大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

国立遺伝学研究所
2 01 6 要 覧

National Institute of Genetics
国立大学法人 総合研究大学院大学

遺伝学専攻

Department of Genetics, SOKENDAI

2

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

3

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

4国立遺伝学研究所は、遺伝学の基礎とその応用に関する総合的研究を行い、学術研究の発展に寄与することを目的として設置された大学共同利用機関※です。
※大学共同利用機関は、個別の大学では整備や維持が困難な大型装置などを有し、全国の研究者との共同利用・共同研究を推進する研究機関です。

National Institute of Genetics (NIG) was established to carry out broad and comprehensive research in genetics. NIG contributes to the development of
academic research as one of the inter-university research institutes constituting the Research Organization of Information and Systems (ROIS).
5

Message from the Director-General
遺伝学と「遺伝研の役割」

グレゴール・ヨハン・メンデルが修道院の庭でエンドウを交配し「遺伝の単位」を見つけたとき、誰が今日の遺伝学の隆盛を予見したでしょうか。その後、遺伝学は 20 世紀を通して学問として進歩し続け、ついに生命の究極の秘密に到達しました。それは、「すべての生命活動は DNA の遺伝情報が基盤となる」、すなわち「いのちは、ことばに支えられている」という秘密です。ここから遺伝学の全面的な展開が始まり、現在では生物学全体だけでなく医・薬・農・工など様々な応用科学にまで、遺伝学の果たす役割は広がっています。
国立遺伝学研究所（遺伝研）は、1949 年に文部省の研究所として設立され、木村資生博士による分子進化の中立説をはじめ、数多くの研究業績を上げてきました。また、1984年には、大学共同利用機関として、学術コミュニティー
全体の研究を促進する役割を引き受け、1988 年には、総合研究大学院大学の遺伝学専攻を受け持って、独自の大学
院教育を行うようになりました。2004 年に法人化されて、
国立情報学研究所、国立極地研究所、統計数理研究所とともに大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構を構成し、情報とシステムという観点から未来の課題にも取り組んでいます。
現在の遺伝研では、約500人の様々な職種の人達が働き、研究、研究基盤整備、教育・人材育成という仕事をしています。研究では 34 のグループが、大腸菌からヒトまで、分子レベルから生物集団レベルまで、理論から実験まで、遺伝学に関わる幅広い分野で独創的な研究を行い、世界的な評価を受けています。研究基盤整備では、DNA データバ
ンク（DDBJ）、実験生物系統の分与、先端ゲノミクス事業などにより、学術コミュニティーの研究に貢献しています。
また、教育・人材育成では、学生当りの教員数の多さを生かした大学院教育を行うとともに、有望な若手研究者が新しい分野を開拓する新分野創造センターを作り、将来を見すえた体制作りも進めて来ました。
生物にはまだ多くの謎がありますが、遺伝情報という切り口から攻めることにより着実な成果が期待できます。私たちは、先達の努力を引き継ぎ、世界中の研究者と協力して研究を進め、その成果を人類全体の財産とすることが仕W h o c o u l d f o re se e t h e su c c e ss o fgenetics when Gregor Johann Mendel
cultivated pea plants in a monastery garden
and found the unit of inheritance? After thisgreat event, genetics, namely, the study ofinheritance and variation of biologicalorganisms, developed continuously throughthe 20th century and uncovered the ultimate
secret of life: the activity of biologicalorganisms is based on the genetic informationof DNA, or life is supported by a simple linear
code, i.e., “words”. On this basis, genetics has
now expanded not only to all fields of basic
biology but also to many applied sciences.
The National Institute of Genetics wasestablished at Mishima in 1949, and since has
p ro d u c e d m a n y o u t s t a n d i n g s c i e n t i f i cachievements including the neutral theory ofmolecular evolution by Motoo Kimura.
Continuing the tradition, we are conducting
research in many fields of genetics and related
fields, ranging from bacteria to humans, frommolecules to populations, and from theory toexperiments. We consider this diversity of
research is essential to the stimulating
environment that fosters a community of
researchers.
We serve the scientific community inJapan and the world by providing research
infrastructure, including the DNA database (DDBJ),b i o - re s o u rc e s o f v a r i o u s e x p e r i m e n t a lorganisms, and advanced genomic services.
Science education is also a central part of ouractivity, and we provide graduate education as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The
Graduate University for Advanced Studies). In
addition, constant dialog with non-scientists is
an important part of our mission.
Genetic approaches remain critical for
addressing key issues in the life sciences, andwe will continue our commitment to excellencein research, service, and education.

事と考えています。また、一般社会との対話を行いながら、この使命を果たしたいと考えています。

所長

6

桂

所長あいさつ／ Message from the Director-General

勲KATSURA, Isao Director-General

所長あいさつ／ Message from the Director-General

7

Contents
目 次

06 所長あいさつ

68 国際交流09 概 要70 研究を促進するための活動と行事

14 遺伝研へのアクセス

71 遺伝学電子博物館

15 遺伝研マップ

72 総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研の研究活動

遺伝研データ

17 研究活動

79 運 営

54 知的財産室

83 研究教育職員・研究員・学生

55 リサーチ・アドミニストレーター室

87 管理部と技術課職員

56 ライフサイエンス統合データベースセンター

88 沿 革Message from the Director-General

OutlineAccess to the InstituteCampus Map

Research Activities

Intellectual Property Unit

Office for Research Development

Database Center for Life Science

共同利用・共同研究

International Activities

Activities and Events for Research Promotion

Cyber Museum of Genetics

Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAIManagement

Research Staff and Students

Staff of Administration Department and Technical Section

History

90 2015年に発行された論文一覧
Publications in 2015

58 生物遺伝資源センター

93 予 算59 先端ゲノミクス推進センター

93 科学研究費

60 DDBJセンター

94 バイオロジカルシンポジウム

61 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

96 表彰・受賞歴

62 創薬等支援技術基盤プラットフォーム

96 知的財産権

63 共同研究・研究会

97 情報・システム研究機構

Genetic Resource Center

Advanced Genomics Center

DDBJ Center

NIG Supercomputer System

Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science

Collaborative Research and Research Meetings

BudgetGrant-in-Aid for Scientific Research

Biological Symposia

Awards and Honors

Intellectual Property Rights

Research Organization of Information and Systems

98 国立大学法人 総合研究大学院大学

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced
Studies)8

目次／ ContentsOur Mission
遺伝研の活動遺伝学の最先端研究 CUTTING-EDGE RESEARCH IN GENETICS

生命科学分野における中核研究機関として国際水準の先端的研究に取り組んでいます。
As a core institute of genetics, NIG conducts advanced research in the field of life sciences.

▶

p12

▶

p13

▶

p58

▶

p68

▶

p72

知的基盤整備事業 INTELLECTUAL INFRASTRUCTURE FOR LIFE SCIENCES

生命科学を支える中核拠点として、生物遺伝資源事業、先端ゲノミクス推進事業、DDBJ 事業を行っています。
NIG houses Genetic Resource Center, Advanced Genomics Center and DDBJ Center, as a core institute to build theintellectual infrastructure that supports life sciences.

共同利用 RESEARCH COLLABORATIONS

全国の研究者のために共同研究の機会を提供し、またそのための施設の利用に応じます。
NIG offers collaborative research opportunities to researchers.

国際交流 INTERNATIONAL COLLABORATION

遺伝学の分野で国際的な学術交流を活発化するため、研究者の交流や国際シンポジウム等を開催しています。
NIG strives to promote international scientific exchanges by sponsoring international symposia and through the exchange of
researchers.

大学院教育 EDUCATION FOR GRADUATE STUDENTS

総合研究大学院大学生命科学研究科の遺伝学専攻を担当して大学院学生の教育を行うとともに、その他の大学の大学院教育に協力します。
NIG accepts graduate students as the Department of Genetics, School of Life Sciences, SOKENDAI (The Graduate University
for Advanced Studies), and also participates in the education of students from other universities.

大学共同利用機関法人

情報・システム研究機構

Research Organization of Information and Systems (ROIS)

国立大学法人

総合研究大学院大学

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

国立極地研究所
National Institute of Polar Research

極域科学専攻Department of Polar Science

国立情報学研究所
National Institute of Informatics

情報学専攻
Department of Informatics

統計数理研究所
The Institute of Statistical Mathematics

統計科学専攻Department of Statistical Science

国立遺伝学研究所
National Institute of Genetics

遺伝学専攻
Department of Genetics

データサイエンス共同利用基盤施設
Joint Support-Center for Data Science Research

基礎生物学専攻
Department of Basic Biology

複合科学研究科
School of Multidisciplinary Sciences

生命科学研究科
School of Life Science

生理科学専攻Department of Physiological Sciences

概要／ Outline

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Outline of Departments, Research Centers and Experimental Farm
研究系・研究センター等の概要■ 分子遺伝研究系■ Department of Molecular Genetics■ 細胞遺伝研究系■ Department of Cell Genetics

染色体や中心体の生体内動態について複合的な方法を取り入れ研究を行うとともに、新たな研究手法の開発も行っている。
細胞内で観察される遺伝現象を分子レベルで解明することを目指して、生細胞及び無細胞系を用いた研究を行っている。
■ 個体遺伝研究系

ゼブラフィッシュ、マウスなどのモデル生物を用い、発生や行動など動物のさま
ざまな生命現象における遺伝子や細胞の役割についての研究を行っている。
■ 集団遺伝研究系

生物進化の歴史とその機構を解明する目的で、実験的及び理論的手法を用いて、遺伝子やゲノムのレベルから集団のレベルまで幅広く研究している。
■ 総合遺伝研究系

ヒトの高次表現型のシステム医学、脊椎動物の神経回路形成機構、および植物のエピジェネティック制御に関しての総合的な研究を行っている。

■ 新分野創造センター

若手の優れた研究者が独立して研究室を運営し、遺伝学とその周辺領域に新しい分野を開拓する研究を行う。これにより、研究共同体の中で重要な役割を果たす人材を育成する。
■ 系統生物研究センター

独自に開発・収集したマウス、ゼブラフィッシュ、ショウジョウバエ、イネ、原核生物の実験系統など有用な生物遺伝資源に立脚して、特色のある先端的研究を推進している。
■ 構造遺伝学研究センター

分子から多細胞の各レベルで、遺伝学と構造生物学の境界領域で最先端の研究を行うとともに、生体内の構造を観察・解析する様々な手法を開発し、遺伝学に導入している。
■ 生命情報研究センター

生命情報学の拠点として、情報処理技術を駆使して生命現象の解明を目指した発見研究と生命科学の推進のための技術開発を行っている。
■ 実験圃場

植物の生殖研究を行うとともに、系統生物研究センターと連携して植物遺伝資源の収集、保存、分譲を行っている。
■ 放射線・アイソトープセンター

放射線や放射性同位元素を、研究利用するための共同利用施設である。
Cs を線源としたガンマー線照射装置を備えている。

Fundamental genetic phenomena are being studied in living cells and incell-free systems to explain the phenomena observed at the cellular level inmolecular terms.
■ Department of Developmental Genetics

We study roles of genes and cells during various biological phenomena ofanimals including development and behavior by using model organisms, such aszebrafish, and mouse.
■ Department of Population Genetics

We are conducting experimental and theoretical studies on the history andmechanisms of organismal evolution from the gene and genome level to the
population level using various organisms, such as human, Drosophila, fish, andmouse.
■ Department of Integrated Genetics

By integrating various approaches in genetics, we study systems medicine
on complex human traits, neural network formation of vertebrates, andepigenetic controls of plants.
■ Center for Frontier Research

The Center for Frontier Research provides promising young scientists withindependent positions and an opportunity of developing new frontiers in genetics
and related research fields. The Center thereby brings up scientists who will play
crucial roles in academic fields in the future.
■ Genetic Strains Research Center

This center promotes forefront researches of life science based upon uniquebioresources of mice, zebrafishes, Drosophila, rice and microorganisms, which
are developed and collected by this center.
■ Structural Biology Center

This center was founded to perform the pioneering researches in the newarea between genetics and structural biology, and to develop new methods andtechniques for the area.
■ Center for Information Biology

Develop the technologies and resources to make the massive data
available, useful and meaningful for the domain. Also conducts some wet or dry
experiments for knowledge discovery.
■ Experimental Farm

We study plant reproduction, and also conduct collection, conservation anddistribution of plant genetic resources in cooperation with Genetic Strains
Research Center.

137■ Radioisotope Center□ 生物遺伝資源センター

The Radioisotope Center has facilities for biochemical experiments using
radioactive tracers. Irradiation treatment of 137Cs is also available.

生命科学を先導する様々なバイオリソースを開発し、それらの維持と国内外の大学や研究機関への分譲を行っている。関連情報は、データベース化して世界中に公開している。また、内閣府日本医療研究開発機構のナショナルバイオリソー
スプロジェクトにも参加している。
□ 先端ゲノミクス推進センター

学術分野における超大規模ゲノム情報研究推進の中核として先端ゲノミクス研究を進めるとともに、次世代型ゲノム情報解析パイプラインの提供等による共同
利用・共同研究を推進する。
□ DDBJ センター

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は論文や特許で公知にされる塩基配列
データを網羅し管理公開する、米国（NCBI)と欧州（ENA/EBI）との協力事業である。他の生命系主要データベースや解析ツールと共にスーパーコンピューターを用いて公開している。
□ 情報基盤ユニット

研究所全体のネットワーク・ウェブサーバー管理および情報セキュリティ対策を行う。また利用者向けセキュリティ講習会やメール等のアカウント管理も実施している。
□ マウス研究支援ユニット

マウスを用いた研究のサポートを目的として、胚及び精子凍結・マウスクリー
ニング・トランスジェニックマウス及び遺伝子ノックアウトマウス作製などを行う。
□ 動物飼育実験施設

所内におけるマウス・ラットなどの実験動物の主要な飼養保管施設として、動物の飼育及び実験のサポートを行い、研究・教育の推進に貢献する。
10

The dynamics of chromosome and centrosome have been studied using
innovative and multi-disciplinary approaches, as well as development of newtechnology for research.

概要／ Outline□ Genetic Resource Center

The center develops and preserves forefront bioresources of variousorganisms, and distributes them to domestic and overseas universities andinstitutes. The related information is open to the public through the databases.
The center participates actively in “National BioResource Project (NBRP)” of
AMED.
□ Advanced Genomics Center

This Center is designed to conduct most advanced genomic researches
and to provide resources based on new-generation sequencing pipeline to thecommunity.
□ DDBJ Center

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) is a member of the international
collaboration with NCBI (USA) and ENA/EBI (Europe) that releases a wholecatalogue of identified DNA sequences. DDBJ is hosted by a supercomputerthat also provides powerful analytical tools and other databases.
□ Information and Technology Unit

The unit maintains the network and web servers of the entire institute andensures information security. It also provides training courses for security andmanages email and web accounts.
□ Mouse Research Supporting Unit

In order to facilitate mouse research in NIG, the unit offers services such asembryo freezing, in vitro fertilization, mouse cleaning, and transgenic andknockout mouse production.
□ Unit for Experimental Animal Care

The unit run a main animal facility of NIG, and aim to contribute to researchand education by providing suitable rearing condition and research environment
to use mice and rats.

Organization
組

織
運営会議

所長

Advisory Committee

Director-General桂

勲アドバイザリーボード

KATSURA, Isao

総合企画会議Advisory Board

副所長

Council for Strategy Planning and CoordinationVice-Director

分子遺伝研究系

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

生命情報研究センター

Department of Molecular Genetics

Center for Information Biology

中心体生物学研究部門

北川大樹

P17

遺伝情報分析研究室

池尾一穂

P44

分子細胞工学研究部門

鐘巻将人

P18

生命ネットワーク研究室

有田正規

P45

大量遺伝情報研究室

中村保一

P46

データベース運用開発研究室

高木利久

P47

遺伝子発現解析研究室

大久保公策

P48

比較ゲノム解析研究室

豊田

敦

P49

ゲノム進化研究室

黒川

顕

P50

Centrosome Biology

Molecular Cell Engineering

KITAGAWA, Daiju
KANEMAKI, Masato

DNA Data Analysis

Biological Networks

Genome Informatics

細胞遺伝研究系

Department of Cell Genetics

微生物遺伝研究部門

荒木弘之

P19

共生細胞進化研究部門

宮城島進也

P20

Microbial Genetics

Symbiosis and Cell Evolution

ARAKI, Hiroyuki

MIYAGISHIMA, Shin-ya

Research and Development of
Biological Databases
Gene-Expression Analysis
Comparative Genomics

個体遺伝研究系

Department of Developmental Genetics

形質遺伝研究部門

岩里琢治

P21

初期発生研究部門

川上浩一

P22

Neurogenetics

Molecular and Developmental Biology

IWASATO, Takuji
KAWAKAMI, Koichi

集団遺伝研究部門

斎藤成也

P23

進化遺伝研究部門

明石

裕

P24

生態遺伝学研究部門

北野

潤

P25

Ecological Genetics

Experimental Farm

SAITOU, Naruya
AKASHI, Hiroshi
KITANO, Jun

核酸化学研究部門

Nucleic Acid Chemistry

細胞質遺伝研究部門
Cytoplasmic Genetics

育種遺伝研究部門
Agricultural Genetics

脳機能研究部門
Brain Function

生理遺伝研究部門

井ノ上逸朗

P26

角谷徹仁

P27

平田たつみ

P28

INOUE, Ituro

KAKUTANI, Tetsuji
HIRATA, Tatsumi

Physiological Genetics

理論遺伝研究部門
Theoretical Genetics

応用遺伝研究部門
Applied Genetics

細胞空間制御研究室

小田祥久

P29

定量メカノバイオロジー研究室

島本勇太

P30

ODA, Yoshihisa
SHIMAMOTO, Yuta

Genetic Strains Research Center

哺乳動物遺伝研究室

城石俊彦

P31

発生工学研究室

相賀裕美子

P32

マウス開発研究室

小出

剛

P33

小型魚類開発研究室

酒井則良

P34

植物遺伝研究室

佐藤

豊

P35

原核生物遺伝研究室

仁木宏典

P36

無脊椎動物遺伝研究室

上田

P37

系統情報研究室

山﨑由紀子

P38

生物遺伝資源情報研究室

小原雄治

P39

Mammalian Development
Mouse Genomics Resource
Model Fish Genomics Resource
Plant Genetics

Microbial Genetics

Invertebrate Genetics
Genetic Informatics
Genome Biology

SHIROISHI, Toshihiko
SAGA, Yumiko

KOIDE, Tsuyoshi
SAKAI, Noriyoshi
SATO, Yutaka
NIKI, Hironori

龍UEDA, Ryu

YAMAZAKI, Yukiko
KOHARA, Yuji

生体高分子研究室

前島一博

P40

細胞建築研究室木村P41

多細胞構築研究室

澤

斉

P42

遺伝子回路研究室

鈴木えみ子

P43

Multicellular Organization
Gene Network

2016 年 4 月 1 日現在
as of April 1, 2016

ベルモント，アンドリュー S．

P52

デッカー，ジョブ

P52

チャン，フェン

P52

ディフリー，ジョン F.X.

P52

スタニア，ディディエ

P52ゼン，ホンクイP53

エクスコフィア，ローレント

P53

ヤン，ジーヘンP53

ジョーデ，リン

P53

ジルバマン，ダニエルP53

BELMONT, Andrew S.

ZHANG, Feng

STAINIER, Didier

EXCOFFIER, Laurent

JORDE, Lynn

放射線・アイソトープセンター
Radioisotope Center

生物遺伝資源センター
Genetic Resource Center

MAESHIMA, Kazuhiro

暁

KIMURA, Akatsuki
SAWA, Hitoshi

SUZUKI, Emiko

バイオリソース事業部

P58

Division of Bioresources Management

データベース事業部

Division of Bioresources Databases

先端ゲノミクス推進センター

P59

Advanced Genomics Center

DDBJ センター
DDBJ Center

システム管理部門

P60

High Performance Computing Division

データベース部門
Database Division

支援センター

Support Center

情報基盤ユニット
IT Unit

マウス研究支援ユニット

Mouse Research Supporting Unit

動物飼育実験施設

Unit for Experimental Animal CareIntellectual Property Unit

Structural Biology Center

Cell Architecture

P51

NONOMURA, Ken-ichi

ZILBERMAN, Daniel

知的財産室

構造遺伝学研究センター

Biological Macromolecules

野々村賢一（共同利用事業センター Intellectual Infrastructure Center）

系統生物研究センター

Mammalian Genetics

KUROKAWA, Ken

YANG, Ziheng

Center for Frontier Research

Quantitative Mechanobiology

TOYODA, Atsushi

ZENG, Hongkui

新分野創造センター

Cell Dynamics and Organization

OKUBO, Kosaku

DIFFLEY, John F.X.

Department of Integrated Genetics
Human Genetics

TAKAGI, Toshihisa

DEKKER, Job

総合遺伝研究系

人類遺伝研究部門

NAKAMURA, Yasukazu

Adjunct Faculty

Department of Population Genetics

Evolutionary Genetics

実験圃場

ARITA, Masanori

客員研究部門

集団遺伝研究系

Population Genetics

Genome Evolution

IKEO, Kazuho

リサーチ・アドミニストレーター室
Office for Research Development

管理部

Department of Administration

鈴木睦昭

P54

広海

P55

SUZUKI, Mutsuaki

健

HIROMI, Yasushi

総務企画課

General Affairs and Project Section

P87

財務課

Financial Affairs Section
技術課

Technical Section

P87

概要／ Outline

11

Cutting-edge Research : A Core Institute for Life Sciences
遺伝学の中核拠点としての先端研究活動
生命はゲノムに書き込まれた遺伝情報と内外環

境との相互作用で作りだされる複雑なシステムです。

この生命システムの解明をめざして、細胞機能、発生・分化、進化・生物多様性、ゲノム情報などについて
先端研究を進めています。

Life is a complex system generated by the mutual interaction
between genetic information engraved in the genome and the internaland external environments. At the National Institute of Genetics (NIG),
cutting-edge research is conducted in areas such as cell function,
development and differentiation, evolution and diversity, and genome
information, aiming to clarify the system of life.

▶ Research Highlights

最近の研究成果より

日本列島本土人の成立
日本列島の本土人は、縄文人と渡来人の混血だと考えられています。斎藤教授らはア
イヌ人を縄文人の子孫、大陸の東アジア人を渡来人の子孫と仮定するモデルを用い、ヒトゲノムの DNA データから、本土人における縄文人の遺伝的割合はおよそ 20% であり、またアイヌ人と本土人の混血は、６〜７世紀にはじまったと推定しました。

Establishment of Japanese Archipelago Mainlanders
東アジア４人類集団の系統関係。A：アイヌ人、J：日本列島本土人、K：韓国人、C：
北方中国人。
Phylogenetic relationship of four human populations in East Asia. A: Ainus, J:
Japanese Archipelago mainlanders, K: Koreans, C: Northern Chinese.

Mainlanders of Japanese Archipelago are result of admixture between Jomon
people and migrants. If we assume Ainus and continental East Asians as
descendants of Jomon and migrants, respectively, proportion of Jomon DNAs in
mainladers was about 20%, and admixture between mainlanders and Ainus
started at 6-7th Century.

Jinam, T.A., Kanzawa-Kiriyama, H., Inoue, I., Tokunaga, K., Omoto, K., and Saitou, N. (2015). Unique characteristics of the Ainu population in Northern Japan. J
Hum Genet 60, 565-571.

RNA 制御による精子幹細胞の維持機構を解明
成人男性が 50 年以上の長期間にわたって精子形成を継続的に維持できる理由は、精子幹細胞が自己複製と精子形成をバランスよく調整しているからです。相賀教授らは精子幹細胞に発現するRNA 結合タンパク質 Nanos2 が mRNP 顆粒の機能を制御する緩衝因子として機能しており、その発現量に依存した転写後調節機構で幹細胞能を制御することを明らかにしました。

A post-transcriptional buffering system to maintain spermatogonial stem cells
Nanos2 は mRNP の形成を介して精子幹細胞の未分化性を維持する。Nanos2 の発現が高い細胞は、多くの mRNP が形成され、分化関連遺伝子や mTORC シグナ
ルの抑制を介して分化抑制する。
Nanos2 promotes mRNP formation and contribute to the maintenance of
undifferentiated state of spermatogonial stem cells. Upon decreasing of Nanos2
level, stem cells shift to differentiation pathway.

Prof. Saga and colleagues find that Nanos2, an evolutionarily conserved
RNA-binding protein, works with other cellular messenger ribonucleoprotein (mRNP)
components to ensure the primitive status of SSCs. This mechanism establishes
a post-transcriptional buffering system to facilitate SSC homeostasis in thefluctuating environment within the seminiferous tubule.

Zhou, Z., Shirakawa, T., Ohbo, K., Sada, A., Wu, Q., Hasegawa, K., Saba, R., and Saga, Y. (2015). RNA Binding Protein Nanos2 Organizes Post-transcriptional
Buffering System to Retain Primitive State of Mouse Spermatogonial Stem Cells. Dev Cell 34, 96-107.

ゲノム中の DNAメチル化の割合を制御する機構
DNAメチル化は遺伝子の活性制御に重要であり、植物では、ゲノム上のメチル化のパター
ンが世代をこえて維持されています。角谷教授らはシロイヌナズナの低メチル化を引き起こす変異体のメチル化パターンを数世代にわたって観察しました。その結果、ゲノム全体の DNAメチル化が低下すると、世代をこえて働く負のフィードバックによってメチル化の割合が制御されうることを明らかにしました。

Mechanisms to control proportion of DNA methylation within the genome
1 世代目の ddm1 変異体（1G）では見られなかったメチル化の増加が 9 世代目の変異体で確認された。
The methylation accumulated in the 9th generation of ddm1 mutant (9G), but notin the 1st generation (1G).

DNA methylation is important for controlling gene expression, and DNA
methylation pattern can be inherited over multiple generations in plants. Using
Arabidopsis mutants with reduced genomic DNA methylation, Kakutani group
identified genome-wide negative feedback mechanisms, which control proportionof DNA methylation within the genome in trans-generational manners.

Ito, T., Tarutani, Y., To, T.K., Kassam, M., Duvernois-Berthet, E., Cortijo, S., Takashima, K., Saze, H., Toyoda, A., Fujiyama, A., Colot, V., and Kakutani, T. (2015).
Genome-wide negative feedback drives transgenerational DNA methylation dynamics in Arabidopsis. PLoS Genet 11, e1005154.

12

概要／ Outline

Intellectual Infrastructure Supporting Life Sciences
生命科学を支える知的基盤整備事業
生物遺伝資源（バイオリソース）、先端ゲノミクス
推進、DDBJ（日本 DNA データバンク）の 3 つの研究事業を国際的な中核拠点として運営しています。
他の大学や研究機関とも連携したこれらの事業により生命科学を先導し、研究コミュニティを支援しています。

NIG operates three research infrastructure projects as aninternational center of life sciences: BioResource Project, Advanced
Genomics Project, and DDBJ Project. Through promoting researchcollaborations with other universities and research institutions, NIG
advances the frontier of life science and supports the entire scientificresearch community.

生物遺伝資源（バイオリソース）事業
学術研究用生物系統の開発、収集、提供を主体としたバイオリソース事業を展開し、全国の中核拠点として機能しています。内閣府日本医療研究開発機構 NBRP の生物種別の中核代表機関としても活動し、さらに情報センターとして大学等と連携してバイオリソー

スデータベースの構築と公開運用を進めています。

BioResource Project
NIG serves as a center for developing, collecting, and distributing biologicalresources of various strains of experimental organisms for academic research.
NIG also plays an important role as a central institution for individual National
BioResource Projects and functions as its information center to promote
development of biological resource databases in collaboration with universities
and other organizations.

先端ゲノミクス推進事業
2011 年度から、先端ゲノミクス推進センターを中心に活動しています。これまでに、

900 検体を越える試料について最新のシーケンシング技術を駆使してゲノム情報を産出しており、学術分野における先端ゲノミクス推進の中核として事業を進めています。

Advanced Genomics Project
NIG is top in the nation for technical know-how for complete sequencing ofmulticellular organism genomes. NIG has conducted analyses of genes andgenomes of >44 species in collaboration with many organizations (universities
and research groups). NIG is a key producer of genomic information.

DDBJ（日本 DNA データバンク）事業
DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は 1987 年に設立され学術論文や特許公報等

DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProjectを通じて公知にされる塩基配列データをすべて網羅し、世界の公共財として維持管理する国際学術事業を行っています。この事業は、米国の NCBI および欧州の ENA/EBIとの3 者の協力体制で行われており、3 者の間では受付後公開されるデータは毎日交換され、世界共通のデータベース『INSD 国際塩基配列データベース』がつくられます。3 者のどこで登録を受けても世界で同時に公開されます。

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

EMBL¯EBI
EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

DDBJ Project
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) was established in 1987 and joinedinternational data exchange and archiving scheme between NCBI and ENA/EBI.
This tripartite collaboration is called INSDC (International Nucleotide Sequence
Database Collaboration). DDBJ, as well as NCBI and EBI, is serving as one of thethree data inlets and outlets to the “INSD”.
概要／ Outline

13

Access to the Institute
遺伝研へのアクセス
遺伝研周辺地図
大場
川him

JR Mis

東海
道
道本
本線
線

OUTH 市立公園

南口 S

楽寿園

三島広小路駅

錦田中学校
錦田中学校

国立遺伝学研究所

National Institute of Genetics

至東京

谷田宿舎

や た

谷田

三島田町駅

Yata

三島警察署
三島警察署

錦田小学校

三島二日町駅

国道136号

1号
国道 e1
t
Rou

至沼津

三島東海病院

三嶋大社

伊豆
箱
箱根
根鉄
鉄道
道

至箱根

東海
道
道新
新幹
幹線
線

RTH

O
北口 N

三島a駅
n
Statio駿

三島塚原 IC

市民体育館
市民体育館

至静岡
至静岡

東

日本大学国際関係学部
日本大学国際関係学部

道
車 ）
動
自 道路
貫
縦 環状
豆
伊 河湾

文教宿舎

（

至沼津 IC

富士山

Mt.Fuji

遺伝研詳細地図
至箱根三島塚原 ICNIG 国立遺伝学研究所

通用門

遺伝研坂下
バス停 A
そば店

や た

谷田
国道
伊

豆

箱

根

JA

道

コンビニエンスストア

三島二日町駅

遺伝研前
バス停

大阪市

名古屋市

Nagoya City

スーパー
マーケット

東京都
Tokyo

成田空港

Narita Airport

羽田空港

Haneda Airport

Osaka City

三島市

Mishima City
Shizuoka Prefecture

静岡県

銀行

三島警察署

鉄

京都市

Kyoto City薬局

自動車販売店

1号

正門

遺伝研坂下
バス停 B

錦田小学校

谷田公民館

踏切

三島駅までのアクセス

三島駅から遺伝研までのアクセス

How to get to JR Mishima Station● 羽田空港品川駅

Haneda Airport

JR Shinagawa Station
京急 約 20 分● 成田空港JR Shinagawa Station
JR 約 1 時間

1hr by JR Narita Express

JR Shin-Osaka

三島駅からの距離 約 4km
About 4km from JR Mishima Station●

JR Mishima Station●

遺伝研へのアクセス／ Access to the Institute

路線バス
南口 5 番乗り場から約 20 分
「柳郷地行き」遺伝研前下車、または、「夏梅木行き」「玉沢・社会保険病院行き」遺伝研坂下下車徒歩 10 分
20min by Local Bus (South Exit #5)

50min by Shinkansen (Kodama)

三島駅

2hr by Shinkansen (Hikari)

シャトルバス
北口 4 番乗り場から約 15 分（平日のみ運行）
15min by the NIG Free Shuttle Bus (North Exit #4)

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

JR Mishima Station

新幹線ひかり 約 2 時間

14

JR Mishima Station

50min by Shinkansen (Kodama)

品川駅

Narita Airport

三島駅

新幹線こだま 約 50 分

20min by Keikyu Line● 新大阪駅

Access from JR Mishima Station to NIG●

タクシー
南口・北口共に約 15 分
15min by Taxi

Campus Map
遺伝研マップ

実験動物慰霊碑

太陽光発電設備

展示室

Photovoltaic Facility

Memorial Monument for
Experimental Animals

Exhibition Room

W
M
V

H

RY

G

C
B

R
A

X

S

D

正門

Main Entrance

Z1
Q

Z2

研究員宿泊施設

講堂

Guest House

食堂

Lecture Hall

Cafeteria

研究所の敷地と建物

A 本館

M 電子計算機棟

W 生命情報研究センター

B 図書館

Q 研究員宿泊施設

X 動物飼育実験棟

C 研究実験棟

R 系統生物研究センター

Z1 所内宿舎１号棟

D 講堂棟

RY 系統生物附属プレハブ棟

Z2 所内宿舎２号棟

G 構造遺伝学研究センター

S 系統生物西附属棟

Building Area

H RI 実験棟

V 実験圃場管理施設(Total Floor Space)

Main Building

Library

Laboratory Building

Lecture Hall

Structural Biology Center

Radioisotope Laboratory

Computer Building I

Guest House

Genetic Strains Research Center

Genetic Strains Research Center Annex

Center for Information Biology

土地総面積

Animal Research Building

Official Housing Ⅰ

Genetic Strains Research Center West Building

Administration Building for Experimental Farm

Official Housing Ⅱ

101,363㎡

Institute Facilities and Grounds

内訳

Details

研究所敷地 94,095㎡
Institute Area

宿舎敷地

Residential Area

建築面積

建物延面積

7,268㎡
16,972㎡
41,816㎡（2016 年 4 月 1 日現在）

遺伝研マップ／ Campus Map

15

Research Activities
遺伝研の研究活動

Department of Molecular Genetics 分子遺伝研究系

The mechanisms of centrosome duplication and dynamics
中心体の自己複製機構と生体内動態、そして起源の解明（A）細胞周期に依存した中心小体の構
築。
（B）SAS-6 二量体がカートホイール
構造の中心部分を形成し、９回対称性を規定する。
（C）SAS-6 は中心小体複製に必要である。ヒト培養細胞において RNAi 法によりSAS-6 を発現抑制す
ると中 心 小 体 複 製 が 阻 害 さ れる 。
Centrin: 中心小体マーカー。
(A) Cell cycle-dependent centriole
formation. (B) SAS-6 homodimers
dictate the universal 9-fold symmetry ofcentrioles. (C) HsSAS-6, human SAS-6,
is required for centriole formation inhuman cells. Centrin: centriole marker.

進化上保存された細胞小器官である中心体は微小管ネットワー
ク形成、ゲノム安定性維持を含む多様な生理現象を制御すること
で細胞がん化、遺伝病、不妊症を含む様々な疾患と密接に関与しています。これらの現象を司る上で、細胞分裂時に中心体は一度だけ自己複製する必要がありますが、そのメカニズムに関しては未解明な部分が多く、生物学の最大の謎の一つとされています。
当研究室ではヒト培養細胞、マウス、線虫を材料とし、多彩な手法を融合することで中心体構築、複製、動態の基本原理を解明することを目指します。

The centrosome is a conserved organelle that serves as
the microtubule organizing center and regulates many
biological processes. However, the mechanisms governing
centrosome duplication and the underlying structuralprinciples remained poorly understood and represent a longlasting important question in biology.
We mainly focus on understanding the mechanisms ofcentrosome biogenesis and dynamics by using the
combination of innovative and multi-disciplinary approaches.
We are investigating the following specific aims by using
human cells, mouse, and C. elegans as model systems.

Selected Publications
Shiratsuchi, G., Takaoka, K., Ashikawa, T., Hamada, H., and Kitagawa, D. (2015).
RBM14 prevents assembly of centriolar protein complexes and maintains mitotic
spindle integrity. EMBO J 34, 97-114.

Kitagawa, D., Vakonakis, I., Olieric, N., Hilbert, M., Keller, D., Olieric, V., Bortfeld, M.,
Erat, M.C., Flückiger, I., Gönczy, P., and Steinmetz, M.O. (2011). Structural basisof the 9-fold symmetry of centrioles. Cell 144, 364-375.

Ohta, M., Ashikawa, T., Nozaki, Y., Kozuka-Hata, H., Goto, H., Inagaki, M.,
Oyama, M., and Kitagawa, D. (2014). Direct interaction of Plk4 with STIL ensuresformation of a single procentriole per parental centriole. Nat Commun 5, 5267.

Division of Centrosome Biology

Kitagawa GroupKITAGAWA, Daiju
Professor

北川大樹

教授

中心体生物学研究部門

北川研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/CentrBio/Centrosome_Laboratory_web_Site/Welcome.html

TAKAO, Daisuke
Assistant Professor

高尾大輔

助教

（7月1日着任予定）

研究活動／ Research Activities

17

Department of Molecular Genetics 分子遺伝研究系

A new molecular genetics to understand DNA transactions in human cells
ヒト細胞における新たな分子遺伝学を用いたDNAトランスアクションの解析

オーキシン誘導デグロン（AID）法（A）AID 法の原理。植物由来の F-box 因子 TIR1 を発現させた細胞において、TIR1 は内在性因子とSCF-TIR1 E3 ユビキチンリガーゼ複合体を形成する。オーキシンは TIR1とAID タグの結合を促進することで、AID 融合タンパク質を分解に導く。
（B）TIR1とGFP-AID に核局在シグナルを融合したタンパク質を人 293 細胞に発現させた。培地にオーキシン添加後、経時的に GFP を観察した。
（C）GFP シグナルを定量化した。60 分程度で大部分の GFP が分解されていることがわかる。

The AID system(A) Schematic illustration of the AID system. TIR1 derived from a plant forms an SCF-TIR1 E3 ubiquitin ligase with the endogenous factors when expressed in human cells. Auxin promotes the interaction
between TIR1 and AID for poly-ubiqutylation of AID. Therefore, AID-fused proteins are degraded by the proteasome. (B) TIR1 and GFP-AID fused with a nuclear localization signal were expressed in human 293
cells. After addition of auxin, GFP was detected by a time-lapse microscopy. (C) Quantification of GFP signal. Most of GFP was degraded by 60 min.

当研究室は、植物ホルモンオーキシンにより活性化される、植物内のタンパク質分解メカニズムをヒト細胞に移植することで、特定のタンパク質をオーキシン依存的に分解除去するAID 法を開発しました。さらに、CRISPR/Cas ゲノム編集技術と組み合わせ、ヒト
コンディショナル変異細胞を作る方法を確立しました。作成した変異細胞では、半減期 30 分以下で標的タンパク質を分解除去することができます。AID 技術を応用してヒトゲノム DNA がいかに維持されているのか、特に DNA 複製と他の DNAトランスアクションの関連性を明らかにしようとしています。

We established the auxin-inducible degron (AID) system,with which the expression of proteins of interest can be
rapidly controlled by addition of a plant hormone, auxin. By
combining the CRISPR/Cas-based gene-editing technology
with the AID system, we can now make human conditional
mutants, in which proteins of interest can be depleted in a
half-life of less than 30 min. By applying the AID technology,
we wish to understand how genomic DNA is maintained inhuman cells. In particular, we are focusing on the relationshipbetween DNA replication and other DNA transactions.

Selected Publications
Natsume, K., Kiyomitsu, T., Saga, Y., and Kanemaki, M.T. (2016). Rapid protein
depletion in human cells by auxin-inducible degron tagging with short homology
donors. Cell Reports 15, 210-218.
Nishimura, K., and Kanemaki, M.T. (2014). Rapid Depletion of Budding Yeast
Proteins via the Fusion of an Auxin-Inducible Degron (AID). Current Protocols in
Cell Biology 64, 20.9.1-20.9.16.

Division of Molecular Cell Engineering

分子細胞工学研究部門

Kanemaki Group 鐘巻研究室

KANEMAKI, Masato
Professor

鐘巻将人

18

教授

研究活動／ Research Activities

Nishimura, K., Ishiai, M., Horikawa, K., Fukagawa, T., Takata, M., Takisawa, H.,
and Kanemaki, M.T. (2012). Mcm8 and Mcm9 Form a Complex that Functions in
Homologous Recombination Repair Induced by DNA Interstrand Crosslinks.
Molecular Cell 47, 511-522.

https://www.nig.ac.jp/labs/MolFunc/Jpn/

Department of Cell Genetics

細胞遺伝研究系

Molecular mechanism of eukaryotic DNA replication in the cell cycle
真核生物染色体の DNA 複製機構とその細胞周期による調節（A）複製開始領域を決定するORC複合体は、ヌクレオソームとの相互作用を介して安定に複製開始領域に結合する。図はORC-ヌクレオソーム複合体のAFM像。
（B）
複製開始のタイミングは Sld3-Sld7-Cdc45 複合体が制御している。細胞内でこの複合体を過剰発現させる（図中 “ON”）と複製のタイミングが異常を示し、lateorigin の複製が早期に開始する（図中矢印）。
(A) AFM image of ORC-chromatin complexes. ORC (origin recognition complex) binds to replication origins, where DNA replication is initiated. We revealed thatchromatin structure stabilizes origin-ORC interaction. (B) Origin association of the low abundance replication proteins Sld3, Sld7, and Cdc45 is the key todetermining the temporal order of origin firing. Simultaneous over-expression of these proteins (“ON” in the figure) allows the late-firing origins to fire earlier in S
phase (arrow in the figure).

