別紙１ 構築、公開したデータベース等研究代表者名：研究開発課題名：
名称

小原雄治
データベース統合に関わる基盤技術開発
概要

URL

公開日

レコード数

レコード数の定義、説明等

NBDCアーカイブ
へのデータ提供

備考

PhylogeneticTree
解析結果を基に自動でレポーティング作成する機 http://togo.cbrc.jp/active_loc(DNA, RNA, Protein) 能を追加しました。
al_phylo.html
Active ワークフロー

2013年12月16日

最終アップデートの日：2013/12/16

Protein Structure
Prediction Activeワークフロー

タンパク質関連解析ワークフローにデンマーク工科大学(DTU)の解析ツールを加えました。

http://togo.cbrc.jp/active_loc
al_rna_prediction.html

2013年4月22日

最終アップデートの日：2013/9/17
外部解析ツールとしてDTUの14ノードの追加

RDF化したライフサ
イエンス辞書のSPARQLエンドポイント

ライフサイエンス辞書プロジェクトにより編纂された http://purl.jp/bio/10/lsd/spar
辞書をRDF化し、SPARQLで問合せ可能とした。
ql

2013年2月1日

RNA Structure
Prediction Active
ワークフロー

RNA構造予測ワークフローに立体構造を考慮した http://togo.cbrc.jp/active_loc
相互作用解析ツールを加えました。
al_rna_prediction.html

2013年1月17日

最終アップデートの日：2013/9/17
独自2解析ツールを追加

2012年9月28日

最終アップデートの日：2013/12/27
外部DB連携ノードとして4ノード、外部の４解析ツール、独自4解析ツールを追加
平成23年度プロトタイプ開発。平成24年度ベータ版公開。平成25年度コンフィグ
レーション機能追加

Molecular Simulation タンパク質のモデリング、ドッキング、分子動計算
Active ワークフロー を全て行うワークフローです。外部連携ノードやドッキングサイトを指定できるノードを追加しました。

http://togo.cbrc.jp/active_loc
al_mol_simulation.html

TogoTable

データベースIDを含む表形式のデータに対して、 http://togotable.dbcls.jp/
IDを検索キーにして複数のトリプルストアからデータベースをまたいだアノテーション情報を取得するシステムです。

2012年9月3日

高速配列検索GGGenome

塩基配列を高速に検索するウェブサーバーです。 http://GGGenome.dbcls.jp/

2012年7月4日

反応オントロジー

代謝系で使われている酵素反応から、基質生成物 http://www.genome.jp/reactio
ペアを抽出し、反応パターンを定義したデータベー n/
スRCLASSと、RCLASSに基づいた反応分類をまとめて公開しています。

2012年7月1日

Semantic service(概 セマンティツク技術に対応したＳＡＤI開発を紹介し http://togo.cbrc.jp/semantic.h要）ているサイトです。
tml

2012年4月20日

Semantic service（解 これまで開発した解析ツールをSADI仕様に従い公 http://semantic.cbrc.jp/sadi開している解析サービスサイトです。
services/析ツール）

2012年4月20日

16340945 トリプル数174596856 塩基配列の数

H24年度公開対象外

17,366 基質化合物ペアと反応パ 未対応
ターンの合計数（2014.2.28現在）

RefSeqの更新に合わせて2ヶ月に1回更新ゲノムネット ケミカル情報解析ツールの項参照

最終アップデートの日：2014/2/13
日本語・英語版HELPページの修正
28 14個のSADI解析サービス
を２つのオントロジーを利用し公開（CBRCオントロジーとSIOオントロジー）

最終アップデートの日：2014/9/23

H23 年度採択課題終了報告書別紙１

名称概要

URL

公開日

レコード数

レコード数の定義、説明等

NBDCアーカイブ
へのデータ提供

備考

ライフサイエンス 領 生命科学において注目される分野・学問領域にお http://leading.lifesciencedb.jp
域融合レビュー
ける最新の研究成果について、第一線の研究者 /の執筆による日本語のレビューを、だれでも自由に閲覧・利用できるよう、公開するオンラインジャー
ナルサービスです。平成25年1月末までの17か月間に24 本のレビューを公開しました。

2012年1月9日

24 レビューの数

対象外

2013年度にウェブサイト機能を改良(関連記事表示、閲覧数ランキング表示、インクリメンタル検索)

