ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）

平 成 28 年 度

研 究 開 発 実 施 報 告 書研究代表者 石濱 泰
京都大学 大学院薬学研究科 教授「プロテオーム統合データベースの構築」

1§１．研究実施体制（１）石濱グループ（研究機関別）① 研究代表者： 石濱 泰 （京都大学大学院薬学研究科 教授）② 研究項目・ プロジェクト全体の進行管理
・ キュレーションワークフロー開発（全体システム及び翻訳後修飾プロテオミクス）
・ プロジェクト別データベース「Cube」の開発（主に翻訳後修飾プロテオミクス関連）
・ Cube集積データベース「Globe」の開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発（２）五斗グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 五斗 進 （京都大学化学研究所 准教授（H29.3 より情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター 教授））
② 研究項目・ 開発サーバー管理運用
・ プロジェクト別データベース「Cube」開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」開発（３）荒木グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 荒木 令江 （熊本大学大学院生命科学研究部 准教授）
② 研究項目・ リポジトリシステム開発
・ プロジェクト別データベース「Cube」構築（主にグローバルプロテオミクス関連）
・ Cube集積データベース「Globe」構築・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」(主にヒト疾患対応)（４）松本グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 松本 雅記 （九州大学生体防御医学研究所 准教授）
② 研究項目・ キュレーションシステム構築（主にターゲット・プロテオミクス関連）
・ プロジェクト別データベース「Cube」構築（主にターゲット・プロテオミクス関連）
・ 集積データベース「Globe」構築（５）奥田グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 奥田 修二郎 （新潟大学大学院医歯学総合研究科 テニュア・トラック
准教授）② 研究項目・ 集積キューブ型データベース「Globe」の開発
・ リポジトリシステムの開発
2

・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発（６）河野グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 河野 信 （情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベース
センター 特任准教授）② 研究項目・ サーバー管理運用
・ リポジトリ開発
・ キュレーションワークフロー開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発

3§２．研究実施内容（１）通期及び本年度の研究開発計画と達成目標
様々な生物種の様々な状態の試料は、質量分析をはじめとする異なる platform で測定され、リポジトリを通じてメタデータとともに jPOST に格納される。格納されたデータはキュレーションワ
ークフローに則って標準化され、プロジェクト毎に Cube に格納され、Globe に集積され、Sliceに抽出される。Slice は汎用性の高いものをプリセット DB としてあらかじめセットし、それに加えてユーザーが自由にプロジェクト横断的に Globe をスライスし、目的情報 DB を作製できるようにする。以上のシステムを 3 年間で構築するため、以下の６つの項目を設定する。
①

サーバー管理・運用②

リポジトリシステム構築③

キュレーションワークフロー構築④

プロジェクト別 DB（Cube）構築⑤

集積キューブ型 DB（Globe）構築⑥

フォーカスド DB（Slice）構築

2 年目の本年度における計画と達成目標を以下に示す。
（１）

サーバーについては、前年度から引き続き、開発サーバーは五斗グループが担当し、運用サーバーは DBCLS 河野グループが管理する。ディスクを増設し、定期的にデータを運用サーバーに移行する。

（２）

リポジトリについては、4 月に国際標準である ProteomeXchange コンソーシアムに正式加入する。コアデータを格納してシステムをカスタマイズする。

（３）

前年度に設定したリポジトリデータ再解析ワークフローを実装する。

（４）

プロジェクト別 Cube 開発においては、前年度に行った設計に基づき、様々な異なる測定プラットフォームデータ（具体的には、グローバル定量プロテオミクス、翻訳後修飾定
量プロテオミクスおよびターゲット定量プロテオミクス）を実装する。

（５）

Globe および Slice 開発においては、設計した RDF スキーマ、オントロジーに基づき設計を行い、またビューワー開発をおこなう。
なお、２年目終了時には、jPOST 全体としてコアデータを格納したプロトタイプで稼働することを達成度の目安とする。
（２）本年度の研究開発進捗状況
本年度における開発進捗状況の詳細を以下に示す。
（１）

