©2013 NBDC統合化推進プログラム H23年度採択
研究代表者：成松 久(産業技術総合研究所) licensed under CC表示2.1日本
H24年度実施報告書 別紙 既公開のデータベース・ウェブツール等

課題名

データベース、ウェブツール等の名称

概要URL

公開開始日

関連論文
（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してください。）

アクセス数（H24年度分）

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GDGDB

本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結び付けてデータベー http://jcggdb.jp/doc/ProjectTop.action?lス化しました。病態の情報も著者の許可を得 angType=1&projectId=2て掲載しています。

2010/4/12215854

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 Glycan Structure 詳細ページ

本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。個々の糖鎖構造に関する単http://jcggdb.jp/idb/jcggdb/JCGG糖組成や質量数や構造名をまとめたページ。
STR006947 （一例）
各ＤＢにデータがある場合にExternal LinksにIDと名称とリンクがついている。

2009/7/1

461441

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoChemExplorer

本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索インターフェースです。糖
http://jcggdb.jp/GlycoChemExplorer/
鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できます。

2010/12/1

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoEpitope

本DBは、糖鎖構造データベースや糖鎖遺伝子データベースと異なり、抗体とその糖鎖エピ
http://www.glyco.is.ritsumei.ac.jp/epitope
トープに関する情報を総合的にまとめたデー/タベースです。糖鎖機能研究の支援データベースとして世界的にユニークな存在です。

2005/2/1

6295

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoGene Database (GGDB)

本DBは、主に糖鎖関連遺伝子のデータベースです。糖転移酵素の塩基配列・アミノ酸配列情報や基質特異性に関する情報が格納されています。

2008/1/1

産総研の別の部署が管理するサーバのためログにアクセスできない。

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoNAVI Database

本DBは、糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報を収録しています。糖鎖の化学合成法における反応の基質・生成物・反応条件・収率などを収http://ws.glyconavi.org
録した化学反応データベース、および糖質の化学構造や精製方法、スペクトルデータなどを収録した分子情報データベースを含んでいます。

2012/4/1

31,000

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoPOD

本DBは、平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学
http://jcggdb.jp/GlycoPOD/
実験マニュアルです。“書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く”実験書を目指しています。

2010/10/27

2824

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoProtDB(線虫版)

本DBは、主に線虫の糖タンパク質のデータベースです。実験で証明された修飾位置と修 http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb
飾位置に付加している糖鎖の部分糖鎖構造 /Glc_ResultSearchの情報をデータベース化しました。

2008/8/1

産総研の別の部署が管理するサーバのためログにアクセスできない。

http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb/

課題名

データベース、ウェブツール等の名称

概要

URL

公開開始日

関連論文
（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してください。）

アクセス数（H24年度分）

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycoProtDB(マウス版)

本ＤＢは、マウスの糖タンパク質の糖鎖修飾位置（付加位置）を実験的に同定し、データベース化したものです。

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GMDB

本DBは、主に糖鎖標準品のMSのスペクトル http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodbをデータベース化したものです。
/Ms_ResultSearch

2008/8/1

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 JCGGDB Report

本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖http://jcggdb.jp/doc/ProjectTop.action?l
鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方
angType=2&projectId=3式で収集しました。

2010/2/1

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 JMSDB

本DBは、単単糖の構造を定義したデータベース。構造名と構造情報（SMILES、InChIなど） http://jcggdb.jp/search/ChemGlycan.cgiの情報を取得できる。

2010/11/1

13786

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 KOmouseDB

本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子のノックアウマウスのフェ http://jcggdb.jp/doc/Project.action?proje
ノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと ctId=1&langType=1
共同で収集し構築しました。

2010/9/113274

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 Lectin Frontier Database (LfDB)

本DBは、主にレクチンの配列と立体構造のデータベースです。産総研が独自に開発した
http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/glycodb
方法により、レクチンと糖鎖の相互作用を計/LectinSearch測し、その結果をデータベース化したものです。

2008/8/1

産総研の別の部署が管理するサーバのためログにアクセスできない。

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 PACDB

本DBは、病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化しました。ウイルスやバクテ http://jcggdb.jp/search/PACDB.cgi
リアなどが結合する構造だけではなく結合しない情報もＤＢに格納されている。

2010/1/1835156

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 TuMaRDB

本DBは、腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度 http://jcggdb.jp/search/TuMaRdb.cgiを論文から収集しデータベース化しました。

2010/12/1

728

2009/5/173826

http://jcggdb.jp/rcmg/gpdb/

本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータ
糖鎖構造検索インターフェース（CFG単糖シンボ セットから成るデータベースです。米国コン
http://jcggdb.jp/idb/flash/GlycoEditor.jsp
糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発
ソーシアム（CFG）の単糖シンボルを利用してルによる検索）構造検索できます。

2012/5/23

1904
産総研の別の部署が管理するサーバのためログにアクセスできない。

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 横断検索

本検索インターフェースは、糖鎖関連データベースを一括して検索できます。

http://jcggdb.jp/search/search.cgi?keyw
ord=&lang=jp

2008/12/18275

糖鎖統合データベースと研究支援ツールの開発 GlycosideDB

本DBは、配糖体の糖鎖部分とアグリコン部分で分類し、構造と名称を整理しています。生理 http://jcggdb.jp/search/GlycosideDB.cgi
活性情報が付いているものがあります。

2012/4/19451752