QX200™ Droplet Reader および
QX Manager ソフトウェア
Standard Edition
取扱説明書
Verson 1.0

QX200™ Droplet Reader および
QX Manager ソフトウェア
Standard Edition
取扱説明書
第 1.0 版
カ タ ロ グ 番 号 1864001JA, 1864001J1, 1864001J2, 1864001J3, 1864003JA, 1864003JB,
1864100JA, 1864100J1, 1864100J2, 1864100J3,

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目次
第1章

安全規格と規制の遵守.................................................................................................... 9

規制要求事項の遵守 ............................................................................................................... 9
安全警告表示 ........................................................................................................................... 10
安全な使用のための要件 ......................................................................................................... 11
危険性 ...................................................................................................................................... 12
バイオハザード .................................................................................................................... 12
ケミカルハザード ................................................................................................................ 14
爆発または燃焼の危険性...................................................................................................... 14
電気的危険 ........................................................................................................................... 14
輸送 .......................................................................................................................................... 15
保証 .......................................................................................................................................... 15
第2章

Droplet Digital PCR 概論 ............................................................................................ 17

ddPCR のワークフロー ........................................................................................................... 18
QX200 Droplet Digital PCR システム ...................................................................................... 19
詳細に関して ........................................................................................................................... 19
第3章

QX200 Droplet Reader について ................................................................................ 21

梱包されている製品および追加が必要な製品 ......................................................................... 22仕様 .......................................................................................................................................... 23
QX200 Droplet Reader 用プレートの組み立て方 ................................................................... 24
機器の接続と起動 .................................................................................................................... 25
ステータスインジケータ・ライト ....................................................................................... 25
プレートホルダを装置にセットする ....................................................................................... 27
第4章

QX Manager Standard Edition について ................................................................... 29

第5章

QX Manager の利用の開始 .......................................................................................... 31

ソフトウェアにサインインする .............................................................................................. 31
ユーザー権限を見る ............................................................................................................. 32
個人の設定を管理する ......................................................................................................... 35
サインアウトまたはユーザーの変更 ................................................................................... 36
Instrument Status バー............................................................................................................. 37
機能ウィンドウ ........................................................................................................................ 38
適合するファイルの種類 ......................................................................................................... 39
第6章

Run の実行 ................................................................................................................... 41

取扱説明書 | iii

目次

プレートをセットする ............................................................................................................. 41
Plate Configuration ウィンドウ ............................................................................................... 42
Plate Information タブ .......................................................................................................... 42
プレートの設定 .................................................................................................................... 43
Well Selection タブ .............................................................................................................. 45
プレートレイアウトでのウェル選択 ................................................................................... 45
Well Information タブ ........................................................................................................... 47
ウェル情報の決定または編集 .............................................................................................. 47
Run を開始する .................................................................................................................... 50
Run 前の確認チェックリスト .............................................................................................. 51
Run 実行中 ............................................................................................................................... 54
Run のステータス確認 ......................................................................................................... 55
ライブ解析の使用 ................................................................................................................ 56
Run のキャンセル ................................................................................................................ 58
第7章

プレートテンプレートの作成または編集 .................................................................... 59

Plate Editor ウィンドウ ........................................................................................................... 60
Plate Editor ツール ............................................................................................................... 61
新しいプレートテンプレートを開く ....................................................................................... 62
既存のプレートテンプレートを開く ....................................................................................... 63
テンプレートのセットアップ-

使用するウェルの設定 ..................................................... 64

実験の種類 ........................................................................................................................... 67
サンプルの記述 .................................................................................................................... 68
サンプルの種類 .................................................................................................................... 69
スーパーミックス ................................................................................................................ 69
アッセイの種類と蛍光色素 .................................................................................................. 70
テンプレートのセットアップ- ウェルを含めるまたは除外する ......................................... 72
第8章

Data Analysis モジュールの概要 ................................................................................ 75

解析のためのデータファイルを開く ....................................................................................... 76
データファイルの保存 ............................................................................................................. 78
Analysis Dashboard ................................................................................................................. 79
ダッシュボードの表示を変更する ....................................................................................... 80
ダッシュボードのオプション .............................................................................................. 81
Plate View ウィンドウ ............................................................................................................. 83
Plate Editor – 解析ビュー .................................................................................................... 83
Plate View ............................................................................................................................ 84

iv | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

目次

2D Plate View ....................................................................................................................... 85
データウィンドウ .................................................................................................................... 86
Data Table タブ .................................................................................................................... 86
Plate Well Data Table ........................................................................................................... 93
Analysis Well Data テーブル ................................................................................................ 95
解析ウィンドウ ........................................................................................................................ 97
解析画面とアウトプットのオプション ................................................................................... 98
共通オプション .................................................................................................................... 98
グラフの拡大または縮小.................................................................................................... 101
グラフ表示を設定する ....................................................................................................... 102
グラフスケールのオプションを選択する .......................................................................... 103
グラフのメニューオプションを使用する .......................................................................... 106
表のメニューオプションを使用する ................................................................................. 108
Run およびロット情報の表示 ................................................................................................. 111
第9章

データ解析方法 .......................................................................................................... 113

Amplitude プロット解析のオプション ................................................................................... 113
1D amplitude .......................................................................................................................... 118
2D amplitude .......................................................................................................................... 123
確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション ...................................... 126
濃度 Concentration ............................................................................................................... 129
コピー数 Copy Number ........................................................................................................ 132
比率 Ratio.............................................................................................................................. 135
存在量比（%） Fractional Abundance ................................................................................. 137
イベント数 Event Counts ..................................................................................................... 139
連鎖解析 Linkage Analysis ................................................................................................ 140
第 10 章解析モジュールのレポート機能 ............................................................................... 143

レポートの要素 ...................................................................................................................... 143
解析レポートの作成 .............................................................................................................. 146
レポートテンプレートの作成 ................................................................................................ 147
第 11 章Gene Study モジュール ........................................................................................... 149

Gene Study のオプション ..................................................................................................... 150
Gene Study のセットアップ .................................................................................................. 152
データファイルの追加 ....................................................................................................... 154
データファイルの除外 ....................................................................................................... 154
解析のためのデータファイルの選択 ................................................................................. 155

取扱説明書 | v

目次

プレートビューの閲覧 ....................................................................................................... 155
Study Analysis 機能の使用 .................................................................................................... 157
Gene Study レポート............................................................................................................. 159
Gene Study レポートの作成 .............................................................................................. 160
付録 A 実験例 ......................................................................................................................... 161
マルチプレックスアッセイによる直接定量 .......................................................................... 162
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 162
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 163
トリプレックスアッセイによるコピー数多型 ....................................................................... 165
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 165
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 166
ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ ................................................................... 167
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 167
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 168
Advanced Classification Method による直接定量 ................................................................. 170
実験パラメータのセットアップ ......................................................................................... 170
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 171
付録 B

ユーザーの管理 ........................................................................................................... 173

ユーザーの追加 ...................................................................................................................... 174
ユーザー権限の追加または削除 ............................................................................................ 175
ユーザー設定の変更 .............................................................................................................. 177
ユーザーの削除 ...................................................................................................................... 177
付録 C

装置のメンテナンス.................................................................................................... 179

オイル関連のメンテナンス .................................................................................................... 179
Droplet オイルの交換 ......................................................................................................... 180
廃液のメンテナンス ........................................................................................................... 181
装置の洗浄またはプライミング ............................................................................................ 182
装置メンテナンス記録フォーム（Instrument Maintenance Form） ..................................... 183
付録 D

システムユーティリティ ............................................................................................ 185

System Settings タブ ............................................................................................................. 186
Preferred Location .............................................................................................................. 186
Shared Settings .................................................................................................................. 187
システムログファイル ........................................................................................................... 188
イベントログ ...................................................................................................................... 188
メンテナンスログ .............................................................................................................. 189

vi | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

目次

メンテナンスレポート ........................................................................................................... 190
データのアーカイブ保存 ....................................................................................................... 191
データの再処理 ...................................................................................................................... 192
システムキャリブレーション ................................................................................................ 193
付録 E

コンピューターの追加 ................................................................................................ 195

付録 F

トラブルシューティング ............................................................................................. 197

Event Log ............................................................................................................................... 197
装置のエラー ......................................................................................................................... 197
付録 G

Ordering Infromation ................................................................................................ 201

取扱説明書 | vii

目次viii | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

第1章

安全規格と規制の遵守

本項では、実験および電気機器のほか、化学物質および危険物質を用いる作業に適用される法的要求事項を挙げ、安全にご使用いただくための注意点および推奨事項についても説明します。

規制要求事項の遵守
本 QX200 Droplet Reader は、検査の結果、以下の安全規格および電磁両立性規格の適用される要求事項をすべて満たすことが認められています。
IEC 61010-1:2010（第 3 版）、EN61010-1:2010（第 3 版）
：計測、制御および実験室用電気
機器- 第 1 部：一般要求事項IEC 61010-2-081:2015、EN 61010-2-081:2015：計測、制御および実験室用電気機器- 第 2部-081：分析およびその他の目的の自動および半自動実験室用機器に対する個別要求事項

IEC 61010-2-101:2015（第 2 版）、計測、制御および実験室用電気機器の EMC 要求事項、体外診断（IVD）医療機器のための個別要求事項

IEC 61326-1:2012（クラス A）、EN 61326-1:2013（クラス A）：計測、制御および実験室用
電気機器の EMC 要求事項、第 1 部：一般要求事項

CAN/CSA 22.2 No 61010-1-04：計測、制御および実験室用電気機器の安全性、第 1 部：一
般要求事項



有害物質の使用制限（Restriction of hazardous substances：ROHS）に関する欧州連合（EU）
指令



欧州化学品庁（ECHA）による 2007 年 6 月 1 日付け化学物質の登録、評価、認可および制限（Registration, evaluation, authorization and restriction of chemicals：REACH）



電気・電子機器の廃棄（WEEE）に関する指令

本機器は検査の結果、FCC 規則パート 15 に従ってクラス A デジタル機器の制限を遵守していることが認められています。これらの制限は、商業環境で機器を操作したときに生じる電波障害
からの合理的な保護を目的として考案されています。
CE マークは、当該製品が適用 EN 指令の必須要求事項に適合していることを製造者が保証していることを示します。

取扱説明書 | 9

第1章

安全規格と規制の遵守

SA マークは、プロジェクトがカナダおよび米国の規格に照らして検査され、適用規格の要求事項に適合していたことを示すものです。
WEEE（電気・電子機器の廃棄）指令のマークは、エンドユーザーが当該製品の廃棄を希望する場合、リカバリーとリサイクルのための分別収集施設に送らなければ
ならないことを示します。

安全警告表示装置に貼付され、本書にも記載されている警告表示は、損傷や危害の原因となる事柄について警告するものです。それぞれの安全警告表示の定義を表 1 にまとめます。
表 1
マーク

安全警告表示の意味
意味
身体や機器への危険性に関する警告
本書を読まずに QX200 Droplet Reader システムを操作すると、人的傷害が発生するおそれがあります。安全に使用するため、本書に記載されていない方法
で本装置を操作しないでください。電気機器の安全な使用の経験を積んだ有
資格実験技師以外は本装置を操作しないでください。本システムのすべての構成部品は必ず乾いた清潔な手で慎重に取り扱ってください。
バイオハザード物質の取扱いに関する警告
バイオハザードサンプルの取扱いに際しては、推奨される注意事項およびガイドラインに従い、各実験室および現地のあらゆるガイドラインを遵守してください。

10 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition安全な使用のための要件
QX200 Droplet Reader システムの安全な操作のために、バイオ・ラッドは本項および p.179 の「装置のメンテナンス」に記載の指示を遵守されることを強く推奨します。
本装置は実験専用の装置であり、本来の用途以外で本装置を使用したり、バイオ・ラッドまたは弊社の正規代理店以外が本装置の変更を行ったりした結果として負傷や損害が発生しても、弊社は一切の責任を負いません。


本装置は訓練を積んだ経験者以外は使用できません。



本装置に付属の電源コードとともに、使用地域のコンセントに対応するプラグアダプターを使用してください。



装置は頑丈で安定した平面の上に設置し、電源コードと USB ポートを利用しやすいよう背面および両側に十分な間隔を空けてください。



本装置は無線周波数エネルギーを生成、利用し、放射する可能性もあるため、取扱説明書の指示に従って据え付け・使用しない場合は、無線通信を妨害するおそれがあります。住宅地
域で本システムを操作すると、電波障害を引き起こす可能性が高く、その場合、使用者は自費でこれを是正する必要があります。

注：停電に備えてバックアップ電源を用意しておくことが推奨されます。
弊社の QX200 Droplet Reader システムの安全な使用のための要件を表 2 にまとめます。クラス
A の FCC 規制を遵守するため、付属のシールド付きケーブルを使用してください。

表 2

安全な使用の条件

使用パラメータ

安全な使用の条件

定格入力電力

入力：100～240 V、50～60 Hz、1 A
電圧変動は外部電源の定格の+ 10%を超えないこと。
本装置に付属の電源コードのみを使用すること。
ヒューズ：10 A 250 V スローブロー

汚染度／環境2（屋内専用）

使用温度

18～30 ℃

相対湿度

最大 80 %（結露なし）

取扱説明書 | 11

第1章

安全規格と規制の遵守

使用パラメータ

安全な使用の条件

高度

海抜 0～2,000 m（0～6,560 フィート）

据付けカテゴリー

II（標準的な AC コンセントに外部電源プラグを差し込む）

通気条件

適正な通気のために以下の空間を設けること。

装置の左右に各 12 cm（5 インチ）

背部に 25 cm（10 インチ）
本装置を据え付ける実験台やテーブルの要件
幅 193 cm x 奥行き 76 cm（76”x 30”）の大きさの実験台 1 台で、許容積載重量が 114 kg （250 ポンド）超のもの
重要：複数の台にまたがって装置を据え付けないこと。
各軸につき傾き約 1°以内の水平面86cm - 102cm (34" - 40"); 実際の高さは、装置の人間工学的操作のためにユーザーの裁量で決定されます。

据付け台の要件

危険性
QX200 Droplet Reader システムは製造者の指示する方法で使用すれば、安全に操作できるように設計されています。本装置または関連部品のいずれかでも製造者の指示に従わずに使用された場合には、装置の持つ本来の保護機能が損なわれるおそれがあります。
指示に従わずに本装置を使用したり、バイオ・ラッドまたは弊社の正規代理店以外が本装置の変更を行ったりした結果として負傷や損害が発生しても、バイオ・ラッドは一切の責任を負いません。訓練を積んだ弊社職員以外は、QX200 Droplet Reader システムの保守点検を行うことはできません。

バイオハザード
QX200 Droplet Reader システムは実験室用製品ですが、バイオハザードサンプルが存在する場
合は、以下のガイドラインに従うとともに、各実験室および現地のあらゆるガイドラインを遵守してください。
注：本装置の通常の操作ではバイオハザード物質は使用されません。

12 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

危険性

一般的注意


必ず実験用コート、手袋およびサイドシールド付き安全眼鏡かゴーグルを装着します。



手で口や鼻、眼に触れないでください。



感染の危険性のある物質を取り扱う場合は、切り傷やすり傷があれば事前に完全に保護してください。



感染の危険性のある物質を取り扱った場合は、退室する前に石鹸と水で十分に手洗いして
ください。



感染性物質や感染の危険性のある物質はすべて、破損や漏れが生じない容器に保管します。



実験室から出る際は、保護用の着衣を脱いでから退室します。



メモを取る、電話に出る、電灯をつけるなど、ほかの人間が手袋をはめずに触れる物に手袋をはめた手で触らないでください。



手袋は頻繁に交換し、コンタミネーションが目視で認められた場合は直ちにはずしてください。



適正にデコンタミネーションできない物質は感染の危険性のある物質に曝露させないでください。

バイオハザード物質を用いて操作を行った場合は、適切な消毒剤（家庭用漂白剤の 1：10 希
釈液など）を用いて作業場を消毒してください。

表面のデコンタミネーション
警告！感電防止のため、デコンタミネーションを始める前に必ず装置の電源を切り、電源プラグを抜いてください。

重要：研磨剤や腐食性の洗剤、強アルカリ液は使用しないでください。これらの薬剤は表面を傷つけ、システムを破損させるおそれがあります。
下記の部分は漂白剤の 10 %溶液でクリーニングすることができます。


外面およびシャーシ

内部のプレートホルダ

ドロップレット作製、サーマルサイクリングおよびドロップレット読み取り表面

消毒剤の調製と使用については本製品の製造者の指示に従ってください。表面クリーニングの詳しい説明は付録 C「装置のメンテナンス」に記載されています。他の洗浄剤の使用については
バイオ・ラッドテクニカルサポートにお問い合わせください。
重要：フロントドアが開いた状態でハンドラーの Y 軸レールをクリーニングしないでください。
この表面は潤滑処理されており、潤滑剤が除去されると、不具合が発生します。

取扱説明書 | 13

第1章

安全規格と規制の遵守

バイオハザード物質の廃棄
以下のコンタミネーションの可能性のある物質は、各施設、地域および国内の規制に従い廃棄してください。


臨床サンプル

試薬

使用後の反応用器具など、コンタミネーションが疑われる消耗品

ケミカルハザード
QX200 Droplet Reader システムには危険性のある化学物質は含まれません。

爆発または燃焼の危険性
QX200 Droplet Reader システムはバイオ・ラッドの指示に従い正しく使用された場合、燃焼や爆発に関連する危険性はありません。

電気的危険
QX200 Droplet Reader システムは、物理的改造を加えることなく正しく設置、操作され、適正な規格の電源に接続されている場合、操作者に電気的な危険が及ぶことはありません。

14 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

輸送

デコミッショニングと廃棄
QX200 Droplet Reader システムには、電気・電子機器の廃棄に関する EU 指令（WEEE 指令）
に従い、未選別廃棄物として処分すべき電気資材と分別収集の必要な電気資材が含まれます。デ
コミッショニングの目的は、本装置が電気的および環境的に安全に廃棄できるようにすることです。廃棄される場合は、各国での必要な手続きについてお近くの弊社担当者にお問い合わせください。

輸送
QX200 Droplet Reader システムの移動や輸送の前にはデコンタミネーションを実施してください。損傷を防止するため、本装置の移動や輸送には必ず付属の包装資材を使用してください。適当な箱が見当たらない場合は、お近くの弊社営業所にご連絡ください。

保証
QX200 Droplet Reader システムとその付属品には弊社の標準的な保証が適用されます。詳細な保証内容につきましては、お近くの弊社営業所にお問い合わせください。
未承認のスーパーミックスの使用は装置に損害を与えるおそれがあり、これは保証の対象になりません。また、本装置の改造は安全性を損なう可能性があるため、保証および安全性証明は適用されません。

取扱説明書 | 15

第1章

安全規格と規制の遵守

16 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

保証

第2章

Droplet Digital PCR 概論

Droplet Digital PCR ポリメラーゼ連鎖反応（ddPCR）は水・油エマルジョンドロップレット技術に基づくデジタル PCR 法です。ddPCR ではマイクロ流体工学と特許技術の界面活性剤を組み合わせ、各サンプルを油中水ドロップレットに分割します。この技術は、最も標準的な TaqMan
プローブアッセイと同様の試薬とワークフローを使用し、明確な体積の離散油中水ドロップレットに封入された核酸分子数を計測することによって、核酸のターゲット配列を絶対定量します。
ddPCR は以下の領域においてきわめて有効です。
絶対定量- ddPCR は検量線を必要とせずにインプットサンプルごとにターゲット DNA コ
ピーの濃度を求められるため、ターゲット DNA の測定、ウイルス量解析および微生物の定量に理想的な方法です。



遺伝子コピー数多型（CNV）などのゲノム変化- CNV は表現型多様性、複雑な行動特性および疾患の原因である dosage-sensitive gene（量感受性遺伝子）の不足または過多を引き起こします。ddPCR は遺伝子コピー数の 1.2 倍の差を測定することができます。



レアシーケンスの検出- 野生型の背景に少数の癌細胞が存在するような難しいサンプルでは単一遺伝子を増幅する必要があります。ddPCR はまれな突然変異やシーケンスも検出できる感度を備えています。



遺伝子発現およびマイクロ RNA（miRNA）解析- ddPCR は特に低含量 miRNA の発現レベルを単独で高い精度と感度により絶対定量することができます。

次世代シーケンシング（NGS）- ddPCR はシーケンシングの精確さを高め、Run の繰り返
しを減らすために、NGS サンプルライブラリーを定量することができます。絶対定量により単一ヌクレオチド多型やコピー数多型などのシーケンシングの結果を検証します。



単一細胞分析- 均一な有糸分裂終了細胞、前駆細胞および幹細胞集団における遺伝子発現
およびゲノム内容の高度（10～100 倍）の細胞間変動には単一細胞の分析が必要です。
ddPCR は低コピー数の定量が可能です。



ゲノム編集の検出- ddPCR は、CRISPRCas9 などのゲノム編集ツールによって作製された HDR（相同組換え修復）および NHEJ（非相同末端結合）を高精度で迅速かつ費用対効果のある評価を行うことができます。

取扱説明書 | 17

第2章

Droplet Digital PCR 概論

ddPCR には核酸の定量に関して下記のメリットがあります。


超高精度- ddPCR による多数のサンプル分割によって、サンプル間でのターゲット DNA
配列のわずかな差も高精度で測定することが可能です。



S/N 比の向上- サンプル分割することで高コピーのテンプレートとバックグランドが希釈され、ターゲットポジティブドロップレットのテンプレート濃度を効果的に高めます。これ
により、レアなターゲットを高感度で検出でき、±10 %の精度で定量が可能です。



PCR 効率バイアスの除去- qPCR の増幅効率依存を除去することにより、エラー率が低減
し、ターゲットを正確に定量することができます。



定量の簡略化-

絶対定量に検量線の必要がありません。

ddPCR のワークフロー
ddPCR は下記のワークフローに従って行われます。
DNA または RNA とプライマー、プローブ色素および Bio-Rad ddPCR スーパーミックスを組み合わせ、PCR 用のサンプルを調製します。



ドロップレットジェネレーターによって、サンプルはナノリットルサイズの均一なドロップレット約 2 万個に分割され、この分割処理によってターゲットおよびバックグランドのDNA がドロップレットにランダムに分配されます。



サーマルサイクラーにより、ドロップレットごとに核酸ターゲットの PCR 増幅を実施します。



ドロップレットリーダーで各ドロップレットを読み取り、元のサンプルのポジティブドロ
ップレットの割合を求めます。ターゲット DNA 分子のコピーを 1 個でも含むポジティブド
ロップレットは、ネガティブドロップレットに比べて高い蛍光強度を示します。

18 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

QX200 Droplet Digital PCR システム

QX200 Droplet Digital PCR システム
QX200 Droplet Digital PCR システムの一環として、バイオ・ラッドは以下の装置を提供しています。


ドロップレット作成を行う QX200 Droplet Generator システムまた Automated Droplet
Generator システム

PCR 反応後のドロップレットから蛍光を検出する QX200 Droplet Reader システム
QX200 Droplet Generator

Automated Droplet Generator

QX200 Droplet Reader

重要：QX200 Droplet Reader は PCR 後の Droplet 読み取り機能のみを実行します。Droplet
Digital PCR の全工程を実行するには Droplet Generator と PCR サーマルサイクラーが必要となります。PCR サーマルサイクラーを含む追加の装置、関連するアクセサリや消耗品はバイオ・ラッドから推奨製品が提供されています。詳細については、付録 G「Ordering Information」を参照してください。

詳細に関してHelp タブをクリックし、Bio-Rad Website のリンクをクリックすると、テクニカルノート、マニュアル、ビデオ、製品情報およびテクニカルサポートのリンクにアクセすることができます。ウェブサイトには PCR、ドロップレットデジタル PCR および遺伝子発現に関連する様々な方法と応用に関する技術的な情報や資料も数多く掲載されています。

取扱説明書 | 19

第2章

Droplet Digital PCR 概論

20 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

詳細に関して第3章

QX200 Droplet Reader について

Droplet 生成および PCR サーマルサイクリングプロセスの後、QX200 Droplet Reader システムはドロップレットが発する蛍光を解析用のバイナリデータを収集します。


各サンプルの Droplet を分離し単一化する



単一化させた Droplet に一定の流速を与え、単一の細い流路内にて 2 色の波長を照射し、検出器がどの液滴に 1 つ以上の標的分子が含まれているか（ポジティブな読み取り）、含まれていないか（ネガティブな読み取り）を蛍光検出する

この章に記載のある手順に従い、正しいプレートの設定、装置の接続、装置の起動、プレートの挿入を行ってください。説明には部品の詳細や仕様に関する情報も含まれています。

解説
1

Lid の開閉ボタン

2

ステータスインジケータ・ライト ( 詳細については「ステータスインジケータ・ライ
ト (25 ページ )」を参照 )3

本体背面部にある電源と USB コンセント

4

オイルと廃液ボトル ( 詳細については「オイルのメンテナンス （179 ページ）」を参
照)

取扱説明書 | 21

第3章

QX200 Droplet Reader について梱包されている製品および追加が必要な製品
このセクションでは、ご購入時のドロップレットリーダーに含まれる製品、別途必要となるコン
ポーネントや消耗品を解説します。Droplet Digital PCR の全工程に必要となる製品情報について
は、付録 G「Ordering Information」を参照してください。
表 3 に QX200 Droplet Reader システムに同梱されている構成品を解説します。
表 3

QX200 Droplet Reader 構成品

構成品

説明

カタログ番号

QX200 Droplet Reader 本体

Droplet Reader 装置本体、QX200 ddPCRシステムの一部

1864003

USB ケーブルと電源コード

解析用パソコンと Droplet Reader を接続
する USB ケーブルと Droplet Reader 本体に電源を供給するための電源コード

お問い合わせDroplet Reader プレート
ホルダ (2)

注：ケーブルや電源コードを入手するには、
Bio-Rad テクニカルサポートにお問い合わせください
96 ウェルプレートを Droplet Reader 本体に 12006834
固定するための専用プレートホルダ

QX200 Droplet Reader での Run を確実にし、結果を分析するために必要なものがすべて揃っていることを確認するために、表 4 の別途購入できる追加コンポーネントとアクセサリをご参照ください。
表 4

その他のアクセサリと消耗品（他社製品含む）

構成品

説明

カタログ番号

解析用 PC

QX200 Droplet Reader に接続して、本体の操作とデータ解析を行います。

17006483JA

QX Manager SoftwareStandard Edition

QX200 Droplet Reader 対応のソフトウェ
ア12010213

ddPCR Plates 96well

Droplet が壊れないよう特殊なコーティング 12001925が施された ddPCR 用 96 well plate

Rainin ピペット

20μl, サンプルローディング用
50μl, Droplet 操作用
8 連マルチチャンネル、200μl

22 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

L-20, L8-20
L-50, L8-50
L8-200仕様

表 4

その他のアクセサリと消耗品（他社製品含む）の続き

構成品

説明

カタログ番号

Rainin ピペットチップ

Rainin のフィルター付きピペットチップ

GP-L10F
GP-L200F

プレートシーラーホイルヒ
ートシール
プレートシーラーddPCR 用 ホイルヒートシール (100 枚)

1814040

PX1 PCR Plate Sealer

1814000

Droplet Reader Oil

Droplet Reader オイル（2 x 1 L）

1863004

注：使用済みの空オイルボトルはオイルの廃液ボトルとして再利用ください。

仕様
このセクションでは装置のサイズと重量に関する情報を記載しています。環境および安全な使用に関する情報は 11 ページの「安全な使用のための要件」をご確認ください。

表 5

QX200 Droplet Reader の仕様

項目

仕様

重量

26 kg（56.6 lbs）

サイズ（W x D x H）

660 x 521 x 292 cm（26 x 20.5 x 11.5”）

取扱説明書 | 23

第3章

QX200 Droplet Reader について

QX200 Droplet Reader 用プレートの組み立て方
QX200 Droplet Reader は ddPCR 専用 96 ウェルプレートに対応しており、このプレートはプ
レートホルダにしっかり収まる設計になっています。QX200 Droplet Reader プレートは、下記
3 つの独立したコンポーネントで構成されます。


プレートを固定するためのベース



ddPCR 専用 96 ウェルプレート本体



プレートを固定するための上蓋プレートホルダの上蓋

ddPCR 専用 96 ウェルプレート

プレートホルダのベース

プレートの組み立て方

1.

