「植物オミックス情報および蛋白質構造情報」
２１年度 研究成果報告書

平成２２年４月

独立行政法人理化学研究所
豊田 哲郎

本報告書は、文部科学省の科学技術試験研究委
託事業による委託業務として、独立行政法人理化学研究所が実施した平成２１年度「植物オミック
ス情報および蛋白質構造情報」の成果を取りまとめたものです。

１．委託業務の目的 ...................................................................... 2
２．平成２１年度（報告年度）の実施内容 .................................................. 2
２.１ 実施計画 ......................................................................... 2
２.２ 実施内容(成果） .................................................................. 2
２.３ 成果の外部への発表 ............................................................... 6
２.４ 活動（運営委員会等の活動等） ..................................................... 6
２.５ 実施体制 ......................................................................... 7「学会等発表実績」･････････････････････････････････････････････････････････････････････････7「整備実績一覧」 ････････････････････････････････････････････････････････････････････････15

1１．委託業務の目的
シロイヌナズナにおけるオミックス情報、並びに理化学研究所がタンパク 3000 プロジェクト等で解明した蛋白質構造データ（高等動植物由来及び微生物由来）及び付随する実験データについて、キュレー
ションやアノテーション作業を行い、それら利用価値を高めたデータを中核機関である大学共同利用機
関法人情報・システム研究機構の方針に従って統合データベース事業に提供する。さらに上記アノテーション作業に必要なシステムの開発と運用を行い、提供する際に必要となるデータ変換を実施する。平
成 22 年度には統合データベースの一部として生命科学分野の幅広い研究者に役立つ体制を確立し、将来的に理化学研究所の他のデータベースも統合化していくためのモデルケースをつくる。このため、情報・システム研究機構と共同で業務を行なう。
２．平成２１年度（報告年度）の実施内容

２.１ 実施計画①シロイヌナズナオミックス情報注釈
平成２０年度に引き続き，これまでに公開したデータについて、アノテーション作業を行い、アノテーションデータを公開する。また、それ以外のデータについても国際的な合意を得つつ、データ公開を進める。
②高等動植物等由来蛋白質構造のアノテーション
平成２０年度に引き続き、タンパク３０００プロジェクトで解明された高等動植物等由来の蛋白質
構造データのアノテーション、およびそれに付随する実験データのキュレーションとアノテーションを行う。
③微生物由来蛋白質構造のアノテーション
平成２０年度に引き続き、これまでに公開したデータについてアノテーション作業を行い、アノテーションデータを公開する。またそれ以外のデータについても国際的な合意を得つつデータ公開を進める。
④アノテーションシステムの開発運用とデータ変換
平成２０年度に引き続き､これまでに公開したデータ、および、理研の他のデータベースについて、
アノテーション作業を行うためのシステムを運用・改善し、作成されたアノテーションを国際的な合意をえた基準で公開用データに変換する。
アノテーションの交換基準は国際的な合意を得たもので実施する必要性があり、国際的な場でこちらのデータベースを開示して国際的な合意を形成するための交流活動を国内外で行う。

２.２ 実施内容(成果）①シロイヌナズナオミックス情報注釈
理研サイネス上で公開されているシロイヌナズナ変異体に関する３データベース（Fox-hunting, DS
transposon, Activation tagging line）に含まれる表現型情報を対象に、新しい統一的なアノテーションを考えた。これは、従来それぞれの DB 開発者がそれぞれ独自の流儀で表していた表現型
情報を「該当器官名＋形質状態」として捉え、既存の公開オントロジー（Plant Ontology および
PATO)に定義された用語の組み合わせによって統一的に再定義しようとするものである。具体的な形質を一つ例にとると、「開花が遅い」という形質は PO:0007016+PATO:000303 という組み合わせで表現できる（図 1 参照）。この手法によって前述の３データベース中に記述されている表現型情報を整理すると全部で 115 種類となった。この 115 種類を新しいデータベース「シロイヌナズナ変異体情報」に収納し、３データベースそれぞれに既存の観察情報に対して、13142 件,221 件,1268 件のリンクを設定して公開した。ここまでで、明確な表現型情報が公開されているレコード全てについて新しいアノテーション情報が関連付けられた。この新データベースを公開したことにより、アノテーション情報の公開という当初目標は達成された。

2

図 1：

公開オントロジーを用いた表現型情報のアノテーションの例②高等動植物等由来蛋白質構造のアノテーション
高等動植物タンパク質の試料調製に関わる発現検討実験 (無細胞タンパク質発現用発現系構築実験４万８千件、スモールスケール発現実験８万件) に基づいて X 線結晶構造解析のための大量調製実験 (大量合成および大量発現実験４千件、精製実験５千件) を行い、結晶化実験 (結晶化条件
138 万件、結晶観察 1517 万件) へと進め、タンパク 3000 プロジェクトで解明されたタンパク質
構造データのうち平成 21 年度分としては１万１千件の回折実験データ (画像データ枚数) を公開可能とした。
③微生物由来蛋白質構造のアノテーション
平成 20 年度に閲覧可能な状態で公開したデータについて国際基準に沿った形式への変換を行い、アノテーションシステムからダウンロード可能な状態にした。このアノテーションデータ公開に合わせてプレス発表を行った（平成 21 年 7 月 23 日）（添付資料 1）。また、国際的な合意を得るため、台湾の 3 カ所で海外デモンストレーションを実施した（国家同歩輻射研究中心（新竹，平成 21 年 9
月 14 日）・国立台湾大学（台北，同 15 日）
・国立成功大学（台南，同 16 日））（添付資料 2）。さらに、追加データ（試料調製データ・結晶化実験データ・回折実験データ・重原子導入蛋白質データ）のキュレーション作業を行った。
④アノテーションシステムの開発運用とデータ変換
所定の表現型について、関連する遺伝子情報を対象生物種や実験手法等の違いに関わらず検索可能となるようにシステムの改良を行った。まず、生物種を問わず適用可能で表現型・遺伝子型・実験
条件・対応する文献などの関連情報を網羅するテンプレート（セマンティックウェブ構築のための枠組み。図 2 参照）を作成した。前述した「シロイヌナズナ変異体情報」データベースもこのテンプレートに沿って作成した。これにより、表現型をキーとしたデータベース横断型のオミックス情報検索が容易に可能となった。オントロジー体系とデータ公開に関する国際的な合意を形成するための交流活動としては、平成 21 年 7 月 12、13 の両日に滋賀県で「国際マウス表現型情報統合シンポジウム （International Phenome Integration Meeting）」を開催した。この場で、EU・米国・カナダの研究機関との間で、国際的な研究の分担やデータ共有に向けて共同で取り組むこと、理研
としてはセマンティックウェブを基盤としたマウス表現型データの標準化作業を行うことなどが合意された（添付資料 3）。また、マウス表現型データの標準化に関しては 4th AMMRA Annual Meeting、The 20th International Conference on Genome Informatics、第 32 回日本分子生物学会年会等で発表を行ない、関係する研究者と議論を進めた（添付資料 4・5・6）。また、項目①の全データをＲ
ＤＦ形式に変換して統合データベースセンター（かずさＤＮＡ研究所のグループ）に提供した。