真核生物の染色体 DNA は、細胞周期のＳ期に一度だけ正確に複製され、娘細胞に分配されます。この機構により、遺伝情報は親から子に過不足無く正確に伝わります。真核生物の DNA 複製は、染色体上に散在する複数の場所から開始し、その開始が細胞周期により厳密に制御されています。しかし、染色体 DNA 複製の開始がどのように行われ、どうしてＳ期のみに複製されるのか、その詳
細はよく分かっていません。本研究室ではこの問題に答えるため、出芽酵母を真核生物のモデル系として、染色体 DNA 複製機構とその制御の研究を行っています。

Eukaryotic chromosome DNA is replicated exactly only
once per cell cycle and segregated to daughter cells. This
process ensures cells to transmit accurate genomic
information to their progeny. Eukaryotic DNA replication
initiates from multiple sites, called replication origins,
scattered throughout chromosomes and this initiation
process is strictly regulated by the cell cycle. However,molecular mechanism of DNA replication and its regulation in
eukaryotic cell cycle have not been well elucidated. To
approach this subject, we have isolated novel replication
factors of budding yeast and analyzed their functions.

Selected Publications
Itou, H., Muramatsu, S., Shirakihara, Y., and Araki, H. (2014). Crystal Structure of
the homology domain of the eukaryotic DNA replication proteins Sld3/Treslin.
Structure 22, 1341-1347.

Tanaka, S., Komeda, Y., Umemori, T., Kubota, Y., Takisawa, H., and Araki, H. (2013).
Efficient initiation of DNA replication in eukaryotes requires Dpb11/TopBP1-GINS
interaction. Mol Cell Biol 33, 2614-2622.

Hizume, K., Yagura, M., and Araki, H. (2013). Concerted interaction between
origin recognition complex (ORC), nucleosomes and replication origin DNA
ensures stable ORC-origin binding. Genes Cells 18, 764-779.

Division of Microbial Genetics

Araki GroupARAKI, Hiroyuki
Professor

荒木弘之

教授

https://www.nig.ac.jp/labs/MicGen/index.html

微生物遺伝研究部門

荒木研究室

TANAKA, Seiji
Assistant Professor

田中誠司

助教

HIZUME, Kohji
Assistant Professor

日詰光治

助教

研究活動／ Research Activities

19

Department of Cell Genetics

細胞遺伝研究系

Evolutionary integration of two independent organisms by endosymbioses
細胞内共生による異種細胞の統合機構の解明

祖先のシアノバクテリア（A）と同様に、葉緑体は分裂によって増殖します（B,
単細胞の藻類；C, 陸上植物の細胞）。
我々は、葉緑体分裂がその分裂面に形成される分裂装置（リング）の収縮によって行われること（D）、分裂装置がシアノバクテリア由来の FtsZと宿主細胞が加えた Dynamin 等から構成されていることを明らかにしま
した（E）。
Reminiscent of their cyanobacterial (A)ancestor, chloroplasts replicate bybinary division (B, unicellular alga; C,land plant cells). Chloroplast division
is performed by the division ring (D)which involves cyanobacterial FtsZand eukaryotic dynamin (E).

真核細胞内のエネルギー変換器、ミトコンドリアと葉緑体は、バクテリアが真核細胞内に共生して誕生しました。その他にも、真核細胞が別の細胞を取り込み新機能を獲得する例は広く存在します。
このような二種の細胞の世代を超えた持続的統合には、宿主細胞と共生細胞の協調増殖機構の確立が必須です。私たちは、（1）真核細胞による葉緑体とミトコンドリアの増殖制御、（2）細胞内小器官によるエネルギー供給と細胞の増殖の関係、（3）葉緑体とミ
トコンドリア以外の細胞内共生系における宿主細胞と共生体細胞の協調増殖機構を理解することで、細胞内共生成立の基本原理の解明を目指しています。

Mitochondria and chloroplasts, energy-convertingorganelles in eukaryotic cells, are relicts of ancient bacterial
endosymbionts. In addition to these particular organelles,
there are many other endosymbiotic events which haveintegrated new functions into eukaryotic host cells. In orderto maintain a permanent endosymbiotic relationship, a hostcell and an endosymbiotic cell coordinate their proliferation.
The major goal of our study is to understand how organelle (orother endosymbiotic cell) division is controlled by host cells
and how host cells proliferate depending on chemical energythat are supplied by organelles (or other endosymbiotic cells).

Selected Publications
Miyagishima, S., Fujiwara, T., Sumiya, N., Hirooka, S., Nakano, A., Kabeya, Y.,
and Nakamura, M. (2014). Translation-independent circadian control of the cell
cycle in a unicellular photosynthetic eukaryote. Nat Commun 5, 3807.

Miyagishima, S., Suzuki, K., Okazaki, K., and Kabeya, Y. (2012). Expression of
the nucleus-encoded chloroplast division genes and proteins regulated by thealgal cell cycle. Mol Biol Evol 29, 2957-2970.

Kabeya, Y., and Miyagishima, S. (2013). Chloroplast DNA replication is regulatedby the redox state independently of chloroplast division in Chlamydomonas
reinhardtii. Plant Physiol 161, 2102-2112.

Division of Symbiosis and Cell Evolution

Miyagishima Group20

宮城島研究室MIYAGISHIMA, Shin-ya
Professor

FUJIWARA, Takayuki
Assistant Professor

教授

助教

宮城島進也

研究活動／ Research Activities

共生細胞進化研究部門

藤原崇之

https://www.nig.ac.jp/labs/SyCelEvo/Index_e.html

Department of Developmental Genetics

個体遺伝研究系

Neuronal circuit development and function in the mouse brain
マウスを用いた脳神経回路発達の分子から個体までの統合的解析

新生児の脳の中で神経回路が発達する過程を、二光子顕微鏡を用いて直接観察することに成功した。マウス大脳皮質の中の単一の神経細胞を明るく蛍光標識（赤色）し、生後 5 日目、4.5、9、18 時間後の時点でイメージングしたところ、樹状突起の枝が激しく伸縮しながら、正しい結合相手の軸索（緑色）に向かって広がっていく様子が観察された。

A process of neuronal circuit development in the neonatal brain was observed using two-photon microscopy. Dendrites of cortical neurons (red) werehighly motile and expanded towards proper presynaptic targets (thalamocortical axons: green). Images of a single neuron in the mouse somatosensory
cortex at 0h, 4.5h, 9h and 18h after postnatal day 5 are shown.

哺乳類の脳は高度な情報処理能力をもっていますが、その基盤となるのは、精密に構築された複雑な神経回路です。その発達の仕組みを理解するためには、分子から動物個体までの統合的な研究が必要不可欠です。本研究室では、分子生物学、マウス遺伝学を基盤とし、in vivo での遺伝子操作や 2 光子顕微鏡イメージングなど多角的なアプローチによって、哺乳類の神経回路が発達し機能する仕組みを明らかにすることを目指しています。特に、外界からの刺激の影響を強く受ける子どもの時期の回路発達（神経活動依存的回路発達）に興味を持っています。

To u n d e r s t a n d d e v e l o p m e n t o f c o m p l e x y e t
sophisticated neuronal circuits underlying higher brain
function of mammals, integrative studies which cover frommolecules to whole animals are indispensable. By using awide range of techniques, such as mouse genetics (geneknockout), 2-photon microscopy, confocal microscopy,
histology and behavioral analyses, we are studying
mechanisms of development and function of mammalian
neuronal circuits. In particular, we are interested in activitydependent circuit development during postnatal stages.

Selected Publications
Iwata, R., Matsukawa, H., Yasuda, K., Mizuno, H., Itohara, S., and Iwasato, T. (2015).
Developmental RacGAP α2-chimaerin signaling is a determinant of themorphological features of dendritic spines in adulthood. J Neurosci 35, 1372813744.

Mizuno, H., Luo, W., Tarusawa, E., Saito, YM., Sato, T., Yoshimura, Y., Itohara, S.,
and Iwasato, T. (2014). NMDAR-regulated dynamics of layer 4 neuronal dendrites
during thalamocortical reorganization in neonates. Neuron 82, 365-379.

Iwata, R., Ohi, K., Kobayashi, Y., Masuda, A., Iwama, M., Yasuda, Y., Yamamori, H.,
Tanaka, M., Hashimoto, R., Itohara, S., and Iwasato, T. (2014). RacGAP α2chimaerin function in development adjusts cognitive ability in adulthood. Cell Rep 8,1257-1264.

Division of Neurogenetics

Iwasato GroupIWASATO, Takuji
Professor

岩里琢治

教授

形質遺伝研究部門

岩里研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/NeurGen/

MIZUNO, Hidenobu
Assistant Professor

水野秀信

助教

研究活動／ Research Activities

21

Department of Developmental Genetics

個体遺伝研究系

The genetic basis of development and behaviors in zebrafish
ゼブラフィッシュを用いた高次生命現象の遺伝学的解析

遺伝子トラップ・エンハンサートラップ
法による細胞・組織・器官特異的 GFP発現。
（左上）骨格、（右上）表皮上の細胞、（左下）血管、（右下）感覚神経。

GFP expression in specific cells, tissues
and organs by gene trapping andenhancer trapping. (upper, left) skeleton,(upper, right) cells on the skin, (lower,
left) blood vessels, (lower, right) sensory
neurons.

私たちはゼブラフィッシュを用いて、世界で初めて高効率なトラ
ンスポゾン転移システムを開発し、それを用いて、遺伝子導入動物作製法、遺伝子／エンハンサートラップ法、Gal4-UAS 法を開発してきました。これらの方法を駆使して世界最大規模のトランスジェ
ニックフィッシュリソースを構築し、特定の細胞や器官の可視化や機能操作を実現させました。これらの研究リソースを用いて世界中の研究者と共同研究を展開するほか、行動・学習・記憶に重要な神経回路の可視化、機能阻害、神経活動のイメージングなどを通じて脳機能の解明を目指しています。

We d e v e l o p e d t h e h i g h l y e ff i c i e n t t r a n s p o s o ntransposition system in zebrafish, and developed powerfulgenetic methods, including the transgenesis, gene trap,
enhancer trap, Gal4-UAS methods. By using these methods,
we created a large number of transgenic fish lines that
express the yeast Gal4 transcription activator in specificcells, tissues and organs for the applications indevelopmental biology and neuroscience. We are studying
the structure and function of specific neuronal circuits that
regulate locomotion, learning and memory. Also, we visualize
neuronal activity during behavior by calcium imaging to
identify functional neuronal circuits.

Selected Publications
Wada, H., Iwasaki, M., and Kawakami, K. (2014). Development of the lateral line
canal system through a bone remodeling process in zebrafish. Dev Biol 392,
1-14.

Asakawa, K., Abe, G., and Kawakami, K. (2013). Cellular dissection of the spinal
cord motor column by BAC transgenesis and gene trapping in zebrafish. Front
Neural Circuits 7, 100.

Muto, A., Ohkura, M., Abe, G., Nakai, J., and Kawakami, K. (2013). Real-timevisualization of neuronal activity during perception. Curr Biol 23, 307-311.

Division of Molecular and Developmental Biology

Kawakami GroupKAWAKAMI, Koichi
Professor

川上浩一

22

教授

研究活動／ Research Activities

川上研究室

ASAKAWA, Kazuhide
Assistant Professor

浅川和秀

助教

初期発生研究部門

MUTO, Akira
Assistant Professor

武藤

彩

助教

http://kawakami.lab.nig.ac.jp/

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Evolution of organisms at genomic level
ゲノムレベルにおける生物進化

チンパンジー（Patr）とヒト（Hosa）におけるRh 式血液型遺伝子群の染色体位置。Kitano, Kim, Blancher, and Saitou（2016; Genome
Biol. Evol., advance access）より。

Chromosomal positions of chimpanzee (Patr) and human (Hosa) Rh blood group gene group. From Kitano, Kim, Blancher, and Saitou (2016;
Genome Biol. Evol., advance access).

生物の進化をゲノムレベルでコンピュータ解析と実験の両面から研究しています。特に現代人の進化とヒトにいたる霊長類と哺乳類の進化に焦点をあてています。研究の興味としては、（１）古代
DNA 解析をふくめた、さまざまな人類集団、特に日本列島人のゲ
ノム規模データの解析、（２）ヒト科、哺乳類，脊椎動物、植物など
において各系統で進化的に保存された非コード領域の解析、（３）
ゲノム進化学研究に有用な解析法の開発、などがあります。

We study evolution of organisms at the genomic levels
through computer analyses and wet experiments. We areparticularly interested in evolution of modern humans andprimate and mammalian evolution toward human. Researchinterests include (1) genome-wide data analysis of modern
humans with special reference to those in JapaneseArchipelago including ancient DNA analysis, (2) lineagespecific evolutionary changes at different levels of organismgroups such as Hominidae, primates, mammals, vertebrates,and plants, (3) development of methods useful for
evolutionary genomic studies, and others.

Selected Publications
Jinam, T.A., Kanzawa-Kiriyama, H., Inoue, I., Tokunaga, K., Omoto, K., andSaitou, N. (2015). Unique characteristics of the Ainu population in northern Japan.
J Hum Genet 60, 565-571.
Jinam, T.A., Kanzawa-Kiriyama, H., and Saitou, N. (2015). Human genetic
diversity in the Japanese Archipelago: dual structure and beyond. Genes Genet
Syst 90, 147-152.

Division of Population Genetics

Saitou GroupSAITOU, Naruya
Professor

斎藤成也

教授

集団遺伝研究部門

斎藤研究室

Osada, N., Hettiarachchi, N., Babarinde, I., Saitou, N., and Blancher, A. (2015).
Whole-Genome Sequencing of Six Mauritian Cynomolgus Macaques (Macaca
fascicularis) Reveals a Genome-Wide Pattern of Polymorphisms under Extreme
Population Bottleneck. Genome Biol Evol 7, 821-830.

http://www.saitou-naruya-laboratory.org

JINAM, Timothy A.
Assistant Professor

ジナム ティモシー A.

助教

研究活動／ Research Activities

23

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Population genetics and genome evolution
集団遺伝とゲノム進化A）バクテリアでの生合成にかかるエネルギーの割合。バクテリアの細胞では約 75% のエネルギーがタンパク質合成に使われています（Neidhardt et al. 1990)。B）エネルギーコストに関わるタンパク質の進化。枯草菌のゲノムを見てみると、量の多いタンパク質はコストの安いアミノ酸を使って合成されていることが分かります。
Metabolic economics and microbrial proteome evolution. A) Chemical energy allocations for biosynthesis of a bacterial cell. About
75% of the budget is used for protein synthesis. Based on data from E. coli (Neidhardt et al. 1990). B) Protein adaptation for energetic
efficiency. In Bacillus subtilis, abundant proteins employ less energetically costly amino acids.

本研究室では、ゲノム進化のメカニズムを解明するために、理論と実験を組み合わせた研究を行っています。現在の研究テーマ
は以下のようなものです。
１）キイロショウジョウバエの近縁種間でみられる、系統特異的なゲノム進化パターンとそれを引き起こした要因の解明。
２）ゲノム進化に関する理論的研究。特にコンピューターシミュレー
ションを用いた、ゲノム進化に影響を与えた要因を統計的に検出する方法の開発。
３）生合成における制約やその効率にかかる自然選択が、ゲノムおよびタンパク質の進化に与える影響の解明。

We combine theoretical and laboratory studies to study
mechanisms of genome evolution. Current interests include:1 ) lineage-specific genome evolution: we are trying tounderstand why nucleotide and amino acid composition
vary strongly among closely related Drosophila.
2 ) Modeling evolutionary processes: we employ computer
simulations of weak selection and fitness interactions
among mutations to determine statistical methods todetect subtle evolutionary forces.
3 ) Phenotypic bases of weak selection: biosynthetic
constraints or selection for efficient synthesis may be
important global factors in genome and proteome
evolution.

Selected Publications
Matsumoto, T., John, A., Baeza-Centurion, P., Li, B., and Akashi, H. (2016).
Codon usage selection can bias estimation of the fraction of adaptive amino acidfixations. Mol Biol Evol, in press.

Osada, N., and Akashi, H. (2012). Mitochondrial-Nuclear Interactions andAccelerated Compensatory Evolution: Evidence from the Primate Cytochrome c
Oxidase Complex. Mol Biol Evol 29, 337-346.

Akashi, H., Osada, N., and Ohta, T. (2012). Weak selection and protein evolution.
Genetics 192, 15-31.

Division of Evolutionary Genetics

Akashi Group

明石研究室

AKASHI, Hiroshi
Professor

明石

24

裕

進化遺伝研究部門

教授

研究活動／ Research Activities

MATSUMOTO, Tomotaka
Assistant Professor

松本知高

助教

https://www.nig.ac.jp/labs/EvoGen/index.html

Department of Population Genetics

集団遺伝研究系

Genetics of adaptive radiation
適応放散の遺伝機構

地道なフィールド調査と飼育室内での実験によって、野外生物にみられる行動や生理や形態の変異を解析します。ついで、古典的な遺伝的手法や最新のゲノミックス技術などを援用し、遺伝基盤や候補遺伝子を解明していきます。また、遺伝子操作法による分子機能解析に加え、ビオトープ池を用いたミクロ生態系での生態実験を用いて分子から生態までをつないでいきます。

Our research takes an integrative approach across diverse disciplines. The first step is to conduct a detailed ecological survey of natural variation among stickleback populations collectedfrom diverse environments. Next, we use genetic and genomic tools to study the genetic architecture of ecologically important phenotypic traits and also identify candidate genes responsible
for adaptation and speciation. Then, we use transgenic and knockout approaches to study the detailed molecular and physiological functions of these candidate genes in vivo. Furthermore,
we plan to use semi-natural ponds to get insight into how different alleles behave within natural populations.

どうやって新たな種が生まれるのか。生き物がどのようにして多様な環境に適応していくのか。生物多様性進化を巡るこれらの問いに対して、トゲウオやメダカを用いながら迫ります。表現型変化に関わる遺伝子は、実験モデル生物において多く同定されてきましたが、野外生物における種分化や適応進化の分子機構は多くが未解明です。また、原因対立遺伝子が野外集団内でどのように広まっていくのかについても多くが未解明です。これらを解明するために、フィールド調査から始まり、ゲノミックスや遺伝子工学、生態実験などを統合的に用います。

Our research goal is to understand the molecularmechanisms underlying the evolution of biodiversity. Althoughmany genes important for animal development and behavior
have been identified in model organisms, little is known
about the molecular mechanisms underlying naturally
occurring phenotypic variation important for adaptation andspeciation in wild populations. Furthermore, little is known
about how newly evolved alleles important for adaptationand speciation spread within natural populations. To
understand these ecological and genetic mechanisms, we
mainly use stickleback fishes as a model. Our research takes
an integrative approach across diverse disciplines.

Selected Publications
Yoshida, K., Makino, T., Yamaguchi, K., Shigenobu, S., Hasebe, M., Kawata, M.,
Kume, M., Mori, S., L. Peichel, C.L., Toyoda, A., Fujiyama, A., and Kitano, J. (2014).
Sex chromosome turnover contributes to genomic divergence between incipient
stickleback species. PLoS Genet 10, e1004223.

Yoshida, K., and Kitano, J. (2012). The contribution of female meiotic drive to theevolution of neosex chromosomes. Evolution 66, 3198-3208.

Ishikawa, A., Takeuchi, N., Kusakabe, M., Kume, M., Mori, S., Takahashi, H., andKitano, J. (2013). Speciation in ninespine sticklebacks: reproductive isolation andphenotypic divergence among cryptic species of Japanese ninespine stickleback.
J Evol Biol 26, 1417-1430.

Division of Ecological Genetics

Kitano GroupKITANO, Jun
Professor

北野潤

生態遺伝学研究部門

北野研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/EcoGene/

ISHIKAWA, Asano
Assistant Professor
教授

石川麻乃

助教

研究活動／ Research Activities

25

Department of Integrated Genetics

総合遺伝研究系

Genomic medicine with next generation sequencing technology
次世代シーケンサーを駆使したゲノム医学研究

疾患メカニズムの解明にはゲノム配列だけでなく、遺伝子を含む全ての転写産物とそれらを制御する領域および因子を合わせて理解する必要があります。次世代シーケンサーを使ったこれらの解析により、疾患メカニズムを明らかにすることを目指しています。
The the basic unit of heredity as disease causality might well be the regulatory region and not only the gene. The integrated functional
properties based on a Next generation sequencer will open the way to understand the disease mechanisms.

本研究室では、次世代シーケンサーで得られる膨大な塩基配列
情報を医学研究に活用し、ヒト疾患の理解、治療法の開発に寄与することを目指しています。疾患ゲノム研究は原因となっている遺伝子変異、多型を検出することを当初の目標としていますが、病変組織における遺伝子発現プロファイル、ネットワーク解析を組み合わせることにより、疾患メカニズム理解につなげる研究も推進します。また多因子疾患における疾患感受性遺伝子は進化的な意義を有することが多く、集団遺伝学的な検討も試みています。

Our research goal is to elucidate disease causalities andtheir patho-etiologies, and ultimately to develop therapeutic
tool. With the advent of next generation sequencing
technologies, it becomes very handy to identify causalities ofmonogenic diseases as well as complex diseases. With thevast of genomic information at hand, we will combine gene
expression profiles of the responsible tissues together withclinical information to understand the global picture ofdiseases.

Selected Publications
Nakaoka, H., Gurumurthy, A., Hayano, T., Ahmadloo, S., Omer ,W.H., Yoshihara, K.,
Yamamoto, A., Kurose K., Enomoto, T., Akira, S., Hosomichi, K., and Inoue, I. (2016).
Allelic imbalance in regulation of ANRIL through chromatin interaction at 9p21
endometriosis risk locus. PLoS Genet 12, e1005893.

Yu, W., Zheng, H., Lin, W., Tajima, A., Zhang, Y., Zhang, X., Zhang, H., Wu, J.,
Han, D., Rahman, N.A., Korach, K.S., Gao G, F., Inoue, I., and Li, X. (2014).
Estrogen promotes Leydig cell engulfment by macrophages in male infertility. J
Clin Invest 124, 2709-2721.

Tamura, R., Yoshihara, K., Yamawaki, K., Suda, K., Ishiguro, T., Adachi, S.,
Okuda, S., Inoue, I., Verhaak, R.G., and Enomoto, T. (2015). Novel kinasetranscripts found in endometrial cancer. Sci Rep 5, 18657.

Division of Human Genetics

Inoue Group

井ノ上研究室INOUE, Ituro
Professor

井ノ上逸朗

26

人類遺伝研究部門

NAKAOKA, Hirofumi
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

中岡博史

助教

http://humgen.lab.nig.ac.jp/

総合遺伝研究系

Department of Integrated Genetics

Genetics of epigenetics
エピジェネティクスの遺伝学

シロイヌナズナの ibm1 突然変異による発生異常
表現型は、H3K9 メチル化酵素遺伝子 KYP や非CpG メチル化酵素遺伝子 CMT3 の突然変異で抑圧される。
The ibm1 (increase in BONSAI methylation)
mutation induces developmental defects, which
are suppressed by mutation in the H3K9
methylase gene KYP or non-CG methylase gene
CMT3. The results suggest that these
phenotypes are due to ectopic deposition ofheterochromatin marks, such as H3K9
methylation and non-CG methylation.

細胞分裂後に継承される遺伝情報の実体は塩基配列です。一方、
塩基配列以外の形で、遺伝子の ON ／ OFF 情報が娘細胞に伝わる現象が多くの生物で観察されます。このような「エピジェネティッ
ク」な現象の実体は、DNA のメチル化などのクロマチンの修飾であることがわかってきています。私達は、シロイヌナズナのゲノム
DNA のメチル化を制御する因子の変異体を用いたアプローチで、ゲノム進化や個体発生におけるエピジェネティックな制御の役割とその機構について研究しています。

To understand control and function of DNA methylation,
we are taking genetic approaches using mutants ofArabidopsis. An Arabidopsis protein DDM1 (decrease in DNA
methylation) is necessary for methylating transposons andrepeats. On the other hand, IBM1 (increase in BONSAI
methylation) is necessary for not methylating genes. In
mutants of genes encoding these proteins, several types ofdevelopmental abnormalities were induced. Characterizationof these abnormalities is revealing impact of DNA methylation
on genome evolution and appropriate gene expression.

Selected Publications
Tsukahara, S., Kawabe, A., Kobayashi, A., Ito, T., Aizu, T., Shin-I, T., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., Tarutani, Y., and Kakutani, T. (2012). Centromere-targeted de novo
integrations of an LTR retrotransposon of Arabidopsis lyrata. Genes Dev 26, 705713.

Tsukahara, S., Kobayashi, A., Kawabe, A., Mathieu, O., Miura, A., and Kakutani, T.
(2009). Bursts of retrotransposition reproduced in Arabidopsis. Nature 303, 423426.

Inagaki, S., Miura-Kamio, A., Nakmura, Y., Lu, F., Cao, X., Kimura, H., Saze, H.,
and Kakutani, T. (2010). Autocatalytic differentiation of epigenetic modifications
within the Arabidopsis genome. EMBO J 29, 3496-3506.

Division of Agricultural Genetics

Kakutani GroupKAKUTANI, Tetsuji
Professor

角谷徹仁

教授

https://www.nig.ac.jp/labs/AgrGen/home-j.html

育種遺伝研究部門

角谷研究室

TARUTANI, Yoshiaki
Assistant Professor

樽谷芳明

助教

INAGAKI, Soichi
Assistant Professor

稲垣宗一

助教

研究活動／ Research Activities

27

Department of Integrated Genetics

総合遺伝研究系

Approaching brain function through studying development of nervous systems
神経発生から眺める脳機能
CXCL12 -/-WT

上：CXCL12 変異マウスの脊髄では、放射状に伸びた radial glia の突起が軟膜面にきちんと接着せず、ギャップが生じる（矢印）。下：軟膜細胞から放出されるCXCL12 は、radial gliaの発現する受容体 CXCR4 にシグナルを送り、軟膜基底膜とradial glia 突起終末との強靭なインテグリン接着を可能にする。
Top: The radial glial scaffold is disrupted in CXCL12 knockout mouse with gaps in the pial endfeet layer (arrows) and stunted radial processes. Bottom: a model proposing that CXCL12 (fromthe meninges) signalling via its receptor CXCR4 (in radial glia) strengthens integrin adhesion to the basement membrane which in turn maintains radial glial scaffold integrity.

脳は膨大な数の神経細胞が織りなす回路です。遺伝子に記された発生プログラムに従って、神経細胞が生まれ、移動し、軸索を伸長して、標的細胞と配線されて作られます。この配線パターンが、動物の行動や思考といった脳機能の特徴を決めています。経験や学習によって柔軟に変化できる脳ですが、実のところ、いったん作られた配線のほとんどは固定されており、書き換え不能です。当研究室では、発生期につくられる神経回路の配線のルールを理解する事で、脳の頑固な部分に迫りたいと考えています。

The brain circuitry is made up of an enormous numberof neurons. It is constructed by sequential developmental
steps, involving neuronal differentiation, migration, axon
guidance, and synaptogensis. The resulting wiring patterns
determine the characteristics of animals’ behavior andmental activities. Although the brain maintains a certain
degree of plasticity, the core element is almost fixed andnon-rewireable after the completion. We focus on this rigid
feature of the brain by attempting to reveal the rules of neuraldevelopment and to understand how the wiring design
shapes brain function.

Selected Publications
Zhu, Y., Matsumoto, T., Nagasawa, T., Mackay, F., and Murakami, F. (2015).
Chemokine signaling controls integrity of radial glial scaffold in developing spinal
cord and consequential proper position of boundary cap cells. J Neurosci 35,
9211-9224.

Suzuki, K., and Hirata, T. (2014). A common developmental plan for neocorticalgeneexpressing neurons in the pallium of the domestic chicken Gallus gallus
domesticus and the Chinese softshell turtle Pelodiscus sinensis. Front Neuroanat 8,
20.

Mita, S., de Monasterio-Schrader, P., Fünfschilling, U., Kawasaki, T., Mizuno, H.,
Iwasato, T., Nave, K.A., Werner, H.B., and Hirata, T. (2015). Transcallosal
Projections Require Glycoprotein M6-Dependent Neurite Growth and Guidance.
Cereb Cortex 25, 4111-4125.

https://www.nig.ac.jp/labs/Brain/new/j/hirata_lab_j/toppu.html

Division of Brain Function 脳機能研究部門

Hirata Group

平田研究室

HIRATA, Tatsumi
Professor

平田たつみ

28

KAWASAKI, Takahiko
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

川崎能彦

助教

ZHU, Yan
Assistant Professor

トウー ヤン

助教

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Molecular basis of plant cell morphogenesis
植物細胞の形態形成：空間を制御する分子システムの理解

A）木部道管の様々な二次細胞壁パターン。B）木部道管分化誘導系。二次細胞壁（赤）の沈着が認められる。C）二次細胞壁の沈着を誘導する微小管。D）Rho GTPase が活性化（緑）し、二次細胞壁（黄）の沈着を阻害している。E）細胞壁パターンの再構築。Rho GTPase（紫）が細胞膜ドメインを形成し、微小管（緑）と相互作用している。
(A) Xylem vessels develop various secondary cell wall patterns. (B) Xylogenic Arabidopsis cultured cells. Red signals indicate secondary cell walls. (C) Cortical microtubules in the differentiating xylem
cell. (D) Secondary cell walls (yellow) and plasma membrane domains (green). (E) Reconstruction assay for secondary cell wall patterns. Magenta: plasma membrane domains. Green: microtubules.

多細胞生物の発生は個々の細胞が適切な形態と機能を獲得することによって成し遂げられます。植物細胞は堅い細胞壁に覆われており、この細胞壁の沈着パターンを変化させることにより様々な細胞を作り出しています。私たちの研究室では、螺旋、網目、孔紋などのパターンに従って二次細胞壁を形成する木部道管に着目し、植物細胞が空間的なパターンを創り出す仕組みを研究しています。
独自に開発した木部道管分化誘導系と細胞壁パターンの再構築実
験系を用い、主に細胞骨格とRho GTPaseの働きを調べています。

A specifically patterned cell wall is a determinant of plant
cell shape. However, the precise mechanism underlying thecell wall patterning is still elusive. The main purpose of ourstudy is to reveal how plant cells establish proper cell wall
patterns. We focus on xylem vessel cells that deposit
secondary cell walls in various patterns such as spiral,
reticulate, and pitted patterns. By using our xylogenic cell
culture system and pattern reconstruction assay, we haverevealed that cortical cytoskeletons and Rho GTPases play acentral role in the secondary cell wall patterning.

Selected Publications
Oda, Y., and Fukuda, H. (2013). Rho of plant GTPase signaling regulates the
behavior of Arabidopsis kinesin-13A to establish secondary cell wall patterns.
Plant Cell 25, 4439-4450.

Oda, Y., Iida, Y., Kondo, Y., and Fukuda, H. (2010). Wood cell-wall structure
requires local 2D-microtubule disassembly by a novel plasma
membraneanchored protein. Current Biology 20, 1197-1202.

Oda, Y., and Fukuda, H. (2012). Initiation of cell wall pattern by a Rho- andmicrotubule-driven symmetry breaking. Science 337, 1333-1336.

Cell Dynamics and Organization Laboratory 細胞空間制御研究室

Oda Group

小田研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/CellDyna/index.html

ODA, Yoshihisa
Associate Professor

小田祥久

准教授

研究活動／ Research Activities

29

Center for Frontier Research

新分野創造センター

Cellular mechanochemistry regulating eukaryotic chromosome dynamics
真核生物の染色体動態を制御する細胞のメカノケミストリー（A）モデル生物として主に用いているアフリカツメガ
エル。メスの卵（B）から調製される細胞質抽出液を用いて紡錘体や細胞核を in vitro 再構成し、顕微鏡下で直接力学操作することができる。
（C）の写真は、抽出液内で形成した分裂中期紡錘体（写真中央）に２本の微小ガラスファイバーを用いて力の刺激を与えているところ。挿絵はその模式図。
(A) Xenopus laevis, our primary model organism. Eggs
from female frogs (B) are used to prepare cytoplasmic
extracts, in which the spindle apparatus and the cell
nucleus can be in vitro assembled andmicromanipulated. Image in (C) shows a metaphasespindle assembled in extracts and visualized byfluorescently labeled tubulin. A pair of glass microfibers
can be used to apply mechanical force. Inset illustrates
the geometry of the set-up

細胞がメカニカルな力を感知して応答する能力は、細胞分裂や分化を初めとするさまざまな生命プロセスにとって必要不可欠です。
私達の研究室では、レーザーピンセットやガラスファイバーを用いたマイクロマニピュレーション技術と高解像度の蛍光イメージング手法を用いて、遺伝子動態制御の中核を担う紡錘体や細胞核がどのような物理化学特性を備えているかを調べています。それらのメカニクスと分子反応ケミストリーの関係を定量的に明らかにすることを通して、細胞が規定された機械シグナルに適切に応答す
るためにどのように構造化されているかを理解し、最終的にはその知識を使って細胞の挙動を任意に制御することを目指して研究しています。

The cell’s ability to sense and respond to mechanicalforce is crucial to many biological processes, including cell
division and differentiation. Our laboratory uses novel
biophysical methods which combine controlled
micromanipulation techniques (e.g., laser tweezers, glass
microfibers) and high-resolution fluorescence microscopy (e.g.,confocal and TIRF imaging) to characterize physicochemical
nature of the mitotic spindle and the cell nucleus. Thoroughquantitative analyses of their micromechanics and molecularbiochemistry, we aim to understand the principles of how
cells are structured to respond to defined mechanical cues
and aim ultimately to use the knowledge to control cellularbehavior.

Selected Publications
Shimamoto, Y., Forth, S., and Kapoor, T.M. (2015). Measuring pushing andbraking forces generated by ensembles of kinesin-5 crosslinking two
microtubules. Dev Cell 34, 669-681.

Shimamoto, Y., Maeda, Y.T., Ishiwata, S., Libchaber, A.J., and Kapoor, T.M. (2011).
Insights into the micromechanical properties of the metaphase spindle. Cell 145,
1062-1074.

Takagi, J., Itabashi, T., Suzuki, K., Kapoor, T.M., Shimamoto, Y., and Ishiwata, S. (2013).
Using micromanipulation to analyze control of vertebrate meiotic spindle size. Cell
Rep 5, 44-50.

Quantitative Mechanobiology Laboratory 定量メカノバイオロジー研究室

Shimamoto Group 島本研究室

SHIMAMOTO, Yuta
Associate Professor

島本勇太

30

准教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/shimamoto

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Integrative genetics of mouse complex traits
マウス高次形質の統合的遺伝解析

実験研究者にやさしい「NIG マウスゲノムデータベース」。NIG_MoG は、マウスの基準ゲノム配列（C57BL/6J）と、日本産モロシヌス亜種由来系統であるMSM/Ms 及び JF1/Ms の全ゲノム情報を比較して検出されるゲノム多型情報を検索するためのナビゲーションシステムです。モロシヌス由来系統と汎用近交系統の交配系によって遺伝解析を行う際には、NIG_MoG を利用することで各種ゲノム多型情報や解析ツールに迅速にアプローチすることができます。トップページ（左）と各種ゲノム比較情報（右）。
（高田ら、2015）。
The National Institute of Genetics Mouse Genome database (NIG_MoG; http://​molossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/) primarily comprises the whole-genome sequence data of two inbred mouse strains, MSM/Ms
and JF1/Ms. NIG_MoG provides information of intersubspecific visualized genome polymorphism, browsing single-nucleotide polymorphisms and short insertions and deletions in the genomes of MSM/Ms andJF1/Ms for the reference genome of C57BL/6J. Top page of NIG_MoG (left) and browsed genome polymorphism data (right). (From Takada et al., 2015).

当研究室では、マウス近交系統や突然変異体の表現型に着目した“順遺伝学”と遺伝子改変マウスを用いた“逆遺伝学”の両方
法論を駆使して、形態形成やエネルギー代謝などの高次生命現象を制御する遺伝メカニズムの統合的理解をめざしています。また、
生物遺伝資源事業として、野生マウス由来系統を含めたゲノム多型情報や表現型情報の収集と整備を行うとともに、亜種間コンソミッ
ク系統など、マウス機能ゲノム学のためのバイオリソースの開発を進めています。

In order to understand genetic basis underlying complex
traits, such as morphology and energy metabolism, we areconducting genetic analyses based upon both of “Forward
Genetics” using existing mouse mutants and “Reverse
Genetics” using genetically engineered mice. In parallel, we
are also compiling information of the genome diversity of
inbred mouse strains, and developing new inter-subspecificconsomic strains, in which every chromosome of a classicalinbred strain C57BL/6J is replaced by the counterpart of awild mouse-derived MSM/Ms strain. These bioresources arefreely available for research community.

Selected Publications
Takada, T., Yoshiki, A., Obata, Y., Yamazaki, Y., and Shiroishi, T. (2015). NIG_
MoG: a mouse genome navigator for exploring intersubspecific genetic
polymorphisms. Mamm Genome 26, 331-337.
Oka, A., Takada, T., Fujisawa, H., and Shiroishi, T. (2014). Evolutionarily
diverged regulation of X-chromosomal genes as a primal event in mouse
reproductive isolation. PLoS Genet 10, e1004301.

https://www.nig.ac.jp/labs/MamMalg/home-j.html

Mammalian Genetics Laboratory 哺乳動物遺伝研究室

Shiroishi GroupSHIROISHI, Toshihiko
Professor

城石俊彦

教授

城石研究室

TAKADA, Toyoyuki
Assistant Professor

高田豊行

助教

Takada, T., Ebata, T., Noguchi, H., Keane, T.M., Adams, D.J., Narita, T.,
Shin-I, T., Fujisawa, H., Toyoda, A., Abe, K., Obata, Y., Sakaki, Y., Moriwaki, K.,
Fujiyama, A., Kohara, Y., and Shiroishi, T. (2013). The ancestor of extant
Japanese fancy mice contributed to the mosaic genomes of classical inbred
strains. Genome Res 23, 1329-1338.

AMANO, Takanori
Assistant Professor

天野孝紀

助教

研究活動／ Research Activities

31Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Developmental genetic studies using gene engineering technology in mice
マウス発生工学を用いた発生分化機構の解析

A-B．体節におけるNotch シグナルの活性を GFPレポーターで可視化した。Notch シグナルは体節の後方部でのみ活性化。C．胎生期の雄生殖細胞（赤）におけるNanos2 タンパク質（緑）の局在。D．Nanos2を持続発現（緑）すると、分化した精子細胞は失われ、幹細胞（マゼンタ）が増加する。生後６週の精細管。E. 生後直後の卵巣切片。生殖細胞 ( マゼンタ) は体細胞 ( 緑 ) に囲まれたシストとして存在する。F. 生後
12 日目の卵巣切片。シストは崩壊して原始卵胞は活性化 ( 緑 )し卵子として成長する。原始卵胞活性化機構の解明を目指している。
(A-B) Notch signaling is activated only in the caudal part of each somite. (C) Nanos2 proteins (green) are localized in the P-bodies in cytoplasm of embryonic male germ cells (red). (D) A section of adultseminiferous tubule, in which Nanos2 (green) expression is maintained in the spermatogonial stem cell (magenta). Only stem cells remain, while sperm differentiation is suppressed. (E-F) Sections of ovaries atbirthday (E) and 12 days after birth (F). We are interested in the mechanism of primordial follicle activation (green in F) after cyst (magenta in E) breakdown.

発生過程ではいろいろな遺伝子が時間的・空間的に正確な制御下で発現し、機能を発揮します。そのような遺伝子の機能及び発現調節機構を解明するためにはマウスを用いた個体レベルの解析は重要です。当研究室では発生工学的手法を用いて、中胚葉形
成機構、生殖細胞の性決定機構、また精子形成、卵子形成を支配する RNA 制御機構の解明を目指しています。最近はクリスパーを用いた遺伝子改変技術を用いて、多くの有用マウスを作製し解析することにより、生体内における本来の遺伝子機能の解明を目指しています。

We aim to elucidate molecular mechanisms involved inseveral developmental processes. Major targets are
mesoderm tissues and germ cell development; sexual fatedecision, spermatogenesis and oogeneis. We like tounderstand mechanisms how germ cells chose twoalternative pathways to form sperm or oocyte. For thefunctional analyses, we use Cas9-mediated gene editing
technology to facilitate mutant mouse production.

Selected Publications
Suzuki, A., Niimi, Y., Shinmyozu, K., Zhou, Z., Kiso, M., and Saga, Y. (2016).
Dead end1 is an essential partner of NANOS2 for selective binding of target
RNAs in male germ cell development. EMBO Rep 17, 37-46.

Zhao, W., Ajima, R., Ninomiya, Y., and Saga, Y. (2015). Segmental border isdefined by Ripply2-mediated Tbx6 repression independent of Mesp2. Dev Biol
400, 105-117.

