ATAC-Seq
ATAC-Seq

コンプリートガイド
コンプリートガイド®

Enabling Epigenetics Research

ATAC-SEQ キット（商品コード：53150）
キットの特長：✓ Illumina® シーケンサーと互換性のある
ATAC-Seq ライブラリー調製

ATAC-SEQ キット✓ 推奨サンプル量：
細胞は 50,000 ～ 100,000 個、組織は 20 ～ 30 mg
キットの特長︓✓ 16 回分のサンプル調製、✓ Illumina®シーケンサーと互換性のある
タグメンテーション反応、
ATAC-Seqライブラリー調製
ライブラリー調製用の試薬✓ 推奨サンプル量︓細胞は50,000～mg✓ 所要時間は 100,000個、組織は20～30
4 時間✓ 16回分のサンプル調製、タグメンテー

ション反応、ライブラリー調製用の試薬✓ 所要時間は4時間

ハイライト：

使い勝手が良い：ハイライト︓使い勝手が良い︓■ 最適化かつ合理化された
n 最適化かつ合理化されたATAC-Seqアッセイプ
ATAC-Seq アッセイプロトコル
ロトコル■ 最適化された細胞用
n 最適化された細胞用または組織用のプロトコル
または組織用のプロトコルn 特殊な機器は不要■ 特殊な機器は不要

素早く結果取得︓細胞または組織サンプルからATAC-Seq用ライブラリーを調製可能
なキット
ATAC-Seq は、ゲノム全体のエピジェネティックプロファイルを解析することができる迅速なアッセイです。このアッセイにより、オープンまたはアクセシビリティがあるクロマチン領域を同定することができ細胞または組織サンプルからます。
ATAC-Seq は、その迅速性、簡便性、幅広いATAC-Seq用ライブラリーを調製可能なキット
サンプルタイプへの適用性から、よく用いられるエ
ATAC-Seqは、ゲノム全体のエピジェネティックプロファイルをピジェネティックアッセイとなっており、より詳細な解析することができる迅速なアッセイです。このアッセイによエピジェネティック解析への入り口としての役割をり、オープンまたはアクセスシビリティがあるクロマチン領域を果たします。
同定することができます。ATAC-Seqは、その迅速性、簡便性、アクティブ・モティフのATAC-Seq キットは、1 反応
幅広いサンプルタイプへの適用性から、よく用いられるエピジェあたり50,000 ～ 100,000 個の細胞または 20 ～ 30
ネティックアッセイとなっており、より詳細なエピジェネティッ
ク解析への入り口としての役割を果たします。
mg の組織から、16 のユニークな Illumina® シーケ
ンサーと互換性のある ATAC-Seq 用ライブラリー調
アクティブ・モティフのATAC-Seqキットは、1反応あたり製に必要な試薬が含まれています。最適化されたプ
50,000～100,000個の細胞または20～30 mgの組織から、16ロトコルにより、サンプル調製から、タグメンテーのユニークなIllumina®シーケンサーと互換性のあるATAC-Seqション反応、およびライブラリー調製を適切にサ用ライブラリー調製に必要な試薬が含まれています。最適化されポートし、シングルフローセルシーケンシングランたプロトコルにより、サンプル調製から、タグメンテーション反でマルチプレックスされた次世代シーケンシング用応、およびライブラリー調製を適切にサポートし、シングルフライブラリーが得られます。
ローセルシーケンシングランでマルチプレックスされた次世代シーケンシング用ライブラリーが得られます。

n わずか4時間で細胞・組織サンプルからシーケ素早く結果取得：
ンシング用ライブラリーが調製可能■ わずか 4 時間で細胞・組織サンプルからコンプリートキット︓
シーケンシング用ライブラリーが調製可能

i7 index

n サンプル調製、タグメンテーション反応、ライブラリー調製に必要なすべての試薬と酵素を含む

クロマチン

i5 index
Tn5

コンプリートキット：n キットには、NGSアダプターがロードされた
Tn5トランスポゾームを含む■ サンプル調製、タグメンテーション反応、ライブラリー調製に必要なすべての試薬と酵素を含む

