「統合データベースプロジェクト」補完課題「糖鎖修飾情報とその構造解析データの統合」（糖鎖科学統合データベースの構築）

２１年度

研究成果報告書

平成２２年３月

独立行政法人産業技術総合研究所

1

成松

久

本報告書は、文部科学省の平成２１年度科学技術試験研究委託事業による委託業務として、
独立行政法人産業技術総合研究所が実施した
平成２１年度「糖鎖修飾情報とその構造解析データの統合（糖鎖科学統合データベースの構築）」の成果を取りまとめたものです。

2

内容
１．委託業務の目的 ............................................................ 4
２．平成２１年度（報告年度）の実施内容......................................... 4
２.１ 実施計画 ................................................................ 4
２.２実施内容(成果）......................................................... 7
２.３ 成果の外部への発表...................................................... 13
２.４ 活動（運営委員会等の活動等）............................................ 15
２.５ 実施体制 ............................................................. 16
２.６ 整備実績一覧.......................................................... 16
別表１

平成２１年度に於ける実施体制.......................................... 16

別表２

整備実績一覧.......................................................... 20

DB 名：GGDB ................................................................. 20
DB 名：LfDB ................................................................. 22
DB 名：GMDB ................................................................. 25
DB 名：GlycoProtDB .......................................................... 27
DB 名：GlycoEpitope ......................................................... 31
DB 名：LipidBank ............................................................ 33
DB 名：MDHPLCDB ............................................................. 34
DB 名：PACDB ................................................................ 37
DB 名：糖鎖関連疾患とその原因遺伝子のデータベース ........................... 40
DB 名：JCGGDB Reports ....................................................... 42
DB 名：JCGGDB GlycoScience Protocol Online Database ......................... 443１．委託業務の目的
糖鎖業界に散在するデータベースを産業技術総合研究所・糖鎖医工学研究センター（以下、糖鎖医工学研究センター）に設置予定のデータベースサーバに集約し糖鎖科学統合
データベースを構築する。まずは、糖鎖医工学研究センターが構築した５種類のデータ
ベース（糖鎖関連データベース、糖転移酵素特異性に関するデータベース、レクチンデ
ータベース、糖タンパク質データベース、および質量分析データベース）について、統合を行う。
また、我が国に存在する糖鎖関連データベースを統合するために、糖鎖医工学研究セン
ターは糖鎖関連データベースを保有している研究機関と交渉し、了解を得た上でデータの提供元となるよう促す役割を行う。そのために、各データ提供機関が糖鎖医工学研究センターに円滑にデータを提供できるように糖鎖医工学研究センターは必要な支援を行う。複数の機関から得られたデータを標準化した上でデータベースに格納する。
糖鎖医工学研究センターはデータベースに格納した専門的な情報を直感的に理解できるインターフェースを開発し、糖鎖研究分野以外の研究者等にも理解可能な情報として公開する。
各種様々なデータをいくつかのカテゴリーに分類した上で、統合に必要な情報を中核機関である情報・システム研究機構に受け渡し、情報・システム研究機構の「DB ポータル」等の検索方法と連携できるように開発を行う。
最終的には情報・システム研究機構等とのデータの統合を目指し、統合検索を共同で開発する業務を行う。

２．平成２１年度（報告年度）の実施内容
２.１ 実施計画
糖鎖医工学研究センターが平成１９年度から構築している横断検索を基盤にし、国内に散在する糖鎖関連データベースを集約しコンテンツの充実を図る。国内に存在する、より多くの糖鎖関連データベースを統合するために、平成２１年度も引き続き糖鎖関連データベースを保有している各研究機関との交渉を行い、当プロジェクトと連携するための API 開発の支援および新規データベース構築の支援を行っていく。
①運営と開発体制の準備
既に公開しているポータルサイトおよび横断検索サイトの内容を充実させるための活動並びにデータベース普及のための活動をしていく。データを保有している研究機関に
統合データベースの活動を説明し、平成２２年度（次年度）の協力機関としての参画を促す。そして理解が得られた機関を含めた平成２２年度（次年度）の業務計画を立てる。

4

最終目標である統合検索システムを実現させるために、開発体制と情報基盤を整え、統合検索システムのプロトタイプ版の開発を開始する。
参加募集の活動以外にも、糖鎖に関連するライフサイエンス分野の研究者に、統合検索システムの活用方法を広めていく普及活動を行う。
②データ提供機関との交渉
データ統合の活動をしやすくする為に、国内の数多くの主要な研究機関・大学・企業が集結している最大の糖鎖の団体である「日本糖鎖科学コンソーシアム（JCGG）」に協力を要請し、統合検索システム構築の活動を JCGG の枠組みの中の活動として公認を得た。
既に糖鎖関連データベースを保有している機関に協力機関として参画するように促す。
データベース化していないデータを保有している機関には糖鎖科学統合データベースの枠組みの中で構築し統合するように促す。
データの提供時に発生する作業に関して、個々の研究機関・企業・大学と交渉し、より良い手段で解決し、円滑にデータを統合できるように実務レベルの話し合いを進め、業務を遂行する。
③統合データベース構築
糖鎖医工学研究センターが平成２０年度に構築したデータベースを基盤として、糖鎖科学統合データベースのコンテンツと検索機能を拡充する。大きく分けて主に２つの開発を行う。まずは、それぞれの研究機関のＤＢのデータの属性から研究領域に分類し、振り分けた研究領域の中で融合できる統合検索システムを構築する。もう一つは、研究領域毎に細かく統合した検索システムを１つにまとめるための技術開発を行うことと、中核機関のライフサイエンス統合ＤＢとの連携するための作業を行う。
③-1 研究領域毎の統合データベース構築
ⅰ「構造解析と検出に関するカテゴリー」（構造の横断検索）
平成２０年度に構築した「構造解析と検出に関するカテゴリー」（構造の横断検索）に
理化学研究所の「糖鎖コンフォメーションデータベース」が参加することになりＡＰＩの開発を行い、構造による横断検索システムで連携を開始する。
ⅱオンラインプロトコルの統合検索システム構築「糖鎖大量合成」研究領域の中で、財団法人野口研究所と共同で有機化学による糖鎖合
成とその後末端構造にバラエティを持たせるための酵素合成法の２つを融合させて糖鎖標準品の合成を支援するシステムを 2 年かけて開発する。外部の研究者が反応経路と合成に関わるノウハウを登録できるシステムを開発し、糖鎖の標準品の合成法を誰でも検索できるよう目指す。これ以外のプロトコルに関して、糖鎖研究の初心者でも糖鎖の解析を行えるように各種様々な解析に関するオンラインプロトコルを整備する。それら
5