3

図 2：生物種を問わず適用できるフェノーム情報表現のためのテンプレート

4

5

２. ３ 成果の外部への発表
後掲「学会等発表実績」（7 ページ以下）を参照。

２．４ 活動（運営委員会等の活動等）
概要

開催日

活動内容

運営委員会

2009/5/29

統合 DB 作業部会分科会 (LS 統合 DB センター、文京
区)

運営委員会

2009/6/25

第 7 回統合ＤＢﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄ研究運営委員会 (ﾗｲﾌｻｲｴﾝｽ
統合ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽｾﾝﾀｰ大会議室）

シンポジウム2009/10/5

シンポジウム「科学における情報の上手な権利化と共有化」(東京大学農学部構内 弥生講堂（一条ホール）)

運営委員会

2010/1/25「統合データベースプロジェクト」研究運営委員会（第９回） (情報・システム研究機構事務局会議室)6

運営委員会2010/2/2

作業部会分科会

立体構造・植物、人材育成機関

２.５ 実施体制
アノテーション作業と中核機関へのデータ提供を円滑に行うために、理研生命情報基盤研究部門の豊田が責任者として全体のとりまとめを行い、下記アノテーション作業のインフラシステムの運用とデータ管理、および生成されたアノテーションデータの変換等を主に担当した。トランスクリプ
トームについては理研植物科学研究センターの関・櫻井・花田がデータの解析に基づくアノテーシ
ョンの作成を担当した。フェノームについては理研植物科学研究センターの松井と黒森が中心となってアノテーション作業を担当した。リソースについては理研バイオリソースセンターの深海がシロイヌナズナの保有リソース情報のデータ変換と提供を担当した。タンパク３０００のデータについては理研生命分子システム基盤研究領域の横山が責任者となり、中山、寺田が中心となって高等動植物等由来の蛋白質構造のアノテーションとそれに付随する実験データのキュレーションを担当した。また微生物由来の蛋白質構造については理研放射光科学総合研究センターの国島が責任者となり、キュレーションは淺田が、アノテーションは国島・菅原が主に担当した。
平成 21 年度における実施体制

業 務 項 目サブテーマ① シロ
イヌナズナオミック
ス情報注釈

担当機関等
理研生命情報基盤研究部門
部門長
理研植物科学研究センター
チームリーダー
理研植物科学研究センター
ユニットリーダー
理研植物科学研究センター
研究員
理研植物科学研究センター
副グループディレクター
理研植物科学研究センター
グループディレクター
理研植物科学研究センター
研究員
理研バイオリソースセンター室長
理研バイオリソースセンター
ユニットリーダー
理研生命情報基盤研究部門
リサーチアソシエイト
理研生命情報基盤研究部門
研究員
理研生命情報基盤研究部門
研究員
理研生命情報基盤研究部門
リサーチアソシエイト

7

研究担当者
◎
豊田 哲郎

関

原明

櫻井

哲也

花田

耕介

有田

正規

松井

南

黒森

崇

深海

薫

桝屋

啓志

浅野（松下）
さとみ
蒔田 由布子
土井

考爾

原田

えりみ

サブテーマ② 高等動植物等由来蛋白質
構造のアノテーション

サブテーマ③ 微生物
由来蛋白質構造のア
ノテーション

サブテーマ④ アノテーションシステムの開発運用とデータ変換

理研生命情報基盤研究部門
パートタイマー理研生命情報基盤研究部門
パートタイマー理研生命情報基盤研究部門
パートタイマー理研生命情報基盤研究部門
パートタイマー理研生命情報基盤研究部門
パートタイマー理研生命分子システム基盤研究領域
領域長

理研生命分子システム基盤研究領域
上級研究員
理研生命分子システム基盤研究領域
上級技師
理研生命分子システム基盤研究領域
特別研究員
理研生命分子システム基盤研究領域
特別研究員
播磨研究所放射光科学総合研究セン
ター
グループ副ディレクター
播磨研究所放射光科学総合研究セン
ター
研究員
播磨研究所放射光科学総合研究セン
ター
リサーチアソシエイト
播磨研究所放射光科学総合研究セン
ター
グループディレクター
播磨研究所放射光科学総合研究セン
ターチームリーダー
理研生命情報基盤研究部門
部門長

理研生命情報基盤研究部門
研究員
理研生命情報基盤研究部門
上級研究員
理研生命情報基盤研究部門
技師
理研生命情報基盤研究部門
技師

8

西方

公郎

Deshpande
Mrinalini
Bhatia Rinki

○

○

○

渡辺

敏明

荒井

ひろみ

横山

茂之

寺田

貴帆

中山

朋子

吉良

聡

高谷

大輔

国島

直樹

菅原

道泰

淺田

征彦

倉光

成紀

新海

暁男

豊田

哲郎

飯田

慶

小林

紀郎

吉田

有子

望月

芳樹

理研生命情報基盤研究部門
テクニカルスタッフ
理研生命情報基盤研究部門
リサーチアソシエイト
理研生命情報基盤研究部門
特別研究員
理研生命情報基盤研究部門
テクニカルスタッフ
理研生命情報基盤研究部門
特別研究員

