ライフサイエンスデータベース統 合 推 進 事 業 （統 合 化 推 進 プログラム）

研究開発終了報告書
研究開発課題名：「プロテオーム統合データベースの構築」
研究代表者：

石濱 泰（京都大学 大学院薬学研究科 教授）
研究開発期間：2015年4月～2018年3月©2018 石濱 泰(京都大学) licensed under CC 表示 4.0 国際
1

研究開発実施の概要
近年の急速な技術革新により爆発的なサイズのプロテオームデータが産生されているが、これらのデータの共有・維持・管理を行うためのインフラ整備が世界的に著しく遅れている。我が国においても、プロテオーム情報が継続的かつ確実に蓄積されているにも関わらず、これらの生データを関連するメタデータと共に一元的に格納するリポジトリさえ未だ整備されていない。生物のプロテオーム情報は基礎科学の根幹をなすのみならず、医療や創薬に直接的に関わる最も重要な情報であり、プロテオームデータベースの整備は緊急を要する。
本プロジェクトは、日本内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、多彩な生物種・翻訳後修飾・絶対発現量も含めた世界初の横断的統合プロテオームデータベ
ース jPOST（Japan ProteOme STandard Repository/Database）を開発し、ライフサイエンス統合
DB に欠けている「タンパク質」という必要不可欠な生命素子情報を広く国内外に公開することを目的とする。
プロテオーム統合データベース jPOST は、リポジトリ部、再解析部およびデータベース部からなる。このうちデータベースは３つの DB（Cube, Globe, Slice）から構成される。ある生物種の、ある生命現象に注目して、ある研究機関で取得されたプロテオーム情報は標準化されたのち、それぞれの Cube に格納される。それぞれの Cube は集積・統合され、Globe となる。それぞれの Cube には様々なタグ（例えば生物種タグや翻訳後修飾タグ）が付与されている。Globe 中から、あるタグの組
み合わせを持った Cube を抽出し、再構成し、調べたいプロテオーム情報を調整したものが Sliceである。様々な生物種の様々な状態の試料は、質量分析をはじめとする異なる platform で測定され、リポジトリを通じてメタデータとともに jPOST に格納される。格納されたデータは再解析ワークフ
ローに則って標準化され、上述の通りプロジェクト毎に Cube に格納され、Globe に集積され、Sliceに抽出される。Slice は汎用性の高いものをプリセット DB としてあらかじめセットし、それに加えてユーザーが自由にプロジェクト横断的に Globe をスライスし、目的情報 DB を作製できるようにする。
以上のシステムを 3 年間で構築すべく、次の６つの項目（(1)サーバー管理・運用、(2)リポジトリ、(3)再解析、(4)プロジェクト別 DB（Cube）構築、(5)集積キューブ型 DB（Globe）構築、(6)フォーカ
スド DB（Slice）構築）を設定し、システム開発を行った。その結果、2 年目に世界標準であるプロテ
オームデータリポジトリシステム ProteomeXchange コンソーシアムにアジア・オセアニア地区初のリ
ポジトリ拠点として加入し、リポジトリシステムを起動させることに成功した。現在、アジア地区に限らず全世界から 120 を超えるユーザーが登録され、20 コアデータセットを含む 250 を超えるプロジェクトデータがデポジットされるなど、短期間で国際的な認知を得ることに成功した。また、タンパク質同定のための検索エンジンや質量分析装置の種類に依存しない独自の jPOST スコアを導入し、大規模集積データのための再解析ワークフローを確立した。データベース部の開発においては様々な異なる測定プラットフォームデータに対応したインターフェースを開発した。Globe および Sli
ce 開発においては、RDF スキーマ、オントロジー設計を行い、データ統合に向けた基本設計をおこなった。Slice データベースについては、グローバル定量プロテオミクス、翻訳後修飾定量プロテ
オミクスおよびターゲット定量プロテオミクスに対応したプリセットマップを開発した。さらにユーザーがカスタマイズ可能なデータベース作成のためのツール開発も行い、汎用性を確保した。

2

研究開発実施体制
1. 研究グループ(1) 「石濱」グループ（研究代表者グループ）
人員構成
氏名

石濱 泰

所属機関

役職

京都大学 薬学研究科

研究開発項目

教授

総括

杉山 直幸

准教授

jPOST およびデータ標準化法の開発

若林 真樹

助教

田畑 剛

技術補佐員

データ標準化作業

特定研究員

jPOST およびデータ標準化法の開発

吉沢 明康
吉沢 明康

京都大学 化学研究所
京都大学 薬学研究科

特任助教

担当項目
・
・
・
・
・

2017.4～2018.32016.4～2017.32017.4～2018.32017.10～2018.3

D1

小形 公亮

2015.6～2017.32017.4～2018.3

D2

張 智翔

2015.4～2018.32015.4～2018.32015.4～2017.32015.5～2018.32016.4～2017.3

D2

津曲 和哉

岩崎 未央

データ標準化作業

D4

高橋 知里

参加時期

京都大学 iPS 細胞研究所 特定助教

プロジェクト全体の進行管理
キュレーションワークフロー開発（全体システム及び翻訳後修飾プロテオミクス）
プロジェクト別データベース「Cube」の開発（主に翻訳後修飾プロテオミクス関連）
Cube集積データベース「Globe」の開発
フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発(2) 「五斗」グループ（主たる共同研究者グループ(1)）
人員構成
氏名

五斗 進

所属機関

役職

京都大学 化学研究所

吉沢 明康

3

研究開発項目参加時期

2015.4～201７.3

准教授

総括、システム開発

特定研究員

jPOST のサーバー管理運用及びプロ 2015.6～
ジェクト別データベ 2017.3
ースの開発

担当項目

サーバー管理運用
プロジェクト別データベース「Cube」開発
フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」開発(3) 「荒木」グループ（主たる共同研究者グループ(2)）
人員構成
氏名

荒木令江
大槻純男
小林大樹
岡西広樹

所属機関

役職

熊本大学 生命科学研究部(医学系）
熊本大学 生命科学研究部(薬学系）
熊本大学 生命科学研究部(医学系）

研究開発項目

准教授

総括、システム開発教授

jPOST およびフォーカスド
データベースの開発

特任助教
研究員

D2

山崎義宗

参加時期

2015.4～2018.32015.4～2018.32015.9～2018.32017.4～2018.32017.4～2018.3

担当項目

リポジトリシステム開発
プロジェクト別データベース「Cube」構築（主にグローバルプロテオミクス関連）Cube集積データベース「Globe」構築

フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」(主にヒト疾患対応)(4) 「松本」グループ（主たる共同研究者グループ(3)）
人員構成
氏名

所属機関

松本 雅記

九州大学 生体防御医学研
究所

役職

高見 知代

研究開発項目

准教授

総括、システム開発

学術研究員

システム開発＆検証

参加時期

2015.4～2018.32016.4～2018.3担当項目

キュレーションシステム構築（主にターゲット・プロテオミクス関連）
プロジェクト別データベース「Cube」構築（主にターゲット・プロテオミクス関連）
集積データベース「Globe」構築4

(5) 「奥田」グループ（主たる共同研究者グループ(4)）
人員構成
氏名

所属機関

奥田修二郎

新潟大学 大学院医歯学総
合研究科

役職

研究開発項目

准教授

総括、システム開発

凌 一葦

研究員

システム開発＆検証

田村元美

研究員

データのクリーンアッ
プ

渡辺由

研究員

システム開発＆検証

特任教授

データ解析＆クリーンアップ

新潟大学 産学地域連携推
進機構

山本格
担当項目


集積キューブ型データベース「Globe」の開発



リポジトリシステムの開発フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発

参加時期

2015.4～2018.32015.10～2018.3
2015.4～2018.32015.4～2018.32015.4～2018.3(6) 「五斗・河野」グループ（主たる共同研究者グループ(5)）
人員構成
氏名

五斗 進

河野 信

所属機関

役職

大学共同利用機関法人情 教授
報・システム研究機構
データサイエンス共同利用
基盤施設
特任准教授

守屋 勇樹

特任助教

千葉 啓和

特任研究員

研究開発項目総括、システム開発
jPOST のサーバー
管理運用 及びプ ロ
ジェクト別データベースの開発
jPOST およびデータ
リポジトリシステムの開発
jPOST のサーバー
管理運用 及びプ ロ
ジェクト別データベ
ースの開発

担当項目

サーバー管理運用
プロジェクト別データベース「Cube」開発
フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」開発

リポジトリ開発

キュレーションワークフロー開発

5

参加時期

2017.4～2018.32015.10～2018.3

2015.4～2018.32017.4～2018.3

2. 有識者会議等(1) 会議概要
名称

プロテオームデータベース(jPOST)構築プロジェクト有識者会議

目的

プロテオームデータベース構築に関する有識者の講義と情報交換

委員数

13 人

(2) 開催歴年月日

2015 年 7 月 22 日

2015 年 10 月 13 日
2017 年 10 月 5-6
日

参加
人数

場所

熊本大学医学部教育棟
第３講義室
JST 東京本部別館

東京大学アイソトープ総合
センター

6

22 人
10 人
10 人

主な議題

大量データの高速転送技術の現状と独自技術開発への展望
機械学習（特に深層学習）を用いたプ
ロテオームデータの解析について
プロテオームデータベースを用いたプ
ロテオゲノムへの展開〜プロテオミクス
によるエピジェネティクス

