ライフサイエンスデータベース統合推進事業
統合化推進プログラム
研究開発課題「蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化」

研究開発終了報告書

研究開発期間： 平成23年4月～平成26年3月
研究代表者：中村 春木（国立大学法人大阪大学蛋白質研究所、教授）©2014 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

§１ 研究開発実施の概要（１）実施概要
・生命活動はゲノム情報が物理的に発現した蛋白質によって担われており、それらの原子レベ
ルの分解能の立体構造に基づいて高次の生命機序までが合理的に説明されうる。これらの蛋白質立体構造情報は、PDB（Protein Data Bank, 蛋白質立体構造データバンク）へ全て登録され全人類に無償で提供されている。一方、NMR 解析は生体高分子の立体構造を与えるだけでなくリガンド相互作用、動的構造転移などの機能解明に寄与する情報を与える。
NMR 実験データの豊富な情報を有効利用するためには高度に組織化したデータ登録と管理、公開のための仕組みが必要とされる。
・本研究開発においては、大阪大学蛋白質研究所内に、日本蛋白質構造データバンク（PDBj: PDB Japan）なる組織を構築し、米国（RCSB-PDB）、欧州(EBI-PDBe)およびNMR 実験情報のデータバンクである BMRB(BioMagResBank)と協力して国際蛋白質構
造データバンク（wwPDB）を運営し、PDB の構造情報と NMR 実験データを wwPDB とBMRB の一翼を担って主にアジア・オセアニア地区から収集し、厳しい品質管理を行いつつ人手をできるだけかけないコスト・パフォーマンスが優れたデータベース構築と公開を行った。
PDBj では 4 名のアノテータ体制で 2011 年 4 月から 2013 年 12 月末までに 5,406 件の立体構造データの検証・編集・登録の処理を行った。PDBj-BMRB では 2 名のアノテータ体制で同時期に 160 件の立体構造データの検証・編集・登録の処理を行った。また、セキュアなデータベース運営を行うため、バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）と協力して、
NBDC のデータセンターにも PDBj および PDBj-BMRB のポータルを設置し、通常のメインサイトを NBDC に置き大阪大学側はミラーとする安全性の高い冗長化したデータベース運営を実施した。特に PDBj-BMRB では、複雑化するサーバー群について仮想化技術を用いた管理運営の効率化を進め、省電力、耐障害についての性能を向上させた。
・PDBj および PDBj-BMRB において、データ管理・配布システム、構造データのオントロジー、
データ記載のフォーマット、ユーザインターフェース等の開発・改良を実施し、国内外の様々な生命科学データベースと統合化が実施できる環境を整備した。具体的には、PDBj では他の wwPDB メンバーと協力して新たな PDB フォーマットや登録システムの開発を実施するとともに、独自にセマンティック・ウェブの標準フォーマットである RDF を開発し、PDB/RDF のデータを wwPDB の国際標準として確立し公開した。PDBj-BMRB においても米国のBMRB と協力して XML 化したデータ記述法を開発し RDF 化も実施する一方、 NMR デー
タの登録・アノテーション業務をシームレスに実現し、複雑なデータ構造を持つ命名法やフォーマットの変換を効率化、自動化を行うツールの開発と公開を行った。
・上記のように開発した XML 化や RDF 化等の統合化環境に基づき、蛋白質機能情報および高次生命機能情報と、蛋白質構造情報や NMR 実験情報との統合化システムを開発し、具体的に他のデータベースとも統合することによって、配列情報から構造情報を基に蛋白質機能を同定・予測し高次生命機能に対する原子レベルでの合理的な解釈を可能とする仕組みを開発・公開した。
・データ寄託・登録者に対する高品質のデータ整理と登録手法やデータベース利用者に対する初歩的および高度なデータ利用法の講習会を適宜開催し、さらに高校生や一般社会人に対する啓蒙活動を行った。一方、キュレータおよびアノテータに対しては、他の wwPDB メン
バーが主催する face-to-face の講習会や TV 会議に参加させ、on-the-job-training によって人材養成を行った。
（２）研究開発成果のデータベース等
研究開発期間中に構築、公開したデータベースとサービスへのアクセス数について、下記に示す。蓄積レコード数を有するデータベースについては、別紙１に記載した。

・ 研究代表者（中村 春木）※2011 年度と 2012 年度はロボットアクセスを含む統計値であるが、2013 年度はアクセス集計
方法の変更により検索エンジンによるロボットアクセスは除去されている。
（参考のためロボットアクセスを除去しない 2013 年度の数値を（ ）内に記す。）
データベース名：PDB
ＵＲＬ：http://pdbj.org/
データベースの概要：日米欧の３極で運営する wwPDB による生体高分子（蛋白質・核酸・糖鎖など）の立体構造データのデータバンク。
公開日： 2002 年 4 月
累積データ登録数（2013 年 12 月末）：96,596 件
内 PDBj が処理した件数：（2013 年 12 月末までの総数）22,131 件、2011 年度 1,836 件、2012 年度 1,947 件、2013 年度（4 月 1 日〜12 月末）1,623 件
ア ク セ ス 数：下記にサービス毎に示す【主要なサービス・ウェブツールの内訳】
・ 新版 PDBj-Mine (RDB 検索システム)
ＵＲＬ：http://pdbj.org/mine/
作成者：Gert-Jan Bekker
サービスの概要 : PDB のデータを検索するためのウェブインタフェース
公開日：2013 年 4 月
ア ク セ ス 数：523,609（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 7,402,378 件）
・ 旧版 PDBj-Mine（RDB 検索システム）
ＵＲＬ：http://service.pdbj.org/mine/
作成者：金城 玲
サービスの概要：PDB のデータを検索するためのウェブインタフェース
公開日：2009 年 10 月
アクセス数：9,897,022（2011 年度）、14,030,736（2012 年度）、
283,011（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 4,104,068 件）
・ PDB Archive のデータファイルダウンロード（http、ftp、rsync）
ＵＲＬ：http://pdbj.org/、ftp://ftp.pdbj.org/、
rsync://ftp.pdbj.org/
サービスの概要：PDB のデータファイルのダウンロード
ダウンロード数：37,939,730（2011 年度）、25,299,732（2012 年度）、
37,885,220（2013 年 4 月〜12 月末）
・ PDBj トップページ（新サイト）
ＵＲＬ：http://pdbj.org/
サービスの概要：PDBj の各種情報および各サービスへのフロントエンドを提供
公開日：2013 年 4 月
ア ク セ ス 数：197,459（2013 年 4 月〜12 月末）
・ PDBj トップページ（旧サイト）
ＵＲＬ：http://legacy.pdbj.org/index*.html
サービスの概要：PDBj の各種情報および各サービスへのフロントエンドを提供
公開日：2002 年 4 月
アクセス数：205,791（2011 年度）、242,320（2012 年度）、
211,922（2013 年 4 月〜12 月末）
・ PDBj 登録サーバページ（構造データ登録用）
ＵＲＬ：http://pdbdep.protein.osaka-u.ac.jp/

サービスの概要： PDB データの登録窓口
公開日：2000 年 6 月
アクセス数：229,813（2011 年度）、258,236（2012 年度）、
184,123（2013 年 4 月〜12 月末）
作成データベース：eF-site
ＵＲＬ：http://ef-site.hgc.jp/eF-site
作成者：木下 賢吾
データベースの概要： 蛋白質の分子表面の形状と物性（静電ポテンシャルと疎水性度および機能部位のデータベース。
公開日：2000 年 5 月（試作版）、2002 年 3 月（修正版）
アクセス数：89,030（2011 年度）、88,826（2012 年度）、
60,741（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：eF-surf
ＵＲＬ：http://ef-site.hgc.jp/eF-surf
作成者：木下 賢吾
データベースの概要： 蛋白質の分子表面の形状と物性（静電ポテンシャルと疎水性度）を計算するウェブサービス
公開日：2006 年 3 月
アクセス数：667（2011 年度）、447（2012 年度）、
3,365（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：eF-seek
ＵＲＬ：http://ef-site.hgc.jp/eF-seek
作成者：木下 賢吾
サービスの概要：
入力された構造と似た表面を持つ構造を検索し、それに基づいて機能部位を予測するウェブサービス
公開日：2006 年 3 月
アクセス数：397（2011 年度）、128（2012 年度）、
3,247（2013 年 4 月〜12 月末）
ツール名：jV (PDBj Viewer)
ＵＲＬ：http://pdbj.org/jv/、http://ef-site.hgc.jp/jV/
作成者：木下 賢吾
サービスの概要：
stand alone アプリケーションとしても applet としても使える、Java による
分子閲覧ソフトウェア
公開日：2004 年 1 月（ソースコード公開開始）
アクセス数：95,708（2011 年度）、197,315（2012 年度）、
421,574（2013 年 4 月〜12 月末）※ソフトウェアのダウンロード、ドキュメントへのアクセス、applet ページへのアクセスによるソフ
トウェアの利用を含む。
ウェブツール名：ProMode-Elastic
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/promode-elastic
http://promode.pdbj.org/promode_elastic/
作成者：輪湖 博、猿渡 茂、中村 春木
サービスの概要：
二面角を変数とする基準振動解析プログラムによって計算された蛋白質のダイナミクス・データベース。2013 年 12 月末時点で 22,594（PDB ID数、鎖数では 103529）件を公開。
公開日：2003 年 4 月

アクセス数：43,719（2011 年度）、107,819（2012 年度）、
16,001（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 226,931）
作成データベース：eProtS（蛋白質構造百科事典）
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/eprots/index_en.cgi（英語版）
http://pdbj.org/eprots/index_ja.cgi（日本語版）
作成者：PDBj メンバー（代表：中村 春木）
データベースの概要： 高校生以上の学生を含む一般を対象とした、蛋白質の構造と機能の解説記事を集めた百科事典。2013 年 12 月末時点で日本語版 356
件、英語版 353 件を公開。
公開日：2003 年 9 月
アクセス数：388,215（2011 年度）、394,236（2012 年度）、
79,137（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 294,418）
作成データベース：今月の分子（Molecule of the Month）
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/mom（新インタフェース）
http://legacy.pdbj.org/mom/（旧インタフェース）
作成者：工藤 高裕、中村 春木
データベースの概要： RCSB-PDB より毎月提供されている分子解説記事「Molecule of theMonth」を日本語に訳したもの。社会で話題となっている内容に関わる分子を蛋白質構造データバンク（PDB）から選び、機能と構造に関して解説している。2013 年 12 月末時点で 168 件を公開。
公開日：2008 年 4 月
アクセス数：260,352（2011 年度）、438,179（2012 年度）、
242,953（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：Sequence Navigator
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/seqnavi（新インタフェース）
http://service.pdbj.org/seqnavix/（旧インタフェース）
作成者：Daron Standley
サービスの概要：
入力されたアミノ酸配列と似た配列を持つ構造を PDB の中から探索するサービス
公開日：2004 年 9 月
アクセス数：25,979（2011 年度）、19,192（2012 年度）、
12,995（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 64,433）
ウェブツール名：Structure Navigator
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/strucnavi（新インタフェース）
http://service.pdbj.org/stnavix/（旧インタフェース）
作成者：Daron Standley
サービスの概要：
入力された分子の構造と似た立体構造を持つ分子を PDB の中から探索するサービス
公開日：2004 年 12 月
アクセス数：2,910（2011 年度）、3,017（2012 年度）、768（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：EM Navigator
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/emnavi/
作成者：鈴木 博文
サービスの概要：EMDB と PDB を基にした電子顕微鏡による生体分子、細胞、組織の三次元再構成像と、それに関連した PubMed 等の閲覧インタフェースを提供する

公開日：2007 年 5 月
アクセス数：4,925,433（2011 年度）、5,848,932（2012 年度）、
243,177（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 16,874,723）
ウェブツール名：万見（よろづみ）・万見プライム
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/yorodumi/
作成者：鈴木 博文
サービスの概要：
EMDB・PDB 両データベースの構造を手軽に閲覧できるようにするためのウェブインタフェース
公開日：2007 年 5 月
アクセス数：8,231,530（2011 年度）、7,546,702（2012 年度）、
31,289（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 3,798,683）
ウェブツール名：GIRAF
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/giraf/
作成者：金城 玲
サービスの概要：
入力された構造または指定された PDB エントリーの構造と似たリガンド結合部位を持つ分子を PDB 内で検索するサービス
公開日：2008 年 12 月
アクセス数：4,946（2011 年度）、5,072（2012 年度）、
18,245（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 32,320）
ウェブツール名：CRNPRED
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/crnpred/
作成者：金城 玲
サービスの概要：
蛋白質のアミノ酸配列から二次構造を予測するサービス
公開日：2009 年 6 月
アクセス数：6,060（2011 年度）、7,284（2012 年度）、
7,846（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 10,894）
ウェブツール名：Protein Globe
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/globe/
作成者：金城 玲
サービスの概要：
PDB に登録されている各蛋白質を点で示し、構造のタイプが似ているもの程距離が近くなるよう球上に配置した、構造閲覧インタフェース。
公開日：2007 年 12 月
アクセス数：72,278（2011 年度）、5,048（2012 年度）、960（2013 年 4 月〜12 月末、ロボット込み 2,828）
ウェブツール名：SeSAW
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/sesaw/
作成者：Daron Standley
サービスの概要：
機能未知の蛋白質構造データに対して、構造の類似性だけではなく、局所的および全体的なアミノ酸配列の類似性も加味して、ファミリーあるいはスーパーファミリーを推定し、推定される生化学的機能を提示するサービス
公開日：2008 年 9 月
アクセス数：4,283（2011 年度）、2,683（2012 年度）、
12,845（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：MAFFTash
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/mafftash/

