ライフサイエンスデータベース統合推進事業
統合化推進プログラム
研究開発課題「ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・
環境物質データの統合」

研究開発終了報告書

研究開発期間： 平成23年4月～平成26年3月
研究代表者：金久 實（京都大学化学研究所、特任教授）©2014 金久 實(京都大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

§１ 研究開発実施の概要（１）実施概要
ヒトゲノム計画を契機としたハイスループット実験技術の進歩と大量データの生産、それに伴うデータベースの整備により、様々な分野での研究に新たな展開が生まれている。このようなゲノム関連研究の成果を社会に還元する形態の１つはもちろん、新しい診断法や治療法を開発し医療従事者に提供することであるが、もう１つは自分自身を客観的かつ科学的に眺め「自分の健康は自分で守る」ための適切なリソースを一般の人々に提供することである。本研究では、前者を支援し後者を実現するという２つの意味でのトランスレーショナルバイオインフォマティクスの考え方に基づき、研究者コミュニティには医療･創薬･環境保全等で研究成果の実用化を支援するためのリソースとして、一般の人々には病気や薬に対する科学的理解を深めるためのリソースとして、KEGG
MEDICUS の開発を行った。
KEGG MEDICUS の中核である KEGG DISEASE / DRUG データベースでは、疾患遺伝子、
環境因子、病原体、医薬品などを生体システムへのゆらぎととらえて、最先端の科学的知識をコン
ピュータ化してきた。KEGG DISEASE のエントリ数は当初の 375 から 1,331 に増加し、計画通り
2 年間で OMIM にある疾患遺伝子のほぼすべてに対応した。KEGG DRUG は当初からよく整備されたデータベースであったが、エントリ数は 9,316 から 10,084 に増加し、またターゲット、代謝酵
素、ゲノムバイオマーカーなどの付加情報を充実させた。一方、一般社会で利用されているデータ
として、日本と米国の医療用及び一般用医薬品添付文書、日本の標準病名を、KEGG DRUG D
番号エントリ及び KEGG DISEASE H 番号エントリと対応づけることで統合化を行った。日本医薬情報センター（JAPIC）から提供を受けている日本の医療用・一般用医薬品添付文書については、
リンクづけ以外に様々な情報抽出も行った。とくに医療用医薬品添付文書から併用禁忌･併用注
意に関与する相互作用データを網羅的に抽出し、有効成分を反映した KEGG D 番号で標準化することにより、医薬品相互作用検索のためのデータを整備した。また医療用医薬品の添加物についても添付文書から抽出し標準化して、検索に利用できるようにした。
利用者インターフェースについては異なるニーズに対応できるように、従来の KEGG を拡張した
研究者向けのインターフェースと、一般社会向けの新しいインターフェースを開発した。前者については KEGG DISEASE / DRUG を含む統合検索システムと、KEGG Mapper の拡張版を開発した。後者については医薬品添付文書を入口として KEGG MEDICUS を利用できるように、また医療従事者や一般の人々の様々なニーズに対応できるように、複数のインターフェースを開発した。
キーワードによる添付文書検索（英語版・日本語版）、医薬品相互作用チェック（英語版・日本語版）、有効成分と添加物による商品検索（日本語版のみ）、KEGG お薬手帳（日本語版のみ）などである。KEGG MEDICUS ウェブサイトへの月間訪問者数（ユニーク IP 数）は本研究開発開始時
が 4 万程度であったのに対し現在は 20 万程度に増加した。利用者の 8〜9 割は国内からであり、しかも Google 等のウェブ検索エンジンからの直接アクセスも目立つようになってきた。KEGG
MEDICUS は一般社会でも広く利用されるリソースになったと考えている。
（２）研究開発成果のデータベース等
名称： KEGG MEDICUS
概要： KEGG MEDICUS は疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータを、ゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したリソースである。とくに日本と米国の医薬品添付文書を KEGG DRUG や KEGG DISEASE と統合し、研究者コミュニティだけでなく、医療従事者や一般の人々にも有用な情報を提供している。
URL: http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
公開日： 2010 年 10 月 1 日

レコード数： 37,228 (2014 年 2 月 26 日現在)
レコード数の定義： KEGG DISEASE / DRUG / ENVIRON のエントリ数と、JAPIC から提供を受けている添付文書のエントリ数
NBDC アーカイブへのデータ提供: KEGG DISEASE / DRUG / ENVIRON を提供済み
名称： KEGG お薬手帳
概要： KEGG MEDICUS を利用した電子お薬手帳。個人が医薬品の使用履歴を記録し、医療機関で情報を共有できるようにするとともに、科学的知識をもって積極的に自分の健康管理に関与できるようにしたツールである。薬物間相互作用や妊婦等への使用制限の自動チェ
ック機能も含まれている。
URL: http://www.kegg.jp/okusuritecho
公開日： 2012 年 3 月 26 日

