平成２０年度科学技術試験研究委託事業「生体分子の熱力学データと構造データの統合」

２０年度 委託業務研究成果報告書

平成２１年３月

国立大学法人九州工業大学

大学院情報工学研究院

1教授

皿井明倫

本報告書は、文部科学省の科学技術試験研究委託事業による委託業務として、国立大学法人九州工業大学が実施した平成２０年度「生体分子の熱力学データと構造データの統合」の成果を取りまとめたものです。

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成果報告書委託業務の題目「生体分子の熱力学データと構造データの統合」
実施機関
住 所 福岡県北九州市戸畑区仙水町１－１
機関名 国立大学法人 九州工業大学
担当者 皿井明倫
１．委託業務の目的中核機関である情報・システム研究機構では、ライフサイエンスやバイオ産業に従事する研究者や技術者がいわゆるゲノムプロジェクト・ポストゲノムプロジェクトの成果や多様な DB や解析ツールをストレスなく利用してより高度な研究開発が効率よくできる環境（統合 DB）を実現することを目的とする。このため、参画機関と共同で、戦略立案・実行評価、統合データベース開発、および、統合データベース支援を行うこととしている。
本研究では、情報・システム研究機構が進める統合化を補完するため、蛋白質の安定性や相互作用の網羅的な熱力学データを構造データと統合する。これにより、生体分子の機能に関する研究を促進する。また、構造データベースを構築する PDBj とも連携して、XML などのデータ交換フォーマットの整備、オントロジーなどの統合化技術の開発を行う。さらに、情報・システム研究機構による統合検索との連携を可能にするために、情報・システム研究機構と連携して開発を進める。
２．平成２０年度（報告年度）の実施内容
２.１ 実施計画①蛋白質と変異体の熱力学データベースの構築と統合
平成２０年度に収集する蛋白質およびその変異体の構造安定性に関する熱力学データ（約1,500件を予定）について、熱力学データと構造データを対応づけるクロスレファレンステーブルを作成する。また、情報・システム研究機構による統合検索と連携するため、データの提供、インデックス作成などの準備を始める。
一方、情報・システム研究機構と連携して、テキストマイニングによるデータの自動収集や自動抽出法の開発の準備を始める。
②蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベースの構築と統合
平成２０年度に収集する蛋白質と核酸の相互作用の定量的な熱力学実験データ（約1,300件を予定）について、蛋白質・核酸複合体の構造データがあるものについて熱力学データと構造データを対応づけるクロスレファレンステーブルを作成する。また、情報・システム研究機構による統合検索と連携するため、データの提供、インデックス作成などの準備を始める。一方、情報・システム研究機構と連携して、テキストマイニングによるデータの自動収集や自動抽出法の開発の準備を始める。

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③蛋白質･蛋白質相互作用データの生成と統合
蛋白質･蛋白質相互作用データについては、まだ実験データが当機関から生成されていないので、平成２０年度はまず入れ物となるデータベースのプロトタイプの設計を継続し、試験的に既存のデータを組み込み本格運用の準備を進める。
④XMLデータフォーマットやオントロジーなどの統合化技術の開発
熱力学データについては、これまでにオントロジーやデータフォーマットなどの整備があまり行われていない。そこでまず、平成１９年度に引き続きオントロジーについて調査を行い、オントロジー構築の準備を行う。平成１９年度に、熱力学データについて試験的なXMLフォーマットを作成したが、プロトタイプを完成させる。また、XMLと他のフォーマットの変換を行うためのプログラムの作成を進める。これらの開発にあたっては、構造データの我が国の代表機関としてすでに活動しているPDBjと連携して進める。
２.２ 実施内容(成果)① 蛋白質と変異体の熱力学データベースの構築と統合
平成２０年度に発生した蛋白質およびその変異体の構造安定性に関する熱力学デー
タ約 1,100 件について、熱力学データと構造データを対応づけるクロスレファレンステーブルを作成した。すなわち、熱力学データベースに記載された PDB の構造データ（PDBcode）およびそれと 100%同じ配列の PDBcode と対応するすべての熱力学データをリストしたテーブルと、配列の類似（95%以上の類似度）するすべての構造と対応するすべての熱力学データをリストしたテーブルを作成した。蛋白質と変異体の熱力学デー
タベースの検索画面とデータベースの内容については、それぞれ別紙参考資料１-(1)、１-(3)を参照。クロスレファレンステーブルについては、別紙参考資料１-(4)を参照。
情報・システム研究機構がすすめる統合検索と連携するため、インデックス作成のための１次データの提供を行った。また、統合 DB センターが関連機関のデータをメタデータ付きでダウンロードできるサイトを構築する計画なので、それに必要な情報とダウンロードデータを提供した。また、ダウンロードデータの利用許諾について検討を行った。
我々の構築しているデータベースは熱力学データの含まれている文献を収集し、論文を研究者が読んでデータの抽出を行っている。その後データの入力から照合・チェック、データベースへの登録までをほとんど手動で行っている。特に、研究者が論文からデータを抽出する部分が最も手間がかかる作業となっている。そこで、テキストマイニングの手法などを取り入れて、文献の自動収集や文献からのデータの自動抽出を行い、データベース構築の省力化を計ろうとしている。このためまず、情報・システム研究機構が開発しているテキストマイニングツール、TogoDoc、Wired-Marker をそのような目的のために応用できるかどうかの評価を行った。我々の側からは、これまでに収集した文献、蛋白質名、キーワードのリストや、マーキングした論文のサンプルなどをセンター側に提供した。TogoDoc については類似文献検索、Wired-Marker ではテキストからの情報の自動抽出について我々のデータベース構築の有効性の観点から評価を行った。具体的には、Wired-Marker は一般的なツールとしてはすばらしいが、我々の目的に使用する上では、論文の表の任意の行と列からのデータの抽出、特殊文字の扱い、図からのデータ4