作成者：Daron Standley、加藤 和貴
サービスの概要：
構造アラインメントの出力を制約条件として、配列・構造統合アラインメントを構築するシステム
公開日：2008 年 12 月
アクセス数：3,292（2011 年度）、2,770（2012 年度）、
5,079（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：Spanner
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/spanner/
作成者：Daron Standley
サービスの概要：
指定した Template 構造に基づき、ループ部分には fragment 法を用いて、アミノ酸配列の構造モデルを作成するホモロジーモデル作成サ－ビス
公開日：2009 年 8 月
アクセス数：4,339（2011 年度）、3,883（2012 年度）、
1,954（2013 年 4 月〜12 月末）
ウェブツール名：SFAS
ＵＲＬ：
http://pdbj.org/sfas/
作成者：Daron Standley
サービスの概要：
アミノ酸配列からホモロジーモデルを構築し、機能を推定するサ－ビス
公開日：2009 年 8 月（2010 年度まではプロトタイプ）
アクセス数：2,474（2011 年度）、4,695（2012 年度）、
2,779（2013 年 4 月〜12 月末）
・ 主たる共同研究者（藤原 敏道）

データベース名：BMRB (BioResMagBank)
URL： http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/
作成者： Eldon L. Ulrich、 Steve Mading、John Markley、阿久津秀雄、中谷英一、原野陽子、小林直宏、藤原敏道、中村春木
データベースの概要：BMRB（BioMagResBank 、Biological Magnetic Resonance Data
Bank）はペプチド、タンパク質、核酸など生体高分子を対象としたの国際的データベースであり、化学シフト、緩和データ、相互作用データ等の核磁気共鳴法（NMR）の実験
データを網羅的に取り扱っている。
公開日：2002 年 3 月
アクセス数：167,230（2011 年度）、282,342（2012 年度）、150,610（2013 年 4 月〜12 月末)
累積データ登録数：9,934 件，内 PDBj-NMR が 2013 年 12 月までに処理した実数は 910 件
データベース名：BMRB/XML/RDF
URL： http://bmrbpub.protein.osaka-u.ac.jp/
作成者： 横地政志、小林直宏、藤原敏道、中村春木、Eldon L. Ulrich、John Markley
データベースの概要：BMRBに登録されているNMR実験情報の全エントリーに関して、
NMRSTAR dictionary に完全準拠させたXMLスタイルシートを基にして構築されたXMLエントリー群、XMLスタイルシートからOWLにより記述されたオントロジーを作成し、Uniprot, PDB, PubMedなどの主要なライフサイエンス系データベースへのリンクを埋め込んだRDFエントリー群として公開している。
公開日：2013 年 8 月
アクセス総数：549,742 件 (2013 年 8 月～2013 年 12 月の統計）
累積データ登録数：9,934 件。BMRB データベースと同期している§２．研究開発構想（および構想計画に対する達成状況）（１）当初の研究開発構想
・蛋白質や核酸、糖鎖等の生体高分子の原子レベルの分解能での立体構造データと NMR 実験
データを、国際的なデータバンク wwPDB と BMRB の一翼を担って収集し、厳しい品質管理を行
いつつコスト・パフォーマンスが優れたデータベース構築と公開を行う PDBj および NMR 実験データバンク（PDBj-BMRB）の活動を実施する。具体的には、H24 年度の中旬までに、国際協力に基づいたソフトウェア開発により、品質精査を伴う登録業務作業のさらなる共通化・合理化・自動化を推進するとともに、実験データの品質と記載の検証の精度を高める。また、H24 年度までに高分解能の電子顕微鏡実験や X 線および中性子線による小角散乱実験からの構造情報のデータベース化を開始する。wwPDB の国際諮問委員会（wwPDBAC）の会合が、H23 年度は英国
EBI-PDBe、H24 年度は我々PDBj、H25 年度は米国 RCSB-PDB にてそれぞれ開催される予定であり、H23, 25 年度における参加と H24 年度における主催を行う。また、この PDBj およびPDBj-BMRB の活動を通して、恒久的に持続可能な統合的バイオサイエンス・データベースのありかたを、本研究開発終了時までにバイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）と協力して確立する。
・PDBj および PDBj-BMRB において、データ管理・配布システム、構造データのオントロジー、データ記載のフォーマット、ユーザインターフェース等の開発・改良を実施し、国内外の様々な生命
科学データベースと統合化が実施できる環境を整備する。
・上記した統合化環境に基づき、蛋白質機能情報および高次生命機能情報と、蛋白質構造情報との統合化システムを開発し、具体的に他のデータベースとも統合することによって、1300 万件を超すデータ量の配列情報と約 7 万件の構造情報とのギャップを埋める。こうして、配列情報から構造情報を基に蛋白質機能を同定・予測するサービスを提示・公開し、高次生命機能に対する原子レベルでの合理的な解釈を可能とする。
・データ寄託・登録者に対する高品質のデータ整理と登録についての教育、データベース利用者に対する初歩的および高度なデータ利用法についての教育、さらにキュレータおよびアノテータに対する on-the-job-training による専門的技術指導等の、種々の人材養成を行う。

（２）新たに追加・修正など変更した研究開発構想
・登録業務の標準化・自動化の開発のため、wwPDB として大規模で緻密な国際的なシステム（Common Deposition and Annotation System）を開発しており H24 年度中にプロトタイプがほぼ完成した。プロトタイプに対してほぼ１年間の世界中への周知期間を設け、利用者およびアノテータからのフィードバックを受けて完成度を上げて、2014 年 1 月に正式な公開を行った。このため、研究の進展につき１年間延長を行った。
・電子顕微鏡および X 線小角散乱の構造情報 DB の構築と公開につき、電子顕微鏡のデータベース（EMDB）については計画通りに 2012 年 3 月に wwPDB に加わり PDBj でも電子顕微鏡によって解析された構造の PDB データベースへの登録処理を H24 年度から開始した。一方、X 線
小角散乱による構造情報については、原子レベルの分解能を直接有するわけではないため、PDB への登録に関するタスクフォースを 2013 年 6 月に wwPDB が開催し、PDBj からも代表者が参加した。そのタスクフォースにおける議論の結果、wwPDB の組織内に別のアーカイブを構築
して X 線小角散乱の実験データとそれに基づく構造モデルについてのデータベースを構築する方向となり、現在、データ検証方法についての議論が進められている。以上の国際的な状況の変化に PDBj は積極的に対応し、当初計画を修正した。
・wwPDB では wwPDB Foundation と称する NPO 法人を設立し、社会に対する国際的アウトリーチ活動を積極的に行う事になった。講演会として、H23 年度には、PDB 開設から 40 年となるのを記念し H23 年 10 月に国際学術集会「PDB 40 周年記念シンポジウム」を米国コールド・スプリン
グ・ハーバー研究所において開催、H24 年度には一般社会人や高校生を含む学生向けの講演会「PDB データバンク：タンパク質のかたちが支える生命科学と創薬への応用」を H24 年 10 月に

大阪梅田にて開催、H25 年度には米国ラトガース大学にて国際学術集会「A Celebration ofOpen Access in Structural Biology」開催することが計画され、PDBj も日本での主催を初めとして協力を行う。また、2014 年が国際結晶年となることから、2014 年のカレンダーを wwPDB メンバーが協力して企画・作成することとなった。
・NBDC との協力による統合化推進の具体的な方策として、H23 年度中に、これまで開発してきた
PDBj および PDBj-BMRB の Web ポータルを NBDC のサーバにも設置し、PDBj およびPDBj-BMRB のシステムと冗長化して、分散・統合的な環境で構造データベースを公開する体制を構築する。これにより、停電や、地震、火災にも対処できる危機管理体制を作ることとした。
・データベース統合化の新しい方向性として、当初から BMRB データのセマンティック・ウェブ対応を考えており、H24 年度に BMRB データの XML 化と RDF 化を行う開発を開始した。PDB デー
タの RDF 化の経験を活かし、予定より早く H25 年度の前半に開発が終了した。その結果、全BMRB データを XML 化および RDF 化し、BMRB/XML、BMRB/RDF サーバによって包括的に公開し、運用を開始することができた。RDF 化による配列情報、文献情報、化合物情報などとの豊富なリンクは広く生命科学分野の研究者にとって有用なものになると考えられる。

（３）達成状況
研究項目
1. PDBﾃﾞｰﾀおよびNMR実験情報の登録・編纂の国際連携による実施とﾃﾞｰﾀ検証法の開発
・蛋白質構造情報と登録（中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・NMR実験情報の登録（藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・登録業務の標準化・自動化の開発（中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）

H23 年度

H24 年度

H25 年度

変更点

予定通り
予定通り
ﾌﾟﾛﾄﾀｲﾌﾟ開発は予定通りだ
が世界中のﾕｰｻﾞへの周知とﾌｨｰﾄﾞﾊﾞｯｸのため延長。

・wwPDB 活動の推進 （中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ、藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・電子顕微鏡および X 線小角散乱の構造情報 DB の構
築と公開 （中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・NBDC との統合的ﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ運営の仕組みを構築し実施（中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）
2. 統合化に向けたﾃﾞｰﾀﾍﾞ
ｰｽの高度化
・構造情報のRDF形式等による高度化と配布（中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・ 構 造 情 報 の ｵﾝ ﾄ ﾛ ｼﾞ ｰ化（中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）
・構造ﾃﾞｰﾀの新ﾌｫｰﾏｯﾄの開発・改良 （中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）

予定通り

・ﾕｰｻﾞｲﾝﾀｰﾌｪｰｽの改良と高度化 （中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ、藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・NMR 化学ｼﾌﾄﾃﾞｰﾀの管理
・配布ｼｽﾃﾑの高度化 （藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ）（STAR 形式への変換）（XML 形式への変換）
・新たな NMR 実験ﾃﾞｰﾀのﾃﾞｰﾀﾍﾞｰｽ化と登録ｼｽﾃﾑの開発（藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ）

予定通り

X 線小角散乱の DB は国際的討議により延期
予定通り

予定通り

予定通り
ﾌﾟﾛﾄﾀｲﾌﾟ開発は予定通りだ
が世界中のﾕｰｻﾞへの周知とﾌｨｰﾄﾞﾊﾞｯｸのため延長。

予定通り
予定通り

全登録データの包括的XML 化と RDF 化を実現
し、予定を早めて公開。

3. 機能情報と構造情報との統合化ｼｽﾃﾑの開発
・蛋白質相互作用部位ﾃﾞｰﾀ
ﾍﾞｰｽの改良と PDB ﾃﾞｰﾀとの統合化 （中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）
・配列情報を入力とした構造
情報に基づく機能の解析
・推定ﾊﾟｲﾌﾟﾗｲﾝの構築（中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ）（ﾊﾟｲﾌﾟﾗｲﾝ化と公開）（GIRAF、eF-seekの組込）（ｼｽﾃﾑの確立と公開）
４．人材養成の実施・ﾃﾞｰﾀ寄託者・登録者に対する教育・講習会の実施(中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ, 藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ)
・ﾃﾞｰﾀ利用者に対する教育・講習会の実施(中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ, 藤原ｸﾞﾙｰﾌﾟ）・ｷｭﾚｰﾀ・ｱﾉﾃｰﾀの人材育成(中村ｸﾞﾙｰﾌﾟ, 藤原ｸﾞﾙｰ
ﾌﾟ)

