QX ONE ソフトウェア
Standard Edition
取扱説明書

QX ONE ソフトウェア
Standard Edition
取扱説明書
第 1.0 版

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BIO-RAD、DROPLET DIGITAL PCR、DDPCR および QX ONE は一部の地域でバイオ・ラッドの登録商標です。
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バイオ・ラッドからのデジタル PCR 製品の購入には、弊社の知的所有権下で購入者が内部研究のみを目的として本製品を使用する制限的権利が含まれ、この権利は他者に譲渡することはできません。追加の条項または条件に弊社が許可する旨が明記されている場合を除き、購入者による本製品の販売または転売、あるいは契約業務や有料サービスなどの商業用途への使用は禁じられます。診断目的での使用も許可されません。こうした使用権に関する詳しい情報はバイオ・ラッドが提供しています。ほかに必要と思われる知的所有権の取得については、購入者／エンドユー
ザーがその責任を負います。QX ONE および QX200 Droplet Digital PCR システムとその使用には、バイオ・ラッドが所有または許諾する米国特許権および／または米国内外の審議中の特許出願が適用されます。
詳細は http://www.bio-rad.com/en-us/trademarks をご覧ください。

目次
第1章

QX ONE ソフトウェアについて..................................................................................... 7

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始 ............................................................................. 9

ソフトウェアにサインインする ................................................................................................ 9
ユーザー権限を見る ............................................................................................................. 11
個人の設定を管理する ......................................................................................................... 13
サインアウトまたはユーザーの変更 ................................................................................... 14
機能ウィンドウ ........................................................................................................................ 15
Instrument Status バー............................................................................................................. 16
Add Plate ウィンドウ .............................................................................................................. 17
Run Status ウィンドウ ............................................................................................................ 18
Data Analysis ウィンドウ ........................................................................................................ 19
Template Setup ウィンドウ ..................................................................................................... 20
System Status ウィンドウ ....................................................................................................... 21
User Setup and Preferences ウィンドウ ................................................................................ 22
Help ウィンドウ....................................................................................................................... 23
タッチスクリーンの違い ......................................................................................................... 24
適合するファイルの種類 ......................................................................................................... 25
第3章

プレートテンプレートの作成または編集 .................................................................... 27

Plate Editor ウィンドウ ........................................................................................................... 28
Plate Editor ツール ............................................................................................................... 29
実験の種類 ........................................................................................................................... 30
サンプルの記述 .................................................................................................................... 31
サンプルの種類 .................................................................................................................... 31
スーパーミックス ................................................................................................................ 32
アッセイの種類と蛍光色素 .................................................................................................. 33
テンプレートのセットアップ-

使用するウェルの設定 ..................................................... 35

テンプレートのセットアップ- ウェルの除外...................................................................... 37
第4章

サーマルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成または編集 ..................... 41

Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウ ........................................................................... 42
サーマルサイクリングプロトコールの新規のテンプレートを開く .................................... 43
サーマルサイクリングプロトコールの既存のテンプレートを開く .................................... 44
プロトコールテンプレートにステップを追加する .............................................................. 44

取扱説明書 | iii

目次

プロトコールテンプレートからステップを削除する .......................................................... 47
第5章

Data Analysis モジュールの概要 ................................................................................ 49

解析のためのデータファイルを開く ....................................................................................... 50
Analysis Dashboard ................................................................................................................. 52
ダッシュボードのオプション .............................................................................................. 53
解析画面とアウトプットのオプション ................................................................................... 55
共通オプション .................................................................................................................... 55
グラフの拡大または縮小...................................................................................................... 58
グラフ表示を設定する ......................................................................................................... 59
グラフスケールのオプションを選択する ............................................................................ 60
グラフのメニューオプションを使用する ............................................................................ 63
表のメニューオプションを使用する ................................................................................... 65
Plate View ウィンドウ ............................................................................................................. 68
Plate Editor - Analysis View ................................................................................................. 69
Plate View ............................................................................................................................ 70
2D Plate View ....................................................................................................................... 71
解析ウィンドウ ........................................................................................................................ 71
データウィンドウ .................................................................................................................... 72
Data Table タブ .................................................................................................................... 73
Plate Well Data Table ........................................................................................................... 78
Analysis Well Data テーブル ................................................................................................ 80
ランとロットの情報を見る ...................................................................................................... 82
第6章

データ解析方法 ............................................................................................................ 83

Amplitude プロット解析のオプション..................................................................................... 83
1D amplitude ............................................................................................................................ 89
2D amplitude ............................................................................................................................ 94
3D amplitude ............................................................................................................................ 97
確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション ........................................ 99
濃度 ........................................................................................................................................ 102
コピー数................................................................................................................................. 104
比率 ........................................................................................................................................ 106
存在量比（%） ...................................................................................................................... 107
イベント数 ............................................................................................................................. 109
第7章

解析モジュールのレポート機能 ..................................................................................111

レポートの要素 ....................................................................................................................... 111

iv | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

目次

レポートテンプレートの作成 ................................................................................................ 115
解析レポートの作成 .............................................................................................................. 117
第8章

Gene Study モジュール ............................................................................................. 121

Gene Study 機能のオプション .............................................................................................. 122
Gene Study 機能のセットアップ .......................................................................................... 124
データファイルの追加 ....................................................................................................... 126
データファイルの除外 ....................................................................................................... 126
解析のためのデータファイルの選択 ................................................................................. 127
プレートビューの閲覧 ....................................................................................................... 127
試験解析機能の使用 .............................................................................................................. 129
Gene Study レポート............................................................................................................. 131
Gene Study レポートの作成 .............................................................................................. 132
付録 A 実験例 ......................................................................................................................... 133
マルチプレックスアッセイによる直接定量 .......................................................................... 134
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 134
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 135
トリプレックスアッセイによるコピー数多型 ....................................................................... 138
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 138
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 139
ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ ................................................................... 140
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 140
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 141
Advanced Classification Method による直接定量 ................................................................. 142
実験パラメータのセットアップ ......................................................................................... 142
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 143
付録 B

コンピューターの追加 ................................................................................................ 145

コンピューターの要件 ........................................................................................................... 145
ソフトウェアのインストールとアップデート ....................................................................... 145
付録 C

ユーザーの管理 ........................................................................................................... 147

ユーザーの追加 ...................................................................................................................... 148
ユーザー権限の追加または削除 ............................................................................................ 149
ユーザー設定の変更 .............................................................................................................. 151
ユーザーの削除 ...................................................................................................................... 151
付録 D

システムユーティリティ ............................................................................................ 153

取扱説明書 | v

目次

System Settings タブ ............................................................................................................. 153
Preferred Location .............................................................................................................. 154
Shared Settings .................................................................................................................. 154
システムログファイル ........................................................................................................... 155
イベントログ ...................................................................................................................... 155
メンテナンスログ .............................................................................................................. 156
メンテナンスレポート ........................................................................................................... 158
データのアーカイブ保存 ....................................................................................................... 159
システムキャリブレーション ................................................................................................ 159

vi | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 1 章 QX ONE ソフトウェアについて
QX ONE Droplet Digital PCR システムに搭載されている QX ONE ソフトウェアには、サンプルの ddPCR 実験のセットアップ、実行および解析に必要な機能をすべて備えています。
装置の使用方法につきましては、「QX ONE Droplet Digital PCR システムおよび QX ONE ソフト
ウェア取扱説明書」を参照してください。
Tips：QX ONE ソフトウェアが待機状態の後にスタンバイモードに移行する場合は、ロックア
ウト画面のどこかをタップまたはクリックしてソフトウェアに再度ログインし、最後に表示していたアクティブウィンドウをもう一度表示してください。
以下の図は機能エリアを示しています。

解説
1ステータスバーには装置とユーザーに関する情報が表示されます。

2

タブを選択することによって主な機能ウィンドウが利用できます。

3

選択したタブの詳細がメイン領域に表示されます。

弊社のサービスエンジニアが QX ONE 装置をセットアップし、タッチスクリーンコンピュータ
ーに QX ONE ソフトウェアをインストールします。インストールにはシステム管理者が使用する最初のスーパーユーザーアカウントの有効化が含まれます。スーパーユーザーは規制の遵守に必要な追加ユーザーの設定やユーザー権限の割り当ての責任者です。詳細は p.147 の「ユーザーの管理」を参照してください。

取扱説明書 | 7

第1章

QX ONE ソフトウェアについて

注：別のコンピューターにもソフトウェアをインストールし、ddPCR ファイルの解析に使用する場合は、付録 B「追加のコンピューターの追加」を参照してください。
本装置とソフトウェアの使用により、以下の作業が可能です。


QX ONE でのプレートの ddPCR 実験をカスタマイズします。



プレート、サーマルサイクリングプロトコールおよびレポートのテンプレートを作成し、保
存します。



ドロップレットの読み取り中にライブ解析機能を使用します。



解析モジュールでは様々な図表でデータファイルを解析します。



データのレポートを作成します。

注：タッチスクリーンで QX ONE ソフトウェアを開くと、デフォルトにより Add Plate ウィン
ドウが現れますが、（QX ONE に接続していない）スタンドアロンコンピューターからソフトウ
ェアを開いた場合は、デフォルトにより Data Analysis ウィンドウが表示され、Add Plate および Run Status のタブは利用できません。

8 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 2 章 QX ONE ソフトウェアの利用の開始
本章では以下の項目について説明します。


ソフトウェアへのサインインまたはユーザーの変更の手順



割り当てられているユーザー権限の情報と個人設定の変更の手順



機能ウィンドウの詳細



装置のタッチスクリーンコンピューターとスタンドアロンコンピューターにインストール
されるソフトウェアの違い

お使いのソフトウェアのエディションに適合するファイルの種類

Tips：ほとんどの手順の説明に「タップまたはクリックします」という表現が使われています。
タッチスクリーンであればボタンやタブ、フィールドをタップします。キーボードやマウスを使用している場合はクリックしてください。

ソフトウェアにサインインするシステム管理者が装置とソフトウェアのユーザーと権限を設定し、これらの情報をユーザーに伝えます。
サインインする。
1.

ソフトウェアのアイコンをダブルクリックし、Sign in ダイアログボックスを開きます。

取扱説明書 | 9

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

Sign in ダイアログボックスが開きます。

2.

ユーザー名を入力します。

3.

Sign in to:のラベルに正しいドメイン名が表示されている場合は、ユーザー名のみを入力します。ラベルがブランクのままか、別のドメインが表示されている場合は、ドメイン名＼
ユーザー名として入力します。
注：図に示すドメイン名やコンピューター名は一例であり、ドメイン名がわからない場合は、システム管理者に問い合わせてください。

4.

パスワードを入力したら、Sign in をタップまたはクリックします。
初めて使用するときは、エンドユーザーライセンス同意書（EULA）に同意する必要があります。

5.

Show EULA on sign in チェックボックスのチェックを外してから、I Agree をタップまたはクリックします。
注：I Disagree をタップまたはクリックすると、アプリケーションは直ちに終了します。また、チェックボックスを選択したままにしておくと、アプリケーションにログインするたびに EULA の同意が必要になります。
EULA に同意すると、ダイアログボックスが閉じてアプリケーションが開き、Instrument
Status バーにユーザー名が表示されます。
スタンドアロンコンピューターでソフトウェアを開いている場合は、Data Analysis ウィン
ドウが開きます。

10 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

ソフトウェアにサインインする

ユーザー権限を見る
User Setup and Preferences ウィンドウでは、使用者に割り当てられているユーザー権限が緑色のチェックマークで表示されます。
User Setup and Preferences タブを選択します。

割り当てられている権限はいつでも見ることができますが、使用者が Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）の権限を割り当てられていない限り、画面のチェックボックスは有効になりません。

注：Add/Manage Users 権限を割り当てられているユーザーは新たなユーザーを追加し、すべてのユーザーの権限と設定を変更することもできます。ユーザーアカウントから Add/Manage
Users 権限を削除できるのはスーパーユーザーのみです。

取扱説明書 | 11

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

表 1 に示すユーザー権限は自由に組み合わせて割り当てることができます。
表 1 ユーザー権限
権限

目的

Add/Manage users（ユーザーの追加／管理）

ユーザーを追加または削除し、権限を割り当て、設定を変更する。

Create new templates（新規テンプレートの作成）

プレート、サーマルサイクリングプロトコールまたは解析レポートのデザインをテンプレートとして保存する。

View data files (createdby other users)（他のユーザーが作成したデー
タファイルを見る）

別のユーザーが作成したファイルを見る。

Overwrite existing data
file name（既存のデータファイル名を上書きする）

Save または Save As の機能を使用する。

注：スーパーユーザーのみ他のユーザーからこの権限を削除できます。

Save を選択すると、ファイル名が変わることなく元のファイルの内容がユーザーによって行われたすべての変更に置き換えられます。

Save As を選択すると、ユーザーは既存または新しい内容を新しいファイル名で保存できます。

変更の有無に関係なく、.qlp/.qlps または.ddpcr/.ddpcrs ファイルは自動的に.ddpcrone/.ddpcrsone ファイルに保存されます。
注：この権限のないユーザーはファイルを開いて、解析を実施することはできますが、変更を保存することはできません。
System settings（システムの設定）

ログを閲覧し、設定または共有データファイルおよびテンプレートの保存場所を見て、変更する。
注：ファイルの保存場所はすべてのユーザーが見ることができます。
重要：システム管理者は System Settings（システム設定）で優先保存場所を設定でき、これは個人のユーザー設定に優先されます。

Maintenance（メンテナンス）

イベントログを見る。

Data archive（データのアーカイブ保存）装置での Run に必要なディスクの空き容量を増やすため、タッチスク
リーンコンピューターから生データを移動する

Access the module
recovery tool（モジュール回復ツールを利用する）

同じプレートで 1 つ以上の ddPCR モジュール（ドロップレット作製、
サーマルサイクリング、ドロップレット測定）を再実行。

注：メンテナンスログおよびメンテナンスレポートはすべてのユーザ
ーが見ることができます。

注：この作業には弊社テクニカルサポートの支援が必要になることがあります。

12 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

ソフトウェアにサインインする

個人の設定を管理する
個人のユーザー設定を変更するには User Setup and Preferences ウィンドウを使用します。

ユーザー設定の欄にはデフォルトのフォルダの場所が表示されますが、ユーザー個人のテンプレ
ートとデータファイルの保存場所は変更することができます。また、ユーザー個人のすべてのデータファイルとテンプレートを他のユーザーに非公開にしておくこともできます。ファイルやテ
ンプレートを保存するたびに、個人用フォルダと共有フォルダのいずれかを選択するよう指示されます。
重要：システム管理者が System Settings で Preferred Locations（優先保存場所）を有効にしている場合は、User Preferences のデータファイルフォルダの場所は無効になり、データファイ
ルはすべて優先ファイルパスに保存されます。ただし、テンプレートの保存場所はユーザーが選択できます。
ユーザー設定を変更するには、
1.

User Setup and Preferences タブをタップまたはクリックします。

2.

以下の設定を変更します。


ユーザー個人のデータファイルとテンプレート用に別のファイルパスを入力します。

チェックボックスを選択または解除し、ユーザー個人のデータファイルとテンプレートのプライバシー設定を変更します。
注：管理者が System Settings で優先保存場所をすでに設定している場合には、パスおよびチェックボックスは機能しません。



別のシステムタイムアウト時間を入力します。

Run Status ウィンドウに表示される終了プレートの総数として 100 以内の数字に変更
できます。

3.

Save をタップまたはクリックします。

4.

確認メッセージが表示されたら、Yes をタップまたはクリックして変更を保存し、OK をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 13

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

サインアウトまたはユーザーの変更
ソフトウェアの実行中はサインアウトが可能であり、別のユーザーがサインインすることもできます。
注：画面がロックされていて、最初のユーザーが変更を保存していない場合には、画面に指示が現れます。サインアウトの処理を完了する前に、次のユーザーは変更を保存するか破棄するかを選択します。
サインアウトするには、
1.

右上のユーザー名のリンクをタップまたはクリックし、Sign Out を選択します。

2.

確認するために Yes をタップまたはクリックします。
未保存の変更がある場合、画面に指示が表示されます。


変更を破棄して先に進む場合は Yes をタップまたはクリックします。



サインアウトを中止する場合は No をタップまたはクリックし、変更を保存してから、
手順 1 と 2 をやり直します。

ユーザーを変更するには、
1.

ロックアウト画面のどこかをタップまたはクリックし、Sign in ウィンドウを開きます。

2.

ユーザー名を入力します。
ユーザーログインフィールドの下にドメイン名が表示されます。前のユーザーと同じドメインの場合はユーザー名のみを入力します。



別のドメインを指定する場合は、ドメイン名に続いてバックスラッシュとユーザー名を入力します。
<domain name>\<user name> *（例：global\john_smith）

3.