ベース部分にプレートをセットします。

2.

上部のリリースタブを上げます。

3.

上蓋をプレートの上に置き、リリースタブを下げてプレートをホルダに固定します。

リリースタブを下げ、プレー
トを押さえつける24 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

機器の接続と起動機器の接続と起動
QX200 Droplet Reader で Run を実行するには、QX Manager ソフトウェアがインストールされ、設定が完了しているラップトップまたはデスクトップコンピュータに装置を接続する必要があります。
Tip： QX200 Droplet Reader に接続した制御用 PC とは別に、QX Manager がインストールされた解析専用の PC を、少なくとも 1 台ご用意いただくことをお勧めいたします。QX200
Droplet Reader 用に購入できる追加アイテムについては、22 ページの「その他のアクセサリと消耗品」を参照してください。

コンピュータと機器を接続するには

1.

QX200 Droplet Reader の構成品にある USB ケーブルを QX200 Droplet Reader 背面の USB
ポートに接続し、反対側をデスクトップまたはラップトップコンピュータに接続します。

2.

QX200 Droplet Reader の電源スイッチをオンにします。
パワーインジケーターライトが緑色に点灯し、電源が入ったことを示します。

3.

コンピュータの電源を入れ、接続されたコンピュータにログインし、QX Manager を開いてサインインします。詳細については、31 ページの「ソフトウェアへのサインイン」を参照
してください。
注：ユーザーはコンピュータとソフトウェアに同じ安全な Windows アカウントでサインインする必要があります。
ソフトウェアが接続された装置を認識すると、QX Manager は Add Plate（プレートの追加）
ウィンドウを表示します。
注：ソフトウェアが装置の接続を認識しない場合は、データ分析（Data Analysis）ウィン
ドウが表示されます。

ステータスインジケータ・ライト
このセクションでは QX200 Droplet Reader の前面に表示されるインジケータ・ライトについて解説します。

取扱説明書 | 25

第3章

QX200 Droplet Reader についてRun を開始する前に、インジケータ・ライトをチェックして、装置が測定可能である事を確認
してください。インジケータ・ライトのついては、下記の表 6 を参照してください。
表 6

Droplet Reader のステータスインジケータ・ライト

インジケータ

緑色に点灯

電源オン

ボトル内容量 OK
注(1)

プレートホルダがセ Run の完了
ット

緑色に点滅

---

 オイル＜30%---

Run の実行中---

Run 中のエラー

 廃液＞70%
注(2)
黄色に点滅

---

 オイル＜10%
 廃液＞90%
注(3)

消灯

電源オフ

---

プレートホルダがセ アイドル状態ット

注意事項(1) ボトルインジケータ・ライトが緑で点灯している場合、ボトル内には 96 ウェルを実行するだけの十分なオイル容量があります。 QX Manager で 96 プレート全てのウェルを設定し、Run を開始することができます。
(2) ボトルインジケータ・ライトが緑色に点滅している場合、ボトル内には 96 未満のウェルを実行する場合であれば、Run を開始することも可能なオイルがあることを示しています。例えば、24 ウェルであれば、必要なオイル量はわずか 19%です。オイルレベルが許容量よりも多くのウェルをプレートに設定した場合、または適切な数のウェルを除外しなかった場合、ソフト
ウェアは Run 開始ボタンを有効にしません。
(3) Run を開始する前にオイルを追加し、廃液ボトルを交換する必要があります。

26 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートホルダを装置にセットする

プレートホルダを装置にセットする
QX200 Droplet Reader にプレートホルダをセットするには
1.

緑色のふたの上にあるボタンを押して、Droplet Reader を開けます。

このボタンを押して蓋を開閉します2.

組み立てたプレートホルダを Droplet Reader にロードします。必ず、PCR プレートのウェ
ル A1 が左上の位置にくるようにしてください。

重要：プレートホルダのタブがしっかりと固定され、プレートが平らになっていることを確認してください。平らになっていない場合、サンプリングニードルがプレートホルダの蓋に当たって装置を損傷する可能性があります。

3.

もう一度ボタンを押すと蓋が閉まります。

QX Manager でプレートを追加して Run を開始する方法については、41 ページの「Run 実行」を参照してください。

取扱説明書 | 27

第3章

QX200 Droplet Reader について

28 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートホルダを装置にセットする

第4章

QX Manager Standard Edition について

QX200 Droplet Reader に接続された QX Manager は、サンプルのアッセイ設定の作成、Run、分析に必要なすべての機能を提供します。
本装置と QX Manager の使用により下記の操作が可能です。


プレート Run のためのカスタマイズされたリアルタイム ddPCR 実験のセットアップ

ドロップレットの読み取り中にライブ解析機能を使用



解析モジュールを用いて様々な図表でのデータ解析



カラーキャリブレーションデータの更新によるデータ再処理

プレートとレポートテンプレートを作成して保存し、データレポートを作成

システムおよび実験の監査ログを表示



ファイルの再処理後、新旧データ値に関する監査ログレポートを作成

Tips：QX Manager が待機状態の後にスタンバイモードに移行する場合は、ロックアウト画面のどこかをタップまたはクリックしてソフトウェアに再度ログインし、最後に表示していたアクティブウィンドウをもう一度表示してください。

取扱説明書 | 29

第4章

QX Manager Standard Edition について

以下の図は機能エリアを示しています。

解説
1ステータスバーには装置とユーザーに関する情報が表示されます。特定の機能についての詳細は、37 ページの「計器のステータスバー」を参照してください。

2

タブを選択することによって主な機能ウィンドウが利用できます。

3

選択したタブの詳細がメイン領域に表示されます。

30 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアにサインインする

第5章

QX Manager の利用の開始

本章では以下の項目について説明します。


ソフトウェアへのサインインまたはユーザーの変更の手順



割り当てられているユーザー権限の情報と個人設定の変更の手順



機能ウィンドウの詳細



装置のタッチスクリーンコンピューターとスタンドアロンコンピューターにインストール
されるソフトウェアの違い

お使いのソフトウェアのエディションに適合するファイルの種類

Tips：ほとんどの手順の説明に「タップまたはクリックします」という表現が使われています。
Windows 10 ラップトップのタッチスクリーンであればボタンやタブ、フィールドをタップすることができます。キーボードやマウスを使用している場合はクリックしてください。

ソフトウェアにサインインするシステム管理者がソフトウェアのユーザーと権限を設定し、これらの情報をユーザーに伝えます。
重要：Regulatory Edition では、ソフトウェアが監査可能なアクションを実行する前に再度サインインを促します。
サインインする。
1.

ソフトウェアを開くには、デスクトップ上のソフトウェアアイコンをダブルクリックします。

取扱説明書 | 31

第5章

QX Manager の利用の開始

Sign in ダイアログボックスが開きます。

2.

ユーザー名を入力します。

3.

Sign in to:のラベルに正しいドメイン名が表示されている場合は、ユーザー名のみを入力します。ラベルがブランクのままか、別のドメインが表示されている場合は、ドメイン名＼ユーザー名として入力します。
注：図に示すドメイン名やコンピュータ名は一例であり、ドメイン名がわからない場合は、システム管理者に問い合わせてください。

4.

パスワードを入力したら、Sign in をタップまたはクリックします。
初めて使用するときは、エンドユーザーライセンス同意書（EULA）に同意する必要があります。

5.

Show EULA on sign in チェックボックスのチェックを外してから、I Agree をタップまたはクリックします。
注：I Disagree をタップまたはクリックすると、アプリケーションは直ちに終了します。また、チェックボックスを選択したままにしておくと、アプリケーションにログインするたびに EULA の同意が必要になります。
EULA に同意すると、ダイアログボックスが閉じてアプリケーションが開き、Instrument
Status バーにユーザー名が表示されます。
QX200 Droplet Reader に接続している場合は、Add Plate ウィンドウが開きます。
スタンドアロンコンピューターでソフトウェアを開いている場合は、Data Analysis ウィン
ドウが開きます。

ユーザー権限を見る
User Setup and Preferences ウィンドウでは、使用者に割り当てられているユーザー権限が緑色のチェックマークで表示されます。
User Setup and Preferences タブを選択します。

32 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアにサインインする

割り当てられている権限はいつでも見ることができますが、使用者が Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）の権限を割り当てられていない限り、画面のチェックボックスは有効になりません。

注：Add/Manage Users 権限を割り当てられているユーザーは新たなユーザーを追加し、すべてのユーザーの権限と設定を変更することもできます。ユーザーアカウントから Add/Manage
Users 権限を削除できるのはスーパーユーザーのみです。

取扱説明書 | 33

第5章

QX Manager の利用の開始

表 7 に示すユーザー権限は自由に組み合わせて割り当てることができます。
表 7

ユーザー権限権限

目的

Add/Manage users（ユーザーの追加／管理）

ユーザーを追加または削除し、権限を割り当て、設定を変更する。

Create new templates（新規テンプレートの作成）

プレートまたは解析レポートのデザインをテンプレートとして保存する。

View data files (createdby other users)（他のユーザーが作成したデータファイルを見る）

別のユーザーが作成したファイルを見る。

Overwrite existing data
file name（既存のデータファイル名を上書きする）

Save または Save As の機能を使用する。

注：スーパーユーザーのみ他のユーザーからこの権限を削除できます。

Save を選択すると、ファイル名が変わることなく元のファイルの内容がユーザーによって行われたすべての変更に置き換えられます。

Save As を選択すると、ユーザーは既存または新しい内容を新しいファイル名で保存できます。

変更 の有 無 に関 係な く、.qlp ま た は.ddpcr.qlp フ ァイル は自 動的に.ddpcr ファイルに保存されます。
注：この権限のないユーザーはファイルを開いて、解析を実施することはできますが、変更を保存することはできません。
System settings（システムの設定）

ログを閲覧し、設定または共有データファイルおよびテンプレートの保存場所を見て、変更する。
注：ファイルの保存場所はすべてのユーザーが見ることができます。
重要：システム管理者は System Settings（システム設定）で優先保存場所を設定でき、これは個人のユーザー設定に優先されます。

Maintenance（メンテナンス）

ソフトウェアアップデートを実行する。
イベントログを表示する。
注：メンテナンスログおよびメンテナンスレポートはすべてのユーザ
ーが閲覧することができます。

Data archive（データのアーカイブ保存）装置での Run に必要なディスクの空き容量を増やすため、タッチスク
リーンコンピューターから生データを移動する

34 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアにサインインする

個人の設定を管理する
個人のユーザー設定を変更するには User Setup and Preferences ウィンドウを使用します。

ユーザー設定の欄にはデフォルトのフォルダの場所が表示されますが、ユーザー個人のテンプ
レートとデータファイルの保存場所は変更することができます。また、ユーザー個人のすべてのデータファイルとテンプレートを他のユーザーに非公開にしておくこともできます。ファイルやテンプレートを保存するたびに、個人用フォルダと共有フォルダのいずれかを選択するよう指示されます。
重要：システム管理者が System Settings で Preferred Locations（優先保存場所）を有効にしている場合は、User Preferences のデータファイルフォルダの場所は無効になり、データファイル
はすべて優先ファイルパスに保存されます。ただし、テンプレートの保存場所はユーザーが選択できます。
ユーザー設定を変更するには、
1.

User Setup and Preferences タブをタップまたはクリックします。

2.

以下の設定を変更します。


ユーザー個人のデータファイルとテンプレート用に別のファイルパスを入力します。

チェックボックスを選択または解除し、ユーザー個人のデータファイルとテンプレー
トのプライバシー設定を変更します。
注：管理者が System Settings で優先保存場所をすでに設定している場合には、パスおよびチェックボックスは機能しません。



別のシステムタイムアウト時間を入力します。

Run Status ウィンドウに表示される終了プレートの総数として 100 以内の数字に変更
できます。



Acquire all Wells By Default（デフォルトですべてのウェルを取得）チェックボックス
を選択します。
注：チェックボックスを選択しない場合、デフォルトのプレートエディタ表示は、ドロップレット読み取りから除外されたすべてのウェルとなり、各ドロップレット読み取
り実行のために手動でウェルを選択する必要があります。

取扱説明書 | 35

第5章

QX Manager の利用の開始

3.

Save をタップまたはクリックします。

4.

確認メッセージが表示されたら、Yes をタップまたはクリックして変更を保存し、OK をタップまたはクリックします。

サインアウトまたはユーザーの変更
ソフトウェアの実行中はサインアウトが可能であり、別のユーザーがサインインすることもできます。
注：画面がロックされていて、最初のユーザーが変更を保存していない場合には、画面に指示が現れます。サインアウトの処理を完了する前に、次のユーザーは変更を保存するか破棄するかを選択します。
サインアウトするには、
1.

右上のユーザー名のリンクをタップまたはクリックし、Sign Out を選択します。

2.

確認するために Yes をタップまたはクリックします。
未保存の変更がある場合、画面に指示が表示されます。


変更を破棄して先に進む場合は Yes をタップまたはクリックします。



サインアウトを中止する場合は No をタップまたはクリックし、変更を保存してから、
手順 1 と 2 をやり直します。

ユーザーを変更するには、
1.

ロックアウト画面のどこかをタップまたはクリックし、Sign in ウィンドウを開きます。

2.

ユーザー名を入力します。
ユーザーログインフィールドの下にドメイン名が表示されます。前のユーザーと同じドメインの場合はユーザー名のみを入力します。



別のドメインを指定する場合は、ドメイン名に続いてバックスラッシュとユーザー名を入力します。
<domain name>\<user name> *（例：global\john_smith）

3.

パスワードを入力し、Sign in をタップまたはクリックします。

36 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Instrument Status バー

Instrument Status バー
別のモジュールで表示される解析画面を除き、すべてのウィンドウの上部に装置の状態を示す
ステータスバーが表示されます。
コンピュータが QX200 Droplet Reader に接続されている場合、ステータスバーには以下の情報が表示されます。

解説1

ソフトウェアの名称

2

装置の名称と状態

3

進行中のプレート Run 数と可能 Run 数

4

オイルおよび廃液の量
オイルと廃液レベルのメンテナンスについては、179 ページ「オイルのメンテナンス」を参照ください。

5

ディスクの使用容量と空き容量（単位 GB）
注：空き容量が少ないことを QX Manager ソフトウェアが検出すると、データをアーカイブ保存するよう指示が表示されます。詳細については、191 ページ「データのアーカイブ 」を参照ください。

6

現在のユーザーのユーザー名と現在の日時

コンピュータが QX200 Droplet Reader に接続されていない場合、ステータスバーにはソフトウ
ェア、ディスク容量、ユーザー情報のみが表示されます。

取扱説明書 | 37

第5章

QX Manager の利用の開始

機能ウィンドウ
本項では QX Manager の機能エリアについて簡単に説明します。各タブからアクセスできる基本のウィンドウと特定の章やセクションの項目を含んだ内容を表 8 に示します。
表 8

ウィンドウタブ

タブ

名称

目的

Add Plate プレートを追加する
 Plate および Protocol Configuration ウィンドウにアクセスし、Runのためのプレートをセットアップできる。
このウィンドウとそれ以降のウィンドウでの機能の使用方法については、41 ページ「プレートの追加」を参照ください。

Run Status 上部の表示領域で進行中の Run を見る。
 下部の表示領域で終了した Run（Run の最大総数 100）を見る。
Run Status の詳細については、54 ページの「Run の実行」と 55 ページの「Run のステータス確認」を参照ください。

Data Analysis

Data Analysis モジュールと Gene Study モジュールにアクセスする。
ファイル解析の詳細については、75 ページの「データ解析モジュー
ルの概要」および 113 ページの「データ解析方法」を参照ください。

Template
Setup

 プレートおよびレポートのテンプレートをセットアップできるウ
ィンドウにアクセスする。
 既存のテンプレートファイルを検索する。
テンプレートの作成または編集については、59 ページの「プレートテンプレートの作成または編集」および 147 ページの「レポートテ
ンプレートの作成」を参照ください。

System Utilities

 ファイル保存情報、イベントログ、メンテナンスログおよびメンテ
ナンスレポートにアクセスする。
 データをアーカイブまたは再解析する。
詳細については、185 ページの「システムユーティリティ」を参照く
ださい。
注：使用者が利用できる機能は、割り当てられているユーザー権限によって異なります。
重要：装置のキャリブレーション機能については、弊社サービスエン
ジニア以外は利用できません。

38 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

表 8ウィンドウタブの続き

タブ

名称

目的

Users andPreferences

 割り当てられているユーザー権限を確認し、個人のユーザー設定の確認と変更を行う。
 QX Manager ユーザーの設定、編集または削除を行う（Add/Manage
Users 権限を割り当てられているユーザーのみ）
ユーザ ー権限と環 境設定の 詳細につ いて は、31 ペー ジ の「QXManager の利用の開始」を参照ください。QX Manager でのユーザーの設定については、173 ページの「ユーザーの管理」を参照くださ
い。

Help

ソフトウェアのバージョン情報、エンドユーザーライセンス契約書、
Bio-Rad ウェブサイト、オープンソースソフトウェアライセンス情報
および英語取扱説明書（PDF フォーマット）にアクセスする。

別のモジュールで表示される解析画面を除き、すべてのウィンドウの上部に装置の状態を示す
ステータスバーが表示されます。

適合するファイルの種類
本項では QX Manager で開くことができるファイルの種類について説明します。
組織内でソフトウェアの複数のエディションが使用されている場合は、以下の点に注意してください。
QX Manager Standard Edition で作成された解析ファイルは Standard Edition でしか開けません。

QX Manager Regulatory Edition で作成された解析ファイルは Regulatory Edition でしか開
けません。

表 9

適合ソフトウェアファイルの種類

ファイルの種類

拡張子

詳細

プレート

.ddpltデータ.ddpcr実験の Run に必要なセットアップの詳細を含むプレートテンプレートファイル
QX Manager Standard Edition で実施された実験の Run とデータ解析の結果を含むファイ ル。 この種類のファイルはAnalysis モジュールで開きます。

データ

.qlp

2 チャンネル実験の Run とデータ解析のための QuantaSoft
バージョンのファイル。この種類のファイルは Analysis モジ
ュールで開く。
注：.qlp ファイルは QX Manager で開くことができますが、何らかの変更を加えた場合には、.ddpcr ファイルとして保存するように指示されます。

取扱説明書 | 39

第5章

QX Manager の利用の開始

40 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートをセットする

第6章

Run の実行QX Manager ソフトウェアが QX200 Droplet Reader に挿入されたプレートホルダを認識した
後、開いた Plate Configuration ウィンドウがプレートを識別し、プレートレイアウトの設定が完了すると、Run を開始できます。それぞれの必要項目入力（Add Plate、Configure Plate、Start Run）が完了すると、ソフトウェアは各ボタンを順次アクティブにしていきます。

プレートをセットする
このセクションでは、QX Manager でプレートをセットする方法について説明します。ソフト
ウェアでプレートを追加する前または後に、プレートを機器に挿入できます。プレートを
QX200 Droplet Reader に正しく挿入する方法については、27 ページの「プレートホルダを装置にセットする」を参照ください。

QX Manager でプレートを挿入する
1.

Add Plate タブをタップする。

Instrument Status バーの Runs Available 番号が 1 の場合、Add Plate ボタンが有効になります。
2.

Add Plate の横のアイコンをタップまたはクリックします。

QX Manager がコンパートメント内のプレートホルダを認識すると、ソフトウェアはConfigure Plate ボタンを有効にします。
注：QX Manager がプレートホルダを認識しない場合、プレートホルダをセットするよう指示が表示されます。
3.

プレートの設定をタップまたはクリックします。
プレート設定ウィンドウが開きます。

取扱説明書 | 41

第6章

Run の実行

Plate Configuration ウィンドウ
Configure Plate をタップまたはクリックすると Plate Configuration（プレート設定）ウィンドウ
が開き、プレート情報 が表示されます。
Plate Configuration ウィンドウでは、すべてのユーザーが最初の設定、変更後の設定あるいはプ
レート名、データファイル名、スーパーミックスのみを用いて、選択したプレートテンプレート
で Run を開始することができます。
プレートを設定する場合
Create New Template（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を持たないユーザーは、Run 開始前にプレートデザインをカスタマイズすることはできますが、ファイルを保存することはできません。

Create New Template（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を持つユーザーは、Runの開始前に新規または変更後のプレートデザインをテンプレートとして保存することができます。

Plate Information タブ
Plate Information タブは Plate Configuration ウィンドウを開くとデフォルトで選択され、実験に用いるプレートを簡単に設定することができます。
具体的には以下の操作が可能です。


既存のテンプレートを選択、変更（任意）および実行する。



新しいプレートデザインを作成し、実行する。



必要なユーザー権限があれば、既存または新規のプレートデザインをテンプレートとして
保存する。



Run に使用するプレート名、スーパーミックスおよびデータファイル名（任意）を特定する。
注：Start Run ボタンを有効化するには、最低限プレート名を入力し、スーパーミックスを選択する必要があります。データファイル名のフィールドにも自動でプレート名が入力されますが、変更することも可能です。残りの実験パラメータも Run の開始前であれば Plate
Editor で設定でき、Run の終了後であれば Analysis モジュールのプレート編集レイアウト
で設定することができます。



装置が使用するウェルの取得方法を選択する。

42 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

プレートの設定

既存のプレートテンプレートを選択するには
1.

Plate Template（プレートテンプレート）の下で、「Choose Existing（既存のプレートを選
択）」の下のドロップダウン矢印をタップまたはクリックして、テンプレートファイルを選択します。ソフトウェアが自動的に［Create New Plate（新規プレートの作成）］の下のフ
ィールドに入力します。

2.