を実現するために研究機関や企業など幅広く募集を行い、より多くのプロトコルの蓄積を目指す。
ⅲ糖鎖関連疾患とその糖鎖関連遺伝子のデータベース
名古屋大学の協力を得てノックアウトマウスのデータベースを継続してデータ更新を行う。国内の研究者が保有しているノックアウトマウスの情報を研究者が自ら登録できる仕組みを構築する。更には登録したリソースの管理（配布方法・問合せ先等の情報も管理）ができるシステムも構築する。これに関連して、創価大学のショウジョウバエの糖鎖関連遺伝子データベース(以後、ショウジョウバエの糖鎖関連遺伝子データベース
を FlyGlycoDB と略す)と連携するためにＡＰＩの構築を行う。そして、平成２１年度内に糖鎖関連遺伝子のノックアウトマウスＤＢ、創価大学の FlyGlycoDB 及び産総研のＧ
ＧＤＢの３機関のＤＢで連携（左記、以後３機関連携 GGDB と略す）を行う。また、新規に糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる疾患のデータベースを構築し、３機関連携
GGDB と連携することを目標にする。
ⅳ糖鎖の機能に関する情報のデータベース
糖鎖の役割の重要性を広く知ってもらうために、一般の方から専門の方まで理解しやす
い易しい読み物を作成して、データベース化していく予定とする。蓄積した文章を利用
しデータマイニング技術を駆使して、糖鎖の専門用語と遺伝子名などを結びつける情報を抽出できる技術の確立を目指し、中核機関と連携しながら作業を進める。そのための糖鎖の専門用語集作成などを２年かけて整備する。
ⅴ経産省側の統合ＤＢプロジェクトとの連携
糖鎖医工学研究センターのデータベースに遺伝子多型やタンパク質ドメイン構造等のH-invDB の情報を表示できるように、平成２０年度には産業技術総合研究所・メディシ
ナル情報研究センター（旧・生物情報解析研究センター）の代表者と協議を行いＡＰＩの開発を行った。平成２１年度はお互いのＤＢの画面に補完してメリットのあるデータを表示させる(経産省側とのＤＢ連携)。
③-2 統合データベース構築に向けた開発と中核機関との連携
ⅰ検索用インデックスの自動更新システムの開発
これまでに構築した外部ＤＢと連携するためのＡＰＩを活用し、横断検索のインデック
スを自動更新するシステムの開発を行う。
ⅱ直観的なポータルサイト実現のための技術開発
平成２０年度に完成したＡＰＩを利用し統合検索システムを構築し始める。平成２１年度開発するＡＰＩが完成した場合には統合検索システムに組み込む。そして平成２１年度から統合検索システム構築のために、中核機関と連携し、平成２２年度末までに実現可能になるように情報の整理と web インターフェースの開発を 2 年かけて行う。

6

２.２実施内容(成果）
糖鎖医工学研究センターが平成１９年度から構築している横断検索を基盤にし、国内に散在する糖鎖関連データベースを集約し糖鎖科学のポータルサイト（JCGGDB）を運用しているが、そのコンテンツの充実を進めるとともに、平成２１年度も引き続き糖鎖関連
データベースを保有している研究機関と交渉を行い、当プロジェクトと連携するためのAPI 開発の支援および新規データベース構築の支援を行った。具体的な作業とその結果は以下のとおりである。
①運営と開発体制の準備
既に公開しているポータルサイトおよび横断検索サイトの内容を充実させるための活動並びにデータベース普及のための活動を行なった。データを保有している研究機関に統合データベースの活動を説明し、平成２２年度の協力機関としての参画を依頼した。
そして理解が得られた機関を含めた平成２２年度の業務計画を立てた。最終目標である
統合検索システムを実現させるために、開発体制と情報基盤を整え、統合検索システムのプロトタイプ版の開発を開始した。
参加募集の活動以外にも、糖鎖に関連するライフサイエンス分野の研究者に、統合検索システムの活用方法を広めていく普及活動を行った。日本糖質学会に於いて、データ
ベース展示ブースを設置し、使い方の説明やプロジェクトに参加している研究機関のデータベースの解説などを行った。
下記に JCGGDB の各国のページビューを記載した。アジア（日本、中国、韓国）を中心に米国、英国が主にアクセスしている。
国名（上位５ヶ国）

年間ページビューJAPAN

980538UNITED STATES

111119

CHINA

16200

KOREA, REPUBLIC OF

14623

UNITED KINGDOM

3261

7

日本の利用者の内訳

分類

アクセス数

パーセント

学校法人

133975

13.66

民間企業

74894

7.64

国立研究機関

3346

0.34

政府

1819

0.19

642066

65.48

地方団体

2638

0.27

社団法人

208

0.02

財団法人

6684

0.68

病院・病院の研究所

3537

0.36

インターネットプロバイダー

99401

10.14

不明

11970

1.22

合計

980538独立行政法人（２０１０年３月３１日現在）
国別のページアクセス数（ＨＴＭＬレベル）
8日本からのアクセスでは、全体的に TOP ページの参照数が圧倒的に多い。その次にデー
タベース・サービス、設立、事務局の説明の順位多い。英語のページに関して、米国からのアクセスは事務局、設立、トップページ、募集、データベースの順に多い。

日本

米国

中国

韓国

英国

その他

19738

6131

12437

318

93

1965

/index_en.html（英語）

485

1245

133

45

41

571

/jimukyoku.html

981

1258

29

31

8

371

/jimukyoku_en.html（英語）

140

736

7

21

7

248

/seturitu.html

1182

1200

26

30

8

357

/seturitu_en.html（英語）

188

769

5

21

11

259

/boshu.html

742

1139

27

38

8

354

/boshu_en.html（英語）

117

718

9

20

7

290

/links.html

355

914

25

20

7

302

/links_en.html（英語）

100

673

12

16

8

259

/database.html

2339

643

20

19

16

331

/database_en.html（英語）

55

253

5

9

4

136

/staff.html

468

372

1

30

0

67

/application.html

272

357

2

31

0

47

/index.html

サービス毎のアクセス数
9

キーワードによる横断検索
合計

日本

17366

米国

10835

中国
4681

韓国
52

英国
181

その他
120

1497

キーワード検索では日本からのアクセスが最多である。日本からのアクセスが多い理由
としては日本のユーザ数が多く、日本語のドキュメントも検索対象になっている理由と思われる。
糖鎖構造検索
合計

日本

56382

米国

22886

中国

27836

韓国
34

英国
2763

その他
162

2701

構造検索に関して日本より米国からのアクセスの方が多い。
構造の詳細画面参照数
合計

日本

134754

米国
3490

中国

57744

韓国
17

英国
1997

その他
11

71495

ＪＣＧＧＤＢでは各機関の構造名などを集約しているため Google などから構造名でヒットして直接ページにアクセスしてくるためと推定できる。構造検索から構造の詳細画面に遷移する数が少ない。恐らく使い方が解らずエントリーにヒットしていないためと想像できる。

病原体と糖鎖のデータベース
合計
37141

日本

米国
5878

中国

21334

韓国
19

英国
4263

その他
5

5642

米国が一番興味を持っている。日本、韓国の順に多い。公開から３，４ヶ月しかたっていないが比較的アクセス数が多い。

②データ提供機関との交渉
データ統合の活動をしやすくする為に、国内の数多くの主要な研究機関・大学・企業が集結している最大の糖鎖の団体である「日本糖鎖科学コンソーシアム（JCGG）」に協力を要請し、統合検索システム構築の活動を JCGG の枠組みの中の活動として公認を得ている。既に糖鎖関連データベースを保有している機関に協力機関として参画するように依頼した。データベース化していないデータを保有している機関には糖鎖科学統合データベースの枠組みの中で構築し統合するようにした。
10

