平成 23 年度

研究開発実施報告書

ライフサイエンスデータベース統合推進事業「統合化推進プログラム」
平成 23 年度採択 研究代表者

中村 春木
大阪大学蛋白質研究所・教授

蛋白質構造データバンクの国際的な構築と統合化§１．研究実施体制（１）PDBj グループ（A）① 研究代表者：中村 春木 （大阪大学蛋白質研究所、教授）
研究参加者：中川 敦史、岩崎 憲治、金城 玲、鈴木 博文、工藤 高裕、山下 鈴子、
五十嵐 令子、見学 有美子、張 羽澄、池川 恭代、佐藤 純子、松田 真、
Gert-Jan Bekker、西川 建、晴氣 菜穂子（大阪大学蛋白質研究所）
Daron M. Standley（大阪大学免疫学フロンティア研究センター、准教授）
木下 賢吾（東北大学大学院情報科学研究科、教授）、
輪湖 博（早稲田大学社会科学総合学術院、教授）
伊藤 暢聡（東京医科歯科大学大学院、教授）② 研究項目・PDB 構造データ登録・編纂の国際連携による実施とデータ検証法の開発・統合化にむけたデータ管理・配布システム、構造データのオントロジー、データ記載のフォーマット、ユーザインターフェースの開発
・蛋白質機能情報および高次生命機能情報と蛋白質構造情報との統合化システムの開発
・人材養成の実施（２）PDBj-BMRB グループ（B）① 主たる共同研究者：藤原 敏道 （大阪大学蛋白質研究所、教授）
研究参加者：児嶋 長次郎、小林 直宏、原野 陽子、岩田武史、高橋あみ（大阪大学蛋白質研究所）② 研究項目・生体高分子 NMR 実験データのデータベース構築、運営、高度化©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

1§２．研究実施内容【研究の目的】国際協力のもと、蛋白質構造データバンク(PDB)の構築・運営を実施するとともに、NMR 実験
情報のデータバンク(BMRB)、電子顕微鏡や X 線小角散乱による構造情報データベース(DB)を構築し公開する。オントロジー、データ管理システム、新たなデータ書式、利用者インターフェース
や二次的 DB および種々のサービスも開発して公開し、PDB の高度化・統合化を図り、人材育成も実施して、他の生命 DB との統合化による高次生命機能の理解に資する研究開発を行う。
【概要】
大阪大学蛋白質研究所内に、日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data BankJapan）なる組織を組織し、米国（RCSB-PDB）、欧州(EBI-PDBe)および NMR のスペク
トル情報 DB である BMRB(BioMagResBank)と協力して国際蛋白質構造データバンク（wwPDB）を運営し、国際協力に基づき、蛋白質・核酸等の生体高分子立体構造の主にアジア・オセアニア地区からの構造データと NMR 情報を受付け登録作業を行っている。構造
データについては、2011 年 4 月 1 日～2012 年 3 月末までの間に 1,804 件の処理を行い（世界全体の同時期の全登録数 9,441 件）、NMR 情報については同期間に 62 件の登録を行った（米国の BMRB と合わせた同時期の全登録数 856 件）。 さらに、登録業務の標準化・自動化
システム開発を、国際協力により実施するとともに、wwPDB 活動を推進した。
一方、統合のためのセマンティック・ウェブ技術として PDB データの RDF 化を世界に先駆けて実施・公開し、wwPDB においてもその採用が始まった。PDBj-BMRB では、NMR
実験データの登録・アノテーション支援プログラム MagRO を開発し、複雑なデータ構造
をオントロジー工学で容易に命名法やフォーマットの変換を行うことを可能にした。
機能情報と構造情報との統合化システムの開発として、蛋白質相互作用部位データベー
スの PDB データとの統合化を行い、高次生命機能情報へ原子レベルの情報を統合化できる環境を整えた。また、配列情報を入力とした、構造情報に基づく機能の解析・推定パイプ
ラインを SFAS (Sequence to Function Annotation Server)として構築した。
人材養成として、データ寄託・登録者、データベース利用者に対する講習会を、学会のランチョ
ンセミナーおよび公開の講習会等を開催して実施した。さらに、5 名のアノテータを育成した。
【進捗状況と研究成果】(1) PDB データおよび NMR 実験情報の登録・編纂の国際連携による実施とﾃﾞｰﾀ検証法の開発
・Primary Annotators による欧米との協力によるデータ登録の継続的実施を行い、平成 23 年
度は、1804 件の構造情報と 62 件の NMR 実験情報の登録処理を行った A-8)。
・登録業務の標準化・自動化システム開発を、国際協力によりデータ検証部分を担当・実施した。
・wwPDB 活動を推進し、EBI での国際諮問委員会とマドリードでの IUCr2011 での発表に加え、
米国 Cold Spring Harbor 研究所での PDB40 周年記念シンポジウムを主催した A-10)。
・電子顕微鏡および X 線小角散乱データの PDB データとの統合化を 2012 年 3 月に開始した。
・ProMode-Elastic を高度化し、受託計算機能と大量データへの対応を行った A-1,2)。