§２．研究開発構想（および構想計画に対する達成状況）（１）当初の研究開発構想
本研究では KEGG DISEASE、KEGG DRUG、KEGG MEDICUS 医薬品情報（当初計画での名称はゲノムネット医薬品データベース）、KEGG MEDICUS 疾患情報（当初計画での名称はゲノムネット疾患データベース）の４つの開発項目を設定し、全体で KEGG MEDICUS 統合デー
タベースを開発すること、また５つ目の開発項目として、これを利用する統合インターフェースを開発することが、開発計画の骨子であった。それぞれの開発項目の概要は以下の通りである。
１．KEGG DISEASE の開発
KEGG DISEASE は OMIM 等の記述的なデータベースに対し、大量データと統合した計算処理を可能にすることを目指した疾患データベースで、それぞれの疾患を既知病因遺伝子のリスト、
および環境因子、診断マーカー、治療薬などの分子のリストで表現している。主な計画は以下の通りであった。
• 単一遺伝子疾患と多因子性疾患の遺伝要因については、当初２年間で OMIM にすでに登録されている疾患を文献等の情報をもとに遺伝子・分子リスト形式でコンピュータ化し、最終年度までには続々と報告されている疾患関連遺伝子に対応してデータベース更新ができる体
制作りを行う。
• 感染症疾患については病原体ゲノムが解読されたものを順次エントリ化する。
また外部データベースとのリンクづけ、疾患分類の開発も計画した。
２．KEGG DRUG の開発
KEGG DRUG は日本･米国・欧州で使用されている医薬品の有効成分を網羅的に集積・管理したデータベースである。標的分子と関連パスウェイ、薬物代謝酵素やトランスポーター、ゲノムバイ
オマーカー、薬物間相互作用など、分子ネットワーク情報を提供していることが特徴である。主な計
画以下の通りであった。
• 初年度に分子レベルでの薬物間相互作用データを添付文書から集積し、その後２年間で高次レベルの副作用情報を集積する。現時点では薬物間相互作用の分子機構として、ターゲッ
トの重複、代謝酵素の重複といった明白なもの以外には注釈がないので、文献等の情報をもとにこれを付与する。
３．KEGG MEDICUS 医薬品情報の開発
薬に対する科学的理解を深めることを目的とし、日本医薬情報センター（JAPIC）とのライセンス
契約の下に、我が国のすべての医療用医薬品および一般用医薬品の添付文書情報を KEGG
DRUG と統合した形で提供してきたゲノムネット医薬品データベースを発展させたのが、KEGG

MEDICUS 医薬品情報の部分である。主な計画は以下の通りであった。
• JAPIC 添付文書は MYSQL で、KEGG DRUG は PostgreSQL で提供されており、一体的な運用の妨げとなっている部分があるので、初年度中に JAPIC 添付文書も PostgreSQL 化する。
• 利用者インターフェースは 2007 年に開発して以来、基本的には同じ設計で改良を重ねてきたが、PostgreSQL 化を機会により使いやすい新バージョンを開発する。とくに KEGG
DRUG の薬物間相互作用検索機能を拡張し、相互作用する可能性のある医薬品の候補を添付文書に記載がないものも含めて調べることができる機能など、薬剤師や一般の人々にとっても有用なツール群を開発する。
４．KEGG MEDICUS 疾患情報の開発
一般の人々が病気に対する科学的理解を深めることを目的とし、診断された病名から現時点で既知の分子メカニズムを調べるといったことができるように、医療情報開発センター（MEDIS）が提供する ICD10 対応標準病名マスターを通して KEGG DISEASE との対応づけを行うのが KEGG
MEDICUS 疾患情報の部分である。主な計画は以下の通りであった。
• MEDIS が提供する ICD10 対応標準病名マスターと KEGG DISEASE を統合した KEGG
MEDICUS 疾患情報を開発する。同時に KEGG DISEASE 日本語版の病名を標準病名にあわせる作業も行う。
５．統合インターフェースの開発
研究者向けと一般社会向けの利用者インターフェースとして、当初は以下の３つを計画した。
• KEGG MEDICUS 医薬品情報と KEGG MEDICUS 疾患情報は、それぞれで検索インタ
ーフェースを開発し、KEGG MEDICUS を通して統合的に利用できるようにする。
• 大量データの処理・解釈ツール KEGG Mapper で、疾患・医薬品情報を取り扱うことができるよう改良を行う。
• KEGG MEDICUS 検索や KEGG Mapper 解析などをプログラムから呼び出しができるよう
API を開発する。

（２）新たに追加・修正など変更した研究開発構想
当初の研究開発構想を追加･修正したのは以下の部分である。
３．KEGG MEDICUS 医薬品情報の開発
社会で広く利用されている医薬品情報を統合する観点から、日本の医薬品添付文書だけでなく、米国の医薬品添付文書も KEGG MEDICUS 医薬品情報に含めることとした。
• 米国 National Library of Medicine が DailyMed データベースとして提供する米国の医療用および一般用医薬品添付文書情報を、それぞれ KEGG DRUG と対応づけることでKEGG MEDICUS に統合する。
また当初計画には明記していなかったが、添加物の情報もデータベース化し、有効成分と添加物の有無で日本の商品を検索するインターフェースも開発した。
５．統合インターフェースの開発
平成 23 年度及び平成 24 年度に研究加速の取り組みとして、一般向けの KEGG MEDICUS
利用ツールである KEGG お薬手帳の開発を行った。
• 自分が使用している医薬品のリストを管理し、相互作用（飲み合わせ）のチェックなどを自動的に行うことができる KEGG お薬手帳のツールを開発する。