パスワードを入力し、Sign in をタップまたはクリックします。

14 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

機能ウィンドウ

機能ウィンドウ
本項では QX ONE ソフトウェアの機能エリアについて簡単に説明します。各タブからアクセスできる基本のウィンドウを表 2 に示します。
表 2 ウィンドウタブ
タブ

名称

目的

Add Plate プレートを追加する
 Plate および Protocol Configuration ウィンドウにアクセスし、Runのためのプレートをセットアップできる。

Run Status 上部の表示領域で進行中の Run を見る。
 下部の表示領域で終了した Run（Run の最大総数 100）を見る。

Data Analysis

Data Analysis モジュールと Gene Study モジュールにアクセスする。

Template
Setup

 プレート、サーマルサイクリングプロトコールおよびレポートのテンプレートをセットアップできるウィンドウにアクセスする。
 既存のテンプレートファイルを検索する。

System Utilities

 ファイル保存情報、イベントログ、メンテナンスログおよびメン
テナンスレポートにアクセスする。
 データをアーカイブ保存する。
注：使用者が利用できる機能は、割り当てられているユーザー権限
によって異なります。
重要：装置のキャリブレーション機能については、弊社サービスエ
ンジニア以外は利用できません。

Users andPreferences

 割り当てられているユーザー権限を確認し、個人のユーザー設定の確認と変更を行う。
 QX ONE ソフトウェアユーザーの設定、編集または削除を行う（Add/Manage Users 権限を割り当てられているユーザーのみ）

Help

ソフトウェアのバージョン情報、エンドユーザーライセンス契約書、
Bio-Rad ウェブサイト、オープンソースソフトウェアライセンス情報
および英語取扱説明書（PDF フォーマット）にアクセスする。

取扱説明書 | 15

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

Instrument Status バー
別のモジュールで表示される解析画面を除き、すべてのウィンドウの上部に装置の状態を示すス
テータスバーが表示されます。
QX ONE タッチスクリーンのステータスバーには下記の情報やインジケーターが表示されます。

解説
1

ソフトウェアの名称とバージョン

2

装置の名称と状態

3

進行中のプレート Run 数と可能 Run 数

4

オイルおよび廃液の量

5

Inbox または Outbox を開くまたは閉じる

6

ディスクの使用容量と空き容量（単位 GB）
注：空き容量が少ないことを QX ONE ソフトウェアが検出すると、データをアーカ
イブ保存するよう指示が表示されます。

7

現在のユーザーのユーザー名と現在の日時

8

QX ONE ソフトウェアアプリケーションを終了する

16 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Add Plate ウィンドウAdd Plate ウィンドウ
QX ONE タッチスクリーンでは Add Plate ウィンドウを開き、実験に用いるプレートをセットア
ップ、ddPCR の Run を開始することができます。
注：タッチスクリーン以外のコンピューターでソフトウェアを使用している場合は、Add Plate
ウィンドウにはアクセスできず、デフォルトにより Data Analysis ウィンドウが表示されます。

Add Plate ウィンドウでは以下の作業が可能です。


ソフトウェアにプレートを追加する。
Plate and Protocol Configuration ウィンドウにアクセスし、プレートと PCR プロトコールを設定する。
設定したプレートとプロトコールを用いて Run を実行する。

必須の作業を終了すると、それぞれのボタン（Add Plate、Configure Plate、Start Run）が順次、使用可能になります。プレートの追加に関する詳細は、「QX ONE Droplet Digital PCR システムおよび QX ONE ソフトウェア取扱説明書」を参照してください。

取扱説明書 | 17

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

Run Status ウィンドウ
QX ONE タッチスクリーンでは Run Status ウィンドウを見ることができます。
注：タッチスクリーン以外のコンピューターでソフトウェアを使用している場合には、Run
Status ウィンドウは利用できません。
Run Status ウィンドウには下記の情報が表示されます。


上部領域に進行中の Run が表示されます。



下部領域に現ユーザーの終了した Run（最大 100 件）が表示されます。
注：ユーザー設定で表示される終了した Run 数を設定します。手順については p.13 の「個人の設定を管理する」を参照してください。

詳細は「QX ONE Droplet Digital PCR システムおよび QX ONE ソフトウェア取扱説明書」をご覧ください。

18 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Data Analysis ウィンドウ

Data Analysis ウィンドウ
Data Analysis ウィンドウには各 Run の終了時に作成される解析ファイルの一覧が表示されます。

画面の左側に表示される以下の保存領域から Data Analysis モジュールで開くファイルを選択することができます。


Recent Datafiles
ユーザーが開いたファイルの一覧

My Datafiles または System Datafiles
1 つの保存場所のみが適用されます。システム管理者が、
System Settings で優先保存場所を設定していない場合、すべてのデータファイルはユーザー設定で指定されたファイルパスに自動で保存されます。



System Settings で優先保存場所を設定している場合、すべてのデータファイルはDatafile Storage Location（データファイル保存場所）に指定されたパスに自動で保存されます。優先保存場所は個人のユーザー設定よりも優先されます。

重要：いずれの場合も、指定できるパスは QX ONE タッチスクリーンコンピューターのローカルフォルダに限られます。
注：開いて保存できるファイルの種類については、p.25 の「適合するファイルの種類」をご覧ください。


画面の右側からは Gene Study モジュールにアクセスすることができます。Gene Study 機
能については p.121 の「Gene Study モジュール」を参照してください。

取扱説明書 | 19

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

Template Setup ウィンドウ
Template Setup ウィンドウでは以下の作業が可能です。


新しいプレート、サーマルサイクリングプロトコールおよびレポートのテンプレートを作成する。



既存のテンプレートを検索する。



既存のテンプレートを変更する。

Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を割り当てられているユー
ザーは、新規または変更後のテンプレートを再利用し保存することができます。テンプレートを保存できる場所は個人またはシステムのフォルダ（それぞれ My Templates または System
Template）もしくは Shared Templates です。
注 ：システム管理者が System Settings で 優先保存場所を指定している場合は、 System
Templates のフォルダが個人設定で指定されたフォルダより優先されますが、代わりに共有ファ
イルの保存場所にテンプレートを保存することもできます。

テンプレートの作成や編集については下記のセクションを参照してください。
p.27 の「プレートテンプレートの作成または編集」



p.41 の「サーマルサイクリングプロトコールテンプレートの作成または編集」



p.115 の「レポートテンプレートの作成」

20 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

System Status ウィンドウ

System Status ウィンドウ
System Status ウィンドウには QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア
に関する情報が表示されます。

割り当てられている権限に応じて、以下の作業が可能です。


共有保存フォルダの閲覧や変更
重要：システム管理者は個人設定の保存場所を無効にし、データファイルおよびテンプレー
トの優先保存場所を設定することができます。こうした保存場所の設定や変更は管理者にしかできません。



イベントログ、メンテナンスログおよびメンテナンスレポートの閲覧

生データのアーカイブ保存

注：Instrument Calibration タブはバイオ・ラッドサービスエンジニアのユーザーアカウントでなければ有効化しません。

取扱説明書 | 21

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

User Setup and Preferences ウィンドウ
User Setup and Preferences ウィンドウには、Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）の権限を有するソフトウェア管理者が各ユーザーに割り当てられる権限や、ユーザーと管理者による設定または変更が可能な個人設定が表示されます。
注：リストにあるいずれの権限も割り当てられていないユーザーも Run を実行し、Analysis モ
ジュールを使用することはできます。
ユーザー権限については p.11 の「ユーザー権限を見る」を、ユーザー設定については p.13 の「個人の設定を管理する」を参照してください。

22 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Help ウィンドウ

Help ウィンドウ
Help ウィンドウには QX ONE ソフトウェアおよびバイオ・ラッドに関する重要な情報へのリンクが表示されます。

Help タブを選択すると、下記のリンクが表示されます。


ソフトウェアおよびファームウェアのバージョン情報

エンドユーザーライセンス同意書（EULA）



バイオ・ラッドのウェブサイト



オープンソースソフトウェアライセンスの情報



QX ONE ソフトウェア取扱説明書（英語版）

取扱説明書 | 23

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

タッチスクリーンの違い
表 3 に示すように、利用できる QX ONE ソフトウェアの機能は QX ONE タッチスクリーンとス
タンドアロンコンピューターで異なります。
表 3 タッチスクリーンの違い
機能付属のタッチスクリーン

スタンドアロンコンピューター

Gene Study 機能利用できない利用できる

開けるファイル

一度に 1 ファイルのみ

同時に最大 5 ファイル

ランのセットアップ

有効

無効

ランの状況

有効

無効

メンテナンスログ

有効

無効

データのアーカイブ保存

有効無効

注：タッチスクリーンや Windows 10 のコンピューター画面では選択肢をタップします。キーボードやマウスをお使いの場合はクリックしてください。

24 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

適合するファイルの種類適合するファイルの種類
本項では QX ONE ソフトウェアで開くことができるファイルの種類について説明します。
組織内でソフトウェアの複数のエディションが使用されている場合は、以下の点に注意してください。
QX ONE ソフトウェア Standard Edition で作成された解析ファイルは Standard Edition でしか開けません。



QX ONE ソフトウェア Regulatory Edition で作成された解析ファイルは Regulatory Edition
でしか開けません。

表 4 適合ソフトウェアファイルの種類
ファイルの種類

拡張子

詳細

プレート

.ddpltプロトコール.ddthpデータ.ddpcrone.ddpcr

データ.qlp

実験の Run に必要なセットアップの詳細を含むプレートテンプレートファイル
実験の Run に必要なセットアップの詳細を含むプロトコー
ルテンプレートファイル。この種類のファイルは Protocol
Editor で開く。
QX ONE ソフトウェア Standard Edition で実施された実験のRun とデータ解析の結果を含むファイル。この種類のファイ
ルは Analysis モジュールで開く。
注：.ddpcr ファイルは QX ONE ソフトウェアの Analysis モ
ジュールで開くことができますが、このファイル
は.ddpcrone ファイルとして保存されます。
2 チャンネル実験の Run とデータ解析のための QuantaSoft
バージョンのファイル。この種類のファイルは Analysis モジ
ュールで開く。
注：.qlp ファイルは QX ONE ソフトウェアで開くことができますが、何らかの変更を加えた場合には、.ddpcrone ファイ
ルとして保存するように指示されます。

取扱説明書 | 25

第2章

QX ONE ソフトウェアの利用の開始

26 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 3 章 プレートテンプレートの作成または編集
Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を割り当てられているユー
ザーは、新規または変更後のプレートを再利用のためにテンプレートとして保存することができます。以下のように、利用できるテンプレートは Template Setup タブのデフォルト画面に表示されます。


ユーザーが作成、保存したテンプレートで、以下のパスのいずれかに自動で保存されたもの。
ユーザー設定で指定されたパス。これらは My Templates の下に表示されます。

システム管理者が全ユーザー用のパスを指定している場合に、System Settings で優先
保存場所に指定されたパス。これらは System Templates の下に表示されます。
重要：システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所（Preferred Location）を指定している場合、このパスは個人設定で指定されたパスに優先されます。優先保存場所はSystem Settings（システムの設定）のユーザー権限を有するユーザーでなければ有効化しません。



いずれかのユーザーが作成、保存したテンプレートで、共有テンプレートとして指定されているもの。これらは Shared Templates の下に表示されます。

Template Setup ウィンドウからはプレート、サーマルサイクリングプロトコールおよびレポー
トのテンプレートの作成や変更が可能です。Add Plate ウィンドウからはプレートおよびサーマ
ルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成や変更しかできません。

取扱説明書 | 27

第3章

プレートテンプレートの作成または編集

Plate Editor ウィンドウ
Template Setup の Plate Editor を使用して以下の作業を行うことができます。


新規のプレートテンプレートファイルの作成または既存のプレートテンプレートファイルの編集



再利用のための新規または変更後テンプレートの保存（新規テンプレートの作成の権限を有するユーザーのみ）



各ウェルの実験の種類、サンプルの種類、スーパーミックスおよびアッセイの種類の設定
または変更
Tips：プレート実験パラメータは Run の開始前、実行中、終了後のいずれの時点でも設定が可能です。



リファレンスターゲットとコントロールサンプルの設定



ドロップレット作製とドロップレット読み取りまたはドロップレット読み取りのみからのウェルの除外

プレートやウェルに関するメモの追加

Plate Layout ビューはデフォルトのテンプレート画面です。

解説
1

画面の上部から Edit and Exclude ボタンにアクセスできます。

2

右側の領域には実験パラメータを指定するためのインターフェースが含まれます。

3

左側の領域にはプレートのグリッドと各ウェルの設定情報が表示されます。

28 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate Editor ウィンドウ

解説（続き）
Well Data ボタンを押すと Well Data テーブルに切り替わり、表形式でプレートのセットアップを見ることができ、もう一度押すと Plate Editor に戻ります。Well Data
4
テーブルが表示されているときは、ボタンの名称は Plate Layout に変わります。

Plate Editor ツール
Plate Template Editor で実験を設定するには表 5 に示すボタンを使用します。
表 5

Plate Editor ボタン

ボタン

機能

Edit

以下の作業が可能
 ウェルの選択または選択したウェルの解除
 実験の種類、サンプルの名称と種類、スーパーミックスおよびアッセイの種類の設定
 ターゲットの名称、種類および各チャンネルの蛍光色素の設定
 ウェルまたはプレートに関するメモの追加
注：このボタンはウィンドウを開くとデフォルトにより使用可能になります。
ドロップレット作製とドロップレット読み取りまたはドロップレット
読み取りのみからウェルを除外できる。
キャンセルして Template Setup ウィンドウに戻れる。

ExcludeCancelSave
Clear Selected Wells
Undo

Well Data or Plate
LayoutApply

ダイアログボックスが開いてファイル名を入力でき、保存場所を指定できる。
選択したウェルの情報を削除できる。
最後の操作を取り消せる。
注：このボタンは、最低 1 つの実験パラメータ（例えば Experiment Typeの選択）を適用して初めて使用可能になります。
Well Data テーブルと Plate Layout ビューを切り替えるためのトグルボ
タン
選択したウェルに関する入力情報と設定を適用する。

取扱説明書 | 29

第3章

プレートテンプレートの作成または編集

実験の種類
QX ONE ソフトウェアでは 7 種類の実験から選択が可能であり、それぞれ異なるアッセイの種類や解析ツールを選択することができます。各種実験の説明を表 6 にまとめます。
Tips：1 つのプレートに複数の実験を割り当てることはできますが、1 つのウェルには 1 種類の実験しか割り当てられません。
表 6 実験の種類
種類

内容

Direct quantification（DQ）

Direct quantification（DQ）は絶対定量により、サンプル中のターゲット
DNA コピー濃度（コピー数/μl）を決定する。fluorescence amplitude に基づきウェル内の各ターゲットのポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを測定し、ポアソン分布を用いてそれぞれのターゲ
ット DNA 分子の初期濃度を計算する。
注：QuantaSoft ソフトウェア versions 1.4～1.7 で作成された ABS は、
本ソフトウェアでは DQ として自動マッピングされます。
Copy number
コピー数多型（CNV）は DQ と同様に濃度を求め、既知のリファレンス
variation（CNV）
または同一ウェル内のリファレンスに対する未知ターゲットのコピー数の比率（CNV）を計算する。
Mutation detection
変異検出（MUT）は DQ と同様に濃度を求め、野生型のバックグランド（MUT）に低頻度で存在する未知の変異存在量比（%）（fractional abundance）
を計算する。
Rare event detection レアイベント検出（RED）は大量のバックグランド DNA において所定（RED）のリファレンス分子に対する未知の変異または稀なターゲット分子の濃度を求める。
Drop-off（DOF）
ドロップオフ（DOF）はインデルやゲノム編集など非野生型配列を検出するために考案されたアッセイのターゲット絶対定量を求める。DOF
は、1 つのプローブがすべてのアレルをカウントし、もう 1 つの「ドロップオフ」プローブは予測される切断部位の上部に位置するアッセイをカバーするためにデザインされている。
Gene expression
遺伝子発現（GEX）は DQ と同様に濃度を求め、既知のリファレンスま（GEX）
たは同一ウェル内のリファレンスに対する未知ターゲットの発現量を計算する。
Residual DNA
残留 DNA 定量（RDQ）は宿主細胞の残存 DNA の精密な定量法である。
quantification（RDQ） 注：ユーザーは各ウェルの量を計算するための換算係数を小数第 3 位まで入力できます。Data Table の Molecular Weight の欄に結果が表示されます。

30 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate Editor ウィンドウ

サンプルの記述QX ONE ソフトウェアでは、各ウェルにつき最大 4 つのフィールドにサンプルを記述する単語や語句を入力することができます。記述者はアッセイの種類、希釈係数などの情報を含むことができます。
Tips：Plate Editor レイアウトには 1 つ目のフィールドの情報しか表示されません。2 つ目、3つ目および 4 つ目のフィールドの入力情報は Well Data テーブルで確認できますが、下図のようにウェルにマウスポインターを合わせると、簡単な説明が表示されます。

サンプルの種類
QX ONE ソフトウェアではサンプルは下記の 4 種類から選択できます。
Unknown（未知）NTC（No Template Control）



1 つまたは複数のターゲット検出が予測される Positive Control（陽性コントロール）



陽性反応がないことが予測される Negative Control（陰性コントロール）

Tips：1 つのプレートに異なる種類のサンプルを割り当てることはできますが、1 つのウェルには 1 種類しか割り当てられません。

取扱説明書 | 31

第3章

プレートテンプレートの作成または編集

スーパーミックス
重要：未承認のスーパーミックスは装置に害を及ぼし、保証が無効になるおそれがあります。
QX ONE ソフトウェアでは 5 種類の PCR スーパーミックスが使用できます。各スーパーミック
スは、DNA および RNA ターゲットの増幅と検出の効率と感度を最大限に高めるように最適化されています。
ddPCR Multiplex Supermix- 複数のターゲットを対象とするプローブベースの実験でDNA ターゲットを増幅し検出するために、核酸サンプルの調製に使用します。
注：Cy5 および Cy5.5 プローブアッセイには ddPCR Multiplex Supermix の使用が推奨されます。

ddPCR Supermix for Probes（no-dUTP）- 加水分解プローブベースのアッセイを用い、DNA ターゲットの増幅と検出の感度を高めるために、核酸サンプルの調製に使用します。



ddPCR Supermix for Probes- 実験間のキャリーオーバーPCR 産物の再増幅を防止するために、ウラシル N-グリコシラーゼ（UNG）デコンタミネーションプロトコールを用いたサンプルの調製に使用します。



ddPCR Supermix for Residual DNA Quantification-

One-Step RT ddPCR Advanced Kit for Probesします。

残存 DNA の検出に使用します。

RNA 分子ターゲットの絶対定量に使用

32 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate Editor ウィンドウ

アッセイの種類と蛍光色素
QX ONE ソフトウェアでは全部で 5 種類のアッセイが選択できます。表 7 にまとめます。
表 7 アッセイの種類
アッセイの種類

内容

Single target per channel

1 ウェルにつき最大 4 色のプローブ（FAM、HEX/VIC、Cy5 および Cy5.5）と最大 4 つのターゲットを想定し、1 チャンネルにつき 1 ターゲットを検出する方法。これはデフォルトのアッセイであり、最大 4 行表示され、3 行まで削除できます。
本アッセイは DQ、CNV、MUT、RDQ、RED および GEX の実験に使用できます。
1 ウェルにつき最大 8 種類までターゲットを増やせ、1 チャンネ
ルにつき 1 ないし 2 種のターゲットを検出できる方法。最大 8 行表示され、7 行まで削除できます。
ターゲット各 3 種類の 2 つのグループを検出できるトリプレック
スモード。グループ 1 は FAM、HEX/VIC および両チャンネルで各 1 種類のターゲットを検出し、グループ 2 は Cy5、Cy5.5 および両チャンネルで各 1 種類のターゲットを検出します。グループ
単位で削除できますが、グループ内の個々のターゲットは削除できません。
注：グループ間でのチャンネルの交換はできないため、FAM は常に HEX/VIC と対であり、Cy5 は Cy5.5 と対になります。
1 チャンネルで複数のターゲットを検出する方法を組み合わせ、1
ウェルにつき最大 10 種類までターゲットを増やせる方法。この方法ではドロップレットを手動で分類する必要があります。
本アッセイは DQ および RED の実験に利用できる。
この方法はターゲット各 2 種類の 2 つのグループを検出できます。グループ 1 はデフォルトで示され、FAM および HEX/VIC で1 種類、FAM または HEX/VIC で 1 種類のターゲットとします。
本アッセイは DOF の実験に利用できます。
ターゲット 2 種類のグループをもうひとつ追加できます。Cy5 お
よび Cy5.5 で 1 種類、Cy5 または Cy5.5 で 1 種類です。グループ
単位で削除できますが、グループ内の個々のターゲットは削除できません。
注：グループ間でのチャンネルの交換はできないため、FAM は常に HEX/VIC と対であり、Cy5 は Cy5.5 と対になります。

Amplitude multiplex

Probe mix triplex

Advanced classification

Basic drop-off

取扱説明書 | 33

第3章

プレートテンプレートの作成または編集選択した実験の種類によって利用できるアッセイの種類が決まります。実験の種類とアッセイの組み合わせを表 8 に示します。
表 8 実験の種類によって利用できるアッセイの種類
アッセイの種類

実験の種類
DQ

CNV

MUT

Single target per channelAmplitude multiplex

Probe mix triplex

Advanced classification



DOF

GEX

RDQ

RED
































Basic drop-off

各ターゲットのチャンネルには蛍光色素が自動で入力されますが、デフォルトの選択を変更することもできます。
表 9 を使用し、アッセイごとに蛍光色素のオプションから指定してください。
表 9 蛍光色素のオプション
アッセイの方法
Single target per channel（ターゲット 1～4 種類）

Signal Ch1

Signal Ch2

Signal Ch3Signal Ch4

FAM

HEX

Cy5

Cy5.5

なし

VIC

なし

なし

なし
Amplitude multiplex（ターゲット 1～8 種類）FAM HiHEX Hi

Cy5 HiCy5.5 Hi

FAM LoHEX LoCy5 LoCy5.5 Loなし

VIC Hiなし

なし

VIC Loなし
Probe mix triplex（ターゲット 6
種類）

FAX

HEX

Cy5

Cy5.5

なし

VIC

なし

なし

Cy5 1-10

Cy5.5 1-10

なし
Advanced classification

FAM 1-10

HEX 1-10
VIC 1-10

34 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate Editor ウィンドウ

テンプレートのセットアップ- 使用するウェルの設定
Template Setup タブから Plate Editor を開くと、デフォルトにより Edit ボタンが選択されます。
各ウェルまたはウェルのグループごとに異なる実験パラメータを割り当てることができます。

各ウェルまたはウェルのグループごとに以下の操作を行ってください。


実験の種類を選択する。



サンプルの種類を選ぶ。



スーパーミックスを選ぶ。



アッセイの方法を選ぶ。

オプションとして以下の操作も可能です。


ウェルごとにサンプルの説明を 4 種類まで入力できます。



蛍光色素の割り当てを変更します。



各ウェルのメモを追加します。



プレートのメモを追加します。

新しいテンプレートを作成する場合、グリッドはブランクで表示されます。既存のテンプレートを編集するには、設定済みのウェルを選択すると、以前に保存された情報が表示されます。

取扱説明書 | 35

第3章

プレートテンプレートの作成または編集

ウェルのパラメータを設定するには、
1.