9

石井

学

梅津

亮

川口

修治

松嶋

明宏

神坂

紀久子

学

会

等

委託業務題
目：

「植物オミックス情報および蛋白質構造情報」

機

独立行政法人理化学研究所

関

名：

発

表

実

績

1．学会等における口頭・ポスター発表
発表した成果（発表題目, 口頭・ポスター発表の別）

発表者氏名発表した場所（学会等名）○

PosMed-plus: an information
system making the utmost use of
Arabidopsis knowledge to assist
molecular breeding of crops

Makita Yuko, Kobayashi
Norio, Iida Kei, Asano
Satomi (Matsushita),
Yoshida Yuko, Heida
Naohiko, Deshpande
Mrinalini, Bhatia
Rinki, Matsushima
Akihiro, Ishii Manabu,
Mochizuki Yoshiki,
Hanada Kousuke,
Kawaguchi Shuji,
Kuromori Takashi, Seki
Motoaki, Shinozaki
Kazuo, Toyoda Tetsuro

20th International Conference on
Arabidopsis Research 20092009/6/30-7-4

国際会議

○

ARTADE2.0: A mathematical
integration of tiling array, CAGE
and sequence data to elucidate thetranscriptional system's dynamics
of Arabidopsis thaliana

Kawaguchi Shuji, Hanada
Kousuke, Iida Kei,
Mochizuki Yoshiki,Matsushima Akihiro,
Okamoto Masanori, Seki
Motoaki, Shinozaki
Kazuo, Toyoda Tetsuro

20th International Conference on
Arabidopsis Research 20092009/6/30-7-4

国際会議

10

発表した時期

国内・外の
別

○

Multiple alternative splicing
events in individual transcripts;
analyses using full-length cDNAs
and tiling arrays

Iida Kei, Kawaguchi
Shuji, Hanada Kousuke,
Hukami-Kobayashi
Kaoru, Toyoda Atsushi,
Sakaki Yoshiyuki,
Kobayashi Masatomo,
Seki Motoaki, Shinozaki
Kazuo, Toyoda Tetsuro

20th International Conference on
Arabidopsis Research 20092009/6/30-7-4

国議◎

シロイヌナズナオミックスに関する
統合データベースの開発

土井 考爾, 原田 えり
み, 神坂 紀久子, 吉田有子, 豊田 哲郎

文科省統合データベースプロジェク
ト 「データベースが拓くこれからのライフサイエンス」

2009/6/12

国内会議◎

RDF based data integration system,
SciNeS

Toyoda TetsuroInternational Phenome Integration
Meeting
RIKEN/InterPhenome/CASIMIR

2009/7/12-13

国際会議

○

アラビドプシスを中心とした植物ト
ランスクリプトーム DB と関連アプ
リケーションの紹介

蒔田由布子

第 27 回日本植物細胞分子生物学会（藤沢）大会・シンポジウム

2009/7/30-31

国内会議

○

創緑研究に向けた高等植物におけるゲノム設計の自動化と微生物からのパスウェイ導入豊田哲郎

日本遺伝学会2009/9/16-18

国内会議

哲郎

第 15 回理事長ファンドワークショップ「人類存続のための環境・エネ
ルギー分野の研究」 -バイオマスエ
ンジニアリング研究プログラムの戦略-2009/10/9-10

国内会議

○

創緑研究のためのゲノム設計とバイ
オインフォマティクスの基盤

豊田

11

第 81 回大会

際会Summary of international phenome
integration meeting
RIKEN/InterPhenome/CASIMIR, July
12-13, 2009, Kyoto Japan

Masuya Hiroshi, John
Hancock, Paul
Schofield, Joel
Richardson, Nora Tsao,
Hugh Morgan, Michael
Grunberger, Kobayashi
Norio, Takada Toyoyuki,
Abe Kuniya, Ann Marie
Mallon, Janan Eppig,
Wakana Shigeharu,
Shiroishi Toshihiko,
Obata Yuichi, Toyoda
Tetsuro23rd International Mammalian
Genome Conference

Toward the integration of mouse
phenotype information, technology
and international cooperation

Masuya Hiroshi, Tanaka
Nobuhiko, Waki
Kazunori, Mizoguchi
Riichiro, Toyoda
Tetsuro, Yoshiki
Atsushi, Wakana
Shigeharu

4th AMMRA Annual Meeting

2009/12/17-18

国際会議

○

A trial to develop a integrative
database of mouse phenotype
related information

Masuya Hiroshi,
Kobayashi Norio, Tanaka
Nobuhiko, Waki
Kazunori, Kozaki Kouji,
Wakana Shigeharu,
Mizoguchi Riichiro,
Toyoda Tetsuro

The 20th International Conference
on Genome Informatics

2009/12/14-16

国際会議

◎

セマンティックウェブを利用したシ
ロイヌナズナの表現型および関連情報の統合の試み土井 考爾, 小林 紀郎,
桝屋 啓志, 黒森 崇, 豊
田 哲郎

第 32 回日本分子生物学会年会

2009/12/9-12

国内会議

○

タイリングアレイを用いた mRNA 中の cis 調節因子の発見

飯田 慶, 川口 修治, 原
田 えりみ, 花田 耕介,
松井 章浩, 関 原明, 豊
田 哲郎

第 32 回日本分子生物学会年会

2009/12/9-12

国内会議

○

○

12

2009/11/1-4

国際会議

○

PosMed-plus：種間情報を推論的に統合する植物分子育種のためのインテ
リジェントサーチエンジン

蒔田 由布子, 小林 紀郎, 望月 芳樹, 吉田 有子, 松嶋 明宏, 石井
学, 飯田 慶, 花田 耕介, 黒森 崇, 関 原明,
篠崎 一雄, 豊田 哲郎○

Genome-wide analysis of histone H4acetylation status in hda6,
Arabidopsis histone deacetylase6
mutant using ChIP-chip and
ChIP-seq systems