(オプション) [Create New Plate（新規プレートの作成）]で、プレートまたはデータファイ
ル名を変更します。

3.

(オプション) [Acquire Wells By（ウェルの取得）]で、代替のウェル取得方法を選択します。
デフォルトの取得はカラムによるものです。

4.

Well Selection（ウェル選択）タブをタップまたはクリックし、すべての空ウェルが Droplet
読み取りから除外されていることを確認します。詳細は 45 ページの「プレートレイアウト
でのウェル選択」を参照ください。

5. Well Information（ウェル情報）タブを選択し、Run で処理するウェルを選択します。
6.

(オプション) 1 つまたは複数のウェル設定を変更します。詳細については、47 ページの「ウェル情報の決定または編集」を参照ください。

7. [Apply] をクリックします。
Start Run ボタンが有効になります。

取扱説明書 | 43

第6章

Run の実行

新しいテンプレートを作成するには
1.

Plate Template（プレートテンプレート）の下で、[Create New（新規作成」]をタップまた
はクリックして、テンプレート編集モードで対応するエディタウィンドウを開きます。
重要：テンプレートを保存することができる「Create New Template（新規テンプレートの作成）」のユーザー権限が割り当てられている必要があります。それ以外の場合は、既存のテンプレートを使用するか、Create New Plate（新規作成プレート）オプションを使用して、
ウェル選択とウェル情報タブからプレートを設定する必要があります。
編集モードでプレートエディタが開きます。

2.

［Exclude］ボタンをクリックして、処理するウェルを含めます。詳細は 45 ページの「プレートレイアウトでのウェル選択」を参照ください。
デフォルトではプレートエディタ内のすべてのウェルは自動的に除外されているため、Runするウェルを有効にする必要があります。フルプレートをいつも Run する場合は、ユーザ
ー環境設定のデフォルト設定で、すべてのウェルを取得するように設定を変更してください。詳細は、35 ページの「個人の設定を管理する」を参照ください。
重要：空のウェルはすべて除外する必要があります。

3.

処理する各ウェルの実験パラメータを設定します。詳細については、59 ページの「プレートテンプレートの作成または編集」を参照ください。

4.

(オプション) [Acquire Wells By（ウェルの取得）]で、代替のウェル取得方法を選択します。
デフォルトの取得は Column（列）ごとですが、Raw（行）ごとにウェルを取得する設定にも変更可能です。

5. [Apply]をクリックします。
6.

[Save］をクリックして、次のいずれかを選択します。


共有テンプレート。テンプレートはシステム設定で指定したフォルダに保存されます。



マイテンプレート（ユーザー設定のパスに保存）またはシステムテンプレート (システム管理者が指定した優先的な場所にファイルを保存します)。



システム管理者がすべてのユーザーに優先する場所を指定している場合は、テンプレ
ートはその場所に保存されます。

Start Run ボタンが有効になります。
パラメータを定義せずにプレートを Run するには1.

［Create New Plate（新規プレートの作成）」でプレート名を入力します。

2.

スーパーミックスを選択します3.

Run の最後に QX Manager が作成するデータファイルのファイル名を入力します。

Start Run ボタンが有効になります。

44 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

Well Selection タブ
Well Selection タブを選択すると、プレートのグリッドがブランクの状態で表示されます。
QX200 Droplet Reader では空ウェルを Droplet 読み取りから除外する必要があります。そのため、QX Manager Plate Editor レイアウトでは、デフォルト設定によりすべてのウェルが除外されている表示となり、実行するウェルを手動で選択する必要があります。
Tips: フルプレートをいつも Run する場合は、ユーザー環境設定のデフォルト設定で、すべてのウェルを取得するように設定を変更してください。詳細は、35 ページの「個人の設定を管理する」を参照ください。

プレートレイアウトでのウェル選択
Run を実行するウェルを特定するには
1.

Well Selection タブを選択します。

2.

プレートエディターレイアウトで、サンプルを含むウェルを選択します。

3.

[Include Selected Wells]（選択したウェルを含める）をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 45

第6章

Run の実行

右側で、QX Manager が Droplet 読み取り実行を行うウェルの数を指定します。
Run 実行で除外するウェルを特定するには
4.

Well Selection タブを選択します。

5.

プレートエディターレイアウトでサンプルを含むウェルを選択します。

6.

[Exclude Selected Wells]（選択したウェルを除外）をタップまたはクリックします。

右側で、QX Manager が Droplet 読み取り実行を行うウェルの数を指定します。

46 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

Well Information タブ
Well Information タブを選択すると、Plate Editor が開きます。
注：このウィンドウはテンプレート設定の編集ウィンドウと同じです。
選択したウェルの実験パラメータを Run の前か後に設定することができます。ただし、スーパーミックスを選択して、プレートおよびファイル名を特定しなければ、Start Run ボタンは使用可能になりません。

ウェル情報の決定または編集
各ウェルまたはウェルのグループごとに異なる実験パラメータを割り当てることができます。
Apply をタップまたはクリックすると、新規または編集後の情報がソフトウェアに認識されます。

入力情報はいつでも適用することができます。
注：プレートレイアウトが終了する前に Save ボタンをタップまたはクリックすると、ファイルが閉じてしまうため、テンプレートの保存場所からもう一度開かなければなりません。

取扱説明書 | 47

第6章

Run の実行

プレートのウェルを設定するには
1.

以下の手順で実行します。
Add Plate タブから Plate Editor にアクセスする場合は、Configure Plate をタップまた
はクリックし、Well Information タブを選択して、Plate Editor を表示します。

Template Setup タブから Plate Editor にアクセスする場合は、デフォルトによって Edit
ボタンが選択され、Plate Editor が開きます。

新しいテンプレートを作成する場合にはグリッドはブランクです。既存のテンプレートを編集する場合は、設定されているウェルの情報が表示されます。
2.

ウェルを個別に、またはグループで選択する。

3.

Experiment Type（実験の種類）を選択します。詳細については 67 ページの「実験の種類」
を参照ください。

4.

Sample Description のフィールドにサンプルを説明する 4 つ以下の単語または語句を入力します。詳細については 68 ページの「サンプルの説明」を参照ください。

5.

Sample Type（サンプルの種類）を選択します。詳細については 69 ページの「サンプルタ
イプ」を参照ください。

6.

スーパーミックスを選択します。詳細については 69 ページの「スーパーミックス」を参照
ください。

7.

Assay Type（アッセイの種類）を選択します。選択した実験の種類によって、利用できるアッセイの種類は異なります。詳細については 70 ページの「アッセイタイプと蛍光」の蛍光オプションを参照ください。

8.

（オプションとして）Target Info の欄でチャンネルに割り当てる蛍光色素を変更します。
蛍光色素の情報は、当該分析法で可能な列の最大数がターゲットごとに自動で入力されますが、必要があれば、デフォルトの蛍光色素の割り当てを変更することもできます。

9.

a.

フィールドのドロップダウンの矢印をタップまたはクリックし、別の項目を選択する。

b.

列を削除するには、ターゲットの横のマイナス (-) アイコンをタップまたはクリック
します。

c.

列を再度追加するには、プラス (+) アイコンをタップまたはクリックします。

（オプションとして）いつでもウェル解除をするときは、ウェルを選択し Clear Selected
Wells をタップまたはクリックします。

48 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

10. Apply をタップまたはクリックします。
Tips：入力と選択のデータを適用してから、ウェルにカーソルを置くと、ウェルの情報が表示されます。

11. プレートの設定を終了する場合は、Save をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 49

第6章

Run の実行Run を開始する
QX Manager で Run に用いるプレートのセットアップに必要な要件がすべて満たされると、Start
Run ボタンが使用可能になります。
重要：QX200 Droplet Reader のリーダーオイルが十分にあり、廃液ボトルが 70%未満であることを確認してください。

Start Run をタップします。
ソフトウェアは装置の準備ができていることを確認するため、必須要件のチェックを実行
し、下記のいずれかになります。


装置がチェックをパスすると、Run が正常に開始します。54 ページの「Run を実行する」に進んでください。



チェックにより装置に何か不適切な点が見つかると、ダイアログボックスが現れ、問題点が指摘されます。次に進む前に問題を解決してください。詳細については、「Run 前の確認チェックリスト」を参照ください。

指摘された問題がすべて解決されるまで装置は Run を開始できません

50 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウRun 前の確認チェックリスト
装置のステータスの Run 前の条件確認で装置の準備状態に問題が 1 つ以上見つかった場合、
QX Manager は Check for Run ダイアログボックスに該当項目をと表示し、それらの問題を提示します。Run を開始する前に、すべての問題を解決する必要があります。
注：ここに記載されていない装置またはソフトウェアの問題が発生した場合は、 197 ページの「トラブルシューティング」を参照ください。

装置の Run 開始を妨げる可能性のある各問題については、表 10 を参照してください。

取扱説明書 | 51

第6章

Run の実行表 10 Run 前のエラーインジケータ
ステータスチェック項目問題

提案される解決方法

機器の接続

USB ケーブルの接続が認識されない機器とコンピュータの間の USB ケー
ブルを外してから再接続します。

電源接続が認識されない

電源コンセントが機能していることを確認します。電源コードをコンセントから外し、コンセントに再び差し込
んでください。

流体レベルの安定性

オイルや廃液がボトル内壁を移動しているため、正確なレベルを判断することができません。

オイルが落ち着くまで待ってから、再度確認ください。装置が平らで安定した実験台上にあることを確認してください。

オイルレベル

オイルレベルが Run 許容レ
ベルを下回っている。

オイルボトルを外し、未開封のものと交換します。

廃液オイル量

廃液オイルレベルが Run の許容レベルを超えています。

1. リーダーオイルボトルの残っているオイルを空にし、オイルラベルの上に廃液ラベル（バイオ・ラッド社提供）を貼ります。
2. 空ボトルを廃液スロットに挿入します。容器の交換については、
ページ 179 の「装置のメンテナンス」を参照ください。

ボトルのドアの閉まり

ボトルのドアが適切に閉まっていない。

ボトルの扉を開けて詰まりがないことを確認し再度扉を閉めてください。

リーダーのドアの閉まり

リーダーのドアが適切に閉まっていない。

リーダードアを開けて詰まりがない
ことを確認し、再度ドアを閉めてください。

リーダーの蓋の閉まりリーダーの蓋が適切に閉まっていない。

リーダーの蓋を開けて障害物がない
ことを確認し、再度蓋を閉めてください。

52 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

表 10 Run 前のエラーインジケータの続き
ステータスチェック項目問題

提案される解決方法

プレートホルダのセット

プレートホルダが正しくセットされていない。

1. リーダードアを開けて、プレートホルダを取り外します。
2. プレートカバーのタブがしっかりと固定されていることを確認します。
3. プレートホルダを再びセットし、プレートホルダが平らになることを確認します。

ディスク容量Run データに使用できるス
トレージ容量が不足しています。

QX200 Droplet Reader へのプレートの装填については、27 ページの「プレートホルダを装置にセットする」を参照ください。
古いデータファイルをアーカイブしてスペースを確保します。データファ
イルのアーカイブについては、191 ページの「データのアーカイブ」を参照ください。

問題が解決したら、「Run の実行」に進みます。

取扱説明書 | 53

第6章

Run の実行Run 実行中
Run の進行中と終了後に QX Manager は Run Status ウィンドウに実行情報を表示します。詳細は「Run のステータス確認」を参照してください。
Run 実行中、測定終了後のウェルでは、各ウェル内ドロップレットのリアルタイム解析を実施することができます。詳細は 56 ページの「ライブ解析の使用」を参照ください。

Run はいつでもキャンセルできます。詳細については、58 ページの「Run のキャンセル」
を参照ください。

Run が終了すると、QX Manager は Run を Run ステータスの完了リストに移動します。
データファイルは常に下記の場所のいずれかに保存されます。


ユーザー設定で指定したユーザー個人のファイル保存場所



System Settings での優先保存場所

重要：システム管理者がすべてのユーザーの優先保存場所を指定している場合は、これらのファイルパスが個人設定のファイルパスに優先されます。
ファイル保存場所に関する詳細は 185 ページの「システムユーティリティ」を、データフ
ァイルを開いて分析する方法については、75 ページの「データ分析モジュールの概要」をそれぞれ参照してください。

54 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run のステータス確認
Run Status ウィンドウから各 Run を追跡することができます。

進行中の Run は上部領域に表示され、処理が終了するまで上部領域に残ります。
Run Status の欄に表示されるアイコンは、表 11 に示すように現在の状況を表します。
表 11

Run Status インジケータ

ステータスアイコン

意味
最初または次の段階を始める準備ができている
ドロップレット読み取り中（測定中）
Run が完了し、プレートは Reader 内にあるRun が完了し、プレートは Reader から取り出されているRun の停止またはシステムによるキャンセル

Run が終了するとソフトウェアは Run を下部領域に移動します。この表には終了した Run が最大 100 件まで表示されます。
Tips：ユーザー設定で表示される終了後の Run の数を設定します。35 ページの「個人の設定を管理する」を参照してください。

取扱説明書 | 55

第6章

Run の実行

各欄の内容を表 12 で説明します。
表 12 Run 情報の表示欄
項目

表示場所

内容

Plate name

上部および下部領域

Run status

上部および下部領域

Create New Plate で入力した名称
注：既存のテンプレートを選択した場合は、テンプ
レート名が表示されます。
状況を示すアイコン（55 ページの表 11 参照）

Time remaining

上部領域のみRun の終了までの予想時間（時間と分で表示）

Time elapsed

上部領域のみRun の開始からの経過時間（時間と分で表示）

Total timeremaining

上部領域の下Run の総残り時間（時間と分で表示）

Run completed

下部領域のみ装置が Run を完了した日時を示すタイムスタンプ

File name

下部領域のみプレート名とシステム由来の識別コード

Run の完了後、解析データファイルはユーザーの個人ファイル保存場所またはシステム管理者が指定した優先保存場所に保存されます。
重要：システム管理者が System Settings ですべてのユーザーの優先保存場所を指定している場
合は、ファイルはそこに保存され、個人設定のファイルパスには保存されません。詳細は 186 ページの「優先保存場所」を参照してください。
ユーザーのシステムがネットワークに接続されており、グローバル設定で共有フォルダが特定されている場合、データファイルは共有フォルダにもコピーされます。

ライブ解析の使用
QX200 Droplet Reader がドロップレットの読み取りを開始すると、QX Manager はオプション
として、全体の処理は継続しつつ、読み取られたウェルのリアルタイム解析ツールを提供します。
最初、QX Manager は Plate Editor の各ウェルを無効化の状態で表示します。ソフトウェアが装置からのウェルを取得し、ドロップレットを読み取ったことを確認すると、読み取り専用モード
でライブ解析が有効になります。すべてのウェルが可能になるまでそのプロセスは継続し、すべてのウェルが有効になれば終了します。

56 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ライブ解析を使用するには、
1.

進行中の Run のドロップレット読み取りアイコン（）をタップする。

Droplet Reading ダイアログボックスが開きます。

2.

Open Live Analysis をタップします。

3.

解析ウィンドウを選択します。

4.

ウェルセレクターで有効になっているウェルを 1 つまたは複数選択してください。
重要：QX Manager は選択された解析ウィンドウに読み取り専用データを表示します。使用者はデータを見ることはできますが、変更を加えるには Run が終了するのを待って、
Analysis モジュールでデータを表示する必要があります。

取扱説明書 | 57

第6章

Run の実行Run のキャンセル
ドロップレット読み取りプロセス中は、いつでも Run をキャンセルすることができます。
1.

Run Status ウィンドウで、キャンセルする Run ドロップレット読み取りアイコン（
をタップまたはクリックします。
Droplet Reading ダイアログボックスが開きます。

2.

Abort Plate run（プレート Run の中止）をクリックします。

3.

確認メッセージが表示されたら、「Yes」をクリックまたはタップします。
装置は現在のウェル読み取りを終了し、プロセスを停止し、Run 前の状態に戻ります。
アイコン（）が Run Status 列に表示されます。
その後、QX Manager は処理されたウェルのデータファイルを作成し、イベントログのラン終了ステータスを "run aborted by user "と指定します。
注：「No」をクリックするかタップするか、または 30 秒以内に確認メッセージに応答
しない場合、処理は中断されることなく続行されます。

58 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition）

第 7 章 プレートテンプレートの作成または編集
Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を有するユーザーは、
Template Setup ウィンドウを利用して、新規または変更後のプレートやプロトコール、またはレポートのデザインをテンプレートとして保存することができます。既存のテンプレートファ
イルの検索も可能です。


ユーザーが作成、保存したテンプレートで、以下のパスのいずれかに自動で保存されたもの。
ユーザー設定で指定されたパス。これらは My Templates の下に表示されます。

システム管理者が全ユーザー用のパスを指定している場合に、System Settings で優先
保存場所に指定されたパス。これらは System Templates の下に表示されます。
重要：システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所（Preferred Location）を指定している場合、このパスは個人設定で指定されたパスに優先されます。優先保存場所はSystem Settings（システムの設定）のユーザー権限を有するユーザーでなければ有効化しません。



いずれかのユーザーが作成、保存したテンプレートで、共有テンプレートとして指定されているもの。これらは Shared Templates の下に表示されます。

Template Setup ウィンドウまたはプレートの追加ウィンドウから、プレートテンプレートを作成または修正することができます。テンプレート設定ウィンドウから、レポートを修正することもできます。

取扱説明書 | 59

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

Plate Editor ウィンドウ
Template Setup の Plate Editor を使用して以下の作業を行うことができます。


新規のプレートテンプレートファイルの作成または既存のプレートテンプレートファイルの編集



再利用のための新規または変更後テンプレートの保存（新規テンプレートの作成の権限を有するユーザーのみ）



各ウェルの実験の種類、サンプルの種類、スーパーミックスおよびアッセイの種類の設定または変更



リファレンスターゲットとコントロールサンプルの設定



ドロップレット作製とドロップレット読み取りまたはドロップレット読み取りのみからのウェルの除外

プレートやウェルに関するメモの追加

Plate Layout ビューはデフォルトのテンプレート画面です。

解説
1

画面の上部から Edit と Exclude ボタンにアクセスできます。

2

右側の領域には実験パラメータを指定するためのインターフェースが含まれます。

60 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Editor ウィンドウ

解説（続き）
3左側の領域にはプレートのグリッドと各ウェルの設定情報が表示されます。

4

Well Data ボタンを押すと Well Data テーブルに切り替わり、表形式でプレートのセットアップを見ることができ、もう一度押すと Plate Editor に戻ります。Well Data
テーブルが表示されているときは、ボタンの名称は Plate Layout に変わります。

Plate Editor ツール
Plate Template Editor で Experiment（実験）を設定するには表 5 に示すボタンを使用します。
表 3

Plate Editor ボタン

ボタン

機能

Edit

Exclude以下の作業が可能
 ウェルの選択または選択したウェルの解除
 実験の種類、サンプルの名称と種類、スーパーミックスおよびアッセ
イの種類の設定
 ターゲットの名称、種類および各チャンネルの蛍光色素の設定
 ウェルまたはプレートに関するメモの追加
注：このボタンはウィンドウを開くとデフォルトにより使用可能になります。
ドロップレット読み取りからウェルを除外できる。

Cancel

キャンセルして Template Setup ウィンドウに戻れる。

Save

ダイアログボックスが開いてファイル名を入力でき、保存場所を指定できる。
選択したウェルの情報を削除できる。

Clear Selected Wells
Undo

Well Data / Plate
LayoutApply

最後の操作を取り消せる。
注：このボタンは、最低 1 つの実験パラメータ（例えば Experiment Typeの選択）を適用して初めて使用可能になります。
Well Data テーブルと Plate Layout ビューを切り替えるためのトグルボ
タン
選択したウェルに関する入力情報と設定を適用する。

取扱説明書 | 61

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

新しいプレートテンプレートを開く
新しいプレートテンプレートは、テンプレートセットアップウィンドウまたはプレートの追加
ウィンドウから開くことができます。


今後の使用のために保存するテンプレートを 1 つまたは複数作成する場合は、Template
Setup を使用します。

Run しようとしているプレートに対応するテンプレートを作成する場合は、Add Plate を使用します。

テンプレートセットアップウィンドウから新しいプレートテンプレートを開くには
1.

Template setup タブをタップする。

2.

Plate Setup をタップする。

3.

Add New Plate をタップする。

4.

Edit Plate Layout をタップする。
プレートエディタが開き、空白のプレートテンプレートが表示されます。

5.

プレートをセットアップするには、47 ページの「ウェル情報の決定または編集」に進みます。

プレート追加ウィンドウから新しいプレートテンプレートを開くには
1.

Add Plate タブをタップする。

2.

Add Plate の横の3.

ソフトウェアが Configure Plate ボタンを有効にしたら、Configure Plate をタップまたはクリックします。

アイコンをタップまたはクリックします。

デフォルトでは Configuration ウィンドウがプレート情報タブに開きます。
4.

Plate template の下で、Create New をタップまたはクリックします。
テンプレートプレートエディタが開き、ブランクのプレートレイアウトが表示されます。

5.

プレートをセットアップするには、47 ページの「ウェル情報の決定または編集」に進みます。

62 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

既存のプレートテンプレートを開く
既存プレートテンプレートは、テンプレートセットアップウィンドウまたはプレートの追加ウ
ィンドウから開くことができます。


今後の使用のために保存するテンプレートを 1 つまたは複数編集する場合は、Template
Setup を使用します。

Run しようとしているプレートに対応するテンプレートを編集する場合は、Add Plate を使用します。

テンプレートセットアップウィンドウから既存のプレートテンプレートを開くには
1.

Template setup タブをタップまたはクリックする。

デフォルトでは、Plate Setup ウィンドウが表示され、利用可能なプレートテンプレートのリストが表示されます。
2.

テンプレートを選択し、Edit Plate Layout をタップまたはクリックします。
Tips：テンプレートファイルをダブルクリックして開くこともできます。
プレートエディタが開き、現在設定されているプレートテンプレートが表示されます。
プレートに変更を加えるには、47 ページの「ウェル情報の決定または編集」に進みます。

プレート追加ウィンドウから既存のプレートテンプレートを開くには
1.

Add Plate タブをタップする。

2.

Add Plate の横の3.

ソフトウェアが Configure Plate ボタンを有効にしたら、Configure Plate をタップまたはクリックします。

アイコンをタップまたはクリックします。

デフォルトでは Configuration ウィンドウがプレート情報タブに開きます。
4.

プレートテンプレートの下で、ドロップダウン矢印をタップまたはクリックして、リストからテンプレートを選択します
テンプレートプレートエディタが開き、設定されたレイアウトが表示されます。
テンプレートを変更せずにプレート Run を行うことも、設定変更することもできます。プレートに変更を加えるには、47 ページの「ウェル情報の決定または編集」に進みます。

取扱説明書 | 63

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

テンプレートのセットアップ- 使用するウェルの設定
Template Setup タブから Plate Editor を開くと、デフォルトにより Edit ボタンが選択されます。
各ウェルまたはウェルのグループごとに異なる実験パラメータを割り当てることができます。

各ウェルまたはウェルのグループごとに以下の操作を行ってください。


実験の種類を選択する。



サンプルの種類を選ぶ。



スーパーミックスを選ぶ。



アッセイの方法を選ぶ。

オプションとして以下の操作も可能です。


ウェルごとにサンプルの説明を 4 種類まで入力できます。



蛍光色素の割り当てを変更します。



各ウェルのメモを追加します。



プレートのメモを追加します。

新しいテンプレートを作成する場合、グリッドはブランクで表示されます。既存のテンプレートを編集するには、設定済みのウェルを選択すると、以前に保存された情報が表示されます。

64 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

ウェルのパラメータを設定するには、
1.

ウェルまたはウェルのグループを選択します。

2.

Experiment Type のドロップダウンリストから新規または別の実験の種類を選択します。詳細は 67 ページの「実験の種類」を参照ください。

3.

Sample Description のフィールドでサンプルを記述する単語または語句を 4 つまで入力するか変更してください。詳細は 68 ページの「サンプルの記述」を参照ください。

4.

Sample Type のドロップダウンリストから新規または別のサンプルの種類を選択します。
詳細は 69 ページの「サンプルの種類」を参照ください。

5.

Supermix のドロップダウンリストからスーパーミックスを選択するか変更します。詳細は
69 ページの「スーパーミックス」を参照ください。

6.

Assay Type のフィールドは選択された実験の種類に基づいて自動で入力されます。これを変更するには、ドロップダウンリストから別のアッセイの種類を選択します。詳細は 70 ページの「アッセイの種類と蛍光色素」の蛍光色素のオプションを参照ください。
注：利用できるアッセイの種類は選択された実験の種類によって異なります。

7.

（オプションとして）Target Info でチャンネルに割り当てる蛍光色素を変更することができます。
蛍光色素の情報はアッセイの種類によって可能な最大行数とともにターゲットごとに自動で入力されますが、必要があればデフォルトの蛍光色素の割り当てを変更することもできます。
a.