ウェルまたはウェルのグループを選択します。

2.

Experiment Type のドロップダウンリストから新規または別の実験の種類を選択します。詳細は p.30 の「実験の種類」を参照してください。

3.

Sample Description のフィールドでサンプルを記述する単語または語句を 4 つまで入力するか変更してください。詳細は p.31 の「サンプルの記述」を参照してください。

4.

Sample Type のドロップダウンリストから新規または別のサンプルの種類を選択します。
詳細は p.31 の「サンプルの種類」を参照してください。

5.

Supermix のドロップダウンリストからスーパーミックスを選択するか変更します。詳細はp.32 の「スーパーミックス」を参照してください。

6.

Assay Type のフィールドは選択された実験の種類に基づいて自動で入力されます。これを変更するには、ドロップダウンリストから別のアッセイの種類を選択します。詳細は P.33の「アッセイの種類と蛍光色素」の蛍光色素のオプションを参照してください。
注：利用できるアッセイの種類は選択された実験の種類によって異なります。

7.

（オプションとして）Target Info でチャンネルに割り当てる蛍光色素を変更することができます。
蛍光色素の情報はアッセイの種類によって可能な最大行数とともにターゲットごとに自動で入力されますが、必要があればデフォルトの蛍光色素の割り当てを変更することもできます。
a.

フィールドのドロップダウンの矢印をタップまたはクリックし、別のオプションを選択
します。

b.

行を削除するには、ターゲットの横のマイナス (-) アイコンをタップまたはクリックします。

c.

行を再度追加するには、プラス (+) アイコンをタップまたはクリックします。

8.

（オプションとして）いつでも 1 つまたは複数のウェルを消去するには、ウェルを選択し、Clear Selected Well をタップまたはクリックします。

9.

Apply をタップまたはクリックします。
注：新規または編集後の情報をソフトウェアに認識させるには、テンプレートを保存する前に Apply をタップまたはクリックする必要があります。一度適用されれば、ウェルにポイン
ターを合わせると、それぞれの情報が簡単な説明として表示されます。

36 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate Editor ウィンドウ

10. ドロップレットの作製およびドロップレットの読み取り、もしくはドロップレットの読み取
りのみからプレートのウェルを除外します。詳細は p.37 の「テンプレートのセットアップウェルの除外」を参照してください。
重要：QX ONE はデフォルトによりプレートの 96 ウェルすべてを処理します。サンプルを加えたウェルの数が 96 個よりも少ない場合は、残りのウェルを除外する必要があります。
11. プレートの設定を完了すれば、右上にある Save をタップまたはクリックし、Save ダイア
ログボックスで新しいテンプレート名を入力して、再び Save をタップまたはクリックします。
注：テンプレートは新しい名前を付けて保存してください。既存のテンプレートを上書きすることはできません。プレートレイアウトの完了前に Save ボタンをタップまたはクリック
するとファイルが閉じてしまうため、テンプレートの保存場所からもう一度開いてください。

テンプレートのセットアップ- ウェルの除外
オプションとして、ドロップレットデジタル PCR の Run からウェルを除外することができます。
重要：QX ONE はデフォルトにより 96 ウェルプレート全体を処理します。サンプルの入ったウェルが 96 個に満たない場合は、残りのウェルを除外する必要があります。
装置に挿入する GCR96 カートリッジは 6 つのセクションに分割されており、それぞれ 8 ウェルずつが 2 列に並んでいます。QX ONE はウェルや列ではなく、セクションごとに自動でドロップレットを作製します。QX ONE ソフトウェアのウェル除外デザインでは、最初の 2 列が 1 つめのセクション、次の 2 列が 2 つめのセクションという形で順に表しています。
Droplet Generation and Droplet Reading を選択すると、両方の処理からセクション単位で除外することはできますが、奇数目の列を除外しようとすると、同じセクション内の残る列も自動で選択されます。
Droplet Reading を選択した場合には、ドロップレットの読み取り処理からどのウェルでも、またグループでも除外することができます。
ドロップレットの作製とドロップレットの読み取りから除外されるウェルは網掛けで表されます。

取扱説明書 | 37

第3章

プレートテンプレートの作成または編集

ドロップレットの読み取りから除外されるウェルは斜線で表されます。
ドロップレットの作製および読み取りからウェルの列を除外するには、
1.

2 列からなるセクションを 1 つまたは複数選択し、Droplet Generation and Droplet Reading
をタップまたはクリックします。

注：奇数の列を選択すると、ソフトウェアは自動的に同じセクションに含まれる残りの列も選択します。奇数の列を除外できるのはドロップレットの読み取りからのみです。
2.

Exclude Selected Wells をタップします。

38 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate Editor ウィンドウ

ドロップレットの読み取りからウェルを除外するには、1.

除外するウェルを 1 個ずつまたはグループで選択してから、Droplet Reading をタップまた
はクリックします。
Tips：複数のウェルを除外する場合は、Ctrl キーを押しながら除外するウェルを選択します。

2.

Exclude Selected Wells をタップします。

注：Exclude Selected Wells ボタンはトグルボタンです。除外されているウェルを選択する
場合は、ボタンの名称は Include Selected Wells に変わります。読み取るはずのウェルを除外してしまった場合は、これらのウェルを選択して、ボタンをタップまたはクリックすると、もう一度含めることができます。

取扱説明書 | 39

第3章

プレートテンプレートの作成または編集

40 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 4 章 サーマルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成または編集
Templates タブから Protocol Templates ウィンドウにアクセスでき、Protocol Editor ウィンドウ
では新規のプロトコールテンプレートを作成したり、既存のプロトコールテンプレートを開いたりすることができます。Protocol Editor を使用すれば、QX ONE Droplet Digital PCR システムのサーマルサイクリング処理のみを対象とするカスタムプロトコールを作成することができます。

取扱説明書 | 41

第4章

サーマルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成または編集

Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウ
Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウには下記の項目が含まれます。


プロトコールを手早く作成または編集するための標準的なプロトコール設定項目



特定の温度範囲の勾配を素早く計算する機能

プレートの種類に応じた Run 時間を素早く計算する機能

プロトコールのステップを編集する機能

再利用のためにプロトコールを保存する機能

デフォルトにより、ウィンドウには一般的な 4 段階プロトコールが表示されます。

解説
1
2
3

最上部にはプロトコール名やプロトコールの推定 Run 時間が表示され、保存やキャンセルの機能が利用できます。
上部領域にはプロトコールのカスタマイズに利用できるプロトコール編集項目が表示されます。
メイン領域にはプロトコールをグラフ化した図が表示されます。

42 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウ44

下部領域には下記のツールバーコマンドが表示されます。
 ゴミ箱アイコンは選択されたステップを削除します。
 ゴミ箱の左側にあるプラス記号は選択されたステップの前にステップを追加します。
 ゴミ箱の右側にあるプラス記号は選択されたステップの後にステップを追加します。

サーマルサイクリングプロトコールの新規のテンプレートを開く
新規のプロトコールテンプレートを開くには 2 つの方法があります。
Template Setup ウィンドウから開く。



Add Plate ウィンドウから開く。

Template Setup ウィンドウから新しいプロトコールテンプレートを開くには、
1.

Template Setup ウィンドウで Thermal Cycling Protocol タブを選択します。
Thermal Cycling Protocol ウィンドウが開いて、サンプルとカスタムプロトコールテンプレ
ートのリストが表示されます。

2.

Add New Protocol をタップまたはクリックします。
Protocol Editor ウィンドウが開いて、デフォルトの 4 段階プロトコールが表示されます。

Add Plate ウィンドウから新しいプロトコールテンプレートを開くには、
1.

Plate Setup ウィンドウで Add Plate をタップまたはクリックします。

2.

プレートの挿入後に Configure Plate をタップまたはクリックします。
Plate Setup ウィンドウが開いて、Required Plate Information ウィンドウが表示されます。

3.

Thermal Cycling Protocol の領域で Create New をタップまたはクリックします。
Protocol Editor ウィンドウが開いて、デフォルトの 4 段階プロトコールが表示されます。

取扱説明書 | 43

第4章

サーマルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成または編集

サーマルサイクリングプロトコールの既存のテンプレートを開く
QX ONE ソフトウェアでは、サーマルサイクリングプロトコールテンプレートのサンプルを編集し、新規テンプレートとして保存することができます。カスタムプロトコールも編集し、新規
テンプレートとして保存することができます。
Template Setup ウィンドウから既存のプロトコールテンプレートを開くには、
1.

Thermal Cycling Protocol タブを選択します。
Thermal Cycling Protocol ウィンドウが開いて、サンプルプロトコールテンプレートのリストが表示されます。

2.

選択するプロトコールを見つけます。

3.

プロトコールを選択し、ウィンドウの下にある Edit Protocol ボタンをタップまたはクリッ
クします。
Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウでプロトコールが開きます。

4.

（オプションとして）プロトコールを新しい名前で保存するか、新しいフォルダに保存する
場合は Save をタップまたはクリックします。

Add Plate ウィンドウから既存のプロトコールテンプレートを開くには、
1.

Plate Setup ウィンドウで Add Plate をタップまたはクリックします。

2.

プレートの挿入後に Configure Plate をタップまたはクリックします。
Plate Setup ウィンドウが開いて、Required Plate Information ウィンドウが表示されます。

3.

Thermal Cycling Protocol の領域で Choose Existing のドロップダウンの矢印をタップまた
はクリックし、既存のプロトコールを選択します。
Protocol Editor ウィンドウが開いて、選択したプロトコールが表示されます。

プロトコールテンプレートにステップを追加する

44 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウ

プロトコールテンプレートにステップを追加するには、
1.

Protocol Configuration ウィンドウで新しいステップを挿入する場所を決めます。デフォル
トによってステップ 1 が選択されます。
既存のステップの前後いずれかに追加することができます。

2.

3.

4.

グラフでステップを選択し、以下のいずれかを実行します。


選択したステップの前に新しいステップを挿入するには、ゴミ箱の左側の+アイコンをタップまたはクリックします。



選択したステップの後ろに新しいステップを挿入するには、ゴミ箱の右側の+アイコン
をタップまたはクリックします。

以下のいずれかを実行します。


ステップをグラジェントステップにするには、Gradient チェックボックスをタップまたはクリックします。



ステップを goto（繰り返し）ステップにするには、Goto チェックボックスをタップまたはクリックします。

以下のいずれかを実行します。


保存の前にプロトコールのステップオプションの数値を調整する場合は p.46 の「ステップオプションを調整する」を参照してください。



デフォルトのステップ値でプロトコールを保存する場合は Save をタップまたはクリックします。Save ダイアログボックスでプロトコール名を入力し、もう一度 Save を
タップまたはクリックします。
注：保存するとプロトコールは閉じます。Protocol Templates ウィンドウからもう一度開くことができます。

取扱説明書 | 45

第4章

サーマルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成または編集

ステップオプションを調整する
既存または追加のステップのステップオプションを変更し、プロトコールをカスタマイズすることができます。下記のステップの種類に応じて値を設定できます。


温度ステップ

グラジェントステップ

Goto ステップ

温度ステップを設定するには、
1.

変更するパラメータを含む温度ステップをグラフから選択します。
温度ステップには 1 本の温度線が表示されます。

2.

Step Options で必要に応じて下記の値を変更または入力します。
Temperature（温度）（℃）

Time（時間）（時：分：秒）Ramp Rate（加温・冷却速度変化）
（℃/秒）



Increment（温度変化量）（℃/秒）

Extend（延長）（秒/サイクル）3.

温度ステップを追加してプロトコールを保存するには、Save をタップまたはクリックします。

4.

Save ダイアログボックスでプロトコール名を入力し、もう一度 Save をタップまたはクリックします。

温度グラジェントステップを設定するには、
1.

変更するパラメータを含むグラジェントステップをグラフから選択します。
グラジェントステップには 2 本の温度線が表示されます。

2.

Step Options で必要に応じて下記の値を変更または入力します。
Temperature（温度）（℃）

Time（時間）（時：分：秒）Extend（延長）（秒/サイクル）Range（範囲）
注：温度範囲を変更すると、A から H のフィールドには変更後の値が自動で入力されます。

46 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Thermal Cycling Protocol Editor ウィンドウ3.

グラジェントステップを追加してプロトコールを保存するには、Save をタップまたはクリックします。

4.

Save ダイアログボックスでプロトコール名を入力し、もう一度 Save をタップまたはクリックします。

goto（繰り返し）ステップを設定するには、
1.

変更するパラメータを含む goto ステップをグラフから選択します。
goto ステップには GOTO および該当するステップ番号が含まれます。

2.

Step Options で必要に応じて下記の値を変更します。
Goto step number（goto ステップ番号）

Number of repeats（繰り返し回数）3.

goto ステップを追加してプロトコールを保存するには、Save をタップまたはクリックします。

4.

Save ダイアログボックスでプロトコール名を入力し、もう一度 Save をタップまたはクリックします。

プロトコールテンプレートからステップを削除する
重要：この操作は取り消すことはできません。注意して削除してください。
プロトコールのステップを削除するには、
1. グラフのなかのステップを選択する。
2.

Delete Step をタップする。

3.

プロトコールを保存する。

取扱説明書 | 47

第4章

サーマルサイクリングプロトコールのテンプレートの作成または編集

48 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 5 章 Data Analysis モジュールの概要
装置が各ウェルのドロップレットの読み取りを始めると、QX ONE Droplet Digital PCR システ
ムは生データの収集を開始します。各ドロップレットの読み取り処理の終了とともに QX ONE
ソフトウェアはこの生データを用いてデータファイルを作成します。これには、ターゲットごとに同定されたサンプル中のポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの数に基づ
く解析情報が含まれます。ポジティブドロップレットの割合をポアソン分布に当てはめ、ターゲ
ット DNA 分子の初期濃度をコピー数/μl の単位で求めます。
Analysis モジュールでデータファイルを開くと、データとともに自動解析及び計算結果を見ることができ、結果の再計算、再プロットまたは色の変更のオプションを選択することもできます。
タッチスクリーンから Data Analysis タブを選択すると、Data Analysis モジュールにアクセスすることができます。スタンドアロンコンピューターにインストールされているソフトウェアから
このタブを選択すると、Gene Study モジュールにもアクセスすることができます。

Data Analysis モジュールには以下の機能があります。


1D、2D および 3D プロットでドロップレットデータを表示する。

amplitude multiplexing アッセイおよび probe mixing アッセイを用いて、1 ウェル内の複数のターゲットを解析する。

「Drop-off assay」解析オプションにより、ゲノム編集イベントおよび非野生型イベントを
検出する。



柔軟性の高いデータを視覚化し、エクスポートする。



種々の解析のレポートを作成する。

取扱説明書 | 49

第5章

Data Analysis モジュールの概要

Gene Study モジュールには以下の機能があります。


1 つまたは複数のデータファイルを追加することによってデータを収集する。



複数の実験から得られた遺伝子発現データの計算結果を表示する。

注：Gene Study 機能で解析できるサンプルの最大数はコンピューターの RAM および仮想メモ
リのサイズによって制限されます。
本セクションでは解析機能を要約し、グラフ表示の一般的なオプションについて説明します。各
解析ウィンドウの具体的な情報や使用方法、データ計算に関する情報は、第 6 章「データ解析方法」に記載しています。
解析レポートについては p.111 の「レポートの要素」を、Gene Study 機能については p.121 の「Gene Study モジュール」を参照してください。

解析のためのデータファイルを開く
Data Analysis モジュールでは以下の種類のファイルを開くことができます。
.qlp ファイル
QX ONE ソフトウェアでこの種類のファイルを保存すると、自動的に.ddpcrone ファイルとして保存されます。新しいファイルが作成され、元のファイルは上書きされません。

.ddpcr ファイル
このファイルを保存すると、自動的に.ddpcrone ファイルとして保存されます。新しいファイルが作成され、元のファイルは上書きされません。

.ddpcrone ファイル

解析データファイルは通常、あらかじめ指定された以下の保存場所のいずれか 1 つに保存されます。


タッチスクリーンコンピューターにあるユーザーの個人フォルダまたは System Settings
ウィンドウで優先保存場所として指定されたシステムフォルダ
注：ユーザー設定では個人フォルダが表示されます。優先または共有保存場所を見るには、
System Settings ウィンドウを開きます。
重要：システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所を指定している場合は、ユーザー設定
で指定されたファイルパスよりも優先されます。



ネットワークパスなど、別の場所の共有フォルダ
注：アクセス可能な場合、データファイルは共有フォルダにも保存されます。

50 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析のためのデータファイルを開く

データファイルを開くには、QX ONE ソフトウェアがインストールされ、保存場所にアクセスできるコンピューターでなければなりません。
解析のためのデータファイルを開くには、
1.

QX ONE ソフトウェアを開き、アプリケーションにログインします。

2.

Data Analysis タブを選択します。

利用できるデータファイルが以下の見出しの下に表示されます。


Recent Datafiles
最近開いたファイルの一覧が表示されます。



System Datafiles または My Datafiles
下記の保存場所のいずれか一方しか利用できません。
 システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所を指定している場合、すべてのデー
タファイルはそのフォルダに保存されており、ファイルは System Datafiles の下に表示されます。
 全ユーザーに有効な優先保存場所がない場合には、ユーザーのデータファイルは自身の個人フォルダに保存されており、My Datafiles の下に表示されます。

Shared Datafiles
System Settings ウィンドウで指定された共有場所に保存されているデータファイルの一覧が表示されます。

重要：データファイルはつねに My Datafiles または System Datafiles のいずれかに保存されますが、ソフトウェアがデータファイルを保存する際に共有の保存場所（ネットワークディ
レクトリなど）にアクセス可能な場合は、これにも保存されます。
3.