（３）達成状況

研究項目
１．KEGG DISEASE
・OMIM にある疾患を文献等より遺伝子・分子リスト化
・DB 更新体制の確立
・様々な疾患関連データベースとのリンクづけ・統合化
・病原体ゲノム配列が決定された感染症エントリの作成
・ICD10 等既存の疾患分類への対応づけ・KEGG DISEASE 疾患分類の開発
２．KEGG DRUG
・薬物間相互作用データ入力・統合・副作用データ入力・統合
・薬物と食品等との相互作
用データ入力・統合・個々の医薬品情報の追加・更新
３．KEGG MEDICUS 医薬品情報
・ JAPIC デ ー タ ベ ー ス のPostgreSQL 化
・DailyMed データベースの
統合・相互作用検索を含む新しい利用者インターフェースの開発
・データ更新・統合
４．KEGG MEDICUS 疾患
情報・ 病 名 デ ー タ と KEGGDISEASE の対応づけ
・利用者インターフェースの開発

H23 年度

H24 年度

H25 年度

変更点

・予定通り
・予定通り
・予定通り
・予定通り
・予定通り
・予定通り

・予定通り
・予定通り
・予定通り
・予定通り

・早期に完了・追加・当初計画は予定通り、添加物
検索追加
・予定通り

・予定通り
・予定通り

５．統合インターフェース・疾患・医薬品統合インター
フェースの開発
・KEGG お薬手帳の開発

・早期に完了・追加・KEGG Mapper の改良

・早期に完了・ KEGG MEDICUS APIの開発

・早期に完了（４）研究開発の今後の展開について
個人ゲノム、がんゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌叢メタゲノムなど、様々なゲノムの情報から生体シス
テムの機能やヒトの疾患を理解し、医療や創薬への実用化を実現するために、バイオインフォマティクス研究の重要性がますます高まってきている。本研究開発ではトランスレーショナルバイオインフォマティ
クスの考え方に基づき、研究者コミュニティと一般社会の融合を目指してきた。具体的には KEGG
MEDICUS という１つの統合データベースに対し、研究者用の利用者インターフェースと一般用の利用
者インターフェースを区別して開発することで、その実現を目指してきた。医薬品情報については添付文書という公的な標準情報が存在するため、今回の開発で最先端研究と一般社会の架け橋は実現できたと考えている。今後はそのような標準がない情報、とくに疾患情報の標準化のために、KEGG
DISEASE のさらなる充実が重要である。これを中心に、本研究で開発したデータベースをさらに発展させることで、医療や産業につながるトランスレーショナル研究の推進を支援し、同時に一般社会が研究の最先端の情報にアクセスできる仕組みを作ることが可能であり、社会・経済の発展のための情報インフラストラクチャーとして貢献できると考えている。

§３ 研究開発実施体制（１）研究チームの体制について①研究代表者グループ
研究参加者
氏名
所属
金久 實
京都大学化学研究所

役職
特任教授

研究開発項目総括

参加時期
H23.4～H26.3

古道 美穂

同上

特定研究員

疾患･遺伝子情報

H23.4～H26.3

田辺 麻央

同上

特定研究員

疾患･遺伝子情報

H23.4～H26.3

米納 朋子

同上

特定研究員

医薬品・化合物情報

H23.4～H26.3

木下 広美

同上

特定研究員

医薬品・化合物情報

H23.4～H24.3

財部 将孝

同上

特定研究員

医薬品・化合物情報

H24.1～H24.3

山本 留美子

同上

特定研究員

医薬品・化合物情報

H24.4～H26.3

池内 志帆

同上

特定研究員

疾患･遺伝子情報

H2４.4～H26.3

神谷 知美

同上

特定研究員

疾患･遺伝子情報

H2４.4～H26.3

武藤 愛

同上

特定研究員

医薬品・化合物情報

H25.1～H25.3

§４ 研究実施内容及び成果
研究課題名： ゲノム情報に基づく疾患・医薬品・環境物質データの統合（京都大学 研究代表者
グループ）
本研究開発の背景には２つの意味でのトランスレーショナルバイオインフォマティクスの考え方があった。ゲノム関連分野におけるトランスレーショナル研究では、大量データの処理と有効利用のためにバイオインフォマティクスの役割が重要である。このような普通の意味でのトランスレーショナ
ルバイオインフォマティクスとともに、表１に示したように、科学的知識を社会に直接提供することで（科学の用語をトランスレーションすることで）、最先端研究と社会との架け橋を作るという意味合い
で、本研究を推進してきた。
表１．トランスレーショナルバイオインフォマティクスの２つの役割
対象
役割
研究者コミュニティ 研究成果（とくにビッグデータからの）を実社会で活用するための情報技術とリソースを提供
社会
個人の関心事（とくに健康状態）に対して科学的理解を深めるための情報リソースを提供

