ConBio2017

特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界（BioDB）」
会期：2017年12月6日（水）～12月8日（金）
会場：神戸国際展示場 2号館1階

バイオデータベースコーナー（BioDB コーナー）

特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」では、ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースをポスター、配布資料や PC を用いたデモなどにより紹介します。どのようなデータベースがあるのか、ぜひお尋ねください。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベースを整備して使いやすくする取組 ( デー
タベースの統合化 ) についても紹介します。

＜関連企画＞フォーラム「生命科学のデータベース活用法」
日時：2017年12月9日（土）11:45-13:15
会場：第7会場（神戸ポートピアホテル 本館 地下1階 布引『4F07』）

１

セッション番号：

使ってみようデータベースのカタログ、横断検索、アーカイブ

箕輪 真理，森 亮樹，佐久間 桂子，畠中 秀樹，櫛田 達矢，大波 純一，八塚 茂，豊岡 理人
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

NBDC では日本の生命科学データベース（DB）の統合を実現するための研究開発とサービスを提供しています。ポータルサイトでは目的の DB を一覧から探す「カタログ」、様々な DB を一括検索できる「横断検索」、DB を丸ごとダウンロードできる「アーカイブ」、データ統合を容易にする「RDF ポータル」、ヒト関連データを共有するための「NBDC ヒト DB」等をご利用になれます。ユーザーがこれらのサービスを利活用することで新しい発見や新薬の開発等の成果が生まれると期待されます。

URL:

２

https://biosciencedbc.jp/

知識発見につながるデータベース構築へ～ DBCLS からの提案～

箕輪 真理，坊農 秀雅，河野 信，小野 浩雅，大田 達郎，五斗 進

情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS）
生命科学分野の知識発見やイノベーション推進のためには多種多様な DB を統合的に活用できる環境が必要ですが、それを個々に維持管理するのは非効率的であり困難です。私たちは、Web 上に分散した DB から必要な情報を効率よく入手できる統合利用環境の実現を目指すと共に、増加の一途をたどる NGS データの活用ツールや研究をサポートする特徴あるコンテンツの作成・整備を行っています。
「データ解析のよろず相談」は今年もブースにて！

URL:

http://dbcls.rois.ac.jp/

Consortium of Biological Sciences 2017

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ConBio2017３

経産省関連ライフサイエンスサイト：MEDALS

福井 一彦 , 雨宮 崇之 , 福西 快文 , 堀本 勝久

産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター
MEDALS は、省庁間でのライフサイエンス系データベース統合に向けて経産省関連の成果や解析技術をまとめたサイトです。各種便覧のアップデートや NBDC と協力してデータのアーカイブ化を行っています。また解析ワークフローによるサービスではデータベースの RDF 化に伴い、高度な解析ツール群を広く利用可能とするために、セマンティック技術に対応したフレームワークを用い、大規模解析を可能とするサービス開発を目指しています。

URL:

４

http://medals.jp, http://www.molprof.jp/

創薬・健康・栄養研究を支援する NIBIOHN のデータベース

水口 賢司1），坂手 龍一 2），深川 明子3），五十嵐 芳暢4），陳 怡安1），樋口 千洋1），長尾 知生子1）

医薬基盤・健康・栄養研究所バイオインフォマティクスプロジェクト，2）医薬基盤・健康・栄養研究所難病資源研究室，3）医薬基盤・健康・栄養研究所政策・倫理研究室，4）医薬基盤・健康・栄養研究所トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
1）

医薬基盤・健康・栄養研究所は、トキシコゲノミクスデータベース Open TG-GATEs、創薬支援統合データウェアハウス TargetMine などの開発を行ってきました。また2012年から NBDC と連携し、創薬・疾患に関するデータベースを対象とした横断検索システム Sagace を開発し、公開しています。さらに現在、アジュバント、薬物動態、腸内細菌に関するデータベースの構築も進めています。これらのデータベースの開発を通して、より効率的な創薬・健康・栄養研究を支援することを目指しています。
URL： 医薬基盤・健康・栄養研究所の各種データベース一覧：http://www.nibiohn.go.jp/nibio/data，