Zhou, Z., Shirakawa, T., Ohbo, K., Sada, A., Wu, Q., Hasegawa, K., Saba, R.,
and Saga, Y. (2015). RNA Binding Protein Nanos2 Organizes Post-transcriptional
Buffering System to Retain Primitive State of Mouse Spermatogonial Stem Cells.
Dev Cell 34, 96-107.

https://www.nig.ac.jp/labs/MamDev/home-j.html

Mammalian Development Laboratory 発生工学研究室

Saga Group

相賀研究室

SAGA, Yumiko
Professor

相賀裕美子

32

KATO, Yuzuru
Assistant Professor
教授

研究活動／ Research Activities

加藤

譲

助教

AJIMA, Rieko
Assistant Professor

安島理恵子

助教

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Behavioral genetics using wild-derived mouse strains
野生由来マウスを用いた行動遺伝学（A）世界各地の野生マウスから樹立された野生マウス系統群と、実験用マ
ウス系統との行動の違い。野生マウス
は実験用マウスに比べ、ヒトに触られる の を 嫌 が る 。（ B ） ゲノム 編 集
CRISPR/Cas9を用いた新規プラスミド
ノックイン動物作製方法、および本法で得られた GFP 陽性マウス。
(A) Notable strain differences of
behavioral patterns between wildderived and laboratory strains using avariety of behavioral studies. (B)
Efficient genome editing technologies
in rodents with CRISPR/Cas9.

生物の個体差をもたらす遺伝的機構の多くは未だ解明されていません。私たちは、世界各地から捕獲された野生由来マウス系統
を用い、様々な行動の多様性を生み出すメカニズムの解明に取り組んでいます。野生由来の近交系統は、特徴的な行動を示し、顕著な系統差を示すことから、行動遺伝学研究に有用です。加えて、ゲノム編集技術を用いた効率的な遺伝子改変動物の開発にも取り組んでいます。これらを駆使することで、行動の多様性に関わる遺伝子を同定し、その機能を分子、細胞、更には神経レベルで明らかにすることを目指しています。

The genetic basis for individual differences in complex
traits is still unclear. In order to clarify the mechanisms related
to behavioral diversity, we are using a series of wild-derived
mouse strains. Wild derived strains exhibit a prominent
degree of wildness and phenotypic diversity among them.
We a re a l s o d e v e l o p i n g e ff i c i e n t g e n o m e e d i t i n gmethodologies in rodents with CRISPR/Cas9. We are
identifying genes related to behavioral diversity using thesetools, and are aiming to understand the role of these genes
in the molecular, cellular, and neural mechanisms that
underlie this behavioral diversity.

Selected Publications
Yoshimi, K., Kunihiro, Y., Kaneko, T., Nagahora, H., Voigt, B., and Mashimo, T. (2016).
ssODN-mediated knock-in with CRISPR-Cas for large genomic regions inzygotes. Nat Commun 7, 10431.

Takahashi, A., Sugimoto, H., Kato, S., Shiroishi, T., and Koide, T. (2015). Mappingof genetic factors that elicit intermale aggressive behavior on mouse chromosome
15: intruder effects and the complex genetic basis. PLoS One 10, e0137764.

Takahashi, A., Lee, R.X., Iwasato, T., Itohara, S., Arima, H., Bettler, B., Miczek, K.A.,
and Koide, T. (2015). Glutamate input in the dorsal raphe nucleus as adeterminant of escalated aggression in male mice. J Neurosci 35, 6452-6463.

Mouse Genomics Resource Laboratory マウス開発研究室

Koide Group

KOIDE, Tsuyoshi
Associate Professor

小出

剛

准教授

小出研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/MGRL/index.html

YOSHIMI, Kazuto
Assistant Professor

吉見一人

助教

研究活動／ Research Activities

33

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Analyses of regulatory mechanisms in zebrafish germ cells
ゼブラフィッシュを用いた生殖細胞制御機構の解析
精原幹細胞培養
1 day

精原幹細胞培養の継続

精子への分化培養系に移行

37 days

32 days (1 day a-er replate)

41 days

41 days (10 days a-er replate)48 days

48 days (17 days a-er replate)

7 days31 days

精原幹細胞で緑色蛍光タンパクを発現する系統を用いた精原幹細胞−精子の細胞培養。精原幹細胞培養系では精原幹細胞が増殖するのに対して（左および中央パネル）、精子への分化培養系では精原幹細胞が機能的精子へと分化していく（右パネル）。
Propagation and differentiation of spermatogonial stem cells (SSCs) in culture. SSCs that express green fluorescent protein grow in propagation
culture (left and middle panels), while they differentiate into sperm in differentiation culture (the right panel).

精子形成は精原幹細胞の自己再生と分化によって維持され、分化した精原細胞は細胞架橋でつながったシスト分裂により増幅した後、減数分裂を経て機能的な精子へと分化します。こうした複雑な過程を制御する因子の解析に細胞培養系は有用な方法となります。私たちは、ゼブラフィッシュを用いて精原幹細胞の自己再生から機能的精子までの精子形成全過程を再現する細胞培養系を確立しました。Forward genetics による精子形成異常変異体を組み合わせて、脊椎動物に普遍的な精子形成の制御因子の解明を進めています。

Spermatogenesis is characterized by sequential
t r a n s i t i o n s o f m u l t i p l e p ro c e s s e s : s e l f - re n e w a l o f
spermatogonial stem cells, mitotic growth of differentiating
spermatogonia, and meiosis leading to the production of
sperm. Molecular dissection of these complex processes
and transitions could be facilitated by cell culture
approaches. We have developed techniques to recapitulate
the entire spermatogenesis process, from stem cell
propagation to differentiation of functional sperm, solely inculture. In addition, we have already isolated several ENUinduced zebrafish mutants that have a defect inspermatogenesis. We are working on the molecularmechanisms to regulate spermatogenesis of vertebrates
both in vivo and in vitro.

Selected Publications
Kawasaki, T., Siegfried, K.R., and Sakai, N. (2016). Differentiation of zebrafish
spermatogonial stem cells to functional sperm in culture. Development 143, 566574.

Shinya, M., Kobayashi, K., Masuda, A., Tokumoto, M., Ozaki, Y., Saito, K.,
Kawasaki, T., Sado, Y., and Sakai, N. (2013). Properties of gene knockdown
system by vector-based siRNA in zebrafish. Dev Growth Differ 55, 755-765.

Saito, K., Sakai, C., Kawasaki, T., and Sakai, N. (2014). Telomere distribution
pattern and synapsis initiation during spermatogenesis in zebrafish. Dev Dyn 243,
1448-1456.

Model Fish Genomics Resource Laboratory

Sakai Group酒井研究室

SAKAI, Noriyoshi
Associate Professor

酒井則良

34

准教授

研究活動／ Research Activities

KAWASAKI, Toshihiro
Assistant Professor

河﨑敏広

助教

小型魚類開発研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/FishDev/index.html

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Molecular genetics of plant embryogenesis
イネ分子遺伝学による植物初期発生機構の解明

写真上段：共焦点レーザー蛍光顕微鏡
観察によるイネ胚（完熟胚）の中央断面。
写真下段：左から、イネ籾、コメ（左上に胚がある）、茎頂分裂組織のマーカーとなるOSH1 タンパクを検出した免疫染
色、実験室内で開花したイネの花。
Upper panel: mature rice embryoobserved by confocal laser scanningmicroscope.
Lower panels from left: rice grain, brown
rice, immunohistochemical staining of amarker of undifferentiated stem cells inthe shoot apical meristem in rice (OSH1),
rice flowers.

穀類モデル植物であるイネを主な実験材料にして、植物初期発
生の分子基盤についての研究を進めています。突然変異系統など多様なイネ遺伝資源を活用して、受精後の植物胚における、頂部−基部また背−腹といった軸形成や器官分化の遺伝的制御機構の解明に取り組んでいます。また、イネだけでなくイネ属、イネ科
植物を用いた比較ゲノム解析から、発生過程やその制御機構の可塑性の分子基盤とゲノム進化機構の解明を目指しています。イネ
遺伝資源事業として、突然変異系統の選抜、野生イネの特性解析などの研究、開発、分譲も行っています。

The goal of our research is to elucidate the mechanismof plant embryogenesis. We are focusing on processes ofthe patterning of apical-basal or dorsal-ventral axis formation,and the organogenesis during early stages of riceembryogenesis. We are taking a molecular genetic approach
using a series of rice embryogenesis defective mutants aswell as comparative embryology and genomics approaches
in grass species. We are also responsible for managing,preservation, propagation, and distribution of rice genetic
resources of wild rice species collected in the NIG under the
NBRP.

Selected Publications
Suzuki, M., Sato, Y., Wu, S., Kang, B.H., and McCartly, D.R. (2015). Conserved
Functions of the MATE Transporter BIG EMBRYO 1 in Regulation of Lateral Organ
Size and Initiation Rate. Plant Cell 27, 2288-2300.

Nosaka, M., Itoh, J., Nagato, Y., Ono, A., Ishiwata, A., and Sato, Y. (2012). Roleof transposon-derived small RNAs in the interplay between genomes andparasitic DNA in rice. PLoS Genet 8, e1002953.

Ishiwata, A., Ozawa, M., Nagasaki, H., Kato, M., Noda, Y., Yamaguchi, T.,
Nosaka, M., Shimizu-Sato, S., Nagasaki, A., Maekawa, M., Hirano, H.Y., andSato, Y. (2013). Two WUSCHEL-related homeobox Genes, narrow leaf2 andnarrow leaf3, control leaf width in rice. Plant Cell Physiol 54, 779-792.

Plant Genetics Laboratory 植物遺伝研究室

Sato Group

SATO, Yutaka
Professor

佐藤

豊

佐藤研究室

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/sato

KUBO, Takahiko
Assistant Professor

教授

久保貴彦

助教

研究活動／ Research Activities

35

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Genetic dissection of the cell division mechanism using single-cellular model organisms
モデル単細胞を使った細胞分裂の遺伝制御メカニズム

ジャポニカス分裂酵母の菌糸型細胞。核を緑色蛍光タンパク質で、細胞質を赤色
蛍光タンパク質で識別した。
Hyphal cells of Schizosaccharomyces
japonicas. Green fluorescent protein
indicates nuclei and red fluorescent protein
indicates cytosolic region.

大腸菌や酵母は、細胞増殖の基本メカニズムを解明する上で極めて有効なモデル生物です。これまでに原核細胞と真核細胞を適宜に取り扱い、染色体やプラスミドDNA が動く仕組み、細胞の形が決まる仕組み等の研究を進めています。遺伝学的もしくは細胞
生物学的手法を用いて、細胞内で起こる現象を観察しています。
蛍光タンパク質による DNA やタンパク質のイメージングにより、細胞増殖の過程で新しい現象を発見してきました。特に、このような細胞観察に適したジャポニカス分裂酵母は菌糸増殖と細胞周期のモデル細胞として適しており、酵母から菌糸に転換する遺伝的制御が次々と明らかになってきています。
大腸菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain
枯草菌バイオリソース https://shigen.nig.ac.jp/bsub/

Bacteria and yeasts are suitable model organisms tounderstand the fundamental mechanisms on cellproliferation. Our laboratory studies the mechanisms behindchromosome or plasmid DNA dynamics in the cell or themechanism underlies cell shape formation. Genetic methods
as well as cell-biological methods were used to observe
those intracellular events. We have made several novel
observations in cell proliferation mechanism by using
fluorescent-based protein or DNA imaging. Especially S.
japonicus yeast suits for those cell biological analyses, andstudies of hyphal growth and cell cycle add special value on
this organism. Novel genetic system has been elucidated byrecent our works.

Selected Publications
Aoki, K., Furuya, K., and Niki, H. Schizosaccharomyces japonicus: a dimorphic
yeast alone among the fission yeast. CSHL Protocol Ch.16. in press.

Niki, H. (2014). Schizosaccharomyces japonicus: the fission yeast is a fusion ofyeast and hyphae. Yeast 31, 83-90.

Monteiro, D.C., Patel, V., Bartlett, C.P., Nozaki, S., Grant, T.D., Gowdy, J.A.,
Thompson, G.S., Kalverda, A.P., Snell, E.H., Niki, H., Pearson, A.R., and Webb, M.E.
(2015). The structure of the PanD/PanZ protein complex reveals negative
feedback regulation of pantothenate biosynthesis by coenzyme A. Chem Biol 22,492-503.

Microbial Genetics Laboratory

Niki Group

仁木研究室

NIKI, Hironori
Professor

仁木宏典

36

原核生物遺伝研究室

AOKI, Keita
Assistant Professor

教授

研究活動／ Research Activities

青木敬太

助教

https://www.nig.ac.jp/labs/MicroGen/

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Comprehensive analyses of genome function in Drosophila
RNAi 変異体を使ったゲノム機能の体系的解析

誘導型 RNAi を利用したハエ変異体バ
ンクの 作 成 。ゲノムから推 定される
15,000 の全遺伝子について UAS- 逆
向き反復配列のベクターを構築し、それぞれを導入したハエのバンクをつくる。

Schematic representation of theinducible RNAi mutant library.

ショウジョウバエの遺伝子はおよそ 1 万 7 千個と推定され、その 70% はヒト遺伝子と相同です。これらの遺伝子を壊すと生体にどのような影響が現れるのか、お互いがどのように協働して生体の機能を担っているのか、ヒト遺伝子の機能を知るためにもハエを使った包括的な遺伝学的解析が望まれています。このため、私たちはショウジョウバエの全遺伝子について RNAi やゲノム編集の技術で変異体を作製し、個体レベルで遺伝子の機能を理解し、また遺伝子間のネットワークをも明らかにする系を作りつつ多くの共同研究を進めています。

Although the entire human genome sequence has been
determined, real functions of human genes are far from being
completely understood. Drosophila has a total of 17,000
genes that is about 2/3 of the genes found in humans but alarge amount of these genes (approx. 70%) were discovered
to have similar functions and show significant homology tohumans. We are planning to investigate the function of fly
genes comprehensively as a suitable model for studying thefunctional genomics of multicellular organisms.

Selected Publications
Perkins, L.A., Holderbaum, L., Tao, R., Hu, Y., Sopko, R., McCall, K., Yang-Zhou, D.,
Flockhart, I., Binari, R., Shim, H.S., Miller, A., Housden, A., Foos, M., Randkelv, S.,
Kelley, C., Namgyal, P., Villalta, C., Liu, L.P., Jiang, X., Huan-Huan, Q., Wang, X.,
Fujiyama, A., Toyoda, A., Ayers, K., Blum, A., Czech, B., Neumuller, R., Yan, D.,
Cavallaro, A., Hibbard, K., Hall, D., Cooley, L., Hannon, G.J., Lehmann, R., Parks, A.,
Mohr, S.E., Ueda, R., Kondo, S., Ni, J.Q., and Perrimon, N. (2015). The Transgenic
RNAi Project at Harvard Medical School: Resources and Validation. Genetics 201,843-852.

Invertebrate Genetics Laboratory 無脊椎動物遺伝研究室

Ueda GroupUEDA, Ryu
Project Professor

上田

龍

特任教授

上田研究室

Akbari, O.S., Bellen, H.J., Bier, E., Bullock, S.L., Burt, A., Church, G.M., Cook, K.R.,
Duchek, P., Edwards, O.R., Esvelt, K.M., Gantz, V.M., Golic, K.G., Gratz, S.J.,
Harrison, M.M., Hayes, K.R., James, A.A., Kaufman, T.C., Knoblich, J., Malik, H.S.,
Matthews, K.A., O’Connor-Giles, K.M., Parks, A.L., Perrimon, N., Port, F., Russell, S.,
Ueda, R., and Wildonger, J. (2015). BIOSAFETY. Safeguarding gene drive
experiments in the laboratory. Science 349, 927-929.
Zhai, Z., Kondo, S., Ha, N., Boquete, J.P., Brunner, M., Ueda, R., and Lemaitre, B. (2015).
Accumulation of differentiating intestinal stem cell progenies drives tumorigenesis.
Nat Commun 6, 10219.

https://www.nig.ac.jp/labs/InvGen/fly/Home.html

KONDO, Shu
Assistant Professor

近藤

周

助教

研究活動／ Research Activities

37Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Sophisticated utilization of biological resource information
遺伝資源情報の高度利用に関する研究

ナショナルバイオリソースプロジェクト総合検索サイト（BRW)全リソース約 650 万件を、keyword、sequence、
gene ontology、disease ontology、taxonomy、Reference などで検索することができる。
N a t i o n a l B i o R e s o u rc e P ro j e c t – I n t e g r a t e d
BioResource Database (BRW)The BRW provides access to a collection of 6.5
million records on bioresources and supportssummary browsing, keyword searching, andsearching by DNA Sequences, gene ontology,
disease ontology, or references.

インターネットから入手できるデータ量は膨大ですが、かならず
しも知識量の増加にはつながりません。意味のある情報の抽出には工夫が必要です。
「概念の構造化（＝オントロジー）」とは、実験
系や材料、学問の背景などが異なるためそのままでは同じ土俵で比較できない情報を、様々な概念レベルで整理して有効に利用しようという考え方です。
当研究室では遺伝資源情報の整理にこの方法を応用し、生物
種によってバラバラに記載されている情報を統合的かつ様々な視点から生物種横断的に利用できるようなシステムを開発しています。

It is important to have an intelligent data retrieval system
to extract meaningful information from huge amount of data
through the internet. One of the solutions is to use ontology.
The term “ontology” means a structure of concepts. The useof ontology enables data which were originally defineddifferently to be compatible on a conceptual level. By
applying various biological ontologies such as gene ontology,
plant ontology and disease ontology to biological resource
databases, we have been developing an advanced retrieval
system that allows users to conduct cross species searchfor experimental resources.

Selected Publications
Ishihama, A., Shimada, T., and Yamazaki, Y. (2016). Transcription profile ofEscherichia coli: genome SELEX search for regulatory targets of transcription
factors. Nucleic Acid Res 44, 2058-2074.

Takada, T., Yoshiki, A., Obata, Y., Yamazaki, Y., and Shiroishi, T. (2015). NIGMoG: a mouse genome navigator for exploring intersubspecific genetic
polymorphisms. Mamm Genome 26, 331-337.

Shikata, M., Hoshikawa, K., Ariizumi, T., Fukuda, N., Yamazaki, Y., and Ezura, H. (2016).
TOMATOMA Update: Phenotypic and Metabolite Information in the Micro-Tom
Mutant Resource. Plant Cell Physiol 57, e11.

Genetic Informatics Laboratory 系統情報研究室

Yamazaki GroupYAMAZAKI, Yukiko
Associate Professor

山﨑由紀子

38

准教授

研究活動／ Research Activities

山﨑研究室

http://www.shigen.nig.ac.jp

Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター

Genome biology of C. elegans development
線虫発生のゲノム生物学

線虫 C. elegans の神経細胞での遺伝子発現調節
温度感受神経細胞AFDだけに発現する遺伝子gcy-18の転写制御に必要な配列を明らかにしました。この配列にGFPレポーターをつなぐとAFDだけで発現が見られます（図左）。この発現には、一組のホメオボッ
クス転写因子 CEH-14とTTX-1 が同時に働くことが必要なことがわかりましたが、さらに、これらを異所発現させることによりAFDとは別の感覚神経 AWB でも gcy-18 が発現したことから（図右）、AFD におけるgcy-18 の発現には、転写因子 CEH-14とTTX-1 の協調的な働きが必要かつ十分であることがわかりました。
Gene expression regulation in nerve cells of the nematode C. elegans
We have identified the regulatory sequence for the gene gcy-18 that is expressed only in the thermo-sensory neuron AFD: The regulatory sequence drove the GFP reporter only in AFD (Fig. left). We have also
revealed that a pair of homeobox transcription factors (TFs) CEH-14 and TTX-1 is necessary and sufficient for the proper expression of gcy-18: The ectopic expression of them led to the expression of gcy-18 inanother thermo-sensory neuron AWB (Fig. right).

「ゲノム情報から個体がどうやってできるのか？」そのメカニズ
ム解明のために線虫 C. elegans を用いて研究を進めています。基
盤的な情報を網羅的に得る作業と個別的な研究がバランスよく有機的に進むよう心がけています。基盤情報としては cDNAプロジェ
クトを出発点として全遺伝子の半分以上の約 14,000 遺伝子の発現パターンを明らかにしてきました。さらに RNAi、抗体作成など
によって機能解析を進め、「どの遺伝子が、いつ、どの細胞で、何をしているか」というゲノムの発現・機能マップデータベース
NEXTDB http://nematode.lab.nig.ac.jp/ に統合化しています。

We are performing a systematic analysis of expression
and function of the genome of the nematode C. elegans,aiming at understanding of the genetic program fordevelopment. We have already identified 14,000 genes
through EST project, and have analyzed their expression
patterns by using of whole mount in situ hybridization andtheir function by RNAi. All the information has been
integrated in NEXTDB http://nematode. lab.nig.ac.jp/.

Selected Publications
Kagoshima, H., and Kohara, Y. (2015). Co-expression of the transcription factors
CEH-14 and TTX-1 regulates AFD neuron-specific genes gcy-8 and gcy-18 in C.
elegans. Dev Biol 399, 325-336.
Sumiyoshi, E., Takahashi, S., Obata, H., Sugimoto, A., and Kohara, Y. (2011). The
β-catenin HMP-2 functions downstream of Src in parallel with the Wnt pathway inearly embryogenesis of C. elegans. Dev Biol 355, 302-312.

Genome Biology Laboratory 生物遺伝資源情報研究室

Kohara Group

KOHARA, Yuji
Project Professor

小原雄治

特任教授

小原研究室

Mangone, M., Manoharan, A.P., Thierry-Mieg, D., Thierry-Mieg, J., Han, T.,
Mackowiak, S.D., Mis, E., Zegar, C., Gutwein, M.R., Khivansara, V., Attie, O.,
Chen, K., Salehi-Ashtiani, K., Vidal, M., Harkins, T.T., Bouffard, P., Suzuki, Y.,
Sugano, S., Kohara, Y., Rajewsky, N., Piano, F., Gunsalus, K.C., and Kim, J.K. (2010).
The landscape of C. elegans 3’UTRs. Science 329, 432-435.

https://www.nig.ac.jp/labs/GenBiol/

ANDACHI, Yoshiki
Assistant Professor

安達佳樹

助教

研究活動／ Research Activities

39

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

3D-organization and dynamics of human genome chromatin
ゲノムクロマチンの折り畳み構造とダイナミクス

ヌクレオソーム線維（10-nm 線維）は細胞の核内でとても不規則な形で折り畳まれ、
ドメインを形成している。クロマチンは「液体」のようにふるまい、規則性を持つ大きな構造に比べて、物理的な束縛が少なく、より動きやすい。NPC, 核膜孔 ; NE, 核膜
Chromatin consists of irregularly folded
1 0 - n m f i b e r s a n d f o r m s n u m e ro u schromatin domains in the cell nuclei.
Chromatin dynamically behaves like “liquid”.
NPC, nuclear pore complex; NE, nuclear
envelope.

本研究室では、「ゲノム DNA が細胞のなかに、三次元的にどのように折り畳まれ、そしてどのようにゲノムが読み出されるのか？」を研究しています。最近、細胞内のクロマチンがとても不規則な形
で柔軟に折り畳まれていることを発見しました。今後、この知見を、遺伝子発現、発生分化、エピジェネティックスなど、幅広い研究につなげていきます。1分子イメージング、超解像顕微鏡イメージング、X 線散乱解析、シミュレーション、さらには新しいクロマチン精製法などを組み合わせて、ユニークな研究を目指しています。

Our research interest is to know how a long string ofgenomic DNA is three-dimensionally organized in the cell,and how the genome is read out for cellular proliferation,differentiation and development. For this purpose, we areusing a unique combination of molecular cell biology andbiophysics, such as single molecule imaging, superresolution imaging, X-ray scattering and computational
simulation.

Selected Publications
Maeshima, K., Ide, S., Hibino, K., and Sasai, M. (2016). Liquid-like behavior ofchromatin. Curr Opin Genet 27, 36-45.
Hihara, S., Pack, C.G., Kaizu, K., Tani, T., Hanafusa, T., Nozaki, T., Takemoto, S.,
Yoshimi, T., Yokota, H., Imamoto, N., Sako, Y., Kinjo, M., Takahashi, K., Nagai, T.,
and Maeshima,K. (2012). Local nucleosome dynamics facilitate chromatin
accessibility in living Mammalian cells. Cell Rep 2, 1645-1656.

Biological Macromolecules Laboratory

Maeshima Group

MAESHIMA, Kazuhiro
Professor

前島一博

40

教授

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/labs/MacroMol/

生体高分子研究室

前島研究室

IDE, Satoru
Assistant Professor

井手

聖

助教

HIBINO, Kayo
Assistant Professor

日比野佳代

Nishino, Y., Eltsov, M., Joti, Y., Ito, K., Takata, H., Takahashi, Y., Hihara, S.,
Frangakis, A.S., Imamoto, N., Ishikawa, T., and Maeshima, K. (2012). Human
mitotic chromosomes consist predominantly of irregularly folded nucleosome
fibres without a 30-nm chromatin structure. EMBO J 31, 1644-1653.

助教

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Understanding cell architecture through quantification and modeling
細胞建築学：定量計測とモデル構築をとおして細胞構造を理解する

我々が製作した定量的模型。
（左）線虫１細胞期の細胞分裂。
（右）異なる発生ステージにおける紡錘体構造の伸長モデル。上側が実際の細胞の顕微鏡像で、下側が我々の模型を表しています。

Our quantitative models on cell division at 1-cell stage (left) and on spindle elongation at different developmental stages (right) in C. elegans. The upper
panels show actual C. elegans embryos and the lower panels show our models.

細胞は生命の最小単位であると同時に、自然が作り上げたみごとな建築物です。
「どのようにして多くの小さな分子があつまって、細胞という調和のとれた構造体ができあがるのか？」この問いに答えるために、我々は細胞の 3 次元的な構造とその時間軸に伴う動きを再現し予測する「４次元模型」の製作を行っています。細胞
建築研究室では現在、細胞核と染色体が細胞内の適切な位置に配置するしくみに注目しています。細胞骨格がもたらす力が、核や染色体、細胞質にどのように作用して細胞が建築されるかを理解することを目指しています。

Cells are the minimal unit of life, and are beautiful
architecture in nature. One big mystery in cell biology is ‘howa huge number of tiny macromolecules assemble into a cellwith organized and dynamic structure?’ To tackle thisquestion, we are constructing quantitative 4-dimensionalmodels of Cell Architecture. Our primary focus is on theintracellular positioning of the nucleus and chromosomes.
Through our study, we aim to understand the mechanics ofthe nucleus, chromosomes, and the cytoplasm, as well as
the force generated by the cytoskeletons.

Selected Publications
Hara, Y., Iwabuchi, M., Ohsumi, K., and Kimura, A. (2013). Intranuclear DNA
density affects chromosome condensation in metazoans. Mol Biol Cell 24, 24422453.

Kimura. K., and Kimura, A. (2011). Intracellular organelles mediate cytoplasmic
pulling force for centrosome centration in the Caenorhabditis elegans early
embryo. Proc Natl Acad Sci USA 108, 137-142.

Niwayama, R., Shinohara, K., and Kimura, A. (2011). The hydrodynamic propertyof the cytoplasm is sufficient to mediate cytoplasmic streaming in the
Caenorhabditis elegans embryo. Proc Natl Acad Sci USA 108, 11900-11905.

Cell Architecture Laboratory 細胞建築研究室

Kimura Group

KIMURA, Akatsuki
Professor

木村

暁

教授

木村研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/CelArchi/cell_archi_home.html

KIMURA, Kenji
Assistant Professor

木村健二

助教

研究活動／ Research Activities

41

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Developmental cell biology using C. elegans
線虫を用いた発生細胞生物学

非対称分裂前（A）、分裂終期（B）でのβカテニンの非対称な局在。矢頭は細胞の輪郭。
（C）表皮幹細胞（水色）の極性方向（矢印）は三種類の Wnt 分子（CWN-1, CWN-2, EGL-20）によって冗長的に制御されている。野生型 (D)と新規変異体（E）の咽頭における基底膜蛋白の局在。変異体では蛋白が凝集し分泌されない。

Asymmetric localization of β-catenin before (A) and at telophase (B) of asymmetric division. Arrowheads indicate cell boundary. (C) Polarity orientation (arrows)of epithelial stem cells (light blue) is redundantly controlled by three Wnt molecules (CWN-1, CWN-2, EGL-20). Localization of a basement membraneprotein in pharynx in wild type (D) and a mutant (E). In the mutant, the protein forms aggregation.

体が透明な線虫 C. elegans は細胞レベルでの研究に最適です。
線虫を構成する多様な細胞は非対称分裂によって作られます。分
裂時にβカテニンなどを非対称に局在させて異なる娘細胞を作ります。同様な局在はマウスの幹細胞でも観察されています。この局
在は同じ方向性を持っているので、全ての細胞は前後の方向を知っています。どのように細胞が方向を知り、非対称に分裂し、娘細胞間で異なる遺伝子を発現して特異的な運命を獲得しているのか研究しています。また、基底膜成分の分泌や細胞浸潤の機構についても研究しています。

Asymmetric cell division that produces daughter cellswith distinct cell fates is a fundamental mechanism by which
cellular diversity is produced. Most cells in C. elegans havethe same anterior-posterior polarity in terms of localizationsof Wnt signaling components such as β-catenin, and divide
asymmetrically to produce a variety of cell types. We are
studying how each cell knows the correct orientation, how it
divides asymmetrically and how the daughter cells acquire
specific cell fates. We are also studying mechanisms of cell
invasion and secretion of basement membrane proteins.

Selected Publications
Ihara, S., Hagedorn, E.J., Morrissey, M.A., Chi, Q., Motegi, F., Kramer, J.M., andSherwood, D.R. (2011). Basement membrane sliding and targeted adhesion
remodels tissue boundaries during uterine vulval attachment in C. elegans. Nat
Cell Biol 13, 641-51.

Yamamoto, Y., Takeshita, H., and Sawa, H. (2011). Multiple Wnts redundantly
control polarity orientation in Caenorhabditis elegans epithelial stem cells. PLoS
Genet 7, e1002308.

Sugioka, K., Mizumoto, K., and Sawa, H. (2011). Wnt regulates spindle
asymmetry to generate asymmetric nuclear β-cateninin C. elegans. Cell 146,
942-954.

Multicellular Organization Laboratory 多細胞構築研究室

Sawa Group

澤 研究室

SAWA, Hitoshi
Professor

澤 斉

42

教授

研究活動／ Research Activities

IHARA, Shinji
Assistant Professor

伊原伸治

助教

https://www.nig.ac.jp/labs/MultiOrg/Multicellular/Home.html

Structural Biology Center

構造遺伝学研究センター

Studies on cell structure – function relation using Drosophila molecular genetics
ショウジョウバエ分子遺伝学を用いた細胞機能−構造連関の研究

A
B

WT

cadN

C

（A）細胞接着タンパク質の遺伝子突然変異（cadN ）による運動神経終末（緑）のシナプス（マゼンタ）発達障害。
（B）分裂終了期の濾胞上皮で誘導された、細胞競合による
mahj-/- クローン（青い核）の細胞死（矢印）と野生型クロ−ン（水色の核）の補償的細胞肥大（矢頭）。
（C）腫瘍形成のモデルとなる成虫原基上皮組織。
(A) Impairment in synapse (magenta) development of motoneuron terminals (green) by genetic mutation of a cell-adhesion protein (cadN). (B) Cell competition-dependent apoptosis (arrows)
in mhj-/- clones (blue nuclei) and compensatory cellular hypertrophy (arrowheads) in wild-type clones (pale blue nuclei), induced in post-mitotic follicular epithelium. (C) Imaginal discepithelium, a model for studies on tumorigenesis.

当研究室では組織内における細胞の機能発現と細胞構造との関係をモデル生物であるショウジョウバエを用いて研究しています。
細胞内微細構造上でどのような分子ネットワークが互いにどのように協調して働いているのか、といった側面に注目し、分子遺伝学の手法と様々なイメージングの手法を駆使して解析を行っています。現在、「神経回路の形成と機能発現機構」および「組織の恒常性維持とその破綻による腫瘍形成機構」のテーマを中心に研究を進めています。

Our laboratory is interested in relation of cellular finestructures and their functions in tissue organization. We are
studying the molecular networks on cellular fine structures
involved in various cell activities by molecular genetics andvarious imaging techniques, using a model animal,
Drosophila melanogaster. Currently we are addressing thefollowing issues; 1. Development and function of neuralnetworks, 2. homeostasis of tissue organization and its
impairment causing tumor generation.

Selected Publications
Sugie, A., Hakeda-Suzuki, S., Suzuki, E., Silies, M., Shimozono, M., Möhl, C.,
Suzuki, T., and Tavosanis, G. (2015). Molecular remodeling of the presynaptic
active zone of Drosophila photoreceptors via activity-dependent feedback.
Neuron 86, 711-725.

Kurusu, M., Katsuki, T., Zinn, K., and Suzuki, E. (2012). Developmental changes
in expression, subcellular distribution, and function of Drosophila N-cadherin,
guided by a cellintrinsic program during neuronal differentiation. Dev Biol 366,
204-217.

Tamori, Y., and Deng, W.M. (2014). Compensatory cellular hypertrophy: the otherstrategy for tissue homeostasis. Trends Cell Biol 24, 230-237.

Gene Network Laboratory

Suzuki GroupSUZUKI, Emiko
Associate Professor

鈴木えみ子 准教授

遺伝子回路研究室

鈴木研究室

https://www.nig.ac.jp/labs/GenNetwk/kairo-hp/home/index.html

TAMORI, Yoichiro
Assistant Professor

田守洋一郎

助教

研究活動／ Research Activities

43

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Study for molecular evolution using genome sequence and gene expression
ゲノム配列と遺伝子発現からみた分子進化学

2 種の刺胞動物におけるpaxB とsix1/2 の発現。
（左）ミズクラゲ、（右）エダアシクラゲ、Ocelli：眼点。ミズクラゲはカップ眼、エダアシクラゲはレンズ眼を持つ。pax6（paxB）
は動物全般において眼の形成を司るマスター遺伝子であるが、刺胞動物においてはsix1/2 がより眼の近傍に発現しており、眼形成において重要な役割を果たしている可能性がある。
Expression of eye patterning genes, paxB and six1/2 in two species of jellyfishes. While pax6 is well known as a master control gene for eye formation, six1/2 is also expressedin the area adjacent to ocellus and possibly takes a major role in the eye formation of these jellyfishes.

本研究室では、生物が新規の形質や特性を獲得するための分子基盤とその進化過程の解明を目指し、動物や細菌などを材料としてゲノム配列や遺伝子発現情報の比較解析を用いた様々な研究を行っています。特に（1）メタゲノム解析を用いた海洋微生物の多様性とダイナミクスの解明、（2）中枢神経系や感覚器の起源と進化に伴う遺伝子ネットワーク変化の解明、（3）ヒドラ‒ 緑藻間の細胞内共生の分子機構の解明とその進化的意義、（4）ショウジョ
ウバエにおける遺伝子量補償機構の進化過程の解明、（5）情報科学を用いた大規模データ解析システムの開発と知識発見に力を注
いで研究を行っております。

We have studied the evolutionary process for acquisitionof novel phenotypic characters by comparative genomics
and molecular evolutionary approaches, using various
materials such as an animals or bacteria. Particularly, we
have recently focused more on (1) Biodiversity and dynamics
of marine microbes based on metagenomic analysis, (2)Evolutionary dynamics of gene expression profiles underlingthe evolution of central nervous system and sensory organs, (3)Molecular mechanism of endosymbiosis between hydra andalgae and its evolutionary significance, (4) Evolutionary
process of dosage compensation in Drosophila, and (5)Study of Bioinformatics by using big-data.

Selected Publications
Monma, N., Gojobori, T., and Ikeo, K. (2014). Human genome network platform:a resource for TFRN analysis. Methods Mol Biol 1164, 147-162.
Liu, Q.X., Wang, X.F., Ikeo, K., Hirose, S., Gehring, W.J., and Gojobori, T. (2014).
Evolutionarily conserved transcription factor Apontic controls the G1/S
progression by inducing cyclin E during eye development. Proc Natl Acad Sci
USA 111, 9497-9502.

Laboratory for DNA Data Analysis

Ikeo Group

池尾研究室

IKEO, Kazuho
Associate Professor

池尾一穂

44

遺伝情報分析研究室

准教授

研究活動／ Research Activities

Yu, Q., Li, X.T., Zhao, X., Liu, X.L., Ikeo, K., Gojobori, T., and Liu, Q.X. (2014).
Coevolution of axon guidance molecule Slit and its receptor Robo. PLoS ONE 9,e94970.

https://www.nig.ac.jp/labs/DnaData/index.html

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Finding the link between metabolic variation and evolution
生物界における代謝の多様性と進化の関係を解き明かす

ラクトバチルス属における組み込み型接合因子の比較。L. hokkaidonensis は貯蔵牧草由来だが、乳製品やワインの乳酸菌とも DNA 配列が高い割合で一致する。
Comparisons of integrated and conjugative elements from L. hokkaidonensis and several species in the genus Lactobacillus. Nucleotide sequences are highly similar eventhough isolated from different environments. (Figure from the article Tanizawa et al. 2015 [open access])

主なテーマはゲノミクスとメタボロミクス（代謝‘metabolism’からきた言葉です）による代謝ネットワークの解析です。計算機による解析の対象とする生物種は幅広く、乳酸菌や微細藻類から、
高等植物、マウスまで扱います。様々な代謝物がどのように生成され利用されるのかを、生物界という広い視点で明らかにしたいと考えています。MassBank（http://massbank.jp）や LipidBank（http://lipidbank.jp）のようなデータベースのほか様々な解析ツー
ルも作成しています。

Our activity is summarized as the network analysis using
genomics and metabolomics (this word comesfrom‘metabolism’). Our computational analysis targets many
biological species from lactobacilli and microalgae to higher
plants and mice. The research goal is the understanding of
metabolite evolution and distribution in the biosphere. Major
research results include databases such as MassBank (http://
massbank.jp) and LipidBank (http://lipidbank.jp), as well as
analytical software tools for genomics and metabolomics.

Selected Publications
Tsugawa, H., Cajka, T., Kind, T., Ma, Y., Higgins, B., Ikeda, K., Kanazawa, M.,
VanderGheynst, J., Fiehn, O., and Arita, M. (2015). MS-DIAL: data-independent
MS/MS deconvolution for comprehensive metabolome analysis. Nature Methods
12, 523-526.

Endo, A., Tanizawa, Y., Tanaka, N., Maeno, S., Kumar, H., Shiwa, Y., Okada, S.,
Yoshikawa, H., Dicks, L., Nakagawa, J., and Arita, M. (2015). Comparative
genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals niche-specificevolution of Fructobacillus spp. BMC Genomics 16, 1117.

Tanizawa, Y., Tohno, M., Kaminuma, E., Nakamura, Y., and Arita, M. (2015).
Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis
LOOC260(T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage. BMC
Genomics 16, 240.

Laboratory of Biological Networks

Arita Group

生命ネットワーク研究室

有田研究室

https://sites.google.com/site/aritalab/

ARITA, Masanori
Professor

有田正規

教授

研究活動／ Research Activities

45

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Promotion of DDBJ as an infrastructure database for lifescience
生物研究の基盤データベースとしての DDBJ 事業の推進

NGS 自動配列解析システム「DDBJ Read
Annotation Pipeline 」 の reference
mapping のツール選択画面

A screenshot of reference mapping tools on
a NGS automatic analytical system

高速シークエンサの技術革新と共に、塩基配列のデータベース
は大規模化が進んでいます。このことによりデータ処理が難しくなり、配列注釈不足や特徴情報の記載誤りも問題となっています。中村研究室は、日本 DNA データバンク（DDBJ）業務担当研究室として、データベース運用の高度化と配列注釈の質向上に取り組みます。特に、①次世代シークエンサ（NGS）の大量データ配列解析、②クラウド型データ解析システム構築、③ゲノム配列注釈の評価尺度研究を中心に、ゲノム配列のアノテーション・キュレーション処
理の効率化を目指します。

Ultra high-throughput sequencing technologies allow
biologists to obtain larger amounts of nucleotide sequence
data. Reliable database operation and high-quality
annotation supply are essential. As the core part of DNA
Data Bank of Japan (DDBJ), Nakamura laboratory attempts
1) to develop advanced database management systems, and2) to improve quality of annotations in DDBJ databases. We
have been constructing an automatic analytical system “DDBJ
Read Annotation Pipeline” in NIG supercomputers, and“TogoAnnotation” system as the integrated support tool for
manual curations. Structural and functional annotations byautomatic and manual processing are evaluated by using
proposed statistical methods.

Selected Publications
Mashima, J., Kodama, Y., Kosuge, T., Fujisawa, T., Katayama, T., Nagasaki, H.,
Okuda, Y., Kaminuma, E., Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T.
(2016). DNA data bank of Japan (DDBJ) progress report. Nucleic Acids Res 44,
D51-57.

