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国立研究開発法人理化学研究所
バイオリソース研究センター
微生物材料開発室

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こんにちは！ぼく、まいくろうだよ！！
皆さんは微生物について知ってるかな？

食べ物を腐らせる？
病気を引き起こす？
いえいえ、
ぼくたちにも役立っている仲間がたくさんいるんだよ！
微生物は、普段目にすることはないけど、実はこの地球上でもっとも種類が多くて、もっとも生存量が大きいんだよ！

真核生物

ミトコンドリア

藻類

コンブ、テングサなど

偽菌類

卵菌類、粘菌類など

原生動物

ゾウリムシ、
アメーバなど微生物は細胞学的に大きく
真核生物 と 原核生物 に分けられます。真核生物の細胞には核膜に包まれた核があり、やはり膜で包まれたミトコンドリアなどの細胞内器官があります。一方、原核細胞には明瞭な核はな
く、細胞内器官もありません。

菌類（真菌） 酵母、カビ（糸核状菌）、キノコ

原核生物

この小冊子では、微生物の多様性、微生物とヒトとの関わり合い、微生物に関する研究、そして微生物を保存し必要とする研究者に提供している微生物系統保存機関について紹介するね！

細菌

大腸菌、枯草菌、乳酸菌、放線菌など

アーキア
（古細菌）

メタン菌、超好熱菌、好塩菌など

  


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



10 mm

1 mm

100 µm

10 µm

1 µm

100 nm

10 nm

 
1

ウイルス
細菌
(20-100 nm) (0.5-5 µm)

カビの胞子(2-150 µm)

ミジンコ(1.5-3.5 mm)

1円玉（2 cm）

この大きさ比べでは、それぞれの典型的な大きさを対数値（log10値）で示してありますので実際の感覚とは異なります。

2 II    

バイオマット

カビのコロニー

キノコ

カビの子実体様々な酵母のコロニー

微生物は一個体は目で見ることはできません
が、集団（コロニー）となれば肉眼で認識することもできます。例
えば食品に生えたカビや温泉で見られるバイ
オマット（緑やオレン
ジ色の微生物がつくる皮膜）などがあります。
またキノコも微生物の仲間です。平板培地で培養することによってそれぞれの微生物ごとに特徴的なコロニーを観察することができます。

 

コウジカビ

乳酸菌

 短桿菌

酵母

グラム染色した細菌（陽性）

らせん状の菌小荷物状の球菌

自家蛍光を持つメタン菌

糸状菌

芽胞染色した細菌

鞭毛染色した細菌

3

小さいキノコ

顕微鏡で微生物を観察すると、じつに様々な形があることがわかります。単純な形をした細菌でも、桿菌（かんきん）や球菌、らせん状の菌までいろいろあります。糸状菌にはもっと複雑な形をした美しいものもあります。

好熱性桿菌

好熱性球菌

放線菌

好熱菌の超薄切片像

微生物って目に見えないけど大きさ、形もいろいろだね。
胞子や鞭毛の種類もいろいろあって、こうした特徴は微生物を見分けるのに便利だね。

4細胞の形や構造をもっと詳しく観察するときには電子顕微鏡を使います。
走査型電子顕微鏡は細胞表層の観察に適しており、透過型電子顕微鏡は細胞
切片の細胞内器官や細胞壁の観察、鞭毛の着生様式の観察などに適しています。


真核生物
細

菌

エントアメーバー

緑色非硫黄
光合成細菌

アーキア

粘菌

真菌（酵母・カビ・キノコ）

植物

ユーリアーキオータ

プロテオ
グラム陽性細菌
バクテリア（枯草菌など）（大腸菌など）動物

繊毛虫

クレンアーキオータ
鞭毛虫

シアノバクテリア
フラボバクテリア

トリコモナス

テルモトーガ

微胞子虫
ヒゲハラムシ

地球上に生命が誕生したのは、30数億年前と考えられています。一方、現存の生物はいずれも一つの共通祖先から進化したと考えられていますが、それがどういう生命体であったのかよくわかっていません。一部には好熱菌だったという説もあります。また現在の真核生物細胞にあるミトコンドリアや葉緑体（植物細胞）は細菌が細胞内共生したことに由来すると考えられています。真核生物本来の起源は確かでありませんが、アーキアの祖先細胞でないかという説もあります。共通祖先や最初の生命ってどんなものか想像するだけでも楽しいですね。

