©2013 NBDC 統合化推進プログラム H23年度採択
研究代表者：中村 春木(大阪大学蛋白質研究所) licensed under CC表示2.1日本
H24年度実施報告書 別紙 既公開のデータベース・ウェブツール等

課題名

データベース、ウェブツール等の名称

概要

URL

公開開始日

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 PDB

日米欧の３極によるwwPDBの分担による蛋白質・核酸・糖鎖などの生体高分子の立体構造データのデータバンクです。

http://pdbj.org/

2002年4月頃

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 PDBj Mine

PDBエントリ検索

http://service.pdbj.org/mine/

2009年10月14日

研究者が構造データを妥当性の検証後にPDBjに登録できるように構築
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 DB名：PDBj構造検証/登録ポータルサイト
http://pdbdep.protein.osaka-u.ac.jp/
した、構造検証サーバと構造登録システムへのポータルサイトです。

関連論文（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してくださ

アクセス数（H24年度分）
327,330
14,030,736

2000年6月

258,236
88,826

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 eF-site

蛋白質の分子表面の形状と物性（静電ポテンシャルと疎水性度）及び機能部位のデータベースです。

http://ef-site.hgc.jp/eF-site

2000年5月(ﾃｽﾄ版）、2002
年3月（修正版）

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 eF-seek

PDBフォーマットのファイルを入力とした、表面の類似性検索による機能部位の予測法のwebサーバです。

http://ef-site.hgc.jp/eF-seek

2006年3月

447

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 eF-surf

蛋白質の分子表面の形状と物性（静電ポテンシャルと疎水性度）を計算するwebサーバです。

http://ef-site.hgc.jp/eF-surf

2006年3月

128

2004年1月7日（ｿｰｽｺｰﾄﾞの公開）

9,466

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化

jV (PDBj Viewer) プログラム・ダウンロー stand aloneおよびappletとしても使える、独自開発のJAVAによる分子
http://pdbj.org/jv/
ド・サイト
グラフィックス・プログラムです。

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 ProMode Elastic

弾性ネットワークモデルの基準振動解析データベース

http://promode.pdbj.org/promode_elastic/

2003年4月

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 eProtS（蛋白質構造百科事典）

高校生以上の学生および一般社会人に、蛋白質の構造と機能を平易に説明した百科事典です。

http://pdbj.org/eprots/index_ja.cgi

2003年9月

394,236

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 今月の分子（Molecule of the Month）

高校生以上の学生および一般社会人に、日本語と英語で蛋白質の構
http://pdbj.org/mom/
造と機能を平易に説明した百科事典です。

2008年4月2日(日本語翻訳ページ創設）

438,179

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 Sequence Navigator

アミノ酸配列を入力し、PDB中に登録されているホモログ蛋白質を探索
http://service.pdbj.org/seqnavix/するサービスです。

2004年9月

19,192蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 Structure Navigator

蛋白質立体構造を入力し、PDB中に登録されている類似の立体構造をhttp://service.pdbj.org/stnavix/持つ蛋白質を探索するサービスです。

2004年12月10日

3,017

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 EM Navigator

EMDBとPDBを基にした電子顕微鏡による生体分子、細胞、組織の三次元再構成像と、それに関連したPubMed等が閲覧できます。

2007年5月21日

5,848,932

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 GIRAF
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 CRNPRED
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 Protein Globe

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 SeSAW

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 MAFFTAsh
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 Spanner
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 SFAS
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 SEALA

http://pdbj.org/emnavi/

蛋白質のリガンド結合部位の類似局所構造を検索するサービスです。 http://www.ipr.pdbj.org/giraf/
蛋白質のアミノ酸配列から二次構造を高精度で予測するサービスで
http://crnpred.pdbj.org/
す。
各蛋白質の構造を地球儀のような球の表面にドットで表示し、類似http://pdbj.org/globe/フォールドの検索を行うサービスです。
機能未知の蛋白質構造データに対して、構造の類似性検索に基づき、局所的および大域的なアミノ酸配列の類似性も加味し、ファミリーある
http://pdbj.org/sesaw/
いはスーパーファミリーを推定して、生化学的機能のアノテーションを行うサービスです。
構造アラインメントの出力を制約条件として、配列・構造統合アラインメントを構築するシステムです。
Templateを指定しループ部分はfragment法によるホモロジーモデルを作成するサ－ビスです。
アミノ酸配列を入力し、パイプラインによってホモロジーモデルを構築して機能を推定するサ－ビスです。
配列と立体構造の両方を考慮して類似している分子を検索するサービス

2008年12月3日

5,072
7,282

2007年12月28日

5,048

2008年9月22日

2,683

http://pdbj.org/mafftash/

2008年12月3日

A-12

2,770

http://pdbj.org/spanner/

2009年8月9日

A-1

3,883

http://pdbj.org/sfas/

2009年8月6日

A-4, A-6, A-14

4,695

http://pdbj.org/seala/

2010年7月21日

三次元構造アライメントを行うプログラム

http://pdbj.org/gash/, http://pdbj.org/rash/

2003年9月11日

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 万見 (Yorodumi)

3次元構造とメタ情報を簡単にブラウズするためのツールhttp://pdbj.org/emnavi/viewtop.php

2009年7月

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 wwPDB/RDF

Resource Description Framework（RDF）形式で書かれたPDBデータを提供するサービス

http://rdf.wwpdb.org/

2012年10月4日

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 BMRB

A-2, A-3

107,8192009年6月10日

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 ASH (GASH / RASH)

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 新ウェブインタフェース

A-5, A-7, A-11

配置のカスタマイズなどができる新型ウェブインタフェース
http://ipr.pdbj.org/newweb/
本DBは、ADIT-NMR, SMSDepにより登録された生体高分子のＮＭＲ実験データを公開しています。データの検索、各データエントリーからPDB
http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/など他のデータベースへのリンク、データ可視化サイトより構成されています。

1,957
7,546,702
A-13

1,797,569

2013年3月29日（β版公開日）
2011年4月

B-3

5,961,707

課題名

データベース、ウェブツール等の名称

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 ADIT-NMR
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 SMSDep
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 PDBj-BMRBポータル
蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化 NMR Tool Box

概要

URL

タンパク質、核酸、糖鎖といった生体高分子に関するＮＭＲ実験情報を
http://nmradit.protein.osaka-u.ac.jp/bmrb-adit/
ＢＭＲＢに登録するウェブツールです。
生体高分子として、特に低分子化合物に関するＮＭＲ実験情報をＢＭＲ
Ｂに登録するウェブツールです。アミノ酸配列数２４残基以内の短いペ http://smsdep.protein.osaka-u.ac.jp/bmrb-adit/
プチドなどPDBの登録条件に該当しない高分子化合物が登録対象とBMRBへのデータ登録を目的とした、マニュアルや各種ツール、検索機
http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp/
能を提供するポータルサイトです。
PDBj-BMRBが独自に開発したスタンドアロンの解析・データベース登
http://bmrbdep.protein.osaka-u.ac.jp/en/nmrtoolbox
録支援ツールの紹介、ダウンロードサービス

公開開始日

関連論文
（論文リスト3-1に記載がある場合のみ、その番号を記載してくださ

アクセス数（H24年度分）

2011年4月
2011年4月1日
2013年1月
2012年6月

14,783B-3