ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業

統合医科学データベース構築方式の開発
２１年度 委託業務研究成果報告書

平成２２年３月
国立大学法人東京医科歯科大学

田中 博

国立大学法人大阪大学

佐古田 三郎本報告書は、文部科学省の科学技術試験研究委託事業による委託業務として、東京医科歯科大学、及び大阪大学が実施した、平成２１年度の「統合医科学データベース構築方式の開発」の成果を取りまとめたものです。

1

目次
１ 委託業務の目的 .................................................................3
２ 平成２１年度（報告年度）の実施内容 .............................................3
２.１ 実施計画 ..................................................................3
２.２ 実施内容（結果） ..........................................................4
２.３ 成果の外部への発表 .......................................................16
２.４ 活動（運営委員会等の活動等） .............................................26
２.５ 実施体制 .................................................................28
２.６ 整備実績一覧【代表機関名：東京医科歯科大学】 .............................30

2

１ 委託業務の目的
ライフサイエンス関係データベースに散在する臨床・疾患データベース（DB）を分子から個体にいたる多階層の疾患横断的な統合医科学DBへ構築するための高度化・統合化方式を開発することを目的とする。がん疾患、神経疾患を対象に実証する。
このため、国立大学法人東京医科歯科大学及び国立大学法人大阪大学は共同で業務を行う。
国立大学法人東京医科歯科大学では、がん疾患に関わる研究開発を中心に、国立大学
法人大阪大学では神経疾患に関わる研究開発を中心に実施する。
２ 平成２１年度（報告年度）の実施内容
２.１ 実施計画
２.１.１ 東京医科歯科大学① 疾患・臨床医科学データベースに特化した統合技術開発に関する研究
平成２０年度に実施した多階層の統合医科学データベースを統合構築するために必要な統合技術の要件定義結果を踏まえて、統合化要素技術として疾患オント
ロジーの整備及びプロトタイプとして開発したセマンティック検索エンジンの高度化（分子情報に関するデータを取り扱うためのインタフェースの構築）を行う。
国立大学法人東京医科歯科大学は、肝臓がん、大腸がんを中心として研究を実施する。

② 疾患データベースの高度化と実証的統合に関する研究
平成２０年度に実施した要件定義結果を踏まえて、症例に基づいた統合検索シ
ステムを構築し、東京医科歯科大学の統合検索システムの登録研究者に向けて公開する。
国立大学法人東京医科歯科大学は、肝臓がん、大腸がんを中心として研究を実施する。

③ プロジェクトの総合的推進分担機関である東京医科歯科大学は、中核機関である情報・システム研究機構の全体戦略に従い連携して本事業を推進する。
プロジェクト全体の連携を密としつつ円滑に運営していくため、技術検討会等を開催し、分担機関グループ内の連携・調整及び進捗状況の確認を行う。
がん疾患を中心として、国内の主要な疾患データベースを参照できるような仕組みを検討する。

3プロジェクトで得られた成果については、倫理委員会が承諾する範囲内で、東京
医科歯科大学の公開する統合医科学データベースのホームページや学会・講演会等を通して情報発信に努める。

２.１.２ 大阪大学
① 疾患・臨床医科学データベースに特化した統合技術開発に関する研究
平成２０年度に実施した多階層の統合医科学データベースを統合構築するために必要な統合技術の要件定義結果を踏まえて、統合化要素技術として疾患オント
ロジーの整備を行うと共にプロトタイプとして開発したセマンティック検索エンジンの統合検索システムとの接続プログラムを開発する。
国立大学法人大阪大学は神経疾患（パーキンソン病）について研究を実施する。

② 疾患データベースの高度化と実証的統合に関する研究
大阪大学の神経疾患データベースについて、症例に基づいた検索等の具体的要求事項とその結果について検討する。さらに東京医科歯科大学が構築する統合検索システムとの連携を行うとともに、倫理的な問題を解決（患者同意を含め）し、公開する。
国立大学法人大阪大学は神経疾患（パーキンソン病）について公開患者数を増加させる。（約データ数５００）

２.２ 実施内容（結果）２.２.１ 東京医科歯科大学① 疾患・臨床医科学データベースに特化した統合技術開発に関する研究
昨年度までに、東京医科歯科大学の統合的医療データベース（iCOD）、大阪大学のパーキンソン病DB、および国立癌センター研究所のGeMDBJを中心として要件定義書を作成し、統合検索のプロトタイプシステムβ版(図 1)を構築した。平成
２１年度は、このプロトタイプシステム（β版）の「セマンティック検索エンジン」および「統合検索インタフェースプログラム」をエンハンスし、プロトタイ
プシステム（バージョン１）(図 2)の開発を実施した。
統合検索システムは、大きく３つのコンポーネント（User Interface Manager、
Navigating Engine、DB Manager）から構成される(図 3)。DB Managerのクライア
ント機能を各要素DBに設置することで、統合検索環境を整備することが可能となる。検索のコアとなるNavigating Engineをセマンティック検索エンジン、ユーザ

