ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究開発実施報告書 様式

研 究 開 発 実 施 報 告□概要
研究開発課題名

糖鎖科学ポータルの構築

開発対象データベー
スの名称（URL）

GlyCosmos Portal(https://glycosmos.org/)

研究代表者氏名

木下 聖子

所属・役職

創価大学 理工学部 教授 (2020 年 3 月時点)

□目次
§1. 研究実施体制....................................................................................... 2§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等 ................. 3①

概要 ...................................................................................... 8（1）データベース一覧 ................................................................... 3②

招待講演 ............................................................................ 8（2）ツール等一覧 ............................................................................. 3③

口頭講演 ............................................................................ 8§3. 実施内容................................................................................................. 4④

ポスター発表 .................................................................. 9（1）本年度の研究開発計画と達成目標 ................................ 4（2）進捗状況 ....................................................................................... 5§4. 成果発表等............................................................................................ 7（1）原著論文発表 ............................................................................. 7（4）知的財産権の出願................................................................... 9（5）受賞・報道等.......................................................................... 10§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）.......................................................................................................................... 11①

論文数概要 ....................................................................... 7

1. 進捗ミーティング ...................................................................... 11②

論文詳細情報 .................................................................. 7

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリー（2）

その他の著作物（総説、書籍など） ...................... 7チ活動等 ................................................................................................ 11（3）

国際学会および国内学会発表 ..................................... 8§1. 研究実施体制

グループ名

研究代表者または主たる共同研究者
氏名

所属機関・役職名

研究題目

創価大学
グループ

木下 聖子

創価大学・教授

複合糖質リポジトリの開発および糖鎖パスウェ
イデータの整理・データベース化

野口研究
所グルー
プ

山田 一作

野口研究所・プロジェク
トリーダー

糖鎖構造解析ツールおよび複合糖質構造データベースの開発

新潟大学
グループ

奥田 修二郎

新潟大学・准教授

キュレーションシステムの開発および糖鎖遺伝子の環境分布情報の収集・整理

産総研グ
ループ

梶 裕之

産総研・研究グループ
長 (2020年3月時点)

ACGG-DBの機能拡張とGlyCosmos portalとの連携およびアジア地域との連携

SparqLiteグループ

青木 ポール信行

SparqLite・研究員

Glycosmosリポジトリの開発、バッチ処理システムの開発、認証システム及びユーザー管理
システムの開発

§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等（1）データベース一覧【主なデータベース】
No.

名称

1

GlyCosmos Portal

別称・略称

GlyCosmos

URL

https://glycosmos.org【その他のデータベース】
No.

名称

別称・略称

1

GlyTouCan

https://glytoucan.org

2

ACGG-DBhttps://acgg.asia/db/

3

GlycoNAVI

4

GlycoPOST

https://glycopost.glycosmos.org

5

LM-GlycomeAtlas

https://glycosmos.org/lm_glycomeatlas/index

グライコナビ

URL

https://glyconavi.org（2）ツール等一覧
No.