予定通り

予定通り
予定通り

予定通り

予定通り

予定通り

（４）研究開発の今後の展開について
・PDBj および PDBj-BMRB が国際協力によってこれまで構築・運営してきたデータベースは、生命科学の基盤的データベースとして国際的に大きな寄与をしてきており、本研究開発終了後も、その登録・編集・公開作業を引き続き進める必要がある。そのため、蛋白質・核酸等に対する X 線結晶解析、電子顕微鏡解析、NMR 解析等の専門家がいる PDBj において、登録・編集・品質管理作
業によるデータの収集とアノテーションを行ってデータベースを継続的に構築していきたい。そして、
高速なネットワークと高度な計算機資源を用いて、NBDC などの日本を代表するデータベース・センターから、他の生命科学データベースとネットワークを通じて統合化された形で、分散・統合的な生体高分子の構造データが継続的に発信されていく姿が望ましいと考えている。また、本プロジェク
トで開発した統合化システムがさらに有効に利用されて新たな知識発見が行われるようにするため、最新の知識を常に加えて更新していく必要がある。
・PDBj-BMRB では、クラウドコンピューティング技術を用いた NMR 実験データの統合的管理シス
テム構築を進め、コアとなる仮想サーバを、既に NBDC センターに移設されたサーバ群とともに安定かつ継続的な運用を進めていく必要がある。オントロジーにより正しく記述された XML 化あるいは RDF 化されたデータベースをもとにすることで、より高度で有用なデータベースの運用を可能にする技術基盤が推進されよう。また、NMR 実験データと構造座標データとの理論的整合性を検証することで、より高度に品質管理されたデータベースの開発と公開が行われうる。日本をはじめアジ
ア・オセアニアの NMR プロテオミクス・サイトや研究室に蓄積されている貴重な NMR 実験データ群の登録を推進していき、最終的にはこれらのツール群を豊富な機能関連情報と連携したツール
群へと開発することで、生命科学系研究者のみならず製薬企業や化学系企業等における民間の化学者生物学者に対して利用しやすい統合データベースとして構築公開していきたい。
・シーケンサの技術革新によるゲノム配列情報の急増に対し、生体高分子の立体構造情報を産出するスピードは遅いものの、構造ゲノム科学やターゲットタンパク研究の世界的なプロジェクトおよび製薬企業での医薬品開発等により、蛋白質構造および蛋白質複合体構造解析は量だけでなく質的にも急速に進展している。さらに、生体高分子の原子レベルの分解能での立体構造を決定することを主な目標としていた「構造生物学」研究は、構造を基にした生命科学という概念の「構造生命科学」に進化しており、生命科学、医薬学、農学等と強く結びつき、バイオ産業への応用により社会還元（イノベーション）へも向かおうとしている。実際、蛋白質機能が発揮される部位の立体構造やそのダイナミクスの情報を基に、その部位をブロックする低分子化合物は医薬品の良い候補となるため、Structure-Based Drug Development (SBDD)に応用されている。また、天然蛋白質の部分的な改変や、全く新たな機能を付与して人工蛋白質を設計・創製する蛋白質工学は、蛋白質構造によるガイドがなければ達成不可能である。このように、本研究開発で構築したデータベースは、医・薬学を含む生命科学研究者だけでなく、工学系研究者および製薬メーカなどの産業界に対しても、構造データをフリーで使いやすい形で統合的に提供することで、産学を問わず、社会に大きく寄与しよう。
これらの高品質の情報は、近い将来、ビッグデータの一部を形成し、データ駆動科学（データ科学）を推進して、イノベーションの基礎となる情報を社会へ与えられよう。
・このように、生体高分子の静的および動的構造は、生命科学の基盤データとしてその発展と医学・
薬学・工学への応用に極めて重要な意味を持ち、現在進展している構造生命科学を支えている。これらの構造情報を他の生命科学データベースと統合して利用できる環境が本研究開発にて整備され（データ管理・配布システム、構造データのオントロジー、データ記載のフォーマット、RDF 化、ユーザインターフェースの開発・改良等）、分子レベルでの生化学的な研究だけでなく、細胞生物学や医科学における高次生命機能の研究に役立つデータベースとして情報提供が可能となっている。
このような PDBj および PDBj-BMRB の今後の活動を通して、 日本における基盤的なライフサイエ
ンスデータベースの統合化を確立できるものと信じている。

§３ 研究開発実施体制（１）研究チームの体制について①「（研究代表者：中村春木）PDBj 国際的な運営高度化」グループ
研究参加者
氏名
所属
役職
研究開発項目
中村 春木
大阪大学
教授
総括
蛋白質研究所
金城 玲
大阪大学
准教授
統合化に向けたオント
ロジー開発、統合化シ蛋白質研究所
ステムの開発
岩崎 憲治
大阪大学
准教授
電子顕微鏡構造デー
蛋白質研究所
タベースの開発
鈴木 博文
大阪大学
特任研究員
電子顕微鏡構造デー
タベースの開発
蛋白質研究所
山下 鈴子
大阪大学
特任研究員
PDBj 高度化・統合化のためのソフト開発
蛋白質研究所
工藤 高裕
大阪大学
特任研究員
PDBj 計算機システム
蛋白質研究所の管理・運営および統合化ソフト開発
西川 建
大阪大学
客員教授
ゲノム情報と構造情報の統合化
蛋白質研究所
大阪大学
特任研究員
PDB の新フォーマット
Bekker,の開発
蛋白質研究所Gert-Jan晴氣 菜穂子
大阪大学
特任事務職
グループ全体の事務
員
全般に関わる業務
蛋白質研究所②「（研究分担者：中川敦史）PDBj データベース構築」グループ
研究参加者
氏名
所属
役職
研究開発項目中川 敦史

大阪大学
蛋白質研究所

教授

松田 真

大阪大学
蛋白質研究所特任研究員

五十嵐 令子

大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所特任研究員

見学 有美子
張 羽澄
池川 恭代
佐藤 純子

特任研究員
特任研究員
特任研究員
特任研究員

PDB 構造データの登録・編纂業務とデータ検証法開発
ｗｗPDB 共同事業における共通登録用ソフトウ
ェア開発
構造データアノテーショ
ン
構造データアノテーショ
ン
構造データアノテーショ
ン
構造データアノテーショ
ン
構造データアノテーション

参加時期
H23.4～H26.3
H23.4～H26.3

H23.4～H26.3
H23.4～H26.3
H23.4～H26.3
H23.4～H26.3

H23.7～H26.3
H24.2～H26.3
H23.5~H26.3

参加時期
H23.4～H26.3

H23.11～H26.3

H23.4～H26.3
H23.4～H26.3
H23.4～H26.3
H23.4～H26.3
H24.4～H25.7

高野 朋子

大阪大学
蛋白質研究所

特任研究員

構造データアノテーショ
ン③「（研究分担者：藤原敏道）BMRB データベース管理運営」グループ
研究参加者
氏名
所属
役職
研究開発項目藤原 敏道

H23.4～H26.3

役職

研究開発項目

参加時期

准教授

統合化システムの開発

H23.4～H26.3

教授

jV/eF-site/eF-surf/eF-Seekの改良・高度化
ProMode サービスの改良

H23.4～H26.3

PDB の新フォーマットの開発

H23.4～H26.3

教授

小林 直宏

大阪大学
蛋白質研究所

特任研究員

岩田 武史

大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所

特任研究員

大阪大学
蛋白質研究所

特任研究員

高橋 あみ
横地 政志

原野 陽子

④研究協力者
氏名
Daron M.
Standley
木下 賢吾
輪湖 博
伊藤 暢聡

所属
大阪大学免疫学
フロンティア研究センター
東北大学大学院
情報科学研究科
早稲田大学社会科学総合学術院
東京医科歯科大学大学院

参加時期

NMR 実験データベー
ス開発・統合化の統括
NMR 実験データの高度化・統合化のためのソ
フト開発
NMR 実験データの高度化・統合化のためのソ
フト開発
NMR 実験データアノテ
ーション・システム管理
NMR 実験データアノテ
ーション
NMR 実験データの高度化・統合化のためのソ
フト開発
NMR 実験データアノテ
ーション

大阪大学
蛋白質研究所
大阪大学
蛋白質研究所児嶋 長次郎H23.7～H24.2

准教授

特任研究員
特任研究員

教授
教授

H23.4～H26.3

H23.4～H26.3

H23.8～H26.3
H24.1～H26.3
H24.11～H26.3

H23.5～H23.11

H23.4～H26.3（２）国内外の研究者や産業界等との連携によるネットワーク形成の状況について
PDBj および PDBj-BMRB は、日本国内をはじめアジア・オセアニア地域から生体高分子構造
および NMR 実験情報の登録を実施しており、データ生産者である構造生物学研究者との直接的な連携に基づいて運営され、強い日常的な連携体制が形成されている。
組織として、国内においては、大阪大学蛋白質研究所内に共同利用・共同研究拠点として設置されている「共同利用・共同研究委員会」の下に、Photon Factory や SPring-8 の研究者を含む
データ生産者である構造生物学の専門家とバイオインフォマティクスの利用者からなる「蛋白質立体構造データベース専門部会」を置き、年１回以上の委員会の開催によって PDBj の運営に対する助言を与える外部委員会として 2002 年から 12 年近く活動を継続している。日本分子生物学会、
日本蛋白質科学会、日本生物物理学会、日本結晶学会、日本核磁気共鳴学会の各学会年会でのブース展示やランチョンセミナー、シンポジウムを通して、PDB および BMRB の紹介や利用法についての講習会を行い、構造生物学の研究者である登録者、およびより広い分野の利用者や製薬企業等の利用者との密接な交流を継続的に行っている。海外でも、国際結晶学連合会議（IUCr: International Union of Crystallography）、国際生体系磁気共鳴学会、アジア結晶学会（AsCA: Asian Crystallographic Association）年会、アジア・太平洋諸国蛋白質研究連合（APPA: Asia Pacific Protein Association）の会合にて、ブースやセミナー等での発表をそれぞれ毎回実施している。
wwPDB を 2003 年に設立してから 10 年間が経過したため、2013 年 3 月に"Charter of the
wwPDB"を update し、PDBj を代表して中村春木と大阪大学蛋白質研究所所長の長谷俊治教
授が、更新された wwPDB の Charter に署名をした。この wwPDB が設置している wwPDBAdvisory Committee (wwPDBAC) が年１回、米国、欧州、日本の持ち周りで開催され、各wwPDB のメンバーおよびその諮問委員と、構造生物学の国際学会の代表が 20 名ほど集合して、
wwPDB 全体と各メンバーの活動に対するコミュニティからの意見が集約され、時限を決められたミッションが実行される仕組みとなっている。H23 年度は英国 EBI-PDBe が主催し、H24 年度は
我々PDBj が主催した。H25 年度は米国 RCSB-PDB にて開催された。この仕組みにより、フォー
マットの変更、実験データの登録必須化、新たな登録システムと検証レポートの配布等、極めて重要な事項がコミュニティーの賛意をもって決められ実現している。
また PDBj-BMRB では、国際的な NMR 研究者代表から成る BMRB Scientific Advisory
Board のメンバーとして活動し、米国 BMRB および wwPDB と連携してデータベースの開発・構築運営を行っている。wwPDB が主催する NMR Validation Task Force メンバーとして NMR データの評価方法について議論し、データベースの品質管理についての新たな取り組みにも、積極的に参加している。一方、研究開発場所である大阪大学蛋白質研究所は生体系 NMR の共同研
究拠点として整備されており、同所を利用する国内外の多数の NMR 研究者と協力関係を築きながらデータベース利用ツールなどの開発を行っている。
産業界との直接の連携は少ないが、国内の製薬企業等による本データベースの利用は多く、利用法に関する PDBｊへの問い合わせもしばしばいただいている。新たなフォーマットについての IT
企業の関心も高く、他の創薬関係の国家プロジェクトを通じた連携を継続する。

§４ 研究実施内容及び成果
４．１ 研究課題名：PDBj における蛋白質構造データバンクの構築と統合化（大阪大学 中村グループ）
研究開発実施内容及び成果
研究開発実施項目
PDBj では 4 名のアノテータ体制で H23 年度 1836 件、H24 年度 1947 件、H25 年 4 月〜12 月
末まで 1623 件の立体構造データの検証・編集・登録の処理を行った（図１）。また、これらのデータのダウンロード件数は 33,861,275（H23 年度）、22,788,917（H24 年度）、37,182,442（H25 年 4
月〜12 月末）であった。