ファイルをタップまたはクリックし、Analysis モジュールで開きます。
左側に各解析のタブとデータウィンドウが表示されます。
Tips：タッチスクリーンでは Run Status ウィンドウからもデータファイルを開くことができます。終了ファイルのセクションでファイルの終了ランのアイコン()をタップまたはクリックしてから、Launch Analysis をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 51

第5章

Data Analysis モジュールの概要

Analysis Dashboard
データファイルを開くと、Dashboard ウィンドウが開き、デフォルトの解析とデータウィンド
ウがサマリービューで表示されます。これはカスタマイズが可能であり、Dashboard に表示されるウィンドウの数を増減できるほか、表示されるウィンドウの選択も変更することができます。
Dashboard 画面のオプションについては p.53 の「Dashboard のオプション」を参照してください。

注：.qlp ファイルを開いた場合は、デフォルトビューとして Plate Editor が表示されるため、
Dashboard を開くには Dashboard タブを選択する必要があります。
左側のタブからプレートビュー、amplitude グラフ、確率分布グラフ、ドロップレット数および完成したデータテーブルにアクセスすることができます。Run Information ウィンドウでは個々の Run データも見ることができ、Reports ウィンドウからはあらゆる解析チャートのレポートの作成が可能です。

52 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Analysis Dashboard

ダッシュボードのオプション
Dashboard ウィンドウからは、選択した個々のウィンドウに応じて下記の範囲のオプションを使用することができます。
ウィンドウを選択した場合、メニューバーに表示されるオプションはサイドメニューから
ウィ ンドウを 開いた場合に現 れるオプ ションと一致し ます。例 えば、 Dashboard のConcentration グラフを選択すると、Concentration メニューのオプションが表示されます。



行や列を追加または削除することによってダッシュボード表示全体をリセットし、表示するウィンドウの数を増減することができます。

2 行 2 列のデフォルト表示に戻すには Default View をタップまたはクリックします。


あらゆるウィンドウで以下の作業が可能です。
 ウィンドウの展開または折りたたみ 画像のコピー、保存または印刷 表示、スケール、軸および対数オプションの選択
 ドロップダウンリストの使用による現在の表示から別の表示への切り替え 特定のグラフでのメニューバーオプションの使用

下記のグラフにみられるオプションを p.54 の表 10 にまとめます。

取扱説明書 | 53

第5章

Data Analysis モジュールの概要

表 10

Dashboard のオプション

項目

内容

1

選択されたウィンドウを特定する境界線

2

Dashboard の選択されたウィンドウの種類に応じたツールバー

3

現在の表示を新しい表示に切り替えるためのドロップダウン矢印

4

グラフのオプション

54 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション

解析画面とアウトプットのオプション
Analysis モジュールでは以下のような様々なオプションが利用できます。


共通オプション- 基本ツールバーから利用でき、データファイルを保存、インポートまたはエクスポートする。



グラフ表示設定- 解析ウィンドウでのグラフの表示方法を変更する。



グラフスケールオプション-

グラフメニューオプション- （ アイコンから）グラフ画面で利用でき、画像をコピー、保存および印刷する。データポイントを示す Amplitude グラフでは表示か非表示を選択できる。

表メニューオプション- （ アイコンから）表画面で利用でき、データのコピーや Excel
または CSV ファイルへのエクスポートのほか、列の表示／非表示が可能である。

軸に表示されるスケールを変更する

グラフ表示は全画面サイズに拡大することもでき、元の表示に戻すこともできます。

共通オプション

共通オプションの内容を表 11 にまとめます。共通オプションは Analysis モジュールのすべてのウィンドウで利用することができます。
表 11

共通オプション

オプション

内容

Save

Undo

解析ファイルの変更を現在のファイル名またはファイル拡張子で保存します。
ファイルを別のファイル拡張子で保存します（例えば、.qlp または ddpcr
を.ddpcrone に変更する、あるいはファイルの変更を別のファイル名で保存するなど） プレートセットアップデータをインポートまたはエクスポートします。
 グラフ解析データを Excel ファイルにエクスポートします。
 クラスターおよびリンケージデータをエクスポートします。
 表示されているグラフを印刷します。
Plate Editor でのみ使用可能です。

User Settings

個人のユーザー設定をデフォルト設定に戻すことができます。

Save asImport/export

データファイルを保存するには、
1.

Save または Save As をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 55

第5章

2.

Data Analysis モジュールの概要

Save をタップまたはクリックすると、加えたすべての変更が直ちに元のファイル名で保存されます。

Save As をタップまたはクリックすると、ステップ 2 に続きます。

Save As ダイアログボックスで新しいファイル名を入力し、Save をタップまたはクリックします。
このファイルは新しいファイル名で保存されます。

セットアップまたは解析データをインポートまたはエクスポートするには、
1.

Import/Export をタップまたはクリックします。
利用可能なインポート／エクスポートのオプションを表 12 にまとめます。
注：保存されていないデータがある場合は、内容をインポートまたはエクスポートする前にファイルを保存するように指示されます。

表 12 インポート／エクスポートのオプション
インポート／エクスポー
内容
トのオプション
Import plate setup CSV
プレートレイアウトデータを CSV ファイルから Plate Editor にイン
ポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。既存のレイアウトに新しいプレートレイアウトを上書きします。
Export plate setup CSV設定された Plate Editor レイアウトを CSV ファイルにエクスポート
します。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。
Import plate setup
プレートテンプレート（ddplt）ファイルからプレートレイアウトを
インポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。
Export plate setup
プレートレイアウトをプレートテンプレートファイルにエクスポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。
Export visible data to Well Selector で選択したウェルのデータのみを CSV ファイルにエ
CSV
クスポートします。
Export cluster data
Excel スプレッドシートにデータをエクスポートします。
注：（ウェルごとに）ターゲットが認められたかどうか（1=Yes、
0=No）、ドロップレット数、色素別の平均値および標準偏差ならびにクラスターID を含みます。
Export linkage data
過剰に存在するターゲットのコピー数と予測値のデータ（コピー数/μl）を CSV ファイルにエクスポートします。

56 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション

表 12 インポート／エクスポートのオプション（続き）
インポート／エクスポー
内容
トのオプション
Export visible charts
表示されているすべてのグラフをエクスポートします。
Print visible charts

表示されているすべてのグラフを印刷します。

オプションが利用できるウィンドウや項目を表 13 に示します。
表 13 利用可能なオプション
インポート／Plate
Plate
エ ク ス ポ ー ト editor
viewのオプション
Import plate
setup CSVExport plate
setup CSV
Import plate
setup
Export plate
setup
Export visible
data to CSVExport clusterdata
Export linkage
data
Export visible
chartsPrint visible
chartsAmplitude
プロット

確率分布
グラフ

イベント
数

データ
テーブル













































Plate 2D

注：amplitude プロットは 1D、2D および 3D で利用でき、確率分布グラフは Concentration（濃度）、Copy Number（コピー数）、Ratio（比率）および Fractional Abundance（存在量比）で利用できます。Dashboard 画面では表示されているプロットまたはグラフに応じたオプションを利用することができます。

取扱説明書 | 57

第5章

Data Analysis モジュールの概要

グラフの拡大または縮小
以下のウィンドウではグラフの拡大や縮小が可能です。


Dashboard

1D Amplitude

2D Amplitude

3D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

amplitude または確率分布グラフを最大サイズまで拡大すると、次に縮小するまで Well Selectorと Well Data テーブルは非表示になります。
グラフを拡大または縮小するには、

1.

グラフを全画面サイズにするには、グラフ右上の（
します。

2.

元のサイズに縮小するには（）アイコンをタップまたはクリック）アイコンをタップまたはクリックします。

58 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション

グラフ表示を設定する
Chart Display 設定では主にフォントサイズと位置を調節できます。各設定項目の説明と、それぞれが利用できるウィンドウを表 14 にまとめます。
表 14 グラフ表示の設定
設定項目

ウィンドウ

内容

Channel or Dye

1D Amplitude
2D Amplitude
3D Amplitude

Axis Data Label Size

1D Amplitude
2D Amplitude
3D Amplitude
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance
Event Counts
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance
Event Counts
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional AbundanceConcentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance

グラフのタイトルにチャンネルまたは色素のいずれを使用するか選択します。Channel を選択すると、チャンネル番号がグラフのタイトルとして表示され、Dye を選択すると、
FAM、HEX、Cy5 または Cy5.5 がタイトルとして表示されます。
軸のデータラベルに別のフォントサイズを選択します。

Chart Data Label
Size

Chart Marker Size

Chart Marker Label
Position

グラフのデータラベルに別のフォントサイズ
を選択します。

グラフマーカーに別のフォントサイズを選択します。
マーカーラベルの位置を変更します。

取扱説明書 | 59

第5章

Data Analysis モジュールの概要

グラフ表示を設定するには、
1.

Chart Display ボタンをタップまたはクリックします。

2.

希望のオプションを選択します。
選択した内容が直ちに反映され、表示が変わります。

3.

以下のいずれかを実行します。


変更をデフォルトの設定として保存する場合は、自身のデフォルトとして Save をタッ
プまたはクリックします。成功のメッセージが表示されれば、OK をタップまたはクリックしてダイアログを閉じます。



設定を保存せずにメニューを閉じるには、グラフ画面のどこかをタップまたはクリッ
クします。

グラフスケールのオプションを選択する
グラフスケールのオプションでは主にグラフスケールの表示を調節します。

各オプションの内容と、それぞれが利用できるウィンドウを表 15 にまとめます。

60 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション

表 15 グラフスケールのオプション
オプション

内容

Scale

すべてのグラフのオプションに表示されます。
Scale オプションによってグラフデータの数値の範囲が決まります。
Auto- デフォルトによる選択。QX ONE ソフトウェアはデータ分布に適合するスケールを自動で表示します。
Fixed- Fixed を選択すると Axis フィールドが有効になり、目盛の範囲と間隔を手動で調整できます。
すべてのグラフのオプションに表示されます。
Axis フィールドが有効になると、各軸のデータ表示の最小値（Min）と最大値（Max）ならびに目盛の間隔（Incr）を手動で調整することがで
きます。
X- 横軸
Y- 縦軸
注：x 軸スケールの変更は 2D Amplitude グラフでのみ可能です。
Concentration グラフのオプションにのみ表示されます。
ドロップダウンリストの Channel 2 濃度、比率、コピー数または存在量比（%）から選択でき、2 番目の y 軸にそれぞれのデータを表示することができます。
すべての確率分布グラフ（Concentration、Copy Number、Ratio およびFractional Abundance）のオプションに表示されます。
Log チェックボックスを選択すると、10 を底とする対数フォーマットで
y 軸が表示される。
注：Concentration グラフでは 2 番目の y 軸に Log を選択することもできます。
Ratio および Fractional Abundance のオプションにのみ表示されます。
Inverse オプションは、足して 2 になる Ratio データポイントの逆の数に等しく、足して 100 になる Fractional Abundance データポイントの逆の数に等しくなります。
すべての確率分布グラフのオプションに表示されます。
データラベルはデフォルトによってグラフのポイントごとに表示されますが、チェックボックスを解除するとラベルは表示されません。
すべてのグラフのオプションに表示されます。
デフォルトによってグリッド線が表示されますが、チェックボックスを解除すると、これらは表示されません。

Axis

Secondary Y Axis

Log

InverseData labels

Grid Lines

取扱説明書 | 61

第5章

Data Analysis モジュールの概要

グラフスケールのオプションを選択するには、
1.

グラフ左上の（します。

）アイコンをタップまたはクリックして、利用できるオプションを表示

2.

グラフスケールを手動で設定するには、Fixed を選択します。
注：Auto がデフォルト設定です。

3.

Min、Max および Inc のフィールドで y 軸の下限値、上限値および目盛の間隔を入力します。
2D Amplitude については、x 軸のスケールも変更できます。
注：目盛間隔は Log チェックボックスのチェックが外れていないと入力できません。

4.

Concentration については 2 番目の y 軸表示のオプションを選択します。10 を底とする対数スケールに y 軸のスケールを変更するには、Log チェックボックスを選択します。

5.

Ratio および Fractional Abundance のグラフで逆数を表示するには、Inverse チェックボッ
クスを選択します。

6.

データラベルやグリッド線を表示しない場合は、Data Labels または Grid Lines のチェックを外します。

62 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション

グラフのメニューオプションを使用する

グラフのメニューオプションを表 16 で説明します。
表 16 グラフのメニューオプション
オプション

内容

Copy
Save Image as

グラフを画像ファイルとしてコピーし、MS Word ファイルなどの別のドキュメントに貼り付けることができます。
グラフを画像ファイルとして保存します。

Print

画像を印刷します。

Show Point Values

データポイントにマウスポインターを置くと、それぞれの数値が表示されます。

Tips：Show Point Values チェックボックスを選択すると、データを見ることができます。

取扱説明書 | 63

第5章

Data Analysis モジュールの概要

グラフのメニューオプションは以下のウィンドウで利用することができます。


1D Amplitude

2D Amplitude

3D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

グラフのメニューオプションを使用するには、
1.

Well Selector でウェルを選択します。

各ウェルのデータが Well Data テーブルと関連グラフに表示されます。

64 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション2.

グラフ右上のメニューアイコン（から選択します。
）をタップまたはクリックし、ドロップダウンリスト

Clipboard にグラフをコピーするには Copy を選択します。
注：データを貼り付けるには、貼り付け先（Word ファイルなど）に移動してから右クリックして、Paste を選択します。

3.



ファイルを保存するには、Save Image As を選択し、画面の指示に従います。



画像を印刷するには、Print を選択し、画面の指示に従います。

画面のどこかをタップまたはクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

表のメニューオプションを使用する

表のメニューオプションを表 17 で説明します。
表 17 表のメニューオプション
オプション

内容

Copy

選択したウェルの情報をコピーします。

Export to Excel

データを.xlsx ファイルにエクスポートします。

Export to CSV

データを.csv ファイルにエクスポートします。

取扱説明書 | 65

第5章

Data Analysis モジュールの概要

表 17 表のメニューオプション（続き）
オプション

内容

Show/Hide Columns

表の表示に列を追加したり、表示から列を削除したりします。
Show/Hide Columns を選択すると、下記のダイアログボックスが開きます。チェックボックスの選択／解除によって、データテーブルの列の表
示／非表示を指定します。

66 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析画面とアウトプットのオプション

表のメニューオプションは以下のウィンドウで利用することができます。


1D Amplitude

2D Amplitude

3D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

Tips：メニューアイコンには個々のウィンドウ、もしくは Dashboard 画面のウィンドウからアクセスすることができます。
表のメニューオプションを使用するには、
Data Table でこれらのオプションを使用する場合は、ステップ 3 に進みます。
1.

Well Selector でウェルを選択します。

それぞれのウェルのデータが Well Data テーブルに表示されます。

取扱説明書 | 67

第5章

2.

Data Analysis モジュールの概要

表の右上のメニューアイコン（
ら選択します。
）をタップまたはクリックし、ドロップダウンリストか選択したウェルのデータを Clipboard にコピーするには Copy を選択します。
注：データを貼り付けるには、貼り付け先（Excel ファイルなど）に移動してから右クリックして、Paste を選択します。



データをエクスポートするには、Export to Excel または Export to CSV を選択し、画面の指示に従ってファイルを保存します。
注：Exporting to Excel はデータをスプレッドシートフォーマットでエクスポートし、Exporting to CSV はカンマ区切りフォーマットでエクスポートします。



3.

表の列を表示または非表示にするには、Show/Hide Columns を選択した後、チェックボックスを選択または解除します。

画面のどこかをタップまたはクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

Plate View ウィンドウ
QX ONE ソフトウェアの Analysis モジュールでは以下のウィンドウを開くことができ、これらには Run のすべてのウェルのデータが含まれます。


Plate Editor（解析ビュー）- Run に含まれる各ウェルの実験の種類、サンプル名、サンプルの種類、スーパーミックスおよびアッセイの種類が表示されます（Template Setup のPlate Editor と同様）。



Plate View-



2D Plate View-

処理された各ウェルの濃度値がテキストフォーマットで表示されます。
各ウェルの 2 次元 amplitude グラフが表示されます。

68 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plate View ウィンドウ

Plate Editor – 解析ビュー
Analysis モジュールの Plate Editor タブを使用してウェルを選択し、実験パラメータを見たり、変更したりすることが可能です。他の Plate Editor と同じく、Analysis Plate Editor にも Run に含まれる各ウェルの実験情報が表示されます。

重要：スーパーミックス以外のすべてのフィールドの変更が可能です。
Analysis Plate Editor で選択するウェルによって、他の解析ウィンドウで最初に表示されるデー
タが決まります。

取扱説明書 | 69

第5章

Data Analysis モジュールの概要

Plate View
Plate View タブを選択すると、プレートレイアウトのグリッド内に Run で処理された各ウェルの各ターゲット濃度計算値がテキストで表示されます。グラフフォーマットの濃度データについては p.102 の「濃度」を参照してください。

70 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析ウィンドウ

2D Plate View
処理済みのウェルの amplitude を比較しやすくするため、Plate 2D タブではウェルごとに別のグラフで二次元 amplitude データを表示することができます。ウェルのグラフを大きく表示するには、2D Amplitude ビューでこのウェルを選択します。

解析ウィンドウ
Analysis モジュールでは、amplitude 表示と確率分布グラフを見ることができます。
Amplitude グラフ
Amplitude グラフはドロップレットを色素の蛍光強度で示します。下記の解析ウィンドウでは、
FAM、HEX/VIC、Cy5 および Cy5.5 の蛍光色素によって同定されたポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの蛍光強度が表示されます。


1D Amplitude

取扱説明書 | 71

第5章

Data Analysis モジュールの概要



2D Amplitude

3D Amplitude

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）
確率分布グラフはポジティブドロップレットの濃度に基づく計算結果を示します。下記の解析ウィンドウでは、サンプルごとに各蛍光色素のポジティブドロップレットとネガティブドロップレ
ットの数を計測した後、ポジティブドロップレットの割合をポアソン分布に当てはめて、ターゲ
ット DNA 分子の初期濃度をコピー数/μl の単位で求めます。
Concentration（濃度）Copy Number（コピー数）



Ratio（比率）Fractional Abundance（存在量比（%））

QX ONE ソフトウェアで解析データファイルを開き、グリッド内の 1 つまたは複数のウェルを選択すると、算出されたポアソン確率分布の平均値がデータポイントとしてグリッド内にプロットされます。データポイントにマウスポインターを合わせると、high、median および low number
を見ることができます。
注：68%または 95%（デフォルト設定）の信頼水準を用いてデータを表示することもできます。
イベント数
イベント数はターゲットが認められた（ポジティブ）ドロップレットの数と認められなかった（ネガティブ）ドロップレットの数を記録します。Event Counts タブは、選択されたウェルごとに各ターゲットのポジティブ、ネガティブおよび全ドロップレットの数を棒グラフで表示します。
詳細は第 6 章「データ解析方法」を参照してください。

データウィンドウ
QX ONE ソフトウェアはウェルと Run のデータを表形式で示します。


Data Table- 左側のメインタブから利用でき、ユーザーが設定した実験パラメータに加えて、Run のすべての計算結果が表示されます。
注：個別（individual）ウェルフォーマット、統合（merged）フォーマットまたはその両方でのデータ表示が可能です。



Plate Well Data Table- Analysis モジュールの Plate Editor に含まれるプレートセットア
ップウィンドウで利用でき、個々のウェルの設定情報のみが表示されます。



Analysis Well Data Table- Analysis モジュールで利用でき、Well Selector で選択したウェルの設定と Run データのサブセットが表示されます。

72 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

データウィンドウ

Data Table タブ閾値設定ツールまたは手動によるクラスタリングツールによってドロップレットのクラスターが特定されると、Data Table ウィンドウには各ウェルに含まれる各ターゲットのデータが列で表示されます。

