ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究開発実施報告書 様式

研 究 開 発 実 施 報 告□概要
研究開発課題名

プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化

開発対象データベー
スの名称（URL）

jPOST (Japan ProteOme STandard Repository/Database)(https://jpost.org/)

研究代表者氏名

石濱 泰

所属・役職

京都大学 大学院薬学研究科 教授 (2020 年 3 月時点)

□目次
§1. 研究実施体制....................................................................................... 2§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等 ................. 3①

概要 ...................................................................................... 8（1）データベース一覧 ................................................................... 3②

招待講演 ............................................................................ 8（2）ツール等一覧 ............................................................................. 3③口頭講演 ............................................................................ 9§3. 実施内容................................................................................................. 4④ポスター発表 ............................................................... 10（1）本年度の研究開発計画と達成目標 ................................ 4（2）進捗状況 ....................................................................................... 5§4. 成果発表等............................................................................................ 8（1）原著論文発表 ............................................................................. 8（4）知的財産権の出願................................................................ 11
特になし ................................................................................................ 11（5）受賞・報道等.......................................................................... 11①

論文数概要 ....................................................................... 8§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）.......................................................................................................................... 12②

論文詳細情報 .................................................................. 8

1. 進捗ミーティング ...................................................................... 12（2）

その他の著作物（総説、書籍など） ...................... 8

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリー（3）

国際学会および国内学会発表 ..................................... 8チ活動等 ................................................................................................ 13§1. 研究実施体制

グループ名

研究代表者または主たる共同研究者
氏名

所属機関・役職名

研究題目

石濱グループ

石濱 泰

京都大学・薬学研究科・ 再解析ワークフローの機能強化と新機能開
教授
発五斗グル
ープ

五斗 進

大学共同利用機関法人
情報・システム研究機

データベースツールの深化およびオントロ
ジーの強化

構
データサイエンス共同利用基盤施設・教授

奥田グル
ープ

奥田 修二郎新潟大学大学院医歯学
総合研究科・准教授

リポジトリの機能強化と新機能開発

松本グループ

松本 雅記

新潟大学大学院医歯学
総合研究科・教授

定量プロテオミクスデータベースおよびス
ペクトルライブラリ検索ツールの開発

荒木グループ

荒木 令江

熊本大学・大学院生命科
学研究部（医学系）・准教

データベースキュレーションの深化と強化授§2. 研究開発対象とするデータベース・ツール等（1）データベース一覧【主なデータベース】
No.

1

名称
Japan Proteome
Standard Repository/
Database
Japan Proteome Stan
dard Repository
Japan Proteome Stan
dard Database

URL

別称・略称
jPOST

https://jpostdb.org

jPOSTrepo

https://repository.jpostdb.org/

jPOSTdbhttps://globe.jpostdb.org/【その他のデータベース】
No.

名称

1

jPOST repository demonstration
jPOST repository development
jPOST database development

https://rep-demo.jpostdb.org/

iMPAQT

http://impaqt.jpost.org/iMPAQT/

2
3
4

URL

別称・略称

https://rep-dev.jpostdb.org/
https://rep-db.jpostdb.org/（2）ツール等一覧
No.

名称

別称・略称

URL

1

PRESTOhttps://github.com/PrestoTools/

2

iMPAQTquant

http://impaqt.jpost.org/iMPAQT/impaqtquant.html

§3. 実施内容（1）本年度の研究開発計画と達成目標
本研究で提案するプロテオーム統合データベース jPOST は、リポジトリ部、再解析部およびデータベース部からなる。このうちデータベースは３つの DB（Cube, Globe, Slice）から構成される。
ある生物種の、ある生命現象に注目して、ある研究機関で取得されたプロテオーム情報は標準化されたのち、それぞれの Cube に格納される。それぞれの Cube は集積・統合され、Globe となる。それぞれの Cube には様々なタグ（例えば生物種タグや翻訳後修飾タグ）が付与されている。Globe 中から、あるタグの組み合わせを持った Cube を抽出し、再構成し、調べたいプロテオーム情報を調整したものが Slice である。ユーザーは、自由にプロジェクト横断的に Globe をスライスし、目的情報 DB を作製できる。また、ユーザーは、これらのスライスしたデータを外部にエクスポートすることも可能であり、手持ちのデータと組み合わせて解析できる。第 1 期の開発では、リン酸化データおよび絶対量定量データの解析にフォーカスしたデータ可視化ツールを開発し、2018 年 3 月に一般公開した。第 2 期となる本研究では、5 年間で 5 研究開発テーマ、30 タスクについて目標を達成する。以下に示すように、本年度は前年度から引き続き行う 11 タスクに加え、新たに 5 タスクについて開発を進める。
各テーマ、タスクについての主担当グループを表１に示す。
表 1 2019 年度の研究開発項目
研究開発テーマ