フィールドのドロップダウンの矢印をタップまたはクリックし、別のオプションを選
択します。

b.

行を削除するには、ターゲットの横のマイナス (-) アイコンをタップまたはクリック
します。

c.

行を再度追加するには、プラス (+) アイコンをタップまたはクリックします。

8.

（オプションとして）いつでも 1 つまたは複数のウェルを消去するには、ウェルを選択し、Clear Selected Well をタップまたはクリックします。

9.

Apply をタップまたはクリックします。
注：新規または編集後の情報をソフトウェアに認識させるには、テンプレートを保存する前に Apply をタップまたはクリックする必要があります。一度適用されれば、ウェルにポイン
ターを合わせると、それぞれの情報が簡単な説明として表示されます。

取扱説明書 | 65

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

10. 空のウェルが Droplet 読み取りから除外されていることを確認します。詳細は 72 ページの「テンプレートのセットアップ- ウェルの除外」を参照してください。
11. プレートの設定を完了すれば、右上にある Save をタップまたはクリックし、Save ダイア
ログボックスで新しいテンプレート名を入力して、再び Save をタップまたはクリックします。
注：テンプレートは新しい名前を付けて保存してください。既存のテンプレートを上書きすることはできません。プレートレイアウトの完了前に Save ボタンをタップまたはクリック
するとファイルが閉じてしまうため、テンプレートの保存場所からもう一度開いてください。

66 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

実験の種類
QX Manager では 7 種類の実験から選択が可能であり、それぞれ異なるアッセイの種類や解析ツールを選択することができます。各種実験の説明を表 14 にまとめます。
Tips：1 つのプレートに複数の実験を割り当てることはできますが、1 つのウェルには 1 種類の実験しか割り当てられません。
表 14 実験の種類
種類

内容

Direct quantification（DQ）

Direct quantification（DQ）は絶対定量により、サンプル中のターゲット
DNA コピー濃度（コピー数/μl）を決定する。fluorescence amplitude に基づきウェル内の各ターゲットのポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを測定し、ポアソン分布を用いてそれぞれのターゲ
ット DNA 分子の初期濃度を計算する。
注：QuantaSoft ソフトウェア versions 1.4～1.7 で作成された ABS は、
本ソフトウェアでは DQ として自動マッピングされます。
コピー数多型（CNV）は濃度を求め、既知のリファレンスまたは同一ウ
ェ ル 内 の リ フ ァ レ ン ス に 対 す る 未 知 タ ーゲ ッ ト の コ ピ ー 数 の 比率
（CNV）を計算する。
変異検出（MUT）は濃度を求め、野生型のバックグランドに低頻度で存在する未知の変異存在量比（%）（fractional abundance）を計算する。
レアイベント検出（RED）は大量のバックグランド DNA において所定のリファレンス分子に対する未知の変異または稀なターゲット分子の濃度を求める。
ドロップオフ（DOF）はインデルやゲノム編集など非野生型配列を検出するために考案されたアッセイのターゲット絶対定量を求める。DOF
は、1 つのプローブがすべてのアレルをカウントし、もう 1 つの「ドロップオフ」プローブは予測される切断部位の上部に位置するアッセイをカバーするためにデザインされている。
遺伝子発現（GEX）は DQ と同様に濃度を求め、既知のリファレンスまたは同一ウェル内のリファレンスに対する未知ターゲットの発現量を計算する。
残留 DNA 定量（RDQ）は宿主細胞の残存 DNA の精密な定量法である。
注：ユーザーは特定のゲノム（ヒト、マウス）などに対して変換係数（1/C値）を入力することで、測定したコピー数に基づいてウェルに入力された質量を小数点以下 3 桁まで算出することができます。ソフトウェアはその結果を ddPCR ウェルの pg/ul 単位で Data Table の Molecular
Weight 列に表示します。その後、希釈係数に基づいて開始サンプル濃度を逆算することができます。

Copy number
variation（CNV）
Mutation detection（MUT）
Rare event detection（RED）
Drop-off（DOF）

Gene expression（GEX）
Residual DNA
quantification（RDQ）

取扱説明書 | 67

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

サンプルの記述QX Manager では、各ウェルにつき最大 4 つのフィールドにサンプルを記述する単語や語句を入力することができます。記述者はアッセイの種類、希釈係数などの情報を含むことができます。
Tips：Plate Editor レイアウトには 1 つ目のフィールドの情報しか表示されません。2 つ目、3 つ目および 4 つ目のフィールドの入力情報は Well Data テーブルで確認できますが、下図のようにウェルにマウスポインターを合わせると、簡単な説明が表示されます。

68 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

サンプルの種類
QX Manager ではサンプルは下記の 4 種類から選択できます。
Unknown（未知）NTC（No Template Control）



1 つまたは複数のターゲット検出が予測される Positive Control（陽性コントロール）



陽性反応がないことが予測される Negative Control（陰性コントロール）

Tips：1 つのプレートに異なる種類のサンプルを割り当てることはできますが、1 つのウェルには 1 種類しか割り当てられません。

スーパーミックス
重要：未承認のスーパーミックスは装置に害を及ぼし、保証が無効になるおそれがあります。
QX Manager では 5 種類の PCR スーパーミックスが使用できます。各スーパーミックスは、DNA および RNA ターゲットの増幅と検出の効率と感度を最大限に高めるように最適化されています。
ddPCR Multiplex Supermix- 複数のターゲットを対象とするプローブベースの実験でDNA ターゲットを増幅し検出するために、核酸サンプルの調製に使用します。



ddPCR Supermix for Probes（no-dUTP）- 加水分解プローブベースのアッセイを用い、DNA ターゲットの増幅と検出の感度を高めるために、核酸サンプルの調製に使用します。



ddPCR Supermix for Probes- 実験間のキャリーオーバーPCR 産物の再増幅を防止するために、ウラシル N-グリコシラーゼ（UNG）デコンタミネーションプロトコールを用いたサンプルの調製に使用します。



ddPCR Supermix for Residual DNA Quantification-

One-Step RT ddPCR Advanced Kit for Probesします。

残存 DNA の検出に使用します。

RNA 分子ターゲットの絶対定量に使用取扱説明書 | 69

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

アッセイの種類と蛍光色素
QX Manager ソフトウェアでは全部で 5 種類のアッセイが選択できます。表 15 にまとめます。
表 15 アッセイの種類
アッセイの種類

内容

Single target per channel

本アッセイは DQ、CNV、MUT および GEX の実験に使用できます。

Amplitude multiplex

1 ウェルにつき最大 4 種類までターゲットを増やせ、1 チャンネ
ルにつき 1 ないし 2 種のターゲットを検出できる方法。最大 8行表示され、7 行まで削除できます。

Probe mix triplex

2 つのチャンネルのそれぞれで 1 つのターゲットが検出され、両方のチャンネルで 3 つ目のターゲットが検出されるよう、ウェル
ごとに正確な 3 ターゲット検出を可能にする Triplex モード。

Advanced classification

チャンネルごとに検出されるメソッドターゲットの任意の組み合わせで、ウェルごとにターゲットのマルチプレックス率を高める方法。
本アッセイは DQ のアッセイにのみ利用できる。

Basic drop-off

この方法はターゲット各 2 種類の 2 つのグループを検出できます。グループ 1 はデフォルトで示され、FAM および HEX/VIC で1 種類、FAM または HEX/VIC で 1 種類のターゲットとします。
本アッセイは DOF の実験に利用できます。

70 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

選択した実験の種類によって利用できるアッセイの種類が決まります。実験の種類とアッセイの組み合わせを表 16 に示します。
表 16 実験の種類によって利用できるアッセイの種類
アッセイの種類

実験の種類
DQ

CNV

MUT

Single target per channelAmplitude multiplex

Probe mix triplex

Advanced classification



GEX

RDQ

RED





























Basic drop-off

DOF

各ターゲットのチャンネルには蛍光色素が自動で入力されますが、デフォルトの選択を変更することもできます。
表 17 を使用し、アッセイごとに蛍光色素のオプションから指定してください。
表 17 蛍光色素のオプション
アッセイの方法
Single target per channel（ターゲット 1～2 種類）

Amplitude multiplex（ターゲット
1～5 種類）Probe mix triplex（ターゲット 3 種類）

Signal Ch1

Signal Ch2

FAM

HEX

EvaGreen®

VIC

なし

なし

FAM HiHEX Hi

FAM LoHEX LoEvaGreen® Hi

VIC Hi

EvaGreen® Lo

VIC Lo

なし

なし

FAM

HEX

EvaGreen®

VIC

なし

なし

取扱説明書 | 71

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

テンプレートのセットアップ- ウェルを含めるまたは除外する
オプションとして、ドロップレット検出するウェルを含めるまたは除外することが選択できます。
ドロップレット読み取りを行うウェルを特定するには
1.

Well Selection タブを選択します。

2.

Plate Editor レイアウトで、サンプルを含むウェルを選択します。

3.

Include Selected Wells をタップまたはクリックします。

画面の右側で、QX Manager による Droplet 読み取り実行に含まれるウェル数指定ができます。
ドロップレット読み取りを除外するウェルを特定するには
4.

Well Selection タブを選択します。

5.

Plate Editor レイアウトで、空ウェルすべてを選択します。

72 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

6.

Exclude Selected Wells をタップまたはクリックします。

画面の右側で、QX Manager による Droplet 読み取り実行に含まれるウェル数が指定されます。

取扱説明書 | 73

第7章

プレートテンプレートの作成または編集

74 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition既存のプレートテンプレートを開く

第8章

Data Analysis モジュールの概要

装置が各ウェルのドロップレットの読み取りを始めると、QX200 Droplet Reader は生データの収集を開始します。各ドロップレットの読み取り処理の終了とともに QX Manager はこの生データを用いてデータファイルを作成します。これには、ターゲットごとに同定されたサンプル中のポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの数に基づく解析情報が含まれます。
ポジティブドロップレットの割合をポアソン分布に当てはめ、ターゲット DNA 分子の初期濃度
をコピー数/μl の単位で求めます。
Analysis モジュールでデータファイルを開くと、データとともに自動解析及び計算結果を見ることができ、結果の再計算、再プロットまたは色の変更のオプションを選択することもできます。
データ解析タブを選択すると、下記 2 つのモジュールにアクセスできます。


ddPCR Data 解析

Gene Study 解析

Data Analysis モジュールには以下の機能があります。


1D および 2D プロットでドロップレットデータを表示する。

amplitude multiplexing アッセイおよび probe mixing アッセイを用いて、1 ウェル内の複数のターゲットを解析する。

「Drop-off assay」解析オプションにより、ゲノム編集イベントおよび非野生型イベントを
検出する。



柔軟性の高いデータを視覚化し、エクスポートする。



種々の解析のレポートを作成する。

取扱説明書 | 75

第8章

Data Analysis モジュールの概要

Gene Study モジュールには以下の機能があります。


1 つまたは複数のデータファイルを追加することによってデータを収集する。



複数の実験から得られた遺伝子発現データの計算結果を表示する。

注：Gene Study 機能で解析できるサンプルの最大数はコンピュータの RAM および仮想メモリのサイズによって制限されます。
本セクションでは解析機能を要約し、グラフ表示の一般的なオプションについて説明します。各
解析ウィンドウの具体的な情報や使用方法、データ計算に関する情報は、第 9 章「データ解析方法」に記載しています。
解析レポートについては 143 ページの「レポートの要素」を、Gene Study 機能については 149
ページの「Gene Study モジュール」を参照してください。

解析のためのデータファイルを開く
Data Analysis モジュールでは以下の種類のファイルを開くことができます。
.qlp ファイル
このファイルタイプを開くとデフォルトでは Plate Editor が表示されます。QX Manager でこの種類のファイルを保存すると、自動的に.ddpcr ファイルとして保存されます。新しいファイルが作成され、元のファイルは上書きされません。

.ddpcr ファイル

解析データファイルは通常、あらかじめ指定された以下の保存場所のいずれか 1 つに保存されます。


接続されたコンピュータにあるユーザーの個人フォルダまたは System Settings ウィンドウで優先保存場所として指定されたシステムフォルダ
注：ユーザー設定では個人フォルダが表示されます。優先または共有保存場所を見るには、
System Settings ウィンドウを開きます。
重要：システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所を指定している場合は、ユーザー設定
で指定されたファイルパスよりも優先されます。



ネットワークパスなど、別の場所の共有フォルダ
注：アクセス可能な場合、データファイルは共有フォルダにも保存されます。

76 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析のためのデータファイルを開く

データファイルを開くには、QX Manager がインストールされ、保存場所にアクセスできるコンピュータでなければなりません。
解析のためのデータファイルを開くには
1.

QX Manager を開き、アプリケーションにログインします。

2.

Data Analysis タブを選択します。

利用できるデータファイルが以下の見出しの下に表示されます。


Recent Datafiles
最近開いたファイルの一覧が表示されます。



System Datafiles または My Datafiles
下記の保存場所のいずれか一方しか利用できません。
 システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所を指定している場合、すべてのデータファイルはそのフォルダに保存されており、ファイルは System Datafiles の下に表示されます。
 全ユーザーに有効な優先保存場所がない場合には、ユーザーのデータファイルは自身の個人フォルダに保存されており、My Datafiles の下に表示されます。

Shared Datafiles
System Settings ウィンドウで指定された共有場所に保存されているデータファイルの一覧が表示されます。

重要：データファイルはつねに My Datafiles または System Datafiles のいずれかに保存されますが、ソフトウェアがデータファイルを保存する際に共有の保存場所（ネットワークディレクトリなど）にアクセス可能な場合は、これにも保存されます。
3.

ファイルをタップまたはクリックし、Analysis モジュールで開きます。
左側に各解析のタブとデータウィンドウが表示されます。
Tips：QX200 Droplet Reader に接続されたコンピュータからは、Run Status ウィンドウからデータファイルを開くこともできます。完了ファイルセクションで、ファイルの完了したRun アイコン（）をタップまたはクリックしてから、Launch Analysis をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 77

第8章

Data Analysis モジュールの概要

データファイルの保存
データファイルは、変更の有無、同じファイル名でも異なるファイル名でも、同じ場所にも異なる場所にも保存することができます。
注：同じファイル名で保存するには、既存のデータファイル名を上書きするユーザー権限が必要です。
データファイルを保存するには
1.

次のいずれかを実行します。
同じファイル名で同じ場所に保存するには、Save をタップします。



別のファイル名で、または別の場所に保存するには、Save as をタップします。
 同じ名前で同じ場所に保存している場合、QX Manager はすぐにファイルを保存します。
 別のファイル名で保存している場合、または別の場所に保存している場合は、ステップ 3 に進みます。

2.

新しい場所に移動するか、新しいファイル名を入力します。

3.

Save をタップします

78 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Analysis Dashboard

Analysis Dashboard
データファイルを開くと、Dashboard ウィンドウが開き、デフォルトの解析とデータウィンド
ウがサマリービューで表示されます。これはカスタマイズが可能であり、Dashboard に表示されるウィンドウの数を増減できるほか、表示されるウィンドウの選択も変更することができます。
Dashboard 画面のオプションについては 81 ページの「Dashboard のオプション」を参照ください。

注：.qlp ファイルを開いた場合は、デフォルトビューとして Plate Editor が表示されるため、
Dashboard を開くには Dashboard タブを選択する必要があります。
左側のタブからプレートビュー、amplitude グラフ、確率分布グラフ、ドロップレット数および完成したデータテーブルにアクセスすることができます。Run Information ウィンドウでは個々の Run データも見ることができ、Reports ウィンドウからはあらゆる解析チャートのレポートの作成が可能です。

取扱説明書 | 79

第8章

Data Analysis モジュールの概要

ダッシュボードの表示を変更する
列番号と行番号を変更して、分析ウィンドウのいずれかまたはすべてを同時に表示することができます。
表示されるウィンドウの数を変更するには
1.

Rows のドロップダウン矢印をタップして、希望の番号を選択します。

2.

カラムのドロップダウン矢印をタップして、希望の番号を選択します。

ドロップダウンメニューを使用して、ダッシュボードに表示されるウィンドウを変更することもできます。
特定のダッシュボードスロットに別のウィンドウを表示するには
1.

右上のドロップダウン矢印をタップすると、利用可能なウィンドウの一覧が表示され、ウィンドウを選択することができます。

ドロップダウンリストが閉じ、ウィンドウがすぐに切り替わります。

80 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Analysis Dashboard

ダッシュボードのオプション
Dashboard ウィンドウからは、選択した個々のウィンドウに応じて下記の範囲のオプションを使用することができます。
ウィンドウを選択した場合、メニューバーに表示されるオプションはサイドメニューから
ウィ ン ドウ を開 い た 場 合 に現 れる オ プ ショ ン と 一 致 し ます 。例 えば 、 Dashboard のConcentration グラフを選択すると、Concentration メニューのオプションが表示されます。



行や列を追加または削除することによってダッシュボード表示全体をリセットし、表示するウィンドウの数を増減することができます。

2 行 2 列のデフォルト表示に戻すには Default View をタップまたはクリックします。


あらゆるウィンドウで以下の作業が可能です。
 ウィンドウの展開または折りたたみ 画像のコピー、保存または印刷 表示、スケール、軸および対数オプションの選択
 ドロップダウンリストの使用による現在の表示から別の表示への切り替え 特定のグラフでのメニューバーオプションの使用

Droplets チャートを Dashboard に追加すると（下のハイライト表示）、QX Manager は View
Mode オプションを追加します。
注: ドロップレットウィンドウは、イベントカウントウィンドウと同じです。
下記のグラフにみられるオプションを 82 ページの表 18 にまとめます。

取扱説明書 | 81

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 18 Dashboard のオプション
項目

内容

1

選択されたウィンドウを特定する境界線

2

Dashboard の選択されたウィンドウの種類に応じたツールバー

3

現在の表示を新しい表示に切り替えるためのドロップダウン矢印

4

グラフのオプション

82 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate View ウィンドウ

Plate View ウィンドウ
QX Manager の Analysis モジュールでは以下のウィンドウを開くことができ、これらには Runのすべてのウェルのデータが含まれます。


Plate Editor（解析ビュー）- Run に含まれる各ウェルの実験の種類、サンプル名、サンプ
ルの種類、
スーパーミックスおよびアッセイの種類が表示されます（Template Setup の Plate
Editor と同様）。



Plate View-



2D Plate View-

処理された各ウェルの濃度値がテキストフォーマットで表示されます。
各ウェルの 2 次元 amplitude グラフが表示されます。

Plate Editor – 解析ビュー
Analysis モジュールの Plate Editor タブを使用してウェルを選択し、実験パラメータを見たり、変更したりすることが可能です。他の Plate Editor と同じく、Analysis Plate Editor にも Run に含まれる各ウェルの実験情報が表示されます。

重要：スーパーミックス以外のすべてのフィールドの変更が可能です。
Analysis Plate Editor で選択するウェルによって、他の解析ウィンドウで最初に表示されるデー
タが決まります。

取扱説明書 | 83

第8章

Data Analysis モジュールの概要

Plate View
Plate View タブを選択すると、プレートレイアウトのグリッド内に Run で処理された各ウェルの各ターゲット濃度計算値がテキストで表示されます。グラフフォーマットの濃度データについては 129 ページの「濃度」を参照ください。

84 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate View ウィンドウ

2D Plate View
処理済みのウェルの amplitude を比較しやすくするため、Plate 2D タブではウェルごとに別のグラフで二次元 amplitude データを表示することができます。ウェルのグラフを大きく表示するには、2D Amplitude ビューでこのウェルを選択します。

取扱説明書 | 85

第8章

Data Analysis モジュールの概要

データウィンドウ
QX Manager はウェルと Run のデータを表形式で示します。


Data Table- 左側のメインタブから利用でき、ユーザーが設定した実験パラメータに加えて、Run のすべての計算結果が表示されます。
注：個別（individual）ウェルフォーマット、統合（merged）フォーマットまたはその両方でのデータ表示が可能です。



Plate Well Data Table- Analysis モジュールの Plate Editor に含まれるプレートセットア
ップウィンドウで利用でき、個々のウェルの設定情報のみが表示されます。



Analysis Well Data Table- Analysis モジュールで利用でき、Well Selector で選択したウェルの設定と Run データのサブセットが表示されます。

Data Table タブ閾値設定ツールまたは手動によるクラスタリングツールによってドロップレットのクラスターが特定されると、Data Table ウィンドウには各ウェルに含まれる各ターゲットのデータが列で表示されます。

86 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

Data Table の列の定義
表 19 に Data Table の各フィールドの定義をまとめます。
表 19 Data Table の列
列名

内容

Well

プレート内のウェルの位置
注：本装置には 96 ウェルプレートしか使用できません。

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4

各ウェル内のサンプルを記述する単語または語句
注：プレートレイアウトビューには Sample description 1 のデータしか表示されませんが、ウェルにマウスポインターを合わせると、入力されているすべてのサンプル記述情報
がツールチップに表示されます。
Plate Editor タブからのターゲット名

TargetConc(copies/μl)

μl あたりのコピー数として記録されたターゲット分子の濃度

Molecular Weight (pg/μl)

ddPCR ウェル内の DNA の質量濃度（単位 pg/μl）

StatusCheck、OK、Multi または Manual のいずれかが表示されます。
 Check の場合は、ウェルの自動解析に失敗したか、ウェル内のドロップレット数が 1 万個に満たなかったことを示します。
 OK の場合は、自動解析に十分な数のドロップレットが計測されたことを示します。
 Multi の場合は、マルチウェル選択の一部としてデータが自動解析されたことを示します。
Manual の場合は、ドロップレットが手動で解析されたことを示します。
状況の理由の説明（自動解析の失敗、ドロップレット数の不足またはドロップレットの手動解析）

Status Reason
Experiment

Plate Editor でウェルに選択された実験の種類

SampleType

Plate Editor でウェルに選択されたサンプルの種類

TargetType

Plate Editor で各色素（FAM、または EveGreen®および HEXまたは VIC）が選択されたターゲットの種類

取扱説明書 | 87

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 19

Data Table の列（続き）

列名

内容

Supermix

Plate Editor でウェルに選択されたスーパーミックス

DyeName(s)Plate Editor でウェルのチャンネル 1 および 2 に割り当てられた色素

Copies/20μlWell

体積 20 μl で正規化したターゲットの濃度

TotalConfMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのターゲット濃度

TotalConfMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのターゲット濃度

PoissonConfMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化最大ターゲット濃度

PoissonConfMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバー正規化最小ターゲット濃度

Accepted Droplets

品質アルゴリズムによって許容されるドロップレットの総数

Positives

ターゲットを含むドロップレットの数

Negatives

ターゲットを含まないドロップレットの数

Ch1+Ch2+

チャンネル 1 とチャンネル 2 の両方のターゲットを含むドロップレットの数

Ch1+Ch2-

チャンネル 1 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch1-Ch2+

チャンネル 2 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch1-Ch2-

チャンネル 1 とチャンネル 2 のいずれのターゲットも含まないドロップレットの数

Linkage

連続した DNA 分子を標的とすると予測される 2 つの標的のコピーの濃度を示し、Double Positive クラスター内のコピ
ー過多と 1μl あたりのコピー数予想値によって計算されます。
リファレンスに対するターゲットのコピー数の計算値

CNV
TotalCNVMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのコピー数

88 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

表 19

Data Table の列（続き）

列名

内容

TotalCNVMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのコピー数

PoissonCNVMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化最大コピー数

PoissonCNVMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーの正規化最小コピー数

ReferenceCopies

UnknownCopies

Plate Editor のリファレンスターゲットに指定されたコピー数。デフォルトは 2 で、2 倍体ゲノムあたり 2 コピーを示す。
本フィールドは QX Manager では現在使用されていません。

Threshold1

左から右および下から上への 1 本目の閾値線の閾値Threshold2

左から右および下から上への 2 本目の閾値線の閾値Threshold3

左から右および下から上への 3 本目の閾値線の閾値ThresholdSigmaAbove

ネガティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるネガティブクラスターの平均値からの閾値の距離

ThresholdSigmaBelow

ポジティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるポジティブクラスターの平均値からの閾値の距離

ReferenceUsed

リファレンスとして使用されたターゲットの特定

Ratio

リファレンスに対するターゲットの比率

TotalRatioMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの比率の高いエラーバー
ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの比率の低いエラーバー

TotalRatioMin

取扱説明書 | 89

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 19

Data Table の列（続き）

列名

内容

ThresholdSigmaAbove

ネガティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるネガティブクラスターの平均値からの閾値の距離

ThresholdSigmaBelow

ポジティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるポジティブクラスターの平均値からの閾値の距離

ReferenceUsed

リファレンスとして使用されたターゲットの特定

Ratio

リファレンスに対するターゲットの比率

TotalRatioMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの比率の高いエラーバー
ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの比率の低いエラーバー
95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最大比率
95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーの正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最小比率
リファレンスターゲットに対する未知ターゲットの存在量比（%）の計算値

