メタボローム・データベースの開発
金谷 重彦・西岡孝明
奈良先端科学技術大学院大学（NAIST)
情報科学研究科・情報生命科学専攻
・計算システムズ生物学講座
櫻井 望(財)かずさDNA研究所・産業基盤開発研究部
有田 正規
理化学研究所
環境資源科学研究センター
平成25年10月5日©2013 金谷 重彦 (奈良先端科学技術大学院大学) licensed under CC表示2.1日本

1

メタボローム・データベースの意義
日本は二次代謝物研究で世界をリード

7000

薬用植物の報告数

Indonesia
China

ゲノム
トランスクリプトーム
プロテオームメタボローム

生理活性

メタボローム研究の課題検出できるが、同定率が低い。
(1)代謝物MSデータを集約・共有するDB
日本は微生物・植物・海洋生物の資源大国
２次代謝物は生理活性の宝庫(2)メタボロームと生理活性のリンク(3)２次代謝DBとゲノム情報のリンク

India
the US日本

メタボローム

・・・

・・・

・・・

・・・

・・・

Nature (2007)
Curr Comput Aid Drug Des (2011)

ゲノムトランスクリプトーム
プロテオーム・・・

薬用植物配合ヒト・・・

機能性有用生物・・・

薬/食用知識VietnamThailand
Malaysia
Philippines

0

Hungary0

Schippmann et al.,(2006)を改変

自生植物数40,0002メタボローム・データベース構想
質量スペクトルから生理活性情報の統合化をめざす。
メタボロミクス研究者、一般ユーザ
デポジット・閲覧・アノテーション・キュレーション

日本メタボローム・データベース
パブリック・リポジトリ[3]メタボローム統合DB[1] 質量スペクトルDB (MS DB)・学会MSDB
MassBank, LipidBank・研究グループMSDB
PRIMe[1-1] 化合物MS
DB

・個別研究における代謝物の同定
文献情報
・大規模メタボロームMSDBMassBase, MS2T, KomicMarket[1-2] メタボローム
MS DB[3-1] ウィキＤＢによるメタボロー
ムデータの統合管理[2] 代謝物情報DB
KNApSAcK DB[2-1] 代謝物｛生物種, 生理活性｝関係DB・質量スペクトルのアノテーション
MassBankフラグメンテーション・ライブラリ[2-2] MS-化合物構造の関係知識DB・文献情報[3-2] メタボローム・アノテーショ
ン・システム[3-3] ゲノム情報とのリンク

基礎研究：持続可能社会に向けた生物資源の有効利用、生物種、分野、目的に応じた基礎研究
産業応用：新規有用代謝物質の探索、ゲノム育種による有用/新規代謝物質の生産 など

3

メタボローム・データベース構想
質量スペクトルから生理活性情報の統合化をめざす。
メタボロミクス研究者、一般ユーザ
デポジット・閲覧・アノテーション・キュレーション

日本メタボローム・データベース
パブリック・リポジトリ[3]メタボローム統合DB[1] 質量スペクトルDB (MS DB)・学会MSDB
MassBank, LipidBank・研究グループMSDB
PRIMe
・個別研究における代謝物の同定
文献情報
・大規模メタボロームMSDBMassBase, MS2T, KomicMarket[1-1] 化合物MSDB

西岡孝明[1-2]メタボローム奈良先端科学技術大学院大学（NAIST)
MSDB
情報科学研究科・情報生命科学専攻
・計算システムズ生物学講座[3-1] ウィキＤＢによるメタボロー
ムデータの統合管理[2] 代謝物情報DB
KNApSAcK DB[2-1] 代謝物｛生物種, 生理活性｝関係DB・質量スペクトルのアノテーション
MassBankフラグメンテーション・ライブラリ[2-2] MS-化合物構造の関係知識DB・文献情報[3-2] メタボローム・アノテーショ
ン・システム[3-3] ゲノム情報とのリンク

