Manual Series 8

PubMed の使い方
画面構成
検索例 1、検索例 2
Filters 機能
検索結果の表示
表示形式の変更
検索結果の表示（抄録付き）
検索結果のプリント検索結果の保存検索の際知っておくと便利な機能
雑誌名と著者名を組み合わせた検索の結果表示Advanced Search
MeSH Database 機能
Clinical Queries 機能
My NCBI 機能
検索式の保存

P. 1
P. 2
P. 3
P. 4
P. 5
P. 6

P. 7
P.10
P.13
P.14
P.15

＜ＰｕｂＭｅｄとは＞ＰｕｂＭｅｄとは米国国立医学図書館（NLM）が作成する、MEDLINE（メドライン）を含む医学分野の代表的な文献情報データベースです。この MEDLINE では世界中の 5,200 誌以上の雑誌に掲載された文献情報を検索できます。1997 年、NLM は、MEDLINE を含む PubMed（パブメド）という検索システムをインターネット上に無料で公開を開始しました。PubMed には MEDLINE以外に NIH の助成金で行われた研究報告などが収録されています。医学用語や著者、雑誌名等のキーワードを手がかりに、文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名）や抄録を調べることができます。
PubMed には、1946 年以降に登録された 3,000 万件以上の文献データが収録されています。
ただし、1946～1965 年のデータは索引誌から遡及入力されたものであり、それ以降のデータに比べて索引などが異なっていますので、検索の際には注意が必要です。日本で出版された雑誌は
約 115 誌がカレントな収録対象誌となっています。なお、PubMed の母体となった冊子体の索引誌を使えば、1879 年まで遡って調べることができます。

東京慈恵会医科大学学術情報センター
2020 年 11 月
©2023 The Jikei University School of Medicine, Academic Information Center画面構成

検索の途中で PubMed マークをクリック
すると、この初期画面に戻る。
検索の実行。Enter キーでもよい。

詳細な検索を行う。
ユーザーガイド、各種機能へのリンク

キーワードを入力する検索ボックス。入力は大文字、小文字どちらでもよい。キーワードは、論題、著者名、雑誌名、抄録などデータの全フィールドを対象に検索される。

検索例１（テーマから探す）「メタボリックシンドロームの危険因子に関する文献を探す」
キーワードをスペースを空けて入力します。スペースを空けて入力することで両方のキーワードを含む文献を検索します。キーワードを入力すると自動用語マッピングの機能が働き、必要に応じて該当する MeSH（統制されたキーワード）などを追加しながら検索を実行します。実行された検索の詳細は Advanced Search 画面の History and Search Detailsに表示されます。

検索例 2（雑誌名、著者名から探す）「雑誌 Journal of hepatology に 2010 年に掲載された中野氏の文献を探す」
キーワードとなる journal of hepatology、2010、nakano をスペースを空けて入力します。
雑誌名は省略形（j hepatol）でも検索できます。

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Filters（検索結果の絞り込み）機能
画面左側に filter サイドバーが表示されます。filter サイドバーでは、雑誌の出版年、論文の種類、使用言語、性別、年齢、抄録の有無などで検索結果を絞り込むことができます。 初期設定ではよく使用される filter が表示されています。
filter サイドバーの下にある Additional filters をクリックするとすべての filter を表示することができます。filter 機能は解除するまでその設定が有効です。新たに検索を始めるときは、Reset all filters をクリックするか、検索結果の上方のClear all をクリックして設定を解除します。

主な filter の内容
RESURTS BY YEAR：出版年の選択（PUBLICATION DATE でも選択できる）
ARTICLE TYPE：出版形態（論文の種類）、研究デザインLANGUAGE：使用言語
SUBJECT：AIDS、Cancer など特定のテーマに限定
AGE：年齢の指定
JOURNAL：Dental journals、Nursing journals などに限定利用する filter にチェックをつけると絞り込み検索が実行される（複数選択可能）。

Additional filters をクリックすると、すべての filter を表示できる。必要な filter を選択し Show をクリックするとfilter サイドバーに追加される。

