特別企画「使ってみようバイオデータベース―つながるデータ、広がる世界（BioDB）」
企

画：国立研究開発法人 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

日時：2019年12月3日（火）〜12月6日（金）会

場：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡 バイオデータベースコーナー（BioDBコーナー）

特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」では、ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースを、ポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。どのようなデータベースがあるのか、ぜひお尋ねください。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベースを整備して使いやすくする取り組み（データベースの統合化）についても紹介します。
＜関連企画＞フォーラム（チュートリアル企画）「生命科学のデータベース活用法2019」
日時：2019年12月3日（火） 18：30～20：00
会場：第14会場（福岡国際会議場 2F 203）
セッション番号：【1F-14】

１

まずはここから。誰でも使えるNBDCのデータベース

箕輪 真理，杉澤 芳隆，木下 いづみ，大波 純一
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

NBDCは生命科学データベース(DB)に関する日本の中核機関として、新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています。ポータルサイト
では目的のDBを一覧から探す「カタログ」、 様々なDBを一括検索できる「横断検索」、DBを丸ごとダウンロードできる「アーカイブ」、ヒト関連データを共有するための「NBDCヒトDB」、日本人ゲノム多様性統合DB「TogoVar」等をご利用になれます。

URL：

２

https://biosciencedbc.jp

知識発見につながるデータベース構築へ〜DBCLSからの提案〜

箕輪 真理，佐久間 桂子，坊農 秀雅，小野 浩雅，大田 達郎，五斗 進
情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベース
センター(DBCLS)
生命科学分野の知識発見やイノベーション推進のためには多種多様なDBを統合的に活用できる環境が必要です。私たちは、Linked Open Data技術を応用して、Web上に分散したDBから必要な情報を効率よく入手・ 活用できる統合利用環境の実現を目指すと共に、増加の一途をたどるNGSデータの活用ツールや研究をサポートする特徴あるコンテンツの作成・整備を行っています。今年
も「データ解析のよろず相談」受け付けます！

URL：

60

https://dbcls.rois.ac.jp

第 42 回日本分子生物学会年会

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経産省関連ライフサイエンスサイトMEDALSの利用

福井 一彦，雨宮 崇之，福西 快文，堀本 勝久
産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター
産総研では、 データベース統合に向けて経産省関連の成果や解析技術をまとめ、 ＭＥＤＡＬＳより情報配信を行っています。本サイトでは、各種便覧の整備を行い、どの様なＤB、ツール、プロジェクト、成果があるのかを容易に探すことができます。また解析ワークフローによるサービスでは、ＮＢＤＣが進めるデータベース再構築と連携し、解析ツール群と統一化されたデータを繋げて利用可能とする連携解析のサービスを開発しています。

URL：

４

https://medals.jp，

https://www.molprof.jp創薬・健康・栄養研究を支援するNIBIOHNのデータベース

水口 賢司 1),2) ，坂手 龍一3) ，五十嵐 芳暢4) ，陳 怡安1) ，川島 和1) ，長尾 知生子2) ，深川 明子1) ，樋口 千洋1)
1)
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター バイオインフォマティクスプロジェクト，
2)

国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 創薬デザイン研究センター インシリコ創薬支援プロジェクト，

3)

国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 難治性疾患研究開発・支援センター 難病資源研究室，

4)

国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト

医薬基盤・健康・栄養研究所は、トキシコゲノミクスデータベース Open TG-GATEs、創薬支援、統合データウェアハウス TargetMineなどの開発を行ってきました。また2012年からNBDCと連携し、創薬・疾患に関するウェブサイトを対象とした横断検索システム Sagace を開発し公開しています。これらに加え、今年度より薬物動態に関するデータベースDruMAPの公開を開始し、さらにRDF化作業も進めています。これらのデータベースの開発を通して、より効率的な創薬・健康・栄養研究を支援することを目指しています。

URL：

５

Sagace：https://sagace.nibiohn.go.jp，

DruMAP：https://drumap.nibiohn.go.jp

統合ゲノム情報DB（ヒト疾患ゲノム変異情報の多階層オミクスデータの統合）

鈴木 穣1) ，菅野 純夫2)
1)

東京大学新領域メディカル情報生命 生命システム観測分野，
東京医科歯科大学 難治疾患研究所 分子疫学研究室

2)

DBKEROはヒトゲノム中に見出された多型、変異における生物学的意義を検証するために、周辺領域の多層オミクスデータを集積したデータベースである。今年度、我々は、国内GWAS研究により収集された日本人ゲノムについてゲノム多型/変異のデータを拡充した。さらに、最新のゲノム解析技術を用いて解析したデータを公開しており、特に今年度は、Chromiumを用いたシングルセル解析データセット、PromethIONを用いた長鎖DNA解析データセットを拡充した。 全データ
は、http://kero.hgc.jp/から無償で取得可能である。

URL：

http://kero.hgc.jp，

https://gwas.biosciencedbc.jp

The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan

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KEGG NETWORK: ゲノム・パスウェイ・疾患・医薬品の統合データベース