Tanizawa, Y., Tohno, M., Kaminuma, E., Nakamura, Y., and Arita, M. (2015).
Complete genome sequence and analysis of Lactobacillus hokkaidonensis
LOOC260 (T), a psychrotrophic lactic acid bacterium isolated from silage. BMC
Genomics 16, 240.

Ohyanagi, H., Ebata, T., Huang, X., Gong, H., Fujita, M., Mochizuki, T., Toyoda, A.,
Fujiyama, A., Kaminuma, E., Nakamura, Y., Feng, Q., Wang, Z.X., Han, B., andKurata, N. (2016). OryzaGenome: Genome Diversity Database of Wild Oryza
Species. Plant Cell Physiol 57, e1.

Genome Informatics Laboratory

大量遺伝情報研究室

Nakamura Group 中村研究室

NAKAMURA, Yasukazu
Professor

中村保一

46

教授

研究活動／ Research Activities

KAMINUMA, Eli
Assistant Professor

神沼英里

助教

http://charles.genes.nig.ac.jp/

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Large scale data processing methods of genome data and biomedical knowledge
ゲノム情報・バイオメディカル知識の大規模データ処理手法の研究

Hadoopを利用した分散デー
タ処理のテストData processing tests using
Hadoop distributed
environment

遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用したゲノム情報処理への並列分散コンピューティング技術、広域分散処理技術の適用研究を行っています。
急激に容量が増大する各種遺伝子情報解析データを処理するための技術として、ビッグデータをハンドリングするための各種並列分散処理技術（Hadoop、分散 KeyValueStore 等）の適用研究を行っています。また、従来共有メモリ型大型計算機で処理していた各種大規模 DB データを、データ量の増大に対応が容易なコス
トパフォーマンスの高い分散メモリ型クラスタ計算機上で高速処理するための研究を行っています。

We have been conducting application study ofparalleldistributed computing technology and wide area
distributed computing technology to genome dataprocessing.
We c onduc t fe a s i bility s tudy for a pplyi n g n e w
paralleldistributed computing technology such as Hadoop
and distributed key-value store to genome data processing.
We conduct research to handle large genome data in
distributedmemory type parallel cluster computer which haselasticity for rapid data growth in bioinformatics.

Selected Publications
Cochrane, G., Karsch-Mizrachi, I., Takagi, T., and International Nucleotide
Sequence Database Collaboration. (2016). The International Nucleotide Sequence
Database Collaboration. Nucleic Acids Res 44, D48-D50.
Mashima, J., Kodama, Y., Kosuge, T., Fujisawa, T., Katayama, T., Nagasaki, H.,
Okuda, Y., Kaminuma, E., Ogasawara, O., Okubo, K., Nakamura, Y., and Takagi, T.
(2016). DNA data bank of Japan (DDBJ) progress report. Nucleic Acids Res 44,
D51-D57.

Laboratory for Research and Development of Biological Databases データベース運用開発研究室

Takagi Group

高木研究室

Kodama, Y., Mashima, J., Kosuge, T., Katayama, T., Fujisawa, T., Kaminuma, E.,
Ogasawara, O., Okubo, K., Takagi, T., and Nakamura, Y. (2014). The DDBJ
Japanese Genotype-phenotype Archive for genetic and phenotypic human data.
Nucl Acids Res 43, D18-D22.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/takagi

TAKAGI, Toshihisa
Professor

高木利久

教授

研究活動／ Research Activities

47

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Developing technologies to make BioMedicine comprehensible and tractable
生命科学を機械に扱いやすく人に解りやすくする技術の開発
(A)

(B)

Anatomography サービス構成 (A) 利用例 (B).
医学現象は身体を場とします。情報整理５特徴（場所、時間、文字、内容分類、値の大小）のうち医学に欠けていた場所による整理を可能にするために現在も技術開発中の Anatomography サービス
は統合データベースセンターで実装開発され 2007 年から公開されています。
Architecture of anatomical mapping service in Anatomography (A) and a use case (B). Service, still under development, is constructed and maintained in DBCLS. Similarly to Google Maps, custom
anatomical maps can be exchanged as map URL with or without superimposed data. In (B), shown is body distribution of a bacterial species in meta-genome.jp.

生命科学の知識は二つのステップで作られます。ステップ A: 記
述やデータに現象をキャプチャして保存交換する。 ステップB:キャ
プチャされた現象の集合をドグマや関係式のセットの形で圧縮近似して利用可能にする。
現在ステップ A は B に対し圧倒的に優勢です。B に比べ A はより高度なインテリジェンスを要すので機械的支援が行われていない為だと思われます。この不均衡は学問の効率的な進展の為にも知識の広い利用の為にも是正しなければなりません。当室では B の為の技術を開発しています。

A body of biomedical knowledge is developed in 2
steps: StepA: accumulating and exchanging situations
captured in descriptions and data; and StepB: abstract
situations into a coherent set of dogmatic or mathematicalstatements so that people can use in decision-making. The
overwhelming output of A, mainly due to the technologicalassistance by diagnostic, laboratory and communication
machines, is making a stressful situation called “information
over-load” or “data deluge”. New technologies must be
invented for B to make bigger return from investment inbiomedicine.

Selected Publications
Mitsuhashi, N., Fujieda, K., Tamura, T., Kawamoto, S., Takagi, T., and Okubo, K. (2009).
BodyParts3D: 3D structure database for anatomical concepts. Nucleic Acids Res
37 (Database issue), D782-785.

Okubo, K., and Tamura, T. (2011). System and computer software program forvisibly processing an observed information's relationship with knowledge
accumulations. US patent 20050203889.

Ogasawara, O., Mashima, J., Kodama, Y., Kaminuma, E., Nakamura, Y., Okubo, K.,
and Takagi, T. (2013). DDBJ new system and service refactoring. Nucleic Acids
Res 41 (Database issue), D25-29.

Laboratory for Gene-Expression Analysis

Okubo Group

大久保研究室OKUBO, Kousaku
Professor

大久保公策

48

遺伝子発現解析研究室

教授

研究活動／ Research Activities

http://rgm22.nig.ac.jp/mediawiki-ogareport/index.php/Main_Page

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Comparative genomics through ultra-large scale sequencing
大規模比較ゲノム研究による生命の多様性と特異性の理解

比較ゲノム解析研究室でゲノム解読を実施した生物たち。
上左：解剖前のシーラカンス稚魚 上右：ニホンザル 下左：カンガルー 下右：オオコオモリの一種

Picture of the animals whose genomes have been analyzed

当研究室では、ヒトを含む霊長類から、生命研究上の重要生物
種や極地などの極限環境に棲息する生物まで、ゲノム構造多様性の徹底的な解読を通じて生命現象の原理原則を理解することを目標に研究活動を行っています。
当研究室は、先端ゲノミクス推進センターと協力して最新のゲノム解読技術とインフォマティクスをコアとする先端ゲノミクス研究を進めており、多くの外部研究機関との共同研究を積極的に進めています。

The Comparative Genomics Laboratory was establishedin April 2008 with the task to understand basic rules of
biological systems based on actively reading and analyzing
various genomes of interest using cutting-edge DNA
sequencing and analysis technology. Currently, we are
analyzing personalized genomes of primates in addition tothe organisms those living in the extreme environmental
conditions. The figures in the left column show examples ofsuch activities.

Selected Publications
Takehana, Y., Matsuda, M., Myosho, T., Suster, M.L., Kawakami, K., Shin-I, T.,
Kohara, Y., Kuroki, Y., Toyoda, A., Fujiyama, A., Hamaguchi, S., Sakaizumi, M.,
and Naruse, K. (2014). Co-option of Sox3 as the male-determining factor on the
Y chromosome in the fish Oryzias dancena. Nat Commun 5, 4157.
Nikaido, M., Noguchi, H., Nishihara, H., Toyoda, A., Suzuki, Y., Rei Kajitani, R.,
Suzuki, H., Okuno, M., Aibara, M., Ngatunga, B.P., Mzighani, S.I., Kalombo, H.W.J.,
Masengi, K.W.A., Tuda, J., Nogami, S., Maeda, R., Iwata,M., Abe, Y., Fujimura, K.,
Okabe, M., Amano, T., Maeno, A., Shiroishi, T., Itoh, T., Sugano, S., Kohara, Y.,
Fujiyama, A., and Okada, N. (2013). Coelacanth genomes reveal signatures forevolutionary transition from water to land. Genome Res 23, 1740-1748.

Comparative Genomics Laboratory 比較ゲノム解析研究室

Toyoda Group

豊田研究室

Huang, X., Kurata, N., Wei, X., Wang, Z.X., Wang, A., Zhao, Q., Zhao, Y., Liu, K.,
Lu, H., Li, W., Guo, Y., Lu, Y., Zhou, C., Fan, D., Weng, Q., Zhu, C., Huang, T.,
Zhang, L., Wang, Y., Feng, L., Furuumi, H., Kubo, T., Miyabayashi, T., Yuan, X.,
Xu, Q., Dong, G., Zhan, Q., Li, C., Fujiyama, A., Toyoda, A., Lu, T., Feng, Q.,
Qian, Q., Li, J., and Han, B. (2012). A map of rice genome variation reveals theorigin of cultivated rice. Nature 490, 497-501.

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/research/organization-top/laboratories/toyoda

TOYODA, Atsushi
Project Associate Professor

豊田

敦

特任准教授

研究活動／ Research Activities

49

Center for Information Biology

生命情報研究センター

Unveiling microbial community dynamics
微生物ゲノム進化と群集ダイナミクスの解明

陸上蛇紋岩熱水系からの微生物サンプリング、メタゲノム解析。
Exploring microbial diversity in a continental serpentinite-hosted hydrothermal system.

生命の進化と地球の進化は密接に関係していますが、その共進化の痕跡は生物のゲノムに残されています。本研究室では、バイオインフォマティクスを駆使した微生物のゲノム・メタゲノム解析や統合データベース「MicrobeDB.jp」を武器として、生命科学や地球科学などからもたらされる多元情報を統合的に解析することで、微生物の進化、微生物群集ダイナミクスさらには生命と地球の共進化をゲノムレベルで解き明かす研究を進めています。

In our laboratory, we are interested in understanding
about microbial genome evolution and microbial community
dynamics, and we are currently reaching out in the following
two major research directions; I. Facilitate the developmentof an integrated database “MicrobeDB.jp”, II. Microbialcommunity dynamics. Our research interests blend abackground in microbial genomics and metagenomics withbioinformatics and integrated database developments thatare just now allowing the prospect of illuminating microbialcommunity dynamics. We are trying to gain a better
understanding of how microbial diversity maintain as well as
how it emerged.

Selected Publications
Hori, K., Maruyama, F., Fujisawa, T., Togashi, T., Yamamoto, N., Seo, M., Sato, S., Yamada, T., Mori, H.,
Tajima, N., Moriyama, T., Ikeuchi, M., Watanabe, M., Wada, H., Kobayashi, K., Saito, M., Masuda, T., SasakiSekimoto, Y., Mashiguchi, K., Awai, K., Shimojima, M., Masuda, S., Iwai, M., Nobusawa, T., Narise, T., Kondo,
S., Saito, H., Sato, R., Murakawa, M., Ihara, Y., Oshima-Yamada, Y., Ohtaka, K., Satoh, M., Sonobe, K., Ishii, M.,
Ohtani, R., Kanamori-Sato, M., Honoki, R., Miyazaki, D., Mochizuki, H., Umetsu, J., Higashi, K., Shibata, D.,
Kamiya, Y., Sato, N., Nakamura, Y., Tabata, S., Ida, S., Kurokawa, K., and Ohta, H. (2014). Klebsormidium
flaccidum genome reveals primary factors for plant terrestrial adaptation. Nat Commun 28, 3978.

Genome Evolution Laboratory ゲノム進化研究室

Kurokawa Group

KUROKAWA, Ken
Professor

黒川

50

顕

教授

研究活動／ Research Activities

黒川研究室

Kato, H., Mori, H., Maruyama, F., Toyoda, A., Oshima, K., Endo, R., Fuchu, G.,
Miyakoshi, M., Dozono, A., Ohtsubo, Y., Nagata, Y., Hattori, M., Fujiyama, A.,
Kurokawa, K., and Tsuda, M. (2015). Time-series metagenomic analysis reveals
robustness of soil microbiome against chemical disturbance. DNA Res 22, 413-424.
Higashi, K., Tobe, T., Kanai, A., Uyar, E., Ishikawa, S., Suzuki, Y., Ogasawara, N., Kurokawa, K.,
and Oshima T. (2016). H-NS Facilitates Sequence Diversification of Horizontally TransferredDNAs during Their Integration in Host Chromosomes. PLoS Genet 20, e1005796.

http://microbedb.jp/

Experimental Farm実験圃場

Molecular cytogenetics of plant germ-cell development
植物の生殖細胞発生過程の分子細胞遺伝学

減数分裂への移行タイミングを制御するイネ MEL2 遺伝子（A）雄性生殖細胞の分裂周期は葯内で非同調的だが、減数分裂直前に同調化する。イネ MEL2 は同調化プロセスを含む減数分裂移行を制御する。
（B）MEL2 は中央に RNA 認識ドメイン（RRM）をもつ。正常
イネでは減数分裂が進行し、PAIR2（赤）とZEP1（緑）が染色体に結合するが、変異体では結合しない。
（C）MEL2 の RRM は Uリッチな RNA 配列とin vitro で結合する。

Rice MEL2 that regulates meiosis transition timing(A) Germ cells are proliferated asynchronously in anthers, but synchronized by premeiotic S phase. Rice MEL2 regulates meiosis transition including synchronous male meiosis. (B) MEL2 had an RNA recognition
motif (RRM). In the wild type, meiotic proteins PAIR2 (magenta) and ZEP1 (green) were loaded onto chromosomes, but not in the mel2 mutant. (C) MEL2 RRM bound to a U-rich RNA sequence in vitro.

減数分裂は、両親の遺伝子が組換えによりシャッフルされ、新しい遺伝子組み合わせをもつ染色体が創出される、正に遺伝の根幹を為す現象です。被子植物の減数分裂細胞は、花の各器官の形成が完了した直後に、雄蕊および雌蕊の原基内部で分化する生殖始原細胞が数回の体細胞分裂を経ることにより形成されます。私たちは主にイネの突然変異体を用いて、植物の生殖細胞がどのように分化し、維持されて減数分裂に至るのかについて、細胞レベルの観察や分子レベルの解析など幅広い手法を駆使して研究しています。

Meiosis is a central event of genetic inheritance, since it
generates a new gene combination different from that ofparents by homologous recombination. Meiocytes ofangiosperm species are produced by several rounds ofmitotic division of primordial germ cells, which differentiate at
hypodermis of anther (male) and pistil (female) primordia.
How do plants differentiate and maintain germ cells
subsequent to floral development, and how do they achievemeiosis? We aim to settle these questions by means ofvarious techniques from cytological observation to molecularlevel analyses, mainly using rice mutants.

Selected Publications
Miyazaki, S., Sato, Y., Asano, T., Nagamura, Y., and Nonomura, K. (2015). Rice
MEL2, the RNA recognition motif (RRM) protein, binds in vitro to meiosisexpressed genes containing U-rich RNA consensus sequences in the 3’-UTR.
Plant Mol Biol 89, 293-307.

Nonomura, K., Eiguchi, M., Nakano, M., Takashima, K., Komeda, N., Fukuchi, S.,
Miyazaki, S., Miyao, A., Hirochika, H., and Kurata, N. (2011). A novel RNArecognition-motif protein is required for premeiotic G1/S-phase transition in rice (Oryza
sativa L.). PLoS Genet 7, e1001265.

Komiya, R., Ohyanagi, H., Niihama, M., Watanabe, T., Nakano, M., Kurata, N.,
and Nonomura, K. (2014). Rice germline-specific Argonaute MEL1 protein binds
to phasiRNAs generated from more than 700 lincRNAs. Plant J 78, 385-97.

Experimental Farm実験圃場

Nonomura Group 野々村研究室

NONOMURA, Ken-ichi
Associate Professor

野々村賢一 准教授

https://www.nig.ac.jp/labs/ExpFarm/top_j.html

TSUDA, Katsutoshi
Assistant Professor

津田勝利

助教

研究活動／ Research Activities

51

Adjunct Faculty

客員研究部門Large-scale chromatin structure and dynamics
クロマチンの高次構造とダイナミクス
私たちはクロマチンがどのように間期や分裂期染色体に折り畳まれ、そして染色体がどのように組織化され、そのダイナミックな振る舞いが、DNA の機能に、どのように影響を及ぼしているのかに注目して研究をおこなっています。


Our research focuses on how chromatin folds into interphase andmitotic chromosomes, how chromosomes are organized and move withininterphase nuclei, and how chromosome organization and dynamics
impact DNA functions.

Division of Nucleic Acid Chemistry 核酸化学客員研究部門

Belmont Group Belmont 研究室

http://mcb.illinois.edu/faculty/profile/asbel/
BELMONT, Andrew S.
Visiting Professor (Professor, University of Illinois at UrbanaChampaign)

ベルモント，アンドリュー S．
客員教授（イリノイ大学教授）

Chromosome folding
染色体の折りたたみ構造
染色体が折り畳まれるメカニズムを理解するために、
Chromosome Conformation

Capture 法を開発し、この方法をゲノムワイドで適用しています。染色体が折り畳まれるために必要な分子的あるいは物理的な基本原理の理解が可能になります。
To understand how long chromosomes are folded to fit inside thenucleus, we developed Chromosome Conformation Capture. Using thismethod we have started to uncover molecular and physical principles that
determine chromosome folding.

Division of Nucleic Acid Chemistry 核酸化学客員研究部門

Dekker Group Dekker 研究室

http://my5c.umassmed.edu/welcome/welcome.php
DEKKER, Job
Visiting Professor (Professor, University of Massachusetts
Medical School)

デッカー，ジョブ

客員教授（マサチューセッツ医科大学教授）

Development of technologies for genome editing and optogenetics
ゲノム編集と光遺伝学のための新規技術開発
私たちは、健康・疾患状態の脳機能を研究するため、ゲノム編集、光遺伝学のテクノロジー開発・応用を行っています。これらの新規技術が、私たちの脳疾患とその治療に対する理解を深めてくれることを期待しています。


Our group is developing and applying molecular and opticaltechnologies for probing brain function in health and disease. We hopethat these new approaches will improve our understanding and treatmentof brain diseases.

Division of Cytoplasmic Genetics 細胞質遺伝客員研究部門

Zhang Group Zhang 研究室
http://zlab.mit.edu

ZHANG, Feng
Visiting Associate Professor (Assistant Professor, McGovern
Institute for Brain Research at MIT)チャン，フェン

客員准教授（マサチューセッツ工科大学マクガヴァン脳研究所助教授）

DNA Replication: Mechanism, Regulation and Misregulation
DNA 複製：メカニズム、制御、破綻
酵母と哺乳動物細胞の遺伝学的・細胞生物学的手法と精製タンパク質からの再構成系を用いて、細胞周期ごとにどのようにゲノムが効率よく完全に複製されるのかを理解することを目標としています。
We aim to understand how our genomes are replicated efficiently andcompletely in each cell cycle using biochemical reconstitution with purified
proteins alongside genetics and cell biology in yeast and mammaliancells.

Division of Cytoplasmic Genetics 細胞質遺伝客員研究部門

Diffley Group Diffley 研究室

http://www.crick.ac.uk/john-diffley
DIFFLEY, John F.X.
Visiting Professor (Associate Research Director, The Francis
Crick Institute)

ディフリー，ジョン F.X.

客員教授（フランシスクリック研究所アソシエイトリサーチディレクター）

Organogenesis in vertebrates
脊椎動物の器官形成
私たちは、中胚葉由来（心臓・血管系）および内胚葉由来（膵臓・肺・肝臓）の臓器の器官形成研究を行っています。私たちの目的のひとつは、脊椎動物の器官形成を単一細胞レベルで理解することです。


We investigate questions related to organogenesis of mesodermal (heart,vasculature) and endodermal (pancreas, lung, liver) organs using zebrafish
and mouse. One goal of our studies is to gain understanding of vertebrateorgan development at the single-cell level.

52

研究活動／ Research Activities

Division of Physiological Genetics 生理遺伝客員研究部門

Stainier Group Stainier研究室

http://www.mpi-hlr.de/index.php?id=18&L=1
STAINIER, Didier
Visiting Professor (Director, MAX Planck Institute)

スタニア，ディディエ

客員教授（マックスプランク研究所ディレクター）

Adjunct Faculty

客員研究部門Brain circuit mapping and cell type characterization
脳回路のマッピングと神経細胞多様性の解析
マウス視覚系回路における神経細胞の多様性を分子生物学的、解剖学的、生理学的に明らかにし、それらの神経細胞の脳全体における結合様式を解明することを目指しています。
We aim to unravel the diversity of neuronal cell types in the mouse
visual circuits at molecular, anatomical and physiological levels, and theirconnectivity throughout the brain.

Division of Physiological Genetics 生理遺伝客員研究部門

Zeng Group Zeng 研究室

http://alleninstitute.org/our-institute/our-team/profiles/hongkui-zeng/
ZENG, Hongkui
Visiting Professor (Senior Director, Allen Institute for Brain Science)

ゼン，ホンクイ客員教授（アレン脳科学研究所シニアディレクター）

Computational population genomics
計算集団遺伝学
ゲノムデータ解析による集団の人口変動と淘汰パターンの推定および、居住域拡大による中立進化と遺伝子の機能に関連したゲノム多様性への影響の解析を行っています。
Analysis of genomic data to infer population demographic history andpatterns of selection. Describe the effects of range expansions on neutral
and functional genomic diversity.

Division of Theoretical Genetics

理論遺伝客員研究部門

Excoffier Group Excoffier 研究室

http://www.cmpg.iee.unibe.ch/content/about_us/researchers/laurent_excoffier
EXCOFFIER, Laurent
Visiting Professor (Professor, University of Bern)

エクスコフィア，ローレント
客員教授（ベルン大学教授）

Developing methods for evolutionary analyses of DNA and protein sequences
DNA 及びタンパク質配列の進化を解析するための方法論の開発
種間系統樹を作成するための統計モデル・メソッドの開発、および特に適応進化に注目をした分子進化メカニズムの研究を行っています。また集団遺伝学の理論的研究も行っています。
I am interested in developing statstical models/methods forreconstructing species phylogenies and in understanding the mechanismsof molecular evolution, especially adaptive evolution. I am also interested
in theoretical population genetics.

Division of Theoretical Genetics

理論遺伝客員研究部門

Yang Group Yang 研究室

http://abacus.gene.ucl.ac.uk/ziheng/
YANG, Ziheng
Visiting Professor (Professor, University College London)

ヤン，ジーヘン客員教授（ユニヴァーシティ・カレッジ・ロンドン教授）

Human genetic variation and disease
ヒトゲノム変異と病気
私どもの研究室はさまざまな疾患遺伝子について研究してきました。それらはメンデル型遺伝病から複合疾患にいたります。同時に mobile element の病気への関与および集団遺伝学的観点からの研究を行っています。
We study human genetic variation to make inferences about human
evolutionary history and to understand the ways in which genes contributeto disease.

Division of Applied Genetics 応用遺伝客員研究部門

Jorde Group Jorde研究室

http://jorde-lab.genetics.utah.edu
JORDE, Lynn
Visiting Professor (Professor, University of Utah School of
Medicine)

ジョーデ，リン客員教授（ユタ医科大学教授）

Evolution and function of DNA methylation
DNAメチル化の機能と進化
真核生物における DNA メチル化および関連したクロマチン経路について、その進化、制御機構、生物学的役割を研究しています。
We study the evolution, mechanism, and biological function of
eukaryotic DNA methylation and related chromatin pathways.

Division of Applied Genetics 応用遺伝客員研究部門

Zilberman Group Zilberman 研究室

http://dzlab.pmb.berkeley.edu/
ZILBERMAN, Daniel
Visiting Associate Professor (Associate Professor, University ofCalifornia, Berkeley)

ジルバマン，ダニエル客員准教授（カリフォルニア大学バークレー校副教授）

研究活動／ Research Activities

53

Intellectual Property Unit

知的財産室

Communicate research findings at NIG with the outer world
研究成果の知財マネジメント・技術移転・産学連携を進め、社会連携を行う。円滑な研究成果の流通のための大学支援の課題に対応する。

（2015 年度実績）
知的財産
IP

件数
QUANTITY

国内出願

Patent application

5件

国際出願

International application

4件

ライセンス契約
MTA

遺伝研の研究成果による技術移転・共同研究などにより、産学連携を積極的に進めています。知財・生物遺伝資源・研究データの円滑な流通を第一に、知財面・契約面での管理・運営・交渉を行っています。HP・展示会等により研究成果を積極的に社会に発信し、産学連携・社会連携・地域連携を進め、さらに、教育機関
に対する科学啓蒙活動や教育支援として研究所見学や出前授業などを行っています。また、大学等への支援活動として、生物多様性条約及び名古屋議定書に基づいた海外遺伝資源に関するアクセスと利益配分（ABS）への大学等の対応について啓発・支援活動を行っています。

License agreement

11件

Material Transfer Agreement

1,125件Our mission is to promote and support the research of
NIG researchers from the perspective of intellectual property
and; to give back the benefits of research results to society
by knowledge and technology transfers through thecollaboration with societies, local communities, andindustries.
We are mainly engaged in providing a full support toenable our researchers smoothly obtain materials andgenetic resources from overseas and managing ourintellectual property derived from research by patenting,
maintaining, and licensing. We focus on facilitating favorable
environment for our researchers to collaborate with industries
and developing an appropriate way to handle copyrights ofdigital contents. We also play an active role as ABS Task
Force Team for Academia to support and promote theresearch utilization of genetic resources.

Selected Publications
鈴木睦昭 (2014). 学術研究分野における名古屋議定書の国内措置検討の課題 植物科学最前線 5,

67-73.

鈴木睦昭 (2013). 遺伝資源のアクセスと利益配分に関する名古屋議定書の国内措置の現状―特に学術における課題について― Microbiol Cult Coll 29, 113-120.

鈴木睦昭 (2014).「研究成果有体物と遺伝資源に関する円滑な流通に向けて―課題分析と今後の課

題解決の展望―」知的財産イノベーション研究の諸相 p114-125. コンテンツシティー出版

Intellectual Property Unit

知的財産室SUZUKI, Mutsuaki
Director

鈴木睦昭

54

室長

研究活動／ Research Activities

https://www.nig.ac.jp/labs/IntProp

Office for Research Development リサーチ・アドミニストレーター室

Strengthening and support of research
研究力の強化・支援

リサーチ・アドミニストレーター室（ORD）は、研究に携わる人
材がその能力を最大限に発揮し、さらに能力を伸ばすための活動をしています。
ワークショップ企画や異分野交流の仲介、論文発表やプレゼンテー
ションについての議論や助言、研究費申請のサポート、国際連携
活動、共通機器の運用支援などを通じ、研究者が新しいアイデアに挑戦するための手助けをします。このような活動が遺伝研の優れた研究環境や活発な研究交流と相乗効果を及ぼして研究者コミュ
ニティーの研究力が向上することを目指しています。研究所の広報活動や IR (Institutional Research) 活動も担当しています。

Office for Research Development (ORD) offers various
help to those involved in research.
Our activities include organizing workshops, mediating
collaborative research, discussion and advice on manuscripts
and scientific presentations, grant-application support,
arrangements of international cooperation, and researchinfrastructure support. Synergizing with the superb research
environment and the interactive atmosphere of NIG, we aim
to contribute to the strengthening of research activity of thescientific community. ORD also takes part in the public
relationship and IR (Institutional Research) of the institute.

Writings and Talks
Hiromi, Y. (2016). Workshops on Scientific Communication “The ‘NIG Method’:
Fostering Scientific Critical Thinking through Presenting your Science”. IISER
Pune and NCBS Bangalore; India, Shandong Agricultural University and Fudan
University; China (2016.1.29, 2.3, 3.22, 3.28)

伊東真知子 (2014). 学際研究の萌芽をいかに促すか：生命科学の事例から 研究 技術 計画 29,

144-159.

平田たつみ，タジ・ゴルマン，広海 健 (2016).「遺伝研メソッドで学ぶ科学英語プレゼンテーション―感じる力、考える力、討論する力を育てる」dZERO.

https://www.nig.ac.jp/labs/ORD/index.html

Office for Research Development
リサーチ・アドミニストレーター室

HIROMI, Yasushi
Director

広海

健

室長

KURUSU, Mitsuhiko
Research Administrator

来栖光彦

リ サーチ・アドミニストレーター

SEINO, Hiroaki
Assistant Professor

清野浩明

助教

研究活動／ Research Activities

55

Database Center for Life Science ライフサイエンス統合データベースセンター

Database Center for Life Science (DBCLS)
ライフサイエンス統合データベースセンター
ライフサイエンス分野では、世界中で数千をこえる多様なデータベース（DB）が公開されており、その活用が研究の進展に不可欠になっています。
しかし、「必要な DB が見つからない」「使い方がわからない」「データを組み合わせた高度な解析ができない」など、DB の効率的な利用のための環境整備は充分ではありません。本センターは DB 統合化の中核組織として平成 19 年に機構直轄のセンターとして設置され、以来、DB の統合化と保全に努め、利用者の利便性を高める情報技術の研究開発やサービスの開発、DB の国際標準化を行ってきました。本センターはまだ専用の施設がなく、平成 26 年度に柏の東京大学施設に移転しましたが、同時に一部を遺伝研内に移しました。ビッグデータの有効活用の点から
DDBJ センター等とのシナジーを発揮したいと考えています。

遺伝研で研究しているメンバー

Members at NIG

左から、小野、坊農、仲里、内藤、大田。
Ono, Bono, Nakazato, Naito, Ohta (from left)
BONO, Hidemasa Project Associate Professor

ONO, Hiromasa Project Assistant Professor

NAITO, Yuki Project Assistant Professor

NAKAZATO, Takeru Project Assistant Professor

坊農秀雅 特任准教授
内藤雄樹 特任助教

OHTA, Tazro Researcher

大田達郎 研究員

56

研究活動／ Research Activities

In life science, thousands of database(DB)s are publicly
available worldwide, and become indispensable. However, many
comments from users complaining the hard-to-use DBs suggestthat these DBs and the surrounding environment are notsufficiently refined. DBCLS was established in ROIS in 2007 as acore organization of DB integration, and has been aiming to solvethese issues through R&D for DB reusability, international DB
standardization and various training programs. In 2014, while themain lab of DBCLS moved to Kashiwa, some members moved to
NIG as the Mishima lab. It is highly expected to maximize thesynergy with DDBJ in effective use of Big Data.

小野浩雅 特任助教
仲里猛留 特任助教

公共データベース（SRA［NCBI］，ENA［EBI］，DRA［DDBJ］）に登録された「次世代シーケンサ」
データについて、さまざまな統計情報から閲覧、比較、データのダウンロードができる目次サイト
DBCLS SRA（http://sra.dbcls.jp/）

DBCLS SRA (http://sra.dbcls.jp/) is a highly organized index website of huge quantities of nextgeneration sequencing data available at public databases (SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ).
Users can download NGS data after browsing, comparing, and selecting them in various aspects.

Intellectual Infrastructure and Collaborative Research
共同利用・共同研究

Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Genetic Resource Center
生物遺伝資源センター
生物遺伝資源センターは、バイオリソース事業部とデータベース事業部の 2 部門で以下の内容の事業を進めています。バイ
オリソース事業部では、大腸菌／枯草菌、イネ、マウス、ショウ
ジョウバエ、ゼブラフィッシュ、線虫、ヒドラなどの生物種について、生命科学を先導する様々な有用実験生物系統を開発するとともに、野生種系統の解析や情報整備も行い、それらの安定維持と国内外の大学や研究機関への分譲サービスを行っています。またデータベース事業部では、これらのバイオリソー
スに関する情報を、関連する知識情報とともに下記公開サイト
から世界中に発信しています。特に、大腸菌／枯草菌、イネ、ショ
ウジョウバエ、ゼブラフィッシュでは、内閣府の日本医療研究開発機構のナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）に参画し、各生物種の中核またはサブ機関として活動しています。
さらにデータベース事業部は、NBRP の情報センターとしての役割も果たしており、国内のバイオリソース関連情報発信の中核として活動しています。

58

The Genetic Resource Center is composed of two divisionsof “Bioresource Division” and “Database Division”. The
Bioresource Division takes responsibility for development,
preservation and distribution of forefront bioresources of variousorganisms including E. coli/B. subtilis, Rice, Mouse, Drosophila,
Zebrafish, C. elegans and Hydra, and of collected wild speciesof those organisms. The Database division makes the above
information available to the public through web sites shown
below. The BRC/NIG participates actively in the “National
Bioresource Project (NBRP)” under the organization of Japan
Agency for Medical Research and Development (AMED), in the
Cabinet Office of Government of Japan, and takes a role formanagement of E. coli/B. subtilis, Rice, Drosophila and Zebrafish
as central or sub-central organization for each organism in the
project. Furthermore, the Database Division also contributes to
NBRP as the national center of bioresource information, by
taking responsibility for development and management of therelevant databases.

遺伝研のマウス系統
NIG Mouse Genetic Resources
shigen.nig.ac.jp/mouse/nig/

遺伝研のヒドラ系統
Hydra Genetic Resources
nig.ac.jp/labs/OntoGen/keitou.html

遺伝研のゼブラフィッシュ 遺伝子・エンハンサートラップ系統
Zebrafish Gene trap & enhancer trap DB
kawakami.lab.nig.ac.jp/ztrap/

マウス系統間 SNP 情報
NIG Mouse Genome Databasemolossinus.lab.nig.ac.jp/msmdb/

ナショナルバイオリソースプロジェクト情報公開サイト
National BioResource Project HP
nbrp.jp

イネ総合データベース
Integrated Rice Science Databaseshigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

日本のマウス系統
Japan Mouse/Rat Strain Resources Databaseshigen.nig.ac.jp/mouse/jmsr/

遺伝研のショウジョウバエ系統
NIG Fly Stocks
shigen.nig.ac.jp/fly/nigfly/

遺伝研の大腸菌リソース
NBRP E.coli Strain
shigen.nig.ac.jp/ecoli/strain/

ショウジョウバエ・体節形成蛋白質抗体
Asian Distribution Center for Segmentation Antibodies
shigen.nig.ac.jp/fly/nigfly/segmentationAntibodies/index.html

遺伝研の野生イネ系統データベース
NIG Wild Species of Rice; Strain Databaseshigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/strain/wildCore/about

遺伝研の枯草菌リソース
NBRP Bacillus subtilis
shigen.nig.ac.jp/bsub

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative ResearchIntellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

Advanced Genomics Center
先端ゲノミクス推進センター
国立遺伝学研究所は、学術コミュニティからの大規模ゲノム解析の要望に応え、国内唯一のアカデミア DNA シークエンスセンターを運用してきました。この間、メダカゲノム、ホヤゲノム、原始紅藻
ゲノムの構造決定や､ 各種の生物を対象とした cDNA 解析など多くの成果を上げています。
2011年10月に設立された先端ゲノミクス推進センターは、コミュ
ニティからの高度なゲノム解読の要請に対し、最新のゲノム解析技術を基盤とした先端的ゲノム科学研究の共同利用・共同研究拠点として活動を進めています。

■ 先端ゲノミクス推進センターの活動⃝ゲノム情報解析パイプラインの開発と提供⃝所内外との連携による共同利用・共同研究の推進⃝情報共有と情報セキュリティ体制の確立

Advanced Genomics Center was established October
1st., 2011, with the aim to combine the latest genomics
technology, i.e., next generation sequencing, for example,
and the genetic resources, that have been collected andconstructed throughout the history of this institute, to create
resources for new-generation genetics. Since such resources
should have links among biological (phenotypic) annotations,data from genetic as well as genomic researches, this center
will work closely with other laboratories of Genetic Strains
Research Center, and research communities around thecountry. This center is also expected to become core facility
for research communities to provide latest technologies andtools of the present-day genomics. To answer the
expectations and heavy demand of genome analyses fromthe universities and research communities, the target
projects that will be conducted in this center will be chosen
through NIG’s Collaborative Research Program that is open
to researchers outside of NIG.

⃝生命研究各分野への先端ゲノミクスの応用と支援⃝先端ゲノミクス分野の人材育成■ 大学や他の研究機関と連携して、さまざまな生物種のゲノムや遺伝子の配列解析を行っています■ 共同研究・共同利用の流れ■ 先端ゲノミクス推進センターは、常に最先端の技術と情報をコミュニティに提供できるよう施設の整備を進めています。

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research59Intellectual Infrastructure Center

共同利用事業センター

DDBJ Center
DDBJセンターA

B

Number of nucleotides by Contributors to DDBJ Release
220
200
180
160

Number of bases(billion)

DNA Data Bank of JapanDDBJ Sequence Read Archive
DDBJ Trace Archive
BioProject

140
120

IAC
ICM
GenBank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject

EMBL¯EBI100

GenBank

80

EMBL

60

DDBJ

40
20

EMBL-Bank
Sequence Read Archive
Trace Archive
BioProject0

DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は 1987 年に設立され学
術論文や特許公報等を通じて公知にされる塩基配列データをすべて網羅し、世界の公共財として維持管理する国際学術事業を行っています。
この事業は、米国の NCBI および欧州の ENA/EBIとの 3 者の協力体制で行われており、3 者の間では受付後公開されるデータは毎日交換され、世界共通のデータベース『INSD国際塩基配列データベース』がつくられます。
また DDBJ 事業は所外委員会であるDNA データ研究利用委員会に加えてNCBI，EBI，DDBJ がそれぞれ委嘱する外部委員会である国際諮問委員会によって監督されています（パネル A）。
2009 年からいわゆる次世代シークエンサからの出力データを収集する Sequence Read Archiveと従来のシークエンサからの出力データを収集するTrace Archiveも INSDC のメンバーに加わりました。
DDBJの日々の事業は、受付査定・データ交換・データ更新・デー
タ提供の 4 つの柱からなり教員の指導下で 10 数名ずつのエンジ
ニアとアノテーターを中心に行われています。DDBJ へは毎年3000 〜 4000 の 研 究 グループ がデータ登 録し、件 数 では全
INSD の 10% 強を占めています（パネル B）。

また日本・米国・欧州の特許庁の協力による特許配列の公開事業でも集積交換公開に国際塩基配列データベースが利用されており、日本に加えて韓国特許庁由来のデータも韓国バイオインフォ
マティック研究所（KOBIC）の協力で DDBJ に登録されます。
DDBJ へ登録する研究者は国内の研究者が中心ですが、アジア諸国や中近東の研究者も含まれます。
また、2013 年より科学技術振興機構（JST）と共同でヒトに関する研究データ共有のための制限公開データ用データベース（JGA）の運用を開始しています。
DDBJ ホームページ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/）
Sequence Read Archive など（http://trace.ddbj.nig.ac.jp/）
問い合わせ（http://www.ddbj.nig.ac.jp/addresses-j.html）

60

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

DDBJ (DNA Data Bank of Japan) was established in
1987 and joined international data exchange and archiving
scheme between NCBI and ENA/EBI. This tripartite
collaboration is called INSDC (International Nucleotide
Sequence Database Collaboration).
DDBJ, as well as NCBI and EBI, is serving as one ofthree data inlet and outlet to the “INSD”.
DDBJ is reviewed and advised by its own advisory board
and also by international advisory commitee to INSDC(panel A).
In 2009, INSDC added a collaborative meeting to deal
with mass sequence data produced by the “next” generation
sequencers (Sequence Read Archive) and traces producedby traditional sequencers (Trace Archive).
Daily operation of DDBJ is performed by about 10 bioannotators and system engineers under staffs’ supervision.
Every year, sequence data are submitted to DDBJ by almost
constant number of groups, 3,000~4000, for the last 10
years. It always consists about 10% of INSD records (panel B).
Since 1993, sequences related to patent claims are also
submitted to DDBJ by Japan Patent Office because INSD isused as a framework of sequence data exchange among
JPO, USTPO and EPO. In 2008, KIPO started to join thisdata sharing though DDBJ with help of Korean Bioinformatics
Institute.
Researchers who use DDBJ to add their data in INSD
have been mostly Japanese (>90% of Japanese submit thedata to DDBJ), but recently researchers in neighboring
countries also use DDBJ to some extent.
In 2013, DDBJ started a controlled access database,
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA) in
collaboration with JST.
DDBJ web (http://www.ddbj.nig.ac.jp/)
Sequence Read Archive, etc (http://trace.ddbj.nig.ac.jp/)
Contact Us (http://www.ddbj.nig.ac.jp/addresses-e.html)

NIG Supercomputer System
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム

2500
2000
1500

Total Number of NIG Supercomputer System Accounts
SE
DDBJ
Web user (MiGAP)Web user (DDBJ pipeline)
login user (large scale)login user (normal)

1000
500

320

467

595

734

1643

856

1017

1196

1317

1811

1999 2080

2212

2375

1438

110

0

遺伝研は国際塩基配列データベース（INSD）構築のための計算インフラの提供および大学共同利用機関として計算機資源を国
内の研究者に提供することを目的としてスーパーコンピュータシス
テムの運用を行っています。また 2013 年から個人に由来する遺伝学的データと匿名化された表現型情報の制限公開データベース（JGA）構築のための計算インフラの提供を開始しています。
遺伝研スパコンは生命系に特化した解析環境や充実した公共デー
タの提供が特徴となっています。大規模なデータ解析を可能とするために大型の高速ストレージシステム（Lustreファイルシステム）
7PB を持ち、これが最新鋭の分散メモリ型計算機システム（thin
計算ノード）と共有メモリ型計算機システム（Medium 計算ノード，
Fat 計算ノード）から利用可能となっています。さらに INSD および
JGA のデータを保存するための省電力ディスク5.5PB を備えています。
（下表参照）
ユーザーは随時受け付けており、ログインサービスの他、次世代シーケンサーの解析パイプライン（DDBJ read pipeline）および微生物のゲノムアノテーションパイプライン（MiGAP）が利用可能となっています。詳細は遺伝研スパコンホームページ（http://
sc.ddbj.nig.ac.jp）をご参照ください。

1

NIG operates a supercomputing system that serves as theinfrastructure for building the International Nucleotide Sequence
Database (INSD) and providing domestic researchers withcomputing resources as a member of the Inter-University
Research Institute Corporation. Furthermore, beginning in
2013, NIG has opened its computing infrastructure to build theJapanese Genotype-Phenotype Archive (JGA), a controlledaccess database containing genetic data and anonymized
phenotype information of individuals.
NIG Supercomputer System features a specialized
analysis environment for the field of life science and provides arich set of public data. It includes a massive and fast storage
system (using the Lustre file system) with 7 PB capacity thatenables large-scale data analysis. The infrastructure isaccessible from its state-of-the-art distributed memorycomputing system (thin computing nodes) and shared-memorycomputing system (medium and fat computing node). Further,
there is a power-saving 5.5 PB storage disk for storing INSD
and JGA data (refer to table below).
We are always open for user registration and users canlogin and use the next-generation sequencer analysis pipeline(DDBJ read annotation pipeline) and genome annotation
pipeline for microbes (MiGAP). Please refer to the NIG
supercomputer website (http://sc.ddbj.nig.ac.jp) for further
details.