サーバーについては、前年度から引き続き、開発サーバー（五斗グループ）および運用サーバー（DBCLS 河野グループ）を管理し、ディスクを増設した。www.jpost.org
および www.jpostdb.org を運用し、リポジトリサイトを公開した。

（２）

リポジトリについては、5 月に公開をはじめ、7 月に国際標準である ProteomeXchange
コンソーシアムに正式加入した。2017.3 時点で、コアデータセットを含む 174 プロジェ
4

クト、19026 ファイル、2.9TB、20 生物種のデータが集積している。リポジトリ部分について Nucleic Acids Research 誌に論文として公開した (Okuda et al., Nucleic
Acids Res., 45(D1): D1107-1111 (2017))。
（３）

前年度に設定したリポジトリデータ再解析法（マルチピーク抽出・マルチ検索エンジンを用いる方法）について、結果を統合的にスコアリングする新たな方法を開発し、実装した。さらにスペクトルごとの偽陽性率に基づくフィルタリング法を開発し、Globe へ適
用した。

（４）

プロジェクト別 Cube 開発においては、前年度に行った設計に基づき、様々な異なる測定プラットフォームデータ（具体的には、グローバル定量プロテオミクス、翻訳後修飾定
量プロテオミクスおよびターゲット定量プロテオミクス）に対応する Cube を実装した。

（５）

Globe および Slice 開発においては、設計した RDF スキーマ、オントロジーに基づき設計を行い、Slice データベースのためのデータスライシング法およびビューワー開発を行った。

以上より、２年目終了時の達成目標である「jPOST 全体としてコアデータを格納したプロトタイ
プで稼働すること」を達成した。

§３．成果発表等（３－１） 原著論文発表① 発行済論文数（国内（和文）0 件、国際（欧文）3 件）：② 未発行論文数（国内（和文）0 件、国際（欧文）0 件）③ 論文詳細情報
1. Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y, Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto M,
Takami T, Kobayashi D, Araki N, Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama N, Goto S,
Ishihama Y.: “jPOSTrepo: an international standard data repository forproteomes”, Nucleic Acid Research, Database Issue, 45 (D1): D1107-D1111, 2017
(DOI: 10.1093/nar/gkw1080)
2. Deutsch EW, Csordas A, Sun Z, Jarnuczak A, Perez-Riverol Y, Ternent T,
Campbell DS, Bernal-Llinares M, Okuda S, Kawano S, Moritz RL, Carver JJ,
Wang M, Ishihama Y, Bandeira N, Hermjakob H, Vizcaíno JA.:

“The

ProteomeXchange Consortium in 2017: supporting the cultural change inproteomics public data deposition”, Nucleic Acid Research, Database Issue, 45(D1): D1100-D1106, 2017 (DOI: 10.1093/nar/gkw936)

3. Matsumoto M, Matsuzaki F, Oshikawa K, Goshima N, Mori M, Kawamura Y,
Ogawa K, Fukuda E, Nakatsumi H, Natsume T, Fukui K, Horimoto H,

5

Nagashima T, Funayama R, Nakayama K, Nakayama KI.: Development oflarge-scale targeted proteomics assay resource based on an in vitro humanproteome. Nature Methods 14, 251-258 (2017)：(DOI: 10.1038/nmeth.4116)（３－２）データベースおよびウェブツール等の構築と公開
別紙１参照。
（３－３） その他の著作物（総説、書籍など）
1.

吉沢明康、どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～、
Proteome Letters, 1 (2):63-80, 2016

2.

