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まで

2023年9月6日13：35－13：55
Zoomによるオンライン開催「不老」運用状況報告
名古屋大学情報基盤センター 片桐孝洋

1

第４回不老ユーザ会

名大情報基盤センターのスパコンのご紹介

2

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」の役割
１．全国共同利用・共同研究拠点として学内外へ計算資源提供


全国共同利用・共同研究拠点として国が位置づけ全国の研究者の世界トップレベル研究を強力に支援
HPCI (High Performance
世界トップレベル
Computing Infrastructure) 利用者
研究の支援

国策スパコン
利用支援

簡便な移行支援

導入支援／高性能化／特殊処理／長時間実行

名大拠点利用者
JHPCN利用者

名大「不老」
TypeⅠシステム（富岳型ノード）

２．ものつくり企業支援（地域イノベーションコア形成）

スーパーコンピュータ「富岳」

世界トップレベル
研究成果創出

産業利用制度（公開、非公開）



計算機利用型講習会による並列処理・大規模計算普及（地域特有の中小企業支援）

３．新しい計算需要に向けたサービス開拓

データサイエンス（ビッグデータ）、AI基盤の提供による新サービスの開拓

４．指定国立大学として重要な役割


数理・データ科学教育

人材育成・研究力強化・社会との連携

3・数理データ科学分野の人材育成
・AI技術基盤提供 （大規模AI計算基盤、大規模ストレージ、サイバーフィジカル）・技術コンサルティング・・・等による社会貢献スーパーコンピュータ「不老」の特徴
 以下の新しいスパコン利用法を提供しています: ① TypeⅠサブシステム（｢富岳｣型）による超並列処理
 ② TypeⅡサブシステム（GPUクラスタ）による大規模機械学習
 ③ 数値計算 ＋ AI 処理
 ④ ①～③のシームレスなデータ可視化 ⑤ ①～④で必要な大規模・堅牢なデータ蓄積
 ④に必要なTypeⅢサブシステム（大規模共有メモリ（48TB））、精細／遠隔可視化装置が、伝統的に名古屋大学は充実
 ⑤のコールドストレージ（100年保存可能な光ディスク）搭載スパコンは業界初
7

第４回不老ユーザ会

名古屋大学情報基盤センターのスパコン利用の特徴
 計画書提出なし／論文出版等の義務なく利用可能名古屋大学拠点利用の場合（HPCI、JHPCN利用を除く）
 年間随時募集（ただし、提供資源がなくなった場合を除く）
 アカデミックの方

研究目的（平和利用）、予算確保（運営費、科研費等）が明確であれば、必ず利用承認されます 研究目的の記載は数行
 成果報告書は１ページ
 事実上、発表・出版論文などの情報の登録をお願いするのみ
 申込書提出後、１週間程度で承認、アカウント発行


民間利用の方課題の計画書提出が必要
 審査委員会で審議の上で承認（１～２週間程度）。
その後、アカウント発行。
 報告書はアンケート程度
8

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「富岳」との連携
同型計算機・同一ソフトウェアスタック

1.

「不老」TypeⅠサブシステムはCPUが「富岳」と同型
 OS・コンパイラ等のソフトウェアスタックも同一と想定


国策ソフトウェアの「不老」TypeⅠサブシステムのプリインストール・講習会実施

2.


国費開発ソフトウェアで「富岳」で動作するソフトウェアのいくつかを、一般財団法人 高度情報科学技術研究機構（RIST）の協力のもと、「不老」TypeⅠで提供、ハンズオン講習会も実施
☞講習会予定をご覧ください「富岳」向けチューニングと「富岳」への移行支援

3.


