QX600™ Droplet Reader および
QX Manager ソフトウェア
Standard Edition
取扱説明書
Version 1.0

QX600™ Droplet Reader および
QX Manager ソフトウェア
Standard Edition
取扱説明書
第 1.0 版
カタログ番号 17008681, 17008661, 17008662, 17008691, 17008632, 17008682, 17008633,
17008671, 17008634, 12013328,

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Revision History
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Description of Change

QX600 Droplet Reader お よ び
QX Manager ソフトウェア ユ
ーザーガイド スタンダード版
ソフトウェア・バージョン 2.0
DIR 番号 10000153877 Ver A

2022 年 8 月

QX600 Droplet reader の測定機能を備えた QX Manager 用の新しいドキュメントを作成

取扱説明書 | iii

目次iv | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

目次

目次
安全規格と規制の遵守 ................................................................................................................ 11
規制要求事項の遵守 ................................................................................................................ 11
安全警告表示 ........................................................................................................................... 13
安全な使用のための要件 ......................................................................................................... 14
危険性 ...................................................................................................................................... 15
バイオハザード .................................................................................................................... 15
一般的注意 ........................................................................................................................... 15
表面のデコンタミネーション .............................................................................................. 16
バイオハザード物質の廃棄 .................................................................................................. 16
ケミカルハザード ................................................................................................................ 17
爆発または燃焼の危険性 ...................................................................................................... 17
電気的危険 ........................................................................................................................... 17
デコミッショニングと廃棄 ...................................................................................................... 17
輸送 .......................................................................................................................................... 17
保証 .......................................................................................................................................... 18
第1章

Droplet Digital PCR 概論 ............................................................................................ 19

ddPCR のワークフロー ........................................................................................................... 20
詳細に関して ........................................................................................................................... 20
第2章

QX600 Droplet Reader の使用について ..................................................................... 21

装置の仕様 ............................................................................................................................... 23
環境要件 ................................................................................................................................... 24
ステータスインジケータ・ライト ........................................................................................... 25
梱包されている製品および追加が必要な製品 ......................................................................... 26
ddPCR プラットフォーム機器との互換性に関して ................................................................ 27
機器の接続と起動 .................................................................................................................... 28
第3章

QX Manager ソフトウェアについて............................................................................ 29

ユーザー管理の有効化 ............................................................................................................. 31
第4章

QX Manager を使う ..................................................................................................... 33

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更 ................................................... 33
ソフトウェアへのサインイン .............................................................................................. 34
初回サインイン後の機器の選択 ........................................................................................... 36
ユーザー権限を見る ............................................................................................................. 37

取扱説明書 | v

目次

個人の設定を管理する ......................................................................................................... 39
部分的な環境設定 ................................................................................................................ 40
サインアウトまたはユーザーの変更 ................................................................................... 41
Instrument Status バー............................................................................................................. 42
機能ウィンドウ ........................................................................................................................ 43
適合するファイルの種類 ......................................................................................................... 44
第5章

Run の実行 ................................................................................................................... 45

プレートの組み立て方 ............................................................................................................. 45
プレートホルダを装置にセットする ....................................................................................... 46
QX Manager ソフトウェアでプレートを追加する .................................................................. 47
Plate Configuration ウィンドウ ............................................................................................... 48
Plate Information タブ .......................................................................................................... 48
プレート情報の特定 ............................................................................................................. 49
Well Selection タブ .............................................................................................................. 50
プレートレイアウトでのウェル選択 ................................................................................... 50
Well Information タブ ........................................................................................................... 51
ウェル情報の決定または編集 .............................................................................................. 51
Run を開始する ....................................................................................................................... 53
Run 前の確認チェックリスト .............................................................................................. 54
Run 実行中 ............................................................................................................................... 56
Run のステータス確認 ......................................................................................................... 57
ライブ解析の使用 ................................................................................................................ 59
Run のキャンセル ................................................................................................................ 60
第6章

プレートテンプレートの作成または編集 .................................................................... 61

Template Plate Editor ウィンドウ ............................................................................................ 62
Plate Editor ツール ............................................................................................................... 64
プレートテンプレートの作成 .................................................................................................. 65
実験の種類 ........................................................................................................................... 67
サンプル情報 ........................................................................................................................ 68
サンプルの種類 .................................................................................................................... 68
スーパーミックス ................................................................................................................ 69
アッセイの種類と蛍光色素 .................................................................................................. 70
CSV ファイルからのプレートテンプレートの作成と保存 ..................................................... 73
第7章

Data Analysis モジュールの概要 ................................................................................ 75

vi | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

目次

解析のためのデータファイルを開く ....................................................................................... 76
データファイルの保存 ............................................................................................................. 78
解析画面とアウトプットのオプション ................................................................................... 78
共通オプション .................................................................................................................... 79
グラフの拡大または縮小 ...................................................................................................... 82
グラフ表示を設定する ......................................................................................................... 83
グラフスケールとラベルのオプションを選択する .............................................................. 84
グラフのメニューオプションを使用する ............................................................................ 87
表のメニューオプションを使用する ................................................................................... 89
Analysis Dashboard ................................................................................................................. 92
ダッシュボードの表示を変更する ....................................................................................... 93
ダッシュボードのオプション .............................................................................................. 94
Plate View ウィンドウ ............................................................................................................. 96
Plate Editor – 解析ビュー .................................................................................................... 96
Plate View ............................................................................................................................ 97
2D Plate View ....................................................................................................................... 98
データウィンドウ .................................................................................................................... 99
Data Table タブ .................................................................................................................... 99
Plate Editor Well Data Table .............................................................................................. 106
解析ウィンドウ ...................................................................................................................... 108
Run およびロット情報の表示 ................................................................................................ 109
第8章

データ解析方法 ...........................................................................................................111

Amplitude プロット解析のオプション ................................................................................... 112
1D Amplitude.......................................................................................................................... 117
2D Amplitude.......................................................................................................................... 122
3D Amplitude.......................................................................................................................... 125
データチャート（Data Visualization Charts）解析のオプション ......................................... 128
濃度 Concentration ............................................................................................................... 131
濃度の計算 ......................................................................................................................... 132
信頼区間の計算 .................................................................................................................. 133
コピー数 Copy Number ........................................................................................................ 134
コピー数の計算 .................................................................................................................. 135
信頼区間の計算 .................................................................................................................. 135
比率 Ratio.............................................................................................................................. 137
比率の計算 ......................................................................................................................... 138

取扱説明書 | vii

目次

信頼区間の計算 .................................................................................................................. 138
存在量比（%） Fractional Abundance ................................................................................. 139
存在量比の計算 .................................................................................................................. 140
信頼区間の計算 .................................................................................................................. 140
イベント数 Event Counts ..................................................................................................... 141
連鎖解析 Linkage Analysis ................................................................................................ 142
信頼区間の計算 .................................................................................................................. 142
第9章

解析モジュールのレポート機能 ................................................................................. 143

解析レポートの作成 .............................................................................................................. 143
レポートテンプレートの作成 ................................................................................................ 145
第 10 章Gene Study モジュール ........................................................................................... 149

Gene Study のオプション ..................................................................................................... 151
Gene Study のセットアップ .................................................................................................. 152
データファイルの追加 ....................................................................................................... 154
データファイルの除外 ....................................................................................................... 154
解析のためのデータファイルの選択 ................................................................................. 155
プレートビューの閲覧 ....................................................................................................... 155
Study Analysis 機能の使用 .................................................................................................... 157
Gene Study レポート............................................................................................................. 159
Gene Study レポートの作成 .............................................................................................. 160
第 11 章システムユーティリティ .......................................................................................... 161

System Settings タブ ............................................................................................................. 162
Preferred Location .............................................................................................................. 163
Shared Settings .................................................................................................................. 164
装置の変更 ......................................................................................................................... 165
システムログファイル ........................................................................................................... 166
イベントログ ...................................................................................................................... 166
メンテナンスログ .............................................................................................................. 167
メンテナンスレポート ........................................................................................................... 168
システムデータ ...................................................................................................................... 169
ローデータのアーカイブ .................................................................................................... 169
トラブルシューティングデータ ......................................................................................... 170
データの再処理 ...................................................................................................................... 172
システムキャリブレーション ................................................................................................ 173
第 12 章ユーザーの管理 ..................................................................................................... 175

viii | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

目次

ユーザーの追加 ...................................................................................................................... 176
ユーザー権限の追加または削除 ............................................................................................ 178
ユーザー設定の変更 .............................................................................................................. 180
ユーザーの削除 ...................................................................................................................... 180
付録 A

実験例 ......................................................................................................................... 181

マルチプレックスアッセイによる Direct Quantification ....................................................... 182
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 182
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 183
トリプレックスアッセイによるコピー数多型 ....................................................................... 185
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 185
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 186
ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ ................................................................... 188
実験パラメータの設定 ....................................................................................................... 189
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 190
Advanced Classification Method による Direct Quantification .............................................. 191
実験パラメータのセットアップ ......................................................................................... 191
結果の閲覧と調整 .............................................................................................................. 192
付録 B

装置のメンテナンス.................................................................................................... 195

オイル関連のメンテナンスと廃棄物処理 .............................................................................. 196
Droplet リーダー用オイルボトルの交換 ............................................................................ 196
廃液ボトルを空にする ....................................................................................................... 197
廃液のメンテナンス ........................................................................................................... 197
装置のプライミングとフラッシング ..................................................................................... 198
アイドルモードからの復帰 .................................................................................................... 199
QX600 Droplet Reader のクリーニングまたはデコンタミネーション ................................. 199
装置メンテナンスログ（Instrument Maintenance Log） ...................................................... 200
付録 Cコンピューターの追加 ................................................................................................ 201

付録 D

トラブルシューティング ............................................................................................ 203

Event Log ............................................................................................................................... 203
装置のエラー ......................................................................................................................... 203
付録 E

Ordering Infromation ................................................................................................ 207

取扱説明書 | ix

目次x | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

安全規格と規制の遵守
本項では、実験および電気機器のほか、化学物質および危険物質を用いる作業に適用される法的要求事項を挙げ、安全にご使用いただくための注意点および推奨事項についても説明します。
重要：機器は適切なトレーニングを受けた方のみ使用してください。

規制要求事項の遵守
本製品は、以下の安全規格、電磁波規格のすべての適用要件に適合していることが試験により確認されています。
IEC 61010-1:2010（第 3 版）
、EN61010-1:2010（第 3 版）
：計測、制御および実験室用電気
機器- 第 1 部：一般要求事項IEC 61326-1:2012（クラス A）、EN 61326-1:2013（クラス A）：計測、制御および実験室用
電気機器の EMC 要求事項、第 1 部：一般要求事項IEC 61010-2-081:2015, 3.0 版, UL 61010-2-081:2015, CAN/CSA C22.2 No.61010-2-081:19
測定，制御及び試験所用の電気機器に対する安全要求事項。第 2-081 部。分析及びその他の目的のための自動及び半自動実験装置に対する特別要求事項。分析及びその他の目的のための自動及び半自動実験装置に対する特別要求事項（修正条項 1 を含む）。
CAN/CSA 22.2 No 61010-1-04：計測・制御・実験用電気機器の安全要求事項、パート 1: 一
般要求事項



CAN/CSA C22.2 No 61010-2-101:2019 IEC 61010-2-101:2018 (第 3 版)



有害物質の使用制限（Restriction of hazardous substances：ROHS）に関する欧州連合（EU）
指令



欧州化学品庁（ECHA）による 2007 年 6 月 1 日付け化学物質の登録、評価、認可および制限（Registration, evaluation, authorization and restriction of chemicals：REACH）



電気・電子機器の廃棄（WEEE）に関する指令

取扱説明書 | 11

安全規格と規制の遵守

本機器は検査の結果、FCC 規則パート 15 に従ってクラス A デジタル機器の制限を遵守していることが認められています。これらの制限は、商業環境で機器を操作したときに生じる電波障害
からの合理的な保護を目的として考案されています。
CE マークは、当該製品が適用 EN 指令の必須要求事項に適合していることを製造者が保証していることを示します。
CSA マークは、プロジェクトがカナダおよび米国の規格でテストされ、それらの適用規格の要件に適合していることを示します。この装置は、FCC 規則のパート 15に従って、クラス A デジタル装置の制限に準拠することが試験により確認されています。これらの制限は、本機を商用環境で使用した場合に、有害な干渉から妥当に保護するように設計されています。
WEEE（電気・電子機器の廃棄）指令のマークは、エンドユーザーが当該製品の廃棄を希望する場合、リカバリーとリサイクルのための分別収集施設に送らなければ
ならないことを示します。

12 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

安全警告表示警告ラベルは、傷害や危害の発生源について警告するものです。表 1 は、各安全警告ラベルの定義を示しています。
表 1 安全警告表示の意味
マーク

意味
身体や機器への危険性に関する警告
このマニュアルを読む前にシステムを操作すると、人身事故の原因となることがあります。安全な使用のために、このマニュアルに明記されていない方法
でこの装置を操作しないでくださ い。電気機器の安全な使用についてトレー
ニングを受けた、資格のある研究所員のみが本装置を操作してく ださい。シ
ステムのすべてのコンポーネントは、常に注意深く、清潔で乾いた手で取り扱ってください。
バイオハザード物質の取扱いに関する警告
バイオハザードサンプルの取扱いに際しては、推奨される注意事項およびガイドラインに従い、各実験室および現地のあらゆるガイドラインを遵守してください。
感電の危険に関する警告
感電を防ぐため、機器の電源プラグの抜き差しは慎重に行ってください。メン
テナンス作業を行うときは、必ず電源を切り、プラグを抜いてください。

取扱説明書 | 13

安全規格と規制の遵守

安全な使用のための要件システムを安全に操作するために、バイオ・ラッドは本項および p.195 の装置のメンテナンスに記載の指示を遵守されることを強く推奨します。
本装置は実験専用の装置であり、本来の用途以外で本装置を使用したり、バイオ・ラッドまたは弊社の正規代理店以外が本装置の変更を行ったりした結果として負傷や損害が発生しても、弊社は一切の責任を負いません。


本装置は訓練を積んだ経験者以外は使用できません。



本装置に付属の電源コード、電源スイッチ、USB ポート、および各地域のコンセントに対応したプラグアダプターをご使用ください。



装置は頑丈で安定した平面の上に設置し、電源コードと USB ポートを利用しやすいよう背面および両側に十分な間隔を空けてください。



本装置は無線周波数エネルギーを生成、利用し、放射する可能性もあるため、取扱説明書の指示に従って据え付け・使用しない場合は、無線通信を妨害するおそれがあります。住宅地
域で本システムを操作すると、電波障害を引き起こす可能性が高く、その場合、使用者は自費でこれを是正する必要があります。

注：停電に備えてバックアップ電源を用意しておくことが推奨されます。ユニバーサルパワーサ
プライ（UPS）はブラウンアウトや電力サージから保護することができますが、一般的な通常のバックアップ発電機にはその機能はありません。
環境要件については、p.24 の環境要件を参照してください。

14 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

危険性
本装置は製造者の指示する方法で使用すれば、安全に操作できるように設計されています。本装置または関連部品のいずれかでも製造者の指示に従わずに使用された場合には、装置の持つ本来の保護機能が損なわれるおそれがあります。
指示に従わずに本装置を使用したり、バイオ・ラッドまたは弊社の正規代理店以外が本装置の変更を行ったりした結果として負傷や損害が発生しても、バイオ・ラッドは一切の責任を負いません。訓練を積んだ弊社職員以外は、本システムの保守点検を行うことはできません。

バイオハザード
本システムは実験室用製品ですが、バイオハザードサンプルが存在する場合は、以下のガイドラインに従うとともに、各実験室および現地のあらゆるガイドラインを遵守してください。
注：本装置の通常の操作ではバイオハザード物質は使用されません。

一般的注意


必ず実験用コート、手袋およびサイドシールド付き安全眼鏡かゴーグルを装着します。



手で口や鼻、眼に触れないでください。



感染の危険性のある物質を取り扱う場合は、切り傷やすり傷があれば事前に完全に保護してください。



感染の危険性のある物質を取り扱った場合は、退室する前に石鹸と水で十分に手洗いして
ください。



感染性物質や感染の危険性のある物質はすべて、破損や漏れが生じない容器に保管します。



実験室から出る際は、保護用の着衣を脱いでから退室します。



メモを取る、電話に出る、電灯をつけるなど、ほかの人間が手袋をはめずに触れる物に手袋をはめた手で触らないでください。



手袋は頻繁に交換し、コンタミネーションが目視で認められた場合は直ちにはずしてください。



適正にデコンタミネーションできない物質は感染の危険性のある物質に曝露させないでください。

バイオハザード物質を用いて操作を行った場合は、適切な消毒剤（家庭用漂白剤の 1：10 希
釈液など）を用いて作業場を消毒してください。

取扱説明書 | 15

安全規格と規制の遵守

表面のデコンタミネーション
警告！感電防止のため、デコンタミネーションを始める前に必ず装置の電源を切り、電源プラグを抜いてください。

重要：研磨剤や腐食性の洗剤、強アルカリ液は使用しないでください。これらの薬剤は表面を傷つけ、システムを破損させるおそれがあります。
下記の部分は漂白剤の 10 %溶液でクリーニングすることができます。


外面およびシャーシ

内部のプレートホルダ

ドロップレット作製、サーマルサイクリングおよびドロップレット読み取り表面

消毒剤の調製と使用については本製品の製造者の指示に従ってください。表面クリーニングの詳しい説明は付録 B の装置のメンテナンスに記載されています。他の洗浄剤の使用については
バイオ・ラッドテクニカルサポートにお問い合わせください。
重要：フロントドアが開いた状態でハンドラーの Y 軸レールをクリーニングしないでください。
この表面は潤滑処理されており、潤滑剤が除去されると、不具合が発生します。

バイオハザード物質の廃棄
以下のコンタミネーションの可能性のある物質は、各施設、地域および国内の規制に従い廃棄してください。


臨床サンプル

試薬

使用後の反応用器具など、コンタミネーションが疑われる消耗品

16 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ケミカルハザード本システムには危険性のある化学物質は含まれません。

爆発または燃焼の危険性
本システムはバイオ・ラッドの指示に従い正しく使用された場合、燃焼や爆発に関連する危険性はありません。

電気的危険
本システムは、物理的改造を加えることなく正しく設置、操作され、適正な規格の電源に接続されている場合、操作者に電気的な危険が及ぶことはありません。

デコミッショニングと廃棄本システムには、電気・電子機器の廃棄に関する EU 指令（WEEE 指令）に従い、未選別廃棄物として処分すべき電気資材と分別収集の必要な電気資材が含まれます。デコミッショニングの目的は、本装置が電気的および環境的に安全に廃棄できるようにすることです。廃棄される場合
は、各国での必要な手続きについてお近くの弊社担当者にお問い合わせください。

輸送
本システムの移動や輸送の前には指定されたデコンタミネーションを実施してください。損傷を防止するため、本装置の移動や輸送には必ず付属の包装資材を使用してください。適当な箱が見当たらない場合は、お近くの弊社営業所にご連絡ください。

取扱説明書 | 17

安全規格と規制の遵守

保証
重要：本装置は研究用であり、診断用には使用できません。
本システムおよび関連アクセサリには、バイオ・ラッドの標準保証が適用されます。 保証の詳細については、お近くの弊社営業所にお問い合わせください。この章およびこのガイド全体に記載されている安全仕様に従ってください。
本システムは実験室での使用のみを目的としています。 本システムの使用目的以外での使用、
またはバイオ・ラッド社もしくは正規代理店以外による本機の改造による傷害や損害について、
バイオ・ラッド社は一切の責任を負い兼ねます。本システムの改造は、安全上の問題を引き起こす可能性があるため、保証および安全性証明は無効となります。
未承認のスーパーミックスや添加物を使用すると、装置に害を及ぼす可能性があり、保証が無効になります。本機に付属の電源コードを使用し、地域のコンセントに対応するプラグアダプターのみを使用してください。

18 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

保証

第 1 章 Droplet Digital PCR 概論
Droplet Digital PCR ポリメラーゼ連鎖反応（ddPCR）は水・油エマルジョンドロップレット技術に基づくデジタル PCR 法です。ddPCR ではマイクロ流体工学と特許技術の界面活性剤を組み合わせ、各サンプルを油中水ドロップレットに分割します。この技術は、最も標準的な TaqMan
プローブアッセイと同様の試薬とワークフローを使用し、明確な体積の離散油中水ドロップレットに封入された核酸分子数を計測することによって、核酸のターゲット配列を絶対定量します。
ddPCR は以下の領域においてきわめて有効です。
絶対定量- ddPCR は検量線を必要とせずにインプットサンプルごとにターゲット DNA コ
ピーの濃度を求められるため、ターゲット DNA の測定、ウイルス量解析および微生物の定量に理想的な方法です。



遺伝子コピー数多型（CNV）などのゲノム変化- CNV は表現型多様性、複雑な行動特性および疾患の原因である dosage-sensitive gene（量感受性遺伝子）の不足または過多を引き起こします。ddPCR は遺伝子コピー数の 1.2 倍の差を測定することができます。



レアシーケンスの検出- 野生型のバックグラウンドに少数の癌細胞が存在するような難しいサンプルでは単一遺伝子を増幅する必要があります。ddPCR はまれな突然変異やシーケンスも検出できる感度を備えています。



遺伝子発現およびマイクロ RNA（miRNA）解析- ddPCR は特に低含量 miRNA の発現レベルを単独で高い精度と感度により絶対定量することができます。

次世代シーケンシング（NGS）- ddPCR はシーケンシングの精確さを高め、Run の繰り返
しを減らすために、NGS サンプルライブラリーを定量することができます。絶対定量により単一ヌクレオチド多型やコピー数多型などのシーケンシングの結果を検証します。



単一細胞分析- 分裂を終えた細胞や前駆細胞、幹細胞などの、同一種の細胞集団内での遺伝子発現やゲノム内容の大きな細胞間バリエーション（10～100 倍）により、単一細胞からの分析の必要性が増しています。ddPCR は低コピー数の定量が可能です。



ゲノム編集の検出- ddPCR は、CRISPRCas9 などのゲノム編集ツールによって作製された HDR（相同組換え修復）および NHEJ（非相同末端結合）を高精度で迅速かつ費用対効果のある評価を行うことができます。

取扱説明書 | 19

第1章

Droplet Digital PCR 概論

ddPCR には核酸の定量に関して下記のメリットがあります。


超高精度- ddPCR による多数のサンプル分割によって、サンプル間でのターゲット DNA
配列のわずかな差も高精度で測定することが可能です。



S/N 比の向上- サンプル分割することで高コピーのテンプレートとバックグランドが希釈され、ターゲットポジティブドロップレット中のテンプレート濃度を効果的に高めます。これにより、レアなターゲットを高感度で検出でき、±10 %の精度で定量が可能です。



PCR 効率バイアスの除去- qPCR の増幅効率依存を除去することにより、エラー率が低減
し、ターゲットを正確に定量することができます。



定量の簡略化-

絶対定量に検量線の必要がありません。

ddPCR のワークフロー
ddPCR は下記のワークフローに従って行われます。
DNA または RNA とプライマー、プローブおよび Bio-Rad ddPCR スーパーミックスを組み合わせ、PCR 用のサンプルを調製します。



ドロップレットジェネレーターによって、サンプルはナノリットルサイズの均一なドロップレット約 2 万個に分割され、この分割処理によってターゲットおよびバックグランドのDNA がドロップレットにランダムに分配されます。



ドロップレット生成後、サンプルはサーマルサイクラーにかけられ、ドロップレット中の核酸ターゲットはそれぞれ独立して PCR 増幅されます。



ドロップレットリーダーで各ドロップレットを読み取り、元のサンプルのポジティブドロ
ップレットの割合を求め、ポアソン分布解析により絶対量が決定されます。
注：標的 DNA 分子を少なくとも 1 コピー含む陽性ドロップレットは、陰性ドロップレットと比較して蛍光強度の増加がみられます。

詳細に関してHelp タブ（）をクリックし、Bio-Rad Website のリンクをクリックすると、テクニカルノー
ト、マニュアル、ビデオ、製品情報およびテクニカルサポートのリンクにアクセすることができます。ウェブサイトには PCR、ドロップレットデジタル PCR および遺伝子発現に関連する様々な方法と応用に関する技術的な情報や資料も数多く掲載されています。

20 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

詳細に関して第 2 章 QX600 Droplet Reader の使用について
QX600™ Droplet Reader を使用することで、希少な DNA ターゲットコピーの検出、コピー数体
系解析、遺伝子発現レベルの正確な測定が可能です。アプリケーションと用途は以下の通りです。



コピー数多型解析



絶対定量解析



レアシーケンス検出

レアミューテーション検出

次世代シーケンサー（NGS）のライブラリ定量
NGS サンプル調製

SARS-CoV-2 アッセイを含むウイルス量測定

GMO 検出

コンタミネーション検査



高次マルチプレックスアッセイmRNA 解析
遺伝子発現解析およびシングルセル遺伝子
発現解析

Droplet 作成およびサーマルサイクリングプロセスに続いて、QX600 Droplet Reader は各サン
プルを含む約 20,000 個のナノリットルサイズ Droplet をシングルフォーマットで流し、標的分子を含む Droplet（Positive Reading）と含まない Droplet（Negative Reading）を判断するためのバイナリデータを 6 色検出ディテクターを用いて収集し、分析に使用します。
QX600 Droplet Reader は、定義されたスペクトルにまたがる 3 つの検出ポイントを使用して、6 種類の蛍光色素から複数のターゲットを同時検出します。最初の検出ポイントは FAM
または Evagreen®および HEX または VIC のターゲットを、2 番目の検出ポイントは Cy5 および Cy5.5 のターゲットを、そして 3 番目の検出ポイントは ROX および ATTO 590 のターゲットを検知します。
重要：QX600 Droplet Reader は、PCR 後の Droplet 読み取り機能のみを実行します。完全なddPCR サイクルを実行するには、Droplet Generator とサーマルサイクラーが必要となります。Droplet Generator とサーマルサイクラー、および関連アクセサリと消耗品は、バイオ・ラッドから購入できます。詳細については、付録 E の Ordering Information をご参照ください。

取扱説明書 | 21

第2章

QX600 Droplet Reader の使用について

次の図と解説は、装置外装の機能領域を示しています。

解説
1

Lid の開閉ボタン

2

ステータスインジケータ・ライト ( 詳細は p.25 のステータスインジケータ・ライト
を参照 )