データの提供時に発生する作業に関して、個々の研究機関・企業・大学と交渉し、より良い手段で解決し、円滑にデータを統合できるように実務レベルの話し合いを進め、業務を遂行した。
③統合データベース構築
糖鎖医工学研究センターが平成２０年度に構築したデータベースを基盤として、糖鎖科学統合データベースのコンテンツと検索機能を拡充した。大きく分けて主に２つの開発を行った。まずは、それぞれの研究機関のＤＢのデータの属性から研究領域に分類し、振り分けた研究領域の中で融合できる統合検索システムを構築した。例えば感染と疾患の関連や病原菌と糖鎖の結合情報をデータベース化してＰＡＣＤＢと名付けた。他にも
糖 鎖 関 連 遺 伝 子 の 変 異 に よ っ て 起 こ る 病 気 の 情 報 を 収 集 （ Glyco-Disease Genes
Database と命名しＧＤＧＤＢを略す）し遺伝子のデータベース（ＧＤＧＤＢ）やショ
ウジョウバエの糖鎖関連遺伝子のデータベース（FlyGlycoDB）との連携を行った。
FlyGlycoDB がまだ公開されていないこともありＧＧＤＢとＧＤＧＤＢのクロスリンク
レベルの連携ののみ利用できる。もう一つは、研究領域毎に細かく統合した検索システ
ムを１つにまとめるための技術開発を行ない、そのＤＢと中核機関のライフサイエンス
統合ＤＢとの横断検索連携に必要なインデックス化を行った。
③-1 研究領域毎の統合データベース構築
ⅰ「構造解析と検出に関するカテゴリー」（構造の横断検索）
平成２０年度に構築した「構造解析と検出に関するカテゴリー」（構造の横断検索）に理化学研究所の「糖鎖コンフォメーションデータベース」が参加することになりＡＰＩの開発が完了し、構造による横断検索システムで連携できる状況になった。この連携
は、糖鎖コンフォメーションデータベースの論文で発表した後にこのデータベースを公開することになっているので、ＪＣＧＧＤＢとの連携部分の公開が遅れている。
ⅱオンラインプロトコルの統合検索システム構築「糖鎖大量合成」研究領域の中で、財団法人野口研究所と共同で有機化学による糖鎖合成とその後末端構造にバラエティを持たせるための酵素合成法の２つを融合させて糖鎖標準品の合成を支援するシステムを 2 年かけて開発しているところである。野口研究所以外の研究機関や大学の方も巻き込んでより多くのデータが集まるように計画した。糖鎖の標準品の合成法を誰でも検索できるように、外部の研究者が反応経路と合成に関わるノウハウを登録できるシステムを開発した。糖鎖研究の初心者でも糖鎖の解析を行えるように各種様々な解析に関するオンライン実験プロトコルの整備をするために研究機関や企業など幅広く募集を行った。その結果、３５名の著名な研究者に協力して頂き、５４種類の実験プロトコルを電子化してＤＢに登録した。３月末日時点では未11

公開であるが平成２２年度の初めに著作権などの問題を解決してから公開する予定としている。最終年度には合計で約１００以上のプロトコルを公開することを目指している。
ⅲ糖鎖関連疾患とその糖鎖関連遺伝子のデータベース
名古屋大学の協力を得てノックアウトマウスのデータベースを継続してデータ更新を行った。国内の研究者が保有しているノックアウトマウスの情報を研究者が自ら登録できる仕組みを構築した。更には登録したリソースの管理（配布方法・問合せ先等の情報も管理）ができるシステムも構築した。これに関連して、創価大学のショウジョウバ
エの糖鎖関連遺伝子データベース(以後、ショウジョウバエの糖鎖関連遺伝子データベ
ースを FlyGlycoDB と略す)と連携するためにＡＰＩの構築を行った。そして、糖鎖関連遺伝子のノックアウトマウスＤＢ、創価大学の FlyGlycoDB 及び産総研のＧＧＤＢの３機関のＤＢで相互リンクによる連携（左記、以後３機関連携 GGDB と略す）を行った。
ⅳ糖鎖の機能に関する情報のデータベース
糖鎖の役割の重要性を広く知ってもらうために、一般の方から専門の方まで理解しやすい易しい読み物を作成して、データベース化した。蓄積した文章を利用しデータマイ
ニング技術を駆使して、糖鎖の専門用語と遺伝子名などを結びつける情報を抽出できる技術の確立を目指し開発しているところである。そのための糖鎖の専門用語集作成などを２年かけて整備しているところである。まずは英語の文章から専門用語を抽出するプ
ログラムを開発しており、Enju を用いた構文解析器による用語の収集を行った。用語を抽出する時の品詞の並びのパターンファイルを作成しているところである。この方法で収集した専門用語を用いてＪＣＧＧＤＢで保有している各種データベースへの自動リンクを行えるシステムを開発しており、遺伝子名や糖鎖構造名などの単語とその情報が記載されているリンク先の情報をデータベース化している。この作業と同時に文章中にＪＣＧＧＤＢの各ＤＢへ、リンクできる情報がないか検索するプログラムの開発を行っている。
ⅴ経産省側の統合ＤＢプロジェクトとの連携
糖鎖医工学研究センターのデータベースに遺伝子多型やタンパク質ドメイン構造等の H-invDB の情報を表示できるように、平成２０年度には産業技術総合研究所・メディ
シナル情報研究センターの代表者と協議を行いＡＰＩの開発を行った。平成２１年度はお互いのＤＢの画面に補完してメリットのあるデータを表示させた(経産省側とのＤＢ連携)。産総研・糖鎖センターが保有しているＧＧＤＢには遺伝子産物のアイソフォームの情報を表示し、産総研・バイオメディシナル情報研究センターの H-InvDB には GGDBへのリンクを表示できるように協力した。また、糖鎖センターが保有する GlycoProtDB
12

に API を設置し、H-InvDB から GlycoPortDB にリンクできるようになった。マウスやヒトの糖タンパク質の情報を公開したときに、ＡＰＩの改良せずに同様にリンクできるよ
うにＡＰＩの設置とデータ提供に協力した。H-invDB に GlycoProtDB の糖鎖修飾の情報を表示できるように協力した。
③-2 統合データベース構築に向けた開発と中核機関との連携
ⅰ検索用インデックスの自動更新システムの開発
これまでに構築した外部ＤＢと連携するためのＡＰＩを活用し、横断検索のインデッ
クスを自動更新するシステムの開発を行った。
ⅱ直観的なポータルサイト実現のための技術開発
平成２０年度に完成したＡＰＩを利用し統合検索システムを構築しているところである。③-1iv の技術を利用し専門用語の共出現頻度を利用しながら専門用語間の関連性を導きながらビューワで表示して直感的に検索や閲覧ができるシステムを開発しており、現在、ポータルサイトでアルファー版を公開している。このビューワで利用する
単語の頻度を計測するには、まず「ⅳ糖鎖の機能に関する情報のデータベース」に記載の専門用語を整備する必要があり、この作業が終わらない限り開発が進まない。引き続き平成２２年度も継続して開発をしていく予定である。

２.３ 成果の外部への発表
プレス発表、取材対応（該当なし）

学会等への口頭発表
発表した成果（発表題目、口頭・ 発表者
ポスター発表の別）

氏名発表した場所（学会等名）

発表した時
期

第 3 回糖鎖産業技術フォー○JCGGDB の概要と利用方法

鹿内

ラム(GLIT)（データベース講習会）

俊秀

産業技術総合研究所・臨海副2009 年 5 月 国
12 日 内都心センター
第 3 回糖鎖産業技術フォー○日本糖鎖科学統合データベー

鹿内

ラム(GLIT)ス（ポスター発表）

俊秀

産業技術総合研究所・臨海副都心センター132009 年 5 月 国
12 日 内◎日本糖鎖科学コンソーシアム
データベース～JCGGDB～ （ポスター発表）◎日本糖鎖科学コンソーシアムのデータベース（ポスター発表）◎日本糖鎖科学コンソーシアムのデータベース（ポスター発表）◎糖鎖構造に関連した実験デー
タの横断検索(JCGGDB) （ポスター発表）
○日本糖鎖科学コンソーシアムの データベース構築（口頭発表）◎ＪＣＧＧＤＢの公開したサー
ビスと最終年度の計画 （口頭発表）