研究開発の目的、実施内容及び成果
1. 研究開発の背景
国際的なプロテオーム DB が欧米各地で構築され国際連携されつつある中、我が国には国際的に連携できるプロテオーム DB は未だ存在しない。したがって、ライフサイエンス DB 統合化推進プログラム課題においても、「プロテオーム」は完全に抜け落ちている。本研究は、生命素子として必要不可欠なタンパク質・プロテオーム DB を開発し、最終的に構築される「ライフサイエンス連邦
型統合 DB」の重要な一翼を担おうとするものである。具体的には、多彩な生物種（ヒト、動物、植物、
酵母、細菌など）や翻訳後修飾（リン酸化等）まで含め、絶対発現量も含めた定量情報を付加した
世界初の横断的統合プロテオームデータベース jPOST（Japan ProteOme STandard Repository/Database）の開発を企図するものである。
世界的なプロテオーム DB 開発の背景としては、国際ヒトプロテオーム機構(HUPO)が中心となって推進している Human Proteome Project（HPP）の 2010 年の開始が上げられる。これはヒト全タ
ンパク質のデータベースを国際連携で構築することを目指すもので、そのコンセプトは、ヒト全タン
パク質が人体のどこに、いつ、どれだけ発現するのか、それらが疾患においてどのように変化するのかなどの情報を集めた統合データベース、ヒトプロテオームマップを提供しようというものである。
世界各国が染色体ごとに分担するシステムのため、異なるデータ解析法やフォーマットが存在し、発足から 4 年以上たった 2014 年度末でも統一したデータは報告されていなかった。一方、世界的に最も信頼性のおける大規模プロテオームデータリポジトリとして ProteomeXchange コンソーシ
アム(PXC) がほぼデータ登録の仕組みを完成させ、2014 年の時点で 821 データセットの格納に成功している。この共有データを利用し、2014 年 5 月に世界初のヒトプロテオームマップ Proteom
icsDB が 2 つの独立した研究グループにより Nature 誌で発表された。しかし、網羅性を上げるた
めにデータをひたすら寄せ集めたために多くの偽陽性情報が混じり、HUPO をはじめとするプロテ
オームコミュニティーから論文や公式の場で「公開すべきではない」という強い批判が繰り返し出されている。プロジェクトや研究機関の枠を超えて、プロテオ―ムデータを統合するためには、適切な方法でデータの標準化を行う必要があるのは自明であり、これが適切であれば、本研究で行う異なる生物種や翻訳後修飾情報、タンパク質絶対発現量まで含んだ統合的なプロテオームデータベースの構築が可能となる。
本プロジェクトは、上記の背景から、現在、日本におけるプロテオーム研究の最前線で実験系と情報系の両方に精通している研究者が中心となって、統合 DB の枠組みの構築を行うものである。
今まで解析方法論が煩雑で網羅的なデータを高感度に再現性よく得ることが難しく敬遠されてきたプロテオーム研究は、昨今の質量分析計の革新的な進歩によって徐々に一般化され、あらゆる研究において必要不可欠の分野となることが再認識されつつある。したがって、我々の目指すユニークなプロテオーム DB は、生物・医学・薬学系、企業関連のすべての生命科学に関わる研究者や産業界においても利活用され、世界的なサイエンスの進歩に貢献できる、信頼性の最も高いものとして大きく期待されている。
本プロジェクトでは、Uniprot や NeXtprot のような寄せ集めタイプのプロテオーム知識ベースではなく、実験データをただやみくもに集めたために安上がりだが質が悪くなってしまったヒトプロテ
オームマップ ProteomicsDB の教訓を活かし、国際的にもユニークな日本発の高質・高機能かつ多視点の統合プロテオームデータベース jPOST の構築を目指している。
個々のプロテオームデータは、疾患や生物などのリソース情報、データを産生解析する技術情報、得られたデータに意味付けをするアノテーションやバイオインフォマティクス等が統合されることによって初めて機能すると考えられる。今後、タンパク質解析／質量分析技術、質量分析装置の性能は次々と向上し、又、技術革新を背景にした大型プロジェクトの立案は加速的に増加することが予測され、その時代に即した情報整備計画が長期的に必要になってくると考えられる。実験系と情報系の先端的プロテオミクス研究者によって計画された本プロジェクトは、日本内外において現在進行形で爆発的に増加するプロテオームの情報の整備、すなわちデータを整理し、標準化された注釈をつけ、データを流通させるための枠組みを作ることによってデータの価値を高め、今後のバイオ基礎研究や創薬や疾患研究等の方向性を的確に示唆するための極めて重要な情報を提7供する DB 構築を目指している。将来的には、本 DB と DBCLS との連繋を強化して、連邦型統合ラ
イフサイエンス DB に発展し、さらに国際連携レベルに展開することによって、世界的な生命科学の発展に大きく貢献することが期待される。
また、プロテオミクスを専門とする情報科学者が本プロジェクトを介して育成され、今後永続的なプロテオーム DB 維持のみならず、これらの情報を介して、生命科学、医薬分野における基礎および応用学の進歩に大きく貢献できる多くの人材の育成が期待される。
研究開発開始以降、PXC の果たす役割はますます大きくなっており、HUPO-HPP との関連もより密接なものになってきている。そのなかで、我々に続き、中国 iProX が 2017 年 12 月に正式に PX
C に加入した。jPOST リポジトリへの登録数がどのくらい影響をうけるのかは今後注意深く見守っていく必要がある。
2. 研究開発対象のデータベース・ツール(1) データベース
主要なもの
正式名称

略称

Japan ProteOme STa
ndard Repository

jPOSTrepo

jPOST Japan ProteO
me STandard Datab
ase

jPOSTdb

jPOST Japan ProteO
me STandard Repos
itory/Database

jPOST

概要
ユーザによる質量分析の生データ、ピークリスト、解析データを登録するためのリポジトリ。ProteomeXchange (PX) Consortium に加盟し、登録ユーザが論文投稿する際に必要となる PX ID を発行する。
本 DB は、再解析後のデータ（Cube と呼ぶ）を一元化しデータベース化したもので（Globe と呼ぶ）、様々なフィルターによりプロジェクト
を串刺しにして目的データセット（Slice と呼ぶ）を抽出し、解析するものである。
本 DB は、国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合データベース。リポジトリパート、再解析パート、データベースパ
ートからなり、2018 年 3 月現在はリポジトリパートおよびデータベー
スパートを先行させて公開している。

上記以外のもの
正式名称
jPOST repository demonstration
jPOST repository development
jPOST database dev
elopment

略称

概要
jPOST リポジトリシステムでデータ公開を気にせず試しに利用してもらうためのデモサイト。
jPOST repository の開発用サイト
jPOST database の開発用サイト

in vitro において網羅的に合成した組換えタンパク質を用いて，M
S/MS スペクトルを取得しデータベースを構築。Description、GeneI
D、Pathway,GO などで検索したタンパク質の MRMtransition ファイ
ルをダウンロード可能。

iMPAQT(2) ツール等
正式名称
高速ファイルアップローダー
iMPAQTquant

略称

概要
登録ファイルを高速にサーバーに転送するために、ファイルをチャンクに分割し、並列転送を実行するツール。
多重反応モニタリング法による計測に必要な情報を格納したデータ
ベースと定量解析のためのツール※データベース、ツールの詳細は別紙参照。

8

3. 達成目標及び実施計画(1) 当初の実施計画・達成目標
本研究で提案するプロテオーム統合データベース jPOST は、リポジトリ機能、アキュムレーショ
ン機能およびデータベース部からなる。このうちデータベースは図 1 に示す３つの DB（Cube, Globe, Slice）から構成される。
大腸癌
胃癌
乳癌
肺癌
前立腺癌

ヒト リン酸化各プロジェクト毎のDB「Cube」

間引きとアライメント

Cubeを集積した全DB「Globe」

ヒトリン酸化プロテオームマップ

Globeから抽出・調整した「Slice」

図1

jPOST database における各データベースの構成

ある生物種の、ある生命現象に注目して、ある研究機関で取得されたプロテオーム情報は標準化されたのち、それぞれの Cube に格納される。それぞれの Cube は集積・統合され、Globe となる。それぞれの Cube には様々なタグ（例えば生物種タグや翻訳後修飾タグ）が付与されている。Globe 中から、あるタグの組み合わせを持った Cube を抽出し、再構成し、調べたいプロテオーム情報を調整したものが Slice である。一例として、生物種タグとしてヒト、翻訳後修飾タグとしてリン酸化を選び、それを有する Cube を Globe から抽出し、ルービックキューブのように「ヒト」面（黄色）と「リン酸化」面（赤）がそろうようにすると、研究機関や測定プラットフォームの違いを横断して、がん種別にそのリン酸化プロテオーム情報をヒトがんリン酸化プロテオーム Slice として抜き出すことが可能となる。
次に、プロテオーム試料から jPOST 格納までの流れを図 2 に示す。様々な生物種の様々な状態の試料は、質量分析をはじめとする異なる platform で測定され、リポジトリを通じてメタデー
タとともに jPOST に格納される。格納されたデータは再解析ワークフローに則って標準化され、上述の通りプロジェクト毎に Cube に格納され、Globe に集積され、Slice に抽出される。Slice は
汎用性の高いものをプリセット DB としてあらかじめセットし、それに加えてユーザーが自由にプロ
ジェクト横断的に Globe をスライスし、目的情報 DB を作製できるようにする。

9

生物種別代謝酵素PTMs
絶対発現量マップ

フォーカスドDB（Slice)

疾患別ヒトリン酸化
プロテオームマップ

ユーザーカスタムマップ

例えば：ヒトとマウスの疾病別の転写因子群の発現量、
リン酸化、アセチル
化を見たい

集積DB
（Globe）
プロジェクトDB（Cube)
キュレーション
リポジトリ

測定生データ

試料

抗体
臨床検体

植物

質量分析
モデル生物

培養細胞

電気泳動
細菌

希少生物

図 2 試料から jPOST-SliceDB までのデータの流れ
以上のシステムを 3 年間で構築するため、以下の５つの項目を設定する。
（１）
サーバー管理・運用
（２）
リポジトリ
（３）
キュレーション（再解析）（４）
プロジェクト別 DB（Cube）構築（５）
集積キューブ型 DB（Globe）構築（６）
フォーカスド DB（Slice）構築

なお、1 年目終了時には、リポジトリシステムが稼働し、キュレーションワークフローが決定していることを達成度の目安とする。また、2 年目終了時には jPOST 全体としてコアデータ（後述）を格納したプロトタイプで稼働することを達成度の目安とする。最終年に（５）の Globe の統合・連携対策を行うとともに、全面外部公開に向けた検討を行う。なお、コアデータについてはすべて制
約なく無償で利用可能（クリエイティブコモンズの CC BY-SA）とする。またヒト試料に関する機微情報についてはアクセス制限付きでの利用とする（NBDC－JGA（Japanese Genotype-phenoty
pe Archive）へのデータ登録とアクセス制限付きの公開で対応予定）。
統合化に必要なデータフォーマットやオントロジーについては RDF 化を基本とし、NBCLS、NB
DC と協力しながら統一的なインターフェースを作製する。統一性、再利用性を高める観点から M
IAPE（Minimum Information About a Proteomics Experiment）に準拠したメタデータを入力するシステムも RDF と合わせて開発する。また、共通化・自動化するために、HUPO-PSI (Proteomics Standards Initiative)が提唱しているデータフォーマット（mzML 等）やオントロジー（PSI-MS）などを参考に、HUPO-PSI のグループと連携しながら、統合化に適したデータフォーマット、
10オントロジーを整備する。
代表研究者グループ、共同研究グループに加え、2－(2)の有識者会議メンバーが保有データをいただき、多彩な生物種（ヒト、動物、植物、細菌）、多彩な試料（臨床組織、体液、薬物処理など）、多彩な生命現象（ヒト疾病、培養細胞への各種刺激、植物環境、幹細胞分化など）、多彩な測定値（絶対定量、相対定量、スペクトルライブラリ、翻訳後修飾）など、初期インプットデータとして十分な diversity を確保する。
なお、これ以外にも日本プロテオーム学会データベースセンターと連携し、100 種を超えるプ
ロジェクトをすでにリストアップしており、網羅性は十分に確保している。さらに、リポジトリシステム
として採用予定の ProteomeXchange コンソーシアムには全世界から 10,000 ファイルを超える L
CMS データがすでに蓄積されており、Molecular Cellular Proteomics 誌（アメリカ生化学分子生物学会発行）や Nature グループが刊行している Scientific Data 誌（Nature Publishing Group）におけるプロテオミクス生データの標準リポジトリサイトとして指定されていることから、今後もデータの確保には問題ない。
1 年目終了時におけるリポジトリシステムの稼働を確保するため、ProteomeXchange コンソー
シアムとの密な技術的連携を持続することが必要であり、そのために 7 月末に EBI から研究者を招聘する。また、4 月上旬に行われる HUPO-proteome standard initiative およびに 9 月末に行われる HUPO バンクーバー大会にチームから人を派遣し、ProteomeXchange コンソーシア
ムに参加することを正式表明する。キュレーションワークフローの確定に向け、HUPO バンクーバ
ー大会にエントリーするとともに、2015 年度秋～冬にワークショップを開催し、関連研究者との密接な意見交換等を行う。また、2016 年度後半にもワークショップを開催し、コアデータを格納した jPOST プロトタイプを限定的に公開するとともに、問題点の抽出を行う。この際に余力があれば、更なるデータの格納にもチャレンジするとともに、プリセット SliceDB に対する外部からのニーズの収集を行う。
(2) 期間中に追加・削除・変更した実施計画・達成目標
1 年目終了時に予定していたリポジトリ PXC への加入に際し、予想以上に多くの条件が追加されたため、正式加入が 2 年目の 7 月にずれ込んだ。またメンバー所属先の異動により、京大化研チームが DBCLS チームと京大薬チームにそれぞれ分離した。それに伴い、開発サーバーを
京大化研から京大薬に移設した。20 コアデータのうち、ガン血漿プロテオーム試料について、倫理委員会での追加審議が必要となったことから、乳がんプロテオーム試料データセットに差し換えて登録することとした。