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2・グラフィックビューアjVを改良し、pyMolとの互換性を上げ、pyMolで使用されていた分子表面のフォーマットである(CGO形式)への対応と、JOGL2.0への移行を行った。
・NBDC における統合的データベース運営として、GIRAF の相互作用部位の structural motif
data の統合化を ROIS-DBCLS と共同で構築し A-6)、http://pdbj.org/giraf/cmotif/ から配布した。また、NBDC のデータセンター設置するポータルの開発を始めた。
(2) 統合化に向けたデータベースの高度化
・mmCIF 記述に基づき OWL 準拠の世界標準の RDF 化 PDB データを開発・公開した A-8)。
・NMR データ構造の管理配布システムを、仮想化技術を用いて高度化した。
・生体系 NMR データの登録者用ポータルサイトをリニューアルし、これまでに開発してきた単純な HTML 形式を一新し、PHP/MODx による高度に効率化されたリソースとして再開発を行った
B-1, 2, 3)。また、オントロジーを考慮した NMR データ構造を mmCIF の記述法により作成し、生体高分子化学構造データや NMR スペクトル測定データおよび種々の実験データに対し、主要な解析プログラムが扱えるフォーマットへの相互変換が可能な機能を MagRO に実装した B-4,5,6,7)。
(3) 機能情報と構造情報との統合化システムの開発
・原子レベルでの蛋白質相互作用を記述するオントロジーを定義し相互作用 RDF で記述した。
蛋白質相互作用部位データベースの PDB データとの統合化を行い、複数のモチーフ構造の固有の組み合わせ(composite motif)によって、蛋白質の固有の高次生命機能をより厳密に整理し、高次生命機能情報へ原子レベルの情報を統合化できる環境を整えた A-9)。
・配列情報を入力とした、構造情報に基づく機能の解析・推定パイプラインを、Disorder
領 域 の 推 定 や 精 度 の 高 い メ タ ・ ス レ ッ デ ィ ン グ サ ー バ の 導 入 に よ り 、 SFAS
(http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/sfas2/)として構築・公開した A-3,4,5,7)。
(4) 人材養成の実施
・データ寄託者・登録者に対する教育を日本結晶学会年会のランチョンセミナーにて行った。
・データ利用者に対する初歩的および高度な利用法についての教育・実習を、学会のランチョン
セミナー、サテライト講習会等で実施した。
・国際的な on-the-job training を実施し、米 国 RCSB-PDB、英国 EBI-PDBe や 米国
Wisconsin 大学との交流により、国際感覚を身に付けた 5 名のアノテータを育成した A-8)。
【今後の見通し】(1) PDB データおよび NMR 実験情報の登録・編纂の国際連携による実施とﾃﾞｰﾀ検証法の開発
データ登録の継続的に実施と、wwPDB 活動を継続して推進。（2012 年 10 月 12 日に wwPDB
諮問委員会を大阪で開催（アウトリーチ活動を 10 月 13 日に実施）。クラウドコンピューティング技術を用いた NMR 実験データの統合的管理システムを構築。NBDC との統合的データベース運営の仕組みを構築し実施。
(2) 統合化に向けたデータベースの高度化
RDF 化した PDB データをさらに高度化し DB との統合化環境を整備。wwPDB としての新たなフォーマット開発とその記述検証法の開発。ユーザインターフェースの改良と GUI の高度化。
NMR 実験データについて、オントロジー工学に基づく標準的な XML 記述法を開発。
(3) 機能情報と構造情報との統合化システムの開発
蛋白質相互作用部位 DB の高度化。配列情報からの機能解析・推定パイプラインを稼働。
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3(4) 人材養成の継続的実施
データ寄託者・登録者およびデータ利用者に対する教育・講習会を継続的に実施。wwPDB メン
バーとの交流や海外派遣により、国際感覚を身に付けたキュレータ、アノテータを継続的に育成。

