平 成 27 年 度

研究開発実施報告書

ライフサイエンスデータベース統合推進事業（統合化推進プログラム）
研究代表者

石濱 泰
京都大学 大学院薬学研究科教授「プロテオーム統 合 データベースの構 築 」

1§１．研究実施体制（１）石濱グループ（研究機関別）① 研究代表者： 石濱 泰 （京都大学大学院薬学研究科 教授）② 研究項目・ プロジェクト全体の進行管理
・ キュレーションワークフロー開発（全体システム及び翻訳後修飾プロテオミクス）
・ プロジェクト別データベース「Cube」の開発（主に翻訳後修飾プロテオミクス関連）
・ Cube集積データベース「Globe」の開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発（２）五斗グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 五斗 進 （京都大学化学研究所准教授）② 研究項目・ 開発サーバー管理運用
・ プロジェクト別データベース「Cube」開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」開発（３）荒木グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 荒木 令江 （熊本大学大学院生命科学研究部准教授）② 研究項目・ リポジトリシステム開発
・ プロジェクト別データベース「Cube」構築（主にグローバルプロテオミクス関連）
・ Cube集積データベース「Globe」構築・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」(主にヒト疾患対応)（４）松本グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 松本 雅記 （九州大学生体防御医学研究所 准教授）
② 研究項目・ キュレーションシステム構築（主にターゲット・プロテオミクス関連）
・ プロジェクト別データベース「Cube」構築（主にターゲット・プロテオミクス関連）
・ 集積データベース「Globe」構築（５）奥田グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 奥田修二郎 （新潟大学大学院医歯学総合研究科ラック准教授）② 研究項目・ 集積キューブ型データベース「Globe」の開発
・ リポジトリシステムの開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発
2

テニュア・ト（６）河野グループ（研究機関別）① 主たる共同研究者： 河野信 （情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授）② 研究項目・ サーバー管理運用
・ リポジトリ開発
・ キュレーションワークフロー開発
・ フォーカスドプロテオームデータベース「Slice」の開発

3§２．研究実施内容（１）通期及び本年度の研究開発計画と達成目標
様々な生物種の様々な状態の試料は、質量分析をはじめとする異なる platform で測定され、リポジトリを通じてメタデータとともに jPOST に格納される。格納されたデータはキュレーションワークフローに則って標準化され、プロジェクト毎に Cube に格納され、Globeに集積され、Slice に抽出される。Slice は汎用性の高いものをプリセット DB としてあらかじめセットし、それに加えてユーザーが自由にプロジェクト横断的に Globe をスライスし、目的情報 DB を作製できるようにする。以上のシステムを 3 年間で構築するため、以下の６つの項目を設定する。
① サーバー管理・運用② リポジトリシステム構築③ キュレーションワークフロー構築④ プロジェクト別 DB（Cube）構築⑤ 集積キューブ型 DB（Globe）構築⑥ フォーカスド DB（Slice）構築
1 年目の本年度における計画と達成目標を以下に示す。
①

サーバーについては、開発サーバーは五斗グループが担当し、運用サーバーは河野グループが管理する。両サーバーを立ち上げ、定期的にデータを運用サーバーに移行することを開始する。

②

リポジトリについては、国際標準となりつつある ProteomeXchange コンソーシアムに入り、そのシステムを導入する。

③

リポジトリから吸い上げた異なる様式のデータを標準化するキュレーションワークフローを確立する。

④

プロジェクト別 Cube 開発においては、様々な異なる測定プラットフォームデータ（具体的には、グローバル定量プロテオミクス、翻訳後修飾定量プロテオミクスおよびターゲット定量プロテオミクス）に対応するよう設計する。

⑤

Globe および Slice 開発においては、RDF スキーマ、オントロジー設計を行い、データ統合に向けた基本設計をおこなう。

なお、1 年目終了時には、リポジトリシステムが稼働し、キュレーションワークフローが決定していることを達成度の目安とする。
（２）本年度の研究開発進捗状況
本年度（1 年目）における開発進捗状況の詳細を以下に示す。
①

