マニュアルVer. 3.0

Code No. 311-07241

目 次Ⅰ 製品説明

2

Ⅱ キット内容

2Ⅲ 保存

3

Ⅳ 使用上の注意

3

Ⅴ JAS 法表示品目に対応したプロトコールの選択

4Ⅵ プロトコール

4＜プロトコール 1：乾燥試料や吸水性の強い加工食品からの DNA 抽出＞

5＜プロトコール 2：水分を比較的多く含む吸水性の弱い加工食品からの DNA 抽出＞

6＜プロトコール 3：DNA の残存が少ない加工食品からの DNA 抽出＞

7

Ⅶ データ集

9

Ⅷ トラブルシューティング

13Ⅸ 関連製品

14１

GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

Ⅰ 製品説明GM quicker 3 は、加工食品から DNA を抽出するためのキットです。本キットは、カオトロピックイオン存在下で DNA がシリカへ吸着する原理（Boom Technology）を採用しており、抽出操作にフェノールやクロロホルムなどの毒性有機溶媒を使用しません。遺伝子組換え作物（GeneticallyModified Organisms：GMO）の検査においては、DNA を用いた方法が広く普及していますが、これまでの DNA 抽出キットでは断片化した DNA の回収を目的とした設計にはなっていなかったため、物理的もしくは、化学的な要因によって断片化した DNA を含む加工食品からの DNA 抽出は必ずしも効率的ではありませんでした。
本キットでは、抽出対象を加工食品へ最適化することによって、約 2 時間という短い時間で PCRに好適な品質の DNA を抽出することができます。使用するスピンカラムは、カラム容積を最大限確保しており、内封されたシリカゲル膜は、充分な DNA 吸着容量と高い溶出効率を確保しています。
本キットによって抽出された DNA は、PCR や制限酵素反応に適用することができます。

Ⅱ キット内容
GE1 Buffer

100 ml × 3 本 *GE2-P Buffer

30 ml × 1 本

GB3 Buffer

12.5 ml × 3 本 *GW Buffer

40 ml × 1 本 *TE（pH8.0）

10 ml × 1 本 *Proteinase K(20 mg/ml)

1 ml × 2 本 *α-Amylase(高濃度品)

0.1 ml × 1 本 *RNase A(100 mg/ml)

0.5 ml × 1 本 *Spin Column

50 個

マニュアル

1部

＊ 別途、単品でお買い求めいただけます。詳細については 14 ページをご参照ください。

２GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

Ⅲ 保存
本キットに含まれる Proteinase K、α-Amylase 以外の全ての試薬と Spin Column は室温保存（15℃～25℃）が可能です。Proteinase K、α-Amylase は冷凍保存（-20℃）して下さい。
RNase A は室温保存が可能ですが、長期間ご使用にならない場合には、冷蔵保存（2～10℃）もしくは冷凍保存（－20℃）して下さい。
GW Buffer にはエタノールが含まれていますので、ご使用後は蒸発を防ぐために必ず蓋を閉めて下さい。

Ⅳ 使用上の注意・本キットは試験研究用試薬ですので、医薬品、その他の目的にはご使用になれません。
・試薬についての基本的な知識のある方以外は取り扱わないで下さい。
・本キットのお取り扱いは、マニュアル記載内容通りに行って下さい。
・マニュアル記載内容と異なったお取り扱いによるトラブルにつきましては、弊社では責任を負いかねます。

３GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

Ⅴ JAS 法表示品目に対応したプロトコールの選択
プロトコール 1：乾燥試料や吸水性の強い加工食品からの DNA 抽出①凍り豆腐、おから及びゆば ②きな粉 ③大豆いり豆 ④乾燥馬鈴薯
プロトコール 2：水分を比較的多く含む吸水性の弱い加工食品からの DNA 抽出⑤豆腐類及び油揚げ類
豆瓶詰