11

4. 実施内容(1) 実施内容研究開発の全体スケジュールを以下に示す。

＊2017 年度に、五斗博士の DBCLS への異動に伴い、五斗グループと河野グループはマージ。運用サーバー担当者に石濱を追加した以外は初年度からの役割変更は無し。

上記表の各項目における詳細を以下に示す。表中の担当者は初年度計画時に設定したものであるが、当初より、各項目に対して全グループが密接に連携しながら関わっていくこととした。
研究参加者の関わりも含めて記述する。
A) サーバーについては、開発サーバーは当初、五斗グループが担当していたが、DBCLS への異動にともない、石濱グループが担当した。運用サーバーは DBCLS 五斗・河野グループが管理した。2 年目、3 年目にストレージを追加した。定期的にデータを運用サーバーに移行し、本年度終了時には全面公開する予定である。DBCLS に全データを置くことで将来にわたる継続性、共用性を確保した。システム全体のマネージメントを五斗が担当した。
B) リポジトリについては、奥田グループの渡辺が中心となりシステム構築を行った。一方、国際標準となりつつある ProteomeXchange コンソーシアム加入にあたっては、河野、奥田、石濱が交渉窓口となって対応した。これにより、将来にわたって開発コストを抑制することが可能となるだけでなく、データが散失するリスクを回避することができたと考えている。また奥田グループによって開発された高速アップローダーは PXC で使われている有料のアスペラシステムの数倍－数十倍高速であり、全世界からデータデポジットに際して威力を発揮している。リポジトリ部の利活用の詳細については(2)以降に詳述する。運用にあたっては、荒木グループの小林がマニュアルキュレーターとなり、質の良いメタデータの入力シ
ステム開発をサポートするとともに、ユーザー入力のチュートリアルを行った。コアデータの
jPOST 登録については、石濱、松本、荒木が担当した（表 1）。リポジトリ部の詳細について
は、奥田、石濱を中心に論文化した 2)。
C) キュレーションワークフローではリポジトリから吸い上げた異なる様式のデータを標準化し、プロジェクト間の串刺し検索、横断的 DB 作製を可能とする。マルチピークピッキングツー
ル、マルチ検索エンジンの使用により、生データからの情報抽出を最大化、不偏化し、さら12

に jPOST スコアの開発・導入により、検索エンジンや MS 装置に依存しないユニバーサル
なスペクトル評価スコアシステムを確立し、さらに偽陽性を除去するための新規クライテリア
設定ワークフローも確立した。これは、主として石濱グループで行ったもので、田畑、吉沢、石濱が中心となって行った。さらに、河野グループの守屋、石濱グループの岩崎と協働しながら、プロテオゲノミクスのための予備的検討を行った。
D) プロジェクト別 Cube 開発においては様々な異なる測定プラットフォームデータ（具体的には、グローバル定量プロテオミクス、翻訳後修飾定量プロテオミクスおよびターゲット定量
プロテオミクス）に適した情報の抽出・格納法を検討した。主として松本グループの松本・高見が中心となって定量プロテオミクスに対応したシステム構築を行った。絶対定量法 IM
PAQT4)に対応したサブデータベースおよびそのツールを高見が中心となって構築し、公開した。また石濱グループも加わり、リポジトリ部へフィードバックし、必要なメタデータ入力
について繰り返し修正を行った。
E) 集積キューブ型 Globe およびフオーカスド DB Slice 開発においては、河野らのグループによって RDF スキーマ、オントロジー設計を行い、データ統合に向けた基本設計をおこなった。Globe の設計では、Cube からどこまでの情報をもってくるのかを検討した。さらに Slice 開発ではプリセットマップに加え、カスタムマップのためのツール開発も行い、汎用性を確保した。Repository DB の web user interface の開発は河野グループの守谷が担当した。さらに国際的なデータベースである UniprotKB, neXtProt 等とのリンクを利用したデータベースの設計を行った。2018 年 3 月 26 日に、他のライフサイエンスデータベースである糖鎖データベース、メタボロームデータベース、パスウエイデータベース（KEGG）、などとの連携を見据えたプロトタイプを公開した。
表１ jPOST デポジット用コアデータベース
No.
1
2
3
4
5
6
7
8
9

10

名称
ヒト腎臓・尿プロテオーム DB

統合失調症患者の前頭葉プロテオーム DB

乳がんプロテオーム DB

荒木・山本
大槻・荒木
荒木

ヒト大腸癌プロテオーム,

膜プロテオームおよびリン酸化プロ
テオーム DBHeLa 細胞におけるパスウェイ構成

タンパク質絶対量 DB

ヒト各種ヒト細胞におけるコア代謝
酵素の絶対量 DB

ヒト全タンパク質 MS/MS スペクトル
ライブラリ

各種刺激依存的リン酸化定量プロ
テオーム DB

植物リン酸化プロテオーム DB
植物プロテオーム DB

データ ID

担当

石濱、田畑

松本

JPST000352 腎臓糸球体
PXD002620 尿データ
JPST000348

JPST000312（PXD007602）

JPST000201、203、204、205、206、207、208、210

JPST000350 (PXD008236)

松本

PXD4829-PXD4841 (jPOST),松本

DDA:PXD001392

松本
杉山
杉山

13

PXD004845-004857 (jPOST)
MRM: PXD004902 (jPOST)

JPST000146, JPST000145, JPST000144
JPST000354, 358

JPST000156 (PXD004603)

11
12
13
14
15
16
17
18
19
20

ヒトリン酸化プロテオーム DB

バクテリアリン酸化プロテオーム D
B

ヒト iPS 細胞プロテオーム DB
ヒトキナーゼ‐基質 DB

ヒト Glioma 抗がん剤感受性/非感

受性組織 融合プロテオーム DB

ラット肝臓毒性融合プロテオーム D
B

イモリ精巣分化特異的プロテオー
ム
ヒト肝臓ミクロソームプロテオーム解析 SWATH/MRM

ラット神経系幹細胞 PC12 の分化特異的融合プロテオーム解析 DB
ヒト正常二倍体線維芽細胞の二次元電気泳動解析データ

若林
杉山
若林、田畑
杉山
荒木、小林
大槻
荒木、小林
大槻
荒木、小林
荒木

JPST000084, 90, 91, 92, 96, 97
JPST000099, 100, 101

JSPT000081, 82, 83, 85, 86, 87, 88, 89
JPST000149, 150, 151,

PXD005922, PXD005925
JPST000361 PXD008332
JPST000355 PXD008331
JPST000258
JPST000368
PXD008342

JPST000360(PASS00769)
JPST000067
JPST000345(2) データベースの利便性に関する利用者ニーズと具体的な対応
jPOST リポジトリを公開後、ユーザーからの質問や改善要求に対してその都度対応してきた。
リポジトリへのメタ情報の登録方法に関するニーズが比較的多く、直接質問してきたユーザーへの対応に加え、ヘルプページの充実・学会へのブース出展・チュートリアルの開催等で対応してきた。また、システムのバグ報告についてもその都度迅速に修正・改良を続けてきている。E-mail によるものとして、現在までに、計 40 件のコメントに対応してきた。
(3) 持続的なデータベース運用体制の構築に向けた取り組み
PXC の中で、データのミラーリングについて議論を開始しており、将来的には PDB のようなシステムの構築を目指している。プロテオミクス論文ではデータの PXC へのデポジットが今後完全に義務化されていく方向で動いているので、データ確保についての心配はないが、デー
タの質を保つためには、マニュアルキュレーションは必須で、今後もこのステップをどこまで自動化できるかを見極めながらシステム開発を行う必要がある。利用者からは、jPOST 再解析ワークフローに対する期待は大きく、ローカルパッケージとして入手できないか、との問い合わせは多かった。これについては、それを運用できる人材育成とともに考えていく必要がある。

(4) 統合化推進プログラムの他のチームや DBCLS との連携
糖鎖統合プロジェクトグループとグライコプロテオームリポジトリデータベース構築のために連携している。糖鎖構造部分の質量分析データ用リポジトリを jPOST リポジトリの仕組みを応用するよう仕様設計について糖鎖グループとの協議を進めてきており、一部システムの開発がすでに始まっている。
また、PXC はメタボローム分野との連携を開始しており、MetabolomeXchange とファイルフォ
ーマットの共有を目指している。
jPOST の次の開発項目の主なものとして、プロテオゲノミクスが挙げられる。これにはヒトゲノ
14ム多型・変異 DB が必須であり、菅野・鈴木 G（東大新領域）との連携を進めている。
DBCLS が開催するバイオハッカソン、国際バイオハッカソンには積極的かつ継続的に参加しており、本年 11 月に開催した質量分析ハッカソン（吉沢・河野が主体）と合同開催するなど、連携を通じた研究開発の推進に努めた。
(5) データ産出を行う研究組織や研究室、プロジェクトとの連携
jPOST プロジェクトは、日本プロテオーム学会の強力なサポートの元、遂行してきた。学会内のプロジェクトとして位置付けており、年 1 回の大会では無料でのブース出展や特別セッションの設置などのサポートを受けている。学会通信を通じての学会員へのアピールも行っている。
また、有識者会議メンバーには、学会理事が名前を連ねており、産出したデータ登録だけではなく、様々な角度からの助言をいただいている。さらには、日本バイオインフォマティクス学
会の質量分析インフォマティクス研究会と連携し、共催でワークショップを開催するなどして、外部との連携および外部への宣伝を行い、データ産出機関に所属するインフォ系研究者への認知をはかった。
(6) 人材の育成
jPOST プロジェクトの各チームにはそれぞれ若手研究者が雇用されており、人材の育成という観点から、チームミーティングには積極的に関与してもらうとともに、学会や外部打ち合わせにも参画を促し、大局的な視点からの自身の立ち位置の確認に基づくセルフモチベーションの向上を目指した。さらに対外的に行ったトレーニングコース、チュートリアルにおける講師
や、学会に出展したブースでの責任者を務めてもらうことにより、外部からのフィードバックを直接経験してもらった。その結果、多くのメンバーがその能力を認められ、ポジションを獲得した
り、昇進したりとキャリアステップアップにつながっている。以下、詳細を記す。
熊本大学の小林大樹研究員は、様々な質量分析装置を用いて、多彩な生物種のプロテオ−ム解析の経験と知識を活かして本プロジェクトに関わり、主にドライ研究者へウェット系の実情や要望の説明や、ウェット研究者へのデータ入力のチュートリアル、およびキュレーションの方法論の開発などに関わる事によって、ドライ系とウェット系の架け橋となる重要な人材となっている。これらの実績等から、熊本大学生命科学研究部の特任助教へと昇格した。
京都大学の吉沢博士は、当初特定研究員としてチームに加入したが、その再解析ワークフ
ロー開発において、チーム内連携に基づく開発チームの先導役を果たし、著しい成果を上げた。さらに学会等において教育セミナーでの講師等を数回行い、本分野における先導的な役
割を果たした。これらにより、2017 年に特任助教への昇格を果たした。
DBCLS の守屋博士は、当初特任研究員としてチームに加入し、河野リーダーや五斗リーダーの元、Slice データベース構築のためのシステムを開発し、著しい成果を上げた。さらに学会
等におけるブース出展時にも積極的に関与し、データベース部における先導的な役割を果たした。これらにより、2017 年に特任助教への昇格を果たした。
九州大学の高見研究員は、その情報学、プログラミングのバックグランドをいかし、絶対定量プロテオーム Slice に必須なツールおよびデータベースの開発を行った。これにより、技術補佐員から学術研究員へステップアップした。
新潟大学の渡辺研究員は、その情報学、プログラミングのバックグランドをいかし、jPOSTrepo 開発に最も重要な高速アップローダーを開発するとともに、奥田リーダーの元、システム全体の構築を行った。これにより、技術補佐員から研究員へステップアップを果たした。
新潟グループ代表の奥田博士は、本プロジェクト開始時には新潟大学におけるテニュアト
ラック准教授として参画していた。本プロジェクトへの参画による外部資金獲得と、jPOST リポ
ジトリの論文業績などの成果が評価されたことにより、テニュアの権利を獲得し、2017 年度からは新潟大学の正規准教授となるに至った。
京大化研の五斗博士は、jPOST プロジェクトのドライ分野における指導的な役割を果たすとともに、本分野における長年の大きな業績が認められ、2017 年 2 月に DBCLS 教授として異
15