名称

1

Glycobiology Curation System

2

ProtVista

別称・略称

URL

未定
糖タンパク質ビューア未定

3Glycan Format Co
nverter

https://github.com/glycoinfo/GlycanFormatConverter

4

WURCSFramework

WFW

https://github.com/glycoinfo/wurcsframework

5

GGDonto オントロジー

GGDontohttps://acgg.asia/db/diseases/html/ggdonto.html

6

GlycanBuilder

7

GlycoConjugate O
ntology8

SugarDrawer

https://gitlab.com/glycosmos/sugardrawer

9

PDB2Glycan

https://gitlab.com/glyconavi/pdb2glycan

https://github.com/glycoinfo/GlycanBuilder2
GlycoCoO

https://github.com/glycoinfo/GlycoCoO§3. 実施内容（1）本年度の研究開発計画と達成目標【創価大学】
GlyCosmos Portal の公開およびデータの充実・統合を実施し、論文を執筆する。GlyTouCan の更新および Gl
yComb の開発を開始する予定であったが、GlyTouCan の更新が多大なものになったため、GlyComb の開発を保留し、GlyTouCan のバージョン３開発を優先的に行うことにした。GlycoPOST の開発も進めた中で、ヨーロッパのUniCarb-DR の開発依頼があり、その引継ぎと GlyCosmos への導入も決定し、GlycoPOST とのスムーズな連携について検討することにした。GlyCosmos ポータルについてのユーザーフィードバックも収集し、ユーザーインター
フェースの改善を行う。キュレーションシステムの開発も新潟大グループと DBCLS と開始する。
本研究総括として、分担研究者のデータをまとめて統合化し、他の GlySpace Alliance のメンバーとの情報交換を行えるようにする。
【野口研究所】
糖鎖構造表記法である WURCS は、既に国際糖鎖構造リポジトリ（GlyTouCan）にも利用しているが、今後より広範囲の曖昧性を含む糖質構造を扱う必要がある。特にバクテリアや植物に含まれる糖質構造のデータベースには複雑な糖鎖構造が含まれており、これらの糖鎖構造を表現するために前年度整理した追加仕様の開発を実施するとともに、WURCS を扱う基盤である WURCSFramework の仕様変更による他のツールへの影響の調査・改良を実施した。また、各種データベースを糖鎖構造から検索するためのグラフィカルインターフェイス SugarDrawer
を木下 G と協働で開発した。
さらに、複合糖質構造について PDBj (http://pdbj.org/) に登録されているデータから糖質構造等を解析・抽出するツール PDB2Glycan を開発し、PDBj グループと連携し wwPDB における OneDep システムへの組み込みを検討した。
【新潟大学】
糖鎖関連の情報を自動的にキュレーションするためのシステムの開発を継続して実施する。本課題は DBCLS・
金特任准教授との共同研究であり、PubAnnotation および PubDictionaries を利用して、効率的に糖鎖関連の情報を取得できるようなシステムについて、概ね設計はできていることから、本年度はこれをより多くの糖鎖関連ター
ムにおいて実行できるように開発を進める。
環境中の糖鎖関連遺伝子の分布については、それぞれの遺伝子配列がどの環境における微生物が保有しているかを検出するため、特定の環境中から得られた環境メタゲノム配列にマッピングし、環境中での糖鎖関連遺伝子検出におけるアルゴリズムについてその精度評価が概ね完了したことから、得られたデータをデータベース化について進める予定である。
【産総研】
産総研グループは ACGG-DB（GGDB、GlycoProtDB、LfDB 他）の開発を進め、安定的なデータの更新と DB公開を行う。ユーザー目線のインターフェースの改良を実施し ACGG サイトを充実させ利用者数の拡大を図ることにより、国際 DB として使用されることを目指す。
具体的には、産総研 創薬基盤部門の連携研究者にて収集されたグライコプロテオミクスのデータやレクチンア
フィニティクロマトグラフィの未公開データについて公開を進める。レクチンアレイ解析によるグライコミクスのデー
タを DB 化し公開を行う。GGDB のアノテーションの更新を促すために、連携研究者に対して PubMed 情報を提供するシステムを進める。また、定期的に実施しているにユーザーミーティングで指摘された DB の改善リストに従い、使える DB を目指す。さらに、２年次で進めた ACGG-DB と GlyTouCan との間でのデータの変換方法の確立
や GlyCosmos へのデータ提供など連携をさらに推進する。