統合遺伝子検索
GGRNA

遺伝子や転写産物をさまざまなキーワードからす http://GGRNA.dbcls.jp/
ばやく検索し、その結果をわかりやすく提示することができる遺伝子検索エンジンです。遺伝子名や各種ID、タンパク質の機能や特徴などのキーワー
ドだけでなく、短い塩基配列やアミノ酸配列から遺伝子を高速に検索することも可能です。

2011年5月18日

5760653 塩基配列の数

対象外

RefSeqの更新に合わせて2ヶ月に1回更新

DBCLS SRA

公共データベース（SRA [NCBI]、ENA [EBI]）、http://sra.dbcls.jp/
DRA[DDBJ] ）に登録された「次世代シーケンサ」
データについて、目的別、機器別、生物種別等、さまざまな統計情報から閲覧、比較、データのダウンロードができる目次サイトです。論文からのデー
タの検索も可能です。

2011年5月1日

543465 プロジェクト、実験、文献
数

Allie RDF DataAllie のSPARQL エンドポイントです。

2011年1月12日

120130005 トリプル数

Semantic TogoDB

TogoDB の機能に加え，アップロードしたデータを http://togodb.org/半自動的にRDF へ変換する機能をもつシステムです。

2011年1月12日

18430715 ユーザの作成した687
データベースの総計

http://data.allie.dbcls.jp/

RefEx（Reference
EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq の4 種類の異 http://refex.dbcls.jp/
Expression dataset） なる手法 によって得られたヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス（参照）データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースです。

2011年1月10日

togo picture gallery

2011年1月4日

ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に http://g86.dbcls.jp/togopic/
閲覧・利用できるようWeb 上にて無料で公開しているウェブサイトです。

2213993 ID重複のない発現データ数

129 イラストの数

週1回データ更新。1年でデータ数は倍々ペース。2013年度にKusarinokoとして提供していたメタデータ検索システムを統合し全文検索エンジンを搭載。

本プロジェクトでの新規開発。コンテンツは毎月更新。
初期版のTogoDBにセマンティック・ウェブ対応を行ったプロトタイプ

2012年度にインターフェース刷新。
GeneChipデータ更新。2013年度にRNAseqデータ更新。検索機能拡充。

2013年は41増

H23 年度採択課題終了報告書別紙１

名称概要

URL

公開日

レコード数

レコード数の定義、説明等

NBDCアーカイブ
へのデータ提供

備考

BioHackathon

最先端の研究開発者を招聘した国際的なソフト
http://www.biohackathon.org/
ウェア開発会議の情報交換ならびに成果を公開するためのサイトです。BioHackathon はH19 年度からウェブサービス標準化、統合利用環境構築、セマンティックウェブ、リンクトデータで4 度開催しています。DB 統合利用に関する内外研究者の国際的ハブとしての地位も確立しつつあります。

2011年1月1日

BioHackathon開催時に利用

LifescienceQA

ライフサイエンス分野の研究者の情報交換を促す http://qa.lifesciencedb.jp/
ためのQ&A サービスです。現在までに116 の質問が投稿され、224 の回答が得られています。

2010年1月11日

システム更新なし

ライフサイエンス 新 Nature、Science、Cell などのトップジャーナルに掲 http://first.lifesciencedb.jp/
着論文レビュー
載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について、論文の著者自身の執筆による日本語によるレビューを、だれでも自由に閲覧・利用できるよう、いち早く公開するオンラインジャーナル
サービスです。平成25年1月末までの41 か月間に601 本のレビューを公開しました。

2010年1月9日

TogoDoc

文献情報及び論文PDF を管理し、また、特定の文 https://docman.dbcls.jp/pubm
献情報群に関連する論文情報を提示するシステ ed_recom/
ムです。TogoDoc Client と連携して文献を管理することも可能なほか、スマートフォンにも対応しています。

2009年1月12日

DBCLS galaxy

生命科学データに特化したウェブベースの対話的 http://galaxy.dbcls.jp/
ツール組み合わせインタフェースです。DBCLSで開発されたツール群も組み込んでいます。

2009年1月10日

H25年度セマンティック・ウェブのフレー
ムワークSADIに入出力を対応させた。

TogoWiki

国内版バイオハッカソンの情報交換ならびに成果 http://wiki.lifesciencedb.jp/mを公開するためのサービスです。
w/

2009年1月8日

国内版Hackathon、Sparqlthon 開催時に成果まとめサイトとして利用

inMeXes

MEDLINE を対象とし、利用者が入力した文字列と http://docman.dbcls.jp/im/マッチする表現を逐次的(１文字入力毎)に検索するシステムです。論文中の英語表現を容易に検索できます。