データベースが拓くこれか

鹿内らのライフサイエンス・東京

俊秀

大学・武田ホール（根津）第 29 回日本糖質学会・飛鹿内騨・世界生活文化センター俊秀( 岐阜県高山市）

andGlycotechnology DataBase(JCGGDB)俊秀（神戸ポートアイランド）

24 日 内鈴木

第 82 回日本生化学会大会・2009 年 10 月 国芳典（神戸ポートアイランド）

24 日 内鹿内

バイオジャパン 2009

俊秀

第 7 回日本糖鎖科学コンソ

鹿内ーシアム年会俊秀（大阪）
1st Asia communication of

鹿内

glycobiology and俊秀

glycotechnology

of Biochemistry andMolecular Biology）（上海）スター発表）

20th International◎Japan Consortium for
Glycotechnology DataBase(JCGGDB)

2009 年 10 月 国
7日 内
2009 年 12 月 国
8日 内2009 年 10 月 国
31 日 外IUBMB（International Union 2009 年 8 月 2

鹿内Glycotechnology DataBase （ポ 俊秀

and日～12 日 内
2009 年 10 月 国◎Japan Consortium for

Glycobiology

2009 年 9 月 8 国

第 82 回日本生化学会大会・（口頭発表）

Glycobiology and

12 日 内鹿内◎Japan Consortium for
Glycobiology

2009 年 6 月 国

鹿内

Symposium of

俊秀

Glycoconjugates（プエルトリコ）（口頭発表）

日～8 日
2009 年 11 月
28 日
～12 月 6 日

国
外

国
外

産総研ライフサイエンス関◎糖鎖構造の解析データの横断鈴木検索(JCGGDB)（ポスター発表）

芳典

連分野と産技連ライフサイ2010 年 2 月 4

エンス部会・ バイオテクノ

日ロジー分科会の合同発表会～2 月 5 日

LS-BT

14

国
内

産総研ライフサイエンス関◎病原体が接着する糖鎖と疾患

鹿内のデータベース（PACDB）（ポス

俊秀

ター発表）

連分野と産技連ライフサイ2010 年 2 月 4

エンス部会・ バイオテクノ

日ロジー分科会の合同発表会～2 月 5 日

国
内

LS-BT
学術会議シンポジウム「メタ○ここ 10 年の糖鎖研究の進歩とそのデータベース化によるさらなる飛躍（口頭発表）

成松

ボロミクス研究の最前線と2010 年 1 月 国久

メタボライトデータベース

15 日 内の役割」

雑誌等への論文投稿（該当なし）
特許の申請（該当なし）

２.４ 活動（運営委員会等の活動等）
完成した成果物をより多くの糖鎖分野の研究者へ広く知って頂くためにできるだけ多くの学会に参加し発表した。そして、完成した成果物の使い方を知って頂くため糖鎖産業フォーラムの勉強会で使い方と DB から得られる有益な情報の取得の仕方などについて説明した。
国内だけではなく、中国やヨーロッパの研究者との交流を行い、日本の糖鎖統合データ
ベースの普及に努めた。
ブース

氏名
成松

久

新間

陽一

発表した場所（学会等名）

発表した時
期

○ＤＢの使い方・ニーズを把 鹿内 俊秀
握するためのブースを設

藤田

第 29 回日本糖質学会・飛典昭

置・ポスターの時間にＤＢの騨・世界生活文化センター

説明をする公開セッション

協力者：

を展開

山田

一作

川嵜

敏祐

八杉

悦子

( 岐阜県高山市）

15

2009 年 9 月 8 国
日～12 日 内

２.５ 実施体制
別表１を参照のこと。

２.６ 整備実績一覧
別表２を参照のこと。

別表１研

平成２１年度に於ける実施体制
究

項

目

担当機関等

16

研究担当者

1.

産業技術総合研究所

運営と開発体制の準備

◎○成松

久

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所

新間

陽一

鹿内

俊秀

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
2.

産業技術総合研究所

データ提供機関との交渉

○新間

陽一

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所

成松

久

鹿内

俊秀

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
3.

産業技術総合研究所

統合に向けたデータベース構築

梶裕之

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所

亀山

昭彦

成松

久

平林

淳

新間

陽一

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター

17

産業技術総合研究所

舘野浩章

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所

栂谷内

晶

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所

佐藤隆

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所○鹿内俊秀

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所

鈴木

芳典

藤田

典昭

平林

淳

糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター
産業技術総合研究所
糖鎖医工学研究センター 伏見 美峰

平成１９年度以降、業務推進のために 立命館大学

川嵜敏祐

データの統合に関するご意見とご協力

奥田修二郎

頂いた方々

18

名古屋市立大学加藤晃一

大学院薬学研究科

高橋

禮子

山口

芳樹

研

究

項

目

担当機関等

研究担当者

国立医薬品食品衛生研究 西島正弘

所
東京大学大学院

八杉

悦子

古川

鋼一

山口

芳樹

医学系研究科

平成２０年度から、業務推進のために 名古屋大学
データの統合に関するご意見とご協力 大学院医学系研究科
頂いた方々
理化学研究所
フロンティア研究システ
ム（名市大から移籍）
平成２１年度から、業務推進のために 理化学研究所

谷口 直之

データの統合に関するご意見とご協力 フロンティア研究システ 吉田圭一
頂いた方々

ム

加藤

雅樹

野口研究所

白井

孝

水野

真盛

山田

一作

創価大学

西原祥子
木下 F. 聖子

生化学工業株式会社
注１．

◎：課題代表者、○：サブテーマ代表者

注２．

本業務に携わっている方は、全て記入。

19

萩谷恵里子

別表２

整備実績一覧

DB 名：GGDB（１）保有データ情報（１－１）データの種類① 生物種
ヒトの糖鎖関連遺伝子。ヒトの遺伝子に類似した他の生物種の遺伝子情報（ホモログ）。H.sapiens：190 件（実験データと論文のデータ）、M.musculus：183 件 R.norvegicus：172 件 C.
elegans：63 件 A.thaliana：13 件 S.cerevisiae：18 件 D.
melanogaster：74 件②試料・ライ ヒト試料、ヒト cDNA
ブラリー等
の種類、数
③測定方法
リコンビナント酵素の酵素活性測定④データの内 リコンビナント糖転移酵素を用いて糖鎖構造を合成した時の結容果。ドナー基質・アクセプター・プロダクト情報⑤その他、特 経産省・NEDO プロジェクト通称「GG project」と「SG Project」
記事項
の成果物。
（１－２）データソース① 現 在 の デ 95 KB (Oracle)、3.09 MB (eXist) 計 3.18 MBータ量② デ ー タ 区 ■自前 ■文献データ
分③ 将 来 の 増 新規の遺伝子が発見されるたびに追加
加の見込
み
④権利関係
所有者（産業技術総合研究所）
公開（■可 □その他［⑤その他、特 http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/
記事項］）（１－３）データの管理状況①更新頻度等 新規の遺伝子が発見されるたびに追加
の管理状
況、体制
②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
4名②キュレータ・ 5 名
20