基礎研究：持続可能社会に向けた生物資源の有効利用、生物種、分野、目的に応じた基礎研究
産業応用：新規有用代謝物質の探索、ゲノム育種による有用/新規代謝物質の生産 など

4

[1-1]化合物MS DB
平成25年度 MassBank 開発内容：MassBankは世界標準

27 研究グループ(19 Japan, 4 EU, 2 USA, 1 China, and Switzerland) が9つのデータサーバから、15,483 化合物について分析した 39,467 の高品質なマススペクトルを提供している。
訪問者は1,100 unique access / 日である (July 2013) 。
5

[1-1]化合物MS DB
平成25年度 MassBank 開発内容：大量クエリの検索に対応
LC-MS/MS
約 1万スペクトル/分析/試料
生物試料のメタボローム解析

面倒な化合物同定を手作業から開放した
田中耕一最先端研究開発プログラム（島津製作所）との連携。ほぼ全国内外メーカの質量分析計に対応。

- Batch Spectrum Search- API 化Spectrum Search

Third party によるツール開発が増加：
例： NORMAN グループの RMassBank6

[1-1]化合物MS DB
平成25年度 MassBank 開発内容：分子式表現データの必要性

質量分析計はどんどん高精度化し続けている。
質量分析計

m/z 測定値

測定誤差
（ppm）

1990 年代末

ESI-Q-Q-MS/MS

287.1

3,500

2000 年初頭

ESI-Q-TOF-MS/MS

287.06362

30

2012 年ESI-Q-TOF-MS/MS

287.055317

1

例： [M+H]+ = m/z 287.055017 （理論値）の場合

MassBank データのm/z 測定精度は 1 - 30 ppm である。
将来、MassBank データがメタボローム研究の超高精度化に役立たなくなる！

7[1-1]化合物MS DB
平成25年度 MassBank 開発内容：分子式表現したデータの提供

N-Acetylhistidine: MS/MS; QTOF; CE 20 V; [M+H]+

C5H8N3+Chemically Accurate Data

C6H10N3O2+
C7H10N3O+[M+H]+C8H12N3O3+

C8H10N3O2+

Chemically Accurate Data を提供することによって超高精度化と化学情報化を実現する

かずさ DNA 研・櫻井望 CoPI と連携

8

[1-1]化合物MS DB
平成25年度 MassBank 開発内容：分子式表現したデータの作成
MassBank に登録されている精度の高いデータ（2013年7月）
質量分析計のタイプ

ESIIT-FTESIIT-TOF

ESIQ-TOF

APCIIT-FT

APCIQ-TOF

MALDITOFTOF

データ数

8,573

253

5,246

1,19963345

合計 15,949 マススペクトル： 1,370化合物（正イオン）、1,110化合物（負イオン）

m/z 数値データ ---> 分子式データ
Chemically Accurate Data

Chemically Accurate Data の数
分子式の総数

Unique な
分子式の数

分子式に置換えができた m/z （ピーク）数

33,5649,605

中性脱離分子の分子式(= Molecular ion – Product ions)

31,063

11,2439

[1-1]化合物MS DB
平成25年度 MassBank 開発内容：分子式表現したデータ利用例
検証HOOHOHOHOHOOOHOHOHOH OQuery （m/z 数値データ）（１）
MassBank データ
Chemically Accurate Data を検索（２）
m/z 数値 データを検索「（1）、（2） どちら化学構造式を識別する能力が高いか？」 比較した。

OH
HOO

OH
OH

Quercetin 骨格OH O

10

クエリのマススペクトル（m/z 数値）

m/z 数値 --> 分子式変換

MassBank
Chemically Accurate Dataを検索検索結果ヒットした類似マススペクトル

11

OH
HOOH HOO
HO

HO

HOO

OH

O

OH O

HOO

OH O

OH OH

O
O

(8) kaempferide

OO

HO

OH

O
OH
O

HOOH

OH

OH

HO

OH

O
O

20 ppm, negative ion mode, no int.