5

？

共通祖先

生物の分け方にはいろいろとありますが、遺伝子などから進化の過程を推定し、それに従って分ける方法が主流になっています。それによると生物界は大きく細菌、アーキア、真核生物の三つのグループに分けられます。この図はリボソームRNAの塩基配列に基づく進化系統樹をあらわしています。
この系統樹をみると動物と植物以外はすべて微生物が占め、とても幅広く、多様であることがわかります。

生命の誕生
6

  
微生物は、土壌、海、
川、動物・ヒトのおな
かやヒフ、植物の根圏、家の中などありとあらゆるところに住んでいます。次のページから
もっとくわしくみていこう。

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ある試算によれば、ヒトのおなかの中にはおよそ3.2 1011匹（微生物細胞）がいるそうです。これはヒト1人の細胞総数よりもさらに多いものです。また地球の土壌環境には2.6 1029 匹、海洋環境には1.2 1029 匹、地球全体では46 1030匹もいるそうです。もう数えられないね！

地球上における生物種の数の推定
グループ
微生物
原核生物
真菌
原生動物
藻類
植物
動物
線虫類
甲殻類
昆虫類
脊椎動物

認知種数
（ 103）

推定種数（ 103）

既知の比率
（％）

5
72
40
40
270

>1000
1500
200
400
320

<0.5
4.8
20
10
84

25
40
950
45

400
150
8000
45

6
26
12
90

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JhlV^H_)&)&_qnwzryo

これまで見つかった微生物の種の数は動物や植物に比べれば多くはありません。
しかし最近は培養技術が進歩してきましたし、培養しなくてもどこにどんな微生物がいるかがわかるようになってきています。これからまだまだ新しい微生物が見つかるでしょう。

土壌中の微生物は有機物の分解だけでなく、さまざまな能力を秘めています。
たとえば米国のワックスマンらは土壌中に多く生息する放線菌と呼ばれる細菌のなかまがストレプトマイシンという抗生物質を生産することを1943年に発見しました。その後、ほかの土壌放線菌からも次々と新しい抗生物質が発見され、その中には当時不治の病と考えられていた感染症の特効薬も見いだされました。このように、土壌などから微生物を探索し、その中から目的とする微生物を選別することをスクリーニングと言います。現在も医療の現場で用いられている多くの医薬品が微生物によって生産されています。

7

8(Schleifer KH, 2004を改変)  

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Phoma sp.
風呂場の壁や排水溝にいるカビPhoma属菌（上図）はフラスコ形の分生子殻（矢印）により胞子（オレンジ色のものは胞子塊）が保護されているのでカビ取り洗浄剤などでも完全には死滅せず、さらに石鹸の成分を餌にしていると言われています。また、排水溝からは黒色酵母の Exophiala 属菌（右図）が高頻度に分離されます。

光の当たるところでは光合成細菌や藻類が繁殖します。その培養には光を照射します。

u

魚など水生生物にも多くの微生物が共生しています。マツカサウオに共生する発光性細菌は有名です。

海底などから放出されるメタンをメタン資化性菌が利用します。

卵菌類
ビブリオ様細菌(ミズカビの仲間)

4

v
y y

s
z

メタン

10
10
10
5
6
7
1 mlあたりの細胞数

10

s

x

w

湖底・海底の嫌気環境では硫酸還元菌・鉄還元菌・メタン
生成アーキアなど様々な嫌気性菌が生息しています。

微生物の密度と濁度

10

z y
z

)!¡¦®

1. Pithomyces sp.
2. Arthrinium sp.
3. Alternaria sp.
z
4. Botrytis sp.
5. Aureobasidium sp.
t
6. Aspergillus nigerzzy 7. Pestalotiopsis sp.
8. Chaetomium sp.
r |9. Paecilomyces sp.
z
10. Cladosporium spp.
{ y
11. Torula sp.
12. Penicillium sp.
z
z

x z
z
z
z
z

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Exophiala spinifera JCM 15939