Kobayashi D, Araki N. Cellular biological validation of proteomics data.
Proteome Letters 1, 37-43, 2016（３－４） 国際学会および国内学会発表① 招待講演 （国内 21 件、国際 3 件）
〈国内〉
1. 石濱泰、リン酸化プロテオミクスを駆使した創薬キノームプロファイリング、 第 371 回 CBI学会講演会、グランフロント大阪ナレッジキャピタル（大阪市）、 2016 年 4 月 22 日
2. 石濱泰、プロテオーム間引き解析と SWATH、第 64 回質量分析総合討論会、ホテル阪急エキスポパーク（大阪府吹田市）、2016 年 5 月 19 日
3. 石濱泰、高分離能 LC と高分解能 MS のハイファネーションによる超高分離分析システムの実現とその応用、第 76 回分析化学討論会、岐阜大学（岐阜市）、2016 年 5 月 28 日
4. 吉沢明康、ポストだけれど葉書じゃない、タンパクだけど淡泊じゃない、第 2 回バイオイン
フォマティクスアゴラ、東京工業大学くらまえホール、2016 年 7 月 15 日
5. 小林大樹、jPOST リポジトリ−データの登録、jPOST workshop 2016、北里大学 (東京)2016 年７月 27 日
6. 五斗進、奥田修二郎、渡邉由、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、高見知代、小林
大樹、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、プロテオームデータベース
jPOST の開発、日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学、2016 年 7 月 29 日
7. 荒木令江 “プロテオミクスを基盤としたシステムズバイオロジーの腫瘍研究への応用”日本プロテオーム学会 2016 年大会 (学会賞受賞講演)、北里大学、2016 年 7 月 29 日
8. 石濱泰、キナーゼ収斂型リン酸化プロテオミクスを用いたシグナルネットワーク解析と分子標的創薬、第 31 回京都がん研究会、京都教育文化センター（京都市）、2016 年 9 月 16日
9. 石濱泰、キナーゼ収斂型リン酸化プロテオミクスによるシグナルネットワーク解析、第 89
回日本生化学会大会、仙台国際センター（仙台市）、2016 年 9 月 27 日
10. 吉沢明康、実はタンパク質は測定していない ～ プロテオミクスと質量分析法 ～、IIBMP2016（第 5 回生命医薬情報学連合大会）（JSBi（日本バイオインフォマティクス学
6会）年会）BoF 『質量分析インフォマティクス』 、東京・台場、2016 年 9 月 30 日
11. 松本雅記、定量プロテオミクスプラットフォームのためのインフォマティクス、質量分析イン
フォマティクス研究会・第 1 回ワークショップ、JST 東京本部（サイエンスプラザ），東京、2016 年 10 月 7 日
12. 奥田修二郎、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、プロテオーム統合データベース jPOST:リポジトリの開発と今後、質量分析インフォマティクス研究会・第 1 回ワークショップ、JST サイエン
スプラザ、2016 年 10 月 7 日
13. 荒木令江 病態プロテオミクスの基礎と応用 口腔ブレインサイエンスセミナー2016、 九州大学、2016 年 10 月 19 日
14. 石濱泰、ヒトプロテオーム解明に向けたプロテオーム 解析法の開発、

第 36 回キャピラリー電気泳動シンポジウム、徳島大学常三島キャンパス工業会館（徳島市）、2016
年 11 月 11 日
15. 石濱泰、プロテオーム統合データベース jPOST の構築、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜（横浜市）、2016 年 11 月 30 日
16. 松本雅記、iMPAQT: 組換えタンパク質を利用したタンパク質絶対定量プラットフォーム～がん代謝研究への応用～第 4 回次世代がんインフォマティクス研究会、岡山大学工学部，2016 年 12 月 16 日
17. Masaki Matsumoto, iMPAQT: A platform for large scale targeted proteomics
based on in vitro human proteome. 1st-Internatinal Symposium of the Kyoto
Biomolecular Mass Spectrometry Society. 京都大学、平成 29 年 2 月 7 日
18. 荒木令江、 プロオミクスを基盤とした統合オミクスによる新規腫瘍マーカーと治療標的の同定、 熊本震災復興フォーラム、富士ソフトアキバプラザ (東京)、2017 年 03 月 02 日
19. 石濱泰、分離分析の最新技術－high resolution LC-MS/MS をもちいたプロテオーム解
析、日本農芸化学会 2017 年度大会、京都女子大学（京都市）、2017 年 3 月 18 日
20. 石濱泰、鞠小路プロテオミクスでつなぐゲノムと疾病、第 2 回臨床薬学懇話会、京都大学
医学部附属病院先端医療機器開発・臨床研究センター（京都市）、 2017 年 3 月 21 日
21. 石濱泰、Technology-Driven Proteomics、第二回京都皮膚基礎研究会、