TotalRatioMin

PoissonRatioMax

PoissonRatioMin

FractionalAbundance
TotalFractionalAbundanceMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーの存在量比（%）

TotalFractionalAbundanceMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーの存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化最大存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小存在量比（%）

MeanAmplitudeOfPositives

ターゲットを含むすべてのドロップレットの平均
amplitude 値

MeanAmplitudeOfNegatives

ターゲットを含まないすべてのドロップレットの平均
amplitude 値

MeanAmplitudeTotal

すべてのドロップレットの平均 amplitude 値

ExperimentComments

QX Manager では使用しません。コメントが追加された場
合、このフィールドには QuantaSoft ver. 1.4～1.7 で作成されたファイルからのデータのみが入力されます。
統合（マージ）されたウェルを特定

MergedWells
TotalConfidenceMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのターゲット濃度

TotalConfidenceMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのターゲット濃度

PoissonConfidenceMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化最大ターゲット濃度

90 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

表 19

Data Table の列（続き）

列名

内容

PoissonConfidenceMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化最小ターゲット濃度

TotalCNVMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのコピー数

TotalCNVMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのコピー数

PoissonCNVMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化した最大コピー数

PoissonCNVMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小コピー数

TotalRatioMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの高いエラーバー
比率
ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの低いエラーバー
比率
68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最大比率
68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最小比率
ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーの存在量比（%）

TotalRatioMin68

PoissonRatioMax68

PoissonRatioMin68

TotalFractionalAbundanceMax68
TotalFractionalAbundanceMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーの存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化した最大存在量比（%）

取扱説明書 | 91

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 19

Data Table の列（続き）

列名

内容

PoissonFractionalAbundanceMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小存在量比（%）

TiltCorrected

ウェルに傾き補正機能が適用されたかどうかを示す。
注：傾き補正機能は、2 つのシングルポジティブクラスターの重心がダブルネガティブクラスターの重心と直交するよ
うに、ダブルネガティブクラスターの重心から各ドロップ
レットへの角度を回転させます。

92 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

Plate Well Data Table
Plate Editor から Well Data テーブルを含むウィンドウにアクセスでき、このウィンドウにはサンプルを含むすべてのウェルの設定および Run の情報が表示されます。
注：この表は編集できません。
表 20 Plate Well Data Table の列
列名

内容

Well

ウェル番号（A01～H12）

Perform Droplet Reading

ウェルを読み取る場合は Yes
読み取らない場合は No

Experiment Type

Plate Editor で選択された実験の種類
 Direct Quantification（DQ：直接定量）
 Copy Number Variation（CNV：コピー数多型）
 Mutation Detection（MUT：変異検出）
 Rare Event Detection（RED：レアイベント検出）
 Drop-off（DOF：ドロップオフ）
 Gene Expression（GEX：遺伝子発現） Residual DNA Quantification（RDQ：残存 DNA 定量）

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4

Plate Editor で入力された各サンプルを識別するための単語
または語句
注：ウェルごとにサンプルの説明を 4 種類まで入力することができます。

Sample Type

Plate Editor で選択されたサンプルの種類
 Unknown（未知） No template control（NTC）
 Positive control（Pos-Ctrl：陽性コントロール） Negative control（Nrg-Ctrl：陰性コントロール）

取扱説明書 | 93

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 20

Plate Well Data Table の列（続き）

列名

内容

Supermix Name

Plate Editor で選択されたスーパーミックス
 ddPCR Multiplex Supermix
 ddPCR Supermix for Probes (no dUTP)
 ddPCR Supermix for Probes
 ddPCR Supermix for Residual DNA Quantification
 One-Step RT-ddPCR Advanced Kit for Probes
 ddPCR EvaGreen® Supermix
Plate Editor で選択されたアッセイ手法
 Single Target per Channel
 Amplitude Multiplex
 Probe Mix Triplex
 Advanced Classification Method

Plex Mode

Target Name

Plate Editor タブで入力されたターゲット名

Target Type

Plate Editor タブで選択されたターゲットの種類

Signal Channel 1

FAM 蛍光色素

Signal Channel 2

HEX または VIC 蛍光色素

Reference Copies

Plate Editor タブでリファレンスターゲットに指定されたコ
ピー数
ユーザーによる入力情報

Well Notes
Plot?
RDQ Conversion Factor

選択すると、ウェルのコピー数の計算にターゲットが使用されます。
ウェルの残存 DNA 定量の換算係数
注：RDQ は残存 DNA 定量実験でのみ利用可能です。

94 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

Analysis Well Data テーブル
解析ウィンドウでは、Well Selector の横に設定内容と Run データの両方を含むウェルデータテーブルが表示されます。この表には、最初に Plate Editor で選択したウェル、またはその後に Well
Selector で選択したウェルのみのデータ列の一部が表示されます。

この統合表の各列の内容を表 21 にまとめます。
表 21

Analysis Well Data テーブルのフィールド

列名

内容

Well

サンプルが含まれるプレート内のウェルの位置

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4
TargetPlate Editor タブでウェルを識別するために使用されたサンプ
ル名Conc (copies/µl)

ポアソン分布の計算法を用いて求められた濃度

StatusExperiment

クラスターが同定されたか否か、ならびに使用された方法は何か（手動または自動解析）を示します。
Plate Editor からの実験の種類

SampleType

Plate Editor からのサンプルの種類

TargetType

Plate Editor でターゲットに割り当てられたターゲットの種類

Supermix

Plate Editor からのスーパーミックス

DyeName(s)Plate Editor でターゲットのチャンネル 1 およびチャンネル 2に割り当てられた蛍光色素

Plate Editor タブからのターゲット名

取扱説明書 | 95

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 21

Analysis Well Data テーブルのフィールド（続き）

列名

内容

Accepted Droplets

品質アルゴリズムによって許容されたドロップレットの総数

Positives

ターゲットを含むドロップレットの数

Negatives

ターゲットを含まないドロップレットの数

96 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析ウィンドウ

解析ウィンドウ
Analysis モジュールでは、amplitude 表示と確率分布グラフを見ることができます。
Amplitude グラフ
Amplitude グラフはドロップレットを色素の蛍光強度で示します。下記の解析ウィンドウでは、
FAM/EvaGreen®および HEX/VIC の蛍光色素によって同定されたポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの蛍光強度が表示されます。


1D Amplitude

2D Amplitude

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）
確率分布グラフはポジティブドロップレットの濃度に基づく計算結果を示します。下記の解析
ウィンドウでは、サンプルごとに各蛍光色素のポジティブドロップレットとネガティブドロッ
プレットの数を計測した後、ポジティブドロップレットの割合をポアソン分布に当てはめて、ターゲット DNA 分子の初期濃度をコピー数/μl の単位で求めます。
Concentration（濃度）Copy Number（コピー数）



Ratio（比率）Fractional Abundance（存在量比（%））

QX Manager で解析データファイルを開き、グリッド内の 1 つまたは複数のウェルを選択すると、算出されたポアソン確率分布の平均値がデータポイントとしてグリッド内にプロットされます。データポイントにマウスポインターを合わせると、high、median および low number を見ることができます。
注：68%または 95%（デフォルト設定）の信頼水準を用いてデータを表示することもできます。
イベント数
イベント数はターゲットが認められた（ポジティブ）ドロップレットの数と認められなかった（ネガティブ）ドロップレットの数を記録します。Event Counts タブは、選択されたウェルごとに各ターゲットのポジティブ、ネガティブおよび全ドロップレットの数を棒グラフで表示します。
注：ダッシュボード表示では、Droplets ウィンドウにイベントカウントが表示されます。
詳細は第 9 章「データ解析方法」を参照してください。

取扱説明書 | 97

第8章

Data Analysis モジュールの概要

解析画面とアウトプットのオプション
Analysis モジュールでは以下のような様々なオプションが利用できます。


共通オプション- 基本ツールバーから利用でき、データファイルを保存、インポートまたはエクスポートする。



グラフ表示設定-

グラフスケールオプション-

グラフメニューオプション - （ アイコンから）グラフ画面で利用でき、画像をコピー、保存および印刷する。データポイントを示す Amplitude グラフでは表示か非表示を選択できる。

表メニューオプション- （ アイコンから）表画面で利用でき、データのコピーや Excel
または CSV ファイルへのエクスポートのほか、列の表示／非表示が可能である。

解析ウィンドウでのグラフの表示方法を変更する。
軸に表示されるスケールを変更する

グラフ表示は全画面サイズに拡大することもでき、元の表示に戻すこともできます。

共通オプション

共通オプションの内容を表 22 にまとめます。共通オプションは Analysis モジュールのすべてのウィンドウで利用することができます。
表 22 共通オプション
オプション

内容

Save

解析ファイルの変更を現在のファイル名またはファイル拡張子で保存します。

Save asファイルを別のファイル拡張子で保存します（例えば、.qlp を.ddpcr に変
更する、あるいはファイルの変更を別のファイル名で保存するなど）

Import/export

 プレートセットアップデータをインポートまたはエクスポートします。
 グラフ解析データを Excel ファイルにエクスポートします。

Undo

Plate Editor でのみ使用可能です。

User Settings

個人のユーザー設定をデフォルト設定に戻すことができます。

データファイルを保存するには、
1.

Save または Save As をタップまたはクリックします。

98 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション2.



Save をタップまたはクリックすると、加えたすべての変更が直ちに元のファイル名で保存されます。

Save As をタップまたはクリックすると、ステップ 2 に続きます。

Save As ダイアログボックスで新しいファイル名を入力し、Save をタップまたはクリックします。
このファイルは新しいファイル名で保存されます。

セットアップまたは解析データをインポートまたはエクスポートするには、
1.

Import/Export をタップまたはクリックします。
利用可能なインポート／エクスポートのオプションを表 23 にまとめます。
注：保存されていないデータがある場合は、内容をインポートまたはエクスポートする前にファイルを保存するように指示されます。

表 23 インポート／エクスポートのオプション
インポート／エクスポー
内容
トのオプション
Import plate setup CSV
プレートレイアウトデータを CSV ファイルから Plate Editor にインポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。既存のレイアウトに新しいプレートレイアウトを上書きします。
Export plate setup CSV設定された Plate Editor レイアウトを CSV ファイルにエクスポー
トします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。
Import plate setup
プレートテンプレート（ddplt）ファイルからプレートレイアウトを
インポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。
Export plate setup
プレートレイアウトをプレートテンプレートファイルにエクスポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。
Export visible data to CSV Well Selector で選択したウェルのデータのみを CSV ファイルにエクスポートします。
Export cluster data
Excel スプレッドシートにデータをエクスポートします。
注：（ウェルごとに）ターゲットが認められたかどうか（1=Yes、
0=No）、ドロップレット数、色素別の平均値および標準偏差ならびにクラスターID を含みます。
Export linkage data
過剰に存在するターゲットのコピー数と予測値のデータ（コピー数/μl）を CSV ファイルにエクスポートします。

取扱説明書 | 99

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 23 インポート／エクスポートのオプション（続き）
インポート／エクスポー
内容
トのオプション
Export visible charts
表示されているすべてのグラフをエクスポートします。
Print visible charts

表示されているすべてのグラフを印刷します。

オプションが利用できるウィンドウや項目を表 24 に示します。
表 24 利用可能なオプション
インポート／Plate
Plate
エ ク ス ポ ー ト editor
viewのオプション
Import plate
setup CSV
Export plate
setup CSV
Import plate
setup
Export plate
setup
Export visible
data to CSVExport cluster


data


Export linkage
data
Export visible
chartsPrint visible
chartsAmplitude
プロット

確率分布
グラフ

イベント
数

データ
テーブル













































Plate 2D

注：amplitude プロットは 1D および 2D で利用でき、確率分布グラフは Concentration（濃度）、
Copy Number（コピー数）、Ratio（比率）および Fractional Abundance（存在量比）で利用できます。Dashboard 画面では表示されているプロットまたはグラフに応じたオプションを利用することができます。

100 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

グラフの拡大または縮小
以下のウィンドウではグラフの拡大や縮小が可能です。


Dashboard

1D Amplitude

2D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

amplitude または確率分布グラフを最大サイズまで拡大すると、次に縮小するまで Well Selectorと Well Data テーブルは非表示になります。
グラフを拡大または縮小するには、
1.

グラフを全画面サイズにするには、グラフ右上の（
します。

2.

元のサイズに縮小するには（）アイコンをタップまたはクリック）アイコンをタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 101

第8章

Data Analysis モジュールの概要

グラフ表示を設定する
Chart Display 設定では主にフォントサイズと位置を調節できます。各設定項目の説明と、それぞれが利用できるウィンドウを表 25 にまとめます。
表 25 グラフ表示の設定
設定項目

ウィンドウ

内容

Channel or Dye

1D Amplitude
2D Amplitude

Axis Data Label Size

1D Amplitude
2D Amplitude
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance
Event Counts
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance
Event Counts
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional AbundanceConcentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance

グラフのタイトルにチャンネルまたは色素のいずれを使用するか選択します。Channel を選択すると、チャンネル番号がグラフのタイトルとして表示され、Dye を選択すると、FAM
または HEX がタイトルとして表示されます。
軸のデータラベルに別のフォントサイズを選択します。

Chart Data Label
Size

Chart Marker Size

Chart Marker Label
Position

グラフのデータラベルに別のフォントサイズ
を選択します。

グラフマーカーに別のフォントサイズを選択します。
マーカーラベルの位置を変更します。

102 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

グラフ表示を設定するには、
1.

Chart Display ボタンをタップまたはクリックします。

2.

希望のオプションを選択します。
選択した内容が直ちに反映され、表示が変わります。

3.

以下のいずれかを実行します。


変更をデフォルトの設定として保存する場合は、自身のデフォルトとして Save をタップまたはクリックします。成功のメッセージが表示されれば、OK をタップまたはク
リックしてダイアログを閉じます。



設定を保存せずにメニューを閉じるには、グラフ画面のどこかをタップまたはクリッ
クします。

グラフスケールのオプションを選択する
グラフスケールのオプションでは主にグラフスケールの表示を調節します。

各オプションの内容と、それぞれが利用できるウィンドウを表 26 にまとめます。

取扱説明書 | 103

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表 4

グラフスケールのオプション

オプション

内容

Scale

すべてのグラフのオプションに表示されます。
Scale オプションによってグラフデータの数値の範囲が決まります。
Auto- デフォルトによる選択。QX Manager はデータ分布に適合するス
ケールを自動で表示します。
Fixed- Fixed を選択すると Axis フィールドが有効になり、目盛の範囲と間隔を手動で調整できます。
すべてのグラフのオプションに表示されます。
Axis フィールドが有効になると、各軸のデータ表示の最小値（Min）と最大値（Max）ならびに目盛の間隔（Incr）を手動で調整することができ
ます。
X- 横軸
Y- 縦軸
注：x 軸スケールの変更は 2D Amplitude グラフでのみ可能です。
Concentration グラフのオプションにのみ表示されます。
ドロップダウンリストの Channel 2 濃度、比率、コピー数または存在量比（%）から選択でき、2 番目の y 軸にそれぞれのデータを表示することができます。
すべての確率分布グラフ（Concentration、Copy Number、Ratio およびFractional Abundance）のオプションに表示されます。
Log チェックボックスを選択すると、10 を底とする対数フォーマットで
y 軸が表示される。
注：Concentration グラフでは 2 番目の y 軸に Log を選択することもできます。
Ratio および Fractional Abundance のオプションにのみ表示されます。
Inverse オプションは、足して 2 になる Ratio データポイントの逆の数に等しく、足して 100 になる Fractional Abundance データポイントの逆の数に等しくなります。
すべての確率分布グラフのオプションに表示されます。
データラベルはデフォルトによってグラフのポイントごとに表示されますが、チェックボックスを解除するとラベルは表示されません。
すべてのグラフのオプションに表示されます。
デフォルトによってグリッド線が表示されますが、チェックボックスを解除すると、これらは表示されません。

Axis

Secondary Y Axis

Log

InverseData labels

Grid Lines104 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

グラフスケールのオプションを選択するには、
1.

グラフ左上の（します。

2.

グラフスケールを手動で設定するには、Fixed を選択します。

）アイコンをタップまたはクリックして、利用できるオプションを表示

注：Auto がデフォルト設定です。
3.

Min、Max および Inc のフィールドで y 軸の下限値、上限値および目盛の間隔を入力します。
2D Amplitude については、x 軸のスケールも変更できます。
注：目盛間隔は Log チェックボックスのチェックが外れていないと入力できません。

4.

Concentration については 2 番目の y 軸表示のオプションを選択します。10 を底とする対数スケールに y 軸のスケールを変更するには、Log チェックボックスを選択します。

5.

Ratio および Fractional Abundance のグラフで逆数を表示するには、Inverse チェックボッ
クスを選択します。

6.

データラベルやグリッド線を表示しない場合は、Data Labels または Grid Lines のチェックを外します。

取扱説明書 | 105

第8章

Data Analysis モジュールの概要

グラフのメニューオプションを使用する

グラフのメニューオプションを表 27 で説明します。
表 27 グラフのメニューオプション
オプション

内容

Copy
Save Image as

グラフを画像ファイルとしてコピーし、MS Word ファイルなどの別のドキュメントに貼り付けることができます。
グラフを画像ファイルとして保存します。

Print

画像を印刷します。

Show Point Values

データポイントにマウスポインターを置くと、それぞれの数値が表示されます。

Tips：Show Point Values チェックボックスを選択すると、データを見ることができます。

106 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

グラフのメニューオプションは以下のウィンドウで利用することができます。


1D Amplitude

2D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

グラフのメニューオプションを使用するには、
1.

Well Selector でウェルを選択します。

各ウェルのデータが Well Data テーブルと関連グラフに表示されます。

取扱説明書 | 107

第8章

2.

Data Analysis モジュールの概要

グラフ右上のメニューアイコン（から選択します。
）をタップまたはクリックし、ドロップダウンリスト

Clipboard にグラフをコピーするには Copy を選択します。
注：データを貼り付けるには、貼り付け先（Word ファイルなど）に移動してから右クリックして、Paste を選択します。

3.



ファイルを保存するには、Save Image As を選択し、画面の指示に従います。



画像を印刷するには、Print を選択し、画面の指示に従います。

画面のどこかをタップまたはクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

表のメニューオプションを使用する

表のメニューオプションを表 28 で説明します。
表 5

表のメニューオプション

オプション

内容

Copy

選択したウェルの情報をコピーします。

Export to Excel

データを.xlsx ファイルにエクスポートします。

Export to CSV

データを.csv ファイルにエクスポートします。

108 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

表 28

表のメニューオプション（続き）

オプション

内容

Show/Hide Columns

表の表示に列を追加したり、表示から列を削除したりします。
Show/Hide Columns を選択すると、下記のダイアログボックスが開きます。チェックボックスの選択／解除によって、データテーブルの列の表
示／非表示を指定します。

取扱説明書 | 109

第8章

Data Analysis モジュールの概要

表のメニューオプションは以下のウィンドウで利用することができます。


1D Amplitude

2D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

Tips：メニューアイコンには個々のウィンドウ、もしくは Dashboard 画面のウィンドウからアクセスすることができます。
表のメニューオプションを使用するには、
Data Table でこれらのオプションを使用する場合は、ステップ 3 に進みます。
1.

Well Selector でウェルを選択します。

それぞれのウェルのデータが Well Data テーブルに表示されます。

110 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run およびロット情報の表示

2.

表の右上のメニューアイコン（
選択します。
）をタップまたはクリックし、ドロップダウンリストから選択したウェルのデータを Clipboard にコピーするには Copy を選択します。
注：データを貼り付けるには、貼り付け先（Excel ファイルなど）に移動してから右クリックして、Paste を選択します。



データをエクスポートするには、Export to Excel または Export to CSV を選択し、画面の指示に従ってファイルを保存します。
注：Exporting to Excel はデータをスプレッドシートフォーマットでエクスポートし、Exporting to CSV はカンマ区切りフォーマットでエクスポートします。



3.

表の列を表示または非表示にするには、Show/Hide Columns を選択した後、チェックボックスを選択または解除します。

画面のどこかをタップまたはクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

Run およびロット情報の表示
Run 情報ウィンドウを使用して、Run に関する情報を表示し、プレートに関する Run 後のメモを表示または追加します。

取扱説明書 | 111

第8章

Data Analysis モジュールの概要

112 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Amplitude プロット解析のオプション

第 9 章 データ解析方法
第 8 章「Data Analysis モジュールの概要」に要約したように、本ソフトウェアは数種類のフォーマットで解析データを提示します。Analysis モジュールでデータファイルを開くと、データとともに自動解析閾値と計算結果を見ることができ、結果の再計算や再プロット、色の変更などのオプションを選択することもできます。
データは以下のフォーマットで表示されます。
Amplitude では、各ウェルのドロップレットを散布図、1 次元または 2 次元ビューで表示します。



統計モデルでは、選択した誤差モデルと信頼区間に基づき、ターゲット分子濃度の推定値に加え、別のターゲットに対する比率および存在量比（%）が表示されます。
注：CNV 実験を実行した場合は、コピー数多型も計算されます。



イベント数は、各ウェルに存在する各ターゲットのポジティブドロップレットとネガティ
ブドロップレットの正確な数を表します。

Amplitude プロット解析のオプション
QX Manager ソフトウェアでは、3 種類の amplitude プロット表示が可能であり、データとともに自動設定閾値を見ることができ、別のオプションを選択して結果の再プロットや色の変更を行うことも可能です。
1D amplitude プロットおよび 2D amplitude プロットでは以下の作業が可能です。


ウェルの計算結果を表示する。
注：1D amplitude プロットは選択された各ウェルのデータをそれぞれのセクションに表示しますが、2D amplitude プロットは選択されたすべてのウェルのデータをまとめて表示します。

閾値を変更する。



ヒートマップでデータを表示する。



ヒストグラムを表示する。



自動解析を再度適用する。



自動解析に傾き補正を適用する。

取扱説明書 | 113

第9章

データ解析方法

1D および 2D amplitude プロットの両方で利用できる解析オプションを表 29 にまとめます。
表 6

1D および 2D amplitude ツールオプション

アイコン

モード

ビューモードヒートマップ自動解析

傾き補正付き自動解析

リセット
グラフ表示のオプション

内容
QX Manager によって割り当てられた閾値やク
ラスターとともにデータが表示されます。
このアイコンを選択すると、画面がロックされ、閾値を変更できなくなります。
ドロップレットの分布を示します。ドロップレ
ットの密度が高 いほど高温として表示 されます。
傾き補正機能を 無効化した状態でデー タを再度、自動解析します。
傾き補正機能を有効化し、データを再度、自動解析します。
注：傾き補正機能は 2 つのシングルポジティブ
クラスターの重心がダブルネガティブクラスタ
ーの重心と直交するように、ダブルネガティブ
クラスターの重心から各ドロップレットへの角
度を回転させます。
データを元の自 動解析データにリセッ トします。
軸にチャンネル番号または蛍光色素を表示するかを選択し、軸マーカー、データラベルおよび軸
ラベルの大きさを変更します。

114 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Amplitude プロット解析のオプション

1D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 30 にまとめます。
表 30 1D amplitude ツールオプション
アイコン

モード

内容

閾値、単一ウェル1D amplitude プロットでは、単一または複数のウェルについて手動で閾値を入力することができます。
プロット内のどこかをタップまたはクリックし、データに閾値線を加えます。

閾値、複数ウェル

閾値を調整するには、

閾値、単一ウェル SD
閾値、複数ウェル SD

ヒストグラムの表示 プロットエリアで線を水平にドラッグする。
 各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。
 上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。
単一または複数のウェルについて、QX Manager が閾値
と標準偏差（SD）を自動で計算し、入力します。
重要：RMD ではクラスターは通常、互いに直交しないた
め、SD 閾値は推奨されません。
注：SD 閾値は、ポジティブターゲットの平均値よりも低く、ネガティブターゲットの平均値よりも高い位置にに設定されます。プロット内のクリックした場所を起点とし、分類誤差が最小限になるように、SD によってポジティブクラスターとネガティブクラスターの間に閾値の位置が決定されます。
データをヒストグラムプロットで表示することができます。

取扱説明書 | 115

第9章

データ解析方法

2D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 31 にまとめます。
表 31 2D amplitude ツールオプション
アイコン

モード

内容

閾値線

Threshold line アイコンを使用すると、ペアのチャンネ
ルの閾値を確立でき、ドロップレットを色の異なる別のクラスターに分けることができます。
プロット内のどこかをタップまたはクリックし、データに閾値線を加えます。
閾値を調整するには、

閾値線、SD プロットエリアで線を水平または垂直にドラッグする。
 各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。
 上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。
QX Manager が閾値線と標準偏差（SD）を自動で計算し、入力します。
重要：RMD ではクラスターは通常、互いに直交しないた
め、SD 閾値は推奨されません。
注：SD 閾値はポジティブターゲットの平均値よりも低
く、ネガティブターゲットの平均値よりも高い限界値で設定されます。プロット内のクリックした場所を起点とし、分類誤差が最小限になるように、SD によってポジ
ティブクラスターとネガティブクラスターの間に閾値の位置が決定されます。