4

及び要素DBとのインタフェースとなるUser Interface Manager、DB Managerを統合検索インタフェースプログラムと称す。
検索処理としては、ユーザが検索キーワードを入力するとUser Interface
Manager は、Terminology/ Thesaurus DB等を利用して、検索キーワードの標準化処理を行う。標準化された検索キーワードは、Navigating Engineが、Nosological
Ontologyによって意味的解釈を行い、セマンティック検索条件へと変換される。
DB Manager は生成されたセマンティック検索条件を各要素データベースの構造を
Data Format Mapper DBを利用して変換し、要素DB毎に検索を実行し、その検索結果を受け取る。各要素データベースの検索結果は、DB Managerが標準的形式に変換し、User Interface Managerがユーザに検索結果を表示する。

セマンティック検索エンジンの高度化として、以下を実現した。
z

要件定義書に基づく、検索キーワード生成処理の最適化¾

３つのモジュール（User Interface Manager、Navigating Engine、
DB Manager）を実装した。（図３）zTerminology/Thesaurusの追加・変更・削除等¾

DBに格納することにより、システム管理者が任意にTerminology/
Thesaurusの追加、変更、削除を行えるようにした。（図３）zNosological Ontologyの追加・変更・削除等¾

DBに格納することにより、システム管理者が任意にTerminology/
Thesaurusの追加、変更、削除を行えるようにした。（図３）z

分子情報の取り扱いに対応可能なように、検索エンジンを改良¾

iCODを要素データベースとして接続することにより、分子情報の取り扱いに対応した。（図２）5図 1 統合検索システムの構成（H19, 20 年度）

図 2 統合検索システムの構成（H21 年度）

6

図 3 統合検索エンジン

図 4

H21 年度アクセス数

7

図 5

H21 年度利用者内訳② 疾患データベースの高度化と実証的統合に関する研究
Data Format Mapperを改良し、昨年度のプロトタイプシステム（β版）では統合データベースに配置しているData Format Mapperを要素データベースにも配置可能とすることで、統合データベースの処理を分散可能とする仕組みを構築した。
また、要素データベースへの検索クエリ発行処理の最適化を行うことで、疾患・臨床医科学データベースであるiCOD、パーキンソンDBおよびGeMDBJの統合的な検索を可能とした。更に倫理面、セキュリティ面を考慮し、ログイン認証システムの作成、ユーザ登録およびユーザログイン時の認証の仕組みを実装した(図 6)。
次に、本統合検索システムをより簡単に利用できるよう、データベースのカテゴリ（基本情報、病歴、生活歴など）毎にアクセスレベルを検討し、フリーアク
セスレベルと登録研究者レベルを設定した。その後、倫理規定案に準拠の上、それぞれのレベルに対応するサブセットを作成し、その公開を開始した。
また、平成２２年度の高度化に向けた１つの指標とすべく、各々のレベルでのユーザ評価を得るためのアンケート集計システムを構築した。

8

図 6 ユーザ認証③ プロジェクトの総合的推進
大阪大学グループと連携し、オントロジー・シソーラス(Normalized ClinicalKnowledge)を利用した検索機能の高度化，および関連情報への連携方法について、分担機関内統合化要素技術検討会「２．４ 活動（運営委員会等の活動）参照（２０ページ）」を開催し、検索機能やインタフェース設計に関する課題の抽出、仕様の決定を行った。関連情報への連携については、まず国内の主要な疾患データ
ベースを精査し、次に各データベースの構造などを把握後、本プロジェクトとの関連性を検討し、ホームページ上での掲載を開始した。
また、倫理基準検討会「２．４ 活動（運営委員会等の活動）参照（２０ページ）」を設け、平成２２年度に完了する倫理規定の基礎となるべく、アクセスレベルの設定、疾患解析DBグループが作成した倫理規定との連携等を中心に検討を行った。
次に、国際的に通用しうる統合データベース基盤技術確立のために必須のハー9

ドルとなる統合データベース要素技術の国際標準化のため、WHO-ICD11およびISO
TC215での活動を行った。WHO-ICD11検討会議では、統合医科学ＤＢで用いられている情報モデル、NCK知識コンテンツをプリセットとして用いることができるかど
うか検討した。また、ISO TC215では、統合医科学ＤＢの要素技術である臨床情報
モデルと深い関連性があるGSVMLが臨床ゲノム分野で世界初の国際標準（ＩＳ）となった。新たに、WHO, ISOの場において、東アジア伝統医学の情報モデルの検討を開始した。現在、東アジア伝統医学は、中国、韓国、日本が、それぞれ、国の総力と威信をかけて情報モデルとオントロジーの国際標準化とデータベースの統合に力を入れている分野である。
以上のように、計画の策定、進捗管理および必要に応じた計画の見直しを随時行うとともに、本プロジェクトの認知活動を推進する等、今年度の業務を効率的に遂行することができた。