OHO

HOOH
HO(8) myrtillin

OH

O

HOOH OH

OH
O

HOO

OHOH

OHHOHO

O
OH O
HO+OH

OH HO

OH

OH

O

HO
OH
OH

O

HOO

HO
OH OH

(10) asiaticalin

OOO(10) myricitrin

O

HOO

OH O

OH

OH

OH

HO

OH

OH

OH

O

(10) junceinOOH(10) cinaroside OH O

+OH

OH
OH
OH

O

O

HO

(7) spiraeoside

OH

O

OH

OH

OH

OH

OH O

OH
OH

HO

HO

OH

(10) quercetin
O
OH O
OH
3-vicianosideHO
化学構造の識別能が高い。
OH O

OH O

OH

(4) quercetin 3-galacturonide

O
OH

OH

OH

O

HOO

HOO
H

O

(3) quercetinOHO(4) guailaverin(4) quercetin 3-allocide

HOOH

OH O

O

OH
O

OH

HOOH O

O

OH

O

OH

OH

O

HO

O
OH
OH O

OH
O

(2) acanthophorin B

OH

OH

OH

OH

OH

O

O

OH

OH O

Query data

HOO

OH
O

OH

(1) quercetin 7-rhamnoside

HO

OH

OH

OH

OH

OH

(10) cyanin

OH

O

HOOH
OH

12> Score 0.68
HOOH

O
HO

HO

HO

OH
OH

HO
HO

O

O

HO

OH

OH

OH

O

OH
O

OH

OH O

OH O

(1) quercetin 7-rhamnosideO(2) quercitrin

O

O

HO

O

OH

OH

(4) cinaroside

HO

OH

Query data

HO

OH O
HO

OH

OH

O

O

OH O

OH OH

OH

(3) astragalin

OH
O

HO+OH

HO

HO
O

O
HO

OH
HO

OH

O

O

HO

HO

OH
OOH O

OH

OH

HOO

O
OH
O

OH
OH O

(8) quercetin

OH O
HOO

HO

(9) quercetin
3-vicianoside
O

HO
OH

O

HOO

OH
OH
O

OH O
HO

(10) rutine

OO

HO
OH

OH

PR100993, 20 ppm, 5, negative

OH

OH

OH

OH

O

HO
(7) quercetinOH
3-glucoside-7-rhamnoside OH(6) luteolin-7-glucoside(5) cyanidin-3-galactoside

OH

OH

OH O

OH OH

O

OH

化学構造の識別能が低い。
HOOH

HO

HO

HO

O

OH

O

OH

O

HO

OH
OH

13

メタボローム・データベース構想
質量スペクトルから生理活性情報の統合化をめざす。
メタボロミクス研究者、一般ユーザ
デポジット・閲覧・アノテーション・キュレーション

日本メタボローム・データベース
パブリック・リポジトリ[3]メタボローム統合DB[1] 質量スペクトルDB (MS DB)・学会MSDB
MassBank, LipidBank・研究グループMSDB
PRIMe[1-1] 化合物MS
DB

・個別研究における代謝物の同定
文献情報
・大規模メタボロームMSDBMassBase, MS2T, KomicMarket[1-2] メタボローム
MS DB[2] 代謝物情報DB

・文献情報
KNApSAcK DB
・質量スペクトルのアノテーション
MassBankフラグメンテーション・ライブラリ

西岡孝明[3-1] ウィキＤＢによるメタボロー
奈良先端科学技術大学院大学（NAIST)
ムデータの統合管理情報科学研究科・情報生命科学専攻[3-2] メタボローム・アノテーショ[2-1]
代謝物・計算システムズ生物学講座｛生物種, 生理活性｝関係DBン・システム

