にあたるものであって、DNA二重らせん

ぐらいしか一般の人に訴えるものがありません。また遺伝情報は静的であって、発生学のようにダイナ

ミックな学問のほうが面白そうだという誤解があって、エド・B・ル イス（Ed. B. Lewis、1918-

2004）はこつこつ研究していた

けれども、大多数の発生学者は

長い間、遺伝学を無視してきました。でも生命の基本原理の一番重要なところをやっているのが、遺伝学なんです。

堀田：それを最初に非常に明快に書いたのがモーガン（Thomas

Hunt Morgan、1866-1945）ですよね。学生時代に読んだのですが、彼は、生命というのは非常に複雑に見えるが、それは単に我々が無知だからだ（ Dueto our ignorance （*1））と書いた。当時、メンデルの法則が再発見され、発生学者だった

モーガンはショウジョウバエで遺伝学研究を進めて、遺伝学と発生学を統一しようとしました。と

ころが、その後の時代は、おそらく技術的な問題から発生学があまり進展せず、遺伝学と発生学がむしろ対立していったんですね（*2）。僕も1970年頃に発生学者が集まるセミナーで、脳の発生に関する遺伝子の研究を始めると言った時、みんなに反対されました。発生学を遺伝子

Hotta: While I was studying in Medical School I was always interested in thebrain, thinking it might be interesting to study it by genes. However, Medical
Schools at that time did not teach genetics. Genetics is based on Mendel’slaws, which are universal laws. Many genes are universally used acrossmultiple lineages, because all life on earth likely originated from one common
ancestor, as Charles Darwin (1809-82) predicted. I remember being impressedthat genetic perspective allows one to acquire a general overview of all
phenomena in life.
Katsura: Genetics was defined early in the twentieth century as the study of“heredity” and “variation”. At that time, “variation” referred to differences intraits observed among individuals of the same species. Thus, genetics
involved such issues as “why are the humans in various parts of the world alldifferent?” With the understanding of evolution, genetics came to be regarded
as the basic principle of all life sciences; evolution is the variation of the
genome over time, and development is the formation of an organism based on
the information in the genome. Because genetic information is the mostimportant controller of all these factors, we cannot understand evolution anddevelopment without examining the genome. Despite such utmost
importance, however, genetics somehow lacks “splendor” [laughter]. I think
the importance of genetics deserves more recognition.
Some biological questions, such as “how many spots does a ladybug
have?” or “how does the dragonfly wing develop?”, are accessible andattractive to many people. Despite the fact that genetics lies at the basis of allthese phenomena, genetics lacks elements that can appeal to non-scientists;
perhaps the only exception might be the double helical structure of DNA,
which is beautiful on its own right.
Genetic information is often
misunderstood as being static, andpeople tend to think that dynamic
phenomena, such as development,
look more interesting. At the time
when Ed. B. Lewis (1918-2004)
was carefully mapping mutations
that alter the morphology of the fly,embryologists were completely
ignoring genetics. No one would
have imagined that the order of thegenes in Lewis’s genetic map
corresponds to the spatial order of the
body segments that those genes
specify, as well as the temporal orderin which such genes are expressed.

堀田 凱樹（ほった・よしき）

Yoshiki Hotta (MBBS 1963, MD 1968)
1963年東京大学医学部卒、医学博士（東京大学、1968）。米国カリフォルニア工科大学生物学部門博士研究員、東京大学理学部教授等を経て、国立遺伝学研究所所長（第7代、1997〜2004）、大学共同利用機関法人情報･システム研究機構長（2004〜2011）。専門は行動遺伝学、発生遺伝学、分子神経生物学。
7th Director-General of NIG (1997-2004)
Positions held include the following:
Postdoctoral Fellow (Division of Biology, California Institute ofTechnology, 1968-70).
Lecturer-Professor (Faculty of Science, The University of Tokyo,
1972-1997).
President (Research Organization of Information and Systems[ROIS], 2004-2011).
Field of specialization: behavioral genetics, developmental genetics,
molecular neurobiology.

Hotta: It was Thomas Hunt Morgan(1866-1945) who clearly described
this issue for the first time; he said
that the apparent complexity of life
is “an illusion due to ourignorance!”(*1) What is happening
during development was almost
impossible to explain because
developmental genetics did not exist
at that time; there was no bridge
between developmental biology andgenetics (*2).
Morgan’s book was publishedaround the time when Mendel’s laws
were rediscovered, and Morgan,
who was an embryologist, started
to unify genetics and embryology
using fruit flies. Over the following
period, however, due to technical

遺伝学の未来／ Future of Genetics

13

で研究するなんてとんでもない、発生学は顕微鏡の下で細胞の動きをじっくり眺めてやるのだというわけです。

しかし今や遺伝子を使っていない発生学者はいませんね。基本原理

はユニバーサルであって、どの生物を使っても原則は同じであるというのが遺伝学の第一の特徴です。遺伝学はすべての生命科学につながっている。だから遺伝学から始めて、何を研究するかを考えればいいわけです。

シーケンサーの登場とゲノム解読拠点としての発展
堀田：昔の遺伝学は、何か特定の形質など、非常にうまいところに注

目して、その結果を一般化するというのがやり方です。これに対してゲノムは、全部読んでしまうという今までにないやり方なので、最初はや
はり、ものすごく反発がありました。シーケンサーでゲノムの情報を獲得してアミノ酸の配列が分かっても、その先どうするの、と。実は僕も初めは「ええ？」と思いました（笑）。
「クローニング」で同じ遺伝子をDNAの断片として取り出したり、「遺伝子導入」で自分でデザインした遺伝子を染色体に挿して機能の違いが見られるようになって、認識を変えたんです。

典型的なモデル生物であるショウジョウバエや線虫を皆で集中的に研究する時代から、徐々に哺乳類やヒトゲノムの時代へと進みました。
僕が所長になったのはその流れの途中だったと思います。だからたとえばマウスにしても、三島で採集純系化した系統と世界共通の白マウスモデルを比較するという流れを支援しました。

小原：私の場合は、研究を始めた時すでに分子遺伝学の時代に入っていたので、最初からモデル生物を使ってきました。ちな
みに理 論 物 理 学 者のシュレー

ディンガー（Erwin Schrödinger、
1887-1961）が『What islife？（1944）』（*3）と い う 本の中で、細胞や染色体の大きさの議論をしていて、物理学的にみて少なすぎる原子や分子が生

命秩序を生み出していると書いているのですが、今から見れば、
それはまさしくゲノムのことなんですね。私にとって、すべてゲノムに書かれてあり、原理がひとつであるというのはある意味当たり前として育ってきたのですがDevelopment of DNA sequencers andthe role of NIG as a centerfor deciphering the genome
Hotta: The essence of classical genetics is to carefully choose a point ofinterest, such as a specific trait, and then generalize its results. In contrast,
sequencing the whole genome is a completely novel approach andinitially met with huge opposition, as one might expect; OK, DNA
sequencing can reveal amino acid sequences of proteins, but then what?
To tell you the truth, I also felt the same way [laughter]. My reactionchanged only when it became possible to isolate genes through cloning,alter the DNA sequence, transfer the manipulated genes back into thechromosome, and thereby examine the differences in the function.
Initially the research trend in life science was to focus on geneticallyamenable model organisms suchas the fruit fly Drosophila andnematode C. elegans. The field
gradually advanced to include
research involving mammals andthe human genome. It was the
middle of this period when I became
the Director-General of NIG. One ofthe projects that I supported exploits
the genomic differences between thecommon laboratory strain and an
inbred strain established from micecollected in Mishima. Because we
now know the genome sequence ofboth strains, one can study thecausal relationship between the
genome and phenotypic traits, suchas behavior.

小原 雄治（こはら・ゆうじ）

Yuji Kohara (PhD 1987)

国立遺伝学研究所 特任教授、ライフサイエンス統合データベースセ（*4）、もう一方の多様性についンター（DBCLS）センター長。1974年京都大学理学部卒業後、名古物になるのか、どう環境に対応

遺 伝 学 研 究 所 教 授 等 を 経 て、2004年 同 所 長（第8代、2004〜ては、何でこんなに違った生きして進化してきたのか、あるいは双子のどこが違うのか、ゲノム上の遺伝子の働きをコントロー

ルする「エピゲノム」はどう働いているのか……とわからないことがたくさんある。しかも、当時はまだコンピュータの性能が低く、ゲノム解析には大きな資金が必要でした。

14

limitations embryology did not advance as quickly as genetics did, andresearchers in these two fields became adversaries. In fact, when I
declared to an embryologist audience around 1970 that I would start
identifying genes involved in brain development and behavior, everyone
was opposed to the idea. According to their views, embryology must be
performed by carefully observing cells under a microscope; one cannot
understand development with genes.
Of course, now every developmental biologist is using genes.
Principles of genetics are universal, and applies to all organisms – and toall branches of life sciences. Thus, one can start from genetics and thendecide on what topic to study.

遺伝学の未来／ Future of Genetics

屋大学大学院へ進学。英国MRC分子生物学研究所客員研究員、国立2012）。2000年から現在までに、ゲノム解析の4つの大型研究事業を統括。
8th Director-General of NIG (2004-2012)
Positions held include the following:
Visiting Researcher (MRC Laboratory of Molecular Biology, UK,
1988-89)
Associate-full Professor (NIG, 1989-).
Since 2000 Kohara has managed four large research projects on
genome analysis. Currently Yuji Kohara is the Director of the
Database Center for Life Science (DBCLS) of ROIS and also a
specially appointed Professor at NIG.

Kohara: I started my research career
well into the era of molecular genetics,
so from the outset I have been using
model organisms, with their genome
in mind. Erwin Schrödinger (1887-1961),
a theoretical physicist, discusses in his
book “What is life? ” (1944) (*3) whatmight be creating “order” in life,
considering relatively small number ofatoms in the cell. From the current
perspective, what is creating order isthe genome. I took “universality” forgranted – in every organism, everythingis inscribed in their genomes (*4).
Regarding diversity, however, there
was much to be understood: whyeach organism is so different, how
they evolved to adapt to theirenvironments, how twins with theミレニアム（2000年）の頃になって、やっと世界的にもゲノム解析とコンピュータ性能という両輪が揃って発展し、ヒトゲノムのドラフト配列

や、ショウジョウバエ、シロイヌナズナといった代表的なモデル生物の全ゲノム解読が一斉に出てきました。遺伝研ではこの頃、私が４領域

総 代 表 者となって、科 研 費 特 定 領 域 研 究ゲノム４領 域（2000〜
2004）」を主導し、遺伝研に思い切ってシーケンサーをずらずらと並べ始めたんです。年間200万リードを読むことを目標に、線虫、ホヤ各

種、メダカ、シクリッド、粘菌、オオムギ、コムギなどの解読を進めました。欧米の研究所に比べると決して大規模とは言えないものでしたが、日本でやるなら遺伝研しかないだろうという信念で取り組み、結果としても、事業の中から影響力のある論文が数多く生まれました。

堀田：それから、僕が所長の時代に、以前からDNAデータベースの世界の3極の1つとして活動してきたDDBJを発展させて生命情報・
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）研究センターを設置したのでした。

小原：ええ。巨大なデータを出すと、それをどこに格納し、誰が管理するのかという問題が必ず生じます。そこでDDBJがデータを集めて共有する役目を担い、生産と利活用のシナジーが生まれました。また単にスパコンがあればいいわけではなくて、その使い方はどんどん変わっていきますから、例えばいろんなソフトがすぐ使えるようなライブラリを用意するとか、大容量のデータを動かすにはどうしたらいいかとか、そういった基盤整備や拡張もミッションの一部だと考えて、私の時にはかなり改良を加えました。

桂：2000年を過ぎてからゲノム情報の解読が爆発的に増え、その後

いわゆる次世代シーケンサーというのがどんどん発展してみんながDNAシーケンシングをやりたくなった2012年に、ちょうど今のスパコンへの入れ替えがあり、初めての人にも使いやすくすると同時に、
DNA解析用のソフトを整備したと記憶しています。あれをやらなかったら今頃どうなっているかと思うと……心底恐ろしいですね（笑）。

堀田：DDBJはもともと国際連携の下にスタートした点も重要ですね。

その後、僕が情報・システム研究機構の機構長の時（2007年）に機構 内 に 設 置したライフサイエンス 統 合 デ ータベ ースセンター（DBCLS）と連携し、さらに科学技術振興機構のバイオサイエンス
データベースセンター（NBDC）と共同研究体制をとることで、いっそう発展しています。

小原：もう一つ、堀田所長の時にできた比較ゲノム解析研究室も、その後先端ゲノミクス推進センターに発展し、今ではゲノム解析拠点として、分野の発展になくてはならない存在になっています。単にシーケン
サーでゲノムを読み取るだけではなく、その後の情報解析によって、意味を取りだすことも含めた活動を行っています。このゲノム情報の生産と情報解析を一体化するという役割は、やはり遺伝研しか担えない。
そこで私は特定領域研究の後も、大学等で科研費を獲得した研究者との共同研究という形でゲノム解析支援を行う研究事業を、継続的に推進してきました。

遺伝学のフロンティア「新分野創造センター」の設立
小原：それから現在の新分野創造センターも、堀田所長が設置した「新分野創造研究室」が前身です。

same genome could be different, and how the “epigenome” controls thefunctions of genes within the genome. Moreover, computer performance
was still low at that time, and genome analysis required a substantial
amount of funds.
At the turn of the millennium (2000), genome analysis and computer
performance had developed sufficiently to allow the establishment of thedraft sequence of the human genome as well as whole-genome sequencesof representative model organisms, such as Drosophila and Arabidopsis.
It was around this time when I became the chief representative of “Four
Genome Areas” (KAKENHI [Grant-in-Aid for Scientific Research] on
Priority Areas, 2000-2004) at NIG and began to line up DNA sequencers
on my floor. Aiming to acquire two million reads annually, we
determined genome sequences of C. elegans, various ascidian species,
Japanese Medaka fish, cichlid, slime mold, barley, wheat, and others. In
terms of scale alone our work may not be as grand as those conducted in
US and Europe. Nonetheless, in Japan this could only have been done at
NIG, and indeed this project produced many high-impact papers.
Hotta: One thing that I did as the Director-General was to expand DNA
Data Bank of Japan (DDBJ), which had been operating as one of theworld’s three primary DNA databases, to establish the Center for
Information Biology and DDBJ.
Kohara: Yes. Once huge amounts of data are generated, problems
inevitably arise regarding where they should be stored and who should
manage them. Accordingly, DDBJ began to play a role in the collection
and sharing of data, leading to synergy between data production andutilization. During my tenure I considerably improved the function of thecenter, because improving and extending research infrastructure is part ofthe mission of NIG. The improvements included constructing aneasy-to-access library of software, and devising a solution for the
movement of large volumes of data. Having a supercomputer is notenough – its software and operating environment must be continuously
updated to meet the needs of the time.
Katsura: After 2000 genome information of various organisms simply
exploded. Subsequently, the so-called “next-generation sequencers”
came into play, and everyone wanted to incorporate DNA sequencing totheir work. I remember that in 2012, right in the middle of this situation,
we replaced the old supercomputer with a modern one with user-friendly
features and improved DNA analysis software packages. It is reallyterrifying to imagine what would have happened to us, if we didn’t dowhat we did back then [laughter].
Hotta: It is also noteworthy that DDBJ originally launched withinternational cooperation. Later DDBJ entered into a close collaboration
with the Database Center for Life Science (DBCLS) that I establishedwithin ROIS when I was its president (2007). DDBJ also collaborates
with the National Bioscience Database Center (NBDC) of the Japan
Science and Technology Agency to develop further technologies.
Kohara: The Comparative Genomics Laboratory that you establishedsubsequently developed into the Advanced Genomics Center, andprovides support for genome analysis which is indispensable foradvancing life sciences today. The activities of the center include not only
reading genomes using sequencers but also bioinformatics analysis to
extract “information” or “meaning” of the data. Such integration of
production and analysis of information is another strength of NIG. Taking
advantage of such an environment I continue to support researchers who
have KAKENHI-supported projects involving genome analysis, throughthe Platform for Advanced Genome Science (PAGS), which aims topromote genome science in this country.

堀田：新分野創造というのは、われわれが今研究している課題だけではなく、若い人たちがもっと新しい研究テーマに着手して、国際的にも連携しながら、分野を拓いていかなければいけないという意味なんです。僕は作っただけですぐに離れてしまったのだけれども……。

遺伝学の未来／ Future of Genetics15小原：私の時にセンターにしました。
桂：当初は3研究室で、私が初代センター長でした（笑）。遺伝研では1970年代を中心とする木村資生先生、太田朋子先生の時代に、集団遺伝学が非常に純粋な理論として高度に発達しました。でもその後、なかなか突破口が開けない状況があって、その中から、自然の中に何かの進化を見ていこうという新しい人たちが出てきました。細胞内共生がどうやって始まったのか、魚の生態学と遺伝学がどういう関係にあるのかといった新しい研究が、新分野創造センターの中から出てきたんです。

当時からメンバーはみんな対等で、しかも研究所内の設備を共同で利用できる体制が整っていたので、若い研究者も雑用に携わることな

く集中して研究に取り組める、絶好の環境でした。私が所長の時は、センターの規模を拡大できるような予算の余裕はなかったのですが、人が育てば5年、10年後に活躍してくれるだろうという発想で、准教授を計4人採用しました。過去に採用された多くの方々が、実際、遺伝研や他大学で研究者として現在活躍しています。高度人材の育成という意味で、よい結果につながると思います。

堀田：そういえば僕が遺伝研に来た時の第一印象も、研究室の間の壁が低いということでしたね。大学では、とてもこうはいかないような横のつながりがあり、もちろんそれは遺伝学の特徴でもあるのだけれど

も、明らかに遺伝研のいいところだと思いました。

桂：堀田先生はその後、情報・システム研究機構の機構長になって、機構の中に新領域融合センターを作りましたが、融合研究も今、どんどん進めなければならない重要課題だと思います。

小原：私も、先日とあるシンポジウムに出席して感じたのですが、分子生物学、生態学、あるいは考古学も、もうゲノムなしでは済まない時代になっていますね。1989年の遺伝研創立40周年の式辞で、松永英第5代所長が遺伝学は「架橋科学（Brückenwissenschaft）」（*5）であると紹介していますが、まさにそのような役割を遺伝研が担っています。
堀田：遺伝学あるいはゲノムが、生命科学を超えた科学全体のハブみたいになっているんですよね。それをうまく使って融合研究を行うた

めに、あえて今の遺伝研に足りないものを言うならば、医学だと僕は思っています。ゲノム科学は、その発展に伴って必然的に医学・医療

ゲノム学と緊密になっていますから、新しいゲノム科学の問題を開拓す

るには、臨床医学研究者との連携協力をドライブ力として活かす環境が重要だからです。

小原：解読されたゲノムの情報量としても、あらゆる種の中でヒトゲノ

ムが群を抜いて多いんですね。これを使わない手はないですし、そもそも人を知りたいというのは、生命科学者の究極の関心に他なりません。
桂：私は環境問題も、もう1つのキーワードじゃないかと思います。人だけ見ていても人が分からない、他の生物と比べることで分かることもあります。生態学から一歩進んで、環境における生物多様性に遺伝子やゲノムがどう関わっているのかが、今後徐々に、そして本格的に分かってくるようになると考えています。他の分野の研究と対話していくだけでなく、社会と対話していくことも視野に入れると、遺伝学というのは非常に大きな社会的なインパクトを持つものだと思います。

ビッグデータ時代以降の遺伝学への提言
堀田：遺伝学というのは基本的に生命の情報学ですから、生物がずっと進化してきた、その時系列全体が1つのシステムだと考えることができます。生命科学の研究者は──意識的であれ、無意識的であれ──そのシステムの秘密を探ろうとしている。
「遺伝学」は、それを解き

16

遺伝学の未来／ Future of Genetics

Creating frontiers of Genetics:
Center for Frontier Research
Kohara: One important mission of research institutes such as NIG is to
explore and define new fields of research. NIG established a model
system for this endeavor by initiating “Laboratory for Frontier Research”.
Hotta: The phrase “for Frontier Research” means to identify researchtargets outside the realm of what is currently being studied and to attract
other people into the new line of research. Young researchers run theirown labs as independent lab heads (associate professors), using support
from the whole institute. I wasn’t able to do anything beyond recruiting
one faculty member as I left soon after.
Kohara: When I was the Director-General I expanded this system into a
research center (Center for Frontier Research [CFR]), so that we can
explore frontiers in hundreds of new directions.
Katsura: Well, when I became the first head of CFR, it had only threelaboratories [laughter].
Despite its small size I believe CFR contributed to expanding thefrontiers of genetics, as well as research fields led by NIG. While NIG’sstrong points included evolution and population genetics, after the era ofMotoo Kimura (1924-1994) and Tomoko Ohta it was quite difficult tomake a breakthrough. Since the establishment of CFR in 2009, we
recruited 10 young spirited researchers to the Center, and among themwere those investigating evolution in nature. Consequently, new lines ofresearch were established at NIG, such as how intracellular symbiosis
began, and how ecology is related to genetics in fish.
As early as the 1990s NIG already operated with a policy of treating alllab heads equally. Everyone can share institutional facilities andequipment, so it is a supportive and friendly environment for young
researchers to pursue their research without being burdened bymiscellaneous tasks. When I was the Director-General, NIG’s budget
latitude was not large enough to expand CFR further. We nonethelesscontinued recruiting young researchers as CFR lab heads, believing thatinvesting in such human resource development would bear fruit 5 or 10
years later. Indeed, many of the previously appointed faculty at the centerare now playing leading roles at NIG and other universities. I believe CFR
has been highly successful in the development of researchers of thehighest caliber.
Hotta: I completely agree with NIG’s communal atmosphere; indeed, myfirst impression when I came to NIG was that the barriers between
different laboratories were extremely low. Lateral communication that is
unthinkable in universities is the norm at NIG. This, of course, is acharacteristic of genetics – I think this is the true strength of NIG.
Katsura: In order to expand the frontiers of science, transdisciplinarity is
an important aspect. I guess that’s why you founded the Transdisciplinary
Research Integration Center immediately after becoming the president of
ROIS, to foster new transdisciplinary researches.
Kohara: In fact, genome information is a very nice vehicle to crossdisciplines; we are at a point at which every research has a strong
relevance to the genome and genetics – be it molecular biology, ecology,
or archeology. Genetics is “Brückenwissenschaft (bridging science)”, as
Ei Matsunaga, the 5th Director-General, points out upon the 40th
Anniversary of NIG(*5). NIG plays this exact role in the scientificcommunity.
Hotta: Yes, I completely agree that genetics or genomics act as the hub of
not just life sciences but all scientific research. But if we were to exploit
this further towards new transdisciplinary researches, what is currently
lacking at NIG might be “medicine”. Advances in genomic research
inevitably generate close relevance to medicine and medical genomics.
Thus, an environment that is fueled by collaboration with researchers inclinical medicine is important to identify and explore new problems in明かす論理学なんですね。またコンピュータの発達を背景に、ゲノムだ

けでなく、遺伝子発現の実時間の動きや細胞の活動などもデータベー

スに入れて可視化することで、脳科学とも融合しながら新しい知を生み出してくれるのではないかと期待しています。実際、過去にも新しい技術が出てきた時に、素早くそれを利用して、まったく新しい科学が幾度も生まれてきました。特に遺伝研は、実験・理論・データベースの3つを融合的に推進できる強みがあるのですから、その進歩を先取りして、今後も発展し続けてほしいと考えています。

小原：今後、より生命を理解するためには、ゲノムとイメージングとその情報解析がキーになると思います。例えば、集団としての細胞でなく、細胞1つ1つを対象とするシングルセル解析や、これとイメージングを組み合わせた研究などが挙げられます。それから人間についても、何を食べたかとか、どういう環境だったのかといったデータを合わせた

genome science.
Kohara: In this sense it is not surprising that human genome data
occupies by far the largest part of genomic data of all organisms collectedthus far. This data ought to be utilized; after all, understanding humanbeings is the ultimate interest of life scientists.
Katsura: Another point of interest, I believe, is the problem of the earth
environment. We cannot understand humans unless we compare
ourselves with other organisms that exist and existed in this environment.
This is not just a problem of ecology, but of the biodiversity within theenvironment; we will be advancing our understanding on how genes andthe genome is involved in this issue. Be it medicine or the environment,such research would encompass not only dialogues with researchers inother fields, but also communication with society in general. I thus
believe that genetics can have a very powerful social impact.

コホート研究や、ゲノムと遺伝子の発現に関する研究が活発化してくるでしょう。そのような研究のハブは、やっぱり遺伝研が担わないとい
けないと思っていますね。

桂：イメージングは、センサーの一種だと考えることもできます。見る以外の方法で何らかのデータを取るのは結構難しいのですが、たとえば生物に外から刺激を与えて反応を見ることもセンシングであり、今後さまざまに工夫した手法が出てくると思います。また、工学的に細胞などを実際に作ってみて仕組みを理解するという、合成生物学の方向性も重要だと思うんですね。遺伝学は今まで、遺伝子改変のようにちょっと変えてみたらどうなるかを見てきたけれども、根本的にデザインして作ってみたらどうなるかという実験からも、いろいろと新しい知識が得られるはずです。いろんなものを作ってみて、今度はそこから共通のプ

リンシプルを探す道筋も、たいへん興味深いと考えています。

Toward genetics beyond the big data era
Hotta: Genetics is essentially the information science of life; the entire
time period in which organisms have been evolving can be regarded as asystem of information. The way the information is processed, interpreted
and integrated is not yet fully understood. Life scientists, whether
consciously or unconsciously, are trying to unravel the secrets underlying
this system. The logic that was used to decipher those secrets – this iswhat “genetics” is, and will continue to be so in the future.
Another important aspect is the rapid progress in information scienceand computer technologies. This will allow information processing not
only of the genome, but also of real-time gene expression and cellular
activities such as neuronal firing in the brain. Accumulating such big
data, visualizing them, and computing their relationships is expected tocreate new knowledge, e.g. in brain science. The history of science
includes many examples in which a new technology was quickly adopted
and led to the creation of new science. NIG has a special advantage in that
it is concurrently advancing three approaches hand-in-hand: experiments,
theory and database. I hope NIG will foresee what is beyond the current
advances, and will continue its evolution and development.
Kohara: The key to a better understanding of life, I believe, will be
genome, imaging, and their information analysis. An example issingle-cell analysis, where genetic information and gene expression
information of individual cells, rather than a population of cells, isanalyzed, often in combination with various data from images ofindividual cells.
With respect to understanding humans, cohort studies that combine
various timeline data of individuals – such as diet, local and social
environments – and studies on the relationship between the genome andgene expression will be actively pursued. I think NIG ought to be the hub
for those kinds of research as well.

桂

勲（かつら・いさお）

Isao Katsura (PhD 1973)

東京大学理学部生物化学科卒、理学博士（東京大学、1973）。スイス
国バーゼル大学助手、東京大学助教授等を経て、1991年国立遺伝学
研 究 所 教 授、2009年 同 名 誉 教 授 の 後、同 所 長（第9代、2012〜
2018）を務めた。専門は線虫の分子遺伝学、生体分子集合の遺伝学・生化学。
9th Director-General of NIG (2012-2018)
Positions held include the following:
Assistant Professor (University of Basel, Switzerland, 1973-76).
Assistant-Associate Professor (University of Tokyo, 1976-91).
Professor (NIG, 1991-2009).
Field of specialization: molecular genetics of Caenorhabditis elegans,genetics and biochemistry of biomolecular assembly.

Katsura: Imaging can be considered as a type of “sensor” – a way of“sensing” or “measuring” some kind of biological, chemical or physicalparameters. Measuring force inside a cell is “sensing”, and examining
behavioral responses of an individual to external stimuli is also
“sensing”. Currently it is difficult to obtain such data by simple
observation. In the future, various innovative sensing methods are likely
to emerge.
Another important direction would be synthetic biology; that is,
artificially creating cells and organisms through engineering tounderstand their mechanisms. Thus far genetics has capitalized on theeffects of small perturbations, such as genetic modifications. An opposite
approach – systematically design components from scratch to synthesize
a system, and examine what works and what does not – could also yield
new knowledge that may not be gained through small perturbations.
Discovering a common working principle could also be an extremely
exciting approach.

遺伝学の未来／ Future of Genetics

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【註釈】

＊1 : Thomas Hunt Morgan, "The physical basis of heredity", 1919, p.15

＊4 : Genome
Hitoshi Kihara (1893-1986, 2nd Director-General＊2 : Bridge between Developmental Biology and Genetics
At NIG, establishment of the
Genetics

of NIG) wrote

The History of the Earth isLaboratory of Developmental

recorded in the Layer of its Crust; The History of

did not take place until 1984. Genetic studies on

all Organisms is inscribed in the Chromosomes.

developmental phenomena, however, was already done in the

What he described as chromosomes is actuallyDepartments

the genome . The concept of the genome wasofMorphological

Genetics

andPhysiological

Genetics. Among the research conducted in 1960s is one byformulated by Kihara.

Yataro Tajima (1913-2009, 4th Director-General of NIG) on silk

木原均（1893-1986、遺伝研第2代所長）
は「地球の歴moth mutants that alter larval spot/appendage patterns. This

史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある。」と書

work corresponds to Ed. Lewis s mapping studies in Drosophila, andいた。
この「染色体」は「ゲノム」と言い換えられる。木原はconnects with a landmark finding made 30 years later on the

ゲノムの概念を広めたことでも有名である。

genetic control of the body plan.
遺伝研には1984年の改組まで「発生遺伝研究部門」は存在しなかった。
しかしその前から、「形質遺伝部」や「生理遺伝部」において発生遺伝学的研究が＊5 : 文部省国立遺伝学研究所,『創立40周年記念誌, 40th Anniversary issue』,
1989, p.1

行われていた。1960年代に田島彌太郎（1913-2009、遺伝研第４代所長）
らによってなされたカイコの斑文や肢パターンの変異の研究は、エド・ルイスがショウジョウバエで行った研究に相当し、ボディプランの遺伝支配についての大発見にもつながっている。

＊3 : Erwin Schrödinger, What is life? , 1944, Chapter 1, WHY ARE
THE ATOMS SO SMALL?

企
画 ：遺伝研リサーチ・アドミニストレーター室 佐藤 聡子
聞き手、日本語編集 ：情報・システム研究機構 池谷 瑠絵
英語編集 ：遺伝研リサーチ・アドミニストレーター室 広海 健
写真 ：遺伝研リサーチ・アドミニストレーター室 来栖 光彦

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遺伝学の未来／ Future of Genetics

Our Mission
遺伝研の活動研究

教育

Research

Education and Career Development

遺伝学の先端的研究と新たな研究分野の開拓に取り組んでいます。

大学院教育と若手研究者の育成に取り組んでいます。
NIG takes part in graduate level education. It also offers
various systems to enhance research ability of young
researchers.

NIG conducts top-level research in life sciences leveraging on approaches and resources in Genetics. NIG
also develops new research fields within the
broader concept of Genetics.

遺伝学の共同利用・共同研究の場を世界中の遺伝学に対する国民の理解増進と産業界の発研究者へ提供しています。

展に取り組んでいます。

NIG provides various research infrastructures (genetic
resources and information/services) to the scientific community. It also functions as a hub for international and domestic collaborations.

NIG actively disseminates the achievements from genetic
research to the society. It also promotes alliance between
industry and academia.

共同利用・共同研究

社会貢献Intellectual Infrastructure and Collaboration ResearchSocial Contribution

大学共同利用機関法人

情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems (ROIS)

国立大学法人

総合研究大学院大学

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

国立極地研究所
National Institute of Polar Research

極域科学専攻Department of Polar Science

国立情報学研究所
National Institute of Informatics

情報学専攻
Department of Informatics

統計数理研究所
The Institute of Statistical Mathematics

統計科学専攻Department of Statistical Science

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

遺伝学専攻
Department of Genetics

データサイエンス共同利用基盤施設
Joint Support-Center for Data Science Research

基礎生物学専攻
Department of Basic Biology

複合科学研究科
School of Multidisciplinary Sciences

生命科学研究科
School of Life Science

生理科学専攻Department of Physiological Sciences

概要／ Outline

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Outline of Departments and Centers for Research Infrastructures
研究系・共同利用事業センター等■ 情報研究系

データ・知識・材料の利活用に資する技術課題の発見と克服の為の研究開発■ ゲノム・進化研究系

ゲノム配列解析や進化史を中心とした生物の多様な側面の研究■ 遺伝形質研究系

細胞から個体レベルの遺伝形質の研究や生物遺伝資源の特性解析■ 遺伝メカニズム研究系

遺伝情報の継承・修飾・発現などの遺伝メカニズムの研究■ 新分野創造センター

若手の優れた研究者が独立して研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新しい分野を開拓する研究を行う。これにより、研究共同体の中で重要な役割を果たす人材を育成する。
■ 生命情報・DDBJ（DNA Data Bank of Japan）センター

当センターは、米国国立生物工学情報センター（NCBI)、欧州バイオインフォ

Develop technologies and resources that enable users to extract actionable
information from data and knowledge in life sciences.
■ Department of Genomics and Evolutionary Biology

Research many aspects of organisms with special reference to genome sequence analyses and their evolutionary histories.
■ Department of Gene Function and Phenomics

Research on genetic traits at the cellular and organismal levels and on characteristics of biological and genetic resources.
■ Department of Chromosome Science

Research on genetic mechanisms, such as inheritance, modifications andexpression of genetic information.
■ Center for Frontier Research

The Center for Frontier Research provides promising young scientists withindependent positions and an opportunity of developing new frontiers in genetics and related research fields. The Center thereby brings up scientists who willplay crucial roles in academic fields in the future.
■ Bioinformation and DDBJ Center

また遺伝研スーパーコンピュータを運用しています。

Bioinformation and DDBJ Center collaborates with NCBI (USA) and ENA/EBI (Europe) to maintain the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). It also provides a public supercomputing system.

■ 先端ゲノミクス推進センター■ Advanced Genomics Center

マティクス研究所（EBI)と並んで、国際塩基配列データベースを運営しています。

学術分野における超大規模ゲノム情報研究推進の中核として先端ゲノミクス研究を進めるとともに、次世代型ゲノム情報解析パイプラインの提供等による共同
利用・共同研究を推進する。
■ 生物遺伝資源センター

生命科学を先導する様々なバイオリソースを開発し、それらの維持と国内外の大学や研究機関への分譲を行っている。関連情報は、データベース化して世界中に公開している。また、日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソー
スプロジェクトにも参加している。
■ 情報基盤ユニット

研究所全体のネットワーク・ウェブサーバー管理および情報セキュリティ対策を行う。また利用者向けセキュリティ講習会やメール等のアカウント管理も実施している。
■ 放射線・アイソトープ支援ユニット

放射性同位元素を活用する研究を支援している。また、研究所内にある放射線の管理を担当している。
■ 動物飼育実験施設

所内におけるマウス・ラットなどの実験動物の主要な飼養保管施設として、動This center is designed to conduct most advanced genomic researches
and to provide resources based on new-generation sequencing pipeline to thecommunity.
■ Genetic Resource Center

The center develops and preserves forefront bioresources of various organisms, and distributes them to domestic and overseas universities and institutes.
The related information is open to the public through the databases. The center
participates actively in “National BioResource Project (NBRP)” of AMED.
■ IT Unit

The unit maintains the network and web servers of the entire institute andensures information security. It also provides training courses for security andmanages email and web accounts.
■ Radioisotope Unit

The Radioisotope Unit provides support for biochemical experiments thattake advantage of radioactive tracers, and is in charge of the administration ofradiation in NIG.
■ Unit for Experimental Animal Care

The unit run a main animal facility of NIG, and aim to contribute to researchand education by providing suitable rearing condition and research environment
to use mice and rats.
■ NIG INNOVATION

積極的な産学連携活動、地域連携活動を推進。研究所の「知」を社会につなげる。

Aiming at sharing our research findings with society and creating innovation,
NIG INNOVATION is actively promoting collaboration with industry and management of intellectual property by patenting and licensing in a strategic and efficientway.
NIG INNOVATION also plays an active role as ABS Support Team to support researchers at universities to obtain genetic resources from overseas.

全国の大学等の遺伝資源の取得に関するABS 相談窓口も務める。

■ Office for Research Development■ リサーチ・アドミニストレーター室

The aim of the Office for Research Development is to contribute to the enhancement of the research ability of the Institute as well as the entire scientificcommunity.

物の飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献する。
■ 産学連携・知的財産室

研究成果の社会還元、イノベーション創出に貢献する。知的財産の活用を図り、研究所および大学等の研究力向上に資することを目的とした活動をおこなう。
■ 男女共同参画推進室

性別や職種に関わらず研究所の全構成員が能力を発揮できるように環境整備や支援活動を行う。

20■ Department of Informatics

概要／ Outline■ Office for Gender Equality

The office aims to ensure a comfortable work environment where people
can deliver their full potential regardless of sex, age, job category or other personal matters.

Organization
組

織
運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General

総合企画会議・機構本部連携調整会議

Advisory Board

副所長

Research Departments

情報研究系

アドバイザリーボード

Vice-Director

Council for Strategy Planning・Council for intra-ROIS liaison and Coordination

研究系

花岡文雄

HANAOKA, Fumio

仁木宏典

NIKI, Hironori

所長補佐

Assistant to the
Director-General

Department of Informatics

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

中村保一

NAKAMURA, Yasukazu

相賀裕美子
SAGA, Yumiko

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi

小出

黒川

剛

KOIDE, Tsuyoshi

生命ネットワーク研究室

有田正規

ARITA, Masanori

P27

系統情報研究室

川本祥子

KAWAMOTO, Shoko

P28

ROSSANT, JanetHENIKOFF, Steven

ゲノム進化研究室

黒川

KUROKAWA, Ken

P29

PEICHEL, Katie

MIZUUCHI, Kiyoshi

NAKAMURA, Yasukazu

P30

FU, Yun-Xin

BERGER, Frederic

Biological Networks
Genetic Informatics
Genome Evolution

顕大量遺伝情報研究室

中村保一

遺伝子発現解析研究室

大久保公策 OKUBO, Kousaku

Genome Informatics

Gene-Expression Analysis

ゲノム・進化研究系

P31

Department of Genomics and Evolutionary Biology

進化遺伝研究室明石

遺伝情報分析研究室池尾一穂

国際戦略アドバイザー／客員教授 International Strategic Advisor / Visiting Professor

共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center

IKEO, Kazuho

P33

人類遺伝研究室

井ノ上逸朗 INOUE, IturoP34

生態遺伝学研究室

北野

KITANO, Jun

P35

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

集団遺伝研究室

斎藤成也

SAITOU, Naruya

P36

シーケンシング部門

植物遺伝研究室佐藤豊

SATO, Yutaka

P37

比較ゲノム解析研究室

豊田敦

TOYODA, Atsushi

P38

DNA Data Analysis
Human Genetics

Ecological Genetics

Population Genetics
Plant Genetics

Comparative Genomics

遺伝形質研究系

潤システム管理部門

High Performance Computing Division

データベース部門
Database Division

Sequencing Division

データ解析部門
Data Analysis Division

P75

バイオリソース部門

平田たつみ HIRATA, Tatsumi

P39

神経回路構築研究室

岩里琢治

IWASATO, Takuji

P40

発生遺伝学研究室

川上浩一

KAWAKAMI, Koichi

P41

ゲノム変異マウス開発支援部門

マウス開発研究室

小出

KOIDE, Tsuyoshi

P42

バイオリソース情報部門

共生細胞進化研究室

宮城島進也

MIYAGISHIMA, Shin-ya

P43

微生物機能研究室

仁木宏典

NIKI, Hironori

P44

植物細胞遺伝研究室

野々村賢一 NONOMURA, Ken-ichi

P45

細胞制御研究室小田祥久

ODA, Yoshihisa

P46

発生工学研究室

相賀裕美子 SAGA, Yumiko

P47

小型魚類遺伝研究室

酒井則良

SAKAI, Noriyoshi

P48

多細胞構築研究室

澤SAWA, Hitoshi

P49

遺伝子回路研究室

鈴木えみ子 SUZUKI, Emiko

P50

哺乳動物遺伝研究室

高田豊行

P51

Brain Function

Mammalian Neural Circuits
Molecular and Developmental Biology
Mouse Genomics Resource
Symbiosis and Cell Evolution
Microbial Physiology
Plant Cytogenetics

Cell Dynamics and Signaling
Mammalian Development
Model Fish Genetics

Multicellular Organization
Gene Network

Mammalian Genetics

剛

斉

TAKADA, Toyoyuki

微生物遺伝研究室

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

P52

エピゲノム研究室

角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji

P53

分子細胞工学研究室

鐘巻将人

KANEMAKI, Masato

P54

細胞建築研究室

木村

KIMURA, Akatsuki

P55

ゲノムダイナミクス研究室

前島一博

MAESHIMA, Kazuhiro

P56

無脊椎動物遺伝研究室

齋藤都暁

SAITO, Kuniaki

P57

Epigenomics

Molecular Cell Engineering
Cell Architecture

Genome Dynamics

Invertebrate Genetics

暁

久保

染色体生化学研究室

定量メカノバイオロジー研究室

Systems Neuroscience

Chromosome Biochemistry
Quantitative Mechanobiology

Division for development of genetic-engineered mouse resource
Bioresource Database Division

P66

支援センター Support Center

情報基盤ユニット
IT Unit

放射線・アイソトープ支援ユニット
Radioisotope Unit

動物飼育実験施設

Unit for Experimental Animal Care

P63

産学連携・知的財産室 NIG INNOVATION鈴木睦昭

SUZUKI, Mutsuaki

P64

来栖光彦

KURUSU, Mitsuhiko
男女共同参画推進室 Office for Gender Equality

P65

平田たつみ

HIRATA, Tatsumi
管理部 Department of Administration

P101

総務企画課

General Affairs and Project Section
Financial Affairs Section

KUBO, Fumi

P58

村山泰斗

MURAYAMA, Yasuto

P59

島本勇太

SHIMAMOTO, Yuta

P60

郁

Plant Resource Development Division

財務課

新分野創造センター Center for Frontier Research
システム神経科学研究室

Bioresource Management Division

植物育成・開発支援部門

リサーチ・アドミニストレーター室 Office for Research Development

遺伝メカニズム研究系 Department of Chromosome Science
Microbial Genetics

P74

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

Department of Gene Function and Phenomics

脳機能研究室

P72

生命情報・DDBJ センター Bioinformation and DDBJ Center

P32

裕

P61

HENSCH, Takao K

AKASHI, Hiroshi

Evolutionary Genetics

顕

KUROKAWA, Ken

技術課 Technical Section

P1012019 年 4 月 1 日現在 as of April 1, 2019

概要／ Outline

21

Cutting-edge Research : A Core Institute for Life Sciences
遺伝学の中核拠点としての先端研究活動
生命はゲノムに書き込まれた遺伝情報と内外環

境との相互作用で作りだされる複雑なシステムです。

この生命システムの解明をめざして、細胞機能、発生・分化、進化・生物多様性、ゲノム情報などについて
先端研究を進めています。

Life is a complex system generated by the mutual interaction between genetic information engraved in the genome and the internal andexternal environments. At the National Institute of Genetics (NIG), cutting-edge research is conducted in areas such as cell function, development and differentiation, evolution and diversity, and genome
information, aiming to clarify the system of life.

▶ Research Highlights

最近の研究成果より微生物群集における潜在的環境因子の抽出
多様な環境における微生物群集構造が研究されていますが、どのような環境要素が微生物群集構造に影響を与えるかという問題は解き明かされていません。黒川教授らは膨大なメタゲノムデータに確率的トピックモデルを適用し、微生物群集における「潜在的環境」
を環境要素の混合として抽出することに成功しました。

Latent environment allocation of microbial community data

ウェブアプリケーション：LEA グローバルマップ。
（http://leamicrobe.jp/）
The LEA global map make it easy to explore patterns in microbial community
structures. (http://leamicrobe.jp/)

Although microbiomes from various environments have been studied, there
still remained the problem what types of environments affect the structure of a
microbial community. We applied a probabilistic topic model to metagenomic
data and succeeded in extracting “latent environments” of the microbial communities, which are core elements of environmental mixtures.

Higashi K, Suzuki S, Kurosawa S, Mori H, Kurokawa K. Latent environment allocation of microbial community data. PLoS Comput Biol. 2018 Jun 6;14(6):e1006143.

PolεHelicaseεObstacleδPolδ
障害物があると、DNAポリメラーゼε（Polε）がヘリカーゼの活性を抑え複製フォー
クは停止する。
DNA polymerase ε (Polε) impedes the replicative helicase at the obstacle andeventually DNA replication fork pauses.

障害物を検知して複製を停止させる機構
染色体上に障害物があるとDNA 複製フォークは止まります。荒木教授らは染色体の安定性と密接に結びつくこの反応を、精製した酵母のタンパク質から初めて試験管内で再構成しました。そして、2 本鎖 DNA を 1 本鎖にほどくヘリカーゼとDNA ポリメラーゼεが一体となって障害を検知し、複製を停止させることを明らかにしました。

DNA polymerase ε modulates replicative helicase activity at the obstacle
Replication forks pause at the obstacles on chromosomes and the properpausing is important for genome integrity. This fork-pausing reaction was reconstituted from purified yeast proteins. It was revealed that in this reaction DNA
polymerase ε impedes the unwinding of the protein-bound double-stranded DNA
by the replicative helicase.

Hizume K, Endo S, Muramatsu S, Kobayashi T, Araki H. DNA polymerase ε-dependent modulation of the pausing property of the CMG helicase at the barrier.
Genes Dev. 2018 Oct 1;32(19-20):1315-1320. doi: 10.1101/gad.317073.118. Epub 2018 Sep 19.

脳と眼球を接続するプロトカドヘリン機能
浅川助教と川上教授は、眼球を回転させる脳幹の運動ニューロンが、プロトカドヘリン
１7 タンパク質を利用して発達することを、ゼブラフィッシュを用いて発見しました。ヒトにおいても、プロトカドヘリンが眼球運動の発達に重要である可能性が示唆され、斜視などの眼球運動障害の治療法の開発に貢献すると期待されます。

Protocadherin links the brain and eye muscle.
外転神経（緑）と外転筋（マゼンタ）が接続する様子を、生きた稚魚の中で可視化することに成功。
The abducens motor neurons (green) and eye muscle (magenta) in a live zebrafish
larva.

Precise brain-eye muscle connectivity is fundamental to eye movements. Drs
Asakawa and Kawakami discovered that the abducens motor neurons failed toconnect with the eye muscle in zebrafish when Protocadherin17 protein became
abnormal. Protocadherins may serve as a potential therapeutic target for humaneye movement disorders, such as strabismus.

Asakawa K, Kawakami K. Protocadherin-Mediated Cell Repulsion Controls the Central Topography and Efferent Projections of the Abducens Nucleus. Cell Rep.
2018 Aug 7;24(6):1562-1572.

22

概要／ Outline

Intellectual Infrastructure Supporting Life Sciences
生命科学を支える共同利用
DDBJ（日本 DNA データバンク）、先端ゲノミク
ス推進、生物遺伝資源（バイオリソース）の 3 つの研究事業を国際的な中核拠点として運営しています。
他の大学や研究機関とも連携したこれらの事業により生命科学を先導し、研究コミュニティを支援しています。

NIG operates three research infrastructure projects as an international center of life sciences: DDBJ Project, Advanced Genomics
Project, and BioResource Project. Through promoting research collaborations with other universities and research institutions, NIG advances
the frontier of life science and supports the entire scientific researchcommunity.