【合同会社 SparqLite】
GlyTouCan のシステム関係の改善（創価大と協働）に伴い、リポジトリシステムに必要なバッチソフトウェアの開発を継続して実施する。また、バッチソフトウェアによるデータ生成の関係で、扱えるデータが拡張されるため、UI周りの開発も継続して進める。GlyComb リポジトリの開発においても同様に必要なバッチソフトウェア開発を実施する予定である。
（2）進捗状況【創価大学】
GlyCosmos Portal の管理・運営を進め、2019 年 4 月 1 日に日本糖質学会のオフィシャルポータルサイトとして公開した後、２回のアップデート（8 月、12 月）を実施している。ユーザビリティ調査の結果、3 月末までに多くの変更を実施した。その中で、GlyCosmos GlycoGenes, GlycoProteins, Lectins, Glycolipids, Pathways と Organisms が統合化したデータセットとして絞り込み、見やすくした。また、PubChem との連携を通して、GlycoGenes のリス
トに GDGDB の疾患関連遺伝子も含めるようにした。さらに、KEGG Orthology のデータも含めたため、FlyGlyco
DB の遺伝子を含めて、合計で 14,254 件の糖鎖関連遺伝子データを統合化できた。Glycoproteins は主に UniP
rot のデータに糖鎖構造の GlyTouCan ID を付加し、MCAW-DB の糖鎖結合実験データと統合化した。その結果、46,248 件の糖タンパク質データを集約できた。Lectins は UniProt と PDB で両方にレクチンとして存在するエントリーが収集されており、今後 ACGG-DB の LfDB データと連携する予定である（LfDB に UniProt ID をつける必要がある）。現在は 273 件分のデータを公開している。Glycolipids として、主に Lipid Maps の遺伝子やプロテ
オームデータを格納しており、糖鎖に関連する物だけに絞っている。なお、これらのデータに生物種情報が多くついていたため、GlyCosmos Organisms として、生物種から入り、遺伝子、糖鎖構造、糖タンパク質、脂質とパスウェイにリンクできるようにした。現在 21,487 件の Organism が登録されている。また、GlyCosmos Glycans の部分
では、糖鎖リストは GlyTouCan にあるため、初期バージョンではメタデータによる検索機能を様々導入した。例えば、生物種による検索、単糖組成による検索など、ユーザーが求められる検索方法を提供した。
GlyCosmos Portal の機能として、横断検索を導入し、キーワードからこれらのデータを検索し、それぞれのデー
タセットのヒット数が表示できるようにした。また、GlycoGenes, GlycoProteins および Organisms の一覧表示に特
殊な Web component を開発し、データの検索、ソート、ダウンロードなどが効率よく行えるようにした。そして各データセットのメタデータ（更新日や元のデータ情報、URL など）の一覧が見えるようにし、About ページに国際交流している先（International Collaboration）や日本糖質学会の GlyCosmos 運営委員会の名簿や、本ポータルへの貢献者情報を公開した。
これらをまとめて、Nature Methods 誌に論文を投稿した。また、Society for Glycobiology の年会でブースを展示し、多くのユーザーにアンケートに答えていただいた。
【野口研究所】
GlyCosmos Database の設計・開発を木下 G と協働して実施した。また、糖鎖表記法 WURCS の曖昧構造を含む糖鎖についての仕様について検討した。また、WURCS を処理する WURCSFramework の修正を実施すると共に、WURCSFramework を活用し、木下 G と共に GlycanFormatConverter の改良を実施した。また、Protein Data
Bank(PDB)に含まれる糖鎖データ解析ツール PDB2Glycan の開発し、PDBj グループとの連携し、ｗｗPDB の O
neDep システムへの組み込みを検討した。これらの複合糖質構造関連のデータを解析し、複合糖質を含む糖鎖
立体構造のデータベースの開発を実施した。
【新潟大学】
グライコミクス・グライコプロテオミクスの質量分析データの受け入れを担うリポジトリ GlycoPOST の開発を継続して実施した。この GlycoPOST は、プロテオーム統合データベースプロジェクト（代表：石濱泰）で、すでに開発されている質量分析データのリポジトリである jPOST リポジトリの機能を継承し、新規にグライコミクス・グライコプロテオ
ミクスのデータに特化する形で開発し、相互にデータの参照が可能となる他、高速なアップロード、入力作業の簡便性といった特徴を引き継いだ状態で現在運用されている。GlycoPOST 独自の仕様としては、MIRAGE ガイドラ
インとの互換性があげられ、MIRAGE Project の提唱する糖鎖関連実験を報告する際のガイドラインに準拠したメ
タデータの登録、インポ ートおよびエクスポートについて改良を加えた。また、糖鎖遺伝子の環境分布をデータベース化するため、糖鎖関連遺伝子の配列情報をｄｂCAN や CAZy より収集し、各種メタゲノムデータにマッピン
グするアルゴリズムを開発した。これにより、糖転移酵素、グリコシダーゼ、糖ヌクレオチドトランスポーターなどの基本的な糖鎖関連遺伝子について、それぞれの環境での特徴を考察できるデータの生成を行っている。さらに、
糖鎖関連タームについて自動的にアノテーションをつけるためのシステムを DBCLS・金特任准教授と共同で開発しているが、GlycoEpitope で利用されているタームについて、関連する論文、疾患名、臓器名を取得するための仕組みを開発し、現在ではその精度について検証中である。
【産総研】
産総研グループ：昨年度に引き続き ACGG-DB（GGDB、GlycoProtDB、LfDB など）を中心に公開した。AC
GG-DB 自体の進捗として、産総研の連携研究者の協力を得て LfDB や GlycoProtDB はデータの公開用の編集を進めた。GGDB のアップデータに必要な論文情報の収集には PubAnnotation（DBCLS 金氏）を利用するための Dictionary 開発を進めた。産総研オリジナル技術であるレクチンアレイ解析を用いてマウス臓器ごとにおける解析データが蓄積されたことを受け、創価大グループと共に GlycomeAtlas をベースに開発を進め、LM-GlycomeAtlas（https://glycosmos.org/lm_glycomeatlas/index）を発表公開した。GlyCosmos ポータルとの共同においては、
GlycoProtDB や LfDB の RFD 化したデータを提供し、GlyCosmos での公開を開始した。さらに、構造による DB
間の繋がりを改良するために、GlycoProtDB の RDF ツリーへの GlycoCoO 関連情報の追加を進めた。また、１１
回 ACGG（韓国釜山）での広報活動や Glycoforum での ACGG-DB の紹介を行った。
【合同会社 SparqLite】
GlyTouCan の登録システムの再検討が行われ、登録システムのモジュール化の対応を行った。具体的には、ユーザーから受付けた糖鎖構造に対して、バッチソフトウェアによる処理の実装を行なった。これにより、GlyTouCanで受付けた糖鎖構造の表記形式、データの検証、アクセッション番号の付与といった処理を分離し、個別のバッ
チソフトウェアで処理ができるようになった。また、システムの保守性を確保し、追加のメタデータ付与などの処理を実施できる環境とした。このバッチ処理では RDF データの取得・更新を行なっているが、この RDF 操作では、
DBCLS が開発した SparqList をバッチソフトウェアに組み込んで処理している。
バッチ処理によって生成したデータを可視化するため、インターフェースの更新も行なった。webcomponent の技術を利用し、糖鎖構造のイメージ、WURCS 形式の検証結果の表示を共有できる部品（コンポーネント）として開発し、GlyTouCan に実装した。具体的には、各ユーザーが登録した構造を一覧として確認できるページ、およびそれらをダウンロードする機能である。