⑥納豆

⑪冷凍とうもろこし⑦豆乳類⑧みそ⑨大豆煮豆⑩大豆缶詰及び大⑫とうもろこし缶詰及びとうもろこし瓶詰⑬冷凍馬鈴薯
プロトコール 3：DNA の残存が少ない加工食品からの DNA 抽出⑭コーンスナック菓子⑮コーンスターチ⑯ポップコーン⑰ポテトスナック菓子⑱馬鈴薯でん粉
その他：対象品目の形状が様々で分類が困難な食品
以下の品目については、上記分類を参考にプロトコールを選択してください。
①～⑱までに掲げるものを主な原材料とするもの、大豆（調理用）を主な原材料とするもの、大豆粉を主な原材料とするもの、大豆たんぱくを主な原材料とするもの、枝豆を主な原材料とするもの、大豆もやしを主な原材料とするもの、コーンフラワーを主な原材料とするもの、コーングリッツを主な原材料とするもの（コーンフレークを除く）、とうもろこし（調理用）を主な原材料とするもの、馬鈴薯（調理用）を主な原材料とするもの、アルファルファを主な原材料とするもの、甜菜（調理用）を主な原材料とするもの。

Ⅵ プロトコール＜本キット以外に必要な試薬、機器など＞
・マイクロピペット
・ピペットチップ・50 ml コニカルチューブ
・2.0 ml マイクロチューブ
・1.5 ml マイクロチューブ
・フードミル・遠心機・試験管ミキサー
・恒温槽

４GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

＜プロトコール１ ： 乾燥試料や吸水性の強い加工食品からの DNA 抽出＞①

試料をフードミル等で粉砕する。

②50 ml コニカルチューブに 1.0 g の粉砕試料を秤量し、4.5 ml の GE1 Buffer、10μl のRNase A、2μl のα-Amylase および 40μl の Proteinase K をそれぞれ添加する。壁面に付着した試料や Buffer をフラッシュ遠心によりチューブの底に集めた後、試験管ミキサーにて均質になるまでよく攪拌する（30 秒間以上）。（注１）③ 30 分間、65℃で加温し、10 分間毎に 2 回、試験管ミキサーにて 10 秒間最高速で攪拌する。
④ 500μl の GE2-P Buffer を添加し、試験管ミキサーにてよく混和する。
⑤ 遠心（≧4K×g, 10 分間, 4℃）する。（注２）⑥ 上清 800μl を新しい 2.0 ml マイクロチューブに移す。（注３）⑦ 600μl の GB3 Buffer を添加し、10～12 回チューブを転倒させ、よく混和する。
⑧ 遠心（≧10K×g, 5 分間, 4℃）し、上清を可能な限り採取する。（注４）⑨ ⑧の上清を Spin Column に 700μl 移し、遠心（≧10K×g, 30 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑩ ⑧の残りの上清全量を⑨の Spin Column に移し、遠心（≧10K×g, 30 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑪ 600μl の GW Buffer を Spin Column に添加した後、遠心（≧10K×g, 60 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑫ Spin Column を新しい 1.5 ml マイクロチューブに移す。
⑬ 50μl の TE（pH8.0）を滴下した後、3 分間室温で静置する。

