ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究開発実施報告書 様式

研 究 開 発 実 施 報 告□概要
研究開発課題名

プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化

開発対象データベー
スの名称（URL）

jPOST (Japan ProteOme STandard Repository/Database)(https://jpost.org/)

研究代表者氏名

石濱 泰

所属・役職

京都大学 大学院薬学研究科 教授 (2019 年 3 月時点)

□目次
§1. 研究実施体制 ............................................................. 2②

招待講演 ...................................................... 7§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等 ........... 2③

口頭講演 ...................................................... 8（1）データベース一覧 ............................................... 2④

ポスター発表 ............................................... 8（2）ツール等一覧 ...................................................... 2（4）知的財産権の出願 ............................................... 8§3. 実施内容..................................................................... 3（5）受賞・報道等 ...................................................... 9（1）本年度の研究開発計画と達成目標 ...................... 3①

受賞 ............................................................. 9（2）進捗状況 ............................................................. 4②

メディア報道 ............................................... 9③

その他の成果発表 ........................................ 9

4. 成果発表等 ................................................................... 6（1）原著論文発表 ...................................................... 6§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）①

論文数概要 .................................................. 6②

論文詳細情報 ............................................... 6......................................................................................... 9
1. 進捗ミーティング.................................................... 9（2）

その他の著作物（総説、書籍など） ............... 6

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリー（3）

国際学会および国内学会発表 .......................... 6

チ活動等 ..................................................................... 10①

概要 ............................................................. 6

§1. 研究実施体制
グループ名

石濱グル
ープ
五斗グル
ープ

研究代表者または主たる共同研究者
氏名

石濱 泰
五斗 進

所属機関・役職名

研究題目

京都大学・薬学研究科・ 再解析ワークフローの機能強化と新機能開教授
大学共同利用機関法人
情報・システム研究機
構
データサイエンス共同

発
データベースツールの深化およびオントロ
ジーの強化

利用基盤施設・教授

奥田グル
ープ
松本グル
ープ
荒木グル
ープ

奥田 修二郎新潟大学大学院医歯学

リポジトリの機能強化と新機能開発

総合研究科・准教授

松本 雅記
荒木 令江

九州大学生体防御医学

定量プロテオミクスデータベースおよびス

研究所・准教授

ペクトルライブラリ検索ツールの開発

熊本大学・大学院生命科

データベースキュレーションの深化と強化

学研究部（医学系）
・准教
授§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等（1）データベース一覧【主なデータベース】
No.

名称

1

Japan Proteome
Standard Repository/Database

jPOST

https://jpostdb.org

Japan Proteome Standard RepositoryJapan Proteome Standard Database

jPOSTrepo

https://repository.jpostdb.org/

jPOSTdbhttps://globe.jpostdb.org/

名称

別称・略称

2

3
【その他のデータベース】
No.

URL

別称・略称

1

jPOST repository demonstration

URL
https://rep-demo.jpostdb.org/

2

jPOST repository development

https://rep-dev.jpostdb.org/

3

jPOST database development

https://rep-db.jpostdb.org/
http://impaqt.jpost.org/iMPAQT/

4iMPAQT（2）ツール等一覧
No.

1

PRESTO

URL
https://github.com/PrestoTools/

2

iMPAQTquant

http://impaqt.jpost.org/iMPAQT/impaqtquant.html

名称

別称・略称

§3. 実施内容（1）本年度の研究開発計画と達成目標
本研究で提案するプロテオーム統合データベース jPOST は、リポジトリ部、再解析部およびデータベース部からなる。このうちデータベースは３つの DB（Cube, Globe, Slice）から構成される。
ある生物種の、ある生命現象に注目して、ある研究機関で取得されたプロテオーム情報は標準化されたの
ち、それぞれの Cube に格納される。それぞれの Cube は集積・統合され、Globe となる。それぞれの Cube には様々なタグ（例えば生物種タグや翻訳後修飾タグ）が付与されている。Globe 中から、あるタグの組み合わせを持った Cube を抽出し、再構成し、調べたいプロテオーム情報を調整したものが Slice である。ユーザーは、
自由にプロジェクト横断的に Globe をスライスし、目的情報 DB を作製できる。また、ユーザーは、これらのスラ
イスしたデータを外部にエクスポートすることも可能であり、手持ちのデータと組み合わせて解析できる。第 1期の開発では、リン酸化データおよび絶対量定量データの解析にフォーカスしたデータ可視化ツールを開発し、2018 年 3 月に一般公開した。第 2 期となる本研究では、5 年間で 5 研究開発テーマ、30 タスクについて
目標を達成する。2018 年度はその中から下記に示す 13 タスクについて実施する。
各テーマ、タスクについての主担当グループを表１に示す。