タスク担当グループ

Help機能の充実
PXCのXML対応

奥田G

リポジトリの機能強化と新機能 データの修正に対する対応
開発
大規模メタデータ一括インポートシステムの開発

奥田Gと新機能開発

奥田G、荒木G奥田G、松本G

グライコプロテオミクスデータ対応

奥田G、
石濱G
石濱G

プロテオゲノミクスデータの再解析

石濱G

メタゲノム配列データベースの整備

奥田G、石濱G

データベースツールの深化とプロ Proteoform解析ツールの開発
テオゲノミクスデータの可視化お 絶対量やバリアント選択的なスライスデータベースの深化

五斗G、松本G

よびネットワーク解析ツールの開 プロテオゲノミクス用スライスデータベース
発既知/新規パスウェイ解析ツールの開発

五斗G、荒木G

オントロジーの深化と強化

キュレーションの深化と強化

2019

奥田G

SRM, PRM, DIAデータ対応
jPOSTスコアの確立
再解析ワークフローの機能強化 ワークフローの全自動化

2018

松本G、五斗G
奥田G、石濱G

オントロジーの充実

五斗G

プロテオゲノミクスデータに対する対応

五斗G

メタボロームデータ対応
プロテオゲノミクスデータ対応

荒木G、松本G

専門論文誌の発行

荒木G、石濱G、五斗G

荒木G、松本G（１）リポジトリの機能強化と新機能開発：
当初の目標であった年間 100 プロジェクト登録をはるかに上回る 149 プロジェクトが 2018 年度で登録されており、引き続きリポジトリの機能強化を図る。高速アップローダーPRESTO システムに加え、高速ダウンロードのためのシステム開発に取り組む。また、大規模メタデータ一括インポートシステムの開発、SRM, PRM, DIA データ対応、およびグライコプロテオミクスデータ対応に着手する。PXC のデータの修正に対する対応を引き続き行うとともに、国際的な動向、とくにアジア地区の動向を調査するため、HUPO2019（豪・アデレード、9 月開催）やアジアオセアニア質量分析学会（2020.1 香港）への参加や国内学会（JPrOS2019 （7 月、宮崎）、日本生化学会（9 月、横浜））での jP