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培養液の濁度は細胞の形状・大きさによって異なりますが1万〜10万（104〜105）細胞/ml
ではほとんど透明のように見えます。

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10

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4}.4usoq|t,liq_yj[

上空（〜成層圏）（低温・乾燥・放射線）
氷雪に覆われた高山
（低温）

地球外？

V

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普通の環境
→
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
j

s
→

岩塩鉱床
（高塩濃度）

微生物が生息する様々な極限環境。バックは塩湖などに生息する高度好塩性アーキアの一種。

噴気孔・火山性温泉（高温・酸性）
海底熱水孔

ソーダ湖（アルカリ性）

高温岩盤

深海・深部地下（高圧・低温または高温） 
極限環境微生物

利用例

好熱菌

耐熱性酵素（遺伝子増幅に用いるDNAポリメラーゼ、糖化反応に用いるアミラーゼなど）の生産
洗濯に用いるアルカリ性酵素（セルラーゼなど）の生産
鉱山排水から金属の回収（バイオリーチング）
高塩分を含む食品（醤油・魚醤など）の発酵
地下・海洋汚染の浄化（バイオレメディエーション）

好アルカリ性菌
好酸性菌
好塩性菌
低温菌

11

シロアリは、おなかの中に微生物を飼っているから、かたい木材を食べて生きていけるんだね！

X

→
%

j

s
→

腸内の原生生物（褐色のものは細胞内に木片を取込んだもの）

Y

原生生物の細胞内に共生する細菌

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私たち人類は、化石資源（石油や石炭など）を利用して様々な化学物質を作り出してきました。それらは生活を豊かにする一方で、動植物に有害で自然の中で無害化されにくい難分解性のものもあり、環境を汚染しています。そのような化学物質で汚染された環境を、
微生物などの生物の活動を利用して浄化する技術が「バイオレメディエーション」です。

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二酸化炭素

燃焼（人為活動）

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光合成
炭酸固定

呼吸
発酵

メタン

有機性炭素

（石油・天然ガス・石炭・その他）

地球上の炭素循環x;t:
$HAklf}qymu~£

微生物分解 



CO2
O2

Cl-

H2O

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家畜し尿排水;=:F-9¤wl¥5¤>%;=<¥
家庭や家畜飼育施設などから出る下水や排水にはたくさんの栄養分が含まれていて、これをそのまま河川などに放出してしまうと環境を汚染してしまいます（富栄養化）。こうした下水・排水は処理施設で浄化された後に排出する必要があります。おもな浄化法に、好気性微生物群に大量の酸素を与えて増殖させ、汚水中の栄養分を分解、沈殿させる活性汚泥法があります。

13

毒性

H2O

!

下水・排水処理家庭排水 
 

（動植物・生物遺体）

化石燃料

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酵母
乳酸菌

パン

風邪にかかったときなどに処方される抗生物質は、実は微生物から見つかったこと知っていますか？抗生物質とは「微生物が産生し、他の微生物の増殖を阻害する化学物質」のことです。抗生物質は1929年にアレクサンダー・フレミングによってはじめて発見されました。
フレミングは、ブドウ球菌の培養中に偶然入りこんで生えてしまったアオカビを見て実験を失敗したと思ったそうです。しかし、よく見るとアオカビの生育した周りにだけブドウ球菌が生えていないことに気づき、アオカビがつくる抗生物質ペニシリンを発見したのです。これ以後、ストレプトマイシン、クロラムフェニコール、カナマイシンなど様々な抗生物質が発見され、かつて脅威とされていたコレラ、結核、赤痢などの細菌感染症も治療が可能となりました。
抗生物質を含む
ペーパーディスク