抽出、XML からの必要データの抽出、PDF の文献からのデータ抽出、などの点で対応できればさらに使いやすくなることを指摘した。また TogoDoc と関連して、あらかじめ我々がマーキングした文献の情報を使って学習し類似文献を収集する機能、類似文献収集の精度向上、あらかじめ指定したキーワードなどのハイライト表示、インタラクティ
ブに辞書を編集してハイライト表示させる機能、マーキングした PDF を利用した学習、などについて対応可能か検討を行った。
なお、蛋白質と変異体の熱力学データベース、ProTherm、のアクセス統計データを別紙参考資料１-(6)に示した。利用者層としては、企業からのアクセスが過半数を占めている。このデータベースのデータは世界中の研究者に利用され、その成果が発表された論文はすでに１００件以上になっている。論文のリストは以下の URL を参照。
http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/Protherm/ProTherm_References.htm② 蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベースの構築と統合
平成２０年度に今年度発生した蛋白質と核酸の相互作用の定量的な熱力学実験デー
タ約 700 件について、蛋白質・核酸複合体の構造データがあるものについて熱力学デー
タと構造データを対応づけるクロスレファレンステーブルを作成した。すなわち、熱力学データベースに記載された PDB の構造データ（PDBcode）およびそれと 100%同じ配列の PDBcode と対応するすべての熱力学データをリストしたテーブルと、配列の類似（95%以上の類似度）するすべての構造と対応するすべての熱力学データをリストしたテーブ
ルを作成した。蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベースの検索画面とデータベースの内容については、それぞれ別紙参考資料１-(1)、１-(3)を参照。クロスレファレンス
テーブルについては、別紙参考資料１-(5)を参照。
情報・システム研究機構の統合検索については、蛋白質と変異体の熱力学データベースの部分と同様、メタデータ、ダウンロードデータなどを提供した。また、ダウンロードデータの利用許諾について検討を行った。
テキストマイニングについても蛋白質と変異体の熱力学データベースの部分と同様、情報・システム研究機構と連携して、テキストマイニングツール、TogoDoc、Wired-Markerの評価を行った。詳細は、前節「蛋白質と変異体の熱力学データベースの構築と統合」の部分を参照。
蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベース、ProNIT、のアクセス統計データは別紙
参考資料１-(6)に示した。利用者層としては、やはり企業からのアクセスが過半数を占める。このデータベースを利用してその成果が発表された論文のリストは以下の URL を参照。
http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/pronit/pronit_ref.html③ 蛋白質・蛋白質相互作用データの生成と統合
蛋白質･蛋白質相互作用データを格納するデータベースのプロトタイプの設計を行い、既存データの格納の試験を行った。まず、データベーススキーマとして別紙参考資料２のような項目から構成し、関係データベースシステム MySQL 上にデータベースを構築した。この中に既存のデータサンプルを試験的に格納した。検索は、PHP を用いてインターフェイスを作成しつつある。