図 1：PDBj におけるデータ登録処理積算数（赤）と世界全体（wwPDB）で利用可能なデータ積算数（青）図 2：2012 年 10 月 12 日に大阪大学蛋白質研究所にて行われた wwPDBAC（国際諮問委員会）のメンバー

wwPDB の国際諮問委員会（wwPDBAC）の会合が、H23 年度は英国 EBI-PDBe が主催して2011 年 9 月 30 日に EBI にて行われ、H24 年度は我々PDBj が主催して 2012 年 10 月 12 日に大阪大学にて行い（図２）、H25 年度は米国 RCSB-PDB が主催して 2013 年 9 月 27 日にラト
ガース大学にて開催された。wwPDB のメンバーとして H23, 25 年度における参加と H24 年度における主催を行った。
H23 年度から登録業務の標準化・自動化の開発のため、wwPDB として大規模で緻密な国際的なシステム（Common Deposition and Annotation System）を開発しており H24 年度中にプロトタイプがほぼ完成し、最終的に 2014 年１月から新規の登録システムの一般利用を開始した。
PDBj ではデータ検証部分を担当・実施した。また、PDBj の金城玲准教授が wwPDB の
PDBx/mmCIF ワーキンググループのメンバーとなり、現行の mmCIF における改良すべき点、一
般ユーザおよびプログラマに対する周知戦略等について、RCSB および PDBe のメンバーらと議論し、新フォーマットである PDBx/mmCIF の策定を行った。2013 年 9 月に新しいフォーマットPDBx/mmCIF が公開された。
電子顕微鏡および X 線小角散乱の構造情報 DB の構築と公開につき、電子顕微鏡（EM）のデータベース（EMDB）については計画通りに 2012 年 3 月に wwPDB に加わり PDBj でも電子顕微鏡によって解析された構造の PDB データベースへの登録処理を H24 年度から開始した。EM
画像を検索・表示する EM Navigator では全動画を再作成し、HTML5 の動画配信方式に切り替え携帯電話端末などでの閲覧を可能にした。EMDB スキーマ,バージョン 1.9 への更新に対応し、データ管理システムの改変を行った。さらに PDBj の原子座標と同時に可視化できる
Yorodumi（万見）を開発・公開した（図３）。一方、X 線小角散乱による構造情報については、原子レベルの分解能を直接有するわけではないため、PDB への登録に関するタスクフォースを 2013年 6 月に wwPDB が開催し、PDBj からも代表者が参加した。そのタスクフォースでの議論の結果、
wwPDB の組織内に別のアーカイブを構築して X 線小角散乱の実験データとそれに基づく構造
モデルについてのデータベースを構築する方向となった。

図 3：Yorodumi によるアクチン線維の構造表示

図 4：PDBj が新たに開発したトップページ（日本語版）

PDBj のウェブサイトをよりダイナミックに行えるようにし、利用者自身がよく使う項目を中心にカス
タマイズする機能や、これまで REST サービスでのみ利用ができた検索結果のダウンロード機能を
追 加 し 、 HTML5 技 術 を 利 用 し た ダ イ ナ ミ ッ ク な ウ ェ ブ サ イ ト を 開 発 ・ 公 開 し た （ 図 4 ） 。
ProMode-Elastic については、受託計算機能と大量データへの対応を行った。
PDBj にてオリジナルにグラフィックビューアを開発した。従来から開発してきた jV は改良を重ね、色分け立体視表示機能の追加や pyMol との互換性を保つため pyMol で使用されていた分子表
面のフォーマットである CGO 形式への対応を行った他、Java 認証やアプデートに伴う問題の対処を行った。またタブレット端末用に新たに molmil と称する分子グラフィックビューアを開発し、β版を公開した。
JST-NBDC と協力し、NBDC のデータセンターに冗長化した PDBj のポータルを設置し、2012
年 12 月から本格的に開始し、より安全で円滑なデータベース運営が可能な体制とした。また、これら PDB は基盤データベースであり、類似の研究開発はない。
２）統合化にむけたデータ管理・配布システム、構造データのオントロジー、データ記載のフォーマット、ユーザインターフェースの開発
PDBj では、以前からカノニカルな XML 表記である PDBML を開発しその利用を推進してきた。
本統合化推進プログラムでは、wwPDB で従来から用いられている PDBx/mmCIF 辞書に基づいて、それと互換な OWL オントロジーを構築した。さらに、このオントロジーに基づいて PDB の各
エントリーの PDBML ファイルから対応する RDF（Resource Description Framework）ファイルを自動生成する仕組みを開発し、毎週のエントリー更新に合わせて自動的に対応するようにした。
各エントリーの各カテゴリーの RDF データをユニークな URL で参照して、ウェブ上で取得する仕組みを、簡易検索機能とともに実装し、公開した。同様な仕組みを wwPDB の低分子化合物デー
タライブラリについても開発して公開した（図 5）。この Semantic Web のために我々が開発したフォーマットは、PDB/RDF として wwPDB の正規フォーマットとして採用され、実際に wwPDB ドメイ
ン で 公 開 されたの を受 けて UniProt が PDB/RDF のデ ー タ への リ ンク を追 加 してい る 。
PDBj-BMRB のグループとも協力し、RDF の仕組みにより UniProt、RefSeq、PubMed などの外部データベースとのリンクを持たせ他のデータベースと統合化するための基盤を構築した（図 6）。
PDB に対する RDF 化の試みは他でもなされてはいるが、wwPDB として正規のフォーマットとして開発しているのは我々のグループのみである。

図 5：PDB/RDF のトップページ。PDB/RDF について説明されている

図 6：PDBj-BMRB グループとも協力
し RDF 化による統合化を実現した

３）蛋白質機能情報および高次生命機能情報と、蛋白質構造情報との統合化システムの開発
網羅的構造比較プログラム GIRAF を改良し、より効率的な構造データベース検索と柔軟な原子
アラインメントが行えるようにするとともに、GIRAF における相互作用部位の structural motif
data の統合化を ROIS-DBCLS と共同で構築し、http://pdbj.org/giraf/cmotif/ から配布した。
さらに、GIRAF による蛋白質相互作用部位データベースの PDB データとの統合化を行い、蛋白質のリガンド（低分子化合物、蛋白質、核酸）結合部位の基本構造モチーフ（Elementary Motif）と、その組み合わせによる複合構造モチーフ（Composite Motif）の同定手法を開発し、蛋白質の固有の高次生命機能をより厳密に整理し、高次生命機能情報へ原子レベルの情報を統合化できる環境を整え、Compotif として公開した（図 7）。
蛋白質の分子表面構造のデータベース eF-site をさらに高度化して蛋白質機能の推定に利用するため、蛋白質のリガンド結合部位の分子表面について all-against-all の解析を実施し、クラスタリングを施す事によって代表的な分子表面パッチを抽出した。この新たな分子表面パッチのデータ
ベース eF-patch が、蛋白質機能の推定に有効であることを示すとともに、公開した（図 8）。
Disorder 領域の推定、配列と構造の同時アラインメントを行う MAFFTash、高精度のメタ・スレッ
ディングサーバ、ホモロジー・モデラーとして開発してきた Spanner、配列と構造の双方の情報か
ら機能推定を行う SeSAW のサービスを整理して、構造情報に基づく機能の解析・推定パイプライ
ンを SFAS（Sequence to Function Annotation Server）として構築・公開した（図 9）。また、これらのサーバを用いて、実験科学者との共同研究に応用した。

図 7：Compotif の概念：中心の●は個々のサブユニット、上部が Elementary motif、下部が Composit motif

図 8：eF-patch のトップページ（http://ef-patch.hgc.jp）

上記のサービス（Compotif, eF-patch, SFAS）のそれぞれの結果を machine readable にしてセマンティック・ウェブ化し、本研究開発によって開発した統合化環境に基づいて整理した。こうして、蛋白質機能情報および高次生命機能情報と蛋白質構造情報との統合化システムを確立する
ため、UniProt 等の他のデータベースとも統合することによって、配列情報から構造情報を基に蛋
白質機能を同定・予測し、高次生命機能に対する原子レベルでの合理的な解釈を可能とする仕組みを開発した（図 10）。配列から機能の推定を行うサービスは他にもあるが、構造を通して複合的な観点から機能推定を行うところに、本研究のオリジナルな点がある。また、我々が開発した統合化環境の具体例を示した。

図 9：SFAS パイプラインのフロー

図 10：開発した Compotif, eF-patch, SFAS を統合化し配列情報から機能情報の同定・予測を行う

４）人材養成の実施
データ寄託・登録者に対する高品質のデータ整理と登録手法、ならびにデータベース利用者に対する初歩的および高度なデータ利用法について、国内外の種々の学会年会でのセミナーや一般講習会として年に 4〜5 回ほど適宜開催し、さらに高校生や一般社会人に対する啓蒙活動も行った。一方、アノテータに対しては、他の wwPDB メンバーが主催する face-to-face の講習会やTV 会議に参加させ、on-the-job-training によって人材養成を行った。

図 11：2012 年 10 月 13 日に大阪梅田で wwPDB
Foundation として開催した一般社会人向けの講演会のポス
ター

図 12：国際結晶年 2014 年を記念して wwPDBが作成したカレンダー

wwPDB では wwPDB Foundation と称する NPO 法人を設立し、社会に対する国際的アウトリーチ活動を積極的に行う事になった。講演会として、H23 年度には PDB 開設から 40 年となるのを記念し 2011 年 10 月 28-30 日に国際学術集会「PDB 40 周年記念シンポジウム」を米国コールド・スプリング・ハーバー研究所において開催した。日本学術振興会からの援助を受けて、日本の若手研究者 10 名をこの集会へ派遣し、講演を聴講するとともにポスター発表を行った。H24 年度には、PDBj が wwPDBAC 会議を大阪で主催したこともあり、一般社会人や高校生を含む学生向けの講演会「PDB データバンク：タンパク質のかたちが支える生命科学と創薬への応用」を 2012年 10 月 13 日に大阪梅田にて開催した（図 11）。H25 年度には米国ラトガース大学にて国際学術集会「A Celebration of Open Access in Structural Biology」を 2013 年 9 月 26 日に開催した。
また、2014 年が国際結晶年となることから、2014 年のカレンダーを wwPDB メンバーが企画・作成することとなり、PDBj は日本人研究者にゆかりがあるものを中心に、5、6、11、12 月の 4 ヶ月を担当し作成を行った（図 12）。 海外においては、平成 23 年度は国際結晶学会（IUCr2011）でのブース発表を wwPDB として実施したほか、2012 年はオーストラリア・アデレード、2013 年は香港にて開催された AsCA（アジア結晶学会）にて PDBj として発表し、また 2011 年５月６〜８日は中国・上海大学にて開催された APPA（Asia Pacific Protein Association）においてブース発表をおこなった。
日本国内では、毎年、主にデータ生産者が集まる日本結晶学会年会のランチョンセミナーにて、データの validation と円滑な登録法について紹介をする一方、データ利用者が多く集まる日本蛋
白質科学会や日本生物物理学会、日本分子生物学会では、初歩的および高度な利用法について紹介した。また、毎年、PC を用いた講習会も、九州、北海道、東京、大阪等、日本各地で実施した。さらに、小学生から一般社会人を対象としたアウトリーチ活動も行い、平成 24 年度と 25 年度には、サイエンスアゴラ 2012, 2013 で出展し、より簡易な構造閲覧サービス「万見プライム」を作成して紹介した。
４．２ 研究課題名：PDBj-BMRB における NMR 実験データベースの構築と統合化（大阪大学 藤原グループ）
研究開発実施内容及び成果
本研究開発においてPDBj-BMRBはタンパク質の動的状態、機能発現に関する動的構造データベースとして構築運営し、立体構造座標の静的構造をデータベースとしてのPDBjによるデー
タバンクと相補的な統合を実現する。
１）生体系NMRデータベースBMRBとのデータベース間統合するためのシステム開発
BMRBと外部データベースとのインターフェース・システムの開発を行い、BMRBデータのXML

等への変換やオントロジーにより記述された高度な検索操作や他のオーミクスとの連携を目標とした。

図13：NMR-STARからBMRB/XMLおよびBMRB/RDFへの変換

図14：BMRB/RDFからPDB/RDFへのリンク例

H23年度中に開発されたデータ構造をSTAR形式へ変換するツールを開発した。H24年度においては登録エントリーをXML化するツールの開発を開始し、H24年度において全登録エントリ
ーに対してNMR-STARフォーマットからXML形式に変換することを実現した。データ構造についてはNMR-STARディクショナリーを完全に準拠させたXMLスキーマを作成し、BMRB/XMLとしてPDBj-BMRBのポータルサイトより一般公開した。更にXMLスキーマをOWLに変換するXSLT
スキーマを開発し、BMRB/OWLを作成しNMR-STARディクショナリーについて完全に準拠した
オントロジーの構築を行い、BMRB/XMLについて全てのエントリーについてRDF化を行った（図13 ） 。 RDF 化 さ れ た BMRB エ ン ト リ ー は PDB を 始 め と し て UniProt 、 RefSeq 、 PubMed 、
ChemCompなど15を超える外部データベースとのリンクを持たせ一般公開した（図6, 14）。
２）統合を推進する生体系NMRデータ群の網羅的登録
これまで蓄積されている事実上未公開のNMRデータ群などについて、インタラクトームなど外部
データベースと関連が高いNMRデータを抽出、登録を推進することを目標とした。複雑なデータ構造を持つNMR実験データを統合管理し、データ解析とデータベース登録の両面を支援するプ
ログラムであるMagROを開発し、NMRToolBoxにおいて公開した。またNMR立体構造アンサン
ブルから収束領域を自動検出して分離するプログラムFitRobotも開発を完了し、同様に公開した。
登録者用ポータルサイトをリニューアルし、登録に関するFAQ、登録手順を視覚的に表現したページなどを含めPHP/MODxによる高度に効率化されたWEBポータルとして再開発を行い公開した（図15）。これらプログラムおよびWEBサービスは登録データの妥当性評価の点で登録者の負担軽減だけでなくデータベースの質的向上に大きく貢献すると期待できる。

