平 成 27 年 度

研究開発実施報告書

ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究代表者

成松 久
産業技術総合研究所 生命工学領域

創薬基盤研究部門

招聘研究員、名誉リサーチャー「糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発」

1§１．研究実施体制（１）研究代表グループ①

研究代表者： 成松 久 （産業技術総合研究所生命工学領域 創薬基盤研究部門 招聘研究員、名誉リサーチャー）

②

研究項目

・糖鎖科学統合ＤＢのオントロジー開発と RDF 化、及び糖鎖発現プロファイル統合データベースの新規開発（２）共同研究グループ１①

主たる共同研究者： 木下 聖子 （創価大学・工学部・生命情報工学部・教授）

②

研究項目

・国際糖鎖構造リポジトリの開発（３）共同研究グループ２①

主たる共同研究者： 山田 一作 （公益財団法人野口研究所・研究部・研究員）

②

研究項目

・糖鎖構造の表記法の標準化（４）共同研究グループ３①

主たる共同研究者： 奥田 修二郎 （新潟大学・大学院医歯学総合研究科・准教授）

②

研究項目

・GlycoEpitope データベースのセマンティックウェブ化（５）共同研究グループ４①

主たる共同研究者： 川嵜 敏祐 （立命館大学・総合科学技術研究機構・上席研究員）

②

研究項目

・GlycoEpitope と GlycoPOD の運営および開発ならびに糖鎖生物学オントロジーの開発

2§２．研究実施内容（１）通期及び本年度の研究開発計画と達成目標①

国際糖鎖構造リポジトリシステムの開発
国内外の糖鎖に関連する情報を GlyTouCan からアクセスできるようにし、糖鎖構造を中心となった総合的なポータルを提供できるように開発を進める計画であった。
②

糖鎖構造データの標準化
WURCS のバージョン２の論文執筆に加え、WURCS から糖鎖構造画像を出力するプログラムの開発、WURCS の変換ツールの普及と WURCS の IRI としての利用を検討する計画であった。
③

糖鎖関連データベースの開発および統合化
LfDB のデータを更新するシステムの開発、タンパク質を付加する糖鎖情報のオントロジー開発、

RDF 化と公開、そして糖鎖遺伝子データのオントロジー開発、RDF 化と公開を計画していた。また、GlycoEpitope データベースの糖鎖関連抗体情報を RDF 化し、国内外の関連するデータベースとの連携も図る予定であった。
ま た 、 今 年 度 の 国 際 連 携 に お い て の 計 画 と し て は 、 毎 年 開 催 し て い る ACGG （ AsianCommunity of Glycoscience and Glycotechnology）の国際会議も継続して開催する予定であり、本研究開発課題でセマンティックウェブ化した糖鎖関連データベースを ACGG-DB として公開していく計画であった。
（２）本年度の研究開発進捗状況①

国際糖鎖構造リポジトリシステムの開発
国内外の糖鎖に関連する情報を GlyTouCan からアクセスできるようにし、糖鎖構造を中心となった総合的なポータルを提供できるように開発を進めた。UniCarbDB と連携し、UniCarbDB に構造が登録された際、自動的に GlyTouCan のアクセッション番号を検索するシステムを開発した。
さらに、構造が未登録の場合は、自動的に登録できるシステムも開発した。同時に UniCarbKB との連携も federated query で取れるようにディスカッションをしていて、次年度は国際バイオハッカソンで具体化する予定である。また PDBj とも連携を始めたので、引き続き PDB に登録されている糖鎖構造も参照できるように開発を進める。
GlyTouCan 本体に関しては、４万以上の糖鎖構造が登録され、800 近い数の単糖も登録されている。本年度の国際バイオハッカソンで MonosaccharideDB との連携を図り、単糖を通して統合化を進めたので、来年度も共同開発を行う予定である。一方で、③の ACGG-DB との連携は次年度から開始し、国内の糖鎖関連データベースを統合する計画である。
②