項 目
Items

機器仕様・用途概要
Specifications

Thin 計算ノード
Thin node

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2670×2 16 Core

導入数量
Amount of hardware
352 node（64 台に GPGPU 搭載）
202 node（64台にGPGPU、32台にXeon Phi搭載）

Memory 64GByte CPU Xeon E5-2680v2×2 20 Core
2

Medium 計算ノード
Medium node

Memory 2TByte CPU Xeon E7-4870 ×10 80 Core

10 node3

Fat 計算ノード
Fat node

Memory 10TB

1 node4

ディスク装置（省電力領域）
Electric power saving storage

バックアップ、アーカイブ用途
For archive or backup use.

5

ディスク装置（高速領域）
High performance storage

並列ファイルシステム Lustre により全計算ノードからの高速並列アクセスが可能なディスク領域。ホーム／scratch 領域に利用
Every computing node can access the high performance storage
via Lustre file system. This storage used as home area or job
scratch area
表1

CPU Intel Xeon E7-8837 768 Core

5.5 PByte

2012 年および 2014 年導入計算機システム概要

7 PByteTable1: Computing system installed in 2012 and 2014

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

61

National Projects

国家プロジェクト

Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science
創薬等支援技術基盤プラットフォーム
創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業は、創薬プロセス等に活用可能な技術基盤の整備、積極的な外部開放（共用）等を行う
ことで、創薬・医療技術シーズ等を着実かつ迅速に医薬品等に結び付ける革新的プロセスを実現することを目的としております。国立遺伝学研究所では、情報拠点としてタンパク3000プロジェクト
及びターゲットタンパク研究プログラム並びに創薬等支援技術基
盤プラットフォームの成果からなるデータベースやソフトウエアを管理・運用します。また、それらを継続的に更新し、内容の拡充や高度化を行います。
高度化では、分担機関である大阪大学蛋白質研究所、東北大学、お茶の水女子大学ならびに東京大学と協力し、新たに創出する情報資源との融合によって、構造生物学と他の生命科学分野の連携の基盤となる「構造生命科学データクラウド」を実現します。

遺伝研で研究しているメンバー

GOJOBORI, Takashi
Project Professor

NAKAMURA, Haruki
Project Professor

五條堀 孝 特任教授 中村春木 特任教授

Members at NIG

YURA, Kei

Project Professor

由良 敬 特任教授

参加研究機関大阪大学、東京大学、東北大学、お茶の水女子大学

62

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

The project titled “Platform for Drug Discovery,
Informatics, and Structural Life Science” inherits theoutcomes of the previous projects in structural biology,
consolidates the technology and promotes sharing thosecore technologies for drug discovery and related life
sciences. Through these activities, the project aims to realizea revolutionary process connecting drug and medical seeds
to pharmaceutical products.
For this purpose, the project is proceeded in thefollowing three centers; (1) Analysis Center, (2) Regulation
Center, and (3) Information Center. Analysis Center consistsof Analysis Domain, Production Domain, Bioinformatics
Domain and Functional Genomics Domain. Regulation
Center consists of Library-Screening Domain and Synthesis
Domain. Information Center consists of Information Domain.

Collaborative Research and Research Meetings

共同研究・研究会

国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
国内外の研究者に共同利用の機会を提供するため、従前より所内の教員と所外の研究者による「共同研究」及び「研究会」を実施しています。
次頁に示すように、毎年多くの共同研究が行われており、2015 年度も計 75 件の共同研究と計 13 件の研究会を行い、着実な成果をあげています。

As the central institute to study various aspects of genetics, the National Institute of Genetics (NIG) positively accepts collaborative
research between NIG and universities or other institutes. In order to offer collaborative research opportunities to researchers, NIG has been
conducting “Collaborative Research” and “Research Meeting” between researchers inside and outside of NIG.
As shown in the next page, many collaborative researches are held every year. In 2015, 75 Collaborative Researches and 13 Research
Meetings have been held and achieved excellent results.
▶ Collaborative Research

共同研究「共同研究」とは、国立遺伝学研究所外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の研究者数名により、特定の研究課題について共同して行う研究です。次の３種類に分けて募集を行っています。

「共同研究（A1）」「共同研究（A2）」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

Based on the application from researchers outside NIG, NIG
researchers collaborate with them for conducting the research on
the subject of application. The following three categories are
solicited for Collaborative Research [A1], [A2] and [B]. In
Collaborative Research [A1] and [A2], travel and accommodation
expenses are provided to visit NIG for conducting discussion andexperiment. In Collaborative Research [B], travel, accommodation
and research expenses are provided.

Defining mitotic roles of Ran-GTP gradient by its rapid depletion using auxin-inducible degron (AID)
and CRISPR/Cas-mediated genome editing in human cells
AID 法とCRISPR/Casシステムの融合によるヒトRan-GTP 濃度勾配の分裂期特異的破壊操作と機能解析

RanGTP 濃度勾配は間期の核−細胞質
間輸送のみならず、分裂期においても染色体の位置情報を発信し、紡錘体の形成や配置の制御を担う。本研究では、鐘巻
将人博士が考案したオーキシン誘導デグ
ロン (AID) 法を用いて、ヒトRan 関連因子
を速やかに分裂期で分解し、RanGTP 濃
度勾配による紡錘体配置制御機構を理解することを目指している。すでに RCC1 な

KIYOMITSU, Tomomi, Assistant Professor
Ran-GTP gradient plays a keyrole for spindle assembly andpositioning during mitosis while it
f u n c t i o n s n u c l e a r- c y t o p l a s m i ctransport in interphase. To rapidly
deplete Ran-GTP gradient duringmitosis, we combine auxin-inducible
degron (AID) technology with CRISPR/
Cas-mediated genome editing inhuman cells.

Rapid depletion of RCC1 in mitotic human cells
AID-mCh-RCC1

清光智美 助教

Graduate School of Science,
Nagoya University+auxin0

20 (min)

10 µm

ど数種類のヒト Ran 関連因子群の分解操作に成功した。

10

DNA

名古屋大学大学院
理学研究科

分裂期での RCC1 タンパク質の分解操作

Rapid depletion of RCC1 in mitosis▶ Research Meetings

研究会「研究会」とは、国立遺伝学研究所内外の研究者からの申込みに基づき、国立遺伝学研究所内外の比較的少人数で実施する研究集会です。各研究会
では、活発な討論が行われています。

Based on the application from researchers outside of NIG, Research
Meetings in small groups are held for information exchange and active
discussion.

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

63

NIG Collaboration Grant
国立遺伝学研究所は、遺伝学に関する総合研究の中核として、大学、他研究機関との共同研究を積極的に受け入れています。
「共同研究（A1）」、「共同研究（A2）」に採択されると、実験・討論のために遺伝研を訪問するための旅費・滞在費が支給されます。
「共同研究（B）」では旅費・滞在費及び研究費が支給されます。

共同研究（A1）
研究課題

64

研究代表者

1

DNA 複製開始因子― DNA 修復酵素複合体の X 線結晶構造解析

山梨大学大学院

2

解糖系の亢進によるDNA 損傷修復促進機構の解明

長崎大学

医学部

増本博司

3

αキメリン欠損による自律神経系神経回路形成及び機能障害の解析

東海大学

創成科学技術研究機構

加藤4

ゼブラフィッシュ鰓弓筋・体幹筋・心筋の発生機構

理化学研究所5

Screening of zebrafish transgenic lines with relevance for development andregeneration of bone

University of Algarve, Department of Biomedical
Sciences and Medicine

Leonor Cancela

6

モヤモヤ病関連因子ミステリンの in vivo 機能解析

京都産業大学森戸大介

7

Screening of Zebrafish Transgenic Lines

Neuroscience Institute (CSIC-UMH) Alicante-Spain

Oscar Ocaña

8

Screening and identification of cardiac subcompartment specific transgenic
zebrafish lines

School of Life Sciences, Fudan University

Ruilin Zhang9

遺伝子発現誘導能に基づく器官の比較構造解析

京都工芸繊維大学 ショウジョウバエ遺伝資源センター 高野敏行

総合研究部

倉谷形態進化研究室

総合生命科学部

大山拓次
明

日下部りえ

10 Investigating Neural Circuits of Emotion in Zebrafish

Kansas State University (KSU)

11 Screening for transgenic craniofacial developmental model for live-imaging

Hong Kong Baptist University

TSE Ka Fai William

12 ゼブラフィッシュ心臓を用いた心機能異常のスクリーニング系の確立

大阪医科大学横江俊一

13 NGS データ解析のための高性能なパイプラインの構築

東京大学大学院

14 日本産アカネズミのゲノム解析

北海道大学大学院

15 Evolutionary analysis of gymnosperm plant genomes

Academia Sinica, Biodiversity Research Center

薬理学
理学系研究科
地球環境科学研究院

Thomas Mueller

植田信太郎
鈴木

仁

Wen-Hsiung Li

16 Statistical methods for evolutionary genomic analysis

University College London

Ziheng Yang

17 環境因子によるエピゲノム変動とその誘発機構を支える分子基盤の解明

金沢大学

田嶋

18 熱活性型トランスポゾンの転移とその制御機構の解明

北海道大学大学院

理学研究院

伊藤秀臣

19 AID 法とCRISPR/Cas システムの融合によるヒト Ran-GTP 濃度勾配の分裂期特異的破壊操作と機能解析

名古屋大学大学院

理学研究科

清光智美

20 MCM 結合因子 MCM-BP の機能解明

関西学院大学

21 胚性幹細胞とリプログラミングに於けるゲノム維持機構の解析

自然科学研究機構

22 セントロメアでの染色体再編の分子メカニズム

大阪大学大学院

23 Proteomic and genetic studies of various dinoflagellates and its associated bacteria

University of the Philippines (UP)-Diliman

Lilibeth Salvador-Reyes

24 タンガニイカ湖産鱗食魚の利きに関わる遺伝子の同定

富山大学大学院

竹内勇一

25 メダカ属の日長応答性進化の遺伝機構

琉球大学

26 細胞骨格による二次細胞壁パターンの時空間的制御機構の解析

東京大学大学院

理学系研究科福田裕穂

27 マウス組換えホットスポット活性化因子の機能解析

東京大学大学院

総合文化研究科

太田邦史

28 X 線 CT 装置を用いた棘皮動物の半・体内および体内寄生動物の自然史学的研究

東京大学大学院

理学系研究科附属臨海実験所

近藤真理子

29 マウス胎仔高速表現型解析技術の開発

理化学研究所

30 日本産野生マウス由来の MSM 系統およびコンソミック系統を用いた、マウス肺腫瘍
発生関連遺伝子のマッピング

香川大学

31 内耳血管条構築に関わるメラノサイトの機能解析

長浜バイオ大学

32 野生由来近交系マウス系統群を用いた薬物嗜好性の遺伝子メカニズム解析

東京都医学総合研究所

33 野生種マウスにおける情動伝染様式の解析

麻布大学

34 イネのオルガネラゲノムの機能的多様性に関する解析

横浜市立大学35 イネのジテルペン生合成遺伝子の進化に関する研究

山形大学

農学部

豊増知伸

36 大腸菌染色体の複製ヘリカーゼと新奇分配因子 CrfC の細胞内分子動態の解析

九州大学

薬学研究院

片山

37 染色体制御複合体の質量分析解析

名古屋市立大学大学院 システム自然科学研究科

田上英明
菱田

医薬保健研究域医学系

田中克典

理工学部
基礎生物学研究所
理学研究科
医学薬学研究部（医学）熱帯生物圏研究センター

バイオリソースセンター

総合生命科学研究センター
バイオサイエンス学部
依存性薬物プロジェクト

獣医学部

坪内知美
中川拓郎

山平寿智

田村

勝

宮下信泉
山本博章
笠井慎也
菊水健史

木原生物学研究所

38 バクテリア SMCファミリータンパク質の機能解析

学習院大学

39 チェックポイントタンパク質 Rad9 の分裂期キナーゼによるリン酸化の普遍的意義

京都大学

40 翅の形成におけるApt の機能に関する解析

中国山東農業大学

41 ショウジョウバエ近縁集を利用した遺伝子・細胞機能の進化研究のための解析ツー
ルの開発

杏林大学

42 クロマチン構造ダイナミクスの動力学計算シミュレーション

名古屋大学大学院

43 神経疾患モデルにおける中枢シナプス活性部位の構造的変化

東京工業大学大学院

44 神経変性症状を呈するショウジョウバエ変異体の微細形態解析

東邦大学

45 電子顕微鏡を用いたショウジョウバエ化学感覚系の構造解析

北海道大学

46 シナプス構造の新しいモデル像

京都産業大学

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

敦

理学部
放射線生物研究センター
発育遺伝学研究室

医学部

木下

哲
勉
卓

古谷寛治
劉

慶信

粟崎
工学研究科
生命理工学研究科

理学部
創成研究機構総合生命科学部

健

笹井理生
鈴木崇之
曽根雅紀
田中暢明
浜

千尋

2015 年度 公募による共同研究
研究課題

研究代表者

47 発光プランクトン（海産カイアシ類）の遺伝的多様性と生物発光能の地球レベルでの解析

産業技術総合研究所

健康工学研究部門

茂里

康

吉田健吾

48 ヒト免疫老化表現型を特徴付けるトランスクリプトームおよび分子経路解析

放射線影響研究所

49 比較ゲノムデータベースと代謝反応データベースに基づくポリケチド合成酵素遺伝子の解析

自然科学研究機構 基礎生物学研究所 ゲノム情報研究室

内山郁夫

50 フルクトフィリック乳酸菌の比較ゲノム解析

東京農業大学遠藤明仁

51 シニア専門家との協働作業による遺伝学関係データベースのアノテーションの高品
質化

新潟大学

52 ヒト組織における内因性ゲノム損傷「ゲノムリボヌクレオチド」検出系の確立

国立がん研究センター研究所 エピゲノム解析分野

牛島俊和

53 Reconstructing lineage hierarchies of the otic neuroblast using RNA-seq

Northwestern University, Feinberg School of
Medicine

Miho Tanaka-Matakatsu
阿形清和

放射線生物学／分子疫学部

生物産業学部

自然科学系

阿部貴志

54 次世代シーケンサーを利用した進化研究

京都大学大学院

55 次世代シーケンサーによるパーキンソン病カイコモデル変異体 op の全ゲノム解析

東京農工大学56 記憶と適応を制御する遺伝子発現制御の多様性

甲南大学

理工学部

久原

57 ショウジョウバエの生殖様式を決定づける遺伝的機構の解明

杏林大学

医学部

平井和之

58 イネにおける形態多様性に関わる遺伝的機構の解析

東京大学大学院

59 イネ花粉突然変異体 Tos0113、Tos0251、Tos0330、Tos0403、Tos0425 の遺伝学的解析

秋田県立大学60 イネの花序と生殖器官の発生分化を制御する遺伝子機能の解明

東京大学大学院

61 イネの生殖細胞系列で機能するArgonaute 遺伝子 MEL1 の機能解析

新潟大学

62 大型類人猿におけるサブテロメア近傍領域の比較ゲノム解析

国立成育医療研究センター研究所 ゲノム医療研究部 黒木陽子

63 木材侵食に関わる昆虫共生微生物群の解明

北海道大学大学院

理学研究科
農学研究院

農学生命科学研究科
生物資源科学部
理学系研究科

自然科学系農学部
農学研究院連携部門

天竺桂弘子
篤

伊藤純一
上田健治
平野博之
深井英吾
高須賀太一

共同研究（A2）
研究課題

研究代表者

1

Identification of neuronal expression patterns relevant for visually guided behaviors ina zebrafish Gal4FF library

Harvard University

Eva Aimable Naumann2

Identification of novel genes regulating cardiac development and function

University of California, Los Angeles, Departmentof Molecular, Cell and Developmental Biology

Hirohito Shimizu

3

Identification of highly specific vascular expression patterns in zebrafish transgenic
lines

University of Michigan

Jordan Shavit

4

Mechanisms of photoreceptor genesis in the zebrafish retina

University of Michigan, Department of Ophthalmology

Scott M. Taylor

5

Identifying novel markers of neural lineage commitment

University of Toronto

Vincent Tropepe

共同研究（B）
研究課題

研究代表者

1

シナプス可塑性操作による動物行動操作

青山学院大学

理工学部

平田普三

2

先天性関節拘縮症の発症原因解明に向けたゼブラフィッシュ疾患モデルの樹立

理化学研究所

脳科学総合研究センター

永田健一

3

核ゲノムに見られるオルガネラ由来配列を指標とした RNA 非依存的なメチル化機構の解明

京都産業大学

総合生命科学部

河邊昭

4

大脳基底核に発現する細胞接着分子の遺伝子欠損マウスの行動解析

長岡技術科学大学

霜田靖

5

細菌細胞骨格タンパク質の動態解析

立教大学

6

クロマチンの可視化と精製のための機能性ピロール・イミダゾールポリアミドの開発

京都大学大学院

7

シナプス前終末でのミトコンドリア欠乏によって引き起こされる神経変性のメカニズム

首都大学東京

生物系

理学部

塩見大輔
理学研究科

理工学研究科

杉山

弘

安藤香奈絵

研究会
研究課題

研究代表者

1

哺乳類脳の機能的神経回路の構築メカニズム

大阪大学大学院

2

ゼブラフィッシュ研究の新展開

国立遺伝学研究所

初期発生研究部門

川上浩一

3

進化バイオインフォマティクスシンポジウム

国立遺伝学研究所

集団遺伝研究部門

斎藤成也

4

A consortium of young plant epigenetisists in Japan - First Meeting

University of Tsukuba, Faculty of Life andEnvironmental Sciences

Diana Buzas

生命機能研究科山本亘彦

5

イネ分子遺伝学の周縁

東京大学大学院

農学生命科学研究科

伊藤純一

6

単細胞システムの細胞構築・運動・増殖機構の研究

東北大学大学院

薬学研究科

稲田利文

7

細菌細胞の増殖と代謝研究会

日本大学

8

染色体 DNA の安定維持の分子メカニズム

学習院大学

生物資源科学部
理学部

高野英晃
菱田

卓

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research65

2015 年度 公募による共同研究

Collaborative Research
研究課題
9

研究代表者

クロマチン・細胞核構造の形成とダイナミクスによるゲノム機能制御

東北大学大学院

農学研究科

原田昌彦

10 ビッグデータ時代の分子進化

名古屋市立大学 システム自然科学研究科

11 生命科学データベースの利用価値向上のためのアノテーションマラソン

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 仲里猛留

12 がんとハイポキシア研究会

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅

13 植物の生殖成長期の発生を制御する分子機構

東京大学大学院

平野博之

理学系研究科

Joint Research with the Private Sector
共同研究先

研究課題（研究題目）

研究代表者

2015 年度 民間等との共同研究
契約期間

協和発酵キリン株式会社

トランスポゾンの哺乳動物細胞への応用に関する研究

初期発生研究部門教授

川上浩一’10.01.01 〜 ’16.03.31

キリン株式会社

酵母の醸造形質原因遺伝子の解明

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’15.10.15 〜 ’16.10.14

株式会社ブリヂストン

パラゴムノキの遺伝子データベース構築

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’15.04.01 〜 ’16.03.31

旭化成ファーマ株式会社

次世代シーケンサーを用いた自己免疫疾患関連遺伝子の発現 人類遺伝研究部門
解析に関する研究

教授

井ノ上逸朗

’15.10.01 〜 ’16.03.31

理化学研究所

形態異常を示す各種突然変異マウスの解析

哺乳動物遺伝研究室

教授

城石俊彦

’08.04.01 〜 ’16.03.31

理化学研究所非対称細胞分裂に関与する遺伝子の研究

多細胞構築研究室教授

澤’11.10.01 〜 ’17.03.31

理化学研究所

FANTOM5プロジェクトのための新データセットの作成

生命情報研究センター 特任教授 五條堀 孝
准教授 池尾一穂’11.02.18 〜 ’17.03.31

理化学研究所

次世代シークエンサの定量データベースDDBJ Omics Archive（DOR）の登録補助ツール仕様構築

大量遺伝情報研究室 教授’11.09.01 〜 ’17.03.31

理化学研究所1 分子長鎖再解読に基づく標準マウスゲノム配列および構造決 比較ゲノム解析研究室
定と公開におけるマウスゲノムの 1 分子長鎖 DNA シーケンシン
グ解読の実施教授 藤山秋佐夫
特任准教授 豊田 敦

’15.11.01 〜 ’16.03.31

静岡大学

イネ種子の成熟・発芽バランスを制御するメカニズムの解明

斉

中村保一

教授

倉田のり

’14.06.10 〜 ’16.03.31

東北大学
ゲノム情報などの機微性が高い情報の震災に備えたバックアッ データベース運用開発研究室
東北メディカル・バンク機構 プの研究

教授

高木利久

’14.08.01 〜 ’19.03.31

東海大学

臍帯血を利用した再生医学、免疫学、腫瘍医学研究

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’15.02.19 〜 ’18.03.31

海洋研究開発機構

環境影響評価・修復法の開発へ向けた環境メタゲノム解析

比較ゲノム解析研究室

特任准教授 豊田東京大学

DNA 複製エラーによるリボヌクレオチドの取り込み機構

微生物遺伝研究部門 教授

荒木弘之’15.04.01 〜 ’15.09.30

大阪医科大学

小型魚類を用いた新規心臓関連遺伝子の同定と解析

初期発生研究部門教授

川上浩一’15.04.01 〜 ’16.03.31

大阪大学蛋白質研究所

キンギョゲノム解読を目指した研究

比較ゲノム解析研究室

教授

藤山秋佐夫

’15.07.01 〜 ’17.06.30

京都大学

Hippopotamus amphibius の全ゲノム解読

比較ゲノム解析研究室

教授 藤山秋佐夫
特任准教授 豊田 敦
特任准教授 野口英樹

’15.12.01 〜 ’16.03.31

植物遺伝研究室敦

Commissioned Research
委託者

66

鈴木善幸

’14.04.01 〜 ’16.03.31

2015 年度 受託研究

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

契約期間

科学技術振興機構

X 線顕微鏡を用いた細胞及び染色体の観察

生体高分子研究室

科学技術振興機構

高いバイオマス生産能及び環境耐性能を持つ藻類の作出

共生細胞進化研究部門 教授

科学技術振興機構

前島一博’12.04.01 〜 ’16.03.31

宮城島進也’12.04.01 〜 ’17.03.31

メタゲノム解析による微生物叢の動態の把握及び環境評価技術の開発

生命情報研究センター 特任教授 五條堀 孝’12.04.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

ゲノム折り畳み・転写動態のイメージングと転写モデルの検証

生体高分子研究室

科学技術振興機構

包括的1細胞トランスクリプトームと組織多様性のバイオインフォ 遺伝情報分析研究室 准教授
マティックス

科学技術振興機構

ゲノム解析アプリケーション技術に関する研究

科学技術振興機構

教授

教授

前島一博

’15.10.01 〜 ’17.03.31

池尾一穂’15.10.01 〜 ’17.03.31

DDBJ センター

特任准教授 小笠原 理’15.10.01 〜 ’17.03.31

DNA メチル化変動のゲノムワイド解析を中心としたエピゲノム
頑健性の理解と設計基盤の構築

育種遺伝研究部門

教授’15.12.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

デグロン変異細胞創出のための基盤技術開発

分子機能研究室准教授

鐘巻将人’13.10.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

有糸分裂紡錘体におけるミクロな力学反応の再構成

定量メカノバイオロジー研究室

准教授

島本勇太

’14.07.01 〜 ’16.03.31

科学技術振興機構

遺伝統計学的計算手法の開発とデータ登録

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’14.04.01 〜 ’17.03.31

科学技術振興機構

微生物 DB の高度化と配列解析支援系の開発と提供

大量遺伝情報研究室 教授

中村保一’14.04.01 〜 ’17.03.31

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

角谷徹仁

2015 年度 受託研究

Commissioned Research
委託者

研 究 課 題 （研究題目）

研究代表者

契約期間

科学技術振興機構

スペクトル解析プラットフォームの構築

生命ネットワーク研究室

教授

日本医療研究開発機構

細胞核のマイクロメカニクスと機械受容メカニズムの解明

定量メカノバイオロジー研究室

准教授

島本勇太

’15.12.01 〜 ’16.03.31

名古屋市立大学（日本医療研究開発機構）

次世代シークエンサー（NGS）によるホスト因子探索のためのシステム開発とデータ解析

遺伝情報分析研究室

准教授

池尾一穂

’15.04.01 〜 ’16.03.31

名古屋大学（日本医療研究開発機構）

ゲノム不安定性疾患の原因究明に向けた低コスト次世代ゲノム解析技術開発人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’15.04.01 〜 ’16.03.31

名古屋大学（日本医療研究開発機構）

ゲノム不安定性疾患遺伝子変異データベースの構築

大量遺伝情報研究室

教授

中村保一

’15.04.01 〜 ’16.03.31

東京医療センター（日本医療研究開発機構）

遺伝性網脈絡疾患の全エクソーム解析

遺伝情報分析研究室

准教授

池尾一穂

’15.04.01 〜 ’16.03.31

医薬基盤・健康・栄養研究所（日本医療研究開発機構）

創薬支援のためのバイオリソースデータベースのネットワーク整
備と政策・倫理課題に関する研究

系統情報研究室

准教授

山﨑由紀子

’15.04.01 〜 ’16.03.31

産業技術総合研究所（日本医療研究開発機構）

生体防御系を利用した疾患診断の技術基盤開発― HLA タイピ
ング解析

人類遺伝研究部門

教授

井ノ上逸朗

’15.04.01 〜 ’16.03.31

農林水産省

メタゲノム解析による微生物相 DNA 情報の抽出技術の開発

生命情報研究センター 特任教授 五條堀 孝’15.04.09 〜 ’16.03.22

農業生物資源研究所（農林水産省）カンキツの育種選抜に利用可能なゲノムワイドSNP の拡充

大量遺伝情報研究室 助教

神沼英里’15.04.09 〜 ’16.03.01

高機能遺伝子デザイン技術研究組合（経済産業省）

生合成パスウェイデータベースの構築

生命ネットワーク研究室

教授

有田正規

’15.04.01 〜 ’16.03.31

有田正規’13.11.01 〜 ’17.03.31

2015 年度 科学技術人材育成費補助金
文部科学省

事業名

事業実施センター責任者

テニュアトラック普及・定着事業

新分野創造センター

事業実施期間

センター長

相賀裕美子

’15.08.06 〜 ’16.03.31

2015 年度 医療研究開発推進事業費補助金
ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）
研 究 課 題 （研究題目）

課題管理者

研究期間

日本医療研究開発機構

イネ属の多様性を生かすリソース基盤の構築

植物遺伝研究室教授

倉田のり’15.04.01 〜 ’16.03.31

日本医療研究開発機構

モデル原核生物（大腸菌・枯草菌）遺伝資源の整備と活用

原核生物遺伝研究室

教授

仁木宏典

’15.04.01 〜 ’16.03.31

日本医療研究開発機構

ショウジョウバエ遺伝資源の総合的維持管理および提供

無脊椎動物遺伝研究室 教授

上田龍’15.04.01 〜 ’16.03.31

日本医療研究開発機構

ゼブラフィッシュの収集・保存および提供（トランスジェニックゼ
ブラフィッシュ系統及び近交系ゼブラフィッシュの収集・保存及び提供）

初期発生研究部門教授

川上浩一’15.04.01 〜 ’16.03.31

日本医療研究開発機構

情報発信体制の整備とプロジェクトの総合的推進

系統情報研究室准教授

日本医療研究開発機構

起源を異にするカイコ近交系のゲノムリシークエンシング（イルミナシーケンサを用いたカイコのゲノム解析）

比較ゲノム解析研究室

特任准教授 豊田

日本医療研究開発機構

多様な特性を持つショウジョウバエ種のゲノム配列（2）無脊椎動物遺伝研究室 助教

山﨑由紀子

近藤

敦

周

’15.04.01 〜 ’16.03.31’15.11.01 〜 ’16.03.31’15.11.01 〜 ’16.03.31

創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業
日本医療研究開発機構

構造生命科学データクラウドの構築運用と高度化

日本医療研究開発機構

創薬等支援のための大規模シーケンスによるゲノミクス解析支 生命情報研究センター 准教授
援と高度化（創薬等支援のための大規模シーケンスデータのためのゲノミクス解析支援と高度化）

生命情報研究センター 特任教授 由良敬’15.04.01 〜 ’16.03.31

池尾一穂’15.04.01 〜 ’16.03.31

共同利用・共同研究／ Intellectual Infrastructure and Collaborative Research

67International Activities
国際交流■ 国際共同研究や国際トレーニングコースの開催

国立遺伝学研究所では、国外の研究者との共同研究を推進しています。

■ International Collaboration and International Training Course

な研究拠点としての発展を目指しています。

National Institute of Genetics promotes international
collaborations. For instance, Division of Molecular andDevelopmental Biology (Kawakami lab) is conducting
collaborations in the field of developmental biology andneuroscience by using the world largest transgenic zebrafish
resource. In 2015, researchers from Harvard University (USA),
Uniersity of Algarve (Portugal), Fudan University (China), Kansas
State University (USA), Hong Kong Baptist University (HongKong), University of Michigan (USA), University of Toronto (Canada)visited Kawakami lab and performed genetic screens to find fishthat will be useful for their research (“shelf-screen”). Also, in 2015
international training course “zebrafish imaging and transgenesis”
was held with participants from all over the world. Thus, National
Institute of Genetics is aiming to establish a basis of international
activities.

■ 国際シンポジウム■ NIG International Symposium

一例として「初期発生研究部門 川上研究室」では、世界最大規模のトランスジェニックゼブラフィッシュリソースを活用した、発生生物学・神経科学研究の分野での国際共同研究を展開しています。2015 年度は、Harvard University（USA）、Uniersity of Algarve（Portugal）、Fudan

University（China）、Kansas State University（USA）、Hong Kong

Baptist University（Hong Kong）、University of Michigan（USA）、University of Toronto（Canada）等からの研究者を短期間受け入れ、研究に有用なトランスジェニックフィッシュをスクリーニングにより見つけ出してもらう「shelf-screening」を実施しました。また、2015 年度には、国際トレーニングコース「ゼブラフィッシュのイメージングと遺伝子組換え」

を開催しました。このような活動を通じて、国立遺伝学研究所は国際的

国立遺伝学研究所は、国際的な学術交流を推進することにより多様な分野の研究者との連携を強化し、遺伝学および共同研究の発展に資することを目的に、毎年国際シンポジウムを支援しています。2015 年度

は「Japan Q-Bio Week – Quantitative biology: force, informationand dynamics」と銘打って、遺伝研細胞建築研究室の木村暁教授を含む「定量生物学の会」メンバーがオーガナイズした２つのシンポジウムとワークショップを開催しました。

東京シンポジウムには 135 名（内、海外から 12 名、学生 41 名）、三島シンポジウムには69名（内、海外から11名、学生22名）が参加し、ワー
クショップも含めて１週間にわたり熱い議論を繰り広げました。
▪会期：2016 年 1 月 8-13 日▪場所：東京大学（東京）および国立遺伝学研究所（三島）In order to contribute to advance the frontiers of genetics,
NIG has been organizing and sponsoring international symposiums
and promoting academic interactions among researchers fromdiverse backgrounds and disciplines. This year we supported aninternational symposium “Japan Q-Bio Week – Quantitative
biology: force, information and dynamics”. Members of Japanesesociety of quantitative biology, including Prof. Akatsuki Kimura (CellArchitecture Laboratory, NIG) organized the series of symposiums
and a workshop.
135 investigators (including 12 from abroad and 41 students)
attended the symposium at Tokyo, and 69 investigators (including
11 from abroad and 22 students) attended the symposium at
Mishima.
▪ Date: Jan. 8-13, 2016
▪ Venue: The University of Tokyo (Tokyo) and National Institute of

Genetics (Mishima)

68

国際交流／ International Activities

■ 外国人研究者に対するサポート

遺伝研の国際的な研究環境を整備・発展させるために、国際化推進委員会が様々な活動を行っています。外国人研究員・留学生が言葉の壁を感じることなく研究に専念できるよう、国際化推進グループ（GIP）
が来日前のビザ申請から、来日後の事務手続き、住居探しや三島エリアの生活情報の提供に至るまで、幅広いサポートを提供しています。また、
日本語の無料レッスンも行っています。

■ Support for International Researchers

NIG is committed to support international researchers so thatthey can dedicate themselves to research in a stimulating but yet
unfamiliar environment. New international NIG members will
receive assistance from the Group for Internationalization
Promotion (GIP) with their initial move to Japan – and throughout
their stay at NIG / SOKENDAI. The support offered by GIP
includes help in visa applications, administrative procedures upon
relocation/employment, flat hunting and medical care. GIP will
also provide useful information of the area to enrich your academic
and personal life in Mishima. Free Japanese lessons are offered tothose who wish to learn Japanese language.
For more details, visit GIP web page: https://www.nig.ac.jp/
jimu/soken/GIP/index.html
Please feel free to contact us if you have any questions about
working/studying at NIG / SOKENDAI.
▪ GIP Help Desk Coordinator (General Affairs /Education Team):

MIURA, Chikako

cmiura@nig.ac.jp▪ Chair of Internationalization Promotion Committee:

Professor AKASHI, Hiroshi

Hosting Foreign Scientists

外国人研究者の受け入れ

hiakashi@nig.ac.jp

Name / Subject title / Affiliation

氏名／研究課題／所属

博士研究員

Characterization of biodiversity and species variation in genus Oryza.

Plant Genetics Laboratory
植物遺伝研究室

Postdoc 博士研究員

Reception and quality control of the massive submissions at DDBJ.

DDBJ Center
DDBJセンター

Postdoc 博士研究員
智ZHOU, Zhi 周マウス雄性生殖細胞特異的因子 Nanos2 の標的 RNA の同定と機能解析

Identification of target genes of Nanos 2 in germ cell.

Mammalian Development Laboratory
発生工学研究室

Analysis of RNA-binding proteins promoting germ-cell development in rice.

Experimental Farm実験圃場

Study on asymmetric cell division in C. elegans.

Multicellular Organization Laboratory
多細胞構築研究室

Study of neuronal circuit formation in the mouse brain.

Division of Neurogenetics
形質遺伝研究部門

Analysis of lipid spectra and international coordination.

Laboratory of Biological Networks
生命ネットワーク研究室

Functional analyses of common diseases using three dimensional chromatin structure.

Division of Human Genetics
人類遺伝研究部門

Postdoc

SHENTON, Matthew Richard
LEE, KyungBum 李 慶範

Postdoc

博士研究員
華

Postdoc 博士研究員
JIN, Yinhua 金 銀華

LUO, Wenshu雯姝

Postdoc 博士研究員
LI, Donghan 李 東晗Researcher

研究員

DDBJ における塩基配列大量登録情報の受入対応と高水準化

イネの生殖細胞発生に関わるRNA 結合蛋白質の解析

LIU, Hua 劉Postdoc 博士研究員

イネ属の多様性および種間変異の調査解析

AHMADLOO, Somayeh

線虫の非対称分裂機構の研究

マウス脳の神経回路構築機構の研究

脂質マススペクトルの解析と国際連携

クロマチン高次元構造からの common disease 機能解析

国際交流／ International Activities

69

Activities and Events for Research Promotion
研究を促進するための活動と行事▶ Activities for Research Promotion

研究を促進するための活動

NIG Colloquium
内部交流セミナー

Biological Symposium presented by Dr. Stephen Kowalczykowskiバイオロジカルシンポジウム Dr. Stephen Kowalczykowski 講演■ 内部交流セミナー

研究所内における研究成果を発表し、討論する会で、毎週金曜日に開かれます。教員による発表の他、D5プログレスレポートとして博士課
程５年生の研究紹介の場としても利用されています。
■ バイオロジカルシンポジウム

先端の研究を行っている国内外の研究者を研究所に招き、講演討論を行います。幅広い分野の優れた講演が年間約 55 回行われています。

■ NIG Colloquia

Seminars are held every Friday by researchers at the instituteto discuss their progress during the past year. Presentations are
made not only by faculty, but also by fifth year graduate students
as a part of their D5 Progress Report.
■ Biological Symposia

Biological Symposia are held throughout the year, featuring
distinguished speakers in many areas of biological sciences, fromuniversities and institutions worldwide.

▶ Events

行Open House on April 2, 2016

一般公開 2016 年 4 月 2 日

Public Lecture Presented by Dr. Kurata Nori
公開講演会 倉田のり 教授講演

■ 研究所の一般公開

科学技術週間における行事の一環として、毎年４月上旬に各研究部門の展示や学術講演を行い、研究所の一部を一般に公開しています。
■ 公開講演会

年 1 回、東京地区を中心に本研究所教員を講師として、一般を対象に遺伝学公開講演会を開催しています。
国立遺伝学研究所⃝講演タイトル2015 年度の公開講演会

遺伝研と野生イネとゲノムの研究／倉田のり 教授

細胞と力、そのしなやかで堅牢な応答メカニズム／島本勇太 准教授
私たちの体をつくるバクテリア／仁木宏典 教授

70

事

研究を促進するための活動と行事／ Activities and Events for Research Promotion■ Open House

As one of the events of the Science and Technology Week,
NIG opens its grounds and facilities to the public. Visitors attend
exhibits and special lectures as well as enjoying cherry blossoms
in the campus.
■ Public Lecture

Once every autumn, NIG holds a public lecture in Tokyo,
presented by its faculty.