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4§３．成果発表等（３―１）データベースおよびウェブツールの構築と公開① 公開中のデータベース・ウェブツール等
作成データベース

: PDB

URL

: http://pdbj.org/

データベースの概要: 日米欧の３極による wwPDB の分担による蛋白質・核酸・糖鎖などの生体高分子の立体構造データのデータバンク

情報公開日: 2002 年 4 月

アクセス数: （下記にページ毎に示す）【内訳】
・xPSSS (Native XML-DB による DB と検索システム) http://www.pdbj.org/xpsss/
情報公開日：2004 年 2 月（2009 年 11 月以後は PDBj Mine に切替え。）
検索回数：2006 年度 330,141, 2007 年度 1,098,531, 2008 年度 1,214,789,
2009 年度 (4-11 月) 1,739,154
・PDBj-Mine（xPSSS に代わる RDB と検索システム）http://service.pdbj.org/mine/
情報公開日：2009 年 10 月
検索回数：2009 年度 1,063,336,

2010 年度 3,293,478,

2011 年度 9,897,022

・PDBj FTP と rsync サイト (pdb.protein.osaka-u.ac.jp) からのﾃﾞｰﾀﾌｧｲﾙのダウンロード
ダウンロード回数：2006 年度 6,142,469, 2007 年度 8,660,074,
2008 年度 18,913,247, 2009 年度 16,495,882, 2010 年度 26,093,912,
2011 年度 33,861,275
・PDBj トップページ: http://pdbj.org/
英語版：公開日：2002 年 4 月, 2003 年 11 月（改変）, 2007 年 1 月（改変）
アクセス数：2006 年度 58,069，2007 年度 52,429, 2008 年度 57,988,
2009 年度 92,108, 2010 年度 94,990

2011 年度 102,943

日本語版：公開日：2002 年 4 月, 2003 年 11 月（改変）, 2007 年 1 月（改変）
アクセス数：2006 年度 83,130, 2007 年度 90,143, 2008 年度 67,796,
2009 年度 79,381, 2010 年度 90,633

2011 年度 93,791

簡体中国語版：公開日 2008 年 3 月
アクセス数：2007 年度(2008 年 3 月のみ) 285, 2008 年度 2,806, 2009 年度 2,791
2010 年度 2,667, 2011 年度 3,157
繁体中国語版：公開日 2009 年 10 月
アクセス数：2009 年度 1,053, 2010 年度 2,458, 2011 年度 2,987
韓国語版：公開日 2008 年 3 月
アクセス数：2007 年度 (2008 年 3 月のみ) 70, 2008 年度 2,388, 2009 年度 2,299,
2010 年度 2,478

2011 年度 2,913©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

5・PDBj 登録サーバページ（構造データ登録用）
URL：http://pdbdep.protein.osaka-u.ac.jp/

公開日：2000 年 6 月

アクセス数：2007 年度 79,314, 2008 年度 118,807, 2009 年度 248,161

2010 年度 226,876

2011 年度 229,813

作成データベース: eF-site

URL: http://ef-site.hgc.jp/eF-site

データベースの概要: 蛋白質の分子表面の形状と物性（静電ポテンシャルと疎水性度）
及び機能部位のデータベース。

情報公開日:公開日：2000 年 5 月（試作版）, 2002 年 3 月（修正版）

アクセス数: 2006 年度 31,281, 2007 年度 51,823, 2008 年度 42,851,
2009 年度 15,755, 2010 年度 14,763, 2011 年度 89,030

ウェブツール名: eF-surf

URL: http://ef-site.hgc.jp/eF-surf

サービスの概要: 蛋白質の分子表面の形状と物性（静電ポテンシャルと疎水性度）を計算する web サーバ

情報公開日: 公開日：2006 年 3 月

アクセス数: 計算のリクエスト処理, 2006 年度 67, 2007 年度 213,
2008 年度 320, 2009 年度 422, 2010 年度 403, 2011 年度
667

ウェブツール名: eF-seek

URL: http://ef-site.hgc.jp/eF-seek

サービスの概要: PDB フォーマットのファイルを入力とした、表面の類似性検索による機能部位の予測法の web サーバ。

情報公開日

: 公開日：2006 年 3 月

アクセス数: 計算のリクエスト処理, 2006 年度 221, 2007 年度 243,
2008 年度 334, 2009 年度 308, 2010 年度 127, 2011 年度 397