9

☞「不老」のほうがより進んだバージョンが提供される可能性がありコンサルティング・教員との共同研究で「富岳」向けと想定されるコードチューニング（☞「不老」TypeⅠ向けと等価）を支援します
第４回不老ユーザ会

名古屋大学情報基盤センターのスーパーコンピュータ
スパコンの歴史「不老」導入9600

Fujitsu M-1800

05

13
Fujitsu HX600,
M9000

Fujitsu GP7000F/90

メインフレーム系

09

Fujitsu HPC2500

15
Fujitsu
CX400

20
CX400

Fujitsu VPP5000

ベクトル型スパコン

複合型「不老」Fujitsu CX2570

アプリケーションサーバ

GPUサーバ

スカラー型スパコン

Fujitsu VPP500

24

Fujitsu FX1Fujitsu
FX10

スーパーコンピュータ

FX100

Fujitsu FX1000
超並列

HPE SuperDome Flex
大規模共有メモリこれまで約5年間隔でリプレイス
「不老」も5年弱（4年9ヶ月）の稼働を予定
10

第４回不老ユーザ会

HPE ProLiant
DL560
クラウド

次期
不老へ

スーパーコンピュータ「不老」
主な構成要素Type I, II, III, クラウドの合計で15.886PFLOPS（旧システムの約4倍）

7.782 PF7.489 PF

77.414 TF

537.6 TF

Type Iサブシステム

Type IIサブシステム

Type IIIサブシステム

クラウドシステム

FUJITSU Supercomputer FX1000「富岳」型

FUJITSU Server PRIMERGY CX2570 M5
GPUスパコン

HPE Superdome Flex
大容量メモリ・可視化

HPE ProLiant DL560
バッチ＆インタラクティブ

ホットストレージ

30 PB

11

FUJITSU PRIMGERY RX2540 M5
FUJITSU ETERNUS AF250 S2
DDN SFA18KEDDN SS9012

第４回不老ユーザ会

コールドストレージ
SONY PetaSite 拡張型 Library

6 PB

性能諸元（主要サブシステム群）
Type II

Type III

クラウド

CPU

A64FX ×1
(Armv8.2-A + SVE)
48+2コア、2.2GHz

Xeon Gold 6230×2(Cascade Lake)
20コア、2.10-3.90 GHz

Xeon Platinum 8280M×16(Cascade Lake)
28コア、2.70-4.00 GHz

Xeon Gold 6230×4(Cascade Lake)
20コア、2.10-3.90 GHz

メインメモリ

HBM2, 32GB

DDR4, 384GB

DDR4, 24TB

DDR4, 384GB

GPU-

Tesla V100×4 (Volta)
HBM2, 32GB

Quadro RTX6000×4 (Turing)
GDDR6, 24GB

-

理論性能

3.3792 TFLOPS(DP)1,024 GB/s

・CPU
1.344 TFLOPS(DP)×2
140.784 GB/s×2・GPU
7.8 TFLOPS(DP)×4900 GB/s×4・CPU
2.4192 TFLOPS(DP)×16
140.784 GB/s×16

1.344 TFLOPS(DP)×4140.784 GB/s×4

ノード数

2,304

221

2100

ノード間接続TofuインターコネクトD

InfiniBand EDR ×2

InfiniBand EDR

InfiniBand EDR

総理論性能

7.782 PFLOPS(DP)2.359 PB/s

7.489 PFLOPS(DP)857.8 TB/s

77.414 TFLOPS(DP)2.253 TB/s

537.6 TFLOPS(DP)56.314 TB/s

冷却方式

水冷

水冷

空冷

空冷

ノードあたりType I12

第４回不老ユーザ会

消費電力・省電力対策
 最大消費電力
サブシステム名

 電力可視化
消費電力

TypeIサブシステム

628.1kVA

TypeIIサブシステム

393.5kVA

TypeIIIサブシステム

21.6kVA

クラウドシステム

93.0kVA

ストレージ

49.9kVA

フロントエンド

19.6kVA

運用管理システム他

52.3kVA

冷却設備

641.9kVA

合 計

13

1,899.9kVA

 湧水を用いた冷却地下の湧水を活用したら総合評価時加点 屋外チラーに散水して冷却


第４回不老ユーザ会

全体システム構成

14

第４回不老ユーザ会

高精細可視化システム
8Kタイルドディスプレイ

Type IIIサブシステム（HPE Superdome Flex）
77.4TFLOPS/48TiB MEM

185inchi 8K高精細大画面タイルドディスプレイ
（総解像度：7680×4320）
Samsung 46inchi Display×16

Intel Xeon Platinum 8280M(2.7GHz,28Core)×16CPU×2 24TiB×2
NVIDIA Quadro RTX6000×4×2
HDD:実効容量500TB(RAID6)×2, NVMe:51.2TB×24K4KQuadro RTX6000