表 1 2018 年度の研究開発項目

１）リポジトリの機能強化と新機能開発：
PXC メンバーである jPOST リポジトリは、その国際的な知名度や高速アップローダーPRESTO システムにより、毎月 8-10 プロジェクト程度のデータデポジットが見込める。したがって、1 年間で 100 プロジェクトという目標は十分に達成可能であると考える。現状の機能を強化するため、Help 機能の充実、PXC の XML対応およびデータの修正に対する対応を行う。国際的な動向、とくにアジア地区の動向を調査するため、
HUPO 国際大会への参加や国際学会（2018 年 5 月に大阪でアジアオセアニア HUPO が開催予定：実行委員長：石濱（代表研究者））での jPOST セッションなどを積極的に行う。さらにサテライトイベントとして、PX
C パートナーである EBI-PRIDE とジョイントで proteogenome workshop を開催予定である。MS データだ
けではなく、PhosTag 電気泳動データのようなウェット研究者のニーズに合ったリポジトリを設計し、ユーザー層の拡大をはかる。

２）再解析ワークフローの機能強化と新機能開発：
第 1 期で開発した jPOST スコアの最適化をはかり、再解析ワークフローを確立する。また、確立したワー
クフローの全自動化をはかる。プロテオゲノミクスでは、その試料のゲノム情報が同時に利用可能な場合と一般的なゲノム情報を用いる場合にわけ、ゲノム配列に対して MSMS スペクトルの照合を行うプロテオゲノ
ミクス解析を行う。サーチ空間が広がるため、一般的に偽陽性率が上昇するが、jPOST スコアを用いた高精度解析を組み合わせることにより、偽陽性率を厳密にコントロールする。さらに、多生物種を含むプロテオーム解析を行うにあたっては、複数生物のゲノムデータベースを効率的に組み合わせることにより、メタプ
ロテオーム解析を行う。これについても偽陽性ヒットをいかに抑制するかがキーとなるため、jPOST スコアを中心に複数の手法を組み合わせながら最適化をはかる。これらについては、石濱 G が中心となり、ゲノム
データ解析については奥田 G と協力しながらすすめる。
３）データベースツールの深化とプロテオゲノミクスデータの可視化およびネットワーク解析ツールの開発：
jPOST のユニークさ、優位性を強調するため、proteoform にフォーカスした解析ツールとデータベース
開発を行う。また、プロテオゲノミクスに対応したスライスデータベースを作成する。スライスデータベースについて、シグナル伝達パスウェイや代謝ネットワークなどの生化学反応マップにデータを貼り付けるツール
開発を行う。これについては、ゲノム変異データなどのマルチオミクスに対応したデータ入力ができるようにする。既知パスウェイ情報のみでは限界があるため、タンパク質相互作用マップ等を利用した未知パスウェ
イに対する解析ツールを新たに開発する。ユーザーのニーズ調査が重要であるため、関連学会やキーパーソンへのインタビューなどを行いながら、より多くのニーズに対応した解析ツールの開発をおこなう。
４）オントロジーの深化と強化：
プロテオゲノミクス、マルチオミクス（メタボロミクス、リピドミクス）に対応したオントロジーの整備を行い、他の生命科学データベースとの連携を図る。PXC はメタボローム分野との連携を開始しており、Metabolome
Xchange とファイルフォーマットの共有を目指している。この動向調査も行う。
５）キュレーションの深化と強化：
プロテオゲノミクス・マルチオミクス対応およびキュレーション半自動化ワークフローの開発を行う。リポジトリ
ユーザーによるメタ情報入力について、プロテオゲノミクスやマルチオミクスに対応したシステムの構築を行う。同時に再解析対象データセットに対し、マニュアルキュレーションによりメタデータの整理をおこなう。登録データセットが公開になったタイミングで、用いた手法（プロトコル）とデータを論文として公開するための学術誌「Proteome Data & Methods」の準備を日本プロテオーム学会と協力しながらすすめる。これにより、良質なメタデータが自動的に付与されるシステムを構築でき、jPOST の持続的な維持体制構築に貢献できる。