動した。
(7) その他
来年度 5 月に日本プロテオーム学会、日本質量分析学会およびアジアオセアニアヒトプロ
テオーム機構（AOHUPO）の合同学会があり、石濱が実行委員長ということもあって jPOST を中心とするセッションを奥田・吉沢を中心に企画している。また、石濱は、HUPO 理事、AOHUPO
理事でもあり、HPP プロジェクトの PI 研究者でもあることから、HUPO 年会、AOHUPO 年会に
おいても、その国際認知度を高める活動を継続的に行っている。
その他、EBI-EMBL のグループと共同で、イギリス BBSRC のトラベルグラントを獲得し、来年5 月にプロテオゲノミクスワークショップを開催予定である。また JSPS2 国間事業に応募し、スウェーデンの MS 機械学習のグループとの共同研究を計画している。

16

主要なデータベースの利活用状況
1. アクセス数(1) 実績
表 1 研究開発対象の主要なデータベースの利用状況（月間平均）
名称

種別

訪問者数
ｊPOSTrepo(2016 年 5 月公開)

訪問数
ページ数

2014 (平成 26)
年度

2015 (平成 27)
年度

2016 (平成 28)
年度

2017 (平成 29)
年度(11 月時点)

(公開前)

(公開前)

195

320

650

1,000

715

1,100

444

393,025627

633,332(2) 分析jPOSTrepo リポジトリデータベースは、2016 年度 5 月に公開して以降、順調にアクセス数を伸ばしてきた。翌 2017 年度には、訪問者数、ページ数ともに前年度比 60%アップを実現した。また、jP
OST リポジトリは公開後順調に登録ユーザー数も増やしている。公開当初より月平均 6 名の登録があり、11 月 20 日現在 125 名がユーザー登録して jPOST リポジトリを利用している。この傾向は安定しており今後も継続してこのペースで増加していくことが予測される。このように登録ユーザー数の増加と連動して、登録プロジェクト数も増加している。月平均 9 件のプロジェクトが登録されているが、直近 3 ヶ月に関しては、月平均 14 プロジェクトが登録されており、登録数の増加傾向が確認できる。
2. データベースを利用して得られた研究成果事例
以下の 18 篇の論文は生データ公開先として jPOST リポジトリを利用しており、その旨が論文中に記載されているものである。

17

3. その他
以下に、登録ユーザー数および登録プロジェクト数の推移を示す。2016 年 4 月末のリポジトリ公
開以降、ユーザー並びに登録データが直線的に増加していることが分かる。

120

12

100

10

80

8

60

6

40

4

20

2

0

0

Total

14

Registration

Registration

Users
140

Total

Created18

Total

2017-112017-10

2017-092017-082017-072017-06

Created0
2017-050
2017-0420

2017-0350

2017-0240

2017-01100

2016-1260

2016-11150

2016-1080

2016-09200

2016-08100

2016-07250

2016-06120

2016-05300

2016-04

Total

Projects

また、2017 年 9 月末でのユーザー分布を示す。アジアだけではなく、広く世界中に広まっていることがわかる。

19

研究開発期間中に得られた科学・技術や産業に対する波及効果
iPS に関連した再生医学分野、がんを中心とした臨床医学分野、特に、米国オバマ政権から世界的なトピックスとなった precision medicine の中核をなす"Moon Shot"プロジェクト等からの、国際的なプロテオームデータベースに対する期待度は非常に高い。当グループの強調するべき成果として、プロジェクトの発足から一年あまりで、jPOST は国際的に最も権威のある ProteomeXchan
ge コンソーシアムの一員として承認され(2016 年５月プレス発表)、アジア／オセアニアの中心的プロテオームデータベースとして、大きな共同体を形成することに成功していること、さらには、国際
ヒトプロテオームプロジェクト(HPP)において、X 染色体および３番染色体のプロテオームプロジェク
トを担当し、多くのミッシングプロテインの発見と、疾患に関わるタンパク質機能解析への大きな貢献度が挙げられる。これらのことは、日本のみならず、国際的にも非常に高いインパクトをもたらしており、現に、国内のみならず世界各地において開催される様々な分野の国際学会において、当 jP
OST メンバーが数々の招待講演を行なっており、その数はプロジェクトの推進によって、大きく増加している(シンポジウム等招待講演の項参照)。それによって、医学系や製薬系のみならず、各種の生物の生命研究に関わる研究者や、食品系、工学系などの産業界からも、jPOST の今後の方向性に関する要望がよせられ、様々な共同研究やあらたな技術開発が展開されようとしている。特に、プロテオゲノムをキーワードとしたゲノミクスとプロテオミクスの融合、さらには、エピゲノミクス、メタボ
ロミクスとの融合的な解析を行うソフトウェア／ツールおよび融合的なデータベースの開発、それをきっかけとした、創薬や食品分野などへの応用研究などが、現実的に進行している。プロテオーム
を生命システムの中心的な基盤として捉えることによって、初めて生命を俯瞰することが可能となり、
precision medicine を目標とした医療や創薬や、その他様々な分野への応用が可能となることが、国際的にも大きく認識されるようになった昨今の背景からも、我々の活動の継続的な発展は大きく期待されている。

20

今後の展開上記、MoonShot プロジェクト等で注目されるプロテオゲノミクスへの対応は、すでに予備的な検討を行っており、他の DB（RNA-DB）との連携を見据えながらぜひ引き続き取り組んでいきたい。また、腸内細菌叢などで注目を集める多種生物を含むプロテオーム解析（メタプロテオミクス）についても、今後多くのデータが取得されると考えられ、それらに対応した再解析ワークフローおよびデー
タベース化についても取り組みたい。さらに、積み残している課題としては、高速アップローダーに対応した高速ダウンローダーの開発である。また、更なる大規模データに対する高精度再解析に対応するため、機械学習の積極的な利用を行う。
様々な生物のプロテオームデータベースは、生物の本質を理解するための基盤となる情報を提供し、これを用いて初めて、細胞分化、増殖、死、そして、病態状態という生命のダイナミクスを解明することができる。疾患に関わるプロテオームデータベースはそのメタデータを含む詳細な情報をもって、メタアナリシスを可能とし、新規の疾患ターゲットやマーカーを創出することが期待される。
プロテオゲノミクス、ヘピゲノミクス、メタプロテオミクスなどの融合的な分野は、プロテオミクスの詳細な情報によって成立する分野であり、今後連携が期待されている分野である。そのためには、高質かつ正確な情報を有するプロテオームデータベースが必要となるが、世界的にも、未だこのような信頼性のあるデータベースは存在しない。そういう観点から、本プロジェクトでは、広い分野で生物の高質なプロテオームデータを収集し、再解析とキュレーションによって詳細／有用なアノテー
ションとメタデータを付随させた、ユニークなデータベースの構築を目標としている。これらの試みによって、生物が異なっていても、共通の生命メカニズムを理解することに役たち、そのいかなる破綻が生物の異常(病態)状態を惹起するのかということをも詳らかにすることができる。当プロジェクトの試みによって創出されたデータベースは、全ての生命科学分野、情報科学分野、創薬や臨床分野、工学および食品分野などへ応用可能であり、様々な研究や開発が分野を跨いで学際的に展開される可能性がある。

21

自己評価
jPOST は、今期から始まったものであり、まったくの「ゼロ」からのスタートであったにも関わらず、必要機能を備えたシステムとして公開できたことは大いに評価している。さらに、リポジトリ部の国際コンソーシアム加盟を機に、論文化や積極的な対外発表（国内・国際）を行ったこともあり、すでに国際的な認知度は高く、アジア・オセアニア地区だけではなく、欧米からも多くのデータ登録・ユーザー登録が続いていることは、期待以上の成果である。また、開発チームは国内 5 か所に分かれ、その専門性もバラバラであるにもかかわらず、チーム内ミーティングを頻繁に行ったこともあって、連絡・連携は綿密であり、チーム内の士気も高い。多くのメンバーがアカデミックポジションを得たり、昇進するなどしており、若手人材育成への寄与も大きかったのでは、と自負している。リポジトリ部
における高速データアップローダーの開発、再解析部における jPOST score を用いた評価システ
ムの確立およびデータベース部におけるカスタマイズ機能など、学術的・技術的にも大きな進歩があり、まだ数字には見えてこないが、期待以上の大きな成果のタネを着実に生み出せたのではな
いか、と考えている。
jPOST は他の多くのデータベースと違ってデータ・リポジトリ部を持っているため、本プログラム（第二期）の趣旨「生物種や個々の目的やプロジェクトを超えて幅広い統合化を実現する」を実現するには、どのくらい登録データを幅広く確保できるか、またそれらのデータ価値を最大化するためにはどのくらい高質で均質なデータをそろえられるかが重要となってくる。その意味では、世界標準
プロテオームデータリポジトリシステムである ProteomeXchange に加入したこと、および再解析のためのワークフローを確立できたことの意味は大きく、jPOST が次の段階（他のデータベースとの連携、データの統合）に進んでいくための基盤をしっかり作り上げることができた。多くの分野の研究者、開発者、技術者に使ってもらうためのデータベース部についても、その基盤を作り上げ、今期終了
時の完全公開についても目途が立っている。今期から始まった jPOST は第 1 期から始まっている
他のプロジェクトと比べると 1 周遅れているが、ライフサイエンス統合データベースにおける必要不
可欠な「タンパク質・プロテオーム」という素子を担っているという自覚を持ち、RDF 化をはかりながらシステム構築を進めてきた。他のデータベースとのデータの共有、統合が可能なところまで来ているので、次期の開発課題として、データベース間連携を積極的に進めていきたいと考えている。