櫻井 望[3-3] ゲノム情報とのリンク[2-2]MS-化合物構(財)かずさDNA研究所・造の関係知識DB
産業基盤開発研究部

基礎研究：持続可能社会に向けた生物資源の有効利用、生物種、分野、目的に応じた基礎研究
産業応用：新規有用代謝物質の探索、ゲノム育種による有用/新規代謝物質の生産 など

14

[1-2]メタボロームMS DB
平成25年度メタボロームデータの整理と公開: Bio-MassBank

Unknown 1

トマトにはunknown 1
unknown 2
unknown 3がある。

Unknown 2

Unknown 3

タマネギにはunknown 1
unknown 3がある。

シロイヌナズナにはunknown 2
unknown 3 がある。

マススペクトルの類似性を利用して、同じ unknown があるかどうか、を調べることができる。

15

[1-2]メタボロームMS DB
平成25年度メタボロームデータの整理と公開: Bio-MassBank
平成25年度までに Bio-MassBank で公開したデータ

植物
生物種

組織など

研究グループシロイヌナズナ葉

かずさ DNA 研

870

ミヤコグサ

花弁

かずさ DNA 研

908

かずさ DNA 研

1,702

キャベツ，３栽培品種

データ数トマト、12栽培品種

果実

かずさ DNA 研

20,303ホウレンソウ、４栽培品種

葉

かずさ DNA 研

17,611ナンヨウアブラギリ、４栽培品種

果実

かずさ DNA 研

5,481

タマネギ

食用部

理研、植物科学センター

72

ディクソニア・アンタルクティカ、葉

かずさ DNA 研

434

ヒメツリガネゴケ葉

かずさ DNA 研

484

ゼニゴケ、２種葉

かずさ DNA 研

1,107

16

[1-2]メタボロームMS DB
平成25年度メタボロームデータの整理と公開: Bio-MassBank
微生物
生物種

組織など

研究グループ

データ数

シアノバクテリア PCC6803

細胞

かずさ DNA 研

124

クラミドモナス細胞

かずさ DNA 研

146

マイタケ

子実体

かずさ DNA 研

1,424

生物種

組織など

研究グループハツカネズミ

３臓器、脂質中部大学

ヒト（＊

尿CEA - Centred'Etude de Saclay,
Gif-sur-Yvette,France

哺乳動物公開準備中）

データ数
2,250
13,306

総計 66,272 データ

17

メタボローム・データベース構想
質量スペクトルから生理活性情報の統合化をめざす。
メタボロミクス研究者、一般ユーザ
デポジット・閲覧・アノテーション・キュレーション

日本メタボローム・データベース
パブリック・リポジトリ[3]メタボローム統合DB[1] 質量スペクトルDB (MS DB)・学会MSDB
MassBank, LipidBank・研究グループMSDB
PRIMe[1-1] 化合物MS
DB

・個別研究における代謝物の同定
文献情報
・大規模メタボロームMSDBMassBase, MS2T, KomicMarket[1-2] メタボローム
MS DB[2] 代謝物情報DB

櫻井 望[3-1] ウィキＤＢによるメタボロー(財)かずさDNA研究所・
ムデータの統合管理
産業基盤開発研究部

KNApSAcK DB[2-1] 代謝物｛生物種, 生理活性｝関係DB・質量スペクトルのアノテーション
MassBankフラグメンテーション・ライブラリ[2-2] MS-化合物構造の関係知識DB・文献情報[3-2] メタボローム・アノテーショ
ン・システム[3-3] ゲノム情報とのリンク

基礎研究：持続可能社会に向けた生物資源の有効利用、生物種、分野、目的に応じた基礎研究
産業応用：新規有用代謝物質の探索、ゲノム育種による有用/新規代謝物質の生産 など

18

[1-2]メタボロームMS DBの構築
目標
大量データの公開と、公開を加速する技術開発19[1-2]メタボロームMS DBの構築
アプローチと主な成果
平成23年度
データの共通フォーマット
TogoMDの作成・公開