§4. 成果発表等（1）原著論文発表① 論文数概要
種別

国内外

件数

国内（和文）

8件

国際（欧文）

3件

未発行論文

国内（和文）

0件(accepted, in press 等)

国際（欧文）

0件

発行済論文② 論文詳細情報
1. Chiaki Nagai-Okatani, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Shuichi Kakuda, Misugi Nagai, Kozue Hagiwara,
Katsue Kiyohara, Noriaki Fujita, Yoshinori Suzuki, Takashi Sato, Kiyohiko Angata, Atsushi Kuno,"LM-GlycomeAtlas Ver. 1.0: A Novel Visualization Tool for Lectin Microarray-Based Glycomic
Profiles of Mouse Tissue Sections.", Molecules, vol. 24, No. 16, pp. 2962, 2019. (DOI:10.3390/
molecules24162962).
2. Rojas-Macias Miguel A, Mariethoz Julien, Andersson Peter, Jin Chunsheng, Venkatakrishnan Vignesh, Aoki Nobuyuki P, Shinmachi Daisuke, Ashwood Christopher, Madunic Katarina, Zhang Tao,
Miller Rebecca L, Horlacher Oliver, Struwe Weston B, Watanabe Yu, Okuda Shujiro, LevanderFredrik, Kolarich Daniel, Rudd Pauline M, Wuhrer Manfred, Kettner Carsten, Packer Nicolle H,
Aoki-Kinoshita Kiyoko F, Lisacek Frederique, Karlsson Niclas G, "Towards a standardized bioinf
ormatics infrastructure for N- and O-glycomics.", NATURE COMMUNICATIONS, vol. 10, pp. 3
275, 2019. (DOI:10.1038/s41467-019-11131-x, Web of Science ID：WOS:000476721900023).
3. Tsuchiya Shinichiro, Yamada Issaku, Aoki-Kinoshita Kiyoko F, "GlycanFormatConverter: a conve
rsion tool for translating the complexities of glycans.", BIOINFORMATICS, vol. 35, No.14, pp.2
434-2440, 2019. (DOI:10.1093/bioinformatics/bty990, Web of Science ID：WOS:00047770360008
2).
（2） その他の著作物（総説、書籍など）
1.