22

外部発表等
1. 原著論文発表(1) 論文数概要
種別

発行済論文

国内外

件数

1件

国内（和文）

4件

国際（欧文）

未発行論文

国内（和文）(accepted, in press 等)

国際（欧文）

0件
0件(2) 論文詳細情報
1. 小林大樹、荒木令江: “プロテオミクスデータの細胞生物学的な検証法”, Proteome Letters, 1(1), 37-43, 2016
2. Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y, Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto M, Takami
T, Kobayashi D, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N, Goto S, Ishiha
ma Y.: “jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes”, Nu
cleic Acid Research, Database Issue, 45 (D1): D1107-D1111, 2017 (DOI: 10.1093/nar/gkw1080)
3. Deutsch EW, Csordas A, Sun Z, Jarnuczak A, Perez-Riverol Y, Ternent T, Campbell DS, Bernal-Llinares M, Okuda S, Kawano S, Moritz RL, Carver JJ, Wang M, Is
hihama Y, Bandeira N, Hermjakob H, Vizcaíno JA.: “The ProteomeXchange Consor
tium in 2017: supporting the cultural change in proteomics public data deposition”, Nucleic Acid Research, Database Issue, 45 (D1): D1100-D1106, 2017 (DOI:
10.1093/nar/gkw936)
4. Matsumoto M, Matsuzaki F, Oshikawa K, Goshima N, Mori M, Kawamura Y, Oga
wa K, Fukuda E, Nakatsumi H, Natsume T, Fukui K, Horimoto H, Nagashima T,
Funayama R, Nakayama K, Nakayama KI.: “Development of large-scale targeted
proteomics assay resource based on an in vitro human proteome”, Nature Methods 14, 251-258 2017 (DOI: 10.1038/nmeth.4116)
5. Deutsch EW, Orchard S, Binz PA, Bittremieux W, Eisenacher M, Hermjakob
H, Kawano S, Lam H, Mayer G, Menschaert G, Perez-Riverol Y, Salek RM, Ta
bb DL, Tenzer S, Vizcaíno JA, Walzer M, Jones AR: “The Proteomics Standar
ds Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work”, Journal of Proteo
me Research, DOI: 10.1021/acs.jproteome.7b00370.

2. その他の著作物（総説、書籍など）
1. 荒木令江, 小林大樹 編, プロテオミクストレーニングコース 2015 (日本プロテオーム学会), 全 89 頁
2. 荒木令江 他, タンパク質がおりなす生命システムの全体像を理解する The frontier ofproteomics-based life science and its clinical application 第 1３回日本プロテオーム
学会, 全 260 頁, 2 日本プロテオーム学会編
3. 荒木令江 小林大樹 「プロテオーム解析を基盤とした融合的オミクス解析による脳神経系
腫瘍の解析〜神経線維腫症の解析から学ぶ」 臨床プロテオミクス 医学のあゆみ別冊
医歯薬出版 2015 全 136 頁
4. 吉沢明康、どのデータベースを使うか 〜データベース検索と配列解析・誤解と難題〜、Proteome Letters, 1(2), 63-80, 20165. 荒木令江、融合プロテオミクスの腫瘍研究への応用、Proteome Letters, 2017, in press
23

3. 国際学会発表及び主要な国内学会発表(1) 概要
種別

招待講演

口頭発表

ポスター発表

国内外

件数

59 件

国内

14 件

国際

6件

国内

2件

国際

27 件

国内

14 件

国際

(2) 招待講演〈国内〉
1. 荒木 令江、融合プロテオミクスによるがん幹細胞とニッチ標的分子群の解析
第 11 回日本臨床プロテオーム研究会、国立がん研究センター(東京都）、2015 年 5 月 2
3日
2. 石濱 泰、ヒトプロテオーム完全解析への挑戦、第 33 回 内分泌代謝学サマーセミナー、
柳川藩主立花邸（福岡県柳川市）、2015 年 07 月 09-11 日
3. 吉沢明康、データベースを使ったタンパク質同定、JHUPO2015 プロテオミクストレーニング
コース、熊本大学医学部（熊本市）、2015 年 7 月 22 日
4. 石濱 泰、Challenges to illuminate Human Proteome and Phosphoproteome、日本
プロテオーム学会 2015 年会、くまもと森都心プラザ、熊本市、2015 年 07 月 23-24 日
5. 吉沢明康、どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～、
日本プロテオーム学会 2015 年会（JHUPO 第 13 回大会）教育セミナー「プロテオミクス熊の巻 2015」、くまもと森都心プラザ（熊本市）、2015 年 7 月 23 日
6. 荒木 令江、融合プロテオミクスによるがん幹細胞の異常シグナルネットワークの解析、日本プロテオーム学会 2015 年会、熊本森都市プラザ（熊本市）、2015 年 07 月 23-24 日
7. 小林大樹、プロテオミクスデータの細胞生物学的な検証法、日本プロテオーム学会 2015
年会プロテオミクストレーニングコース、熊本大学医学部（熊本市）、2015 年 7 月 22 日
8. 矢部 公彦、西村 宗徳、後藤 真一、松永 貴輝、木下 英樹、笹尾 明、荒木 令江全自
動 2 次元電気泳動装置システムの開発と医療への応用、日本プロテオーム学会 2015 年
会、熊本森都市プラザ（熊本市）、2015 年 7 月 23 日～24 日
9. 石濱 泰、プロテオーム統合データベース jPOST の構築、トーゴーの日シンポジウム 201
5、東京大学弥生講堂（東京）、2015 年 10 月 5-6 日
10. 吉沢 明康、タンパク質同定とデータベース、第 1 回 jPOST ワークショップ、JST 東京本部
別館（東京）、2015 年 10 月 13 日
11. 五斗 進、ゲノム・メタゲノムデータベースからプロテオームデータベースへ、第 1 回 jPOST
ワークショップ、JST 東京本部別館（東京）、2015 年 10 月 13 日
12. 杉山 直幸、大規模プロテオミクスのための解析ワークフローと統合データベース （jPOST）、生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ（京都府宇治市）2015 年 10 月 29-31 日
13. 石濱 泰、Proteomic Challenges to Complete the Human Proteome and Phosphop
roteome、BMB2015 第 38 回日本分子生物学会年会 第 88 回日本生化学会大会 合同大会、神戸ポートピアホテル（神戸）、2015 年 12 月 1-4 日
14. 荒木令江、南部-新堀 晶子、シルシリバニト アチト、小林 大樹 プロテオミクスを基盤とし24

た統合オミクスによるがん組織細胞の異常シグナルネットワークの抽出と検証、BMB2015
第 38 回日本分子生物学会年会、第 88 回日本生化学会大会 合同大会、神戸ポートア
イランド（神戸市）、2015 年 12 月 1 日-4 日
15. 石濱泰、リン酸化プロテオミクスを駆使した創薬キノームプロファイリング、 第 371 回 CBI 学
会講演会、グランフロント大阪ナレッジキャピタル（大阪）、 2016 年 4 月 22 日
16. 石濱泰、プロテオーム間引き解析と SWATH、第 64 回質量分析総合討論会、ホテル阪急
エキスポパーク（大阪府吹田市）、2016 年 5 月 19 日
17. 石濱泰、高分離能 LC と高分解能 MS のハイファネーションによる超高分離分析システムの実現とその応用、第 76 回分析化学討論会、岐阜大学（岐阜市）、2016 年 5 月 28 日
18. 吉沢明康、ポストだけれど葉書じゃない、タンパクだけど淡泊じゃない、第 2 回バイオイン
フォマティクスアゴラ、東京工業大学くらまえホール（東京）、2016 年 7 月 15 日
19. 小林大樹、jPOST リポジトリ−データの登録、jPOST workshop 2016、北里大学 (東京)、2016 年７月 27 日
20. 五斗進、奥田修二郎、渡邉由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林
大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、プロテオームデータベース jPO
ST の開発、日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学（東京）、2016 年 7 月 29 日
21. 荒木 令江、融合プロテオミクスを基盤としたシステムズバイオロジーの腫瘍研究への応用、
日本プロテオーム学会 2016 年会、北里大学薬学部 白金キャンパス（東京）、2016 年 7月 28 日-29 日
22. 石濱泰、キナーゼ収斂型リン酸化プロテオミクスを用いたシグナルネットワーク解析と分子標的創薬、第 31 回京都がん研究会、京都教育文化センター（京都）、2016 年 9 月 16 日
23. 石濱泰、キナーゼ収斂型リン酸化プロテオミクスによるシグナルネットワーク解析、第 89 回
日本生化学会大会、仙台国際センター（仙台）、2016 年 9 月 27 日
24. 吉沢明康、実はタンパク質は測定していない ～ プロテオミクスと質量分析法 ～、第 5 回
生命医薬情報学連合大会、東京国際交流館（東京）、2016 年 9 月 30 日
25. 松本雅記、定量プロテオミクスプラットフォームのためのインフォマティクス、質量分析インフォマティクス研究会・第 1 回ワークショップ、JST サイエンスプラザ、（東京）、2016 年 10 月
7日
26. 奥田修二郎、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、プロテオーム統合データベース jPOST:リポジトリの開発と今後、質量分析インフォマティクス研究会・第 1 回ワークショップ、JST サイエンスプ
ラザ、2016 年 10 月 7 日
27. 荒木令江、病態プロテオミクスの基礎と応用、口腔ブレインサイエンスセミナー2016、 九
州大学（福岡）、2016 年 10 月 19 日
28. 石濱泰、ヒトプロテオーム解明に向けたプロテオーム 解析法の開発、第 36 回キャピラリー
電気泳動シンポジウム、徳島大学常三島キャンパス工業会館（徳島）、2016 年 11 月 11 日
29. 石濱泰、プロテオーム統合データベース jPOST の構築、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜（横浜市）、2016 年 11 月 30 日
30. 松本雅記、iMPAQT: 組換えタンパク質を利用したタンパク質絶対定量プラットフォーム～
がん代謝研究への応用～、第 4 回次世代がんインフォマティクス研究会、岡山大学工学部（岡山），2016 年 12 月 16 日
31. Masaki Matsumoto, iMPAQT: A platform for large scale targeted proteomics based on in vitro human proteome. 1st-Internatinal Symposium of the Kyoto Biomole
cular Mass Spectrometry Society. 京都大学（京都）、2017 年 2 月 7 日
32. Akiyasu C. Yoshizawa, Challenges in standardization of database search: developm
ent of the jPOST repository and the re-analysis protocol. 1st-Internatinal Symposi
um of the Kyoto Biomolecular Mass Spectrometry Society. 京都大学芝蘭会館（京都）、2017 年 2 月 7 日
25