DDBJ（日本 DNA データバンク）事業
当センターは、米国国立生物工学情報センター（NCBI)、欧州バイオインフォマティク

ス研究所（EBI)と並んで、国際塩基配列データベースを運営しています。また日米欧およDNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

EMBL¯EBI
EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

び韓国の特許庁と協力し、特許由来の DNA 配列及びアミノ酸配列も公開しています。国内研究者には、スーパーコンピュータ( スパコン ) の無償貸出もおこなっています。毎年600 名以上の登録者がスパコンを利用した生命科学研究を実施しています。

DDBJ Project
Bioinformation & DDBJ Center is a part of International Nucleotide Sequence
Database Collaboration (INSDC) with National Center for Biotechnology Information in the United States and European Bioinformatics Institute. The center alsocollaborates with patent offices in Japan, the United States, Europe, and Korea
on patent-related DNA and amino acid sequences. Our supercomputer platform
is free for Japanese investigators. Each year, more than 600 registered users
conduct life science research on our supercomputer system.

先端ゲノミクス推進事業
2011 年度から、先端ゲノミクス推進センターを中心に活動しています。これまでに、微生物から大型真核生物にいたる多様な生物種において、最新のシーケンシング技術を駆使してゲノム情報を産出してきており、学術分野における先端ゲノミクス推進の中核として事業を進めています。

Advanced Genomics Project
NIG is top in the nation for technical know-how for complete sequencing ofmulticellular organism genomes. NIG has conducted analyses of genes and genomes in collaboration with many organizations (universities and researchgroups). NIG is a key producer of genomic information.

生物遺伝資源（バイオリソース）事業
学術研究用生物系統の開発、収集、提供を主体としたバイオリソース事業を展開し、全国の中核拠点として機能しています。日本医療研究開発機構（AMED）NBRP の生物種

別の中核代表機関としても活動し、さらに情報センターとして大学等と連携してバイオリソー

スデータベースの構築と公開運用を進めています。

BioResource Project
NIG serves as a center for developing, collecting, and distributing biologicalresources of various strains of experimental organisms for academic research.
NIG also plays an important role as a central institution for individual National BioResource Projects and functions as its information center to promote development of biological resource databases in collaboration with universities and otherorganizations.
概要／ Outline

23

Access to the Institute
遺伝研へのアクセス
遺伝研周辺地図
大場
川him

JR Mis

東海
道
道本
本線
線

OUTH 市立公園

南口 S

楽寿園

三島広小路駅

錦田中学校
錦田中学校

国立遺伝学研究所

National Institute of Genetics

至東京

谷田宿舎

や た

谷田

三島田町駅

Yata

三島警察署
三島警察署

錦田小学校

三島二日町駅

国道136号

1号
国道 e1
t
Rou

至沼津

三島東海病院

三嶋大社

伊豆
箱
箱根
根鉄
鉄道
道

至箱根

東海
道
道新
新幹
幹線
線

RTH

O
北口 N

三島a駅
n
Statio駿

三島塚原 IC

市民体育館
市民体育館

至静岡
至静岡

東

日本大学国際関係学部
日本大学国際関係学部

道
車 ）
動
自 道路
貫
縦 環状
豆
伊 河湾

文教宿舎

（

至沼津 IC

富士山

Mt.Fuji

遺伝研詳細地図
至箱根三島塚原 ICNIG 国立遺伝学研究所

通用門

遺伝研坂下
バス停 A
そば店

や た

谷田
国道
伊

豆

箱

根

JA

道

コンビニエンスストア

三島二日町駅

遺伝研前
バス停

大阪市

名古屋市

Nagoya City

スーパー
マーケット

東京都
Tokyo

成田空港

Narita Airport

羽田空港

Haneda Airport

Osaka City

三島市

Mishima City
Shizuoka Prefecture

静岡県

銀行

三島警察署

鉄

京都市

Kyoto City薬局

自動車販売店

1号

正門

遺伝研坂下
バス停 B

錦田小学校

谷田公民館

踏切

三島駅までのアクセス

三島駅から遺伝研までのアクセス

How to get to JR Mishima Station● 羽田空港品川駅

Haneda Airport

JR Shinagawa Station
京急 約 20 分● 成田空港JR Shinagawa Station
JR 約 1 時間

1hr by JR Narita Express

JR Shin-Osaka

三島駅からの距離 約 4km
About 4km from JR Mishima Station●

JR Mishima Station●

遺伝研へのアクセス／ Access to the Institute

路線バス
南口 5 番乗り場から約 20 分
「柳郷地行き」遺伝研前下車、または、「夏梅木行き」「玉沢・社会保険病院行き」遺伝研坂下下車徒歩 10 分
20min by Local Bus (South Exit #5)

50min by Shinkansen (Kodama)

三島駅

2hr by Shinkansen (Hikari)

シャトルバス
北口 4 番乗り場から約 15 分（平日のみ運行）
15min by the NIG Free Shuttle Bus (North Exit #4)

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

JR Mishima Station

新幹線ひかり 約 2 時間

24

JR Mishima Station

50min by Shinkansen (Kodama)

品川駅

Narita Airport

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

20min by Keikyu Line● 新大阪駅

Access from JR Mishima Station to NIG●

タクシー
南口・北口共に約 15 分
15min by Taxi

Campus Map
遺伝研マップ

実験動物慰霊碑

太陽光発電設備

展示室

Photovoltaic Facility

Memorial Monument for
Experimental Animals

Exhibition Room

W
M
V

H

RY

G

C
B

R
A

X

S

D

正門

Main Entrance

Z1
Q

Z2

研究員宿泊施設

講堂

Guest House

食堂

Lecture Hall

Cafeteria

研究所の敷地と建物

A 本館

M 電子計算機棟

W 生命情報研究センター

B 図書館

Q 研究員宿泊施設

X 動物飼育実験棟

C 研究実験棟

R 系統生物研究センター

Z1 所内宿舎１号棟

D 講堂棟

RY 系統生物附属プレハブ棟

Z2 所内宿舎２号棟

G 構造遺伝学研究センター

S 系統生物西附属棟

Building Area

H RI 実験棟

V 実験圃場管理施設(Total Floor Space)

Main Building

Library

Laboratory Building

Lecture Hall

Structural Biology Center

Radioisotope Laboratory

Computer Building

Guest House

Genetic Strains Research Center

Genetic Strains Research Center Annex

Center for Information Biology

土地総面積

Animal Research Building

Official Housing Ⅰ

Genetic Strains Research Center West Building

Administration Building for Experimental Farm

Official Housing Ⅱ

101,363㎡

Institute Facilities and Grounds

内訳

Details

研究所敷地 94,095㎡
Institute Area

宿舎敷地

Residential Area

建築面積

建物延面積

7,268㎡
16,990㎡
41,894㎡（2019 年 4 月 1 日現在）

遺伝研マップ／ Campus Map

25

Research Activities
遺伝研の研究活動

Department of Informatics

情報研究系

Finding the link between metabolic variation and evolution
生物界における代謝の多様性と進化の関係を解き明かす

化合物合成機構の進化の一例。左が生物の種系統樹で、脊椎動物（赤）、無脊椎の新口動物（紫）、脱皮動物（黄）などの類縁関係がわかる。右には、それら動物の持つ構造や化合物に関する既知の知見をまとめてある。脊椎動物のミエリン鞘の絶縁性を司るスフィンゴミエリンの合成は、スフィンゴミエリン合成酵素であるSMS1とSMS2 が担っている。節足動物などは別の相同遺伝子 SMSe を持つ。
An example of evolutionary stidies of compound synthesis. The left is the species tree of metazoa; vertebrate (red), invertebrate deuterostomes (purple), ecdysozoa (yellow),
etc. The right is summary for the distribution of the myelin related structures and compounds. SMS1 and SMS2 both coded only in vertebrates work for synthesis ofsphingomyelin. Arthropods have another homologous gene SMSe.

主なテーマはゲノミクスとメタボロミクス（代謝‘metabolism’からきた言葉です）による代謝ネットワークの解析です。計算機による解析の対象とする生物種は幅広く、乳酸菌や微細藻類から、後生動物まで扱います。様々な代謝物がどのように生成され利用されるのかを、生物界という広い視点で明らかにしたいと考えています。MassBank（http://massbank.jp/）や LipidBank（http://
lipidbank.jp/）のようなデータベースのほか様々な解析ツールも作成しています。

Our activity is summarized as the network analysis using
genomics and metabolomics (this word comes from ‘metabolism’). Our computational analysis targets many biological
species from lactobacilli and microalgae to metazoa. The research goal is the understanding of metabolite evolution anddistribution in the biosphere. Major research results include
databases such as MassBank (http://massbank.jp/) and LipidBank (http://lipidbank.jp/), as well as analytical softwaretools for genomics and metabolomics.

Selected Publications
Tada I, Tanizawa Y, Endo A, Tohno M, Arita M. Revealing the genomic differences
between two subgroups in Lactobacillus gasseri. Biosci Microbiota Food Health.
2017;36(4):155-159.
Satti M, Tanizawa Y, Endo A, Arita M. Comparative Analysis of probiotic genus
Bifidobacterium and Lactobacillus based on a new definition of core genome.
GIW/BIOINFO2017, Seoul, Korea (to appear in JBCB).

Biological Networks Laboratory 生命ネットワーク研究室

Arita GroupARITA, Masanori
Professor

有田正規

教授

有田研究室

Simakov O, Kawashima T. Independent evolution of genomic characters during
major metazoan transitions. Dev Biol. 2017 Jul 15;427(2):179-192.
Kawashima, T. Comparative and Evolutionary Genomics. In: Ranganathan, S.,
Nakai, K., Schönbach C. and Gribskov, M. (eds.) Encyclopedia of Bioinformatics
and Computational Biology 2019 ;2:257-267.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/arita/

KAWASHIMA, Takeshi
Assistant Professor

川島武士

助教

研究活動／ Research Activities

27

Department of Informatics

情報研究系

Research on utilization of biological resource and database
遺伝資源情報の利用とデータベースに関する研究

ナショナルバイオリソースプロジェクトの情報公開サイト。国内で提供されている様々な生物資源の情報を集約している。各リソースへのリンクの他、統合検索の機能を備える。

National BioResource Project web portal.
Information of biological resources provided inJapan can be obtained.

生命科学分野では、ゲノム解読やゲノム編集をはじめとする革新的な技術をベースに、日々新たな成果が生まれています。それらの基盤となるのがバイオリソースでありデータベースです。本研究室では、日本で進められているバイオリソースやデータベースの整備プロジェクトに貢献するとともに、遺伝医療を中心にリソースやデー
タベースを社会に役立てるための研究を行います。
ナショナルバイオリソースプロジェクト

http://www.nbrp.jp/

ライフサイエンス統合データベースセンター http://dbcls.rois.ac.jp/

In the field of life science, innovative technologies suchas genome sequencing and genome editing give rise to new
findings day after day. In order to advance research and facilitate new findings, the effective utilization of bio-resourcesand databases play a critical role. Our laboratory has beenworking in research and development of databases and information retrieval system for the National Bio-Resource
Project (NBRP) and integrated database project for life science. We are continuing to improve the quality of databases
and study to make use of biological resources.

Selected Publications
Katayama T, Wilkinson MD, Aoki-Kinoshita KF, Kawashima S, Yamamoto Y,
Yamaguchi A, Okamoto S, Kawano S, Kim JD, Wang Y, Wu H, Kano Y, Ono H,
Bono H, Kocbek S, Aerts J, Akune Y, Antezana E, Arakawa K, Aranda B, Baran J,
Bolleman J, Bonnal RJ, Buttigieg PL, Campbell MP, Chen YA, Chiba H, Cock PJ,
Cohen KB, Constantin A, Duck G, Dumontier M, Fujisawa T, Fujiwara T, Goto N,
Hoehndorf R, Igarashi Y, Itaya H, Ito M, Iwasaki W, Kalaš M, Katoda T, Kim T,
Kokubu A, Komiyama Y, Kotera M, Laibe C, Lapp H, Lütteke T, Marshall MS, Mori
T, Mori H, Morita M, Murakami K, Nakao M, Narimatsu H, Nishide H, Nishimura Y,

Genetic Informatics Laboratory 系統情報研究室

Kawamoto GroupKAWAMOTO, Shoko
Associate Professor

川本祥子

28

准教授

研究活動／ Research Activities

川本研究室

Nystrom-Persson J, Ogishima S, Okamura Y, Okuda S, Oshita K, Packer NH,
Prins P, Ranzinger R, Rocca-Serra P, Sansone S, Sawaki H, Shin SH, Splendiani A,
Strozzi F, Tadaka S, Toukach P, Uchiyama I, Umezaki M, Vos R, Whetzel PL,
Yamada I, Yamasaki C, Yamashita R, York WS, Zmasek CM, Kawamoto S, Takagi
T. BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked
data in life science domains. J Biomed Semantics. 2014 Feb 5;5(1):5.
Kawamoto S, Bono H. [Portal services of life science database project in Japan].
Tanpakushitsu Kakusan Koso. 2008 Mar;53(3):281-7.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawamoto/情報研究系

Department of Informatics

Unveiling microbial community dynamics
微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。
Exploring microbial diversity in a continental serpentinite-hosted hydrothermal system.

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。また、化石の骨などからDNAを抽出し、古代生物のゲノムを復元することで、進化の謎に迫る研究も行っています。

In our laboratory, we are interested in understanding
about microbial genome evolution and microbial community
dynamics, and we are currently reaching out in the following
two major research directions; I. Facilitate the developmentof an integrated database “MicrobeDB.jp”, II. Microbial community dynamics. Our research interests blend a backgroundin microbial genomics and metagenomics with bioinformatics
and integrated database developments that are just now allowing the prospect of illuminating microbial community dynamics. We are trying to gain a better understanding of how
microbial diversity maintain as well as how it emerged. We
are also trying to propose a new evolutionary scenario by recovering DNA information from paleontological remains.

Selected Publications
Yonezawa T, Segawa T, Mori H, Campos PF, Hongoh Y, Endo H, Akiyoshi A,
Kohno N, Nishida S, Wu J, Jin H, Adachi J, Kishino H, Kurokawa K, Nogi Y,
Tanabe H, Mukoyama H, Yoshida K, Rasoamiaramanana A, Yamagishi S, Hayashi
Y, Yoshida A, Koike H, Akishinonomiya F, Willerslev E, Hasegawa M.
Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and
Evolution of the Ratites. Curr Biol. 2017 Jan 9;27(1):68-77.
Mori H, Maruyama T, Yano M, Yamada T, Kurokawa K. VITCOMIC2: visualization
tool for the phylogenetic composition of microbial communities based on 16S

Genome Evolution Laboratory ゲノム進化研究室

Kurokawa Group

KUROKAWA, Ken
Professor

黒川

顕

教授

黒川研究室

rRNA gene amplicons and metagenomic shotgun sequencing. BMC Syst Biol.
2018 Mar 19;12(Suppl 2):30.
Higashi K, Suzuki S, Kurosawa S, Mori H, Kurokawa K. Latent environment
allocation of microbial community data. PLoS Comput Biol. 2018 Jun 6;14(6):e1006143.
Segawa T, Matsuzaki R, Takeuchi N, Akiyoshi A, Navarro F, Sugiyama S,
Yonezawa T, Mori H. Bipolar dispersal of red-snow algae. Nat Commun. 2018
Aug 6;9(1):3094.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kurokawa/

MORI, Hiroshi
Assistant Professor

森

宙史

助教

研究活動／ Research Activities

29

Department of Informatics

情報研究系

Advancement of large-scale genome sequences and promotion of DDBJ
大規模ゲノム塩基配列解析の高度化とDDBJ 事業の推進
(A)

(B)

（A）DFAST：DDBJ Fast Annotation and Submission Tool
（B）Marpolbase：ゼニゴケ（Marchantia polymorpha）ゲノム情報データベース
(A)Screenshot of DDBJ Fast Annotation and Submission Tool (DFAST)(B) Screenshot of Marpolbase: a liverwort Marchantia polymorpha genome database

高速シークエンサの技術革新と共に、生物学者が大量の塩基配列データを得ることが可能になってきています。そのような大量の塩基配列データがうまく再利用されるためには、参照データとして高品質な塩基配列データベースの提供が不可欠です。信頼性の高い配列解析を実現するために、高速かつ可能な限り正確な結果を提供する自動化注釈システムを提供することも重要になります。
中村研究室は日本 DNA データバンク（DDBJ）の業務を担当する研究室として、高度なゲノム情報解析とそのデータベース化や、
アノテーションの質の向上に取り組んでいます。DFAST は原核生物の自動注釈システムであり、DDBJ への高速かつ正確なデータ登録を支援します。また、苔類ゼニゴケMarchantia polymorphaや、
ウンシュウミカン Citrus unshu のような進化研究上、あるいは産業上重要な生物種の高精度な解析を共同研究により実施し、そのゲノム情報を提供しています。

Ultra high-throughput sequencing technologies allow biologists to obtain larger amounts of nucleotide sequence
data. To facilitate for reuse such huge nucleotide data, it isnecessary to create a high-quality sequence database as
reference data. It is also important to equip automated annotation system that make it possible fast and accurate results
for reliable sequencing analysis. Our laboratory is in chargeof DNA Data Bank of Japan (DDBJ) and attempts to develop
advanced database management systems, and to improve
quality of annotations in genome databases. We have been
constructing an automatic annotation system for prokaryotes: DDBJ Fast Annotation and Submission Tool (DFAST).
We are also providing several high-quality annotated genome
information for important plant species such as a liverwort
Marchantia polymorpha and a japanese orange Citrus unshu.

Selected Publications
Tanizawa Y, Fujisawa T, Nakamura Y. DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication.
Bioinformatics. 2018 Mar 15;34(6):1037-1039.
Bowman JL, Kohchi T, Yamato KT, Jenkins J, Shu S, Ishizaki K, Yamaoka S, Nishihama R, Nakamura Y, Berger F, Adam C, Aki SS,
Althoff F, Araki T, Arteaga-Vazquez MA, Balasubrmanian S, Barry K, Bauer D, Boehm CR, Briginshaw L, Caballero-Perez J, Catarino
B, Chen F, Chiyoda S, Chovatia M, Davies KM, Delmans M, Demura T, Dierschke T, Dolan L, Dorantes-Acosta AE, Eklund DM,
Florent SN, Flores-Sandoval E, Fujiyama A, Fukuzawa H, Galik B, Grimanelli D, Grimwood J, Grossniklaus U, Hamada T, Haseloff J,
Hetherington AJ, Higo A, Hirakawa Y, Hundley HN, Ikeda Y, Inoue K, Inoue SI, Ishida S, Jia Q, Kakita M, Kanazawa T, Kawai Y,
Kawashima T, Kennedy M, Kinose K, Kinoshita T, Kohara Y, Koide E, Komatsu K, Kopischke S, Kubo M, Kyozuka J, Lagercrantz U,

Genome Informatics Laboratory

大量遺伝情報研究室

Nakamura Group 中村研究室

NAKAMURA, Yasukazu
Professor

中村保一

30

教授

研究活動／ Research Activities

TANIZAWA, Yasuhiro
Assistant Professor

谷澤靖洋

助教

Lin SS, Lindquist E, Lipzen AM, Lu CW, De Luna E, Martienssen RA, Minamino N, Mizutani M, Mizutani M, Mochizuki N, Monte I,
Mosher R, Nagasaki H, Nakagami H, Naramoto S, Nishitani K, Ohtani M, Okamoto T, Okumura M, Phillips J, Pollak B, Reinders A,
Rövekamp M, Sano R, Sawa S, Schmid MW, Shirakawa M, Solano R, Spunde A, Suetsugu N, Sugano S, Sugiyama A, Sun R,
Suzuki Y, Takenaka M, Takezawa D, Tomogane H, Tsuzuki M, Ueda T, Umeda M, Ward JM, Watanabe Y, Yazaki K, Yokoyama R,
Yoshitake Y, Yotsui I, Zachgo S, Schmutz J. Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome.
Cell. 2017 Oct 5;171(2):287-304.e15.
Shimizu T, Tanizawa Y, Mochizuki T, Nagasaki H, Yoshioka T, Toyoda A, Fujiyama A, Kaminuma E, Nakamura Y. Draft Sequencing of
the Heterozygous Diploid Genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) Using a Hybrid Assembly Approach. Front Genet. 2017 Dec 5;8:180.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nakamura/Department of Informatics

情報研究系

Developing technologies to make BioMedicine comprehensible and tractable
生命科学を機械に扱いやすく人に解りやすくする技術の開発
(A)

(B)

Anatomography サービス構成 (A) 利用例 (B).
医学現象は身体を場とします。情報整理５特徴（場所、時間、文字、内容分類、値の大小）のうち医学に欠けていた場所による整理を可能にするために現在も技術開発中の Anatomography サービス
は統合データベースセンターで実装開発され 2007 年から公開されています。
Architecture of anatomical mapping service in Anatomography (A) and a use case (B). Service, still under development, is constructed and maintained in DBCLS. Similarly to Google Maps, custom
anatomical maps can be exchanged as map URL with or without superimposed data. In (B), shown is body distribution of a bacterial species in http://microbedb.jp/MDB/.

生命科学の知識は二つのステップで作られます。ステップ A：記述やデータに現象をキャプチャして保存交換する。ステップ B：キャ
プチャされた現象の集合をドグマや関係式のセットの形で圧縮近似して利用可能にする。
現在ステップ B は A に対し圧倒的に劣勢です。A に比べ B はより高度なインテリジェンスを要すので、機械的支援が行われていない為だと思われます。この不均衡は学問の効率的な進展の為にも知識の広い利用の為にも是正しなければなりません。当室では Bの為の技術を開発しています。

A body of biomedical knowledge is developed in 2
steps: StepA: accumulating and exchanging situations captured in descriptions and data; and StepB: abstract situations into a coherent set of dogmatic or mathematicalstatements so that people can use in decision-making. The
overwhelming output of A, mainly due to the technologicalassistance by diagnostic, laboratory and communication machines, is making a stressful situation called “information
over-load” or “data deluge”. New technologies must be invented for B to make bigger return from investment in biomedicine.

Selected Publications
Fujieda K, Okubo K. A reusable anatomically segmented digital mannequin for
public health communication. J Vis Commun Med. 2016 Jan-Jun;39(1-2):18-26.
Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H. RefEx, a reference gene expression
dataset as a web tool for the functional analysis of genes. Sci Data. 2017 Aug
29;4:170105.

Gene-Expression Analysis Laboratory

Okubo Group

遺伝子発現解析研究室

大久保研究室Mitsuhashi N, Fujieda K, Tamura T, Kawamoto S, Takagi T, Okubo K.
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts. Nucleic Acids
Res. 2009 Jan;37(Database issue):D782-5.
Okubo K, Tamura T. System and computer software program for visibly
processing an observed information's relationship with knowledge accumulations.
2011 US patent 20050203889

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/okubo/

OKUBO, Kousaku
Professor

大久保公策

教授

研究活動／ Research Activities

31

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Population genetics and genome evolution
集団遺伝とゲノム進化A）バクテリアでの生合成にかかるエネルギーの割合。バクテリアの細胞では約 75% のエネルギーがタンパク質合成に使われています（Neidhardt et al.
1990)。B）エネルギーコストに関わるタンパク質の進化。枯草菌のゲノムを見てみると、量の多いタンパク質はコストの安いアミノ酸を使って合成されていることが分かります。
Metabolic economics and microbrial proteome evolution. A) Chemical energy allocations for biosynthesis of a bacterial cell. About 75% of the budget isused for protein synthesis. Based on data from E. coli (Neidhardt et al. 1990). B) Protein adaptation for energetic efficiency. In Bacillus subtilis, abundant
proteins employ less energetically costly amino acids.

本研究室では、ゲノム進化のメカニズムを解明するために、理論と実験を組み合わせた研究を行っています。現在の研究テーマ
は以下のようなものです。
1）生合成における制約やその効率にかかる自然選択が、ゲノムおよびタンパク質の進化に与える影響の解明。
2）ゲノム進化に関する理論的研究。特にコンピューターシミュレー
ションを用いた、ゲノム進化に影響を与えた要因を統計的に検出する方法の開発。
3）キイロショウジョウバエの近縁種間でみられる、系統特異的なゲノム進化パターンとそれを引き起こした要因の解明。

We combine theoretical and laboratory studies to study
mechanisms of genome evolution. Current interests include:
1 ) Phenotypic bases of weak selection: biosynthetic con-straints or selection for efficient synthesis may be important global factors in genome and proteome evolution.

2 ) Modeling evolutionary processes: we employ computer

simulations of weak selection and fitness interactions
among mutations to determine statistical methods to detect subtle evolutionary forces.

3 ) lineage-specific genome evolution: we are trying to under-

stand why nucleotide and amino acid composition varystrongly among closely related Drosophila.

Selected Publications
Matsumoto T, John A, Baeza-Centurion P, Li B, Akashi H. Codon Usage Selection
Can Bias Estimation of the Fraction of Adaptive Amino Acid Fixations. Mol Biol
Evol. 2016 Jun;33(6):1580-9.
Matsumoto T, Akashi H, Yang Z. Evaluation of Ancestral Sequence Reconstruction
Methods to Infer Nonstationary Patterns of Nucleotide Substitution. Genetics.
2015 Jul;200(3):873-90.

Evolutionary Genetics Laboratory 進化遺伝研究室

Akashi Group

明石研究室

AKASHI, Hiroshi
Professor

明石

32

裕

教授

研究活動／ Research Activities

MATSUMOTO, Tomotaka
Assistant Professor

松本知高

助教

Akashi H, Osada N, Ohta T. Weak selection and protein evolution. Genetics. 2012
Sep;192(1):15-31.
Matsumoto T, Akashi H. Distinguishing Among Evolutionary Forces Acting on
Genome-Wide Base Composition: Computer Simulation Analysis of Approximate
Methods for Inferring Site Frequency Spectra of Derived Mutations. G3 (Bethesda).
2018 May 4;8(5):1755-1769.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/akashi/Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Study for molecular evolution using genome sequence and gene expression
ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

Nematostella_vectensis_opsin15_FAA00396

AcrDig_aug_v2a.10282.t1

AnthozoaⅠ

Acropora_palmata_opsin3_JQ966102(Hering & Mayer, 2014)

ExaPal_AIPGENE7313

Nematostella_vectensis_opsin11_FAA00401

Cnidops

GorVen_c203581_g3_i3_m.133547(Plachetzki et al., 2007)

CorRub_c86322_g1_i1_m.39952

GorVen_c213432_g3_i2_m.158393
0.2

NemVec_EDO45233
Nematostella_vectensis_opsin1_FAA00408
Nematostella_vectensis_opsin9_FAA00403
Nematostella_vectensis_opsin8_FAA00404
ExaPal_AIPGENE24583

AnthozoaⅡ

Nematostella_vectensis_opsin4_FAA00409
Nematostella_vectensis_opsin19_FAA00412(Hering & Mayer, 2014)

Nematostella_vectensis_opsin5_FAA00407
Nematostella_vectensis_opsin7_FAA00405
AcrDig_aug_v2a.15348.t1
NemVec_EDO35171
ExaPal_AIPGENE27116
Nematostella_vectensis_opsin3_FAA00410
Nematostella_vectensis_opsin12_FAA00399
Nematostella_vectensis_opsin6_FAA00406
Nematostella_vectensis_opsin13_FAA00398
Nematostella_vectensis_opsin14_FAA00397
AcrDig_aug_v2a.19625.t1_XP_015763203● Scyphozoa (A B C)

AcrDig_aug_v2a.07396.t1_visual_pigment_like_receptor_peropsin1● Hydrozoa (D E F G)

AcrDig_aug_v2a.07397.t1_melanopsin_like_XP_015773304● Cubozoa (H)ExaPal_AIPGENE18994● Octocorallia (J K L)

ExaPal_AIPGENE19040● Hexacorallia (M N O)

ExaPal_AIPGENE22067
ExaPal_AIPGENE3477
0.4(Zapata et al., 2015)

CorRub_c82157_g4_i1_m.30500
GorVen_c225015_g1_i1_m.177782
GorVen_c196788_g2_i1_m.118083
CorRub_c98146_g1_i1_m.70026
GorVen_c180271_g2_i1_m.90334
Acropora_palmata_opsin2_JQ966101
Aursp8_c39035_g1_i1_m.2635
GorVen_c280305_g1_i1_m.186644
NemVec_EDO42908
NemVec_EDO41487
Nematostella_vectensis_opsin25_FAA00389
Nematostella_vectensis_opsin17_FAA00395
Nematostella_vectensis_opsin26_FAA00388
ExaPal_AIPGENE12075
Nematostella_vectensis_opsin2_FAA00400
Nematostella_vectensis_opsin21_FAA00393
Nematostella_vectensis_opsin22_FAA00392
Nematostella_vectensis_opsin23_FAA00391
TriCysTR14763_c0_g1_i1_m.13441
AlaAla_c120308_g1_i1_m.15267
Tripedalia_cystophora_opsin14_JQ968419
Tripedalia_cystophora_opsin11_JQ968422
Tripedalia_cystophora_opsin1_JQ968432
Tripedalia_cystophora_opsin6_JQ968427
Tripedalia_cystophora_opsin7_JQ968426
Acropora_palmata_opsin1_JQ966100
NemVec_EDO25576
Nematostella_vectensis_opsin27_FAA00387
NemVec_EDO28933
NemVec_EDO31648
Nematostella_vectensis_opsin31_FAA00383
Nematostella_vectensis_opsin30_FAA00384
Nematostella_vectensis_opsin28_FAA00386
Nematostella_vectensis_opsin29_FAA00385
Tripedalia_cystophora_opsin17_JQ968416
PolHyd_c34495_g1_i1_m.23712
PolHyd_c61478_g1_i1_m.26375
TriCysTR3820_c0_g2_i1_m.2194
TriCysTR3820_c0_g1_i1_m.2193
Tripedalia_cystophora_opsin16_JQ968417
AlaAla_c261700_g1_i1_m.53244
Tripedalia_cystophora_opsin4_JQ968429
Tripedalia_cystophora_opsin10_JQ968423
Tripedalia_cystophora_opsin2_JQ968431
Tripedalia_cystophora_opsin3_JQ968430
Tripedalia_cystophora_opsin12_JQ968421
Tripedalia_cystophora_opsin15_JQ968418
Tripedalia_cystophora_opsin8_JQ968425
Aursp8_c117486_g1_i1_m.14490
Aursp8_c120535_g1_i1_m.16489
Aursp8_c192514_g1_i1_m.53914
Aursp8_c4881_g1_i1_m.336
Tripedalia_cystophora_opsin5_JQ968428
Tripedalia_cystophora_opsin9_JQ968424
Aursp8_c113475_g1_i2_m.12522
Aursp8_c132705_g2_i2_m.28098
Carybdea_rastonii_opsin_AB435549
Tripedalia_cystophora_opsin13_JQ968420
TriCysTR16917_c0_g1_i1_m.14190
TriCysTR7013_c0_g10_i1_m.5631
Aursp8_c139903_g2_i2_m.36819
Aursp8_c51607_g1_i1_m.3614
StoMel_c15844_g1_i1_m.3623
Podocoryna_carnea_opsinB_AB332434
HydVul_XP_012563888.1
HydVul_XP_004211965.1
HydVul_XP_012566343.1
HydVul_XP_012553708.1
HydVul_XP_012553542.1
HydVul_XP_012564474.1
HydVul_XP_012555438.1
HydVul_XP_012563749.1
HydVul_XP_012561008.1
HydVul_XP_012564631.1
HydVul_XP_012561474.1
HydVul_XP_012560188.1
HydVul_XP_004208213.1
Hydra_vulgaris_opsin5_NM_001287786
HydVul_XP_012556969.1
HydVul_XP_012563781.1
HydVul_XP_012563909.1
Hydra_vulgaris_opsin4_NM_001309786
HydVul_XP_012561673.1
HydVul_XP_012563654.1
HydVul_XP_004206137.1
HydVul_XP_012559708.1
HydVul_XP_012559098.1
Hydra_vulgaris_opsin6_NM_001287773
HydVul_XP_012562923.1
HydVul_XP_002160448.1
HydVul_XP_004209180.1
HydVul_NP_001274719.1
Hydra_vulgaris_opsin7_NM_001287790
HydVul_XP_012561250.1
HydVul_XP_012561431.1
HydVul_XP_012564259.1
HydVul_XP_004205844.1
HydVul_XP_012560869.1
HydVul_NP_001274709.1
Hydra_vulgaris_opsin8_NM_001287780
HydVul_XP_012557437.1
HydVul_XP_012555848.1
HydVul_XP_012562542.1
HydVul_XP_012556650.1
HydVul_XP_012557991.1
HydVul_XP_012561930.1
HydVul_XP_012562617.1
HydPol_c135754_g1_i1_m.50643
CraSow_c30956_g1_i1_m.2473
CraSow_c18257_g1_i1_m.1379
CraSow_c15413_g1_i1_m.1194
CraSow_c114426_g1_i1_m.61902
CraSow_c21302_g1_i1_m.1611
Cladonema_radiatum_opsinB1_AB332416
Cladonema_radiatum_opsinB4_AB332417
Cladonema_radiatum_opsinM_AB332418
Cladonema_radiatum_opsinO_AB332419
AgaEle_c127060_g1_i1_m.16963
AgaEle_c126943_g1_i3_m.16905
AgaEle_c129561_g1_i1_m.18059
AgaEle_c189018_g1_i1_m.49218
NanBij_c23443_g2_i1_m.2074
AgaEle_c193534_g1_i1_m.49825
NanBij_c300232_g1_i1_m.67856
CraSow_c54382_g1_i1_m.6115
CraSow_c64064_g1_i1_m.10421
CraSow_c104591_g1_i1_m.61466
CraSow_c154174_g1_i1_m.64011
CraSow_c102802_g1_i1_m.61315
CraSow_c148743_g1_i1_m.63895
CraSow_c38623_g1_i2_m.3343
CraSow_c60863_g2_i1_m.8532
Podocoryna_carnea_opsinC_AB332435
AgaEle_c71935_g2_i1_m.5277
AgaEle_c166275_g1_i1_m.46324
NanBij_c232266_g1_i1_m.62590
NanBij_c244741_g1_i1_m.63383
AgaEle_c176145_g1_i1_m.47474
AgaEle_c150580_g2_i1_m.37540
NanBij_c225119_g1_i1_m.61989
AgaEle_c212106_g1_i1_m.52261
NanBij_c219486_g1_i1_m.61288
HydVul_XP_002163327.1
Hydra_vulgaris_LWS1_XM_002163173
Hydra_vulgaris_MWS1_XM_002163322
Hydra_vulgaris_opsin3_NM_001309697
Hydra_vulgaris_opsin1_NM_001287777
Hydra_vulgaris_opsin2_NM_001309757
ClaPacTR37477_c0_g1_i1_m.20466
Cladonema_radiatum_opsinJ_AB332433
Cladonema_radiatum_opsinK1_AB332431
Cladonema_radiatum_opsinK2_AB332432
Cladonema_radiatum_opsinG1_AB332427
Cladonema_radiatum_opsinG2_AB332428
Cladonema_radiatum_opsinN1_AB332429
Cladonema_radiatum_opsinN2_AB332430
Cladonema_radiatum_opsinF_AB332426
Cladonema_radiatum_opsinL_AB332425
Cladonema_radiatum_opsinC_AB332420
Cladonema_radiatum_opsinE_AB332421
Cladonema_radiatum_opsinI_AB332424
Cladonema_radiatum_opsinD_AB332422
Cladonema_radiatum_opsinH_AB332423

刺胞動物のオプシン系統解析。刺胞動物の持つオプシンは、大きく3 つのグループに分かれ、且つそれぞれの系統内で独自に進化してきたことが分かった。
Molecular phylogeny of cnidarian opsin genes. We found that cnidarian
opsin genes are divided into three groups and evolved independently ineach lineages (class/subclass).

0.4

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や菌類、細菌類を材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を行っています。
特に（1）感覚器の進化に伴う遺伝子の分子進化解析、(2) 菌類の隔壁進化、（3）メタゲノム解析を用いた微生物の多様性と環境ダイナミクスの解明、（4）ミトコンドリア及び核 DNA に基づく分子系統解析、（5）データ解析による疾患原因遺伝子の探索と疾患モデルの構築、（6）情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注いで研究を行っております。

We study the evolutionary process for acquisition ofnovel phenotypic characters by comparative genomics andmolecular evolutionary approaches, using various materials
such as animals, fungi, or bacteria. Particularly, we have recently focused more on (1) Molecular evolutionary analysis ofgenes associated with sensory organs, (2) Evolution of septal
pore cap in fungi, (3) Biodiversity and dynamics of marine
microbes based on metagenomic analysis, (4) Molecularphylogeny based on mitochondrial and nuclear genes, (5)Study of disease causal gene and gene model of disease, (6)Knowledge finding and system development for big data inlife science.

Selected Publications
Yuyama I, Ishikawa M, Nozawa M, Yoshida MA, Ikeo K. Transcriptomic changes
with increasing algal symbiont reveal the detailed process underlying
establishment of coral-algal symbiosis. Sci Rep. 2018 Nov 14;8(1):16802.

Kinjo S, Monma N, Misu S, Kitamura N, Imoto J, Yoshitake K, Gojobori T, Ikeo K.
Maser: one-stop platform for NGS big data from analysis to visualization.
Database (Oxford). 2018 Jan 1;2018.

Sultana Z, Asakura A, Kinjo S, Nozawa M, Nakano T, Ikeo K. Molecular phylogenyof ten intertidal hermit crabs of the genus Pagurus inferred from multiple
mitochondrial genes, with special emphasis on the evolutionary relationship ofPagurus lanuginosus and Pagurus maculosus. Genetica. 2018 Jul 10.

DNA Data Analysis Laboratory 遺伝情報分析研究室

Ikeo Group

池尾研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ikeo/

IKEO, Kazuho
Associate Professor

池尾一穂

准教授

研究活動／ Research Activities

33

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Genomic medicine with next generation sequencing technology
次世代シーケンサーを駆使したゲノム医学研究

研究結果に基づいて、子宮内膜症における月経血逆流説を表した図。正常子宮内膜に由来する癌関連遺伝子（KRAS、PIK3CA が代表的）をもった子宮内膜細胞が月経時に卵管を逆流して腹腔内に到達します。卵巣表面に生着した子宮内膜細胞が増殖し、卵巣子宮内膜症を形成します。
Graphical representation for retrograde hypothesis of theorigin of endometriosis according to the results of thisstudy. Endometriosis and uterine endometrium harbor
cancer-associated somatic mutations. Endometrial glands
carry distinct mutations of cancer-associated genes such
as KRAS and PIK3CA. Retrograde flow of endometrial
cells harboring cancer-associated mutations haveselective advantages and go through clonal expansion at
ectopic sites (peritoneal surface and ovary), leading to thedevelopment of endometriosis.

本研究室では、次世代シーケンサーで得られる膨大な塩基配列
情報を医学研究に活用し、ヒト疾患の理解、治療法の開発に寄与することを目指しています。疾患ゲノム研究は原因となっている遺伝子変異、多型を検出することを当初の目標としていますが、病変組織における遺伝子発現プロファイル、ネットワーク解析を組み合わせることにより、疾患メカニズム理解につなげる研究も推進します。また多因子疾患における疾患感受性遺伝子は進化的な意義を有することが多く、集団遺伝学的な検討も試みています。

Our research goal is to elucidate disease causalities andtheir patho-etiologies, and ultimately to develop therapeutic
tool. With the advent of next generation sequencing technologies, it becomes very handy to identify causalities of monogenic diseases as well as complex diseases. With the vast of
genomic information at hand, we will combine gene expression profiles of the responsible tissues together with clinicalinformation to understand the global picture of diseases.

Selected Publications
Romero V, Nakaoka H, Hosomichi K, Inoue I. High Order Formation and Evolutionof Hornerin in Primates. Genome Biol Evol. 2018 Dec 1;10(12):3167-3175.
Suda K, Nakaoka H, Yoshihara K, Ishiguro T, Tamura R, Mori Y, Yamawaki K,
Adachi S, Takahashi T, Kase H, Tanaka K, Yamamoto T, Motoyama T, Inoue I,
Enomoto T. Clonal Expansion and Diversification of Cancer-Associated Mutations
in Endometriosis and Normal Endometrium. Cell Rep. 2018 Aug 14;24(7):17771789.

Human Genetics Laboratory 人類遺伝研究室

Inoue Group

井ノ上研究室INOUE, Ituro
Professor

井ノ上逸朗

34

NAKAOKA, Hirofumi
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

中岡博史

助教

Ito J, Sugimoto R, Nakaoka H, Yamada S, Kimura T, Hayano T, Inoue I.
Systematic identification and characterization of regulatory elements derived fromhuman endogenous retroviruses. PLoS Genet. 2017 Jul 12;13(7):e1006883.
Hirata J, Hosomichi K, Sakaue S, Kanai M, Nakaoka H, Ishigaki K, Suzuki K,
Akiyama M, Kishikawa T, Ogawa K, Masuda T, Yamamoto K, Hirata M, Matsuda K,
Momozawa Y, Inoue I, Kubo M, Kamatani Y, Okada Y. Genetic and phenotypiclandscape of the major histocompatibilty complex region in the Japanese population.
Nat Genet. 2019 Jan 28. doi: 10.1038/s41588-018-0336-0. [Epub ahead of print].

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/inoue/Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Genetics of adaptive radiation
適応放散の遺伝機構

地道なフィールド調査と飼育室内での実験によって、野外生物にみられる行動や生理や形態の変異を解析します。ついで、古典的な遺伝的手法や最新のゲノミックス技術などを援用し、遺伝基盤や候補遺伝子を解明していきます。また、遺伝子操作法による分子機能解析に加え、ビオトープ池を用いたミクロ生態系での生態実験を用いて分子から生態までをつないでいきます。

Our research takes an integrative approach across diverse disciplines. The first step is to conduct a detailed ecological survey of natural variation among stickleback populations collectedfrom diverse environments. Next, we use genetic and genomic tools to study the genetic architecture of ecologically important phenotypic traits and also identify candidate genes responsible
for adaptation and speciation. Then, we use transgenic and knockout approaches to study the detailed molecular and physiological functions of these candidate genes in vivo. Furthermore,
we plan to use semi-natural ponds to get insight into how different alleles behave within natural populations.

どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして多様な環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオやメダカを用いながら迫ります。表現型変化に関わる遺伝子は、実験モデル生物において多く同定されてきましたが、野外生物における種分化や適応進化の分子機構は多くが未解明です。また、原因対立遺伝子が野外集団内でどのように広まっていくのかについても多くが未解明です。これらを解明するために、フィールド調査から始まり、ゲノミックスや遺伝子工学、生態実験などを統合的に用います。

Our research goal is to understand the molecular mechanisms underlying the evolution of biodiversity. Althoughmany genes important for animal development and behavior
have been identified in model organisms, little is known
about the molecular mechanisms underlying naturally occurring phenotypic variation important for adaptation and speciation in wild populations. Furthermore, little is known about
how newly evolved alleles important for adaptation and speciation spread within natural populations. To understandthese ecological and genetic mechanisms, we mainly use
stickleback fishes as a model. Our research takes an integrative approach across diverse disciplines.

Selected Publications
Yoshida K, Ishikawa A, Toyoda A, Shigenobu S, Fujiyama A, Kitano J. Functional
divergence of a heterochromatin-binding protein during stickleback speciation.
Mol Ecol. 2019 in press.

Kusakabe M, Ishikawa A, Ravinet M, Yoshida K, Makino T, Toyoda A, Fujiyama A,
Kitano J. Genetic basis for variation in salinity tolerance between stickleback
ecotypes. Mol Ecol. 2017 Jan;26(1):304-319.

Ravinet M, Yoshida K, Shigenobu S, Toyoda A, Fujiyama A, Kitano J. The
genomic landscape at a late stage of stickleback speciation: High genomic
divergence interspersed by small localized regions of introgression. PLoS Genet.
2018 May 23;14(5):e1007358.

Ishikawa A, Kusakabe M, Yoshida K, Ravinet M, Makino T, Toyoda A, Fujiyama A,
Kitano J. Different contributions of local- and distant-regulatory changes totranscriptome divergence between stickleback ecotypes. Evolution. 2017
Mar;71(3):565-581.

Ecological Genetics Laboratory 生態遺伝学研究室

Kitano GroupKITANO, Jun
Professor

北野

潤

北野研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kitano/

ISHIKAWA, Asano
Assistant Professor
教授

石川麻乃

助教

研究活動／ Research Activities

35

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Genome evolution of organisms with special reference to human
ヒトを中心とした生物のゲノム進化

迅速近隣結合法の応用例。Saitou（2018）より。
An application of Swift Neighbor-Joining method. From Saitou (2018).

生物のゲノム進化をおもにコンピュータ解析で研究しています。
特に現代人の進化とヒトにいたる霊長類と哺乳類の進化に焦点をあてています。研究対象としては（1）古代 DNA 解析をふくめたさまざまな人類集団、特に日本列島人のゲノム規模データの解析、（2）
ヒト科、霊長類、哺乳類，脊椎動物などにおいて各系統で進化的に保存された非コード領域の解析、（3）ゲノム進化学研究に有用な解析法の開発、があります。

We study genome evolution of organisms mainly throughcomputer analyses. We are particularly interested in evolutionof modern humans and primate and mammalian evolution
toward human. Research interests are (1) genome data analysis of modern humans with special reference to those in
Yaponesia (Japanese Archipelago) including ancient genomes, (2) lineagespecific evolutionary changes at different
levels of organism groups such as Hominidae, primates,
mammals, and vertebrates, (3) development of methods
useful for evolutionary genomic studies.

Selected Publications
Saitou N. Introduction to Evolutionary Genomics Second Edition. Computational
Biology Series. 2018 Springer

Saitou N, Shokat S. DNA analyses of camels. Journal of Arid Land Studies. 2017;
26(4):223-226.

Saitou N. Chance, Finiteness, and History. Mol Biol Evol. 2018 Jun;35(6):15561557.
Saitou N. ed. Evolution of the Human Genome, Volume I. Genes and Genomes.
Evolutionary Study Series. 2017 Springer

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saitou/

Population Genetics Laboratory 集団遺伝研究室

Saitou Group

斎藤研究室

SAITOU, Naruya
Professor

斎藤成也

36

教授

研究活動／ Research Activities

JINAM, Timothy A.
Assistant Professor

ジナム ティモシー A.

助教

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Molecular genetics of plant embryogenesis
イネ分子遺伝学による植物初期発生機構の解明

写真上段：共焦点レーザー蛍光顕微鏡
観察によるイネ胚（完熟胚）の中央断面。
写真下段：左から、イネ籾、コメ（左上に胚がある）、茎頂分裂組織のマーカーとなるOSH1 タンパクを検出した免疫染
色、実験室内で開花したイネの花。
Upper panel: mature rice embryoobserved by confocal laser scanningmicroscope.
Lower panels from left: rice grain, brown
rice, immunohistochemical staining of amarker of undifferentiated stem cells inthe shoot apical meristem in rice (OSH1),
rice flowers.

穀類モデル植物であるイネを主な実験材料にして、植物初期発
生の分子基盤についての研究を進めています。突然変異系統など多様なイネ遺伝資源を活用して、受精後の植物胚における、頂部−基部また背−腹といった軸形成や器官分化の遺伝的制御機構の解明に取り組んでいます。また、イネだけでなくイネ属、イネ科
植物を用いた比較ゲノム解析から、発生過程やその制御機構の可塑性の分子基盤とゲノム進化機構の解明を目指しています。イネ
遺伝資源事業として、突然変異系統の選抜、野生イネの特性解析などの研究、開発、分譲も行っています。

The goal of our research is to elucidate the mechanismof plant embryogenesis. We are focusing on processes ofthe patterning of apical-basal or dorsal-ventral axis formation, and the organogenesis during early stages of rice embryogenesis. We are taking a molecular genetic approach
using a series of rice embryogenesis defective mutants aswell as comparative embryology and genomics approaches
in grass species. We are also responsible for managing,preservation, propagation, and distribution of rice genetic
resources of wild rice species collected in the NIG under the
NBRP.

Selected Publications
Suzuki M, Sato Y, Wu S, Kang BH, McCarty DR. Conserved Functions of the
MATE Transporter BIG EMBRYO1 in Regulation of Lateral Organ Size andInitiation Rate. Plant Cell. 2015 Aug;27(8):2288-300.