OST セッションなどを積極的に行う。さらに HUPO Proteomics Standards Initiative (PSI)のハッカソンが日本で開催される予定（8 月、柏）であり、これらの機会を利用して、ウェット研究者のニーズに合ったリポジトリを設計し、ユーザー層の拡大をはかる。開発は奥田 G が中心となって行い、メタデータについては荒木 G、SRM 等の新モードについては松本 G と協力して進める。
（２）再解析ワークフローの機能強化と新機能開発：
引き続き jPOST スコアの最適化をはかり、再解析ワークフローを確立する。特にリン酸化ペプチドに焦点をあて、修飾位置同定のためのワークフローを確立し、全自動化をはかる。プロテオゲノミ
クスでは、データベース部の開発と連動しながら jPOST スコアを用いた高精度解析フローを最適化する。さらに、引き続き、多生物種を含むメタプロテオーム解析について、複数生物由来のゲノムデータベースからカスタマイズ配列を作成し、実験データとの照合を行うシステムを開発する。これ
らについては、石濱 G が中心となり、ゲノムデータ解析については奥田 G と協力しながらすすめる。
（３）データベースツールの深化とプロテオゲノミクスデータの可視化およびネットワーク解析ツールの開発：
前年度に引き続きプロテオゲノミクスに対応したスライスデータベースを作成する。スライスデータベースについて、シグナル伝達パスウェイや代謝ネットワークなどの生化学反応マップにデータを貼り付けるツール開発を行う。これについては、ゲノム変異データなどのマルチオミクスに対応したデータ入力ができるようにする。主として台湾の Cancer Moonshot プロジェクトと連動しながら、そのデータをモデルとして未知パスウェイに対する解析ツールを新たに開発する。本年度からあらたに、スプライスバリアントやタンパク質絶対量に対するスライスデータベースの可視化に取り組む。これらは五斗 G を中心に、パスウェイツールについては奥田 G と、バリアントや絶対量については松本 G と協力しながらすすめる。
（４）オントロジーの深化と強化：
前年度に引き続き、プロテオゲノミクス、マルチオミクス（メタボロミクス、リピドミクス）に対応したオントロジーの整備を行い、他の生命科学データベースとの連携を図る。PXC はメタボローム分野との連携を開始しており、MetabolomeXchange とファイルフォーマットの共有を目指している。
本年度の HUPO-PSI は 2019.3 に前倒しで行われるので、ここでの動向調査も行う。特に本年度はプロテオゲノミクスに対応したオントロジーの整備を行う。これらは五斗 G が中心になって行う。
（５）キュレーションの深化と強化：
前年度に引き続き、プロテオゲノミクス・マルチオミクス対応およびキュレーション半自動化ワークフローの開発を行う。リポジトリユーザーによるメタ情報入力について、プロテオゲノミクスやマルチオミクスに対応したシステムの構築を行う。登録データセットが公開になったタイミング
で、用いた手法（プロトコル）とデータを論文として公開するための学術誌「Journal of Proteome
Data & Methods (JPDM)」の J-Stage 掲載に向けた準備を日本プロテオーム学会と協力しながら鋭意すすめる。JPDM は河野（五斗 G）、小林（荒木 G）、奥田、石濱が中心になって進め、その他の項目については荒木 G を中心に進める。

（2）進捗状況
上記 16 タスクについての進捗状況を表 2 に示す。

表 2 2019 年度の研究開発項目と進捗状況

基本的にはすべてのタスクについて開発は順調に進行している。以下、詳細を述べる。
（１）リポジトリの機能強化と新機能開発：
リポジトリでは ProteomeXchange での共通ルール化に伴って、2018 年度から引き続きデータ修正対応や XML 対応を行った。また大規模メタデータの一括処理機能を開発し、公開した。リポジト
リ登録数は目標としていた年間 100 プロジェクトを大きく上回り、163 プロジェクト（日本 104, アジア 17, アメリカ 17, 欧州 24）が登録された。2017 年度 108 プロジェクト, 2018 年度 148 プロジ
ェクトなので、順調に知名度は上がってきていると思われる。国際的な動向調査を目的とし、HUPO20
19（豪・アデレード、9 月開催）、アジアオセアニア質量分析学会（2020.1 マカオ）へ参加し、またユーザー層の拡大を目的とし、国内学会（JPrOS2019 （7 月、宮崎））での jPOST セッションなどを積極的に行った。さらに HUPO Proteomics Standards Initiative (PSI)のハッカソンが日本で開催され（8 月、柏）、メタデータ関連の国際調和をはかった。NBDC アーカイブへの定期的なデータ移行を行い、さらに三島 DBCLS の jPOST サーバーを遺伝研管理下に移行した。
（２）再解析ワークフローの機能強化と新機能開発：
再解析ワークフローも jPOST スコアを含めほぼ完成し、大規模再解析プランのための完全自動システムの開発を行った。これは次年度に持ち越す予定である。PXC の再解析データ登録第一号として jPOST データを登録した。
（３）データベースツールの深化とプロテオゲノミクスデータの可視化およびネットワーク解析ツールの開発：
データベースツールについても着実に進行しており、データベースのプロテオゲノミクス対応についても、DB-KERO のコアデータを用いた連携を中心に開発が進行している。実験技術の進歩もあり、バリアント選択的なプロテオームデータのデータベース化およびプロテオゲノミクスデータのデータベース化は次年度に持ち越し、引き続き検討を行う。
（４）オントロジーの深化と強化：前年度に引き続き、プロテオゲノミクス、マルチオミクス（メタボロミクス、リピドミクス）に対応したオントロジーの整備を行い、他の生命科学データベースとの連携を図った。PXC はメタボロー
ム分野との連携を開始しており、MetabolomeXchange とファイルフォーマットの共有を目指している。2019.3 の HUPO-PSI の現地開催は中止になったが、オンラインで参加し、情報収集・動向調査を行った。
（５）キュレーションの深化と強化：
キュレーションについては、新規データジャーナル Journal of Proteome Data and Methods(JPDM)との連携を目的に、様々なツールの開発を行った。特に jPOST 登録時の情報をそのまま JPDM にエクスポートできるツールを開発し、JPDM の Data Processing Note 論文として投稿した。
さらに開発を進めていく予定である。

