©2013 NBDC基盤技術開発プログラム H23年度採択
研究代表者：小原 雄治(ライフサイエンス統合データベースセンター) licensed under CC表示

2.1日本

H24年度実施報告書 別紙 既公開のデータベース・ウェブツール等

課題名

データベース、ウェブツール等の名称

概要URL

公開開始日

関連論文
（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してください。

アクセス数（H24年度分）

データベース統合に関わる基盤技術開発

Allie

MEDLINE を対象とし、出現する略字とその正規系のペアを検索するシステムです。略字を入力することで、それの使われ方を一覧表 http://allie.dbcls.jp/示します。

4/1/2008

データベース統合に関わる基盤技術開発

Allie RDF Data

Allie のSPARQL エンドポイントです。

12/1/2011

BioHackathon

最先端の研究開発者を招聘した国際的なソフトウェア開発会議の情報交換ならびに成果を公開するためのサイトです。
BioHackathon はH19 年度からウェブサービス標準化、統合利用環
http://www.biohackathon.org1/1/2008境構築、セマンティックウェブ、リンクトデータで4 度開催しています。DB 統合利用に関する内外研究者の国際的ハブとしての地位も確立しつつあります。

－

データベース統合に関わる基盤技術開発

BodyParts3D

BodyParts3D(ボディパーツ3D)は人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグ
http://lifesciencedb.jp/bp3d 10/5/2007ラフィー)を使って、BodyParts3D から解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。

4747/6639/180298

データベース統合に関わる基盤技術開発

DBCLS galaxy

生命科学データに特化したウェブベースの対話的ツール組み合わせインタフェースです。DBCLSで開発されたツール群も組み込んで http://galaxy.dbcls.jp/います。

10/1/2009

199/555/37668

データベース統合に関わる基盤技術開発

DBCLS OpenID

一つのID で複数のサイトを認証できるシステムです。各サイトで認証サービスを用意する必要がなく、サイト間のユーザー情報の集 http://openid.dbcls.jp/
約が容易におこなえます。

4/1/2008

328/650/1733

データベース統合に関わる基盤技術開発

Gendoo （Gene, Disease Features Ontology-based Overview
System）

文献情報をもとに、遺伝子、疾患について、関連する疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワードでリスト表示するツールで http://gendoo.dbcls.jp/
す。

12/12/2008

1370/5943/18044

データベース統合に関わる基盤技術開発

inMeXes

MEDLINE を対象とし、利用者が入力した文字列とマッチする表現を逐次的(１文字入力毎)に検索するシステムです。論文中の英語表現を容易に検索できます。

Kusarinoko

公共の次世代シーケンスデータレポジトリであるSRA に登録されたデータにおいて、登録者により記述されたメタデータを整理し、登http://g86.dbcls.jp/kusarin
録されたデータを元に発表された論文の情報や、予め計算した
6/9/2011
oko/
シーケンスのクオリティ情報を併せて提示することで、より信頼性の高いデータの検索・利用を補助するウェブインターフェースです。

121/357/1403

LifescienceQA

ライフサイエンス分野の研究者の情報交換を促すためのQ&Aサービスです。現在までに116 の質問が投稿され、224 の回答が得られています。

11/1/2010

1443/4328/13655

データベース統合に関わる基盤技術開発

MotDB

講習会の開催情報、参加受付ならびに講習会で使用する資料等を配布するためのサイトです。平成23年度は6回の講習会を開催し http://motdb.dbcls.jp/ました。

2/1/2008

1587/2705/12006

データベース統合に関わる基盤技術開発

OReFiL

オンライン上に存在する多数の生命科学系の資源(データベース
http://orefil.dbcls.jp/やソフトウェアなど)を効率的に見つけるための検索システムです。

8/1/2007

658/1082/2168

データベース統合に関わる基盤技術開発

RefEx（Reference Expression dataset）

EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq の4 種類の異なる手法 によって得られたヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス（参 http://refex.dbcls.jp/照）データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースです。