2009年1月7日

Gendoo （Gene,
Disease Features
Ontology-based
Overview System）

文献情報をもとに、遺伝子、疾患について、関連す http://gendoo.dbcls.jp/る疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワードでリスト表示するツールです。

2008年12月12日

3

601 レビューの数

284102 利用者ごとの登録文献や関連語数対象外

2013年度にウェブサイト機能を改良(関連記事表示、閲覧数ランキング表示、インクリメンタル検索)

iOS向けクライアント開発。平日毎日
PubMed更新に合わせた推薦用のデータ更新。

61858137 検索対象nグラム数

関連研究分野の追加、正規表現フィルタの追加

11537465 遺伝子/疾患と関連キーワードの組数

原則、年一度、データ更新。対象生物種
も3から9に拡充

H23 年度採択課題終了報告書別紙１

名称概要

URL

公開日

レコード数

レコード数の定義、説明等

Allie

MEDLINE を対象とし、出現する略字とその正規系 http://allie.dbcls.jp/のペアを検索するシステムです。略字を入力することで、それの使われ方を一覧表示します。

2008年1月4日

DBCLS OpenID

一つのID で複数のサイトを認証できるシステムで http://openid.dbcls.jp/す。各サイトで認証サービスを用意する必要がな
く、サイト間のユーザー情報の集約が容易におこなえます。

2008年1月4日

TogoDB

エクセルなど表形式のデータを簡単に読み込み、 http://togodb.dbcls.jp/DB 化し、自動的に共通のウェブ検索インタフェー
スを生成するシステムです。

2008年1月4日

TogoWS

国内外のウェブサービスを共通のAPIで利用でき http://togows.dbcls.jp/
る仕組みと、サービス間の連携に必要なデータ形式変換機能、サービスの稼働状況の監視等を提供するシステムです。

2008年1月4日

MotDB

講習会の開催情報、参加受付ならびに講習会で http://motdb.dbcls.jp/使用する資料等を配布するためのサイトです。平
成23年度は6回の講習会を開催しました。

2008年1月2日

44 講習会44回分

統合TV

生命科学分野の有用なデータベースやウェブツー http://togotv.dbcls.jp/
ルの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。

2007年7月19日

757 動画の数

4

NBDCアーカイブ
へのデータ提供

101943338 略語や展開形、関連文献情報、関連略語情報などの総数

備考

インターフェースの向上、日本語対訳の充実、表記上の揺れをまとめるクラスタリングなど。コンテンツは毎月更新。
システムの更新なし。運用のみ。

202032927 ユーザの作成した777
データベースの総計

Semantic TogoDBの機能を取り込みオントロジー設定などの高機能化

RDFへの変換機能、UCSCのヒトゲノムに対応などの機能追加

講習会開催時にページ追加

対象外

2011年度は157本公開。2012年度は61
本公開。2013年度は107本公開。

H23 年度採択課題終了報告書別紙１

名称

概要

URL

公開日

レコード数

レコード数の定義、説明等

NBDCアーカイブ
へのデータ提供

BodyParts3D

BodyParts3D(ボディパーツ3D)は人体各部位の位 http://lifesciencedb.jp/bp3d/
置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。３Dレンダラー上のウエブAPIを使うモデルエディター(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3D から解剖概念を選択して自由に人体のモデル図を作成、交換でき,利用者の情報もモデル上にマップ表現できます。データのバージョンアップに加えデータの管理方法を刷新。概念名をファイル名称とする旧方式からユニークなファイル名称と概念番号の対応表で持つようにした。 これによって複数のバージョンを同時に提供可能になり、造形担当者とデータ（オブジェクトファイル）と概念の対応を行うデータ管理者の作業の分離で能率化。 これにともないデータベースサイト（データレジストリ）も変更され概念とモデルデータを明確に区別し混乱回避。

2007年5月10日 Elemental:1652
Compund:1854(ver3.0 2011、JuneではE:915,C:1053)

OReFiL

オンライン上に存在する多数の生命科学系の資源 http://orefil.dbcls.jp/(データベースやソフトウェアなど)を効率的に見つけるための検索システムです。