ワイン
ビール

ヨーグルト
漬物

シャーレの中には予め被検菌が含まれていて、抗生物質に感受性があるとそこだけ生育できずに阻止円ができます。

アオカビ（ペニシリウム）

日本酒
酢

酢酸菌
細胞壁

しょうゆ

みそ

麹

納豆菌
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カビ納豆%,)L#UQJ@SJ6)F@5+?9RK6 ,J%,)V<S=GF4%,)B<9:R%,9O@5

微生物はいろんな食べ物と関係があるんだね！

15

ペニシリンを含むβ-ラクタム系抗生物質は細菌の細胞壁の生合成を阻害します。ヒトの細胞には細胞壁はないので比較的安全に使えます。

細胞膜

細胞壁のある細菌
抗生物質により死滅しますKS-L4
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核
ウィルス

細胞壁なし＝効かない

16

ヒト細胞

細胞壁なし＝効かない

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口腔細菌
1億 〜10億 個（唾液1mlあたり）

ニキビにはアクネ菌

Cutibacterium acnes
皮膚常在細菌1万 〜10万 個（皮膚1cm2あたり）

腸内細菌
100 〜1000億 個（糞便1グラムあたり）

ヒトにはたくさんの微生物が関わっているな
んて知ってた？

虫歯にはミュータンス菌

黄緑色の鼻水や痰が出たら緑膿菌
Pseudomonas aeruginosa

胃潰瘍にはピロリ菌
Helicobacter pylori

肺に感染するカビ（アスペルギルス症）
Aspergillus fumigatus

Streptococcus mutans

食あたり（魚介類）は腸炎ビブリオ
Vibrio parahaemolyticus
水虫には白癬菌

Trichophyton ruburum
Trichophyton mentagrophytes

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ヨーグルトのお話
ヨーグルトは牛乳に乳酸菌を混ぜて発酵させて作る発酵食品です。ヨーグルトに含まれている乳酸菌が腸に様々なよい影響を与えることがこれまでの研究で分かっています。

●整腸作用●免疫バランスを整える （アレルギーが改善される）●ピロリ菌を減らす効果があるものもある●ヨーグルトの乳酸菌は腸内に定着しないので、定期的にヨーグルトを食べることが大切です。
ヨーグルト売り場に行くとたくさんの商品が並んでいますね。ヨーグルトの容器がプラスチックだったり紙だったり、商品によって容器が違うことにお気づきですか？乳酸菌と一口に言っても実に様々な種類があります。ヨーグルトに入っている菌も製造メーカーによって異なります。乳酸菌の中には酸素のあるところでは生育できない
Bifidobacterium 属 と い う 菌 も 含 ま れ ま す 。
Bifidobacterium属の菌が入っているヨーグルトの容器には酸素を透過しないプラスチックの容器が使われています。
今度ヨーグルトを買ったときにチェックしてみてくださいね。
17

お口の病気のお話@32<[P#W \ed)+g YWDdmoqlpk2G<[dU>9?gcg FM\NB7Z WaRSWdYTNGA<YGFRPcAingV^.JPcA YG!TCRPcNdU YZY
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18

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

微生物を分離（単離）するには、培地を使って培養するよ。培地、培養方法にはたくさんの種類があるからそれぞれの微生物に適切な培地、培養方法を選択することが重要なんだよ！

例：糞便からの微生物の分離
うんち1グラム

嫌気培養の例
好気培養（こうきばいよう）
嫌気培養（けんきばいよう）

10倍ずつ希釈

1個ずつ単離糞便は菌数がとても多いので8段階くらい希釈します。空気に触れると死んでしまう菌もたくさんいるので出たらすぐに培養します。

糞便には酸素のない条件で生育する嫌気性菌がたくさんいます。
単離した菌をそれぞれ研究に使います

斜面培地（スラント：左）と平板培地（プレート：右）での培養

簡易な嫌気性培養装置（左）。容器内にある試薬が酸素を除去し、特定の嫌気環境を作ります。
また左側のように容器内の気相を予め嫌気ガスに置き換えてからゴム栓で密栓して培養する方法もあります。
微生物株の培養には培地成分、温度、pH、酸素要求性など様々な培養条件を設定する必要があるんだよ。