3

本体背面部にある電源と USB コンセント

4

オイルと廃液ボトル ( 詳細は p.196 のオイル関連のメンテナンスと廃棄物処理を参照)22 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置の仕様このセクションでは装置のサイズと重量に関する情報を記載しています。安全に関する情報はp.14 の安全な使用のための要件を、適切な環境整備は p.24 の環境要件をご確認ください。

表 2

QX600 Droplet Reader の仕様

項目

仕様

重量

26 kg（56.6 lbs）

サイズ（W x D x H）

660 x 521 x 292 cm（26 x 20.5 x 11.5”）

取扱説明書 | 23

第2章

QX600 Droplet Reader の使用について

環境要件
表 3 に QX600 Droplet Reader の環境要件を示します。FCC クラス A 制限に準拠するため、これらの機器には付属のシールド・ケーブルを使用する必要があります。
表 3 安全な使用の条件
使用パラメータ

安全な使用の条件

定格入力電力

入力：100～240 V、50～60 Hz、2A

ヒューズ

T5AH, 250 V

電圧変動

電圧変動は外部電源の定格の±10%を超えないこと
注：電源コードは機器に付属のものをご使用ください

汚染度2（屋内専用）

使用温度

18～30 ℃

相対湿度

最大 85 %（結露なし）

高度

海抜 0～2,500m

設置カテゴリーII（外部電源は標準的な AC レセプタクルにプラグインした場合）
屋内使用のみ換気に関する必要事項

適切な換気のため、以下の距離を確保し遮るものを除いてください■ 装置左右の側面は 12 cm を確保してください■ 装置背面は 25 cm を確保してください

24 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ステータスインジケータ・ライト

ステータスインジケータ・ライト
このセクションでは、QX600 Droplet Reader の前面にあるインジケーターランプについて説明します。

Run を開始する前に、インジケーターランプを確認し、装置の準備が整っていることを確認してください。詳細については、表 4 を参照してください。
表4

Droplet Reader のステータスインジケータライト

インジケータ

緑色に点灯

電源オン

ボトル内容量 OK

プレートホルダがセットされているRun の完了

緑色に点滅

---

 オイル＜40%---

Run の実行中

 廃液＞70%
黄色に点滅

---

 オイル＜10% -- 廃 液 ＞ 90%(700ml)

消灯

電源オフ

---

Run 中のエラー

プレートホルダが アイドル状態
セットされていない

ボトルインジケータライトが緑色に点灯している場合、96 ウェルの Run を完了するのに十分なオイルがボトル内にあります。QX Manager ソフトウェアで Run 用のフルプレートを設定することができます。低レベルセンサーが作動すると、Add Plate ボタンが無効になり、プレー
トの Run を続けることができなくなります（～40%未満）。装置が Run を開始する前に、オイ
ルボトルと廃液ボトルを新しいものに交換する必要があります。

取扱説明書 | 25

第2章

QX600 Droplet Reader の使用について梱包されている製品および追加が必要な製品
このセクションでは、ご購入時のドロップレットリーダーに含まれる製品、別途必要となるコン
ポーネントや消耗品を解説します。Droplet Digital PCR の全工程に必要となる製品情報について
は、付録 E の Ordering Information を参照してください。
表 5 に QX600 Droplet Reader システムに同梱されている構成品を解説します。
表 5

QX600 Droplet Reader の構成品および同梱されている構成品

構成品

説明

カタログ番号

QX600 Droplet Reader 本体

Droplet Reader 装置本体

12013328

USB ケーブルと電源コード

解析用パソコンと Droplet Reader を接続
する USB ケーブルと Droplet Reader 本体に電源を供給するための電源コード

お問い合わせDroplet Reader プレート
ホルダ (2)

注：ケーブルや電源コードを入手するには、
Bio-Rad テクニカルサポートにお問い合わせください
96 ウェルプレートを Droplet Reader 本体に 12006834
固定するための専用プレートホルダ

QX600 Droplet Reader での Run を確実にし、結果を分析するために必要なものがすべて揃っていることを確認するために、表 6 の別途購入できる追加コンポーネントとアクセサリをご参照ください。
表 6

その他のアクセサリと消耗品（他社製品含む）

構成品

説明

カタログ番号

解析用 PC

QX600 Droplet Reader に接続して、本体の操作とデータ解析を行います。

12017458

ddPCR Plates 96well

Droplet が壊れないよう特殊なコーティング 12001925が施された ddPCR 用 96 well plate

Rainin ピペット

20μl, サンプルローディング用
50μl, Droplet 操作用
8 連マルチチャンネル、200μl

26 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

L-20, L8-20
L-50, L8-50
L8-200ddPCR プラットフォーム機器との互換性に関して

表 6

その他のアクセサリと消耗品（他社製品含む）の続き

構成品

説明

カタログ番号

Rainin ピペットチップ

Rainin のフィルター付きピペットチップ

GP-L10F
GP-L200F

プレートシーラーホイルヒ
ートシール
プレートシーラーddPCR 用 ホイルヒートシール (100 枚)

1814040

PX1 PCR Plate Sealer

1814000

Droplet Reader Oil

Droplet Reader オイル（2 x 1 L）

1863004

注：使用済みの空オイルボトルはオイルの廃液ボトルとして再利用ください。

ddPCR プラットフォーム機器との互換性に関して
QX600 Droplet Digital PCR システムの一環として、バイオ・ラッドは以下の装置を提供しています。
QX200 Droplet Generator

Automated Droplet Generator

QX600 Droplet Reader(six Colors)

重要：バイオ・ラッドが推奨する ddPCR プラットフォームを実行するには、別途購入可能なサーマルサイクラーが必要です。追加の装置、アクセサリ、消耗品に関する情報は、詳細について
は、付録 E の Ordering Information を参照してください。

取扱説明書 | 27

第2章

QX600 Droplet Reader の使用について

機器の接続と起動
QX600 Droplet Reader で Run を実行するには、QX Manager Software がインストールおよび設定されたコンピュータに装置を接続する必要があります。バイオ・ラッドでは、QX600
Droplet Reader に接続したまま、QX Manager Software でプレートの追加や実行に使用できる、設定済みのコンピュータを少なくとも 1 台購入することを推奨しています。装置用に購入可能な追加アイテムについては、p.26 の別途購入できる追加コンポーネントとアクセサリをご参照ください。
コンピュータと機器を接続するには1.

バイオ・ラッドから提供された USB ケーブルを QX600 Droplet Reader 背面の USB ポートに接続し、反対側をコンピュータに接続します。

2.

装置の Power（電源）ボタンを押します。
パワーインジケーターライトが緑色に点灯し、電源が入ったことを示します。

3.

接続したコンピュータの電源を入れ、Windows アカウントでログインします。詳しくは、装置の管理者にご確認ください。

4.

QX Manager ソフトウェアを開き、ログインします。

重要：ソフトウェアに初めてログインすると、装置ウィンドウが表示され、使用する装置を選択する必要があります。QX Manager Software で正しい装置を選択する方法については、p.36 の初回サインイン後の装置選択を参照してください。

28 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

機器の接続と起動

第 3 章 QX Manager ソフトウェアについて
QX Manager ソフトウェアは、QX600 Droplet Reader に接続すると、サンプルの Droplet 検出
アッセイに必要なプレートの設定、Run の実行および解析のために必要な全ての機能を提供します。
Standard Edition のインストール時に、すべてのユーザー管理機能およびプリファレンスのための User Management モジュールを有効にすることができます。User Management を有効にしない場合は、一般ユーザーとしてソフトウェアを使用する形式となります。
本装置と QX Manager の使用により下記の操作が可能です。


プレート Run のためのカスタマイズされたリアルタイム ddPCR 実験のセットアップ



標準 Droplet の検出

使用可能なディスク容量と処理可能なプレート数の確認



ドロップレットの読み取り中にライブ解析機能を使用



解析モジュールを用いて様々な図表でのデータ解析



カラーキャリブレーションデータの更新によるデータ再処理

プレートとレポートテンプレートを作成して保存し、データレポートを作成

取扱説明書 | 29

第3章

QX Manager ソフトウェアについて

以下の図は機能エリアを示しています。

解説
1ステータスバーには装置とユーザーに関する情報が表示されます。特定の機能についての詳細は、p.42 の Instrument Status バーを参照してください。

2

タブを選択することによって主な機能ウィンドウが利用できます。

3

選択したタブの詳細がメイン領域に表示されます。

4

プレートの設定や Run の開始ができます。

30 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ユーザー管理の有効化

ユーザー管理の有効化
QX Manager Software, Standard Edition のインストール時に、ユーザー管理モジュールの有効化または無効化を選択することができます。



ユーザー管理を有効にするチェックボックスを選択すると、すべてのユーザー機能がインストールに含まれます。



チェックボックスが選択されていない場合、ユーザー管理は有効ではなく、対応するタブはサイドペインに含まれません。常にユーザー設定の最小機能を使用できる単一の一般ユーザーとしてログインする設定となります。詳細については、p.40 の部分的な環境設定を参照してください。

重要：本ソフトウェアでユーザーを設定する前に、すべてのユーザーがコンピュータ上でローカ
ルの Windows ユーザーとして、またはネットワーク上の Active Directory で設定されている必要があります。

モジュールをバイパスするには、チェックボックスがクリアされていることを確認し、User
Management ダイアログボックスの Continue をクリックしてインストールを完了します。
User Management モジュールを有効にするには
1. インストール中に User Management ダイアログボックスが表示されたら、Enable User
Management チェックボックスが選択されていることを確認します。
2. ユーザー名を入力し、Check Name をクリックして、ユーザーを確認します。
3. Continue をクリックしてユーザーを追加し、インストールを完了します。

取扱説明書 | 31

第3章

QX Manager ソフトウェアについて

32 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更

第4章

QX Manager を使う

本章では以下の項目について説明します。


ソフトウェアへのサインインまたはユーザーの変更の手順



装置の選択



装置のステータスバーと主要な機能ウィンドウについて

お使いのソフトウェアのエディションに適合するファイルの種類

Tips：アイドル状態の後、QX Manager Software がスタンバイモードになった場合、ロックア
ウト画面をクリックしてソフトウェアに再度ログインしてください。

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更
通常、システム管理者またはソフトウェア管理者が QX Manager ソフトウェアのユーザーと権限を設定し、これらの情報をユーザーに伝えます。
以下の点に注意してください。


ソフトウェアのインストール後、初めてサインインするときは、コンピュータが接続されている機器を選択する必要があります。詳しくは、p.36 の初回サインイン後の機器の選択をご確認ください。



Add/Manage Users 権限が割り当てられていない限り、ユーザー権限を変更することはできません。詳しくは p.37 のユーザー権限を見るを参照してください。



デフォルトで設定されているユーザープリファレンスを変更することができます。詳細については、p.39 の個人の設定を管理するを参照してください。ソフトウェアのインストー
ル時にユーザー管理が有効になっていない場合、QX Manager Software は単一の一般ユー
ザーを作成します。このユーザーはすでにログイン状態となっており、すべてのユーザーがプレートのセットアップや実行、結果の分析に使用できます。このユーザーは、次の図に示すように、ジェネリックユーザーリンクを使用して部分的なプリファレンスのセットにアクセスすることができます。詳細については、p.40 の部分的な環境設定を参照してください。

取扱説明書 | 33

第4章

QX Manager を使う

ソフトウェアへのサインイン
重要：インストール時にユーザー管理を有効としなかった場合、ソフトウェアを開くと一般ユーザーとして自動的にサインインされます。
サインインする1.

デスクトップ上のソフトウェアアイコンを右クリックし、「Open」を選択すると、「Sign in」
ダイアログボックスが表示されます。

2.

次のいずれかを行って、ユーザー名を入力します。

Sign in to: のラベルに正しいドメイン名が表示されている場合は、ユーザー名とパスワードのみを入力してください。



Sign in to: が空白または異なるドメインを表示している場合は、<コンピュータまたはドメ
イン名\ユーザー名>の順にパスワードを入力します。

34 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更

詳しくは、「How do I sign into another domain?」 のリンクをクリックしてください。

注：ネットワークドメインにログインしているが、名前がわからない場合は、システム管理者に連絡してください。
3.

サインイン時に「Do not show EULA on sign in」チェックボックスが選択されていることを確認し、「I Agree」をタップします。

各ユーザーは、ソフトウェアを使用するために、最初のログイン時にエンドユーザーライセ
ンス契約に同意する必要があります。このチェックボックスをオフにすると、次回ログイン
時にエンドユーザー使用許諾契約書が表示され、再度同意しないとソフトウェアが開きません。EULA に同意しない場合、アプリケーションはすぐに終了します。
EULA に同意すると、ダイアログボックスが閉じ、アプリケーションが起動します。
Instrument Status バーにお客様のユーザー名が表示されます。
QX600 Droplet Reader に接続している場合は、Add Plate ウィンドウが表示されます。
装置に接続されていないコンピュータでソフトウェアを起動している場合は、Data Analysis
ウィンドウが開きます。

取扱説明書 | 35

第4章

QX Manager を使う

初回サインイン後の機器の選択
ソフトウェアを開いて初めてサインインすると、装置の接続ウィンドウが表示されますので、コンピュータに接続されている装置を選択して下さい。この手順は、装置がコンピュータに接続され、QX Manager Software がインストールされていることを前提にしています。
QX Manager Software は、QX200 Droplet Reader および QX600 Droplet Reader で使用することができます。
装置を選択するには


QX600 を選択し、「Save」をクリックします。

重要：研究室で両方の装置を使用している場合、いつでも装置を変更することができます。
詳細は、p.165 の装置の変更を参照してください

36 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更

ユーザー権限を見る
重要：インストール時にユーザー管理モジュールを有効にしなかった場合、関連機能は使用できません。
User Management ウィンドウでは、選択されたチェックボックスによって、ユーザーの権限が識別されます。
割り当てられた権限を確認するにはUser Management タブを選択します。

「Add/Manage Users」（ユーザーの追加/管理）権限が割り当てられていない限り、次の図に示すように、割り当てられた権限のチェックボックスは選択されていますが、有効にはなっていません。権限の変更を依頼する場合は、ソフトウェア管理者に連絡してください。

取扱説明書 | 37

第4章

QX Manager を使う

表 7 に示すユーザー権限は自由に組み合わせて割り当てることができます。
表 7 ユーザー権限
権限

目的

Add/Manage users（ユーザーの追加／管理）

ユーザーを追加または削除し、権限を割り当て、設定を変更する。

Create new templates（新規テンプレートの作成）

プレートや解析レポートのデザインをテンプレートとして保存することができます。

View data files (createdby other users)（他のユーザーが作成したデータファイルを見る）

他のユーザーが実行した Run から作成された Run ファイルを参照することができます。

Overwrite existing data
file name（既存のデータファイル名を上書きする）

ファイル名を変えることなく、変更した内容を上書き保存することができます。ファイルは常に、使用しているアプリケーションの拡張子で保存されます。詳細については、p.44 の適合するファイルの種類を参照してください。

重要：ユーザーの追加/管理権限を割り当てられたユーザーは、ユーザーを作成し、あらゆるユーザーの権限と設定を更新することができます。スーパーユーザーのみ、この権限をユーザーアカウントから削除することができます。

注：この権限を持たないユーザーは、ファイルを開いて解析を実行することはできますが、別名保存でのみ変更を保存することができます。
System settings（システムの設定）

ログの表示、新しい較正値でのデータの再処理、ファイルの場所の変更が可能。すべてのユーザーがファイルの保存場所を見ることができます。
重要：管理者がシステム設定で「System Settings」（システム設定）のチェックボックスを選択した場合、個々のユーザーの場所の設定は上書きされます。

Maintenance（メンテナンス）

イベントログとシステムデータ設定を表示します。

System Data（システ
ムデータ）

生データをコンピュータから移動して、ディスクの空き容量を確保します。

注：すべてのユーザーは、データの再処理、システムフォルダ設定の表示、およびメンテナンスログとメンテナンスレポートの表示が可能です。

トラブルシューティングデータにアクセスできます。
Manage Plate（プレート管理）

QX600 Droplet Reader で処理中のランをキャンセルします。

38 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更

個人の設定を管理する
ユーザー管理ウィンドウを使用して、個人のユーザー設定を変更します。デフォルトのフォルダーロケーションが環境設定に表示されますが、変更することが可能です。また、すべてのデータ
ファイルとテンプレートを非公開にすることもできます。ファイルやテンプレートを保存する
たびに、個人用フォルダまたは共有フォルダのいずれかを選択するようソフトウェアが促します。
重要：ソフトウェアのインストール時にユーザー管理を有効にしなかった場合、ユーザー管理モ
ジュールは含まれず、限定された環境設定での利用となります。詳細については、p.40 の部分的な環境設定を参照してください。

ユーザー設定を変更するには、
1.

以下の環境設定のいずれかを変更します：

ユーザー個人のデータファイルとテンプレート用に別のファイルパスを入力します。

チェックボックスを選択または解除し、ユーザー個人のデータファイルとテンプレー
トのプライバシー設定を変更します。
重要：管理者が「System Settings」で優先保存場所を設定している場合、パスとチェッ
クボックスは無効になります。



別のシステムタイムアウト時間を入力します。

Run Status ウィンドウに表示される終了プレートの総数として 100 以内の数字に変更
できます。



Acquire all Wells By Default（デフォルトですべてのウェルを取得）チェックボックス
を選択します。チェックボックスを選択しない場合、デフォルトですべてのウェルが除外されるため、Droplet 読み取りを実行するたびにウェルを手動で選択する必要があります。

取扱説明書 | 39

第4章

2.

3.

QX Manager を使う

次のいずれかを実行します。


新しいユーザーの環境設定を行う場合は、「add」をクリックします。

Run Status ウィンドウに表示される終了プレートの総数として 100 以内の数字に変更できます。

確認メッセージが表示されたら、「Yes」クリックして変更を保存し、「OK」をクリックします。

部分的な環境設定
ソフトウェアのインストール時にユーザー管理が有効になっていない場合でも、一部の機能にアクセスすることができます。
メニューを開くには
1.

右上のユーザー名リンクをクリックすると、ポップアップが表示されます。

重要：サービスサインインオプションは、バイオ・ラッドのサービスエンジニアのみが使用します。
2.

「User Preferences］をクリックすると、ダイアログボックスが表示されます。

3.

以下を変更することができます。

4.



システムタイムアウト（分）（デフォルトは 5 分）

ステータス画面の完了したセクションのプレート数（デフォルトは 7 枚）

変更が完了したら、「Save」をクリックします。

40 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ソフトウェアのサインイン、権限の表示、環境設定の変更

サインアウトまたはユーザーの変更
装置がアイドル状態の場合、使用ユーザーのログアウトにより、別ユーザーはログインが可能となります。
重要：ソフトウェアのインストール時にユーザー管理が有効になっていない場合、サインイン、
サインアウト、ユーザーの変更機能は使用できません。
以下の点に注意してください

実行中にユーザーを変更すると、データに影響を与える可能性があります。



画面がロックされ、最初のユーザーが変更を保存していない場合、勧告的なプロンプトが表示されます。Save をクリックしない場合は、前のユーザーの作業が失われます。

サインアウトするには
1.

右上のユーザー名のリンクをクリックし、Sign Out を選択します。

2.

確認のための Yes をクリックします。

ユーザーを変更するには
1.

ロックアウト画面のどこかをタップまたはクリックし、Sign in ウィンドウを開きます。

2.

ユーザー名を入力します。
ユーザーログインフィールドの下にドメイン名が表示されます。前のユーザーと同じドメインの場合はユーザー名のみを入力します。



別のドメインを指定する場合は、ドメイン名に続いてバックスラッシュとユーザー名を入力します。
<domain name>\<user name> *（例：global\john_smith）

3.

パスワードを入力し、Sign in をクリックします。

取扱説明書 | 41

第4章

QX Manager を使う

Instrument Status バー
別のモジュールで表示される解析画面を除き、すべてのウィンドウの上部に装置の状態を示す
ステータスバーが表示されます。
QX600 Droplet Reader にコンピュータが接続されている場合、以下の図のようにステータスバ
ーが表示されます。コンピュータが QX600 Droplet Reader に接続されていない場合、ステータ
スバーには、ソフトウェア、ディスク容量、ユーザー情報のみが表示されます。

解説
1

ソフトウェアの名称とエディション

2

装置の情報・状態

3

装置の稼働状況

4

オイルおよび廃液の量

5

ディスクの使用容量と空き容量
ストレージの空き容量が GB 単位で表示され、またコンピュータの空き容量がなくなるまでに実行できるプレート数も表示されます。
注：QX Manager ソフトウェアがディスク容量の不足を検出すると、データをアーカイブするようにとの勧告が表示されます。

6

現在のユーザーのユーザー名と現在の日時

重要：インストール時にユーザー管理が有効になっていない場合、右端に一般的なユーザー名が表示されます。

42 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

機能ウィンドウ

機能ウィンドウ
表 8 は、QX Manager Software の機能エリアと主要ウィンドウについて説明しています。
表 8 ウィンドウタブ
タブ

名称

目的

Add Plate Droplet 読み取り用プレートの追加と設定

Run Status 上部の表示領域で進行中の Run を表示
 下部の表示領域で終了した Run（最大総数 100）を表示

Data Analysis

 Data Analysis モジュールと Gene Study モジュールにアクセス

Templates

 プレートやレポートのテンプレート設定、既存のテンプレートファ
イルの検索が可能

System

 保存場所、ログ、メンテナンスレポートの表示 データのアーカイブ、新しいキャリブレーション値でのデータの再処理、トラブルシューティング情報へのアクセス
重要：利用可能な機能は、割り当てられたユーザー権限によって異なります。キャリブレーション機能については、弊社サービスエンジニ
ア以外は利用できません。
Users

 割り当てられているユーザー権限を確認し、個人のユーザー設定の確認と変更を行う
 QX Manager ユーザーの設定、編集または削除を行う（Add/Manage
Users 権限を割り当てられているユーザーのみ）
重要：Standard Edition では、ソフトウェアのインストール時にユー
ザー管理を有効にした場合のみ、ユーザー機能を利用することができ
ます。

Help

 ソフトウェアのバージョン情報、現在のキャリブレーション値、エ
ンドユーザーライセンス契約書、Bio-Rad ウェブサイト、オープン
ソースソフトウェアライセンス情報にアクセス
Tip：また、ユーザーガイドとインストルメントガイドをラベル付きボ
タンにリンクさせることができます。

取扱説明書 | 43

第4章

QX Manager を使う

適合するファイルの種類
本項では QX Manager で開くことができるファイルの種類について説明します。
組織内でソフトウェアの複数のエディションが使用されている場合は、以下の点に注意してください。
Standard Edition で作成されたファイルは、Standard Edition でのみ開くことができます。



QX Manager Standard Edition で.qlp ファイルを開くと、ファイルは.ddpcr ファイルとして開かれ、保存されます。

表 9 適合ソフトウェアファイルの種類
ファイルの種類

拡張子

詳細

プレート
テンプレートプレート
テンプレート.ddpltデータ.ddpcr実験の Run に必要なセットアップの詳細を含むプレートテンプレートファイルセットアップの詳細を含む CSV 形式のインポート可能なプ
レートテンプレートファイルです。
このファイルタイプは Plate Editor で開きます。
QX Manager ソフトウェア Standard Edition で開かれた、
Droplet Reader で行われた実験の実行結果。

データ

.qlp

.csv

2 チャンネル実験の Run とデータ解析のための QuantaSoft
バージョンのファイル。この種類のファイルは Analysis モジ
ュールで開く。

44 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートの組み立て方

第 5 章 Run の実行
Start Run ボタンが有効な場合、Run を開始することができます。Manage Plate（プレート管理）ユーザー権限が割り当てられている場合、開始後に Run をキャンセルすることもできます。詳細は、p.60 の Run のキャンセルをご覧ください。

プレートの組み立て方
QX600 Droplet Reader では、96 ウェルプレートがしっかり固定される専用ホルダーを使用します。プレートを QX600 Droplet Reader に挿入する前に、プレートコンポーネントを組み立ててください。プレートは 3 つの部品で構成されています。


プレートを固定するためのベース



ddPCR 専用 96 ウェルプレート本体



プレートを固定するための上蓋プレートホルダの上蓋

ddPCR 専用 96 ウェルプレート

プレートホルダのベース

プレートの組み立て方
1.

プレートをベース部にセットし、上蓋のリリースタブを起こします。

2.

上蓋をプレートの上に置き、リリースタブを下げてプレートをホルダに固定します。
リリースタブを下げ、プレー
トを押さえつける

取扱説明書 | 45

第5章

Run の実行

プレートホルダを装置にセットする
QX600 Droplet Reader にプレートホルダをセットするには
1.

緑色のふたの上にあるボタンを押して、Droplet Reader を開けます。
このボタンを押して蓋を開閉します2.

組み立てたプレートホルダを Droplet Reader にロードします。必ず、PCR プレートのウェ
ル A1 が左上の位置にくるようにしてください。

重要：プレートホルダのタブがしっかりと固定され、プレートが平らになっていることを確認してください。平らになっていない場合、サンプリングニードルがプレートホルダの蓋に当たって装置を損傷する可能性があります。

3.

もう一度ボタンを押すと蓋が閉まります。

46 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard EditionQX Manager ソフトウェアでプレートを追加する

QX Manager ソフトウェアでプレートを追加する
このセクションでは、QX600 Droplet Reader を Droplet 検出に使用する際に、QX Manager
Software Standard Edition でプレートを追加する方法について説明します。ソフトウェアでプ
レートを追加する前後でも、組み立てたプレートを装置に挿入することができます。
QX Manager ソフトウェアでプレートを追加する
1.

Add Plate タブをクリックする。

Instrument Status バーの Runs Available 番号が 1 の場合、Add Plate ボタンが有効になります。
2.

Add Plate の横のアイコンをクリックします。

QX Manager ソフトウェアがコンパートメント内のプレートホルダを認識すると、ソフトウ
ェアは Configure Plate ボタンを有効にします。

注：ソフトウェアがプレートホルダを認識しない場合、ソフトウェアがアドバイザリープロ
ンプトを表示します。プレートを取り外して再挿入してください。必要な場合は、バイオ・
ラッドテクニカルサポートに連絡してください。
3.