10

２.２.２ 大阪大学
① 疾患・臨床医科学データベースに特化した統合技術開発に関する研究
図 5 に、今年度までに開発を進めてきた神経疾患（パーキンソン病）データベ
ースの全体像を示す。H19 年度には大阪府下 10 数機関からのパーキンソン病患者に関するデータを収集・管理しているデータベース（Secure Study システム）から、統合データベース事業で公開するデータを匿名化等の処理を施した上で抽出し、公開用 DB に格納する仕組みを開発した。さらに H20 年度には、大阪大学に設置している公開用データベースを、インターネットを介して東京医科歯科大学が開発した階層の統合医科学データベース（IBMD）の統合検索エンジンと統合するために必要な統合技術の要件定義を行った。今年度は、それらの成果を踏まえて、これらまでデータ移動方式によりプロトタイプとして試作していた、IBMD のセマ
ンティック検索エンジンの統合検索システムと、パーキンソン病 DB を接続するプ
ログラム（IBMD 要素 DB インタフェース）を開発した。
図 6 に IBMD 要素インタフェースの概要を示す。IBMD 要素インタフェースは、統合
検索エンジンからの要求に応答するための接続プログラムで、これまで開発を進めてきたパーキンソン病 DB の追加モジュールとして位置づけられる。統合検索エンジンとの要求・応用に用いる通信は HTTP による POST を利用した XML 形式でやり取りが行われる。その基本仕様については、H20 年度に作成した統合のための要件定義に基づき、実装レベルでの問題点がないかといった仕様の詳細化は、東京医科歯科大-大阪大で互いに協力して進めた。

統合DBのWebサーバ

パーキンソン病
専用シソーラス

Secure Studyシステム

Secure StudyのWebサーバ
データを匿名化し（SCCRE）
公開用DBへ格納する仕組みの開発（H19年度）

10数機関からのデータを収集管理（大阪大学・Cyber Media Center）

Internet

検索結果出力IBMD要素DB
インタフェース

パーキンソン病DB（統合DB用）（要件定義：H20年度）（開発・統合化実現：H21年度）

条件入力（セマンティック検索）

検索結果出力東京医科歯科大学
IBMD(*)
統合検索エンジン
Webクライアント

条件入力

図5

(*) Integrated Biomedical Database

シソーラス
ターミノロジー

パーキンソン病データベースの全体像

11

以下に、統合検索エンジンと IBMD 要素インタフェースの間で行われる要求-応答の概要を示す。IBMD 要素インタフェースは、東京医科歯科大学の統合検索エンジン（WEB サービス）からの要求により、大阪大に設置されたパーキンソン病 DB（統合 DB）のデータを返す。具体的な機能としては、以下の 2 つの機能を提供する。
1)件数問い合わせ機能
統合検索エンジンから渡された検索条件を基に、該当するデータの件数を返す。
検索条件の値は、完全一致とする。入力情報に誤りがあった場合は、「invalid
request」のメッセージを返す。要求・応答は、それぞれ、req-count.xml および
res-count.xml という XML 形式でやり取りされ、これらの情報のチェックは、XML
スキーマを用いて行われる。
2)一覧取得機能
統合検索エンジンから渡された検索条件を基に、該当するデータの患者情報を返す。検索条件の値は完全一致とし、返却する臨床データの単位は、患者 ID 単位とする。入力情報に誤りがあった場合は、「invalid request」のメッセージを返す。要求・応答は、それぞれ、req-searach.xml および res- searach.xml というXML 形式でやり取りされ、これらの情報のチェックは、XML スキーマを用いて行われる。
これらの２つの機能は，図 6 に示すように，統合検索エンジンと IBMD 要素 DB
インタフェースの間のやり取りを，要件定義にそって実装したものであり、その詳細は次頁の図 7,8 で示す。この要求・応答の枠組みは，パーキンソン病 DB のみ
ならず、他の DB とも共通して用いられる。