116 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Amplitude プロット解析のオプション

アイコン

モード

内容

閾値、クラスタースクエア

Threshold Cluster アイコンを使用すると、ペアのチャン
ネルの閾値を確立でき、ドロップレットを色の異なる別のクラスターに分けることができます。

閾値、クラスターサークル
閾値、クラスター
自由形

ドロップレットを分類するには
 3 つの Threshold Cluster Mode ボタン（スクエア、サークルまたは自由形）のいずれかをタップします。

選択した形でドロップレットのクラスターを囲みます。
注：クラスターモードツールを用いてドロップレットのクラスターを囲む際には、ターゲット別に色が表示されたダイアログボックスがウィンドウに現れ、正しいター
ゲットの組み合わせを選ぶことができます。

プレートのセットアップで指定されたシグナル値に基づき 2 つの軸にターゲット名が表示されます。ドロップ
レットを各ターゲットのポジティブまたはネガティブに自動で分類するために選択したクラスターの位置に最も近い色つきボックスをタップまたはクリックします。
注：Cluster ダイアログボックスの表示は plex モードによって異なります。

取扱説明書 | 117

第9章

データ解析方法

1D amplitude
1D amplitude 解析ウィンドウを使用すると、Well Selector で選択した各ウェルのドロップレッ
トの amplitude がチャンネル別に取得順で表示されます。

1D amplitude プロットは、
測定されたすべてのドロップレットを対象に、各ウェル内のポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを視覚的に表します。
ポジティブドロップレットはカラーで表示され、ネガティブドロップレットはグレースケ
ールで表示されます。Well Selector では、QX Manager が自動でドロップレットデータの閾
値設定を行ったウェルに A が表示されます。手動で閾値を設定した場合には、閾値を変更したウェルに M が表示されます。

118 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

1D amplitude

amplitude のヒストグラムプロット
ヒストグラムは、選択した各ウェルまたはウェルのグループごとに所定の fluorescence
amplitude を示したドロップレットの度数を表示します。チャンネル 1（FAM/EvaGreen®）のヒストグラムは青で、チャンネル 2（HEX/VIC）のヒストグラムは緑で表示されます。

注：ヒストグラムアイコンはデフォルトで有効化されているため、蛍光色素（チャンネル）ごとに自動でヒストグラムプロットが表示されます。
Amplitude のヒートマップビュー

1D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更およびヒートマップとヒストグラムの表示／非表
示ができるツールバーオプションがプロットの上に現れます。

取扱説明書 | 119

第9章

データ解析方法

注：各ツールオプションの詳細は 113 ページの「Amplitude プロット解析のオプション」を参照
してください。
1D amplitude プロットのデフォルトの色の割り当ては以下のとおりです。
FAM ポジティブ
HEX ポジティブ
ネガティブ

=
=
=

青
緑
グレー

本セクションの図は 4 種類のターゲットについて分析した直接定量実験のデータを表しています。


FAM プロット（チャンネル 1 の FAM 色素）は 1 つめのターゲットのポジティブドロップ
レットを青色で示します。
HEX プロット（チャンネル 2 の HEX 色素）は 2 つめのターゲットのポジティブドロップ
レットを緑色で示します。

ネガティブドロップレットは各プロットにグレースケールで表示されます。

十分な数のドロップレットが認識された実験では、ポジティブドロップレットとネガティブド
ロップレットを区別する amplitude 閾値が自動で設定されます。
注：ドロップレットをポジティブとみなす閾値をソフトウェアが自動計算するには、ウェルデー
タが一定の品質基準（ドロップレット 1 万個以上）を満たしている必要があります。ポジティブ
ドロップレットとネガティブドロップレットを正しく定量するために、手動閾値設定ツールを利用することもできます。

120 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

1D amplitude

デフォルトによってヒストグラムアイコン（）が有効化されるため、amplitude プロットとともにヒストグラムプロットも自動で表示されます。

閾値を手動で調整するには、
1.

1 つまたは複数のウェルを選択します。

2.

いずれかの閾値アイコン（ます。

）をタップまたはクリックし、手動で閾値を設定し

単一ウェルの通常閾値：複数のウェルの場合、ウェルごとに別の閾値を設定することが
できます。



複数ウェルの通常閾値：選択したすべてのウェルに同じ閾値を設定することができます。

単一ウェルの標準偏差閾値：複数のウェルの場合、ウェルごとに別の閾値を設定することができます。



複数ウェルの標準偏差閾値：選択したすべてのウェルに同じ閾値を設定することがで
きます。

3.

新しい閾値を加えたいプロット内の場所をタップまたはクリックします。

4.

閾値線が表示されたら、上向きまたは下向きの矢印を使用するか、閾値をクリック・アンド・
ドラッグして、位置を調整します。

取扱説明書 | 121

第9章

データ解析方法

QX Manager は手動で設定された閾値を表示し、閾値より上にあるドロップレットの色を変更します。
注：閾値の数値を手動で入力することもできます。
閾値を手動で変更すると、ウェルセレクターには Automatic（自動）の A の代わりに Manual（手動）の M が表示されます。

5.

（オプションとして）自動閾値にリセットするには、Auto をタップまたはクリックします。

6.

（オプションとして）傾き補正を考慮に入れて自動閾値を調整するには、Auto with Tilt をタップまたはクリックします。

7.

（オプションとして）すべてを元の表示に戻すには、Reset をタップまたはクリックします。

プロットデータのヒートマップを見るには、（）アイコンをタップまたはクリックします。

122 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

2D amplitude

2D amplitude
2D Amplitude ウィンドウには、Plate Editor の解析ビューで選択されたウェルについて、2 種類のターゲットの蛍光強度が表示されます。

2D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更、ウェルの手動クラスタリングおよびヒートマッ
プの表示／非表示ができるツールバーオプションがプロットの上に現れます。各ツールバーオ
プションの詳細は 113 ページの「Amplitude プロット解析のオプション」を参照ください。

注：各ツールバーオプションの詳細は 113 ページの「Amplitude プロット解析のオプション」を参照ください。
本セクションの図は 2 種類のターゲットについて分析した直接定量実験のデータを表しています。
プロットは、第１ターゲットおよび第２ターゲットの陽性 Droplet、両方のターゲットを含む
Droplet、およびどちらのターゲットも含まない Droplet についての個々のクラスタ表現を示しています。

取扱説明書 | 123第9章

データ解析方法

2D amplitude プロットのデフォルトの色の割り当ては以下のとおりです。
FAM ポジティブ
HEX/VIC ポジティブ
FAM および HEX/VIC ポジティブ

=
=
=

ネガティブ

=

青
緑
オレンジ（モニターによっては茶色に見えることもあ
ります）
グレー

注：ドロップレットをポジティブとみなす閾値をソフトウェアが自動計算するには、ウェルデー
タが一定の品質基準（ドロップレット 1 万個以上）を満たしている必要があります。ポジティブ
ドロップレットとネガティブドロップレットを正しく定量するために、手動閾値設定ツールを利用することもできます。
2D amplitude のツールを使用するには、
1.

Analysis モジュールでデータファイルを開いて、2D Amplitude タブを選択します。

2.

閾値線またはクラスターのオプションを選択します。
注：データが直交しておらず、閾値線によってドロップレットの集団を適切に分けられない
場合は、クラスターオプションを使用します。


閾値線を調整するには、閾値線の種類（）を選択してからプロット内をタップまたはクリックし、十字線を加えます。以下の方法のいずれかを使用します。


プロットエリアで線を水平または垂直にドラッグする。



各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。



上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。

124 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

2D amplitude

クラスターオプションを用いて閾値を調整するには、クラスターの種類（を選択し、選んだ形状でドロップレットのクラスターを囲んで分類します。

）

3.

（オプションとして）自動閾値にリセットするには、Auto をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）傾き補正を考慮に入れて自動設定閾値を調整するには、Auto with Tilt
をタップまたはクリックします。

5.

（オプションとして）すべてを元の表示に戻すには、Reset をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 125第9章

データ解析方法

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション
QX Manager はオリジナルの計算によるデータをグラフに表示しますが、別のオプションを選択
して結果を再計算することもできます。
統計的確率分布を表すグラフでは、以下の作業が可能です。


個別または統合したウェルのデータを表示する。



誤差モデルと信頼区間を変更する。

注：イベント数については、ビューモードを変えてポジティブ、ネガティブまたはすべてのドロップレットの数を表示することもできます。

126 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション

利用できるオプションを表 25 にまとめます。
表 7

確率分布グラフのグラフツールオプション

アイコン

モード

内容

個別/統合両方表示選択されたすべてのウェルを統合して計算した総数
またはパーセンテージと、選択された各ウェルを個別に計算して得られた総数またはパーセンテージを表示します。
選択された同一パラメータのすべてのウェルを統合して計算した総数またはパーセンテージを表示します。
注：ソフトウェアがウェルをマージする前に、ウェルのセットアップが各ウェルに一致する必要があります。
選択された各ウェルを個別に計算して得られた総数
またはパーセンテージを表示します。

統合解析表示個別解析表示x 軸のウェル

x 軸にウェル番号を表示します。

x 軸のサンプル

x 軸にサンプル名の一部とチャンネル番号を表示します。

誤差モデルと信頼区間

注：Well と Sample は同時に選択できます。
誤差モデルと信頼水準を選択します。デフォルトの設定は結果の信頼性を最大にするため、誤差モデル
はポアソン、信頼区間は 95%です。

重要：ソフトウェアは計算に下記の乗数を使用します。
 95%信頼区間にはシグマ乗数 1.96
 68%信頼区間にはシグマ乗数 1.0

取扱説明書 | 127

第9章

データ解析方法

Event Count ウィンドウで利用できる追加オプションを表 33 にまとめます。これらのオプショ
ンはイベント数のデータにしか利用できません。
表 33 イベント数の追加オプション
アイコン

モード

内容

ビューモードポジティブ

各ウェルのターゲット別のポジティブドロップレット
数を棒グラフで表示します。

ビューモードネガティブ

各ウェルのターゲット別のネガティブドロップレット
数を棒グラフで表示します。

ビューモードトータル

各ウェルの全ドロップレットの数を棒グラフで表示します。

128 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

濃度 Concentration

濃度 Concentration
濃度解析では、デフォルト設定に基づきサンプル 1 μl あたりのターゲット分子のコピー数を測定します。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することもできます。
ツールバーオプションの詳細は 126 ページの「確率分布グラフ解析のオプション」を参照くだ
さい。

以下の図には一連のウェルの濃度データを表示しています。

QX Managar は各ターゲットの平均濃度をデータポイントとしてプロットします。データポイン
トにポインターを合わせると、信頼区間の最大値、中央値および最小値が表示されます。

取扱説明書 | 129

第9章

データ解析方法

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

濃度の計算

式中の
-ln

負の自然対数

Vdroplet

ドロップレットの体積

Nneg

ネガティブドロップレットの数

N

ドロップレットの総数

信頼区間の計算
注：68%信頼区間を選択すると、乗数は 1.96 から 1.0 に変更されます。

式中のVdroplet

ドロップレットの体積

Nneg

ネガティブドロップレットの数

N

ドロップレットの総数

P

p 値（サンプル中にターゲットが検出される確率）

Δ

デルタ

130 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

濃度 Concentration

ベイズ推定の計算式
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

取扱説明書 | 131

第9章

データ解析方法

コピー数 Copy Number
重要：コピー数多型データを見るには、コピー数多型（CNV）ddPCR 実験を実行している必要があります。
コピー数解析ではゲノムあたりのターゲット遺伝子の数を計算するため、リファレンス遺伝子に対するターゲット遺伝子の推定数を求めます。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。 ツールバーオプションの詳細は 126 ページの「確率分布グラフ解析のオプシ
ョン」を参照してください。

以下の図には一連のウェルのコピー数データを表示しています。

QX Manager は各コピー数多型をデータポイントとしてプロットします。データポイントにポイ
ンターを合わせると、上限値、中央値および下限値が表示されます。

132 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

コピー数 Copy Number

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

NB

ゲノムに含まれるリファレンスコピー数（通常は 2）

信頼区間の計算
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

NB

ゲノムに含まれるリファレンスコピー数（通常は 2）

CIA

ターゲットのポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

CIB

リファレンスのポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)注：
コピー数解析は、ターゲット DNA 配列のコピー数を不変のリファレンス DNA 配列との比較によって求めます。ゲノムに含まれる倍数性の変化（染色体の付加または欠失）、欠失（染色体の部分的欠如）あるいは重複（ターゲット配列の繰り返し）などの構造多型を求めるのに CNV 解析を使用します。

取扱説明書 | 133

第9章

データ解析方法

統計学的信頼性をもって連続するコピー数（CN）状態を識別できる能力は、コピー数評価において技術的な課題となっています。基本的に CN 状態が増えるほど、状態間でのターゲットゲノ
ム濃度の%差は減少します。例えば、所定のターゲット遺伝子座で CN 3 は CN 2 よりもゲノムあたりの濃度が 50%高いですが、CN 5 は CN 4 よりも 25%しか高くありません。
1 ウェルあたり最大 2 万個ものドロップレットという反応の膨大な分割に加え、ddPCR 濃度測
定法の絶対的な性質と精度により、ddPCR の CNV 解析は CN 3 を超える連続コピー数状態の区別に必要な定量的識別が可能です。例えば、CN 5 と CN 6 のサンプル間のターゲット濃度の 20%
差は、ddPCR を使用すれば再現性よく検出することができます。この識別能は連続 CN 状態間の濃度差のほか、ウェルあたりの DNA 量に依存します。

134 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

比率 Ratio

比率 Ratio
比率解析では、デフォルトの設定に基づきサンプル 1 μl に含まれる 2 つのターゲット分子の割合を求めます。
T1：T2
ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデ
ルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。ツールバーオプションの詳細は 126
ページの「確率分布グラフ解析のオプション」を参照ください。

以下の図には一連のウェルの比率データを表示しています。

QX Manager ソフトウェアは各比率をデータポイントとしてプロットします。信頼区間の値を見るには、データポイントにポインターを合わせます。

取扱説明書 | 135

第9章

データ解析方法

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

注：リファレンスが選択されていない場合は、最大番号のチャンネルが自動的にリファレンスとみなされます。複数のリファレンスが選択されている場合は、幾何平均値が使用されます。

信頼区間の計算
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

式中のA

ターゲット 1 の目標濃度

B

ターゲット 2 の目標濃度

CIA

ターゲット 1 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

CIB

ターゲット 2 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)136 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

存在量比（%） Fractional Abundance
存在量比（%）の解析では、デフォルト設定に基づきサンプル 1 μl あたりのターゲットの相対的存在量を求めます。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできる
ほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。ツールバーオプ
ションの詳細は 126 ページの「確率分布グラフ解析のオプション」を参照してください。

以下の図には一連のウェルの存在量比データを表示しています。

QX Manager は存在量比をデータポイントとしてプロットします。信頼区間の最大値と最小値を見るには、データポイントにポインターを合わせます。

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

取扱説明書 | 137

第9章

データ解析方法

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

注：リファレンスが選択されていない場合は、最大番号のチャンネルが自動的にリファレンスとみなされます。複数のリファレンスが選択されている場合は、幾何平均値が使用されます。

信頼区間の計算
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

式中のA

ターゲット 1 の目標濃度

B

ターゲット 2 の目標濃度

CIA

ターゲット 1 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

CIB

ターゲット 2 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)138 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

イベント数 Event Counts
Event Counts タブを選択すると、選択したウェル別に各ターゲットのポジティブドロップレッ
トとネガティブドロップレットの数が棒グラフで表示されます。
注：ダッシュボード表示では、イベント カウントはドロップレット ウィンドウに表示されます。

ツールバーを使用すれば、各ウェルのデータを統合したり分けたりすることによって表示を変更することができます。データの表示にウェル名やサンプル名を選択することができ、ポジティ
ブドロップレット、ネガティブドロップレットまたは全ドロップレットの数を自由に組み合わせて表示することもできます。

取扱説明書 | 139

第9章

データ解析方法

連鎖解析 Linkage Analysis
ddPCR では、２つのターゲット遺伝子での物理的連結は以下のパターンのいずれかで起こり得ます。


標的配列が同じ場合はタンデムリピート



同一染色体上の DNA 上で物理的に近い 2 つのターゲット配列の近接性

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中の
ln

自然対数

-ln

負の自然対数N

Droplet の総数

n00

両チャンネルの負の Droplet 数

n01

チャンネル１の負の Droplet 数、チャンネル２の正の Droplet 数

n10

チャンネル１の正の Droplet 数、チャンネル２の負の Droplet 数

式中のN

Droplet の総数

n00

両チャンネルの負の Droplet 数

n01

チャンネル１の負の Droplet 数、チャンネル２の正の Droplet 数

n10

チャンネル１の正の Droplet 数、チャンネル２の負の Droplet 数

140 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

イベント数 Event Countsp

P 値（確率）Ò

Delta

信頼区間の計算

式中の

標準偏差


取扱説明書 | 141第9章

データ解析方法

142 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

第 10 章 解析モジュールのレポート機能
Reporting 機能を使用して、QX Manager Analysis モジュールで様々なレポートを作成することができます。
解析ファイルからその場でレポートを作成することもできますが、所定のレポートを定期的に作成する必要がある場合は、繰り返し利用できるようにレポートテンプレートを設定しておくことも可能です。
本章では、利用可能なレポートの要素、解析レポートの作成方法およびレポートテンプレートの作成方法について説明します。

レポートの要素
QX Manager では、Run とデータに関する以下の要素のいずれかまたは全部に関するレポートを作成することができます。

Run Setup

Plate Setup（プレートのセットアップ）
Well（ウェル）Perform droplet reading（ドロップレット読み取りの実施）

Experiment type（実験の種類）

Sample description 1, 2,3, and 4（サンプルの記述 1、2、3 および 4）Sample type（サンプルの種類）

Supermix name（スーパーミックスの名称）



Plex mode（Plex モード）Target name（ターゲット名）

Target type（ターゲットの種類）



Signal channel 1, 2, 3, and 4（蛍光チャンネル 1、2、3 および 4）

Reference copies（リファレンスコピー数）

Well notes（ウェルノート）Plot?（プロット？）

Rdp conversion factor（Rdq 換算係数）

取扱説明書 | 143

第 10 章解析モジュールのレポート機能



Plate name（プレート名）



Supermix information（スーパーミックスの情報）

Number of wells read（読み取りウェル数）

Selected wells for report（報告の対象であるウェル）Username of the person who did the run（Run の実行者のユーザー名）



Run start time（Run 開始時間）

Run complete time（Run 終了時間）



Initial wait elapsed time（最初の待ち時間）

DR eplapsed time（DR 経過時間）Errors（エラー）

Instrument serial number（装置のシリアル番号）



Firmware version（ファームウェアのバージョン）

Software version（ソフトウェアのバージョン）

Software（ソフトウェア）Run notes（Run ノート）

Lot information（ロットの情報）

1D Amplitude

Threshold value（閾値）

Tilt correction（傾き補正）

Amplitude 1D chart（amplitude 1D グラフ）

Amplitude 1D chart for each well（各ウェルの amplitude 1D グラフ）

Amplitude 1D histogram chart（amplitude 1D ヒストグラム）

Amplitude 1D histogram chart for each well（各ウェルの amplitude 1D ヒストグラム）

2D Amplitude

Threshold value（閾値）

Tilt correction（傾き補正）

Amplitude 2D chart（amplitude 2D グラフ）

144 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

レポートの要素

Amplitude 2D chart for each well（各ウェルの amplitude 2D グラフ）

ConcentrationError model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Chart（グラフ）

Copy Number

Error model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Chart（グラフ）

Ratio


Error model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Inverse（逆数）Chart（グラフ）

Fractional Abundance

Error model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Inverse（逆数）Chart（グラフ）

Event Counts
Analysis Results

取扱説明書 | 145

第 10 章解析モジュールのレポート機能

解析レポートの作成
テンプレートを使用してレポートを作成することもできますし、その場でカスタムレポートを作成することもできます。
1.

レポートタブを選択します。

2.

下記のいずれかを実行します。


テンプレートからレポートを作成するには、テンプレート ドロップダウン矢印をクリックし、リストからテンプレートを選択します。


テンプレート内のレポート要素を変更するには、ステップ 3 に進みます。



テンプレートを変更せずにレポートを実行するには、ステップ 5 に進みます。

カスタムレポートを作成するには、ステップ 3 に進みます。

3.

左側の矢印をクリックすると、拡張されたリストが表示されます。

4.

含めるレポート要素のチェックボックスを選択します。

5.

レポートのタイトルを入力します。

6.

(オプション) Select the Password Encrypt Report チェックボックスを選択し、パスワードを入力します。

7.

Generate Report をクリックします。
PDF レポートが作成されます。

8.

Save をクリックしレポートを保存します。

146 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

レポートテンプレートの作成
Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を割り当てられている場合には、新しいレポートテンプレートを作成し、保存することができます。デフォルトのレポート構成を編集するか、既存のレポートを開いて編集した後、変更後の構成を新しいテンプレートとして保存します。

注：レポートの作成については、143 ページの「レポートの要素」を参照してください。
レポートテンプレートを作成するには、
1.

Template Setup タブを選択し、Reports をタップまたはクリックします。

2.

以下のいずれかを実行します。


新規のテンプレートを作成するには、Add New Template をタップまたはクリックします。
既存のテンプレートを開くには、テンプレートを選択してから Edit Report Template を
タップまたはクリックします。

デフォルトまたは選択したレイアウトが表示されます。
3.

各項目の左にある矢印をタップまたはクリックすると、報告可能な項目のリストが展開します。

4.

チェックボックスを選択または解除し、レポートの構成を決定します。

取扱説明書 | 147

第 10 章解析モジュールのレポート機能

Tips：画面の下にあるボタンを使用すると、すべてのカテゴリーの展開または折りたたみや、すべてのチェックボックスの選択または解除が一度で実行できます。

5.

Report Title のフィールドでレポートテンプレートの名称を入力します。30 字を超えないよ
うにします。

6.

Save をタップまたはクリックします。

7.

Save ダイアログボックスでテンプレートファイルの名称を入力します。

8.

保存場所を選択します。
下記から選びます。


System Templates または My Templates
重要：このうち 1 つしか有効になりません。システム管理者が System Settings で優先
保存場所を指定している場合は、System Templates フォルダか Shared フォルダにテンプレートを保存することができ、優先保存場所が設定されていない場合は、My
Templates フォルダか Shared フォルダに保存することができます。

Shared Templates
このフォルダに保存することを選択すると、作成したテンプレートをすべてのユーザ
ーが利用できるようになります。

9.

もう一度 Save をタップまたはクリックし、レポートのフォーマットをテンプレートとして保存します。

148 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

第 11 章Gene Study モジュール

Data Analysis ウィンドウから Gene Study モジュールにアクセスすることができます。
注：Gene Study モジュールはタッチスクリーンコンピューターからは利用できません。

Gene Study をセットアップするには、データファイルを追加してから、ddPCR 実験の遺伝子発現データを比較します。
注：Gene Study で解析できるサンプルの最大数は、コンピュータの RAM および仮想メモリの容量によって制限されます。
Gene Study モジュールを開くには、Gene Study をクリックします。

取扱説明書 | 149

第 11 章Gene Study モジュール

Gene Study ダイアログボックスには下記の 2 つのタブが含まれます。
Study Setup-

Gene Study の Run ファイルを管理する。

重要：Gene Study でデータファイルを追加または削除しても、元のファイルのデータは変更されません。
Study Analysis-

組み合わせた Run 結果の遺伝子発現データを表示する。

これらのタブからは Gene Study のセットアップのためのファイルの追加、グラフやプロットでのデータの解析、Gene Study データのレポートの作成が可能です。

Gene Study のオプション
Gene Study モジュールでは下記のメニューが用意されており、オプションが利用できます。


File-

Gene Study を開き、保存し、閉じる。ファイルを追加する。



Settings-

Tools-

デフォルトのレイアウトに戻す。

レポートを作成する。

150 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study のオプション

Gene Study ファイルを開くには、
1.

File → Open の順にクリックします。

2.

Open ダイアログボックスでデータファイルを見つけて選択し、Open をタップまたはクリックします。Gene Study モジュールでファイルが開きます。

Gene Study ファイルを保存するには、
1.

File をクリックし、Save または Save As を選択します。

2.

指示に従い、ファイル名を入力し、Save をタップまたはクリックします。

3.

既存のファイルに上書きするよう指示された場合は、Yes か No をタップまたはクリックします。

Gene Study ファイルを閉じるには、File → Close の順にクリックします。
注：ファイルが保存されていない場合は忠告のメッセージが表示されます。

データファイルを追加するには、
1.

File → Add Data Files の順にクリックします。

2.

Open ダイアログボックスで Gene Study に追加するデータファイルを見つけます。

3.