33. 荒木令江、プロオミクスを基盤とした統合オミクスによる新規腫瘍マーカーと治療標的の同定、熊本震災復興フォーラム、富士ソフトアキバプラザ (東京)、2017 年 3 月 2 日
34. 石濱泰、分離分析の最新技術－high resolution LC-MS/MS をもちいたプロテオーム解
析、日本農芸化学会 2017 年度大会、京都女子大学（京都）、2017 年 3 月 18 日
35. 石濱泰、鞠小路プロテオミクスでつなぐゲノムと疾病、第 2 回臨床薬学懇話会、京都大学
医学部附属病院先端医療機器開発・臨床研究センター（京都）、2017 年 3 月 21 日
36. 石濱泰、Technology-Driven Proteomics、第二回京都皮膚基礎研究会、京都大学医学部臨床研究棟（京都）、2017 年 3 月 31 日
37. 松本雅記、iMPAQT: A platform for large-scale targeted proteomics based on an in vitro human proteome、質量分析討論会、つくば国際会議場、2017 年 5 月 18 日
38. 石濱泰、プロテオミクスデータ解析１「間違いだらけのデータ解析」、第 44 回 BMS コンファレンス（日本質量分析学会 BMS 研究会）、長浜ロイヤルホテル（滋賀県）、2017 年 7 月 1
1日
39. 吉沢明康、プロテオミクスデータ解析 2「Computational Proteomics から Proteome Infor
matics へ」／プロテオミクス演習、第 44 回 BMS コンファレンス（日本質量分析学会 BMS研究会）、長浜ロイヤルホテル（滋賀県）、2017 年 7 月 11 日
40. 小林大樹、プロテオミクス解説・演習「融合プロテオミクス：マルチオミクス解析とデータマイ
ニングの標準化を目指して」、第 44 回 BMS コンファレンス（日本質量分析学会 BMS 研究会）、長浜ロイヤルホテル（滋賀県）、2017 年 7 月 11 日
41. 荒木 令江、多彩な質量分析方法論の融合による癌の悪性化・薬剤耐性メカニズムの解析、質量分析フォーラム 2017 (東京)、2017 年 7 月 19 日
42. 荒木 令江、多彩な質量分析方法論の融合による癌のメカニズムの解析、質量分析フォー
ラム 2017 (大阪)、2017 年 7 月 19 日
43. 吉沢 明康、同定結果はどこまで信頼できるか ―データベース検索の落とし穴―、日本プ
ロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 26 日
44. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST 再解析プロトコ
ル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 26-28 日
45. 小林 大樹、荒木 令江、プロテオームデータにある生物学的な重要性を見出すための“C
omputational”ツール、日本プロテオーム学会 2017 年会 (JHUPO201、 ホテル阪急エキ
スポパーク（大阪府吹田市）、2017 年 7 月 26 日-28 日
46. 河野信、プロテオームデータの標準化とデータベースの世界動向、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 26-28 日
47. 吉沢明康、質量から配列へ、同定結果からデータベースへ、JASIS シンポジウム 2017、幕
張メッセ国際会議場（千葉）、2017 年 9 月 7 日
48. 石濱泰、プロテオームデータベース jPOST の挑戦、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、2017 年 10 月 4-5 日
49. 荒木令江, Basics and Application of Disease Proteomics, 歯科口腔ブレインサイエン
スセミナー2017, 九州大学 (福岡), 2017 年 11 月１６日
50. 五斗進、統合データベース概要、第 1 回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン 2017 年、
菊南ユウベルホテル（熊本県熊本市、）2017 年 11 月 26 日-12 月 1 日
51. 守屋勇樹、TogoGenome など、第 1 回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン 2017 年、
菊南ユウベルホテル（熊本県熊本市、）2017 年 11 月 26 日-12 月 1 日
52. 河野信 TogoTable など、第 1 回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン 2017 年、菊南ユウベルホテル（熊本県熊本市、）2017 年 11 月 26 日-12 月 1 日
53. 小林大樹、質量分析・プロテオーム、第 1 回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン 201
7 年、菊南ユウベルホテル（熊本県熊本市、）2017 年 11 月 26 日-12 月 1 日
26

54. 渡辺由、データベース関連技術、第 1 回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン 2017 年、
菊南ユウベルホテル（熊本県熊本市、）2017 年 11 月 26 日-12 月 1 日
55. 田畑剛、解析ツール、第 1 回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン 2017 年、菊南ユウ
ベルホテル（熊本県熊本市、）2017 年 11 月 26 日-12 月 1 日
56. 石濱泰、プロテオミクスを用いて暗黒キノーム世界を照らす、第 37 回キャピラリー電気泳
動シンポジウム（SCE2017) 、東北大学環境科学研究科（宮城県仙台市）、2017 年 11 月
28-30 日57. 石濱泰、プロテオミクスを用いたキノーム活性プロファイリング、2017 年度生命科学系学会
合同年次大会（Conbio2017）、神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）、2017 年 12 月 6 日-9 日
58. 松本 雅記、中山 敬一、次世代定量プロテオミクスによる生命システム理解への挑戦、20
17 年度生命科学系学会合同年次大会（Conbio2017）、神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）、2017 年 12 月 6 日-9 日
59. 石濱泰、jPOST (Japan ProteOme STandard Repository/Database)、2017 年度生命科学系学会合同年次大会（Conbio2017）、神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）、2017 年
12 月 6 日-9 日〈国際〉
1. Yasushi Ishihama, Slicing the Human Proteome: Chromatographic Challenges Facing Complete Human Proteome & Phosphoproteome Analysis, Keystone Symposia
meeting on “The Human Proteome”, Clarion Hotel Sign （Stockholm, Sweden）, 20
15/4/24-29
2. Yasushi Ishihama, High resolution shotgun proteomics for illuminating human proteome and phosphoproteome, 1st Symposium of the Center of Toxins, ImmuneResponse and Cell Signaling "From Proteomics to Systems Biology", Instituto But
antan (Sao Paulo, Brazil) 2015/5/21
3. Yasushi Ishihama, High resolution shotgun proteomics for illuminating human proteome and phosphoproteome, Advances in Human Proteome and Phosphoproteome Analysis using Meter-scale Monolithic Silica Columns, Breakfast seminar in63rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, St. Louis, Missouri, USA, 2015/5/31-6/4
4. Yasushi Ishihama, Slicing Proteome to illuminate the Human Proteome and Phos
phoproteome, 2015 IUPAC 48th General Assembly and 45th World Chemistry Co
ngress, Busan, Korea 2015/8/7-14
5. Yasushi Ishihama, Illumination of Kinase-mediated Phosphoproteomes by High R
esolution LC-MS, 15th Asia-Pacific International Symposium on Microscale Separa
tions and Analysis (APCE2015), National Cheng Kung University (Tainan, Taiwan), 2015/11/15-18
6. Norie Araki, Construction of Japan Proteome Standard Repository/Database: jPO
S, Bioinfomatics Conference、Siriraj Hospital, Mahidol University, （Bangkok, Thailand）、2016 年 2 月 12 日
7. Yasushi Ishihama, High Resolution Shotgun Proteomics for Kinome Profiling, 44th
international symposium on high performance liquid phase separations and related techniques, Marriott San Francisco Marquis (San Francisco, USA), 2016/6/22
8. Yasushi Ishihama, Slicing Proteomics to Unveil the Human Proteome, 21 st International Mass Spec Conference, Metro Toronto Convention Centre (Toronto, Canada), 2016/8/22
9. Yasushi Ishihama, Kinase-centric pharmacoproteomics for molecular-targeting drug
discovery, HUPO2016, TICC (Taipei, Taiwan), 2016/9/21
10. Norie Araki, Akiko Niibori-Nambu, Atit Silsirivanit, Yoshimune Yamasaki, Hiroka
zu Toubou, Hiroki Okanishi, Daiki Kobayashi、Systems biology of cancer stem c27

ells by integrated proteomics and glycomics、the 5th Asia Pacific Protein Associat
ion Conference and 12th International Symposium of the Protein Society of Thai
land (Bangsaen, Thailand), 2017/7/11-14.
11. Yasushi Ishihama, jPOST meets Chromosome X: hunting missing proteins, HUPO2
017 pre-conference HPP workshop, Univ College Dublin (Dublin, Ireland), 2017/09/17.
12. Yasushi Ishihama, Chromatography-Driven Proteomics for Unveiling Human Proteome, 46th International Symposium on High Performance Liquid Phase Separati
ons and Related Techniques (HPLC2017 Jeju), International Conference Center (ICC), Jeju, Korea, 2017/11/5-9.
13. Yasushi Ishihama, Kinome Activity Profiling Based on Large-Scale Kinase-Substra
te Relationships, 7th Asia Oceania Mass Spectrometry Conference (AOMSC 2017),
Biopolice (Singapore), 2017/12/11-13.
14. Norie Araki, Cancer systems biology by integrated proteomics, The 3th e-Asia Gl
yco Biomarker Workshop, Khon Kaen (Thailand), 2018/1/4.

(3) 口頭講演〈国内〉
1. 吉沢明康，田畑剛，守屋勇樹，河野信，奥田修二郎，山本格，松本雅記，小林大樹，荒木令江，杉山直幸，五斗進，石濱泰、質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”
を明瞭化するか、第 64 回質量分析総合討論会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）201
6 年 5 月 18 日
2. 奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベー
ス jPOST：質量分析データ・リポジトリの公開、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィ
コ横浜、2016 年 11 月 30 日
3. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、データベース検索エ
ンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上、第 65 回質量分析総合討論会、つくば国際会議場（茨城）、2017 年 5 月 18 日
4. 松本雅記、中山敬一、iMPAQT: ヒト in vitro プロテオームに基づく大規模ターゲットプロ
テオミクス解析基盤、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 26-28 日
5. 奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベース jPOST：質量分析データ・リポジトリ、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 26-28 日
6. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST: プロテオーム
統合データベースの開発、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 26-28 日〈国際〉
1. Okuda, S., Watanabe, Y., Moriya, Y., Kawano, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., T
akami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Sugiyama, N., Goto, S., Ishihama, Y.、jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened、The 8th As
ia Oceania Human Proteome Organization Congress、雲品温泉酒店日月潭(Fleur
De Chine Hotel)（日月潭、台湾）、2016 年 9 月 22-23 日
2. Ishihama, Y., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Moriya, Y., Kawano,S., Okuda, S., Watan
28