京都大学

医学部臨床研究棟（京都市）、2017 年 3 月 31 日〈国際〉
1. Yasushi Ishihama, High Resolution Shotgun Proteomics for Kinome Profiling,
44th international symposium on high performance liquid phase separations
and related techniques, Marriott San Francisco Marquis (San Francisco, CA,USA), 2016/06/22
2. Yasushi Ishihama, Slicing Proteomics to Unveil the Human Proteome, 21stInternational

Mass

Spec

Conference,

Metro

TorontoConvention

Centre (Toronto, ON, Canada), 2016/08/22
3. Yasushi Ishihama, Kinase-centric pharmacoproteomics for molecular-targeting7

drug discovery, HUPO2016, TICC(Taipei, Taiwan), 2016/09/21②

口頭講演（国内 6 件、国際 4 件）

〈国内〉
1. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、質量スペクトルはデータベース検索“グレーゾーン”
を明瞭化するか、第 64 回質量分析総合討論会、ホテル阪急エキスポパーク、2016 年 5
月 18-20 日
2. 河野信、荒木令江、プロテオームインフォマティクス＆システムズバイオロジー研究への招待、日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学、2016 年 7 月 28-29 日
3. 岡西 広樹，小林 大樹，荒木令江，増井良治，倉光 成紀, 生物に広く存在するアシル化
修飾の働き：アセチル化、プロピオニル化、スクシニル化日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学、2016 年 7 月 28-29 日
4. 松本雅記、中山敬一、iMAQT: 組換えタンパク質を利用したタンパク質絶対定量プラット
フォーム、日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学、2016 年 7 月 28-29 日
5. 奥田修二郎、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: リポジトリ、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 11 月 30 日-12 月 2 日
6. 河野信、生命システムを俯瞰するための質量分析情報解析技術とデータベースの活用、
第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 11 月 30 日-12 月 2 日〈国際〉
1. Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto,
Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C.
Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Yasushi
Ishihama, jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened, The 8th Asia
Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress, Sun Moon Lake,
22-23 September 2016
2. Norie Araki, Akiko Niibori-Nambu Silsirivanit A, Yoshimune Yamasaki,
Hirokazu Toubou, Hiroki Okanishi, Daiki Kobayashi, “A novel "glyco-niche"
signaling as a regulator of the maintenance and differentiation of cancer stem
cells was identified by integrated proteomics” The 8th Asia Oceania Human
Proteome Organization (AOHUPO) Congress, Sun Moon Lake, Taiwan, 22-23
September 2016
3. Atit Silsirivanit, Akiko Niibori-Nambu, Minako Nagai, Daiki Kobayashi,
Megumi

Nagayama,

Norie

Araki.

“O-GlcNAcylation

regulates

stemness-maintenance and differentiation of glioma stem cells” The 5thInternational Biochemistry and Molecular Biology Conference 2016 Songkhla,
Thailand, May 26-27, 20168

4. Norie Araki, Daiki Kobayashi, Akiko Niibori-Nambu, Hideo Nakamura,
Hirokazu Ihn, Jun-ichi Kuratsu, Identification of novel biological targets for
NF1-associated tumors by functional integrated-omics and systemsbiology.
International Session in The 75th Annual Meeting of the Japanese Cancer
Association, Yokohama Japan, 6-8, Oct. 2016,
ポスター発表 （国内 10 件、国際 14 件）