Cyber Museum of Genetics

https://www.nig.ac.jp/museum/

遺伝学電子博物館

この博物館は、1999 年に国立遺伝学研究所の創立 50 周年を記念して、遺伝学の研究の中身を、わかりやすく、楽しく知っていただけるようにと企画して作ったものです。2009 年、創立 60 周年にあたり、構成を一新するとともに、時代の流れに則した内容を新たに付け加えました。
新聞やニュースなどで、「遺伝子」、「DNA」、「ゲノム」といった言葉が毎日のように流れています。いまや、遺伝学の研究は専門家だけに任せておいてはいけない時代、沢山の方が理解して判断を迫られる時代となっているのです。この「遺伝学電子博物館」では、学生・学校の先生・ジャーナリストだけでなく、科学の研究に興味のある多くの方々に向けて、遺伝学についての正確な情報を提供しています。では、少しだけ中身を紹介しましょう。
■ 遺伝学の歴史 …… メンデルから現代まで

昔から「子は親に似る」ということわざがあるように、親子、兄弟は何となく顔や姿が似ていることは疑う余地がありません。遺伝現象の研究が近代科学として成立したのは、オーストリアの修道院の牧師であったメンデルが重要な遺伝の法則を発見したことから始まります。
■ 進化と遺伝 …… 生きものはどこから来たか

生物種の遺伝学

科学としての進化論は、C. ダーウィンが1859年に『種の起原』を発表したことから始まりました。ダーウィンは遺伝の原理を知りませんでしたので、自然淘汰の機構について充分説明できず大変悩んだようです。1968年、木村資生が提唱した中立説に始まり、分子レベルで進化を考えることが始まりました。
■ 分子遺伝学 …… DNA の視点から生命を考える

1953 年、X 線を使ってDNA の二重らせん構造が発見されました。そこには遺伝情報を正確に子孫に伝え、体のかたちを作り、生命活動を行う精巧な仕組みが秘められていました。近年活発なゲノムプ

ロジェクトについてもご紹介します。

マルチメディア資料館：DNA の複製■ 生物種の遺伝学 …… いろんな生物のゲノム研究

ゲノムプロジェクトにより、生命現象の基本プログラムの詳細な姿を明らかにするための基礎となる「情報」が日々蓄積されています。それらは、ゲノムの構造と密接に関連した生物情報知識ベースとしてコンピュータ化され、バイオサイエンス研究の基盤情報として広く使われているのです。
■ マルチメディア資料館 生物・ザ・ムービー …… ムービーで見る分子の世界

DNA が複製・転写・翻訳される様子を 3D のムービーにしました。RNA ポリメラーゼの専門家と生物・ザ・ムービータンパク質の立体構造の専門家が製作に参加し、分子生物学の正確な知見を踏まえて作られています。
■ クイズ遺伝学 ゲノムアニメ劇場 電脳紙芝居 …… 楽しく遺伝学を知ろう！

ゲノムって何？オーダーメイド医療って？研究者はどんな考え方をしているの？素朴な疑問にクイズやアニメで楽しみながら学べます。狙った遺伝子を破壊できるノックアウト技術を使ったマウスの研究の紹介アニメが新たに追加されました。

ゲノムアニメ劇場

遺伝学電子博物館／ Cyber Museum of Genetics

71国立大学法人 総合研究大学院大学 生命科学研究科

遺伝学専攻

Department of Genetics

SOKENDAI

国立遺伝学研究所（遺伝研）は、総合研究大学院大学（SOKENDAI）生命科学研究科 遺伝学専攻として、大学院生の教育を行っています。遺伝学を中核に多様な分野の研究が集積する優れた環境の元で、幅広い視野をもつ研究者を育成し、次世代の生命科学研究に貢献したいと考えています。5 年一貫制博士課程と3 年間の博士後期課
程の 2 種類の課程があります。5 年一貫制課程の対象者は大学卒業、または、それと同等の資格を有する方；博士後期課程の対象者は修士号取得者、または、それと同等以上の学力があると認められた方です。
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/main-page-top/main-page

National Institute of Genetics (NIG) functions as
the Department of Genetics, SOKENDAI (The
Graduate University for Advanced Studies) and offers
PhD programs in Genetics. Our 5-year program
accepts those with a bachelor’s degree or equivalent.
Those with Master’s degree or similar qualifications
are also eligible to apply to our 3-year program. Our
graduate programs provide interdisciplinary education
with frequent seminars, journal clubs, and workshops
on scientific writing and presentation. Highly qualified
students can receive financial aid. For more
information please visit the web site of our graduate
program.
https://www.nig.ac.jp/nig/phd-program/main-page-top/main-page72

Department of Genetics,
School of Life Science, SOKENDAI
総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻

遺伝研で学びませんか？
▶ SOKENDAI

遺伝学専攻の特色■ 質の高い研究■ High Quality Research

遺伝研は国内外の研究者の共同利用を目的とした研究機関です。

整備されたDNAデータベース、数多くの実験生物系統などの遺伝資源、最先端の共通機器等、生命科学の基礎研究を遂行するための環境が全て揃っています。ここでは、約 40 の研究グループがそれぞれのテー

マに向かって自由に研究活動を展開し、得られた研究成果を世界へと発信しています。論文引用度や科学研究費の採択率がここ数年間
常にトップクラスであることも、当研究所で行われている研究が国際的にみても高水準であることを裏付けています。質の高い研究に支えられた研究主導型の教育は、SOKENDAI・遺伝学専攻で学ぶ大きな利点です。

■ Small Lab Size

■ 少人数教育

遺伝研では、教授も准教授もそれぞれ独立の研究室を組織して研究を行っています。各研究室の構成員は10 人前後と小規模ですので、教員と頻繁な密度の濃い議論が可能です。博士課程の大学院生１人あたりの教員数は 2.08 人であり、大学院大学ならではの非常に恵まれた研究教育環境であるといえます。

United under the term “Genetics”, graduate students at NIG
continue to expand the frontiers of life sciences in molecular and cellbiology, development, neurosciences, evolution, structural biology
and bioinformatics. The quality of NIG research is evident from thefrequent citations of papers published from the institute and the highfunding rates for our grant proposals. NIG houses tremendous
resources for basic research in life sciences, such as the wellestablished DNA database (DDBJ), an extensive collection of naturalvariants and mutant strains of various model organisms, and stateof the art research equipments.

Unlike most other Japanese universities that retain the “pyramid”
lab structure, professors and associate professors organize
independent research groups at NIG. Each group is small; a typicallab consists of fewer than ten people. Thus, the ratio of faculty tostudents is extremely high, an average of 2.08 faculty / student. This
enables the graduate students to have frequent and in-depth
discussions with faculty – something not possible at institutions withan undergraduate program, which must accept several students per
faculty every year, not counting undergraduate students!

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

73

■ 多彩な授業と豊富なセミナー

遺伝学専攻では、生命科学をはじめとする様々な分野について基礎から最先端まで学べます。基礎的知識の教授と議論が中心の授業を併設し、原著論文を批判的に読み、ディスカッションすることを通して「考える力」や「討論する力」を育てることを重視しています。遺伝研で行われる授業だけでなく、遠隔講義システムを活用して他の専攻で実施されている幅広い分野の授業に参加することも可能です。また、英語による口頭発表や論文作成など、成果発表のための実践的技術を身につけるための授業も行っています。遺伝研では、多岐分野にわたるセミナーが頻繁に開催されています。週 1 度の所内演者による内部交流セミナーに加えて、国内外の著名研究者を招いたバイオロジカルシンポジウムが毎週のように開かれ、活発な論議が行われています。セミナー演者と大学院生との昼食会に参加すれば、あこがれの研究者と実際に会って個人的に話をすることができます。

■ 複数教員による教育制度

遺伝学専攻は、「一人一人の大学院生を全教員で指導する」という理念のもとに大学院教育を行っています。もちろん各大学院生はそれぞれ一人の指導教員のもとでその研究グループに所属して研究を行いますが、それを補う形で、複数教員の指導によるユニークな「プログレスレポー

ト制度」を実施しています。この制度は、「各々の学生が選んだ教員が小委員会を組織し、学生の相談にのり助言をおこなう」というものです。

５年一貫制博士課程の１、３年次では、指導教員以外の教員１名との個人面談で研究計画の討論を行い、研究テーマの設定について助言を得ることができます（生命科学プログレスⅠ、Ⅲ）。２、４年次には、それまでの研究内容のレポートを提出し、指導教員以外の４人の教員からなる小委員会に対して口頭で発表を行います（生命科学プログレスⅡ、Ⅳ）。

さらに５年次には、研究所全体での公開のセミナーを行い、聴衆や小委

員会のメンバーと討論します（生命科学プログレスⅤ）。それ以外にも学生は年一回プログレスポスター発表会で研究発表を行います。これらの制度が、研究が行き詰まったときの助けになるのはもちろんですが、様々■ Diverse Courses and Frequent Seminars

The Department of Genetics offers diverse courses aimed atproviding in-depth as well as basic knowledge on various fields oflife sciences. The courses are designed to foster critical thinking
and logical discussion skills. Courses on scientific presentationand scientific writing are also offered. Using a remote lecture
system students can take courses in various disciplines provided
by other departments of SOKENDAI. A large number of seminars
covering various fields of life sciences are held at NIG, including“Biological Symposia” featuring eminent scientists from all over
the world. In addition, members of NIG present their progress
during the past year at weekly “NIG Colloquia”. Graduate students
are invited to lunch with seminar speakers, where students have achance to personally talk with internationally renowned scientists.
Almost all the seminars are given in English, and the graduate
course lectures are also given in English. Knowledge of Japanese
is not required for completing the graduate program and obtaining
PhD degree.
■ Team Teaching

NIG has a policy that “all” faculty members should be involvedin the education of each student. In addition to the thesis advisor (PIof the lab in which the student belongs to) students receive
guidance and support from the “Progress Report Committee”,
whose members are selected by each student from outside theirown research group. This committee meets with the student once
per year (or more often if requested by the student) and gives
advice on the student’s thesis project. In addition, students haveopportunities to present their work every year in poster progresssessions, and have discussions with the committee as well asother faculty and postdoctoral fellows. By providing a friendly andstimulating environment to have in-depth discussions withresearchers in other fields, this program helps students tobroaden their views and to find breakthroughs when research is
not going smoothly. It also gives opportunity to prepare forpresenting seminars at conferences.

な分野の研究者の意見を聞く機会をもつことで、研究者としての視野を広げるのに役立っています。また、英語論文を書くための準備やプレゼ

ンテーションの訓練という意味でも経験を積むことができます。

74

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

■ 研究者間の活発な交流■ Close Network of Research Groups

遺伝研・遺伝学専攻は、研究者間の交流や議論が活発な事で有名です。

各研究室が小規模なこともあり、研究室間の合同セミナーや、共同研究が活発に行われています。大学院生も、他の研究室に出入りして自分に必要な知識や実験手技を学んだりするなど、自由で積極的な交流を行っており、講座制にはない魅力となっています。研究所には、教員や大学院生以外にも、博士研究員、共同利用研究員、外国人招へい研究者等、様々な立場の研究者がいるので、いろいろなレベルでの交流が行われています。このような研究室間の垣根のない交流は、幅広い学際的視野をもつ研究者の育成のために、非常に良い環境であるといえるでしょう。

■ 生命科学リトリート

NIG is famous for active interactions and discussions among
the in-house researchers. Because each research group is small,many groups have joint lab meetings with other labs, andcollaborations between groups are very common. Graduate
students also actively and freely visit other research groups toacquire new techniques and knowledge, which is anotheradvantage of small groups. NIG also hosts various types ofresearchers, such as postdoctoral fellows, collaborative
researchers and visiting scientists from abroad. Interacting andnetworking with researchers with diverse levels and backgrounds
is an ideal way for students to develop broad and balanced views
as mature scientists.
■ Life Science Joint Retreat

総研大の生命科学研究科は、遺伝研を基盤機関とする遺伝学専攻、岡崎の生理研、基生研を基盤機関とする生理科学専攻、基礎生物学専

攻から成り立っています。これら３専攻に葉山の生命共生体進化学専攻

を加えた 4 専攻合同の生命科学リトリートが年１回開催されています。

SOKENDAI houses the largest number of life science facultyin Japan. In addition to the Department of Genetics in Mishima,
the Okazaki area has two departments, the Department of
Physiological Sciences and the Department of Basic Biology, anda fourth department, the Department of Evolutionary Studies andBiosystems, is located in Hayama. These four life science
departments hold a joint retreat every year for scientificinteractions.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI75

▶ Various Aids to Students

学生に対する様々な支援活動

大学院生としての生活は人生の中で決して「楽な」時期ではありません。一人前の研究者と同様に高いレベルの研究成果をあげることを期待されているにもかかわらず、「指導を受けている」学生という身分であるため、仕事をするために授業料を支払わなければなりません。アメリカでは、大学院生の授業料は学部や指導教官が申請するグラントによって負担され、また学生には給与（stipend）が支給されるのが普通ですが、現在の日本の制度では大学院が学生に経済的な援助を与えるシステムは極めて限られています。このような制約の下でも、遺伝学専攻は、学生が「一人前の研究者に育つ」と言う目標を達成するために出来る限りの支援をしようとしています。

NIG and the Department of Genetics conduct various activities to support graduate students and enrich its graduate program.
■ 経済的支援

遺伝学専攻では、大学院生をリサーチアシスタントに採用し、給与を支給しています。額は５年一貫制１、２年次が年額 55 万円、３年次以上が年額 60 万円です。また、日本学生支援機構の奨学金の貸与を希望する
者は、入学後選考のうえ、日本学生支援機構に推薦します。最近の実績
では、希望者全員が奨学金給付を認められています。入学料、授業料については、経済的理由により納付が困難で、かつ学業優秀な者等に対し、入学後選考のうえ、半額免除又は徴収猶予が認められる制度があります。
■ 就職支援活動

在学生や修了生を対象に、「求人情報のメーリングリスト」を作成しています。個々の教員に寄せられるポスドクなどの求人情報が素早く入手できる便利な制度です。遺伝学専攻は、静岡大学博士人材キャリア創造
プログラムと、岡山大学若手研究者キャリア支援センターと協定を結んでおり、企業への就職を希望する学生の相談にも対応します。
■ 海外での学会参加の助成

研究成果をあげ英会話能力を身につけたら、次は国際学会での発表です。遺伝学普及会が若手研究者に対する海外渡航費の助成を行っており、申請が認められれば旅費の援助が受けられます。国際共同研究活動や国際的研究能力育成のための長期間海外派遣で、研究や研修を行う制度もあります。
■ 遺伝研宿舎

遺伝学専攻には学生が入居できる宿舎があります。一人部屋と3 人部屋があり、それぞれに、バス・キッチン・トイレを完備しています（3 人用は共用になります）。
■ 科学発表の授業

研究者にとっては、単に研究能力だけでなくその成果を外に発表する能力も大切です。特に英語で表現・議論する能力は国際的に活躍するためには是非身につけたい能力です。博士号取得までに「英語で理解・議論・表現する力」を獲得できるよう、遺伝学専攻は英語論文書き方講習会や、独自に開発した「遺伝研メソッド」による研究者育成を行っています。詳細は以下 URL をご覧ください。
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/EfS/EfS_2016/OSC_I.html

76■ Financial Aid

Students accepted to the International Graduate Program at
NIG will be nominated as candidates to receive the scholarshipfrom the Japanese government (MEXT fellowship). Third year
students can also apply to a “Research Fellowship for Young
Scientists” grant sponsored by JSPS. Other financial aids are alsoavailable.

■ Aid in Finding a Job

To help our graduates find jobs after obtaining their degrees,
NIG collects recruitment information for positions such as
postdocs and assistant professors and informs the graduate
students and alumni using a web page and a mailing list. The
Department of Genetics has agreements with two external
programs that support career development of students in PhD
courses.

■ Travel Funds

Once you have obtained interesting results and polished yourpresentation skills, it’s time to show them off at international
meetings. Indeed, many NIG graduate students have been
selected to present their work as oral presentations at prestigious
international conferences. NIG students are eligible to apply toseveral travel funds to cover the costs of attending international
conferences.

■ NIG Dormitory

The NIG dormitories are available for students. There are two
options: Private Unit and Shared Unit (residents will be provided
their own rooms).

■ Courses on Scientific Writing and Presentation

Scientist must not only make new discoveries, but also
communicate new findings effectively to others. The ability topresent and discuss science in English is thus an essential skill
that must be learned within your graduate career. The Departmentof Genetics offers many courses and workshops on scientificwriting and presentation, including a special scientist training
program called “NIG Method”. For details please take a look at
the following URLs:
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/courses/EfS/EfS_2016/OSC_I.html

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI▶ Research Internship

体験入学プログラム■ 学部学生のための遺伝研体験プログラム■ Undergraduate Research Internships at NIG

遺伝研では学部学生のための「体験入学プログ

NIG offers a 4-week undergraduate research internship program for international
students who wish to gain experience in scientific lab work. Each intern will join
ongoing research projects in a world class research group, and will be provided withlatitude as well as responsibility to conduct “real” research, i.e. something that no one
in the world has done before. Interns also participate in various Departmental
activities, such as lectures for our graduate students, journal clubs, and seminars byoutstanding researchers in and out of NIG. Japanese lessons are also available.
Stipend will be provided to cover travel and living expenses. If you want to find out
what it is like to do research, this is the best way to spend a summer.
https://www.nig.ac.jp/jimu/soken/intern/index.html

ラム」を実施しています。１週間程度、遺伝研の宿

泊施設に泊まり込み、実験、セミナー参加など、たくさんのプログラムで遺伝研の研究生活を実体験することができます。旅費・宿泊費は遺伝研から支給されます。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/phd-program/taiken▶ Graduate Education at NIG

大学院進学を考えている人へ

遺伝学専攻の大学院教育は、「自立した研究者」の育成を目指しています。しかし、この目標は優れた研究環境や充実した指導体制だけで達成できるわけではありません。大学院生が各自、何を研究したいのか目

的意識をきちんと持ち、自ら積極的に行動することが必要です。遺伝学専攻に興味を持たれた方は、まずは興味をもつ研究室の教員に直接連絡を取ってみてください。下記は遺伝学専攻生とその発表論文の一例でEducating future generations of scientists is central to themission of NIG. Our graduate program provides many
opportunities for students to gain scientific knowledge andprofessional skills. We look forward to your active participation in
the program. Below is an example of a first-authored recent
publication by a NIG graduate student.

す。

Lineage specific conserved noncoding sequences of plant genomes: their possible role in nucleosome positioning.
Hettiarachchi, N., Kryukov, K., Sumiyama, K., and Saitou, N. (2014). Genome Biol Evol, 6, 2527-2542.
Nadeeka Nilmini Hettiarachchi（2016.3修了）

最新の技術が整っている遺伝研では、学生が自分たちの夢を実現することができます。

▶ Programs to Host Researchers

HETTIARACHCHI, Nilmini Nadeeka (Graduated in March 2016)

NIG is a facility with up to date technology where students canrealize their goals in research.

遺伝研で研究しよう

遺伝研は、他大学の大学院生の教育にも貢献しています。 遺伝学またはこれに関連する学問分野を専攻している大学院生（修士・博士課程）
であれば、「特別共同利用研究員」として遺伝研で研究することが可能です。授業料などの費用はかかりません。そのほか、企業に所属しながら遺伝研で研究する「受託研究員」制度や、大学卒業の資格で遺伝研で研究する「遺伝研研究生」の制度もあります。詳細は以下 URL をご覧ください。

https://www.nig.ac.jp/nig/ja/about-nig/how-to

NIG accepts students who belong to other graduate
programs (master’s course or doctor’s course) and provides
research environment at the Institute. NIG also offers ample
opportunity for post-graduate education and international
exchanges. In addition to institutionally-funded postdoc positions (NIG
postdoctral fellow), one can also work at NIG through externallyfunded postdoc grants (MEXT and JSPS Programs) or grants toindividual laboratory. In addition, NIG welcomes sabbatical staysof foreign faculty. Please contact your proposed mentor/host/hostess for details on the programs.

総合研究大学院大学 生命科学研究科 遺伝学専攻／ Department of Genetics, School of Life Science, SOKENDAI

77

NIG Data
遺伝研データManagement運

営（2016 年 4 月 1 日現在）

運営会議 Advisory Committee
研究所の運営に関する重要事項その他共同研究計画に関する事項で、所長が必要と認めるものについて、所長の諮問に応じる。
The Advisory Committee gives advice to the Director-General on administrative affairs including joint research programs.
漆原秀子

筑波大学名誉教授
URUSHIHARA, Hideko Professor Emeritus, University of Tsukuba

舘田英典

九州大学大学院理学研究院教授

黒田真也

東京大学大学院理学系研究科教授

西田栄介

京都大学大学院生命科学研究科教授

篠崎一雄

理化学研究所環境資源科学研究センター長

花岡文雄

東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

松崎文雄

MATSUZAKI, Fumio

Team Leader, Center for Developmental Biology, RIKEN

東北大学大学院生命科学研究科教授

森川耿右

㈶国際高等研究所チーフリサーチフェロー

KURODA, Sinya
SHINOZAKI, Kazuo

菅野純夫

SUGANO, Sumio

杉本亜砂子

SUGIMOTO, Asako

TACHIDA, Hidenori
NISHIDA, Eisuke

Professor, Graduate School of Sciences, The University of TokyoHANAOKA, Fumio

Director, Center for Sustainable Resource Science, RIKEN

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of TokyoMORIKAWA, Kousuke

Professor, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

Professor, Graduate School of Biostudies, Kyoto University

筑波大学生命領域学際研究センター長

Research Director, Life Science Center of Tsukuba Advanced Research Alliance理化学研究所多細胞システム形成研究センターチームリーダー

Chief Research Fellow, International Institute for Advanced Studies（所外委員）

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

川上浩一

KAWAKAMI, Koichi

斎藤成也

SAITOU, Naruya

副所長

角谷徹仁

副所長

相賀裕美子

個体遺伝研究系研究主幹

仁木宏典

NIKI, Hironori

Head, Genetic Strains Research Center

集団遺伝研究系研究主幹

澤構造遺伝学研究センター長

KAKUTANI, Tetsuji

Vice-Director

SAGA, YumikoVice-Director
Head, Department of Developmental Genetics
Head, Department of Population Genetics

斉

SAWA, Hitoshi

総合遺伝研究系研究主幹

大久保公策

新分野創造センター長岩里琢治

系統生物研究センター長

前島一博

Head, Department of Integrated Genetics

OKUBO, Kousaku
IWASATO, Takuji

Head, Center for Frontier Research

MAESHIMA, Kazuhiro

生命情報研究センター長

Head, Center for Information Biology

個体遺伝研究系教授

Professor, Department of Developmental Genetics

構造遺伝学研究センター教授

Professor, Structural Biology Center（所内委員）

Head, Structural Biology Center

アドバイザリーボード Advisory Board
研究所に係る重要事項について、所長又は運営会議の求めに応じ助言を行う。
The board members give advice to the Director-General and/or the Advisory Committee regarding the principles and policies of the institute.
大隅良典

東京工業大学栄誉教授

OHSUMI, Yoshinori

Honorary Professor, Tokyo Institute of Technology

榊

東京大学名誉教授

佳之

SAKAKI, Yoshiyuki

Professor Emeritus, The University of Tokyo

竹市雅俊

理化学研究所多細胞システム形成研究センター特別顧問

TAKEICHI, Masatoshi

WIESCHAUS, Eric Professor, Princeton University
SULSTON, John

Chair, Institute for Science, Ethics and Innovation, The University of Manchester

HUNT, Tim

Emeritus Group Leader, The Francis Crick InstituteSenior Advisor, Center for Developmental Biology, RIKEN

総合企画会議 Council for Strategy Planning and Coordination
所長の指揮の下、研究所の運営に関する基本方針の企画立案等を行うとともに、機構本部と連携する。
Under the Director-General’s supervision, the Council makes basic plans and policies on NIG management in addition to coordinating with ROIS
headquarters.
城石俊彦

研究企画担当SHIROISHI, Toshihiko

Research Planning

荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

仁木宏典

NIKI, Hironori

広海

健

情報・システム研究機構
戦略企画会議担当

城石俊彦

女性研究者活動支援室担当
Office of Female Researcher
Development

ROIS Strategic Planning Committee SHIROISHI, Toshihiko

評価担当

HIRATA, Tatsumi

中村保一

Evaluation

NAKAMURA, Yasukazu

知財担当

鈴木睦昭

Intellectual Property

平田たつみ

SUZUKI, Mutsuaki

HIROMI, Yasushi

運営会議共同利用委員会

Inter-University Collaboration Committee（委員長）Chair
北川大樹

KITAGAWA, Daiju（所内委員）NIG members
分子遺伝研究系教授

Professor, Department of Molecular Genetics（所外委員）Non-NIG members
舘田英典

九州大学大学院理学研究院教授

松崎文雄

理化学研究所多細胞システム形成研究センターチームリーダー

TACHIDA, Hidenori
MATSUZAKI, Fumio

菅野純夫

SUGANO, Sumio

Professor, Faculty of Sciences, Kyusyu University

Team Leader, Center for Developmental Biology, RIKEN東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

北川大樹

KITAGAWA, Daiju

角谷徹仁

KAKUTANI, Tetsuji

城石俊彦

SHIROISHI, Toshihiko

相賀裕美子

SAGA, Yumiko

分子遺伝研究系教授

Professor, Department of Molecular Genetics

総合遺伝研究系教授

Professor, Department of Integrated Genetics

系統生物研究センター教授

Professor, Genetic Strains Research Center

系統生物研究センター教授

Professor, Genetic Strains Research Center

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo運

営／ Management

79各種／個別委員会

委員長

将来計画委員会

城石俊彦

図書委員会
Library

KITANO, Jun

予算委員会
Budget荒木弘之

ARAKI, Hiroyuki

セミナー委員会

施設整備委員会

仁木宏典

事業委員会
NIG Projects

MAESHIMA, Kazuhiro

共通機器委員会

川上浩一

広報委員会
Publicity

木村

KIMURA, Akatsuki

電子計算機委員会

有田正規

知的財産委員会

前島一博

SHIROISHI, Toshihiko

Future Planning

Seminar

NIKI, Hironori

Facility Management

KAWAKAMI, Koichi

Common Equipment

ARITA, MasanoriComputerIntellectual Property

北野潤

遺伝学博物館委員会

斎藤成也

宮城島進也

国際化推進委員会

明石

前島一博

博士研究員選考委員会

角谷徹仁

ヒトゲノム・遺伝子解析
研究倫理審査委員会

大久保公策

安全衛生委員会

井ノ上逸朗

利益相反委員会

所長

DNA データ研究利用委員会

高木利久

MIYAGISHIMA, Shin-ya

荒木弘之

マウス小委員会

城石俊彦

遺伝子組換え実験安全委員会

井ノ上逸朗

イネ小委員会佐藤

Recombinant Experiments

INOUE, Ituro

Rice Bioresource

Internationalization
PD Selection

SHIROISHI, Toshihiko

豊

SATO, Yutaka

Safety & Health

城石俊彦

大腸菌小委員会

仁木宏典

防火・防災管理委員会

General Manager

ハラスメント防止・対策委員会

副所長

Conflict of Interests

Fire & Disaster Prevention

管理部長

生物遺伝資源委員会

生物遺伝資源センター長人を対象とする研究倫理審査委員会

大久保公策

DNA Database Advisory

SHIROISHI, Toshihiko

E. Coli Bioresource
Harassment Prevention

Head, Genetic Resource Center

Genetic Resources（2015 年度委員）

DNA データ研究利用委員会

所外委員

玲

Associate Professor, Institute for Protein Research, Osaka University

黒川顕

東京工業大学大学院地球生命研究所教授

潤一

HOSHI, Jun-ichi

長洲毅志
NAGASU, Takeshi

松本隆

MATSUMOTO, Takashi

服部正平

大阪大学蛋白質研究所准教授

Professor, Earth-LifeScience Institute,Tokyo Institute of Technology

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター企画運
営室長
Director, Department of Planninng and management, NBDC Japan
Science and Technology Agency

稲葉一男

INABA, Kazuo

運

宮野

悟

MIYANO, Satoru

Chief Senior Researcher, Center for Public Health Informatics, National
Institute of Public Health

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science,
The University of Tokyo

理化学研究所バイオリソースセンター情報解析技術室室長

MUTO, Kaori

FUKAMI-KOBAYASHI, Kaoru

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター教授

Professor, Human Genome Center, Institute of Medical Science,
The University of Tokyo東京大学大学院新領域創成科学研究科教授

Head, Bioresource Information Division, RIKEN BioResource Center

Senior Director, Biological Resource Center, National Institute ofTechnology and Evaluation

所外委員

Recombinant Experiments Committee (Non-NIG members)

静岡県立静岡がんセンター研究所免疫治療研究部部長

小田司

ODA, Tsukasa

日本大学法学部教授

Professor, School of Law, Nihon University

Animal Experiments Committee (Non-NIG members)

静岡大学理学部教授

Professor, Faculty of Science, Shizuoka University

生物遺伝資源委員会

純

国立保健医療科学院研究情報支援研究センター上席主任研究官

薫

所外委員

ABE, Jun

洋

MIZUSHIMA, Hiroshi

深海

早稲田大学理工学術院先進理工学研究科教授

動物実験委員会

阿部水島

Professor, Tokyo Institute of Technology Global Scientific Information andComputing Center

Professor, Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo

Chief, Immunotherapy Division, Shizuoka Cancer Center ResearchInstitute

良東京工業大学学術国際情報センター教授

純夫

AKIYAMA, Yasuto

AKASHI, Ryo

聡

MATSUOKA, Satoshi

SUGANO, Sumio

遺伝子組換え実験安全委員会

明石

松岡

菅野

Director, Agrogenomics Research Center, National Institute ofAgrobiological Sciences

製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター上席参事官

SHIOJIRI, Nobuyoshi

TAKAGI, Toshihisa

農業生物資源研究所農業生物先端ゲノム研究センターセンター長

藤田信之

塩尻信義

Director-General

武藤香織

Research Supervisor, Database Integration Coordination Program, NBDCJapan Science and Technology Agency

Professor, Graduate School of Advanced Science and Engineering,
Faculty of Science and Engineering, Waseda University

秋山靖人

Vice-Director

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター統合化推進プログラム研究総括

HATTORI, Masahira

FUJITA, Nobuyuki

NIKI, Hironori

INOUE, Ituro

DNA Database Advisory Committee (Non-NIG members)

KINJO, Akira

星

KAKUTANI, Tetsuji

Ethics of Research Involving Human Subject OKUBO, Kosaku

金城

KUROKAWA, Ken

裕

AKASHI, Hiroshi

Ethics of Human Genome Research OKUBO, Kosaku

動物実験委員会

Animal Experiment

SAITOU, Naruya

MAESHIMA, Kazuhiro

ARAKI, Hiroyuki

Mouse Bioresource

Museum of Genetics

暁

RI Safety

放射線安全委員会

80

NIG Committees (Chair)

所外委員

Genetic Resources Committee (Non-NIG members)

宮崎大学農学部畜産草地科学科教授

江面

北海道大学大学院農学研究院教授

大熊盛也

筑波大学下田臨海実験センター長

小笠原直毅

Professor, Department of Animal and Grassland Science, Miyazaki
University

Professor, Research Faculty of Agriculture, Hokkaido University
Director, Shimoda Marine Research Center, University of Tsukuba

営／ Management

浩

EZURA, Hiroshi

OHKUMA, Moriya

OGASAWARA, Naotake

筑波大学生命環境系教授

Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences, University ofTsukuba

理化学研究所バイオリソースセンター微生物材料開発室長

Head, Microbe Division, RIKEN BioResource Center

奈良先端科学技術大学院大学長

President, Nara Institute of Science and Technology

Management
岡田清孝

OKADA, Kiyotaka

Executive Director, National Institutes of Natural Sciences

自然科学研究機構理事

中村太郎

岡本

理化学研究所脳科学総合研究センター副センター長

中村幸夫

理化学研究所バイオリソースセンター長

長村登紀子

東京大学大学院薬学研究科・薬学部准教授

那須田周平

仁

OKAMOTO, Hitoshi

小幡裕一

OBATA, Yuichi

折原裕

Deputy Director, RIKEN Brain Science Institute

Director, RIKEN BioResource Center

ORIHARA, Yutaka

Associtate Professor, Graduate School of Pharmaceutical Sciences,
Faculty of Pharmaceutical Sciences, The University of Tokyo

柏木昭彦

広島大学大学院理学研究科附属両生類研究施設特任教授

NAKAMURA, Taro
NAKAMURA, Yukio

NAGAMURA, Tokiko

運

大阪市立大学大学院理学研究科教授

Professor, Graduate School of Science, Osaka City University

理化学研究所バイオリソースセンター細胞材料開発室長

Head, Cell Engineering Division, RIKEN BioResource Center

東京大学医科学研究所准教授

Associate Professor, Institute of Medical Science, The University of Tokyo

京都大学大学院農学研究科准教授

NASUDA, Shuhei

Associate Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

成瀬

自然科学研究機構基礎生物学研究所進化多様性生物学領域准教
授

清KASHIWAGI, Akihiko

Specially Appointed Professor, Institute for Amphibian Biology, Graduate
School of Science, Hiroshima University

NARUSE, Kiyoshi

金子嘉信

Associate Professor, Evolutionary Biology and Biodiversity, National
Institute for Basic Biology

大阪大学大学院工学研究科寄付講座教授

南部篤

自然科学研究機構生理学研究所統合生理研究系教授

河地正伸

国立環境研究所生物・生態系環境研究センター生物資源保存研
究推進室長

西尾

剛

KANEKO, Yoshinobu

KAWACHI, Masanobu

草場

信

KUSABA, Makoto

庫本高志

KURAMOTO, Takashi

桑山秀一

KUWAYAMA, Hidekazu

小林正智

Endowed Chair Professor, Graduate School of Engineering, Osaka
University

NAMBU, Atsushi

NISHIO, Takeshi

Professor, Department of Integrative Physiology, National Institute forPhyslogical Sciences

東北大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agricultural Science, Tohoku University

Head, Biodiversity Resource Conservation Section, Center for
Environmental Biology and Ecosystem Studies, National Institute forEnvironmental Studies

仁田坂英二

広島大学大学院理学研究科附属植物遺伝子保管実験施設長

仁藤伸昌

NITO, Nobumasa

Director, Regional Exchange Center, Faculty of Biology-Oriented Scienceand Technology, Kinki University

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設准教授

根本博

農業生物資源研究所遺伝資源センター長

筑波大学生命環境系准教授

伴野

BANNO, Yutaka

豊Associate Professor, Graduate School of Bio Resources andBioenvironmental Science, Kyushu University

Director, Laboratory of Plant Chromosome and Gene Stock, Graduate
School of Science, Hiroshima University
Associate Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of
Medicine, Kyoto Universiry
Associate Professor, Faculty of Life and Environmental Sciences,
University of Tsukuba

NITASAKA, Eiji

NEMOTO, Hiroshi

九州大学大学院理学研究院講師

Lecturer, Graduate School of Science, Kyushu University

近畿大学生物理工学部地域交流センター長

Director, Genetic Resources Center, National Institute of Agrobiological
Sciences

九州大学大学院農学研究院准教授

KOBAYASHI, Masatomo

Head, Experimental Plant Division, RIKEN BioResource Center

理化学研究所バイオリソースセンター実験植物開発室長

平井啓久

京都大学霊長類研究所長

小原有弘

医薬基盤・健康・栄養研究所難病・疾患資源研究部培養資源研
究室研究リーダー

深海

理化学研究所バイオリソースセンター情報解析技術室長

KOHARA, Arihiro

酒泉

満Research Leader, Department of Disease Bioresources Research,
National Institute of Biomedical Innovation, Health and Nutrition

新潟大学自然科学系教授

SAKAIZUMI, Mitsuru

Professor, Faculty of Science, Niigata University

佐藤和広

岡山大学資源植物科学研究所附属大麦・野生植物資源研究セン
ター教授

SATO, Kazuhiro

末盛博文

Professor, Barley and Wild Plant Resource Center, Research Institute for
Bioresources, Okayama University

京都大学再生医科学研究所准教授

SUEMORI, Hirofumi

Associate Professor, Institute for Frontier Medical Sciences, Kyoto
University

高野敏行

京都工芸繊維大学昆虫先端研究推進センターショウジョウバエ遺伝資源研究部門教授

TAKANO, Toshiyuki

Professor, Department of Drosophila Genomics and Genetic Resources,
Kyoto Institute of Technology

中潟直己

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

中川恭好

製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター生物資源利用促進課寄託・分譲推進室長

NAKAGATA, Naomi

Professor, Division of Reproductive Engineering, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University

NAKAGAWA, Yasuyoshi

Director, Culture Collection Division, Biological Resource Center, National
Institute of Technology and Evaluation中桐

鳥取大学農学部附属菌類きのこ遺伝資源研究センター長昭NAKAGIRI, Akira

マウス小委員会
荒木喜美

ARAKI, Kimi

小幡裕一

OBATA, Yuichi

庫本高志

Director, Fungus/Mushroom Resource and Research Center, Faculty ofAgriculture, Tottori University

所外委員

薫

FUKAMI-KOBAYASHI, Kaoru

福田裕穂

FUKUDA, Hiroo

藤島政博

Director, Primate Research Institute, Kyoto University

Head, Bioresource Information Division, RIKEN BioResource Center

東京大学大学院理学系研究科教授

Professor, Graduate School of Science, The University of Tokyo

山口大学大学院理工学研究科教授

FUJISHIMA, Masahiro

Professor, Graduate School of Science and Engineering, Yamaguchi
University

松居靖久

東北大学加齢医学研究所附属医用細胞資源センター教授

松浦啓一

国立科学博物館名誉研究員

松田洋一

名古屋大学大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研
究センター長MATSUI, Yasuhisa
MATSUURA, Keiichi

MATSUDA, Yoichi

三谷昌平

Professor, Institute of Development, Aging and Cancer, Tohoku University
Curator Emeritus, National Museum of Nature and Science

Director, Avian Bioscience Research Center, Graduate School of
Bioagricultural Sciences, Nagoya University

東京女子医科大学医学部第二生理学教室主任教授

MITANI, Shohei

Head Professor, Department of Physiology, School of Medicine, Tokyo
Women’s Medical University

森

名古屋大学大学院理学研究科教授

郁恵

MORI, Ikue

矢口貴志

YAGUCHI, Takashi

吉木

淳

YOSHIKI, Atsushi

Professor, Graduate School of Science, Nagoya University

千葉大学真菌医学研究センターバイオリソース管理室長

Head, Management Unit, Medical Mycology Research Center, Chiba
University

理化学研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Center

熊本大学生命資源研究・支援センター疾患モデル分野教授

林元展人

HAYASHIMOTO, Nobuhito

Director, ICLAS Monitoring Center Central Institute for Experimental
Animals

理化学研究所バイオリソースセンター長

松田潤一郎

京都大学大学院医学研究科附属動物実験施設准教授

MATSUDA, Junichiro

医薬基盤・健康・栄養研究所難病 ･ 疾患資源研究部疾患モデル
小動物研究室研究リーダー

Professor, Division of Developmental Genetics, Institute of Resource
Development and Analysis, Kumamoto University
Director, RIKEN BioResource Center

Associate Professor, Institute of Laboratory Animals, Graduate School of
Medicine, Kyoto Universiry

木南

新潟大学医学部名誉教授

KOMINAMI, Ryo

Professor Emeritus, School of Medical Science, Niigata University

中潟直己

熊本大学生命資源研究・支援センター資源開発分野教授

NAKAGATA, Naomi

HIRAI, Hirohisa

Mouse Bioresource Committee (Non-NIG members)

KURAMOTO, Takashi

凌営

Professor, Institute of Resource Development and Analysis, Division of
Reproductive Engineering, Kumamoto University

八神健一

YAGAMI, Ken-ichi

吉木淳

YOSHIKI, Atsushi

米川博通

YONEKAWA, Hiromichi

実験動物中央研究所 ICLAS モニタリングセンター長

Research Leader, Laboratory of Experimental Animal Models and Experimental Animals
Resource Bank, National Institute of Biomedical Innovation, Health and Nutrition

筑波大学医学医療系教授

Professor, Faculty of Medicine, University of Tsukuba

理化学研究所バイオリソースセンター実験動物開発室長

Head, Experimental Animal Division, RIKEN BioResource Center

東京都医学総合研究所シニア研究員

Senior Researcher, Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science

運営／ Management

81Management
イネ小委員会

所外委員

芦苅基行

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

熊丸敏博

九州大学大学院農学研究院准教授

石川隆二

弘前大学農学生命科学部教授

土井一行

名古屋大学大学院生命農学研究科准教授

ISHIKAWA, Ryuji

Professor, Faculty of Agriculture and Life Science, Hirosaki University

江花薫子

農業生物資源研究所主任研究員

Principal Researcher, National Institute of Agrobiological Sciences

奥本

OKUMOTO, Yutaka

裕Professor, Graduate School of Agriculture, Kyoto University

川崎努

近畿大学農学部バイオサイエンス学科教授

京都大学大学院農学研究科教授

KAWASAKI, Tsutomu

Professor, Graduate School of Agriculture, Kinki University

河瀬眞琴

筑波大学生命環境系教授

KAWASE, Makoto

北野英己

Professor, Faculty of Life and Enviromental Sciences, University ofTsukuba

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

大腸菌小委員会

所外委員

饗場弘二

鈴鹿医療科学大学薬学部教授

秋山芳展

京都大学ウイルス研究所教授

板谷光泰

慶應義塾大学環境情報学部教授

AKIYAMA, Yoshinori

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Suzuka University of
Medical Science

Professor, Institute for Virus Research, Kyoto University

伊藤維昭

京都産業大学研究機構シニアリサーチフェロー

ITO, Koreaki

Senior Research Fellow, Research Organization, Kyoto Sangyo University

小笠原直毅

奈良先端科学技術大学院大学長

OGASAWARA, Naotake

President, Nara Institute of Science and Technology

小倉光雄

東海大学海洋研究所海洋生物センター教授

片山

九州大学大学院薬学研究院教授

Professor, Faculty of Pharmaceutical Sciences, Kyushu University

AOKI, Hisanao

小田

司

横井修司

大阪府立大学生命環境科学研究科教授

吉村

淳

YOSHIMURA, Atsushi

佐藤勉

SATO, Tsutomu

関根靖彦
田中

寛

戸邉

亨

TANAKA, Kan

TOBE, Toru

林哲也

法政大学生命科学部教授

YAGUCHI, Takashi

吉川博文

YOSHIKAWA, Hirofumi

吉田健一

YOSHIDA, Ken-ichi

所外委員

日本大学名誉教授

小林設郎

KOBAYASHI, Setsuro

Emeritus Professor, Nihon University

野口基子

黒澤健司

神奈川県立こども医療センター部長

渡邉妙子

司

NOGUCHI, Motoko
WATANABE, Taeko

Director, Kanagawa Children’s Medical Center

ヒトゲノム・遺伝子解析研究倫理審査委員会

小田

所外委員

日本大学名誉教授

小林設郎

Emeritus Professor, Nihon University

KOBAYASHI, Setsuro

Professor, School of Law, Nihon University

日本大学法学部教授

野口基子

黒澤健司

神奈川県立こども医療センター部長

渡邉妙子

利益相反委員会

所外委員

瀬戸

篤

SETO, Atsushi

運

九州大学大学院農学研究院教授

Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

法政大学生命科学部教授

Professor, Faculty of Bioscience and Applied Chemistry, Hosei University

立教大学理学部教授

Professor, Department of Life Science, Rikkyo University

東京工業大学資源化学研究所教授

Professor, Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo
Institute of Technology

大阪大学大学院医学系研究科教授

Professor, Graduate School of Medicine, Osaka University

九州大学大学院医学研究院教授

Professor, Faculty of Medical Sceineces, Kyushu University

千葉大学真菌医学研究センター准教授

Associate professor, Medical Mycology Research Center, Chiba University

東京農業大学応用生物科学部教授

Professor, Faculty of Applied Bio-Science, Tokyo University of Agriculture

神戸大学大学院農学研究科教授

Professor, Graduate School of Agricultural Science, Kobe University

Director, Kanagawa Children’s Medical Center

Professor, Graduate School of Commerce, Otaru University of Commerce

営／ Management

NOGUCHI, Motoko
WATANABE, Taeko

Conflict of Interests Committee (Non-NIG members)

小樽商科大学大学院商学研究科教授

静岡県立三島北高等学校教諭

Teacher, Mishima Kita High School

静岡大学非常勤講師

Part-time Lecturer, Shizuoka University

佐野美術館館長

Curator, Sano Art Museum

Ethics of Human Genome Research Committee (Non-NIG members)

ODA, Tsukasa
KUROSAWA, Kenji

Professor, Graduate School of Life and Enviromental Sciences, Osaka
Prefecture University

Ethics of Research Involving Human Subject Committee (Non- NIG members)

日本大学法学部教授

AOKI, Hisanao

九州大学大学院農学研究院准教授

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

Professor, School of Law, Nihon University

青木久尚

名古屋大学生物機能開発利用研究センター教授

Professor, Bioscience and Biotechnology Center, Nagoya University

YASUI, Hideshi

ODA, Tsukasa
KUROSAWA, Kenji82

秀Associate Professor, Graduate School of Bioagricultural Sciences,
Nagoya University

Professor, Faculty of Bioscience and Applied Chemistry, Hosei University

人を対象とする研究倫理審査委員会
青木久尚

安井

矢口貴志

Professor, Institute of Oceanic Research and Development, Tokai
University

KAWAGISHI, Ikuro

信

MATSUOKA, Makoto

HAYASHI, Tetsuya

OGURA, Mitsuo

川岸郁朗

松岡

SEKINE, Yasuhiko

Professor, Faculty of Environment and Information Studies, Keio
University

勉

DOI, Kazuyuki

Associate Professor, Faculty of Agriculture, Kyushu University

E. Coli Bioresource Committee (Non-NIG members)

ITAYA, Mitsuhiro

KATAYAMA, Tsutomu

KUMAMARU, Toshihiro

YOKOI, Shuji

KITANO, Hidemi

AIBA, Hiroji

営

Rice Bioresource Committee (Non-NIG members)

ASHIKARI, Motoyuki

EBANA, Kaworu

運

静岡県立三島北高等学校教諭

Teacher, Mishima Kita High School

静岡大学非常勤講師

Part-time Lecturer, Shizuoka University

佐野美術館館長

Curator, Sano Art Museum

Research Staff and Students of NIG（2016 年 4 月 1 日現在）



所

長

副所長
副所長

桂

Vice-Director

荒木弘之

Vice-Director

Head▪中心体生物学研究部門
授

博士研究員

日本学術振興会
特別研究員
日本学術振興会
特別研究員

総研大 D5

総研大 D4
総研大 D4


北川大樹
白土

太田

玄

緑

授

博士研究員
研究員
研究員

土屋裕樹

D5 Student SOKENDAI TSUCHIYA, Yuki

渡辺紘己

鐘巻将人

夏目豊彰

水口明美
鎌田福美

▪微生物遺伝研究部門
授

助

教

助

教

博士研究員


日詰光治
矢倉

勝

▪共生細胞進化研究部門
教

授

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
総研大 D4
総研大 D1

宮城島進也
藤原崇之

墨谷暢子

廣岡俊亮
恵良厚子
大沼

亮

大林龍胆

授

助

教

博士研究員
博士研究員

授

助

教



MIZUGUCHI, Akemi

助教

Researcher

KAMADA, Fukumi

総研大 D5D5 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

KANEHARA, Yoshiki

総研大 D3

HIZUME, Kohji
YAGURA, Masaru

教

授

助

教

博士研究員

日本学術振興会
特別研究員
日本学術振興会
特別研究員

総研大 D5



水野秀信

香取将太
雯姝

ミシュラ，ネハ

北野

KAKIOKA, Ryo

伊藤文博

D5 Student SOKENDAI ITO, Fumihiro

安齋

助

教

ERA, Atsuko

博士研究員

Postdoc

ONUMA, Ryo

博士研究員

Postdoc

OHBAYASHI, Ryudo

研究員

NAKAZAWA, Shingo

カンダサーミ，ラーマサーミ D2 Student SOKENDAI KANDASAMY, Ramasamy

JSPS Research Fellow ANSAI, Satoshi

Head

KAKUTANI, Tetsuji

Division of Human Genetics

井ノ上逸朗
中岡博史

木村哲晃
早野崇英

Prof.