ウェブツール名: jV (PDBj Viewer) プログラム・ダウンロード・サイト

URL: http://www.pdbj.org/jV/

サービスの概要: stand alone および applet としても使える、独自開発の JAVA による分子グラフィックス・プログラム。

情報公開日: ソースコード公開：2004 年 1 月

プログラムのダウンロード数 ：（2011 年 3 月末時点まで）9,343 件©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

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作成データベース: ProModeURL: http://promode.socs.waseda.ac.jp/

データベースの概要: 二面角を変数とする基準振動解析プログラムによって計算された蛋白質のダイナミクス・データベース

情報公開日: 2003 年 4 月

アクセス数: 2006 年度 16,167, 2007 年度 19,584, 2008 年度 23,979,
2009 年度 37,219, 2010 年度 37,130, 2011 年度 43,719

作成データベース: eProtS（蛋白質構造百科事典）（355 項目）

URL: http://www.pdbj.org/eprots/index_en.cgi（英語版）
http://www.pdbj.org/eprots/index_ja.cgi（日本語版）

データベースの概要: 高校生以上の学生および一般社会人に、蛋白質の構造と機能を平易に説明した百科事典

情報公開日: 2003 年 9 月

アクセス数：2006 年度 150,378, 2007 年度 450,255, 2008 年度 730,720,
2009 年度 1,073,589, 2010 年度 484,153, 2011 年度 388,215

作成データベース: MoM（Molecule of the Month：今月の分子）（148 項目）

URL: http://www.pdbj.org/mom/index.php?l=ja

データベースの概要: 高校生以上の学生および一般社会人に、日本語と英語で蛋白質の構造と機能を平易に説明した百科事典

情報公開日: 2008 年 4 月

アクセス数：2008 年度 29,325, 2009 年度 86,323, 2010 年度 160,857,
2011 年度 260,352

ウェブツール名: Sequence Navigator

URL: http://service.pdbj.org/seqnavix/

データベースの概要: アミノ酸配列を入力し、PDB 中に登録されているホモログ蛋白質を探索するサービス

情報公開日: 2004 年 9 月

アクセス数：検索回数 2006 年度 34,999, 2007 年度 306,731,
2008 年度 606,384, 2009 年度 426,483

2010 年度 78,957,

2011 年度 25,979©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

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ウェブツール名: Structure Navigator

URL: http://service.pdbj.org/stnavix/

データベースの概要: 蛋白質立体構造を入力し、PDB 中に登録されている類似の立体構造を持つ蛋白質を探索するサービス

情報公開日: 2004 年 12 月

アクセス数

：検索回数 2006 年度 2,109, 2007 年度 584, 2008 年度 3,108,2009 年度 4,938, 2010 年度 4,152, 2011 年度 2,910

ウェブツール名: EM Navigator

URL: http://www.pdbj.org/emnavi/

データベースの概要: EMDB と PDB を基にした電子顕微鏡による生体分子、細胞、組織の三次元再構成像と、それに関連した PubMed 等の閲覧

情報公開日

: 2007 年 5 月

アクセス数: 2007 年度 454,979, 2008 年度 1,835,216,
2009 年度 4,282,779, 2010 年度 7,310,918,
2011 年度 4,925,433

ウェブツール名: GIRAFURL: http://giraf.pdbj.org/

データベースの概要: 蛋白質のリガンド結合部位の類似局所構造を検索するサービス。

情報公開日: 2008 年 12 月

アクセス数: 2009 年度 4,429, 2010 年度 5,916

ウェブツール名: CRNPRED

URL: http://crnpred.pdbj.org/

サービスサイトの概要: 蛋白質のアミノ酸配列から二次構造を高精度で予測するサービ2011 年度 4,946

ス。
情報公開日

: 2009 年 6 月

アクセス数: 2009 年度 4,499, 2010 年度 4,647, 2011 年度 6,060

ウェブツール名: Protein GlobeURL: http://www.pdbj.org/globe/

サービスサイトの概要: 各蛋白質の構造を地球儀のような球の表面にドットで表示し、類似
フォールドの検索を行うサービス

情報公開日: 2007 年 12 月

アクセス数: 2008 年度 7,956, 2009 年度 67,359, 2010 年度 145,803,
2011 年度 72,278©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