図15：複雑なNMRデータ構造をオントロジーにより記述し、解析と登録作業を統合した支援システムを開発、配布することで高品質なデータベースを実現

３）生体系NMRデータの統合した国際的なアノテーション、登録受付、公開、人材養成
NMR データベースに関する国際的な協調の下に、生体系 NMR データのより効率的な収集、登録、公開を 3 年間継続して行うこと、国際的な運営を担う人材も育成することを目標とした。米国
およびヨーロッパの BMRB 関連グループとこれまでのように協力し､データベース技術の進歩を取り入れてハードウェア・ソフトウェアの上で国際的に統合して、効率的なデータベース運営体制を作った。
PDBj-BMRB では 2 名のアノテータ体制で H23 年度 62 件、H24 年度 47 件、2013 年 4 月〜12 月末まで 51 件の立体構造データの検証・編集・登録の処理を行った。また、BMRB データ
ベースに対する総アクセス件数は 16,102,053 件であった。これらを通じてコミュニティーにおける認知度とデータ生産者である NMR 研究者との連携を強めてきた。また、大阪大学蛋白質研究所
における生体系 NMR の共同研究拠点を通じて内外多数の NMR 研究者と協力関係を築きながらデータベース利用ツールなどの開発を行った。H25 年度においては NMR データ公開用サーバとポータルサイトサーバーを北海道 NBDC 移設し、仮想サーバによる運用を開始した。これによりコストパフォーマンスの向上と安定稼動、省電力などを実現すると共に大阪大学蛋白質研究所のミラーサーバーとの冗長性確保により耐障害性の向上を実現した。さらに、wwPDB が主催する
NMR Validation Task Force メンバーとして参加し、NMR データの評価方法について議論し、データベースのクオリティコントロールについての新しい取り組みについての話し合いに積極的に参加した。日本分子生物学会、日本核磁気共鳴学会などでの学会発表あるいはランチョンセミナ
ーなどの広報活動を行った。これらの国際的な協力関係によるデータベースの運営活動を通じて
データ管理技術者、アノテータの人材育成を行った。

§５ 成果発表等(１)原著論文発表 （国内（和文）誌 0 件、国際（欧文）誌 56 件）①発行済論文数（国内（和文） 0 件、国際（欧文） 56 件）②未発行論文数（国内（和文） 0 件、国際（欧文） 0 件）
〈国際〉
A-1. Hiroshi Wako and Shigeru Endo, “Ligand-induced conformational change of aprotein reproduced by a linear combination of displacement vectors obtained fromnormal mode analysis.” Biophys. Chem. vol.159, pp.257-266, 2011
[DOI:10.1016/j.bpc.2011.07.004]
A-2. Daron M. Standley and Mark van der Giezen, “Modeling the alternative oxidasefrom the human pathogen Blastocystis using automated hybrid structural templateassembly.” Research and Reports in Biochemistry, vol.2, pp.1-8, 2011 [DOI:
10.2147/RRBC.S26820]
A-3. Ashwini Patil, Shunsuke Teraguchi, Huy Dinh, Kenta Nakai, and Daron M.
Standley, “Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains by Their
Amino Acid Content Using Idd Navigator.” Pac. Symp. Biocomput., vol.17,
pp.164-175, 2011 [DOI: 10.1142/9789814366496_0016]
A-4. Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn,
Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N.A. Demerdash, Mayuko
Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin
Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas
Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Şefik Kerem
Ovalı, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom Vreven,
Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan
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Arakawa, Bruno Aranda, Raoul JP Bonnal, José M Fernández, Takatomo Fujisawa,
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Antezana, Kazuharu
Arakawa, Bruno
Aranda, Francois
Belleau, Jerven
Bolleman, Raoul JP Bonnal, Brad Chapman, Peter JA Cock,Tore Eriksson, PaulMK Gordon, Naohisa Goto, Kazuhiro Hayashi, Heiko Horn, Ryosuke Ishiwata, Eli
Kaminuma, Arek Kasprzyk, Hideya Kawaji, Nobuhiro Kido, Young Joo Kim,Akira
R Kinjo, Fumikazu Konishi, Kyung-Hoon Kwon, Alberto Labarga, Anna-Lena
Lamprecht, Yu
Lin, Pierre
Lindenbaum, Luke
McCarthy, Hideyuki
Morita, Katsuhiko
Murakami, Koji
Nagao, Kozo
Nishida, Kunihiro
Nishimura, Tatsuya
Nishizawa, Soichi
Ogishima, KeiichiroOno, Kazuki
Oshita, Keun-Joon Park, Pjotr Prins, Taro L Saito, Matthias Samwald, Venkata P
Satagopam, Yasumasa Shigemoto, Richard Smith, Andrea Splendiani,Hideaki
Sugawara, James
Taylor, Rutger
A
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Arakawa, Bruno
Aranda, Francois
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Bonvin, Miriam Eisenstein, Brian Jiménez-García, Solène Grosdidier, Albert
Solernou, Laura Pérez-Cano, Chiara Pallara, Juan Fernández-Recio, Jianqing Xu,
Pravin Muthu, Krishna Praneeth Kilambi, Jeffrey J. Gray, Sergei Grudinin, Georgy
Derevyanko, Julie C. Mitchell, John Wieting, Eiji Kanamori, Yuko Tsuchiya, Yoichi
Murakami, Joy Sarmiento, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo
Kinoshita, Haruki Nakamura, Matthieu Chavent, David W. Ritchie, Hahnbeom
Park, Junsu Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Yang Shen, Dima Kozakov, Sandor Vajda,
Petras J. Kundrotas, Ilya A. Vakser, Brian G. Pierce, Howook Hwang, Thom Vreven,Zhiping Weng, Idit Buch, Efrat Farkash, Haim J. Wolfson, Martin Zacharias, Sanbo
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A-2. (Review)Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, Haruki Nakamura, John L.
Markley, “The Protein Data Bank at 40: Reflecting on the Past to Prepare for the
Future.” Structure vol.20, pp.391-396, MAR. 2012 [DOI 10.1016/j.str.2012.01.010]
A-3. PDBj News Letter, vol. 14, 2012
A-4. (Review) Helen M. Berman, Gerard J. Kleywegt, Haruki Nakamura, John L.
Markley, "The future of the protein data bank." Bioplymers, vol. 99, pp.218-222,
2012 [DOI:10.1002/bip.22132]
A-5. (A Chapter of a book) Eiji Kanamori, Yoichi Murakami, Joy Sarmiento, Shide
Liang, Daron M. Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Yuko Tsuchiya,
Junichi Higo, Haruki Nakamura, "Prediction of Protein-Protein Complex
Structures", Biomolecular Forms and Functions: A Celebration of 50 years of theRamachandran Map （ Eds. Manju Bansal & N. Srinivasan), World Scientific
Publishing, pp. 160-172, 2013
A-6. (総説) 中村春木「ビッグデータ時代に向けた Protein Data Bank (PDB)の取り組み」、生物物理、vol. 53(1)、 pp.44-46、2013 年
A-7. (書籍) 中村春木「プロローグ-人体は何でできているのか？」「タンパク質は形が命」、

Newton 別冊、pp.6-18、pp.84-116、2013 年
A-8. PDBj News Letter vol. 15 no.1, no.2, 2013
B-1. 小 林 直 宏 、 “ ビ ッ グ デ ー タ 時 代 の 生 体 高 分 子 Ｎ Ｍ Ｒ デ ー タ ベ ー ス 、 BioMagResBank(BMRB) その有効利用とわが国における現状” 日本核磁気共鳴学会機関誌 vol.4、pp.121-124、2013 年
B-2. 古板恭子、服部良一、児嶋長次郎、“NMR 滴定実験と蛋白質の化学修飾” 日本核磁気共鳴学会機関誌 vol.4、pp.93-98、2013 年(３)国際学会発表及び主要な国内学会発表① 招待講演 （国内会議 22 件、国際会議 11 件）〈国内〉
A-1. 中村春木、“大量データと大規模計算機による蛋白質の分子シミュレーション”、第 8 回大阪大学医工学情報連携シンポジウム、大阪大学銀杏会館（吹田市）、2011 年 7 月 6 日
A-2. 児嶋長次郎、“超高磁場 NMR のための高感度測定技術”、H23 年蛋白研セミナー「先端的 NMR 拠点から生まれる新たな潮流：最新成果、役割、利用」、大阪大学蛋白質研究所（吹田市）、2011 年 7 月 28-29 日
A-3. 金城玲、“Composite structural motifs of binding sites for delineating biological
functions of proteins.”, 第 3 回生体分子研究会、名古屋工業大学（名古屋市）、2011 年
12 月 20 日
A-4. 金城 玲、“PDB データの読み解き方: mmCIF と PDBML”、 バイオインフォマティクス講
習会 2012 生物情報データベース入門、北海道大学（札幌市）、2012 年 8 月 9 日
A-5. Daron M. Standley, “A structural view of immunology”, RIKEN RCAI Seminar
Series 2012 Toward Integrative Medical Biology, 横浜市, 2012 年 12 月 18 日
A-6. Daron M. Standley, “Antibody Design, Modeling, and Applications “Kotai
antibody builder: a pipeline for antibody modeling and design.” H25 年蛋白研セミナ
ー, 大阪大学蛋白質研究所（吹田市）、2013 年 1 月 14-15 日
A-7.
中 村 春 木 、 “Drug Development for a GPCR with in-silico screening” 、 Nagoya
symposium、名古屋大学豊田講堂（名古屋市）、2013 年 1 月 24 日
A-8. 中村春木、“生命科学における情報科学・計算科学”、第 6 回三大学連携シンポジウム，神戸大学統合研究拠点（神戸市），2013 年 2 月 22 日
A-9.
金城 玲、”On the optimal contact potential and sequence conservation modes ofproteins”、 タンパク質討論会、産総研 CBRC（東京）、2013 年 3 月 2 日
A-10.
金城 玲、“On the optimal contact potential and sequence conservation modes ofproteins.” 蛋白質討論会、産総研 CBRC（東京）、2013 年 3 月 3 日
A-11.
金城 玲、”Composite structural motifs for delineating biological functions ofproteins”、 第 54 回植物生理学会、岡山大学（岡山市）、2013 年 3 月 21 日
A-12.
木下賢吾、“ヒト生命情報統合解析とその情報基盤”、H24年蛋質研セミナー、大阪大学
蛋白質研究所（吹田市）、2013年3月8日
A-13.
金 城 玲 、 “Composite structural motifs of binding sites of proteins forannotating functional differences.” International Conference on Structural
Genomics 2013、札幌市、2013年7月29日
A-14.
Daron M. Standley, “3D Molecular Modeling of antibodies and protein-RNAinteractions”、 Institute for Viral Research, Colloquium、京都大学（京都市）、2013 年
8 月 26 日