§4. 成果発表等（1）原著論文発表① 論文数概要
種別

国内外件数

国内（和文）

0件

国際（欧文）

5件

未発行論文

国内（和文）

0件(accepted, in press 等)

国際（欧文）0件

発行済論文② 論文詳細情報
1. Manabu Kodama, Kiyotaka Oshikawa, Hideyuki Shimizu, Susumu Yoshioka, Masatomo Takahashi, Yoshihiro Izumi, Takeshi Bamba, Chisa Tateishi, Takeshi Tomonaga, Masaki Matsumoto, Keiichi I Nakayama, “A shift in glutamine nitrogen metabolism contributes to the malignant progression of cancer.", Nature communications, vol. 11, No. 1, pp.1320, 2020 (DOI: 10.1038/s
41467-020-15136-9).
2. Eric W Deutsch, Nuno Bandeira, Vagisha Sharma, Yasset Perez-Riverol, Jeremy J Carver, Deepti J Kundu, David García-Seisdedos, Andrew F Jarnuczak, Suresh Hewapathirana, Benjamin SPullman, Julie Wertz, Zhi Sun, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Henning Hermjakob, Brendan MacLean, Michael J MacCoss, Yunping Zhu, Yasushi Ishihama, Juan A Vizcaíno, "T
he ProteomeXchange consortium in 2020: enabling 'big data' approaches in proteomics.", Nu
cleic acids research, vol. 48, D1, D1145-D1152, 2019. (DOI: 10.1093/nar/gkz984).
3. Mio Iwasaki, Yasushi Ishihama, "Proteomic analysis data of human induced pluripotent stemcells and human fibroblast cells.", Journal of Proteome Data and Methods, vol. 1, pp. 2-4, 2019. (DOI: 10.14889/jpdm.2019.0002).
4. Yasushi Ishihama, "From Bench to Internet: Sharing Proteomics Data and Methods through t
he Open Access Journal.", vol. 1, pp. 1, 2019. (DOI: 10.14889/jpdm.2019.0001).
（2） その他の著作物（総説、書籍など）なし（3） 国際学会および国内学会発表
① 概要
種別

招待講演
口頭発表
ポスター発表

国内外

件数

国内

9件

国際

7件

国内

3件

国際

0件

国内

8件

国際

5件

② 招待講演〈国内〉
1. 石濱泰, プロテオゲノミクス解析に向けた jPOST environment の開発, 日本臨床プロテオゲノミクス研究会, アルカディア市ヶ谷, 東京都, 2019/5/11.

