DB

DB

フェノーム
統合DB

DBDB

（独）理化学研究所
豊 哲郎
豊田哲郎
Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

フェノーム情報統合は最重要課題
フェノーム＝我々にとって重要な生命現象
フェノム＝我々にとって重要な生命現象
フェノーム（現象の集合） 分野ごとに研究コミュ
ニティが分かれやすいが分かれやす

メタボローム （物質の集合）
プロテオーム （物質の集合）
トランスクリプトーム（物質の集合）
ゲノム（物質の集合）分野横断的にまとまりやすい

Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

現状

フェノーム統合DB

情報やコミュニティは分断されている（主に分子を介した限られた範囲のデータ連携）

分野横断的なフェノ ムの統合化
分野横断的なフェノームの統合化
により、広範囲の情報とコミュニティの連携化を目指す

マウスデータ医者

バイオインフォDB
DB

細胞株データ

植物データ

DBDBDB
微生物データ

創薬

DB

フェノ ム
フェノーム
統合DB

DBDB

実験生物学者

コミュニティの統合化はこれまで成功していないLinked Open Databases
for Phenomes

Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

BioLOD: Biological Linked Open Databases for Phenomes
分野横断的なフェノームの統合化により広範囲の情報とコミュニティをつなぐ６３のデータベース（７６４のデータクラス）を公開中
）を公開中

統合された
データベースのリスト

利用者
コミュニティ

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データベース
理研の組織
理研外の組織Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

1 フェノタイプ記述子の体系化
1.
1. プロパティ標準化と評価（豊田G）
2 識別子体系化と評価（桝屋G）2.

2 フェノーム統合化
2.
ノ ム統合化
1. バイオリソースフェノーム（桝屋G）
2. 先端計測データフェノーム（豊田G）

3. フェノーム利用ワークフロー開発（豊田G）
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プロパティ
標準化
OWL標準形式へ出力・公開
ダウン
ダウンロード可能にド可能に
表現型デー
表現型デー
表現型デー
タ
タ
マウス表現型
表現型データタ

表現型データ

植物表現型

表現型デー
表現型デー
タ
表現型データタ

細胞表現型

表現型デ表現型デー
表現型デ表現型デー
タ
表現型データタ

表現型
OWL:Class

Mouse_P
OWL:Class

表現型デー
表現型デー
表現型デー
タ
タ OWL:
タ
Instance

Plant_P
OWL:Class

表現型デー
表現型デー
タ OWL:
タ
Instance

Cell_POWL:Class

表現型デー
表現型デ表現型デー
タ OWL:
タ
Instance

平成２３年度
平成年度

プロパティ標準化作業用プラットフォームを構築し、作業を開始する
ィ標準 作業用ッォ
構築 、作業 開始す

平成２４年度

プロパティ標準化作業を実施し、その成果を公開する
Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.概要説明

テ ブル形式でプレビ
テーブル形式でプレビュー

様々な標準形式のファイルでダウンロード可能
でダウンロド可能

オントロジ でオントロジーでデータクラスを分類・統合
Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

https://database.riken.jp/gbrowse/tair10/
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Basic Formal Ontology (BFO)

測定対象の個体、個体群またはコホート

BFO: G
BFO
Genericallyi lldependent continuant

DBレコードグループ

GO, PO, MA, CHEBI

器官組織

測定対象プロセスの主体

器官組織

MA, PO

測定対象の形質属性

PATO

測定対象形質の主体

物質

表現型データ
表現型デタ

測定結果

YAMATO representation
YAMATO:t tiform

or

測定部位またはプロセス

is_a

is_a

個体クラス
インスタンスYet Another More
Advanced Ontologygy
BioLODから公開(YAMATO)測定したステージ
測定年月日
測定項目名
測定プロトコル
測定環境測定者あるいは施設
文献

プロセス

oror特性(PATO)

CHEBI,, PO,, MA器官組織or 数値＋PATO

単位

PO

ステージ

DBレコ ドDBレコードテキスト

DBレコード

測定項目
測定プロトコルDBレコード環境

DBレコード研究施設

orテキスト?( Pubmed ID?)or

人物
文献

平成２３年度識別子体系化作業用プラットフォームを構築し、作業を開始する

平成２４年度識別子体系化作業を実施し、その成果を公開する
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DBレコードDBレコードトップレベルオントロジ
トップレベルオントロジー（溝口先生）

ミドルレベルオントロジ
ミドルレベルオントロジー（桝屋）

各デ タクラス
各データクラス（国内外データベース）

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Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

マウスリソースフェノーム

細胞リソースフェノーム

インスタンス数：4929件
トリプル数：16項目、52106件
更新頻度：1回／1ヶ月
更新頻度回／ ヶ月

インスタンス数：2516件
トリプル数：9項目、21636件
月1度の更新を目指す
月度 更新
指す

（BRC系統の最新情報を配信）
平成２３年度バイオリソースデータ収集のプラットフォームを構築し、マウス系統から作業を開始する

平成２４年度マウス系統と細胞株の統合化作業を実施する
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マウスにおける、ゲノム、系統等のパブリックデータベース

ゲノム情報など多様な情報と解析データを連結LODとして、分野を超え世界に発信

アジアと全世界的連携との架け橋

アジア圏プロジェクトの解析データの公開をサポート

アジア圏マウス表現型解析コンソーシアム（AMPC)
Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

公開準備中登録デ タ（2012年2月現在）
登録データ•インスタンス数：2070件•フェノーム 824件
•遺伝条件
遺伝条件 414件•環境条件 44件
•文献情報 788件

•トリプル数
トリプル数：•25項目、3948件
遺伝情報

文献特性環境文献ステージ

平成２３年度

文献記載のフ ノ ムデ タの収集プラットフォ ムを構築し収集作業開始
文献記載のフェノームデータの収集プラットフォームを構築し収集作業開始

平成２４年度

生命動態システム研究分野のデータベース統合化を実施する
Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

次世代シーケンサーのデータ解析精度を向上させる新手法を開発（２月１３日）

プレスリリース

S.Kawaguchi et al., “Positional correlation analysis
improves reconstruction of full-length transcripts andalternative isoforms from noisy array signals or shortreads”, Bioinformatics, 2012
Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

BioSPARQLで必要なデータセットを一瞬で検索

BioLODからクエリ実行に必要なRDFのみダウンロード
ユーザのローカル環境
ザカ 環境

SPARQLquery

SPARQL query& RDF

クエリのク リの生成ク リの実行
クエリの実行

Query Builder

Data File Manager

SPARQL ENGINE

平成２３年度

生物種横断的にフェノーム情報を活用できるインタフェースを開発する

平成２４年度フェノーム情報を活用した連携研究を支援するシステムを構築する
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フェノーム統合データベース
フェノム統合デ タス

Your iinterest,
Yttkeywords

OUT

IN

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ggenerates
scientifichypothesis
newidea

Suggests
BioResources
forexperimentalverification

LOD

73作品の応募があった
データセット部門：
アイデア部門：アプリケーション部門：

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21作品
34作品
18作品

H２３年度

研究開発項目
1. フェノタイプ記述子の体系化
1 プロパティ標準化と評価（豊田）1.
2. 識別子体系化と評価（桝屋）2. フェノーム統合化
1. バイオリソースフェノーム（桝屋）
2. 先端計測データフェノーム（豊田）3. フェノーム利用ワークフロー開発
1. インタフェース開発（豊田）
2. 連携支援システム開発（豊田）
3. ダウンロードサイト（豊田）Tetsuro Toyoda, February 24, 2012.

H２４年度

H２５年度