Bio-MassBank, MassBase,KomicMarket, KNApSAcK
でデータの流通が促進

平成24年度
実験の詳細情報（メタデータ）を専門に管理するデータベースMetabolonoteの構
築・公開
平成25年度Metabolonoteの意味的検索

APIを強化し連携を促進

データ公開の最大律速が改善。メタデータの共有によりデータの公開も加速

メタデータをハブとして、メタボロームや関連するデー
タリソースが統合化
20

[1-2]メタボロームMS DB
平成25年度 Metabolonoteをハブとしたデータリソースの連携
MS/MSスペクトルライブラリ

ピークアノテーションDB

生データDB

TogoMD
ファイル配布
他のDB

天然代謝物データベース

21

[1-2]メタボロームMS DB
データ公開の概要
Metabolonote
メタデータ専用のデータベース

28生物種、375分析を764の解析デー
タに関するメタデータを新規に公開。
7つの他データベースと連携
MassBase

かずさDNA研

生データのリポジトリ

132生物種、38,344分析を新規に公開
KomicMarket
検出ピーク情報のデータベース

4.4万件

EBI(EU)
理研
CSRS

17生物種、200分析分を新規に公開
メタボロームデータの公開数

Bio-MassBank
生物由来のMSスペクトルデータベース

16実験セット、50,644ピークのスペクトルを新規に公開22

[1-2]メタボロームMS DB（参考）その他の成果
メタボローム情報の普及
・ポータルサイトKOMICSの構築
・学会発表・出展による広報
分子生物学会、農芸化学会、細胞工学会、
質量分析学会、植物細胞分子生物学会、
植物生理学会、食品科学工学会

データ解析ツールの開発・公開
PowerGet （LC-MS用）、FragmentAlign（GC-MS用）等のバージョンアップ

論文発表
MFSearcher: 質量分析データから、迅速な組成式演算・データベース検索を行う
システム
Sakurai et al. (2013) Bioinformatics 29 (2): 290-291

23メタボローム・データベース構想
質量スペクトルから生理活性情報の統合化をめざす。
メタボロミクス研究者、一般ユーザ
デポジット・閲覧・アノテーション・キュレーション

日本メタボローム・データベース
パブリック・リポジトリ[3]メタボローム統合DB[1] 質量スペクトルDB (MS DB)・学会MSDB
MassBank, LipidBank・研究グループMSDB
PRIMe[1-1] 化合物MS
DB

・個別研究における代謝物の同定
文献情報
・大規模メタボロームMSDBMassBase, MS2T, KomicMarket[1-2] メタボローム
MS DB[3-1] ウィキＤＢによるメタボロー
ムデータの統合管理[2] 代謝物情報DB[3-2] メタボローム・アノテーション・システム

KNApSAcK DB[2-1] 代謝物｛生物種, 生理活性｝関係DB・質量スペクトルのアノテーション
MassBankフラグメンテーション・ライブラリ[3-3] ゲノム情報とのリンク[2-2] MS-化合物構
金谷 重彦奈良先端科学技術大学院大学（NAIST)造の関係知識DB・文献情報

情報科学研究科・情報生命科学専攻
・計算システムズ生物学講座

基礎研究：持続可能社会に向けた生物資源の有効利用、生物種、分野、目的に応じた基礎研究
産業応用：新規有用代謝物質の探索、ゲノム育種による有用/新規代謝物質の生産 など

24

1.1 生物間・ゲノムバイオロジー研究・プラットフォーム

・・・

・・・

モンシロチョウ
vs
アブラナ科植物

ヒトvs
アブラナ科植物

メタボロミクス

プロテオミクス
トランスクリプトミクス

メタボロミクス

生理活性・・・

プロテオミクス
トランスクリプトミクス

・・・

生物動物

・・・

配合・・・

・・・

機能性

有用生物

・・・

薬用・食用
知識ベース

アブラナ科植物

sinigrin

摂食刺激(モンシロチョウ)