2. 石濱泰, 創薬プロテオミクス研究の最前線, 第 59 回日本臨床化学会年次学術集会, 仙台国際センター, 仙台市, 2019/9/28.
3. 五斗進, jPOST プロテオームデータベースとオミクスデータ連携, 第 42 回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場＆マリンメッセ, 福岡市, 2019/12/3.
4. 石濱泰, プロテオーム計測技術の最前線, 第 67 回日本生態学会大会, 名城大学天白キャンパス名古屋市, 2020/3/5.
5. 石濱泰, 質量分析と統計解析の融合による次世代プロテオミクス, 日本化学会第 100 春季年会 東京理科大学野田キャンパス, 千葉県野田市, 2020/3/23.
6. 荒木令江、Functional integrated-omics coupled with interactome analyses identified a novel t
arget signaling of the NF1-associated tumor. 特別シンポジウム第 6 回がん研究における女性研究者第７８回日本癌学会学術総会, 京都国際会館, 京都市, 2019/9/27.
7. 小林 大樹 ・ 荒木 令江, 「インフォマティクスに支えられるプロテオーム解析」 日本プロテオーム学会
2019 年大会 第 70 回日本電気泳動学会総会, フェニックス・シーガイア・リゾート, 宮崎市, 2019/7/2
5.
8. 荒木令江、「プロテオミクスを基盤とした統合的システムズバイオロジーの腫瘍研究への応用」 第 43 回
蛋白質と酵素の構造と機能に関する九州シンポジウム, 国民宿舎マリンテラスあしや, 福岡市, 2019/9/6.
9. 荒木令江, NF1 の融合プロテオシステムズバイオロジーによる病態メカニズム治療標的の解析, 第１１回
フォンレックリングハウゼン病学会 教育講演, 慶應義塾大学, 東京都新宿区, 2020/2/9.
〈国際〉
1. Yasushi Ishihama, Toolbox for Phosphoproteomics in Cancer Signaling, Keystone Symposia Proteomics and its Application to Translational and Precision Medicine, Clarion Hotel Sign, Stockholm, Sweden, 2019/4/9.
2. Norie Araki, Integrated proteomics for hereditary neural tumors, Cancer Research AcademicSeminar 2019 in Khon Kaen University, Khon Kaen Thailand, 2019/4/18-22.
3. Yasushi Ishihama Multidimensional liquid and gas phase separation to illuminate human proteomes, 48th International Symposium on High-Performance Liquid Phase Separations and R
elated Techniques, University of Milano-Bicocca, Milan, Italy, 2019/6/19.
4. Yasushi Ishihama, Challenges in the jPOST framework towards proteogenome analysis, To kyo Cancer Moonshot Workshop, National Cancer Research Center, Tokyo, Japan, 2019/6/24.
5. Yasushi Ishihama, Challenges to Illuminate Human Proteome and Proteoform, 18th Beijing C
onference and Exhibition on Instrumental Analysis (BCEIA 2019), China National Convention
Center, Beijing, People's Republic of China, 2019/10/25.
6. Yasushi Ishihama Challenges in Exploring Human Proteoform Analysis, 49th International Sy
mposium on High Performance Liquid Phase Separations and Related Techniques (HPLC201
9 Kyoto), Kyoto University Katsura Campus, Kyoto, Japan, 2019/12/2.
7. Masaki Matsumoto, “iMPAQT ver.2: New platform for absolute quantification of proteins of interest”, 2020, The 29th Hot Spring Harbor International Symposium, Collaborative Research
Station Kyushu University, Japan, 2020/2/6.
③ 口頭講演〈国内〉
1. 田畑剛・吉沢明康・岩崎未央・杉山直幸・Kall, Lukas・石濱泰, 事後ペプチドシーケンスタグを利用する
高精度タンパク質同定, 第 67 回質量分析総合討論会, つくば国際会議場, 茨城県つくば市, 2019/5/17.