③

〈国内〉

1. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡邉由、山本格、松本雅記、高見知世、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、プロテオーム統合データベース
jPOST：再解析プロトコルの開発、日本プロテオーム学会 2016 年大会、北里大学、2016
年 7 月 28-29 日

2. Yuki Moriya, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Shin Kawano, Shujiro
Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami,
Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto and Yasushi
Ishihama, jPOST: repository and re-analysis protocol, 第 5 回生命医薬情報学連合
大会(IIBMP2016)、東京国際交流館、2016 年 9 月 29 日-10 月 1 日

3. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: 今こんな感じです、トーゴーの日シンポジ
ウム 2016、東京大学弥生講堂、2016 年 10 月 5-6 日

4. 奥田修二郎、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: リポジトリ始めました、トーゴーの日シンポ
ジウム 2016、東京大学弥生講堂、2016 年 10 月 5-6 日

5. 吉沢明康、田畑剛、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、山本格、松本雅記、高見知代、小林大樹、荒木令江、杉山直幸、五斗進、石濱泰、jPOST: 再解析考え中です、トーゴーの日シンポジウム 2016、東京大学弥生講堂、2016 年 10 月 5-6 日

6. 河野信、守屋勇樹、Tobias Ternent 、Juan Antonio Vizcaino、Eric Deutsch、プロテ
オームメタデータの RDF 化、トーゴーの日シンポジウム 2016、東京大学弥生講堂、2016
年 10 月 5-6 日

7. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: プロテオームデータベースプロジェクト、第39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 11 月 30 日-12 月 2 日

8. 奥田修二郎、守屋勇樹、河野信、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、
五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: リポジトリ、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 11 月 30 日-12 月 2 日

9. 吉沢明康、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: 再解析プロトコルの開発、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 11 月 30 日-12 月 2 日

910. 岡西 広樹，小林 大樹，荒木令江，増井良治，倉光 成紀、バクテリアにおける翻訳後修
飾アシル化プロテオミクス、第 39 回日本分子生物学会年会、パシフィコ横浜、2016 年 11
月 30 日-12 月 2 日〈国際〉

1. Yuki Moriya, Shin Kawano, Yu Watanabe, Shujiro Okuda, Tadashi
Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie
Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu
Goto, Yasushi Ishihama, “ jPOST: Current Status in 2016”, 15th Human
Proteome Organization World Congress, Taipei, 18-21 September 2016

2. Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi
Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie
Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu
Goto, Yasushi Ishihama, “jPOST: Repository Opened”, 15th Human
Proteome Organization World Congress, Taipei, 18-21 September 2016

3. Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano,
Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto,
Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Susumu
Goto, Yasushi Ishihama, “jPOST: Re-analysis Protocol”, 15th Human
Proteome Organization World Congress, Taipei, 18-21 September 2016

4. Shin Kawano, Yuki Moriya, Tobias Ternent, Juan Antonio Vizcaino, Eric
Deutsch, “Implementation of flexible search for proteomics metadata”, 15th
Human Proteome Organization World Congress, Taipei, 18-21 September
2016

5. Yoshimune Yamasaki, Akiko Nambu, Atit Silsirivanit, Daiki Kobayashi,
Akiyasu C. Yoshizawa, Shin Kawano, Norie Araki, “Analysis of the specificmolecular networks of cancer stem cells using a novel data integration tool
iPEACH”, 15th Human Proteome Organization World Congress, Taipei,
18-21 September 2016
6. Norie Araki, Akiko Niibori-Nambu Silsirivanit A, Yamasaki Y, Toubou H,
Okanishi H, Kobayashi D,Functional integrated proteomics identified"glyco-niches"signalingasaregulatorofthemaintenanceanddifferentiation of cancer stem cells. 15th Human Proteome Organization
World Congress, Taipei, 18-21 September 2016
7. Daiki Kobayashi, Takaho Tokuda, Sato Kyosuke, Megumi Nagayama, Mio
Hirayama,