例
個別化医療
ドラッグディスカバリー
参加型医療
健康管理

この考え方で開発したのが図１に示した KEGG MEDICUS データベースである。疾患・医薬品・環境物質など社会的ニーズの高いデータ（とくに医薬品添付文書）をゲノム情報を基盤とした生体システム情報として統合したこと、１つの統合データベースに対して研究者コミュニティ向けのインターフェースと医療従事者や一般の人々向けのインターフェースを作成したことで、２つの意味
でのトランスレーショナルバイオインフォマティクスのリソースを実現できたと考えている。

図１．KEGG MEDICUS の概念図
本研究は以下の５つの開発項目に分けて実施した。
(1) KEGG DISEASE の開発(2) KEGG DRUG の開発(3) KEGG MEDICUS 医薬品情報の開発(4) KEGG MEDICUS 疾患情報の開発(5) 統合インターフェースの開発
それぞれの研究実施内容と成果は以下の通りである。
（１）KEGG DISEASE の開発
本研究では、疾患は生体システムを司る分子ネットワークがゆらいだ状態であり、医薬品はゆらぎを補正する別のゆらぎ物質であるとみなし、疾患と医薬品に関する科学的知識を蓄積したデータ
ベースの開発を行ってきた。疾患については図２に示したように、先天的な遺伝子変異や後天的な変異・交叉・修飾を含むゲノムのゆらぎ、化学物質、病原菌、体内細菌叢の変化といった環境の
ゆらぎ、さらに診断マーカーや代表的な治療薬を列挙する形で KEGG DISEASE データベース

の開発を行ってきた。図３には例としてパーキンソン病のエントリを示した。

図２．KEGG DISEASE の概念図

図３．KEGG DISEASE 日本語版エントリの例（H00057 パーキンソン病）
OMIM 等の記述的なデータベースに対し、KEGG DISEASE では大量データと統合した計算処理が可能になるよう、それぞれの疾患を病因遺伝子のリスト、および環境因子などの分子のリスト
で表現しているところに特徴がある。OMIM にある単一遺伝子疾患及び多因子性疾患は当初計
画通り 2 年間で KEGG DISEASE エントリ化が終了し、その後は文献調査をもとにエントリ化を行っている。感染症疾患については全配列が決定された病原体ゲノムとの対応でエントリ化を行ってきた。2014 年 2 月 26 日現在の KEGG DISEASE のデータ数は表２に示した通りである。
表２．KEGG DISEASE のデータ数
1331
疾患エントリ数
68
がん
222
感染症
1401
その他
病因遺伝子数病原体ゲノム数

3358
367（２）KEGG DRUG の開発
KEGG DRUG は医薬品に関する科学的知識を蓄積したデータベースである。日本、米国、欧州で使われている医薬品の有効成分を化学構造をベースに（混合物の場合は成分をベースに）
集積･管理している。図４に示したように付加情報として、パスウェイ上の標的分子、薬物代謝酵素
やトランスポーター、ゲノムバイオマーカー、薬物間相互作用などの分子ネットワーク情報、薬効その他の医薬品分類情報などユニークな情報を手作業で作成し提供しているところに特徴がある。
本研究ではこれらの付加情報を充実させるとともに、とくに相互作用データと添加物データの部分を新規に開発した。我が国の医療用医薬品添付文書に記載されている併用禁忌・併用注意に該当する医薬品間相互作用、および各商品に含まれる添加物を網羅的に抽出し、用語の表記を統一するための辞書の開発とともに、KEGG DRUG の D 番号、KEGG ENVIRON の E 番号（食品など）、KEGG COMPOUND の C 番号（医薬品以外の化合物）と対応づけることで標準化している。図５には例として肺がん治療薬ザーコリ（一般名クリゾチニブ）のエントリを示した。

図４．KEGG DRUG の概要
なお 2014 年 2 月 26 日現在の KEGG DRUG の内容は表３に示した通りである。
表３．KEGG DRUG のデータ数
10084
医薬品エントリ数
4285
標的分子
745
薬物代謝酵素
189
薬物トランスポーター
212
ゲノムバイオマーカー

