実験的サービス

TSUBAME Computing Services, Global Scientific Information and Computing Center
2024-09-30

実験的サービス

Table of contents
実験的サービス一覧

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1. Webアプリケーション起動スクリプト

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1.1. Jupyter Lab / Notebook

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1.2. Code Server

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改訂履歴

7- 2/7 -2024-09-30

実験的サービス

実験的サービス一覧
Warning
下記のサービスは実験的サービスとして公開しています。正式なサポートはありません。
また、予告なく動作しなくなる・公開終了する可能性があります。

• Webアプリケーション起動スクリプト- 3/7 -

2024-09-30

実験的サービス

1. Webアプリケーション起動スクリプト
Warning
下記のサービスは実験的サービスとして公開しています。正式なサポートはありません。
また、予告なく動作しなくなる・公開終了する可能性があります。

Warning
ログインノードに負荷がかかるため、以下のような使い方は禁止されています。
• 計算ノードを確保せずにログインノードで Jupyter および code-server を動作させること• VS Code Server などの機能で外部からTSUBAMEのログインノードに接続すること

TSUBAMEの計算ノードで Jupyter および code-server などのWebアプリケーション起動操作を簡略化するためのスクリプトです。
TSUBAMEの計算ノードでこれらのWebアプリケーションを利用する場合、SSHのポートフォワーディング設定が必要となります。
ポートフォワーディングに必要な処理を半自動化するスクリプトを実験的に公開しておりますので、適宜ご利用ください。

1.1. Jupyter Lab / Notebook
Note
Jupyter Labについては、Open OnDemand 経由でも利用できます (Open OnDemand経由の方が比較的簡単です)1.1.1. Jupyter環境の準備
Jupyter Lab もしくは Jupyter Notebookを利用できるようにします。
TSUBAMEで用意されている Jupyter Lab を利用する場合は、以下のコマンドでモジュールをロードしてください。
$ module load jupyterlab

カスタマイズした環境で利用したい場合など、TSUBAMEの jupyterlab モジュールを利用したくない場合は、個別にインストールしてください。
なお、 jupyterrun コマンド実行時のモジュールのロード状況およびVirtualEnvを継承しますので、適宜ご利用ください。
$ python3 -m pip install --user jupyter

1.1.2. Jupyterのパスワード設定(任意・推奨)
下記コマンドで Jupyter 環境のパスワードを設定します$ jupyter notebook password

1.1.3. サーバの起動
以下のような流れでサーバを起動できます$ module load jupyterrun
Loading experimental modules$ cd path/to/notebook # ノートを保存する場所$ jupyterrun -l cpu_4=1 -l h_rt=00:10:00 -g groupname # もしくは ijupyterrun (インタラクティブジョブ専用キュー)
To enable port forwarding, execute this command in another terminal:- 4/7 -2024-09-30

実験的サービスssh -l ux00000 -L 8888:r1n2:12345 login.t4.gsic.titech.ac.jp
Then, you can connect to http://localhost:8888/

jupyterrun コマンドには qrsh と同じコマンドライン引数が必要です。 インタラクティブジョブ専用キュー(iqrsh)を利用する場合は、ijupyterrun コマンドを利用してください。

1.1.4. ポートフォワーディング
上記とは別のターミナルで、上記メッセージにあるコマンド(もしくはそれと同等のもの)を実行します。

Note表示されるパラメータは毎回変わります1.1.5. ブラウザからの接続
ブラウザで http://localhost:8888/ に接続すると、計算ノード上のJupyterに接続できます。

1.1.6. ジョブの終了
ブラウザでQuitを選択するか、サーバの起動を行ったターミナルで Ctrl-C を2回入力することでジョブが終了します。

1.2. Code Server
Info
Code Server については、Open OnDemand 経由でも利用可能です。
利用手順についてはこちらを参照してください。

1.2.1. Code Server環境の準備
Code Serverを利用できるようにします。
TSUBAMEで用意されている Code Server を利用する場合は、以下のコマンドでモジュールをロードしてください。
$ module load code-server

カスタマイズした環境で利用したい場合など、TSUBAMEの code-server モジュールを利用したくない場合は、個別にインストールしてください。

1.2.2. Code Serverの接続パスワード設定
Code Serverでは初回起動時にパスワードの設定ファイルが作成されます。
一度 code-server コマンドを実行し、Ctrl-Cで停止することで、設定ファイルが作成できます。
任意のパスワードに設定する場合は、 ~/.config/code-server/config.yaml ファイルを適宜編集してください。

1.2.3. サーバの起動
以下のような流れでサーバを起動できます$ module load jupyterrun
Loading experimental modules$ csrun -l cpu_4=1 -l h_rt=00:10:00 -g groupname # もしくは icsrun (インタラクティブジョブ専用キュー)
To enable port forwarding, execute this command in another terminal:
ssh -l ux00000 -L 8888:r1n2:12345 login.t4.gsic.titech.ac.jp- 5/7 -2024-09-30

実験的サービス

Then, you can connect to http://localhost:8888/
Use the following password: XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

csrun コマンドには qrsh と同じコマンドライン引数が必要です。 インタラクティブジョブ専用キュー(iqrsh)を利用する場合は、 icsrun コマンドを利用してください。

1.2.4. ポートフォワーディング
上記とは別のターミナルで、上記メッセージにあるコマンド(もしくはそれと同等のもの)を実行します。

Note表示されるパラメータは毎回変わります

また、Code Server初回起動時以外は、設定した接続パスワードが画面に表示されますので、適宜ご利用ください。

1.2.5. ブラウザからの接続
ブラウザで http://localhost:8888/ に接続すると、計算ノード上のCode Serverに接続できます。

1.2.6. ジョブの終了
サーバの起動を行ったターミナルで Ctrl-C を1回入力することでジョブが終了します。

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2024-09-30

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改訂履歴
改定日付

内容

2024/05/29

初版作成

2024/09/11

code serverがOoDから利用可能になった旨を追記- 7/7 -

2024-09-30