プレートの設定をクリックすると、プレート設定ウィンドウが開きます。

取扱説明書 | 47

第5章

Run の実行

Plate Configuration ウィンドウ
Configure Plate をクリックすると Plate Configuration（プレート設定）ウィンドウが開き、以下のタブが表示されます。


プレート情報



ウェル選択



ウェル情報

Plate Configuration ウィンドウでは、すべてのユーザーが最初の設定、変更後の設定あるいはプ
レート名、データファイル名、スーパーミックスのみを用いて、選択したプレートテンプレート
で Run を開始することができます。Create New Template（新規テンプレートの作成）の権限を持つユーザーは、Run の開始前に新規または変更後のプレートデザインをテンプレートとして保存することができます。

Plate Information タブ
Plate Information タブは Plate Configuration ウィンドウを開くとデフォルトで選択され、実験に用いるプレートを簡単に設定することができます。
具体的には以下の操作が可能です。


既存のテンプレートを選択、変更（任意）および実行する。
注：CSV テンプレートファイルは、「プレート情報」タブのドロップダウンリストに表示されますが、「テンプレート」ウィンドウには表示されません。詳しくは、p.73 の CSV ファ
イルからのプレートテンプレートの作成と保存を参照してください。

マニュアル設定またはテンプレートを使用したプレートデザインの作成と実行。

Create New Templates のユーザー権限で、プレートデザインをテンプレートとして保存し、再利用します。

Run を急ぐ場合は、プレート名とスーパーミックスを特定し、Run を開始します。
注：データファイル名フィールドには自動でプレート名が入力されますが、変更することも可能です。残りの実験パラメータも Run 開始前に Plate Editor で設定でき、Run の終了後であれば Analysis モジュールのプレート編集レイアウトで設定することができます。



列または行によるウェルの取得を選択します。

48 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

プレート情報の特定
Configure Plate をクリックすると、次のようなウィンドウが表示されます。

プレートテンプレートを特定するには
1.

2.

以下のいずれかを行ってください。


既存のテンプレートを使用する場合は、Choose Existing の下にあるドロップダウン矢印をクリックし、テンプレートファイルを選択します。ソフトウェアが「新しいプレー
トの作成」のフィールドに自動的に入力します

新しいテンプレートを作成する場合は、新規作成」をクリックし、p.65 のプレートテンプレートの作成を参照してください。



新しいプレートを作成する場合は、プレート名を入力し、スーパーミックスを選択します。プレート名を入力すると、Save data file as フィールドが自動的に入力されますが、オプションで変更することができます。

(オプション) [Acquire Wells By（ウェルの取得）]で、代替のウェル取得方法を選択します。
デフォルトの取得はカラムによるものです。

3. Well Selection（ウェル選択）に進みます。

取扱説明書 | 49

第5章

Run の実行

Well Selection タブ
Well Selection タブを選択すると、プレートのグリッドがブランクの状態で表示されます。
Tips: フルプレートをいつも Run する場合は、ユーザー環境設定のデフォルト設定で、すべてのウェルを取得するように設定を変更してください。詳細は、39 ページの個人の設定を管理す
るを参照ください。

プレートレイアウトでのウェル選択
プレートエディタが表示されると、デフォルトですべてのウェルが除外されます。
Run を実行するウェルを特定するには
1.

Well Selection タブを選択します。

2.

Plate Editor レイアウトで、サンプルを含むウェルを選択し、Include Selected Wells トグル
ボタンをクリックします。

3.

右側では、QX Manager ソフトウェアが Droplet 読み取り実行に含まれるウェルの数を指定し、ボタンのテキストが Exclude Selected Wells に変化します。

4.

Well Infromation へ続きます。

50 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate Configuration ウィンドウ

Well Information タブ
Well Information タブを選択すると、Plate Editor が開きます。Run の前後で選択したウェルに対する実験パラメータを設定することができます。ただし、Start Run ボタンが有効になる前にスーパーミックスを選択し、プレートとファイル名を特定する必要があります。
注：QX Manager ソフトウェアはポジティブコントロールウェルの自動閾値計算を行うことができますが、Sample Type（サンプルタイプ） ドロップダウンリストから Pos Ctrl を選択する必要があります。この選択はランの前後に行うことができます。詳細は、p.68 のサンプルの種類をご確認ください。

ウェル情報の決定または編集
各ウェルまたはウェルのグループごとに異なる実験パラメータを割り当てることができます。

入力した内容はいつでも適用することができます。ソフトウェアが新規または編集した情報を認識するためには、「Apply」をクリックする必要があります。フィールドに情報を入力した後、以前の変更を適用する必要がある場合、QX Manager ソフトウェアには注意事項が表示されます。
注：プレートレイアウトが終了する前に Save ボタンをタップまたはクリックすると、ファイルが閉じてしまうため、テンプレートの保存場所からもう一度開かなければなりません。

取扱説明書 | 51

第5章

Run の実行

プレートのウェルを設定するには
1. ウェルを個別に、またはグループで選択します。
2.

Experiment Type（実験の種類）を選択します。詳細は P.67 の実験の種類を参照ください。

3.

Sample Description のフィールドにサンプルを説明する 4 つ以下の単語または語句を入力します。詳細は P.68 のサンプル情報を参照ください。

4.

Sample Type（サンプルの種類）を選択します。詳細は p.68 のサンプルの種類を参照くだ
さい。
注：ポジティブコントロールウェルの自動閾値設定には、Pos Ctrl を選択する必要があります。

5.

スーパーミックスを選択します。詳細は p.69 のスーパーミックスを参照ください。

6.

Assay Type（アッセイの種類）を選択します。選択した実験の種類によって、利用できるアッセイの種類は異なります。詳細は p.70 のアッセイの種類と蛍光色素の蛍光オプションを参照ください。

7.

（オプションとして）Target Info の欄でチャンネルに割り当てる蛍光色素を変更します。蛍光色素の情報は、当該分析法で可能な列の最大数がターゲットごとに自動で入力されますが、必要があれば、デフォルトの蛍光色素の割り当てを変更することもできます。

8.

a.

フィールドのドロップダウンの矢印をクリックし、別の項目を選択します。

b.

列を削除するには、ターゲットの横のマイナス (-) アイコンをタップまたはクリック
します。

c.

列を再度追加するには、プラス (+) アイコンをタップまたはクリックします。

（オプションとして）ウェル解除をするときは、ウェルを選択し Clear Selected Wells をタップまたはクリックします。

9. Apply をクリックします。入力と選択を適用した後、カーソルを Well 上で一時停止すると、
Well 情報を確認することができます。

10. プレートの設定が終了したら、「Save」をクリックします。

52 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run を開始する
QX Manager ソフトウェアは、Run 用のプレートセットアップに必要な項目が満たされると、Start Run ボタンが有効になります。Run を開始する前にプレートの項目を設定するか、プレー
ト名とスーパーミックスの種類だけをプレート設定し、Analysis モジュールから設定を定義することができます。
Droplet 読み取り Run を開始するにはStart Run をクリックします。
注：プレート追加機能に関連するウィンドウで有効化されたボタンが利用できます。

ソフトウェアは装置の準備ができていることを確認するため、必須要件のチェックを実行
し、下記のいずれかになります。


装置がチェックをパスすると、Run が正常に開始します。p.56 の Run を実行中に進んでください。



チェックにより装置に何か不適切な点が見つかると、ダイアログボックスが現れ、問題点が指摘されます。次に進む前に問題を解決してください。詳細については、p.54 のRun 前の確認チェックリストを参照ください。

取扱説明書 | 53

第5章

Run の実行Run 前の確認チェックリスト
装置のステータスの Run 前の条件確認で装置の準備状態に問題が 1 つ以上見つかった場合、
QX Manager ソフトウェアは Check for Run ダイアログボックスに該当項目をと表示し、それらの問題を提示します。Run を開始する前に、すべての問題を解決する必要があります。
注：ここに記載されていない装置またはソフトウェアの問題が発生した場合は、 p.203 のトラ
ブルシューティングを参照ください。

装置の Run 開始を妨げる可能性のある各問題については、表 10 を参照してください。

54 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run を開始する

表 10 Run 前のエラーインジケータ
ステータスチェック項目問題

提案される解決方法

機器の接続

電源接続が認識されない

電源コンセントが機能していることを確認します。電源コードをコンセントから外し、再度コンセントに差し込
んでください。

USB ケーブルの接続が認識されない

本機とコンピュータの USB ケーブルを一度外して、再接続してください。

装置の接続が認識されない

流体レベルの安定性

オイルや廃液がボトル内壁を移動しているため、正確なレベルを判断することができません。

「システム設定]」タブ > 「装置」タブで正しい装置が選択されていることを確認してください。
オイルが落ち着くまで待ってから、再度確認ください。装置が平らで安定した実験台上にあることを確認してください。

オイルレベル

オイルレベルが Run 許容レ
ベルを下回っている。

オイルボトルを外し、未開封のものと交換します。

廃液オイル量

廃液オイルレベルが Run の許容レベルを超えています。

1. Reader オイルボトルの残っているオイルを空にし、オイルラベルの上に廃液ラベル（バイオ・ラッド社提供）を貼ります。
2. 空ボトルを廃液スロットに挿入します。

ボトルのドアの閉まり

ボトルのドアが適切に閉まっていない。

ボトルの扉を開けて詰まりがないことを確認し再度扉を閉めてください。

リーダーのドアの閉まり

リーダーのドアが適切に閉まっていない。

リーダードアを開けて詰まりがない
ことを確認し、再度ドアを閉めてください。

リーダーの蓋の閉まりリーダーの蓋が適切に閉まっていない。

リーダーの蓋を開けて障害物がない
ことを確認し、再度蓋を閉めてください。

取扱説明書 | 55

第5章

Run の実行表 10 Run 前のエラーインジケータの続き
ステータスチェック項目問題

提案される解決方法

プレートホルダのセット

プレートホルダが正しくセットされていない。

1. リーダードアを開けて、プレートホルダを取り外します。
2. プレートカバーのタブがしっかりと固定されていることを確認します。
3. プレートホルダを再びセットし、プレートホルダが平らになることを確認します。

ディスク容量Run データに使用できるス
トレージ容量が不足しています。

古いデータファイルをアーカイブしてスペースを確保します

Run 実行中
装置では以下のことが可能です。
Run 実行中、測定終了後のウェルでは、各ウェル内ドロップレットのリアルタイム解析を実施することができます。

Run はキャンセルできます（Manage Plate 権限が必要）。

Run が終了すると、QX Manager ソフトウェアは Run を Run ステータスの完了リストに移動します。
データファイルは、常に個人ファイルまたはプリファレンスロケーションに保存され、共有
ロケーションにも保存することができます。
重要：システム管理者が System Settings（システム設定）で優先場所を指定している場合、優先場所で示されたファイルパスが優先されます

Run 中および Run 後に、QX Manager ソフトウェアが Run Status ウィンドウに Run 情報
を表示します。

56 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run 実行中

Run のステータス確認
Run Status ウィンドウから各 Run を追跡することができます。

進行中の Run は上部領域に表示され、処理が終了するまで上部領域に残ります。
Run Status の欄に表示されるアイコンは、表 11 に示すように現在の状況を表します。
表 11

Run Status インジケータ

ステータスアイコン

意味
開始の準備
ドロップレット読み取り中（測定中）
Run の完了
Run が完了し、プレートは Reader から取り出されているシステムによる Run の停止、キャンセル、またはユーザーによる実行前
キャンセル

Run が終了するとソフトウェアは Run を下部領域に移動します。この表には終了した Run が最大 100 件まで表示されます。

取扱説明書 | 57

第5章

Run の実行

Tip：完了した Run の数を表示するかどうかは、ユーザー設定で変更できます。p.39 のユーザー
設定の管理を参照してください。
各欄の内容を表 12 で説明します。
表 12 Run 情報の表示欄
項目

表示場所

内容

Plate name

上部および下部領域

Run status

上部および下部領域

Create New Plate で入力した名称
注：既存のテンプレートを選択した場合は、テンプ
レート名が表示されます。
状況を示すアイコン（p.57 の表 11 参照）

Time remaining

上部領域のみRun の終了までの予想時間（時間と分で表示）

Time elapsed

上部領域のみRun の開始からの経過時間（時間と分で表示）

Total timeremaining

上部領域の下進行中のすべての Run の残り時間と分数の合計

Run completed

下部領域のみ装置が Run を完了した日時を示すタイムスタンプ

File name

下部領域のみプレート名とシステム由来の識別コード

Run 終了後、ユーザーまたはシステム管理者が指定した場所に解析データファイルが保存されます。

58 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run 実行中

ライブ解析の使用
QX600 Droplet Reader がドロップレットの読み取りを開始すると、QX Manager ソフトウェア
はオプションとして、全体の処理は継続しつつ、読み取られたウェルのリアルタイム解析ツールを提供します。
最初、QX Manager ソフトウェアは Plate Editor の各ウェルを無効化の状態で表示します。ソフ
トウェアが装置からのウェルを取得し、ドロップレットを読み取ったことを確認すると、読み取り専用モードでライブ解析が有効になります。すべてのウェルが可能になるまでそのプロセスは継続し、すべてのウェルが有効になれば終了します。
ライブ解析を使用するには、
1.

進行中の Run のドロップレット読み取りアイコン（）をタップする。

Droplet Reading ダイアログボックスが開きます。

2.

Open Live Analysis をクリックします。

3.

解析ウィンドウを選択します。

4.

ウェルセレクターで有効になっているウェルを 1 つまたは複数選択してください。
重要：QX Manager ソフトウェアは選択された解析ウィンドウに読み取り専用データを表示します。使用者はデータを見ることはできますが、変更を加えるには Run が終了するのを待って、Analysis モジュールでデータを表示する必要があります。

取扱説明書 | 59

第5章

Run の実行Run のキャンセル
Manage Plate ユーザー権限が割り当てられている場合、Run をキャンセルすることができます1.

Run Status（Run 状況）ウィンドウで、右側の X をクリックして Run をキャンセルします。

また、Run 開始前に Run Status のアイコンをクリックすることもできます。Droplet の読み取りを開始した後では、Run をキャンセルすることはできません。
2.

「Are you sure」というメッセージが表示されたら、「Yes」をクリックします。

装置は現在のウェル読み取りを終了し、プロセスを停止し、Run 前の状態に戻ります。
アイコン（）が Run Status 列に表示されます。

その後、QX Manager ソフトウェアは処理されたウェルのデータファイルを作成し、イベン
トログの Run 終了ステータスを "run aborted by user "と指定します。

60 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run 実行中

第 6 章 プレートテンプレートの作成または編集
Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限が割り当てられている場合、一般的な実験用のプレートおよびレポートテンプレートを作成、編集、保存することができます。
利用可能なテンプレートは、Plate Information ウィンドウのドロップダウンリストに表示されます。
レポートテンプレートの詳細については、p.145 のレポートテンプレートの作成を参照してくだ
さい。
CSV テンプレートファイルは Plate Setup ドロップダウンリストにのみ表示されますが、QX
Manager ソフトウェアで作成されたテンプレートも Template Setup タブのデフォルトビューに表示されます。リストが長い場合は、Search フィールドを使用して結果を絞り込むことができます。
注：すべてのユーザーは、プレートテンプレートを CSV ファイルで設定し、そのテンプレート
を QX Manager ソフトウェアにインポートすることができます。詳細については、p.73 の CSV
ファイルからのプレートテンプレートの作成と保存を参照してください。

取扱説明書 | 61

第6章

プレートテンプレートの作成または編集作成したテンプレートは、以下のいずれかのフォルダに保存されます。


ユーザー設定で指定されたパス；マイテンプレートに表示されます。

「システム設定」の「共有の場所」または「優先する場所」フィールドで管理者が指定したパス。
重要：システム設定で共有の場所が指定されている場合、テンプレートはその場所または個人の保存場所に保存することができます。優先する場所は、個人用フォルダの設定よりも優先され、すべてのユーザーのテンプレートがそこに保存されます。

Template Plate Editor ウィンドウ
Template Plate Editor を使用して以下の作業を行うことができます。


プレートテンプレートファイルの新規作成または既存テンプレートの編集、および新規または修正したテンプレートの再利用のための保存

ウェルごとに最大 4 つのサンプル記述を追加

Droplet 読み取りからウェルを除外する

テンプレートプレートエディタを開くには
1.

Template setup タブをクリックする。

2.

「テンプレート」ウィンドウで、「プレートレイアウトの編集」をクリックします。

62 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard EditionTemplate Plate Editor ウィンドウ

プレート追加ウィンドウからでもテンプレートプレートエディタを開くことができます。

解説
1

画面の上部から Edit と Exclude ボタンにアクセスできます。

2

右側の領域には実験パラメータを指定するためのインターフェースが含まれます。

3

左側の領域にはプレートのグリッドと各ウェルの設定情報が表示されます。

4

Well Data ボタンを押すと Well Data テーブルに切り替わり、表形式でプレートのセットアップを見ることができ、もう一度押すと Plate Editor に戻ります。Well Data
テーブルが表示されているときは、ボタンの名称は Plate Layout に変わります。

取扱説明書 | 63

第6章

プレートテンプレートの作成または編集

Plate Editor ツール
Plate Template Editor でテンプレートを作成するとき、あるいは実験を設定する場合、表 13 に示すボタンを使用します。
表 12

Plate Editor ボタン

ボタン

機能

Edit

以下の作業が可能
 実験の種類、サンプルの名称と種類、スーパーミックスおよびアッセ
イの種類の設定
 ターゲットの名称、種類および各チャンネルの蛍光色素の設定
 ウェルまたはプレートに関するメモの追加

Excludeドロップレット読み取りからウェルを含めるか除外するかのトグルボ
タン
注：プレートエディタ内のウェルは、デフォルトの状態では除外されています。

Cancel

キャンセルして Template Setup ウィンドウに戻れる。

Save

ファイル名と保存先を入力するダイアログボックスを開く。

Clear Selected Wells

選択したウェルの情報を削除する。

Undo

最後の操作を取り消す。
注：このボタンは、最低 1 つの実験パラメータ（例えば Experiment Typeの選択）を適用して初めて使用可能になります。

Well Data / Plate
LayoutWell Data テーブルにアクセスし、Plate Layout ビューに戻るためのト
グルボタン。

Apply

選択したウェルに関する入力情報と設定を適用する。

64 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートテンプレートの作成

プレートテンプレートの作成
重要：テンプレートの作成、編集、保存を行うには、ユーザー権限「テンプレートの新規作成」を設定する必要があります。
テンプレートを作成または編集するには
1.

次のいずれかを実行します。
Plate information ウィンドウの「Plate Template」の下にある「Create New」をクリックするか、Templates タブを選択します。



メインテンプレートウィンドウの「Edit Plate Layout」をクリックします。

「Plate Information」ウィンドウの「Plate Template」でテンプレートを検索し、選択します。

「Template」タブを選択し、「My Template」の下にある既存のテンプレートをダブルク
リックします。
注：CSV ファイルからインポートしたテンプレートは、ドロップダウンリストからのみ利用可能です。

Plate Editor が Edit モードで開きます。Instrument Type フィールドはグレーアウトされています。
2.

「Exclude」（除外）ボタンをクリックし、プレートレイアウトに含めるウェルを選択してから、「Include selected wells」（選択したウェルを含める）をクリックします。
デフォルトで、プレートエディタ内のすべてのウェルは自動的に除外されています。テン
プレートでは、新しいウェルを選択し、インクルードする必要があります。通常、フルプレートを使用する場合は、ユーザー設定で「Acquire all wells by default」（デフォルトですべてのウェルを取得する）に変更することができます。詳しくは、p.39 のユーザー設定の管理をご確認ください。

3.

「Edit」（編集）ボタンをクリックして、実験およびサンプル設定のためのレイアウトを表示します。
ウェルが含まれている場合、フィールドが有効になります。

取扱説明書 | 65

第6章

4.

プレートテンプレートの作成または編集

一度に 1 つまたは複数のウェルについて、以下のサブステップのいずれかまたはすべてを完了し、選択項目と設定を行わないウェルの項目を含めます。アッセイ Run 時に記入すべ
き項目はすべて空白にしておきます。
a. 実験の種類、サンプルの種類、スーパーミックス、アッセイタイプを選択し、サンプル
情報を入力します。詳細は以下を参照してください。
p.67 の実験の種類



p.68 のサンプルの種類

p.68 のサンプル情報p.69 の Supermix の種類

p.70 のアッセイタイプと蛍光色素
注：ポジティブコントロールウェルの自動閾値設定には、Pos Ctrl サンプルタイプを選択する必要があります。

b. 実験の種類として Residual DNA Quantification を選択した場合、変換係数を入力します。
c. 最大 4 つのサンプル情報と、関連するウェルまたはプレートのメモを入力できます。
d. 「Target Name」（ターゲット名）および「Target Type」（ターゲットタイプ）フィールドを編集できます。
5.

「Apply」をクリックします。

6.

「Save」（保存）をクリックし、次のいずれかを選択します。

「Shared Template」（共有テンプレート）。テンプレートは、システム設定で指定されたフォルダに保存されます。

「My Template」（マイテンプレート）（ユーザー設定のパスに保存されます）またはシステ
ムテンプレート(システム管理者が指定した優先的な場所にファイルを保存します)。



システム管理者がすべてのユーザーに対して優先場所を指定している場合、テンプレート
は自動的にその場所に保存されます。

66 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートテンプレートの作成

実験の種類
QX Manager ソフトウェアでは 7 種類の実験から選択が可能であり、それぞれ異なるアッセイの種類や解析ツールを選択することができます。各種実験の説明を表 14 にまとめます。
Tips：1 つのプレートに複数の実験を割り当てることはできますが、1 つのウェルには 1 種類の実験しか割り当てられません。
表 14 実験の種類
種類

内容

Direct quantification（DQ）

Direct quantification（DQ）は絶対定量により、サンプル中のターゲット
DNA コピー濃度（コピー数/μl）を決定する。fluorescence amplitude に基づきウェル内の各ターゲットのポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを測定し、ポアソン分布を用いてそれぞれのターゲ
ット DNA 分子の初期濃度を計算する。
注：QuantaSoft ソフトウェア versions 1.4～1.7 で作成された ABS は、
本ソフトウェアでは DQ として自動マッピングされます。

Copy number
variation（CNV）

コピー数多型（CNV）は濃度を求め、既知のリファレンスまたは同一ウ
ェル内のリファレンスに対する未知ターゲットのコピー数の比率（CNV）を計算する。

Mutation detection（MUT）

変異検出（MUT）は濃度を求め、野生型のバックグランドに低頻度で存在する未知の変異存在量比（%）（fractional abundance）を計算する。

Rare event detection（RED）

レアイベント検出（RED）は大量のバックグランド DNA において所定のリファレンス分子に対する未知の変異または稀なターゲット分子の濃度を求める。

Drop-off（DOF）

ドロップオフ（DOF）はインデルやゲノム編集など非野生型配列を検出するために考案されたアッセイのターゲット絶対定量を求める。DOF
は、1 つのプローブがすべてのアレルをカウントし、もう 1 つの「ドロップオフ」プローブは予測される切断部位の上部に位置するアッセイをカバーするためにデザインされている。

Gene expression（GEX）

遺伝子発現（GEX）は DQ と同様に濃度を求め、既知のリファレンスまたは同一ウェル内のリファレンスに対する未知ターゲットの発現量を計算する。

Residual DNA
quantification（RDQ）

残留 DNA 定量（RDQ）は宿主細胞の残存 DNA の精密な定量法。
注：ユーザーは、指定されたゲノム（ヒト、マウスなど）の換算係数（1/C値）を入力し、測定されたコピー数からウェルの質量を小数点以下 3 桁まで計算することができます。ソフトウェアは、ddPCR ウェルの結果をデータテーブルの分子量カラムに pg/ul で表示します。その後、希釈倍率に基づいて開始サンプル濃度を再計算することができます。

取扱説明書 | 67

第6章

プレートテンプレートの作成または編集

サンプル情報QX Manager ソフトウェアでは、各ウェルにつき最大 4 つのフィールドにサンプルを記述する
単語や語句を入力することができます。記述者はアッセイの種類、希釈係数などの情報を含むことができます。
Tips：Plate Editor レイアウトには 1 つ目のフィールドの情報しか表示されません。2 つ目、3 つ目および 4 つ目のフィールドの入力情報は Well Data テーブルで確認できますが、下図のようにウェルにマウスポインターを合わせると、簡単な説明が表示されます。

サンプルの種類
プレート内に複数のサンプルタイプを割り当てることができますが、各ウェルに割り当てることができるサンプルタイプは 1 つだけです。各ウェルに割り当てることはできません。
QX Manager ソフトウェアではサンプルは下記の 4 種類から選択できます。
Unknown（未知）NTC（No Template Control）



Pos Ctrl (ポジティブコントロール) 、1 つ以上のターゲットが予想される



Neg Ctrl (ネガティブコントロール)、陽性反応がないことが予測される

重要： v1.2 以降、QX Manager ソフトウェアはポジティブ対照ウェルのしきい値を自動的に計算することができますが、Sample Type ドロップダウンリストから Pos Ctrl を選択する必要があります。Pos Ctrl は、プレートのセットアップ中または Run の終了後に Analysis モジュールで選択できます。

68 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートテンプレートの作成

スーパーミックス
QX Manager ソフトウェアでは 5 種類の PCR スーパーミックスが使用できます。各スーパーミックスは、DNA および RNA ターゲットの増幅と検出の効率と感度を最大限に高めるように最適化されています。
重要：未承認のスーパーミックスは装置に害を及ぼし、保証が無効になるおそれがあります。

ddPCR Supermix

内容

Multiplex Supermix

複数のターゲットを対象とするプローブベースの実験で DNA ターゲ
ットを増幅し検出するために、核酸サンプルの調製に使用します。
注：Cy5 および Cy5.5 プローブのアッセイには、ddPCR Multiplex
Supermix の使用が推奨されます。

Supermix for Probes(No dUTP)

加水分解プローブベースのアッセイを用い、DNA ターゲットの増幅と検出の感度を高めるために、核酸サンプルの調製に使用します。

Supermix for Probes

実験間のキャリーオーバーPCR 産物の再増幅を防止するために、ウラシル N-グリコシラーゼ（UNG）デコンタミネーションプロトコー
ルを用いたサンプルの調製に使用します。