図6

IBMD 要素インタフェースの概要

12

図7

IBMD 要素インタフェースの件数取得機能の処理の詳細

13

図8

IBMD 要素インタフェースの一覧取得機能の処理の詳細

14

図7

IBMD 要素インタフェースの内部処理の概要

前述の統合検索エンジンと IBMD 要素インタフェースの質問・応答に対し，パーキンソン病 DB の内部処理としては，データを格納している XMLDB（統合 DB）と IBMD
要素 DB インタフェースとの間で質問・応答処理が実装されている。図 7 に示すよ
うに、その処理は 14 のステップを経て実現される。この処理は、IBMD との統合を実現する個々のデータベースで設計・実装を行う必要がある。
本年度は、上述の仕様に沿った IBMD 要素インタフェースをパーキンソン病 DBに追加し、医科歯科大に設置された IBMD の統合検索エンジンからの統合検索を可能とした。
② 疾患データベースの高度化と実証的統合に関する研究
大阪大学の神経疾患データベースについて、症例に基づいた検索等の具体的要求事項とその結果について検討した。まず、データベースの公開方法として、昨年度に検討した結果、データ収集用の DB から公開用 DB にデータを移行する段階
で匿名化の処理が施されていることと、検索結果はすべて統計情報としてのみ表示されるといった点から、ユーザ認証なしでの公開で倫理的に問題ないという結論に至ったので、パーキンソン病 DB のユーザ認証を外してフリーアクセスでの公開とした。
また、ユーザの使い勝手を向上するための工夫として、検索条件の入力方法および結果の提示方法の改良について検討した。その結果として、
1)従来の検索条件をリストから選択して検索する方法に加えて、自由入力のキー
ワードとパーキンソン病に特化したシソーラスを組み合わせた「シノニム検索」
2) 複数条件を用いたクロス検索の結果を、従来の一覧表示に加えて、グラフ表示
やテーブル表示するなどの表示形式の導入といった仕様案を作成した。これらの実装については、来年度を予定している。
なお，神経疾患（パーキンソン病）データベースの公開データ数については引
き続き拡充作業を進め、400 データから 500 データまで増加させた。

15

２.３ 成果の外部への発表
２.３.１ 学会等における口頭・ポスター発表
国発表した成果（発表
題目、口頭・ポスタ

発表者氏名ー発表の別）

understanding

Tanaka H.

Pathology、口頭

内・

名）

時期

外の

CBI-KSBSB Joint

Nov 4-6,

Conference, Haeundae

2009

Grand Hotel, Busan,

国外

Korea

disease -、口頭

○Systems

発表した

別○Systems Pathology- A new concept for

発表した場所（学会等Tanaka H.

PersonalizedMay

medicine 2009,29-31,

Bioinformatics

2009

国外

Center, Hangzhou,
China○Present Situation

Conf. on Biomedical

and Future Trends ofOmics-based
medicine andElectronics andTanaka H.

Biomedical

国外

Informatics, Moscow,

systems pathology、

Russia口頭

Jul, 2009○Systems
pathology- A newconcept for

Aug, 2009

Tanaka H.

understanding

Chinese Association

国外

of Biophysics, China

disease -、口頭
○Systems

Aug 2009

evolutionary
analysis on the

Ogishima S,

putative Hox

Tanaka H.

transcriptional

European Society for
Evolutionary

国外

Biology, Trin

networks、口頭
Dec 2009○Preliminary
analysis on systems
evolution of theputative Hox

Ogishima S,
Tanaka H.

transcriptional

16

OIST Evolution ofComplex Systems,
Okinawa

国外networks、口頭
Nov 2009○Within-hostcoevolution of gag

Shibata J,

p453l and protease

Ren F,

d30n/n88d

Iwatani Y,

10th Annual Symposium

demonstrates

Tsang H,on Antiviral Drugvirological

Matsuda M,

Resistance, Virginia

advantage in a

Hasegawa N,

USAhighly protease

Tanaka H,

inhibitor-exposed

Sugiura W.

国外

hiv-1 case、口頭○「病気をシステム
で解く－オミックス

サイエンスフォーラム

田中 博

講演

医療の未来」、口頭○「次世代オミック
ス医療とシステム創2010 年 3月 28 日東京医科歯科大学バイ2010 年 2オ医療オミックス情報

月2日

国内

学人材養成プログラム
国内

成果発表会－国際シン田中 博

ポジウム「次世代疾患薬」、口頭

オミックスの新展開」、
みらいホール(桜木町)2010 年 2○「Omics-based
Medicine andSystems Drug横浜市大 Palaver セミ