金 鍾明, 藤 泰子, 遠藤
高帆, 田中 真帆, 大島
真澄, 倉田 哲也, 松井章浩, 栗原 志夫, 石田
順子, 諸澤 妙子, 篠崎
一雄, 長谷部 光泰, 豊
田 哲郎, 関 原明

第 32 回日本分子生物学会年会

2009/12/9-12

国内会議

○

Transcriptome analyses revealed
diverse expression changes in ago1
and hyl1 Arabidopsis mutants

栗原 志夫, 神沼 英里,
松井 章浩, 川嶋 真貴
子, 諸澤 妙子, 石田 順
子, 田中 真帆, 望月 芳樹, 篠崎 一雄, 豊田 哲郎, 関 原明

第 32 回日本分子生物学会年会

2009/12/9-12

国内会議

○

Exploring post-transcriptional
regulations using vast expression
profile data.

飯田

慶

ADVANCED SCIENCE INSTITUTE &YOKOHAMA INSTITUTE FORUM(基幹研横浜研連携フォーラム）2010/2/9

国内会議○

Exploring post-transcriptional
regulations using vast expression
profile data.

飯田
豊田

慶, 川口
哲郎

ADVANCED SCIENCE INSTITUTE &YOKOHAMA INSTITUTE FORUM(基幹研横浜研連携フォーラム）2010/2/9

国内会議○

RIKEN SciNeS

豊田哲郎

DBCLS BioHackathon 20102010/2/8

国際会議○

Arabidopsis の新規アンチセンス
RNA の網羅的解析に向けて

原田 えりみ, 松井 章
浩, 川口 修治, 飯田
慶, 花田 耕介, 関 原明, 豊田 哲郎

第 51 回日本植物生理学会年会

2010/3/18-21

国内会議

修治,

第 32 回日本分子生物学会年会

2009/12/9-12

国内会議

13

○

Analysis of post-transcriptional
gene regulation; RUST using tilingarrays and computational methods.

飯田 慶、 川口 修治、原田 えりみ、 花田 耕介、
松井 章浩、 岡本 昌憲、 第 51 回日本植物生理学会年会
篠崎 一雄、関 原明、豊田 哲郎

2010/3/18-21

国内会議

○

乾燥，低温，塩ストレスおよび ABA
処理時におけるシロイヌナズナ
small RNA の網羅的探索

松井章浩、神沼英里、諸沢妙子、中嶋舞子、豊田哲郎、篠崎一雄、関原明

第 51 回日本植物生理学会年会

2010/3/18-21

国内会議

豊田

哲郎

第 18 回理事長ファンドワークショ
ップ「理研総合データベースを核にした研究基盤連携網の構築」-課題解
決型研究のための情報戦略と国内外統合ＤＢ事業との連携-

2010/3/12-13

国内会議

哲郎

第 18 回理事長ファンドワークショ
ップ「理研総合データベースを核にした研究基盤連携網の構築」-課題解
決型研究のための情報戦略と国内外統合ＤＢ事業との連携-

2010/3/12-13

国内会議

○

理研総合データベースによる国内外への貢献○

理研サイネスを活用したデータベー
ス連携と統合豊田◎「放射光科学総合研究センターにおけるタンパク質 X 線結晶構造解析実験データの公開」（ポスター発表)

淺田征彦、水谷尚志、菅原道泰、新海暁男、倉光成紀、国島直樹

理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト第 7 回連携研究会」,理研播磨研究所

2009/8/21-23

国際会議

○

"RIKEN database for protein
research", 口頭発表（台湾の３カ所
における海外デモ）

Yukuhiko Asada, Naoki
Kunishima

国家同歩輻射研究中心（新竹） 国立台湾大学（台北） 国立成功大学（台南）

2009/9/14-16

国際会議

◎

「放射光科学総合研究センターにおけるタンパク質 X 線結晶構造解析実験データの公開」（ポスター発表)

淺田征彦、水谷尚志、菅原道泰、新海暁男、倉光成紀、国島直樹

第 82 回日本生化学会大会,神戸ポートアイランド2009/10/21-24

国際会議

発表者氏名

発表した場所（学会誌・雑誌等名）

２．学会誌・雑誌等における論文掲載
掲載した論文（発表題目）

14

発表した時期

国内・外の

別

○

○

○

OmicBrowse: a Flash-based
high-performance graphics
interface for genomic resources

Matsushima Akihiro,
Kobayashi Norio,
Mochizuki Yoshiki,
Ishii Manabu, Kawaguchi
Shuji, Endo Takaho,
Umetsu Ryo, Makita
Yuko, Toyoda Tetsuro

Nucleic Acids Research2009 年 5 月

国外

PosMed-plus: an Intelligent
Search Engine that Inferentially
Integrates Cross-species
Information Resources for
Molecular Breeding of Plants

Makita Yuko, Kobayashi
Norio, Mochizuki
Yoshiki, Yoshida Yuko,
Asano (Matsushita)
Satomi, Heida Naohiko,Deshpande Mrinalini,
Bhatia Rinki,Matsushima Akihiro,
Ishii Manabu, Kawaguchi
Shuji, Iida Kei, Hanada
Kousuke, Kuromori
Takashi, Seki Motoaki,
Shinozaki Kazuo, Toyoda
TetsuroPlant and Cell Physiology

2009 年 6 月

国外Transcriptome analyses revealed
diverse expression changes in ago1
and hyl1 Arabidopsis mutants

Kurihara Yukio,
Kaminuma Eri, Matsui
Akihiro, Kawashima
Makiko, Tanaka Maho,
Morosawa Taeko, Ishida
Junko, Mochizuki
Yoshiki, Shinozaki
Kazuo, Toyoda Tetsuro,
Seki Motoaki