2. 松本雅記, 高度多重化内部標準タンパク質による絶対定量プロテオミクス, 日本プロテオーム学会 201
9 年大会・第 70 回日本電気泳動学会総会, フェニックス・シーガイア・リゾート, 宮崎市, 2019/7/25.
3. 石濱泰、プロテオームデータベース jPOST の挑戦, トーゴ―の日シンポジウム, 日本科学未来館, 東京都, 2019/10/5.
〈国際〉
なし④ ポスター発表〈国内〉
1. 吉沢明康，田畑剛，岩崎未央，杉山直幸，Lukas Kall，石濱泰, 事後ペプチドシーケンスタグの利用によるタンパク質同定の精度向上, 日本プロテオーム学会 2019 年大会, フェニックス・シーガイア・リゾー
ト, 宮崎県宮崎市, 2019/7/25.
2. 椋木 浩太 ・ 小林 大樹 ・ 徳田 高穂 ・ 荒木 令江, クロスリンキング質量分析（XL-MS）による NF1
関連病態因子 TCTP と翻訳伸長因子群の相互作用形式の解明, 日本プロテオーム学会 2019 年大会・
第 70 回日本電気泳動学会総会, フェニックス・シーガイア・リゾート, 宮崎市, 2019/7/25.
3. Detarya Marutpong・ 小林 大樹・ Sawanyawisuth Kanlayanee・ Wongkham Sopit Silsirivanit Ati
t ・ Wongkham Chaisiri・ 荒木 令江, Identification of the O-GalNAc glycoproteomes related tothe malignancy of Cholangiocarcinoma, 日本プロテオーム学会 2019 年大会・第 70 回日本電気泳動学会総会, フェニックス・シーガイア・リゾート, 宮崎市, 2019/7/25.
4. Baron Byron・ 小林 大樹・ 仁科 由美・ 池田（西山） 友貴 ・ 荒木 令江, Methyloproteomics of t
he maintenance and differentiation of glioma cancer stem cells, 日本プロテオーム学会 2019年大会・第 70 回日本電気泳動学会総会, フェニックス・シーガイア・リゾート, 宮崎市, 2019/7/25.
5. 吉沢明康、守屋勇樹、河野信、小林大樹、荒木令江、五斗進、石濱泰, SPARQL と配列クラスターを用いたアノテーション支援ツールの開発, 第８回生命医薬情報学連合大会 (IIBMP2019), 東京工業大学
大岡山キャンパス, 東京都, 2019/9/9.
6. 上村 駿人・吉沢 明康・杉山 直幸・奥田 修二郎・石濱 泰, プロテオゲノミクスのための解析プラットフ
ォーム開発, 日本分析化学会 第 68 年会, 千葉大学西千葉キャンパス.千葉市, 2019/9/12.
7. 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、渡辺由、松本雅記、高見知代、小林大樹、山ノ内祥訓、荒木令江、吉沢明康、田畑剛、岩崎未央、杉山直幸、田中聡、五斗進、石濱泰, jPOST 統合環境の機能深化と連携基盤強化, トーゴーの日シンポジウム 2019, 日本科学未来館, 東京都, 2019/10/5.
8. 吉沢明康，内藤雄樹，早川英介，五斗進，石濱泰, 配列タグを用いたタンパク質配列超高速検索シス
テムの開発, 第 42 回日本分子生物学会年会, 福岡国際会議場＆マリンメッセ, 福岡市, 2019/12/3.
〈国際〉
1. Tsuyoshi Tabata, Akiyasu C. Yoshizawa, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama, UniScore, a univ
ersal measure for annotated peptide product ion spectra, 25th Human Proteome Organization World Congress, Adelaide convention centre
Adelaide, Australia, 2019/9/16.
2. Yu Watanabe, Yiwei Ling, Hayato Uemura, Akiyasu C. Yoshizawa, Yasushi Ishihama, Shujiro Okuda, Network analysis of proteogenomics data in lung cancer cell lines, 25th Human Proteome Organization World Congress, Adelaide convention centre, Adelaide, Australia, 2019/9/1
7.
3. Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Yasushi Ishihama, Peptide end seq
uence information in HCD spectra for protein identification, 25th Human Proteome Organiza
tion World Congress, Adelaide convention centre
Adelaide, Australia, 2019/9/17.
4. Norie Araki, Akiko Niibori-Nambu, Atit Silsirivanit, Yuki Nishiyama-Ikedat, Daiki Kobayashi Integrated phospho-glycomics identified the target signaling of cancer stem cells. 25th Human
Proteome Organization World Congress, Adelaide convention centre, Adelaide, Australia, 2019/9/17.
5. Daiki Kobayashi, Kota Mukugi, Takaho tokuda, Norie Araki. Analysis of the interaction betwe
en NF1-associated factor TCTP and translationelongation factors bycross-linking mass spectro
metry coupled with affinity purification. 25th Human Proteome Organization World Congress,Adelaide convention centre, Adelaide, Australia, 2019/9/17.