図５．KEGG DRUG 日本語版エントリの例（D09731 クリゾチニブ）（３）KEGG MEDICUS 医薬品情報の開発
KEGG MEDICUS 医薬品情報は、日本医薬情報センター（JAPIC）から入手している我が国の医療用添付文書と一般用医薬品添付文書、米国 NIH/NLM が DailyMed データベースとして提供する米国の医療用添付文書と一般用医薬品添付文書を、それぞれ KEGG DRUG データベースと対応づけることで統合したデータベースである。日本の添付文書はすべて内部に取り込んで管理しているが、米国の添付文書は FDA の National Drug Code (NDC) Directory にある部分
のみを内部に取り込み、添付文書自体は DailyMed へリンクする形をとっている。我が国の医療用医薬品添付文書では参考文献一覧から文献データベース PubMed、J-GLOBAL, J-STAGE へのリンクも付加している。JAPIC 添付文書の毎月の定期リリースに即時対応し、DailyMed 添付文書も同時期に月 1 回対応して、KEGG MEDICUS 医薬品情報を更新している。本研究ではこれまでに、JAPIC 添付文書と KEGG DRUG の対応づけ、個々の有効成分及び添加物と KEGG
DRUG/COMPOUND/ENVIRON との対応づけ、DailyMed 添付文書と KEGG DRUG の対応
づけ、個々の有効成分と KEGG DRUG との対応づけなどのための編集システムを開発し、維持・更新体制を確立した。
利用者インターフェースとしては図６に示した３種類を開発した。KEGG MEDICUS 医薬品情報（日本語版）では、KEGG DRUG、日本の医療用及び一般用医薬品添付文書、米国の医療用及

び一般用医薬品添付文書をキーワードで一括検索する。医薬品成分検索では有効成分と添加物
で日本の商品を探すことができ、添加物は「含まない」の条件をつけることができるようになっている。
また表記のばらつきが KEGG DRUG にある辞書で自動補正され、入力した文字列と完全一致ではなくても意味的に同じものが検索されるようになっている。医薬品相互作用チェックでは、与えられた医薬品リストの中に併用禁忌または併用注意に該当するものがないか、KEGG DRUG にある相互作用データを用いて調べることができる。

図６．KEGG MEDICUS 医薬品情報の３種類の利用者インターフェース
医薬品相互作用チェックのツールは今回の開発で最も実用的価値があるものと考え、薬剤師の方々や薬学系の研究者や学生の方々の意見を聴取して改良に改良を重ねてきた。当初は我が国の医療用医薬品だけが対象であったが、一般用第１類医薬品も対象として加え、さらに商品名だ
けでなく一般名（有効成分名）でも調べることができるようにした。外国の医薬品でもチェックすることが可能となったので、米国の添付文書と連動した英語版利用者インターフェースの提供も開始した。また相互作用のチェック方法の改良も重ねており、KEGG DRUG の相互作用データに含まれないペア、例えば米国にしかない有効成分のペアでも、塩や水和状態が多少異なる有効成分の情報を用いる仕組みなどを導入した。
（４）KEGG MEDICUS 疾患情報の開発
KEGG MEDICUS 疾患情報は、医療情報開発センター（MEDIS）が提供する ICD-10 対応標
準病名マスターを通して KEGG DISEASE との対応づけを行い、統合検索ができるようにしたリソースである。標準病名は非常に細かな分類がなされ、同一 ICD-10 に多数の病名が対応するが、KEGG DISEASE では逆に複数の病気を分子メカニズムの観点でまとめる方向をとっていることから、両者の対応づけは階層的に行っている。また標準病名が利用している ICD-10 は 2003 年版
であり、KEGG が用いている最新の 2010 年版と多少の食い違いがあるため、厳密な対応づけはできないことや、標準病名は電子カルテやレセプト電算処理など保険医療の IT 化を目的としたものであり、患者さんが知る病名とは必ずしも一致しないといった問題点が残っている。今後、標準
病名をどのように扱うかは再検討を要するが、本研究で開発した利用者インターフェースは図７のようなものである。

図７．KEGG MEDICUS 疾患情報の利用者インターフェース（５）統合インターフェースの開発
５−１．研究者向けの統合ンターフェース
研究者向けの統合インターフェースは英語版が中心であり、図８（上）に示したように KEGG
MEDICUS 英語版において KEGG PATHWAY、KEGG DISEASE、KEGG DRUG、米国の医療用及び一般用医薬品添付文書を一括検索できるインターフェースを開発した。また図８（下）に示したように、KEGG DISEASE/DRUG/ENVIRON/COMPOUND を一括検索できるインタ
ーフェースも開発した。さらにがんの遺伝子変異データや発現データなどを外部のリソースから取り込んで KEGG DISEASE と対応づけ、さらに KEGG PATHWAY にあるがんマップへのマッピングを行うツールを KEGG Mapper の一部として開発した。

図８．研究者向けの英語版統合インターフェース
５−２．一般向けの統合インターフェース
本研究開始直前に発生した東日本大震災以降、全国各地でお薬手帳の電子化が進められている。本研究でも追加の取り組みで KEGG お薬手帳の開発を始めた。他の電子お薬手帳と比較す
ると、KEGG MEDICUS の科学的知識に基づく情報を利用していること、様々な自動チェック機
能があることが特徴である。併用禁忌の組合せだけでなく、過去に副作用があった医薬品や注意
すべき添加物、妊娠・授乳中に使用制限のある医薬品などもチェックされるようになっている。
KEGG お薬手帳はひとりひとりが「自分の健康は自分で守る」という意識変革を目指した取り組み