abe, Y., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., S
ugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S.、Controlling false discovery rates on large-scaleproteome datasets in jPOST、16th Human Proteome Organization World Congr
ess、Convention Centre Dublin (ダブリン、アイルランド)、2017 年 9 月 17－21 日(4) ポスター発表〈国内〉
1. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、日本発の高品質プロテオームデータベース：jPOS
T、日本プロテオーム学会 2015 年会、くまもと森都心プラザ、熊本市、2015 年 07 月 23
-24 日
2. 河野 信、渡辺 敦、水口 惣平、荒木 令江、片山 俊明、山口 敦子 TogoTable: 表形
式データにアノテーションを付加するウェブツール 日本プロテオーム学会 2015 年会、
熊本森都市プラザ（熊本市）、2015 年 7 月 22 日～23 日
3. 山崎 義宗、南部 晶子、吉沢 明康、水口 惣平、小林 大樹、長山 慈、永井 美奈子、
Atit Silsirivanit、河野 信、佛淵 尚人、荒木 令江 融合プロテオミクスのデータ統合ツール iPEACH によるグリオーマ幹細胞の維持と分化に関わるネットワーク解析、日本プロ
テオーム学会 2015 年会、熊本森都市プラザ（熊本市）、2015 年 7 月 22 日～23 日
4. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST (Japan Proteome Standard Repository/
Database)：プロテオーム・データの標準化と統合、トーゴーの日シンポジウム 2015、東京大学弥生講堂、2015 年 10 月 5－6 日
5. Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Kobayashi, D.,
Araki, N., Yoshizawa, A.C., Goto, S., Tabata, T., Sugiyama, N., and Ishihama, Y.、jP
OST: Development of a high-quality proteome database、生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ（京都府宇治市）2015 年 10
月 29-31 日
6. Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Moriya, Y., Kawano, S., Goto, S., and Ishihama, Y.、Se
arch space reduction by utilizing known modification information for proteomi
c database search、生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、京都大学宇治キャンパ
スおうばくプラザ（京都府宇治市）2015 年 10 月 29-31 日
7. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: プロテオーム解析ワークフローの標準化、BMB2015 第 38 回日本分子生物学会年会 第 88 回日本生化学会大会 合同大会、神戸ポートピアホテル（神戸）、2015 年 12 月 1-4 日
8. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベー
ス jPOST：再解析プロトコルの開発、日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学（東京）、2016 年 7 月 28-29 日
9. Moriya, Y., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Kawano, S., Watanabe, Y., Okuda, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Sugiyama, N., Goto, S., and Ishihama, Y.、jPOST: repository and re-analysis protocol、第 5 回生命医
薬情報学連合大会、東京国際交流館（東京）、2016 年 9 月 30 日
10. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、五斗進、石濱泰、jPOST: 今こんな感じです、トーゴーの日シンポジウム 2016、東京大学弥生講堂（東京）、2016 年 10 月 5-6 日
11. 奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒29

木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、五斗進、石濱泰、jPOST: リポジトリ始めました、
トーゴーの日シンポジウム 2016、東京大学弥生講堂（東京）、2016 年 10 月 5-6 日
12. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、jPOST: 再解析考え中です、トーゴーの日シンポジウム 2016、東京大学弥生講堂（東京）、2016 年 10 月 5-6 日
13. 奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベー
ス jPOST：質量分析データ・リポジトリの公開、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィ
コ横浜、2016 年 12 月 2 日
14. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベー
ス jPOST:再解析プロトコルの開発第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、20
16 年 12 月 2 日
15. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、五斗進、石濱泰 jPOST: プロテオームデータベ
ースプロジェクト、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 12 月 2 日
16. 奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベース jPOST：質量分析データ・リポジトリ、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 28 日
17. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST: プロテオーム
統合データベースの開発、日本プロテオーム学会 2017 年大会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2017 年 7 月 28 日
18. Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, M
asaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yos
hizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto andYasushi Ishihama、jPOST: Integrated database for proteomes 、第 6 回生命医薬情報学連合大会、北海道大学情報科学研究科（札幌）、2017 年 9 月 27-29 日
19. 奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST：プロテオーム
統合データベースプロジェクト、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、2017 年 10 月 4-5 日
20. 小林大樹、荒木令江、奥田修二郎、渡辺由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST: メタデータのキュレーション、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、2017 年 1
0 月 4-5 日
21. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST：再解析プロト
コルによる同定結果の質的向上、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、2017 年 10 月 4-5 日
22. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST データベースの開発、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、2017 年 10 月 45日
23. 松本雅記、高見知代、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰、jPOST: タンパク質発
現絶対量 slice の開発、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、230

017 年 10 月 4-5 日
24. 河野信、Yasset Perez Riverol、 Tobias Ternent、守屋勇樹、 Eric Deutsch, Michel
Dumontier、 Juan Antonio Vizcaino、 Henning Hermjakob、 五斗進、各種レポジト
リに登録されたメタデータを収集した OmicsDI の RDF 化、トーゴーの日シンポジウム 2017、東京大学弥生講堂（東京）、2017 年 10 月 4-5 日
25. 奥田 修二郎、渡辺 由、守屋 勇樹、河野 信、山本 格、松本 雅記、高見 知代、小林
大樹、荒木 令江、吉沢 明康、田畑 剛、杉山 直幸、田中 聡、五斗 進、石濱 泰、jP
OST：プロテオーム統合データベースプロジェクト、2017 年度生命科学系学会合同年次
大会（Conbio2017）、神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）、2017 年 12 月 6 日-9 日
26. 守屋 勇樹、河野 信、奥田 修二郎、渡辺 由、山本 格、松本 雅記、高見 知代、小林
大樹、荒木 令江、吉沢 明康、田畑 剛、杉山 直幸、田中 聡、五斗 進、石濱 泰、jP
OST: プロテオームデータベースの開発、2017 年度生命科学系学会合同年次大会（Conbio2017）、神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）、2017 年 12 月 6 日-9 日
27. 吉沢 明康、田畑 剛、守屋 勇樹、河野 信、奥田 修二郎、渡辺 由、山本 格、松本
雅記、高見 知代、小林 大樹、荒木 令江、杉山 直幸、田中 聡、五斗 進、石濱 泰、jPOST: 同定結果の FDR 改善を目指す再解析プロトコルの開発、2017 年度生命科学系
学会合同年次大会（Conbio2017）、神戸ポートアイランド（兵庫県神戸市）、2017 年 12
月 6 日-9 日〈国際〉
1. Yasushi Ishihama, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Norie Ara
ki, Masaki Matsumoto, Shujiro Okuda, Shin Kawano, Proteomics Data Analysis
Workflow for Accumulated LCMS Files in Public Database 14th Human Proteo
me Organization World Congress、Vancouver Convention Center（バンクーバー、カナダ）、2015 年 9 月 27-30 日
2. Kawano, S., Moriya, Y., Okuda, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Kobayashi, D.,
Araki, N., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Sugiyama, N., Goto, S., Ishihama, Y.、jPOST:
Development of Japan ProteOme STandard repository/database、14th Human P
roteome Organization World Congress、Vancouver Convention Center（バンクーバ
ー、カナダ）、2015 年 9 月 27-30 日
3. Moriya, Y., Kawano, S., Watanabe, Y., Okuda, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., T
akami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A.C., Goto, S., Tabata, T., Sugiyama, N., Ishihama, Y.、jPOST: Current status in 2016、15th Human Proteome Organization World Congress、台北国際会議中心(Taipei International Convention Center)（台北、台湾）、2016 年 9 月 18-20 日
4. Okuda, S., Watanabe, Y., Moriya, Y., Kawano, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., T
akami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A., Tabata, T., Sugiyama, N., Goto,
S., Ishihama, Y.、jPOST: repository opened、台北国際会議中心(Taipei International Convention Center)（台北、台湾）、2016 年 9 月 18-20 日
5. Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S., Watanabe, Y., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Sugiyama, N., Goto, S., Ishihama, Y.、jPOST: Re-analysis Protocol、台北国際会議中心(Taipei Interna
tional Convention Center)（台北、台湾）、2016 年 9 月 18-20 日
6. Yoshimune Yamasaki, Akiko Nambu, Atit Silsirivanit, Daiki Kobayashi, Akiyasu
Yoshizawa, Shin Kawano, Norie Araki, Analysis of the specific molecular networ
ks of cancer stem cells using a novel data integration tool iPEACH, 15th Human Proteome Organization World Congress、台北国際会議中心(Taipei Internation
al Convention Center)（台北、台湾）、2016 年 9 月 18-20 日
31

7. Moriya, Y., Kawano, S., Watanabe, Y., Okuda, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., T
akami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A.C., Goto, S., Tabata, T., Sugiyama, N., Ishihama, Y.、jPOST for Asia and Oceania: Current status in 2016、The 8t
h Asia Oceania Human Proteome Organization Congress、雲品温泉酒店日月潭(Fleur De Chine Hotel)（日月潭、台湾）、2016 年 9 月 22-23 日
8. Okuda, S., Watanabe, Y., Moriya, Y., Kawano, S., Yamamoto, T., Matsumoto, M., T
akami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Sugiyama, N., Goto, S., Ishihama, Y.、jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened、The 8th As
ia Oceania Human Proteome Organization Congress、雲品温泉酒店日月潭(Fleur
De Chine Hotel)（日月潭、台湾）、2016 年 9 月 22-23 日
9. Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S., Watanabe, Y., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Sugiyama, N., Goto, S., Ishihama, Y.、jPOST for Asia and Oceania: Re-analysis Protocol、The 8th A
sia Oceania Human Proteome Organization Congress、雲品温泉酒店日月潭(Fleur
De Chine Hotel)（日月潭、台湾）、2016 年 9 月 22-23 日
10. Yoshimune Yamasaki, Akiko Nambu, Atit Silsirivanit, Daiki Kobayashi, Akiyasu
Yoshizawa, Shin Kawano, Norie Araki, A Novel Data Integration Tool iPEACH I
dentified the Specific Molecular Networks of Cancer Stem Cells The 8th Asia O
ceania Human Proteome Organization Congress、雲品温泉酒店日月潭(Fleur De
Chine Hotel)（日月潭、台湾）、2016 年 9 月 22-23 日
11. Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S., Watanabe, Y., Yamamoto, T., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Sugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S., Ishihama, Y.、Controlling false discovery rate in accumulated
public proteome dataset、65th American Society for Mass Spectrometry Confere
nce on Mass Spectrometry and Allied Topics、Indiana Convention Center （インディアナポリス、米国）、2017 年 6 月 4-8 日
12. Watanabe, Y., Okuda, S., Moriya, Y., Kawano,S., Yamamoto, T., Matsumoto,M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Sugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S., Ishihama, Y.、jPOST provides a global public dat
a repository for a wide variety of proteomics experiments、16th Human Proteo
me Organization World Congress、Convention Centre Dublin (ダブリン、アイルランド）、2017 年 9 月 17－21 日
13. Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Moriya, Y., Kawano,S., Okuda, S., Watanabe, Y.,
Yamamoto, T., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Sugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S., Ishihama, Y.、Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository、16th Human Proteo
me Organization World Congress、Convention Centre Dublin (ダブリン、アイルランド)、2017 年 9 月 17－21 日
14. Moriya, Y., Kawano,S., Okuda, S., Watanabe, Y., Yamamoto, T., Matsumoto,M., Takami, T., Kobayashi, D., Araki, N., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Sugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S., Ishihama, Y.、Development of integrated proteo
mics database: jPOST、16th Human Proteome Organization World Congress、Convention Centre Dublin (ダブリン、アイルランド)、2017 年 9 月 17－21 日