A-15.
中村春木、“ゲノム情報(1D)から蛋白質の動的構造情報(4D)へ”、日本学術会議公開シンポジウム“医学・生命科学の革新的発展に資する統合バイオイメージングの展望”, 日本学術会議講堂（東京），2013年9月17日
A-16.
金城 玲、“蛋白質の結合部位の構造パターンと生物学的機能を結ぶ”、第６回定量生物学の会年会、大阪大学銀杏会館（吹田市）、2013 年 11 月 24 日
A-17.
金城 玲、“PDB Exchange Dictionary: 新フォーマットの読み解き方と使い道”、第345回CBI学会研究講演会、東京大学山上会館（東京）、2014年1月9日
B-1. 小林直宏、“NMR データと構造アンサンブル、解析手法の基礎と応用”、第２回若手育成講
習会 NMR によるタンパク質解析法の基礎的理解（概論と実習）、大阪大学蛋白質研究所（吹田市）、 2011 年 4 月 26 日
B-2. 藤原敏道、“蛋白研における NMR 共同利用拠点"、H25 年蛋白研セミナー、千里ライフサイ
エンスセンター（大阪府吹田市）, 2013 年 8 月 5-6 日
B-3. 小林直宏、” ビッグデータ時代の NMR データ解析”、 H25 年蛋白研セミナー、千里ライフサ
イエンスセンター（大阪府吹田市）、2013 年 8 月 6 日
B-4. 藤原敏道、“蛋白研での先端核磁気共鳴装置群利用プログラム, よこはまＮＭＲ構造生物学
研究会：ＮＭＲ共用プラットフォーム，「蛋白研での先端核磁気共鳴装置群利用プログラム」”,
理化学研究所横浜事業所（横浜市）, 2013 年 9 月 9 日
B-5. 児嶋長次郎、”先端的 NMR 施設における試料調整と NMR 計測”、 H25 年蛋白研セミナー、
千里ライフサイエンスセンター（大阪府吹田市）、2013 年 8 月 5 日〈国際〉
A-1. Haruki Nakamura, “Intrinsically Disordered Proteins and Development ofCorresponding Drugs (Plenary Lecture) ”, Computer Aided Drug Design 2011,
Penang-Malaysia ,Dec 5, 2011
A-2. Daron M. Standley, “Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains
by Their Amino Acid Content Using IDD Navigator”, Pacific Symposium on
Biocomputing, Hawaii, USA, Jan 6, 2012
A-3. Haruki Nakamura, “Prediction of protein-protein complex structures,
International Conference on Biomolecular Forms and Functions”, Indian Instituteof Science, Bangalore, India, Jan 10, 2013
A-4. Haruki Nakamura, “A new non-Ewald scheme: The zero-dipole summation
method and its applications to molecular dynamics simulations for homogeneousand inhomogeneous biomolecular systems”, National Symposium on Frontiers ofBiophysics, Biotechnology & Bioinformatics and 37th Annual Meeting of Indian
Biophysical Society, University of Mumbai, India, Jan 14, 2013
A-5. Haruki Nakamura, “Computational Prediction and Analysis of Protein-Protein
Interactions: Qualitative and Quantitative Approaches”, Special Seminar at
Academia Sinica, Shanghai, Jan 18, 2013
A-6. Yoichi Murakami, Eiji Kanamori, Joy Sarmiento, Shide Liang, Daron M.
Standley, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita, Yuko Tsuchiya, Haruki Nakamura,“An Automatic and Semi-automatic Approach for Predicting Protein-Protein
Complex Structures.” CAPRI Meeting, Utrecht, Portland, Apr 17, 2013
A-7.

Akira R. Kinjo, “Composite structural motifs of binding sites for delineating
biological functions of proteins Recent advances in physical and chemical biology.”
Saha Institute of nuclear physics, Kolkata, India, May 5-7, 2013
A-8. Akira R. Kinjo, “On the optimal contact potential and sequence conservation
modes of proteins.” 日中韓バイオインフォマティクストレーニングコース、Suzhou (蘇州大学)、 June 18, 2013
A-9. Haruki Nakamura, “New Approaches to Dynamic Properties of Proteins andtheir Applications to Drug Discover of GPCR.” CADD’13, Bandung, Indonesia, Dec
12, 2013
A-10.
HarukiNakamura,“Computational
ProteinScience:
Structural
Bioinformatics and Molecular Simulations.” CDAST symposium, Jember
University, Indonesia, Dec 14, 2013
B-1.

Naohiro Kobayashi, “Highly automated and secure pipelines to study andvalidate NMR structures and complexes of biomolecules performed by astand-alone cloud computing platform using virtual machine servers.”
International Conference on Structural Genomics 2013、札幌市、July 29, 2013

② 口頭発表（国内会議 24 件、国際会議 3 件）
〈国内〉
A-1. 鈴木博文、 “万見で PDB のデータを体験する”、第 11 回日本蛋白質科学会年会 PDBj
サテライトワークショップ、大阪大学銀杏会館（吹田市）、2011 年 6 月 6 日
A-2. 鈴木博文、“ウェブブラウザで複雑な 3 次元構造を気軽に眺める”、第 11 回日本蛋白質科学会年会、ホテル阪急エキスポパーク、（大阪府吹田市）、2011 年 6 月 7 日
A-3. Ashwini Patil, Kengo Kinoshita, Haruki Nakamura, Kenta Nakai, “Structuralproperties of hub proteins in interaction networks and its implications on
interaction promiscuity.” 第 11 回日本蛋白質科学会年会、ホテル阪急エキスポパーク、（大阪府吹田市）、2011 年 6 月 7 日
A-4. 金城 玲、“Composite structural motifs of interaction interfaces for delineating
biological functions of proteins.”, 第 49 回日本生物物理学会年会、兵庫県立大学（姫路市）、2011 年 9 月 16-18 日
A-5. 鈴木博文、中村春木、“Evaluation and improvement of low-resolution structurecomparison system for extensive 3D electron microscopy data. ”, 第 49 回日本生物物理学会年会、兵庫県立大学（姫路市）、2011 年 9 月 17 日
A-6. 輪湖博、猿渡茂、“基準振動変位ベクトルの線形結合による立体構造変化の再現”、 第 49
回日本生物物理学会年会、兵庫県立大学（姫路市）、2011 年 9 月 18 日
A-7. 金城 玲、“Composite structural motifs of interaction interfaces for delineating
biological functions of proteins ”、H23 年蛋白研セミナー、大阪大学蛋白質研究所（吹田市）、2011 年 11 月 16 日
A-8. 鈴木博文、“複雑な構造の見方、H23 年蛋白研セミナー「PDBj 講習会」－in 福岡－”、九州大学（福岡市）、2012 年 2 月 7 日
A-9. 木下賢吾、“次世代生命科学研究に必要な計算機インフラについて”、シンポジウム『データ駆動型生命情報科学の挑戦』、仙台市、2012年5月10日
A-10.
中村春木、“PDBj（日本蛋白質構造データバンク）のデータベース高度化・統合化について”、第 12 回蛋白質科学会年会、名古屋国際会議場（名古屋市）、2012 年 6 月 20 日
A-11.
中村春木、“Big data 時代に向けた wwPDB と PDBj の役割”、第 50 回日本生物物理学会年会、名古屋大学東山キャンパス（名古屋市）、2012 年 9 月 23 日
A-12.
中村春木、“生命科学における蛋白質構造データバンク（PDB）の役割”、wwPDB
Outreach 講演会、ハートンホール毎日新聞ビル（大阪市）、2012 年 10 月 13 日
A-13.
中村春木、“PDBj （PDB japan）の活動と wwPDB”、H24 年日本結晶年会、東北大学（仙台市）、2012 年 10 月 26 日
A-14.
鈴木博文、“万見"で 3 次元構造を見る”、H24 年 PDBj 講習会 in 東京、東京農工大

学（東京）、2013 年 3 月 7 日
A-15.
中村春木、“ビッグデータ時代における生命科学データベース”、H24 年蛋白研セミナー『ビッグデータ時代に向けた医データベース』、大阪大学中之島センター（大阪市）、2013 年
3月8日
B-1.

藤原敏道、“先端的 NMR 拠点から生まれる新たな潮流：最新成果、役割、利用”、H23 年
蛋白研セミナー「先端的 NMR 拠点から生まれる新たな潮流：最新成果、役割、利用」、大阪
大学蛋白質研究所（吹田市）、2011 年 7 月 28 日
B-2. 小林直宏、”仮想化技術を活用した生体高分子の解析研究のすすめ”、第 12 回蛋白質科学会年会、名古屋国際会議場（名古屋市）、2012 年 6 月 20 日
B-3. 藤原敏道、”磁気共鳴の先端計測技術と生体系への展開”、H24 年蛋白研セミナー、大阪
大学蛋白質研究所（吹田市）、2012 年 7 月 31 日
B-4. 小林直宏、”仮想化技術を用いた NMR データの統合的解析環境”、第 50 回日本生物物理学会年会、名古屋大学（名古屋市）、2012 年 9 月 23 日
B-5. 藤原敏道、”蛋白研の NMR とその利用”、H24 年蛋白研セミナー、大阪大学銀杏会館（吹田市）、2012 年 10 月 17 日
B-6. 小林直宏、”仮想化技術で始める超快適な生体高分子解析環境のレシピ”、H24 年 PDBj
講習会、東京農工大学（東京）、2013 年 3 月 7 日
B-7. 岩田武史、”生体高分子 NMR データバンク（BMRB）新ポータルサイト”、第 13 回日本蛋白質科学会年会、とりぎん文化会館（鳥取市)、2013 年 6 月 12 日
B-8. 小林直宏、”クラウドコンピューティング、仮想化技術と生体高分子 NMR データベースの利用法”、H25 年 PDBj 講習会、大阪大学中ノ島センター(大阪市)、2013 年 8 月 23 日
B-9. 横 地 政 史 、 “ PDBj-BMRB: Publishing NMR Spectroscopy Derived Data of
BioMagResBank in Structured Data Formats, XML and RDF”、第 51 回日本生物物理学会年会、国立京都国際会館、（京都市）、2013 年 10 月 28 日
〈国際〉
A-1. Akira R. Kinjo, “Functional characterization of protein domains common toanimal viruses and mouse.” InCoB 2011、Kuala Lumpur, Nov 30- Dec 2, 2011
A-2. Daron M. Standley, “Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains
by Their Amino Acid Content Using IDD Navigator” Pacific Symposium on
Biocomputing, Hawaii, USA, Jan 6, 2012
A-3. Genji Kurisu, Atsushi Nakagawa, Haruki Nakamura, “Modifications to theProtein Data Bank (PDB)”, AsCA2013, Hong Kong, Dec 8, 2013

③ ポスター発表（国内会議 20 件、国際会議 12 件）〈国内〉
A-1. 猿渡茂、輪湖博、“二面角系弾性ネットワークモデルによる基準振動解析：タンパク質－
DNA 複合体における内部運動と外部運動”、第 11 回日本蛋白質科学会年会、ホテル阪急
エキスポパーク（吹田市）、2011 年 6 月 7 日
A-2. 輪湖博、猿渡茂、“基質結合にともなうタンパク質の構造変化の基準振動解析による再現”、
第 11 回日本蛋白質科学会年会、ホテル阪急エキスポパーク（吹田市）、2011 年 6 月 7 日
A-3. 鈴木博文、中村春木、“分子構造ビューア - 万見(Yorodumi) ”、第 11 回日本蛋白質科学会年会、ホテル阪急エキスポパーク（吹田市）、2011 年 6 月 9 日
A-4. 金城 玲、“Composite structural motifs of interaction interfaces for delineating
biological functions of proteins.” 第 49 回日本生物物理学会年会、兵庫県立大学（姫路市）、2011 年 9 月 16-18 日

A-5.

鈴木博文、中村春木、“低分解能 3 次元電子顕微鏡データの構造比較システムの評価と改善”、第 12 回日本蛋白質科学会年会、名古屋国際会議場（名古屋市）、2012 年 6 月 21 日
A-6. 鈴木博文、中村春木、“低分解能 3D 電子顕微鏡構造データの類似構造検索システム”、第 50 回 日本生物物理学会年会、名古屋大学（名古屋市）、2012 年 9 月 22 日
A-7. 土屋裕子、木下賢吾、猿渡茂、輪湖 博、“基準振動解析に基づくホモダイマー相互作用
面の動的な特徴”、第 13 回日本蛋白質科学会年会、とりぎん記念会館（鳥取市）、2013 年 6月 13 日A-8. 猿渡茂、輪湖博、“結晶中のタンパク質分子に対する 2 面角系弾性ネットワークモデル”、第13 回日本蛋白質科学会年会、とりぎん記念会館（鳥取市）、2013 年 6 月 13 日
A-9. 猿渡茂、輪湖博、“結晶環境における弾性ネットワークモデルを用いた高分解能Ｘ線構造における温度因子の再現”、第 51 回日本生物物理学会年会、京都国際会館（京都市）、2013
年 10 月 30 日
B-1.