として、共同通信社から取材を受け、全国各地の新聞に紹介された。図９（上）は使用例で、内科と皮膚科から処方された薬に併用禁忌があり、自動的にマークがついている。図９（下）は併用注意を含めた相互作用チェックを手動で行った画面で、これは KEGG MEDICUS 相互作用チェックの利用者インターフェースから入った場合と同じである。

図９．KEGG お薬手帳と相互作用チェックの画面
５−３．KEGG MEDICUS API
KEGG MEDICUS のリソースを他のシステムやプログラム経由で利用できるように、REST イン
ターフェースを用いた KEGG API の拡張版として、KEGG MEDICUS API の開発を行った。
KEGG DRUG（D 番号）、日本の医薬品（YJ コード）、米国の医薬品（ndc コード）、日本の薬効分
類、WHO の ATC 分類などに対応し、日本や米国の商品のリストを与えて相互作用チェックをすることも可能である。

以上５つの研究開発項目はいずれも予定通り、あるいは早期に完了した。また米国の医薬品添付文書、KEGG お薬手帳、添加物検索など、当初計画にはなかった追加の開発も行った。

本研究開発全体としては、KEGG MEDICUS という１つの統合データベースを開発し、研究者
用と一般用の２種類の利用者インターフェースを開発することで、研究者コミュニティと一般社会の融合を目指してきた。医薬品情報については添付文書という公的な標準情報が存在することから、今回の開発で最先端研究と一般社会の架け橋は実現できたと考えている。薬剤師、薬学系研究者・学生の方々との交流で多くのフィードバックをいただいたり、東京都薬剤師会の機関誌と千葉県薬剤師会の機関誌で紹介させてもらったりしたことを感謝する。一方の疾患情報については、
KEGG DISEASE のエントリ数としては 1000 エントリの数値目標を達成したが（表４）、これを標準病名と統合しただけでは不十分であった。今後は KEGG DISEASE をさらに充実させ、これ自体を標準的な疾患情報とする必要がある。表５では KEGG MEDICUS ウェブサイトへの月間訪問者数（ユニーク IP アドレス数）を示した。研究開始時の約４万から現在の約２０万へと増加し、Google
等のウェブ検索エンジンからの直接アクセスが目立つようになっている。明らかに研究者コミュニテ
ィだけでなく、一般社会でも広く利用されている。今後とも医療や産業につながるトランスレーショナ
ル研究の推進を支援し、同時に一般社会が研究の最先端の情報にアクセスできる仕組みを作ることが重要だと考えている。
表４．KEGG MEDICUS のデータ数
開始時
KEGG DISEASE
375
KEGG DRUG
9316
KEGG ENVIRON
834
12504
JAPIC 添付文書（医療用）
12157
JAPIC 添付文書（一般用）