⑭ 遠心（≧10K×g, 60 秒間, 4℃）し、濾液を回収する。

５GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

＜プロトコール２ ： 水分を比較的多く含む吸水性の弱い加工食品からの DNA 抽出＞① 試料をフードミル等で粉砕する。
② 50 ml コニカルチューブに 1.0 g の粉砕試料を秤量し、1 ml の GE1 Buffer、10μl の RNase
A、2μl のα-Amylase および 20μl の Proteinase K をそれぞれ添加する。壁面に付着した試料や Buffer をフラッシュ遠心によりチューブの底に集めた後、試験管ミキサーにて均質になるまでよく攪拌する（30 秒間以上）。（注１）③ 30 分間 65℃で加温し、10 分間毎に 2 回、試験管ミキサーにて 10 秒間最高速で攪拌する。
④ 200μl の GE2-P Buffer を添加し、試験管ミキサーにてよく混和する。
⑤ 遠心（≧4K×g, 10 分間, 4℃）する。（注２）⑥ 上清 800μl を 2.0 ml マイクロチューブに移す。（注３）⑦ 600μl の GB3 Buffer を添加し、10～12 回チューブを転倒させ、よく混和する。
⑧ 遠心（≧10K×g, 5 分間, 4℃）し、上清を可能な限り採取する。（注４）⑨ ⑧の上清を Spin Column に 700μl 移し、遠心（≧10K×g, 30 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑩ ⑧の残りの上清全量を⑨の Spin Column に移し、遠心（≧10K×g, 30 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑪ 600μl の GW Buffer を Spin Column に添加した後、遠心（≧10K×g, 60 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑫ Spin Column を新しい 1.5 ml マイクロチューブに移す。
⑬ 50μl の TE（pH8.0）を滴下した後、3 分間室温で静置する。
⑭ 遠心（≧10K×g, 60 秒間, 4℃）し、濾液を回収する。

６GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

＜プロトコール３ ： DNA の残存が少ない加工食品からの DNA 抽出＞① 試料をフードミル等で粉砕する。
② 50 ml コニカルチューブに 1.0 g の粉砕試料を秤量し、4.0 ml の GE1 Buffer、10μl のRNase A、2μl のα Amylase、10μl の Proteinase K をそれぞれ添加する。壁面に付着した試料や Buffer を遠心操作によりチューブの底に集めた後、試験管ミキサーにて均質になるまでよく攪拌する（30 秒間以上）。（注１）③ 30 分間 65℃で加温し、10 分間毎に 2 回、試験管ミキサーにて 10 秒間最高速で攪拌する。
④ 400μl の GE2-P Buffer を添加し、試験管ミキサーにてよく混和する。
⑤ 遠心（≧4K×g, 5 分間, 4℃）する。（注２）⑥ 上清 1 ml を新しい 2.0 ml マイクロチューブに移す。（注３）⑦ 750μl の GB3 Buffer を添加し、10～12 回チューブを転倒させ、よく混和する。
⑧ 遠心（≧10K×g, 5 分間, 4℃）し、上清を可能な限り採取する。（注４）⑨ ⑧の上清を Spin Column に 700μl 移し、遠心（≧10K×g, 30 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑩ ⑧の残りの上清全量を⑨の Spin Column に移し、遠心（≧10K×g, 30 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑪ 600μl の GW Buffer を Spin Column に添加した後、遠心（≧10K×g, 60 秒間, 4℃）し、濾液は廃棄する。
⑫ Spin Column を新しい 1.5 ml マイクロチューブに移す。
⑬ 50μl の TE（pH8.0）を滴下した後、3 分間室温で静置する。
⑭ 遠心（≧10K×g, 60 秒間, 室温）し、濾液を回収する。

７

GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

(注１)攪拌操作が不十分な場合、DNA の収量が著しく減少します。また、チューブを試験管ミキサーへ斜めにあてた場合、泡が大量に発生し攪拌効率が低下します。試験管ミキサーに対してチューブを垂直にあて、そのまま 30 秒間、しっかりと攪拌を行って下さい。攪拌が不十分であれば、更に 30～60 秒間攪拌を行って下さい。

(注２)

使用する冷却遠心機のローターの最高回転数およびチューブの最大耐 g を確認して下さい。

(注３)

沈殿物や上清表面に浮かんでいる膜状の物質を可能な限り取らないように上清を回収して下さい。

(注４)

沈殿物や上清表面に浮かんでいる膜状の物質がある場合は可能な限り取らないように上清を新しい 2.0 ml チューブに移して下さい。

８GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

Ⅶ データ集
１．本キットで抽出した DNA の吸収スペクトル
A260 付近に吸収ピークがあることから、本キットで抽出した DNA は純度が高いことが示唆された。

0.30.25Abs.

0.2
0.150.1
0.050220240260280
Wavelength [ nm ]300320

図１．プロトコール１できな粉から抽出した DNA の吸収スペクトル

0.25

Abs.