Kubo FC, Yasui Y, Kumamaru T, Sato Y, Hirano HY. Genetic analysis of ricemutants responsible for narrow leaf phenotype and reduced vein number. Genes
Genet Syst. 2017 Mar 17;91(4):235-240.

Itoh J, Sato Y, Sato Y, Hibara K, Shimizu-Sato S, Kobayashi H, Takehisa H,
Sanguinet KA, Namiki N, Nagamura Y. Genome-wide analysis of spatiotemporalgene expression patterns during early embryogenesis in rice. Development. 2016
Apr 1;143(7):1217-27.

Honda E, Yew CL, Yoshikawa T, Sato Y, Hibara KI, Itoh JI. LEAF LATERALSYMMETRY1, a Member of the WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX3 Gene
Family, Regulates Lateral Organ Development Differentially from Other Paralogs,
NARROW LEAF2 and NARROW LEAF3 in Rice. Plant Cell Physiol. 2018 Feb
1;59(2):376-391.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sato/

Plant Genetics Laboratory 植物遺伝研究室

Sato Group

SATO, Yutaka
Professor

佐藤

豊

教授

佐藤研究室

SUZUKI, Toshiya
Assistant Professor

TAKAHASHI (NOSAKA), Misuzu
Assistant Professor

助教

助教

鈴木俊哉

高橋（野坂）実鈴

研究活動／ Research Activities

37

Department of Genomics and Evolutionary Biology

ゲノム・進化研究系

Understanding of the diversity and specificity by comparative genomic analysis using advanced sequencing technologies
比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解

比較ゲノム解析研究室でゲノム解読を実施した生物種。 上左：解剖前のシーラカンス稚魚
スメダカ 下右：オオコオモリの一種

Pictures of the animals whose genomes have been analyzed

当研究室では、ヒトを含む霊長類から生命科学研究において重要な生物種や極限環境に棲息する生物、ヒトマイクロバイオームなど様々な生物を対象に比較ゲノム解析を通じて生命現象の原理原則を理解することを目標に研究活動を行っています。また、先端ゲ
ノミクス推進センターと連携して、最新のゲノム解読技術を用いた
先端ゲノミクス研究を実施しており、多くの国内外の研究機関との共同研究を積極的に進めています。

上右：ニホンザル

下左：セレベンシ

The Comparative Genomics Laboratory was establishedin April 2008 with the task to understand basic rules of biological systems using cutting-edge DNA sequencing andanalysis technologies. Currently, we are analyzing personalized genomes of primates in addition to the organisms thoseliving in the extreme environmental conditions. Furthermore,
we have started supporting and developing metagenomic
and bioinformatic analyses to promote human microbiome
research. Figures show examples of such activities.

Selected Publications
Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S,
Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N,
Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG,
Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M,
Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA. The Chara Genome: SecondaryComplexity and Implications for Plant Terrestrialization. Cell. 2018 Jul 12;174(2):448-464.e24.
McColl H, Racimo F, Vinner L, Demeter F, Gakuhari T, Moreno-Mayar JV, van Driem G, Gram Wilken U, Seguin-Orlando A, de la Fuente Castro C, Wasef S,
Shoocongdej R, Souksavatdy V, Sayavongkhamdy T, Saidin MM, Allentoft ME, Sato T, Malaspinas AS, Aghakhanian FA, Korneliussen T, Prohaska A, Margaryan
A, de Barros Damgaard P, Kaewsutthi S, Lertrit P, Nguyen TMH, Hung HC, Minh Tran T, Nghia Truong H, Nguyen GH, Shahidan S, Wiradnyana K, Matsumae H,
Shigehara N, Yoneda M, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Hanihara T, Nakagome S, Deviese T, Bacon AM, Duringer P, Ponche
JL, Shackelford L, Patole-Edoumba E, Nguyen AT, Bellina-Pryce B, Galipaud JC, Kinaston R, Buckley H, Pottier C, Rasmussen S, Higham T, Foley RA, LahrMM, Orlando L, Sikora M, Phipps ME, Oota H, Higham C, Lambert DM, Willerslev E. The prehistoric peopling of Southeast Asia. Science. 2018 Jul

Comparative Genomics Laboratory 比較ゲノム解析研究室

Toyoda GroupTOYODA, Atsushi
Project Professor

豊田

38

敦

特任教授

研究活動／ Research Activities

豊田研究室

6;361(6397):88-92.
Session AM, Uno Y, Kwon T, Chapman JA, Toyoda A, Takahashi S, Fukui A, Hikosaka A, Suzuki A, Kondo M, van Heeringen SJ, Quigley I, Heinz S, Ogino H,
Ochi H, Hellsten U, Lyons JB, Simakov O, Putnam N, Stites J, Kuroki Y, Tanaka T, Michiue T, Watanabe M, Bogdanovic O, Lister R, Georgiou G, Paranjpe SS,
van Kruijsbergen I, Shu S, Carlson J, Kinoshita T, Ohta Y, Mawaribuchi S, Jenkins J, Grimwood J, Schmutz J, Mitros T, Mozaffari SV, Suzuki Y, Haramoto Y,
Yamamoto TS, Takagi C, Heald R, Miller K, Haudenschild C, Kitzman J, Nakayama T, Izutsu Y, Robert J, Fortriede J, Burns K, Lotay V, Karimi K, Yasuoka Y,
Dichmann DS, Flajnik MF, Houston DW, Shendure J, DuPasquier L, Vize PD, Zorn AM, Ito M, Marcotte EM, Wallingford JB, Ito Y, Asashima M, Ueno N, Matsuda
Y, Veenstra GJ, Fujiyama A, Harland RM, Taira M, Rokhsar DS. Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature. 2016 Oct 20;538(7625):336343.
Hashimoto T, Horikawa DD, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu T, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y,
Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori SI, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K, Katayama T, Toyoda A, Kunieda T.
Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein. Nat Commun. 2016 Sep 20;7:12808.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/toyoda/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Approaching brain function through studying development of nervous systems
神経発生から眺める脳機能遺伝子型の異なる3 匹のマウス胚終脳を腹側からみた写真。左右前端部の嗅球（矢じり）の神経細胞と軸索が青く染まっている。
（左）正常脳では、軸索は腹側の脳を避けるように弧を描いて伸びて神経回路を作る。
（中・右）軸索ガイド分子遺伝子を欠損したマウス脳では、軸索の伸長パターンが乱れ、異所的回路が作られる。

Ventral aspects of three mouse embryonic brains with different genotypes. Olfactory bulb (arrowheads) neurons and their axons are labeled in blue. (left) in the normal brain, olfactory bulb axons growaround the ventral brain part and make neural circuits. (middle, right) in mutant brains for axon guidance molecules, the axons ectopically grow and make aberrant connections.

脳は膨大な数の神経細胞が織りなす回路です。遺伝子に記された発生プログラムに従って、神経細胞が生まれ、移動し、軸索を伸長して、標的細胞と配線されて作られます。この配線パターンが、動物の行動や思考といった脳機能の特徴を決めています。経験や学習によって柔軟に変化できる脳ですが、実のところ、いったん作られた配線のほとんどは固定されており、書き換え不能です。当研究室では、発生期につくられる神経回路の配線のルールを理解する事で、脳の頑固な部分に迫りたいと考えています。

The brain circuitry is made up of an enormous numberof neurons. It is constructed by sequential developmental
steps, involving neuronal differentiation, migration, axon guidance, and synaptogensis. The resulting wiring patterns determine the characteristics of animals’ behavior and mental
activities. Although the brain maintains a certain degree ofplasticity, the core element is almost fixed and non-rewireable after the completion. We focus on this rigid feature of
the brain by attempting to reveal the rules of neural development and to understand how the wiring design shapes brain
function.

Selected Publications
Hirata T, Iwai L. Timing matters: A strategy for neurons to make diverse
connections. Neurosci Res. 2019 Jan;138:79-83.
Yamauchi K, Yamazaki M, Abe M, Sakimura K, Lickert H, Kawasaki T, Murakami F,
Hirata T. Netrin-1 Derived from the Ventricular Zone, but not the Floor Plate,Directs Hindbrain Commissural Axons to the Ventral Midline. Sci Rep. 2017 Sep
20;7(1):11992.

HIRATA, Tatsumi
Professor

平田たつみ

平田研究室

KAWASAKI, Takahiko
Assistant Professor

教授

川崎能彦

助教

Mita S, de Monasterio-Schrader P, Fünfschilling U, Kawasaki T, Mizuno H,
Iwasato T, Nave KA, Werner HB, Hirata T. Transcallosal Projections Require
Glycoprotein M6-Dependent Neurite Growth and Guidance. Cereb Cortex. 2015
Nov;25(11):4111-25.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/hirata/

Brain Function Laboratory 脳機能研究室

Hirata GroupZhu Y, Matsumoto T, Nagasawa T, Mackay F, Murakami F. Chemokine Signaling
Controls Integrity of Radial Glial Scaffold in Developing Spinal Cord andConsequential Proper Position of Boundary Cap Cells. J Neurosci. 2015 Jun
17;35(24):9211-24.

ZHU, Yan
Assistant Professor

トウー ヤン

助教

研究活動／ Research Activities

39

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Neuronal circuit development and function in the mouse brain
マウスを用いた脳神経回路発達の分子から個体までの統合的解析

P3 (生後3日目)

P4

P5

P6

大脳皮質
嗅球

体性感覚地図

脳幹

後肢
前肢
下顎
上顎

ヒゲ (barrel)（左図）大脳皮質の“体表面感覚の地図”（マウスでは主にヒゲ感覚）を遺伝子操作によりGFP 標識した。
（右図）独自に開発した手法でヒゲ地図の神経細胞を疎らに RFP 標識し、その成長を二光子顕微鏡を用いて経時観察した。新生仔脳の神経細胞が特定の入力（写真では右側に 1 本のヒ
ゲからの入力）に向かって樹状突起を展開する過程の観察に成功した（世界初！）。
(Left) The barrel map is visualized by generating thalamocortical axon (TCA)-GFP transgenic mouse.
(Right) A single layer 4 neuron is labeled by Supernova-RFP and dendritic refinement is analyzed by long-term in vivo two-photon imaging in neonates.

哺乳類の脳は高度な情報処理能力をもっていますが、その基盤となるのは、精密に構築された複雑な神経回路です。その発達の仕組みを理解するためには、分子から動物個体までの統合的な研究が必要不可欠です。本研究室では、分子生物学、マウス遺伝学を基盤とし、in vivo での遺伝子操作や 2 光子顕微鏡イメージングなど多角的なアプローチによって、哺乳類の神経回路が発達し機能する仕組みを明らかにすることを目指しています。特に、外界からの刺激の影響を強く受ける子どもの時期の回路発達（神経活動依存的回路発達）に興味を持っています。

To understand development of complex yet sophisticated neuronal circuits underlying higher brain function of mammals, integrative studies which cover from molecules towhole animals are indispensable. By using a wide range oftechniques, such as mouse genetics (gene knockout),
2-photon microscopy, confocal microscopy, histology andbehavioral analyses, we are studying mechanisms of development and function of mammalian neuronal circuits. In particular, we are interested in activity-dependent circuit
development during postnatal stages.

Selected Publications
Nakazawa S, Mizuno H, Iwasato T. Differential dynamics of cortical neuron
dendritic trees revealed by long-term in vivo imaging in neonates. Nat Commun.
2018 Aug 6;9(1):3106.

Luo W, Mizuno H, Iwata R, Nakazawa S, Yasuda K, Itohara S, Iwasato T.
Supernova: A versatile vector system for single-cell labeling and gene function
studies in vivo. Sci Rep. 2016 Oct 24;6:35747.

Mizuno H, Ikezoe K, Nakazawa S, Sato T, Kitamura K, Iwasato T. Patchwork-type
spontaneous activity in neonatal barrel cortex layer 4 transmitted via
thalamocortical projections. Cell Rep. 2018 Jan 2;22(1):123-135.

Mizuno H, Luo W, Tarusawa E, Saito YM, Sato T, Yoshimura Y, Itohara S, Iwasato T.
NMDAR-regulated dynamics of layer 4 neuronal dendrites during thalamocorticalreorganization in neonates. Neuron. 2014 Apr 16;82(2):365-79.

Laboratory of Mammalian Neural Circuits 神経回路構築研究室

Iwasato GroupIWASATO, Takuji
Professor

岩里琢治

40

教授

研究活動／ Research Activities

岩里研究室

NAKAGAWA, Naoki
Assistant Professor

中川直樹

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/iwasato/Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

The genetic basis of development and behaviors in zebrafish
ゼブラフィッシュを用いた高次生命現象の遺伝学的解析
A

C

B

D

E

（A）インド原産のゼブラフィッシュ。体長約 4cm。
（B，C）ゼブラフィッシュの恐怖条件付け学習に必須な神経回路（Lal et al. 2018）。
（D）ゼブラフィッシュの摂餌行動（Muto et al. 2017）。
（E）ゼブラフィッシュの外転神経の形成メカニズム（Asakawa and Kawakami 2018）。
(A) Adult zebrafish. (B, C) Neuronal circuits essential for fear conditioning in zebrafish (Lal et al. 2018). (D) Prey hunting in zebrafish (Muto et al.
2017). (E) A developmental mechanism of abducens neurons in zebrafish (Asakawa and Kawakami 2018).

私たちは、メダカ由来の転移因子 Tol2 の解析を行い、脊椎動物
において機能する高効率なトランスポゾン転移システムを世界に先駆けて開発してきました。また、モデル脊椎動物ゼブラフィッシュ
において、トランスポゾン転移システムを用いたトランスジェニック
フィッシュ作製法、遺伝子トラップ／エンハンサートラップ法、
Gal4-UAS 法等有用な遺伝学的方法論を開発してきました。私たちは、これらの方法を駆使して特定の細胞や器官の可視化や機能操作を可能にする世界最大のトランスジェニックフィッシュリソース
を構築し、世界中の研究者と共同研究を展開しています。さらに
私たちは、これらの研究リソースを用いて、行動・学習・記憶に重要な神経回路の可視化、神経細胞機能阻害、神経活動のイメージ
ングなどを通じて脳機能を解明する研究を行っています。

We have developed the highly efficient transposon system in vertebrates by using the Tol2 transposable elementfrom Japanese medaka fish. Further, in a model vertebratezebrafish, we have developed powerful genetic methods, including the transposon-mediated transgenesis, gene trap,
enhancer trap, and Gal4-UAS methods. By using thesemethods, we created a large number of transgenic fish linesthat express the yeast Gal4 transcription activator in specificcells, tissues and organs. We are collaborating researchers
all over the world based on the transgenic fish resources.
Furthermore, we are studying the structure and function of
specific neuronal circuits that regulate complex behaviors
such as learning and memory by genetic approaches andcalcium imaging.

Selected Publications
Shiraki T, Kawakami K. A tRNA-based multiplex sgRNA expression system inzebrafish and its application to generation of transgenic albino fish. Sci Rep. 2018
Sep 6;8(1):13366.

Asakawa K, Kawakami K. Protocadherin-Mediated Cell Repulsion Controls theCentral Topography and Efferent Projections of the Abducens Nucleus. Cell Rep.
2018 Aug 7;24(6):1562-1572.

Lal P, Tanabe H, Suster ML, Ailani D, Kotani Y, Muto A, Itoh M, Iwasaki M, Wada H,
Yaksi E, Kawakami K. Identification of a neuronal population in the telencephalon
essential for fear conditioning in zebrafish. BMC Biol. 2018 Apr 25;16(1):45.

Muto A, Lal P, Ailani D, Abe G, Itoh M, Kawakami K. Activation of the
hypothalamic feeding centre upon visual prey detection. Nat Commun. 2017 Apr
20;8:15029.

Laboratory of Molecular and Developmental Biology 発生遺伝学研究室

Kawakami GroupKAWAKAMI, Koichi
Professor

川上浩一

教授

川上研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kawakami/

MUTO, Akira
Assistant Professor

武藤

彩

助教

研究活動／ Research Activities

41

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Behavioral genetics using wild-derived mouse strains
野生由来マウスを用いた行動遺伝学
イヌゲノムとの比較解析

野生マウスから選択交配でヒトになつくマウス樹立

高い能動的従順性を示すイヌとマウス

Dog genome (Mb)

イヌとマウスで従順性に関わる候補領域

Mouse genome (Mb)
野生由来の遺伝的に多様なマウス集団を用いて選択交配を行い、遺伝的にヒトになついたマウス集団を樹立した。遺伝解析の結果、ヒトになつく行動に関わる遺伝子はマウス 11 番染色体上に存在しており、この相同領域はイヌの家畜化にも重要な役割を果たしていることが分かった。今後、様々な動物の家畜化への応用が期待できる。

We applied selective breeding on wild stock of mice and established genetically tamed mice. As a result of genetic analyses, we found a genomic signature of selection on
chromosome 11. The region is syntenic to the genomic region which are selected during dog domestication. These results will be useful for domestication of other animals.

生物の個体差をもたらす遺伝的機構の多くは未だ解明されていません。私たちは、世界各地から捕獲された野生由来マウス系統
を用い、様々な行動の多様性を生み出すメカニズムの解明に取り組んでいます。野生由来の近交系統は、特徴的な行動を示し、顕著な系統差を示すことから、行動遺伝学研究に有用です。加えて、ゲノム編集技術を用いた効率的な遺伝子改変動物の開発にも取り組んでいます。これらを駆使することで、行動の多様性に関わる遺伝子を同定し、その機能を分子、細胞、更には神経レベルで明らかにすることを目指しています。

The genetic basis for individual differences in complex
traits is still unclear. In order to clarify the mechanisms related
to behavioral diversity, we are using a series of wild-derived
mouse strains. Wild derived strains exhibit a prominent degree of wildness and phenotypic diversity among them. We
are also developing efficient genome editing methodologies
in rodents with CRISPR/Cas9. We are identifying genes
related to behavioral diversity using these tools, and are aiming to understand the role of these genes in the molecular,
cellular, and neural mechanisms that underlie this behavioral
diversity.

Selected Publications
Matsumoto Y, Goto T, Nishino J, Nakaoka H, Tanave A, Takano-Shimizu T, Mott
RF, Koide T. Selective breeding and selection mapping using a novel wild-derived
heterogeneous stock of mice revealed two closely-linked loci for tameness. Sci
Rep. 2017 Jul 4;7(1):4607.
Horii Y, Nagasawa T, Sakakibara H, Takahashi A, Tanave A, Matsumoto Y,
Nagayama H, Yoshimi K, Yasuda MT, Shimoi K, Koide T. Hierarchy in the home
cage affects behaviour and gene expression in group-housed C57BL/6 malemice. Sci Rep. 2017 Aug 1;7(1):6991.

Mouse Genomics Resource Laboratory マウス開発研究室

Koide Group

小出研究室

KOIDE, Tsuyoshi
Associate Professor

小出

42

剛

准教授

研究活動／ Research Activities

TAKANAMI, Keiko
Assistant Professor

高浪景子

助教

Hirata H, Takahashi A, Shimoda Y, Koide T. Caspr3-Deficient Mice Exhibit Low
Motor Learning during the Early Phase of the Accelerated Rotarod Task. PLoS
One. 2016 Jan 25;11(1):e0147887.
Takahashi A, Lee RX, Iwasato T, Itohara S, Arima H, Bettler B, Miczek KA, Koide T.
Glutamate input in the dorsal raphe nucleus as a determinant of escalated
aggression in male mice. J Neurosci. 2015 Apr 22;35(16):6452-63.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/koide/Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Evolutionary integration of two independent organisms by endosymbioses
細胞内共生による異種細胞の統合機構の解明

祖先のシアノバクテリア（A）と同様に、葉緑体は分裂によって増殖します（B,
単細胞の藻類；C, 陸上植物の細胞）。
我々は、葉緑体分裂がその分裂面に形成される分裂装置（リング）の収縮によって行われること（D）、分裂装置がシアノバクテリア由来の FtsZと宿主細胞が加えた Dynamin 等から構成されていることを明らかにしま
した（E）。
Reminiscent of their cyanobacterial (A)ancestor, chloroplasts replicate bybinary division (B, unicellular alga; C,land plant cells). Chloroplast division
is performed by the division ring (D)which involves cyanobacterial FtsZand eukaryotic dynamin (E).

真核細胞内のエネルギー変換器、ミトコンドリアと葉緑体は、バクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。その他にも、真核細胞が別の細胞を取り込み、新機能を獲得する例は広く存在します。
このような二種の細胞の世代を超えた持続的統合には、宿主細胞と共生細胞の協調増殖機構の確立が必須です。私たちは、（1）真核細胞による葉緑体とミトコンドリアの増殖制御、（2）細胞内小器官によるエネルギー供給と細胞の増殖の関係、（3）葉緑体とミ
トコンドリア以外の細胞内共生系における宿主細胞と共生体細胞の協調増殖機構を理解することで、細胞内共生成立の基本原理の解明を目指しています。

Mitochondria and chloroplasts, energy-converting organelles in eukaryotic cells, are relicts of ancient bacterial endosymbionts. In addition to these particular organelles, there
are many other endosymbiotic events which have integrated
new functions into eukaryotic host cells. In order to maintaina permanent endosymbiotic relationship, a host cell and an
endosymbiotic cell coordinate their proliferation. The major
goal of our study is to understand how organelle (or otherendosymbiotic cell) division is controlled by host cells andhow host cells proliferate depending on chemical energy thatare supplied by organelles (or other endosymbiotic cells).

Selected Publications
Hirooka S, Hirose Y, Kanesaki Y, Higuchi S, Fujiwara T, Onuma R, Era A,
Ohbayashi R, Uzuka A, Nozaki H, Yoshikawa H, Miyagishima SY. Acidophilic
green algal genome provides insights into adaptation to an acidic environment.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Sep 26;114(39):E8304-E8313.
Sumiya N, Fujiwara T, Era A, Miyagishima SY. Chloroplast division checkpoint ineukaryotic algae. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7629-E7638.

Symbiosis and Cell Evolution Laboratory

Miyagishima Group

宮城島研究室MIYAGISHIMA, Shin-ya
Professor

FUJIWARA, Takayuki
Assistant Professor

教授

助教

宮城島進也

共生細胞進化研究室

藤原崇之

Nakabachi A, Ishida K, Hongoh Y, Ohkuma M, Miyagishima SY. Aphid gene ofbacterial origin encodes a protein transported to an obligate endosymbiont. Curr
Biol. 2014 Jul 21;24(14):R640-R641.
Miyagishima SY, Fujiwara T, Sumiya N, Hirooka S, Nakano A, Kabeya Y,
Nakamura M. Translation-independent circadian control of the cell cycle in aunicellular photosynthetic eukaryote. Nat Commun. 2014 May 8;5:3807.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/miyagishima/

研究活動／ Research Activities

43

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Genetic dissection of the cell division mechanism using single-cellular model organisms
モデル単細胞を使った細胞分裂の遺伝制御メカニズム
A

A

大腸菌
複数断片の取り込み
5’
3’
3’
5’

相同配列のアニーリングとギャップの修復

3’末端の分解による5’突出末端の露出

3’
5’

5’

5’
3’

ライゲーション
5’
3’

5’
5’

5’

XthA

E. coli
Resection ofMultiple-fragment 3’ ends and exposure
Uptakeof 5’ overhangs
3’
5’

5’
3’

3’
5’

5’

Anealing and
gap filling

Ligation

5’
5’

5’

XthA

PolA等のDNAポリメラーゼ

PolA and other polymerase(s)

B

B 植菌

TSS溶液
DNA断片

静置培養
37 ºC、一晩

氷冷
5分

遠心

L培地

凍結 融解・氷冷(液体窒素) 20分

抗生物質を含む培地へ塗布

37 ºC
30分

遠心

上清除去

上清除去

実作業時間: 約10分

Inoculation

Culturestanding
at 37 ºC
for O/NTSS andDNA

Ice bath
5 min

L medium

Centrifuge Freeze(Liquid
Nitrogen)Thaw
on icePlating

37 ºC
30 minCentrifuge

Remove Sup

Remove Sup

Actual work time: about 10 minutes

相同配列を持つ DNA 断片とベクター DNA の間で効率よく組換え反応が起こり、形質転換するだけでクローニングが可能になる大腸菌宿主 iVEC 株を開発。NBRP 大腸菌より公開中。大腸菌への DNA の導入までの形質転換は“One-tube”可能。
Model of the mechanism of iVEC (in vivo E. coli cloning). Work flow of “one-tube” transformation. Preparation of competent cells and introduction of DNA can be done with a single tube.
For more information: https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/

大腸菌や酵母は、細胞増殖の基本メカニズムを解明する上で極めて有効なモデル生物です。原核細胞と真核細胞を研究材料に、染色体 DNA の折れたたみを司るコンデンシンの機能、光や温度に対する細胞応答、細胞の形が決まる仕組み等の研究を進めています。遺伝学的もしくは細胞生物学的手法を用いて、細胞内で起こる現象を観察しています。特に、酵母と菌糸という2 つの生活環を持つジャポニカス分裂酵母は環境刺激に対する細胞応答のモデル細胞として適しています。また DNA 組換え技術の宿主として、より優れた大腸菌の開発も担っています。
大腸菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/
枯草菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/bsub/

Bacteria and yeast are important model organisms to
elucidate the fundamental mechanisms of cell proliferation.
Our laboratory studies the mechanisms behind the cell division cycle and adaptations to external stresses under environments. We focused on compaction of chromosomal DNA
as a nucleoid inside a tiny bacterial cell during cell division.
Bacterial condensin is an essential factor for packaging of a
nucleoid to properly segregate into daughter cells. Also, we
study on hyphal development and growth by using a newmodel organism, Schizosaccharomyces japonicus. We established new investigative methodologies to investigated S.
japonicus.

Selected Publications
Nozaki S, Furuya K, Niki H. The Ras1-Cdc42 pathway is involved in hyphal
development of Schizosaccharomyces japonicus. FEMS Yeast Res. 2018 Jun 1;18(4).
Yano K, Niki H. Multiple cis-Acting rDNAs Contribute to Nucleoid Separation and
Recruit the Bacterial Condensin Smc-ScpAB. Cell Rep. 2017 Oct 31;21(5):13471360.

Microbial Physiology Laboratory

Niki Group

仁木研究室

NIKI, Hironori
Professor

仁木宏典

44

微生物機能研究室

AOKI, Keita
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

青木敬太

助教

Aoki K, Niki H. Release of condensin from mitotic chromosomes requires the
Ran-GTP gradient in the reorganized nucleus. Biol Open. 2017 Nov
15;6(11):1614-1628.
Ikebe R, Kuwabara Y, Chikada T, Niki H, Shiomi D. The periplasmic disordereddomain of RodZ promotes its self-interaction in Escherichia coli. Genes Cells.
2018 Apr;23(4):307-317.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/niki/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Molecular cytogenetics of plant germ-cell development
植物の生殖細胞発生過程の分子細胞遺伝学

A

B
premeiosis

meiosistapetum

減数分裂期の葯タペート組織で特異的に発現するイネ EAT1 転写因子。
（A）葯室の横断切片の模式図。epidermis；表皮、endothecium；内皮、middle layer；中間層、
tapetum；タペート層、pollen mother cell（花粉母細胞）。
（B）イネ bHLH 転写因子 EAT1（緑色）は、減数分裂期のタペート細胞核に局在し、減数分裂特異的な 24 塩基長
small RNA（phasiRNA）生合成を活性化する（Ono et al. 2018）。

Rice EAT1, a transcription factor expressed specifically in the anther tapetum during meiosis. (A) An illustration depicting the transverse section of an anther locule. (B) The ricebHLH transcription factor, EAT1 (green), is accumulated in tapetal nuclei during meiosis, and activates the biogenesis of meiosis-specific 24-nucleotides small RNAs (phasiRNAs).

植物の生殖サイクル、特に減数分裂を制御する分子メカニズムについて、主にイネを用いて研究しています。減数分裂は、遺伝情報の安定的伝達に加え、減数分裂組み換えを通じて遺伝的多様性を創出する複雑かつ巧妙な生命現象です。減数分裂を制御する
分子機構の解明は、育種効率の向上や野生種の育種利用につながる重要な研究課題です。
また、植物遺伝研究室と共同で野生イネや在来栽培イネ品種な
どのイネ遺伝資源保存事業に従事し、国内外の研究者に配布しています。現地で失われつつある貴重な遺伝資源が数多く含まれています。

We study molecular mechanisms promoting the reproductive cycle, including meiosis, in rice. Meiosis is a highly
orchestrated biological event to transmit genetic information
stably, and to simultaneously create a genetic diversity via
meiotic recombination. Elucidation of the underlying mechanisms is important also for applications to improve breeding
efficiency and extend breeding use to wild species.
In addition, we engage in the conservation program ofgenetic rice resources, such as wild species and local varieties. It contains many precious strains going to be lost at their
original habitats.

Selected Publications
Ono S, Liu H, Tsuda K, Fukai E, Tanaka K, Sasaki T, Nonomura KI. EAT1
transcription factor, a non-cell-autonomous regulator of pollen production,
activates meiotic small RNA biogenesis in rice anther tapetum. PLoS Genet. 2018
Feb 12;14(2):e1007238.
Tsuda K, Abraham-Juarez MJ, Maeno A, Dong Z, Aromdee D, Meeley R, Shiroishi
T, Nonomura KI, Hake S. KNOTTED1 Cofactors, BLH12 and BLH14, RegulateInternode Patterning and Vein Anastomosis in Maize. Plant Cell. 2017
May;29(5):1105-1118.

Plant Cytogenetics Laboratory 植物細胞遺伝研究室

Nonomura Group 野々村研究室

NONOMURA, Ken-ichi
Associate Professor

野々村賢一 准教授

Liu H, Nonomura KI. A wide reprogramming of histone H3 modifications during
male meiosis I in rice is dependent on the Argonaute protein MEL1. J Cell Sci.
2016 Oct 1;129(19):3553-3561.
Miyazaki S, Sato Y, Asano T, Nagamura Y, Nonomura KI. Rice MEL2, the RNA
recognition motif (RRM) protein, binds in vitro to meiosis-expressed genes
containing U-rich RNA consensus sequences in the 3'-UTR. Plant Mol Biol. 2015
Oct;89(3):293-307.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/nonomura/

TSUDA, Katsutoshi
Assistant Professor

津田勝利

助教

研究活動／ Research Activities

45

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Molecular basis of plant cell morphogenesis
植物細胞の形態形成：空間を制御する分子システムの理解

A）木部道管の様々な二次細胞壁パターン。B）木部道管分化誘導系。二次細胞壁（赤）の沈着が認められる。C）二次細胞壁の沈着を誘導する微小管。D）Rho GTPase が活性化（緑）し、二次細胞壁（黄）の沈着を阻害している。E）細胞壁パターンの再構築。Rho GTPase（紫）が細胞膜ドメインを形成し、微小管（緑）と相互作用している。
(A) Xylem vessels develop various secondary cell wall patterns. (B) Xylogenic Arabidopsis cultured cells. Red signals indicate secondary cell walls. (C) Cortical microtubules in the differentiating xylem
cell. (D) Secondary cell walls (yellow) and plasma membrane domains (green). (E) Reconstruction assay for secondary cell wall patterns. Magenta: plasma membrane domains. Green: microtubules.

多細胞生物の発生は個々の細胞が適切な形態と機能を獲得することによって成し遂げられます。植物細胞は堅い細胞壁に覆われており、この細胞壁の沈着パターンを変化させることにより様々な細胞を作り出しています。私たちの研究室では、螺旋、網目、孔紋などのパターンに従って二次細胞壁を形成する木部道管に着目し、植物細胞が空間的なパターンを創り出す仕組みを研究しています。
独自に開発した木部道管分化誘導系と細胞壁パターンの再構築実
験系を用い、主に細胞骨格とRho GTPaseの働きを調べています。

A specifically patterned cell wall is a determinant of plant
cell shape. However, the precise mechanism underlying thecell wall patterning is still elusive. The main purpose of ourstudy is to reveal how plant cells establish proper cell wall
patterns. We focus on xylem vessel cells that deposit secondary cell walls in various patterns such as spiral, reticulate,and pitted patterns. By using our xylogenic cell culture system and pattern reconstruction assay, we have revealed thatcortical cytoskeletons and Rho GTPases play a central rolein the secondary cell wall patterning.

Selected Publications
Nagashima Y, Tsugawa S, Mochizuki A, Sasaki T, Fukuda H, Oda Y. A
Rho-based reaction-diffusion system governs cell wall patterning in metaxylem
vessels. Sci Rep. 2018 Aug 1;8(1):11542.
Sasaki T, Fukuda H, Oda Y. CORTICAL MICROTUBULE DISORDERING1 Is
Required for Secondary Cell Wall Patterning in Xylem Vessels. Plant Cell. 2017
Dec;29(12):3123-3139.

Cell Dynamics and Signaling Laboratory 細胞制御研究室

Oda Group

小田研究室

ODA, Yoshihisa
Professor

小田祥久

46

教授

研究活動／ Research Activities

Sugiyama Y, Wakazaki M, Toyooka K, Fukuda H, Oda Y. A Novel Plasma
Membrane-Anchored Protein Regulates Xylem Cell-Wall Deposition throughMicrotubule-Dependent Lateral Inhibition of Rho GTPase Domains. Curr Biol.
2017 Aug 21;27(16):2522-2528.
Oda Y, Iida Y, Nagashima Y, Sugiyama Y, Fukuda H. Novel coiled-coil proteinsregulate exocyst association with cortical microtubules in xylem cells via theconserved oligomeric golgi-complex 2 protein. Plant Cell Physiol. 2015
Feb;56(2):277-86.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/oda/

遺伝形質研究系

Department of Gene Function and Phenomics

Developmental genetic studies using gene engineering technology in mice
マウス発生工学を用いた発生分化機構の解析
A

E16.5 Testis

C
RA

B

P1 Ovary

Ovary
RA
BMP

BMP

x x

STRA8 SMAD4

STRA8 SMAD4

meiosis oogenesis

meiosisoogenesis

Male genes

Male genes(NANOS2, DNMT3)

Wild-type

Smad4, Stra8-DKO

D

NANOS2+FOXL2+TRA98

Ovary

発生過程ではいろいろな遺伝子が時間的・空間的に正確な制御下で発現し、機能を発揮します。そのような遺伝子の機能及び発現調節機構を解明するためにはマウスを用いた個体レベルの解析は重要です。当研究室では発生工学的手法を用いて、中胚葉形
成機構、生殖細胞の性決定機構、また精子形成、卵子形成を支配する RNA 制御機構の解明を目指しています。最近はクリスパーを用いた遺伝子改変技術を用いて、多くの有用マウスを作製し解析することにより、生体内における本来の遺伝子機能の解明を目指しています。

（A）胎生期の雄生殖細胞（赤）における雄特異的タンパク
質 NANOS2（緑）の局在。
（B）生後直後の卵巣切片。雌の生殖細胞（赤）は体細胞（緑）に囲まれて卵子へと成熟する。
（C）生殖細胞の性分化モデル。卵巣内でレチノイン酸とBMP の刺激を受けた生殖細胞は STRA8，SMAD4 の 2つの因子によって雌化する。この 2 つの遺伝子を欠損す
ると生殖細胞は雄化する。
（D）卵巣で SMAD4 を欠損した生殖細胞をレチノイン酸不在化で培養すると雄化因子NANOS2（赤）が誘導される。
FOXL2 は雌の体細胞マーカー、TRA98 は生殖細胞マー
カー。
(A) Nanos2 proteins (green) are localized in the P-bodies incytoplasm of embryonic male germ cells (red).
(B) A section of ovary at one day after birth (P1). Germ cells (red)are enclosed by granulosa cells (green), thereby oocyte
maturation is promoted.
(C) A model for sex determination of germ cells. In ovary, RA
and BMP signaling act on germ cells to direct female
pathway. If those pathways are disrupted by STRA8/
SMAD4-dKO, germ cells enter to male pathway.
(D) Sex reversal of germ cells induced by disrupting RA
signaling in SMAD4-KO ovary, in which NANOS2
expression (red) was induced even in the ovary. FOXL2 (blue)
is a marker for female somatic cells. TRA98 (green)is a
germ cell marker.

We aim to elucidate molecular mechanisms involved inseveral developmental processes. Major targets are mesoderm tissues and germ cell development; sexual fate decision, spermatogenesis and oogeneis. We like to understandmechanisms how germ cells chose two alternative pathways
to form sperm or oocyte. For the functional analyses, we use
Cas9-mediated gene editing technology to facilitate mutant
mouse production.

Selected Publications
Zhou Z, Kawabe H, Suzuki A, Shinmyozu K, Saga Y. NEDD4 controls
spermatogonial stem cell homeostasis and stress response by regulating
messenger ribonucleoprotein complexes. Nat Commun. 2017 Jun 6;8:15662.

Kato Y, Katsuki T, Kokubo H, Masuda A, Saga Y. Dazl is a target RNA suppressedby mammalian NANOS2 in sexually differentiating male germ cells. Nat Commun.
2016 Apr 13;7:11272.

Wu Q, Fukuda K, Kato Y, Zhou Z, Deng CX, Saga Y. Sexual Fate Change of XX
Germ Cells Caused by the Deletion of SMAD4 and STRA8 Independent ofSomatic Sex Reprogramming. PLoS Biol. 2016 Sep 8;14(9):e1002553.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saga/

Mammalian Development Laboratory 発生工学研究室

Saga Group

SAGA, Yumiko
Professor

相賀裕美子

相賀研究室

KATO, Yuzuru
Assistant Professor
教授

加藤

譲

助教

AJIMA, Rieko
Assistant Professor

安島理恵子

助教

研究活動／ Research Activities

47

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Analyses of regulatory mechanisms in zebrafish germ cells
ゼブラフィッシュを用いた生殖細胞制御機構の解析
精原幹細胞培養
1 day

精原幹細胞培養の継続

精子への分化培養系に移行

37 days

32 days (1 day a-er replate)

41 days

41 days (10 days a-er replate)48 days

48 days (17 days a-er replate)

7 days31 days

精原幹細胞で緑色蛍光タンパクを発現する系統を用いた精原幹細胞−精子の細胞培養。精原幹細胞培養系では精原幹細胞が増殖するのに対して（左および中央パネル）、精子への分化培養系では精原幹細胞が機能的精子へと分化していく（右パネル）。
Propagation and differentiation of spermatogonial stem cells (SSCs) in culture. SSCs that express green fluorescent protein grow in propagation culture (left and middle panels),
while they differentiate into sperm in differentiation culture (the right panel).

精子形成は精原幹細胞の自己再生と分化によって維持され、分化した精原細胞は細胞架橋でつながったシスト分裂により増幅した後、減数分裂を経て機能的な精子へと分化します。こうした複雑な過程を制御する因子の解析に細胞培養系は有用な方法となります。私たちは、ゼブラフィッシュを用いて精原幹細胞の自己再生から機能的精子までの精子形成全過程を再現する細胞培養系を確立しました。Forward genetics による精子形成異常変異体を組み合わせて、脊椎動物に普遍的な精子形成の制御因子の解明を進めています。

Spermatogenesis is characterized by sequential transitions of multiple processes: self-renewal of spermatogonial
stem cells, mitotic growth of differentiating spermatogonia,
and meiosis leading to the production of sperm. Moleculardissection of these complex processes and transitions could
be facilitated by cell culture approaches. We have developed
techniques to recapitulate the entire spermatogenesis process, from stem cell propagation to differentiation of functional sperm, solely in culture. In addition, we have alreadyisolated several ENU-induced zebrafish mutants that have adefect in spermatogenesis. We are working on the molecularmechanisms to regulate spermatogenesis of vertebrates
both in vivo and in vitro.

Selected Publications
Kawasaki T, Maeno A, Shiroishi T, Sakai N. Development and growth of organs inliving whole embryo and larval grafts in zebrafish. Sci Rep. 2017 Nov
28;7(1):16508.

Kawasaki T, Siegfried KR, Sakai N. Differentiation of zebrafish spermatogonial
stem cells to functional sperm in culture. Development. 2016 Feb 15;143(4):56674.

Higaki S, Shimada M, Kawamoto K, Todo T, Kawasaki T, Tooyama I, Fujioka Y,
Sakai N, Takada T. In vitro differentiation of fertile sperm from cryopreserved
spermatogonia of the endangered endemic cyprinid honmoroko (Gnathopogon
caerulescens). Sci Rep. 2017 Feb 17;7:42852.

Saito K, Sakai C, Kawasaki T, Sakai N. Telomere distribution pattern and synapsis
initiation during spermatogenesis in zebrafish. Dev Dyn. 2014 Nov;243(11):144856.

Model Fish Genetics Laboratory 小型魚類遺伝研究室

Sakai Group酒井研究室

SAKAI, Noriyoshi
Associate Professor

酒井則良

48

准教授

研究活動／ Research Activities

KAWASAKI, Toshihiro
Assistant Professor

河﨑敏広

助教

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sakai/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Generation of cellular diversity by asymmetric cell division
非対称分裂による細胞多様性創出機構

非対称分裂前（A）、分裂終期（B）でのβカテニンの非対称な局在。矢頭は細胞の輪郭。
（C）表皮幹細胞（水色）の極性方向（矢印）は三種類の Wnt 分子（CWN-1, CWN-2,
EGL-20）によって冗長的に制御されている。

Asymmetric localization of β-catenin before (A) and at telophase (B) of asymmetric division. Arrowheads indicate cell boundary. (C) Polarity orientation (arrows) of epithelial stem
cells (light blue) is redundantly controlled by three Wnt proteins (CWN-1, CWN-2, EGL-20).

幹細胞など様々な細胞は極性を持ち、非対称に分裂して多種多様な細胞を作ります。線虫 C. elegans のほとんどの細胞は分裂時にβカテニンなどを非対称に局在させ、前後方向に分裂し、異なる娘細胞を作ります。βカテニンの非対称な局在はマウスの幹細胞でも観察されています。この局在は同じ方向性を持っているので、全ての細胞は前後の方向を知っています。どのように細胞が方向を知り、非対称に分裂し、娘細胞間で異なる遺伝子を発現して特異的な運命を獲得するのか研究しています。

Various cells including stem cells undergo asymmetriccell divisions to produce daughter cells with distinct cellfates. Most cells in C. elegans have the same anterior-posterior polarity in terms of localizations of Wnt signaling components such as β-catenin, and divide asymmetrically to
produce a variety of cell types. Similar asymmetric localization was reported in mouse ES cells. We are studying howeach cell knows the correct orientation, how it divides asymmetrically and how the daughter cells acquire specific cellfates.

Selected Publications
Sugioka K, Fielmich LE, Mizumoto K, Bowerman B, van den Heuvel S, Kimura A,
Sawa H. Tumor suppressor APC is an attenuator of spindle-pulling forces during C.
elegans asymmetric cell division. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Jan
30;115(5):E954-E963.

Yamamoto Y, Takeshita H, Sawa H. Multiple Wnts redundantly control polarity
orientation in Caenorhabditis elegans epithelial stem cells. PLoS Genet. 2011
Oct;7(10):e1002308.

Sugioka K, Mizumoto K, Sawa H. Wnt regulates spindle asymmetry to generate
asymmetric nuclear β-catenin in C. elegans. Cell. 2011 Sep 16;146(6):942-54.

Multicellular Organization Laboratory 多細胞構築研究室

Sawa Group

SAWA, Hitoshi
Professor

澤

斉

教授

澤 研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sawa/

NEGISHI, Takefumi
Assistant Professor

根岸剛文

助教

研究活動／ Research Activities

49

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Studies on cell structure – function relation using Drosophila molecular genetics
ショウジョウバエ分子遺伝学を用いた細胞機能−構造連関の研究

AB（A）特定のニューロンを遺伝学的に標識したショウジョウバエ脳。
（B）ショウジョウバエ脳のシナプス。燈色、シナプス前ニューロン。緑色、シナプス後ニューロン。
(A) Genetically labeled neurons in a Drosophila brain. (B) Synapse in a Drosophila brain. Orange, pre-synaptic neuron. Green, post-synaptic neurons.

当研究室では組織内における細胞の機能発現と細胞構造との関係をモデル生物であるショウジョウバエを用いて研究しています。
細胞内微細構造上でどのような分子ネットワークが互いにどのように協調して働いているのか、といった側面に注目し、分子遺伝学の手法と様々なイメージングの手法を駆使して解析を行っています。現在、「神経回路の形成・維持と機能発現機構」のテーマを中心に研究を進めています。

Our laboratory is interested in relation of cellular finestructures and their functions in tissue organization. We are
studying the molecular networks on cellular fine structures
involved in various cell activities by molecular genetics andvarious imaging techniques, using a model animal, Drosophila melanogaster. Currently we are focusing on the development, maintenance and functions of neural networks.

Selected Publications
Sekiya M, Maruko-Otake A, Hearn S, Sakakibara Y, Fujisaki N, Suzuki E, Ando K,
Iijima KM. EDEM Function in ERAD Protects against Chronic ER Proteinopathy
and Age-Related Physiological Decline in Drosophila. Dev Cell. 2017 Jun
19;41(6):652-664.e5.
Tamori Y, Suzuki E, Deng WM. Epithelial Tumors Originate in Tumor Hotspots, aTissue-Intrinsic Microenvironment. PLoS Biol. 2016 Sep 1;14(9):e1002537.

Gene Network Laboratory

Suzuki Group鈴木研究室

SUZUKI, Emiko
Associate Professor

鈴木えみ子 准教授

50

遺伝子回路研究室

研究活動／ Research Activities

Nakayama M, Suzuki E, Tsunoda S, Hama C. The Matrix Proteins Hasp and Hig
Exhibit Segregated Distribution within Synaptic Clefts and Play Distinct Roles in
Synaptogenesis. J Neurosci. 2016 Jan 13;36(2):590-606.
Sugie A, Hakeda-Suzuki S, Suzuki E, Silies M, Shimozono M, Möhl C, Suzuki T,
Tavosanis G. Molecular Remodeling of the Presynaptic Active Zone of Drosophila
Photoreceptors via Activity-Dependent Feedback. Neuron. 2015 May 6;86(3):71125.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzuki/

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

Integrative genetics of mouse complex traits
マウス高次形質の統合的遺伝解析

世界各地に生息するマウス亜種を起源とするミシマバッテリー（左）、および、それらの遺伝子多型情報を搭載するNIG_MoG2 のトップページ（右）The “Mishima-battery” was established by NIG (left). It consists of ten inbred strains originated from wild mice widely distributed worldwide. A screenshot of the
top page of NIG_MoG2 (http://molossinus.nig.ac.jp/mog2/) (right).

当研究室では、マウス近交系統や突然変異体の表現型に着目した“順遺伝学”と、遺伝子改変マウスを用いた“逆遺伝学”の両方
法論を駆使して、エネルギー代謝などの高次生命現象を制御する
遺伝メカニズムの統合的理解をめざしています。研究の推進にあたっては、国立遺伝学研究所で樹立された 10 種類の野生マウス由来
系統（ミシマバッテリー）や、それらから創出した亜種間コンソミッ
ク系統を利活用しています。なお、ミシマバッテリーの遺伝子多型
情報は、国立遺伝学研究所ゲノム多型情報データベース（NIG_
MoG2）を通じて公開されています。

In order to understand genetic basis underlying complex
traits, such as energy metabolism, we are conducting genetic analyses based upon both of “Forward Genetics” using
existing mouse mutants and “Reverse Genetics” using genetically engineered mice. Two types of bioresources areused for our research projects; ten wild mouse-derived inbred strains (“Mishima-battery”), which were established by
National Institute of Genetics (NIG), and a series of inter-subspecific consomic strains, in which every chromosome of aclassical inbred strain C57BL/6J is replaced by the counterpart of an MSM/Ms strain. Genetic polymorphism of the“Mishima battery” is open to public through NIG_MoG2 database.

Selected Publications
Kawano S, Fujisawa H, Takada T, Shiroishi T. Sparse principal component
regression for generalized linear models. Computational Statistics & Data
Analysis. 2018 124: 180-196.

Takada T, Yoshiki A, Obata Y, Yamazaki Y, Shiroishi T. NIG_MoG: a mouse
genome navigator for exploring intersubspecific genetic polymorphisms.
Mamm Genome. 2015 Aug;26(7-8):331-7.

Simecek P, Forejt J, Williams RW, Shiroishi T, Takada T, Lu L, Johnson TE,
Bennett B, Deschepper CF, Scott-Boyer MP, Pardo-Manuel de Villena F,
Churchill GA. High-Resolution Maps of Mouse Reference Populations. G3(Bethesda). 2017 Oct 5;7(10):3427-3434.

Takada T, Ebata T, Noguchi H, Keane TM, Adams DJ, Narita T, Shin-I T,
Fujisawa H, Toyoda A, Abe K, Obata Y, Sakaki Y, Moriwaki K, Fujiyama A,
Kohara Y, Shiroishi T. The ancestor of extant Japanese fancy micecontributed to the mosaic genomes of classical inbred strains. Genome Res.
2013 Aug;23(8):1329-38.

Mammalian Genetics Laboratory 哺乳動物遺伝研究室

Takada Group

高田研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shiroishi/

TAKADA, Toyoyuki
Assistant Professor

高田豊行

助教

研究活動／ Research Activities

51

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

Molecular mechanism of eukaryotic DNA replication in the cell cycle
真核生物染色体の DNA 複製機構とその細胞周期による調節（A）複製開始領域を決定するORC複合体は、ヌクレオソームとの相互作用を介して安定に複製開始領域に結合する。図はORC-ヌクレオソーム複合体のAFM像。
（B）
複製開始のタイミングは Sld3-Sld7-Cdc45 複合体が制御している。細胞内でこの複合体を過剰発現させる（図中 “ON”）と複製のタイミングが異常を示し、lateorigin の複製が早期に開始する（図中矢印）。
(A) AFM image of ORC-chromatin complexes. ORC (origin recognition complex) binds to replication origins, where DNA replication is initiated. We revealed thatchromatin structure stabilizes origin-ORC interaction. (B) Origin association of the low abundance replication proteins Sld3, Sld7, and Cdc45 is the key todetermining the temporal order of origin firing. Simultaneous over-expression of these proteins (“ON” in the figure) allows the late-firing origins to fire earlier in S
phase (arrow in the figure).

真核生物の染色体 DNA は、細胞周期の S 期に一度だけ正確に複製され、娘細胞に分配されます。この機構により、遺伝情報は親から子に過不足無く正確に伝わります。真核生物の DNA 複製は、染色体上に散在する複数の場所から開始し、その開始が細胞周期により厳密に制御されています。しかし、染色体 DNA 複製の開始がどのように行われ、どうしてS 期のみに複製されるのか、その詳
細はよく分かっていません。本研究室ではこの問題に答えるため、出芽酵母を真核生物のモデル系として、染色体 DNA 複製機構とその制御の研究を行っています。

Eukaryotic chromosome DNA is replicated exactly only
once per cell cycle and segregated to daughter cells. This
process ensures cells to transmit accurate genomic information to their progeny. Eukaryotic DNA replication initiates frommultiple sites, called replication origins, scattered throughout
chromosomes and this initiation process is strictly regulatedby the cell cycle. However, molecular mechanism of DNA
replication and its regulation in eukaryotic cell cycle have notbeen well elucidated. To approach this subject, we have isolated novel replication factors of budding yeast and analyzed
their functions.

Selected Publications
Hizume K, Endo S, Muramatsu S, Kobayashi T, Araki H. DNA polymerase
ε-dependent modulation of the pausing property of the CMG helicase at thebarrier. Genes Dev. 2018 Oct 1;32(19-20):1315-1320.

Hizume K, Kominami H, Kobayashi K, Yamada H, Araki H. Flexible DNA Path in
the MCM Double Hexamer Loaded on DNA. Biochemistry. 2017 May
16;56(19):2435-2445.

Miyazawa-Onami M, Araki H, Tanaka S. Pre-initiation complex assembly functions
as a molecular switch that splits the Mcm2-7 double hexamer. EMBO Rep. 2017
Oct;18(10):1752-1761.

Itou H, Shirakihara Y, Araki H. The quaternary structure of the eukaryotic DNA
replication proteins Sld7 and Sld3. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2015
Aug;71(Pt 8):1649-56.

Microbial Genetics Laboratory

Araki Group

荒木研究室

ARAKI, Hiroyuki
Professor

荒木弘之

52

微生物遺伝研究室

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/araki/Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

Genetics of epigenetics
エピジェネティクスの遺伝学

H3K9メチル化が H3K4me1 を排除する（Inagaki et al 2017 より）。野生型個体（WT）では、トランスポゾンには H3K9me2 があり（灰色）、遺伝子に H3K4me1 があります（黄緑色）。H3K9メチル化酵素の変異体（suvh456）では、トランスポゾンで、H3K9me2 が無くなるのにともない、H3K4me1 が蓄積します。

H3K9 directs loss of H3K4me1 (from Inagaki et al 2017). Wild type plants have H3K9me2 in transposons (gray) and H3K4me1 in gene bodies (light green). In the mutant of
H3K9 methylase genes (suvh456), transposons loose H3K9me2 and accumulate H3K4me1.

細胞分裂後に継承される遺伝情報の実体は塩基配列です。一方、
塩基配列以外の形で、遺伝子の ON ／ OFF 情報が娘細胞に伝わる現象が多くの生物で観察されます。このような「エピジェネティッ
ク」な現象の実体は、DNA のメチル化などのクロマチンの修飾であることがわかってきています。私達は、シロイヌナズナのゲノム
DNA のメチル化を制御する因子の変異体を用いたアプローチで、ゲノム進化や個体発生におけるエピジェネティックな制御の役割とその機構について研究しています。

To understand control and function of DNA methylation,
we are taking genetic approaches using mutants of Arabidopsis. An Arabidopsis protein DDM1 (decrease in DNA
methylation) is necessary for methylating transposons andrepeats. On the other hand, IBM1 (increase in BONSAI methylation) is necessary for not methylating genes. In mutants ofgenes encoding these proteins, several types of developmental abnormalities were induced. Characterization of theseabnormalities is revealing impact of DNA methylation on genome evolution and appropriate gene expression.

Selected Publications
Hosaka A, Saito R, Takashima K, Sasaki T, Fu Y, Kawabe A, Ito T, Toyoda A,
Fujiyama A, Tarutani Y, Kakutani T. Evolution of sequence-specific anti-silencing
systems in Arabidopsis. Nat Commun. 2017 Dec 18;8(1):2161.

Fu Y, Kawabe A, Etcheverry M, Ito T, Toyoda A, Fujiyama A, Colot V, Tarutani Y,
Kakutani T. Mobilization of a plant transposon by expression of the transposonencoded anti-silencing factor. EMBO J. 2013 Aug 28;32(17):2407-17.

Inagaki S, Takahashi M, Hosaka A, Ito T, Toyoda A, Fujiyama A, Tarutani Y,
Kakutani T. Gene-body chromatin modification dynamics mediate epigenome
differentiation in Arabidopsis. EMBO J. 2017 Apr 13;36(8):970-980.

Hosaka A, Kakutani T. Transposable elements, genome evolution andtransgenerational epigenetic variation. Curr Opin Genet Dev. 2018 Apr;49:43-48.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kakutani/

Epigenomics Laboratory エピゲノム研究室

Kakutani GroupKAKUTANI, Tetsuji
Professor

角谷徹仁

教授

角谷研究室

TARUTANI, Yoshiaki
Assistant Professor

樽谷芳明

助教

INAGAKI, Soichi
Assistant Professor

稲垣宗一

助教

研究活動／ Research Activities

53

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

A new genetics of human cells for the study of DNA transactions
ヒト細胞における新たな遺伝学を用いたDNAトランスアクションの解析
(A)

(B)

RAD21-mAID-mClover
20 min40 min0 min

Short-homology mediated tagging(in OsTIR1 expressing cells)

60 minShort-arm donormAID

Target gene

Marker✂>125 bp>125 bp

CAS9
mAID

Marker(C)
Target protein mAID

Auxin
Targetprotein mAID

Ubiquitin

auxin
Target protein

OsTIR1E3 ligase

mAID

Proteasome

Cul1
E2

Rapid depletion(typical half-life is 10 to 20 min)Human conditional AID mutant

100

mClover signal (%)

Target gene

50

0

- auxin+ auxin0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

Time (min)オーキシンデグロン（AID）技術（A）CRISPR-Cas9 により標的とする遺伝子を切断し、ドナープラスミドを利用してAID タグの挿入を行う。発現した融合タンパク質は、オーキシン存在下では植物由来 TIR1 を含む E3 ユ
ビキチンリガーゼにより認識されて分解に導かれる。
（B）コヒーシンを構成する RAD21 に改変 AID タグと蛍光タンパク質を付加した。この細胞では、オーキシン添加により迅速に
RAD21 タンパク質が分解される。
（C）RAD21 のシグナルを定量化した。
The auxin-inducible degron (AID) technology(A) The AID tag was inserted to a target gene by CRIPSPR-Cas9 mediated knock-in using a donor plasmid. In the presence of auxin, the fusion protein will be recognized by an ubiquitin
ligase with A containing plant-derived TIR1 for rapid degradation.(B) RAD21, a component of cohesion, was fused with AID and fluorescent tags. RAD21 is depleted rapidly upon auxin
addition. (C) Quantification of the level of RAD21.

当研究室は、植物ホルモンオーキシンにより活性化される、植物内のタンパク質分解メカニズムをヒト細胞に移植することで、特定のタンパク質をオーキシン依存的に分解除去するAID 技術を開発しました。さらに、CRISPR–Cas9 ゲノム編集技術と組み合わせ、
ヒトコンディショナル変異細胞を作る方法を確立しました。作成した変異細胞では、半減期 30 分以下で標的タンパク質を分解除去することができます。AID 技術を応用してヒトゲノム DNA がいかに安定維持されているのか、特に DNA 複製と他の DNAトランスア
クションの関連性を明らかにしようとしています。

We established the auxin-inducible degron (AID) technology, by which the expression of a protein of interest can be
rapidly controlled by the addition of a plant hormone, auxin.
By combining the CRISPR–Cas9-based genome-editing
technology with the AID system, we can now make humanconditional mutants, in which a protein of interest can be depleted in a half-life of less than 30 min. By applying the AID
technology, we wish to understand how genomic DNA ismaintained in human cells. In particular, we are focusing on
the relationship between DNA replication and other DNA
transactions.

Selected Publications
Gibcus JH, Samejima K, Goloborodko A, Samejima I, Naumova N, Nuebler J,
Kanemaki MT, Xie L, Paulson JR, Earnshaw WC, Mirny LA, Dekker J. A pathway
for mitotic chromosome formation. Science. 2018 Feb 9;359(6376).
Natsume T, Nishimura K, Minocherhomji S, Bhowmick R, Hickson ID, Kanemaki
MT. Acute inactivation of the replicative helicase in human cells triggers MCM89-dependent DNA synthesis. Genes Dev. 2017 Apr 15;31(8):816-829.

Molecular Cell Engineering Laboratory 分子細胞工学研究室

Kanemaki Group 鐘巻研究室

KANEMAKI, Masato
Professor

鐘巻将人

54

教授

研究活動／ Research Activities

NATSUME, Toyoaki
Assistant Professor

夏目豊彰

助教

Natsume T, Kanemaki MT. Conditional Degrons for Controlling Protein Expression
at the Protein Level. Annu Rev Genet. 2017 Nov 27;51:83-102.
Natsume T, Kiyomitsu T, Saga Y, Kanemaki MT. Rapid Protein Depletion in Human
Cells by Auxin-Inducible Degron Tagging with Short Homology Donors. Cell Rep.
2016 Apr 5;15(1):210-218.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kanemaki/

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

Understanding cell architecture through quantitative microscopy and structural calculations
細胞建築学：細胞の定量観察と構造計算をとおして「建築家のいない建築」を理解する

線虫の細胞分裂（左）、および胚発生における細胞配置（右）。上段は実際の胚の顕微鏡像で、下段は定量的シミュレーション。
（右下の細胞配置の計算結果は慶應義塾大学・舟橋啓博士開発のソフトウェアを用いて表示したもの。
）

Cell division at the 1-cell stage (left) and cell arrangement pattern during development (right) in the C. elegans embryo. The upper panels show actual C. elegans
embryos and the lower panels show our quantitative simulations. (The lower right visualization was obtained using software developed by Dr. A. Funahashi [KeioUniv].)

細胞は自然が造りあげたみごとな建築物です。細胞はその内部で、“適切なサイズ”で形成された細胞内小器官が“適材適所に”配置
していますが、この『建築家のいない建築』がどのように構築されているかは、多くの謎につつまれています。細胞建築研究室では、細胞の顕微鏡観察と定量化、力学計算などの手法を駆使し、細胞核などの細胞内小器官が適切なサイズに制御され、適切な場所に配置するしくみを解析しています。これらの研究により「多数の遺伝子産物が集まって、細胞という調和のとれた生命の単位ができる」
秘密を理解することをめざしています。

Cells are a beautiful example of architecture made by thenature. How such architecture is constructed ‘without an architect’ remains a mystery. This laboratory is studying themechanisms underlying the movement and positioning of intracellular organelles (such as the cell nucleus) at appropriate
positions with appropriate sizes, using approaches involving
quantitative microscopy and structural calculations of cells.
Through our studies, we aim to understand the secrets ofconstructing the cell –which is the unit of life– from a population of gene products.

Selected Publications
Kimura K, Mamane A, Sasaki T, Sato K, Takagi J, Niwayama R, Hufnagel L,
Shimamoto Y, Joanny JF, Uchida S, Kimura A. Endoplasmic-reticulum-mediatedmicrotubule alignment governs cytoplasmic streaming. Nat Cell Biol. 2017
Apr;19(4):399-406.

Arai R, Sugawara T, Sato Y, Minakuchi Y, Toyoda A, Nabeshima K, Kimura H,
Kimura A. Reduction in chromosome mobility accompanies nuclear organization
during early embryogenesis in Caenorhabditis elegans. Sci Rep. 2017 Jun
16;7(1):3631.

Yamamoto K, Kimura A. An asymmetric attraction model for the diversity androbustness of cell arrangement in nematodes. Development. 2017 Dec
1;144(23):4437-4449.

Torisawa T, Taniguchi D, Ishihara S, Oiwa K. Spontaneous Formation of a Globally
Connected Contractile Network in a Microtubule-Motor System. Biophys J. 2016
Jul 26;111(2):373-385.

Cell Architecture Laboratory 細胞建築研究室

Kimura Group

KIMURA, Akatsuki
Professor

木村

暁

教授

木村研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kimura/

TORISAWA, Takayuki
Assistant Professor

鳥澤嵩征

助教

研究活動／ Research Activities

55

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

3D-organization and dynamics of human genome chromatin
ゲノムクロマチンの折り畳み構造とダイナミクス

ヌヌクレオソーム線維（10-nm 線維）は細胞の核内でとても不規則な形で折り畳まれ、ドメインを形成している。クロマチンは「液体」のよ
うにふるまい、規則性を持つ大きな構造に比べて、物理的な束縛が少なく、より動きやすい。
NPC，核膜孔；NE，核膜
Chromatin consists of irregularly folded 10-nm
fibers and forms numerous chromatin domains
in the cell nuclei. Chromatin dynamicallybehaves like “liquid”. NPC, nuclear porecomplex; NE, nuclear envelope.

本研究室では、「ゲノム DNA が細胞のなかに、三次元的にどのように折り畳まれ、そしてどのようにゲノムが読み出されるのか？」を研究しています。最近、細胞内のクロマチンがとても不規則な形
で柔軟に折り畳まれていることを発見しました。今後、この知見を、遺伝子発現、発生分化、エピジェネティックスなど、幅広い研究につなげていきます。1分子イメージング、超解像顕微鏡イメージング、X 線散乱解析、シミュレーション、さらには新しいクロマチン精製法などを組み合わせて、ユニークな研究を目指しています。

Our research interest is to know how a long string of genomic DNA is three-dimensionally organized in the cell, andhow the genome is read out for cellular proliferation, differentiation and development. For this purpose, we are using aunique combination of molecular cell biology and biophysics,
such as single molecule imaging, superresolution imaging,
X-ray scattering and computational simulation.

Selected Publications
Maeshima K, Hibino K, Hudson DF. Condensins under the microscope. J Cell
Biol. 2018 Jul 2;217(7):2229-2231.
Maeshima K, Matsuda T, Shindo Y, Imamura H, Tamura S, Imai R, Kawakami S,
Nagashima R, Soga T, Noji H, Oka K, Nagai T. A Transient Rise in Free Mg(2+)
Ions Released from ATP-Mg Hydrolysis Contributes to Mitotic Chromosome
Condensation. Curr Biol. 2018 Feb 5;28(3):444-451.e6.

Genome Dynamics Laboratory

Maeshima Group

MAESHIMA, Kazuhiro
Professor

前島一博

56

教授

研究活動／ Research Activities

前島研究室

井手

聖

助教

HIBINO, Kayo
Assistant Professor

日比野佳代

Nozaki T, Imai R, Tanbo M, Nagashima R, Tamura S, Tani T, Joti Y, Tomita M,
Hibino K, Kanemaki MT, Wendt KS, Okada Y, Nagai T, Maeshima K. Dynamic
Organization of Chromatin Domains Revealed by Super-Resolution Live-Cell
Imaging. Mol Cell. 2017 Jul 20;67(2):282-293.e7.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/maeshima/

ゲノムダイナミクス研究室

IDE, Satoru
Assistant Professor

Imai R, Nozaki T, Tani T, Kaizu K, Hibino K, Ide S, Tamura S, Takahashi K, Shribak
M, Maeshima K. Density imaging of heterochromatin in live cells using orientationindependent-DIC microscopy. Mol Biol Cell. 2017 Nov 7;28(23):3349-3359.

助教

遺伝メカニズム研究系

Department of Chromosome Science

The mechanisms of transposon regulation in Drosophila
ショウジョウバエにおけるトランスポゾン制御のメカニズム（A）piRNA によるショウジョウバエ転移因子制御機構の概要 （B）卵巣性体細胞とVasa 遺伝子を発現する生殖細胞（赤）におけるPiwi（緑）の発現 （C）ナショナルバイオリソースプロジェクトの一貫として管理、供給しているハエ系統群
(A) Schematic representation of piRNA-mediated TE silencing system in Drosophila. (B) Piwi (Green) is expressed in ovarian somatic
cells and Vasa-positve (Red) germ cells. (C) Fly strains we are maintaining and providing under the National Bioresource Project.

真核生物ゲノムの膨大な領域を占める転移因子（トランスポゾン）
は、ゲノム進化に重要な役割を果たしてきました。しかし、どのようにして転移因子が転移因子として識別され、制御されているかは不明です。私たちの研究室ではモデル動物ショウジョウバエを用いてこの問題を分子レベルで解き明かします。特に、piRNA 経路、クロマチン制御、生殖細胞の発生過程を主な研究対象とし、分子生物学、情報科学、更に私たちが管理する強力な遺伝子資源（NIG-Fly）を活用した遺伝学を駆使することで転移因子の制御機構に迫る予定です。

Transposable elements (TEs) occupy a large proportionof many eukaryotic genomes and play beneficial effects forthe evolution of organisms. However, we do not have a clear
understanding of how individual TEs are recognized and regulated in cells. Our laboratory is interested in molecularmechanisms on epigenetic regulations of TEs in Drosophila.
To understand them, we are engaged in studying the piRNA
pathways, chromatin regulation and germ line developmentusing biochemical and high-throughput technologies, andgenetic tools which are managed and distributed by genetic
resources project (NIG-Fly).

Selected Publications
Kondo S, Vedanayagam J, Mohammed J, Eizadshenass S, Kan L, Pang N,
Aradhya R, Siepel A, Steinhauer J, Lai EC. New genes often acquire male-specificfunctions but rarely become essential in Drosophila. Genes Dev. 2017 Sep
15;31(18):1841-1846.

Ohtani H, Iwasaki YW, Shibuya A, Siomi H, Siomi MC, Saito K. DmGTSF1 isnecessary for Piwi-piRISC-mediated transcriptional transposon silencing in the
Drosophila ovary. Genes Dev. 2013 Aug 1;27(15):1656-61.

Iwasaki YW, Murano K, Ishizu H, Shibuya A, Iyoda Y, Siomi MC, Siomi H, Saito K.
Piwi Modulates Chromatin Accessibility by Regulating Multiple Factors Including
Histone H1 to Repress Transposons. Mol Cell. 2016 Aug 4;63(3):408-19.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/saito/

Invertebrate Genetics Laboratory 無脊椎動物遺伝研究室

Saito GroupSAITO, Kuniaki
Professor

齋藤都暁

教授

齋藤研究室

KONDO, Shu
Assistant Professor

MIYOSHI, Keita
Assistant Professor

助教

助教

近藤

周

三好啓太

研究活動／ Research Activities57

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Neural circuit mechanisms for visual processing and behavior in zebrafish
視覚情報処理と行動制御の神経回路メカニズム（A）受精後 5 日目のゼブラフィッシュ稚魚。矢印は運動視覚刺激の方向を示す。
（B）カルシウムイメージングによる神経活動の記録と定量的な解析を行うことで、視覚情報処理に関わる
脳領域の神経活動パターンを調べることができる（ここでは前視蓋（pretectum）を示す）。
（C）運動視覚情報を抽出し、適切な行動を生み出すための神経回路のモデル。
(A) A larval zebrafish at 5 days post fertilization. Arrows indicate visual motion stimuli presented to the zebrafish. (B) Calcium imaging and quantitative analysis reveal the activity pattern ofmultiple neuron types in a brain region (e.g. pretectum) involved in the visual processing. (C) Predicted wiring diagram of the whole-field motion processing circuit in the pretectum.

多くの動物は、外界の視覚情報にもとづいて目的に応じた行動を生み出します。私たちの研究室では、ゼブラフィッシュをモデルとし、動物が視覚情報を読みとり適切な行動を生み出すための神経回路メカニズムを研究しています。ゼブラフィッシュの利点である
遺伝学的、光学的、行動学的アプローチ、さらに定量的データ解
析を組み合わせることによって、個々の神経細胞タイプとそれらが構成する神経ネットワークの役割を理解することを目指しています。

Animals generate a range of behaviors depending on visual information that they receive from their outside world.
Using zebrafish as a model, our lab studies the neural circuitmechanisms by which visual inputs produce goal-directedbehavioral outputs. In particular, we aim to understand theroles of genetically defined neuron types and their circuit
connectivity underlying the visually guided behaviors. The
approaches that our lab uses include behavioral, genetic andoptical techniques, as well as quantitative data analyses.

Selected Publications
Förster D, Kramer A, Baier H, Kubo F. Optogenetic precision toolkit to reveal
form, function and connectivity of single neurons. Methods. 2018 Nov 1;150:42-48.
Förster D, Arnold-Ammer I, Laurell E, Barker AJ, Fernandes AM, Finger-Baier K,
Filosa A, Helmbrecht TO, Kölsch Y, Kühn E, Robles E, Slanchev K, Thiele TR,
Baier H, Kubo F. Genetic targeting and anatomical registration of neuronal
populations in the zebrafish brain with a new set of BAC transgenic tools. Sci
Rep. 2017 Jul 12;7(1):5230.

Systems Neuroscience Laboratory システム神経科学研究室

Kubo Group

久保研究室

KUBO, Fumi
Associate Professor

久保

58

郁

准教授

研究活動／ Research Activities

Hoffman EJ, Turner KJ, Fernandez JM, Cifuentes D, Ghosh M, Ijaz S, Jain RA,
Kubo F, Bill BR, Baier H, Granato M, Barresi MJ, Wilson SW, Rihel J, State MW,
Giraldez AJ. Estrogens Suppress a Behavioral Phenotype in Zebrafish Mutants of
the Autism Risk Gene, CNTNAP2. Neuron. 2016 Feb 17;89(4):725-33.
Kubo F, Hablitzel B, Dal Maschio M, Driever W, Baier H, Arrenberg AB. Functionalarchitecture of an optic flow-responsive area that drives horizontal eye
movements in zebrafish. Neuron. 2014 Mar 19;81(6):1344-1359.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/kubo/

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Revealing molecular function of SMC complexes in chromosome structural control
B
(kDa)
250

loaderA

cohesin

SMC 複合体による染色体構造形成機構の解明

150
100
75
chromosome

50
a molecular model“sister chromatid cohesion”

37

C

D
loa der

circularlinear+ ATP
Retrieve
DNA-cohesin by IP

wash (high salt)
gel electrophoresis

Beads
Beads

circular

ゲノム情報を保持する染色体は、細胞の大きさに比べてはるかに長大な分子です。細胞は、これを核内に絡まることなく納め、遺伝子発現、複製、分配といった複雑でダイナミックな反応を同時に制御しています。巨大なリング状の SMC 複合体 (コヒーシン、コン
デンシン、SMC5/6 複合体 ) は染色体構造形成の中心となる制御因子であり、ゴムバンドのように DNA を束ねて働くと考えられています。私たちは、SMC 複合体を含む染色体構造の制御を行うタ
ンパク質を精製し、試験管内再構成することによって、その分子メカニズムを解明しようとしています。

Beads
Beads

linearcircularlinearinput boundcircular DNA + cohesin + loader

Ａ．コヒーシン（SMC1/3）複合体による姉妹染色体接着形成モデル。Ｂ．精製した分裂酵母コヒーシン、及びローダー複合体。Ｃ，Ｄ．コヒーシンのＤＮＡ結合反応の試験
管内再構成実験、及びアガロースゲル電気泳動による解析。

A. A molecular model how cohesin complex mediates
sister chromatid cohesion. B. Purified cohesin proteins. C,
D. Biochemical reconstitution of topological DNA loadingby the cohesin ring.

Controlling chromosome structure is essential not only
for faithful chromosome segregation but also for gene transcription and DNA replication and repair. Ring-shaped SMC
complexes (cohesin, condensin and SMC5/6) are central architects of the chromosome structure. These large complexes topologically entrap DNA strands to allow vitalchromosomal functions to be carried out. We have successfully purified the SMC1/3 complex and reconstituted its functional DNA binding reaction. Our aim is to investigate themolecular mechanisms by which SMC complexes regulate
the chromosome structure.

Selected Publications
Murayama Y. DNA entry, exit and second DNA capture by cohesin: insightsfrom biochemical experiments. Nucleus. 2018;9(1):492-502.

Murayama Y, Uhlmann F. DNA Entry into and Exit out of the Cohesin Ring by
an Interlocking Gate Mechanism. Cell. 2015 Dec 17;163(7):1628-40.

Murayama Y, Samora CP, Kurokawa Y, Iwasaki H, Uhlmann F. Establishment
of DNA-DNA Interactions by the Cohesin Ring. Cell. 2018 Jan 25;172(3):465477.e15.

Murayama Y, Uhlmann F. Biochemical reconstitution of topological DNA
binding by the cohesin ring. Nature. 2014 Jan 16;505(7483):367-71.

Chromosome Biochemistry Laboratory

Murayama Group

染色体生化学研究室

村山研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/murayama/

MURAYAMA, Yasuto
Associate Professor

村山泰斗

准教授

研究活動／ Research Activities

59

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Cellular mechanochemistry regulating eukaryotic chromosome dynamics
真核生物の染色体動態を制御する細胞のメカノケミストリー

研究室で行っているマイクロマニピュレーション実験を捉えた写真。A は染色体分配装置である紡錘体、B は遺伝情報の保持や複製を担う細胞核。硬さが較正された一対のガラスマイクロニードル（先端位置を白矢頭で示す）を使って制御された力に刺激を与えることで、これらの細胞装置がメカニカルな力に応答しながらいかにその構造と機能を維持し、遺伝情報の伝達や制御を行っているかを調べている。
Images show micromanipulation experiments performed in our laboratory for examining the mechanical properties of the spindle (A) and the cell nucleus (B). Using a pair offorce-calibrated microneedles (white arrowheads), we study how these structures respond to force while maintaining their structural and functional integrity, in order to ensure
the stable transmission and regulation of the genome in a cell.

細胞がメカニカルな力を発生し、またそれを感知して応答する
能力は、分裂や分化を初めとするさまざまな生命プロセスにとって必要不可欠です。私達の研究室では、レーザーピンセットやガラ
スファイバーを用いた力学操作技術、細胞生物学の分子摂動ツール、
高解像度の蛍光イメージング手法を組み合わせ、遺伝子動態制御の中核を担う紡錘体や細胞核がどのような物理化学特性を備えているかを調べています。それらのメカニクスと分子反応ケミスト
リーの関係を定量的に明らかにすることを通して、細胞が機械シグ
ナルに適切に応答するためにどのように構造化されているかを理解し、最終的にはその知識を使って細胞の挙動を任意に制御することを目指して研究しています。

The cell’s ability to generate, sense, and respond to mechanical force is crucial to many biological processes, including cell division and differentiation. Our laboratory takes amulti-disciplinary approach, integrating quantitative micromanipulation (e.g., optical tweezers, glass microfibers), biochemical perturbation, and high-resolution fluorescencemicroscopy (e.g., confocal and TIRF imaging) to characterize
physicochemical nature of the mitotic spindle and the cell
nucleus. Through quantitative analyses of their micromechanics and molecular biochemistry, we aim to understandthe principles of how cells are structured to respond to defined mechanical cues and aim ultimately to use the knowledge to control complex cellular behavior.

Selected Publications
Takagi J, Shimamoto Y. High-quality frozen extracts of Xenopus laevis eggs reveal
size-dependent control of metaphase spindle micromechanics. Mol Biol Cell.
2017 Aug 1;28(16):2170-2177.

Shimamoto Y, Maeda YT, Ishiwata S, Libchaber AJ, Kapoor TM. Insights into themicromechanical properties of the metaphase spindle. Cell. 2011 Jun
24;145(7):1062-74.

Shimamoto Y, Tamura S, Masumoto H, Maeshima K. Nucleosome-nucleosome
interactions via histone tails and linker DNA regulate nuclear rigidity. Mol Biol Cell.
2017 Jun 1;28(11):1580-1589.

Shimamoto Y, Forth S, Kapoor TM. Measuring Pushing and Braking Forces
Generated by Ensembles of Kinesin-5 Crosslinking Two Microtubules. Dev Cell.
2015 Sep 28;34(6):669-81.

Quantitative Mechanobiology Laboratory 定量メカノバイオロジー研究室

Shimamoto Group 島本研究室

SHIMAMOTO, Yuta
Associate Professor

島本勇太

60

准教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shimamoto/International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー ／ Visiting Professor

客員教授

Early mammalian development
哺乳類の初期発生
我々は、初期胚で見られる最も初期の細胞分化系譜を、in vivo イメージングや細胞操作技術等、いろいろな分子遺伝学的手法を用いて解析している。特に、International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

https://lab.research.sickkids.ca/rossant/マウスとヒトの初期胚の比較解析により、細胞に多能性を寄与する機構に関する

ROSSANT, Janet

洞察が得られると期待している。

Senior Scientist, Hospital for Sick Children,
University Professor, University of Torontoロサント，ジャネット

We use molecular genetic technologies, in vivo imaging and experimental cell manipulation to study blastocyst cell lineages and their derived
stem cells. Mouse/human comparisons will provide new insights into theorigins of pluripotency.

国際戦略アドバイザー（トロント大学教授）

Genetics and genomics of adaptation and speciation
適応と種分化の遺伝ゲノム機構
適応進化と種分化の遺伝基盤とゲノム基盤、行動進化の遺伝基盤と神経基盤、および、性染色体の進化を明らかにする。
My current research is focused on the genetic and genomic basis ofadaptation and speciation, the genetic and neural basis of behavioral evolution, and the evolution of sex chromosomes.

International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー

http://www.ee.iee.unibe.ch/

PEICHEL, Katie

Professor and Head of Division, Evolutionary Ecology, Instituteof Ecology and Evolution, University of Bernパイケル，ケイティー

国際戦略アドバイザー（ベルン大学進化生態学研究所・教授／進化生態学部門長）

研究活動／ Research Activities

61International Strategic Advisor

国際戦略アドバイザー ／ Visiting Professor 客員教授

Population genetics theory and its application to genomic data
集団遺伝学理論とゲノムデータへのその応用
集団、個体、細胞というさまざまな段階における進化パターンを理解するための、DNA 配列変異解析の集団・進化遺伝学理論と統計手法の開発。

Development of population/evolutionary genetics theory and statistical methods for analyzing DNA sequence variation at various levels, including between populations, individuals and cells within an individual forunderstanding underlying evolutionary forces.

Department of Genomics and Evolutionary Biology ゲノム・進化研究系

https://gsbs.uth.edu/faculty/faculty-directory/
faculty-profiles.htm?id=1346199

FU, Yun-Xin

Visiting Professor(Professor, School of Public Health, University of Texas Health
Science Center at Houston)

フー，ユンシン

客員教授（テキサス大学ヒューストン健康科学センター公衆衛生学部教授）

Critical periods of brain development
脳発達における臨界期
私たちは、子ども期の経験が脳機能を形作る仕組みを解明してきました：特定のGABA 回路が「臨界期」を引きおこし、その後大脳皮質の可塑性を制限します。こうした基本原理のヒトの革新的治療戦略や新たなAIへの応用に精力的に取り組んでいます。
We have revealed how early life experience shapes brain function:
specific GABA circuits trigger these “critical periods” then later limit cortical plasticity. We actively translate these basic principles into innovative
therapeutic strategies for humans and novel AI.

Department of Gene Function and Phenomics

遺伝形質研究系

https://henschlab.mcb.harvard.edu/

HENSCH, Takao K

Visiting Professor(Professor, Center for Brain Science, Harvard University)

ヘンシュ，タカオ K

客員教授（ハーバード大学脳科学センター教授）

Epigenetics and chromatin
エピジェネティックスとクロマチン
クロマチン構造とエピジェネティックな情報継承機構との関係の解明を目指します。ゲノム解析・計算解析ツールを開発することで、転写と複製におけるクロマ

チンダイナミクスや多様なセントロメアを作るクロマチン基盤を明らかにします。
To better understand the relationship between chromatin conformation and epigenetic inheritance, we have developed genomic and computational tools to elucidate chromatin dynamics during transcription andreplication, and the chromatin basis for centromere diversity.

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

https://research.fhcrc.org/henikoff/en.html

HENIKOFF, Steven

Visiting Professor(Member, Fred Hutchinson Cancer Research Center)

ヘニコフ，スティーブン

客員教授（フレッドハッチンソンがん研究センターメンバー）

Spatial control of bacterial cell division processes by reaction-diffusion mechanisms
反応拡散メカニズムによるバクテリア細胞分裂過程の空間的制御
多くの生物システムの空間的制御にはチューリングの反応拡散に基づく原理が関与していると考えられています。私たちは、この種の制御メカニズムの例として、
バクテリアの染色体分配と細胞の分裂位置について研究しています。


Spatial control of many biological systems is considered to involve
mechanisms based on Turing-style reaction-diffusion principles. We study
bacterial chromosome partition and cell division position control systems
as examples of this type of bio-control mechanisms.

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

https://irp.nih.gov/pi/kiyoshi-mizuuchi/

MIZUUCHI, Kiyoshi

Visiting Professor(Distinguished Investigator, NIDDKD, NIH)

水内

清

客員教授
（米国立保健研究所卓越研究者）

Chromatin dynamics and evolution
クロマチン動態と進化
私たちは、生化学、分子、および系統学的なアプローチを組み合わせることで、

ヒストンバリアントの役割や、クロマチンの機能ドメイン形成におけるその動態を調べています。


We combine biochemical, molecular and phylogenetic approaches tostudy the role of histone variants and their dynamics in shaping functional
chromatin domains.

62

研究活動／ Research Activities

Department of Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系

https://www.gmi.oeaw.ac.at/research-groups/frederic-berger/

BERGER, Frederic

Visiting Professor(Senior group leader, Gregor Mendel Institute)

べルシェ，フレデリック

客員教授（グレゴール・メンデル研究所シニアグループリーダー）

NIG INNOVATION

産学連携・知的財産室

Share our research findings with society through the technology transfer
研究成果の社会還元、イノベーション創出を目指した産学連携活動（2018 年度実績）
知的財産Intellectual Property

件数
QUANTITY

特許出願

Patent application

7件

特許登録

Patent registration

3件

ライセンス､有償MTA契約

License agreement

MTA Material Transfer Agreement

研究所から生まれた研究成果を活用し、社会に還元、新しいイ
ノベーション創出を目指すことで、基礎研究の進歩に貢献することが我々の使命です。戦略的な知的財産の発掘、保護、活用を図る
と共に、共同、受託研究、技術移転等の積極的な産学連携活動、
地域、社会連携活動を推進して、研究所の「知」を社会につなげてまいります。
また、名古屋議定書に対応した遺伝資源の取扱いに関する相談窓口として、大学・研究機関への啓発、体制構築支援活動（出張セミナー、講習会、情報発信、国際ワークショップ、意見交換会等）を行なっています。

20件
972件

Aiming at sharing our research findings with society andcreating new innovation, we are vigorously promoting active
collaboration with industries through joint research and technology transfer.
We are committed to managing our intellectual property
derived from research by patenting, maintaining, and licensing in a strategic and efficient way.
We also play an active role as ABS Support Team for
Academia to support researchers at universities and research
institutions to obtain genetic resources from overseas andutilize them smoothly in accordance with the CBD provisions
and the regulations of each country.

Selected Publications
鈴木睦昭．海外遺伝資源の大学における利用状況と、名古屋議定書国内措置開始に関しての議題．環境情報科学．2018 47 巻 [pp.35]

鈴木睦昭．名古屋議定書国内発効、国内措置（ABS 指針）開始薬学分野における対応は？ ファルマシア．2017 Vol.53 No.10

鈴木睦昭．我が国の国内措置の概要と学術分野の必要な取り組みについて．海外
遺伝資源利用研究の課題および円滑な推進に必要な取り組みについて．2018 23
巻 9 号 p. 9_60-9_64

鈴木睦昭．
「研究成果有体物と遺伝資源に関する円滑な流通に向けて―課題分析と今後の課題解決の展望―」．知的財産イノベーション研究の諸相．2014 p114125．コンテンツシティー出版

NIG INNOVATION

産学連携・知的財産室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/suzukim/

SUZUKI, Mutsuaki
Director

鈴木睦昭

室長

研究活動／ Research Activities

63

Office for Research Development リサーチ・アドミニストレーター室

Strengthening of research activity, IR (Institutional Research), and Public relations
研究力強化、IR（Institutional Research）、広報「研究に携わる人材が、その能力を最大限に発揮し、さらに能力を伸ばすために」
私達は、この言葉をモットーに 3 つのミッション（研究力強化、IR、広報）を推進しています。研究力強化策として、論文発表やプ
レゼンについての議論や助言、研究費申請の支援、遺伝研メソッ
ドの啓蒙活動、ワークショップ企画や異分野交流の仲介、国際連携活動などを通じ、研究者が新しいアイデアに挑戦するための手
助けをします。IR では、研究活動に関する様々な定量 / 定性データを収集・分析します。これらの活動で得た情報は、広報活動に展開しています。私たちの活動が遺伝研の優れた研究環境や活発な研究交流と相乗効果を及ぼして、研究者コミュニティーの研究力が向上することを目指しています。

“To maximize and further develop the potentials of those
involved in research”
With this motto, Office for Research Development (ORD)
promotes three missions: Strengthening of research activity,
IR, and Public relations. Our activities include organizing
workshops, mediating collaborative research, discussion andadvice on manuscripts and scientific presentations, dissemination of NIG Method, grant-application support, and arrangements of international cooperation. Data collection andanalysis of research activities of NIG contributes to continuous improvement of the institute as well as public relations.
Synergizing with the superb research environment and theinteractive atmosphere of NIG, we aim to play an instrumental role in strengthening of research activity of the scientificcommunity.

Writings and Talks
来栖光彦，礒野靖子，岡本基，小川洋子，笹山浩二，蓮池岳司，横尾成子．⼤学への貢献を可視化：共同利⽤・共同研究の改善に向けた取り組み．RA 協議会 第 3回年次大会 (2017.8.29-30)．
広海健．研究発表の新機軸：「遺伝研メソッド」による研究力強化とグローバル化支援．
総研大全学的英語教育事業セミナー (2017.12.26)．

Office for Research Development
リサーチ・アドミニストレーター室

KURUSU, MitsuhikoDirector

SEINO, Hiroaki
Assistant Professor

室長

助教

来栖光彦

64

研究活動／ Research Activities

清野浩明

来栖光彦．IR・研究力評価について：大学共同利用機関の貢献度を可視化．RA 協
議会 第２回年次大会 (2016.9.1-2)．
平田たつみ，タジ・ゴルマン，広海健．
「遺伝研メソッドで学ぶ科学英語プレゼンテー
ション―感じる力、考える力、討論する力を育てる」2016 dZERO．

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/ord/男女共同参画推進室

Office for Gender Equality

Office for Gender Equality
男女共同参画推進室

多目的保育室Multi-purpose nursery room

一時保育の様子
A snapshot from In-house temporary childcare

科学プレゼンテーション講習会
Training seminar for scientific presentation2017 年、遺伝研に男女共同参画推進室が設立されました。女性研究者活動支援室を前身として、遺伝研のニーズや地域性に合わせ、以下のような支援活動を展開しています。
⃝多目的保育室の運営⃝一時保育の提供⃝研究支援者の配置による育児介護支援⃝近郊の保育情報の提供⃝研究力強化のためのセミナー提供

The Office for Gender Equality was established at NIG in2017. It was renamed from the Office for Female Researcher
Support, since we wish to provide appropriate support to theneeds of NIG people in all categories. Currently we can offer;⃝ A multi-purpose nursery room
⃝ In-house temporary childcare⃝ programs to allocate a lab assistant for childcare assistance⃝ local information about family care⃝ seminars for research development

詳しくは遺伝研男女共同参画推進室ホームページ（https://sites.google.com/site/nigdanjo/home/）をご覧ください。遺伝研における男女共同参画の歴史や推進室の活動の軌跡も掲載しています。
男女共同参画推進室では、様々な立場で働くみなさんが安心して能力を発揮できる環境整備を目指しています。 ご意見、ご要望、
ご相談は、お気軽に danjo-nig@nig.ac.jpまでおよせください。

Please visit our homepage for more detail.
https://sites.google.com/site/nigdanjo/home/ (Japanese)
https://www.nig.ac.jp/offices/danjo/en/index.html (English)
The office aims to ensure a comfortable work environment where people can deliver their full potential regardlessof sex, age, job category or other personal matters. If you
have any problems or requests, please feel free to contact us
at danjo-nig@nig.ac.jp.

https://sites.google.com/site/nigdanjo/home/

Office for Gender Equality男女共同参画推進室

HIRATA, Tatsumi
Director

平田たつみ

YASUIKE, Yuki
Staff

室長（兼） 安池友紀

YAMATANI, Noriko
Staff

室員（兼）

山谷宣子

室員（兼）

TAKIDA, Masatoshi
Staff

滝田昌稔

室員（兼）

研究活動／ Research Activities

65Support Center

支援センターRadioisotope Unit
放射線・アイソトープ支援ユニット

放射線とアイソトープの管理に用いる台帳と放射線測定器。
Survey meters and files used for the administration of radiation and radioisotopes.

放射線は、生体に及ぼす影響を研究する対象であり、また様々な生命研究において標識として使われます。放射線・アイソトープ
支援ユニットは、放射線の管理に携わり、アイソトープを活用する研究をサポートします。
線虫 Caenorhabditis elegans には、遺伝子配列より遺伝子機
能を探る逆遺伝学に必須である、遺伝子発現細胞の検出や遺伝
子改変体の作製を容易に実施できる利点があります。遺伝子制御システムの解明を目指し、遺伝子発現の転写後調節因子であるマイクロRNA を対象に、機能解析に役立つ新規方法の開発、発現調節を受ける標的遺伝子の特定、その調節がもたらす生理機能の解析を進めています。

Radiation is a subject of research to investigate effects
on living organisms, and is used for labels in various fields oflife science. The Radioisotope Unit is responsible for the administration of radiation, and provides support for studies
that take advantage of radioisotopes.
In Caenorhabditis elegans, sophisticated methods areavailable to determine gene expression patterns and to generate genetically modified strains, which are indispensable
for reverse genetic analysis. Aiming at the elucidation of gene
regulatory system, we study microRNAs, which serve as
post-transcriptional regulators of gene expression. Our approaches are to develop novel methods for functional analysis, to identify target genes, and to unravel the physiologicalroles of microRNAs.

Selected Publications
Andachi Y, Kohara Y. MicroRNA Detection by Whole-Mount In Situ Hybridizationin C. elegans. Methods Mol Biol. 2018;1680:75-86.
Andachi Y, Kohara Y. A whole-mount in situ hybridization method for microRNAdetection in Caenorhabditis elegans. RNA. 2016 Jul;22(7):1099-106.

Radioisotope Unit

放射線・アイソトープ支援ユニット

ANDACHI, Yoshiki
Assistant Professor

安達佳樹

66

助教

研究活動／ Research Activities

Hamashima K, Mori M, Andachi Y, Tomita M, Kohara Y, Kanai A. Analysis ofgenetic code ambiguity arising from nematode-specific misacylated tRNAs. PLoS
One. 2015 Jan 20;10(1):e0116981.
Andachi Y. A novel biochemical method to identify target genes of individual
microRNAs: identification of a new Caenorhabditis elegans let-7 target. RNA.
2008 Nov;14(11):2440-51.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/andachi/

Support Center

支援センター

Unit for Experimental Animal Care
動物飼育実験施設
動物飼育実験棟は、マウス・ラットなどの実験動物を用いて先端的な研究が行えるように設置された、遺伝研の主要な飼養保管施設です。同施設では、所内におけるマウス・ラットの飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献しています。研究所内及び所外の研究者に向けて、野生マウス系統などの遺伝研独自の貴重なリソースを用いた研究の支援も行っています。

The Animal Research Building is a major animal facility which
was set up for advanced research using experimental animals
such as mouse and rat. The facility supports breeding and experiments of mouse and rat, and contributes to the promotion of research and education. We also support research using valuable
resources such as wild mouse strains for researchers inside andoutside the institute.

Unit for Experimental Animal Care

動物飼育実験施設

KOIDE, Tsuyoshi
Head

小出

剛

施設長（兼）TAKANAMI, Keiko
Assistant Professor

高浪景子

助教（兼）



動物飼育実験施設の様子

建物（左）と飼育室内

The Animal Research Building (left) and animal room (right)

研究活動／ Research Activities

67

Database Center for Life Science ライフサイエンス統合データベースセンター

Database Center for Life Science (DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター

公共データベース（SRA［NCBI］，ENA［EBI］，DRA［DDBJ］）に登録された「次世代シーケンサ」データについて、さまざまな統計情報からデータの検索やダウンロードができる目次サイトDBCLS SRA（http://sra.dbcls.jp/）

DBCLS SRA (http://sra.dbcls.jp/) is a highly organized index website of huge quantities of next-generation sequencing data available at public databases (SRA [NCBI], ENA [EBI],DRA [DDBJ]). Users can download NGS data after browsing comparing and selecting them in various aspects.

ライフサイエンス分野では、世界中で数千をこえる多様なデータベース（DB）が公開されており、その活用が研究の進展に不可欠になっています。
しかし、「必要な DB が見つからない」「使い方がわからない」「データを組み合わせた高度な解析ができない」など、DB の効率的な利用のための環境整備は充分ではありません。本センターは DB 統合化の中核組織として2007 年に機構直轄のセンターとして設置され、以来、DB の統合

化と保全に努め、利用者の利便性を高める情報技術の研究開発やサービスの開発、DB の国際標準化を行ってきました。本センターはまだ専用の施設がなく、2014 年度に柏の東京大学施設に移転しましたが、同時に一部を遺伝研内に移しました。ビッグデータの有効活用の点から
DDBJ センター等とのシナジーを発揮したいと考えています。

In life science, thousands of database(DB)s are publicly available worldwide, and become indispensable. However, many comments from users complaining the hard-to-use DBs suggest thatthese DBs and the surrounding environment are not sufficiently
refined. DBCLS was established in ROIS in 2007 as a core organization of DB integration, and has been aiming to solve these issues through R&D for DB reusability, international DB standardization and various training programs. In 2014, while the main labof DBCLS moved to Kashiwa, some members moved to NIG as
the Mishima lab. It is highly expected to maximize the synergy
with DDBJ in effective use of Big Data.