Supermix for Residual
DNA Quantification

残存 DNA の検出に使用します。

One-Step RT Advanced
Kit for Probe

RNA 分子ターゲットの絶対定量に使用します。

EvaGreen® Supermix

遺伝子発現のアッセイに使用します。

取扱説明書 | 69

第6章

プレートテンプレートの作成または編集

アッセイの種類と蛍光色素
QX Manager ソフトウェアには、表 15 に説明するアッセイ方法が用意されています。
表 15 アッセイの種類
アッセイの種類

内容

Single target per channel

最大 6 色のプローブ（FAM/EvaGreen®, HEX/VIC, Cy5, Cy5.5,
ROX, ATTO 590）と 1 チャンネルあたり最大 6 個のターゲットを想定した方法です。これはデフォルトのアッセイタイプで、最大 6 行が表示されます。最大 3 行まで削除できます。

Amplitude multiplex

1 ウェルにつき最大 12 種類までターゲットを増やせ、1 チャンネルにつき 1 ないし 2 種のターゲットを検出できる方法。最大 8行表示され、7 行まで削除できます。

Probe mix triplex

3 つのターゲットがそれぞれ 3 グループできる Triplex モード。
グループ 1 では、FAM、HEX/VIC、および両チャンネルに 1 つず
つターゲットがあります。グループ 2 は、Cy5、Cy5.5、および両チャンネルに 1 つずつターゲットがあります。グループ 3 は、ROX で 1 ターゲット、ATTO590 で 1 ターゲット、両グループで1 ターゲットとなっています。グループの削除は可能ですが、グループ内の個々のターゲットの削除はできません。
注：各グループ内のチャンネルは互換性がないため、FAM は常に HEX/VIC とペアリングされます。

Advanced classification

チャネルごとに検出されるターゲットの任意の組み合わせでマ
ルチプレックス率を高める方法。
この方法では、Droplet 分類を手動で行う必要があります。

Basic drop-off

このモードでは、2 つのターゲットがそれぞれ 2 つのグループに分けられます。最初のグループはデフォルトで表示され、FAM お
よび HEX/VIC で 1 つのターゲット、FAM または HEX/VIC で 1
つのターゲットが表示されます。
このアッセイタイプは、DOF 実験タイプでのみ利用できます。
Cy5 および Cy5.5 で 1 ターゲット、Cy5 または Cy5.5 で 1 ター
ゲットの、2 ターゲットのグループをもう一つ追加することができます。グループの削除は可能ですが、グループ内の個々のター
ゲットは削除できません。
注：各グループ内のチャンネルは互換性がないため、FAM は
HEX/VIC と、Cy5 は Cy5.5 と常にペアリングされます。

70 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

プレートテンプレートの作成

表 15 アッセイの種類の続き
アッセイの種類内容

Double drop-off

このアッセイタイプは DOF 実験タイプでのみ利用可能で、3 つのターゲットからなる 3 つのグループを作ることができます。
最初のグループはデフォルトで表示され、FAM および HEX/VICのターゲット（ターゲットタイプ参照）、FAM のターゲット（ターゲットタイプ不明）、HEX/VIC のターゲット（ターゲットタイプ不明）を 1 つずつ探すことができます。
2 つ目のグループを追加すると、Cy5 および Cy5.5 のターゲット（ターゲットタイプ参照、参照コピー2 つ）、Cy5 のターゲット（ターゲットタイプ不明）、Cy5.5 のターゲット（ターゲットタイプ不明）を 1 つずつ設定することができます。
また、3 つ目のグループを追加して、ROX および ATTO 590 のターゲット（ターゲットタイプ参照）、ROX のターゲット（ターゲットタイプ不明）、ATTO 590 のターゲット（ターゲットタイ
プ不明）から 1 つを探すことができます。
デフォルトでは、すべてのリファレンスコピーに 2 が設定されています。
チャンネルはグループごとにスタティックです。(チャンネル 1
FAM はチャンネル 2 HEX/VIC と、チャンネル 3 Cy5 はチャンネ
ル 4 Cy5.5 と、チャンネル 5 ROX はチャンネル 6 ATTO 590 と常にペアリングされます。

選択した実験タイプにより、利用可能なアッセイメソッドが決まります。表 16 は、各アッセイ
メソッドに関連するサンプルの種類を表示しています。
表 16 実験の種類によって利用できるアッセイの種類
アッセイの種類

実験の種類
DQ

CNV

MUT

Single target per channel✓✓

Amplitude multiplex✓

Probe mix triplex✓

Advanced classification

✓

DOF

GEX

RDQ

RED

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓
✓

Basic drop-off✓

Double drop-off✓

取扱説明書 | 71

第6章

プレートテンプレートの作成または編集

QX Manager ソフトウェアは、各ターゲットの各チャンネルに蛍光体を自動的に入力しますが、デフォルトの選択項目を変更することができます。
表 17 を使用して、リストされた各アッセイ方法の蛍光体オプションから選択してください。
表 17 蛍光色素のオプション
アッセイの方法
Single target perchannel（ターゲット 1～6 種類）
Amplitude
multiplex（ターゲット 1～12 種類）

Signal
Ch1

Signal
Ch2

SignalCh3Signal
Ch4Signal
Ch5Signal
Ch6

FAM

HEX

Cy5

Cy5.5

ROX

ATTO 590

EvaGreen®

VIC

なし

なし

なし

なし

なし

なし

FAM HiHEX Hi

Cy5 HiCy5.5 HiROX Hi

FAM LoHEX LoCy5 LoCy5.5 LoROX Lo

VIC Hi

なし

なし

なし

なし

EvaGreen®
Hi
EvaGreen®
Lo
Probe mix triplex（ターゲット 9 種類）

ATTO 590
Hi
ATTO 590
Lo

VIC Lo

なし

なし

FAM

HEX

Cy5

Cy5.5

ROX

ATTO 590

なし

VIC

なし

なし

なし

なし

FAM
1 to 10
EvaGreen®
1 to 10HEX
1 to 10VIC
1 to 10Cy5
1 to 10Cy5.5
1 to 10

ROX
1 to 10

ATTO 590
1 to 10

なし

なし

なし

なし

なし

なし

なし

Advancedclassification

72 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

CSV ファイルからのプレートテンプレートの作成と保存
QX Manager ソフトウェアでは、表計算アプリケーションでプレートテンプレートを作成し、CSV 形式で保存した後、個人または共有フォルダに保存し、Droplet 読み取り Run で使用することができます。
以下の点に注意してください。


実験情報を含む列の見出しは、Plate Editor のフィールドとパラレルになっています。



1 行目の情報を一度指定すると、新しいソフトウェアのバージョンやエディションをインストールするまで、フィールドエントリは固定されている必要があります。

CSV テンプレートの設定と保存方法
1. 表計算ソフトを開き、Run 設定を下図のような形式でテンプレートに入力します。
図 1：テンプレート CSV のレイアウト例、A 列～H 列

取扱説明書 | 73

第6章

プレートテンプレートの作成または編集

図 2：テンプレート CSV レイアウト例、I 列～R 列

2. 設定が完了したら、次のいずれかの場所に移動し、.csv ファイルを保存して、Run 時に利用できるようにします。


ユーザー設定に指定された Templates フォルダの場所。
個人的な保存場所については、
p.39 のユーザー設定の管理を参照してください。
システム管理者によって決定された、共有または優先される Templates の場所。優先場
所を含む共有フォルダについては、p.164 の Shared Settings を参照してください

重要：.csv ファイルは、「プレート情報」ウィンドウのドロップダウンリストで選択できるように、これらの場所のいずれかにある必要があります。CSV テンプレートは、「Plate Templates」
ウィンドウの標準テンプレートと一緒に表示されません。

74 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

CSV ファイルからのプレートテンプレートの作成と保存

第 7 章 Data Analysis モジュールの概要
装置が各ウェルのドロップレットの読み取りを始めると、QX600 Droplet Reader は生データの収集を開始します。各ドロップレットの読み取り処理の終了とともに QX Manager ソフトウェ
アはこの生データを用いてデータファイルを作成します。これには、ターゲットごとに同定されたサンプル中のポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの数に基づく解析情報が含まれます。ポジティブドロップレットの割合をポアソン分布に当てはめ、ターゲット DNA
分子の初期濃度をコピー数/μl の単位で求めます。
このセクションでは、分析機能を要約し、チャート表示を制御する一般的なオプションについても説明します。各解析ウィンドウの具体的な情報や使い方、データ計算に関する情報など、より詳細な情報は、第 8 章のデータ解析方法に記載されています。
Data Analysis タブを選択すると、Analysis モジュールと Gene Study モジュールにアクセスすることができます。

Analysis モジュールでデータファイルを開くと、データとともに自動解析及び計算結果を見ることができ、結果の再計算、再プロットまたは色の変更のオプションを選択することもできます。

取扱説明書 | 75

第7章

Data Analysis モジュールの概要

Data Analysis モジュールには以下の機能があります。


1D および 2D プロットでドロップレットデータを表示する。

amplitude multiplexing アッセイおよび probe mixing アッセイを用いて、1 ウェル内の複数のターゲットを解析する。

「Drop-off assay」解析オプションにより、ゲノム編集イベントおよび非野生型イベントを
検出する。



高い柔軟性でデータを視覚化し、エクスポートする。



種々の解析のレポートを作成する。

Gene Study モジュールには以下の機能があります。


1 つまたは複数のデータファイルを追加することによってデータを収集する。



複数の実験から得られた遺伝子発現データの計算結果を表示する。

重要：Gene Study モジュールはスタンドアロンコンピューターからのみアクセス可能です。
遺伝子検査で解析できる最大サンプル数は、スタンドアロンコンピュータの RAM と仮想メモリのサイズによって制限されます。

解析のためのデータファイルを開く
Data Analysis モジュールでは以下の種類のファイルを開くことができます。
.qlp ファイル.ddpcr ファイル

データファイルを開くには、QX Manager ソフトウェアがインストールされ、保存場所にアクセスできるコンピュータでなければなりません。
解析のためのデータファイルを開くには
1.

QX Manager ソフトウェアを開き、アプリケーションにログインします。

2.

Data Analysis タブを選択します。

76 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析のためのデータファイルを開く利用できるデータファイルが以下の見出しの下に表示されます。


Recent Datafiles
最近開いたファイルの一覧が表示されます。



System Datafiles または My Datafiles
ファイルは常に以下の場所のいずれかに保存されます。
 優先する場所を有効にすると、すべてのユーザーのファイルがそこに保存され、「System Datafiles」の下に表示されます。
 優先する場所がすべてのユーザーに対して有効になっていない場合、ファイルは個人のフォルダに保存され、「My Datafiles」の下に表示されます。

Shared Datafiles
また、データファイルを共有の場所に保存することも可能で、その場合は「Shareddatafiles」に表示されます。

3.

ファイルをタップまたはクリックし、Analysis モジュールで開きます。
解析ウィンドウの左側には、各解析ウィンドウやデータウィンドウのタブが表示されます。
Tips：QX600 Droplet Reader に接続されたコンピュータからは、Run Status ウィンドウからデータファイルを開くこともできます。完了ファイルセクションで、ファイルの完了したRun アイコン（）をタップまたはクリックしてから、Launch Analysis をタップまたはクリックします。

取扱説明書 | 77

第7章

Data Analysis モジュールの概要

データファイルの保存
データファイルは、変更の有無、同じファイル名でも異なるファイル名でも、同じ場所にも異なる場所にも保存することができます。
重要：QX Manager ソフトウェアで.qlp または.qlps ファイルタイプを保存すると、ソフトウェ
アは自動的にそのファイルを.ddpcr ファイルとして保存します。これは新しいファイルを作成するもので、元のファイルを上書きするものではありません。
データファイルを保存するには
1.

次のいずれかを実行します。
同じファイル名で同じ場所に保存するには、Save をタップします。



別のファイル名で別の場所に保存するには、Save as をクリックし、次のいずれかを実行します。
 同じ名前で同じ場所に保存している場合、QX Manager ソフトウェアはすぐにファイルを保存します。
 別のファイル名で、または別の場所に保存する場合は、新しい場所に移動し（該当する場合）、新しいファイル名を入力します。ファイル名を変更するには、「既存のファイル名を上書きする」ユーザー権限が割り当てられている必要があります。

2.

Save をクリックします

解析画面とアウトプットのオプション
QX Manager ソフトウェアでは、以下のオプションを選択または設定することができます。


共通オプション- 基本ツールバーから利用でき、データファイルを保存、インポートまたはエクスポートする。



グラフ表示設定-

グラフスケールオプション-

グラフメニューオプション- （ アイコンから）グラフ画面で利用でき、画像をコピー、保存および印刷する。データポイントを示す Amplitude グラフでは表示か非表示を選択できる。

表メニューオプション- （ アイコンから）表画面で利用でき、データのコピーや Excel
または CSV ファイルへのエクスポートのほか、列の表示／非表示が可能である。

解析ウィンドウでのグラフの表示方法を変更する。
軸に表示されるスケールを変更する。

グラフ表示は全画面サイズに拡大することもでき、元の表示に戻すこともできます。

78 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

共通オプション
共通オプションは上部のメニューバーに表示され、すべてのウィンドウから利用できますが、表示されている解析ウィンドウによって、メインオプション内の機能が異なる場合があります。

共通オプションの内容を表 18 にまとめます。共通オプションは Analysis モジュールのすべてのウィンドウで利用することができます。
表 18 共通オプション
オプション

内容

Save

解析ファイルの変更を現在のファイル名またはファイル拡張子で保存します。

Save asファイルを別の名前で保存する
以前のアプリケーションで作成されたファイルを最新のアプリケーショ
ンで開くと、ファイルの拡張子が新しいアプリケーションのものになります。詳しくは、p.78 のデータファイルの保存を参照してください。

Import/export

 プレートセットアップデータの CSV ファイルへのインポート/エクス
ポートします。
 プレートセットアップデータをプレートテンプレートファイルにインポートまたはエクスポートします。
 表示データの CSV ファイルへのエクスポート
 Amplitude、クラスター、リンケージデータのエクスポート
 2D プレートレイアウトの可視チャートをエクスポートおよび印刷することができます。

Undo

Plate Editor でのみ、変更後に有効になります。

User Settings

個人のユーザー設定をデフォルト設定に戻すことができます。

取扱説明書 | 79

第7章

Data Analysis モジュールの概要

セットアップまたは解析データをインポートまたはエクスポートするにはImport/Export をクリックします。

利用可能なインポート／エクスポートのオプションを表 19 にまとめます。
注：保存されていないデータがある場合は、内容をインポートまたはエクスポートする前にファイルを保存するように指示されます。
表 19 インポート／エクスポートのオプション
インポート／エクスポー
内容
トのオプション
Import plate setup CSV
プレートレイアウトデータを CSV ファイルから Plate Editor にインポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。既存のレイアウトに新しいプレートレイアウトを上書きします。
Export plate setup CSV設定されたプレートレイアウトを CSV ファイルにエクスポートします。

Import plate setup

プレートテンプレート（ddplt）ファイルからプレートレイアウトを
インポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。

Export plate setup

プレートレイアウトをプレートテンプレートファイルにエクスポートします。
注：このオプションは Plate Editor でのみ利用できます。

Export visible data to CSV

Well Selector で選択したウェルのデータのみを CSV ファイルにエクスポートします。

Export amplitude data

データを Excel スプレッドシートにエクスポートし、ターゲットが見つかったかどうかを示します（1 = はい、0 = いいえ）。

Export cluster data

Excel スプレッドシートにデータをエクスポートします。
注：（ウェルごとに）ターゲットが認められたかどうか（1=Yes、
0=No）、ドロップレット数、色素別の平均値および標準偏差ならびにクラスターID を含みます。

Export linkage data

過剰に存在するターゲットのコピー数と予測値のデータ（コピー数/μl）を CSV ファイルにエクスポートします。

Export visible charts

表示されているすべてのグラフをエクスポートします。

Print visible charts

表示されているすべてのグラフを印刷します。

80 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

オプションが利用できるウィンドウや項目を表 20 に示します。
表 20 利用可能なオプション
インポート／
Plate
Plate
エクスポート
editorviewのオプション
Import plate✓
setup from
CSV
Export plate✓
setup to CSV
Import plate✓
setup
Export plate✓
setup
Export visible
data to CSVExport✓✓amplitude data
Export cluster✓✓
data
Export linkage✓✓
data
Export visible
chartsPrint visible
chartsAmplitude
プロット

データチ
ャート

イベント
数

データ
テーブル

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

✓

Plate 2D

注：amplitude プロットは 1D および 2D で利用でき、データチャートは Concentration（濃度）、
Copy Number（コピー数）、Ratio（比率）および Fractional Abundance（存在量比）で利用できます。Dashboard 画面では表示されているプロットまたはグラフに応じたオプションを利用することができます。

取扱説明書 | 81

第7章

Data Analysis モジュールの概要

グラフの拡大または縮小
以下のウィンドウではグラフの拡大や縮小が可能です。


Dashboard

1D Amplitude

2D Amplitude

3D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

Amplitude またはデータチャートをフルサイズに拡大すると、チャートを再度折りたたむまで、Well Selector と Well Data テーブルが非表示になります。
グラフを拡大または縮小するには、
1.

グラフを全画面サイズにするには、グラフ右上の（2.

元のサイズに縮小するには（）アイコンをクリックします。

）アイコンをクリックします。

82 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

グラフ表示を設定する
Chart Display 設定では主にフォントサイズと位置を調節できます。各設定項目の説明と、それぞれが利用できるウィンドウを表 21 にまとめます。
表 21 グラフ表示の設定
設定項目

ウィンドウ

内容

Channel or Dye

Plate 2D
1D Amplitude
2D Amplitude
3D Amplitude

チャンネルまたは色素を選択して、チャートの選択を行います。
Channel を選択した場合、チャンネル番
号がチャートのタイトルとして表示されます。
Dye を選択すると、FAM、HEX、Cy5、C5.5、ROX、ATTO 590 がチャートのタ
イトルに表示されます。

Axis Data Label Size

1D Amplitude
2D Amplitude
3D Amplitude
Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance
Event Counts

軸のデータラベルに別のフォントサイズを選択します。

Chart Data Label
Size

Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance
Event Counts

グラフのデータラベルに別のフォントサイズ
を選択します。

Chart Marker Size

Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance

グラフマーカーに別のフォントサイズを選択します。

Chart Marker Label
Position

Concentration
Copy Number
Ratio
Fractional Abundance

マーカーラベルの位置を変更します。

取扱説明書 | 83

第7章

Data Analysis モジュールの概要

グラフ表示を設定するには、
1.

Chart Display ボタンをタップまたはクリックします。

2.

希望のオプションを選択します。
選択した内容が直ちに反映され、表示が変わります。

3.

以下のいずれかを実行します。


変更をデフォルトの設定として保存する場合は、自身のデフォルトとして Save をタップまたはクリックします。成功のメッセージが表示されれば、OK をクリックしてダ
イアログを閉じます。



設定を保存せずにメニューを閉じるには、グラフ画面のどこかをクリックします。

グラフスケールとラベルのオプションを選択する
グラフスケールのオプションでは主にグラフスケールとラベルの表示を調節します。

各オプションの内容と、それぞれが利用できるウィンドウを表 22 にまとめます。

84 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

表 22 グラフスケールのオプション
オプション

内容

Scale

すべてのグラフのオプションに表示されます。
Scale オプションによってグラフデータの数値の範囲が決まります。
Auto- デフォルトによる選択。QX Manager ソフトウェアはデータ分布に適合するスケールを自動で表示します。
Fixed- Fixed を選択すると Axis フィールドが有効になり、目盛の範囲と間隔を手動で調整できます。
すべてのグラフのオプションに表示されます。
Axis フィールドが有効になると、各軸のデータ表示の最小値（Min）と最大値（Max）ならびに目盛の間隔（Incr）を手動で調整することができ
ます。
X- 横軸
Y- 縦軸
注：x 軸スケールの変更は 2D Amplitude グラフでのみ可能です。
Concentration グラフのオプションにのみ表示されます。
ドロップダウンリストの Channel 2 濃度、比率、コピー数または存在量比（%）から選択でき、2 番目の y 軸にそれぞれのデータを表示することができます。
すべてデータチャート（Concentration、Copy Number、Ratio およびFractional Abundance）のオプションに表示されます。
Log チェックボックスを選択すると、10 を底とする対数フォーマットで
y 軸が表示されます。
注：Concentration グラフでは 2 番目の y 軸に Log を選択することもできます。
Ratio および Fractional Abundance のオプションにのみ表示されます。
Inverse オプションは、足して 2 になる Ratio データポイントの逆の数に等しく、足して 100 になる Fractional Abundance データポイントの逆の数に等しくなります。
すべてデータチャートのオプションに表示されます。
データラベルはデフォルトによってグラフのポイントごとに表示されますが、チェックボックスを解除するとラベルは表示されません。
すべてのグラフのオプションに表示されます。
デフォルトによってグリッド線が表示されますが、チェックボックスを解除すると、これらは表示されません。

Axis

Secondary Y Axis

Log

InverseData labels

Grid Lines

取扱説明書 | 85

第7章

Data Analysis モジュールの概要

グラフスケールのオプションを選択するには、
1.

グラフ左上の（2.

グラフスケールを手動で設定するには、Fixed を選択します。

）アイコンをクリックして、利用できるオプションを表示します。

注：Auto がデフォルト設定です。
3.

Min、
Max および Inc のフィールドで y 軸の下限値、上限値および目盛の間隔を入力します。
2D Amplitude については、x 軸のスケールも変更できます。

4.

Concentration、Copy Number、Ratio、Fractional Abundance、Event Counts については、
二次 Y 軸表示用のオプションを選択します。y 軸を基数 10 の対数スケールに変更するには、
Log チェックボックスを選択します。

5.

Ratio および Fractional Abundance のグラフで逆数を表示するには、Inverse チェックボッ
クスを選択します。

6.

データラベルやグリッド線を表示しない場合は、Data Labels または Grid Lines のチェックを外します。

86 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

グラフのメニューオプションを使用する

グラフのメニューオプションを表 23 で説明します。
表 23 グラフのメニューオプション
オプション

内容

Copy

グラフをクリップボードにコピーし、MS Word ファイルなどの別のドキュメントに貼り付けることができます。

Save Image as

グラフを画像ファイルとして保存します。

Print

画像を印刷します。

Show Point Values

データポイントにマウスポインターを置くと、それぞれの数値が表示されます。

Tips：Show Point Values チェックボックスを選択すると、データを見ることができます。データは 1 次元および 2 次元の Amplitude のみ利用可能です。

取扱説明書 | 87

第7章

Data Analysis モジュールの概要

グラフのメニューオプションは以下のウィンドウで利用することができます。


1D Amplitude

2D Amplitude

3D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

グラフのメニューオプションを使用するには、
1.

Well Selector でウェルを選択します。

各ウェルのデータが Well Data テーブルと関連グラフに表示されます。

2.

3.

グラフ右上のメニューアイコン（す。

）をクリックし、ドロップダウンリストから選択しま

クリップボードにグラフをコピーするには Copy を選択します。データを貼り付けるには、貼り付け先（Word ファイルなど）に移動して右クリックし、「貼り付け」を選択します。



ファイルを保存するには、Save Image As を選択し、画面の指示に従います。



画像を印刷するには、Print を選択し、画面の指示に従います。

画面のどこかをクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

88 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション

表のメニューオプションを使用する

表のメニューオプションを表 24 で説明します。
表 24 表のメニューオプション
オプション

内容

Copy

選択したウェルの情報をコピーします。

Export to Excel

データを.xlsx ファイルにエクスポートします。

Export to CSV

データを.csv ファイルにエクスポートします。

Show/Hide Columns

表の表示に列を追加したり、表示から列を削除したりします。
Show/Hide Columns を選択すると、下記のダイアログボックスが開きます。チェックボックスの選択／解除によって、データテーブルの列の表
示／非表示を指定します。

取扱説明書 | 89

第7章

Data Analysis モジュールの概要

表のメニューオプションは以下のウィンドウで利用することができます。


1D Amplitude

2D Amplitude

3D AmplitudeConcentration



Copy Number



Ratio



Fractional Abundance

Event Counts

Tips：メニューアイコンには個々のウィンドウ、もしくは Dashboard 画面のウィンドウからアクセスすることができます。
表のメニューオプションを使用するには、
Data Table でこれらのオプションを使用する場合は、ステップ 3 に進みます。
1.

Well Selector でウェルを選択します。

それぞれのウェルのデータが Well Data テーブルに表示されます。

90 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

解析画面とアウトプットのオプション2.

表の右上のメニューアイコン（
）をクリックし、ドロップダウンリストから選択します。

選択したウェルのデータをクリップボードにコピーするには Copy を選択します。
注：データを貼り付けるには、貼り付け先（Excel ファイルなど）に移動してから右クリックして、Paste を選択します。



データをエクスポートするには、Export to Excel または Export to CSV を選択し、画面の指示に従ってファイルを保存します。
注：Exporting to Excel はデータをスプレッドシートフォーマットでエクスポートし、Exporting to CSV はカンマ区切りフォーマットでエクスポートします。



3.

表の列を表示または非表示にするには、Show/Hide Columns を選択した後、チェックボックスを選択または解除します。

画面のどこかをクリックし、ダイアログボックスを閉じます。

取扱説明書 | 91

第7章

Data Analysis モジュールの概要

Analysis Dashboard
データファイルを開くと、Dashboard ウィンドウが開き、デフォルトの解析とデータウィンド
ウがサマリービューで表示されます。これはカスタマイズが可能であり、Dashboard に表示されるウィンドウの数を増減できるほか、表示されるウィンドウの選択も変更することができます。

注：.qlp ファイルを開いた場合は、デフォルトビューとして Plate Editor が表示されるため、
Dashboard を開くには Dashboard タブを選択する必要があります。
左側のタブからプレートビュー、amplitude グラフ、データチャート、ドロップレット数およびデータテーブルにアクセスすることができます。Run Information ウィンドウでは個々の Run データも見ることができ、Reports ウィンドウからはあらゆる解析チャートのレポートの作成が可能です。

92 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Analysis Dashboard

ダッシュボードの表示を変更する
列番号と行番号を変更して、分析ウィンドウのいずれかまたはすべてを同時に表示することができます。
表示されるウィンドウの数を変更するには
1.

Rows のドロップダウン矢印をクリックして、希望の番号を選択します。

2.

カラムのドロップダウン矢印をクリックして、希望の番号を選択します。

ドロップダウンメニューを使用して、ダッシュボードに表示されるウィンドウを変更することもできます。
特定のダッシュボードスロットに別のウィンドウを表示するには
1.