Plant and Cell Physiology

2009 年 7 月

国外

15

○

３．プレス発表◎

Genome-wide analysis of
endogenous abscisic acid-mediatedtranscription in dry and imbibed
seeds of Arabidopsis using tilingarraysOkamoto Masanori,Matsui Akihiro,
Tatematsu Kiyoshi,
Morosawa Taeko, Ishida
Junko, Tanaka Maho,
Endo Takaho, Mochizuki
Yoshiki, Toyoda
Tetsuro, Kamiya Yuji,
Shinozaki Kazuo,
Nambara Eiji, Seki
Motoaki

発表タイトル

発表者氏名「世界最大級のタンパク質結晶構造解析実験データベースを公開ー90 万件の結晶化条件などを整備した実験データ群が利用可能にー」

淺田征彦、国島直樹

The Plant Journal

発表した場所

理化学研究所16

in press

掲載日

2009 年 7 月

国外報告日：平成２２年

整備実績一覧【代表機関名：独立行政法人理化学研究所】（１）保有データ情報[1 件目]業務計画書に記載した業務項目①に対応（１－１）データの種類① 生物種
シロイヌナズナ②試料・ライブラリ シロイヌナズナ完全長（RIKEN Arabidopsis Full-Length, RAFL） cDNA クローン：245,946 個(18,090 グルー等の種類、数ープ、全遺伝子の約 60％に相当。世界最大のシロイヌナズナ完全長 cDNA のリソース)③測定方法④データの内容

全長配列データ:21,130 個
３’末端側からの端読み配列データ＝151,574 個
５’末端側からの端読み配列データ＝82,766 個⑤その他、特記事項（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分■自前 □第三者 □文献データ□その他（下欄に詳細を記述）③将来の増加の見込 なし
み
④権利関係
所有者（
公開（■可

□計算結果等の二次データ

）
□否

□その他［

］
）

⑤その他、特記事項

17

4 月 28 日

（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 不定期にアノテーション情報を更新。
状況、体制②その他、特記事項（１－４）データベース関係(1)DB 管理者数
(2)キュレータ・アノテ
ータ数(3)データ構造(4)DB 管理ソフト(5)サーバの OS(6)サーバ規模(7)DB へのアクセス
数(8)独立 IP 数
(9)その他、特記事項

2名
1名
リレーショナルデータベース
PostgreSQLRed Hat Enterprise Linux ES
1基
データベース RARGE 総計 約 5000 ページ/月
1
画面の様子

RARGE の画面18

[2 件目]トランスクリプトーム（タイリングアレイデータ）業務計画書に記載した業務項目①に対応（１－１）．データの種類(1)生物種シロイヌナズナ(2)試料・ライブラ シロイヌナズナ全ゲノムタイリングアレイを用いた発現プロファイル解析データ 19 種類（各々F および R アリー等の種類、レイを用いた計 6 回のハイブリ実験を行う）
数
GEO データベースに登録されている、シロイヌナズナ全ゲノムタイリングアレイを用いた発現プロファイル解析
データの内、3 回以上繰り返し実験を行ったものは、わずか 4 種類のみである。
(3)測定方法(4)データの内容

シロイヌナズナ全ゲノムタイリングアレイを用いた発現プロファイル解析データ 19 種類（各々F および R ア
レイを用いた計 6 回のハイブリ実験を行う）
実験内容：播種後 2 週間目の植物体を用いた乾燥、低温、塩ストレス、ABA 処理、再吸水処理による乾燥ストレスからの回復過程など(5)その他、特記事項（１－２）．データソース(1)現在のデータ シロイヌナズナ全ゲノムタイリングアレイを用いた発現プロファイル解析データ
量(2)データ区分■自前 □第三者 □文献データ ■計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）

19 種類(3)将来の増加の さらに今後も新規のタイリングアレイデータを追加する一方で、同じサンプルをシーケンサー等の別の手段で見込み計測したデータも生産される予定である。このため、メタデータでこれらを関連付ることで多様な計測手段による情報を組み合わせた統合解析が可能なデータとなり、バイオインフォマティクスの発展に大変有用なデー

19

タベースとなっていくことが期待される。
(4)権利関 所有者（理研 PSC、植物ゲノム機能研究グループ）係
公開（□可 □否 ■その他［論文発表後データを公開する予定である。）(5)その他、特記事
項（１－３）．データの管理状況(1)更新頻度等の実験データの取得に際して随時追加
管理状況、体制(2)その他、特記事項（１－４）．データベース関係(1)DB 管理者数
２名(2)キュレータ・アノ １名
テータ数(3)データ構造
ファイル(4)DB 管理ソフト
ファイルシステム(5)サーバの OS
CentOS(6)サーバ規模
２ノード(7)DB へのアクセス数 未公開(8)独立 IP 数
(9)その他、特記事項 画面の様子 OmicBrowse の画面20

[3 件目] 業務計画書に記載した業務項目①に対応（１－１）．データの種類(1)生物種シロイヌナズナ(2)試料・ライブラ 454 シーケンサーを用いた small RNA の大量解析データ 11 種類
リー等の種類、 454 シーケンサーを用いたシロイヌナズナの small RNA データは、これまでに 6 種類報告されている。
数(3)測定方法(4)データの内容
454 シーケンサーを用いた small RNA の大量解析データ 11 種類
用いた植物材料：播種後 2 週間目の植物体を用いた乾燥、低温、塩ストレス、ABA 処理、無処理の植物体など(5)その他、特記事項（１－２）．データソース(1)現在のデータ 454 シーケンサーを用いた small RNA の大量解析データ 11 種類
量(2)データ区分■自前 □第三者 □文献データ ■計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）(3)将来の増加の 今後、454シーケンサーよりも大量の配列解析が可能なSolexaシーケンサーを用いてsmall RNAの大量解析を行見込み
う予定である。
(4)権利関 所有者（理研 PSC、植物ゲノム機能研究グループ）係
公開（□可 □否 ■その他［論文発表後データを公開する予定である。）(5)その他、特記事