アノテータ数③データ構造④DB 管理ソフト⑤サーバの OS
⑥サーバ規模⑦DB へのアクセス数

XML ファイル、RDB
Oracle 10g(10.2.0) 、XML データベース eXist
Linux不明
平成 20 年度：11,000 アクセス（月平均）
平成 21 年度：321,644 アクセス/年間⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項

ヒトの遺伝子を中心に活性をまとめた。
個々の遺伝子の活性が簡単に分かるように Viewer を開発し整備した。

（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含
む。）
通
番
1

データ（又はＤＢ）の
名称※URL があれば記述
http://riodb.ibase.a

概要（データの種類（生物種）・数量（kB
公 開 ／ 等）、本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、今後の計画・課題などを簡潔に

未公開

わかりやすく記述）
公開

平成１９年度に作成し、セキュリティーチ

ist.go.jp/rcmg/ggdb/

ェックなどを行い平成２０年に公開した。
21

月平均

11000 アクセスがある。

平成２１年年度：321,644 アクセス/年間
2

キーワードによる横断 公開

公開日：平成２０年８月２０日

検索

平成２０年８月～３月末日：約１万５千ア

http://jcggdb.jp/sea

クセス

rch/search.cgi?metho
d=3&keyword=&lang=jp（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：LfDB（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種 ヒト～植物まで②試料・ 糖鎖とレクチンの相互作用情報：主に結合活性が安定した植物レク
ライブ
チン
ラリー
等の種
類、数
③測定方 レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、蛍光検出を用いた自法
動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-F
D)を用いて取得した各種レクチンとピリジルアミノ化糖鎖間の結合定数を含む定量的相互作用データを格納しています。本方法で取得した相互作用データの精度、信頼性は非常に高いことから、LfDB は
今後、広く生物学研究において貴重な情報源になると考えられます。
④データ レクチンの詳細情報（遺伝子・配列・ファミリー分類・立体構造）、の内容
糖鎖とレクチンの相互作用情報
R-type Lectin 18 件、Annexin 12 件、RicinB 1 件、Siglec 11
件、Legume 17 件、Jacalin-related Lectin16 件、Legume Lectin 19 件、Chitin-binding 4 件、Monocot 1 件、Man6Pi-binding Lectin 3 件、Fucose-binding Lectin 3 件、Galectin 26 件、
Chitin-binding Lectin 5 件、Monocot Mannose-binding Lectin
14 件、C-type Lectin 38 件、Jacaline-related Lectin 1 件、Others 28 件
相互作用の件数 86 件
22

⑤ そ の他、特記事項（１－２）データソース
現 在 の デ 96.9 MB (Oracle)、2.09 MB (eXist)、計 98.99 MBータ量② デ ー タ 区 ■自前 ■第三者 ■文献データ □計算結果等の二次データ分□その他（下欄に詳細を記述）※複数選択可。二次データのみの保有は不可。
③将来の増加 論文リリース後に公開する。
の見込み
④権利関係
所有者（産業技術総合研究所・レクチン提供機関）
公開（■可）※既に公開している場合は URL を「⑤その他、特記事項」に記
述※権利関係が未解決で、プロジェクト期間内に解決の見込みがある場合は、解決のための手立て等を「⑤その他、特記事項」に詳述⑤その他、特 http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/LectinSearch
記事項（１－３）データの管理状況①更新頻度等 ３ヶ月に１度更新
の管理状
況、体制
②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
4名
23

②キュレータ・
アノテータ数③データ構造④DB 管理ソフト⑤サーバの OS
⑥サーバ規模⑦DB へのアクセ
ス数⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項

3名
XML ファイル、RDB
Oracle 10g(10.2.0) 、XML データベース eXist
Linux1台
平成２０年度：月平均 1694 アクセス
平成２１年度：20265 アクセス（年間）１つ※DB への検索メニュー（画面コピーの別紙添付でも可）、使用しているオントロジーがあれば記述（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
通番

データ（又はＤＢ）の名称※URL があれば記述

今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく公 開 ／ 記述）
未公開

※ 公開している場合は、開始年月、利用状
況（平均利用者数、アクセス数、ダウンロード数等の数値的指標で記述）※ 必要に応じて画面コピー等の図表添付可

キーワードによる横公開

公開日：平成２０年８月２０日
８月～３月末日：約１万５千アクセス

断検索
http://jcggdb.jp/search/search.cgi?method=3&keyword=&l
ang=jpLectinFrontier 公開

Database

公開日：平成２０年８月２０日
月平均 1694 アクセス

http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/g
lycodb/LectinSearch（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）
24

（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：GMDB（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種
ヒト（ヒトと共通する糖鎖構造を持った生物種）②試料・ライ ヒト型標準糖鎖
ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
MSn スペクトル測定の手順
この説明は、MALDI-QIT-TOF 型質量分析計(AXIMA-QIT; 島津製作所)の使用を前提としています。GMDB 内のスペクトルイメージを利用して糖鎖構造を推定する場合には、下記にある CID スペクト
ル取得手順に沿って MSn スペクトルを測定してください。
装置: MALDI-QIT-TOF MS (マトリクス支援レーザー脱離イオン
化四重極イオントラップ飛行時間型質量分析計)
CID スペクトル測定手順:
1. ターゲットプレートにサンプル水溶液の 0.5Lμを乗せ、乾固します。乾いたサンプルにマトリクス水溶液 0.5L (10μ mg/mL o
f 2,5-dihydroxybenzoic acid in 30% ethanol)を乗せ、再度、乾固してください。
最後に、99.5%エタノールの 0.15Lμを、ターゲットプレートのマトリクス検体混晶に添加して再結晶化させます。
2. MS スペクトルを正イオンモードで測定します。
3. 次に、糖鎖の[M + Na]+イオンを前駆イオンとして MS2 スペク
トルを測定します。この際、前駆イオンのシグナルがほとんど消失する程度に CID エネルギーを調整してください。前駆イオンが完全に無くなるか、もしくは最大ピークの 15%以上の強度で前駆イオンが残る場合には、そのスペクトルを廃棄し、再度、測定してください。また、測定にあたっては、レーザショットパターンに従って自動的にレーザー照射位置を変える自動取得機能を使用してください。
4. MS3 スペクトルの測定についても、上の説明と同様に CID エネ
ルギーを調整してスペクトルを取得します。
④ デ ー タ の ※記録しているデータ項目（例えば、試料番号、遺伝子名、発現25

内容
データ（画像）等）⑤その他、特 経産省・NEDO プロジェクトの成果物
記事項（１－２）データソース① 在 の 構造数 176 件 スペクトルの枚数 1013
デ ー 96.9 MB (Oracle)、2.09 MB (eXist)、計 98.99 MB
タ量②データ ■自前 □第三者 □文献データ □計算結果等の二次データ
区分□その他（下欄に詳細を記述）※複数選択可。二次データのみの保有は不可。
③ 将 来 の 増える可能性はあるが、具体的な数は言えない。
増加の見込み④ 権 利 関 所有者（産業技術総合研究所）係
公開（■可 □否 □その他［］）⑤その他、 http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb/Ms_ResultSearch
特記事項（１－３）データの管理状況①更新頻度
論文がリリースされた後で公表。
等の管理
状況、体制
②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
4名②キュレータ・アノ 3 名
テータ数③データ構造④DB 管理ソフト
XMLDB, Oracle
26