光ケーブル

2K Display×4

4K

SINET
リモート可視化

4K

2K Display×4

大規模共有メモリ：
24TiB ×2ノード
スーパーコンピュータ共有ストレージ

2K Display×4

2K Display×4

HDMI

画像処理装置（Windows可視化サーバ）

4K Display×4

Intel Xeon Gold 5122
3.6GHz 4 Cores, 512 GiB MEM
NVIDIA Quadro RTX8000
SATA SSD 2TB
光Disk 5.5TBドライブ ODS-D380U
ホットストレージ
DDN SFA18KE
総実行容量： 30PB

15

コールドストレージ
Sony ODA PetaSite 拡張型ライブラリ
搭載容量：6PB（5.5TB×1091巻）
最大容量：10.89PB（5.5TB×1980巻）

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
ソフトウェア利用環境
プログラム開発環境など
フロントエン Type I サブシ Type II サブシ Type III サブシ クラウドシステ 画像処理 サー オンサイト 利
ド システムステムステム
ステム
ム
バ用装置
Intel Parallel
StudioComputing
Suite

コンパイラ
(Fortran, C/C++),
プロファイラ/デバッガ, MPI, 数値計算ライブラリ○○

NVIDIAHPC SDK

コンパイラ(Fortran, C/C++,OpenACC, CUDA
Fortran), プロファ
イラ/デバッガ, MPI,
数値計算ライブラリ○○

FUJITSUTechnicalComputing
Suite

コンパイラ
(Fortran,C/C++),
プロファイラ/デバッガ, MPI, 数値計算ライブラリ○

Arm Forge
Proffesional
NVIDIA
CUDA SDK
Singularity

プロファイラ/デバッガ/最適化
GPU統合開発環境
コンテナ環境

その他

16

○

○

企業利用

●

●

○

●

○

○

○

○

●

○

○

●

GV, Gfortran,GCC, perl, Python,Ruby, R, Emacs, vi,
nkf, etc.

○

OpenGL○

○

○
○

○

●

○

○

○

●

○

○

○

●

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
ソフトウェア利用環境
ライブラリ利⽤環境

フロント
Type I サブシ Type II サブ Type III サブ クラウド サブ 画像処理 サー オンサイト 利エンド
ステム
システム
システム
システム
バ⽤装置
システム

企業利⽤

FFTW, SuperLU,SuperLU MT,SuperLU DIST,METIS, MT-METIS,ParMETIS, Scotch,
PT-Scotch, PETSc,
MUMPUS, Xabclib

数値計算ラ
ppOpen-HPCライブ
イブラリ
ラリ︓ppOpenAPPL, ppOpen-AT,
ppOpen-MATH

○

○

○

○

○

●

○

○

○

○

○

●

○

○

○

○

○

●

○

○

○

○

○

●

精度保障ライブラ
リ︓LINSYS_V,
DHPMM_F
⼊出⼒
NetCDF, Parallel
フォーマッ
netCDF, HDF5,トライブラ
JHPCN-DFリ
画像処理ソ
OpenCV, Geant4
フトウエア
Caffe, Chainer,Keras, PyTorch,
TensorFlow,
Theano, Mxnet,
ONNX
機械学習ソ
フトウエア
パッケージ︓conda,Numpy, Scipy,
scikit-image, pillow,
matplotlib,
17jupyterlab

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
ソフトウェア利用環境
解析ソフトウェア利⽤環境•*1 Type III サブシステムの会話型ノード(lm01)で利⽤可。
•*2 CPU並列版の他にGPU対応版が利⽤可。