サーバーについては、開発サーバー（五斗グループ担当）および運用サーバー（河野グループ担当）を立ち上げ、定期的にデータを運用サーバーに移行することを開始した。http://jpost.org/ を開設し、ポータルサイトを運用開始した。

②

リポジトリについては、国際標準である ProteomeXchange コンソーシアム加入にむけてシステム開発を行った。正式加入は 4 月に行われる HUPO-PSI ミーティングにて可否投票で決定予定である。

4

③

リポジトリから吸い上げた異なる様式のデータを再解析するためのキュレーション
ワークフローについては、複数のピークピッキング、複数のサーチエンジンおよび複数の偽陽性率に基づくクライテリア設定法を組み合わせて、用いるフローを確立した。

④

プロジェクト別 Cube 開発においては、リポジトリへのデータ入力時に様々な異なる測定プラットフォームデータ（具体的には、グローバル定量プロテオミクス、翻訳後修飾定量プロテオミクスおよびターゲット定量プロテオミクス）に対応できるようにシステムの設計を行った。

⑤

Globe および Slice 開発においては、リポジトリへのデータ入力時に必要な情報を吸い上げるシステム設計を行い、データ統合に向けた基本設計をおこなった。

以上より、1 年目終了時の目安としていたリポジトリシステムの稼働およびキュレーションワークフロー決定を達成した。

§３．成果発表等（３－１） 原著論文発表
該当なし（３―２）データベースおよびウェブツール等の構築と公開① 公開中のデータベース・ウェブツール等
別紙１参照。
（３－３） その他の著作物（総説、書籍など）
該当なし（３－４） 国際学会および国内学会発表② 招待講演（国内 7 件、国際 5 件）

〈国内〉
１． 石濱 泰、ヒトプロテオーム完全解析への挑戦、第 33 回 内分泌代謝学サマーセミナー、柳川藩主立花邸（福岡県柳川市）、2015/07/09-11
２． 石濱 泰、Challenges to illuminate Human Proteome and Phosphoproteome、日本プロテオーム学会 2015 年会、くまもと森都心プラザ、熊本市、2015/07/23-24
３． 石濱 泰、プロテオーム統合データベース jPOST の構築、トーゴーの日シンポジウム
2015、東京、2015/10/5-6
４． 吉沢 明康、タンパク質同定とデータベース、第 1 回 jPOST ワークショップ、JST 東京本部別館、東京、2015/10/135５． 五斗 進、ゲノム・メタゲノムデータベースからプロテオームデータベースへ、第 1 回
jPOST ワークショップ、JST 東京本部別館、東京、2015/10/13
６． 杉山 直幸、大規模プロテオミクスのための解析ワークフローと統合データベース（jPOST）、生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、京都大学宇治キャンパスおうばくプラザ（京都府宇治市）2015/10/29-31
７． 石 濱泰 、 Proteomic Challenges to Complete the Human Proteome andPhosphoproteome、BMB2015 第 38 回日本分子生物学会年会 第 88 回日本生化学会
大会 合同大会、神戸、2015 年 12 月 1-4 日〈国際〉
１． Yasushi Ishihama, Slicing the Human Proteome: Chromatographic Challenges Facing
Complete Human Proteome & Phosphoproteome Analysis, Keystone Symposia meetingon“TheHumanProteome”,