右上のドロップダウン矢印をクリックすると、利用可能なウィンドウの一覧が表示され、ウィンドウを選択することができます。ドロップダウンリストが閉じ、ウィンドウがすぐに切り替わります。

取扱説明書 | 93

第7章

Data Analysis モジュールの概要

ダッシュボードのオプション
Dashboard ウィンドウからは、選択した個々のウィンドウに応じて下記の範囲のオプションを使用することができます。
ウィンドウを選択した場合、メニューバーに表示されるオプションはサイドメニューから
ウィンドウ を開いた 場合 に現れるオ プション と一 致します。 例えば、 Dashboard のConcentration グラフを選択すると、Concentration メニューのオプションが表示されます。



行や列を追加または削除することによってダッシュボード表示全体をリセットし、表示するウィンドウの数を増減することができます。詳しくは、p.93 のダッシュボード表示を変更するをご覧ください。

2 行 2 列のデフォルト表示に戻すには Default View をクリックします。


あらゆるウィンドウで以下の作業が可能です。
 ウィンドウの展開または折りたたみ 画像のコピー、保存または印刷 表示、スケール、軸および対数オプションの選択
 ドロップダウンリストの使用による現在の表示から別の表示への切り替え 特定のグラフでのメニューバーオプションの使用

94 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Analysis Dashboard

表 25 は、次の図で示すオプションセットについて説明しています。

表 25 Dashboard のオプション
項目

内容

1

選択されたウィンドウを特定する境界線

2

Dashboard の選択されたウィンドウの種類に応じたツールバー

3

現在の表示を新しい表示に切り替えるためのドロップダウン矢印

4

グラフのオプション

取扱説明書 | 95

第7章

Data Analysis モジュールの概要

Plate View ウィンドウ
QX Manager ソフトウェアの Analysis モジュールでは以下のウィンドウを開くことができ、これらには Run のすべてのウェルのデータが含まれます。


Plate Editor（解析ビュー）- Run に含まれる各ウェルの実験の種類、サンプル名、サンプ
ルの種類、
スーパーミックスおよびアッセイの種類が表示されます（Template Setup の Plate
Editor と同様）。



Plate View-



2D Plate View-

処理された各ウェルの濃度値がテキストフォーマットで表示されます。
処理された各ウェルの 2 次元 amplitude グラフが表示されます。

Plate Editor – 解析ビュー
Analysis モジュールの Plate Editor タブを使用してウェルを選択し、実験パラメータを見たり、変更したりすることが可能です。他の Plate Editor と同じく、Analysis Plate Editor にも Run に含まれる各ウェルの実験情報が表示されます。
Analysis Plate Editor で選択したウェルは、他の解析ウィンドウに最初に表示されるデータを決定します。

96 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Plate View ウィンドウ

Plate View
Plate View タブを選択すると、プレートレイアウトのグリッド内に測定した各ウェルの各ター
ゲット濃度計算値がテキストで表示されます。グラフフォーマットの濃度データについてはp.131 の濃度を参照ください。

取扱説明書 | 97

第7章

Data Analysis モジュールの概要

2D Plate View
測定したウェルの amplitude の比較を容易にするため、Plate 2D タブでは各ウェルのグラフで 2
次元 amplitude データを別々のチャートで 1 つのディスプレイに表示します。ウェルのグラフを大きく表示するには、2D Amplitude ビューでこのウェルを選択します。
異なるカラーアレイを表示するには

左側のドロップダウンからチャンネルの組み合わせを選択し、「Update Grid」をクリックします。

98 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

データウィンドウ
QX Manager ソフトウェアはウェルと Run のデータを表形式で示します。


Data Table- 左側のメインタブから利用でき、ユーザーが設定した実験パラメータに加えて、Run のすべての計算結果が表示されます。
注：個別（individual）ウェルフォーマット、統合（merged）フォーマットまたはその両方でのデータ表示が可能です。



Plate Well Data Table- Analysis モジュールの Plate Editor に含まれるプレートセットア
ップウィンドウで利用でき、個々のウェルの設定情報のみが表示されます。



Analysis Well Data Table- Analysis モジュールで利用でき、Well Selector で選択したウェルの設定と Run データのサブセットが表示されます。

Data Table タブ閾値設定ツールまたは手動によるクラスタリングツールによってドロップレットのクラスターが特定されると、Data Table ウィンドウには各ウェルに含まれる各ターゲットのデータが列で表示されます。

取扱説明書 | 99

第7章

Data Analysis モジュールの概要

Data Table の列の定義
表 26 に Data Table の各フィールドの定義をまとめます。
表 26 Data Table の列
列名

内容

Well

プレート内のウェルの位置
注：本装置には専用の 96 ウェルプレートしか使用できません。
各ウェル内のサンプルを記述する単語または語句

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4
Target

注：プレートレイアウトビューには Sample Description 1 データのみが表示されますが、Plate Editor でウェルの上でマウスを停止すると、Sample Description フィールドに記入されたすべての項目を含むツールチップが表示されます
Plate Editor タブで設定したターゲット名

Conc(copies/μl)

μl あたりのコピー数として記録されたターゲット分子の濃度

Molecular Weight (pg/μl)

ウェル内の DNA の質量濃度（単位 pg/μl）

StatusCheck、OK、Multi または Manual のいずれかが表示されます。
 Check の場合は、ウェルの自動解析に失敗したか、ウェル内のドロップレット数が 1 万個に満たなかったことを示します。
 OK の場合は、自動解析に十分な数のドロップレットが計測されたことを示します。
 Multi の場合は、マルチウェル選択の一部としてデータが自動解析されたことを示します。
Manual の場合は、ドロップレットが手動で解析されたことを示します。
状況の理由の説明（自動解析の失敗、ドロップレット数の不足またはドロップレットの手動解析）

Status Reason
Experiment

Plate Editor でウェルに選択された実験の種類

SampleType

Plate Editor でウェルに選択されたサンプルの種類

TargetType

Plate Editor で各色素（FAM または EveGreen®、HEX または VIC、Cy5, Cy5.5、ROX、ATTO590）が選択されたター
ゲットの種類100 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

表 26

Data Table の列（続き）

列名

内容

Supermix

Plate Editor でウェルに選択されたスーパーミックス

DyeName(s)Plate Editor でウェルのチャンネル 1, 2, 3, 4, 5 および 6 に割り当てられた色素

Copies/20μlWell

体積 20 μl で正規化したターゲットの濃度

TotalConfMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのターゲット濃度

TotalConfMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのターゲット濃度

PoissonConfMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化最大ターゲット濃度

PoissonConfMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバー正規化最小ターゲット濃度

Accepted Droplets

品質アルゴリズムによって許容されるドロップレットの総数

Positives

ターゲットを含むドロップレットの数

Negatives

ターゲットを含まないドロップレットの数

Copies/μl linked molecules

期待値より過剰に存在するターゲットのコピー数をμL あ
たりのコピー数で表示

CNV

リファレンスに対するターゲットのコピー数の計算値

TotalCNVMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのコピー数

TotalCNVMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのコピー数

PoissonCNVMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化最大コピー数

PoissonCNVMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーの正規化最小コピー数

ReferenceCopies

Plate Editor のリファレンスターゲットに指定されたコピー数。デフォルトは 2 で、2 倍体ゲノムあたり 2 コピーを示す

取扱説明書 | 101

第7章

Data Analysis モジュールの概要

表 26

Data Table の列（続き）

列名

内容

UnknownCopies

本フィールドは QX Manager ソフトウェアでは
現在使用されていません。

Threshold1

左から右および下から上への 1 本目の閾値線の閾値

Threshold2

左から右および下から上への 2 本目の閾値線の閾値

Threshold3

左から右および下から上への 3 本目の閾値線の閾値

ThresholdSigmaAbove

ネガティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるネガティブクラスターの平均値からの閾値の距離
ポジティブクラスターの標準偏差の倍数で表されるポジティブクラスターの平均値からの閾値の距離
リファレンスとして使用されたターゲットの特定ThresholdSigmaBelow

ReferenceUsed
Ratio

リファレンスに対するターゲットの比率

TotalRatioMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲッ
トの比率の高いエラーバー
ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲッ
トの比率の低いエラーバー
95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーの正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最大比率
95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーの正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最小比率
リファレンスターゲットに対する未知ターゲッ
トの存在量比（%）の計算値

TotalRatioMin

PoissonRatioMax

PoissonRatioMin

FractionalAbundance
TotalFractionalAbundanceMax

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーの存在量比（%）

102 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

表 26

Data Table の列（続き）

列名

内容

TotalFractionalAbundanceMin

ウェルをマージした場合で、95%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーの存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMax

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化最大存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMin

95%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小存在量比（%）
ターゲットを含むすべてのドロップレットの平均
amplitude 値
ターゲットを含まないすべてのドロップレットの平均
amplitude 値

MeanAmplitudeOfPositives
MeanAmplitudeOfNegatives
MeanAmplitudeTotal

すべてのドロップレットの平均 amplitude 値

ExperimentComments

コメントが追加された場合、このフィールドにはQuantaSoft ver. 1.4～1.7 で作成されたファイルからのデー
タのみが入力されます。
統合（マージ）されたウェルの識別

MergedWells
TotalConfidenceMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのターゲット濃度

TotalConfidenceMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのターゲット濃度

PoissonConfidenceMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化最大ターゲット濃度

PoissonConfidenceMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化最小ターゲット濃度

TotalCNVMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーのコピー数

TotalCNVMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーのコピー数

PoissonCNVMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化した最大コピー数

PoissonCNVMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小コピー数

取扱説明書 | 103

第7章

Data Analysis モジュールの概要

表 26

Data Table の列（続き）

列名

内容

TotalRatioMax68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの高いエラーバー
比率
ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルのリファレンスに対する未知ターゲットの低いエラーバー
比率
68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最大比率
68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化したリファレンスに対する未知ターゲットの最小比率
ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの高いエラーバーの存在量比（%）

TotalRatioMin68

PoissonRatioMax68

PoissonRatioMin68

TotalFractionalAbundanceMax68
TotalFractionalAbundanceMin68

ウェルをマージした場合で、68%信頼区間での統合ウェルの低いエラーバーの存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMax68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、高いエラーバーで正規化した最大存在量比（%）

PoissonFractionalAbundanceMin68

68%信頼区間のドロップレットポアソン分布で、低いエラーバーで正規化した最小存在量比（%）

TiltCorrected

ウェルに傾き補正機能が適用されたかどうかを示す。
注：傾き補正機能は、2 つのシングルポジティブクラスターの重心がダブルネガティブクラスターの重心と直交するよ
うに、ダブルネガティブクラスターの重心から各ドロップ
レットへの角度を回転させます。
チャンネル 1 とチャンネル 2 の両方のターゲットを含むドロップレットの数

Ch1+Ch2+
Ch1+Ch2-

チャンネル 1 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch1-Ch2+

チャンネル 2 のターゲットのみを含むドロップレットの数

104 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

表 26

Data Table の列（続き）

列名

内容

Ch1-Ch2-

チャンネル 1 とチャンネル 2 のいずれのターゲットも含まないドロップレットの数

Ch3+Ch4+

チャンネル 3 とチャンネル 4 の両方のターゲットを含むドロップレットの数

Ch3+Ch4-

チャンネル 3 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch3-Ch4+

チャンネル 4 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch3-Ch4-

チャンネル 3 とチャンネル 4 のいずれのターゲットも含まないドロップレットの数

Ch5+Ch6+

チャンネル 5 とチャンネル 6 の両方のターゲットを含むドロップレットの数

Ch5+Ch6-

チャンネル 5 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch5-Ch6+

チャンネル 6 のターゲットのみを含むドロップレットの数

Ch5-Ch6-

チャンネル 5 とチャンネル 6 のいずれのターゲットも含まないドロップレットの数

取扱説明書 | 105

第7章

Data Analysis モジュールの概要

Plate Editor Well Data Table
設定データと Run データの両方を含むウェルデータテーブルが、分析ウィンドウの Well Selectorの横に表示されます。この表は、プレートエディタまたはウェルセレクターで選択されたウェルのみのデータカラムのサブセットを表示します。
統合テーブルの各カラムを表 27 で解説します。
表 27 Analysis Well Data テーブルのフィールド
列名

内容

Well

サンプルが検出されたプレート内のウェル位置

Perform Droplet Reading

ウェルを読み取る場合は Yes、読み取らない場合は No

Experiment Type

Plate Editor からの実験の種類

Sample description 1
Sample description 2
Sample description 3
Sample description 4

Plate Editor タブでウェルを識別するために使用されるサン
プル名

Sample Type

Plate Editor からのサンプルの種類

Supermix Name

Plate Editor からのスーパーミックス

Assay Type

Plate Editor で選択されたアッセイ手法

Target Name

Plate Editor タブで入力されたターゲット名

Target Type

Plate Editor タブで選択されたターゲットの種類

Signal Ch1

チャネル 1 の選択された蛍光色素

Signal Ch2チャネル 2 の選択された蛍光色素

Signal Ch3チャネル 3 の選択された蛍光色素

Signal Ch4チャネル 4 の選択された蛍光色素

Signal Ch5チャネル 5 の選択された蛍光色素

Signal Ch6チャネル 6 の選択された蛍光色素

Reference Copies

Plate Editor タブでリファレンスターゲットに指定されたコ
ピー数

106 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データウィンドウ

表 27

Analysis Well Data テーブルのフィールドの列（続き）

列名

内容

Well Notes

 ユーザーによる入力情報

Plot?

 選択すると、ウェルのコピー数の計算にターゲットが使用されます。

RDQ Conversion Factor

ウェルの残存 DNA 定量の換算係数
注：RDQ は残存 DNA 定量実験でのみ利用可能です。

取扱説明書 | 107

第7章

Data Analysis モジュールの概要

解析ウィンドウ
QX Manager ソフトウェアは、その分析モジュールにおいて、amplitude 表示とデータチャート
を提供しています。各チャートの詳細については、第 8 章のデータ解析手法を参照してください。
Amplitude グラフ
Amplitude グラフはドロップレットを色素の蛍光強度で示します。下記の解析ウィンドウでは、
FAM/EvaGreen®、HEX/VIC、Cy5、Cy5.5、ROX、ATTO570 の蛍光色素によって同定されたポジティブドロップレットとネガティブドロップレットの蛍光強度が表示されます。


1D Amplitude

2D Amplitude

3D Amplitude

データチャート（Data Visualization Charts）
データチャートはポジティブドロップレットの濃度に基づく計算結果を示します。QX Manager
ソフトウェアは、各サンプルにおける各蛍光色素のポジティブドロップレットおよびネガティ
ブドロップレットの数をカウントし、ポジティブドロップレットの割合をポアソンアルゴリズ
ムに適合させて、以下の解析ウィンドウに入力される標的 DNA 分子の開始濃度をコピー/µL の単位で決定します。
Concentration（濃度）Copy Number（コピー数）



Ratio（比率）Fractional Abundance（存在量比（%））

QX Manager ソフトウェアで解析データファイルを開き、グリッド内の 1 つまたは複数のウェ
ルを選択すると、算出されたポアソン確率分布の平均値がデータポイントとしてグリッド内にプロットされます。データポイントにマウスポインターを合わせると、high、median および low
number を見ることができます。
注：68%または 95%（デフォルト設定）の信頼水準を用いてデータを表示することもできます。
イベント数
イベント数はターゲットが認められた（ポジティブ）ドロップレットの数と認められなかった（ネガティブ）ドロップレットの数を記録します。Event Counts タブは、選択されたウェルごとに各ターゲットのポジティブ、ネガティブおよび全ドロップレットの数を棒グラフで表示します。

108 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run およびロット情報の表示
Run Information ウィンドウを使用して、プレートと Run に関する情報を表示します。また、プレートに関する Run 後のメモを表示したり、追加したりすることもできます。

取扱説明書 | 109

第7章

Data Analysis モジュールの概要

110 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Run およびロット情報の表示

第 8 章 データ解析方法
第 7 章の Data Analysis モジュールの概要に要約したように、本ソフトウェアは数種類のフォーマットで解析データを提示します。Analysis モジュールでデータファイルを開くと、データとともに自動解析閾値と計算結果を見ることができ、結果の再計算や再プロット、色の変更などのオプションを選択することもできます。
データは以下のフォーマットで表示されます。
Amplitude では、各ウェルのドロップレットを散布図、さまざまなビューで表示します。



データチャートでは、選択した誤差モデルと信頼区間に基づき、ターゲット分子濃度の推定値に加え、別のターゲットに対する比率および存在量比（%）が表示されます。
注：CNV 実験を実行した場合は、コピー数多型も計算されます。



イベント数は、各ウェルに存在する各ターゲットのポジティブドロップレットとネガティ
ブドロップレットの正確な数を表します。

取扱説明書 | 111

第8章

データ解析方法

Amplitude プロット解析のオプション
QX Manager ソフトウェアでは、3 種類の amplitude プロット表示が可能であり、データとともに自動設定閾値を見ることができ、別のオプションを選択して結果の再プロットや色の変更を行うことも可能です。
1D amplitude プロットおよび 2D amplitude プロットでは以下の作業が可能です。


ウェルの計算結果を表示する。
注：1D amplitude プロットは選択された各ウェルのデータをそれぞれのセクションに表示しますが、2D amplitude プロットは選択されたすべてのウェルのデータをまとめて表示します。



QX Manager Software によって計算された自動しきい値の修正。



ヒートマップでデータを表示する。



ヒストグラムを表示する（1D Amplitude タブのみ）。



自動解析を再度適用する。



自動解析に傾き補正を適用する。

3D Amplitude プロットでは、以下のことが可能です。


プロットを回転させて、ドロップレットを 3D 方向で確認。



1D または 2D Amplitude 表示で事前に設定した閾値を表示。



3D ドロップレットの背後にある 2D データをクラスターまたはヒートマップで表示。

112 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Amplitude プロット解析のオプション

1D および 2D amplitude プロットの両方で利用できる解析オプションを表 28 にまとめます。
表 28 1D および 2D amplitude ツールオプション
アイコン

モード

ビューモードヒートマップ自動解析

傾き補正付き自動解析

リセット
グラフ表示のオプション

内容
QX Manager ソフトウェアによって割り当てられた閾値やクラスターとともにデータが表示されます。
このアイコンを選択すると、画面がロックされ、閾値を変更できなくなります。
ドロップレットの分布を示します。ドロップレ
ットの密度が高いほど高温として表示されます。
傾き補正機能を無効化した状態でデータを再度、自動解析します。
傾き補正機能を有効化し、データを再度、自動解析します。
注：傾き補正機能は 2 つのシングルポジティブ
クラスターの重心がダブルネガティブクラスタ
ーの重心と直交するように、ダブルネガティブ
クラスターの重心から各ドロップレットへの角
度を回転させます。
データを元の自動解析データにリセットします。
軸にチャンネル番号または蛍光色素を表示するかを選択し、軸マーカー、データラベルおよび軸
ラベルの大きさを変更します。

取扱説明書 | 113

第8章

データ解析方法

1D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 29 にまとめます。
表 29 1D amplitude ツールオプション
アイコン

モード

自動しきい値処理

閾値、単一ウェル
閾値、複数ウェル

内容
個々のウェル：クラスターは、選択された各ウェルに対して個別に作成されます。
ウェルの結合：選択されたすべてのウェルからのドロップレットデータを結合し、その結合されたセットに対してクラスターを作成します。
ポジティブコントロールウェル：現在選択されているポジティブコントロールに基づいて各チャンネルにしきい値が作成され、現在選択されているすべてのウェルにそのしきい値が適用されます。
注意：手動でしきい値を変更した場合、リセットをクリックして自動しきい値に戻すことができます。
1D amplitude プロットでは、単一または複数のウェルについて手動で閾値を入力することができます。
プロット内のどこかをタップまたはクリックし、データに閾値線を加えます。
閾値を調整するには、

閾値、単一ウェル SD
閾値、複数ウェル SD プロットエリアで線を水平にドラッグする。
 各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。
上向きと下向きの矢印をクリックし、数値を増減する。
単一または複数のウェルについて、QX Manager ソフト
ウェアが閾値と標準偏差（SD）を自動で計算し、入力します。
重要：RMD ではクラスターは通常、互いに直交しないた
め、SD 閾値は推奨されません。

ヒストグラムの表示

注：SD 閾値は、ポジティブターゲットの平均値よりも低く、ネガティブターゲットの平均値よりも高い位置にに設定されます。プロット内のクリックした場所を起点とし、分類誤差が最小限になるように、SD によってポジティブクラスターとネガティブクラスターの間に閾値の位置が決定されます。
1 次元 Amplitude ヒストグラムプロットの非表示／表示。

114 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Amplitude プロット解析のオプション

2D amplitude プロットにのみ利用できる解析オプションを表 30 にまとめます。
表 30 2D amplitude ツールオプション
アイコン

モード

自動しきい値処理閾値線

内容
個々のウェル：クラスターは、選択された各ウェルに対して個別に作成されます。
ウェルの結合：選択されたすべてのウェルからのドロップレットデータを結合し、その結合されたセットに対してクラスターを作成します。
ポジティブコントロールウェル：ソフトウェアは現在選択されているポジティブコントロールに基づいて各チ
ャンネルにしきい値を作成し、現在選択されているすべてのウェルにそのしきい値が適用されます。
注意：手動でしきい値を変更した場合、リセットをクリックして自動しきい値に戻すことができます。
Threshold line アイコンを使用すると、ペアのチャンネ
ルの閾値を確立でき、ドロップレットを色の異なる別のクラスターに分けることができます。
プロット内のどこかクリックし、データに閾値線を加えます。
閾値を調整するには、

閾値線、SD プロットエリアで線を水平または垂直にドラッグする。
 各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。
上向きと下向きの矢印をクリックし、数値を増減する。
QX Manager ソフトウェアが閾値線と標準偏差（SD）を自動で計算し、入力します。
重要：RMD ではクラスターは通常、互いに直交しないた
め、SD 閾値は推奨されません。
注：SD 閾値はポジティブターゲットの平均値よりも低
く、ネガティブターゲットの平均値よりも高い限界値で設定されます。プロット内のクリックした場所を起点とし、分類誤差が最小限になるように、SD によってポジ
ティブクラスターとネガティブクラスターの間に閾値の位置が決定されます。

取扱説明書 | 115

第8章

データ解析方法

アイコン

モード

内容

閾値、クラスタースクエア

Threshold Cluster アイコンを使用すると、ペアのチャン
ネルの閾値を確立でき、ドロップレットを色の異なる別のクラスターに分けることができます。

閾値、クラスターサークル
閾値、クラスター
自由形

ドロップレットを分類するには
 3 つの Threshold Cluster Mode ボタン（スクエア、サークルまたは自由形）のいずれかをタップします。

選択した形でドロップレットのクラスターを囲みます。
注：クラスターモードツールを用いてドロップレットのクラスターを囲む際には、ターゲット別に色が表示されたダイアログボックスがウィンドウに現れ、正しいター
ゲットの組み合わせを選ぶことができます。

プレートのセットアップで指定されたシグナル値に基づき 2 つの軸にターゲット名が表示されます。ドロップ
レットを各ターゲットのポジティブまたはネガティブに自動で分類するために選択したクラスターの位置に最も近い色つきボックスをクリックします。
注：Cluster ダイアログボックスの表示は plex モードによって異なります。

116 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

1D Amplitude

1D Amplitude
1D amplitude 解析ウィンドウを使用すると、Well Selector で選択した各ウェルのドロップレッ
トの amplitude がチャンネル別に取得順で表示されます。
次の図は、標準ドロップレットサイズでの 6 色検出を示しています。

取扱説明書 | 117

第8章

データ解析方法

1D amplitude プロットは、
測定されたすべてのドロップレットを対象に、各ウェル内のポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを視覚的に表します。
 ポジティブドロップレットはカラーで表示され、ネガティブドロップレットはグレーで表示されます。
 Well Selector では、QX Manager ソフトウェアが自動でドロップレットデータの閾値
設定を行ったウェルに A が表示されます。手動で閾値設定した実行したウェルには Mが表示されます。

Amplitude のヒストグラムプロット

注：ヒストグラムアイコンはデフォルトで有効化されているため、蛍光色素（チャンネル）ごとに自動でヒストグラムプロットが表示されます。
Amplitude のヒートマップビュー

118 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

1D Amplitude

1D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更およびヒートマップとヒストグラムの表示／非表
示ができるツールバーオプションがプロットの上に現れます。

注：各ツールオプションの詳細は p.112 の Amplitude プロット解析のオプションを参照してください。
1D amplitude プロットのデフォルトの色の割り当ては以下のとおりです。
FAM ポジティブ=
HEX ポジティブ=
Cy5 ポジティブ=
Cy5.5 ポジティブ=
ROX ポジティブ=
ATTO 590 ポジティブ =
ネガティブ
=

青
緑
赤
紫
ワインレッド水色
グレー

本セクションの図は 6 ターゲットについて分析した Direct Quantification 実験のデータを表しています。
ネガティブドロップレットは各プロットにグレースケールで表示されます。

十分な数のドロップレットが認識された実験では、QX Manager ソフトウェアが自動的に
Amplitude 閾値を設定し、ポジティブドロップレットとネガティブドロップを識別します。
注：ドロップレットをポジティブとみなす閾値をソフトウェアが自動計算するには、ウェルデー
タが一定の品質基準（ドロップレット 1 万個以上）を満たしている必要があります。ポジティブ
ドロップレットとネガティブドロップレットを正しく定量するために、手動閾値設定ツールを利用することもできます。

取扱説明書 | 119

第8章

データ解析方法

デフォルトではヒストグラムアイコン（）が有効化されるため、Amplitude プロットと共にヒストグラムプロットも自動で表示されます。

閾値を手動で調整するには、
1.

1 つまたは複数のウェルを選択します。

2.

いずれかの閾値アイコン（）をクリックし、手動で閾値を設定します。



単一ウェルの通常閾値：複数のウェルを選択した場合は、各ウェルに対して異なる閾値を設定することができます。



複数ウェルの通常閾値：選択したすべてのウェルに同じ閾値を設定することができます。

単一ウェルの標準偏差閾値：複数のウェルの場合、ウェルごとに別の閾値を設定することができます。



複数ウェルの標準偏差閾値：選択したすべてのウェルに同じ閾値を設定することがで
きます。

3.

新しい閾値を加えたいプロット内の場所をクリックします。

4.