フロントエ
Type I サブ Type II サ
ンド システ
システム
ブシステム
ム
流体解析

構造解析

計算化学
解析

OpenFOAM, FrontFlow
blue/redLS-Dyna

○

画像処理
サーバ

オンサイト
利⽤装置

企業利⽤

○

○

●

○

○

●

○FrontISTR○○AMBER○○ *2○Gaussian,Gamess,Gromacs,
LAMMPS,
NAMD

○

○ *2○

●

Modylas

○○

○

●

メッシャー

Pointwise

統合ソフト
ウエア

HyperWorks18○Type III サ クラウド サ
ブシステム ブシステム

○

○ *1
○ *2

○

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
ソフトウェア利用環境
可視化ソフトウェア利⽤環境
フロントエン
TypeⅢ
オンサイ
TypeⅠ
TypeⅡ
クラウド 画像処理
ドサブシステト
企業利⽤
サブシステム サブシステム
サブシステム サーバシステム
ム
利⽤装置
リモート可視化

可視化
ソフトウエア

○

○

●
×○

○

●

○※1

○

○

●

○

○

○

×
●
×

NICEDCV○○※1

FieldView○○

AVS/Express
PyMOL
VMD
MeshLABParaview
POV-Ray
3D AVS Player
ffmpeg, ffplay
IDL, ENVI○○○○○MicroAVS○

3dsMaxVisual StsudioPro○※1 TypeⅢサブシステムの会話型ノード(lm01)で利⽤可。

19○

第４回不老ユーザ会

課金体系

20

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
課金体系 (1/8)
 前払い定額制（プリペイド形式）
 利用すべき資源の料金を前払いして利用 利用ポイントに変換して利用

 単年度会計(４月１日～翌年３月３１日)
 年度途中で申込み可能だが、利用終了は年度末
 年度末に余った利用ポイントは没収

 一度の申込みで全てのサブシステムと可視化システムを利用可能
 Type I、Type II、Type III、クラウド
21

全て共通

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
課金体系 (2/8)
 アカデミックユーザ（大学、研究機関など所属）

向けプラン
 基本負担金 利用登録1名につき年額10,000円（登録料）
 10,000⇒6,500利用ポイントを付加（他ユーザへの譲渡不可）
 追加負担金 1,000円単位で追加が可能
 50万円未満： 1円あたり1⇒0.65 ポイント付加
 50万円以上： 1円あたり1.25⇒0.8125ポイント付加
22

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
課金体系 (3/8)
 TypeIサブシステム（「富岳」型ノード）消費ポイント
 計算課金：利用ノード数×経過時間[s] × 0.0056
 基本負担金１万円＝0.65万ポイント付加で利用可能な目安
 １ノードを

約２１日 ⇒ 約１３．７日
 ４ノードを 約 ５日 ⇒ 約 ３．２日
 １０万円（基本利用料金１万円、追加料金９万円）＝6.5万ポイント付加で利用可能な目安
 １ノードを 約２０７日 ⇒ 約１３５日
 ４ノードを 約 ５２日 ⇒ 約 ３４日
 ８ノードを 約 ２６日 ⇒ 約 １７日
 １ノードの年間利用額：約１６万９０００円⇒約２５万８５００円
 保守日等を考慮し年間３５０日利用できると仮定、以下同様
23

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
課金体系 (4/8)
 TypeIIサブシステム（GPUノード）消費ポイント
 計算課金：利用GPU数×経過時間[s] × 0.007
 基本負担金１万円＝０．６５万ポイント付加で利用可能な目安
 １ノード（１GPU）を 約１７日 ⇒ 約１１．１日
 １ノード（４GPU）を 約 ４日 ⇒ 約 ２．６日
 １０万円（基本利用料金１万円、追加料金９万円）＝６．５万ポイント付加で利用可能な目安
 １ノード（１GPU）を 約１６５日 ⇒ 約１０８日
 １ノード（４GPU）を 約 ４１日 ⇒ 約 ２７日
 ４ノード（16GPU）を 約 １０日 ⇒ 約 ７日
 １ノード（４GPU）の年間利用額：約８４万７０００円⇒約１２８万５０００円
24
第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
 Type III：１ソケット当たり２８コア
課金体系 (5/8)
 クラウド：１ソケット当たり２０コア
 TypeIIIサブシステム（大規模共有メモリノード）、およびクラウドシステムの消費ポイント
 計算課金：利用ソケット数×経過時間[s] × 0.002
 基本負担金１万円＝０．６５万ポイント付加で利用可能な目安
 １ソケットを 約５８日 ⇒ 約３７．９日
 ４ソケットを 約１４日 ⇒ 約 ９．１日
 １０万円（基本利用料金１万円、追加料金９万円）＝６．５万ポイント付加で利用可能な目安
 ４ソケットを 約１４５日 ⇒ 約９５日
 ３２ソケットを 約 １８日 ⇒ 約１２日
 ２ソケットの年間利用額：約１２万１０００円⇒約１８万５０００円
25
第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
課金体系 (6/8)
 会話型利用：
ログインノード上での処理の消費ポイント
 課金：無料 主にインストール作業での利用想定です。