1 つまたは複数のファイルを選択し、Open をタップまたはクリックします。
Study Setup ウィンドウにファイルが追加されます。

デフォルトの設定に戻すには、

Settings → Restore default settings の順にクリックします。
注：変更されたデータファイルが少なくとも 1 つ開いている必要があります。

レポートを作成するには、

159 ページの「Gene Study のレポート」を参照してください。

取扱説明書 | 151

第 11 章Gene Study モジュール

Gene Study のセットアップ
Study Setup ウィンドウを使用して、以下の作業を行います。


解析に含めるデータファイルを追加する。



解析からデータファイルを除外する。



閲覧および解析のためのデータファイルを選択する。



データファイルのプレートビューを表示する。

Study Setup の各列とその内容を表 34 にまとめます。

152 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study のセットアップ

表 8Gene Study セットアップフィールド

列のタイトル内容

File Name

データファイルの名称

Date Created

ファイルを Gene Study モジュールにインポートした日付

Plate View

Gene Study に含まれる各ウェルの色素別のデータを示したプレートマ
ップを開く。

取扱説明書 | 153

第 11 章Gene Study モジュール

データファイルの追加
データファイルを追加するには、
1.

Study Setup タブで Add Data Files をタップまたはクリックします。

2.

Open ダイアログボックスで Gene Study に追加するデータファイルを見つけます。

3.

1 つまたは複数のファイルを選択し、Open をタップまたはクリックします。
Study Setup ウィンドウにファイルが追加されます。

データファイルの除外
データファイルを除外するには、


ファイルの横にあるチェックボックスを選択してから、Remove をタップまたはクリックします。
Study Setup ウィンドウからファイルが除外されます。
注：ファイルを選択するまで、Remove ボタンは有効になりません。

154 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study のセットアップ

解析のためのデータファイルの選択解析のためのデータファイルを選択するには、
1.

解析に含めるファイルの横にあるチェックボックスを選択します。

2.

解析結果を見るには Study Analysis タブを選択します。詳細は 157 ページの「Study Analysis
機能」を参照ください。

プレートビューの閲覧
プレートビューを見るには、
1.

Plate View の列でプレートビューを表示するファイルのボタンをタップまたはクリックします。

プレートビューが表示されます。

取扱説明書 | 155

第 11 章2.

Gene Study モジュール

プレートビューを閉じるには Close をクリックします。

156 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Study Analysis 機能の使用

Study Analysis 機能の使用

Study Analysis タブでは、Gene Study のすべての Run データが図表で表示されます。これらを
表 35 で解説します。
表 35 解析ツールバー
ボタン

内容

棒グラフ

棒の長さは正規化発現量または相対量を表します。

クラスターグラム

異なるターゲットおよびサンプルの発現量の類似度に基づく階層図でデータを表します。

取扱説明書 | 157

第 11 章Gene Study モジュール

表 35

解析ツールバー（続き）

ボタン

内容

散布図

対照サンプルと実験サンプルにおけるターゲットの正規化発現量の点
プロット

ボルケーノプロット

対照サンプルと比較した実験サンプルのターゲット発現量（発現調節）の変化の点プロット

ヒートマップ

相対的な正規化発現量に基づき対照サンプルと比較した実験サンプルのターゲット発現調節を示すプレートレイアウトグリッド

結果表

注：複数のプレートの同じ場所に同じターゲットが存在するが、サンプルが異なる場合は、ドロップダウンメニューを使用して、解析に用いるプレートを選択します。
結果を表形式で示す

158 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study レポート

Gene Study レポート
Gene Study のデータをレポートにまとめるには Gene Study Report ダイアログボックスを使用します。Gene Study レポートに利用できるすべてのオプションを表 34 にまとめます。
表 9

Gene Study レポートのカテゴリー

カテゴリー

オプション

内容

Report Information

日付、ユーザー名、データファイル名、データファイルパスおよび選択されたウェルグループ

Gene Study File List

Gene Study のすべてのデータファイルのリスト

Notes

データレポートに関するメモや注釈

HeaderStudy Analysis Bar Chart
Analysis Settings

選択されたパラメータのリスト

Chart

遺伝子発現棒グラフによるデータの表示

Target Names

Gene Study のターゲットの一覧

Sample Names

Gene Study のサンプルの一覧

Data

スプレッドシートによるデータの表示

Target Stability

ターゲットの安定性のデータ

Inter-run Calibration

Run 間キャリブレーションのデータ

Study Analysis Clustergram, Scatter Plot, Volcano Plot, and Heat Map
Analysis Settings

各種グラフの設定

Chart

遺伝子発現グラフによるデータの表示

Data

スプレッドシートによるターゲット別のデータの表示

取扱説明書 | 159

第 11 章Gene Study モジュール

Gene Study レポートの作成
レポートを作成する前に Gene Study のデータとグラフに必要な調整を行います。
Gene Study レポートを作成するには、
1.

Gene Study メニューで Tools → Reports の順に選択し、Report ダイアログボックスを開
きます。

2.

レポートに含めたいオプションを選択します。
レポートを開くと、デフォルトのオプションが選択されます。カテゴリー全体またはカテゴ
リー内の各項目を変更するにはチェックボックスを選択または解除します。
利用できるオプションについては 159 ページの「Gene Study レポート」を参照ください。

3.

レポートに含めるカテゴリーと項目の順序を変えます。
オプションを必要な位置にドラッグします。項目の順序は同じカテゴリー内でしか変更で
きません。

4.

Update Report をクリックし、すべての変更を反映させて Report Preview ウィンドウを更
新します。

5.

レポートを印刷または保存します。
a.

ツールバーの Print Report ボタンをクリックし、現在のレポートを印刷します。

b.

File から Save を選択します。この時 PDF、MHT または MHTML などのファイルフォ
ーマットを選択し、ファイルの保存場所を選択します。
注：MHT および MHTML は Microsoft のフォーマットです。

c.

6.

レポートを新しいファイル名で保存するか新しい場所に保存する場合は、File → Save
As を選択します。

（オプションとして）最新のレポート設定をテンプレートとして保存するには、Template→ Save または Save As を選択します。

160 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

付録 A 実験例
本セクションでは、下記の実験を例にとり、セットアップと解析について説明します。
Amplitude Multiplex アッセイを用いた、直接定量

Probe Mix Triplex アッセイを用いた、コピー数多型



ゲノム編集検出のための Basic Drop-off Assay を用いた、ドロップオフアッセイAdvanced Classification Method アッセイを用いた、直接定量

重要：この付録では、スーパーミックスとウェルが Run 前に選択されており、解析中に変更できないデータ収集ファイルでの仕様としています。

取扱説明書 | 161

付録 A

実験例

マルチプレックスアッセイによる直接定量
Amplitude Multiplex オプションを使用することによって、評価するターゲット数を増やすことができます。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Direct Quantification（DQ）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Assay Type の欄で Amplitude Multiplex を選択し、Apply をタップまたはクリックします。
ターゲットが 8 行表示されます。

7.

ウェルのターゲットごとにターゲットの名称と種類（未知またはリファレンス）を変更します。ソフトウェアは各ターゲットに対して、それぞれ FAM Lo、FAM Hi、HEX Lo、HEX Hi
をデフォルトとしています。

8.

Reference を選択すると、リファレンスコピー数を変更することができます。デフォルトは2 です。
リファレンスを選択しなければ、最大番号のチャンネルのターゲットがリファレンスとして使用されます。

162 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

マルチプレックスアッセイによる直接定量

1 ウェルで複数のリファレンスが選択されている場合、プロットでリファレンスを指定するためのチェックボックスが右側に表示されます。
注：各 Reference ターゲットにより結果の比率の計算が可能になります。
9.

（オプションとして）High／Low のターゲットの表示を変更します。
Amplitude Multiplex では 1 チャンネルにつき最大 2 つのアッセイが可能であり、Lo と Hi の表示によって識別されます。このマルチプレックスモードでは、各ターゲットのシグナルが
1 つのチャンネルでのみ検出されることがあります。以下の方法が可能です。
チャンネルが 2 種類の色素に対応する場合は、別の色素を選択する（例えば HEX を
VIC に、または VIC を HEX に変更する）。

ターゲットに別のチャンネルを選択する（例えば FAM を HEX に変更する）。



Hi を Lo に、または Lo を Hi に変更する。

10. Apply をタップまたはクリックします。
Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
自動閾値設定は Amplitude Multiplex 実験には利用できません。
グラフ全体にわたって容易に特定できるクラスターについては、Threshold Lines モードを用いて手動で閾値を設定します。データが直交せず、閾値線によってドロップレットの集団を適切に分割できない場合は、Threshold Clusters を用いて手動で閾値を設定します。
2D Amplitude ウィンドウで閾値を設定するには、
1.

2D Amplitude タブを選択します。

2.

ツールバーで Threshold Line Mode ボタンをタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 163

付録 A

実験例

3.

プロットのどこかをタップまたはクリックし、データに「best fit」な閾値線を適用します。

4.

閾値を調整するには、プロットエリアで閾値線を水平または垂直にドラッグします。
Tips：各閾値線の端にあるボックスに閾値を数値で入力することもできます。

マニュアルクラスターを適用し、調整するには、
1.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをタップまたはクリックします。

2.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した
形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるようにポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

3.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップレットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

164 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

トリプレックスアッセイによるコピー数多型

トリプレックスアッセイによるコピー数多型
probe mix triplexing による CNV 実験では、2 つのターゲットと 1 つのリファレンスを使用し、解析データを生成します。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル情報を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Copy Number Variation（CNV）に変更した後、Apply をタップまたはクリッ
クします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Apply をタップまたはクリックします。

7.

Assay Type のドロップダウンリストから Probe Mix Triplex を選択し、Apply をタップまた
はクリックします。
ターゲットが 3 つ表示されます。
重要：トリプレックスターゲットの追加や削除はできません。

8.

ウェルのターゲットごとにターゲット名を入力し、ターゲットの種類（未知またはリファレンス）を選択します。

9.

以下のようにターゲットを割り当てます。

Unknown

SignalCh1
FAM

Signal
Ch2
None

Ref
CopiesN/A

Target 2

Unknown

None

HEX/VIC

N/A

N/A

Target 3

Reference

FAM

HEX/VIC

2

Yes

TargetTarget Type

Target 1

Plot?
N/A

10. Apply をタップまたはクリックします。
Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

取扱説明書 | 165

付録 A

実験例

結果の閲覧と調整
注：自動閾値設定は Probe Mix Triplex 実験には利用できません。
結果を見るには、
1.

すべてのウェルの設定が終われば、2D Amplitude タブを選択してデータを評価し、クラス
ターを手動で設定します。

2.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをタップまたはクリックします。

3.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した
形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるようにポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

4.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップレットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

166 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ
ドロップオフアッセイの 2 つの設定が可能で、以下に示します。野生型と NHEJ インデル対立
遺伝子にシグナル（期待されるクラスター位置）を割り当てます。野生型アレルによって産生されるシグナルは、FAM と HEX の両方に対して常に陽性となりますが、NHEJ インデルアレルによって産生されるシグナルは、使用されるアッセイの構成に依存します（以下の左と右に示すように）。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Drop-Off（DOF）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 167

付録 A

実験例

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスの変更はできません。

6.

Apply をタップまたはクリックします。
アッセイの種類は自動的に Basic Drop-Off に指定されます。

7.

ターゲット名を入力した後、1 つを Reference、残りを Unknown とします。
リファレンスターゲットにより結果の比率計算が可能になります。

8.

Apply をタップまたはクリックします。

Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
閾値設定は Drop Off 実験には利用できません。
クラスターを適用し、調整するには、
1.

すべてのウェルの設定が終われば、2D Amplitude タブを選択してデータを評価し、クラス
ターを手動で設定します。

2.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをタップまたはクリックします。

168 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ

3.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した
形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるようにポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

4.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップレットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

取扱説明書 | 169

付録 A

実験例

Advanced Classification Method による直接定量
Advanced Classification Method（高度分類法）解析モードでは、ドロップレットの同定をユー
ザーが完全にコントロールでき、クラスターの強制や事前の割り当てはありません。radial dye
mixing により高度なマルチプレキシングが可能です。
重要：本モードはドロップレットデジタル PCR の経験が豊富なユーザー向けに設計されています。

実験パラメータのセットアップ
Advanced Classification Method を使用するには、
1.

解析ファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Direct Quantification（DQ）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Apply をタップまたはクリックします。

7.

Assay Type で Advanced Classification Method を選択し、Apply をタップまたはクリックします。

8.

+ アイコンを使用し、最大 10 個になるまでターゲットを追加します。

9.

ウェルのターゲットごとにターゲット名を入力し、ターゲットの種類（Unknown またはReference）を選択します。

170 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Advanced Classification Method による直接定量

10. （オプションとして）リファレンスを選択すると、リファレンスコピー数を変更することができます。デフォルトは 2 です。


リファレンスを選択しなければ、最大番号のチャンネルのターゲットがリファレンスとして使用されます。



1 ウェルで複数のリファレンスを選択すると、プロット内でリファレンスを使用するためのチェックボックスが右に表示されます。

注：各 Reference ターゲットにより結果の比率計算が可能になります。
11. 最初のターゲットに予測されるチャンネルのシグナルを割り当てます。
12. 最後のターゲットには、最初のターゲットに選択しなかったチャンネルのシグナルを割り当てます。
中間の各ターゲットにはターゲットの混合比率に応じてシグナルが割り当てられます。
13. Apply をタップまたはクリックして、すべてのウェルの設定を確定します。
Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
1.

2D Amplitude タブをタップまたはクリックします。
デフォルトによってすべてのドロップレットは未分類のまま赤色で表示されます。2D プロットでの Advanced Classification 実験の閾値設定に利用できるのは Threshold Cluster モードのみです。

2.

Threshold Cluster モードのツール（ボックス、サークルまたはフリーハンド）のいずれかを使用し、ドロップレットクラスターをターゲットに割り当てます。
ドロップレットクラスターを選択すると、クラスター割り当てボックスが表示されます。

3.

ラジオボタンを選択し、クラスターの構成を特定します。
例えば、クラスターがターゲット 2 のポジティブドロップレットで構成される場合には、ターゲット 2 のポジティブラジオボタンと残るターゲットのネガティブラジオボタンを選択します。
重要：計算させるにはターゲットごとに少なくとも 1 つのポジティブクラスターと、指定されたネガティブクラスターが存在する必要があります。

取扱説明書 | 171

付録 A

実験例

注：ソフトウェアは未指定のドロップレットは計算上無視します。ドロップレット／クラス
ターの構成が不明の場合は、未指定（赤色）にしておきます。
結果はデータテーブルおよび Concentration タブで見ることができます。
AssayType でサンプルの 1 つをリファレンスとしている場合は、Ratio タブで未知サンプルとリファレンスの濃度比を見ることができます。

172 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Advanced Classification Method による直接定量

付録 B ユーザーの管理
User Setup and Preferences ウィンドウを使用して、QX Manager のユーザーの追加、変更または削除ならびにユーザー権限および選択可能項目の設定および変更が可能です。

すべての権限を持つスーパーユーザーアカウントを最初に設定する必要があります。スーパー
ユーザーアカウントを使用して、追加のユーザーを作成したり、ユーザー権限を割り当てたりします。サポートが必要な場合は、Bio-Rad テクニカルサポートまでお問い合わせください。
注：所定の権限のいずれも割り当てられていないユーザーも、Run の実行と解析モジュールの使用は可能です。
ローカルアカウントまたはドメインアカウントを設定することができます。QX200 Droplet
Reader に接続されているコンピュータの場合


社内ネットワークにアクセスできる場合は、QX Manager ソフトウェアは Active Directoryのユーザー名を認識することができます。



社内ネットワークにアクセスできない場合は、社内の IT 部門がユーザー名をローカル
Windows アカウントとして設定することができます。

PC が所属施設の要件に準拠している限り、任意のユーザー名とパスワードでユーザーアカウン
トを作成することができます。ソフトウェアは各ユーザーを Active Directory またはローカルドメインのいずれかの名前と照合するように設計されているため、ユーザーは正しいドメインとユーザー名でログインする必要があります。

取扱説明書 | 173

付録 B

ユーザーの管理

ソフトウェアにユーザーを追加するには、まず QX Manager がローカルまたはドメインのユー
ザーグループでこのユーザーを認証できなければなりません。以下の点に注意してください。
ローカル ID の場合、ソフトウェアがインストールされているコンピュータごとにローカル
Windows ユーザーアカウントとして各ユーザーを設定する必要があります。



Active Directory ID の場合、IT 部門は QX200 Droplet Reader に接続されているコンピュー
タ、およびソフトウェアを実行する別のすべてのコンピュータをネットワークに接続する必要があります。

ユーザーの追加
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）の権限を有するユーザーのみが QX Manager のユーザーを追加することができます。
追加の前にまず、すべてのユーザーに Active Directory またはローカルアカウントとして設定されている ID があることを確認します。
ユーザーを追加するには、
1.

User Name のフィールドでユーザー名を入力し、Check Name をタップまたはクリックします。
下記のいずれかの状態になります。

2.



ソフトウェアがユーザー名を認識すれば、確認メッセージが表示されます。手順 2 に進みます。



ユーザー名が認識されなければ、エラーメッセージが表示されます。以下のいずれかを実行してください。


ネットワークのユーザーであれば、ネットワークとの接続が機能していることを確認した後、入力が正しいか確かめてください。



ローカルユーザーの場合、入力が正しいか確認してください。ユーザーがローカルでもネットワークでも設定されていない場合は、システム管理者に問い合わせてください。

認証成功のメッセージが表示されれば、OK をタップまたはクリックしてから、Add をタッ
プまたはクリックします。
画面に確認メッセージが表示されます。

3.

Yes をタップまたはクリックしてユーザーを追加し、OK をタップまたはクリックしてダイ
アログボックスを閉じます。

174 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ユーザー権限の追加または削除

ユーザー権限の追加または削除
Add/Manage users（ユーザーの追加／管理）の権限が割り当てられているユーザー以外は、ユーザー権限の追加や削除をすることはできません。
デフォルトにより、表 37 に示す権限のないユーザーでも Run のセットアップと実行、ファイルを開くこと、ならびに結果の閲覧と解析は可能です。
表 37 ユーザー権限
権限

内容

Add/manage users

ユーザーを追加または削除し、権限を割り当て、設定内容を変更する。
注：他のユーザーからこの権限を削除できるのはスーパーユーザーのみです。
プレート、サーマルサイクリングプロトコールまたは解析レポートのデザインをテンプレートとして保存する。
別のユーザーが作成した保存フォルダのファイルを閲覧する。

Create new templates
View data files createdby other users
Overwrite existing data
file name

System settings

Maintenance

Data archive

Save または Save As の機能を使用する。
 Save を選択すると、元のファイルの中身が当該ユーザーによって変更されたものに置き換わり、ファイル名は変わらない。
 Save As を選択すると、新しいファイル名でファイルが保存される。
注：この権限を持たないユーザーはファイルを開いて解析を実行する
ことはできますが、変更を保存することはできません。
イベントログを閲覧し、共有データファイルおよびテンプレートの保存場所の閲覧と変更を行う。
データファイルには 2 つ、テンプレートには 1 つの保存場所を設定できる。
注：優先保存場所も設定でき、これは個人設定のすべてのパスに優先されます。
ソフトウェアのアップデートを行う。
イベントログを閲覧する。
注：メンテナンスログとメンテナンスレポートはすべてのユーザーが閲覧できます。
装 置 の 実 行 に 必 要 な デ ィ ス ク の 空 き 容 量 を 増 や す た め に 、 QX
Manager をインストールしているコンピューターから生データを移動する。

取扱説明書 | 175

付録 B

ユーザーの管理ラボの各担当者の役割によって割り当てられるユーザー権限の一例を表 38 に示します。ユーザ
ーはあらゆるシナリオで定義および使用できますが、規制環境では必要になる場合があります。
表 38 ユーザーの役職の例
スーパー
ユーザー

ラボ管理者

Add/manage users

Create new templates

権限

View data files
Overwrite
nameexisting

data

file

リーダー

一般ユーザー





*















System settings

MaintenanceData archive









Access the module recovery
tool









*誰もがテンプレートを作成し保存できる場合は、この権限を管理者以外の役割に割り当てることができます。テンプレートのフォーマットが制限されている場合には、この権限は管理職のみに割り当てられるべきです。
注：少なくとも 1 人の追加のスーパーユーザーをバックアップとして定義し、必要に応じて他の管理ユーザーと標準ユーザーを定義することをお勧めします。ゲストユーザーは、共有テンプ
レートを開いて Run を実行し解析を実行できますが、通常は他の権限は割り当てられません。
権限を追加または変更するには、
1.

Add/Manage Users タブをタップまたはクリックし、User Management ウィンドウを開きます。

2.

User Name フィールドにユーザー名を入力します。

3.

ソフトウェアの使用におけるユーザーの役割に従い、各権限のチェックボックスを選択または解除します。
ユーザー権限はどのような組み合わせでも割り当てることができます。

4.

確認メッセージが表示されたら、Yes をタップまたはクリックして変更を保存した後、OKをタップまたはクリックして、ポップアップを閉じます。

176 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ユーザー設定の変更

ユーザー設定の変更
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）権限を割り当てられているユーザーは他のユーザーの設定を変更することができます。個々のユーザーも自身の設定は変更することができます。
ユーザー設定を変更するには、
1.

Add/Manage Users タブをタップまたはクリックし、ユーザー名を入力します。

2.

ユーザーの下記の設定のいずれかを変更します。


ユーザーのデータファイルとテンプレート用に別のファイルパスを入力します。

重要：System Settings で Preferred Locations（優先保存場所）も指定でき、これは個人設定で指定されたすべてのファイルパスに優先されます。詳細は 186 ページの「System
Settings タブ」を参照ください。

3.



ユーザーデータファイルとテンプレートのプライバシー設定を変更するには、チェックボックスを選択または解除します。

デフォルトのシステムタイムアウト時間として別の数字を入力できます。



Status のセクションに表示される終了プレート数として 100 以下の別の数字を入力できます。

Save をタップまたはクリックします。
確認メッセージが表示されます。

4.

Yes をタップまたはクリックして変更を保存した後、OK をタップまたはクリックして、ダ
イアログボックスを閉じます。

ユーザーの削除
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）権限を割り当てられているユーザーのみがユーザーを削除することができます。ソフトウェアから削除しても、他のシステムやデータベースからは削除されず、ユーザーはネットワークや Windows のローカルユーザーリストに残ります。
ユーザーを削除するには、
1.

Add/Manage Users タブをタップまたはクリックし、User Management ウィンドウを開きます。

2.

Current Users の領域でユーザーを選択し、Remove をタップまたはクリックします。
確認メッセージが表示されます。

3.

Yes をタップまたはクリックしてユーザーを削除した後、OK をタップまたはクリックして、ダイアログボックスを閉じます。

取扱説明書 | 177

付録 B

ユーザーの管理178 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

オイル関連のメンテナンス

付録 C 装置のメンテナンス
バイオ・ラッドはお使いの器具の定期的なメンテナンスをお勧めします。メンテナンスでは以下の作業を行います。


表面のクリーニング

定期的な液量のチェック

部品や配線の損傷を調べるための点検

バイオ・ラッドは弊社サービスエンジニアが行う半年に 1 回の故障防止メンテナンスをお勧めしています。お使いの装置の保守点検や再キャリブレーションが必要な場合は弊社にご連絡く
ださい。

オイル関連のメンテナンス
少なくとも 1 回のフル Run に十分な量のオイルがあることを確認し、廃液オイルが満タンに近い状態であれば、廃液ボトルを交換し、空ボトルを用意する必要があります。
オイルレベルは、以下のいずれかの方法で確認できます。


QX Manager のステータスバーの Reader オイルの残量と廃棄オイルのパーセンテージ表示を確認します。



QX200 Droplet Reader のインジケータ・ライトを確認し、オイルが少なく廃棄オイルが多いと点滅するインジケータが点減していない事を確認します。



容器を目視で確認します。

表 39 は装置のオイルの液面レベルに関するメンテナンスについてまとめています。

取扱説明書 | 179

付録 C

装置のメンテナンス

表 10 オイル液面レベル
QX200 イ ン ジ ケ ー
オイルレベルタ・ライトカラー
オイル＞30%緑に点灯

ステータス
オイルレベル OK。ランニングを開始できます。

廃棄物＜70%
緑に点減

オイル＜30%廃棄物＞70%

黄色に点滅

オイル＜10%
廃棄物＞90%96 ウェル未満であれば Run を開始できるかもしれません。
プレートエディタで設定したプレート数の Run を実行するのに十分なオイルがディスペンサー内にない場合、ソフトウェアはオイル交換または廃液ボトルが交換されるまで Run を実行しません。
ソフトウェアはオイル交換または廃液ボトルが交換されるまで Run を実行しません。

Droplet オイルの交換
Droplet オイルを交換するには
1.

Droplet Reader 左側面のハンドルを握り、ボトル収納部をスライドさせて引き出します。

2.

オイルボトルを外して脇に置き、廃液ボトルとして再利用します。

3.