富山哲朗

INOUE, Ituro

Assist. Prof.

NAKAOKA, Hirofumi

Postdoc

KIMURA, Tetsuaki

Postdoc

HAYANO, Takahide

アーマッドルー，ソマイェ Researcher

AHMADLOO, Somayeh

D5 Student SOKENDAI TOMIYAMA, Tetsuro

オマル，ワリード フセイン D5 Student SOKENDAI OMER, Waleed Hussein

総研大 D4

ロメロ，バネッサ D4 Student SOKENDAI ROMERO, Vanessa

総研大 D4

秦総研大 D4（学振特別研究員） 伊東潤平

千比呂

▪育種遺伝研究部門

LUO, Wenshu

賢

研究主幹（兼） 角谷徹仁

HIROOKA, Shunsuke

Postdoc諒Department of Integrated Genetics

Postdoc

D4 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

Division of Ecological Genetics

潤

Postdoc

Postdoc

KATORI, Shota

D5 Student SOKENDAI MISHRA, Neha

JSPS Research Fellow YOSHIDA, Kohta

SUMIYA, Nobuko

Postdoc

MATSUMOTO, Tomotaka

吉田恒太

柿岡

授

MIZUNO, Hidenobu

AKASHI, Hiroshi

石川麻乃

教

Assist. Prof.

Prof.
Assist. Prof.

KITANO, Jun▪人類遺伝研究部門

IWASATO, Takuji

Special joint researcher MAHMOUDISABER, Morteza

ISHIKAWA, Asano

FUJIWARA, Takayuki

Prof.

SAITOU, Naruya
JINAM, Timothy A.

Assist. Prof.

Assist. Prof.

KAWAKAMI, Koichi

SAITOU, Naruya

Prof.

MIYAGISHIMA, Shin-ya

Head

LEE, Yen-Hua

カワシマ，ケント ディエル D3 Student SOKENDAI KAWASHIMA, Kent DielProf.

Division of Neurogenetics

岩里琢治

松本知高

総合遺伝研究系

Division of Symbiosis and Cell Evolution

Special joint researcher(National Taiwan University)

Division of Evolutionary Genetics▪生態遺伝学研究部門

Postdoc

KOTANI, YuriProf.

アカシ，ヒロシAssist. Prof.

SHIRAKI, Tomoya

Postdoc

Division of Population Genetics

特別共同利用研究員（東京大学大学院） ムハモディサバ，モルテザ

Researcher

ARAKI, Hiroyuki

Postdoc

ジナム，ティモシー A. Assist. Prof.

授TANAKA, Seiji

TANABE, Hideyuki

Head

斎藤成也

教

Department of Developmental Genetics

総研大 D4（学振特別研究員） 中沢信吾

総研大 D2

教

総研大 D5▪形質遺伝研究部門
教

研究主幹（兼） 斎藤成也

▪進化遺伝研究部門

Assist. Prof.

MUTO, Akira

Postdoc

Department of Population Genetics

KANEMAKI, Masato

Prof.

Assist. Prof.

ミラー，スティーブン アンドリュー D4 Student SOKENDAI MILLER, Steven Andrew▪集団遺伝研究部門

ARAKI, Hiroyuki

ASAKAWA, Kazuhide

総研大 D4

リン ウェイ，ジョン D1 Student SOKENDAI LIN WEI, Jong

研究主幹（兼） 川上浩一

小谷友理

KAWAKAMI, Koichi

Assist. Prof.

アイラニ，ディーパック D5 Student SOKENDAI AILANI, Deepak

総研大 D5

宇塚明洋

白木知也

NATSUME, Toyoaki

Postdoc

彩

田辺英幸

Prof.

総研大 D5

D4 Student SOKENDAI UZUKA, Akihiro

個体遺伝研究系
Division of Microbial Genetics

田中誠司

武藤

Postdoc

Head

荒木弘之

浅川和秀

Prof.

Department of Cell Genetics

研究主幹（兼） 荒木弘之

教

川上浩一

集団遺伝研究系

D4 Student SOKENDAI WATANABE, Kohki

Division of Molecular Cell Engineering助

Division of Molecular and Developmental Biology

特別共同利用研究員 リー，エンファ

グプタ，アクシャリ D4 Student SOKENDAI GUPTA, Akshari

細胞遺伝研究系

教

KITAGAWA, Daiju
SHIRATSUCHI, Gen

教

博士研究員

Division of Centrosome Biology
Postdoc

授

助

博士研究員

ARAKI, Hiroyuki

Prof.

教

博士研究員

ARAKI, Hiroyuki

JSPS Research Fellow YOSHIBA, Satoko

総研大 D5（学振特別研究員） 金原良樹



SHIROISHI, Toshihiko

JSPS Research Fellow OHTA, Midori

吉場聡子▪分子細胞工学研究部門
教

KATSURA, Isao

Department of Molecular Genetics

研究主幹（兼） 荒木弘之

教▪初期発生研究部門
Director-General

城石俊彦

分子遺伝研究系


勲

研究教育職員・研究員・学生

教

授

助

教

助

教

博士研究員
総研大 D5
総研大 D2

樽谷芳明
稲垣宗一
保坂
斎藤

ITO, Jumpei

D4 Student SOKENDAI HATA, Chihiro

Division of Agricultural Genetics

角谷徹仁

佐々木

D4 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

卓

碧
絡

Prof.

KAKUTANI, Tetsuji

Assist. Prof.

TARUTANI, Yoshiaki

Assist. Prof.

INAGAKI, Soichi

Postdoc

SASAKI, Taku

D5 Student SOKENDAI HOSAKA, Aoi
D2 Student SOKENDAI SAITO, Raku

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

83▪脳機能研究部門
教

授

助

教

助

教

博士研究員

▪小型魚類開発研究室

Division of Brain Function

平田たつみ
川崎能彦

トウー，ヤン
山内健太

Prof.

HIRATA, Tatsumi

准教授

Assist. Prof.

KAWASAKI, Takahiko助

Assist. Prof.

ZHU, Yan

総研大 D5

Postdoc

YAMAUCHI, Kenta



センター長（兼） 相賀裕美子▪細胞空間制御研究室
准教授
博士研究員

Head

SAGA, Yumiko

Cell Dynamics and Organization Laboratory

小田祥久

佐々木武馬

特別共同利用研究員（東京大学大学院） 長島慶宜
特別共同利用研究員（東京大学大学院） 杉山友希

Assoc. Prof.

ODA, Yoshihisa

Postdoc

SASAKI, Takema

研究員

日本学術振興会
特別研究員

青野眞由美
島本美元
高木

潤

SHIMAMOTO, Yuta

Researcher

AONO, Mayumi

Researcher

SHIMAMOTO, Miyuki

JSPS Research Fellow TAKAGI, Jun

▪哺乳動物遺伝研究室
教

授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員



日本学術振興会
特別研究員
日本学術振興会
特別研究員

授

助

教

助

教

博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
総研大 D5
総研大 D5高田豊行
天野孝紀

総研大 D1


助

教

博士研究員
博士研究員
総研大 D4
総研大 D284

SHIROISHI, Toshihiko

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Assist. Prof.

AMANO, Takanori

Postdoc

OKA (KISO), Ayako

Postdoc

SAGAI, Tomoko

関JSPS Research Fellow SEKI, Ryohei

嵯峨井知子
亮平

毛利亘輔

相賀裕美子
加藤

譲

安島理恵子
周

智

平野孝昌
趙

薇

プイ，ハン ピン

櫻井隆順

坂口あかね
島田龍輝

ライト，ダネル

小出Prof.

SAGA, Yumiko
KATO, Yuzuru

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

Postdoc

ZHOU, Zhi

Postdoc

HIRANO, Takamasa

Postdoc

ZHAO, Wei

Postdoc

PUI, Han Pin



剛

准教授


特任教授

YOSHIMI, Kazuto

堀井康行

Postdoc

HORII, Yasuyuki

Postdoc

TANAVE, Akira

松本悠貴

D4 Student SOKENDAI MATSUMOTO, Yuki

吉見一人
田邉

彰

永山博通

D2 Student SOKENDAI NAGAYAMA, Hiromichi

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

教

博士研究員
博士研究員
研究員
研究員

SAKAI, Noriyoshi

Assist. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro

D5 Student SOKENDAI TAKEMOTO, Kazumasa

佐藤

豊

久保貴彦

Prof.

SATO, Yutaka

Assist. Prof.

KUBO, Takahiko

シェントン，マシュー Postdoc

Prof.

青木敬太

野崎晋五
岡本

尚

矢野晃一

中井亮佑

上田

NIKI, Hironori

Assist. Prof.

AOKI, Keita

Postdoc

NOZAKI, Shingo

Postdoc

OKAMOTO, Sho

Postdoc

YANO, Koichi

JSPS Research Fellow NAKAI, Ryosuke

清家泰介

JSPS Research Fellow SEIKE, Taisuke

Invertebrate Genetics Laboratory龍近藤

SHENTON, Matthew

Microbial Genetics Laboratory

仁木宏典

周

山本雅敏

Project Prof.

UEDA, Ryu

Assist. Prof.

KONDO, Shu

Postdoc

YAMAMOTO, Masatoshi

Genetic Informatics Laboratory

山﨑由紀子▪生物遺伝資源情報研究室
助

Assoc. Prof.

Plant Genetics Laboratory▪系統情報研究室

小原雄治

Assoc. Prof.

YAMAZAKI, Yukiko

Genome Biology Laboratory
Project Prof.

KOHARA, Yuji

Assist. Prof.

ANDACHI, Yoshiki

金野宏之

Postdoc

KONNO, Hiroyuki

Postdoc

KAGOSHIMA, Hiroshi

平木秀明

Researcher

HIRAKI, Hideaki

Researcher

UETA, Yumiko

安達佳樹
鹿児島

浩

植田ゆみ子

構造遺伝学研究センター Structural Biology Center

センター長（兼） 澤斉▪生体高分子研究室
教

授

助

教

助

教

研究員

日本学術振興会
特別研究員

総研大 D4

総研大 D3D1 Student SOKENDAI WRIGHT, Danelle

KOIDE, Tsuyoshi

教

博士研究員

D2 Student SOKENDAI SHIMADA, Tatsuki

Assist. Prof.

日本学術振興会
特別研究員
日本学術振興会
特別研究員



FUKUDA, Kurumi

Assoc. Prof.

教

特任教授

D5 Student SOKENDAI SAKAGUCHI, Akane

Mouse Genomics Resource Laboratory

助

助

D5 Student SOKENDAI SAKURAI, Takayuki
D3 Student SOKENDAIJSPS Research Fellow DC

竹本一政▪無脊椎動物遺伝研究室

JSPS Research Fellow MOURI, Kousuke

Assist. Prof.

授

博士研究員

Mammalian Development Laboratory▪マウス開発研究室
准教授

Prof.

岡（木曽）彩子

総研大 D3（学振特別研究員） 福田胡桃

総研大 D2

NIKI, Hironori

Mammalian Genetics Laboratory

城石俊彦▪発生工学研究室
教

Head

教

博士研究員

系統生物研究センター Genetic Strains Research Centerセンター長（兼） 仁木宏典

教

博士研究員

▪定量メカノバイオロジー研究室 Quantitative Mechanobiology Laboratory
研究員

河﨑敏広

▪原核生物遺伝研究室

Special joint researcher SUGIYAMA, Yuki

Assoc. Prof.

授

助

博士研究員

Special joint researcher NAGASHIMA, Yoshinobu

島本勇太

教





准教授

酒井則良

▪植物遺伝研究室

新分野創造センター Center for Frontier Research教Model Fish Genomics Resource Laboratory

総研大 D3
総研大 D3


井手

授

助

教

博士研究員
総研大 D5

SAWA, Hitoshi

Biological Macromolecules Laboratory

前島一博
聖

日比野佳代

Prof.

MAESHIMA, Kazuhiro

Assist. Prof.

IDE, Satoru

Assist. Prof.

HIBINO, Kayo

田村佐知子

Researcher

TAMURA, Sachiko

今井亮輔

D4 Student SOKENDAI IMAI, Ryosuke

野崎

端保

慎

舞

佐々木飛鳥
永島崚甫

▪細胞建築研究室
教

Head

木村

JSPS Research Fellow NOZAKI, Tadasu
D3 Student SOKENDAI TANBO, Mai
D3 Student SOKENDAI SASAKI, Asuka
D3 Student SOKENDAI NAGASHIMA, Ryosuke

Cell Architecture Laboratory
暁

木村健二

菊池窯平

山本一徳

Prof.

KIMURA, Akatsuki

Assist. Prof.

KIMURA, Kenji

Postdoc

KIKUCHI, Yohei

D5 Student SOKENDAI YAMAMOTO, Kazunori

研究教育職員・研究員・学生

Research Staff and Students of NIG▪多細胞構築研究室
教

授

助

教

博士研究員
博士研究員


澤

Multicellular Organization Laboratory

斉

伊原伸治
金

銀華

中山創平

▪遺伝子回路研究室
准教授
助

教

博士研究員

▪ゲノム進化研究室

Prof.

SAWA, Hitoshi

教

Assist. Prof.

IHARA, Shinji

博士研究員

Postdoc

JIN, Yinhua

博士研究員

Postdoc

NAKAYAMA, Sohei

鈴木えみ子

Assoc. Prof.
Assist. Prof.

TAMORI, Yoichiro

宮崎隆明

Postdoc

MIYAZAKI, Takaaki

田守洋一郎

特別共同利用研究員（慶應義塾大学大学院） 森本健太

SUZUKI, Emiko

センター長（兼） 大久保公策▪遺伝情報分析研究室
准教授
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
研究員

日本学術振興会
特別研究員

総研大 D2



池尾一穂

金城その子
北村徳一
松本

薫

井元順一
水谷尚志

村岡正文

湯山育子

授

博士研究員
博士研究員
総研大 D4
総研大 D1


教

授

助

教

研究員
研究員


東かん
弥

授



授

博士研究員


神沼英里
藤澤貴智
望月孝子

高木利久

特任准教授
研究員
研究員
研究員
研究員
研究員
研究員
研究員

会津智幸
清岡美穂
悟

石﨑比奈子
陳

薇

塚本ゆみ

許山肖子

Postdoc

MIZUTANI, Hisashi

Researcher

MURAOKA, Masafumi

Prof.

ARITA, Masanori

Postdoc

KAWASHIMA, Takeshi

Postdoc

LI, Donghan

Prof.

NAKAMURA, Yasukazu

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

Researcher

FUJISAWA, Takatomo

Researcher

MOCHIZUKI, Takako

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

OKUBO, Kousaku

Postdoc

HARA, Kazuo

Project Assoc. Prof.

TOYODA, Atsushi

Researcher

AIZU, Tomoyuki

Researcher

KIYOOKA, Miho

Researcher

YOSHIDA, Satoru

Researcher

ISHIZAKI, Hinako

Researcher

CHEN, Wei

Researcher

TSUKAMOTO, Yumi

Researcher

MOTOYAMA, Ayuko

YAMAMOTO, Nozomi

Postdoc

HIGASHI, Koichi

NONOMURA, Ken-ichi

准教授

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

Postdoc

LIU, Hua

Postdoc

ONO, Seijiro

教

客員教授
客員教授


津田勝利
劉

華

小野聖二郎
Adjunct Faculty

Division of Nucleic Acid Chemistry

ベルモント，アンドリュー S. Visiting Prof.

デッカー，ジョブ Visiting Prof.

▪細胞質遺伝客員研究部門
客員准教授
客員教授

チャン，フェン

▪生理遺伝客員研究部門
客員教授
客員教授



Visiting Assoc. Prof.

STAINIER, Didier

Visiting Prof.

ZENG, Hongkui

ゼン，ホンクイ

Division of Theoretical Genetics

客員教授

エクスコフィア，ローレント Visiting Prof.
Visiting Prof.

ヤン，ジーヘン▪応用遺伝客員研究部門
客員准教授

ZHANG, Feng
DIFFLEY, John F.X.

Division of Physiological Genetics

客員教授

客員教授

DEKKER, Job

スタニア，ディディエ Visiting Prof.

▪理論遺伝客員研究部門



BELMONT, Andrew S.

Division of Cytoplasmic Genetics

ディフリー，ジョン F.X. Visiting Prof.

EXCOFFIER, Laurent
YANG, Ziheng

Division of Applied Genetics

ジョーデ，リン

Visiting Prof.

ジルバマン，ダニエル Visiting Assoc. Prof.

JORDE, Lynn
ZILBERMAN, Daniel

放射線・アイソトープセンター Radioisotope Centerセンター長（兼） 仁木宏典

Head

NIKI, Hironori

生物遺伝資源センター Genetic Resource Center

Laboratory for Reseach andDevelopment of Biological Databases

Comparative Genomics Laboratory

敦

吉田

IMOTO, Junichi

Laboratory for Gene-Expression Analysis

一夫

豊田

Postdoc

Prof.

大久保公策

▪比較ゲノム解析研究室

MATSUMOTO, Kaoru

D1 Student SOKENDAI TADA, Ipputa

中村保一

原

KITAMURA, Norikazu

Postdoc

KUROKAWA, Ken

Postdoc

Head▪核酸化学客員研究部門

Genome Informatics Laboratory▪遺伝子発現解析研究室
教

Postdoc

D4 Student SOKENDAI TANAKA, Wataru

多田一風太▪データベース運用開発研究室
教

KINJO, Sonoko

Laboratory of Biological Networks

川島武士▪大量遺伝情報研究室

Postdoc

光一

Prof.

野々村賢一

客員研究部門

D2 Student SOKENDAI IIZUKA, Tomoyo

有田正規

田中

IKEO, Kazuho

JSPS Research Fellow YUYAMA, Ikuko

飯塚朋代

李

Assoc. Prof.

希Experimental Farm

博士研究員

OKUBO, Kousaku

Laboratory for DNA Data Analysis▪生命ネットワーク研究室
教

Head

東

博士研究員

生命情報研究センター Center for Information Biology

顕山本

圃場長（兼）

助

Special joint researcher MORIMOTO, Kenta

黒川

授

実験圃場

Gene Network Laboratory

Genome Evolution Laboratory

センター長（兼） 仁木宏典

▪バイオリソース事業部部門長（兼）
教

授（兼）

教

授（兼）

教

授（兼）

Head

Division of Bioresources Management

仁木宏典
城石俊彦
川上浩一
佐藤

特任教授（兼） 上田

豊

龍特任教授（兼） 小原雄治
准教授（兼）
准教授（兼）
准教授（兼）
助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

NIKI, Hironori

Head

NIKI, HironoriProf.

SHIROISHI, Toshihiko

Prof.

KAWAKAMI, KoichiProf.

SATO, Yutaka

Project Prof.

UEDA, Ryu

Project Prof.

KOHARA, Yuji

酒井則良

Assoc. Prof.

SAKAI, Noriyoshi

Assoc. Prof.

IKEO, Kazuho

野々村賢一

Assoc. Prof.

NONOMURA, Ken-ichi

Assist. Prof.

TAKADA, Toyoyuki

Assist. Prof.

ASAKAWA, Kazuhide

Assist. Prof.

MUTO, Akira

Assist. Prof.

KAWASAKI, Toshihiro

池尾一穂
高田豊行

浅川和秀
武藤

彩

河﨑敏広

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

85Research Staff and Students of NIG
助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）

助

教（兼）



近藤

周

青木敬太
久保貴彦
津田勝利

▪データベース事業部部門長（兼）

Assist. Prof.

KONDO, Shu

博士研究員

Assist. Prof.

AOKI, Keita

博士研究員

Assist. Prof.

KUBO, Takahiko

研究員

Assist. Prof.

TSUDA, Katsutoshi

研究員

山﨑由紀子

Head



センター長（兼） 桂
教

授（兼）

勲

黒川

Head

顕

特任教授（兼） 小原雄治

特任教授（兼） 藤山秋佐夫
特任准教授（兼） 豊田

敦

特任准教授（兼） 野口英樹
特任准教授（兼） 近藤伸二

博士研究員（兼） 福多賢太郎
研究員（兼）

江島史緒

KUROKAWA, Ken

Project Prof.

KOHARA, Yuji

Project Prof.

FUJIYAMA, Asao

Project Assoc. Prof.

TOYODA, Atsushi

Project Assoc. Prof.

NOGUCHI, Hideki

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

Postdoc

FUKUTA, Kentaro

Researcher

EJIMA, Fumiwo

センター長（兼） 高木利久

▪システム管理部門


部門長（兼）
教

授（兼）

教

授（兼）

教

授（兼）

助

教（兼）

博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員
博士研究員

TAKAGI, Toshihisa

High Performance Computing Division

部門長・特任准教授 小笠原▪データベース部門

Head

理

Head

OGASAWARA, Osamu

高木利久

Head
Prof.

NAKAMURA, Yasukazu

有田正規

Prof.

ARITA, MasanoriProf.

OKUBO, Kousaku

大久保公策
神沼英里

李

慶範

大城戸利久
小菅武英
児玉悠一
坂井勝呂
真島

淳

奥田喜弘

AONO, Hideo

Researcher

TSUTSUI, Haru

Researcher

FUKUDA, Asami

ユニット長（兼） 有田正規

Head

ARITA, Masanori

高木利久

Prof.

TAKAGI, Toshihisa

Prof.

OKUBO, Kousaku

教

授（兼）

教

授（兼）



TAKAGI, Toshihisa

Assist. Prof.

KAMINUMA, Eli

Postdoc

LEE, KyungBum

Postdoc

OKIDO, Toshihisa

Postdoc

KOSUGE, Takehide

Postdoc

KODAMA, Yuichi

Postdoc

SAKAI, Katsunaga

Postdoc

MASHIMA, Jun

Postdoc

OKUDA, Yoshihiro

青野英雄
筒井波留

福田亜沙美

大久保公策

ユニット長（兼） 相賀裕美子
助

教（兼）

安島理恵子

動物飼育実験施設
小出

助

吉見一人

教（兼）

剛

Assist. Prof.

AJIMA, Rieko

Head

KOIDE, Tsuyoshi

Assist. Prof.

YOSHIMI, Kazuto

特任教授
特任教授

五條堀

孝

中村春木
由良

敬

Project Prof.

GOJOBORI, Takashi

Project Prof.

NAKAMURA, Haruki

Project Prof.

YURA, Kei

知的財産室Intellectual Property Unit

室

鈴木睦昭

長

Director

リサーチ・アドミニストレーター室
室長・特任教授 広海

健

リサーチ・アドミニストレーター 来栖光彦
助

教

博士研究員
博士研究員

清野浩明

小林百合

伊東真知子

SUZUKI, Mutsuaki

Office for Research Development

Director

HIROMI, Yasushi

Research Administrator KURUSU, Mitsuhiko
Assist. Prof.

SEINO, Hiroaki

Postdoc

KOBAYASHI, Yuri

Postdoc

ITOH, Machiko

研究教育職員・研究員・学生

ゲノムデータ解析支援センター Center for Genome Informatics

ライフサイエンス統合データベースセンター Database Center for Life Scienceセンター長（兼） 藤山秋佐夫▪遺伝研で研究しているメンバー Members at NIG

特任准教授
特任准教授
博士研究員
研究員

野口英樹

近藤伸二

福多賢太郎

江島史緒

Head

FUJIYAMA, Asao

Project Assoc. Prof.

NOGUCHI, Hideki

Project Assoc. Prof.

KONDO, Shinji

Postdoc

FUKUTA, Kentaro

Researcher

EJIMA, Fumiwo

センター長（兼） 小原雄治
教

授（兼）

特任准教授
特任助教
特任助教
特任助教
研究員

86

SAGA, Yumiko

創薬等支援技術基盤プラットフォーム
Platform for Drug Discovery, Informatics and Structural Life Science

Research Staff and Students of ROIS



Head

Unit for Experimental Animal Care

施設長（兼）

特任教授

Database Division

中村保一

MUKAIDA, Shiho

Researcher

マウス研究支援ユニット Mouse Research Supporting UnitDDBJセンター DDBJ Center


KATSURA, IsaoProf.

TOKIMATSU, Toshiaki

Postdoc

向田志保

情報基盤ユニット IT Unit

YAMAZAKI, Yukiko

先端ゲノミクス推進センター Advanced Genomics Center

Postdoc

研究員

Division of Bioresources Databases

時松敏明

研究教育職員・研究員・学生

研究教育職員・研究員・学生／ Research Staff and Students

大久保公策

坊農秀雅

小野浩雅
内藤雄樹
仲里猛留

大田達郎

Head

KOHARA, Yuji

Prof.

OKUBO, Kousaku

Project Assoc. Prof.

BONO, Hidemasa

Project Assist. Prof.

ONO, Hiromasa

Project Assist. Prof.

NAITO, Yuki

Project Assist. Prof.

NAKAZATO, Takeru

Researcher

OHTA, TazroStaff of Administration Department and Technical Section
管理部
管理部長

General Manager



総務企画課

Manager

副課長

Deputy Manager▪総務・教育チーム
係長（兼）▪研究推進チーム

財務課

柴川芳範
杉山

興

杉山

興

齊藤麻衣子

係

課長

副課長（施設担当） Deputy Manager▪財務チーム係

Subsection Chief▪調達チームSupplies Team

係長

Subsection Chief▪施設チーム

Facilities Team

係長

Subsection Chief

長Subsection Chief

技術職員

Technical Staff

SAITO, Maiko

プロジェクト技術班
班

長

技術職員

Technical Staff

小山浩幸

技術職員

Technical Staff

OKAJIMA, Tomohiro▪遺伝資源事業支援チーム▪プロジェクト支援チーム

係

SUZUKI, Masatoshi

渡邊

WATANABE, Akira

晃

光江一之

NAGURA, Masahiko

長係

FURUUMI, Hiroyasu

季美子

SAKA, Kimiko
SAKAMOTO, Sachiko

Genetic Resource Project Team矢野弘之

YANO, Hiroyuki

宮林登志江

MIYABAYASHI, Toshie

Facility and Equipment Technical Unit
Common Equipment Team

Subsection Chief▪実験施設チーム

YAMATANI, Noriko

坂本佐知子

Technical Staff

係

MITSUE, Kazuyuki

坂

技術職員

▪共通機器チーム

KISO, Makoto

Project Support Team

Subsection Chief

施設機器技術班

誠

古海弘康

長



木曾

Project Technical Unit

KOYAMA, Hiroyuki

鈴木政敏

奈倉雅彦

山谷宣子

Unit Leader

SUZUKI, YumikoFinancial Affairs Team

係長

Information Technology Team

Subsection Chief

鈴木由美子

岡嶋知洋

EIGUCHI, Mitsugu▪リソース開発支援チーム Resource Development TeamSUGIYAMA, Oki

Financial Affairs Section
Manager

長貢

Research Infrastructure Technical Unit

▪情報基盤支援チーム

SUGIYAMA, Oki

永口Manager

基盤支援技術班
SHIBAKAWA, Yoshinori

Research Promotion Team

Subsection Chief

長Technical SectionPersonnel Team

Subsection Chief

係長

課

NAKASHIMA, Kenji

General Affairs / Education Team

Subsection Chief▪人事・労務チーム係長

中島健次

General Affairs and Project Section

課長



技術課

Department of Administration

管理部と技術課職員

大石あかね

OISHI, Akane

Experimental Facility Team長

Subsection Chief

技術職員

Technical Staff

前野哲輝

今井悠二

MAENO, Akiteru
IMAI, Yuji

所長

1

Director - General教授

23

Professors

准教授

8

Associate Professors

助教

32

Assistant Professors

客員教授

10

Adjunct Professors

小計（所長、客員教授を除く）

63

管理部

18

Administration Staffs

技術課

12

Technicians

合計（所長、客員教授を除く）

93

Subtotal（excluding Director - General and Adjunct Professors）（excluding Director - General and Adjunct Professors）

Total（2016 年 4 月 1 日現在）

管理部と技術課職員／ Staff of Administration Department and Technical Section

87

History
1949 年1953 年６月１日

文部省所轄研究所として設置
庶務部及び 3 研究部で発足

８月10日

小熊

１月１日

研究部を形質遺伝部，細胞遺伝部，
生理遺伝部に改組

捍

生化学遺伝部設置

1954 年

７月１日

応用遺伝部設置1955 年

９月15日

変異遺伝部設置

10月１日

木原

均

1960 年

４月30日

人類遺伝部設置

1962 年

４月１日

微生物遺伝部設置

1964 年

４月１日

集団遺伝部設置

1969 年

４月１日

森脇大五郎 第 3 代所長就任，
分子遺伝部設置

1974 年

４月１日

植物保存研究室設置

1975 年

３月１日

田島彌太郎

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設動物保存
研究室設置

10月１日

遺伝実験生物保存研究施設微生物保存研究室設置

第 4 代所長就任

1983 年

10月１日

松永

1984 年

４月12日

大学共同利用機関に改組 遺伝実験
生物保存研究センター（哺乳動物保存・
無脊椎動物保存・植物保存・微生物
保存・遺伝資源の 5 研究室），遺伝情報研究センター（構造・組換えの 2研究室），実験圃場設置

４月１日

遺伝情報研究センターに合成・遺伝
情報分析の 2 研究室を設置

1987 年

１月12日

日本 DNA データバンク稼働

1988 年

４月８日

放射線・アイソトープセンター設置，
遺伝情報研究センターにライブラリー
研究室を設置

10月１日

総合研究大学院大学生命科学研究科
遺伝学専攻設置

1989 年

10月１日

富澤純一

1993 年

４月１日

遺伝実験生物保存研究センターに発生工学研究室を設置

1994 年

６月24日

遺伝情報研究センターに遺伝子機能研究室を設置1995 年

４月１日

生命情報研究センター設置

1996 年

５月11日

構造遺伝学研究センター設置
（遺伝情報研究センターの改組）
（生体高分子研究室設置，超分子機能・
構造制御・超分子構造・遺伝子回路の 4 研究室振替）

革／ History

Three research departments were reorganized
as the Departments of Morphological
Genetics, Cytological Genetics andPhysiological Genetics.

Aug. 1

Department of Biochemical Genetics wasadded.

1954

Jul. 1

Department of Applied Genetics was added.

1955

Sep. 15

Department of Induced Mutation was added.

Oct. 1

Prof. Hitoshi Kihara was elected the 2nd
Director.

1960

Apr. 30

Department of Human Genetics was added.

1962

Apr. 1

Department of Microbial Genetics was added.

1964

Apr. 1

Department of Population Genetics wasadded.

1969

Apr. 1

Prof. Daigoro Moriwaki was elected the 3rd
Director. Department of Molecular Biology
was added.

1974

Apr. 1

Plant Genetic Stock Laboratory wasestablished.

1975

Mar. 1

Dr. Yataro Tajima was elected the 4th Director.

Oct. 1

Animal Section was added in the Genetic
Stock Center.

1976

Oct. 1

Microbial Section was added in the Genetic
Stock Center.

KIHARA, Hitoshi(2nd Director)

1983

Oct. 1

Dr. Ei Matsunaga was elected the 5th Director.

1984

Apr. 12

Reorganized as an inter-university research
institute for joint use by universities. The DNA
R e s e a rc h C e n t e r ( D N A S t r u c t u re a n d
Recombinant DNA Laboratories) and theExperimental Farm were established. The
Genetic Stock Research Center was
expanded into five laboratories: the Genetic
Resources Laboratory was added and theAnimal Section was divided into theMammalian and Invertebrate Laboratories.

1985

Apr. 1

The DNA Synthesis and DNA Data Analysis
L a b o r a t o r i e s w e re a d d e d i n t h e D N A
Research Center.

1987

Jan. 12

The DNA Data Bank of Japan began its
operations.

1988

Apr. 8The Radio-isotope Center was established.
The Gene Library Laboratory was added in
the DNA Research Center.

Oct. 1The Graduate University for Advanced Studies
was established. The Department of Genetics,
School of Life Science of the University began
accepting students.

1989

Oct. 1

Dr. Jun-ichi Tomizawa was elected the 6th
Director.

1993

Apr. 1The Mammalian Development Laboratory wasadded in the Genetic Stock Research Center.

1994

Jun. 24

The Gene Function Research Laboratory wasadded in the DNA Research Center.

1995

Apr. 1The Center for Information Biology wasestablished.

1996

May. 11

The DNA Research Center was reorganized
as the Structural Biology Center consisting of
5 laboratories (Biological Macromolecules,
Molecular Biomechanism, Multicellular
Organization, Biomolecular Structure andGene Network).

第 5 代所長就任

1985 年

沿Prof. Kan Oguma was elected the 1st Director.

Jan. 1

第 2 代所長就任(1st Director)

88

Aug. 10
1953

OGUMA, Kan

英Established under the jurisdiction of the
Ministry of Education, Science, Sports andCulture. Started with an administrative
department and three research departments.

初代所長就任８月１日

1976 年

Jun. 11949

第 6 代所長就任

MORIWAKI, Daigoro(3rd Director)

TAJIMA, Yataro(4th Director)

MATSUNAGA, Ei(5th Director)

沿1997 年

1998 年

４月１日

系統生物研究センター設置
（遺伝実験生物保存研究センターの改組）
（マウス系統研究分野哺乳動物遺伝研究室・発生工学研究室，イネ系統研究分野植物遺伝研究室，大腸菌系
統研究分野原核生物遺伝研究室，無脊椎動物系統研究分野無脊椎動物遺伝研究室の 5 研究室振替）
生物遺伝資源情報総合センター設置（系統情報研究室振替，生物遺伝資源情報研究室設置）

10月１日

堀田凱樹

４月９日

個体遺伝研究系に初期発生研究部門を設置，総合遺伝研究系に脳機能研究部門を設置４月１日

生命情報・DDBJ研究センター設置（生命情報研究センターの改組）（分子分類研究室振替，データベース運用開
発研究室設置，遺伝子発現解析研究室設置）2002 年

４月１日

系統生物研究センターに遺伝子改変
系統開発研究分野マウス開発研究室，
小型魚類開発研究室を設置

2003 年

４月１日

分子遺伝研究系に分子機構研究室，
系統生物研究センターに新分野創造
研究室，生物遺伝資源情報総合セン
ターに比較ゲノム解析研究室，広報
知財権研究室を設置

４月１日

大学共同利用機関法人情報・システ
ム研究機構国立遺伝学研究所設置

12月１日

小原雄治

2005 年

４月１日

知的財産室を設置

2006 年

４月１日

新分野創造センター設置
（細胞系譜研究室，神経形態研究室，
細胞建築研究室設置）

2011 年

10月１日

先端ゲノミクス推進センター設置

2012 年

４月１日

研究センターの改組、共同利用事業
センター（生物遺伝資源センター、
DDBJ センター）、支援センター（情報基盤ユニット、マウス研究支援ユニット）を設置
勲TOMIZAWA, Jun-ichi(6th Director)

Apr. 1The Genetic Stock Research Center was
reorganized as the Genetic Strains ResearchCenter consisting of 5 laboratories (Mammalian
Genetics, Mammalian Development, Plant
Genetics, Microbial Genetics and Invertebrate
Genetics), and as the Center for Genetic
R e s o u rc e I n f o r m a t i o n c o n s i s t i n g o f 2laboratories (Genetic Informatics and Genetic
Resources).