計算利用はご遠慮ください。
 Type IIIサブシステム（会話型処理）の課金はありますのでご注意ください。
 各計算ノードの備えるinteractiveジョブクラスはバッチジョブ扱いの課金です（fx-interactive, cx-interactive, cl-interactive）
26

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
課金体系 (7/8)
 ホットストレージ ファイル課金
 １TB 以下の場合(Home + Large)：徴収しない
 ファイルの使用容量が１TB を超えた場合：

超えた容量について、１GB につき １日当たり 0.01 ポイ
ント 例) 2TB(2000GB)利用：1000GBが課金対象⇒ １０ポイント/日 ⇒３００円/３０日、３，５００円/３５０日（保守などで停止する日については徴収しない）※１２８TBを超える場合は、全体容量を考慮して、削除依頼をさせていただくことがあります【予定】。
※１２８TBを超える容量が必要な場合は、事前に相談ください。
27

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
事前納入の光ディスク６PB売り
課金体系 (8/8)
 コールドストレージ ファイル課金

切り後は、ユーザによる持ち込みのみなります（上限１０PBまで）。
管理料１万円／年と格安です！
すでに、３PB程度が売れています！
ご購入はお早めに！

 １口：50TB
 １回だけ書き込める（追記可能）の光ディスク×10枚（１枚約5TB）
 ファイル負担経費（初回利用時のみ必要）：
１口 190,000円
 ファイル管理経費（毎年必要、基本負担金とは別）：
１口 10,000円※ユーザの利用終了時、もしくは、「不老」運用終了時に、光ディスクを持ち帰りいただけます。
28

第４回不老ユーザ会

29

第４回不老ユーザ会

Windows/Mac OSを搭載したPCに、USB3.2又はUSB3.0で単体ドライブを接続して、専用のFilerソフトを使って利用できます。

光ディスクカートリッジ

単体ドライブ

詳細は、以下をご覧ください：30
第４回不老ユーザ会
https://icts.nagoya-u.ac.jp/ja/sc/pdf/pamphlet-cold-202012.pdf

スーパーコンピュータ「不老」
新サービス：ノード準占有利用
 ノード準占有利用
 1時間以内のジョブ実行開始を保証
 バッチ利用のみ １ノード、１ヶ月間の利用負担金
 Type IIサブシステム：

210,000円⇒330,000円（通常価格の約2.8倍）
 クラウドシステム：
62,000円⇒95,000円（通常価格の約2.8倍）
提供資源量が無くなり次第、受付終了
→お早めに
31

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
新サービス：クラウドノード予約利用
 クラウドノード予約利用
 専用の予約システム「UNCAI」（Webブラウザで操作）でノードを予約して利用する
 利用料金 計算課金：利用コア数×経過時間[s] × 0.0001（ソケット当たりコア数を考えればバッチ実行と同等）
 １ソケット当たり20コア、10コア（0.5ソケット）から利用可能
 利用可能なメモリ容量もコア数に比例 基本負担金1万円でXeon Gold 20コア1ソケットを約58日⇒約38日間使用可能
32

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
新サービス：グループ利用 グループ利用売れています！

 １口１０人まで、１０万円で100,000 ⇒ 65,000ポイント付与
 登録料なし
 個人利用（個別に１万円×１0人が個別に基本負担金を払う）との違い
 65,000ポイントを１0人で共有利用できます 個人利用では、購入した6,500ポイントを他者と共有できません
33