Reset all filters をクリックすると、すべての filter を解除できる。

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検索結果の表示
検索を実行すると検索結果が Best match 順（関連度順）に Summary 形式で表示されます。Summary 形式は、論題、著者名、雑誌名、発行年、巻号ページ、PMID および抄録の一部がスニペット表示（検索キーワードが出現している部分など関連性が高い部分を断片的に表示）されます。

表示形式の変更

検索件数

Filters 機能が設定されていると表示される。
Clear all で解除できる。

論題、著者名、雑誌名、発行年・巻・号・ページ、PMID、抄録の一部

画面上部の Display options で抄録付きの表示への変更や、ソートの変更、1 ページあたりの表示件数の変更などができます。

抄録付きの表示への変更
や、ソート順、1 ページあたりの表示件数の変更。

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検索結果の表示（抄録付き）
検索結果の論題の部分をクリックすると抄録付きの表示になります。表示形式を Abstract にすると、検索結果全てが抄録付きの表示になります。
雑誌名（カーソルを当てると正式指名が表示されます）、巻・号・ページ、発行年

論題
著者名

PMID

クリックすると所属機関を表示。

抄録

クリックすると、論文タイプやMeSH などを表示。

該当雑誌の所蔵情報や電子ジャーナルの利用に関する情報を表示。

クリックすると、Similar articles（関連性の高い文献）や、MeSH などを表示した詳細画面になる。
Similar articles は、MeSH、論題、抄録中のキーワードを PubMedが自動的に分析して、関連性の高い文献にリンクする機能です。
すでに手元にある「キーペーパー」を手がかりに関連文献を検索するときに便利です。

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検索結果のプリント
PubMed にはプリント機能はなく、ブラウザのプリント機能を使用します。

検索結果の保存（File）② Save ボタンをクリック。

③ Format を選択し、Create file をクリック。

① 必要文献にチェック。
（チェックなしでは、表示しているページの全件か、結果全件かを選択する。最大件数は、10000 件。
）

検索結果の保存（Email 、Clipboard、Collections）

Email では検索結果を電子メールで送信することができます。Email ボタンをクリックすると送信先の電子メール・アドレスや送信形式を選択するボックスが表示されます。一度に送信できるのは 200 件までです。
Send to ボタンをクリックすると、Clipboard 、Collections などを選択するウインドウが表示されます。 Clipboard は検索結果を一時的に保存するときに選択します。様々な検索を行い、最後にまとめて印刷やダウンロードなどを行う場合に、検索結果を Clipboard に保存しておくと便利です。Clipboard には最大 500 件、8 時間データが保存されます。重複する文献は、追加されません。Collections は検索結果を後述の My NCBI に保存するときに選択します。Collections を選択すると、Log in 画面になります。

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検索の際、知っておくと便利な機能
・前方一致検索（Truncation）
キーワードの最後にアスタリスク(*)を付けると、前方一致検索ができます。ただし、アスタリスクを付けた場合は、Mesh用語への自動用語マッピングの機能は働かないので注意が必要です。
・特殊文字による検索
αやβは alpha またはα、beta またはβのどちらで入力しても検索できます。アポストロフィー（‘）やウムラウト等は省略できます。分子式の CO2 などは CO2 と入力します。
・熟語として検索したい場合熟語として検索したいキーワードは “kawasaki disease” のようにダブルコーテーション (“ ”) を付けて入力します。このようにダブルコーテーションを付けた場合は自動用語マッピングの機能は働かないので注意が必要です。

雑誌名と著者名を組み合わせた検索の結果表示
雑誌名と著者名を組み合わせた検索が実行されると、サイテーション・センサー（Citation Sensor）と呼ばれる機能が起動し、通常の検索結果の前に書誌情報として該当する論文が表示されることがあります。
例えば、雑誌 Blood に2009年に掲載されたSato氏の論文を検索した場合、はじめに Blood を雑誌名として検索した5件のうちの3件が表示され、次に Blood を雑誌名以外の論題や抄録中のキーワードとしても検索した結果が表示されます。