（2）進捗状況
上記 13 タスクについての進捗を表２に示す。

表 2 2018 年度の研究開発項目と進捗状況
研究開発テーマ

リポジトリの機能強化と新機能開発

再解析ワークフローの機能強化と新機能開発

タスク

奥田G

PXCのXML対応

奥田G

データの修正に対する対応

奥田G

jPOSTスコアの確立

石濱G

ワークフローの全自動化

石濱G

プロテオゲノミクスデータの再解析

石濱G

メタゲノム配列データベースの整備

奥田G、石濱G

Proteoform解析ツールの開発

五斗G、松本G

データベースツールの深化とプロテオゲノミクスデータ
プロテオゲノミクス用スライスデータベースの可視化およびネットワーク解析ツールの開発

オントロジーの深化と強化
キュレーションの深化と強化担当グループHelp機能の充実

五斗G、荒木G

既知/新規パスウェイ解析ツールの開発

奥田G、石濱G

オントロジーの充実

五斗G

メタボロームデータ対応

荒木G、松本G

プロテオゲノミクスデータ対応

荒木G、松本G

専門論文誌の発行

荒木G、石濱G、五斗G

2018

進捗
○
○
○
○
○
○
○
○
○
○
○
○
○
○

基本的にはすべてのタスクについて開発は順調に進行している。以下、詳細を述べる。
１）リポジトリの機能強化と新機能開発：
リポジトリでは ProteomeXchange での共通ルール化に伴って、データ修正対応や XML 対応を行った。
また Help 機能の大幅な見直しを行い、ウェブ上で公開した。リポジトリ登録数は目標としていた年間 100
プロジェクトを大きく上回り、2018.2～2019.2 の 1 年間で 149 プロジェクトが登録された。アジア地区の動向調査を目的とし、HUPO 国際大会へ参加し、国際学会（2018 年 5 月に大阪でアジアオセアニア HUPOを開催：実行委員長：石濱（代表研究者））での jPOST セッションを企画、開催した。さらにサテライトイベン
トとして、PXC パートナーである EBI-PRIDE とジョイントで International proteogenome workshop in Ky
oto を開催した。
２）再解析ワークフローの機能強化と新機能開発：
第 1 期で開発した jPOST スコアの最適化をはかった。ICPC プロジェクトの進行に伴い、リン酸化部位決定に関してさらに展開する必要が出てきたため、一部、次年度に持ち越す予定であるが、基本的な再解析
ワークフローは確立することができた。プロテオゲノミクスでは、その試料のゲノム情報が同時に利用可能な場合と一般的なゲノム情報を用いる場合にわけ、ゲノム配列に対して MSMS スペクトルの照合を行うプロ
テオゲノミクス解析を行うこととした。DB-KERO との連携を模索し、KERO の標準試料（肺がん細胞 26 株）についてのプロテオーム測定を行い（これは本プロジェクト以外の予算で行った）、このデータセットを用いて、種々の検討を行うこととした。今期は 6 細胞株のゲノミクス及びプロテオミクスのデータを用いて jPOST
スコアを用いた検討を開始した。さらに、多生物種を含むプロテオーム解析を行うにあたり、ゲノム情報が十分でない生物に対する検討として、石濱 G と奥田 G が協力し、複数の魚プロテオームをモデルとした検討を開始した。
３）データベースツールの深化とプロテオゲノミクスデータの可視化およびネットワーク解析ツールの開発：
ChipAtlas との連携を積極的に行い、双方向の解析が可能なツールの開発を行った。特にデータベースのプロテオゲノミクス対応については、再解析、キュレーションも含めて本格的に着手した。KERO のコアデータを用いた連携も始まり、次年度も引き続き検討を行う予定である。スライスデータベースについて、シグナル伝達パスウェイや代謝ネットワーク解析ツール開発を行った。台湾 ICPC チームと連携し、ゲノム変異