Selected Publications
Bono H. Meta-analysis of hypoxic transcriptomes from public databases. bioRxiv.
2018 DOI: 10.1101/267310
Ono H, Ogasawara O, Okubo K, Bono H. RefEx, a reference gene expression
dataset as a web tool for the functional analysis of genes. Sci Data. 2017 Aug
29;4:170105.

Database Center for Life Science (DBCLS)

 イフサイエンス統合データベースセンターラ
Members at NIG

遺伝研で研究しているメンバー

BONO, Hidemasa Project Associate Professor

ONO, Hiromasa Project Assistant Professor

NAITO, Yuki Project Assistant Professor

NAKAZATO, Takeru Project Assistant Professor

坊農秀雅 特任准教授
内藤雄樹 特任助教

小野浩雅
仲里猛留

特任助教
特任助教

OHTA, Tazro Researcher

大田達郎 研究員

左から、小野、坊農、仲里、内藤、大田Ono, Bono, Nakazato, Naito, Ohta (from left)

68

研究活動／ Research Activities

Ohta T, Nakazato T, Bono H. Calculating the quality of public high-throughput
sequencing data to obtain a suitable subset for reanalysis from the Sequence
Read Archive. Gigascience. 2017 Jun 1;6(6):1-8.
Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K. CRISPRdirect: software for designing CRISPR/
Cas guide RNA with reduced off-target sites. Bioinformatics. 2015 Apr
1;31(7):1120-3.

https://dbcls.rois.ac.jp/

Center for Genome Informatics (CGI) ゲノムデータ解析支援センター

Center for Genome Informatics (CGI)
ゲノムデータ解析支援センター

シーラカンスのゲノムブラウザー。シーラカンス
ゲノム上に注釈付けされた遺伝子や SNV などの情報の検索と閲覧が行える。BLAST/BLATを用いた相同性検索にも対応しており、アライ
メントの結果を他のアノテーション情報と共に視覚的に確認することができる。

Coelacanth Genome Browser. Information
about the annotated genes and SNVs on the
coelacanth genome can be searched andbrowsed. Homology search using BLAST/BLAT is also available, and the results arevisually displayed on the genome browser withother annotations.

次世代シーケンシング（NGS）技術の発展によってDNAシーケンサーのスループットは飛躍的に向上し、様々な研究分野で塩基配列レベルの研究解析が行われるようになってきました。いまやモデル生物だけではなく、あらゆる生物種を対象に、新規ゲノムシーケンスやリシーケンス（変異解析）、トランスクリプトーム解析、メタゲノム解析といった多様な配列解析が行われています。これらの配列データを効率的に解析し、目的に応じた結果を正しく得るためには、生物学の知識に加えてバイオインフォ

マティクスの知識と技術が不可欠です。本センターは、最先端の解析技術を用いたデータ解析支援事業を中心に、大量のゲノムデータを迅速かつ高精度に解析する新規技術の開発や、そのための人材育成といった活動を通して、ゲノム科学の推進に貢献します。

Next generation sequencing (NGS) technologies have dramatically increased the throughput of DNA sequencing, and is
now widely applied to various areas of life science research. Not
only model organisms but all sorts of species are studied basedon their nucleotide sequences through de novo sequencing/resequencing of genome, transcriptome analysis, and metagenome
analysis. In order to analyze NGS data and to obtain proper results, special knowledge and skills of bioinformatics are requiredin addition to knowledge of biology. CGI is engaged in the promotion of genome sciences by providing sophisticated technical support to researchers analyzing genomic data, and by developing
novel bioinformatics tools and human resources.

Selected Publications
Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H,
Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A. Direct estimation of de novo mutation rates ina chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing. Sci
Rep. 2017 Nov 1;7(1):13561.
Maeda J, Kato D, Arima K, Ito Y, Toyoda A, Noguchi H. The complete
mitogenome and phylogenetic analysis of Japanese firefly ‘Genji Botaru’ Luciola
cruciata (Coleoptera: Lampyridae). Mitochondrial DNA B. 2017 2(2), 522-523.

https://genome-info.nig.ac.jp/

Center for Genome Informatics (CGI)ゲノムデータ解析支援センター
Members at NIG

遺伝研で研究しているメンバー

NOGUCHI, Hideki Head

FUKUTA, Kentaro Postdoc

KONDO, Shinji Project Associate Professor

TERAUCHI, Makoto Postdoc

野口英樹 センター長
近藤伸二

特任准教授

Hoshino A, Jayakumar V, Nitasaka E, Toyoda A, Noguchi H, Itoh T, Shin-I T,
Minakuchi Y, Koda Y, Nagano AJ, Yasugi M, Honjo MN, Kudoh H, Seki M, Kamiya
A, Shiraki T, Carninci P, Asamizu E, Nishide H, Tanaka S, Park KI, Morita Y,
Yokoyama K, Uchiyama I, Tanaka Y, Tabata S, Shinozaki K, Hayashizaki Y, Kohara
Y, Suzuki Y, Sugano S, Fujiyama A, Iida S, Sakakibara Y. Genome sequence andanalysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nat Commun. 2016 Nov 8;7:13295.

福多賢太郎 博士研究員
寺内

真 博士研究員

MIYAZAWA, Hideyuki Postdoc

宮澤秀幸 博士研究員

研究活動／ Research Activities

69

Intellectual Infrastructure and Collaborative Research
共同利用・共同研究

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Bioinformation and DDBJ Center
生命情報・DDBJセンター
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は 1987 年に設立されました。生命科学研究をサポートするため、米国の NCBI および欧州の EBIと協力して、世界の公共財『国際塩基配列データベース・
コラボレーション（INSDC）』を維持しています。また日・米・欧の特許庁と協力し、特許由来の DNA 配列及びアミノ酸配列も公開しています。韓国生物情報センター（KOBIC）とも協力し、韓国特許庁のデータも公開しています。
2009 年からは、次世代シークエンサ出力データを収集する
Sequence Read Archive、研究プロジェクトとデータを関連づけ
るBioProject、生物試料の情報を管理するBioSampleも日・米・欧で協力して運営しています（下図 A）。2013 年には、科学技術振興機構（JST）バイオサイエンスデータベースセンターと、日本
人ゲノムのデータベース（JGA）の運用を開始しました。時代の要請に応じて、今後も生命科学研究の基盤となるデータベースを提供していきます。
DDBJ へ登録する研究者は国内が殆どで、アジア諸国や中近東の研究者も少し含みます。登録件数では全 INSD の 10% 強を占めています（下図B）。またDDBJへのインターネットアクセス統計は、ドメイン名で実施しています。.com および .net が 5 割（企業アドレス）、.jp が 2 割（日本）、.gov アドレスが 1 割弱（米国政府）、そして残りの殆どが匿名または不明アドレスです。
センターでは国内研究者向けにスーパーコンピュータ（スパコン）の無償貸出もおこなっています。毎年 600 名以上の登録者がスパコンを利用した生命科学研究を実施しています。
DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Homepage
https://www.ddbj.nig.ac.jp/

The DNA Data Bank of Japan (DDBJ) was established in
1987. It collaborates with the NCBI in the United States andwith ENA/EBI in Europe, and maintains the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) to provide a worldwide public asset for life sciences. Data on
patent-related DNA and amino acid sequences are available
through the cooperation of INSDC and patent offices in Japan, the United States, and Europe. We also cooperate with
the Korean Bioinformation Center (KOBIC) to publish datafrom Korean patent offices.
Since 2009, the three parties (DDBJ, NCBI, and ENA)
have cooperated to maintain the Sequence Read Archive fornext-generation sequence data, BioProject for research projects, and BioSample for biological sources, materials andsamples (Figure A). In 2013, DDBJ started the Japanese
Genotype-phenotype Archive (JGA) in collaboration with the
National Bioscience Database Center of the Japan Scienceand Technology Agency (JST). We will continue to provide
fundamental databases for life sciences.
Data submission to DDBJ is mainly from Japan; somecome from other Asian and Middle-eastern countries. The
number of submissions from these sources represents a little
over 10% of all INSD submissions (Figure B). Internet accessto DDBJ is obtained via domain names, e.g. 50% from ‘.com’and ‘.net’ (from companies), 20% from ‘.jp’ (from Japan),and 7% from ‘.gov’ (from the US government). The remaining accesses are from anonymous sources or unknown addresses.
Our supercomputer platform is free for Japanese investigators. Each year, more than 600 registered users conduct
life science research on our supercomputer system.

NIG Supercomputer
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/

Bioinformation and DDBJ Center生命情報・DDBJセンター

A

DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

ARITA, Masanori
Head, Bioinformation and DDBJ Center

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

小笠原

The Number of Bases by Contributors to DDBJ Release

300
250

NAKAMURA, Yasukazu
Division Head, Database Division

150

中村保一

100

データベース部門長（兼）Rel.107 (2016.12)

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchRel.111 (2017.12)

Rel.99 (2014.12)

Rel.103 (2015.12)

Rel.95 (2013.12)

Rel.91 (2012.12)

Rel.88 (2011.12)

Rel.84 (2010.12)

Rel.80 (2009.12)

Rel.76 (2008.12)

Rel.72 (2007.12)

Rel.68 (2006.12)

Rel.64 (2005.12)

Rel.60 (2004.12)

Rel.56 (2003.12)

Rel.52 (2002.12)

Rel.48 (2002.01)

Rel.44 (2001.01)

50
0

理

システム管理部門長

GenBank incl USPTO
EMBL incl EPO
DDBJ incl JPO and KIPO

200

Rel.40 (2000.01)

Number of bases (billion )EMBL¯EBI

OGASAWARA, Osamu
Division Head, High Performance Computing Division

B

72

有田正規

センター長（兼）NAKAMURA, Haruki

SAKURAI, Nozomu

SHIMIZU, Atsushi

KAWASHIMA, Takeshi

中村春木 （阪大名誉教授）
清水厚志 （岩手医科大）
OKUBO, Kousaku

大久保公策 （兼）

櫻井

望 （兼）

川島武士 （兼）TANIZAWA, Yasuhiro

谷澤靖洋 （兼）NIG Supercomputer System
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

遺伝研は、国際塩基配列データベース（INSD）の構築および全国の研究者に計算機資源を提供するため、スーパーコンピュータ
システム（遺伝研スパコン）を運用しています。
遺伝研スパコンは生命科学研究に特化した解析環境や充実した
公共データの提供が特徴です。2018年に導入した大規模ストレー
ジと、2019 年に導入する計算機システムにより、遺伝研 JGA が提供するヒト全ゲノムデータのような、大規模情報を解析できる環
境を整えています（下表参照）。国内の研究者からユーザ登録を随時受け付けており、ディスク容量が 30TB 以下ならば無料で利用いただけます。大規模ユーザにはディスク容量に基づく課金の他、計算ノードを有償で専有するオプションも用意されています。毎年
全国 130 以上の機関から平均して 600 人のユーザが利用しています。詳細は遺伝研スパコンホームページ（https://sc.ddbj.nig.
ac.jp/）をご参照ください。

National Institute of Genetics (NIG) operates a supercomputer system to develop the International Nucleotide Sequence Database (INSD) and to provide computational
resources to domestic researchers.
The key features of the NIG Supercomputer System are
the analysis environment specialized to life science researchand the comprehensiveness of public data. In 2018 we introduced a large-scale storage system and in 2019 we introduce a new computer system to analyze massive-scale datasuch as full human genomes that our JGA repository provides (See table below). Domestic researchers can request
for a user account throughout the year, and the cost is free
for users of less than 30 TB disk usage. Large-scale users
exceeding this threshold must pay a prorated volume fee,and other options to rent computation nodes are available
for a fee. Every year, average 600 users from 130 institutions
register to our computing environment. For details, please
visit our website (https://sc.ddbj.nig.ac.jp/).

2012 年導入スパコン

2019 年導入スパコン(2012 年導入分は撤去）

2020 年スパコン増強

計算機システム

計算機システム 554 台

計算機システム 204 台
AMD EPYC 512GB×136
Intel Xeon Gold 384GB×68

計算機システム約 80 台

特殊用途の計算機

10TBメモリ計算機 ×1
2TBメモリ計算機 ×10

12TBメモリ計算機 ×1
3TBメモリ計算機 ×10( いずれも Intel Xeon Gold)

該当なし

計算用高速ストレージ

7PB

2019 年導入分
2018 年導入分

該当なし

データベース用ストレージ

5.6PB

ディスク 15PB
テープ 15PB

該当なし

ノード間相互結合網

InfiniBand
4×QDR (40Gbps),
4×FDR (56Gbps)

InfiniBand
4×EDR (100Gbps)

該当なし

10PB
3.8PB

導入計算機システム概要 Computing system installed

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research73Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Advanced Genomics Center
先端ゲノミクス推進センター
国立遺伝学研究所は、学術コミュニティからの大規模ゲノム解析の要望に応え、国内唯一のアカデミアDNAシーケンシングセンターを運用してきました。この間、メダカゲノム、ホヤゲノム、原始紅藻
ゲノムの構造決定や、各種生物を対象とした cDNA 解析など多くの成果を挙げています。

2011 年 10 月に設立された先端ゲノミクス推進センターは、学術界および産業界からの高度なゲノム解読の要請に対し、最新のゲノム解析技術を基盤とした先端的ゲノム科学研究の共同利用・共同研究拠点として活動を進め、ゲノム科学の普及に努めています。
また、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設のゲノムデータ解析支援センターと密接に連携し、ゲノム解読か
ら情報解析までをシームレスに接続した包括的な研究と共同利用事業を推進しています。
■ 先端ゲノミクス推進センターの活動⃝大規模DNA シーケンシング、
１分子DNA シーケンシング、
1 細胞
シーケンシング⃝ゲノム情報解析パイプラインの開発と提供⃝所内外との連携による共同利用・共同研究の推進⃝受託研究の受け入れ⃝情報共有と情報セキュリティ体制の確立⃝生命研究各分野への先端ゲノミクスの応用と支援

Advanced Genomics Center was established October
1st., 2011, with the aim to combine the latest genomics
technology, i.e., next generation sequencing, for example,
and the genetic resources, that have been collected andconstructed throughout the history of this institute, to create
resources for new-generation genetics.
Since such resources should have links among biological (phenotypic) annotations, data from genetic as well as
genomic researches, this center will work closely with otherlaboratories of Genetic Strains Research Center, andresearch communities around the country. This center is also
expected to become core facility for research communities
to provide latest technologies and tools of the present-day
genomics.
To answer the expectations and heavy demand of genome analyses from the universities and research communities, the target projects that will be conducted in this center
will be chosen through NIG’s Collaborative Research Program that is open to researchers outside of NIG.
■ 共同研究・共同利用・受託研究の流れ■ 先端ゲノミクス推進センターは、常に最先端の技術と情報をコミュニティに提供できるよう施設の整備を進めています。

学術界および産業界
大学A

大学B ・ ・ ・ 大学F

企業A

連携

結果

サンプル
ゲノムデータ
解析支援
センター

連携

DS共同利用
基盤施設

・ ・ 企業コンソ

先端ゲノミクス
推進センター
解析
DDBJスパコン

活用

蓄積
情報・システム
研究機構

DDBJ
統合DB

国立遺伝学研究所■ 大学や他の研究機関、企業と連携して、多様な生物種のゲノム・メタゲノムや遺伝子の配列解析を行っています。

先端ゲノミクス推進センターでは、以下の生物種のゲノムやヒト・環境のメタゲノム解析を共同研究・共同利用・受託研究を通して実施しています。

⃝動物：ヒト、ラット、マウス、チンパンジー、
ニホンザル、クジラ、イヌ、
コウモリ、
スンクス、
ワラビー、
アフリカツメガエル、
シーラカンス、メダカ、
線虫、
ショウジョウバエ、
アゲハ、
カイコ、クワコ、クマムシなど⃝植物：イネ、
シロイヌナズナ、
アサガオ、
ナンヨウアブラギリ、トマト、
ヒメツリガネゴケ、サンゴ共生褐虫藻、緑藻類、紅藻類、
微細藻類など⃝微生物：ヒト常在菌、病原菌、光合成菌、極限領域生息細菌類、シロアリ共生細菌類、難培養細菌⃝メタゲノム：ヒト（腸内、皮膚、口腔）、海洋、河川、湖沼、土壌、
温泉、
活性汚泥、
工業廃水

Advanced Genomics Center

先端ゲノミクス推進センター

KUROKAWA, Ken
Head, Advanced Genomics Center
Division Head, Data Analysis Division黒川顕センター長（兼）データ解析部門長（兼）74□シーケンシング部門□データ解析部門

NOGUCHI, Hideki Project Professor

TOYODA, AtsushiP roject Professor

KOHARA, Yuji Project Professor

BABA, Tomoya Project Associate Professor

豊田

FUJIYAMA, Asao Project Professor

Sequencing Division

Division Head, Sequencing Division

敦 シーケンシング部門長（兼）共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

Data Analysis Division

小原雄治

特任教授（兼）藤山秋佐夫

特任教授（兼）

井ノ上逸朗

教授（兼）

INOUE, Ituro Professor

野口英樹 特任教授（兼）馬場知哉 特任准教授（兼）KONDO, Shinji Project Associate Professor

近藤伸二 特任准教授（兼）MORI, Hiroshi Assistant Professor

森

宙史 助教（兼）共同利用事業センター

Intellectual Infrastructure Center

Genetic Resource Center
生物遺伝資源センター
生物遺伝資源センターは、バイオリソース部門、植物育成・開発
支援部門、ゲノム変異マウス開発支援部門、バイオリソース情報部
門から成り以下の事業を進めています。バイオリソース部門では大腸菌／枯草菌、イネ、マウス、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、線虫、ヒドラなどの生命科学を先導する様々な有用実験生物系統を開発すると共に国内外の大学や研究機関への分譲サービス、植物育成・開発支援部門ではイネの実験圃場の管理運営、ゲノム変異マウス開発支援部門では遺伝子改変マウスの開発の共同研究や受託を行なっています。またバイオリソース部門では、これらのバイオリソースに関する情報を、関連する知識情報とともに公開サ
イトから世界中に発信しています。大腸菌／枯草菌、イネ、ショウジョ
ウバエ、ゼブラフィッシュのリソースについては日本医療研究開発機構（AMED）のナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）に参画し、各生物種のリソースセンターの中核またはサブ機関として活動しています。バイオリソース部門は NBRP の情報センターとして国内のバイオリソース関連情報発信の中核として活動しています。

Genetic Resource Center

The Genetic Resource Center is composed of “Bioresource
Management Division”, “Plant Resource Development Division”, “Division for development of genetic-engineeredmouse resource”, and “Bioresource Database Division”. The
Bioresource Division takes responsibility for development,
preservation and distribution of forefront bioresources of various organisms including E. coli/B. subtilis, Rice, Mouse, Drosophila, Zebrafish, C. elegans and Hydra, and of collectedwild species of those organisms. The Database division
makes the above information available to the public throughweb sites shown below. The BRC/NIG participates actively inthe “National Bioresource Project (NBRP)” under the organization of Japan Agency for Medical Research and Development (AMED), in the Cabinet Office of Government of Japan,
and takes a role for management of E. coli/B. subtilis, Rice,
Drosophila and Zebrafish as central or sub-central organization for each organism in the project. Furthermore, the Database Division also contributes to NBRP as the national
center of bioresource information, by taking responsibility fordevelopment and management of the relevant databases.

生物遺伝資源センター

NIKI, Hironori
Head, Genetic Resource Center
Division Head, Bioresource Management Division

仁木宏典

センター長（兼）バイオリソース部門 部門長（兼）NONOMURA, Ken-ichi
Division Head, Plant Resource Development Division

野々村賢一

植物育成・開発支援部門 部門長（兼）SAGA, Yumiko
Division Head, Division for development of genetic-engineeredmouse resource

相賀裕美子

ゲノム変異マウス開発支援部門 部門長（兼）KAWAMOTO, Shoko
Division Head, Bioresource Databases Division

生物遺伝資源センターで提供しているサービスは、遺伝研ホームページのプルダウンメニュー「モデル生物
リソース」からアクセスできます。
Services of the Genetic Resource Center are accessible from the pull-down menu (Model Organism
Resources) at the NIG website.

川本祥子

バイオリソース情報部門 部門長（兼）□バイオリソース部門

Bioresource Management Division

KAWAKAMI, Koichi Professor

川上浩一 教授（兼）SAITO, Kuniaki Professor

齋藤都暁 教授（兼）SATO, Yutaka Professor

佐藤

豊 教授（兼）KOHARA, Yuji Project Professor

小原雄治 特任教授（兼）SAKAI, Noriyoshi Associate Professor

酒井則良 准教授（兼）IKEO, Kazuho Associate Professor

池尾一穂 准教授（兼）KOIDE, Tsuyoshi Associate Professor

小出剛

准教授（兼）NONOMURA, Ken-ichi Associate Professor

野々村賢一

准教授（兼）TAKADA, Toyoyuki Assistant Professor

高田豊行

助教（兼）

武藤

彩

助教（兼）

河﨑敏広

助教（兼）

近藤

助教（兼）

MUTO, Akira Assistant Professor
KAWASAKI, Toshihiro Assistant Professor
KONDO, Shu Assistant Professor

周

MIYOSHI, Keita Assistant Professor

三好啓太 助教（兼）AOKI, Keita Assistant Professor

青木敬太 助教（兼）SUZUKI, Toshiya Assistant Professor

鈴木俊哉 助教（兼）TAKANAMI, Keiko Assistant Professor

高浪景子 助教（兼）TAKAHASHI, Misuzu Assistant Professor

高橋実鈴 助教（兼）□植物育成・開発支援部門

Plant Resource Development Division

TSUDA, Katsutoshi Assistant Professor

津田勝利 助教（兼）□ゲノム変異マウス開発支援部門

Division for development of genetic-engineered mouse resource

AJIMA, Rieko Assistant Professor

安島理恵子 助教（兼）□バイオリソース情報部門

Bioresources Databases Division

TSUDA, Katsutoshi Assistant Professor

津田勝利 助教（兼）共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

75

National Projects ナショナルプロジェクト

Platform for Advanced Genome Science (PAGS)
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（略称：先進ゲノム支援）
生命の理解のためには大量かつ高精度の DNA 配列解析が以前にも増して重要になっていますが、これを推進するには実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムの整備と共有が必須です。
「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム（先進ゲノム支援）」は文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』に 2016 年から 6 年間の予定で採択されたもので、最先端のゲノム解析及び情報解析のシステムを整備し、科研費課題から公募により選定された課題（毎年 100 件程度）の支援等を通じて我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作
りとすそ野拡大を進めます。
「先進ゲノム支援」には、以下のように大規模配列解析において6 項目及び高度情報解析における 5 項目の支援と高度化の支援
技術項目を設定し、それらを縦糸横糸として組み合わせた多様か
つ高度な実験・情報解析支援をおこないます（図 A）。
■ 大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動⃝新規ゲノム決定⃝ RNA 解析

⃝修飾解析

⃝超高感度解析⃝変異解析■ Large-scale DNA sequence analysis⃝de novo genome analysis⃝Variation analysis⃝Epigenetic analysis⃝メタ・環境・ホロゲノム解析■ 高度情報解析支援ネットワーク活動⃝基盤的解析パイプライン⃝総合的ゲノムアノテーション⃝超高度情報処理技術

これらの支援活動を推進するために、国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関を連携機関とするネットワークを形成し、分担して支援及びその高度化にあたります（図B）。研究支援代表者の下、現在研究支援分担者 22 名、研究支援
協力者 27 名、総勢 50 名の班員が全国 18 の大学・研究機関（部
局数は 27）から参加しています。
(A)⃝Pipelines for basic analysis ⃝Knowledge database for AI⃝Comprehensive annotation ⃝More advanced bioinformatics⃝Multi-omics analysis

To promote the PAGS activity, the National Institute of
Genetics as the core institution of PAGS has established a
network for cooperation with the institutions to which theparticipating members belong to promote the PAGS activity.
Currently 50 members in total are participating in PAGS from18 universities and research institutes (27 departments).

5HVHDUFKSDSHUV

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL(B)

5HVHDUFKHUVJUDQWHG0(;7-636.DNHQKL

2SHQ
6FLHQFH

1DWLRQDO,QVWLWXWH
RI*HQHWLFV
87RN\R

87RN\R+RVSLWDO

*UDG6FKRRORI)URQWLHU6FLHQFHV2WKHU
SODWIRUPV

87RN\R*UDGXDWH6FKRRORI6FLHQFH$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS6DSSRUR0HGLFDO8&RRSHUDWLRQ
7RN\R,QVWLWXWHRI7HFKQRORJ\

2WKHUV.\XVKX8

6FKRRORI0HGLFLQH

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ$GYDQFHGELRLQIRUPDWLFVJURXS3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

''%- 1%'&'%&/6

7HFKQRORJ\'HYHORSPHQW

3ODWIRUPIRU$GYDQFHG*HQRPH6FLHQFH

遺伝研で活動する参加班員

https://www.genome-sci.jp/□大規模ゲノム解析

Large-scale DNA sequencing group
TOYODA, Atsushi Project Professor

KOHARA, Yuji
Principal Investigator, Project Professor

小原雄治

研究支援代表者・特任教授（兼）他の班員所属機関

0DQDJLQJJURXS*UDG6FKRRORI0HGLFLQH

6FKRRORI0HGLFLQH

/DUJHVFDOH'1$
VHTXHQFLQJJURXS

Members at NIG

2VDND8

'DWDSXEOLFDWLRQVKDULQJ8OWUDKLJKVHQVLWLYLW\DQDO\VLV

0RUHDGYDQFHGELRLQIRUPDWLFV

0HWDJHQRPLFV.QRZOHGJH'%IRU$,

51$DQDO\VLV

0XOWLRPLFVDQDO\VLV

0DQDJLQJJURXS(SLJHQHWLF
DQDO\VLV&RPSUHKHQVLYHDQQRWDWLRQ

9DULDWLRQDQDO\VLV

3LSHOLQHVIRUEDVLFDQDO\VLV'HQRYRJHQRPHDQDO\VLV'DWD5HVXOWV6DPSOHV'DWDUHVXOWV

6DPSOHV⃝RNA analysis⃝Metagenome analysis⃝Ultra-high sensitivity analysis■ Advanced bioinformatics analysis⃝ AI 化知識ベースの構築⃝多層統合ゲノム情報解析技術

In order to understand life, massive and highly accurate
DNA sequence analysis has become more important than
before. To meet this situation, it is essential to develop alarge-scale and state-of-the-art genome analysis system andto share it with the research community. Platform for Advanced Genome Science (PAGS) was adopted for this purpose for six years from 2016 as a platform in Grant-in-Aid for
Scientific Research (KAKENHI) on Innovative Areas ― Platforms for Advanced Technologies and Research Resources
funded by MEXT. We provide such a genome analysis system for researchers who are granted KAKENHI and selectedby the selection committee.
In PAGS we will provide a variety of technologies, combining the following 6 items in large-scale DNA sequence
analysis and 5 items in advanced bioinformatics analysis aswarp and weft as shown in Figure.

○豊田

敦

特任教授

FUJIYAMA, Asao Project Professor－藤山秋佐夫

特任教授（兼）－井ノ上逸朗教授

INOUE, Ituro Professor□高度情報解析

Advanced bioinformatics group
KUROKAWA, Ken Professor

○黒川

顕 教授

MORI, Hiroshi Assistant Professor－森

OGASAWARA, Osamu Project Associate Professor－小笠原理 特任准教授

NOGUCHI, Hideki Project Professor

宙史 助教○野口英樹 特任教授※○中村保一 教授

－近藤伸二 特任准教授※

NAKAMURA, Yasukazu Professor※情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設所属

KONDO, Shinji Project Associate Professor（○：研究支援分担者、－：連携研究支援者）

東京大学、東京工業大学、大阪大学、九州大学、札幌医科大学、千葉大学、情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設、産業技術総合研究所、慶応義塾大学、滋賀大学、山梨大学、京都大学、京都府立医科大学、早稲田大学、かずさDNA 研究所、東京医科歯科大学、科学技術振興機構

76

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchNIG-JOINT (Joint Research and Research Meeting)

共同研究・研究会

国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
国内外の研究者に共同利用の機会を提供するため、従前より所内の教員と所外の研究者による「共同研究」及び「研究会」を実施しています。
次頁に示すように、毎年多くの共同研究が行われており、2018 年度も計 100 件の共同研究と計 19 件の研究会を行い、着実な成果をあげています。

As the central institute to study various aspects of genetics, the National Institute of Genetics (NIG) positively accepts joint research between NIG and universities or other institutes. In order to offer joint research opportunities to researchers, NIG has been conducting “Joint
Research” and “Joint Research Meeting” between researchers inside and outside of NIG.
As shown in the next page, many joint researches are held every year. In 2018, 100 Joint Researches and 19 Joint Research Meetings
have been held and achieved excellent results.
▶ NIG-JOINT

共同研究「共同研究」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の研究者数名により、特定の研究課題について共同して行う研究です。次の３種類に分けて募集を行っています。

「共同研究（A）」「国際共同研究」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」
では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

Based on the application from researchers outside NIG, NIG
researchers collaborate with them for conducting the research on
the subject of application. The following three categories are solicited for NIG-JOINT [A], [I] and [B]. In NIG-JOINT [A] and [I], travel
and accommodation expenses are provided to visit NIG for conducting discussion and experiment. In NIG-JOINT [B], travel, accommodation and research expenses are provided.

In vitro differentiation of spermatogonia to fertile sperm in the endangered endemic cyprinid, Gnathopogon caerulescens.
琵琶湖固有魚ホンモロコ生殖細胞の未分化維持，in vitro 分化培養の開発
立命館大学
薬学部 創薬科学科

高田達之 教授

琵琶湖は世界有数の古代湖であり、17種類の固有魚類が確認されているがその約半数（9 種）が絶滅危惧種に指定され、絶滅を想定した保全対策が必要である。
我々は、絶滅が危惧される代表的な琵琶湖固有魚・ホンモロコ（Gnathopogon
caerulescens）の保全のため、精子形成の全過程を in vitro で再現し、未分化なDepartment of Pharmaceutical Sciences
College of Pharmaceutical Science
Ritsumeikan University

TAKADA, Tatsuyuki, Professor

Honmoroko (Gnathopogon caerulescens) is an endangered endemic
cyprinid, which inhabits ancient lake
Biwa. We tried to establish in vitro
spermatogenesis to avoid its extinction and succeeded to recapitulate
the entire process of spermatogenesis
to produce fertile sperm in vitro.

精原細胞から受精能をもつ精子を作成す
る精子分化培養系を確立した。

A：in vitro 培養で作製された精子
B：精原細胞の in vitro 分化培養
C：in vitro 精子で誕生したホンモロコA: sperm differentiated in vitro
B: in vitro differentiation of spermatogonia
C: Juveniles generated by the in vitro sperm▶ Joint Research Meeting

研究会「研究会」とは、国立遺伝学研究所内外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の比較的少人数で実施する研究集会です。各研究会
では、活発な討論が行われています。

Based on the application from researchers inside or outside of NIG,
Joint Research Meetings in small groups are held for information exchange
and active discussion.

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

77

List of Funded Proposals (NIG-JOINT)
共同研究（A）
研究課題
1A20182A20183A20184A20185A2018
6A2018
7A2018
8A20189A2018
10A2018
11A2018
12A2018
13A2018
14A2018
15A2018
16A2018
17A2018
18A2018
19A2018
20A2018
21A2018
22A2018
23A2018
24A2018
25A2018
26A2018
27A2018
28A2018
29A2018
30A2018
31A2018
32A2018
33A2018
34A2018
35A2018
36A2018
37A2018
38A2018
39A2018
40A2018
41A2018
42A2018
43A2018
44A2018
45A2018
46A2018
47A2018
48A2018
49A2018
50A2018
51A2018
52A2018
53A2018
54A2018
55A2018
56A2018
57A2018
58A2018
59A2018
60A2018
61A2018
62A2018
63A2018
64A2018
65A2018
66A2018
67A2018
68A201878

オーキシンデグロン法を用いた複製クランプ PCNA の新規機能の解析
真核生物染色体分配複合体の構造と機能解析
オートファジー分解からの DNA 逃避の解析
新規ゲノム編集技術 CRISPR/Transposon gene integration（CRITGI）を使った様々な生物種でのタンパク発現システムの確立
真核生物におけるDNA 複製開始とクロマチン制御の関わり
光合成能を喪失させた“藻類”における分裂制御メカニズムの解明に向けてミトコンドリアとリソソームの相互作用における分子メカニズムの解明
D1/D2ドーパミン受容体遺伝子操作マウスを用いた大脳基底核回路の運動調節と学習記憶機能の解明
ゼブラフィッシュの遺伝子トラップ系統を用いた lncRNA の機能解析
Screening for zebrafish transgenic lines for in vivo studies of cardiovascular development and disease
Dissecting the hindbrain oculomotor circuit in zebrafish
Identification of novel promotors for vision research
Screening and Characterization of Novel Liver Transgenic Lines in Zebrafish
Identification of novel transgenic zebrafish lines to understand digestive system function
Functional study of tissue-specific genes during embryonic development
Measuring the metabolic cost of ion regulation and chemoreception in zebrafish
てんかん脳の神経活動イメージング
オーストリック民族の起源・民族移動過程の検証：インドシナ半島・島嶼部間の少数民族を中心にAnalyses of rodent genomes for understanding mammalian genome evolution
メダカ科魚類における性的二型の多様化に関わる分子遺伝基盤の解明
発達段階および経験依存的に変化する鱗食魚の利きの遺伝的基盤
スラウェシ島のメダカにおける性染色体ターンオーバーの進化的役割
薬剤性難聴の遺伝的要因と発症機構の解明
増幅遺伝子のゲノム DNAコピー数減少の分子機構解明
HLA-omics に基づく薬剤副作用予防診断システムの構築
Transcriptome Profiling of Tobacco induced Oral Squamous Cell Carcinoma of South India using Next Generation Sequencing
シロイヌナズナ近縁種における転移因子の進化機構の解明
アサガオにおけるトランスポゾンのエピジェネティックな制御
シロイヌナズナ花成時における茎頂分裂組織での遺伝子発現ならびにヒストン修飾動態変化の解析
高温ストレス活性型レトロトランスポゾンのエピジェネティックな転移制御機構の解析
遺伝子様トランスポゾン GLT が喪失したトランスポゾン識別標識の探索
シロイヌナズナのトランスポゾン VANDAL21 の DNAメチル化制御の解析
大脳皮質中間神経前駆細胞を介して分化するニューロンタイプの解析
造血系細胞における神経軸索ガイダンス因子 Sema6b の機能解析
維管束植物の道管細胞の二次壁肥厚パターンを制御する分子機構の解明
モータータンパク質 Myosin10 が海綿骨量と身長を制御する機構の解明
micro-CT イメージングを用いたマウス骨形態の遺伝学的解析
日本産野生マウス由来コンソミック系統を用いた、マウス肺腫瘍発生関連遺伝子のマッピング
様々な動物の体内に住むカイアシ類の寄生生態に関する研究― X 線 CT 装置によるアプローチ
減数分裂の誘導機構に関する研究
Notch シグナルの調節因子 Tm2d3 の機能
心筋分化機構の解析
マウスの系統差に着目した痒み過敏性の行動遺伝学解析
ノックアウトマウスを用いた新生仔の生理学的機能性における母乳中ケモカインの役割の検討
野生由来コンソミックマウス系統群を用いたアルコール嗜好性の遺伝子メカニズム解析
マウス順向遺伝学を用いた情動伝染にかかわる遺伝子の探索
聴覚過敏モデルマウスの聴覚機能の行動実験による解析
ガーナの巨大齧歯類グラスカッターの家畜化に向けたゲノム解析
琵琶湖固有魚ホンモロコ生殖細胞の未分化維持，in vitro 分化培養の開発
低線量放射線被曝がシロサケ孵化稚魚に及ぼす遺伝的影響
イネ胚乳におけるトランスポゾンの挙動
植物免疫制御ペプチドによるイネの成長制御に関する分子遺伝学的解析
イネ科植物の維管束細胞分化における転写制御ネットワークの解析
イネ胚乳発生機構に関する研究
イネにおける種子休眠・発芽制御の分子メカニズムの解明
大腸菌染色体の新奇分配因子 CrfC ダイナミンホモログのタイムラプス動態解析
バクテリアアクチンによる細胞極性制御機構の解析
DNA 二本鎖切断修復に関与するRecN SMC 様タンパク質の機能解析
細胞増殖とゲノム損傷応答のバランスのとられる仕組み
ショウジョウバエにおけるヒストン H3K36メチル化酵素の網羅的解析
温泉ガエル・リュウキュウカジカガエルの高温耐性獲得に関わるゲノム変異の解明
小児の希少遺伝性疾患のゼブラフィッシュによる発症機序の解明
生細胞内における高次クロマチン構造の解析
HP1 による動的クロマチン構造変換の制御
微小重力環境におけるオルガネラ恒常性についての解析
細胞内オルガネラゾーンの解析
ショウジョウバエ視覚中枢において見られるカラム構造の超微細構造解析
細胞内小胞輸送に関与するショウジョウバエ分子変異体の機能形態解析

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

研究代表者
九州大学 大学院理学研究院
高橋達郎
東京理科大学 大学院基礎工学研究科
西野達哉
静岡大学 理学部
丑丸敬史
長崎大学 医学部共同利用研究センター
増本博司
高知工科大学 環境理工学群
田中誠司
京都大学 大学院人間・環境学研究科
神川龍馬
琉球大学 研究基盤センター
八木沢芙美
新潟大学 脳研究所生命科学リソース研究センター 笹岡俊邦
北海道大学 大学院薬学研究院
中川真一
University of Madras, Department of Genetics B. Anandan
Laboratoire Jean Perrin CNRS/UPMC
Debregeas Georges
University of Sussex, School of Life Sciences Tom Baden
University of Copenhagen, Novo Nordisk Foundation Center for Stem Cell Biology Elke Annette Ober
Harvard University
Jenna Sternberg
Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences Qing Jing
University of Ottawa, Faculty of Science
Steve Perry
青山学院大学 理工学部
荻野一豊
天理大学 国際学部
奥島美夏
Southern University for Science and Technology Babarinde Isaac Adeyemi
基礎生物学研究所 バイオリソース研究室
安齋 賢
富山大学 大学院・医学薬学研究部（医学） 竹内勇一
山平寿智
琉球大学 熱帯生物圏研究センター
国立成育医療研究センター研究所 ゲノム医療研究部 要 匡
古川龍彦
鹿児島大学 医歯学総合研究科
細道一善
金沢大学 医薬保健研究域医学系
A.K. Munirajyan
University of Madras
河邊 昭
京都産業大学 総合生命科学部
星野 敦
基礎生物学研究所 多様性生物学研究室
阿部光知
東京大学 大学院理学系研究科
伊藤秀臣
北海道大学 大学院理学研究院
藤 泰子
東京大学 理学系研究科
佐々木 卓
東京大学 大学院理学系研究科
畠中由美子
大阪大学 大学院生命機能研究科
東京大学医科学研究所 先端医療研究センター 福山朋房
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 大谷美沙都
片岡太郎
熊本大学 生命資源研究・支援センター
田村 勝
理化学研究所 バイオリソースセンター
宮下信泉
香川大学 総合生命科学研究センター
上野大輔
鹿児島大学 大学院理工学研究科
石黒啓一郎
熊本大学 発生医学研究所
北川元生
国際医療福祉大学 医学部
小久保博樹
広島大学 大学院医歯薬保健学研究科
岡山大学 大学院自然科学研究科理学部附属臨界実験所 坂本浩隆
茶山和敏
静岡大学 学術院農学専攻
東京都医学総合研究所 依存性薬物プロジェクト 笠井慎也
菊水健史
麻布大学 獣医学部
霜田 靖
長岡技術科学大学 生物機能工学専攻
村山美穂
京都大学 野生動物研究センター
高田達之
立命館大学 薬学部
中嶋正道
東北大学 大学院農学研究科
木下 哲
横浜市立大学 木原生物学研究所
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 西條雄介
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 出村 拓
名古屋大学 生物機能開発利用研究センター 服部束穂木嵜暁子
静岡大学 理学部
片山 勉
九州大学 大学院薬学研究院
塩見大輔
立教大学 理学部・生命理学科
菱田 卓
学習院大学 理学部
古谷寛治
京都大学 放射線生物研究センター
浦 聖恵
千葉大学 理学部
井川 武
広島大学 両生類研究センター
岡本伸彦
大阪母子医療センター研究所 代謝部門
胡桃坂仁志
東京大学 定量生命科学研究所
基礎生物学研究所 クロマチン制御研究部門 中山潤一
榊 建二郎
東京女子医科大学 看護学部
後藤 聡
立教大学 理学部・生命理学科
佐藤 純
金沢大学 新学術創成研究機構
曽根雅紀
東邦大学 理学部

2018 年度 公募による共同研究
研究課題

研究代表者

69A2018 ヒメイカ神経系の電子顕微鏡解析
70A2018 クラゲ類の環境変化に応答した表現型シフトの機能形態解析
71A2018 神経過興奮に対する神経保護にシナプス前終末のミトコンドリアが果たす役割
72A2018 神経細胞の分化におけるApt の機能に関する解析
73A2018 動脈硬化抑制に寄与する核内受容体の標的因子の網羅的探索
74A2018 比較ゲノム解析によるビフィズス菌の機能性の解析
75A2018 新規細胞タイプ登場の進化メカニズム
76A2018 ハプロタイプを区別したゲノムアセンブラの開発
77A2018 大腸菌高速増殖変異株のゲノム解析
78A2018 霊長類ゲノム難解読領域の構造解析
79A2018 ユキノシタ科チャルメルソウ属の比較ゲノム解析による適応進化・種分化メカニズムの解明
80A2018 Xenopus 属における異質四倍体化後に生じるサブゲノムの進化に関する解析
81A2018 日本産ゲンジおよびヘイケボタルのゲノム解析と遺伝子の地域間比較による多様性解析
82A2018 イネの栽培化関連遺伝子の機能解析
83A2018 イネにおける葉の表皮構造の遺伝的制御機構の解析
84A2018 イネの花粉成熟過程における葯タペート細胞のプログラム細胞死 ･ オートファジー･ 活性酸素シグナル制御機構の解明
113A2018 クロマチン制御複合体の質量分析解析
114A2018 イネの花粉形成に重要なカロース合成遺伝子の解析
115A2018 基本転写因子制御による新規難治性癌制圧戦略の確立
116A2018 神経疾患モデルの病態に対するWg シグナルの効用
117A2018 Shelf-screen for Gal4 transgenic zebrafish with otic-specific expression
118A2018 Divergent Functions of Agr2 in Wound Repair and Appendage Regeneration
119A2018 Exploring apoptotic and non-apoptotic control of caspases in Drosophila

北海道大学 理学研究院
東北大学 学際科学フロンティア研究所
首都大学東京 理工学研究科
中国山東農業大学 発育遺伝学研究室
福山大学 薬学部
東京農業大学 生物産業学部
筑波大学 生命環境系
東京工業大学 生命理工学院
北海道大学 大学院理学研究院化学部門
国立成育医療研究センター ゲノム医療研究部
国立科学博物館 植物研究部
東京大学 大学院理学系研究科
鹿児島大学 学術研究院
神戸大学大学院 農学研究科
東京大学 大学院農学生命科学研究科
東京理科大学 理工学部
名古屋市立大学 大学院システム自然科学研究科
秋田県立大学 生物資源科学部
京都大学 大学院医学研究科
東京工業大学 生命理工学院
University of Alberta, Faculty of Biological Sciences
University of Miami, Department of Biology
King’s College London

田中暢明
中嶋悠一朗
安藤香奈絵
劉 慶信
松岡浩史
遠藤明仁
和田 洋
伊藤武彦
北原 圭
黒木陽子
奥山雄大
平良眞規
加藤太一郎
石井尊生
伊藤純一
朽津和幸
田上英明
上田健治
上久保靖彦
鈴木崇之
Andrew Waskiewicz
Sandra Rieger
Darren William Williams

共同研究（B）
研究課題
85B2018
86B2018
87B2018
88B2018

研究代表者

精製タンパク質を用いた再現実験から探索する複製フォーク停止機構
脳梁投射細胞の自発活動と軸索投射発達のイメージング技術の確立
イトヨの鰓における浸透圧調節遺伝子の発現調節メカニズムの解析
国立遺伝学研究所所蔵の野生イネレガシーデータを用いたゲノムワイド関連解析

埼玉医科大学 中央研究施設 RI 部門
鹿児島大学 大学院医歯学総合研究科
静岡大学 理学部
東京大学 大学院農学生命科学研究科

日詰光治
田川義晃
日下部 誠
鐘ヶ江弘美

国際共同研究研究課題

研究代表者

89I2018
90I2018
91I2018
92I2018
93I2018

Gyeongsang National University
King’s College London
University of Florida
University of Massachusetts Amherst
University of Extremadura

Identification of facial epithelial-specific Gal4 transgenic fish
Identification of retinal cell subtypes in zebrafish
Functional analysis of SCUTELLUM LESS 1 gene for maize and rice embryogenesis
Engineering and analysis of ABC transporter genes in Drosophila
Spatial organization of organelles: from theoretical models to analytic tools

Chong Pyo Choe
Robert Hindges
Masaharu Suzuki
Michele MarksteinÁngel-Carlos Román

研究会
研究課題

研究代表者

94R2018 自然界の生物種間における遺伝情報の多様性をもたらす“DNA 水平伝播”の解析と活用法
95R2018 生命科学系フロンティアミーティング 2018
96R2018 哺乳類脳の機能的神経回路の構築メカニズム
97R2018 DNA からみたヒトの進化
98R2018 理論分子進化学の新機軸
99R2018 マクロ生態学と遺伝学の融合
100R2018 転移因子と宿主の相互作用による生命機能と進化
101R2018 マウス遺伝学・温故知新
102R2018 遺伝要因と環境要因の相互作用による行動決定のメカニズム
103R2018 イネ分子遺伝学の飛躍
104R2018 イネ遺伝学分子生物学ワークショップ
105R2018 単細胞生物における細胞装置の機能と連携
106R2018 ゲノムの維持継承を支える分子基盤の包括的理解とその発展
107R2018 クロマチン・細胞核の動的構造変換とゲノム機能制御
108R2018 線虫研究の未来を考える会
109R2018 流れと澱みを語る会 2018
110R2018 生命情報データの拡大と分子進化研究の進展
111R2018 微生物生態から見えてくる新しい生理機能とその応用
112R2018 研究プレゼンテーション研究会：遺伝研メソッドとその先

東京工業大学 生命理工学院
筑波大学 医学医療系
国立遺伝学研究所 神経回路構築研究室
金沢大学 医薬保健研究域医学系
名古屋市立大学 大学院システム自然科学研究科
東京工業大学 生命理工学院
名古屋大学 大学院生命農学研究科
国立遺伝学研究所 哺乳動物遺伝研究室
東京農業大学 生命科学部
東京大学 大学院農学生命科学研究科
名古屋大学 大学院生命農学研究科
京都大学 ウイルス・再生医科学研究所
京都大学 放射線生物研究センター
基礎生物学研究所 クロマチン制御研究部門
関西学院大学 理工学部
名古屋大学 医学系研究科
名古屋大学 大学院情報学研究科
筑波大学 高細精医療イノベーション研究コア
国立遺伝学研究所 リサーチ・アドミニストレーター室