Blood を雑誌名として検索した結果の5 件から 3 件を表示。

Blood を雑誌名以外のキーワードとしても検索した結果。

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Advanced Search
検査履歴を利用したり、論題中に使用された言葉や雑誌名に限定した検索を行うなど、検索フィールドを指定した検索ができます。

Advanced をクリック。

・画面構成
PubMed メイン画面へのリンク。
キーワードの追加、組み合わせ条件を表示。

検索フィールドの変更はここで行う。

検索ボックス

入力したキーワードではじまるキーワー
ドとその件数をリストする。

検索式が表示される。

検索実行キー。
Search は検索結果を表示する。
Add to History は検索履歴や件数を表示する。
・検索方法１（キーワードをまとめて入力）、テーマ「論題中に o157 とあり、予防に関する文献を探す」① 検索フィールドを Title（論題）に変更。

② キーワードの o157 を入力して、Add ボタンをクリック。
③ 検索式が自動的に表示される。

④ 検索フィールドを All Fields に変更。

⑤ キーワードの prevention を入力し、Add with AND を選択。

⑥ 組み合わせた検索式が示される。

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⑦ Add to History を選択。

⑧ History and Search Details に実行した検索式が表示される。検索式は最大 100 行まで表示され、古い物から削除されていく。

⑨ 検索件数をクリックし、結果を表示する。

・検索方法２（各キーワードの検索件数を確認しながら検索）、テーマ「論題中に o157 とあり、予防に関する文献を探す」① 検索フィールドを Title に変更し、検索ボックスに o157 と入力し、Add ボタンをクリック。

② Add to History を選択。

③ 検索式が表示される。

④ 検索フィールドを All Fields に変更し、検索ボックスに prevention と入力し、Add ボタンをクリック。

⑤ Add to History を選択。
Details で検索式の詳細が確認できる。
⑥ 検索式が表示され、それぞれの検索件数が確認できる。

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⑦ #1 の式に対して、Actions からAdd query を選択。

⑧ Query box に式が表示される。

Delete で検索履歴をすべて削除。
8 時間放置すると自動的に削除される。

⑨ 同様に、#2 の式に対して、Add with AND を選択。

検索履歴を削除したい場
合は Delete。

⑩ Query box に式が表示される。
⑪ Add to History を選択。

⑫ History and Search Details に実行した検索式が表示される。検索式は最大 100 行まで表示され、古い物から削除されていく。

Download で検索履歴をcsv 形式でダウンロード。

⑬ 検索件数をクリックし、結果を表示する。

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MeSH Database 機能
PubMed では、各データに MeSH（メッシュ）用語 と呼ばれるコントロールされたキーワードが付与されています。
例えば癌のように、cancer や tumor などキーワードがいくつか考えられる概念であっても MeSH 用語としてはneoplasms の 1 つに決められており、MeSH 用語を使用することで的確な検索ができるようになっています。
通常の検索で検索ボックスに入力したキーワードについては、PubMed はそのキーワードに対応する MeSH 用語がないかチェックし、MeSH 用語も含めた検索を行います。
最初から MeSH 用語を使って検索を行いたい場合は、MeSH Database を利用すると容易に MeSH 用語を見つけることができます。

① MeSH Database をクリック。

② キーワードを入力する。

図の例では、Severe Acute Respiratory Syndrome（重症急性呼吸器症候群）で検索したところ、関連のある MeSH 用語と Supplementary Concept（化学物質名など補足用語）が合わせて 31 語リストアップされました。リストアップされた中に適切な MeSH 用語があれば、それをクリックします。
もし、適切な MeSH 用語がなければ、同義語や違うスペルで再検索するか、PubMed で自由語検索を行って、検索された文献に付与されている MeSH 用語を確認するといった方法も有効です。
③ クリックすると詳細表示に変わる。