木下聖子（編集者）. Glycan and Database. Glycoforum. 2019.

2.

木下聖子. 糖鎖命名法及び糖鎖関連リソースの概要（Glycan Nomenclature and Summary of Glycan-rela
ted Resources）、Glycoforum. Glycan and Database 第１回. Vol.22 (1), A2. https://www.glycoforum.gr.
jp/article/22A2J.html, 2019.

3.

木下聖子. GlyCosmos ポータルと MIRAGE（GlyCosmos Portal and MIRAGE）. Glycoforum. Glycan andDatabase 第２回. Vol.22 (2), A5. https://www.glycoforum.gr.jp/article/22A5J.html 2019.

4.
5.

赤瀬幸子、安形清彦、糖鎖関連遺伝子のデータベースの現状（GGDB, FlyGlycoDB）、Glycoforum Vol.22(3), A7: Glycan and Database; https://www.glycoforum.gr.jp/article/22A7J.html, 2019
細田正恵、安形清彦、レクチンのデータベースの現状（LfDB, LM-GlycomeAtlas, GlyCosmos Lectins MCAW-DB）、Glycoforum Vol.22 (4), A10: Glycan and Database; https://glycoforum.gr.jp/article/22A
10J.html, 2019

6.

7.

8.

山田 一作、安形 清彦、渡辺 由、小野 多美子、複合糖質のデータベース（GlyCosmos Glycoproteins an
d glycolipid、GlycoProtDB、GlycoNAVI -TCarp、GlycoPOST）、Glycoforum Vol.23 (1), A2 V: Glycan and Database; https://glycoforum.gr.jp/article/23A2J.html, 2020
小野 多美子、安形 清彦、糖鎖合成パスウェイと糖鎖疾患のデータベース(Glycosmos Pathways, GDGDB,PACDB)、Glycoforum Vol.23 (1), A2 V: Glycan and Database; https://glycoforum.gr.jp/article/23A2
J.html, 2020
N.Taniguchi, T. Endo, J. Hirabayashi, S. Nishihara, K. Kadomatsu, K. Akiyoshi, K. F. Aoki-Kinoshita.
Glycoscience: Basic Science to Applications. Springer. 2019.

（3） 国際学会および国内学会発表
① 概要
種別

招待講演
口頭発表
ポスター発表

国内外

件数

国内

2件

国際

1件

国内

4件

国際

5件

国内

5件

国際

2件

② 招待講演〈国内〉
1. 山田一作、糖鎖科学における研究データ管理、第３回 SPARC Japan セミナー2019、東京、2019 年 2 月
7日
2. 山田一作、糖鎖科学の情報基盤構築、創価大学理工学部生命システム融合センターキックオフ、東京、
2019 年 4 月 12 日
〈国際〉
1. Kiyoko F. Aoki-Kinoshita. Glycoprotein Data Visualization in GlyCosmos. Beilstein Symposium on Glyco-Bioinformatics. 招待公演. 6 月 25 日〜27 日、リズボン、ドイツ③ 口頭講演〈国内〉
1. 木下聖子. 糖鎖科学ポータル GlyCosmos. 第３８回日本糖質学会年会. 名古屋大学、8 月 19 日
2. 山田一作、GlycoNAVI〜糖鎖立体構造とグライコフォーム、第 38 回日本糖質学会年会、名古屋大学、
2019 年 8 月 19 日
3. 奥田修二郎、糖鎖・糖タンパク質用質量分析リポジトリ GlycoPOST の開発、第 38 回日本糖質学会年会、名古屋大学、8 月 19 日
4. 栂谷内 晶、糖鎖研究に役立つデータベース開発を目指して：ACGG-DB、第 38 回日本糖質学会年会、名古屋、2019 年 8 月 19 日〈国際〉
1. Kiyoko F. Aoki-Kinoshita. The GlyCosmos Portal, ACGG-DB and the GlySpace Alliance: creatin