金子真也
尾崎 遼
岩里琢治
田嶋 敦
鈴木善幸
田中幹子
一柳健司
高田豊行
喜田 聡
伊藤純一
中園幹生
秋山芳展
古谷寛治
中山潤一
西脇清二
宮田卓樹
太田元規
大津厳生
広海 健

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

79Joint Research with the Private Sector
共同研究先

研究課題（研究題目）

協和発酵キリン株式会社
トランスポゾンの哺乳動物細胞への応用に関する研究
株式会社モノクローナル抗体研究所 モノクローナル抗体によるクロマチン修飾解析法の評価
Genome Research Limited
Synthetic growth and lethal screenings with the loss of
MCM8/9 using CRISPR/Cas9
ファイメクス株式会社
Auxin Inducible Degron（AID）技術の in vivo 応用研究
大日本住友製薬株式会社
AID 技術の膜蛋白への応用
トヨタ自動車株式会社
居住環境中における微生物のヒト心身への影響の研究
三菱ケミカル株式会社
工業廃水処理汚泥のメタゲノム解析
名古屋大学・大日本住友製薬株式会社 腸内細菌とパーキンソン病との関係を検討する共同研究
産業技術総合研究所・三菱ケミカル株式会社 活性汚泥高効率運用に向けた基盤研究
東京大学・三菱ケミカル株式会社 活性汚泥高効率運用に向けた基盤研究
味の素株式会社
味の素株式会社に設置されているサーバーへの MicrobeDB.jp
システムの実装に向けた研究
大日本住友製薬株式会社
野生由来 MSM マウス及びその他遺伝的変異マウス（JF1）を用いた中枢性薬剤の薬理評価
アニコム先進医療研究所株式会社 人に対する懐きと攻撃行動に関わる遺伝領域の同定
DIC 株式会社
耐熱耐酸フィコシアニン高産生藻株作出に関する研究
かずさDNA 研究所・株式会社ツムラ メタボロームによる生薬効能に関する研究
形態異常を示す各種突然変異マウスの解析
理化学研究所
理化学研究所・神戸医療産業都市推 野生由来系統を用いた老化関連遺伝子機能の解明
進機構・名古屋大学・横浜国立大学
環境影響評価・修復法の開発へ向けた環境メタゲノム解析
海洋研究開発機構
東北大学東北メディカル ･ バンク機構 ゲノム情報などの機微性が高い情報の震災に備えたバックアップの研究
毒性試験に用いる実験動物の遺伝的基盤整備：近交系マウス
残留農薬研究所を用いたステロイドホルモンに対する感受性を修飾する遺伝子群の解析
点突然変異のあるヒトp53 遺伝子を保有する遺伝子改変マウ
静岡がんセンタースの作出
D1x 遺伝子変異が社会性行動に及ぼす影響の解析
理化学研究所
細胞老化の生体内における機能解析
がん研究会がん研究所
骨細胞特異的アルカリフォスファターゼ，ENPP1 過剰発現マウ
北海道大学
ス骨組織における組織学的検索
腸管上皮幹細胞の制御機構における味覚受容体の役割
慶應義塾大学
赤芽球分化におけるクロマチン構造解析
京都大学 iPS 細胞研究所
iPS 細胞及びゼブラフィッシュを用いた筋萎縮性側索硬化症の京都大学 iPS 細胞研究所
研究
Molecular analysis of seed dormacy and germination in wild
Konkuk University
species of rice
奈良先端科学技術大学院大学・東京工業大学 イネ種子微生物叢を介した種子形質及び微生物共生の制御基
板構築
光ファイバを用いた根圏ケミカルセンサーの研究開発
創価大学
AID 技術に必要な化合物開発
岡山理科大学
味細胞‐味神経可塑的マッチング機構の解明
九州大学
株式会社ヤクルト

生後 2 年間の腸内フローラ構成および機能の動的変化の解析

2018 年度 民間等との共同研究

研究代表者

契約期間

発生遺伝学研究室教授
川上浩一
先端ゲノミクス推進センター 特任教授 藤山秋佐夫
鐘巻将人
分子細胞工学研究室 教授’10.01.01 〜 ’19.03.31’16.04.01 〜 ’19.03.31’16.09.20 〜 ’19.09.20

分子細胞工学研究室
分子細胞工学研究室
ゲノム進化研究室
ゲノム進化研究室
ゲノム進化研究室
ゲノム進化研究室
ゲノム進化研究室
ゲノム進化研究室

教授
教授
教授
教授
教授
教授
教授
教授

鐘巻将人
鐘巻将人
黒川 顕
黒川 顕
黒川 顕
黒川 顕
黒川 顕
黒川 顕

’18.04.01 〜 ’20.03.31’19.01.18 〜 ’20.01.17’18.07.01 〜 ’19.06.30’18.11.14 〜 ’19.03.31’17.09.07 〜 ’19.03.06’18.06.01 〜 ’19.03.31’18.05.01 〜 ’19.03.31’19.02.04 〜 ’19.09.30

マウス開発研究室

准教授

小出’18.03.01 〜 ’19.02.28

マウス開発研究室
共生細胞進化研究室
生命ネットワーク研究室
哺乳動物遺伝研究室
哺乳動物遺伝研究室

准教授
教授
教授
教授
教授

小出 剛
宮城島進也
有田正規
城石俊彦
城石俊彦

比較ゲノム解析研究室
データベース運用開発研究室

特任教授 豊田 敦
教授
高木利久’14.04.01 〜 ’19.03.31’14.08.01 〜 ’19.03.31

マウス開発研究室

准教授

小出

剛

’17.04.01 〜 ’19.03.31

マウス開発研究室

准教授

小出

剛

’18.08.01 〜 ’19.03.31

マウス開発研究室
発生工学研究室
発生工学研究室

准教授
教授
教授

小出 剛
相賀裕美子
相賀裕美子

’18.11.01 〜 ’21.03.31’17.09.01 〜 ’18.08.31’18.01.20 〜 ’19.03.31

発生工学研究室
ゲノムダイナミクス研究室
発生遺伝学研究室

教授
教授
教授

相賀裕美子
前島一博
川上浩一

’18.04.01 〜 ’19.03.31’18.02.16 〜 ’21.03.31’18.02.01 〜 ’21.01.31

植物遺伝研究室教授

佐藤豊’18.01.01 〜 ’20.12.31

植物遺伝研究室教授

佐藤豊’18.04.01 〜 ’21.03.31

生命ネットワーク研究室 特任准教授 櫻井 望
鐘巻将人
分子細胞工学研究室 教授
教授
相賀裕美子
発生工学研究室
助教
安島理恵子
教授
黒川 顕
ゲノム進化研究室

Commissioned Research
研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

科学技術振興機構
科学技術振興機構

ゲノム折り畳み・転写動態のイメージングと転写モデルの検証
包括的 1 細胞トランスクリプトーム解析と組織多様性のバイオイ
ンフォマティックス
ゲノム解析アプリケーション技術に関する研究
DNAメチル化変動のゲノムワイド解析を中心としたエピゲノム
頑健性の理解と設計基盤の構築
植物のタンパク質分解系を応用した高機能 RNAウイルスベク
ター遺伝子操作・細胞改変技術の開発
植物免疫のエピジェネティック制御機構の解明とその人為的制
御ヒトゲノム多型・変異データベースの拡充
MicrobeDB.jp の実用化に向けた研究開発と運用
弱酸性海水を用いた微細藻類培養系及び利用系の構築
物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤
単細胞紅藻シゾン類の機能性食品・飼料としての開発
根圏ケミカルワールドの解明と作物頑健性制御への応用
ショウジョウバエ染色体工学による超巨大 DNA や大規模遺伝子回路の構築法

ゲノムダイナミクス研究室
遺伝情報分析研究室

科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構
科学技術振興機構

80

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research’18.06.01 〜 ’19.03.31’18.07.01 〜 ’19.06.30’18.04.01 〜 ’21.03.31’08.04.01 〜 ’19.03.31’18.04.01 〜 ’19.03.31’18.06.01 〜 ’19.03.31’19.01.18～ ’20.03.31’19.01.04 〜 ’20.03.31’19.03.01 〜 ’22.03.31

2018 年度 受託研究

委託者

科学技術振興機構
科学技術振興機構

剛

契約期間
教授
准教授

前島一博
池尾一穂

生命情報・DDBJ センター 特任准教授 小笠原 理
教授
角谷徹仁
エピゲノム研究室’15.10.01 〜 ’20.03.31’15.10.01 〜 ’20.03.31’15.10.01 〜 ’20.03.31’15.12.01 〜 ’20.03.31

分子細胞工学研究室

教授

鐘巻将人

’17.10.01 〜 ’19.03.31

エピゲノム研究室

助教

稲垣宗一’17.10.01 〜 ’20.03.31

人類遺伝研究室
ゲノム進化研究室
共生細胞進化研究室
生命ネットワーク研究室
共生細胞進化研究室
生命ネットワーク研究室
無脊椎動物遺伝研究室

教授
教授
教授
教授
教授
特任准教授
助教

井ノ上逸朗
黒川 顕
宮城島進也
有田正規
宮城島進也
櫻井 望
近藤 周

’17.04.01 〜 ’20.03.31’17.04.01 〜 ’20.03.31’17.11.01 〜 ’20.03.31’18.04.01 〜 ’20.03.31’18.10.01 〜 ’19.03.31’18.06.01 〜 ’20.03.31’18.10.01 〜 ’20.03.31

2018 年度 受託研究

Commissioned Research
委託者

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構

病原体による宿主脂質ハイジャック機序の解明と創薬への応用
細胞核のマイクロメカニクスと機械受容メカニズムの解明
ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成
モデル動物等研究コーディネーティングネットワークによる希少・未診断疾患の病因遺伝子変異候補の機能解析研究名古屋市立大学（日本医療研究開発機構） 次世代シークエンスデータの解析とアノテーション
理化学研究所（日本医療研究開発機構） 生体試料を用いた大規模機能ゲノミクス解析による創薬等支援
及び技術基盤の整備（高度化）名古屋大学（日本医療研究開発機構） ゲノム不安定性疾患データベースの構築
京都大学（日本医療研究開発機構） 成熟個体の機能低下を起こす栄養履歴の特性の追求ならびに老化マーカーの探索
京都大学（日本医療研究開発機構） ヒトサンプルおよび食品成分のメタボロームデータの統合的解
析によるマクロ栄養素摂取量に関するバイオマーカーの開発
農業・食品産業技術総合研究機構 魚類において生殖系幹細胞を皮下移植して卵を得る技術の開発
学校法人慶應義塾（日本医療研究開発機構） 真に個別患者の診療に役立ち領域横断的に高い拡張性を有す
る変異・多型情報データベースの創成
日本学術振興会
シングルセルゲノミクスによる中枢神経原発リンパ腫の分子病
態理解
日本学術振興会
インド・日本脳動脈瘤患者における感受性領域 9p21 のゲノム
およびエピゲノム解析
理化学研究所
ヘテロジニアス・メニーコア計算機による大規模計算科学（ゲノム解析）
バイオ産業情報化コンソーシアム スキル標準の指標に基づく社会人向け教育講座の開発
工業廃水処理汚泥のメタゲノム解析
三菱ケミカル株式会社
農業・食品産業技術総合研究機構 食を通じた健康システムの確立による健康寿命の延伸への貢
献
農業・食品産業技術総合研究機構 バイオ・デジタルデータ統合流通基盤の構築
新規タンクアッセイなどに利用される行動解析装置の委託研究
株式会社イワキ生命ネットワーク研究室
定量メカノバイオロジー研究室
比較ゲノム解析研究室
人類遺伝研究室

契約期間
有田正規
島本 勇太
豊田 敦
井ノ上逸朗

’17.04.01 〜 ’19.03.31’17.04.01 〜 ’19.03.31’17.10.01 〜 ’19.03.31’17.11.14 〜 ’19.03.31

池尾一穂
池尾一穂

’17.04.01 〜 ’19.03.31’17.04.01 〜 ’19.03.31

大量遺伝情報研究室 教授
中村保一
生命ネットワーク研究室 特任准教授 櫻井 望

’17.04.14 〜 ’19.03.31’18.06.01 〜 ’19.03.31

教授
准教授
特任教授
教授

遺伝情報分析研究室 准教授
遺伝情報分析研究室 准教授

望’18.06.01 〜 ’19.03.31

小型魚類遺伝研究室 准教授

酒井則良’17.08.23 〜 ’19.03.31

生命情報・DDBJ センター 特任准教授

小笠原生命ネットワーク研究室

特任准教授

櫻井

理

’18.12.28 〜 ’19.03.31

人類遺伝研究室教授

井ノ上逸朗’17.04.01 〜 ’19.12.31

人類遺伝研究室教授

井ノ上逸朗’17.06.01 〜 ’19.01.31

ゲノム進化研究室

教授

黒川

顕

’17.11.10 〜 ’19.03.31

生命ネットワーク研究室
ゲノム進化研究室
ゲノム進化研究室
生命ネットワーク研究室
ゲノム進化研究室
発生遺伝学研究室

教授
教授
教授
特任准教授
教授
教授

有田正規
黒川 顕
黒川 顕
櫻井 望
黒川 顕
川上浩一

’18.09.03 〜 ’19.02.25’18.11.14 〜 ’19.03.31’18.11.09 〜 ’19.03.31’18.11.07 〜 ’19.03.31’18.04.01 〜 ’19.03.31

2018 年度 科学技術人材育成費補助金
文部科学省

事業名

事業実施センター責任者

事業実施期間

テニュアトラック普及・定着事業

新分野創造センター’15.08.06 〜 ’19.03.31

センター長 相賀裕美子’15.08.06〜’18.12.31
センター長 澤 斉
’19.01.01 〜

2018 年度 医療研究開発推進事業費補助金
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）

日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構
日本医療研究開発機構

研 究 課 題 （研究題目）

課題管理者

イネ属遺伝資源の利活用高度化プロジェクト
モデル原核生物（大腸菌・枯草菌）リソースの維持、拡充と利用促進
ショウジョウバエ遺伝資源の戦略的収集・維持管理および提供
ゼブラフィッシュの収集・保存および提供（トランスジェニックゼ
ブラフィッシュ系統及び近交系ゼブラフィッシュの収集・保存及び提供）
情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進
有用ゼブラフィッシュ系統のゲノム情報整備による高品質化
ショウジョウバエ・ゲノム編集系統の配列情報整備
薬理・生理・病理学研究に適した大型カイコ実験系統のゲノム
リシークエンシング（Sequel・Illumina 両システムを用いたカイコと野蚕のゲノム解析）
ロングリードを用いたキク属モデル系統のゲノム解析（キク属モデル系統の配列決定とアセンブリ解析）
野生イネ遺伝資源へのゲノム編集技術適用のための基盤技術
整備
系統保存の高信頼化を可能にする基盤技術整備
マウスの監視微生物ゲノム情報整備（マウス病原細菌のゲノム配列決定と寄生原虫の RNA-seq 解析）

植物遺伝研究室
微生物機能研究室

研究期間
教授
教授

佐藤 豊
仁木宏典

’18.4.1 〜 ’19.3.31’18.4.1 〜 ’19.3.31

無脊椎動物遺伝研究室 教授
発生遺伝学研究室
教授

齋藤都暁
川上浩一

’18.4.1 〜 ’19.3.31’18.4.1 〜 ’19.3.31

系統情報研究室
発生遺伝学研究室
無脊椎動物遺伝研究室
比較ゲノム研究室

准教授
教授
教授
特任教授

川本祥子
川上浩一
齋藤都暁
豊田 敦

’18.4.1 〜 ’19.3.31’18.7.1 〜 ’19.3.31’18.7.1 〜 ’19.3.31’18.7.1 〜 ’19.3.31

比較ゲノム研究室

特任教授 豊田敦’18.7.1 〜 ’19.3.31

植物遺伝研究室教授

豊’18.4.1 〜 ’19.3.31

無脊椎動物遺伝研究室 助教
近藤 周
比較ゲノム研究室
特任教授 豊田 敦’18.4.1 〜 ’19.3.31’18.7.1 〜 ’19.3.31

佐藤

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research81International Activities
国際交流■ 国際交流・国際連携の強化のための活動

国立遺伝学研究所では国際交流や国際連携をさらに強化させるために様々な活動を行っています。
「遺伝研共同研究」の制度では、2015 年に国際共同研究のための新たな枠を作り、積極的に国外からの研究者を受け入れています。生物遺伝資源事業においても、提供しているリソー
スの約 40％が国外の研究機関宛です。近年では機構の国際ネットワー
ク形成・MOU 推進プロジェクトを活用して、将来有望な国際共同研究にむけた国際交流の支援を行ってきました。その成果として、過去 5 年
間に 7 件の国際交流協定が締結されました。

また、日本の研究者コミュニティのグローバル化を支援するために、

科学英語教育プログラム「遺伝研メソッド」を開発し、その普及をめざした活動を行っています。このような活動や取り組みを通じ、国際研究
コミュニティ全体の研究力強化に貢献しています。

■ 国際シンポジウム

国立遺伝学研究所は、国内外の最先端の研究を推進している研究者と交流し、研究の発展に資することを目的に、毎年さまざまな分野の国

際シンポジウムを主催しています。2018 年は、近年の生物学におけるゲノム編集技術の革新的な発展を鑑みて、“国立遺伝学研究所国際シンポジウム 2018 Genome Editing and Functional Genomics（ゲノム編
集と機能ゲノム学）”を開催しました。国外 6 名、国内 3 名の招待講演者と遺伝研研究者 6 名が最新の研究成果について講演し、活発な質疑応答が行われました。また学生、ポスドクら若手研究者によるポスターセッションが併設して行われ、ポスターの前での活発な議論を通して招待講演者らとの交流が行われました。

シンポジウムウェブサイト：

http://kawakami.lab.nig.ac.jp/sympo2018/index.html▪会期：2018 年 7 月 4-5 日▪場所：三島市民文化会館（三島）■ Activities toward international cooperations

NIG conducts various programs to support the entire scientific community and to strengthen interactions among researchers
worldwide. The “NIG-Joint” collaboration grant includes a special
program to support visitors from abroad. Among the genetic
strains resources that NIG develops and provides to the community, more than 40% are sent to researchers outside Japan. NIG
has supported many workshops aimed towards promising international collaborations and cooperations in the future. Enhancing
scientific communication skills is another way that NIG contributes
to promote international collaborations. NIG has developed an
educational curriculum for effective scientific presentation - called
the “NIG Method” - and disseminates this methodology to aid
globalization of the scientific community.

■ NIG International Symposium

Every year National Institute of Genetics (NIG) organizes aninternational symposium of various fields of biology and genetics
to promote research and academic interactions among researchers from NIG, Japan, and all over the world. In 2018, due to theinnovative development of genome editing technology in recent
years, "International Symposium of NIG 2018 Genome Editing
and Functional Genomics" was held. 6 international and 3 domestic invited lecturers and 6 NIG researchers gave lectures on theirlatest research, and active question and answer sessions took
place. In addition, a poster session by young researchers including students and postdocs was held jointly, and interactions withinvited speakers were held through active discussions in front of
the posters.
Symposium website:
http://kawakami.lab.nig.ac.jp/sympo2018/index.html▪ Date: July 4-5, 201882

国際交流／ International Activities▪ Venue: City Hall of Mishima■ 英語での研究・生活のサポート

遺伝研の国際的な研究環境を整備・発展させるために、国際化推進委員会が様々な活動を行っています。国外出身の研究員・留学生が言葉の壁を感じることなく研究に専念できるよう、国際化推進ヘルプデス

クが来日前のビザ申請から、来日後の事務手続き、住居探しや三島エリ

アの生活情報の提供に至るまで、幅広いサポートを提供しています。また、
日本語の無料レッスンも行っています。

■ Support for International Researchers

NIG is committed to support international researchers so thatthey can dedicate themselves to research in a stimulating but yet
unfamiliar environment. New international NIG members will receive assistance from the NIG Internationalization Promotion
Committee with their initial move to Japan – and throughout theirstay at NIG / SOKENDAI. The support includes help in visa applications, administrative procedures upon relocation/employment,
flat hunting and medical care. We will also provide useful information of the area to enrich your academic and personal life in Mishima. Free Japanese lessons are offered to those who wish to learn
Japanese language.
For more details, visit Committee web page:https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/info-int/Support.html
Please contact the English Help Desk with any inquiries:
info-int@nig.ac.jp

International Researchers in NIG
Project Researcher
TA, Kim Nhung
タ キム ニュング

特任研究員

Project Researcher
LEE, Kyungbun
李 慶範

特任研究員

国外出身の研究者の研究課題

Name / Subject title / Affiliation

Genome wide association study on seed traits in wild species of rice

Plant Genetics Laboratory
植物遺伝研究室

Reception and quality control of the massive submissions at DDBJ

Bioinformation and DDBJ Center
生命情報・DDBJセンター

野生イネが示す種子関連形質のゲノムワイドアソシエーション解析

Project Researcher 特任研究員
CONSTANCE, William Duncan
コンスタンス ウイリアム ダンカン

氏名／研究課題／所属

DDBJ における塩基配列大量登録情報の受入対応と高水準化

Exploring the role of insulin signaling in control of neuron size and its relationship with rarediseaseニューロンサイズの制御におけるインシュリンシグナル経路の役割解明と希少疾患との関連に関する研究

Project Researcher 特任研究員
KAWASHIMA, Kent Diel
カワシマ ケント ディエル

高解像度な集団遺伝学的解析手法の開発

Project Researcher 特任研究員
SUNDARAMOORTHY, Revathi Devi
スンダラムルティー レバティ デビ

モデル生物を用いた希少疾患のメカニズム解析

Invertebrate Genetics Laboratory
無脊椎動物遺伝研究室

High resolution population genomic analysismethods

Evolutionary Genetics Laboratory
進化遺伝研究室

Model organism research on rare genetic diseases

Human Genetics Laboratory
人類遺伝研究室

国際交流／ International Activities

83Activities and Events for Research Promotion
研究を促進するための活動と行事▶ Activities for Research Promotion

研究を促進するための活動

NIG Colloquium
内部交流セミナー

Biological Symposium presented by Dr. HENSCH, Takao Kバイオロジカルシンポジウム Dr. HENSCH, Takao K 講演

■ 内部交流セミナー

研究所内における研究成果を発表し、討論する会で、毎週金曜日に開かれます。教員による発表の他、D5プログレスレポートとして博士課
程５年生の研究紹介の場としても利用されています。
■ バイオロジカルシンポジウム

先端の研究を行っている国内外の研究者を研究所に招き、講演討論を行います。幅広い分野の優れた講演が年間約 70 回行われています。

■ NIG Colloquia

Seminars are held every Friday by researchers at the instituteto discuss their progress during the past year. Presentations are
made not only by faculty, but also by fifth year graduate students
as a part of their D5 Progress Report.
■ Biological Symposia

Biological Symposia are held throughout the year, featuring
distinguished speakers in many areas of biological sciences, fromuniversities and institutions worldwide.

▶ Events

行Open House on April 6, 2019
一般公開 2019 年 4 月 6 日

Public Lecture Presented by Dr. KAWAMOTO, Shoko

公開講演会 川本祥子 准教授講演■ 研究所の一般公開

科学技術週間における行事の一環として、毎年４月上旬に各研究部門の展示や学術講演を行い、研究所の一部を一般の方々に公開しています。
■ 公開講演会

年 1 回、東京地区を中心に本研究所教員を講師として、一般の方々を対象に遺伝学公開講演会を開催しています。
国立遺伝学研究所⃝講演タイトル2018 年度の公開講演会

遺伝情報を受け継ぐしくみ／村山泰斗 准教授

研究を支える生き物・情報・ヒト／川本祥子 准教授

84

事

研究を促進するための活動と行事／ Activities and Events for Research Promotion■ Open House

As one of the events of the Science and Technology Week,
NIG opens its grounds and facilities to the public. Visitors attend
exhibits and special lectures as well as enjoying cherry blossoms
in the campus.
■ Public Lecture

Once every autumn, NIG holds a public lecture in Tokyo, presented by its faculty.

Cyber Museum of Genetics

https://www.nig.ac.jp/museum/

遺伝学電子博物館

この博物館は、1999 年に国立遺伝学研究所の創立 50 周年を記念して、遺伝学の研究の中身を、わかりやすく、楽しく知っていただけるようにと企画して作ったものです。2009 年、創立 60 周年にあたり、構成を一新するとともに、時代の流れに則した内容を新たに付け加えました。
新聞やニュースなどで、「遺伝子」、「DNA」、「ゲノム」といった言葉が毎日のように流れています。いまや、遺伝学の研究は専門家だけに任せておいてはいけない時代、沢山の方が理解して判断を迫られる時代となっているのです。この「遺伝学電子博物館」では、学生・学校の先生・ジャーナリストだけでなく、科学の研究に興味のある多くの方々に向けて、遺伝学についての正確な情報を提供しています。では、少しだけ中身を紹介しましょう。

■ 遺伝学の歴史 …… メンデルから現代まで

昔から「子は親に似る」ということわざがあるように、親子、兄弟は何となく顔や姿が似ていることは疑う余地がありません。遺伝現象の研究が近代科学として成立したのは、オーストリアの修道院の牧師であったメンデルが重要な遺伝の法則を発見したことから始まります。

生物種の遺伝学■ 進化と遺伝 …… 生きものはどこから来たか

科学としての進化論は、C. ダーウィンが1859年に『種の起原』を発表したことから始まりました。ダーウィンは遺伝の原理を知りませんでしたので、自然淘汰の機構について充分説明できず大変悩んだようです。1968年、木村資生が提唱した中立説に始まり、分子レベルで進化を考えることが始まりました。
■ 分子遺伝学 …… DNA の視点から生命を考える

1953 年、X 線を使ってDNA の二重らせん構造が発見されました。そこには遺伝情報を正確に子孫に伝え、体のかたちを作り、生命活動を行う精巧な仕組みが秘められていました。近年活発なゲノムプ

マルチメディア資料館：DNA の複製

ロジェクトについてもご紹介します。

■ 生物種の遺伝学 …… いろんな生物のゲノム研究

ゲノムプロジェクトにより、生命現象の基本プログラムの詳細な姿を明らかにするための基礎となる「情報」が日々蓄積されています。それらは、ゲノムの構造と密接に関連した生物情報知識ベースとしてコンピュータ化され、バイオサイエンス研究の基盤情報として広く使われているのです。
■ マルチメディア資料館 生物・ザ・ムービー …… ムービーで見る分子の世界

DNA が複製・転写・翻訳される様子を 3D のムービーにしました。RNA ポリメラーゼの専門家と生物・ザ・ムービータンパク質の立体構造の専門家が製作に参加し、分子生物学の正確な知見を踏まえて作られています。
■ クイズ遺伝学 ゲノムアニメ劇場 電脳紙芝居 …… 楽しく遺伝学を知ろう！

ゲノムって何？オーダーメイド医療って？研究者はどんな考え方をしているの？素朴な疑問にクイズやアニメで楽しみながら学べます。狙った遺伝子を破壊できるノックアウト技術を使ったマウスの研究の紹介アニメが新たに追加されました。

ゲノムアニメ劇場

遺伝学電子博物館／ Cyber Museum of Genetics

85

国立大学法人 総合研究大学院大学 生命科学研究科

遺伝学専攻

Department of Genetics

SOKENDAI

国立遺伝学研究所（遺伝研）は、総合研究大学院大学（SOKENDAI）生命科学研究科 遺伝学専攻として、大学院生の教育を行っています。遺伝学を中核に多様な分野の研究が集積する優れた環境の元で、幅広い視野をもつ研究者を育成し、次世代の生命科学研究に貢献したいと考えています。5 年一貫制博士課程と3 年次編入学の 2 種類の課程があります。5年一貫制課程の対象者は大学卒業、または、それと同等の資格を有する方、3 年次編入学の対象者は修士号取得者、または、それと同等以上の学力があると認められた方です。
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/main-page-top/main-page/

National Institute of Genetics (NIG) functions as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies) and offers PhD
programs in Genetics. Our 5-year program accepts
those with a bachelor’s degree or equivalent. Thosewith Master’s degree or similar qualifications are also
eligible to apply to our 3-year program. Our graduate
programs provide interdisciplinary education with frequent seminars, journal clubs, and workshops on scientific writing and presentation. Highly qualified
students can receive financial aid. For more information please visit the web site of our graduate program.
https://www.nig.ac.jp/nig/phd-program/main-page-top/main-page/86

Department of Genetics,
School of Life Science, SOKENDAI
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研で学びませんか？
▶ SOKENDAI

遺伝学専攻の特色■ 質の高い研究■ High Quality Research

遺伝研は国内外の研究者の共同利用を目的とした研究機関です。

整備されたDNAデータベース、数多くの実験生物系統などの遺伝資源、最先端の共通機器等、生命科学の基礎研究を遂行するための環境が全て揃っています。ここでは、約 40 の研究グループがそれぞれのテー

マに向かって自由に研究活動を展開し、得られた研究成果を世界へと発信しています。論文引用度や科学研究費の採択率がここ数年間
常にトップクラスであることも、当研究所で行われている研究が国際的にみても高水準であることを裏付けています。質の高い研究に支えられた研究主導型の教育は、SOKENDAI・遺伝学専攻で学ぶ大きな利点です。

■ Small Lab Size

■ 少人数教育

遺伝研では、教授も准教授もそれぞれ独立の研究室を組織して研究を行っています。各研究室の構成員は10 人前後と小規模ですので、教員と頻繁な密度の濃い議論が可能です。博士課程の大学院生１人あたりの教員数は 2.08 人であり、大学院大学ならではの非常に恵まれた研究教育環境であるといえます。

United under the term “Genetics”, graduate students at NIG
continue to expand the frontiers of life sciences in molecular and cellbiology, development, neurosciences, evolution, structural biology
and bioinformatics. The quality of NIG research is evident from thefrequent citations of papers published from the institute and the highfunding rates for our grant proposals. NIG houses tremendous resources for basic research in life sciences, such as the well-established DNA database (DDBJ), an extensive collection of naturalvariants and mutant strains of various model organisms, and stateof the art research equipments.

Unlike most other Japanese universities that retain the “pyramid”
lab structure, professors and associate professors organize independent research groups at NIG. Each group is small; a typical lab
consists of fewer than ten people. Thus, the ratio of faculty to students is extremely high, an average of 2.08 faculty / student. This
enables the graduate students to have frequent and in-depth discussions with faculty – something not possible at institutions with anundergraduate program, which must accept several students per
faculty every year, not counting undergraduate students!

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

87

■ 多彩な授業と豊富なセミナー

遺伝学専攻では、生命科学をはじめとする様々な分野について基礎から最先端まで学べます。基礎的知識の教授と議論が中心の授業を併設し、原著論文を批判的に読み、ディスカッションすることを通して「考える力」や「討論する力」を育てることを重視しています。遺伝研で行われる授業だけでなく、遠隔講義システムを活用して他の専攻で実施されている幅広い分野の授業に参加することも可能です。また、英語による口頭発表や論文作成など、成果発表のための実践的技術を身につけるための授業も行っています。遺伝研では、多岐分野にわたるセミナーが頻繁に開催されています。週 1 度の所内演者による内部交流セミナーに加えて、国内外の著名研究者を招いたバイオロジカルシンポジウムが毎週のように開かれ、活発な論議が行われています。セミナー演者と大学院生との昼食会に参加すれば、あこがれの研究者と実際に会って個人的に話をすることができます。

■ 複数教員による教育制度

遺伝学専攻は、「一人一人の大学院生を全教員で指導する」という理念のもとに大学院教育を行っています。もちろん各大学院生はそれぞれ一人の指導教員のもとでその研究グループに所属して研究を行いますが、それを補う形で、複数教員の指導によるユニークな「生命科学プログレス制度」を実施しています。この制度は、「各々の学生が選んだ教員が小委員会を組織し、学生の相談にのり助言をおこなう」というものです。

５年一貫制博士課程の１、３年次では、指導教員以外の教員１名との個人面談で研究計画の討論を行い、研究テーマの設定について助言を得ることができます（生命科学プログレスⅠ、Ⅲ）。２、４年次には、それまでの研究内容のレポートを提出し、指導教員以外の４人の教員からなる小委員会に対して口頭で発表を行います（生命科学プログレスⅡ、Ⅳ）。

さらに５年次には、研究所全体での公開のセミナーを行い、聴衆や小委

員会のメンバーと討論します（生命科学プログレスⅤ）。それ以外にも学生は年一回プログレスポスター発表会で研究発表を行います。これらの制度が、研究が行き詰まったときの助けになるのはもちろんですが、様々■ Diverse Courses and Frequent Seminars

The Department of Genetics offers diverse courses aimed atproviding in-depth as well as basic knowledge on various fields oflife sciences. The courses are designed to foster critical thinking
and logical discussion skills. Courses on scientific presentationand scientific writing are also offered. Using a remote lecture system students can take courses in various disciplines provided byother departments of SOKENDAI. A large number of seminars
covering various fields of life sciences are held at NIG, including“Biological Symposia” featuring eminent scientists from all over
the world. In addition, members of NIG present their progress
during the past year at weekly “NIG Colloquia”. Graduate students
are invited to lunch with seminar speakers, where students have achance to personally talk with internationally renowned scientists.
Almost all the seminars are given in English, and the graduate
course lectures are also given in English. Knowledge of Japanese
is not required for completing the graduate program and obtaining
PhD degree.
■ Team Teaching

NIG has a policy that “all” faculty members should be involvedin the education of each student. In addition to the thesis advisor (PIof the lab in which the student belongs to) students receive guidance and support from the “Progress Committee”, whose members are selected by each student from outside their own researchgroup. This committee meets with the student once per year (ormore often if requested by the student) and gives advice on thestudent’s thesis project. In addition, students have opportunities
to present their work every year in poster progress sessions, andhave discussions with the committee as well as other faculty andpostdoctoral fellows. By providing a friendly and stimulating environment to have in-depth discussions with researchers in otherfields, this program helps students to broaden their views and tofind breakthroughs when research is not going smoothly. It also
gives opportunity to prepare for presenting seminars at conferences.

な分野の研究者の意見を聞く機会をもつことで、研究者としての視野を広げるのに役立っています。また、英語論文を書くための準備やプレゼ

ンテーションの訓練という意味でも経験を積むことができます。

88

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

■ 研究者間の活発な交流■ Close Network of Research Groups

遺伝研・遺伝学専攻は、研究者間の交流や議論が活発な事で有名です。

各研究室が小規模なこともあり、研究室間の合同セミナーや、共同研究が活発に行われています。大学院生も、他の研究室に出入りして自分に必要な知識や実験手技を学んだりするなど、自由で積極的な交流を行っており、講座制にはない魅力となっています。研究所には、教員や大学院生以外にも、博士研究員、共同利用研究員、外国人招へい研究者等、様々な立場の研究者がいるので、いろいろなレベルでの交流が行われています。このような研究室間の垣根のない交流は、幅広い学際的視野をもつ研究者の育成のために、非常に良い環境であるといえるでしょう。

■ 生命科学リトリート

NIG is famous for active interactions and discussions among
the in-house researchers. Because each research group is small,many groups have joint lab meetings with other labs, and collaborations between groups are very common. Graduate students
also actively and freely visit other research groups to acquire newtechniques and knowledge, which is another advantage of small
groups. NIG also hosts various types of researchers, such as
postdoctoral fellows, collaborative researchers and visiting scientists from abroad. Interacting and networking with researcherswith diverse levels and backgrounds is an ideal way for students
to develop broad and balanced views as mature scientists.
■ Life Science Joint Retreat

総研大の生命科学研究科は、遺伝研を基盤機関とする遺伝学専攻、岡崎の生理研、基生研を基盤機関とする生理科学専攻、基礎生物学専

攻から成り立っています。これら３専攻に葉山の生命共生体進化学専攻

を加えた 4 専攻合同の生命科学リトリートが年１回開催されています。

SOKENDAI houses the largest number of life science facultyin Japan. In addition to the Department of Genetics in Mishima,
the Okazaki area has two departments, the Department of Physiological Sciences and the Department of Basic Biology, and afourth department, the Department of Evolutionary Studies andBiosystems, is located in Hayama. These four life science departments hold a joint retreat every year for scientific interactions.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI89

▶ Various Aids to Students

学生に対する様々な支援活動

大学院生としての生活は人生の中で決して「楽な」時期ではありません。一人前の研究者と同様に高いレベルの研究成果をあげることを期待されているにもかかわらず、「指導を受けている」学生という身分であるため、仕事をするために授業料を支払わなければなりません。アメリカでは、大学院生の授業料は学部や指導教官が申請するグラントによって負担され、また学生には給与（stipend）が支給されるのが普通ですが、現在の日本の制度では大学院が学生に経済的な援助を与えるシステムは極めて限られています。このような制約の下でも、遺伝学専攻は、学生が「一人前の研究者に育つ」という目標を達成するために出来る限りの支援をしようとしています。

NIG and the Department of Genetics conduct various activities to support graduate students and enrich its graduate program.
■ 経済的支援

遺伝学専攻では、大学院生をリサーチアシスタントに採用し、給与を支給しています。額は５年一貫制１、２年次が年額 55 万円、３年次以上が年額 60 万円です。また、日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する
者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します。最近の実績
では、希望者全員が奨学金給付を認められています。入学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、半額免除又は徴収猶予が認められる制度があります。
■ 就職支援活動

在学生や修了生を対象に、「求人情報のメーリングリスト」を作成しています。個々の教員に寄せられるポスドクなどの求人情報が素早く入手できる便利な制度です。静岡大学キャリア創造プログラム及び広島大学
次世代研究者育成プログラムに参画しており、企業への就職を希望する
学生の相談にも対応します。

Students accepted to the special graduate program for international students will be granted financial support. Third year students can also apply to a “Research Fellowship for Young
Scientists” grant sponsored by JSPS. Other financial aids are alsoavailable.

■ Aid in Finding a Job

To help our graduates find jobs after obtaining their degrees,
NIG collects recruitment information for positions such as postdocs and assistant professors and informs the graduate students
and alumni using a web page and a mailing list. The Departmentof Genetics has agreements with two external programs that support career development of students in PhD courses.

■ Travel Funds

研究成果をあげたら、次は国際学会での発表です。遺伝学専攻では、学生の国際学会への参加旅費を援助し、発表を奨励しています。国際共同研究活動や国際的研究能力育成のための長期間海外派遣で、研究や研修を行う制度もあります。

Once you have obtained interesting results and polished yourpresentation skills, it’s time to show them off at international meetings. Indeed, many NIG graduate students have been selected topresent their work as oral presentations at prestigious international conferences. NIG students are eligible to apply to several travel
funds to cover the costs of attending international conferences.

■ 遺伝研宿舎■ NIG Dormitory■ 海外での学会参加の助成

遺伝学専攻には学生が入居できる宿舎があります。一人部屋と3 人部屋があり、それぞれに、バス・キッチン・トイレを完備しています（3 人用は共用になります）。
■ 科学発表の授業

研究者にとっては、単に研究能力だけでなくその成果を外に発表する能力も大切です。特に英語で表現・議論する能力は国際的に活躍するためには是非身につけたい能力です。博士号取得までに「英語で理解・議論・表現する力」を獲得できるよう、遺伝学専攻は独自に開発した「遺伝研メソッド」による研究者育成を行っています。詳細は以下 URL をご覧ください。
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

90■ Financial Aid

The NIG dormitories are available for students. There are two
options: Private Unit and Shared Unit (residents will be provided
their own rooms).

■ Courses on Scientific Writing and Presentation

Scientist must not only make new discoveries, but also communicate new findings effectively to others. The ability to present
and discuss science in English is thus an essential skill that mustbe learned within your graduate career. The Department of Genetics offers many courses and workshops on scientific writing andpresentation, including a special scientist training program called “NIG
Method”. For details please take a look at the following URL:
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/OSC/OSC_I.html

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI▶ Research Internship

体験入学プログラム■ 学部学生のための遺伝研体験プログラム■ Undergraduate Research Internships at NIG

遺伝研では学部学生のための「体験入学プログラム」

を実施しています。１週間程度、遺伝研の宿泊施設に泊

まり込み、実験、セミナー参加など、たくさんのプログラ
ムで遺伝研の研究生活を実体験することができます。旅費・宿泊費は遺伝研から支給されます。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/taiken/

NIG offers a 6-week undergraduate research internship program for international students who wish to gain experience in scientific lab work. Each intern will
join ongoing research projects in a world class research group, and will be provided with latitude as well as responsibility to conduct “real” research, i.e. somethingthat no one in the world has done before. Interns also participate in various departmental activities, such as lectures for our graduate students, journal clubs, andseminars by outstanding researchers in and out of NIG. Japanese lessons are alsoavailable. Stipend will be provided to cover travel and living expenses. If you wantto find out what it is like to do research, this is the best way to spend a summer.
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/intern/index.html▶ Graduate Education at NIG

大学院進学を考えている人へ

遺伝学専攻の大学院教育は、「自立した研究者」の育成を目指しています。しかし、この目標は優れた研究環境や充実した指導体制だけで達成できるわけではありません。大学院生が各自、何を研究したいのか目的

意識をきちんと持ち、自ら積極的に行動することが必要です。遺伝学専

攻に興味を持たれた方は、まずは興味をもつ研究室の教員に直接連絡を取ってみてください。下記は遺伝学専攻生とその発表論文の一例です。

Educating future generations of scientists is central to themission of NIG. Our graduate program provides many opportunities for students to gain scientific knowledge and professional
skills. We look forward to your active participation in the program.
Below is an example of a first-authored recent publication by a
NIG graduate student.

Requirement of the 3’-UTR-dependent
suppression of DAZL in oocytes forpre-implantation mouse development.

Differential dynamics of cortical neuron
dendritic trees revealed by long-term invivo imaging in neonates.

Fukuda K, Masuda A, Naka T, Suzuki A,
Kato Y, Saga Y. PLoS Genet. 2018 Jun
8;14(6):e1007436.

Nakazawa S, Mizuno H, Iwasato T. Nat
Commun. 2018 Aug 6;9(1):3106.

福田胡桃

中沢信吾

FUKUDA, Kurumi▶ Programs to Host Researchers

NAKAZAWA, Shingo

遺伝研で研究しよう

遺伝研は、他大学の大学院生の教育にも貢献しています。遺伝学またはこれに関連する学問分野を専攻している大学院生（修士・博士課程）
であれば、「特別共同利用研究員」として遺伝研で研究することが可能です。授業料などの費用はかかりません。そのほか、企業に所属しながら遺伝研で研究する「受託研究員」制度や、大学卒業の資格で遺伝研で研究する「遺伝研研究生」の制度もあります。詳細は以下 URL をご覧ください。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/how-to/

NIG accepts students who belong to other graduate programs (master’s course or doctor’s course) and provides research
environment at the Institute. NIG also offers ample opportunity forpost-graduate education and international exchanges. In addition
to institutionally-funded postdoc positions (NIG postdoctral fellow), one can also work at NIG through externally-funded postdoc
grants (MEXT and JSPS Programs) or grants to individual laboratory. In addition, NIG welcomes sabbatical stays of foreign faculty.
Please contact your proposed mentor/host/hostess for details on
the programs.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

91

NIG Data
遺伝研データManagement

運

営（2019 年 4 月 1 日現在）

運営会議 Advisory Committee
研究所の運営に関する重要事項その他共同研究計画に関する事項で、所長が必要と認めるものについて、所長の諮問に応じる。
The Advisory Committee gives advice to the Director-General on administrative affairs including joint research programs.