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選択した MeSH 用語についての説明④ 選んだ MeSH 用語と組み合わせることのできる Subheadings (サブヘディング)が表示されているので、必要なものにチェックを付ける。
サブヘディングとは、therapy (治療)や diagnosis (診断)のように、MeSH 用語と密接に組み合わせることのできるキーワード。

⑤ 選んだ MeSH 用語を主要なテーマのものに限定して検索する場合はチェックする。関連のあるものを広く検索したい場合は、チェックしない。

⑥ 下位の MeSH を含めるか含めないかを指定できる。
下位の MeSH を含めた広い検索をしたい場合は、チェックしない。
Entry Terms とはこの MeSH への参照語

画面下方にはこ階層構造が表示されている。
この例では Severe Acute Respiratory Syndrome は Coronavirus Infections （コロナウイルス感染症）と Respiratory Tract Infections（呼吸器感染症）の下位語に位置づけられていることがわかる。
変更したいときは、その語をクリックする。

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⑧ ボックス内に図のような検索式が作成される。
複数の MeSH を組み合わせるときはこの作業（②～⑦）
を繰り返す。

⑦ サブヘディングの therapy（治療）を選択し、Add to search builder をクリックする。

⑨ Search PubMed をクリックすると検索を実行する。

⑩ 検索ボックスに選択した MeSH が入った形で検索結果が表示される。

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Clinical Queries 機能
Clinical Queries は、臨床医学領域の文献情報検索における利用を想定した検索機能で、研究デザインに着目したキーワードを自動的に付与して検索を行います。COVID-19 に関連する検索フィルター（COVID-19 Articles）と、研究デザインによる検索フィルター（Clinical Study Categories）があり、この 2 種類の検索を同時に実行できます。

Clinical Queries をクリック

検索ボックスにキーワードを入れ、 Search ボタンをクリックすると 2 種類の検索を同時に実行します。
検索結果のタイトルをクリックすると、その文献の詳細画面になります。

Broad ：適切な文献を数多く検索するが、あまり適切でない文献も含まれる
Narrow ：適切でない文献は少なくなるが、適切な文献が漏れる可能性が高まる

COVID-19 Articles 、Clinical Study Categories は Category、Scope で、診断や治療など細かい設定が可能です。プルダウンメニューから選択します。自動的に付与される検索キーワードは、それぞれ以下の Web サイトで確認できます。
・COVID-19 Articles：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#covid19-article-filters
・Clinical Study Categories：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#clinical-study-category-filters
なお、Clinical Queries 機能は、検索画面上部に記載されているように、一部の臨床研究に限定されたものです。目的のテーマについて漏れなく文献を探したい場合には、通常の PubMed 検索を行ってください。

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My NCBI 機能
My NCBI に登録すると 6 カ月以内に実行した検索式の確認、定期的・自動的に検索結果を電子メールで送信する設定、Filters の設定など PubMed をカスタマイズすることができます。
登録方法① Log in をクリックする。

② Log in 画面となる。
新規登録するには「New here? Sign up」をクリックし、「Create new NCBI Account」で、必要事項を入力し、登録する。

My NCBI の画面

ここからも検索できる。

検索結果の保存（Send to）で My
Bibliography を指定するとここに保存される。

最近実行した検索式を表示する。

保存した検索式を表示する。

検索結果の保存（Send to）で Collectionsを指定するとここに保存される。

よく使用する検索条件（言語・年齢の指定、論文の種類など）を予め設定し、検索件数を表示する。

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検索式の保存
Create alert 機能を使うと検索式を保存する、あるいは保存した検索式を定期的に実行し結果をメールで受け取ることができます。

① キーワードおよび Filter 機能を使用し、保存する検索式が決まったら Create alert をクリックする。
② NCBI Account で、 Username とPassword を入力し、Log in する。

検索式の名前は変更できる。

式のみを保存する場合は、No にチェック。

×××＠×××

検索結果の送付先アドレス③ 定期的に検索結果のメール送信を行いたい場合は、送信頻度、形式などについて、設定を行う。

④ 最後に Save をクリックする。

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