4. 知財出願該当なし

5. 受賞・報道等(1) 受賞
1.日本プロテオーム学会賞、松本雅記、2017 年 7 月 28 日
32

2.日本プロテオーム学会賞、荒木令江、2016 年 7 月 27 日
3.日本プロテオーム学会奨励賞、奥田修二郎、2017 年 7 月 28 日

(2) メディア報道
1. 大学ジャーナル ONLINE、生体内全タンパク質の統合データベースを開発 世界初の横断検索システム始動 京都大学など、2016 年 5 月 10 日
2. 日経産業新聞、たんぱく質のデータベース 京大など日本版作成、2016 年 5 月 11日
3. 京都新聞、生体たんぱく質データベース化 京大など開発、一元管理へ、2016 年 5月 11 日4. 化学工業日報、日本発プロテオーム統合 DB リポジトリ公開アジア唯一の国際標準、2016 年 6 月 15 日
(3) その他
1. プロテオーム統合データベースｊＰＯＳＴを開発～アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート～、2016 年 5 月 2 日（プレスリリース）33

研究開発期間中の活動
1. 進捗ミーティング
年月日

名称

場所

2015 年 4 月 7 日

チーム内ミーティング（非公開）
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上

京都大学

2015 年 4 月 21 日
2015 年 5 月 1 日
2015 年 5 月 8 日
2015 年 5 月 11 日
2015 年 5 月 29 日
2015 年 6 月 18 日
2015 年 7 月 14 日
2015 年 7 月 22 日
2015 年 8 月 21 日
2015 年 9 月 15 日

2015 年 10 月 14 日
2015 年 11 月 10 日

2015 年 12 月 1 日

2015 年 12 月 10 日

2016 年 1 月 15 日
2016 年 2 月 5 日
2016 年 2 月 19 日
2016 年 3 月 15 日
2016 年 4 月 15 日
2016 年 5 月 23 日
、24 日
2016 年 6 月 30 日
2016 年 7 月 8 日
2016 年 7 月 15 日
2016 年 7 月 27 日
2016 年 8 月 30 日
2016 年 10 月 7 日
2016 年 10 月 19 日
2016 年 11 月 4 日
2016 年 12 月 15 日

2017 年 1 月 4 日、5日
2017 年 1 月 17 日
、18 日
2017 年 2 月 16 日
2017 年 2 月 25 日
2017 年 2 月 28 日
〜3 月 2 日

同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上

ウェブ会議
東工大サテライト
ウェブ会議
ウェブ会議
京都大学
ウェブ会議
ウェブ会議
熊本大学
ウェブ会議
ウェブ会議
JST 東京本部別館
ウェブ会議
神戸国際会議場
DBCLS
ウェブ会議
新潟大学
ウェブ会議
ウェブ会議
ウェブ会議
九州大学

同上
同上
同上
同上

ウェブ会議
京都大学
東工大サテライト
北里大学
ウェブ会議
JST サイエンスプ
ラザ
ウェブ会議
ウェブ会議
ウェブ会議
京都大学

同上

京都大学

同上
同上
同上

ウェブ会議
東工大サテライト
新潟大学
34

参加
人数

目的・概要

10 人

研究進捗報告のためのミ
ーティング
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上

11 人
10 人
5人
11 人
5人
11 人
11 人
10 人
10 人

同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上
同上

3人
10 人
10 人
10 人

同上
同上
同上
同上

10 人
5人
10 人

同上
同上
同上

10 人
5人
11 人
5人
9人
11 人
5人
17 人
11 人
11 人
9人

10 人
10 人
5人
10 人
5人
10 人

同上
同上
同上
同上
同上
同上

10 人

同上

年月日

名称

2017 年 3 月 14 日
2017 年 4 月 7 日
2017 年 5 月 16 日
2017 年 6 月 21 日
2017 年 7 月 26 日

2017 年 8 月 25 日
、26 日
2017 年 9 月 14 日
2017 年 10 月 5 日、6 日
2017 年 11 月 18 日
2017 年 11 月 30 日

同上
同上
同上
同上
同上

場所

ウェブ会議
ウェブ会議
DBCLS 柏ウェブ会議

同上

ホテル阪急エキス
ポパーク
京都大学

同上
同上

ウェブ会議
東京大学

同上
同上

ウェブ会議
ウェブ会議

参加
人数

目的・概要

10 人
13 人
13 人
13 人
1１人

同上
同上
同上
同上
同上

13 人
10 人

同上
同上

12 人

同上

12 人
12 人

同上
同上

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ活動等
参加
人数

年月日

名称

場所

2015 年7 月 24 日
2015 年
10 月 13 日

JHUPO2015 シンポジウ
ム
jPOST ワークショップ

くまもと森都心プラザ
JST 東京本部
別館

200 人

生命医薬情報学連合大会 2015 年大会企画セッション
共同研究打ち合わせ（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
jPOST シンポジウム

京都大学

30 人

Ghent 大学

5人

北里大学

40 人

Technological Advancesin Proteomics
Post-Translational Modi
fications
Informatics and Syste
ms Biology

北里大学

100 人

2015 年
10 月 29 日
2016 年4 月 17 日
2016 年5 月 10 日
2016 年5 月 27 日
2016 年6 月 23 日
2016 年7 月 20 日
2016 年7 月 27 日
2016 年7 月 28 日
2016 年7 月 29 日
2016 年7 月 29 日

ウェブ会議

20 人

7人
7人

目的・概要

JHUPO2015 年大会内で開催した公開シンポジウム
プロテオーム解析ソフトウ
ェアのチュートリアルを中心としたワークショップ
質量分析インフォマティク
スに関する企画セッション
をオーガナイズ
英国 EBI との共同研究に関する打ち合わせProteomeXchange ミーティ
ング

7人

北里大学
北里大学

35

7人

100 人
50 人

jPOST を中心としたオミクス
DB についてのシンポジウ
ム
日本プロテオーム学会でのシンポジウム

年月日

名称2016 年
10 月 7 日
2016 年
11 月 30 日

場所

質量分析データ解析のための計算化学
生命システムを俯瞰する
ための質量分析解析技
術とデータベースの活用2017 年
質量分析研究に於ける情報処理の現在と今後
2 月 24 日
2017 年
BoF セッション「質量分析とケモインフォマティクス
9 月 28 日の実りある連携」，第 6 回
生命医薬情報学連合大会
第 1 回質量分析インフォ2017 年
11 月 26 日 マティクス・ハッカソン～12 月 1 日

JST サイエン
スプラザ
パ シフィ コ 横浜2017 年
12 月 7 日

神戸国際会
議場

ワークショップ 2PW23「オミクス研究から実用的システム生物学の構築へ」，2017 年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)

参加
人数

目的・概要

70 人

質量インフォマティクス研究会・第 1 回ワークショップ
分子生物学会でのシンポ
ジウム

JST サイエン
スプラザ
北海道大学
情報科学研
究科

80 人
45 人

質量インフォマティクス研究会・第 2 回ワークショップ
jPOST の再解析など、質量分析データの解析の方法論や問題点について，情報系研究者に啓蒙

菊南温泉ユ
ウベルホテル（熊本市）

24 人（共jPOST ほか質量分析デー
タの解析のための連携作
業と，研究者・開発者養成

（ 開 催
前）

jPOST に蓄えられたプロテ
オーム・データをはじめとするオミクス・データの取得と解析、更にそれらを用いた将来的なデータ統合について展望する

150 人

同開催の
国内版バ
イオハッカ
ソン BH17.
11 と合計で 71 人）以上

36

別紙 研究開発対象のデータベース等
No.

正式名称

1 jPOST

別称Japan ProteOme
STandard
Repository/Database

2 jPOSTrepo

Japan ProteOme
STandard
Repository

3 jPOSTdb

Japan ProteOme
STandard
Database

4

5

6

7

jPOST repository
demonstration
高速ファイルアッ
プローダー

iMPAQTiMPAQTquant

概要

URL

公開日

状態

分類

本DBは、国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の http://jpostdb.or
データベー
2015年8月24日 維持・発展
情報まで網羅したプロテオーム統合データベースでス等
g/す。リポジトリパート、再解析パート、データベースパー
トからなり、2018年3月現在はリポジトリパートおよび
データベースパートを先行させて公開しています。

ユーザによる質量分析の生データ、ピークリスト、解析
データを登録するためのリポジトリ。ProtemoeXchange
https://repositor(PX) Consortiumに加盟し、登録ユーザが論文投稿す
y.jpostdb.org/
る際に必要となるPX IDを発行する。

2016年5月2日 維持・発展

データベー
ス等

本DBは、再解析後のデータ（Cubeと呼ぶ）を一元化しデータベース化したもので（Globeと呼ぶ）、様々なフィ http://globe.jpost
データベー
2018年3月26日 維持・発展
ス等
ルターによりプロジェクトを串刺しにして目的データセッ db.org/
ト（Sliceと呼ぶ）を抽出し、解析するものである。
jPOSTリポジトリシステムでデータ公開を気にせず試しに利用してもらうためのデモサイト。

https://repdemo.jpostdb.org/

登録ファイルを高速にサーバーに転送するために、
https://repositor
ファイルをチャンクに分割し、並列転送を実行するツー
y.jpostdb.org/
ル。

2016年5月2日

2016年5月2日 継続・発展

in vitroin vitroにおいて網羅的に合成した組換えタンパク質を
proteome用いて，MS/MSスペクトルを取得しデータベースを構
http://impaqt.jpo
2016年12月25日
assisted MRM for 築。Description、GeneID、Pathway,GOなどで検索した
st.org/iMPAQT/
Protein Absolute タンパク質のMRMtransitionファイルをダウンロード可
QuanTification
能。
iMPAQT-quant isa tool for analysis 多重反応モニタリング法による計測に必要な情報を格納したデータベースと定量解析のためのツール
of MRM
chromatogram.

新規

http://impaqt.jpo
st.org/iMPAQT/i 2016年12月25日
mpaqtquant.html

新規

新規

データベー
ス等

ツール等

データベー
ス等

ツール等

生命科学系
NBDCヒト
データベース
データベース
アーカイブ

提供前

対象外

NBDC RDF
ポータル

提供前

提供前

対象外

提供前

提供前

対象外

提供前

提供前

対象外

提供前

対象外

提供前

対象外

対象外

対象外

対象外

関連文献

対象外

提供前

対象外

Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y,
Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto
M, Takami T, Kobayashi D, Araki N,
Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N,
Goto S, Ishihama Y.: “ jPOSTrepo: aninternational
standard
data
repository for proteomes ” , Nucleic
Acid Research, Database Issue, 45(D1): D1107-D1111, 2017 (DOI:
10.1093/nar/gkw1080)

Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y,
Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto
M, Takami T, Kobayashi D, Araki N,
Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N,
Goto S, Ishihama Y.: “ jPOSTrepo: aninternational
standard
data
repository for proteomes ” , Nucleic
Acid Research, Database Issue, 45(D1): D1107-D1111, 2017 (DOI:
10.1093/nar/gkw1080)
Matsumoto, M., Matsuzaki, F.,
Oshikawa, K., Goshima, N., Mori, M., etal. (2016). A large-scale targeted
proteomics assay resource based on
an in vitro human proteome. Nature
Methods. 14, 251-258.
Matsumoto, M., Matsuzaki, F.,
Oshikawa, K., Goshima, N., Mori, M., etal. (2016). A large-scale targeted
proteomics assay resource based on
an in vitro human proteome. Nature
Methods. 14, 251-258.