新しいオイルボトルを挿入し、キャップを所定の位置に締めます。

180 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

オイル関連のメンテナンス

廃液のメンテナンス
発生した廃棄物を処理したり、廃棄したりする場合は、標準 MSDS（化学物質安全性データシー
ト）と OSHA 基準（米国のみ）を適用してください。典型的な廃棄物プロファイルには、以下の内容が含まれている必要があります。
フッ素系オイル
水
ブリーチ
タンパク質、核酸、蛍光色素

95%5%0.5%未満
0.1%未満バイオ・ラッド社のドロップレット作製および Droplet Reader 用オイルは、フッ素化炭化水
素化合物を主成分としているため、所属機関、都道府県、地域の規則に従って処分してください。
これらの不燃性液は不活性であるため、環境に与える影響も毒性も低いといえます。廃棄物はポリエチレン容器に収集し、1 カ月以内に処分してください。

最後の空のオイルボトルを新しい廃液ボトルとして使用してください。バイオ・ラッドからオイ
ルラベルを覆う廃液ボトル用ラベルを提供しています。
廃液ボトルを交換するには
1.

Droplet Reader 左側面のハンドルを握り、ボトル収納部をスライドさせて引き出します。

2.

廃液ボトルを取り出します。

3.

新しい廃液ラベルをオイルボトルのオイルラベルに貼ります。

4.

新しい廃液ボトルをスロットに挿入します。
重要：空になったオイルボトルは各ボトルを 1 回だけ新しい廃液ボトルとして使用し、その後は廃棄し、使いまわさないでください。捨てる前には、微生物の繁殖を防ぐために 10％
漂白液 50ml をボトルに加え、廃棄物としてラベルを貼ってください。

取扱説明書 | 181

付録 C

装置のメンテナンス

装置のフラッシングまたはプライミング
廃液ボトルを交換した後は QX200 Droplet Reader 内をフラッシングする必要があります。
装置をフラッシングするには
1.

System Utilities タブを選択します。

2.

Flush をタップします。
装置をフラッシングするかどうかを尋ねるメッセージが表示されます。

3.

Yes をタップして開始します。

4.

フラッシングを実行中というメッセージが表示されます。
フラッシングプロセスが終了すると、操作完了のメッセージが表示されます。

5.

OK をタップします。

装置をプライムするにはオイルボトルを交換した後は、QX200 Droplet Reader のプライミングを行う必要があります。
1.

System Utilities タブを選択します。

2.

Prime をタップします。
装置をプライムするかどうかを尋ねるメッセージが表示されます。

3.

Yes をタップして開始します。

4.

プライミングを実行中というメッセージが表示されます。
プライミングプロセスが終了すると、操作完了のメッセージが表示されます。

5.

OK をタップします。

182 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置メンテナンス記録フォーム（Instrument Maintenance Form）

取扱説明書 | 183

付録 C

装置のメンテナンス

184 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置メンテナンス記録フォーム（Instrument Maintenance Form）

付録 D システムユーティリティ
System Utilities タブからは装置に関連するタスクおよびデータ、ソフトウェア、データならびに保存を管理するための下記のタブにアクセスすることができます。
System Settings-

Event Log-

Maintenance Log-

Maintenance Reportsファイル

Archive Data-

Reprocess Data-

Tools – 装置を洗浄またはプライムする。

共有テンプレートおよびデータファイルの保存場所を見る

すべてのソフトウェア作業に関する記録データを見る
メンテナンス作業を記録する
バイオ・ラッドメンテナンス部門からのメンテナンス記録の PDF

ユーザーの一次保存領域の空き容量を増やす。
新しいキャリブレーション値を使用してデータファイルを再処理する

注：Instrument Calibration タブはバイオ・ラッドサービスエンジニアのユーザーアカウントでしか機能しません。



装置のタッチスクリーンではないコンピューターを使用する場合は、System Settings タブと Event Log タブしか利用できません。

取扱説明書 | 185

付録 D

システムユーティリティ

System Settings タブ
System Utilities タブを選択すると、デフォルトによって System Settings ウィンドウが開き、保存ファイルパスを入力するフィールドが表示されます。
System Settings タブでは下記の保存領域を設定することができます。


保存場所の指定（Preferred Location）



共有設定（Shared Settings）

重要：一次保存場所は、ユーザーの個人設定で指定されたファイルパスか、Preferred Locations
で指定されているファイルパスのいずれかです。システム管理者が全ユーザー用の Preferred
Location を設定している場合には、個人設定のファイルパスよりも優先されます。

Preferred Location
Preferred Location（優先保存場所）のファイルパスを使用する場合、すべてのユーザーのデー
タファイルは装置の指定されたフォルダに自動的に保存されます。
重要：優先保存場所を設定できるのは System Settings のユーザー権限を割り当てられているユーザーのみです。この設定は個人の設定に優先されます。
注：優先保存場所の制約はデータファイルにのみ適用され、テンプレートの保存場所についてはユーザーが選択することができます。

186 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

System Settings タブ

優先保存場所を指定するには、
1.

すべてのユーザーのチェックボックスで Use を選択し、Save をタップまたはクリックします。
Datafile Storage Location および Template Storage Location のフィールドでファイルパスを特定します。

2. （オプションとして）ファイルパスを変更し、Save をタップまたはクリックします。

Shared Settings
Shared Settings では、共有データファイル用の保存フォルダを 2 つと共有テンプレート用の保存フォルダを 1 つ指定することができます。
重要：System Settings のユーザー権限を割り当てられているユーザーのみは、System Settings
ウィンドウで保存場所を変更することができます。
Tips：データファイルはサイズが大きいことが多いため、一次保存フォルダとバックアップフォ
ルダを設定することができます。空き容量を定期的にチェックし、必要に応じて Archive 機能を使用することが推奨されます。
共有フォルダを指定するには、
1.

Datafile Storage Location のフィールドにファイルパスを入力するか、Browse をタップまたはクリックしてフォルダを検索します。

2.

Datafile Storage Location 2 のフィールドにファイルパスを入力するか、Browse をタップまたはクリックしてフォルダを検索します。
注：これらのパスは二次保存場所になります。データファイルは必ず優先保存場所（システム管理者が指定している場合）またはユーザー設定で指定されたパスにまず保存されます。

3.

Template Storage Location フィールドにファイルパスを入力するか、Browse をタップまた
はクリックしてフォルダを検索します。

4.

Save をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 187

付録 D

システムユーティリティ

システムログファイル
System Utilities タブから、システムとソフトウェアのイベント（イベントログ）およびメンテナ
ンス作業（メンテナンスログ）のログファイルにアクセスすることができます。
Regulatory Edition の場合、監査ログを PDF レポートとして作成することもできます。詳細はQX Manager ソフトウェア取扱説明書 Regulatory Edition をご覧ください。
注：Standard Edition でも報告可能項目の一覧に Audit Log のチェックボックスが表示されます
が、使用することはできません。

イベントログ
Maintenance のユーザー権限を付与されているユーザーはシステムイベントログを見ることができ、これにはあらゆるソフトウェア活動の情報がタイムスタンプとともに表示されます。

イベントログを見るには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Event Log を選択し、下記のいずれかを実行します。

3.

Event Log ウィンドウに表示されたイベントのリストをスクロールする。

Open Log をタップまたはクリックし、Notepad でテキストファイルを開く。

（オプションとして）PDF ドキュメントを自動で作成し表示するには、PDF Report をタッ
プまたはクリックします。

188 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムログファイル

Tips：ファイルへのアクセスを制限するために、パスワードを設定することができます。
PDF Password チェックボックスを選択し、フィールドにパスワードを入力します。ファイ
ルは Log Reports フォルダに保存され、パスワードを入力しない限り開くことができません。

メンテナンスログ
メンテナンス記録が一覧で表示されるメンテナンスログはすべてのユーザーが閲覧できます。
Maintenance Log タブは装置のタッチスクリーンからしか利用できません。
メンテナンスユーザー権限が割り当てられているユーザーはメンテナンス記録の設定、関連作
業の特定および PDF レポートの作成を行うことができます。

メンテナンスログを見るには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Maintenance Log タブを選択します。

3.

ログの内容を見るには、グリッドのリストをスクロールします。

新しい作業を追加するには1.

New Activity の横のプラス記号（+）をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 189

付録 D

システムユーティリティ

グリッドに新しい行が現れ、Date Time、User、Product Version および Firmware Version の各フィールドにデータが自動で入力されます。
2.

Activity フィールドに予定されている作業の内容を入力します。

3.

Save をタップまたはクリックします。

4.

別の作業を追加するには、同じ手順を繰り返します。
Save をタップまたはクリックした後、追加した作業の PDF レポートを作成することもで
きます。

5.

（オプションとして）PDF Report をタップまたはクリックします。

メンテナンスレポート
ご利用の装置のメンテナンスを実施した際に弊社のサービスエンジニアが作成したレポートはMaintenance Reports タブに保存されます。Maintenance Reports タブは装置のタッチスクリー
ンからしか利用できません。


レポートを開くには、リストの項目をタップまたはクリックします。

以下に示すのはカラーキャリブレーションのレポートの例です。

190 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データのアーカイブ保存

データのアーカイブ保存
QX200 Droplet Reader に接続されているコンピューターの空き容量が既定の限界に近づくと、一定の間隔で忠告メッセージが表示されます。ユーザーは生データを別の場所のアーカイブフ
ォルダに移動させることによって、空き容量を増やすことができます。
重要：データをアーカイブに保管するには、Data Archive（データのアーカイブ保存）のユーザ
ー権限が必要です。
ファイルをアーカイブに保存するには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Archive Data を選択します。

3.

アーカイブするファイルタイプのタブを選択します。例えば、Raw Data を選択します。

4.

Raw Data Archive Progress でカレンダーアイコンをタップまたはクリックし、From と Toの日付を選択して、期間を指定します。

5.

Query をクリックして、日付範囲内のファイルを検索します。

6.

Browse をタップまたはクリックし、希望の保存場所を検索します。

7.

Archive をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 191

付録 D

システムユーティリティ

データの再処理装置を再校正した後、異なる色校正値を使用して実行からデータファイルを再処理することができます。
注：QX Manager でデータを再処理するには、装置がアイドル状態になっている必要があります。ファイルが古いソフトウェア・バージョンで作成された場合、ソフトウェアはファイルを再処理することができず、アドバイザリ・メッセージが表示されます。
データファイルを再処理するには
1.

System Utilities タブを選択します。

2.

Reprocess Data をタップします。

3.

Browse をタップして解析データ ファイルに移動し、Select Datafile ダイアログボックスでファイルを選択して Open をタップまたはクリックします。
校正値は最初のカラーキャリブレーションの表に表示されます。

4.

New calibration values の見出しで、FAM、HEX、VIC、EvaGreen®蛍光色素の新しい値を入力します。

5.

Reprocess Data タップします。

192 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムキャリブレーション
QX200 Droplet Reader システムで Run を実行するには、装置の適正なキャリブレーションが必要です。
ご利用の装置のキャリブレーションは弊社サービスエンジニアしか行えないため、QX Managerの Instrument Calibration のオプションを使用できるのも弊社サービスエンジニアに限られます。
このオプションはタッチスクリーンからしか利用できず、他のいかなるユーザーもこの機能を使用することはできません。
保守点検が必要な場合は、バイオ・ラッドテクニカルサポートにご連絡ください。
ツール機能は現在のところ装置のメンテナンスにのみ適用されます。詳細については、182 ページの「装置の洗浄またはプライミング」を参照ください。

取扱説明書 | 193

付録 D

システムユーティリティ

194 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

付録 E コンピューターの追加
解析目的に限り、バイオ・ラッド社から提供されたソフトウェアを各個人が所有するパソコンにインストールすることができます。インストールについては、バイオ・ラッドテクニカルサポー
トまでご連絡ください。

取扱説明書 | 195

取扱説明書 | 196

付録 F トラブルシューティング
このセクションでは、装置またはソフトウェアで生じる可能性のある、マイナーな問題のトラブ
ルシューティングと解決法に関する情報を提供します。

Event Log
イベントログには、システムエラーを含むすべてのシステムとユーザーのアクティビティの記録が含まれています。エラーイベントが理解できない場合や、すぐに解決できない場合は、バイ
オ・ラッドテクニカルサポートまでご連絡ください。

装置のエラー
Run 中にエラーが発生した場合、ソフトウェアは Run をキャンセルし、Status 列に X を表示し、Run Aborted by System メッセージと共に Run End ステータスとして表示します。付録 F には、タイプ別にグループ化されたエラーが記載されています。
1.

X をタップすると、対応するエラーコードと説明が表示されます。

2.

新しい Run を開始する前に、ソリューション欄のステップを実行します。

3.

提案された解決策で問題が解決しない場合は、すぐにバイオ・ラッドテクニカルサポートにご連絡ください。
注：エラーコードと説明は、Run 情報ウィンドウにも表示されます。

通信エラーは、装置本体、ケーブルの接続状況および電源障害によって発生することがあります。

取扱説明書 | 197

付録 F

トラブルシューティング

表 40 通信エラー
Error Code

説明

解決策

102, 103, 104*,
110*, 111

装置とソフトウェア間の通信障害、検出器
ボードのエラー、Run 中の障害、または接続を再確立できない場合

USB ケー ブル を外 して 再 接続
し、電源を入れます。

注：アスタリスク(*)が付いているコードについては、一部のデータが使用可能な場合があります。
302, 308

ポンプを含む通信エラー
注：一部のデータは使用可能な場合があり
ます。

502
900

無効なチェックサム値
無効なコマンド

Droplet Reader の電源を入れ直します。

電気的エラーは通常、正しくない設定によって引き起こされます。
表 41 電気的エラーコード
Error Code

説明

406

電気的エラー、電源値の設定が無効です。 Droplet Reader の電源を入れ直
注：一部のデータは使用可能な場合があり します。
ます。

解決策

機械的なエラーは、オイル関連の問題（低オイル、高廃棄物）、装置操作のエラー、またはバイ
ナリデータ収集エラーによって引き起こされることがあります。
表 42 装置によるエラーコード
Error Code

説明

解決策

105, 106

フルイディクスまたはモーションレスポ
ンスが無効でした。
注：一部のデータは使用可能な場合があります。

Droplet Reader の電源を入れ直
します。

201

モーターが無効になっています
注：一部のデータは使用できる場合があります。

1.プレートとプレートの蓋を取り外し、再度挿入します。
2.ヒートシールホイルが正確にシールされているか、2 枚シール
されてないかを確認します。
3.すべてのモーター軸のひずみを確認します。
4.機器の電源を入れ直します。

198 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

表 42 装置によるエラーコードのError Code

説明

解決策

205, 207, 210,
211, 212, 218

目標の場所もしくはホームポジションに
対し、X、Y または Z 軸の移動が割り当てられた時間内に到達できません。
注：一部のデータは使用可能な場合があります。

モーターの障害物がないか確認
し、Droplet Reader の電源を入れ直します。

301, 303, 304,
305, 307, 312,
316, 317

ポンプエラー
注：一部のデータは使用可能な場合があります。

Droplet Reader の電源を入れ直します。

取扱説明書 | 199

付録 F

トラブルシューティング

200 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

付録 G

Ordering Infromation

この付録には、QX200 Droplet Reader を含むバイオ・ラッドから提供される ddPCR 製品の製品または交換用機器、アクセサリ、消耗品の説明とカタログ番号が記載されています。

ddPCR システムとそれぞれの装置パッケージ
表 43 には、QX200 Droplet Digital PCR システム全体、個々の ddPCR 装置および付属品の情報が記載されています。
表 43

ddPCR システムとそれぞれの装置パッケージ

製品名

内容

カタログ番号

QX200 Droplet Digital
PCR システム

QX200 Droplet Generator 本 体 、 QX200 Droplet
Reader システム、ddPCR 専用 PC、ソフトウェア、
一部の消耗品が含まれています。
QX200 Droplet Generator 本体、カートリッジとガスケット(各 24 個)、カートリッジホルダ(2)、電源コード(1)が含まれています。
QX200 Droplet Reader 本体、プレートホルダ(2)、USB
ケーブル(1)、電源コード(1)が含まれています。
Automated Droplet Generator 本体、冷却ブロックア
クセサリ (1)、オイルパージリザーバ (1)、電源コード(1) が含まれています。
C1000 Touch サーマルサイクラー本体、1000 シリー
ズ用リアクションモジュール 96 Deep wellx0.2ml、
96well Hard-Shell マイクロプレート clear well/whiteshell、0.2ml 8 連ドームキャップ/ナチュラル、その他
アクセサリ

1864001JA

QX200 Droplet
Generator システム
QX200 Droplet
Reader システム
Automated Droplet
Generator システム
C1000 Touch サーマ
ルサイクラー＋96
Deep Well リアクションモジュール

1864002JA

1864003JA
1864101JA

1851197JA

QX200 Droplet Reader のアクセサリ
表 44 に QX200 Droplet Reader のアクセサリに関する情報が記載されています。

取扱説明書 | 201

付録 G

Ordering Infromation

表 44

QX200 Droplet Reader アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

解析用 PC

QX200 Droplet Reader に接続して、本体の操作とデータ解析を行います。

17006483JA

USB ケーブルと電源コード

解析用パソコンと Droplet Reader を接続
する USB ケーブルと Droplet Reader 本体に電源を供給するための電源コード

お問い合わせDroplet Reader プレート
ホルダ (2)

注：ケーブルや電源コードを入手するには、
Bio-Rad テクニカルサポートにお問い合わせください
96 ウェルプレートを Droplet Reader 本体に 12006834
固定するための専用プレートホルダ

注：試薬には、PCR Suprmix（プローブまたは EvaGreen®用）、Droplet Generation オイル、
Buffer control キット（プローブまたは EvaGreen®用）が含まれます。

QX200 Droplet Generator システムのアクセサリ
表 45 には QX200 Droplet Generator のアクセサリに関する情報が記載されています。
表 45

QX200 Droplet Generator アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

DG8 カートリッジ&ガスケットセット (120 カートリッジ＆ガスケット、960 ウェル分)

サンプルとオイルを混合させ、Droplet を生成のためのマイクロ流体カートリッジ
カートリッジを密封するガスケット

1864007

DG8 カートリッジホルダ
電源コード

注：蒸発を防止し、Droplet を生成するために必要な加圧を行うため、カートリッジを密閉する必要があります。
DG8 カートリッジを Droplet Generator 内に正確に配置し保持します。
QX200 Droplet Generator を電源に接続します。

1863051
お問い合わせ

注：交換については、バイオ・ラッドテクニ
カルサポートにお問い合わせください

Automated Droplet Generator システムのアクセサリ
表 46 には Automated Droplet Generator のアクセサリに関する情報が記載されています。

202 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

表 46

Automated Droplet Generator アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

クーリングブロック

Droplet 生成時の蒸発を防止

12002819

DG32 カートリッジ

サンプルと Droplet Generation オイルを混 1864108
合するためのガスケット付きマイクロ流 1864109
体カートリッジ
Priming と洗浄からのオイル廃液を回収しま お問い合わせす。

オイル廃液容器
電源コード

Automated Droplet Generator を電源に接続します。

お問い合わせ

注：交換については、バイオ・ラッドテク
ニカルサポートにお問い合わせください

ddPCR に使用する試薬消耗品
表 47 には Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品に関する情報が記載されています
表 47

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品

構成品

説明

カタログ番号

96-well PCR plates

ddPCR 専用 96-well PCR plates

12001925

DG32 カートリッジ（AUTODG）

AutoDG で 使 用 す る サ ン プ ル と Droplet
Generation オイルを混合するためのガスケット付きマイクロ流体カートリッジ

1864108
1864109

Rainin ピペット

20μl, サンプルローディング用
50μl, Droplet 操作用
8 連マルチチャンネル、200μl

L-20, L8-20
L-50, L8-50

Rainin ピペットチップ

Rainin のフィルター付きピペットチップ

GP-L10F
GP-L200F

ピペットチップ（AUTODG）

AutoDG 用専用ピペットチップ

18641201864121

ピペットチップ回収トレイ（AUTODG）

AutoDG 用ピペットチップ回収トレイ

1864125

ホイルシール

貫通可能な ddPCR 用ホイルプレートシー
ル

1814040プレートシーラー

PX1 PCR Plate Sealer

1814000

L8-200

取扱説明書 | 203

付録 G

Ordering Infromation

表 47

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品の続き

構成品

説明

カタログ番号

Droplet Generation
オイル

Droplet Generator オイル for Probe
Automated Droplet Generation オイル for EvaGreen
Automated Droplet Generation オイル for Probes

1863005
18641121864110

Buffer コントロール

QX200 Buffer Control Kit for EvaGreen
QX200 Buffer Control Kit for Probes

1864052
1863052

Droplet Reader オイルDroplet Reader 廃液
ボトル

Droplet Reader オイル（2 x 1 L）

1863004

空の Droplet Reader オイルボトルを使用して、読み取りから廃液を回収することができます。

NA

PCR Supermix
注：これらの Supermix は、QX200 Droplet Generator と Automatic Droplet Generator の両方で使用できます。
QX200 ddPCR EvaGreen® supermix
QX200 Droplet Generator を用いた核酸サンプル調
製用
ddPCR Supermix for Probes (no dUTP)
2xSupermix 、 QX100 ま た は QX200 Droplet
Generator を用いた核酸サンプル調製用
ddPCR Supermix for Probes
注 ： 2xSupermix、QX100 または QX200 Droplet
Generator でのサンプル前処理用

204 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

1864033 2ml (2 x1ml)
1864034 5ml (5 x1ml)
1864035 25ml (25 x1ml)
1864036 50ml (50 x1ml)
1863023 2ml (2 x1ml)
1863024 5ml (5 x1ml)
1863025 25ml (25 x1)
1863026 2ml (2 x1ml)
1863010 5ml (5 x1ml)
1863027 25ml (25 x1ml)
1863028 50ml (50 x1ml)

装置のエラー

表 47
構成品

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品の続き
説明

カタログ番号

ddPCR Supermix for Residual DNA Quantification

1864037 2ml (2 x1ml)
1864038 5ml (5 x1ml)
1864039 25ml (25 x1ml)
1864050 50ml (50 x1ml)

注 ：2xSupermix、QX100 または QX200 Droplet
Generator での Residual DNA 検出用
One-step RT-ddPCR Advanced Kit for Probes
注 ： 200 ま た は 500 反 応 用 の 2x RT-ddPCR
Supermix、1 または 2 本のマンガンアセテートチューブを含む。

1864021 2ml (2 x1ml)
1864022 5ml (5 x1ml)

ddPCR 変異解析用マルチスクリーニングキット
ddPCR KRAS G12/G13 Screening Kit
ddPCR KRAS Q61 Screening Kit
ddPCR BRAF V600 Screening Kit
ddPCR NRAS Q61 Screening Kit
ddPCR NRAS G12 Screening Kit
ddPCR NRAS G12/G13 Screening Kit
ddPCR EGFR Exon 19 Deletions Screening Kit

1863506
12001626
12001037
12001006
12001094
12001627
12002392

注：すべてのキットには、20 x マルチプレックスアッセイと 2xSupermix (nodUTP)が含まれています。
ddPCR Residual DNA Quantification キット
ddPCR CHO Residual DNA Quantification キット
ddPCR E. coli Residual DNA Quantification キット

17000031
17000032

注：200 x 20ml 反応、20x CHO または大腸菌検出用アッセイを含む Residual DNA 定量用 RDQ アッセイと 2x ddPCR Supermix を含む。

取扱説明書 | 205

付録 G

Ordering Infromation

表 47

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品の続き

構成品

説明

カタログ番号

ddPCR Copy Number Determination キット
ddPCR SMN1 Copy Number Determination キット
ddPCR SMN2 Copy Number Determination キット

1863500
1863503

注：200 反応用、20x でのアッセイを含む。2x ddPCR
Supermix for Probes（No dUTP）およびポジティブ
コントロール付き。
ddPCR Library 定量キット
ddPCR ライブラリ定量キット for Illumina TruSeq

1863040

注：200 反応、20x のプライマーおよびプローブのバイアル 1 本、2x ddPCR Supermix for Probes（NodUTP）およびポジティブコントロールを含む。
ddPCR Genome Edit Detection アッセイ
ddPCR HDR Gene Edit Assay
ddPCR HDR Gene Edit Assay
ddPCR HDR Gene Edit Package
ddPCR HDR Ref Assay, Predesigned
ddPCR HDR Ref Assay, Predesigned
ddPCR HDR Ref Package, Predesigned
ddPCR NHEJ Gene Edit Assay
ddPCR NHEJ Gene Edit Assay
ddPCR NHEJ Gene Edit Package

206 | QX200 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

12002312 100 rxns
12002313 500 rxns
12003796 1,000 rxns
12003805 100 rxns
12003806 500 rxns
12003793 1,000 rxns
12002314 100 rxns
12002315 500 rxns
12003794 1,000 rxns

装置のエラー

取扱説明書 | 207

M12459L 2010b