Sumio Ohtsuki, Norie Araki Interactome analysis identified

the specific interaction of TCTP and EF1A2 in Neurofibromatosis type 1(NF1)-associated tumors 15th Human Proteome Organization World
Congress, Taipei, 18-21 September 201610

8. Hiroki Okanishi, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Kim K., Masui R.,
Kuramitsu, S. A novel post-translational modification: lysine propionylation
was identified in bacterial species. 15th Human Proteome Organization
World Congress, Taipei, 18-21 September 2016
9. Yuki Moriya, Shin Kawano, Yu Watanabe, Shujiro Okuda, Tadashi
Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie
Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu
Goto, Yasushi Ishihama, “jPOST for Asia and Oceania”: Current Status in
2016, The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO)
Congress, Sun Moon Lake, 22-23 September 201610. Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi
Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie
Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu
Goto, Yasushi Ishihama, “jPOST for Asia and Oceania: Repository Opened”,
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress,
Sun Moon Lake, 22-23 September 2016
11. Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano,
Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto,
Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Susumu
Goto, Yasushi Ishihama, “jPOST for Asia and Oceania: Re-analysis Protocol”,
The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress,
Sun Moon Lake, 22-23 September 201612. Yoshimune Yamasaki, Akiko Nambu, Atit Silsirivanit, Daiki Kobayashi,
Akiyasu C. Yoshizawa, Shin Kawano, Norie Araki , “A Novel Data
Integration Tool iPEACH Identified the Specific Molecular Networks ofCancer Stem Cells” The 8th Asia Oceania Human Proteome Organization(AOHUPO) Congress, Sun Moon Lake, 22-23 September 2016
13. Daiki Kobayashi, Takaho Tokuda, Sato Kyosuke, Megumi Nagayama, Mio
Hirayama,
novel

Sumio Ohtsuki, Norie Araki, Interactome analysis identified abindingmannerof

TCTP-translation

elongation

factorsin

Neurofibromatosis type 1 (NF1)-associated tumors. The 8th Asia Oceania
Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress, Sun Moon Lake, 22-23
September 2016
14. Hiroki Okanishi, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Kim K., Masui R.,
Kuramitsu,

S.

Lysinepropionylation

is

a

novel

post-translational

modification occurring on many bacterial proteins The 8th Asia Oceania
Human Proteome Organization (AOHUPO) Congress, Sun Moon Lake, 22-23
September 201611

（３－６） 知的財産権の出願なし（３－７） 受賞・報道等① 受賞

１． ＊日本プロテオーム学会賞、荒木令江、2016 年 7 月２９日②

新聞報道

1. 大学ジャーナル ONLINE、生体内全タンパク質の統合データベースを開発 世界初の横断検索システム始動 京都大学など、2016 年 5 月 10 日
2. 日経産業新聞、たんぱく質のデータベース 京大など日本版作成、2016 年 5 月 11日
3. 京都新聞、生態たんぱく質データベース化 京大など開発、一元管理へ、2016 年 5月 11 日4. 化学工業日報、日本発プロテオーム統合 DB リポジトリ公開アジア唯一の国際標準、2016 年 6 月 15 日③

その他の成果発表

1. プロテオーム統合データベースｊＰＯＳＴを開発～アジア・オセアニア唯一の国際標準データリポジトリをスタート～、2016 年 5 月 2 日（プレスリリース）§４．研究開発期間中に主催した活動（主催したワークショップ等）
年月日

名称

場所

参加
人数

概要

2016 年 4 月 15 日

チーム内ミーティング（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
共同研究打ち合わせ

ウェブ会議

10 人

Ghent 大学

5人

ウェブ会議

7人

九州大学

10 人

ウェブ会議

7人

ウェブ会議

7人

ウェブ会議

10 人

京都大学

10 人

東工大サテ
ライト
ウェブ会議

5人

研究進捗報告のための
ミーティング
英国 EBI との共同研究に関する打ち合わせProteomeXchange ミ
ーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
ProteomeXchange ミーティングProteomeXchange ミ
ーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
ProteomeXchange ミ