0.2
0.15
0.1
0.050220240260280
Wavelength [ nm ]

300

320

図２．プロトコール２で豆乳から抽出した DNA の吸収スペクトル

９GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

0.3
0.25

Abs.

0.2
0.15
0.1
0.050220240260
280
Wavelength [ nm ]

300

320

図３．プロトコール３でコーンスナック菓子 A から抽出した DNA の吸収スペクトル0.60.5

Abs.

0.4
0.3
0.20.10220240260

280

300

320

Wavelength [nm]図４．プロトコール３でポテトスナック菓子 A から抽出した DNA の吸収スペクトル

１０GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

２．本キットで抽出した DNA のアガロースゲル電気泳動
本キットのプロトコール３でポテトスナック菓子から DNA を抽出した。いずれのポテトスナック菓子からも DNA を抽出出来た。

Lane M : OneSTEP Marker 6 (λ/ StyI digest)
Lane 1, 2 : ポテトスナック菓子 A 由来の DNA
Lane 3, 4 : ポテトスナック菓子 B 由来の DNA
Lane 5, 6 : ポテトスナック菓子 C 由来の DNA
本キットのプロトコール３で抽出した DNA 溶液の 1／25 量を 1% Agarose S で電気泳動した。

１１GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

３．PCR による内在性遺伝子の検出
ダイズ、トウモロコシ及びジャガイモの内在性遺伝子検出用プライマー対を用いて、本キットで抽出した DNA 溶液を希釈せずに鋳型として用い、PCR を行った。PCR 条件は、
農林水産省 JAS 分析試験ハンドブック「遺伝子組換え食品検査・分析マニュアル」に従った。

Lane M : OneSTEP Marker11 (pUC19/MspI digest)＜ダイズ加工食品＞
Lane 1 : きな粉

Lane 4 : 豆腐

Lane 7 : 納豆 A

Lane 2 : 乾燥ゆば

Lane 5 : 豆乳

Lane 8 : 納豆 B

Lane 3 : 凍り豆腐

Lane 6 : 水煮大豆

Lane 9 : 納豆 C

＜トウモロコシ加工食品＞
Lane 10 : トウモロコシの缶詰
Lane 11 : コーンスナック菓子 A
Lane 12 : コーンスナック菓子 B
Lane 13 : コーンスターチ＜ジャガイモ加工食品＞
Lane 14 : ポテトスナック菓子 A
Lane 15 : ポテトスナック菓子 B
Lane 16 : ポテトスナック菓子 C
PCR 産物の一部（5 l）を 3% Agarose 21 ゲルで電気泳動
Lane 1～9 は Le1 遺伝子(118 bp)を増幅、Lane 10～13 は SSⅡb 遺伝子(114 bp)を増幅、Lane 14～16 は UGPase 遺伝子(111 bp)を増幅した。