⑤サーバの OS⑥サーバ規模⑦DB へのアクセス数⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項

Linux
1台
平成２０年度： 931 アクセス（月平均）
平成２１年度：13174 アクセス（年間）※DB への検索メニュー（画面コピーの別紙添付でも可）、使用しているオントロジーがあれば記述（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
通番

データ（又はＤＢ）の名称※URL があれば記述

今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく公 開 ／ 記述）
未公開

※ 公開している場合は、開始年月、利用状
況（平均利用者数、アクセス数、ダウンロード数等の数値的指標で記述）※ 必要に応じて画面コピー等の図表添付可Ｇ Ｍ Ｄ Ｂ （ Glycan 公開

公開日：平成２０年１２月２日

Mass

月平均 931 アクセス

Spectral

Database）
http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/g
lycodb/Ms_ResultSearch
構造による横断検索

未公開

糖鎖構造による横断検索から検索できるよう

http://jcggdb.jp/i

にした。

db

平成２１年５月に公開予定。

（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）
DB 名：GlycoProtDB（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
27

（１－１）データの種類①生物種
線虫②試料・ライ 線虫（Strain N2）
ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
N 結合型糖タンパク質の同定とその糖鎖修飾位置の決定は、液体クロマトグラフィー（LC）と質量分析法（MS）を連結した LC/MS
法を基礎としたプロテオーム解析技術を用いて行った。簡潔には、(1)生体材料を 6M の塩酸グアニジンを含む緩衝液中で均質化（溶解）する。
(2)タンパク質のジスルフィド結合を還元し、アルキル化した後に、トリプシンなどのプロテアーゼで分解し、ペプチド混合物を調製する。
(3)得られたペプチド混合物を固定化レクチンカラムに通し、レクチンの特異性によって共通の糖鎖モチーフ（例えばハイマンノース型糖鎖）をもつ一群の糖ペプチドを捕集する。
(4) 精製した糖ペプチドを安定同位体標識された水（H218O）の中で、N-グリカナーゼ処理し、糖鎖を切除すると同時に、その糖鎖修飾位置を 18O で標識する(この酵素で糖鎖を切除すると、糖鎖が結合していたアスパラギン残基はアスパラギン酸に変換され、このとき溶媒より 18O が取り込まれる)。
(5) 標識された(酵素処理前は糖鎖修飾されていた)ペプチドを L
C/MS ショットガン法で分析する。
(6) MS/MS スペクトル情報を基に、検索エンジンソフトウェアを用いて公共の配列データベースを検索し(MS/MS-イオンサーチ
法)、ペプチドがどのタンパク質に由来したかを同定する。
我々はこの手法を糖鎖付加位置特異的安定同位体標識法（Isoto
pe-coded GlycoOsylation site-specific Tagging： IGOT 法）と名付けた。この一連の分析法では、一度の実験で数百のペプチドが同定できる。
Ｎ結合型糖鎖の修飾位置のデータベース
付加位置の数 1031 件 遺伝子シンボル数 761 件⑤その他、特記事項（１－２）データソース① 在 の デ ー 96.9 MB (Oracle)、2.09 MB (eXist)、計 98.99 MB
タ量② デ ー タ 区 ■自前 ■第三者分
③将来の増加 マウスやヒトの組織・患者の組織毎のデータを公開する予定の見込み
28

④権利関係所有者（産業技術総合研究所・首都大学）
公開（■可 □否 □その他［⑤その他、特
記事項

］）
htt
p://
riod
b.ib
ase.
ais
t.g
o.jp
/rcm
g/gl
ycod
b/Gl
c_Re
sult
Sear
ch

（１－３）データの管理状況①更新頻度
論文発表後新しい情報を公開。
等の管理
状況、体制
②その他、特29

記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
4名②キュレータ・アノテー 2 名
タ数③データ構造④DB 管理ソフト
Oracle⑤サーバの OSSun
⑥サーバ規模1台⑦DB へのアクセス数
平成２１年度：14072 アクセス（年間）⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項※DB への検索メニュー（画面コピーの別紙添付でも可）、使用しているオントロジーがあれば記述（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含
む。）
通
番
1

データ（又はＤＢ） 公 開の名称／未※URL があれば記述

公開

概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記
述）キーワードによる横 公開

公開日：平成２０年８月２０日

断検索

８月～３月末日：約１万５千アクセス

http://jcggdb.jp/search/search.cgi?method=3&keyword=&l
ang=jp2GlycoProtDB(糖タン 公開

公開日：平成２０年８月２０日

パク質データベー

月平均 812 アクセスス)
http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/g
lycodb/Glc_ResultS
earch（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）

30

（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：GlycoEpitope（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種
糖鎖に関するエピトープ構造を持っている生物種（ヒト・ヒツ
ジ・ウシ・ネズミ～ハエ～酵母～植物など）②試料・ライ 抗糖鎖抗体に関する論文
ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
論文から抽出
④ デ ー タ の 抗体が反応する糖鎖構造（GlycoEpitope）、抗体名、抗体の由来
内容生物種、キャリア情報（タンパク質・脂質など）、エピトープのレセプター情報、生物種、発現器官・組織、糖鎖の機能についての情報⑤その他、特記事項（１－２）データソース① 現 在 の デ エピトープ数：１６１構造
ータ量
上記エピトープに反応する抗体数：５１２個② デ ー タ 区 □自前 ■第三者 ■文献データ □計算結果等の二次データ分□その他（下欄に詳細を記述）※複数選択可。二次データのみの保有は不可。
③ 将 来 の 増 年間新規抗体 100-150 件程度、エピトープ 20-30 件程度
加の見込
み
④権利関係
所有者（立命館大学・川嵜敏祐）
公開（■可 □否 □その他［］）※既に公開している場合は URL を「⑤その他、特記事項」に記述※権利関係が未解決で、プロジェクト期間内に解決の見込みがある場合は、解決のための手立て等を「⑤その他、特記事項」に詳述⑤その他、特記事項

31

（１－３）データの管理状況①更新頻度等 半年に１回程度情報更新
の管理状
況、体制
②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係① D B 管 理 者 ４人
数
② キ ュ レ ー ８人
タ・アノテ
ータ数
③データ構造 RDBMS④ D B 管 理 ソ PostgreSQL-8.2.3
フト⑤サーバの O Linux (Red Hat Enterprise Linux AS release 3)S⑥サーバ規模 NEC Express 5800（１台）、SGI Altix 450 （１台）
⑦ D B へ の ア 47775（Ｈ１９）39063(Ｈ２０）
クセス数
平成２１年度：（管理者が海外研修中のため不明）⑧独立 IP 数
不明⑨その他、特 ※DB への検索メニュー（画面コピーの別紙添付でも可）、使用
記事項
しているオントロジーがあれば記述（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含
む。）
通
番
1

データ（又はＤＢ）の
名称※URL があれば記述
キーワードによる横断検索

概要（データの種類（生物種）・数量（kB
公 開 ／ 等）、本プロジェクトで実施した特徴点、
未公開

進捗状況、今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記述）

公開

公開日：平成２０年８月２０日
８月～３月末日：約１万５千アクセス

http://jcggdb.jp/search/search.cgi?met
hod=3&keyword=&lang=jp（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）
32