Data Table の列の定義
表 18 に Data Table の各フィールドの定義をまとめます。
表 18

Data Table の列

列名

内容

Well

プレート内のウェルの位置
注：本装置には 96 ウェルプレートしか使用できません。

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4

各ウェル内のサンプルを記述する単語または語句
注：プレートレイアウトビューには Sample description 1のデータしか表示されませんが、ウェルにマウスポインタ
ーを合わせると、入力されているすべてのサンプル記述情報がツールチップに表示されます。
Plate Editor タブからのターゲット名

TargetConc(copies/μl)

μl あたりのコピー数として記録されたターゲット分子の濃度

取扱説明書 | 73

第5章

Data Analysis モジュールの概要

表 18

Data Table の列（続き）

列名

内容

Molecular Weight (pg/μl)

ddPCR ウェル内の DNA の質量濃度（単位 pg/μl）

StatusCheck、OK、Multi または Manual のいずれかが表示されます。
 Check の場合は、ウェルの自動解析に失敗したか、ウェル内のドロップレット数が 1 万個に満たなかったことを示します。
 OK の場合は、自動解析に十分な数のドロップレットが計測されたことを示します。
 Multi の場合は、マルチウェル選択の一部としてデータが自動解析されたことを示します。
 Manual の場合は、ドロップレットが手動で解析されたことを示します。
状況の理由の説明（自動解析の失敗、ドロップレット数の不足またはドロップレットの手動解析）

Status Reason
Experiment

Plate Editor でウェルに選択された実験の種類

SampleType

Plate Editor でウェルに選択されたサンプルの種類

TargetType

Plate Editor で各色素（FAM、HEX または VIC、Cy5 およびCy5.5）が選択されたターゲットの種類

Supermix

Plate Editor でウェルに選択されたスーパーミックス

DyeName(s)Plate Editor でウェルのチャンネル 1、2、3 および 4 に割り当てられた色素

Copies/20μlWell

体積 20 μl で正規化したターゲットの濃度

TotalConfMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのターゲット濃度

TotalConfMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのターゲット濃度

PoissonConfMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化最大ターゲット濃度

PoissonConfMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバー正規化最小ターゲット濃度

Accepted Droplets

品質アルゴリズムによって許容されるドロップレットの総数74 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

データウィンドウ

表 18

Data Table の列（続き）

列名

内容

Positives

ターゲットを含むドロップレットの数

Negatives

ターゲットを含まないドロップレットの数

Ch1+Ch2+

チャンネル 1 とチャンネル 2 の両方のターゲットを含むドロップレットの数

Ch1+Ch2-

チャンネル 1 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch1-Ch2+

チャンネル 2 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch1-Ch2-

チャンネル 1 とチャンネル 2 のいずれのターゲットも含まないドロップレットの数

Linkage過剰に存在するターゲットのコピー数を予測値と比較して表示（単位コピー数/μl）

CNV

リファレンスに対するターゲットのコピー数の計算値

TotalCNVMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのコピー数

TotalCNVMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのコピー数

PoissonCNVMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化最大コピー数

PoissonCNVMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーの正規化最小コピー数

ReferenceCopies

Plate Editor のリファレンスターゲットに指定されたコピー
数

UnknownCopies

本フィールドは QX ONE ソフトウェアでは現在使用されていません。

Threshold1

左から右および下から上への 1 本目の閾値線の閾値Threshold2

左から右および下から上への 2 本目の閾値線の閾値Threshold3

左から右および下から上への 3 本目の閾値線の閾値

取扱説明書 | 75

第5章

Data Analysis モジュールの概要

表 18

Data Table の列（続き）

列名

内容

ThresholdSigmaAbove

ネガティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるネガティブクラスターの平均値からの閾値の距離

ThresholdSigmaBelow

ポジティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるポジティブクラスターの平均値からの閾値の距離

ReferenceUsed

リファレンスとして使用されたターゲットの特定

Ratio

リファレンスに対するターゲットの比率

TotalRatioMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの比率の高いエラーバー
ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの比率の低いエラーバー
95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最大比率
95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーの正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最小比率
リファレンスターゲットに対する未知ターゲットの存在量比（%）の計算値

TotalRatioMin

PoissonRatioMax

PoissonRatioMin

FractionalAbundance
TotalFractionalAbundanceMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーの存在量比（%）

TotalFractionalAbundanceMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーの存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化最大存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小存在量比（%）

MeanAmplitudeOfPositives

ターゲットを含むすべてのドロップレットの平均
amplitude 値

76 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

データウィンドウ

表 18

Data Table の列（続き）

列名

内容

MeanAmplitudeOfNegatives

ターゲットを含まないすべてのドロップレットの平均
amplitude 値

MeanAmplitudeTotal

すべてのドロップレットの平均 amplitude 値

ExperimentComments

コメントが追加された場合、このフィールドにはQuantaSoft ver. 1.4～1.7 で作成されたファイルからのデー
タのみが入力されます。
統合（マージ）されたウェルを特定

MergedWells
TotalConfidenceMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのターゲット濃度

TotalConfidenceMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのターゲット濃度

PoissonConfidenceMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化最大ターゲット濃度

PoissonConfidenceMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化最小ターゲット濃度

TotalCNVMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのコピー数

TotalCNVMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのコピー数

PoissonCNVMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化した最大コピー数

PoissonCNVMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小コピー数

TotalRatioMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの高いエラーバー
比率
ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの低いエラーバー
比率

TotalRatioMin68

取扱説明書 | 77

第5章

Data Analysis モジュールの概要

表 18

Data Table の列（続き）

列名

内容

PoissonRatioMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最大比率
68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最小比率
ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーの存在量比（%）

PoissonRatioMin68

TotalFractionalAbundanceMax68
TotalFractionalAbundanceMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーの存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化した最大存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小存在量比（%）

TiltCorrected

ウェルに傾き補正機能が適用されたかどうかを示す。
注：傾き補正機能は、2 つのシングルポジティブクラスターの重心がダブルネガティブクラスターの重心と直交するよ
うに、ダブルネガティブクラスターの重心から各ドロップ
レットへの角度を回転させます。

Plate Well Data Table
Plate Editor から Well Data テーブルを含むウィンドウにアクセスでき、このウィンドウにはサンプルを含むすべてのウェルの設定および Run の情報が表示されます。
注：この表は編集できません。

78 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

データウィンドウ

表 19

Plate Well Data Table の列

列名

内容

Well

ウェル番号（A01～H12）

Perform Droplet Reading

ウェルを読み取る場合は Yes
読み取らない場合は No

Experiment Type

Plate Editor で選択された実験の種類
 Direct Quantification（DQ：直接定量）
 Copy Number Variation（CNV：コピー数多型）
 Mutation Detection（MUT：突然変異検出）
 Rare Event Detection（RED：レアイベント検出）
 Drop-off（DOF：ドロップオフ）
 Gene Expression（GEX：遺伝子発現） Residual DNA Quantification（RDQ：残存 DNA 定量）

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4

Plate Editor で入力された各サンプルを識別するための単語
または語句
注：ウェルごとにサンプルの説明を 4 種類まで入力することができます。

Sample Type

Plate Editor で選択されたサンプルの種類
 Unknown（未知） No template control（NTC）
 Positive control（Pos-Ctrl：陽性コントロール） Negative control（Nrg-Ctrl：陰性コントロール）

Supermix Name

Plate Editor で選択されたスーパーミックス
 ddPCR Multiplex Supermix
 ddPCR Supermix for Probes (no dUTP)
 ddPCR Supermix for Probes
 ddPCR Supermix for Residual DNA Quantification
 One-Step RT-ddPCR Advanced Kit for Probes

取扱説明書 | 79

第5章

Data Analysis モジュールの概要

表 19

Plate Well Data Table の列（続き）

列名

内容

Plex Mode

Plate Editor で選択されたアッセイ手法
 Single Target per Channel
 Amplitude Multiplex
 Probe Mix Triplex
 Advanced Classification Method

Target Name

Plate Editor タブで入力されたターゲット名

Target Type

Plate Editor タブで選択されたターゲットの種類

Signal Channel 1

FAM 蛍光色素

Signal Channel 2

HEX または VIC 蛍光色素

Signal Channel 3

Cy5 蛍光色素

Signal Channel 4

Cy5.5 蛍光色素

Reference Copies
Well Notes

Plate Editor タブでリファレンスターゲットに指定されたコ
ピー数
ユーザーによる入力情報

Plate Notes

ユーザーによる入力情報

Plot?

選択すると、ウェルのコピー数の計算にターゲットが使用されます。
ウェルの残存 DNA 定量の換算係数

RDQ Conversion Factor

注：RDQ は残存 DNA 定量実験でのみ利用可能です。

Analysis Well Data テーブル
解析ウィンドウでは、Well Selector の横に設定内容と Run データの両方を含むウェルデータテーブルが表示されます。この表には、最初に Plate Editor で選択したウェル、またはその後にWell Selector で選択したウェルのみのデータ列の一部が表示されます。

80 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

データウィンドウ

この統合表の各列の内容を表 20 にまとめます。
表 20

Analysis Well Data テーブルのフィールド

列名

内容

Well

サンプルが含まれるプレート内のウェルの位置

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4
TargetPlate Editor タブでウェルを識別するために使用されたサンプ
ル名Conc (copies/µl)

ポアソン分布の計算法を用いて求められた濃度

StatusExperiment

クラスターが同定されたか否か、ならびに使用された方法は何か（手動または自動解析）を示します。
Plate Editor からの実験の種類

SampleType

Plate Editor からのサンプルの種類

TargetType

Plate Editor でターゲットに割り当てられたターゲットの種類

Supermix

Plate Editor からのスーパーミックス

DyeName(s)Accepted Droplets

Plate Editor でターゲットのチャンネル 1、チャンネル 2、チャンネル 3 およびチャンネル 4 に割り当てられた蛍光色素
品質アルゴリズムによって許容されたドロップレットの総数

Positives

ターゲットを含むドロップレットの数

Negatives

ターゲットを含まないドロップレットの数

Plate Editor タブからのターゲット名

取扱説明書 | 81

第5章

Data Analysis モジュールの概要

ランとロットの情報を見る
Run Information ウィンドウでの使用ロットの表示については「Run Information Output でロットを表示する」を参照してください。
Run Information ウィンドウを使用して、ランに関する以下の情報を見ることができます。


装置、プレートおよびプロトコールの識別コードならびに処理ウェルの数使用したスーパーミックスおよびオイル

追加処理回数

GCR96 カートリッジ、QX ONE Droplet Generation Oil および QX ONE Droplet Reader Oilの使用ロット
注：この情報はロットの在庫管理に利用できます。



サーマルサイクリング温度データ

さらに、プレートに関するポスト Run ノートの閲覧や追加も可能です。

82 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 6 章 データ解析方法
第 5 章「データ解析モジュールの概要」に要約したように、本ソフトウェアは数種類のフォーマットで解析データを提示します。Analysis モジュールでデータファイルを開くと、データとともに自動解析閾値と計算結果を見ることができ、結果の再計算や再プロット、色の変更などのオプションを選択することもできます。
データは以下のフォーマットで表示されます。
Amplitude では、各ウェルのドロップレットを散布図、1 次元、2 次元または 3 次元ビュー
で表示します。



統計モデルでは、選択した誤差モデルと信頼区間に基づき、ターゲット分子濃度の推定値に加え、別のターゲットに対する比率および存在量比（%）が表示されます。
注：CNV 実験を実行した場合は、コピー数多型も計算されます。



イベント数は、各ウェルに存在する各ターゲットのポジティブドロップレットとネガティ
ブドロップレットの正確な数を表します。

Amplitude プロット解析のオプション
QX ONE ソフトウェアでは、3 種類の amplitude プロット表示が可能であり、データとともに自動設定閾値を見ることができ、別のオプションを選択して結果の再プロットや色の変更を行うことも可能です。
1D amplitude プロットおよび 2D amplitude プロットでは以下の作業が可能です。


ウェルの計算結果を表示する。
注：1D amplitude プロットは選択された各ウェルのデータをそれぞれのセクションに表示しますが、2D amplitude プロットは選択されたすべてのウェルのデータをまとめて表示します。

閾値を変更する。



ヒートマップでデータを表示する。



ヒストグラムを表示する。



自動解析を再度適用する。



自動解析に傾き補正を適用する。

取扱説明書 | 83

第6章

データ解析方法

3D amplitude プロットでは以下の作業が可能です。


3D 方向のドロップレットの表示を改善するためにプロットを回転させる。



1D または 2D amplitude プロットで設定した閾値を表示する。

クラスターまたはヒートマップで 3D ドロップレットの後ろに 2D データを表示する。

1D および 2D amplitude プロットの両方で利用できる解析オプションを表 21 にまとめます。
表 21
アイコン

1D および 2D amplitude ツールオプション
モード

ビューモードヒートマップ自動解析

傾き補正付き自動解析

リセット
グラフ表示のオプション

内容
QX ONE ソフトウェアによって割り当てられた
閾値やクラスターとともにデータが表示されます。
このアイコンを選択すると、画面がロックされ、閾値を変更できなくなります。
ドロップレットの分布を示します。ドロップレ
ットの密度が高いほど高温として表示されます。
傾き補正機能を無効化した状態でデータを再度、自動解析します。
傾き補正機能を有効化し、データを再度、自動解析します。
注：傾き補正機能は 2 つのシングルポジティブ
クラスターの重心がダブルネガティブクラスタ
ーの重心と直交するように、ダブルネガティブ
クラスターの重心から各ドロップレットへの角
度を回転させます。
データを元の自動解析データにリセットします。
軸にチャンネル番号または蛍光色素を表示するかを選択し、軸マーカー、データラベルおよび
軸ラベルの大きさを変更します。

84 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Amplitude プロット解析のオプション

1D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 22 にまとめます。
表 22
アイコン

1D amplitude ツールオプション
モード

内容

閾値、単一ウェル1D amplitude プロットでは、単一または複数のウェルについて手動で閾値を入力することができます。
プロット内のどこかをタップまたはクリックし、データに閾値線を加えます。

閾値、複数ウェル

閾値を調整するには、

閾値、単一ウェル SD プロットエリアで線を水平にドラッグする。
 各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。
 上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。
単一または複数のウェルについて、QX ONE ソフトウェ
アが閾値と標準偏差（SD）を自動で計算し、入力します。

閾値、複数ウェル SD
重要：RMD ではクラスターは通常、互いに直交しない
ため、SD 閾値は推奨されません。

ヒストグラムの表示

注：SD 閾値は、ポジティブターゲットの平均値よりも低く、ネガティブターゲットの平均値よりも高い位置にに設定されます。プロット内のクリックした場所を起点とし、分類誤差が最小限になるように、SD によってポジティブクラスターとネガティブクラスターの間に閾値の位置が決定されます。
データをヒストグラムプロットで表示することができます。

取扱説明書 | 85

第6章

データ解析方法

2D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 23 にまとめます。
表 23
アイコン

2D amplitude ツールオプション
モード

内容

閾値線

Threshold line アイコンを使用すると、ペアのチャンネ
ルの閾値を確立でき、ドロップレットを色の異なる別のクラスターに分けることができます。
プロット内のどこかをタップまたはクリックし、データに閾値線を加えます。
閾値を調整するには、

閾値線、SD プロットエリアで線を水平または垂直にドラッグする。
 各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。
 上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。
QX ONE ソフトウェアが閾値線と標準偏差（SD）を自動で計算し、入力します。
重要：RMD ではクラスターは通常、互いに直交しない
ため、SD 閾値は推奨されません。
注：SD 閾値はポジティブターゲットの平均値よりも低
く、ネガティブターゲットの平均値よりも高い限界値で設定されます。プロット内のクリックした場所を起点とし、分類誤差が最小限になるように、SD によってポジ
ティブクラスターとネガティブクラスターの間に閾値の位置が決定されます。

86 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Amplitude プロット解析のオプション

アイコン

モード

内容

閾値、クラスタースクエア

Threshold Cluster アイコンを使用すると、ペアのチャン
ネルの閾値を確立でき、ドロップレットを色の異なる別のクラスターに分けることができます。

閾値、クラスターサークル
閾値、クラスター
自由形

ドロップレットを分類するには
 3 つの Threshold Cluster Mode ボタン（スクエア、
サークルまたは自由形）のいずれかをタップします。

選択した形でドロップレットのクラスターを囲みます。
注：クラスターモードツールを用いてドロップレットのクラスターを囲む際には、ターゲット別に色が表示されたダイアログボックスがウィンドウに現れ、正しいター
ゲットの組み合わせを選ぶことができます。

プレートのセットアップで指定されたシグナル値に基づき 2 つの軸にターゲット名が表示されます。ドロップ
レットを各ターゲットのポジティブまたはネガティブに自動で分類するために選択したクラスターの位置に最も近い色つきボックスをタップまたはクリックします。
注：Cluster ダイアログボックスの表示は plex モードによって異なります。
3D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 24 にまとめます。

取扱説明書 | 87

第6章

データ解析方法

表 24

3D amplitude ツールオプション

アイコン

モード

内容

データの可視化のためのオプションを含むドロップダウンメニュー

3D ドロップレット、3D クラスターの後ろの 2D amplitude データ、閾値および 2D カラーのオプションを表示します。

軸のタイトル

軸にチャンネル番号または蛍光色素名を表示するかどうかを選択します。

リセット

表示の方向をデフォルトにリセットします。

88 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

1D amplitude

1D amplitude
1D amplitude 解析ウィンドウを使用すると、Well Selector で選択した各ウェルのドロップレッ
トの amplitude がチャンネル別に取得順で表示されます。

1D amplitude プロットは、
測定されたすべてのドロップレットを対象に、各ウェル内のポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを視覚的に表します。
ポジティブドロップレットはカラーで表示され、ネガティブドロップレットはグレースケー
ルで表示されます。Well Selector では、QX ONE ソフトウェアが自動でドロップレットデータの閾値設定を行ったウェルに A が表示されます。手動で閾値を設定した場合には、閾値を変更したウェルに M が表示されます。

取扱説明書 | 89

第6章



データ解析方法

amplitude のヒストグラムプロット
ヒストグラムは、選択した各ウェルまたはウェルのグループごとに所定の fluorescence
amplitude を示したドロップレットの度数を表示します。チャンネル 1（FAM）のヒストグ
ラムは青で、チャンネル 2（HEX/VIC）のヒストグラムは緑で表示されます。

注：ヒストグラムアイコンはデフォルトで有効化されているため、蛍光色素（チャンネル）ごとに自動でヒストグラムプロットが表示されます。
Amplitude のヒートマップビュー

1D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更およびヒートマップとヒストグラムの表示／非表
示ができるツールバーオプションがプロットの上に現れます。

90 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

1D amplitude

注：各ツールオプションの詳細は p.83 の「Amplitude プロット解析のオプション」を参照してください。
1D amplitude プロットのデフォルトの色の割り当ては以下のとおりです。
FAM ポジティブ
HEX ポジティブ
Cy5 ポジティブ
Cy5.5 ポジティブ
ネガティブ

=
=
=
=
=

青
緑
赤
紫
グレー

本セクションの図は 4 種類のターゲットについて分析した直接定量実験のデータを表していま
す。





FAM プロット（チャンネル 1 の FAM 色素）は 1 つめのターゲットのポジティブドロップ
レットを青色で示します。
HEX プロット（チャンネル 2 の HEX 色素）は 2 つめのターゲットのポジティブドロップ
レットを緑色で示します。
Cy5 プロット（チャンネル 3 の Cy5 色素）は 3 つめのターゲットのポジティブドロップレ
ットを赤色で示します。
Cy5.5 プロット（チャンネル 4 の Cy5.5 色素）は 4 つめのターゲットのポジティブドロッ
プレットを紫色で示します。

ネガティブドロップレットは各プロットにグレースケールで表示されます。

十分な数のドロップレットが認識された実験では、ポジティブドロップレットとネガティブドロ
ップレットを区別する amplitude 閾値が自動で設定されます。
注：ドロップレットをポジティブとみなす閾値をソフトウェアが自動計算するには、ウェルデー
タが一定の品質基準（ドロップレット 1 万個以上）を満たしている必要があります。ポジティ
ブドロップレットとネガティブドロップレットを正しく定量するために、手動閾値設定ツールを利用することもできます。

取扱説明書 | 91

第6章

データ解析方法

デフォルトによってヒストグラムアイコン（）が有効化されるため、amplitude プロットとともにヒストグラムプロットも自動で表示されます。

閾値を手動で調整するには、
1.