小林直宏、“仮想化技術による生体高分子 NMR 解析環境および BMRB データベースサーバーの統合化”、トーゴーの日シンポジウム 2012、時事通信ホール（東京）、2012 年 10 月
5日
B-2. 小林直宏、”化学シフトデータベースを利用した高精度な NMR 構造評価システム”、第 51
回 NMR 討論会、ウインクあいち（名古屋市）、2012 年 11 月 9 日
B-3. 片岡沙織、古板恭子、小林直宏、建部 恒、村山真一、塩﨑一裕、藤原敏道、児嶋長次郎、“常磁性緩和効果を用いた TORC2 構成蛋白質 Sin1 の NMR 立体構造解析” 第 13 回日
本蛋白質科学会年会、とりぎん文化会館(鳥取市)、2013 年 6 月 12-14 日
B-4. 小林直宏、横地政史、岩田武史、高橋あみ、児嶋長次郎、藤原敏道、“生体高分子 NMR
データベース, BMRB におけるデータベース統合化の新展開”、トーゴーの日シンポジウム
2013、時事通信ホール（東京）、2013 年 10 月 4-5 日
B-5. 北沢創一郎，小林直宏，井上沙紀，大前英司，北原 亮 “高圧力 NMR 法によるジヒドロ
葉酸還元酵素の構造揺らぎ研究” 第 52 回 NMR 討論会、石川県立音楽堂（金沢市）、2013
年 11 月 12-14 日
B-6. 古板恭子，片岡沙織，小林直宏，村山真一，建部 恒，塩﨑一裕，藤原敏道，児嶋長次郎、“常磁性緩和効果を用いたタンパク質の溶液構造解析法の開発” 第 52 回 NMR 討論会、石川県立音楽堂（金沢市）、2013 年 11 月 12-14 日
B-7. 永田 崇，白川貴恵，小林直宏，始平堂弘和，片平正人，堀澤健一，土居信英，柳川弘志“IVV 法により取得した高選択的 MDM2 結合ペプチドによる MDM2: p53 結合阻害の構造基盤” 第 52 回 NMR 討論会、石川県立音楽堂（金沢市）、2013 年 11 月 12-14 日
B-8. 小林直宏，横地政志，岩田武史，高橋あみ，児嶋長次郎，藤原敏道, “統合化に向けてリニ
ューアルされた BioMagResBank” 第 52 回 NMR 討論会、石川県立音楽堂（金沢市）、2013 年 11 月 12-14 日
B-9. 片岡沙織、古板恭子、小林直宏、建部 恒、村山真一、塩崎一裕、藤原敏道、児嶋長次郎,“常磁性緩和効果を用いた Sin1 の NMR 構造解析” 第 36 回日本分子生物学会年会、神戸国際会議場（神戸市）、2013 年 12 月 5 日
B-10.
天野 亮、野村祐介、永田崇、小林直宏、森 瑶子、福永淳一、田中陽一郎、片平正人、
中村義一、神津知子、坂本泰一、“転写因子 AML1 に対して複数の結合部位を持つ高親和性 RNA アプタマーの解析” 第 36 回日本分子生物学会年会, 神戸国際会議場（神戸市）
2013 年 12 月 6 日
B-11.
天野亮、野村祐介、永田崇、小林直宏、森 瑶子、福永淳一、田中陽一郎、片平正人、
中村義一、神津知子、坂本泰一、“Multi-site binding of high affinity aptamer against
AML1 Runt domain” 第 40 回国際核酸化学シンポジウム、神奈川大学（横浜市）、2013
年 12 月 3-6 日

〈国際〉
A-1. Akira R. Kinjo, “Composite structural motifs of ligand binding interfaces fordelineating biological functions of proteins.” Asia-Pacific Protein Association
Conference, Shanghai, China, May 5-9, 2011
A-2. Naohiro Kobayashi, Ayako Furukawa, Soichiro Kitazawa, Takashi Nagata, Ryo
Kitahara, Masato Katahira and Toshimichi Fujiwaraa, “MagRO-Assign: a tool for
automated sequence specific assignment of chemical shifts for NMR signals ofprotein backbone.” EUROMAR2011, Frankfurt, Germany, Aug 21-25, 2011
A-3. Akira R. Kinjo, “Protein Data Bank on the Semantic Web.” IUCr 2011, Madrid,
Spain, Aug 22-29, 2011
A-4. Hiroshi Wako, Shigeru Endo, “Characterization of a conformational change ofprotein with elastic-network-model based normal mode analysis in dihedral angle
space.” The 17th International Biophysics Congress（第 17 回国際生物物理学会）、
Beijing, China, Oct 31, 2011
A-5. Daron M. Standley, “Function prediction of structured and unstructured proteins.”
5th China Medical Biotech Forum (CMBF-2011), Beijing, China, Nov. 8, 2011
A-6. Daron M. Standley, “Prediction of dinucleotide-specific RNA- binding sites inproteins.” Kuala Lumpur, Malaysia, Nov 14, 2011
A-7. Keisuke Ikeda, Tomoshi Kameda, Ayako Egawa, Hideo Akutsu, Toshimichi
Fujiwara, “Simulation of Magic-Angle Spinning Solid-State NMR Spectral Fittingfor Proteins and Peptides using Replica-Exchange Monte Carlo Algorithm.” 第 50 回
記念 NMR 討論会国際シンポジウム、横浜市、 Nov 15-18, 2011
A-8. Naohiro Kobayashi, Takeshi Iwata, Yoko Harano, Chojiro Kojima, Haruki
Nakamura, Toshimichi Fujiwara, “New server systems based on virtual computing
for the database BMRB and MagRO-Tools for NMR analysis.” 第 50 回記念 NMR 討
論会国際シンポジウム、横浜市、 Nov 15-18, 2011
A-9. Daron M. Standley, “Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains
by Their Amino Acid Content Using IDD Navigator.” Pacific Symposium on
Biocomputing, Hawaii, USA, Jan 6, 2012
A-10.
Akira R. Kinjo, Hirofumi Suzuki, Reiko Yamashita, Yasuyo Ikegawa, Takahiro
Kudou, Reiko Igarashi, Yumiko Kengaku, Hasumi Cho, Nahoko Haruki, Daron M.
Standley, Atsushi Nakagawa, and Haruki Nakamura, “Data-in and Data-out
Services of Protein Data Bank Japan (PDBj) as a member of the wwPDB.”AsCA2012, Aderade, Australia, Dec 3, 2012
A-11.
Haruki Nakamura, Akira R. Kinjo, Hirofumi Suzuki, Reiko Yamashita, Yasuyo
Ikegawa, Takahiro Kudou, Gert-Jan Bekker, Reiko Igarashi, Yumiko Kengaku,
Hasumi Cho, Junko Sato, Nahoko Haruki, Daron M. Standley, Atsushi Nakagawa,“Protein Data Bank Japan (PDBj): maintaining structural data archive andintegration of structure data with other life sciences data resources by semantic
web technologies” AsCA2013, Hong Kong, Dec 8-10, 2013
B-1.

Masashi Yokochi, Naohiro Kobayashi, Ami Takahashi, Eldon L. Ulrich, John L.
Markley, Haruki Nakamura, Chojiro Kojima and Toshimichi Fujiwara, ”Translationof data entries in BioMagResBank from NMR-STAR format into XML format basedon the curated dictionary and XML Schema” 、 International Conference on
Structural Genomics 2013 、札幌市、July 29- Aug 1, 2013

(４)知財出願①国内出願 (0 件)②海外出願 (0 件)③その他の知的財産権
商標登録証 商標 PDBj 登録第 5181648 号（2008 年 11 月 21 日登録）2013 年に継続措置を取った。
(５)受賞・報道等①受賞（顕著な受賞の前に*を付記してください）*金城 玲：文部科学大臣表彰「若手科学者賞」 受賞（2012 年 4 月）
「蛋白質立体構造のデータベース技術と博物学の研究」
中村 春木：平成２４年度大阪大学総長顕彰（社会・国際貢献部門） 受賞（2012 年 8 月）
「蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化・統合化」②マスコミ（新聞・ＴＶ等）報道（プレス発表をした場合にはその概要もお書き下さい。）
特にナシ
③その他
特にナシ

§６ 研究開発期間中に主催した会議等
主なワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ等の活動
参加
概要
人数
H23 年 5 月 第 3 回 APPA 国際会議 上 海 大 学 （ 中 －PDBj データベースサービス
6 日‐8 日で の ブ ー ス 展 示 国）の展示、紹介。
「 Protein Data BankJapan」
H23 年 6 月 第 11 回日本蛋白質科学 大 阪 大 学 、 銀 23 名 データ利用者に対する DB
6日
会 PDBj サテライトワーク 杏 会 館 （ 吹 田
利用の実習。
ショップ in 大阪市）
H23 年 6 月 第 11 回日本蛋白質科学 ホテル阪急エキ 110 名 データ利用者に対する DB
7日
会年会ランチョンセミナ ス ポ パ － ク （ 大利用についての紹介。
ー「PDBj（日本蛋白質構 阪府吹田市）
造データバンク）」
SMSDep,
H23 年 6 月 BMRB Advisory Board ウ ィ ス コ ン シ ン 22 名 ADIT-NMR,
Meeting
BMRB
サーバに関する情(PDBj
28 日‐7 月 3
大学（USA）
から 2 報交換及び開発指針討議。
日
名 参加）
H23 年 8 月 IUCr2011 国際結晶学 マドリード、スペ
PDB データベースサービス
23 日‐28 日 会ブース展示「wwPDB」 インの展示、紹介。
年月日

名称

場所

H23 年 9 月 第 49 回生物物理学会年 兵 庫 県 立 大 110 名 データ利用者に対するデー
16 日
会 PDBj ランチョンセミナ 学、姫路書写キ
タ利用についての紹介。
ー－in 兵庫－ャンパス（姫路市）

H23 年 9 月 wwPDB Advisory
Committee meeting
30 日

EBI（UK）

20 名
wwPDB 活動に対する国際(PDBj 諮問委員会。
から 3 名参加）
Symposium Cold Spring 242 名 PDB40 周年記念シンポジウ
H23 年 10 PDB40:
ムを主催。
月 28 日‐30 celebrating the 40th Harbor
Anniversary of the Laboratory
日*wwPDB 主催
Protein Data Bank
（NY, USA）
H23 年 11 CBI/JSBi2011 合 同 大 神 戸 国 際 会 議 50 名
3 名の講演者を招いた講演会 ス ポ ン サ ー ドセ ッ ショ 場（兵庫県）
会を主催。
月8日
ン：PDBjJoint 大 阪 大 学 免 疫 83 名
H23 年 11 “IFReC-IPR
ゲノム、構造、ネットワークにon 学 フ ロ ン ティ ア
関連する公開ワークショップ
月 16-17 日 Symposium
Systems Biology”
研究センターの開催。
（吹田市）
H23 年 11 H23 年日本結晶学会ブ 北 海 道 大 学 、 －PDBj データベースサービスの展示、紹介。
月 24 日‐25 ース展示”Protein Data 学 術 交 流 会 館
Bank Japan”（札幌市）
日

H23 年 11 H23 年日本結晶学会年 北 海 道 大 学 、 95 名
データ利用者に対するデー
会 ラン チョ ンセ ミナー in 学 術 交 流 会 館
タ整理と登録についての教月 25 日
（札幌市）
育。
北海道－
H23 年 12 第 34 回日本分子生物学 パシフィコ横浜 －PDBj データベースサービスの展示、紹介。
月 13 日‐16 会 展 示 ”Protein Data （神奈川県）
Bank Japan”
日
H24 年 2 月 H23 年蛋白研セミナー 九 州 大 学 、 病 34 名
データ利用者に対する DB
7日“PDBj 講習会”in 福岡 院 キ ャ ン パ ス
利用の実習を主催。
（博多）
H24 年 3 月 電子顕微鏡研究とデータ Instruct
4名
電子顕微鏡研究と DB 運用
Image(PDBj についての情報交換及び意
14 日‐19 日 ベ ー ス 運 用 につ い てのProcessingから 1 名 見交換。
meeting
Center（マドリ 参加）
ード、スペイン）
分子閲覧ソフトによる三次元
大阪大学いちょう祭・蛋 大阪大学蛋白構造の観察や、蛋白質 PC
H24 年 4 月
白研イベント“蛋白質を 質研究所（吹田 35 名
ゲームを使って蛋白質解析
30 日
市）
知ろう”
を分かりやすく一般へ紹介。
第 12 回蛋白質科学会年 名古屋国際会
PDBj の組織およびウェブサ
H24 年 6 月
会 PDBj ランチョンセミナ 議場（名古屋
105 名 ービスや BMRB による新し20 日ー in 名古屋市）
い解析研究について紹介。
H24 年 5 月 PDBj-BMRB 糖鎖デー 大阪大学
6名
糖鎖 NMR データの統合化
8日
タベース グループ間ミに関する打ち合わせーティング
平成 24 年 5 wwPDB common D&A EBI（UK）
20 名
NMR データ登録共通 UI(PDBj 開発のための打ち合わせ
月 13-16 日 meeting
より２
名、PDBj-B
MRB よ
り１名参
加)

RCSB,
Rutgers
University
（USA)