21

項
（１－３）
．データの管理状況(1)更新頻度等の実験データの取得に際して随時追加
管理状況、体制(2)その他、特記事項（１－４）．データベース関係(1)DB 管理者数
１名
(2)キュレータ・アノ １名
テータ数(3)データ構造
ファイル(4)DB 管理ソフト
ファイルシステム(5)サーバの OS
CentOS(6)サーバ規模
１ノード(7)DB へのアクセス数 未公開(8)独立 IP 数
(9)その他、特記事項 画面の様子 OmicBrowse の画面

22

[4 件目]フェノーム（トランスポゾン・タグライン）業務計画書に記載した業務項目①に対応（１－１）．データの種類(1)生物種シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）(2)試料・ライブラ シロイヌナズナのトランスポゾン・タグライン 18,000 系統と、全てのラインに関するトランスポゾン挿入位置
リー等の種類、数 情報。シロイヌナズナ 26,000 遺伝子のうち 5,000 以上の遺伝子に関する変異を含んでいると推測される。
(3)測定方法
トランスポゾン挿入部位近傍の塩基配列の決定(4)データの内容
変異体番号、トランスポゾン挿入位置情報、近傍遺伝子情報(5)その他、特記事 cDNA 情報や他の公共データベースとリンクさせている。
項（１－２）．データソース(1)現在のデータ トランスポゾン・タグライン 18,000 系統に関する情報量(2)データ区分■自前 □第三者 □文献データ □計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）(3)将来の増加の 現在のところ予定はない。
見込み(4)権利関 所有者（理化学研究所植物科学研究センター）係
公開（■可 □否 □その他［］）(5)その他、特記事 http://rarge.gsc.riken.go.jp/項（１－３）．データの管理状況

23

(1)更新頻度等の 理化学研究所植物科学研究センターで維持されている他、生命情報基盤研究部門のサーバ（理研サイネス）上
管理状況、体制にも情報が統合されている。
(2)その他、特記事項（１－４）．データベース関係(1)DB 管理者数
2名(2)キュレータ・アノ 1 名
テータ数(3)データ構造
リレーショナルデータベース(4)DB 管理ソフト
PostgreSQL(5)サーバの OS
Red Hat Enterprise Linux ES(6)サーバ規模
1基(7)DB へのアクセス数 データベース RARGE 総計 約 5000 ページ/月(8)独立 IP 数
1(9)その他、特記事項 画面の様子

24

[5 件目]フェノーム（ノックアウト・表現型）業務計画書に記載した業務項目①に対応（１－１）．データの種類(1)生物種シロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）(2)試料・ライブラ シロイヌナズナの 4000 遺伝子の変異体に関する表現型情報。シロイヌナズナ 26,000 遺伝子のうち 4,000 遺伝
リー等の種類、子に関する変異体を調べている。
数(3)測定方法
系統的な表現型解析(4)データの内容
変異体番号、トランスポゾン挿入位置情報、挿入変異遺伝子情報、表現型の画像データ(5)その他、特記事 他の公共データベースとリンクさせている。
項（１－２）．データソース(1)現在のデータ トランスポゾン・タグライン 4000 系統（4000 遺伝子）の表現型に関する情報量(2)データ区分■自前 □第三者 □文献データ □計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）(3)将来の増加の 現在は地上部形態異常に関して載せているが、他の表現型項目についてもデータを収集中である。
見込み(4)権利関 所有者（理化学研究所植物科学研究センター）係
公開（■可 □否 □その他［］）(5)その他、特記事 http://rarge.gsc.riken.jp/phenome/
項（１－３）．データの管理状況(1)更新頻度等の理化学研究所植物科学研究センターで維持されている他、生命情報基盤研究部門のサーバ（理研サイネス）上
管理状況、体制 にも情報が統合されている。
(2)その他、特記事項

25

（１－４）．データベース関係(1)DB 管理者数
2名(2)キュレータ・アノ 1 名
テータ数(3)データ構造
リレーショナルデータベース、ファイル(4)DB 管理ソフト
PostgreSQL、ファイルシステム(5)サーバの OS
Red Hat Enterprise Linux ES(6)サーバ規模
1基(7)DB へのアクセス数 データベース RARGE 総計 約 5000 ページ/月(8)独立 IP 数
1(9)その他、特記事項 画面の様子[6 件目]フェノーム（アクティベーション・タグライン）業務計画書に記載した業務項目①に対応

26

（１－１）．データの種類(1)生物種シロイヌナズナ(2)試料・ライブラ シロイヌナズナ完全長 cDNA 遺伝子高発現型変異体は、理研オリジナルの変異体であり、約 1 万の遺伝子リソー
リー等の種類、スを網羅する。これは、現在報告されている遺伝子の 40％にあたる。
数
シロイヌナズナ Activation tagging 変異体系統は、7 万系統あり、シロイヌナズナのほぼすべての遺伝子の活性化をしている数と考えられる。
(3)測定方法
塩基配列決定による遺伝子情報
目視及び計測機器（光合成、色素吸収）による変異形質の情報(4)データの内容
種子番号
遺伝子番号
遺伝子アノテーション情報
形質情報（光合成、色素、形態）
変異体画像情報(5)その他、特記事 完全長 cDNA 高発現変異体系統は、作成した 1 万系統についてすべて遺伝子情報を記載している。
項（１－２）．データソース(1)現在のデータ シロイヌナズナ完全長 cDNA 高発現型変異体 1 万系統
量Activation tagging 変異体 7 万系統(2)データ区分□自前 □第三者 □文献データ ■計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）※複数選択可。二次データのみの保有は不可。
(3)将来の増加の 種々の形質計測により情報増加の可能性がある。
見込み(4)権利関 所有者（理研・NEC ソフト）係
公開（■可 □否 □その他［(5)その他、特記事項

http://amber.gsc.riken.jp/act/top.php（１－３）．データの管理状況

27］）

(1)更新頻度等の管理状況、体制

1 週間に 1 回アノテーション情報の更新を行っている。
理化学研究所植物科学研究センターで維持されている他、生命情報基盤研究部門のサーバ（理研サイネス）上にも情報が統合されている。