第４回不老ユーザ会

お試し利用、リテラシー利用
 トライアルユース
 ソフトウェアの動作確認などを、無料で行える制度です。
 お1人様1回限りで申請できます。
 企業においては、同一の課で１回のみです。
 アカデミックユーザ（無審査）、企業ユーザ（書類審査）
 10,000ポイント付加（値上前と同じ）

 有効期限1ヶ月

 リテラシー利用（アカデミックユーザのみ）
 名大学内外の学部・大学院等の講義や演習で利用いただける制度です。
 利用登録25 件につき10,000 円、50,000ポイント付与（値上前と同じ）
 有効期限：上限6ヶ月（講義・演習実施期間に依存）34

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
民間利用制度（産業利用）
 書類での審査があります。追加負担金も同額です。
 公開型
 １０アカウントまで２０万円
 アカデミック利用の料金の申込み金額に応じたポイント優遇はございません。
詳しくは、産業利用のパンフレットをご参照ください。

２倍（２０万円当たり１００,０００⇒６５,０００ポイント）
 企業名、課題名、報告書をWebで公開（延期制度あり）
 非公開型
 １０アカウントまで４０万円
 アカデミック利用の料金の４倍（４０万円当たり１００,０００ ⇒６５,０００ポイント） 外部に情報は非公開（ただし内部会議では情報が出ます）
35

第４回不老ユーザ会

優先ジョブクラス（アカデミック・民間）
 TypeI、TypeII、クラウドの各サブシステム
 ポイントを通常の２倍消費することで利用可能なジョブクラス
 専用のキューにジョブを投げることで利用 通常のジョブクラスが混んでいるときでも早く実行したい、というユーザの利用を想定 （優先ジョブクラスも混んでしまったらすいません）36

第４回不老ユーザ会

コンサルティング
 並列化、利用高度化、ISVアプリの利用方法などに関するコンサルティングを行っています。
 本センター教職員や学内外の専門家で構成される専門分野相談員によるコンサルティング（面談）ができます。


Web受付 Q&A SYSTEM
各種ご質問、ご相談等は下記Webサイトからお問合せください。
 https://qa.icts.nagoya-u.ac.jp/


面談相談（※ZOOMによる遠隔面談も可）
実際に画面を見ながらなど、電話やメールでは伝えにくいご質問やご相談は面談でも受け付けています。
 事前にお約束の上、本センター3階図書室内のIT相談コーナーにお越しください。または、相談員が訪問させていただくことも可能です。
 連絡先：052-789-4366（IT相談コーナー直通）、または上記のQ&A SYSTEMから

37

第４回不老ユーザ会

可視化設備 情報基盤センター可視化室（本館１階）
 可視化室の利用は予約制となります（無料）• 8K 185型タイルドディスプレイ• 全天周映像視聴システム• 円偏光立体視システム など
38

第４回不老ユーザ会

可視化設備 情報基盤センター可視化室（本館１階）
 可視化室の利用は予約制となります（無料）8K 185型
タイルドディスプレイ

16

第４回不老ユーザ会

利用者支援室（２部屋） 情報基盤センター利用者支援室（本館３階）
 利用者支援室の利用は予約制となります（無料）40

第４回不老ユーザ会

訪問者が現地で利用可能な機材


画像処理装置（1F可視化室）

Windows10が動作するデスクトップパソコン（１台）
対話型のプリ・ポスト処理や共有ファイルストレージの大容量ファイル取り扱い用
10Gbps SINETによる高速インターネットが利用可能USB外付けHDDやディスクメディア（Blu-rayディスク）を持ち込んでホットストレージに対するデータの読み書きが可能
可視化室に設置された185インチ8K高精細ディスプレイに接続、大規模データの高品位なプリポスト処理やコンテンツ生成に活用可能

画像処理装置オンサイト利用装置（3F利用者支援室）
Linuxが動作する計算サーバ（２台）対話型のプリ・ポスト処理、スーパーコンピュータシステムとの大容量ファイル取り扱い用
USB外付けHDDや光ディスクメディア（Blu-rayディスク）を持ち込んでホットストレージに対するデータの読み書きが可能予約制の部屋貸し切りで、ハードディスク持ち込みで大規模データの入力、回収が可能