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ウェブツール名: SeSaw

URL: http://www.pdbj.org/SeSAW/

サービスサイトの概要: 機能未知の蛋白質構造データに対して、構造の類似性検索に基づき、局所的および大域的なアミノ酸配列の類似性も加味し、ファミリーあるいはスーパーファミリーを推定して、生化学的機能のアノテー
ションを行うサービス

情報公開日: 2008 年 9 月

アクセス数:2009 年度 4,899, 2010 年度 3,183, 2011 年度 4,283

ウェブツール名: MAFFTAsh

URL: http://www.pdbj.org/MAFFTash/

サービスサイトの概要: 構造アラインメントの出力を制約条件として、配列・構造統合アライ
ンメントを構築するシステム。

情報公開日: 2008 年 12 月

アクセス数: 2009 年度 3,318, 2010 年度 4,029, 2011 年度 3,292

ウェブツール名: Spanner

URL: http://www.pdbj.org/spanner

サービスサイトの概要:Template を指定しループ部分は fragment 法によるホモロジーモ
デルを作成するサ－ビス

情報公開日: 2009 年 8 月

アクセス数: 2009 年度 2,147, 2010 年度 3,185, 2011 年度 4,339

ウェブツール名: SFASURL: http://sysimm.ifrec.osaka-u.ac.jp/sfas/

サービスサイトの概要:アミノ酸配列を入力し、パイプラインによってホモロジーモデルを構築して機能を推定するサ－ビス

情報公開日: 2009 年 8 月（2010 年度まではプロトタイプ）

アクセス数: 2009 年度 1,357,

データベース名：： BMRBURL： http://bmrb.protein.osaka-u.ac.jp/

データベースの概要： 本 DB は、ADIT-NMR, SMSDep により登録された生体高分子

2010 年度 2,101, 2011 年度 2,474のＮＭＲ実験データを公開している。データの検索、各データエント
リーから PDB など他のデータベースへのリンク、データ可視化サイト
より構成される。
情報公開日： 2011 年 4 月 1 日

アクセス数： 2011 年度 6,441,688 件©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

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ウェブツール名： ADIT-NMR

URL： http://nmradit.protein.osaka-u.ac.jp/bmrb-adit/

作成者： ldon Urich

サービスサイトの概要： タンパク質、核酸、糖鎖といった生体高分子に関するＮＭＲ実験
情報をＢＭＲＢに登録するウェブツールである。

情報公開日：2011 年 4 月 1 日

ウェブツール名： SMSDep

URL： http://smsdep.protein.osaka-u.ac.jp/bmrb-adit/

サービスサイトの概要： 生体高分子として、特に低分子化合物に関するＮＭＲ実験情報を
ＢＭＲＢに登録するウェブツールである。アミノ酸配列数２４残基以内の短いペプチドなど PDB の登録条件に該当しない高分子化合物が登録対象となる。
： 2011 年 4 月 1 日

情報公開日（３－２） 原著論文発表①発行済論文数（国内（和文）0 件、国際（欧文）15 件）②未発行論文数（国内（和文）0 件、国際（欧文）2 件）③論文詳細情報〈国際〉
A-1. Hiroshi Wako and Shigeru Endo, “Ligand-induced conformational change of aprotein reproduced by a linear combination of displacement vectors obtained fromnormalmode

analysis.”

Biophys.

Chem.

vol.

159,

pp.257-266,

2011[DOI:10.1016/j.bpc.2011.07.004]
A-2. Hiroshi Wako and Shigeru Endo, “ProMode-Oligomer: Database of normal mode
analysis in dihedral angle space for a full-atom system of oligomeric proteins.” The
Open Bioinformatics Journal, vol. 6, pp.9-19, 2012
[DOI:10.2174/1875036201206010009]
A-3. Daron M. Standley and Mark van der Giezen, “Modeling the alternative oxidasefrom the human pathogen Blastocystis using automated hybrid structural
template assembly.” Research and Reports in Biochemistry, vol. 2, pp.1-8, 2011
[DOI: 10.2147/RRBC.S26820]
A-4. Ashwini Patil, Shunsuke Teraguchi, Huy Dinh, Kenta Nakai, and Daron M.
Standley, “Functional Annotation of Intrinsically Disordered Domains by Their
Amino Acid Content Using Idd Navigator.” Pac. Symp. Biocomput., vol. 17,
pp.164-175, 2011