糖鎖構造データの標準化
本研究チームは糖鎖構造データを記述する国際標準化糖鎖構造表記法（WURCS)を開発し、その応用として WURCS 文字列解析や各種変換ツールを開発した。平成２７年度は、WURCS から糖鎖構造の画像を出力するプログラム、IUPAC 形式の文字列への変換ツール、質量数計算ツールを開発した。また平成２６年度に開発を開始した GlyTouCan で利用するための糖鎖構造検索システムにおいて、RDF データおよび SPARQL クエリ構造を改良することにより、糖鎖(GlyTouCan:G00030MO)の部分構造検索に要していた時間（２０〜３０ 秒）を２〜３秒へと１０倍の高速化を達成した。さらに Molfile から WURCS を生成するアルゴリズムを改良することにより、3配糖体(KNApSAcK:C00034052)の構造からの WURCS 生成に要していた 時間を従来の１時間から１秒以内へと３６００倍以上の高速化を達成した。次に、WURCS を IRI として利用するための文字数の削減を検討し、各種記号の再検討や新規概念の導入により従来２１９７文字必要であった糖鎖（GlyTouCan: G34809KE）を９８１文字へと削減できた。そして、糖鎖構造の WURCS をRDF としたデータセット（WURCS-RDF: 6,213,789 トリプル）を NBDC RDF ポータルよりを公開した。さらに、低分子データとの連携のため、GlyTouCan に登録されている化学構造の明確な糖鎖２１５１８件について、WURCS への変換を実施し、低分子データベースとの連携を推進した。そして、WURCS のバージョン２の仕様を確定し論文執筆を開始した。
今後の開発計画としては、糖鎖構造表記の標準形式として WURCS をさらに普及させるため、海外の糖鎖データベース開発者によびかけて既存データ形式との相互変換ツールの開発および公開データベースへの実装を促す。また、糖鎖構造データの標準 RDF データモデルを策定、糖鎖構造データ間の関係性などへの応用の検討、検索用のデータ記述に用いる標準 RDF 形式を開発、糖鎖構造のオントロジーの開発を進める予定である。
③

糖鎖関連データベースの開発および統合化
本研究チームでは、JCGGDB などの既存のデータベースをオントロジーの開発と RDF に変換する作業を行ってきた。SPARQL endpoint からデータを引き出し独自に開発した Stanza や D3で様々なデータを描画できるインターフェースを開発した。Glycogene database（GGDB）のデー
タ自体の信頼性を高めるために産総研のウェットの研究者が糖鎖関連酵素の基質特異性の情報を キ ュ レ ー シ ョ ン し た 。 Lectin Frontier DataBase(LfDB) や Genetic Glyco-Diseases
Ontology (GGDonto) や Glyco-Disease Genes DataBase (GDGDB)や PACDB などの描画する Stanza を改良し、アジアの糖鎖研究者のコミュニティである ACGG のサイトから公開した。
GDGDB や PACDB は糖鎖関連疾患のオントロジーや RDF 化を１つにまとめ、論文の執筆作業に 入 った 。 これ らの 他 に、 これ ま で は タ ン パ ク 質 の N 結 合 型 糖 鎖 の 修 飾 位 置 の 情 報 をGlycoProtDB として公開してきた。当該年度では各糖鎖修飾位置の上のグライコフォームの単糖組成情報(未公開)を RDF 化して Data Driven Document (D3) で描画した。GlycoProtDB 自体も改良を加え、生物種や組織ごとに絞り込みの機能を強化した。グライコフォームのビューワを更に改良して公開に向けた作業を行っている。GlycoEpitope では、新規抗体 1 件を追加。基本情報の一つである免疫原情報を 133 件の抗体について追加記載した。GlycoPOD では、 新規タイトル 2 件追加。ユーザーズガイド（英文）の執筆作業を進めるとともに、著者情報の更新を行った。
運用面では、安定的なサービス提供とサーバの稼働を考え、クラウドへ移行する作業を開始した。
引き続き平成 28 年度初め頃までクラウドの方で現在のサービスの全てを移行する作業が発生すると想定している。データベースの変更やデータ型の変更や旧システムの web インターフェースの中で使用している SQL 文の見直しや確認作業が発生する。