3名

バイオインフォマティクス
H24 年 8 月
北海道大学
講習会 2012‐生物情報
9日（札幌市）
データベース入門

44 名

第 50 回生物物理学会年
名古屋大学
H24 年 9 月
会 PDBj ランチョンセミ（名古屋市）
23 日
ナー in 名古屋

120 名

大阪大学蛋白H24 年 10 9th wwPDB Advisory質研究所
Committee Meeting
月 12 日（吹田市）

20 名

Annotation of EMDB
H24 年 6 月
data トレーニングワーク
25-29 日ショップ

ハートンホール
H24 年 10 wwPDB Outreach 講演
毎日新聞ビル 52 名
月 13 日会 in 大阪（大阪市）
H24 年日本結晶学会年
H24 年 10
東北大学
100 名
会 ランチョンセミナー in
月 18 日（仙台市）
東北
H24 年 11月2日

H24 年
CCP4 講習会

九州大学
（福岡市）

29 名

H24 年 11
サイエンスアゴラ 2012
東京お台場－
月 10-11 日
第 35 回日本分子生物学
H24 年 12
マリンメッセ福－会年会・バイオデータベ
月 11-14 日
岡（福岡市）
ースコーナー展示
産総研関西セH24 年 12 H24 年第 3 回データベ
ンター（大阪府 30 名
月 26 日ース講習会池田市）
H25 年 3 月 H24 年 PDBj 講 習 会 東 京 農 工 大 学
43 名
7日（小金井市）－in 東京－平成 25 年 1 PDBj-BMRB 糖鎖デー NBDC 東京本 6 名
タベース グループ間ミ 部
月 22 日ーティング

H25 年 3 月
H24 年蛋白研セミナー
8日

大阪大学中之島センター（大 49 人
阪市）

大阪大学いちょう祭・蛋
大阪大学蛋白H25 年 5 月 白研イベント“蛋白質の質研究所（吹田 10 名
かたちを知ると何が分る
3日
市）
の？”

EM データ、chemical shift
データの処理等についてのトレーニング。
*wwPDB 主催。
生物情報データベースの利用者向けの PC を使用した実習。
Big Data 時 代 に お け る
PDB の意義と仮想化技術
による NMR データの統合
的解析環境について紹介。
wwPDB 諮 問 委 員 、 関 係
組織の代表研究者を招き、
wwPDB の 年 次 報 告 お よび今後の運営と方針について討議。
PDB と創薬開発、生命科学研究への関わりを主題とした一般向け講演会を実施。
PDB と wwPDB、また PDBの登録について紹介。
X 線結晶解析プログラム
CCP4 の利用により、特にPDBj へのデータ登録手法
について紹介。
分子構造を 3D 画像で分かりやすく展示、紹介。
PDBj データベースを分かりやすく紹介する企画展示を実施。
PDBj のサービスの利用法について PC を使用しながら実習。
PDBj の Web サービスの利
用法について PC を使用しながら実習。
糖鎖 NMR データの統合化に関する打ち合わせ
ビッグデータ時代に向けた医データベースと題する 7
題のセミナーを実施し、科学
データベースと医療データ
ベースの融合について企業
研究者も含め発表、討論。
分子閲覧ソフトによる三次元構造の観察や、蛋白質 PC
ゲームを使って蛋白質解析
を分かりやすく一般へ紹介。

第 13 回日本蛋白質科学
とりぎん文化会
H25 年 6 月
100 名
会年会 PDBj ランチョン館（鳥取市）
12 日
セミナーin 鳥取
第 11 回日韓中バイオイ
H25 年 6 月
蘇州大学（中ンフォマティクストレーニ
27 名
18 日
国）
ングコース
大阪大学中之H25 年 8 月
H25 年 PDBｊ講習会
島センター（大 20 名
23 日
阪市）
RCSB,
H25 年 9 月 10th wwPDB Advisory Rutgers
University
Committee Meeting
27 日
（USA)
H25 年 10月4日
H25 年 10
月 13 日H25 年
21-22 日20 名

トーゴーの日シンポジウ 時 事 通 信 ホ ー－
ム 2013ル（東京）
H25 年日本結晶学会年
熊本大学（熊本
80 名
会 PDBj ランチョンセミナ
市）
ー
RCSB,
第 3 回理論モデルの検
Rutgers
証についてのワーキン
50 名University
グ・グループ会議（USA)

H25 年 10
月 28 日H25 年 11
月 9-10 日

サイエンスアゴラ 2013validation EBI（UK）
H25 年 11 wwPDB
task
force
meeting
月 18-１9 日

H25
年 PDBx/mmCIF format EBI（UK）
ワ ー ク シ ョ ッ プ for
20-21 日programers
H25 年 12
月 3-5 日第 36 回日本分子生物学
神戸国際会議会年会・バイオデータベ場（神戸市）
ースコーナー展示

wwPDB の紹介および具体的な登録方法の紹介
論文発表された計算によるモデルのアーカイブ設立についての討議wwPDB および PDBｊの活動や PDBj ウェブの新インターフェース、BMRB による新しい解析研究について紹介。
分子構造を 3D 画像や立体－模型で分かりやすく展示、紹介。
14 名
NMR データベースフォーマ(PDBj- ット、データクオリティー管理
BMRB に関する打ち合わせ
より１名
参加)
30 名
コンピュータ・プログラムを作成する技術者のための新しい フ ォ ー マ ッ ト（PDBx/mmCIF）講習会
PDBj データベースを分かり－やすく紹介する企画展示を実施。

第 51 回日本生物物理学
京都国際会館
100 名
会年会 PDBj ランチョン（京都市）
セミナー in 京都

東京お台場

PDBj ウェブの新インターフ
ェースや新 PDB フォーマッ
ト、BMRB による新しい解析研究について紹介。
蛋白質の最適コンタクトポテ
ンシャルと配列の保存モードについて講義
PDBj のサービスの利用法について PC を使用しながら実習。
wwPDB 諮 問 委 員 、 関 係
組織の代表研究者を招き、
wwPDB の 年 次 報 告 お よび今後の運営と方針について討議。
PDBj の活動および今後の運営について紹介。

§７ ユーザー評価結果への対応≪ 平 成 25 年 7 月 に 実 施 し た 「 NBDC に お け る 事 業 活 動 の ユ ー ザ ー 評 価 」（http://biosciencedbc.jp/user-hyouka-2013/result-summary）で得られたユーザーの意見、提案等 (詳細は別紙 2 を参照)に対し、実施済み若しくは実施予定の対応策等を具体的に記載してください。)
コメント：サービス＆ソフトウェアのリンク先の中に、実際の使用にはもう少し詳しい使用方法等の説明が必要なものがある。また、機能別にリストアップするなどの表示をしてもらえると便利である。
対応：①実施済みどのようなサービスがあるのかを、目的別に分かりやすく探せるように、トップページに「サービスを探す（Find the service you need）」を掲載して、機能別にサービスをリストアップした。また、Help
パージの記述を充実させた。
コメント：状況に応じて動くツールと動かないツールがあるように見えるので、ビューアーの環境依
存性が無くなると非常に嬉しいです。
対応：①実施済み
ツールが稼働しない理由の多くは、JAVA と利用者のプラットフォーム（ブラウザ）のバージョンの問
題がからんでおり、JAVA のバージョンが上がる都度に対応をしている。今後とも、不具合がみつか
りしだい、対応をする。
コメント：今回の「国際的な構築と統合化の取り組み」で何が変わったのかわかりません。
対応：①実施済み統合化にとって基本的な PDB/RDF, BMRB/XML, BMRB/RDF 等の Semantic Web 用のフォーマットはこれまで国際的にも開発がなされておらず、PDBj および PDBj-BMRB の本プロジェクトの活動により初めて開発され、かつ国際的に正規のフォーマットとして採用されている。
コメント：より積極的に宣伝、普及、啓蒙活動をしていただけると大変ありがたいです。
対応：①実施済み
毎年、国内外の学会年会でのセミナーやブースでの宣伝や、データベースへの登録や利用に関する講習会を開催した。また、2012 年には大阪梅田にて一般社会人向け講演会を wwPDB
Foundation として実施したほか、2012 年と 2013 年には東京お台場にてサイエンスアゴラへの出展も行い、啓蒙活動も積極的に行っている。
コメント：PDB/RDF 版の URI で一部誤りがある（UniProt taxnomy、enzyme へのリンクにおいて、対象の ID が変更された記述をもつ箇所）。PDBML/XML にあり、RDF に含まれていないレコードを対応させて欲しい。
対応：①実施済み
PDBML（XML）にあり、PDB/RDFに含まれていないレコードの一部に関しては、最新のPDBMLスキーマに対応したRDFを作成することで対応した。ただし、一部のPDBxカテゴリー(entity_poly_seqなど一残基毎の情報がredundantに記述されているもの)については、そのままRDF化を行うとredundantにも関わらずデータ量が膨大になるため、むしろRDF化を行っていな
い。
① 実施予定PDB/RDF の URI で一部誤りがある件に関しては、外部リソースの ID 変更に PDB の元データが対応できていないことが原因であるため、wwPDB として国際的に常時実施している remediation
作業によって対応する。
コメント：PDBj ならではの機能が今後も増えると嬉しいです。中国、台湾、韓国からの利用が今後増えると思いますので、大変でしょうが応援しています。
対応：①実施済み2012 年 12 月に香港で行われた AsCA2012（アジア結晶学会）にて、PDBj の活動を口頭で紹介し、フォーマットや登録方法の変更が行われることを日本だけでなく、中国、台湾、韓国の研究者

に周知した。今後とも、様々な機会にそれらの国々の研究者との交流をはかる。
コメント：PDB との差別化を更に進めてもらいたい。
対応：①実施済み
PDBj は wwPDB のメンバーの一員であり、データ登録処理については世界共通の基準による品質管理を保つ必要があるため、wwPDB の他のメンバーと歩調を合わせて行っている。一方、データの日本語・中国語・ハングル等による閲覧法、分子表面データベース（eF-site）や基準振動解
析によるダイナミクスのデータベース（ProMode）等二次データベースや検索サービスについては
他の wwPDB メンバーが実施していない独自の開発と公開を行っている。また、セマンティック・ウ
ェブ技術に対応した PDB/RDF や BMRB/RDF は PDBj が進んで開発を行い、差別化というよりはむしろ wwPDB の正規な標準フォーマットとしている。このように、今後とも国際的に協力をしつ
つ、オリジナルな研究開発も進めていく。
コメント：PDBj-BMRB の認知度に対する低さを指摘され、積極的な情報発信が必要であるという意見があった。
対応：これまでの PDBj-BMRB の活動の大部分は貴重な NMR 実験データをデータベースへ登録し、管理運営にすることに注力してきた。これにより多くの NMR 関連研究を支援し、特にデータベースを利用したツール開発について貢献度してきたと言える。今後の活動については NMR 研
究者あるいは NMR ツール開発者といった NMR の専門家ばかりではなく、広く生体分子構造に関わる研究者が興味を持ち、有効活用できるようなデータベースへと発展させていくことが必要であると考えている。
①実施済み
平成 25 年度に BMRB データを XML 化、RDF 化し、相互作用情報、疾患関連情報などの他のデータベースとの有機的な統合を進め、BMRB/XML および BMRB/RDF として公開した。
②実施予定
NMR データと生体分子構造・機能を結びつける役割を演じる独自の BMRB ポータルサイトを開発公開することを計画している。

§８ その他（１）研究代表者として、研究開発、プロジェクト運営等について、上記以外に報告したいことがあれ
ば、自由に記載してください。
本研究開発は、海外との連携・協力関係が欠かせない。実際、wwPDB の他のメンバー（RCSB-PDB, PDBe, BMRB）とは、アノテータ間のメールのやりとりは毎日行われており、システ
ムの開発等についても毎週のように TV 会議が行われている。機会があるごとに、アノテータやプログラマがこれら海外の wwPDB メンバーの場所で開催されるワークショップへも参加し、緊密な交流が行われている。
大阪大学蛋白質研究所は「共同利用・共同研究拠点」の役割の一つとしてデータベース構築と運営を掲げており、附置研究所の業務としての統合データベース活動が 2013 年度に行われた拠点の中間評価において評価された。すなわち、附置研究所の役割の一つとして、研究コミュニティ
ーの成果をまとめあげデータベース化することが国レベルで認められたとも言え、今後、ビッグデー
タの基となる、品質が保証された研究成果のデータベース構築が処々でなされよう。また、研究代表者の中村春木は、DBCLS の客員教授も務めており、国内のライフサイエンス・データベースの統合化に尽力をしている。附置研究所と大学共同利用機関法人情報・システム研究機構とが協力し、基盤的データベースの長期的な運用が可能な体制をなるべく早期に確立したいと考えている。
以上