データなどに対応した。さらに既知パスウェイ情報のみでは限界があるため、タンパク質相互作用マップ等を利用した未知パスウェイに対する解析ツールの開発に着手した。
UniProt との相互リンクが確立したため、新しいユーザーの獲得が期待できる。
４）オントロジーの深化と強化：
プロテオゲノミクス、マルチオミクス（メタボロミクス、リピドミクス）に対応したオントロジーの整備を行った。
HUPO Proteomics Standarｄs Initiative meeting に参加し、MetabolomeXchange や、Universal Spectr
um ID の動向調査を行った。
５）キュレーションの深化と強化：
キュレーションについては、メタデータ取得に向けて、新規データジャーナル Journal of Proteome Data and Methods の準備を進めた。すでに J-Stage への掲載が決定しており、必要なドキュメント、ルール等を整備した。

4. 成果発表等（1）原著論文発表① 論文数概要
種別

国内外

件数

国内（和文）

0件

国際（欧文）

1件

未発行論文

国内（和文）

0件(accepted, in press 等)

国際（欧文）

0件

発行済論文② 論文詳細情報
1. Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S., Watanabe, Y., Matsumoto, M., Takami, T., Kobayashi, D.,
Yamanouchi, Y., Araki, N., Yoshizawa, A. C., Tabata, T., Iwasaki, M., Sugiyama, N., Tanaka,S., Goto, S., and Ishihama, Y. “The jPOST environment: an integrated proteomics datarepository and database” Nucleic Acids Res. 47(D1):D1218-D1224 (2019). (DOI:
10.1093/nar/gky899).
（2） その他の著作物（総説、書籍など）
該当なし（3） 国際学会および国内学会発表
① 概要
種別

招待講演
口頭発表
ポスター発表

国内外

件数

国内

13 件

国際

6件

国内

2件

国際

1件

国内

2件

国際

2件

② 招待講演〈国内〉
1. 松本 雅記、情報/仮説駆動型プロテオミクス、第 16 回北里疾患プロテオーム研究会, 北里大学相模原キャンパス L1 号館 4 階 41 番教室、2019 年 3 月 15 日
2. 奥田修二郎、「がんゲノムインフォマティクスからプロテオゲノミクスへ」、Meta-Omics Workshop in K
yoto 2019、京都大学薬学部藤多記念ホール、2019 年 3 月 9 日
3. 荒木令江 プロテオミクスを基盤としたプロテオゲノム情報の疾患研究への応用, 口腔ブレインサイエ
ンスセミナー、九州大学、2019 年 2 月 22 日
4. 石濱 泰、キナーゼ収斂型リン酸化プロテオミクス、次世代脳プロジェクト冬のシンポジウム若手ワークショップ「トランスオミクスによる精神疾患の分子基盤解明に向けて」、学術総合センター、2018 年 12
月 12 日5. 石濱 泰、液相および気相分離を駆使した次世代ショットガンプロテオゲノミクス、ワークショップ「プロテオゲノミクスが解き明かす新たな分子ネットワークと次世代創薬研究への応用」, 第 41 回日本分子生物学会、パシフィコ横浜、2018 年 11 月 28 日
6. 荒木令江、南部新堀 晶子, 山崎義宗, 山ノ内祥訓, 當房浩一, 小林大樹, プロテオミクスを基盤としたプロテオゲノム情報の疾患研究への橋渡しとその応用, ワークショップ「プロテオゲノミクスが解き明
かす新たな分子ネットワークと次世代創薬研究への応用」, 第 41 回日本分子生物学会年会、パシフ
ィコ横浜、2018 年 11 月 28 日
7. 五斗進、守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、松本雅記、高見知代、小林大樹、山ノ内祥訓、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、岩崎未央、杉山直幸、田中聡、石濱 泰, 「jPOST プロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール」, ワークショップ「プロテオゲノミクスが解き明かす新たな分
子ネットワークと次世代創薬研究への応用」, 第 41 回日本分子生物学会年会、横浜、2018 年 11 月
28 日
8. 吉沢明康, プロテオーム質量分析データの解析, 臨床質量分析共用プラットフォーム（JST 先端研究
基盤共用促進事業）・第 3 回トレーニングコース, 横浜新都市ビル, 2018 年 11 月 12 日
9.
10.
11.
12.