アクティブ・モティフのATAC-Seqキット
アダプターが■ キットには、NGSについてはこちらにアクセス ︕
ロードされた Tn5
トランスポゾームを含む
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増幅・シーケンス
図１： ATAC-Seqは、トランスポゼーズを介するオープンクロマチン領域へのNGSアダプターを挿入する原理に基づく。このアッセイでは、

図 1：

アクティブ・モティフの ATAC-Seq
についてはこちらにアクセス！

ダプターを挿入する原理に基づく。このアッセイでは、オープンクロマチン領プロファイルが得られ、これらは転写活性のある領域とアクティブな調節

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22

は、トランスポゼーズを介するオープンクロマチン領域への NGS ア
ATAC-Seq
オープンクロマチン領域とアクセシビリティをもつ領域のゲノムワイドなJAPAN: japantech@activemotif.com

JAPAN：japantech@activemotif.com

域とアクセシビリティをもつ領域のゲノムワイドなプロファイルが得られ、こエレメントを含むゲノムの領域を示す。
れらは転写活性のある領域とアクティブな調節エレメントを含むゲノムの領域

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www.activemotif.com/atac-seqアクティブ・モティフのATAC-Seqキットを用いたロバストで再現性の高いデータの生成
転写活性を持つ遺伝子プロモーター上のクロマチンは、一般にオープンまたはアクセシビリティがある領域です。

ATAC-Seq アッセイでは、これらの位置でピークが見られ、調べたいサンプル中のオープンクロマチン領域を明らかにします。

Rbfox3

図 2：

ATAC-Seq キットを使用して、いくつかのマウス組織サンプルのゲノムワイドなオープンクロマチン状態を評価した。神経細胞マーカーである Rbfox3 の遺伝子上のシグナルは脳サンプルでのみ観察された。

アクティブ・モティフのATAC-SeqキットとIllumina® Nextera™キットのデータとの相関性
アクティブ・モティフの ATAC-Seq Kit は、高品質なデータを提供します。ATAC-Seq キットを用いて行われた実験から得られた ATAC-Seq データは、Illumina Nextera キットの Tn5 トランスポゼースを用いて生成されたデータと非常によく相関しています。

図 3：アクティブ・モティフの ATAC-Seq キットまたは Nextera Tn5 酵素を用いたATAC-Seq データセットから呼び出されたピークのシグナル間の高い相関（ピアソン相関係数は 0.97）がある。この結果は、アクティブ・モティフのトランスポゼースは、Nextera 酵素と同様にゲノムワイドにアクセシビリティをもつクロマチン領域を同定することを示す。

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3

ATAC-SEQ 受託解析
受託解析の特長：✓ 推奨サンプル量：1 サンプルにつき50,000 ～ 100,000 個の細胞または 20 ～ 50 mg の組織✓ リード数 : 30 M ペアエンド（PE）✓ 納期：5-7 週間（米国ラボにサンプルが到着後）✓ 納品物：raw データ（FASTQ, BAM,bigWig）、サンプル間比較のためのピーク情報を含む Excel ファイル、およびその他解析図

クロマチンオープン領域同定のための

end-to-end受託解析
アクティブ・モティフでは、ゲノムワイドでクロマチン状態を調べるための end-to-end の ATAC-Seq 受
託解析を提供しています。ATAC-Seq 受託解析はオープンクロマチンを研究するために設計され、この領域にはプロモーター、エンハンサー、インシュレーターなどのアクティブな遺伝子調節エレメントが含まれています。このアッセイでは、ゲノム全体でアクセシビリティがあるクロマチン領域の同定、疾患状態のエピゲノムの特徴付け、細胞の運命を制御する重要な転写機構を解明するためのデータを提供します。

ATAC-Seq 受託解析には、サンプル調製、オープンハイライト：
信頼できるデータ：■ アクティブ・モティフは世界で先駆け
ATAC-Seq 受託解析を開始し、これまでに2,000 以上の ATAC-Seq アッセイに成功■ アクティブ・モティフがユーザーに提供した ATAC-Seq データは、注目度の高いジャーナルに掲載
結果を容易に解釈：■ バイオインフォマティクスとサポートを含むより早く ATAC-Seq データを公開：