§３．成果発表等（３－１） 原著論文発表①

発行済論文数（国内（和文） 0 件、国際（欧文） 2 件）
4

②

未発行論文数（国内（和文） 0 件、国際 （欧文）0 件）③

論文詳細情報1. Aoki-Kinoshita K, Agravat S, Aoki NP, Arpinar S, Cummings RD, Fujita A, Fujita N,Hart GM, Haslam SM, Kawasaki T, Matsubara M, Moreman KW, Okuda S, Pierce
M, Ranzinger R, Shikanai T, Shinmachi D, Solovieva E, Suzuki Y, Tsuchiya S,Yamada I, York WS, Zaia J, Narimatsu H. “GlyTouCan 1.0 - The international
glycan structure repository.” Nucleic Acids Res. Vol. 44, No. D1, pp. D1237-D1242,
2016. (DOI: 10.1093/nar/gkv1041) (PMID: 26476458)
2. Hirabayashi J, Tateno H, Shikanai T, Aoki-Kinoshita KF, Narimatsu H. “The Lectin Frontier
Database (LfDB), and Data Generation Based on Frontal Affinity Chromatography. ”
Molecules. Vol. 8, No. 20, Issue 1, pp. 951-973, 2015.( doi: 10.3390/molecules20010951.)(PMID: 25580689)（３―２）データベースおよびウェブツール等の構築と公開
別紙１参照。
（３－３） その他の著作物（総説、書籍など）
該当無し（３－４） 国際学会および国内学会発表① 招待講演（国内 ３件、国際 ４件）〈国内〉
１． 〇木下聖子、〇山田一作、糖鎖研究における質量分析、生命医薬情報学連合大会
2015 年大会・2015 年日本バイオインフォマティクス学会年会「企画セッション」質量分析イ
ンフォマティクスとデータベース 2015 年 10 月 30 日
２． 〇山田一作、松原正陽、木下聖子、成松久、アグリコンを含む糖質構造の表記法、第 34
回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館）2015 年 8 月 1 日
３． 〇木下聖子. HUPO-PSI に基づいた糖鎖の質量分析データの標準形式の提案. 第３４回日本糖質学会年会、東京、2015 年 8 月 1 日.
〈国際〉
１． 〇Issaku Yamada , Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Nobuyuki P. Aoki, Daisuke Shinmachi,
Masaaki Matsubara, Akihiro Fujita, Shinichiro Tsuchiya, Shujiro Okuda, Noriaki Fujita,Hisashi Narimatsu, The GlyTouCan International Glycan Structure Repository using
Semantic Web technologies、 251st American Chemical Society National Meeting andExposition (March 17(17-CINF 160), 2016 in San Diego, California)
２． 〇 青 木 信 行 、 Registering glycans for researchers: latest update on the glytoucan
repository、Society for Glycobiology 2015 Annual Meeting (San Francisco・Hilton San
Francisco Union Square)2015 年 12 月 4 日
３． 〇 Kiyoko F. Aoki-Kinoshita. Utilizing the semantic WEB in GlyTouCan. 23rd5

International Symposium on Glycoconjugates, Split, Croatia, September 15-20, 2015.
４． 〇Kiyoko F. Aoki-Kinoshita. Latest Development in Semantic Web Technologies Appliedto Glycosciences. Beilstein Glyco-bioinformatics Symposium 2015, Potsdam, Germany,June 22-26, 2015.
②

口頭講演（国内 ２件、国際 ０件）〈国内〉
１． 〇松原正陽、山田一作、木下聖子、土屋伸一郎、藤田典昭、成松久、炭素鎖表現の系
統化に基づく単糖および糖鎖構造の包摂関係表現、第 34 回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館)2015 年 8 月 1 日
２． 〇木下聖子、〇奥田修二郎、〇山田一作、「企画セッション」糖鎖インフォマティクスハン
ズオンセミナー〜糖鎖インフォマティクスの世界へようこそ〜、生命医薬情報学連合大会
2015 年大会・2015 年日本バイオインフォマティクス学会年会 2015 年 10 月 30 日
〈国際〉なし③