ClarionHotelSign（ Stockholm,Sweden ） ,2015/04/24-04/29
２． Yasushi Ishihama, High resolution shotgun proteomics for illuminating human proteome
and phosphoproteome, 1st Symposium of the Center of Toxins, Immune-Response andCell Signaling "From Proteomics to Systems Biology", Instituto Butantan (Sao Paulo,Brazil) 2015/05/21
３． Yasushi Ishihama, High resolution shotgun proteomics for illuminating human proteome
and phosphoproteome, Advances in Human Proteome and Phosphoproteome Analysis
using Meter-scale Monolithic Silica Columns, Breakfast seminar in 63rd ASMS
Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, St. Louis, Missouri, USA,2015/05/31-06/04
４． Yasushi Ishihama, Slicing Proteome to illuminate the Human Proteome andPhosphoproteome, 2015 IUPAC 48th General Assembly and 45th World Chemistry
Congress, Busan, Korea 2015/08/07-14
５． Yasushi Ishihama, Illumination of Kinase-mediated Phosphoproteomes by High
Resolution LC-MS, 15th Asia-Pacific International Symposium on Microscale
Separations and Analysis (APCE2015), National Cheng Kung University (Tainan, Taiwan),
2015/11/15-18

③

口頭講演

（国内 0 件、国際 3 件）

〈国内〉
１． 発表者、タイトル、学会名、場所、月日6２．
〈国際〉
１． Shin Kawano, jPOST: Japan ProteOme STandard repository/database, HUPO-PSI
meeting 2015, Seattle (USA), 13-15 April 2015
２． Shin Kawano, PRIDE to RDF project, HUPO-PSI meeting 2015, Seattle (USA), 13-15
April 2015
３． Yasushi

Ishihama,

Introduction

ofjPOST:

Japan

ProteOme

STandard

Repository/Database, HUPO-PSI-PXC session, HUPO 14th Annual World Congress,
Vancouver (Canada), 27-30 September 2015

ポスター発表 （国内 11 件、国際 2 件）④

〈国内〉
１． 田中聡、吉沢明康、五斗進、オープンソース版 Mass++、第 63 回質量分析総合討論会、つくば、2015 年 6 月 17-19 日
２． 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、日本発の高品質プロテオームデータベース：
jPOST、日本プロテオーム学会 2015 年大会、熊本、2015 年 7 月２３−２４日
３． 河野信、渡辺敦、水口惣平、荒木令江、片山俊明、山口敦子、TogoTable: 表形式デー
タにアノテーションを付加するウェブツール、日本プロテオーム学会 2015 年大会、熊本、2015 年 7 月２３−２４日
４． 山崎義宗、荒木令江、河野信、吉沢明康、南部晶子、水口惣平、小林大樹、長山慈、永井美奈子、Silsirivanit Atit、佛淵尚人、融合プロテオミクスの統合ソフトウェア iPEACH
によるグリオーマ幹細胞の維持と分化に関わるネットワーク解析、日本プロテオーム学会
2015 年大会、熊本、2015 年 7 月２３−２４日
５． 田中聡、村瀬雅樹、吉沢明康、五斗進、オープンソース版 Mass++とプロテオーム解析、
日本プロテオーム学会 2015 年大会、熊本、2015 年 7 月２３−２４日
６． 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、五 斗 進 、 田 畑 剛 、 杉 山 直 幸 、 石 濱 泰 、 jPOST (Japan Proteome Standard
Repository/Database)：プロテオーム・データの標準化と統合、トーゴーの日シンポジウム
2015、東京、2015 年 10 月 5-6 日
７． Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Daiki
Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Susumu Goto, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki
Sugiyama, and Yasushi Ishihama, 生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、宇治、2015 年
10 月 29-31 日、宇治
7

８． Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano, Susumu Goto, andYasushi Ishihama, Search space reduction by utilizing known modification information forproteomic database search, 生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、宇治、2015 年 10月 29-31 日、宇治
９． Masaki Murase, Satoshi Tanaka, Akiyasu C. Yoshizawa and Susumu Goto, Open-sourced
Mass++ for Mass Spectrometric Data Analysis, 生命医薬情報学連合大会 2015 年大会、宇治、2015 年 10 月 29-31 日、宇治
１０． 守屋勇樹、河野信、奥田修二郎、山本格、松本雅記、小林大樹、荒木令江、吉沢明康、五斗進、田畑剛、杉山直幸、石濱泰、jPOST: プロテオーム解析ワークフローの標準化、BMB2015 第 38 回日本分子生物学会年会 第 88 回日本生化学会大会 合同大会、神戸、2015 年 12 月 1-4 日
１１． 田中聡・津元裕樹・太田悠葵・村瀬雅樹・吉沢明康・川崎ナナ・五斗進、オープンソース
版 Mass++によるオミックス解析、BMB2015 第 38 回日本分子生物学会年会 第 88 回日本生化学会大会 合同大会、神戸、2015 年 12 月 1-4 日

〈国際〉
１．

Shin Kawano, Yuki Moriya, Shujiro Okuda, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Daiki
Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama,Susumu Goto, Yasushi Ishihama, jPOST: Development of Japan ProteOme STandard
repository/database, HUPO 14th Annual World Congress, Vancouver (Canada), 27-30
September 2015

２．

Yasushi Ishihama, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Norie Araki,Masaki Matsumoto, Shujiro Okuda, Shin Kawano, Proteomics data analysis workflow foraccumulated LCMS files in public database, HUPO 14th Annual World Congress,
Vancouver (Canada), 27-30 September 2015（３－５） 知的財産権の出願該当なし（３－６） 受賞・報道等
該当なし

8§４．研究開発期間中に主催した活動（主催したワークショップ等）
年月日

名称

場所

2015 年 7 月 24 日

JHUPO2015 シンポジウム

くまもと森都心プラザ

200 人2015 年 10 月 13 日

jPOST ワークショップ

JST 東京本部別館

20 人2015 年 10 月 29 日

生命医薬情報学連
合大会 2015 年大会企画セッション
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティング（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）
チーム内ミーティン
グ（非公開）

京都大学

30 人

京都大学

10 人

ウェブ会議

10 人

東工大サテ
ライト
ウェブ会議

5人

ウェブ会議

5人

京都大学

9人

ウェブ会議

11 人

ウェブ会議

5人

熊本大学

17 人

ウェブ会議

11 人

ウェブ会議

11 人

JST 東京本部別館
ウェブ会議

9人

神戸国際会
議場
DBCLS

10 人

ウェブ会議

11 人

新潟大学

5人

ウェブ会議

11 人

ウェブ会議

11 人

2015 年 4 月 7 日2015 年 4 月 21 日
2015 年 5 月 1 日
2015 年 5 月 8 日
2015 年 5 月 11 日
2015 年 5 月 29 日
2015 年 6 月 18 日
2015 年 7 月 14 日
2015 年 7 月 22 日
2015 年 8 月 21 日
2015 年 9 月 15 日
2015 年 10 月 14 日
2015 年 11 月 10 日

2015 年 12 月 1 日
2015 年 12 月 10 日

2016 年 1 月 15 日
2016 年 2 月 5 日
2016 年 2 月 19 日
2016 年 3 月 15 日

9

参加人数

11 人

11 人

5人

概要

JHUPO2015 年大会
内で開催した公開シンポジウム
プロテオーム解析ソフト
ウェアのチュートリアルを中心としたワークショップ
質量分析インフォマテ
ィクスに関する企画セッションをオーガナイズ
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のためのミーティング
研究進捗報告のための
ミーティング
研究進捗報告のためのミーティング

以上

10

別紙１ 既公開のデータベース・ウェブツール等
No.

状態

研究開発課題名

プロテオーム統合データ
1 新規 ベースの構築

データベース、ウェブツー
ル等の名称
jPOST ポータル

概要

URL

公開開始日

プロテオーム統合データベースで開発する、jPOST Repository,
http://jpost.org/
jPOST Database, jPOST workflowならびにプロジェクトの最新情報をアナウンスするためのポータルページ。

2015年8月24日

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