2016 年 4 月 17 日
2016 年 5 月 10 日
2016 年 5 月 23 日、24 日
2016 年 5 月 27 日
2016 年 6 月 23 日
2016 年 6 月 30 日
2016 年 7 月 8 日
2016 年 7 月 15 日
2016 年 7 月 20 日

12

7人

2016 年 7 月 27 日
2016 年 7 月 27 日

2016 年 7 月 28 日
2016 年 7 月 29 日
2016 年 7 月 29 日
2016 年 8 月 30 日
2016 年 9 月 8 日
2016 年 10 月 7 日
2016 年 10 月 7 日

2016 年 10 月 19 日
2016 年 11 月 4 日
2016 年 11 月 30 日

2016 年 12 月 15 日
2017 年 1 月 4 日、5日2017 年 1 月 17 日、
18 日
2017 年 2 月 16 日
2017 年 2 月 24 日

2017 年 2 月 25 日
2017 年 2 月 28 日
〜3 月 2 日
2017 年 3 月 14 日

（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
jPOST シンポジウム

北里大学

10 人

北里大学

40 人

Technological
Advances inProteomics
Post-Translational
Modifications
Informatics andSystems Biology
チーム内ミーティング（非公開）
共同研究打ち合わせ（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
質量分析データ解析のための計算化学

北里大学

100 人

北里大学

100 人

北里大学

50 人

ウェブ会議

5人

ウェブ会議

7人

JST サイエンスプラザ
JST サイエ
ンスプラザ

10 人

チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
生命システムを俯瞰するための質量分析
解析技術とデータベースの活用
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
質量分析研究に於ける情報処理の現在と今後チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング
（非公開）

ウェブ会議

3人

ウェブ会議

10 人

パシフィコ
横浜

150 人

ウェブ会議

10 人

京都大学

10 人

京都大学

10 人

ウェブ会議

10 人

JST サイエ
ンスプラザ

80 人

東工大サテ
ライト
新潟大学

5人
10 人

ウェブ会議

10 人

70 人

ーティング
研究進捗報告のための
ミーティングjPOST を中心としたオ
ミクス DB についてのシ
ンポジウム
日本プロテオーム学会
でのシンポジウム
日本プロテオーム学会
でのシンポジウム
日本プロテオーム学会
でのシンポジウム
研究進捗報告のための
ミーティング
ProteomeXchange ミ
ーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
質量インフォマティクス
研究会・第 1 回ワークシ
ョップ
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
分子生物学会でのシンポジウム研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
質量インフォマティクス
研究会・第 2 回ワークシ
ョップ
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング

以上
13

別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

研究開発課題名

正式名称

プロテオーム統合デー jPOST
タベースの構築別称Japan ProteOme
STandard
Repository/Database1

プロテオーム統合デー
タベースの構築
2

jPOSTre Japan ProteOmepo
STandard Repository

概要

URL

公開日

状態

分類

関連論文
（本紙論文リストに記載があれば、その番号でも本DBは、国内外に散在している種々のプ http://jpostdb.org/
ロテオーム情報を標準化・統合・一元管理
し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合データ
ベースです。リポジトリパート、再解析パー
ト、データベースパートからなり、2017年3月現在はリポジトリパートのみを先行させて公開しています。

2015/8/24

維持・発展

データ
ベース等

ユーザによる質量分析の生データ、ピーク https://repository.jpost
リスト、解析データを登録するためのリポ db.org/
ジトリ。ProtemoeXchange (PX)
Consortiumに加盟し、登録ユーザが論文投稿する際に必要となるPX IDを発行する。

2016/5/2

維持・発展

データ 原著論文1
ベース等