ポスター発表 （国内 １２件、国際 ３件）〈国内〉
１． 〇 鈴 木 芳 典 、藤 田 典 昭 、新 町 大 輔 、 木 下 聖 子 、鹿 内 俊 秀 、梶 裕 之 、成 松 久 、GlycoProtDB のセマンティック WEB への対応と更新システムの開発、第 34 回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館）2015 年 8 月 2 日
２． 〇ソロビヨワ イェレナ、藤田典昭、鹿内 俊秀、木下聖子、成松 久、糖鎖関連の遺伝性疾患と感染症に関するオントロジーとユーザインタフェースの開発、第 34 回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館）2015 年 8 月 2 日
３． 〇土屋伸一郎、山田一作、松原正陽、木下聖子、成松 久、GlycanBuilder におけるWURCS 変換ツールの実装、第 34 回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館）2015 年 8 月 2 日
４． 〇新町大輔、青木ポール信行、藤田晶大、土屋伸一郎、松原正陽、藤田典昭、鈴木芳典、イェレナ ソロビヨワ、鹿内俊秀、奥田修二郎、川嵜敏祐、山田一作、木下聖子、成松久、GlyTouCan：国際糖鎖構造リポジトリの開発、第 34 回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館）2015 年 8 月 1 日
５． 〇鹿内俊秀、梶 裕之、木下聖子、山田一作、成松 久、グライコフォームのデータベースとセマンティックウェブ化、第 34 回日本糖質学会年会（東京大学安田講堂・工学部・山上会館）2015 年 8 月 1 日
６． 〇松原正陽、山田一作、木下聖子、土屋伸一郎、藤田典昭、成松久、炭素鎖表現の系
統化に基づく単糖および糖鎖構造の包摂関係表現、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講堂)2015 年 10 月 5 日
７． 〇藤田典昭、ソロビヨワ・イェレナ、鹿内俊秀、木下聖子、成松久、疾患関連糖鎖オントロジーのユーザインタフェース開発、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講6堂)2015 年 10 月 5 日
８． 〇新町大輔、木下聖子、青木 ポール信行、藤田晶大、土屋伸一郎、山田一作、松原正陽、藤田典昭、鈴木芳典、ソロビヨワ・イェレナ、鹿内俊秀、奥田修二郎、川嵜敏祐、成松久、GlyTouCan:国際糖鎖構造リポジトリの開発、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講堂)2015 年 10 月 6 日
９． 〇山田一作、松原正陽、木下聖子、成松久、糖質関連化合物構造の RDF による統合化、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講堂)2015 年 10 月 6 日
１０． 〇鹿内俊秀、梶裕之、木下聖子、山田一作、成松久、 糖タンパク質の位置特異的グライコフォームのデータベース、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講堂)2015年 10 月 6 日
１１． 〇時松敏明、山田一作、天然化合物関連情報の統合に向けた、生合成を考慮した化学構造分類と RDF 化への取り組み、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講堂)2015 年 10 月 5 日
１２． 〇櫛田達矢、山田一作、時松敏明、木村考宏、中村伸朗、NBDC 版日化辞 RDF デー
タの公開、トーゴーの日シンポジウム(東京・東京大学弥生講堂)2015 年 10 月 6 日〈国際〉
１． Toshihide Shikanai, Hiroyuki Kaji, Kiyoko Kinoshita, Issaku Yamada, Hisashi Narimatsu、Construction of Glycoform Database : GlycoRidgeDB、7th ACGG （仙台）、11 月 12-15
日
２． Issaku YAMADA, Kiyoko F. AOKI-KINOSHITA, Masaaki MATSUBARA, Nobuyuki P.
AOKI, Daisuke SHINMACHI, Hisashi NARIMATSU, A substructure search method forcarbohydrate structures based on the WURCS notation using Semantic Web technology、Society for Glycobiology 2015 Annual Meeting (San Francisco・Hilton San Francisco
Union Square) 2015 年 12 月 3 日
３． Kiyoko Aoki-Kinoshita, Sanjay Agravat, Nobuyuki P. Aoki, Sena Arpinar, Richard D.
Cummings, Akihiro Fujita, Noriaki Fujita, Gerald M. Hart, Stuart M. Haslam, Toshisuke
Kawasaki, Masaaki Matsubara, Kelley W. Moreman, Shujiro Okuda, Michael Pierce, RenéRanzinger, Toshihide Shikanai, Daisuke Shinmachi, Elena Solovieva, Yoshinori Suzuki,
Shinichiro Tsuchiya, Issaku Yamada, William S. York, Joseph Zaia and Hisashi Narimatsu.
GlyTouCan: Development of the Glycan Repository. #148. Annual Meeting of the Society
for Glycobiology. San Francisco, CA, USA, December 3, 2015.ｊ（３－５） 知的財産権の出願
該当なし（３－６） 受賞・報道等
該当なし

7§４．研究開発期間中に主催した活動（主催したワークショップ等）
年月日

名称場所

参加人数

概要

2015 年 4 月 9 日

第 22 回 DB 会議

Skype にて12 人

2015 年 4 月 23 日

第 23 回 DB 会議

12 人

2015 年 5 月 14 日

第 24 回 DB 会議

12 人

同上

2015 年 6 月 18 日
2015 年 7 月 16 日

第 25 回 DB 会議
第 26 回 DB 会議

12 人
12 人

同上
同上

2015 年 9 月 7 日
2015 年 9 月 24 日
2015 年 10 月 22 日
2015 年 11 月 19 日

第 27 回 DB 会議
第 28 回 DB 会議
第 29 回 DB 会議
第 30 回 DB 会議

12 人
12 人
11 人
11 人

同上
同上
同上
同上

2015 年 12 月 17 日

第 31 回 DB 会議

12 人

同上

2016 年 1 月 28 日
2016 年 2 月 25 日
2016 年 3 月 24 日

第 32 回 DB 会議
第 33 回 DB 会議
第 34 回 DB 会議

産総研・つくば（第一会議室）
DBCLS（柏の葉）603 室
Skype にて
柏の葉
DBCLS
Skype にて
Skype にて
Skype にて
産総研・つくば第 5 会議室
産総研・つくば第 7 会議室
Skype にてHangouts
創価大＋
Hangouts(産総研)