（4）知的財産権の出願
特になし（5）受賞・報道等
特になし§5. 研究開発期間中に主催した活動（ワークショップ等）
1. 進捗ミーティング
年月日

名称

場所

2019 年 5月4日

JPrOS・jPOST セッション準備会合

オンライン

参加人数

7人

目的・概要

2019 年度プロテオーム学会のサテライ
ト・セッションとして「jPOST データ解析ショートコース」を行うための打ち合わせ

2019 年 6月 14 日

チーム内ミーティング
（非公開）

オンライン

13 人

進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot 計
画のデータ受入のためのオンライン打ち合わせ

2019 年 6月 26 日

チーム内ミーティング
（非公開）

オンライン

13 人

サイトビジット準備・今年度アウトリーチ活動全般のオンライン打ち合わせ

2019 年 7
月 4, 5 日

サイトビジット及びチーム内ミーティング
（非公開）

京都大学

8人

サイトビジットでの指摘点の検討など・進捗報告2019 年 7
月 7～12 日

国内版バイオハッカソ
ンに於けるチーム内情報系ミーティング（非休暇村指宿（鹿児島県指宿市）

6人

RDF 整備内容検討など

HUPO 作業部会 PSI (Proteomics Standards Initiative) meeting におけるチームミーティング

ライフサイ
エンス統合

4人

再解析、メタデータについて

2019 年 9

国際版バイオハッカソ

ザ・ルイガ

7人

進捗報告・再解析プロトコル検討など

月 2〜6 日ンに於けるチーム内情報系ミーティング（非公開）

ンズ（福岡県福岡市）

2019 年 10月 23 日

ユーザビリティテストについての打ち合わせ

オンライン

5人

jPOST のユーザビリティテストについての NBDC 及びポップインサイト社との打ち合わせ

2019 年 11
月 12 日jPOST-TCM ミーティング

オンライン

14 人

進捗報告及び台湾 Cancer Moonshot 計
画のデータ受入のためのオンライン打ち合わせ

2019 年 11
月 19 日情報系ミーティング
（非公開）

オンライン

4人

jPOST リポジトリが ProteomeXchangeの示す PROXI に対応するための技術仕様検討2019 年 12
月 10〜18日

チーム内ミーティン
グ・開発（非公開）

熊本大学

4人

メタデータの今後の整備及び再解析の連携のための打ち合わせ及び開発

2019 年 12月 18 日

チーム内ミーティング
（非公開）

オンライン

9人

2020 年度計画（Metabobank との協力）、新ジャーナル関係、サーバ交換関係

2019 年 12月 24 日

チーム内ミーティング
（非公開）

オンライン

11 人

進捗報告、データ管理関係

2020 年 2

チーム内ミーティング

オンライン

11 人

進捗報告、2020 年度計画公開）2019 年 7
月 30〜8 月
1日

データベー
スセンター

年月日

名称

場所

参加人数

目的・概要

月4日

（非公開）

2020 年 3月3日

jPOST-Metabobank 合同ミーティング

国立遺伝学研究所（静岡県三島市）

8人

サーバー管理および 2020 年度計画

2020 年 3
月 3〜5 日チーム開発合宿（非公開）

神代の宿別館（静岡県

16 人

進捗報告及び次年度以降の研究計画、一部コーディング、ユーザビリティテ修善寺市）

ストの結果確認

2. 主催したワークショップ、シンポジウム、アウトリーチ活動等
年月日

名称

場所

参加人数

目的・概要

2019 年 7月 24 日～26日

JPrOS2019/JES2019・jP
OST ブース出展

フェニック
ス・シーガイア・リゾート20 人

jPOST の主力ユーザーであるプロテオーム学会（電気泳動学会との合同大会）の参加者に対し、jPOST の内容説明やデータ登録を補佐するためのブースを出展

2019 年 7月 26 日JPrOS2019/JES2019 jP
OST セッション

フェニック
ス・シーガイア・リゾート300 人

PXC-MassIV database から Nuno Bandeira 博士を招待し、講演をしていただいた。

2019 年 7
月 27 日JPrOS2019/JES2019 サ
テライトイベント：jPO
ST データ解析ショートコース

フェニックス・シーガイア・リゾート

46 人（講師・事務局を含む）

プロテオーム解析のためのソフトウェアの講習及び jPOST を用いたデータ公開方法の講習

2019 年 8月7日

NBDC 統合データベース
講習会 AJACS 番町 3

JST 東京本部別館

100 人

リポジトリとデータベースについてのハンズオン講習（主催ではない）

2019 年 12
月 3 日～6日

分子生物学会・jPOST ブース出展

マリンメッセ福岡

30 人

日本最大の生命科学系学会である分子生物学会参加者に対し、jPOST の内容説明やデータ登録を補佐するためのブースを出展

以上

別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

正式名称

別称・略称

Japan Proteome Standard jPOST
Repository/Database

1

jPOSTrepo

URL
概要
本DBは、国内外に散在している種々のプロテオーム情 https://jpostdb.org