閾値線が表示されたら、上向きまたは下向きの矢印を使用するか、閾値をクリック・アンド・
ドラッグして、位置を調整します。

120 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

1D Amplitude

QX Manager ソフトウェアは手動で設定された閾値を表示し、閾値より上にあるドロップレ
ットの色を変更します。
注：閾値の数値を手動で入力することもできます。
閾値を手動で変更すると、ウェルセレクターには Automatic（自動）の A の代わりに Manual（手動）の M が表示されます。

5.

（オプションとして）自動閾値にリセットするには、Auto をクリックします。

6.

（オプションとして）傾き補正を考慮に入れて自動閾値を調整するには、Auto with Tilt をク
リックします。

7.

（オプションとして）すべてを元の表示に戻すには、Reset をクリックします。

プロットデータのヒートマップを見るには、（）アイコンをクリックします。

取扱説明書 | 121

第8章

データ解析方法

2D Amplitude
Plate Editor の分析ビューで選択したウェルについて、2D Amplitude ウィンドウは 6 ターゲットの蛍光を表示します。本セクションの図は、6 つのターゲットを含む実験からのデータを表示しています。各プロットは、第 1 および第 2 ターゲットのポジティブドロップレット、両方のターゲットを含むドロップレット、どちらのターゲットも含まないネガティブドロップの個々のクラスターを示しています。
次の図は、標準ドロップレットサイズでの 6 色検出を示しています。

2D Amplitude タブを選択すると、閾値の変更、ウェルの手動クラスタリングおよびヒートマッ
プの表示／非表示ができるツールバーオプションがプロットの上に現れます。

注：各ツールバーオプションの詳細は p.112 の Amplitude プロット解析のオプションを参照ください。

122 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

2D Amplitude

2D amplitude プロットのデフォルトの色の割り当ては以下のとおりです。
FAM ポジティブ
HEX/VIC ポジティブ
FAM および HEX/VIC ポジティブ===

Cy5 ポジティブ=
Cy5.5 ポジティブ=
Cy5 および Cy5.5 ポジティブ=
ROX ポジティブ=
ATTO 590 ポジティブ=
ROX および ATTO 590 ポジティブ =ダブルネガティブ=

青緑
オレンジ（モニターによっては茶色に見えることもあります）
赤紫
ライトブルー
ワインレッドゴールド
水色
グレー

注：ドロップレットをポジティブとみなす閾値を QX Manager ソフトウェアが自動計算するには、ウェルデータが一定の品質基準（ドロップレット 1 万個以上）を満たしている必要があります。ポジティブドロップレットとネガティブドロップレットを正しく定量するために、手動閾値
設定ツールを利用することもできます。
2D amplitude のツールを使用するには、
1.

Analysis モジュールでデータファイルを開いて、2D Amplitude タブを選択します。

2.

閾値線またはクラスターのオプションを選択します。
注：データが直交しておらず、閾値線によってドロップレットの集団を適切に分けられない
場合は、クラスターオプションを使用します。


閾値線を調整するには、閾値線の種類（）を選択してからプロット内をタップまたはクリックし、十字線を加えます。以下の方法のいずれかを使用します。


プロットエリアで線を水平または垂直にドラッグする。



各閾値線の端にあるボックスに新しい閾値を入力する。



上向きと下向きの矢印をタップし、数値を増減する。

取扱説明書 | 123

第8章



データ解析方法

クラスターオプションを用いて閾値を調整するには、クラスターの種類（を選択し、選んだ形状でドロップレットのクラスターを囲んで分類します。

）

3.

（オプションとして）自動閾値にリセットするには、Auto をクリックします。

4.

（オプションとして）傾き補正を考慮に入れて自動設定閾値を調整するには、Auto with Tilt
をクリックします。

5.

（オプションとして）すべてを元の表示に戻すには、Reset をクリックします。

124 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

3D Amplitude

3D Amplitude
3D Amplitude タブを選択すると、ウェル選択と表示チャンネルを選択するためのツールバーオ
プションがチャートの上に表示されます。
ツールバーから選択したウェルについて、3D Ampliture プロットは 1 つのチャートに 3 ターゲ
ットを表示します。
次の図は、標準ドロップレットサイズでの 6 色検出を示しています。

取扱説明書 | 125第8章

データ解析方法異なる 3D Amplitude 表示ツールを使用するには
1. Well を選択します。
2. x、y、および z 軸の色素を選択します。

3. Show をクリックすると、以下のメニューが表示されます。

126 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

3D Amplitude

4. Show 2D オプションを 1 つ以上選択すると、3D ドロップレットの後ろに 2D Amplitude
データが表示されます。
デフォルトでは Show 3D Droplets が選択されています。また、次のように表示することも可能です。


異なる軸の組み合わせで 2D データを表示

x、y、z 軸にスレッシュホールドを表示する
注： 3D Amplitude でスレッシュホールドを表示するには、1D または 2D の Amplitude
プロットを設定する必要があります。



クラスタまたはヒートマップでの 2D カラー表示

5. チャート表示をクリックすると、色別またはチャンネル別にラベルが表示されます。
6. Reset Display をクリックすると、デフォルトの表示に戻ります。

取扱説明書 | 127

第8章

データ解析方法

データチャート（Data Visualization Charts）解析のオプション
QX Manager ソフトウェアはオリジナルの計算によるデータをグラフに表示しますが、別のオプションを選択して結果を再計算することもできます。
データチャートを表すグラフでは、以下の作業が可能です。


個別または統合したウェルのデータを表示する。



誤差モデルと信頼区間を変更する。

注：イベント数については、ビューモードを変えてポジティブ、ネガティブまたはすべてのドロップレットの数を表示することもできます。
利用できるオプションを表 31 にまとめます。
表 31 データチャートのチャートツールオプション
アイコン

モード

内容

個別/統合両方表示選択されたすべてのウェルを統合して計算した総数
またはパーセンテージと、選択された各ウェルを個別に計算して得られた総数またはパーセンテージを表示します。
選択された同一パラメータのすべてのウェルを統合して計算した総数またはパーセンテージを表示します。
注：ソフトウェアがウェルをマージする前に、ウェルのセットアップが各ウェルに一致する必要があります。
選択された各ウェルを個別に計算して得られた総数
またはパーセンテージを表示します。

統合解析表示個別解析表示x 軸のウェル

x 軸にウェル番号を表示します。

x 軸のサンプル

x 軸にサンプル名の一部を表示します。
注：Well と Sample は同時に選択できます。

128 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

データチャート（Data Visualization Charts）解析のオプション

アイコン

モード

内容

誤差モデルと信頼区間

誤差モデルと信頼水準を選択します。
注：デフォルトの設定は結果の信頼性を最大にする
ため、誤差モデルはポアソン、信頼区間は 95%です。

重要：ソフトウェアは計算に下記の乗数を使用します。
 95%信頼区間にはシグマ乗数 1.96
 68%信頼区間にはシグマ乗数 1.0

取扱説明書 | 129

第8章

データ解析方法

Event Count ウィンドウで利用できる追加オプションを表 32 にまとめます。これらのオプショ
ンはイベント数のデータにしか利用できません。
表 32 イベント数の追加オプション
アイコン

モード

内容

ビューモードポジティブ

各ウェルのターゲット別のポジティブドロップレット数
を棒グラフで表示します。

ビューモードネガティブ

各ウェルのターゲット別のネガティブドロップレット数
を棒グラフで表示します。

ビューモードトータル

各ウェルの全ドロップレットの数を棒グラフで表示します。

130 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

濃度 Concentration

濃度 Concentration
濃度解析では、デフォルト設定に基づきサンプル 1 μl あたりのターゲット分子のコピー数を測定します。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することもできます。
ツールバーオプションの詳細は p.128 のデータチャート解析のオプションを参照ください。

次の図は、標準サイズドロップレットに含まれる 6 色の濃度を示しています。

QX Managar ソフトウェアは各ターゲットの平均濃度をデータポイントとしてプロットします。
データポイントにポインターを合わせると、信頼区間の最大値、中央値および最小値が表示されます。

取扱説明書 | 131

第8章

データ解析方法

濃度の計算
本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中の
-ln

負の自然対数

Vdroplet

ドロップレットの体積

Nneg

ネガティブドロップレットの数

N

ドロップレットの総数

132 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

濃度 Concentration

信頼区間の計算
注：68%信頼区間を選択すると、乗数は 1.96 から 1.0 に変更されます。

式中のVdroplet

ドロップレットの体積

Nneg

ネガティブドロップレットの数

N

ドロップレットの総数

P

p 値（サンプル中にターゲットが検出される確率）Δ

デルタ

取扱説明書 | 133

第8章

データ解析方法

コピー数 Copy Number
重要：コピー数多型データを見るには、コピー数多型（CNV）ddPCR 実験を実行している必要があります。
コピー数解析ではゲノムあたりの遺伝子ターゲット数を計算するために、リファレンス遺伝子に対するターゲット遺伝子のカウントを測定します。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。 ツールバーオプションの詳細は p.128 のデータチャート解析のオプションを参照してください。

次の図は、色のコピー数データを標準ドロップレットサイズで示しています。

QX Manager ソフトウェアは各コピー数多型をデータポイントとしてプロットします。データポ
イントにポインターを合わせると、上限値、中央値および下限値が表示されます。

134 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

コピー数 Copy Number

コピー数の計算本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

NB

ゲノムに含まれるリファレンスコピー数（通常は 2）

信頼区間の計算
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

NB

ゲノムに含まれるリファレンスコピー数（通常は 2）

CIA

ターゲットのポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

CIB

リファレンスのポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

取扱説明書 | 135

第8章

データ解析方法

注：
コピー数解析は、ターゲット DNA 配列のコピー数を不変のリファレンス DNA 配列との比較によって求めます。ゲノムに含まれる倍数性の変化（染色体の付加または欠失）、欠失（染色体の部分的欠如）あるいは重複（ターゲット配列の繰り返し）などの構造多型を求めるのに CNV 解析を使用します。
コピー数評価において、連続するコピー数（CN）を識別する能力は、技術的な課題となっています。基本的に CN 状態が増えるほど、状態間でのターゲットゲノム濃度の%差は減少します。例えば、所定のターゲット遺伝子座で CN 3 は CN 2 よりもゲノムあたりの濃度が 50%高いですが、CN 5 は CN 4 よりも 25%しか高くありません。
1 ウェルあたり最大 2 万個ものドロップレットという反応の膨大な分割に加え、ddPCR 濃度測
定法の絶対的な性質と精度により、ddPCR の CNV 解析は CN 3 を超える連続コピー数状態の区別に必要な定量的識別が可能です。例えば、CN 5 と CN 6 のサンプル間のターゲット濃度の 20%
差は、ddPCR を使用すれば再現性よく検出することができます。この識別能は連続 CN 状態間の濃度差のほか、ウェルあたりの DNA 量に依存します。

136 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

比率 Ratio

比率 Ratio
比率解析では、デフォルトの設定に基づきサンプル 1 μl に含まれる 2 つのターゲット分子の割合を求めます。
T1：T2
ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできるほか、別の誤差モデ
ルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。ツールバーオプションの詳細はp.128 のデータチャート解析のオプションを参照ください。

次の図は、標準ドロップレットサイズの比率データを示しています。

QX Manager ソフトウェアは各比率をデータポイントとしてプロットします。信頼区間の値を見るには、データポイントにポインターを合わせます。

取扱説明書 | 137第8章

データ解析方法

比率の計算
本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

注：リファレンスが選択されていない場合、最も高いチャンネルで最も高い色素濃度を持つター
ゲットが自動的にリファレンスとみなされます。複数のリファレンスが選択された場合、幾何平均が使用されます。

信頼区間の計算
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

式中のA

ターゲット 1 の目標濃度

B

ターゲット 2 の目標濃度

CIA

ターゲット 1 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

CIB

ターゲット 2 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)138 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

存在量比（%） Fractional Abundance

存在量比（%） Fractional Abundance
存在量比（%）の解析では、デフォルト設定に基づきサンプル 1 μl あたりのターゲットの相対的存在量を求めます。ツールバーを使用すれば、各ウェルの計算結果を統合したり分けたりできる
ほか、別の誤差モデルと信頼区間に基づいて結果を再計算することができます。ツールバーオプ
ションの詳細は p.128 のデータチャート解析のオプションを参照してください。

QX Manager ソフトウェアは存在量比をデータポイントとしてプロットします。信頼区間の最大値と最小値を見るには、データポイントにポインターを合わせます。

取扱説明書 | 139第8章

データ解析方法

存在量比の計算本ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中のA

ターゲット濃度B

リファレンス濃度

注：リファレンスが選択されていない場合、最も高いチャンネルで最も高い色素濃度を持つター
ゲットが自動的にリファレンスとみなされます。複数のリファレンスが選択された場合、幾何平均が使用されます。

信頼区間の計算
注： エラーモデルを定義するときに信頼区間を小さく指定すると、ソフトウェアは 95%ではな
く 68%を計算に使用します。

式中のA

ターゲット 1 の目標濃度

B

ターゲット 2 の目標濃度

CIA

ターゲット 1 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)

CIB

ターゲット 2 のポアソン信頼区間 (95% max - 95% min)140 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

イベント数 Event Counts

イベント数 Event Counts
Event Counts タブを選択すると、選択したウェル別に各ターゲットのポジティブドロップレッ
トとネガティブドロップレットの数が棒グラフで表示されます。

ツールバーを使用すれば、各ウェルのデータを統合したり分けたりすることによって表示を変更することができます。データの表示にウェル名やサンプル名を選択することができ、ポジティ
ブドロップレット、ネガティブドロップレットまたは全ドロップレットの数を自由に組み合わせて表示することもできます。

取扱説明書 | 141第8章

データ解析方法

連鎖解析 Linkage Analysis
ddPCR では、２つのターゲット遺伝子での物理的連結は以下のパターンのいずれかで起こり得ます。


標的配列が同じ場合はタンデムリピート



同一染色体上の DNA 上で物理的に近い 2 つのターゲット配列の近接性

QX Manager ソフトウェアは下記の式と変数を使用します。

式中の
ln

自然対数

-ln

負の自然対数N

Droplet の総数

n00

両チャンネルの負の Droplet 数

n01

チャンネル１の負の Droplet 数、チャンネル２の正の Droplet 数

n10

チャンネル１の正の Droplet 数、チャンネル２の負の Droplet 数

信頼区間の計算

式中の


標準偏差

142 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

第 9 章 解析モジュールのレポート機能
Reporting 機能を使用して、QX Manager ソフトウェア Analysis モジュールで様々なレポートを作成することができます。
解析ファイルからその場でレポートを作成することもできますが、所定のレポートを定期的に作成する必要がある場合は、繰り返し利用できるようにレポートテンプレートを設定しておくことも可能です。
本章では、解析レポートおよびレポートテンプレートの作成方法について説明します。

解析レポートの作成
レポートは、テンプレートありでもなしでも作成できます。頻繁に作成するレポートのテンプレート作成については、p.145 のレポートテンプレートの作成を参照してください。
レポートを作成するには
1.

レポートタブを選択し、レポートウィンドウを表示します。

取扱説明書 | 143

第9章

2.

解析モジュールのレポート機能

下記のいずれかを実行します。


テンプレートからレポートを作成するには、テンプレート ドロップダウン矢印をクリックし、リストからテンプレートを選択します。

カスタムレポートを作成するには、矢印をクリックしてレポートカテゴリーを展開し、含めるレポート要素ごとにチェックボックスを選択し、排除する要素のチェックボッ
クスをクリアします。
注：画面下部のボタンを使用して、すべてのカテゴリーを一度に展開または折りたたんだり、すべてのチェックボックスを一度に選択またはクリアしたりすることができます。また、セクションをドラッグ＆ドロップしてレポート内の表示順を並べ替えたり、セクション内の項目をドラッグ＆ドロップして並べ替えたりすることも可能です。

3.

レポートのタイトルを入力します。

4.

(オプション) 閲覧を制限するには、Select the Password Encrypt Report のチェックボック
スを選択し、パスワードを入力してください。

5.

Generate Report をクリックすると、PDF レポートが作成されます。

6.

Save をクリックしレポートを保存します。

144 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

レポートテンプレートの作成

レポートテンプレートの作成
Create New Templates（新規テンプレートの作成）のユーザー権限が割り当てられている場合、
デフォルトのレポート構造を編集するか、既存のレポートを開いて編集することにより、レポー
トテンプレートを作成および保存できます。
レポートテンプレートを作成するには、
1.

Template Setup タブを選択し、Reports をクリックします。

2.

レポートをクリックし、次のいずれかを実行します。


新規のテンプレートを作成するには、をタップまたはクリックします。新しいテンプレートを作成するには、Add New Template をクリックし、Edit Report Template をクリックします。
既存のテンプレートを開くには、テンプレートを選択し、Edit Report Template をクリックします。

取扱説明書 | 145

第9章

解析モジュールのレポート機能

3.

各項目の左にある矢印クリックすると、出力可能な項目のリストが展開します。

4.

チェックボックスを選択または解除し、レポートの構成を決定します。

注：画面下部のボタンを使って、すべてのカテゴリーを一度に展開または折りたたんだり、すべてのチェックボックスを一度に選択またはクリアしたりすることができます。また、セクシ
ョンをドラッグ＆ドロップしてレポート内の表示順を並べ替えたり、セクション内の項目をド
ラッグ＆ドロップして並べ替えたりすることも可能です。

5.

Report Title フィールドにレポートの名前を入力し、Save をクリックします。

146 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

レポートテンプレートの作成

6.

Save ダイアログボックスが表示されたら、ファイル名を入力します。

7.

保存場所を選択します。下記から選びます。

8.

System Templates（好ましい場所、管理者が指定した場合）

My Templates（ユーザー設定で指定された個人用ストレージの場所）

Shared Templates（この場所に保存されたファイルは、全ユーザーが利用できます）

レポートフォーマットをテンプレートとして保存する場合は、再度 Save をクリックします。

取扱説明書 | 147

第9章

解析モジュールのレポート機能

148 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

第 10 章Gene Study モジュール

Data Analysis ウィンドウから Gene Study モジュールにアクセスすることができます。

Gene Study をセットアップするには、データファイルを追加してから、ddPCR 実験の遺伝子発現データを比較します。
注：Gene Study で解析できるサンプルの最大数は、コンピュータの RAM および仮想メモリの容量によって制限されます。

取扱説明書 | 149

第 10 章Gene Study モジュール

Gene Study モジュールを開くには、Gene Study をクリックします。

Gene Study ダイアログボックスには下記の 2 つのタブが含まれます。
Study Setup-

Gene Study の Run ファイルを管理する。

重要：Gene Study でデータファイルを追加または削除しても、元のファイルのデータは変更されません。
Study Analysis-

組み合わせた Run 結果の遺伝子発現データを表示する。

これらのタブからは Gene Study のセットアップのためのファイルの追加、グラフやプロットでのデータの解析、Gene Study データのレポートの作成が可能です。

150 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study のオプション
Gene Study モジュールでは下記のメニューが用意されており、オプションが利用できます。


File-



Settings-

Tools-

Gene Study を開き、保存し、閉じる。ファイルを追加する。
デフォルトのレイアウトに戻す。

レポートを作成する。

Gene Study ファイルを開くには
1.

File → Open の順にクリックします。

2.

Open ダイアログボックスでデータファイルを見つけて選択し、Open をタップまたはクリックします。

Gene Study ファイルを保存するには
1.

File をクリックし、Save または Save As を選択します。

2.

指示に従い、ファイル名を入力し、Save をクリックします。

3.

既存のファイルに上書きするよう指示された場合は、Yes か No をクリックします。

Gene Study ファイルを閉じるにはFile → Close の順にクリックします。
注：ファイルが保存されていない場合は忠告のメッセージが表示されます。

データファイルを追加するには
1.

File → Add Data Files の順にクリックします。

2.

Open ダイアログボックスで Gene Study に追加するデータファイルを見つけます。

3.

1 つまたは複数のファイルを選択し、Opne をクリックすると、ファイルが Gene Study ウィンドウに追加されます。

デフォルトの設定に戻すには

Settings → Restore default settings の順にクリックします。
注：変更されたデータファイルが少なくとも 1 つ開いている必要があります。

レポートを作成するには

p.159 の Gene Study のレポートを参照してください。

取扱説明書 | 151

第 10 章Gene Study モジュール

Gene Study のセットアップ
Study Setup ウィンドウを使用して、以下の作業を行います。


解析に含めるデータファイルを追加する。



解析からデータファイルを除外する。



閲覧および解析のためのデータファイルを選択する。



データファイルのプレートビューを表示する。

152 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study のセットアップ

Study Setup の各列とその内容を表 33 にまとめます。
表 33 Gene Study セットアップフィールド
列のタイトル内容

File Name

データファイルの名称

Date Created

ファイルを Gene Study モジュールにインポートした日付

Plate View

Gene Study に含まれる各ウェルの色素別のデータを示したプレートマ
ップを開く。

取扱説明書 | 153

第 10 章Gene Study モジュール

データファイルの追加
データファイルを追加するには、
1.

Study Setup タブで Add Data Files をクリックします。

2.

Open ダイアログボックスで Gene Study に追加するデータファイルを見つけます。

3.

1 つまたは複数のファイルを選択し、Open をクリックします。
Study Setup ウィンドウにファイルが追加されます。

データファイルの除外
データファイルを除外するには、


ファイルの横にあるチェックボックスを選択してから、Remove をクリックします。
Study Setup ウィンドウからファイルが除外されます。
注：ファイルを選択するまで、Remove ボタンは有効になりません。

154 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study のセットアップ

解析のためのデータファイルの選択解析のためのデータファイルを選択するには、
1.

解析に含めるファイルの横にあるチェックボックスを選択します。

3.

解析結果を見るには Study Analysis タブを選択します。詳細は 157 ページの Study Analysis
機能の使用を参照ください。

プレートビューの閲覧
プレートビューを見るには、
1.

Plate View の列でプレートビューを表示するファイルのボタンをクリックします。

取扱説明書 | 155

第 10 章Gene Study モジュール

プレートビューが表示されます。

2.

プレートビューを閉じるには Close をクリックします。

156 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Study Analysis 機能の使用

Study Analysis 機能の使用
Study Analysis タブでは、Gene Study のすべての Run データが図表で表示されます。これらを
表 34 で解説します。

表 34 解析ツールバー
ボタン

内容

棒グラフ

棒の長さは正規化発現量または相対量を表します。

クラスターグラム

異なるターゲットおよびサンプルの発現量の類似度に基づく階層図でデータを表します。

散布図

対照サンプルと実験サンプルにおけるターゲットの正規化発現量の点
プロット

取扱説明書 | 157

第 10 章Gene Study モジュール

表 34

解析ツールバー（続き）

ボタン

内容

ボルケーノプロット

対照サンプルと比較した実験サンプルのターゲット発現量（発現調節）の変化の点プロット

ヒートマップ

相対的な正規化発現量に基づき対照サンプルと比較した実験サンプルのターゲット発現調節を示すプレートレイアウトグリッド

結果表

注：複数のプレートの同じ場所に同じターゲットが存在するが、サンプルが異なる場合は、ドロップダウンメニューを使用して、解析に用いるプレートを選択します。
結果を表形式で示す

158 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study レポート

Gene Study レポート
Gene Study のデータをレポートにまとめるには Gene Study Report ダイアログボックスを使用します。Gene Study レポートに利用できるすべてのオプションを表 35 にまとめます。
表 35 Gene Study レポートのカテゴリー
カテゴリー

オプション

内容

Report Information

日付、ユーザー名、データファイル名、データファイルパスおよび選択されたウェルグループ

Gene Study File List

Gene Study のすべてのデータファイルのリスト

Notes

データレポートに関するメモや注釈

HeaderStudy Analysis Bar Chart
Analysis Settings

選択されたパラメータのリスト

Chart

遺伝子発現棒グラフによるデータの表示

Target Names

Gene Study のターゲットの一覧

Sample Names

Gene Study のサンプルの一覧

Data

スプレッドシートによるデータの表示

Target Stability

ターゲットの安定性のデータ

Inter-run Calibration

Run 間キャリブレーションのデータ

Study Analysis Clustergram, Scatter Plot, Volcano Plot, and Heat Map
Analysis Settings

各種グラフの設定

Chart

遺伝子発現グラフによるデータの表示

Data

スプレッドシートによるターゲット別のデータの表示

取扱説明書 | 159

第 10 章Gene Study モジュール

Gene Study レポートの作成
レポートを作成する前に Gene Study のデータとグラフに必要な調整を行います。
Gene Study レポートを作成するには、
1.

Gene Study メニューで Tools → Reports の順に選択し、Report ダイアログボックスを開
きます。

2.

レポートに含めたいオプションを選択します。
レポートを開くと、デフォルトのオプションが選択されます。カテゴリー全体またはカテゴ
リー内の各項目を変更するにはチェックボックスを選択または解除します。
利用できるオプションについては p.159 の Gene Study レポートを参照ください。

3.

レポートに含めるカテゴリーと項目の順序を変えます。
オプションを必要な位置にドラッグします。項目の順序は同じカテゴリー内でしか変更で
きません。

4.

Update Report をクリックし、すべての変更を反映させて Report Preview ウィンドウを更
新します。

5.

レポートを印刷または保存します。
a.

ツールバーの Print Report ボタンをクリックし、現在のレポートを印刷します。

b.

File から Save を選択します。この時 PDF、MHT または MHTML などのファイルフォ
ーマットを選択し、ファイルの保存場所を選択します。
注：MHT および MHTML は Microsoft のフォーマットです。

c.
6.