10/1/2011538/2038/9821

データベース統合に関わる基盤技術開発

Semantic TogoDB

TogoDB の機能に加え，アップロードしたデータを半自動的にRDF
http://togodb.org/へ変換する機能をもつシステムです。

12/1/201124/33/446

DBCLS SRA

公共データベース（SRA [NCBI]、ENA [EBI]）、DRA[DDBJ] ）に登録された「次世代シーケンサ」データについて、目的別、機器別、生物種別等、さまざまな統計情報から閲覧、比較、データのダウン
http://sra.dbcls.jp/
ロードができる目次サイトです。論文からのデータの検索も可能です。

1/5/2011

588/1360/2668

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発http://data.allie.dbcls.jp/

http://docman.dbcls.jp/im/ 7/1/2009

http://qa.lifesciencedb.jp/

備考20353/26749/61674

2

983/1238/3312

1067/3679/38384*毎年別サイトのため計測不能課題名

データベース、ウェブツール等の名称

概要

URL

公開開始日

関連論文
（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してください。

アクセス数（H24年度分）

データベース統合に関わる基盤技術開発

togo picture gallery

ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できる
http://g86.dbcls.jp/togopic/ 4/1/2011
ようWeb 上にて無料で公開しているウェブサイトです。

301/786/2883

データベース統合に関わる基盤技術開発

TogoDB

エクセルなど表形式のデータを簡単に読み込み、DB 化し、自動的http://togodb.dbcls.jp/に共通のウェブ検索インタフェースを生成するシステムです。

4071/7805/30812

データベース統合に関わる基盤技術開発

TogoDoc

文献情報及び論文PDF を管理し、また、特定の文献情報群に関連する論文情報を提示するシステムです。TogoDoc Client と連携しhttps://docman.dbcls.jp/pub12/1/2009て文献を管理することも可能なほか、スマートフォンにも対応しています。

－

データベース統合に関わる基盤技術開発

TogoWiki

国内版バイオハッカソンの情報交換ならびに成果を公開するため http://wiki.lifesciencedb.jp/8/1/2009のサービスです。
mw/

1039/2754/11995

データベース統合に関わる基盤技術開発

TogoWS

国内外のウェブサービスを共通のAPIで利用できる仕組みと、サービス間の連携に必要なデータ形式変換機能、サービスの稼働状況 http://togows.dbcls.jp/の監視等を提供するシステムです。

487/859/1275975

ライフサイエンス 新着論文レビュー

Nature、Science、Cell などのトップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身のhttp://first.lifesciencedb.jp
執筆による日本語によるレビューを、だれでも自由に閲覧・利用で9/1/2010/きるよう、いち早く公開するオンラインジャーナルサービスです。本
年度末までの31 か月間に450 本のレビューを公開しました。

20296/77521/354621

データベース統合に関わる基盤技術開発

ライフサイエンス 領域融合レビュー

生命科学において注目される分野・学問領域における最新の研究成果について、第一線の研究者の執筆による日本語のレビュー
http://leading.lifesciencedb.
を、だれでも自由に閲覧・利用できるよう、公開するオンライン
9/1/2012jp/
ジャーナルサービスです。本年度末までの7か月間に12 本のレビューを公開しました。

3026/10338/45746

データベース統合に関わる基盤技術開発

統合TV

生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動http://togotv.dbcls.jp/
画で紹介するウェブサイトです。

7/19/2007

5911/15795/53171

データベース統合に関わる基盤技術開発

統合遺伝子検索GGRNA

遺伝子や転写産物をさまざまなキーワードからすばやく検索し、その結果をわかりやすく提示することができる遺伝子検索エンジンです。遺伝子名や各種ID、タンパク質の機能や特徴などのキーワー http://GGRNA.dbcls.jp/
ドだけでなく、短い塩基配列やアミノ酸配列から遺伝子を高速に検索することも可能です。