田中 博

月1日

ナー

国内

Discovery」、口頭2009 年 12○「基礎研究成果を
医療ニーズに活かす
Bioinformatics」、

田中 博

横浜市立大学

月 16 日国内

口頭○「次世代疾患オミックスとシステム創田中 博

2009 年 11

シアティブ IPAB 創立

月 27 日

10 周年記念シンポジウ

薬」 、口頭国内

ム、東京 SGI ホール○「オミックス医療とシステム創薬」、

並列生物情報処理イニ

田中 博

オミックス医療情報学2009 年 11

寄附講座開設記念講演

月 19 日会、歯学部附属病院特

口頭

別講堂

17

国内

○「病気を「システムで解く」オミック
ス医療の可能性」、

田中 博

かわさきサイエンス＆2009 年 11

テクノロジーフォーラ

月 17 日国内

ム 2009、かながわサイ
エンスパーク西棟（川

口頭

崎市）

○ 「 Stuctureof2009 年 11

protein interaction
networks and their

Harvard Medical

田中 博

月 16 日国内

School セミナー

implication on drug
design」、口頭○「デジタル・オミックスとシステム創田中 博

第 12 回シンポジウム

2009 年 11

ゲノム創薬フォーラ

月9日

ム、日本薬学会館長井

薬」、口頭

国内

記念ホール
2009 年 10○「疾病解明と治療・創薬のためのシステムバイオロジ

神奈川科学技術アカデ田中 博

月 27 日ミー講演、東京

国内ー」、口頭○「次世代疾患オミックスシステムパソ

田中 博

ロジー」、口頭第 37 回日本磁気共鳴

2009 年 10

医学会大会、パンパシ

月2日

国内

フィック横浜2009 年 7○「オミックス医療とシステム創薬―パーソナルゲノム時代

ゲノム創薬フォーラム

田中 博

月 21 日講演

国内の医療－」、口頭○「生命のシステム論的解析」、口頭田中 博○「疾患を「システ
ムで解く」オミックス医療の将来」、口田中 博

2009 年 6

義、福岡

月5日

大学院生命情報科学教2009 年 6

育部公開講演会「病気月2日に挑む生命科学」、歯国内

国内

学部特別講堂頭○

九州工業大学特別講

OntologicalModelsandApproaches in the
Integrated
BioMedical Database

HiroshiTanaka and
Jun Nakaya

Proceedings of2009 年 5International Health

月9日

Level Seven
Interoperability
Conference 2009 HL7Japan in Press

Project、口頭

18

国外

Existing

April.

content
WHO ICD11 Revision

Existing
sourcese.g.

Integrated

Jun Nakaya

2009

Internal Medicine

国外-TAG International
Conference Tokyo

BioMedical Database
Project、口頭

2009

中谷純，井戸◎統合医科学データ 敬介，佐古田

シンポジウム 2009

ベ ー ス Integrated 三郎，溝口理 「データベースが拓く

国内

BioMedical DataBase 一郎，古崎晃 これからのライフサイ(IBMDB)、ポスター

司，下川和

エンス」、東京

郎，田中博
2009

KazuroTransdisease

Shimokawa,

Omics analysis of

Yasunori

CBI-KSBSB joint

Clinical

Sasaki,conference 2009

○

data

by

国外

Hiroshi

SAGE、ポスター

Tanaka2009

KazuroShimokawa,
Kaoru
an

Mogushi,integrated clinical

Satoshiomics

Shoji,

日本分子生物学会

Atsuko(2009)

◎

iCOD

based

:

databaseonthesystems-pathology

Hiraishi,view of disease

Hiroshi

国内

Mizushima,
HiroshiTanaka須貝◎パーキンソン病デ 山本
ータベース構築の試

分宣，2009 年 5

洋一， 第 50 回日本神経学会月 25 日

佐古田

三

総会

国内

（仙台国際センター）

み郎◎パーキンソン病の 山本

洋一， 統合データベースプロ

臨床データベースの 古崎晃司， ジェクトシンポジウム

19

国内

構築と課題

溝口理一

2009 年 6

2009

郎，野崎

一 「データベースが拓く徳，下條真 これからのライフサイ司，濱崎

俊 エンス」

光，佐古田

東京大学本郷キャンパ

三郎

ス浅野地区武田ホール

月 12 日２.３.２ 学会誌・雑誌等における論文掲載
掲載した論文（発表題目） 発表者氏名発表した場所（学

発表し

国内・外

会誌・雑誌等名）

た時期

の別

2010

国外

Tanaka S.,
Mogushi K.,
Yasen M.,
○Gene expression

Noguchi N.,

phenotypes for vascular

Kubo A.,invasiveness ofNakamura

hepatocellularN., Ito K.,

carcinomas.

Miki Y.,

Surgery,
147:405-14

Inazawa J.,
Tanaka H.,
Arii S.
Nakagawa○Mutations in theinterferon sensitivity
determining region andvirological response tocombination therapy
withPegylated-interferonalpha 2b plus ribavirinin patients with chronic
hepatitis C-1b
infection.

M.,
Sakamoto
N., UeyamaM., Mogushi
K., Nagaie
S., ItsuiY., Azuma

2009

J Gastroenterol(accept

国外

ed)

S.,
KakinumaS., Tanaka
H., Enomoto
N.,
Watanabe M.

○IQGAP1 and vimentin

Tsubota A.,

20

Carcinogenesis

2009

国外

may be key regulator

Mogushi K.,(accept

genes in naturally

Nariai K.,ed)occurring

Tanaka H.,

hepatotumorigenesis

Tada N.

induced by oxidative
stress.
NishimuraSakurai Y.,
SakamotoN., Mogushi
K., Nagaie
S.,
Nakagawa
M., Itsui
Y.,
Sekine-Osa
jima Y.,
Tasaka-Fuj○Comparison of

ita M.,

HCV-associated gene

Onuki-Kara

expression and cellkama Y.,signaling pathways in

Suda G.,

cells without HCVMishima K.,

replicon and in

Yamamoto

replicon-cured cell.

M., UeyamaM., Funaoka
Y.,
WatanabeT., ChenCH.,
KakinumaS.,
TsuchiyaK., Tanaka
H., Enomoto
N.,
Watanabe M.