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④ XML データフォーマットやオントロジーなどの統合化技術の開発
熱力学データと構造データの統合を効率的にすすめるため、熱力学データに関するオントロジーについて調査を行った。生命情報に関してはすでに多くのドメインでオントロジーが整備されつつあるが、熱力学データに関するオントロジーはまだ整備されていな い の で 、 ま ず は 我 々 が 構 築 し て い る 熱 力 学 デ ー タ ベ ー ス に つ い て Controlled
Vocabulary の作成を行った（別紙参考資料３を参照）。これに基づいて、蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベースについて、データの XML フォーマット化を行った（XMLデータのサンプルは別紙参考資料４-(1)を参照）。このために、これまでのフラットフォーマットから変換するプログラムの作成を行った（変換のステップは別紙参考資料４-(2)を参照）。これらのオントロジー整備や XML フォーマット作成にあたっては、構造データベースの代表機関である PDBj や海外の関係機関と意見交換を行っている。
また、本プロジェクトに関する最新情報を提供したり、更新データのダウンロードを行えるように、プロジェクト専用の Web ページを作成した（別紙参考資料５を参照）。

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２.３ 成果の外部への発表
論文寄稿
実施
年度

和誌/
洋誌

論文タイトル

発表者名

発表誌名

巻

業務コード

実施
年度

国内/
国際

講演タイトル

発表者名

講演会名

発表年月日

120

国内

業務コード号

掲
ペ載ーメモ
年
ジ月

講演

120

国内

Integration of Thermodynamic and Structural Data 皿井明倫

ProNIT: Database Development and Integration

生物物理学会M.D. Shaji Kumar,
P. Prabakaran,
M.M. Gromiha,
H. Uedaira,K. Kitajima, andA. Sarai

日本バイオインフォマティクス
学会年会

掲載新聞名

掲載日

プレス発表
業務コード

実施
年度

発表タイトル72008 年 12 月 4 日

2008 年 12 月15 日〜16 日

メモ２.４ 活動（運営委員会等の活動等）
中核機関、協力機関との会合の履歴
件名：テキストマイニング、補完課題の進捗状況について
日時：2008 年 4 月 25 日（金）PM1:00～2:40
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター センター長室
参加者：九工大：皿井、統合 DB センター：西川、山本、大野
件名：テキストマイニング、補完課題の進捗状況について
日時：2008 年 5 月 28 日（水）PM1:30～3:10
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター
参加者：九工大：皿井、蛋白研：中村、統合 DB センター：西川、八塚、山本、大野
件名：テキストマイニング、中核機関との連携について
日時：2008 年 6 月 27 日（金） PM3:00～4:00
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター408 号室
参加者：九工大：皿井、統合 DB センター：西川、八塚、大野
件名：テキストマイニング、補完課題の進捗状況について
日時：2008 年 11 月 25 日（火） PM3:00～4:20
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター・九州工業大学間の TV 会議
参加者：九工大：皿井、Kumar、統合 DB センター：西川、八塚、大野件名：テキストマイニング、データの利用許諾、プロジェクト説明サイトについて
日時：2009 年 1 月 22 日（木） PM2:30～3:30
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター・九州工業大学間の TV 会議
参加者：九工大：皿井、Kumar、統合 DB センター：熊谷、西川、八塚、山本、大野
件名：テキストマイニングについて
日時：2009 年 1 月 29 日（木）11:00～12:00
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター
参加者：九工大：皿井、Kumar、統合 DB センター：西川、山本、大野
件名：研究運営委員会作業部会分科会
日時：2009 年 1 月 29 日（木）13:30〜16:30
場所：ライフサイエンス統合データベースセンター

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２.５ 実施体制

研 究 項 目

担当機関等

研究担当者

九州工業大学情報工学部◎○皿井 明倫

九州工業大学情報工学部○Shaji Kumar

４．XML データフォーマットやオントロジーなどの統合化技術の九州工業大学情報工学部○末田 慎二開発

九州工業大学情報工学部○藤井 聡

１．蛋白質と変異体の熱力学データベースの構築と統合
２．蛋白質・核酸相互作用の熱力学データベースの構築と統合

３．蛋白質･蛋白質相互作用データの生成と統合

注１． ◎：課題代表者、○：サブテーマ代表者
注２． 本業務に携わっている方は、全て記入。

9別紙参考資料１（１）蛋白質熱力学データベース ProTherm の検索画面

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（２）蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース ProNIT の検索画面