金久 實，田辺 麻央，古道 美穂
京都大学化学研究所

KEGG NETWORKはヒトの疾患を、 生体システムを構成する分子ネットワークのゆらぎと関連づけるという新しい概念に基づくデータベースです。 具体的には、KEGG PATHWAYにあるレファレンスネットワークに対して、 ヒト遺伝子バリアントなどがもたらすネットワークのゆらぎKEGGの新たを疾患と関連づけ、ネットワークバリエーションマップという形で表現しています。
な展開をご覧ください。

URL：

７

https://www.kegg.jp/kegg/medicus/

微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」黒川 顕1)，森 宙史1)，中村 保一1)，藤澤 貴智1)，内山 郁夫2)，山田 拓司3)，高橋 弘喜4)，矢口 貴志4)1)

国立遺伝学研究所，2)基礎生物学研究所，3)東京工業大学，4)千葉大学

MicrobeDB.jpは、ゲノム情報を核として微生物学の様々な知識を統合したデータベースです。特に微生物の生息する環境に着目し、 メタゲノムデータを活用した各種アプリケーション群が特徴的なデータベースシステムとなっています。本ブースでは、データサイエンス時代を切り拓く微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」をご紹介いたします。

URL：

８

http://microbedb.jp

Plant GARDEN and PGDBj (Plant Genome DataBase Japan)

原田 大士朗1)，Ghelfi Andrea1)，Fawcett Jeffrey1)，白澤 沙知子1)，市原 寿子2)，2)
中谷 明弘 ，平川 英樹1)，磯部 祥子1)，田畑 哲之1)
1)
2)
かずさDNA研究所，
大阪大学大学院医学系研究科
ゲノム配列が解読された植物のDNAマーカーやQTL、 多型情報をゲノムブラウザ上で俯瞰でき、遺伝子のクラスタリング情報を閲覧できる植物ゲノム統合ポータルサイトPlant GARDENのβ版を2019年3月に公開した。高速アノテーションを行えるHayai-Annotationや利用者が入力した配列データに対してSNP解析を行うシステムも利用できる。今後、植物種を拡張させた正式版を公開する予定である。

URL：

９

https://plantgarden.jp，

http://pgdbj.jp

ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる沖 真弥
九州大学大学院 医学研究院 発生再生医学分野

ChIP-Atlasは、論文などで報告された全てのChIP-seqデータを網羅的に統合し、データの閲覧や再解析を可能にしたWebサービスです。
- 10万件以上の実験データを収録。
- どのタンパク質がゲノムのどこに結合するかが、一目で理解できる。
- 興味の転写因子の標的遺伝子や共局在パートナーがわかる。
- 複数からなる遺伝子群のマスター制御因子がわかる。
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第 42 回日本分子生物学会年会

URL：

https://chip-atlas.org

10 プロテオーム統合データベースjPOST
石濱 泰1)，五斗 進2)，奥田 修二郎3)，松本 雅記3)，荒木 令江4)1)

京都大学大学院薬学研究科，2)情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター，3)

新潟大学大学院医歯学総合研究科，4)熊本大学大学院生命科学研究部

jPOSTは国内外に散在する多様なプロテオームデータを標準化・一元管理する統合データベースであり、国際標準リポジトリProteomeXchangeメンバーとして国際連携やデータ標準化に貢献し、生命科学データ統合化の中核になることを目指します。 jPOSTは(1)リポジトリ(2)再解析システ
ム(3)データベースで構成され、 登録された質量分析データを標準ワークフローに従って再解析し、集積後、ユーザーの視点からカスタマイズデータベースを作成できます。

URL：

https://jpostdb.org

11 糖鎖科学ポータル：GlyCosmos
木下 聖子1) ，山田 一作2) ，奥田 修二郎3) ，梶 裕之4) ，青木 信行5)1)3)
創価大学，2)野口研究所，
新潟大学，4)産業技術研究所，5)SparqLite

糖鎖科学ポータルGlyCosmosは、(1)糖鎖科学データの標準化、(2)糖鎖・複合糖質構造、グライコ
プロテオミクスデータのリポジトリ、(3)糖鎖化学構造、糖鎖遺伝子、パスウェイ、糖タンパク質、レクチンなどのデータベースで構成される。 国際糖鎖構造リポジトリや標準化は欧米の糖鎖データベースプロジェクトと連携しており糖鎖科学研究の基盤となっている。また、データベースはゲノム、プロテオーム等と連携している。

URL：

https://glycosmos.org

12 Protein Data Bank Japan (PDBj; 日本蛋白質構造データバンク)
栗栖 源嗣，工藤 高裕，岩田 武史
大阪大学蛋白質研究所
日本蛋白質構造データバンク（ PDBj, https://pdbj.org/) では JST による支援の下、 米国・RCSBPDB、 欧州・PDBe-EBI、 米国・BMRBとの国際協力により、 生体高分子構造データベース（PDB：Protein Data Bank）の受付・編集・管理を行っている。
PDBデータはもちろんのこと、検証レポートの活用を含めた独自サービスの活用法や、ツール・二次データベースの開発について紹介する。

URL：

https://pdbj.org

The 42nd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan63