デジタル PCR

デジタル PCR（QX シリーズ）
Frequently Asked Questions

FAQ リスト
このリストには、バイオ・ラッド製品に関するよくあるお問い合わせを掲載しております。ここに掲載している製品は研究用途として販売しており、医療・診断目的でのご使用はできません。
#Question

Answer

1[QX シリーズ] 1 ウェルあたりの核酸量はど コピー濃度としては、0.25 copies/μL～5000 copies/μL が理論上の定量範囲です。ただのくらい必要ですか。
し 5,000 copies/μL は定量の上限ですので、適した量の上限としては 2,000 copies/μL程度になります。
ヒトゲノム DNA としては、330ng/ウェル（制限酵素処理済み）が上限となります。RareMutation の場合には 130ng/ウェル（制限酵素処理済み）が計算上 2,000 copies/μL となり、適している量と言えます。
ゲノム DNA は 60ng/ウェル以上であれば、制限酵素処理が必要です。
発現解析の場合、RNA 100ng/20μL で逆転写反応させた cDNA を RNA 換算で 1ng/ウェ
ルや 0.1ng/ウェルから検討してください。

2[QX シリーズ] 測定結果の遺伝子コピー濃 調整した ddPCR 反応液 1uL あたりの遺伝子コピー数を示しています。
度 Conc. (copies/uL) は、何の溶液中の濃度でしょうか。

3[QX シリーズ] 試薬調製時に使用するピペットチップで推奨メーカーはありますか。

ドロップレットデジタル PCR の試薬調製全般で推奨されるピペットチップのメーカーはレイニンです。またエッペンドルフのピペットチップも問題ないことが確認されています。
MBP の ART チップはドロップレット作製に問題が発生することが確認されていますので、使用しないでください。

4[ddPCR アッセイ] Droplet Digital PCR 用の 変異解析用、CNV 解析用のプライマー・プローブは、Droplet Digital PCR Assays サイトでプライマー・プローブの設計はできますか。 設計済みアッセイの検索の他、遺伝子配列からのプライマー・プローブの設計を行うことができます。
Droplet Digital PCR Assays サイト URL (サイトのご利用には Web 登録が必要となります。)
https://www.bio-rad.com/digital-assays/

5[QX シリーズ] リアルタイム PCR で使用して 各 ddPCR システムに適合した蛍光でラベルされたプローブであれば、使用できる可能性いるプローブを使用することはできますか。 があります。使用する ddPCR 用 Supermix に準じたプロトコールを使用し、ddPCR システ
ムにて反応条件を検討し最適化する必要があります。
なお、クエンチャーに TAMRA が使用されているプローブの使用は推奨されません。

#Question

Answer

6[QX シリーズ] 対応する蛍光色素を教えてく QX シリーズの各システムは以下の蛍光色素に対応しています。
ださい。
QX100 システム：FAM, HEX, VIC
QX200 システム：FAM, EvaGreen, HEX, VIC
QX600 システム：FAM, EvaGreen, HEX, Cy5, Cy5.5, ROX, ATTO 590
QX ONE システム：FAM, HEX, VIC, Cy5, Cy5.5

7[QX シリーズ] 推奨されるクエンチャーはなんですか。

Iowa Black (IDT 社)が推奨されます。TAMRA は蛍光の干渉があるため推奨されません。
Zen や BHQ や MGB も使用可能です。ただし BHQ は DTT と干渉する恐れがあるため、
One-Step RT-ddPCR Advanced Kit for Probes 試薬を使用する場合(DTT 終濃度 15mM)は推奨されません。

8[ddPCR Supermix] ddPCR Supermix forProbes (no dUTP)試薬と ddPCR Supermix
for Probes 試薬の違いは何ですか。

ddPCR Supermix for Probes (no-dUTP)は多くの ddPCR のアプリケーション（変異解析、CNV 解析、発現解析など）で推奨される試薬です。また dUTP を含んでいないため、PCR産物をシークエンスに供することが可能です。
ddPCR Supermix for Probes は dTTP の代わりに dUTP が含まれています。これは UNG（Uracil-N-Glycosylase）によるコンタミネーション防止処理を想定していることによります。
UNG 処理のためには別途ウラシル-DNA グリコシラーゼを別途添加する必要があります。

910111213[QX シリーズ] 測定データの Linkage とは何の値でしょうか。

2 つの遺伝子のマルチプレックス測定を行った際、両方の遺伝子が連結している DNA 分子の濃度（copies/uL）の推定値です。各ターゲットのシングルポジティブ数から連結していない遺伝子どうしのダブルポジティブ数を推定し、それを上回って実測されたダブルポジティブ数が、連結した分子由来のダブルポジティブ数であるとして濃度を計算しています。
[ddPCR アッセイ] 以前購入したものと同じア 以前と同じ内容のご注文の場合でも、再度ショッピングカートに入れてからオーダーフォーッセイを再注文したい。
ムをご入手頂き、ご注文時に添付して頂く必要がございます。ddPCR Assays ウェブサイトの My Assays ページ、あるいはショッピングカートの My PrimePCR 製品タブで、検索したアッセイやご注文いただいたアッセイの履歴を確認し、ショッピングカートに追加することができます。
[QX シリーズ] Droplet Generation オイル
Droplet Generation オイルおよび Droplet Reader オイルについて、成分の詳細は社外秘や Droplet Reader オイルを廃棄したいので になっていますが、フッ素を含む炭化水素化合物が主成分となっております。不燃性で、すが、成分は何ですか。
環境に与える影響や毒性も低いものですが、施設や自治体のルールに従って廃棄をお願いいたします。
[QX200/600 システム] Droplet Reader のオ 液量センサーが誤作動している可能性があります。廃液ボトルを別の新しい廃液ボトル（オイルボトルと廃液ボトルの交換を行ったが、 イルを使い切ったばかりのボトル）に交換してください。新しい廃液ボトルがない場合は、廃ボトルのインジケーターが黄色点滅になる。 液ボトル内のオイルを廃棄した後に中を水で良く濯ぎ、完全乾かしてから再度装置にセット/ check fluid level という表示が出てしまう。 してください。また、ボトルのラベルの向きが装置本体の外側に向いてセットされているかご確認ください。
[QX200/600 システム] QX Manager に急に ユーザー名とパスワードが正しいことをご確認ください。ユーザー名とパスワードに間違いサインインできなくなってしまった。（ユーザ がない場合はサインインウィンドウ内の Sign in to: を確認しサインイン先が指定されているー管理機能使用時）
かご確認ください。（通常はネットワークドメインではなくローカル PC 名）。
サインイン先が指定されていない場合は、サインインウィンドウ内の[How do I sign in toanother domain?]をクリックしてローカル PC 名を確認し、User Name: 欄に [ローカル PC名]\[ユーザー名] と入力して、サインイン先をローカル PC 名に再指定してください。指定された後は Sing in to: [ローカル PC 名]のように表示が変わり、サインイン先が設定されたことを確認できます。
2#QuestionAnswer

14[QX100/200/600 システム] QX200 Droplet オレンジの LED が点いた場合、正常にドロップレット作製の動作ができないことを示しまGenerator でオレンジの LED が点灯した場 す。
合の対処方法を教えてください。
以下のことをチェックしてください。
1. 正しい位置にカートリッジがセットされている。
2. 全てのウェルに正しい量の溶液が満たされている。
3. 正しくガスケットがセットされている。（一度ガスケットを付け直して、それでもエラーが発生する場合、別のガスケットを付けてみる。）
4. 付着物が、カートリッジホルダーの下側や Droplet Generator の金属センサーピンの上に蓄積していないことを確認する。
付着物がセンサーピンとカートリッジホルダーの間の電気的接触を妨げ、DropletGenerator がカートリッジホルダーがないと判断してしまうことがあります。もし付着している場合には、エタノールでホルダー下面とセンサーピンのクリーニングを行なってみてください。クリーニングは 70%エタノールで拭き、その後脱イオン水もしくは蒸留水にて拭き取ります。

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