研究進捗報告のためのミーティング・チーム
内ミーティング（非公開）
同上

12 人
12 人
12 人

同上
同上
同上

以上8別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

状態

研究開発課題名

データベース、ウェブツー
ル等の名称

糖鎖統合データベースおよ糖タンパク質データベース
1 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ(GlycoProtDB)の開発
糖鎖統合データベースおよ2 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ GlycoNAVIの開発

概要（150字程度）

URL

公開開始日

本DBは、主に線虫の糖タンパク質のデータベースです。実験で証明
2008年8月1日された修飾位置と修飾位置に付加している糖鎖の部分糖鎖構造の情 http://jcggdb.jp/rcmg/g
報をデータベース化しました。
pdb/
本DBは、糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報を収録しています。糖鎖の化学合成法における反応の基質・生成物・反応条件・収率などを収録した化学反応データベース、および糖質の化学構造や精製方法、スペクトルデータなどを収録した分子情報データベースを含んでいます。

関連論文（論文リストに記載があれば、その番号でも可）J Proteome Res. 2012 Sep
7;11(9):4553-66. doi:
10.1021/pr300346c. PMID: 22823882

http://ws.glyconavi.org 2011年4月1日

糖鎖関連遺伝子データベース 本DBは、主に糖鎖関連遺伝子のデータベースです。糖転移酵素の塩
2011年12月8日
糖鎖統合データベースおよ（GGDB;GlycoGene
基配列・アミノ酸配列情報や基質特異性に関する情報が格納されて3 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ
http://acgg.asia/ggdb2/Database）
います。の開発
糖鎖のタンデム質量分析スペ 本DBは、主に糖鎖標準品のMSのスペクトルをデータベース化したも糖鎖統合データベースおよ クトルデータベース（GMDB； のです。
4 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ Glycan Mass Spectralの開発
DataBase）

2011年12月8日

http://jcggdb.jp/rcmg/gl
ycodb/Ms_ResultSearch

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16053281

糖鎖関連疾患遺伝子とその原 本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結 http://jcggdb.jp/doc/Pr 2012年7月10日
糖鎖統合データベースおよ 因遺伝子のデータベース
び付けてデータベース化しました。病態の情報も著者の許可を得て掲 ojectTop.action?langTyp
5 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ （GDGDB;Glyco-Disease
載しています。
e=1&projectId=2の開発
Genes Database)
糖鎖統合データベースおよ6 継続 び国際糖鎖構造リポジトリの開発
糖鎖統合データベースおよ7 継続 び国際糖鎖構造リポジトリの開発
糖鎖統合データベースおよ8 継続 び国際糖鎖構造リポジトリの開発
糖鎖統合データベースおよ9 継続 び国際糖鎖構造リポジトリの開発

CGGDB
配糖体データベース(GlycosideDB)
JCGGDB Report

単糖データベース(JMSDB)

線虫の糖鎖関連遺伝子のデータベース。各遺伝子をRNAiした時のフェノタイプの情報・写真を多数掲載している。
糖や糖鎖を含む天然物や化合物のデータベース。

2015年11月2日

http://jcggdb.jp/cggdb/
http://jcggdb.jp/search 2013年7月22日/GlycosideDB.cgi

本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方式で収集しました。

http://jcggdb.jp/doc/Pr 2012年7月10日
ojectTop.action?langType=2&projectId=3
本DBは、単単糖の構造を定義したデータベース。構造名と構造情報 http://jcggdb.jp/search 2012年7月10日（SMILES、InChIなど）の情報を取得できる。
/ChemGlycan.cgi