g a global infrastructure for glycoscience data. 25th International Symposium on Glycoconjugates(GLYCO25). 8 月 25 日〜31 日、ミラノ、イタリア
2. Issaku Yamada, Nobuyuki Miura, Shinichiro Tsuchiya and Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Notation for
identification of glycans contained in glycoproteins, glycolipids, and other biomolecular structure
data, American Chemical Society National Meeting & Expo, 2019 年 8 月 27 日
3. 岡谷 千晶、木下聖子、角田修一、永井美杉、萩原 梢、黒須 克恵、藤田 典昭、鈴木 芳典、佐藤隆、安形 清彦、久野 敦、Visualization of a lectin microarray-based dataset for mouse tissue glycome mapping by a novel online tool, LM-GlycomeAtlas、18th Human Proteome Organization Wor
ld Congress (HUPO2019)、アデレード（オーストラリア）、2019 年 9 月 14 日
4. Kiyoko F. Aoki-Kinoshita. The GlyCosmos Portal as a part of the GlySpace Alliance:
towards an international glyco-data science collaboration environment. Society for Glycobiology A
nnual Meeting. 11 月 2 日〜5 日、フェニクス、米国
5. Kiyoko F. Aoki-Kinoshita. ACGG-DB and the GlyCosmos Portal. 11th ACGG. 11 月 11 日〜14
日、釜山、韓国④ ポスター発表〈国内〉
1. 山田一作、木下聖子、GlycoNAVI: 蛋白質の糖鎖修飾・結合部位、第 19 回日本蛋白質科学会年会、2019 年 6 月 25 日
2. 細田正恵、高橋悠志、塩田正明、新町大輔、天笠英治郎、木下聖子. 糖鎖アレイ実験データを解析した結果の MCAW-DB データベース構築. 第 38 回日本糖質学会年会. 2019 年 8 月.
3. 山田一作、木下聖子、GlycoNAVI: 糖蛋白質の糖鎖の立体構造と不均一性、トーゴーの日シンポジウ
ム 2019、2019 年 10 月 5 日
4. 山田一作、塩田正明、藤田晶大、土屋伸一郎、小野多美子、細田正恵、クオカ・ズカ、李宣明、藤田典昭、鈴木芳典、安形清彦、梶裕之、木下聖子. GlyCosmos Data Resources.トーゴーの日シンポジウム
2019 ～バイオデータベース：つないで使う～. 2019 年 10 月. 東京.
5. 木下聖子、青木ポール信行、新町大輔、奥田修二郎、渡辺由、土屋伸一郎、藤田晶大、塩田正明、山田一作. GlyCosmos Repositories. トーゴーの日シンポジウム 2019 ～バイオデータベース：つないで使う～. 2019 年 10 月. 東京.
〈国際〉
1. Masae Hosoda, Yushi Takahashi, Masaaki Shiota, Daisuke Shinmachi, Eijiro Amagasa and Kiyoko
F. Aoki-Kinoshita. Development of a database of glycan-binding analysis results of glycan arrayexperimental data. 25th International Symposium on Glycoconjugates (GLYCO25). 8 月 25 日〜31
日、ミラノ、イタリア. p.41.
2. Issaku Yamada and Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, GlycoNAVI: Three-Dimensional Structure and Het
erogeneity of Glycans in Glycoprotein, 2019 Society for Glycobiology ANNUAL MEETING, フェニックス（米国）2019 年 11 月 4 日（4）知的財産権の出願該当なし

（5）受賞・報道等
該当なし§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）
1. 進捗ミーティング
年月日

名称

場所

参加人数

目的・概要

2019 年
4月1日

DB 全体会議

Online13 人

進捗報告、検討事項の確認

2019 年7 月 16 日

DB 全体会議

野口研究所

11 人

同上

2020 年1 月 24 日

DB 全体会議

創価大学

19 人

同上

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ活動等
特になし
以上別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