オンサイト利用装置

ODA単体ドライブコールドストレージの光ディスク
アーカイブと互換性のあるUSB接続
ドライブ
画像処理装置・オンサイト利用装置に接続して利用可能
41

ODA単体ドライブの貸し出しできます（宅配便で郵送できる専用ケースも有）ご相談ください

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
講習会等 開催情報（2023年4月～）
2023年度「不老」利用型講習会 開催予定
（オンライン開催）
 2023年9月22日 MPI（初級） 2023年9月28日 超初心者利用【新設講習会】
 2023年10月2日 数値計算ライブラリ（初級） 2023年10月18日 OpenFOAM講習会（中級・ミルククラウン解析）
 2023年11月以降も、多数開催予定
 最新状況は以下のHPをご覧ください

https://www2.itc.nagoya-u.ac.jp/cgi-bin/kousyu/csview2.cgi
42

第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不老」
アプリケーション

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第４回不老ユーザ会

スーパーコンピュータ「不⽼」︓
利⽤されているアプリケーション例（導⼊時）■ 大規模数値計算（TypeⅠサブシステム）名大 坪木和久 教授︓スーパー台風解析 雲解像モデルCReSS

名大 渡邉智彦 教授︓プラズマシミュレーション GKV■ AI／GPUコンピューティング（TypeⅡサブシステム）
名大 森健策 教授: AIによる医⽤画像診断支援技術 (AI)

名工大 本谷秀堅 教授:医⽤画像処理 LDDMM (GPU Comp.)



防衛大 萩田克美 講師︓全原子MD計算による結晶化挙動の解明 (GPU Comp.)■ 大規模数値計算＋AI（TypeⅠサブシステム＋TypeⅡサブシステム連携）


⽴教大 望月祐志 教授: フラグメント分子軌道計算 ABINIT-MP

⼭梨大 相馬一義 准教授: 機械学習による気象予測■ 名古屋大学情報基盤センター 独自開発ソフトウェア


名大 ⾼橋一郎 特任主任技師: 可視化ツール VisPlus、コールドストレージ操作ツール
ODAPLUS（TypeⅢサブシステム＋ホット／コールドストレージ）



名大 片桐孝洋 教授︓精度保証数値計算ライブラリ VNC-HPC（早大 荻田武史教授、芝工大 尾崎克久教授との共同研究成果物）(TypeⅠ/TypeⅡ/クラウド)
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第４回不老ユーザ会

センター独自開発ソフトウェア

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第４回不老ユーザ会

(名大ITC独自開発)

3Dデータ加工ツール
１）3Dデータの表示
meshlab@ in【使⽤例】
meshlab@ abc.ply

Merge2）データフォーマット変換
3dconv in out【使⽤例】
3dconv abc.obj abc.ply

Surface Reduction

3）マージ処理
3dmerge in1 in2 out【使⽤例】
3dmerge ball.ply stick.ply
ballstick.ply4）Surfaceメッシュ削減
3dmesh in out [faces_number]… 省略値:200【使⽤例】
3dmesh abc.x3d abc.ply 100

対応３DデータFormat:
3ds, stl, ply, wrl, dxf, dae, xyz,x3d

Vertex: 162万

Vertex: 27万(名大ITC独自開発)
計算化学データの⽴体構造の可視化・解析システム
計算から可視化まで、すべてスパコン上で実⾏、⼤規模データ対応、企業利⽤可AVS Express
Babel
VMD
PyMol
MeshLab

X線結晶構造解析、電子顕微鏡解析、NMR
コンピュータ・シミュレーション（構造、トラジェクトリデータ等）
AlphaFold2, AMBER、VASP、Gaussian、GENESISGAMESS、GROMACS、NAMD、LAMMPS等

スーパーコンピュータ
1) ジョブ投入支援
2) プリポスト処理
・ 操作の自動化
・ インタラクティブ実⾏ / バッチ実⾏
・ リモート可視化 / ローカル可視化
呼び出し ・ 可視化結果の保存 / 閲覧
3) 分析支援
・RMSD計算, 重ね合わせ表示
・マルチビューを使った比較
4) 分子データフォーマット変換