1 つまたは複数のウェルを選択します。

2.

いずれかの閾値アイコン（ます。

）をタップまたはクリックし、手動で閾値を設定し

単一ウェルの通常閾値：複数のウェルの場合、ウェルごとに別の閾値を設定することが
できます。



複数ウェルの通常閾値：選択したすべてのウェルに同じ閾値を設定することができます。



単一ウェルの標準偏差閾値：複数のウェルの場合、ウェルごとに別の閾値を設定することができます。



複数ウェルの標準偏差閾値：選択したすべてのウェルに同じ閾値を設定することができます。

3.

新しい閾値を加えたいプロット内の場所をタップまたはクリックします。

4.

閾値線が表示されたら、上向きまたは下向きの矢印を使用するか、閾値をクリック・アンド・
ドラッグして、位置を調整します。

92 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

1D amplitude

QX ONE ソフトウェアは手動で設定された閾値を表示し、閾値より上にあるドロップレッ
トの色を変更します。
注：閾値の数値を手動で入力することもできます。
閾値を手動で変更すると、ウェルセレクターには Automatic（自動）の A の代わりに Manual（手動）の M が表示されます。

5.

（オプションとして）自動閾値にリセットするには、Auto をタップまたはクリックします。

6.

（オプションとして）傾き補正を考慮に入れて自動閾値を調整するには、Auto with Tilt をタップまたはクリックします。

7.

（オプションとして）すべてを元の表示に戻すには、Reset をタップまたはクリックします。

プロットデータのヒートマップを見るには、（）アイコンをタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 93

第6章

データ解析方法

2D amplitude
2D Amplitude ウィンドウには、Plate Editor の解析ビューで選択されたウェルについて、4 種類のターゲットの蛍光強度が表示されます。

2D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更、ウェルの手動クラスタリングおよびヒートマッ
プの表示／非表示ができるツールバーオプションがプロットの上に現れます。デフォルトにより、左側のプロットはチャンネル 1 とチャンネル 2 のデータ、右側のプロットはチャンネル 3 とチャンネル 4 のデータを表しますが、これらの組み合わせはプロットの左上で変えることができます。各ツールバーオプションの詳細は p.83 の「Amplitude プロット解析のオプション」を参照してください。

注：各ツールバーオプションの詳細は p.83 の「Amplitude プロット解析のオプション」を参照
してください。
本セクションの図は 4 種類のターゲットについて分析した直接定量実験のデータを表しています。
2D amplitude プロットのデフォルトの色の割り当ては以下のとおりです。
FAM ポジティブ
HEX/VIC ポジティブ
FAM および HEX/VIC ポジティブ===

Cy5 ポジティブ=

青緑
オレンジ（モニターによっては茶色に見えることもあります）
赤94 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

2D amplitude

Cy5.5 ポジティブ
Cy5 および Cy5.5 ポジティブ
ネガティブ

=
=
=

紫
水色
グレー

注：ドロップレットをポジティブとみなす閾値をソフトウェアが自動計算するには、ウェルデー
タが一定の品質基準（ドロップレット 1 万個以上）を満たしている必要があります。ポジティ
ブドロップレットとネガティブドロップレットを正しく定量するために、手動閾値設定ツールを利用することもできます。
2D amplitude のツールを使用するには、
1.

Analysis モジュールでデータファイルを開いて、2D Amplitude タブを選択します。

2.

閾値線またはクラスターのオプションを選択します。
注：データが直交しておらず、閾値線によってドロップレットの集団を適切に分けられない
場合は、クラスターオプションを使用します。


閾値線を調整するには、閾値線の種類（）を選択してからプロット内をタップまたはクリックし、十字線を加えます。以下の方法のいずれかを使用します。


プロットエリアで線を水平または垂直にドラッグする。



各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。



上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。

クラスターオプションを用いて閾値を調整するには、クラスターの種類（を選択し、選んだ形状でドロップレットのクラスターを囲んで分類します。

）

取扱説明書 | 95

第6章

データ解析方法

3.

（オプションとして）自動閾値にリセットするには、Auto をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）傾き補正を考慮に入れて自動設定閾値を調整するには、Auto with Tilt
をタップまたはクリックします。

5.

（オプションとして）すべてを元の表示に戻すには、Reset をタップまたはクリックします。

96 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

3D amplitude

3D amplitude
3D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更、ウェルの選択および表示するチャンネルの選択ができるツールバーオプションがグラフの上に現れます。

ツールバーから選択されたウェルについて、3D amplitude プロットは 1 つのグラフに 3 つのターゲットを示します。

別の 3D amplitude 表示ツールを使用するには、
1.

Well を選択します。

2.

軸と色素のチャンネルを選択します。

3.

Show をタップまたはクリックすると、ドロップダウンメニューが現れます。

取扱説明書 | 97

第6章

4.

データ解析方法

3D ドロップレットの後ろに 2D amplitude データを表示するには、Show 2D オプションから 1 つまたは 2 つ以上選択します。
注：クラスターまたはヒートマップとしてデータを表示することができます。

5.

1D または 2D amplitude 画面で事前に設定した閾値を表示するには、Show thresholds オプションから 1 つまたは 2 つ以上選択します。
注：1D または 2D Amplitude のグラフで閾値を設定している必要があります。

98 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション

6.

グラフの方向をデフォルトに戻すには、Reset Display をタップまたはクリックします。

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション
QX ONE ソフトウェアはオリジナルの計算によるデータをグラフに表示しますが、別のオプシ
ョンを選択して結果を再計算することもできます。
統計的確率分布を表すグラフでは、以下の作業が可能です。


個別または統合したウェルのデータを表示する。



誤差モデルと信頼区間を変更する。

注：イベント数については、ビューモードを変えてポジティブ、ネガティブまたはすべてのドロップレットの数を表示することもできます。

取扱説明書 | 99

第6章

データ解析方法

利用できるオプションを表 25 にまとめます。
表 25 確率分布グラフのグラフツールオプション
アイコン

モード

内容

Show both

選択されたすべてのウェルを統合して計算した総数
またはパーセンテージと、選択された各ウェルを個別に計算して得られた総数またはパーセンテージを表示します。
選択された同一パラメータのすべてのウェルを統合して計算した総数またはパーセンテージを表示します。
注：ソフトウェアがウェルをマージする前に、ウェルのセットアップが各ウェルに一致する必要があります。
選択された各ウェルを個別に計算して得られた総数
またはパーセンテージを表示します。

統合解析表示個別解析表示x 軸のウェル

x 軸にウェル番号を表示します。

x 軸のサンプル

x 軸にサンプル名の一部とチャンネル番号を表示します。

誤差モデルと信頼区間

注：Well と Sample は同時に選択できます。
誤差モデルと信頼水準を選択します。デフォルトの設定は結果の信頼性を最大にするため、誤差モデル
はポアソン、信頼区間は 95%です。

重要：ソフトウェアは計算に下記の乗数を使用します。
 95%信頼区間にはシグマ乗数 1.96
 68%信頼区間にはシグマ乗数 1.0

100 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

確率分布グラフ（Statistical Probability Chart）解析のオプション

Event Count ウィンドウで利用できる追加オプションを表 26 にまとめます。これらのオプショ
ンはイベント数のデータにしか利用できません。
表 26 イベント数の追加オプション
アイコン

モード

内容

ビューモードポジティブ

各ウェルのターゲット別のポジティブドロップレット
数を棒グラフで表示します。

ビューモードネガティブ

各ウェルのターゲット別のネガティブドロップレット
数を棒グラフで表示します。

ビューモードトータル

各ウェルの全ドロップレットの数を棒グラフで表示します。

取扱説明書 | 101

第6章

データ解析方法

濃度 Concentration
濃度解析では、デフォルト設定に基づきサンプル 1 μl あたりのターゲット分子のコピー数を測定します。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することもできます。
ツールバーオプションの詳細は p.99 の「確率分布グラフ解析のオプション」を参照してください。

以下の図には一連のウェルの濃度データを表示しています。

QX ONE ソフトウェアは各ターゲットの平均濃度をデータポイントとしてプロットします。データポイントにポインターを合わせると、信頼区間の最大値、中央値および最小値が表示されます。

102 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

濃度 Concentration

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

濃度の計算

式中の
-ln

負の自然対数

Vdroplet

ドロップレットの体積

Nneg

ネガティブドロップレットの数

N

ドロップレットの総数

信頼区間の計算
注：68%信頼区間を選択すると、乗数は 1.96 から 1.0 に変更されます。

式中のVdroplet

ドロップレットの体積

Nneg

ネガティブドロップレットの数

N

ドロップレットの総数

P

p 値（サンプル中にターゲットが検出される確率）Δ

デルタ

取扱説明書 | 103

第6章

データ解析方法

コピー数 Copy Number
重要：コピー数多型データを見るには、コピー数多型（CNV）ddPCR 実験を実行している必要があります。
コピー数解析ではゲノムあたりのターゲット遺伝子の数を計算するため、リファレンス遺伝子に対するターゲット遺伝子の推定数を求めます。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。 ツールバーオプションの詳細は p.99 の「確率分布グラフ解析のオプション」を参照してください。

以下の図には一連のウェルのコピー数データを表示しています。

QX ONE ソフトウェアは各コピー数多型をデータポイントとしてプロットします。データポイ
ントにポインターを合わせると、上限値、中央値および下限値が表示されます。

104 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

コピー数 Copy Number

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

NB

ゲノムに含まれるリファレンスコピー数（通常は 2）

注：
コピー数解析は、ターゲット DNA 配列のコピー数を不変のリファレンス DNA 配列との比較によって求めます。ゲノムに含まれる倍数性の変化（染色体の付加または欠失）、欠失（染色体の部分的欠如）あるいは重複（ターゲット配列の繰り返し）などの構造多型を求めるのに CNV 解析を使用します。
統計学的信頼性をもって連続するコピー数（CN）状態を識別できる能力は、コピー数評価において技術的な課題となっています。基本的に CN 状態が増えるほど、状態間でのターゲットゲノ
ム濃度の%差は減少します。例えば、所定のターゲット遺伝子座で CN 3 は CN 2 よりもゲノムあたりの濃度が 50%高いですが、CN 5 は CN 4 よりも 25%しか高くありません。
1 ウェルあたり最大 2 万個ものドロップレットという反応の膨大な分割に加え、ddPCR 濃度測
定法の絶対的な性質と精度により、ddPCR の CNV 解析は CN 3 を超える連続コピー数状態の区別に必要な定量的識別が可能です。例えば、CN 5 と CN 6 のサンプル間のターゲット濃度の 20%
差は、ddPCR を使用すれば再現性よく検出することができます。この識別能は連続 CN 状態間の濃度差のほか、ウェルあたりの DNA 量に依存します。

取扱説明書 | 105

第6章

データ解析方法

比率 Ratio
比率解析では、デフォルトの設定に基づきサンプル 1 μl に含まれる 2 つのターゲット分子の割合を求めます。
T1：T2
ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデ
ルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。ツールバーオプションの詳細はp.99 の「確率分布グラフ解析のオプション」を参照してください。

以下の図には一連のウェルの比率データを表示しています。

QX ONE ソフトウェアは各比率をデータポイントとしてプロットします。信頼区間の値を見るには、データポイントにポインターを合わせます。

106 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

存在量比（%） Fractional Abundance

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

注：リファレンスが選択されていない場合は、最大番号のチャンネルが自動的にリファレンスとみなされます。複数のリファレンスが選択されている場合は、幾何平均値が使用されます。

存在量比（%） Fractional Abundance
存在量比（%）の解析では、デフォルト設定に基づきサンプル 1 μl あたりのターゲットの相対的存在量を求めます。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりでき
るほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。ツールバーオ
プションの詳細は p.99 の「確率分布グラフ解析のオプション」を参照してください。

以下の図には一連のウェルの存在量比データを表示しています。

取扱説明書 | 107第6章

データ解析方法

QX ONE ソフトウェアは存在量比をデータポイントとしてプロットします。信頼区間の最大値と最小値を見るには、データポイントにポインターを合わせます。

本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

注：リファレンスが選択されていない場合は、最大番号のチャンネルが自動的にリファレンスとみなされます。複数のリファレンスが選択されている場合は、幾何平均値が使用されます。

108 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

イベント数 Event Counts

イベント数 Event Counts
Event Counts タブを選択すると、選択したウェル別に各ターゲットのポジティブドロップレッ
トとネガティブドロップレットの数が棒グラフで表示されます。

ツールバーを使用すれば、各ウェルのデータを統合したり分けたりすることによって表示を変更することができます。データの表示にウェル名やサンプル名を選択することができ、ポジティブ
ドロップレット、ネガティブドロップレットまたは全ドロップレットの数を自由に組み合わせて表示することもできます。

取扱説明書 | 109

第6章

データ解析方法

110 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 7 章 解析モジュールのレポート機能
Reporting 機能を使用して、QX ONE ソフトウェア Analysis モジュールで様々なレポートを作成することができます。
解析ファイルからその場でレポートを作成することもできますが、所定のレポートを定期的に作成する必要がある場合は、繰り返し利用できるようにレポートテンプレートを設定しておくことも可能です。
本章では、利用可能なレポートの要素、解析レポートの作成方法およびレポートテンプレートの作成方法について説明します。

レポートの要素
QX ONE ソフトウェアでは、Run とデータに関する以下の要素のいずれかまたは全部に関するレポートを作成することができます。

Run Setup

Plate Setup（プレートのセットアップ）
Well（ウェル）Perform droplet generation（ドロップレット作製の実施）

Perform droplet reading（ドロップレット読み取りの実施）

Experiment type（実験の種類）

Sample description 1, 2,3, and 4（サンプルの記述 1、2、3 および 4）Sample type（サンプルの種類）

Supermix name（スーパーミックスの名称）



Plex mode（Plex モード）Target name（ターゲット名）

Target type（ターゲットの種類）



Signal channel 1, 2, 3, and 4（蛍光チャンネル 1、2、3 および 4）

Reference copies（リファレンスコピー数）

Well notes（ウェルノート）

取扱説明書 | 111

第7章

解析モジュールのレポート機能



Plot?（プロット？）

Rdp conversion factor（Rdq 換算係数）



Plate name（プレート名）



GCR type（GCR の種類）

Supermix information（スーパーミックスの情報）

Thermal cycling protocol name（サーマルサイクリングプロトコール名）

Number of wells read（読み取りウェル数）

Selected wells for report（報告の対象であるウェル）Username of the person who did the run（Run の実行者のユーザー名）



Run start time（Run 開始時間）

Run complete time（Run 終了時間）



Initial wait elapsed time（最初の待ち時間）

DG eplapsed time（DG 経過時間）

Droplets wait time（ドロップレット待ち時間）

TC elapsed time（TC 経過時間）

DR elapsed time（DR 経過時間）Errors（エラー）

Instrument serial number（装置のシリアル番号）



Firmware version（ファームウェアのバージョン）

Software version（ソフトウェアのバージョン）

Software（ソフトウェア）Run notes（ランノート）



Lot information（ロットの情報）

1D Amplitude

Threshold value（閾値）

Tilt correction（傾き補正）

Amplitude 1D chart（amplitude 1D グラフ）

112 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

レポートの要素

Amplitude 1D chart for each well（各ウェルの amplitude 1D グラフ）

Amplitude 1D histogram chart（amplitude 1D ヒストグラム）

Amplitude 1D histogram chart for each well（各ウェルの amplitude 1D ヒストグラム）

2D Amplitude

Threshold value（閾値）

Tilt correction（傾き補正）

Amplitude 2D chart（amplitude 2D グラフ）

Amplitude 2D chart for each well（各ウェルの amplitude 2D グラフ）

3D AmplitudeX axis（x 軸）Y axis（y 軸）Z axis（z 軸）Show 3D droplets（3D ドロップレット表示）

Show 2D XY（2D xy 表示）

Show 2D YZ（2D yz 表示）

Show 2D XZ（2D xz 表示）

Show X axis threshold（x 軸閾値表示）

Show Y axis threshold（y 軸閾値表示）

Show Z axis threshold（z 軸閾値表示）

Show 2D colors（2D カラー表示）



Amplitude 3D chart for each well（各ウェルの amplitude 3D グラフ）

Thermal Cycling ProtocolTemperature and time per step（各ステップの温度と時間の設定）



Number of steps（ステップ数）

ConcentrationError model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）

取扱説明書 | 113

第7章



解析モジュールのレポート機能

Chart（グラフ）

Copy Number

Error model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Chart（グラフ）

Ratio


Error model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Inverse（逆数）Chart（グラフ）

Fractional Abundance

Error model（誤差モデル）

Confidence model（信頼区間）



Inverse（逆数）Chart（グラフ）

Event Counts
Analysis Results

114 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

レポートテンプレートの作成

レポートテンプレートの作成
Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限を割り当てられている場合には、新しいレポートテンプレートを作成し、保存することができます。デフォルトのレポート
構成を編集するか、既存のレポートを開いて編集した後、変更後の構成を新しいテンプレートとして保存します。

注：レポートの作成については、p.111 の「レポートの要素」を参照してください。
レポートテンプレートを作成するには、
1.

Template Setup タブを選択し、Reports をタップまたはクリックします。

2.

以下のいずれかを実行します。


新規のテンプレートを作成するには、Add New Template をタップまたはクリックします。
既存のテンプレートを開くには、テンプレートを選択してから Edit Report Template を
タップまたはクリックします。

デフォルトまたは選択したレイアウトが表示されます。

取扱説明書 | 115

第7章

解析モジュールのレポート機能

3.

各項目の左にある矢印をタップまたはクリックすると、報告可能な項目のリストが展開します。

4.

チェックボックスを選択または解除し、レポートの構成を決定します。
Tips：画面の下にあるボタンを使用すると、すべてのカテゴリーの展開または折りたたみや、すべてのチェックボックスの選択または解除が一度で実行できます。

116 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析レポートの作成

5.

Report Title のフィールドでレポートテンプレートの名称を入力します。30 字を超えないよ
うにします。

6.

Save をタップまたはクリックします。

7.

Save ダイアログボックスでテンプレートファイルの名称を入力します。

8.

保存場所を選択します。
下記から選びます。


System Templates または My Templates
重要：このうち 1 つしか有効になりません。システム管理者が System Settings で優先
保存場所を指定している場合は、System Templates フォルダか Shared フォルダにテンプレートを保存することができ、優先保存場所が設定されていない場合は、 My
Templates フォルダか Shared フォルダに保存することができます。

Shared Templates
このフォルダに保存することを選択すると、作成したテンプレートをすべてのユーザーが利用できるようになります。

9.