13.

松本 雅記、中山 敬一、iMPAQT: a scalable and flexible platform for the quantification ofproteins of interest、第 91 回日本生化学会 京都国際会館、2018 年 10 月
吉沢明康, 質量分析法 meets ゲノム情報, BoF「質量情報から生物情報へ」, 第 7 回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2018), 鶴岡アートフォーラム, 2018 年 9 月 21 日
荒木令江、プロテオミクスを基盤とした融合オミクスによる腫瘍特異的ネットワーク解析, 第 69 回日本
電気泳動学会 30 年 08 月 09 日 北里大学相模原キャンパス (神奈川圏相模原)
吉沢明康, プロテオミクスは環境化学に貢献できるか？, 日本環境化学会－質量分析インフォマティ
クス研究会共催企画 I「環境化学を加速する質量分析インフォマティクス」, 第 27 回環境化学討論会,
沖縄県市町村自治会館, 2018 年 5 月 25 日
荒木令江 ショットガンプロテオミクスとネットワーク解析〜大規模に同定された分子群から如何に注目すべきネットワークを抽出するか〜, 電気泳動学会プロテオミクス・タンパク分析基礎講座 30 年 08
月 10 日北里大学相模原キャンパス (神奈川圏相模原)〈国際〉
1. M. Matsumoto “New platform for protein absolute quantification: a tool for pathway structure determination” 1st International symposium on Interdisciplinary Approaches to Integr
ative Understanding of Biological Signaling Networks, The Auditorium The Institute of Me
dical Science, The University of Tokyo, Feb. 02, 2019
2. N. Araki, A lesson of integrated proteomics．Cancer Research Academic Seminar 2019, Kh
on Kaen University, Jan. 22th 2019, Khon Kaen Thailand
3. Yasushi Ishihama, “Human Kinome and Phosphatome Profiling”, The 9th International Forum on Chemistry of Functional Organic Chemicals (IFOC-9), Yayoi Hall, The University of T

4.

5.

6.

okyo, 2018/11/19.
Yasushi Ishihama, “Human Kinome Profiling by Quantitative Phosphoproteomics”, 2018 Ann
ual meeting of Taiwan Proteomics Society, China Medical University (Taichung, Taiwan) 201
8/11/17
Shujiro Okuda, “Computational approaches towards understanding human genome, proteome, and proteogenome data”, 2018 Taiwan-Japan Joint Conference for Genomics and Proteog
enomics and Annual Retreat of Taiwan Genomics and Genetics Society, DoubleTree by Hilt
on Hotel Naha Shuri Castle, Japan (2018/8/31)
Y. Ishihama, Proteomic Data Integration and Sharing by jPOST Repository/Database. International Proteogenome Workshop in Kyoto, Fujita Memorial Hall, Kyoto University, May 19,
2018③ 口頭講演〈国内〉
1. 沖 真弥、石濱 泰, ChIP-seq とプロテオーム：公共データをつないで使う, トーゴ―の日 2018 シンポ
ジウム, 日本科学未来館, 2018 年 10 月 5 日
2. 松本 雅記、中山 敬一、iMPAQT ver.2.0: 拡張性と柔軟性を備えたタンパク質絶対定量プラットフォーム、MSP2018、ホテル阪急エキスポパーク（大阪）、2018 年 5 月〈国際〉
1. Norie Araki, Akiko Niibori-Nambu, Atit Silsirivanit, Daiki Kobayashi, Takuichiro Hide, Hideo
Namakumra, Junichi Kuratsu. Integrated phospho-glyco-proteogenomics identified the potent
ial clinical target signals against glioma stem cell. The 78th Japanese Cancer Research Meeting, International session, Sep 28,2018, Osaka④ ポスター発表〈国内〉
1.