Oct. 1

Dr. Yoshiki Hotta was elected the 7th Director.

1998

Apr. 9The Division of Early Embryogenesis wasadded in the Department of Developmental
Genetics. The Division of Brain Function wasadded in the Department of Integrated
Genetics.

2001

Apr. 1The Center for Information Biology was
reorganized as the Center for Information
Biology and DNA Data Bank of Japan. The
new center consists of 5 laboratories. The
Laboratory of Molecular Classification of theformer center was renamed as the Laboratory
for Research and Development of Biological
Databases in the new center. The Laboratory
for Gene-Expression Analysis was added in
the new center.

2002

Apr. 1

Two laboratories, Mouse Genomics Resource
Laboratory and Model Fish Genomics
Resource Laboratory, were added to the
Genetic Strains Research Center.

2003

Apr. 1The Molecular Mechanisms was added to themolecular Genetics. The Laboratry for Frontier
Research was added to the Genetic Strains
R e s e a r c h C e n t e r. Tw o l a b o r a t o r i e s ,Comparative Genomics Laboratory andPublicity and Intellectual Propery Unit, wereadded to the Center for Genetic Resource
Information.

2004

Apr. 1

Reorganized as Research Organization ofInformation and Systems, Inter-University
Research Institute Corporation, together withthree other national institutes.

第 7 代所長就任

2001 年

2004 年

1997

第 8 代所長就任

12月１日

桂

第 9 代所長就任

2014 年

４月１日

リサーチ・アドミニストレーター室を設置

2015 年

４月１日

動物飼育実験施設を設置

革HOTTA, Yoshiki(7th Director)

KOHARA, Yuji
(8th Director)

Dec. 1

Dr. Yuji Kohara was elected the 8th Director.

2005

Apr. 1Intellectual Property Unit was added.

2006

Apr. 1The Center for Frontier Research wasestablished. The Laboratory for Cell Lineage,
Neural Morphogenesis and Cell Architecture
was added in the new center.

2011

Oct. 1

Advanced Genomics Center was established.

2012

Apr. 1

Research centers were reorganized. Intellectual
Infrastructure Centers (Genetic Resource
Center and DDBJ Center) and Support
Centers (IT Unit, Mouse Research Supporting
Unit) were established.

KATSURA, Isao
(9th Director)

Dec. 1

Dr. Isao Katsura was elected the 9th Director.

2014

Apr. 1

Office for Research Development was added.

2015

Apr. 1

Unit for Experimental Animal Care wasestablished.

沿革／ History

89

Publications in 2015
Journal Title
NatureScience
Cell

Nature Methods

Nature Genetics
NeuronNumber2
1
1
1
1
1

Journal Title

Genome Research

J. Allergy. Clin. Immunol.
Nature Communications
Genome Biology
EMBO journal

Ann. Rheumatic Diseases

Aghakhanian, F., Yunus, Y., Naidu, R., Jinam, T., Manica, A., Hoh, B.P., and Phipps, M.E. (2015) Unravelling thegenetic history of Negritos and indigenous populations of Southeast Asia. Genome Biol Evol 7, 1206-1215.
Ajima, R., Bisson, J.A., Helt, J.C., Nakaya, M.A., Habas, R., Tessarollo, L., He, X., Morrisey, E.E., Yamaguchi, T.P.,
and Cohen, E.D. (2015) DAAM1 and DAAM2 are co-required for myocardial maturation and sarcomere assembly.
Dev Biol 408, 126-139.
Akamatsu, Y., and Kobayashi, T. (2015) The Human RNA Polymerase I Transcription Terminator Complex Acts as a
Replication Fork Barrier That Coordinates the Progress of Replication with rRNA Transcription Activity. Mol Cell Biol35, 1871-1881.
Akbari, O.S., Bellen, H.J., Bier, E., Bullock, S.L., Burt, A., Church, G.M., Cook, K.R., Duchek, P., Edwards, O.R.,
Esvelt, K.M., Gantz, V.M., Golic, K.G., Gratz, S.J., Harrison, M.M., Hayes, K.R., James, A.A., Kaufman, T.C.,
Knoblich, J., Malik, H.S., Matthews, K.A., O’Connor-Giles, K.M., and Parks, A.L., Perrimon, N., Port, F., Russell, S.,
Ueda, R. and Wildonger, J. (2015) BIOSAFETY Safeguarding gene drive experiments in the laboratory. Science 349,
927-929.
Amakawa, Y., Sakata, Y., Hoki, Y., Arata, S., Shioda, S., Fukagawa, T., Sasaki, H., and Sado, T. (2015) A new Xist
allele driven by a constitutively active promoter is dominated by Xist locus environment and exhibits the parent-oforigin effects. Development 142, 4299-4308.
An, Y., Toyoda, A., Zhao, C., Fujiyama, A., and Agata, K. (2015) A colony multiplex quantitative PCR-Based
3S3DBC method and variations of it for screening DNA libraries. PLoS One 10, e0116997.
Aoki, K., Furuya, K., and Niki, H. (2015) Schizosaccharomyces japonicus: A Distinct Dimorphic Yeast Among the
Fission Yeasts. CSH Protocol.
Aoki-Kinoshita, K.F., Kinjo, A.R., Morita, M., Igarashi, Y., Chen, Y.A., Shigemoto, Y., Fujisawa, T., Akune, Y., Katoda, T.,
Kokubu, A., Mori, T., Nakao, M., Kawashima, S., Okamoto, S., Katayama, T., and Ogishima, S. (2015)
Implementation of linked data in the life sciences at BioHackathon 2011. J Biomed Semantics 6, 3.
Ara, T., Enomoto, M., Arita, M., Ikeda, C., Kera, K., Yamada, M., Nishioka, T., Ikeda, T., Nihei, Y., Shibata, D.,
Kanaya, S., and Sakurai, N. (2015) Metabolonote: a wiki-based database for managing hierarchical metadata of
metabolome analyses. Front Bioeng Biotechnol 3, 38.

1
1
3
1
1
1

Journal Title

J. Cell Biology

Developmental Cell
PNAS

Nature Protocols
Current Biology
Plant Cell

Number12
5
1
12

Regulates Metabolism and Feeding Decisions in Drosophila. Sci Rep 5, 11680.
Higaki, S., Shimada, M., Koyama, Y., Fujioka, Y., Sakai, N., and Takada, T. (2015) Development and characterizationof an embryonic cell line from endangered endemic cyprinid Honmoroko Gnathopogon caerulescens (Sauvage,
1883). In Vitro Cell Dev Biol Anim 51, 763-768.
Higuchi, T., Agostini, S., Casareto, B.E., Suzuki, Y., and Yuyama, I. (2015) The northern limit of corals of the genus
Acropora in temperate zones is determined by their resilience to cold bleaching. Sci Rep 5, 18467.
Hiraide, Y., Oshima, K., Fujisawa, T., Uesaka, K., Hirose, Y., Tsujimoto, R., Yamamoto, H., Okamoto, S., Nakamura, Y.,
Terauchi, K., Omata, T., Ihara, K., Hattori, M., and Fujita, Y. (2015) Loss of cytochrome cM stimulates cyanobacterial
heterotrophic growth in the dark. Plant Cell Physiol 56, 334-345.
Hiramatsu, N., Todo, T., Sullivan, C.V., Schilling, J., Reading, B.J., Matsubara, T., Ryu, Y.W., Mizuta, H., Luo, W.,
Nishimiya, O., Wu, M., Mushirobira, Y., Yilmaz, O., and Hara, A. (2015) Ovarian yolk formation in fishes: Molecularmechanisms underlying formation of lipid droplets and vitellogenin-derived yolk proteins. Gen Comp Endocrinol 221,
9-15.
Hirata, H., Umemori, J., Yoshioka, H., Koide, T., Watanabe, K., and Shimoda, Y. (2016) Cell adhesion moleculecontactin-associated protein 3 is expressed in the mouse basal ganglia during early postnatal stages. J Neurosci
Res 94, 74-89.
Hirose, Y., Suda, K., Liu, Y.G., Sato, S., Nakamura, Y., Yokoyama, K., Yamamoto, N., Hanano, S., Takita, E.,
Sakurai, N., Suzuki, H., Nakamura, Y., Kaneko, T., Yano, K., Tabata, S., and Shibata, D. (2015) The Arabidopsis TAC
Position Viewer: a high-resolution map of transformation-competent artificial chromosome (TAC) clones aligned with
the Arabidopsis thaliana Columbia-0 genome. Plant J 83, 1114-1122.
Hoa, N.N., Akagawa, R., Yamasaki, T., Hirota, K., Sasa, K., Natsume, T., Kobayashi, J., Sakuma, T., Yamamoto, T.,
Komatsu, K., Kanemaki, M.T., Pommier, Y., Takeda, S., and Sasanuma, H. (2015) Relative contribution of four
nucleases, CtIP, Dna2, Exo1 and Mre11, to the initial step of DNA double-strand break repair by homologous
recombination in both the chicken DT40 and human TK6 cell lines. Genes Cells 20, 1059-1076.
Horii, Y., and Kawaguchi, M. (2015) Higher detection sensitivity of anxiolytic effects of diazepam by ledge-free open
arm with opaque walled closed arm elevated plus maze in male rats. Behav Brain Res 294, 131-140.

Arata, Y., Takagi, H., Sako, Y., and Sawa, H. (2015) Power law relationship between cell cycle duration and cellvolume in the early embryonic development of Caenorhabditis elegans. Front Physiol 5, 529.

Hori-Tanaka, Y., Yura, K., Takai-Igarashi, T., and Tanaka, H. (2015) Structural classification of steroid-binding sites onproteins by coarse-grained atomic environment and its correlation with their biological function. Steroids 96, 81-88.

Auer, T.O., Xiao, T., Bercier, V., Gebhardt, C., Duroure, K., Concordet, J.P., Wyart, C., Suster, M., Kawakami, K.,
Wittbrodt, J., Baier, H. Del, and Bene F. (2015) Deletion of a kinesin I motor unmasks a mechanism of homeostatic
branching control by neurotrophin-3. Elife 4, e05061.

Horiuchi, Y., Harushima, Y., Fujisawa, H., Mochizuki, T., Fujita, M., Ohyanagi, H., and Kurata, N. (2015) Global
expression differences and tissue specific expression differences in rice evolution result in two contrasting types ofdifferentially expressed genes. BMC Genomics 16, 1099.

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BMC Dev Biol 15, 39.

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Chen, C.C., Fu, S.F., Norikazu, M., Yang, Y.W., Liu, Y.J., Ikeo, K., Gojobori, T., and Huang, H.J. (2015) Comparative
miRNAs analysis of Two contrasting broccoli inbred lines with divergent head-forming capacity under temperaturestress. BMC Genomics 16, 1026.
Cheng, C., Tarutani, Y., Miyao, A., Ito, T., Yamazaki, M., Sakai, H., Fukai, E., and Hirochika, H. (2015) Loss offunction mutations in the rice chromomethylase OsCMT3a cause a burst of transposition. Plant J 83, 1069-1081.
Copetti, D., Zhang, J., El, Baidouri M., Gao, D., Wang, J., Barghini, E., Cossu, R.M., Angelova, A., Maldonado, L. C.E.,
Roffler, S., Ohyanagi, H., Wicker, T., Fan, C., Zuccolo, A., Chen, M., Costa, de Oliveira A., Han, B., Henry, R., Hsing,
Y.I., Kurata, N., Wang, W., Jackson, S.A., Panaud, O., and Wing, R.A. (2015) RiTE database: a resource databasefor genus-wide rice genomics and evolutionary biology. BMC Genomics 16, 538.
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Nakagawa, J., and Arita, M. (2015) Comparative genomics of Fructobacillus spp. and Leuconostoc spp. reveals
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A nitrogen source-dependent inducible and repressible gene expression system in the red alga Cyanidioschyzon
merolae. Front Plant Sci 6, 657.
Furuhashi, T., Ogawa, T., Naka, R., Nakazawa, M., Okazawa, K., Padermschoke, A., Nishio, K., Yokota, Hirai M.,
Arita, M., and Ohta, D. (2015) Wax ester and lipophilic compound profiling of Euglena gracilis by gas
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Axonal Outgrowth Characteristics. Cereb Cortex.
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Genome Variation 2, 15030.

90

NumberHuang, C.L., Pu, P.H., Huang, H.J., Sung, H.M., Liaw, H.J., Chen, Y.M., Chen, C.M., Huang, M.B., Osada, N.,
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Kanatani, S., Honda, T., Aramaki, M., Hayashi, K., Kubo, K., Ishida, M., Tanaka, D.H., Kawauchi, T., Sekine, K.,2015 年に発行された論文一覧／ Publications in 2015

2015 年に発行された論文一覧
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Zhai, Z., Kondo, S., Ha, N., Boquete, J.P., Brunner, M., Ueda, R., and Lemaitre, B. (2015) Accumulation ofdifferentiating intestinal stem cell progenies drives tumorigenesis. Nat Commun 6, 10219.

Suzuki, A., Lee, L.J., Hayashi, Y., Muglia, L., Itohara, S., Erzurumlu, R.S., and Iwasato, T. (2015) Thalamic adenylyl
cyclase 1 is required for barrel formation in the somatosensory cortex. Neuroscience 290, 518-529.

Zhao, W., Ajima, R., Ninomiya, Y., and Saga, Y. (2015) Segmental border is defined by Ripply2-mediated Tbx6
repression independent of Mesp2. Dev Biol 400, 105-117.

Suzuki, A., Niimi, Y., Shinmyozu, K., Zhou, Z., Kiso, M., and Saga, Y. (2016) Dead end1 is an essential partner of
NANOS2 for selective binding of target RNAs in male germ cell development. EMBO Rep 17, 37-46.

Zhou, M., Kawashima, N., Suzuk, N., Yamamoto, M., Ohnishi, K., Katsube, K., Tanabe, H., Kudo, A., Saito, M., andSuda, H. (2015) Periostin is a negative regulator of mineralization in the dental pulp tissue. Odontology 103, 152159.

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Takahashi, A., Lee, R.X., Iwasato, T., Itohara, S., Arima, H., Bettler, B., Miczek, K.A., and Koide, T. (2015) Glutamate
input in the dorsal raphe nucleus as a determinant of escalated aggression in male mice. J Neurosci 35, 6452-6463.
Takahashi, A., Sugimoto, H., Kato, S., Shiroishi, T., and Koide, T. (2015) Mapping of Genetic Factors That Elicit
Intermale Aggressive Behavior on Mouse Chromosome 15: Intruder Effects and the Complex Genetic Basis. PLoS
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Takahashi, T., and Moreno, E. (2015) A RAD-based phylogenetics for Orestias fishes from Lake Titicaca. Mol

922015 年に発行された論文一覧

2015 年に発行された論文一覧／ Publications in 2015

Zhou, Z., Shirakawa, T., Ohbo, K., Sada, A., Wu, Q., Hasegawa, K., Saba, R., and Saga, Y. (2015) RNA Binding
Protein Nanos2 Organizes Post-transcriptional Buffering System to Retain Primitive State of Mouse Spermatogonial
Stem Cells. Dev Cell 34, 96-107.
Zhu, Y., Matsumoto, T., Nagasawa, T., Mackay, F., and Murakami, F. (2015) Chemokine Signaling Controls Integrityof Radial Glial Scaffold in Developing Spinal Cord and Consequential Proper Position of Boundary Cap Cells. J
Neurosci 35, 9211-9224.

Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research
予算

予算・科学研究費

Budget2016 年度(FY2016)

(×1,000yen)

収入

Revenue

支出

区

金

区

分

額

2,671,661

運営費交付金 Grants for Operating Corporation
補助金等収入 Various Grants
雑収入 Miscellaneous
産学連携等研究収入及び寄附金収入等

485,970

補助金等 Grants

16,905

産学連携等研究経費及び寄附金事業費等

3,927,483

産学連携等
研究収入及び
寄付金収入等 19.2％

補助金等 12.4％

Grants

産学連携等
研究経費及び
寄付金事業費等 19.2％
Industry-Academia
Collaboration andprojects

Grants for Operating
Corporation

科学研究費

Grant-in-Aid for Scientific Research2015 年度(FY2015)

※※機構長裁量経費を除く

運営費交付金 68.0％

Industry-Academia
Collaboration andDonations752,947
3,927,483

Miscellaneous

Various Grants

485,970

合計 Total

雑収入 0.4％

補助金等収入 12.4％

額2,688,566

Industry-Academia Collaboration and Projects※

合計 Total

金

教育研究経費 Education and Research

752,947

Industry-Academia Collaboration and Donations

Expenditure

分(×1,000yen)

教育研究経費 68.4％

Education and Research

研究成果公開促進費 1.1％

基盤研究（C）1.0％

Amount / the Number of Applications Granted

若手研究（B）1.3％

若手研究（A）0.9％

1,216,400 ／ 18

基盤研究（A）2.3％

特別研究員奨励費 0.6％

基盤研究（S） For Scientific Research (S)33,800 ／ 1

基盤研究（B）2.5％

研究活動スタート支援 0.1％

基盤研究（A） For Scientific Research (A)125,000 ／ 12

基盤研究（B） For Scientific Research (B)37,200 ／ 8

基盤研究（S）8.4％

挑戦的萌芽研究 0.1％

基盤研究（C） For Scientific Research (C)8,900 ／ 7

研究種目

新学術領域研究 For Scientific Research on Innovative Areas

交付額／交付件数

挑戦的萌芽研究 For Challenging Exploratory Research

19,800 ／ 13

若手研究（A） For Young Scientists (A)13,800 ／ 3

若手研究（B） For Young Scientists (B)14,350 ／ 11

研究成果公開促進費 For Publication of Scientific Research Results

1,700 ／ 1

研究活動スタート支援 For Research Activity Start-Up

2,200 ／ 2

特別研究員奨励費 For JSPS Fellows
合計 Total

16,200 ／ 13

For Publication of Scientific Research
Results
For Young Scientists (B)For Scientific Research (A)For Scientific Research (B)For Scientific Research (S)For Scientific Research (C)For Young Scientists (A)For JSPS Fellows

For Research Activity Start -Up

For Challenging Exploratory Research

新学術領域研究 81.7%

For Scientific Research on
Innovative Areas

1,489,350 ／ 89（2016. 3 月末現在）

予算・科学研究費／ Budget / Grant-in-Aid for Scientific Research93Biological Symposia

94

開催日（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

4/10

Masakazu Hashimoto

Division of Developmental Biology, Graduate School of Medicine,
Chiba University

High-throughput Production of Mutant Mice by Electroporationof CRISPR/Cas9 System

5/20

Tomomi Tsubouchi

National Institute for Basic Biology

Understanding Implications of DNA Synthesis in Nuclear
Reprogramming Towards Pluripotency

6/1

Craig A. Smith

Monash University, Australia

Sex Chromosomes and Sex-Determining Genes in Birds

6/1

Masaki Sasai

Department of Computational Science and Engineering, Nagoya Towards a Theory of Eukaryotic Gene Regulation Dynamics
University

6/1

Luca Comai

Genome Center and Plant Biology Department, University ofCalifornia, Davis, USA

6/1

Bernie Carroll

School of Chemistry and Molecular Biosciences, The University Molecular Basis of Meiotic Drive in Tomato Pollenof Queensland, Australia

6/8Thomas Mueller

Kansas State University, USA

The Zebrafish Telencephalon – Anatomical Clues to Its
Functional Organization

6/11

Takuya Nakayama

Department of Biology, University of Virginia, USA

Xenopus Tropicalis, a Model Organism for the New Genetics
Era: From Forward to Reverse Genetics and Now Including
Gene Targeting

6/23

Takanari Inoue

Department of Cell Biology, Johns Hopkins University, USA

Illuminating Ciliary Signaling by Molecular Sensors and Actuators

6/24

Rothstein Rodney

Columbia University Medical Center, USA

The Ribonucleotide Reductase Regulator, Sml1, is an Orthologof Mis 18 and Plays a dNTP-Independent Role in Chromosome
Segregation

6/26

Thomas Schalch

Department of Molecular Biology, University of Geneva, Heterochromatin up close: Structure and Function of the S.
Switzerland
Pombe Silencing Machinery

6/26

Rob Martienssen

The Howard Hughes Medical Institute and the Gordon and Betty Heterochromatin Reprogramming With Histone Variants andMoore Foundation (HHMI-GBMF), Cold Spring Harbor Small RNA
Laboratory, NY, USA

6/29

Ken’Ichi Mizuno

Genome Damage & Stability Centre, University of Sussex, UK

Molecular Mechanisms of DNA Replication Errors Under
Replication Stresses and the Subsequent Chromosome
Instability

6/30

Asano Ishikawa

Division of Ecological Genetics, National Institute of Genetics

Molecular Mechanisms Underlying Adaptive Evolution in
Sticklebacks

7/21

Keisuke Yonehara

DANDRITE-Danish Research Institute of Translational Spatially Asymmetric Neuronal Connectivity in Motion-Sensitive
Neuroscience Nordic EMBL Partnership for Molecular Medicine, Circuits
Aarhus University, Denmark

7/28

Minoru Tanaka

Laboratory of Molecular Genetics for Reproduction, National
Institute for Basic Biology

Germ Cells and Sex Determination

7/28

Hiroshi Kudoh

Center for Ecological Research, Kyoto University

Field Epigenetics: A Robust Control of Gene Expression ThroughHistone Modification

7/30

Atsuo Kawahara

Laboratory for Developmental Biology, University of Yamanashi

Functional Analysis of Shingosine-1-Phosphate (S1P) Using
Genome Editing Technologies

8/4

Florian Engert

Harvard University, USA

Binocular Motion Processing in the Larval Zebrafish

8/17

Akatsuki Kimura

Cell Architecture Laboratory, Structural Biology Center, National
Institute of Genetics

Size Scaling Between the Cell, Nucleus and Chromosomes– The Secrets of Building Cell Architecture Without an Architect –8/20

Daisuke Takao

Michigan University, USA

Distinct Pathways for Ciliary Entry of Cytosolic and Membrane
Proteins

8/27

Joachim Lingner

Swiss Institute for Experimental Cancer Research (ISREC), Ecole
Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Switzerland

Telomeric Chromatin in Health and Disease

9/29

Hirokazu Tanimoto

MINC Group, Institut Jacques Monod, Paris, France

Force, Shape, and Motility

10/6

Tomotaka Matsumoto

Division of Evolutionary Genetics, National Institute of Genetics

Inference Methods in Genome Evolution: Weak Selection
Matters

Sex-Determination Mechanisms in Diploid Persimmon

10/14 Mitsuhiro Itaya

Laboratory of Genome Designing Biology, Institute for Advanced Genome Editing Technologies Investigated and Invented by
Biosciences, Keio University,
Bacillus Subtilis for 20 years

10/21 Ken-ichi Nonomura

Experimental Farm, National Institute of Genetics

Impact of Small RNA Pathways on Plant Reproductive
Development nad Meiosis

10/21 Yutaka Sato

Graduate School of Bioagricultural Sciences, Nagoya University

Plant Embryogenesis: Conservations and Diversities Envisaged
From Rice Research

11/10 David Sherratt

Oxford University, UK

The E. Coli SMC Complex, MukBEF, Coordinates TopolVMediated Decatenation with Chromosome Segregation

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

2015 年度 バイオロジカルシンポジウム
開催日（Date）

演者（Speaker）

所属（Affiliation）

演題（Title）

11/19 Tarun Kapoor

Laboratory of Chemistry and Cell Biology, The Rockefeller Examining How Nanometer-Sized Proteins Assemble Dynamic
University, USA
Micron-Sized Structures Needed for Successful Cell Division

11/24 Stephan C. Schuster

Sinpapore Centre for Environmental Life Sciences Engineering(SCELSE), Nanyanga Technological University, Singapore

On the State of Next-Gen Sequencing

11/25 Hiroaki Ishikawa

University of California, San Francisco, USA

An Intraflagellar Transport Protein is Required for Transport ofMotility-Related Proteins into Cilia/Flagella11/25 Daisuke Satoh

Biozentrum Department of Cell Biology, University of Basel, and Context-Dependent Gait Choice Regulated by EphA4 Signaling
Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Switzerland in Lbx1 Spinal Interneurons

11/26 Yutaka Suzuki

Graduate School of Frontier Sciences, The University of Tokyo

Single Cell Analysis of Lung Cancer Cell Lines

11/26 Masatoshi Matsunami Graduate School of Environmental Science, Hokkaido University

Morphology and Transcriptome of Phenotypic Plasticity in the
Hokkaido Salamander (Hynobius Retardatus)

11/26 Kenji Sugioka

Institute of Molecular Biology, University of Oregon, USA

Mechanisms of Selective Cellular Patterning During C.elegans
D-V Axis Establishment

12/7

Michael Webb

School of Chemistry, University of Leeds, UK

From Protein Autoactivation to a New Mode for Metabolic
Regulation? Lessons from the Structure of the PanDZ Protein
Complex

12/9

Angela GiangrandeInstitut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Of Glia and Blood
Strasbourg, France

12/9

Ciaran Morrison

Centre for Chromosome Biology, National University of Ireland
Galway, Ireland

Functions of the Centrins in Nucleotide Excision Repair andPrimary Ciliogenesis

12/9

Katsunori Sugimoto

New Jersey Medical School, Rutgers University, USA

Regulation of ATM-related Protein Kinase Tel1

12/10 Laurent ExcoffierInstitute of Ecology and Evolution, University of Bern, Of Bacteria and Men: Evidencing the Buildup of a Mutation Load
Switzerland
During Range Expansions

12/14 Ken Kurokawa

Earth-Life Science Institute, Tokyo Institute of Technology

Metagenomics and Database

12/15 Hallam Stevens

Division of History, Nanyang Technological University, Singapore

Globalizing Genomics: The Emergence of the International
Nucleotide Sequence Database Collaboration

12/24 Aiko Sada

Department of Molecular Biology and Genetics, Cornell Defining the Cellular Lineage Hierarchy in Adult Skin Epidermis
University, Ithaca, NY, USA

1/14

Takayuki Kuraishi

Kanazawa University

Infection-Dependent Versus – Independent Activation of
Drosophila Innate Immune Signaling

1/18

Takayuki Fujiwara

Division of Symbiosis and Cell Evolution, National Institute of
Genetics

Toward Understanding the Relationship Between a Day-Night
Cycle and Cell Cycle Progression in Photosynthetic Eukaryotes

1/22

Masato Kanemaki

Molecular Function Laboratory, National Institute of Genetics

Auxin-Inducible Degron (AID) Technology in Human Cells

2/9

Jonathon Howard

Yale University, USA

Measuring Centering Forces in the C. elegans Embryo Using
Magnetic Tweezers

2/10

Laura G. Reinholdt

The Jackson Laboratory, Main, USA

Forward Genetic Approaches for Mendelian Disease Modeling in
Mice

2/16

Megumi Tsujimoto

National Institute of Polar Research

Antarctic Terrestrial Ecosystem and Ecology of an Antarctic
Tardigrade, Acutuncus

2/18

Hiroshi Sugiyama

Department of Chemistry, Graduate School of Science and Chemical Biology of Nucleic Acids: DNA Origami and Artificial
Institute for Integrated Cell-Material Sciences (iCeMS), Kyoto Genetic Switch
University

3/4

Manyuan Long

Department of Ecology and Evolution, The University of Chicago, Evolution of Phenotypic Control by New Genes ThroughUSA
Integrating and Rewiring of Ancestral Expression Networks

3/14

Morihiro Okada

Laboratory of Gene Regulation and Development, National Tadpoles as Models for Adult Stem Cell Development in theInstitute of Child Health and Human Development, National Intestine
Institute of Health (NIH), USA

3/14

Zhou Zhi

Mammalian Development Laboratory, National Institute of
Genetics

T h e R N A B i n d i n g P ro t e i n N a n o 2 O r g a n i z e s a P o s t Transcriptional Buffering System to Maintain the Primitive Status
of Mouse Spermatogonial Stem Cells

3/17

Kenta Sumiyama

Laboratory for Mouse Genetic Engineering, RIKEN Quantitative
Biology Center (QBiC)

Triple-Target CRISPR Enables Almost Perfect Whole-Body BiAllelic Knockouts at First Generation

3/31

Youichirou Ninomiya

Mammalian Development Laboratory, National Institute of Let Data Speak Out: How Much We Can Draw Information From
Genetics
a Set of Fluorescent Images?

バイオロジカルシンポジウム／ Biological Symposia

95

Awards and Honors

2015 年度 表彰・受賞歴内容

氏名第 24 回（平成 27 年度）木原記念財団学術賞 「細胞内ゲノム DNA の折り畳み構造の解明」

生体高分子研究室

平成 28 年度文部科学大臣表彰 若手科学者賞 「細胞の形態形成を導く空間シグナルの研究」

細胞空間制御研究室

総合研究大学院大学

集団遺伝研究部門

遺伝学専攻

森島奨励賞

前島一博

准教授

小田祥久

Isaac Adeyemi Babarinde

大学院生

第 12 回日本学術振興会賞 「トゲウオ科魚類における種分化と適応進化の遺伝機構の研究」

生態遺伝学研究部門

29th International Mammalian Genome Conference (IMGC 2015)

Lorraine Flaherty Award

マウス開発研究室

29th International Mammalian Genome Conference (IMGC 2015)

Outstanding Poster Presentation

マウス開発研究室教授

北野潤

融合プロジェクト特任研究員 田邉

Award

大学院生

奨励賞 「二次細胞壁パターンを創り出す空間シグナルの研究」

細胞空間制御研究室

公益財団法人遠州頌徳会

2014 年度遺伝学奨励賞

集団遺伝研究部門

教授

斎藤成也

第 62 回日本実験動物学会

奨励賞 「ゲノム編集技術を用いた遺伝子改変ラットの開発研究」

マウス開発研究室

助教

吉見一人

准教授

小田祥久

三島市長特別賞

名誉教授

平成 27 年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞 「有糸分裂紡錘体の集合と機能を

定量メカノバイオロジー研究室

総研大未来科学者賞 「新生仔大脳皮質における入力依存的なバレル神経回路発達機構の解析」

形質遺伝研究部門

大学院生

日本生態学会奨励賞（鈴木賞） 「表現型可塑性の進化とその分子遺伝機構」

生態遺伝学研究室

研究員

准教授

Intellectual Property Rights
国内出願

彰

松本悠貴

日本植物学会第 79 回大会

制御する細胞内物理化学の研究」

太田朋子
島本勇太

中沢信吾
石川麻乃

2015 年度 知的財産権

5件

アイテム推薦システム及びアイテム推薦方法

原一夫／鈴木郁美

特願 2015-147269

動物細胞ゲノム部位特異的外来 DNA 挿入方法

鐘巻将人／夏目豊彰

特願 2015-162612

膜型ニューレグリンのエクトドメインシェディング可視化プローブ

川上浩一

特願 2016-053156

DNAメチル化による植物遺伝子発現抑制を解除する方法

角谷徹仁／保坂

大腸癌モデル動物、大腸癌モデル動物の製造方法、抗癌剤、アレルギーモデル動物、

城石俊彦／天野孝紀

特願 2016-069775

情報処理装置、情報処理方法、プログラム及び非一時記憶媒体（PCT 出願）

原一夫／鈴木郁美

PCT/JP2016/051909

動物細胞ゲノム部位特異的外来 DNA 挿入方法（PCT 出願）

鐘巻将人／夏目豊彰

PCT/JP2016/059174

動物細胞ゲノム部位特異的外来 DNA 挿入方法（US 仮出願）

鐘巻将人／夏目豊彰62265425

DNAメチル化による植物遺伝子発現抑制を解除する方法（US 仮出願）

角谷徹仁／保坂

62314404

アレルギーモデル動物の製造方法、及びスクリーニング方法

国際出願

96

教授

斎藤

絡／佐々木

碧／フ ユウ／

卓／高嶋和哉

特願 2016-066012

4件

表彰・受賞歴、知的財産権／ Awards and Honors, Intellectual Property Rights

斎藤

絡／佐々木

碧／フ ユウ／

卓／高嶋和哉Research Organization of Information and Systems
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構

機構長

機構本部

機構所属研究所〒105-0001
東京都港区虎ノ門 4-3-13
ヒューリック神谷町ビル 2 階
TEL（03）6402-6200
http://www.rois.ac.jp/

国立極地研究所

統計数理研究所〒190-8518 東京都立川市緑町 10-3
TEL（042）512-0608 http://www.nipr.ac.jp/〒190-8562 東京都立川市緑町 10-3
TEL（050）5533-8500 http://www.ism.ac.jp/

国立情報学研究所

国立遺伝学研究所〒101-8430 東京都千代田区一ツ橋 2-1-2
TEL（03）4212-2000 http://www.nii.ac.jp/〒411-8540 静岡県三島市谷田 1111
TEL（055）981-6707 https://www.nig.ac.jp/

北川源四郎

KITAGAWA, Genshiro
President

National Institute of Polar Research

National Institute of Informatics■ 機構長の挨拶

私たちの住む現代社会は、情報通信技術の飛躍的発展を背景に、かつてない大きな変革の時期を迎えています。20 世紀後半の情報技術の進展は情報の価値を物質・エネルギーと同等のものに高め、情報社会が確立しました。しかし現在ではさらに一歩進んで、科学・技術の研究の場に限らず、社会のあらゆる場面において、時々刻々大量の情報がほ
とんど自動的に取得されるようになっています。この結果、ユビキタス
社会の到来が現実のものとなり、社会体制も科学・技術の在り方も大きく変化して、量が質に転化するという使い古された言葉が現前した感があります。とくに、科学・技術の世界においては、従来の理論・実験に加え、計算が第三の科学的方法論として確立し、今後は第 4 の科学ともい
われるデータ中心科学の確立が必要になっています。
情報・システム研究機構は、大学共同利用機関の法人化に伴って、現代社会が直面する複雑な対象を情報とシステムの観点から捉えようとする理念のもとに、国立情報学研究所、統計数理研究所、国立遺伝学研
究所、国立極地研究所が結集して構成されたものです。機構の研究所は、それぞれの研究者コミュニティーを背景に特色を活かして独自の立場か
ら先端的な研究を推進し、新しい科学的方法論の確立と新しい研究領域の開拓によって機構の理念の実現を目指しています。また、大学共同利用機関として、それぞれの学問領域の特性を考慮しつつ共同利用・共同研究の機能を強化してまいります。さらに、大学共同利用機関の第 3の使命である大学院教育に関しては、総合研究大学院大学の基盤機関として、新しい時代の学術研究の担い手を育成します。
新時代の学術研究へ向けての情報・システム研究機構の挑戦に、皆様のご支援ご鞭撻をお願い申し上げます。

The Institute of Statistical Mathematics

National Institute of Genetics■ Message from the President

With the rapid development of information and communications
technology, the modern society in which we live is experiencing
unprecedented change. Progress in information technology in thelate 20th century heightened the value of information to a level
equal to that of materials and energy, establishing an informationsociety. Currently, it has progressed to the level where enormousvolumes of information can almost automatically andinstantaneously be obtained in almost every sphere of society, notjust in the areas of scientific and technological research. As aresult, the advent of the ubiquitous society is a reality, and social
systems as well as the role of science and technology havechanged significantly; it seems that the cliché about quantity
evolving to quality has become a real possibility. In the world of
science and technology, computation has now been establishedas the third scientific methodology, next to theory and experiment,
and the need for the establishment of data-centered science, theso-called “fourth science,” is already upon us.
With the incorporation in 2004 of the Inter-University ResearchInstitutes, the Research Organization of Information and Systems(ROIS) was established to bring together the National Institute ofInformatics, the Institute of Statistical Mathematics, the National
Institute of Genetics and the National Institute of Polar Research
for the purpose of capturing and analyzing, from the perspectiveof information and systems, various of the complex phenomena
encountered in modern society. The institutes, backed by theirresearch communities, harness their own special features andpromote cutting-edge research from their unique standpoints,
attempting to construct new research paradigms and open up
new research areas in fulfillment of the mission of ROIS. ROIS willfurther strive to strengthen its joint use and joint research functions
as an inter-university research institute paying attention to thecharacteristics of each area of study. For graduate school
education, the third mission of an inter-university research
institute, ROIS functions as the core organization behind the
SOKENDAI (Graduate University for Advanced Studies), training
human resources to lead academic research in a new age.
We hope that you will continue to support and encourage
ROIS as it pursues a new era of academic research.

情報・システム研究機構／ Research Organization of Information and Systems

97

SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)
国立大学法人 総合研究大学院大学

総合研究大学院大学（以下、総研大）は、1988 年にわが国で最初に設立された自らは学部を持たない大学院だ
けの大学（独立大学院大学）であり、人文・理工にわたる学術分野につき総合的な博士課程教育を、大学共同
学長

岡田泰伸

利用機関等を基盤機関として、それら

OKADA, Yasunobu
Presidentの優れた研究・学習環境を最大限に所在と広い視野を持った一流の研究者を生かして行うことにより、高い専門性〒240-0193 神奈川県三浦郡葉山町（湘南国際村）
Shonan Village, Hayama, Kanagawa 240-0193 JapanTEL 046(858)1500

http://www.soken.ac.jp/

養成するという世界にも類例のない
ユニークな大学です。

SOKENDAI (The Graduate University for
Advanced Studies) was established in 1988 asJapan’s first independent graduate university
without undergraduate courses. SOKENDAI
is unique in the world in that it provides
comprehensive doctoral programs in academic
fields ranging from the arts and humanities toscience and engineering in cooperation withparent institutes, such as Inter-University
Research Institutes, the excellent research andlear ning environments of which are fully
leveraged to nurture leading researchers withoutstanding expertise and broad perspectives.

▶ Inter-University Research Institutes participating in the Graduate University for Advanced Studies

総研大に参加する大学共同利用機関❶ 総研大本部（生命共生体進化学専攻）

The Graduate University for Advanced Studies(Department of Evolutionary Studies of Biosystems)❷ 国立民族学博物館（地域文化学専攻・比較文化学専攻）

National Museum of Ethnology(Department of Regional Studies・Department of Comparative Studies)❸ 国際日本文化研究センター（国際日本研究専攻）

International Research Center for Japanese Studies (Department of Japanese Studies)❹ 国立歴史民俗博物館（日本歴史研究専攻）

National Museum of Japanese History (Department of Japanese History)❺ 教育支援センター（メディア社会文化専攻）

Center for Open Distance Education (Department of Cyber Society and Culture)❻ 国文学研究資料館（日本文学研究専攻）

National Institute of Japanese Literature (Department of Japanese Literature)❼ a. 分子科学研究所（構造分子科学研究科・機能分子科学専攻）

Institute for Molecular Science(Department of Structural Molecular Science・Department of Functional Molecular Science)b. 基礎生物学研究所（基礎生物学専攻）

National Institute for Basic Biology (Department of Basic Biology)c. 生理学研究所（生理科学専攻）

National Institute for Physiological Sciences (Department of Physiological Sciences)❽ 国立天文台（天文科学専攻）

National Astronomical Observatory (Department of Astronomical Science)11❾ 核融合科学研究所（核融合科学専攻）

National Institute for Fusion Science (Department of Fusion Science)❿ 宇宙科学研究所（宇宙科学専攻）

Institute of Space and Astronautical Science (Department of Space and Astronautical Science)

3

2

9
7

15

10

1

5 4

⓫ a. 加速器研究施設・共通基盤研究施設（加速器科学専攻）
Accelerator Laboratory・Applied Research Laboratory(Department of Accelerator Science)b. 物質構造科学研究所（物質構造科学専攻）

Institute of Materials Structure Science (Department of Materials Structure Science)c. 素粒子原子核研究所（素粒子原子核専攻）

Institute of Particle and Nuclear Studies (Department of Particle and Nuclear Physics)⓬ 統計数理研究所（統計科学専攻）

The Institute of Statistical Mathematics (Department of Statistical Science)⓭ 国立極地研究所（極域科学専攻）

National Institute of Polar Research (Department of Polar Science)⓮ 国立情報学研究所（情報学専攻）

National Institute of Informatics (Department of Informatics)⓯ 国立遺伝学研究所（遺伝学専攻）

National Institute of Genetics (Department of Genetics)

98

国立大学法人 総合研究大学院大学／ SOKENDAI (The Graduate University for Advanced Studies)

6

12
13

8

14

シンボルマークは減数分裂第一中期の分裂像を図案化したもので，「地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に記されてある」（木原均、1946）を表している。

Symbol mark of the Institute, which
designs the metaphase plate of the firstmeiotic division and symbolizes the remark
by Dr. Hitoshi Kihara (1946): “The historyof the earth is recorded in the layers of its
crust; the history of all organisms is
inscribed in the chromosomes.”

要覧 2016 年度
https://www.nig.ac.jp

国立遺伝学研究所管理部〒411-8540 静岡県三島市谷田1111
1111 Yata, Mishima, Shizuoka-ken 411-8540 JAPANTEL 055-981-6707 FAX 055-981-6715

National Institute of Genetics
国立遺伝学研究所

https://www.nig.ac.jp