レポートを新しいファイル名で保存するか新しい場所に保存する場合は、File → Save
As を選択します。

（オプションとして）最新のレポート設定をテンプレートとして保存するには、Template→ Save または Save As を選択します。

160 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Gene Study レポート

第 11 章システムユーティリティ

System Utilities タブからは装置に関連するタスクおよびデータ、ソフトウェア、データならびに保存を管理するための下記のタブにアクセスすることができます。
System Settings-

Event Log-

Maintenance Log-

Maintenance Reportsファイル

System Data- 一次記憶領域の容量を確保するためのデータのアーカイブ、トラブルシュ
ーティングデータのアクセス、データリカバリ機能の使用。



Reprocess Data-

Tools – 装置を洗浄またはプライムする。

共有テンプレートおよびデータファイルの保存場所を見る

すべてのソフトウェア作業に関する記録データを見る
メンテナンス作業を記録する
バイオ・ラッドメンテナンス部門からのメンテナンス記録の PDF

新しいキャリブレーション値を使用してデータファイルを再処理する

注：Instrument Calibration タブはバイオ・ラッドサービスエンジニアのユーザーアカウントでしか機能しません。

取扱説明書 | 161

第 11 章システムユーティリティ

System Settings タブ
System tab を選択すると、デフォルトで System Settings ウィンドウが表示されます

このウィンドウには、ソフトウェア管理者によって設定された以下のデータファイルとテンプ
レートの保存オプションが含まれています。


優先する場所（Preferred Location）- チェックボックスが選択されている場合、すべてのユーザーのストレージは、データファイル用の単一のフォルダとテンプレート用の単一のフォルダに制限されます。



共有設定（Shared Settings）- Preferred Locations チェックボックスがオフのままであれ
ば、共有場所を定義することができますが、オプションのままです。ユーザーは、User
Preferences で指定された個人用フォルダまたは共有の場所にファイルを保存することを選択することができます。
注：ソフトウェア管理者は、優先フォルダが一杯になった場合に、データファイル保存用のバックアップ場所を定義することもできます。

162 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

System Settings タブ

Preferred Location
管理者が Preferred Location のファイルパスを設定した場合、すべてのユーザーのデータファイ
ルとテンプレートは、指定されたフォルダに自動的に保存されます。Preferred Location は、個々のユーザー設定での選択より優先されます。
重要：優先保存場所を設定できるのは System Settings のユーザー権限を割り当てられているユーザーのみです。

優先保存場所を指定するには、
1.

Use for all users チェックボックスを選択します2. （オプション）デフォルトのパスを維持するか、別の安全な保存場所に変更します。
3.

Save をクリックします。

4.

確認メッセージが表示されたら、OK をクリックします。

取扱説明書 | 163

第 11 章システムユーティリティ

Shared Settings
Shared Settings では、すべてのユーザーが利用可能な場所にファイルを保存することを選択できます。

本ソフトウェアでは、ソフトウェア管理者がプライマリストレージフォルダとバックアップス
トレージフォルダを設定することができます。バイオ・ラッドでは、定期的にストレージの空き容量を確認し、必要であればアーカイブ機能を使用することを推奨します。
重要：System Settings ウィンドウでストレージの場所を変更できるのは、システム設定のユー
ザー権限が割り当てられているユーザー（通常はソフトウェア管理者）のみです。
共有フォルダを指定するには、
1.

各ストレージパスの欄には、ファイルパスを入力するか、Browse をクリックしてフォルダを検索してください。

2.

Save をクリックします。

3.

確認メッセージが表示されたら、OK をクリックします。

164 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

System Settings タブ

装置の変更
インストール後に初めて QX Manager ソフトウェアを開くと、装置接続ウィンドウが表示され、使用する装置を選択するよう促します。QX200 と QX600 の両方の Droplet リーダーを使用している場合、必要に応じて System Setting の機器タブで機器を選択することができます。
ソフトウェアで装置を変更するには
1.

System Settings（システム設定）タブを選択します。

2.

System Settings ウィンドウ（デフォルト）で、Instrument（装置）タブを選択します。

3. 使用する Reader を選択し、Save をクリックします。
選択した Reader に関連する機能は、接続したときに利用できるようになります。

取扱説明書 | 165

第 11 章システムユーティリティ

システムログファイル
System Utilities タブから、システムとソフトウェアのイベント（event log）およびメンテナンス
作業（maintainnance log）のログファイルにアクセスすることができます。

イベントログ
Maintenance のユーザー権限を付与されているユーザーはシステムイベントログを見ることができ、これにはあらゆるソフトウェア活動の情報がタイムスタンプとともに表示されます。

イベントログを見るには、
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Event Log を選択します。

3.

Open Log をクリックして、デバッグログまたはヒストリーログを選択します。

4.

ログエントリーを確認します。

5.

（オプションとして）PDF ドキュメントを自動で作成し表示するには、PDF Report クリッ
クします。
Tips：ファイルへのアクセスを制限するために、パスワードを設定することができます。
PDF Password チェックボックスを選択し、フィールドにパスワードを入力します。ファイ
ルは Log Reports フォルダに保存され、パスワードを入力しない限り開くことができません。

166 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムログファイル

メンテナンスログ
メンテナンス記録が一覧で表示されるメンテナンスログはすべてのユーザーが閲覧できます。
メンテナンスユーザー権限が割り当てられているユーザーはメンテナンス記録の設定、関連作
業の特定および PDF レポートの作成を行うことができます。

アクティビティを追加または表示するには
1.

System Settings タブを選択します。

2.

Maintenance Log タブを選択します。すでにスケジュールされているアクティビティがグリッドに表示され、新しいアクティビティから順に並べられます。

3.

次のいずれかを実行します。

スクロールして、特定のアクティビティを表示します。
重要：固定のアクティビティを表示または追加することはできますが、変更はできません。



アクティビティを追加します。

4.

アクティビティを追加するには、New Activity の隣にある ＋ アイコンをクリックします。
アクティビティ以外のすべてのフィールドが自動的に入力された行項目が下のセクションに表示されます。

5.

一番下のセクションの Activity 欄に、アクティビティを入力します。

6.

Save をクリックします。

7.

同じ操作を繰り返して、別のアクティビティを追加します。

8.

(オプション) PDF Report をクリックして、追加したアクティビティレポートを作成します。

取扱説明書 | 167

第 11 章システムユーティリティ

メンテナンスレポート
ご利用の装置のメンテナンスを実施した際に弊社のサービスエンジニアが作成したレポートはMaintenance Reports タブに保存されます。


レポートを開くには、リストの項目をクリックします。

以下に示すのはカラーキャリブレーションのレポートの例です。

168 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムデータ

システムデータ
System Data タブでは、次のことができます。
raw データをアーカイブして、QX600 Droplet Reader に接続されたコンピュータの空き容量を確保する。



システムログやその他のトラブルシューティングデータにアクセスする。

ローデータのアーカイブ
QX600 Droplet Reader に接続したコンピュータのストレージ容量が Disk Space に表示される上限に近づくと、別の場所にあるアーカイブストレージフォルダに生データをアーカイブする
ことができます。また、次の図のようなアドバイザリ・メッセージが表示されます。

重要：データをアーカイブに保管するには、System Data のユーザー権限が必要です。
ファイルをアーカイブに保存するには
1.

System Settings タブを選択します。

取扱説明書 | 169

第 11 章2.

システムユーティリティ

System Data を選択します。
デフォルトでは、Archive Raw Data 画面が表示されます。

3.

Archive Progress セクションで、カレンダーのアイコンをクリックし、From date と To date
を選択します。

4.

Query をクリックして、定義した日付範囲内で検索します。

5.

Browse をクリックして、ネットワーク上にあるアーカイブの場所を探します。

6.

Archive をクリックします。

トラブルシューティングデータ
装置やソフトウェアに問題が発生した場合、トラブルシューティングのためのデータにアクセスすることができます。
重要：トラブルシューティングデータにアクセスするには、System Data のユーザー権限が割り当てられている必要があります。
トラブルシューティングのためのデータを収集するには
1.

System Settings タブを選択します。

2.

System Data を選択します。
デフォルトでは、Archive Raw Data 画面が表示されます。

170 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムデータ

3.

TroubleShooting タブを選択します。

4.

カレンダーの From と To のアイコンをクリックして、日付範囲を選択します。

5.

以下のチェックボックスのいずれかを選択します

System Logs



Raw Plate Data

Version DataCalibration Data

6.

Browse をクリックして、データを保存するフォルダに移動します。
QX Manager ソフトウェアは、必要な容量と利用可能な容量、および指定した日付範囲のデータがない場合についてアドバイスします。

7.

Collect Data をクリックします。
プログレスバーが表示されます。

QX Manager ソフトウェアが、指定したデータを含むサブフォルダーを作成し、所定の場所に保存します。

取扱説明書 | 171

第 11 章システムユーティリティ

データの再処理装置を再校正した後、異なる色校正値を使用して実行からデータファイルを再処理することができます。
注：QX Manager ソフトウェアでデータを再処理するには、装置がアイドル状態になっている
必要があります。ファイルが古いソフトウェア・バージョンで作成された場合、ソフトウェア
はファイルを再処理することができず、アドバイザリ・メッセージが表示されます。
データファイルを再処理するには
1.

System Utilities タブを選択します。

2.

Reprocess Data をクリックします。

3.

Browse をクリックして解析データ ファイルに移動し、Select Datafile ダイアログボックス
でファイルを選択して Open をクリックします。
校正値は最初のカラーキャリブレーションの表に表示されます。

4.

表中に、蛍光色素の新しい値を入力します。

5.

Reprocess Data タップします。

172 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムキャリブレーション

システムキャリブレーション
QX600 Droplet Reader システムで Run を実行するには、装置の適正なキャリブレーションが必要です。
ご利用の装置のキャリブレーションは弊社サービスエンジニアしか行えないため、QX Managerの Instrument Calibration のオプションを使用できるのも弊社サービスエンジニアに限られます。
保守点検が必要な場合は、バイオ・ラッドテクニカルサポートにご連絡ください。
ツール機能は現在のところ装置のメンテナンスにのみ適用されます。詳細については、Appendix
B の Instrument Maintenance を参照ください。

取扱説明書 | 173

第 11 章システムユーティリティ

174 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

システムキャリブレーション

第 12 章ユーザーの管理

重要: この章は、QX Manager Software Standard Edition のインストール時に User Management
モジュールを有効にした場合のみ適用されます。このモジュールを有効にしなかった場合、QX
Manager Software は実験のセットアップ、実行、および分析を行う能力を持つ一般的なユーザーを作成します。
User Management ウィンドウを使用して、QX Manager ソフトウェアのユーザーの追加、変更、削除、およびユーザー権限と環境設定の設定と変更を行います。

ソフトウェア管理者用のすべての権限を持つスーパーユーザーアカウントを最初に設定する必要があります。スーパーユーザーアカウントを使用して、追加のユーザーを作成し、ユーザー権
限を割り当てますサポートが必要な場合は、バイオ・ラッドテクニカルサポートにお問い合わせください。指定された権限が割り当てられていないユーザーでも、実行を実行し、Analysis モジ
ュールを使用することができます。
ローカルまたはドメインのアカウントを設定することができます。QX600 Droplet Reader に接続されたコンピュータが以下のような場合、


社内のネットワークにアクセスできない場合、IT 部門またはシステム管理者がユーザー名
をローカルの Windows アカウントとして設定することができます。



社内ネットワークにアクセスできる場合、QX Manager ソフトウェアは Active Directory ユーザー名を認識できます。

PC が所属施設の要件に準拠している限り、任意のユーザー名とパスワードでユーザーアカウン
トを作成することができます。ソフトウェアは各ユーザーを Active Directory またはローカルドメインのいずれかの名前と照合するように設計されているため、ユーザーは正しいドメインとユーザー名でログインする必要があります。

取扱説明書 | 175

第 12 章ユーザーの管理

ユーザーの追加
こ の セ ク シ ョ ン は 、 QX Manager Software Standard Edition の イ ン ス ト ー ル 時 に User
Management モジュールが有効になっている場合にのみ適用されます。
QX Manager ソフトウェアにユーザーを追加する前に、初期スーパーユーザーアカウント、または Add/Manage Users 権限が割り当てられている別のアカウントでログインしておく必要があります。
重要：作業を開始する前に、すべてのユーザーがローカルコンピュータのローカル Windows ユーザーアカウントまたは Active Directory（ネットワークドメイン）のユーザーアカウントを持っていることを確認してください。
ユーザーを追加するには、
1.

QX Manager ソフトウェアを起動し、アプリケーションにサインインします。

2.

左側の User Management タブをクリックします（3.

右側の User Name 欄に、以下のようにユーザー名を入力します。
）。

コンピュータがネットワークに接続されていて、Active Directory のアカウントを使用している場合は、<ドメイン名>\<ユーザー名>と入力します。例えば、global\johnsmithと入力します。
重要：Active Directory ユーザーは、毎回、ユーザー名の前にドメイン名を付けてログインする必要があります。



ネットワークに接続されていない場合は、<ローカルコンピュータ名>\<ユーザー名>と入力します。例：analyscomputer\johnsmith。
重要：コンピュータ名を見つけるには、下部のメニューバーで黄色のフォルダを右クリックし、File Explorer を選択します。ダイアログボックスが表示されると、コンピュ
ータ名は左パネルの上部に位置しています。ローカルユーザーは、初回ログイン後にコンピュータ名を再入力する必要はありません。

176 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ユーザーの追加

4.

Check Name をクリックします。
下記のいずれかの状態になります。

5.



ネットワークドメインまたはコンピューター名とユーザー名を認識すると、ソフトウ
ェアが検証メッセージを表示します。



ユーザーが認識されない場合、エラーメッセージが表示されます。次のいずれかを行ってください。


ネットワークのユーザーであれば、ネットワークとの接続が機能していることを確認した後、入力が正しいか確かめてください。



ローカルユーザーの場合、入力が正しいか確認してください。ユーザーがローカルでもネットワークでも設定されていない場合は、システム管理者に問い合わせてください。

This user is valid というメッセージが表示されたら、OK をクリックし、ペインの下部にある Add をクリックします。
Are you sure you want to add this user? というメッセージが表示されます。

6.

Yes をクリックします。
確認メッセージが表示されます。

7.

OK をクリックします。

8.

すべてのユーザーが追加されるまで同様の操作を続けます。

取扱説明書 | 177

第 12 章ユーザーの管理

ユーザー権限の追加または削除
こ の セ ク シ ョ ン は 、 QX Manager Software Standard Edition の イ ン ス ト ー ル 時 に User
Management モジュールが有効になっている場合のみ適用されます。
ユーザー権限の追加や削除は、Add/Manage users 権限を付与されたユーザーのみが行えます。
デフォルトでは、権限を持たない個々のユーザーは、ランのセットアップと実行、ファイルのオープン、結果の表示と分析が可能です。
すべてのユーザー権限の説明については、p.37 のユーザー権限を見るを参照してください。

ラボの各担当者の役割によって割り当てられるユーザー権限の一例を表 36 に示します。ユー
ザーはあらゆるシナリオで定義および使用できますが、規制環境では必要になる場合があります。
表 36 ユーザーの役職の例
スーパー
ユーザー

ラボ管理者

Add/manage users✓✓

Create new templates

✓

✓

✓

View data files

✓

✓

✓

✓

✓

✓

権限

Overwrite
nameexisting

data

file

リーダー

一般ユーザー✓

System settings✓

Maintenance✓Archive data archive

✓

✓

✓

✓

Access the module recovery
tool

✓

✓

✓

✓

Manage Plates

✓

✓

✓

178 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ユーザー権限の追加または削除

誰でもテンプレートの作成と保存ができる場合は、管理者以外のロールにテンプレートの新規作成権限を割り当てることができます。テンプレートの形式が制限されている場合は、この権限を管理者または監督者ロールにのみ割り当てる必要があります。
注：少なくとも 1 人の追加のスーパーユーザーをバックアップとして定義し、必要に応じて他の管理ユーザーと標準ユーザーを定義することをお勧めします。ゲストユーザーは、共有テンプ
レートを開いて Run を実行し解析を実行できますが、通常は他の権限は割り当てられません。
権限を追加または変更するには、
1.

Add/Manage Users タブをクリックし、User Management ウィンドウを開きます。

2.

Current Users リストからユーザーを選択します。User Name フィールドに名前が表示されます。ユーザー名の前にネットワーク名またはコンピュータ名とバックスラッシュが表示される場合があります。

3.

ソフトウェアの使用におけるユーザーの役割に従い、各権限のチェックボックスを選択または解除します。ユーザー権限はどのような組み合わせでも割り当てることができます。

4.

確認メッセージが表示されたら、Yes をクリックして変更を保存した後、OK をクリックして、ポップアップを閉じます。

取扱説明書 | 179

第 12 章ユーザーの管理

ユーザー設定の変更
こ の セ ク シ ョ ン は 、 QX Manager Software Standard Edition の イ ン ス ト ー ル 時 に User
Management モジュールが有効になっている場合のみ適用されます。User Management が有効でない場合、Runs ウィンドウに表示されるシステムのタイムアウト時間と完了したプレート数に関するオプションのみが利用可能です。詳細については、p.40 の部分的な環境設定を参照してください。
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）権限を割り当てられているユーザーは他のユーザーの設定を変更することができます。個々のユーザーも自身の設定は変更することができます。
ユーザー設定を変更するには、
1.

Add/Manage Users タブをクリックし、ユーザー名を入力します。

2.

ユーザーの下記の設定のいずれかを変更します。


ユーザーデータファイルとテンプレートに別のファイルパスを入力し、非公開にする
ことを選択します。
重要：System Settings で Preferred Locations（優先保存場所）も指定でき、これは個人設定で指定されたすべてのファイルパスに優先されます。詳細は p.162 の System
Settings タブを参照ください。



デフォルトのシステムタイムアウト時間として別の数字を入力できます。



Status のセクションに表示される終了プレート数として 100 以下の別の数字を入力で
きます。

3.

Save クリックします。QX Manager ソフトウェアが確認メッセージを表示します。

4.

Yes クリックして変更を保存した後、OK をクリックして、ダイアログボックスを閉じます。

ユーザーの削除
Add/Manage Users（ユーザーの追加／管理）権限を割り当てられているユーザーのみがユーザーを削除することができます。ソフトウェアからユーザーを削除しても、Windows などの他のシステムやデータベースからユーザーを削除することはできません。
1.

Add/Manage Users タブをクリックし、User Management ウィンドウを開きます。

2.

Current Users の領域でユーザーを選択し、Remove をクリックします。QX Manger ソフト
ウェアが確認メッセージを表示します。

3.

Yes をクリックしてユーザーを削除した後、OK をクリックしてダイアログボックスを閉じます。

180 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

付録 A 実験例
本セクションでは、下記の実験を例にとり、セットアップと解析について説明します。
Amplitude Multiplex アッセイを用いた、Direct Quantification

Probe Mix Triplex アッセイを用いた、コピー数多型



ゲノム編集検出のための Basic Drop-off Assay を用いた、ドロップオフアッセイAdvanced Classification Method アッセイを用いた、Direct Quantification

取扱説明書 | 181

付録 A 実験例

マルチプレックスアッセイによる Direct Quantification
Amplitude Multiplex オプションを使用することによって、評価するターゲット数を増やすことができます。オプションとして、プレートのセットアップを迅速に行うために、あるウェルから別のウェルへデータをコピー＆ペーストすることができ、Undo をクリックすると適用したウェル設定を元に戻すことができます。データ収集中に使用したスーパーミックスを変更することはできません。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Direct Quantification（DQ）に変更した後、Apply をクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
Tip：ポジティブコントロールウェルの自動閾値設定には、Pos Ctrl を選択する必要があります。

6.

Assay Type の欄で Amplitude Multiplex を選択し、Apply をクリックします。ターゲットが12 行表示されます。

7.

ウェルのターゲットごとにターゲットの名称と種類（未知またはリファレンス）を変更します。
各ターゲットに対して、FAM Lo, FAM Hi, HEX Lo, HEX Hi, Cy5 Lo, Cy5 Hi, Cy5.5 Lo, Cy5.5
Hi, ROX Lo, ROX Hi, ATTO 590 Lo, ATTO 590 Hi がそれぞれデフォルトで設定されています。

8.

（オプションとして）High／Low のターゲットの表示を変更します。
Amplitude Multiplex では 1 チャンネルにつき最大 2 つのアッセイが可能であり、Lo と Hi の表示によって識別されます。このマルチプレックスモードでは、各ターゲットのシグナルが
1 つのチャンネルでのみ検出されることがあります。以下の方法が可能です。

9.

チャンネルが 2 種類の色素に対応する場合は、別の色素を選択する（例えば HEX を
VIC に、または VIC を HEX に変更する）。

ターゲットに別のチャンネルを選択する（例えば FAM を HEX に変更する）。



Hi を Lo に、または Lo を Hi に変更する。

Apply をクリックします。

182 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

マルチプレックスアッセイによる Direct Quantification

結果の閲覧と調整
自動閾値設定は Amplitude Multiplex 実験には利用できません。
グラフ全体にわたって容易に特定できるクラスターについては、Threshold Lines モードを用いて手動で閾値を設定します。データが直交せず、閾値線によってドロップレットの集団を適切に分割できない場合は、Threshold Clusters を用いて手動で閾値を設定します。
2D Amplitude ウィンドウで閾値を設定するには、
1.

2D Amplitude タブを選択します。

2.

ツールバーで Threshold Line Mode ボタンをクリックします。

3.

プロットのどこかをタップまたはクリックし、データに「best fit」な閾値線を適用します。

4.

閾値を調整するには、プロットエリアで閾値線を水平または垂直にドラッグします。
Tips：各閾値線の端にあるボックスに閾値を数値で入力することもできます。

取扱説明書 | 183

付録 A 実験例

マニュアルクラスターを適用し、調整するには、
1.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをク
リックします。

2.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した
形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるようにポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

3.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップレットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

184 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

トリプレックスアッセイによるコピー数多型

トリプレックスアッセイによるコピー数多型
probe mix triplexing による CNV アッセイでは、2 つのターゲットと 1 つのリファレンスを 3 つのグループに分けて使用し、解析データを作成します。オプションとして、プレートのセットア
ップを迅速に行うために、あるウェルから別のウェルへデータをコピー＆ペーストしたり、Undoをクリックして適用したウェル設定を元に戻したりすることが可能です。

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには、
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル情報を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Copy Number Variation（CNV）に変更した後、Apply をクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
Tip：ポジティブコントロールウェルの自動閾値設定には、Pos Ctrl を選択する必要があります。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Apply をクリックします。

7.

Assay Type のドロップダウンリストから Probe Mix Triplex を選択し、Apply をクリックします。
QX Manager ソフトウェアはターゲットを 3 つ表示します。
重要：トリプレックスターゲットの追加や削除はできません。

8.

ウェルのターゲットごとにターゲット名を入力し、ターゲットの種類（未知またはリファレンス）を選択します。
これにより、3 ターゲットが 3 つのグループとなります。

取扱説明書 | 185

付録 A 実験例

9.

以下のようにターゲットを割り当てます。

Group 1

Unknown

SignalCh1
FAM

Signal
Ch2
None

Ref
CopiesN/A

Target 2

Unknown

None

HEX/VIC

N/A

N/A

Target 3

Reference

FAM

HEX/VIC

2

Yes

Signal
Ch4
None

Ref
CopiesN/A

TargetTarget Type

Target 1

Plot?
N/A

Group 2
TargetTarget Type

Target 4

Unknown

SignalCh3Cy5Target 5

Unknown

None

Cy5.5

N/A

N/A

Target 6

Reference

Cy5

Cy5.5

2

Yes

Signal
Ch6
None

Ref
Copies
N/A

Plot?
N/A

Group 3
TargetTarget Type

Target 7

Unknown

SignalCh5
ROX

Target 8

Unknown

None

ATTO 590

N/A

N/A

Target 9Reference

ROX

ATTO 590

2

Yes

Plot?
N/A

10. Apply をクリックします。

結果の閲覧と調整
注：線形自動閾値設定は Probe Mix Triplex アッセイには利用できません。
結果を見るには、
1.

すべてのウェルの設定が終われば、2D Amplitude タブを選択してデータを評価し、クラス
ターを手動で設定します。

2.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかをク
リックします。

186 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

トリプレックスアッセイによるコピー数多型

3.

マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した
形で囲みます。
Tip：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるようにポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

4.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップレットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

取扱説明書 | 187

付録 A 実験例

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ
オプションとして、プレートのセットアップを迅速に行うために、あるウェルから別のウェルへ
データをコピー＆ペーストしたり、Undo をクリックして適用したウェル設定を元に戻したりすることが可能です。
ドロップオフアッセイの 2 つの設定が可能で、以下に示します。野生型と NHEJ インデル対立
遺伝子にシグナル（期待されるクラスター位置）を割り当てます。野生型アレルによって産生されるシグナルは、FAM と HEX の両方に対して常に陽性となりますが、NHEJ インデルアレルによって産生されるシグナルは、使用されるアッセイの構成に依存します（以下の左と右に示すように）。

このタイプでは、ウェルごとに 2 つのターゲットからなる 3 つのグループを作成できます。デ
フォルトで表示されるグループ 1 では、FAM と HEX（Reference）のターゲット 1 つと、FAM
または HEX（Unknown）のターゲット 1 つで構成されています。
2 つ目のグループは、Cy5 と Cy5.5（Reference）のターゲット 1 つと Cy5 または Cy5.5（Unknown）のターゲット 1 つ、3 つ目のグループは、ROX と ATTO 590（Reference）のターゲット 1 つと ROX と ATTO 590（Unknown）のターゲット 1 つを追加することができます。
注：各グループ内のチャンネルは互換性がないため、FAM は HEX/VIC、Cy5 は Cy5.5、ROX
は ATTO 590 と必ずペアリングされます。

188 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

ゲノム編集検出のためのドロップオフアッセイ

実験パラメータの設定
実験パラメータを設定するには
1.

解析データファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Drop-Off（DOF）に変更した後、Apply をタップまたはクリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
Tip：ポジティブコントロールウェルの自動閾値設定には、Pos Ctrl を選択する必要があります。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスの変更はできません。

6.

Apply をクリックします。
QX Mamager ソフトウェアがアッセイの種類を自動的に Basic Drop-Off に指定します。

7.

ターゲット名を入力した後、1 つを Reference、残りを Unknown とします。
リファレンスターゲットにより結果の比率計算が可能になります。

8.

Apply をクリックします。

取扱説明書 | 189

付録 A 実験例

結果の閲覧と調整
閾値設定は Drop Off 実験には利用できません。
クラスターを適用し、調整するには
1.

すべてのウェルの設定が終われば、2D Amplitude タブを選択してデータを評価し、クラス
ターを手動で設定します。

2.

3 つのクラスターモードボタン（スクエア、サークルまたはフリーハンド）のいずれかクリックします。

3.

3.マウスの左ボタンを押したまま、最初に分類するドロップレットのクラスターを選択した
形で囲みます。
Tips：マウスボタンから指を離すと、正しいターゲットの組み合わせが選択できるようにポップアップツールが表示されます。プレートのセットアップの際に割り当てられたシグナ
ル値に基づき、2 つの軸にターゲット名が表示されます。

4.