21

2009

J Gastroenterol(inpress)

国外

Inferring

Hasegawa

within-patient HIV-1

N., Sugiura

evolutionary dynamics

W., Shibata

BMC

under anti-HIV therapyJ., Matsuda

Bioinformatics

using serial virus

M., Ren F.,

samples with vSPA.

Tanaka H.

2009(accept

国外

ed)

Hase T.,○Structures of protein

Tanaka H.,interaction network andSuzuki Y.,

their implications on

Nakagawa

drug design.

S., Kitano

2009,

PLoS Compt Biol5(10)e100055

国外

0

H.
Yoshimura
K.,
TakeuchiK.,○Prognostic value ofmatrix Gla protein in
breast cancer.

NagasakiK.,

Molecular

Ogishima

Medicine Reports

S., Tanaka

2009
(in

国外

press)

H., IwaseT., AkiyamaF., Kuroda
Y., Miki Y.
Nagashima
T.,
UshikoshiNakayam R.,○Mutation of epidermal
growth factor receptor
is associated with MIG6
expression.

Suenaga A.,
Ide K.,
Yumoto N.,
Naruo Y.,
TakahashiK., SaekiY., TaijiM., Tanaka
H., Tasai

22

FEBS Journal,
276:5239-5251

2009

国外

SF.,
Hatakeyama
M.
Yasen M.,
MizushimaH., Mogushi
K.,
Obulhasim○Expression of Aurora B

G.,

and their Alternative

Miyaguchi

Variant Forms in

K., Inoue

Hepatocellular

K.,

Carcinoma and the

Makahara

Adjacent Tissue.

I., Ohta

CancerScience,100(3):472-480

2009

国外

2009

国外

2009

国外

T., AiharaA., Tanaka
S., Arii
S., Tanaka
H.
Ota MS.,○In silico and in vitro
analyses reveal role of
Hes1

in

taste

cell

differentiation.

Kaneko Y.,
Kondo K.,
Ogishima
S., Tanaka

PLoS

Genetics,

5(4): e1000443

H., Eto K.,
Kondo T.
Tanaka S.,
Mogushi K.,○Surgical contribution
toYasen M.,

recurrence-free Noguchi N.,

survivalinpatients

Kubo A.,withmacrovascular

Kurokawa

invasionnegativeT.,

hepatocellular

Nakamura

carcinoma.

N., InazawaJ., Tanaka
H., Arii S.

23

JournaloftheAmerican College
ofSurgeons.

208(3):368-374

A likelihood look at theRen F.,

supermatrix-supertree

Tanaka H.,

controversy.
ofadatabase and ontology
for pathogenic pathways
in periodontitis.

国外

2009

国外

2009

国外

2009

国外

2009

国内

2009

国内

Suzuki A,
Takai-igar
ashi T,
Numabe Y,○ Rich can get poor:
conversion of hub to
non-hub proteins.

RK.,
Samavedham
L ., Tanaka
H., DharP.K.

Benefitsofpharmacogenomics

in

drug

-

development

In Silico Biol.
9:0020

Tanaka H.
Tun K., Raoearlier launch of drugs

SystemsandSynthetic
Biology,

DOI

10.1007/s11693-0
09-9024-9

Journal
Ohashi W.,
Tanaka H.

of

Medical Systems,
DOI
10.1007/s10916-0

and less adverse events

09-9284-7○「分担執筆」

遺伝子医学 MOOK14

第 3 章

次世代創薬テクノ

創薬に向けた生命情報の統合2009

Yang Z.

○ Development○

Gene, 441:119-125

3､オミッ

田中 博

ロジー

実践：イ

クス情報を基盤にした創

ンシリコ創薬の最薬

前線、180-185○「一般誌」
広範囲 血液・尿化学検査
免疫学的検査-その数値 西堀 眞弘、 日本臨牀、Vol.67、を ど う 読 む か -[ 第 7田中 博

増刊号 8、47-51

版](1) I 総論 オミック
ス医療と臨床検査
Nakaya, J.,○

Genomic

Sequence

Variation
Language (GSVML)

MarkupKimura, M.,
Hiroi, K.,
Ido, K.,
Yang, W.,
Tanaka, H.

24"International
JournalofMedicalFebruarInformatics
(Int

J

Med

Inform.)" Volume
79,

Issue

2,

y 2010国外

130-142

PMID:

19969503
Samson W.
Tu, Olivier
Bodenreider, CanCelik,
Christopher G. Chute,
Sam Heard,
RobertJakob,
Guoquian
Jiang,
Sukil Kim,
Eric
Miller,Mark M.
○ A Content Model for
the ICD-11 Revision

Musen, Jun

JournalAmerican Medical

Nakaya,Informatics

Jon

Association

Patrick,
Alan
Rector,
Guillermo
Reynoso,Jean Marie
Rodrigues,
HaroldSolbrig,
Kent A
Spackman,
Tania
Tudorache,
Stefanie
Weber,
Tevfik25

ofaccepted

2010

国外

Bedirhan
Ustun"Interdisciplina
ry Ontology
Jun Nakaya,○"A Content Model and

Keisuke

An Information ModelIdo, Kaei

for

Hiroi,

DiseaseHiroshi

Description"

Tanaka.