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（３）熱力学データベースの内容①蛋白質熱力学データベース ProTherm に含まれる主な内容は以下のようである。蛋白質情報：名前、由来種、対応する配列や構造の ID、天然状態における集合数など。変異情報：変異アミノ酸とその位置、２次構造と Accessible Surface Area (ASA)など。実験情報：測定方法や、温度、pH、バッファー、イオン、蛋白質濃度などの実験条件。熱力学データ：熱変性の場合、変性の自由エネルギー変化（ΔG）
、エンタルピー変化（ΔH）
、熱容量変化（ΔCp）
、変性温度（Tm）、変性の可逆性、変性剤変性の場合、変性剤濃度ゼロに外挿した変性自由エネルギー変化（ΔGH2O）、変性曲線の傾き（m）と変性中点の変性剤濃度（Cm）など。その他の情報：酵素活性値（Km、kcat）、解離定数（Kd）、転移の状態数。文献情報：ジャーナル名、著者名、出版年、キーワード、リマークなど。
②蛋白質・核酸相互作用熱力学データベース ProNIT に含まれる主な内容は以下のようである。蛋白質情報: 名前、由来種、対応する配列や構造の ID など。アミノ酸変異情報：変異アミノ酸とその位置、２次構造と ASA など。核酸情報：名前、由来種、対応する配列や構造などの ID。塩基変異情
報：変異塩基とその位置。複合体情報：複合体構造の ID、複合体形成に伴う構造変化などの記述。
実験情報: 測定方法や、温度、pH、バッファー、イオン、蛋白質濃度などの実験条件。熱力学デー
タ：解離定数（Kd）、結合の自由エネルギー変化（ΔG）
、エンタルピー変化（ΔH）
、熱容量変化（ΔCp）
、結合の stoichiometry。その他の情報：酵素活性値（Km、kcat）。文献情報：ジャーナル名、著者名、出版
年、キーワード、リマークなど。

12（４）クロスレファレンステーブル。ProTherm データベースに含まれる構造データの PDBcode と 100%同じ配列に対応する蛋白質の熱力学データの対応表の一部。

13

（５）クロスレファレンステーブル。ProNIT データベースに含まれる構造データの PDBcode と 100%同じ配列に対応する蛋白質・核酸相互作用の熱力学データの対応表の一部。

14

（６）2008 年度のアクセス推移：
１）ProTherm の月別アクセス統計
月:

リクエスト総数: ページリクエスト数

Apr 2008: 36412:

2931:

May 2008: 36340:

3273:

Jun 2008: 36074:

2754:

Jul 2008: 30745:

3013:

Aug 2008: 72981:

3578:

Sep 2008: 62330:

2595:

Oct 2008: 67265:

3312:

Nov 2008: 60118:

3166:

Dec 2008: 67798:

2830:

Jan 2009: 78906:

2701:

Feb 2009: 103574:

2970:

Mar 2009: 52711:

3241:

Apr 2009: 58353:

2495:２）ProTherm のアクセスドメイン:TOP101041626: 54.38%: .com (Commercial)
244142: 17.96%: [unresolved numerical addresses]
71821: 4.79%: .net (Networks)
18812: 4.29%: .edu (USA Higher Education)
53668: 3.79%: .jp (Japan)
25302: 1.60%: .be (Belgium)
19576: 1.57%: .ie (Ireland)
41135: 1.47%: .il (Israel)
35905: 1.43%: .tw (Taiwan)
25382: 1.42%: .br (Brazil)３）ProTherm のリクエストページ：TOP5
1290212: 8/May/09 15:24: /cgi-bin/jouhou/protherm/pp_entry.pl (個別エントリーの CGI)
138363: 8/May/09 15:15: /cgi-bin/jouhou/protherm/pp_mutation.sh (mutation表示の CGI)
44363: 8/May/09 12:50: /jouhou/Protherm/protherm.html (ProThermのホーム)
41419: 8/May/09 13:03: /cgi-bin/jouhou/protherm/protherm.pl （データ検索の CGI）
16943: 0.68%: 8/May/09 12:58: /jouhou/Protherm/protherm_search.html (検索画面)

15４）ProNIT の月別アクセス統計
月:

リクエスト総数: ページリクエスト数

Apr 2008: 37876:

2626:

May 2008: 50533:

2627:

Jun 2008: 43835:

2269:

Jul 2008: 49352:

2504:

Aug 2008: 69912:

2497:

Sep 2008: 47086:

1935:

Oct 2008: 80121:

2545:

Nov 2008: 47333:

2397:

Dec 2008: 56741:

2394:

Jan 2009: 34563:

2115:

Feb 2009: 42481:

2341:

Mar 2009: 49881:

2340:５）ProNIT のアクセスドメイン:TOP10617128: 62.66%: .com (Commercial)
130525: 15.76%: [unresolved numerical addresses]
57936: 8.20%: .net (Networks)26357: 7.44%: .jp (Japan)
10403: 2.09%: .edu (USA Higher Education)
2350: 0.60%: [unknown domain]
2909: 0.45%: .in (India)
2864: 0.45%: .tw (Taiwan)
1969: 0.38%: .de (Germany)
1072: 0.28%: .it (Italy)６）ProNIT のリクエストページ：TOP5
730151: 8/May/09 15:20: /cgi-bin/jouhou/pronit/new/bind_entry.pl （個別エントリーの CGI）
421351: 8/May/09 14:38: /jouhou/pronit/pronit.html (ProNITホーム)
8607: 8/May/09 09:21: /jouhou/pronit/pronit_search.html (検索画面)
5291: 24/Jul/05 15:39: /cgi-bin/jouhou/pronit/new/pronit_search.pl (データ検索 CGI)
4366: 8/May/09 07:11: /cgi-bin/jouhou/pronit/new/pronit_stat.pl (Statisticsの CGI)

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別紙参考資料２
蛋白質･蛋白質相互作用データベースのプロトタイプ
entrynumber
protein information:
protein1 nameprotein1 synonymsprotein1 source
protein1 sequence
protein1 biologicalunit
protein1 uniprot
protein1 pdb
protein1 mutation
protein1 asa
protein1 secstr
protein1 prothermnumber:protein2 nameprotein2 synonyms
protein2 source
protein2 sequence
protein2 biologicalunit
protein2 uniprot
protein2 pdb
protein2 mutation
protein2 asa
protein2 secstr
protein2 prothermnumber
Complex information:
pdb complex
ligandconformation
Experimental Condition:
TemperaturepH
BufferName
BufferConcentration
Additivesprotein1 Concentration
protein2 Concentration
Ion Name
Ion Concentration
MethodBinding Data:Kd
Kd MutantKaKa Mutant
dG
dG Mutant
dHdH Mutant
dCp
dCp Mutant
Stoichiometry
Literature:
ReferenceAuthor
Keywords
Remarks
RelatedEntries

17別紙参考資料３

熱力学データの Controlled Vocabulary18別紙参考資料４（１）XML フォーマットによる ProNIT データの一部<pronit xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xsi:noNamespaceSchemaLocation="file:pronit.xsd"><entry><entryNumber>1</entryNumber><proteinDetails><name>Myb proto-oncogene protein</name><synonyms>c-Myb protein; Transforming protein myb</synonyms><source>Mus musculus (Mouse)</source><fragment>89-193</fragment><sequence>MARRPRHSIYSSDEDDEDIEMCDHDYDGLLPK</sequence><biologicalUnit>1</biologicalUnit><dbReference type="PIR">TVMSMB</dbReference><dbReference type="SWISSPROT">MYB_MOUSE (P06876)</dbReference><dbReference type="PDBFREE">1MBE, 1MBG, 1MBJ</dbReference><dbReference type="PROTHERM">786 787 788 789</dbReference><mutation>wild</mutation></proteinDetails><nucleicAcidDetails><name>MBS-I (22-mer)</name><source>Synthetic</source><type>DDS</type><sequenceTopWild>caccctaactgacacacattct</sequenceTopWild><sequenceBottomWild>agaatgtgtgtcagttagggtg</sequenceBottomWild><mutation>wild</mutation><dbReference type="GENBANK">M33654</dbReference></nucleicAcidDetails><complexDetails><dbReference type="PDBCOMPLEX">1MSE</dbReference><dbReference type="PRONUC">86</dbReference><proteinConformation>R2 and R3</proteinConformation><nucAcidConformation>The base pairs </nucAcidConformation></complexDetails><exptDetails><temperature>20.2 C</temperature><pH>7.5</pH><bufferName>Potassium phosphate</bufferName><bufferConc>100 mM</bufferConc><ionNameOne>Potassium chloride (KCl)</ionNameOne><ionConcOne>20 mM</ionConcOne><method>Isothermal titration calorimetry (ITC)</method></exptDetails><bindingData><Kd_Wild>5.00e-08 M</Kd_Wild><Ka_Wild>2.00e+07 1/M</Ka_Wild><dG_Wild>-1.21e+01 kcal/mol</dG_Wild><dH_Wild>-1.25e+01 kcal/mol</dH_Wild><dCp_Wild>-6.20e-01 kcal/mol/K</dCp_Wild><stoichiometry>1.01</stoichiometry></bindingData><citation><reference>J Mol Biol. 1998; 276(3):571-590 PMID: 9551098</reference><author>Oda M, Furukawa K, Ogata K, Sarai A, Nakamura H</author><keywords>c-Myb; DNA-binding; ITC</keywords></citation><miscellaneous><remarks>R2R3* (C 130 I), a stable mutant</remarks><relatedEntries>2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11</relatedEntries></miscellaneous></entry><copyright>copyright</copyright></pronit>