ターゲットごとにドロップレットをポジティブまたはネガティブに分類するには、ドロップレットのクラスターの位置に最も近いカラーボックスを選択します。

190 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Advanced Classification Method による Direct Quantification

Advanced Classification Method による Direct Quantification
Advanced Classification Method（高度分類法）解析モードでは、ドロップレットの同定をユー
ザーが完全にコントロールでき、クラスターの強制や事前の割り当てはありません。radial dye
mixing により高度なマルチプレキシングが可能です。オプションとして、プレートのセットア
ップを迅速に行うために、あるウェルから別のウェルへデータをコピー＆ペーストしたり、Undoをクリックして適用したウェル設定を元に戻したりすることが可能です。
重要：本モードはドロップレットデジタル PCR の経験が豊富なユーザー向けに設計されています。

実験パラメータのセットアップ
Advanced Classification Method を使用するには、
1.

解析ファイルを開き、Plate Editor タブを選択します。

2.

ウェル解析属性を割り当てるウェルを 1 つまたは複数選択します。

3.

実験の種類を Direct Quantification（DQ）に変更した後、Apply クリックします。

4.

（オプションとして）サンプルの記述を変更します。

5.

（オプションとして）サンプルの種類を変更します。デフォルトは Unknown（未知）です。
Tip：ポジティブコントロールウェルの自動閾値設定には、Pos Ctrl を選択する必要があります。
注：データ収集中に使用したスーパーミックスを変更することはできません。

6.

Apply をクリックします。

7.

Assay Type で Advanced Classification Method を選択し、Apply をクリックします。

8.

+ アイコンを使用し、最大 10 個になるまでターゲットを追加します。

9.

ウェルのターゲットごとにターゲット名を入力し、ターゲットの種類（Unknown またはReference）を選択します。

10. （オプションとして）リファレンスを選択すると、リファレンスコピー数を変更することができます。デフォルトは 2 です。


リファレンスが選択されていない場合、最も高いチャンネルで最も高い色素濃度を持
つターゲットがリファレンスとして使用されます。例えば、6 チャンネルすべてにター
ゲットがある場合、チャンネル 6 のターゲットが使用されますが、最初の 5 チャンネ
ルにのみターゲットがある場合、チャンネル 5 が参照ターゲットとなります。



1 ウェルで複数のリファレンスを選択すると、プロット内でリファレンスを使用するためのチェックボックスが右に表示されます。

注：各 Reference ターゲットにより結果の比率計算が可能になります。

取扱説明書 | 191

付録 A 実験例

11. 最初のターゲットに予測されるチャンネルのシグナルを割り当てます。
12. 最後のターゲットには、最初のターゲットに選択しなかったチャンネルのシグナルを割り当てます。
中間の各ターゲットにはターゲットの混合比率に応じてシグナルが割り当てられます。
13. Apply をクリックして、すべてのウェルの設定を確定します。

結果の閲覧と調整
結果を表示し調整するには
1.

2D Amplitude タブクリックします。
デフォルトによってすべてのドロップレットは未分類のまま赤色で表示されます。2D プロットでの Advanced Classification 実験の閾値設定に利用できるのは Threshold Cluster モードのみです。

2.

Threshold Cluster モードのツール（ボックス、サークルまたはフリーハンド）のいずれかを使用し、ドロップレットクラスターをターゲットに割り当てます。

192 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Advanced Classification Method による Direct Quantification

ドロップレットクラスターを選択すると、クラスター割り当てボックスが表示されます。

3.

ラジオボタンを選択し、クラスターの構成を特定します。
例えば、クラスターがターゲット 2 のポジティブドロップレットで構成される場合には、ターゲット 2 のポジティブラジオボタンと残るターゲットのネガティブラジオボタンを選択します。
重要：計算させるにはターゲットごとに少なくとも 1 つのポジティブクラスターと、指定されたネガティブクラスターが存在する必要があります。
注：ソフトウェアは未指定のドロップレットは計算上無視します。ドロップレット／クラス
ターの構成が不明の場合は、未指定（赤色）にしておきます。
結果はデータテーブルおよび Concentration タブで見ることができます。
AssayType でサンプルの 1 つをリファレンスとしている場合は、Ratio タブで未知サンプルとリファレンスの濃度比を見ることができます。

取扱説明書 | 193

付録 A 実験例

194 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

Advanced Classification Method による Direct Quantification

付録 B 装置のメンテナンス
バイオ・ラッドはお使いの器具の定期的なメンテナンスをお勧めします。メンテナンスでは以下の作業を行います。
Run 後や必要に応じて、表面部分をきれいに保つこと
注：外部パネルとプレートホルダを 70%エタノールで拭いてください。詳細については、
p.199 の QX600 Droplet Reader のクリーニングまたはデコンボリューションを参照してください。



定期的な液量のチェック

部品や配線の損傷を調べるための点検

バイオ・ラッドは弊社サービスエンジニアが行う半年に 1 回の故障防止メンテナンスをお勧めしています。お使いの装置の保守点検や再キャリブレーションが必要な場合は弊社にご連絡く
ださい。

取扱説明書 | 195

付録 B 装置のメンテナンス

オイル関連のメンテナンスと廃棄物処理
少なくとも 1 回のフル Run に十分な量のオイルがあることを確認し、廃液オイルが満タンに近い状態であれば、空ボトルを用意し、廃液ボトルを交換する必要があります。液面レベルは、QX
Manager ソフトウェアの装置ステータスバー、装置のインジケーターランプ、またはボトルを目視することで確認することができます。
表 37 は装置のオイルの液面レベルに関するメンテナンスについてまとめています。
表 37 オイル液面レベル
オイルレベル

ステータス

オイル＞40%オイルレベル OK。ランニングを開始できます。

廃棄物＜70%オイル＜40%96 ウェル未満であれば Run を開始できるかもしれません。

廃棄物＞70%

プレートエディタで設定したプレート数の Run を実行するのに十分なオイルがディスペンサー内にない場合、ソフトウェアはオイル交換または廃液ボトルが交換されるまで Run を実行しません。
ソフトウェアはオイル交換または廃液ボトルが交換されるまで Run を実行しません。

オイル＜10%
廃棄物＞90%Droplet リーダー用オイルボトルの交換
Droplet オイルを交換するには
1.

Droplet Reader 左側面のハンドルを握り、ボトル収納部をスライドさせて引き出します。

2.

オイルボトルを外して脇に置き、廃液ボトルとして再利用します。

3.

新しいオイルボトルを挿入し、キャップを所定の位置に締めます。

4.

新しいオイルボトルを取り付けた後、少なくとも 1 回は装置のプライミングと洗浄を行ってください。詳細については、p.198 の装置のプライミングとフラッシングを参照してください。

196 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

オイル関連のメンテナンスと廃棄物処理

廃液ボトルを空にする
重要：空になったオイルボトルは各ボトルを 1 回だけ新しい廃液ボトルとして使用し、その後は廃棄し、使いまわさないでください。捨てる前には、微生物の繁殖を防ぐために 10％漂白液
50ml をボトルに加え、廃棄物としてラベルを貼ってください。
廃液ボトルを交換するには
1.

Droplet Reader 左側面のハンドルを握り、ボトル収納部をスライドさせて引き出します。

2.

廃液ボトルを取り出します。

3.

新しい廃液ラベルをオイルボトルのオイルラベルに貼ります。

4.

新しい廃液ボトルをスロットに挿入します。

5.

新しい廃液ボトルを取り付けた後、装置を洗浄します。詳細については、p.198 の装置のプ
ライミングと洗浄を参照してください。

廃液のメンテナンス
発生した廃棄物を処理したり、廃棄したりする場合は、標準 MSDS（化学物質安全性データシー
ト）と OSHA 基準（米国のみ）を適用してください。典型的な廃棄物プロファイルには、以下の内容が含まれている必要があります。
物質

廃棄物比率

フッ素系オイル

95%

水

5%

ブリーチ

0.5%未満タンパク質、核酸、蛍光色素

0.1%未満バイオ・ラッド社のドロップレット作製および Droplet Reader 用オイルは、フッ素化炭化水
素化合物を主成分としているため、所属機関、都道府県、地域の規則に従って処分してください。
これらの不燃性液は不活性であるため、環境に与える影響も毒性も低いといえます。廃棄物はポリエチレン容器に収集し、1 カ月以内に処分してください。

最後の空のオイルボトルを新しい廃液ボトルとして使用してください。バイオ・ラッドからオイ
ルラベルを覆う廃液ボトル用ラベルを提供しています。

取扱説明書 | 197

付録 B 装置のメンテナンス

装置のプライミングとフラッシング
オイルボトルを交換した場合はプライミングを行い、廃液ボトルを交換した場合はプライミン
グとフラッシングを行う必要があります。
重要：プライミングまたはフラッシングを開始する前に、蓋が閉まっている必要があります。プ
ライミングまたはフラッシングの実行中に、ボタンを押して蓋を開けないでください。

装置をプライミングするには
1.

System Utilities タブを選択します。

2.

Prime をクリックします。
装置をプライミングするかどうかを尋ねるメッセージが表示されます。

3.

Yes をクリックして開始します。

4.

プライミングを実行中というメッセージが表示されます。
プライミングプロセスが終了すると、操作完了のメッセージが表示されます。

5.

OK をクリックします。

装置をフラッシングするには
1.

System Utilities タブを選択します。

2.

Flush をクリックします。
装置をフラッシングするかどうかを尋ねるメッセージが表示されます。

3.

Yes をクリックして開始します。

4.

フラッシングを実行中というメッセージが表示されます。
フラッシングプロセスが終了すると、操作完了のメッセージが表示されます。

5.

OK をクリックします。

198 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

アイドルモードからの復帰

アイドルモードからの復帰
機器がアイドル状態であった場合は、以下の手順を完了してください。
1.

オイルボトルの有効期限を確認します。有効期限が切れている場合は、オイルボトルを交換
します。

2.

廃液ボトルが満タンでないことを確認します。

3.

必要に応じて、廃液ボトルに 10%漂白剤を 50mL 加えます。

4.

ボトルを交換した場合、またはシステムを 1 週間以上使用しなかった場合は、装置のプライ
ミングとフラッシングで指定されているように、プライミングとフラッシングのプロセスを実行します。

QX600 Droplet Reader のクリーニングまたはデコンタミネーション
以下に指定されたプロトコルを使用してください。
Run 後の定期的な装置のクリーンアップ

必要に応じた装置のデコンタミネーション

指定以外の洗浄剤の使用について質問がある場合は、バイオ・ラッドテクニカルサポートまで
ご連絡ください。
装置の洗浄方法
1.

Run 終了後にプレートを取り外し、適切に廃棄されていることを確認します。

2.

70％エタノールを使用して、外部パネル、プレートホルダおよびそのコンパートメントを拭き取ります。

装置のデコンタミネーション
1.

Run 終了後にプレートを取り外し、適切に廃棄されていることを確認します。

2.

プレートホルダとプレート収納部を 10％漂白剤で拭き取ります。
重要：装置内部には漂白剤を使用しないでください。

3.

外部表面をすべて 10%の漂白剤で拭いてください。

4.

装置をデコンタミネーション済みと特定します。

取扱説明書 | 199

付録 B 装置のメンテナンス

装置メンテナンスログ（Instrument Maintenance Log）

200 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

付録 C コンピューターの追加
解析目的に限り、バイオ・ラッド社から提供されたソフトウェアを各個人が所有するパソコンにインストールすることができます。インストールについては、バイオ・ラッドテクニカルサポー
トまでご連絡ください。

取扱説明書 | 201

取扱説明書 | 202

付録 D トラブルシューティング
このセクションでは、装置またはソフトウェアで生じる可能性のある、マイナーな問題のトラブ
ルシューティングと解決法に関する情報を提供します。

Event Log
イベントログには、システムエラーを含むすべてのシステムとユーザーのアクティビティの記録が含まれています。エラーイベントが理解できない場合や、すぐに解決できない場合は、バイ
オ・ラッドテクニカルサポートまでご連絡ください。

装置のエラー
Run 中にエラーが発生した場合、ソフトウェアは Run をキャンセルし、Status 列に X を表示し、Run Aborted by System メッセージと共に Run End ステータスとして表示します。p.204 の表
38 には、タイプ別にグループ化されたエラーが記載されています。
1.

X をタップすると、対応するエラーコードと説明が表示されます。

2.

新しい Run を開始する前に、ソリューション欄のステップを実行します。

3.

提案された解決策で問題が解決しない場合は、すぐにバイオ・ラッドテクニカルサポートにご連絡ください。
注：エラーコードと説明は、Run 情報ウィンドウにも表示されます。

通信エラーは、装置本体、ケーブルの接続状況および電源障害によって発生することがあります。

取扱説明書 | 203

付録 D トラブルシューティング

表 38 通信エラー
Error Code

説明

解決策

102, 103, 104*,
110*, 111

装置とソフトウェア間の通信障害、検出器
ボードのエラー、Run 中の障害、または接続を再確立できない場合

USB ケーブルを外して再接続し、電源を入れます。

注：アスタリスク(*)が付いているコードについては、一部のデータが使用可能な場合があります。
302, 308

ポンプを含む通信エラー
注：一部のデータは使用可能な場合があり
ます。

502
900

無効なチェックサム値
無効なコマンド

Droplet Reader の電源を入れ直
します。

再試行

電気的エラーは通常、正しくない設定によって引き起こされます。
表 39 電気的エラーコード
Error Code

説明

406

電気的エラー、電源値の設定が無効です。 Droplet Reader の電源を入れ直
注：一部のデータは使用可能な場合があり します。
ます。

解決策

機械的なエラーは、オイル関連の問題（低オイル、高廃棄物）、装置操作のエラー、またはバイ
ナリデータ収集エラーによって引き起こされることがあります。
表 40 装置によるエラーコード
Error Code

説明

解決策

105, 106

フルイディクスまたはモーションレスポ
ンスが無効でした。
注：一部のデータは使用可能な場合があります。

Droplet Reader の電源を入れ直
します。

201

モーターが無効になっています
注：一部のデータは使用できる場合があります。

1.プレートとプレートの蓋を取り外し、再度挿入します。
2.ヒートシールホイルが正確にシールされているか、2 枚シール
されてないかを確認します。
3.すべてのモーター軸のひずみを確認します。
4.機器の電源を入れ直します。

204 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

表 40 装置によるエラーコードの続き
Error Code

説明

解決策

205, 207, 210,
211, 212, 218

目標の場所もしくはホームポジションに
対し、X、Y または Z 軸の移動が割り当てられた時間内に到達できません。
注：一部のデータは使用可能な場合があります。

モーターの障害物がないか確認
し、Droplet Reader の電源を入れ直します。

301, 303, 304,
305, 307, 312,
316, 317

ポンプエラー
注：一部のデータは使用可能な場合があります。

Droplet Reader の電源を入れ直します。

取扱説明書 | 205

付録 D トラブルシューティング

206 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

付録 E Ordering Infromation
この付録には、QX600 Droplet Reader を含むバイオ・ラッドから提供される ddPCR 製品の製品または交換用機器、アクセサリ、消耗品の説明とカタログ番号が記載されています。

ddPCR システムとそれぞれの装置パッケージ
表 41 には、QX200 Droplet Digital PCR システム全体、個々の ddPCR 装置および付属品の情報が記載されています。
表 41

ddPCR システムとそれぞれの装置パッケージ

製品名

内容

カタログ番号

QX200 Droplet Digital
PCR システム

QX200 Droplet Generator 本 体 、 QX200 Droplet
Reader システム、ddPCR 専用 PC、ソフトウェア、
一部の消耗品が含まれています。
QX200 Droplet Generator 本 体 、 QX600 Droplet
Reader システム、ddPCR 専用 PC、ソフトウェア、
一部の消耗品が含まれています。
Automated Droplet Generator 本体、QX600 Droplet
Reader システム、ddPCR 専用 PC、ソフトウェア、
一部の消耗品が含まれています。
QX200 Droplet Generator 本体、カートリッジとガスケット(各 24 個)、カートリッジホルダ(2)、電源コード(1)が含まれています。
QX200 Droplet Reader 本体、プレートホルダ(2)、USB
ケーブル(1)、電源コード(1)が含まれています。

1864001JA

QX600 Droplet Reader 本体、ddPCR 専用 PC、プレートホルダ(2)、USB ケーブル(1)、電源コード(1)が含
まれています。
Automated Droplet Generator 本体、冷却ブロックア
クセサリ (1)、オイルパージリザーバ (1)、電源コード(1) が含まれています。
C1000 Touch サーマルサイクラー本体、1000 シリー
ズ用リアクションモジュール 96 Deep wellx0.2ml、
96well Hard-Shell マイクロプレート clear well/whiteshell、0.2ml 8 連ドームキャップ/ナチュラル、その他
アクセサリ

17008634

QX600 Droplet Digital
PCR システム
QX600 AutoDG™
Droplet Digital PCR
System
QX200 Droplet
Generator システム
QX200 Droplet
Reader システム
QX600 Droplet
Reader システム
W/PC
Automated Droplet
Generator システム
C1000 Touch サーマ
ルサイクラー＋96
Deep Well リアクションモジュール

17008681

17008632

1864002JA

1864003JA

1864101JA

1851197JA

取扱説明書 | 207

付録 E Ordering Infromation

QX200 Droplet Reader のアクセサリ
表 42 に QX200 Droplet Reader のアクセサリに関する情報が記載されています。
表 42

QX200 Droplet Reader アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

解析用 PC

QX200 Droplet Reader に接続して、本体の操作とデータ解析を行います。

12017458

USB ケーブルと電源コード

解析用パソコンと Droplet Reader を接続
する USB ケーブルと Droplet Reader 本体に電源を供給するための電源コード

お問い合わせDroplet Reader プレート
ホルダ (2)

注：ケーブルや電源コードを入手するには、
Bio-Rad テクニカルサポートにお問い合わせください
96 ウェルプレートを Droplet Reader 本体に 12006834
固定するための専用プレートホルダ

208 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

QX600 Droplet Reader システムのアクセサリ
表 43 に QX600 Droplet Reader に関する情報が記載されています。
表 43

QX600 Droplet Reader アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

解析用 PC

QX200 Droplet Reader に接続して、本体の操作とデータ解析を行います。

12017458

USB ケーブルと電源コード

解析用パソコンと Droplet Reader を接続
する USB ケーブルと Droplet Reader 本体に電源を供給するための電源コード

お問い合わせDroplet Reader プレート
ホルダ (2)

注：ケーブルや電源コードを入手するには、
Bio-Rad テクニカルサポートにお問い合わせください
96 ウェルプレートを Droplet Reader 本体に 12006834
固定するための専用プレートホルダ

QX200 Droplet Generator システムのアクセサリ
表 44 には QX200 Droplet Generator のアクセサリに関する情報が記載されています。
表 44

QX200 Droplet Generator アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

DG8 カートリッジ&ガスケットセット (120 カートリッジ＆ガスケット、960 ウェル分)

サンプルとオイルを混合させ、Droplet を生成のためのマイクロ流体カートリッジ
カートリッジを密封するガスケット

1864007

DG8 カートリッジホルダ
電源コード

注：蒸発を防止し、Droplet を生成するために必要な加圧を行うため、カートリッジを密閉する必要があります。
DG8 カートリッジを Droplet Generator 内に正確に配置し保持します。
QX200 Droplet Generator を電源に接続します。

1863051
お問い合わせ

注：交換については、バイオ・ラッドテクニ
カルサポートにお問い合わせください

取扱説明書 | 209付録 E Ordering Infromation

Automated Droplet Generator システムのアクセサリ
表 45 には Automated Droplet Generator のアクセサリに関する情報が記載されています。
表 45

Automated Droplet Generator アクセサリ

構成品

説明

カタログ番号

クーリングブロック

Droplet 生成時の蒸発を防止

12002819

DG32 カートリッジ

サンプルと Droplet Generation オイルを混 1864108
合するためのガスケット付きマイクロ流 1864109
体カートリッジ
Priming と洗浄からのオイル廃液を回収しま お問い合わせす。

オイル廃液容器
電源コード

Automated Droplet Generator を電源に接続します。

お問い合わせ

注：交換については、バイオ・ラッドテク
ニカルサポートにお問い合わせください

ddPCR に使用する試薬消耗品
表 46 には Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品に関する情報が記載されています
表 46

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品

構成品

説明

カタログ番号

96-well PCR plates

ddPCR 専用 96-well PCR plates

12001925

DG32 カートリッジ（AUTODG）

AutoDG で 使 用 す る サ ン プ ル と Droplet
Generation オイルを混合するためのガスケット付きマイクロ流体カートリッジ

1864108
1864109

Rainin ピペット

20μl, サンプルローディング用
50μl, Droplet 操作用
8 連マルチチャンネル、200μl

L-20, L8-20
L-50, L8-50
L8-200Rainin ピペットチップ

Rainin のフィルター付きピペットチップ

GP-L10F
GP-L200F

ピペットチップ（AUTODG）

AutoDG 用専用ピペットチップ

18641201864121

ピペットチップ回収トレイ（AUTODG）

AutoDG 用ピペットチップ回収トレイ

1864125

ホイルシール

貫通可能な ddPCR 用ホイルプレートシー
ル

1814040プレートシーラー

PX1 PCR Plate Sealer

1814000

210 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

表 46

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品の続き

構成品

説明

カタログ番号

ピペットチップ回収
トレイ（AUTODG）

AutoDG 用ピペットチップ回収トレイ

1864125

ホイルシール

貫通可能な ddPCR 用ホイルプレートシール

1814040プレートシーラー

PX1 PCR Plate Sealer

1814000JA

Droplet Generation
オイル

Droplet Generator オイル for Probe
Automated Droplet Generation オイル for EvaGreen
Automated Droplet Generation オイル for Probes

1863005
18641121864110

Buffer コントロール

QX200 Buffer Control Kit for EvaGreen
QX200 Buffer Control Kit for Probes

1864052
1863052

Droplet Reader オイルDroplet Reader 廃液
ボトル

Droplet Reader オイル（2 x 1 L）

1863004

空の Droplet Reader オイルボトルを使用して、読み取りから廃液を回収することができます。

NA

PCR Supermix
注：これらの Supermix は、QX200 Droplet Generator と Automatic Droplet Generator の両方で使用できます。
QX200 ddPCR
EvaGreen ®
supermix

QX200 ddPCR EvaGreen® supermix

ddPCR Supermix for
Probes (no dUTP)

ddPCR Supermix for Probes (no dUTP)

ddPCR Supermix for
ProbesddPCR Supermix for Probes

QX200 Droplet Generator を用いた核酸サンプル調
製用

2xSupermix 、 QX100 ま た は QX200 Droplet
Generator を用いた核酸サンプル調製用

注：2xSupermix、QX100 または QX200 Droplet
Generator でのサンプル前処理用

1864033 2ml (2 x1ml)
1864034 5ml (5 x1ml)
1864035 25ml (25 x1ml)
1864036 50ml (50 x1ml)
1863023 2ml (2 x1ml)
1863024 5ml (5 x1ml)
1863025 25ml (25 x1)
1863026 2ml (2 x1ml)
1863010 5ml (5 x1ml)
1863027 25ml (25 x1ml)
1863028 50ml (50 x1ml)

取扱説明書 | 211

付録 E Ordering Infromation

表 46
構成品

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品の続き
説明

カタログ番号

ddPCR Supermix for Residual DNA Quantification

1864037 2ml (2 x1ml)
1864038 5ml (5 x1ml)
1864039 25ml (25 x1ml)
1864040 50ml (50 x1ml)

注：2xSupermix、QX100 または QX200 Droplet
Generator での Residual DNA 検出用
One-step RT-ddPCR Advanced Kit for Probes
注 ： 200 ま た は 500 反 応 用 の 2x RT-ddPCR
Supermix、1 または 2 本のマンガンアセテートチューブを含む。

1864021 2ml (2 x1ml)
1864022 5ml (5 x1ml)

ddPCR 変異解析用マルチスクリーニングキット
ddPCR KRAS G12/G13 Screening Kit
ddPCR KRAS Q61 Screening Kit
ddPCR BRAF V600 Screening Kit
ddPCR NRAS Q61 Screening Kit
ddPCR NRAS G12 Screening Kit
ddPCR NRAS G12/G13 Screening Kit
ddPCR EGFR Exon 19 Deletions Screening Kit

1863506
12001626
12001037
12001006
12001094
12001627
12002392

注：すべてのキットには、20 x マルチプレックスアッセイと 2xSupermix (nodUTP)が含まれています。
ddPCR Residual DNA Quantification キット
ddPCR CHO Residual DNA Quantification キット
ddPCR E. coli Residual DNA Quantification キット
注：200 x 20ml 反応、20x CHO または大腸菌検出用アッセイを含む Residual DNA 定量用 RDQ アッセイと 2x ddPCR Supermix を含む。

212 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

17000031
17000032

装置のエラー

表 46
構成品

Droplet Digital PCR に使用する試薬消耗品の続き
説明

カタログ番号

ddPCR Copy Number Determination キット
ddPCR SMN1 Copy Number Determination キット
ddPCR SMN2 Copy Number Determination キット

1863500
1863503

注：200 反応用、20x でのアッセイを含む。2x ddPCR
Supermix for Probes（No dUTP）およびポジティブ
コントロール付き。
ddPCR Library 定量キット
ddPCR ライブラリ定量キット for Illumina TruSeq

1863040

注：200 反応、20x のプライマーおよびプローブのバイアル 1 本、2x ddPCR Supermix for Probes（NodUTP）およびポジティブコントロールを含む。
ddPCR Genome Edit Detection アッセイ
ddPCR HDR Gene Edit Assay
ddPCR HDR Gene Edit Assay
ddPCR HDR Gene Edit Package
ddPCR HDR Ref Assay, Predesigned
ddPCR HDR Ref Assay, Predesigned
ddPCR HDR Ref Package, Predesigned
ddPCR NHEJ Gene Edit Assay
ddPCR NHEJ Gene Edit Assay
ddPCR NHEJ Gene Edit Package

12002312 100 rxns
12002313 500 rxns
12003796 1,000 rxns
12003805 100 rxns
12003806 500 rxns
12003793 1,000 rxns
12002314 100 rxns
12002315 500 rxns
12003794 1,000 rxns

取扱説明書 | 213

付録 E Ordering Infromation

214 | QX600 Droplet Reader および QX Manager ソフトウェア Standard Edition

装置のエラー

取扱説明書 | 215

M13238L 2212a