DB 名：LipidBank（１）保有データ情報（１－１）データの種類①生物種
生物種問わず論文報告のある脂質構造をデータベース化②試料・ライ 中でも、糖脂質に関するデータが Glycolipid (696)。内訳としブラリーて Glycosphingolipid (581)、Glycoglycerolipid and others
等の種類、(115)の構造情報とそれらが記載された論文を明記している。
数
③測定方法
文献
④ デ ー タ の lipid 名(common name, IUPAC), spectral information (mass,
内容
UV, IR, NMR、その他)、literature information⑤その他、特記事項（１－２）データソース① 現 在 の デ 構造数 461 件
ータ量② デ ー タ 区 □自前 ■第三者 ■文献データ □計算結果等の二次データ分□その他（下欄に詳細を記述）※複数選択可。二次データのみの保有は不可。
③将来の増加 なし
の見込み
④権利関係
所有者（Japanese Conference on the Biochemistry of Lipids(JCBL)）
公開（■可 □否 □その他［］）⑤その他、特 クロスリンクレベルで統合することを条件にプロジェクトへの記事項
協力が得られた。
http://lipidbank.jp/（１－３）データの管理状況
①更新頻度
なし
等の管理
状況、体制
②その他、特 Version2 がでる可能性あり。
記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
1名②キュレータ・アノテー 1 名
タ数
33

③データ構造④DB 管理ソフト⑤サーバの OS
⑥サーバ規模⑦DB へのアクセス数⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項

RDBMS
Oracle Ver.8.0.3
Solaris Ver.2.6
Sun Enterprise 450
不明※DB への検索メニュー（画面コピーの別紙添付でも可）、使用しているオントロジーがあれば記述（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
概要（データの種類（生物種）・数量（kB等）、本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、今後の計画・課題などを簡潔に
通番

データ（又はＤＢ）の
名称※URL があれば記述

公開／
未公開

わかりやすく記述）※ 公開している場合は、開始年月、利用状
況（平均利用者数、アクセス数、ダウンロード数等の数値的指標で記述）※ 必要に応じて画面コピー等の図表添付
可1

構造による横断検索
http://jcggdb.jp/idb

未公開

糖鎖構造による横断検索から検索できるようにした。
平成２１年５月に公開予定。

（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：MDHPLCDB（１）保有データ情報34（１－１）データの種類
①生物種
ヒト型糖鎖
②試料・ライ 様々な生物種由来のサンプルから抽出されたＮ結合型糖鎖
ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
糖鎖を酵素的に蛋白質から切り離し、糖鎖の還元末端を ２-アミノピリジンで蛍光ラベルする。この PA 糖鎖を、３種類の分離モ
ードの HPLC カラムを用いて連続的に分離すると同時に、その溶出位置から構造を推定するという仕組み。
④ デ ー タ の グリコシダーゼ消化後の ODS カラムとアミドカラムの溶出位置
内容をデータベース化⑤その他、特記事項（１－２）データソース① 現 在 の デ 構造数 564 件
ータ量② デ ー タ 区 □自前 ■第三者 □文献データ □計算結果等の二次データ分□その他（下欄に詳細を記述）③将来の増加 なし
の見込み
④権利関係
所有者（名古屋市立大学・加藤晃一・高橋禮子 ）公開（■可 □否 □その他［］）⑤その他、特 http://www.glycoanalysis.info/galaxy2/index.jsp
記事項（１－３）データの管理状況①更新頻度等 毎月メンテナンス
の管理状
況、体制
②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
1名②キュレータ・アノテ 2 名
ータ数③データ構造RDBMS,XMLDB④DB 管理ソフト
MySQL⑤サーバの OSLinux サーバ
⑥サーバ規模1台⑦DB へのアクセス数
不明
35

⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項

下記、画面コピーをクリックし赤点になったら構造の情報が表示される。
構造の下にあるプルダウンメニューから「All」を選択
し「show product」ボタンを押すと消化酵素反応後の構造を２種類のカラムで溶出した場合の実験値への移動を矢印で表示される。
点をダブ
ルクリッ
クすると
次のペー
ジにある
画像・詳細
画面が開
く。
詳細画面
とそれら
のデータ
をダウン
ロードで
きる。

（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含
む。）
通番

データ（又はＤＢ）の 公 開 ／ 概要（データの種類（生物種）・数量（kB
36

名称

非公開

※URL があれば記述等）、本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記述）※ 公開している場合は、開始年月、利用状況（平均利用者数、アクセス数、
ダウンロード数等の数値的指標で記述）※ 必要に応じて画面コピー等の図表添付可1

http://jcggdb.jp/idb

構造による横断検索から複数のＤＢを検索できるようになった。そのＤＢの中に下記のＤＢを検索できるようにした。

2

http://hplc.glycoan 公開
alysis.info/

統合ＤＢ用にカスタマイズ（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：PACDB（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種
病原体（細菌、真菌、ウイルス、トキシン：129 種類）Actinoba
cillus pleuropneumoniae, Actinomyces naeslundii, Actinomy
ces odontolyticus, Actinomyces viscosus, Adeno-associatedvirus, Adenovirus, Anaplasma marginale, Anaplasma phagoc
ytophilum, Bacteriophage, Bordetella parapertussis, Borde
tella pertussis, Borrelia afzelii, Borrelia burgdorferi,
Borrelia garinii, Borrelia hermsii, Burkholderia cepacia,
Burkholderia pseudomallei, Campylobacter jejuni, Campylo
bacter upsaliensis, Candida albicans, Chlamydia pneumoniae, Chlamydia trachomatis, Clostridium botulinum, Clostrid
ium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Coronavirus, Cowpox virus, Coxsackievirus, Cryptococcu
s neoformans, Cytomegalovirus, Diphyllobothrium hottai, D37

iphyllobothrium nihonkaiense, Entamoeba histolytica, Ente
rococcus faecalis, Equine rhinitis A virus, Escherichia coli, Foot-and-mouth disease virus, Fusobacterium nucleatu
m, Haemophilus influenzae, Haemophilus parainfluenzae, Hantaan virus, Helicobacter bilis, Helicobacter canis, Helicobacter felis, Helicobacter hepaticus, Helicobacter mustelae, Helicobacter pylori, Hepatitis virus, Herpes simple
x virus, Herpes virus, Histoplasma capsulatum, Human immu
nodeficiency virus, Influenza virus, Klebsiella pneumoniae, Lactobacillus casei, Lactobacillus johnsonii, Lassa vi
rus, Legionella pneumophila, Leptospira interrogans, List
eria innocua, Listeria monocytogenes, Lymphocytic choriom
eningitis virus, Moraxella catarrhalis, Mycobacterium avi
um, Mycoplasma gallisepticum, Mycoplasma pneumoniae, Myxo
ma virus, Neisseria gonorrhoeae, Neisseria meningitidis,
New world arenavirus, Newcastle disease virus, Norovirus,
Paracoccidioides brasiliensis, Paramyxovirus, Parvoviru
s, Pasteurella haemolytica, Picornaviruses, Plasmodium fa
lciparum, Poliovirus, Polyoma virus, Propionibacterium, P
ropionibacterium freudenreichii, Propionibacterium granul
osum, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas cepacia, Pseudomonas maltophilia, Rabbit fibroma virus, Rabbitpox virus,
Rabies virus, Ralstonia solanacearum, Reovirus, Rhinovir
us, Rotavirus, Rubulavirus, Saccharomyces cerevisiae, Salmonella enteritidis, Salmonella spp., Salmonella typhimur
ium, Semliki forest virus, Sendai virus, Serratia marcesc
ens, Shigella dysenteriae, Shigella flexneri, Spirometra
erinaceieuropaei, Sporothrix schenckii, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus crista, Streptococcus gordonii, Strept
ococcus mitis, Streptococcus mutans, Streptococcus parasa
nguinis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus sanguis, Streptococcus sobrinus, Strepto
coccus suis, Theiler's murine encephalomyelitis virus, Tr
eponema pallidum, Trypanosoma cruzi, Vaccinia virus, Vibr
io alginolyticus, Vibrio cholerae, Vibrio harveyi, Yersin
ia pestis②試料・ライ 病原体（細菌、真菌、ウイルス、トキシン：129 種類、亜種、亜ブラリー
株により細分化すると 351 種類）
等の種類、 全体が把握できていない。恐らく数十パーセント程度と推定。
数③測定方法
病原体が糖鎖を認識する論文を検索し、文章中や表の中からマニュアルで収集。
④ デ ー タ の 論文の Pubmed ID、Taxonomy ID、生物種名、ＪＣＧＧＤＢ糖鎖
内容番号、結合する・しないの情報、感染によって引き起こされる38

