令和 4 年度 共同研究報告書
研究区分

一般共同研究研究課題名

トランスオミクス解析手法を用いた神経-免疫連環制御手法の探索

新規・継続の別新規
名古屋大学

40 歳

35 歳

大学院医学研究科システム生物学

以下○以下○

所属
研究代表者
職名・氏名
研究分担者
（適宜行を追加して下さい）
受け入れ教員

教授 島村 徹平

所属
職名・氏名
所属
職名・氏名
職名・氏名

分子神経免疫学分野 教授 村上 正晃

概要

位相的データ解析などの数理学的手法を取り入れて三次元画像を（100～150 字程度）解析することで、個体・臓器における微小炎症をこれまでと全く異なる視点からの定量に取り組んでいる。また、本共同研究では研究代表者が開発した新たな脈管構造評価法を用いることで、自己免疫疾患モデルマウスにおけるゲートウェイ反射機構の解明に取り組んでいる。

研究目的

慢性炎症は、さまざまな疾患との関連性が認められることから、よ（300 字程度）

り詳細な分子機構の解明が多くの病気に対する新規治療法に繋がると考えられる。申請者の研究室はベイズ推論を用いたマルチオミクス解析、位相データ解析に長けており、がんおよび自己免疫疾患などの病態解明に繋がる研究を数多く明らかにしてきた。今回は、村上博士が研究する IL-6 アンプ活性化を介する神経-免疫連関機構について詳細な解析を行い、論文化を目指した。

研究内容・成果

分子神経免疫学分野で微小炎症状態についての表現型解析をライ（1000 字程度・Web 会議の回数

トシート顕微鏡、組織透明化技術、そしてトポロジー構造解析技術も記載）を用いて取り組んだ。
共同研究先の分子神経免疫学分野は、非免疫系細胞の慢性炎症への寄与を世界に先駆けて報告し、また免疫研究、炎症研究にも精通している。研究代表者のオミクス解析技術開発への強みを融合させることで、更なる医学的発展が予見されるデータが得られ始めている。特に分子神経免疫学分野に設置されているライトシート顕微鏡および CODEX などの機器を用いて取得したデータに対して研究代表者がこれまで構築してきた数理学的な視点からデータを解釈することで、新規微小炎症制御機構や免疫応答機構の探索を継続中である。

成果【学会報告】
参加者名、講演タイトル、学会名、開催場所、開催日時入力のこと【論文発表】
著者、論文名、掲載誌名、号・年・ページ等、IF 入力のこと
Bayesian statistical method for detecting structural and topologicaldiversity in polymorphic proteins. Hayashi S, Koseki S, Shimamura
T.

ComputStructBiotechnolJ.

inpress.

doi:

doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.038., IF: 7.2
Metabolic remodeling of pyrimidine synthesis pathway and serinesynthesis pathway in human glioblastoma. Nakamizo A, Miyamatsu
Y, Hirose H, Amano T, Matsuo S, Fujiwara M, Shimamura T,Yoshimoto

K.

SciRep.

2022

Sep

29;12(1):16277.

doi:

10.1038/s41598-022-20613-w. PMID: 36175487, IF: 5.0
Detecting time-evolving phenotypic components of adverse
reactions against BNT162b2 mRNA SARS-CoV-2 vaccine via
non-negative tensor factorization. Ikeda K, Nakada TA, Kageyama
T, Tanaka S, Yoshida N, Ishikawa T, Goshima Y, Otaki N, Iwami S,Shimamura T, Taniguchi T, Igari H, Hanaoka H, Yokote K, Tsuyuzaki
K, Nakajima H, Kawakami E. iScience. 2022 Sep 28:105237. doi:
10.1016/j.isci.2022.105237., IF: 6.1
Metabolome and transcriptome analysis on muscle of sporadic
inclusion body myositis. Murakami A, Noda S, Kazuta T, Hirano S,Kimura S, Nakanishi H, Matsuo K, Tsujikawa K, Iida M, Koike H,
Sakamoto K, Hara Y, Kuru S, Kadomatsu K, Shimamura T, Ogi T,
Katsuno M. Ann Clin Transl Neurol. 2022 Sep 15. doi:
10.1002/acn3.51657. Online ahead of print. PMID: 36107781, IF:
4.5# An analysis modality for vascular structures combining
tissue-clearing technology and topological data analysis TakahashiK, Abe K*, Kubota SI*, Fukatsu N*, Morishita Y, Yoshimatsu Y,Hirakawa S, Kubota Y, Watabe T, Ehata S, Ueda HR, Shimamura
T#, Miyazono K#(#corresponding autor、*equally contributed),

Nat Commun, 13: 5239 (2022). doi: 10.1038/s41467-022-32848-2,
IF: 14.9
A bifurcation concept for B-lymphoid/plasmacytoid dendritic cellswith largely fluctuating transcriptome dynamics. Nagaharu K*,Kojima Y*, Hirose H, Minoura K, Hinohara K, Minami H, Kageyama
Y, Sugimoto Y, Masuya M, Nii S, Seki M, Suzuki Y, Tawara I,Shimamura T, Katayama N, Nishikawa H, Ohishi K. (* Equallycontributed)

CellRep.

2022

Aug

30;40(9):111260.

doi:

10.1016/j.celrep.2022.111260., IF: 10.0
UVB-Induced Skin Autoinflammation Due to Nlrp1b Mutation and Its
Inhibition by Anti-IL-1β Antibody. Murase Y, Takeichi T, Koseki J,
Miyasaka Y, Muro Y, Ohno T, Shimamura T, Akiyama M. Front.
Immunol.

2022

June

17;13:876390.

doi:

10.3389/fimmu.2022.876390, IF: 8.8
Exome sequencing of Japanese schizophrenia multiplex families
supports the involvement of calcium ion channels. Toyama M,
Takasaki Y, Branko A, Kimura H, Kato H, Nawa Y, Kushima I,Ishizuka K, Shimamura T, Ogi T, Ozaki N. PLoS One. 2022 May
10;17(5):e0268321. doi: 10.1371/journal.pone.0268321.
eCollection 2022., IF: 3.2【新聞報道】