クロマチン領域のタグ化、ライブラリー調製、ライブラリー QC、次世代シーケンシング、バイオインフォマティクス解析が含まれます。

ATAC-Seq受託解析でできること：● 細胞や組織サンプルのゲノムワイドなオープンクロマチンマップの作成● 疾患にエピジェネティックなメカニズムが働いているかどうかの決定● 薬物投与に対する遺伝子制御メカニズムの理解への手がかり● サンプル間の細胞の運命または疾患に関連する相違の解明■ アクティブ・モティフの end-to-end 受託
解析を利用すれば、実験時間を節約し、より早いデータの公開が可能■ 様々なサンプルタイプに対応した専用プロトコル■ データ公開に使用可能な図表の提供

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ATAC-Seq受託解析により、アクセシビリティの異なるクロマチン領域の同定が可能に
ATAC-Seq 受託解析は、ゲノムワイドな規模でクロマチンアクセシビリティを測定することにより、異なるサンプル間または治療群間のエピジェネティックな変化を同定することができます。このアプローチの大きな利点
は、関与している可能性のある特定のエピジェネティック修飾についての事前の知識を必要としません。それゆえに ATAC-Seq アッセイはエピジェネティック修飾の解釈を必要としない、バイアスがかからないアプローチ法の一つです。

図 4：アクティブ・モティフの ATAC-Seq アッセイを、コントロールおよび薬物処理された細胞を用いてそれぞれ triplicate で実施した結果、何百もの異なるピークが検出された。ここに示されている顕著な異なるピークは遺伝子間領域にある。

Con rep1

Con rep2

Con rep3

T1 rep1

T1 rep2

T1 rep3

T2 rep1

T2 rep2

T2 rep3

T1 + T2 rep1

T1 + T2 rep2

T1 + T2 rep3

アクティブ・モティフのATAC-Seq受

10.97

0.97

0.93

0.93

0.92

0.87

0.87

0.87

0.89

0.89

0.89

Con rep1

0.97

10.97

0.92

0.93

0.92

0.87

0.86

0.87

0.89

0.89

0.89

Con rep2

0.97

0.97

10.93

0.93

0.93

0.87

0.87

0.87

0.88

0.88

0.88

Con rep3

0.93

0.92

0.93

10.96

0.96

0.87

0.88

0.87

0.85

0.86

0.86

T1 rep1

0.93

0.93

0.93

0.96

1

0.96

0.88

0.88

0.88

0.86

0.86

0.86

T1 rep2

0.92

0.92

0.93

0.96

0.96

1

0.87

0.88

0.87

0.85

0.86

0.85

T1 rep3

0.87

0.87

0.87

0.87

0.88

0.87

1

0.96

0.96

0.94

0.95

0.95

T2 rep1

0.87

0.86

0.87

0.88

0.88

0.88

0.96

1

0.96

0.93

0.94

0.94

T2 rep2

0.87

0.87

0.87

0.87

0.88

0.87

0.96

0.96

1

0.94

0.95

0.95

T2 rep3

0.89

0.89

0.88

0.85

0.86

0.85

0.94

0.93

0.94

1

0.97

0.97

T1 + T2 rep10.890.890.880.860.860.860.950.940.950.97

10.97

T1 + T2 rep20.890.890.880.860.860.85

0.950.94

0.95

0.970.97

1T1 + T2 rep3

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託解析は再現性が高い
統計的に有意なサンプル間の違いを同定するために、一部の実験では replicate が行われます。アクティ
ブ・モティフが提供する ATAC-Seq 受託解析は再現性が高いため、replicate や実験グループ間で見られる違いは technical artifact ではなく、実際の生物学的な違いである可能性が高いことを意味しています。
図 5：アクティブ・モティフの ATAC-Seq アッセイを、4 つの異なる細胞 条件下で、各条件を triplicate で実施した。ピアソン相関係数を生成し、各ペアワイズ比
較のためにグラフ化した。このデータは、replicate の相関係数が >0.95 に近く、アッセイの再現性が高いことを示している。ヒートマップでは、4 つの別々のグループがはっきりと示され、triplicate が他のサンプルよりも互いに類似し、サンプルタイプ間に違いがあることを示す。