守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡邉由、松本雅記、高見知代、小林大樹、山ノ内祥訓、荒木令江、
吉沢明康、田畑剛、岩崎未央、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱 泰、「プロテオーム統合データベースの機能深化」、第41回日本分子生物学会年会、横浜、（2018/11/28）

2.

奥田修二郎，渡辺由，守屋勇樹，河野信，松本雅記，高見知代，小林大樹，山ノ内祥訓，荒木令江，
吉沢明康，田畑剛，岩崎未央，杉山直幸，田中聡，五斗進，石濱泰, jPOST 統合環境の開発, トーゴ―の日 2018 シンポジウム, 日本科学未来館, 2018 年 10 月 5 日〈国際〉
1. Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama,
Utilizing peptide sequence tags for controlling false discovery rates in database search (ThP415), 66th ASMS (American Society for Mass Spectrometry) Conference on Mass Spectr
ometry and Allied Topics, San Diego Convention Center, 2018 年 6 月 7 日
2. Kobayashi, D., Araki, N., Okuda, S., Watanabe, Y., Moriya, Y., Kawano, S., Yamamoto, T., Matsumoto, T., Takami, T., Yoshizawa, A.C., Tabata, T., Iwasaki, M., Sugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S., Ishihama, Y., Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository,
Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)（日本質量分析学会・日本プロテオーム
学会・アジアオセアニアプロテオーム学会 2018 年合同大会）, ホテル阪急エキスポパーク, 2018 年 5 月 18 日
（4）知的財産権の出願該当なし

（5）受賞・報道等① 受賞
1. クロマトグラフィー科学会・学会賞、石濱 泰、2019 年 11 月 8 日② メディア報道
該当なし③ その他の成果発表
該当なし§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）
1. 進捗ミーティング
年月日

名称

場所

参加
人数

目的・概要

2018 年
4月3日

jPOST-TCM ミーティング

オンライン

16 人

チーム内ミーティング（非
公開）

京都大学

13 人

進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot
計画のデータ受入のためのオンライン打
ち合わせ
キックオフ・ミーティング2018 年4 月 9・10日2018 年5 月 14 日

チーム及び国外協力者ミーティング（非公開）

ホテル阪急エキスポパーク23 人2018 年5 月 16 日

チーム及び台湾 Cancer
Moonshot 計画との共同
ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
jPOST-TCM ミーティング

ホテル阪急エキスポパーク（MSP 会場）
京都大学

18 人

13 人

同上（前日の IPGW に連続して）

オンライン

16 人

情報系ミーティング（非公
開）

京都大学

8人

2018 年6 月 20 日

jPOST-TCM ミーティング

オンライン

16 人

2018 年7 月 15～20
日
2018 年
10 月 6 日
2018 年
10 月 18 日

国内版バイオハッカソンに 於 ける チ ー ム 内 情報
系ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
jPOST-TCM ミーティング

かんぽの宿
徳島

8人

MSP 会場での議論の補足などの打ち合
わせ
再解析プロトコルの改良のための、チーム内情報系メンバーとスウェーデン王立工科大 Kall 教授との打ち合わせ、及びオンラインでの UniProt との連携打ち
合わせ
進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot
計画のデータ受入のためのオンライン打
ち合わせ
特にメタデータのマニュアルキュレーショ
ンと再解析の連携のための共同開発

新潟大学東
京事務所
オンライン

13 人

進捗報告及び HUPO 報告

18 人

2018 年
11 月 1 日
2018 年
11 月 28 日

チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非
公開）

オンライン

10 人

パ シフィ コ 横浜（分子生物学11 人

進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot
計画のデータ受入のためのオンライン打ち合わせ
進捗報告及び開発計画オンライン打ち合
わせ
進捗報告・開発方針打ち合わせ（MSP 会場）