現在
1331
10084
849
13282
11682

表５．KEGG MEDICUS へのアクセス数
訪問者数
2011 年度 2012 年度 2013 年度
32,9534月
20,277
212,350
40,1525月
43,612240,081
46,6396月
53,606234,386
40,3887月
63,362
224,92140,5678月
72,720200,929
44,6949月
108,944219,371
47,024
10 月
139,359
230,088
46,676
11 月
145,242
196,145
36,23412 月
142,215
168,199
48,5101月
182,950
177,037
51,1772月
184,248
45,6383月
207,275§５ 成果発表等(１)原著論文発表 （国内（和文）誌 0 件、国際（欧文）誌 7 件）
1. Masataka Takarabe, Daichi Shigemizu, Masaaki Kotera† Susumu Goto, andMinoru Kanehisa, “Network-based analysis and characterization of adverse
drug–drug interactions”, Journal of Chemical Information and Modeling, vol.
51, no. 11, pp. 2977-2985, 2011 (DOI: 10.1021/ci200367w)
2. Minoru Kanehisa, Susumu Goto, Yoko Sato, Miho Furumichi and Mao
Tanabe, “KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular
data sets”, Nucleic Acids Research, vol. 40 (Database Issue), pp. D109-D114,
2012 (DOI: 10.1093/nar/gkr988)
3. Minoru Kanehisa, “Molecular network analysis of diseases and drugs in
KEGG”. In "Data Mining for Systems Biology" (Mamitsuka, H., DeLisi, C.,
and Kanehisa, M., eds.), Humana Press, Methods Mol. Biol. vol. 939, pp.
263-275, 2013 (DOI: 10.1007/978-1-62703-107-3_17)
4. Ai Muto, Masaaki Kotera, Toshiaki Tokimatsu, Zenichi Nakagawa, Susumu
Goto, and Minoru Kanehisa, “Modular architecture of metabolic pathways
revealed by conserved sequences of reactions”, Journal of Chemical
Information and Modeling, vol. 53, No. 3, pp. 613-622, 2013 (DOI:
10.1021/ci3005379)
5. Minoru Kanehisa, “Chemical and genomic evolution of enzyme-catalyzed
reaction networks” FEBS Letters, vol. 587, no. 17, pp. 2731-2737, 2013 (DOI:
10.1016/j.febslet.2013.06.026)
6. Minoru Kanehisa, “Automated interpretation of metabolic capacity fromgenome and metagenome sequences”, Quantative Biology, vol. 1, no. 3, pp.
192-200, 2013 (DOI: 10.1007/s40484-013-0019-x)
7. Minoru Kanehisa, Susumu Goto, Yoko Sato, Masayuki Kawashima, Miho
Furumichi and Mao Tanabe, “Data, information, knowledge and principle:
back to metabolism in KEGG”, Nucleic Acids Research, vol. 42 (Database
Issue), pp. D199-D205, 2014 (DOI: 10.1093/nar/gkt1076)(２)その他の著作物（総説、書籍など）
1. 金久 實, “ゲノムと疾患・医薬品の統合データベース”, 細胞工学, vol. 31, no. 3, pp.
374-377, 2012.
2. 金久 實, “KEGG MEDICUS とお薬手帳”, ちば県薬誌, vol. 59, no. 6, p. 40,
2013.
3. 金久 實, “KEGG MEDICUS 医薬品情報サービスと電子お薬手帳”, 都薬雑誌,
vol. 36, no. 1, pp. 55-59, 2014.
(３)国際学会発表及び主要な国内学会発表① 招待講演（国内会議 8 件、国際会議 9 件）
1. Minoru Kanehisa, KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.
Practical Course "Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology",
Trieste, Italy, (2011/6/22)
2. 金久 實, 疾患・医薬品のネットワーク解析, 日本バイオインフォマティクス学会 応用シ
ステムバイオロジー研究会, 九州大学, 2011 年 6 月 27 日
3. Minoru Kanehisa, Changing roles of bioinformatics. ICR Symposium toCelebrate the Bioinformatics Center's 10 Year Anniversary, Kyoto, Japan,
2011 年 8 月 29 日
4. 金久 實, 知的財産としてのバイオインフォマティクス, CBI 学会・日本バイオインフォマ
ティクス学会合同大会, 神戸国際会議場, 2011 年 11 月 10 日
5. * Minoru Kanehisa, Translational bioinformatics: from genomes to health andsociety. Cold Spring Harbor Asia Conference on Bioinformatics of human andanimal genomics, Suzhou, China, 2011 年 11 月 14 日
6. * Minoru Kanehisa, Bench to bedside: changing roles of bioinformatics, 10th
InCoB - 1st ISCB Asia Joint Conference, Kuala Lumpur, Malaysia, 2011 年 11
月 30 日7. Minoru Kanehisa, KEGG: KEGG MEDICUS and LinkDB. FDA Workshop on
Disease Outbreak Detection in the Genomics Era, Arlington, USA, 2012 年 3月1日
8. 金久 實, KEGG MEDICUS と参加型医療, バイオグリッド研究会, 大阪, 2012 年 5月 26 日9. Minoru Kanehisa, KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes.
Practical Course "Bioinformatics: Computer Methods in Molecular Biology",
Trieste, Italy, 2012 年 6 月 27 日
10. * Minoru Kanehisa, Dual aspect of metabolism revealed by KEGG orthology
and reaction classification systems. Bioinformatics Research Infrastructure
for the Life Sciences: The First 10 Years of UniProt, Basel, Switzerland, 2012
年9月8日
11. Minoru Kanehisa, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes – metabolomics,
transcriptomics and other omics connection to pathways. Pathway of Toxicity
Workshop, Basel, Baltimore, USA, 2012 年 10 月 10 日
12. 金久 實, KEGG のゲノム解析と反応解析による代謝ネットワークのモジュール構造,
日本プロテオーム学会サテライトシンポジウム, 京都, 2013 年 1 月 18 日
13. 金久 實, 生物データベースと社会の接点, 日本学術会議シンポジウム, 名古屋,
2013 年 1 月 25 日
14. 金久 實, 反応系進化のロジック, 日本糖質学会ポストミーティング FCCA セミナー,
大阪, 2013 年 8 月 8 日
15. 金久 實, KEGG お薬手帳: 科学的知識で自分の健康を守る, 科学カフェ京都, 京都,2013 年 9 月 14 日
16. 金久 實, KEGG MEDICUS: ゲノムの知識からデジタルヘルスへ, BioJapan 2013,横浜, 2013 年 10 月 11 日
17. Minoru Kanehisa, KEGG Molecular Networks for Linking Genomes to Society,
5th International Symposium on Languages in Biology and Medicine (LBM
2013), Tokyo, Japan, 2013 年 12 月 12 日
② 口頭発表（国内会議 2 件、国際会議 3 件）
1. Minoru Kanehisa, Reaction modules: conserved chemical units in metabolic
pathways, Boston University, USA, 2012 年７月 1７日
2. 金久 實, KEGG MEDICUS と参加型医療, トーゴーの日シンポジウム, 東京, 2012年 10 月 5 日
3. Minoru Kanehisa, KEGG MEDICUS and participatory medicine. Mount
Sinai Medical Center, New York, USA, 2012 年１0 月 15 日
4. Minoru Kanehisa, KEGG MEDICUS for translational bioinformatics, Boston
University, USA, 2012 年１1 月 27 日
5. 金久 實, 自分の健康を守るデータベース, トーゴーの日シンポジウム, 東京, 2013 年
10 月 5 日③ ポスター発表なし