リモート可視化

多彩な表示装置に対応（データ転送不要）

リモートDesktopツールを使って可視化

3D/4D形状データローカル可視化（描画データを転送）

⾼精細大画⾯・大画⾯⽴体視等

フリーの表示ソフト等のビューワを使って可視化スパコン「不老」の今後の展開～TypeⅡ（GPU）利活用を中心に～48

第４回不老ユーザ会

OSS活⽤事例

 タンパク質構造予測ソフト

AlphaFold2 を TypeⅡ
サブシステム上で簡単に利⽤できるように整備(2022年2月2日)

https://icts.nagoyau.ac.jp/ja/sc/news/maintenance/202201-28-alphafold.html(source: https://github.com/deepmind/alphafold) AlphaFoldの利⽤規約が更新され⺠間利⽤のユーザも利⽤可能
 分散ノードのSSDを利⽤可能とするNVMESHにデータベース

配置⇒10時間以上かかるHHblits処理が10分に短縮
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第４回不老ユーザ会

2022年度（令和4年度）名古屋大学HPC計算科学連携研究プロジェクト採択課題
 研究代表者：岡本祐幸（名大）「AIと分子シミュレーションによる新型コロナウィルスの感染初期過程の研究」

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第４回不老ユーザ会

AlphaFold2ブラウザ版とインストール版 (名大「不老」)
ブラウザ版

岡本祐幸先生（名大）提供

インストール版(名大不老)

7E1C
355残基

1時間55分
RMSD:1.406 Å

54分
RMSD:1.591 Å

7FH8676残基

2時間32分
RMSD:0.914 Å

1時間34分
RMSD:0.854 Å

7WHP_A
1058残基out of memory

1時間50分
RMSD:1.658 Å

結果 (7WHP_A,名大「不老」を用いて)

岡本祐幸先生（名大）提供

7WHP_chainA
1058残基RMSD…1.658 Å

計算時間1時間50分

青：AlphaFold2予測結果
緑：PDB構造ユーザ活用事例：センター開発可視化ツール 佐藤友哉、後藤俊幸、渡邊威(名古屋工業大学)、高橋一郎（名古屋大学）「室内における人体回りの湿潤対流と熱輸送」
日本物理学会 2023年3月23日
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第４回不老ユーザ会

54

計算結果 ３
初期室温:25℃
度:50%
外壁温度:25℃
発汗有の計算を60分行い,その後20分間

人体表面温度

１発汗を止めた計算
２発汗し続けた計算

発汗有

発汗無最終ステップ(80分後)の人体表面温度の比較

初期湿を行った

HPCによる量子関連技術の進展︓
GPUによる超⾼速量子回路シミュレータ活⽤⇒第二部でNVIDIA社から紹介
 超⾼速量子回路シミュレータが、量子アルゴリズムの進展を促す ⇒GPUでの演算効率の良さから注目
NVIDIA cuQuantum
https://developer.nvidia.com/ja-jp/blog/best-in-classquantum-circuit-simulation-at-scale-with-nvidia-cuquantumappliance/

 「不⽼」TypeⅡサブシステムで量子回路シミュレータ

cuQuantum が稼働中
 「不⽼」を利⽤するJHPCN課題でも採択
55

2023年度 JHPCN採択課題 ︓ jh230001「FMOプログラムABINIT-MPの⾼速化と超大規模系への対応」
望月祐志 教授（⽴教大学）
第４回不老ユーザ会

cuQuantumによる量子回路の数値シミュレーション⾼速化
慶応大学 杉﨑研司先生提供

量子ビット数
9111719

CPU only
2093 秒6736 秒
67.51 時間

CPU + GPU
627 秒
1947 秒
5.13 時間

313.61 時間

9.75 時間

加速x 3.34x 3.46x 13.2x 32.2

[CPU only]
Linuxワークステーション
CPU: AMD EPYC 7713P (2.0 GHZ, 64-core)
GPU: None[CPU + GPU]
スパコン「不⽼」 Type IIサブシステム
CPU: Intel Xeon-Gold 6230 (2.10–3.90 GHz, 20-core)
GPU: NVIDIA Tesla V100 (All simulations were executed by using one
GPU (cx-share))56
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