もう一度 Save をタップまたはクリックし、レポートのフォーマットをテンプレートとして保存します。

解析レポートの作成
報告機能によって、ランの要素とこれに対応する解析データを Analysis モジュールから報告することができます。

取扱説明書 | 117

第7章

解析モジュールのレポート機能

1.

解析データファイルを開いて、Reports をタップまたはクリックします。

2.

下記のいずれかを実行します。


自動で表示されるデフォルトのレポートレイアウトで作業する。



Template ドロップダウンリストからレポートのテンプレートを選択する。

3. 各項目の左にある矢印をタップまたはクリックして、報告可能な項目のリストを展開します。
4.

元の設定を維持するか、チェックボックスを選択または解除して、新しいレポートのフォー
マットを作成します。

5.

レポートのカテゴリーと項目の順序を変更するには、それぞれを必要な位置にドラッグします。項目の順序は同じカテゴリー内でのみ変更することが可能です。

6.

（オプションとして）ウィンドウの下にあるオプションを使用すると、すべてのカテゴリーの展開または折りたたみや、すべてのチェックボックスの選択または解除が一度で実行できます。

7.

Report Title のフィールドでレポートの名称を入力します。30 字を超えないようにします。

8.

（オプションとして）レポートを個人用とする場合は、Password Encrypt Report? チェックボックスを選択し、Password フィールドにパスワードを入力します。

9.

（オプションとして）構成を新規テンプレートとして保存するには、Save をタップまたはクリックしてから、テンプレート名を入力し、保存場所を選択します。

下記から選択します。


ユーザーが作成し保存したテンプレートは、下記のパスのいずれかに自動で保存されます。


ユーザーが個人設定で指定したパス。
これらは My Templates の下に表示されます。

システム管理者が全ユーザー用のパスを設定している場合は、System Settings のPreferred Locations（優先保存場所）で指定されたパス。
これらは System Templatesの下に表示されます。

118 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

解析レポートの作成

重要：システム管理者が全ユーザー用の優先保存場所を指定している場合、このパスは個人設定で指定されたパスに優先されます。優先保存場所は、System Settings（システムの設定）のユーザー権限を有するユーザーしか設定できません。


いずれかのユーザーによって作成、保存され、共有データとして指定されたテンプレー
ト。これらは Shared Templates の下に表示されます。

10. レポートを作成するには、Generate Report をタップまたはクリックします。
QX ONE ソフトウェアが PDF のレポートを作成し、直ちに開きます。
各レポートのヘッダーにはレポートの作成者のユーザー名、日時スタンプ、レポートの作成に使用された解析ファイルの名称が自動で表示されます。

取扱説明書 | 119

第7章

解析モジュールのレポート機能

120 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

第 8 章 Gene Study モジュール
Data Analysis ウィンドウから Gene Study モジュールにアクセスすることができます。
注：Gene Study モジュールはタッチスクリーンコンピューターからは利用できません。

Gene Study をセットアップするには、データファイルを追加してから、ddPCR 実験の遺伝子発現データを比較します。
注：Gene Study で解析できるサンプルの最大数は、コンピューターの RAM および仮想メモリの容量によって制限されます。
Gene Study モジュールを開くには、Gene Study をクリックします。

取扱説明書 | 121

第8章

Gene Study モジュール

Gene Study ダイアログボックスには下記の 2 つのタブが含まれます。
Study Setup-

Gene Study のランファイルを管理する。

重要：Gene Study でデータファイルを追加または削除しても、元のファイルのデータは変更されません。
Study Analysis-

組み合わせた Run 結果の遺伝子発現データを表示する。

これらのタブからは Gene Study のセットアップのためのファイルの追加、グラフやプロットでのデータの解析、Gene Study データのレポートの作成が可能です。

Gene Study のオプション
Gene Study モジュールでは下記のメニューが用意されており、オプションが利用できます。
Gene Study を開き、保存し、閉じる。ファイルを追加する。



File-



Settings-

Tools- レポートを作成する。

デフォルトのレイアウトに戻す。

122 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Gene Study のオプション

Gene Study ファイルを開くには、
1.

File → Open の順にクリックします。

2.

Open ダイアログボックスでデータファイルを見つけて選択し、Open をタップまたはクリックします。Gene Study モジュールでファイルが開きます。

Gene Study ファイルを保存するには、
1.

File をクリックし、Save または Save As を選択します。

2.

指示に従い、ファイル名を入力し、Save をタップまたはクリックします。

3.

既存のファイルに上書きするよう指示された場合は、Yes か No をタップまたはクリックします。

Gene Study ファイルを閉じるには、File → Close の順にクリックします。
注：ファイルが保存されていない場合は忠告のメッセージが表示されます。

データファイルを追加するには、
1.

File → Add Data Files の順にクリックします。

2.

Open ダイアログボックスで Gene Study に追加するデータファイルを見つけます。

3.

1 つまたは複数のファイルを選択し、Open をタップまたはクリックします。
Study Setup ウィンドウにファイルが追加されます。

デフォルトの設定に戻すには、

Settings → Restore default settings の順にクリックします。
注：変更されたデータファイルが少なくとも 1 つ開いている必要があります。

レポートを作成するには、

p.131 の「Gene Study のレポート」を参照してください。

取扱説明書 | 123

第8章

Gene Study モジュール

Gene Study のセットアップ
Study Setup ウィンドウを使用して、以下の作業を行います。


解析に含めるデータファイルを追加する。



解析からデータファイルを除外する。



閲覧および解析のためのデータファイルを選択する。



データファイルのプレートビューを表示する。

Study Setup の各列とその内容を表 27 にまとめます。

124 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Gene Study のセットアップ

表 27

Gene Study セットアップフィールド

列のタイトル内容

File Name

データファイルの名称

Date Created

ファイルを Gene Study モジュールにインポートした日付

Plate View

Gene Study に含まれる各ウェルの色素別のデータを示したプレートマ
ップを開く。

取扱説明書 | 125

第8章

Gene Study モジュール

データファイルの追加
データファイルを追加するには、
1.

Study Setup タブで Add Data Files をタップまたはクリックします。

2.

Open ダイアログボックスで Gene Study に追加するデータファイルを見つけます。

3.

1 つまたは複数のファイルを選択し、Open をタップまたはクリックします。
Study Setup ウィンドウにファイルが追加されます。

データファイルの除外
データファイルを除外するには、


ファイルの横にあるチェックボックスを選択してから、Remove をタップまたはクリックします。
Study Setup ウィンドウからファイルが除外されます。
注：ファイルを選択するまで、Remove ボタンは有効になりません。

126 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Gene Study のセットアップ

解析のためのデータファイルの選択解析のためのデータファイルを選択するには、
1.

解析に含めるファイルの横にあるチェックボックスを選択します。

2.

解析結果を見るには Study Analysis タブを選択します。詳細は p.129 の「Study Analysis
機能」を参照してください。

プレートビューの閲覧
プレートビューを見るには、
1.

Plate View の列でプレートビューを表示するファイルのボタンをタップまたはクリックします。

プレートビューが表示されます。

取扱説明書 | 127

第8章

2.

Gene Study モジュール

プレートビューを閉じるには Close をクリックします。

128 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Study Analysis 機能の使用

Study Analysis 機能の使用

Study Analysis タブでは、Gene Study のすべての Run データが図表で表示されます。これらを
表 28 で解説します。
表 28 解析ツールバー
ボタン

内容

棒グラフ

棒の長さは正規化発現量または相対量を表します。

クラスターグラム

異なるターゲットおよびサンプルの発現量の類似度に基づく階層図でデータを表します。

取扱説明書 | 129

第8章

Gene Study モジュール

表 28 解析ツールバー（続き）
ボタン

内容

散布図

対照サンプルと実験サンプルにおけるターゲットの正規化発現量の点
プロット

ボルケーノプロット

対照サンプルと比較した実験サンプルのターゲット発現量（発現調節）の変化の点プロット

ヒートマップ

相対的な正規化発現量に基づき対照サンプルと比較した実験サンプルのターゲット発現調節を示すプレートレイアウトグリッド

結果表

注：複数のプレートの同じ場所に同じターゲットが存在するが、サンプルが異なる場合は、ドロップダウンメニューを使用して、解析に用いるプレートを選択します。
結果を表形式で示す

130 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Gene Study レポート

Gene Study レポート
Gene Study のデータをレポートにまとめるには Gene Study Report ダイアログボックスを使用します。Gene Study レポートに利用できるすべてのオプションを表 34 にまとめます。
表 29

Gene Study レポートのカテゴリー

カテゴリー

オプション

内容

Report Information

日付、ユーザー名、データファイル名、データファイルパスおよび選択されたウェルグループ

Gene Study File List

Gene Study のすべてのデータファイルのリスト

Notes

データレポートに関するメモや注釈

HeaderStudy Analysis Bar Chart
Analysis Settings

選択されたパラメータのリスト

Chart

遺伝子発現棒グラフによるデータの表示

Target Names

Gene Study のターゲットの一覧

Sample Names

Gene Study のサンプルの一覧

Data

スプレッドシートによるデータの表示

Target Stability

ターゲットの安定性のデータ

Inter-run Calibration

インターランキャリブレーションのデータ

Study Analysis Clustergram, Scatter Plot, Volcano Plot, and Heat Map
Analysis Settings

各種グラフの設定

Chart

遺伝子発現グラフによるデータの表示

Data

スプレッドシートによるターゲット別のデータの表示

取扱説明書 | 131

第8章

Gene Study モジュール

Gene Study レポートの作成
レポートを作成する前に Gene Study のデータとグラフに必要な調整を行います。
Gene Study レポートを作成するには、
1.

Gene Study メニューで Tools → Reports の順に選択し、Report ダイアログボックスを開
きます。

2.

レポートに含めたいオプションを選択します。
レポートを開くと、デフォルトのオプションが選択されます。カテゴリー全体またはカテゴ
リー内の各項目を変更するにはチェックボックスを選択または解除します。
利用できるオプションについては p.131 の「Gene Study レポート」を参照してください。

3.

レポートに含めるカテゴリーと項目の順序を変えます。
オプションを必要な位置にドラッグします。項目の順序は同じカテゴリー内でしか変更でき
ません。

4.

Update Report をクリックし、すべての変更を反映させて Report Preview ウィンドウを更
新します。

5.

レポートを印刷または保存します。
a.

ツールバーの Print Report ボタンをクリックし、現在のレポートを印刷します。

b.

File から Save を選択します。この時 PDF、MHT または MHTML などのファイルフォ
ーマットを選択し、ファイルの保存場所を選択します。
注：MHT および MHTML は Microsoft のフォーマットです。

c.

6.

レポートを新しいファイル名で保存するか新しい場所に保存する場合は、File → Save
As を選択します。

（オプションとして）最新のレポート設定をテンプレートとして保存するには、Template→ Save または Save As を選択します。

132 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

付録 A 実験例
本セクションでは、下記の実験を例にとり、セットアップと解析について説明します。
Amplitude Multiplex アッセイを用いた、直接定量

Probe Mix Triplex アッセイを用いた、コピー数多型



ゲノム編集検出のための Basic Drop-off Assay を用いた、ドロップオフ

Advanced Classification Method アッセイを用いた、直接定量

取扱説明書 | 133

付録 A 実験例

マルチプレックスアッセイによる直接定量
Amplitude Multiplex オプションを使用することによって、評価するターゲット数を増やすことができます。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Direct Quantification（DQ）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中は使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Assay Type の欄で Amplitude Multiplex を選択し、Apply をタップまたはクリックします。
ターゲットが 8 行表示されます。

7.

ウェルのターゲットごとにターゲットの名称と種類（未知またはリファレンス）を変更します。

8.

Reference を選択すると、リファレンスコピー数を変更することができます。デフォルトは2 です。

134 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

マルチプレックスアッセイによる直接定量

リファレンスを選択しなければ、最大番号のチャンネルのターゲットがリファレンスとして使用されます。例えば、全 4 チャンネルにターゲットがある場合は、チャンネル 4 のター
ゲットが使用されます。ただし、最初の 3 チャンネルにしかターゲットが存在しない場合
はチャンネル 3 がリファレンスターゲットになります。
1 ウェルで複数のリファレンスを選択すると、プロット内でリファレンスを使用するためのチェックボックスが右に表示されます。
注：各 Reference ターゲットにより結果の比率の計算が可能になります。
9.

（オプションとして）High／Low のターゲットの表示を変更します。
Amplitude Multiplex では 1 チャンネルにつき最大 2 つのアッセイが可能であり、Lo と Hiの表示によって識別されます。このマルチプレックスモードでは、各ターゲットのシグナル
が 1 つのチャンネルでのみ検出されることがあります。以下の方法が可能です。
チャンネルが 2 種類の色素に対応する場合は、別の色素を選択する（例えば HEX を
VIC に、または VIC を HEX に変更する）。

ターゲットに別のチャンネルを選択する（例えば FAM を HEX に変更する）。



Hi を Lo に、または Lo を Hi に変更する。

10. Apply をタップまたはクリックします。
Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
自動閾値設定は Amplitude Multiplex 実験には利用できません。
グラフ全体にわたって容易に特定できるクラスターについては、Threshold Lines モードを用いて手動で閾値を設定します。データが直交せず、閾値線によってドロップレットの集団を適切に分割できない場合は、Threshold Clusters を用いて手動で閾値を設定します。
2D Amplitude ウィンドウで閾値を設定するには、
1.

2D Amplitude タブを選択します。

取扱説明書 | 135

付録 A 実験例

2.

ツールバーで Threshold Line Mode ボタンをタップまたはクリックします。

3.

プロットのどこかをタップまたはクリックし、データに「best fit」閾値線を加えます。

4.

閾値を調整するには、プロットエリアで閾値線を水平または垂直にドラッグします。
Tips：各閾値線の端にあるボックスに閾値を数値で入力することもできます。

マニュアルクラスターを適用し、調整するには、
1.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをタップまたはクリックします。

2.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるように
ポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

136 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

マルチプレックスアッセイによる直接定量

3.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップ
レットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

取扱説明書 | 137

付録 A 実験例

トリプレックスアッセイによるコピー数多型
probe mix triplexing による CNV 実験では、1 ないし 2 つのグループで 2 つのターゲットと 1 つのリファレンスを使用し、解析データを生成します。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル情報を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Copy Number Variation（CNV）に変更した後、Apply をタップまたはクリッ
クします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中は使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Apply をタップまたはクリックします。

7.

Assay Type のドロップダウンリストから Probe Mix Triplex を選択し、Apply をタップまた
はクリックします。
ターゲットが 3 つ表示されます。
重要：トリプレックスターゲットの追加や削除はできません。

8.

ウェルのターゲットごとにターゲット名を入力し、ターゲットの種類（未知またはリファレンス）を選択します。
これによりそれぞれ 3 つのターゲットからなる 2 つのグループができます。

9.

以下のようにターゲットを割り当てます。

グループ 1

Unknown

SignalCh1
FAM

Signal
Ch2
None

Ref
CopiesN/A

Target 2

Unknown

None

HEX/VIC

N/A

N/A

Target 3

Reference

FAM

HEX/VIC

2

Yes

TargetTarget Type

Target 1

138 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Plot?
N/A

トリプレックスアッセイによるコピー数多型

グループ 2

Unknown

SignalCh1Cy5Signal
Ch2
None

Ref
CopiesN/A

Target 5

Unknown

None

Cy5.5

N/A

N/A

Target 6

Reference

Cy5

Cy5.5

2

Yes

TargetTarget Type

Target 4

Plot?
N/A

10. Apply をタップまたはクリックします。
Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
注：自動閾値設定は Probe Mix Triplex 実験には利用できません。
結果を見るには、
1.

すべてのウェルの設定が終われば、2D Amplitude タブを選択してデータを評価し、クラス
ターを手動で設定します。

2.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをタップまたはクリックします。

3.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるように
ポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

4.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップ
レットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

取扱説明書 | 139

付録 A 実験例

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ
この種のアッセイは、1 ウェルにつきターゲット 2 つずつの 2 グループまで解析できます。グループ 1 はデフォルトで表示され、1 つのターゲットが FAM と HEX（リファレンス）、残る 1 つが FAM または HEX（未知）になります。2 つめのグループを追加することができ、1 つのター
ゲットが Cy5 と Cy5.5（リファレンス）、残る 1 つが Cy5 または Cy5.5（未知）になります。
注：グループ内のチャンネルは入れ替えができないため、FAM は常に HEX/VIC と対であり、Cy5 は常に Cy5.5 と対になります。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Drop-Off（DOF）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中は使用したスーパーミックスの変更はできません。

6.

Apply をタップまたはクリックします。
アッセイの種類は自動的に Basic Drop-Off に指定されます。

7.

ターゲット名を入力した後、1 つを Reference、残りを Unknown とします。
リファレンスターゲットにより結果の比率計算が可能になります。

8.

Apply をタップまたはクリックします。

140 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ

Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
閾値設定は Drop Off 実験には利用できません。
クラスターを適用し、調整するには、
1.

すべてのウェルの設定が終われば、2D Amplitude タブを選択してデータを評価し、クラス
ターを手動で設定します。

2.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをタップまたはクリックします。

3.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるように
ポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

4.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップ
レットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

取扱説明書 | 141

付録 A 実験例

Advanced Classification Method による直接定量
Advanced Classification Method（高度分類法）解析モードでは、ドロップレットの同定をユー
ザーが完全にコントロールでき、クラスターの強制や事前の割り当てはありません。radial dye
mixing により高度なマルチプレキシングが可能です。
重要：本モードはドロップレットデジタル PCR の経験が豊富なユーザー向けに設計されています。

実験パラメータのセットアップ
Advanced Classification Method を使用するには、
1.

解析ファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Direct Quantification（DQ）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
注：データ収集中は使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Apply をタップまたはクリックします。

7.

Assay Type で Advanced Classification Method を選択し、Apply をタップまたはクリックします。

8.

+ アイコンを使用し、最大 10 個になるまでターゲットを追加します。

142 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

Advanced Classification Method による直接定量

9.

ウェルのターゲットごとにターゲット名を入力し、ターゲットの種類（Unknown またはReference）を選択します。

10. （オプションとして）リファレンスを選択すると、リファレンスコピー数を変更することができます。デフォルトは 2 です。


リファレンスを選択しなければ、最大番号のチャンネルのターゲットがリファレンスとして使用されます。例えば、全 4 チャンネルにターゲットがある場合は、チャンネル 4のターゲットが使用されます。ただし、最初の 3 チャンネルにしかターゲットが存在しない場合はチャンネル 3 がリファレンスのターゲットになります。



1 ウェルで複数のリファレンスを選択すると、プロット内でリファレンスを使用するためのチェックボックスが右に表示されます。

注：各 Reference ターゲットにより結果の比率計算が可能になります。
11. 最初のターゲットに予測されるチャンネルのシグナルを割り当てます。
12. 最後のターゲットには、最初のターゲットに選択しなかったチャンネルのシグナルを割り当てます。
中間の各ターゲットにはターゲットの混合比率に応じてシグナルが割り当てられます。
13. Apply をタップまたはクリックして、すべてのウェルの設定を確定します。
Tips：オプションとして、プレートのセットアップを手早く処理するために、1 つのウェルのデータを別のウェルにコピー・アンド・ペーストすることができます。また、Undo をタップまた
はクリックすると、適用されたウェルの設定を取り消すことができます。

結果の閲覧と調整
1.