アブラナ科植物

sinigrin

消化促進作用,利尿作用。
ガン細胞のアポトーシス作用？
(ヒト)

25

伝統知識と現代的知識の融合: KNApSAcK Family データベース
ヒトOmics
メタボロミクス

生理活性・・・

プロテオミクス
トランスクリプトミクス

・・・

メタボロミクス・・・

プロテオミクス
トランスクリプトミクス

・・・

薬用植物

・・・

・・・

配合

・・・

治療法

植物/微生物Omicis

・・・

薬用・食用知識ベース

統合DBプロジェクト
336種の漢方処方
278種生薬2,500 生物種-代謝反応の関係
217ヵ国
48,256対の薬用植物と使用国の関係

50048種の代謝物
101500対の生物種-代謝物の関係
9584対の代謝物-生物活性の関係

5310の配合処方1133種生薬709種の食用生物

309種加工食品
261種食材3708種の組み合わせ
414種食材602種の食用植物
403種の代謝物

33703 対の生物種-活性の関係
1949 種の活性種
1533 種の生物種

26

Metabolite Activity DB(二次)代謝物-生物活性関係DB
9,584 代謝物-活性関係
2,356 metabolites
140 activity categories
2,963 biological activities 778 target species.

27

Main window of KNApSAcK family: http://kanaya.naist.jp/KNApSAcK_Family/

Species-metabolite relation DB

Metabolite Activity DB

28

Current status of KNAPsAcK family
Traditional & Modern
Knowledge of Plants

Prescription

Plant species

Transcriptome
Proteome

Metabolomics

Transcriptome
Proteome

Metabolomics

PhysiologicalActivity

・・・・・・・・・・・・・・・

・・・

Human Omics

・・・

Plant OmicsDatabaseFood(a) Lunch Box(b) DietNavi(c) FoodProcessor(d) DietDishHealth(e) WorldMap(f) KAMPO(g) JAMU(h) Tea PotBiology(i) Biological Activity

本プロジェクト(j) Metabolite Activity(k) KNApSAcK Core(l) Motorcycle(l) Bicycle

29

Publication List of KNApSAcK Family DB
KNApSAcK Metabolite Activity DB
Nakamura Y., Afendi MA, Parvin AK, Ono N, Tanaka K, Morita HA, Sato T, Sugiura
T, Amin M ,Kanaya S, KNApSAcK Metabolite Activity Database for Retrieving theRelationships between Metabolites and Biological Activities
Plant Cell Physiol, (2013)(to be accepted)

1-9月のアクセスログ

件数KNApSAcK Core (Species-metabolite DB)
Nakamura K, Shimura N, Otabe Y, Morita HA, Nakamura Y, Ono N, Amin M,Kanaya S, KNApSAcK-3D: A Three-Dimensional Structure Database of Plant
Metabolites, Plant Cell Physiol. 54: e4.1-8(2013)
Afendi FM, Okada T, Yamazaki Morita HA, Nakamura Y, Nakamura K, Ikeda S,Takahashi H, Amin M, Darusman LK, Saito K, Kanaya S
KNApSAcK Family Databases: Integrated Metabolite-Plant Species Databases forMultifaceted Plant Research
Plant Cell Physiol. 53: e1.1-12(2012)
その他：KNApSAcK Family関係
Ikeda S, Abe S, Nakamura Y, Kibinge N, Morita HA, Nakatani A, Ono N, Ikemura T,Nakamura K, Amin M Kanaya S, Systematization of the Protein Sequence Diversity
in Enzymes Related to Secondary Metabolic Pathways in Plants, in the Context ofBig Data Biology Inspired by the KNApSAcK Motorcycle Database, Plant Cell
Physiol.54, 711-727 (2013)