(2)その他、特記事項（１－４）．データベース関係(1)DB 管理者数
1名
(2)キュレータ・アノ 1 名
テータ数(3)データ構造
RDB(4)DB 管理ソフト
PostgreSQL(5)サーバの OS
Red Hat Enterprise Linux ES（外部公開用）
Red Hat Enterprise Linux AS（内部用）(6)サーバ規模
2CPU(Pentium Xeon) （外部公開用）
4CPU(Pentium Xeon) （内部用）(7)DB へのアクセス数 登録外部ユーザ数 884（2007 年登録 82、2006 年登録 142、2005 年登録 141、2004 年登録 327、2003 年登録
192）(8)独立 IP 数
1（外部公開用）、1（内部用）(9)その他、特記事項 画面の様子

28

[7 件目]リソース情報

業務計画書に記載した業務項目①に対応（１－１）．データの種類(1)生物種シロイヌナズナ(2)試料・ライブラ 完全長 cDNA クローン(RAFL clone)
リー等の種類、 シロイヌナズナ（エコタイプ：Columbia）のほぼ全ての転写領域をカバー
数(3)測定方法
cDNA 塩基配列の全長もしくは両端を決定(4)データの内容※記録しているデータ項目（例えば、試料番号、遺伝子名、発現データ（画像）等）
リソース番号、クローン番号、塩基配列のアクセッション番号、遺伝子コード領域の AGI 番号、塩基配列(5)その他、特記事項（１－２）．データソース(1)現在のデータ 246,203 エントリー
量(2)データ区分□自前 ■第三者 □文献データ□その他（下欄に詳細を記述）□計算結果等の二次データ(3)将来の増加の あり
見込み(4)権利関 所有者（理研ゲノム科学総合研究センター）係
公開（■可 □否 □その他［

］
）

29

(5)その他、特記事項

http://www.brc.riken.jp/lab/epd/catalog/cdnaclone.html
http://saber.epd.brc.riken.jp/sabre7/SABRE0101.cgi（１－３）．データの管理状況(1)更新頻度等のデータの増加に応じて、年に数回までの更新あり
管理状況、体制 外部業者に運用を業務委託している(2)その他、特記事項（１－４）．データベース関係(1)DB 管理者数理研側担当者２名、業者側数名(2)キュレータ・アノ なし
テータ数(3)データ構造
テキストファイル、リレーショナルデータベース(4)DB 管理ソフト
PostgreSQL(5)サーバの OS
Linux(6)サーバ規模
パーソナルコンピュータ(7)DB へのアクセス数 計測値なし(8)独立 IP 数
２(9)その他、特記事項 画面の様子

30

［8 件目］シロイヌナズナ Fox-hunting 変異体データベース（１－１）データの種類①生物種
シロイヌナズナ②試料・ライブラリ FOX-Hunting 法によって cDNA を挿入することによって得られた変異体のデータベース。
ー等の種類、数
当該実験のデータのうちデータ提供者が公開可能とした情報は全て公開した。
③測定方法④データの内容

挿入された完全長 cDNA の遺伝子 ID・挿入方向、観察された表現型情報のテキストベースの記載と植物体の画像データなど⑤その他、特記事項（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分

登録した変異体 14125 系統
表現型情報 13292 件■自前 □第三者 □文献データ□その他（下欄に詳細を記述）□計算結果等の二次データ③将来の増加の見込 なし
み④権利関係
所有者（独立行政法人理化学研究所）
公開（■可 □否 □その他［⑤その他、特記事項］）

http://nazunafox.psc.database.riken.jp にて公開

（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 理研サイネス上に構築されており、同システム上で統合的に管理されている。

31

状況、体制②その他、特記事項［9 件目］シロイヌナズナ変異体情報（１－１）データの種類①生物種
シロイヌナズナ②試料・ライブラリ 理研サイネス上で公開されている 3 件のシロイヌナズナ変異体に関するデータベース（Fox-hunting, DS transpos
ー等の種類、数
on, Activation tagging line）に含まれる表現型情報に関して、Plant Ontology（PO), PATO といった公開オントロジーを用いた新しい統一的なアノテーションを設定し、公開した。現在理研サイネス上で公開されているシ
ロイヌナズナ変異体データベースの中で明確な記述のある表現型情報については全て新しいアノテーションで関連付けを実現し、統合的検索を可能とした。
③測定方法④データの内容
表現型アノテーション（PO・PATO データベースへのリンクを含む）
シロイヌナズナ変異体データベースに含まれるフェノーム情報へのリンク⑤その他、特記事項（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分

③将来の増加の見込
み④権利関係⑤その他、特記事項

表現型アノテーション 115 件
シロイヌナズナ変異体データベース 3 件（Fox-hunting, DS transposon, Activation tagging line）それぞれに含まれるフェノーム情報への表現型アノテーション情報からのリンク（それぞれ 13142 件,221 件,1268 件）■自前 □第三者 □文献データ□その他（下欄に詳細を記述）□計算結果等の二次データ

所有者（独立行政法人理化学研究所）
公開（■可 □否 □その他［］）http://scines.org/item/ria143i にて公開

32

（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 理研サイネス上に構築されており、同システム上で統合的に管理されている。
状況、体制②その他、特記事項［10 件目］高等動植物等由来タンパク質データベース（１－１）データの種類①生物種
高等動植物等②試料・ライブラリ 無細胞タンパク質発現用発現系構築実験４万８千件、スモールスケール発現実験８万件
ー等の種類、数
大量合成および大量発現実験４千件、精製実験５千件
結晶化条件 138 万件、結晶観察 1517 万件
回折実験データ (画像データ枚数) ３万１千件③測定方法
X 線結晶構造解析等④データの内容⑤その他、特記事項（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分