2018 年5 月 20 日
2018 年5 月 22 日
2018 年6 月 11・12
日

IPGW 参加者を含めて、データ連携及び再解析についての国際共同研究のための打ち合わせjPOST でプロテオゲノミクスデータを受け入れるための打ち合わせ

会会場）

2018 年
12 月 10 日

jPOST-TCM ミーティング

オンライン

16 人

進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot
計画のデータ受入のためのオンライン打2019 年
1 月 8・9 日

外部有識者会議

熊本大学東
京オフィス

25 人

2018 年1 月 14 日
2018 年1 月 15 日

チーム内ミーティング（非公開）
jPOST-TCM ミーティング

オンライン

10 人

オンライン

16 人

2019 年1 月 29・30
日2018 年2 月 12 日

研 究ミ ー ティン グ （ 非公
開）

15 人

jPOST-TCM ミーティング

柳川・白柳荘
＆かんぽの
宿柳川
オンライン

2019 年3 月 10～1
3日
2019 年3 月 13 日

研究ミーティング

京都大学

12 人

jPOST-TCM ミーティング

オンライン

16 人

16 人

ち合わせ
チーム内各グループ代表及び本チームが指定した外部有識者の意見交換による開発方針打ち合わせ進捗報告及び開発計画オンライン打ち合
わせ
進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot
計画のデータ受入のためのオンライン打
ち合わせ
開発方針打ち合わせ及び ChIP-Atlas との連携について、九州大学・沖講師との打ち合わせを合宿形式で実施
進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot
計画のデータ受入のためのオンライン打
ち合わせ
特に再解析プロトコルの改良のための、
スウェーデン王立工科大 Kall 教授との国際共同研究の打ち合わせ
台湾 Cancer Moonshot 計画のデータ受入のためのオンライン打ち合わせ

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ活動等
年月日

名称

場所

2019 年１月 22 日A lesson of integrated
proteomics: Cancer Re
search Academic Semi
nar

タイ国立コ
ンケン大学

2018 年
11 月 28 日～12 月 1 日

分子生物学会・jPOST ブ
ース出展

パシフィコ
横浜（分子生2018 年
11 月 28 日

第 41 回日本分子生物学会 年 会 ワ ーク シ ョッ
プ「プロテオゲノミク
スが解き明かす新たな分子ネットワークと次世代創薬研究への応用」
電気泳動学会プロテオ
ミクス・タンパク分析
基礎講座

パシフィコ
横浜（分子生北里大学

50 人

MSP・jPOST ブース出展

ホテル阪急
エキスポパ
ーク（MSP 会

25 人

2018 年
8 月 10 日

2018 年5 月 15 日
～18 日

参加人数

60 人

30 人

物学会会場）

100 人

物学会会場）場）

目的・概要

タイの癌研究におけるプロテオーム解析
技術の発展によって、プロテオームデー
タベースの活用が必要不可欠となっている。jPOST を含む公共のデータベースを紹介し、癌研究にこれらのデータベー
スをいかに応用するかに関する講義を行った。
日本最大の生命科学系学会である分子生物学会参加者に対し、jPOST の内容
説明やデータ登録を補佐するためのブースを出展
jPOST の紹介と、その創薬研究への応用例を紹介するとともに、ゲノム分野との統合方法論と様々な生命科学分野への波及効果促進を目的としたワークショッ
プを、日本分子生物学会にて企画した。

大規模なプロテオミクスデータをいかに
データベースに格納し、どのように生命科学分野に活用するかに関する基礎概
念と方法論を提供した。
jPOST の主力ユーザーであるプロテオーム学会・質量分析学会の参加者に対し、jPOST の内容説明やデータ登録を補佐するためのブースを出展
以上