5/18/2011

データベース統合に関わる基盤技術開発

RDF化したライフサイエンス辞書のSPARQLエンドポイント

ライフサイエンス辞書プロジェクトにより編纂された辞書をRDF化し、SPARQLで問合せ可能とした。

データベース統合に関わる基盤技術開発

統合DB 情報基盤サイト

本研究課題にて開発された解析ツールやワークフロー公開サイト
http://togo.cbrc.jpです。

Semantic service(概要）セマンティック技術に対応したＳＡＤI開発を紹介しているサイトです。

Semantic service（解析ツール）

これまで開発した解析ツールをSADI仕様に従い公開している解析 http://semantic.cbrc.jp/sad
2012/4/20
サービスサイトです。
i-services/

Autodock Active ワークフロー

Autodockを使用し、化合物とタンパク質のドッキング計算を行うワークフローです。

Molecular Simulation Active ワークフロー

タンパク質のモデリング、ドッキング、分子動計算を全て行うワーク http://togo.cbrc.jp/active_l
2012/9/28
フローです。
ocal_mol_simulation.html

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

4/1/2008

4/1/2008

http://purl.jp/bio/10/lsd/s
1/2/2013
parql

2011/4/1

http://togo.cbrc.jp/semanti
2012/4/20
c.htmlhttp://togo.cbrc.jp/active_l
2012/4/20
ocal_autodock.html

1

備考*訪問数と訪問者数は合算*InMeXesとの合算

576/1946/5127－*SPARQLエンドポ
イント3439－*統合DB 情報基盤
サイトの下位サイトのため上位サイト
数字を参照

－

*統合DB 情報基盤
サイトの下位サイトのため上位サイト
数字を参照

－

*統合DB 情報基盤
サイトの下位サイトのため上位サイト
数字を参照

－

*統合DB 情報基盤
サイトの下位サイトのため上位サイト
数字を参照

課題名

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース統合に関わる基盤技術開発

データベース、ウェブツール等の名称

概要URL

公開開始日

RNA Structure Prediction Active ワークフロー

RNA構造予測ワークフローに立体構造を考慮した相互作用解析ツールを加えました。

LinkDB

世界各国で開発されている分子生物学関連のデータベースをエントリー間の関係で結んだデータベースです。データベースエントリー
http://www.genome.jp/linkd間の関係とその属性（original, reverse, equivalent）の3 項関係で表1994/11/26
b/現しています。KEGG を中心に１64 のデータベースを約8 億5000万のリンクで結んでいます。

ゲノムネット ゲノム情報解析ツール

ゲノムから遺伝子の機能アノテーションを中心としたゲノム情報を解析するためのツール群です。遺伝子の自動アノテーションとパス
http://www.genome.jp/ja/g
ウェイマッピングのためのKAAS、EST からコンセンサスコンティグ
2005/7/7
n_tools_ja.html#genomeを作成するEGassembler、オミックスデータ統合による遺伝子ネット
ワーク予測ツールGENIES から成り立っています。

ゲノムネット ケミカル情報解析ツール

代謝化合物や反応を中心としたケミカル情報を解析するためのツール群です。類似化学構造検索ツールSIMCOMP、部分構造検http://www.genome.jp/ja/g
索ツールSUBCOMP、反応経路計算・予測ツールPathComp、
2004/10/1
n_tools_ja.html#chemical
PathPred、PathSearch、EC 番号割り当てツールE-zyme から成り立っています。

関連論文（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してください。

http://togo.cbrc.jp/active_l
2013/1/17
ocal_rna_prediction.html

7, 11

アクセス数
（H24年度分）

備考－*統合DB 情報基盤
サイトの下位サイトのため上位サイト
数字を参照

10,617/2,326,841*一月当りの平均
訪問者数/年間トータルページ数

1,689/535,480*一月当りの平均
訪問者数/年間トータルページ数

1,339/2,447,101*一月当りの平均
訪問者数/年間トータルページ数