(４)知財出願なし(５)受賞・報道等① 受賞
なし② マスコミ（新聞・ＴＶ等）報道• 「健康まっぷ ネットにお薬手帳公開／効能や併用禁忌チェック」岐阜新聞 （2013 年 6
月 24 日）• 「薬情報サイト開設／成分、副作用 2 万 4000 種／京都大特任教授」宮崎日日新聞朝刊
13 頁（2013 年 6 月 21 日）• 「薬の情報 ネットで無料入手 京都大特任教授が「手帳」開発」四国新聞朝刊 15 頁
（2013 年 6 月 7 日）
• 「詳しい情報が分かる お薬手帳 ネットに公開、好評」京都新聞朝刊 15 頁（2013 年 6
月 4 日）• 「薬の情報ネットで提供 金久京大特任教授 データベース基に」東奥日報夕刊 4 頁（2013 年 6 月 3 日）
• 「薬の詳細情報正確に ネットで個人手帳作成」岩手日報朝刊 8 頁（2013 年 6 月 3 日）
• 「健康まっぷ 薬情報ネットで検索」佐賀新聞 4 頁（2013 年 6 月 3 日）
• 「京都大化学研究所／ネットで薬情報 無料提供」長崎新聞 7 頁（2013 年 6 月 3 日）
• 「成分・効果・副作用…すぐ分かる／ネット版“お薬手帳”／京大・金久教授が開発」沖縄
タイムス朝刊 16 頁（2013 年 6 月 3 日）
• 「正確な情報 無料で提供／薬の成分、効果、副作用など／金久實・京大特任教授が開発／役立つ「お薬手帳」活用を」下野新聞 19 頁（2013 年 5 月 31 日）• 「健康まっぷ＝ネット上に「お薬手帳」－効能や副作用無料で検索」静岡新聞朝刊 5 頁（2013 年 5 月 27 日）• 「データベース基に薬手帳／京大教授／正確な情報無料提供」中部経済新聞 15 頁
（2013 年 5 月 27 日）
③ その他
なし

§６ 研究開発期間中に主催した会議等
主なワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ等の活動
年月日

名称

場所

2012 年 12 KEGG MEDICUS の マ リ ン メ ッ セ 福岡
月 11〜14 日 展示・デモ2013 年 3 月 KEGG MEDICUS の 東 北 大 学 川 内
25〜27 日展示・デモ北キャンパス2013 年 12 KEGG MEDICUS の 神 戸 国 際 展 示
展示・デモ場
月 3〜5 日2014 年 3 月 KEGG MEDICUS の 明 治 大 学 生 田
28〜30 日
展示・デモ
キャンパス

参加人数

概要

100 人

日本分子生物学会年会
での展示
日本農芸化学会大会での展示
日本分子生物学会年会
での展示
日本農芸化学会大会で
の展示

60 人
150 人

§７ ユーザー評価結果への対応≪ 平 成 25 年 7 月 に 実 施 し た 「 NBDC に お け る 事 業 活 動 の ユ ー ザ ー 評 価 」（http://biosciencedbc.jp/user-hyouka-2013/result-summary）で得られたユーザーの意見、提案等 (詳細は別紙 2 を参照)に対し、実施済み若しくは実施予定の対応策等を具体的に記載してください。)①実施済み
KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース(英語版)
・ 化合物情報やタンパク質のファミリー情報はすでにリンクされている。
・ KEGG MEDICUS 英語版のインターフェースは 2012 年 1 月（研究開始９ヶ月後）に提供を始めたものであり、以前からあるとのコメントはこれを反映していると思われる。
・ 日本と米国の医薬品情報は 100%カバーしている。
KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース(日本語版)
・ KEGG MEDICUS 日本語版のインターフェースも 2012 年 1 月（研究開始９ヶ月後）に提供を始めたものであり、以前からあるとのコメントはこれを反映していると思われる。
・ 日本の医薬品情報はすでに 100%カバーし、薬剤師の方々の意見を取り入れて実用的なニーズに対応できるようにしている。
②実施予定
KEGG MEDICUS 疾患・医薬品統合リソース(英語版)
・ KEGG MEDICUS API の一部は RDF 形式をサポートする予定。
KEGG お薬手帳
・ お薬手帳は賛否両論であるので、NBDC プロジェクトではなく、他の形で継続・発展させる。

§８ その他（１）研究代表者として、研究開発、プロジェクト運営等について、上記以外に報告したいことがあれ
ば、自由に記載してください。
なし

以上