Proceedings
theofSecondInterdisciplinaryOntology

Meeting"
Keio

2009

国外

Vol.2,

University

Press. Edit by M.
Okada and B. Smith
103 - 113

２.４ 活動（運営委員会等の活動等）
分担機関内統合化要素技術検討会
平成２１年

８月

７日（場所：東京医科歯科大学

３階会議室）

医科歯科大関係出席者：中谷純、下川和郎、井戸敬介、荒木栄一、古江基樹、
森下尚浩、水元清
阪大関係出席者：古崎晃司、須藤広明、大黒敏弘
平成２１年

１２月

２４日（場所：東京医科歯科大学

３階会議室）

医科歯科大関係出席者：田中博、下川和郎、井戸敬介、荒木栄一、古江基樹、
森下尚浩、水元清
阪大関係出席者：古崎晃司、須藤広明、大黒敏弘（大阪大学内）平成２１年

６月

３日（場所：大阪大学）

阪大関係出席者：佐古田三郎、山本洋一、古崎晃司、濱崎俊光、安井涼子
システム開発関係者：須藤
平成２１年

９月

広明、大黒敏弘、濱田

１６日（場所：大阪大学）

26

茂樹

阪大関係出席者：佐古田三郎、山本洋一、古崎晃司、濱崎俊光、安井涼子
システム開発関係者：須藤
平成２１年

３月

広明、大黒敏弘、阪本和洋

１１日（場所：大阪大学）

阪大関係出席者：佐古田三郎、山本洋一、古崎晃司、安井涼子
システム開発関係者：須藤広明、阪本和洋

倫理基準検討会
平成２１年

１１月

１４日（場所：東京医科歯科大学

医科歯科大関係出席者：中谷純、井戸敬介
阪大関係出席者：山本洋一

27

３階会議室）

２.５ 実施体制
２.５.１ 東京医科歯科大学
研

究

項

目

担当機関等

研究担当者

疾患・臨床医科学データベースに特化した 東京医科歯科大学
情報医科学センター
統合技術開発に関する研究

○中谷 純
野川 裕記
高井 貴子
下川 和郎
荻島 創一
井戸 敬介
茂櫛 薫
広井 嘉栄
武若 真樹子東京医科歯科大学
難治疾患研究所

三木義男

東京医科歯科大学
大学院医歯学総合研究科

新村

芳人

○中谷
水島
下川
荻島
井戸
茂櫛
広井

純
洋
和郎
創一
敬介
薫
嘉栄

東京医科歯科大学
大学院医歯学総合研究科

有井
天笠
新村

滋樹
光雄
芳人

東京医科歯科大学
難治疾患研究所

稲澤譲治

東京医科歯科大学
情報医科学センター

◎田中
中谷
下川

博
純
和郎

疾患データベースの高度化と実証的統合に 東京医科歯科大学
情報医科学センター
関する研究

プロジェクトの総合的推進28

２.５.２ 大阪大学
氏名

所属

役職

役割

業務内容

大阪大学
佐古田三郎

臨床医工学融合研究教育セ
ンター

教授

業務主任者

研究総括

(大学院医学系研究科)
大阪大学医学部附属病院
山本洋一

臨床試験部

自主臨床研究部門(大学院医学系研究科)
溝口理一郎
下條真司

濱崎俊光

古崎晃司

大阪大学
産業科学研究所
大阪大学
サイバーメディアセンター
大阪大学
大学院医学系研究科
大阪大学
産業科学研究所

特任准教授
（常勤）

担当責任者

教授

実施担当

教授

実施担当

臨床データベース公開
臨床データベース高度化
臨床データベース高度化
臨床データベ准教授

実施担当

ースバリデー
ション

准教授

実施担当

技術補佐員

実施担当

臨床データベース高度化

大阪大学臨床医工学融合研

安井涼子

究教育ｾﾝﾀｰ(大学院医学系研
究科)