地域数100池田 俊、桂樹 哲雄、小野 直亮、中谷 淳至、中村由紀子、森田 晶、
金谷 重彦 、オミックス・プラットフォーム：バイオ・ビッグ・データに挑む、生物工学 90:777-781(2013)
0Afendi FM, Ono N, Nakamura Y, Nakamura K, Darusman LK, Kibinge N, Morita HA,Tanaka K, Horai H, Amin M, Kanaya S
Data Mining Methods for Omics and Knowledge of Crude Medicinal Plants toward
Big Data Biology Comput. Struct. Biotech. J., 4: e201301010 1-14 (2013)

051030メタボローム・データベース構想
質量スペクトルから生理活性情報の統合化をめざす。
メタボロミクス研究者、一般ユーザ
デポジット・閲覧・アノテーション・キュレーション

日本メタボローム・データベース
パブリック・リポジトリ[3]メタボローム統合DB[1] 質量スペクトルDB (MS DB)・学会MSDB
MassBank, LipidBank・研究グループMSDB
PRIMe[1-1] 化合物MS
DB・個別研究における代謝物の同定
文献情報
・大規模メタボロームMSDBMassBase, MS2T, KomicMarket[1-2] メタボローム
MS DB[3-1] ウィキＤＢによるメタボロー
ムデータの統合管理[2] 代謝物情報DB
KNApSAcK DB[2-1] 代謝物｛生物種, 生理活性｝関係DB・質量スペクトルのアノテーション
MassBankフラグメンテーション・ライブラリ[2-2] MS-化合物構造の関係知識DB

・文献情報

有田 正規
理化学研究所
環境資源科学研究センター[3-2] メタボローム・アノテーショ
ン・システム[3-3] ゲノム情報とのリンク

基礎研究：持続可能社会に向けた生物資源の有効利用、生物種、分野、目的に応じた基礎研究
産業応用：新規有用代謝物質の探索、ゲノム育種による有用/新規代謝物質の生産 など

31

ネットワークによるデータ共有• コミュニティによる共有: データ提供を義務付けるのではなく、クローラーが各サイトを訪れてデータを収集• 自動化: スペクトルを自動的にコンパイルしてサマリー作成• 再分散: ネットワークを通して、サマリー (compiled spectra)を配布

ネットワークへの参加は自由
サマリーを作成すれば、メンバー変更による影響を最小化できる

32

システム概要
Networking Layer (Akie Mejia)

Wiki servers (RIKEN, Kazusa, etc.)

1. ネットワークレイヤはRESTプロ
トコルに基づき、JSONファイルを収集。
2. 研究グループはwikiその他のサーバを用意

Arita, Mejia

Application
Software

3. MassBanklightなどのプログラム
は各サーバーから利用可能
Experimental
Data , Omics
Data

4. データの検索は、サマリーファイルを用いて各サーバで処理
33

33

コンセプトの変化
ウェブページによるデータ公開
ウェブのみだとインセンティブが無い（大変なだけ）

研究の範疇をe-Scienceに拡大

PublicStudents

Books

CoursesWEB
Wall ofacademia

論文や授業の代わりにそのコンテンツを利用
Research
papersSeminars

Research Peer

DataTools

Researcher34

34

Server 例: Spectral dataREFSPEC server as the next version of MassBank
http://49.212.184.212/wiki/Category:CompChrom3535

データを“シェア”するためのコツ
1. コミュニティで管理– 一人の “administrator” を作らないようにする– GRIDによる管理 (e.g. PDB, GenBank)

2. 自動化– よく整理したデータを最初に作成し、後は自動化– 管理コストを下げることが重要

3. 分散化– 追加データは各自が管理するようにする
3636メタボロームデータベースの統合:第４の科学に向けて検証実験

サンプル
機器分析

作業仮説構築

生データ
ピーク検出
（半定量）

PowerGet
FragmentAlign

他のデータ
データマイニング

ピークデータ

ゲノム情報化合物
アノテーション ReSpect
（定性）

MS2T

生物情報

代謝パスウェイ

構造推定システム

トランスクリプトーム

メタボロームデータ
化合物情報
生理活性
文献情報

疾患

プロテオーム37