別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

正式名称

Japan Proteome
Standard
Repository/Database

別称・略称

jPOST

1

jPOSTrepo
2

7

本DBは、国内外に散在している種々のプ https://jpostdb
ロテオーム情報を標準化・統合・一元管 .org
理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合デー
タベースです。リポジトリパート、再解析パート、データベースパートからなり、現在はリポジトリパートとデータ
ベースパートを公開しています（2018年
3月）。
データベースにはプロジェクトの名称、説明、サンプル情報や、関連タンパク質のパスウェイマップによる絞り込みリストをまとめた「Dataset」と、タンパク質のID、アミノ酸配列、ペプチド情報へのリンクをまとめた「Protein」の一覧があります。生物種、サンプルタイプ、疾患名などによる検索が可能です。

jPOST repository

jPOSTリポジトリシステムでデータ公開を気に https://rep2016/5/2
せず試しに利用してもらうためのデモサイト。 demo.jpostdb.o

PRESTO

登録ファイルを高速にサーバーに転送するた https://github. 2018/8/19
めに、ファイルをチャンクに分割し、並列転送 com/PrestoTools/を実行するツール。
本DBは、再解析後のデータ（Cubeと呼 http://globe.jp 2018/3/26
ぶ）を一元化しデータベース化したもの ostdb.org/
で（Globeと呼ぶ）、様々なフィルターによりプロジェクトを串刺しにして目的
データセット（Sliceと呼ぶ）を抽出し、解析するものである。

rg/

jPOSTdb

Japan
ProteOme
STandard
DatabaseiMPAQTin vitro
proteomeassisted
MRM forProtein
Absolute
iMPAQTquant is atool foranalysis of
MRM

5

6

公開日

Japan
ユーザによる質量分析の生データ、ピー https://reposit 2016/5/2
ProteOme クリスト、解析データを登録するための ory.jpostdb.org/
STandard リポジトリ。ProtemoeXchange (PX)
Repository Consortiumに加盟し、登録ユーザが論文投稿する際に必要となるPX IDを発行する。

3 demonstration
4

URL

概要

iMPAQTquantin vitroにおいて網羅的に合成した組換え http://impaqt.j 2016/12/25
タンパク質を用いて，MS/MSスペクトル post.org/iMPA
QT/を取得しデータベースを構築。
Description、GeneID、Pathway,GOなどで検索したタンパク質のMRMtransitionファ
イルをダウンロード可能。
多重反応モニタリング法による計測に必 http://impaqt.j 2016/12/25
要な情報を格納したデータベースと定量 post.org/iMPA
QT/impaqtqua
解析のためのツール
nt.html

状態

分類

維持・発展

データ
ベース等

関連論文

Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y,
Kawano S, Yamamoto T, Matsumoto
M, Takami T, Kobayashi D, Araki N,
Yoshizawa AC, Tabata T, Sugiyama
N, Goto S, Ishihama Y.: “jPOSTrepo:
データ an international standard data
維持・発展
ベース等 repository for proteomes”, Nucleic
Acid Research, Database Issue, 45(D1): D1107-D1111, 2017 (DOI:
10.1093/nar/gkw1080)
維持・発展

データ
ベース等

維持・発展 ツール等

Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S.,
Watanabe, Y., Matsumoto, M.,
Takami, T., Kobayashi, D.,
Yamanouchi, Y., Araki, N.,
Yoshizawa, A. C., Tabata, T., Iwasaki,
データ M., Sugiyama, N., Tanaka, S., Goto, S.,
維持・発展
ベース等 and Ishihama, Y. The jPOST
environment: an integrated
proteomics data repository anddatabase.
Nucleic Acids Res.
47(D1):D1218-D1224 (2019). doi:
10.1093/nar/gky899.

Matsumoto, M., Matsuzaki, F.,
Oshikawa, K., Goshima, N., Mori, M.,
et al. (2016). A large-scale targeted
データ
proteomics assay resource based on
維持・発展
ベース等
an in vitro human proteome. Nature
Methods. 14, 251-258.
Matsumoto, M., Matsuzaki, F.,
Oshikawa, K., Goshima, N., Mori, M.,
et al. (2016). A large-scale targeted
維持・発展 ツール等
proteomics assay resource based on
an in vitro human proteome. Nature
Methods. 14, 251-258.