③将来の増加の見込
み④権利関係⑤その他、特記事項■自前 □第三者 □文献データ□その他（下欄に詳細を記述）□計算結果等の二次データ

所有者（独立行政法人理化学研究所）
公開（■可 □否 □その他［］）http://scines.org/item/ria46i にて公開

（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 理研サイネス上で統合的に管理されている。

33

状況、体制②その他、特記事項［11 件目］微生物由来タンパク質データベース（１－１）データの種類①生物種
Thermus thermophilus HB8, Pyrococcus horikoshii OT3 他、９種の微生物②試料・ライブラリ 微生物由来タンパク質にかかわる試料調製と回折実験データ。
ー等の種類、数③測定方法
X 線結晶構造解析④データの内容発現プラスミド構築・培養・精製・結晶化・回折データ収集の各段階における実験の条件・結果・生データなど⑤その他、特記事項（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分

試料調製（発現プラスミド構築実験 10,000 件、培養実験 5,000 件、精製実験 3,000 件）、結晶化実験データ（結晶化条
件 90 万件、観察画像 1,000 万件）と回折実験データ（200 データセット）を公開■自前 □第三者 □文献データ ■計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）③将来の増加の見込 追加公開の予定あり
み④権利関係
所有者（独立行政法人理化学研究所）
公開（■可 □否 □その他［⑤その他、特記事項 http://scines.org/item/rib220i にて公開
（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 理研サイネス上で統合的に管理状況、体制②その他、特記事項［12 件目］変異体タンパク質データベース（１－１）データの種類①生物種
T. thermophilus、Pyrococcus horikoshii

34

］
）

②試料・ライブラリ
ー等の種類、数③測定方法④データの内容⑤その他、特記事項（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分

T. thermophilus HB8 由来 TTHB049、Pyrococcus horikoshii OT3 由来 PH0725 における、系統的な変異体タンパク質の結晶構造解析に関する実験データ。微生物由来タンパク質データベースの一部である。
X 線結晶構造解析
発現プラスミド構築・培養・精製・結晶化・回折データ収集の各段階における実験の条件・結果・生データなど

変異体の結晶構造解析に関する実験データ 150 件を公開
■自前 □第三者 □文献データ ■計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）③将来の増加の見込 追加公開の予定あり
み④権利関係
所有者（独立行政法人理化学研究所）
公開（■可 □否 □その他［⑤その他、特記事項 http://scines.org/item/rib220i にて公開］）

（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 理研サイネス上で統合的に管理状況、体制②その他、特記事項［13 件目］重原子標識タンパク質データベース（１－１）データの種類①生物種
多種②試料・ライブラリ 白金や水銀などの重原子を含む試薬で標識した標識タンパク質のデータ。目的タンパク質の結晶構造を決定するために使用すべき重原子試薬が簡単に検索できるようにすることを目的としたデータベース HATODAS の検索基盤データであー等の種類、数る。
③測定方法
X 線結晶構造解析④データの内容
重原子・重原子結合サイト・重原子化実験方法・沈殿剤・緩衝液など⑤その他、特記事項

35

（１－２）データソース①現在のデータ量②データ区分重原子標識タンパク質に関する実験データ 500 件を公開
■自前 □第三者 ■文献データ ■計算結果等の二次データ□その他（下欄に詳細を記述）③将来の増加の見込 追加公開の予定あり
み④権利関係
所有者（独立行政法人理化学研究所）
公開（■可 □否 □その他［⑤その他、特記事項 http://scines.org/item/rib108i にて公開］）

（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 理研サイネス上で統合的に管理状況、体制②その他、特記事項（１－４）データベース関係①DB 管理者数
１②キュレータ・アノテ ０
ータ数③データ構造リレーショナルデータベース④DB 管理ソフト
ＰｏｓｔｇｒｅＳＱＬ⑤サーバの OSＬｉｎｕｘ
⑥サーバ規模ＰＣ１台⑦DB へのアクセス数 約 1000 ページ／月⑧独立 IP 数
１⑨その他、特記事項
データベース名 HATODAS
http://hatodas.harima.riken.go.jp にて公開
論文１ Heavy-atom Database System: a tool for the preparation of heavy-atom derivatives of protein crystals based on amino-acid sequence and crystallization conditions. Acta Cryst. D 61, 1302-1305,(2005).

36

論文２ HATODAS II: heavy-atom database system with potentiality scoring.
44. (2009).

J. Appl. Cryst., 42, 540-5（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。
）
通データ（又はＤＢ）の名称

番

公開／
未公開

概要（データの種類（生物種）
・数量（kB 等）、本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記述）

植物オミックス統合データベ

概要：シロイヌナズナオミックス情報の注釈づけと公開を進めた。

ース

成果：FOX-hunting 変異体データベースを追加統合した。前年度までに統合済みであった DS
transposon, Activation tagging line のデータベースを合わせた 3 データベースについて、
そのフェノーム情報を統合すべく、PO/PATO などの公開オントロジーを活用した新たなアノテーションを試み、より高度な統合化を試みた。

（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。
）
通ＤＢ基盤システム、ツール等の

公開／

番

名称

未公開

理研サイネス

概要（主な機能・特徴点、進捗状況、今後の計画などを簡潔にわかりやすく記述）「セマンティックウェブ形式」と呼ばれる国際標準規格に準拠したデータベース統合システム
で、以下のような特徴を持つシステムとして開発した。
①数万個以上の個別データベース構築活動を、大勢の研究者がインターネット経由で並行して実施できる。
②大規模なデータを介した業務フローを柔軟に設定でき、人的連携や自動処理を容易化できる。
③各活動群をセキュリティの高い状態で区切り、未公開の状態でデータベース構築ができる。
④構築したデータベースをその基盤から直接公開できる。
⑤公開後も、研究者がシステムの維持コストを負担することなく、その基盤でコンテンツを継続的に更新することができる。
⑥複数の世界標準形式に準拠したデータ配信が容易。

37

同システムは 2009 年 3 月にベータ版が公開され、植物統合 DB 計算機環境として利用されている。今年度は、タンパク質結晶構造解析実験データベースなどの大容量データも安定的に扱えるように、またデータ検索等がスムーズにできるようにシステムの改良が進められた。
今後は、システムを運用・改善し、アノテーション等のデータ交換やプログラム交換を理研外部者でも実施できるオープンな参加型のシステムとして公開する。

（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）
通
番

名称

公開／

概要

未公開

該当なし

38