筑波大学名誉教授
漆原秀子
URUSHIHARA, Hideko Professor Emeritus, University of Tsukuba

TAKAGI, Toshihisa

高木利久

Professor,Toyama University of International Studies

東京大学定量生命科学研究所教授
KURUMIZAKA, Hitoshi Professor, Institute for Quantitative Biosciences, The University of TokyoTACHIDA, Hidenori

Professor Emeritus, Kyusyu University

NISHIDA, Eisuke

Director, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

胡桃坂仁志
塩見美喜子

Professor, Graduate School of Sciences, The University of TokyoSHINOZAKI, Kazuo

Director, RIKEN Center for Sustainable Resource Science

篠崎一雄
菅野純夫

SUGANO, Sumio

舘田英典

九州大学名誉教授

西田栄介

東京大学大学院理学系研究科教授

SIOMI, Mikiko

富山国際大学教授

理化学研究所環境資源科学研究センター長

理化学研究所生命機能科学研究センター長

松崎文雄

理化学研究所生命機能科学研究センターチームリーダー

森川耿右

京都大学大学院生命科学研究科研究員

MATSUZAKI, Fumio

東京医科歯科大学非常勤講師

Team Leader, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

MORIKAWA, Kousuke

Part-time Lecturer, Tokyo Medical and Dental University

Researcher, Graduate School of Biostudies, Kyoto University（所外委員）

仁木宏典

NIKI, Hironori

副所長

Vice-Director

荒木弘之

副所長

相賀裕美子

副所長

ARAKI, Hiroyuki
SAGA, Yumiko黒川顕

Vice-Director

Vice-Director

副所長

KUROKAWA, Ken

Vice-Director

OKUBO, Kousaku

Head, Department of Informatics

大久保公策

情報研究系研究主幹

斎藤成也

ゲノム・進化研究系研究主幹

SAITOU, Naruya

Head, Department of Genomics andEvolutionary Biology

川上浩一

遺伝形質研究系研究主幹

KAWAKAMI, Koichi

角谷徹仁

Head, Department of Gene Function
and Phenomics

Head, Department of Chromosome
Science

澤新分野創造センター長

斉

前島一博

MAESHIMA, Kazuhiro

遺伝形質研究系教授

Professor, Department of Gene
Function and Phenomics

遺伝メカニズム研究系教授

Professor, Department of
Chromosome Science

遺伝メカニズム研究系研究主幹

KAKUTANI, Tetsuji

SAWA, Hitoshi

岩里琢治

IWASATO, Takuji（所内委員）

Head, Center for Frontier Research

アドバイザリーボード Advisory Board
研究所に係る重要事項について、所長又は運営会議の求めに応じ助言を行う。
The board members give advice to the Director-General and/or the Advisory Committee regarding the principles and policies of the institute.
榊佳之

SAKAKI, Yoshiyuki

竹市雅俊

TAKEICHI, Masatoshi

⽥中啓⼆

東京大学名誉教授（公財）東京都医学総合研究所理事⻑

Professor Emeritus, The University of TokyoTANAKA, Keiji

理化学研究所生命機能科学研究センターチームリーダー

WIESCHAUS, Eric Professor, Princeton University

Team Leader, RIKEN Center for Biosystems Dynamics Research

HUNT, Tim

Chairperson, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science

Emeritus Scientist, The Francis Crick Institute総合企画会議 Council for Strategy Planning
所長の指揮の下、研究所の運営に関する基本方針の企画立案等を行う。
Under the Director-General’s supervision, the Council makes basic plans and policies on NIG management.
議長

Chair		

機構本部連携調整会議

花岡文雄

HANAOKA, Fumio

メンバー

Members		

仁木宏典

NIKI, Hironori

荒木弘之
ARAKI, Hiroyuki

 賀裕美子相SAGA, Yumiko

 川
黒

顕

KUROKAWA, Ken

Council for intra-ROIS liaison and Coordination

機構本部との連携に関する必要な調整等を行う。
The Council plays the coordination role to cooperate with ROIS headquarters.
議長

Chair		

花岡文雄

HANAOKA, Fumio

研究企画担当Research Planning		

		
		
		
情報・システム研究機構戦略企画会議担当
ROIS Strategic Planning Committee

仁木宏典

評価担当
Evaluation		荒木弘之

産学連携・知的財産担当
NIG INNOVATION		

鈴木睦昭

相賀裕美子

SAGA, Yumiko

男女共同参画推進室担当
Gender Equality		

平田たつみ

黒川

広報担当

NIKI, Hironori

ARAKI, Hiroyuki

顕

KUROKAWA, Ken

Public Relations		

中村保一

NAKAMURA, Yasukazu
SUZUKI, Mutsuaki
HIRATA, Tatsumi

来栖光彦

KURUSU, Mitsuhiko

仁木宏典

NIKI, Hironori

所長補佐 Assistant to the Director-General
所長の命を受け、特命事項を迅速かつ機動的に処理する。
Under the order from the Director-General, the Assistant to the Director-General carries out special missions flexibly and expeditiously.
評価担当
Evaluation		中村保一

NAKAMURA, Yasukazu

教育担当
Education		平田たつみ

HIRATA, Tatsumi

動物実験担当Animal Experiments		小出剛

KOIDE, Tsuyoshi

運営／ Management93

運営会議共同利用委員会

Inter-University Collaboration Committee（委員長）Chair
澤（所内委員）NIG members

斉澤

新分野創造センター長

SAWA, Hitoshi（所外委員）Non-NIG members
舘田英典

角谷徹仁

九州大学名誉教授

TACHIDA, Hidenori

東京医科歯科大学非常勤講師

塩見美喜子

東京大学大学院理学系研究科教授

Part-time Lecturer, Tokyo Medical and Dental University

SIOMI, Mikiko

Head, Center for Frontier Research

遺伝メカニズム研究系研究主幹

Head, Department of Chromosome Science

SAGA, YumikoVice-Director

SATO, Yutaka

Professor, Department of Genomics and Evolutionary Biology

佐藤

豊

副所長

ゲノム・進化研究系教授

Professor, Graduate School of Sciences, The University of Tokyo（2019 年度委員）

各種／個別委員会

委員長

NIG Committees (Chair)

将来計画委員会
Future Planning		

仁木宏典

図書委員会
Library		

北野潤

博士研究員選考委員会
PD Selection 		

予算委員会
Budget		荒木弘之

セミナー委員会
Seminar		

岩里琢治

遺伝学博物館委員会
Museum of Genetics		

SAITOU, Naruya

施設整備委員会

仁木宏典

事業委員会
NIG Projects		

前島一博

国際化推進委員会
Internationalization		

KIMURA, Akatsuki

利益相反委員会

所長

NIKI, Hironori

ARAKI, Hiroyuki
NIKI, Hironori

Facility Management

KITANO, Jun
IWASATO, Takuji

MAESHIMA, Kazuhiro

Common Equipment		

KAWAKAMI, Koichi

川上浩一

広報委員会
Publicity		

木村

電子計算機委員会
Computer		黒川

知的財産委員会

角谷徹仁

角谷徹仁

イネ小委員会佐藤

遺伝子組換え実験安全委員会
Recombinant Experiments		

井ノ上逸朗

大腸菌小委員会

仁木宏典

動物実験委員会

小出

KOIDE, Tsuyoshi

防火・防災管理委員会
Fire & Disaster Prevention		

管理部長

共通機器委員会

放射線安全委員会
RI Safety		Animal Experiment		

顕

KUROKAWA, Ken

KAKUTANI, Tetsuji
INOUE, Ituro剛

General Manager

Intellectual Property		

Rice Bioresource		
E. Coli Bioresource		

豊

SATO, Yutaka
NIKI, Hironori

人を対象とする研究倫理審査委員会

大久保公策

変異マウス開発支援運営委員会

相賀裕美子

Ethics of Human Subjects Research OKUBO, Kousaku

井ノ上逸朗

Ethics of Human Genome Research

農業・食品産業技術総合研究機構高度解析センターゲノム情報大規模解析チーム長

笠原雅弘

東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻准教授

菅野純夫

東京医科歯科大学非常勤講師

長洲毅志

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム
研究総括

SUGANO, SumioNAGASU, Takeshi

二階堂

愛

NIKAIDO,Itoshi

服部正平

HATTORI, Masahira

Leader, Advanced Analysis Center National Agriculture and Food Research Organization
Associate Professor, Department of Computational Biology and Medical Science,
Graduate School of Frontier Science, The University of Tokyo
Part-time Lecturer,Tokyo Medical and Dental University

Research Supervisor, Database Integration Coordination Program, NBDC Japan Scienceand Technology Agency

理化学研究所生命機能科学研究センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットリーダー
Team Leader, Laboratory for Bioinformatics Research RIKEN Center for Biosystems
Dynamics Research

所外委員

静岡県立静岡がんセンター研究所免疫治療研究部部長

動物実験委員会

所外委員

運営／ Management

OKUBO, Kousaku

INOUE, Ituro林

哲也

九州大学大学院医学研究院教授

HAYASHI, Tetsuya

Professor, Department of Bacteriology, Faculty of Medical Sciences, Kyushu University

HIRAI Yokota, Masami

Team Leader, RIKEN Center for Sustainable Resource Science

平井優美
星

潤一

HOSHI, Jun-ichi

松岡

聡

宮野

悟

水島

洋

理化学研究所環境資源科学研究センター代謝システム研究チームリーダー
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター企画運営室長

Director, Department of Planninng and management, NBDC Japan Scienceand Technology Agency

理化学研究所計算科学研究センター長

MATSUOKA, Satoshi

Director, RIKEN Center for Computational Science

MIYANO, Satoru

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science, The University of Tokyo

MIZUSHIMA, Hiroshi

Director of Center for Public Health Informatics, National Institute of Public Health

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授
国立保健医療科学院研究情報支援研究センター長

Recombinant Experiments Committee (Non-NIG members)Chief, Immunotherapy Division, Shizuoka Cancer Center Research Institute

塩尻信義

Engineered mouse supporting division SAGA, Yumiko

早稲田大学理工学術院先進理工学研究科教授

AKIYAMA, Yasuto

SHIOJIRI, Nobuyoshi

Director-General

Professor, Graduate School of Advanced Science and Engineering, Faculty of Scienceand Engineering, Waseda University

遺伝子組換え実験安全委員会
秋山靖人

Center for Frontier Research

DNA Database Advisory Committee (Non-NIG members)

剛

KASAHARA, Masahiro

有田正規
所長

安全衛生委員会
Safety & Health		伊藤

DNA データ研究利用委員会

新分野創造センター運営委員会

小出

ITOH,Takeshi

Conflict of Interests		Director-General

ハラスメント防止・対策委員会 荒木弘之
Harassment Prevention		
ARAKI, Hiroyuki

マウス小委員会

所外委員

暁

ARITA, Masanori

大久保公策

DNA データ研究利用委員会

木村

DDBJ		

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会（2018 年度委員）

斎藤成也

KAKUTANI, Tetsuji

仁木宏典

KOIDE, Tsuyoshi

潤

KITANO, Jun

暁

NIKI, Hironori

剛

北野

KIMURA, Akatsuki

生物遺伝資源委員会
Genetic Resources 		
Mouse Bioresource		

94

新分野創造センター長

KAKUTANI, Tetsuji

相賀裕美子

Professor Emeritus, Kyusyu University

菅野純夫

SUGANO, Sumio

斉

SAWA, Hitoshi

Head, Center for Frontier Research

小林公子

KOBAYASHI,Kimiko

Animal Experiments Committee (Non-NIG members)

静岡大学理学部教授

Professor, Faculty of Science, Shizuoka University

静岡県立大学食品栄養科学部食品生命科学科教授

Professor, School of Food and Nutritional Sciences,University of Shizuoka

Management
生物遺伝資源委員会
明石

良

所外委員

宮崎大学農学部畜産草地科学科教授

Professor, Department of Animal and Grassland Science, University of Miyazaki

ASANO, Masahide

Professor, Institute of Laboratory Animails, Graduate School of Medicine, Kyoto University

江面浩

EZURA, Hiroshi

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設教授
筑波大学生命環境系教授

Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences, University of Tsukuba

中潟直己

NAKAGATA, Naomi

中桐昭

NAKAGIRI, Akira

中村克樹

大熊盛也

理化学研究所バイオリソース研究センター微生物材料開発室長

NAKAMURA, Katsuki

小笠原直毅

奈良先端科学技術大学院大学名誉教授

NAKAMURA, TaroOHKUMA, Moriya

Head, Microbe Division, RIKEN BioResource Research Center

OGASAWARA, Naotake

Professor Emeritus, Nara Institute of Science and Technology

OKADA, Kiyotaka

Professor, Department of Plant Life Science, Faculty of Agriculture, Ryukoku University

岡田清孝
岡本

仁

荻野

肇

OKAMOTO, Hitoshi

龍谷大学農学部植物生命科学科教授

理化学研究所脳神経科学研究センター意思決定回路動態研究チームリーダー
Team Leader, Neural Circuit Dynamics of Decision Making, RIKEN Center for Brain Science

折原裕

ORIHARA, Yutaka

加藤浩

KATO, Hiroshi

上村陽一郎

KAMIMURA, Yoichiro

河地正伸

KAWACHI, Masanobu

北柴大泰

理化学研究所バイオリソース研究センター細胞材料開発室長

NAKAMURA, Yukio

長村登紀子

NAGAMURA, Tokiko

成瀬

Director, RIKEN BioResource Research Center

東京大学大学院薬学系研究科准教授

Associate Professor, Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Faculty of
Pharmaceutical Sciences, The University of Tokyo

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センター長

Director, Genetic Resources Center, National Agriculture and Food Research Organization

理化学研究所生命機能科学研究センター細胞シグナル動態研究チーム上級研究員
Senior Research Scientist, Laboratory for Cell Signaling Dynamics, RIKEN Center for
Biosystems Dynamics Research

国立環境研究所生物・生態系環境研究センター生物多様性資源保全研究推進室長

NASUDA, Shuhei

清NARUSE, Kiyoshi

仁田坂英二

伴野

豊

BANNO, Yutaka

FUJISHIMA, Masahiro

小林正智

理化学研究所バイオリソース研究センター実験植物開発室長

MASUYA, Hiroshi

酒泉

満

SAKAIZUMI, Mitsuru

笹倉靖徳

SASAKURA, Yasunori

医薬基盤・健康・栄養研究所培養資源研究室研究リーダー
新潟大学自然科学系教授

Professor, Dept. of Environmental Science, Faculty of Science, Niigata University

筑波大学下田臨海実験センター長

Director, Shimoda Marine Research Center, University of Tsukuba

佐藤和広

岡山大学資源植物科学研究所教授

神野浩二

製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター生物資源利用促進課課長

末盛博文

京都大学ウィルス・再生医科学研究所准教授

SATO, Kazuhiro
JINNO, Koji

Professor, Institute of Plant Science and Resources, Okayama University

Director, Culture Collection Division, Biological Resource Center, National Institute ofTechnology and Evaluation

SUEMORI, Hirofumi

Associate Professor, Laboratory of Embryonic Stem Cell Research, Institutefor Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University

杉山峰崇

大阪大学大学院工学研究科准教授

高野敏行

京都工芸繊維大学昆虫先端研究推進拠点ショウジョウバエ遺伝資源研究部門教授

SUGIYAMA, Minetaka
TAKANO, Toshiyuki

田中香お里

Associate Professor, Graduate School of Engineering, Osaka University

Professor, Department of Drosophila Genomics and Genetic Resources, Kyoto Instituteof Technology

岐阜大学科学研究基盤センター嫌気性菌研究分野教授

TANAKA, Kaori

Professor, Division of Anaerobe Research, Life Science Research Center, Gifu University

マウス小委員会

所外委員

浅野雅秀

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設教授

Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of Medicine, Kyoto University

ARAKI, Kimi

Professor, Division of Developmental Genetics, Institute of Resource Development
and Analysis, Kumamoto University

小幡裕一

熊本大学生命資源研究・支援センター疾患モデル分野教授
理化学研究所バイオリソース研究センター長

OBATA, Yuichi

Director, RIKEN BioResource Research Center

KOMINAMI, Ryo

Professor Emeritus, School of Medicine, Niigata University

木南

凌

鈴木

治

SUZUKI, Osamu

近畿大学生物理工学部地域交流センター長

九州大学大学院農学研究院遺伝子資源開発研究センター教授

Professor, Institute of Genetic Resources, Faculty of Agriculture, Kyushu University

細矢

剛

桝屋啓志
松居靖久

Professor, Graduate School of Science, The University of Tokyo

Specially Appointed Professor, Graduate School of Sciences and Technology
for Innovation, Yamaguchi University

国立科学博物館植物研究部菌類・藻類研究グループ長

Senior Curator, Department of Botany, National Museum of Nature and Science

理化学研究所バイオリソース研究センター統合情報開発室事業推進ユニットリーダー
Unit Leader, Resource Advancement Unit, Integrated Bioresource Information
Division, RIKEN BioResource Research Center

東北大学加齢医学研究所医用細胞資源センター教授

MATSUI, Yasuhisa

Professor, Cell Resource Center for Biomedical Research, Institute of Development,
Aging and Cancer, Tohoku University

松田洋一

名古屋大学大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター長

MATSUDA, Yoichi

三谷昌平

Director, Avian Bioscience Research Center, Nagoya University Graduate Schoolof Bioagricultural Sciences

東京女子医科大学医学部生理学講座教授

MITANI, Shohei

Professor, Department of Physiology, Tokyo Women’s Medical University Schoolof Medicine

村田武英

理化学研究所バイオリソース研究センター遺伝子材料開発室専任研究員

MURATA, Takehide

森郁恵

Senior Research Scientist, Gene Engineering Division, RIKEN BioResource
Research Center

名古屋大学大学院理学研究科教授

MORI, Ikue

Professor, Graduate School of Science, Nagoya University

YAGUCHI, Takashi

Associate Pfrofessor, Medical Mycology Research Center, Chiba University

YUMOTO, Takakazu

Director, Primate Research Institute, Kyoto University

YOSHIKI, Atsushi

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Research Center

WATANABE, Atsushi

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

矢口貴志
湯本貴和
吉木

淳

渡辺敦史

千葉大学真菌医学研究センター准教授
京都大学霊長類研究所長

理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室長
九州大学大学院農学研究院准教授

Mouse Bioresource Committee (Non-NIG members)

ASANO, Masahide

荒木喜美

九州大学大学院理学研究院准教授

山口大学大学院創成科学研究科教授 ( 特命）東北大学大学院農学研究科准教授

Project Leader, Laboratory of Cell Cultures, National Institute of Biomedical
Innovation, Health and Nutrition

Specially Appointed Professor, Laboratory of Bioresources, Evolutionary Biology
and Biodiversity, National Institute for Basic Biology

藤島政博

HOSOYA, Tsuyoshi

小原有弘

自然科学研究機構基礎生物学研究所進化多様性生物学領域特任教授

東京大学大学院理学系研究科教授

Director, Laboratory of Plant Chromosome and Gene Stock, Graduate
School of Science, Hiroshima University

KOHARA, Arihiro

京都大学大学院農学研究科准教授

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

福田裕穂

FUKUDA, Hiroo

Head, Experimental Plant Division, RIKEN BioResource Research Center

Associate Professor, Department of Cell Processing and Transfusion, Cell Resource
Center, The Institute of Medical Science, The University of Tokyo

Director, Regional Exchange Center, Faculty of Biology-Oriented Scienceand Technology, Kindai University

仁藤伸昌

KUSABA, Makoto

KOBAYASHI, Masatomo

東京大学医科学研究所附属病院セルプロセッシング・輸血部准教授

NITO, Nobumasa

Head, Biodiversity Resource Conservation Office, Center for Environmental Biology andEcosystem Studies, National Institute for Environmental Studies

広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設長

Head, Cell Engineering Division, RIKEN BioResource Research Center

Associate Professor, Department of Biology, Graduate School of Sciences, Kyushu University

Associate Professor, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University

信Professor, Graduate School of Science, Osaka City University

NITASAKA, Eiji

KITASHIBA, Hiroyasu

草場

京都大学霊長類研究所教授

Professor, Cognitive Neuroscience Section, Primate Research Institute Kyoto University

中村幸夫

理化学研究所バイオリソース研究センター長

OBATA, Yuichi

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター長

Director, Fungus/Mushroom Resource and Research Center, Faculty of Agriculture,
Tottori University

大阪市立大学大学院理学研究科教授

那須田周平

Professor, Amphibian Research Center, Hiroshima University

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

Professor, Division of Reproductive Engineer, Institute of Resource Development
and Analysis, Kumamoto University

中村太郎

広島大学両生類研究センター教授

OGINO, Hajime

小幡裕一

営

Genetic Resources Committee (Non-NIG members)

AKASHI, Ryo

浅野雅秀

運

中潟直己

NAKAGATA, Naomi

林元展人

実験動物中央研究所 ICLAS モニタリングセンター長

HAYASHIMOTO, Nobuhito

Director, ICLAS Monitoring Center, Central Institute for Experimental Animals

YOSHIKI, Atsushi

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Research Center

YONEKAWA, Hiromichi

Senior Researcher, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science吉木淳

新潟大学医学部名誉教授

米川博通

医薬基盤・健康・栄養研究所疾患モデル小動物研究室研究リーダー

若林雄一

Research Leader, Laboratory of Animal Models for Human Diseases, National
Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition (NIBIOHN)

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

Professor, Division of Reproductive Engineer, Institute of Resource Development
and Analysis, Kumamoto University

WAKABAYASHI, Yuichi

理化学研究所バイオリソース研究センター実験動物開発室長
東京都医学総合研究所シニア研究員

千葉県がんセンター研究所発がん研究グループ実験動物研究室長
Team Leader, Division of Experimental Animal Research, Chiba Cancer Center
Research Institute

運営／ Management95Management（2018 年度委員）

イネ小委員会

所外委員

芦苅基行

ASHIKARI, Motoyuki

井澤毅

IZAWA, Takeshi

石川隆二

ISHIKAWA, Ryuji

江花薫子

EBANA, Kaworu

奥本裕名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

東京大学大学院農学生命科学研究科教授

Professor, Graduate School of Agricultural and Life sciences, University of Tokyo

弘前大学農学生命科学部教授

Professor, Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

KUBO, Takahiko

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

KUMAMARU, Toshihiro

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

大腸菌小委員会

所外委員

饗場弘二
秋山芳展

筑波大学生命環境系教授

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授
九州大学大学院農学研究院准教授

鈴鹿医療科学大学薬学部客員教授

小椋義俊

OGURA, Yoshitoshi

片山勉

KATAYAMA, Tsutomu

96

法政大学生命科学部教授

佐藤勉

法政大学生命科学部教授

関根靖彦

立教大学理学部教授

田中寛

東京工業大学科学技術創成研究院教授

戸邉

亨

Professor, College of Science, Rikkyo University

Associate professor, Medical Mycology Research Center, Chiba University

YOSHIKAWA, Hirofumi

Professor Emeritus, Faculty of Life Sciences, Tokyo University of Agriculture

YOSHIDA, Ken-ichi

Professor, Graduate School of Science, Technology and Innovation, Kobe University

Professor, Institute of Oceanic Research and Development, Tokai University

九州大学大学院医学研究院准教授

Associate Professor, Faculty of Medical Sciences, Kyushu University

九州大学大学院薬学研究院教授

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Kyushu University

所外委員

矢口貴志
吉川博文
吉田健一

日本大学短期大学部食物栄養学科教授

千葉大学真菌医学研究センター准教授
東京農業大学生命科学部名誉教授

神戸大学大学院科学技術イノベーション研究科教授

神奈川県立こども医療センター遺伝科部長

所外委員

小林設郎

静岡県立富士宮東高等学校学校教諭

KOBAYASHI, Setsuro

Senior High School Teacher, Shizuoka Prefectural Fujinomiya East High School

NOGUCHI, Motoko

Former Professor, Shizuoka University

WATANABE, Taeko

Director, Public Interest Incorporated Foundation Sano Art Museum

野口基子

日本大学法学部教授

渡邉妙子

元・静岡大学教授

公益財団法人佐野美術館館長

Ethics of Human Genome Research Committee (Non-NIG members)

日本大学短期大学部食物栄養学科教授

KUROSAWA, Kenji

Director, Division of Medical Genetics, Kanagawa Children’s Medical Center

利益相反委員会

所外委員

日本大学法学部教授

神奈川県立こども医療センター遺伝科部長

小林設郎

Professor, Graduate School of Commerce, Otaru University of Commerce

静岡県立富士宮東高等学校学校教諭

KOBAYASHI, Setsuro

Senior High School Teacher, Shizuoka Prefectural Fujinomiya East High School

NOGUCHI, Motoko

Former Professor, Shizuoka University

WATANABE, Taeko

Director, Public Interest Incorporated Foundation Sano Art Museum

野口基子
渡邉妙子

Conflict of Interests Committee (Non-NIG members)

小樽商科大学大学院商学研究科教授

大阪大学大学院医学系研究科教授

Ethics of Research Involving Human Subject Committee (Non- NIG members)Professor, Nihon University College of Law

運営／ Management

川岸郁朗

YAGUCHI, Takashi

ODA, Tsukasa

篤

九州大学特任教授

東海大学海洋研究所教授

Professor Emeritus, Nara Institute of Science and Technology

Professor, Department of Food and Nutrition Junior College at Mishima Nihon University

瀬戸淳Professor, Graduate School of Medicine, Osaka University

UEDA, Ryutaro

SETO, Atsushi

Specially Appointed Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

吉村

九州大学大学院農学研究院准教授

TOBE, Toru

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会

黒澤健司

YOSHIMURA, Atsushi

秀

奈良先端科学技術大学院大学名誉教授

Director, Division of Medical Genetics, Kanagawa Children’s Medical Center

司

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

安井

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Institute of Innovative Research, Tokyo Institute of Technology

KUROSAWA, Kenji小田YASUI, Hideshi

信TANAKA, Kan

Professor, Nihon University College of Law

上田龍太郎

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

松岡

京都産業大学タンパク質動態研究所シニアリサーチフェロー

ODA, Tsukasa

黒澤健司

MATSUOKA, Makoto

SEKINE, Yasuhiko

Professor, Department of Food and Nutrition Junior College at Mishima Nihon University

司

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

慶應義塾大学環境情報学部教授

UEDA, Ryutaro

小田京都大学大学院農学研究科准教授

NASUDA, Shuhei

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

人を対象とする研究倫理審査委員会
上田龍太郎

Senior Researcher, Office for Intellectnal Property Strategy, Intellectual Property
department, National Agriculture and Food Research Organization

SATO, Tsutomu

Senior Research Fellow, Institute for Protein Dynamics, Kyoto Sangyo University

OGURA, Mitsuo

農業・食品産業技術総合研究機構本部知的財産室知的財産戦略室上級研究員

京都大学ウイルス・再生医科学研究所教授

ITO, Koreaki

小倉光雄

DOMON, Eiji

Associate Professor, Graduate School of Bioagricultural Sciences, Nagoya University

Professor, Department of Frontier Bioscience, Hosei University

Professor, Faculty of Environment and Information Studies, Keio University

OGASAWARA, Naotake

DOI, Kazuyuki

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

KAWAGISHI, Ikuro

Visiting Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Suzuka University of
Medical Science

ITAYA, Mitsuhiro

小笠原直毅

名古屋大学大学院生命農学研究科准教授

E. Coli Bioresource Committee (Non-NIG members)Professor, Institute for Frontier Life and Medical Sciences, Kyoto University

伊藤維昭

土井一行

TERAUCHI, Ryohei

Professor, Institute of Plant Science and Resources, Okayama University

九州大学大学院農学研究院教授

AKIYAMA, Yoshinori

板谷光泰

京都大学大学院農学研究科教授

那須田周平

KITANO, Hidemi

AIBA, Hiroji

寺内良平

京都大学大学院農学研究科教授

Team Leader, Genetic Resources Center, National Agriculture and Food Research
Organization

Professor, Faculty of Life and Enviromental Sciences, University of Tsukuba

熊丸敏博

岡山大学資源植物科学研究所教授

土門英司

KAWASE, Makoto

久保貴彦

佐藤和広

SATO, Kazuhiro

農業・食品産業技術総合研究機構遺伝資源センターチーム長

Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

北野英己

営

Rice Bioresource Committee (Non-NIG members)

OKUMOTO, Yutaka

河瀬眞琴

運

元・静岡大学教授

公益財団法人佐野美術館館長

Research Staff and Students of NIG（2019 年 4 月 1 日現在）


長

花岡文雄

Director-General

HANAOKA, Fumio

副所長

仁木宏典

Vice-Director

NIKI, Hironori

Vice-Director

ARAKI, Hiroyuki

准教授

Vice-Director

SAGA, Yumiko

博士研究員

Vice-Director

KUROKAWA, Ken

博士研究員

所

副所長
副所長


副所長
所長補佐
所長補佐
所長補佐

情報研究系


総研大生

荒木弘之

相賀裕美子

黒川

顕

中村保一

Assistant to the
Director-General
Assistant to the
Director-General
Assistant to the
Director-General

平田たつみ
小出

剛

研究主幹（兼） 大久保公策

教

授

特任准教授
助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員

NAKAMURA, Yasukazu
HIRATA, Tatsumi
KOIDE, Tsuyoshi

Head

櫻井

望

川島武士

佐藤允治
時松敏明
細木
李

藍

東晗

Prof.

ARITA, Masanori

Project Assoc. Prof.

SAKURAI, Nozomu

Assist. Prof.

KAWASHIMA, Takeshi

Postdoc

SATO, Mitsuharu

Postdoc

TOKIMATSU, Toshiaki

Postdoc

HOSOKI, Ai

Postdoc

LI, Donghan

Researcher

YOSHIMOTO, Miwa

吉本美和

総研大生

サッティ，マリア アルタフ SOKENDAI Student

SATTI, Maria Altaf

総研大生

ノウリーン，メウィッシュ SOKENDAI Student

NOUREEN, Mehwish

総研大生

SOKENDAI Student

TAKENAKA, Shinkuro

総研大生（学振特別研究員） 多田一風太



川本祥子

授

助

教

博士研究員
博士研究員


東

顕

宙史

光一

村上

匠

▪大量遺伝情報研究室
教

授

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員


谷澤靖洋

藤澤貴智
坂本美佳
矢倉

勝

授

MORI, Hiroshi

Postdoc

HIGASHI, Koichi

Postdoc

MURAKAMI, Takumi

Prof.

NAKAMURA, Yasukazu

Assist. Prof.

TANIZAWA, Yasuhiro

Postdoc

FUJISAWA, Takatomo

Postdoc

SAKAMOTO, Mika

Postdoc

YAGURA, Masaru

望月（土屋）孝子 Researcher▪遺伝子発現解析研究室
教

Assist. Prof.

Genome Informatics Laboratory

中村保一

MOCHIZUKI (TUCHIYA), Takako

Gene-Expression Analysis Laboratory

大久保公策

Prof.

OKUBO, Kousaku

ゲノム・進化研究系 Department of Genomics and Evolutionary Biology
研究主幹（兼） 斎藤成也

▪進化遺伝研究室
教

授

助

教

博士研究員

Head

SAITOU, Naruya

Evolutionary Genetics Laboratory

アカシ，ヒロシ

教

授

助

教

博士研究員
博士研究員
研究員
総研大生
総研大生
総研大生

ABDULLA DAANAA, Hassan Sibroe

井元順一

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

Postdoc

KINJO, Sonoko

Postdoc

MATSUMOTO, Kaoru

Postdoc

IMOTO, Junichi

JSPS Research Fellow DC IIZUKA, Tomoyo

Human Genetics Laboratory

井ノ上逸朗
中岡博史

木村哲晃

Prof.

INOUE, Ituro

Assist. Prof.

NAKAOKA, Hirofumi

Postdoc

KIMURA, Tetsuaki

スンダラムルティー，レバティ D. Postdoc
杉本竜太

中倉沙弥
羅

鈞軒

下山凌太

SUNDARAMOORTHY, Revathi D.

Researcher

SUGIMOTO, Ryota

SOKENDAI Student

NAKAKURA, Saya

SOKENDAI Student

LO, ChunHsuan

SOKENDAI Student

SHIMOYAMA, Ryota

総研大生

チューワ，シャーリーン SOKENDAI Student

総研大生

SOKENDAI Student

NGUYEN, Phuong T.

SOKENDAI Student

NISHIMURA, Ruka

総研大生
遺伝研研究生グエン，フォン T.
西村瑠佳

クルス，アントニオ Research Student▪生態遺伝学研究室
教

授

助

教

博士研究員
博士研究員
総研大生


KUROKAWA, Ken

薫

KAWAMOTO, Shoko

Prof.

金城その子
松本

YAMASHITA, Haruka

DNA Data Analysis Laboratory

池尾一穂▪人類遺伝研究室

博士研究員

Genome Evolution Laboratory

黒川森

Assoc. Prof.

SOKENDAI Student

総研大生（学振特別研究員） 飯塚朋代

Genetic Informatics Laboratory▪ゲノム進化研究室
教

JSPS Research Fellow DC TADA, Ipputa

竹中伸巧郎▪系統情報研究室
准教授

博士研究員

OKUBO, Kousaku

研究員

▪遺伝情報分析研究室

Biological Networks Laboratory

有田正規

山下永香

アブドゥラ ダアナ，ハッサン シブロエ SOKENDAI Student



Department of Informatics▪生命ネットワーク研究室



総研大生

研究教育職員・研究員・学生

教

授

助

教

博士研究員


潤

石川麻乃
柿岡

授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
総研大生


諒

山﨑

曜

後藤寛貴

細木拓也

特任教授
研究員
研究員
研究員
研究員
研究員

Prof.

AKASHI, Hiroshi

松本知高

研究員

Assist. Prof.

MATSUMOTO, Tomotaka

研究員

カワシマ，ケント ディエル

Postdoc

KAWASHIMA, Kent Diel

KITANO, Jun

Assist. Prof.

ISHIKAWA, Asano

Postdoc

KAKIOKA, Ryo

Postdoc

YAMASAKI, Yo

Postdoc

GOTO, Hiroki

SOKENDAI Student

HOSOKI, Takuya

斎藤成也

Prof.

ジナム，ティモシー A. Assist. Prof.
井上潤

Postdoc

SAITOU, Naruya
JINAM, Timothy A.
INOUE, Jun

Plant Genetics Laboratory

佐藤

豊

Prof.

SATO, Yutaka

鈴木俊哉

Assist. Prof.

SUZUKI, Toshiya

タ ニュン

Postdoc

TA, Nhung

Postdoc

YOSHIDA, Yuri

SOKENDAI Student

TEZUKA, Takumi

高橋（野坂）実鈴 Assist. Prof.
吉田悠里

手塚拓海

▪比較ゲノム解析研究室
研究員

Prof.

Population Genetics Laboratory▪植物遺伝研究室
教

CRUZ, Antonio

Ecological Genetics Laboratory北野▪集団遺伝研究室

CHUA, Sharlyn

豊田Comparative Genomics Laboratory

敦

会津智幸
清岡美穂
吉田

悟

石﨑比奈子
陳

薇

塚本ゆみ

許山肖子
江島文緒

TAKAHASHI (NOSAKA), Misuzu

Project Prof.

TOYODA, Atsushi

Researcher

AIZU, Tomoyuki

Researcher

KIYOOKA, Miho

Researcher

YOSHIDA, Satoru

Researcher

ISHIZAKI, Hinako

Researcher

CHEN, Wei

Researcher

TSUKAMOTO, Yumi

Researcher

MOTOYAMA, Ayuko

Researcher

EJIMA, Fumiwo

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

97遺伝形質研究系


Department of Gene Function and Phenomics

研究主幹（兼） 川上浩一

▪脳機能研究室
教

授

助

教

助

教

日本学術振興会
特別研究員

総研大生


授

助

教

博士研究員

平田たつみ
川崎能彦

トウー，ヤンProf.

HIRATA, Tatsumi

Assist. Prof.

KAWASAKI, Takahiko

Assist. Prof.

ZHU, Yan

岩井（竹越）玲奈 JSPS Research Fellow IWAI (TAKEKOSHI), Lena

河内舟月

SOKENDAI Student

中川直樹

中沢信吾

IWASATO, Takuji

Assist. Prof.

NAKAGAWA, Naoki

Postdoc

NAKAZAWA, Shingo

カンダサーミ，ラーマサーミ SOKENDAI Student

総研大生

SOKENDAI Student

WANG, Luwei

SOKENDAI Student

NAKAJIMA, Chiemi

総研大生


王

魯偉

中嶋ちえみ

バネルジー，ピユ SOKENDAI Student▪発生遺伝学研究室
教

授

助

教

博士研究員
博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

研究員



准教授
助

教

総研大生
総研大生

彩

田辺英幸

白木知也

小谷友理

小出

剛

助

教

博士研究員

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員


助

教

博士研究員

日本学術振興会
特別研究員

TANABE, Hideyuki

Postdoc

SHIRAKI, Tomoya

NAGAYAMA, Hiromichi

マラーラプ，ラリータ デヴィ SOKENDAI Student

MALLARAPU, Lalitha Devi

藤原崇之

廣岡俊亮

Prof.

MIYAGISHIMA, Shin-ya

Assist. Prof.

FUJIWARA, Takayuki

Postdoc

HIROOKA, Shunsuke

JSPS Research Fellow ONUMA, Ryo
JSPS Research Fellow KOBAYASHI, Yusuke
JSPS Research Fellow DC JONG, Lin Wei

Microbial Physiology Laboratory

仁木宏典
青木敬太

野崎晋五
尚

矢野晃一

秋山光市郎

小野聖二郎
三村真生

NIKI, Hironori

Assist. Prof.

AOKI, Keita

Postdoc

NOZAKI, Shingo

Postdoc

OKAMOTO, Sho

Postdoc

YANO, Koichi

Postdoc

AKIYAMA, Koichiro

Plant Cytogenetics Laboratory

野々村賢一
津田勝利

Prof.

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

Postdoc

ONO, Seijiro

JSPS Research Fellow MIMURA, Manaki

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員

小田祥久

佐々木武馬
杉山友希

Prof.

ODA, Yoshihisa

Postdoc

SASAKI, Takema

Postdoc

SUGIYAMA, Yuki

Mammalian Development Laboratory

相賀裕美子
加藤

譲

安島理恵子
平野孝昌
井上弘貴
岡田

甫

村岡正文

Prof.

SAGA, Yumiko

Assist. Prof.

KATO, Yuzuru

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

Postdoc

HIRANO, Takamasa

Postdoc

INOUE, HIroki

Postdoc

OKADA Hajime

Researcher

MURAOKA, Masafumi

総研大生（学振特別研究員） 島田龍輝

JSPS Research Fellow DC SHIMADA, Ryuki
SOKENDAI Student

WRIGHT, Danelle

特別共同利用研究員（東京大学大学院） キム，ジェシカ

Special Collaboration
Research Student

KIM, Jessica

総研大生

ライト，ダネル



▪小型魚類遺伝研究室
准教授
助

教

博士研究員


Model Fish Genetics Laboratory

酒井則良

教

授

助

教

博士研究員


今井裕紀子

澤

准教授


斉

根岸剛文

柴田珠杉

教

博士研究員

鈴木えみ子
宮崎隆明

高田豊行

嵯峨井知子

▪微生物遺伝研究室
授

研究員


教

授

助

教

助

教

博士研究員

牧野仁志穂

角谷徹仁
樽谷芳明
稲垣宗一

塚原小百合

▪分子細胞工学研究室
授教

Postdoc

SHIBATA, Misa

Assoc. Prof.

SUZUKI, Emiko

Postdoc

MIYAZAKI, Takaaki

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Postdoc

SAGAI, Tomoko

KAKUTANI, Tetsuji

Prof.

ARAKI, Hiroyuki

Researcher

MAKINO, Nishiho

Epigenomics Laboratory

助

NEGISHI, Takefumi

Microbial Genetics Laboratory

総研大生
絡（学振特別研究員） 齋藤
学振特別研究員
大矢恵代（東京大学大学院）
特別共同利用研究員
新（東京大学大学院） 星野

教

SAWA, Hitoshi

Assist. Prof.

Head

荒木弘之

▪エピゲノム研究室

Prof.

Department of Chromosome Science

研究主幹（兼） 角谷徹仁

教

IMAI, Yukiko

Mammalian Genetics Laboratory

遺伝メカニズム研究系


KAWASAKI, Toshihiro

Postdoc

Gene Network Laboratory▪哺乳動物遺伝研究室
助

SAKAI, Noriyoshi

Assist. Prof.

Multicellular Organization Laboratory▪遺伝子回路研究室
博士研究員

Assoc. Prof.

河﨑敏広▪多細胞構築研究室

Symbiosis and Cell Evolution Laboratory

宮城島進也

岡本

JSPS Research Fellow DC UEDA, Naoko

教

SOMASHEKAR, Harsha

Cell Dynamics and Signaling Laboratory▪発生工学研究室

MOURI, Naoko

SOKENDAI Student

永山博通▪植物細胞遺伝研究室
准教授

Postdoc

TAKANAMI, Keiko▪微生物機能研究室
助

MUTO, Akira

Assist. Prof.

高浪景子



授

Assist. Prof.

KOIDE, Tsuyoshi

日本学術振興会
大沼 亮
特別研究員
日本学術振興会
小林優介
特別研究員
総研大生
ジョン，
リン ウェイ
（学振特別研究員）

教

KAWAKAMI, Koichi

Assoc. Prof.

▪共生細胞進化研究室
授

Prof.

Researcher

総研大生（学振特別研究員） 上田奈央子

教

BANERJEE, Piu

Mouse Genomics Resource Laboratory



JSPS Research Fellow KOTANI, Yuri

毛利直子

▪マウス開発研究室

KANDASAMY, Ramasamy

Laboratory of Molecular and Developmental Biology

川上浩一
武藤

博士研究員

KAWACHI, Shugetsu

Prof.

授

博士研究員

Laboratory of Mammalian Neural Circuits

岩里琢治

ソマシェカー，ハーシャ SOKENDAI Student▪細胞制御研究室
教

総研大生
総研大生

98

KAWAKAMI, Koichi

Brain Function Laboratory▪神経回路構築研究室
教

Head

総研大生


鐘巻将人
夏目豊彰

Prof.

KAKUTANI, Tetsuji

Assist. Prof.

TARUTANI, Yoshiaki

Assist. Prof.

INAGAKI, Soichi

Postdoc

TSUKAHARA, Sayuri

JSPS Research Fellow DC SAITO, Raku
JSPS Research Fellow DC OYA, Satoyo
Special Collaboration
Research Student

HOSHINO, Arata

Molecular Cell Engineering LaboratoryProf.

KANEMAKI, Masato

Assist. Prof.

NATSUME, Toyoaki

研究教育職員・研究員・学生

Research Staff and Students of NIG
博士研究員
博士研究員
研究員
研究員
研究員
研究員
総研大生

サントーサ，ベニー Postdoc
斎藤裕一朗

水口明美
芦川朋子
鈴木智子
北本直美

▪細胞建築研究室
教

授

助

教

総研大生
総研大生


授

助

教

助

教

Researcher

MIZUGUCHI, Akemi

Researcher

ASHIKAWA, Tomoko

Researcher

SUZUKI, Tomoko

Researcher

KITAMOTO, Naomi

木村

暁

鳥澤嵩征
藤井

謙

鵜飼大知

聖

日比野佳代

客員教授

Assist. Prof.

TORISAWA, Takayuki

客員教授

SOKENDAI Student

FUJII, Ken

客員教授

SOKENDAI Student

UKAI, Daichi

Prof.

MAESHIMA, Kazuhiro

Assist. Prof.

IDE, Satoru

Assist. Prof.

HIBINO, Kayo
ITOH, Yuji

Researcher

TAMURA, Sachiko

Researcher

OCHI, Hiroko

Research Student

SATO, Kana

大地弘子

遺伝研研究生（東京理科大学） 佐藤か奈



▪無脊椎動物遺伝研究室
教

授

助

教

助

教

博士研究員
総研大生

周

三好啓太

Prof.

SAITO, Kuniaki

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Assist. Prof.

MIYOSHI, Keita

コンスタンス，ウィリアム Postdoc
猪谷紗来

SOKENDAI Student





斉

Head

▪システム神経科学研究室
准教授
博士研究員


久保

松田光司

▪染色体生化学研究室
准教授
博士研究員



黒川裕美子

▪定量メカノバイオロジー研究室
准教授
博士研究員
研究員

島本勇太
白土

玄

山岡恵美

教

授



MATSUDA, Koji

Assoc. Prof.

MURAYAMA, Yasuto

Postdoc

KUROKAWA, Yumiko

Quantitative Mechanobiology Laboratory
Assoc. Prof.

SHIMAMOTO, Yuta

Postdoc

SHIRATSUCHI, Gen

Researcher

YAMAOKA, Megumi

Hospital for Sick Children, University of Toronto
ROSSANT, Janet

PEICHEL, Katie

Department of Chromosome ScienceHENIKOFF, Steven

Visiting Prof.

MIZUUCHI, Kiyoshi

べルシェ，フレデリック Visiting Prof.

BERGER, Frederic

水内

清

中村春木
清水厚志

大久保公策

教（兼）

望

川島武士
谷澤靖洋

博士研究員



奥田喜弘

▪データベース部門
部門長（兼）
博士研究員

博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員
研究員
研究員
研究員

Head

ARITA, Masanori

Project Prof.

NAKAMURA, Haruki

Project Prof.

SHIMIZU, Atsushi

Prof.

OKUBO, Kousaku

Project Assoc. Prof.

SAKURAI, Nozomu

Assist. Prof.

KAWASHIMA, Takeshi

Assist.Prof.

TANIZAWA, YasuhiroHigh Performance Computing Division

部門長・特任准教授 小笠原

SAWA, Hitoshi

KUBO, Fumi

パイケル，ケイティー Professor
Head of Division

教（兼）

助

博士研究員

▪ベルン大学
Evolutionary Ecology, Institute of Ecology and Evolution, University of Bern
教授／部門長助

博士研究員

Postdoc

HENSCH, Takao K

ヘニコフ，スティーブン Visiting Prof.

▪システム管理部門

ITANI, Sara

Assoc. Prof.

Professor
ロサント，ジャネット University
Senior Scientist

授（兼）



CONSTANCE, William

国際戦略アドバイザー International Strategic Advisor▪トロント大学

ヘンシュ，タカオ K Visiting Prof.

特任准教授（兼） 櫻井

Chromosome Biochemistry Laboratory

村山泰斗

特任教授
教

Systems Neuroscience Laboratory

郁FU, Yun-Xin

Department of Gene Function and Phenomicsセンター長（兼） 有田正規

特任教授

新分野創造センター Center for Frontier Researchセンター長（兼） 澤Visiting Prof.

生命情報・DDBJセンター Bioinformation and DDBJ Center

PRIETO, Eloise Infante

Invertebrate Genetics Laboratory

齋藤都暁
近藤

客員教授

KIMURA, Akatsuki

Postdoc

研究員▪遺伝形質研究系

Prof.

博士研究員

田村佐知子

フー，ユンシン

▪遺伝メカニズム研究系

エロイス インファンテ，プリエト Postdoc

研究員

客員教授




博士研究員

伊藤優志

Visiting Professor▪ゲノム・進化研究系 Department of Genomics and Evolutionary Biology

Genome Dynamics Laboratory

前島一博
井手

客員教授

YESBOLATOVA, Aisha

Cell Architecture Laboratory▪ゲノムダイナミクス研究室
教

SAITO, Yuichiro

イエスボラトヴァ，アイシャ SOKENDAI Student



SANTOSA, Venny

Postdoc理

Division Head

OGASAWARA, Osamu

Postdoc

OKUDA, Yoshihiro

Database Division

中村保一

Division Head

NAKAMURA, Yasukazu

慶範

Postdoc

LEE, KyungBum

Postdoc

OKIDO, Toshihisa

小菅武英

Postdoc

KOSUGE, Takehide

Postdoc

KODAMA, Yuichi

Postdoc

TOKIMATSU, Toshiaki

Postdoc

MASHIMA, Jun

Researcher

AONO, Hideo

Researcher

TSUTSUI, Haru

Researcher

HATA, Chihiro

Researcher

FUKUDA, Asami

李

大城戸利久
児玉悠一
時松敏明
真島

淳

青野英雄
筒井波留
秦

千比呂

福田亜沙美

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

センター長（兼） 黒川

顕

特任教授（兼） 小原雄治

特任教授（兼） 藤山秋佐夫
教

授（兼）

井ノ上逸朗

特任教授（兼） 豊田

敦

特任教授（兼） 野口英樹

特任准教授（兼） 馬場知哉

特任准教授（兼） 近藤伸二
助

教（兼）

森

宙史

博士研究員（兼） 寺内

博士研究員（兼） 東真光一

博士研究員（兼） 宮澤秀幸
博士研究員（兼） 村上
博士研究員

匠

金野宏之

Head

KUROKAWA, Ken

Project Prof.

KOHARA, Yuji

Project Prof.

FUJIYAMA, AsaoProf.

INOUE, Ituro

Project Prof.

TOYODA, Atsushi

Project Prof.

NOGUCHI, Hideki

Project Assoc. Prof.

BABA, Tomoya

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

Assist. Prof.

MORI, Hiroshi

Postdoc

TERAUCHI, Makoto

Postdoc

HIGASHI, Koichi

Postdoc

MIYAZAWA, Hideyuki

Postdoc

MURAKAMI, Takumi

Postdoc

KONNO, Hiroyuki

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

99Research Staff and Students of NIG
研究員（兼）
研究員（兼）
研究員
研究員

石﨑比奈子
陳

薇

平木秀明

植田ゆみ子

Researcher

ISHIZAKI, Hinako▪バイオリソース情報部門

Researcher

CHEN, Wei

Researcher

HIRAKI, Hideaki

部門長（兼）

Researcher

UETA, Yumiko

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

センター長（兼） 仁木宏典

▪バイオリソース部門部門長（兼）
教

授（兼）

教

授（兼）

教

授（兼）

川上浩一

齋藤都暁
豊

特任教授（兼） 小原雄治

准教授（兼）
准教授（兼）
准教授（兼）
准教授（兼）
助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）



助

教（兼）



Division Head

NIKI, Hironori

Prof.

KAWAKAMI, Koichi

Prof.

SAITO, KuniakiProf.

SATO, Yutaka

Project Prof.

KOHARA, Yuji

Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

池尾一穂

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

Assoc. Prof.

KOIDE, Tsuyoshi

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Assist. Prof.

MUTO, Akira

Assist. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Assist. Prof.

MIYOSHI, Keita

Assist. Prof.

AOKI, Keita

Assist. Prof.

SUZUKI, Toshiya

Assist. Prof.

TAKANAMI, Keiko

Assist. Prof.

TAKAHASHI, Misuzu

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

酒井則良
小出

剛

高田豊行
武藤

彩

河﨑敏広
近藤 周

三好啓太
青木敬太
鈴木俊哉
高浪景子
高橋実鈴
津田勝利

▪植物育成・開発支援部門部門長（兼）

NIKI, Hironori

野々村賢一
津田勝利

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi▪ゲノム変異マウス開発支援部門
Division for development of genetic-engineered mouse resource
部門長（兼）
助

教（兼）



相賀裕美子
安島理恵子

Division Head

SAGA, Yumiko

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

川本祥子

ユニット長（兼） 黒川
教

授（兼）

顕

大久保公策



ユニット長（兼） 仁木宏典
助

教

安達佳樹

動物飼育実験施設



センター長

野口英樹

Head

NOGUCHI, Hideki

特任准教授

近藤伸二

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

Postdoc

FUKUTA, Kentaro

寺内

Postdoc

TERAUCHI, Makoto

Postdoc

MIYAZAWA, Hideyuki

博士研究員
博士研究員
博士研究員

福多賢太郎
真

宮澤秀幸



施設長（兼）

小出

KUROKAWA, Ken

Prof.

OKUBO, Kousaku

助

NIKI, Hironori

Assist. Prof.

ANDACHI, Yoshiki

剛

高浪景子

Assist. Prof.

TAKANAMI, Keiko

産学連携・知的財産室

NIG INNOVATION

教（兼）

長

鈴木睦昭

博士研究員

鹿児島

室


Head

KOIDE, Tsuyoshi

浩

Director

SUZUKI, Mutsuaki

Postdoc

KAGOSHIMA,Hiroshi

リサーチ・アドミニストレーター室

来栖光彦

Director

KURUSU, Mitsuhiko

助

清野浩明

Assist. Prof.