フラスコ・試験管で振盪好気培養



微生物株はそのまま放置していればやがては死滅してしまいます。また、継代によって常に培養した状態で維持すると、変異をおこして性質が変化する可能性があります。そこで、凍結保存や乾燥保存によって保存する必要性があります。

腸内細菌のお話
ヒトの糞便には1グラムあたり1兆（1012個／g）もの細菌がいると言われています。そしてそのうちの70％はまだ未知の細菌だとされています。細菌を分離し、その細菌がどのような役割をしているのかが明らかになることで腸内細菌がヒトの健康や病気にどのように関わっているのかも明らかになっていきます。
例えば左の写真は日本人の糞便から分離された嫌気性細菌です。2005年に論文発表され Bacteroides plebeiusという名前がついています。その後の研究で B. plebeius
は海藻の食物繊維を分解する酵素を持っており、米国人
18人の腸内からは検出されず、日本人では13人中5人から検出された、と報告されています。古代から海藻を食べていた日本人ならではの腸内細菌かもしれません。

19

保存
微生物をそのまま凍結すると凍結傷害をおこしてしまいますのでグリセリン等を保護剤として使用します。凍結用チューブに分注してディープフ
リーザー（-80℃）または液体窒素タンク中に保存します。

復元

復活!!

乾燥保存では微生物をアンプル中に保護剤とともに凍結乾燥またはL-乾燥（液体状態から乾燥）します。アンプルは常温でも取り扱えるため、菌株を郵送で提供することができます。

20  $

微生物保存機関（カルチャーコレクション）は研究・開発上有用な微生物資源（リソース）を収集、保存、提供する機関です。こうした保存機関の役割はまずこうした微生物株が失われないように保存し、そして品質管理をしっかりと行い、研究を希望する研究者に確かな状態で提供することです。

! 

どこにいて何をしている？

どの様に進化し
多様性を生み出した？


宿主との関係は
どんなメリットを生み出す？



どの様に拡がり、病気を引き起こす？

 
生存・環境適応へのメカニズム
は？

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% &

"


#

国内外の
研究機関
保存機関
教育機関

受付

（寄託）
検査
同定
分類

ノーベル賞にもなった微生物研究の例

カビアレクサンダー・フレミングはアオカビから初めての抗生物質である
ペニシリンを発見（1945年生理学・医学賞）

大腸菌

ジャック・モノーとフランソワ・ジャコブは大腸菌を使って遺伝子発現調節に関するオペロン説を提案（1965年生理学・医学賞）

好熱菌

キャリー・マリスは好熱菌由来の耐熱性DNAポリメラーゼを使ってPCRよる遺伝子増幅技術を開発（1993年化学賞）

ピロリ菌

バリー・マーシャルとロビン・ウォーレンはピロリ菌の発見とその胃炎・消化性潰瘍における役割を解明（2005年生理学・医学賞）

酵母

ジェームズ・ロスマンらは酵母を使って細胞内の主要な物質輸送である小胞輸送の制御機構を発見（2013年生理学・医学賞）

放線菌

大村智博士は土壌に生息する放線菌からエバーメクチンを発見し、アフリカ等の寄生虫病の撲滅に貢献（2015年生理学・医学賞）

酵母

大隅良典博士は酵母を使って細胞内のリサイクルシステムを担うオー
トファジーの仕組みを解明（2016年生理学・医学賞）

21

保存−80℃ 〜
−196℃

国内外の
研究機関
保存機関
教育機関

提供

理研バイオリソース研究センター微生物材料開発室（JCM）では健康と環境の研究に役立つ微生物リソースを中心に細菌、アーキア、酵母、糸状菌などの収集、保存、提供を行っています。本事業を通じて健康増進や環境保全など、21世紀に人類が直面している問題の解決に貢献できるように努めてまいります。

22

/25Microbes 3.3
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E-mail: inquiry.jcm@riken.jp

Microbe Division/Japan Collection of Microorganisms
RIKEN BioResource Research Center
https://jcm.brc.riken.jp/ja/

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RIKEN 2019-046