本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子の糖鎖統合データベースおよ ノックアウトマウスを用いた機
ノックアウマウスのフェノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと10 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ 能糖鎖科学データベース共同で収集し構築しました。の開発(KOmouseDB)

http://jcggdb.jp/doc/Pr 2012年7月10日
oject.action?projectId=1&langType=1

本DBは、主にレクチンの配列と立体構造のデータベースです。産総研が独自に開発した方法により、レクチンと糖鎖の相互作用を計測し、その結果をデータベース化したものです。

http://riodb.ibase.aist.g 2011年12月8日
o.jp/rcmg/glycodb/LectinSearch

本DBは、病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化しました。ウイルスやバクテリアなどが結合する構造だけではなく結合しない情報もＤＢに格納されている。

2012年7月10日

糖鎖統合データベースおよ レクチンフロンティアデータ
11 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ ベース(LfDB;Lectin Frontierの開発
Database)
感染と糖鎖のデータベース
糖鎖統合データベースおよ (PACDB; Pathogen
12 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ Adherence to Carbohydrateの開発
Database)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25091817

http://jcggdb.jp/search/PACDB.cgi

糖鎖統合データベースおよ
本DBは、腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タン
http://jcggdb.jp/search
腫瘍マーカーリファレンスデー
13 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ
パク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化しました。
タベース(TuMaRDB)/TuMaRdb.cgiの開発
本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータセットから成るデータベー
糖鎖統合データベースおよ 糖鎖構造検索インターフェースです。米国コンソーシアム（CFG）の単糖シンボルを利用して構造検 http://jcggdb.jp/idb/flas
14 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ ス（CFG単糖シンボルによる検索できます。
h/GlycoEditor.jspの開発
索）
本DBは、平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研
糖鎖統合データベースおよ糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実
http://jcggdb.jp/GlycoP
GlycoPOD(JCGGDB
15 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ
験マニュアルです。“書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く”
Glycoscience Protocol Online
OD/の開発実験書を目指しています。
Database)
本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索イン
糖鎖統合データベースおよターフェースです。糖鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できま http://jcggdb.jp/GlycoC
16 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ GlycoChemExplorer
す。
hemExplorer/の開発

2012年7月10日

2012年7月10日

2012年7月10日

2012年7月10日

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25580689

本DBは、糖鎖構造データベースや糖鎖遺伝子データベースと異なり、抗体とその糖鎖エピトープに関する情報を総合的にまとめたデータベースです。糖鎖機能研究の支援データベースとして世界的にユ http://glycoepitope.jp/ニークな存在です。
本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。個々の糖鎖統合データベースおよ
糖鎖構造に関する単糖組成や質量数や構造名をまとめたページ。各 http://jcggdb.jp/idb/jcg
18 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ Glycan Structure 詳細ページ ＤＢにデータがある場合にExternal LinksにIDと名称とリンクがついて gdb/JCGG-STR006947の開発いる。
（一例）
糖鎖統合データベースおよ17 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ GlycoEpitopeの開発

糖鎖統合データベースおよ19 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ 横断検索の開発
糖鎖統合データベースおよ20 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ GlycoNMR Databaseの開発

糖鎖統合データベースおよ21 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ GlyTouCanの開発

糖鎖統合データベースおよ22 継続 び国際糖鎖構造リポジトリ Glycan Builderの開発

本検索インターフェースは、糖鎖関連データベースを一括して検索できます。
糖鎖のNMRスペクトルは、糖鎖構造に於ける重要な情報源である。
本データベー スは、糖質のNMR スペクトルを解析し、化学構造、化学シフト、カップリング定数、スペクトル、測定条件等 を収録したデータベースである。

http://jcggdb.jp/search/search.cgi?keyword=&lang=jp

2005年2月1日

2012年7月10日

2013年7月22日

http://glycoinfolab.jp/Gl 2013年
ycoNMR/

糖鎖構造データを収録した国際糖鎖構造リポジトリ。

http://www.glytoucan.org

糖鎖構造を直感的に描画可能なツール。

http://unicarbkb.org/builder

Aoki-Kinoshita K, Agravat S, Aoki
NP, Arpinar S, Cummings RD, Fujita
A, Fujita N, Hart GM, Haslam SM,
Kawasaki T, Matsubara M, Moreman
KW, Okuda S, Pierce M, Ranzinger R,
Shikanai T, Shinmachi D, Solovieva
2015年3月1日 E, Suzuki Y, Tsuchiya S, Yamada I,York WS, Zaia J, Narimatsu H.
GlyTouCan 1.0 - The international
glycan structure repository. Nucleic
Acids Res. 44(D1):D1237-D1242,
2016. (doi: 10.1093/nar/gkv1041)(PMID: 26476458)