SEINO, Hiroaki

教

男女共同参画推進室


Office for Research Development室長・主任URA・
特任准教授

Office for Gender Equality

室

長（兼）

平田たつみ

Director

HIRATA, Tatsumi

室

員（兼）

YASUIKE,Yuki

員（兼）

安池友紀

Staff

室

Staff

YAMATANI, Noriko

室

員（兼）

Staff

TAKIDA, Masatoshi

山谷宣子
滝田昌稔

研究教育職員・研究員・学生

ライフサイエンス統合データベースセンター Database Center for Life Science▪遺伝研で研究しているメンバー Members at NIG
センター長
教

授（兼）

准教授（兼）
特任准教授
特任助教
特任助教
研究員

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

Head

Head

特任助教

100

KAWAMOTO, Shoko

Unit for Experimental Animal Care

Research Staff and Students of ROIS
ゲノムデータ解析支援センター Center for Genome Informatics

Division Head

放射線・アイソトープ支援ユニット Radioisotope Unit

Plant Resource Development Division
Division Head

Bioresource Database Division

情報基盤ユニット IT Unit

Bioresource Management Division

仁木宏典

佐藤

Head

研究教育職員・研究員・学生

小原雄治

大久保公策
川本祥子

坊農秀雅

小野浩雅
内藤雄樹
仲里猛留

大田達郎

Head

KOHARA, Yuji

Prof.

OKUBO, Kousaku

Assoc. Prof.

KAWAMOTO, Shoko

Project Assoc. Prof.

BONO, Hidemasa

Project Assist. Prof.

ONO, Hiromasa

Project Assist. Prof.

NAITO, Yuki

Project Assist. Prof.

NAKAZATO, Takeru

Researcher

OHTA, TazroDepartment of Administration and Technical Section
管理部

平尾耕二

管理部長


総務企画課
課長

小林

▪総務・教育チーム

純▪人事・労務チーム
係長（兼）Manager

KOBAYASHI, Jun

Deputy Manager

SUZUKI, YumikoSubsection Chief

Subsection Chief

鈴木貴晴

財務課

Financial Affairs Section
宍戸文雄▪資産管理・検収室

Subsection Chief

Manager

宍戸文雄▪財務チームFinancial Affairs Team

係長

渡邊

晃

▪調達チームSupplies Team

係長

齊藤麻衣子

▪施設チーム

Facilities Team

係長

専門職員

光江一之

内藤顕之

Head

Subsection Chief

Subsection Chief

古海弘康

Manager

技術専門員

奈倉雅彦

Senior Technical Specialist NAGURA, Masahiko

TAKIDA, Masatoshi

木曾係長

プロジェクト技術班

SUZUKI, Takaharu▪遺伝資源事業支援チーム
矢野弘之

係長

SHISHIDO, Fumio

宮林登志江

技術職員



WATANABE, Akira

技術職員（兼） 柏原美紗子

施設機器技術班
技術専門職員SAITO, Maiko

NAITO, Akiyuki

坂本佐知子

係長

▪実験施設チーム
係長

技術職員
技術職員

坂

YAMATANI, Noriko

Project Support TeamSAKAMOTO, SachikoSubsection Chief

Genetic Resource Project Team
Subsection Chief

YANO, Hiroyuki

Technical Staff

MIYABAYASHI, Toshie

Technical Staff

KASHIHARA, Misako

Technical Specialist

MAENO, Akiteru

Common Equipment Team

大石あかね

係長

KISO, Makoto

Technical Staff

Facility and Equipment Technical Unit

前野哲輝

▪共通機器チーム

Subsection Chief

Project Technical Unit

▪プロジェクト支援チーム

SHISHIDO, Fumio

Specialist

誠

山谷宣子

技術職員


MITSUE, Kazuyuki

NAGURA, Masahiko

Subsection Chief▪リソース開発支援チーム Resource Development TeamSUZUKI, YumikoSubsection Chief

Information Technology Team

奈倉雅彦

係長（兼）

FURUUMI, Hiroyasu

Research infrastructure Technical Unit

▪情報基盤支援チーム

Office for Property Management / Receiving Inspection

室長（兼）

課長

基盤支援技術班

Research Promotion Team

係長

Technical SectionPersonnel Team

鈴木由美子

▪研究推進チーム課長

HIRAO, Koji

General Affairs / Education Team

滝田昌稔

係長

General Manager

General Affairs and Project Section
鈴木由美子

副課長



技術課

Department of Administration

管理部と技術課職員

Subsection Chief

OISHI, Akane

Experimental Facility Team
季美子

今井悠二

柏原美紗子

Subsection Chief

SAKA, KimikoTechnical Staff

IMAI, Yuji

Technical Staff

KASHIHARA, Misako

所長

1

Director - General教授

23

Professors

准教授

9

Associate Professors

助教

32

Assistant Professors

客員教授

5

Visiting Professors

小計（所長、客員教授を除く）
管理部
技術課

合計（所長、客員教授を除く）

64

Subtotal（excluding Director - General and Visiting Professors）

18

Administration Staffs

12Technicians

94（excluding Director - General and Visiting Professors）

Total（2019 年 4 月 1 日現在）

管理部と技術課職員／ Department of Administration and Technical Section

101

History
1949 年６月１日

文部省所轄研究所として設置
庶務部及び 3 研究部で発足

８月10日

小熊

1953 年

１月１日

研究部を形質遺伝部，細胞遺伝部，
生理遺伝部に改組

捍

1949

Jun. 1

Established under the jurisdiction of the
Ministry of Education, Science, Sports andCulture. Started with an administrative
department and three research departments.

Aug. 10

Prof. Kan Oguma was elected the 1st Director.

Jan. 1Three research departments were reorganized
as the Departments of Morphological
Genetics, Cytological Genetics andPhysiological Genetics.

Aug. 1

Department of Biochemical Genetics wasadded.

1954

Jul. 1

Department of Applied Genetics was added.

1955

Sep. 15

Department of Induced Mutation was added.

Oct. 1

Prof. Hitoshi Kihara was elected the 2nd
Director.

1960

Apr. 30

Department of Human Genetics was added.

1962

Apr. 1

Department of Microbial Genetics was added.

1964

Apr. 1

Department of Population Genetics wasadded.

1969

Apr. 1

Prof. Daigoro Moriwaki was elected the 3rd
Director. Department of Molecular Biology
was added.

1974

Apr. 1

Plant Genetic Stock Laboratory wasestablished.

1975

Mar. 1

Dr. Yataro Tajima was elected the 4th Director.

Oct. 1

Animal Section was added in the Genetic
Stock Center.

初代所長就任８月１日

生化学遺伝部設置

1954 年

７月１日

応用遺伝部設置1955 年

９月15日

変異遺伝部設置

10月１日

木原

均

1953

第 2 代所長就任

OGUMA, Kan(1st Director)

1960 年

４月30日

人類遺伝部設置

1962 年

４月１日

微生物遺伝部設置

1964 年

４月１日

集団遺伝部設置

1976

Oct. 11969 年

４月１日

森脇大五郎 第 3 代所長就任，
分子遺伝部設置

Microbial Section was added in the Genetic
Stock Center.

1983

Oct. 1

Dr. Ei Matsunaga was elected the 5th Director.

1984

Apr. 12

Reorganized as an inter-university research
institute for joint use by universities. The DNA
R e s e a rc h C e n t e r ( D N A S t r u c t u re a n d
Recombinant DNA Laboratories) and theExperimental Farm were established. The
Genetic Stock Research Center was
expanded into five laboratories: the Genetic
Resources Laboratory was added and theAnimal Section was divided into theMammalian and Invertebrate Laboratories.

1985

Apr. 1

The DNA Synthesis and DNA Data Analysis
L a b o r a t o r i e s w e re a d d e d i n t h e D N A
Research Center.

1987

Jan. 12

The DNA Data Bank of Japan began its
operations.

1988

Apr. 8The Radio-isotope Center was established.
The Gene Library Laboratory was added in
the DNA Research Center.

Oct. 1The Graduate University for Advanced Studies
was established. The Department of Genetics,
School of Life Science of the University began
accepting students.

1989

Oct. 1

Dr. Jun-ichi Tomizawa was elected the 6th
Director.

1993

Apr. 1The Mammalian Development Laboratory wasadded in the Genetic Stock Research Center.

1994

Jun. 24

The Gene Function Research Laboratory wasadded in the DNA Research Center.

1995

Apr. 1The Center for Information Biology wasestablished.

1974 年

４月１日

植物保存研究室設置

1975 年

３月１日

田島彌太郎

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設動物保存
研究室設置

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置1976 年

102

英

第 4 代所長就任

1983 年

10月１日

松永

1984 年

４月12日

大学共同利用機関に改組 遺伝実験
生物保存研究センター（哺乳動物保存・
無脊椎動物保存・植物保存・微生物
保存・遺伝資源の 5 研究室），遺伝情報研究センター（構造・組換えの 2研究室），実験圃場設置

KIHARA, Hitoshi(2nd Director)

第 5 代所長就任

1985 年

４月１日

遺伝情報研究センターに合成・遺伝
情報分析の 2 研究室を設置

1987 年

１月12日

日本 DNA データバンク稼働

1988 年

４月８日

放射線・アイソトープセンター設置，
遺伝情報研究センターにライブラリー
研究室を設置

10月１日

総合研究大学院大学生命科学研究科
遺伝学専攻設置

1989 年

10月１日

富澤純一

1993 年

４月１日

遺伝実験生物保存研究センターに発生工学研究室を設置

MORIWAKI, Daigoro(3rd Director)

第 6 代所長就任
TAJIMA, Yataro(4th Director)

1994 年

６月24日

遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室を設置1995 年

４月１日

生命情報研究センター設置

1996

May. 11

1996 年

５月11日

構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置，超分子機能・
構造制御・超分子構造・遺伝子回路の 4 研究室振替）The DNA Research Center was reorganized
as the Structural Biology Center consisting of
5 laboratories (Biological Macromolecules,
Molecular Biomechanism, Multicellular
Organization, Biomolecular Structure andGene Network).

1997 年

４月１日

系統生物研究センター設置
（遺伝実験生物保存研究センターの
改組）

1997

Apr. 1The Genetic Stock Research Center was
reorganized as the Genetic Strains ResearchCenter consisting of 5 laboratories (Mammalian
Genetics, Mammalian Development, Plant
Genetics, Microbial Genetics and Invertebrate

沿革／ History

MATSUNAGA, Ei(5th Director)

沿（マウス系統研究分野哺乳動物遺伝研究室・発生工学研究室，イネ系統研究分野植物遺伝研究室，大腸菌系
統研究分野原核生物遺伝研究室，無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の 5 研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統情報研究室振替，生物遺伝資源情報研究室設置）
10月１日

堀田凱樹

1998 年

４月９日

個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置，総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置第 7 代所長就任

2001 年

４月１日

生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情報研究センターの改組）（分子分類研究室振替，データベース運用開
発研究室設置，遺伝子発現解析研究室設置）2002 年

４月１日

系統生物研究センターに遺伝子改変
系統開発研究分野マウス開発研究室，
小型魚類開発研究室を設置

2003 年

４月１日

分子遺伝研究系に分子機構研究室，
系統生物研究センターに新分野創造
研究室，生物遺伝資源情報総合セン
ターに比較ゲノム解析研究室，広報
知財権研究室を設置

2004 年

４月１日

大学共同利用機関法人情報・システ
ム研究機構国立遺伝学研究所設置

12月１日

小原雄治

2005 年

４月１日

知的財産室を設置（2018 年 4 月 1
日付産学連携・知的財産室に改称）

2006 年

４月１日

新分野創造センター設置
（細胞系譜研究室，神経形態研究室，
細胞建築研究室設置）

10月１日

先端ゲノミクス推進センター設置

2012 年

４月１日

研究センターの改組、共同利用事業
センター（生物遺伝資源センター、
DDBJ センター）、支援センター（情報基盤ユニット、マウス研究支援ユニッ
ト）を設置

12月１日

桂

2014 年

４月１日

リサーチ・アドミニストレーター室を設置

2015 年

４月１日

動物飼育実験施設を設置，女性研究者活動支援室を設置（2017 年 4 月
1 日付男女共同参画推進室に改称）

2018 年

12月

花岡文雄

2019 年１月

既存の 5 研究系、3 研究センター（系統生物研究センター、構造遺伝学研究センター、生命情報研究センター）、実験圃場、放射線・RIセンターを廃止。
新たに、4 つの研究系（情報研究系、
ゲノム・進化研究系、遺伝形質研究系、
遺伝メカニズム研究系）を設置。共同利用事業センターである DDBJ セ
ンターを生命情報・DDBJ センターに名称変更。支援センターの改組（放射線・アイソトープユニットの設置等）

勲

Genetics), and as the Center for Genetic
R e s o u rc e I n f o r m a t i o n c o n s i s t i n g o f 2laboratories (Genetic Informatics and Genetic
Resources).

TOMIZAWA, Jun-ichi(6th Director)

HOTTA, Yoshiki(7th Director)

第 8 代所長就任

2011 年

革Oct. 1

Dr. Yoshiki Hotta was elected the 7th Director.

1998

Apr. 9The Division of Early Embryogenesis wasadded in the Department of Developmental
Genetics. The Division of Brain Function wasadded in the Department of Integrated
Genetics.

2001

Apr. 1The Center for Information Biology was
reorganized as the Center for Information
Biology and DNA Data Bank of Japan. The
new center consists of 5 laboratories. The
Laboratory of Molecular Classification of theformer center was renamed as the Laboratory
for Research and Development of Biological
Databases in the new center. The Laboratory
for Gene-Expression Analysis was added in
the new center.

2002

Apr. 1

Two laboratories, Mouse Genomics Resource
Laboratory and Model Fish Genomics
Resource Laboratory, were added to the
Genetic Strains Research Center.

2003

Apr. 1The Molecular Mechanisms was added to themolecular Genetics. The Laboratry for Frontier
Research was added to the Genetic Strains
R e s e a r c h C e n t e r. Tw o l a b o r a t o r i e s ,Comparative Genomics Laboratory andPublicity and Intellectual Propery Unit, wereadded to the Center for Genetic Resource
Information.

2004

Apr. 1

Reorganized as Research Organization ofInformation and Systems, Inter-University
Research Institute Corporation, together withthree other national institutes.

Dec. 1

Dr. Yuji Kohara was elected the 8th Director.

2005

Apr. 1Intellectual Property Unit was added.
Renamed as NIG INNOVATION (as of 2018
Apr.1)

2006

Apr. 1The Center for Frontier Research wasestablished. The Laboratory for Cell Lineage,
Neural Morphogenesis and Cell Architecture
was added in the new center.

2011

Oct. 1

Advanced Genomics Center was established.

2012

Apr. 1

Research centers were reorganized. Intellectual
Infrastructure Centers (Genetic Resource
Center and DDBJ Center) and Support
Centers (IT Unit, Mouse Research Supporting
Unit) were established.

KOHARA, Yuji
(8th Director)

第 9 代所長就任

KATSURA, Isao
(9th Director)

第 10 代所長就任

HANAOKA, Fumio(10th Director)

Dec. 1

Dr. Isao Katsura was elected the 9th Director.

2014

Apr. 1

Office for Research Development was added.

2015

Apr. 1

Unit for Experimental Animal Care wasestablished. Office for Female Researcher
Development was added. Renamed as Officefor Gender Equality (as of 2017 Apr. 1)

2018

Dec. 1

Dr. Fumio Hanaoka was elected the 10th
Director.

2019

Jan. 1The existing 5 departments, 3 research
centers (Genetic Strains Research Center,
Structural Biology Center and Center for
Information Biology), Experimental Farm andRadio-isotope Center were abolished. Four
research departments (Dept. of Informatics,
Dept. of Genomics and Evolutionary Biology,
Dept. of Gene Function and Phenomics andD e p t . o f C h ro m o s o m e S c i e n c e ) w e reestablished. The DDBJ Center, as one of theIntellectual Infrastructure Centers, wasrenamed as the Bioinformation and DDBJ
Center. The Support Center was reorganized.
(The Radioisotope Unit was added.)

沿革／ History

103

Publications in 2018
Journal Title
Science
Cell
Nature Genetics
Nature Methods
Cell Stem Cell

# of published
2
1
2
1
1

Journal Title
Nature Chemical Biology
Nature Struct. & Mol. Biol.
Nature Communications
Nucleic Acids Reserach
Mol. Biol. and Evol.

Journal Title
PNAS
Genes & Development
Current Biology# of published4
3
3

Ameku, T., Yoshinari, Y., Texada, M.J., Kondo, S., Amezawa, K., Yoshizaki, G., Shimada-Niwa, Y.,
and Niwa, R. (2018). Midgut-derived neuropeptide F controls germline stem cell proliferation in amating-dependent manner. PLoS Biol. 16, e2005004.

Ichino, F., Bono, H., Nakazato, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Iwabuchi, K., Sato, R., and Tabunoki, H. (2018).
Construction of a simple evaluation system for the intestinal absorption of an orally administered
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An, Y., Kawaguchi, A., Zhao, C., Toyoda, A., Sharifi-Zarchi, A., Mousavi, S.A., Bagherzadeh, R.,
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2018 年に発行された論文一覧／ Publications in 2018105

Publications in 2018
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Ikeda, D., Ikeo, K., et al. (2018). Metagenomic analysis using 16S ribosomal RNA genes of a bacterial
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Reza, M.S., Kobiyama, A., Yamada, Y., Ikeda, Y., Ikeda, D., Mizusawa, N., Ikeo, K., Sato, S., Ogata, T.,
Jimbo, M., et al. (2018). Basin-scale seasonal changes in marine free-living bacterioplankton
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Reza, M.S., Kobiyama, A., Yamada, Y., Ikeda, Y., Ikeda, D., Mizusawa, N., Ikeo, K., Sato, S., Ogata, T.,
Jimbo, M., et al. (2018). Taxonomic profiles in metagenomic analyses of free-living microbialcommunities in the Ofunato Bay. Gene 665, 192–200.
Romero, V., Nakaoka, H., Hosomichi, K., and Inoue, I. (2018). High Order Formation and Evolution ofHornerin in Primates. Genome Biol. Evol. 10, 3167–3175.
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Yang, Y.-X., Wei, L., Zhang, Y.-J., Hayano, T., Piñeiro Pereda, M.D.P., Nakaoka, H., Li, Q., Barragán
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Tamura, R., Nakaoka, H., Yoshihara, K., Mori, Y., Yachida, N., Nishikawa, N., Motoyama, T., Okuda, S.,
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Tanaka, W., and Arita, M. (2018). Physicochemical Prediction of Metabolite Fragmentation in Tandem
Mass Spectrometry. Mass Spectrom. (Tokyo, Japan) 7, A0066.
Tanizawa, Y., Fujisawa, T., and Nakamura, Y. (2018). DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation

106

2018 年に発行された論文一覧

2018 年に発行された論文一覧／ Publications in 2018

Yang, Y.H.C., Kawakami, K., and Stainier, D.Y. (2018). A new mode of pancreatic islet innervation
revealed by live imaging in zebrafish. Elife 7, e34519.
Yesbolatova, A., and Kanemaki, M.T. (2018). TAGing for destruction. Nat. Chem. Biol. 14, 414–415.
Yokouchi, K., Onuma, R., and Horiguchi, T. (2018). Ultrastructure and phylogeny of a new species of
mixotrophic dinoflagellate, Paragymnodinium stigmaticum sp. nov. (Gymnodiniales, Dinophyceae).
Phycologia 57, 539–554.
Yoshida, T., Naito, Y., Sasaki, K., Uchida, E., Sato, Y., Naito, M., Kawanishi, T., Obika, S., and Inoue, T.
(2018). Estimated number of off-target candidate sites for antisense oligonucleotides in human mRNA
sequences. Genes Cells 23, 448–455.
Yuyama, I., Ishikawa, M., Nozawa, M., Yoshida, M.-A., and Ikeo, K. (2018). Transcriptomic changes
with increasing algal symbiont reveal the detailed process underlying establishment of coral-algal
symbiosis. Sci. Rep. 8, 16802.
Zhao, W., Oginuma, M., Ajima, R., Kiso, M., Okubo, A., and Saga, Y. (2018). Ripply2 recruits
proteasome complex for Tbx6 degradation to define segment border during murine somitogenesis.
Elife 7, e33068.
有田正規, 遠藤明仁, 多田一風太, 谷澤靖洋, and 遠野雅徳 (2018). データベースから発見されたガ
セリ菌のサブグループIn silico手法によるガセリ菌発見. Kagaku to Seibutsu 56, 459–460.
佐々木武馬, 小田祥久 (2018). 木部道管細胞の分化を支える表層微小管ダイナミクス. 植物科学最前線（BSJ-Review）9, 148–154.

Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research
予算

予算・科学研究費

Budget2019 年度(FY2019)

(×1,000yen)

収入

Revenue

支出

区

金

区

分

額

2,680,658

運営費交付金 Grants for Operating Corporation
補助金等収入 Various Grants

404,506
39,687

産学連携等研究経費及び寄附金事業費等622,607

Industry-Academia Collaboration and Donations※

3,747,458

合計 Total

補助金等収入 10.8％
Various Grants※機構長裁量経費を除く

補助金等 10.8％

GrantsGrants for Operating
Corporation

基盤研究（A）

For Scientific Research (A)

基盤研究（B）

For Scientific Research (B)

基盤研究（C）

For Scientific Research (C)挑戦的萌芽研究

For Challenging Exploratory Research

挑戦的研究（萌芽）For Challenging Research (Exploratory)

若手研究（A）

For Young Scientists (A)

若手研究（B）

For Young Scientists (B)

若手研究

For Early-Career Scientists

研究活動スタート支援

For Research Activity Start-Up特別研究員奨励費

For JSPS Research Fellow

国際共同研究強化（B）

Fostering Joint International Research (B)

帰国発展研究Home-Returning Researcher Development Research

合計
Total

教育研究経費 72.6％

Education and Research(×1,000yen)
若手研究（A）0.7％

若手研究（B）0.5％

挑戦的研究（萌芽）0.8％

若手研究 0.7％

挑戦的萌芽研究 0.1％

研究活動スタート支援 0.2％

基盤研究（C）1.0％

特別研究員奨励費 0.5％

基盤研究（B）4.4％

国際共同研究強化（B）0.0％

14,100 ／ 11

基盤研究（A）0.7％

帰国発展研究 2.0％

1,700 ／ 1

基盤研究（S）4.4％

交付額／交付件数

Amount / the Number of Applications Granted

For Scientific Research (S)Industry-Academia
Collaboration andprojects

運営費交付金 71.5％(FY2018)

基盤研究（S）※

産学連携等
研究経費及び
寄付金事業費等
16.6％

2018 年度

For Scientific Research on Innovative Areas

622,607
3,747,458

Miscellaneous

Grant-in-Aid for Scientific Research

新学術領域研究404,506

合計 Total

雑収入 1.1％

科学研究費

研究種目

額

2,720,345

Industry-Academia Collaboration and Projects

産学連携等
研究収入及び
寄付金収入等
16.6％

Industry-Academia
Collaboration andDonations

金

教育研究経費 Education and Research
補助金等 Grants

雑収入 Miscellaneous
産学連携等研究収入及び寄附金収入等

Expenditure分

1,163,300 ／ 1760,700 ／ 2
9,700 ／ 1
61,500 ／ 15

For Young Scientists (A)For Challenging Research (Exploratory)
For Challenging Exploratory Research
For Scientific Research (C)For Scientific Research (B)For Scientific Research (A)For Young Scientists (B)For Early-Career Scientists
For Research Activity Start-Up
For JSPS Research Fellow

Fostering Joint International Research (B)Home-Returning Researcher
Development Research

For Scientific Research (S)11,700 ／ 6
9,800 ／ 2
7,000 ／ 7
10,300 ／ 8
3,400 ／ 3
7,100 ／ 5

新学術領域研究 83.8%

For Scientific Research on
Innovative Areas

500 ／ 1
27,480 ／ 1
1,388,280 ／ 80

（2019. 3 月末現在）

予算・科学研究費／ Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research107

Biological Symposia in FY 2018
開催日
（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

2018/4/9

HiroyukiMatsumoto

Understanding biological transitions and their control
through the duality principle in category theory

2018/4/17

Lynn Jorde

University of Oklahoma Health Sciences Center, USA;
Clinical Proteomics and Gene Therapy Laboratory,
Kurume University
Department of Human Genetics, School of Medicine,
University of Utah, USA

2018/4/24

Kati Hanhineva

Institute of Public Health and Clinical Nutrition,
University of Eastern Finland, Finland

2018/4/27

Katsumi Kitagawa

2018/5/10

Naomi OriUT Health Science Center San Antonio School of
Medicine, USA
Hebrew University, Israel

2018/5/14
2018/5/14

Masayuki Imai
Yuka Sakuma

2018/5/15

Satoshi Fujita

2018/5/18

Ryohei Iwata

2018/5/23

Hiroki Gotoh

2018/5/28

Denis Jabaudon

2018/5/31

Ikuo K. Suzuki

2018/6/7

2018/6/22

Erez Lieberman
Aiden
Mahendra
Sonawane
Hirotaka Sakamoto

2018/6/28

Naoki Nakagawa

2018/7/3

Hironori Funabiki

Laboratory of Chromosome and Cell Biology, The
Rockefeller University, USA

2018/7/6

Kateryna Makova

Department of Biology, Penn State University, USA

2018/7/6

Anton Nekrutenko

2018/7/6

Jiro Nomata

2018/7/18

Isao Kii

2018/7/19

Keisuke Yonehara

2018/8/2

Quan Wu

2018/8/21

Sungrim Seirin-Lee

2018/8/22
2018/8/30

Satoru Tsugawa
Hoe Han Goh

Department of Biochemistry and Molecular Biology,
Penn State University, USA
Laboratory for Chemistry and Life Science, Tokyo
Institute of Technology
RIKEN Cluster for Science, Technology and Innovation
Hub
DANDRITE, Nordic EMBL, Dept. of Biomedicine,
Aarhus University, Denmark
Laboratory for Cell Asymmetry, Center for Biosystems
Dynamics Research, RIKEN
Department of Mathematical and Life Sciences,
Graduate School of Science, Hiroshima University
Theoretical Biology Laboratory, RIKENThe National University of Malaysia, Malaysia

2018/9/6

Wenyu Shi

2018/9/12

Kei Miyamoto

2018/9/20

Marco Morsch

2018/9/25

Fred Berger

2018/9/26

Fred Berger

2018/9/27

Saori Yokoi

2018/9/27

Shinichi Nakagawa

2018/6/11

2018/10/15 Suhas Rao
108

Tohoku University
Department of Physics, Faculty of Science, Tohoku
University
Niko Geldner’s Group, University of Lausanne,
Switzerland
VIB-KU Leuven Center for Brain & Disease Research,
Belgium
Faculty of Earth Environment Science, Hokkaido
University
University of Geneva, Switzerland
Université Libre de Bruxelles (ULB), Institute forInterdisciplinary Research (IRIBHM) and ULB
Neuroscience Institute (UNI), Belgium
Baylor College of Medicine & Rice University, USA
Department of Biological Sciences, Tata Institute ofFundamental Research, India
Ushimado Marine Institute, Graduate School of Natural
Science and Technology, Okayama University
University of North Carolina Neuroscience Center, USA

Institute of Microbiology, Chinese Academy of
Sciences, China
Faculty of Biology-Oriented Science and Technology,
Kindai University
Department of Biomedical Sciences, Faculty of
Medicine and Health Sciences, Macquarie University,
Australia
Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology,
Austria
Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology,
Austria
Faculty of Pharmaceutical Sciences, Hokkaido
University
Faculty of Pharmaceutical Sciences, Hokkaido
University
Baylor College of Medicine, Huston, USA

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

Directly estimating the human mutation andretrotransposition rates using large, multi-generational
pedigrees
Metabolic profiling of high egg consumption and theassociated lower risk of type 2 diabetes in middleaged Finnish men
The Kinetochore and Cancer
Specification of differential growth domains in thetomato leaf margin
Morphology of Multi-Cellular Model
Control of membrane deformation toward protocell
Localized ROS production by polarized signaling
module during casparian strip formation
Mitochondrial dynamics in the regulation of corticalneurogenesis
3D morphogenesis via “Fold and Extend” in insects
Dynamic control of neuronal diversity in the developing
neocortex
Human-specific NOTCH2 paralogs expand humancortical neurogenesis through regulation of Delta/
Notch interactions
A 3D Code in the Human Genome
Actin based epithelial projections in zebrafish:
regulation of their formation, patterns and function
Central control of sexual function and behavior
Intracellular signaling and microtubule dynamics
organize neural progenitor assembly in the developing
neocortex
Regulations of mitotic processes by nucleosomes molecular principles and implications in cancer biology
and immunology
Non-B DNA affects polymerization speed and error
rate in sequencers and in living cells
Interactive assembly and analysis of bacterial genomes
Designing a FRET-based oxygen sensing protein
An alternative strategy to develop a selective kinase
inhibitor
Visual motion processing from retina to downstream
brain areas in mice
Epitranscriptomic regulation of neural stem cells
Role of nuclear deformation on chromatin remodeling
Organ shape robustness through cell variability
Interactive Omics Analysis for Understanding Plant
Carnivory
Data Analysis for 10k type strain sequencing project
Nuclear actin polymerization in reprogramming nuclear
structures
Pathological spreading studied in real time: Impaired
microglia function leads to propagation of TDP-43
along the axon and into surrounding tissue
Histone variants H3 play essential roles in themaintenance and reprogramming of the epigenetic
memory carried by H3K27me3
Histone variants H2A.W are the architects and safe
keepers of heterochromatin in plants
Analysis of the molecular basis of mate-guarding
behavior in medaka fish
Lessons from Paraspeckles - towards understanding
the function of lncRNAs
Cohesin Loss Eliminates All Loop Domains

2018 年度 バイオロジカルシンポジウム
開催日（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

2018/10/19 Helmut Schiessel

University of Leiden, Netherland

2018/10/23 Yun-Xin Fu

School of Public Health, The University of Texas Health
Science Center at Houston, USA
Department of Ecology, Environment and Plant
Science, Stockholm University, Sweden
Lund University, Sweden
Department of Genetics, Evolution and Environment
University College London, UK

How to read and write mechanical information in DNA
molecules
Within-individual cell coalescence

2018/10/30 Edouard F. Pesquet
2018/10/31 Masahito Tsuboi
2018/11/5 Ziheng Yang
2018/11/8

Fumiko Esashi

2018/11/9
2018/11/9

John Diffley
John Diffley

Sir William Dunn School of Pathology, University of
Oxford, UK
The Francis Crick Institute, UK
The Francis Crick Institute, UK

2018/11/15 Satoshi Goto

Department of Life Science, Rikkyo University

2018/11/19 Shin-ichiro Hiraga
2018/11/21 Fumika Hamada

Institute of Medical Science, University of Aberdeen,
Scotland, UK
Cincinnati Children’s Hospital Medical Center, USA

2018/11/21 Yasu Kakui

The Francis Crick Institute, UK

2018/11/22 Katsunori Sugimoto New Jersey Medical School, Rutgers University, New
Jersey, USA
2018/11/30 Magnus Nordborg
2018/11/30 Ueli Grossniklaus

Gregor Mendel Institute, Vienna, Austria
University of Zürich, Switzerland

2018/12/13 Andres Canela

The Hakubi project, Radiation Biology Center, Kyoto
University
Research Center for Marine Biology, Graduate Schoolof Life Sciences, Tohoku University

2018/12/25 Takefumi Negishi
2018/12/26 HidehikoHashimoto2019/1/25
2019/2/6
2019/2/14
2019/2/15

Department of Molecular Genetics and Cell Biology,
The University of Chicago, USA

Katsuhiko Hayashi

Department of Stem Cell Biology and Medicine,
Graduate School of Medical Sciences, Kyushu
University
Yoshihisa Oda
Cell dynamics and organization lab, National Instituteof Genetics
Yasuhiko Kamikubo Biomedical Data Intelligence, Department of Human
Health Sciences, Graduate School of Medicine, Kyoto
University
Yuji Itoh
Institute of Multidisciplinary Research for Advanced
Materials, Tohoku University

2019/2/20

Darren W Williams

Center for Developmental Neurobiology King’s College
London, UK
Graduate School of Frontier Biosciences, Osaka
University

2019/2/28

Akiko Ueno

2019/3/6

Shinya Yamamoto

Baylor College of Medicine, USA

2019/3/11

Tsuyoshi Terakawa

Department of Biophysics, Kyoto University

2019/3/11

Michele Markstein

Biology Department University of Massachusetts
Amherst, USA

2019/3/13

Frank Uhlmann

The Francis Crick Institute, UK

2019/3/14

Koji Matsuda

2019/3/15

Toshio Katsuki

2019/3/19
2019/3/19
2019/3/20

Takao K. Hensch
Lynn Jorde
Robert Hindges

2019/3/25

Makito Miyazaki

Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya
University
Tama Forest Science Garden, Forestry and Forest
Products Research InstituteCenter for Brain Science, Harvard University, USA
University of Utah, USA
MRC Centre for Neurodevelopmental Disorders
and Centre for Developmental Neurobiology, King’s
College, London, UK
The Hakubi Center for Advanced Research &Department of Physics, Kyoto University

Coordination of cell-type differentiation during woodformation and function in plants
Rethinking the paradox of stasis
Genomic sequence data confidently resolves the
species phylogeny in the Anopheles gambiae species
complex
Homologous Recombination: when, where and how
does it act?
Biochemical analysis of chromosome replication
How oncogene induced replicative stress leads tonumerical and structural alterations in chromosomes
Organelle zones executing GPI modification in the
nuclear envelope and the perinuclear ER
Human RIF1 protects cells from replication stress at
multiple stages
Temperature homeostasis: Circadian rhythms andHungerCondensin shapes mitotic chromosomes byreorganizing chromatin landscapeTwo chaperones, the Tel2-Tti1-Tti2 complex andCdc37, collaborate to promote maturation of protein
kinases Mec1ATR and Tel1ATM
The genetics of epigenetics in Arabidopsis thaliana
A role of 3D nuclear organization in defense against
invasive genetic elements
Chromatin structure as a driver of genome instability
Physical association between a novel plasmamembrane structure and centrosome links off-centredcilia positioning to oriented cell division
Dynamic integration of cell-cell signaling, force
generation and tissue remodeling during zippering andneural tube closure
Egg creation as a tool for understanding of germ cell
development
Cell wall patterning in xylem vessels
Genetic compensation of RUNX family transcription
factors in malignancies
Dynamic behavior of DNA-binding proteinscharacterized by single-molecule fluorescencemicroscopy
Remodelling neural circuits in time and space
Leucine rich repeat protein Lrit1 is essential
for selective synapse formation between cone
photoreceptors and bipolar cells in the mouse retina
Using Drosophila to discover and study new humandisease genes
DNA curtains: high-throughput single molecule opticalimaging for visualizing DNA transactions
Vive la resistance: evidence from the Drosophila
intestine that multidrug resistance is an ancient stem
cell trait
From DNA to Chromosomes, the Role and Function of
SMC complexes
Roles of cerebellar neural circuits in classical fear
conditioning in zebrafish
Japanese flowering cherries as the genetic resource
Balancing brain plasticity/stability
Evolutionary Genetics of Mobile Elements
Of form and function: Assembly of visual circuits invertebrates
The actin cytoskeleton dynamics in a cell-sized
confined space
バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

109

Awards and Honors

2018 年度 表彰・受賞歴内容

氏名

平成 30 年度文部科学大臣表彰 若手科学者賞「コヒーシン複合体による姉妹染色体接着形成の分子機構の研究」

染色体生化学研究室

准教授

Cold Spring Harbor Asia Conference 2018
ポスター賞

育種遺伝研究部門

大学院生

齋藤

形質遺伝研究部門

大学院生

中沢信吾

形質遺伝研究部門

大学院生

中沢信吾

形質遺伝研究部門

大学院生

中沢信吾

学生発表賞

生体高分子研究室

大学院生

永島崚甫

2018 年度日本神経内分泌学会若手研究助成金「遺伝子改変動物を用いた難治性掻痒症におけるペプチドニューロンの機能解明」

マウス開発研究室

助教

高浪景子

第 46 回内藤コンファレンス 優秀ポスター賞

生態遺伝学研究室

助教

石川麻乃

総合研究大学院大学

ゲノムダイナミクス研究室

大学院生

総合研究大学院大学

遺伝学専攻

総合研究大学院大学

SOKENDAI 賞“Chromatin, Epigenetics & Transcription”

森島奨励賞

Latest Advances in Development & Function of Neuronal Circuits
第 56 回日本生物物理学会年会

遺伝学専攻

第 13 回日本ゲノム微生物学会

ポスター賞

森島奨励賞

若手賞

ゲノム進化研究室

博士研究員

村山泰斗

東

絡

佐々木飛鳥
光一

日本藻類学会第 43 回大会 第 15 回日本藻類学会研究奨励賞「渦鞭毛藻類 Nusuttodinium 属の盗葉緑体に関する研究」

共生細胞進化研究室
大沼 亮

日本学術振興会特別研究員

日本藻類学会第 43 回大会 若手発表賞（口頭、微細藻部門）「渦鞭毛藻類 Nusuttodinium の盗葉緑体現象から紐解く細胞内共生の進化」

共生細胞進化研究室
大沼 亮

日本学術振興会特別研究員※所属・肩書は、受賞当時のものですIntellectual Property Rights
特許出願

7件

出願番号

インビボクローニング可能な細胞株をスクリーニングするための方法、インビボク
ローニング可能な細胞株の製造方法、細胞株、インビボクローニング方法、及びインビボクローニングを行うためのキット

仁木宏典／野崎晋五

特願 2018-087164

融合タンパク質及びその利用

浅川和秀／川上浩一

特願 2018-186569

精子保存液及び精子保存方法

酒井則良

特願 2018-231140

トランスジェニック植物、トランスジェニック植物の製造方法、ポリヌクレオチド、 角谷徹仁／保坂 碧／付 煜／
ポリヌクレオチドのクラスター、ベクター、及びキット
齋藤 絡／佐々木 卓／高嶋和哉

PCT/JP2018/033988

オーキシンデグロンシステムにおけるタンパク質分解阻害剤及びその使用

鐘巻将人／夏目豊彰

PCT/JP2018/041563
共願人 加計学園

動物細胞ゲノム部位特異的外来 DNA 挿入方法及び前記挿入方法を用いて得られる細胞

鐘巻将人／夏目豊彰

15/752,701（米国）

動物細胞ゲノム部位特異的外来 DNA 挿入方法及び前記挿入方法を用いて得られる細胞

鐘巻将人／夏目豊彰

16836825.6（欧州）

特許登録

110

2018 年度 知的財産権

3件

特許番号

魚体内での他家組織の継代維持法（ゼブラフィッシュにおける腫瘍化組織の継代維持法）

酒井則良／河﨑敏広

第 6472960 号

タンパク質の生産方法

川上浩一

No. 2653540（欧州）
共願人 協和発酵キリン

タンパク質の生産方法

川上浩一

No. 2,820,151（カナダ）
共願人 協和発酵キリン

表彰・受賞歴、知的財産権／ Awards and Honors, Intellectual Property Rights

Research Organization of Information and Systems
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

機構長

機構本部

機構所属研究所〒105-0001
東京都港区虎ノ門 4-3-13
ヒューリック神谷町ビル 2 階
TEL 03-6402-6200
https://www.rois.ac.jp/

国立極地研究所

統計数理研究所〒190-8518 東京都立川市緑町 10-3
TEL 042-512-0608 https://www.nipr.ac.jp/〒190-8562 東京都立川市緑町 10-3
TEL 050-5533-8500 https://www.ism.ac.jp/

国立情報学研究所

国立遺伝学研究所〒101-8430 東京都千代田区一ツ橋 2-1-2
TEL 03-4212-2000 https://www.nii.ac.jp/〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
TEL 055-981-6707 https://www.nig.ac.jp/nig/ja/

藤井良一

FUJII, Ryoichi
President

National Institute of Polar Research

National Institute of Informatics■ 機構長の挨拶

今、私達は変革の時代をまさに目の当たりにしています。情報通信技

術の急速かつ飛躍的な発展、多種多様なビッグデータの出現、そして計算性能の急激な向上は、社会を変容させ、また研究環境を大きく変化させています。このような現代社会における科学が「データ駆動型」となることは時代の必然であり、第４の科学ともいわれる「データサイエンス」の推進こそが、科学技術イノベーションを牽引するといっても過言ではありません。

このような背景から、情報とシステムの観点から新たな研究領域を切り拓き、現代の諸問題の解決を目指す当機構は、今まさに研究コミュニティ
において中核的な役割が求められております。大学共同利用機関としての使命、社会のニーズへの貢献を存立の基盤として強く自覚しつつ、全力でその責務を果たさなければなりません。そのためには、社会や大学等に役立つデータの整備・統合、ビッグデータから意味ある知識を獲得する方法の革新、散在する大量のデータをリアルタイムに制御するデー
タ処理技術、膨大な高次元データや計算結果を人間が把握可能にするデー
タ可視化など、多くの研究開発を今後さらに発展させることが必須となります。

これらを推進するには、まず国立極地研究所、国立情報学研究所、統計数理研究所、国立遺伝学研究所という機構の４つの研究所が、極域科学、情報学、統計数理、遺伝学というそれぞれの分野の学理における世界最先端の研究拠点であることが求められます。それなしに大学の機能強化や社会への十分な貢献はあり得ません。これら研究所が核となって、それぞれの研究コミュニティとのデータ共同利用や共同研究を推進し、大学等における研究力強化に貢献するかたわら、機構はこれを全力で

The Institute of Statistical Mathematics

National Institute of Genetics■ About the organization

The Research Organization of Information and Systems (ROIS)
was established in 2004 to bring together the four national institutes: the National Institute of Polar Research, the National Institute of Informatics, the Institute of Statistical Mathematics, and the
National Institute of Genetics, upon the incorporation of the InterUniversity Research Institutes for the purpose of understanding
and predicting our complex world from the perspective of information and systems. ROIS has been promoted cross-institutional
research and collaboration between universities, providing accessto various scientific databases, analytical tools, computing resources, and academic internet backbones.
In 2016, we established Joint Support-Center for Data Science Research in order to enhance our support of next-generation
data-oriented research activities in universities. It promotes data
science of wide research communities by providing support functions of data sharing and data analysis for natural sciences, social
sciences and humanities research. It is also planning to foster
data scientists through collaborative research and on-the-job
training.
Along with these cutting-edge research activities, ROIS alsofunctions as the core organization behind SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies), training human resources tolead academic research in a new age.

支援します。そして、大学や機関の垣根を越える研究者交流プログラム

やクロスアポイントメント制度等の活用と併せて、分野の枠組みを越える融合研究や新学術領域の創成を促進し、研究者が循環する、ダイナミッ
クで豊かな研究環境を実現することにより、大学・研究機関と機構双方の機能強化を目指します。またこのような中で大学共同利用機関のもう一つの重要な使命である大学院教育を実践し、総合研究大学院大学の基盤機関としてデータサイエンス時代にふさわしい人材を育成してまいります。

法人第 3 期を迎えた平成 28 年度には、機構の本部機能と4 研究所との連携を強化する戦略企画本部と、データ共有・統合・解析手法の開発を担うフラッグシップ・プラットフォームであるデータサイエンス共同利用基盤施設を設置しました。これらを有機的に機能させることによってオー

プンサイエンスを加速し、基盤学理の発展を基に、課題解決型の科学や、
超スマート社会への貢献といった社会の要請に応えていきたいと考えております。よりよい時代へ向けて、情報・システム研究機構の挑戦に、皆様のご支援とご鞭撻をお願い申し上げます。

情報・システム研究機構／ Research Organization of Information and Systems

111

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)
国立大学法人 総合研究大学院大学（総研大）

総研大は、大学共同利用機関である研究所を基盤とする専攻と本部直結の先導科学研究科からなる大学院大学です。建学以来、教育目標に「高い専門性」「国際的な通用性」と「広い視野」を掲げています。
「広い視野」

学長とは、自分の研究対象を人類の知的長谷川眞理子な活動全体の中で位置づけて語る能

HASEGAWA, Mariko
President

力、専門分野を越えて新たな地平を所在カバーする専攻をそろえた本学の特色想像する能力です。幅広い知識領域を〒240-0193 神奈川県三浦郡葉山町（湘南国際村）
Shonan Village, Hayama, Kanagawa 240-0193 JapanTEL 046-858-1500

https://www.soken.ac.jp/

を活かし、世界で活躍できる人材を輩出しています。

SOKENDAI (The Graduate University for
Advanced Studies) is a graduate university consisting of departments housed in affiliated InterUniversity Research Institutes and the School of
Advanced Sciences attached directly to SOKENDAI. Its educational goals are “advanced
specialties and expertise,” “international competitiveness” and “broad perspective”. “Broad
perspective” entails the ability to define one’s research within the entire human intellectual activity, and to envision new horizons that transcendcurrent disciplinary boundaries. Taking full advantage of departments that collectively encompass vast intellectual fields, SOKENDAI nurtures
future generations of global professionals.

▶ Inter-University Research Institutes participating in SOKENDAI education

総研大に参加する大学共同利用機関❶ 総研大本部（生命共生体進化学専攻）

The Graduate University for Advanced Studies(Department of Evolutionary Studies of Biosystems)❷ 国立民族学博物館（地域文化学専攻・比較文化学専攻）

National Museum of Ethnology(Department of Regional Studies・Department of Comparative Studies)❸ 国際日本文化研究センター（国際日本研究専攻）

International Research Center for Japanese Studies (Department of Japanese Studies)❹ 国立歴史民俗博物館（日本歴史研究専攻）

National Museum of Japanese History (Department of Japanese History)❺ 国文学研究資料館（日本文学研究専攻）

National Institute of Japanese Literature (Department of Japanese Literature)❻ a. 分子科学研究所（構造分子科学専攻・機能分子科学専攻）

Institute for Molecular Science(Department of Structural Molecular Science・Department of Functional Molecular Science)b. 基礎生物学研究所（基礎生物学専攻）

National Institute for Basic Biology (Department of Basic Biology)c. 生理学研究所（生理科学専攻）

National Institute for Physiological Sciences (Department of Physiological Sciences)❼ 国立天文台（天文科学専攻）

National Astronomical Observatory (Department of Astronomical Science)❽ 核融合科学研究所（核融合科学専攻）

National Institute for Fusion Science (Department of Fusion Science)10❾ 宇宙科学研究所（宇宙科学専攻）

Institute of Space and Astronautical Science (Department of Space and Astronautical Science)❿ a. 加速器研究施設・共通基盤研究施設（加速器科学専攻）
Accelerator Laboratory・Applied Research Laboratory(Department of Accelerator Science)

3

2

8
6

9
1
14

4

b. 物質構造科学研究所（物質構造科学専攻）

Institute of Materials Structure Science (Department of Materials Structure Science)c. 素粒子原子核研究所（素粒子原子核専攻）

Institute of Particle and Nuclear Studies (Department of Particle and Nuclear Physics)⓫ 統計数理研究所（統計科学専攻）

The Institute of Statistical Mathematics (Department of Statistical Science)⓬ 国立極地研究所（極域科学専攻）

National Institute of Polar Research (Department of Polar Science)⓭ 国立情報学研究所（情報学専攻）

National Institute of Informatics (Department of Informatics)⓮ 国立遺伝学研究所（遺伝学専攻）

National Institute of Genetics (Department of Genetics)

112

国立大学法人 総合研究大学院大学／ SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

5

11

12

7

13

シンボルマークは減数分裂第一中期の分裂像を図案化したもので，「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」（木原均、1946）を表している。

Symbol mark of the Institute, which designs the metaphase plate of the first meiotic division and symbolizes the remark by
Dr. Hitoshi Kihara (1946): “The history of
the earth is recorded in the layers of its
crust; the history of all organisms is inscribed in the chromosomes.”

要覧 2019 年度
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/

国立遺伝学研究所管理部〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
1111 Yata, Mishima, Shizuoka-ken 411-8540 JAPANTEL 055-981-6707 FAX 055-981-6715

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/