Sagace: http://sagace.nibiohn.go.jp， Toxygates: http://toxygates.nibiohn.go.jp

５ChIP-Atlas: 公共 ChIP-seq データをフル活用できる沖 真弥

九州大学大学院医学研究院発生再生医学分野
ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを網羅的に統合し、データの閲覧や再解析を可能にした Web サービスです。
- ６万件以上の ChIP-seq と DNase-seq データを収録。
- どのタンパク質がゲノムのどこに結合するかが、一目で理解できる。
- 興味の転写因子の標的遺伝子や共局在パートナーがわかる。
- ユーザデータを用いた enrichment 解析ができる。

URL:64

http://chip-atlas.org

2017年度生命科学系学会合同年次大会

ConBio2017６ 統合ゲノム情報 DB（ヒト疾患ゲノム変異情報の多階層オミクスデータの統合）
鈴木 穣1），菅野 純夫2）

東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻生命システム観測分野
東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻ゲノムシステム医療科学分野

1）
2）

ＮＧＳ等の大規模データの有効活用を目指すＤＢとして、データ収集と格納を行っています。疾患
変異を中心に、トランスクリプトーム、エピゲノム等のオミクス情報を紐づけし、変異頻度・発現量・パスウェイ情報・モデル生物との比較ゲノム等を閲覧できるＤＢとして公開しています。今年度は、ヒトゲノムバリエーションＤＢの日本人ＧＷＡＳデータとの連携を充実させ、ＩＨＥＣ（日本チーム産出分）データの搭載も順次進めています。

URL:

http://dbtss.hgc.jp/, http://kero.hgc.jp/, https://gwas.biosciencedbc.jp/

７

KEGG NETWORK: 疾患関連のネットワークバリアントデータベース

金久 實 , 田辺 麻央 , 古道 美穂
京都大学化学研究所

KEGG NETWORK は KEGG の新しい要素として開発中のデータベースです。ヒトゲノムのバリエーション（多様性）を、生体システムを構成するネットワーク要素のバリエーションとして蓄積し、クリニカルシーケンスデータの解釈など、ゲノム情報有効利用のための新たなレファレンスリソースとして提供します。ここでは疾患情報、医薬品情報、ネットワーク情報を統合した KEGG MEDICUS の紹介をします。

URL:８

http://www.kegg.jp/kegg/medicus

SSBD: 生命動態情報と細胞・発生画像情報の統合データベースの構築

遠里 由佳子1），2），京田 耕司1），ホー ケネス1），大浪 修一1）

1) 理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム
2) 大阪電気通信大学 情報通信工学部 情報工学科
生命現象を動的に理解するための情報基盤として、生細胞イメージング画像の解析や細胞力学シミュレーションで得られる生命現象の時空間動態の定量データと生細胞イメージングで得られる細胞・発生画像データを共有するデータベース SSBD を構築した。本年度から、国内の学会と連携を行い、定量・画像データのレポジトリサービスを開始した。データ再利用の促進により、データ駆動型・融合型の生命科学研究の発展が期待される。

URL:

９

http://ssbd.qbic.riken.jp

データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発

黒川 顕1），森 宙史1），中村 保一1），藤澤 貴智1），内山 郁夫2），千葉 啓和3），山田 拓司4），

高橋弘喜5），矢口 貴志5）

国立遺伝学研究所，2）基礎生物学研究所，3）ライフサイエンス統合データベースセンター，東京工業大学，5）千葉大学

1）
4）

MicrobeDB.jp は、ゲノム情報を核として微生物学上のあらゆる知識を統合したデータベースです。
データベースを利用した解析結果を提示するアプリケーション群 (Stanza) の開発や利用性の向上を徹底する事で、単なる統計量の羅列ではなく、大規模データから新規な知識や関係性を容易に引き出す事が可能なデータベースシステムとなっています。本ブースでは、データサイエンス時代を切り拓く微生物統合データベース「MicrobeDB.jp version 2 」をご紹介いたします。