29

研究補助

２.６ 整備実績一覧【代表機関名：東京医科歯科大学】（１）保有データ情報（１－１）データの種類①生物種（１） 東京医科歯科大学：ヒト
１
大阪大学
：ヒト
②試料・ライ （１）東京医科歯科大学：＜試 料＞肝臓癌、大腸癌、口腔癌の手
ブ ラ リ ー 等 術または生検検体（約３５０）＜データ＞肝臓癌、大腸癌、口腔癌の症の種類、数
例情報（約４００）、
肝臓癌、大腸癌、口腔癌検体の遺伝子発現解析結果（約２００）（２）大阪大学：＜データ＞神経難病の症例情報（約５００）③測定方法（１） 東京医科歯科大学：診療情報収集、DNA マイクロアレイによる遺伝子発現解析１
大阪大学：診療情報収集大阪大学：診療情
報収集④ デ ー タ の （１）東京医科歯科大学：臨床情報（基本情報、病歴・生活歴、臨内容
床検査、画像診断、治療、予後等）
分子情報（マイクロアレイ遺伝子発現情報）（２）大阪大学：臨床情報（基本情報、症状、治療等）⑤その他、特記事項（１－２）データソース① 現 在 の デ （１） 東京医科歯科大学：試験公開可能なデータは、約２５０症例
ータ量分の症例情報。
非公開データを含めると、約４００のがん症例情報を有する。
１
大阪大学：試験公開可能なデータは、約５００症例
情報による統計情報。
非公開データを含めると、約６００の症例情報を有する。
② デ ー タ 区 ■自前 □第三者 □文献データ ■計算結果等の二次データ分□その他（下欄に詳細を記述）
倫理審査委員会が承諾する範囲内で、今後も継続的に症例情報を追加していく。
③ 将 来 の 増 所有者（東京医科歯科大学、大阪大学）
加の見込み 公開（□可 □否 ■その他［各機関の倫理審査委員会が承諾する範
囲での公開］）④権利関係 所有者（東京医科歯科大学、大阪大学）
公開（□可 □否 ■その他［各機関の倫理審査委員会が承諾する範
囲での公開］）⑤その他、 個 別 に 試 験 公 開 可 能 な デ ー タ の 公 開 を し て い る 。
特記事項（http://ibmd.tmd.ac.jp）
各データベースの倫理規定に基づいての公開を行うとともに、統合医30

科学データベースの倫理規定案の策定を推進する。
（１－３）データの管理状況①更新頻度等 症例情報の収集及び検体からの遺伝子発現解析は継続的に実施しの管理状況、 ており、集積データをクレンジングし、公開用データベースへのデ体制
ータ更新は年１回～２回を予定している。
②その他、特記事項（１－４）データベース関係① DB 管 理 者 （１） 東京医科歯科大学：３名
数
１
大阪大学
：１名
② キ ュ レ ー （１） 東京医科歯科大学：３名（ＣＲＣ他）
タ・アノテー １
大阪大学
：１名
タ数
③データ構造 各データベースで独自のデータ構造④ DB 管 理 ソ PostgresSQLフト⑤ サ ー バ の LinuxOS⑥サーバ規模⑦ DB へ の ア
クセス数⑧独立 IP 数
1⑨その他、特 DB への検索メニューは報告書を参照、オントロジーについては東京
記事項
医科歯科大学が独自に作成したものを使用。
（２）データ（又はＤＢ）の連結、統合化整備（※試験的、限定的公開済みのものも含む。）
公
概要（データの種類（生物種）・数量（kB 等）、
開
本プロジェクトで実施した特徴点、進捗状況、
通 データ（又はＤＢ）の名称 ／今後の計画・課題などを簡潔にわかりやすく記
番
未
述）
公
開
1 統合的医療データベース
試
臨床、病理、分子情報（遺伝子発現情報）を統
http://ibmd.tmd.ac.jp
験
合化したデータベース。
公
疾患共通のテンプレートに情報を適応し、250
開症例のデータを公開した。
最終年度までに 300 症例のデータ公開を行う
予定。
2 パーキンソンデータベー 試
神経難病特の、臨床情報データベース。
ス験
５00 症例情報の臨床 10 項目に対して、統計情
http://ibmd.tmd.ac.jp
公報を取りこれを公開した。
開
最終年度までに７00 症例情報のデータ公開を行う予定。
（３）ＤＢ基盤システム、ツール等開発成果物の整備（※試験的、限定的公開済みのもの
も含む。）

31

公
開
通 ＤＢ基盤システム、ツール ／番 等の名称未公
開1 要件定義書
プ
ロ
ジ
ェ
ク
ト
内
部
公
開
2 統合検索システムプロトタ 試
イプ験
http://ibmd.tmd.ac.jp/
公開概要（主な機能・特徴点、進捗状況、今後の計画などを簡潔にわかりやすく記述）

統合医科学データベース構築に関わる統合化
技術（情報モデル、オントロジー、セマンティクス）、標準化、公開倫理等に関して、全国の全疾患 DB を対象とした調査に基づき、要件定義書を完成した。

東京医科歯科大学の統合的医療データベー
ス、大阪大学のパーキンソンデータベース、
国立がんセンター研究所の GeMDBJ に対しセ
マンティクス検索技術、ユーザインターフェースを検証するためのプロトタイプシステムを構築した。
機能限定版のプロトタイプシステムを評価用に試験公開する予定。

（４）その他の成果物（（２）、（３）に該当しないもの）
公開
通名称／ 未 概要番
公開32