病気の名称、糖鎖を認識する分子名（アドヘシン、レクチンな
どの名称）⑤その他、特 構造のＤＢとリンク済み。
記事項（１－２）データソース① 現 在 446 KB (Oracle)のデー
タ量② デ ー ■自前 ■文献データ
タ 区分③ 将 来 平成２２年度、更に収集する予定。
の 増
加 の
見 込
み
④ 権 利 所有者（産業技術総合研究所）
関係
公開（■可 □否 □その他［⑤ そ の http://jcggdb.jp/search/PACDB.cgi
他、特
記 事
項

（１－３）データの管理状況①更新頻度等 年に２度程度更新
の管理状
況、体制
②その他、特記事項

39］）

※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
3名②キュレータ・ 3 名
アノテータ数③データ構造糖鎖構造：XML ファイル、その他、RDBMS④DB 管理ソフト Oracle 10g(10.2.0) 、XML データベース eXist⑤サーバの OS
Solaris⑥サーバ規模1台⑦DB へのアクセ 12698 アクセス[2010-01-19(公開) ～ 2010-03-31]
ス数⑧独立 IP 数
426⑨その他、特記事項（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
通番

データ（又はＤＢ）の名称※URL があれば記述

１ 糖鎖構造による統合
検索

概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
公 開 ／ 本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
未公開

今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく
記述）

公開

統合検索から PACDB を検索できる。
公開日：2010 年 1 月 19 日
平成２１年度：12698 アクセス

（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：糖鎖関連疾患とその原因遺伝子のデータベース（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種
ヒト～植物まで②試料・ライ ヒトの疾患（８０種類）を収集。
40

ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
糖鎖関連疾患がＤＢとして整理させていないので Web から収集。
著作権者の許可を得て専門の医師や研究者が書き下ろした病態の情報を収録。
④ デ ー タ の 疾患名、原因遺伝子、病態
内容⑤その他、特 GGDB やグリコシダーゼ DB（未公開・構築中）など遺伝子の DB と記事項連携（１－２）データソース①現在の 878 KB (Oracle)、26 KB (eXist)
データ量② デ ー ■自前 ■第三者 ■文献データ
タ 区分③将来の 糖鎖関連遺伝子の変異により病気がおこることが報告された時にデ増 加 ータを追加する。
の 見込み④権利関 所有者（産業技術総合研究所・病態情報提供機関）
係
公開（■可 □その他［］）⑤ そ の http://jcggdb.jp/doc/
他、特
記 事
項

（１－３）データの管理状況①更新頻度等 定期的に更新
の管理状
況、体制
41

②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
2名②キュレータ・ 2 名
アノテータ数③データ構造④DB 管理ソフト Oracle 10g(10.2.0)⑤サーバの OSLinux
⑥サーバ規模1台⑦DB へのアクセ
ス数⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
通番

データ（又はＤＢ）の名称※URL があれば記述

概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
公 開 ／ 本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
未公開

１ GGDB やグリコシダー 未公開

今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記述）
平成２２年度実現の予定

ゼのＤＢと連携（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：JCGGDB Reports（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種
パスウェイは哺乳類を中心に。ツールとしての技術は全生物。
②試料・ライ 糖鎖の生合成や分解に関する記事を中心に３題（英語１題、和文
42

ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
④データの
内容
⑤その他、特記事項

３題）

原稿依頼し執筆。仕上がった原稿はＤＢに登録して公開。
記事、パスウェイの経路、遺伝子の情報。
記事に出現する遺伝子名や糖鎖構造名と JCGGDB の情報がリンクする（１－２）データソース① 現 在 27 KB (Oracle)、1 KB (eXist)のデー
タ量② デ ー ■自前 □第三者 ■文献データ
タ 区分③ 将 来 論文で報告リリース後に公開する。平成２２年度末日までに２０～３の 増 ０報用意する予定。
加 の
見 込
み
④ 権 利 所有者（産業技術総合研究所）
関係
公開（■可 □否 □その他［］）⑤ そ の http://jcggdb.jp/doc/
他、特
記 事
項

（１－３）データの管理状況①更新頻度
分野ごとに担当者を決め、その領域で新しい知見が論文で報告さ等の管理れたときにその都度更新する。平成２２年度は 20 題を目標。
状況、体制
43

②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
2名②キュレータ・ 1 名
アノテータ数③データ構造RDBMS④DB 管理ソフト Oracle 10g(10.2.0)⑤サーバの OS
Solaris 10⑥サーバ規模1台⑦DB へのアクセ 不明
ス数⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
通番

データ（又はＤＢ）の名称※URL があれば記述

概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
公 開 ／ 本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
未公開

今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく
記述）なし（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

DB 名：JCGGDB GlycoScience Protocol Online Database（１）保有データ情報※ 貴機関グループ内で保有するデータに関して、以下の内容を記述して下さい。
（１－１）データの種類①生物種
こだわらない
②試料・ライ 平成２１年度：４４プロトコルを整備。
44

ブラリー
等の種類、
数
③測定方法
原稿依頼し執筆。仕上がった原稿はＤＢに登録して公開。
④ デ ー タ の 器具、機器、手順、ノウハウ、Ｑ＆Ａ、注意事項やコメント
内容⑤その他、特 プロトコルを評価できる機能を追加。
記事項（１－２）データソース① 現 在 の 登録の途中のため、データ量は不明
データ量② デ ー タ ■自前区分③ 将 来 の 平成２２年度末日までに１００プロトコルを用意する予定。
増加の見込み④ 権 利 関 所有者（産業技術総合研究所・立命館大学）係
公開（□可 ■否 ■その他［著作権を産総研に移行する予定・平成２２年度８月までに公開予定 ］）
⑤その他、
特記事
項

（１－３）データの管理状況
①更新頻度
等の管理
ユーザ登録した人は誰でもプロトコルを登録できるようにする。
状況、体制
45

②その他、特記事項※ 既にデータベースを保有している場合は、以下についても記述して下さい。
（１－４）データベース関係①DB 管理者数
2名②キュレータ・ 1 名
アノテータ数③データ構造RDBMS④DB 管理ソフト Oracle 10g(10.2.0)⑤サーバの OS
Solaris 10⑥サーバ規模1台⑦DB へのアクセ
ス数⑧独立 IP 数⑨その他、特記事項（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
通番

データ（又はＤＢ）の名称※URL があれば記述

今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく公 開 ／ 記述）
未公開

※ 公開している場合は、開始年月、利用状
況（平均利用者数、アクセス数、ダウンロード数等の数値的指標で記述）※ 必要に応じて画面コピー等の図表添付可なし（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）（該当なし）（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）（該当なし）

46