URL:

http://microbedb.jp/Consortium of Biological Sciences 2017

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ConBio2017

10 植物ゲノム情報統合データベース PGDBj（Plant Genome DataBase Japan）
田畑 哲之1），磯部 祥子1），平川 英樹1），Jeffrey Fawcett1），中谷 明弘2），市原 寿子2）
かずさ DNA 研究所，2）大阪大学大学院医学系研究科

1）

PGDBj は、ユーザーが DNA マーカーをはじめとする様々な植物ゲノム関連情報へ効率よくアクセスできるように整備したポータルサイトです。特に現在は、SNP・CNV 等の多型情報や、近縁種とのシンテニー・オルソログ情報の充実を図っています。そしてさらに多種多様なゲノム関連データを柔軟に取り入れ、個体ゲノム時代における植物のゲノム研究をよりアシストできるサイトにしていきた
いと考えています。

URL:

http://pgdbj.jp/

11 糖鎖科学ポータル GlyCosmos：糖鎖からオミクスの統合へ
木下 聖子1），山田 一作2），奥田 修二郎3），成松 久4）1）
創価大学理工学部，2）野口研究所，3）新潟大学，4）グライコバイオマーカー・リーディング・イノベーション株式会社 GL-i

本チームは統合した糖鎖関連データベースを Semantic Web 化してきた。今回、糖鎖科学ポータル
GlyCosmos を構築し、糖鎖構造リポジトリ GlyTouCan と、新規開発の複合糖質リポジトリを設置する。
また、糖鎖の分子構造と遺伝子に関するパスウェイ情報を格納する GlyCosmos Database を構築すると共に、ゲノム、プロテオーム等のデータベースおよび ACGG-DB と連携する。糖鎖を含む形で代謝経路を閲覧・解析できるようにすることで幅広い生命科学分野における糖鎖情報の活用を目指す。

URL:

https://glycosmos.org

12 プロテオーム統合データベース jPOST

石濱 泰1），五斗 進2），荒木 令江3），松本 雅記4），奥田 修二郎5），河野 信2）

京都大学大学院薬学研究科 , 2）情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター，
熊本大学大学院生命科学研究部，4）九州大学生体防御医学研究所 ,5）新潟大学大学院医歯学総合研究科1）

3）

jPOST は国内外に散在する多様なプロテオーム・データを標準化・一元管理する統合データベースであり、国際標準リポジトリ ProteomeXchange メンバーとして国際連携やデータ標準化に貢献し、生命科学データ統合化の中核となることを目指します。jPOST は (1) リポジトリ (2) 再解析システム (3)データベースで構成され、登録された質量分析データを標準ワークフローに従って再解析し、集積後、ユーザーの視点からカスタマイズデータベースを作成できます。

URL:

http://jpostdb.org/

13 Protein Data Bank Japan (PDBj; 日本蛋白質構造データバンク )栗栖 源嗣1），中村 春木1），中川 敦史1），藤原 敏道1），金城 玲1），鈴木 博文1），藤 博幸2）
大阪大学蛋白質研究所，2）関西学院大学理工学部

1）

日本蛋白質構造データバンク（PDBj, https://pdbj.org/) では JST による支援のもと、大阪大学蛋白質研究所にて、米国・RCSB-PDB、欧州・PDBe-EBI、米国・BMRB (BioMagResBank) との国際協力により、wwPDB（worldwide PDB）の一員として生体高分子構造データの受付・編集・公開と、独自のサービスや二次データベース（DB）の開発を行っている。

URL:

66

https://pdbj.org/

2017年度生命科学系学会合同年次大会

ConBio2017

14 DDBJ へのデータ登録と NIG スーパーコンピュータの利用
日本 DNA データバンク（DDBJ）

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
日本 DNA データバンク（DDBJ）では国際塩基配列データベース、DRA、BioProject、BioSample のデータベース構築と、それらを利用する為の検索システムや遺伝研 (NIG) スパコンの提供および、ヒトに関するデータの制限アクセス公開データベース：JGA（NBDC と共同運営）の受け入れを行っています。ブースではデータの登録や利用の方法についてのご質問にもお答えします。

URL:

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

Consortium of Biological Sciences 201767