2D Amplitude タブをタップまたはクリックします。
デフォルトによってすべてのドロップレットは未分類のまま赤色で表示されます。2D プロットでの Advanced Classification 実験の閾値設定に利用できるのは Threshold Cluster モードのみです。

2.

Threshold Cluster モードのツール（ボックス、サークルまたはフリーハンド）のいずれかを使用し、ドロップレットクラスターをターゲットに割り当てます。
ドロップレットクラスターを選択すると、クラスター割り当てボックスが表示されます。

3.

ラジオボタンを選択し、クラスターの構成を特定します。

取扱説明書 | 143

付録 A 実験例

例えば、クラスターがターゲット 2 のポジティブドロップレットで構成される場合には、ターゲット 2 のポジティブラジオボタンと残るターゲットのネガティブラジオボタンを選択します。
重要：計算させるにはターゲットごとに少なくとも 1 つのポジティブクラスターと、指定されたネガティブクラスターが存在する必要があります。
注：ソフトウェアは未指定のドロップレットは計算上無視します。ドロップレット／クラス
ターの構成が不明の場合は、未指定（赤色）にしておきます。
結果はデータテーブルおよび Concentration タブで見ることができます。
AssayType でサンプルの 1 つをリファレンスとしている場合は、Ratio タブで未知サンプルとリファレンスの濃度比を見ることができます。

144 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

付録 B コンピューターの追加
本セクションでは QX ONE ソフトウェアに対応するスタンドアロンコンピューターの推奨要件を説明し、ソフトウェアのインストールおよびアップデートについて解説します。

コンピューターの要件
スタンドアロンコンピューターは解析専用であり、表 30 の要件を満たす必要があります。
表 30 スタンドアロンコンピューターの要件
システムコンポーネント

必須動作環境

推奨動作環境オペレーティングシステム

Windows 10 64-bit

Windows 10 64-bit

CPUIntel i5 チップセット

Intel i7 チップセット

ハードディスク空き容量

500 GB

1 TB

メモリ

8 GB

8 GB

画面解像度

1920 x 1080

1920 x 1080

ポート

USB 1 ポートUSB 1 ポート

注：(1) 本ソフトウェアは Windows Defender および Trend Micro Office Scan アンチウイルス対策
アプリケーションに対応しています。
重要：装置がウェルのデータを取得している時にウイルス対策ソフトのアップデートやスキャンは行わないでください。データが失われるおそれがあります。
(2) お使いの Windows 10 のラップトップやコンピューターで FIPS セキュリティを有効化しても、装置の通信やアプリケーションの機能に支障を来すことはありません。

ソフトウェアのインストールとアップデート
装備されているタッチスクリーンコンピューターのソフトウェア、または装置のファームウェア
をアップグレードする際は、QX ONE Droplet Digital PCR システムがすべての Run を完了し、非アクティブな状態である必要があります。

取扱説明書 | 145

付録 B コンピューターの追加

QX ONE ソフトウェアは追加のコンピューターにもインストールすることができます。
すでに QX ONE ソフトウェアにログインし、ウィンドウを開いている場合は、ソフトウェアのアップデートを始める前にデータを保存し、ウィンドウを閉じてください。
ソフトウェアを更新すると、新しいバージョンが既存のバージョンに上書きされます。旧バージョンに戻す場合は、新しいバージョンをアンインストールしてから、旧バージョンを再度インストールしてください。ファームウェアも更新した場合は、装置を再起動するよう指示されます。
QX ONE ソフトウェアのインストールの詳細はバイオ・ラッドテクニカルサポートに電話でお問い合わせください。

146 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

付録 C ユーザーの管理
User Setup and Preferences ウィンドウを使用して、QX ONE ソフトウェアのユーザーの追加、変更または削除ならびにユーザー権限および選択可能項目の設定および変更が可能です。

備え付けの専用コンピューター以外の PC でソフトウェアのローカルインスタンスをセットアップする場合は、インストールの一環としてスーパーユーザーを設定するよう指示されます。新規ユーザーの追加とユーザー権限の割り当てにはスーパーユーザーのアカウントを使用します。
注：所定の権限のいずれも割り当てられていないユーザーも、Run の実行と解析モジュールの使用は可能です。
ローカルアカウントまたはドメインアカウントを設定することができます。装置のタッチスクリ
ーンコンピューターから

社内ネットワークにアクセスできる場合は、QX ONE ソフトウェアは Active Directory のユーザー名を認識することができます。



社内ネットワークにアクセスできない場合は、社内の IT 部門がユーザー名をローカル
Windows アカウントとして設定することができます。

PC が所属施設の要件に準拠している限り、任意のユーザー名とパスワードでユーザーアカウン
トを作成することができます。ソフトウェアは各ユーザーを Active Directory またはローカルドメインのいずれかの名前と照合するように設計されているため、ユーザーは正しいドメインとユーザー名でログインする必要があります。

取扱説明書 | 147

付録 C ユーザーの管理

ソフトウェアにユーザーを追加するには、まず QX ONE ソフトウェアがローカルまたはドメインのユーザーグループでこのユーザーを認証できなければなりません。以下の点に注意してください。
ローカル ID の場合、ソフトウェアがインストールされているコンピューターごとにローカ
ル Windows ユーザーアカウントとして各ユーザーを設定する必要があります。



Active Directory ID の場合、IT 部門は QX ONE のタッチスクリーンコンピューターをはじめ、ソフトウェアを実行する別のすべてのコンピューターをネットワークに接続する必要があります。

ユーザーの追加
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）の権限を有するユーザーのみが QX ONE ソフトウ
ェアのユーザーを追加することができます。
追加の前にまず、すべてのユーザーに Active Directory またはローカルアカウントとして設定されている ID があることを確認します。
ユーザーを追加するには、
1.

User Name のフィールドでユーザー名を入力し、Check Name をタップまたはクリックします。
下記のいずれかの状態になります。

2.



ソフトウェアがユーザー名を認識すれば、確認メッセージが表示されます。手順 2 に
進みます。



ユーザー名が認識されなければ、エラーメッセージが表示されます。以下のいずれかを実行してください。


ネットワークのユーザーであれば、ネットワークとの接続が機能していることを確認した後、入力が正しいか確かめてください。



ローカルユーザーの場合、入力が正しいか確認してください。ユーザーがローカルでもネットワークでも設定されていない場合は、システム管理者に問い合わせてください。

認証成功のメッセージが表示されれば、OK をタップまたはクリックしてから、Add をタッ
プまたはクリックします。
画面に確認メッセージが表示されます。

3.

Yes をタップまたはクリックしてユーザーを追加し、OK をタップまたはクリックしてダイ
アログボックスを閉じます。

148 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

ユーザー権限の追加または削除

ユーザー権限の追加または削除
Add/Manage users（ユーザーの追加／管理）の権限が割り当てられているユーザー以外は、ユーザー権限の追加や削除をすることはできません。
デフォルトにより、表 31 に示す権限のないユーザーでも Run のセットアップと実行、ファイルを開くこと、ならびに結果の閲覧と解析は可能です。
表 31 ユーザー権限
権限

内容

Add/manage users

ユーザーを追加または削除し、権限を割り当て、設定内容を変更する。
注：他のユーザーからこの権限を削除できるのはスーパーユーザーのみです。
プレート、サーマルサイクリングプロトコールまたは解析レポートのデザインをテンプレートとして保存する。
別のユーザーが作成した保存フォルダのファイルを閲覧する。

Create new templates
View data files createdby other users
Overwrite existing data
file name

System settings

Maintenance

Data archive
Access the module
recovery tool

Save または Save As の機能を使用する。
 Save を選択すると、元のファイルの中身が当該ユーザーによって変更されたものに置き換わり、ファイル名は変わらない。
 Save As を選択すると、新しいファイル名でファイルが保存される。
注：この権限を持たないユーザーはファイルを開いて解析を実行する
ことはできますが、変更を保存することはできません。
イベントログを閲覧し、共有データファイルおよびテンプレートの保存場所の閲覧と変更を行う。
データファイルには 2 つ、テンプレートには 1 つの保存場所を設定できる。
注：優先保存場所も設定でき、これは個人設定のすべてのパスに優先されます。
イベントログを閲覧する。
注：メンテナンスログとメンテナンスレポートはすべてのユーザーが閲覧できます。
装置の実行に必要なディスクの空き容量を増やすために、QX ONE を
インストールしているコンピューターから生データを移動する。
同じプレートに対して ddPCR 処理を 1 回または 2 回以上再実行する。

取扱説明書 | 149

付録 C ユーザーの管理

ラボの各担当者の役割によって割り当てられるユーザー権限の一例を表 32 に示します。ユーザ
ーはあらゆるシナリオで定義および使用できますが、規制環境では必要になる場合があります。
表 32 ユーザーの役職の例
スーパー
ユーザー

ラボ管理者

Add/manage users

Create new templates

View data files

権限

Overwrite
nameexisting

data

file

リーダー

一般ユーザー





*















System settings

MaintenanceData archive









Access the module recovery
tool









*誰もがテンプレートを作成し保存できる場合は、この権限を管理者以外の役割に割り当てることができます。テンプレートのフォーマットが制限されている場合には、この権限は管理職のみに割り当てられるべきです。
注：少なくとも 1 人の追加のスーパーユーザーをバックアップとして定義し、必要に応じて他の管理ユーザーと標準ユーザーを定義することをお勧めします。ゲストユーザーは、共有テンプ
レートを開いて Run を実行し解析を実行できますが、通常は他の権限は割り当てられません。
権限を追加または変更するには、
1.

Add/Manage Users タブをタップまたはクリックし、User Management ウィンドウを開きます。

2.

User Name フィールドにユーザー名を入力します。

3.

ソフトウェアの使用におけるユーザーの役割に従い、各権限のチェックボックスを選択または解除します。
ユーザー権限はどのような組み合わせでも割り当てることができます。

4.

確認メッセージが表示されたら、Yes をタップまたはクリックして変更を保存した後、OKをタップまたはクリックして、ポップアップを閉じます。

150 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

ユーザー設定の変更

ユーザー設定の変更
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）権限を割り当てられているユーザーは他のユーザーの設定を変更することができます。個々のユーザーも自身の設定は変更することができます。
ユーザー設定を変更するには、
1.

Add/Manage Users タブをタップまたはクリックし、ユーザー名を入力します。

2.

ユーザーの下記の設定のいずれかを変更します。


ユーザーのデータファイルとテンプレート用に別のファイルパスを入力します。

重要：System Settings で Preferred Locations（優先保存場所）も指定でき、これは個人設定で指定されたすべてのファイルパスに優先されます。詳細は p.153 の「System Settings
タブ」を参照してください。

3.



ユーザーデータファイルとテンプレートのプライバシー設定を変更するには、チェックボックスを選択または解除します。

デフォルトのシステムタイムアウト時間として別の数字を入力できます。



Status のセクションに表示される終了プレート数として 100 以下の別の数字を入力できます。

Save をタップまたはクリックします。
確認メッセージが表示されます。

4.

Yes をタップまたはクリックして変更を保存した後、OK をタップまたはクリックして、ダ
イアログボックスを閉じます。

ユーザーの削除
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）権限を割り当てられているユーザーのみがユーザーを削除することができます。ソフトウェアから削除しても、他のシステムやデータベースからは削除されず、ユーザーはネットワークや Windows のローカルユーザーリストに残ります。
ユーザーを削除するには、
1.

Add/Manage Users タブをタップまたはクリックし、User Management ウィンドウを開きます。

2.

Current Users の領域でユーザーを選択し、Remove をタップまたはクリックします。
確認メッセージが表示されます。

3.

Yes をタップまたはクリックしてユーザーを削除した後、OK をタップまたはクリックして、ダイアログボックスを閉じます。

取扱説明書 | 151

付録 C ユーザーの管理

152 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

付録 D システムユーティリティ
System Utilities タブからは装置に関連するタスクおよびデータ、ソフトウェア、データならびに保存を管理するための下記のタブにアクセスすることができます。
共有テンプレートおよびデータファイルの保存場所を見るSystem Settings-

Event Log-

Maintenance Log-

Maintenance Reportsファイル

Archive Data-

すべてのソフトウェア作業に関する記録データを見る
メンテナンス作業を記録する
バイオ・ラッドメンテナンス部門からのメンテナンス記録の PDF

ユーザーの一次保存領域の空き容量を増やす。

注：Instrument Calibration タブはバイオ・ラッドサービスエンジニアのユーザーアカウントでしか機能しません。



装置のタッチスクリーンではないコンピューターを使用する場合は、System Settings タブと Event Log タブしか利用できません。

System Settings タブ
System Utilities タブを選択すると、デフォルトによって System Settings ウィンドウが開き、保存ファイルパスを入力するフィールドが表示されます。
System Settings タブでは下記の保存領域を設定することができます。


保存場所の指定（Preferred Location）



共有設定（Shared Settings）

重要：一次保存場所は、ユーザーの個人設定で指定されたファイルパスか、Preferred Locations
で指定されているファイルパスのいずれかです。システム管理者が全ユーザー用の Preferred
Location を設定している場合には、個人設定のファイルパスよりも優先されます。

取扱説明書 | 153

付録 D システムユーティリティ

Preferred Location
Preferred Location（優先保存場所）のファイルパスを使用する場合、すべてのユーザーのデー
タファイルは装置の指定されたフォルダに自動的に保存されます。
重要：優先保存場所を設定できるのは System Settings のユーザー権限を割り当てられているユーザーのみです。この設定は個人の設定に優先されます。
注：優先保存場所の制約はデータファイルにのみ適用され、テンプレートの保存場所についてはユーザーが選択することができます。
優先保存場所を指定するには、
1.

すべてのユーザーのチェックボックスで Use を選択し、Save をタップまたはクリックします。
Datafile Storage Location および Template Storage Location のフィールドでファイルパスを特定します。

2. （オプションとして）ファイルパスを変更し、Save をタップまたはクリックします。

Shared Settings
Shared Settings では、共有データファイル用の保存フォルダを 2 つと共有テンプレート用の保存フォルダを 1 つ指定することができます。
重要：System Settings のユーザー権限を割り当てられているユーザーのみは、System Settings
ウィンドウで保存場所を変更することができます。

154 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

システムログファイル

Tips：データファイルはサイズが大きいことが多いため、一次保存フォルダとバックアップフ
ォルダを設定することができます。空き容量を定期的にチェックし、必要に応じて Archive 機能を使用することが推奨されます。
共有フォルダを指定するには、
1.

Datafile Storage Location のフィールドにファイルパスを入力するか、Browse をタップまたはクリックしてフォルダを検索します。

2.

Datafile Storage Location 2 のフィールドにファイルパスを入力するか、Browse をタップまたはクリックしてフォルダを検索します。
注：これらのパスは二次保存場所になります。データファイルは必ず優先保存場所（システム管理者が指定している場合）またはユーザー設定で指定されたパスにまず保存されます。

3.

Template Storage Location フィールドにファイルパスを入力するか、Browse をタップまた
はクリックしてフォルダを検索します。

4.

Save をタップまたはクリックします。

システムログファイル
重要：ログ画面にはタッチスクリーンからしかアクセスできません。
System Utilities タブから、システムとソフトウェアのイベント（イベントログ）およびメンテ
ナンス作業（メンテナンスログ）のログファイルにアクセスすることができます。
Regulatory Edition の場合、監査ログを PDF レポートとして作成することもできます。詳細はQX ONE ソフトウェア取扱説明書 Regulatory Edition をご覧ください。
注：Standard Edition でも報告可能項目の一覧に Audit Log のチェックボックスが表示されます
が、使用することはできません。

イベントログ
Maintenance のユーザー権限を付与されているユーザーはシステムイベントログを見ることができ、これにはあらゆるソフトウェア活動の情報がタイムスタンプとともに表示されます。

取扱説明書 | 155

付録 D システムユーティリティ

イベントログを見るには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Event Log を選択し、下記のいずれかを実行します。

3.

Event Log ウィンドウに表示されたイベントのリストをスクロールする。

Open Log をタップまたはクリックし、Notepad でテキストファイルを開く。

（オプションとして）PDF ドキュメントを自動で作成し表示するには、PDF Report をタッ
プまたはクリックします。
Tips：ファイルへのアクセスを制限するために、パスワードを設定することができます。
PDF Password チェックボックスを選択し、フィールドにパスワードを入力します。ファイ
ルは Log Reports フォルダに保存され、パスワードを入力しない限り開くことができません。

メンテナンスログ
メンテナンス記録が一覧で表示されるメンテナンスログはすべてのユーザーが閲覧できます。
Maintenance Log タブは装置のタッチスクリーンからしか利用できません。
メンテナンスユーザー権限が割り当てられているユーザーはメンテナンス記録の設定、関連作業の特定および PDF レポートの作成を行うことができます。

156 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

システムログファイル

メンテナンスログを見るには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Maintenance Log タブを選択します。

3.

ログの内容を見るには、グリッドのリストをスクロールします。

新しい作業を追加するには1.

New Activity の横のプラス記号（+）をタップまたはクリックします。
グリッドに新しい行が現れ、Date Time、User、Product Version および Firmware Versionの各フィールドにデータが自動で入力されます。

2.

Activity フィールドに予定されている作業の内容を入力します。

3.

Save をタップまたはクリックします。

4.

別の作業を追加するには、同じ手順を繰り返します。
Save をタップまたはクリックした後、追加した作業の PDF レポートを作成することもで
きます。

5.

（オプションとして）PDF Report をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 157

付録 D システムユーティリティ

メンテナンスレポート
ご利用の装置のメンテナンスを実施した際に弊社のサービスエンジニアが作成したレポートはMaintenance Reports タブに保存されます。Maintenance Reports タブは装置のタッチスクリー
ンからしか利用できません。


レポートを開くには、リストの項目をタップまたはクリックします。

以下に示すのはカラーキャリブレーションのレポートの例です。

158 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

データのアーカイブ保存

データのアーカイブ保存
QX ONE に搭載されているタッチスクリーンコンピューターの空き容量が既定の限界に近づくと、一定の間隔で忠告メッセージが表示されます。ユーザーは生データを別の場所のアーカイブ
フォルダに移動させることによって、空き容量を増やすことができます。Data Archive タブはタッチスクリーンからしか利用できません。
重要：データをアーカイブに保管するには、Data Archive（データのアーカイブ保存）のユーザ
ー権限が必要です。
ファイルをアーカイブに保存するには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Archive Data を選択します。
アーカイブに保存できるのは生データのみです。

3.

Raw Data Archive Progress でカレンダーアイコンをタップまたはクリックし、From と Toの日付を選択して、期間を指定します。

4.

Browse をタップまたはクリックし、希望の保存場所を検索します。

5.

Archive をタップまたはクリックします。

システムキャリブレーション
QX ONE Droplet Digital PCR システムでランを実行するには、装置の適正なキャリブレーションが必要です。

取扱説明書 | 159

付録 D システムユーティリティ

ご利用の装置のキャリブレーションは弊社サービスエンジニアしか行えないため、QX ONE ソ
フトウェアの Instrument Calibration のオプションを使用できるのも弊社サービスエンジニアに限られます。このオプションはタッチスクリーンからしか利用できず、他のいかなるユーザーもこの機能を使用することはできません。
保守点検が必要な場合は、バイオ・ラッドテクニカルサポートにご連絡ください。

160 | QX ONE Droplet Digital PCR システムと QX ONE ソフトウェア

M12338L 2004a