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5シングルセル ATAC-SEQ 受託解析
受託解析の特長：✓ 推奨サンプル量：１サンプルあたり100,000 ～ 2,000,000 個の細胞または 20 ～ 50 mg の組織✓ リード数 : 250 M ペアエンド（PE）✓ 納期：6-8 週間（米国ラボにサンプルが到着後）✓ 納品物：raw データ（FASTQ, BAM,bigWig）、サンプル間比較のためのピーク情報を含む Excel ファイル、
10x Genomics Loupe Cell Browser 上で可視化するためのファイルおよびその他解析図

ハイライト：
信頼できるシングルセル ATAC-Seq データ：
■ End-to-end 受託解析により実験時間の節約、より迅速な公開が可能

シングルセル分解能でオープンクロマチン領域を同定する

end-to-end受託解析
シングルセル ATAC-Seq（scATAC）では、トランスポゼースを介してシーケンシングプライマーをオープンクロマチン領域に挿入し、その後、マイクロ流体を用いたシングルセルソーティングとラベリングを行っていきます。このアッセイは、従来の “バルク” ATAC-Seq と同様に、活性化調節領域を示すオープンクロマチン領域とアクセシビリティがある領域のプロファイルをシングルセル分解能で提供します。

scATAC-Seq 受託解析では、数千個の細胞のゲノムワイドなクロマチンアクセシビリティを並行して調べることができ、通常の ATAC-Seq アッセイでは失われてしまうような不均一な集団内の細胞亜集団を調べることを可能にします。

シングルセルATAC-Seq受託解析でできること：■ 専門知識を持つ研究チームがすべてのステップを処理● 腫瘍サンプル内のがん幹細胞または浸潤マクロファージの同定

サンプルに特化したプロトコル：● 薬物応答に関与する新規細胞亜集団の同定（例：Responder と耐性細胞の比較）■ 多種多様なサンプルタイプに最適化されたプロトコル
結果を容易に解釈：■ 複雑な集団内の細胞亜集団を同定● 脳の発達、ヘルパー T 細胞の発達、B 細胞の分化時などの発達の道筋となる多様なクロマチンアクセシビリティをもつ細胞亜集団の同定■ バイオインフォマティクスとサポートを含む

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単一サンプル内における異なる細胞集団間でのクロマチンアクセシビリティ変化の同定
scATAC-Seq は、複雑なサンプル内の異なるクロマチンアクセシビリティプロファイルをもつ細胞亜集団を同定するために用いられます。この方法は、サンプル操作によって生物学的に変化する可能性のある FACS や磁気ソーティングなどの分離ストラテジーを必要としません。

図 6：
マウスの腎臓組織から生成された単一細胞

ATAC-Seq データ。tSNE プロット上の 色分けされた各クラスターは、同じオープンクロマチンプロファイルを持つ細胞の集団を表す。このアプローチを用いて、12 の細胞集団が単一のサンプルから同定された。

scATAC-Seqは、“バルク”ATAC-Seqからは得られない細胞亜集団に特異的なデータを明らかにする
scATAC-Seq は、複雑または不均一なサンプル内の細胞亜集団のオープンクロマチンプロファイルのマッピングを可能にします。このアプローチにより、研究者は個々の細胞集団による疾患表現型や他の生物学的プロセスS1c12a3を駆動するメカニズムを明らかにすることができます。

S1c12a3
Slc12a3

図 7：（上パネル）マウス腎臓組織を用いたゲノムワイドな " バルク "ATAC-Seq からの代表的な領域図。
（右パネル）ゲノムワイドの scATAC-Seq データから得られた " バルク "ATACSeq と同じ代表的な領域図。scATAC-Seq は、各細胞集団に対してユニークなオープンクロマチンピークプロファイルを同定するための分解能を提供し、特定の表現型を示す細胞を同定することを可能にする。

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7

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