19

（２）フラットフォーマットから XML フォーマットに変換する手順
１．フラットファイルからデータ構造の情報を取得
２．この情報から XML スキーマを定義
３．XML スキーマの情報をプログラムにインプリメント
４．フラットファイルのすべての項目の読み込みと修正
５．フラットファイルから HTML 情報部分を削除
６．フラットファイルから項目とデータ列を分離
７．各列を読み込み CVS ファイルに書き出し
８．CSV ファイルを読み込みブランク部位は削除
９．CSV ファイルからデータを抽出し XML スキーマに従って XML ファイルを生成
１０．XML 構文をチェックし XML ファイルをバリデート

1. Get the data structure from the flat file
2. Define the XML schema based on this structure
3. Incorporate the XML schema structure information into the program
4. Read the flat file and check all the fields. If there is any error, correct it.
5. Remove the HTML content from the flat file
6. The flat file contains two columns. Split the columns
7. Read the columns and convert the column data into a CSV file
8. Read the CSV file and remove the fields having null data
9. Extract the data from the CSV file and create the XML file as per the XML Schema
10. Verify the XML syntax and validate the XML file.

20別紙参考資料５

九工大補完課題プロジェクト専用の Web ページ

21報告日：平成 21 年 5 月 29 日

整備実績一覧【代表機関名：九州工業大学】（１）保有データ情報（１－１）データの種類①生物種②試料・ライブラリー等の種類、数③測定方法④データの内容⑤その他、特記事項①蛋白質およびその変異体の構造安定性に関する熱力学データ約 23,000 件②蛋白質と核酸の相互作用の定量的な熱力学実験データ約 9,000 件
熱測定、分光測定など
書誌情報、数値情報、画像情報。内容の詳細は別紙参考資料参照。

（１－２）データソース①現在のデータ量② デ ー タ 区 分 ■ 自 前■ 第 三 者
□その他（下欄に詳細を記述）■ 文 献 デ ー タ□ 計 算 結 果 等 の 二 次 デ ー タ③将来の増加の見込 蛋白質の安定性および蛋白質・核酸相互作用の熱力学データともに、年間 2,000〜3,000 件程度の新規データが発生。
み④権利関係所有者（データベース作成者及び九州工業大学）
公開（■可 □否 □その他［］）⑤その他、特記事項①ProTherm: http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/protherm/protherm.html②ProNIT: http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/pronit/pronit.html（１－３）データの管理状況①更新頻度等の管理 月に１回程度更新。データベースサーバーは無休でアクセス可能。
状況、体制②その他、特記事項 なし。
22／24

（１－４）データベース関係①DB 管理者数
１名②キュレータ・アノテ ２名
ータ数③データ構造リレーショナル④DB 管理ソフト
SYBASE⑤サーバの OSLinux
⑥サーバ規模ワークステーション⑦DB へのアクセス数 年間約１０万件⑧独立 IP 数
約１万個⑨その他、特記事項
DB の検索メニューの画面コピーは別紙参考資料添付。
オントロジーは今後整備。
（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。
）
概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、今後
通 デ ー タ （ 又 は Ｄ Ｂ ） の 名 称 公開／の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記述）
番未公開
1
2

ProTherm
ProNIT

公開
公開

構造データベース PDBj とクロスレファレンスにより連結
構造データベース PDBj とクロスレファレンスにより連結（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。
）
通 ＤＢ基盤システム、ツール等の 公 開 ／ 概要（主な機能・特徴点、進捗状況、今後の計画などを簡潔にわかりやすく記述）
番 名称
未公開
1
XML 化の変換プログラム
非公開 ProNIT のデータ XML 形式への変換プログラムの作成（XML データは公開）

23／24（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）
通公 開 ／ 概要
名称未公開番24／24