[DOI: 10.1142/9789814366496_0016]©2012 中村 春木(大阪大学) licensed under CC 表示 2.1 日本

10

A-5. Sarel J. Fleishman, Timothy A. Whitehead, Eva-Maria Strauch, Jacob E. Corn,
Sanbo Qin, Huan-Xiang Zhou, Julie C. Mitchell, Omar N.A. Demerdash, Mayuko
Takeda-Shitaka, Genki Terashi, Iain H. Moal, Xiaofan Li, Paul A. Bates, Martin
Zacharias, Hahnbeom Park, Jun-su Ko, Hasup Lee, Chaok Seok, Thomas
Bourquard, Julie Bernauer, Anne Poupon, Jérôme Azé, Seren Soner, Şefik Kerem
Ovalı, Pemra Ozbek, Nir Ben Tal, Türkan Haliloglu, Howook Hwang, Thom
Vreven, Brian G. Pierce, Zhiping Weng, Laura Pérez-Cano, Carles Pons, Juan
Fernández-Recio, Fan Jiang, Feng Yang, Xinqi Gong, Libin Cao, Xianjin Xu, Bin
Liu, Panwen Wang, Chunhua Li, Cunxin Wang, Charles H. Robert, Mainak
Guharoy, Shiyong Liu, Yangyu Huang, Lin Li, Dachuan Guo, Ying Chen, Yi Xiao,
Nir London, Zohar Itzhaki, Ora Schueler-Furman, Yuval Inbar, Vladimir Potapov,
Mati Cohen, Gideon Schreiber, Yuko Tsuchiya, Eiji Kanamori, Daron M. Standley,
Haruki Nakamura, Kengo Kinoshita, Camden M. Driggers, Robert G. Hall, Jessica
L. Morgan, Victor L. Hsu, Jian Zhan, Yuedong Yang, Yaoqi Zhou, Panagiotis L.
Kastritis, Alexandre M.J.J. Bonvin, Weiyi Zhang, Carlos J. Camacho, Krishna P.
Kilambi, Aroop Sircar, Jeffrey J. Gray, Masahito Ohue, Nobuyuki Uchikoga, Yuri
Matsuzaki, Takashi Ishida, Yutaka Akiyama, Raed Khashan, Stephen Bush, Denis
Fouches, Alexander Tropsha, Juan Esquivel-Rodríguez, Daisuke Kihara, P.
Benjamin Stranges, Ron Jacak, Brian Kuhlman, Sheng-You Huang, Xiaoqin Zou,
Shoshana J. Wodak, Joel Janin, and David Baker, “Community-wide assessment ofprotein-interface modeling suggests improvements to design methodology.” Journalof Molecular Biology, vol. 414, pp.289-302, 2011 [ DOI : 10.1016/j.jmb.2011.09.031]
A-6. Toshiaki Katayama, Mark D. Wilkinson, Rutger Vos, Takeshi, Kawashima,
Shuichi Kawashima, Mitsuteru Nakao, Yasunori Yamamoto, Hong-Woo Chun,
Atsuko Yamaguchi, Shin Kawano, Jan Aerts, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Kazuharu
Arakawa, Bruno Aranda, Raoul JP Bonnal, José M Fernández, Takatomo Fujisawa,
Paul M.K. Gordon, Naohisa Goto, Syed Haider, Todd Harris, Takashi Hatakeyama,
Isaac Ho, Masumi Itoh, Arek Kasprzyk, Nobuhiro Kido, Young-Joo Kim, Akira R.
Kinjo, Fumikazu, Konishi, Yulia Kovarskaya, Greg von Kuster, Alberto Labarga,
Vachiranee Limviphuvadh, Luke McCarthy, Yasukazu Nakamura, Yunsun Nam,
Kozo Nishida, Kunihiro Nishimura, Tatsuya Nishizawa, Soichi Ogishima, TomOinn, Shinobu Okamoto, Shujiro Okuda, Keiichiro Ono, Kazuki Oshita, Keun-Joon
Park, Nicholas Putnam, Martin Senger, Jessica Severin, Yasumasa Shigemoto,
Hideaki Sugawara, James Taylor, Oswaldo Trelles, Chisato Yamasaki, Riu
Yamashita, Noriyuki Satoh and Toshihisa Takagi, The 2nd DBCLS BioHackathon:interoperable bioinformatics Web services for integrated applications. Journal of
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