2007年1月8日

ゲノムネット ゲノム
情報解析ツール

ゲノムから遺伝子の機能アノテーションを中心とし http://www.genome.jp/ja/gn_t
たゲノム情報を解析するためのツール群です。遺 ools_ja.html#genome
伝子の自動アノテーションとパスウェイマッピングのためのKAAS、KEGG MODULE を使った機能割り当て解釈ツール MAPLE、EST からコンセンサスコンティグを作成するEGassembler、オミックスデー
タ統合による遺伝子ネットワーク予測ツール
GENIES から成り立っています。

2005年7月7日

未対応

この３年間で新たに、自動計算で構築したオーソログクラスタOCを検索できるようにするとともに、メタゲノムやゲノムをアノテーションし KEGG MODULE を用いて解釈するためのシステム MAPLE を公開した。
また、KAASをメタゲノムに対応するために生物種の割り当てを行えるように拡張するとともに、GENIESのサンプルデータを増やして使い勝手を改良した。

ゲノムネット ケミカル 代謝化合物や反応を中心としたケミカル情報を解 http://www.genome.jp/ja/gn_t
情報解析ツール
析するためのツール群です。類似化学構造検索 ools_ja.html#chemicalツールSIMCOMP、部分構造検索ツール
SUBCOMP、反応経路計算・予測ツールPathComp、PathPred、PathSearch、EC 番号割り
当てツールE-zyme から成り立っています。

2004年10月1日

未対応

この３年間では、反応オントロジーで構築した反応分類情報を用いた、類似反応パス検索システム PathSearch を開発して、公開した。また、反応分類や新たに開発した化合物構造フィンガープリントを用いて E-zyme を改良するとともに、新規反応を遺伝子と結び付ける手法を開発し実装した。これは E-zyme2 として2014年4月に公開予定である。

5

単位は概念表現数。
提供済み
Elemental 表現=３Dオブジェクトファイル数。単独のオブジェクトでの表現をelemental(representation)、これらを組み合わせて行う表現をcompound(representation)と呼んでいます。

備考97937 資源数及び関連論文数

2012年６月にversion4.0を公開

コンテンツは毎週更新、機能追加は無し。

H23 年度採択課題終了報告書別紙１

名称概要URL

公開日

レコード数

レコード数の定義、説明等

未対応

備考

LinkDB

世界各国で開発されている分子生物学関連のhttp://www.genome.jp/linkdb/ 1994年11月26日
データベースをエントリー間の関係で結んだデータベースです。データベースエントリー間の関係とその属性（original, reverse, equivalent）の3 項関係で表現しています。KEGG を中心に１62 のデータベースを約25億のリンクで結んでいます。

PubAnnotation,TextAE

Webによる文献アノテーションのための統合環境。 http://pubannotation.org/
PubMed, PMCのオープンアクセスな文献に関しては文献データのファイルフォーマットを標準化し文字列の絶対番地を提供することによって、異なったグループの文献アノテーションを一元的に取り扱うことができえる。遺伝子名辞書などにより自動で固有表現抽出が可能

アルファサービス中

OntoFinder/OntoFa データをRDF化する際に適したオントロジーの検索 http://ontofinder.dbcls.jp/
ctoryと推薦、マッピングをするシステム

アルファサービス中LODQA

自然言語による質問応答システム。自然文で書い http://lodqa.org/
た質問からSPARQLを自動生成しRDFデータの検索が可能。

アルファサービス中

PubDictionaries

辞書データをウェブで共有し、辞書に基づくテキス http://pubdictionareis.org/
トアノテーションが行えるシステムです。

アルファサービス中

62,555,806,094 エントリー間の関連（2項関係）の数（2014.2.28現在）

NBDCアーカイブ
へのデータ提供

この３年間では、全データをRDF化するとともに、REST形式のAPIで検索できるようにした。また、Viruoso を用いてSPARQL 検索できるようにするとともに、Stanza を用いた検索例を作成した。さらに、LinkDBのホームページを大幅に改訂し、データベースリンク図からデータベース間のリンク情報をダウンロードできるようにするとともに、各データベースのURIリストなどを参照できるようにした。
データの更新は継続して行うとともに、新たに ChEMBL、SIDER、UM-BBD、SABIO-RK、PGDBj、RIKEN-BRC、OCへのリンク情報を追加した。

H23 年度採択課題終了報告書別紙１