1

正式名称

概要

別称・略称

ACGG-DB

URL

公開日

https://acgg.asia/db/

本DBは、糖鎖の立体構造・名称や疾患に関連した糖鎖構造などを収録しています。

https://glyconavi.org

2011/4/1

WURCSFramewor
3k

糖鎖構造を扱うためのフレームワーク

https://github.com/glycoinf
o/wurcsframework

2017/5/17

糖鎖構造データを収録した国際糖鎖構造リポジトリです。単糖類組成からグリコシド結合形状などの明確な構造まで、構造に不一致がない限り世界的にユニークなアクセッション番号を付けて登録することができます。キーワード、モチーフ、糖鎖構造画像からの検索、モチーフや糖鎖のリストからのブラウズが可能です。
糖鎖描画ツール

https://glytoucan.org

2015/7/15

GlycoPOST

グライコミスク・グライコプロテオミクス質量分析データのリポジ
トリhttps://glycopost.glycosmos. 2019/4/1
org

GlyCosmos Portal

日本糖質学会による公式ポータルサイトです。 糖タンパク質や糖脂

https://glycosmos.org

GlyTouCan

GlycanBuilder

2017/4/14

5

6

維持・発展

関連論文
Okatani et al. In preparation.

データ
ベース等

維持・発展 ツール等

維持・発展

https://github.com/glycoinfo/GlycanBuilder2

分類

データ
維持・発展
ベース等

2 GlycoNAVI

4

状態

データ
ベース等

Tsuchiya S, Aoki NP, Shinmachi
D, Matsubara M, Yamada I, AokiKinoshita KF, Narimatsu H.
Implementation of GlycanBuilder
維持・発展 ツール等 to draw a wide variety of
ambiguous glycans. Carbohydr
Res. 445:104-116, 2017. (doi:
10.1016/j.carres.2017.04.015.)

新規

データ
ベース等

新規

データ
ベース等

新規

データ
ベース等

新規

データ
ベース等

新規

データ
ベース等

新規

ツール等

新規

Tsuchiya S, Yamada I, AokiKinoshita KF.
GlycanFormatConverter: A
conversion tool for translating
ツール等 the complexities of glycans.
Bioinformatics. 2018. in press.
(doi:
10.1093/bioinformatics/bty990)

新規

https://glycosmos.org/ 2019/4/1
glycogenes/index

Nagai-Okatani, C., AokiKinoshita,KF., Kakuda, S., Nagai,
M., Hagiwara, K., Kiyohara, K.,
Fujita, N., Suzuki, Y., Sato, T.,
Angata, K., Kuno A. “LMデータ GlycomeAtlas Ver. 1.0: A Novel
ベース等 Visualization Tool for Lectin
Microarray-Based Glycomic
Profiles of Mouse Tissue
Sections”, Molecules, 24, 2962,
2019(DOI;10.3390/molecules241629
62)

新規

データ
ベース等

https://glycosmos.org/l 2019/4/1
ectins/index

新規

データ
ベース等

2019/4/1

質、分子構造、パスウェイ、疾患に関連するリポジトリやデータベースの情報をリンクしています。 GlyTouCan（糖鎖構造レポジトリ）、GlyComb（糖質複合体レポジトリ）、GlycoPOST（糖タンパク質研究のデータレポジトリ）へのリンクがあり、また、標準表記法（糖鎖構造表記:WURCS）とオントロジー（糖鎖結合や糖鎖代謝に関係することが7

知られている疾患のオントロジー、糖複合体のオントロジー）の整備も行なっています。GlycoRDFとしてRDF形式でグライコミクスデータを保存しています。遺伝子/タンパク質/脂質、糖鎖/糖鎖複合体、グリカン、パスウェイ/疾患、オントロジー、命名法の各項目からリソースの絞り込みが可能です。

GlyCosmos
8 Pathways

糖鎖関連パスウェイ情報

GlyCosmos
9 Glycoproteins

糖タンパク質のデータ46,248件

GlyCosmos Lectins

レクチンデータ273件

10
11 ProtVista
GlycanFormatConv
erter

2019/4/1

https://glycosmos.org/glyco 2019/4/1
proteins/index
https://glycosmos.org/lectin 2019/4/1
s/index

糖タンパク質のビューワー

2019/4/1

糖鎖の文字表記変換ツール

https://github.com/glycoinf 2018/12/7
o/GlycanFormatConverter/t
ree/0185a4bc39e9fd6f8e4bf
faffbf18cd5487d3174

12

LM-GlycomeAtlas

https://glycosmos.org/pathways/index

マウス臓器におけるLectin microarrayのデータ

https://glycosmos.org/l 2019/9/19
m_glycomeatlas/index

13

GlyCosmos
14 GlycoGenes
GlyCosmos Lectins
15

糖鎖関連遺伝子情報14,254件

PDBに登録されている糖鎖に結合するタンパク質情報