報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合データベースです。リ
ポジトリパート、再解析パート、データベースパートからなり、現在はリポジトリパートとデータベースパートを公開しています（2018年3月）。
データベースにはプロジェクトの名称、説明、サンプル情報や、関連タンパク質のパスウェイマップによる絞り込みリストをまとめた「Dataset」と、タンパク質のID、アミノ酸配列、ペプチド情報へのリンクをまとめた「Protein」の一覧があります。生物種、サンプルタイ
プ、疾患名などによる検索が可能です。

公開日

維持・発展

データ
ベース
等

維持・発展

jPOST repository
3 demonstration
PRESTOjPOSTdb

jPOSTリポジトリシステムでデータ公開を気にせず試しに利用 https://repしてもらうためのデモサイト。
demo.jpostdb.org/

2016/5/2

登録ファイルを高速にサーバーに転送するために、ファイルを https://github.com/Presto 2018/8/19
チャンクに分割し、並列転送を実行するツール。
Tools/

維持・発展

維持・発展

維持・発展ツール
等

データ
ベース
等

iMPAQTin vitro proteome-assisted in vitroにおいて網羅的に合成した組換えタンパク質を用 http://impaqt.jpost.org/i 2016/12/25
MRM for Protein Absolute いて，MS/MSスペクトルを取得しデータベースを構築。 MPAQT/
QuanTification
Description、GeneID、Pathway,GOなどで検索したタンパ
データ
ク質のMRMtransitionファイルをダウンロード可能。
維持・発展 ベース
等

iMPAQTquantiMPAQT-quant is a tool for 多重反応モニタリング法による計測に必要な情報を格納 http://impaqt.jpost.org/i 2016/12/25
analysis of MRM
したデータベースと定量解析のためのツール
MPAQT/impaqtquant.ht
chromatogram.
ml

6

維持・発展

関連論文

Okuda S, Watanabe Y, Moriya Y,
Kawano S, Yamamoto T,Matsumoto M, Takami T,
Kobayashi D, Araki N,
Yoshizawa AC, Tabata T,
データ Sugiyama N, Goto S, Ishihama Y.:
ベース “jPOSTrepo: an international
等
standard data repository forproteomes”, Nucleic Acid
Research, Database Issue, 45(D1): D1107-D1111, 2017 (DOI:10.1093/nar/gkw1080)
データ
ベース等

Japan ProteOme STandard 本DBは、再解析後のデータ（Cubeと呼ぶ）を一元化し http://globe.jpostdb.org/ 2018/3/26
Database
データベース化したもので（Globeと呼ぶ）、様々なフィルターによりプロジェクトを串刺しにして目的データセット（Sliceと呼ぶ）を抽出し、解析するものである。

57

分類

Japan ProteOme STandard ユーザによる質量分析の生データ、ピークリスト、解析 https://repository.jpostdb. 2016/5/2
Repository
データを登録するためのリポジトリ。ProtemoeXchange org/(PX) Consortiumに加盟し、登録ユーザが論文投稿する際に必要となるPX IDを発行する。

24状態

Moriya, Y., Kawano, S., Okuda, S.,
Watanabe, Y., Matsumoto, M.,
Takami, T., Kobayashi, D.,
Yamanouchi, Y., Araki, N.,
Yoshizawa, A. C., Tabata, T.,
Iwasaki, M., Sugiyama, N.,
Tanaka, S., Goto, S., andIshihama, Y. The jPOST
environment: an integrated
proteomics data repository anddatabase.
Nucleic Acids
Res. 47(D1):D1218-D1224(2019). doi:
10.1093/nar/gky899.
Matsumoto, M., Matsuzaki, F.,
Oshikawa, K., Goshima, N., Mori,M., et al. (2016). A large-scale
targeted proteomics assay
resource based on an in vitro
human proteome. NatureMethods. 14, 251-258.

Matsumoto, M., Matsuzaki, F.,
Oshikawa, K., Goshima, N., Mori,M., et al. (2016). A large-scale
ツール targeted proteomics assay等
resource based on an in vitro
human proteome. NatureMethods. 14, 251-258.