１２GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

Ⅷ トラブルシューティング問題

遠心操作の後、十分な量 の上 清を回収できない。

Spin Column が目詰まりする。

考えられる原因考えられる対策

試料に対する溶液量が足りない。

試料の量を減らして、滅菌水、または GE1 Buffer を適量加えて下さい。

遠心が不十分。

遠心の g を上げるか、遠心時間を長くして下さい。

冷却が必要。

上清を回収するための遠心操作の直前に、数分間の氷冷操作で温度を下げると効果的な場合があります。

沈殿物や上清表面の浮遊物を過度に持ち込んだ。

試料の粉砕が不十分。

抽出効率が低下している。

DNA の 収 量 が 少ない。

RNA の 混 入 が 多い。

PCR で DNA を増幅できない。

沈殿物や浮遊物の Spin Column への持込を避けるため、上清を 1.5 ml もしくは 2.0 ml マイクロチューブへ一旦移し、より強いg にて遠心を行った後、上清を回収し、GB3 Buffer を加えて下さい。
GB3 Buffer 添加後の遠心上清を回収するときはできるだけ沈殿物や上清表面の浮遊物を含まないようにして下さい。
遠心後に放置しておくと沈殿物が浮遊してくる場合があります。沈殿物が浮遊してきた場合は、上清を回収する前に再度、遠心を行ってください。
出来るだけ細かく、均質になるように試料を粉砕して下さい。
GE1 Buffer および酵素の添加後は、試験管ミキサーにてよく混合して下さい。また、加温反応中は粘性が低下し、攪拌効率が上がりますので、よく混合して下さい。
50 ml コニカルチューブを斜めに試験管ミキサーにあてた場
合、泡が大量に出て攪拌効率が下がりますので、チューブを試験管ミキサーに垂直にあてよく攪拌を行って下さい。

溶出が不十分。

TE(pH8.0)を Spin Column へ添加した後、直ぐに遠心溶出を行った場合、DNA 収量にばらつきが生じます。一定の DNA 収量を得るため、室温で数分間静置した後、溶出を行って下さい。

試料中に含まれる DNA量が少ない。

試料を 2 本以上用意し、GB3 Buffer 添加後の遠心で上清を回収するまで、それぞれ別々に操作を行う。その後、回収した上清を 1 つにまとめ、Spin Column へ複数回に分けて全量を添加すると DNA 収量の増加が期待される。

酵素処理温度が低すぎる、もしくは高すぎる。

マニュアル記載の温度に調節して下さい。また、加温操作は比較的、熱伝導効率のよいウォーターバス等をご使用ください。

酵素が失活している。

Proteinase K およびα-Amylase は-20℃で保存して下さい。

RNase A が失活している。

GE1 Buffer と RNase A は混合して保存することができません。
それぞれを別々に保存して下さい。

PCR 阻害物を含んでいる。

試料によっては GE1 Buffer に含まれる PCR 阻害物質が残存する場合があります。GE1 Buffer を 2 倍に希釈して下さい。また、収量が極端に少ない場合 TE が PCR 反応の阻害の原因になります。溶出を水で行って下さい。また、Spin Column に試料由来の着色が見られる場合は GW Buffer による洗浄操作を 2回行うと効果的な場合があります。

１３

GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

Ⅸ 関連製品
Code No.
317-06361
310-06591
316-07791
319-07161
317-07341
314-06371
311-06381
318-06391
311-06641
318-06651
315-06661
312-06671
316-90025
318-90105
312-01193
313-03242
312-06512
311-02682
311-05281
318-05791
312-05831
319-0814

製品名

GM quicker
GM quicker 2
GM quicker 4
GM quicker 96
On-Site Column Set for GM quicker
GE1 Buffer
GE2 Buffer
RNase A（100 mg/ml）
GW Buffer
GE2-K Buffer
GB3 Buffer
GM quicker 2 Enzyme Set(Proteinase K 2 ml, α-Amylase 0.2 ml)
TE (pH8.0)
Distilled Water, Deionized, Sterile
Agarose S
Agarose 21
Agarose XP
Agarose X
OneSTEP Marker 6
OneSTEP Marker 4
OneSTEP Marker 11
Collection Tube

包装単位
50 回用
50 回用
50 回用
96 ｳｪﾙﾌﾟﾚｰﾄ×4
20 回用
500 ml200 ml
0.5 ml×5
40 ml×2
100 ml12.5 ml×2
1 Set
500 ml500 ml
100 g
25 g
25 g
25 g
1,500 μl
375 μl375 μl
100 回用Ⅹ 参考文献・ 「トウモロコシ加工品の新規 DNA 抽出法の検討」詳細は農林水産消費安全技術センター(FAMIC)様の HP に掲載の調査研究報告 第 37 号(平成 25 年 11 月)よりご覧頂けます。
・ Comparison of DNA extraction methods for sweet corn and processed sweet corns.
Takabatake R, Noritake H, Noguchi A, Nakamura K, Kondo K, Akiyama H, Teshima R, ManoJ, Kitta K.: Shokuhin Eiseigaku Zasshi, 2013; 54(4):309-315.

１４GM quicker 3 Manual Ver. 3.0

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